KF3

Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs

Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs

10:00 - 11:00 #37909 - P003 Que la force de KOZAK soit avec toi : identification par le génome d’une inversion intragénique d’ADNP manquée par l’exome.

P003 Que la force de KOZAK soit avec toi : identification par le génome d’une inversion intragénique d’ADNP manquée par l’exome.

Le séquençage de l'exome entier a permis d'atteindre un rendement diagnostique d'environ 30% pour les patients présentant des anomalies du neurodéveloppement, telles que la déficience intellectuelle. On s'attend à ce qu'une partie des diagnostics manquants puisse être expliquée par des anomalies génétiques qui n'ont pas pu être détectées par une puce à ADN ou par le séquençage d'exome, telles que de grandes inversions ou des translocations.

Nous rapportons ici la première description d'une patiente présentant une déficience intellectuelle, dont l'analyse du génome en trio a permis d'identifier une inversion intragénique hétérozygote de novo d’ADNP. Ce variant structural englobe les deux premiers exons codants mais épargne le dernier et principal exon, avec des points de cassure situés dans des régions introniques profondes.

ADNP est un gène bien connu impliqué dans la déficience intellectuelle, dont le spectre moléculaire consiste principalement en des variants perte de fonction dans son dernier exon.

Afin de préciser les conséquences de ce réarrangement sur l'expression du gène, une expérience de RNA-seq a été réalisée, dont l'étude a montré un saut des exons situés dans la zone inversée et l'absence de diminution de la transcription d’ADNP par rapport aux témoins. De plus, l'analyse in-silico des potentiels codons d'initiation dans le transcrit muté à l'aide du score contextuel de Kozak a révélé que plusieurs ATGs étaient susceptibles d'être utilisés pour générer des phases de lecture alternatives hors phase toxiques, empêchant une éventuelle traduction de sauvetage en phase. Ce variant structural entraîne donc bien une perte de fonction d’ADNP.

Enfin, l'analyse de la zone inversée et de ses régions flanquantes en utilisant la track Repeat Masker d'UCSC a permis d'identifier deux séquences Alu à chaque point de cassure. Comme leur comparaison a montré qu'elles présentaient une bonne homologie (79%) et une orientation inversée, nous avons émis l'hypothèse qu'une recombinaison homologue non-allélique médiée par ces deux séquences Alu était à l'origine du réarrangement. Par conséquent, ce variant structural pourrait être une mutation récurrente potentiellement sous-diagnostiquée dans les troubles liés à ADNP.

Ainsi, l'analyse du génome en trio a permis de résoudre l'odyssée diagnostique d'une patiente pour laquelle les explorations précédentes (séquençage d'exome et SNP-array) étaient négatives.

Mathieu GEORGET (Paris), Elodie LEJEUNE, Julien BURATTI, Euphrasie SERVANT, Eric LEGUERN, Delphine HERON, Boris KEREN, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE

10:00 - 11:00 #38325 - P007 A glimpse into the genes associated with autism with and without cognitive impairment.

P007 A glimpse into the genes associated with autism with and without cognitive impairment.

Shared genetic etiology among neurodevelopmental and neuropsychiatric conditions questions the existence of genes specific to autism. It also remains unclear which genes are more likely associated with autism with or without cognitive impairment. Using whole-exome sequencing data, we compared the occurrence of variants with predicted functional impact on 688 protein-coding genes previously associated to neurodevelopmental disorders in 17,440 autistic individuals with or without cognitive impairment from the SPARK cohort. We highlighted genes predominant in autism without cognitive impairment (NCIp) and genes predominant in autism with cognitive impairment (CIp). The next steps are to compare the biological functions and expression patterns of these genes and to study the clinical and brain profiles of the carriers of variants within CIp and NCIp including behavioral scales (such as social communication or in adaptive skills) and EEG and brain imaging. Our results suggest that genes associated with cognitive impairments are especially expressed very early during fetal brain development. All our findings will be replicated across multiple cohorts (MSSNG, SSC, AIMS2 & PARIS). We hypothesized that the variability in clinical outcome is influenced by the genetic and environmental context of each individuals and thus could explain phenotypic variability. We are launching CONTEXT a new project to understand genotype-phenotype variation in individuals carrying a large effect genetic variant. CONTEXT will require the collection of genetic data and quantitative phenotypes within-families and in the general population. The objectives are to better estimate the clinical outcome of the carriers and to find new innovative treatments to alleviate the severe symptoms associated with the genetic variants.

Claire LEBLOND (PARIS), Freddy CLIQUET, Thomas ROLLAND, Simon MALESYS, Aline VITRAC, Alexandre MATHIEU, Anna MARUANI, Anne-Claude TABET, Richard DELORME, Thomas BOURGERON

10:00 - 11:00 #37709 - P011 Efficacité de la tDCS chez les patients catatoniques avec un syndrome de Phelan McDermid, une série de cas.

P011 Efficacité de la tDCS chez les patients catatoniques avec un syndrome de Phelan McDermid, une série de cas.

Le syndrome de Phelan-McDermid, caractérisé par une délétion ou une mutation du gène SHANK3, situé dans la région 22q13.33, est associé à la catatonie dans 53% des cas. Dans les troubles neurodéveloppementaux, le sous-diagnostic et l'absence de prise en charge rapide de la catatonie conduisent à des formes chroniques résistantes aux traitements standarts, le lorazépam et électroconvulsivothérapie. De plus, le lorazepam est souvent mal toléré chez les patients avec un syndrome de Phelan-McDermid entrainant une majoration de l'agitation ou de l'insomnie. Il n'existe pas encore de traitement efficace et bien toléré de la catatonie chronique dans ce syndrome. La stimulation transcrânienne à courant direct (tDCS), une technique de stimulation cérébrale non invasive, facile à appliquer, sans anesthésie, s'est avérée efficace et bien tolérée dans les troubles du neurodéveloppement et dans la catatonie. Nous rapportons l'efficacité et l'innocuité de la tDCS dans quatre cas de catatonie survenant chez des patients avec syndrome de Phelan-McDermid.

Les quatre épisodes catatoniques ont été diagnostiqués selon les critères du DSM-5 et la gravité a été évaluée à l'aide de l'échelle d'évaluation de la catatonie de Bush et Francis (BFCRS). Tous les participants ont reçu le même protocole de tDCS, jugé efficace pour les patients atteints de catatonie dans le cadre de trouble de l’humeur ou de trouble psychotique, c'est-à-dire une anode sur le cortex préfrontal dorsolatéral gauche et une cathode sur la jonction temporo-pariétale gauche, à 2 mA pendant 20 minutes, deux fois par jour.  

Les quatre cas se sont améliorés à chaque étape du traitement par tDCS, avec une différence statistique entre les scores de BFCRS avant et après la cure (réduction du score BFCRS = 48%, W = 15, p-value one-side Wilcoxon test= 0.027) et entre les scores de BFCRS avant et après la fin du suivi (réduction du score BFCRS = 66%, W = 12, p-value = 0.029). La tolérance a été optimale à l'exception de sensation de picotements et de fatigue.

L'haploinsuffisance de SHANK 3 conduit à une hypofonctionnalité des récepteurs NMDA et pourrait ainsi jouer un rôle important dans le risque excessif de catatonie ainsi que dans la bonne efficacité de la tDCS chez ces patients. Malgré la nécessité de mener d'autres études pour confirmer les résultats, la tDCS semble être une stratégie thérapeutique efficace et bien tolérée pour la catatonie chronique chez les patientes souffrant du syndrome de Phelan Mc-Dermid. La connaissance des comorbidités psychiatriques dans les troubles génétiques pourrait aider à organiser des soins personnalisés.

Mylène MOYAL (Paris), Marion PLAZE, Ambre BARUCHET, David ATTALI, Cora CRAVERO, Marie RAFFIN, Angèle CONSOLI, David COHEN, Alexandre HAROCHE, Boris CHAUMETTE

10:00 - 11:00 #37813 - P015 Contribution des variants régulateurs à l’autisme.

P015 Contribution des variants régulateurs à l’autisme.

Autism is a neurodevelopmental condition characterized by impairments in social interactions, and repetitive behaviors/interests, with a prevalence of 1-2%. The genetic architecture of autism is complex, and our current knowledge of the biological pathways associated with autism is mostly based on the identification of rare variants impacting protein structure. However, non-coding variants are suspected to play a role in the susceptibility to autism by impacting gene regulation. Here we investigated the regulatory profile of genes and pathways previously associated with autismeffect by cataloguing more than 30,000 small effect regulatory variants detected by recently published eQTL mapping efforts in fetal brain, adult cortex and cerebellum. We observed that genes previously associated with autism through rare variants screening were depleted in regulatory variants, likely due to their sensitivity to gene dosage. In addition, by precisely mapping eQTL SNPs to SNPs previously associated with neurodevelopmental disorders (NDDs), personality and psychiatric traits through genome-wide association studies, we could prioritize thousands of SNPs identified as regulatory variants of NDD-associated genes. These integrative analyses will allow us to test whether regulating variants of specific genes, gene sets or brain pathways are enriched or depleted in traits associated to brain structure and functions. Ultimately, the complete regulatory profile or autistic individuals could be used to decipher the role of regulatory variants in interindividual differences in brain structure/functions and clinical outcomes.

Eli BARTHOME (Paris), Freddy CLIQUET, Aline VITRAC, Thomas ROLLAND, Thomas BOURGERON

10:00 - 11:00 #38198 - P019 Etude HiNDIA (Histoire Naturelle de la Déficience Intellectuelle de l’Adulte - nature et fréquence des anomalies génétiques et phénotypes associés), multicentrique de plus de 1000 adultes. Présentation de l’étude et de la cohorte de la Pitié Salpêtrière.

P019 Etude HiNDIA (Histoire Naturelle de la Déficience Intellectuelle de l’Adulte - nature et fréquence des anomalies génétiques et phénotypes associés), multicentrique de plus de 1000 adultes. Présentation de l’étude et de la cohorte de la Pitié Salpêtrière.

La déficience intellectuelle (DI) est définie par l’association d’un quotient intellectuel (QI) inférieur à 70, et de limitations significatives du fonctionnement adaptatif dans différents domaines, avec un début avant l’âge de 18 ans. Fréquente (2% de la population), la DI est une affection hétérogène en termes de sévérité, de sur-handicaps associés et d’étiologies. Plus de 1400 gènes responsables ont été décrits à ce jour. En pratique clinique habituelle, le bilan étiologique est fait dans l’enfance. Cette démarche est trop rarement réalisée à l’âge adulte, alors même que les techniques le permettant (analyse chromosomique par puce à ADN, séquençage haut débit d’exome puis de génome) ont révolutionné le diagnostic étiologique de la DI, avec un rendement à l’heure actuelle de plus de 50%. Or, le diagnostic étiologique a, chez l’adulte comme chez l’enfant, des implications en termes de conseil génétique pour les apparentés, de suivi, de prise en charge et de traitement. Par ailleurs, le phénotype des syndromes avec DI est surtout décrit en population pédiatrique ; la littérature ne rapporte que de rares cohortes d’adultes. Une meilleure connaissance de l’histoire naturelle des syndromes génétiques connus serait pourtant utile à tous les âges : pour affiner le pronostic, améliorer le diagnostic, enfin pour améliorer la prise en charge médicale, rééducative et socio-éducative des individus porteurs lorsqu’ils avancent en âge.

L’étude HiNDIA comporte deux volets :

-          la partie rétrospective s’appuie sur le recueil des données anamnestiques, cliniques et biologiques des dossiers des patients adultes (plus de 20 ans) porteurs de DI suivis depuis 2016 dans les Centres participant à l’étude (Brest, Dijon, Lille, Paris Necker, Pitié Salpêtrière et Fondation Lejeune, Poitiers, Rennes, Strasbourg), à travers une base de données (RedCap),

-          la partie prospective permettra, jusqu’en 2025, de proposer une nouvelle consultation de génétique avec reprise des investigations étiologiques (notamment un séquençage de génome) pour les patients perdus de vue.

Nous présentons ici les caractéristiques de la cohorte de patients suivis à la Pitié Salpêtrière.

Les données concernant 978 patients sont colligées : 550 (56%) ont entre 20 et 30 ans, 270 (27.6%) entre 31 et 40 ans, 114 (11.7%) entre 41 et 50 ans, 37 (3.7%) entre 51 et 60 ans, 6 (0.6%) entre 61 et 70 ans et 4 (0.4%) ont plus de 70 ans. Le patient le plus âgé a 78 ans.

En conclusion, plus de 83% des patients adultes suivis dans le service pour DI ont moins de 40 ans, et seulement 1% ont plus de 60 ans. Plusieurs hypothèses pourraient expliquer ce chiffre : une meilleure observance des consultations chez les plus jeunes (parents présents, habitudes prises en pédiatrie…), une demande de conseil génétique forte dans cette tranche d’âge (projets de grossesse chez les frères et sœurs), et enfin une augmentation de la morbi-mortalité des patients avec DI par rapport à la population générale.

Daphné LEHALLE (PARIS), Zohra BENZERGA, Marie-Pierre LUTON, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Thomas COURTIN, Julian DELANNE, Salima EL CHEHADEH, Anna GERASIMENKO, Jamal GHOUMID, Solveig HEIDE, Xavier LE GUILLOU, Isabelle MAREY, Cyril MIGNOT, Linda MOUTHON, Arnold MUNNICH, Laurent PASQUIER, Lucie PIERRON, Marlène RIO, Delphine HERON, Perrine CHARLES

10:00 - 11:00 #38348 - P023 Épilepsies réfractaires avec FCDII liées aux mutations somatiques de la voie mTOR : corrélations entre génotype, neuropathologie et clinique.

P023 Épilepsies réfractaires avec FCDII liées aux mutations somatiques de la voie mTOR : corrélations entre génotype, neuropathologie et clinique.

Les Dysplasies Focales Corticales de type 2 (FCDII) sont des malformations corticales rares caractérisées par des cellules cytomégaliques : neurones dysmorphiques sans (FCDIIa) ou avec (FCDIIb) cellules ballonnisées. La FCDII se manifestent par des crises d’épilepsie pharmacorésistantes de l’enfance et dont le traitement nécessite souvent une résection chirurgicale de la zone épileptogène, donnant accès au tissu cortical à des fins de recherche.  Ces malformations peuvent être étendues et affecter un hémisphère comme dans les hémimégalencéphalies (HME). Les FCDII sont causées par des mutations somatiques cérébrales dans les gènes de la voie de signalisation mTOR, entraînant une hyperactivité de mTOR dans une fraction de cellules corticales. La fréquence allélique du variant causal varie en fonction de la taille de la lésion, et est plus élevée dans la zone épileptogène.  L’objectif de notre étude est de rechercher des corrélations entre la nature du gène muté, et les phénotypes neuropathologiques et cliniques.

Nous avons recueilli les données cliniques à partir des dossiers médicaux de 110 enfants ayant bénéficié d’une chirurgie à la Fondation Rothschild (Paris, France) entre 2015 et 2022 pour une épilepsie focale réfractaire, soumis à un séquençage ciblé de gènes (profondeur de lecture ≥ 2000X) sur des échantillons appariés sang-cerveau pour la recherche de variants dans la voie mTOR. Les critères d'inclusion étaient un diagnostic neuropathologique post-opératoire de FCDII (n=94) ou de HME associé à la présence de ND ou CB (n=12) ou une malformation corticale (HME ou FCD) associée à la présence d’un variant dans un gène de la voie mTOR (n=4).  Nous avons effectué des analyses de corrélations génotype-phénotype.

Nous avons obtenu un taux diagnostique génétique de 63% pour les FCDII et de 78% pour les HME, avec 46% des diagnostics de FCDII associés à des variants dans MTOR et 73% des HME causés par des variants dans PIK3CA. Les gènes du complexe GATOR1 (DEPDC5, NPRL2/3) étaient exclusivement associées à une FCDIIa (33% des diagnostics). Le type d’épilepsie était corrélé au type de malformation, avec une fréquence plus importante de spasmes infantiles dans les HME (43%) par rapport aux FCDIIa (15%) et FCDIIb (26%). Le pronostic neurodéveloppemental était plus favorable pour les patients ayant présenté une FCDIIb (42%) par rapport aux patients avec FCDIIa (31%) ou HME (0%). Celui-ci était aussi meilleur lorsque le gène MTOR était causal (38%) par rapport aux gènes DEPDC5 (33%) ou TSC1/2 (33%).

La corrélation génotype-phénotype pour les épilepsies focales est déterminante en termes de conseil génétique et s’inscrit dans la prise en charge thérapeutique personnalisée. Un diagnostic génétique pré-chirurgical devient possible à partir du tissu cérébral issu des électrodes intracrâniennes d’EEG stéréotaxique ou du liquide céphalorachidien, concrétisant la perspective de traitements ciblés pré-chirurgicaux. 

 

Anna GERASIMENKO (Paris), Sara BALDASSARI, Homa ADLE-BIASSETTE, Georg DORFMÜLLER, Sarah FERRAND-SORBETS, Mathilde CHIPAUX, Stéphanie BAULAC

10:00 - 11:00 #38647 - P027 Le micro-syndrome de Warburg est associé à une altération majeure de l'autophagie dans le cerveau et le cristallin.

Le micro-syndrome de Warburg est associé à une altération majeure de l'autophagie dans le cerveau et le cristallin.

Le micro-syndrome de Warburg (WMS) est une maladie autosomique récessive rare caractérisée par l’association d’une cataracte congénitale associée à une microphtalmie, des altérations du neurodéveloppement conduisant à une microcéphalie postnatale et à une déficience intellectuelle sévère. Les mutations par perte de fonction de RAB3GAP1 ou RAB3GAP2 sont la principale cause de ce syndrome. Des mutations de RAB18 et TBC1D20 ont également été décrites. Les conséquences neuropathologiques et le mécanisme moléculaire du WMS restent largement inconnus. Un défaut de l'autophagie a été proposé à partir de modèles cellulaires, chez la drosophile ou à partir des souris Sterile Blinds (Tbc1d20 mutées) mais n'a jamais été confirmé à partir de tissus humains. Ici, nous rapportons le phénotype d’un nouveau cas familial de WMS. Le propositus est un garçon dont le diagnostic de WMS par 2 mutations bi-alleliques de de RAB3GAP1 a été porté devant une cataracte congénitale. Un fœtus féminin ayant le même génotype a subi une IMG à 23 semaines de développement (SD) pour une cataracte bilatérale avec microphtalmie. L’analyse en western blot a montré l’absence d’expression de RAB3GAP1 dans le cortex et le cervelet. Le cerveau du foetus était de taille normale et de morphologie normale pour le terme. La morphologie des neurones était normale à l'exception des cellules de Purkinje qui étaient plus petites avec une chromatine plus condensée. Nous nous sommes ensuite concentrés sur l'analyse moléculaire de la voie de l'autophagie. Nos résultats révèlent un blocage de l’autophagie à des niveaux différents entre le cerveau et le cervelet par comparaison avec le cristallin. Ce défaut de l’autophagie n’est pas observé dans d’autres tissus dont notamment le rein. Une analyse à partir des fibroblastes du propositus a révélé un défaut d’activation du flux de l’autophagie. Ce travail rapporte la première description neuropathologique dans le WMS. Il révèle une altération majeure de l’autophagie dans le cerveau et le cristallin dés 23 SD. Finalement, ces résultats confirment le rôle majeur de RAB3GAP1 dans le contrôle du flux de l’autophagie.

Fabien GUIMIOT (Paris), Yline CAPRI, Sophie LEBON, Vincent EL GHOUZZI, Adeline ORTS-DEL'IMMAGINE, Nicolas DE ROUX

10:00 - 11:00 #37638 - P031 Bases génétiques des troubles spécifiques du langage oral.

P031 Bases génétiques des troubles spécifiques du langage oral.

L’acquisition du langage, qui correspond à une aptitude à communiquer au moyen des langues chez l’Homme, est une des étapes fondamentales du neuro-développement de l’enfant. Les troubles du langage sont extrêmement fréquents et hétérogènes tant sur le plan clinique qu’étiologique. Un trouble du langage est qualifié de secondaire s’il est la conséquence d’une surdité, d’une paralysie des organes phonatoires, d’une déficience intellectuelle (DI) et/ou d’un trouble du spectre autistique (TSA), d’une atteinte cérébrale, ou de complications en période périnatale. Les troubles spécifiques du langage oral (TSLO) correspondent à une entité clinique très spécifique car ils ne s’associent à aucune autre pathologie (DI, TSA…). Le diagnostic repose sur des performances significativement plus basses que la normale aux tests de langage standardisés en l’absence de déficit significatif aux épreuves d’intelligence non verbale. La prévalence des TSLO est estimée entre 7-8% dont 1% de formes sévères. En ce qui concerne l'étiologie des TSLO, les données sur les jumeaux monozygotes et la présence de cas familiaux suggèrent l’existence de causes génétiques. Jusqu'à récemment, la terminologie était confuse au niveau international, ce qui a entraîné une grande hétérogénéité dans les cohortes cliniques. Les objectifs de notre étude sont de caractériser les bases génétiques des TSLO à partir de patients atteints de formes sévères et très bien caractérisés sur le plan clinique ainsi que de mieux définir les voies moléculaires impliquées dans l'acquisition du langage. Dix-sept familles, comprenant 38 patients diagnostiqués avec un TSLO, ont été inclus : 3 cas sporadiques et 35 cas issus de 14 familles multiplex. Les patients ont bénéficié d’une étude par Séquençage Haut débit (SHD) de Génome ou d’Exome (analyse en trio ou quatuor) et d’une CGH array. Des CNV d'intérêt ont été détectés dans 4 familles. Parmi eux, 3 correspondent à des CNV de susceptibilité aux TSA et à la DI avec une pénétrance incomplète et une expressivité variable (PIEV) (délétion 15q13.3, duplication 16p11.2 proximale et distale). Dans un cas sporadique, un variant de novo perte de fonction dans le gène ZNF292 a été détecté. Dans 4 familles multiplex, des variants d'intérêt dans les gènes PCDH11X, IQSEC2, SETD5, DGK1 et PP2R2C connus pour être associés aux troubles du neuro-développement ont été identifiés. En conclusion, d’après nos résultats préliminaires, les bases génétiques des TSLO plaide en faveur d’un modèle complexe d'hérédité (oligogénique) dans les cas des familles multiplex. Il est intéressant de souligner que pour un cas sporadique, nous avons pu identifier l'un des premiers variants pathogènes chez un patient atteint de TSLO, ce qui a permis de proposer un conseil génétique. Enfin, les CNV PIEV identifiés dans notre cohorte permettent d’élargir le spectre phénotypique associé à ces CNV.

Clothilde ORMIERES (PARIS), Karine SIQUIER PERNET, Marlène RIO, Geoffroy DELPLANCQ, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Alison BODINEAU, Lucie NARCY, Emilie SCHLUMBERGER, Vincent CANTAGREL, Valérie MALAN

10:00 - 11:00 #37714 - P035 GenIDA, un registre participatif international visant à mieux caractériser les comorbidités des formes génétiques de déficience intellectuelle : nouvelles perspectives sur les syndromes de Koolen de Vries, de Kleefstra, de KBG, DDX3X, et MED13L.

P035 GenIDA, un registre participatif international visant à mieux caractériser les comorbidités des formes génétiques de déficience intellectuelle : nouvelles perspectives sur les syndromes de Koolen de Vries, de Kleefstra, de KBG, DDX3X, et MED13L.

GenIDA est un registre participatif international (https://genida.unistra.fr/) visant à mieux caractériser les manifestations cliniques et l'histoire naturelle des formes génétiques de déficience intellectuelle (DI) avec ou sans TSA ou épilepsie. Les informations cliniques rapportées par la famille du patient à l'aide d'un questionnaire structuré sont analysées afin d'identifier de nouvelles informations médicalement pertinentes pour les familles et les professionnels concernés par une pathologie donnée. Le questionnaire se compose de 41 questions à choix multiples portant sur les paramètres physiques, les aspects cognitifs et comportementaux, la présence ou l'absence de troubles neurologiques ou de problèmes affectant les principales fonctions physiologiques, etc. Cinq questions ouvertes explorent la perception des familles des événements qui affectent le plus la santé et la qualité de vie de leur proche, les effets secondaires des traitements, etc. [1]. Actuellement, le questionnaire est disponible en 8 langues et a été rempli pour 1860 patients, les principales cohortes étant les syndromes de Koolen-de Vries/KdVS (n=274) et de Kleefstra/KS (n=215). L'analyse des données recueillies pour 237 personnes atteintes de KdVS a été réalisée et n'a pas montré de différence significative entre les patients atteints du syndrome de KdVS causé par une délétion de 17q21.31 et ceux présentant un variant pathogène du gène KANSL1. Les résultats de GenIDA concernant le KdVS sont cohérents avec la littérature existante et ont révélé une susceptibilité jusqu'alors non rapportée de ces patients aux problèmes respiratoires. La fréquence rapportée de l'épilepsie est conforme aux données de la littérature médicale, mais l'analyse des données de GenIDA a fourni des informations supplémentaires sur la nature des crises associées au KdVS, et sur l'efficacité et les éventuels effets indésirables des traitements antiépileptiques utilisés [2]. Parallèlement, une étude incidente a été menée sur la prévalence, les caractéristiques cliniques et radiologiques des troubles musculosquelettiques observés chez ces patients [3].

Les résultats comparatifs des cohortes KS, DDX3X (n=57), KBG (n=57) et MED13L (n=47) concernant notamment les aspects liés au sommeil et à l'épilepsie seront également présentés. Ces résultats valident l'intérêt de notre approche participative : par leur implication directe, les familles peuvent révéler des aspects de la pathologie jusqu'alors sous-estimés, et ainsi conduire à la mise en place d'études incidentes sur des aspects spécifiques des formes rares de DI.

Références

[1] Burger, et al. (2023) Journal of Neural Transmission, https://doi.org/10.1007/s00702-022-02569-3    

[2] Colin*, Burger*, et al. (2023) Genetics in Medicine, https://doi.org/10.1016/j.gimo.2023.100817

[3] Bouman, et al. (2023) American Journal of Medical Genetics, A, https://doi.org/10.1002/ajmg.a.63334

Pauline BURGER (Strasbourg), Florent COLIN, Arianne BOUMAN, Charlotte OCKELOEN, David GENEVIÈVE, Valentin RUAULT, Roseline CAUMES, Thomas SMOL, Jamal GHOUMID, Tjitske KLEEFSTRA, David KOOLEN, Jean-Louis MANDEL

10:00 - 11:00 #37724 - P039 Etude du rôle du gène ACACA dans les malformations cérébrales et la déficience intellectuelle à partir d’un cas.

Etude du rôle du gène ACACA dans les malformations cérébrales et la déficience intellectuelle à partir d’un cas.

CONTEXTE 

Dans la littérature trois articles ont rapporté au total trois patients avec un tableau clinique lié à un déficit en acétyl-CoA carboxylase A, comportant un retard du développement ou une déficience intellectuelle, des anomalies cérébrales avec ou sans épilepsie et des atteintes musculaires. La cause supposée est à ce jour la présence de variants génétiques faux-sens dans le gène ACACA (acétyl-CoA carboxylase alpha) affectant la fonction de l’enzyme. Le nombre de patients et de variants géniques pathogènes rapportés semble insuffisant pour représenter de façon exhaustive l’ensemble des manifestations cliniques et les causes de cette maladie rare décrite comme étant à transmission autosomique récessive.

OBJECTIF 

Ce travail a cherché principalement à identifier des variants pathogènes dans le gène ACACA, et secondairement à établir le spectre des manifestations cliniques du déficit en ACACA.

METHODE 

Nous avons en premier lieu recensé parmi les patients étudiés au laboratoire de Génétique moléculaire du CHU de Clermont-Ferrand et dans la base de données du réseau français AChro-Puce, ceux ayant une variation génétique affectant ACACA de façon ciblée. Ensuite, des analyses supplémentaires ont été conduites afin d’établir les liens de causalité entre le tableau clinique et les altérations géniques. Enfin, l’analyse de cette agrégation de cas permettra d’établir le spectre clinique du déficit en ACACA et probablement une corrélation génotype/phénotype.  

RESULTATS 

Nous avons identifié une patiente, laquelle constituera probablement le quatrième cas au niveau mondial, porteuse de deux variants c.163C > T[p.(Arg55*)] et c.1636C > T[p.(Arg546Trp)] dans le gène ACACA à l’état hétérozygote composite. En plus des manifestations cliniques décrites chez les patients rapportés précédemment, elle présente des atteintes squelettiques dysplasiques, élargissant ainsi l’étendue des systèmes et appareils du corps humain pouvant être affectés par le déficit congénital en ACACA.

CONCLUSION 

Les variants pathogéniques du gène ACACA sont responsables de déficience intellectuelle avec microcéphalie et troubles neuromusculaires associés à d’autres atteintes dont le spectre clinique n’est pas encore complètement défini. Ce trouble développemental reste rare, d’où l’intérêt d’une collaboration la plus étendue possible pour agréger davantage de cas afin d’affiner la nosographie de cette pathologie. Il sera également intéressant de pouvoir procéder à des analyses complémentaires (tests fonctionnels, dosages en acides gras à longue chaîne et à très longue chaîne) afin de préciser le lien entre les altérations génétiques et le phénotype.

Zangbéwendé Guy OUEDRAOGO (Clermont-Ferrand), Sarah LANGLAIS, Mathis LEPAGE, Bénédicte PONTIER, Marie BIARD, Christine FRANCANNET, Céline PEBREL-RICHARD, Fanny LAFFARGUE, Caroline JANEL, Isabelle CREVEAUX

10:00 - 11:00 #37778 - P043 Phenotypic effects of genetic variants associated with autism.

P043 Phenotypic effects of genetic variants associated with autism.

While over a hundred genes have been associated with autism, little is known about the prevalence of variants affecting them in individuals without a diagnosis of autism. Nor do we fully appreciate the phenotypic diversity beyond the formal autism diagnosis. Based on data from more than 13,000 autistic and 210,000 undiagnosed individuals, we estimated the odds ratio for autism associated to rare loss-of-function (LoF) variants in 185 genes associated with autism, alongside 2,492 genes displaying intolerance to LoF variants. In contrast to autism-centric approaches, we investigated the correlates of these variants in individuals without a diagnosis of autism. We show that these variants are associated with a small but significant decrease in fluid intelligence, qualification level and income, and an increase in metrics related to material deprivation. These effects were larger for autism-associated genes than in other LoF-intolerant genes. Using brain imaging data from 21,040 individuals from the UK-Biobank, we could not detect significant differences in the overall brain anatomy between LoF carriers and non-carriers. Our results highlight the importance of studying the effect of the genetic variants beyond categorical diagnosis, and the need for more research to understand the association between these variants and sociodemographic factors, to best support individuals carrying these variants.

Thomas ROLLAND (PARIS), Freddy CLIQUET, Richard DELORME, Thomas BOURGERON

10:00 - 11:00 #37891 - P047 Raffinement du phenotype clinique, radiologique et moleculaire des patients porteurs de variants pathogenes bialleliques MED23.

P047 Raffinement du phenotype clinique, radiologique et moleculaire des patients porteurs de variants pathogenes bialleliques MED23.

Introduction : Mediator complex subunit 23 (MED23) est une sous-unité du complexe médiateur, qui est un régulateur clé de l'expression de nombreux gènes, en transmettant les informations essentielles des facteurs de transcription à l’ARN polymérase II. La pathogénicité des variants bialléliques MED23 a été démontrée en 2011 par Hashimoto et collaborateurs, dans une famille consanguine algérienne dont plusieurs membres présentaient une déficience intellectuelle non syndromique. Depuis, peu de cas ont été rapportés dans la littérature, offrant des informations limitées sur le spectre phénotypique de ce gène et sur l’histoire naturelle des patients MED23.

Méthodes et résultats : Au travers d’une collaboration internationale menée par notre équipe, nous avons identifié 14 individus de 10 familles distinctes porteurs de variants pathogènes bialléliques de MED23. Ces patients présentaient des caractéristiques cliniques similaires, incluant une déficience intellectuelle sévère, un retard global de développement sans acquisition du langage, une dysmorphie avec notamment une excroissance pré auriculaire, des troubles du sommeil et du comportement, un strabisme, et une épilepsie pour plus de la moitié d’entre eux. Les images de l’IRM cérébrale, qui étaient peu décrites jusqu’alors, révélaient des anomalies telles qu’une atrophie cérébrale diffuse et un retard de myélinisation.

Conclusion : Nous avons étudié une cohorte internationale de 14 individus porteurs de variants bialléliques MED23, présentant un retard de développement global sévère, des caractéristiques dysmorphiques communes et des IRM cérébrales similaires. Ce travail permet d’offrir une connaissance plus précise du phénotype clinique mais également radiologique et moléculaire associé à ce gène. De par la description de patients adultes, il donne également des informations sur l’histoire naturelle de ces patients.  Notre étude montre par exemple qu’il semble pertinent de proposer un bilan cardiologique et ophtalmologique au moment du diagnostic. Ces informations permettront de favoriser le diagnostic moléculaire des patients MED23 et de permettre aux cliniciens de prodiguer un conseil génétique plus précoce et précis

Mathilde LACHAUME (Dijon), Maha ZAKI, Reza MAROOFIAN, Mahta MAZAHERI, Edouard COTTEREAU, Médéric JEANNE, Rauan KAIYRZHANOV, Cyril MIGNOT, Perrine CHARLES, Delphine HÉRON, Maria IASCONE, Luigina SPACCINI, Enrico ALFEI, Bertrand ISIDOR, Benjamin COGNE, Joseph GLEESON, Caroline RACINE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Quentin THOMAS

10:00 - 11:00 #38073 - P051 Élargissement des connaissances associées aux variants d'ADGRL1 : Analyse phénotypique d’une nouvelle cohorte.

P051 Élargissement des connaissances associées aux variants d'ADGRL1 : Analyse phénotypique d’une nouvelle cohorte.

En 2022, des variants d'ADGRL1 (adhesion G protein-coupled receptor L1) ont été pour la première fois associés à un large spectre de troubles neurodéveloppementaux chez l'homme et la souris. Depuis lors, seuls dix patients ont été décrits dans la littérature scientifique, laissant les caractéristiques cliniques de ce syndrome largement méconnues. Notre étude vise à préciser le spectre phénotypique associé aux variants pathogènes d'ADGRL1. Via un partage international de données, nous avons collecté et analysé les caractéristiques cliniques et génétiques ainsi que les résultats de neuroimagerie d'une nouvelle cohorte de patients porteurs de variants pathogènes hétérozygotes du gène ADGRL1. À ce jour, nous avons recueilli les données de six patients précédemment non décrits. Tous présentaient un trouble neurodéveloppemental variable, incluant une déficience intellectuelle, un retard de développement, une épilepsie et/ou des troubles neuropsychiatriques. L'obésité et la présence de traits dysmorphiques non spécifiques étaient fréquemment associées au sein de la cohorte. Nous rapportons ici un variant récurrent et cinq nouveaux variants, répartis tout le long de la protéine. Cette étude étoffe les résultats initiaux de la cohorte de 2022, en apportant de nouvelles informations qui contribuent à élargir notre compréhension des manifestations cliniques associées aux altérations d’ADGRL1. Ces résultats mettent en évidence la complexité et l'hétérogénéité de ce trouble neurodéveloppemental et soulignent la nécessité d'interventions adaptées et de conseils génétiques pour les personnes affectées et leurs familles.  Nous espérons que cette étude apportera une aide aux cliniciens et biologistes pour le diagnostic et la prise en charge de ces patients.

Benoit MAZEL (Dijon), Sophie NAMBOT, Amanda BARONE PRITCHARD, Jessica O’SHEA, Ange-Line BRUEL, Asuman KOPARIR, Aboulfazl RAD, Sandra MERCIER, Benjamin COGNÉ, Katharina STEINDL, Anita RAUCH, Christin KUPPER, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO

10:00 - 11:00 #38201 - P055 Variants rares hérités de parents asymptomatiques ou paucisymptomatiques dans IGF1R : difficultés d’interprétation par analyse pangénomique.

Variants rares hérités de parents asymptomatiques ou paucisymptomatiques dans IGF1R : difficultés d’interprétation par analyse pangénomique.

Le récepteur Insulin-like Growth Factor – I Receptor (IGF1R) joue un rôle majeur dans la régulation de la croissance pré-et post-natale. La fixation des facteurs IGF-I et IGF-II sur ce récepteur membranaire va activer des voies de signalisation impliquées dans la croissance et la prolifération cellulaire. Depuis les années 1990, une trentaine de variants ont été décrits dans IGF1R chez des patients présentant majoritairement un retard de croissance intra-utérin (RCIU), une microcéphalie, un retard staturopondéral postnatal, des difficultés alimentaires et un trouble du neurodéveloppement. Aujourd’hui, la recherche de ces variants entrainant un déficit en IGF1R s’inscrit dans la démarche diagnostique des retards staturopondéraux majeurs aux côtés du syndrome de Silver-Russell. Les variants pathogènes rapportés dans la littérature sont hérités d’un parent dans la majorité des cas.

Nous avons identifié, par exome solo ou génome trio, 6 enfants, issus de 5 familles, porteurs de variants rares dans IGF1R (NM_000875.5) : 2 variants induisant un codon stop prématuré (c.77G > A:p.Trp26* ; c.3137_3138del:p.Glu1046Valfs*55), une délétion en phase de 3 acides aminés (c.2128_2139del:p.Gln710_Lys713del) et 2 faux-sens (c.3667C > T:p.Arg1223Cys ; c.322G > A:p.Gly108Ser). Les 5 variants ont été systématiquement hérités de parents asymptomatiques (3/5) ou paucisymptomatiques (2/5) : 3 du père et 2 de la mère. L’âge du diagnostic était de 7 mois à 12 ans. Tous les patients présentaient un RCIU ainsi qu’un retard staturopondéral postnatal. Une microcéphalie ( < -2 DS) a été observée dans 5 cas sur 6 ainsi que des difficultés alimentaires chez 5 patients dont 2 ayant nécessité une nutrition entérale. Un léger retard du développement moteur a été observé chez 4 patients. Le diagnostic du syndrome de Silver-Russell avait été écarté pour 2 patients, et aucun des 6 patients n’avait fait l’objet d’une analyse ciblée d’IGF1R.

Nous avons pu conclure à la pathogénicité du variant tronquant et des deux variants non-sens, les variants faux-sens restant de signification incertaine en l’absence de tests fonctionnels complémentaires. Les analyses d’exome ou de génome font souvent appel à des filtres liés à la transmission. Les variants rares, hérités de parents non décrits initialement comme symptomatiques, ne sont que rarement retenus en particulier les variants faux-sens. Il semble donc important devant une indication de retard staturopondéral avec RCIU, microcéphalie et des difficultés alimentaires de porter son attention sur la présence de variants rares, même hérités, dans IGF1R. 

Emma-Naoual BENBAKIR (Nantes), Bertrand ISIDOR, Marie VINCENT, Thomas BESNARD, Wallid DEB, Stéphane BÉZIEAU, Benjamin COGNÉ

10:00 - 11:00 #38177 - P059 Effet d'un traitement de longue durée par la carbamazepine dans un modèle génétique d'encéphalopathie liée au gène KCNQ2.

P059 Effet d'un traitement de longue durée par la carbamazepine dans un modèle génétique d'encéphalopathie liée au gène KCNQ2.

La carbamazepine (CBZ) est le traitement anti-épileptique de première ligne pour les patients touchés par des variants dominants négatifs dans le gène KCNQ2. Cependant, une proportion de patients ne répond pas au traitement et l’effet de la CBZ sur le neurodéveloppement est débattu.  Nous avons utilisé la souris modèle d'encéphalopathie épileptique et développementale liée à KCNQ2 (souris KCNQ2^T274M/+ ou KCNQ2-DEE) pour évaluer l’effet d’un traitement de longue durée par la CBZ sur les crises d’épilepsie et les capacités cognitives. Les souris KCNQ2-DEE présentent des crises généralisées spontannées entre P20 et P35 (25% de ces animaux décèdent suite à leur crise). A trois mois, les animaux KCNQ2-DEE ont de mauvaises performances dans plusieurs tests cognitifs.

 

Les souris KCNQ2-DEE ont été traitées par voie orale en ajoutant la CBZ à la nourriture afin d'éviter la douleur et le stress liés aux injections répétées sur le long terme. Nous avons tout d'abord testé plusieurs formulations dans le but d’atteindre la dose circulante optimale de CBZ et d’epoxy-CBZ (E-CBZ, le métabolite actif de la CBZ). Nous avons ensuite traité 3 groupes de souris avec la CBZ pendant 70 jours à partir du sevrage. Nous avons développé en parallèle un système capable d'induire une crise d’épilepsie chez >80% des animaux KCNQ2-DEE  grâce à des ultrasons, utilisable comme readout d'efficacité anti-épileptique. Un prélèvement sanguin a été réalisé chaque semaine et le cerveau a été récupéré à la fin de l’étude pour doser la CBZ et l’E-CBZ par HPLC.

 

Après 70 jours de traitement, nous montrons que la CBZ supprime presque totalement les crises d’épilepsie chez la souris KCNQ2-DEE (crise généralisée chez 1/12 traitées contre 8/13 non traitées). L’efficacité de la molécule est progressive et corrélée avec une augmentation d’E-CBZ dans le sang et le cerveau au cours du traitement. La concentration de CBZ et d’E-CBZ est sept fois plus importante dans le cerveau que dans le sang à l'issue du traitement. De façon très intéressante, le traitement de longue durée par la CBZ restaure des capacités d'apprentissage proches de la normale chez la souris KCNQ2-DEE. Ces résultats permettent de valider ce modèle pour tester d'autres molécules anti-épileptiques, montrent que l'E-CBZ s’accumule dans le cerveau sur le long terme et que ce traitement améliore les capacités cognitives du modèle.

Jordane LOUIS (Marseille), Natalia DOUDKA, Marie-Solenne FELIX, Adeline SPIGA GHATA, Camille ESPANET, Romain GUILHAUMOU, Mathieu MILH, Laurent VILLARD

10:00 - 11:00 #37692 - P063 CELF4 : un nouveau gène impliqué dans un trouble du neurodéveloppement syndromique.

P063 CELF4 : un nouveau gène impliqué dans un trouble du neurodéveloppement syndromique.

Les protéines de liaison à l’ARN sont essentielles à la régulation de l’expression des gènes. On estime à plus de 1500 le nombre de gènes codant pour les protéines de liaison à l’ARN dans le génome humain, majoritairement exprimées de façon ubiquitaire. Elles interviennent dans les évènements co- et post-transcriptionnels dans le noyau cellulaire ainsi que dans le cytoplasme, incluant la traduction, l’épissage, la dégradation, la stabilité et le transport des ARNm. Une dérégulation du métabolisme des ARN et de l’expression des gènes peut avoir des conséquences notables, puisqu’environ 700 maladies mendéliennes sont associées à des variations dans des gènes codant pour des protéines de liaison à l’ARN.

Dans cette étude, nous rapportons 9 patients, 6 femmes et 3 hommes âgés de 1 à 29 ans, présentant une déficience intellectuelle légère à modérée, un retard de langage, des troubles du comportement (principalement agressivité), un retard de la motricité fine et une épilepsie. Ces troubles neurodéveloppementaux sont associés à des éléments morphologiques variables et une obésité qui apparait dans l’enfance. Une variation hétérozygote dans le gène CELF4 a été identifié chez ces patients, de novo ou hérité d’un parent atteint, incluant 4 variations non-sens, 3 variations faux-sens, 1 variation intronique et 1 variation frameshift. Toutes ces variations affectent le domaine fonctionnel RRM ou la région N-terminale, régions de la protéines CELF4 essentielles à sa liaison ARN et à son activité d’épissage. CELF4 code pour une protéine de liaison à l’ARN de la famille CUGBP/ELAVL (mammalian CUG-binding protein/embryonic lethal abnormal vision-like), capable de se lier à 15-20% du transcriptome via la région 3’UTR. La famille CUGBP/ELAVL composée de 6 paralogues (CELF1-6) est particulièrement essentielle durant le développement embryonnaire, en particulier pour le développement cérébral, puis leur taux diminue durant le développement post-natal. Plusieurs études basées sur un modèle murin celf4 démontre l’implication de Celf4 dans le neurodéveloppement. Des études fonctionnelles sont en cours sur des modèles cellulaires afin de mieux caractériser la fonction de la protéine CELF4 et d’analyser l’impact des variations faux-sens du gène CELF4 dans le métabolisme des ARNm.

En conclusion, nous avons identifié CELF4 comme un nouveau gène impliqué dans le métabolisme des ARN, responsable de déficience intellectuelle syndromique associé à une obésité.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Julien PACCAUD, Victor COUTURIER, Anneke VULTO-VANSILFHOUT, Frédéric BILAN, Gwenaël LE GUYADER, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Xavier LE GUILLOU, Sophie RONDEAU, Jaclyn S. LEE, Adelyn BEIL, Mohnish SURI, François GUERIN, Christine COUBES, François LECOQUIÈRRE, Alice GOLDENBERG, Nicole BERTSCH, Rhonda ANDERSON, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Antonio VITOBELLO, Christel THAUVIN-ROBINET

10:00 - 11:00 #38123 - P067 Le diagnostic génétique de l’épilepsie durant la première année de vie : retour d’expérience d’un CHU Tunisien.

Le diagnostic génétique de l’épilepsie durant la première année de vie : retour d’expérience d’un CHU Tunisien.

Introduction:

L’épilepsie à début précoce est une pathologie lourde entrainant souvent un handicap cognitif de sévérité variable. Une origine génétique est retrouvée dans environ 40% des cas. Un diagnostic génétique rapide conditionne le suivi des enfants épileptiques, leur prise en charge thérapeutique et multidisciplinaire.

Méthodes:

Nous avons mené une étude rétrospective et descriptive portant sur 36patients atteints d’épilepsie ayant débuté durant la première année de vie et colligés au Service des Maladies Congénitales et Héréditaires du CHU Mongi Slim, sur une période de 12ans. Une origine génétique était établie chez tous les patients.

Résultats:

L’âge médian des patients à la première consultation était de 31,5mois. Le sex-ratio était de 1,1.

Nous avons retrouvé une consanguinité chez 25% des patients et des antécédents familiaux d’épilepsie dans 42% des cas. L’âge médian à la première crise était de 113 jours.  Les crises convulsives étaient polymorphes dans 47% des cas. L’épilepsie était pharmacorésistante dans 61% des cas. L’EEG inter-critique était pathologique chez 48% des patients et des anomalies à l’IRM cérébrale étaient objectivées chez 45% des patients explorés.

L’épilepsie était syndromique dans 97% des cas. Les anomalies associées étaient : un retard des acquisitions psychomotrices (88%), une microcéphalie (37%), une dysmorphie faciale (71%), une hypotonie axiale (67%), une atrophie optique (3/24), une hypoacousie (4/12) et un bilan métabolique perturbé (3/23).

 Le délai moyen entre la première crise et la confirmation étiologique était de 41 mois.

Sur le plan génétique, des variations nucléotidiques (SNV) ont été objectivées dans 64% des cas, des variants structuraux (SV) dans 25% des cas et une maladie liée à une anomalie de l’empreinte dans 11% des cas.

Parmi les 9 patients porteurs de SV, nous avons retrouvé cinq cas de microdélétions (en 1p36, 5p15.1 et 22q11.2), deux cas de microduplication (en 2p11.2 et 22q11.21) et un cas de tétrasomie 12p. Un autre patient était porteur d’un marqueur surnuméraire dont l’origine chromosomique n’a pas été identifiée.

Les SNV étaient localisés dans 19gènes codant pour des protéines ayant des fonctions diverses : des canaux ioniques (SCN1A, KCNT1, KCNT2 et KCNQ2), des facteurs de transcription (EBF3, ARX), des régulateurs de la croissance et de la différenciation cellulaire (CDKL5, PCDH19, PURA, SON et TBCK), ainsi que pour des protéines impliquées dans diverses voies métaboliques (DEGS1, PNPO, PIGM et SLC13A5). Parmi ces 19gènes, six étaient récemment associés aux troubles du neurodéveloppement. Par ailleurs, les gènes les plus impliqués dans notre cohorte étaient SCN1A (5cas) et PCDH19 (2cas).

Un diagnostic prénatal a été réalisé chez quatre familles.

Conclusions:

Nos résultats ont contribué à décrire l’état des lieux de l’épilepsie d’origine génétique débutant avant l’âge d’un an. De futures études multicentriques permettront d’établir une stratégie diagnostique globale des épilepsies en Tunisie.

Miriam ESSID (La Marsa, Tunisie), Sana KAROUI, Syrine HIZEM, Yasmina ELARIBI, Imen REJEB, Abir JEBALI, Mayssa IDOUDI, Manel AJIMI, Bouthaina BOURAOUI, Sami JABNOUN, Thouraya BEN YOUNES, Haifa OUARDA, Yosra BEN REJEB, Lionel ARNAUD, Claire Marie DHAENENS, Nadia SIALA, Hager BARAKIZOU, Sonia BLIBECH, Franck BROLY, Eric LEGUERN, Ichraf KRAOUA, Houweyda JILANI, Lamia BEN JEMAA

10:00 - 11:00 #38167 - P071 Modélisation d’un trouble du neurodéveloppement causé par des mutations de CACNA1G par des approches sur cellules iPS et poisson-zèbre.

Modélisation d’un trouble du neurodéveloppement causé par des mutations de CACNA1G par des approches sur cellules iPS et poisson-zèbre.

Les ataxies cérébelleuses congénitales se caractérisent par une altération de la coordination des mouvements, de l'équilibre et de la parole, associée à des déficits cognitifs et d'apprentissage. Des mutations gain de fonction dans CACNA1G ont été récemment identifiées comme la cause d'une encéphalopathie avec ataxie congénitale, atrophie cérébelleuse précoce, microcéphalie progressive et de graves déficiences motrices et cognitives (SCA42ND). CACNA1G code pour le canal calcique de type T CaV3.1 principalement exprimée dans les cellules de Purkinje du cervelet, mais aussi dans le cortex. Les mutations impliquées (p.A961T et p.M1531V) se situent dans le pore du canal, et provoquent une augmentation de l’influx calcique dans des conditions de surexpression dans des cellules HEK-293. Le calcium est impliqué dans l'excitabilité neuronale et les processus neurodéveloppementaux, mais la contribution exacte de CaV3.1 dans la physiologie neuronale et durant le neurodéveloppement n'est pas clairement défini.

Notre objectif est de générer des modèles in vitro et in vivo pour étudier les conséquences des mutations de CACNA1G. 

À cette fin, nous avons mis au point le Base Editing sur cellules souches pluripotentes induites humaines (iPSCs). Avec cette approche, il n’y a pas de cassure double brin de l’ADN, cela permet l’édition précise d’une seule base. Des lignées d’iPSCs homozygotes et hétérozygotes pour la mutation p.M1531V ont été obtenues à partir d’une lignée contrôle. Sur ces lignées, l’analyse du génome entier n’a pas mis en évidence d’effet off-target. Pour la mutation p.A961T, des cellules de patients ont été reprogrammées en iPSCs et un contrôle isogénique a été obtenu par Base Editing. Ces iPSCs ont été différenciées en progéniteurs de neurones corticaux glutamatergiques. La mise en évidence de défauts de prolifération et de différenciation neuronale est en cours à l’aide de tests de viabilité cellulaire MTT et d’immunomarquages. L’impact des mutations sur la physiologie neuronale pourra ensuite être étudié en imagerie calcique et en électrophysiologie.

Pour étudier in vivo l’impact des mutations de CACNA1G, nous utilisons le modèle poisson-zèbre. Notre stratégie se base sur la surexpression de cacna1g contrôle et muté dans différentes populations neuronales. Une conservation de la structure et de l’épissage de ce gène a été identifié entre l’Homme et le poisson-zèbre, ainsi qu’une conservation de l’expression de cacna1g dans le cortex. Un transcrit de 7 kb fortement exprimé pendant le développement a ensuite été cloné. Son expression dans des cellules HEK-293 a permis de confirmer que le canal exprimé est complètement fonctionnel et que le courant généré est caractéristique des canaux de type T. 

Ces modèles permettront d’étudier les mécanismes physiopathologiques résultant des mutations de CACNA1G, et de tester des approches thérapeutiques grâce à l’utilisation de bloqueurs des canaux de type T et au développement d’oligonucléotides antisens (ASO).

Mathilde NESSON-DAUPHIN (Paris), Karine SIQUIER-PERNET, Cécile DAUBECH, Amaël DAVAKAN, Philippe LORY, Marion COOLEN, Vincent CANTAGREL

10:00 - 11:00 #38464 - P075 Paraplégie spastique héréditaire liée à ARL6IP1 – première description de signes prénataux, précision anatomopathologique et revue de la littérature.

P075 Paraplégie spastique héréditaire liée à ARL6IP1 – première description de signes prénataux, précision anatomopathologique et revue de la littérature.

Les paraplégies spastiques héréditaires (PSH) sont cliniquement et génétiquement hétérogènes. Cliniquement, on distingue une forme pure (limitée à l’atteinte des faisceaux cortico-spinaux) et une forme compliquée (avec une atteinte plus haute, avec des signes neurologiques ou extra-neurologiques) qui peut associer d'autres signes. Plus de 80 gènes sont impliqués, avec une transmission majoritairement autosomique. 

 

Une forme récessive de PSH compliquée liée au gène ARL6IP1 a été décrite. Ce gène code pour une protéine transmembranaire située dans le réticulum endoplasmique, où elle régule le trafic intracellulaire. Seulement 11 patients et 4 variations sont décrits dans la littérature à ce jour. Le tableau clinique comprend, pour les formes néonatales, une hypotonie généralisée associée à une détresse respiratoire de mauvais pronostic et, pour les formes plus tardives, un décalage des acquisitions motrices et une paraplégie. Pour les formes moins sévères, la déficience intellectuelle est inconstante. 

 

Nous rapportons 2 nouveaux patients, frères, de parents cousins germains avec une forme néonatale compliquée de PSH liée à ARL6IP1.  

 

Le patient 1 a été transféré en réanimation dès la naissance pour détresse respiratoire après une grossesse sans particularité. Il présentait une hypotonie globale sévère, une faible réactivité, une aréflexie ostéotendineuse, des troubles de la déglutition, un aspect gracile des cuisses et des pieds bots varus équins. L'IRM cérébrale montrait une anomalie de gyration sans microcéphalie. Une biopsie musculaire crurale montrait une atrophie musculaire associée à une expression anormale de l'alpha-dystroglycane. Le tableau a évolué vers un retard développemental, un opisthotonos et la nécessité d’une gastrostomie et d’une trachéotomie. Le patient est décédé d'une infection respiratoire à 3 ans.  

 

Le patient 2 a fait l’objet d’une surveillance prénatale qui a révélé une gyration anormale associée à des anomalies de la substance blanche et à un pied bot bilatéral, suggérant une récurrence. A la naissance, il a été également transféré en réanimation néonatale pour hypotonie globale. Peu après, son tableau a évolué vers une absence d'autonomie alimentaire et respiratoire. Il est décédé à 1 mois d'une bradycardie et d'une désaturation. La famille a décliné l'autopsie. 

Réalisé en quatuor via AURAGEN, le séquençage de génome a révélé la variation homozygote chr16(GRCh38):g.18798759G > A, ENST00000304414.12:c.112C > T, p.(Arg38*) chez les deux frères. Déjà signalée chez 3 patients rapportés dans la littérature, cette variation a été interprétée comme pathogène. Elle se trouve à l'état hétérozygote chez chaque parent.  

 

Cette observation précise le spectre phénotypique de la PSH liée à ARL6IP1 en étoffant la description de la forme néonatale et en donnant la première description de signes prénataux et des caractéristiques histologiques musculaires.  Un article est en rédaction et un appel à collaboration pourra être réalisé.

Evan GOUY (Lyon), Nicolas CHATRON, Laurent GUIBAUD, Auragen Consortium (COLLECTIF), Gaétan LESCA, Nathalie STREICHENBERGER, Massimiliano ROSSI

10:00 - 11:00 #38117 - P079 Hétérogénéité clinique intrafamiliale chez une nouvelle forme de syndrome de Joubert.

P079 Hétérogénéité clinique intrafamiliale chez une nouvelle forme de syndrome de Joubert.

Introduction et objectif :

Le syndrome de Joubert (JBTS) est une ciliopathie primaire neurodéveloppementale, qui est phénotypiquement et génétiquement très hétérogène. A ce jour, 40 entités cliniques ont été identifiées causées par des mutations de 40 gènes différents.. Le JBTS est typiquement caractérisé par une malformation cérébrale à type d’hypoplasie vermine donnant le signe radiologique de dent molaire.

L’objectif de cette étude est de souligner l’intérêt de séquençage à haut débit dans le diagnostic étiologie de la déficience intellectuelle syndromique à travers l’étude d’une famille tunisienne.

Patients et Méthodes :

Nous avons établi une étude clinique et génétique, par séquençage de l’exome entier, de deux patients suivis au service des maladies congénitales et héréditaires de l’hôpital Charles Nicolle pour une déficience intellectuelle syndromique.

Résultats et Discussion :

Il s’agit de deux enfants, une fille (V-3) et un garçon (V-2), ayant en commun un retard psychomoteur, une hypotonie et une dysmorphie faciale. Le V-2 avait des malformations des membres ainsi que des troubles du comportement. La V-3 a un tableau clinique plus sévère avec une absence de toute acquisition psychomotrice, une microcéphalie congénitale, une microphtalmie avec une mauvaise poursuite oculaire, un retard de croissance postnatal, ainsi qu’une agénésie complète du corps calleux associée à une brachycéphalie et à une atrophie sus-tentorielle bi fronto temporale et du tronc cérébral.

Une mutation frameshift du KATNIP a été détectée chez nos deux patients, permettant de retenir chez eux le diagnostic de syndrome de Joubert 26. Toutefois, le tableau clinique était plus sévère chez la patiente V-3, ce qui nous a amené à procéder à une relecture des données en adaptant d’autres critères de filtration. Ceci nous a permis de détecter chez elle deux variations hétérozygotes des INPP5E et TOGARAM1 (chacun des parents était hétérozygote pour l’une des deux) dont les mutations homozygotes sont responsables du JBTS. Ces résultats ouvrent la voie à deux hypothèses: celle d’un vrai digénisme ou d’une pseudo-hérédité digénique.

Conclusion :

Ces phénomènes digéniques, déjà décrits dans le JBTS, pourraient bien expliquer l’hétérogénéité phénotypique intra-familiale. Néanmoins, une confirmation par des études fonctionnelles reste toujours nécessaire pour pouvoir confirmer le diagnostic chez cette famille.

Nesrine KERKENI (Tunis, Tunisie), Cyrine ADHOUM, Faouzi MAAZOUL, Maher KHARRAT, Ridha M'RAD, Mediha TRABELSI

10:00 - 11:00 #37702 - P083 De la paraplégie spastique héréditaire à l’encéphalopathie épileptique : la première série de patients porteurs de variants bialléliques élargit le spectre phénotypique associé au gène SPAST.

P083 De la paraplégie spastique héréditaire à l’encéphalopathie épileptique : la première série de patients porteurs de variants bialléliques élargit le spectre phénotypique associé au gène SPAST.

Les variants pathogènes hétérozygotes de SPAST sont connus pour être à l’origine de la paraplégie spastique héréditaire (PSH) de type 4 (SPG4), la forme la plus courante de PSH, caractérisée par une spasticité bilatérale progressive des membres inférieurs, associée fréquemment à des troubles vésico-sphinctériens. Cependant, il existe très peu de descriptions dans la littérature de patients porteurs de variants bialléliques de SPAST.

Dans cette étude, nous présentons la première cohorte constituée de 11 patients porteurs de variants bialléliques dans SPAST. Les variants pathogènes ont été identifiés chez ces patients grâce à des techniques de séquençage ciblé Sanger, de séquençage de panel, ou de séquençage d'exome. Ces patients sont issus de 8 familles différentes, parmi lesquelles 9 sont porteurs de variants homozygotes et 2 de variants hétérozygotes composites, à la fois des variants faux-sens et des variants tronquants.

Le phénotype associé à ces variants bialléliques est variable, avec un spectre phénotypique large.  Nous décrivons 8 patients présentant une PSH pure avec un âge de début variable, majoritairement infantile, et 3 patients présentant une encéphalopathie développementale et épileptique sévère de début précoce avec un syndrome tétrapyramidal d’aggravation progressive. Chez les parents des patients, porteurs hétérozygotes de variants pathogènes de SPAST, on retrouve à la fois des porteurs asymptomatiques et des patients atteints d’une forme classique de SPG4.

Ces différents phénotypes sont concordants avec les très rares descriptions disponibles dans la littérature : une patiente porteuse d’un variant homozygote dans SPAST présentant une encéphalopathie développementale et épileptique avait été rapportée, ainsi que 3 patients avec paraplégie spastique pure, de début infantile ou tardif.

En conclusion, les variants bialléliques de SPAST peuvent expliquer des cas de paraplégie spastique héréditaire de transmission autosomique récessive. De plus, ces variants bialléliques peuvent aussi causer une encéphalopathie épileptique avec un syndrome tétrapyramidal, un nouveau phénotype associé au gène SPAST.

Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Chloé ANGELINI, Claire BAR, Christine BARNERIAS, Traki BENHASSINE, Mehrdad A. ESTIAR, Claire EWENCZYK, Ziv GAN-OR, Didier LACOMBE, Claire LEFEUVRE, Purvi MAJETHIA, Mouna MESSAOUD, Guy A. ROULEAU, Oksana SUCHOWERSKY, Anju SHUKLA, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Giovanni STEVANIN, Cyril GOIZET

10:00 - 11:00 #37889 - P087 NAPB et encéphalopathies épileptiques et développementales : description du profil électro-clinique associé à un nouveau variant pathogène.

P087 NAPB et encéphalopathies épileptiques et développementales : description du profil électro-clinique associé à un nouveau variant pathogène.

Les encéphalopathies épileptiques et développementales (DEE) sont un groupe de pathologies rares du neurodéveloppement caractérisées par des crises épileptiques associées à un retard du développement ou une régression. Ce groupe de pathologies est génétiquement hétérogène avec plus de 100 gènes aujourd’hui décrits. Les mutations décrites dans ces gènes peuvent affecter les canaux ioniques, la transmission synaptique, le métabolisme, le développement ou la maturation neuronale, la régulation transcriptionnelle ou le trafic intracellulaire.

Le séquençage de l’exome chez une famille consanguine composée de 5 enfants dont 3 présentent une épilepsie précoce avec des crises multi-focales, mais sans anomalie de fond intercritique à l’électroencéphalogramme (EEG), nous a permis d’identifier un nouveau variant tronquant homozygote dans le gène NAPB (N-ethylmaleimide-sensitive fusion attachment protein beta). Ce gène code pour la protéine bSNAP, un régulateur indispensable de l’ATPase NSF (N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein) qui est essentiel pour la transmission synaptique puisqu’elle permet le désassemblage et le recyclage des protéines composant le complexe SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein attachment protein receptor). Le suivi de ces trois enfants a permis de décrire précisément les trois phases d’évolution de ce syndrome :1) une épilepsie précoce sans anomalie intercritique spécifique à l’EEG ; 2) A la fin de la première année, la durée et la fréquence des crises augmentent, et une régression des acquisitions apparait ; 3) Vers 3 ans, les crises deviennent majoritairement nocturnes avec une fréquence mensuelle. Lors de leur dernière évaluation, tous les enfants présentaient un déficit global du neurodéveloppement avec un retard ou une marche non acquise.

Des variants homozygotes tronquants du gène NAPB ont déjà été décrites chez trois autres familles présentant une encéphalopathie épileptique précoce. Nos résultats ont permis de confirmer l’implication de ce gène dans les épilepsies, d’affiner le phénotype associé et de classer la DEE liée au gène NAPB comme un syndrome spécifique.

Cécile MIGNON-RAVIX, Florence RICCARDI, Géraldine DAQUIN, Pierre CACCIAGLI, Sylvie LAMOUREUX-TOTH, Laurent VILLARD, Nathalie VILLENEUVE, Florence MOLINARI (Marseille)

10:00 - 11:00 #37809 - P091 Fgfr3, un gardien de l'intégrité des sutures crânienne : Etude d’un modèle de poisson zèbre fgfr3 perte de fonction.

P091 Fgfr3, un gardien de l'intégrité des sutures crânienne : Etude d’un modèle de poisson zèbre fgfr3 perte de fonction.

Les craniosynostoses résultent d'un défaut de l’ossification membranaire entrainant une fusion prématurée des sutures crâniennes. Des mutations gain de fonction du Fibroblast Growth Factor Receptor 3 (FGFR3) sont responsables de craniosynostoses syndromiques. Le rôle de FGFR3 au cours de la formation des sutures reste à déterminer et nous proposons de le définir pour la première fois grâce à un modèle de poisson zèbre fgfr3 perte-de-fonction (fgfr3^lof).

Les poissons fgfr3^lof présentent un phénotype opposé aux craniosynostoses, avec des os frontaux et pariétaux qui ne se chevauchent pas et restent séparés par une épaisse couche de cellules et de collagènes. Nous avons étudié l’ensemble des cellules intervenant lors de l’ossification membranaire. L’analyse de l’expression des gènes prrx1 et gli1 par RNAscope n’a révélé aucun défaut des cellules mésenchymateuses. En revanche, grâce à l’utilisation de lignées transgéniques marquant spécifiquement les ostéoprogéniteurs (OP), les ostéoblastes (OB) immatures ou matures, nous avons mis en évidence le long de la suture 1) une augmentation du nombre d'OP (fgfr3⁺: 45% ; fgfr3^lof: 72% ; p=0.04), 2) une augmentation du nombre d'OB immatures (fgfr3⁺: 34% ; fgfr3^lof: 74% ; p=0.0007) associée à un changement de leur morphologie et 3) une diminution importante du nombre d’OB matures chez les fgfr3^lof (fgfr3⁺: 29% ; fgfr3^lof: 2% ; p<0.0001). Ces résultats montrent que dans la suture, Fgfr3 est un inhibiteur de l’expansion et de la différentiation des OP et un activateur de la maturation des OB. A contrario, l’absence de Fgfr3 n’affecte pas les cellules du périoste, où une expression plus élevée des récepteurs fgfr1a et fgfr2 et du ligand fgf8a a été observée par RNAscope. Ces résultats suggèrent une compensation localisée de l’absence de fgfr3 par fgfr1a et fgfr2.

Nos travaux ultérieurs avaient démontré chez les poissons fgfr3^lof une augmentation de l'expression des collagènes de type 12 et 6 (Col12 ; Col6), essentiels à la formation des fibres de Col1 et à la communication entre les OB et exprimés fortement dans les sutures. Les analyses par microscopie électronique révèlent une altération de l’organisation des fibres de Col1 et une augmentation de leur diamètre chez les fgfr3^lof (fgfr3⁺ : 794nm² ; fgfr3^lof : 945nm² ; p=0.0493). Fgfr3 intervient donc dans la mise en place du réseau de collagène dans les sutures crâniennes.

Enfin, la voie de signalisation Wnt régule à la fois l’ostéogenèse et l’expression des collagènes. L’étude de l’expression de l’axin2 (marqueur de l’activation de Wnt) par RNAscope révèle une augmentation de son expression le long de la suture des fgfr3^lof (fgfr3⁺: 41% ; fgfr3^lof: 66% ; p=0.0379) indiquant un potentiel lien entre la voie Wnt et Fgfr3 qui reste à confirmer.

Nos travaux montrent pour la première fois que Fgfr3 est nécessaire au maintien de l’intégrité des sutures, et ouvrent la voie à une meilleure compréhension de la physiopathologie des craniosynostoses liées à FGFR3.

Rachel PEREUR (Paris), Marie-Claire SCHANNE-KLEIN, Florence RUGGIERO, Paolo BONALDO, Laurence LEGEAI-MALLET, Emilie DAMBROISE

10:00 - 11:00 #38254 - P095 Inflammasomes et épidermolyse bulleuse.

Inflammasomes et épidermolyse bulleuse.

L'épidermolyse bulleuse (EB) regroupe un groupe de maladies génétiques rares du tissu conjonctif caractérisées par une fragilité de la peau et la formation de phlyctènes en raison de mutations dans les gènes codant pour des protéines de la membrane basale ou des protéines modulant l'organisation de la membrane basale. Malgré la variabilité phénotypique, toutes les formes d'EB présentent des défauts de réparation et de cicatrisation des tissus à la suite de traumatismes mineurs entraînant une inflammation locale. Le rôle des cytokines dans l'orchestration de la réparation et de l'intégrité des tissus dans l'EB a été peu étudié. Les infammasomes sont des complexes multiprotéiques qui contrôlent l'activation et la libération de cytokines pro-inflammatoires, à savoir l'interleukine-1β (IL-1β) et l'interleukine-18 (IL-18), par l'intermédiaire de la caspase-1. Notre objectif était d'étudier l'expression des composants de l'inflammasome et la sécrétion de cytokines dans les kératinocytes de patients atteints d'EB et de contrôles.

 Des kératinocytes primaires ont été dérivés de biopsies de personnes atteintes de différents types d'EB, dont l'épidermolyse bulleuse jonctionnelle (JEB) (N=4) et l'épidermolyse bulleuse simplex (EBS) (N=4). Les kératinocytes épidermiques humains normaux (NHEK) ont été utilisés comme contrôles. L'expression des principaux capteurs de l'inflammasome (NOD-like Receptors (NLRs)), des membres de la famille des caspases et des cytokines a été déterminée. En parallèle, la sécrétion de cytokines a été mesurée par ELISA.

 Nous avons observé des niveaux élevés d’expression de NLRP1, NLRP3, NLRP6, MEFV, NOD2, NLRC4, NLRP4, NLRP10 et NLRP12 dans les kératinocytes dérivés de patients JEB par rapport aux NHEK. L'expression de NLRP6, MEFV, AIM2 et NLRC4 était plus élevée chez les patients EBS que chez les NHEK. L'expression de CASP1 et CASP4 était plus élevée chez les patients JEB et EBS que chez les NHEK, mais était de niveau comparable chez les patients JEB et EBS. L'expression des gènes IL-1B et IL-18 était significativement plus élevée chez les patients JEB que chez les NHEK. La sécrétion d'IL-1β était significativement plus élevée chez les patients JEB que chez les EBS ou les contrôles. De façon inattendue, la sécrétion d'IL-18 était inférieure à la limite de détection dans tous les groupes.

Nos résultats ont démontré que les kératinocytes dérivés des patients JEB et EBS présentent une expression accrue des composants de l'inflammasome par rapport aux NHEK, ce qui suggère un rôle de l'inflammasome dans l'EB. Le dérèglement des senseurs de l'inflammasome, qui entraîne une production excessive de cytokines pro-inflammatoires, pourrait donc contribuer à l'inflammation chronique observée dans l'EB. Des études complémentaires sur le type d'inflammasome(s) impliqué(s) dans l'EB et l’utilisation ciblée de modulateurs de l’activation des inflammasomes pourraient être prometteuses pour le développement de traitements anti-inflammatoires pour l'EB.

Aphrodite DASKALOPOULOU (Paris), Ioannis ATHANASIOU, Claire JUMEAU, Angela ARENAS GARCIA, Serge AMSELEM, Dimitra KIRITSI, Sonia-Athina KARABINA

10:00 - 11:00 #38280 - P099 Identification de variants du gène MYH10 à l’état hétérozygote responsables d’un phénotype rare associant colobome et ptosis rappelant le spectre du syndrome de Baraitser-Winter.

Identification de variants du gène MYH10 à l’état hétérozygote responsables d’un phénotype rare associant colobome et ptosis rappelant le spectre du syndrome de Baraitser-Winter.

Les syndromes avec anomalies du développement oculaire et de la région périoculaire sont rares et sont décrits dans quelques entités associant principalement un colobome et un ptosis, telles que le syndrome de Noonan ou le syndrome de Baraitser-Winter cérébro-fronto-facial (BWCFF).

Une première famille, une mère et ses deux filles, a été adressée en raison de malformations du globe oculaire incluant un colobome, un ptosis et une dysmorphie cranio-faciale évoquant un syndrome de BWCFF. Les patientes n’ont par ailleurs pas d’atteinte neurologique et les IRM cérébrales réalisées ne révèlent pas de malformation classiquement décrite dans ce syndrome. En l’absence de détection de variant dans les gènes connus dans le syndrome de BWCFF, ACTB et ACTG1, un séquençage d'exome (WES) a été réalisé et a permis d’identifier un nouveau variant faux-sens du gène MYH10, codant pour l’isoforme B de la myosine II non musculaire. Récemment, des variants de MYH10 à l’état hétérozygote ont été rapportés dans les troubles du neurodéveloppement et des anomalies congénitales, mais aucun patient n'a été décrit avec un colobome et un ptosis comme principales manifestations. Deux familles supplémentaires avec des anomalies oculaires similaires sans atteinte neurologique, porteuses de variants de MYH10 détectés par WES et séquençage du génome, ont ensuite pu être identifiées dans d’autres centres. Il s’agit d’une mère et de son fils, tous deux porteurs d’un variant affectant l’épissage, et d’un garçon avec une délétion d'un seul acide aminé de MYH10 de novo. Des études fonctionnelles sur les fibroblastes cutanés de patients et un modèle de poisson zèbre avec un morpholino de myh10 ont été utilisés pour étudier le rôle de MYH10. 

Les 3 variants rapportés se situent dans le domaine queue de MYH10 nécessaire pour l'assemblage du filament de myosine. L’expression de MYH10 est diminuée au niveau protéique et un défaut de localisation de MYH10 ainsi qu'un réseau d'actine anormal sont observés dans les cellules de patients. La diminution de l’expression de myh10 chez le poisson zèbre entraîne des anomalies oculaires et affecte le développement musculaire.

Nous montrons ici la variabilité d’expression liés au gène MYH10 pouvant conduire non seulement à des troubles du neurodéveloppement, mais également à un phénotype oculaire étroitement lié au spectre des actinopathies, avec l'association rarement rapportée d'anomalies du développement du globe oculaire et d’un ptosis congénital. Un défaut de MYH10 est associé à des anomalies de la longueur de l’actine et de polymérisation in vitro ainsi qu'un retard dans le développement oculaire et musculaire dans le modèle du poisson zèbre. Cette description de phénotypes similaires dus à des variants des gènes MYH10 et ACTB ou ACTG1 doit nous sensibiliser à l'analyse des effecteurs du réseau actine-myosine pour l’identification de patients supplémentaires et élargir le spectre clinique et génétique lié au BWCFF.

Sophie SCHEIDECKER (STRASBOURG), Séverine BÄR, Ariane KRÖLL-HERMI, Anita KORPIOJA, Clarisse DELVALLÉE, Samira SECULA, Véronique GEOFFROY, Catherine JAEGER, Elise SCHAEFER, Christelle ETARD, Corinne STOETZEL, Uwe STRAEHLE, Olivier KASSEL, Xavier ZANLONGHI, Jean MULLER, Elisa RAHIKKALA, Sylvie FRIANT, Hélène DOLLFUS

10:00 - 11:00 #37919 - P103 RIPOR2 : un nouveau gène de dysfonctionnement cochléovestibulaire non syndromique, différences entre pathologie humaine et modèles animaux.

P103 RIPOR2 : un nouveau gène de dysfonctionnement cochléovestibulaire non syndromique, différences entre pathologie humaine et modèles animaux.

Les dysfonctionnements cochléovestibulaires sont des affections rares et mal reconnues. Une variation pathogène homozygote c.1561C > T (p.R521*) dans RIPOR2 (régulateur de polarisation cellulaire interagissant avec la famille RHO 2) a été identifiée par séquençage de l'exome entier chez 3 frères et sœur tunisiens présentant une surdité congénitale bilatérale sévère à profonde associée à un dysfonctionnement vestibulaire sévère. En pathologie humaine, RIPOR2 est associé à une très rare forme de surdité congénitale profonde récessive non syndromique (DFNB104) dont l’association à des troubles vestibulaires n’avait pas été évaluée, mais également à un facteur de risque élevé de surdité dominante tardive non syndromique pouvant s’associer à des troubles vestibulaires (DFNA31).Chez la souris, les oligomères Ripor2 forment un anneau circonférentiel à la base des stéréocils des cellules ciliées cochléaires, permettant leur inflexion lors d'une stimulation mécanique. Bien que RIPOR2 soit également fortement exprimé dans les utricules et les ampoules vestibulaires durant le développement, la fonction vestibulaire est décrite comme normale chez la souris Ripor2 KO.La fonction vestibulaire n’ayant pas pu être évaluée chez les morpholinos knockdown antérieurement décrits, nous nous sommes engagés dans la création de lignées mutantes de poisson zèbre portant une mutation non-sens de l'exon 14 de ripor2. Aucune des larves ne présentait un comportement circulaire reflet d’une préservation globale de la fonction vestibulaire chez ces mutants.Nous décrivons finement le phénotype cochléovestibulaire en lien avec la surdité DFNB104 et discutons les différentes hypothèses à l’origine de la différence de phénotype vestibulaire entre l’homme et les modèles animaux.  

Godeleive MOREL, Margaut SEREY GAUT (Paris), Ernest SYLVAIN, Laurence JONARD, Natalie LOUNDON, Marine PARODI, Abeke Ralyath BALOGOUN, Sophie ACHARD, Sandrine MARLIN

10:00 - 11:00 #38385 - P107 Implémentation de la santé auditive de "e;précision"e; en Tunisie : Les leçons apprises de l’investigation clinique et génétique des déficiences auditives héréditaires et les orientations futures.

P107 Implémentation de la santé auditive de "e;précision"e; en Tunisie : Les leçons apprises de l’investigation clinique et génétique des déficiences auditives héréditaires et les orientations futures.

La déficience auditive est l’anomalie neurosensorielle la plus fréquente dans le monde, avec une prévalence estimée à 1 à 2/1000 nouveau-nés. En affectant plus de 5 % de la population mondiale, les déficiences auditives (DA) constituent un enjeu majeur de santé publique et sociétal à l'échelle mondiale. Les complexités étiologiques, cliniques et génétiques des formes héréditaires des (DA) représentent un défi pour établir le diagnostic de précision et la prise en charge thérapeutique adéquate. La mise en œuvre de la médecine de précision (MP) en santé auditive nécessite l'adoption de plusieurs stratégies. Deux modèles doivent être pris en compte parallèlement : (1) le profilage auditif et les évaluations auditives personnalisées pour affiner l’étiologie clinique et par conséquent, améliorer les résultats de la réadaptation auditive, (2) le dépistage génétique systématique et le développement de thérapies ciblées et adaptées au profil génétique.

Au cours de ces trente dernières années, nous avons mené des études multidisciplinaires pour caractériser le spectre clinique et moléculaire des (DA) héréditaires dans la population tunisienne, en utilisant initialement des approches génomiques, puis en introduisant différentes technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS). L’objectif ultime est d'améliorer le diagnostic moléculaire des (DA) d’origine génétique. En combinant les résultats publiés de la recherche scientifique sur les investigations cliniques et moléculaires des (DA), la Tunisie compte le plus grand nombre d'études à l’échelle régionale décrivant le plus large spectre des profils génétiques et mutationnels en Afrique du Nord. Le dépistage de la mutation c.35delG du gène GJB2, représentant la mutation la plus prévalente des cas des (DA) non syndromiques récessifs, est indiqué en premier lieu (près de 35 %). Le séquençage de l’exome serait l’approche de diagnostic la plus appropriée pour les formes syndromiques et ultra-rares des (DA) identifiées dans la population tunisienne.

Malgré la pertinence des résultats générés dans le cadre de la recherche biomédicale, leur application dans la pratique clinique, en particulier pour les enfants candidats à l'implant cochléaire (IC), reste un défi. En effet, l'étiologie moléculaire des (DA) profondes est déterminée pour seulement 30 % des enfants candidats à l’IC dans un centre de référence à Tunis. Dans notre présentation, nous décrirons notre expérience et proposerons les démarches entreprises pour surmonter les défis rencontrés. Une approche responsable, transdisciplinaire accompagnée d’un renforcement de l’éducation est un facteur clé pour la mise en œuvre de la santé auditive de précision en Tunisie au profit du patient.

Cherine CHARFEDDINE (Tunis, Tunisie), Rahma MKAOUAR, Zied RIAHI, Jihene MARRAKCHI, Crystel BONNET, Najeh BELTAIEF, Mediha TRABELSI, Christine PETIT, Sonia ABDELHAK

10:00 - 11:00 #38148 - P111 Néphropathie mitochondriale : Le variant MT-TL1 m.3243A>G de l'ADN mitochondrial détecté par séquençage de l'exome entier peut expliquer des cas de néphropathies indéterminées chez l'adulte.

P111 Néphropathie mitochondriale : Le variant MT-TL1 m.3243A>G de l'ADN mitochondrial détecté par séquençage de l'exome entier peut expliquer des cas de néphropathies indéterminées chez l'adulte.

Introduction

Dans une cohorte de 1197 patients avec suspicion de néphropathie génétique pour qui nous avons réalisé un séquençage entier de l’exome (WES), nous avons également étudié l'incidence du variant pathogène de l'ADNmt MT-TL1 m.3243A > G. Sa prévalence est estimée entre 0,08 % et 0,25 %. Il est classiquement associé aux syndromes MIDD (Maternally Inherited Diabetes and Deafness) et MELAS (Mitochondrial Encephalomyopathy, Lactic Acidosis, Stroke-like episodes).

Matériel et méthodes

 

Entre septembre 2018 et février 2023, le WES a été réalisé de manière prospective chez 1197 patients atteints de néphropathie indéterminée. En plus de rechercher un variant pathogène dans des gènes nucléaires, nous avons recherché systématiquement le variant pathogène m.3243A > G de l’ADNmt à partir de l'ADN sanguin et avons ensuite confirmé le pourcentage d’hétéroplasmie de l'ADNmt respectivement à partir d'un échantillon d'urines ou de tissu rénal lorsqu'il était disponible à l’aide d’une méthode orthogonale, afin de comparer le taux d’hétéroplasmie retrouvé à celui de la fraction sanguine.

 

Résultats obtenus ou attendus

Un diagnostic moléculaire avec variant(s) nucléaire(s) a été posé chez 294/1197 patients (24%, âge médian : 43 ans). Le variant pathogène MT-TL1 m.3243A > G a été détecté chez 20/1197 patients (1,7 %). Une méthode orthogonale a été réalisée et a confirmé sa présence chez 6 de ces patients. Ceci suggère la possibilité de poser un diagnostic de variant de l’ADNmt à partir d'ADN sanguin analysé par WES. Ce diagnostic moléculaire a des implications cliniques majeures : contre-indication d’un don vivant de rein pour deux patients, diagnostic moléculaire chez trois patients atteints de néphropathies inconnues et chez trois autres patients étiquetés initialement hyalinose segmentaire et focale. Cette variation pourrait correspondre à un phénotype rénal associé ou non à des manifestations extra-rénales, moins sévère, notamment sur le plan neurologique, que la présentation classique du MELAS.

Conclusion

Cette étude renforce la place du WES en tant qu’exploration de première ligne d’une néphropathie indéterminée chez un patient adulte. Le WES a permis l'analyse du génome mitochondrial en détectant le variant MT-TL1 m.3243A > G, insoupçonné chez 1,7% des patients ayant une néphropathie indéterminée, soulignant un enrichissement par rapport à la prévalence observée dans d'autres populations. Nos données suggèrent que l'entité "néphropathie mitochondriale" peut représenter une part significative des néphropathies inconnues chez l'adulte.

Marine SERVEAUX DANCER (Lyon), Ilias BENSOUNA, Anne Sophie LEBRE, Laure RAYMOND, Alice DOREILLE, Laurent MESNARD

10:00 - 11:00 #37814 - P115 L’expressivité variable d’un variant d’épissage identifié au dépistage néonatal de la mucoviscidose : attention au piège !

P115 L’expressivité variable d’un variant d’épissage identifié au dépistage néonatal de la mucoviscidose : attention au piège !

Le dépistage néonatal de la mucoviscidose comprend le dosage de la trypsine immunoréactive (TIR) à 3 jours de vie, suivi, s’il est élevé, de la recherche de 29 variants pathogènes fréquents du gène CFTR. En cas d’identification d’un seul variant, un test de la sueur (TS) négatif permet généralement d’écarter le diagnostic de mucoviscidose chez l’enfant.

Nous rapportons le cas d’une famille illustrant l’expressivité variable des variants d’épissage du gène CFTR. Le taux de TIR élevé de la première enfant du couple a conduit à l’identification du variant sévère c.254G > A ou p.Gly85Glu à l’état hétérozygote chez cette dernière. Le diagnostic de mucoviscidose a été écarté suite à un TS négatif. L’analyse de ségrégation familiale, réalisée lors de la grossesse suivante, a permis d’identifier le variant p.Gly85Glu chez la mère et le variant c.1392+1del, absent des bases de données, à l’état hétérozygote chez le père. Les prédictions bio-informatiques de pathogénicité de ce variant étaient en faveur d’un impact significatif sur l’épissage de l’exon 10 de CFTR.

L’ainée du couple étant asymptomatique à l’âge de 2 ans, la recherche du variant c.1392+1del a été réalisée chez cette dernière pour adapter la prise en charge de la grossesse en cours. L’enfant s’est révélée hétérozygote composite pour les 2 variants, ce qui n’était pas en faveur de l’implication du variant c.1392+1del dans la mucoviscidose. Après discussion en RCP, ces données familiales ont mené à l’absence de diagnostic prénatal. La grossesse s’est poursuivie à terme sans signe d’appel échographique évocateur de mucoviscidose. Toutefois, le nouveau-né a présenté un taux de TIR élevé et des TS anormaux avec un génotype identique à celui sa sœur ainée. Le diagnostic de mucoviscidose a finalement été posé devant une insuffisance pancréatique exocrine (taux d’élastase fécale effondré) et une colonisation pulmonaire précoce à S. aureus et P. aeruginosa. L’étude minigène menée au laboratoire a confirmé l’impact du variant c.1392+1del sur l’épissage de l’exon 10 du gène CFTR, avec l’utilisation d’un site donneur exonique GC, prédit pour induire un décalage du cadre de lecture et l’apparition d’un codon stop prématuré. Une réévaluation clinique de la sœur ainée à l’âge de 4 ans a mis en évidence des bronchectasies infra-cliniques au scanner thoracique et le TS jusqu’alors négatif s’est positivé. Le diagnostic de mucoviscidose a donc également été posé chez l’enfant. Le variant c.1392+1del est désormais considéré comme pouvant être impliqué dans la mucoviscidose. D’autres investigations sont toutefois nécessaires pour déterminer le spectre phénotypique qui lui est associé.

Ce cas d’expressivité variable d’un variant affectant l’épissage, rappelle la nécessité d’évaluer de manière approfondie le phénotype des individus porteurs et souligne l’apport des analyses fonctionnelles in vitro, pour diagnostiquer les formes atypiques ou à révélation plus tardive de mucoviscidose.

Souphatta SASORITH, Mikeldi MOULIERAS, Fanny VERNEAU, Amandine BOUREAU-WIRTH, Marie GIANNANTONIO, Cécile ROUZIER, Caroline RAYNAL, Anne BERGOUGNOUX (MONTPELLIER)

10:00 - 11:00 #38036 - P119 7 nouveaux cas de patients adultes avec variation pathogène de DKC1 et une présentation pulmonaire.

7 nouveaux cas de patients adultes avec variation pathogène de DKC1 et une présentation pulmonaire.

Introduction

La fibrose pulmonaire (FP) est une pathologie évolutive et mortelle, pour laquelle il n’existe pas de traitement curatif. Les patients avec FP présentent généralement des télomères courts, et environ 30 % d’entre eux sont porteurs de variants constitutionnelles de transmission dominante sur les gènes de la voie des télomères (principalement TERT, TERC, RTEL1 ou encore PARN). Le gène DKC1 (chromosome X) code pour la dyskérine, une protéine qui joue un rôle dans la régulation post-transcriptionnelle, l’assemblage de TERC et la maintenance des télomères. Les variants pathogènes de ce gène sont à l’origine des téloméropathies, maladie d’expression variable. Les mutations de DKC1 sont principalement décrites chez des enfants atteints de dyskératoses congénital (DC), associant aplasie médullaire et triade cutanée. Les formes à révélation pulmonaire de l’adulte sont très peu étudiées, actuellement 7 cas indépendants de fibroses pulmonaires ont été rapportés.

Matériel et méthodes

Séquençage nouvelle génération, RT-PCR

Résultats

Nous décrivons 7 patients adultes porteurs de fibrose pulmonaire et de variants faux-sens hémizygotes dans le gène DKC1, dont un variant conduisant à un épissage aberrant. Il s’agit de 7 hommes, âgés de 47,8 ans en moyenne, et présentant des signes cliniques en faveur d’un trouble de la voie des télomères : fibrose pulmonaire, hyperpigmentation cutanée et dystrophies unguéales. La majorité des patients est fumeur. La pathogénicité du variant avec impact prédit sur l’épissage a été confirmée au niveau de l’ARN. Les conséquences fonctionnelles ont été étudié par RT-PCR à partir du sang périphérique du patient, ce variant affecte le site donneur d’épissage, conduit à un épissage aberrant de l’ARNm et entraîne un décalage du cadre de lecture.

Discussion

Ces 7 cas confirment qu’il est possible d’identifier un variant délétère de DKC1 chez un adulte avec une fibrose pulmonaire comme point d’appel clinique. Les mutations de DKC1 sont identifiées chez des patients aux signes cliniques diverses : DC dans l’enfance avec pronostic sombre et phénotype pulmonaire à l’âge adulte. L’hétérogénéité clinique associée aux variants DKC1 peut potentiellement s’expliquer par l’impact du variant sur la protéine ; absence de la dyskérine ou diminution de son niveau d’expression. La majorité des patients avec variants délétères de DKC1 présente des télomères de tailles raccourcies.

Conclusion

Nous élargissons la description des patients DKC1 adultes de sexe masculin atteints de fibrose pulmonaire et confirmons l’impact sur l’épissage et la pathogénicité d’un variant faux-sens de DKC1. Nous décrivons le premier cas de FP chez l’adulte avec un variant faux-sens d’épissage dans le gène DKC1.

Ophélie EVRARD (Amiens), Ibrahima BA, Raphael BORIE, Emilio ZAHONERO, Hilario NUNES, Armelle SCHULLER, Julien SAUSSEREAU, Aziz CHAIB, Emilie BERTHOUX, Elodie LAINEY, Malika CHELBI VIALLON, Claire OUDIN, Vincent BOURS, Bruno CRESTANI, Caroline KANNENGIESSER

10:00 - 11:00 #38621 - P123 Rentabilité du séquençage ciblé à la recherche d’une variation avec un effet fondateur dans le diagnostic de l’acidose tubulaire rénale distale en Tunisie.

Rentabilité du séquençage ciblé à la recherche d’une variation avec un effet fondateur dans le diagnostic de l’acidose tubulaire rénale distale en Tunisie.

L’acidose tubulaire rénale distale (ATRd) est une néphropathie tubulaire rare liée à un dysfonctionnement du néphron distal. La majorité des cas pédiatriques sont primaires, d’origine génétique, impliquant l’un de ces trois gènes majoritaires : SLC4A1, ATP6V0A4 et ATP6V1B1. Ce dernier est impliqué dans une forme précoce de transmission autosomique récessive souvent associée à une surdité neurosensorielle. La variation c.1155dup est majoritaire en Tunisie avec un effet fondateur.

Le but de notre étude est de déterminer la fréquence de cette variation.

Nous avons mené une étude rétrospective colligeant les cas suspects d’ATRd adressés au service de Génétique Médicale de Sfax durant une période de 7 ans allant de 2017 à 2023.  La recherche de la variation majoritaire a été réalisée par séquençage ciblé de l’exon 12 du gène ATP6V1B1. Un séquençage haut débit du reste d’ATP6V1B1 et des deux autres gènes majoritaires a été réalisé pour des patients revenant négatifs.

Nous avons colligé 19 cas, appartenant à 17 familles non apparentées.

Le séquençage ciblé d’ATP6V1B1 a permis de confirmer le diagnostic d’ATRd dans 37% des cas (7/19). Tous les patients avaient un phénotype compatible : tableau précoce avec un âge moyen de début des symptômes de 3 mois, associé dans tous les cas à une surdité neurosensorielle bilatérale sévère. La mutation majoritaire c.1155dup(p.Ile386HisfsTer56) dans ATP6V1B1 (NM_001692.4) a été identifiée à l’état homozygote chez 6 patients dont 5 issus d’un mariage consanguin, et provenant de différentes régions de la Tunisie. Un deuxième variant c.1243C > T(p.Gln415Ter), jamais rapporté dans les bases de données, a été mis en évidence à l’état homozygote dans l’exon 12 du gène ATP6V1B1 chez le 7^ème patient.

Pour les autres patients présentant un tableau clinico-anamnestique évocateur d’ATRd, le séquençage du reste du gène ATP6V1B1, et des autres gènes connus impliqués dans les acidoses tubulaires est indiqué. L’analyse des trois gènes majoritaires par séquençage haut débit a permis de confirmer le diagnostic d’ATRd primaire de transmission autosomique récessive liée au gène ATP6V0A4  (NM_020632.3) pour 2 patients : c.2227C > T(p.Arg743Trp) et c.387C > A(p.Try129Ter), respectivement à l’état homozygote. La recherche de la première variation dans la fratrie du premier patient par séquençage Sanger a permis de confirmer le diagnostic pour ce troisième cas. Pour ces trois patients, l’âge de début des symptômes était précoce (âge moyen de 2 mois) ce qui était plutôt en faveur de l’implication du gène ATP6V1B1, ATP6V0A4 étant associé à des formes avec révélation plus tardive. Par ailleurs, l’absence d’une surdité avec un recul moyen de 6 ans, est plutôt compatible avec l’implication d’ATP6V0A4.

La présence d’une variation avec un effet fondateur en Tunisie a facilité le diagnostic moléculaire de l’ATRd. Ceci permet de prodiguer un conseil génétique adéquat et de proposer une prise en charge précoce améliorant ainsi le pronostic.

Maha CHAABENE, Imene BOUJELBENE, Manel GUIRAT, Fatma MAAZOUN (Paris), Bayen MAALEJ, Hela FRIKHA, Fatma CHARFI, Lamia SFAIHI, Manel HSAIRI, Saalma BEN AMEUR, Imen CHABCHOUB, Lamia GARGOURI, Thourraya KAMOUN, Hassen KAMOUN, Ikhlas BEN AYED

10:00 - 11:00 #38524 - P127 Caractérisation des mécanismes épigénétiques au locus LRP1 dans des cellules musculaires lisses différenciées in vitro.

P127 Caractérisation des mécanismes épigénétiques au locus LRP1 dans des cellules musculaires lisses différenciées in vitro.

Introduction

Le locus du gène LRP1 (low density lipoprotein receptor-related protein 1) a été associé à la migraine, à la dysplasie fibromusculaire et à la dissection spontanée de l’artère coronaire (SCAD), entre autres maladies/traits cardiovasculaires par des GWAS. Les variants associés sont fréquents et ils sont situés dans des régions introniques de LRP1 et dans des régions intergéniques en amont du gène. Les mécanismes par lesquels ces variants pourraient agir sur la régulation des gènes avoisinants et la fonction artérielle altérée dans plusieurs maladies artérielles ne sont pas connus.

 

Méthodes

Nous avons procédé à une cartographie fine du locus LRP1 et à une étude de colocalisation génétique pour identifier le variant causal dans ce locus. Nous avons utilisé le système CRISPR-Cas9 pour supprimer ou modifier la région régulatrice à proximité du variant étudié et pour induire un knock-out cellulaire de LRP1 dans des cellules souches pluripotentes induites humaines (iPSCs). Les iPSC modifiées ont ensuite été différenciées en cellules musculaires lisses vasculaires (CML). L'expression des gènes a été mesurée par PCR quantitative et par RNA-seq et la composition de la matrice extracellulaire par spectrométrie de masse.

 

Résultats

Nous avons confirmé que LRP1 est un locus pléiotrope impliqué dans le risque de plusieurs maladies artérielles, avec un même variant (rs11172113) comme étant le variant causal le plus probable pour les associations avec la SCAD, la dysplasie fibromusculaire et la migraine. À l’aide de la délétion d’une région de 86 paires de bases centrée sur rs11172113, nous avons démontré que ce variant résidait dans une région régulatrice active dans les CML, affectant l'expression des gènes LRP1 et NAB2 (NGFI-A-binding protein 2). Nous avons établi que les répresseurs transcriptionnels MECP2 (Methyl-CpG-binding protein 2) et SNAI1 (Snail Family Transcriptional Repressor 1) réprimaient l'expression de LRP1 en présence de l'allèle C, mais pas de l'allèle T, de rs11172113. L'inactivation de LRP1 dans les CML a entraîné une activation de la signalisation TGF-β canonique, une augmentation de la sécrétion des protéines de la matrice extracellulaire CYR61 et TIMP3 et une réduction de la prolifération et de la migration des CML.

 

Conclusion

Nos résultats soutiennent que l'allèle T du variant fréquent rs11172113 interfère avec la liaison d’au moins deux répresseurs transcriptionnels et entraîne une augmentation de l'expression de LRP1 dans les CML. Ces données confirment que la modification du niveau d’expression de LRP1 a des conséquences majeures sur la physiologie de ce type cellulaire majeur de la paroi artérielle, et représente un mécanisme potentiel de susceptibilité génétique à plusieurs maladies vasculaires majeures.

Lu LIU, Joséphine HENRY, Charlène JOUVE, Yingwei LIU, Adrien GEORGES (Paris), Nabila BOUATIA-NAJI

10:00 - 11:00 #37815 - P131 Identification au sein de familles porteuses d'anévrismes intracrâniens de variants codants rares dans CTSO, un potentiel acteur du remodelage artériel.

P131 Identification au sein de familles porteuses d'anévrismes intracrâniens de variants codants rares dans CTSO, un potentiel acteur du remodelage artériel.

Introduction :

 

Dilatation locale d’une artère cérébrale survenant généralement aux bifurcation des vaisseaux sanguins, les anévrismes intracrâniens (AI) touchent environ 3 % de la population. Dans 1 % des cas, la fragilisation de la parois induite par l’AI donne lieu à une hémorragie sub-arachnoïdienne, un type d’accident vasculaire cérébral sévère. Certains facteurs génétiques ont été associés à la formation des AIs sans pour autant permettre d’en expliquer la physiopathologie. L’ identification de gènes impliqués dans la pathologie ainsi que l’étude des mécanismes moléculaires associés restent des problématiques importantes. L’étude génétique de grandes familles porteuses d’AI est une des pistes permettant d’y répondre.

 

Matériel et Méthodes :

 

Au sein d’une grande famille comptant 6 porteurs d’AIs, 3 atteints ont été séquencés en exome entier afin d’identifier les variants fonctionnels partagés par ces individus. L’identification de régions identiques par descendance (IBD) communes à 5 des atteints à partir de données de génotypage a permis de réduire le nombre de variants d’intérêt. Une cohorte de cas index présentant des formes familiales de la pathologie a également été séquencée en exome entier. Cette cohorte a été analysée à la recherche de variants dans les gènes associés plus haut au phénotype.Les variants ainsi isolés ont été analysés fonctionnellement à partir de cellules musculaires lisses issues de tissus vasculaire cérébral de rats hypertendus (Wistar-Kyoto).

 

Résultats :

 

1 variant fonctionnel dans une région IBD partagée par les atteints de la famille a été identifié dans le gène CTSO (c.946G > A). Une seconde famille porteuse d’un variant CTSO (c.128C > T) a été identifiée à partir de la cohorte de cas index. La présence de chaque variant chez tous les affectés de la famille correspondante a été validée par séquençage capillaire. Parmi les données cliniques disponibles, seule l’hypertension est significativement associée au phénotype. Sur le plan fonctionnel, la déplétion de la cystéine-type papain-like cathepsine CTSO codée par le gène CTSO a été associée à une augmentation des niveaux de fibronectine dans le milieu extra cellulaire ainsi qu’a une rigidité accrue des cellules musculaires lisses. Les mutations identifiées plus haut ont pour effet une sécrétion réduite de la protéine par les cellules.

 

Conclusion :

 

2 variants fonctionnels du gène CTSO ont été identifiés chez tous les atteints de 2 grandes familles porteuses d’anévrismes. CTSO semble par ailleurs jouer un rôle de protéase extra cellulaire et semble affecter les propriétés mécaniques de la parois vasculaire cérébrale, ce qui pourrait expliquer un susceptibilité accrue de développer un AI. De plus, le séquençage récent de 363 patients porteurs d’AI a permis de mettre en évidence la présence de mutations fonctionnelles chez 2 patients souffrant de formes familiales et chez 1 patient porteur de 3 AIs.

 

Raphael BLANCHET (NANTES), Milène FRENEAU, Sandro BENICHI, Mary-Adel MRAD, Surya PRAKASH RAO BATTA, Marc RIO, Stéphanie BONNAUD, Pierre LINDENBAUM, Fabien LAPORTE, Stéphane CUENOT, Jean-François DELEUZE, Christian DINA, Stéphanie CHATEL, Emmanuelle BOURCEREAU, Solène JOUAN, Hubert DESAL, Anne-Clémence VION, Romain BOURCIER, Gervaise LOIRAND, Richard REDON

10:00 - 11:00 #37667 - P135 Performance du séquençage de génome dans la maladie de Rendu-Osler : l’expérience du Plan France Médecine Génomique.

P135 Performance du séquençage de génome dans la maladie de Rendu-Osler : l’expérience du Plan France Médecine Génomique.

La maladie de Rendu-Osler ou télangiectasie hémorragique héréditaire (HHT), est une maladie vasculaire héréditaire transmise de façon autosomique dominante. Le diagnostic clinique repose sur les critères de Curaçao qui incluent la présence d’épistaxis, de télangiectasies, de complications d’organes (pulmonaire, hépatique, digestive ou cérébrale), et enfin la présence d’antécédents familiaux. Le diagnostic est considéré comme certain en présence d’au moins 3 critères, possible lorsque deux critères sont présents et enfin peu probable en présence d’un seul critère. Une cause moléculaire est très fréquemment retrouvée et attribuable à des variants pathogènes dans les principaux gènes ENG et ACVRL1.

Dans cette cohorte, sept familles ont été sélectionnées afin de bénéficier d’un séquençage de génome au sein des laboratoires Auragen ou Seqoia, réalisés selon les recommandations du Plan France Médecine Génomique (PFMG). Les variants de structure mis en évidence ont été confirmés par une analyse cytogénétique.

Dans deux familles présentant un diagnostic clinique certain, le séquençage du génome a révélé deux inversions paracentriques distinctes sur le chromosome 9, interrompant dans les deux cas le gène ENG. Ces inversions ont été identifiées comme responsables du phénotype de maladie de Rendu-Osler. Un variant intronique profond pouvant affecter l’épissage du gène ENG a également été mis en évidence chez un troisième patient au diagnostic clinique certain.

Il s'agit de la première fois que des variations structurelles sont rapportées comme responsables de la maladie de Rendu-Osler, et elles impliquent les gènes déjà décrits dans la maladie. Les résultats de cette cohorte soulignent donc l’homogénéité génétique de cette maladie avec l’implication majeure du gène ENG. Enfin, ce travail met l'accent sur l'importance d’une recherche génétique approfondie au sein des familles ayant un diagnostic clinique certain de HHT.

Maud TUSSEAU (LYON), Mélanie EYRIES, Nicolas CHATRON, Agnès GUICHET, Estelle COLIN, Bénédicte DEMEER, Hélène MAILLARD, Julien THEVENON, Christian LAVIGNE, Virginie SAILLOUR, Clara PARIS, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Mathilde PUJALTE, Alexandre GUILHEM, Sophie DUPUIS-GIROD, Florence COULET

10:00 - 11:00 #37703 - P139 NGS short reads : Quand un variant structural en cache un autre !!

P139 NGS short reads : Quand un variant structural en cache un autre !!

Introduction

La cardiomyopathie hypertrophique (CMH) est la plus fréquente des maladies cardiaques d’origine génétique et constitue l’une des principales causes de mort subite du sujet jeune de moins de 35 ans. Son diagnostic repose entre autres sur la mesure de l’épaisseur télédiastolique maximale de la paroi du ventricule gauche (VG ≥ 15 mm pour un cas sporadique et VG > 13 mm dans les formes familiales). La forme héréditaire de cette maladie est le plus souvent causée par des mutations des gènes codant les protéines du sarcomère (MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2).

Chez une patiente de 33 ans, atteinte d’une CMH, le séquençage en NGS d’un panel ciblé de gènes a mis en évidence un « variant structural » (SV) à l’état hétérozygote consistant en une délétion complète de l’exon 11 du gène MYBPC3. Cependant la confirmation par séquençage Sanger a révélé qu’il s’agissait en réalité d’un remaniement beaucoup plus complexe.

Patients et méthodes :

La patiente est une femme âgée de 33 ans dont la mère est également atteinte. Un panel de 16 gènes d’intérêt a été séquencé en NGS « short-reads » sur ADNg. La vérification par séquençage du gène a été réalisé par la méthode de Sanger de même que l’amplification allèle spécifique et séquençage de l’allèle muté. L’analyse des ARNm extrait à partir de cellules sanguines a été réalisée chez le cas index afin d’étudier les conséquences de l’anomalie au niveau transcriptomique.

Résultats : L’analyse des variants structuraux après NGS « short-reads » montre une délétion hétérozygote de l’exon 11 du gène MYBPC3. Cependant, la ségrégation familiale et le séquençage ciblé de l’ADN montre que l’anomalie ne correspond pas à une délétion de l’exon 11. Cette différence nous amène à réaliser un séquençage Sanger après amplification spécifique de l’allèle muté qui révèle non seulement la délétion de l’exon 11, mais une insertion concomitante d’une partie de l’exon 6 ainsi que des introns 5 et 13. Ce variant structural complexe, initialement non observée sur le séquençage « short-reads » résulte probablement de plusieurs recombinaisons de séquences répétées se trouvant au niveau intronique et exonique du gène MYBPC3. Le séquençage de l’ARNm montre que cette anomalie génère un site cryptique d’épissage avec pour conséquence présumée une rétention de 111 nucléotides et non pas une délétion en phase de 18 nucléotides comme suspecté avec le NGS « short-reads».

Conclusion :

Cet exemple illustre la limite des analyses sur ADN génomique en séquençage « short-reads », en particulier pour la détection des variants structuraux. La vérification systématique de ces variants par séquençage Sanger est nécessaire. Le séquençage « long-reads » en cours de développement constituera une évolution majeure dans la détection de ces anomalies.

Robin GHANEM (Paris), Laëtitia RIALLAND, Emilie BLIN, Flavie ADER, Fabien LABOMBARDA, Yann TROADEC, Aline VINCENT, Pascale RICHARD

10:00 - 11:00 #37998 - P143 Une étude structure-fonction révèle des interactions entre SLC40A1 et des lipides de la membrane plasmique et permet de rendre compte des effets fonctionnels de variants faux-sens rares associés à la maladie de la ferroportine.

Une étude structure-fonction révèle des interactions entre SLC40A1 et des lipides de la membrane plasmique et permet de rendre compte des effets fonctionnels de variants faux-sens rares associés à la maladie de la ferroportine.

L’interprétation clinique et fonctionnelle des variants faux-sens est un des défis de la génétique médicale moderne. Des outils in silico facilitent la hiérarchisation de ces variants souvent très nombreux après des analyses de panels de gènes ou d’exome. Même intégrés à des stratégies combinatoires et/ou basées sur des prédictions de plus en plus sophistiquées, capables de prendre en compte la structure 3D des protéines, ces outils restent toutefois limités et n’évitent pas (en l’absence d’arguments complémentaires suffisants) la réalisation de tests fonctionnels pour le (ou les) variant(s) candidat(s) le(s) plus probant(s). D’un autre côté, la réalisation systématique de tests fonctionnels permet d’obtenir des connaissances nouvelles sur le fonctionnement des protéines, surtout lorsqu’elle est associée à des analyses structurales.

       Nous avons précédemment documenté l’effet de dizaines de variants faux-sens rares du gène SLC40A1 sur la fonction du seul transporteur du fer connu chez les mammifères, la ferroportine 1, et sa régulation par l’hepcidine. Nous avons ainsi contribué à décrire des mécanismes de perte de fonction, associés à la maladie de la ferroportine, et des mécanismes de gain de fonction, associés à l’hémochromatose de type 4.

       Nous apportons ici des éléments nouveaux qui tiennent compte de l’environnement lipidique de SLC40A1. Nous confirmons la localisation préférentielle de SLC40A1 dans des radeaux-lipidiques et démontrons la dépendance de l’exportateur du fer au cholestérol. Par des expériences de criblage mutationnel et d’amarrage moléculaire à partir d’une structure expérimentale en conformation « outward-facing » (conformation basale de la protéine dans la bicouche lipidique), nous suggérons une interaction directe entre SLC40A1 et le cholestérol et identifions des acides aminés critiques dans différents motifs CRAC et CARC (« cholesterol recognition amino acid consensus »). Plusieurs variants sont décrits au sein de ces motifs dans gnomAD et dans ClinVar. Sur la base de simulations de dynamique moléculaire dans un environnement lipidique simplifié de type POPC, nous identifions également l’arginine 179 comme un résidu susceptible d’interagir avec la tête polaire d’un phospholipide. Cela, dans l’environnement immédiat d’un réseau de charges intracellulaire que nous avions initialement décrit comme très important pour la stabilité de la protéine SLC401 en conformation « outward-facing ». Le résidu Arg179, qui est connu comme étant muté en thréonine chez un patient présentant un phénotype caractéristique de perte de fonction, pourrait participer à l’ancrage de SLC40A1 dans la bicouche lipidique et être impliqué dans les changements de conformations dont dépend directement le mécanisme d’export du fer.

       Ces résultats originaux apportent un éclairage nouveau sur les interactions SLC40A1-lipides, en même temps qu’ils témoignent de la complexité à pouvoir interpréter pleinement les effets de variants faux-sens.

Rim DEBBICHE (Brest), Chandran KA, Ahmad ELBAHNSI, Kévin UGUEN, Isabelle CALLEBAUT, Gerald LE GAC

10:00 - 11:00 #38066 - P147 Etude génétique d'une cohorte pédiatrique de néphrocalcinose et néphrolithiase.

Etude génétique d'une cohorte pédiatrique de néphrocalcinose et néphrolithiase.

Introduction :

Les facteurs héréditaires sont la principale cause de néophrolithiase (NL) et de  Néphrocalcinose (NC) en pédiatrie.

Dans ce travail, notre objectif, était de rapporter  la corrélation génotype-phénotype des NL/NC héréditaires répertoriées dans notre service de génétique  afin d'évaluer la place des tests génétiques ciblés dans le diagnostic précoce, la prise en charge adéquate et la prévention de ce groupe de pathologies.

Méthodes :

Les données cliniques et génétiques de 178 cas NL/NC, suspectés d'avoir une base héréditaire, ont été analysées. Le séquençage Sanger a été utilisé comme approche principale pour les tests génétiques. Le choix du gène à analyser a été orienté par l’histoire familiale et les examens cliniques et paracliniques du cas index. Les variants ont été retenus  comme  pathogène en fonction des données de la littérature et des logiciels de prédictions.

Résultats :

Des variations monogéniques pathogènes ont été détectées chez 87 parmis les 178 patients NL/NC. Des signes cliniques extrarénaux étaient présents tels que un retard de croissance, une surdité. Certains patients avaient une fonction rénale anormale. Les pathologies les plus fréquemment identifiées étaient l'hyperoxalurie primitive par mutation du gène AGXT (54 cas), l’acidose tubulaire rénale distale (27 cas) dont 24 par mutation du gène ATP6V1B1 et 3 par mutation du gène ATP6VOA4 et l’hypercalciurie hypomagnésémie familiale héréditaire par mutation du gène CLDN16 (6 cas). Dans un cas une comorbidité hyperoxalurie primitive - syndrome d’Alport par mutation du gène Col4A3 a été notée. Notre stratégie ciblée en fonction du phénotype clinique du patient a été efficace dans plus de 48% des cas testés.

Conclusion :

L'étiologie des NL/NC est hétérogène. Cette étude a exploré la relation entre le phénotype et le génotype chez 178 patients et a confirmé que les tests génétiques ciblés basées sur une évaluation clinique du phénotype aboutissent à un diagnostic rapide dans plus de 48% des cas permettant une prise en charge personnalisée des patients

Fériel AGREBI (Tunis, Tunisie), Mariem EL YOUNSI, Ahlem ACHOUR, Amira ZANATI, Hend BRAHEM, Abir BOUSETTA, Majdi NAGARA, Chokri ZAROUK, Tahar GARGAH, Jannet LABIDI, Hayet KAAROUD, Ezzedine ABDERRAHIM, Sonia ABDELHAK, Médiha TRABELSI, Ridha M’RAD

10:00 - 11:00 #38361 - P151 Spectre mutationnel du syndrome de Leigh en Tunisie: importance du séquençage de l’exome dans le diagnostic.

P151 Spectre mutationnel du syndrome de Leigh en Tunisie: importance du séquençage de l’exome dans le diagnostic.

Introduction: Le syndrome de Leigh, également appelé encéphalomyopathie nécrosante subaiguë, est une maladie neurométabolique héréditaire caractérisée par une régression psychomotrice progressive due à des lésions des noyaux gris centraux et du tronc cérébral. Elle est associée à un large spectre de symptômes affectant plusieurs organes et à un métabolisme énergétique mitochondrial anormal. Le but de cette étude est d'identifier les variants génétiques délétères  chez des patients tunisiens  avec suspicion de syndrome de Leigh. 

Matériels et méthodes :Le séquençage complet de l’exome a été réalisé sur un total de huit patients recrutés à l’Institut national de Neurologie Mongi Ben Hmida à Tunis. Les données brutes ont été analysées par une combinaison d’outils de filtrage et de prédiction bioinformatique pour évaluer le pouvoir délétère des variations génétiques. Un séquençage Sanger a été réalisé pour confirmer la présence de variants délétères chez les patients et vérifier leur ségrégation au sein des familles. 

Résultats : Nous avons identifié quatre variants génétiques au niveau de  trois gènes (ECHS1, SUCLA2, DNAJC30) chez cinq patients confirmant le diagnostic de syndrome de Leigh. Deux autres patients présentaient une étiologie oligogénique associée au syndrome de Leigh. La dernière patiente présentait un variant POLG permettant de réajuster son diagnostic au syndrome Mengie Like. 

Conclusion : Notre étude a mis en évidence un large spectre mutationnel du syndrome de Leigh chez  la population tunisienne. Nous soulignons l'importance du séquençage de l'exome entier pour améliorer le diagnostic des cytopathies mitochondriales notamment chez  les populations  caractérisées par un patrimoine génétique hétérogène et  taux de consanguinité élevés comme c’est le cas de population  tunisienne.

Mariem HACHMI (Tunis, Tunisie), Ismail GOUIZA, Majida CHARIF, Ilhem BEN YOUSSEF-TURKI, Ichraf KRAOUA, Guy LENAERS, Rym KEFI

10:00 - 11:00 #38549 - P155 Expérience du CHU Mustapha d’Alger dans le diagnostic moléculaire de Maladie de Gaucher.

P155 Expérience du CHU Mustapha d’Alger dans le diagnostic moléculaire de Maladie de Gaucher.

Le présent travail a permis la recherche et l’identification des anomalies moléculaires concernant la maladie métabolique la plus fréquente dans notre population, qui bénéficie d’un traitement efficace. Il s’agit de la maladie de Gaucher, qui est une maladie de surcharge lysosomale, due à un déficit en β-glucocérébrosidase acide.

 La confirmation du diagnostic est biochimique par la détermination de l’activité enzymatique déficiente, L’objectif de notre travail est de démontrer l’apport de l’analyse moléculaire dans le diagnostic de ces erreurs innées du métabolisme.

 Nous avons analysé un total de 81 patients, 30 malades Gaucher, ainsi que 51 apparentés. L’identification moléculaire s’est révélée comme un complément indispensable au diagnostic, révélant les principales mutations répertoriées dans notre population, la N370S et la L444P. Elle représente l’unique moyen de réaliser avec précision l’enquête familiale, qui permet l’identification définitive du statut génétique visant à étiqueter les porteurs asymptomatiques, des hétérozygotes. Il s’agit d’un atout majeur dans la prise en charge précoce des asymptomatiques, avec l’instauration d’un traitement avant l’apparitions de séquelles irréversibles. Envisager un conseil génétique limiterait à l’avenir le risque de récurrence fréquemment observé au sein de nos familles.

Mots clés : Maladies métaboliques, génétique, mutation, hérédité.

Siham HALLAL (alger, Algérie), Lyèce YARGUI

10:00 - 11:00 #38590 - P159 Exploration moléculaire de l’implication du polymorphisme délétionnel du GSTM1 dans les maladies mitochondriales.

P159 Exploration moléculaire de l’implication du polymorphisme délétionnel du GSTM1 dans les maladies mitochondriales.

Les mitochondries sont à l’origine de la production d’énergie métabolique nécessaire au fonctionnement cellulaire sous forme d’adénosine triphosphate (ATP) grâce à la phosphorylation oxydative. De ce fait, elles constituent la principale source des espèces réactives de l’oxygène (ROS) qui peuvent provoquer des dommages oxydatifs des complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale. C’est pourquoi, les sous-unités de ces complexes affectées entraînent la diminution de la production d'ATP et l’augmentation de la formation des ROS induisant ainsi un déficit de la phosphorylation oxydative et par la suite un dysfonctionnement du métabolisme énergétique mitochondrial.

Ainsi,  dans l’objectif  d’examiner l’implication du polymorphisme de délétion du gène GSTM1 dans le développement des maladies mitochondriales au sein de la population Tunisienne, nous avons conduit une étude cas-témoins du polymorphisme de délétion génétique de GSTM1 sur 109 patients atteints de maladie mitochondriale et 154 témoins en ayant recours à la technique de la PCR multiplex suivie par des analyses statistiques.

L’évaluation de la distribution génotypique du polymorphisme de GSTM1 a montré que la distribution du genotype GSTM1 présent est plus éleveé chez les patients (58,71 %) que chez les témoins (46,10%) avec une valeur de p= 0,043, OR= 0,6. Ainsi, l’analyse statistique a révélé une association significative entre le génotype GSTM1 nul et les maladies mitochondriales avec un effet protecteur.

En conclusion, cette étude suggère que le polymorphisme GSTM1 est associé aux maladies mitochondriales dans la population Tunisienne.

Raouia GHORBEL, Raouia GHORBEL (Sfax, Tunisie), Rania GHORBEL, Chahnez TRIKI, Mongia HACHICHA, Leila AMMAR-KESKES, Faiza FAKHFAKH

10:00 - 11:00 #38060 - P163 Maladies auto-inflammatoires et variations de séquences germinales vs somatiques en mosaïque.

P163 Maladies auto-inflammatoires et variations de séquences germinales vs somatiques en mosaïque.

Introduction

Plus de 50 gènes codant pour des composants clés du système immunitaire inné ont été impliqués dans les maladies auto-inflammatoires (MAI). Les cryopyrinopathies et le syndrome TRAPS sont dues respectivement à des variations (germinales ou en mosaïque) au sein des gènes NLRP3 et TNFRSF1A. L'objectif de cette étude était d'évaluer la contribution des variations pathogènes en mosaïque dans les MAI et le phénotype associé à ces variations.

 

Méthodes

Nous avons inclus dans cette étude 800 patients atteints de MAI recrutés entre 2018 et 2022. L’ADN leucocytaire des patients a été étudié par le séquençage NGS profond (800X) de 50 gènes de MAI. Une revue de la littérature (PubMed - Infevers) des variations en mosaïque des gènes de MAI a été également réalisée.

 

Résultats

Nous avons identifié au sein de NLRP3, 9 variations en mosaïque chez 12 patients indépendants et 10 variations germinales chez 10 patients. A ce jour, 34 variations en mosaïque et 88 variations germinales ont été rapportées dans ce gène. La fréquence allélique des variations en mosaïque peut être < 5 % chez des patients pourtant très symptomatiques. En nous appuyant sur la structure 3D de NLRP3, nous avons identifié pour les variations en mosaïque deux points chauds mutationnels. Les corrélations phénotype/génotype suggèrent que les variations de NLRP3 trouvées uniquement à l'état somatique pourraient être incompatibles avec la vie si elles sont présentes à l'état germinal, alors que les variations trouvées uniquement à l'état germinal pourraient être asymptomatiques à l'état somatique.

Nous avons identifié 2 variations somatiques en mosaïque de TNFRSF1A (p.Cys59Arg, p.Arg97_Leu100del) chez 3 patients. Seulement 3 variations faux-sens en mosaïque de TNFRSF1A ont été rapportées dans la littérature. Parmi ces 5 variations, 4 sont localisées dans une petite région du domaine CRD2 (cysteine-rich domain 2) et une touche une cystéine du domaine CRD1. Les cystéines situées dans CRD1/2 sont cependant également impliquées dans les variations germinales. Aucune différence de sévérité de la maladie n'a été observée entre les variations germinales et somatiques de TNFRSF1A.

Très peu de variations en mosaïque ont été rapportées dans d'autres gènes de MAI : NLRC4 (n=4), STING1 (n=2), NOD2 (n=2) et JAK1 (n=1), la petite taille de ces échantillons empêchant toute étude de corrélation génotype/phénotype. La plupart des variations en mosaïque identifiées dans les gènes de MAI sont décelables dans différents tissus.

 

Conclusion

Cette étude souligne la fréquence élevée des variations somatiques en mosaïque dans les cryopyrinopathies. Le phénotype des patients est dépendant du statut germinal/en mosaïque des variations et de leur localisation au sein de NLRP3. Les variations en mosaïque de NLRP3, TNFRSF1A et NLRC4 sont symptomatiques même lorsqu'elles sont présentes à une très faible fréquence allélique (<5 %) pouvant conduire à un test diagnostique faussement négatif en l’absence de séquençage profond.

Eman ASSRAWI, Camille LOUVRIER, William PITERBOTH, Dastot Le Moal FLORENCE, Farah DIAB, Aphrodite DASKALOPOULOU, Rahma MANI, Quentin BRANDAO, Romain LEVERGEOIS, Angela ARENAS GARCIA, Marie LEGENDRE, Sonia Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA (PARIS)

10:00 - 11:00 #38522 - P167 Utilité clinique du séquençage de l’exome dans les maladies auto-inflammatoires de l’adulte.

P167 Utilité clinique du séquençage de l’exome dans les maladies auto-inflammatoires de l’adulte.

Introduction : Les maladies auto-inflammatoire (MAI) sont des maladies immunitaires rares d’origine génétique pour un certaines d’entre elles. Elles se caractérisent par des manifestations inflammatoires paroxystiques ou permanentes atteignant divers organes. Actuellement, pour le diagnostic des MAI, le séquençage Sanger est proposé en première intention pour la fièvre méditerranéenne familiale et le syndrome VEXAS, les panels par NGS étant réalisés en absence d'orientation clinique claire vers un gène en particulier et en cas de suspicion de mutation somatique. Leur rentabilité est d'environ 10%. La place du séquençage de l’exome (WES) en routine clinique n’a été que peu évaluée dans les MAI. Notre objectif était d’évaluer l’intérêt du WES en routine clinique dans les MAI.

 

Méthode : Une stratégie de WES a été appliquée sur une période de 16 mois pour le diagnostic génétique des patients adultes répondant aux critères de MAI. Une origine génétique était considérée possible en cas de 1) âge de début dans l'enfance, 2) transmission intra-familiale de la maladie, 3) association à des anomalies extra-immunitaire type dysmorphie, 4) MAI inclassée ou 5) MAI préalablement classée mais d'évolution atypique.

 

Résultats : Quatre-vingt-un patients (51 femmes, 30 hommes) ont été étudiés par WES, dont 19 (23%) avaient déjà eu un panel NGS MAI considéré non conclusif. L’âge médian aux premiers symptômes était de 14 ans (IQR 6.0 ; 24.0). Des cas similaires chez des apparentés aux 1^er et 2^nd degrés étaient notés chez 24 (30%) d’entre eux et 5 (6%) étaient issus d’une union consanguine. Le WES a permis de porter un diagnostic moléculaire chez 8 (13%) des 62 patients n'ayant jamais eu de large panel NGS et aucun chez ceux avec déjà un panel non conclusif. Les gènes concernés comprenaient NLRP3 (n=2), PSMB9, PSMG2, TNFRSF1A, MVK, PPM1D et RIPK1. Dix-sept patients (21%) supplémentaires ont été identifiés comme porteurs de variants d’intérêt nécessitant des évaluations complémentaires. Ces derniers se retrouvaient aussi bien chez les patients n'ayant jamais eu de large panel NGS (n=12/62, 19%) que chez ceux avec un panel non conclusif (n=5/19, 26%). Le diagnostic moléculaire ou l’identification d’un variant d’intérêt a eu un impact jugé cliniquement significatif sur la prise en charge de 21 des 25 patients concernés (84%).

 

Conclusion : Le WES en première intention dans les MAI a permis un diagnostic moléculaire chez 13% des patients, une valeur similaire aux 10% avec l’approche par panel NGS dédié. Lorsqu’il était réalisé après un panel NGS négatif, le WES n’améliorait pas le rendement diagnostique. Au-delà des diagnostics, le WES a identifié des variants d’intérêt chez 21% des patients, y compris chez ceux avec un panel NGS négatif. Un diagnostic ou l’identification d’un variant d’intérêt avait un impact sur la prise en charge dans plus de 80% des cas. Au total, la réalisation d’un WES chez des adultes suspects de MAI était jugé cliniquement utile dans 31% des cas.

Antoine FAYAND, Marion DELPLANQUE, Léa SAVEY, David BOUTBOUL, Paul LEGENDRE, Vanna GEROMEL (Lyon), Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Thibaut BENQUEY, Laure RAYMOND

10:00 - 11:00 #38108 - P171 Deux variants en cis du gène STING1 associés à un effet gain de fonction additif identifiés chez une patiente présentant une aspergillose pulmonaire chronique cavitaire.

Deux variants en cis du gène STING1 associés à un effet gain de fonction additif identifiés chez une patiente présentant une aspergillose pulmonaire chronique cavitaire.

La vasculopathie à début infantile associée à STING (SAVI, STING-associated vasculopathy with onset in infancy) est une forme rare d’anomalie innée de l’immunité de transmission autosomique dominante et appartenant aux interféronopathies de type 1. Le phénotype est caractérisé par une atteinte pulmonaire intersitielle, une vasculopathie, une polyarthrite et une inflammation systémique.

Nous rapportons le cas d’une femme de 41 ans atteinte d'aspergillose pulmonaire chronique cavitaire (CCPA) et de fibrose pulmonaire. Les symptômes ont commencé à l’âge de 14 ans. Ils associaient une pneumonie interstitielle, des rash cutanés, une arthrite, des anticorps anti-nucléaires positifs et l’apparition d’une aspergillose vers l’âge de 30 ans. Le père de la patiente présentait une histoire d’eczéma et de fibrose pulmonaire sans aspergillose.

Le séquençage haut-débit d’un panel de 96 gènes impliqués dans les déficits immunitaires et maladies auto-immunes (DIPAI) a identifié chez la patiente deux variants de signification incertaine (classe 3 ACMG) dans le gène STING1 dans l’exon 6 (c.565C > G; p.Leu189Val) et dans l’exon 7 (c.838A > C; p.Ser280Arg). Ces deux variants étaient hérités de son père, ce qui était en faveur de leur présence en cis, sur le même allèle.

Des études fonctionnelles ont été réalisées afin d’étudier l’impact de ces variants, Les études de profil de phosphorylation de STAT1 et le score IFN sur les monocytes de la patiente étaient en faveur d’un gain de fonction de STING1. Ensuite, les variants ont été transfectés dans des cellules HEK293T soit de façon isolé soit combinée. La surexpression des variants identifiés chez la patiente, tout comme celle de variants gain de fonction déjà connus, ont montré une augmentation du score IFN signficative par rapport au vecteur wild-type. De plus, un effet additif entre les deux variants a été observé.

En conclusion, nous avons identifié un nouvel allèle complexe de STING1 entrainant une augmentation de la réponse à l’INF type 1 et responsable d’une forme familiale de fibrose pulmonaire, compliquée dans un cas d’aspergillose pulmonaire. Seuls deux cas d’aspergillose ont été décrits chez les patients SAVI décrits. L’implication directe des mutations de STING1 dans l’altération de la réponse immunitaire à l’aspergillose reste donc encore à démontrer.

Julien TARABEUX (Strasbourg), Yannick DIEUDONNÉ, Vincent GIES, François DANION, Bénédicte GERARD, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Anne-Sophie KORGANOW, Aurélien GUFFROY

10:00 - 11:00 #37817 - P175 PIEGE DU DIAGNOSTIC PRECONCEPTIONNEL CAS D’UN VARIANT INTRONIQUE D’UN SITE CONSENSUS D’EPISSAGE SUR LE GENE POMT2.

PIEGE DU DIAGNOSTIC PRECONCEPTIONNEL CAS D’UN VARIANT INTRONIQUE D’UN SITE CONSENSUS D’EPISSAGE SUR LE GENE POMT2.

Contexte : Nos laboratoires de génétique de Cochin et de Bichat ont été sollicités pour évaluer la pathogénicité d’un variant d’épissage du gène POMT2.

Au vu du risque de développer une maladie à transmission autosomique récessive, un couple cousin germain a été orienté vers un diagnostic moléculaire pré-conceptionnel en Espagne (panel de 600 gènes). Les deux membres du couple ont été identifiés porteurs hétérozygotes du variant POMT2 (NM_013382.7) c.1184-1G > C, dont le gène est impliqué dans les formes sévères d’alpha-dystroglycanopathies. Ce variant est situé dans un site consensus d’épissage et de ce fait considéré probablement pathogène. Du fait du risque de 25% d’avoir un enfant porteur du variant à l’état homozygote, le couple s’est alors orienté vers un DPI. Dans ce cadre, des études familiales complémentaires ont été réalisées, conduisant à l’identification du variant à l’état homozygote chez deux apparentées asymptomatiques. L’objectif de notre travail était donc de mener des études fonctionnelles permettant d’évaluer la pathogénicité du variant POMT2.

Matériel et méthodes : i/ Etudes in silico des logiciels de prédiction (MaxEnt, NNSplice), ii/ Extraction d’ARN et RT-PCR spécifiques du transcrit anormal chez le couple, iii/ ddPCR chez les apparentées homozygotes.

Résultats : Les logiciels de prédiction annoncent une abolition du site accepteur d’épissage de l’exon 11 du gène POMT2 avec utilisation d’un site situé 9pb plus loin. Ces prédictions sont confirmées par les RT-PCR qui mettent en évidence la présence d’un transcrit anormal avec délétion des 9 premières bases de l’exon 11. La suppression de ce site consensus entraine donc bien une altération de l’ARN mais la phase de lecture est conservée. Enfin, la quantification allélique par ddPCR confirme le caractère homozygote du variant chez les apparentées asymptomatiques, écartant de ce fait l’hypothèse d’un allèle drop-out.

Conclusion : Nos travaux ont permis de montrer que ce variant du site consensus d’épissage entraine une délétion en phase de 3 acides aminés, et qu’il était mis en évidence à l’état homozygote chez 2 apparentées asymptomatiques. Bien qu’ayant un effet certain sur l’épissage, ce variant a finalement pu être reclassifié comme probablement bénin (classe 2), entrainant une correction du conseil génétique initial (contre-indication à une prise en charge en DPN/DPI et orientation vers un suivi échographique précoce).

Ce cas permet de rappeler que certaines dispositions doivent être respectées dans le cadre d’un diagnostic pré-conceptionnel, telles qu’énoncées par la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée à savoir « une information éclairée du couple, la connaissance sûre du caractère délétère du variant (classe V), un risque fort d’apparition de la maladie, sa gravité et son incurabilité et la poursuite de travaux de recherches sur les pathologies concernées » Pujol et al 2020

Malika CHELBI, Juliette NECTOUX, Sylvie ALGLAVE, Sandrine VUILLAUMIER-BARROT, Clémence MOLAC, Victor GAVRAN, Camille VEREBI, France LETURQ, Géraldine VIOT, Céline BOUCHET SERAPHIN (Paris)

10:00 - 11:00 #37805 - P179 Analyse retrospective clinique et génétique et suivi à long terme de patients atteints de myopathie reliée au collagène VI.

P179 Analyse retrospective clinique et génétique et suivi à long terme de patients atteints de myopathie reliée au collagène VI.

Les myopathies reliées au collagène VI (COL6-RD) sont des maladies rares avec un large spectre phénotypique allant de la dystrophie musculaire congénitale d'Ullrich (UCMD) sévère à la myopathie de Bethlem (BM) beaucoup plus bénigne. Les formes dominantes et récessives des COL6-RD sont causées par des variants pathogènes des trois gènes du collagène VI (COL6A1, COL6A2 et COL6A3). Le pronostic de ces maladies est variable et difficile à prédire aux premiers stades de la maladie, d'autant plus que la corrélation génotype-phénotype n'est pas toujours évidente. C'est pourquoi des études avec un suivi à long terme des patients atteints de COL6-RD confirmée génétiquement sont encore nécessaires. Dans cette étude, nous présentons les données phénotypiques et génétiques de 27 patients (24 familles) diagnostiqués et suivis à l’Hôpital de la Timone-Marseille, dans les services de neurologie pédiatrique et adulte. Nous décrivons trois nouveaux variants pathogènes et identifions COL6A2:c.1970-9G > A comme le variant le plus fréquent dans notre série (29%). Nous observons également une progression accélérée de la maladie dans un sous-groupe de patients. Cette large série fournit des informations essentielles sur la variabilité phénotypique des patients atteints de COL6-RD ainsi que sur la fréquence des variants pathogènes des gènes COL6 dans le sud de la France, contribuant ainsi à la description phénotypique et moléculaire des myopathies reliées au collagène VI.

Victor MOREL (Marseille), Frederique AUDIC, Charlotte TARDY, Annie VERSCHUEREN, Shahram ATTARIAN, Karine NGUYEN, Emmanuelle CAMPANA SALORT, Martin KRAHN, Brigitte CHABROL, Svetlana GOROKHOVA

10:00 - 11:00 #38292 - P183 Glycogénose de type IV : Les formes neuromusculaires sévères périnatales et congénitales sont-elles sous diagnostiquées ? Description d’une série de 10 cas et apport des études moléculaires.

P183 Glycogénose de type IV : Les formes neuromusculaires sévères périnatales et congénitales sont-elles sous diagnostiquées ? Description d’une série de 10 cas et apport des études moléculaires.

La glycogénose de type IV (GSD IV, maladie d'Andersen ou amylopectinose), est une maladie autosomique récessive très rare causée par un déficit en enzyme branchante du glycogène (GBE) due à des variants pathogènes dans le gène GBE1 (3p12.2). L'incidence globale est évaluée entre 1/600 000 et 1/800 000 naissances vivantes. Le tableau clinique est extrêmement hétérogène (formes hépatiques, neuromusculaires, myopathiques ou neurologiques) et il n’existe pas de traitement spécifique. Les formes neuromusculaires sévères (anciennement appelées formes périnatales et congénitales) sont de pronostic désastreux. La présentation est soit anténatale sous la forme d’un anasarque, avec akinésie fœtale et arthrogrypose, responsable de mort fœtale in utero, soit néonatale avec des tableaux d’hypotonie sévère avec amyotrophie conduisant au décès dans les premiers jours ou mois de vie.

Nous décrivons ici les résultats cliniques, histologiques, enzymatiques et moléculaires de la plus grande série de cas rapportée à ce jour (n=10 cas appartenant à 8 familles) de forme neuromusculaire sévère de GSD IV : 5 cas de forme périnatale et 5 cas de forme congénitale. Le plus souvent, le diagnostic a été orienté par les résultats de l’étude histologique du fœtus, du placenta ou de biopsies postanatales qui met en évidence des inclusions caractéristiques PAS positives résistantes à la diastase. Le diagnostic a été ensuite confirmé par la mise en évidence du déficit d'activité GBE dans les cellules cultivées, et/ou l’étude du gène GBE1. L’étude moléculaire a permis de caractériser le génotype dans tous les cas étudiés : une délétion de l'exon 7 dans 2 cas apparentés, et 11 variants différents dont 5 variants non décrits : p.Arg468Leu, p.Thr527Met, p.Trp548Leu, c.691+2T > G, c.993-2A > G.

La généralisation de la réalisation des panels anténataux d’akinésie fœtale, arthrogrypose et d’anasarque (incluant le gène GBE1) et de l’exome prénatal devrait permettre de mieux identifier ces formes très rares, permettant un conseil génétique adapté en cas de grossesses ultérieures.

Magali PETTAZZONI (LYON), Charles LEFEVRE, Nathalie STREICHENBERGER, Sophie BERENGUER MARTIN, Alix CLEMENSON, Jerome MASSARDIER, Fabienne PRIEUR, Helene LAURICHESSE, Fanny LAFFARGUE, Cecile ACQUAVIVA BOURDAIN, Sophie COLLARDEAU FRACHON, Roseline FROISSART

10:00 - 11:00 #37892 - P187 Nouvelles Perspectives sur la Classification des Syndromes Oro-Facio-Digitaux : bases moléculaire, caractéristiques cliniques et corrélations génotype-phénotype.

P187 Nouvelles Perspectives sur la Classification des Syndromes Oro-Facio-Digitaux : bases moléculaire, caractéristiques cliniques et corrélations génotype-phénotype.

La classification des syndromes oro-facio-digitaux (OFD) a récemment connu une révision significative, intégrant de nouvelles avancées dans la compréhension de ces affections rares et complexes. Elle repose sur une analyse approfondie des caractéristiques cliniques, des gènes identifiés et de leur rôle dans le cil primaire.

Les syndromes OFD se caractérisent par des anomalies multiples affectant la région orale, faciale et digitale. Ces troubles génétiques rares présentent une grande hétérogénéité clinique, ce qui a compliqué leur classification précédente. Cependant, grâce aux progrès de la génétique moléculaire, il a été possible d'identifier plusieurs gènes responsables et de comprendre leur implication dans la biologie du cil primaire.

L'un des gènes clés identifiés est le gène OFD1, qui code pour une protéine impliquée dans la formation et la fonction des cils primaires. Les mutations de ce gène sont associées au syndrome OFD1, caractérisé par des anomalies orales, faciales et digitales, ainsi que des problèmes rénaux et du développement du cil primaire. Les cils primaires sont des structures microscopiques présentes à la surface de nombreuses cellules de l'organisme et jouent un rôle essentiel dans la régulation de divers processus cellulaires.

Un autre gène important est le gène IFT88, qui code pour une protéine impliquée dans le transport intraflagellaire, un processus vital pour la formation et la maintenance des cils primaires. Les mutations de ce gène sont associées à des formes graves de syndromes oro-facio-digitaux, caractérisées par des malformations craniofaciales sévères, des anomalies digitales et des problèmes de cil primaire.

En outre, la découverte de gènes tels que C5orf42, TMEM107 et d'autres a élargi notre compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents aux OFD et de leur lien avec le cil primaire. Ces gènes interviennent dans la régulation de la formation et de la fonction des cils primaires, et leurs mutations sont associées à diverses présentations cliniques des OFD.

La nouvelle classification des syndromes OFD tient compte des avancées génétiques et de l'implication du cil primaire dans ces affections. Elle permet une meilleure caractérisation des sous-types d'OFD en fonction des gènes mutés et de leurs effets sur le cil primaire. Cela offre de nouvelles perspectives en matière de diagnostic, de conseil génétique et de développement de thérapies ciblées.

En conclusion, la récente classification des syndromes OFD intègre les avancées génétiques et moléculaires, mettant en évidence le rôle crucial des gènes impliqués dans la biologie du cil primaire. Cette avancée offre de nouvelles opportunités pour comprendre les mécanismes sous-jacents à ces affections complexes et pour explorer les corrélations entre le génotype et le phénotype. Elle ouvre également la voie à des approches thérapeutiques plus précises et à la prise en charge personnalisée des patients atteints de syndromes OFD.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Hana SAFRAOU, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET

10:00 - 11:00 #37879 - P191 Besoins non couverts des patients atteints de syndromes hypertrophiques : regards croisés des patients, des proches-aidants et des professionnels de santé et médico-sociaux : étude COSY-SHS.

P191 Besoins non couverts des patients atteints de syndromes hypertrophiques : regards croisés des patients, des proches-aidants et des professionnels de santé et médico-sociaux : étude COSY-SHS.

Contexte : Les syndromes hypertrophiques, dénommés PROS (PIK3CA-Related Overgrowth Syndromes) sont des affections caractérisées par une croissance anormale de cellules et de tissus dans certaines régions du corps, le plus souvent asymétrique, apparaissant dès la naissance ou tôt dans l’enfance. La prise en charge repose aujourd’hui sur une approche pluridisciplinaire et un suivi médical comme chirurgical tout au long de la vie. De plus, de nombreux symptômes peuvent être esthétiquement gênants et invalidants. Enfin, des progrès récents dans le domaine thérapeutique ont été réalisés avec un accès à un traitement compassionnel ou à des essais cliniques.

Objectifs : L’objectif principal de ce projet vise à identifier les besoins non couverts des patients présentant un syndrome PROS en termes d’inclusion sociale, d’accès aux soins et de réalisation des activités de la vie quotidienne. Les objectifs secondaires sont : 1/ d’identifier du point de vue des patients et des proches-aidants les déterminants des besoins non couverts des patients, les difficultés des patients rencontrées au quotidien et leurs attentes, 2/de comprendre leur décision de bénéficier ou non des traitements récents du syndrome, 3/ d’identifier les déterminants des besoins non couverts du point de vue des professionnels qui interviennent étroitement dans la prise en charge de ces patients, 4/ de décrire la compréhension du syndrome qu’ont les professionnels de santé et médico-sociaux qui ne sont pas intégrés ou liés à un centre de référence (CRMR) ou centre de compétence maladies rares (CCMR) et d’identifier leurs besoins.

Matériel et méthodes : Etude menée par une équipe pluridisciplinaire comprenant des soignants, des chercheurs en sciences humaines et sociales, et les associations de patients (dont RHU COSY et FHU TRANSLAD). Elle repose sur une approche qualitative avec des focus groups réunissant des patients, des proches-aidants selon le type de syndrome (CLOVES, KTS ou MCAP) et l’âge des patients, et avec des professionnels de santé et médico-sociaux. En parallèle, deux questionnaires à destination des participants seront proposés : le FAD qui porte sur la résolution de problèmes, la communication, la répartition des rôles, la responsivité affective, l’implication affective et le contrôle du comportement et la grille FAST qui permet de décrire les relations au sein du système familial.

Retombées attendues : Il est attendu de pouvoir identifier les domaines d’activité dans lesquels les patients rencontrent des difficultés, d’améliorer l’état des connaissances sur le parcours de soins et de vie des patients, de mieux comprendre les déterminants des besoins non couverts. Le projet permettra de mieux identifier les difficultés rencontrées et les leviers existants afin d’améliorer les suivis, de répondre aux attentes des patients et de leurs aidants et de compléter les protocoles nationaux de diagnostic et de soins (PNDS) existants.

Catherine LEJEUNE, Charlène DAVAL (Dijon), Anne MASSELIN-DUBOIS, Marie-Laure ASENSIO, Pierre ANCET, Nadia BAHI-BUISSON, Muelle HELIAS, Anne-Sophie LEFEUVRE, Laurence FAIVRE, Nicolas MEUNIER-BEILLARD

10:00 - 11:00 #38013 - P195 Variants de RPL26 : une cause rare de syndrome de Blackfan-Diamond avec syndrome malformatif au premier plan.

P195 Variants de RPL26 : une cause rare de syndrome de Blackfan-Diamond avec syndrome malformatif au premier plan.

Le syndrome de Blackfan-Diamond (DBS) est une affection congénitale rare caractérisée par une insuffisance médullaire à l’origine d’une anémie sévère dans la petite enfance, associée à des malformations. Parmi celles-ci, les malformations craniofaciales, des membres supérieurs, du cœur et génito-urinaires sont les plus fréquentes. Il y a une grande hétérogénéité génétique avec plus d’une vingtaine de gènes impliqués, la plupart codant des protéines ribosomales. RPL26, codant la protéine ribosomale L26, a été décrit comme rarement impliqué dans le DBS, avec un seul patient décrit jusqu’à présent (DBA11, MIM#614900). Nous rapportons une cohorte collaborative de 8 patients issus de 4 familles, dont 2 fœtus avec atteinte malformative sévère. Les variants hétérozygotes de RPL26 identifiés sont prédits comme responsables d’haploinsuffisance, mécanisme à l’origine d’une altération de la maturation des deux sous-unités des ribosomes dans un modèle cellulaire. RPL26 semble associé à un syndrome malformatif au premier plan, en particulier à des anomalies du rayon radial d’expressivité variable, alors que l’atteinte hématologique paraît peu fréquente. Une dysostose mandibulofaciale et des anomalies de fermeture du tube neural peuvent également être associées, élargissant le spectre malformatif associé au DBS.

Clémence VANLERBERGHE (Lille), Fréderic FRENOIS, Anne-Sophie JOURDAIN, Fabienne ESCANDE, Emilie AIT-YAHYA, Abdulrahman ALDEERI, Valérie CORMIER-DAIRE, Jamal GHOUMID, Ruth NEWBURY-ECOB, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Sebastian SAILER, Perrine BRUNELLE, Thomas SMOL, Florence PETIT

10:00 - 11:00 #37595 - P199 Extension phénotypique du syndrome de Grange : une odyssée diagnostique entre Dijon, Montpellier et Toulouse.

P199 Extension phénotypique du syndrome de Grange : une odyssée diagnostique entre Dijon, Montpellier et Toulouse.

Le syndrome de Grange (GRNG - MIM#135580) est une maladie récessive rare qui associe des signes variables, notamment une sténose vasculaire diffuse, une brachysyndactylie, une ostéopénie avec une fragilité osseuse accrue, des malformations cardiaques et un retard de développement variable. Depuis sa 1^ère description en 1998, seuls 15 individus issus de 10 familles ont été rapportés, porteurs de variations homozygotes ou hétérozygotes composites dans le gène YY1AP1. La majorité des variations rapportées sont des SNV, seul un CNV et une variation d’épissage ont été rapportés à l’état hétérozygote composite.

Dans le cadre du programme OrphanOmix, nos confrères de Toulouse nous ont adressé, pour séquençage de l’exome, après ACPA et panel « malformations congénitales des membres » négatifs, un jeune patient chez qui ils suspectaient un syndrome de Grange devant l’association syndactylie cutanée et osseuse et AVC hémorragique à l'âge de 16 mois.

L'analyse des CNV à partir des données de l'exome, grâce au logiciel XHMM, a permis d'identifier une délétion intragénique homozygote de 1,84 Kb englobant les exons 7 et 8 du gène YY1AP1, confirmant ainsi le diagnostic moléculaire du syndrome de Grange. Une réanalyse de notre cohorte de patients avec anomalies du développement a permis l’identification d’un 2^e patient avec la même délétion homozygote. Cette jeune fille, issue de la cohorte DISSEQ, présentait une déficience intellectuelle légère, associée à des syndactylies et une atteinte cardiaque.  Une collaboration avec nos confrères de Toulouse et Montpellier a permis d’établir un lien de parenté entre ces 2 individus et de poser le diagnostic de GRNG chez un 3^e individu, un jeune homme suivi pour une hypertension maligne et présentant des syndactylies et des sténoses vasculaires multiples. Les parents du cas index ont pu aussi demander un DPN permettant ainsi une prise en charge précoce de leur nouvel enfant atteint, qui présentait des syndactylies et une atteinte cardiaque. L’étude de ses 4 nouveaux cas de GRNG nous a permis d’étendre le phénotype cardiaque et anténatal, en mettant en évidence un RCIU vasculaire d’origine maternelle, probablement lié à une Dysplasie Fibromusculaire chez la mère hétérozygote. En effet, les variations hétérozygotes dans YY1AP1 ont été identifié comme facteur de susceptibilité à la DFM dont les parents du cas index et du 4^e cas souffrent probablement.

Notre travail a permis de souligner la variabilité phénotypique associée au syndrome de Grange. Il nous semble essentiel qu’un suivi renforcé notamment anténatal soit réalisé chez les patients et de leurs apparentés puisque la prise en charge du GRNG et de la DFM est encore peu codifiée et les conséquences anténatales peu connues. Il est aussi important de continuer à colliger les cas pour renforcer les observations existantes.

Nous soulignons également l'utilité de la détection de petits CNV pour identifier les causes moléculaires de maladies génétiques malformatives hétérogènes.

Eléonore VIORA-DUPONT (Dijon), Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Martin CHEVARIN, Olivier PATAT, Marjolaine WILLEMS, Nicolas BOURGON, Ange-Line BRUEL, Marion AUBERT-MUCCA, Michel GALINIER, Romain ITIER, Stephane DECRAMER, Amélie PITON, Bénédicte GERARD, Clarisse BILLON, Xavier JEUNEMAITRE, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Christel THAUVIN, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Juliette ALBUISSON, Antonio VITOBELLO

10:00 - 11:00 #37740 - P203 Des rencontres familles, cliniciens et chercheurs dans les maladies ultra-rares du développement.

P203 Des rencontres familles, cliniciens et chercheurs dans les maladies ultra-rares du développement.

Depuis 2021, la filière AnDDI-Rares organise des rencontres Familles, cliniciens, chercheurs. Ces rencontres permettent d’informer les familles sur les connaissances cliniques et biologiques, comme les avancées de la recherche sur un gène identifié récemment et considéré comme ultra-rare, pour lequel il existe ou non une association ou un groupe de familles déjà constitué sur les réseaux sociaux. Ces rencontres permettent de faciliter les échanges, d’augmenter les connaissances et aussi aux familles de se sentir moins isolées. Elles peuvent aussi ainsi identifier des experts sur leur pathologie.

Ces rencontres sont co-construites avec des médecins généticiens, des chercheurs et des représentants des patients. Elles peuvent se dérouler en présentiel ou en distanciel voire même incluant des familles, cliniciens ou chercheurs à l’international pour certaines d’entre-elles.

À ce jour, 7 rencontres ont déjà été organisées :

-          Syndrome de White-Sutton/ gène POGZ (2021 en ligne et 2023 en présentiel)

-          Syndrome de Primrose / gène ZBTB20 (2021, en ligne)

-          Syndrome d'atrophie optique Bosch-Boonstra-Schaaf / gène NR2F1 (2022, en ligne)

-          Gène MYT1L (2022, en présentiel et en ligne, en version anglaise également)

-          Gène TRIO (2023, en ligne)

-          Gène TBR1 (2023, en ligne)

Les replays sont visionnables sur la chaîne You Tube de la Filière AnDDI-Rares.

En fonction des besoins identifiés, ces rencontres peuvent être axées sur les connaissances cliniques, une rencontre avec le médecin ayant décrit la première fois la maladie, les avancées de la recherche, les essais cliniques en cours, la rencontre d’intervenants paramédicaux ou médico-sociaux ou sur l’aide à la fédération des familles désirant constituer une communauté par exemple. L’intérêt du site participatif GenIDA est également présenté pour augmenter les connaissances sur la pathologie.

Les retours des familles sont très positifs. Plusieurs rencontres Familles, cliniciens, chercheurs sont déjà programmées pour la fin d’année 2023 et l’année 2024.

Gwendoline GIOT (Angers), Juliette LACRONIQUE, Juliette COURSIMAULT, Anne DEBANT, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Karine JOBARD-GAROU, Sophie NAMBOT, Valérie SALOMONE, Michèle STUDER, Angélique VERE, Laurence FAIVRE, Amélie PITON

10:00 - 11:00 #37929 - P207 Récurrence d’un syndrome de Borjeson-Forssman-Lehmann mettant en évidence une mosaïque germinale maternelle.

P207 Récurrence d’un syndrome de Borjeson-Forssman-Lehmann mettant en évidence une mosaïque germinale maternelle.

Le syndrome de Borjeson-Forssman-Lehmann est un syndrome génétique rare caractérisé essentiellement par une déficience intellectuelle, une obésité tronculaire, une dysmorphie faciale, un hypogonadisme, des doigts effilés et des orteils courts. Des variations pathogènes entraînant une perte de fonction dans le gène PHF6, situé sur le chromosome X, sont responsables de ce syndrome. Il s’agit d’une pathologie récessive liée à l’X. Généralement, les allèles nuls sont à l’origine de manifestations plus sévère que les hypomorphes. Un biais d’inactivation du chromosome X expliquerait l’expression atténuée chez certaines femmes conductrices. Aucun cas de mosaïque germinale n’a été rapporté dans la littérature. Nous présentons le cas d’un garçon présentant une déficience intellectuelle, une obésité, un hypogénitalisme et une dysmorphie, chez qui une variation tronquante pathogène et d’apparence de novo (non retrouvée dans l’ADN leucocytaire de la mère) dans le gène PHF6 a été identifiée. Par la suite, une récidive a été diagnostiquée par diagnostic prénatal chez un fœtus masculin, pour lequel, les parents ont demandé une interruption de grossesse. Cette récidive met en évidence une mosaïque germinale maternelle. Nous n’avons pas pu évaluer la possibilité d’un mosaïcisme somato-germinal maternel par l’étude d’autres tissus. Classiquement, en l’absence de données, le risque de récurrence par mosaïque germinale parentale est estimé empiriquement, entre 1 et 2%, dans ce type de situation. Aucun cas n’avait pour le moment été rapporté dans la littérature pour ce syndrome. Ceci souligne l’importance de proposer un diagnostic prénatal, en cas de variation d’allure de novo identifiée chez le cas index, d’autant plus lors de pathologies sans signes d’appel échographiques systématiques pendant la grossesse, comme c’est le cas pour le syndrome de Borjeson-Forssman-Lehmann.

Camille CENNI (Nimes), Yuliya PETROV, Nathalie RUIZ-PALLARES, Marie PORTES, Mouna BARAT-HOUARI, Philippe KHAU VAN KIEN

10:00 - 11:00 #38081 - P211 Orientation des patients en consultation d’oncogénétique après la mise en évidence sur un panel tumoral large d’un variant pathogène (VP) pouvant être de nature constitutionnelle: Retour d’expérience de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC).

P211 Orientation des patients en consultation d’oncogénétique après la mise en évidence sur un panel tumoral large d’un variant pathogène (VP) pouvant être de nature constitutionnelle: Retour d’expérience de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC).

Les avancées des thérapies ciblées pour les cancers ont conduit les plateformes de génétique moléculaire à mettre en place des panels tumoraux (PT) afin d’obtenir une caractérisation moléculaire des tumeurs pour participer aux prises de décisions des équipes oncologiques. L’exemple des inhibiteurs de PARP conditionné par des VP des gènes BRCA1/BRCA2 a souligné l’importance de circuits adaptés entre oncologie/biologie moléculaire/oncogénétique clinique (OG), afin de garantir l’orientation des patients et de leur famille si un VP pouvait être de nature constitutionnelle. La loi de bioéthique de 2021 prévoit une passerelle entre génétique tumorale et constitutionnelle avec information préalable sur l’orientation en OG avant la réalisation du PT. 

L’objectif principal de notre étude est d’évaluer l’orientation des patients en consultation d’OG après un résultat de PT montrant un VP tumoral sur un des gènes retenus.

Nous avons analysé l’ensemble des PT réalisés à l’IPC entre 2021 et 2022 dans un contexte de de recherche de cible spécifique sur une tumeur solide avancée. Les dossiers présentant un VP de classe 5 ou 4 sur 10 gènes d’utilité clinique (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, CDH1, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) ont été retenus. D’autres gènes ont été exclus étant donné la fréquence élevée des altérations de ces gènes dans certaines tumeurs.

Pour chaque dossier, nous avons relevé si une consultation d’OG avait été réalisée, si le patient présentait des critères de prédisposition héréditaire et si le résultat mentionnait la nécessité d’une consultation OG afin de caractériser l’origine du VP.

Sur les 1933 PT, 305 ont révélé au moins un VP de classe 5 ou 4 dans un des 10 gènes. 80% des 305 patients avaient un cancer métastatique et plus de 40% d’entre eux sont décédés en 2023.

Pour 156 patients (51%) la nécessité d’une consultation était mentionnée. Dans les autres cas, cela n’a pas été jugé nécessaire (délétions chromosomiques emportant le gène entier, fréquence allélique faible < 15%, …). Quand il était recommandé une consultation d’OG, elle a été réalisée dans 55% des cas, non retrouvée dans 45% des cas, une est prévue en 2024. 

A l’issue des consultations d’OG, l’origine germinale du VP a été retrouvée dans 37 cas (84% avec critères de prédisposition) et l’origine somatique confirmée pour 40 patients. 70 patients n’ont pas eu de consultation d’OG au décours du PT. Nous avons identifié plusieurs circonstances, certaines en lien avec l’évolution de la maladie (16 patients décédés dans les 6 mois suivant le résultat) ; pour d’autres pas de rendez-vous programmé (24 patients).

Cette analyse met en évidence que l’orientation des patients en consultation d’OG après un résultat de PT montrant un VP n’a été effective que dans 55% des cas. Le partenariat doit être amélioré entre oncologie/biologie moléculaire/onco-généticiens. Le devenir de l’information possiblement d’origine germinale après le décès d’un patient est un axe de progression dans nos circuits.

Dorianne LIVON (Marseille), Laetitia RABAYROL, Jessica MORETTA, Geoffrey BERTOLONE, Rémi MOUNIER, Cornel POPOVICI, Julie ROBBE, Anne-Sophie ALARY, Violaine BOURDON, Tetsuro NOGUCHI, Audrey REMENIERAS, Anthony GONCALVES, Hagay SOBOL, Catherine NOGUES

10:00 - 11:00 #37950 - P215 Classification de variants non tronquants de PTEN à partir d’une série française de patients : proposition d’une révision des critères ACMG modifiés.

P215 Classification de variants non tronquants de PTEN à partir d’une série française de patients : proposition d’une révision des critères ACMG modifiés.

La maladie de Cowden, génodermatose associant anomalies du développement et prédisposition aux cancers notamment du sein, de l'endomètre et de la tyroïde, ne représente qu'une partie du spectre des PHTS (PTEN Hamartoma Tumor Syndrome). Cette entité regroupe différents syndromes distincts, tous liés à des variants pathogènes du gène PTEN, codant une phosphatase impliquée dans la voie de signalisation intracellulaire PI3K/AKT/mTOR. 30% des anomalies identifiées sont des variants faux-sens et bien que PTEN soit extrêmement bien conservé au cours de l'évolution, la classification de ce type de variant reste complexe. L'hétérogénéité clinique et l’expressivité très variable du syndrome, parfois de révélation tardive, compliquent leur interprétation. Certains tests fonctionnels, basés sur l'activité phosphatasique ou la stabilité protéique sont d'une grande aide. Tenant compte des spécificités de ce gène, certaines équipes ont proposé des critères adaptés de la classification ACMG.

 

Dans le laboratoire de référence de l’Institut Bergonié, 76 variants non tronquants différents de PTEN ont été identifiés chez 166 patients appartenant à 106 familles. Nous avons classé ces variants selon les critères ACMG modifiés publiés. Puis, nous avons  développé une nouvelle classification des variants non-tronquants de PTEN, fondée sur 4 critères principaux : l’exploration fonctionnelle, la concordance phénotypique individuelle et familiale, la modélisation in silico et la fréquence allélique. Pour cela, nous avons mis à jour les données cliniques par l'intermédiaire de questionnaires envoyés aux différents centres prescripteurs de l’analyse initiale du gène PTEN chez les patients inclus dans l’étude et documenté les données disponibles pour chaque variant.

 

Au total, cette nouvelle classification, a permis d’identifier : 43 variants pathogènes, 20 probablement pathogènes, 9 de signification inconnue, 3 probablement bénins et 1 bénins. En comparaison avec la classification déjà publiée, nous avons été plus discriminants en reclassant 21 variants dont 6 variants de signification inconnue. Par ailleurs, 17 variants de notre étude n'avaient jamais été publiés. 

 

Ce travail est une proposition de révision des critères actuels de classification des variants PTEN, qui reposent essentiellement sur les tests fonctionnels évaluant l'activité phosphatasique de PTEN (Fitness score), alors que certains variants pathogènes publiés ne l'altèrent pas. L'utilisation complémentaire de scores sur la stabilité protéique nous est apparue essentiel (VAMP score). La prise en compte des données épidémiologiques actuelles (fréquence allélique) et la révision du score, en pondérant mieux les critères cliniques et la ségrégation familiale font apparaître une classification pragmatique plus proche de la pratique clinique. Un suivi coordonné et multidisciplinaire de ces patients reste essentiel, y compris pour la classification moléculaire.

Henri MARGOT (BORDEAUX), Thibaut MATIS, Nathalie JONES, Dominique BONNEAU, Tifanny BUSA, Francoise BONNET, Olivier CARON, Solene CONRAD, Louise CRIVELLI, Charles-Patrick EDERY, Christine FRANCANNET, Christine MAUGARD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Sabine RAAD, Laurence VENAT, Didier LACOMBE, Fréderic CAUX, Nicolas SEVENET, Virginie BUBIEN, Michel LONGY

10:00 - 11:00 #37910 - P219 Groupe de classement/ curation au sein du GGC, à quoi ça sert ?

P219 Groupe de classement/ curation au sein du GGC, à quoi ça sert ?

Une base de données de qualité agrégeant la classification des variants identifiés en oncogénétique, pour lesquels une interprétation collégiale a été établie, permet de rendre un résultat fiable pour une prise en charge harmonisée des patients. C’est avec cette finalité qu’interviennent, pour certains depuis plus de 20 ans, nos groupes de travail de curation et/ou classement, formés au sein du groupe génétique et cancer (GGC) d’UNICANCER. Ce travail est bien formalisé pour les formes majeures de prédisposition héréditaire au cancer que sont le syndrome sein/ovaire ou HBOC et les formes familiales de cancer colorectal et de polyposes (syndrome de Lynch et polyposes adénomateuses). Ces 2 groupes, composés de biologistes et ingénieurs issus de la majorité des laboratoires français, classent les variants des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, APC, MUTYH. Fort de l’expérience des premiers groupes de curation, quelques membres du GGC-laboratoire ont proposé en 2020 la création d’un groupe de travail sur les variants du gène CDH1 responsable de prédisposition dans le cancer gastrique diffus. Plus récemment, un groupe spécifique pour le gène TP53 a été créé, Des initiatives sont aussi en cours pour les gènes POLE/POLD1 ou encore SMAD4, BMPR1A et PTEN. Un groupe de travail transversal existe aussi, spécifiquement dédié aux variants d’épissage. Ces différents groupes ont des réunions mensuelles, bimensuelles ou trimestrielles. Des critères de classement spécifiques à chaque thématique ont été réfléchis et validés utilisant les critères de l’ACMG ou des modèles bayésiens permettant de calculer des probabilités qu’un variant soit pathogène. Les variants de signification incertaine retrouvés dans les laboratoires du GGC y sont discutés collégialement après synthèse préalable des données par le curateur/coordonnateur du groupe. Une décision collégiale est prise, puis la classification des variants est (i) intégrée dans la base de données FrOG accessible pour tous les membres du consortium, ou (ii) diffusée aux autres laboratoires du GGC par voie électronique si le variant n’est pas encore dans FrOG. Pour certains variants très problématiques ou sans information, le protocole COVAR peut être utilisé afin de rassembler des données de co-ségrégation familiale avec la maladie. En conclusion, ces groupes de classement permettent une interprétation de qualité et homogène sur tout le territoire. A ce jour, plus de 7000 variants ont été revus par ces différents groupes. 

Stéphanie BAERT-DESURMONT, Marie-Pierre BUISINE, Audrey REMENIERAS, Edwige KASPER, Natalie JONES, Albain CHANSAVANG, Nadim HAMZAOUI, Noémie BASSET, Florence COULET, Sophie KRIEGER, Claude HOUDAYER, Laurent CASTERA, Sandrine CAPUTO (PARIS)

10:00 - 11:00 #38588 - P223 Description clinico-moléculaire des 113 patients porteurs de variants RAD51C de classe 3 à 5 identifiés à Gustave Roussy – prévalence des cancers du sein.

Description clinico-moléculaire des 113 patients porteurs de variants RAD51C de classe 3 à 5 identifiés à Gustave Roussy – prévalence des cancers du sein.

Le gène RAD51C est un suppresseur de tumeurs agissant sur la voie de recombinaison homologue pour la réparation des cassures double brin de l’ADN. Selon la littérature, des variants perte de fonction sur RAD51C seraient en cause dans 1,3 % des familles comportant des cas de cancer du sein et de l’ovaire [1]. En raison du risque accru de cancer de l’ovaire associé aux variants délétères, ce gène a été inclus dans le panel recommandés par le Groupe génétique et cancer (GGC) pour la recherche de prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire. Malgré son criblage en routine clinique, la rareté des variants du gène RAD51C rendent sa caractérisation difficile en particulier pour son rôle dans le cancer du sein pour lequel le risque associé est actuellement considéré comme modéré, et où il n’y a donc pas de prise en charge spécifique pour la réduction du risque mammaire chez les porteurs connus.

Dans cette étude, nous proposons de décrire l’ensemble des variants de classe 3 à 5 identifiés sur le gène RAD51C, chez les patients ayant bénéficié d’un panel NGS à Gustave Roussy et ayant consenti à l’analyse de ce gène. Nous avons complété l’exploration moléculaire par RNAseq (séquençage NGS de l’ARN) pour l’analyse de l’effet de 11 différents variants d’épissage.

Au total, nous avons identifié 113 cas index porteurs de variants de ce gène dont 65 % de cancers du sein (74/112) et 23 % de cancers de l’ovaire (26/112), et 91 variants différents, dont 75 % (68/91) de variants de signification inconnue (VSI), 24 % (22/91) de variants de classe 5 et un seul variant de classe 4. Les variants délétères ont été identifiés chez 28 patients dont 50 % (14/28) de cancers du sein, 40 % (11/28) de cancers de l’ovaire et 10 % (3/28) de cas index indemnes ayant des antécédents familiaux de cancer de l’ovaire. L’étude par RNAseq a permis de démontrer l’effet majeur du variant RAD51C :c.404+2 T>C sur l’épissage. Les résultats d’analyse par RNAseq des 10 autres variants sont en cours de validation.

Cette étude donne une description des phénotypes cliniques des porteurs de variants de classe 3 à 5 sur le gène RAD51C. Ces données montrent une distribution de variant délétère comparable entre les cancers du sein et les cancers de l’ovaire. Des études complémentaires sont en cours, notamment l’étude des anomalies génétiques somatiques retrouvées dans les tumeurs mammaires des patients porteurs de variants délétères pour mieux comprendre leur implication (signature HRD).

[1] Meindl et al, Germline mutations in breast and ovarian cancer pedigrees establish RAD51C as a human cancer susceptibility gene, 2010

Walid BEN YEDDER (Villejuif), Roseline TANG, Yahia ADNANI, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Alice FIÉVET, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Odile CABARET, Etienne ROULEAU

10:00 - 11:00 #37027 - P227 Aperçu des causes génétiques du syndrome Sein-Ovaire dans une large cohorte de patients français.

P227 Aperçu des causes génétiques du syndrome Sein-Ovaire dans une large cohorte de patients français.

L'utilisation en séquençage haut débit de panel de gènes ciblés représente aujourd'hui le choix préférentiel des laboratoires de diagnostic moléculaires pour la recherche de mutations constitutionnelles chez les personnes prédisposées au syndrome de cancer héréditaire sein-ovaire (HBOC). Nous avons mené une analyse rétrospective chez 4630 patients français suspectés du syndrome HBOC. Les patients ont été étudiés à l'aide d'un panel comprenant les 13 gènes définis par le Groupe Génétique et Cancer (GGC) - Unicancer. Au total, 528 variants pathogènes et probablement pathogènes ont été identifiés dans les 6 gènes suivants : BRCA1 (n = 203, 38%), BRCA2 (n = 198, 37%), PALB2 (n = 46, 9%), RAD51C (n = 36, 7 %), TP53 (n = 16, 3 %) et RAD51D (n = 13, 2 %), gènes MMR (n = 11, 2%), PTEN (n = 4, 1%) et CDH1 (n = 1, < 1 %). Fait intéressant, le fait de retester un sous-ensemble d'individus initialement rendus BRCA1/2 négatifs par technique de séquençage Sanger a produit des résultats cliniquement pertinents dans 5 % des cas et a permis de mettre en évidence des variants complexes non détectables par nos techniques antérieures (insertion Alu, large délétion intronique) au niveau des gènes BRCA1/2. Parmi la cohorte étudiée, on retrouve 5 patients (0.1%) présentant 2 variants pathogènes dans 2 gènes différents permettant un meilleur conseil génétique dans la famille. Enfin, la combinaison d'analyses in silico (outils de prédiction de l'impact sur l'épissage) et in vitro (RT-PCR et séquençage Sanger) a mis en évidence l'impact délétère de quatre variants candidats affectant l'épissage. Nos résultats présentent un aperçu des variations pathogènes des gènes HBOC dans la région AURA, soulignant la pertinence clinique de l'analyse de l'ADNc et l'importance de retester les familles évocatrices par de nouvelles techniques et avec un panel de gènes élargi.

Ahmed BOURAS (Lyon), Souhir GUIDARA, Mélanie LEONE, Adrien BUISSON, Tanguy MARTIN-DENAVIT, Sophie DUSSART, Christine LASSET, Sophie GIRAUD, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Zine-Eddine KHERRAF, Damien SANLAVILLE, Sandra FERT-FERRER, Marine LEBRUN, Valérie BONADONA, Alain CALENDER, Nadia BOUTRY-KRYZA

10:00 - 11:00 #37633 - P231 CDH1 et panel diagnostique NGS : retour d'expérience à partir de 11 familles et prise en charge des familles sans cancer de l'estomac.

CDH1 et panel diagnostique NGS : retour d'expérience à partir de 11 familles et prise en charge des familles sans cancer de l'estomac.

Germline pathogenic variants in E-cadherin (CDH1) confer high risk of developing lobular breast cancer and diffuse gastric cancer (DGC). The cumulative risk of DGC in CDH1 carriers has been recently reassessed (from 40–83% by age 80 to 25–42%) and varies according to the presence and number of gastric cancers in the family. As there is no accurate estimate of the risk of gastric cancer in families without DGC, the International Gastric Cancer Linkage Consortium recommendation is not straightforward: prophylactic gastrectomy or endoscopic surveillance should be proposed for these families.

The inclusion of CDH1 in constitutional gene panels for hereditary breast and ovarian cancer and for gastrointestinal cancers, recommended by the French Genetic and Cancer Consortium in 2018 and 2020, leads to the identification of families with lobular cancer without DGC but also to incidental findings of pathogenic variants. Management of CDH1 carriers in case of incidental findings is complex and causes dilemmas for both patients and providers.

We report eleven families (47 CDH1 carriers) from our oncogenetic department specialized in breast and ovarian cancer, including four incidental findings. We confirmed that six families did not have diffuse gastric cancer in their medical records. We discuss the management of the risk of diffuse gastric cancer in Hereditary Lobular Breast Cancer (HLBC) through a family of 11 CDH1 carriers where foci were identified in endoscopic surveillance. We also report a new colon signet ring cancer case in a CDH1 carrier, a rare aggressive cancer included in CDH1-related malignancies.

Article publié : Lepage M, Uhrhammer N, Privat M, Ponelle-Chachuat F, Kossai M, Scanzi J, Ouedraogo ZG, Gay-Bellile M, Bidet Y, Cavaillé M. Case Series of 11 CDH1 Families (47 Carriers) Including Incidental Findings, Signet Ring Cell Colon Cancer and Review of the Literature. Genes. 2023; 14(9):1677. https://doi.org/10.3390/genes14091677

Mathis LEPAGE (Clermont ferrand), Nancy UHRHAMMER, Maud PRIVAT, Flora PONELLE, Mathilde GAY-BELLILE, Zangbéwendé Guy OUEDRAOGO, Yannick BIDET, Mathias CAVAILLÉ

10:00 - 11:00 #37913 - P235 Méthylations constitutionnelles du promoteur de BRCA1 en mosaïque : contribution aux cancers du sein familiaux et aux cancers du sein chez l’homme.

P235 Méthylations constitutionnelles du promoteur de BRCA1 en mosaïque : contribution aux cancers du sein familiaux et aux cancers du sein chez l’homme.

Introduction: Les méthylations constitutionnelles du promoteur de BRCA1 augmentent le risque de cancer du sein précoce, de cancer du sein triple-négatif, et de cancer de l’ovaire. Elles sont le plus souvent retrouvées à l’état de mosaïque, et sont donc considérées comme des évènements « de novo ». Cependant, certaines histoires familiales de cancers du sein pourraient être partiellement expliquées par des méthylations de BRCA1. Par ailleurs, le rôle de ces méthylations sur le risque de cancer du sein chez l’homme n’a jamais été évalué.

Méthodes : Dans une première cohorte, nous avons sélectionné 20 cas index féminins atteints de cancer du sein précoce et issus de familles présentant une agrégation de cancer du sein mais sans variants pathogènes sur les gènes majeurs de prédisposition ; ainsi que 20 témoins appariés sur l’âge. La recherche de méthylation de BRCA1 sur ADN leucocytaire a été réalisée par MS-HRM (methylation-sensitive high-resolution melting), et était associé à la recherche de variant pathogène dans 32 gènes additionnels impliqués dans la réparation de l’ADN. Chez les cas présentant une méthylation de BRCA1 et leurs apparentées atteintes disponibles, une analyse en pyroséquençage a été réalisée sur ADN leucocytaire, buccal, et tumoral.  Dans une seconde cohorte, 40 hommes atteints de cancer du sein et sans diagnostic génétique ont été analysés. Dans les deux cohortes, des analyses génomiques tumorales ont été réalisées pour démontrer le rôle de BRCA1 dans l’oncogenèse (recherche de perte d’hétérozygotie [LOH] et signature de défaut de la recombinaison homologue [HRD]).

Résultats : Parmi les 20 cas index de la première cohorte, deux étaient porteurs de variants pathogènes dans des gènes de prédisposition à pénétrance intermédiaire (ATM et BARD1). Parmi les 18 autres, huit (44%) présentaient une méthylation de BRCA1 (versus aucun des 20 témoins). Les taux de méthylation retrouvés dans les prélèvements sanguins et les frottis buccaux n’étaient pas compatibles avec du matériel tumoral circulant. L’implication de BRCA1 dans l’oncogenèse était démontrée dans la plupart des cas évalués (5/6, 83%) par une LOH et une signature HRD. Parmi les 8 cas index méthylés, deux avaient des apparentées atteintes chez qui une méthylation de BRCA1 était également détectée. Parmi les 40 hommes de la seconde cohorte, deux (5%) présentaient une méthylation leucocytaire de BRCA1. Cependant, les analyses tumorales n’étaient pas en faveur de l’implication de BRCA1 dans ces cancers du sein masculins : pas de LOH ni signature HRD.

Conclusion : La prévalence élevée de méthylation du promoteur de BRCA1 en mosaïque chez des cas index de familles de cancers du sein, ainsi que ces premières descriptions d’agrégation familiale de méthylation de BRCA1 en mosaïque, montrent que cet évènement de novo peut contribuer à des cas familiaux de cancers. En revanche, les méthylations constitutionnelles de BRCA1 ne semblent pas être impliquées dans le cancer du sein chez l’homme.

Mathias SCHWARTZ (Paris), Sabrina IBADIOUNE, Albain CHASAVANG, Sophie VACHER, Sandrine CAPUTO, Hélène DELHOMELLE, Mathilde FILSER, Kevin MERCHADOU, Olfa TRABELSI-GRATI, Jennifer WONG, Khadija ABIDALLAH, Virginie MONCOUTIER, Veronique BECETTE, Tatiana POPOVA, Voreak SUYBENG, Nadia BOUTRY-KRYZA, Marie-Charlotte VILLY, Antoine DE PAUW, Marc-Henri STERN, Chrystelle COLAS, Emmanuelle MOURET-FOURME, Dominique STOPPA-LYONNET, Lisa GOLMARD, Ivan BIECHE, Julien MASLIAH-PLANCHON

10:00 - 11:00 #38188 - P239 High-Resolution Melting (HRM), une technique simple pour rechercher un mécanisme rare dans le syndrome de Lynch: l’hyperméthylation constitutionnelle du promoteur du gène MLH1.

P239 High-Resolution Melting (HRM), une technique simple pour rechercher un mécanisme rare dans le syndrome de Lynch: l’hyperméthylation constitutionnelle du promoteur du gène MLH1.

L’HRM (High-Resolution Melting) est une PCR en temps réel semi-quantitative, sensible et peu coûteuse, utilisée en routine dans les laboratoires de diagnostic et de recherche dans le criblage de mutants et la recherche d’hyperméthylation de l’ADN tumoral.

Dans les tumeurs du spectre du syndrome de Lynch (prédisposition aux cancers: côlon-rectum, endomètre, ovaire, estomac..) présentant une instabilité des microsatellites et une perte d’expression de la protéine MLH1 isolée ou en association avec la protéine PMS2 en immunohistochimie, l’identification d‘une hyperméthylation du promoteur du gène MLH1 suggère une origine sporadique, en particulier dans les cancers colorectaux mutés V600E sur le gène BRAF.

Cependant, de rares cas de patients porteurs d’une hyperméthylation constitutionnelle du promoteur de MLH1 (HMCP-MLH1), responsable d’un syndrome de Lynch, ont été décrits. En l’absence de recommandations nationales, nous avons constaté une grande disparité entre cliniciens dans les habitudes de prescription de l’HMCP-MLH1.

Nous proposons donc, à travers cette série de 74 patients avec tumeur hyperméthylée-MLH1 et ayant eu une analyse constitutionnelle des gènes MMR, d’établir des critères cliniques devant faire rechercher une HMCP-MLH1, et nous démontrons l’efficacité de la technique HRM pour réaliser cette analyse à partir d’ADN issu de prélèvements sanguin et salivaire. 

En raison de l’histoire tumorale personnelle et/ou familiale des patients, 28 ADNs ont été testés par la technique de référence, le pyroséquençage au CHU de Lille, dans un cadre diagnostique (1^ère série). Les ADNs de 46 patients moins évocateurs d’une prédisposition génétique non testés en routine, l’ont été dans le cadre de ce travail par HRM, à l’Institut Curie (2^ème série). Une gamme de dilution avec deux ADN équimolaires non-méthylé et hyperméthylé a été faite pour déterminer le seuil de sensibilité de la technique HRM.

Au total, une HMCP-MLH1 était présente chez 5/74 (6,7 %) de nos patients. Dans la 1^ère série, 3/28 patients présentaient une HMCP-MLH1 dont 2 à faible taux. L’un de ces deux patients a développé un second cancer du spectre du syndrome de Lynch MSI avec perte de MLH1 et hyperméthylation tumorale-MLH1. Dans la 2^ème série de 46 ADNs testés par HRM, une HMCP-MLH1 a été identifiée chez 2 patients. Pour valider les différents résultats, nous avons passé en HRM dont le seuil est déterminé à 0,4%, les 28 ADN analysés par pyroséquençage (technique de référence) et en pyroséquençage les 2 cas positifs identifiés par HRM. Nos résultats sont concordants à 100% par les 2 techniques.

L’HRM trouve donc toute sa place, avec une grande sensibilité et un faible coût, dans l’identification des patients porteurs de ce type d’altération rare mais avec un impact clinique majeur pour le patient et ses apparentés. Nous proposons des critères cliniques qui pourraient permettre d’harmoniser les pratiques de prescription de cette analyse et d’identifier les patients concernés.

Olfa TRABELSI GRATI (Paris), Hélène DELHOMELLE, Sabrina IBADIOUNE, Frédéric MARAONE, Mathieu SÉNÉ, Virginie MONCOUTIER, Bruno BUECHER, Emmanuelle FOURME, Marion GAUTHIER-VILLARS, Marie-Charlotte VILLY, Mathilde FILSER, Faustine JOHANNES, Julien MASLIAH-PLANCHON, Julie LECLERC, Michel BAHUAU, Lisa GOLMARD, Anne VINCENT-SALOMON, Dominique STOPPA-LYONNET, Ivan BIECHE, Chrystelle COLAS

10:00 - 11:00 #37627 - P243 Détection d’ADN tumoral circulant lors de la prise en charge d’un carcinome épidermoïde de la tête et du cou opérable loco-régionalement avancé (étude PERSO-NECK).

Détection d’ADN tumoral circulant lors de la prise en charge d’un carcinome épidermoïde de la tête et du cou opérable loco-régionalement avancé (étude PERSO-NECK).

Introduction: La moitié des patients atteints d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou (CETEC) loco-régionalement avancé opérable et négatif à l’HPV rechuteront. Notre objectif dans cette étude est d'évaluer le taux de détection de l'ADN tumoral circulant (ADNtc) avant et après la chirurgie et de corréler avec les caractéristiques de base.

 

Méthodes : Cette étude prospective (NCT03896412) a inclus 40 patients CETEC, HPV négatifs, traités à visée curative pour un stade localement avancé (T3/T4 ou ganglion positif (N+)) par chirurgie suivie d'une radio ou radiochimiothérapie. Nous avons recherché une altération des gènes sur le tissu tumoral et l'ADN circulant (ADNc). Un prélèvement sanguin a été réalisé le jour de l’intervention chirurgicale et le lendemain. Nous avons utilisé un panel personnalisé développé à partir de la base TCGA ciblant tous les exons des gènes AJUBA, TP53, CASP8, PIK3CA, NOTCH1, HRAS, CDKN2A, FAT1, NFE2L2, NSD1 et EPHA2. Les analyses bio-informatiques ont été effectuées avec trois pipelines distincts. Un variant est considéré comme pathogène lorsqu’il est répertorié ainsi dans les bases de données et qu’il est détecté par les trois pipelines bio-informatiques. La profondeur de séquençage obtenue est de 2000X pour les tumeurs et de 9000X pour l'ADNc.

 

Résultats : Parmi les 40 patients, 18 (45 %) avaient une maladie de stade T4, 25 (62,5 %) une maladie N+. Concernant les tumeurs, 36/40 (90 %) avaient une quantité et une qualité d’ADN suffisantes pour une analyse par NGS.

Au moins un variant pathogène a été identifié chez 30/36 tumeurs (83,3 %) : TP53 était muté dans la plupart des cas (93,3 %), PIK3CA muté dans 8,3 %, FAT1 muté dans 5,6 % et CASP8 muté chez 2,8 % des patients.

Aucun variant pathogène n'a été trouvé sur les gènes AJUBA, NOTCH1, HRAS, CDKN2A, NFE2L2, NSD1 et EPHA2. L'analyse de l'ADNc avant la chirurgie a révélé au moins un variant pathogène chez 8 patients. Dans tous les cas, le variant détecté dans l’ADNtc était identique à celui détecté dans la tumeur. Toutes les tumeurs mutées présentent une mutation du gène TP53. Pour 3 patients, nous détectons plusieurs variants simultanément. La fréquence allélique dans l'ADNtc variait de 29,95 % à 0,33 %.

 

Le taux d’ADN total circulant (ADNtotc) était significativement augmenté après la chirurgie (11,24 ng/mL contre 14,70 ng/mL, p < 0,0001). Un seul patient présente un variant pathogène circulant (TP53 c. 559+1G > A) en post opératoire et à progression qui n’était pas présent dans son tissu tumoral et dans son prélèvement sanguin pré opératoire.

 

Conclusions : Dans cette cohorte de CETEC négatifs a l’HPV et localement avancés, notre panel NGS personnalisé a identifié des variants pathogènes dans 83,3 % des tumeurs, mais seulement dans 20 % des échantillons d'ADNc préopératoires. Malgré l’augmentation de l’ADNtotc après la chirurgie, qu’un seul variant pathogène a été identifié dans les échantillons sanguins.

Ludivine BEAUSSIRE-TROUVAY (Rouen), Berghian ANCA, Elodie BOHERS, Viennot MATHIEU, Burel LUCIE, Libraire JULIE, Franchel-Raïs OBONGO-ANGA, Sarafan-Vasseur NASRIN, Frédéric DI FIORE, Florian CLATOT

10:00 - 11:00 #38247 - P247 Facteurs influençant l'observance dans un programme de suivi de femmes ayant une prédisposition génétique au cancer du sein : Données en vie réelle du programme Phare Grand Ouest.

P247 Facteurs influençant l'observance dans un programme de suivi de femmes ayant une prédisposition génétique au cancer du sein : Données en vie réelle du programme Phare Grand Ouest.

Contexte : 

Les programmes de suivi ciblant des femmes ayant une prédisposition génétique au cancer du sein supposent une observance optimale pour être efficaces. Néanmoins, à ce jour, il n’existe pas de données à notre connaissance analysant le niveau d’observance dans une population à risque élevé de cancer du sein.

Objectif :

Déterminer les facteurs influençant l'observance à un programme de suivi chez des femmes dans un contexte de prédisposition génétique au cancer du sein.

Méthodes :

Nous avons étudié les données du suivi mammaire du programme Phare Grand Ouest couvrant quatre régions françaises, pour les femmes présentant un niveau de risque de cancer du sein dit « très élevé ». La population étudiée comprenait les femmes porteuses d’un variant pathogène constitutionnel du gène BRCA1 ou du gène BRCA2 ou ayant un risque cumulé sur la vie supérieur à 20-25% selon l’outil BOADICEA en l’absence d’altération BRCA. Les facteurs déterminant l’observance au suivi ont été analysés par un modèle logistique multiniveaux en prenant comme variable dépendante un suivi mammaire effectué à temps ou en retard.

Résultats :

Au total, 778 participantes ont été suivies pendant une période médiane de 4,7 ans (287 BRCA1, 218 BRCA2, 273 haut risque sans altération identifiée). Nous avons analysé 2 796 bilans de suivi mammaire (3,4 par femme) dont 5,4 % de bilans effectués avec 6 à 12 mois de retard. Les femmes ayant un antécédent de cancer du sein et celles porteuses de variants pathogènes BRCA1 ou BRCA2 n'ont pas été plus ponctuelles que les autres pour leur dépistage annuel. Une meilleure observance a été constatée après le deuxième tour de suivi et au-delà de 4 tours de suivi. Le fait d’avoir eu des examens de surveillance supplémentaires en dehors du bilan annuel était significativement associé à une moins bonne observance. Aucun facteur contextuel (tels que le niveau de vie, la densité de médecins généralistes ou d’appareils d’IRM dans la zone de résidence) n'était associé à l'observance. De plus, le nombre de tours de suivi retardés a augmenté entre 2018 et 2020 par rapport à la période 2015-2017.

Conclusion :

Le fait d'être porteur d’un variant pathogène BRCA ne se traduit pas par une meilleure observance du programme de suivi. Toutefois, les facteurs directement liés aux tours de dépistage (tels que rang et nombre total de tours) réduisent les reports. De futures recherches pourraient explorer la plus-value des facteurs liés à l’organisation du programme de suivi contribuant à l'amélioration de l’observance.

Ke ZHOU, Martine BELLANGER, Louise CRIVELLI, Sandy LAHAM, Charlotte HUET (RENNES), Caroline ABADIE, AU NOM DU GROUPE PHARE GRAND OUEST

10:00 - 11:00 #37849 - P251 DrugOrder : une méthode automatisée d’identification de variants cibles thérapeutiques issus du séquençage d’un large panel de gènes.

P251 DrugOrder : une méthode automatisée d’identification de variants cibles thérapeutiques issus du séquençage d’un large panel de gènes.

Le séquençage de larges panels de gènes pour identifier des biomarqueurs tumoraux menant à un traitement optimisé ou à un essai clinique devient une pratique courante dans le parcours de soins des patients atteints de cancer. Une des limites de ces analyses est la difficulté pour les biologistes d'effectuer une hiérarchisation standardisée et actualisée des variants actionnables associés à un médicament pertinent, en tenant compte de l'histologie de la tumeur du patient.
Pour répondre à ce besoin nous avons développé une méthode automatisée nommée DrugOrder, permettant de hiérarchiser les variants associés à un médicament, basée sur 19 critères de classification, qui hiérarchisent les associations en fonction des preuves cliniques, de la maladie du patient, de l'impact du variant et de la similarité du variant avec des variants cités dans les bases de données de référence.
Les performances de DrugOrder ont d'abord été évaluées sur 371 tumeurs simulées pour contenir au moins un variant actionnable. Toutes les associations impliquant une thérapie approuvée par la FDA ont été identifiées et 93 % des variants identifiés ont été classés en première position. DrugOrder a également été évalué en analysant 15 tumeurs préalablement analysées par Foundation Medicine Incorporation (FMI) ® et re-séquencées après la mise au point d’un test à façon comprenant la capture d’un panel 639 gènes de cancer et un panel ciblant 57 gènes impliqués dans des transcrits de fusion. Les analyses au laboratoire avec DrugOrder ont correctement identifié les variants associés à des thérapies précédemment détectées par FMI. Enfin, 63 autres tumeurs ont été séquencées au laboratoire puis analysées par un biologiste sans l’aide de DrugOrder, cette analyse est comparée aux résultats de DrugOrder. DrugOrder a permis d’identifier tous les variants actionnables associés aux médicaments approuvés par la FDA et a classé en première position 86% des variants identifiés par le biologiste. DrugOrder a identifié également des cibles non reportées par le biologiste mais pouvant faire l’objet de discussion clinico-biologique.
DrugOrder présente de bonnes performances et permet d’aider les biologistes à mettre les variants les plus importants cliniquement au premier plan de leur analyse et représenter un gain de temps considérable à l’analyse.

Nicolas SOIRAT (), Sophie KRIEGER, Nicolas HAMADOUCHE, Nicolas GOARDON, Mélanie BROUTIN, Raphaël LANOS, Jiri RUZICKA, Sacha BEAUMEUNIER, Anne-Laure BOUGÉ, Nicolas PHILIPPE, Dominique VAUR, Denis BERTRAND, Laurent CASTÉRA

10:00 - 11:00 #38103 - P255 Mise en place du testing HRD en SNP-array : validation du score nLST développé par les hôpitaux universitaires de Genève.

P255 Mise en place du testing HRD en SNP-array : validation du score nLST développé par les hôpitaux universitaires de Genève.

Contexte : Les patientes atteintes de cancers de l’ovaire de haut grade dont la tumeur présente un déficit de la recombinaison homologue (HRD), peuvent bénéficier depuis 2020 d’une thérapie ciblant les enzymes PARP. En 2020, le projet européen ENGOT a initié le développement de tests moléculaires alternatifs à la solution proposée par la société MYRIAD. Parmi ceux-ci, la solution développée par les hôpitaux universitaires de Genève sur SNP-array (OncoScan CNV Assay, Affymetrix) qui permet de déterminer un score d’instabilité génomique basé sur la normalisation du nombre de points de cassure (nLST, de l’anglais « normalized large scale state transition ») a été validé sur 469 échantillons de la cohorte PAOLA-1/ENGOT-_ov25 avec une concordance de 89% et un taux d’échec de 2%. L’algorithme développé est disponible publiquement dans un package R sur GitHub et R/Bioconductor.

Méthode : Nous avons sélectionné 37 cas pour lesquels le statut Myriad était connu dont 19 cas HRD-Myriad positif, 18 cas HRD-Myriad négatif parmi lesquels 4 cas avaient un score HRD autour du seuil de 42, et 5 cas non contributifs (NC) Myriad. Le seuil de positivité du testing HRD à partir de la SNP-array est celui défini par l’équipe de Genève (seuil de positivité du score nLST ³ 15). Nous avons mené une validation de méthode avec tests de répétabilité, reproductibilité, justesse et sensibilité.

Résultats : Sur les 37 cas classés par Myriad, nous avons obtenu 86% de cas concordants (confirmation de 18 cas positifs et 14 cas négatifs). Parmi les cinq cas discordants, on observe trois cas proches du seuil dont deux avec des scores de 38 et 40 Myriad et des scores nLST de 15,5 et 16,5 respectivement, un cas avec un score Myriad de 42 et un score nLST de 8,5, ainsi qu’un cas rendu négatif Myriad avec un score n-LST de 19 associé à la détection d’un grand réarrangement du gène BRCA2. Parmi les 5 cas NC, un cas est resté NC sur des critères qualités non satisfaisants et les 4 autres cas sont classés négatifs par le score nLST. Les tests de répétabilité et reproductibilité menés démontrent la robustesse de la technique et de l’algorithme.

Conclusion : Le test développé par les hôpitaux universitaires de Genève a été implémenté avec succès dans notre laboratoire. Le score nLST montre une bonne concordance avec le score Myriad. Il a permis de rattraper un cas avec un grand réarrangement de BRCA2 initialement rendu négatif par Myriad. L’approche par SNP-array présente pour avantage d’être facilement implémentable pour les laboratoires possédant cette technologie et constitue une alternative aux approches NGS.

 

Mélissa ALAME, Laetitia MAYEUR, Claire LARMONIER, Jennifer CHIRON, Flora REBIER, Yannick LEGER, Julie BLASQUIZ, Isabelle SOUBEYRAN (Bordeaux)

10:00 - 11:00 #38310 - P259 Développement d’un process multiparamétrique automatisé, de l’échantillon (biopsie liquide, tissus inclus en paraffine) au résultat pour le diagnostic des tumeurs par PCR digitale.

P259 Développement d’un process multiparamétrique automatisé, de l’échantillon (biopsie liquide, tissus inclus en paraffine) au résultat pour le diagnostic des tumeurs par PCR digitale.

Contexte : La PCR digitale (dPCR) est une technologie particulièrement adaptée en génétique somatique, c’est une technique sensible et rapide. Son utilisation permet de personnaliser les traitements des patients au diagnostic, d’informer sur les mécanismes de résistance à la progression et de suivre la charge tumorale en monitoring. La place de plus en plus importante de cette technologie, nécessite l’automatisation complète du flux, de l’échantillon à l’interprétation des résultats, afin d’optimiser le délai de rendu et standardiser les étapes.

 

Méthode : La solution automatisée utilise la chimie Maxwell^® (Promega) et le système Naica^® Digital PCR (Stilla). Différentes étapes ont été inclues : l’extraction, la quantification et la dilution des ADN et ADN libre circulant, la préparation des mix PCR et le chargement des puces Ruby. Toutes ces étapes ont été automatisées sur un robot pipeteur STAR (Hamilton). Le process a été rendu compatible pour pouvoir intégrer différents types de kits commerciaux (ID Solutions, Stilla …) ou des panels à façon afin de pouvoir anticiper l’ajout de futurs biomarqueurs. Pour compléter ce flux, une application web a été développée pour permettre de faciliter l’interprétation biologique des données de dPCR.

 

Résultats : L'automatisation de l’extraction des ADN (Maxwell^® HT DNA FFPE Isolation System Promega) permet de traiter jusqu’à 96 échantillons par run en moins de 120 minutes. La qualité et le rendement des extractions sont améliorés. L'automatisation de l’extraction des ADN circulants (Maxwell^® HT ccfDNA Kit) permet de gérer jusqu’à 24 échantillons par run en moins de 150 minutes. Le protocole peut gérer différents volumes de plasma : de 2 ml à 8ml. La proportion de cfDNA extrait est de plus de 90% et le rendement est amélioré par rapport à la technique actuellement en routine[MdT1] . L’utilisation du robot pour préparer les plaques PCR et réaliser les dilutions permet un gain de temps (15 minutes par plaque) et évite les erreurs de pipetage. Le chargement des puces Ruby par le robot est standardisé. Les résultats exportés depuis l’outil Crystal Miner (Stilla) sont exportés vers une interface web intégrant les règles de décision des kits, les critères de validation de dPCR et les informations cliniques issues du système de gestion du laboratoire (SGL) pour mettre ces résultats de dPCR dans leur contexte pour aider à la validation biologique. Après interprétation, les résultats sont envoyés dans le SGL (format .xml) pour compléter automatiquement le compte-rendu diagnostic.

 

Conclusion : Cette solution complète multiparamétrique et totalement automatisée permet : le traitement d’un plus grand nombre d’échantillons ; une standardisation des protocoles ; un gain de temps ; la réduction du risque d’erreur ; l’analyse et l’interprétation des résultats et leur intégration dans le système de gestion du laboratoire. Ce process garantit la qualité des résultats et facilite le travail des techniciens et des biologistes.

Florent DENOUAL, Marie-Dominique GALIBERT, Alexandra LESPAGNOL (Rennes), Marie DE TAYRAC, Sahbi BEN KILANI, Remi DANGLA, Etienne FRADET, Nans BODET, Ismail CISSE, Isabelle PROST, Lise GREWIS, Christophe CARPENTIERI

10:00 - 11:00 #37840 - P263 Exploration de BRCA1 et BRCA2 sur ADNct, mise au point technique.

P263 Exploration de BRCA1 et BRCA2 sur ADNct, mise au point technique.

Contexte : Depuis novembre 2022, l’olaparib, un traitement anti-PARP, a obtenu son AMM et remboursement en France pour les cancers de la prostate métastatiques résistants à la castration, avec mutation des gènes BRCA1/2 germinale et/ou somatique.  La recherche de ces altérations sur tissu est problématique car les biopsies primitives sont souvent anciennes, et les métastases sont souvent osseuses. L’association française d’urologie a émis en mars 2022 des recommandations en cas de non contributivité de l’analyse sur tissu : analyser sur ADNcirculant tumoral (ADNct). L’objectif du projet est de mettre en place une technique de détection des altérations de BRCA1/2 sur ADNct, efficace, et à un coût maitrisé.

Méthode : 13 plasmas présentant 21 mutations de BRCA1/2 ou TP53, initialement détectées en germinale ou en somatique, ainsi que 3 contrôles commerciaux (15 mutations), ont été explorés. Les plasmas des patients étaient issus de la cohorte olaparib de l’essai MOST-Plus (NCT02029001). En moyenne, 10ml de plasma étaient extraits avec le kit QIAmp MinElute ccfDNA. Un kit commercial de capture « panel Mini-HRS » de Sophia Genetics, couplé à l’outil bio-informatique « Sophia DDM », a été utilisé pour l’analyse. L’étape de fragmentation a été volontairement omise (ADNct naturellement fragmenté).

Résultats: La quantité d’ADNct extraite était en moyenne de 56.4 ng/ml de plasma. A une limite de détection fixée à 1% de fréquence allélique, 94% des mutations attendues étaient retrouvées (34/36). Cinq mutations étaient uniquement détectées sur ADNct. Au minimum, 20 ng de prise d’essai et 6.5 millions de reads par échantillon étaient suffisants pour détecter les altérations moléculaires d’intérêts.

Conclusion : Le kit de capture « panel Mini-HRS » peut être utilisé pour rechercher les altérations de BRCA1/2 sur ADNct, sous réserve d’une validation de méthode effective. Des tests avec un panel de gènes plus important est en cours (gènes HRR).

L’essai MOST-plus a été financé par the Foundation ARC Association contre le Cancer (Grant PGA120140200809) ; LYRICAN (INCA-DGOS-INSERM 12563). Ce projet de testing moléculaire a été financé en partie par Astrazeneca (le reste sur fond propre).

Gaëlle TACHON (Lyon), Gwenaële GARIN, Séverine TABONE, Marie POLITO, Olivier TREDAN, Adrien BUISSON

10:00 - 11:00 #37894 - P267 Impact du profilage moléculaire et de la classification ESCAT sur la survie des patients : l’expérience de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire moléculaire de l’Institut Curie.

P267 Impact du profilage moléculaire et de la classification ESCAT sur la survie des patients : l’expérience de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire moléculaire de l’Institut Curie.

Introduction: The European Society of Medical Oncology Scale of Actionability of molecular Targets (ESCAT) classification system provides a standardized framework for categorizing genomic alterations (GA) of advanced cancer patients. We aimed to analyze the impact of matched therapies administered based on GAs identified through Institut Curie Molecular Tumor Board (MTB) between January 2018 and December 2022, according to ESCAT classification.

Patients and methods: Between 2018 and 2022, 1,445 patients were discussed at Institut Curie MTB. Inclusion criteria were pre-defined as: adult patients ( > 18 years) with advanced or rare cancers. Tumors characteristics, pathological and genomic analyses, MTB conclusions, and follow-up after MTB were collected. Molecular analyses included a custom in-house NGS panel of 571 genes (DRAGON) and targeted RNAseq (ARCHER FusionPlex® CTL panel) or WGS, WES and RNAseq performed on the SEQOIA platform as part of the French Genomic Medecine Plan 2025. Clinical endpoints were Objective Response Rates (ORR), Progression-Free Survival (PFS) and Overall Survival (OS). ORR, PFS and OS of the population of patients receiving matched therapies were analyzed according to ESCAT Tiers.

Results: Median patients age was 59 in the global MTB population (range=18-95; n=1,445) and mostly females (968/1,445; 67%). Most frequent tumors were from breast (20%), head and neck (10%), pancreas (10%), colon/rectum (9%), ovary (7%), lung (7%), soft tissue (7%), uterus (6%) or uveal melanoma (5%). Of the 1,445 patients, 995 had a tumor molecular profiling (69%). Actionable GAs were found in 576/995 (58%) of patients and 211/995 (21%) patients were oriented towards matched therapy. Simultaneously, some patients have also been referred to a genetic consultation when GA may correspond to a known predisposition gene. Among the 211 patients oriented towards matched therapy and after clinical evaluation for each patient, 101/211 (47%) representing 101/995 (10%) of the total patients actually received a matched therapy according to 102 actionable GAs identified through MTB analysis. The main actionable GAs detected were found in PIK3CA (12%), ERBB2 (11%), BRCA2 (6%) and FGFR3 (5%) genes. Among these, 40/102 GAs (40%) were classified as tier I, 4 (4%) as tier II, 35 (35%) as tier III, 18 (18%) as tier IV and 5 (5%) as tier X according to ESCAT. For those patients, PFS and OS were significantly improved when treatment was administered based on ESCAT tiers I/II (p=0.0486 for PFS, and p=0.0224 for OS). Worst clinical outcomes were observed for hypothetical targets classified as Tiers III and IV.

Conclusions: High throughput screening was feasible for a majority of patients enrolled in the MTB. Among the patients screened, actionable GAs are identified in 58% of the patients. Yet 21% were oriented to matched therapy. Finally, 10% of patients were eventually treated with matched therapy, with a favorable outcome observed in patients with ESCAT Tiers I/II.

Julien MASLIAH PLANCHON, Julien MASLIAH PLANCHON (Paris), Samia MELAABI, Olfa TRABELSI-GRATI, Jennifer WONG, Abderaouf HAMZA, Keltouma DRIOUCH, Céline CALLENS, Kimya RAHMANI NARJ ABADI, Raphaël SANCHEZ, Célia DUPAIN, Isabelle GUILLOU, Grégoire MARRET, Zahra CASTEL-AJGAL, Marie-Paule SABLIN, Cindy NEUZILLET, Amani LECERF ASNACIOS, Edith BORCOMAN, Ségolène HESCOT, Florence COUSSY, Manuel RODRIGUES, Nicolas GIRARD, Sarah WATSON, Emmanuelle MOURET-FOURME, Chrystelle COLAS, Samantha ANTONIO, Odette MARIANI, Michèle NIJNIKOFF, Anne VINCENT-SALOMON, Yves ALLORY, Dominique STOPPA-LYONNET, Christophe LE TOURNEAU, Maud KAMAL, Ivan BIÈCHE

10:00 - 11:00 #37559 - P271 Pertinence clinique de l’étude multiparamétrique de l'ADNcf pour le diagnostic des évènements précoces après transplantation pulmonaire.

P271 Pertinence clinique de l’étude multiparamétrique de l'ADNcf pour le diagnostic des évènements précoces après transplantation pulmonaire.

Introduction

Alors que de nombreuses études montrent l’intérêt clinique de l’ADNcf issu du donneur (ADNcf-dd) après transplantation d’organe, ce biomarqueur semble néanmoins manquer de spécificité pour le diagnostic du rejet et notament dans la phase précoce après transplantation pulmonaire (TP).

L’objectif de notre étude est de déterminer la pertinence de différentes caractéristiques de l’ADNcf à J15 et J30 après TP dans les évènements précoces de la TP (les rejets aigu (RA) et les infections (INF)) par l’analyse de la quantification d’ADNcf total, le pourcentage de l’ADNcf-dd (%ADNcf-dd) et de sa cinétique de décroissance entre les deux temps et l’étude du fragmentosome.

Matériels et méthodes

Il s’agit d’une étude prospective, monocentrique incluant 62 patients, transplantés pulmonaires à l’hôpital de Marseille Nord (étude LARA). Les patients sont prélèvés 15, 30, 90, 180 et 365 jours après la transplantation avec des tubes Cell-Free DNA Collection Tube (Roche). L’extraction de l’ADNcf est effectué par le kit commercial IDXtract MAG – cfDNA (ID Solution®). La quantification de l’ADNcf total est effectuée par droplet digital PCR (ddPCR) et la determination de l’ADNcfdd est effectué par NGS (kit AlloSeq cfDNA – CareDX®). Le profil de taille est effectué grâce au système BIABooster (Adelis®). Un suivi clinique et une biopsie à J30 permettent de composer les groupes : stable, non stable : RA , INF et RA + INF.

Résultats 

Alors que la quantification de l’ADNcf total n’est pas corrélée au statut du patient, les patients « stables » ont une cinétique de décroissance rapide du %ADNcf-dd pour atteindre un plateau < 1% à partir de J90. Le ratio de décroissance de l’ADNcf-dd est prédictif (p=0,0001) à J30 du statut « stable » de celui « non stable » (ratio moyen 3.05 (+/-1.80) vs 1.38 (+/-1.00), respectivement). Le %ADNcf-dd est plus élevé pour les patients « non stables » à J30 (p=0,0004) sans pouvoir cependant discriminer le RA de l’INF. Parmi les patients « non stables », l’analyse du pourcentage de petites tailles (80-120 pb) permet d’isoler les INF (VPP = 100%). A partir des analyses de courbes ROC, un algorithme combinant les différents paramètres d’étude de l’ADNcf  déterminant les évènements à J30 de la TP est proposé.

Conclusion

Ces données innovantes plaident en faveur d’une étude multiparamétrique pour augmenter la spécificité de ce biomarqueur non invasif dans la détermination des événements cliniques des patients à J30 après transplantation..

 

Pascal PEDINI (Marseille), Benjamin COIFFARD, Alizée SEBASTIAN, Agnès BASIRE, Coralie FRASSATI, Jacques CHIARONI, Martine REYNAUD-GAUBERT, Christophe PICARD

10:00 - 11:00 #38261 - P275 Est-il possible d’établir le profil pharmacogénétique d’un patient par la simple réexploitation des données d’exome ?

P275 Est-il possible d’établir le profil pharmacogénétique d’un patient par la simple réexploitation des données d’exome ?

Introduction :

La pharmacogénétique est la discipline qui étudie l’impact du profil génétique d’un patient sur l’efficacité et l’innocuité des médicaments. Son application permet une réduction de 30% des effets indésirables, par l’adaptation personnalisée des posologies et du choix des molécules (Lancet, fev 2023).

Depuis 2015, nous proposons le séquençage de l'exome pour diverses pathologies. Ainsi, des données génétiques larges sont disponibles pour de nombreux patients, dont certains sont (ou seront amenés à être) polymédicamentés. Pour ces patients, l’analyse et l’interprétation des données de pharmacogénétique déjà générées, permettrait d'améliorer la prise en charge pharmacologique.

Problématique :

Il existe certaines limites techniques à la réalisation d’analyses pharmacogénétiques à partir de données d'exome short-read (variants introniques, gènes homologues, analyse de répétitions).  Notre travail a consisté à repousser ces limites afin de proposer une analyse pharmacogénétique complète à partir de données de séquençage d’exome.

Matériel et méthodes :

Le séquençage d’exome est effectué en utilisant un kit de capture Twist et est réalisé sur NovaSeq6000. L'analyse bio-informatique est construite conformément aux recommandations du BROAD Institute, et est basée sur les outils GATK4 pour l’appel des variants de séquence (SNV) et de nombre (CNV).

L’analyse pharmacogénétique proposée est basée sur 216 SNV, localisés dans 22 gènes, ainsi que sur les CNV et variants de structure (SV) dans 2 gènes. Ils ont été sélectionnés sur la base du niveau de preuves référencées dans la littérature, et de leurs fréquences en population générale.

Résultats :

La couverture et profondeur de ces variants en séquençage d’exome satisfont les critères qualité pour 210 variants sur 216. Une technique complémentaire de miniséquençage (SNaPshot™) a dû être développée pour les 6 variants restants.

La validation de méthode a été effectuée en utilisant 6 échantillons de référence, ainsi qu'en comparant nos résultats avec des technologies de référence en pharmacogénétique (puces à ADN Illumina SNP-array, 8 patients, et génotypage en MassARRAY Agena Bioscience, 33 patients). Ces comparaisons ont montré une concordance totale par rapport aux données de références, ainsi que pour la comparaison de méthodes, pour tous les variants analysés dont : les SNV et SV dans CYP2D6 (y compris gènes hybrides), le nombre de répétition TA dans le promoteur d’UGT1A1.

Conclusion :

Ces résultats démontrent qu’il est possible d’exploiter les données d’exome pour générer un profil pharmacogénétique pour les patients, y compris pour les anomalies complexes comme les hybrides de CYP2D6 réputés inaccessibles au séquençage short-read. Si le bénéfice clinique de la pharmacogénétique n’est plus à démontrer, il demeure intéressant de faire une évaluation plus fine de l’application à différentes thématiques médicales, comme la néphrologie ou la psychiatrie.

Fanny PONCE, Xavier VANHOYE, Ilias BENSOUNA, Tanja SCHEIKL, Nicolas JAUNIAUX, Karl-Dietrich HATZ, Romuald CONTZLER, Laurent MESNARD, Boris CHAUMETTE, Laure RAYMOND (Lyon)

10:00 - 11:00 #38311 - P279 La plateforme de médecine de précision fonctionnelle en oncologie solide : outils d’évaluation de variants rares.

La plateforme de médecine de précision fonctionnelle en oncologie solide : outils d’évaluation de variants rares.

Les progrès de la recherche translationnelle et clinique en cancérologie ont ouvert la voie à la médecine de précision et l’adaptation du traitement aux spécificités tumorales de chaque patient, rendant désormais les analyses moléculaires indispensables dans la prise en charge diagnostique et théranostique des patients atteints de cancer. Le séquençage de nouvelle génération a pris toute sa place dans cette prise en charge en identifiant des variants diagnostiques et d’orientation thérapeutique mais il révèle également un grand nombre de variants de signification inconnue. La validation de l’impact pathogène de ces variants au niveau fonctionnel et leur intérêt théranostique constitue un enjeu majeur en génétique des cancers, en particulier dans la prise en charge de patients en échec thérapeutique.

Dans ce contexte nous avons développé à l’hôpital Saint Louis, une Plateforme de Médecine de Précision Fonctionnelle dont un des principaux axes est de proposer une approche intégrative d’évaluation de ces variants, reposant sur la combinaison de tests in silico et d’analyses in vitro fonctionnelles et d’évaluation thérapeutique.

Deux transcrits de fusions d’intérêt identifiés dans des lésions de mélanomes à la rechute, ont été retenus pour analyse fonctionnelle au sein de la plateforme, CDK2::RAB5B et KRAS::ATXN2. Le transcrit CDK2::RAB5B a été mis en évidence chez une patiente atteinte de mélanome métastatique BRAF sauvage échappant à un traitement par immunothérapies. Cette altération a été précédemment identifiée dans des mélanomes et implique CDK2 codant pour une kinase régulant le cycle cellulaire. L’analyse in silico de ce transcrit, a révélé un effet potentiellement inducteur de la prolifération cellulaire via une stabilisation de CDK2. Nos analyses de modélisation in vitro et d’évaluations pharmacologiques ont permis de montrer que l’expression de CDK2::RAB5B est associée à une augmentation significative de la croissance cellulaire et à une sensibilité aux inhibiteurs du cycle cellulaire, le palbociclib et le ribociclib (p < 0,01).

Le transcrit KRAS::ATXN2 a été identifié chez une patiente atteinte de mélanome métastatique BRAF sauvage échappant aux immunothérapies. Cette altération implique KRAS, gène codant pour une GTPase régulant la voie MAPK, et ATXN2, suppresseur de tumeur fréquemment muté dans les cancers. Nos analyses de modélisation fonctionnelles et de criblage pharmacologique ont révélé une augmentation significative de la prolifération cellulaire (p < 0,01) et un effet antiprolifératif significatif de l’inhibiteur de MEK, le tramétinib (p < 0,01).

Les données issues de notre plateforme apportent des arguments fonctionnels solides de pathogénicité et de sensibilité thérapeutique pour des variants rares identifiés chez des patients en situation de résistance thérapeutique.

Ces données intégratives démontrent l'apport majeur de cette approche qui répond à un besoin clinique pour la prise en charge des patients atteints d'un cancer solide.

Baptiste LOUVEAU (PARIS), Coralie REGER DE MOURA, Barouyr BAROUDJIAN, Fanélie JOUENNE, Aurélie SADOUX, Paul VILQUIN, Laetitia DA MEDA, Maxime BATTISTELLA, Céleste LEBBE, Samia MOURAH

10:00 - 11:00 #37719 - P283 L’Alpelisib comme traitement des malformations artério-veineuses chez des patients porteurs d’un variant pathogène dans le gène PTEN (syndrome de Cowden) : observation de 2 patients.

P283 L’Alpelisib comme traitement des malformations artério-veineuses chez des patients porteurs d’un variant pathogène dans le gène PTEN (syndrome de Cowden) : observation de 2 patients.

Introduction

Les options thérapeutiques des malformations artério-veineuses (MAVs) décrites dans le syndrome de Cowden sont limitées. Le développement des inhibiteurs de la voie PI3K-AKT-mTOR en oncologie permet d’envisager leur repositionnement chez les patients porteurs de variants pathogènes dans le gène PTEN. Nous présentons ici deux premières observations des réponses à un traitement par Alpelisib (BYL719), un inhibiteur spécifique de la sous unité alpha de la PI3-kinase.

Méthode

Nous avons collecté les données cliniques de deux patients porteurs d’un variant pathogène constitutionnel dans le gène PTEN, présentant des MAVs et traités par Alpelisib depuis plusieurs mois.

Résultat

Le premier patient est un homme de 30 ans avec multiples MAVs, macrocéphalie, pigmentation génitale et un carcinome rénal à cellules claires à 16 ans, ayant mené au diagnostic de syndrome de Cowden (variant pathogène du gène PTEN ; c.808delA). Ces MAVs ont engendré un hyperdébit cardiaque, motivant l’introduction d’un traitement par Sirolimus (inhibiteur m-Tor) à 1mg/jour (pendant 7 mois), puis à 2mg/jour (pendant 4 mois). Le traitement a été interrompu en l’absence d’amélioration du débit cardiaque.

Après l’obtention d’une autorisation pour usage compassionnel, un traitement par Alpelisib a été débuté, à 150mg/jour pendant 6 mois, puis à 250mg/jour depuis mars 2020. Au bout de 47 mois de traitement, nous avons observé une stabilité des MAVs, une régression des douleurs, une amélioration de la qualité de vie (questionnaire SF36) et une légère régression de l’index cardiaque (baseline : 6.6 L/min/m² ; M46 : 5.0 L/min/m²).

Le deuxième patient est un homme de 62 ans présentant 2 MAVs ainsi qu’un hyperdébit cardiaque associé à un syndrome de Cowden (variant pathogène du gène PTEN ; c.697C > T). Un traitement par Sirolimus (1mj/jour) a été mis en place et interrompu après 14 mois en l’absence d’amélioration clinique. Il est actuellement traité par Alpelisib (250mg/jour) depuis 17 mois. On observe pour ce patient une stabilité des MAVs, une amélioration de la qualité de vie (questionnaire SF36), une diminution de la dyspnée, une diminution des œdèmes des pieds et une légère régression de l’index cardiaque (baseline : 6.5 L/min/m² ; M17 : 5.8 L/min/m²). Le traitement est bien toléré par les patients, avec comme seul effet indésirable rapporté, des nausées légères et une diarrhée non compliquée.

Conclusion

L’ensemble de ces observations suggèrent une certaine efficacité du traitement des MAVs par Alpelisib chez ces patients, en particulier en ce qui concerne les résultats rapportés par les patients. Cependant, il est nécessaire de confirmer cette hypothèse sur une plus grande cohorte de patients porteurs de variants pathogènes dans le gène PTEN.

 

Lea PATAY (DIJON), Laurence FAIVRE, Paul KUENTZ, Jehanne MARTEL, Juliette BOUDRAY, Géraldine JEUDY, Vanessa LEGUY, Virginie CARMIGNAC, Béatrice TERRIAT, Frédéric RICOLFI, Eric MOUREY, Jean Christophe EICHER, Amandine NGUYEN, Marc BARDOU, Maxime LUU, Amandine BAURAND, Léa GAUDILLAT, Juliette SANTENARD, Caroline SAWKA, Romaric LOFFROY, Olivier CHEVALLIER, Pierre VABRES, Sophie NAMBOT

10:00 - 11:00 #38203 - P287 Rétrospective du réseau NanoDIAG sur l’utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostique.

P287 Rétrospective du réseau NanoDIAG sur l’utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostique.

Depuis l’avènement des premières techniques de séquençage dans les années 70, avec notamment celle développée par Frederick Sanger en 1977, l’évolution des techniques de caractérisation génomique et épigénétique a toujours été un moteur essentiel de la biologie moléculaire et a incontestablement permis des découvertes scientifiques majeures au fil des décennies. Les technologies de séquençage n’ont ainsi cessé d’innover et d’évoluer pour fournir des outils de plus en plus sensibles, rapides et économiques.

Ces dernières années, sont apparues les techniques de séquençage de 3^ème génération, dont le séquençage par Nanopore qui a vu son intérêt s’accroitre progressivement. Cette technique repose sur la détection en temps réel des variations de courant ionique provoquées par le passage d'un acide nucléique à travers un pore nanométrique intégré dans une membrane électriquement résistante. Cette technique de séquençage absolument unique permet, entre autres, de séquencer de longs fragments d’acides nucléiques (de quelques Kb à plusieurs Mb) et d’examiner la modification des bases, telle que la méthylation, sans étape d’amplification ou de préparation complexe des acides nucléiques. Ces avantages ouvrent de nouvelles perspectives inaccessibles aux autres méthodes de séquençage. Elle est aussi plus simple et plus rapide faisant du séquençage par nanopore un outil adapté aux contraintes diagnostiques aussi bien en Génétique de tumeur et constitutionnelle.

Le réseau NanoDIAG a été créé en janvier 2023 en France pour regrouper les utilisateurs du séquençage par Nanopore dans un contexte diagnostique. Plusieurs équipes ont déjà exploré l'utilité de cette technologie dans diverses applications, telles que la classification des tumeurs cérébrales par analyse de méthylation de l’ADN, l’utilisation d’un RNAseq ciblé et enrichissement par adaptive sampling d’un panel de gènes de prédisposition aux cancers, l’analyse de l’exon 15 du gène RPGR impliqué dans la rétinite pigmentaire lié à l’X, la caractérisation des grands réarrangements du gène STK11 dans le syndrome de Peutz-Jeghers, le diagnostic de la dystrophie facio-scapulo-humérale par étude du nombre et de l’environnement des motifs répétés D4Z4, l’analyse génomique rapide pour la microangiopathie thrombotique, les premiers essais sur ADN tumoral circulant et la détection des anomalies classantes des LAM.

Malgré certaines limitations importantes comme une précision de lecture fragile, le séquençage par Nanopore possède néanmoins des caractéristiques uniques couplées à une simplicité d’utilisation, à un rendu de résultat rapide et à sa possibilité d’enrichissement contrôlé informatiquement (ou adaptive sampling en anglais). L’implémentation du séquençage par Nanopore dans les laboratoires d’analyse médicale dans un contexte diagnostique est maintenant plus que jamais d’actualité et la mise en place du réseau NanoDIAG permet de partager l’expérience des différents utilisateurs sur le territoire national.

Mathilde FILSER, Kévin MERCHADOU, Riwan BRILLET, Camille AUCOUTURIER, Nicolas GOARDON, Valérie FAUGÈRE, Christel VACHÉ, Albain CHANSAVANG, Victor GRAVRAND, Nadhir YOUSFI, Romain BOIDOT, Sarah HUET, Laurent MESNARD, Juliette NECTOUX, Eric PASMANT, David BAUX, Laurent CASTERA, Dominique VAUR, Dominique STOPPA-LYONNET, Olivier DELATTRE, Julien MASLIAH-PLANCHON (Paris), Nanodiag RÉSEAU

10:00 - 11:00 #38629 - P295 Etude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure, CHROMAPS : Mise en place et premiers résultats de la cartographie optique.

P295 Etude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure, CHROMAPS : Mise en place et premiers résultats de la cartographie optique.

L’étude CHROMAPS est une étude multicentrique prospective non-interventionnelle qui vise à évaluer les performances de la cartographie optique du génome, Bionano, d’une part et le séquençage long read, Nanopore, d’autre part, dans la détection des anomalies chromosomiques et les comparer aux performances des techniques standards en particulier le caryotype et l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA).

L’étude est menée dans deux populations : l’une présentant des troubles de la reproduction (insuffisance ovarienne prématurée, azoospermie non-obstructive ou oligoasthénotératozoospermie) chez qui au moins un caryotype est réalisé, et l’autre présentant des pathologies du (neuro)développement (déficience intellectuelle et/ou malformations congénitales multiples) chez qui au moins une ACPA est réalisée. Les calculs de puissance ont montré que 200 patients doivent être inclus dans le premier groupe et 100 dans le deuxième. Chaque patient(e) inclus(e) a un caryotype et/ou ACPA, une analyse Bionano et un séquençage Nanopore. Les inclusions sont réalisées dans 14 centres en France, les analyses Bionano sont réalisées dans trois centres (APHP Centre, APHP Sorbonne U et Rouen) et les analyses Nanopore seront réalisées dans deux centres (APHP Sorbonne U et les HCL).

Depuis le 25 septembre 2022, 204 patients ont pu être inclus, dont 121 dans la catégorie des anomalies du développement, et 83 dans la catégorie troubles de la reproduction. Le taux d’anomalies chromosomiques actuel est de 17% dans le 1^er groupe et 10% dans le 2^ème. Seules les analyses de cartographie optique par Bionano ont pu être menées pour l’instant (les démarches administratives pour l’un des deux Promethion sont toujours en cours). Les analyses par Bionano sont complètes pour 52 patients et en cours pour 50 autres. Les résultats préliminaires des premiers échantillons révèlent que le taux de détection des anomalies chromosomiques par la cartographie optique est pour l’instant de 100%. Néanmoins, au regard de la population étudiée, il est attendu qu’il y ait des faux négatifs en particulier pour les translocations robertsoniennes. De façon très intéressante, la cartographie a mis en évidence deux variants possiblement pathogènes mais non vus par les techniques conventionnelles ; une étude de ségrégation va être menée pour l’un d’entre eux. Enfin, nous observons que le temps d’analyse reste très raisonnable atteignant 2h au maximum pour les résultats négatifs.

En conclusion, les résultats préliminaires de l’étude CHROMAPS sont prometteurs concernant les performances et les aspects analytiques et post-analytiques de la cartographie optique du génome. Une fois l’étude complétée, l’ensemble des métriques pourront être évalués plus précisément. Nous discuterons également les aspects pratiques en termes de mise en route et de prise en main ainsi que nos premières recommandations de filtre de variants pour une analyse optimale.

Laïla EL KHATTABI (Paris), Mathilde FILSER, Nicolas CHATRON, Vincent GÂTINOIS, Céline PEBREL-RICHARD, Hayat MOKRANI, Faten HSOUMI, Nicolas RIVE LE GOUARD, Kevin CASSINARI, Geraldine JOLY-HELAS, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Boris KEREN, Aziza LEBBAR, Laura BROSSEAU, Sylvie JAILLARD, Chantal MISSIRIAN, John BOUDJARANE, Martine DOCO-FENZY, Emilie LANDAIS, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Franck PELLESTOR, Damien SANLAVILLE, Pascal CHAMBON, Jean-Michel DUPONT

10:00 - 11:00 #38233 - P299 Polyweb : Boite à outils pour l'interprétation des données génomiques.

P299 Polyweb : Boite à outils pour l'interprétation des données génomiques.

Le défi actuel des analyses NGS concerne avant tout l'interprétation des données. Le séquençage haut débit (panel, exome, génome) génère en effet un grand nombre de variants dont il faut caractériser la pathogénicité. Pour aider les chercheurs à interpréter leurs données, nous proposons une suite d'outils graphiques (PolyWeb) permettant de visualiser les résultats à différentes étapes de l'analyse et selon différents points de vue. 

 

Polyviewer : recherche du variant causal 

Le parcours d’un patient débute par la recherche d’un variant causal ou la caractérisation de nouveaux gènes d'intérêt. Nous proposons pour cela un outil permettant le filtrage et la priorisation des variants de type SNV/indel en tenant compte des modes de transmissions et du phénotype. 

 

PolyCyto : visualisation des variants structuraux

Pour les génomes, PolyCyto permet de visualiser les variants structuraux, CNV (> à 1kb) et variants équilibrés (translocations/inversions). Une représentation graphique des ratios et de la balance allélique permet l'interprétation des CNV et la visualisation d'événements de type unidisomies et aneuploïdies (homogènes ou en mosaïque). L'interface est également une aide à l'interprétation d'évènements complexes.

 

PolyQuery : (cohortes) première réponse apportée aux patients négatifs

Pour les patients dont les résultats sont négatifs, cette interface permet de faire graphiquement et en temps réel des requêtes complexes pour comparer et croiser les données de familles ou patients partageant le même phénotype. Le biologiste compose lui-même les filtres à appliquer, entre échantillons, basés sur le croisement des phénotypes et des variants (intersection, exclusion).

 

PolyDéjàVu

Enrichie à chaque nouvelle analyse, cette base de données permet de conserver les caractéristiques de chacun des variants détectés et d’informer l’utilisateur sur leur récurrence. 

 

PolyRnaseq/PolySplice : analyse multi-Omics

Polyweb propose, pour les analyses RNA-Seq, deux outils permettant l’étude de l’expression différentielle des gènes et la détection des sites d’épissage. Ces deux interfaces, intégrées à PolyWeb, permettent de croiser les données de génétique et de transcriptomique et de modifier par exemple la priorisation de certains variants introniques.

 

PolyBTF/PolyGeneScout : répondre à la temporalité des annotations

Une dernière problématique concerne la mise à jour des annotations et la possibilité de revenir sur des projets négatifs. PolyBTF permet la recherche dans tout ancien projet des variants nouvellement décrits comme pathogènes, PolyGeneScout permet quant à lui d’aller rechercher dans l’ensemble des projets les variants d’un gène nouvellement associé à une pathologie.

 

Conclusion :

Polyweb est un outil d’aide à l'interprétation de données NGS, proposant une recherche supervisée des variants causals puis, pour les projets négatifs, la possibilité de requêtes complexes (cohortes, analyse multi-omics) et un suivi des connaissances, avec alerte, pour une relecture à postériori.

Patrick NITSCHKE (Soignolles en Brie), Marc BRAS, Nicolas CAGNARD, Sylvain HANEIN, Cecile MASSON, Emmanuelle OLLIVIER, Jean-Marc PLAZA, Jane SCHADTLER-LAW

10:00 - 11:00 #38127 - P303 Disruption du gène TRPS1 par une insertion d’un élément Alu : une nouvelle cause génétique de Syndrome Trichorhinophalangien de type I.

P303 Disruption du gène TRPS1 par une insertion d’un élément Alu : une nouvelle cause génétique de Syndrome Trichorhinophalangien de type I.

Les éléments Alu sont des rétrotransposons d’environ 300 paires de bases (pb), omniprésents dans le génome humain, qui ont contribué à sa robustesse adaptative et sa diversité. Cependant, l’insertion des éléments transposables est potentiellement pathogène. Leur détection en routine diagnostique reste difficile, car ces éléments dépassent généralement les longueurs de lecture des technologies de séquençage en courts fragments et sont donc fréquemment manquées. Le syndrome Trichorhinophalangien de type I (TRPSI) est une maladie autosomique dominante caractérisée par des traits morphologiques spécifiques, des anomalies des phanères, des anomalies squelettiques et une petite taille. TRPSI est causé par des variants perte de fonction du gène TRPS1, le seul gène identifié dans ce syndrome.

Nous avons étudié une famille avec quatre membres présentant un phénotype typique de TRPSI. Le cas index présente des traits morphologiques compatibles, une petite taille, des anomalies de phanères et des déformations des mains. Un séquençage d’exome entier a été réalisé pour le cas index : la préparation de librairies a utilisé le kit HyperExome Roche, le séquençage a été réalisé sur une plateforme Illumina, les séquences ont été alignées au génome de référence GRCh19. L’analyse bioinformatique a été réalisée avec le pipeline GermlineVar (Seqone), qui contient le module AluMEI, un script de détection des insertions des éléments transposables en région codante. Un séquençage Sanger a été réalisé pour confirmer le variant retrouvé.

Le séquençage de l’exome entier a identifié une nouvelle insertion d’une séquence Alu dans l’exon 3 du gène TRPS1, au niveau du codon 65, présente à l’état hétérozygote. Le séquençage Sanger a permis de confirmer sa présence et de la caractériser. Il s’agit d’une insertion de la séquence ALUYb8 de 318 pb, N° DFAM : DF0000055.4, suivie d’une queue polyA de 60pb. Il n’y a pas de délétion au niveau du point de cassure. Cette insertion entraîne probablement la production d’un transcrit aberrant et il en résulte une haploinsuffisance fonctionnelle de TRPS1, expliquant ainsi le phénotype familial.

Nous rapportons pour la première fois à notre connaissance l’insertion d’une séquence Alu dans le gène TRPS1. Cette observation établit un nouveau mécanisme pathogène dans le TRPSI et l’ajoute à la liste croissante dans la littérature des maladies mendéliennes causées par des rétrotranspositions de séquences Alu. Cette étude montre que les technologies génomiques de séquençage en courts fragments permettent de détecter des éléments transposables en utilisant un pipeline bioinformatique adapté pour reconnaitre les motifs récurrents de ces évènements mutationnels atypiques.

Andreea APETREI (CAEN), Mario ABAJI, Sabine SIGAUDY, Jean-Michaël MAZZELLA, Mélanie BOUILLON, Jean-Sérène LALOY, Maryse ARTU, Nicolas GRUCHY, Arnaud MOLIN, Nicolas RICHARD

10:00 - 11:00 #38207 - P307 PubMatcher : un outil pour faciliter la recherche bibliographique de gènes peu connus en lecture de génome.

P307 PubMatcher : un outil pour faciliter la recherche bibliographique de gènes peu connus en lecture de génome.

L'évolution rapide du séquençage génomique a conduit à une explosion des données disponibles. Toutefois, l'interprétation de cette masse de données, en particulier concernant les gènes moins étudiés et aux phénotypes variés, reste un défi. En effet, de nombreuses associations gènes-phénotypes peuvent être peu documentées au sein des bases de données populaires comme OMIM, ce qui peut mettre en défaut l’interprétation basée sur ces annotations. L’interprétation des variants situés sur ces gènes peu connus nécessite une recherche bibliographique au cas par cas. Ce cas de figure représente une grande quantité de variants lors de la lecture de génome, ce qui peut rendre l’interprétation chronophage et diminuer la qualité de la lecture.

Pour répondre à ce défi nous avons élaboré "PubMatcher". Conçu pour offrir aux généticiens et aux biologistes un moyen facile et automatisé d’effectuer des recherches d’associations entre gènes et phénotypes. Son fonctionnement est simple: les utilisateurs introduisent une liste de gènes accompagnée de mots-clés phénotypiques, puis PubMatcher exécute des requêtes automatisées sur PubMed. Les résultats des requêtes sont présentés sous forme de tableau récapitulatif en affichant pour chaque gène le nombre de publication(s) liée au phénotype, le titre du premier résultat et un lien cliquable permettant d’accéder directement au résultat de cette recherche. D’autres informations sont aussi affichées : la fonction protéique (base string-DB) et le phénotype de souris KO (base IMPC). L’outil permet de visualiser l’ensemble de ces informations sur une même page, afin de repérer les gènes les plus pertinents. Une version en ligne de l’outil est disponible et pourra être montrée lors de la présentation.

Le gain de temps obtenu par l’utilisation a été évalué, versus une recherche gène par gène sur des analyses de génomes : le temps de recherche est réduit de 94%.

PubMatcher nous a permis d'identifier plusieurs variants situés sur des gènes d'intérêt peu documentés sur OMIM. Par exemple, il nous a permis d’identifier un variant pathogène de LEF1 chez un patient présentant une dysplasie ectodermique, avec plusieurs publications mettant en évidence l’implication de ce gène dans ce phénotype depuis 2020 bien que la page OMIM de ce gène ne fasse référence qu’a des mutations somatiques associé à des tumeurs sébacées.

En résumé, PubMatcher agrège des informations bibliographiques sur des listes de gènes (Pubmed / fonction protéique / KO souris) en tenant compte du phénotype. L’outil permet de faciliter l’interprétation de longues listes de variants rares en focalisant l’analyse sur les gènes les plus pertinents du phénotype. 

Victor MARIN (Bordeaux), Victor DUMONT, Louis LEBRETON

10:00 - 11:00 #38532 - P311 Evaluation du système AVITI dans le cadre du séquençage de l'exome complet : vers un nouveau standard qualité Q40 ?

P311 Evaluation du système AVITI dans le cadre du séquençage de l'exome complet : vers un nouveau standard qualité Q40 ?

La technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) est devenue au fil des années un outil diagnostic couramment utilisée par les laboratoires de diagnostic clinique pour identifier les variants et les gènes sous-jacents aux maladies avec une contribution génétiques. Le NGS est basé sur une détection stochastique d’évènements moléculaires, contrairement à beaucoup d’autres méhodes d’analyse, ce qui fait de la probabilité d’une mesure précise un élément central. L’enjeu de la qualité, estimée notamment avec le score Phred, est ainsi un indicateur essentiel pour les laboratoires en matière de NGS, notamment en ce qui concerne l’analyse d’exome complet (WES) qui est de plus en plus souvent intégrée dans les stratégies diagnostiques, parfois même en première ligne. Pendant des années, le seuil « mythique » du score Phred 30, (Q30) a fait référence en matière de qualité (probabilité de 99,9 pour cent qu’un appel de base particulier soit correct) mais de nouvelles technologiques de séquençage à haut débit « short reads » offrent un nouveau paradigme de précision de séquençage. Dans ce contexte, nous avons évalué les caractéristiques du system AVITI* (Element Biosciences), séquençage par « avidité », appliqué au séquençage d’exome complet. Dans un premier temps, les données analytiques (Phred score mais pas uniquement) ont été comparées au système habituellement utilisé au laboratoire (Illumina NextSeq2000) à des fins d’optimisation des conditions opératoires. Les librairies obtenues à partir de 32 échantillons d’ADNs (non sélectionnés) ont été testées soit NextSeq2000 (test de référence : Flowcell P3, séquençage paired-end 2x100bp), soit sur le système Aviti (16 échantillons par position, 2x100bp). Les résultats préliminaires confirment le haut niveau de qualité (score Phred > Q40) obtenu par cette nouvelle technologie de séquençage. Dans un second temps, 144 échantillons (incluant des échantillons de référence GIAB) sont testés au travers de 3 expérimentations indépendantes. Les caractéristiques des échantillons testés (SNVs, CNVs, DelIns) ainsi que données obtenues (dont spécificité, sensibilité, scores qualités, fidélité et fidélité intermédiaire) seront détaillées et discutées. Les résultats sont comparés à ceux obtenus par la technique de référence de notre laboratoire (*).

Conclusion

Une plus grande précision, associée à des pipelines bio-informatiques optimisés, aura un impact pour la plupart des applications de séquençage à haut débit en termes d’assemblage de haute qualité (whole genome WGS, génotypage HLA…), de fiabilité dans la détection des évènements rares (oncologie...). Par ailleurs, la réduction des coûts induits sans qu'il soit nécessaire d'augmenter le débit, ainsi que la simplicité et flexibilité du système (dual benchtop system) permettra de « démocratiser » et de rendre plus accessible le NGS aux laboratoires de biologie médicale. (*) Nat Biotechnol (2023). https://doi.org/10.1038/s41587-023-01750-7.

Armelle LUSCAN (Saint-Ouen-l'Aumône), Martine OLIVI, Christophe ROOS, John BAETEN, Legrand ANNE, Jean-Marc COSTA

10:00 - 11:00 #37841 - P315 Intérêt des approches long read pour la caractérisation des duplications partielles de novo des gènes impliqués en pathologie.

P315 Intérêt des approches long read pour la caractérisation des duplications partielles de novo des gènes impliqués en pathologie.

Introduction. En population générale, il a été montré que les gènes les plus intolérants à la perte de fonction (pLi > 0.9) sont également les plus appauvris en duplications partielles / intragéniques (Collins et al. 2020 PMID: 32461652), suggérant un impact de ces CNV sur l'expression génique. Néanmoins, l'interprétation des duplications partielles reste un défi majeur à relever. En effet, selon leur nature, elles peuvent altérer ou non la structure et l’expression du gène. L’interprétation de ces CNV à l'échelle individuelle est donc complexe puisque ni l’ACPA, ni le séquençage d’exome ne permettent d’élucider leur impact. Nous présentons ici la contribution de la cartographie optique du génome (OGM, Bionano), combinée à une analyse transcriptomique, pour caractériser et reclasser une duplication partielle du gène ASH1L survenue de novo.

 

Patient et résultats. Chez un patient de 15 ans, présentant des troubles du spectre autistique, un déficit de l’attention et des troubles du sommeil, l’analyse par CGH-array a mis en évidence une duplication interstitielle hétérozygote 1q22 de 199 kb, survenue de novo et chevauchant les 24 derniers exons (sur 28) du gène ASH1L. L’exome, réalisé secondairement, a également détecté cette duplication, sans retrouver de variation nucléotidique causale. L’analyse par OGM retrouve la présence d’une duplication 1q22 de 135 Kb, en tandem, chevauchant partiellement ASH1L et montre qu’elle préserve la structure du gène. En revanche, l’OGM révèle la présence d’une duplication adjacente, de 47 kb, intragénique, en tandem, et impliquant les exons 4, 5, 6 du gène ASH1L. Les données d’OGM permettent de conclure que cette deuxième duplication entraine un décalage du cadre de lecture, et donc une perte de fonction très probable de l'allèle. Une analyse par RNAseq ne retrouve pas de diminution des niveaux d’ARNm du gène mais détecte une jonction aberrante entre les exons 6 et 4 ainsi que des niveaux d’ARNm augmentés pour ces exons.  

 

Discussion et conclusion. L’analyse par OGM a ainsi permis de mettre en évidence un remaniement plus complexe que celui détecté en ACPA et exome, et donc de caractériser l’impact d’une duplication partielle d’ASH1L chez un sujet présentant un autisme syndromique. Le gène ASH1L est impliqué dans une forme de déficience intellectuelle de sévérité variable, autosomique dominante, avec troubles du spectre autistique et troubles du sommeil fréquents (Shen et al. 2019, PMID: 29753921), correspondant au phénotype du patient. Les données de RNAseq montrent l’expression d’un transcrit aberrant, hors phase, sans activation du système NMD, ce qui a déjà été décrit dans le cadre de duplications partielles délétères. Cette observation souligne l’importance de caractériser finement les remaniements de structure survenus de novo et dont l’impact génique n’est pas démontré. Dans ce contexte, l’OGM est un outil de choix par sa maturité et son accessibilité.

 

Grégoire BLAVIER (Rouen), Kévin CASSINARI, Anne-Marie GUERROT, François LECOQUIERRE, Gaël NICOLAS, Claude HOUDAYER, Géraldine JOLY-HÉLAS, Pascal CHAMBON

10:00 - 11:00 #38541 - P319 Caractérisation d’une mosaïque constitutionnelle d’un remaniement complexe chromosomique par cartographie optique (OGM).

P319 Caractérisation d’une mosaïque constitutionnelle d’un remaniement complexe chromosomique par cartographie optique (OGM).

Nous rapportons le cas d’un patient, âgé de 57 ans, présentant des antécédents de troubles de la reproduction incluant des fausses couches. Un caryotype sanguin conventionnel a révélé la présence en mosaïque d’un remaniement complexe dans un chromosome 2 dans environ 50 % des cellules analysées. Une insertion d’une partie du bras court du chromosome 2 dans le bras long a été suspectée par les techniques de cytogénétique conventionnelle.   Une hybridation in-situ à l'aide d'une sonde de peinture a permis d'exclure l'implication d'autres chromosomes et a détecté une microdélétion 2p24.3p24.2 avec la sonde RP11-744F11. Le résultat provisoire du caryotype conventionnel a été interprété comme suit : 46,XY,der(2) ?(pter- > p25::p13- > q24.2::p25- > p13::q24.2- > qter)[9]/46,XY[8].

La technique OGM a révélé un remaniement chromosomique complexe sur le chromosome 2 détecté dans environ 40% des cellules sanguines. Ce remaniement comprend cinq points de cassure intrachromosomiques, chaque cassure est associée à une perte de chromatine. De plus, nous avons observé cinq fusions impliquant différentes régions chromosomiques.  Plus spécifiquement, une partie du bras court du chromosome 2, située entre les bandes chromosomiques 2p24.3 et 2p13.3 ,a été insérée au niveau de la bande chromosomique 2q24.2..  Cette partie du bras court, insérée dans le bras long, a subi des réarrangements avec fusion des régions 2p24.3 et 2p13.3, 2p24.2 et 2p14, ainsi que des régions 2p23.3 et 2p14. De plus, les segments 2p23.3-p23.2 et 2p14-p14 ont été intégrés en orientation inversée. En outre, l'insertion dans la bande 2q24.2 a créé deux nouvelles fusions entre les régions 2p23.3 et 2q24.2 , ainsi qu'entre les régions 2p14 et 2q24.2.  Nous avons observé cinq délétions de chromatine au niveau de chacun des points de cassure. Ces délétions sont de type hétérozygote interstitielles et sont décrites comme suit avec les gènes associés à des syndromes de transmission autosomique dominante : Une délétion en 2p24.3p24.2 d'une taille d'environ 1.7 Mb, incluant le gène OMIM MYCN (OMIM164840). Une délétion en 2p23.3 d'une taille d'environ 1.3 Mb, incluant les gènes OMIM morbides DNMT3A (*602769) et ASXL2 (*612991). Une délétion en 2p14 d'environ 1.3 Mb, impliquant des gènes OMIM morbides associés à des syndromes transmis sur un mode récessif. Une délétion en 2p14p13.3 d'environ 2 Mb, incluant les gènes OMIM morbides ASPRV1 (*608507) et TIA1 (*600322). Une délétion en 2q24.2 d'une taille de 2.2 Mb, impliquant un gène OMIM ITGB6 (*147558) associé à un syndrome transmis de façon récessive. La cartographie optique a permis une caractérisation approfondie de ce remaniement complexe, présent en mosaïque chez ce patient. Le conseil génétique prenant en compte toute information pertinente devient alors possible.

Detlef TROST (St Ouen L'Aumône), Aline RECEVEUR, Laurence LOHMANN, Stéphane SERRERO, Mylène VALDUGA, Pascale KLEINFINGER, Aïcha BOUGHALEM

10:00 - 11:00 #37678 - P323 Correction post-zygotique en mosaïque d’un déséquilibre de translocation héritée.

Correction post-zygotique en mosaïque d’un déséquilibre de translocation héritée.

Les translocations chromosomiques à l’état équilibré concerneraient environ une personne sur cinq cent. La grande majorité des individus porteurs est asymptomatique, mais il existe pour ces individus un risque de transmettre une anomalie chromosomique déséquilibrée à leur descendance.

Nous rapportons ici le cas d’une patiente dont le diagnostic d’anomalie chromosomique déséquilibrée a été posé in utero devant des signes d’appel échographiques à type de microrétrognatisme avec fente palatine et langue ascensionnée, et anomalies de la morphologie cardiaque. Un diagnostic prénatal, par CGH-array sur ponction de liquide amniotique, a mis en évidence une duplication terminale de 51 Mb du bras long du chromosome 1. Le caryotype et l’analyse par FISH confirment et précisent cette trisomie partielle du chromosome 1, avec la présence d’un dérivé du chromosome 22, porteur du fragment du bras long du chromosome 1 surnuméraire au niveau de son bras court. Cette anomalie est dérivée d’une translocation équilibrée maternelle (1;22)(q31.3;p10). Le caryotype anténatal mettait également en évidence la présence de deux clones sur dix-huit avec un caryotype sans anomalie décelée (46,XX).

A la naissance, la patiente présentait une séquence de Pierre Robin, une communication interventriculaire millimétrique, un retard de croissance, et un syndrome de détresse respiratoire initial.

Etonnamment, le caryotype et l’analyse par FISH, réalisés sur un prélèvement sanguin après la naissance, ont montré une formule chromosomique sans anomalie décelée au niveau de toutes les cellules examinées. L’analyse par FISH réalisée sur frottis de cellules jugales retrouvait quant à elle la présence déséquilibrée du dérivé du chromosome 22 porteur du fragment du bras long du chromosome 1 identifié en mosaïque au niveau des amniocytes et présent au niveau jugal à l’état apparemment homogène. Après exclusion d’un chimérisme par analyse de marqueurs microsatellites sur le prélèvement sanguin, nous avons conclu à une correction mitotique en mosaïque de l’anomalie chromosomique déséquilibrée. Grâce à une étude par SNP-array, nous avons pu exclure une correction de monosomie avec isodisomie du chromosome 22 paternel. Notre principale hypothèse restante est une correction par cassure et exclusion du fragment chromosomique transloqué.

La mise en évidence de ce mosaïcisme nous permet d’identifier un phénomène rare de correction mitotique d’anomalie chromosomique. Ce cas souligne les limites des analyses réalisées sur le tissu sanguin, ne permettant pas toujours d‘identifier la cause génétique de la symptomatologie, qui pourrait parfois être révélée dans d’autres tissus.   

Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Chloé ANGELINI, Morgane PLUTINO, Claire BENETEAU, Jérome TOUTAIN, Perrine PENNAMEN

10:00 - 11:00 #38091 - P327 Description de la plus petite microdélétion 7q32.2 emportant MEST mise en évidence dans un contexte de syndrome Silver Russell.

P327 Description de la plus petite microdélétion 7q32.2 emportant MEST mise en évidence dans un contexte de syndrome Silver Russell.

Le syndrome de Silver-Russell (SSR) est une maladie congénitale en rapport avec une anomalie de l’empreinte parentale qui associe, un retard de croissance pré et postnatal, une dysmorphie caractéristique, une asymétrie corporelle, une macrocéphalie relative et des difficultés alimentaires. Le diagnostic clinique repose sur la présence d'au moins 4 signes du score de Netchine-Harbison. Les étiologies moléculaires sont variables mais les plus fréquentes sont l’hypométhylation de la région 11p15 chez plus de 50% des patients et la disomie uniparentale maternelle du chromosome 7 chez 5 à 10% des patients. Plusieurs régions soumises à empreinte sont présentes sur le chromosome 7 dont la région GRB10 en 7p12 sur le bras court et la région MEST en 7q32 sur le bras long. Néanmoins, le(les) gène(s) responsable(s) du phénotype SSR associé au chromosome 7 restent encore inconnus même si le gène MEST est un candidat fort.

Nous rapportons le cas d'un patient présentant un syndrome de Silver-Russell clinique (retard de croissance intra-utérin, relative macrocéphalie à la naissance, front bombant et difficultés alimentaires) chez qui nous avons identifié une hyperméthylation de la région MEST associée à une microdélétion de 50kb emportant le gène MEST. Cette délétion est héritée du père asymptomatique mais l’étude des grands-parents n’a pas encore pu être réalisée pour déterminer l’origine parentale de la délétion chez le père.

Jusqu’ici, la plus petite délétion associée à un syndrome de Silver-Russell rapportée à ce jour était de 79 kb réduisant la liste de gènes candidats à 6 gènes (CEP41, MEST, MESTIT1, MIR335 et COPG2 et COPG2IT1) dont au moins 3 sont d’expression paternelle (MEST, MESTIT1, COPG2IT1). La délétion de notre patient n’emporte pas le gène CEP41, permettant de restreindre encore plus la région minimale critique et de conforter le rôle majeur du gène MEST dans le syndrome de Silver-Russell associé au chromosome 7.

Nicolas RIVE LE GOUARD (Paris), Laila EL KHATTABI, Frédéric BRIOUDE, Thomas COURTIN, Irène NETCHINE, Eloise GIABICANI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD

10:00 - 11:00 #38546 - P331 Haploinsuffisance du gène CNOT2, un cas supplémentaire du syndrome microdélétionnel 12q15.

Haploinsuffisance du gène CNOT2, un cas supplémentaire du syndrome microdélétionnel 12q15.

Jusqu'à présent, seuls quelques individus présentant une délétion en 12q15 ont été identifiés. Moins de 20 microdélétions pathogènes en 12q15 englobant le gène CNOT2, ainsi que trois variants tronquants du gène et trois grandes délétions intragéniques, ont été rapportées à ce jour (3). Ces cas se manifestent par des troubles de l'apprentissage, un retard du développement, un langage nasal et une hypothyroïdie. Il a été identifié une région de chevauchement minimale (SRO) où CNOT2 est le seul gène communément délété, comme rapporté dans des études antérieures (Alesi et al., 2017 ; Uehara, Takenouchi, et al., 2019 ; Vergult et al., 2011). Plus récemment, deux délétions intragéniques multi-exon hétérozygotes de CNOT2 ont été décrites (1,3), ce qui renforce l'hypothèse selon laquelle l'haploinsuffisance de ce gène est responsable du phénotype (2).

En raison du peu de cas décrits jusqu'à présent, le profil clinique du syndrome de microdélétion en 12q15 (IDNADFS) n'a pas été complètement défini (3).

Nous présentons ici un cas supplémentaire de microdélétion en 12q15 qui chevauche entièrement la région minimale critique (SRO) précédemment décrite. Cette microdélétion englobe uniquement les gènes KCNMB4, PTPRB, et le gène CNOT2, répertorié comme gène morbide dans OMIM (*604909). La délétion est d’une taille d’environ 668 kb et a été détectée grâce à l'Analyse Chromosomique par Puce à ADN (ACPA). Notre patient, âgé de 3 ans, présente une déficience intellectuelle, des troubles de l'apprentissage, un retard du langage, des troubles psychomoteurs, une dysmorphie faciale, ainsi qu'une dilatation pyélocalicielle unilatérale.

Ce cas supplémentaire de délétion d'une taille inférieure à 1000 kb dans la région chromosomique associée au syndrome de microdélétion en 12q15 renforce l'hypothèse selon laquelle le gène CNOT2 est sensible à la dose et joue probablement un rôle essentiel dans la plupart des caractéristiques cliniques observées chez les patients porteurs de cette délétion. Ainsi, le gène CNOT2 émerge comme un candidat clé pour expliquer les phénotypes du syndrome de délétion en 12q15.

Références :

1. Alesi et al. 2019, The American Journal of Medical Genetics 2019; 179A: 1615-1621.
2. Royer-Bertrand et al. 2021, The American Journal of Medical Genetics 2021 Aug;185(8):2602-2606.
3. Niceta et al. 2022, Clinical Genetics. 2023 ; 103 :156–166
4. Schluth et al. 2008, Am J Med Genet A. 2008 Jan 1 ;146A (1):93-6

Aïcha BOUGHALEM (Saint-Ouen), Loïc FRITSCH, Laurence LOHMANN, Mylène VALDUGA, Pascale KLEINFINGER, Aline RECEVEUR, Detlef TROST

10:00 - 11:00 #38384 - P335 Méta-analyse d'associations pangénomiques de la dissection spontanée de l'artère coronaire identifie des variants de risque et des gènes liés à l'intégrité artérielle et à la coagulation induite par les tissus.

Méta-analyse d'associations pangénomiques de la dissection spontanée de l'artère coronaire identifie des variants de risque et des gènes liés à l'intégrité artérielle et à la coagulation induite par les tissus.

Les maladies cardiovasculaires sont la principale cause de décès, mais les formes liées au sexe restent peu étudiées. La dissection spontanée de l'artère coronaire (SCAD), affecte une population jeune, composée en majorité de femmes. Elle résulte de la formation d'un hématome entraînant une dissection de l'artère coronaire, contrairement à la rupture d'une plaque d'athérome dans la maladie coronarienne (CAD).

Grâce à une méta-analyse de huit études d'association pangénomique incluant 1917 cas et 9292 témoins d'ascendance européenne, nous avons identifié 16 loci, dont 11 nouveaux. Les annotations fonctionnelles ont révélé un enrichissement, dans les artères, des régions du génome qui amplifient l'expression des gènes. Notamment dans les cellules musculaires lisses et des gènes clés comme le gène du facteur tissulaire (F3) sur le chromosome 1 près du variant rs1146473. Ce variant est nouveau pour SCAD ou toute maladies cardiovasculaires et présente une probabilité postérieure élevée (PP=94%) de colocalisation comme eQTL pour F3 dans les artères, suggérant que le risque génétique pourrait être lié à une faible expression du gène F3, un mécanisme biologique cohérent avec la formation d'hématomes dans les artères coronaires. Les réseaux bayésiens de régulation génique construits à partir des données d'expression et d’association génétiques, ont indiqué que l'organisation de la matrice extracellulaire dans les artères était la fonction biologique où se regroupaient la plupart des gènes prioritaires.

En somme, nous rapportons des preuves de polygénicité substantielle pour SCAD (h²_SNP=0.71±0.11) et une base génétique commune avec diverses maladies neurovasculaires, notamment une corrélation génétique positive avec l'anévrisme intracrânien (RG=0.22, P=2x10^-4). Curieusement, pour 6 loci, les analyses de colocalisation indiquent que SCAD et CAD peuvent partager les mêmes variants causaux avec une PP élevé (> 80%) mais impliquant des allèles de risque opposés. De plus, une corrélation génétique négative a été trouvée entre SCAD et CAD (RG=-0.12, P=4x10^-3), même après ajustement pour la pression artérielle (RG=-0.19, P=5x10^-6).  La randomisation mendélienne, utilisant les déterminants génétiques des facteurs de risque cardiovasculaires, a été mené pour évaluer leurs associations avec SCAD ou CAD. Nous avons trouvé qu’une pression artérielle plus élevée est associée à un risque accru de SCAD (β_SBP=0.05, P=8x10^-6, β_DBP=0.10, P=2x10^-6) et CAD (β_SBP=0.04, P=9x10^-49, β_DBP=0.06, P=2x10^-44). En revanche, aucune association significative n'a été observée entre l'IMC, les lipides, ou le diabète de type 2 et SCAD. Toutefois, nous avons confirmé que ces traits étaient des facteurs de risque génétiques pour CAD.

Nos résultats ouvrent la voie à de futures recherches sur de nouvelles voies biologiques liées à SCAD et à CAD, ainsi qu'à des stratégies thérapeutiques et préventives potentielles ciblant spécifiquement cette maladie ischémique qui touche principalement les femmes.

Takiy BERRANDOU (Paris, Danemark), David ADLAM, Adrien GEORGES, Christopher P. NELSON, Eleni GIANNOULATOU, Joséphine HENRY, Lijiang MA, Montgomery BLENCOWE, Tamiel N. TURLEY, Min-Lee YANG, Lu LIU, Stéphanie DEBETTE, Nicolas COMBARET, Jacqueline SAW, Thomas R. WEBB, Sharonne N. HAYES, Xia YANG, Santhi K. GANESH, Timothy M. OLSON, Jaso C. KOVACIC, Robert M. GRAHAM, Nilesh J SAMANI, Nabila BOUATIA-NAJI

10:00 - 11:00 #38408 - P339 Un pipeline pour harmoniser les données issus de GWAS et identifier les traits indépendants.

Un pipeline pour harmoniser les données issus de GWAS et identifier les traits indépendants.

Les études d'association pangénomique (GWAS) ont révolutionné l'étude des maladies humaines, en identifiant plus d’un demi million de variants associés à des maladies et traits complexes, mais également en mettant à la disposition des chercheurs les résultats de GWAS pour des millions de variants et des centaines de phénotypes. L’analyse conjointe de plusieurs jeux de données de GWAS a notamment permis l’identification de nombreux variants pléiotropiques (i.e., associés à plusieurs traits), mais également d'estimer la corrélation génétique entre des centaines de traits. Néanmoins, le nombre incessant de GWAS publiés pose certains problèmes: 1) le manque de standardisation des formats de fichiers dans lesquels ils sont publiés, et 2) le nombre élevé de GWAS provenant de phénotypes qui sont corrélés les uns aux autres.

 

Pour répondre à ces problématiques, nous avons développé un pipeline d’analyses permettant de simplifier 1) l’intégration de résultats GWAS publiés sous différents formats, et 2) la sélection d’un échantillon de GWAS indépendants pour réaliser des analyses visant à caractériser la structure génétique des traits complexes. Notre pipeline harmonise les résultats GWAS de formats hétérogènes qui comporte différentes informations pour identifier les variants (e.g., chromosome, position en hg19 ou hg38, allèles, identifiant du variant) et différents résultats de tests statistiques, (e.g., coefficients bêta, odd ratio, p-valeur, score Z) en générant un fichier au format standardisé. Notre méthode inclut également une série d'étapes de contrôle qualité, telles qu’une vérification de l'inversion des allèles, contrôle des SNP non-bialléliques et la suppression de données dupliquées. Enfin, en utilisant l’outil LD score regression (Bullik-Sullivan et al. 2015 Nat Genet), notre méthode génère une matrice de corrélation génétique entre les traits et peut ainsi définir un ensemble de traits GWAS indépendants en excluant les traits génétiquement corrélés et/ou comportant les sujets partagés par les échantillons dont les effectifs se chevauchent.

Nous avons appliqué notre pipeline sur des résultats de GWAS de populations d’ascendances Européennes issus d’une centaine de publications, mais également sur des GWAS d’une centaine de phénotypes provenant des cohortes panUK Biobank et Global Biobank Meta-analysis Initiative (GBMI). Nous avons obtenu ainsi un jeu de données de 73 traits GWAS indépendants (effectif moyen de N = 429K), ce qui représente plus du double du plus grand jeu de données de GWAS indépendantes rapporté précédemment. Notre jeu inclut 60 GWAS de maladies dont 16 maladies psychiatriques et 14 traits liés à l’immunité.

En résumé, nous prévoyons que notre pipeline et notre jeu de données de GWAS indépendants soient de grand intérêt pour la communauté scientifique s'intéressant aux GWAS.

Come LEGROS (Paris), Steven GAZAL, Artem KIM

10:00 - 11:00 #38253 - P343 Enjeux éthiques autour du séquençage d’exome en prénatal.

P343 Enjeux éthiques autour du séquençage d’exome en prénatal.

Le séquençage d’exome constitue depuis peu un examen essentiel dans la prise en charge des fœtus présentant des signes d’appel échographiques. Si son apport est indiscutable, sa mise en place fait néanmoins émerger des questionnements qui justifient une réflexion éthique approfondie, précisément en raison des spécificités de ce séquençage en période prénatale (SEp) par rapport à celui réalisé en postnatal. À l’incertitude diagnostique et pronostique attachée à la découverte de signes d’appel échographiques, s’ajoutent d’autres incertitudes : sur le bénéfice clinique direct pour le fœtus, sur l’aide au couple dans sa compréhension du diagnostic et dans sa décision sur la poursuite de la grossesse, sur la connaissance incomplète des phénotypes en période prénatale, sur la variabilité d’expression et la pénétrance incomplète après la naissance, sur la signification incertaine de certains variants, sur l’identification de données sans relation avec l’indication, etc.  Une approche centrée sur le fœtus et le couple est primordiale dans le respect de l’autonomie de décision du couple.

Nous avons stratifié notre réflexion autour des circuits de prise en charge, de la consultation d’amont puis des problèmes relatifs à l’interprétation des variants. Nous avons émis 16 propositions principales concernant ces différentes étapes sans nous substituer au groupe de travail de l’ABM chargé de la rédaction des recommandations professionnelles. Nos propositions soulignent l’importance d’harmoniser l’accès au SEp sur le territoire français, d’harmoniser les indications du SEp, de renforcer la formation des prescripteurs, de créer un support écrit listant les points à aborder lors de la consultation d’amont, support qui serait remis au couple en fin de consultation. Il s’agit aussi d’inciter au travail en réseau des biologistes interprétateurs, d’insister sur la nécessaire collégialité de la discussion dès lors que le caractère causal des variants est incertain ou que des données incidentes sont identifiées. Notre groupe émet un avis défavorable au rendu des variants de signification incertaine en période prénatale, au rendu des données incidentes de maladie à révélation tardive ainsi qu’à la recherche active de données secondaires. Pour finir, nous insistons sur l’accompagnement des couples, en particulier sur le plan psychologique, et sur l’importance des études de sciences humaines et sociales pour mieux cerner le vécu des couples et des professionnels, identifier leurs besoins et améliorer les prises en charge.

 

Ces 16 propositions ont pour objectif de stimuler la réflexion sur notre territoire, d’éclairer les professionnels de santé, les politiques et les citoyens soucieux de l’éthique médicale.

Guillaume COGAN (Paris), Marie-Bérengère TROADEC, Françoise DEVILLARD, Marie-Hélène SAINT-FRISON, David GENEVIÈVE, François VIALARD, Tania ATTIE-BITACH, Delphine HERON, Alexandra BENACHI, Pascale SAUGIER-VEBER

10:00 - 11:00 #38043 - P347 Réaffirmer la place de l’incertitude dans nos pratiques de généticiens auprès du grand public, des patients et leurs familles.

P347 Réaffirmer la place de l’incertitude dans nos pratiques de généticiens auprès du grand public, des patients et leurs familles.

        A l’issu des 11eme assises de génétique humaine et médicale qui se sont tenues à Rennes les 1-4 février 2022, des membres représentant l’ensemble des sociétés savantes de la Fédération Française de Génétique Humaine se sont réunis au sein d’un nouveau groupe de travail « éthique » pour appréhender les différentes formes que prend l’incertitude en matière d’interprétation des données génétiques. Frappés par la difficulté à communiquer cette incertitude, le groupe de travail s’est donné comme objectif la production d’un texte collectif grand public et sa publication dans la presse nationale à propos de l’incertitude génétique.

    Le groupe s’est réuni 6 fois en alimentant sa réflexion par des invités extérieurs (Pr P Ducournau, Dr C Bourgain, Journée conjointe FHU GenOMedS et Data-Santé « Incertitude Génétique »), en partageant sa perception dans la diversité des pratiques de la génétique et en élaborant de manière itérative un texte sous la forme d’une tribune pour la presse nationale. La principale difficulté est de tenir dans les attendus d’un texte de tribune pour la presse nationale : 1000 mots, moins de 5000 signes. Nous présentons à la communauté des généticiens la version 15 du texte proposé en tant que résultat de sa dynamique. Les deux premiers paragraphes proposés sont formulés ainsi:

 « La génétique semble imposer son exactitude définitive et irréversible à chacun. Jusque dans le langage courant, on revendique une identité assimilée à « son ADN », une attitude qui serait « dans ses gènes » ou encore, dans certaines situations, un « déterminisme génétique ». Pourtant, l’incertitude en génétique est non seulement omniprésente, mais elle est surtout plurielle. Les professionnels de la génétique le savent bien : nous ne savons pas forcément tout, nous ne savons même pas si nous pourrions tout savoir, et de surcroît, nous ne savons pas toujours si nos savoirs s’appliquent à une situation donnée. 

Grâce au déploiement des nouvelles techniques d’analyse du génome et des meilleures connaissances sur le fonctionnement du génome humain, la génétique médicale a indiscutablement pu apporter une aide à des patients et à leur famille, tant du point de vue du diagnostic d’une pathologie, d’un conseil génétique, d’une prédisposition génétique à une maladie, que pour un choix thérapeutique. »

  La FFGH complète ainsi sa réflexion autour des enjeux de nos pratiques professionnelles en génétique par un engagement en faveur de la culture scientifique et technique mise à la disposition du plus grand nombre de nos concitoyens.

Pierre-Antoine GOURRAUD (Nantes), Billy GIPSY, Marc FELLOUS, Laurent PASQUIER, Marie-Bérangère TROADEC, Elonore VIORA-DUPONT, Catherine NOGUES, Alexandre HARLÉ, Damien SANLAVILLE

10:00 - 11:00 #38228 - P351 Développement d’un outil d’accompagnement en ligne des patients dans leur parcours de diagnostic préimplantatoire (DPI).

P351 Développement d’un outil d’accompagnement en ligne des patients dans leur parcours de diagnostic préimplantatoire (DPI).

Le parcours de DPI est complexe car la prise en charge est pluridisciplinaire. Les patients transmettent de nombreux documents administratifs, médicaux, biologiques, des questionnaires et des consentements. Ils bénéficient d’informations sur le parcours d’assistance médicale à la procréation (AMP) et sur les analyses génétiques qui seront réalisées sur leurs embryons.

Jusqu’en 2021, les documents étaient envoyés par courrier postal ou électronique. Les patients n’envoyaient pas toujours les bons documents et n’avaient pas de moyen simple de vérifier la complétude de leur dossier.

Des informations très générales étaient disponibles sur le site internet des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS). Elles étaient complétées par des présentations orales avec diaporama lors d’une réunion d’information au début de la journée de consultation pluridisciplinaire. Cette accumulation d’informations complexes le même jour était particulièrement lourde, ne laissant pas le temps aux patients de les digérer et de préparer leurs questions. Avec la mise en place de téléconsultations pendant de la crise sanitaire en 2020, des liens vers des diaporamas commentés ont remplacé la réunion d’information, sans possibilité de s’assurer qu’ils avaient été visionnés avant la téléconsultation.

En 2021, le centre AMP des HUS s’est doté un outil d’accompagnement en ligne des patients. Il s’agit d’une plateforme d’information et d’échanges développée par la startup Elixir Health grâce à un partenariat de recherche et développement. Les données sont déposées sur un serveur agréé pour l’hébergement de données de santé. Elle permet d’inviter les patients en consultation, de gérer les documents indispensables ou optionnels (demande, envoi, validation, intégration aux logiciels métiers), de visionner et de tracer le visionnage des vidéos conçues spécifiquement pour expliquer chaque étape du parcours de manière séquentielle et, plus récemment, d’accompagner les patientes au moment des tentatives. L’objectif est de mettre à disposition des patients un outil unique et de les responsabiliser dans leur parcours tout en simplifiant les tâches administratives des équipes et en libérant du temps médical et paramédical.

Nous présentons une version adaptée au diagnostic préimplantatoire qui permet depuis 2022 de préparer l’entretien téléphonique et la consultation pluridisciplinaire : envoi d’invitations, mise à disposition de documents d’information et de questionnaires, dépôt de documents administratifs, médicaux et de résultats d’analyses par les patients, consultation des diaporamas commentés sur le parcours. Des courts films d'animation spécifiques au DPI sont en cours de finalisation et seront bientôt mis en ligne, avec traçabilité du visionnage par les patients.

Dans le futur, l’efficacité du système devra être évaluée et des évolutions sont envisagées, avec notamment l’utilisation de l’intelligence artificielle pour faciliter la gestion des documents déposés sur la plateforme.

Mathieu DELLENBACH, Xavier HURST, Laetitia MOSSER, Elodie KIEFFER, Catherine RONGIERES, Céline MOUTOU (STRASBOURG)

10:00 - 11:00 #38266 - P355 Les enjeux éthiques du dépistage préconceptionnel.

Les enjeux éthiques du dépistage préconceptionnel.

L’autorisation du dépistage préconceptionnel en population générale a été discutée lors des dernières lois de bioéthique. Il permettrait à tout couple ayant un projet de grossesse d’accéder, sur une base volontaire, à son risque de transmettre une maladie génétique autosomique récessive. Les différentes instances éthiques françaises ont été amenées à se positionner sur le sujet : si le conseil d’état et l’OPECST ont émis des avis réservés, le CCNE, l’ABM, le rapporteur de l’Assemblée nationale ainsi que la SFMPP semblent plus favorables à une ouverture des droits. Nous rapportons les résultats de 2 articles publiés dans des revues d’éthique à comité de lecture.

 

Le premier est une réflexion autour des principaux enjeux éthiques évoqués par les différents avis éthiques. Quelle autonomie possible pour les couples, alors qu’une enquête réalisée sur 137 individus français montrait que 48% seraient « en faveur du caractère systématique et obligatoire de ce dépistage » en cas d'autorisation? L’établissement d’une liste de maladies dépistées étant nécessaire d’un point de vue technique, existera-t-il un risque de stigmatisation pour les personnes atteintes de ces pathologies ? L’existence de compagnies privées étrangères proposant ce dépistage nous oblige-elle à autoriser ce dépistage en France ? La non-autorisation du DPC induit-elle « une discrimination entre les familles à risque, bénéficiant de ce dépistage et celles où une première naissance n’a pas révélé d’altération génétique », comme le souligne le CCNE ? 

 

La seconde étude s’appuie sur des entretiens semi-directifs de 4 couples. Il s'agit de la première étude de ce type sur le DPC sur le territoire français à notre connaissance. Nous prenons ainsi comme modèle de référence la littérature existante sur les situations de diagnostic prénatal (DPN) et de diagnostic préimplantatoire (DPI) afin d’identifier les spécificités du processus décisionnel du DPC en cas d'autorisation et de les comparer au DPN et au DPI. Nous constatons que, contrairement aux situations de DPN et de DPI — la perception du handicap, la capacité individuelle et familiale à accueillir un enfant en situation de handicap, l’hétéronomie représentée par le naturalisme et la religion ne joueraient qu’un rôle mineur dans la décision des couples. En effet la réduction du risque d'avoir un enfant atteint de handicap semble être l'objectif premier des couples. Plus précisément, ce n’est pas la valeur objective du risque (3-5%) mais simplement son existence et la possibilité de le réduire (d'environ 0,5 - 1%) qui justifieraient le recours des couples au DPC, ce que nous qualifions de « logique maximaliste de diminution du risque ». 

 

Nous finissons par une réflexion critique plus large autour des conséquences cette logique maximaliste, prenant au sérieux la phrase du CCNE selon laquelle « le temps où le génome de chaque individu représentera un standard de son dossier médical, régulièrement réanalysé, n’est peut-être pas si loin ».

Guillaume COGAN (Paris)

10:00 - 11:00 #37655 - P359 L’anamnèse familiale en oncogénétique : to trust or not to trust ?

L’anamnèse familiale en oncogénétique : to trust or not to trust ?

Contexte : L'anamnèse familiale, qui consiste à recueillir les antécédents médicaux des membres de la famille d'un patient, joue un rôle essentiel en oncogénétique. Elle permet d’évaluer la probabilité de prédisposition génétique et constitue ainsi la base du conseil génétique. L'exactitude de l'anamnèse dépend de la connaissance que possède le patient des antécédents médicaux de ses proches et de la qualité des liens qu'il entretient avec eux. Afin que l'anamnèse familiale soit pertinente dans le processus de prise de décision clinique, il est essentiel qu'elle soit précise et fiable.

Méthodologie : Nous avons réalisé une étude évaluant la fiabilité des données d’anamnèse au sein de l’unité d’Oncogénétique de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest à Saint-Herblain. Les données étudiées sont issues des dossiers des patients ayant consulté entre août et décembre 2020 (recueil rétrospectif) ainsi qu’entre juin et septembre 2021 (recueil prospectif). Les informations anamnestiques ont été vérifiées après transmission d’une autorisation de demande de renseignements (ADR) puis réception des dossiers médicaux des apparentés concernés. Les données (organe, âge au diagnostic) ont été classées en 3 catégories : concordance totale, partielle (écart d’âge au diagnostic et/ou information supplémentaire apportée par le dossier) ou nulle. Concernant l’écart d’âge au diagnostic, deux groupes ont été définis et analysés (≤ 2 ans et ≤ 5 ans). Enfin, une réanalyse de dossiers a été effectuée afin de préciser l’impact de ces nouvelles données sur la prise en charge familiale.

Résultats : Au total, 467 ADR ont été transmises pour 226 patients. Le taux de retour des ADR était de 67% dans un délai moyen de 44 jours, permettant par la suite la réception de 222 dossiers médicaux d’apparentés dans un délai moyen de 34 jours. Le taux de retour des ADR était de 74% pour les apparentés au 1^er degré et de 57% pour les apparentés liés au 2^ème degré ou plus.  

Parmi 222 dossiers reçus, 7% des données étaient entièrement erronées (concordance nulle). Tolérant un écart d’âge au diagnostic de 2 ans, 63% des dossiers reçus présentaient une concordance totale et 29% une concordance partielle. En élargissant l’écart d’âge à 5 ans, le taux de concordance totale était de 75% et le taux de concordance partielle de 17%.

Pour les 103 dossiers qui ont pu être expertisés, la vérification des données d’anamnèse a eu un impact sur l’indication d’analyse génétique (soit 15% des dossiers) et sur les conseils de surveillance délivrés à la famille (soit 16% des dossiers).

Conclusion : Ces résultats soulignent l’importance de vérifier les données d’anamnèse afin de fournir le conseil génétique le plus pertinent possible.

Léonie VIGNERON (La Roche sur Yon), Marion BELLEGUIC, Estelle CAUCHIN, Capucine DELNATTE, Audrey GALLARD, Nathalie LOQUET, Lydie RIOLLET, Caroline ABADIE

10:00 - 11:00 #37853 - P363 Dépistage génétique de porteurs dans le parcours d’une procréation médicalement assistée.

P363 Dépistage génétique de porteurs dans le parcours d’une procréation médicalement assistée.

Dépistage génétique de porteurs dans le parcours d’une procréation médicalement assistée

 

À ce jour, dans le contexte des techniques de procréation médicalement assistée, un dépistage des porteurs de maladies à héritage autosomique récessif ou liées au chromosome X est proposé à tous les patients et réalisé chez tous les donneurs de gamètes, dans le but de réduire le risque de naissance d'un enfant atteint de l'une de ces maladies.

Dans notre clinique, un panel de dépistage des porteurs couvrant plus de 300 maladies (qCarrier +, du laboratoire qGenomics) est réalisé avant le début de la technique sélectionnée pour le patient ou pendant le processus d'étude et de sélection des donneurs de gamètes.

La technologie utilisée est le séquençage de nouvelle génération, accompagnée de techniques moléculaires complémentaires, pour couvrir le spectre mutationnel des différents gènes inclus dans le panneau, à partir d'un échantillon de salive ou de sang. Les résultats obtenus par le laboratoire externe de génétique sont examinés et interprétés par notre unité de génétique.

Ensuite, les résultats sont transmis aux patients qui reçoivent conseil génétique et évaluent les options disponibles avec le généticien et leur gynécologue. Les résultats de ce panneau génétique peuvent être variés, et il est très important que le patient ou le couple bénéficie de conseil génétique, car il existe des résultats qui peuvent avoir un impact sur la santé du patient (découverte fortuite), la descendance future ou les membres de la famille.

Par exemple, les femmes porteuses de maladies liées au chromosome X sont exposées au risque d'avoir des garçons atteints, et toutes les femmes de leur branche familiale en âge de procréer pourraient être porteuses. Les couples partageant des variantes pathogènes dans un même gène récessif ont une probabilité de 25 % d'avoir un enfant malade. Certains patients peuvent découvrir qu'ils sont porteurs de variantes liées à un risque accru de certains cancers. Comme nous pouvons le constater, la réalisation de ces études génétiques peut avoir des répercussions sur le patient lui-même, sa famille et sa descendance future.

Cette communication expliquera toutes les étapes du processus de dépistage des porteurs génétiques, notamment la stratégie pour la collecte d'échantillons chez le couple, la technologie utilisée pour l'analyse génétique, l'interprétation des variants et les conseils génétiques, ainsi que les options possibles qui doivent être discutées avec les patients.

Ariadna BELLÉS (Barcelone, Espagne)

10:00 - 11:00 #38129 - P367 Retour sur quatre années de prise en charge présymptomatique conjointe oncogénétique et psychologique chez les adultes de moins de 31 ans.

P367 Retour sur quatre années de prise en charge présymptomatique conjointe oncogénétique et psychologique chez les adultes de moins de 31 ans.

Contexte : L’accompagnement psychologique systématique dans les démarches présymptomatiques chez les jeunes adultes âgés de moins de 31 ans est limité en terme de compliance et de productivité. Afin d’optimiser le parcours de ces proposants, une consultation systématique en binôme avec un psychologue est proposée au centre depuis 2020 avant l’analyse génétique. L’objectif de ce travail est la description de l'accompagnement psychologique chez les proposants de 18 à 30 ans venus en consultation oncogénétique pour un test présymptomatique.

Méthode : Etude monocentrique rétrospective à partir des données de consultation d'oncogénétique selon deux périodes distinctes avant et après proposition de consultation en binômes avec un psychologue (2018-2019 et 2021-2022) au Centre François Baclesse de Caen, l’année 2020 ayant été exclue du fait de la COVID. Analyses statistiques par tests du khi2 et de Fisher.

Résultat : Deux cent cinquante-neuf proposants de moins de 31 ans ont réalisés une consultation d'oncogénétique dans un contexte présymptomatiques avec un analyse génétique durant les 4 années 2018-2019 et 2021-2022.

Sur la première période 2018-2019, 111 proposants ont réalisé une consultation présymptomatique, 33.3 % des proposants ont bénéficié d’une consultation psychologique individuelle durant leur parcours, 3.6% n’ont pas honoré la consultation psychologique.

En 2021-2022, sur les 148 proposants ayant réalisé une consultation présymptomatique, 52 % ont eu une consultation psychologique en binôme (48 %) ou en individuelle (4.1 %).

On note un accompagnement psychologique statistiquement plus fréquent sur la seconde période avec les consultations en binôme (p=0,017).

Parmi les 71 proposants ayant bénéficié d'une consultation en binôme, 20 proposants ont bénéficié d'une seconde consultation en binôme, dans la plupart des cas au moment des résultats, et 6 ont eu un entretien psychologique individuel.

Sur l'ensemble des proposants ayant bénéficié d'un accompagnement psychologique, 3,6% des proposants en 2018-2019 ont poursuivi la prise en charge avec au moins une autre consultation individuelle avec un psychologue contre 6.1 % entre 2021-2022 (p=0.56).

Les proposants ayant eu des entretiens individuels en plus du premier accompagnement psychologique ont été pour 90% porteurs de la prédisposition familiale et 10% non porteurs. A noter que les suivis pouvaient être en lien avec d’autres problématiques.

Conclusion : La mise en place d'une consultation en binôme a permis d'améliorer le nombre de personnes qui ont bénéficié d'un accompagnement psychologique. Malgré cela, l’adhésion à cet accompagnement restent faible, et les causes restent à préciser.

Ces données ne mettent pas en évidence le besoin d'un recours fréquent à une aide psychologique mais cette attitude permet de mieux détecter les situations à risque.

Une évaluation prospective des consultations en binôme avec un psychologue semble intéressante afin de confirmer ces données.

Elodie COSSET (Caen), Joris SALOMON, Marie DESNOYER, Thibault MERCIER, Manuella LEVILLY, Louise-May THIBAUT, Pierre DEVULDER, Pascaline BERTHET, Zoé NEVIERE

10:00 - 11:00 #37456 - P375 Perte de poids chez des patients souffrant d’obésité liée à un déficit biallélique en POMC/PCSK1 ou LEPR et traités par setmélanotide pendant 4 ans.

P375 Perte de poids chez des patients souffrant d’obésité liée à un déficit biallélique en POMC/PCSK1 ou LEPR et traités par setmélanotide pendant 4 ans.

Introduction et but de l’étude : Les patients avec un déficit biallélique dû à des variants sur les gènes POMC / PCSK1 ou LEPR impliqués dans la voie leptine-mélanocortines sont confrontés à une hyperphagie et une obésité sévère et précoce. Le traitement par setmélanotide dans cette population est associé à une réduction du poids, une amélioration des scores de faim, et une bonne tolérance. Nous rapportons ici les résultats à long terme après 4 années de traitement par setmélanotide.

Matériel et méthodes : Les patients avec un déficit en POMC / PCSK1 ou LEPR ayant présenté un bénéfice clinique et une bonne tolérance dans un essai précédant par setmélanotide pouvaient être inclus dans un essai d’extension à long terme (ELT) (NTC03651765) et continuer à être traités par setmélanotide pour une période ≥5 ans ou être traités par le produit commercial ou être inclus dans un autre essai clinique. Cette analyse rapporte les résultats sur la perte de poids et la tolérance après 4 ans de traitement par setmélanotide chez les patients ayant obtenu un bénéfice clinique significatif à 1 an de traitement, défini comme une perte de poids ≥10% (âge ≥18 ans à l’inclusion) ou une réduction ≥5 points de pourcentage du 95^ème percentile de l'IMC (%IMC₉₅; âge < 18 ans à l’inclusion).

Résultats et Analyses statistiques : Au total 24 patients sont inclus dans l’ELT avec une réponse pondérale cliniquement significative. Douze patients ont été exclus de l’analyse : 3 patients pédiatriques sont entrés dans l'âge adulte entre l'essai index et cette analyse, 5 ont été traités par le traitement commercial, et 4 ont arrêté le traitement. Ainsi, 12 patients avec des résultats à 4 ans ont été inclus dans cette analyse. Par rapport à l’inclusion dans l’essai index, la variation moyenne (ET) du poids corporel était de −32,6 (36,7) kg pour les patients âgés ≥18 ans (n=8) and −42,7 (22,44) points de pourcentage du %IMC₉₅ chez les patients âgés de < 18 ans (n=4). Aucun nouveau problème de tolérance n’a été identifié pendant l’extension à long terme.

Conclusion : Le traitement à long terme par setmélanotide chez les patients présentant un déficit en POMC / PCSK1 ou LEPR est soutenu par un bénéfice clinique significatif au long cours sur les paramètres liés au poids sans nouveaux effets indésirables à 4 ans de traitement.

Chung WENDY, James SWAIN, Peter KÜHNEN, Martin WABITSCH, Erica VAN DEN AKKER, Jill GARRISON, Guojun YUAN, Jesús ARGENTE, Karine CLÉMENT (Paris), Sadaf FAROOQI

10:00 - 11:00 #38551 - P379 Effet à long terme du traitement par le palovarotène sur l’ossification hétérotopique chez les patients souffrant de FOP : Données de l’étude de phase 3 MOVE.

P379 Effet à long terme du traitement par le palovarotène sur l’ossification hétérotopique chez les patients souffrant de FOP : Données de l’étude de phase 3 MOVE.

La fibrodysplasie ossifiante progressive (FOP) est une pathologie génétique ultra-rare, caractérisée par la survenue d’ossification hétérotopique (OH). Les effets du palovarotène, agoniste sélectif du récepteur à l’acide rétinoïque gamma, sur la FOP ont été évalués lors de l’étude de phase 3 MOVE (NCT03312634). Des analyses intermédiaires à 18 mois ont montré que le palovarotène réduisait les nouvelles OH, comparé à des patients non traités (étude d’histoire naturelle, NHS, NCT02322255) au-delà des soins standard. Le palovarotène a globalement été bien toléré, avec des effets indésirables semblables à ceux d’autres rétinoïdes, avec cependant un risque significatif de fermeture épiphysaire prématurée chez les patients pédiatriques. L’efficacité du palovarotène à long terme (48‑mois) a été évaluée chez les patients ayant interrompu puis repris le traitement dans MOVE, en raison d’une suspension clinique partielle pour les patients de moins de 14 ans ou des interruptions de dose chez les patients de 14 ans ou plus.

Méthodes

Les changements moyens annualisés du volume d’OH calculées par tomodensitométrie du corps entier (TDMCE) à faible dose ont été évalués jusqu’à la fin de l’étude. Les analyses ont été réalisées pendant la période d’intention de traiter (IDT) pour : (i) tous les patients, indépendamment de leur statut de traitement (comparés aux patients non traités issus d’une NHS - FOP), (ii) les patients ayant interrompu puis repris le traitement avec des données pour les périodes de pré-pause, d’interruption et de post-redémarrage (≥2 scanners post-redémarrage) et (iii) les patients ayant interrompu puis arrêté le traitement.

Résultats

Lors de la période d’IDT, les patients ont reçu du palovarotène pendant une moyenne (déviation standard) de 25,4 (12,5) mois et ont interrompu le traitement pendant 13,1 (9,3) mois. Pour tous les patients et pour les patients ayant interrompu puis repris le traitement lors de la période d’IDT, les volumes d’OH étaient inférieurs lorsque les patients recevaient du palovarotène. Quand les patients interrompaient puis arrêtaient le traitement (n=16), le volume moyen annualisé de nouvelle OH était 84,9% plus faible lorsque les patients recevaient du palovarotène (2,3×10³ mm³; suivi moyen : 12,6 mois) que lorsqu’ils n’en recevaient pas (15,6×10³ mm³; suivi moyen: 15,7 mois). Lorsque les patients arrêtaient le traitement, la nouvelle OH annualisée n’était pas supérieure à celle des patients non traités issus de l’EHN, suggérant l’absence de rebond de traitement.

Conclusion

Les données à long terme de MOVE ont montré un volume d’OH supplémentaire annualisé régulièrement inférieur lorsque les patients été traités par le palovarotène en comparaison avec l’absence de ce traitement. Ces résultats confortent les observations précédentes et vont dans le sens d’une utilisation du palovarotène pour réduire la progression des OH. Le profil risque-bénéfice du palovarotène doit être étudié de manière individuelle.

Genevieve BAUJAT (PARIS), Angela M. CHEUNG, Edward C. HSIAO, Robert J. PIGNOLO, Mona AL MUKADDAM, Staffan K. BERGLUND, Carmen DE CUNTO, Patricia DELAI, Peter KANNU, Richard KEEN, Edna E. MANCILLA, Rose MARINO, Andrew STRAHS, Frederick KAPLAN

10:00 - 11:00 #38275 - P383 Quelle conduite à tenir lors de la découverte fortuite d’anomalies chromosomiques dans le cadre des Diagnostics Préimplantatoires moléculaires en France ?

Quelle conduite à tenir lors de la découverte fortuite d’anomalies chromosomiques dans le cadre des Diagnostics Préimplantatoires moléculaires en France ?

Le Diagnostic Préimplantatoire (DPI) est un diagnostic génétique réalisé sur des embryons obtenus par Fécondation In Vitro chez des couples ayant une forte probabilité de transmettre une maladie génétique grave et incurable. Suite à cette analyse, les embryons sains sont transférés dans l’utérus maternel, permettant au couple d’éviter une Interruption Médicale de Grossesse ou la naissance d’un enfant malade. La loi française précise que le diagnostic préimplantatoire réalisé ne peut porter que sur la pathologie identifiée dans la famille.

Dans notre pratique courante au CHU Grenoble Alpes, le diagnostic génétique des maladies monogéniques est réalisé sur une ou deux cellules embryonnaires obtenues lors d’une biopsie à 3 jours de développement embryonnaire, grâce à l’étude de marqueurs microsatellites. Cette étude indirecte permet de déterminer si l’embryon étudié est porteur ou non de (ou des) allèle(s) à risque mais conduit dans plus de 10% des cas à mettre en évidence des monosomies ou trisomies au locus étudié. Le transfert de ces embryons pose deux questions :

-          Du point de vue de la fiabilité du diagnostic : l’anomalie chromosomique suspectée peut-elle conduire à un risque d’erreur diagnostique concernant la maladie monogénique étudiée ?

-          Du point de vue éthique et légal : faut-il transférer des embryons pour lesquels on a détecté de façon fortuite une anomalie chromosomique ?

 

Pour tenter d’apporter des réponses à ces questions, nous avons ré-analysé une cohorte de 94 embryons avec au moins un blastomère présentant une monosomie ou une trisomie au locus étudié. Cette étude préliminaire nous donne des éléments pour tenter de répondre aux questions suivantes : le résultat obtenu à partir de la biopsie à 3 jours de développement est-il corrélé au statut à 5 jours de développement ? En particulier, comment évoluent les mosaïques et observe-t-on une correction de certaines anomalies chromosomiques ? Le diagnostic de la pathologie étudiée est-il fiable en présence d’une aneuploïdie au locus étudié ? Enfin, peut-on établir des recommandations pour le transfert ou la destruction des embryons présentant ce type d’anomalie ?

Flore MIETTON, Isabelle LORDEY, Valerie KONIK-MATHEVET, Floriane LEFEUVE, Julien BESSONNAT, Pascale HOFFMANN, Sylviane HENNEBICQ, Pierre F RAY, Caroline BOSSON (GRENOBLE)

10:00 - 11:00 #37821 - P387 Nouvelle variation de novo dans la région C-terminale du gène RNF213 chez un fœtus avec cardiomyopathie hypertrophique biventriculaire et hydramnios.

P387 Nouvelle variation de novo dans la région C-terminale du gène RNF213 chez un fœtus avec cardiomyopathie hypertrophique biventriculaire et hydramnios.

La maladie de Moyamoya est une vasculopathie cérébrale chronique caractérisée par la sténose progressive de la partie intracrânienne terminale de l'artère carotide interne et de ses branches proximales et par l’apparition d’un réseau anormal d’artères collatérales. Ces anomalies prédisposent aux accidents vasculaires cérébraux. La fréquence de la maladie est élevée en Asie du fait d’un variant fondateur dans le gène RNF213, p.Arg4810Lys, considéré comme facteur de risque. Récemment, des variants faux-sens rares de novo de RNF213 ont été décrits comme responsables d’une nouvelle maladie de Moyamoya, pédiatrique, sévère et associée à des signes extra-cérébraux : hépatiques, rénaux, cutanés, cardiaques et vasculaires diffus. L’âge au début des symptômes varie entre 3 mois et 9 ans. Aucun cas anténatal n’a été décrit.

Nous rapportons le cas d’un fœtus féminin décédé in utero à 34 semaines d’aménorrhée (SA) dans un contexte d’hydramnios, d’augmentation des vitesses cérébrales sans anémie et de cardiomégalie avec hypertrophie biventriculaire. L’examen anatomopathologique, sous réserve de la lyse tissulaire, confirme la cardiomégalie, aucune anomalie cérébrale supra et infratentorielle, une paroi des vaisseaux cérébraux et des reins normaux. L’examen du placenta met en évidence des thromboses murales des vaisseaux allantochoriaux (vasculopathie thrombotique fœtale). Un séquençage du génome en trio post mortem a permis d’identifier chez le fœtus un variant faux-sens de novo du gène RNF213 : NM_001256071.3:c.14822T > A,p.(Val4941Glu). Cette variation était absente de gnomAD et associée à des prédictions bioinformatiques délétères (CADD 28). La variation est à proximité des variations pathogènes rapportées, dans la région C-terminale de RNF213. Elle a été rapportée comme probablement pathogène dans la base ClinVar chez un patient caucasien de 11 ans qui présente des sténoses vasculaires cérébrales, une hépatopathie et des rashs cutanés. Nous considérons cette variation comme probablement pathogène.

Nous rapportons le premier cas anténatal de vasculopathie systémique associée au gène RNF213. Le mécanisme de l’hypertrophie myocardique chez ce fœtus est encore incertain. Trois patients sont rapportés dans la littérature avec une cardiopathie secondaire à une hypertension habituellement liée à une atteinte rénale, non retrouvée chez ce fœtus. L’identification d’un variant de novo, déjà rapporté chez un patient aux symptômes chevauchants avec ceux de la littérature est un élément de pathogénicité fort permettant d’appuyer l’impact de ce variant chez le fœtus. Ce cas permet de souligner la potentielle précocité et sévérité de cette pathologie et suggère d’ajouter ce gène à la liste des gènes à étudier pour les stratégies de panel in silico en cas d’anomalie fœtale échographique. L’analyse du génome prénatal confronte les biologistes à des difficultés d’interprétation notamment lorsque les signes cliniques connus ne sont pas constatés ou que le terme est précoce.

Juliette COURSIMAULT (ROUEN), Angele MAY, Anne-Claire BREHIN, Sophie PATRIER-SALLEBERT, Florent MARGUET, Isabelle DURAND, Pascale SAUGIER-VEBER, Francois LECOQUIERRE

10:00 - 11:00 #37961 - P391 Apport du phénotypage complémentaire postnatal dans la réanalyse des données d’exome prénataux non conclusifs.

P391 Apport du phénotypage complémentaire postnatal dans la réanalyse des données d’exome prénataux non conclusifs.

Introduction : Devant la découverte d’un signe d’appel échographique, le séquençage d’exome prénatal (pES) identifie un diagnostic dans environ 30 % des cas avec caryotype et analyse chromosomique sur puce à ADN. Cependant l’analyse des données est plus difficile qu’en postnatal car le phénotype se limite aux données d’imagerie. Cette étude avait pour objectif d’évaluer l’intérêt de réanalyser en postnatal les données de pES chez les cas non conclusifs, quelle que soit l'issue de la grossesse, afin d’identifier le diagnostic causal notamment à la lumière des données cliniques postnatales/postmortem additionnelles.  

 

Méthode : La réanalyse a été proposé à 84 couples de l'étude de l'étude "AnDDI-Prénatome". Les cliniciens référents ont été invités à recueillir toutes les données cliniques, biologiques et d'imagerie postnatales ou postmortem. Les données phénotypiques ont été collectées à l’aide de l'Ontologie du Phénotype Humain (HPO). Les données brutes de pES ont été réanalysées bioinformatiquement et réinterprétées en intégrant les mises à jour des différentes bases de données et scores de prédiction in silico.

 

Résultats : 57/84 couples ont souhaité une réanalyse des données (49 grossesses avec résultats négatifs et 8 grossesses avec une variation de signification incertaine, VSI) ; 10 couples l’ont refusé; 11 couples ont été perdus de vue ou n'ont pas été approchés par les cliniciens référents. Parmi les 57 pES à réanalyser des données cliniques supplémentaires provenant de l'examen post-mortem sont actuellement disponibles pour 9/14 cas après IMG ou MFIU et pour 36/39 enfants nés vivants. Le suivi clinique à au moins 1 an a été accepté pour 33/57 couples. 

 

Parmi 49 grossesses avec résultats négatifs (9 fœtus / 40 enfants nés vivants), l’examen foetopathologique a suggéré une fœtopathie à CMV chez 2/9 fœtus, confirmée par PCR, et la réanalyse d’ES a identifié un nouveau diagnostic lié à une variation bi-allélique de SNAPC4, gène impliqué après l’analyse initiale dans un syndrome neurodévelopmental avec régression motrice, paraplégie spastique progressive et dysfonction oromotrice. L’échographie anténatale avait montré un retard de croissance intra-utérin avec microcéphalie. Des investigations complémentaires sont en cours pour 8/49 cas, notamment un fœtus présentant des pieds bots bilatéraux isolés avec une variation bi-allélique de SYNE1, un fœtus présentant une polydactylie postaxiale bilatérale des membres supérieurs avec une variation de GLI1 héritée d’un parent asymptomatique et un fœtus présentant un isomérisme avec tétralogie de Fallot et sténose duodénale avec un seul évènement dans le gène MMP21. 5/8 VSI ont été confirmé en réanalyse. 

 

Conclusion : Nos données préliminaires confortent l’intérêt d’une réanalyse postnatale des données de pES au regard des données phénotypiques postnatales et de la mise à jour du pipeline informatique, pour améliorer le rendement diagnostique et le conseil génétique pour les futures grossesses.

Christel THAUVIN, Aurore GARDE, Maud FAVIER, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Thierry ROUSSEAU, Sophie NAMBOT, Ange-Line BRUEL, Sebastien MOUTTON, Chloé QUELIN, Cindy COLSON, Anne-Claire BREHIN, Anne-Marie GUERROT, Caroline ROORYCK-THAMBO, Audrey PUTOUX, Patricia BLANCHET, Sylvie ODENT, Elise SCHAEFER, Odile BOUTE, Alice GOLDENBERG, Agnes GUICHET, Carine ABEL, Godelieve MOREL, Melanie FRADIN, Bertrand ISIDOR, Marie VINCENT, Christine FRANCANNET, Gabriella VERA, Florence PETIT, Mathilde NIZON, Constance WELLS, Mederic JEANNE, Caroline DEILLER, Alban ZIEGLER, Manon GODIN, Emmanuel SIMON, Christine BINQUET, Yannis DUFFOURD, Hana SAFRAOU, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Antonio VITOBELLO, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Nicolas BOURGON (PARIS)

10:00 - 11:00 #38077 - P395 Etude de la longueur télomérique dans le sang maternel : un nouveau biomarqueur pour évaluer le risque de survenue d’une anomalie du développement fœtal ?

P395 Etude de la longueur télomérique dans le sang maternel : un nouveau biomarqueur pour évaluer le risque de survenue d’une anomalie du développement fœtal ?

Le lien entre la diminution de la longueur des télomères (LT) et l’exposition des femmes enceintes aux facteurs favorisant l’apparition d’anomalies du développement est bien établi dans la littérature. Dans une 1^ère étude, nous avons montré  que la longueur des télomères était significativement raccourcie dans le liquide amniotique (LA) lorsque le fœtus présentait une anomalie du développement¹. 

Dans cette nouvelle étude, nous avons mesuré par PCR quantitative la LT des leucocytes maternels au cours de la grossesse en cas de malformation congénitale (MC) (n=50), ou de retard de croissance intra-utérin (RCIU < 1^erpercentile) (n=25), ainsi que chez des femmes enceintes témoins (TE+) pour lesquels les fœtus ne présentaient pas d’anomalies du développement (n=50) et des femmes témoins non enceinte (TE-), ayant eu au moins un enfant (n=50). 

Nos premiers résultats ne montrent pas de différence significative de LT chez les femmes témoins  (TE- versus TE+) quel que soit le groupe d’âge. La grossesse ne semble donc pas influencer la LT dans notre étude. Lorsqu’on compare la LT chez les femmes enceintes on voit que la LT est significativement plus courte en cas d’anomalie du développement fœtal que ce soit chez les femmes de moins de 35 ans (p=0,03) ou celles de 35 ans et plus (p=0,0012). Les inclusions sont encore en cours afin d’augmenter la puissance statistique de notre étude. 

Les femmes enceintes avec des télomères courts auraient donc un risque plus important de survenue d’anomalie du développement fœtal. Une étude chez l’homme et une chez la souris ont également montré que la LT maternelle périconceptionnelle pouvait être un biomarqueur de survenue d’anomalies de fermeture du tube neural ou d’anomalie de septation ventriculaire (CIV)^2,3. Ce raccourcissement télomérique pourrait être à l’origine d’une sensibilité accrue à divers facteurs d’exposition maternels et d’une altération de l’organogenèse et/ou de la croissance fœtale, secondaires à une prolifération cellulaire insuffisante ou une instabilité génomique. 

1. Goumy C, Veronese L, Stamm R, Domas Q, Hadjab K, Gallot D, Laurichesse H, Delabaere A, Gouas L, Salaun G, Perbel-Richard C, Vago P, Tchirkov A. Reduced telomere length in amniocytes: an early biomarker of abnormal fetal development? Hum Mol Genet. 2022 Aug 23;31(16):2669-2677. doi: 10.1093/hmg/ddac054. 

2. Aoulad Fares D, Schalekamp-Timmermans S, Nawrot TS, Steegers-Theunissen RPM. Preconception telomere length as a novel maternal biomarker to assess the risk of spina bifida in the offspring. Birth Defects Res. 2020 May 15;112(9):645-651. doi: 10.1002/bdr2.1682. Epub 2020 May 2. PMID: 32359029; PMCID: PMC7432172.

3. Aoulad Fares D, Wiegel RE, Eggink AJ, Willemsen SP, van Meurs JBJ, Steegers-Theunissen RPM. Shorter periconception maternal telomere length and the risk of congenital cardiac outflow defects in the offspring. Eur J Clin Invest. 2022 Aug;52(8):e13784. doi: 10.1111/eci.13784. Epub 2022 Apr 11. PMID: 35347712; PMCID: PMC9540113.

Océane COUDRIEU (Clermont-Ferrand), Eléonore EYMARD-PIERRE, Delphine VOISIN, Amélie DELABAERE, Isabelle PERTHUS, Andrei TCHIRKOV, Carole GOUMY

10:00 - 11:00 #37819 - P403 La génétique au cœur, une BD pour mieux comprendre la génétique et ses enjeux sociétaux.

P403 La génétique au cœur, une BD pour mieux comprendre la génétique et ses enjeux sociétaux.

Contrairement à d’autres disciplines scientifiques, la génétique a, jusqu’à présent, très peu fait l’objet d’ouvrages de vulgarisation. Quelques livres, très techniques, expliquent les fondements scientifiques de la génétique, mais à ce jour aucun n’en présente les impacts humains et sociétaux. C’est pourquoi nous avons décidé avec les éditions Dargaud de créer une bande dessinée, sous forme de roman graphique articulé autour d’un scénario permettant de faire entrer le lecteur pleinement dans le récit tout en l’acculturant à la génétique. Au-delà des aspects scientifiques, c’est en particulier l’impact de la génétique sur nos vies et notre société qui est décrit, afin d’amener le lecteur à comprendre les conséquences des résultats de cette science, et à réfléchir à leurs implications.

Une jeune femme annonce à son père généticien qu'elle et sa soeur ont fait un test génétique en ligne alors qu’il avait toujours essayé de les en dissuader. Sentant les hésitations et les inquiétudes de sa fille quant aux résultats reçus, le médecin revient sur ses souvenirs professionnels qui sont pour lui l’occasion d’expliquer l'importance de la génétique dans la recherche d’identité, ses progrès permanents, ses nombreuses applications et ses limites dans un monde globalisé et numérique où les algorithmes et les réseaux sociaux s’immiscent dans notre vie quotidienne. Les éléments scientifiques de base nécessaires à la compréhension du pourquoi de ces implications sont abordés tout au long des différents chapitres : identification de squelette à partir de l’ADN dans une enquête policière, analyse de données généalogiques sur internet, réalisations de tests d’ADN en ligne, estimation et perception du risque de maladie, utilisations médicales de la génétique (cancer et médecine de précision, conseil génétique) et enfin utilisations non médicales comme la préservation de la biodiversité ou la lutte contre la résistance aux antibiotiques.

Cette bande dessinée s’adresse d’abord au grand public. Mais grâce à la maîtrise graphique de l’illustratrice spécialisée dans la vulgarisation scientifique de concepts complexes, cet ouvrage constitue également une base de connaissance utile aux étudiants en santé et aux professions médicales par la précision et la clarté des informations scientifiques apportées. L’ensemble des textes a été écrit et relu par des spécialistes de la génétique, garants de la qualité des informations données. Cette bande dessinée de 174 pages a été publiée en français par les éditions Dargaud (https://www.dargaud.com/bd/la-genetique-au-coeur-bda5392800) et en anglais par Europe Comics (https://www.lebateaulivre.fr/ebook/9791032814215/genetics-at-heart-philippe-amouyel-heloise-chochois-europe-comics).

Philippe AMOUYEL (Lille), Héloïse CHOCHOIS

10:00 - 11:00 #38279 - P407 Méthodes de partitionnements pour détecter des structures fines de population et applications au projet POPGEN.

P407 Méthodes de partitionnements pour détecter des structures fines de population et applications au projet POPGEN.

Corresponding Author: mael.guivarch@univ-brest.fr

 

Introduction: To identify genetic risk factors for multifactorial disease, it is essential to compare the genomes of patients with those of genetically similar healthy individuals. It is therefore crucial to understand the genetic structure of the overall population. One important way of gaining such understanding is by applying clustering methods whose aim is to identify groups of individuals based on their genomes.

Methods: In this context, we present a comparative analysis of various clustering approaches, with a focus on hierarchical methods such as fineSTRUCTURE, model-based clustering approaches such as Mclust, and aggregation-based clustering techniques. We also investigate the impact of different similarity measures obtained through haplotype-sharing methods on clustering outcomes.

Results: We enhance previous comparative studies by evaluating clustering methods in the context of fine-scale population structure by simulating data that aligns with the observed population structure in French populations. This approach enables us to gauge the robustness and accuracy of various methods using simulated datasets. Additionally, we apply these methods to real data from POPGEN, a project encompassing the entire metropolitan territory of France and aggregating precise genetic and geographical information from over 9,772 volunteers. We investigate how the genetic clusters observed in POPGEN correspond to the fine-scale geography within different regions of France.

Conclusion:  Our study serves to demonstrate the performance of different clustering approaches on both simulated and real datasets, offering insights to help choose the most suitable clustering methods for identifying fine-scale population structure.

Funding: This work is funded by the French Ministry of Research for the POPGEN project in the framework of the French initiative for genomic medicine (Plan France Médecine Génomique 2025; PFMG 2025; https://pfmg2025.aviesan.fr). The CONSTANCES cohort benefits from grant ANR-11INBS-0002 from the French National Research Agency.

Mael GUIVARCH (Brest), Aude SAINT PIERRE, Thomas LUDWIG, Gaëlle LE FOLGOC, Gaëlle MARENNE, Jean-Marc SEBAOUN, Laetitia GRESSIN, Jean-Christophe BEAUDOIN, Hélène BLANCHE, Valérie MOREL, Anthony HERZIG, Emmanuelle GENIN, Jean-François DELEUZE, Bertrand FIN, Robert OLASO, Delphine BACQ-DAIAN, Vincent MEYER, Florian SANDRON, Ferrane ASSIA, Anne BOLAND-AUGE, Marie ZINS

10:00 - 11:00 #37632 - P411 Évaluation transcriptionnelle de 25 variants potentiellement splicéogéniques dans les gènes MMR et classification clinique basée sur des critères ACMG affinés.

Évaluation transcriptionnelle de 25 variants potentiellement splicéogéniques dans les gènes MMR et classification clinique basée sur des critères ACMG affinés.

Le syndrome de Lynch (SL) est un syndrome de prédisposition héréditaire au cancer à transmission autosomique dominante, provoqué par des variants pathogènes constitutionnels dans les gènes de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR). L’altération d'épissage constitue l'un des mécanismes majeurs d'inactivation des gènes MMR. À l’aide d’une analyse d’ARN basée sur la RT-PCR (complété par RNA-seq pour certains patients), nous avons étudié 25 variants potentiellement spliceogéniques dans les gènes MMR. La pathogénicité a été déterminée sur la base de critères ACMG adaptées avec l'inclusion du phénotype tumoral dans la classification. Des altérations de la transcription ont été confirmées dans 20 variants et 18 ont été classées comme pathogènes, dont 11 situées en dehors des sites canoniques d'épissage. La plupart de ces variants sont absents des bases de données ou ont été déjà rapportés chez des patients suspectés du SL sans évaluation transcriptionnelle. Ainsi, notre étude a fourni des preuves cruciales pour la détermination de leur pathogénicité, permettant un suivi clinique approprié pour les patients et leur apparentés. Nous avons également constaté que les prédictions bioinformatiques étaient globalement bien corrélées à l’analyse de l’ARN et que l’utilisation combinée des logiciels SPiP et SpliceAI semblait plus efficace pour prédire les défauts d’épissage. Enfin, pour le variant c.2635-1G > A touchant le dernier intron du gène MSH2, nous avons pu mettre en évidence par RNA-seq une majoration d’un transcrit alternatif consistant au saut de l’exon 16 et l’inclusion d’un exon alternative (16a) situé en aval de de la partie 3’-UTR, soulignant l’apport de cette technologie dans la détection des événements complexes d'épissage.

Ahmed BOURAS (Lyon), Eric RUANO, Chloé GRAND-MASSON, Cedrick LEFOL, Qing WANG

10:00 - 11:00 #38395 - P415 Simplifier l’étude fonctionnelle des variants d’épissage par la technique de NGS-ligation.

P415 Simplifier l’étude fonctionnelle des variants d’épissage par la technique de NGS-ligation.

L’interprétation de variants situés en dehors des sites canoniques d’épissage est un exercice délicat notamment lorsque ces anomalies engendrent plusieurs transcrits alternatifs, rendant l’analyse par séquençage Sanger laborieuse. Les conséquences peuvent également être un changement de l'abondance relative des transcrits qui ne peut être évaluée par la technique de Sanger, non quantitative. Nous avons mis en place une technique de NGS-ligation afin de faciliter l’étude en routine de jonctions alternatives de l’ARNm.

Notre cohorte d’étude est constituée de n=26 patients porteurs de variants situés sur des sites canoniques d’épissage (n=10) ou de variants introniques profonds ou exoniques, prédits pour altérer l’épissage (SPiP > 15%, SpliceAI > 0.2; n=16) et n=46 témoins négatifs servant à quantifier la proportion relative des transcrits. Les ARN totaux ont été extraits à partir de sang périphérique prélevé sur tube PAXgene. La RT-PCR a été réalisée avec des amorces spécifiques désignées pour analyser la région d’intérêt. La taille des amplicons a été vérifiée sur TapeStation puis les produits de PCR ont été ligués à des adaptateurs universels et multiplexés pour être séquencés sur MiSeq. Les données brutes issues du séquençage (Fastq) ont ensuite été analysées en utilisant trois instances de Galaxy (RNA_Star, MLL_Fusion_Check et Hisat2) à la recherche de transcrits alternatifs et de leur variabilité de niveau d’expression.

Nous avons dans un premier temps validé notre approche sur les patients portant un variant situé sur un site canonique d’épissage en comparaison avec des témoins non mutés. RNA_Star et Hisat2 ont permis de confirmer dans tous les cas la présence de l’anomalie recherchée. La caractérisation précise de la jonction a été confirmée par MLL_Fusion_Check pour chaque cas. Les résultats sont concordants avec le séquençage Sanger réalisé chez 3 d’entre eux. Néanmoins RNA_Star est mis en défaut dans la détection de transcrits minoritaires comportant une exonisation d’intron. Il n'a donc pas été retenu par la suite. Nous avons ensuite testé notre approche chez les patients porteurs de variants exoniques ou introniques profonds, détectant des anomalies chez 11 d’entre eux. À titre d’exemple, nous avons étudié l’effet du variant NM_017934.7(PHIP):c.3853-3A > G. Il est à l’origine d’une abolition du site accepteur d’épissage de l’intron 33 et entraîne une augmentation de l'expression du transcrit délété de l'exon 34 et des deux transcrits alternatifs avec rétention d'introns et décalage du cadre de lecture.

En conclusion, notre approche s’est révélée être une technique simple à mettre en place et dont les résultats permettent une analyse facilitée des jonctions alternatives d’épissage, tout en ayant l’avantage d’être rapide, moins coûteuse qu’une approche RNAseq et plus simple d’interprétation pour l’analyse de transcrits multiples que les techniques de séquençage Sanger ou minigènes.

Magalie LODIN-PASQUIER (Paris), Adeline BONNARD, Séverine DRUNAT, Justine ROUSSELOT, Yoann VIAL, Nathalie COUQUE, Cave HÉLÈNE