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Jeudi 03 février
08:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A31
08:00 - 10:00

CONFERENCE PLENIERE 3
Génétique et environnement

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (PU-PH) (Nantes), Célia RAVEL (RENNES)
08:00 - 08:30 Expositions environnementales et sensibilité de la méthylation de l’ADN placentaire. Johanna LEPEULE (chercheur) (Conférencier, GRENOBLE)
08:30 - 09:00 Cohorte BRCA et environnement. Antonis ANTONIOU (Professor of Cancer Risk Prediction) (Conférencier, Cambridge, Royaume-Uni)
09:00 - 09:30 Toxicogenomique / Epigenetique et reproduction. Fatima SMAGULOVA (Responsable de l'équipe 4 | Mer) (Conférencier, Rennes)
09:30 - 10:00 Microbiote Intestinal. Michel NEUNLIST (directeur Unité) (Conférencier, Nantes)
Grand Auditorium
10:00 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium
11:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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B33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 10
Conseil génétique, sciences humaines et sociales

Modérateurs : Emmanuelle HAQUET (conseillère en génétique) (Montpellier), Alexia LE ROUSSEAU (Rennes)
11:00 - 11:15 #27928 - SS055 Où l’éthique se situe-t-elle ? Cartographie pluridisciplinaire de la controverse autour des CRISPR-babies.
SS055 Où l’éthique se situe-t-elle ? Cartographie pluridisciplinaire de la controverse autour des CRISPR-babies.

L'édition du génome de l'embryon humain, notamment par modification CRISPR-Cas, fait l'objet d'intenses controverses. Nous avons questionné dans quelle mesure les débats générés par l'édition du génome de l'embryon humain mobilisent des arguments de nature purement éthique. Pour cela, nous avons réalisé une méta-analyse des revues publiées sur l'édition du génome de l'embryon humain afin de classer et d'évaluer le poids des principaux arguments en faveur ou en défaveur de l'édition du génome de l'embryon humain. Notre analyse montre clairement que les points discutés les plus importants sont d'ordre technique. En particulier, ces arguments explorent en profondeur la question de la sécurité d’utilisation de cette technique et de ses avantages. Ils abordent également la question des effets putatifs à long terme sur la génération future et la question subséquente de l'évaluation de cet aspect. Ensuite, les avantages cliniques prévisibles sont nécessairement discutés, ainsi que les alternatives. L'argument sur le nombre de personnes qui bénéficieraient de cette technique est toujours considéré. Enfin, les questions sociales et anthropologiques sont abordées de manière plus disparate et hétérogène. La parentalité et le désir d'enfant sont des questions cruciales dans ce débat mais sont parfois négligées. La justice sociale, la stigmatisation et l'égalité d'accès devraient être des arguments importants dans ce débat, mais peu d'auteurs articulent finalement leur conclusion sur ces notions. La question du consentement et de l'information est plus clairement abordée, et interroge, au-delà, la relation entre les générations. Enfin, les arguments mettant en cause les effets sur la Nature de l'Homme, sur l'espèce humaine sont loin d'être consensuels ; les risques d'amélioration, d'eugénisme et de transhumanisme sont soulevés. Nous concluons que, dans ce débat éthique, les aspects techniques l'emportent sur les questions sociales et anthropologiques, et rappelons que la finalité doit être questionnée avant d'entreprendre des expériences explorant directement ou indirectement l'édition du génome de l'embryon humain.


Richard POUGNET, Benjamin DERBEZ, Marie-Bérengère TROADEC (BREST)
11:15 - 11:30 #28273 - SS056 Séquençage du génome chez l’enfant atteint de cancer : un parcours revisité par les enfants et leurs parents.
SS056 Séquençage du génome chez l’enfant atteint de cancer : un parcours revisité par les enfants et leurs parents.

Contexte

La généralisation des investigations génomiques tant constitutionnelles que somatiques en oncologie pédiatrique pose la question de la définition d’un parcours de soin adapté, qui réponde à la fois :

- au contexte spécifique du cancer chez l’enfant dont le un pronostic vital peut-être engagé au moment de la proposition d’investigation génétique (rechute, urgence de la greffe …);

- aux enjeux des professionnels, qui doivent délivrer une information complexe dans un cadre légal en évolution ;

- aux attentes des patients et de leurs parents vis-à-vis de l’étiologie de la maladie mais confrontés à des questions qu’ils ne se sont pas toujours posées.

Le projet GeneInfoKid vise à recueillir des propositions concrètes émanant des enfants et des parents concernant le parcours de génomique.

Méthode

GeneInfoKid (Projet INCa-SHS N°2018-127) est un projet multidisciplinaire dont l’un des axes prévoyait l’organisation de focus group (groupe de parole) dans l’un des 6 services partenaires avec d’enfants atteints de cancer suivis et de leurs parents.

22 focus group ont été organisés (5 à 8 personnes, 85 participants). Ayant vécu un parcours en génétique ou non, les participants étaient invités :

- à témoigner de leur expérience avec l’information et le consentement dans leur parcours de soin

- à se projeter dans un parcours de génétique à travers l’évaluation de supports d’information existants et d’exercices projectifs (se mettre dans la peau d’Amelia, 10 ans à qui est proposé un examen génétique dans son parcours de soin/ puis réaliser un collage décrivant le scenario d’une information idéale).

Résultats

Les résultats génomiques sont envisagés comme un moyen de répondre à l’origine de la maladie ou d’aider au choix des traitements. Mais ils peuvent susciter des sentiments individuels ambivalents et différents entre enfants et parents (culpabilité, incompréhension) voire inquiéter par la dimension familiale (projet parental, information à délivrer aux proches). Ces différents enjeux se traduisent par des attentes comme par exemple : la transparence sur les incertitudes, le rejet de l’infantilisation, le droit de ne pas savoir, la possibilité de faire un choix différent entre parents et enfant, le respect de leur disponibilité psychique, la valeur symbolique du consentement ….

Nous proposons de nous centrer sur les propositions concrètes formulées par les enfants et les parents pour améliorer les modalités d’information au cours de leur parcours de soin. Ces propositions s’organisent notamment autour de la question de la temporalité de l’information et du consentement : ils proposent par exemple de délivrer des supports qui pourraient être consultés/visionnés à différents moments (en amont pour prévoir des questions ou en aval pour répondre à des préoccupations non formulées a priori) ou d’appréhender l’information et le consentement comme un processus, scindé en plusieurs temps pouvant aller jusqu’à un rappel de ce à quoi ils ont consenti a posteriori.


Sandrine DE MONTGOLFIER (PARIS), Lucile HERVOUET, Isabelle COUPIER, Marion STRULLU, Sophie JULIA, Marlène PASQUET, Marie NOLLA, Laure SAUMET, Arnaud PETIT, Sylvie WASCHEUL, Hélène CAVÉ, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Emmanuelle RIAL-SEBBAG, Khadija LAHLOU-LAFORÊT, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Franck BOURDEAUT
11:30 - 11:45 #28439 - SS057 Perceptions des professionnels de santé français sur l’extension du dépistage néonatal avec ou sans génétique.
SS057 Perceptions des professionnels de santé français sur l’extension du dépistage néonatal avec ou sans génétique.

Contexte : Les récentes modifications de la loi de bioéthique, les progrès thérapeutiques et le développement massif des nouvelles technologies de génétique (NGS) avec une baisse rapide des couts impliquent de s'interroger sur une extension du dépistage néonatal (DNN) à de nouvelles pathologies actionnable et les méthodes acceptables et pertinentes pour son éventuelle extension. Des études à l’international débutent pour déterminer la place potentielle du NGS dans le DNN. Dans cette perspective, le projet SeDeN a pour objectif d’évaluer pleinement l’acceptabilité sociale de ces questions en mesurant la diversité et la cohérence des attentes des professionnels de santé, parents et décideurs publics.

Matériel et méthode : La partie du projet SeDeN présentée ici s’intéresse à l’avis des professionnels. Ce volet est composé d’une phase qualitative exploratoire (12 entretiens), d’une phase quantitative d’investigation basée sur une enquête par questionnaire et d’une phase qualitative d’approfondissement. Le questionnaire en ligne, porté par la FHU TRANSLAD en partenariat avec la SFDN, a été diffusé via les réseaux et sociétés savantes, aux pédiatres, généticiens, conseillers en génétique, sages-femmes, gynécologues et biologistes moléculaires de France Métropolitaine et Outre-Mer. Seuls les résultats de ce questionnaire sont présentés ici, en particulier en mettant l’accent sur les différences de réponses entre les généticiens et autres professionnels.

Résultats préliminaires et discussion : Au 23/09/21 (mi-parcours), 504 professionnels ont rempli tout ou partie du questionnaire et près de 30% sont des généticiens ou conseillers en génétique. Les professionnels émettent des inquiétudes quant à l’utilisation de techniques pangénomiques dans le DNN et préfèrent l’utilisation de panels ciblés. Les inquiétudes vis à vis d’une utilisation plus large des techniques de génétique comprennent des questionnements éthiques, l’anxiété potentielle pour les familles, les difficultés organisationnelles de mise en place, l’insuffisance de professionnels formés. Lorsque l’on interroge les praticiens sur l’ajout de différents groupes de pathologies débutant dans l’enfance non accessible à un traitement, à l’âge adulte, accessible ou non à un traitement, ou pouvant apporter de l’information aux apparentés, ce sont les généticiens et les conseillers en génétique qui sont les plus réticents à l’ajout de ces groupes de pathologies dans le DNN, car particulièrement sensibilisés aux impacts de l’annonce de maladies génétiques. Il en est de même pour la transmission des résultats incertains. Ces données sont importantes pour mieux appréhender l’avis des professionnels de santé dans une logique d’aide à la décision des politiques de santé.


Camille LEVEL (DIJON), Frédéric HUET, Dominique SALVI, Emmanuel SIMON, Christel THAUVIN, Christine BINQUET, Christine PEYRON, Laurence FAIVRE
11:45 - 12:00 #27866 - SS058 Étude qualitative de l’impact psychologique des résultats des données secondaires chez des parents d’enfants avec une anomalie du développement (étude FIND).
SS058 Étude qualitative de l’impact psychologique des résultats des données secondaires chez des parents d’enfants avec une anomalie du développement (étude FIND).

Contexte : L’étude FIND propose à des parents de patients atteints d’anomalies du développement (AD) éligibles à un exome diagnostique de rechercher 3 groupes de données secondaires (DS) chez leur enfant. Groupe 1 : 122 gènes (dont liste de l’ACMG) responsables de maladies à révélation plus ou moins tardives, accessible à une prévention ou à un traitement. Groupe 2 : 114 gènes impliqués dans les maladies récessives fréquentes (statut d’hétérozygote) ou liés à l’X impactant les projets de procréation. Groupe 3 : 2 gènes responsables de variants pharmacogénomiques pouvant conduire à des adaptations médicamenteuses.

Objectif : Étudier l’impact psychologique chez les parents de l’annonce de DS obtenues par séquençage d’exome chez leur enfant atteint d’AD.

Méthode et matériel : Des entretiens semi-structurés ont été proposés aux parents après l’annonce des résultats de DS chez leur enfant (au moment du résultat, puis 6 et 12 mois après). Une analyse du discours a été réalisée avec le logiciel Nvivo, une évaluation de la précarité (EPICES), puis à chaque visite de l’anxiété (STAI-Y), de la dépression (CES-D) et de la qualité de vie (SF 12).

Résultats et discussion : Sur 28 résultats de DS chez des enfants (Groupe 1 : n=12 ; Groupe 2 : n= 9 ; Groupe 3 : n= 7), au total n= 30 parents (21 mères, 9 pères) ont été inclus. Les scores des échelles d’anxiété, de dépression et de qualité de vie n’ont pas révélé de variations significatives en fonction du résultat mais étaient plutôt corrélés à des fragilités préexistantes en lien avec des contextes de vie difficile. L’analyse des entretiens montre que l’annonce des DS du groupe 3 a eu peu d’impact psychologique. Pour les DS du groupe 2 l’inquiétude suscitée par le résultat est à contextualiser chez 2 femmes enceintes et diminue dans le temps. Pour les DS du groupe 1 l’angoisse est davantage constante et pérenne dans le temps. Le statut d’être à risque qui révèle une confusion entre les notions de facteurs de risque et de maladie déclarée diminue dans le groupe 2 alors qu’il augmente dans le groupe 1. L’actionnabilité médicale est une attente forte et unanime des parents qui les motive en amont à accepter de participer à l’étude et justifie en aval leur choix de rechercher les DS. Concernant les DS des groupes 1 et 2, les parents font une autoévaluation ambivalente au fil du temps car ils mesurent progressivement les bénéfices (actionnabilité) mais aussi les risques (peur de l’avenir) associés à la recherche des DS.

Conclusion : Le degré d’inquiétude et d’angoisse est corrélé à la nature du résultat et au contexte de vie des sujets concernés. Cette étude met en évidence l’importance d’une équipe interdisciplinaire pour accompagner ce type de diagnostics présymptomatiques opportunistes dont les effets sont difficilement anticipables par les parents, d’autant plus que leur motivation principale demeure la quête d’un diagnostic étiologique des troubles de leur enfant et l’actionnabilité potentielle.


Françoise ROBERT (LYON), Aline CHASSAGNE, Stéphanie STARACI, Massimiliano ROSSI, Amandine CADENES, Gaétan LESCA, Audrey PUTOUX, Linda PONS, Sophie DUPUIS-GIROD, Marianne TILL, Carine ABEL, Patrick EDERY, Audrey LABALME, Nicolas CHATRON, Aurore PELLISSIER, Dominique SALVI, Anne FAUDET, Boris KEREN, Mustapha YOUSFI, Julien BURATTI, Christophe MIGNOT, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Perrine CHARLES, Solveig HEIDE, Linda MOUTHON, Elodie GAUTIER, Amandine BAUDRAND, Caroline SAWKA, Geoffrey BERTOLONE, Christel THAUVIN-ROBINET, Antoine VITOBELLO, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sébastien MOUTTON, Arthur SORLIN, Sophie NAMBOT, Christine BINQUET, Christine PEYRON, Delphine HÉRON, Damien SANLAVILLE, Myrtille SPENTCHIAN, Laurence OLIVIER-FAIVRE
12:00 - 12:15 #28081 - SS059 Etude de l'impact d'une sensibilisation à l'utilisation des tests génétiques en accès libre (TGAL) à visée médicale sur le processus de décision de la personne.
SS059 Etude de l'impact d'une sensibilisation à l'utilisation des tests génétiques en accès libre (TGAL) à visée médicale sur le processus de décision de la personne.

Introduction : L’avènement du séquençage à très haut débit et la forte réduction de son coût a permis aux entreprises « Direct-to-Consumer » (DTC) de proposer des tests génétiques en libre accès (TGAL) à la population générale. Ces tests sont de plus en plus utilisés et posent des enjeux éthiques majeurs, que la société se doit de penser : protection des données génétiques, discrimination, conséquences psychologiques pour l’individu et sa famille. En France, les TGAL sont interdits et leur utilisation est punie d’une amende de 3750€ (article 226-28-1 de 2011 du code pénal). Cependant, il semble que leur interdiction est mal connue du grand public, ainsi que les conséquences possibles associées. L’objectif de notre recherche est de faire de la prévention sur l’utilisation des TGAL à visée médicale en choisissant principalement une population jeune et étudiante, cible des DTC.

Matériel et méthodes : L’étude en ligne (autorisation n° 31032021, CERNI, université de Nantes) se déroule en deux temps : à T0 avant la sensibilisation, les participants répondent à un premier questionnaire ; ils visionnent ensuite 3 vidéos et lisent 3 courts témoignages, et, à T1, répondent au deuxième questionnaire corrélé au premier. Les résultats ont été analysés à l’aide du logiciel JAMOVI et utilisation d’un test t de Student sur échantillons appariés.

Résultats : Depuis mars 2021, 128 personnes ont participé à cette étude : 65,6% de femmes, 83,6% d’étudiants et 61,7% âgés de 18 à 22 ans. A T0, la moitié des participants (52,3%) n’a pas connaissance de l’existence des TGAL. Une forte majorité (85,9%) n’a jamais fait de recherche sur les TGAL et 72,7% d’entre eux expriment n’avoir jamais eu de discussion sur les TGAL avec leur entourage. Concernant l’interdiction légale en France, seulement 58,6% des participants pensent que les TGAL sont interdits. La moitié des participants (50%) énonce ne pas avoir entendu parler de génétique médicale. A T0, 48% des personnes sont plutôt défavorables à réaliser un TGAL versus 72% à T1 ; 32% sont plutôt favorables versus 21% à T1 ; et 20% sont sans avis sur la question versus 7% à T1. Nous remarquons un effet significatif de la sensibilisation dans notre population en faveur du choix de ne pas réaliser un TGAL (p < 0,001) et une diminution du nombre de personnes sans avis. Chez les personnes favorables à la réalisation d’un TGAL, la curiosité reste la motivation principale après sensibilisation : 75,6 % à T0 vs 70 % à T1. Chez les personnes défavorables à réaliser un TGAL, la raison principale à T0 est le fait de ne pas être intéressé (55,7 % vs 33,6% à T1) alors qu’elle relève surtout d’un manque de confiance dans le test à T1 (42,3% vs 21,3% à T0).

Conclusion : Ces résultats préliminaires montrent un effet significatif quant à l’effet de la sensibilisation sur le processus de prise de décision de la personne. Cette étude se poursuit dans l’objectif d’obtenir un échantillon plus large et des résultats plus représentatifs.


Solène ROTURIER (LA CHAPELLE SUR ERDRE), Laurane BOURGEOIS, Guillaume DURAND, Sandra MERCIER
12:15 - 12:30 #28248 - SS060 L'accès aux DPN/DPI ne motive pas l'information à la parentèle dans les maladies neurogénétiques.
SS060 L'accès aux DPN/DPI ne motive pas l'information à la parentèle dans les maladies neurogénétiques.

Introduction : Le faible recours aux techniques de procréation médicalement assistée dans les familles concernées par des maladies neurogénétiques nous a interrogés sur la façon dont les options en matière de procréation étaient considérées, et s’il existait une relation avec la sévérité estimée de la maladie. Nous avions pour objectifs d’étudier comment les personnes concernées évaluaient la sévérité de leur pathologie, comment les options reproductives étaient envisagées dans les familles, et d’investiguer les motivations pour informer les apparentés en questionnant le recours au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire comme motif d’information à la parentèle. Nous avions pour hypothèses que i) la sévérité estimée par les personnes concernées serait différente entre les pathologies, ii) elle déterminerait les avis quant aux options reproductives, et iii) le recours possible au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire serait une des motivations principales pour informer les apparentés de leur risque génétique.

Méthode : Nous avons proposé à des personnes concernées par une maladie neurogénétique autosomique dominante de compléter un questionnaire à propos des motivations poussant à informer la parentèle et des opinions à l’égard des options reproductives. Nous avons comparé les réponses avec la sévérité estimée de chaque maladie, et entre les pathologies.

Résultats : Nous avons analysé 562 questionnaires. Les participants étaient concernés par la maladie de Huntington (n=307), les ataxies spinocérébelleuses (n=114), la dystrophie myotonique de Steinert (n=82) et la sclérose latérale amyotrophique/démence frontotemporale (n=59). La sévérité estimée de la maladie était différente entre les pathologies (p < 0.0001). Les participants considéraient le diagnostic prénatal (78.0±34.4/100) et le diagnostic préimplantatoire (75.2±36.1/100) plus justifiés que l’interruption médicale de grossesse (68.6±38.5/100). Moins de participants étaient favorables au don de gamètes (48.3±39.8/100) ou au fait de renoncer à un projet de grossesse (43.3±40.3/100). Plus la maladie était estimée sévère, plus les options reproductives étaient considérées comme justifiées (p≤0.04), sauf le don de gamètes (p=0.89). Le recours potentiel au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire était une motivation pour informer les apparentés pour seulement 55.3% des participants (p=0.01).

Conclusion : La sévérité estimée par les participants, qui diffère entre les pathologies, semble être liée à l’atteinte cognitive plutôt qu’à l’âge de début de la maladie. Plus la pathologie est estimée comme sévère, plus les différentes options reproductives sont considérées comme justifiées. Pour autant, le recours aux techniques de procréation médicalement assistée est faible en pratique clinique, et ne motive pas la communication intrafamiliale. 


Lucie PIERRON (Paris), Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Marcela GARGIULO, Alexandra DURR
Grand Auditorium

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 09
Oncogénétique

Modérateurs : Louise CRIVELLI (Médecin Oncogénéticien) (RENNES), Marc PLANES (PH) (Brest)
11:00 - 11:15 #28669 - SS049 Révertants cellulaires dans les maladies mendéliennes : recherche des variants somatiques non tumorigéniques dans les Téloméropathies.
SS049 Révertants cellulaires dans les maladies mendéliennes : recherche des variants somatiques non tumorigéniques dans les Téloméropathies.

Les réversions cellulaires dans les maladies mendéliennes ne sont pas rares, particulièrement dans les maladies immuno-hématologiques (Revue P Revy, C Kannengiesser et Alain Fischer, Nat Genetics, 2019). Un variant somatique contrebalançant le défaut induit par la(les) mutation(s) constitutionnelle(s) est sélectionné et détectable dans le sang. Ces sauvetages somatiques (Somatic genetic rescue, SGR) peuvent impliquer directement le gène ou indirectement (Revy, Nat Genetics, 2019). Dans les téloméropathies, maladie d’expression clinique variable (moelle, poumon, foie, peau, …) caractérisée par des mutations germinales perte de fonction dans les gènes de la maintenance des télomères, certains patients, porteurs de variations pathogènes constitutionnelles de TERT, TERC et PARN, acquièrent une mutation somatique activatrice du promoteur du gène TERT codant la télomérase en dehors de tout contexte tumoral (Maryoung, et al., 2017 ; Gutierrez-Rodrigues, et al., 2018). Les 3 variants du promoteur de TERT (-57, -124 et -146 ont été extensivement étudiés dans le domaine des cancers et sont associés à une augmentation de l’expression du gène TERT par une augmentation de l’affinité des facteurs de transcription pour le promoteur de TERT. En PCR digitale, technique ultra-sensible, nous avons recherché les 3 variants récurrents du promoteur de TERT (-57, -124 et -146) sur notre cohorte de téloméropathie (n=500 individus) et 800 contrôles. Nous montrons que le SGR peut être indirect aussi sur les gènes RTEL1, NHP2, DKC1 et ACD (données non publiées). La probabilité d’identifier ces clones augmente avec l’âge des patients. Ainsi, ces variants somatiques constituent des marqueurs de téloméropathie et peuvent aussi aider à l’interprétation de variants constitutionnels difficilement classables (classe 3).


Ibrahima BA (Paris), Agathe HERCENT, Cécile MASSON, Patrick REVY, Raphael BORIE, Catherine BOILEAU, Bruno CRESTANI, Caroline KANNENGIESSER
11:30 - 11:45 #28686 - SS051 Mise en place d’une stratégie d’analyse NGS pour détecter les variations pathogéniques de l’épissage dans plusieurs gènes de prédisposition au cancer.
SS051 Mise en place d’une stratégie d’analyse NGS pour détecter les variations pathogéniques de l’épissage dans plusieurs gènes de prédisposition au cancer.

INTRODUCTION : L’impact sur l’épissage des anomalies génétiques peut expliquer une part des prédispositions au cancer. Jusqu’à présent, ces analyses étaient réalisées de manière ciblée en fonction des anomalies identifiées sur l’ADN. Toutefois, les variations physiologiques de l’épissage pouvaient entraîner des faux négatifs ou des faux positifs en fonction du positionnement des amorces PCR et des transcrits alternatifs. Enfin, la technique consiste une extraction d’ARN sur des lignées lymphoblastoides traités à la puromycine. Il était important de voir la possibilité d’utiliser d’autres types de matériel, en particulier le matériel fixé en paraffine ou le prélèvement sanguin sur le tube Paxgen.

MATERIEL : Nous avons mis en place un panel XT HS Agilent de 54 gènes comprenant plusieurs isoformes pour chacun de ces gènes et couvrant tous les gènes étudiés dans le service de génétique des tumeurs de Gustave Roussy.  56 variants ont été étudiés sur 22 gènes. Des stratégies complémentaires ont été appliquées : OneStep PCR sanger pour confirmer les anomalies avec des migrations sur Tapestation (Agilent) et ddPCR avec l’approche Stilla pour confirmer les variations quantitatives de certains transcrits.

RESULTAT : Il y a eu 42 analyses NGS, 21 analyses en OneStep PCR et 1 analyse en ddPCR. Sur les 56 variants étudiés, 22 résultats sont en faveur d’un effet sur l’épissage pour les gènes BAP1, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, MET, MLH1, MSH6, NBN, PALB2, POT1 et VHL. 25 résultats sont négatifs et ne sont pas en faveur d’un effet. 9 cas sont encore en cours d’évaluation. 8 cas ont été étudié sur du tissu (congelé ou fixé) dont un cas non contributif. Deux approches quantitatives ont été utilisée :  quantification en ddPCR et RNASeq après avoir normalisé avec une gène de ménage.

DISCUSSION : Notre stratégie permet de faciliter la mise en place en routine d’une paillasse pour étudier l’épissage des gènes de prédisposition. Elle montre l’avantage du panel de gènes. Nous avons pu aussi montrer la pertinence d’une approche OneStep PCR pour confirmer les résultats et travailler sur matériel dégradé comme des tumeurs. Enfin, l’approche quantitative en ddPCR est indispensable pour qualifier l’événement et confirmer l’impact total sur l’épissage de l’événement.

CONCLUSION : Ces résultats permettent d’illustrer l’importance de coordonner plusieurs outils pour valider et comprendre l’impact des variants sur les épissages alternatifs. Les données produites ouvrent aussi une amélioration des connaissances sur l’épissage alternatif de ces gènes.


Alice FIEVET, Odile CABARET, Clémentine GABILLAUD, Molka SEBAI, Céline Sengul KARA, Hela SASSI, Henintsoa RATSIMIALA, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Roseline TANG, Etienne ROULEAU (VILLEJUIF)
11:45 - 12:00 #27840 - SS052 Risque de cancer des patients porteurs d’un variant pathogène de SUFU et recommandations basées sur le génotype (SUFU ou PTCH1) pour la surveillance oncologique des patients porteurs d’un syndrome de Gorlin – rapport du groupe européen “SIOPE Host Genome.
SS052 Risque de cancer des patients porteurs d’un variant pathogène de SUFU et recommandations basées sur le génotype (SUFU ou PTCH1) pour la surveillance oncologique des patients porteurs d’un syndrome de Gorlin – rapport du groupe européen “SIOPE Host Genome.

Les variants pathogènes (VP) des gènes PTCH1 et SUFU sont responsables du syndrome de Gorlin (OMIM109400) dont les risques tumoraux sont différents selon le gène causal. Si les tumeurs associées aux VP de PTCH1 sont bien connues, les données permettant d’évaluer le risque de cancer associé aux VP de SUFU étaient jusqu’à présent limitées. Nous avons réalisé, dans le cadre du groupe SIOPE HGWG, une étude sur 172 patients porteurs d’un VP de SUFU (83 cas index et 89 apparentés) afin de préciser le spectre tumoral et le risque de cancer. Au total 117/172(68%) patients ont développé au moins une tumeur: médulloblastome (86 patients, âge médian au diagnostic 18 mois), carcinome basocellulaire (CBC) (25 patients, âge médian au diagnostic 44 ans), méningiome (20 patients, âge médian au diagnostic 40 ans), tumeurs génitales (11 patients, âge médian 14 ans). L’incidence cumulée de cancers analysée seulement chez les apparentés porteurs d’un variant de SUFU est estimée à 14.4%[CI95%:6.8-21.4], 18.2%[CI95%:9.7-25.9] et 44.1%[CI95%:29.7-55.5] à 5, 20 et 50 ans. Les patients porteurs d’un VP constitutionnel de SUFU ont un risque accru de tumeurs sur l’ensemble de la vie avec un spectre dominé par la survenue de médulloblastome avant l'âge de 5 ans (risque cumulé à 5 ans de 13,3 %[IC95 % :6-20,1], stable ensuite), de tumeurs génitales à l'adolescence, et de CBC et de méningiome à l'âge adulte, justifiant des programmes de surveillance adaptés. Le risque cumulé de tumeur génitale, CBC et méningiome à l'âge de 50 ans était de 4,6 %[IC95 % :0-9,7], 28,5 %[IC95 %:13,4-40,9 ] et 5,2 % [IC95 % : 0-12].

En nous basant sur les données déjà  publiées sur les risques oncologiques associés aux mutations de PTCH1, ces résultats ont conduit le SIOPE HGWG à proposer des recommandations de surveillance basées sur le génotype, pour les patients avec un syndrome de Gorlin :

Dépistage des CBC: Examen dermatologique annuel, à partir de 10ans (PTCH1) et à partir de 20ans (SUFU), plus tôt en cas de radiothérapie antérieure.

Dépistage des kératokystes du maxillaire : Examen odontologique débutant vers l'âge de 2 ans, orthopantogramme annuel à partir de 8 ans (PTCH1).

Dépistage des médulloblastome : Examen neurologique (3 à 4 fois/an de 0 à 3ans, puis 2 fois/an de 4 à 5 ans). IRM cérébrale sans injection sauf le 1er examen seulement en cas de doute clinique (PTCH1), tous les 3-4 mois de 0 à 3ans, puis tous les 6 mois de 3 à 5 ans (SUFU).

Dépistage des méningiomes : IRM cérébrale tous les 3 à 5 ans à partir de 30 ans, et  plus tôt si radiothérapie antérieure (SUFU).

Dépistage des tumeurs de l’ovaire : échographie pelvienne une fois vers 18 ans (PTCH1) ou tous les 3 ans, à partir de 5 ans (SUFU).

Dépistage des fibromes cardiaques: échographie cardiaque dès le diagnostic de Gorlin (PTCH1 et SUFU).

Le suivi des patients traités par radiothérapie doit être prolongé en raison du risque de tumeurs secondaires. Une évaluation prospective de l'efficacité de ces recommandations est requise.



Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Smith MIRIAM, Christian KRATZ, Julien MASLIAH-PLANCHON, Sebastian WASZAK, Pia ALHOPURO, Patrick BENUSIGLIO, Franck BOURDEAUT, Inès BRECHT, Giada DEL BALDO, Maria Luisa GARRE, Corrie GIDDING, Steffen HIRSCH, Pauline HOARAU, Mette JORGENSEN, Lucie LAFAY-COUSIN, Angela MASTRONUZZI, Lorenza PASTORINO, Stefan PFISTER, Christopher SCHROEDER, Pia VAHTERISTO, Roseline VIBERT, Catheline VILAIN, Nicolas WAESPE, Ingrid WINSHIP, Beate DOERGELOH, Saskia HOPMAN, Michaela KUHLEN, Orli MICHAELI, Till MILDE, Vita RIDOLA, Alexandra RUSSO, Salvador HECTOR, Gareth EVANS, Laurence BRUGIERES
12:00 - 12:15 #28167 - SS053 Etude moléculaire des gènes LZTR1, SMARCB1 et NF2 chez 254 patients atteints de schwannomatose : identification d’un exceptionnel variant en mosaïque dans SMARCB1.
SS053 Etude moléculaire des gènes LZTR1, SMARCB1 et NF2 chez 254 patients atteints de schwannomatose : identification d’un exceptionnel variant en mosaïque dans SMARCB1.

La schwannomatose est une maladie rare avec une incidence de 1/40000 à 1/70000 caractérisée par la présence de schwannomes multiples se dévelopant au niveau de la gaine des nerfs du système nerveux central et/ou périphérique associés dans de rares cas à la présence de méningiomes. SMARCB1 et LZTR1 sont les deux gènes majeurs responsables de la maladie. Des altérations du gène NF2 sont également responsables du développement de schwannomes multiples associés à d’autres types de tumeurs dans la neurofibromatose de type 2 (NF2) qui présente donc un chevauchement clinique avec la schwannomatose.

Nous avons analysé par NGS ciblé simultanément les gènes NF2, SMARCB1 et LZTR1 dans une cohorte de 254 patients dont la symptomatologie est compatible avec une schwannomatose. Nous confirmons le rôle important des gènes SMARCB1 et LZTR1 dans les quelques formes familiales de la maladie (N=30) avec des variants pathogènes identifiés chez 4 (13%) et 16 (53%) des cas index respectivement. Dans les formes sporadiques (N=224), nous identifions 2 variants pathogènes dans le gène NF2 dont l’un, à l’état de mosaïque. Nous identifions également 44 (20%) variants (27 de classe 4 ou 5 et 17 VSI) dans le gène LZTR1 et 5 (2%) variants de classe 4 ou 5 dans le gène SMARCB1. En accord avec les données de la littérature, l’ensemble des variants identifiés dans LZTR1 et SMARCB1 sont présents à l’état hétérozygote chez les patients. De manière exceptionnelle, nous rapportons une délétion intronique c.94-33_94-22delCCCTTATAATGA dans l'intron 1 du gène SMARCB1 caractérisée à l’état de mosaïque chez une patiente de 53 ans présentant une schwannomatose associée à un méningiome. La fréquence allélique de l’allèle délété a été estimée par NGS et PCR digitale à 25%. Cette délétion touche le site de branchement de l’intron et l’étude du transcrit du gène SMARCB1 confirme que cette délétion est à l’origine de l’épissage complet hors phase de l’exon 2, entraînant un décalage du cadre de lecture conduisant à priori à l’arrêt prématuré de la synthèse protéique.

Notre étude souligne le rôle majeur des gènes LZTRI et SMARCB1 expliquant 66% des formes familiales et de 22% des formes sporadiques de schwannomatose. Nous montrons également l’importance d’étudier le gène NF2 en raison du chevauchement phénotypique de la NF2 et la schwannomatose. Etant donné la variabilité phénotypique dans la NF2 et la fréquence élevée de mosaïque associée à des formes cliniques incomplètes, il est important d’étudier ce gène lorsqu’une schwannomatose est suspectée. Par ailleurs, il convient de prêter une attention particulière aux variants introniques en dehors des sites canoniques d'épissage. Enfin, même si les mosaïques de SMARCB1 et LZTR1 ne sont pas décrites dans la littérature, nous prouvons qu’elles doivent tout de même être recherchées.


Jean-Marie RAVEL, Juliette QUILICHINI, Laurence PACOT, Raphaël LEMAN, Cécile BARBANCE, Marie BLONSKI, Marie MULLER, Nicolas VAUCOULEUR, Juliette NECTOUX, Dominique VIDAUD, Eric PASMANT, Michel KALAMARIDES, Matthieu PEYRE, Bruno LEHEUP, Béatrice PARFAIT (PARIS)
Carré

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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C33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 11
De la pathologie à la thérapie

Modérateurs : Dominique BONNEAU (PU-PH) (Angers), Nolwenn JEAN-MARÇAIS (Praticien Hospitalier) (RENNES)
11:00 - 11:15 #28077 - SS061 Séquençage complet de l’exome dans les néphropathies indéterminées de l’adulte.
SS061 Séquençage complet de l’exome dans les néphropathies indéterminées de l’adulte.

Six cent millions de personnes présentent une insuffisance rénale chronique dans le monde, dont plus de 3 millions en France. Malgré l’importance d’un diagnostic étiologique, 10 à 20% des néphropathies restent d’origine indéterminée. Une plus grande accessibilité des examens pangénomiques, tels que le séquençage complet de l’exome et du génome entier, pourrait permettre de reclasser de nombreux cas de néphropathies indéterminées. L’indication d’analyses pangénomiques en néphrologie est loin d’être formellement définie. Nous souhaitons ici rapporter la plus grande cohorte française de séquençage complet de l’exome en néphrologie adulte, son rendement diagnostique (comprenant une analyse performante des Copy Number Variation (CNV)), ainsi que les conséquences de ces diagnostics.

                Entre septembre 2018 et février 2021, dans le cadre du soin courant, 538 cas-index non apparentés ont été prélevés. Après extraction de l’ADN génomique, les régions codantes de l'exome (37 mégabases) ont été enrichies avec le kit Twist Human Core Exome, puis séquencées en paired-end sur NextSeq500 (Illumina). La ségrégation des variants a été étudiée par technique ciblée chez les apparentés, le cas échéant. La recherche de CNV a été faite à partir de l’exome et est basé sur GATK4.

                Sur 538 cas-index non apparentés, le séquençage de l’exome a permis de poser un diagnostic de certitude chez 135 patients, soit un rendement diagnostique de 25%. L’âge moyen des patients était de 43 ans [± 13]. 80% des patients ont été analysés en exome « solo», Une étude de ségrégation à des fins d’interprétation a été nécessaire chez 22% des patients positifs (n=29) et 9% de l’ensemble des patients testés (n=49).

Les principaux diagnostics génétiques posés appartiennent aux groupes des basalopathies (n=34, 25%) et des ciliopathies (n=37, 27,5%). Les résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes relativement pauvres ou atypiques. Sept patients ont eu un résultat concluant avec identification d’un CNV pathogène, soit 5,2% des diagnostics positifs.

Le diagnostic génétique a eu diverses conséquences pour les 135 patients avec diagnostics positifs : clarifier le mode de transmission (n=104, 77%), proposer un diagnostic pré-symptomatique ou dépister des apparentés (n=85, 63%), aider à la sélection d’un potentiel donneur vivant apparenté (n=10, 7,5%), ne pas envisager ou arrêter un traitement immunosuppresseur (n=15, 11%), éliminer une potentielle récidive sur le greffon (n=27, 20%), prescrire des examens complémentaires dans le cadre du rétro-phénotypage (n=48, 35,5%). 

Avec un rendement diagnostique important, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré, notre étude montre l'intérêt du séquençage de l’exome complet avec analyse intégrant la détection des CNV dans les néphropathies indéterminées de l’adulte. Les diagnostics posés ont souvent été inattendus, validant l'intérêt d'une approche pangénomique en première intention.


Alice DOREILLE, Hugo GARCIA, Xavier VANHOYE, Alexandre CEZ, Radoslavasaraeva LAMRI, Marine DANCER, Anne-Sophie LEBRE, Laure RAYMOND, Laurent MESNARD (Paris)
11:15 - 11:30 #28017 - SS062 L’analyse par Exome Ciblé de 400 patients avec Hypogonadisme Hypogonadotrohique congénital (HHC) révèle des architectures génétiques différentes en fonction de la présence (Syndrome de Kallmann) ou de l’absence d’anosmie (HHC normosmique).
SS062 L’analyse par Exome Ciblé de 400 patients avec Hypogonadisme Hypogonadotrohique congénital (HHC) révèle des architectures génétiques différentes en fonction de la présence (Syndrome de Kallmann) ou de l’absence d’anosmie (HHC normosmique).

Contexte : Les SK et les nHHC sont des maladies rares responsables d’altération du développement pubertaire et d’infertilité. Leurs physiopathologies sont distinctes, liées à des anomalies du développement neuronal ou de l’homéostasie gonadotrope.

But du travail/méthodes : Etude mono-centrique, par exome ciblé (EC) incluant 49 gènes, comparant l’architecture génétique et le « gene-burden » chez 169 KS versus 231 nCHH. Deux approches: 1) analyse supervisée (AS) diagnostique. 2) Analyse non supervisée (ANS) de l’ensemble des données génotypiques de notre cohorte.

Résultats : L’EC a identifié 9769 variants chez les KS et 13390 variants chez les nCHH, dans les régions codantes±2bp. L’AS permet de détecter des variants pathogènes (classes 4, 5) chez 42% des SK contre seulement 21% des nCHH. Chez les SK et les nCHH 2 gènes (FGFR1 et PROKR2) étaient prépondérants (50% des cas élucidés). En revanche ANOS1 était exclusif du SK et GNRHR/GNRH1, KISS1R, TACR3/TAC3 exclusifs des nCHH. L’ANS/gene burden (ensemble des données NGS) a montré qu’un seuil de MAF < 0.5% permettait de discriminer deux architectures génétiques distinctes : Le SK associé significativement aux gènes impliqués dans le développement neuronal (ANOS1, PROKR2, PROK2, FGF8, FGF17, IL17RD, CHD7, SEMA3A) versus le nCHH associé significativement aux gènes de l’homéostasie gonadotrope (GNRHR/GNRH1, KISS1R, TACR3).

Conclusion : Vue la concordance constatée entre les AS et ANS il semble raisonnable de limiter pour le diagnostic de première intention un EC ciblée incluant les 14 gènes prévalents. Dans les cas non élucidés, une analyse par WES ou WGS semble pertinente en deuxième intention.


Jérôme BOULIGAND (LE KREMLIN BICETRE), Thomas HUBY, Kenneth CHAPPELL, Bruno FRANCOU, Alexis PROUST, Claire BOUVATTIER, Luigi MAIONE, Anne GUIOCHON-MANTEL, Jacques YOUNG
11:30 - 11:45 #27841 - SS063 Des variants d'EPHX1 sont responsables de diabète lipoatrophique, consécutif à une altération de l'hydrolyse des époxydes et à une sénescence cellulaire accrue.
SS063 Des variants d'EPHX1 sont responsables de diabète lipoatrophique, consécutif à une altération de l'hydrolyse des époxydes et à une sénescence cellulaire accrue.

Objectifs. La découverte de la première époxyde hydrolase (EH), EPHX1, remonte à plus de 40 ans et on connaît aujourd’hui 5 gènes codant des EHs. Les EHs sont des enzymes régulant l'homéostasie cellulaire par l'hydrolyse de divers substrats époxydes en diols moins réactifs. Les fonctions des EHs restent en partie inconnues et aucun variant pathogène n'a été rapporté à ce jour chez l'homme dans cette classe de gènes.

Patients et méthodes. Deux familles indépendantes ont fait l’objet d’analyses d’exomes en trio. L’effet des variants d’EPHX1 identifiés a été modélisé dans différents systèmes cellulaires : des cellules HEK293 exprimant les formes normales et mutées de la protéine, des cellules pré-adipocytaires murines 3T3-L1 et des cellules souches adipocytaires humaines (ASC) dans lesquelles EPHX1 a été inactivé par un système CRISPR-Cas9, ainsi que des fibroblastes de patients.

Résultats. Nous avons identifié deux variants pathogènes de novo situés dans le site catalytique d'EPHX1 chez des patients atteints d'un diabète lipoatrophique complexe caractérisé par une perte de tissu adipeux, une insulino-résistance, et des atteintes multiples d’autres organes. L’analyse des cellules HEK293 a révélé que ces variants conduisaient à l'agrégation de la protéine dans le réticulum endoplasmique et à une perte de son activité d'hydrolyse des époxydes. Le knockout (KO) d'Ephx1 dans les 3T3-L1 et les ASC abolit la différenciation adipocytaire et inhibe la réponse à l'insuline. L’étude de ces deux types cellulaires révèle également un stress oxydatif majeur et une sénescence cellulaire, des observations confirmées sur les fibroblastes de patients. Enfin, un effet bénéfique du traitement par la metreleptine a été observé chez les patients.

Discussion. Cette étude translationnelle souligne l'importance de la régulation des époxydes dans le fonctionnement adipocytaire et la résistance à l’insuline, et apporte de nouvelles connaissances sur les rôles physiologiques des EHs chez l'homme.


Jérémie GAUTHERON, Christophe MORISSEAU, Chung WENDY, Jamila ZAMOURI, Martine AUCLAIR, Geneviève BAUJAT, Emilie CAPEL, Célia MOULIN, Yuxin WANG, Jun YANG, Bruce HAMMOCK, Barbara CERAME, Franck PHAN, Bruno FEVE, Corinne VIGOUROUX, Fabrizio ANDREELLI, Isabelle JÉRU (Paris)
11:45 - 12:00 #28390 - SS064 Diagnostic à l’âge adulte d’une alpha-mannosidose: quand la détection d’une insertion Alu cache une délétion passée inaperçue.
SS064 Diagnostic à l’âge adulte d’une alpha-mannosidose: quand la détection d’une insertion Alu cache une délétion passée inaperçue.

L’alpha-mannosidose est une pathologie rare, autosomique récessive associant des signes dysmorphiques, une surdité, des anomalies squelettiques, des infections récurrentes et une déficience intellectuelle. Elle est secondaire à des mutations bialléliques faux-sens ou perte de fonction du gène MAN2B1 et plusieurs formes, de sévérité variable, sont décrites. 

Nous rapportons ici le cas d’un patient de 30 ans, suivi pour une déficience intellectuelle, une maladie de Verneuil, une dysmorphie (sourcils épais, macroglossie, arête nasale aplatie, raideur articulaire) et une rétinopathie. L’analyse par séquençage d’exome a mis en évidence une première variation faux-sens rare à l’état hétérozygote dans le gène MAN2B1 (p.Gly726Ser) héritée du père. L’analyse de CNVs sur l’exome n’a pas retrouvé de variation dans ce gène. En revanche, l’algorithme  AluMEI (Seqone) a identifié une insertion Alu à l’extrémité 5’ de l’exon 22 du gène MAN2B1, héritée de la mère. L’analyse approfondie de cette région sur IGV a montré que cette insertion était en réalité une délétion de 1556 paires de bases (pb) emportant la totalité de l’exon 21 et 52 pb de l’exon 22 du gène MAN2B1. Le point de cassure en 5’ intronique de cette délétion étant situé dans une séquence Alu, elle a été identifiée comme une insertion d’élément mobile. Cette délétion a été confirmée par PCR digitale et entraîne donc une perte de fonction sur l’allèle maternel.

Un reverse phenotyping a permis de retrouver des signes évocateurs d’alpha-mannosidose, avec une atteinte rétinienne, peu décrite dans cette pathologie mais évoquant une maladie de surcharge lysosomale, et une dysmorphie concordante. L’analyse biochimique a confirmé le diagnostic chez le patient.

Nous décrivons donc un cas d’alpha-mannosidase de diagnostic tardif, avec une atteinte rétinienne rare mais spécifique, et dont l’une des variations responsables est une délétion de petite taille non identifiée par les algorithmes de recherche de CNVs mais rattrapée grâce à la présence d’une séquence Alu. Cet exemple illustre les difficultés d’identification de petits CNVs par séquençage d’exome et démontre la nécessité d’une lecture attentive des fichiers de séquençage, étape déterminante dans l’interprétation et la validation des variations du génome, et plus particulièrement des variations de structure.


Kévin UGUEN (Brest), Sylvia REDON, Karen ROUAULT, Marine PENSEC, Caroline BENECH, Sacha SCHUTZ, Cédric LE MARÉCHAL, Claude FEREC, Séverine AUDEBERT-BELLANGER
12:00 - 12:15 #28628 - SS065 Le traitement par triheptanoïne permet de stabiliser l’atteinte motrice et de diminuer l'atrophie du noyau caudé dans la maladie de Huntington.
SS065 Le traitement par triheptanoïne permet de stabiliser l’atteinte motrice et de diminuer l'atrophie du noyau caudé dans la maladie de Huntington.

Objectif : Évaluer l'efficacité de la triheptanoïne, un triglycéride à chaîne moyenne avec un nombre impair de carbones qui cible le cycle de Krebs, sur l'imagerie cérébrale et l’atteinte motrice dans la maladie de Huntington (MH).

Contexte : Nous avons précédemment montré que le déficit énergétique dans la MH est associé à des besoins accrus en substrats pour le cycle de Krebs. À l'aide de la spectroscopie IRM cérébrale au phosphore 31, nous avons ensuite démontré que la triheptanoïne peut restaurer un profil énergétique cérébral normal chez les patients MH.

Méthodes : Nous avons mené une étude bicentrique (Paris et Leiden) contrôlée randomisée de 6 mois (NCT02453061) comparant la triheptanoïne 1g/kg/jour versus placebo chez 100 patients (ratio 1/1) à un stade précoce de la MH, suivi d'une phase en ouvert de 6 mois. Après un an, les patients pouvaient choisir une extension d'un an. Le critère de jugement principal était l'atrophie du noyau caudé à 6 mois. Les critères de jugement secondaires étaient l’atrophie caudée à 12 et 24 mois, le score moteur total (TMS) de l'UHDRS (United Huntington Disease rating Scale) et l'imagerie microstructurale par tenseur de diffusion (DTI) et par la méthode FBA (Fixel-Based Analysis, qui permet l'analyse des croisements de fibres) à 6, 12 et 24 mois. Pour effectuer une analyse comparative de la triheptanoïne versus placebo sur un an, nous avons par ailleurs utilisé le bras placebo d'un essai contrôlé randomisé d'un an (NCT02336633), mené en parallèle, et avec des méthodes identiques, chez des patients MH présentant les mêmes caractéristiques (âge, durée de la maladie, TMS, répétitions CAG).

Résultats : 86 patients ont terminé l'étude d'un an et 42 patients l'extension de 12 mois. La triheptanoïne a été bien tolérée. Les effets secondaires étaient principalement des problèmes gastro-intestinaux, résolutifs après intervention diététique. L’atrophie caudée n’était pas différente à 6 mois entre les groupes triheptanoïne et placebo. Cependant, nous avons observé une stabilisation de l’atteinte motrice (TMS) à 12 mois chez les patients traités par triheptanoïne (moyenne 0,6 ± 5,1) par rapport aux patients traités pendant 6 mois seulement (2,5 ± 4,5) (p = 0,072), avec une différence significative entre 6 et 12 mois ( -0,7 ± 3,9 vs 1,9 ± 4,7, p= 0,024). Les analyses DTI ont montré moins d'altérations microstructurales chez les patients traités par triheptanoïne pendant 24 mois, et les analyses FBA ont montré une amélioration de la trophicité de certaines fibres à 24 mois. La comparaison à 12 mois avec le bras placebo externe a confirmé la stabilité motrice des patients traités par triheptanoïne (2,6 ± 4,6 vs 0,6 ± 5,1, p = 0,057) et a révélé une diminution de 50% de l’atrophie caudée sous triheptanoïne (-3 % vs -6,7 %, p < 0,001) (Figure 1).

Conclusions: Ces résultats montrent que le traitement par triheptanoïne permet une stabilité de l'atteinte motrice et une diminution de l'atrophie caudée chez les patients MH.


Fanny MOCHEL (PARIS), Aurélie MENERET, Isaac ADANYEGUH, Camille GIRON, Elodie HAINQUE, Marie-Pierre LUTON, Mariana ATENCIO, Magali BARBIER, Milou JACOBS, Fleur VELDKAMP, Emma COPPEN, Kasper VAN DER ZWAAN, Eric VICAUT, Raymund ROOS, Alexandra DURR
12:15 - 12:30 #28607 - SS066 Efficacité et sécurité de l’alpelisib (BYL719) chez les patients adultes et enfants atteints de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome) : essai multicentrique de phase II, randomisé en double-aveugle vs. Placebo.
SS066 Efficacité et sécurité de l’alpelisib (BYL719) chez les patients adultes et enfants atteints de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome) : essai multicentrique de phase II, randomisé en double-aveugle vs. Placebo.

Les syndromes hypertrophiques liés au gène PIK3CA (PROS) regroupent diverses présentations cliniques en fonction de la localisation de l’atteinte principale. Lorsque l’hypertrophie prédomine au niveau cérébral (mégalencéphalie), on parle de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome). Des malformations vasculaires cutanées, et des anomalies des structures cérébrales, et des troubles cognitifs au cours de la croissance de l’enfant, de type épilepsie ou déficience intellectuelle, peuvent s’associer de façon inconstante au tableau. Il n’existe actuellement aucun médicament autorisé dans cette maladie.

L’alpelisib (BYL719, Novartis®) est un inhibiteur spécifique de la sous-unité α de PIK3CA, autorisé dans le traitement du cancer du sein métastatique, et en cours d’évaluation chez les patients PROS (NCT04589650). Mais les critères de jugement ne sont pas tous adaptés à l’évaluation spécifique des atteintes neuro-cognitives, justifiant la conduite d’un essai dédié au syndrome MCAP.

 

L’essai ESA-MCAP est un essai collaboratif, initié par le CHU Dijon Bourgogne, et co-financé par le laboratoire Novartis. Il s’agit d’un essai national de phase II multicentrique en 2 périodes : i) une période randomisée de 6 mois à dose fixe en double aveugle versus placebo suivie ii) d’une période en ouvert (alpelisib pour tous les patients) avec possibilité d’escalade de dose, pour obtenir une durée totale de traitement par alpelisib de 24 mois.

L’objectif principal sera d’évaluer l’efficacité à 24 mois d’un traitement par alpelisib sur les comportements adaptatifs des patients entre 2 et 40 ans avec syndrome MCAP, mesurée par une amélioration ≥4 points sur l’échelle de comportement adaptatif de Vineland-2nde édition. L’efficacité précoce à 6 mois versus placebo, ainsi que l’efficacité sur les paramètres neuropsychologiques (échelles de performance neuropsychologiques adaptées à l’âge), le volume cérébral (IRM), l’épilepsie (nombre d’épisodes convulsifs), la qualité de vie (questionnaires) et sur les autres atteintes non cérébrales seront secondairement évaluées. Les patients seront suivis au maximum 34 mois, avec au maximum 15 visites, alternées entres le centre coordinateur pour les visites d’évaluation (à l’initiation du traitement, à 6, 12 et 24 mois) et leur centre local pour les visites de suivi de sécurité. Un total de 16 patients est prévu dans l’essai pour une durée d’inclusion d’un an, avec un début prévu au premier trimestre 2022.

 Cette étude s’inscrit dans un programme d’essais thérapeutiques initiés depuis plusieurs années par la FHU TRANSLAD (TRANSLAD-Treat), les centres de référence AnDDI-Rares, Déficience et FIMARAD, dans le but d’identifier des thérapies ciblées dans les pathologies liées à PIK3CA. Ce projet permettra également d’apporter une nouvelle expérience sur la conduite des essais thérapeutiques encore insuffisants dans les troubles du neurodéveloppement.


Maxime LUU (Dijon), Pierre VABRES, Agnès MAURER, Amélie CRANSAC, Maud CARPENTIER, Camille FLECK, Romaric LOFFROY, Aurore GARDE, Jenny CORNATON, Claire NICOLAS, Aurélie ESPITALIER, Noémie RELIN, Clémence FAUCONNIER-FATUS, Laurent GUIBAUD, Aurore CURIE, Nadia BAHI-BUISSON, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE
Nef

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SESSIONS SIMULTANEES 12
Médecine personnalisée et maladies neuromusculaires

Modérateurs : Godelieve MOREL (CCA) (La Réunion - St Denis), Kévin YAUY (CCA) (Montpellier)
11:00 - 11:15 #27883 - SS067 Implication de GDAP1 dans la fonction mitochondriale et le stress oxydatif, investiguée dans un modèle de motoneurones dérivés d’iPSC pour la maladie de Charcot-Marie-Tooth.
SS067 Implication de GDAP1 dans la fonction mitochondriale et le stress oxydatif, investiguée dans un modèle de motoneurones dérivés d’iPSC pour la maladie de Charcot-Marie-Tooth.

La maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) est la neuropathie héréditaire la plus fréquente avec une prévalence de 1/2500. Connue aussi sous le nom de neuropathie sensitivo-motrice, il existe plusieurs formes de CMT qui se différencient par leur mode de transmission, et leur aspect électrophysiologique (forme démyélinisantes et forme axonales).

Actuellement, plus de 90 gènes, codant différentes protéines, sont impliqués dans les CMT, dont le gène GDAP1, exprimé principalement au niveau des nerfs périphériques.

Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans cette pathologie et de pouvoir développer des stratégies thérapeutiques, des cellules souches induites à la pluripotence (iPSc) ont été créés à partir de fibroblastes humains d’individus sains et d'un patient CMT2H porteur d’une mutation non-sens à l’état homozygote du gène GDAP1 (c.581C>G, p.Ser194*). Les cellules iPS peuvent ensuite être différenciées en motoneurones.

Au niveau moléculaire, l’analyse par RT-PCR a montré que chez les sujets normaux, l’ARNm de GDAP1 est principalement exprimé dans les motoneurones, alors qu'il est drastiquement réduit dans les cellules du patient contenant un codon de terminaison prématurée (PTC). Ce résultat suggère que l’ARNm de GDAP1 est probablement dégradé par le système nonsense-mediated mRNA decay (NMD).

Des analyses morphologiques et fonctionnelles ont révélé, dans les motoneurones du patient CMT, une diminution de la viabilité cellulaire associée à un dysfonctionnement lipidique et au développement du stress oxydatif. La mitochondrie est un organite clé dans la génération du stress oxydatif, mais elle est aussi principalement impliquée dans le métabolisme énergétique. Dans les motoneurones du patient CMT des défauts des crêtes mitochondriales ont été observés, même si aucun déficit de production d'ATP n'est apparu. Ce modèle cellulaire de motoneurones dérivés d’iPSC nous a permis de mettre en évidence le rôle de la mitochondrie et du stress oxydatif dans la maladie CMT, et d’ouvrir la voie à des nouvelles stratégie thérapeutiques.


Nesrine BENSLIMANE (Limoges), Corinne MAGDELAINE, Sylvie BOURTHOUMIEU, Federica MIRESSI, Frédéric FAVREAU1, Marion RASSAT, Laurence RICHARD, Cécile LAROCHE, Laurent MAGY, Franck STURTZ, Anne-Sophie LIA, Pierre-Antoine FAYE
11:15 - 11:30 #28742 - SS068 The diagnostic workup in children with Arthrogryposis: description of practices from a single reference center, comparison with literature and suggestion of recommendations.
SS068 The diagnostic workup in children with Arthrogryposis: description of practices from a single reference center, comparison with literature and suggestion of recommendations.

Introduction: Arthrogryposis multiplex congenita (AMC) refers to a clinical presentation of congenital contractures involving two or more body areas. More than 400 distinct conditions may lead to AMC, making the etiological diagnosis challenging. The objective of this work was to describe and compare the etiological management of a cohort of AMC children with literature data in order to set up recommendations.

Material and methods: We conducted a retrospective single center observational study. Patients had been evaluated at least once at a pediatric age in the AMC clinic of Grenoble University Hospital from 2007 to 2019. After gathering data about their diagnostic procedure, a literature review was performed for each paraclinical investigation to discuss their relevance.

Results: One hundred and twenty five patients were included, 43% had Amyoplasia, 27% had distal arthrogryposis, and 30% had other forms. A definitive etiological diagnosis was available for 66% of cases. We recommend a two-time diagnostic process: first, non-invasive investigations that aim at classifying patients into one of the three groups, and second, selected investigations targeting a subset of patients.

Conclusion: The etiological management for patients with AMC remains arduous. This process will be facilitated by the increasing use of next-generation sequencing combined with detailed phenotyping. Invasive investigations should be avoided because of their limited yield.


Pauline LE TANNO (GRENOBLE), Xenia LATYPOVA, John RENDU, Julien FAURE, Marjolaine GAUTHIER, Gipsy BILLY, Véronique BOURG, Pierre-Simon JOUK, Klaus DIETERICH
11:30 - 11:45 #28664 - SS069 61870 exomes non-diagnostic en population générale pour recherche ET détection préventive de >2700 mutations actionnables: le programme discovEHR – MyCode Geisinger, collaboration entre un système de santé en Pennsylvanie rurale et un labo pharmaceutique.
SS069 61870 exomes non-diagnostic en population générale pour recherche ET détection préventive de >2700 mutations actionnables: le programme discovEHR – MyCode Geisinger, collaboration entre un système de santé en Pennsylvanie rurale et un labo pharmaceutique.

La faisabilité et l’utilité de la détection à grande échelle de variants actionnables (selon définition ACMG) fait débat en France, et malgré des avis divergents des diverses instances consultées (dont CCNE) pour la révision des lois de bioéthique, cette détection n’est pas autorisée hors données incidentes d’exome diagnostic ou risque élevé en fonction des antécédents médicaux ou familiaux. Il m’a semblé intéressant de faire le point sur un programme méconnu en France, celui de la collaboration entre un organisme de santé privé à but non-lucratif, Geisinger (en Pennsylvanie rurale), doté depuis 25 ans d’un système de dossier médical électronique performant, et le labo pharmaceutique Regeneron, spécialisé dans les monoclonaux thérapeutiques. Cette collaboration initiée en 2014, basée sur la participation de clients volontaires de Geisinger ( > 290 000 ont signé le consentement éclairé, sur 2 millions de patients suivis) qui acceptent un prélèvement sanguin pour analyse d’exome par Regeneron et la liaison aux données (anonymisées) de leur Electronic Health Record (EHR) ayant pour but de détecter des variants rares permettant d’identifier des gènes cibles thérapeutiques potentielles (ex variants tronquants qui paraissent associés à la protection contre une pathologie, comme démontré pour PCSK9 et l’hypercholestérolémie et la maladie coronarienne). En échange, pour les volontaires qui le souhaitent, Geisinger recherche les variants actionnables et informe le patient et son médecin traitant, selon un protocole publié, et propose un conseil génétique et médical adapté à la pathologie concernée.
A l’heure actuelle 184 000 exomes ont été réalisés, et pour 61870 éligibles pour la recherche de variants actionnables, des résultats ont été communiqués pour 2733 variants actionnables (4,4% des individus testés). Les pathologies/gènes principalement concernés sont BRCA1/2 634 patients, hypercholestérolémie familiale 277 (APOB et LDLR), syndrome de Lynch 342  (surtout PMS2 et MSH6), cardiomyopathies 230 (en tête MYBPC3 et MYH7), arrythmies 258 (KCNQ1 et SCN5A), hyperthermie maligne/RYR1 156,  hémochromatose C282Y homozygote 356, et MEN1/2 86. Des articles plus détaillés sont parus sur les aspects BRCA1/2 et hypercholestérolémie.
Du point de vue recherche, des résultats impressionnants ont commencé à être publiés en 2016 (deux Science et un NEJM) et ont permis d’identifier ou confirmer en affinant les Odds ratios plusieurs cibles thérapeutiques, dont ANGPTL3 et ANGPTL4 (risque cardiovasculaire, hyperlipidémie, NEJM 2016 et 2017 ) et HSD17B13 (chronic liver disease, NEJM 2018).
La présentation est basée sur une visite initiale chez Geisinger (Danville) fin 2016 et l’analyse des publications parues dans des revues internationales ou sur le site Geisinger/MyCode. Elle pourra servir de base à une discussion sur l’utilité et faisabilité  ou non de proposer en France un dépistage ciblé de telles mutations sur tout ou partie de ces gènes.


Jean Louis MANDEL (ILLKIRCH)
11:45 - 12:00 #28746 - SS070 Données additionnelles en exome, quel impact pour notre pratique d’aujourd’hui et de demain ?
SS070 Données additionnelles en exome, quel impact pour notre pratique d’aujourd’hui et de demain ?

Introduction : Tout examen médical s’accompagne du risque de mettre en évidence des informations médicales sans lien avec le diagnostic recherché. Ces données additionnelles peuvent être recherchées volontairement (données secondaires) ou non (données incidentes). Les analyses pangénomiques que sont l’exome et le génome génèrent un volume sans précédent d’informations génétiques concernant le patient mais également sa famille. Ces examens à visée diagnostique font entrer progressivement dans notre routine les données additionnelles, toujours plus fréquentes. En 2012, l’ACMG s’est prononcée sur une liste restreinte de 59 pathologies présentant un intérêt en tant que données additionnelles. En mai 2021, cette liste a été étendue à 72 gènes. En 2019 l’Agence de la Bio-Médecine a émis ses propres recommandations sur la gestion de ces données additionnelles sans caractère législatif contraignant. Il y a tout à penser que l’intérêt pour les données additionnelles s’accroit, en particulier pour les maladies traitables, la pharmacogénétique et le dépistage d’hétérozygotes.

Matériel et Méthodes : Afin de mieux nous préparer à faire entrer la gestion de ces données dans notre pratique, nous avons cherché à évaluer la fréquence des ces données additionnelles à travers 100 exomes trio, duo ou solo réalisés dans notre centre sur 12 mois de 2020 à 2021. Nous avons pour cela recherché la fréquence des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez le cas index dans la dernière liste ACMG, mais également dans 2 listes d’intérêt (maladies traitables et carrier screening) de quelques 138 et 326 gènes.

Résultats : Il en ressort un rendement de 83% données secondaires pour les seuls cas index pour les 3 listes confondues (19% liste ACMG uniquement) alors que le rendement diagnostic est lui de 50%. Si ces variants concernent l’ensemble des groupes de pathologies ciblées dans les recommandations ACMG, de nombreux autres ont été identifiées ciblant des pathologies récessives fréquentes dans la population générale et amenant à discuter l’utilité d’un diagnostic pré conceptionnel.

Discussion et perspectives : Il est donc possible, qu’à l’avenir, notre pratique de l’exome ou du génome, génère avant tout plus de données additionnelles que de diagnostics. Face à ce constat, nous avons commencé une étude prospective, via des consultations dédiées à la prescription d’exome, afin d’exposer aux patients les questions que posent la découverte de données additionnelles et recueillir leur préférence quant à la recherche et la restitution de ces informations. Les premiers résultats de cette étude pourront être exposés.

 


Rodolphe DARD (POISSY), Denise MOLINA-GOMES, Bérénice HERVE, Camille COHEN, Elisa MORALES, Jeremie MORTREUX, Emeline BELLANGER, Aude TESSIER, Laure RAYMOND, François VIALLARD
12:00 - 12:15 #28579 - SS071 Fast-exome chez les nouveaux-nés et nourrissons en réanimation: retour d’expérience et conclusions de l’étude REUNIR.
SS071 Fast-exome chez les nouveaux-nés et nourrissons en réanimation: retour d’expérience et conclusions de l’étude REUNIR.

Le séquençage de l’exome est un outil diagnostic de routine ayant permis de réduire l’errance diagnostique des individus chez qui est suspecté une maladie monogénique. Chez les nourrissons en réanimation, l’établissement d’un diagnostic précis est une étape clé de la prise en charge.

L’objectif de l’étude REUNIR (Rapide Exome en Unité de Néonatologie soins Intensifs Réanimation) était d’évaluer la faisabilité et l’efficacité de l’exome rapide avec des résultats en moins de 16 jours au CHU de Montpellier.

Quinze enfants de moins d'un an ont été inclus avec une moyenne d’âge de 54 jours (4-272 jours). L’ensemble des résultats étaient disponibles en 16 jours ou moins (moyenne de 12,8 jours, médiane 14 jours). L’indication du fast-exome était principalement une détresse neurologique, avec hypotonie pour 11 patients, convulsions pour 3, anomalies rénales pour 5, malformation cardiaque pour 4. Sept patients étaient dépendants d’une ventilation invasive, 4 d’une ventilation non invasive.

Cette étude a permis un diagnostic dans 6 cas sur 15 (40%) et a permis de modifier la prise en charge des enfants dans 9 cas (60%), dont 2 avec un changement thérapeutique radical (changement de traitement anti-épileptique pour l’un, néphrectomie et gonadectomie pour l’autre). Deux patients ont eu un diagnostic par d’autres investigations génétiques. Les difficultés rencontrées sont celles du rendu aux parents lorsque l’enfant est décédé ou sorti d’hospitalisation, de la gestion des données incidentes, des variants de signification inconnue avec nécessité d’enquête familiale étendue en contexte d’urgence, de l’identification d’une pathologie héritée d’un parent asymptomatique. 

En conclusion, la mise en place du fast-exome a été un succès, avec très forte satisfaction parentale et des pédiatres, même en cas de résultat négatif, et a pu être implémentée en routine au CHU de Montpellier, avec une demande d’analyse mensuelle en moyenne.


Constance WELLS, Mylène THARREAU, Guilaine BOURSIER, Kévin YAUY, Déborah MECHIN, Nathalie RUIS-PALLARES, Valentin RUAULT, Christine COUBES, Lucile PINSON, Patricia BLANCHET, Thomas GUIGNARD, Marc FILA, Sabine DURAND, Odile PIDOUX, Maliha BADR, Christophe MILESI, Julien BALEINE, Gilles CAMBONIE, Floriane HEMERY, Renaud MESNAGE, Florence MASSON, Maëlle DEREURE, Marie-Christine PICOT, Olivier ARDOUIN, Isabelle TOUITOU, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT, Marjolaine WILLEMS (Montpellier)
12:15 - 12:30 #28623 - SS072 Evaluation formative par la simulation des compétences relationnelles durant l’internat de génétique médicale.
SS072 Evaluation formative par la simulation des compétences relationnelles durant l’internat de génétique médicale.

L’acquisition de compétences relationnelles apparait indispensable au métier de généticien clinicien et il semblerait qu’elles puissent être optimisées par l’apport de la simulation de consultations. Des consultations simulées avec comédiens professionnels ont été mises en place depuis 2018 pour les internes de génétique médicale (DES 48) à l’échelle nationale par le Collège National des Enseignants et des Praticiens de Génétique Médicale, soutenu par la Faculté de médecine de Nantes, la Société des Internes de Génétique de France, l’Alliance Maladies Rares et financièrement par la Fondation MACSF ainsi que la filière AnDDI-Rares.

Un protocole de recherche en pédagogie a été adossé à cette nouvelle formation dont l’objectif principal était d’améliorer les compétences relationnelles des internes du DES de génétique médicale en consultation ; les objectifs secondaires consistaient à évaluer la satisfaction des internes par rapport à cette méthode pédagogique et identifier le profil des internes ayant le plus progressé dans leur relation médecin-patient par cette formation.

Dans le cadre de cette recherche, un numéro d’anonymat a été attribué aux internes avant le début des sessions de simulation. A T0, en amont des consultations simulées, chaque interne a rempli des scores d’empathie (Reading the Mind in the Eyes ; échelle de Jefferson) ; lors de la session de consultations simulées, les internes ont rempli des grilles sur leur relation médecin-patient (Standardized Patient Satisfaction Questionnaire (SPSQ)) au décours de chaque consultation. Les comédiens professionnels ont également rempli cette grille en parallèle. T1 correspond à la participation de l’interne à une 1ère session de consultations simulées, T2 à la 2ème, etc. Le critère de jugement principal utilisé est l’amélioration significative du score moyen de la grille sur la relation médecin-patient par les comédiens (SPSQ) au cours des sessions de consultations simulées.

Au total, 110 internes ont participé aux sessions de consultations simulées, 41 internes à 2 sessions, 24 à au moins 3 sessions, le maximum étant 5 sessions pour un interne. Les résultats aux différentes échelles sont actuellement en cours d’analyse et devraient être prochainement disponibles. Les premières analyses montrent une grande satisfaction des internes sur l’apport de la simulation. Une majorité d’entre eux pensent que leur relation auprès des patients va être profondément changée. Les limites de l’étude sont l’échantillon limité d’internes, inhérent à la spécialité et le biais de l’augmentation des compétences relationnelles du fait de l’expérience clinique, de l’avancée dans l’internat et non du fait de l’impact des consultations simulées.

Une étude complémentaire sur l’impact des consultations simulées sur les compétences techniques (performances cliniques) est en cours selon le même protocole.


Mathilde RENAUD (NANCY), Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Pierre POTTIER, Sandra MERCIER
Belvédère
13:45 PAUSE - VISITE DE L'EXPOSITION Horizons
14:05

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A35
14:05 - 15:35

COMMUNICATIONS ORALES SÉLECTIONNÉES 02

Modérateurs : Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille), Pascal PUJOL (PUPH) (Montpellier)
14:15 - 14:30 #28029 - CS07 The French OncoGenetic Database : FrOG.
CS07 The French OncoGenetic Database : FrOG.

Afin de garantir une prise en charge optimale des familles suspectes de formes héréditaires de cancer, l’interprétation des variants génétiques identifiés dans les laboratoires d’oncogénétique doit être pertinente et harmonisée au niveau national. Pour améliorer le système actuel, le Groupe Groupe Génétique et Cancer - Unicancer (GGC) a initié et élaboré le programme FrOG (French OncoGenetics Database). L’objectif de FrOG est de centraliser de manière sécurisée les variants de gènes de prédisposition au cancer identifiés chez les patients vus en consultation d’oncogénétique dans une base de données permettant leur annotation, curation et expertise, au sein d’un environnement réglementaire maîtrisé pour les aspects de protection des données des patients (RGPD), et relatifs à la réglementation en vigueur concernant les données de santé, rendue critique par la nature des données. FrOG vise à garantir aux patients et aux professionnels de santé un environnement sécurisé pour traiter ces  informations génétiques. Afin de proposer une gouvernance harmonieuse de FrOG, le GGC a constitué un consortium réunissant les laboratoires membres du GGC et UNICANCER en tant que coordinateur et personne morale représentant le GGC. Le consortium régit les modalités d’accès, l’utilisation et l’exploitation de la base FrOG et définit les règles de fonctionnement et la contractualisation avec les partenaires publics et privés. Le consortium FrOG développe et maintient, une suite logicielle qui s’articule autour d’une base de données, d’un pipeline de traitement et d’annotation des données, d’une API sécurisée et d’une interface web. FrOG a permis la reprise des données du GGC aussi bien pour les gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire, que pour les gènes de prédisposition aux cancers du côlon et polyposes, du syndrome de Li Fraumeni, et des cancers gastriques diffus héréditaires. L’application web de FrOG, accessible par les laboratoires d’oncogénétique membres, intègre 11912 variants identifiés chez 41605 patients pouvant être appelés via un moteur de recherche. Les résultats de la recherche sont filtrables selon plusieurs critères. L’interface présente les annotations dans des pages par variants et propose des liens vers des bases généralistes ou d’experts externes. Elle permet également une gestion de la bibliographie et la traçabilité des décisions d’expertise préfigurant un système de curation automatisable. Le recueil des données des nouveaux patients est prévu de manière déclarative sur un dépôt sécurisé à l’aide d’un fichier soumission.  Cet outil permettra la mise en relation de réseaux d’experts permettant ainsi une curation assistée par le système, associée à des alertes de reclassification. Au final FrOG permettra une standardisation des interprétations au niveau national, une meilleure visibilité de l’expertise nationale et envisager des modèles de valorisation pertinents pour son maintien.


Laurent CASTÉRA (Caen), Sandrine CAPUTO, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Camille BARON, Nicolas PHILIPPE, Anne-Laure BOUGÉ, Thibaut LAVOLÉ, Alexandre ATKINSON, Sophie COUTANT, Marie-Pierre BUISINE, Nicolas SÉVENET, Florence COULET, Tetsuro NOGUCHI, Marie BEAUMONT, Christine TOULAS, Le Consortium FROG
14:30 - 14:37 #28345 - CS08 Interprétation et conséquences de l’identification des variations de TP53 issues de l’analyse de 22 500 panels HBOC français.
CS08 Interprétation et conséquences de l’identification des variations de TP53 issues de l’analyse de 22 500 panels HBOC français.

Depuis 2017, un panel de 13 gènes, incluant TP53, a été validé par le Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse des patients évocateurs d’une prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire (HBOC). Le cancer du sein étant l’entité la plus fréquente du spectre tumoral lié aux altérations constitutionnelles de TP53 ou syndrome de Li-Fraumeni (LFS), nous avons entrepris de collecter à grande échelle les variations constitutionnelles de TP53 identifiées par l’analyse de panels HBOC et de les classer. Ainsi, le séquençage de plus de 22 500 panels HBOC parmi les laboratoires de génétique moléculaire français a permis la détection de 203 variations hétérozygotes (ratio allélique > 35 %) de TP53 (1 %), après exclusion des variations liées à de l’hématopoïèse clonale ou correspondant à de l’ADN tumoral circulant. Dans cette cohorte,  65 % des patients présentaient un cancer du sein (âge médian = 39 ans [24 -82]) et 6,4% de cancer de l’ovaire (âge médian = 70 ans [38 – 81]).

La plupart des variations de TP53 identifiées n’étant pas encore classées par le groupe d’experts ClinGen, nous avons effectué ce travail en respectant les recommandations de classement spécifiques pour TP53 adaptées de l’ACMG. Ainsi, 40 % des variations identifiées étaient délétères (classes 4 et 5), le reste correspondait à des VSI nécessitant des investigations complémentaires. De façon intéressante, 45 % de ces variations délétères n’avaient jamais été décrites auparavant dans le LFS (IARC TP53 database et base de données locale) suggérant un spectre mutationnel différent chez les patients HBOC. Un enrichissement en variations pathogènes a été observé parmi les patients remplissant les critères nosologiques de Chompret utilisés dans le LFS (cancer du sein < 36 ans, antécédents familiaux évocateurs ou tumeurs primitives multiples). Dans cette cohorte, un âge de développement plus précoce des cancers du sein (âge médian = 29,5 ans) semble associé aux variations de TP53 à effet perte de fonction et non aux variations à effet dominant-négatif (âge médian = 36 ans). De façon surprenante, parmi les patients présentant un cancer du sein ou de l’ovaire plus tardif (âge médian respectivement de 46 et 79 ans) nous avons également identifié 30 % de variations pathogènes de TP53, perte de fonction ou à effet dominant-négatif, certaines correspondant à des hot spots mutationnels et déjà décrites dans des familles LFS associées à une survenue de cancers dès l’âge pédiatrique. Cette observation permet de rappeler la pénétrance incomplète des variations de TP53.

L’identification de ces variations pathogènes de TP53, associées aux cancers de l’enfant chez des adultes dont l’histoire personnelle et familiale de cancer est éloignée du LFS confirme l’existence de facteurs modificateurs et souligne toute l’importance des réseaux d’expertise ainsi que la complexité du conseil génétique et de la prise en charge de ces patients et leurs familles.

*Ces travaux sont dédiés à la mémoire du Pr T. Frebourg.


Edwige KASPER (ROUEN), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Noémie BASSET, Florence COULET, Lisa GOLMARD, Jessica LE GALL, Nadia BOUTRY-KRYZA, Juliette ALBUISSON, Sarab LIZARD, Christine TOULAS, Céline GARREC, Mathilde GAY-BELLILE, Nicolas SÉVENET, Paul VILQUIN, Marie BIDART, Fanny BRAYOTEL, Gaëlle BOUGEARD, Thierry FREBOURG *, Claude HOUDAYER
14:37 - 14:45 #28803 - CS08b RCP nationale Li-Fraumeni : retour sur 2 ans d’activité & hommage au Pr Thierry Frebourg.
CS08b RCP nationale Li-Fraumeni : retour sur 2 ans d’activité & hommage au Pr Thierry Frebourg.

La détection croissante des altérations constitutionnelles de TP53, à l’origine du syndrome de Li-Fraumeni (LFS), maintenant inclu dans de nombreux panels NGS, a fait émerger la nécessité d’homogénéiser les pratiques en France : de l’interprétation des variations à la prise en charge du patient porteur et de sa famille.

Une réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) a été créée, en 2019, sous l’impulsion de l’équipe de génétique du CHU de Rouen, en collaboration avec la SFCE et le GGC. Un quorum, comprenant des généticiens cliniciens et biologistes, des oncologues médicaux, oncopédiatres et des radiothérapeutes, a  été constitué.

Une visio-conférence organisée tous les 2e mercredi de chaque mois permet au professionnel référent du patient d’exposer la problématique clinique en lien avec une suspicion ou un diagnostic avéré de LFS. Il fournit en amont, via un réseau informatique sécurisé, une fiche d’inscription comprenant les antécédents familiaux et personnels connus, les résultats biologiques validés et la question posée. La classification de la variation est alors reprise selon les critères adaptés de l’ACMG en se référant notamment aux résultats des tests fonctionnels publiés ou développés au laboratoire de Rouen ainsi qu’aux bases de données nationale et internationale décrivant les familles porteuses de la même altération.

26 séances de RCP ont été organisées de juin 2019 à septembre 2021 au cours desquelles un nombre croissant de dossiers a été analysé : au total 170, dont 164 nouveaux cas, 5 cas ayant fait l’objet d’une 2ème présentation et 1 cas d’une 3ème. 40 dossiers seulement concernaient des patients mineurs (âge médian 34 ans [0-84]). La majorité des dossiers ont été présentés afin de valider les modalités de suivi du patient ou la réalisation des tests présymptomatiques dans la famille, particulièrement chez les apparentés mineurs. Des adaptations thérapeutiques (protocoles de chimiothérapie, allègement de la radiothérapie) ont également été proposées. 85 % des patients évoqués lors de cette RCP étaient porteurs d’une variation hétérozygote pathogène de TP53 (classe 4 ou 5), de rares variations de signification incertaine ou des variations à faible ratio allélique ont également été discutées.

Cette RCP souligne la nécessité d’un suivi sur le long terme des patients afin d’actualiser les guidelines (nouveaux tests biologiques, enrichissement des bases cliniques…), d’évaluer, grâce à un suivi prospectif, l’intérêt du diagnostic présymptomatique et de la surveillance, ainsi que l’importance de la création d’un quorum de radiologues pour formaliser des guidelines fixant les modalités de réalisation et d’interprétation des imageries dans le cadre du LFS.

La création de cette RCP nationale donne toute sa place à un réseau d’expertise LFS en harmonisant les pratiques françaises, légitimant des décisions médicales individualisées complexes et en permettant d’enrichir les connaissances clinico-biologiques liées aux altérations de TP53.


Nadège CORRADINI (Lyon), Edwige KASPER, Gaëlle BOUGEARD, Valérie BONADONA, Olivier CARON, Christine CHEVREAU, Jérome DOYEN, Alexandre ESCANDE, Marion GAUTHIER VILLARS, Léa GUERRINI ROUSSEAU, Daniel ORBACH, Valérie LAURENCE, Pierre VANDE PERRE, Laurence BRUGIERES*, Thierry FREBOURG *
14:45 - 15:00 #28351 - CS09 Approche vie-entière pour caractériser les déterminants génétiques des volumes cérébraux sous-corticaux et leur lien avec les maladies neurodégénératives.
CS09 Approche vie-entière pour caractériser les déterminants génétiques des volumes cérébraux sous-corticaux et leur lien avec les maladies neurodégénératives.

Background: Subcortical brain structures play a key role in pathological processes of age-related neurodegenerative disorders. Mounting evidence also suggests that early-life factors may have an impact on the development of common late-life neurological diseases, including genetic factors that can influence both brain maturation and neurodegeneration.

 

Objectives: Using large population-based brain imaging datasets across the lifespan (N < 40,628) we aimed to: (i) estimate the heritability of subcortical volumes in young (18-35), middle (35-65), and older age (65+), and their genetic correlation across age groups; (ii) identify whether genetic loci associated with subcortical volumes in older persons also show associations in early adulthood, and explore underlying genes using transcriptome-wide association studies (TWAS); (iii) explore their association with neurological phenotypes.

 

Methods: We first estimated the heritability of subcortical volumes in different age groups in population-based cohorts (i-Share cohort for young adults; 3C-Dijon for older adults) and in family-based cohorts (Framingham Heart Study, in middle-aged and older adults). We studied genetic correlation between subcortical volumes in young and middle-aged to older adults. We then tested variants, previously identified in genome-wide association study (GWAS) of subcortical volumes in older adults, in i-Share individually and aggregated in genetic risk scores (GRS). We conducted a TWAS using the summary statistics from the GWAS of subcortical volumes. For the significant signals, we generated gene expression scores in i-Share and tested them in association with subcortical volumes. We explored the relation between the identified loci associated with subcortical volumes in TWAS and single-variant analyses in i-Share, with Alzheimer disease (AD), Parkinson disease (PD) and cognition. We finally tested the association between genetically-determined AD and PD with subcortical volumes in young and older adults using Mendelian randomization.

 

Results: Heritability of subcortical volumes consistently decreased with increasing age. GRS for smaller caudate nucleus, putamen and hippocampus volume in older adults were associated with smaller volumes in young adults. Individually, ten loci associated with subcortical volumes in older adults also showed associations in young adults. Within these loci, TWAS showed that expression of several genes in brain tissues (especially MYLK2 and TUFM) was associated with subcortical volumes in both age-groups. One risk variant for smaller caudate nucleus volume (TUFM locus) was associated with lower cognitive performance. Genetically-predicted AD was associated with smaller subcortical volumes in middle and older age.

 

Conclusions: Our findings provide novel insights into the genetic determinants of subcortical volumes across the lifespan. More studies are needed to decipher the underlying biology and clinical impact.


Quentin LE GRAND (Bordeaux), Claudia L SATIZABAL, Hieab H. H. ADAMS, Joshua C. BIS, Sudha SESHADRI, Christophe TZOURIO, Bernard MAZOYER, Stéphanie DEBETTE
15:00 - 15:15 #27714 - CS10 L’étude cas-témoin européenne ADES identifie les gènes ATP8B4 et ABCA1 comme nouveaux facteurs de risque de maladie d’Alzheimer à partir de 32 558 exomes.
CS10 L’étude cas-témoin européenne ADES identifie les gènes ATP8B4 et ABCA1 comme nouveaux facteurs de risque de maladie d’Alzheimer à partir de 32 558 exomes.

En dehors des rare familles de maladie d'Alzheimer (MA) de transmission autosomique dominante, la MA est de déterminisme complexe pour la majorité des patients, avec un rôle important des facteurs génétiques. La composante génétique de la MA a été principalement évaluée par GWAS (études d'association pangénomiques sur puces à ADN), qui incluent principalement des variants fréquents. Le développement du séquençage d’exomes/génomes a révélé une grande diversité interindividuelle en variants rares, enrichis en variants potentiellement délétères, ce qui en fait de bons candidats facteurs de risque. Les premières études d'association cas-témoins sur les variants rares ont révélé le rôle des variants rares codants de TREM2, ABCA7 et SORL1, avec des odds ratios plus élevés qu’en GWAS. Afin d’identifier de nouveaux gènes associés à la MA par le biais de variants rares, de grandes études internationales sont maintenant indispensables.

Dans le consortium européen ADES, nous avons mis en commun les fichiers fastq d’exomes ou BAMs de génomes de 25 982 individus, combinant, dans la plus large étude de ce type sur la MA, des données européennes (France [CNRMAJ de Rouen, institut Pasteur de Lille, études FREX et 3C], Pays-Bas, Allemagne, Royaume Uni, Espagne) et américaines (consortium ADSP). L’ensemble des données a fait l’objet d‘un traitement bioinformatique commun et d’un contrôle qualité (QC) extensif, afin d’homogénéiser les données et de restreindre aux régions comparables. Après QC, nous avons effectué un test de charge pangénomique à l’échelle du gène sur 12 652 patients (dont 4 060 avec une forme précoce, début < 65 ans) et 8 693 témoins, portant sur les variants codants rares (fréquence allélique < 1%) avec des niveaux progressifs de prédiction du caractère délétère (tronquants triés par LOFTEE, faux sens triés par score REVEL).

En plus des 3 gènes connus, nous avons identifié un nouveau gène significatif à l'échelle de l'exome (p < 10-6), ATP8B4. Sept autres gènes présentaient des p-valeurs suggestives, dont ABCA1 et ADAM10. Après réplication sur 3590 cas et 9389 contrôles indépendants, nous avons répliqué ATP8B4 et ABCA1, ADAM10 restant suggestif après méta-analyse. Certains de ces gènes appartiennent aussi à des loci de GWAS, indépendamment. Nous avons repris tous les loci de GWAS et identifié RIN3, CLU, ZCWPW1 et ACE comme portant probablement le rôle biologique car indépendamment touchés par un enrichissement en variants rares codants.

Ces gènes soutiennent encore plus le rôle du peptide Aβ dans la physiopathologie. ABCA1, en lipidant APOE, est impliqué dans l’agrégation d’Aβ. ADAM10 empêche le clivage d’APP en Aβ. Le rôle d’ATP8B4, gène purement microglial, reste à déterminer, la microglie jouant un rôle important. La mise en commun de ces résultats, avec les variants fréquents, pourrait permettre une meilleure prédiction du risque de MA et, à terme, une médecine préventive personnalisée.

*contribution égale : HH, JCL, GN, MH, CC, CB


Gaël NICOLAS (Rouen), Marc HULSMAN, Camille CHARBONNIER, Benjamin GRENIER-BOLEY, Olivier QUENEZ, Ades COLLABORATORS, Collaborators ADSP, Anne BOLAND, Dominique CAMPION, Jean-François DELEUZE, Stéphanie DEBETTE, Jean-François DARTIGUES, Emmanuelle GÉNIN, Mark LATHROP, Florence PASQUIER, Richard REDON, David WALLON, Aline ZAREA, Jordi CLARIMON, John VAN SWIETEN, Michael GREICIUS, Jennifer YOKOYAMA, Philippe AMOUYEL, Carlos CRUCHAGA, John HARDY, Alfredo RAMIREZ, Simon MEAD, Wiesje VAN DER FLIER, Cornelia VAN DUIJN, Julie WILLIAMS, Céline BELLENGUEZ, Jean-Charles LAMBERT, Henne HOLSTEGE
15:15 - 15:30 #28216 - CS11 FISH and Chimps: Fréquence et distribution des aneuploïdies spermatiques chez le chimpanzé (Pan troglodytes).
CS11 FISH and Chimps: Fréquence et distribution des aneuploïdies spermatiques chez le chimpanzé (Pan troglodytes).

Les aberrations chromosomiques de nombre dans les spermatozoïdes sont considérées comme un facteur majeur d'infertilité, de perte de grossesse précoce et de syndromes accompagnés de troubles du développement et de la cognition chez les mammifères, y compris les primates. Malgré de nombreuses études chez l'homme et les animaux d'élevage, l'incidence et l'importance des aneuploïdies spermatiques chez les primates non humains restent majoritairement indéterminées. Nous avons étudié l'incidence et la distribution de l'aneuploïdie spermatique chez les chimpanzés (Pan troglodytes), l'espèce la plus proche de l'homme. Nous avons identifié des séquences d'ADN conservées au cours de l'évolution chez l'homme et le chimpanzé et sélectionné des régions sub-télomériques homologues pour tous les chromosomes afin de construire des sondes spécifiques et d'effectuer des analyses de spermatozoïdes par FISH sur plus de 10 000 noyaux cellules par chromosome. Le taux moyen de disomie des autosomes chez le chimpanzé était de 0,057 ± 0,02 %, le taux de disomie des gonosomes était de 0,198 % et le taux de disomie totale était de 1,497 %. La proportion de gamètes X ou Y était respectivement de 49,94 % et 50,06 % pour un ratio de 1,002 et le taux de diploïdie était de 0,053 %. Cette étude donne un premier aperçu de l'incidence des aneuploïdies chromosomiques dans les spermatozoïdes de chimpanzés. Nous présentons également leurs paramètres spermatiques, leurs caryotypes par rapport à un caryotype humain, validons un protocole de FISH amélioré pour les spermatozoïdes de primates non humains, comparons leurs taux d'aneuploïdie avec ceux des autres primates, et enfin discutons des implications de ces résultats pour la compréhension des aneuploïdies spermatiques. Nos données fournissent pour la première fois une vue d'ensemble de l'aneuploïdie dans les spermatozoïdes de primates non humains et apportent un nouvel éclairage sur les questions des origines et des mécanismes de l'aneuploïdie spermatique.


Charlotte GUYOT, Marlène GANDULA, Wendy NOORDERMEER, Céline FRANCOIS-BRAZIER, Rosemary MOIGNO, Julien BESSONNAT, Sophie BROUILLET, Magali DHELLEMMES, Marie BIDART, Christophe ARNOULT, Véronique SATRE, Charles COUTTON, Guillaume MARTINEZ (Grenoble)
15:30 - 15:45 #27851 - CS12 Altérations de la protéostase mitochondriale dans le syndrome de Costello.
CS12 Altérations de la protéostase mitochondriale dans le syndrome de Costello.

Dard Laetitia1,2,3, Hubert Christophe1,2, Esteves Pauline1,2, Blanchard Wendy1,2,3, Bou-About Ghina4, Baldasseroni Lyla5, Dumon Elodie1,2, Angelini Chloe1,2,6, Guyonnet-Dupérat Véronique1,2,7, Claverol Stéphane2,8, Fontenille Laura9, Kissa Karima9, Seguela Pierre-Emmanuel2,10,11, Thambo Jean-Benoît 2,10,11, Herault Yann4, Bellance Nadège1,2, Nicolas Lévy 5, Dias Amoedo Nivea1,2,3, Magdinier Frédérique5, Sörg Tania4, Rossignol Rodrigue1,2,3* and Lacombe Didier1,2,6.

1 INSERM U1211, 33076 Bordeaux, France

2 Université de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

3 CELLOMET, Centre de Génomique Fonctionnelle (CGFB), 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

4 Institut Clinique de la Souris - 1 rue Laurent Fries - 67404 Illkirch Cedex, France

5 INSERM, UMR_1251, Marseille, France

6 Service de Génétique Médicale, CHU Bordeaux, 33076 Bordeaux, France

7 Plateforme de Vectorologie, Université de Bordeaux, U1035, 33076 Bordeaux, France

8 Plateforme de Protéomique, CGFB, BP 68, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

9 AZELEAD, 377 rue du Pr. Blayac, 34080 Montpellier, France 

10 Département de Cardiologie, CHU Bordeaux, Bordeaux, France

11 IHU LYRIC, 33600 Pessac, France

 

 

ABSTRACT

Les mutations germinales activatrices de la voie de signalisation canonique RAS/MAPK sont responsables d’anomalies du développement, regroupées sous le terme de Rasopathies, dont fait partie le syndrome de Costello. Nous avons étudié le déterminisme du syndrome de Costello (SC) en utilisant un modèle murin HRASG12S, des fibroblastes cutanés des patients, des cardiomyocytes humains dérivés d’hiPSC, un modèle de poisson zèbre HRASG12V et des fibroblastes humains exprimant des constructions lentivirales portant les mutations HRASG12S or HRASG12A.

Ces études ont révélé des altérations de la protéostase mitochondriale, responsable d’un défaut de la phosphorylation oxydative dans le coeur et le muscle squelettique des souris modèles Costello, et dans les modèles cellulaires de la maladie. Les mécanismes sous-jacents impliquent l’inhibition de la voie LKB1/AMPK via notamment la repression de l’expression de AMPKα2 par le miR-221*, et l’altération concomittante de l’activation de LKB1 par les formes mutantes de HRAS. Ce mécanisme génétique et biochimique entraîne une alteration du renouvellement et de la bioénergétique mitochondriale. 

Une approche pharmacologique brevetée permet de restaurer la bioénergétique mitochondriale dans les modèles cellulaires HRASG12A/S, de prévenir l’hypertrophie cardiaque chez la souris SC, et de réduire la survenue d’anomalies du développement dans le modèle poisson zèbre. Ces résultats originaux ouvrent la voie à des essais thérapeutiques dans le SC.


Didier LACOMBE (Bordeaux)
Grand Auditorium
15:35

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A35b
15:35 - 15:50

COMMUNICATION INVITEE
Loi de Bioéthique: actualités pour la Génétique - Pascale Lévy

Modérateur : Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
15:35 - 15:50 Conférence. Pascale LEVY (Généticien) (Conférencier, Agence de la Biomédecine)
Grand Auditorium
16:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

Modérateurs : Catherine HENRY (Médecin Biologiste - PH) (RENNES), Sylvie MANOUVRIER-HANU (PUPH) (LILLE)
16:00 - 16:07 #28257 - SF01 MBD4 : un nouveau gène de prédisposition aux mélanomes uvéaux.
SF01 MBD4 : un nouveau gène de prédisposition aux mélanomes uvéaux.

Les mélanomes uvéaux (MU) sont des tumeurs malignes rares généralement de mauvais pronostic. La plupart d’entre eux ont une faible charge mutationnelle, mais certains présentent un taux important de transitions CpG > TpG associé à une inactivation tumorale du gène MBD4. Nous avons déjà rapporté un patient atteint d’un MU porteur d’une altération pathogène constitutionnelle de ce gène dont la tumeur, hypermutée et avec une signature spécifique, a bien répondu à un traitement par immunothérapie [1]. Par la suite, 11 autres patients atteints de MU et porteurs d’un variant pathogène constitutionnel du gène MBD4 ont été identifiés. Cette série a permis d’estimer le risque relatif de MU associé aux altérations MBD4 à 9,15 (4,24 – 19,73) [2]. Des variants pathogènes bialléliques constitutionnels de ce gène ont été également rapportés chez des patients atteints de  polyposes digestives et de leucémies aigües [3]. Le gène MBD4 a été inclus dans le panel diagnostique « mélanome uvéal » de l’Institut Curie en Juin 2021 et 2 nouveaux patients ont été identifiés.

Nous avons colligé les antécédents personnels et familiaux de ces 14 patients porteurs d’une altération monoallélique du gène MBD4 identifiés à l’Institut Curie afin de mieux caractériser le spectre tumoral associé à cette prédisposition. Ces informations ont été recueillies lors d’un entretien individuel avec les patients lorsque cela était possible, sinon à partir des dossiers médicaux.

L’âge médian au diagnostic de mélanome uvéal de ces patients porteurs d’un variant pathogène du gène MBD4 est de 55 ans (36-87) ; il n’est pas significativement plus jeune que dans les cas sporadiques (âge médian 55 ans). Seuls deux patients ont eu un autre cancer : un cancer papillaire de la thyroïde et un cancer du sein in situ. Aucun patient ne rapporte de polypes colorectaux. Il n’existe aucun antécédent familial de MU ; en revanche divers autres types de cancers sont décrits chez les apparentés.

Aucun des 14 patients ne présentait d’atteinte bilatérale ou d’antécédent familial de MU. Malgré un RR de 9,15, cette observation n’est pas inattendue du fait de la faible incidence du MU dans la population générale (500 à 600 nouveaux cas par an en France). Néanmoins, nous avons choisi de proposer un test génétique aux apparentés et de discuter d’une surveillance ophtalmologique chez ceux qui seraient porteurs. La recherche d’un second évènement sur le gène MBD4 et de la signature spécifique sur les autres tumeurs survenues chez les apparentés pourrait aider à préciser l’étendu du spectre tumoral liés aux variants pathogènes de ce gène et à interpréter les variants de signification inconnue. Enfin, malgré leur rareté, l’identification de ces patients est cruciale vu l’enjeu thérapeutique dans le cadre de ces tumeurs de mauvais pronostic. 

 

1. Rodrigues M, et al  Nat Commun. 2018 May

2. Derrien AC, et al. J Natl Cancer Inst. 2021 Jan

3. Sanders MA, et al. Blood. 2018 Oct


Marine LE MENTEC (Paris), Marie-Charlotte VILLY, Anne-Céline DERRIEN, Lisa GOLMARD, Alexandre HOUY, Sophie PIPERNO-NEUMANN, Alexandre MATET, Dominique STOPPA-LYONNET, Nathalie CASSOUX, Marc-Henri STERN, Rodrigues MANUEL, Chrystelle COLAS
16:07 - 16:14 #28260 - SF02 Bilan d’un an d’activité de consultation d’information systématique de génétique en oncologie pédiatrique à l’ère du séquençage très haut débit.
SF02 Bilan d’un an d’activité de consultation d’information systématique de génétique en oncologie pédiatrique à l’ère du séquençage très haut débit.

Depuis Septembre 2020, des consultations d’information de génétique ont été mises en place à titre systématique en oncologie pédiatrique au sein du Centre d’Oncologie SIREDO de l’Institut Curie à Paris. Ces consultations s’inscrivent dans le parcours de soins des enfants et adolescents-jeunes adultes (0-25 ans) pris en charge pour une tumeur maligne ou un lymphome. Lorsqu’une prédisposition est suspectée, les patients sont orientés par les oncologues vers une consultation de génétique « classique ». Pour les autres, une consultation d’information systématique par une conseillère en génétique a lieu dans les premiers mois de la prise en charge, lors d’une hospitalisation, ou en téléconsultation.

Cet entretien court permet de préciser les éventuels antécédents tumoraux familiaux. Si une analyse génétique constitutionnelle est finalement indiquée, la famille est orientée vers le circuit classique de consultation oncogénétique.

Cet entretien est également l’occasion d’expliquer que des études génétiques tumorales ayant pour objectif d’affiner le diagnostic, le pronostic et/ou d’identifier de potentielles cibles thérapeutiques sont effectuées, parfois dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (FMG2025) et peuvent comporter un volet constitutionnel. Ces études peuvent donc mettre en évidence des altérations sur des gènes de prédisposition en lien ou non (découverte incidente) avec l’histoire personnelle et/ou familiale de l’enfant.

 

En parallèle de ces consultations, ont été mis en place des Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) de génétique pédiatrique. Elles réunissent des pédiatres et généticiens, une conseillère en génétique, une psychologue et un pédopsychiatre. Ces RCP permettent de discuter des dossiers nécessitant des analyses génétiques tumorales et/ou constitutionnelles complémentaires, y compris dans le cadre des préindications d’oncogénétique FMG2025 en amont de la RCP nationale, ou des dossiers de patients pour lesquels une altération génétique a été identifiée afin d’établir des recommandations de soins et de surveillance. Y sont également discutés les demandes de tests présymptomatiques chez les mineurs.

 

Nous rapportons notre expérience dans la mise en place de ces consultations d’information et de cette RCP. Au total, de septembre 2020 à septembre 2021, sur environ 336 nouveaux patients du centre SIREDO, 167 sont concernés par ces consultations d’information génétique et 74 ont été rencontrés. Pour 18, il s’agissait d’une pré-indication théranostique dans le cadre de FMG2025. Dix patients ont été orientés secondairement vers une consultation de génétique classique du fait de critères familiaux ou devant l’identification d’altérations sur des gènes de prédisposition lors d’études à visée théranostique.

 

Par ailleurs 16 RCP ont permis de discuter 77 dossiers dont 60 internes à l’Institut Curie et 17 demandes d’avis extérieurs. Cela souligne l’importance de la mise en place d’une RCP nationale de génétique pédiatrique.


Fatoumata SIMAGA, Fatoumata SIMAGA (Paris), Franck BOURDEAUT, Isabelle AERTS, Yassine BOUCHOUCHA, Camille CORDERO, Olivier DELATTRE, François DOZ, Valérie LAURENCE, Lauriane LEMELLE, Amaury LERUSTE, Julien MASLIAH-PLANCHON, Lucy METAYER, Daniel ORBACH, Hélène PACQUEMENT, Coralie PETER, Gaëlle PIERRON, Maria RODRIGUEZ CORTINA, Gudrun SCHLEIERMACHER, Etienne SEIGNEUR, Dominique STOPPA-LYONNET, Sarah WINTER, Marion GAUTHIER-VILLARS, Chrystelle COLAS
16:14 - 16:21 #28332 - SF03 Exome diagnostique en Oncogénétique : retour sur deux ans d’expérience à Rouen.
SF03 Exome diagnostique en Oncogénétique : retour sur deux ans d’expérience à Rouen.

Le séquençage d’exome est un apport majeur au diagnostic génétique des maladies rares, mais il reste à évaluer en oncogénétique. Ainsi, depuis 2 ans, un exome constitutionnel est réalisé dans les indications suivantes : 1) forme néonatale ou cancer « de l’adulte » chez l’enfant 2) cancers primitifs multiples avant 31 ans 3) association à des éléments syndromiques 4) tumeurs exceptionnelles de déterminisme génétique non connu 5) agrégation familiale suspecte d’une forme Mendélienne non expliquée par un gène diagnostique. Les exomes sont préparés sur le Magnis (Agilent), séquencés sur Nextseq (Illumina) et les données disponibles à l’interprétation en 3 jours.

Cinquante-six exomes ont été analysés en 2 ans. Des variants pathogènes ont été trouvés dans des gènes connus pour des patients n’ayant pas eu de panel préalable. Des variants prédits délétères ont été identifiés dans des gènes de réparation, suggérant un oligogénisme. Deux présentations familiales sont à distinguer. Dans la première, le cas index a présenté un angiomyolipome épithélioide retro-péritonéal à  l’âge de 34 ans. Sa  sœur a présenté 6 mélanomes à 29 ans puis une leucémie lymphoïde chronique (LLC) à 30 ans. Aucune histoire de cancer n’est connue dans la branche paternelle mais dans la branche maternelle un oncle et le grand-père ont développé un cancer colorectal, tandis que la grand-mère est décédée d’une leucémie. Une variation faux sens c.851A>G, p.(Asp284Gly) de POT1 a été identifiée à l’état hétérozygote chez le cas index et sa sœur.

Dans la deuxième famille, le cas index a présenté un carcinome papillaire de la thyroïde à 29 ans et un gliome de bas grade à 34 ans, la mère un cancer à grandes cellules médiastinal et le père un cancer du rein. Une tante maternelle a développé un adénocarcinome bronchique. La variation faux sens c.322G>A, p.(Gly108Arg) de POT1 a été identifiée à l’état hétérozygote chez le cas index et associée à une perte d’hétérozygotie dans la tumeur médiastinale de sa mère.

POT1 appartient au complexe Shelterin de protection des télomères. Des variations constitutionnelles pathogènes ont été rapportées dans des agrégations de mélanomes cutanés, d’angiosarcomes, de cancers de la thyroïde, de gliomes et de LLC. Les phénotypes familiaux rapportés ici sont en accord, les variants identifiés sont prédits délétères et expliquent probablement les histoires familiales, mais restent à valider en fonctionnel.

L’analyse d’exome pointe des gènes peu ou pas documentés. Or, les onco-généticiens se basent sur des risques tumoraux établis sur de grandes séries pour codifier la prise en charge. Il sera intéressant de voir si les réponses biologiques apportées par l’exome se traduiront en clinique. Alternativement, les efforts pourraient porter sur des panels diagnostiques optimisés par l’inclusion des introns et régions promotrices et/ou le couplage à une analyse de transcrits ciblée afin de maximiser la puissance diagnostique sur les gènes dont le risque tumoral est connu.


Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Rouen), Edwige KASPER, Céline DERAMBURE, Jacqueline BOU, Emilie BOUVIGNIES, Eva GALATEAU, Nathalie PARODI, Maud BRANCHAUD, Sophie COUTANT, Jean Christophe SABOURIN, Isabelle TOURNIER, Gaelle BOUGEARD, Stéphanie BAERT DESURMONT, Thierry FREBOURG, Claude HOUDAYER
16:21 - 16:28 #27867 - SF04 L'haploinsuffisance du gène SRSF1 est responsable d'une nouvelle forme syndromique de retard de développement incluant un habitus marfanoïde avec déficience intellectuelle.
SF04 L'haploinsuffisance du gène SRSF1 est responsable d'une nouvelle forme syndromique de retard de développement incluant un habitus marfanoïde avec déficience intellectuelle.

SRSF1 (également connue sous le nom de ASF/SF2) est une protéine non-snRNP fortement conservée sur le plan phylogénétique appartenant à la famille SR. Elle contient deux domaines RRM (RNA Recognition Motif) capables de reconnaître l'ARN messager, et représente un régulateur important de l'épissage constitutif et alternatif. La surexpression somatique de SRSF1 a été mise en évidence dans plusieurs tumeurs humaines, dont le cancer du sein. Les effets des variations germinales pathogènes de SRSF1 n'ont jamais été décrits auparavant.

Grâce à un partage international des données, nous avons rassemblé 16 patients porteurs de variations germinales de SRSF1 incluant 2 variations non-sens, 4 variations entrainant un décalage du cadre de lecture avec codon stop prématuré, 7 variations faux-sens et une microdélétion, avec un phénotype compatible. Dans la majorité des cas, ces variations sont survenues de novo. Dans une famille une mosaïque germinale a été suspectée pour expliquer la récurrence chez un frère et une sœur. Les principales caractéristiques cliniques retrouvées sont : retard de développement, déficience intellectuelle (DI), hypotonie, troubles du comportement, anomalies squelettiques et cardiaques. Trois des 16 patients présentaient un habitus marfanoïde avec difficultés d'apprentissage ou DI.

Pour déterminer le mécanisme sous-jacent des variations faux-sens, nous avons exploité un test d'épissage in vivo précédemment établi chez la drosophile. La surexpression spécifique à l'œil de SF2, gène orthologue de SRSF1 chez la drosophile, induit un phénotype oculaire sévère dû à l'épissage incorrect de gènes clés impliqués dans le développement normal de l'œil. Nous avons constaté que la surexpression de SRSF1humain répliquait ce phénotype alors que la forme ad hoc de SRSF1 déficiente en épissage perdait cette capacité. Nous avons utilisé cet essai fonctionnel pour tester la fonction potentielle de 2/7 variations humaines dans SRSF1, c'est-à-dire p.(G40V) et p.(V160M), situées dans les domaines RRM. Comme ces variations ont perdu leur capacité à perturber le développement normal de l'œil lors de leur surexpression, le mécanisme pathogénique sous-jacent est cohérent avec une haplo-insuffisance. Grâce à des données de modélisation insilico, des données RNA-seq issues de patients porteurs de variations pathogènes et de notre modèle in vivo ainsi que des tests de localisation, nous avons exploré les mécanismes responsables d’haploinsuffisance liée aux variations faux-sens.

Avec ce travail, nous rapportons la première cohorte de patients porteurs de variations germinales dans le gène SRSF1, responsable d’une nouvelle forme syndromique de retard de développement


Aurore GARDE (Dijon), Elke BOGAERT, Thierry GAUTIER, Fatima EL IT, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Hana SAFRAOU, Beth HUDSON, Arnold MUNNICH, Claude BESMOND, Kimberly NUGENT, Elizabeth ROEDER, Aurélien TRIMOUILLE, Sophie NAUDION, Marine LEGENDRE, Martine DOCO FENZY, Marco SERI, Francesca MONTANARI, Alison YEUNG, Tadahiro MITANI, Posey JENNIFER E., James LUPSK, Claudia CESARIO, Michele PINELLI, Nicola BRUNETTI-PIERRI, Trine MAXEL JUUL, Charlotte BRASCH ANDERSEN, Michael LYONS, Raymond LOUIE, Elizabeth ROEDER, Kimberly NUGENT, David GENEVIÈVE, Vincent GATINOIS, Flavio FALETRA, Luciana MUSANTE, Kate MOWREY, Hope NORTHRUP, Pontus LEBLANC, Emma VAN REEMPTS, Nika SCHUERMANS, Patrick CALLIER, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Nathalie MARLE, Dimitri HEMELSOET, Anne-Sophie DENNOMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Jérôme GOVIN, Bart DERMAUT
16:28 - 16:35 #28513 - SF05 Un défaut d’acquisition d’identité neuronale lié au facteur PRDM13 cause un dysfonctionnement néonatal du tronc cérébral avec hypoplasie cérébelleuse.
SF05 Un défaut d’acquisition d’identité neuronale lié au facteur PRDM13 cause un dysfonctionnement néonatal du tronc cérébral avec hypoplasie cérébelleuse.

Les hypoplasies pontocérébelleuses (HPC) forment un groupe de maladies caractérisées par une hypoplasie, ou atrophie précoce, du cervelet et du tronc cérébral. Ce sont des maladies essentiellement génétiques récessives, impliquant des développements moteur et cognitif extrêmement limités et généralement une mortalité infantile. Il y a actuellement près de 20 gènes identifiés comme mutés et responsables de ces pathologies mais pour une part importante des patients il n’y a pas de diagnostic étiologique. Nous avons identifié quatre familles avec des patients présentant à la naissance des troubles du système nerveux autonome touchant la respiration et la déglutition, suivis d’une quasi absence de développement moteur et cognitif. L’IRM cérébrale de ces patients a identifié une hypoplasie précoce du cervelet éventuellement associé à une hypoplasie du tronc. Les examens anatomo-pathologiques de fœtus issus de deux familles ont révélé une atteinte du cervelet et du pont de type HPC, associé à des anomalies du bulbe rachidien dont une hypoplasie majeure du noyau de l’olive inférieure.

L’analyse de ces familles par séquençage d’exome entier a mis en évidence des mutations récessives du gène PRDM13. Celui-ci code un répresseur de la chromatine essentiel pour la spécification de sous-types neuronaux dans la rétine et la moelle épinière de souris mais pour lequel un rôle dans le développement cérébral n'avait, jusqu'à présent, jamais été mis en évidence. L’exploitation de données d’expression par séquençage d’ARN en cellule unique et par la réalisation d’hybridation in situ chez l’homme a permis de montrer que PRDM13 est exprimé fortement durant une période courte de développement (autour de 8 semaines post-conception) dans la zone germinative ventriculaire cérébelleuse qui donne naissance aux neurones GABAergiques. Nous avons ensuite modélisé la perte de fonction de ce gène chez le poisson-zèbre. Dans cet organisme, prdm13 présente un territoire d’expression comparable à ce qui est observé chez l’homme, au niveau du rhombencéphale. Nous avons montré que le poisson mutant pour prdm13 présente aux stades larvaires une réduction du nombre de cellules de Purkinje et une perte de sous-populations neuronales spécifiques dans le tronc cérébral, plus particulièrement une absence totale du noyau de l’olive inférieure.  L'ensemble de ces données démontre l’implication d’un nouveau gène, PRDM13, dans la mise en place du cervelet et du tronc cérébral et dont les mutations bi-alléliques causent une nouvelle forme d’hypoplasie pontocérébelleuse.


Marion COOLEN, Nami ALTIN, Karthyayani RAJAMANI, Eva PEREIRA, Karine SIQUIER-PERNET, Maria Emilia PUIG-LOMBARDI, Giulia BARCIA, Aurore POULIET, Antonio RAUSELL, Féréchté RAZAVI, Patrick NITSCHKÉ, Marianne YVERT, Annie LAQUERRIÈRE, Nathalie BODDAERT, Antoinette GELOT, Marine LEGENDRE, Lydie BURGLEN, Sebastien MOUTTON, Vincent CANTAGREL (Paris)
16:35 - 16:42 #28622 - SF06 Variations bi-alléliques de BRAT1 : étude du spectre phénotypique et des corrélations phénotype-génotype à partir de 56 nouveaux cas.
SF06 Variations bi-alléliques de BRAT1 : étude du spectre phénotypique et des corrélations phénotype-génotype à partir de 56 nouveaux cas.

Les variations bi-alléliques de BRAT1 ont initialement été décrites par Puffenberger et al en 2012 chez des patients présentant un tableau d’encéphalopathie épileptique avec rigidité. En 2015, Hanes et al ont rapporté des variations récessives de ce gène chez des patients présentant un retard de développement psychomoteur et une atrophie cérébelleuse, avec ou sans épilepsie. Depuis, 40 patients issus de 29 familles ont été rapportés dans la littérature. Nous décrivons ici les données cliniques et moléculaires de 56 nouveaux patients. La revue de la littérature et l’étude de notre cohorte nous ont permis de constituer une grande série de 96 patients et d’identifier des corrélations phénotype-génotype.

L’analyse des données de notre cohorte a montré la présence de signes prénataux chez 16% des patients (8/49). Une microcéphalie est observée dans 56% des cas (25/45) et celle-ci est congénitale dans 12% des cas (6/49). Une hypotonie axiale est retrouvée chez 63% des patients (31/49) et une hypertonie des membres ou une spasticité dans 55% des cas (30/55). Tous les patients présentent une déficience intellectuelle, sauf un, dont le QI est considéré comme limite. Aucune acquisition psychomotrice n’a été possible pour environ la moitié des patients (25/54 ; 46%). Pour ceux ayant acquis la marche (24/52 ; 46%), celle-ci est ataxique dans 75% des cas (18/24). Une épilepsie est retrouvée chez plus de la moitié des patients (30/56, 54%), avec un âge moyen d'apparition inférieur à un an de vie (311 jours), s’étendant de la période prénatale jusqu’à l’âge de 13 ans. Dans la majorité des cas, cette épilepsie est pharmaco-résistante (25/30; 83%). L’imagerie cérébrale retrouve une atrophie cérébrale dans un peu moins d’un tiers des cas (15/52 ; 29 %) et une atrophie cérébelleuse chez plus de 2/3 des patients (36/52 ; 69 %). Vingt-trois patients de notre cohorte sont décédés (41%), dont 20 avant l'âge de 18 mois (36%).

Au total, le phénotype de nos patients apparait moins sévère que celui des patients décrits dans la littérature. Ceci semble dû, au moins en partie, à la sous-représentation des variations tronquantes dans notre cohorte. L’étude des corrélations phénotype-génotype de l’ensemble des 96 patients montre en effet que les variations bi-alléliques de BRAT1 sont associées à un spectre phénotypique large dont l’extrémité la plus sévère, observée chez les patients avec deux variations tronquantes, est associée à une déficience intellectuelle profonde, une épilepsie pharmaco-résistante, une atrophie cérébrale et un décès précoce. À l'autre extrémité du spectre, chez les patients présentant au moins une variation faux-sens, on observe un phénotype plus modéré comprenant une déficience intellectuelle légère, une atrophie cérébelleuse et  une ataxie.


Camille ENGEL (Besançon), Stéphanie VALENCE, Geoffroy DELPLANCQ, Emanuele AGOLINI, Fowzan Sami ALKURAYA, Valentina BAGLIONI, Irene BAGNASCO, Enrico Silvio BERTINI, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Ange-Line BRUEL, Alfredo BRUSCO, Christelle CABROL, Jong-Hee CHAE, Murim CHOI, Maria Roberta CILIO, Marie-Coralie CORNET, Christine COUBES, Olivier DANHAIVE, Valérie DELAGUE, Marilena Carmela DI GIACOMO, Martine DOCO-FENZY, Harmut ENGELS, Marion GÉRARD, Joseph GLEESON, Joanna GOFFENEY, Frederike L. HARMS, Henry HOULDEN, Michele IACOMINO, Rauan KAIYRZHANOV, Soo Yeon KIM, Dror KRAUS, Paul KUENTZ, Kerstin KUTSCHE, Damien LEDERER, Lauren MASSINGHAM, Reza MAROOFIAN, Cyril MIGNOT, Déborah MORRIS-ROSENDAHL, Lakshmi NAGARAJAN, Sylvie ODENT, Jennifer NEIL PARTLOW, Laurent PASQUIER, Lynette PENNEY, Gianluca PICCOLO, Christophe PHILIPPE, Cathryn POULTON, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Christelle ROUGEOT, Vincenzo SALPIETRO, Ingrid SCHEFFER, Rachel STRAUSSBERG, Siddharth SRIVASTAVA, Vincenzo SALPIETRO, Pasquale STRIANO, Enza Maria VALENTE, Lionel VAN MALDERGEM, Perrine VENOT, Laurent VILLARD, Matias WAGNER, Maha S. ZAKI, Federico ZARA, Lydie BURGLEN, Juliette PIARD
Grand Auditorium

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B36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

Modérateurs : Annick TOUTAIN (PU-PH) (Tours), Alain VERLOES (Responsable UF Génétique Médicale) (Paris)
16:00 - 16:07 #27873 - SF07 Les variations perte de fonction du gène YWHAE sont responsables d’une maladie du neurodéveloppement avec malformations cérébrales.
SF07 Les variations perte de fonction du gène YWHAE sont responsables d’une maladie du neurodéveloppement avec malformations cérébrales.

Introduction

Le syndrome de Miller-Dieker est causé par une délétion de plusieurs gènes sur le chromosome 17p13.3, impliquant notamment PAFAH1B1 (anciennement LIS1) et YWHAE, et caractérisé par une lissencéphalie, une microcéphalie, une épilepsie et des particularités morphologiques. La délétion de PAFAH1B1 est responsable de la lissencéphalie, tandis que la délétion de YWHAE augmente la sévérité de la symptomatologie chez ces patients. Depuis lors, plusieurs patients porteurs de délétions 17p13.3, impliquant notamment YWHAE, ont été décrits avec un retard de développement et des malformations cérébrales. À ce jour, aucune variation perte de fonction spécifique de YWHAE n’a été décrite et le gène n’est pas encore rapporté comme étant clairement morbide.

Méthodes

Par le biais de différents réseaux de partage de données (GeneMatcher, Decipher, AnDDI-Rares et ITHACA), nous avons collecté 11 patients avec une variation hétérozygote perte de fonction de YWHAE (3 variations d’épissage de novo et 8 délétions, dont 4 non publiées, de moins de 1 Mb incluant YWHAE et n’incluant pas PAFAH1B1). Pour étudier l’impact spécifique de la perte de fonction de YWHAE dans le phénotype neurodéveloppemental du syndrome de Miller-Dieker, nous avons généré un knockout complet de Ywhae chez la souris et évalué les paramètres neuroanatomiques en conjonction avec des techniques d’imagerie cérébrale 3D chez des embryons de souris et des adultes.

Résultats

Les manifestations les plus fréquentes étaient un retard de développement ou une déficience intellectuelle (10/10, 100%), un retard ou des troubles du langage (11/11, 100%), une hypotonie (4/8, 50 %), des crises d’épilepsie (7/10, 70%), des troubles du comportement (6/8, 75%), des anomalies des mains (5/9, 56%) et des malformations cérébrales (6/8, 75%) (anomalies corticales, hypoplasie du corps calleux, retard de myélinisation et dilatation ventriculaire). Les patients porteurs de variations ponctuelles dans YWHAE n’avaient pas de particularités morphologiques faciales contrairement à certains patients porteurs de délétions de plusieurs gènes. L’étude des souris Ywhae-/- a mis en évidence des troubles du comportement et de nombreuses malformations cérébrales sévères (amincissement cortical, dysgénésie du corps calleux et hydrocéphalie) similaires à celles observées chez l’homme.

Conclusion

Ces études confirment que les variations perte de fonction de YWHAE sont responsables d’un rare trouble du neurodéveloppement associé à des anomalies cérébrales chez l’homme et la souris.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Stephan C. COLLINS, Ange-Line BRUEL, Anna MIKHALEVA, Christel WAGNER, Valerie E VANCOLLIE, Martin CHEVARIN, Mathys WEBER, Carlos PRADA, María PALOMARES-BRALO, Alexis OVERS, Fernando SANTOS-SIMARRO, Marta PACIO-MÍGUEZ, Tiffany BUSA, Eric LEGIUS, Carlos A. BACINO, Jill A. ROSENFELD, Maria Antonietta MENCARELLI, Ilaria LONGO, Alessandra RENIERI, Frédéric TRAN MAU-THEM, Antonio VITOBELLO, Yannis DUFFOURD, Christopher J. LELLIOTT, Christel THAUVIN-ROBINET, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Binnaz YALCIN
16:07 - 16:14 #27920 - SF08 SOX10 : histoire d’un continuum phénotypique.
SF08 SOX10 : histoire d’un continuum phénotypique.

SOX10 appartient au groupe E de la famille des facteurs de transcription SOX définis par leur domaine HMG qui s’apparent à celui de SRY. Ces facteurs sont connus pour avoir un rôle dans la spécification cellulaires et la différenciation en plusieurs lignages.

SOX10 a été initialement caractérisé comme un facteur de transcription des cellules de Schwann. Mais son implication immédiate, dès 1998, dans le syndrome de Waardenburg de type 4 qui associe anomalies de pigmentation, surdité et maladie de Hirschsprung, a conduit à le considérer dès le début de son histoire comme un acteur majeur du développement de la crête neurale. Depuis, des mutations hétérozygotes ont été rapportées également dans le syndrome de Waardenburg de type 2 ; dans une forme neurologique appelée PCWH ; dans la pseudo-obstruction intestinale chronique ; dans le syndrome de Kallmann. Ces pathologies sont liées au role régulateur de transcription de SOX10 dans plusieurs dérivés de la crête neurale (mélanocytes, système nerveux entérique, cellules de Schwann, cellules olfactives engainantes) et quelques autres tissus (oreille interne, oligodendrocytes). Toutefois, la plupart des signes considérés ne sont pas exclusifs et l’ensemble doit être pensé comme un continuum phénotypique. Les évolutions des pratiques de diagnostic génétique font que les variants de SOX10 sont maintenant également trouvés dans des contextes atypiques comme par exemple « surdité isolée » ou « anomalies du neurodéveloppement », ce qui les rend plus difficiles à valider en l’absence d’un phénotype immédiatement évocateur.

Nous rapportons une cinquantaine de cas indépendant collectés au fil des années, la plupart étant de nouvelles mutations, et faisons le bilan de la bibliographie afin de discuter les mécanismes moléculaires, les arguments de pathogénicité, les arguments cliniques à rechercher et les bases de la variabilité phénotypique.


Véronique PINGAULT (Paris), William BERTANI TORRES, Judite DE OLIVEIRA, Lisa ZERAD, Nadège BONDURAND
16:14 - 16:21 #28118 - SF09 Biallelic loss of function variants in PRMT9 delineate a novel syndromic form of intellectual disability associated with cilia dysfunction.
SF09 Biallelic loss of function variants in PRMT9 delineate a novel syndromic form of intellectual disability associated with cilia dysfunction.

Affecting at least 1% of the population worldwide, intellectual disability (ID) is a major healthcare problem. Sequencing efforts such as trio whole exome (WES) or whole genome analysis have revealed pathogenic variants in many genes ( > 1000 genes) with heterogeneous conditions and transmission mode (X-linked, autosomal dominant or recessive). Autosomal recessive ID (ARID) genes accounts for a small fraction of patients in outbred population. However, it is estimated that the number of ARID genes will especially continue to rise in the coming years

In this study we propose the PRMT9 gene as a novel cause for syndromic form of ID characterized by a global developmental delay, a mild to severe ID, autism features, epilepsy and hypotonia.

The protein arginine methyltransferases 9 (PRMT9) is a type II arginine methyltransferase known to generate monomethylarginines and symmetric dimethylarginines. PRMT9 is thought to play an important role in alternative splicing through interactions with the splicing factor SF3B2 (SAP145) and by modulating small nuclear ribonucleoprotein maturation.

Thanks to WES and data sharing using GeneMatcher, we assemble a cohort of 25 individuals (19 families) carrying biallelic PRMT9 pathogenic variants. The cohort is composed of 15 males and 10 families were of consanguineous marriage. The mutation spectrum encompass 22 different variants including 9 frameshifting indels, 6 nonsenses, 5 missenses, one canonical splice site and one copy number variant.

In order to better understand the functional consequences of some of the identified sequence variants, we determined the human PRMT9 3D structure. This is the last unknown human PRMT protein structure. More precise prediction could be performed for the few identified missenses in our cohort.

Patients’ fibroblasts assays revealed dysfunctional methylation and anomalies in the length of the primary cilia. Transcriptomic analysis showed that genes associated with ID, autism and cilia were differentially expressed in the studied patients’ fibroblasts suggesting a novel role of PRMT9 during ciliogenesis. In addition a prmt9 knockout zebrafish model presented a defective social preference in adult animals.


Ariane KRÖLL-HERMI, Corinne STOETZEL, Christelle ETARD, Levon HALABELIAN, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Kimia KAHRIZI, Peyman JAMALI, Véronique GEOFFROY, Megana PRASAD, Laurie RUCH, Amandine GIRARD, Hong ZENG, Damien PLASSARD, Céline KEIME, Francesca MATTIOLI, Amélie PITON, Atsushi FUJITA, Naomichi MATSUMOTO, Matheus CASTRO AUGUSTO ARAUJO, Chong KIM, Lyse RUAUD, Jonathan LEVY, Blandine DOZIÈRES, Anne-Claude TABET, Ingrid WENTZENSEN, Teresa SANTIAGO-SIM, Roman YUSUPOV, Kristian TVETEN, Marie SMELAND, Ebba ALKHUNAIZI, Chumei LI, Saskia WORTMAN, René FEICHTINGER, Johannes MAYR, Herman GONORAZKY, Gan JING, Xiaodong WANG, Jia WANG, Tatjana BIERHALS, Lev GRINSTEIN, Theresia HERGET, Anna RUIZ, Elisabeth GABAU, Antje KAMPMEIER, Alma KUECHLER, Konrad PLATZER, Rami ABOU JAMRA, Audrey WOERNER, Michaela IDLEBURG, Susanne KIRCHER, Franco LACCONE, Tasic VELIBOR, Caroline Maria KOLVENBACH, Friedhelm HILDEBRANDT, Thomas COURTIN, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Sandra WHALEN, Joelle ROUME, Mariëtte HOFFER, Arie VAN HAERINGEN, Hossein NAJMABADI, Cheryl ARROWSMITH, Uwe STRÄHLE, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER (Strasbourg)
16:21 - 16:28 #28617 - SF10 Caractérisation phénotypique, variabilité intrafamiliale, spectre moléculaire : apport de la cohorte française de 20 patients mutés BRPF1.
SF10 Caractérisation phénotypique, variabilité intrafamiliale, spectre moléculaire : apport de la cohorte française de 20 patients mutés BRPF1.

Des variations pathogènes à l’état hétérozygote de survenue de novo dans le gène régulateur de la chromatine BRPF1 (bromodomain- and plant homeodomain-linked zinc finger-containing protein 1, OMIM *602410) ont été identifiées comme une cause de l’IDDFP : Developmental Disorder With Dysmorphic Facies And Ptosis (OMIM 617333) (Mattioli et al., 2017; Yan et al., 2017). Il s’agit d’une déficience intellectuelle syndromique rare de transmission autosomique dominante d’expressivité variable caractérisée par un retard de développement, une déficience intellectuelle, des troubles du langage, des anomalies ophtalmologiques et des traits dysmorphiques du visage, tels que le ptosis et le blépharophimosis. A ce jour, les données cliniques de 27 patients sont publiées dans la littérature (Deciphering Developmental Disorders, 2017 ; Mattioli et al., 2017 ; Yan et al., 2017 ; Demeulenaere et al., 2019 ; Pode‐Shakked et al., 2019 ; Naseer et al., 2020) mais sans description phénotypique précise particulièrement du profil cognitif. Suite à un appel national à collaboration, nous rapportons la cohorte française de 20 patients atteints avec confirmation moléculaire permettant une description phénotypique affinée notamment avec la caractérisation de signes non décrits et du spectre moléculaire, ainsi qu’une revue de la littérature. Des particularités des phanères (synophris 7/20, hypertrichose 6/20, anomalies des cheveux 6/20, finger pads 6/20) et des troubles du sommeil (6/20), non décrits, sont retrouvées dans environ 30 %. Chez 35% des patients, un RGO est identifié (7/20 vs 0/27) sans les difficultés alimentaires décrites de princeps (1/20, 5/27). 60% des patients de la cohorte présentent des troubles du comportement variables alors qu’ils sont retrouvés sporadiquement dans la méta-analyse (2/27). La microcéphalie est un signe moins fréquent qu’attendu (0/20 vs 8/27). Par ailleurs, dans notre cohorte, 35 % des patients n’ont pas de déficience intellectuelle (vs 37% méta-analyse), 50% ont une déficience intellectuelle modérée et 15% ont une déficience intellectuelle légère. Une évaluation psychométrique réalisée chez 8 patients a permis de montrer en sus d’une variabilité intrafamiliale physique, une variabilité intrafamiliale cognitive.


Cindy COLSON (LILLE), Justine LE CUNFF, Elise BOUCHER BRISCHOUX, Odile BOUTE, Benedicte DUBAN-BEDU, Laurence FAIVRE, Jonathan LEVY, Olivier PATAT, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Christel THAUVIN, Clémence VANLERBERGHE, Catherine VINCENT-DELORME, Thomas SMOL
16:28 - 16:35 #28676 - SF11 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte nationale de 16 patients porteurs d’une variation dans le gène PUF60.
SF11 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte nationale de 16 patients porteurs d’une variation dans le gène PUF60.

Le syndrome de Verheij est un syndrome rare de transmission autosomique dominante associant une déficience intellectuelle, un retard de croissance, des malformations squelettiques (principalement vertébrales), un colobome, des anomalies rénales ou encore une dysmorphie. Initialement en lien avec des microdélétions 8q24.3, l’étude de la région minimale critique a permis l’identification du gène PUF60 comme causal (Dauber et al. 2013, AM J Hum Genet), confirmé par la description de variations pertes de fonction en exome ou panels ciblés (El Chehadeh et al. 2017, Eur J Hum Genet, Moccia et al., 2018, Genet Med). Une cohorte nationale de 16 patients a été constituée afin d’affiner le phénotype et le spectre malformatif du syndrome. Cette cohorte comprend des patients recrutés grâce à un appel à collaboration national via la filière de santé AnDDI-Rares.

Sur ces 16 patients (sexe ratio 1:1), 14 présentent une déficience intellectuelle, dont 57% légère, 29% modérée et 14% sévère. Les 2 patients restant n’avaient pas de déficience intellectuelle objectivée, mais ont présenté des difficultés scolaires. Il est également intéressant de noter que 7 patients ont présenté des troubles alimentaires, principalement un reflux gastro-oesophagien, et 3 patients présentent des malformations des membres, touchant principalement le rayon radial. Par ailleurs, 62,5% ont une malformation vertébrale, touchant les vertèbres cervicales et thoraciques hautes. D’un point de vue moléculaire, 11 patients étaient porteurs d’une variation provoquant l’apparition d’un codon stop prématuré, 2 d’une variation faux-sens et 3 d’une variation récurrente correspondant à une délétion en phase de 3 acides aminés.

Une corrélation génotype-phénotype a pu être notée. Les 3 patients porteurs de la délétion en phase récurrente présentent une déficience intellectuelle légère, une malformation cardiaque et un palais ogival ou une luette bifide. Les variations faux-sens ne sont pas associées à un phénotype spécifique, puisque parmi les deux patients, l’un présente une déficience intellectuelle sévère mais peu de malformations tandis que l’autre présente une déficience intellectuelle modérée et des malformations vertébrales, génitales et des extrémités.

En conclusion, nous décrivons une cohorte de patients porteurs de variants pathogènes de PUF60, permettant d’affiner la connaissance du spectre phénotypique associé et de dégager une probable corrélation génotype-phénotype. Des analyses fonctionnelles sont en cours pour identifier des pistes expliquant la variabilité d’expression clinique.


Perrine BRUNELLE (Lille), Anne-Sophie JOURDAIN, Melanie RAMA, Geneviève BAUJAT, Anne DIEUX, Odile BOUTE, Roseline CAUMES, Valérie CORMIER-DAIRE, Laurence FAIVRE, Jamal GHOUMID, Marion GERARD, Alice GOLDENBERG, Bertrand ISIDOR, Sylvie JORIOT, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Florence RICCARDI, Khaoula ZAAFRANE KHACHNAOUI, Florence PETIT, Fabienne ESCANDE, Thomas SMOL
16:35 - 16:42 #28704 - SF12 SF1, un nouveau gène de troubles du neurodéveloppement syndromique?
SF12 SF1, un nouveau gène de troubles du neurodéveloppement syndromique?

Le gène SF1 code pour un facteur d’épissage (Splicing Factor 1) nucléaire impliqué dans la formation du splicéosome. Son rôle en physiologie est encore mal compris et son implication en pathologie humaine n’a pas encore été décrite. Nous rapportons ici le syndrome neurodéveloppemental associé à des variants hétérozygotes du gène SF1.

Nous avons rassemblé une cohorte de 17 patients (cas index) porteurs de variants dans SF1 à travers diverses collaborations internationales (GeneMatcher, ERN-ITHACA). Ces patients ont été identifiés au décours d’une consultation de neuropédiatrie/génétique après séquençage d’exome ou de génome. Nous avons également prélevés PAXgene et tissu cutané pour culture de fibroblastes (4 patients) afin de réaliser des études transcriptomiques et identifier des motifs d’expression spécifiques à ces patients.

Ces individus partagent des troubles du neurodéveloppement incluant une déficience intellectuelle modérée à légère (17/17), des troubles du spectre autistique (4/17) et des troubles du comportement à type d’hyperactivité (2/17). Il est également rapporté des troubles de l’oralité (4/17). Sur le plan morphologique, une énophtalmie et une hypoplasie malaire a été identifiées chez certains patients (4/17) ainsi qu’une hypoplasie inguéale (4/17) sous réserve du caractère partiel des données cliniques disponibles.

Sur le plan moléculaire, les variants retrouvés sont principalement des variants tronquants (10/17), et des variants faux sens (7/17). Nous pensons que la perte de fonction de SF1 est le mode d’action privilégié des variants retrouvés, la majorité des variants faux-sens retrouvés sont situé dans des régions hautement conservées du gène induisant certainement une diminution de la stabilité de SF1 et probablement une altération de son activité.

Des études fonctionnelles sont en cours afin de déterminer l’impact sur la régulation de la transcription des variants tronquants de SF1 par études transcriptomiques. Nous prévoyons une analyse d’expression différentielle permettant de comparer le niveau d’expression de gènes ou transcrits de patients contre celui de contrôles pour identifier d’éventuelles différences significatives indiquant une sous- ou sur-expression (DESeq2, Sleuth).

Ces premiers éléments cliniques et biologiques nous permettent de considérer le gène SF1 comme un nouveau gène candidat de troubles du neurodéveloppement. Des études complémentaires, en cours de réalisation, sont nécessaires afin de démontrer son implication réelle dans des anomalies de régulation de la transcription.


Thomas COURTIN (Paris), Julien BURATTI, Élodie LEJEUNE, Maria PALOMARES, Alban LERMINE, François LECOQUIERRE, Chloe QUELIN, Mathilde NIZON, Maryann THOMAS, Sallyann LYNCH, Celia VAN DER MERWE, Pascal JOSET, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Cyril MIGNOT
Carré

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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C36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 03

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Laura MARY (AHU) (RENNES)
16:00 - 16:07 #27705 - SF13 AnnotSV et knotAnnotSV : Annotation, priorisation et analyse des variations structurales humaines.
SF13 AnnotSV et knotAnnotSV : Annotation, priorisation et analyse des variations structurales humaines.

Avec l’augmentation des analyses pangénomiques, la génétique humaine génère une grande quantité de données génomiques pour chaque patient. Ces données, issues principalement de techniques de séquençage de nouvelle génération et de puces à ADN, comprennent des millions de petites variations (SNV/Indel) mais aussi des milliers de variations structurales (SV). Afin de faciliter l’identification des SV pathogènes humains, nous avons développé un outil dédié à leur annotation et leur priorisation (AnnotSV [1-2]) ainsi qu’un serveur web pour leur visualisation et leur interprétation (knotAnnotSV [2]). Ces deux outils sont disponibles à l'adresse suivante : https://www.lbgi.fr/AnnotSV/.

 

Premièrement, les sources de données disponibles dans notre moteur d'annotation (AnnotSV) sont multiples : elles comprennent entre autres des bases de données telles que DGV, gnomAD, DDD, OMIM, les scores d'intolérance et les SV pathogènes connus (dbVar, ClinVar et ClinGen) mais également des annotations propres aux utilisateurs (par exemple, les SNV/indel du patient, les gènes candidats...). Deuxièmement, une analyse phénotypique basée sur l’ontologie des phénotypes humains (Human Phenotype Ontology [3]) et sur le module Exomiser [4] a été mise en œuvre pour intégrer la clinique du patient lors de l’analyse. Troisièmement, une classification automatique des SV basée sur les dernières recommandations de l'ACMG [5] a été implémentée.

 

Les résultats obtenus par l’annotation et la priorisation peuvent être soit visualisés dynamiquement avec knotAnnotSV dans un navigateur web, soit intégrés dans un pipeline bioinformatique sous forme de fichier séparé par des tabulations. Le serveur web affiche les SV annotés de manière interactive, avec des popups, des options de filtrage et un code couleur spécifique pour mettre en évidence les SV pathogènes. Des hyperliens pointent directement vers le genome browser de l’UCSC ou d'autres bases de données publiques. L'annotation est disponible pour le SV dans son ensemble (mode « compact ») ou divisée pour chaque gène chevauchant (mode « extended »).

 

Notre moteur d'annotation (AnnotSV), mis à jour en v3.0, bénéficie d’une attention grandissante par la communauté internationale avec 70 citations à ce jour (2 en 2018, 8 en 2019, 17 en 2020 et déjà 43 en août 2021).

 

Nous sommes persuadés que cette nouvelle version ainsi que son application web sont d’un grand intérêt notamment pour les généticiens et les bioinformaticiens. En effet, l’intégration continue de nouvelles données omiques dans AnnotSV (éléments régulateurs, éléments répétés, domaines topologiques associés, réseaux d’interaction protéine-proteine, miRNA…) permettra sans aucun doute de mettre en évidence de nouveaux mécanismes à l’origine de maladies génétiques.

 

References:

1. Geoffroy et al (Bioinformatics, 2018)

2. Geoffroy, Guignard et al (NAR, 2021)

3. Köhler et al (NAR, 2019)

4. Smedley et al (Nature Protocoles, 2015)

5. Riggs et al (Genetics in Medicine, 2020)


Véronique GEOFFROY (Brest), Thomas GUIGNARD, Arnaud KRESS, Jean-Baptiste GAILLARD, Audrey SCHALK, Vincent GATINOIS, Hélène DOLLFUS, Sophie SCHEIDECKER, Jean MULLER
16:07 - 16:14 #27902 - SF14 Rôle majeur du gène DLL1 dans le phénotype associé aux délétions 6qter : une étude multicentrique rétrospective incluant 22 fœtus.
SF14 Rôle majeur du gène DLL1 dans le phénotype associé aux délétions 6qter : une étude multicentrique rétrospective incluant 22 fœtus.

La délétion terminale du bras long du chromosome 6 correspond à un syndrome neuro-développemental rare d’expressivité variable comprenant un retard de développement, une déficience intellectuelle légère à modérée, des anomalies cérébrales, une dysmorphie faciale, une microcéphalie postnatale, une épilepsie, une hypotonie ainsi que des anomalies vertébrales, cardiaques, rénales et rétiniennes. Les délétions 6q terminales rapportées à ce jour sont de taille extrêmement variable, allant de quelques centaines de kilobases à plusieurs mégabases. Récemment, des patients porteurs de variants hétérozygotes dans le gène DLL1, situé dans la région 6q27, et présentant un phénotype qui s’apparente aux patients avec une délétion 6qter ont été rapportés. L’objectif de notre étude consiste à préciser le phénotype des fœtus porteurs d’une délétion 6q terminale diagnostiquée en anténatal ainsi que d’établir une corrélation phénotype-génotype. Par l’intermédiaire du réseau AchroPuce (https://acpa-achropuce.com), 22 foetus porteurs d’une délétion 6q terminale isolée, issus de 11 Centres de Diagnostic Prénatal, ont été inclus. Les données génétiques, d’imagerie (échographie et IRM) et foetopathologiques ont été analysées et comparées à celles des 14 fœtus précédemment rapportés dans la littérature. Ces données ont également été confrontées avec celles des patients porteurs d’une délétion 6qter ou d’un variant pathogène dans le gène DLL1. Chez tous les fœtus de notre série, le diagnostic a été posé suite à la détection d’anomalies cérébrales à l’échographie fœtale. Les délétions 6q terminales détectées étaient de taille variable allant de 371 kb à 12,8 Mb. Les anomalies les plus fréquemment observées étaient l’hypoplasie cérébelleuse, la ventriculomégalie, les anomalies du corps calleux et les troubles de la giration. Occasionnellement, des hétérotopies cérébrales, une sténose de l’aqueduc, des malformations vertébrales, une dysmorphie et des anomalies rénales ont été observées. Nous rapportons ici la première série de fœtus porteurs d’une délétion 6q terminale diagnostiquée en anténatal. Cette étude confirme la fréquence élevée de la ventriculomégalie et de l’hypoplasie cérébelleuse mais révèle également la présence d’autres anomalies cérébrales peu décrites en anténatal comme les anomalies du corps calleux, les troubles de la giration et les anomalies de la migration neuronale. La région critique responsable du syndrome se situe au niveau de la région 6qter et inclut le gène DLL1, connu pour être impliqué dans la voie Notch. Notre étude souligne que l’haploinsuffisance de ce gène joue un rôle majeur dans la survenue du phénotype cérébral et osseux des fœtus porteurs d’une délétion 6qter. Une analyse particulière de la région 6qter, par ACPA et/ou par séquençage d’exome, ciblant le gène DLL1, doit être réalisée lors de la détection de signes d’appel échographiques évocateurs de ce syndrome.


Marion LESIEUR-SEBELLIN (Paris), Marianne TILL, Philippe KHAU VAN KIEN, Bérénice HERVE, Nicolas BOURGON, Céline DUPONT, Anne-Claude TABET, Mathilde BARROIS, Aurélie COUSSEMENT, Laurence LOEUILLET, Eve MOUSTY, Vuthy EA, Amal EL ASSAL, Laura MARY, Sylvie JAILLARD, Claire BENETEAU, Claudine LEVAILLANT, Charles COUTTON, Françoise DEVILLARD, Carole GOUMY, Amélie DELABAERE, Sylvia REDON, Yves LAURENT, Audrey LAMOUROUX, Jérôme MASSARDIER, Catherine TURLEAU, Damien SANLAVILLE, Vincent CANTAGREL, Pascale SONIGO, François VIALARD, Laurent J. SALOMON, Valérie MALAN
16:14 - 16:21 #27916 - SF15 ACUITEE : outil de génération de résumés phénotypiques standardisés à partir de comptes-rendus de génétique clinique.
SF15 ACUITEE : outil de génération de résumés phénotypiques standardisés à partir de comptes-rendus de génétique clinique.

Contexte

De nouvelles approches de phénotypage profond, exploitant d’avantage l'association génotype-phénotype, ont montré une amélioration certaine du diagnostic génétique. Ces approches s'appuient sur l'ontologie du phénotype humain (HPO, Human Phenotype Ontology), qui sert à la fois de terminologie normalisée et de base de connaissances sur les associations génotypes-phénotypes. Cependant, les stratégies de phénotypage profond restent peu utilisées en routine clinique, particulièrement en raison d’absence de résumés phénotypiques standardisés. En effet, les comptes rendus (CRs) de consultation de génétique médicale n’intègrent pas les termes HPO de façon systématique. Des méthodes d'extraction des termes HPO à partir des CRs se développent mais restent largement perfectibles et leur usage est très majoritairement limité à la langue anglaise.

Description de l’outil

Dans ce travail, nous présentons ACUITEE (Annotation and Curation User Interface for Terms Extraction Engines), un système d’annotation semi-automatisé, programmé en python et déployable sur tous les supports. ACUITEE fournit une interface graphique permettant d’extraire les termes HPO à partir des CR bruts en langue française. L’outil intègre plusieurs moteurs de traitement du langage naturel (MTLN) permettant la détection et l’extraction automatique des termes HPO. La curation des termes HPO proposés et l’ajout des termes HPO manquants sont assurés par un système d’annotation manuelle incluant plusieurs fonctionnalités facilitant le processus. Il en résulte un retour humain précieux qui peut être utilisé pour analyser et améliorer les performances des moteurs d’extraction.

ACUITEE fournit un moyen rapide et efficace de construire des ensembles de comptes-rendus de génétique avec leur résumé HPO associés, standardisés et curés. De telles données de qualité seront essentielles pour construire des moteurs d’extraction basés sur des méthodes d'apprentissage automatique. La génération d’un résumé HPO standardisé facilite l’intégration de ces données phénotypiques dans des pipelines d’analyses diagnostiques. 

L’outil ACUITEE a par ailleurs l’avantage d’être modulable. Il est possible d’interfacer d’autres MTLN, de manière à comparer et tester différents modèles. Cette modularité permet également d’intégrer d’autres ontologies, élargissant les termes cibles et les domaines d’application.

Perspectives

Libre d’accès, l’outil ACUITEE est utilisé dans le cadre du projet HUGO-RD (Le chaînon manquant entre la génétique clinique et moléculaire : les entrepôts de données ouvrent la voie à un diagnostic innovant des maladies rares), financé par le GCS HUGO. Ce projet vise à permettre l’intégration et l’exploitation systématique des données issues des consultations de génétique clinique afin d’améliorer le diagnostic par séquençage haut-débit. A termes, ce projet permettra de réduire l’errance diagnostique et d’améliorer la prise en charge des patients atteints des maladies génétiques.


Majd SALEH, Paul ROLLIER (Rennes), Stéphane PAQUELET, Thomas LABBÉ, Jean-Michel SANNER, Olivier DAMERON, Marc CUGGIA, Guillaume BOUZILLE, Youenn MEREL, Stéphane BEZIEAU, Dominique BONNEAU, Sylvie ODENT, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRE, Artem KIM, Marie DE TAYRAC
16:21 - 16:28 #28206 - SF16 Investigations génétiques d’une large cohorte de patients infertiles avec globozoospermie : vers l'indication d'une nouvelle stratégie de diagnostic génétique et de nouveaux gènes candidats.
SF16 Investigations génétiques d’une large cohorte de patients infertiles avec globozoospermie : vers l'indication d'une nouvelle stratégie de diagnostic génétique et de nouveaux gènes candidats.

La globozoospermie est un phénotype rare d'infertilité masculine primaire induisant la production d'une proportion importante de spermatozoïdes à tête ronde sans acrosome. Les anomalies du gène DPY19L2 représentent 50 à 70 % de tous les cas et la délétion du gène entier est le principal défaut génétique identifié chez les sujets testés. Nous présentons ici une large cohorte de patients atteints de globozoospermie comprenant 69 sujets avec 20 à 100 % de spermatozoïdes à tête ronde. Des analyses génétiques comprenant une technique d’Amplification Multiplex de Sondes Ligation-dépendantes (MLPA), le séquençage Sanger et le séquençage exomique ont permis d'identifier 25 sujets présentant une délétion homozygote de DPY19L2 (36%) et 14 porteurs d'autres défauts du gène (20%). Au total, 11 variants nucléotidiques délétères ont été identifiés, dont 8 nouveaux variants et 3 déjà publiés. Les patients présentant un taux plus élevé de spermatozoïdes à tête ronde ont plus d’anomalies retrouvées avec une prédominance d'anomalies perte de fonction, ce qui met en évidence une bonne corrélation génotype-phénotype. En revanche, aucune anomalie génétique n'a été identifiée chez les patients porteurs de moins de 50 % de spermatozoïdes à tête ronde, tandis que l'efficacité du diagnostic passe à 77 % pour les patients présentant plus de 50 % de globozoospermie. Neuf autres gènes (PICK1, ZPBP1, SPATA16, CCDC62, C2CD6, CCIN, C7orf61, DNAH17 et GGN) ont été décrits comme étant associés à la globozoospermie chez l’homme, mais les défauts de ces gènes n'ont été identifiés que chez très peu de patients. Il est intéressant de noter que nous avons identifié un patient présentant une nouvelle variation homozygote tronquante de GGN, ce qui confirme l’association de GGN à la globozoospermie. Au vu de ces résultats, nous proposons une nouvelle stratégie diagnostique axée sur les patients présentant au moins 50% de globozoospermie et basée sur une PCR qualitative classique pour détecter la délétion homozygote de DPY19L2. En l'absence de cette dernière, nous recommandons d'effectuer un séquençage de l'exome entier pour rechercher des défauts dans DPY19L2 puis dans les autres gènes candidats.


Tristan CELSE (Réunion, Réunion), Caroline CAZIN, Flore MIETTON, Guillaume MARTINEZ, Nicolas THIERRY-MIEG, Julie BEUROIS, Julien BESSONNAT, Véronique SATRE, Sylviane HENNEBICQ, Christophe ARNOULT, Zine-Eddine KHERRAF, Charles COUTTON, Pierre RAY
16:28 - 16:35 #28519 - SF17 Explorations pan-génomiques de la dysplasie fibromusculaire artérielle confirme son caractère polygénique impliquant des loci génomiques communs avec des maladies cardiovasculaires plus fréquentes.
SF17 Explorations pan-génomiques de la dysplasie fibromusculaire artérielle confirme son caractère polygénique impliquant des loci génomiques communs avec des maladies cardiovasculaires plus fréquentes.

Genetic investigation of fibromuscular dysplasia identifies novel risk loci and shared genetics with common cardiovascular diseases

Fibromuscular dysplasia (FMD) is an arteriopathy that results in stenosis, aneurysms, sometimes dissection of small to medium arteries (e.g., renal and carotid arteries). FMD is a neglected and under-diagnosed condition with an estimated prevalence of 3% in the general population. Early middle-aged women represent ~80% of patients. Diagnosis mostly follows renovascular hypertension, stroke, or acute myocardial infarction of women with few cardiovascular risk factors. We have previously described PHACTR1, a pleiotropic locus for several vascular diseases to associate with FMD. We aimed to more extensively explore the genetic basis of FMD using genome-wide association study (GWAS).

We performed a meta-analysis of six GWAS involving ~6 million genotyped or imputed SNPs from 1556 FMD cases and 7100 controls, all of European ancestry. We replicated the previously identified PHACTR1 locus on Chr6 (SNP rs9349379, OR=1.44, P=5×10-15) and reported three novel and independently associated loci on Chr12: LRP1 (rs11172113, OR=1.34, P=2×10-10), LIMA1 (rs7301566, OR=1.29, P=4×10-9) and ATP2B1 (rs2681492, OR=1.43, P=2×10-8). Using transcriptome-wide association analysis in arteries from GTEx we identified one additional risk locus (SLC24A3). We found an estimate of SNP-based heritability on a liability scale of 0.43 (standard error= 0.14), which confirmed further the polygenic basis of FMD. We functionally annotated associated variants in FMD risk loci using the assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-Seq) peaks generated from arterial primary cells (endothelial and smooth muscle cells) and arterial tissues. We found that FMD associated variants are located in arterial-specific regulatory elements. Target genes are broadly involved in mechanisms related to the actin cytoskeleton biology and intracellular calcium homeostasis, two central mechanisms to vascular contraction. Using linkage disequilibrium score regression, we found global positive genetic correlations between FMD and systolic (rg=0.43, P=2×10-9) and diastolic (rg=0.37, P=1×10-8) blood pressure. FMD also was correlated positively with migraine (rg=0.28, P=8×10-4), intracranial aneurysm (rg=0.36, P=2×10-5), aneurysmal subarachnoid haemorrhage (rg=0.35, P=2×10-4). Interestingly, FMD was negatively correlated with CAD (rg=-0.31, P=5×10-5) and MI (rg=-0.30, P=4×10-4) after adjustment for systolic blood pressure using multi-trait-based conditional and joint analysis (mtCOJO).

In conclusion, we provide a first comprehensive genetic study for FMD, a neglected and women-predominant vascular disease with potentially severe health consequences. Our results describe novel susceptibility loci and support that genetic determinants of FMD are mostly linked to arterial contraction and are shared with more common cardiovascular diseases. 


Takiy BERRANDOU (Paris, Danemark), Adrien GEORGES, Min-Lee YANG, Lu LIU, Ines SAYOUD-SADEG, Stéphanie DEBETTE, Jean-François DELEUZE, Andrzej JANUSZEWICZ, Iftikhar J. KULLO, Michel AZIZI, Xavier JEUNEMAITRE, Alexandre PERSU, Jaso C. KOVACIC, Santhi K. GANESH, Nabila BOUATIA-NAJI
16:35 - 16:42 #28553 - SF18 Apport de la cartographie optique du génome dans l’étude des translocations équilibrées associées à une infertilité masculine.
SF18 Apport de la cartographie optique du génome dans l’étude des translocations équilibrées associées à une infertilité masculine.

Les translocations réciproques apparemment équilibrées sont l'une des causes génétiques les plus fréquentes d'infertilité masculine. Le mécanisme physiopathologique sous-jacent communément admis est un défaut de la méiose masculine mais peu d’études ont été menées dans ce sens. Dans ce travail, nous avons voulu investiguer l’hypothèse de l’altération de l’expression de gènes aux points de cassures, au moins dans certains cas, comme cela a déjà été décrit dans d’autres pathologies constitutionnelles et somatiques.

Les échantillons de sang périphérique de 11 hommes non apparentés présentant une infertilité et porteurs de translocations réciproques apparemment équilibrées identifiées au caryotype, ont été étudiés par cartographie optique du génome (OGM). La technique a été réalisée selon le protocole Bionano sur l’instrument Saphyr® et les résultats ont été analysés par les logiciels Bionano Solve® et Access®. Le contenu génique des points de cassure ainsi que des domaines topologiquement associés (TAD) correspondants a été étudié.

Dix translocations sur onze ont pu être caractérisées par OGM. La seule translocation non détectées est une translocation avec des points de cassure dans l’hétérochromatine du bras long du chromosome Y et l’hétérochromatine du bras long du chromosome 16. L’analyse préliminaire du contenu génique au point de cassure et au niveau des TADs associés a mis en évidence l’interruption d’un gène et la suspicion d’un effet de position sur un autre, tous les deux ayant des rôles dans la spermatogenèse ou la fonction spermatique.

En conclusion, cette étude souligne l’intérêt d'utiliser la cartographie optique du génome par la technologie Bionano pour l'identification et la caractérisation des variations de structure apparemment équilibrées. Ces analyses pourraient permettre d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans les troubles de la reproduction et d’affiner les corrélations génotype-phénotype dans les situations de translocations réciproques associées à ces pathologies.


Faten HSOUMI, Tuomo MANTERE, Yosra LAJMI BAHLOUL, Kornelia NEVELING, Ahmed CHARGUI, Eva PIPIRAS, Aïcha BOUGHALEM, Detlef TROST, Jean-Michel DUPONT, Aziza LEBBAR, Alexander HOISCHEN, Laïla EL KHATTABI (Paris)
16:45 - 16:52 #28318 - SF19 Apport de la consanguinité pour l’identification de variants récessifs rares impliqués dans le diabète chez les individus de la cohorte UK Biobank.
SF19 Apport de la consanguinité pour l’identification de variants récessifs rares impliqués dans le diabète chez les individus de la cohorte UK Biobank.

Depuis plus d’une dizaine d’années, les études d’association pan-génomiques (Genome-Wide Association Studies ; GWAS) ont permis de détecter des associations entre des variants génétiques et des maladies complexes dans des échantillons de population. Leur design expérimental utilise des variants pour la plupart communs dans la population, et les étudie selon un modèle génétique additif. Cependant, il apparaît que la composante génétique de certaines maladies complexes n’est pas encore totalement élucidée ce qui pourrait être dû en partie à la contribution de variants rares avec des effets récessifs, non détectés par les GWAS classiques. Le diabète est une de ces maladies complexes pour laquelle la contribution de variants rares récessifs reste encore inconnue.

Afin de détecter des variants rares récessifs impliqués dans le diabète, nous avons utilisé la méthode HBD-GWAS (Génin et al. 2012) sur les données de génotypage de la cohorte UK Biobank (~500,000 individus vivant au Royaume-Uni) (Bycroft et al. 2018). Le principe de cette méthode est de tester l’excès de segments d’Homozygotie par Descendance (Homozygosity By Descent : HBD) partagés par les cas consanguins d’un jeu de données de GWAS, et d’ainsi définir des régions candidates pouvant contenir des variants rares récessifs.

Nous avons tout d’abord appliqué une méthode de classification par forêt aléatoire afin de regrouper les individus de UK Biobank en six populations (Europe, Afrique, Amérique, Asie de l’Est, Asie centrale et du Sud, Moyen-Orient) en adaptant la méthode de Pan-UK Biobank https://pan.ukbb.broadinstitute.org/.  Nous avons ensuite utilisé le logiciel FSuite (Gazal et al. 2014) afin de détecter les individus consanguins de la cohorte UK Biobank, de comparer la proportion d’individus consanguins entre les diabétiques (n=26,286) et non-diabétiques de la cohorte, et enfin d’appliquer la méthode HBD-GWAS dans chacune de ces populations, avec comme cas les individus diabétiques de la cohorte.

Nous avons détecté 14,061 individus consanguins au total, avec un coefficient de consanguinité moyen plus élevé chez les individus consanguins non-européens par rapport à celui des européens. Nous avons également observé un excès d’individus consanguins chez les diabétiques dans toutes les populations (p = 2.192.10-4). Cependant, cette association n’était significative que pour les populations originaires d’Europe (p=0.002), d’Afrique (p=0.002) et d’Asie centrale du Sud (p= 0.048). Enfin, la stratégie HBD-GWAS a fait ressortir différentes régions d’intérêt pour l’association avec le diabète, qui sont différentes selon la population.

Nos résultats suggèrent le rôle de variants à effet récessif dans le diabète, et illustrent l’apport de l’application de la stratégie HBD-GWAS dans plusieurs populations. Une analyse des données de séquençage d’exomes de UK Biobank dans les régions chromosomiques d’intérêt de chaque population est en cours afin de détecter l’existence de variants récessifs rares.


Marie-Sophie OGLOBLINSKY (Brest), Steven GAZAL, Anne-Louise LEUTENEGGER
Nef

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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D36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 04

Modérateurs : Catherine BOILEAU (Chef de Service) (Paris), Marie FAOUCHER (Assistante Hospitalo-Universitaire) (Rennes)
16:00 - 16:07 #28135 - SF19 Mosaïque somatique dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées : un phénomène sous-estimé.
SF19 Mosaïque somatique dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées : un phénomène sous-estimé.

Introduction

Les mosaïques somatiques existent dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées. Elles sont en général découvertes au cours de l’enquête familiale chez les parents d’un cas index, qui sont la plupart du temps asymptomatiques. Nous rapportons ici l’identification de 11 cas index présentant un syndrome de Marfan ou une pathologie apparentée porteurs de variations pathogènes en mosaïque.

 

Matériel et Méthodes

L’analyse moléculaire de plus de 4000 cas index présentant un syndrome de Marfan ou une pathologie apparentée a été réalisée par séquençage haut débit au laboratoire de Génétique de l’hôpital Bichat à l’aide d’une technologie de capture de 28 gènes associés à ces pathologies. Cette analyse a été réalisée en première intention sur prélèvement sanguin.

 

Résultats

Dix cas index porteurs de variations pathogènes en mosaïque du gène FBN1 ont été identifiés au laboratoire de Génétique de l’hôpital Bichat à ce jour sur un total de plus de 2000 variations identifiées dans ce gène. Il s’agit de cas sporadiques qui présentent pour la plupart une forme classique du syndrome de Marfan. Ces évènements rares sont à la fois des variations ponctuelles (Single Nucleotide Variants) et des grands réarrangements (Copy Number Variations). De façon intéressante, plusieurs des variations identifiées correspondent à des variations associées à l’état hétérozygote à un phénotype particulièrement sévère. Plus récemment, une variation en mosaïque dans le gène SMAD2 a été identifiée chez un cas index présentant une dissection de type A et une atteinte squelettique.

 

Conclusions

La présence d’une variation pathogène en mosaïque chez un cas index est possible dans le diagnostic moléculaire du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées. Il est important que les paramètres d’analyse bio-informatique prennent en compte cette possibilité. Ce phénomène est probablement sous-estimé dans ces pathologies, à la fois par méconnaissance et par manque de sensibilité technique. La présence de cas index symptomatiques porteurs de variation en mosaïque dans plusieurs gènes associés au syndrome de Marfan et pathologies apparentées réaffirme la nécessité d’un examen clinique complet et d’un suivi régulier, notamment cardiovasculaire, chez les parents apparemment sains d’un cas index, porteurs de variation en mosaïque. Par ailleurs, les patients présentant un tableau clinique typique du syndrome de Marfan pour lesquels une première analyse n’a pas permis d’identifier de variation pathogène doivent être réanalysés sur un panel de capture ciblé avec une analyse bio-informatique adaptée à la mise en évidence d’une telle variation. L’analyse de prélèvements tissulaires, notamment aortiques, est envisagée chez ces patients.


Pauline ARNAUD (PARIS), Hélène MOREL, Johanne AURIAU, Benjamin DAURIAT, Antoine DA COSTA, Hélène DOLLFUS, Christine FRANCANNET, Laurent GOUYA, Carine LE GOFF, Olivier MILLERON, Guillaume JONDEAU, Catherine BOILEAU, Nadine HANNA
16:07 - 16:14 #28205 - SF20 Étude de la régulation épigénétique au locus LRP1 associé à un risque cardiovasculaire et de sa fonction cellulaire à partir de cellules pluripotentes induites en cellules musculaires lisses.
SF20 Étude de la régulation épigénétique au locus LRP1 associé à un risque cardiovasculaire et de sa fonction cellulaire à partir de cellules pluripotentes induites en cellules musculaires lisses.

Introduction

The low-density lipoprotein receptor-related protein 1 (LRP1), an endocytic receptor highly expressed in smooth muscle cells (SMCs), participates in diverse biological processes. A common genetic variant located in LRP1 first intron, rs11172113, was associated with several vascular diseases, including coronary artery disease, migraine and spontaneous coronary artery dissection. Rs11172113 is also correlated with LRP1 expression in arterial tissues. However, the biological mechanisms through which rs11172113 influence LRP1 function in the context of arterial lesions is not fully understood.

Methods

We applied in silico functional annotation to select variants and measured their enhancer activity using luciferase reporter assay in rat primary cells (A7r5). We performed siRNA knockdown of LRP1 and 4 transcription factors (TFs) predicted to interact with rs11172113 in human induced pluripotent stem cells (iPSCs) derived SMCs. We analyzed both contractile and synthetic differentiated cells. We edited iPSCs prior to differentiation using CRISPR-Cas9 to generate 100 bp deletion of the enhancer region containing rs11172113. We also created frame-shift indels in exons 2 or 5 of LRP1 in iPSCs to create SMCs knockouts and differentiated into SMCs. We then performed a proteomic and transcriptomic characterization of LRP1 knockout effect in these iPSC derived SMCs.

Results

Seven variants in LRP1 locus co-located with enhancer (histone marks) and open chromatin regions (ATAC-Seq peaks) in SMCs and arterial tissues. Reporter assay in rat SMCs confirmed that rs11172113 belongs to a genomic region showing enhancer activity in vitro . iPSCs with homozygous deletion of rs11172113 enhancer region presented the same pluripotency compared with wild type, and iPSC derived SMCs showed positive expression of specific markers for each phenotype ( ACTA2, TAGLN for both, MYH11 for contractile SMCs and CALM2 for synthetic SMCs). We found that the deletion of rs11172113 enhancer region decreased the expression of LRP1 while L RP1 knockdown increased cell migration capacity in SMCs. Preliminary results in LRP1 -knockout iPSC-derived SMCs suggest LRP1 to enhance the expression of cell contraction markers in contractile SMCs.

Conclusions

We confirmed rs11172113 to regulate LRP1 expression in iPSCs derived synthetic and contractile SMCs. Our results support LRP1 effect on SMCs cellular function alteration as a potential mechanism in genetic susceptibility for vascular disease.


Lu LIU (Paris), Charlène JOUVE, Jean-Sébastien HULOT, Adrien GEORGES, Nabila BOUATIA-NAJI
16:14 - 16:21 #28245 - SF21 Interprétation fonctionnelle de variants faux-sens dans le contexte de l’hémochromatose de type 4, une maladie génétique rare et cliniquement hétérogène du métabolisme du fer causée par des mécanismes moléculaires subtils de perte et de gain de fonction.
SF21 Interprétation fonctionnelle de variants faux-sens dans le contexte de l’hémochromatose de type 4, une maladie génétique rare et cliniquement hétérogène du métabolisme du fer causée par des mécanismes moléculaires subtils de perte et de gain de fonction.

Les variants faux-sens représentent une part importante de la variabilité génétique humaine. Dans un nombre limité de situations, ils peuvent modifier la stabilité, la structure, la fonction ou la régulation d’une protéine et être associés à une maladie génétique. Distinguer les quelques variants pathogènes des très nombreux variants bénins demeure un des défis les plus importants des laboratoires de génétique moléculaire. La place grandissante accordée aux outils de prédiction in silico est justifiée par le développement de méthodologies de plus en plus efficaces et le besoin accru d’une hiérarchisation des variants rares. Les informations issues de l’utilisation de ces différents outils demeurent cependant insuffisantes dans le cadre du diagnostic où l’association d’arguments forts de pathogénicité est systématiquement recherchée. Les tests fonctionnels nécessitent une expertise importante et demandent du temps, mais ils permettent de prendre en compte les particularités biologiques inhérentes à chaque protéine. Ils peuvent ainsi révéler des acides aminés critiques dans des régions insuffisamment caractérisées des protéines (~40% des protéomes eucaryotes).

            Nous souhaitons ici rapporter l’expérience acquise par nos équipes depuis plus de 10 ans dans l’étude des bases moléculaires et physiopathologiques de l’hémochromatose de type 4. Cette maladie autosomique dominante du métabolisme du fer constitue un modèle particulièrement intéressant du fait de son association quasi-exclusive à des variations faux-sens rares du gène SLC40A1, de sa très forte hétérogénéité phénotypique et de l’existence de nombreuses phénocopies. SLC40A1 code la ferroportine 1 (FPN1), seule protéine exportatrice de fer connue chez les mammifères.

            Nos observations reposent sur l’exploitation de données cliniques et fonctionnelles, associant tests in vitro, constructions de modèles de structures 3D de FPN1 dans différentes conformations et étude par dynamique moléculaire des interactions entre acides aminés. Nous documentons des discordances avec des prédictions in silico pouvant en être expliquées par la fonction critique de différents acides aminés uniquement identifiés chez l’homme et la régulation particulière de FPN1 dans l’ordre des primates. Cette régulation est assurée par l’hepcidine, hormone hyposidérémiante synthétisée par le foie. Nous pointons des éléments critiques de l’interaction FPN1/hepcidine et identifions différents mécanismes du type gain de fonction (résistance à l’hepcidine). Nous expliquons à l’échelle atomique un mécanisme original de perte de fonction qui dépend de l’organisation de FPN1 dans la bicouche lipidique et de l’altération de changements de conformations. Au travers de l’étude d’une trentaine de variants faux-sens associés à des phénotypes de surcharge en fer plus ou moins sévères, nous témoignons finalement de l’apport de la génétique médicale et fonctionnelle à la compréhension de mécanismes physiologiques complexes.


Chandran KA, Kévin UGUEN, Marlene LE TERTRE, Isabelle GOURLAOUEN, Claude FEREC, Ahmad ELBAHNSI, Callebaut ISABELLE, Gerald LE GAC (BREST)
16:21 - 16:28 #28278 - SF22 La technologie CRISPR Cas9 dans l’hypobetalipoprotéinémie : un outil indispensable pour l’étude fonctionnelle des variants faux sens de signification indéterminée.
SF22 La technologie CRISPR Cas9 dans l’hypobetalipoprotéinémie : un outil indispensable pour l’étude fonctionnelle des variants faux sens de signification indéterminée.

L’hypobêtalipoprotéinémie (HBL) est définie par une concentration plasmatique de cholestérol-LDL et d’apolipoprotéineB (apoB) inférieure au 5ème percentile pour l’âge et le sexe. La forme familiale (FHBL), est le plus souvent causée par des variations entrainant l’apparition d’un codon stop prématuré sur le gène codant l’apoB (APOB). Cependant, certaines familles avec un phénotype d’HBL sont porteuses de variation faux-sens sur APOB, classées en Variation de Signification Incertaine (VSI). L’objectif de ce travail est de développer une méthode d’évaluation de la pathogénicité de ces VSI, via l’édition du génome de lignées cellulaires humaine sécrétant de l’apoB.

Le VSI NM_000384.2 (APOB): c.1052T > G ; p.Leu351Arg a été mis en évidence chez une famille HBL. L’édition génique de lignées cellulaires HuH7 a été réalisée grace à la technologie CRISPR-Cas9. La synthèse et la sécrétion d’apoB ont été explorées par PCR digitale et par ELISA.

Des variations knock-out (KO) ont été induites dans les cellules HuH7 : p.Arg356Glufs*5 à l’état homozygote et hétérozygote, ainsi que le VSI p.Leu351Arg à l'état homozygote. L'expression d'APOB est diminuée de 70 % chez le clone hétérozygote KO et presque abolie chez le clone homozygote KO, et de façon concordante, la production et de la sécrétion d'apoB sont diminuées. Concernant le VSI p.Leu351Arg, une diminution de 40% de l'expression d'APOB a été observée, et aucune apoB n'a été mise en évidence dans les cellules, ni dans le surnageant.

Cette méthode permet l'étude fonctionnelle des variations de APOB sur la sécrétion de l’apoB. Nous rapportons une nouvelle variation faux-sens APOB : p.Leu351Arg, responsable de FHBL. Des explorations supplémentaires de ces lignées cellulaires conçues avec CRISPR-Cas9 aideront à comprendre comment les variations faux-sens dans APOB peuvent entrainer une FHBL.


Xavier VANHOYE, Alexandre JANIN, Amandine CAILLAUD, Antoine RIMBERT, Fabienne VENET, Morgane GOSSEZ, Wieneke DIJK, Oriane MARMONTEL, Séverine NONY, Charlotte CHATELAIN, Pierre LINDENBAUM, Bertrand CARIOU, Philippe MOULIN, Mathilde DI FILIPPO (LYON)
16:28 - 16:35 #28684 - SF23 Spécificités du conseil génétique des téloméropathies.
SF23 Spécificités du conseil génétique des téloméropathies.

On désigne par téloméropathie (« syndromes of telomeres shortening » ou « (short) telomere syndrome ») un ensemble d’atteintes présentées par les individus porteurs de mutations constitutionnelles dans un gène de la maintenance des télomères, le plus souvent associées à des télomères raccourcis mesurés en Flow-FISH. La dyskératose congénitale (DC) a été la première téloméropathie décrite avec la triade cutanée typique. Les téloméropathies s’expriment principalement au niveau hématologique (insuffisance médullaire de type aplasie, myélodysplasie, leucémie, macrocytose et/ou thrombopénie isolée), pulmonaire (fibroses pulmonaire) ou hépatique (maladie vasculaire du foie). Dans certaines formes pédiatriques, cela peut constituer l’étiologie de syndrome sévère associant atteinte neurologique (hypoplasie cérébelleuse, retard de croissance intra-utérin, microcéphalie) avec ou non insuffisance médullaire.

Le service de génétique de l’hôpital Bichat a obtenu la reconnaissance de son expertise nationale avec le label LBMR (laboratoire de Biologie Médicale de Référence) pour les téloméropathies. Il propose l’analyse moléculaire du nombre croissant de gènes impliqués dans les téloméropathies (dont TERT, TERC, DKC1, RTEL1, PARN, TINF2, NOP10, NHP2, ACD, NAF1, ZCCHC8, WRAP53, SHQ1, CTC1, STN1…). 

Avec un nombre croissant de familles identifiées porteuses de mutations le plus souvent suite à une étude génétique dans le contexte d’une fibrose pulmonaire familiale, le diagnostic pré-symptomatique est proposé aux apparentés. Les données de la littérature ainsi que celle du laboratoire sont en accord sur une pénétrance incomplète et une expressivité variable. Si la question d’un délai de réflexion ne s’était pas posée dans un premier temps du fait de la possibilité de prévenir et traiter certaines atteintes, face à la complexité de ce diagnostic, peut être que cela nécessiterait une nouvelle réflexion multi disciplinaire.

Le conseil génétique des téloméropathies présente quelques particularités spécifiques à cette pathologie. D’une part, il existe une transmission des télomères courts, indépendamment de la mutation, conduisant à une anticipation génétique et quelques phénocopies ont été décrites. D’autre part, des phénomènes de réversion cellulaire sont possibles.

Deux pré indications (fibroses pulmonaire monogénique et insuffisance médullaire d’allure constitutionnelle) ont été retenues permettant de proposer le séquençage de génome pour les familles inexpliquées. Les inclusions sont possibles dans deux réunions de concertation pluri-disciplinaire (RCP) existantes en rapport avec l’atteinte principale: la RCP du centre de référence (CRMR) des Aplasies Médullaires bi mensuelle (Pr Peffault de La tour, Dr Sicre de Fontbrune, Leblanc, Hôpital Saint Louis) avec la filière MariH et la RCP Pneumo-Génétique mensuelle sur Bichat avec la filière RESPIFIL (Pr Crestani, Dr Borie).


Ibrahima BA, Christelle MÉNARD, Claire OUDIN, Fabrizio CENCI, Malika CHELBI, Sylvie ALGLAVE, Karim DIALLO, Cécile FOURRAGE, Albane LASSUS, Cécile GUERIN, Elodie LAINEY, Aurélie PLESSIER, Thierry LEBLANC, Flore SICRE DE FONTBRUNE, Régis PEFFAULT DE LATOUR, Filière MARIH, Raphael BORIE, Bruno CRESTANI, Filière RESPIFIL, Catherine BOILEAU, Caroline KANNENGIESSER (PARIS)
16:35 - 16:42 #28753 - SF24 Enquête sur les pratiques concernant la révélation du statut de porteur sain d'un fœtus lors d'un diagnostic prénatal de maladie génétique.
SF24 Enquête sur les pratiques concernant la révélation du statut de porteur sain d'un fœtus lors d'un diagnostic prénatal de maladie génétique.

La réalisation d’un diagnostic prénatal (DPN) de maladie génétique implique, pour certaines maladies, la détection d’informations ne relevant pas d’une interruption médicale de grossesse, telles qu’un statut d’hétérozygote pour une maladie autosomique récessive, une prémutation du gène FMR1 ou un remaniement chromosomique équilibré. Ces résultats ne modifient pas le déroulement ni le suivi de la grossesse mais révèlent une information importante pour le conseil génétique du futur adulte. Au sujet de l’examen des caractéristiques génétiques chez le mineur asymptomatique, l’article R1131-5 du code de la santé publique stipule que «les examens ne peuvent être prescrits chez un mineur que si ce dernier ou sa famille peuvent personnellement bénéficier de mesures préventives ou curatives immédiates ». Il n'existe pas de consensus en France concernant le rendu d’un statut de porteur sain révélé chez un fœtus à l’issue d'un DPN.

Afin d’établir un état des lieux des pratiques des professionnels impliqués dans la prescription et le rendu des résultats du diagnostic prénatal, nous avons élaboré et diffusé un questionnaire à destination des conseillers en génétique, généticiens cliniciens et biologistes via les listes de diffusion de l’AFGC, l’AFCG, l’ANPGM, l’ACLF et du réseau AchroPuce.

101 réponses ont été recueillies entre février et avril 2021. Les participants étaient à 31,7% généticiens cliniciens, 28,7% conseillers en génétique, 15,8% cytogénéticiens, 12,9% généticiens moléculaires et 10,9% avaient une activité mixte. Toute pathologie confondue, 70,5% des biologistes mentionnent systématiquement les statuts de porteurs sains sur le compte-rendu d’analyse, 9,1% ne les mentionnent pas et 20,4% font intervenir le souhait du clinicien. Concernant les professionnels avec une activité clinique, 54% rendent systématiquement ces résultats aux parents, 10% ne les rendent pas et 36% les rendent à la demande des parents. Il existe des disparités en fonction de la pathologie concernée : les remaniements chromosomiques équilibrés sont rendus par 100% des biologistes et il s’agit du statut de porteur sain le plus souvent rendu par les cliniciens (systématiquement pour 65,6%) ; la prémutation du gène FMR1, qui expose à une problématique supplémentaire puisqu’elle peut être associée à des manifestations à l’âge adulte, est rendue systématiquement par 53.5% des biologistes et 50% des cliniciens ; concernant les statuts d’hétérozygotes, ils sont plus souvent rendus lorsqu’ils concernent une maladie autosomique récessive fréquente. Nous avons recueilli les différents arguments conduisant les professionnels à rendre ou ne pas rendre ces résultats.

Cet état des lieux révèle une tendance générale à plutôt rendre le statut de porteur sain d'un fœtus à l’issue d’un DPN de maladie génétique, avec néanmoins une réelle hétérogénéité des pratiques et des points de vue, qui soulève l’intérêt d’une réflexion générale afin de tenter d’harmoniser les prises en charge des familles.


Marie-Clémence GORENSTEIN, Clémence MOLAC, Aurélie COUSSEMENT, Laurence CUISSET, France LETURCQ, Emmanuelle GIRODON, Sarah GROTTO (Paris)
Belvédère

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E36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 05

Modérateurs : Sandra MERCIER (Généticienne clinicienne) (NANTES), Florence PETIT (PU-PH) (LILLE)
16:00 - 16:07 #27907 - SF25 Analyse fonctionnelle de variants chez des patients atteints d’albinisme.
SF25 Analyse fonctionnelle de variants chez des patients atteints d’albinisme.

L’albinisme est une pathologie génétique liée à l’atteinte d’un des 21 gènes connus actuellement. Malgré une analyse génétique complète, 30% des patients restent sans diagnostic moléculaire.

Afin d’améliorer le diagnostic des patients atteints d’albinisme nous avons mis en place un processus de validation de variants de signification inconnue (VSI) par test fonctionnel sur mélanocytes en culture mettant en œuvre des essais de sauvetage de phénotype (rescue).

A ce jour nous avons inactivé par CRISPR/Cas9 les gènes TYR et OCA2 et nous poursuivrons par les gènes TYRP1 DCT et SLC45A2. Nous avons caractérisé ces modèles sur le plan fonctionnel en confirmant l’absence de production de la protéine et l’altération de production de mélanine par mesure spectrophotométrique. Dans un second temps nous avons réintroduit la séquence cDNA sauvage dans les cellules inactivées pour vérifier la récupération de la production de la protéine.

Afin de caractériser plus finement ces modèles, la maturation des mélanosomes sera évaluée par microscopie électronique à transmission et l’acidification des mélanosomes sera effectuée par test Lysotracker. Les différents composés ou intermédiaires de mélanine seront mesurés par HPLC et RMN. Ceci nous permettra de valider les indicateurs pertinents et de calibrer les essais de validation fonctionnelle des VSI.

Une fois ces modèles bien caractérisés, les ADNc correspondants aux VSI d’intérêt obtenus par mutagénèse dirigée seront introduits dans les clones KO pour le gène correspondant afin d’évaluer leur effet sur la récupération du phénotype.

Au-delà de répondre à l'errance diagnostique liée aux variants de signification inconnue, cette étude va identifier des éléments de compréhension de la relation génotype-phénotype. En particulier, la mise en évidence des molécules ayant un rôle clé dans le processus physiopathologique doit permettre de proposer des pistes thérapeutiques pour les patients atteints d'albinisme.


Vincent MICHAUD (Bordeaux), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Eulalie LASSEAUX, Benoit PINSON, Sabrina LACOMME, Etienne GONTIER, Antoine LOQUET, Benoit ARVEILER, Sophie JAVERZAT
16:07 - 16:14 #27913 - SF26 Apport du WES dans les pathologies du métabolisme du fer : une nouvelle approche intégrative améliore le rendement diagnostic et identifie de nouveaux gènes candidats.
SF26 Apport du WES dans les pathologies du métabolisme du fer : une nouvelle approche intégrative améliore le rendement diagnostic et identifie de nouveaux gènes candidats.

Les pathologies héréditaires du métabolisme du fer sont un groupe de maladies pouvant causer des atteintes organiques parfois sévères. On distingue globalement les surcharges en fer (SF) et les hyperferritinémies sans surcharge (HF). Une fois l’hypothèse d’une hémochromatose C282Y homozygote éliminée, le diagnostic de ces pathologies peut s’avérer complexe. En effet, considérées comme mendéliennes dans leur première description, les connaissances actuelles tendent à caractériser ces maladies comme des pathologies complexes, dont la pénétrance et l’expression sont influencées par l’environnement, la stratification de la population ainsi que par des variants hypomorphes. De plus, certaines maladies génétiques sont associées à des perturbations secondaires du bilan martial, comme les anémies héréditaires notamment. A l’heure actuelle, la stratégie diagnostique au CHU de Rennes consiste en un séquençage ciblé de douze gènes (HFE, HJV, HAMP, TFR2, SLC40A1, BMP6, CP, TF, SLC11A2, FTL, FTH et TMPRSS6). Avec cette stratégie, le rendement diagnostic n’est que de 20 à 30%. Ainsi, une analyse par whole exome sequencing (WES) a été menée sur une cohorte de 30 individus porteurs d’un phénotype de SF ou HF, pour lesquels l’analyse par panel n’avait pas permis d’établir de diagnostic. Afin d’analyser ces données, une liste de gènes stratifiée en quatre groupes a été réalisée en agrégeant les données disponibles sur la base de données Harmonizome ainsi qu’en effectuant une revue étendue de la littérature. Les groupes ont été constitués en fonction de l’implication des gènes retenus en pathologie humaine et de leur description dans des phénotypes de SF ou de HF. Les gènes n’appartenant à aucun de ces quatre groupes et dont la pLI est supérieur à 0.9 ont également été explorés selon une méthode « hypothesis-free ». Cette approche par palier permet de faciliter l’exploration des données en modulant les autres paramètres de filtration des variants. Avec cette approche, un total de 25 variants de classe 3, 4 et 5 (classification ACMG) ont été retrouvés. Un diagnostic de maladie de Gaucher sans autre manifestation clinique qu’une HF ainsi que celui d’une anémie sidéroblastique liée à ALAS2 (sur un trait microcytaire uniquement) ont ainsi pu être posés. Ces résultats permettent de sensibiliser le biologiste et le clinicien à ces étiologies rares. De nouveaux gènes candidats tels que SLC11A1 ont également pu être mis en évidence et constituent des pistes de recherche intéressantes pour de nouvelles voies de signalisation et d’éventuels effets multigéniques.


Anna LOKCHINE (Rennes), Wilfrid CARRE, Martine ROPERT, Lénaick DETIVAUD, Olivier LORÉAL, Marie DE TAYRAC, Edouard BARDOU-JACQUET, Houda HAMDI-ROZÉ
16:14 - 16:21 #28330 - SF27 Caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants non codants créant de nouveaux cadres de lecture dans le 5’UTR de l’Endogline et responsables de Maladie de Rendu-Osler.
SF27 Caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants non codants créant de nouveaux cadres de lecture dans le 5’UTR de l’Endogline et responsables de Maladie de Rendu-Osler.

La maladie de Rendu-Osler (MRO), ou « télangiectasie hémorragique héréditaire », est une maladie vasculaire caractérisée par une atteinte de petits vaisseaux à l’origine de troubles hémorragiques, de télangiectasies cutanéomuqueuses et de malformations arterioveineuses. D’incidence d’ ~ 1/8000 naissances, la MRO est une maladie  génétique à transmission autosomique dominante. Les 3 principaux gènes impliqués dans la MRO sont ACVRL1 (ou ALK1), ENG et SMAD4. Mais ~20% des cas de MRO restent sans explication moléculaire dans les régions exoniques/introniques de ces 3 gènes.

Dans le cadre du screening moléculaire de ces 3 gènes réalisé chez 274 patients MRO par le département de génétique de la Pitié-Salpêtrière, nous avons identifié 3 nouveaux variants situés dans le 5’UTR de l’ENG chez 3 patients non apparentés. Ces 3 variants (c.-406C > T ; c.-79C > T et c.-68G > A) considérés au premier abord comme de signification inconnue (VUS en anglais) s’avèrent créer différents types de codons d’initiation à la traduction (uTIS, upstream Translation Start Site) (uAUG et uCUG), à l'origine de potentiels nouveaux cadres de lectures (uORF, upstream Open Reading Frame) chevauchants avec la partie codante du gène.

Par des études in vitro, nous montrons que ces 3 variations sont associées à une diminution de l’expression de l’ENG et/ou une altération de l’activité du promoteur de l’ENG dans les cellules HeLa et des cellules endothéliales. De plus, l’application de techniques de polysome-/ribosome- profiling suggère que ces variants inhibent la traduction de l’Endogline (codée par ENG) dont l’haploinsuffisance est responsable de la MRO. Ces 3 nouveaux variants s’ajoutent à 3 variants du même type rapportés dans la littérature et identifiés chez des patients MRO.

Ces résultats contribuent non seulement à améliorer le diagnostic moléculaire de la MRO mais suggèrent qu’une attention toute particulière doit être portée, dans le cadre du diagnostic moléculaire des maladies rares, aux variations génétiques à l’origine de nouveaux uORFs.


Omar SOUKARIEH (Bordeaux), Carole PROUST, Preeti KUTE, Kornel LABUN, Eivind VALEN, Florent SOUBRIER, Aurélie GOYENVALLE, Mélanie EYRIES, David-Alexandre TRÉGOUËT
16:21 - 16:28 #28382 - SF28 SLP2 et les Prohibitines, des acteurs majeurs dans les maladies liées aux mutations CHCHD10.
SF28 SLP2 et les Prohibitines, des acteurs majeurs dans les maladies liées aux mutations CHCHD10.

Dans une famille avec myopathie mitochondriale et maladie du motoneurone, nous avons identifié par séquençage d’exome un variant pathogène hétérozygote (c.176C > T, p.Ser59Leu) dans le gène CHCHD10 qui code pour une protéine mitochondriale (S. Bannwarth et al., Brain 2014). L’identification de ce gène nous a permis de fournir la preuve génétique qu’un dysfonctionnement mitochondrial peut entraîner une maladie du motoneurone. Par la suite, notre groupe et d'autres ont également montré l’implication de ce gène dans la sclérose latérale amyotrophique (SLA), la démence frontotemporale (DFT) et d'autres maladies neurodégénératives. La fonction précise de CHCHD10 dans la mitochondrie restant encore à définir, nous analysons des effets les mutations CHCHD10 pour identifier les mécanismes moléculaires responsables du large spectre clinique observé chez les patients. Pour cela, nous avons généré des souris knock-in (KI) hétérozygotes pour la mutation p.Ser59Leu (Chchd10S59L/+) et avons montré que ce modèle murin reproduit la myopathie mitochondriale présentée par les patients. Avant 14 mois, elles développent une cardiomyopathie mitochondriale fatale associée à une dégradation des mitochondries par mitophagie. De façon tout à fait intéressante, elles présentent également une dégénérescence des neurones moteurs et de la jonction neuromusculaire avec une perte des motoneurones dans la moelle lombaire (Genin et al., Acta Neuropathol. 2019).

 

A partir de modèles cellulaires humains et de modèles murins, nous venons d’identifier 2 nouveaux partenaires majeurs de CHCHD10 : SLP2 (Stomatin-like protein 2) et le complexe des prohibitines (PHB) dont la déstabilisation serait à l’origine d’une cascade d’évènements associée aux maladies liées aux mutations CHCHD10. Nous montrons que CHCHD10 interagit avec SLP2 pour contrôler la stabilité du complexe PHB qui est situé dans la membrane interne mitochondriale. Dans les tissus atteints des souris Chchd10S59L/+, SLP2 forme des aggrégats avec les prohibitines, le complexe PHB est déstabilisé induisant une activation de la protéase OMA1 ce qui augmente la protéolyse de OPA1 entraînant une fragmentation du réseau mitochondrial, une perte des crêtes mitochondriales et la mort cellulaire par apoptose. La perte des crêtes mitochondriales dépend à la fois de la déstabilisation du complexe PHB et de l’instabilité du complexe MICOS via la perturbation de l’interaction OPA1/Mitofiline et de l’activation de la mitophagie dépendante de Pink1 et de Parkin. Nous observons également un dysfonctionnement de SLP2/PHB dans l’hippocampe de ces animaux qui serait impliqué dans la neurodégénérescence observée chez ces animaux.

 

En conclusion, nous démontrons que les aggrégats SLP2/PHB et la déstabilisation du complexe PHB sont impliqués dans les cascades d’évènements responsables des pathologies liées à CHCHD10S59L.

 


Sylvie BANNWARTH (NICE), Emmanuelle GENIN, Baptiste ROPERT, Alessandra MAURI-CROUZET, Françoise LESPINASSE, Gaëlle AUGE, Konstantina FRAGAKI, Charlotte COCHAUD, Sandra LACAS-GERVAIS, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
16:28 - 16:35 #28569 - SF29 Analyse rétrospective et reclassification des variants du gène DYSF dans une grande série française de patients atteints de dysferlinopathie.
SF29 Analyse rétrospective et reclassification des variants du gène DYSF dans une grande série française de patients atteints de dysferlinopathie.

L'évolution récente des technologies de séquençage ainsi que le développement de normes internationales d'interprétation des variants ont profondément changé les approches diagnostiques en génétique médicale. En conséquence, de nombreux variants initialement considérés comme pathogènes peuvent désormais être reclassés comme bénins ou incertains à la lumière des nouvelles données disponibles. Malheureusement, les variants avec une classification erronée initiale sont toujours présents dans la littérature scientifique et dans les bases de données, ce qui interfère grandement avec l'interprétation des résultats de séquençage. Malgré le besoin urgent, les efforts pour mettre à jour les classifications de ces variants ne sont toujours pas suffisants.

Nous avons effectué une analyse rétrospective de 176 variants du gène DYSF qui ont été identifiés chez des patients atteints d’une dysferlinopathie, adressés au Département de Génétique Médicale de Marseille pour un séquençage diagnostique depuis 2001. Nous avons reclassé tous les variants dans les cinq classes de pathogénicité selon les recommandations ACMG/AMP, révélant une pathogénicité modifiée pour 17 variants. Nous avons ensuite mis à jour les informations pour les variants qui ont été précédemment publiés dans la base de données LOVD-DYSF et avons soumis 46 variants DYSF supplémentaires.

Outre les avantages directs pour le diagnostic de dysferlinopathie, notre étude contribue à l'effort global de réanalyser les variants des cohortes précédemment publiées. Notre travail souligne également l’importance de travailler en concertation avec des bases de données de variants afin de mettre à jour les informations pour les variants classés de manière erronée au préalable des recommandations actuelles.


Théo CHARNAY, Véronique BLANCK, Mathieu CERINO, Marc BARTOLI, Florence RICCARDI, Nathalie BONELLO-PALOT, Christophe PÉCHEUX, Karine NGUYEN, Nicolas LÉVY, Svetlana GOROKHOVA (MARSEILLE), Martin KRAHN
16:35 - 16:42 #28685 - SF30 Liaisons dangereuses entre les allèles intermédiaires de l’expansion TBP (SCA17) et les mutations STUB1 (SCA48).
SF30 Liaisons dangereuses entre les allèles intermédiaires de l’expansion TBP (SCA17) et les mutations STUB1 (SCA48).

Les expansions pathogéniques de motifs « CAG » dans le gène TBP sont responsables de l’ ataxie spinocérébelleuse de transmission autosomique dominante de type 17 (SCA17). Les patients SCA17 présentent une ataxie cérébelleuse associée à une démence qui peut être au premier plan. Les allèles de TBP sont polymorphes et varient entre 25 et 40 répétitions CAA/CAG dans la population générale alors que le seuil pathologique d’une expansion est de 49 répétitions. Dans la large zone regroupant les allèles intermédiaires (41-48 répétitions) qui représente 1 à 2% de la population européenne, la pathogénicité est discutée, notamment du fait de nombreux individus asymptomatiques à un âge avancé. Soit ces allèles intermédiaires ne sont pas pathogènes, soit d’autres facteurs influencent leur pénétrance.

Dans une étude récente nous avons mis en évidence l’importance des variants pathogènes du gène STUB1 (SCA48), qui de manière similaire à SCA17 se manifestent par une atteinte cognitive dans plus de la moitié des cas (Roux et al Genet Med. 2020 Nov;22(11):1851-1862). Nous avions alors détecté dans 2 familles la co-ségrégation de variants STUB1 avec des allèles intermédiaires de TBP, qui avaient été incriminés initialement. Ceci suggéra que les variants de STUB1 pouvaient être la cause de la maladie, ou agir de concert avec les expansions intermédiaires de TBP pour modifier la pénétrance de la maladie. Afin de répondre à cette question nous avons recherché des mutations du gène STUB1 dans une cohorte de 22 familles précédemment diagnostiquées SCA17 et séquencé les expansions TBP dans une cohorte étendue de patients SCA48 (n=57).

Une large majorité, 79%, des patients STUB1 présentent des allèles normaux de TBP mais 21% des allèles intermédiaires de TBP. De manière frappante, la moitié des 22 cas avec des allèles intermédiaires de TBP présentent des variants pathogènes de STUB1, mettant en cause la pathogénicité des seuls allèles intermédiaires de TBP en suggérant un lien avec les variations de STUB1.

De plus, l’analyse clinique des patients STUB1 a permis de montrer une association forte de la présence des allèles intermédiaires de TBP avec le risque de développer une démence (OR=1.845 [1.188 ; 3.453], p = 0.0229).

En conclusion, cette étude souligne que l’interprétation des allèles intermédiaires de TBP en clinique doit être faite avec beaucoup de précaution car d’autres gènes, en particulier STUB1, sont plus probablement en cause. De plus, nos résultats suggèrent que ces allèles intermédiaires de TBP agissent en modificateur de la pathologie SCA48, en favorisant l’apparition d’une démence. Le lien fonctionnel entre STUB1 et TBP reste maintenant à élucider.


Mathieu BARBIER (Paris), Claire Sophie DAVOINE, Maximilien PORCHE, Emilien PETIT, Giulia COARELLI, Sabrina SAYAH, Lena GUILLOT NOEL, Jean Philippe NEAU, Lucie GUYANT MARECHAL, Anne-Laure FAURET, Alexis BRICE, Alexandra DURR
Dortoirs

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F36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 06

Modérateurs : Florence DEMURGER (medecin) (Vannes), Marie-Bérengère TROADEC (PU-PH) (BREST)
16:00 - 16:07 #27994 - SF31 Étude de phase 3 sur le setmélanotide chez des patients ayant un syndrome de Bardet-Biedl : résultats contrôlés par placebo.
SF31 Étude de phase 3 sur le setmélanotide chez des patients ayant un syndrome de Bardet-Biedl : résultats contrôlés par placebo.

Introduction et but de l’étude : cette étude de phase 3 a été menée chez 38 participants souffrant d’obésité : 32 ayant un syndrome de Bardet-Biedl (SBB) et 6 un syndrome d’Alström (SA). Chez les patients SBB, le setmélanotide était associé à une réduction significative du poids et de la faim à la semaine 52 (critère d'évaluation principal).

Matériel et méthodes : dans cette étude (NCT03746522), les patients SBB ou SA ont été randomisés au setmélanotide ou au placebo pendant 14 semaines. L’obésité était définie par un poids > 97e percentile chez les enfants de 6 à 15 ans et un IMC ≥ 30 kg/m² chez les enfants de ≥ 16 ans. Le poids, la faim et les événements indésirables (EI) ont été évalués.

Résultats et analyse statistique : 32 participants SBB ont été inclus, dont 29 de ≥ 12 ans. Dans le groupe traité par setmélanotide, on a observé entre l’inclusion et la semaine 14 : une réduction significative du poids moyen de -4 kg correspondant à une variation moyenne de -3,2 % et une diminution moyenne du score de faim de -34,8 %. Chez tous les participants, l’EI le plus fréquent était l’érythème au point d’injection (setmélanotide, 42,1 % ; placebo, 36,8 %). Les EI étaient similaires entre les groupes de traitement sauf pour l’hyperpigmentation retrouvée chez 11 (57,9 %) patients traités par setmélanotide, versus 0 patient sous placebo.

Conclusion : les patients SBB traités par setmélanotide ont significativement réduit leur poids et leur score de faim par rapport au groupe placebo : respectivement -4 kg vs -0,2 kg et -34,8 % vs -14,5 %. Le setmélanotide pourrait être un traitement prometteur contre l’obésité et la faim chez les patients atteints d’un SBB.


Jesús ARGENTE, Karine CLÉMENT, Hélène DOLLFUS (Strasbourg), Joan C. HAN, Andrea M. HAQQ, Gabriel Á. MARTOS-MORENO, Robert S. MITTLEMAN, Murray STEWART, Matt WEBSTER, Jack A. YANOVSKI, Guojun YUAN, Robert HAWS
16:07 - 16:14 #28132 - SF32 Explication d’une surdité syndromique par une anomalie chromosomique équilibrée de novo impactant un élément régulateur de NR2F1 identifiée par séquençage du génome entier sur AURAGEN.
SF32 Explication d’une surdité syndromique par une anomalie chromosomique équilibrée de novo impactant un élément régulateur de NR2F1 identifiée par séquençage du génome entier sur AURAGEN.

Nous rapportons les résultats de l’analyse du génome entier sur la plateforme AURAGEN, indiquée pour un cas sporadique de surdité syndromique bilatérale associée à une hypoplasie cochléaire, révélant une translocation équilibrée de novo interrompant un élément régulateur d’intérêt.

 Chez cet enfant, l’échographie du 2e trimestre révélait une suspicion de CIV minime. Il est né eutrophe à terme. L’examen cardiologique a retrouvé une petite CIA et trois minimes CIV musculaires de fermeture spontanée. Les oto-émissions acoustiques étaient négatives, les PEA ont confirmé une surdité profonde d’un côté et sévère de l’autre nécessitant un appareillage bilatéral dès l’âge de 3 mois. La recherche de CMV était négative. Le développement psychomoteur et la croissance sont normaux, avec bon développement du langage. Il présente quelques particularités morphologiques non héritées avec oreilles décollées, clinodactylie bilatérale des 5e doigts, chevauchement des 2ème sur les 3ème orteils. L’IRM cérébrale a révélé une hypoplasie des deux cochlées avec mauvaise visualisation du modulus. La CGH array n’a pas identifié d’anomalie.

L’analyse du génome entier a révélé la présence d’une translocation équilibre t(5;18)(q15;q21.1) de novo, confirmée par caryotype et FISH. Le point de cassure est localisé dans le gène MCTP1, 1Mb en aval du gène NR2F1, à la base 94804165 (hg38). Le point de cassure identifié chez notre patient survient dans l’intron 17 de MCTP1. Les données bioinformatiques suggèrent la présence d’un domaine d’association topologique à proximité du point de cassure identifié.

En 2010, le premier patient rapporté avec une anomalie de NR2F1 était porteur d’une inversion paracentrique identifiée dans le bilan d’une surdité syndromique. Depuis, les variations de la séquence codante de ce gène sont connues comme responsables du syndrome de Bosch-Boonstra-Schaaf, où environ 20 à 40% des patients présentent une surdité.

Deux lignées murines naturelles permettent d’explorer les élément régulateurs introniques à distance de NR2F1 et présentent notamment des malformations cochléaires. Le modèle murin spontané de surdité deaf wanderer présente une délétion des exons 11 à 15 de Mctp1, localisé 1.4 Mb en amont de Nr2f1. Cette délétion engendre une diminution de l’expression de Nr2f1, spécifiquement dans la cochlée embryonnaire. Les altérations morphologiques de l’oreille interne étaient similaires à celles observées chez les souris mutées Nr2f1.

Des études complémentaires semblent requises pour déterminer avec certitude le mécanisme moléculaire de cette variation candidate au diagnostic. Ce cas illustre l’intérêt de réaliser l’analyse du génome entier en première intention devant une pathologie malformative syndromique, qui permet d’identifier en une seule analyse une translocation équilibrée et de préciser ses points de cassure, pouvant révéler des gènes ou éléments régulateurs d’intérêt.


Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Julien THEVENON, Vincent GATINOIS, Luke MANSARD, Jacques PUECHBERTY, Anne-Françoise ROUX, Fanny MERKLEN, Michel MONDAIN, Mohamed AKKARI, Lylou CASTEIL, Nicolas LEBOUCQ, Damien SANLAVILLE, Virginie BERNARD, Renaud TOURAINE
16:14 - 16:21 #28165 - SF33 Identification de variants génétiques rares par analyse d’exome impliqués dans les infections invasives à pneumocoque en pédiatrie.
SF33 Identification de variants génétiques rares par analyse d’exome impliqués dans les infections invasives à pneumocoque en pédiatrie.

Invasive pneumococcal diseases (IPDs) are still severe diseases in the pediatric population, despite major progress in vaccination and therapeutics. Apart from the pathogen virulence factors, host individual characteristics, including host genetic factors, are implicated in the susceptibility and severity to these diseases. Further understanding of the molecular factors involved in the development of these severe infections could lead to better treatment, prevention, and thus better outcome. Previous studies identified several candidate genes for IPDs, however, mostly because of methodological shortcomings, these results are yet to be confirmed. Our study aimed to identify rare coding genetic variants implicated in the development of IPDs through a large-scale genetic strategy using whole-exome sequencing (WES) of 32 children admitted in the pediatric intensive care unit for IPD.

Contrary to most previous studies related to IPDs, we chose an untargeted approach to identify novel variants. We developed a bioinformatic analysis pipeline to identify rare, non-synonymous and possibly pathogenic variants implicated in IPD. The pipeline was designed to identify genetic variants, store their Minor Allele Frequency (MAF), and determine possible pathogenicity with 4 tools: VEP, ANNOVAR, InterVar and CADD. Furthermore, we compared the number of variants observed in our 32 patients to an unrelated control population (n=69) to validate our pipeline and discoveries.

We identified 86 rare variants at heterozygous state in 18 different genes, including 7 genes previously associated with immunological functions, inflammation, or infectious diseases. The control population presented significantly fewer variants (p=7.6x10-16) in fewer genes (p=5.5 x10-16): a median of 6.5 variants in 4.2 genes/control vs. 14.9 variants in 10.5 genes/patients in the IPD population.

We built a predictive model based on the identified variants present in each individual of the 18 genes. We used a stepwise regression to further select genes which better predicted the status IPD vs. control. The best predictive model included 7 genes, the ROC curve showed an AUC of 0.999. These 7 genes were MYO5B, PABPC1, NBPF26, PCDHB4, SPATA31A3, CFTR, and AHNAK2.

Our results revealed multiple heterozygous variants in a restricted set of genes for each patient presenting an extreme phenotype of pneumococcal disease, emphasizing the likely polygenicity of IPD risk. In conclusion, these first results suggest an unprecedented immune deficiency involving the association of several rare mutations in immune-related genes. These results may be used to predict the individual risk of children to present IPDs. We will pursue our efforts in characterizing this risk by reproducing our findings with other populations of children with IPDs.


Morgane GÉLIN (Nantes), Sophie LIMOU, Pierre-Antoine GOURRAUD, Olivia ROUSSEAU, Axelle DURAND, Fleur LORTON, Christèle GRAS-LEGUEN, Elise LAUNAY, Nicolas VINCE
16:21 - 16:28 #28447 - SF34 TTC12, un gène de dyskinésie ciliaire primitive révèle différents modes d’assemblage des bras de dynéines axonémaux entre cils mobiles et flagelles.
SF34 TTC12, un gène de dyskinésie ciliaire primitive révèle différents modes d’assemblage des bras de dynéines axonémaux entre cils mobiles et flagelles.

Contexte

Les cils mobiles respiratoires et les flagelles des spermatozoïdes partagent une structure axonémale conservée au cours de l’évolution. Les défauts de structure et/ou de fonction de cet axonème sont responsables des dyskinésies ciliaires primitives (DCP), maladies génétiques de transmission essentiellement récessive se manifestant par des infections respiratoires chroniques dues à un défaut d’épuration mucociliaire (cils respiratoires), associées à une infertilité masculine (flagelle des spermatozoïdes) et/ou féminine (cils tubaires), plus rarement à une hydrocéphalie (cils épendymaires) et chez la moitié des patients, à un défaut de latéralisation (cil nodal).

Les DCP sont très hétérogènes génétiquement, reflétant la complexité du fonctionnement des cils et des flagelles. Les gènes impliqués peuvent coder des protéines de structure axonémale ou des protéines  cytoplasmiques assemblant les composants axonémaux avant leur transport vers le cil.

A ce jour, les mutations des gènes de DCP codant des protéines d’assemblage se traduisent par une absence des bras de dynéine externes (BDE) et internes (BDI), complexes protéiques axonémaux porteurs d’une activité ATPasique indispensable au battement ciliaire et flagellaire.

 

Résultats

Nous avons identifié 4 mutations bi-alléliques dans le gène TTC12, codant une protéine cytoplasmique, dans 4 familles indépendantes au sein desquelles les individus atteints présentaient un phénotype de DCP particulier. En effet, l’absence des BDE et des BDI dans le flagelle des spermatozoïdes contrastait avec la simple absence des BDI observée par microscopie électronique dans les cellules épithéliales nasales des patients.

Cette absence isolée de BDI a été confirmée dans un modèle de culture primaire de cellules nasales humaines en interface air-liquide invalidées pour TTC12 via CRISPR-Cas9. Des analyses par immunofluorescence nous ont également permis de mettre en évidence dans ce modèle et chez les patients, que le défaut des BDI des cils respiratoires était restreint à certains sous-type de BDI, différents des sous-types de BDI impliqués dans le flagelle des spermatozoïdes.

Par ailleurs, nous avons montré que la déplétion de TTC12 dans Paramecium tetraurelia, protiste modèle pour l’étude des cils mobiles, reproduisait le phénotype du flagelle des spermatozoïdes (absence des BDE et BDI).

 

Conclusion

Cette étude, qui a permis d’identifier TTC12 comme gène responsable de DCP codant pour un nouvel acteur dans l’assemblage cytoplasmique des bras de dynéines, révèle l’existence de mécanismes d’assemblage différents entre cils mobiles et flagelles chez l’homme.

Le développement du modèle de cellules épithéliales nasales humaines différenciées in vitro en cellules ciliées après une invalidation de gène par CRISPR-Cas9, ouvre de nouvelles perspectives pour l’étude des protéines impliquées dans la ciliogenèse et de la physiopathologie des maladies touchant l’épithélium respiratoire. 


Lucie THOMAS (PARIS), Khaled BOUHOUCHE, Marjorie WHITFIELD, Guillaume THOUVENIN, André COSTE, Bruno LOUIS, Claire SZYMANSKI, Emilie BEQUIGNON, Jean-François PAPON, Manon CASTELLI, Michel LEMULLOIS, Xavier DHALLUIN, Valérie DROUIN-GARRAUD, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Philippe DUQUESNOY, Bruno COPIN, Florence DASTOT, Sandrine COUVET, Anne Laure BARBOTIN, Catherine FAUCON, Isabelle HONORE, Bernard MAITRE, Nicole BEYDON, Aline TAMALET, Nathalie RIVES, France KOLL, Estelle ESCUDIER, Anne-Marie TASSIN, Aminata TOURE, Valérie MITCHELL, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE
16:28 - 16:35 #28455 - SF35 Retard de consolidation et pseudarthrose après fracture mandibulaire non stabilisée dans le modèle d’hypochondroplasie, Fgfr3N534K/+.
SF35 Retard de consolidation et pseudarthrose après fracture mandibulaire non stabilisée dans le modèle d’hypochondroplasie, Fgfr3N534K/+.

L’hypochondroplasie (HCH) est une forme de chondrodysplasie, liée à des mutations gain-de-fonction dans le gène Fibroblast Growth Factor Receptor 3 (FGFR3). Les patients HCH présentent un nanisme rhizomélique de sévérité modérée, avec anomalies morphologiques craniofaciales de sévérité variable (rétrusion maxillaire, prognathisme, macrocranie).

Notre équipe a généré le premier modèle murin d’Hch (Fgfr3N534K/+) exprimant la mutation faux-sens la plus fréquente, pAsn540Lys localisée dans le domaine kinase I de la protéine. Ce modèle Hch reproduit les caractéristiques phénotypiques de la pathologie humaine, liées à des perturbations dans les mécanismes d’ossification endochondrale et membranaire. Nous avons montré que les structures du cartilage et de l’os des squelettes axial et appendiculaire sont altérées par le gène muté, en revanche l’impact de la mutation activatrice FGFR3 sur la réparation osseuse est à ce jour inconnu.

L’objectif de notre projet fut d’analyser la réparation osseuse après fracture mandibulaire non stabilisée chez les souris Fgfr3N534K/+ et contrôles à l’âge de 6 semaines. Des analyses morphométriques à partir de microscanners ont été réalisées à différents stades après fracture (J10, J14, J21 et J28, ce dernier stade correspondant au délai normal d’une réparation complète). Nous avons observé que le Bone Volume/Total Volume (BV/TV) était diminué significativement de J10 (-10.17% ± 5.04, p < 0.05) à J28 (-4.9% ± 1.64; p < 0.01) chez les souris Hch comparées aux contrôles. Les analyses histomorphométriques ont confirmé l’implication du processus de réparation endochondrale dans ce modèle de fracture non stabilisée mandibulaire. Au stade J14 post fracture, l’aire chondrocytaire hypertrophique était fortement diminée (-83,87 ± 17,17 (% de l’aire chondrocytaire totale Collagène II positive); p < 0,001) au sein des cals de réparation chez les souris Hch comparées aux contrôles. De façon surprenante, nous avons observé au stade J28, que la consolidation osseuse était complète chez tous les contrôles, alors que chez les souris Hch, un retard de consolidation était toujours observé. Un grand nombre de souris Hch (60%) présentaient une pseudarthrose au sein des zones de réparation. Nous avons observé une persistance de cartilage chez 30 % de ces animaux avec une expression importante de Fgfr3 à la fois dans les plages de pseudarthrose et le cartilage.

Cette analyse de la réparation osseuse dans le modèle Hch montre la présence d’un retard important de réparation et démontre que le gène FGFR3 régule la formation osseuse dans un contexte traumatique. Ces données sont majeures pour les patients porteurs de mutations FGFR3 et apportent un éclairage nouveau dans le cadre de la prise en charge en chirurgie maxillo-faciale avec pour exemple les ostéotomies, distractions ostéogéniques et la traumatologie osseuse.


Anne MORICE, Lea LOISAY (Paris), Laurence LEGEAI MALLET
16:35 - 16:42 #28526 - SF36 La microcorie congénitale : une maladie rare modèle pour l’étude du développement oculaire et du glaucome.
SF36 La microcorie congénitale : une maladie rare modèle pour l’étude du développement oculaire et du glaucome.

L'iris et le corps ciliaire sont des tissus continus dotés de deux fonctions. La première est de moduler l’intensité de lumière qui passe au travers de la pupille dont le diamètre est contrôlé les muscles sphincter et dilatateur. La seconde est d’assurer le drainage de l’humeur aqueuse qui, produite par l’épithelium postérieur du corps ciliaire, s'écoule entre l'iris et le cristallin, à travers la pupille jusqu'à la partie antérieure de l'iris, au niveau de l’angle irido-cornéen, où elle est drainée. Une résistance à l'écoulement de l'humeur aqueuse peut provoquer une augmentation de la tension oculaire et un glaucome.

La microcorie congénitale est une malformation dominante autosomique de l'iris qui affecte ces deux fonctions. Elle se caractérise par une absence partielle ou totale de muscle dilatateur. Une implantation haute de la racine de l’iris dans l’angle irido-cornéen est rapportée dans la quasi-totalité des cas. Bien que sans conséquence sur l’ouverture de l’angle, cette anomalie est incriminée pour rendre compte du glaucome juvénile diagnostiqué chez 30% des malades. Enfin, il est à noter qu’une myopie axiale forte est associée dans 80% des cas.

Précédemment, nous avons montré que la maladie est due à des délétions submicroscopiques de la région 13q32.1. Ici, nous rapportons l’étude d’un modèle murin porteur de la délétion minimale, que nous avons généré et qui révèle l’existence de mécanismes complexes de dérégulation tridimensionnelle de l’expression d’un facteur de transcription, Sox21. Nous montrons que la délétion critique de la région MCOR est responsable d’une expression ectopique constitutive de Sox21 dans l’épithélium postérieur de l’iris et du corps ciliaire. Nous montrons aussi que Sox21 se lie à l’intron 1 du gène Tgfb2, provoquant une augmentation de l’expression du gène dans l’iris et le corps ciliaire et l’accumulation de la protéine dans l’humeur aqueuse. Enfin, nous montrons que si la délétion minimale dans des lignées tumorales iriennes humaines est sans conséquence sur l’expression de SOX21, dans les cellules de l’épithélium postérieur de l’iris humain en culture celle-ci provoque l’expression ectopique du gène.

Ces observations suggèrent que la microcorie congénitale est une maladie complexe due à une dérégultation de la voie de signalisation TGFB2 impliquant SOX21. L’augmentation de l’expression de TGFB2 dans l’iris et le corps ciliaire, et l’accumulation de son produit dans l’humeur aqueuse, peuvent expliquer i) le défaut de développement du muscle dilatateur qui se développe dans l’épithélium antérieur par un effet paracrine, ii) la survenue d’un glaucome ; l’accumulation de TGFB2 dans l’humeur aqueuse est un facteur reconnu de prédisposition au glaucome primitif à angle et enfin iii) la myopie axiale, de nombreuses études mettant en relation TGFB2 et la croissance axiale de l’œil. Enfin, nos travaux ouvrent des perspectives thérapeutiques inattendues pour lutter contre les glaucomes en ciblant TGFB2 et/ou SOX21.


Clémentine ANGÉE, Elisa ERJAVEC (Paris), Brigitte NEDELEC, Pierre DAVID, Sylvie GERBER, Sylvain CRIPPA, Bruno PASSET, Jean-Luc VILOTTE, Nicolas CHASSAING, Corrine KOSTIC, Patrick CALVAS, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Lucas FARES-TAIE
Horizons
16:45 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium
17:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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F37
17:00 - 18:00

ASSEMBLEE GENERALE DU CNEPGM

 Carré
18:15

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A37bis
18:15 - 18:30

Prix Thierry Frebourg

 Grand Auditorium
18:30

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A38
18:30 - 19:15

CONFERENCE INVITE 02

Modérateur : Emilie CONSOLINO (conseillère en génétique) (MARSEILLE)
18:30 - 19:15 L’homme et la technique. Pierre LE COZ (ENSEIGNANT CHERCHEUR) (Conférencier, MARSEILLE)
Grand Auditorium