Contexte : BAP1 (BRCA1-Associated Protein 1) est un gène suppresseur de tumeur. A l’état constitutionnel, des variants avec perte de fonction prédisposent à un syndrome tumoral (mélanome et cancer du rein).

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale, nous avons recruté 11 individus atteints d’un trouble du neurodéveloppement, porteurs d’un variant hétérozygote faux-sens de novo de BAP1, probablement pathogène et affectant le domaine catalytique de la protéine dans 10/11 cas. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'impact des variants sur la stabilité et l'activité déubiquitinase de BAP1, en testant la restauration par transfection de constructions ADNc sauvages et mutantes de BAP1. Des analyses par CHiP-Seq des cellules mononucléées sanguines ont permis de déterminer l’impact épigénétique des variants.

Résultats : L'analyse fonctionnelle a révélé que les variants faux-sens de BAP1 localisés dans le domaine catalytique altèrent la déubiquitination de l’histone H2A dans le modèle cellulaire et dans les cellules T isolées des enfants atteints, suggérant ainsi une perte de fonction de BAP1. L’analyse par ChIP-seq de l'acétylation de l'histone H3 K27 a indiqué que les variants de BAP1 induisent des modifications de l'état de la chromatine à l'échelle du génome, avec un enrichissement en gènes appartenant au système ubiquitine-protéasome.

Conclusions : Ces résultats permettent de définir un nouveau syndrome en lien avec des variants faux-sens de BAP1. Ces variants modifient le remodelage de la chromatine par une ubiquitination anormale des histones et entraînent une probable dérégulation transcriptionnelle de nombreux gènes du développement. BAP1 fait désormais partie des rares exemples de gènes dont différents variants peuvent entraîner à l’état constitutionnel soit un trouble du développement, soit une prédisposition tumorale.

Introduction

Les troubles spécifiques du langage et des apprentissages (TSLA) touchent environ 5 à 10 % des enfants en âge scolaire, soit un à 2 enfant par classe (source : site du ministère de la santé et des solidarités). Ils correspondent à une atteinte d’une fonction cognitive spécifiques et sont divisés en 5 catégories : la dyslexie, la dysphasie, la dyspraxie, la dyscalculie et le TDAH (DSM-5). De réelles avancées de diagnostics cliniques et de prise en charge ont eu lieu ces dernières années grâce à une meilleure description de ces troubles dans le DSM-5 et l’avènement des prises en charge rééducationnelles (neuropsychologie, orthophonie, ergothérapie, orthoptie, etc).

En France, en l’absence de diagnostic syndromique évident, une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) peut être proposée, plus ou moins associé chez les filles à la recherche d’un syndrome de l’X fragile. Néanmoins, les exemples de gènes décrits dans la DI et également décrits chez des patients avec TSLA se multiplient. Quelques équipes internationales ont proposé une analyse d’exome chez les enfants ou adultes présentant des TSLA sévères, et identifient un certain pourcentage de patients avec une maladie monogénique, dans des formes familiales ou sporadique.

Matériel et Méthodes

Dans ce contexte, nous avons initié un projet pilote dans le cadre du soin, visant à proposer une analyse d’exome chez les enfants ou adultes adressés en consultation de génétique pour bilan de TSLA sévères bien documentés. Une approche en trio est proposée pour les cas sporadiques et une approche d’apparentés distants pour les cas familiaux.

Résultats

A ce jour, 40 patients ont été inclus, 26 cas sporadiques, 14 formes familiales. Tous les patients présentent une atteinte multidys, à l’exception de 4, qui présentent un TSLA simple. 20 patients présentent également un trouble déficit de l’attention avec hyperactivité. Parmi les 25 patients analysés, des variations probablement pathogènes ont été identifiées chez 2 patients (gène CDK13 et SMARCC2) et des variations de signification inconnue dans des gènes d’intérêt ont été identifiés chez 9 patients (CACNA1E, SCN8A, SMC3, HCN1, CREBBP, HIVEP2, MED12, JMJD1C, CLIC2, TRAPP et GRIN2B).  Un bilan neuropsychologique est proposé au parent porteur de la variation candidate le cas échéant en l’absence de phénotype de TSLA sévère à l’interrogatoire, pour aider à la classification des variations.

Discussion

Les gènes identifiés sont des gènes d’expression cérébrale mais impliqués dans des phénotypes habituellement plus sévères, en faveur d’un élargissement du spectre phénotypique, ou des gènes non OMIM morbide. Ces résultats préliminaires suggèrent également un taux diagnostic supérieur chez les patients multidys ou présentant des troubles du comportement associés. L’augmentation du nombre de patients étudiés pourra permettre d’affiner ces résultats, et de déterminer la place à donner au séquençage de l’exome dans les TSLA.

Des mutations du gène PQBP1 (Polyglutamine-binding protein 1) sont responsables d’une forme de déficience intellectuelle (DI) liée à l'X, le syndrome de Renpenning. PQBP1 code une protéine impliquée dans la régulation de l’expression des gènes au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel. Pour étudier les conséquences des mutations dans PQBP1, nous avons réalisé des études transcriptomiques dans 1) des lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCL) de patients portant des variants pathogènes de PQBP1 et 2) dans des cellules souches neurales humaines (hNSC) où PQBP1 a été inactivé (knock-down, KD) avec un siRNA. Ceci a conduit à l'identification d'une centaine de gènes dont l'expression est dérégulée. En particulier, nous avons identifié une augmentation de l'expression d'une isoforme non canonique d'un autre gène de DI lié à l'X, UPF3B_S. 

UPF3B joue un rôle crucial au cours du développement du cerveau et est un acteur important du système NMD (Nonsense mRNA Mediated Decay). Afin d'étudier le rôle de l’isoforme UPF3B_S, actuellement inconnu, nous avons comparé son interactome protéique et celui de l’isoforme UPF3B_S. Nous avons confirmé que, si UPF3B_S interagit toujours avec les complexes exon-jonction (EJC), elle n'interagit pas avec les autres protéines du NMD (UPF2 et UPF1), ce qui pourrait suggérer en effet dominant négatif de cette isoforme. Cependant, aucune diminution notable du système NMD n'a été observée dans les LCL du patient ou dans les cellules KD pour PQBP1. Le rôle d’UPF3B_S reste inconnu mais nous avons identifié plusieurs interacteurs protéiques spécifiques à cette isoforme, dont certains impliqués dans la réponse immunitaire.

En parallèle, nous avons utilisé l'augmentation de l'ARNm d’UPF3B_S comme marqueur moléculaire pour tester la pathogénicité des variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1 chez des individus avec DI. Nous avons pu confirmer cette augmentation d’expression dans les LCL d’autres patients porteurs de variants pathogènes et mis au point des études de complémentation dans des cellules HeLa en surexprimant l'ADNc de PQBP1 sauvage ou muté. Ces approches nous ont permis d’étudier l’effet d’une dizaine de variants faux-sens de signification inconnue. Enfin, nous avons validé que cette augmentation pouvait être mise en évidence directement sur un prélèvement sanguin (Paxgene). Nous avons montré que ces trois approches étaient efficaces pour tester l'effet des variants, du moins pour les variants situés sur le côté C-terminal de la protéine, la dernière étant plus compatible avec une pratique diagnostique en milieu hospitalier.

En conclusion, nos travaux, étudiant comment une perte de fonction de PQBP1 peut affecter l'expression des gènes, et en particulier l'isoforme UPF3B_S, nous renseigne sur les mécanismes pathologiques impliqués dans le syndrome de Renpenning mais permet également de proposer un test fonctionnel pour les variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1.

Le facteur de transcription ARX (Aristaless-Related Homeobox) joue un rôle fondamental dans le développement cérébral. Le phénotype des hommes hémizygotes porteurs de variants pathogènes dans ce gène est bien connu : tous présentent une déficience intellectuelle (DI) et/ou une encéphalopathie épileptique, associée ou non à des malformations cérébrales (anomalies du corps calleux, troubles de la gyration). Les femmes hétérozygotes sont asymptomatiques dans la grande majorité des cas. Cependant, dans les formes familiales, certaines femmes conductrices ont été rapportées avec une DI et/ou une agénésie du corps calleux (ACC). De plus, 7 cas sporadiques de patientes avec des troubles du neuro-développement ont été rapportés dans la littérature avec un variant pathogène de novo du gène ARX.

Afin de préciser le phénotype des femmes présentant une mutation pathogène du gène ARX (à l’exclusion des expansions des chaînes polyA), nous avons collecté les données cliniques et génétiques de 8 nouvelles patientes dont le variant ARX est survenu de novo, et avons fait une revue de la littérature des 63 cas féminins déjà rapportés (56 cas familiaux et 7 cas de novo). 

Parmi ces 8 patientes, 5/8 (62,5%) présentaient une encéphalopathie épileptique, tandis que les 3 autres avaient une déficience intellectuelle et/ou une épilepsie. Toutes présentaient une ACC. 

Ces résultats sont comparables aux 7 patientes de la littérature porteuses de variants ARX de survenue de novo, dont 6/7 présentent une encéphalopathie épileptique. Une seule a simplement des difficultés d’apprentissage. Une imagerie est disponible pour 6 des 7 patientes et  4/6 présentent une ACC. 

Concernant les cas familiaux rapportés dans la littérature, 41/56 (73%) femmes sont asymptomatiques, parmi lesquelles 33% ont une ACC isolée. 12/56 (21%) présentent une déficience intellectuelle, associée à une épilepsie dans 54,5 % des cas et /ou une ACC dans 80% des cas. 3 cas sur les 56 (5,4%) présentent une encéphalopathie épileptique sévère. 

Les variants pathogènes des cas survenus de novo sont des faux-sens localisés dans l'homéodomaine, ou des variants tronquants, ce qui est également le cas pour les cas familiaux les plus sévères.

Cette étude permet (i) de confirmer l'existence d'un phénotype sévère d'encéphalopathie épileptique chez les femmes porteuses d’un variant pathogène du gène ARX, (ii) de préciser la fréquence de la DI chez les femmes conductrices (iii)  et de souligner l’importance de l’étude de ce gène devant une ACC, associée ou non à des troubles du neuro-développement.

Contexte : RORB code pour un facteur de transcription dont le ligand est inconnu. Son expression est limitée au système nerveux central. Des études menées sur des modèles murins ont montré l’importance du gène RORB dans le système nerveux. Les premiers patients décrits présentaient une microdélétion 9q21.13 comprenant RORB avec un tableau clinique associant un retard du développement et une épilepsie fréquente. Deux autres publications ont rapporté des patients porteurs d'autres types de variants pathogènes du gène RORB avec une description du phénotype incluant une déficience intellectuelle et une épilepsie comme trait commun. Notre objectif est de délimiter le type de crises, les syndromes épileptiques et le profil neurocognitif d’une cohorte de patients porteurs de variants de RORB.

Méthodes : Un appel à collaboration internationale nous a permis d’analyser les phénotypes détaillés (description des crises, EEG, IRM) et les génotypes de 30 patients.

Résultats : 30 patients ont été inclus (15 patients masculins, âge médian : 9,5 ans (1an-21 ans)). Les différents variants de RORB comprenaient 4 microdélétions, 9 variants non-sens (frameshift and nonsense), 2 variants d'épissage, 2 variants délétions dans la trame (inframe) et 10 variants faux-sens. Les variants de RORB étaient de novo chez 15 patients (50%) et étaient hérités chez 9 patients (par la mère pour 4 patients et par le père pour 5 patients). Le mode de transmission était inconnu pour 6 patients.

Des crises d’épilepsie ont été rapportées chez 26/30 (87%) patients, avec un âge médian au début de l'épilepsie de 3 ans (4 mois-12 ans). Le syndrome épileptique le plus fréquent était l'épilepsie-absence, incluant l'épilepsie absence de l’enfant (n=6), l'épilepsie absence de l’adolescent (n=1), l'épilepsie absence à début précoce (n=4), l'épilepsie absences avec myoclonies (n=3), les myoclonies palpébrales avec absence (n=4). Un patient présentait une épilepsie myoclonique, deux autres patients avaient une épilepsie focale, et un dernier seulement de rares crises fébriles. Trois individus présentaient une épilepsie généralisée combinant plusieurs types de crises dont des crises toniques, et un patient présentait des pointes-ondes continues du sommeil. Une déficience intellectuelle a été décrite chez 25 des 30 patients (83%), étant légère chez 13 patients, modérée chez 10 patients, et sévère chez 2 patients.

Conclusion : Le phénotype des patients porteurs du variant RORB est caractérisé par des syndromes épileptiques généralisés, avec comme principale type de crises des absences, associé à une déficience intellectuelle légère à modérée. Étant donné le niveau d'expression élevé de RORB dans les réseaux thalamo-corticaux, les variants pathogènes de RORB pourraient altérer les états oscillatoires, favorisant la survenue des absences. Des études fonctionnels sont en cours pour tester les conséquences de certains variants dans des neurones en culture.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble neurodéveloppemental avec une contribution génétique importante, caractérisé par une grande hétérogénéité génétique. Si l'avènement du séquençage haut-débit a révolutionné l'identification de variants dans la DI, leur interprétation est devenue un enjeu majeur, notamment pour les variants faux-sens qui restent à l’heure actuelle classés comme Variants de Signification Inconnue (VSI). La mise au point de tests fonctionnels visant à tester l’effet des VSI est donc essentiel, et permet d'une part de rendre un diagnostic aux familles concernées mais également de mieux caractériser la fonction des protéines impliquées dans la DI. Nous illustrons cette question en présentant ici une approche intégrative pour reclasser les VSI dans le gène DYRK1A. Le syndrome DYRK1A est une des formes de DI les plus fréquentes (0,5% des patients DI) et inclue entre autres une microcéphalie, un retard de langage ainsi qu’une dysmorphie faciale. DYRK1A code pour une kinase à double spécificité Tyrosine et Serine/Thréonine impliquée dans de nombreux processus cellulaires. Nous avons dans un premier temps mis au point une approche intégrative composée d’un score clinique spécifique du syndrome DYRK1A, d’une signature de méthylation de l’ADN ainsi que de différents tests fonctionnels in vitro permettant d’évaluer l’impact des variants sur la stabilité, la localisation cellulaire ainsi que l’activité kinase de DYRK1A. Cette approche nous a permis de reclasser une douzaine de VSI et de mettre en évidence un potentiel variant gain de fonction dans DYRK1A (la totalité des mutations rapportées jusqu’à présent étant des perte-de-fonction). Pour mieux comprendre les conséquences des mutations perte-de-fonction, nous avons inactivé DYRK1A dans un modèle de précurseurs neuronaux humains (hNSC). Après avoir établi l’interactome de DYRK1A dans ces cellules et identifié de nouveaux partenaires protéiques, nous avons caractérisé les gènes dont l’expression était altérée après une inactivation de DYRK1A. Parmi les gènes cibles identifiés, nous avons pu observer un enrichissement en protéines transmembranaires ou composantes de la matrice extracellulaire, et en protéines impliquées dans la régulation du cycle cellulaire. De plus, nous avons pu mettre en évidence qu’une inactivation de DYRK1A entrainait une diminution de la prolifération des précurseurs neuronaux ainsi qu’une baisse d’expression de la protéine P21, un acteur important du cycle cellulaire, et une diminution de l’activation des protéines de la voie des MAP kinases ERK1/2.

En conclusion, notre étude a permis non seulement de mettre en place un pipeline permettant de caractériser l’effet de n’importe quel VSI identifié dans DYRK1A, mais également de caractériser les conséquences de ces mutations dans un modèle de précurseurs neuronaux en culture, permettant de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans le syndrome DYRK1A.

Le gène APP (Amyloid-β precursor protein, 21q21.3) code pour le précurseur du peptide Amyloide β (Aβ), dont l’agrégation dans le parenchyme cérébral entraine une maladie d’Alzheimer (MA) et l’agrégation dans les vaisseaux corticaux et lepto-méningés entraine une angiopathie amyloïde cérébrale (AAC), à l’origine de saignements intracérébraux. MA et AAC sont souvent associées dans les formes sporadiques comme monogéniques de MA et/ou AAC. Les duplications du locus APP sont responsables d’AAC et/ou MA à début précoce ( < 65 ans). Ces CNV impliquent toujours APP en entier, avec ou sans les gènes voisins, et sont associés à des taux sanguins d'ARN messager d’APP environ 1,5 fois plus élevés que ceux des témoins. Chez les porteurs d’une duplication d’APP, la taille et le contenu génique du CNV n’est pas directement corrélé à la clinique. Cependant, les patients atteints de trisomie 21, qui présentent classiquement une MA précoce, développent moins fréquemment des hématomes cérébraux, suggérant la présence de mécanismes protecteurs. Nous rapportons ici la première triplication du locus APP et discutons de son impact.

Le cas index est un homme de 41 ans adressé pour l'évaluation d'un déclin cognitif progressif (MMSE 18/30). L'IRM cérébrale et les biomarqueurs du liquide cérébro-spinal étaient évocateur d’une MA avec AAC. Son père est décédé à l'âge de 48 ans d’un hématome cérébral dans un contexte de CAA évoluant depuis ses 37 ans et de déclin cognitif progressif évoquant une MA. L’analyse par QMPSF a révélé 4 copies du gène APP chez le cas index. Sa mère, 68 ans, non affectée, était porteuse de 2 copies du gène, suggérant un génotype 3 + 1 chez le patient et son père, génotype confirmé par FISH métaphasique. En aCGH (Agilent 180K), la triplication 21q21.3 de 506 kb (chr21:27,156,233-27,662,338;hg19) était restreinte au gène APP. Les niveaux d'ARNm sanguin d’APP du cas index, évalués par RT-ddPCR, étaient doublés par rapport aux sujets contrôles (N=10) et supérieur à la moyenne des porteurs d’une duplication d’APP (N=9).

Il s'agit du premier cas de triplication du locus APP, provoquant un doublement du niveau d'ARNm d’APP, dans une famille présentant une MA avec AAC autosomique dominante, parmi les plus précoces et sévères comparé aux descriptions des porteurs de duplications. Cette observation suggère que le mécanisme décrit dans les duplications d’APP (augmentation de la production d’APP et, par conséquent, du peptide Aβ issu de son clivage, conduisant à des dépôts amyloidies précoces) est encore accentué par la présence d’une quatrième copie du gène. Ce type de sensibilité au dosage génique, illustré par une triplication conduisant à un phénotype proche, mais plus sévère, que de celui de la duplication correspondante, constitue un exemple relativement rare en génétique médicale, à l’instar des duplications/triplications du gène SNCA dans les synucléopathies.  

Les épidermolyses bulleuses forment un groupe hétérogène de maladies génétiques caractérisées par une importante fragilité cutanéo-muqueuse : bulles, érosions…. La forme dystrophique, caractérisée par une anomalie quantitative ou qualitative du collagène 7, est transmise selon les modes dominant (EBDD) ou récessif (EBDR). Le phénotype est habituellement modéré dans les formes dominantes même si quelques rares cas ont été associés à des manifestations sévères.

Le cas index (CI), une petite fille âgée de 4 ans, née de parents non apparentés originaires de Tunisie, présente une EBD modérée révélée par une aplasie cutanée congénitale des membres inférieurs d’évolution rapidement favorable en quelques mois. Son père mentionne également des bulles des extrémités survenant aux frottements. Il a des ongles dystrophiques. L’ensemble suggère une EBDD. Le couple consulte dans le cadre d’une grossesse en cours.

Chez le cas index, le séquençage haut débit d’un panel de gènes a permis l’identification de deux variants dans le gène COL7A1, à l’état hétérozygote composite : c.6187C>T p.(Arg2063Trp) localisé dans l’exon 74 et hérité de la mère, et c.4011G>A p.(Pro1337Pro) dans l’exon 33 et hérité du père. Les deux variants sont pathogènes et décrits chez des patients atteints d’EBD dans une forme récessive (Hovnanian et al 1997 PMID Varki et al 2007 PMID 16971478). Ce résultat nous a conduit à reconsidérer le diagnostic d’EBD dominante dans cette famille.

Puisque la forme clinique d’EBD modérée du père du CI ne semblait en effet pas imputable au seul variant c.4011G>A, les explorations génétiques de cette famille ont été complétées par un séquençage haut débit de l’ensemble des exons du gène COL7A1 chez le père révélant  un second variant hétérozygote localisé en trans, c.87del p.(Thr30Profs*74), dans l’exon 2.  Ce variant n’est ni publié ni rapporté dans les bases de données de polymorphismes.  Selon la classification ACMG, le variant c.87del peut être considéré comme pathogène (PVS1 + PM2 + PM3 + PM4).

Ainsi, les résultats inattendus de l’analyse moléculaire ont conduit 1) à reconsidérer le mode de transmission de cette EBD modérée. Initialement autosomique dominante, la transmission est finalement autosomique récessive ; 2) à préciser le conseil génétique pour le couple : risque de 50% d’avoir un enfant atteint d’EBDR, la transmission du variant maternel c.6187C>T et du variant paternel c.87del étant associée à un risque de forme sévère.

Le diagnostic prénatal a permis d’identifier les variants c.6187C>T et c.4011G>A à l’état hétérozygote composite chez le fœtus suggérant une EBD modérée. La grossesse a été poursuivie et l’enfant, de sexe masculin, a présenté une forme d’EBDR plus modérée que celle du CI.

Cette observation montre l’intérêt majeur du séquençage haut débit en trio en cas de mode de transmission alternatif pour un même gène et souligne l’importance de la concertation clinico-biologique dans certaines situations.

Le syndrome GACI (Generalized arterial calcification of infancy) est une maladie autosomique récessive rare caractérisée par l’association variable de calcifications artérielles et péri-articulaires et d’un rachitisme hypophosphatémique (RHP). S’il est généralement diagnostiqué en prénatal ou dans la première année de vie, il peut également être découvert plus tard voire à l’âge adulte. La majorité des nouveau-nés avec syndrome GACI décèdent précocement de complications cardiovasculaires. Les formes avec survie > à 6 mois voire révélées tardivement sont aujourd’hui mieux reconnues, et identifiées sur le plan moléculaire par une variation pathogène de ENPP1 (ecto-nucléotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1) ou ABCC6 (multidrug resistance-associated protein 6). Il existe en effet un chevauchement avec le pseudo-xanthome élastique (PXE associé à ABCC6) ayant élargi le spectre clinico-moléculaire de ce cadre syndromique. Nous rapportons 8 patients avec GACI associés à un variant pathogène de ENPP1, suivis actuellement dans notre filière de santé maladies rares OSCAR. Nous avons exclu de cette cohorte descriptive les patients décédés dans la première année de vie.

Le diagnostic a été porté entre l’âge de 3 semaines et 61 ans. Nous analysons les profils cardio-vasculaires, squelettiques, ORL, cutanés et leur retentissement fonctionnel. Les formes précoces (n=4) se manifestent initialement par des complications cardiovasculaires (n=3) liées aux calcifications étendues des artères de moyen et de gros calibre (n=4). Les formes tardives (n=4) sont révélées par un RHP résistant au traitement médical (avec des déformations sévères récidivantes malgré la chirurgie chez 2 d’entre eux). Tous ces patients « GACI survivants » présentent un RHP dans leur évolution(n=8), auquel s’associent de façon variable :  surdité (n= 5), HTA (n=6), néphrocalcinose (n=2), calcifications vasculaires (n=6), articulaire (n=4) ou viscérales (n=4), retard des acquisitions (n=2), stries angioïdes (n=2) et des anomalies dentaires (n=2). Les patients ont été traités par biphosphonates (n=6), anti hypertenseur (n=6 ), phosphore oral (n=7 ), un-alpha (n= 5), vitamine D (n=8), traitement anti-épileptique (n=1). De nombreuses calcifications vasculaires et viscérales ont régressé après un an, avec ou sans traitement par biphosphonates, ce qui suggère une évolution propre de la maladie après 1 an.

L’hétérogénéité des présentations appelle à évoquer précocément ce diagnostic devant des signes atypiques comme des calcifications articulaires ou viscérales, des stries angioïdes, ou un rachitisme hypophosphatémique non classique.

Seul un suivi prospectif longitudinal permettrait de mieux caractériser la correspondance génotype/phénotype/pronostic et d’évaluer le bénéfice des traitements conventionnels, pour optimiser la prise en charge au long cours et préparer l’avènement de thérapeutiques ciblées.

L’hétérotopie nodulaire périventriculaire de type 1 (PVNH1) est une maladie rare dominante liée à l’X, due à une perte de fonction du gène FLNA et l’épilepsie en est sa manifestation principale. Des atteintes cardiovasculaires (CV) et des anomalies du tissu conjonctif (CTD) peuvent s’y associer mais leurs fréquences et distributions sont mal connues.

L’objectif est d’évaluer les caractéristiques CV et CTD chez les patients présentant une perte de fonction confirmée du gène FLNA.

Une approche rétrospective systématisée portant sur 32 critères cliniques et paracliniques a été utilisée pour définir leur fréquence et leur distribution, au-delà du tableau neurologique. Nous avons évalué les présentations cliniques des patients présentant au moins un signe CV ou CTD, à partir de trois cohortes indépendantes : 10 patients du Centre de Référence des Maladies Vasculaires Rares, 23 patients du laboratoire national de diagnostic de référence pour les filaminopathies-A, et 59 patients issus de notre revue de la littérature.

La présence d’une hétérotopie nodulaire périventriculaire était confirmée chez 95% (n= 87/92) et n’a pas pu être recherchée chez 4 patients.  La moitié des patients ne présentaient pas de symptôme neurologique. 3/4 avaient une présentation syndromique (CV et/ou CTD). Les anomalies CV se distribuaient, en anévrismes ou dilation aortiques pour ¾ des patients, persistance du canal artériel pour 1/3 et communications interventriculaire et interauriculaire pour 1/3. Les anomalies CTD touchaient 3/4 des patients dont 67% d’hyperlaxité articulaire et 40% d’hyperélasticité cutanée.

Aucune relation génotype/phénotype n’a pu être mise en évidence, mais un enrichissement de variations faux-sens dans le domaine CH1 de la protéine a été identifié.

Notre étude confirme que les anomalies CV et CTD sont fréquentes et associées chez les patients PVNH1 et que l’atteinte neurologique n’est pas systématiquement présente. Ces atteintes CTD et/ou CV devraient être recherchées devant toute PVNH1, en raison de la prévalence et de la gravité de la maladie aortique dans cette affection. Par ailleurs, devant un tableau clinique d’aortopathie syndromique nous proposons que l'analyse moléculaire du FLNA soit réalisée même en l'absence d’épilepsie ou autre signe neurologique. Une IRM cérébrale pourrait être réalisée pour étayer l’hypothèse de PVNH1 notamment en cas de variant de signification incertaine dans FLNA. Enfin, malgré l'hérédité dominante liée à l'X, nos données suggèrent qu’un phénotype évocateur chez un patient masculin ne devrait pas exclure cette hypothèse diagnostique.

Rationale: Vascular Ehlers-Danlos syndrome (vEDS) is a rare autosomal dominant inherited connective tissue disorder characterized by spontaneous arterial ruptures, usually occurring in young adulthood. A phenotypic heterogeneity has been described, partly explained by the type of variant in the causal COL3A1 gene. Notably, a higher mortality rate is suspected in young affected men, suggesting the influence of sex hormones. Several Col3a1 knock-in mouse models have shown a lower survival rate in males caused by aortic rupture.

Objectives: Investigation of the effect of castration or the addition of testosterone on the occurrence of aortic rupture in our Col3a1^+/G182R mouse model.

Methods: The survival and the aortic structure in Col3a1^+/G182R knock-in male or female mice with or without castration ± hormone substitution were assessed. Transcriptomic analyses of aortic tissue were performed in Col3a1^+/G182R and wild type (WT) males or females using Gene set enrichment analysis (GSEA).

Results: Early orchidectomy (orx) at 5 weeks of age in Col3a1^+/G182R male mice improved the survival rate at 16 weeks compared to sham-operated controls (89% vs 67%, p=0.08) whereas ovariectomy (ovx) in Col3a1^+/G182R female did not modify it (96% vs 89%, ns). Subcutaneous administration of angiotensin II (Ang II) (0.5 mg/kg/min) considerably worsened the survival rate in Col3a1^+/G182R sham-operated male (0% survival rate at 10 days) but mortality was delayed and less severe in orx male mice (27% at 14 days). Ovx did not influence the Ang II – induced mortality rate, suggesting a specific effect of testosterone. Indeed, subcutaneous administration of testosterone in Col3a1^+/G182R ovx female mice significantly worsened the survival at 16 weeks (52% vs 96%, p=0.0006). Aortic diameter of Col3a1^+/G182R female mice was smaller than that of Col3a1^+/G182R male mice, but the collagen content was similar in both sexes and not influenced by castration on this short-term period. Aortic transcriptomic analysis showed 131 differentially-expressed genes (DEG) between Col3a1^+/G182R and WT male mice, among them 17 genes expressed in the endothelium and 7 related to the endothelin-1 and nitric oxide pathway. The same comparison in female mice retrieved the upregulation of 21 DEG belonging to the extracellular matrix (ECM) network, among them Fbn1 encoding fibrillin, Col1a1 and Col1a2 encoding the most abundant fibrillar collagen in the arterial wall. GSEA analyses confirmed the upregulation of the endothelin-1 and nitric oxide pathway in males and the remodeling of ECM in females.

Conclusion: This study confirms the implication of testosterone in causing arterial fragility in this vEDS mouse model with a complex mechanism of DEG suggesting an important role of the endothelium in the pathophysiology of the disease.

Les cytopathies mitochondriales regroupent une grande variété de pathologies dont le dénominateur commun est un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale. Les troubles neurologiques entrainés par ces déficits énergétiques sont bien connus mais il existe peu de description des troubles psychiatriques qu’ils entraînent.

Les troubles les plus fréquemment rapportés dans les cytopathies mitochondriales sont des troubles dépressifs, anxieux, bipolaires et psychotiques. Ces symptômes psychiatriques précèdent parfois de plus de 10 ans le diagnostic de la pathologie mitochondriale suggérant que les symptômes psychiatriques pourraient apparaitre précocement. Les objectifs de l’étude étaient de décrire les troubles psychiatriques et neuropsychologiques ainsi que la qualité de vie d’enfants atteints de cytopathies mitochondriales.

Matériel et méthodes : une cohorte de 12 enfants a été recrutée prospectivement entre février 2019 et février 2020 dans le Centre de Références des Pathologies Mitochondriales d’Angers (France). Les participants ont bénéficié d’une évaluation psychiatrique, avec entretien semi-structuré et passation d’échelles psychiatriques d’évaluation globale (BPRS : Brief Psychiatric Rating Scale et EGF : Evaluation Globale du Fonctionnement), de dépression (CDI : Children Depression Inventory), de troubles anxieux (RCMAS : Revised Children's Manifest Anxiety Scale), d’hyperactivité/inattention (échelle de Conners parents et enseignants) et de qualité de vie (PedsQL adapté à l’âge). Une évaluation neuropsychologique a également été réalisée avec test d’efficience intellectuelle (WISC-V) et un Inventaire comportemental des fonctions exécutives (BRIEF).

Résultats : Quatre enfants (33,3 %) avaient des symptômes dépressifs. Six enfants (50 %) ont signalé des symptômes d'anxiété lors de l'entretien psychiatrique et 3 enfants (25 %) souffraient effectivement d'anxiété selon l'échelle RCMAS. Par rapport aux autres enfants atteints de maladies chroniques, les individus de cette cohorte ont rapporté un score global de qualité de vie inférieur et des scores inférieurs dans les sous-échelles physiques et sociales. Concernant le profil neuropsychologique des enfants, le score moyen à la WISC-V dans notre cohorte était de 87,3± sd=25,3 [52 ;120]. Deux enfants, soit 20% des 10 enfants évalués avec cette échelle, avait un score de QI total situé dans la zone de déficience (QIT < 70).

Conclusion : Cette étude montre que les cytopathies mitochondriales peuvent entraîner des troubles psychiatriques ainsi que des dysfonctionnements neuropsychologiques chez les enfants et les adolescents dont le cerveau est en développement. Elle met en évidence la nécessité de réaliser des évaluations psychiatriques régulières dans cette population.

MTHFR deficiency is a severe autosomal recessive inborn error of folate metabolism leading to hyperhomocysteinemia and low methionine due to the dysfunction of the remethylation pathway of homocysteine to methionine.

MTHFR deficiency can present at any age. The clinical course varies according to the age of onset: the early-onset presentations (neonatal period and early infancy [≤ 3 months]) and the non-early-onset presentations (late infancy or early childhood [from 3 months to 10 years] and adolescence or adulthood [ > 10 years]). Early-onset patients typically exhibit a life-threatening acute neurologic deterioration. However, data on these patients especially long-term outcomes are scarce. The aims of this study were 1) to study and describe the clinical and laboratory parameters of early-onset MTHFR-deficient patients (i.e. ≤ 3 months of age) and 2) to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcomes.

To this end, we conducted a retrospective multicentric international cohort study on patients with MTHFR deficiency. Characteristics of patients with early-onset MTHFR deficiency were described at time of diagnosis and at the last follow-up visit. Logistic regression analysis was used to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcome in a broader subset of patients with early and non-early-onset MTHFR deficiency.

The study cohort, recruited from 32 international metabolic centres, consisted of 64 patients including 32 with early-onset presentation. More than 70% of the early-onset MTHFR-deficient patients exhibited neurologic symptoms (including hypotonia, microcephaly, seizures) and feeding difficulties at time of diagnosis. Eyes issues (i.e. poor or absent eye contact) and respiratory failure were reported in 38% and 30% of patients respectively. Initial brain MRI abnormalities  included ventricle dilatation (67%), cortex atrophy (56%), external CSF spaces dilatation (56%) and myelination delay (44%). At the last follow-up visit (median follow-up time of 8.1 years), 76% of treated patients exhibited a severe neurodevelopmental outcome. Among the whole study population, pre-symptomatic diagnosis was independently associated with a significantly better neurodevelopmental outcome (adjusted OR 0.004, [0.002-0.232]). The analytic neurologic examination was normal for all of them at the last follow-up visit.

Paediatricians and geneticists need to be aware of this rare and severe but potentially treatable inborn error of metabolism. Treatment should be initiated as early as possible, before irreversible brain damage. This study provides a clear evidence for benefits of pre-symptomatic diagnosis and subsequent appropriate therapeutic management, highlighting the need for systematic newborn screening and family screening in high-risk families for MTHFR deficiency.

A20 est une enzyme d'édition de l'ubiquitine codée par le gène A20 (ou TNFAIP3, tumor necrosis factor a-induced portien 3). A travers son activité E3 ligase et déubiquitinase, A20 régule plusieurs substrats de la voie NF-kappaB, tels que RIP1, NEMO et TRAF6. La protéine A20 joue un rôle central dans la régulation de l'inflammation et de l'immunité en inhibant cette voie de signalisation. Les premières mutations d’A20 décrites en 2016 conduisaient à une haploinsuffisance, donnant ainsi le nom haploinsuffisance A20 (HA20) à cette maladie auto-inflammatoire (MAI) de transmission autosomique dominante. Le phénotype de HA20 est partiellement chevauchant avec celui de la maladie de Behçet mais se caractérise par un âge de début de maladie précoce ; il associe des accès récurrents de fièvre, des ulcères buccaux et génitaux, une atteinte gastro-intestinale avec diarrhée, des arthralgies ou polyarthrites et des uvéites antérieures bilatérales. Avec plus de 25 mutations tronquantes de A20 rapportées à ce jour, HA20 est une MAI monogénique fréquemment diagnostiquée. Cependant, la signification pathogénique des variations faux-sens de A20 a été peu étudiée est reste difficile à établir.

Dans cette étude, nous avons identifié chez six patients indépendants présentant une MAI, cinq nouvelles variations de A20 dont le retentissement fonctionnel a été évalué par des tests cellulaires in vitro : deux variations responsables d’un décalage de cadre de lecture et trois faux-sens. Les deux variations tronquantes c.716dup (p.Ala240Cysfs*14) et c.1504del (p.Arg502Glyfs*195), entraînent une haploinsuffisance due à une dégradation des transcrits A20 par non-sens mRNA decay. La variation faux-sens c.707T>C (p.Leu236Pro) (de classe 3 selon les recommandations de l’American College of Medical Genetics), est responsable d’une dégradation accrue de la protéine mutée (suivi de la stabilité de la protéine et de la dégradation par le protéasome). La baisse d’expression de la protéine A20-Leu236Pro a été par ailleurs confirmée dans les PBMCs provenant des patients. En plus du défaut d’expression, la protéine A20-Leu236Pro présente un défaut fonctionnel avec une moindre suppression de l'activité NF-kappaB que la protéine A20 normale. Quant aux deux autres variations faux-sens identifiées : c.464C>T (p.Thr155Met) et c.237C>G (p.Ser79Arg), de classe 3, elles n’étaient responsables d’aucune anomalie dans les tests in vitro utilisés (étude de l’expression de la protéine et de l’activité NF-kappaB).

Au total, cette étude souligne l’importance d’évaluer le retentissement fonctionnel des variations faux-sens identifiées dans le gène A20 chez les patients chez qui un diagnostic de HA20 est suspecté : les résultats de ces analyses conditionnent la prise en charge thérapeutique des patients et le conseil génétique.

Introduction : L’holoprosencéphalie (HPE) est une malformation cérébrale cliniquement et génétiquement hétérogène. Dans un cadre syndromique, elle peut être associée à diverses malformations fœtales, parfois non détectables lors des échographies de dépistage prénatal.

Méthodes : Nous rapportons le cas d’un fœtus porteur d’une HPE semi-lobaire diagnostiquée à l’échographie, pour lequel un examen fœtopathologique ainsi qu’un séquençage complet de l’exome en trio a été réalisé suite à une interruption médicale de grossesse.

Résultats-Discussion : L’autopsie fœtale a confirmé la malformation cérébrale de type HPE semi-lobaire et a de plus révélé une agénésie complète du pancréas. L’analyse de l’exome a mise en évidence le variant faux-sens c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans le gène CNOT1, apparu de novo chez le fœtus. Dans la littérature 5 enfants porteurs de ce même variant dans CNOT1 ont été décrits. Tous les patients présentaient une HPE et 4 sur les 5 patients décrits avaient une insuffisance pancréatique endo- et exocrine ou une agénésie du pancréas. Le gène CNOT1 code pour une sous-unité du complexe CCRN4-NOT, impliqué dans la dégradation post-transcriptionnelles des ARNm, et est exprimé au stade précoce du développement embryonnaire. En 2019, De Franco et al., suggèrent un effet précoce de ce variant sur la voie Sonic Hedgehog à l’origine d’une inhibition de la répression de SHH et d’un blocage de la différenciation des cellules pluripotentes en cellules pancréatiques.

Conclusion : Cette observation est la première description fœtale du phénotype associant HPE et anomalie du développement pancréatique lié au variant récurrent c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans CNOT1. L’agénésie pancréatique, difficilement détectable lors des échographies obstétricales, est cependant un élément diagnostique essentiel et conforte l’importance de l’examen fœtopathologique pour orienter les analyses génétiques.

Le syndrome Kabuki (SK) est une maladie génétique rare avec une prévalence de 1/32000 naissances mais qui est fréquente chez les fœtus avec malformation. Le diagnostic clinique du SK peut être difficile au cours de la première année de vie ou lorsque les caractéristiques dysmorphiques sont atypiques. L’identification de variants pathogènes de novo dans les 2 gènes connus du SK (KMT2D et KDM6A) représente alors une confirmation du diagnostic. Notre laboratoire propose ainsi une analyse moléculaire des gènes responsables du SK ainsi que d’autres gènes régulant la méthylation via une approche haut débit par panel de gènes cibles. Depuis sa mise en place, cette stratégie moléculaire a confirmé le diagnostic clinique du SK dans environ 70.7% des cas (29/41 patients SK), parmi lesquels 96,5% (28/29) présentent un variant de classe 4 ou 5 dans KMT2D et seulement 3,4% (1/29) dans KDM6A. Cependant, l’absence de confirmation moléculaire dans 29.3% des cas (12/41) soulève la question suivante : existe-t-il un variant non détecté par les techniques utilisées ou s’agit-il d’un autre gène ?

Récemment, des profils uniques de méthylation de l'ADN génomique de certains gènes ou épi-signatures ont été établis (Aref-Eshghi E, Am. J. Hum. Genet, 2020). Afin de répondre à la question posée, une étude du profil de méthylation de l’ADN des 11/12 patients « négatifs » pour ces 2 gènes a été réalisée, en collaboration avec le Dr Sadikovik via la plateforme EpiSign-CAN. Au préalable, une reprise minutieuse des données cliniques a permis un classement en 2 groupes : patients «SK typiques» (n=3) et «SK atypiques» (n=8). Les résultats montrent que seuls les patients «SK typiques» présentent une signature épigénétique similaire à celle préalablement établie lors de l’analyse des patients avec un variant KMT2D ou KDM6A, ce qui suggère un diagnostic différent pour les «SK atypiques».

La ré-analyse des données de séquençage des 3 patients «SK typiques» avec épisignature spécifique, à l’aide du pipeline bio-informatique MOBIDL (https://github.com/mobidic/MobiDL) plus performant pour la détection des indels et ensuite l’analyse des variations du nombre de copies, ont permis d’identifier 2 nouveaux variants KMT2D. Un variant tronquant, délétion de 20 nucléotides dans l’exon 34 : c.9962_9993del ; p.(Arg3321Hisfs*91)) et une délétion d’au moins une partie de l’exon 35. Ce résultat permet de confirmer le diagnostic du SK pour 2 patients sur 3. Une analyse moléculaire étendue aux régions introniques profondes et régulatrices pourrait aider à identifier le variant causal chez le troisième.

Compte tenu du faible effectif de notre étude, il serait intéressant de répliquer ce résultat sur un échantillon plus large, afin de pouvoir généraliser l’épisignature dans le SK. Une telle approche apporterait une aide précieuse et complémentaire au NGS, et permettrait la sortie de l’impasse diagnostique pour les patients SK et probablement aussi pour des patients atteints d’autres chromatinopathies.

La paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS) est un syndrome extrêmement rare. Il s'agit d'une pathologie autosomique récessive, caractérisée par l'absence de mouvements oculaires horizontaux conjugués et une scoliose débilitante progressive pendant l'enfance et l'adolescence. Le HGPPS est associé à des mutations dans le gène ROBO3. Dans cette étude, l'objectif était d'identifier l'étiologie génétique dans une cohorte de patients tunisiens diagnostiqués cliniquement comme atteints de HGPPS.

Treize patients tunisiens issus de six familles consanguines non apparentées ayant des manifestations cliniques de HGPPS ont fait l'objet d'une étude clinique détaillée sur une période de 10 ans. Nous avons investigué les variants en cause utilisant dans un premier temps, le séquençage Sanger, puis, dans un deuxième temps, le séquençage de l’Exome complet (WES).

Quatre mutations homozygotes distinctes ont été identifiées dans le gène ROBO3. Deux de ces mutations ont été identifiées pour la première fois à savoir le variant c.3412C > T au niveau de l’exon 23 chez deux patients originaires de la même région ainsi que le variant c.2833dupG présent au niveau de l’exon 19 et détecté chez 4 patients. L’utilisation des outils de prédiction et l’analyse clinique ont confirmé leur effet pathogène. Les deux autres variants ont été décrits auparavant chez des patients Tunisiens, dont le variant c.284T > C au niveau de l’exon 4 et le variant c.1450T > C au niveau de l’exon 9. Les variants trouvés par WES ont été validés par séquençage Sanger confirmant leur mode de ségrégation.

Il s'agit de la plus grande cohorte de patients tunisiens avec HGPPS dans laquelle des mutations dans le gène ROBO3 ont été identifiées. Ce travail a permis d’élargir le spectre de mutations pour le syndrome HGPPS en Tunisie et dans le monde, ce qui permettra de mettre en place un diagnostic prénatal et un conseil génétique pour les familles à risques, ainsi qu’une prise en charge précoce des patients.

Objectif. Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est un syndrome de prédisposition au cancer lié à la présence d’une mutation bi-allélique (homozygote ou hétérozygote composite) dans l'un des quatre principaux gènes de réparation des mésappariements (gènes MMR) PMS2, MSH2, MSH6 ou MLH1. Il est associé à l'apparition précoce de cancers, en particulier les glioblastomes (GBM) survenant à un âge pédiatrique. Notre objectif était de décrypter les spécificités moléculaires des gliomes apparaissant dans ce contexte.

Méthodes. Une analyse complète des données cliniques, histopathologiques et génomiques (séquençage de l'exome entier) a été réalisée chez 12 enfants atteints d’un CMMRD, pour lesquels nous disposions de matériel tumoral congelé (10 GBM et 2 astrocytomes anaplasiques).

Résultats. Huit patients présentaient un phénotype ultra-muté avec plus de 100 variants somatiques non synonymes (NS) d'un seul nucléotide (SNV) par mégabase (Mb). Aucune corrélation n'a été observée entre le nombre de mutations et le sexe, l'âge, la survie globale ou le gène MMR muté. Des mutations somatiques dans le domaine exonucléase de POLE ou POLD1 ont été identifiées chez respectivement 8 patients et 1 patient. Les 4 tumeurs sans altération somatique de POLE ne présentaient pas un phénotype classique ultra-hypermuté (nombre de NS coding SNV/Mb : 2, 4, 77, 80). Tous les patients porteurs d'une mutation POLE avaient plus de 20 NS SNV/Mb avec une VAF supérieure à celle de la mutation POLE initiatrice (médiane 40 [range 23-96). Ces deux résultats suggèrent que le phénomène d'accélération de la survenue des mutations a commencé avant l'apparition de la mutation somatique de POLE. En effet, l'analyse des différents bursts de mutations montre que les signatures mutationnelles des tumeurs, dominées par les signatures MMR, n’ont été que légèrement modifiées après l'apparition de la mutation POLE. Des altérations somatiques récurrentes précoces (VAF supérieure à celle de la mutation somatique de POLE) et définies comme pathogéniques ont été observées dans SETD2 (9/12), TP53 (9/12), NF1 (9/12), EPHB2 (8/12) et DICER1 (7/12). Seule la moitié des tumeurs surexprimait PDL1 en immunohistochimie et cette surexpression n'était pas associée à une charge de mutation tumorale plus élevée.

Conclusion. Les gliomes associés au CMMRD ont une oncogenèse spécifique avec des voies de signalisation et des mutations différentes de celles habituellement observées dans les GBM pédiatriques ou adultes de survenue sporadique. Les altérations fréquentes dans les voies MAPK ou DNA-PK, par exemple, peuvent suggérer l'utilisation d'autres thérapies ciblées en dehors des inhibiteurs de PD1.

Les tests de panel de gènes estimant le risque de cancer et leurs résultats peuvent être source d’interprétation difficile et de détresse chez les patients. L’objectif de cette étude était d’évaluer dans quelle mesure les cliniciens en oncogénétique repèrent les difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer chez des femmes à haut risque de cancer du sein. Il s’agissait également d’évaluer si un repérage adéquat, une sous- ou surestimation des difficultés pouvaient résulter en une détresse plus importante chez ces femmes, et si le niveau de détresse pouvait être affecté par le type de résultat de test.  

L'étude est prospective observationnelle et menée auprès de dyades patiente-clinicien dans des services d’oncogénétique en Allemagne, Espagne et France, impliquant 709 patientes (taux de participation, 83.4%) et 31 cliniciens (taux de participation, 100%). L’accord patiente-clinicien sur les difficultés psychosociales perçues a été mesuré à l’aide du questionnaire portant sur les "Aspects Psychosociaux liés au Cancer Héréditaire (PAHC)" complété indépendamment par les cliniciens et les patientes après la consultation initiale. Ce questionnaire porte sur différents domaines de difficultés liées à la prédisposition héréditaire, l’impact du test sur le plan pratique, la communication familiale, les enfants et le fait de vivre avec le cancer. Les taux (nombre et pourcentage) et les degrés (coefficients Kappa) d’accord ont été calculés. Les niveaux de détresse ont été mesurés grâce à l’échelle "Anxiété et Dépression (HADS)” après la consultation initiale (T1) et de remise de résultat (T2).

Les degrés d’accord sur la perception des difficultés par les patients et les cliniciens sont apparus très modestes, avec des coefficients Kappa allant de 0.001 à 0.17. Les difficultés ont été généralement sous-estimées, dans la plupart des domaines du PAHC. Les niveaux de détresse des patientes, faibles en moyenne, se sont révélés stables de T1 à T2, quels que soient le jugement adéquat ou inadéquat des cliniciens à propos de la présence ou non de difficultés, ou le type de résultat de test génétique. Néanmoins, des scores au HADS de plus de 12 soulignant la nécessité d’une orientation psychologique ont été observés chez près de 30% des patientes. Ces niveaux de détresse > à 12 ont été observés spécifiquement là où le clinicien sous-estimait ou évaluait correctement la présence de difficultés émotionnelles.

Ces résultats suggèrent la nécessité d’améliorer l’appréciation des besoins d’orientation psychologique des patientes s’adressant en oncogénétique face au risque élevé de cancer du sein. Améliorer l’évaluation des difficultés émotionnelles mais aussi le processus d’orientation vers un accompagnement psychologique lorsque des difficultés ont été correctement repérées permettrait de minimiser la détresse chez les patientes qui en présentent au cours de la démarche en oncogénétique.

Le rétinoblastome est une tumeur maligne pédiatrique de la rétine résultant de l’inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur RB1 dans une cellule rétinienne ou, dans de rares cas, à l’amplification somatique du gène MYCN. Dans près de la moitié des cas, il existe une prédisposition génétique avec la présence au niveau constitutionnel d’un variant pathogène du gène RB1 alors que le rétinoblastome non héréditaire est principalement causé par l'inactivation des deux allèles RB1 au niveau somatique. Plusieurs polymorphismes ont été rapportés comme biomarqueurs du risque de rétinoblastome, de son agressivité ou de son invasion. L’analyse génétique de l’ADN tumoral à la recherche des deux variants pathogènes du gène RB1 est l’examen le plus informatif. A ce jour, cette analyse n’est possible que chez les patients traités par énucléation. Cependant, l’augmentation de l’utilisation de traitements conservateurs a fait chuter le taux d’énucléation. De récentes études ont montré que l'ADN tumoral circulant issu de l’humeur aqueuse peut être analysé chez les patients atteints de rétinoblastome. Nous avons mis au point une nouvelle méthode de séquençage haut débit analysant un panel de gènes avec utilisation de barcodes moléculaires, aussi appelés UMI (Unique molecular identifiers), permettant une détection très sensible de la prédisposition génétique et des biomarqueurs du rétinoblastome en une seule analyse. Il s'agit de la première utilisation des UMI pour la génétique du rétinoblastome. Ce panel de gènes permet de détecter les variants ponctuels de RB1, y compris les variants en mosaïque faible, les réarrangements de grande taille de RB1 dont la perte d’hétérozygotie, les amplifications de MYCN, et des facteurs modificateurs du risque de rétinoblastome ou autres biomarqueurs.  Il a été évalué sur 30 échantillons provenant de 23 patients atteints de rétinoblastome. Cette technique permet d’étudier l’ADN extrait de différents fluides biologiques : de l’ADN génomique extrait de sang total, de l’ADN tumoral extrait de fragment tumoral, d'humeur aqueuse ou de plasma. L'accès à l'ADN tumoral circulant améliore le diagnostic de la prédisposition génétique chez les patients bénéficiant d’un traitement conservateur et donne accès à des biomarqueurs pouvant guider la stratégie thérapeutique.

On estime que 2 à 4% des cancers du rein surviennent dans un contexte de prédisposition génétique. Selon les recommandations françaises établies par le réseau PREDIR (PREDispositions aux tumeurs du Rein), en cas de suspicion d’une prédisposition génétique au cancer du rein, les laboratoires effectuent l’analyse d’un panel de gènes incluant à minima les gènes VHL, FLCN, FH, MET et SDHB en raison du risque reconnu de cancer du rein associé à la détection d’un variant pathogène.

Selon l’évolution des connaissances, les laboratoires incluent régulièrement de nouveaux gènes « recherche » à ce panel. Les variants dans ces gènes sont rendus au prescripteur à la discrétion des laboratoires effectuant l’analyse.

Nous avons repris rétrospectivement les analyses des patients analysés en NGS sur 18 gènes : VHL, SDHB, FLCN, MET, FH, BAP1, SDHC, SDHD, SDHA, SDHAF2, TMEM127, MAX, CDC73, PTEN, MITF, HNF1b, CDKN2B, PBRM1, TP53. L’objectif principal de ce travail était d’étudier la fréquence de détection et la répartition des anomalies au sein de notre panel et de discuter l’intérêt d’une analyse systématique de certains gènes.

              Au total, 742 patients avec un cancer du rein ont été analysés. L’âge moyen au diagnostic était 45 ans, 117 patients présentaient des tumeurs multiples, 130 une histoire familiale de cancer du rein, 56 des signes associés pouvant faire évoquer une forme syndromique. L'histologie était renseignée pour 834 des 857 tumeurs.

Le séquençage a permis la détection d’un variant pathogène ou probablement pathogène (VP) chez 33 patients (4,5%) et la détection de variants de signification inconnue (VSI) chez 55 (7,4%). Dix-neuf VP ont été détectés dans les principaux gènes de prédisposition ainsi qu’une majorité de VUS (56%).

La détection d'un PV était significativement associée à la présence d'une autre tumeur ou de signes associés chez le cas index, et à des antécédents familiaux. Elle était plus fréquente dans certains types histologiques.

L’analyse en NGS nous a permis d’analyser en parallèle plusieurs gènes susceptibles d’être impliqués dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein, quels que soient l’histologie et le contexte clinique dans le cadre des indications du réseau PREDIR. Cette approche semble particulièrement efficace dans les formes syndromiques et certains sous types histologiques et a parfois permis de corriger certains diagnostics.  Le nombre important de VSI implique de développer les études tumorales ou d’autres approches pour mieux classer ces variants. Le rendement de détection est meilleur si l’on augmente le nombre de gènes analysés mais reste globalement faible, faisant suspecter une part importante de facteurs génétiques et/ou environnementaux inconnus à ce jour. Un travail national est en cours pour harmoniser les pratiques entre laboratoires, définir le « meilleur » panel à proposer chez les patients susceptibles d’avoir une prédisposition au cancer du rein et leur proposer une surveillance adaptée.

Introduction :

Les carcinomes rénaux papillaires (papRCC) sont des tumeurs rares, représentant 15 à 20 % des carcinomes à cellules rénales (RCC). Parmi eux, on distingue classiquement 2 sous-types histologiques, le type 1 (papRCC type 1) et le type 2 (papRCC type 2), pouvant co-exister au sein d’une même tumeur (papRCC mixte). Cliniquement, les papRCC type 2 semblent associés à un moins bon pronostic. Une évolution métastatique survient dans 6-10% des cas, avec un pronostic sombre. Le profil mutationnel des papRCC a été peu exploré mais l’étude menée par The Cancer Genome Atlas en 2015 sur 157 tumeurs a montré que les gènes les plus fréquemment mutés étaient MET, FAT1, SETD2 et NF2.

L'objectif de notre étude était de définir une signature mutationnelle spécifique des papRCC métastatiques en vue d’identifier des facteurs prédictifs et de potentielles cibles thérapeutiques pour ce cancer dont le pronostic reste très péjoratif.

Matériel et méthodes :

A partir d’une cohorte monocentrique rétrospective de 242 patients atteints de papRCC, opérés dans les hôpitaux Necker ou Georges Pompidou (Paris) entre 2010 et 2020, nous avons identifié 24 patients (10%)  ayant développé des métastases synchrones (n=11) ou métachrones (n=13).

Pour chacun, nous avons collecté les données clinicopathologiques et avons étudié les profils génétiques et immunohistochimiques des tumeurs primaires.

Nous avons réalisé l’étude génétique somatique (ADNs tumoraux extraits de fragments congelés ou FFPE) par NGS grâce à un panel maison (Twist Bioscience®) ciblé de 29 gènes impliqués dans la tumorigenèse rénale. Les immunohistochimies ont été réalisées par Tissue MicroArray utilisant 14 anticorps ciblant FH, SMARCB1, SMARCA4, TFE3, MET, BAP1, PBRM1, 4-EBP1-P, S6K-P, PDL1, CD3, CD8, CD163 et CD20.

Résultats :

Parmi les 24 papRCC primaires analysés, deux étaient de type 1, 7 de type 2, deux mixtes, 12 inclassables et un biphasique.

Des variations somatiques pathogènes (VP) ou probablement pathogènes (VPP) ont été identifiées dans 58% des tumeurs primaires analysées (14/24). Le nombre d'anomalies identifiées était multiple dans 8 cas. Des VP/VPP ont été trouvées dans les gènes SMARCB1 (n=4), NF2 (n=4), MET (n=3), BAP1 (n=3), VHL (n=3), SETD2 (n=2), PBRM1 (n=2), FH (n=1), KDM6A (n=1), TP53 (n=1), TSC1 (n=1) et TSC2 (n=1). Les résultats du phénotypage immunohistochimique sont en cours d'analyse.

Conclusion :

Les anomalies des gènes SMARCB1 et NF2 sont les plus fréquemment retrouvées dans notre série de papRCC métastatiques, avec une fréquence de 17% pour chacun d'eux. Dans l'étude du TCGA qui comprenait seulement 5 tumeurs métastatiques sur 157 papRCC étudiés, des mutations de ces gènes avaient également été rapportées mais avec une fréquence moindre (2.5% et 6.4% respectivement). Nos résultats suggèrent donc que des mutations des gènes SMARCB1 et NF2 pourraient être des facteurs prédictifs précoces d'évolution métastatique chez les patients atteints de papRCC.

Au cours de la dernière décennie, le séquençage haut débit pangénomique (STHD) a révolutionné le diagnostic et la recherche médicale. Son utilisation massive a permis d’identifier de nombreux nouveaux gènes responsables de maladies rares (MR). Par ailleurs, depuis quelques années, le STHD est transféré en diagnostic en France, et depuis 2016 dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) qui ambitionne de réaliser à terme un séquençage de génome entier chez 17.000 patients atteints de MR par an. La réanalyse des données, la constitution et/ou la participation à des bases de données (de variations génomique gènes d’intérêt) et le partage de données à l’échelle nationale et internationale sont des enjeux médicaux, scientifiques et stratégiques majeurs. C’est dans ce contexte que le CAD (Collecteur Analyseur de Données) a été créé.  Il a pour objectif de rassembler l’ensemble des données génomiques issues du PFMG2025 et proposera des outils d’aide à l’interprétation à la fois dans le cadre du soin et de la recherche.

Dans le cadre du soin, la réanalyse des données peut être réalisée pour chaque patient individuellement à la demande du prescripteur, devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou de nouvelles hypothèses diagnostiques. Une réanalyse systématique et prospective des données de l’ensemble des patients dont les résultats ont été négatifs/non conclusifs s’avère particulièrement efficace. Dans la déficience intellectuelle par exemple, chaque réanalyse annuelle des données d’exome identifie le diagnostic chez environ 5-7% de ces patients.

Dans le cadre de la recherche, l’enjeu est également crucial puisqu’un élément clé pour confirmer un lien de causalité entre une MR et un nouveau gène candidat est d'identifier plusieurs individus non apparentés présentant des phénotypes chevauchants et porteurs de variations génomiques dans le même gène avec le même modèle d'hérédité. La réanalyse ciblée des données à la demande des chercheurs sur une hypothèse donnée ou la mise à disposition de bases de données de variations candidates d’intérêt (telles que de novo-db par exemple) ont déjà fait la preuve de leur intérêt, de même que le partage de ces variations sur des plateformes internationales (telles que Matchmaker Exchange).

A l’échelle du CAD, et dans l’hypothèse d’une réanalyse prospective massive des données pour lutter contre l’impasse diagnostique et favoriser la recherche dans les MR, deux axes majeurs du PNMR3, des réflexions s’imposent pour déterminer la stratégie et les outils à déployer à l’échelle nationale. Un groupe de travail dédié dans le cadre du PFMG2025 a été mis en place à cet effet. Nous proposons de présenter ses réflexions, ses orientations et les stratégies proposées pour optimiser la réanalyse, les bases et le partage des variations génomiques d’intérêt dans le cadre du PFMG2025.

Introduction: Le séquençage d’exome/genome (ES/GS) entraine régulièrement d’implications de nouveaux gènes ou l’extension phénotypique de gènes déjà connus en pathologie humaine. La réanalyse prospective complète des données d’ES/GS a démontré son efficacité avec un rendement diagnostique additionnel de 10.5% à 32%, mais se heurte à des difficultés organisationnelles importantes pour les laboratoires de diagnostic. Des alternatives moins chronophages ont été discutées comme des réanalyses complètes à la demande du patient et/ou du clinicien, ou ciblées devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou hypothèses diagnostiques. Il est possible d’interroger une grande quantité de données génomiques de façon ciblée, par une ligne de commande nommée grep. Celle-ci n’a été utilisée à ce jour, qu’en cancérologie afin de rechercher des fusions de gènes ou des insertions Alu. Nous présentons une stratégie de réanalyse innovante basée sur une veille bibliographique prospective intensive associée à une recherche ciblée par ligne de commande grep directement appliquée à notre base de données de plus de 6000 exomes.

Méthodes: Depuis avril 2019, nous soumettons quotidiennement 5 mots-clés d’intérêt sur PubMed : intellectual disability, (neuro)developmental delay, (neuro)developmental disorder. Chaque gène nouvellement identifié en pathologie humaine ou dans un nouveau phénotype a été « greppé » dans les 6000 VCF de notre base de données d’ES, avec une ligne de commande Linux et un script à façon afin de collecter toutes ses variations.

Résultats: En 24 mois, 199 gènes sont « greppés » dans 6000 ES dont 2366 cas index avec anomalies du développement/déficience intellectuelle (1550 avec un résultat négatif ou non concluant) et 656 de leurs apparentés. Parmi ces 199 gènes, au moins 78 étaient nouvellement impliqués en pathologie humaine, ou dans un phénotype différent. 89 variations candidates sont identifiées chez 88 cas index. Après discussion pluridisciplinaire, validation Sanger et ségrégation familiale, un diagnostic causal est confirmé pour 26/199 greps (13%) chez 31/1550 cas index (2%) ; des variations de signification incertaine (VSI) sont identifiées pour 24/199 greps (12%) chez 38/1550 cas index (2,5%), dont 37.5% sont inclues dans des collaborations internationales. Le délai entre la publication et le compte-rendu était en moyenne de 2.1 mois. Les journaux Am J Hum Genet, Brain, J Med Genet et Genet Med étaient les plus contributifs conduisant à 32% des diagnostics.

Conclusion: Cette stratégie de réanalyse s’avère efficace et conduit à des diagnostics rapides. Une veille bibliographique prospective intensive appliquée à une base de données d’ES importante apparait efficace et s’avère moins laborieuse qu’une réanalyse périodique complète pour les laboratoires. L’utilisation d’outils de veille bibliographique automatisés, par intelligence artificielle par exemple, pourrait être une piste intéressante à explorer pour optimiser cette stratégie.

Les anomalies du développement sont extrêmement hétérogènes, mais les caractéristiques cliniques typiques associées aux syndromes OMIM, avec gènes bien connus, représentent une aide précieuse dans l'identification des variants génétiques. Cependant, les investigations génétiques de première intention telles que le séquençage ciblé, les panels de gènes ou le séquençage de l'exome peuvent ne pas mener à un diagnostic moléculaire, entraînant une multiplication de tests diagnostiques.

Nous avons recruté 15 personnes avec un diagnostic clinique typique OMIM avec un mode de transmission autosomique récessif et un seul variant hétérozygote identifié par des tests génétiques de première intention (8/15), ou avec une transmission autosomique dominante ou liée à l'X et sans variant causal identifié (7/15). Nous avons appliqué une analyse en deux étapes comprenant le séquençage du génome en solo (GS) complétée par une analyse transcriptomique (ARNm-seq) dans des échantillons sanguins ou de fibroblastes si nécessaire.

Le GS à lui seul a identifié cinq variants (SNVs/indels) causals, tous manqués par les tests ciblés de première intention, et quatre variants structurels (SVs) (dont deux délétions (6,5 kb et 4,2 kb), une translocation équilibrée et un réarrangement complexe). L'analyse de l'ARNm-seq a permis de valider l’effet délétère de deux réarrangements complexes détectés par GS et qui ont pu être résolues par cartographie optique et GS long read. Il a également permis de mettre en évidence un SV et un SNV intronique profond non identifié auparavant par GS seul.

Nous montrons que les pathologies OMIM typiques avec des résultats de première intention négatifs ou non concluants peuvent être résolus par un déploiement séquentiel de GS et ARNm-seq. Ces approches nous ont permis de confirmer un diagnostic moléculaire dans 87% (13/15) de notre cohorte. Dans l'ensemble, GS et ARNm-seq peuvent être intégrés dans la routine de diagnostic, permettant d'établir de nouveaux diagnostics moléculaires non identifiables par des approches standard.

L’évolution des techniques de caractérisation génomique et épigénétique a toujours été l'un des fers de lances de la biologie moléculaire moderne et a incontestablement permis des découvertes scientifiques majeurs au cours des dernières décennies. En effet, les technologies de séquençage n'ont cessé d'innover et d'évoluer pour fournir des outils puissants capables d’explorer le génome et l'épigénétique à travers une myriade d’applications qui font dorénavant partie de l’arsenal de dispositifs utilisables aussi bien en recherche que dans les laboratoires d’analyses médicales. Ainsi l’arrivé de nouvelles technologies capables de détecter des altérations indécelables avec les appareils de séquençage déjà en place, avec un coût moindre, un débit plus élevé et/ou une vitesse plus rapide a toujours suscité un grand intérêt pour faire progresser la biologie moléculaire. Ces dernières années, l'intérêt du séquençage par Nanopores s'est progressivement accru dans ce domaine du fait de ces caractéristiques uniques. Techniquement, le séquençage par Nanopore est basé sur la détection en temps réel du changement de courant ionique provoqué par le passage d'un acide nucléique à travers un pore nanométrique intégré dans une membrane électriquement résistante. La technologie de séquençage par Nanopore permet ainsi de distinguer les différents types de nucléotides et donc de séquencer les acides nucléiques sans étapes de synthèses mais aussi de détecter directement les modifications de bases tel que la méthylation des cytosines sans traitement chimique.

Basé sur l’expérience que nous avons acquis de l’utilisation du séquençage par Nanopore depuis 2018 au sein du service d’oncogénétique de l’institut Curie et en particulier sur le méthylome, le low-coverage whole-genome sequencing et la résolution de variants structuraux complexes, nous proposons de faire le point sur ce type de séquençage et sur ses potentielles utilisations applicables en routine diagnostic.

Malgré certaines limitations importantes comme une précision de lecture moindre par rapport aux technologies de séquençage short-read couramment utilisées, le séquençage par Nanopore possède néanmoins des caractéristiques uniques couplées à une simplicité d’utilisation, a un rendu de résultat extrêmement rapide et à son impressionnante possibilité très récemment décrite d’enrichissement contrôlé informatiquement (ou adaptive sampling en anglais). Son utilisation était jusqu’à maintenant plutôt réservé à un usage en recherche mais il y a fort à parier que le séquençage par Nanopore vienne progressivement s’implémenter dans nos laboratoires d’analyses médicales pour des indications précises, seul ou en complément d’autres techniques d’analyse moléculaire déjà en place.

L'infertilité masculine est un problème de santé majeur présentant une importante étiologie génétique. Malgré les apports récents du séquençage haut débit qui a permis l’identification de nombreux facteurs génétiques, l'efficacité diagnostique globale de l’infertilité reste faible. En effet, alors que des défauts génétiques ont été associés à plus de 50 % des anomalies rares et graves du spermogramme, les rendements diagnostiques pour les formes communes et modérées d'infertilité masculine, telles que l'oligozoospermie, demeurent inférieurs à 20 %. Comme seule la transmission mendélienne monogénique est actuellement étudiée, nous avons émis l'hypothèse que la faible efficacité diagnostique pourrait être au moins partiellement due à une étiologie complexe. Ainsi, nous suggérons que de nombreux cas inexpliqués d'infertilité masculine pourraient être liés à des défauts oligogéniques, c'est-à-dire à l'accumulation de plusieurs variants délétères hétérozygotes dans des gènes distincts, mais fonctionnellement connectés. Nous avons testé cette hypothèse en étudiant la fertilité et les paramètres spermatiques chez des souris mâles possédant entre une et quatre mutations tronquantes hétérozygotes, qui, dans leur forme bi-allélique, induisent des syndromes d’anomalies morphologiques multiples du flagelle (MMAF). Nos résultats indiquent une détérioration progressive des paramètres de morphologie et de motilité des spermatozoïdes en corrélation directe avec le nombre de mutations hétérozygotes, chaque nouveau variant diminuant davantage la qualité du spermatocytogramme. Il s'agit du premier rapport d’une hérédité oligogénique de l’infertilité masculine, et les résultats présentés ici suggèrent fortement que l'hétérozygotie oligogénique pourrait expliquer une proportion significative des causes de l'asthénotératozoospermie. Ce projet ouvre la voie à d'autres études, chez la souris - pour confirmer que l'accumulation de défauts génétiques hétérozygotes est associée à d'autres anomalies du sperme comme l'azoo/oligozoospermie et chez l'homme, pour évaluer l'importance des défauts oligogéniques dans l'infertilité masculine idiopathique, afin d'améliorer l’efficacité des diagnostiques génétiques.

Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

F Ghieh, AL Barbotin, C Leroy, N Swierkowsky-Blanchard, J Fortemps, C Le Sciellour, C Hue, B Herve, S Jaillard^,, M Albert, M Bailly, V Izard, F Marcelli, J Pravisoran, V Serazin, M Delcroix, HJ Garchon, A Louboutin, B Mandon-Pepin, S Ferlicot, F Vialard

Introduction : Les arrêts de maturation testiculaires (AM) sont à l’origine de la forme la plus sévère d’infertilité masculine, « l’azoospermie non-obstructive », avec absence de production de spermatozoïde. L’identification des étiologies de cette pathologie est donc un enjeu dans le cadre de la prise en charge des patients, pour lesquels une biopsie testiculaire (BT) est réalisée. Avec l’émergence des nouvelles technologies d’analyse du génome: analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et/ou l’analyse de l’exome (WES), différentes anomalies génétiques sont rapportées comme à l’origine des AM chez les patients. En revanche, aucune de ces analyses génomiques n’a été introduite dans la routine clinique de prise en charge des patients.

Matériel et méthodes : 26 patients avec AM homogènes sur l’ensemble des tubes séminifères ont été inclus dans cette étude. Pour chaque patient, une SNP-ACPA et un WES ont été réalisés. Tous les variants considérés comme pathogènes ont été validés par méthode Sanger, et une étude de l’expression de la protéine sur coupe testiculaire des patients et de contrôles a été réalisé.

Résultats : Aucune anomalie du nombre de copies n’a été identifiée en ACPA permettant d’expliquer l’AM, pour l’ensemble des patients. En réalisant le WES, il a été identifié des mutations homozygotes et hétérozygotes composites chez 15 patients.

Discussion et perspectives : Ces résultats ont confirmé l'étiologie génétique de la plupart des patients avec AM, avec une fréquence supérieure à 50 % dans l'ensemble de la cohorte, et 100 % en ne considérant que les patients consanguins. Ils confirment la très grande hétérogénéité génétique des arrêts de maturation testiculaires. Les variants identifiés dans cette étude affectent non seulement des gènes méiotiques déjà associés à l’AM dans la littérature, mais aussi de nouveaux gènes testiculaires décrits seulement chez la souris. Ces résultats plaident pour proposer un WES aux patients atteints d'AM identifié après la BT afin d'éviter une deuxième chirurgie, même si, à l'heure actuelle, il faut prendre en considération la complexité d'une telle procédure. Davantage de données sont encore probablement nécessaires pour proposer un WES avant la chirurgie, même si une telle analyse doit être rapidement mise en place pour les patients consanguins.

Même en l’absence d’informations de nature généalogique, les données génomiques peuvent être utilisées pour estimer les coefficients d’apparentement et de fraternité — la probabilité de partager deux allèles héritées d’un ancêtre commun — de deux individus. Les matrices qui contiennent les valeurs de ces coefficients pour toutes les paires d’individus d’un échantillon sont appelées, respectivement, matrices d’apparentement et de fraternité. Une grande variété de méthodes ont été proposées pour leur estimation ; elles peuvent être calculée également pour des individus considérés comme non apparentés. Elles sont utiles dans un grand éventail de situation, par exemple pour l’estimation de l’héritabilité (additive et de dominance) ou pour la prise en compte d’une structure de population dans les analyses d’association avec le génome entier.

La méthode d’estimation la plus simple qui a été proposée pour des données génétiques, dite « méthode des moments », peut-être facilement transposée au cas de données de séquence ; cependant, pour des données de séquences peu profondes (inférieure à 10x) elle produit des estimateurs biaisés. Nous proposons ici une méthode simple et robuste pour estimer et compenser le biais de ces estimateurs.

Les propriétés de la méthode sont illustrées sur des données simulées à partir des données généalogiques de la population isolée du Cilento (Italie), ce qui permet d’obtenir un échantillon d’individus avec un large éventail de coefficients d’apparentement et de fraternité connus. Notre méthode est plus rapide que les logiciels existants pour l’estimation de l’apparentement sur des données de séquence peu profondes, et d’une précision comparable. De plus les méthodes existantes nécessitent l’application de logiciels tiers, ou reposent sur des modèles statistiques qui pourraient ne pas toujours être pertinents. En revanche, notre package R LoKi, disponible sur github à l’adresse https://github.com/genostats/LoKi/, est autonome et sa flexibilité lui permet de traiter des données de faible profondeur issues de scénarios divers.

L’annonce d’un diagnostic de maladie génétique à un patient implique souvent pour lui la nécessité morale, voire légale, d’en informer sa parentèle à risque. L’objectif de cette Information Génétique de la Parentèle (IGP) est i) de permettre une prise en charge plus précoce des apparentés malades en limitant l’errance diagnostique,  ii) de mettre en place des mesures préventives en informant les futurs parents.

Les enjeux médicaux et éthiques entourant l’IGP en font une problématique universelle, à laquelle les pays ont répondu différemment pour des raisons culturelles, de pratique médicale, d’organisation du système de santé et de cadre légal.

En France la réglementation encadre de manière très stricte l’IGP, qui est légalement obligatoire depuis 2011. A partir d’une situation décrite comme particulièrement difficile par certains patients et associations de malades, est né IGPrare, une recherche collaborative et transversale fondée sur l’expérience de malades ayant dû informer leurs apparentés (soutenue par l'Agence de Biomédecine). L’objectif est de comprendre les mécanismes en jeu lors de l’IGP et de proposer des améliorations concrètes.

En synergie avec cette étude de la situation française, il nous a paru nécessaire de documenter à l’échelle européenne les difficultés rencontrées, mais aussi de mettre en lumière la diversité des solutions médicales, réglementaires ou associatives mises en place pour y répondre.

Favoriser l’échange de solutions originales entre pays européens afin de niveler par le haut les pratiques médicales est d’ailleurs au cœur de l’activité d’Eurordis, la fédération européenne d’associations de maladies rares, dont 80% sont génétiques. Partenaire naturel d’un tel projet, Eurordis y apporte ses compétences, sa légitimité et ses ressources logistiques, depuis l’élaboration et la diffusion du questionnaire au travers de son réseau, jusqu’au partage des résultats européens et français.

Nous focalisons nos recherches sur une dizaine de maladies dans six pays d’Europe, pour lesquels nous documentons le cadre légal, les modalités pratiques de réalisation de l’IGP et les expériences des patients auprès d’une cinquantaine d’associations.

Les volets français et européen ont été élaborés de façon à pouvoir se dérouler en parallèle et alimenter mutuellement leurs réflexions. Ainsi les solutions européennes viendront enrichir les débats autour de l’optimisation de l’IGP en France, réciproquement les associations européennes pourront partager les informations collectivement produites et se saisir des mécanismes déterminants de l’issue du volet français. 

Par son approche multi-maladie et européenne, IGPrare propose une analyse approfondie des mécanismes qui sous-tendent l’efficacité et l’acceptabilité de l’IGP en y intégrant notamment les paramètres culturels et législatifs influençant l’issue de cette démarche. A terme, l’objectif est de favoriser les solutions qui garantissent une meilleure qualité de vie et de prise en charge médicale.

Introduction : L'évolution génétique rapide que nous avons eu ces dernières années a permis de mieux comprendre et de mieux gérer les maladies communes et rares et a eu un impact considérable sur le traitement et la réponse à la thérapie.  Ce développement a commencé principalement en raison de l'achèvement du projet du génome humain en 2003, qui a déclenché des avancées biotechnologiques majeures qui n'ont pas encore cessé. Par conséquent, la génétique a commencé à être considérée comme une discipline prédominante, qui peut avoir un impact sur la pratique clinique quotidienne. En effet, en raison des progrès de la génomique, un nombre croissant de directives cliniques suggèrent désormais l'intégration de tests génomiques et/ou thérapeutiques dans les soins systématiques de routine. La génétique devenant de plus en plus fondamentale dans la compréhension et la gestion des pathologies, il est nécessaire de comprendre quelle est la manière la plus efficace de prendre en charge les personnes affectées ou à risque de pathologies génétiques. Dans ce contexte, l'équipe qui s'occupe de ces patients a évolué avec l'émergence de la profession de conseillers en génétique. Cette dernière est apparue en Europe en 1980, mais elle est encore très discutée et n'est pas encore reconnue dans tous les pays européens. Objectif - L'objectif de cette recherche est d'étudier à la fois comment une équipe devrait être composée dans la prise en charge des patients atteints ou à risque de pathologies génétiques et quel devrait être le rôle du conseiller en génétique - son champ d'action et ses compétences – en Europe. Méthodologie : Nous avons réalisé une étude européenne, en soumettant un questionnaire en ligne aux médecins généticiens sur les points forts et les domaines potentiels d'amélioration sur la profession de conseiller en génétique. Après une étude bibliographique, un questionnaire en ligne composé de 15 questions a été élaboré sur la plateforme Qualtrics. Dans la première partie du questionnaire, la démographie a été étudiée, et dans la deuxième partie, la procédure du conseil génétique a été étudiée. La dernière partie concerne la composition de l'équipe et en particulier sur le rôle du conseiller en génétique. Résultats - 123 généticiens ont participé à cette étude. Il en est ressorti l'importance de la présence du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire et ce que devraient être les compétences et les qualifications du conseiller en génétique. Grâce à ces données, il a été possible de mettre en évidence les différentes approches européennes. Bien que cette nouvelle profession ait des difficultés de reconnaissance dans certains pays, il semble clair que ces professionnels hautement compétents sont essentiels dans les soins aux patients et dans l'équipe multidisciplinaire.

Le syndrome de Phelan-McDermid (SPM) est un trouble neurodéveloppemental rare et complexe caractérisé par un retard global de développement, des troubles du langage variant du retard d’apparition à l’absence totale de langage, une déficience intellectuelle, des symptômes autistiques et de nombreuses comorbidités somatiques notamment rénales, ophtalmologiques, gastriques. Le SPM est lié à l‘haplo insuffisance du gène SHANK3 localisé en 22q13.3 du fait d’une délétion hétérozygote de la région ou d’un variant tronquant de SHANK3. SHANK3 code une protéine d’échafaudage de la région dense post-synaptique des neurones glutaminergiques. Une méta-analyse a montré que les mutations SHANK3 concernent 0.69 % des patients atteints de TSA et sont présentes chez 2.12 % des patients présentant une déficience intellectuelle modérée à sévère. 

En vue de proposer de nouvelles stratégies thérapeutiques aux patients présentant un SPM, une étude de notre groupe a sélectionné 202 composés pharmacologiques, dont certains référencés comme approuvés par la Food and Drug Administration pour leur capacité potentielle à augmenter la transcription de SHANK3 dans les neurones glutamatergiques différenciés à partir de cellules souches humaines. Quatre composés sont apparus comme permettant d’augmenter significativement le niveau d’ARNm SHANK3 et de la protéine et, par conséquent, d’augmenter sa transmission glutamatergique. Nous avons ensuite généré des IPSc à partir de quatre individus atteints d’un TSA, porteurs de variants tronquants de SHANK3. Nous avons ainsi validé l'efficacité de ces composés dans le contexte génétique des patients. Un des composés identifiés est le carbonate de lithium (Li +).

Prescrit chez une jeune fille de 17 ans atteinte d’un TSA portant une mutation frameshift dans SHANK3, nous avons observé une amélioration significative de sa capacité à communiquer, de sa motivation sociale  (diminution du score total à la Social Responsiveness Scale après 3 mois de traitement). D’autres études rapportent une efficacité du lithium sur d’autres symptômes, en particulier les troubles du comportement. Par ailleurs, des modèles cellulaires et animaux porteurs de mutations SHANK3 confirment que le Lithium restaure l’homéostasie des synapses et réduit les comportements répétitifs chez la souris.

Le centre d’excellence autisme et trouble du neurodéveloppement (InoVAND), le laboratoire de cytogénétique de l’hôpital Robert Debré (Paris) - référant pour les TSA et SPM, et les équipes  du Pr T. Bourgeron à l’institut Pasteur vont initier un essai thérapeutique de phase II dont l’objectif principal est d’évaluer l’effet du Li + à 12 semaines sur le déficit de communication sociale chez les patients  ayant un SPM et un TSA.

Nous présenterons ici les conditions de cet essai thérapeutique à savoir ses objectifs, ses critères d’évaluations, et ses critères d’inclusion et d’exclusion. Nous partagerons également les écueils et difficultés rencontrés dans la mise en place du projet.

Les RASopathies sont un groupe de pathologies de troubles du développement causées par des mutations germinales dans des gènes codant des protéines de la voie RAS-MAPK. Leur dérégulation peut avoir des conséquences majeures sur le développement. L’utilisation de techniques de séquençage haut débit pour le diagnostic prénatal de ces pathologies a permis d’améliorer le rendement de leur diagnostic moléculaire et de préciser les anomalies fœtales associées (1).

Cette étude dresse le bilan de trois années de diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies réalisé en soins courant.

La cohorte se compose de 104 prélèvements fœtaux adressés au laboratoire pour suspicion de syndrome de Noonan et autres RASopathies. La présence d’un variant pathogène ou probablement pathogène a été recherchée par séquençage haut débit d’un panel de 32 gènes (A2ML1, ACTB, ACTG1, BRAF, CBL, CCNK, CDC42, EPHB4, FGD1, HRAS, KAT6B, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MRAS, NF1, NRAS, NSUN2, PPP1CB, PTPN11, RAF1, RASA1, RASA2, RIT1, RRAS, SASH1, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1). Les variants sont classés selon les recommandations de l’ACMG (2). Les données échographiques au moment du diagnostic, les issues de grossesses et les éventuelles données cliniques postnatales ont été recueillies pour l’ensemble des échantillons.

Nous avons retenu 17 (16%) variants (probablement) pathogènes au sein des gènes du panel. 47% concernent le gène PTPN11. Deux variants sont identifiés au sein des gènes HRAS, RAF1 et SOS1 et un variant au sein des gènes NRAS, RIT1 et SOS2. L’analyse de la ségrégation familiale montre que la majorité de ces variants sont de novo. Un variant de signification incertaine est identifié au sein du gène RAF1 et est en cours d’exploration. Comme récemment décrit (1)(3), les fœtus atteints de RASopathies présentent le plus souvent de multiples signes d’appel échographique parmi lesquels : une clarté nucale augmentée (≥3,5 mm), la présence de sacs jugulaires persistants, un anasarque foeto-placentaire, des œdèmes sous cutanés, un épanchement pleural uni ou bilateral, une ascite, des malformations cardiaques et/ou rénales, un polyhydramnios. Un seul autre cas de variant SOS2 prénatal a été décrit très récemment (4).

Le spectre mutationnel et d’anomalies fœtales de cette cohorte française est très comparable à ce qui a été précédemment rapporté dans la littérature. Cependant, les anomalies échographiques ne sont pas spécifiques des RASopathies. La question se pose de la réalisation d’emblée d’une analyse d’exome à la recherche d’autres pathologies dont les signes d’appel échographiques pourraient être similaires mais avec le risque de découvertes incidentes (5)(6).

(1) Stuurman et al. J Med Genet. 2019;56:654-661. 

(2) Richards et al. Genet Med. 2015;17:405–424

(3) Sparks et al. N Engl J Med. 2020;383:1746-1756.

(4) Gentile et al. Am J Med Genet A. 2021;185:1897-1902.

(5) Lord et al. Lancet. 2019;393:747-757.

(6) Petrovski et al. Lancet 2019;393:758-67.

Les présentes recommandations s’inscrivent dans la continuité de celles de l’ANPGM (BP-ANPGM_009 : élaboration d’un compte rendu de résultats obtenus par NGS) qu’elles étendent pour les examens de séquençage haut-débit à caractère pangénomique (exome, génome, transcriptome…).

Elles comportent une notice technique abordant les principales problématiques rencontrées dans cette gamme d’examen ainsi que trois comptes rendus, fournis à titre d’exemples (un pour le séquençage d’exome, deux pour le séquençage de génome).

Le contenu des comptes rendus est soumis aux exigences normatives et réglementaires, en particulier, la Norme NF EN ISO 15189 et le SH-REF02, ainsi que l’arrêté du 27 mai 2013 définissant les règles de bonnes pratiques applicables à l'examen des caractéristiques génétiques d'une personne à des fins médicales.

Ces recommandations décrivent les notions qui doivent figurer sur la première page du compte rendu (identification de l’examen, indication de l’examen,  méthode d’analyse, résultat, interprétation et conclusion) ainsi que les items qui peuvent être ajoutés en annexe du compte rendu (méthode analytique, limites techniques, performances de l’examen, périmètre effectif de l’interprétation des données, qualité, politique analytique et post-analytique du laboratoire).

Ces recommandations abordent également la gestion des variations de signification incertaine (VSI), la gestion des variations secondaires et incidentes ainsi que la gestion de la flexibilité des comptes rendus.

Ces nouvelles recommandations s’inscrivent dans l’évolution continuelle des examens de séquençage, et permettent d’avoir une trame qui respecte les réglementations et qui peut s’adapter à l’organisation de chaque laboratoire.

Introduction : Le bilan étiologique des anomalies du développement et de la déficience intellectuelle (AD/DI) a grandement bénéficié des technologies de séquençage d’exome (ES) et de génome (GS). Au cours des dernières années a émergé la question des diagnostics moléculaires multiples (DMM), allant de 1,8% à 7,1% des diagnostics positifs identifiés par ES/GS dans la littérature. Nous présenterons les résultats d’une étude prospective et rétrospective dédiée à l’identification et la caractérisation des diagnostics moléculaires multiples (DMM) au sein d’une cohorte de 2346 patients atteints d’AD/DI.

Méthodes : Entre 03/2014 et 12/2020, notre laboratoire a rendu 730 diagnostics positifs identifiés par ES chez des patients atteints d’AD/DI. A partir de 01/2019, la recherche approfondie de DMM sur les données d’ES a été mise en place, d’une part en prospectif et d’autre part en rétrospectif sur l’ensemble des données d’ES rendues entre 03/2014 et 12/2018.

Résultats : Dans la cohorte prospective (01/2019 à 12/2020), parmi les 421 ES positifs, 18 (4,3%) présentaient un DMM et 17 (4%) incluaient une variation de signification inconnue (VSI) avec une forte probabilité d’être reclassée ; le taux diagnostique global était de 8,3%. Dans la cohorte rétrospective (03/2014 à 12/2018), parmi les 309 ES positifs, la réanalyse de 126 ES est à ce jour disponible (ES rendus avant 2017), incluant 3 DMM (2,4%) et 6 DMM avec une VSI (4,8%) ; le taux diagnostique global était de 7,1%. L’analyse rétrospective est encore en cours pour les résultats rendus en 2017 et 2018, et sera disponible dans les semaines à venir. Les modes de transmission, types de variations, proportion des variations du nombre de copies, le caractère hérité, la contribution des VSI, la temporalité des DMM et les caractéristiques des patients seront discutés.

Discussion : Les taux de DMM, respectivement 4,3% (8,3% en incluant les VSI) et 2,4% (7,1% en incluant les VSI) pour les cohortes prospective et rétrospective, sont en rapport avec la littérature. Deux des 3 DMM retrouvés lors de l’analyse rétrospective n’avaient pas été identifiés lors du rendu diagnostique initial car le gène n’était pas encore impliqué en pathologie humaine. Les taux de DMM s’avèrent variables car ils dépendent de la prise en compte de ce concept par l’équipe d’interprétation, de la mise à jour de données cliniques évolutives, de la connaissance croissante des gènes impliqués en pathologie humaine (gènes non encore connus, VSI non encore reclassées) et de l’amélioration des outils bio-informatiques. Les DMM semblent être sous-estimés dans les AD/DI alors même qu’ils impactent significativement les patients et leurs familles pour le conseil génétique, le dépistage anténatal et un suivi personnalisé. Ils participent également à une meilleure définition des spectres phénotypiques. Les DMM identifiés par réanalyse des données positives interrogent sur la nécessité de réanalyser les ES positifs, à la demande ou systématiquement.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble neuro-développemental fréquent touchant 1 à 3% de la population et d’origine majoritairement génétique. Par séquençage à haut débit d’exome chez des patients atteints de DI sévère puis après un appel à collaboration internationale sur GeneMatcher, le gène SEMA6B a été identifié comme un bon candidat pour la DI. Quatorze variations dont onze jamais décrites dans la littérature (quatre faux-sens, six frameshift et quatre non-sens dont deux récurrents) ont ainsi été identifiées chez seize patients non apparentés atteints de déficience intellectuelle sévère à modérée sans dysmorphie reconnaissable ni malformation. Les patients avaient un langage limité à quelques mots ou absent, des troubles de motricité globale et de motricité fine, des stéréotypies et une épilepsie pour la majorité d’entre eux. Des données d’imagerie cérébrale étaient disponibles pour 7 patients, mentionnant des anomalies modérées et non spécifiques chez 3 d’entre eux : atrophie corticale, atrophie cérébelleuse, corps calleux fin ou court, syndrome d’interruption de la tige pituitaire. Le gène SEMA6B code la protéine sémaphorine 6B, une protéine chimiorépulsive inhibant la croissance axonale lors du développement du système nerveux central. Afin de démontrer l’implication de ce gène dans un phénotype neurodéveloppemental, nous avons initié des études fonctionnelles en générant des constructions plasmidiques contenant la forme sauvage ou mutée du gène Sema6b (cDNA murin). Ces constructions ont été surexprimées dans des lignées cellulaires (HEK293T) puis dans des cultures primaires de neurones hippocampiques de souris. Dans un premier temps, nous avons évalué l’impact de ces mutations sur la stabilité des protéines par Western Blot dans les cellules HEK293T et sur leur localisation subcellulaire par immunocytochimie dans les cellules HEK293T et les cultures neuronales. Les conséquences induites par les variations du gène Sema6b sur la morphogenèse et la synaptogenèse ont également été évaluées via l’étude de différents paramètres neuronaux tels que la morphologie, l’arborisation dendritique ou encore la densité synaptique dans les cultures de neurones après analyse en microscopie confocale. Les résultats montrent un impact des variations non-sens sur la localisation subcellulaire de la protéine que ce soit dans les lignées cellulaires HEK293T ou dans les neurones. De plus, les variations semblent altérer la densité synaptique des neurones et la maturation des épines dendritiques. Ces résultats suggèrent que l’expression d’un variant protéique de SEMA6B pourrait altérer la morphogenèse neuronale. Cette étude permet donc de valider la pathogénicité de ces variations et plus largement de démontrer le rôle de la sémaphorine 6B dans la physiopathologie de la DI.

Les troubles du spectre autistique (TSA) concernent 1 à 2% de la population. Ces troubles neurodéveloppementaux sont caractérisés par des altérations de la communication et des interactions sociales, ainsi que des comportements stéréotypés et des intérêts restreints. Plus de 200 gènes sont associés à l’autisme, mais pour chaque gène le nombre de patients est limité (<1% de toutes les formes d’autisme). 

Les mutations du gène SHANK3, qui code pour une protéine d’échafaudage de la densité post-synaptique des synapses glutamatergiques, concernent 1-2% des patients avec TSA et déficience intellectuelle, notamment les patients atteints du syndrome Phelan-McDermid, généralement porteurs d’une délétion terminale de la région 22q13.3. Les autres symptômes de ce syndrome sont une hypotonie néonatale, une absence ou un retard d’acquisition du langage, une épilepsie dans 60% des cas.

Nous avons entrepris une caractérisation multi-échelle de la souris mutante Shank3^Δ11/Δ11 dépourvue des isoformes majeures de SHANK3. Cette caractérisation comprend (i) une étude longitudinale (de 3 à 12 mois) du comportement des animaux, (ii) des analyses moléculaires à grande échelle (transcriptome et protéome de différentes régions du cerveau), (iii) l’étude de l’expression de gènes/protéines d’intérêt par RT-PCR quantitative et immunomarquage sur coupes de cerveau et (iv) de l’imagerie cérébrale fonctionnelle. Durant ce projet, nous avons développé deux outils innovants : le Live Mouse Tracker (LMT) qui permet d’analyser automatiquement le comportement d’un groupe d’animaux et un système automatique d’analyse des vocalisations ultrasoniques (USV) émises par les souris. Pour identifier les anomalies d’activation et de connectivité cérébrale chez la souris Shank3^Δ11/Δ11 nous utilisons l’imagerie fonctionnelle par ultrasons (fUS) sur la souris éveillée avec présentation éventuelle de stimuli sociaux.

L’analyse comportementale a mis en évidence une diminution des comportements exploratoires, une augmentation des interactions socio-sexuelles et des comportements stéréotypés (auto-toilettage excessif qui peut induire des blessures graves) chez la souris Shank3^Δ11/Δ11. L’analyse transcriptomique, réalisée sur le cortex, l’hippocampe, le striatum et le cervelet, a pointé le striatum comme région particulièrement impactée par le déficit en SHANK3. Le taux d’expression de certains gènes (Gad2, Gnal et Cnr1) exprimés différentiellement dans le striatum des souris Shank3^Δ11/Δ11 et Shank3^+/+ est corrélé au degré d’auto-toilettage. Enfin, le profil d’expression dans le striatum de la glutamate décarboxylase 65, codée par Gad2, suggère un défaut de compartimentation du striatum chez la souris Shank3^Δ11/Δ11.

L’ensemble de ces études devrait nous permettre de mieux comprendre les mécanismes à l’origine des TSA avec altérations du gène SHANK3 et de proposer et tester de nouveaux traitements pharmacologiques.

Le syndrome ATR-X (Alpha-thalassémie-déficience intellectuelle liée à l'X, OMIM #301040) est caractérisé par l’association d’une déficience intellectuelle (DI) sévère, des traits morphologiques reconnaissables, un trait alpha-thalassémique et des anomalies génitales. Par la suite, il a été montré que le trait alpha-thalassémique n’était pas toujours présent et que la DI pouvait être modérée. Ce syndrome est causé par des variants pathogènes dans le gène ATRX, localisé sur le chromosome X et la protéine ATRX est impliquée dans le remodelage chromatinien. Les variants pathogènes d'ATRX provoquent des changements dans la méthylation de l'ADN mais les mécanismes biologiques ne sont complètement élucidés. Récemment, l'équipe du Dr.  Sadikovic a montré que le syndrome ATR-X possède une signature épigénétique. Nous avons utilisé cette nouvelle approche dans 4 familles indépendantes pour lesquelles nous suspections une hérédité liée au chromosome X. 

Nous présentons les données cliniques et moléculaires de 7 patients de sexe masculin, suivis de longue date dans notre centre, pour lesquels 4 variants faux-sens dans le gène ATRX ont été identifiés. Du fait du manque de données moléculaires et de l’absence des caractéristiques typiques du syndrome ATR-X, le diagnostic n'avait initialement pas été retenu par notre équipe clinico-biologique et les variants avaient été classés de signification incertaine (VSI). Récemment, nous avons relancé les analyses dans le but d’obtenir un conseil génétique précis pour les sœurs des patients. 

Nous avons repris l’ensemble des données médicales des patients et de leur famille. Les analyses génétiques ont été complétées par le séquençage à haut débit de panel de gènes impliqués dans la DI ou d’exome. L’analyse de la signature épigénétique d’ATRX a été réalisée. Nous avons ainsi pu poser de façon certaine le diagnostic de syndrome ATR-X dans 3 familles. Pour la quatrième famille, un autre diagnostic a pu être identifié.

Ce travail démontre l’intérêt de l'utilisation de la signature épigénétique en pratique courante et son utilité chez les patients avec un tableau clinique moins évocateur. La description méticuleuse des patients et leur suivi à long terme permet d’élargir le spectre clinique associé au syndrome ATR-X.

Introduction: Depuis 2011, de nombreux phénotypes ont été associés aux variations pathogènes hétérozygotes du gène PRRT2. Outre les historiques mouvements anormaux paroxystiques kinésigéniques, des tableaux de convulsions bénignes infantiles, d’ataxie épisodique, de dyskinésies non kinésigéniques, de migraines avec ou sans auras et de migraines hémiplégiantes ont été rapportés. Les phénotypes associés aux variations bi-alléliques de PRRT2 sont en revanche bien moins connus, avec seulement quelques patients décrits dans la littérature, et semblent différer en termes de sévérité et de présentation clinique. Parallèlement aux mouvements anormaux paroxystiques, ces patients peuvent en effet présenter un retard développemental ainsi qu’une maladie épileptique plus fréquente, plus sévère et plus précoce. Dans ce travail nous présentons une cohorte multicentrique française de 10 individus porteurs de variations bialléliques de PRRT2, permettant de confirmer et d’enrichir les connaissances sur les phénotypes associés aux variations bialléliques de ce gène.

Méthodes : Les patients ont été recrutés par le biais d’un appel à collaboration de la filière AnDDI-Rare et de la plateforme GeneMatcher®. Ils ont été phénotypés cliniquement, par imagerie médicale, et ont bénéficié de bilans biologiques exhaustifs pour écarter toute autre cause, acquise ou constitutionnelle. Le diagnostic moléculaire a été obtenu par séquence pangénomique (génome ou exome) ou ciblé selon les patients.

Résultats : Dix patients issus de 9 familles différentes ont été recrutés dans 6 centres français. Parmi ces patients (7 hommes et 3 femmes), 9 ont présenté des manifestations épileptiques dans les premiers mois de leur vie (8 avant 5 mois), dont 4 à type d’état de mal épileptique pharmacorésistant, focal ou généralisé. Cinq individus (50%) ont présenté un retard développemental, le plus souvent léger, associé à des troubles du comportement. Cinq patients ont présenté des manifestations paroxystiques apparues dans un second temps, à type de dyskinésie, d’ataxie épisodique ou de migraines, parfois hémiplégiantes. Les imageries cérébrales étaient normales pour 7 patients, et ont révélé une atrophie cérébelleuse progressive chez les 3 autres. Pour les 10 individus, la ségrégation familiale a révélé que toutes les variations étaient héritées d’un des deux parents dont au moins 70% étaient porteurs asymptomatiques, soulevant la question d’une possible transmission autosomique récessive.

Discussion : Parmi les différents tableaux cliniques observés on retient la forte prévalence d’épilepsie néonatale sévère, volontiers pharmacorésistante, avec un retard de développement chez 50% des patients, et l’association secondaire à des mouvements anormaux paroxystiques chez uniquement 50% des patients. Une possible épilepsie néonatale isolée est donc possible, jusqu’alors inconnue, et semble être transmise selon un mode autosomique récessif.

INTRODUCTION: La décarboxylase des L-acides aminés aromatiques (AADC), responsable de la décarboxylation de la L-DOPA et du 5-hydroxytryptophane est une enzyme clé pour la synthèse de la dopamine et de la sérotonine. La maladie de Parkinson (MP) et le déficit génétique en AADC (dAADC) sont 2 maladies neurologiques invalidantes avec des troubles moteurs dus à des déficits en dopamine. dAADC est une maladie récessive métabolique pédiatrique très rare, caractérisée par une hypotonie musculaire précoce, des troubles du mouvement et un retard de développement. Plus de 60 mutations différentes dans la DOPA décarboxylase (DDC) ont été identifiées. La MP est une maladie fréquente affectant 1% de la population âgée de plus de 60 ans, caractérisée par la triade bradykinésie, rigidité et tremblement de repos, due à une dégénérescence massive des neurones dopaminergiques dans la substance noire. Bien que des mutations dans une vingtaine de gènes aient été rapportés comme associées aux formes héréditaires rares de MP, le gène DDC n’a pas été criblé jusqu’à présent dans la MP.

MATERIEL ET METHODES

- Génération des données de séquençage d’exome de 800 patients avec des formes précoces de MP (âge de début de la maladie < 45 ans) sur la plateforme iGenSeq de l’Institut du Cerveau (ICM) avec les kits de capture Kapa HyperPlus kit (Roche) et Twist Human RefSeq 40 Mb et séquençage à extrémité appariée sur les séquenceurs NovaSeq 6000 (Illumina). Alignement et annotation des séquences avec les outils Dragen et Ensembl Variant Effect Predictor (VEP).

- Prioritisation des variants en fonction:

1) de leur rareté (fréquence de l’allèle mineur –MAF- < 1% dans Genome Aggregation Database –GnomAD-);

2) de leur nature (variants codants ou affectant des sites d’épissage);

3) du caractère pathogénique des variants faux-sens par l’utilisation i) de 16 logiciels de prédiction de pathogénicité dont Sift, Polyphen, Mutation Taster, Combined Dependent Depletion Score –CADD- et ii) des scores de conservation des acides aminés au cours de l’évolution des espèces animales (PhastCons, PhyloP).

RESULTATS: Parmi les 4000 variants dans DDC, nous avons identifié 8 variants rares chez 13 patients avec MP, tous de nature faux-sens, à l’état hétérozygote:

- 3 variants (L41M, M239L et R479G) sont déjà rapportés comme associés à dAADC. Le variant M239L est retrouvé chez 5 patients et 2 autres, L41M and M314I sont prédits pathogéniques avec un CADD score de 22,8 et 30, respectivement. Le variant L41M est hautement conservé au cours de l’évolution des espèces animales jusqu’à la mouche;

- Tous les variants sauf R479G sont localisés dans des domaines catalytiques de AADC.

CONCLUSION : Des altérations moléculaires bi-alléliques dans le gène DDC connues pour être la cause majeure de dAADC semblent être rarement associées à la MP. Cependant, ces variants hétérozygotes identifiés dans cette étude pourraient être des mutations hypomorphes avec des conséquences importantes dans la fonction de cette protéine.

Introduction: En 2020 Cortese et al. ont mis en évidence un nouveau gène de transmission autosomique récessive: SORD, codant pour la sorbitol déshydrogénase responsable de la dégradation du sorbitol en fructose. Une mutation de cette enzyme est responsable d’une accumulation de sorbitol chez les patients. Ils ont analysé 1 500 patients CMT dont 45 issus de 38 familles porteurs de la mutation « frameshift » c.757delG (p.Ala253GlnfsX27) à l’état homozygote ou hétérozygote composite. Ils ont montré en parallèle une augmentation du sorbitol jusqu’à 100 fois supérieure aux valeurs normales chez les patients mutés, sans pouvoir expliquer la relation physiopathologique entre cet excès et le développement de la maladie.

Objectif: Nous avons recherché des mutations SORD chez des patients provenant de l’hôpital Timone et nous avons mis en place une méthode de dosage du sorbitol afin de vérifier les résultats publiés par Cortese et de mieux comprendre la physiopathologie.

Patients et méthodes: 64 patients avec CMT2 sans diagnostic moléculaire établi ont été analysés. Les 9 exons du gène SORD ont été amplifiés par PCR puis séquencés par méthode Sanger. Pour l’exon 7 nous avons mis au point une PCR nichée du fait de l’existence du pseudogène SORD2P porteur de la mutation d’intérêt : c.757delG (p.Ala253GlnfsX27) homozygote. Nous avons comparé nos séquences avec le logiciel SEQUENCHER^®(5.4.6).

Pour le dosage du sorbitol sérique, nous avons utilisé une méthode par spectrométrie de masse LC-MS/MS en utilisant du sorbitol exogène et du sorbitol marqué OH*CH2(*CHOH)4*CH2OH en tant qu’étalon interne.

Résultats: La mutation c.757delG a été vue chez 4 patients sur 64, 2 à l’état homozygote (P1 et P2), 2 à l’état hétérozygote composite avec les mutations c.553G > A (P3) et c.458C > A (P4), et 1 patient a été trouvé hétérozygote composite avec les mutations c.248 T > C et c.488A > G (P5).

Les mutations c.640A > G et c.952G > T ont été vues chez 2 patients, respectivement P6 et P7, à l’état hétérozygote isolé.

Nous avons identifié 5 nouvelles mutations hétérozygotes : c.248 T > C (p.Val83Ala), c.488A > G (p.His163Arg), c.553G > A (p.Gly185Arg), c.640A > G (p.Lys214Glu) et c.952G > T (p.Val318Leu).

Les résultats du dosage du sorbitol sérique n’ont pas encore été réalisés, la méthode étant en cours de réalisation.

Discussion: Cette étude a établi un diagnostic chez 5 patients atteints de CMT2 permettant un conseil génétique adapté et un espoir thérapeutique.

Une normalisation du taux de sorbitol et une amélioration du phénotype avec l’utilisation d’inhibiteurs de l’aldose réductase (epalrestat) dans des modèles in vitro et in vivo (drosophile) ont été montrées par Cortese. Ces médicaments utilisés dans les neuropathies diabétiques sont donc une piste thérapeutique pour les patients mutés SORD. Le dosage du sorbitol pourrait apporter un élément diagnostique supplémentaire et pourrait permettre de suivre l’évolution de la maladie si un traitement est instauré chez ces patients.

La progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS) est une maladie génétique très rare, causée par une mutation ponctuelle de novo dans le gène LMNA (c.1824C > T). Cette mutation isosémantique (p.G608G) aboutit à la délétion de 50 acides aminés dans la prélamine A. La protéine générée, appelée progérine, s’accumule dans le noyau des cellules avec une toxicité dose-dépendante. La progeria est caractérisée par un vieillissement accéléré aboutissant au décès vers 14 ans. Les patients présentent dès l’âge de 1 an un retard de croissance staturo-pondéral, et développent de nombreuses anomalies osseuses (ostéopénie, hypoplasie des clavicules, ostéoporose...). Nous avons identifié par étude miRNome en NGS la surexpression de deux miARNs issus d’un même précurseur dans des fibroblastes dermiques de patients. Le premier est connu pour cibler, entre autres, les transcrits de molécules clés participant à la différenciation ostéoblastique comme Pin1 (Peptidyl-prolyl cis/trans isomerase 1) et BMP2 (Bone Morphogenetic Protein 2). Celui-ci est aussi impliqué dans la régulation de la différenciation chondrocytaire, du stress oxydant et de la sénescence. Le second cible TGβ3 qui régule également la différenciation ostéoblastique.

Dans cette étude, 4 modèles complémentaires, humains et murins, sont utilisés :

L’étude in vitro par RT-qPCR ciblées a validé la surexpression de ces miARNs dans les fibroblastes de différents patients HGPS, à différents passages et à différents niveaux de sénescence. Une modulation par transfection de l’expression de chacun des deux miARNs dans des fibroblastes de patients HGPS (antimiRs) et de témoins (mimics) a permis d’évaluer leurs effets sur la prolifération cellulaire et la sénescence.

Deux outils ont été développés afin d’étudier les deux miARNs d’intérêt au cours des différenciations ostéoblastique et chondrocytaire : 1/ Des cellules souches mésenchymateuses (MSC) humaines HGPS et témoins dérivées d’iPSC ont été différenciées en ostéoblastes et chondrocytes, 2/ des ostéoblastes et des chondrocytes ont été prélevés sur des souris WT (wild type) et HGPS (KI LmnaG609G/G609G) de moins de 5 jours, et cultivés in vitro.

Des tissus prélevés dans le modèle de souris HGPS et WT, à différents âges, ont permis de réaliser une cartographie de l’expression de ces miARNs. Ce travail a notamment mis en évidence une diminution de l’expression de ces deux miARNs dans l’aorte, la crosse aortique, le tissu adipeux et l’os de souris HGPS âgées. Au contraire, une augmentation de leur expression a été retrouvée dans les VSMCs isolées à partir d’aortes de souris HGPS jeunes.

L’identification des mécanismes dans lesquels ces 2 miARNs interviennent pourrait permettre d’améliorer la compréhension de la physiopathologie de la progeria ou des pathologies liées à l’âge au cours du vieillissement normal, et peut-être à terme, d’envisager de nouvelles thérapeutiques dans cette maladie au pronostic très sombre.

La surdité est le handicap sensoriel le plus répandu dans les pays développés. Son incidence est estimée entre 1/1000 et 1/500 naissances. Les surdités congénitales sont d’origine génétique dans 60 à 80% des cas. Ces pathologies sont hétérogènes cliniquement et génétiquement. Le séquençage à haut débit (NGS) a permis de grandes avancées dans leur diagnostic étiologique. Les implications de celui-ci sont nombreuses : conseil génétique, pronostic, optimisation de la prise en charge ORL, dépistage des atteintes associées. L’objectif principal de cette étude rétrospective et multicentrique est l’analyse descriptive clinique et moléculaire des patients ayant bénéficié de l’analyse NGS du panel de gènes associés aux surdités au CHU de Lille de 2018 à 2020. Notre cohorte comprend 692 patients, dont 304 cas de surdité isolée et 388 cas de surdité syndromique. Le taux diagnostique du panel est de 26%. Il est significativement plus élevé dans les formes familiales que pour les cas sporadiques. Les 75 cas positifs de surdité isolée présentent tous une atteinte bilatérale. Les profils sont variables par ailleurs. Les 97 cas positifs de surdité syndromique sont répartis parmi 15 syndromes différents. Les plus fréquents sont les syndromes d’Usher (n=24), Waardenburg (n=11), Stickler (n=11), BOR (n=9) et Pendred (n=7). Certains signes cliniques sont fortement prédictifs d’un diagnostic précis. Nous nuançons le caractère prédictif d’autres signes classiquement associés à un syndrome particulier. Il est difficile de comparer nos résultats avec ceux de la littérature, les stratégies d’analyses variant selon les études. La description de larges cohortes améliore les connaissances cliniques et biologiques des surdités génétiques. Un nombre conséquent de cas négatifs de surdité isolée familiale, non éligibles au plan France Médecine Génomique, incite à proposer localement des analyses plus larges.

Les rétinites pigmentaires (RP) sont un groupe hétérogène de troubles rétiniens héréditaires qui conduisent à la cécité, avec des âges d'apparition, des progressions et des sévérités différents. La RP humaine, initialement caractérisée par la dégénérescence progressive des cellules photoréceptrices à bâtonnets, présente une grande hétérogénéité génétique avec plus de 90 gènes identifiés. Cependant, le diagnostic génétique reste encore inconnu pour environ un tiers des patients. De façon intéressante, les chiens sont également gravement touchés par des maladies rétiniennes, dont l'atrophie progressive de la rétine (APR), homologue de la RP chez l’homme. En effet, les RP et les APR présentent des signes cliniques, une physiopathologie et des résultats comparables, des méthodes de diagnostic similaires et, le plus souvent, des gènes orthologues sont impliqués. Nous avons décrit depuis plusieurs années une APR transmise selon un mode récessif lié au chromosome X dans la race Border collie, avec une prévalence estimée à 8%, et un ratio de chiens atteints  mâles / femelles significativement différent (16% et 2%, respectivement).

L'objectif de cette étude est d'identifier le(s) gène(s) impliqué(s) et leur mutation(s) afin de mieux comprendre les bases moléculaires de l’APR et de fournir de nouveaux gènes candidats aux RP humaines liées à l’X. Plusieurs études génétiques classiques ont été réalisées (études de liaison génétique, GWAS) avec plus de 200 chiens atteints et indemnes (Cani-DNA : http://dog-genetics.genouest.org). Plus récemment, nous avons séquencé les génomes de 5 chiens appartenant à la même famille (trois mâles atteints et deux femelles porteuses). Ces séquences ont déjà été comparées aux génomes de plus de 330 chiens de 87 races ne présentant pas d’APR, grâce au consortium DVBDC. Nous avons ainsi identifié une centaine de variants de type SNV, mais aucun n’est annoté dans une région codante ou proche d’un gène. Ces variants doivent maintenant être validés sur un plus grand nombre de border collie atteints et indemnes. En parallèle, nous allons séquencer le génome de deux chiens atteints et d’un chien indemne âgé avec une technologie de séquençage « longs fragments » (Nanopore) afin d’identifier d’éventuelles altérations chromosomiques, non visisbles par les méthodes de séquençage classiques. 

Notre hypothèse principale reste que cette APR est une maladie récessive monogénique liée à l'X, peut-être le variant causal serait dans un élément régulateur, ce qui pourrait expliquer la variabilité des caractéristiques cliniques, l'âge d'apparition différent en fonction des chiens et l'évolution différentielle des lésions chez les femelles atteintes et entre les mâles et les femelles. Nous espérons que ce travail pourra conduire à la découverte d’un nouveau gène /nouvelle mutation et ainsi contribuer à une meilleure compréhension de cette maladie chez le chien et l'homme.

Environ 10 à 20 % des patients adultes souffrant d'insuffisance rénale chronique n'ont pas de diagnostic étiologique précis et sont donc porteurs de maladies rénales d’origine indéterminées (MRI). Même en absence d’histoire familiale, 10 à 30% des MRI sont des maladies rares d’origine génétique.

Au sein d’APHP.Sorbonne Université, le service de néphrologie de l’Hôpital Tenon a mis en place la consultation de néphrogénomique de l’adulte et la réunion de concertation pluridisciplinaire de prescription « RCP G4-Idf » rattachée au laboratoire France médecine génomique SeqOIA. Afin de prendre en charge ces patients, le laboratoire du département de génétique médicale a mis en place une nouvelle activité de génétique moléculaire en 2020.

Vingt patients adultes avec MRI ont été inclus via cette consultation de néphrogénomique et via la RCP G4-Idf /MARHEA dans le cadre de la pré-indication « Néphropathies chroniques » de la Filière de santé maladies rares ORKID dans le cadre du PFMG2025. Un séquençage de génome complet (WGS) a été réalisé pour ces 20 patients [en solo (1), duo (3), trio (11) ou quatuor (5)]. Dix patients (50%) étaient porteurs de néphropathies dites non syndromiques. Quinze patients (75%) avaient eu accès à une ACPA ou à un séquençage de gènes isolés, panels ou exome. Seul cinq patients (25%) n’avaient eu aucun test génétique au préalable. Un résultat concluant a été rendu pour 3 des 20 patients (15%). Deux CNV et un SNV ont été identifiés : une délétion de 1,8Mb emportant le gène PHF21A permettant d’expliquer uniquement la déficience intellectuelle d’un patient avec néphropathie syndromique, une délétion de 4252pb dans le gène INF2 chez un patient permettant d’expliquer sa maladie de Charcot-Marie-Tooth avec glomérulosclérose et un SNV intronique profond classé en « classe 3+ » dans le gène COL4A5 chez un patient avec syndrome d’Alport. Ce variant intronique profond est prédit comme pathogène et la validation sur fibroblastes de peau est en cours dans l’équipe du Pr C. Antignac. Un résultat non conclusif a été rédigé pour 17 des 20 patients. Le délai de rendu de résultat qui a pu être récemment abaissé à 2 mois entre réception du prélèvement et génération du compte-rendu. Une ré-analyse des données de WGS sera faite annuellement pour ces patients en fonction de l’évolution des connaissances et des nouvelles performances du pipeline bio-informatique GLeaves.

L’analyse de WGS a permis de poser de nouveaux diagnostics avec la détection de CNV de taille < 5kb qu’il est possible de borner finement et de SNV intronique profond, variants qui n’étaient pas recherchés par les examens habituels. Nos résultats suggèrent qu’un WGS fait en première intention est une option performante en termes de rendement diagnostique et de délai de génération d’un compte-rendu, puisqu’il permet de détecter tous les types de variants du génome humain détectables à une profondeur de lecture de 40X et peut être relu a posteriori.

Introduction : La cardiomyopathie Dilatée (CMD) est une cause majeure d’insuffisance cardiaque, avec dysfonction systolique du myocarde et dilatation ventriculaire. Elle est transmise le plus souvent selon un mode autosomique dominant. Les gènes impliqués sont des gènes codant pour les protéines du sarcomère, des protéines membranaires, du cytosquelette ou nucléaires. La moitié des patients reste sans diagnostic moléculaire et dans les formes familiales avérées, l’élargissement du séquençage au génome entier dans le cadre de la préindication « Cardiomyopathies héréditaires » devrait permettre d’associer ces phénotypes à de nouveaux gènes ou bien d’identifier des variants pathogènes dans les régions mal ou non interprétées des gènes déjà reliés à la maladie.

Patients et méthodes : Nous rapportons l’analyse d’une famille originaire de Tunisie dans laquelle les parents asymptomatiques ont 2 enfants, un garçon et une fille qui présentent une CMD biventriculaire d’évolution rapide. L’analyse d’un panel de 71 gènes étant négative, la famille a été adressée pour un séquençage du génome entier au Laboratoire de Médecine génomique SeqOIA dans le cadre du PFMG2025. 

Résultats : Le garçon a été hospitalisé à 28 ans pour insuffisance cardiaque. Le bilan retrouve une dysfonction bi-ventriculaire (FEVG, 17%, FEVD 16%). Quelques semaines plus tard le patient est transplanté dans un contexte de choc cardiogénique. Sa sœur présente à 21 ans une dyspnée d’effort. Le bilan conduit au diagnostic de CMD bi-ventriculaire (FEVG 17%, FEVD 15%). Deux mois après, dégradation hémodynamique et la patiente est transplantée en urgence. Il est noté un myosis congénital chez les deux patients. L’exploration neuromusculaire est en cours suite à une rhabdomyolyse post transplantation chez le garçon.  

L’interprétation du génome dans cette famille identifie pour la première fois un variant nonsense c.904C > T (p.Arg302*) dans le gène FBXO32 (NM_058229.3) à l’état homozygote chez les 2 patients et transmis par chacun des parents hétérozygotes. Ce variant présente les arguments de pathogénicité (PVS1, PS3, PM2, PM3, PP1, PP3, PP4, PHRED : 41) et est absent de GnomAD. Le gène FBXO32, qui code pour la protéine F-box only protein 32 (ATROGIN1), avait été publié dans une seule famille de CMD récessive mais non encore acté par le consortium ClinGen comme causale. Les F-box protéines constituent une des sous unités du complexe “Ubiquitine protein ligase » et cette protéine pourrait être également impliquée dans la régulation d’autres protéines majeures de cardiomyopathies comme c-MyBPC3. 

Discussion : L’identification, par l’analyse du génome, d’un variant nonsense homozygote dans le gène FBXO32 permet d’accroitre le spectre des gènes responsables de formes récessives de CMD d’évolution rapide, et permet ainsi un conseil génétique familial.  La fonction de ce gène au sein du système ubiquitine- protéasome constitue de nouvelles cibles diagnostiques mais aussi thérapeutiques pour la CMD.

Introduction : L’Hypertension Hyperkaliémique Familiale (FHHt) est une forme rare d’hypertension artérielle (HTA) d’origine génétique, appelée aussi pseudo-hyperaldostéronisme de type 2 ou syndrome de Gordon. Elle est caractérisée par une HTA d’intensité variable avec hyperkaliémie chronique et acidose hyperchlorémique, une rénine basse et une aldostéronémie variable. Elle est due à des variants pathogènes dans les gènes codant pour WNK1, KLHL3, WNK4, ou CUL3, protéines impliquées dans la régulation de la réabsorption du NaCl dans le néphron distal. La transmission génétique est principalement autosomique dominante, sauf dans les formes associées à KLHL3, qui peuvent être de transmission autosomique dominante (AD) ou récessive (AR).

Matériel et Méthodes : Analyse rétrospective de données clinico-biologiques de 153 patients avec FHHt confirmée génétiquement (84 cas-index, 69 apparentés).  Les variants moléculaires ont été identifiés par séquençage (Sanger ou haut débit) ou qPCR et classés selon les recommandations de l'ACMG.  Les relations génotype-phénotype ont été analysées avec le test de Kruskal-Wallis suivi d’un post-test de Dunn’s à l’aide du logiciel Prism-V6.

Résultats : La proportion des gènes responsables de FHHt dans les 84 familles est la suivante : KLHL3 59% (43% AD et 16% AR); CUL3 19% (9/12 de novo); WNK1 17% (13% dans l’exon 7 et 4% délétions de l’intron 1); et WNK4 5% (exon 7). Les cas les plus graves et précoces sont associés soit à CUL3 soit à KLHL3 dans sa forme AR . Un retard de croissance a été observé dans tous les génotypes, mais est plus fréquent en cas de variant CUL3. Les groupes avec variants WNK1, WNK4 et KLHL3-AD ont un phénotype modéré et d’apparition plus tardive. Cette étude montre une différence significative pour l'âge d'apparition, la kaliémie, la chlorémie et le bicarbonate, entre CUL3 et les autres groupes. La fréquence de l’HTA en fonction du gène atteint est la suivante: CUL3 93%, KLHL3-AR et WNK4 66%, KLHL3-AD 53% et WNK1 41%. En comparant les données cliniques de KLHL3-AR et KLHL3-AD, nous observons une sévérité croissante du phénotype suivant l’ordre: KLHL3 AR > , KLHL3 AD  et apparentés hétérozygotes des KLHL3 AR, suggérant un effet de dosage génique. Les variants observés chez les sujets KLHL3 AD  ne différent pas de ceux observés chez les sujets KLHL3 AR. L’HTA et l'hyperkaliémie ont été améliorées par l'administration d'hydrochlorothiazide dans tous les groupes.

Discussion : Cette étude confirme la présence d’une grande variabilité phénotypique de la FHHt et sa corrélation avec le génotype, et souligne l’intérêt du dépistage génétique des apparentés permettant une meilleure prise en charge médicale du patient et de sa famille.

Dans un contexte où le résultat moléculaire conduit à une médecine de précision et/ou à une médecine prédictive, la juste détermination de la pathogénicité des variants identifiés est essentielle. Pour faciliter et uniformiser cette interprétation, l’ACMG a proposé des recommandations générales cependant un ajustement s’avère nécessaire en relation avec des spécificités propres à certaines pathologies voire à certains gènes. Ainsi un groupe international d’experts pluridisciplinaires (The ClinGen Monogenic Diabetes Expert Panel, MDEP) a été mis en place afin d’adapter les critères de l’ACMG pour application aux diabètes monogéniques (DM). Le travail s’est d’abord concentré sur les trois gènes les plus fréquemment impliqués dans les DM, GCK, HNF1A et HNF4A.

Les spécialistes endocrinologues du groupe ont précisé la présentation clinique indispensable pour être en mesure d’attribuer un score PP4, voire les éléments qui permettraient de réévaluer ce critère en modéré ou en fort. Les biologistes spécialisés ont borné les domaines fonctionnels méritant un PM1, parfois réduit à un niveau faible, ou encore ont établi la liste des études fonctionnelles et des contrôles qualité à vérifier afin de pouvoir garantir un PS3 plus ou moins modulé selon des seuils déterminés collégialement. Les généticiens ont fixé les fréquences limite d’acceptabilité pour un PM2, un BS1 ou un BA1 ou encore convenu gène par gène de l’attribution ou non d’un PVS1 dans des cas de variant sur le codon d’initiation, de perte du stop ou de délétion d’un ou plusieurs exons. Au total, ce sont 18 critères de l’ACMG dont les règles d’utilisation ont spécifiquement été réévaluées.

Le groupe a examiné plus de 800 variants sur ces trois gènes en rassemblant les cas identifiés dans la littérature ainsi que dans les laboratoires respectifs de chaque membre du panel. Parmi cette liste, 360 avaient préalablement été identifiés au laboratoire. Sur l’ensemble de ces variants, 61 (17%) ont été reclassés suite à ce nouvel examen. Pour 48% de ces réévaluations (29/61), aucun impact n’est à prévoir pour le rendu du diagnostic moléculaire dans le cadre d’un diabète monogénique car ce changement de classe s’est opéré entre pathogène (5) et probablement pathogène (4) ou entre bénin (1) et probablement bénin (2). En revanche 21 variants (34%) qui avaient été rendus (4/5) sont dorénavant considérés de signification incertaine (3) et un variant supplémentaire est passé de classe 4 à 2. Cinq variants précédemment classés 3 ont été réévalués en 4. Enfin 5 variants qui avaient été considérés 3 ont été dévalués en classes 2 ou 1.

L’expérience dans le diabète monogénique prouve la valeur ajoutée d’une expertise collégiale dans l’examen de la pathogénicité des variants moléculaires et démontre l’utilité d’une adaptation des scores d’interprétation gène par gène.

MSTO1 est un gène nucléaire codant pour un régulateur de distribution et de morphologie mitochondriale, la protéine misato homolog 1. Son implication en pathologie humaine a été rapportée pour la première fois en 2017, dans une famille présentant un phénotype de cytopathie mitochondriale dominante, avec identification du variant c.22G > A ; p.(Val8Met). À notre connaissance, il s'agit de la seule substitution dominante de MSTO1 décrite. En revanche, des variants pathogènes récessifs ont été rapportés chez 25 patients issus de 21 familles présentant un phénotype associant myopathie précoce avec taux élevé de CK et une constellation variable de symptômes, notamment une atrophie/ataxie cérébelleuse non progressive, une déficience visuelle en lien avec une rétinopathie pigmentaire, un retard de développement moteur, une altération cognitive, une atteinte du tractus cortico-spinal et des anomalies squelettiques. Nous rapportons le cas d’un patient de 63 ans qui présente une myopathie de début précoce avec CK élevés, une atteinte du tractus cortico-spinal, une discrète atrophie cérébelleuse et une neuropathie optique (NO) bilatérale diagnostiquée à l’âge de 30 ans, sans difficultés d'apprentissage. Son frère et sa sœur présentent un tableau similaire. Le séquençage de l'exome entier a permis d'identifier deux nouveaux variants du gène MSTO1 chez le patient et sa sœur symptomatique : un variant faux-sens c.65C > A ; p.(Ala22Glu) prédit comme probablement pathogène et absent des bases de données de sujets contrôles, ainsi qu'un variant d'épissage c.220+5G > C pour lequel l'analyse in silico a prédit une perte de fonction et un saut d'exon que nous avons pu confirmer par séquençage de l'ADNc de MSTO1 dans les fibroblastes du patient. Cette observation élargit le spectre phénotypique associé au gène MSTO1, en particulier concernant l’atteinte ophtalmologique puisqu’il s’agit de la première observation de neuropathie optique. Le patient s'est vu proposer une thérapie combinée (Coenzyme Q10, Levocarnitine, vitamine B2 et vitamine E) et a déclaré un bénéfice clinique subjectif après un traitement de 6 mois. Les mutations hypomorphes des gènes de cytopathies mitochondriales avec NO sont volontiers responsables de NO non-syndromiques. L'analyse de 49 cas de NO isolée n’a identifié aucun variant de MSTO1, à l'exception de la substitution dominante c.22G > A, détectée dans 32,6 % des cas, remettant en question sa pathogénicité. Nous avons montré que le variant est en réalité porté par le pseudogène misato homolog 2 (MSTO2P), et non par MSTO1 avec lequel il partage une homologie de séquence de 99,8%. Il s’agit en fait du variant polymorphe n.83G > A de MSTO2P. Cette confusion est liée à l’usage d’amorces qui ne permettent pas de différencier MSTO1 et MSTO2P. Cette observation questionne l’existence d’une maladie MSTO1 dominante et invite à la plus grande vigilance en ce qui concerne le diagnostic moléculaire de ce gène.

Introduction :
L’amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales (SMABF) est une forme extrêmement rare et sévère d’amyotrophie spinale, décrite cliniquement depuis longtemps, mais seulement récemment documentée comme une pathologie autosomique récessive liée aux variants pathogènes des gènes TRIP4 (Type 1 – OMIM 604501) et ASCC1 (Type 2 – OMIM 616867).

Cas clinique :
Nous rapportons un nouveau-né de sexe masculin, 4^ème enfant de parents cousins germains d’origine algérienne, né prématurément par césarienne dans un contexte d’anamnios et de présentation de siège. A la naissance il présentait une hypotonie généralisée, une arthrogrypose sévère, une détresse respiratoire, une aréflexie des membres inférieurs, une micrognathie, une cryptorchidie et un œdème généralisé. Ses radiographies osseuses montraient des côtes et des os longs fins et la présence d’une fracture diaphysaire humérale gauche. Le diagnostic d’amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales était confirmé par l’identification rapide du variant récurrent c.157dup (p.Glu53Glyfs*19) de l’exon 3 du gène ASCC1, décalant le cadre de lecture et entraînant l’apparition d’un codon stop prématuré. Le patient décédait à un mois de vie et trois jours, après une décision de limitation des soins.

Discussion :
L'amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales peut se traduire durant la vie fœtale par des mouvements fœtaux réduits et des anomalies de la quantité de liquide amniotique (hydramnios ou oligoamnios). Durant la période néonatale sont présents chez la plupart des patients une hypotonie sévère, une détresse respiratoire, une dysphagie, une aréflexie ostéotendineuse, des fractures néonatales essentiellement humérales et/ou fémorales. Les radiographies montrent des os longs fins (côtes, fémurs, humérus…) et une ostéopénie. Les biopsies musculaires sont anormales chez tous les patients testés avec une coexistence de fibres musculaires atrophiques et hypertrophiques. Plusieurs patients présentent des anomalies cardiovasculaires ou des troubles de la coagulation. Tous les patients rapportés sont décédés durant les premiers jours ou les premiers mois de vie. Jusqu’à présent, seul 14 patients avec des variants bialléliques du gène ASCC1 et 5 patients avec des variants bialléliques du gène TRIP4 ont été rapportés. Le variant pathogène de ASCC1 c.157dupG est récurrent et le plus souvent identifié.

Conclusion :
Cette observation montre que malgré sa grande rareté, cette affection est cliniquement reconnaissable. Son diagnostic nécessite un travail conjoint clinico-biologique. Une confirmation diagnostique rapide favorise une prise en charge adaptée.

La maladie de Hirschsprung (MH) est une neurocristopathie, caractérisée par une absence des neurones entériques dans la partie distale de l’intestin. La majorité des patients est atteinte d’une MH isolée, dans laquelle les rôles du gène majeur RET ainsi que des variants non-codants prédisposants ont été démontrés. La MH syndromique représente 30% des cas, souvent associés à des mutations au sein des gènes impliqués dans le développement de la crête neurale, dont EDNRB, EDN3, ZEB2, PHOX2B, et SOX10. Cependant, des variations géniques n'ont été trouvées que chez 60% de patients. Notre travail a donc visé à identifier de nouveaux gènes candidats, de nouvelles catégories d’altérations génomiques, et des facteurs modificateurs chez des patients dépourvus à ce jour de diagnostic moléculaire.

Afin d’étudier le rôle de variants rares dans la MH isolée, nous avons séquencé un panel de 92 gènes dans une cohorte multinationale de 384 patients caucasiens et asiatiques. Des études d’association des variants rares ont montré une forte association de notre panel de gènes avec la maladie, mais la charge mutationnelle de chaque gène n’atteint pas le seuil de signification statistique. Ces résultats suggèrent qu’une accumulation de variants rares de plusieurs gènes candidats prédispose des individus à la MH. De plus, nos analyses statistiques permettent d’optimiser la valeur prédictive des variations géniques identifiées afin d’établir un modèle de prédiction de risque de MH chez chaque individu.

Concernant les formes syndromiques, notre étude d’exomes et de génomes a permis d’incriminer deux nouvelles voies de signalisation développementale. D’abord, par des variants bialléliques du gène SMO chez des patients atteints de ciliopathies, puis des variants bialléliques des gènes ERBB3 et ERBB2 chez des patients atteints d’une neurocristopathie complexe. De nouveaux patients ont été recrutés grâce à nos collaborations avec les hôpitaux parisiens et le Consortium International de la MH. Dans chaque cas, des analyses fonctionelles ont démontré les conséquences délétères des variants identifiés sur la stabilité des ARN messagers, sur la fonction des protéines, et sur l’activation des voies de signalisation en aval. Ces travaux ont mis en évidence l’importance des voies de signalisation de NRG1-ERBB3-ERBB2 et Sonic Hedgehog dans le développement du système nerveux entérique, ainsi que l’implication des gènes SMO, ERBB3 et ERBB2 dans la MH syndromique.

En conclusion, le présent travail a permis de réévaluer le modèle oligogénique de la MH isolée, de décrire deux nouveaux syndromes prédisposant à la MH, dont des ciliopathies associées à des variants bialléliques de SMO, et une neurocristopathie complexe associée à des variants bilalléliques de ERBB3 et de ERBB2. Il montre enfin, de nouveau, le dialogue mutationnel à un même locus (SMO, ERBB3 et ERBB2), entre des altérations conduisant à une anomalie de développement, et des variants alléliques impliqués dans l’oncogénèse.

Introduction: Les connaissances en maladies mendéliennes sont majoritairement disponibles en texte libre dans des bases de données manuellement curées ou dans des articles scientifiques. L’initiative Human Phenotype Ontology porté par le Jackson Laboratory (HPO JAX) vise à standardiser la dénomination de données cliniques et répertorier les associations génotypes-phénotypes connues afin de permettre l’utilisation du phenome humain dans les analyses bioinformatiques. Cependant, ce catalogue est actuellement incomplet ne permettant pas encore une utilisation généralisée, laissant la place à d’autres méthodologies de collecte de connaissances. 

Méthodes: Nous avons développé une méthodologie d’extraction des associations génotypes-phénotypes basée sur ElasticSearch des données en texte libre (OMIM, MedGen, HPO JAX, DD2GP, Orphanet et l’ensemble des abstracts de PubMed). L’ensemble des informations est formaté dans une matrice d’association génotype-phenotypes nommée PhenoGenius. Cette matrice est la base de 2 applications : (i) un outil de suggestion de diagnostic génétique basé sur la clinique du patient (ii) un outil de suggestion d'investigations moléculaires, ciblée ou pangénomique, obtenu par détection d’enrichissement statistique de symptômes. Nous avons testé ces deux outils sur une cohorte multicentrique de 760 patients avec un diagnostic génétique atteint d’anomalies du developpement ou d’atteinte rénale.

Résultats: En janvier 2021, notre atlas présente plus de 2 millions d’associations gene-HPO, recouvre 4.974 gènes et 9.687 termes HPO, soit une augmentation de 235% du nombre d'associations, 10 % du nombre de gènes et 2 % du nombre de HPO couvert en comparaison avec HPO JAX. 76% des associations sont exclusives à une seule base de données, soulignant la nécessité de diversifier les sources de données. Basé sur cet atlas, la performance de l’outil de priorisation obtient une médiane des rank du gène diagnostique de 66, soit une forte amélioration comparé aux meilleurs outils actuels (médiane des ranks à 144 pour l’outil CADA). L’outil de suggestion des panels propose le bon panel diagnostique dans 43% des cas et presente une aide à la décision sur la prescription d’un test ciblé ou pangénomique.

Conclusion: PhenoGenius est à ce jour l’atlas des associations génotypes-phénotypes en maladie mendélienne le plus complet, permettant d’explorer les gènes associés à une liste de symptômes. Cet atlas peut être utile à de nombreuses applications en routine clinique telles que la génération d’un panel in silico personnalisé, la suggestion de symptômes associés en vue d’un diagnostic différentiel et la suggestion de voies métaboliques enrichies en signe clinique.

To assess efficiency and pertinence of oriented fetopathological examination at tertiary maternity laboratory, we conducted a 5-year retrospective audit including 1710 fetuses and their placentas. All cases referred to the foetopathology laboratory Antoine Bclere, APHP, Paris Saclay University Hospital, between January 2013 and December 2017, including medical terminations (TOPs), stillbirths and miscarriages are reported.

We were particularly interested in the rate of new macroscopic and/or microscopic data brought up by fetal and placental examination (re)orienting the further molecular studies. In 51.8% of the reports the fetopathological examination added an important finding (ie modifying considerably definitive diagnosis), which was missed on the prenatal follow-up. Among those, the highest level of the new data was observed in the deceased newborns: 69.7%, and 48.3% in TOPs.

Additionally, feasibility and interest of genetic post-natal tests performed during  fetopathological examination were a focus of our interest. The non-systematic, hence examination-oriented postnatal karyotypes and aCGH samples requests resulted in 9.2% and 25.9% of pathological results respectively. The highest level of aneuploidies was observed in stillbirths (54.2%), whilst the aCGH was most frequently unbalanced in TOPs (83.3%). The global failure rate of karyotypes and aCGH performed after fetopathological examination was 31.7% and 15.1% respectively. Furthermore, the predictive factors of these failures on fetal /placental tissue in immediate post-natal collection are discussed to enhance the yield of better results in the future.

An accurate diagnosis after fetopathological examination was established in 51.2% of the cases:  69.9% in the cohort of miscarriages, 56.2% among TOPs, ad 42.2% in stillbirths.

Les variations génétiques localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1/2) sont généralement considérées comme des allèles nuls, associés à une perte de fonction et, en conséquence, présumées pathogènes. Néanmoins, certaines d’entre elles sont susceptibles d’induire des anomalies d’épissage en phase, potentiellement à l’origine d’une protéine fonctionnelle, au moins en partie. Récemment, nous avons vérifié cette hypothèse dans le contexte d’un gène majeur de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire, BRCA2, en démontrant que certaines variations IVS±1/2 mais également non-sens, sont responsables d’un saut en phase de l’exon 12 permettant la production d’une protéine partiellement fonctionnelle. Ces données sont susceptibles de remettre en question le caractère pathogène de ce type de variations. Afin d’étendre cette question à d’autres gènes de prédisposition au cancer, nous avons entrepris d’identifier et de caractériser des variations à l’origine de défauts d’épissage en phase dans MSH2, un gène impliqué dans le syndrome de Lynch. Dans un premier temps, à l’aide d’un test indicateur d’anomalies d’épissage basé sur l’utilisation de minigènes, nous avons identifié 18 variations splicéogéniques en phase, dont 14 IVS±1/2. Trois biotypes distincts ont été mis en évidence : (i) des sauts d’exon (ΔE3, ΔE4, ΔE5, ΔE12), (ii) des délétions de segments exoniques (ΔE7q48, ΔE15p36) ou (iii) des rétentions de segments introniques (▼E4p24, ▼E7p9, ▼E12q30, ▼E14p9). Les 10 isoformes protéiques issues de ces défauts d’épissage en phase présentent soit des délétions plus ou moins importantes (de 12 à 93 aa), soit de petites insertions (de 3 à 10 aa), au sein de différents domaines fonctionnels. Afin d’évaluer les conséquences de ces modifications sur l’activité de la protéine MSH2, nous avons dans un second temps mis à profit un test basé sur la réponse cellulaire aux agents méthylants médiée par le système MMR (test de tolérance à la méthylation). Dans cet essai, toutes les isoformes protéiques testées présentent un défaut d’activité MSH2.

Cette étude représente la première caractérisation fonctionnelle de variations splicéogéniques en phase dans un gène MMR. Elle démontre que, contrairement à BRCA2, la fonction MSH2 est intolérante à toutes les modifications en phase (insertions/délétions) induites par les variations splicéogéniques testées, confirmant ainsi leur caractère pathogène, en accord avec les données clinico-pathologiques des patients porteurs de ces variations. Ces travaux mettent en exergue l’importance des approches expérimentales combinées, au niveau de l’ARN et de la protéine, pour une interprétation biologique et clinique fiable des variations splicéogéniques à l’origine d’altération en phase.

Le cancer du poumon représente la première cause de décès par cancer dans le monde en 2020. Plus de 2 millions de nouveaux cas ont été diagnostiqués.

Bien que la recherche d’altérations génétiques de type mutation ou translocation sur certains gènes soit de nos jours une analyse de routine en tumoral, la prédisposition au cancer pulmonaire reste néanmoins peu étudiée.

Des mutations constitutionnelles R776X, T790M, V843I et P848L sur le gène EGFR; epidermal growth factor receptor; ont été rapportées dans les populations caucasiennes et asiatiques. EGFR est un récepteur à tyrosine kinase, où des mutations activatrices sont retrouvées en tumoral dans 17% des adénocarcinomes bronchiques. La recherche de ces altérations a un intérêt théranostique puisqu’elles peuvent être ciblées par des inhibiteurs de la tyrosine kinase (TKI) EGFR.

Des mutations constitutionnelles dans les 7 gènes mutés en somatique EGFR, KRAS, BRAF, MET, ALK, RET et ROS1 ont été recherchées par Yang chez 36 800 patients atteints d’un cancer pulmonaire. Des mutations pathogènes constitutionnelles ont été identifiées sur le gène EGFR que dans 0.06% des cas. L’institut Dana-Farber Cancer a montré la présence de nodules pulmonaires ou de cancer bronchique chez des apparentés asymptomatiques porteurs de la mutation constitutionnelle T790M.

Dans notre laboratoire 5200 tumeurs pulmonaires ont été analysées depuis novembre 2017. Le variant V843I a été identifié sur la tumeur primitive d’une patiente de 59 ans. La fréquence allélique (FA) à 49% et la coexistence d’une mutation sur le gène KRAS, mutuellement exclusif avec le gène EGFR était en faveur d’une origine constitutionnelle de la mutation EGFR. Ceci a été confirmé lors d’un test constitutionnel proposé dans le cadre d’une consultation d’oncogénétique. Deux apparentés de 1^er degré de la patiente, son fils et sa sœur, sont aussi porteurs. Nous avons noté dans les antécédents familiaux un oncle paternel décédé d’un cancer pulmonaire à 60 ans. Les recommandations de surveillance pour les apparentés indemnes et porteurs consistent en un scanner thoracique de référence à basse intensité et une exploration fonctionnelle respiratoire. Il est recommandé un arrêt du tabagisme avec une orientation vers une consultation de sevrage tabagique.

Un autre variant a été identifié, le T790M sur l'exon 20 d'EGFR avec une FA à 60% sur une tumeur primitive pulmonaire jamais traitée par des TKI-EGFR chez une patiente de 63 ans, en co-occurance avec la mutation G719S du gène EGFR. Après progression tumorale le variant T790M a été retrouvé avec la même FA dans un épanchement pleural avec le hot spot L858R d’EGFR. La patiente doit être rencontrée en consultation d’oncogénétique prochainement.

Conclusion : Les mutations constitutionnelles sur le gène EGFR sont très rares, mais elles sont facilement repérées par le biais de l’analyse tumorale. Il est important de rapporter toutes les familles afin d’établir un lien de prédisposition et d’adapter le conseil génétique.

Introduction. Le syndrome de Lynch ou HNPCC (Hereditary Non Polyposis Colorectal Cancer) est une prédisposition héréditaire autosomique dominante aux cancers digestifs et gynécologiques liée à un défaut de protéine du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR) codés par les gènes MLH1, PMS2, MSH2, MSH6. La réalisation des analyses génétiques à la recherche de ce syndrome est codifiée sur la base de critères d’analyse comprenant historiquement les antécédents familiaux et l’âge de survenue des cancers du spectre (critères de Bethesda II et Amsterdam). Des analyses tumorales (perte d’expression des protéines MMR en immunohistochimie (IHC), recherche d’une instabilité des microsatellites en biologie moléculaire) sont désormais utilisées de manière systématique même en l’absence d’histoire familiale et parfois dans un but théranostique. Ces analyses ont permis de caractériser des formes de syndrome de Lynch familiales peu pénétrantes voire des variants pathogènes de novo. Les variants pathogènes de novo sont plus rares que dans d’autres prédispositions aux cancers et sont estimés entre 1 et 5 %.
Méthode. Ce recueil répertorie 8 variants pathogènes de novo rapportés par les laboratoires de Bordeaux, Caen, Nantes et Rouen correspondant à des familles de Bordeaux, Caen, Dijon, Rennes, Rouen et Vannes. L’histoire clinique était le plus souvent en lien avec un adénocarcinome colique précoce et respectait les critères de Bethesda II (âge du diagnostic allant de 29 ans à 39 ans sauf pour une personne à l’âge de 50 ans). L’IHC était concordante avec la biologie moléculaire dans 6 tumeurs sur 8. Le caractère de novo du variant a été confirmée par l’absence du variant pathogène chez les parents et par la confirmation de la paternité/maternité par analyse des microsatellites dans 6 familles sur 8. Résultats. Etaient concernés, 3 variants pathogènes du gène MLH1 : c.790+1G>A, p.(Glu227_Ser295del) ; c.415_418dup, p.(Lys140Thrfs*2) ; c.1771delG, p.(Asp591Ilefs*25) ; 2 variants pathogènes du gène MSH2 : c.2023A>G, p.(Lys675Glu) et une délétion des exons 3 à 16 ; et 2 variants pathogènes du gène MSH6 : c.2194C>T, p.(Arg732*) ; c.652_653del, p.(Lys218Glufs*2) et un variant de signification inconnue c.3656C>T, p.(Thr1219Ile) sur le gène MSH6. Discussion. Les cas de variants pathogènes de novo sont rares dans la littérature, 18 ont été rapportés dont 2 faisant partie de ce recueil.  C’est la recherche d’instabilité des microsatellites couplées à une IHC dans les tumeurs qui ont permis de diagnostiquer le syndrome de Lynch chez ces 8 individus et ce même en l’absence d’antécédents familiaux. Conclusion. Ce premier recueil français confirme une nouvelle fois l’importance et la complémentarité des analyses d’anatomopathologie et de biologie moléculaire dans le diagnostic du syndrome de Lynch qui devraient être réalisées de manière systématique. Les cas de variants de novo sont possiblement sous-estimés et mériterait un travail collaboratif international.

L’implémentation de projets de téléconsultation/télé-expertise a démarré en 2019 dans les CLCC sous l’impulsion d’UNICANCER. Ce développement s’inscrit totalement dans un des objectifs du projet UNICANCER « cancérologie 2025 : décryptage des changements majeurs et des adaptations de la cancérologie à l’horizon de 2025 » : Développement de la télémédecine en cancérologie (développer la téléconsultation de spécialistes experts à distance).

Des projets pilotes ont ainsi vu le jour dans les services d’oncogénétique de l’Institut Curie et de Gustave Roussy. Les téléconsultations réalisées dans ce cadre étaient ciblées à des situations très particulières. L’épidémie de COVID19 et le premier confinement ont bouleversé l’organisation des consultations et nous ont contraints à très rapidement nous adapter afin de maintenir intact le parcours de soins des patients et faire en sorte que la prise en charge soit le moins impactée possible.

Par conséquent, durant cette période, quel que soit le type de consultation d’oncogénétique prévue (première consultation, consultation de rendu d’analyse génétique sans anomalie identifiée, avec identification d’un variant pathogène, avec identification d’un variant de signification inconnue), nous avons proposé systématiquement que la consultation présentielle soit remplacée par une téléconsultation.

Nous avons évalué l’appréciation et la satisfaction des patients dans le cadre d’une étude dédiée (TELEGENIQUE) menée parallèlement à l’Institut Curie et à Gustave Roussy.

Entre mars 2020 et septembre 2020, 1 010 téléconsultations ont été réalisées, à l’issue de chacune d’elle, un auto-questionnaire anonyme a été envoyé par mail. Ce questionnaire a été établi à partir de questionnaires validés, notamment l’échelle TUQ (Telehealth Usability Questionnaire, utilité, facilité d’utilisation, efficacité, fiabilité, satisfaction), la sous-échelle ‘anxiété’ de l’HADS, un questionnaire standardisé OUTPATSAT35 et enfin des caractéristiques démographiques et personnelles.

346 patients (34%) ont répondu au questionnaire. Pour 31%, il s’agissait d’une première consultation de génétique et pour 65% d’une consultation de rendu de résultat, au cours de laquelle 40 patients ont appris l’identification d’un variant pathogène et 15, l’identification d’un variant de signification inconnue. La satisfaction globale de la téléconsultation était élevée, sur une échelle de Likert en 5 points, 46% et 33% des patients ont rapporté respectivement une satisfaction « excellente » ou « très bonne ». Aucun facteur discriminant le niveau de satisfaction n’a été mis en évidence (âge, sexe, type de consultation, nature du résultat, distance domicile/hôpital, période de confinement ou non).

Cette expérience contrainte par la situation épidémique nous a permis d’accéder à une nouvelle organisation et de cerner des pistes d’amélioration au bénéfice des patients et des consultants.

Le mélanome est une tumeur maligne de la peau dont le pronostic devient redoutable lorsque la maladie atteint le stade métastatique. Ces formes graves bénéficient d’une prise en charge standardisée dont la conduite thérapeutique est actuellement dictée par la réalisation d’un génotypage de la tumeur. Celui-ci, centré sur l’étude du gène BRAF, permet en cas de mutation sur la position V600 d’orienter le patient vers une thérapie ciblée reposant sur un double blocage des kinases BRAF et MEK. La seule alternative à cette thérapie ciblée est l’immunothérapie avec l’utilisation d’un inhibiteur de check-point. Les réponses cliniques à l’immunothérapie sont généralement plus longues que celles observées avec la thérapie ciblée (médianes respectives de 24 et 12 mois). Cependant ces réponses restent malheureusement limitées à une faible proportion de patients (34 à 44%) vraisemblablement en raison de l’absence de marqueurs prédictifs. De nombreuses études ont été réalisées afin d’identifier de tels marqueurs et la présence d’une charge mutationnelle élevée (ou TMB) a pu ainsi être corrélée à de meilleures réponses à l’immunothérapie, sans pour autant conditionner la prescription d’inhibiteur d’immune checkpoint. Par ailleurs, la détermination de ce paramètre reste difficile en routine ce qui le rend peu accessible à une utilisation en pratique clinique. L’identification d’un marqueur de sensibilité aux immunothérapies reste donc une question ouverte et d’importance notamment dans le choix de la 1^ere ligne de traitement des tumeurs métastatiques BRAF V600.

Dans le mélanome cutané, la charge mutationnelle élevée est associée à l’exposition aux irradiations solaires UV avec des mutations de transition de type C>T. Parmi les altérations fréquemment rencontrées portant les cicatrices de l’irradiation, on retrouve les mutations du promoteur du gène TERT. Nous avons donc fait l’hypothèse que la présence d’une mutation hotspot de pTERT pourrait constituer un marqueur prédictif de réponse à l’immunothérapie. Le statut mutationnel du promoteur de TERT a donc été déterminé sur les tumeurs issues d’une cohorte de 21 patients traités en 1^ère ligne par inhibiteurs de checkpoint (nivolumab ou pembrolizumab). Les ADN extraits à partir d’échantillons tumoraux FFPE ont été analysés par PCR digitale (Stilla®) au moyen du kit commercial IDTERT® (ID-Solution®) ciblant spécifiquement les altérations hotspot -124C>T et -146C>T. Le statut pTERT vis-à-vis des deux mutations hotspot a pu ainsi être déterminé de façon certaine dans 19 cas retrouvant une mutation pour 47% des tumeurs associés à une survie sans progression moyenne de 13 mois contre 5,4 mois pour les tumeurs wild-type. Les résultats obtenus ont permis la détermination des caractéristiques d’utilisation de l’approche méthodologique choisie et de préciser l’intérêt théranostique de ce marqueur dans le traitement du mélanome. Ces résultats très encourageants obtenus sur une petite cohorte méritent d’être confirmés.

La France s’est dotée depuis 2016 d’un plan national de mise en œuvre de la médecine génomique pour intégrer le séquençage du génome complet dans le parcours de soins des patients. Il s’appuie sur 3 piliers principaux : un Centre national de collecte et d’analyse des données (CAD), un réseau de laboratoires de séquençage génomique (LBM-FMG), et un Centre de Référence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert (CRefIX). Au-delà de sa vocation sanitaire première, le PFMG2025 s’inscrit dans un continuum soin-recherche. La réutilisation des données issues du soin pour des projets de recherche en constitue un de ses axes majeurs, s’appuyant pour sa mise en œuvre sur l’élaboration de modèles de consentements adaptés et la création d’une infrastructure de collecte des données dédiée et sécurisée, le CAD. La réutilisation des données du PFMG2025 pour la recherche s’inscrit dans une dynamique de science ouverte. Cette ouverture des données a vocation à être la plus large possible, tout en assurant leur sécurité et en respectant un certain nombre de critères scientifiques et éthiques définis par le PFMG2025. Le CAD offrira une capacité de stockage de données et une puissance de calcul intensif inédite à ce jour, un éventail de services informatiques et un accès à des bases de connaissances multiples. Il sera alimenté en continu par les LBM-FMG (AURAGEN et SeqOIA à ce jour) et recevra également les données des 4 projets pilotes du PFMG2025 orientés maladies rares, cancer déficience intellectuelle et population générale.

Les données du CAD seront des données de génomes assemblés, des variants génétiques annotés et/ou interprétés, des données cliniques, un corpus de bases de connaissances et de données. Le CAD offrira un ensemble de services permettant aux chercheurs d’accéder, d’analyser et d’explorer l’ensemble de ces informations à des fins de découvertes ou de développement de nouveaux outils d’analyse. Les chercheurs pourront par exemple tester le lien entre des gènes et certaines manifestations cliniques, mettre en évidence des différences interindividuelles pouvant expliquer les différences de réponse aux traitements ou encore développer des outils d’identification d’anomalies moléculaires non recherchées dans le cadre du soin.

L’accès aux données s’effectuera dans un espace sécurisé au sein duquel les chercheurs auront la possibilité d’apporter leurs propres données et outils d’analyse. Un Comité Scientifique et Ethique (CSE) multidisciplinaire s’assurera que les projets de recherche demandant l’accès aux données du PFMG2025 respectent les critères définis dans une charte dédiée. Un guichet d’accompagnement des projets est d’ores et déjà mis en place en amont du CSE. Le CAD donnera accès aux premiers projets de recherche dans le courant de l’année 2022.

L’accès aux données en recherche au sein du CAD représente une véritable opportunité pour les chercheurs en France de s’inscrire dans des projets de recherche nationaux et internationaux ambitieux.

Le syndrome de Kabuki est une maladie génétique rare causée par des mutations dans deux gènes principaux, KMT2D et KDM6A, responsables du syndrome de Kabuki de type 1 (KS1, OMIM147920) et 2 (KS2, OMIM300867) respectivement. Nous manquons d'une description clinique permettant de distinguer KS1 et KS2. Nous avons utilisé une analyse de morphologie faciale pour détecter des différences morphologiques entre les deux types de syndrome de Kabuki.

Nous avons utilisé un algorithme de reconnaissance faciale pour explorer les différences morphologiques entre les deux types de syndrome de Kabuki. Nous avons comparé plusieurs séries de photographies d'individus KS1 et KS2, puis nous avons comparé uniquement les photographies d'individus caucasiens (12 individus pour chaque gène) car il s'agissait de l'ethnie majoritaire dans notre série de cas. Nous avons aussi collecté 32 photographies de la littérature pour élargir la série de cas. Nous avons validé les résultats obtenus par l'algorithme en utilisant des évaluations réalisées par des généticiens cliniciens entrainés, en utilisant les mêmes photographies.

L'utilisation de l'algorithme a révélé une différence statistiquement significative entre chaque groupe pour notre série de photographies, ce qui montre bien une différence au niveau du morphotype facial entre les individus KS1 et KS2 (aire sous la courbe = 0.85 [p=0.027] entre KS1 et KS2). L'algorithme était meilleur pour faire une distinction entre KS1 et KS2 avec les photographies de notre série qu'avec celles de la littérature (p=0.0007). Les généticiens cliniciens entrainés à différencier KS1 et KS2 ont reconnu de façon significative un morphotype faical unique, ce qui a validé les découvertes de l'algorithme (p=1.6e-11)

L'algorithme de reconnaissance faciale basé sur les réseaux neuronaux permet de créer des images composites révélant un gestalt spécifique pour les individus KS1 et KS2

L’essor du séquençage à haut-débit améliore grandement le taux de diagnostic des maladies rares et la connaissance du génome humain. Mais ces nouvelles technologies génèrent des quantités importantes de données. Le stockage et l’interrogation de ces données hétérogènes par leurs formats reste une difficulté importante pour agréger les variations détectées afin de découvrir de nouveaux gènes impliqués en pathologie humaine. Il est donc nécessaire d’inventer de nouveaux moyens pour améliorer le stockage et l’analyse de ces données.

Pour répondre à ces problématiques, nous avons créé et mis en place une base de données innovante, SCNVBase, permettant le stockage et la recherche efficaces dans ces données volumineuses. Elle est basée sur un système de gestion de base NoSQL, MongoDB, pour accueillir une grande quantité de données orientées documents. Ce système est donc bien adapté au stockage et à l’interrogation de grands volumes de données hétérogènes. Nous avons créé un outil en Java pour insérer les données concernant les variations de type CNV et SNV et les annoter rapidement avec des bases externes telles RefSeq ou OMIM via l’outil SnpEff.

Une architecture 3-tiers a été utilisée. Le web service récupère les données de la base et les envoie à l’interface web. Cette dernière a été faite en HTML, CSS, JavaScript, Bootstrap4 et jQuery. Le web service incluant la base MongoDB a été fait en Python, Flask. Une couche de sécurité est ajoutée par Flask JWT utilisant un système de jeton. L'accès aux données anonymisées est libre et sans authentification, permettant d’utiliser les informations de fréquence populationnelle. Relier les variations aux patients et à leurs phénotypes est possible après authentification de l’utilisateur et l’autorisation préalable par l’administrateur. Ce système permet un accès fiable et sécurisé aux données identifiantes.

Nous pouvons donc interroger les données en les visualisant sous forme de table ou de graphiques comme Lollipop et celles-ci peuvent être exportées dans des formats classiques (TSV, VCF, BED, etc.).. Les champs à visualiser sont sélectionnables selon la volonté de l’utilisateur. La première version de l’application est déployée sur nos serveurs en test interne et sera bientôt mise à disposition des chercheurs. Le modèle de la base de données est libre et accessible sur notre dépôt git.

Le système affiche de très bonnes performances permettant l’interaction en temps réel avec les données. Les tests montrent un temps de réponse constant de quelques millisecondes pour un jeu de données augmentant incrémentalement.

De nouvelles fonctionnalités seront intégrées au fur et à mesure de l’utilisation. Ainsi, de nouveaux types de variation vont être supportés et intégrés à la base (Eléments mobiles, STR, etc.) et de nouvelles solutions d’interrogation seront mises à disposition. La base, ainsi que le modèle de la base restera libre, gratuite et accessible à tous grâce à l’utilisation d’une licence GPLv3.

Le séquençage haut débit permet d’identifier un variant dans une région codante chez 30% des patients atteints de néphropathie glomérulaire. Peu de nouveaux gènes impliqués dans ces maladies sont aujourd’hui découverts, suggérant qu’une partie des patients sans diagnostic moléculaire pourraient être porteurs de variants introniques profonds dans des gènes déjà connus. Le séquençage de génome (WGS) permet de mettre en évidence ces variants. Leur caractérisation nécessite des études fonctionnelles non adaptées à l’étude du nombre de variants identifiés. L’étude du transcriptome entier (RNAseq) est le plus souvent limitée par la profondeur de lecture offerte par cette technologie, en particulier pour les gènes faiblement exprimés.

L’objectif de ce travail était de développer une approche d’identification d’évènements d’épissage potentiellement pathogènes en mettant en place une approche de RNAseq ciblé et en développant un algorithme bioinformatique pour filtrer les évènements d’intérêt en amont ou en parallèle de l’analyse du génome. Pour évaluer la performance de cette approche, nous avons pris l’exemple du syndrome d’Alport lié à l’X (XLAS), en raison de son homogénéité génétique.

L’ARN de fibroblastes de 16 patients atteints de XLAS sans cause moléculaire identifiée dans les régions codantes du gène COL4A5 a été étudié. L’ADNc a été capturé par des sondes dirigées contre les régions codantes d’un panel de 228 gènes, incluant COL4A5, régulièrement utilisé en diagnostic moléculaire des néphropathies héréditaires. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus chez 5 contrôles, et à ceux obtenus en RNAseq classique (transcriptome entier). 

Le RNAseq ciblé avait une profondeur de lecture 25 fois supérieure au RNAseq classique. Au total, après les contrôles qualité, nous avons identifié 37 évènements chez 13 patients [26 rétentions d’intron (RI) et 11 sauts d’exon (SE)]. Chez 3 patients, aucun évènement n’a été identifié. L’algorithme développé a permis d’identifier chez 7 patients un unique évènement d’épissage absent chez les contrôles (1 SE et 6 RI), et chez les 6 autres, un enrichissement statistiquement significatif d’un transcrit non canonique trouvé à une fréquence statistiquement plus faible chez les contrôles (2 SE et 4 RI). Dans tous les cas, le séquençage de l’ADN a permis d’isoler le variant responsable de l’épissage alternatif, prouvant la puissance de l’algorithme. Tous ces variants étaient absents dans la population générale, et prédits impliqués dans la modification/création d’un site silencer (n=2), enhancer (n=3), donneur (n=5) ou accepteur (n=2) d’épissage, ou encore dans la modification d’un point de branchement (n=1).

 Au total, nous avons identifié des variants impliqués dans l’épissage chez 81% des patients de cette cohorte grâce aux analyses qualitatives et quantitatives offertes par le RNAseq ciblé. L’intégration des données issues du RNAseq ciblé avec le WGS sera un outil majeur pour la caractérisation rapide de tels variants.

Le syndrome de Kallmann est une maladie génétique associant un hypogonadisme hypogonadotrope par déficit de GnRH et une anosmie ou une hyposmie. Sa prévalence est estimée à 1/8 000 garçons et 1/40 000 filles. L’origine de ce syndrome est une anomalie du développement neuronal affectant à la fois la migration des terminaisons nerveuses olfactives et celle des neurones à GnRH. La mise en évidence de mutations génétiques causales (gènes KAL1, FGFR1, FGF8, PROKR2, PROK2) a permis l’identification des voies de signalisation impliquées. Cependant, ces mutations identifiées à ce jour n’expliquent que 30% des cas. Notre objectif était de réaliser une approche pangénomique afin d’identifier de nouveaux gènes candidats responsables de ce syndrome.

Les prélèvements sanguins d’une cohorte de 163 patients ont été analysés par CGH-array (Agilent 180K) de résolution moyenne de 17Kb. Ces patients sont suivis par le centre de référence des Maladies Rares du Développement Génital des Hôpitaux Paris Saclay.

Un total de 930 CNV ont été identifiés avec une moyenne de 5,7 CNV par individu. Les variations ont été interprétées comme bénigne, probablement bénigne, de signification inconnue (VOUS), probablement pathogène et pathogène, ou PIEV (CNV de pénétrance incomplète et d’expressivité variable) selon les critères en vigueur. Il en résulte l’identification de 17 CNV d’intérêt (classes VOUS, probablement pathogènes, pathogènes ou PIEV) dont 6 CNVs récurrents. La cartographie des gènes de ces régions nous permet de proposer une corrélation génotype-phénotype précise. Les gènes candidats identifiés dans cette étude sont impliqués notamment dans la régulation du développement embryonnaire et certaines voies de signalisation clés. Cette étude devrait permettre de contribuer à la compréhension des mécanismes génétiques liés au syndrome de Kallmann.

Un homme de 28 ans nous a été adressé pour exploration d'une azoospermie. L’échographie testiculaire notait une atrophie bilatérale, confirmée à la biopsie testiculaire qui retrouvait une diminution nette de la spermatogenèse et une sclérose des tubes séminifères.

Le caryotype retrouve deux populations cellulaires  : une population 45,X minoritaire et une population 46,XX très majoritaire avec des chromosomes X de morphologie et taille normales. Une FISH métaphasique a montré la présence du locus SRY à l’extrémité d’un des deux chromosomes X comme attendu pour 85% des hommes XX.

Parallèlement, une Fish interphasique à l’aide des centromères des chromosomes X et Y a été réalisée sur le deuxième tube de sang non utilisé afin d’éliminer une erreur lors de la mise en culture. De manière surprenante, la majorité des noyaux présentait deux signaux du centromère du chromosome X et un signal du centromère Y, évoquant un chromosome dicentrique, ce qui a été confirmé sur les métaphases.

L’analyse chromosomique par puce ADN (Puce Agilent ISCA 60k, Hg19) a ensuite précisé les points de cassure de ce chromosome pseudodicentrique (X;Y).

Nous rapportons donc un très rare cas de caryotype 46,XX SRY+ avec un chromosome pseudodicentrique (X;Y) chez un un homme qui présente une azoospermie. Chez la plupart des patients présentant une anomalie testiculaire du développement sexuel avec un caryotype XX, l’anomalie est causée par la translocation d'un petit fragment du bras court du chromosome Y comprenant le locus SRY, sur le chromosome X, en raison d’un crossing over asymétrique entre PRKX et PRKY.

Devant l’aspect normal des chromosomes X malgré un déséquilibre important chez ce patient, nous avons réanalysé 9 cas d’hommes avec un caryotype 46,XX SRY+ pour mieux caractériser les points de cassure sur les chromosomes X et Y en utilisant une combinaison et de FISH et d’ACPA et rechercher d’autres cas de réarrangements différents du der(X)t(X;Y) classiquement décrit.

Les résultats de ces 10 patients seront présentés dans cette communication.

Le syndrome de délétion 22q11.2 (22q11DS) est une maladie génétique rare associée à une grande variabilité de symptômes. L’apparition d’un trouble du spectre de la schizophrénie à l’adolescence ou chez le jeune adulte est environ 25 fois plus élevée chez les personnes avec 22q11DS par rapport à la population générale. Les causes de l'apparition de ce trouble ne sont pas encore comprises. Des facteurs environnementaux tels que le stress peuvent modifier l'épigénome et pourraient précipiter l’entrée dans la psychose chez les individus à risque. Nous avons donc comparé la méthylation de l'ADN dans des échantillons de sang de 9 patients atteints de 22q11DS et affectés par la schizophrénie, avec celle de 5 patients atteints de 22q11DS sans schizophrénie. Le séquençage de la méthylation de l'ADN par RRBS a couvert six millions de CpGs à travers le génome. Un total de 4 187 CpGs différentiellement méthylées était significatif, correspondant à 3 265 gènes. Ces gènes sont connus pour être fortement exprimés dans le cerveau et une analyse d’enrichissement de leur présence dans les GWAS sur la schizophrénie a montré un enrichissement significatif (p ajusté=9,64e-07). Ces gènes sont notamment impliqués dans les voies de signalisation associées avec l'interaction ligand-récepteur neuroactif, le calcium et l'adhésion focale. Nous avons ensuite analysée la méthylation de l'ADN par RRBS dans le cortex préfrontal de souris afin d’étudier un modèle Gène x Environnement. Quatre groupes ont été constitués : souris de type sauvage (WT), souris portant un facteur de risque génétique homologue à la délétion 22q11.2 de l’homme Df(h22q11)/+ (G), souris WT exposées à un stress aigu (E), et souris G exposées au stress (GxE). Une analyse d’enrichissement des gènes différentiellement méthylés entre ces animaux a montré leur enrichissement significatif dans le GWAS associée à la schizophrénie. Selon la condition, ces gènes étaient également enrichis parmi les gènes impliqués dans le syndrome de délétion 22q11.2, étaient fortement exprimés dans le cerveau et enrichis dans les neurones. Les voies biologiques associées à ces gènes les plus significatives étaient MAPK, le calcium et le guidage axonal. Cette approche translationnelle nous a permis d'identifier des modifications méthylomiques qui pourraient être associées à la pénétrance variable de la schizophrénie chez les patients atteints de 22q11DS. S'ils sont reproduits, ces résultats pourraient permettre le développement de biomarqueurs prédictifs ou d’aide au diagnostic pour une prise en charge précoce. Ils pourraient aussi servir de cibles thérapeutiques médicamenteuses.

Le Syndrome de Rubinstein-Taybi (SRT) est une anomalie génétique caractérisée par des particularités physiques, avec un faciès particulier, une microcéphalie, des pouces et orteils larges. Le gène CREBBP est impliqué dans le déterminisme du SRT sur le chromosome 16p13.3 (Lacombe et al. 1992, Roelfsema et al. 2005). Il existe une hétérogénéité génétique avec un deuxième gène impliqué (EP300).

Le phénotype cognitif des enfants SRT se distingue par un handicap intellectuel avec un QI moyen de 51, des limitations du langage expressif, des difficultés de planification des actes moteurs et des anomalies de la mémoire visuo-spatiale.

Alors que les recherches de ces dix dernières années suggèrent un ensemble de particularités comportementales, sociales (Galera et al, 2009) et motrices (Cazalets et al, 2017) caractéristiques du phénotype comportemental des enfants SRT, aucune étude ne s’est vraiment intéressée au profil des développements psychomoteur, cognitif et socio-émotionnel, psychoéducatif et adaptatif.

Tout récemment, nous avons identifié sur un groupe de 23 enfants avec SRT et DI sévère, un profil cognitif et socio-émotionnel caractérisé par des déficits du développement du jeu symbolique, du langage expressif et de l’imitation vocale et de bonnes capacités de communication sociale et émotionnelle (Taupiac et al, 2020), qui, ces dernières les distinguent très clairement des enfants ayant un trouble du spectre de l’autisme (Adrien et al, 2021)

L’objectif de cette nouvelle étude est d’identifier la spécificité du phénotype développemental d’enfants avec SRT en le comparant à celui d’enfants ayant une Trisomie 21.

Dans cette étude, le développement cognitif, socio-émotionnel et adaptatif de 72 enfants avec SRT et de 68 enfants avec TR21 (âges réels : entre 3 ans et 10 ans) appariés en âge de développement (entre 16 et 30 mois) a été évalué à l’aide, du Brunet-Lézine Révisé (ECPA 2001), de la BECS (Adrien, 2007),  du PEP-3 (Lansing et al, 2010) et de la Vineland II (Sparrow et al, 2015). Les comparaisons intergroupes et intragroupes sont réalisées à l’aide de tests non paramétriques.

Cette étude montre qu’il existe un profil développemental caractéristique des enfants SRT. Les enfants du groupe SRT ont un meilleur développement pour les fonctions « attention conjointe » et « expression émotionnelle » que ceux du groupe de Trisomie 21. Les enfants du groupe TR21 ont un meilleur développement psychoéducatif global que ceux du groupe de SRT, notamment dans le secteur de la cognition préverbale et la motricité fine. Les enfants du groupe TR21 ont un meilleur comportement adaptatif que ceux du groupe SRT, notamment dans les domaines de l’autonomie domestique et les capacités adaptatives.

Ces observations vont permettre aux familles et aux professionnels d’avoir une meilleure connaissance des caractéristiques du développement psychologique et socio-adaptatif des enfants avec SRT pour envisager des modalités d’intervention psycho-éducative plus adaptées.

Une personne non malade à risque peut décider de connaître son statut génétique vis-à-vis d’une pathologie ou d’une prédisposition génétique existante dans sa famille. Cette démarche de diagnostic présymptomatique (DPS) est encadrée par le décret n°2000-570 du 23 juin 2000, fixant les conditions de prescription des caractéristiques génétiques d’une personne à des fins médicales. Le bénéfice attendu, l’autonomie du patient, le choix éclairé, la confidentialité et le respect de la vie privée, ainsi que le droit de ne pas savoir sont les fondements principaux de cette démarche. Les équipes pratiquant le DPS doivent être déclarées auprès de l’Agence de la Biomédecine ainsi que les protocoles types de prise en charge pluridisciplinaire par pathologies ou groupes de pathologies. Les équipes peuvent regrouper des généticiens, des cliniciens, des conseillers en génétiques, des psychologues, des travailleurs sociaux… Chaque équipe étant indépendante dans son organisation et dans la mise en place des protocoles de prise en charge, nous avons choisi de nous intéresser dans cette étude aux différentes structurations et organisations de cette procédure en France, en diffusant un questionnaire via l’AFCG aux conseillers en génétique exerçant dans le domaine de la Neurogénétique, l’Oncogénétique et la Cardiogénétique. Nos questions portent sur la composition de l’équipe du DPS, sur les différents entretiens proposés, la temporalité, les modalités de consultation et de rendu de résultat. Le but de notre étude est de souligner les similarités et les différences de prise en charge des patients demandeurs d’un DPS, en fonction des centres et de la sous-spécialité, ainsi que leur impact sur la réalisation ou non du test génétique.

A l’heure actuelle, le dépistage et le diagnostic des maladies génétiques en France pendant la grossesse, se base sur le dépistage combiné du premier trimestre de la T21 et, en cas de découverte d’anomalies fœtales aux échographies sur l’analyse chromosomique, parfois associée à un panel de gènes. Le séquençage de l’exome reste marginal et il n’existe pas de consensus sur son utilisation pour le diagnostic prénatal en routine. La littérature sur le sujet comporte de nombreux articles discutant des avantages et des inconvénients. Les rendements diagnostics oscillent entre 5,5% et 87% en fonction des indications. Le CAGM a publié en 2020 des recommandations indiquant son utilité dans l’arsenal diagnostique des malformations fœtales. Nous proposons, à Montpellier, cette technologie aux couples dans un contexte de grossesse, après un caryotype et une CGH-array normaux.

Les exomes ont été réalisés en trio par l’entreprise privée CERBA. Les variants rapportés ne concernent que des variants classés « Pathogène » ou « Probablement pathogène » selon la classification ACMG et confirmés par Sanger. Les variants présents dans les gènes classés comme « Données secondaires » selon la liste de l’ACMG ont été volontairement exclus de l’analyse.

Entre mars 2019 et décembre 2020, nous avons réalisé 101 séquençages d’exome trio pour des fœtus présentant un syndrome malformatif. Nous avons obtenu 21 diagnostics permettant une information et un conseil génétiques appropriés (20,8%). Le délai de réponse a été en moyenne de 32,72 jours (12 à 94 jours).

Le diagnostic prénatal génétique sur signes d’appel échographique constitue un challenge et l’étude chromosomique seule s’avère souvent insuffisante pour l’évaluation diagnostique et le conseil génétique. L’exome reste peu utilisé du fait des contraintes techniques et des longs délais et surtout controversée du fait de questions éthiques majeures que pose l’accès à l’ensemble du patrimoine génétique d’un individu en prénatal (données incidentes) et des risques d’eugénisme. Cependant il s’avère augmenter considérablement le taux diagnostic de pathologies monogéniques et donc constitue un apport indéniable pour l’amélioration de la prise en charge des familles.

Objectif : Évaluer la performance dans les grossesses triples du dépistage par ADN libre circulant (ADNlc) des trisomies 21, 18 et 13.

Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective multicentrique incluant les femmes enceintes avec une grossesse triple et ayant bénéficié d’un dépistage par ADNlc entre le 1er Mai 2017 et le 15 Janvier 2020. Ce dépistage a été réalisé par séquençage massif en parallèle (Illumina, VeriSeq, V1). Les issues de grossesses ont été recherchées.

Résultats : Durant la période d’étude, 130 patientes avec une grossesse triple ont bénéficié d’un test par ADNlc. Trois résultats étaient non exploitables soit 2.3% des tests versus 0.22% dans la population de grossesses singletons et doubles (performance 2019, V1 Illumina sur 40273 tests). Trois tests par ADNlc étaient positifs, soit 2.3% (versus 1.3% dans la population de grossesses singletons et doubles) : 2 dépistages positifs pour la trisomie 21 dont un confirmé par le caryotype anténatal, 1 dépistage positif pour la trisomie 18 non confirmé par le caryotype (perdu de vu). Aucun cas de trisomie 13 n’a été rapporté dans la cohorte. Aucun faux négatif n’est à déplorer parmi les 89 grossesses (68%) dont l’issue était disponible.

Conclusion : En absence d’autre test de dépistage possible dans la population des grossesses triples, le dépistage par ADNlc, malgré une probable baisse d’efficience (augmentation du nombre de test non exploitables, plus forte proportion de résultats positifs) est réalisable (absence de faux négatif). Une plus large cohorte est nécessaire afin de confirmer ces résultats.