Le syndrome de déficience intellectuelle lié au gène DDX3X (MIM #300958) est de plus en plus fréquemment diagnostiqué.

Dans une cohorte d'environ 30 indivius (inclusions encore en cours) atteints du syndrome DDX3X, nous avons :

- mieux défini le phénotype clinique

- détaillé la corrélation génotype - phénotype

- observé et comparé le profil neuropsychologique afin d'essayer de mettre en évidence un profil commun

- et enfin étudié la signature épigénétique des différents variants, afin d'affiner le classement des VOUS

Cette étude est menée en collaboration étroite avec l'association DDX3X France et Xtraordinaire, qui nous permet d'avoir un contact privilégié avec les familles, et des informations inédites sur le syndrome, en particulier grâce à l'aide précieuse de Genida

Les microdélétions submicroscopiques en 10p15.3 ont été déjà rapportées chez les individus ayant un retard du développement. La région critique minimale incluant deux gènes DIP2C et ZMYND11 en 10p15.3 a été bien définie. Par la suite, des variants tronquants du gène ZMYND11 ont été identifiés dans une cohorte de patients atteints de retard du développement. A noter que les patients porteurs de la microdélétion 10p15.3 ou du variant pathogène du gène ZMYND11 présentent un phénotype similaire associant une hypotonie, une déficience intellectuelle, une dysmorphie faciale, un retard psychomoteur et du langage, une épilepsie et des troubles du comportement. De plus, seul un patient porteur d’une délétion complète du gène ZMYND11 a été rapporté et aucun cas de délétion intragénique du gène ZMYND11. Nous rapportons ici un enfant de sept ans présentant un retard du développement qui porte la microdélétion de novo la plus petite en 10p15.3, emportant la partie 5’UTR et les deux premiers exons du gène ZMYND11 qui présente un retard du développement. Notre étude contribue donc à élargir le phénotype clinique, le spectre mutationnel du gène ZMYND11 et confirme que l’haploinsuffisance du gène ZMYND11 est le principal mécanisme du syndrome microdélétionnel, subtélomérique 10p15.3.

La microcéphalie primitive autosomique récessive (MCPH) est une maladie rare du développement caractérisée par une diminution du volume cérébral. WDR62 est le 2^ème gène le plus fréquemment impliqué, après ASPM. Les patients rapportés dans les toutes premières publications en 2010 avaient un phénotype sévère comprenant un retard de développement important, une microcéphalie, des malformations cérébrales majeures et une épilepsie. Depuis, 137 cas ont été rapportés sur le plan moléculaire, mais le phénotype clinique y est peu détaillé. En particulier, l’absence de données sur le développement moteur et intellectuel de ces patients rend difficile le conseil génétique, notamment lorsque la microcéphalie est découverte en anténatal.

Nous avons analysé le phénotype de 17 patients avec des variants WDR62 issus d’une cohorte internationale que nous avons comparés aux 59 familles déjà décrites. Il s’agit de la plus grande cohorte publiée avec des données précises sur le plan neurodéveloppemental, cognitif et de l’imagerie cérébrale. Les variants WDR62 de ces 17 patients ont été identifiés par différentes techniques de biologie moléculaire (séquençage Sanger, panel ciblé de gènes de microcéphalie, exome) et nous rapportons 14 nouveaux variants. Les malformations cérébrales à type de pachygyrie, hétérotopies neuronales, schizencéphalie et microlissencéphalie étaient présentes chez 11/15 patients. Le QI total moyen des 11 patients qui ont pu être évalués était de 51.8 (±12.6 DS, rang : 40-70). La déficience intellectuelle était sévère chez 4 patients, modérée chez 4 et légère chez 3 patients. L’échelle de Vineland obtenue chez 10 patients a montré des scores faibles en communication et motricité (moyenne : 38.29 +/-7.74 DS ; 37.71 +/-5.74 SD) mais de meilleures performances en sociabilisation (47.14 +/-12.39 SD). Leur autonomie dans les activités de la vie quotidienne était significativement préservée par rapport à leurs capacités de communication (p=0.0012, one-way-ANOVA). Un patient a développé une ataxie progressive à l’adolescence.

Les capacités cognitives des patients WDR62 sont donc plus préservées qu’attendu. Cependant l’apparition d’une ataxie progressive chez un patient doit encourager le suivi à long terme de ces patients qui pourraient montrer des signes de neurodégénérescence avec l’âge.

L’implication du gène TLK2 (Tousled-like kinase 2) dans les troubles neurodéveloppementaux, date de 2016 avec la publication par Lelieveld et al. d’une première série de 5 patients porteurs de variants hétérozygotes de novo. Le phénotype de cette nouvelle entité a été décrit dans un 2^ème article en 2018, par l’analyse de 38 patients porteurs de variants hétérozygotes, majoritairement des variants tronquants perte de fonction. Depuis cette date un seul autre article a été publié et rapportait un cas de déficience intellectuelle sévère avec un variant faux-sens homozygote. Nous décrivons ici une nouvelle patiente atteinte d’une forme syndromique de déficience intellectuelle liée au gène TLK2.

Il s’agit d’une fillette de 6 ans ½ , 2^ème d’une fratrie de 2 enfants et née de parents non apparentés en bonne santé, sans histoire familiale particulière. Elle est née à 40 SA après une grossesse spontanée de déroulement normal, avec une bonne adaptation à la vie extra-utérine et des mensurations néonatales normales. Une constipation opiniâtre, notée précocement et nécessitant un traitement médicamenteux permanent, a été mise sur le compte d’une antéposition anale ne relevant pas d’une intervention chirurgicale. Au cours du suivi pédiatrique des éléments de dysmorphie faciale avec notamment un ptosis bilatéral ont été notés, ainsi qu’un retard psychomoteur global (marche acquise à 2 ans, associations de 3-4 mots à 4 ans) et d’importants troubles de l’oralité. Après un suivi au CAMSP, un maintien en maternelle a été décidé en attente d’une admission en IME. Aucun autre élément malformatif n’a été noté : échographie abdominale, radiographies de squelette, audiométrie et IRM cérébrale normales, examen ophtalmologique normal en dehors d’une hypermétropie et un astigmatisme modéré. Le caryotype standard et l’ACPA se sont révélés normaux. Un séquençage à haut débit d’exome en trio a mis en évidence un variant faux-sens de novo de l’exon 20 du gène TLK2 (NM_001284333.1 :c.1889G > C ; p.(Gly630Ala)). Lors du dernier examen à l’âge de 6 ans 9/12, la patiente présentait une taille à -2 DS, un PC à -1,5 DS, une dysmorphie craniofaciale, des plis palmaires anormaux, une hyperlaxité articulaire avec des pieds plats, des difficultés de motricité globale et fine, un langage fait de petites phrases difficilement intelligibles, et elle n’était toujours pas autonome pour la vie courante. Ce tableau clinique est concordant avec le phénotype des patients porteurs de variants pathogènes de TLK2. Une comparaison des signes observés chez notre patiente et ceux de la littérature est présentée.

Introduction :

La microduplication Xq28 résulte d’un mécanisme par recombinaison homologue non allélique entre les duplications segmentaires int22h-1 et int22h-2, distantes de 0.5 Mb. Elle est responsable d’une déficience intellectuelle syndromique avec notamment des infections récurrentes et des maladies atopiques chez les individus de sexe masculin. Parmi les autres signes possibles, une dysmorphie faciale non spécifique et une obésité ont également été rapportées. Une minorité de femmes avec déficience intellectuelle ont été décrites. A ce jour, tous les patients masculins évalués rapportés présentent une déficience intellectuelle légère à modérée (El-Hattab et al., 2015 ; Ballout et al., 2020). Après une première observation inattendue d’un porteur sain de sexe masculin, nous avons décidé d’étudier la pénétrance de ce syndrome chez les individus masculins.

Matériel et méthodes :
Nous avons réalisé un appel à collaboration au sein du réseau AchroPuce et avons ainsi réuni 14 familles provenant de 7 centres hospitaliers universitaires français.

Résultats :

Parmi ces 14 familles, la duplication était héritée d’un parent non atteint dans 12 cas (10 mères et deux pères), le statut des parents n’était pas connu dans un cas et l’une des mères porteuses de la duplication a été évaluée avec un QI limite. De façon intéressante, les études de ségrégation familiale ont révélé 3 autres individus de sexe masculin porteurs sains dans différentes familles. Dans l’ensemble, nous avons identifié cinq porteurs masculins asymptomatiques.

Discussion et conclusion :

Nous rapportons ici les premiers individus porteurs de gains de cette région sans phénotype et suggérons donc une pénétrance incomplète ou une expressivité variable de ces variants. Trois gènes impliqués en pathologie sont présents dans l’intervalle dupliqué (F8, RAB39B et CLIC2). Une hémophilie liée au gène F8 n’a jamais été décrite. Les deux gènes RAB39B et CLIC2 sont associés à des troubles neurodéveloppementaux, avec des données de la littérature suggérant un impact des duplications de RAB39B sur la connexion neuronale. Les hypothèses d’un « second-hit » ou de facteurs modificateurs (polygéniques, environnementaux) sont toujours discutés pour expliquer la pénétrance incomplète. Ici, il est aussi possible que l’observation exclusive d’une population malade ait créé un biais et qu’il ait été associé trop vite un évènement rare à une maladie rare. Les études de ségrégation devraient apporter une aide importante pour quantifier cette pénétrance incomplète nouvellement décrite en Xq28 et ainsi permettre d’adapter le conseil génétique associé à ces duplications.

EEF1A2, est une protéine qui s’exprime majoritairement dans le cerveau et qui constitue la sous-unité alpha du complexe facteur d'élongation-1, responsable de la liaison enzymatique des ARNt aminoacyl au ribosome.

Depuis 2014, 21 variants faux-sens du gène EEF1A2 ont été décrits chez 43 patients avec un phénotype neurodéveloppemental sévère à type d’encéphalopathie épileptique et déficience intellectuelle modérée à profonde, avec régression neurologique. Grace à un appel à collaboration, via les réseaux ITHACA et Anddi-rares, nous avons recruté 25 nouveaux patients avec des variants de EEF1A2. Nous avons comparé cette cohorte avec ceux déjà rapportés sur le plan neurodéveloppemental, clinique et sur le plan moléculaire. Notre cohorte a de manière statistiquement significative un phénotype plus modéré que les patients de la littérature.

En effet, 80% des patients sont marchants (vs 29% dans la littérature; p-value =0,00014), et 82% des patients ont des capacités langagières (vs 15%; p-value= 0,000002). De plus, 35% s’expriment avec des mots (vs 6%; p-value : 0,03) et 47% des patients sont capables de faire des phrases (vs 9%; p-value 0,009). 7 patients ont pu bénéficier d’une évaluation neuropsychologique mettant en évidence un QIT entre 40 et 77 (moyenne : 60,2; médiane 58,5). A noter que deux de de nos patients ne sont pas déficients. Plusieurs patients de notre cohorte présentent de l’épilepsie avec encéphalopathie épileptique pour cetains mais leur examen neurologique montre un tableau clinique plus modéré que ceux de la littérature avec statistiquement moins d’hypotonie (57% vs 96% ; p value : 0,0014), et de syndrome pyramidal (16% vs 68%; p-value 0,0003). Seuls 4% de nos patients sont décrits comme présentant une régression cognitive au fil du temps (vs 55% dans la littérature ; p-value : 0,0006).

Sur le plan moléculaire, nous rapportons 8 nouveaux variants faux-sens de EEF1A2. L’étude de corrélation génotype/phénotype avec l’étude des différents sites protéiques aux moyens d’une modélisation Pymol montre que les variants associés à un phénotype sévère et la majorité de celles associées à un phénotype modéré se regroupent tous au sein de la région Switch II de la protéine et donc peuvent affecter l’échange du GTP alors que les variants associés à phénotype modéré à léger (R273Q, E297K et G356S) sont des nouveaux variants, situés plus à distance de ce domaine. De manière intéressante, nous rapportons trois cas avec des variants hérités dont deux provenant de parents asymptomatiques, ce qui suggère, une pénétrance incomplète des variants à phénotype modéré.

Nous rapportons la plus grande cohorte de patients EEF1A2 permettant ainsi d’élargir le spectre phénotypique et de mettre en évidence des corrélations génotype/phénotype chez les patients avec variants EEF1A2.

Objectif

SRRM2 code pour la protéine SRm300, un facteur d'épissage de la famille des "SR related proteins" caractérisé par ses domaines enrichis en sérine et arginine, qui favorise les interactions entre l'ARNm et la machinerie catalytique du spliceosome. Ce gène prédit hautement haploinsuffisant et conservé au cours de l'évolution n'a jusqu’alors pas été décrit en pathologie constitutive humaine.

Méthodes

Parmi les 1000 patients avec troubles du neurodéveloppement dans la base de données d'exome clinique du CHU de Nantes, nous avons trouvé deux patients avec des variants de perte de fonction de novo dans SRRM2. 16 patients supplémentaires ont été identifiés à l’échelle internationale grâce à la plateforme GeneMatcher.

Résultats

L'analyse moléculaire a identifié 10 variants frameshifts, 7 variants nonsens et une microdélétion de 270 kb. Les patients avec perte de fonction dans SRRM2 présentent un retard de développement léger, prédominant sur le langage. Des traits autistiques, une hyper-amicalité, une hypotonie globale, et une tendance au surpoids sont des éléments récurrents. La déficience intellectuelle est inconstante et légère. Certains traits de la morphologie faciale peuvent être évocateurs.

Conclusion

Nous rapportons 18 patients avec variants de perte de fonction dans SRRM2 à l’état hétérozygote, et élaborons une première description du phénotype associé à cette splicéosomopathie.

Des variants rares dans le gène CDK13 sont responsables de pathologies liées à CDK13. Les manifestations cliniques principales sont un retard de développement ou une déficience intellectuelle, des particularités morphologiques du visage, des troubles du comportement, des malformations cardiaques congénitales et des crises d'épilepsie. A ce jour, 44 individus avec une pathologie liée à CDK13 ont été rapportés dans la littérature. Nous rapportons ici le phénotype de 18 individus supplémentaires avec une pathologie liée à CDK13 et donnons une caractérisation de leur méthylation de l'ADN.

Les données cliniques phénotypiques et neuropsychologiques ont été obtenues pour 18 et 10 individus respectivement, et nous avons comparé les profils de méthylation de l'ADN chez nos cas, des contrôles et d'autres individus porteurs de troubles neurodéveloppementaux avec une signature épigénétique connue. Nous comparons aussi les résultats de cette série à ceux de la littérature.

Les paramètres de croissance et développement ont été rapportés, et de nouveaux signes cliniques ont été décrits incluant trouble anxieux, crytoprchidie et troubles du sommeil. Nous avons aussi précisé le profil neurosychologique des participants, qui incluait une meilleure compréhension verbale par rapport au score d'expression verbale. Nous décrivons de plus une signature épigénétique sennsible et spécifique.

Nous avons mis en évidence une signature épigénétique de l'ADN dans les pathologies liées à CDK13 qui peut être utilisée comme outil diagnostic et peut aider à déterminer l'origine de la présentation clinique de cette pathologie. Nous démontrons aussi un chevauchement du profil de signature épigénétique chez un individu avec un variant CCNK, présentant une atteiente clinique et fonctionnelle proche des individus avec pathologie liée à CDK13.

Les variants hétérozygotes pathogènes ou probablement pathogènes du gène PHIP (numéro ORPHA:589905, MIM# 612870) ont été associés à des troubles du comportement, à des troubles des apprentissages et/ou une déficience intellectuelle (DI) ainsi qu'au surpoids et à l'obésité. A ce jour, aucune particularité morphologique caractéristique n'a été décrite. PHIP code pour la Pleckstrin homology domain-interacting protein (PHIP), impliquée notamment dans la prolifération et la survie cellulaire via l'ubiquitine ligase (E. Craddock et al, 2019). Une étude récente a également permis d'identifier PHIP comme régulateur de l'expression de la pro-opiomelanocortine (POMC), neuropeptide réprimant l'appétit (Marenne et al, 2020). Le premier individu porteur d'un variant probablement pathogène du gène PHIP a été décrit en 2012 comme souffrant d'un retard moteur, d'un élargissement du polygone de sustentation, d'un retard de langage sévère, et d'une DI (de Ligt et al. 2012). Depuis, 42 individus supplémentaires ont été décrits, la grande majorité d'entre eux présentant une variation pathogène survenue de novo. Les caractéristiques cliniques les plus fréquemment rapportées dans la littérature sont : sourcils horizontaux, strabisme, blépharophimosis, ptosis, philtrum long, lèvres charnues ou une lèvre supérieure fine, un front haut, des lobes/oreilles élargis et des narines antéversées. Des doigts courts ou effilés ou une clinodactylie ont également été rapportés (Jansen et al, 2018).

La présente collaboration permet d'établir le phénotype clinico-biologique détaillé de 17 nouveaux individus dont 4 cas sporadiques et 13 cas familiaux (5 familles), présentant un variant pathogène ou probablement pathogène de PHIP. Les traits les plus fréquemment identifiés dans notre cohorte sont : les narines antéversées, le philtrum long et lisse, la lèvre supérieure fine et un surpoids ou une obésité. La comparaison avec la littérature permet d'étayer l'existence d'un profil morphologique spécifique des individus porteurs de variation pathogène ou probablement pathogène du gène PHIP. Cependant, il est régulièrement difficile d’établir la pathogénicité d’un variant identifié dans un contexte de trouble neurodéveloppemental syndromique, et le caractère de novo, ou une ségrégation familiale compatible ne sont pas des arguments suffisants lorsque les symptômes cliniques ne sont pas suffisamment spécifiques. Nous proposons donc dans ce contexte l’établissement d’une cohorte nationale de patients présentant des variations du gène PHIP afin d’effectuer une description clinico-biologique plus détaillée et une analyse du profil de l’épisignature, afin de déterminer si cette dernière peut être un outil permettant de caractériser la pathogénicité de variants du gène PHIP de signification inconnue.

L’encéphalopathie liée à GLYT1 (Glycine transporter 1) (OMIM# 617301) est une anomalie du métabolisme de la glycine secondaire à des variants bialléliques dans le gène SLC6A9. A ce jour six enfants et trois fœtus sont décrits. Un fœtus avait un hydrops et deux avaient une arthrogrypose sévère menant à une interruption de grossesse. Les six enfants nés présentaient une arthrogrypose, une hypotonie marquée et une détresse respiratoire nécessitant une ventilation invasive prolongée. Ils ont développé des sursauts non épileptiques avec hyperréactivité au bruit et aux stimulations, une hypertonie périphérique, et un retard psychomoteur sévère. Les patients avaient une hypotonie faciale et des particularités morphologiques faciales communes. Le taux de glycine dans le LCR et le ratio LCR/sang était élevé. Quatre enfants sont décédés entre les âges de 2 jours et 7 mois, et les deux enfants vivants (âgés de moins de 2 ans) avaient un retard de développement sévère. 

GLYT1 participe à la régulation du taux de glycine dans les fentes synaptiques et est exprimé principalement sur les astrocytes des régions caudales où la glycine joue un rôle de neurotransmetteur inhibiteur. Dans ces synapses, l’élévation du taux de glycine entraîne un excès d’inhibition via l’hyperactivation des récepteurs à la glycine (GlyR) et serait à l’origine, en anténatal et post-natal immédiat, de l’hypotonie, l’arthrogrypose et la détresse respiratoire. La baisse secondaire d’activité GlyR par rétrocontrôle négatif serait responsable de l’apparition des sursauts et de l’hypertonie. GLYT1 est aussi exprimé dans les parties antérieures du cerveau où la glycine est un co-agoniste des récepteurs NMDA (NMDARs) impliqués dans la neurotransmission excitatrice glutamatergique. Dans ces synapses, l’accumulation de glycine entraîne une hyperactivation des NMDARs, qui expliquerait l’atteinte cognitive et les anomalies cérébrales. L’endocytose des NMDARs en post-natal tardif expliquerait l’amélioration de l’atteinte centrale.  Il est par ailleurs connu que l’utilité de GLYT1 diminue avec le temps, indispensable en période post-natale immédiate puis négligeable à l’âge adulte, ce qui expliquerait la disparition de certains signes tels que les sursauts. 

Nous décrivons six nouveaux patients de quatre familles avec des variants bialléliques dans le gène SLC6A9, et précisons le spectre phénotypique et génotypique de l’encéphalopathie liée à GLYT1. Les signes cliniques étaient les mêmes que précédemment décrits, et nous rapportons de plus une survie à long terme pour quatre patients (âgés de 18 mois à 11 ans) avec un trouble du neurodéveloppement moins sévère qu’aurait pu laisser présager la période néonatale. Deux patientes ont une déficience intellectuelle modérée et un a des difficultés scolaires sans déficience intellectuelle. Nous décrivons également deux formes fœtales sévères avec une arthrogrypose et une akinésie fœtale, ayant mené à une interruption médicale de grossesse.

Introduction : Le déficit en NGLY1 est la première maladie génétique de dé-glycosylation des protéines (CDDG), de transmission autosomique récessive, avec moins de 70 cas rapportés. Objectif : Nous décrivons le deuxième cas français de déficit en NGLY1 et soulignons l’apport des panels de gènes pour le diagnostic de cette maladie rare au phénotype peu spécifique et variable. Cas clinique : Garçon de 5 ans, né de parents non consanguins d’origine marocaine, adressé pour retard d’acquisition de la marche, ataxie, troubles de la coordination des mouvements, hypotonie et troubles du langage. L’échographie du 3ème trimestre avait montré un retard de croissance intra-utérin. L’accouchement eu lieu par césarienne à 37 SA. Poids de naissance : 2.2 kg, taille : 44 cm. Périmètre crânien : 32 cm. Un retard du développement psychomoteur et d’acquisition de la marche et des troubles du langage ont motivé la consultation de neuropédiatrie. A 5 ans, l’examen clinique révélait une absence de contact visuel avec un comportement atypique, un langage limité à des monosyllabes et une marche ataxique. La propreté n’était pas acquise. On notait un ptosis bilatéral, un strabisme, des oreilles bas implantées et une antéversion des narines. Devant le tableau clinique peu spécifique, le patient a bénéficié d’un panel de 257 gènes (anomalies du cervelet et ataxies, CHU Trousseau) qui a révélé une hétérozygotie composite pour 2 variants probablement pathogènes (ACMG classe 4) du gène NGLY1 : c.1025A > C ou p.Tyr342Ser dans l’exon 7 et c.1789G > A ou p.Asp597Asn dans l’exon 11. L’analyse de la ségrégation parentale confirmait le caractère autosomique récessif de la transmission. Un bilan paraclinique complémentaire (échographie abdominale, échographie cardiaque, IRM cérébrale, EEG) était sans particularité. On notait une légère élévation des transaminases (1.5 N) et une hypotriglycéridémie. L’électrophorèse de la transferrine était normale ainsi que la chromatographie des acides aminés sanguins et des acides organiques urinaires. Discussion : Si plusieurs dizaines de déficits de glycosylation des protéines ont été décrits, le déficit en NGLY1 est la première maladie connue de déglycosylation des protéines. En France, un premier cas a été publié en 2021 par les équipes de biochimie et génétique du CHU de Rouen. A la différence de ce cas, homozygote pour le variant c.982C > T, notre patient présente une hétérozygotie composite inattendue compte tenu de l’extrême rareté du syndrome. Le variant c.1025A > C se situe dans le site catalytique transglutaminase. La persistance à 5 ans de l’élévation des transaminases est inhabituelle. Conclusion : Nous rapportons le deuxième cas français de déficit en dé-glycosylation des protéines, avec un tableau clinique assez peu évocateur soulignant l’intérêt des panels de gènes de séquencage haut débit pour le diagnostic et la caractérisation des maladies rares neuropédiatriques.

ARID2 (AT-rich interaction domain 2) est un gène récemment décrit en pathologie. Il code pour une sous-unité du complexe PBAF, un complexe de remodelage de la chromatine ATP-dépendant qui régule l'accessibilité de l'ADN au nucléosome et facilite sa transcription, la réplication et la réparation. ARID2 agit comme un suppresseur de tumeur et a également été décrit dans les déficiences intellectuelles liées aux BAFopathies. A ce jour, 22 individus présentant des variants pathogènes ou une délétion dans ARID2 ont été rapportés. Ils partagent des caractéristiques cliniques communes, telles qu'une déficience intellectuelle, une hypotonie, des problèmes de comportement, une petite taille et des particularités morphologiques. Afin de préciser le spectre phénotypique lié aux anomalies d’ARID2, nous rapportons une cohorte de seize nouveaux individus non apparentées, porteurs de variants pathogènes ou d'une délétion dans ARID2, et nous comparons leurs caractéristiques clinico-génétiques à celles décrites précédemment. Les caractéristiques cliniques des individus de cette série semblent être plus modérées que celles précédemment identifiées. En particulier, ils présentent une déficience intellectuelle plus légère, voire absente, et les anomalies de croissance sont moins fréquentes. Les troubles du comportement, l'anxiété et le trouble du déficit de l'attention avec ou sans hyperactivité semblent être des caractéristiques communes de cette BAFopathie.

TBL1XR1 code pour une protéine ubiquitaire à domaine WD40 interagissant avec le complexe des corépresseurs NCor/SMRT. Elle est notamment impliquée dans la transcription via les récepteurs nucléaires. Initialement associée au syndrome de Pierpont avec les faux-sens récurrents touchant l’acide aminé de p.Tyr446, les altérations pathogènes de TBL1XR1 ont depuis été identifiées dans un large spectre phénotypique de troubles du neurodéveloppement syndromiques et non syndromiques.

 Grace à une collaboration européenne, nous rapportons 11 nouvelles descriptions de patients porteurs de variations hétérozygotes dans TBL1XR1 (sexe ratio 0,57) : 7/11 variations faux sens, 2 décalages du cadre de lecture, 1 délétion en phase de 5 acides aminés et 1 variation non-sens en mosaïque. Aucun des patients ne porte la variation récurrente en p.Tyr446.

 Le phénotype associe un retard global des  acquisitions avec une déficience intellectuelle légère à sévère, un retard de langage, une hypotonie, ainsi que des troubles du comportement. Des traits dysmorphiques identifiables dans le syndrome de Pierpont sont retrouvés pour 6/7 des patients porteurs de variations faux-sens localisées dans les domaines protéiques répétés WD (p.Phe173Leu, p.Tyr245Cys, p.Ala249Thr, p.Trp357Arg, p.Asp370Asn, p.Lys374Arg). Contrairement aux variations faux-sens des domaines WD, les variations tronquantes, la variation faux-sens du domaine F-box-like ainsi que la variation en phase sont identifiées chez des patients présentant des troubles non syndromiques du neurodéveloppement marqués d'une épilepsie (2/5), un retard sévère des acquisitions (4/5).

 Ces observations confortent l’hypothèse de mécanismes physiopathologiques différents associés aux variations pathogènes de TBL1XR1. Un effet dominant-négatif peut être évoquée en lien avec les variations faux-sens des domaines WD, opposé à un effet perte de fonction associé aux variations tronquantes ou faux-sens  des autres domaines.

GenIDA est un projet de recherche international en ligne initié dans le but de mieux caractériser les manifestations cliniques et l'histoire naturelle des formes génétiques de déficience intellectuelle avec ou sans autisme et/ou épilepsie. Les informations cliniques rapportées et mises à jour par la famille de la personne atteinte à l'aide d'un questionnaire structuré, sont analysées afin d'identifier de nouvelles informations médicalement significatives pour les familles et les professionnels concernés par une condition donnée. Le questionnaire actuel se compose de 41 questions à choix multiples explorant les paramètres physiques, les aspects cognitifs et comportementaux, la présence ou l'absence de troubles neurologiques ou de problèmes affectant les grandes fonctions physiologiques (cardiaques, respiratoires, rénales, etc.). Cinq questions ouvertes explorent la perception par les familles des manifestations qui affectent le plus la santé et la qualité de vie de leur proche, les effets indésirables des traitements, etc. Actuellement, le questionnaire est disponible en 7 langues et a été rempli pour 1307 patients, les principales cohortes étant les syndromes de Koolen-de Vries/KdVS (n=242), Kleefstra (169) et KBG (43). Cela a permis d'identifier des problèmes respiratoires dans le KdVS non signalés auparavant, et des différences dans les manifestations comportementales entre les 3 syndromes. D'autres cohortes ont connu une croissance significative au cours de l'année écoulée (DDX3X : 43 ; MED13L : 41 ; DYRK1A : 20 ; Syndrome de Wiedemann Steiner/KMT2A : 18 ; Syndrome de White Sutton/POGZ : 16 ; voir les posters respectifs pour ces cohortes par Ruault et al-DDX3X, par Caumes et al-MED13L, Durand et al-DYRK1A/KMT2A et Faivre et al-POGZ). La comparaison des aspects liés au sommeil et à l'épilepsie pour ces pathologies révèle des différences majeures. Par exemple, pour POGZ, les troubles du sommeil semblent beaucoup plus fréquents que l'épilepsie. Pour le KdVS, l'épilepsie qui touche près de 50 % des patients est beaucoup plus préoccupante que les problèmes de sommeil. Les données ainsi collectées valident l'intérêt de notre démarche participative : par leur implication directe, les familles peuvent révéler des aspects de la pathologie jusqu'alors sous-estimés.

Le gène TAF1 (TBP-associated factors 1) est connu pour être impliqué dans le Syndrome de déficience intellectuelle lié à l'X ainsi que dans la Dystonie parkinsonienne liée à l'X. Ce gène code la plus grande unité de TFIID (Transcription factor IID), participant à la formation du complexe de pré-initiation de la transcription des gènes médiée par l'ARN polymérase II.

La littérature rapporte 56 individus masculins issus de 38 familles atteints du Syndrome de déficience intellectuelle lié à TAF1. Le tableau clinique comporte principalement une hypotonie, un retard global de développement psychomoteur, une déficience intellectuelle, un trouble du spectre de l’autisme ainsi que des traits dysmorphiques. Il est également rapporté un retard de croissance, une dysphagie oropharyngée, une surdité, des anomalies cérébrales avec troubles neurologiques et microcéphalie, une atteinte squelettique ainsi que la présence d’une fossette sacrée particulière.

Sur le plan moléculaire, les mutations retrouvées sont des variations majoritairement faux-sens. 

Il est remarqué par ailleurs de manière constante un biais d'inactivation de l'X chez les femmes conductrices.

Nous rapportons le cas d'un garçon né en 2005 présentant initialement un retard global de développement précoce associé à un trouble du spectre de l’autisme, un retard de croissance staturo-pondérale, et une dysmorphie faciale. L’enquête familiale retrouve la notion d’une déficience intellectuelle chez son demi-frère maternel ainsi que chez un neveu et un cousin du côté maternel, faisant évoquer une liaison à l’X.

A l’âge de 15 ans, l’enfant est hospitalisé dans un contexte de dysphagie avec dénutrition. Le bilan retrouve une hernie hiatale avec œsophagite et sténose peptique nécessitant une alimentation entérale, ainsi qu’une splénomégalie et une pancytopénie avec moelle hypoplasique dont les bilans négatifs laissent suspecter la dénutrition comme origine potentielle. 

Par la suite, le jeune garçon développe un état de mal épileptique provoqué par une vascularite carotidienne bilatérale sans étiologie retrouvée.

Après plusieurs analyses génétiques normales, le séquençage d'un panel de 556 gènes impliqués dans la déficiences intellectuelle a mis en évidence une variation considérée comme probablement pathogène c.3677G > A, p.(Arg1226Gln) dans le gène TAF1 (NM_004606.5), héritée de la mère asymptomatique. L’étude du biais d'inactivation de l'X chez la mère retrouve un biais complet 100/0.

Nous rapportons ici l’observation d’un nouveau patient porteur d’une mutation du gène TAF1 et présentant en faveur de ce diagnostic une déficience intellectuelle avec trouble du spectre de l’autisme, un retard de croissance, un pli fessier anormal semblant spécifique ainsi que des éléments dysmorphiques. Cependant, la pancytopénie et la vascularite, symptômes non retrouvés dans l’étude exhaustive de la littérature, posent la question de symptômes encore jamais rapportés liés à TAF1 ou d’une autre pathologie indépendante. 

Les protocadhérines (PCDH) constituent une grande famille de plus de 80 récepteurs situés à la surface des cellules. Elles jouent un rôle crucial dans l’organisation des circuits neuronaux au cours du développement du système nerveux des organismes vertébrés. Dans le génome humain, l’organisation des gènes codants les PCDH est complexe avec 53 gènes répartis en trois sous-clusters (PCDH-alpha, bêta et gamma) dans une région de 1 Mb sur le chromosome 5. Jusqu'à présent, aucun de ces gènes n'avait été impliqué en pathologie humaine.

Le séquençage de l’exome en trio chez une famille composée d’un couple apparenté ayant 2 enfants présentant un trouble du neuro-développement (TND) et une enfant décédée d’un état de mal épileptique à 18 mois a permis d’identifier un variant homozygote dans le gène PCDHGC4. Grâce à une collaboration internationale initiée via l’outil « Genematcher », nous avons réuni les données cliniques et moléculaires de 19 patients, issus de 9 familles indépendantes, présentant des variants bi-alléliques pathogènes dans le gène PCDHGC4.

Les patients ont tous un TND et/ou une déficience intellectuelle de sévérité variable (légère à profonde) fréquemment associé à une microcéphalie (63%) congénitale ou d’apparition progressive. Dix patients (53%) présentent une épilepsie, avec principalement des crises généralisées toniques et/ou cloniques, focales à multifocales, sans anomalie du tracé électroencéphalographique. On note également des anomalies des extrémités en lien avec une hyperlaxité articulaire et/ou des contractures voire une arthrogrypose congénitale chez huit patients (42%). Certains patients présentent une petite taille (58 %). Aucune particularité morphologique faciale permettant d’aider au diagnostic n’a été mise en évidence. Sur le plan moléculaire, 8 variants homozygotes ont été identifiés. Un même variant a été retrouvé dans deux familles, originaires d'Irak et d'Arabie Saoudite, qui partagent également un haplotype d'environ 309 kb, ce qui semble en faveur d’un effet fondateur. Cinq variants ont pour conséquence la synthèse d’une protéine PCDHGC4 tronquée. Trois variants sont des faux-sens prédits pathogènes qui induisent la substitution d'acides aminés très conservés. Des analyses in silico approfondies ont montré que les variants p.(Asp483Glu) et p.(Ala488Val), situés dans les domaines extracellulaires de la cadhérine, entraineraient une modification de l'affinité de la liaison au calcium essentielle à la multimérisation de PCDHGC4. Le variant p.(Val606Gly) aurait quant à lui une influence directe sur la cis-dimérisation de la protéine.

Par cette collaboration, nous avons contribué à la description d’un nouveau syndrome génétique de transmission autosomique récessive caractérisé par un trouble du neuro-développement avec microcéphalie, épilepsie, petite taille et anomalies des extrémités en lien avec des variants bi-alléliques pathogènes dans le gène PCDHGC4.

Objectif :

Le syndrome de Gabriele-de Vries (GADEVS) est une maladie génétique rare causée par des variants pathogènes hétérozygotes (faux-sens et non-sens) du gène YY1, et caractérisée par un retard de développement et/ou une déficience intellectuelle, une hypotonie, des difficultés d'alimentation et des particularités morphologiques. Afin d'affiner le phénotype et de mieux comprendre les bases moléculaires du syndrome, nous avons analysé les données cliniques et réalisé une analyse de méthylation de l'ADN à partir d'une série d'individus porteurs d'un variant pathogène ou probablement pathogène de YY1.

Méthodes :

Les données cliniques de 13 individus hétérozygotes pour un variant pathogène ou probablement pathogène d’YY1 ont été recueillies grâce à un appel à collaboration international. Un échantillon d’ADN a été collecté pour 11 de ces individus ainsi que 2 individus précédemment rapportés dans la littérature afin de réaliser une analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN (méthylome).

Résultats:

Nous avons mis en évidence un profil de méthylation de l'ADN spécifique du GADEVS. Le phénotype de la plupart des individus de la série était chevauchant avec les caractéristiques cliniques précédemment décrites. Nous avons également décrit un individu présentant un phénotype atypique et hétérozygote pour un variant faux-sens dans un domaine habituellement non impliqué dans le GADEVS. Le profil de méthylation de l’ADN de cet individu n’était pas compatible avec celui du GADEVS.

Conclusion :

Nous rapportons que le GADEVS a une signature épigénétique spécifique concernant la méthylation de l’ADN. De plus, nous élargissons le phénotype du GADEVS pour y inclure des cheveux fins et épars et une cryptorchidie. Enfin, nous démontrons l'utilité de l'analyse du méthylome pour l’aide à la classification des variants de YY1.

Le facteur d’épissage poly(rC)-binding protein 1 (PCBP1) est un membre clé de la famille des hnRNP E (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein E). Outre son rôle de suppresseur de tumeur, PCBP1 a également été impliqué dans la régulation de gènes principalement exprimés dans le système nerveux central.

Grâce à une étude collaborative internationale, nous avons identifié par séquençage d'exome 7 variants pathogènes de novo (4 variants conduisant à des codons stop prématurés et 3 variants faux-sens) dans le gène PCBP1 chez des individus (6 hommes et 1 femme) présentant une déficience intellectuelle avec des troubles du spectre autistique, associés à des symptômes variés.

Pour comprendre l’impact des variants de PCBP1 sur les processus neuro-développementaux, nous avons analysé des cultures primaires neuronales matures préparées à partir d’hippocampes de souris embryonnaires, et surexprimant les formes sauvages et mutantes de PCBP1.  Cette étude a révélé une localisation subcellulaire dendritique fortement diminuée pour un variant (E56fs), et une altération de l’arborisation dendritique des neurones surexprimant les autres variants testés (K160T, P182S, Q184* et N303D) de PCBP1, par rapport aux paramètres obtenus avec la protéine PCBP1 sauvage. Ces résultats sont en faveur d’un effet délétère de ces variants sur la fonction de  PCBP1, et de leur implication neurodéveloppementale. Cette étude a permis d’identifier et de caractériser des variants rares du gène PCBP1 comme responsables d'un syndrome neuro-développemental comprenant une déficience intellectuelle et des troubles du spectre autistique.

La migration neuronale corticale (MNC) nécessite une fine régulation des interactions intercellulaires par l’orchestration de trafics vésiculaires de sécrétion et d’endocytose. La perturbation de ces voies d’endo et d’exocytose définit un sous-groupe dans l’ensemble plus vaste des anomalies de MNC (ARFGEF2, MIM#605371 ; CDC42, MIM#116952 ; FLNA, MIM#300017 ; ERMARD, MIM#615532 ; DCHS1, MIM#603057 ; FAT4, MIM#612411) associant déficience intellectuelle (DI), épilepsie, microcéphalie et hétérotopie nodulaire périventriculaire (HNP).

L’ADP-ribosylation factor 1 (Arf1) est un acteur central de ces voies assurant le maintien des jonctions cellulaires et l’adhésion focale, via d’une part son activation directe par ArfGEF2 et d’autre part son rôle de régulateur de l’endocytose Cdc42 dépendante. ARF1 a été identifié comme gène candidat pour une forme dominante de DI, associée à des HNP chez 4 patients (PMID:28868155;34353862).

Nous décrivons ici une cohorte de 15 nouveaux patients atteints de DI et porteurs de variants hétérozygotes dans ARF1. Leur description clinique, adossée aux 4 cas déjà décrits, permet de caractériser pour la première fois une vue d’ensemble du spectre phénotypique associé à ARF1.

De manière intéressante, notre étude révèle que l’HNP n’est pas constante puisqu’elle n’a été objectivée que chez 7/19 individus. La DI est constante, mais de sévérité variable. En effet, le retard de langage est constant, mais 4/14 individus sont capables de former des phrases. Le retard moteur est presque constant (11/12). Nous détaillons les autres atteintes, microcéphalie, anomalies variables à l’IRM, épilepsie, retard de croissance post-natal, troubles du comportement ainsi que des rares atteintes hépatiques ou cutanées. Ces dernières atteintes extra-neurologiques suggèrent que Arf1 a possiblement d’autres rôles que de participer à la migration neuronale.

Une analyse fonctionnelle montre que les principaux faux-sens de la cohorte sont responsables d’une diminution de l’activation nucléotidique de Arf1. Par ailleurs, l’analyse de prédiction d’impact structurel est en faveur d’effets délétères sur plusieurs domaines 3D de Arf1 (switch conformationnel, homodimérisation, liaison GDP, etc…).

Le mécanisme physiopathologique de la DI associée à ARF1 est actuellement incertain. La présence d’une DI chez les 2 individus porteurs de variants tronquants de ARF1 semblent être en faveur d’un mécanisme par haploinsuffisance. La petite taille de ARF1 est cependant une limite à la prédiction de son intolérance à la perte de fonction, basée seulement sur la présence de variants ponctuels non-sens dans gnomAD. Toutefois, 11 porteurs sains hétérozygotes pour des variants perte de fonction (non-sens, frameshift, grande délétion) ont été rapportés, suggérant une pénétrance incomplète de l’haploinsuffisance.

Nous caractérisons ici le spectre phénotypique du gène ARF1 dans une forme dominante de DI avec ou sans HNP, et avec un hot-spot mutationnel sur l’arginine en position 99.

Les encéphalopathies épileptiques (EE) et développementales constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement très hétérogènes. Des variants pathogènes du gène SZT2 ont été rapportés chez une vingtaine de cas, dont certains présentent une déficience intellectuelle (DI) légère et isolée, tandis que d’autres ont une atteinte plus sévère de type EE précoce avec DI sévère. Parmi ces derniers, la majorité présentent des crises focales pharmacorésistantes, tandis que 2 présentent des crises partielles migrantes. SZT2 est fortement exprimé au niveau du système nerveux central. Il code pour une protéine très conservée qui est une sous-unité du complexe KICSTOR et qui intervient dans la régulation de la voie de signalisation mTOR. La sévérité du phénotype neurocognitif associé aux variants pathogènes de SZT2 semble dépendre de la taille de la protéine fonctionnelle résiduelle. Par ailleurs, de façon intéressante, les patients décrits semblent également partager quelques particularités morphologiques telles qu’une macrocéphalie, un front haut, un ptosis, et des fentes palpébrales obliques vers le bas et l’extérieur.

Nous rapportons 2 nouveaux cas d’encéphalopathie développementale liée à une dysfonction de SZT2. Il s’agit d’une sœur et d’un frère issus d’un couple de parents non apparentés. L’aînée a présenté une hypotonie néonatale sévère, prédominant en axial, avec une tenue assise toujours instable à l’âge de 27 mois. Sont associées: des stéréotypies oro-faciales et des mains, des réflexes ostéo-tendineux difficilement perçus, et une absence de langage. Elle présente aussi une macrocéphalie, un front haut et un angiome médio-frontal. L’EEG réalisé pour des épisodes de raideur des 4 membres a été interprété normal. L’IRM cérébrale montre une atrophie cérébelleuse prédominant sur le vermis. Après un caryotype moléculaire et un large bilan métabolique revenus normaux, permettant notamment d’éliminer un syndrome CDG, un séquençage de génome entier (WGS) a été réalisé en trio, avec l’hypothèse diagnostique d’une atteinte de la voie de signalisation mTOR.

Le frère est né avec une macrocéphalie et des traits morphologiques similaires. Il est entré dans la maladie à l’âge de 5 mois, avec une épilepsie rapidement pharmacorésistante, avec des crises partielles temporales et un pattern EEG de crises partielles migrantes. L’IRM cérébrale est normale chez lui. Le caryotype moléculaire ainsi qu’un large bilan métabolique sont également revenus normaux. Du fait de cette épilepsie précoce et sévère, l’analyse d’un panel de gènes d’épilepsies monogéniques (PAGEM) a été demandée.

Le WGS et le PAGEM ont permis de mettre en évidence 2 nouveaux variants pathogènes dans SZT2, présents à l’état hétérozygote composite chez chacun des 2 enfants.

Le tableau présenté par ces 2 patients est bien compatible avec les données de la littérature, et ces 2 observations corroborent la variabilité phénotypique des variants pathogènes de SZT2, y compris en intrafamilial.

La cause génétique majeure et la mieux étudiée du syndrome de l'X fragile (FXS) est l'expansion de triplets CGG en 5'UTR du gène FMR1. La recherche de cette expansion est réalisée en routine dans les laboratoires de génétique moléculaire en particulier dans le bilan étiologique d’une déficience intellectuelle. Les variations ponctuelles intragéniques du gène FMR1 sont beaucoup plus rarement décrites. Toutefois le séquençage de panels de gènes, de l'exome (WES) voire du génome entier (WGS) dans le cadre du diagnostic permet maintenant de les diagnostiquer plus facilement. Nous rapportons ici une famille avec deux demi-frères avec suspicion clinique de FXS et aucune expansion CGG. En utilisant le séquençage d’un panel de gènes impliqués dans la déficience intellectuelle, nous avons identifié une variation probablement pathogène au niveau de la région codante du gène FMR1. Il s’agit d’une délétion de deux nucléotides dans l’exon 15 conduisant à un décalage du cadre de lecture et à la survenue d’un codon stop prématuré (PTC) avec perte du domaine fonctionnel RGG (glycine–arginine rich domain) : NM_002024.6(FMR1):c.1507_1508del p. (Glu503Ilefs*2). L’étude de ségrégation familiale a montré la présence de la variation chez les deux demi-frères et chez leur mère asymptomatique. La variation n’est pas présente chez les grands-parents maternels, elle est donc survenue de novo chez la mère des deux garçons atteints. Nous décrivons le phénotype clinique observé et réalisons une revue de la littérature.

Dravet syndrome is a rare but well known epileptic syndrome associated to SCNA1 variants in about 80% of the cases.

We report the case of a newborn girl with a SCNA1 variant associated to a peculiar phenotype, distinct to the usual Dravet Syndrome.

She is the first child of healthy unrelated parents. She was born by cesarean section at 38 weeks of amenorrhea because of breech presentation and difficult extraction, after an uneventful pregnancy. At birth, she displayed valgus feet and hands, short limbs, and narrow chest, and was admitted to the neonatal intensive care unit because of breathing pauses, and tonic episodes with blockpnea, desaturation and bradycardia, occurring about 10 times a day and often provoked by tactile stimulation. EEG recorded these episodes of non-epilpetic origin, raising the hypothesis of hyperekplexia, but clonazepam did not allow to stop them. She also showed severe hypotonia with poor sucking and lack of archaic reflexes. Brain MRI and ENMG were normal. Radiographs showed a narrow chest, with a severe thoracic scoliosis, as well as short long bones, congenital hip dislocation, vertical talus, spinal malformation and multiple contractures. At 1 month and 26 days of age, she presented a focal seizure recorded on video-EEG.

We first performed an array-CGH which was normal. We then performed a trio whole-exome sequencing (WES) which was our first experience of fast-exome strategy in Lyon. We identified a heterozygous de novo variant in exon 17 of SCN1A gene (c.2648T > C (NM_ 001165963.1); p.(Ile883Thr)), which was classified as pathogenic on the base of some isolated observations with similar phenotype associated to SCN1A gain-of-function variants. These patients were characterized by early epileptic encephalopathy and dystonia. Besides, recent reports also described severe neuro-orthopedic phenotypes, with epileptic encephalopathy and arthrogryposis or multiple contractures possibly associated with severe congenital scoliosis, related to SCN1A pathogenic variants. Based on this hypothesis, carbamazepine was introduced and did indeed allow to better control her episodes of non-epileptic fits.

Thus, our findings and the previously reported cases expand the phenotype of severe SCN1A-related disorders, which may include a striking skeletal involvement. Moreover, our case highlights the challenges of rapid WES in critical neonatal patients since the results can guide the management and allow precision therapy. Finally, our case emphasizes the complexity of WES interpretation in neonates. Indeed, our patient was only 12 days old when WES was prescribed and she developed additional symptoms after the first interpretation, which allowed us to better characterize her phenotype and to reclassify the SCN1A variant as pathogenic. This result reiterates the necessity of a close multidisciplinary collaboration between clinicians and biologists in order to improve the diagnostic yield of genome-wide analysis in newborns.

Contexte :

Le syndrome de microdélétion subtélomérique 10q26 est un syndrome rare, hétérogène sur le plan clinique. Il est caractérisé par un retard de développement et une déficience intellectuelle variable, un retard de croissance pré et post-natal, des malformations congénitales et des particularités morphologiques.  La corrélation génotype-phénotype n’ai pas encore clairement établie. 

Case report :

Nous avons identifié par CGH-array une nouvelle délétion 10q26 de 860 kb chez un fœtus présentant un retard de croissance intra-utérin. La microdélétion était héritée de sa mère qui présentait une légère déficience intellectuelle, un retard statural, une microcéphalie et des particularités morphologiques. La région délétée englobait seulement quatre gènes codants, DOCK1, INSYN2, NPS et FOX12. A la naissance, le cas index présentait aussi des particularités morphologiques ainsi que des pieds bots bilatéraux et une clinodactylie bilatérale. A l’âge de deux ans il présentait un retard psychomoteur. Leur phénotype était compatible avec les caractéristiques cliniques décrites dans la littérature.

Conclusion :

Cette étude rapporte la plus petite délétion 10q26 identifiée à ce jour et permet de proposer une région minimale critique plus précise associée au syndrome de microdélétion 10q26. Sur les 4 gènes codants présents dans la délétion, 3 retiennent notre attention : DOCK1, qui est impliqué dans la neurogénèse et est le principal gène candidat, ainsi que INSYN2 et NPS, qui pourraient être impliqués dans les fonctions cognitives.

La ventriculomégalie cérébrale est définie par une augmentation du volume des ventricules latéraux ( > 10 mm en anténatal). Elle peut être la conséquence d’une surproduction de liquide cérébro-spinal ou d’un obstacle à l’écoulement qui peut être secondaire (infections, hémorragies etc.) ou primitif. La sténose de l’aqueduc de Sylvius, isolée ou associée à d’autres malformations, est une des causes obstructives responsable d’hydrocéphalie triventriculaire et plusieurs gènes ont été décrits dans la littérature dont L1CAM, MPDZ, CRB2.

Le gène SMARCC1, codant une protéine de la famille SWI/SNF a un rôle de régulateur transcriptionnel par remodelage de la chromatine et a été identifié en 2018 comme responsable d’hydrocephalie par sténose de l’aqueduc. Seuls 3 autres cas postnataux ont été rapportés depuis. 

Le séquençage de génome par la plateforme SeqOIA (dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025) a permis d’identifier 2 foetus indépendants porteurs de variations troncantes dans le gène SMARCC1 et présentant une ventriculomégalie.

Il s’agit de la première description anténatale de ventriculomégalie due à SMARCC1. Nous détaillerons le phénotype précis de ces 2 fœtus similaires et présenteront une revue de la littérature de cette pathologie. Ce syndrome comporte une ventriculomégalie, constante, et peut s’accompagner d’autres malformations cérébrales. De plus, une pénétrance incomplète est rapportée, en accord avec le caractère hérité de deux parents asymptomatiques des deux variants identifiés, constituant un piège possible pour l’analyse du génome.

En conclusion, ce travail constitue la première description foetale du phénotype SMARCC1.

Introduction : Le syndrome de White-Sutton est une maladie neurodéveloppementale rare caractérisée par un retard de développement prédominant sur le langage avec syndrome dysexécutif et lenteur, une déficience intellectuelle (DI) de légère à sévère et des troubles du comportement (anxiété, passivité, stéréotypies, retrait social, troubles de l’attention, difficultés dans la reconnaissance des affects), des troubles de la réfraction, des manifestations gastro-intestinales, une tendance au surpoids, des anomalies à l’IRM cérébrale, secondaire à des variations pathogènes du gène POGZ. Une étude collaborative Française comprenant 19 patients avait été initiée, afin de mieux décrire le phénotype neurodéveloppemental du syndrome, basé sur des bilans neuropsychologiques.

Patients et Méthodes : Sous l’impulsion de l’association de patients White Sutton France, les familles Françaises se sont saisies de l’opportunité de la base de données GenIDA pour optimiser les connaissances sur ce syndrome, basé sur les expériences des familles. A partir de 16 patients dont les données ont été implémentées à ce jour, une extraction a pu être réalisée.

Résultats : L’âge médian des patients étaient de 15.2 ans (min  5.7 ; max  39.4) au moment du recrutement (12 sexe féminin, 4 sexe masculin). Ces questionnaires permettent de connaitre les difficultés que les parents jugent les plus impactantes sur la qualité de vie. Les troubles cognitifs et du comportement arrivent au premier plan, devant les problèmes organiques. Parmi les points forts des personnes atteintes, il est souvent rapporté le caractère positif, heureux et calme. Des informations détaillées peuvent être recueillies sur l’autonomie, souvent plus que ce qui est recueilli sur le plan médical, et le suivi des principales acquisitions peut se faire en fonction de l’âge, en constatant une grande hétérogénéité clinique. Par exemple, 38% des enfants peuvent s’exprimer à l’aide de phrases correctes, et 15% n’ont aucun langage. Sur le plan de la santé, les courbes de croissances sont évolutives, montant une microcéphalie fréquente.

Conclusion : Ces résultats ont pu être communiqués aux familles lors de la réunion famille-cliniciens-chercheurs de Mars 2021, en présence du Pr Sutton ayant décrit le syndrome. Le retour des familles est un complément très important pour mieux connaitre et décrire une pathologie, en plus des publications scientifiques. Il va pouvoir améliorer les connaissances pour le PNDS qui doit paraitre en 2022.

Le syndrome Micro-Warburg (Warburg Micro Syndrome ; WARB ; OMIM 602536) est un syndrome autosomique récessif caractérisé par des anomalies oculaires, des troubles du développement neurologique et un hypogénitalisme. Les patients présentent un déficit intellectuel sévère, une microcéphalie, une cataracte congénitale, une micro-cornée, une microphtalmie, une agénésie ou une hypogénésie du corps calleux et un hypogénitalisme. Cette maladie hétérogène est associée à une variation pathogène dans quatre gènes différents à savoir RAB3GAP1, RAB3GAP2, et rarement RAB18 et TBC1D20.

Nous décrivons ici une grande délétion intragénique homozygote dans le gène RAB3GAP1 identifiée par Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ou ACPA) conduisant à un syndrome Micro-Warburg chez une patiente âgée de 2 ans. Son phénotype clinique associe un tableau de malformation cérébrale, une cataracte, un retard de développement et une épilepsie. Il s’agit d’une délétion interstitielle homozygote en 2q21.3, d'une taille minimale de 30 kb. Le contrôle par qPCR montre que cette délétion est héritée des deux parents porteurs à l'état hétérozygote. Elle inclut au minimum les exons 14 à 22 du gène RAB3GAP1. Nous avons caractérisé au niveau moléculaire la délétion par PCR quantitative et séquençage de Sanger des points de cassure situés dans les introns 11 et 23. Nous décrivons le phénotype clinique observé et réalisons une revue de la littérature.

Le gène TCF20 (Transcriptor co-activator factor 20) code un facteur de transcription impliqué dans la régulation de l'expression des gènes. Des variants ou des délétions incluant TCF20 ont été identifiés chez des patients présentant une déficience intellectuelle syndromique (OMIM : 618430). Le phénotype inclut un retard de développement, une hypotonie, un retard moteur, une dysmorphie faciale, un trouble du spectre autistique, des anomalies neurocomportementales, des troubles neurologiques avec ataxie, épilepsie, troubles du mouvement, malformations cérébrales et d’autres anomalies congénitales variées.

Les variants décrits sont pour la plupart des variants perte de fonction, survenus de novo. Les anomalies de structure impliquant TCF20 sont rares et les duplications du gène n’ont jamais été rapportées à ce jour, bien que suspectées d’être impliquées dans un trouble neurodéveloppemental.

Nous rapportons trois patients non apparentées présentant un trouble neurodéveloppemental associé à une duplication 22q13.2 de novo incluant TCF20. Cette observation permet de suggérer l’existence d’un nouveau syndrome microduplicationnel 22q13.2 responsable d’un trouble neurodéveloppemental syndromique.

Les variants du gène DDX3X rendent compte de 1 à 3% des déficiences intellectuelles (DI) chez les filles, suggérant que DDX3X constitue un gène majeur de DI. La protéine DDX3X a la propriété de se fixer à l’ARN et joue un rôle dans la régulation de la traduction. Par ailleurs, DDX3X est un composant des granules ribonucléoprotéiques, impliqués notamment dans le transport neuronal. A ce jour, plus de 110 variants ont été rapportés, tous localisés dans les régions exoniques ou introniques flanquantes. Nous rapportons l’observation d’une fillette de 5 ans présentant un trouble du neurodéveloppement chez qui le séquençage de génome, réalisé dans le cadre du projet DEFIDIAG, a conduit à l’identification d’un variant intronique profond pathogène dans le gène DDX3X. L’enfant est née au terme d'une grossesse et un accouchement normaux.  À l’âge de 6 mois apparaissent des troubles du sommeil, des colères avec autoagressivité. L’évolution montre des troubles comportementaux, un retard global des coordinations motrices et un retard massif du langage. La croissance est normale. A 4 ans, à la première consultation en CHU, conjointe neuropédiatrie-génétique, on constate une hypotonie, des caractéristiques comportementales (stéréotypies, colères, contact difficile) et un trouble du développement intellectuel. Elle a 3 taches cutanées. Sa dysmorphie est caractérisée par un nez retroussé, un philtrum bombant, des doigts longs et fins. L’examen clinique est normal par ailleurs.  L’IRM et l’EEG sont normaux. L’étude de l’inactivation de l’X montre un biais (89%-11%). L’ensemble de ces éléments est compatible avec le phénotype associé aux variants de DDX3X. Le bilan de base a consisté en un bilan métabolique, une recherche de syndrome de X fragile et une CGH array. Le séquençage de génome en trio a mis en évidence un variant dans l’intron 4 du gène DDX3X, en position +331 du site donneur d’épissage, survenu de novo, absent des bases de données en population générale. Confirmant les prédictions bioinformatiques, le RNASeq réalisé sur le sang a montré que le variant créait un site accepteur d’épissage, à l’origine d’un néo-exon de 99 pb comprenant un codon stop, confirmé par étude ciblée. La diminution du compte de lectures du RNASeq chez la patiente comparativement à 2 témoins filles a objectivé le mécanisme de Nonsense Mediated mRNA Decay pour ce transcrit. Ainsi, l’analyse du transcriptome complet a permis de confirmer la pathogénicité de ce variant. Le délai entre la première consultation en CHU et la conclusion du dossier par le RNASeq a été de 12 mois seulement, respectant les recommandations du Plan National Maladies Rares 3. Cette observation démontre l’intérêt majeur de la consultation initiale conjointe de neuropédiatrie-génétique et de l’utilisation du séquençage de génome en première intention pour lutter contre errance diagnostique. Il s’agit, à notre connaissance, du premier variant intronique profond du gène DDX3X.

Le syndrome MED13L, en lien avec des variations pathogènes hétérozygotes du gène MED13L, a été décrit chez plus de 80 patients de la littérature. Les descriptions ont permis de définir un phénotype spécifique chez des patients présentant une déficience intellectuelle modérée à sévère, une hypotonie et des traits particuliers du visage. Parallèlement, les familles de patients, dont l’association française « Syndrome MED13L », ont activement participé au développement de la plateforme GenIDA, avec 62 familles inscrites depuis septembre 2017 dont 46.8% de familles françaises.

Les données partagées par les familles concernant l’histoire naturelle du Syndrome MED13L et les particularités phénotypiques ont été extraites de la base GenIDA. Une confrontation normalisée avec les données de la littérature a permis d’identifier des traits phénotypiques rapportés par les parents.

38 questionnaires complets ont ainsi pu être analysés sur les 62 familles inscrites. Si un retard global des acquisitions est noté pour l’ensemble des patients, les familles remontent majoritairement un retard sévère du langage verbal, avec des possibilités de communication non-verbale et de compréhension par leurs enfants. Des modes de communications non-verbales par langage signé ou par pictogrammes ont été développés par 20 familles. Parmi les autres difficultés, nous avons pu noter 80% de troubles visuels et 50% d’infections ORL récurrentes. Les troubles de la marche, en lien avec un retard moteur mais également associés à des pieds bots ou métatarsus varus sont remontés chez 35% des patients et très peu décrit dans la littérature.

L’implication des familles dans GenIDA avec la description de leurs quotidiens du Syndrome MED13L nous a permis d’identifier des points de difficultés rencontrées par les patients et de guider la rédaction de recommandations pour leur prise en charge en complément des données de la littérature.

Des variations pathogènes à l’état hétérozygote de survenue de novo dans le gène WAC (WW Domain-containing Adaptor with coiled-coil region, OMIM*615049) ont été identifiées comme cause du syndrome de DeSanto-Shinawi (OMIM*616708). Il s’agit d’une déficience intellectuelle syndromique rare caractérisée par un retard global de développement, une dysmorphie, des anomalies oculaires et gastro-intestinales, et des troubles du comportement. Depuis sa première description en 2015, une vingtaine de patients ont été rapportés dans la littérature internationale. Nous rapportons la caractérisation clinique et moléculaire de 7 patients non apparentés. 1 patient est porteur d’une délétion chromosomique de novo 10p11.23 de 60 Kb emportant le gène WAC. 6 patients ont une mutation hétérozygote de novo perte de fonction du gène WAC. Les données, obtenues par une analyse rétrospective des dossiers, permettent une description phénotypique fine et l’identification de signes non décrits. Tous les patients ont un trouble du neurodéveloppement : hypotonie (5/7), retard global de développement (7/7), déficience intellectuelle (3/7). Les troubles du comportement sont fréquents, avec un déficit de l’attention-hyperactivité chez 3 patients, une anxiété chez 5 patients, des troubles du sommeil chez 2 patients. La dysmorphie est constante (7/7), et semble reconnaissable, avec une racine du nez déprimée (6), pointe du nez bulbeuse (2), narines antéversées (2), fentes palpébrales courtes (7), yeux enfoncés (4), épicanthus (5), sourcils épais (4), synophris (5), philtrum court (3). 4 patients ont une hypertrichose, 1 patient a des indentations de l’oreille.  Des anomalies oculaires sont présentes chez 3 patients. 3 patients ont un retard statural. Trouble de l’oralité, hypogammaglobulinémie, déficit en GH, anomalies rénales, cardiopathie ne sont présents que chez un seul patient. Ces observations élargissent le spectre phénotypique associé aux mutations du gène WAC, tout en soulignant la variabilité du profil neurocognitif.

Les mouvements en miroir congénitaux (MMC) correspondent à une maladie génétique rare à transmission autosomique dominante et à pénétrance incomplète. Les MMC se caractérisent par des mouvements involontaires d'un côté du corps qui reflètent les mouvements intentionnels de l'autre côté du corps. Ils apparaissent précocement puis persistent tout au long de la vie en l'absence d'autres symptômes neurologiques. Les patients atteints de MMC présentent habituellement une décussation anormale du faisceau corticospinal, principale projection motrice du cortex vers la moelle épinière.

A ce jour, les principaux gènes responsables de MMC sont RAD51, DCC et NTN1. DCC et Nétrine-1 forment un couple ligand/récepteur bien connu pour son rôle dans le guidage axonal, ainsi leur implication dans les MMC n’est pas surprenante. De façon intéressante, notre équipe a pu mettre en évidence la présence de RAD51 dans le cytoplasme des neurones corticaux et au niveau de la décussation au moment du franchissement de la ligne médiane par les axones des neurones corticospinaux chez la souris. Jusqu’alors connu pour son rôle clé dans la réparation de l’ADN par recombinaison homologue, la découverte de l’implication de RAD51 dans les MMC et sa présence lors de la formation de la décussation du faisceau corticospinal ont révélé un rôle totalement inattendu de ce gène, probablement cytoplasmique, dans le développement du système nerveux moteur.

Nous disposons d’une large cohorte de patients atteints de MMC, dont certains sont porteurs de mutations tronquantes ou non tronquantes RAD51. Nous avons détecté dans les lymphocytes de ces patients des taux d'ARNm RAD51 sauvages réduits ainsi qu’une diminution de l'expression de la protéine RAD51 sauvage par rapport aux apparentés non mutés. Ces résultats montrent que ces mutations entraînent une haploinsuffisance de RAD51 suggérant fortement que des mutations perte de fonction de RAD51 sont à l’origine des MMC chez l'Homme. 

Nous avons également démontré la présence de protéines RAD51 mutantes non fonctionnelles, engendrées par certaines des mutations non tronquantes. Cette observation nous a incité à comparer in vitro les propriétés biochimiques de plusieurs mutations non tronquantes par rapport à celles de la protéine sauvage et à étudier leur localisation subcellulaire dans des neurones corticaux de souris. Ces analyses fonctionnelles des protéines mutantes, basées sur l’hypothèse de fonction(s) commune(s) de RAD51 requise(s) pour assurer ses différents rôles, nous permettront ainsi de mieux caractériser son nouveau rôle dans le développement du système nerveux.

AGO1 est une protéine de liaison à l’ARN (RBP) de la famille des protéines Argonaute appartenant au complexe RISC et impliquée dans la répression post-transcriptionnelle médiée par des petits ARN non codants type microARN. D’autres rôles, notamment nucléaires (épissage, etc), ont également été rapportés pour les protéines AGO.

Des délétions englobant les gènes AGO1 et AGO3 (Tokita et al. 2015) et des variants du gène AGO2 (Lessel et al, 2020) ont déjà été rapportés comme responsable de troubles du neurodéveloppement. Le laboratoire a de son côté rapporté le cas de 28 patients porteurs de variants dans AGO1 et présentant des phénotypes similaires à ceux des individus avec variants dans AGO2 (Schalk et al, BioRxiv 2020). Au total, 15 variants de novo faux-sens ou indels en phase ont été identifiés dans AGO1, dont certains récurrents. Ces variants pourraient déstabiliser la dynamique de conformation de la protéine AGO1 et affecter sa capacité à réguler ses ARNm cibles.

Afin de déterminer plus précisément l’effet des variants faux-sens, nous avons utilisé différents modèles in vitro et in vivo où soit AGO1 wild-type a été inactivé soit AGO1 muté a été surexprimé. Nous avons pu montrer que les variants faux-sens n’affectaient ni la stabilité ni la localisation d’AGO1. Des co-immunoprécipitations couplées à la spectrométrie de masse ou à un Western Blot ont permis de montrer que les protéines mutantes ne présentent pas de défaut d’interaction avec les partenaires connus d‘AGO1 tels que la protéine DICER1, et ont mis en évidence de nouveaux partenaires. Nous avons montré qu’une inactivation d’AGO1 par siRNA n’affecte pas la capacité de précurseurs neuronaux humains à proliférer, mais aurait tendance à impacter le processus de différenciation neuronale induite par l’acide rétinoïque dans des cellules Neuro2A. Des analyses de transcriptomiques (RNAseq) ont été réalisées sur les précurseurs neuronaux inactivés et montrent des variations d’expression et d’épissage de certains ARNm. En parallèle des approches in vitro menées sur les lignées cellulaires, nous avons exploré l’effet de l’inactivation d’Ago1 dans les progéniteurs neuronaux d’embryons de souris par l’électroporation in utero. Les premiers résultats ne montrent un effet que très minime sur le développement des progéniteurs neuronaux. Ces résultats, associés au fait que des variants à des positions conservées dans AGO1 et AGO2 mènent aux mêmes phénotypes cliniques, suggèrent une redondance fonctionnelle entre AGO1 et AGO2 au cours du développement cortical, ce qui reste à explorer.

Les différentes approches in vitro et in vivo réalisées pour comprendre l’effet des faux-sens dans AGO1 devraient nous éclairer sur comment et pourquoi un mauvais fonctionnement de la protéine AGO1 impacte le développement du cerveau et nous permettre de mettre en place un test fonctionnel pour les nouveaux variants faux-sens qui seront identifiés dans ce gène.

Le gène PURA code une protéine de liaison à l’ARN impliquée dans la régulation transcriptionnelle et le transport des ARNm dans les cellules neuronales. Des délétions 5q31 emportant le gène PURA ainsi que des variants ponctuels ont été identifiés chez des patients présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) syndromique. En effet, l’haploinsuffisance de ce gène est responsable du syndrome PURA caractérisé par un TND avec hypotonie et déficience intellectuelle modérée à sévère, parfois associé à des manifestations épileptiques, des mouvements anormaux ainsi que des difficultés d’alimentation et des problèmes respiratoires (Reijnders MRF et al., GeneReviews, 2017). A notre connaissance, une seule duplication 5q31 d’environ 3,3 Mb impliquant PURA a été rapportée dans la littérature associée à un trouble neurodéveloppemental (Rosenfeld JA et al., Am J Med Genet A. 2011 ).

Nous rapportons quatre nouveaux patients non apparentés porteurs d’une duplication 5q31  de 730 kb à 3,5 Mb impliquant PURA. Il s’agit de duplications absentes des bases contrôles et morbides. Ces quatre patients présentent un TND avec un décalage global des acquisitions, une déficience intellectuelle et de manière inconstante des mouvements anormaux et une avance staturopondérale. Aucun patient n’a présenté d’hypotonie, de difficulté d’alimentation ou de problème respiratoire. Enfin, il n’a pas été mis en évidence d’élément dysmorphique reconnaissable chez ces quatre individus.

Ces 5 cas rapportés suggèrent que les duplications 5q31, comme les délétions, sont responsables d’un trouble neurodéveloppemental. Toutefois, elles sont plus rares et leur présentation clinique diffère des délétions. En effet, les difficultés neurodéveloppementales semblent moins importantes et plus isolées. A noter qu’un des patients décrit dans notre étude présente des mouvements anormaux comme cela est rapporté dans les délétions. La région minimale critique établie à partir de ces cinq patients mesure environ 530 kb et contient 6 gènes  OMIM (NRG2, PURA, PFDN1, HBEGF, SLC4A9 et ANKHD1), dont seul PURA est aujourd’hui associé à une pathologie humaine, en particulier aux TND en cas de perte de fonction. Sans évidence actuelle, la surexpression de PURA joue possiblement un rôle important dans le  phénotype neurodéveloppemental des patients.

Des études supplémentaires et la caractérisation d’une plus large série de patients sont nécessaires afin de mieux définir le spectre des manifestations cliniques associées aux duplications 5q31 impliquant PURA. D’un point de vue physiopathologique nous envisageons également d’étudier l’impact de la surexpression de PURA sur un modèle de culture primaire de neurones.

Nous avons montré que des mutations bialléliques du gène RNU4ATAC sont associées au nanisme microcéphalique ostéodysplasique de type 1 (MOPD1 ou syndrome de Taybi-Linder (TALS)), qui est caractérisé par des malformations cérébrales sévères, une dysmorphie faciale et un décès précoce (<3 ans). Les syndromes de Roifman (RFMN) et de Lowry-Wood (LWS), apparentés mais moins sévères, ont également été associés à ce gène. RNU4ATAC est transcrit en un petit ARN nucléaire non codant, l’ARNsn U4atac, composant du splicéosome mineur impliqué dans l’épissage des 850 introns mineurs du génome humain. Les mécanismes physiopathologiques associés à ces syndromes restent totalement inconnus à ce jour.

Ici, nous rapportons une mutation homozygote de RNU4ATAC, n.16G>A, précédemment identifiée chez des patients RFMN, chez deux patients non apparentés présentant un syndrome de Joubert (JBTS) avec une agénésie/hypoplasie du vermis cérébelleux, un signe de la dent molaire sur l’IRM et d’autres signes appartenant soit au spectre du syndrome RFMN (retard de croissance, déficit immunitaire, hépatomégalie), soit au spectre des ciliopathies (polydactylie).

L’analyse des termes GO des gènes comportant un intron U12 montre un enrichissement en gènes codant des composants du centrosome/cil primaire. Pourtant, l’analyse des fibroblastes dérivés de patients TALS et JBTS n’a montré que des défauts subtils de la structure du centrosome/cil, associés à de légères anomalies de la fonction ciliaire, qui peuvent s’expliquer par des rétentions d’introns U12 globalement faibles dans ces cellules. En revanche, in vivo dans le poisson-zèbre, la perte de fonction de u4atac par l’approche de morpholinos (MO) est associée à des anomalies sévères du développement incluant une courbure de l’axe du corps, des kystes pronéphriques et des défauts d’otolithes, tous caractéristiques de défauts ciliaires chez le poisson-zèbre, ainsi qu’à une microcéphalie, des hémorragies cérébrales et un défaut cardiaque. Les phénotypes ciliaires sont associés à des défauts du nombre et/ou structure des cils dans les organes impactés, et sont restaurés, ainsi que la forte rétention d’introns U12, par la co-injection de l’ARNsn U4atac humain sauvage, mais pas ou peu par la co-injection des ARNsn porteurs des mutations TALS n.51G>A et n.55G>A, ou JBTS/RFMN n.16G>A. L’ensemble de ces résultats, des cas cliniques JBTS aux études in silico, in vitro et in vivo, confirment que des mutations du gène RNU4ATAC conduisent indirectement à des défauts ciliaires, apportant ainsi des pistes concrètes pour comprendre les processus physiopathologiques de ces syndromes. L’étude transcriptomique menée dans le poisson-zèbre u4atac ainsi que l’exploitation du modèle d’organoïdes cérébraux différenciés à partir de cellules souches pluripotentes induites modifiées par CRISPR/Cas9 permettront d’identifier plus précisément les anomalies d’épissage et les processus cellulaires altérés au cours du développement lorsque U4atac est déficient. 

De nombreux syndromes neurodéveloppementaux sont associés à des troubles du langage. Il existe une très grande hétérogénéité tant sur le plan clinique qu’étiologique. Un trouble du langage est qualifié de secondaire s’il est la conséquence d’un déficit sensoriel, cognitif, environnemental ou relationnel. A l’inverse, les troubles spécifiques du langage oral (TSLO) correspondent à une entité particulière de troubles du neurodéveloppement où les patients présentent des difficultés langagières sévères, durables sans pathologie associée. La prévalence des trouble du langage est estimée à 7,4% dont 1% de TSLO. L’avènement des technologies de Séquençage Haut Débit (SHD) a révolutionné les stratégies de diagnostic et de recherche dans le domaine des troubles du neurodéveloppement. Les bases moléculaires de nombreux syndromes ont pu être identifiées par cette approche. Malgré cette avancée technologique, les TSLO sont très peu étudiés sur le plan génétique. Dans cette étude, dix familles multiplexes suivies dans le Centre Référent des Troubles du Langage et des Apprentissages de l’Hôpital de Garches et présentant un TSLO sévère ont bénéficié d’une consultation de génétique. Une CGH-array haute résolution a été réalisée chez le cas index de chaque famille. Dans deux familles, il a été identifié un CNV (Copy Number Variation) ségrégeant avec la pathologie : une duplication Xp22.12 comprenant le gène RPS6KA3 connu pour être impliqué dans le syndrome de Coffin-Lowry et une délétion intragénique de NEGR1. Le gène NEGR1 code une protéine d’adhésion cellulaire qui a un rôle dans la croissance, la prolifération et la différentiation neuronale. Dans les huit familles sans cause génétique identifiée, un SHD d’exome a été réalisé. Des variants faux-sens dans les gènes PCDH11X et IQSEC2 ont été mis en évidence. Le gène IQSEC2 joue un rôle dans la plasticité synaptique. Des variants dans ce gène ont été rapportés chez des patients présentant une déficience intellectuelle non syndromique liée à l’X et des troubles du spectre autistique. Concernant le gène PCDH11X, il code une protocadhérine très fortement exprimée dans le cerveau jouant un rôle dans la plasticité synaptique. Des CNV impliquant ce gène ont été détectés dans des formes familiales de dyslexie développementale. Notre étude montre l’intérêt de proposer un bilan génétique par CGH array puis SHD d’exome dans les formes familiales de TSLO sévère. L’inclusion de nouveaux patients permettra de mieux apprécier la nature et la fréquence des lésions génétiques dans les TSLO ainsi que d’établir des corrélations phénotype-génotype. Enfin, le démembrement génétique des TSLO et la compréhension des bases physiopathologiques associées, constitue une première étape dans l’exploration des autres troubles spécifiques du langage et des apprentissages appelés communément « troubles dys » afin d’apporter la meilleure prise en charge possible à ces enfants.

Le syndrome de Tatton-Brown-Rahman (TBRS; OMIM 615879) ou syndrome de croissance excessive lié à DNMT3A décrit en 2014 par Katrina Tatton-Brown associe une déficience intellectuelle, une grande taille et des particularités morphologiques reconnaissables (traits du visage épais, incisives supérieurs proéminentes). Ce syndrome est la conséquence de variations constitutionnelles entrainant une perte de fonction du gène DNMT3A codant pour une méthyltransférase impliquée dans la régulation épigénétique. Les variations somatiques du gène DNMT3A sont également impliquées dans les hémopathies malignes, notamment la leucémie myéloïde aiguë (LAM).

A ce jour une centaine de patients TBRS porteurs de variations de novo dans ce gène ont été décrits. Nous décrivons le phénotype clinique de la cohorte française de 28 patients porteurs de variations hétérozygotes dans le gène DNMT3A, l'imagerie cérébrale, les données anténatales et les corrélations génotype-phénotype.

Nous réalisons une revue de la littérature.

Le syndrome de Cockayne (CS) est un syndrome dégénératif multi-systémique avec un spectre phénotypique continu divisé en 3 phénotypes : la forme la plus sévère CS2, CS1 la forme classique et CS3 la forme à début tardif. Le retard de croissance et les difficultés alimentaires sont parmi les aspects principaux et constants du syndrome de Cockayne, avec de nombreuses complications médicales associées ; cependant ces patients tolèrent aussi très mal la suralimentation.  Il nous paraissait donc important de réaliser des courbes de croissance pour ce syndrome.

Nous avons recueilli de manière rétrospective les données de croissance de patients avec CS1 et CS2 confirmés moléculairement et utilisé le logiciel GAMLSS pour établir des courbes de croissance spécifique en comparaison avec celle d’enfants sains issus de la base de données WHO et CDC. 

Nous avons obtenu 1626 données de croissance issues de 88 patients (49 CS1 et 39 CS2) avec des mutations confirmées dans CSB/ERCC6, CSA/ERCC8 et ERCC1, permettant d’établir des courbes de croissance jusque l’âge de 6 ans pour les patients CS2 et 16 ans pour les patients CS1 en concordance avec le pronostic de survie dans cette pathologie. Les patients avec CS1 ont initialement des paramètres de croissance la naissance dans les normes, la microcéphalie apparait en moyenne vers l’âge de 2 mois alors que le retard pondéral et statural est plus tardif entre 5 et 22 mois. Chez les patients CS2, l’ensemble des paramètres de croissance sont inférieures au 5ème percentile dès l’âge de 3 mois. La microcéphalie est précoce, présente dès la naissance chez les CS2 et autour de 2 mois chez les CS1. Sur le plan évolutif, la croissance staturale et céphalique sont plus atteintes chez les CS2 alors que la croissance pondérale parait plus semblable entre les 2 populations.

Nous proposons ici un nouvel outil pratique utilisable facilement en clinique pour améliorer le suivi et adapter la prise en charge nutritionnelle des patients atteints de syndrome de Cockayne. 

Introduction :

Le syndrome de Moebius (SMB) (OMIM 157900) est un trouble congénital de l’innervation crânienne caractérisé par une diplégie faciale non progressive et une altération de l'abduction oculaire, dû à une paralysie ou une faiblesse des nerfs Facial (VII) et Abducens (VI), pouvant être associés à une atteinte d’autres paires crâniennes. Il s’agit d’un syndrome très rare avec une prévalence de 1/250000 naissances. Sa pathogenèse est multifactorielle. Les hypothèses étiologiques incluent ; des lésions hypoxiques/ischémiques du tronc cérébral, une exposition toxique intra-utérine et des variations génétiques touchant les gènes PLXND1 et REV3L.

Le but de notre travail est de caractériser cliniquement une série de 5 patients présentant un SMB.

Patients et méthode :

Il s’agit d’une étude clinique de cinq patients qui consultent pour un syndrome malformatif. Le diagnostic du SMB a été retenu devant une diplégie faciale et des anomalies des extrémités.

Résultats et discussion :

Il s’agit de quatre garçons et une fille, non apparentés. Tous ne présentent aucun antécédent prénatal ou familial particulier. Deux seulement ont manifesté des troubles de la succion au cours de la période néonatale. Le retard psychomoteur a été retrouvé chez quatre patients et la déficience intellectuelle chez un seul. L’examen clinique révèle un strabisme convergent bilatéral et une paralysie bilatérale du VI chez respectivement, quatre et cinq patients. Le reste des paires crâniennes est épargné.

Les signes dysmorphiques incluent ; un visage figé amimique (5/5), une ouverture buccale limitée (2/5), un microrétrognathisme (2/5) et une petite dentition (2/5).

Tous nos patients présentent différentes anomalies des extrémités à type de syndactylie (2/5), d’agénésie (1/5), d’hypoplasie (2/5) ou d’arthrogrypose (1/5) des doigts, d’hypoplasie des orteils (1/5) et de pieds bots varus équin (3/5). Le bilan malformatif cardiaque et rénal n’a révélé qu’une communication interauriculaire avec bicuspidie aortique chez un seul patient. L’IRM cérébrale a objectivé une agénésie des VI^è et VII^è paires crâniennes dans deux cas.

Un patient parmi les cinq présente une limitation de la mobilité cervicale attestée par une fusion atlanto-axoïdienne à la radiographie cervicale. Aucune des anomalies chromosomiques préalablement décrites dans le SMB n’a été objectivée par le caryotype sanguin, revenu normal dans tous les cas. La prise en charge de nos patients fût multidisciplinaire incluant généticiens, orthopédistes, ophtalmologues, neurologues et psychiatres.

Conclusion :

L’examen clinique revêt d’une importance capitale dans la confirmation diagnostique du SMB. L’origine génétique de cette maladie est encore insaisissable. La constitution de groupes cliniquement homogènes candidats à d’éventuelles études génétiques serait nécessaire.

La déficience intellectuelle est un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes. Elle se caractérise par des déficits du fonctionnement intellectuel et adaptatif débutant pendant la période développementale. Récemment, nous avons identifié par séquençage de génome entier un variant faux-sens homozygote NM_201414.3:c.440A > G:p.(His147Arg) de la protéine précurseur de l'amyloïde (APP) chez un patient de 17 ans, présentant une déficience intellectuelle sévère, une absence de langage, une épilepsie, et des troubles du comportement majeurs avec signes autistiques.

APP est une protéine membranaire ubiquitaire capable de se dimériser en cis ou en trans. Il a été observé que sa dimérisation au niveau de la membrane neuronale participe à la croissance des neurites, à l'adhésion neuronale, à l'axonogenèse et à la synaptogenèse. APP est constitué de plusieurs domaines fonctionnels, notamment le domaine Aß pouvant être clivé et le domaine CuBD impliqué dans la liaison du cuivre et la dimérisation. De nombreux variants faux-sens pathogènes ont déjà été identifiés dans le domaine Aß et sont associés à la maladie d’Alzheimer sous sa forme précoce. 

À ce jour, un seul variant homozygote avec perte de fonction d’APP a été rapporté, chez un individu présentant un retard global de développement, une épilepsie et une microcéphalie (Klein et al. 2016). Le variant faux-sens que nous avons identifié touche une histidine du  domaine CuBD. Cette histidine est critique pour la liaison du cuivre et serait nécessaire pour la dimérisation d’APP. Une étude fonctionnelle de ce variant dans les cellules HEK293 et SH-SY5Y est en cours. Nous présenterons les premiers résultats de cette étude et nous discuterons de l'implication des variants perte de fonction bialléliques dans le gène APP dans la déficience intellectuelle syndromique.

Les duplications segmentaires (DS), qui correspondent à des séquences d'ADN présentant un haut degré d’homologie, représentent environ 5% du génome humain. Certaines régions sont particulièrement riches en DS comme le 15q ou le 16p. Ces DS favorisent les réarrangements chromosomiques, appelés « désordres génomiques », par recombinaison homologue non allélique (ou NAHR). Depuis une dizaine d’années, l'Analyse Chromosomique sur Puce à ADN est devenue l’examen génétique de première intention pour explorer les patients présentant une déficience intellectuelle et/ou des malformations congénitales. Par cette approche, plusieurs désordres génomiques impliquant le bras court du chromosome 16 ont été ainsi décrits. Nous rapportons ici deux patientes non apparentées, porteuses d'une triplication 16p13.11p11.2 associée à une duplication 16p11.2, survenues de novo, détectées par ACPA. Ces patientes présentent un phénotype similaire comprenant une hypotonie, un retard sévère du neuro-développement avec trouble du langage, une hyperkinésie, une surdité de transmission et des particularités morphologiques communes. La technique de séquençage haut débit (SHD) de génome en « short reads » n’a pas permis de localiser précisément les points de cassure de ces réarrangements qui sont situés dans des DS. Cependant, les données de SNP extraites du SHD de génome nous ont permis d’affirmer que ce remaniement chromosomique est survenu pendant la méiose et non pas en période post-zygotique. Par Cartographie Optique de Génome (Bionano), nous avons pu déterminer l'orientation relative des segments tripliqués et dupliqués ainsi que les positions génomiques des points de cassure. La formation de cette triplication chromosomique nécessite l’implication de trois chromatides, et donc, la formation d’un chromosome dicentrique transitoire résultant de la recombinaison entre deux chromatides-sœurs. Cette recombinaison a pu survenir durant la phase S pré-méiotique pour corriger une cassure double-brin ou, durant le stade pachytène de la prophase de la première division de méiose. Cet événement s’est produit au niveau de la DS distale pour les deux patientes et peut avoir été favorisé par des séquences homologues, orientées dans des sens opposés, situées au sein de cette DS. La duplication 16p11.2 chez les deux patientes est probablement secondaire à un mécanisme de NAHR. En conclusion, nous rapportons ici un nouveau désordre génomique associé à un syndrome cliniquement reconnaissable caractérisé par SHD de Génome et Cartographie Optique du Génome, ce qui nous a permis de proposer un mécanisme à l’origine de ce remaniement complexe.

De nos jours, l’ACPA a supplanté le caryotype pour l’étude globale du génome et a révolutionné nos approches diagnostiques pour les patients ayant une dysmorphie faciale ou des troubles neurodéveloppementaux. Cependant cette technique présente des limites incluant la détection des faibles mosaïques et des réarrangements chromosomiques équilibrés.

Nous rapportons le cas d’un enfant adressé à l’âge de  ept mois au service de Génétique Médicale de Sfax pour un syndrome polymalformatif. Les données cliniques incluant les traits dysmorphiques caractéristiques, la microcéphalie, l’hypotonie avec des difficultés nutritionnelles et les spasmes en flexion, nous ont fait évoquer le syndrome de Miller-Dieker (OMIM #247200). Les examens paracliniques mettant en évidence une hypsarythmie à l’EEG et une lissencéphalie de type 1 à l’IRM cérébrale viennent supporter notre suspicion clinique.

Le caryotype sanguin a objectivé une inversion péricentrique du chromosome 17. L’analyse par FISH, en utilisant la sonde spécifique du locus PAFAH1B1, a montré la présence de deux signaux localisés de part et d’autre du centromère du chromosome 17 remanié (46,XY,inv(17)(p13.3q23).ish inv(17)(p13)(PAFAH1B1+)(q23)( PAFAH1B1+)). Ces résultats étaient en faveur d’une interruption ou d’une duplication du gène PAFAH1B1. Pour mieux caractériser ce réarrangement, une ACPA a été réalisée. Cette dernière n’a pas mis en évidence de duplication au niveau de la région 17p13, ni d’autres CNV pathogènes qui pourraient être impliqués dans le phénotype de ce patient. Il s’agit ainsi d’une inversion péricentrique du chromosome 17 sans aucune variation de nombre de copies. De ce fait, l’interruption du gène PAFAH1B1 serait responsable d’une lissencéphalie isolée par haploinsuffisance. Toutefois, notre patient n’avait pas une lissencéphalie isolée, et la présence de la dysmorphie faciale serait liée à un défaut d’expression d’autres gènes dans la région 17p13. Le phénotype observé serait ainsi lié soit à un effet de position soit à une anomalie génique nécessitant le recours aux techniques de biologie moléculaire.

A travers cette observation, nous soulignons que le caryotype garde toute sa place dans la caractérisation de certaines anomalies chromosomiques notamment celles qui sont équilibrées. Les techniques de cytogénétique moléculaire restent toutefois indispensables pour une meilleure caractérisation de ces remaniements, permettant d’établir des corrélations génotype-phénotype et de donner un conseil génétique adéquat.

Introduction :

Le syndrome de Cockayne type 1 (CS1) (# 216400) est une maladie rare de transmission autosomique récessive. Sa prévalence dans le monde est de 1/200000. Elle se caractérise cliniquement par une dysmorphie faciale, une microcéphalie progressive, une déficience intellectuelle, un retard de croissance et une atteinte neurosensorielle. Il est secondaire à une mutation au niveau du gène ERCC8. Ce gène code pour la protéine CSA incriminée dans la voie de réparation de l’ADN par excision de nucléotides.

Le but de notre travail est de rechercher la mutation fondatrice (c.598_600del/insAA) rapportée dans la population maghrébine chez une série de neuf patients suivis pour suspicion d’un SC1.

Patients et méthodes :

Nous avons réalisé une étude clinique et moléculaire de neuf patients maghrébins suivis au service des Maladies Congénitales et Héréditaires, pour suspicion de CS1. L’étude moléculaire par séquençage Sanger de l’exon 7 du gène ERCC8 (NM_000082.3), a été réalisée.

Résultats :

Il s’agit de cinq garçons et de quatre filles. Tous les patients présentaient les trois signes cliniques majeurs du SC1 à savoir le retard global du développement, le retard de croissance progressif et la microcéphalie (de -3DS à -8DS). La dysmorphie faciale était à type d’enophtalmie (9/9), de nez fin (7/9), d’oreilles larges (5/9) et d’anomalies dentaires (2/9). La cataracte, la photosensibilité cutanée, et la surdité étaient moins fréquents et retrouvés, respectivement chez 4/9, 3/9 et 2/9 patients.

L’imagerie cérébrale, effectuée chez tous les patients, a montré des calcifications des noyaux lenticulaires bilatérales (2/9), une atrophie cortico sous corticale (1/9) et des calcifications du lobe pariétal postérieur (1/9).

L’étude moléculaire a révélé le variant c.598_600del/insAA (p.Tyr200Lysfs*12) à l’état homozygote chez trois patients parmi les neuf.

Conclusion :

L’étude moléculaire nous a permis de confirmer le CS1 chez 3 patients, de leur prodiguer un conseil génétique adéquat et de proposer un diagnostic prénatal aux familles.

Ces résultats préliminaires pourraient orienter notre démarche diagnostique du CS1. Toutefois, la détermination de la fréquence de cette mutation fondatrice dans notre population nécessite l’élargissement de notre échantillon d’étude.

CAMTA1 codes for a transcription activator involved in brain development. Its implication in neurodevelopmental disorders has been first established in patients carrying intragenic copy number variants (CNVs). They presented with non-progressive congenital ataxia with or without intellectual disability (Thevenon et al., 2012).

Further studies later showed that single nucleotide variations (SNVs) were also associated with an autosomal dominant neurodevelopmental disorder albeit usually milder compared to patients carrying a CNV and caracterized by incomplete penetrance and variable expressivity in families (Wijnen et al., 2020).

Here, we report 3 new patients from two unrelated families both carrying two novel CAMTA1 variants identified through trio based whole exome sequencing (WES) and targeted gene panel (TGP).

The first patient (8 years) exhibited a mild intellectual disability and a focal epilepsy rensposive to valproate. He carried a de novo intronic variation (c.303-12T > A).

Patients 2 and 3 are brother and sister (11 and 8 years), both presenting with spastic diplegia and mild intellectual disability. They inherited a truncating variation (c.926, p.Ser309*) from their mother, exhibiting learning disability.

Both variants are located in or near the region encoding for the N-terminal DNA binding domain where clusters the majority of SNVsdescribed in the literature as pathogenic.

In conclusion, we report two novel pathogenic variants of CAMTA1 including the first splice-site modifying variant in a patient with intellectual disability without any signs of cerebellar dysfunction. We also report a novel frameshift variant in a family illustrating the variable expressivity of CAMTA1-related disorders.

References

1) Thevenon J, Lopez E, Keren B, et al. Intragenic CAMTA1 rearrangements cause non-progressive congenital ataxia with or without intellectual disability. J Med Genet. 2012 Jun;49(6):400-8.

2) Wijnen IGM, Veenstra-Knol HE, Vansenne F, et al. De novo variants in CAMTA1 cause a syndrome variably associated with spasticity, ataxia, and intellectual disability. Eur J Hum Genet. 2020 Jun;28(6):763-769. doi: 10.1038/s41431-020-0600-5. Epub 2020 Mar 10.

Le développement du cortex cérébral est le résultat d’une prolifération, d’une différentiation, et d’une migration des progénitures nerveuses (PN). Des perturbations du développement cortical sont en rapport avec des troubles du spectre autistique et des troubles neurodéveloppementaux. Nous allons présenter le cas d’un patient présentant une mutation pathogène du gène RBM8A suivi pour un syndrome de West résistant au traitement médical. 

Il s’agit d’un nourrisson âgé de 2 ans, issu d’un mariage non consanguin, grossesse et accouchement sans incidents. On note la survenue au troisième jour de vie d’une crise d’épilepsie suite à un épisode d’hypoglycémie et à l’âge de six mois la survenue de spasme avec une absence d’anomalies à l’électroencéphalogramme. L’évolution est marquée par l’apparition de plusieurs épisodes d’absence diagnostiqués comme étant un syndrome de West avec une IRM cérébrale normale. Une analyse d’exome a été réalisée et a révélé la présence d’un variant pathogène du gène RBM8A : NM8005105.4 : c.-21G > A, à l’état hétérozygote.

Le gène RBM8A, de localisation chromosomique 1q21.1, code pour la protéine RBM8A (RNA-binding protein 8A) fortement exprimée dans les zones sous-ventriculaires du cortex embryonnaire précoce, elle fait partie du complexe EJC (exon-junction complex). C’est une protéine de liaison à l'ARNm, impliquée non seulement dans la désintégration de l'ARNm à médiation non-sens mais également dans la prolifération et la différentiation des PN. Un défaut de l’expression du gène RBM8A réduit la prolifération des PN et augmente leurs différentiations. Il a été démontré que le RBM8A participe à la régulation de nombreux gènes. Par conséquent, une perturbation de son fonctionnement peut être associée aux troubles neurodégénératifs, neuropsychiatriques et à des perturbations dans de nombreux processus fonctionnels et essentiels au développement neurologique précoce. Par conséquent, cette mutation pourrait être en rapport avec les troubles épileptiques observés chez notre patient et être cause de son phénotype.

C’est une présentation clinique nouvellement décrite pour les mutations pathogènes du gène RBM8A. La prise en charge de ce patient doit être complétée par une analyse moléculaire chez les parents, pour un conseil génétique adapté et une recherche de la probabilité de récidive dans les grossesses à suivre. 

Les malformations du corps calleux présentent les malformations cérébrales les plus fréquentes en diagnostic prénatal. Elles sont classiquement subdivisées en agénésie complète ou partielle et hypoplasies. Leur prévalence est estimée à 1/4000 naissances. Les causes sont variables, comprenant des anomalies génétiques ou exogènes.

Un large spectre clinique est associé aux MCC. Elle peut être soit isolée, soit associée à d'autres malformations cérébrales et/ou extra-cérébrales.

Nous rapportons dans ce travail 3 patients qui présentent des MCC associées ou pas à des malformations cérébrales, une dysmorphie faciale, un retard psychomoteur. La CGH array a montré des réarrangements au niveau du bras long du chromosome 1.  Les deux premiers patients avaient des délétions chacune au niveau de 1q43q44 et 1q42q43 d’une taille de 2.7Mb et 11.7 Mb respectivement. Le troisième patient avait une duplication en 1q31.1 de près de 1,8 Mb comportant le gène BRINP3. Ce dernier gène est fortement exprimé dans le cerveau mais aucune implication dans les MCC n’a été confirmée. Les régions délétées comportent les gènes PLD5, FMN2, AKT3 et ZNF238.   Les protéines PLD5 et ZNF238 jouent un rôle dans la régulation transcriptionnelle et peuvent avoir un effet de régulation sur les gènes voisins. FMN2 a toujours été associé à une infertilité inexpliquée mais puisqu’il est hautement exprimé dans le SNC, nous suggérons qu’il soit étroitement lié aux anomalies du CC. Alors que AKT3 semble être exclue de cette pathologie.

 Ces résultats confirment la grande hétérogénéité génétique des MCC. La confirmation des fonctions des gènes candidats et leurs corrélation génotype-phénotype seraient nécessaires.

Using mouse genetic studies, we set out to identify which of the 30 genes causes brain size and other NeuroAnatomical Phenotypes (NAPs) at the autism-associated 16p11.2 locus, independently in male and female. To assess NAPs, we developed or acquired through collaboration single-gene heterozygous knockout mice, representing 20 unique genes of the 16p11.2 locus. For the remaining 10 genes, the germline transmission of the mutation failed despite multiple attempts or no mouse model was available during the course of the study. Here we show that multiple genes mapping to this region regulate brain size in contrast to previous studies, with female significantly less affected. Major Vault Protein (MVP), the main component of the vault organelle, is a highly conserved protein found in higher and lower eukaryotic cells, yet its function is not understood. While we find MVP expression highly specific to the limbic system, Mvp stood out as the top driver of NAPs, regulating the morphology of neurons, postnatally and specifically in male. Finally, we demonstrate that the double hemideletion Mvp::Mapk3 rescues NAPs and alters behavioral performances, suggesting that MVP and ERK share the same pathway, in vivo. Our results highlight that sex-specific neuroanatomical mechanisms must be considered in neurological disorders such as autism and provide the first evidence for the involvement of the vault organelle in the regulation of the mammalian brain size.

Introduction:

Les troubles neuro-développementaux constituent un groupe très hétérogène tant sur le plan clinique que génétique. Plus que 1000 gènes sont décrits, jusqu’à ce jour, impliqués dans les formes monogéniques de ces troubles. Parmi ces gènes, le CCCTC-binding factor (CTCF), qui joue un rôle important dans l’organisation chromatinienne tridimensionnelle et dans l’expression de plusieurs gènes. Des mutations somatiques au niveau de ce gène ont été rapportés dans plusieurs types de cancers. Récemment, des mutations constitutionnelles au niveau de ce gène ont été décrites comme responsable d’un nouveau trouble neuro-développemental associant une déficience intellectuelle, un retard du développement psychomoteur, des troubles de l’alimentation et une microcéphalie.

Le spectre phénotypique de ce syndrome est non spécifique, et sa sévérité est très variable.

Nous rapportons le cas d’un patient présentant une déficience intellectuelle syndromique, porteur d’un nouveau variant au niveau du gène CTCF.

Observation clinique :

Il s’agit d’un patient de sexe masculin, âgé de 7 ans, adressé pour retard psychomoteur et retard staturo-pondéral.

L’examen clinique a objectivé la présence d’un retard de croissance à début intra-utérin avec un retard statural à -2,1 DS et une microcéphalie à -3,5DS. Le patient présentait une dysmorphie faciale avec un front haut, des sourcils fournis avec ébauche de synophris, une pointe bulbeuse du nez, une grande bouche avec des lèvres fines et une mauvaise dentition.

Le patient avait une épilepsie, bien équilibrée, qui a débuté à l’âge de 6 mois. Sur le plan cognitif, le patient présentait une déficience intellectuelle, avec un retard des acquisitions langagières.

L’étude moléculaire par séquençage de l’exome a objectivé la présence d’un variant au niveau du gène CTCF : NM_006565.4: c.2152C>T, p.(Pro718Ser) à l’état hétérozygote, de novo. Le variant est classé en probablement pathogène selon les critères de l’ACMG. C’est un variant non décrit dans la littérature. Il s’agit du premier variant faux-sens localisé en dehors du domaine en doigt de zinc, décrit au niveau du gène CTCF.

Conclusion :

Ce cas a permis d’élargir le spectre mutationnel du gène CTCF, et d’insister sur l’importance du séquençage de l’exome entier, dans l’étude étiologique de la déficience intellectuelle, en absence d’orientation diagnostique.

Le syndrome de Pitt-Hopkins (PTHS) (MIM #610954) est un trouble neurodéveloppemental caractérisé par une déficience intellectuelle, une dysmorphie faciale reconnaissable, des anomalies du système nerveux autonome, en particulier des troubles de la régulation de la respiration et de la mobilité intestinale causé par des variants du gène TCF4 situés en 18q21.2 et codant pour un facteur de transcription 4.  

Nous rapportons l’observation de 3 nouveaux patients porteurs d’une mutation du gène TCF4, nés de parents apparentés indemnes.  Il s’agit de 3 sœurs âgées de 15,12 et 10 ans, nées à terme sans incidents avec un poids de naissance entre 2950 et 3900 gr.Toutes ont présenté une hypotonie néonatale, un retard sévère du langage et de la marche acquise entre l’âge de 3 ½ et 6½ ans ainsi que des troubles de la communication et du comportement. Notamment chez la deuxième patiente avec auto-agressivité, irritabilité, crises de frayeur, stéréotypies des mains et tics de la face. L’examen retrouve une déficience intellectuelle sévère, un comportement joyeux avec un sourire facile spontané chez l’ainée et la plus jeune, un comportement autistique chez la deuxième patiente. La dysmorphie faciale est reconnaissable avec rétraction temporale, épicanthus, hélix épais, pointe du nez large et basse, narines antéversées, philtrum court, grande bouche ouverte, lèvre inférieure pleine éversée, palais profond, dents séparées, pli palmaire transverse à droite et pieds plats, L’IRM cérébrale est normale, L’exome sequencing réalisé chez les 3 sœurs a permis d’objectiver une mutation faux sens c 1705C T p. Arg569Trp dans le gène TCF4.

Nos 3 patientes présentent un phénotype PHS classique sans les troubles respiratoires, ni la constipation et le score selon l’échelle de Whalen est de 15 /20. Alors que la dysmorphie faciale est moins nette chez unautre patient porteur de la même mutation. Les variants TCF4 ne sont pas toujours corrélés avec le phénotype classique. A ce jour, une mosaïsme somatique de faible niveau et présumée germinale a été rapportée dans 4 publications. Tous les parents sont indemnes sauf une mère, elle souffrait de dépression chronique et d'épilepsie. L’identification du mosaïsme germinal avec ou sans mosaïsme somatique de bas grade est important pour le conseil génétique.

La déficience intellectuelle est un trouble neurodéveloppemental cliniquement et génétiquement très hétérogène. L’utilisation accrue du séquençage de nouvelle génération, a permis l’identification de 1000 gènes, impliqués dans la pathogenèse des déficiences intellectuelles syndromiques et non syndromiques. Nous rapportons 2 cas de déficience intellectuelle syndromique révélant une nouvelle mutation du gène TMEM94.

Nos patients sont un homme âgé de 22 ans et sa sœur âgée de 18 ans, nés de parents apparentés à terme sans incidents avec des mensurations normales. Le frère ainé a présenté une malformation cardiaque congénitale (CIA, CIV) et des crises d’épilepsie dès l’âge de 8 ans. Les deux patients ont acquis la marche entre 18 et 24 mois avec retard du langage. L’examen à l’âge de 13 ans chez le garçon et 9 ans chez la fille retrouve une déficience intellectuelle légère/moyenne, des troubles de l’humeur, une grande taille (+3DS), une macrocéphalie modérée (+2DS), un aspect marfanoïde, un cubitus valgus, une perte de la cyphose dorsale et une dysmorphie de la face et des extrémités plus prononcée chez le garçon. Notamment, un visage long, front fuyant, sourcils épais en arc, hypertélorisme, épicanthus bilatéral, fentes palpébrales en bas dehors, cils longs, strabisme divergent alternant, grandes oreilles mal ourlées en rotation postérieur, arête du nez large, philtrum court, bouche ouverte, palais profond, prognathisme, cubitus valgus, perte de la cyphose dorsale, grandes mains et grands pieds plats avec des orteils longs. L’IRM cérébrale est normale, L’EEG montre une trace mal organisé et lent pour l’âge, dénué d’anomalies irritatives. L'examen ophtalmologique retrouve une myopie avec astigmatisme chez le garçon. Le bilan biologique standard, thyroïdien, phénylalanine, homocystéine est normal. L’examen de la CGH array s’est révélé normal. Le séquençage de l’exome a permis l’identification d’une mutation tronquante du gène TMEM94.

C’est une maladie nouvellement décrite chez 13 patients dont 2 fœtus et un nourrisson de 6 mois appartenant à 8 familles originaire pour la plupart du moyen orient. Tous sont porteurs d’une mutation homozygote ou hétérozygote composite non-sens, de décalage du cadre de lecture ou du site d'épissage du gène TMEM94. Cependant nos deux patients présentent un aspect marfanoïde avec une grande taille, une dysmorphie faciale semblable et une variabilité intrafamiliale secondaire à une nouvelle mutation bi allélique tronquante c.C1181A: p.S394X du gène TMEM94. Cette présentation a permis d’élargir le spectre phenotypique et celui des variants pathogènes du gène TMEM94   Néanmoins des études ultérieures sont nécessaires pour décrire l’histoire naturelle de la maladie.

Le gène NF1A code pour un facteur de transcription qui fait partie du complexe du facteur nucléaire 1 (FN1). FN1 a un rôle dans le développement du système nerveux central, notamment dans la croissance et l’adressage axonale, la différenciation gliale et neuronale et la migration neuronale. 

A ce jour, la littérature rapporte 21 patients avec des variants pathogènes dans le gène NF1A. Ces patients présentent des troubles des apprentissages, qui ne sont pas toujours associés à une déficience intellectuelle (DI), une macrocéphalie et des malformations cérébrales dont des anomalies du corps calleux. Aucun cas n’a été rapporté avec hétérotopies. 

Nous décrivons 4 nouveaux cas présentant des variations pathogènes dans le gène NF1A, identifiés suite à un séquençage d’exome pour déficience intellectuelle et/ou anomalie du corps calleux et/ou macrocéphalie, dont un cas familial (père-fille), et décrivons plus précisément le phénotype cérébral. 

3/4 patients avaient une macrocéphalie, 3/4 une anomalie du corps calleux (CC), et 2/4 des hétérotopies périventriculaires nodulaires (HPV), jamais décrites jusqu’alors dans la littérature. 

Les variants pathogènes du gène NF1A ont été décrits chez des patients présentant une macrocéphalie dans un contexte de DI ou de troubles des apprentissages, associés ou non à une anomalie du CC, les HPV semblent également faire partie du spectre. Le phénotype cérébral permet de les différencier d’autres syndromes avec macrocéphalie comme les anomalies des gènes PTEN (syndrome de Bannayan-Riley-Ruvalcaba ou de Cowden), NSD1 (syndrome de Sotos), GLI3 (syndrome de Greig) et PIK3R2, AKT3 et CCND2 (syndromes mégalencéphalie-polymicrogyrie-polydactylie-hydrocéphalie 1, 2 et 3).

La compréhension des bases physiopathologiques des troubles neurodéveloppementaux des patients porteurs de déséquilibres génomiques est particulièrement complexe du fait de l’inaccessibilité des neurones pour l’étude des profils d’expression génique. Ceci est particulièrement patent en cas de duplications ou triplications géniques car à l’inverse d’une haploinsuffisance par délétion, il n’existe pas d’équivalent en termes de SNV. La production de cellules souches pluripotentes induites (iPS) à partir de cellules de patients porteurs d’anomalies chromosomiques et leur différenciation en neurones est un moyen efficace pour contourner ces difficultés. Des études fonctionnelles de gains de matériel chromosomique dans des neurones obtenues par iPS ont révélé la puissance de cette approche. C’est le cas par exemple de l’étude des duplications au locus du gène CHRNA7 (Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 7 Subunit) par Gillentine et al. (2017) qui a montré que les gains entraînaient une diminution du nombre de récepteurs CHRNA7 à la membrane plasmique.

Nous rapportons ici le cas d’un patient présentant un trouble du neurodéveloppement porteur d’une triplication de novo, impliquant le locus du gène CNTN6 (Contactin 6), détectée par CGH-array. Les contactines sont des molécules d’adhésion cellulaire (CAM) qui appartiennent à la superfamille des Immunoglobulines et qui sont liées à la membrane plasmique par une ancre glycophosphatidyl-inositol (GPI). Ces molécules jouent un rôle majeur au cours du développement du système nerveux central dans des processus tels que la prolifération des progéniteurs neuronaux, la migration neuronale et la synaptogénèse. Chez l’Homme, il existe six gènes de contactine, dont CNTN6 qui est localisé en 3p26.3 à proximité de CNTN4 et CHL1 qui codent également des CAM, impliquées dans le développement cérébral. Ces différents gènes sont prédits pour être localisés au sein d’un même TAD (Topologically Associated Domain) et pourraient être co-régulés. Plusieurs études dans la littérature ont montré que des CNV (Copy Number Variant) impliquant le locus du gène CNTN6 seraient associés à des troubles du neurodéveloppement comme les troubles du spectre autistique, la déficience intellectuelle ou encore le syndrome de Gille de la Tourette. Cependant, la pathogénicité de ce CNV reste encore discutée en raison de l’absence de son enrichissement dans des études cas-témoins et de la fréquence de parents porteurs asymptomatiques.

Chez notre patient, afin de déterminer l’impact fonctionnel de ce CNV, nous avons généré des neurones par différenciation de cellules souches pluripotentes induites obtenues à partir de ses fibroblastes. Une étude préalable par séquence haut débit de génome en trio n’a pas révélé de variant pathogène dans le reste du génome. Les analyses transcriptomiques sont en cours afin d’évaluer l’impact de ce CNV sur l’expression du gène CNTN6 ainsi que sur les gènes adjacents.

Introduction

Le trouble du spectre de l'autisme (TSA) est un trouble du neurodéveloppement (TND) dont la prévalence est estimée à environ 1% de la population. Le phénotype des patients avec un TSA est hétérogène et de nombreuses comorbidités peuvent y être associées, telles que la déficience intellectuelle (DI), une dysmorphie faciale et/ou des malformations. Les étiologies génétiques sous-jacentes sont également très nombreuses et l’identification d’une anomalie génétique causale est très variable selon les études et selon les manifestations cliniques associées au TSA.

Méthodes

Nous avons recueilli et analysé le phénotype clinique et les résultats des analyses génétiques réalisées dans deux populations de patients présentant un TSA. D’une part, les résultats des analyses chromosomiques sur puce à ADN (ACPA) réalisées entre 2015 et 2019 chez des patients avec des traits autistiques ou un TSA (n=323) ; d’autre part, les résultats du séquençage haut-débit d'un panel de gènes impliquées dans le neurodéveloppement chez des patients présentant un TSA diagnostiqué selon les critères du DSM-5 et à l’aide de questionnaires standardisés (comme l’ADI-R) (n=64). Nous avons ensuite réparti les patients en 4 groupes selon le caractère isolé ou associé du TSA (isolé, avec anomalie du développement neurologique, avec malformations/dysmorphie, avec anomalie du développement neurologique et malformations/dysmorphie) 

Résultats

L’ACPA a permis d’identifier 18 anomalies chromosomiques (5.6%) dont 10 anomalies à pénétrance incomplète et/ou expressivité variable (PIEVs) et 8 variations pathogènes. L’analyse du panel de gènes a retrouvé 9 variants pathogènes ou probablement pathogènes et 2 PIEVs (17.2%). Dans les deux cas, le taux de diagnostic était plus élevé si le TSA était associé à une anomalie du développement neurologique, comme la DI, et encore plus elevé quand le TSA était associé à une anomalie neurologique ainsi qu’à d’autres signes cliniques supportant un cadre syndromique comme une dysmorphie et/ou des malformations. En revanche, le rendement diagnostique était faible (identification uniquement de quelques PIEVs) (pour l’ACPA) voir nul (pour le panel de gènes) chez les patients présentant un TSA isolé (sans DI).

Conclusion

Cette étude a permis de démontrer que le rendement des analyses génétiques réalisées chez les patients présentant un TSA est d’autant meilleur que le TSA est associé à d’autres signes cliniques tels que des anomalies du développement neurologique (comme la DI), une dysmorphie faciale ou des malformations. Ces résultats montrent l’importance de caractériser de manière précise les signes cliniques pouvant être associés au TSA avant de prescrire un examen à visée génétique, ce nous amène à recommander, préalablement à ces analyses, la réalisation d'une évaluation neuropédiatrique et d'un bilan malformatif complet. Enfin, ces résultats permettent également de rediscuter de la stratégie des analyses génétiques à réaliser dans le cadre du TSA.

La déficience intellectuelle liée à X (XLID) fait référence à un groupe de maladies génétiques associant une déficience intellectuelle de degré variable causée par des anomalies au niveau des gènes situés sur le chromosome X. Parmi ces gènes, celui codant pour l’oligophrénine-1, OPHN1, est associé à une forme syndromique de XLID caractérisée par une dysmorphie faciale, un strabisme, des anomalies cérébrales (dilatation des ventricules cérébraux, hypoplasie vermienne), une ataxie, une épilepsie, et un hypogénitalisme. Très peu de variants pathogènes ont été rapportés jusqu’à ce jour au niveau du gène OPHN1.

Nous décrivons l’observation de deux frères jumeaux présentant une déficience intellectuelle syndromique en rapport avec un variant hémizygote hérité de la mère au niveau du gène OPHN1.

Il s’agit de deux garçons issus d’une grossesse monochoriale biamniotique adressés à l’âge de 10 ans en consultation de génétique pour l’exploration d’une déficience intellectuelle associée à une épilepsie et une dysmorphie faciale. Le deux frères présentaient le même phénotype avec un retard psychomoteur, un retard du langage, une épilepsie depuis l’âge de 2 ans, une déficience intellectuelle sévère et une dysmorphie faciale (front étroit, hypoplasie de l’étage moyen, enophtalmie, strabisme divergent chez l’un des jumeaux, grande bouche, dents espacées, lèvre supérieure éversée, philtrum court, oreilles grandes et décollées, prognathisme). La marche était ataxique avec un flessum de la hanche et des genoux. L’imagerie cérébrale chez les deux cas index montrait une malformation de Dandy Walker, une dilatation ventriculaire et une hypoplasie vermienne. Le corps calleux était hypoplasique chez l’un des jumeaux.

Un séquençage de l’exome entier a été réalisé sur l’ADN lymphocytaire des deux jumeaux, mettant en évidence à l’état hémizygote le variant c.1586G>A au niveau de l’exon 19 du gène OPHN1. Ce variant faux-sens au niveau d’une base conservée, et qui n’a pas été rapporté auparavant, est responsable de la substitution d’une glycine par un acide glutamique au niveau du codon 529 (p.Gly529Glu). Selon les programmes de prédiction, ce variant serait délétère pour la protéine, et expliquerait le phénotype des deux garçons. L’étude de la ségrégation a montré que la mère des patients était conductrice hétérozygote pour ce variant. Le phénotype normal de la mère serait expliqué par un biais d’inactivation au détriment du chromosome X portant l’allèle pathogène du gène OPHN1.

Le séquençage de l’exome entier s'avère d’un apport considérable pour l’exploration rapide du grand nombre de gènes impliqués dans la déficience intellectuelle syndromique. La confirmation moléculaire va permettre de donner un conseil génétique adéquat à la famille et de proposer un diagnostic prénatal adapté lors des grossesses ultérieures.

L’amélioration des connaissances génétiques dans les troubles du neurodéveloppement a permis d’identifier les bases moléculaires d’un grand nombre de syndromes. La description phénotypique de ces syndromes est devenue un nouvel enjeu majeur dans la prise en charge des patients. Ainsi, nous avons utilisé les données renseignées dans le site collaboratif GenIDA par les parents de patients afin de décrire et comparer le profil neurodéveloppemental de 2 déficiences intellectuelles (DI) syndromiques fréquentes dont nous avons l’expérience dans notre centre : le syndrome de Wiedemann-Steiner (WSS) et syndrome DYRK1A.

Nous avons ainsi pu recueillir des données pour 38 patients dont 18 patients WSS et 20 patients DYRK1A.

L’âge moyen des individus est de 15.2 ans [4-62] chez les patients WSS et 12.6 ans [2-36] chez les patients DYRK1A. Sur le plan moteur, l’âge moyen de l’acquisition de la marche est semblable entre les 2 cohortes avec une moyenne à 22,3 mois [15-42] pour le syndrome WSS et 21,4 mois [12-31] pour le syndrome DYRK1A. L’âge d’apparition des premiers mots est en revanche très différent entre les deux syndromes, 18 mois [9-36] pour le WSS et 33 mois [14-84] pour le syndrome DYRK1A. En effet, la plupart (59%) des patients avec un syndrome DYRK1A ne parlent pas et s’expriment essentiellement par gestes, sons vocaux, signes alors que peu d’enfants avec un syndrome WSS sont non-verbaux (7%). Au sein de la cohorte WSS, une majorité des patients ont une DI modérée (60%) contre une majorité de DI sévère dans le syndrome DYRK1A (54.5%), en concordance avec la littérature mais sous réserve de l’absence de bilan psychométrique permettant de préciser spécifiquement la sévérité de la DI chez la majorité des enfants. Un trouble du spectre de l’autisme (TSA) est rapporté chez 31% des patients WSS, ce qui est plus élevé que les données de la littérature. Au contraire, seulement 37.5% des patients avec un syndrome DYRK1A sont décrits avec un TSA, alors que la littérature rapporte une prévalence de TSA supérieure à 50%. Les troubles du comportement sont fréquents dans les deux syndromes (59% dans la cohorte DYRK1A et 93% dans la cohorte WSS) avec une anxiété rapportée chez plus de la moitié des enfants dans les 2 cohortes, des comportements répétitifs et stéréotypés rapportés principalement chez les patients DYRK1A et une intolérance à la frustration majoritairement décrite chez les patients WSS. Des troubles de l’attention sont également rapportés dans les deux cohortes. De manière intéressante, on retrouve une tendance à l’hyper sociabilité chez les patients WSS.

En conclusion, le site collaboratif GenIDA permet de préciser le profil neurocomportemental des patients avec un syndrome donné grâce à un recueil de données systématisées. L’augmentation du nombre de patients ainsi inclus permettra d’améliorer la caractérisation phénotypique de ces formes de DI rares dans l’optique de proposer des recommandations de prise en charge spécifique à chaque syndrome.

Le syndrome d'Aarskog-Scott (ASS) ou la dysplasie facio-digito-génitale (OMIM#305400) est une pathologie héréditaire rare liée à l'X, causée par des variants pathogènes du gène  FGD1 (FYVE, RhoGEF et pleckstrin homology domain-containing protein 1). Ce syndrome affecte environ 1 naissance sur 1 000 000. Les patients présentent un large phénotype clinique avec une dysmorphie, une petite taille, des anomalies squelettiques et urogénitales. Certains patients de la littérature sont rapportés avec un retard psychomoteur/ une déficience intellectuelle ou des troubles neuropsychiatriques,  ce qui soulève beaucoup de questionnements au sein des patients et de leur familles.

Notre cas index est un garçon de deux ans  suivi pour camptodactylie, dysmorphie, cryptorchidie et retard de croissance. L’enfant n’a pas de retard psychomoteur ou de troubles psychiatriques. Le séquençage de l'exome a retrouvé chez lui un variant hémizygote de classe 5, c.123del dans FGD1(NM_004463), hérité de sa mère qui présente une camptodactylie et un hypertélorisme. Les parents se posent les questions du devenir psychomoteur et psychiatrique de leur enfant ainsi que du conseil génétique pour de futures grossesses.

Le but de ce travail est de rapporter le cas de notre patient et de réaliser une revue de la littérature pour évaluer la prévalence et caractériser les troubles du neurodéveloppement chez les patients avec un diagnostic génétique d’ASS.

Une nouvelle plateforme de prise en charge somatique des adultes en situation de handicap a ouvert le 11 Janvier dernier à l’Hôpital de la Salpêtrière à Paris. Initiée en partenariat avec l’Agence Régionale de Santé, cette plateforme innovante s’adresse aux adultes à domicile ou en établissement médico-social résidant à Paris, atteints d’un trouble du neuro développement (déficience intellectuelle ou trouble du spectre autistique), les personnes polyhandicapées, les personnes dys ou non communicantes, en échec de soins dans le système de droit commun, pour leur proposer une offre de soins somatiques complète, s’appuyant sur les services du groupe hospitalier à l’aide d’un dispositif approprié (équipe dédiée et outils adaptés).

Plusieurs niveaux de prise en charge peuvent être proposés : une téléconsultation afin d’évaluer la situation et les besoins du patient, une consultation somatique simple, l’organisation d’une consultation spécialisée ou d’un examen mais aussi la programmation d’une hospitalisation de jour.

Le patient est adressé par son médecin traitant/hospitalier ou par un professionnel de santé exerçant en ambulatoire ou en établissement et services médico-sociaux partenaires (département de Paris, voire limitrophes) par convention avec l’établissement.

L’équipe de la plateforme propose des soins spécialisés avec en priorité : une prise en charge somatique, odontologique, de gynécologie médicale, la prise en charge de la douleur, des consultations de gastro entérologie, d’Ophtalmologie, d’ORL, la sécurisation et l'optimisation de la gestion des gestes douloureux, et en fonction des besoins des consultations d’autres spécialités et différents examens biologiques ou d'imagerie.

La plateforme joue également un rôle de prévention (dépistage, vaccins…) et d’éducation en santé, et fait le lien avec les équipes et les établissements médico-sociaux.

Seront présentés, l’organisation de la plateforme et le bilan après une année de fonctionnement : le nombre de patients reçus, le niveau de prise en charge (Consultation simple, spécialisée, HDJ…), les types de pathologies et handicaps présentés, les besoins, l’articulation avec le secteur médico-social…

Le gène ERLIN1 (Endoplasmic Reticulum lipid raft associated protein 1) code pour une protéine ERLIN1 membranaire du réticulum endosplasmique formant un complexe avec ERLIN2 impliqué dans le contrôle de la dégradation protéique associée au réticulum endoplasmique. Ce complexe permet la dégradation par le protéasome des protéines malformées situées dans la lumière du réticulum endoplasmique. Seulement trois variants pathogènes homozygotes de ERLIN1 ont été rapportés chez 4 familles : 1) 6 patients de 3 familles avec une paraparésie spastique héréditaire pure débutant dans l’enfance (p.Arg255*, p.Gly50Val), 2) chez 5 patients d’une famille avec une sclérose latérale amyotrophique (p.Val94Ala). Nous rapportons une nouvelle patiente.

La patiente est la quatrième d’une fratrie de 4 issue d’un couple apparenté sans antécédent. La grossesse a été marquée par un petit poids pour l’âge gestationnel et l’accouchement s’est fait à terme avec un retard de croissance expliqué par une insuffisance placentaire. Les premières semaines de vie ont été marquées par des difficultés pour têter et les deux premières années par un retard du développement suscitant l’inquiétude des parents. La patiente a acquis la marche à 2 ans et se plaignait de douleurs dans les membres inférieurs après quelques minutes de marche à 5 ans. Elle avait un retard global dans ses apprentissages, scolarisée en ULIS. L’examen clinique à cet âge on retrouvait un syndrome pyramidal net aux membres inférieurs et un surpoids (+4 DS) lié à une polyphagie. Le caractère progressif du la gêne motrice n’était pas évident à cet âge-ci. A l’âge de 6 ans apparaissent des phénomènes paroxystiques ; des anomalies à l’EEG ont transitoirement fait suspecter une épilepsie. A l’âge de 8 ans, la marche s’est dégradée, la patiente utilisait un fauteuil roulant pour ses déplacements extérieurs. Elle fréquentait un IME du fait de sa déficience intellectuelle.

L’analyse d’exome en trio a révélé la présence d’une délétion intronique homozygote de 4 paires de bases dans ERLIN1 NM_006459.3 : c.430+3_430+6del, p.? proche du site donneur d’épissage de l’exon 6, prédite pour altérer l’épissage par un saut de l’exon 6 selon les logiciels de prédiction d’épissage. Les transcrits fibroblastiques de ERLIN1 n’ont pas pu être amplifiés.

Nous décrivons la première enfant présentant une déficience intellectuelle associée à une paraparésies spastique progressive due à une mutation homozygote dans le gène ERLIN1. La décience intellectuelle de la patiente et les anomalies EEG pourraient être liée à un autre variant non identifié à l’exome ou alors relever d’une atteinte plus diffuse de l’encéphale due au variant ERLIN1 qui serait spécifique des formes sévères et précoces de la maladie. La description d’autres patients est nécessaire pour trancher la question.

Depuis 10 ans, les technologies de séquençage à haut débit (NGS) ont permis l’étude d’un plus grand nombre de gènes impliqués en pathologie dans un temps de plus en plus court. Le service de génétique du CHU de Lyon réalise depuis 2015 le diagnostic des épilepsies monogéniques par un panel aujourd’hui composé de 150 gènes développé dans le cadre du réseau national EPIGENE (panel PAGEM). Le rendement diagnostique de plus de 30% atteint 50% dans les épilepsies de la première année de vie. En plus du bénéfice à long terme, le diagnostic étiologique d’une épilepsie peut, en période néonatale, permettre d’adapter rapidement la prise en charge médicamenteuse et/ou de stopper les investigations complémentaires. Le résultat génétique doit pour cela être obtenu rapidement. Depuis début 2021, en réponse à une forte demande nous avons organisé une filière dite « d’urgence » nous permettant de rendre un résultat en 9 jours minimum (1 mois maximum) pour ce panel mais aussi en cas d’indication de séquençage d’exome en trio.

Parmi les 5 demandes reçues pour des nouveau-nés depuis l’ouverture de notre filière d’urgence, 3 ont abouti à un diagnostic (SCN2A, KCNT1, KCNQ2). Nous discuterons ces 5 résultats.

Dans le même temps le délai de rendu pour l'ensemble de la file active s'est considérablement réduit.

La publication récente d’un diagnostic génétique de déficit en vitamine B6 en moins de 18 heures chez un nouveau-né débutant une épilepsie à 5 semaines de vie laisse entrevoir une nouvelle réduction du délai de rendu avec un impact médical encore plus fort. Néanmoins, si ce rendu rapide permet une meilleure prise en charge, il réunit en un seul temps le diagnostic épileptique et le diagnostic génétique jusqu’alors révélé en des temps séparés. Les implications psychologiques de ce nouveau timing doivent être évaluées. Le bénéfice de ce progrès ne sera maximal qu’après la mise en place d’une nouvelle organisation du circuit de prise en charge.

Le syndrome de Rett est une maladie rare qui altère le développement du système nerveux, qui est liée au chromosome X, avec une prévalence d’environ 1/10 000 à 1/15000.

Cette maladie se manifeste par une déficience intellectuelle et motrice profonde. Elle est caractérisée par une période de développement apparemment normal jusqu'à l'âge de 6 à 18 mois, lorsque les capacités motrices et de communication régressent, causées par des mutations survenues dans le gène MECP2, codant pour la protéine de liaison méthyl-CpG 2.

Notre recherche rapporte une étude moléculaire via le séquençage automatique du gène MECP2 qui révèle pour la première fois, une nouvelle double mutation inhabituelle (c.695 G>T et c.880C > T) située dans une région hautement conservée du gène MECP2 affectant le domaine de répression de la transcription (TRD) de la protéine MeCP2 et provocant  pour la première fois un phénotype sévère du syndrome de Rett.

De plus, l’étude bioinformatique démontre que la nouvelle mutation identifiée, (c.695 G > T), est probablement très délétère, ce qui affecte la protéine MeCP2 et présentant notamment un impact endommageant sur l'expression du gène MECP2.

Aussi, il a été révélé que la présence de cette nouvelle mutation (c.695 G > T) affecte probablement les repliements et diminue la stabilité des différentes structures du gène MECP2.

Ainsi, le domaine TRD altéré engendre un processus perturbé des fonctions de la protéine MeCP2. Par conséquent, il s'agit de la première étude qui met en évidence une nouvelle double mutation affectant le domaine de répression de la transcription (TRD) de la protéine MeCP2 chez une patiente atteinte du syndrome de Rett avec un phénotype clinique sévère dans la région de l'Afrique du Nord.

Les troubles du neurodéveloppement regroupent des situations de handicap très variées et qui peuvent être considérablement alourdies, en particulier par une déficience intellectuelle. Plus rarement, les patients présentent au premier plan des troubles du langage. Certains troubles spécifiques du langage sont associés à une héritabilité plus importante, voire mendélienne. C’est le cas par exemple des anomalies monogéniques du gène FOXP2. La dyspraxie verbale est une entité enrichies en associations génétiques, plus ou moinns syndromiques. Notamment, la microdélétion subtélomérique 12p13.33 comprenant le gène ERC1 est associée à un trouble du langage spécifique et sévère.

Suite à l’identification d’un patient présentant une absence de langage, une déficience intellectuelle et une épilepsie non spécifique qui était porteur d’une translocation t(3 ;7) de novo interrompant le gène ERC2, un appel à collaboration a été initié. La caractérisation moléculaire des points de cassure de cette translocation avait pu être réalisée par séquençage de génome.

Il a été possible d’identifier quatre observations de patients avec des anomalies pertes de fonctions du gène ERC2. Deux patients étaient porteurs d’un variant tronquant du gène ERC2, un patient portait une délétion de 300Kb emportant les gènes ERC2 et WNT5A.

Tous présentaient, au premier plan, un retard de langage associé à une épilepsie. L’épilepsie ne rentre pas dans dans un syndrome classique et est décrite dans les éléments disponibles comme survenant dans les 3 premières années de vie, en orage, sans pharmacorésistance. Il ne semble pas émerger de dysmorphie faciale comparable entre les patients. Les données cliniques détaillées sont en cours de collection afin de préciser si possible le profils neuropsychologiques et comportementaux de ces patients.

La récurrence de variations perte de fonction de novo dans ce gène sensible à l’haploinsuffisance permet de prendre confiance dans l’implication de ce gène en maladie humaine. Cette pathologie neurodévelopmentale associe un trouble du langage sévère, une épilepsie et une déficience intellectuelle chez certains patients.

Le syndrome AIcardi-Goutières (SGA) est une interféronopathie héréditaire hétérogène rare, caractéristique de la première année de vie. Plusieurs phénotypes sont rapportés, principalement la dystonie et la spasticité, associés à des signes radiologiques à type de calcifications intracrâniennes, d'anomalies de la substance blanche et d'atrophie cérébrale. Des mutations du gène RNASEH2B sont présentes chez 36 % des patients.

 Nous avons reçus en consultation de génétique médicale une famille consanguine marocaine, avec trois enfants présentant trois tableaux cliniques différents. Leur fille ainée de 14 ans présente un retard psychomoteur avec des déformations articulaire et déficit moteur, leur cadette est une fille de 10 ans qui présente une paraplégie spastique, Alors que leur petite fille de 2 ans présente un tableau d’encéphalopathie avec des calcifications des noyaux gris centraux au scanner cerebral.

Le séquençage d’exome clinique incluant les differents gènes rapportés dans le SGA chez la petite fille, a identifié la mutation c.529G > A (p.Ala177Thr) du gène RNASEH2B confirmé par séquençage de Sanger et dont les sœurs sont porteuse également et les parents sont hétérozygotes.

La mutation c.529G > A (p.Ala177Thr) du gène RNASEH2B, est une mutation récurrente qui a été déjà rapportées chez des patients de différents origines.

Nous soulignant par cette observation l’apport de l’exome clinique comme moyen de diagnostic dans les pathologies génétiques, en particulier celles qui sont hétérogènes.

Résumé

Nous rapportons le cas d'une femme de 42 ans, présentant une dystonie cervicale mobile sporadique, d’aggravation rapidement progressive associée à une ataxie cérébelleuse.

Un séquençage ciblé réalisé 3 ans après le début des symptômes a conduit à l'identification de deux variants pathogènes composites hétérozygotes dans le gène ATP7B confirmant le diagnostic de maladie de Wilson (MW).

Les études répétitives du cuivre sérique et de la céruloplasmine se sont toujours révélées sans aucune anomalie. Le cuivre échangeable était élevé mais le cuivre échangeable relatif (REC) restait dans la fourchette normale. L'IRM cérébrale ne montrait pas les lésions classiques rencontrées dans la maladie de Wilson et l'anneau de Kayser-Fleischer était absent.

Nous soulignons l'intérêt du séquençage de nouvelle génération (NGS), notamment dans la dystonie atypique à évolution rapide chez les patients jeunes, même en cas de bilan cuprique normal et de présentation radiologique non spécifique.

Le NGS a permis de corriger le diagnostic et d'introduire un traitement spécifique.

La déficience intellectuelle (ID) est un groupe de troubles hétérogènes affectant jusqu'à 3% de la population mondiale et caractérisé par une altération significative de la cognition et du comportement qui peut être associée à d'autres caractéristiques syndromiques ou dysmorphiques. Il existe actuellement plus de 1500 gènes connus provoquant un très large éventail de phénotypes liés à la déficience intellectuelle. L'hétérogénéité des déficiences intellectuelles et la rareté de la plupart des formes rendent le diagnostic génétique difficile dans la plupart des cas. D'où le besoin d'élaborer une liste complète des gènes responsables de la déficience intellectuelle et des phénotypes associés. Orphanet; qui est le plus grand portail pour les maladies rares au monde s'est associé au Réseau européen de référence sur les malformations congénitales rares et la déficience intellectuelle rare (ERN-ITHACA) afin d'intégrer la base de données SysID et de développer, maintenir et mettre à jour une plate-forme pour les gènes causales et les phénotypes associés dans Orphanet. Cette plate-forme est actuellement en cours de développement et sera accessible au public sur la page Web d'Orphanet d'ici février 2022.

Les pertes de fonction d’UGDH ont été récemment décrites dans des cas autosomiques récessifs d'encéphalopathies épileptiques infantiles précoces (EIEE), syndrome de Jamuar (MIM #618792). Les patients rapportés avec des variations pathogéniques hétérozygotes composites ou homozygotes présentent une épilepsie pharmaco-résistante, un retard global de acquisitions, un retard ou une absence de langage, un retard moteur modéré à sévère et des anomalies structurelles à l'IRM cérébrale. Nous rapportons deux nouveaux patients porteurs de variations pathogènes d’UGDH, dont un sans EIEE.

Les deux patients ont bénéficié du séquençage d’exome en trio devant un retard des acquisitions. Des variations hétérozygotes composites d’UGDH ont été identifiées chez ces deux patients : p.[(Arg65*)];[(Arg102Trp)] (Patient 1) et p.[(Arg65*)];[(Arg135Trp)] (Patient 2). Chaque patient porte la variation non-sens récurrent p.Arg65* associée à une variation faux-sens hétérozygotes impliquant des acides aminés Arginine du domaine de liaison NAD de la protéine. Les variants faux-sens p.(Arg102Trp) et p.(Arg135Trp) touchent deux acides aminés hautement conservés et prédits pour se lier aux aspartates du domaine C-terminal de la protéine. Le patient P1 est un garçon de 2 ans présentant une EIEE pharmaco résistante, une hypotonie axiale, des signes pyramidaux, une microcéphalie, un retard sévère des acquisitions motrices, une absence de langage, des troubles de l’oralité et des mouvements anormaux sans anomalies structurelles à l'IRM cérébrale. La patiente P2 est une fille de 8 ans sans EIEE. Elle présente un retard de croissance, une déficience intellectuelle sévère, un retard de marche, une ataxie, une scoliose, un langage bi syllabique après régression à 13 mois, des troubles du comportement, des troubles du sommeil et des troubles de l’oralité.

En conclusion, nous avons identifié deux nouveaux faux-sens pathogènes proches, arginine vers tryptophane, dans le même domaine, et en trans d'une variation non-sens pathogène récurrente. Le second patient présente un syndrome UGDH atypique sans encéphalopathie infantile précoce contrairement à l’ensemble des cas rapportés dans la littérature.

Contexte : les hémorragies intracérébrales (HIC) fœtales sont des événements rares pouvant se produire dans diverses circonstances et pouvant avoir un pronostic très défavorable. Certains facteurs responsables d’une HIC fœtale sont connus comme les traumatismes maternels, la prise de certains médicaments, une thrombocytopénie alloimmune ou des anomalies de l'hémostase fœtale. De plus, des causes génétiques Mendéliennes, particulièrement dans un contexte de récurrence, ont été identifiées dans les HIC fœtales comme les mutations des gènes du collagène de type IV (COL4A1 et COL4A2). Cependant, pour la grande majorité des fœtus avec une HIC, aucune cause n'est retrouvée, excluant tout conseil génétique ou prise en charge thérapeutique adaptée pour diminuer le risque de récidive.

Partant du constat qu’une thrombocytopénie acquise comme observée dans la thrombocytopénie alloimmune fœto-maternelle (fœtal neonatal alloimmune thrombocytopenia, FNAIT) peut induire une HIC massive chez le fœtus, nous avons cherché à connaitre si des mutations dans les gènes conduisant à un trouble héréditaire des plaquettes (inherited platelet disorder, IPD) pouvaient expliquer la cause d’une HIC dans une grande cohorte de fœtus pour lesquels les causes communes d’HIC ont été exclues.

Matériel et Méthodes : sur les données de séquençage d'exome de 101 fœtus non apparentés atteints d’une HIC sévère et pour lesquels une mutation des gènes COL4A1 et COL4A2 ou une FNAIT ont été exclues, nous avons étudié la présence de variants dans une liste de 64 gènes connus pour être impliqués dans un IPD. Les variants ont été classés selon les critères de l'ACMG.

Résultats : nous avons identifié deux variants pathogènes bialléliques dans le gène MPL chez deux fœtus atteints d'une famille de six individus. Nous avons également trouvé un variant pathogène dans le gène MECOM dans une autre famille avec également deux fœtus atteints, tous deux montrant une variabilité phénotypique à l'examen foetopathologique. Les gènes MPL et MECOM sont impliqués dans la mégacaryopoïèse précoce et leurs mutations entraînent une thrombocytopénie profonde. D'autres variants prédits comme pathogènes ont été détectés dans les autres gènes IPD mais n'ont pas été considérés comme causaux, suggérant que d'autres mécanismes sont impliqués dans l'HIC fœtale, du moins dans notre cohorte.

Conclusion : notre étude souligne l’existence d’une hétérogénéité génétique dans les HIC fœtales et la nécessité d'inclure le criblage moléculaire des gènes impliqués dans les troubles héréditaires plaquettaires tels que les gènes MPL et MECOM dans la recherche étiologique d’une HIC fœtale.

Les variations en nombre de copies (CNVs) et les variants communs confèrent un risque pour les troubles neurodeveloppementaux (TNDs). Des modèles basés sur un effet additif ont été développés afin de quantifier l’impact des CNVs sur la cognition et leur risque d’association avec un TND (Odd-ratio). Ces modèles combinent les gènes contenus dans les CNVs et les variants utilisés pour construire les scores polygéniques [1]. Cependant, les effets potentiels des CNVs sur le cerveau - plus précisément sur la connectivité cérébrale - restent largement inconnus. Si le comportement humain est sous-tendu par les réseaux de connectivité cérébrale, l’effet des variants génétiques sur la connectivité fonctionnelle (FC) devrait être proportionnel à leur effet sur la cognition. Dans cette étude, nous avons estimé et comparé les effets sur la FC de 1) facteurs de risque génétiques pour les TNDs, 2) conditions psychiatriques idiopathiques, 3) traits comportementaux. Nous avons également investigué la relation entre les impacts des variants génétiques sur la cognition et sur la FC.

Pour ce faire, nous avons analysé des données d’imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle au repos provenant de 9 jeux de données indépendants (UK-Biobank[2], ABIDE1[3], ADHD-200[4], CNP[5], Montreal rare genomic disorder family project [1], Simons Variation in Individuals Project[6] , Define Neuropsychiatric-CNVs Project, UCLA, et un jeux de données regroupant 10 études sur la schizophrénie [7, 8]. 33 ‘connectome-wide association studies’ ont été réalisées sur 16 CNVs, 7 PRS, 3 traits et 4 conditions psychiatriques sur la FC. Nous avons inclus 1005 individus porteurs de CNVs, 778 individus avec une condition psychiatrique, et 31207 individus sans diagnostic psychiatrique avéré.

Les résultats ont montré que les tailles d’effets sur la FC étaient plus élevées pour les CNVs associés au TNDs (valeurs beta entre 0.2 to 0.65 z-score) suivi par les conditions psychiatriques (0.15 to 0.42 z-score), les traits comportementaux (0.02 to 0.03 z-score), et enfin les PRS (0.01 to 0.02 z-score). 

Les tailles d’effet des CNVs sur la FC étaient corrélées à leur effets sur la cognition et l’odd-ratio pour les TNDs (r=0.86, p=2.07e-05). Cependant, cette taille d’effet normalisée par un score de sévérité [1] diminuait en fonction de la taille du CNVs (r=-0.88, p=6.9e-06). De manière similaire, les PRS ont un effet disproportionnellement faible sur la FC, comparé au CNVs qui confèrent un risque similaire pour les conditions psychiatriques.

En conclusion, avec une approche purement catégorielle de la psychiatrie, l’hétérogénéité génétique rend difficile notre capacité à détecter des altérations de connectivité cérébrale sous-tendant des symptômes. Il nous semble donc indispensable de suivre les recommandations de Research Domain Criteria (RDoC) du NIMH afin de définir des scores quantitatifs pertinents pour prendre en compte la diversité des patients.

(Voir bibliographie dans le document word attaché)

Les paraplégies spastiques héréditaires sont un groupe de maladies neurodégénératives rares, et hétérogènes sur le plan génétique, avec plus de 70 gènes impliqués. Les variants dans SPAST sont l’étiologie la plus fréquente, et sont responsables de la paraplégie spastique de type 4 ou SPG4 (spastic paraplegia type 4). L’âge de début peut varier, même au sein d’une même famille, et des cas de pénétrance incomplète ont été décrits. Le mosaïcisme somatique est un évènement extrêmement rare pour ce gène, a été décrit chez seulement 3 patients dans la littérature. Nous rapportons ici une série de 4 patients présentant des variants dans SPAST en mosaïque, et confirmons que le mosaïcisme somatique dans SPAST est un évènement rare, mais néanmoins à ne pas méconnaître en raison des conséquences pour le conseil génétique.

L’autophagie est un processus cellulaire très conservé qui consiste en la dégradation de composants intracellulaires par l’autolysosome. Ce mécanisme, essentiel au maintien de l’homéostasie, est particulièrement important dans les neurones qui, de par leur nature post-mitotique, sont très sensibles à l’accumulation de protéines toxiques et d’organites non-fonctionnels. De nombreuses pathologies neuro-développementales ont été associées à des mutations de gènes impliqués dans le système autophagique. Parmi ces derniers, le gène SNX14 codant pour une protéine membranaire impliquée dans le trafic intracellulaire a notamment été associé à l’ataxie spinocérébelleuse de type 20 (SCAR20 ; OMIM#616354). La protéine SNX14 jouerait un rôle dans les processus d’endocytose et d’autophagie, en permettant notamment la liaison des gouttelettes lipidiques au réticulum endoplasmique ainsi que la fusion lysosome-autophagosome.

Nous décrivons ici un nouveau variant homozygote du gène SNX14 (NM_153816 c.550-2A > G, p.Val184*) chez un patient, issu de parents consanguins tous deux porteurs du variant à l’état hétérozygote. Ce patient présente une déficience intellectuelle très sévère et un important retard de développement associés à un faciès grossier, une atrophie cérébelleuse, une surdité et une hypoplasie papillaire.

Les études moléculaires que nous avons réalisées montrent que ce variant du gène SNX14, localisé au niveau du site accepteur d’épissage de l’exon 7, conduit à un saut de cet exon et à l’apparition d’un codon stop prématuré au niveau du transcrit. L’analyse des fibroblastes du patient montrent également une absence totale de la protéine normale et, comme dans la littérature, un élargissement des lysosomes compatible avec le rôle présumé de SNX14.

En conclusion, les résultats de nos études moléculaire et fonctionnelle sur les cellules du patient ainsi que les signes cliniques observés chez celui-ci permettent de confirmer l’implication du variant dans la pathologie.

Introduction : Dans la maladie de Huntington (MH) est fréquemment observée une hyperhomocystéinémie liée à une carence en vitamines B ou au rôle propre de la huntingtine dans le cycle des monocarbones.

Objectif : Évaluer si les carences en vitamines B et/ou l’hyperhomocystéinémie sont associées à la gravité de la MH en termes de précocité et de sévérité des symptômes.

Méthodes : 36 patients suivis au CHRU de Nancy ont été inclus de façon prospective de janvier à juin 2020. Nous avons collecté des données cliniques (âge de début, durée d’évolution de la maladie, UHDRS), génétiques (nombre de triplets CAG) et biochimiques (vitamines B6, B9, B12 et homocystéine). Nous avons défini les troubles du métabolisme des monocarbones (TMM) par une hyperhomocystéinémie (μmol/L > 15) ou par une carence en vitamine B6 (nmol/L < 20), B9 (nmol/L < 270) ou B12 (pmol/L < 150).

Résultats : 14 patients présentaient des troubles du métabolisme des monocarbones (patients TMM+) (9 hyperhomocystéinémies, 4 carences en vitamine B6 et 3 carences en vitamine B12). L’âge moyen de début des symptômes était de 41,9±11,7 ans dans le groupe TMM+ contre 47,4±11,0 ans dans le groupe TMM- ; le ratio moyen UHDRS/Durée d’évolution était de 4,66±2,5 (TMM+) contre 3,16±2,37 (TMM-). Le nombre de répétitions CAG était comparable dans les 2 groupes (44,5±3,5 vs 43,9±3,25).

Discussion : Nous avons mis en évidence que la prévalence de l’hyperhomocystéinémie et des carences en vitamines B était forte dans cette population avec une estimation à 39%. Les résultats suggèrent que ces troubles pourraient être des facteurs de gravité de la MH et pourraient expliquer en partie la grande variabilité phénotypique de la maladie, indépendamment du nombre de triplets CAG.

Conclusion : Le dépistage des carences vitaminiques dans la MH, simple de réalisation, devrait être systématique.  Traiter ces carences pourrait potentiellement améliorer l’état clinique et le pronostic des patients.

Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a neurodegenerative disease characterized by the degeneration of motor neurons containing protein aggregates rich in ubiquitin and ubiquitin-like proteins. Molecular pathways leading to these aggregates remain incompletely understood and possible implication of pathways related to protein regulation and degradation must be investigated, such as the Ubiquitin (Ub)/SUMO pathways. Mice expressing human NEDL1 protein, an E3 HECT ubiquitin ligase encoded by HECW1 gene, show ALS-like symptoms such as muscle atrophy and motoneuron degeneration (Zhang et al. 2011). We studied a French population of patients with familial or sporadic ALS (Center of Reference on motor neuron diseases and ALS, Tours Hospital) using targeted Next Generation Sequencing (NGS). We analyzed 30 genes already implicated in ALS and new candidate genes of the Ub/SUMO pathways, such as HECW1. We observed a new heterozygous mutation in HECW1 (p.R1442C) in a patient. This variant is predicted deleterious and has not been found in the French control individuals. It is located in the catalytic domain HECT highly conserved during evolution. Using RT-qPCR we described that NEDL1 is highly expressed in CNS in mice. We also showed by flow cytometry using propidium iodide that its overexpression in HEK293T cells increases cell death. Interestingly, NEDL1 is capable to ubiquitinate and degrade mutant forms of SOD1 protein (Miyazaki et al. 2004). SOD1 is one of the major genes in ALS.  We believe that genetic variants in the functional domain of NEDL1 could have a direct impact on the homeostasis of key proteins in ALS, such as SOD1, and thus could play a role in the pathophysiology of the disease.

Introduction

La schizophrénie est un trouble psychotique complexe qui affecte environ 1% de la population générale dans le monde. Les interactions entre les facteurs environnementaux et la vulnérabilité génétique ont été émises comme des facteurs étiologiques de cette maladie. Plusieurs études ont démontré que l'allèle 677T du gène MTHFR était associé à des niveaux élevés d'homocystéine et de faibles taux plasmatiques de folates et de vitamine B12. De même, le polymorphisme Insertion (I) / Délétion (D) du gène codant l'ACE semble impliqué puisque l'activité de l'enzyme de conversion de l'angiotensine dans différentes régions du cerveau de patients atteints de schizophrénie est augmentée.

Nous avons voulu par ce travail, rechercher une éventuelle relation entre le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR et le taux plasmatique d’homocystéine d’une part et  polymorphisme Insertion (I) / Délétion (D) du gène codant l'ACE et l'activité de l'enzyme de conversion de l'angiotensine d’autre part dans une population de schizophrène de l’Est algérien.

Patients et méthodes

Notre étude a porté sur 114 témoins et 42 schizophrènes. La recherche du polymorphisme I/D du gène de l’ACE a été réalisé par une simple PCR suivie d’une séparation des produits de PCR par une électrophorèse sur gel d’agarose et La mutation C677T du gène de la MTHFR a été détectée par PCR /RFLP en utilisant l'enzyme de restriction Hinf I.

Résultats et discussion

Nos résultats ont montré une association significative entre le sexe masculin (82.14%), le tabagisme (69.77% vs 46.55%), la prise de cannabis (39.95% vs 00%), la morbidité familiale (56.86% vs7.41%) et les taux plasmatiques de folates. Cependant les taux de Vitamine B12 et d’homocystéine n’ont montré aucune association avec la schizophrénie.

Nous avons également retrouvé une forte association entre le génotype homozygote muté TT du gène de la MTHFR (57.14 % vs 5.36 %) et la schizophrénie avec des odds ratios des génotypes TT vs CC=30.87 IC (7.21-153.23)p<0.00001 et TT+CT vs CC=9.16IC(3.47-24.78) p<0.00001.

Les fréquences génotypiques du polymorphisme I/D du gène de l’ACE étaient comme suit : 13.33 % vs 40.35%, sont hétérozygotes ID, 66.66% vs 51.75% sont homozygotes DD et 13.33 % vs 5.26% sont des homozygotes II respectivement chez les malades et les témoins. L’odds ratios I/I vs DD est non significative 1.97 (0.50-7.69) avec une p=0.21, par contre l’odds ratios I/I+ID vs DD est proche de la significativité 0.45 (0.20-1.04) avec une p=0.06.

Conclusion

Nos résultats ont montré que le génotype TT du gène de la MTHFR était un facteur de risque de développement de la maladie, cependant  aucune association entre le polymorphisme I/D de l’ACE et la susceptibilité à la schizophrénie n'a été révélée. D’autres études sur des  échantillons plus larges sont nécessaires pour confirmer cette constatation.

Objective

The aim of the work is to identify new genes involved in autosomal recessive (AR) early-onset (EO, > 40 years) Parkinson disease (PD), using consanguineous PD families and applying genotyping on DNA microarrays and NGS technologies.

Background

Parkinson disease (PD) affects 1% of the population above 65 years. It is characterized by the triad of symptoms: tremor, rigidity, and bradykinesia. To date, more than 10 validated genes have been identified, associated with either autosomal dominant (AD) or recessive (AR) forms of PD. However, the identified genes associated with EO AR PD only explain 45%, other genes remain to be discovered.

Material and Methods

We selected 86 families (94 individuals) that fulfilled the following criteria:

•             Age at onset ≤55 years

•             Confirmed consanguinity

•             Excluded for mutations in known AR PD associated-genes

We performed exome sequencing and looked for rare homozygous variants, predicted to be pathogenic and rare in the public databases (MAF < 1%).

Results

Using a series of 86 families with confirmed consanguinity, we looked for homozygous loss of function or missense mutations predicted deleterious in region of loss of homozygosity. Then we first focused on variant shared by at least two families. We identified mutations in PSMF1 an interactor of FBXO7. In one families, it remains only this variant moreover both mutations code for amino acid highly conserved upon evolution.

Most of the candidate’s genes are private genes highlighting genetic heterogeneity of PD. Therefore, in a second time we hypothesized that some candidate’s genes can be involved in a common pathway. Using ClusterProfiler we performed GO term enrichment analyses, then we were able to grouped together some genes and were able to see an statistical enrichment in autophagy pathway.

Conclusions

We identified a strong candidate gene for AR-PD: PSMF1. Further functional data are needed to strengthen the role of this gene in PD, possibly affecting the proteasome activity and α-synucleine aggregation. We will also continue to investigate pathway analyses in order to identify candidates for PD in our families.

GCH1 code pour la GTP cyclohydrolase I et a été historiquement associé à deux pathologies : les variations bi-alléliques à l'hyperphénylalaninémie B (MIM #233910) avec déficit en tétrahydrobioptérine (BH4) tandis que des variations hétérozygotes provoquent une dystonie dopa-sensible (DRD) autosomique dominante. Plus récemment, trois rapports ont associé la paraplégie spastique à des variations hétérozygotes rares dans GCH1.

Nous rapportons ici le cas d'une femme de 42 ans chez qui une paraplégie spastique héréditaire a été diagnostiquée dans la petite enfance. L'analyse par séquençage haut-débit d'un panel de 4490 gènes a identifié une variation hétérozygote dans l'exon 5 de GCH1 : NM_000161.2:c.607G > A p.(Gly203Arg) considéré comme pathogène. Le liquide céphalo-rachidien a confirmé un faible taux de ptérines et une diminution des métabolites catécholaminergiques et sérotoninergiques habituellement associés au déficit en GTPCH. L’introduction progressive de L-dopa a permi une amélioration rapide de la symptomatologie. A ce jour, la patiente reste dépendante d'un fauteuil roulant mais est maintenant capable de se tenir debout alors qu'elle avait complètement perdu cette capacité depuis l'adolescence. 

Ce cas apporte une confirmation supplémentaire à l'implication de GCH1 dans la paraplégie spastique, portant à neuf le nombre de patients rapportés. Cette situation inhabituelle représente une rare opportunité de traitement dans le groupe des paraplégies spastiques. Elle met en évidence l'utilité des tests cliniques d'exome ou de grands panels dans les présentations neurologiques complexes.

Contexte: Les diagnostics de maladies neurologiques se sont affinés et précisés permettant ainsi une diminution de l’errance diagnostique. Malgré l’émergence des thérapies innovantes, la majorité de ces maladies demeurent chroniques, évolutives et sans traitement curatif. Dans ce contexte, l’annonce diagnostique représente un moment fondateur, durablement gravé en mémoire qui signe une rupture dans la vie des patients, aussi bien sur le plan physique que psychique. Cette annonce impacte également la relation au médecin et le parcours de soin tout au long de l’évolution de la maladie (Delaporte, 2001; Gargiulo et al., 2019). Pourtant, la majorité des études s’appuie sur un recueil de données qualitatives limité (Street, 2009), lesquelles ne permettent pas d’identifier la dynamique relationnelle entre le médecin et le patient au moment de l’annonce du diagnostic.

Objectifs : Notre recherche s’inscrit dans une thèse de doctorat en psychologie comprenant notamment une étude prospective composée de n= 20 consultations d’annonce qui  vise à : (a) étudier les processus communicationnels entre médecins et patients ; (b) revisiter le vécu et la compréhension des médecins le jour de l’annonce ; (c) explorer le vécu et la compréhension de l’information des patients 3 mois après l’annonce. Nous proposons pour cette communication d’illustrer ce volet par le moyen d’un cas clinique permettant d’éclairer les processus communicationnels en jeu au moment de l’annonce.

Méthodologie : Nous nous appuyons sur une méthodologie qualitative qui comprend : (T1) l’enregistrement écologique des consultations d’annonce, soumise à une analyse conversationnelle ; (T2) des entretiens semi-directifs avec les médecins-annonceurs puis avec les patients. Ces entretiens sont étudiés à partir d’une analyse thématique.

Résultats : Nous présentons une étude de cas qui porte sur l’annonce d’une Ataxie de Friedreich à une jeune femme de 20 ans, accompagnée de sa mère. Nous mettons en évidence les multiples annonces diagnostiques qu’implique l’annonce d’un diagnostic génétique inattendu, incluant l’annonce principale de la maladie, la dimension génétique autosomique récessive impliquant les deux parents et le risque de transmission dans la fratrie. Ensuite, nous soulignons l’écart des représentations de la maladie et des préoccupations entre médecins et patients, le premier se centrant sur le parcours de soin et le second sur les effets de la maladie dans le quotidien.

Conclusion : L’imbrication des différentes annonces -le nom de la maladie, le mode de transmission et le risque pour la fratrie- contribue à l’émergence de perturbations dans la communication entre les trois protagonistes de la consultation. En effet, la compréhension mutuelle entre patient et médecin est entravée par la dissonance entre, d’un côté, la contrainte du médecin à délivrer un nombre important d’informations au regard de son obligation légale, et de l’autre, la capacité du patient à les assimiler ce jour-là.

In our previous study, in which array-CGH was used on 19 Lebanese ASD subjects and their parents, we have identified rare copy number variants (CNVs) in 14 subjects and the five remaining subjects did not show any CNV related to autism spectrum disorders (ASD). In the present complementary study, we applied whole-exome sequencing (WES) which allows the identification of rare genetic variations such as single nucleotide variations and small insertions/deletions, to the five negative CNV subjects. After applying a stringent filtering on the initial data of the five families, three novel genes potentially related to neurodevelopment were identified including a de novo mutation in the MIS18 Binding Protein 1 gene (MIS18BP1), coding for a protein known for the recruitment of CENPA to centromeres and normal chromosome segregation during mitosis. In addition, genes already known as related to ASD contained sequence variations. Furthermore, we studied the expression of the MIS18BP1 gene in mice at different stages of development by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Our findings outline the potential involvement of the MIS18BP1 gene in the genetic etiology and pathophysiology of ASD and highlights the genetic complexity of these disorders. Further studies with larger cohorts of subjects are needed to confirm these observations and functional analyses need to be performed to understand the precise pathophysiology in these cases. 

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurologique rare qui entraîne une dégénérescence des motoneurones supérieurs et inférieurs et de leurs axones. La SLA est le plus souvent sporadique, mais il existe des formes familiales.

Dans plus de la moitié des formes familiales, un variant pathogène est trouvé dans l'un des gènes suivants : C9ORF72, SOD1, TDP-43, FUS et VCP.

SOD1 est le 2ème gène le plus fréquemment impliqué dans les formes génétiques de la SLA. Des relations génotype-phénotype sont occasionnellement établies dans les formes génétiques de SLA associées aux variants pathogènes des mutations de SOD1. Le variant c.281G > T (p. [G93V]) de SOD1 est associé à un phénomène d'anticipation rarement décrit et inexpliqué.

Nous rapportons une grande famille martiniquaise chez qui la SLA est associée à un variant pathogène c.281G > T (p.[G93V]) dans SOD1 et à une anticipation statistiquement suggérée.

Les variants pathogènes des gènes ATXN2 et C9ORF72 ayant été exclus, une étude de l'exome entier couplé à la détection de CNVs de 3 membres affectés de cette famille a été réalisée. Nous avons employé la méthode dite «CoDESeq» pour Copy number variation Detection and Exome Sequencing.

Cette méthode a permis de mettre en évidence des variants de signification incertaine (VUS) dans des gènes de prédisposition de la SLA. Des VUS dans DCTN1 et NEFH étaient présents chez les patients de la 2ème génération, et des CNVs impliquant UBQLN2 et C21orf2 ont été trouvés chez le plus jeune cas de la famille.

Cette étude inspirée d’une observation originale a fait l’objet d’une récente publication dans Amyotroph Lateral Scler Frontotemporal Degener. 2021 Mar 23;1-7 que nous souhaitons partager par une communication aux assises de génétiques 2022 à Rennes.

Les répétitions en tandems représentent 10 % du génome humain. Elles sont hautement polymorphiques et peuvent devenir très instables suivant leur taille. Au-delà d’un seuil propre à chaque répétition, une pathologie apparaît qui affecte très souvent le système nerveux central. Ces répétions sont instables au delà d’un seuil et constituent des expansions qui tendent à augmenter de taille de génération en génération. Une des nombreuses maladies neurologiques impliquées est la maladie de Parkinson (MP) pour laquelle ces expansions constituent un facteur de risque. La MP est caractérisée par une triade de symptômes associant akinésie, rigidité et tremblement de repos, due à une dégénérescence des neurones dopaminergiques de la substance noire. Le séquençage haut débit des exons (séquençage d’exome) joue un rôle important dans l’identification des formes monogéniques de MP et permet la détection de différents type d’anomalies (variant ponctuel, remaniement chromosomique et expansion de triplets). Des expansions de séquences répétées chez des patients atteints de la MP ont été trouvées dans les gènes ATXN2 (CAG, exonique), ATXN3 (CAG, exonique), C9ORF72 (GGGGCC, 5’UTR intronique), TBP (CAG, exonique) et dernièrement dans le gène NOTCH2NLC (CGG, 5’UTR/exon1). Dans ce contexte, nous avons analysé les données de séquençage d’exome de notre cohorte de patients atteints de la MP enrichie en formes familiales et précoces, après screening des gènes majeurs de la MP, à l’aide du logiciel ExpansionHunter. Il permet d’estimer la taille des répétitions dans les gènes cibles avec un intervalle de confiance. Les résultats ont ensuite été validés par Repeat Primed PCR. Notre cohorte est constituée de 694 exomes de patients réalisés avec les kits Rochev3 (256), MedExome (204) ou Twist (404). La couverture moyenne pour le gène ATXN2 est de 50X (sd=47X). Notre analyse bio-informatique a permis d’identifier 5 patients dont la taille de l’expansion était située dans un intervalle de confiance pathologique ( > 32 répétitions CAG) pour le gène ATXN2 dont 2 appartenant à la même famille. Pour le gène ATXN3, la couverture moyenne est de 32X (sd=19X), 1 patient présentait une expansion dont la taille était située dans un intervalle de confiance pathologique ( > 55 répétitions CAG). La couverture moyenne de C9ORF72, TBP, NOTCH2NLC n’a pas permis d’utiliser ExpansionHunter pour ces gènes. Ces résultats préliminaires permettent de démontrer l’applicabilité de la détection bioinformatique d’expansions connues dans les données de séquençage d’exome chez des patients atteints de la MP. D’autres analyses sont en cours pour la détection d’expansions de novo dans des gènes non connus dans cette même cohorte.

Maha Dahawi1,2, Mohamed S. Elmagzoub3,4, Elhami A. Ahmed5,6, Sara Baldassari1,Guillaume Achaz7,8,9, Fatima A. Elmugadam6, Wasma A. Abdelgadir10, Stéphanie Baulac1,Julien Buratti11, Omer Abdalla2, Sahar Gamil12, Maha Alzubeir6,13, Rayan Abubakr6,Eric Noé1,14, Liena Elsayed6,15, Ammar E. Ahmed2,13 and Eric Leguern1,11*

Background: Genetic generalized epilepsies (GGE) including childhood absence epilepsy (CAE), juvenile absence epilepsy (JAE), juvenile myoclonic epilepsy (JME), and GGE with tonic-clonic seizures alone (GGE-TCS), are common types of epilepsy mostly determined by a polygenic mode of inheritance. Recent studies showed that susceptibility genes for GGE are numerous, and their variants rare, challenging
their identification. In this study, we aimed to assess GGE genetic etiology in a Sudanese population.
Methods: We performed whole-exome sequencing (WES) on DNA of 40 patients from 20 Sudanese families with GGE searching for candidate susceptibility variants, which were prioritized by CADD software and functional features of the corresponding gene. We assessed their segregation in 138 individuals and performed genotype–phenotype correlations.
Results: In a family including three sibs with GGE-TCS, we identified a rare missense variant in ADGRV1 encoding an adhesion G protein-coupled receptor V1, which was already involved in the autosomal recessive Usher type C syndrome. In addition, five other ADGRV1 rare missense variants were identified in four additional families and absent from 119 Sudanese controls. In one of these families, an ADGRV1 variant was found at a homozygous state, in a female more severely affected than her heterozygous brother, suggesting a gene dosage effect. In the five families, GGE phenotype was statistically associated with ADGRV1 variants (0R = 0.9 103).
Conclusion: This study highly supports, for the first time, the involvement of ADGRV1 missense variants in familial GGE and that ADGRV1 is a susceptibility gene for CAE/JAE and GGE-TCS phenotypes

Intro/contexte :

Le gène MAN2B1 code pour l’alpha-mannosidase, une enzyme lysosomale qui hydrolyse des résidus terminaux non réducteurs d'alpha-D-mannose dans les alpha-D-mannosides. Les mutations du gène MAN2B1 sont responsables d’alpha-mannosidose, une maladie récessive de surcharge lysosomale caractérisée par une immunodéficience, une dysmorphie faciale, des anomalies squelettiques, une déficience auditive et intellectuelle, ainsi qu’une ataxie cérébelleuse plus tardive (Berg et al. 1999).

Méthode :

Dans le cadre d’un criblage génétique par séquençage d’exome, nous avons identifié des variants pathogènes chez 3 patients issus de deux familles distinctes. Les variants avec une fréquence allélique > 1.2% ont été exclus. L’analyse des CNV a été réalisée à l’aide de MobiCNV permettant la comparaison intra-run des ratios de couverture, exon par exon.

Résultats :

Famille A : Nous avons identifié 2 variants du gène MAN2B1 chez un patient de 40 ans présentant une ataxie cérébelleuse lentement progressive, associée à une pancytopénie (Hb :4,04 g/dL, plaquettes : 56 G/L et GB :1,8 G/L), un déficit immunitaire et une splénomégalie, et ayant comme antécédents pédiatriques un retard psychomoteur (marche à 18 mois), un léger retard mental et une surdité. Le variant c.2437-2G > A, responsable de la destruction du site accepteur d’épissage de l’exon 21 était situé en trans d’un variant faux-sens p.Glu402Lys déjà décrit (Berg et al. 1999) et classé bénin car en cis d’une mutation d’’épissage. Des études fonctionnelles in vitro réalisées par mutagenèse sur des cellules COS montraient que l’activité de l’enzyme mutante p.Glu402Lys représentait 30 à 40 % celle de l’enzyme sauvage, tandis qu’une absence d’activité a été observée pour la majorité des autres mutations testées. Ces résultats ont conduit les auteurs à classer le variant p.Glu402Lys comme probablement bénin (Hansen et al. 2004).

Famille B : Nous avons identifié une mutation faux-sens p.His901Arg en trans d’une délétion de 579 nt (c.2437-300_2716del) dans le gène MAN2B1 chez 2 enfants (6 et 3 ans) issus d’une même fratrie et adressés pour surdité congénitale, retard psychomoteur et troubles de l’équilibre.

Les dosages biochimiques rétrospectifs de l’activité alpha-mannosidase leucocytaire chez nos 3 patients ont confirmer le diagnostic d’alpha-mannosidose devant une activité enzymatique quasi nulle (Famille A : 0.41 mkat/kg; Famille B : 0.20 mkat/kg; Normale :14-66 mkat/kg).

Discussion :

Nous présentons ici 3 patients atteints d’une forme modérée d’alpha-mannosidose. Nous confirmons la pathogénicité du variant p.Glu402Lys initialement reporté comme probablement bénin devant son faible impact sur l’activité enzymatique (Hansen et al. 2004). Devant l’atteinte clinique modérée des patients, nous avons été surpris par les résultats de dosage de l’activité enzymatique alpha-mannosidase quasi nulle. Ces deux cas permettent d’illustrer l’absence de corrélation clinico-moléculaire déjà connue (Borgwardt et al. 2015).