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Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs

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10:00 - 11:00 #27891 - P003 BAP1 : un gène de prédisposition aux cancers impliqué dans un trouble du neurodéveloppement.

BAP1 : un gène de prédisposition aux cancers impliqué dans un trouble du neurodéveloppement.

Contexte : BAP1 (BRCA1-Associated Protein 1) est un gène suppresseur de tumeur. A l’état constitutionnel, des variants avec perte de fonction prédisposent à un syndrome tumoral (mélanome et cancer du rein).

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale, nous avons recruté 11 individus atteints d’un trouble du neurodéveloppement, porteurs d’un variant hétérozygote faux-sens de novo de BAP1, probablement pathogène et affectant le domaine catalytique de la protéine dans 10/11 cas. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'impact des variants sur la stabilité et l'activité déubiquitinase de BAP1, en testant la restauration par transfection de constructions ADNc sauvages et mutantes de BAP1. Des analyses par CHiP-Seq des cellules mononucléées sanguines ont permis de déterminer l’impact épigénétique des variants.

Résultats : L'analyse fonctionnelle a révélé que les variants faux-sens de BAP1 localisés dans le domaine catalytique altèrent la déubiquitination de l’histone H2A dans le modèle cellulaire et dans les cellules T isolées des enfants atteints, suggérant ainsi une perte de fonction de BAP1. L’analyse par ChIP-seq de l'acétylation de l'histone H3 K27 a indiqué que les variants de BAP1 induisent des modifications de l'état de la chromatine à l'échelle du génome, avec un enrichissement en gènes appartenant au système ubiquitine-protéasome.

Conclusions : Ces résultats permettent de définir un nouveau syndrome en lien avec des variants faux-sens de BAP1. Ces variants modifient le remodelage de la chromatine par une ubiquitination anormale des histones et entraînent une probable dérégulation transcriptionnelle de nombreux gènes du développement. BAP1 fait désormais partie des rares exemples de gènes dont différents variants peuvent entraîner à l’état constitutionnel soit un trouble du développement, soit une prédisposition tumorale.

Sébastien KÜRY (NANTES), Frédéric EBSTEIN, Alice MOLLE, Thomas BESNARD, Ming-Kang LEE, Virginie VIGNARD, Tiphaine HERY, Mathilde NIZON, Grazia M.s. MANCINI, Jacques C. GILTAY, Benjamin COGNE, Kirsty MC WALTER, Wallid DEB, Hagar MOR SHAKED, Hong LI, Cathy STEVENS, Jonathan A. BERNSTEIN, Eliana KOVITCH, Vandana SHASHI, Kelly SCHOCH, Diseases Network UNDIAGNOSED, Richard H. VAN JAARSVELD, Anna C.e. HURST, Emílie VYHNALKOVA, Lukas RYBA, Capucine DELNATTE, Dominique BONNEAU, Annick TOUTAIN, Jill A. ROSENFELD, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sylve ODENT, Frédéric LAUMONNIER, Seth I. BERGER, Ann C.m. SMITH, Marc-Henri STERN, Consortium BAP1, Richard REDON, Elke KRÜGER, Raphaël MARGUERON, Stéphane BEZIEAU, Jeremie POSCHMANN, Bertrand ISIDOR

10:00 - 11:00 #27988 - P008 Intérêt du séquençage d’exome dans les troubles spécifiques du langage et des apprentissages non syndromique : Une Etude Pilote.

Intérêt du séquençage d’exome dans les troubles spécifiques du langage et des apprentissages non syndromique : Une Etude Pilote.

Introduction

Les troubles spécifiques du langage et des apprentissages (TSLA) touchent environ 5 à 10 % des enfants en âge scolaire, soit un à 2 enfant par classe (source : site du ministère de la santé et des solidarités). Ils correspondent à une atteinte d’une fonction cognitive spécifiques et sont divisés en 5 catégories : la dyslexie, la dysphasie, la dyspraxie, la dyscalculie et le TDAH (DSM-5). De réelles avancées de diagnostics cliniques et de prise en charge ont eu lieu ces dernières années grâce à une meilleure description de ces troubles dans le DSM-5 et l’avènement des prises en charge rééducationnelles (neuropsychologie, orthophonie, ergothérapie, orthoptie, etc).

En France, en l’absence de diagnostic syndromique évident, une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) peut être proposée, plus ou moins associé chez les filles à la recherche d’un syndrome de l’X fragile. Néanmoins, les exemples de gènes décrits dans la DI et également décrits chez des patients avec TSLA se multiplient. Quelques équipes internationales ont proposé une analyse d’exome chez les enfants ou adultes présentant des TSLA sévères, et identifient un certain pourcentage de patients avec une maladie monogénique, dans des formes familiales ou sporadique.

Matériel et Méthodes

Dans ce contexte, nous avons initié un projet pilote dans le cadre du soin, visant à proposer une analyse d’exome chez les enfants ou adultes adressés en consultation de génétique pour bilan de TSLA sévères bien documentés. Une approche en trio est proposée pour les cas sporadiques et une approche d’apparentés distants pour les cas familiaux.

Résultats

A ce jour, 40 patients ont été inclus, 26 cas sporadiques, 14 formes familiales. Tous les patients présentent une atteinte multidys, à l’exception de 4, qui présentent un TSLA simple. 20 patients présentent également un trouble déficit de l’attention avec hyperactivité. Parmi les 25 patients analysés, des variations probablement pathogènes ont été identifiées chez 2 patients (gène CDK13 et SMARCC2) et des variations de signification inconnue dans des gènes d’intérêt ont été identifiés chez 9 patients (CACNA1E, SCN8A, SMC3, HCN1, CREBBP, HIVEP2, MED12, JMJD1C, CLIC2, TRAPP et GRIN2B).  Un bilan neuropsychologique est proposé au parent porteur de la variation candidate le cas échéant en l’absence de phénotype de TSLA sévère à l’interrogatoire, pour aider à la classification des variations.

Discussion

Les gènes identifiés sont des gènes d’expression cérébrale mais impliqués dans des phénotypes habituellement plus sévères, en faveur d’un élargissement du spectre phénotypique, ou des gènes non OMIM morbide. Ces résultats préliminaires suggèrent également un taux diagnostic supérieur chez les patients multidys ou présentant des troubles du comportement associés. L’augmentation du nombre de patients étudiés pourra permettre d’affiner ces résultats, et de déterminer la place à donner au séquençage de l’exome dans les TSLA.

Eléonore VIORA-DUPONT (Dijon), Julian DELANNE, Aurore GARDE, Sophie NAMBOT, Estelle COLIN, Marie BOURNEZ, Céline BERNARD, Marie-Laure HUMBERT, Anne-Sophie BRIFFAUT, Patrick CALLIER, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Nathalie MARLE, Fréderic TRAN-MAU-THEM  , Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Hana SAFRAOU, Antonio VITOBELLO, Ange-Line BRUEL, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE

10:00 - 11:00 #28364 - P013 Des mutations de PQBP1 dérégulent l'expression d'un autre gène de déficience intellectuelle liée à l'X, UPF3B.

Des mutations de PQBP1 dérégulent l'expression d'un autre gène de déficience intellectuelle liée à l'X, UPF3B.

Des mutations du gène PQBP1 (Polyglutamine-binding protein 1) sont responsables d’une forme de déficience intellectuelle (DI) liée à l'X, le syndrome de Renpenning. PQBP1 code une protéine impliquée dans la régulation de l’expression des gènes au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel. Pour étudier les conséquences des mutations dans PQBP1, nous avons réalisé des études transcriptomiques dans 1) des lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCL) de patients portant des variants pathogènes de PQBP1 et 2) dans des cellules souches neurales humaines (hNSC) où PQBP1 a été inactivé (knock-down, KD) avec un siRNA. Ceci a conduit à l'identification d'une centaine de gènes dont l'expression est dérégulée. En particulier, nous avons identifié une augmentation de l'expression d'une isoforme non canonique d'un autre gène de DI lié à l'X, UPF3B_S. 

UPF3B joue un rôle crucial au cours du développement du cerveau et est un acteur important du système NMD (Nonsense mRNA Mediated Decay). Afin d'étudier le rôle de l’isoforme UPF3B_S, actuellement inconnu, nous avons comparé son interactome protéique et celui de l’isoforme UPF3B_S. Nous avons confirmé que, si UPF3B_S interagit toujours avec les complexes exon-jonction (EJC), elle n'interagit pas avec les autres protéines du NMD (UPF2 et UPF1), ce qui pourrait suggérer en effet dominant négatif de cette isoforme. Cependant, aucune diminution notable du système NMD n'a été observée dans les LCL du patient ou dans les cellules KD pour PQBP1. Le rôle d’UPF3B_S reste inconnu mais nous avons identifié plusieurs interacteurs protéiques spécifiques à cette isoforme, dont certains impliqués dans la réponse immunitaire.

En parallèle, nous avons utilisé l'augmentation de l'ARNm d’UPF3B_S comme marqueur moléculaire pour tester la pathogénicité des variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1 chez des individus avec DI. Nous avons pu confirmer cette augmentation d’expression dans les LCL d’autres patients porteurs de variants pathogènes et mis au point des études de complémentation dans des cellules HeLa en surexprimant l'ADNc de PQBP1 sauvage ou muté. Ces approches nous ont permis d’étudier l’effet d’une dizaine de variants faux-sens de signification inconnue. Enfin, nous avons validé que cette augmentation pouvait être mise en évidence directement sur un prélèvement sanguin (Paxgene). Nous avons montré que ces trois approches étaient efficaces pour tester l'effet des variants, du moins pour les variants situés sur le côté C-terminal de la protéine, la dernière étant plus compatible avec une pratique diagnostique en milieu hospitalier.

 

En conclusion, nos travaux, étudiant comment une perte de fonction de PQBP1 peut affecter l'expression des gènes, et en particulier l'isoforme UPF3B_S, nous renseigne sur les mécanismes pathologiques impliqués dans le syndrome de Renpenning mais permet également de proposer un test fonctionnel pour les variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1.

Jeremie COURRAUD, Camille ENGEL, Nathalie DROUOT, Angélique QUARTIER, Ursula HOUESSOU, Arthur SORLIN, Elise BOUCHER, Lionel VAN MALDERGEM, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Vera KALSCHEUER, Jean-Louis MANDEL, Amélie PITON (Strasbourg)

10:00 - 11:00 #28713 - P018 Huit nouveaux cas de patientes présentant un variant pathogène de novo dans le gène ARX et revue de la littérature du phénotype des femmes hétérozygotes.

Huit nouveaux cas de patientes présentant un variant pathogène de novo dans le gène ARX et revue de la littérature du phénotype des femmes hétérozygotes.

Le facteur de transcription ARX (Aristaless-Related Homeobox) joue un rôle fondamental dans le développement cérébral. Le phénotype des hommes hémizygotes porteurs de variants pathogènes dans ce gène est bien connu : tous présentent une déficience intellectuelle (DI) et/ou une encéphalopathie épileptique, associée ou non à des malformations cérébrales (anomalies du corps calleux, troubles de la gyration). Les femmes hétérozygotes sont asymptomatiques dans la grande majorité des cas. Cependant, dans les formes familiales, certaines femmes conductrices ont été rapportées avec une DI et/ou une agénésie du corps calleux (ACC). De plus, 7 cas sporadiques de patientes avec des troubles du neuro-développement ont été rapportés dans la littérature avec un variant pathogène de novo du gène ARX.

Afin de préciser le phénotype des femmes présentant une mutation pathogène du gène ARX (à l’exclusion des expansions des chaînes polyA), nous avons collecté les données cliniques et génétiques de 8 nouvelles patientes dont le variant ARX est survenu de novo, et avons fait une revue de la littérature des 63 cas féminins déjà rapportés (56 cas familiaux et 7 cas de novo). 

Parmi ces 8 patientes, 5/8 (62,5%) présentaient une encéphalopathie épileptique, tandis que les 3 autres avaient une déficience intellectuelle et/ou une épilepsie. Toutes présentaient une ACC. 

Ces résultats sont comparables aux 7 patientes de la littérature porteuses de variants ARX de survenue de novo, dont 6/7 présentent une encéphalopathie épileptique. Une seule a simplement des difficultés d’apprentissage. Une imagerie est disponible pour 6 des 7 patientes et  4/6 présentent une ACC. 

Concernant les cas familiaux rapportés dans la littérature, 41/56 (73%) femmes sont asymptomatiques, parmi lesquelles 33% ont une ACC isolée. 12/56 (21%) présentent une déficience intellectuelle, associée à une épilepsie dans 54,5 % des cas et /ou une ACC dans 80% des cas. 3 cas sur les 56 (5,4%) présentent une encéphalopathie épileptique sévère. 

Les variants pathogènes des cas survenus de novo sont des faux-sens localisés dans l'homéodomaine, ou des variants tronquants, ce qui est également le cas pour les cas familiaux les plus sévères.

 

Cette étude permet (i) de confirmer l'existence d'un phénotype sévère d'encéphalopathie épileptique chez les femmes porteuses d’un variant pathogène du gène ARX, (ii) de préciser la fréquence de la DI chez les femmes conductrices (iii)  et de souligner l’importance de l’étude de ce gène devant une ACC, associée ou non à des troubles du neuro-développement.

Mathilde GRAS (Paris), Solveig HEIDE, Cyril MIGNOT, Sandra WHALEN, Boris KEREN, Anna JANSEN, Kathelijn KEYMOLEN, Katrien STOUFFS, Mélanie JENNESSON, Céline POIRSIER, Gaetan LESCA, Mathieu MILH, Perrine CHARLES, Delphine HERON

10:00 - 11:00 #27937 - P023 Délimitation du phénotype épileptique et neurodéveloppemental des patients porteurs de variants constitutionnels pathogènes du gène RORB.

P023 Délimitation du phénotype épileptique et neurodéveloppemental des patients porteurs de variants constitutionnels pathogènes du gène RORB.

Contexte : RORB code pour un facteur de transcription dont le ligand est inconnu. Son expression est limitée au système nerveux central. Des études menées sur des modèles murins ont montré l’importance du gène RORB dans le système nerveux. Les premiers patients décrits présentaient une microdélétion 9q21.13 comprenant RORB avec un tableau clinique associant un retard du développement et une épilepsie fréquente. Deux autres publications ont rapporté des patients porteurs d'autres types de variants pathogènes du gène RORB avec une description du phénotype incluant une déficience intellectuelle et une épilepsie comme trait commun. Notre objectif est de délimiter le type de crises, les syndromes épileptiques et le profil neurocognitif d’une cohorte de patients porteurs de variants de RORB.

Méthodes : Un appel à collaboration internationale nous a permis d’analyser les phénotypes détaillés (description des crises, EEG, IRM) et les génotypes de 30 patients.

Résultats : 30 patients ont été inclus (15 patients masculins, âge médian : 9,5 ans (1an-21 ans)). Les différents variants de RORB comprenaient 4 microdélétions, 9 variants non-sens (frameshift and nonsense), 2 variants d'épissage, 2 variants délétions dans la trame (inframe) et 10 variants faux-sens. Les variants de RORB étaient de novo chez 15 patients (50%) et étaient hérités chez 9 patients (par la mère pour 4 patients et par le père pour 5 patients). Le mode de transmission était inconnu pour 6 patients.

Des crises d’épilepsie ont été rapportées chez 26/30 (87%) patients, avec un âge médian au début de l'épilepsie de 3 ans (4 mois-12 ans). Le syndrome épileptique le plus fréquent était l'épilepsie-absence, incluant l'épilepsie absence de l’enfant (n=6), l'épilepsie absence de l’adolescent (n=1), l'épilepsie absence à début précoce (n=4), l'épilepsie absences avec myoclonies (n=3), les myoclonies palpébrales avec absence (n=4). Un patient présentait une épilepsie myoclonique, deux autres patients avaient une épilepsie focale, et un dernier seulement de rares crises fébriles. Trois individus présentaient une épilepsie généralisée combinant plusieurs types de crises dont des crises toniques, et un patient présentait des pointes-ondes continues du sommeil. Une déficience intellectuelle a été décrite chez 25 des 30 patients (83%), étant légère chez 13 patients, modérée chez 10 patients, et sévère chez 2 patients.

Conclusion : Le phénotype des patients porteurs du variant RORB est caractérisé par des syndromes épileptiques généralisés, avec comme principale type de crises des absences, associé à une déficience intellectuelle légère à modérée. Étant donné le niveau d'expression élevé de RORB dans les réseaux thalamo-corticaux, les variants pathogènes de RORB pourraient altérer les états oscillatoires, favorisant la survenue des absences. Des études fonctionnels sont en cours pour tester les conséquences de certains variants dans des neurones en culture.

Zeynep GOKCE-SAMAR, Annalisa VETRO, Julitta DE BELLESCIZE, Damien SANLAVILLE, Tiziana PISANO, Christian KORFF, Joël FLUSS, Carla MARINI, Blanca MERCEDES ALVAREZ, Nicolas CHATRON, Sanmati CUDDAPAH, François LECOQUIERRE, Anne-Marie GUERROT, Axel LEBAS, Hervé TESTARD, Katherine HELBIG, Alexis ARZIMANOGLOU, Audrey LABALME, Anna RUIZ, Adeline NGOH, Manju KURIAN, Pascal JOSET, Katharina STEINDL, Noemie PENAUD, Georgia RAMANTANI, Martin KRENN, Lucia GERSTL, Silvia VIEKER, Dana CRAIU, Manuela PENDZIWIAT, Chad HALDEMAN-ENGLERT, Ilya KANIVETS, Irina ROMANOVA, Deepa RAJAN, Jill Anne MOKRY, Au MARGARET, Elisabetta CESARONI, Pia ZACHER, Sonja NEUSER, Maximilian RADTKE, Sigrid TINSCHERT, Ines MOHNKE, Tobias BARTOLOMAEUS, Konrad PLATZNER, Chiara KLOECKNER, Rami ABOU JAMRA, Ingo HELBIG, Julien COURCHET, Sébastien KÜRY, Renzo GUERRINI, Gaetan LESCA (Lyon)

10:00 - 11:00 #28267 - P028 Approche intégrative pour la caractérisation de Variants de Signification Inconnue dans le gène DYRK1A et conséquence de son inactivation dans un modèle de précurseurs neuronaux humains.

P028 Approche intégrative pour la caractérisation de Variants de Signification Inconnue dans le gène DYRK1A et conséquence de son inactivation dans un modèle de précurseurs neuronaux humains.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble neurodéveloppemental avec une contribution génétique importante, caractérisé par une grande hétérogénéité génétique. Si l'avènement du séquençage haut-débit a révolutionné l'identification de variants dans la DI, leur interprétation est devenue un enjeu majeur, notamment pour les variants faux-sens qui restent à l’heure actuelle classés comme Variants de Signification Inconnue (VSI). La mise au point de tests fonctionnels visant à tester l’effet des VSI est donc essentiel, et permet d'une part de rendre un diagnostic aux familles concernées mais également de mieux caractériser la fonction des protéines impliquées dans la DI. Nous illustrons cette question en présentant ici une approche intégrative pour reclasser les VSI dans le gène DYRK1A. Le syndrome DYRK1A est une des formes de DI les plus fréquentes (0,5% des patients DI) et inclue entre autres une microcéphalie, un retard de langage ainsi qu’une dysmorphie faciale. DYRK1A code pour une kinase à double spécificité Tyrosine et Serine/Thréonine impliquée dans de nombreux processus cellulaires. Nous avons dans un premier temps mis au point une approche intégrative composée d’un score clinique spécifique du syndrome DYRK1A, d’une signature de méthylation de l’ADN ainsi que de différents tests fonctionnels in vitro permettant d’évaluer l’impact des variants sur la stabilité, la localisation cellulaire ainsi que l’activité kinase de DYRK1A. Cette approche nous a permis de reclasser une douzaine de VSI et de mettre en évidence un potentiel variant gain de fonction dans DYRK1A (la totalité des mutations rapportées jusqu’à présent étant des perte-de-fonction). Pour mieux comprendre les conséquences des mutations perte-de-fonction, nous avons inactivé DYRK1A dans un modèle de précurseurs neuronaux humains (hNSC). Après avoir établi l’interactome de DYRK1A dans ces cellules et identifié de nouveaux partenaires protéiques, nous avons caractérisé les gènes dont l’expression était altérée après une inactivation de DYRK1A. Parmi les gènes cibles identifiés, nous avons pu observer un enrichissement en protéines transmembranaires ou composantes de la matrice extracellulaire, et en protéines impliquées dans la régulation du cycle cellulaire. De plus, nous avons pu mettre en évidence qu’une inactivation de DYRK1A entrainait une diminution de la prolifération des précurseurs neuronaux ainsi qu’une baisse d’expression de la protéine P21, un acteur important du cycle cellulaire, et une diminution de l’activation des protéines de la voie des MAP kinases ERK1/2.

En conclusion, notre étude a permis non seulement de mettre en place un pipeline permettant de caractériser l’effet de n’importe quel VSI identifié dans DYRK1A, mais également de caractériser les conséquences de ces mutations dans un modèle de précurseurs neuronaux en culture, permettant de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans le syndrome DYRK1A.

Jérémie COURRAUD (STRASBOURG), Eric CHATER-DIEHL, Benjamin DURAND, Marie VINCENT, Imène BOUGELBÈNE, Nathalie DROUOT, Maria MUNIZ MORENO, Angélique QUARTIER, Geneticists And Clinicians FRENCH AND DANISH MOLECULAR GENETICISTS AND CLINIC, Alexandra BENCHOUA, Yann HERAULT, Julie THOMPSON, Marjolaine WILLEMS, Rosanna WEKSBERG, Amélie PITON

10:00 - 11:00 #28416 - P033 Première description d’angiopathie amyloïde cérébrale à début précoce et maladie d'Alzheimer liées à une triplication du locus APP.

P033 Première description d’angiopathie amyloïde cérébrale à début précoce et maladie d'Alzheimer liées à une triplication du locus APP.

Le gène APP (Amyloid-β precursor protein, 21q21.3) code pour le précurseur du peptide Amyloide β (Aβ), dont l’agrégation dans le parenchyme cérébral entraine une maladie d’Alzheimer (MA) et l’agrégation dans les vaisseaux corticaux et lepto-méningés entraine une angiopathie amyloïde cérébrale (AAC), à l’origine de saignements intracérébraux. MA et AAC sont souvent associées dans les formes sporadiques comme monogéniques de MA et/ou AAC. Les duplications du locus APP sont responsables d’AAC et/ou MA à début précoce ( < 65 ans). Ces CNV impliquent toujours APP en entier, avec ou sans les gènes voisins, et sont associés à des taux sanguins d'ARN messager d’APP environ 1,5 fois plus élevés que ceux des témoins. Chez les porteurs d’une duplication d’APP, la taille et le contenu génique du CNV n’est pas directement corrélé à la clinique. Cependant, les patients atteints de trisomie 21, qui présentent classiquement une MA précoce, développent moins fréquemment des hématomes cérébraux, suggérant la présence de mécanismes protecteurs. Nous rapportons ici la première triplication du locus APP et discutons de son impact.

Le cas index est un homme de 41 ans adressé pour l'évaluation d'un déclin cognitif progressif (MMSE 18/30). L'IRM cérébrale et les biomarqueurs du liquide cérébro-spinal étaient évocateur d’une MA avec AAC. Son père est décédé à l'âge de 48 ans d’un hématome cérébral dans un contexte de CAA évoluant depuis ses 37 ans et de déclin cognitif progressif évoquant une MA. L’analyse par QMPSF a révélé 4 copies du gène APP chez le cas index. Sa mère, 68 ans, non affectée, était porteuse de 2 copies du gène, suggérant un génotype 3 + 1 chez le patient et son père, génotype confirmé par FISH métaphasique. En aCGH (Agilent 180K), la triplication 21q21.3 de 506 kb (chr21:27,156,233-27,662,338;hg19) était restreinte au gène APP. Les niveaux d'ARNm sanguin d’APP du cas index, évalués par RT-ddPCR, étaient doublés par rapport aux sujets contrôles (N=10) et supérieur à la moyenne des porteurs d’une duplication d’APP (N=9).

Il s'agit du premier cas de triplication du locus APP, provoquant un doublement du niveau d'ARNm d’APP, dans une famille présentant une MA avec AAC autosomique dominante, parmi les plus précoces et sévères comparé aux descriptions des porteurs de duplications. Cette observation suggère que le mécanisme décrit dans les duplications d’APP (augmentation de la production d’APP et, par conséquent, du peptide Aβ issu de son clivage, conduisant à des dépôts amyloidies précoces) est encore accentué par la présence d’une quatrième copie du gène. Ce type de sensibilité au dosage génique, illustré par une triplication conduisant à un phénotype proche, mais plus sévère, que de celui de la duplication correspondante, constitue un exemple relativement rare en génétique médicale, à l’instar des duplications/triplications du gène SNCA dans les synucléopathies.  

Kevin CASSINARI (Rouen), Lou GRANGEON, Stéphane ROUSSEAU, Bernard CROISILE, Maïté FORMAGLIO, Olivier MOREAUD, Jean BOUTONNAT, Nathalie LE MEUR, Manuele MINÉ, Thibault COSTE, Eva PIPIRAS, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE, Anne ROVELET-LECRUX, Dominique CAMPION, David WALLON, Gaël NICOLAS

10:00 - 11:00 #28210 - P038 Quand une atteinte dominante cache une forme récessive.

P038 Quand une atteinte dominante cache une forme récessive.

Les épidermolyses bulleuses forment un groupe hétérogène de maladies génétiques caractérisées par une importante fragilité cutanéo-muqueuse : bulles, érosions…. La forme dystrophique, caractérisée par une anomalie quantitative ou qualitative du collagène 7, est transmise selon les modes dominant (EBDD) ou récessif (EBDR). Le phénotype est habituellement modéré dans les formes dominantes même si quelques rares cas ont été associés à des manifestations sévères.

Le cas index (CI), une petite fille âgée de 4 ans, née de parents non apparentés originaires de Tunisie, présente une EBD modérée révélée par une aplasie cutanée congénitale des membres inférieurs d’évolution rapidement favorable en quelques mois. Son père mentionne également des bulles des extrémités survenant aux frottements. Il a des ongles dystrophiques. L’ensemble suggère une EBDD. Le couple consulte dans le cadre d’une grossesse en cours.

Chez le cas index, le séquençage haut débit d’un panel de gènes a permis l’identification de deux variants dans le gène COL7A1, à l’état hétérozygote composite : c.6187C>T p.(Arg2063Trp) localisé dans l’exon 74 et hérité de la mère, et c.4011G>A p.(Pro1337Pro) dans l’exon 33 et hérité du père. Les deux variants sont pathogènes et décrits chez des patients atteints d’EBD dans une forme récessive (Hovnanian et al 1997 PMID Varki et al 2007 PMID 16971478). Ce résultat nous a conduit à reconsidérer le diagnostic d’EBD dominante dans cette famille.

Puisque la forme clinique d’EBD modérée du père du CI ne semblait en effet pas imputable au seul variant c.4011G>A, les explorations génétiques de cette famille ont été complétées par un séquençage haut débit de l’ensemble des exons du gène COL7A1 chez le père révélant  un second variant hétérozygote localisé en trans, c.87del p.(Thr30Profs*74), dans l’exon 2.  Ce variant n’est ni publié ni rapporté dans les bases de données de polymorphismes.  Selon la classification ACMG, le variant c.87del peut être considéré comme pathogène (PVS1 + PM2 + PM3 + PM4).

Ainsi, les résultats inattendus de l’analyse moléculaire ont conduit 1) à reconsidérer le mode de transmission de cette EBD modérée. Initialement autosomique dominante, la transmission est finalement autosomique récessive ; 2) à préciser le conseil génétique pour le couple : risque de 50% d’avoir un enfant atteint d’EBDR, la transmission du variant maternel c.6187C>T et du variant paternel c.87del étant associée à un risque de forme sévère.

Le diagnostic prénatal a permis d’identifier les variants c.6187C>T et c.4011G>A à l’état hétérozygote composite chez le fœtus suggérant une EBD modérée. La grossesse a été poursuivie et l’enfant, de sexe masculin, a présenté une forme d’EBDR plus modérée que celle du CI.

Cette observation montre l’intérêt majeur du séquençage haut débit en trio en cas de mode de transmission alternatif pour un même gène et souligne l’importance de la concertation clinico-biologique dans certaines situations.

Fabienne CHARBIT-HENRION (Paris), Adrienne ELMORJANI, Emilie AZOUGUENE, Alain HOVNANIAN, Christine BODEMER-SKANDALIS, Nathalia BELLON, Tania ATTIE-BITACH, Joana BENGOA, Smail HADJ-RABIA, Julie STEFFANN

10:00 - 11:00 #28799 - P043 Hétérogénéité clinique et moléculaire d’une cohorte française de sujets ayant un syndrome GACI (Generalized Arterial Calcification of Infancy).

P043 Hétérogénéité clinique et moléculaire d’une cohorte française de sujets ayant un syndrome GACI (Generalized Arterial Calcification of Infancy).

Le syndrome GACI (Generalized arterial calcification of infancy) est une maladie autosomique récessive rare caractérisée par l’association variable de calcifications artérielles et péri-articulaires et d’un rachitisme hypophosphatémique (RHP). S’il est généralement diagnostiqué en prénatal ou dans la première année de vie, il peut également être découvert plus tard voire à l’âge adulte. La majorité des nouveau-nés avec syndrome GACI décèdent précocement de complications cardiovasculaires. Les formes avec survie > à 6 mois voire révélées tardivement sont aujourd’hui mieux reconnues, et identifiées sur le plan moléculaire par une variation pathogène de ENPP1 (ecto-nucléotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1) ou ABCC6 (multidrug resistance-associated protein 6). Il existe en effet un chevauchement avec le pseudo-xanthome élastique (PXE associé à ABCC6) ayant élargi le spectre clinico-moléculaire de ce cadre syndromique. Nous rapportons 8 patients avec GACI associés à un variant pathogène de ENPP1, suivis actuellement dans notre filière de santé maladies rares OSCAR. Nous avons exclu de cette cohorte descriptive les patients décédés dans la première année de vie.

Le diagnostic a été porté entre l’âge de 3 semaines et 61 ans. Nous analysons les profils cardio-vasculaires, squelettiques, ORL, cutanés et leur retentissement fonctionnel. Les formes précoces (n=4) se manifestent initialement par des complications cardiovasculaires (n=3) liées aux calcifications étendues des artères de moyen et de gros calibre (n=4). Les formes tardives (n=4) sont révélées par un RHP résistant au traitement médical (avec des déformations sévères récidivantes malgré la chirurgie chez 2 d’entre eux). Tous ces patients « GACI survivants » présentent un RHP dans leur évolution(n=8), auquel s’associent de façon variable :  surdité (n= 5), HTA (n=6), néphrocalcinose (n=2), calcifications vasculaires (n=6), articulaire (n=4) ou viscérales (n=4), retard des acquisitions (n=2), stries angioïdes (n=2) et des anomalies dentaires (n=2). Les patients ont été traités par biphosphonates (n=6), anti hypertenseur (n=6 ), phosphore oral (n=7 ), un-alpha (n= 5), vitamine D (n=8), traitement anti-épileptique (n=1). De nombreuses calcifications vasculaires et viscérales ont régressé après un an, avec ou sans traitement par biphosphonates, ce qui suggère une évolution propre de la maladie après 1 an.

L’hétérogénéité des présentations appelle à évoquer précocément ce diagnostic devant des signes atypiques comme des calcifications articulaires ou viscérales, des stries angioïdes, ou un rachitisme hypophosphatémique non classique.

Seul un suivi prospectif longitudinal permettrait de mieux caractériser la correspondance génotype/phénotype/pronostic et d’évaluer le bénéfice des traitements conventionnels, pour optimiser la prise en charge au long cours et préparer l’avènement de thérapeutiques ciblées.

Alix BESANÇON (Paris), Fanny BAJOLLE, Alexandra DESDOITS, Marina CHARBIT, Mathilde CAILLIEZ, Myriam DAO, Claire GAY, Matthieu ROBERT, Stéphanie PANNIER, Valérie CORMIER-DAIRE, Dominique PRIÉ, Agnès LINGLART, Geneviève BAUJAT

10:00 - 11:00 #28657 - P048 Spectre mutationnel des gènes MYO7A et USH2A enrichi par l’analyse d’une cohorte de 235 patients atteints d’un syndrome de Usher.

P048 Spectre mutationnel des gènes MYO7A et USH2A enrichi par l’analyse d’une cohorte de 235 patients atteints d’un syndrome de Usher.

Le syndrome de Usher est un syndrome oculo-auditif rare de transmission autosomique récessive affectant environ 1 individu sur 30,000. Trois types sont décrits en fonction de la sévérité de l’atteinte auditive et de la rétinite pigmentaire, ainsi que de la présence ou non d’une aréflexie vestibulaire.

MYO7A et USH2A sont les 2 gènes les plus fréquemment impliqués respectivement dans le syndrome de Usher de type I (le plus sévère) et de type II (le plus fréquent).

 

Nous analysons l’ADN de patients référés au laboratoire, par séquençage Illumina via un panel « Neurosensoriel » qui inclut les 10 gènes responsables du syndrome de Usher. Notre approche détecte les SNVs (Single Nucleotide Variation), indels ainsi que les CNVs (Copy Number Variation). Des analyses complémentaires telle la QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short Fluorescent fragments) sont utilisées pour valider la présence des CNVs. Si nécessaire, des analyses fonctionnelles de type minigène sont effectuées pour évaluer l’impact des variants sur l’épissage.

Nous présentons ici l’analyse d’une cohorte de 235 cas index atteints du syndrome d’Usher dont 74 présentent un génotype pathogène MYO7A et 161 présentent un génotype pathogène USH2A.

 

Sur les 470 allèles identifiés, 56 % sont uniques (85 MYO7A et 179 USH2A), ce qui souligne un nouvelle fois la forte hétérogénéité liée à ce syndrome. Parmi ces 470 allèles, 22 allèles MYO7A et 49 USH2A n’ont jamais été rapportés dans la littérature. Tous les types de variants (tronquants, faux-sens, altérant l’épissage, grands réarrangements) et toutes les combinaisons d’allèles sont retrouvés.

Par ailleurs, il est important de noter que les altérations de type faux sens représentent un fort pourcentage : 31,1% (46/148) pour MYO7A et 25,4% (82/322) pour USH2A.

Si le diagnostic moléculaire du syndrome de Usher est aujourd’hui facilement effectué par MPS (Massively Parallel Sequencing), il n’en reste pas moins délicat du fait de l’identification constante de nouveaux variants (dont la plupart resteront privés) et de la forte proportion de faux sens. Ces derniers nécessitent systématiquement des analyses in silico plus poussées rendant le diagnostic, le pronostic ainsi que le conseil génétique compliqués.

 

Notre cohorte illustre la grande variabilité des génotypes MYO7A et USH2A dans le syndrome de Usher, et souligne à la fois l’importance de poursuivre les investigations pour caractériser les nouveaux variants pathogènes ainsi que l’intérêt de décrire et de partager les nouveaux allèles, via, les bases de données Locus-spécifiques telles LOVD ou spécialisées comme ClinVar.

Enfin, nous discutons également une corrélation génotype-phénotype liée à ces gènes. Le partage et l’accessibilité aux différents génotypes pathogènes est indispensable pour appréhender les mécanismes de l’hétérogénéité phénotypique liée aux variants de ces gènes.

Luke MANSARD (Montpellier), David BAUX, Christel VACHÉ, Valérie FAUGÈRE, Corinne BAUDOIN, Julie BIANCHI, Catherine BLANCHET, Marjolaine WILLEMS, Isabelle MEUNIER, Vasiliki KALATZIS, Michel KOENIG, Anne-Françoise ROUX

10:00 - 11:00 #28082 - P058 Atteinte du tissu conjonctif et anomalies cardiovasculaires chez les patients atteints d’hétérotopie nodulaire périventriculaire liée au gène FLNA.

P058 Atteinte du tissu conjonctif et anomalies cardiovasculaires chez les patients atteints d’hétérotopie nodulaire périventriculaire liée au gène FLNA.

L’hétérotopie nodulaire périventriculaire de type 1 (PVNH1) est une maladie rare dominante liée à l’X, due à une perte de fonction du gène FLNA et l’épilepsie en est sa manifestation principale. Des atteintes cardiovasculaires (CV) et des anomalies du tissu conjonctif (CTD) peuvent s’y associer mais leurs fréquences et distributions sont mal connues.

L’objectif est d’évaluer les caractéristiques CV et CTD chez les patients présentant une perte de fonction confirmée du gène FLNA.

Une approche rétrospective systématisée portant sur 32 critères cliniques et paracliniques a été utilisée pour définir leur fréquence et leur distribution, au-delà du tableau neurologique. Nous avons évalué les présentations cliniques des patients présentant au moins un signe CV ou CTD, à partir de trois cohortes indépendantes : 10 patients du Centre de Référence des Maladies Vasculaires Rares, 23 patients du laboratoire national de diagnostic de référence pour les filaminopathies-A, et 59 patients issus de notre revue de la littérature.

La présence d’une hétérotopie nodulaire périventriculaire était confirmée chez 95% (n= 87/92) et n’a pas pu être recherchée chez 4 patients.  La moitié des patients ne présentaient pas de symptôme neurologique. 3/4 avaient une présentation syndromique (CV et/ou CTD). Les anomalies CV se distribuaient, en anévrismes ou dilation aortiques pour ¾ des patients, persistance du canal artériel pour 1/3 et communications interventriculaire et interauriculaire pour 1/3. Les anomalies CTD touchaient 3/4 des patients dont 67% d’hyperlaxité articulaire et 40% d’hyperélasticité cutanée.

Aucune relation génotype/phénotype n’a pu être mise en évidence, mais un enrichissement de variations faux-sens dans le domaine CH1 de la protéine a été identifié.

Notre étude confirme que les anomalies CV et CTD sont fréquentes et associées chez les patients PVNH1 et que l’atteinte neurologique n’est pas systématiquement présente. Ces atteintes CTD et/ou CV devraient être recherchées devant toute PVNH1, en raison de la prévalence et de la gravité de la maladie aortique dans cette affection. Par ailleurs, devant un tableau clinique d’aortopathie syndromique nous proposons que l'analyse moléculaire du FLNA soit réalisée même en l'absence d’épilepsie ou autre signe neurologique. Une IRM cérébrale pourrait être réalisée pour étayer l’hypothèse de PVNH1 notamment en cas de variant de signification incertaine dans FLNA. Enfin, malgré l'hérédité dominante liée à l'X, nos données suggèrent qu’un phénotype évocateur chez un patient masculin ne devrait pas exclure cette hypothèse diagnostique.

Clarisse BILLON (Paris), Salma ADHAM, Natalia HERNANDEZ POBLETE, Anne LEGRAND, Michael FRANK, Laurent CHICHE, Stéphane ZUILY, Karelle BENISTAN, Laurent SAVALE, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI, Anne-Claire BREHIN, Laurence BAL, Tiffany BUSA, Mélanie FRADIN, Chloé QUELIN, Bertrand CHESNEAU, Denis WAHL, Patricia FERGELOT, Cyril GOIZET, Tristan MIRAULT, Xavier JEUNEMAITRE, Juliette ALBUISSON

10:00 - 11:00 #28659 - P063 Rôle majeur de la testostérone dans la survenue de rupture aortique spontanée dans un modèle souris de syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.

P063 Rôle majeur de la testostérone dans la survenue de rupture aortique spontanée dans un modèle souris de syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.

Rationale: Vascular Ehlers-Danlos syndrome (vEDS) is a rare autosomal dominant inherited connective tissue disorder characterized by spontaneous arterial ruptures, usually occurring in young adulthood. A phenotypic heterogeneity has been described, partly explained by the type of variant in the causal COL3A1 gene. Notably, a higher mortality rate is suspected in young affected men, suggesting the influence of sex hormones. Several Col3a1 knock-in mouse models have shown a lower survival rate in males caused by aortic rupture.

Objectives: Investigation of the effect of castration or the addition of testosterone on the occurrence of aortic rupture in our Col3a1^+/G182R mouse model.

Methods: The survival and the aortic structure in Col3a1^+/G182R knock-in male or female mice with or without castration ± hormone substitution were assessed. Transcriptomic analyses of aortic tissue were performed in Col3a1^+/G182R and wild type (WT) males or females using Gene set enrichment analysis (GSEA).

Results: Early orchidectomy (orx) at 5 weeks of age in Col3a1^+/G182R male mice improved the survival rate at 16 weeks compared to sham-operated controls (89% vs 67%, p=0.08) whereas ovariectomy (ovx) in Col3a1^+/G182R female did not modify it (96% vs 89%, ns). Subcutaneous administration of angiotensin II (Ang II) (0.5 mg/kg/min) considerably worsened the survival rate in Col3a1^+/G182R sham-operated male (0% survival rate at 10 days) but mortality was delayed and less severe in orx male mice (27% at 14 days). Ovx did not influence the Ang II – induced mortality rate, suggesting a specific effect of testosterone. Indeed, subcutaneous administration of testosterone in Col3a1^+/G182R ovx female mice significantly worsened the survival at 16 weeks (52% vs 96%, p=0.0006). Aortic diameter of Col3a1^+/G182R female mice was smaller than that of Col3a1^+/G182R male mice, but the collagen content was similar in both sexes and not influenced by castration on this short-term period. Aortic transcriptomic analysis showed 131 differentially-expressed genes (DEG) between Col3a1^+/G182R and WT male mice, among them 17 genes expressed in the endothelium and 7 related to the endothelin-1 and nitric oxide pathway. The same comparison in female mice retrieved the upregulation of 21 DEG belonging to the extracellular matrix (ECM) network, among them Fbn1 encoding fibrillin, Col1a1 and Col1a2 encoding the most abundant fibrillar collagen in the arterial wall. GSEA analyses confirmed the upregulation of the endothelin-1 and nitric oxide pathway in males and the remodeling of ECM in females.

Conclusion: This study confirms the implication of testosterone in causing arterial fragility in this vEDS mouse model with a complex mechanism of DEG suggesting an important role of the endothelium in the pathophysiology of the disease.

Anne LEGRAND (PARIS), Charline GUERY, Irmine LOISEL-FERREIRA, Coralie FONTAINE, Frank GITON, Salma ADHAM, Tristan MIRAULT, Eric CLAUSER, Xavier JEUNEMAITRE

10:00 - 11:00 #28000 - P068 Troubles des fonctions exécutives et symptomatologie anxio-dépressive chez les enfants et adolescents atteints de cytopathies mitochondriales.

P068 Troubles des fonctions exécutives et symptomatologie anxio-dépressive chez les enfants et adolescents atteints de cytopathies mitochondriales.

Les cytopathies mitochondriales regroupent une grande variété de pathologies dont le dénominateur commun est un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale. Les troubles neurologiques entrainés par ces déficits énergétiques sont bien connus mais il existe peu de description des troubles psychiatriques qu’ils entraînent.

Les troubles les plus fréquemment rapportés dans les cytopathies mitochondriales sont des troubles dépressifs, anxieux, bipolaires et psychotiques. Ces symptômes psychiatriques précèdent parfois de plus de 10 ans le diagnostic de la pathologie mitochondriale suggérant que les symptômes psychiatriques pourraient apparaitre précocement. Les objectifs de l’étude étaient de décrire les troubles psychiatriques et neuropsychologiques ainsi que la qualité de vie d’enfants atteints de cytopathies mitochondriales.

Matériel et méthodes : une cohorte de 12 enfants a été recrutée prospectivement entre février 2019 et février 2020 dans le Centre de Références des Pathologies Mitochondriales d’Angers (France). Les participants ont bénéficié d’une évaluation psychiatrique, avec entretien semi-structuré et passation d’échelles psychiatriques d’évaluation globale (BPRS : Brief Psychiatric Rating Scale et EGF : Evaluation Globale du Fonctionnement), de dépression (CDI : Children Depression Inventory), de troubles anxieux (RCMAS : Revised Children's Manifest Anxiety Scale), d’hyperactivité/inattention (échelle de Conners parents et enseignants) et de qualité de vie (PedsQL adapté à l’âge). Une évaluation neuropsychologique a également été réalisée avec test d’efficience intellectuelle (WISC-V) et un Inventaire comportemental des fonctions exécutives (BRIEF).

Résultats : Quatre enfants (33,3 %) avaient des symptômes dépressifs. Six enfants (50 %) ont signalé des symptômes d'anxiété lors de l'entretien psychiatrique et 3 enfants (25 %) souffraient effectivement d'anxiété selon l'échelle RCMAS. Par rapport aux autres enfants atteints de maladies chroniques, les individus de cette cohorte ont rapporté un score global de qualité de vie inférieur et des scores inférieurs dans les sous-échelles physiques et sociales. Concernant le profil neuropsychologique des enfants, le score moyen à la WISC-V dans notre cohorte était de 87,3± sd=25,3 [52 ;120]. Deux enfants, soit 20% des 10 enfants évalués avec cette échelle, avait un score de QI total situé dans la zone de déficience (QIT < 70).

Conclusion : Cette étude montre que les cytopathies mitochondriales peuvent entraîner des troubles psychiatriques ainsi que des dysfonctionnements neuropsychologiques chez les enfants et les adolescents dont le cerveau est en développement. Elle met en évidence la nécessité de réaliser des évaluations psychiatriques régulières dans cette population.

Elise RIQUIN, Thomas LE NERZÉ, Natwin PASQUINI, Magalie BARTH, Clément PROUTEAU, Estelle COLIN, Patrizia AMATI-BONNEAU, Vincent PROCACCIO, Patrick VAN BOGAERT, Philippe DUVERGER, Arnaud ROY, Dominique BONNEAU (Angers)

10:00 - 11:00 #28649 - P073 Forme précoce de déficit en MTHFR : une maladie traitable ? Influence du dépistage et du traitement précoce sur le devenir à long terme.

P073 Forme précoce de déficit en MTHFR : une maladie traitable ? Influence du dépistage et du traitement précoce sur le devenir à long terme.

MTHFR deficiency is a severe autosomal recessive inborn error of folate metabolism leading to hyperhomocysteinemia and low methionine due to the dysfunction of the remethylation pathway of homocysteine to methionine.

MTHFR deficiency can present at any age. The clinical course varies according to the age of onset: the early-onset presentations (neonatal period and early infancy [≤ 3 months]) and the non-early-onset presentations (late infancy or early childhood [from 3 months to 10 years] and adolescence or adulthood [ > 10 years]). Early-onset patients typically exhibit a life-threatening acute neurologic deterioration. However, data on these patients especially long-term outcomes are scarce. The aims of this study were 1) to study and describe the clinical and laboratory parameters of early-onset MTHFR-deficient patients (i.e. ≤ 3 months of age) and 2) to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcomes.

To this end, we conducted a retrospective multicentric international cohort study on patients with MTHFR deficiency. Characteristics of patients with early-onset MTHFR deficiency were described at time of diagnosis and at the last follow-up visit. Logistic regression analysis was used to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcome in a broader subset of patients with early and non-early-onset MTHFR deficiency.

The study cohort, recruited from 32 international metabolic centres, consisted of 64 patients including 32 with early-onset presentation. More than 70% of the early-onset MTHFR-deficient patients exhibited neurologic symptoms (including hypotonia, microcephaly, seizures) and feeding difficulties at time of diagnosis. Eyes issues (i.e. poor or absent eye contact) and respiratory failure were reported in 38% and 30% of patients respectively. Initial brain MRI abnormalities  included ventricle dilatation (67%), cortex atrophy (56%), external CSF spaces dilatation (56%) and myelination delay (44%). At the last follow-up visit (median follow-up time of 8.1 years), 76% of treated patients exhibited a severe neurodevelopmental outcome. Among the whole study population, pre-symptomatic diagnosis was independently associated with a significantly better neurodevelopmental outcome (adjusted OR 0.004, [0.002-0.232]). The analytic neurologic examination was normal for all of them at the last follow-up visit.

Paediatricians and geneticists need to be aware of this rare and severe but potentially treatable inborn error of metabolism. Treatment should be initiated as early as possible, before irreversible brain damage. This study provides a clear evidence for benefits of pre-symptomatic diagnosis and subsequent appropriate therapeutic management, highlighting the need for systematic newborn screening and family screening in high-risk families for MTHFR deficiency.

Mathilde YVERNEAU (Rennes), Stéphanie LEROUX, Apolline IMBARD, Florian GLEICH, Jean-François BENOIST, Léna DAMAJ, Manuel SCHIFF

10:00 - 11:00 #28543 - P078 Autoinflammation liée à l’haploinsuffisance A20 : identification et caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants A20.

P078 Autoinflammation liée à l’haploinsuffisance A20 : identification et caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants A20.

A20 est une enzyme d'édition de l'ubiquitine codée par le gène A20 (ou TNFAIP3, tumor necrosis factor a-induced portien 3). A travers son activité E3 ligase et déubiquitinase, A20 régule plusieurs substrats de la voie NF-kappaB, tels que RIP1, NEMO et TRAF6. La protéine A20 joue un rôle central dans la régulation de l'inflammation et de l'immunité en inhibant cette voie de signalisation. Les premières mutations d’A20 décrites en 2016 conduisaient à une haploinsuffisance, donnant ainsi le nom haploinsuffisance A20 (HA20) à cette maladie auto-inflammatoire (MAI) de transmission autosomique dominante. Le phénotype de HA20 est partiellement chevauchant avec celui de la maladie de Behçet mais se caractérise par un âge de début de maladie précoce ; il associe des accès récurrents de fièvre, des ulcères buccaux et génitaux, une atteinte gastro-intestinale avec diarrhée, des arthralgies ou polyarthrites et des uvéites antérieures bilatérales. Avec plus de 25 mutations tronquantes de A20 rapportées à ce jour, HA20 est une MAI monogénique fréquemment diagnostiquée. Cependant, la signification pathogénique des variations faux-sens de A20 a été peu étudiée est reste difficile à établir.

Dans cette étude, nous avons identifié chez six patients indépendants présentant une MAI, cinq nouvelles variations de A20 dont le retentissement fonctionnel a été évalué par des tests cellulaires in vitro : deux variations responsables d’un décalage de cadre de lecture et trois faux-sens. Les deux variations tronquantes c.716dup (p.Ala240Cysfs*14) et c.1504del (p.Arg502Glyfs*195), entraînent une haploinsuffisance due à une dégradation des transcrits A20 par non-sens mRNA decay. La variation faux-sens c.707T>C (p.Leu236Pro) (de classe 3 selon les recommandations de l’American College of Medical Genetics), est responsable d’une dégradation accrue de la protéine mutée (suivi de la stabilité de la protéine et de la dégradation par le protéasome). La baisse d’expression de la protéine A20-Leu236Pro a été par ailleurs confirmée dans les PBMCs provenant des patients. En plus du défaut d’expression, la protéine A20-Leu236Pro présente un défaut fonctionnel avec une moindre suppression de l'activité NF-kappaB que la protéine A20 normale. Quant aux deux autres variations faux-sens identifiées : c.464C>T (p.Thr155Met) et c.237C>G (p.Ser79Arg), de classe 3, elles n’étaient responsables d’aucune anomalie dans les tests in vitro utilisés (étude de l’expression de la protéine et de l’activité NF-kappaB).

Au total, cette étude souligne l’importance d’évaluer le retentissement fonctionnel des variations faux-sens identifiées dans le gène A20 chez les patients chez qui un diagnostic de HA20 est suspecté : les résultats de ces analyses conditionnent la prise en charge thérapeutique des patients et le conseil génétique.

Elma EL KHOURI (Paris), Camille LOUVRIER, Eman ASSRAWI, Alexandre NGUYEN, William PITERBOTH, Bruno COPIN, Florence DASTOT-LE MOAL, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Vanessa LEGUY-SEGUIN, Isabelle KONÉ-PAUT, Achille AOUBA, Sonia-Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA

10:00 - 11:00 #27905 - P083 Agénésie du pancréas et holoprosencéphalie : un variant récurrent dans le gène CNOT1, description d’un cas fœtal.

P083 Agénésie du pancréas et holoprosencéphalie : un variant récurrent dans le gène CNOT1, description d’un cas fœtal.

Introduction : L’holoprosencéphalie (HPE) est une malformation cérébrale cliniquement et génétiquement hétérogène. Dans un cadre syndromique, elle peut être associée à diverses malformations fœtales, parfois non détectables lors des échographies de dépistage prénatal.

Méthodes : Nous rapportons le cas d’un fœtus porteur d’une HPE semi-lobaire diagnostiquée à l’échographie, pour lequel un examen fœtopathologique ainsi qu’un séquençage complet de l’exome en trio a été réalisé suite à une interruption médicale de grossesse.

Résultats-Discussion : L’autopsie fœtale a confirmé la malformation cérébrale de type HPE semi-lobaire et a de plus révélé une agénésie complète du pancréas. L’analyse de l’exome a mise en évidence le variant faux-sens c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans le gène CNOT1, apparu de novo chez le fœtus. Dans la littérature 5 enfants porteurs de ce même variant dans CNOT1 ont été décrits. Tous les patients présentaient une HPE et 4 sur les 5 patients décrits avaient une insuffisance pancréatique endo- et exocrine ou une agénésie du pancréas. Le gène CNOT1 code pour une sous-unité du complexe CCRN4-NOT, impliqué dans la dégradation post-transcriptionnelles des ARNm, et est exprimé au stade précoce du développement embryonnaire. En 2019, De Franco et al., suggèrent un effet précoce de ce variant sur la voie Sonic Hedgehog à l’origine d’une inhibition de la répression de SHH et d’un blocage de la différenciation des cellules pluripotentes en cellules pancréatiques.

Conclusion : Cette observation est la première description fœtale du phénotype associant HPE et anomalie du développement pancréatique lié au variant récurrent c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans CNOT1. L’agénésie pancréatique, difficilement détectable lors des échographies obstétricales, est cependant un élément diagnostique essentiel et conforte l’importance de l’examen fœtopathologique pour orienter les analyses génétiques.

Auriane COSPAIN (Rennes), Marie FAOUCHER, Aurélie CAUCHOIS, Wilfrid CARRE, Marie DE TAYRAC, Sylvie ODENT, Chloé QUELIN, Christèle DUBOURG

10:00 - 11:00 #28301 - P088 Etude épigénétique : une aide dans l’impasse du diagnostic du syndrome Kabuki.

P088 Etude épigénétique : une aide dans l’impasse du diagnostic du syndrome Kabuki.

Le syndrome Kabuki (SK) est une maladie génétique rare avec une prévalence de 1/32000 naissances mais qui est fréquente chez les fœtus avec malformation. Le diagnostic clinique du SK peut être difficile au cours de la première année de vie ou lorsque les caractéristiques dysmorphiques sont atypiques. L’identification de variants pathogènes de novo dans les 2 gènes connus du SK (KMT2D et KDM6A) représente alors une confirmation du diagnostic. Notre laboratoire propose ainsi une analyse moléculaire des gènes responsables du SK ainsi que d’autres gènes régulant la méthylation via une approche haut débit par panel de gènes cibles. Depuis sa mise en place, cette stratégie moléculaire a confirmé le diagnostic clinique du SK dans environ 70.7% des cas (29/41 patients SK), parmi lesquels 96,5% (28/29) présentent un variant de classe 4 ou 5 dans KMT2D et seulement 3,4% (1/29) dans KDM6A. Cependant, l’absence de confirmation moléculaire dans 29.3% des cas (12/41) soulève la question suivante : existe-t-il un variant non détecté par les techniques utilisées ou s’agit-il d’un autre gène ?

Récemment, des profils uniques de méthylation de l'ADN génomique de certains gènes ou épi-signatures ont été établis (Aref-Eshghi E, Am. J. Hum. Genet, 2020). Afin de répondre à la question posée, une étude du profil de méthylation de l’ADN des 11/12 patients « négatifs » pour ces 2 gènes a été réalisée, en collaboration avec le Dr Sadikovik via la plateforme EpiSign-CAN. Au préalable, une reprise minutieuse des données cliniques a permis un classement en 2 groupes : patients «SK typiques» (n=3) et «SK atypiques» (n=8). Les résultats montrent que seuls les patients «SK typiques» présentent une signature épigénétique similaire à celle préalablement établie lors de l’analyse des patients avec un variant KMT2D ou KDM6A, ce qui suggère un diagnostic différent pour les «SK atypiques».

La ré-analyse des données de séquençage des 3 patients «SK typiques» avec épisignature spécifique, à l’aide du pipeline bio-informatique MOBIDL (https://github.com/mobidic/MobiDL) plus performant pour la détection des indels et ensuite l’analyse des variations du nombre de copies, ont permis d’identifier 2 nouveaux variants KMT2D. Un variant tronquant, délétion de 20 nucléotides dans l’exon 34 : c.9962_9993del ; p.(Arg3321Hisfs*91)) et une délétion d’au moins une partie de l’exon 35. Ce résultat permet de confirmer le diagnostic du SK pour 2 patients sur 3. Une analyse moléculaire étendue aux régions introniques profondes et régulatrices pourrait aider à identifier le variant causal chez le troisième.

Compte tenu du faible effectif de notre étude, il serait intéressant de répliquer ce résultat sur un échantillon plus large, afin de pouvoir généraliser l’épisignature dans le SK. Une telle approche apporterait une aide précieuse et complémentaire au NGS, et permettrait la sortie de l’impasse diagnostique pour les patients SK et probablement aussi pour des patients atteints d’autres chromatinopathies.

Nathalie PALLARES-RUIZ (Montpellier), Erfan AREF-ESHGH, Bekim SADIKOVIC, Olivier ARDOUIN, David BAUX, Thomas GUIGNARD, Kevin YAUY, Marine LEGENDRE, Stanislas LYONNET, Jean-Luc ALESSANDRI, Marion GÉRARD, Francis RAMOND, Damien HAYE, Anne-Marie GUERROT, Cyril MIGNOT, Bérénice DORAY, Varoona BIZAOUI, Guilaine BOURSIER, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT-HOUARI

10:00 - 11:00 #28756 - P093 Hétérogénéité clinique et génétique dans 13 patients tunisiens atteints du syndrome de paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS).

P093 Hétérogénéité clinique et génétique dans 13 patients tunisiens atteints du syndrome de paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS).

La paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS) est un syndrome extrêmement rare. Il s'agit d'une pathologie autosomique récessive, caractérisée par l'absence de mouvements oculaires horizontaux conjugués et une scoliose débilitante progressive pendant l'enfance et l'adolescence. Le HGPPS est associé à des mutations dans le gène ROBO3. Dans cette étude, l'objectif était d'identifier l'étiologie génétique dans une cohorte de patients tunisiens diagnostiqués cliniquement comme atteints de HGPPS.

Treize patients tunisiens issus de six familles consanguines non apparentées ayant des manifestations cliniques de HGPPS ont fait l'objet d'une étude clinique détaillée sur une période de 10 ans. Nous avons investigué les variants en cause utilisant dans un premier temps, le séquençage Sanger, puis, dans un deuxième temps, le séquençage de l’Exome complet (WES).

Quatre mutations homozygotes distinctes ont été identifiées dans le gène ROBO3. Deux de ces mutations ont été identifiées pour la première fois à savoir le variant c.3412C > T au niveau de l’exon 23 chez deux patients originaires de la même région ainsi que le variant c.2833dupG présent au niveau de l’exon 19 et détecté chez 4 patients. L’utilisation des outils de prédiction et l’analyse clinique ont confirmé leur effet pathogène. Les deux autres variants ont été décrits auparavant chez des patients Tunisiens, dont le variant c.284T > C au niveau de l’exon 4 et le variant c.1450T > C au niveau de l’exon 9. Les variants trouvés par WES ont été validés par séquençage Sanger confirmant leur mode de ségrégation.

Il s'agit de la plus grande cohorte de patients tunisiens avec HGPPS dans laquelle des mutations dans le gène ROBO3 ont été identifiées. Ce travail a permis d’élargir le spectre de mutations pour le syndrome HGPPS en Tunisie et dans le monde, ce qui permettra de mettre en place un diagnostic prénatal et un conseil génétique pour les familles à risques, ainsi qu’une prise en charge précoce des patients.

Sami BOUCHOUCHA, Asma CHIKHAOUI, Dorra NAJJAR, Hamza DALLALI, Nabil NESSIB, Houda YACOUB-YOUSSEF (Tunis, Tunisie)

10:00 - 11:00 #28090 - P098 Oncogenèse des gliomes survenant dans un contexte de CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).

P098 Oncogenèse des gliomes survenant dans un contexte de CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).

Objectif. Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est un syndrome de prédisposition au cancer lié à la présence d’une mutation bi-allélique (homozygote ou hétérozygote composite) dans l'un des quatre principaux gènes de réparation des mésappariements (gènes MMR) PMS2, MSH2, MSH6 ou MLH1. Il est associé à l'apparition précoce de cancers, en particulier les glioblastomes (GBM) survenant à un âge pédiatrique. Notre objectif était de décrypter les spécificités moléculaires des gliomes apparaissant dans ce contexte.

Méthodes. Une analyse complète des données cliniques, histopathologiques et génomiques (séquençage de l'exome entier) a été réalisée chez 12 enfants atteints d’un CMMRD, pour lesquels nous disposions de matériel tumoral congelé (10 GBM et 2 astrocytomes anaplasiques).

Résultats. Huit patients présentaient un phénotype ultra-muté avec plus de 100 variants somatiques non synonymes (NS) d'un seul nucléotide (SNV) par mégabase (Mb). Aucune corrélation n'a été observée entre le nombre de mutations et le sexe, l'âge, la survie globale ou le gène MMR muté. Des mutations somatiques dans le domaine exonucléase de POLE ou POLD1 ont été identifiées chez respectivement 8 patients et 1 patient. Les 4 tumeurs sans altération somatique de POLE ne présentaient pas un phénotype classique ultra-hypermuté (nombre de NS coding SNV/Mb : 2, 4, 77, 80). Tous les patients porteurs d'une mutation POLE avaient plus de 20 NS SNV/Mb avec une VAF supérieure à celle de la mutation POLE initiatrice (médiane 40 [range 23-96). Ces deux résultats suggèrent que le phénomène d'accélération de la survenue des mutations a commencé avant l'apparition de la mutation somatique de POLE. En effet, l'analyse des différents bursts de mutations montre que les signatures mutationnelles des tumeurs, dominées par les signatures MMR, n’ont été que légèrement modifiées après l'apparition de la mutation POLE. Des altérations somatiques récurrentes précoces (VAF supérieure à celle de la mutation somatique de POLE) et définies comme pathogéniques ont été observées dans SETD2 (9/12), TP53 (9/12), NF1 (9/12), EPHB2 (8/12) et DICER1 (7/12). Seule la moitié des tumeurs surexprimait PDL1 en immunohistochimie et cette surexpression n'était pas associée à une charge de mutation tumorale plus élevée.

Conclusion. Les gliomes associés au CMMRD ont une oncogenèse spécifique avec des voies de signalisation et des mutations différentes de celles habituellement observées dans les GBM pédiatriques ou adultes de survenue sporadique. Les altérations fréquentes dans les voies MAPK ou DNA-PK, par exemple, peuvent suggérer l'utilisation d'autres thérapies ciblées en dehors des inhibiteurs de PD1.

Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Jane MERLEVEDE, Philippe DENIZEAU, Felipe ANDREIUOLO, Pascale VARLET, Stéphanie PUGET, Kevin BECCARIA, Thomas BLAUWBLOMME, Odile CABARET, Nadim HAMZAOUI, Franck BOURDEAUT, Cécile FAURE-CONTER, Martine MULERIS, Chrystelle COLAS, Tiphaine ADAM DE BEAUMAIS, David CASTEL, Etienne ROULEAU, Laurence BRUGIERES, Jacques GRILL, Marie Anne DEBILY

10:00 - 11:00 #28293 - P103 Identification des difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer par les cliniciens et effet sur la détresse : étude observationnelle prospective auprès de femmes s’adressant en oncogénétique en Allemagne, Espagne et France.

P103 Identification des difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer par les cliniciens et effet sur la détresse : étude observationnelle prospective auprès de femmes s’adressant en oncogénétique en Allemagne, Espagne et France.

Les tests de panel de gènes estimant le risque de cancer et leurs résultats peuvent être source d’interprétation difficile et de détresse chez les patients. L’objectif de cette étude était d’évaluer dans quelle mesure les cliniciens en oncogénétique repèrent les difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer chez des femmes à haut risque de cancer du sein. Il s’agissait également d’évaluer si un repérage adéquat, une sous- ou surestimation des difficultés pouvaient résulter en une détresse plus importante chez ces femmes, et si le niveau de détresse pouvait être affecté par le type de résultat de test.  

L'étude est prospective observationnelle et menée auprès de dyades patiente-clinicien dans des services d’oncogénétique en Allemagne, Espagne et France, impliquant 709 patientes (taux de participation, 83.4%) et 31 cliniciens (taux de participation, 100%). L’accord patiente-clinicien sur les difficultés psychosociales perçues a été mesuré à l’aide du questionnaire portant sur les "Aspects Psychosociaux liés au Cancer Héréditaire (PAHC)" complété indépendamment par les cliniciens et les patientes après la consultation initiale. Ce questionnaire porte sur différents domaines de difficultés liées à la prédisposition héréditaire, l’impact du test sur le plan pratique, la communication familiale, les enfants et le fait de vivre avec le cancer. Les taux (nombre et pourcentage) et les degrés (coefficients Kappa) d’accord ont été calculés. Les niveaux de détresse ont été mesurés grâce à l’échelle "Anxiété et Dépression (HADS)” après la consultation initiale (T1) et de remise de résultat (T2).

Les degrés d’accord sur la perception des difficultés par les patients et les cliniciens sont apparus très modestes, avec des coefficients Kappa allant de 0.001 à 0.17. Les difficultés ont été généralement sous-estimées, dans la plupart des domaines du PAHC. Les niveaux de détresse des patientes, faibles en moyenne, se sont révélés stables de T1 à T2, quels que soient le jugement adéquat ou inadéquat des cliniciens à propos de la présence ou non de difficultés, ou le type de résultat de test génétique. Néanmoins, des scores au HADS de plus de 12 soulignant la nécessité d’une orientation psychologique ont été observés chez près de 30% des patientes. Ces niveaux de détresse > à 12 ont été observés spécifiquement là où le clinicien sous-estimait ou évaluait correctement la présence de difficultés émotionnelles.

Ces résultats suggèrent la nécessité d’améliorer l’appréciation des besoins d’orientation psychologique des patientes s’adressant en oncogénétique face au risque élevé de cancer du sein. Améliorer l’évaluation des difficultés émotionnelles mais aussi le processus d’orientation vers un accompagnement psychologique lorsque des difficultés ont été correctement repérées permettrait de minimiser la détresse chez les patientes qui en présentent au cours de la démarche en oncogénétique.

Anne BRÉDART (Paris), Jean-Luc KOP, Antoine DE PAUW, Alejandra CANO, Dominique STOPPA-LYONNET, Sylvie DOLBEAULT

10:00 - 11:00 #28582 - P108 Séquençage haut débit avec barcodes moléculaires pour la génétique du rétinoblastome.

P108 Séquençage haut débit avec barcodes moléculaires pour la génétique du rétinoblastome.

Le rétinoblastome est une tumeur maligne pédiatrique de la rétine résultant de l’inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur RB1 dans une cellule rétinienne ou, dans de rares cas, à l’amplification somatique du gène MYCN. Dans près de la moitié des cas, il existe une prédisposition génétique avec la présence au niveau constitutionnel d’un variant pathogène du gène RB1 alors que le rétinoblastome non héréditaire est principalement causé par l'inactivation des deux allèles RB1 au niveau somatique. Plusieurs polymorphismes ont été rapportés comme biomarqueurs du risque de rétinoblastome, de son agressivité ou de son invasion. L’analyse génétique de l’ADN tumoral à la recherche des deux variants pathogènes du gène RB1 est l’examen le plus informatif. A ce jour, cette analyse n’est possible que chez les patients traités par énucléation. Cependant, l’augmentation de l’utilisation de traitements conservateurs a fait chuter le taux d’énucléation. De récentes études ont montré que l'ADN tumoral circulant issu de l’humeur aqueuse peut être analysé chez les patients atteints de rétinoblastome. Nous avons mis au point une nouvelle méthode de séquençage haut débit analysant un panel de gènes avec utilisation de barcodes moléculaires, aussi appelés UMI (Unique molecular identifiers), permettant une détection très sensible de la prédisposition génétique et des biomarqueurs du rétinoblastome en une seule analyse. Il s'agit de la première utilisation des UMI pour la génétique du rétinoblastome. Ce panel de gènes permet de détecter les variants ponctuels de RB1, y compris les variants en mosaïque faible, les réarrangements de grande taille de RB1 dont la perte d’hétérozygotie, les amplifications de MYCN, et des facteurs modificateurs du risque de rétinoblastome ou autres biomarqueurs.  Il a été évalué sur 30 échantillons provenant de 23 patients atteints de rétinoblastome. Cette technique permet d’étudier l’ADN extrait de différents fluides biologiques : de l’ADN génomique extrait de sang total, de l’ADN tumoral extrait de fragment tumoral, d'humeur aqueuse ou de plasma. L'accès à l'ADN tumoral circulant améliore le diagnostic de la prédisposition génétique chez les patients bénéficiant d’un traitement conservateur et donne accès à des biomarqueurs pouvant guider la stratégie thérapeutique.

Jessica LE GALL, Jessica LE GALL (Paris), Catherine DEHAINAULT, Camille BENOIST, Alexandre MATET, Livia LUMBROSO-LE ROUIC, Isabelle AERTS, Irène JIMENEZ, Gudrun SCHLEIERMACHER, Claude HOUDAYER, François RADVANYI, Eléonore FROUIN, Victor RENAULT, François DOZ, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Nathalie CASSOUX, Lisa GOLMARD

10:00 - 11:00 #28689 - P113 Intérêt et limites du NGS dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein.

P113 Intérêt et limites du NGS dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein.

On estime que 2 à 4% des cancers du rein surviennent dans un contexte de prédisposition génétique. Selon les recommandations françaises établies par le réseau PREDIR (PREDispositions aux tumeurs du Rein), en cas de suspicion d’une prédisposition génétique au cancer du rein, les laboratoires effectuent l’analyse d’un panel de gènes incluant à minima les gènes VHL, FLCN, FH, MET et SDHB en raison du risque reconnu de cancer du rein associé à la détection d’un variant pathogène.

Selon l’évolution des connaissances, les laboratoires incluent régulièrement de nouveaux gènes « recherche » à ce panel. Les variants dans ces gènes sont rendus au prescripteur à la discrétion des laboratoires effectuant l’analyse.

Nous avons repris rétrospectivement les analyses des patients analysés en NGS sur 18 gènes : VHL, SDHB, FLCN, MET, FH, BAP1, SDHC, SDHD, SDHA, SDHAF2, TMEM127, MAX, CDC73, PTEN, MITF, HNF1b, CDKN2B, PBRM1, TP53. L’objectif principal de ce travail était d’étudier la fréquence de détection et la répartition des anomalies au sein de notre panel et de discuter l’intérêt d’une analyse systématique de certains gènes.

 

              Au total, 742 patients avec un cancer du rein ont été analysés. L’âge moyen au diagnostic était 45 ans, 117 patients présentaient des tumeurs multiples, 130 une histoire familiale de cancer du rein, 56 des signes associés pouvant faire évoquer une forme syndromique. L'histologie était renseignée pour 834 des 857 tumeurs.

Le séquençage a permis la détection d’un variant pathogène ou probablement pathogène (VP) chez 33 patients (4,5%) et la détection de variants de signification inconnue (VSI) chez 55 (7,4%). Dix-neuf VP ont été détectés dans les principaux gènes de prédisposition ainsi qu’une majorité de VUS (56%).

La détection d'un PV était significativement associée à la présence d'une autre tumeur ou de signes associés chez le cas index, et à des antécédents familiaux. Elle était plus fréquente dans certains types histologiques.

 

L’analyse en NGS nous a permis d’analyser en parallèle plusieurs gènes susceptibles d’être impliqués dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein, quels que soient l’histologie et le contexte clinique dans le cadre des indications du réseau PREDIR. Cette approche semble particulièrement efficace dans les formes syndromiques et certains sous types histologiques et a parfois permis de corriger certains diagnostics.  Le nombre important de VSI implique de développer les études tumorales ou d’autres approches pour mieux classer ces variants. Le rendement de détection est meilleur si l’on augmente le nombre de gènes analysés mais reste globalement faible, faisant suspecter une part importante de facteurs génétiques et/ou environnementaux inconnus à ce jour. Un travail national est en cours pour harmoniser les pratiques entre laboratoires, définir le « meilleur » panel à proposer chez les patients susceptibles d’avoir une prédisposition au cancer du rein et leur proposer une surveillance adaptée.

Elise PIERRE-NOEL (Nantes), Pascaline BERTHET, Marc PLANES, Julie TINAT, Patricia FERGELOT, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Carole CORSINI, Sophie NAMBOT, Laurence VENAT, Sandra FERT-FERRER, Bertrand ISIDOR, Clémentine LEGRAND, Fabienne PRIEUR, Sophie DUSSART, Jessica MORETTA, Thomas SIMONET, Béatrice CHAMBE, Caroline ABADIE, Sophie GIRAUD

10:00 - 11:00 #28290 - P118 Profil mutationnel des carcinomes rénaux papillaires métastatiques.

P118 Profil mutationnel des carcinomes rénaux papillaires métastatiques.

Introduction :

Les carcinomes rénaux papillaires (papRCC) sont des tumeurs rares, représentant 15 à 20 % des carcinomes à cellules rénales (RCC). Parmi eux, on distingue classiquement 2 sous-types histologiques, le type 1 (papRCC type 1) et le type 2 (papRCC type 2), pouvant co-exister au sein d’une même tumeur (papRCC mixte). Cliniquement, les papRCC type 2 semblent associés à un moins bon pronostic. Une évolution métastatique survient dans 6-10% des cas, avec un pronostic sombre. Le profil mutationnel des papRCC a été peu exploré mais l’étude menée par The Cancer Genome Atlas en 2015 sur 157 tumeurs a montré que les gènes les plus fréquemment mutés étaient MET, FAT1, SETD2 et NF2.

L'objectif de notre étude était de définir une signature mutationnelle spécifique des papRCC métastatiques en vue d’identifier des facteurs prédictifs et de potentielles cibles thérapeutiques pour ce cancer dont le pronostic reste très péjoratif.

Matériel et méthodes :

A partir d’une cohorte monocentrique rétrospective de 242 patients atteints de papRCC, opérés dans les hôpitaux Necker ou Georges Pompidou (Paris) entre 2010 et 2020, nous avons identifié 24 patients (10%)  ayant développé des métastases synchrones (n=11) ou métachrones (n=13).

Pour chacun, nous avons collecté les données clinicopathologiques et avons étudié les profils génétiques et immunohistochimiques des tumeurs primaires.

Nous avons réalisé l’étude génétique somatique (ADNs tumoraux extraits de fragments congelés ou FFPE) par NGS grâce à un panel maison (Twist Bioscience®) ciblé de 29 gènes impliqués dans la tumorigenèse rénale. Les immunohistochimies ont été réalisées par Tissue MicroArray utilisant 14 anticorps ciblant FH, SMARCB1, SMARCA4, TFE3, MET, BAP1, PBRM1, 4-EBP1-P, S6K-P, PDL1, CD3, CD8, CD163 et CD20.

Résultats :

Parmi les 24 papRCC primaires analysés, deux étaient de type 1, 7 de type 2, deux mixtes, 12 inclassables et un biphasique.

Des variations somatiques pathogènes (VP) ou probablement pathogènes (VPP) ont été identifiées dans 58% des tumeurs primaires analysées (14/24). Le nombre d'anomalies identifiées était multiple dans 8 cas. Des VP/VPP ont été trouvées dans les gènes SMARCB1 (n=4), NF2 (n=4), MET (n=3), BAP1 (n=3), VHL (n=3), SETD2 (n=2), PBRM1 (n=2), FH (n=1), KDM6A (n=1), TP53 (n=1), TSC1 (n=1) et TSC2 (n=1). Les résultats du phénotypage immunohistochimique sont en cours d'analyse.

Conclusion :

Les anomalies des gènes SMARCB1 et NF2 sont les plus fréquemment retrouvées dans notre série de papRCC métastatiques, avec une fréquence de 17% pour chacun d'eux. Dans l'étude du TCGA qui comprenait seulement 5 tumeurs métastatiques sur 157 papRCC étudiés, des mutations de ces gènes avaient également été rapportées mais avec une fréquence moindre (2.5% et 6.4% respectivement). Nos résultats suggèrent donc que des mutations des gènes SMARCB1 et NF2 pourraient être des facteurs prédictifs précoces d'évolution métastatique chez les patients atteints de papRCC.

Léa COLLIGNON, Fanny REINHART, Tom DROSSART, Isabelle RONCELIN, Astrid RAMAHEFASOLO, Claudia SPANGENBERG, Marc-Olivier TIMSIT, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Virginie VERKARRE, Nelly BURNICHON (PARIS)

10:00 - 11:00 #27854 - P123 Réflexions et enjeux stratégiques sur la réanalyse, les bases et partages de données dans les maladies rares dans le cadre du Plan France médecine génomique 2025.

P123 Réflexions et enjeux stratégiques sur la réanalyse, les bases et partages de données dans les maladies rares dans le cadre du Plan France médecine génomique 2025.

Au cours de la dernière décennie, le séquençage haut débit pangénomique (STHD) a révolutionné le diagnostic et la recherche médicale. Son utilisation massive a permis d’identifier de nombreux nouveaux gènes responsables de maladies rares (MR). Par ailleurs, depuis quelques années, le STHD est transféré en diagnostic en France, et depuis 2016 dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) qui ambitionne de réaliser à terme un séquençage de génome entier chez 17.000 patients atteints de MR par an. La réanalyse des données, la constitution et/ou la participation à des bases de données (de variations génomique gènes d’intérêt) et le partage de données à l’échelle nationale et internationale sont des enjeux médicaux, scientifiques et stratégiques majeurs. C’est dans ce contexte que le CAD (Collecteur Analyseur de Données) a été créé.  Il a pour objectif de rassembler l’ensemble des données génomiques issues du PFMG2025 et proposera des outils d’aide à l’interprétation à la fois dans le cadre du soin et de la recherche.

Dans le cadre du soin, la réanalyse des données peut être réalisée pour chaque patient individuellement à la demande du prescripteur, devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou de nouvelles hypothèses diagnostiques. Une réanalyse systématique et prospective des données de l’ensemble des patients dont les résultats ont été négatifs/non conclusifs s’avère particulièrement efficace. Dans la déficience intellectuelle par exemple, chaque réanalyse annuelle des données d’exome identifie le diagnostic chez environ 5-7% de ces patients.

Dans le cadre de la recherche, l’enjeu est également crucial puisqu’un élément clé pour confirmer un lien de causalité entre une MR et un nouveau gène candidat est d'identifier plusieurs individus non apparentés présentant des phénotypes chevauchants et porteurs de variations génomiques dans le même gène avec le même modèle d'hérédité. La réanalyse ciblée des données à la demande des chercheurs sur une hypothèse donnée ou la mise à disposition de bases de données de variations candidates d’intérêt (telles que de novo-db par exemple) ont déjà fait la preuve de leur intérêt, de même que le partage de ces variations sur des plateformes internationales (telles que Matchmaker Exchange).

A l’échelle du CAD, et dans l’hypothèse d’une réanalyse prospective massive des données pour lutter contre l’impasse diagnostique et favoriser la recherche dans les MR, deux axes majeurs du PNMR3, des réflexions s’imposent pour déterminer la stratégie et les outils à déployer à l’échelle nationale. Un groupe de travail dédié dans le cadre du PFMG2025 a été mis en place à cet effet. Nous proposons de présenter ses réflexions, ses orientations et les stratégies proposées pour optimiser la réanalyse, les bases et le partage des variations génomiques d’intérêt dans le cadre du PFMG2025.

Christel THAUVIN (DIJON), Frédérique NOWAK, Abdelkader AMZERT, Diane GOZLAN, Damien SANLAVILLE, Julien THEVENON, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Catherine BOILEAU, Laurence FAIVRE, Patrick NITSCHKÉ, Yannick DUFFOURD, David SALGADO, Alban LERMINE, Alain VIARI, Etienne ROULEAU, Gudrun SCHLEIEIRMACHER, Pierre LAURENT-PUIG, Dominique STOPPA-LYONNET, Yves VANDENBROUCK, Franck LETHIMONNIER, Laurent CASTERA

10:00 - 11:00 #27850 - P128 Veille bibliographique prospective intensive et réanalyse ciblée: la grep analysis, une stratégie efficace pour des diagnostics rapides.

P128 Veille bibliographique prospective intensive et réanalyse ciblée: la grep analysis, une stratégie efficace pour des diagnostics rapides.

Introduction: Le séquençage d’exome/genome (ES/GS) entraine régulièrement d’implications de nouveaux gènes ou l’extension phénotypique de gènes déjà connus en pathologie humaine. La réanalyse prospective complète des données d’ES/GS a démontré son efficacité avec un rendement diagnostique additionnel de 10.5% à 32%, mais se heurte à des difficultés organisationnelles importantes pour les laboratoires de diagnostic. Des alternatives moins chronophages ont été discutées comme des réanalyses complètes à la demande du patient et/ou du clinicien, ou ciblées devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou hypothèses diagnostiques. Il est possible d’interroger une grande quantité de données génomiques de façon ciblée, par une ligne de commande nommée grep. Celle-ci n’a été utilisée à ce jour, qu’en cancérologie afin de rechercher des fusions de gènes ou des insertions Alu. Nous présentons une stratégie de réanalyse innovante basée sur une veille bibliographique prospective intensive associée à une recherche ciblée par ligne de commande grep directement appliquée à notre base de données de plus de 6000 exomes.

Méthodes: Depuis avril 2019, nous soumettons quotidiennement 5 mots-clés d’intérêt sur PubMed : intellectual disability, (neuro)developmental delay, (neuro)developmental disorder. Chaque gène nouvellement identifié en pathologie humaine ou dans un nouveau phénotype a été « greppé » dans les 6000 VCF de notre base de données d’ES, avec une ligne de commande Linux et un script à façon afin de collecter toutes ses variations.

Résultats: En 24 mois, 199 gènes sont « greppés » dans 6000 ES dont 2366 cas index avec anomalies du développement/déficience intellectuelle (1550 avec un résultat négatif ou non concluant) et 656 de leurs apparentés. Parmi ces 199 gènes, au moins 78 étaient nouvellement impliqués en pathologie humaine, ou dans un phénotype différent. 89 variations candidates sont identifiées chez 88 cas index. Après discussion pluridisciplinaire, validation Sanger et ségrégation familiale, un diagnostic causal est confirmé pour 26/199 greps (13%) chez 31/1550 cas index (2%) ; des variations de signification incertaine (VSI) sont identifiées pour 24/199 greps (12%) chez 38/1550 cas index (2,5%), dont 37.5% sont inclues dans des collaborations internationales. Le délai entre la publication et le compte-rendu était en moyenne de 2.1 mois. Les journaux Am J Hum Genet, Brain, J Med Genet et Genet Med étaient les plus contributifs conduisant à 32% des diagnostics.

Conclusion: Cette stratégie de réanalyse s’avère efficace et conduit à des diagnostics rapides. Une veille bibliographique prospective intensive appliquée à une base de données d’ES importante apparait efficace et s’avère moins laborieuse qu’une réanalyse périodique complète pour les laboratoires. L’utilisation d’outils de veille bibliographique automatisés, par intelligence artificielle par exemple, pourrait être une piste intéressante à explorer pour optimiser cette stratégie.

Frédéric TRAN MAU-THEM (Dijon), Alexis OVERS, Ange-Line BRUEL, Romain DUQUET, Tharreau MYLENE, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Antonio VITOBELLO, Arthur SORLIN, Hana SAFRAOU, Sophie NAMBOT, Sebastien MOUTTON, Caroline RACINE, Camille ENGEL, Melchior DE GIRAUD D'AGAY, Daphne LEHALLE, Alice GOLDENBERG, Marjolaine WILLEMS, David GENEVIEVE, Alain VERLOES, Yline CAPRI, Laurence PERRIN, Jacquemont MARIE-LINE, Laetitia LAMBERT, Elodie LACAZE, Julien THEVENON, Charlotte DUBUCS, Varoona BIZAOUI, James LESPINASSE, Sandra MERCIER, Emilie TISSERANT, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN

10:00 - 11:00 #28076 - P133 Diagnostic clinique typique et résultats moléculaires de première intention négatifs: quand le séquençage du génome et l'intégration de la transcriptomique aident à diagnostiquer les maladies mendéliennes rares et inexpliquées.

P133 Diagnostic clinique typique et résultats moléculaires de première intention négatifs: quand le séquençage du génome et l'intégration de la transcriptomique aident à diagnostiquer les maladies mendéliennes rares et inexpliquées.

Les anomalies du développement sont extrêmement hétérogènes, mais les caractéristiques cliniques typiques associées aux syndromes OMIM, avec gènes bien connus, représentent une aide précieuse dans l'identification des variants génétiques. Cependant, les investigations génétiques de première intention telles que le séquençage ciblé, les panels de gènes ou le séquençage de l'exome peuvent ne pas mener à un diagnostic moléculaire, entraînant une multiplication de tests diagnostiques.

Nous avons recruté 15 personnes avec un diagnostic clinique typique OMIM avec un mode de transmission autosomique récessif et un seul variant hétérozygote identifié par des tests génétiques de première intention (8/15), ou avec une transmission autosomique dominante ou liée à l'X et sans variant causal identifié (7/15). Nous avons appliqué une analyse en deux étapes comprenant le séquençage du génome en solo (GS) complétée par une analyse transcriptomique (ARNm-seq) dans des échantillons sanguins ou de fibroblastes si nécessaire.

Le GS à lui seul a identifié cinq variants (SNVs/indels) causals, tous manqués par les tests ciblés de première intention, et quatre variants structurels (SVs) (dont deux délétions (6,5 kb et 4,2 kb), une translocation équilibrée et un réarrangement complexe). L'analyse de l'ARNm-seq a permis de valider l’effet délétère de deux réarrangements complexes détectés par GS et qui ont pu être résolues par cartographie optique et GS long read. Il a également permis de mettre en évidence un SV et un SNV intronique profond non identifié auparavant par GS seul.

Nous montrons que les pathologies OMIM typiques avec des résultats de première intention négatifs ou non concluants peuvent être résolus par un déploiement séquentiel de GS et ARNm-seq. Ces approches nous ont permis de confirmer un diagnostic moléculaire dans 87% (13/15) de notre cohorte. Dans l'ensemble, GS et ARNm-seq peuvent être intégrés dans la routine de diagnostic, permettant d'établir de nouveaux diagnostics moléculaires non identifiables par des approches standard.

Estelle COLIN (ANGERS), Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Emilie TISSERANT, Simon VERDEZ, Thomas BESNARD, Alice GOLDENBERG, Benjamin COGNE, Bertrand ISIDOR, Arthur SORLIN, Sébastien MOUTTON, Julian DELANNE, Ange-Line BRUEL, Frédéric TRAN MAU-THEM, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Mélanie FRADIN, Christele DUBOURG, Magali GORCE, Dominique BONNEAU, Salima ELCHEHADEH, Francois-Guillaume DEBRAY, Martine DOCO FENZY, Kevin UGUEN, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Damien SANLAVILLE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Antonio VITOBELLO

10:00 - 11:00 #28652 - P138 Utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostic.

P138 Utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostic.

L’évolution des techniques de caractérisation génomique et épigénétique a toujours été l'un des fers de lances de la biologie moléculaire moderne et a incontestablement permis des découvertes scientifiques majeurs au cours des dernières décennies. En effet, les technologies de séquençage n'ont cessé d'innover et d'évoluer pour fournir des outils puissants capables d’explorer le génome et l'épigénétique à travers une myriade d’applications qui font dorénavant partie de l’arsenal de dispositifs utilisables aussi bien en recherche que dans les laboratoires d’analyses médicales. Ainsi l’arrivé de nouvelles technologies capables de détecter des altérations indécelables avec les appareils de séquençage déjà en place, avec un coût moindre, un débit plus élevé et/ou une vitesse plus rapide a toujours suscité un grand intérêt pour faire progresser la biologie moléculaire. Ces dernières années, l'intérêt du séquençage par Nanopores s'est progressivement accru dans ce domaine du fait de ces caractéristiques uniques. Techniquement, le séquençage par Nanopore est basé sur la détection en temps réel du changement de courant ionique provoqué par le passage d'un acide nucléique à travers un pore nanométrique intégré dans une membrane électriquement résistante. La technologie de séquençage par Nanopore permet ainsi de distinguer les différents types de nucléotides et donc de séquencer les acides nucléiques sans étapes de synthèses mais aussi de détecter directement les modifications de bases tel que la méthylation des cytosines sans traitement chimique.

Basé sur l’expérience que nous avons acquis de l’utilisation du séquençage par Nanopore depuis 2018 au sein du service d’oncogénétique de l’institut Curie et en particulier sur le méthylome, le low-coverage whole-genome sequencing et la résolution de variants structuraux complexes, nous proposons de faire le point sur ce type de séquençage et sur ses potentielles utilisations applicables en routine diagnostic.

Malgré certaines limitations importantes comme une précision de lecture moindre par rapport aux technologies de séquençage short-read couramment utilisées, le séquençage par Nanopore possède néanmoins des caractéristiques uniques couplées à une simplicité d’utilisation, a un rendu de résultat extrêmement rapide et à son impressionnante possibilité très récemment décrite d’enrichissement contrôlé informatiquement (ou adaptive sampling en anglais). Son utilisation était jusqu’à maintenant plutôt réservé à un usage en recherche mais il y a fort à parier que le séquençage par Nanopore vienne progressivement s’implémenter dans nos laboratoires d’analyses médicales pour des indications précises, seul ou en complément d’autres techniques d’analyse moléculaire déjà en place.

Julien MASLIAH-PLANCHON (Paris), Elodie GIRARD, Abderaouf HAMZA, Christine BOURNEIX, Dominique STOPPA-LYONNET, Victor RENAULT, Nicolas SERVANT, Olivier DELATTRE

10:00 - 11:00 #28215 - P143 L’accumulation de mutations délétères hétérozygotes chez la souris altère la spermatogenèse, indication de l’importance de l’oligogénisme dans l’infertilité masculine.

P143 L’accumulation de mutations délétères hétérozygotes chez la souris altère la spermatogenèse, indication de l’importance de l’oligogénisme dans l’infertilité masculine.

L'infertilité masculine est un problème de santé majeur présentant une importante étiologie génétique. Malgré les apports récents du séquençage haut débit qui a permis l’identification de nombreux facteurs génétiques, l'efficacité diagnostique globale de l’infertilité reste faible. En effet, alors que des défauts génétiques ont été associés à plus de 50 % des anomalies rares et graves du spermogramme, les rendements diagnostiques pour les formes communes et modérées d'infertilité masculine, telles que l'oligozoospermie, demeurent inférieurs à 20 %. Comme seule la transmission mendélienne monogénique est actuellement étudiée, nous avons émis l'hypothèse que la faible efficacité diagnostique pourrait être au moins partiellement due à une étiologie complexe. Ainsi, nous suggérons que de nombreux cas inexpliqués d'infertilité masculine pourraient être liés à des défauts oligogéniques, c'est-à-dire à l'accumulation de plusieurs variants délétères hétérozygotes dans des gènes distincts, mais fonctionnellement connectés. Nous avons testé cette hypothèse en étudiant la fertilité et les paramètres spermatiques chez des souris mâles possédant entre une et quatre mutations tronquantes hétérozygotes, qui, dans leur forme bi-allélique, induisent des syndromes d’anomalies morphologiques multiples du flagelle (MMAF). Nos résultats indiquent une détérioration progressive des paramètres de morphologie et de motilité des spermatozoïdes en corrélation directe avec le nombre de mutations hétérozygotes, chaque nouveau variant diminuant davantage la qualité du spermatocytogramme. Il s'agit du premier rapport d’une hérédité oligogénique de l’infertilité masculine, et les résultats présentés ici suggèrent fortement que l'hétérozygotie oligogénique pourrait expliquer une proportion significative des causes de l'asthénotératozoospermie. Ce projet ouvre la voie à d'autres études, chez la souris - pour confirmer que l'accumulation de défauts génétiques hétérozygotes est associée à d'autres anomalies du sperme comme l'azoo/oligozoospermie et chez l'homme, pour évaluer l'importance des défauts oligogéniques dans l'infertilité masculine idiopathique, afin d'améliorer l’efficacité des diagnostiques génétiques.

Guillaume MARTINEZ, Corinne LOEUILLET, Caroline CAZIN, Magalie BOGUENET, Emeline LAMBERT, Magali DHELLEMMES, Jean-Pascal HOGRAINDLEUR, Charline VILPREUX, Jana MURONOVA, Zine-Eddine KHERRAF, Yasmine NEIRIJNCK, Jessica ESCOFFIER, Serge NEF, Pierre RAY, Christophe ARNOULT, Charles COUTTON (Grenoble)

10:00 - 11:00 #28705 - P148 Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

P148 Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

F Ghieh, AL Barbotin, C Leroy, N Swierkowsky-Blanchard, J Fortemps, C Le Sciellour, C Hue, B Herve, S Jaillard^,, M Albert, M Bailly, V Izard, F Marcelli, J Pravisoran, V Serazin, M Delcroix, HJ Garchon, A Louboutin, B Mandon-Pepin, S Ferlicot, F Vialard

Introduction : Les arrêts de maturation testiculaires (AM) sont à l’origine de la forme la plus sévère d’infertilité masculine, « l’azoospermie non-obstructive », avec absence de production de spermatozoïde. L’identification des étiologies de cette pathologie est donc un enjeu dans le cadre de la prise en charge des patients, pour lesquels une biopsie testiculaire (BT) est réalisée. Avec l’émergence des nouvelles technologies d’analyse du génome: analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et/ou l’analyse de l’exome (WES), différentes anomalies génétiques sont rapportées comme à l’origine des AM chez les patients. En revanche, aucune de ces analyses génomiques n’a été introduite dans la routine clinique de prise en charge des patients.

Matériel et méthodes : 26 patients avec AM homogènes sur l’ensemble des tubes séminifères ont été inclus dans cette étude. Pour chaque patient, une SNP-ACPA et un WES ont été réalisés. Tous les variants considérés comme pathogènes ont été validés par méthode Sanger, et une étude de l’expression de la protéine sur coupe testiculaire des patients et de contrôles a été réalisé.

Résultats : Aucune anomalie du nombre de copies n’a été identifiée en ACPA permettant d’expliquer l’AM, pour l’ensemble des patients. En réalisant le WES, il a été identifié des mutations homozygotes et hétérozygotes composites chez 15 patients.

Discussion et perspectives : Ces résultats ont confirmé l'étiologie génétique de la plupart des patients avec AM, avec une fréquence supérieure à 50 % dans l'ensemble de la cohorte, et 100 % en ne considérant que les patients consanguins. Ils confirment la très grande hétérogénéité génétique des arrêts de maturation testiculaires. Les variants identifiés dans cette étude affectent non seulement des gènes méiotiques déjà associés à l’AM dans la littérature, mais aussi de nouveaux gènes testiculaires décrits seulement chez la souris. Ces résultats plaident pour proposer un WES aux patients atteints d'AM identifié après la BT afin d'éviter une deuxième chirurgie, même si, à l'heure actuelle, il faut prendre en considération la complexité d'une telle procédure. Davantage de données sont encore probablement nécessaires pour proposer un WES avant la chirurgie, même si une telle analyse doit être rapidement mise en place pour les patients consanguins.

Farah GHIEH, François VIALARD (Poissy)

10:00 - 11:00 #28374 - P158 Estimation des matrices d’apparentement et de fraternité sur données de séquençage à faible profondeur.

P158 Estimation des matrices d’apparentement et de fraternité sur données de séquençage à faible profondeur.

Même en l’absence d’informations de nature généalogique, les données génomiques peuvent être utilisées pour estimer les coefficients d’apparentement et de fraternité — la probabilité de partager deux allèles héritées d’un ancêtre commun — de deux individus. Les matrices qui contiennent les valeurs de ces coefficients pour toutes les paires d’individus d’un échantillon sont appelées, respectivement, matrices d’apparentement et de fraternité. Une grande variété de méthodes ont été proposées pour leur estimation ; elles peuvent être calculée également pour des individus considérés comme non apparentés. Elles sont utiles dans un grand éventail de situation, par exemple pour l’estimation de l’héritabilité (additive et de dominance) ou pour la prise en compte d’une structure de population dans les analyses d’association avec le génome entier.

 

La méthode d’estimation la plus simple qui a été proposée pour des données génétiques, dite « méthode des moments », peut-être facilement transposée au cas de données de séquence ; cependant, pour des données de séquences peu profondes (inférieure à 10x) elle produit des estimateurs biaisés. Nous proposons ici une méthode simple et robuste pour estimer et compenser le biais de ces estimateurs.

 

Les propriétés de la méthode sont illustrées sur des données simulées à partir des données généalogiques de la population isolée du Cilento (Italie), ce qui permet d’obtenir un échantillon d’individus avec un large éventail de coefficients d’apparentement et de fraternité connus. Notre méthode est plus rapide que les logiciels existants pour l’estimation de l’apparentement sur des données de séquence peu profondes, et d’une précision comparable. De plus les méthodes existantes nécessitent l’application de logiciels tiers, ou reposent sur des modèles statistiques qui pourraient ne pas toujours être pertinents. En revanche, notre package R LoKi, disponible sur github à l’adresse https://github.com/genostats/LoKi/, est autonome et sa flexibilité lui permet de traiter des données de faible profondeur issues de scénarios divers.

Anthony Francis HERZIG (Brest), Marina CIULLO, Anne-Louise LEUTENEGGER, Hervé PERDRY

10:00 - 11:00 #27935 - P163 Projet IGPrare : Face aux enjeux médicaux et éthiques universels liés à l’information génétique des apparentés dans le cadre des maladies rares, faire émerger des solutions par une stratégie de recherche synergique entre approches nationale et européenne.

P163 Projet IGPrare : Face aux enjeux médicaux et éthiques universels liés à l’information génétique des apparentés dans le cadre des maladies rares, faire émerger des solutions par une stratégie de recherche synergique entre approches nationale et européenne.

L’annonce d’un diagnostic de maladie génétique à un patient implique souvent pour lui la nécessité morale, voire légale, d’en informer sa parentèle à risque. L’objectif de cette Information Génétique de la Parentèle (IGP) est i) de permettre une prise en charge plus précoce des apparentés malades en limitant l’errance diagnostique,  ii) de mettre en place des mesures préventives en informant les futurs parents.

Les enjeux médicaux et éthiques entourant l’IGP en font une problématique universelle, à laquelle les pays ont répondu différemment pour des raisons culturelles, de pratique médicale, d’organisation du système de santé et de cadre légal.

En France la réglementation encadre de manière très stricte l’IGP, qui est légalement obligatoire depuis 2011. A partir d’une situation décrite comme particulièrement difficile par certains patients et associations de malades, est né IGPrare, une recherche collaborative et transversale fondée sur l’expérience de malades ayant dû informer leurs apparentés (soutenue par l'Agence de Biomédecine). L’objectif est de comprendre les mécanismes en jeu lors de l’IGP et de proposer des améliorations concrètes.

En synergie avec cette étude de la situation française, il nous a paru nécessaire de documenter à l’échelle européenne les difficultés rencontrées, mais aussi de mettre en lumière la diversité des solutions médicales, réglementaires ou associatives mises en place pour y répondre.

Favoriser l’échange de solutions originales entre pays européens afin de niveler par le haut les pratiques médicales est d’ailleurs au cœur de l’activité d’Eurordis, la fédération européenne d’associations de maladies rares, dont 80% sont génétiques. Partenaire naturel d’un tel projet, Eurordis y apporte ses compétences, sa légitimité et ses ressources logistiques, depuis l’élaboration et la diffusion du questionnaire au travers de son réseau, jusqu’au partage des résultats européens et français.

Nous focalisons nos recherches sur une dizaine de maladies dans six pays d’Europe, pour lesquels nous documentons le cadre légal, les modalités pratiques de réalisation de l’IGP et les expériences des patients auprès d’une cinquantaine d’associations.

Les volets français et européen ont été élaborés de façon à pouvoir se dérouler en parallèle et alimenter mutuellement leurs réflexions. Ainsi les solutions européennes viendront enrichir les débats autour de l’optimisation de l’IGP en France, réciproquement les associations européennes pourront partager les informations collectivement produites et se saisir des mécanismes déterminants de l’issue du volet français. 

Par son approche multi-maladie et européenne, IGPrare propose une analyse approfondie des mécanismes qui sous-tendent l’efficacité et l’acceptabilité de l’IGP en y intégrant notamment les paramètres culturels et législatifs influençant l’issue de cette démarche. A terme, l’objectif est de favoriser les solutions qui garantissent une meilleure qualité de vie et de prise en charge médicale.

Marion GOTTRAU (Marseille), Virginie BROS-FACER, François FAURISSON, François HOUYEZ, Annagrazia ALTAVILLA, Marion MATHIEU

10:00 - 11:00 #28213 - P168 Le rôle du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire : la perception des généticiens en Europe.

P168 Le rôle du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire : la perception des généticiens en Europe.

Introduction : L'évolution génétique rapide que nous avons eu ces dernières années a permis de mieux comprendre et de mieux gérer les maladies communes et rares et a eu un impact considérable sur le traitement et la réponse à la thérapie.  Ce développement a commencé principalement en raison de l'achèvement du projet du génome humain en 2003, qui a déclenché des avancées biotechnologiques majeures qui n'ont pas encore cessé. Par conséquent, la génétique a commencé à être considérée comme une discipline prédominante, qui peut avoir un impact sur la pratique clinique quotidienne. En effet, en raison des progrès de la génomique, un nombre croissant de directives cliniques suggèrent désormais l'intégration de tests génomiques et/ou thérapeutiques dans les soins systématiques de routine. La génétique devenant de plus en plus fondamentale dans la compréhension et la gestion des pathologies, il est nécessaire de comprendre quelle est la manière la plus efficace de prendre en charge les personnes affectées ou à risque de pathologies génétiques. Dans ce contexte, l'équipe qui s'occupe de ces patients a évolué avec l'émergence de la profession de conseillers en génétique. Cette dernière est apparue en Europe en 1980, mais elle est encore très discutée et n'est pas encore reconnue dans tous les pays européens. Objectif - L'objectif de cette recherche est d'étudier à la fois comment une équipe devrait être composée dans la prise en charge des patients atteints ou à risque de pathologies génétiques et quel devrait être le rôle du conseiller en génétique - son champ d'action et ses compétences – en Europe. Méthodologie : Nous avons réalisé une étude européenne, en soumettant un questionnaire en ligne aux médecins généticiens sur les points forts et les domaines potentiels d'amélioration sur la profession de conseiller en génétique. Après une étude bibliographique, un questionnaire en ligne composé de 15 questions a été élaboré sur la plateforme Qualtrics. Dans la première partie du questionnaire, la démographie a été étudiée, et dans la deuxième partie, la procédure du conseil génétique a été étudiée. La dernière partie concerne la composition de l'équipe et en particulier sur le rôle du conseiller en génétique. Résultats - 123 généticiens ont participé à cette étude. Il en est ressorti l'importance de la présence du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire et ce que devraient être les compétences et les qualifications du conseiller en génétique. Grâce à ces données, il a été possible de mettre en évidence les différentes approches européennes. Bien que cette nouvelle profession ait des difficultés de reconnaissance dans certains pays, il semble clair que ces professionnels hautement compétents sont essentiels dans les soins aux patients et dans l'équipe multidisciplinaire.

Francesca CATAPANO (Sienne, Italie), Mohamed EL HACHMI, Natacha KETTERER-HENG, Francesca MARI, Alessandra RENIERI, Michael MORRIS, Christophe CORDIER

10:00 - 11:00 #28256 - P173 Essai thérapeutique de phase 2 : Essai double aveugle contre placebo du Lithium chez les patients ayant un Trouble du Spectre Autistique et un Syndrome de Phelan-McDermid (LiSPheM).

P173 Essai thérapeutique de phase 2 : Essai double aveugle contre placebo du Lithium chez les patients ayant un Trouble du Spectre Autistique et un Syndrome de Phelan-McDermid (LiSPheM).

Le syndrome de Phelan-McDermid (SPM) est un trouble neurodéveloppemental rare et complexe caractérisé par un retard global de développement, des troubles du langage variant du retard d’apparition à l’absence totale de langage, une déficience intellectuelle, des symptômes autistiques et de nombreuses comorbidités somatiques notamment rénales, ophtalmologiques, gastriques. Le SPM est lié à l‘haplo insuffisance du gène SHANK3 localisé en 22q13.3 du fait d’une délétion hétérozygote de la région ou d’un variant tronquant de SHANK3. SHANK3 code une protéine d’échafaudage de la région dense post-synaptique des neurones glutaminergiques. Une méta-analyse a montré que les mutations SHANK3 concernent 0.69 % des patients atteints de TSA et sont présentes chez 2.12 % des patients présentant une déficience intellectuelle modérée à sévère. 

En vue de proposer de nouvelles stratégies thérapeutiques aux patients présentant un SPM, une étude de notre groupe a sélectionné 202 composés pharmacologiques, dont certains référencés comme approuvés par la Food and Drug Administration pour leur capacité potentielle à augmenter la transcription de SHANK3 dans les neurones glutamatergiques différenciés à partir de cellules souches humaines. Quatre composés sont apparus comme permettant d’augmenter significativement le niveau d’ARNm SHANK3 et de la protéine et, par conséquent, d’augmenter sa transmission glutamatergique. Nous avons ensuite généré des IPSc à partir de quatre individus atteints d’un TSA, porteurs de variants tronquants de SHANK3. Nous avons ainsi validé l'efficacité de ces composés dans le contexte génétique des patients. Un des composés identifiés est le carbonate de lithium (Li +).

Prescrit chez une jeune fille de 17 ans atteinte d’un TSA portant une mutation frameshift dans SHANK3, nous avons observé une amélioration significative de sa capacité à communiquer, de sa motivation sociale  (diminution du score total à la Social Responsiveness Scale après 3 mois de traitement). D’autres études rapportent une efficacité du lithium sur d’autres symptômes, en particulier les troubles du comportement. Par ailleurs, des modèles cellulaires et animaux porteurs de mutations SHANK3 confirment que le Lithium restaure l’homéostasie des synapses et réduit les comportements répétitifs chez la souris.

Le centre d’excellence autisme et trouble du neurodéveloppement (InoVAND), le laboratoire de cytogénétique de l’hôpital Robert Debré (Paris) - référant pour les TSA et SPM, et les équipes  du Pr T. Bourgeron à l’institut Pasteur vont initier un essai thérapeutique de phase II dont l’objectif principal est d’évaluer l’effet du Li + à 12 semaines sur le déficit de communication sociale chez les patients  ayant un SPM et un TSA.

Nous présenterons ici les conditions de cet essai thérapeutique à savoir ses objectifs, ses critères d’évaluations, et ses critères d’inclusion et d’exclusion. Nous partagerons également les écueils et difficultés rencontrés dans la mise en place du projet.

Anna MARUANI (Paris), Frédérique AMSELLEM, Olivier BOURDON, Myriam RACHID, Aline VITRAC, Alexandre MATHIEU, Freddy CLIQUET, Claire LEBLOND, Johnathan LEVY, Florentia KAGUELIDOU, Alexandra BENCHOUA, Sophie GUILMIN-CRÉPON, Thomas BOURGERON, Anne-Claude TABET, Richard DELORME

10:00 - 11:00 #28467 - P178 Diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies : Expérience d’une équipe française.

P178 Diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies : Expérience d’une équipe française.

Les RASopathies sont un groupe de pathologies de troubles du développement causées par des mutations germinales dans des gènes codant des protéines de la voie RAS-MAPK. Leur dérégulation peut avoir des conséquences majeures sur le développement. L’utilisation de techniques de séquençage haut débit pour le diagnostic prénatal de ces pathologies a permis d’améliorer le rendement de leur diagnostic moléculaire et de préciser les anomalies fœtales associées (1).

Cette étude dresse le bilan de trois années de diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies réalisé en soins courant.

La cohorte se compose de 104 prélèvements fœtaux adressés au laboratoire pour suspicion de syndrome de Noonan et autres RASopathies. La présence d’un variant pathogène ou probablement pathogène a été recherchée par séquençage haut débit d’un panel de 32 gènes (A2ML1, ACTB, ACTG1, BRAF, CBL, CCNK, CDC42, EPHB4, FGD1, HRAS, KAT6B, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MRAS, NF1, NRAS, NSUN2, PPP1CB, PTPN11, RAF1, RASA1, RASA2, RIT1, RRAS, SASH1, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1). Les variants sont classés selon les recommandations de l’ACMG (2). Les données échographiques au moment du diagnostic, les issues de grossesses et les éventuelles données cliniques postnatales ont été recueillies pour l’ensemble des échantillons.

Nous avons retenu 17 (16%) variants (probablement) pathogènes au sein des gènes du panel. 47% concernent le gène PTPN11. Deux variants sont identifiés au sein des gènes HRAS, RAF1 et SOS1 et un variant au sein des gènes NRAS, RIT1 et SOS2. L’analyse de la ségrégation familiale montre que la majorité de ces variants sont de novo. Un variant de signification incertaine est identifié au sein du gène RAF1 et est en cours d’exploration. Comme récemment décrit (1)(3), les fœtus atteints de RASopathies présentent le plus souvent de multiples signes d’appel échographique parmi lesquels : une clarté nucale augmentée (≥3,5 mm), la présence de sacs jugulaires persistants, un anasarque foeto-placentaire, des œdèmes sous cutanés, un épanchement pleural uni ou bilateral, une ascite, des malformations cardiaques et/ou rénales, un polyhydramnios. Un seul autre cas de variant SOS2 prénatal a été décrit très récemment (4).

Le spectre mutationnel et d’anomalies fœtales de cette cohorte française est très comparable à ce qui a été précédemment rapporté dans la littérature. Cependant, les anomalies échographiques ne sont pas spécifiques des RASopathies. La question se pose de la réalisation d’emblée d’une analyse d’exome à la recherche d’autres pathologies dont les signes d’appel échographiques pourraient être similaires mais avec le risque de découvertes incidentes (5)(6).

(1) Stuurman et al. J Med Genet. 2019;56:654-661. 

(2) Richards et al. Genet Med. 2015;17:405–424

(3) Sparks et al. N Engl J Med. 2020;383:1746-1756.

(4) Gentile et al. Am J Med Genet A. 2021;185:1897-1902.

(5) Lord et al. Lancet. 2019;393:747-757.

(6) Petrovski et al. Lancet 2019;393:758-67.

Armelle LUSCAN (Saint-Ouen-l'Aumône), Emilie ORAIN, Jean-Marc COSTA, Alexandra BENACHI, Alexandre VIVANTI

10:00 - 11:00 #28584 - P183 Recommandations NGS-DIAG : Compte-rendu d’examens de séquençage pangénomiques.

P183 Recommandations NGS-DIAG : Compte-rendu d’examens de séquençage pangénomiques.

Les présentes recommandations s’inscrivent dans la continuité de celles de l’ANPGM (BP-ANPGM_009 : élaboration d’un compte rendu de résultats obtenus par NGS) qu’elles étendent pour les examens de séquençage haut-débit à caractère pangénomique (exome, génome, transcriptome…).

Elles comportent une notice technique abordant les principales problématiques rencontrées dans cette gamme d’examen ainsi que trois comptes rendus, fournis à titre d’exemples (un pour le séquençage d’exome, deux pour le séquençage de génome).

Le contenu des comptes rendus est soumis aux exigences normatives et réglementaires, en particulier, la Norme NF EN ISO 15189 et le SH-REF02, ainsi que l’arrêté du 27 mai 2013 définissant les règles de bonnes pratiques applicables à l'examen des caractéristiques génétiques d'une personne à des fins médicales.

Ces recommandations décrivent les notions qui doivent figurer sur la première page du compte rendu (identification de l’examen, indication de l’examen,  méthode d’analyse, résultat, interprétation et conclusion) ainsi que les items qui peuvent être ajoutés en annexe du compte rendu (méthode analytique, limites techniques, performances de l’examen, périmètre effectif de l’interprétation des données, qualité, politique analytique et post-analytique du laboratoire).

Ces recommandations abordent également la gestion des variations de signification incertaine (VSI), la gestion des variations secondaires et incidentes ainsi que la gestion de la flexibilité des comptes rendus.

Ces nouvelles recommandations s’inscrivent dans l’évolution continuelle des examens de séquençage, et permettent d’avoir une trame qui respecte les réglementations et qui peut s’adapter à l’organisation de chaque laboratoire.

Eulalie LASSEAUX (Bordeaux), Boris KEREN, Laurent PASQUIER, Jean MULLER, Cécile ROUZIER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Nelly BURNICHON, Samira SAADI, Amélie PITON, Laurent CASTERA, Gaël NICOLAS, Pascale SAUGIER-VEBER, Pierre BLANC