Jeudi 03 février
08:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A31
08:00 - 10:00

CONFERENCE PLENIERE 3
Génétique et environnement

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (PU-PH) (Nantes), Célia RAVEL (RENNES)
08:00 - 08:30 Expositions environnementales et sensibilité de la méthylation de l’ADN placentaire. Johanna LEPEULE (chercheur) (Conférencier, GRENOBLE)
08:30 - 09:00 Cohorte BRCA et environnement. Antonis ANTONIOU (Professor of Cancer Risk Prediction) (Conférencier, Cambridge, Royaume-Uni)
09:00 - 09:30 Toxicogenomique / Epigenetique et reproduction. Fatima SMAGULOVA (Responsable de l'équipe 4 | Mer) (Conférencier, Rennes)
09:30 - 10:00 Microbiote Intestinal. Michel NEUNLIST (directeur Unité) (Conférencier, Nantes)
Grand Auditorium
10:00 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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KF3
10:00 - 11:00

Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs

10:00 - 11:00 #27891 - P003 BAP1 : un gène de prédisposition aux cancers impliqué dans un trouble du neurodéveloppement.
BAP1 : un gène de prédisposition aux cancers impliqué dans un trouble du neurodéveloppement.

Contexte : BAP1 (BRCA1-Associated Protein 1) est un gène suppresseur de tumeur. A l’état constitutionnel, des variants avec perte de fonction prédisposent à un syndrome tumoral (mélanome et cancer du rein).

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale, nous avons recruté 11 individus atteints d’un trouble du neurodéveloppement, porteurs d’un variant hétérozygote faux-sens de novo de BAP1, probablement pathogène et affectant le domaine catalytique de la protéine dans 10/11 cas. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'impact des variants sur la stabilité et l'activité déubiquitinase de BAP1, en testant la restauration par transfection de constructions ADNc sauvages et mutantes de BAP1. Des analyses par CHiP-Seq des cellules mononucléées sanguines ont permis de déterminer l’impact épigénétique des variants.

Résultats : L'analyse fonctionnelle a révélé que les variants faux-sens de BAP1 localisés dans le domaine catalytique altèrent la déubiquitination de l’histone H2A dans le modèle cellulaire et dans les cellules T isolées des enfants atteints, suggérant ainsi une perte de fonction de BAP1. L’analyse par ChIP-seq de l'acétylation de l'histone H3 K27 a indiqué que les variants de BAP1 induisent des modifications de l'état de la chromatine à l'échelle du génome, avec un enrichissement en gènes appartenant au système ubiquitine-protéasome.

Conclusions : Ces résultats permettent de définir un nouveau syndrome en lien avec des variants faux-sens de BAP1. Ces variants modifient le remodelage de la chromatine par une ubiquitination anormale des histones et entraînent une probable dérégulation transcriptionnelle de nombreux gènes du développement. BAP1 fait désormais partie des rares exemples de gènes dont différents variants peuvent entraîner à l’état constitutionnel soit un trouble du développement, soit une prédisposition tumorale.


Sébastien KÜRY (NANTES), Frédéric EBSTEIN, Alice MOLLE, Thomas BESNARD, Ming-Kang LEE, Virginie VIGNARD, Tiphaine HERY, Mathilde NIZON, Grazia M.s. MANCINI, Jacques C. GILTAY, Benjamin COGNE, Kirsty MC WALTER, Wallid DEB, Hagar MOR SHAKED, Hong LI, Cathy STEVENS, Jonathan A. BERNSTEIN, Eliana KOVITCH, Vandana SHASHI, Kelly SCHOCH, Diseases Network UNDIAGNOSED, Richard H. VAN JAARSVELD, Anna C.e. HURST, Emílie VYHNALKOVA, Lukas RYBA, Capucine DELNATTE, Dominique BONNEAU, Annick TOUTAIN, Jill A. ROSENFELD, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sylve ODENT, Frédéric LAUMONNIER, Seth I. BERGER, Ann C.m. SMITH, Marc-Henri STERN, Consortium BAP1, Richard REDON, Elke KRÜGER, Raphaël MARGUERON, Stéphane BEZIEAU, Jeremie POSCHMANN, Bertrand ISIDOR
10:00 - 11:00 #27988 - P008 Intérêt du séquençage d’exome dans les troubles spécifiques du langage et des apprentissages non syndromique : Une Etude Pilote.
Intérêt du séquençage d’exome dans les troubles spécifiques du langage et des apprentissages non syndromique : Une Etude Pilote.

Introduction

Les troubles spécifiques du langage et des apprentissages (TSLA) touchent environ 5 à 10 % des enfants en âge scolaire, soit un à 2 enfant par classe (source : site du ministère de la santé et des solidarités). Ils correspondent à une atteinte d’une fonction cognitive spécifiques et sont divisés en 5 catégories : la dyslexie, la dysphasie, la dyspraxie, la dyscalculie et le TDAH (DSM-5). De réelles avancées de diagnostics cliniques et de prise en charge ont eu lieu ces dernières années grâce à une meilleure description de ces troubles dans le DSM-5 et l’avènement des prises en charge rééducationnelles (neuropsychologie, orthophonie, ergothérapie, orthoptie, etc).

En France, en l’absence de diagnostic syndromique évident, une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) peut être proposée, plus ou moins associé chez les filles à la recherche d’un syndrome de l’X fragile. Néanmoins, les exemples de gènes décrits dans la DI et également décrits chez des patients avec TSLA se multiplient. Quelques équipes internationales ont proposé une analyse d’exome chez les enfants ou adultes présentant des TSLA sévères, et identifient un certain pourcentage de patients avec une maladie monogénique, dans des formes familiales ou sporadique.

Matériel et Méthodes

Dans ce contexte, nous avons initié un projet pilote dans le cadre du soin, visant à proposer une analyse d’exome chez les enfants ou adultes adressés en consultation de génétique pour bilan de TSLA sévères bien documentés. Une approche en trio est proposée pour les cas sporadiques et une approche d’apparentés distants pour les cas familiaux.

Résultats

A ce jour, 40 patients ont été inclus, 26 cas sporadiques, 14 formes familiales. Tous les patients présentent une atteinte multidys, à l’exception de 4, qui présentent un TSLA simple. 20 patients présentent également un trouble déficit de l’attention avec hyperactivité. Parmi les 25 patients analysés, des variations probablement pathogènes ont été identifiées chez 2 patients (gène CDK13 et SMARCC2) et des variations de signification inconnue dans des gènes d’intérêt ont été identifiés chez 9 patients (CACNA1E, SCN8A, SMC3, HCN1, CREBBP, HIVEP2, MED12, JMJD1C, CLIC2, TRAPP et GRIN2B).  Un bilan neuropsychologique est proposé au parent porteur de la variation candidate le cas échéant en l’absence de phénotype de TSLA sévère à l’interrogatoire, pour aider à la classification des variations.

Discussion

Les gènes identifiés sont des gènes d’expression cérébrale mais impliqués dans des phénotypes habituellement plus sévères, en faveur d’un élargissement du spectre phénotypique, ou des gènes non OMIM morbide. Ces résultats préliminaires suggèrent également un taux diagnostic supérieur chez les patients multidys ou présentant des troubles du comportement associés. L’augmentation du nombre de patients étudiés pourra permettre d’affiner ces résultats, et de déterminer la place à donner au séquençage de l’exome dans les TSLA.


Eléonore VIORA-DUPONT (Dijon), Julian DELANNE, Aurore GARDE, Sophie NAMBOT, Estelle COLIN, Marie BOURNEZ, Céline BERNARD, Marie-Laure HUMBERT, Anne-Sophie BRIFFAUT, Patrick CALLIER, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Nathalie MARLE, Fréderic TRAN-MAU-THEM  , Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Hana SAFRAOU, Antonio VITOBELLO, Ange-Line BRUEL, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE
10:00 - 11:00 #28364 - P013 Des mutations de PQBP1 dérégulent l'expression d'un autre gène de déficience intellectuelle liée à l'X, UPF3B.
Des mutations de PQBP1 dérégulent l'expression d'un autre gène de déficience intellectuelle liée à l'X, UPF3B.

Des mutations du gène PQBP1 (Polyglutamine-binding protein 1) sont responsables d’une forme de déficience intellectuelle (DI) liée à l'X, le syndrome de Renpenning. PQBP1 code une protéine impliquée dans la régulation de l’expression des gènes au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel. Pour étudier les conséquences des mutations dans PQBP1, nous avons réalisé des études transcriptomiques dans 1) des lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCL) de patients portant des variants pathogènes de PQBP1 et 2) dans des cellules souches neurales humaines (hNSC) où PQBP1 a été inactivé (knock-down, KD) avec un siRNA. Ceci a conduit à l'identification d'une centaine de gènes dont l'expression est dérégulée. En particulier, nous avons identifié une augmentation de l'expression d'une isoforme non canonique d'un autre gène de DI lié à l'X, UPF3B_S. 

UPF3B joue un rôle crucial au cours du développement du cerveau et est un acteur important du système NMD (Nonsense mRNA Mediated Decay). Afin d'étudier le rôle de l’isoforme UPF3B_S, actuellement inconnu, nous avons comparé son interactome protéique et celui de l’isoforme UPF3B_S. Nous avons confirmé que, si UPF3B_S interagit toujours avec les complexes exon-jonction (EJC), elle n'interagit pas avec les autres protéines du NMD (UPF2 et UPF1), ce qui pourrait suggérer en effet dominant négatif de cette isoforme. Cependant, aucune diminution notable du système NMD n'a été observée dans les LCL du patient ou dans les cellules KD pour PQBP1. Le rôle d’UPF3B_S reste inconnu mais nous avons identifié plusieurs interacteurs protéiques spécifiques à cette isoforme, dont certains impliqués dans la réponse immunitaire.

En parallèle, nous avons utilisé l'augmentation de l'ARNm d’UPF3B_S comme marqueur moléculaire pour tester la pathogénicité des variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1 chez des individus avec DI. Nous avons pu confirmer cette augmentation d’expression dans les LCL d’autres patients porteurs de variants pathogènes et mis au point des études de complémentation dans des cellules HeLa en surexprimant l'ADNc de PQBP1 sauvage ou muté. Ces approches nous ont permis d’étudier l’effet d’une dizaine de variants faux-sens de signification inconnue. Enfin, nous avons validé que cette augmentation pouvait être mise en évidence directement sur un prélèvement sanguin (Paxgene). Nous avons montré que ces trois approches étaient efficaces pour tester l'effet des variants, du moins pour les variants situés sur le côté C-terminal de la protéine, la dernière étant plus compatible avec une pratique diagnostique en milieu hospitalier.

 

En conclusion, nos travaux, étudiant comment une perte de fonction de PQBP1 peut affecter l'expression des gènes, et en particulier l'isoforme UPF3B_S, nous renseigne sur les mécanismes pathologiques impliqués dans le syndrome de Renpenning mais permet également de proposer un test fonctionnel pour les variants de signification inconnue identifiés dans PQBP1.


Jeremie COURRAUD, Camille ENGEL, Nathalie DROUOT, Angélique QUARTIER, Ursula HOUESSOU, Arthur SORLIN, Elise BOUCHER, Lionel VAN MALDERGEM, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Vera KALSCHEUER, Jean-Louis MANDEL, Amélie PITON (Strasbourg)
10:00 - 11:00 #28713 - P018 Huit nouveaux cas de patientes présentant un variant pathogène de novo dans le gène ARX et revue de la littérature du phénotype des femmes hétérozygotes.
Huit nouveaux cas de patientes présentant un variant pathogène de novo dans le gène ARX et revue de la littérature du phénotype des femmes hétérozygotes.

Le facteur de transcription ARX (Aristaless-Related Homeobox) joue un rôle fondamental dans le développement cérébral. Le phénotype des hommes hémizygotes porteurs de variants pathogènes dans ce gène est bien connu : tous présentent une déficience intellectuelle (DI) et/ou une encéphalopathie épileptique, associée ou non à des malformations cérébrales (anomalies du corps calleux, troubles de la gyration). Les femmes hétérozygotes sont asymptomatiques dans la grande majorité des cas. Cependant, dans les formes familiales, certaines femmes conductrices ont été rapportées avec une DI et/ou une agénésie du corps calleux (ACC). De plus, 7 cas sporadiques de patientes avec des troubles du neuro-développement ont été rapportés dans la littérature avec un variant pathogène de novo du gène ARX.

Afin de préciser le phénotype des femmes présentant une mutation pathogène du gène ARX (à l’exclusion des expansions des chaînes polyA), nous avons collecté les données cliniques et génétiques de 8 nouvelles patientes dont le variant ARX est survenu de novo, et avons fait une revue de la littérature des 63 cas féminins déjà rapportés (56 cas familiaux et 7 cas de novo). 

Parmi ces 8 patientes, 5/8 (62,5%) présentaient une encéphalopathie épileptique, tandis que les 3 autres avaient une déficience intellectuelle et/ou une épilepsie. Toutes présentaient une ACC. 

Ces résultats sont comparables aux 7 patientes de la littérature porteuses de variants ARX de survenue de novo, dont 6/7 présentent une encéphalopathie épileptique. Une seule a simplement des difficultés d’apprentissage. Une imagerie est disponible pour 6 des 7 patientes et  4/6 présentent une ACC. 

Concernant les cas familiaux rapportés dans la littérature, 41/56 (73%) femmes sont asymptomatiques, parmi lesquelles 33% ont une ACC isolée. 12/56 (21%) présentent une déficience intellectuelle, associée à une épilepsie dans 54,5 % des cas et /ou une ACC dans 80% des cas. 3 cas sur les 56 (5,4%) présentent une encéphalopathie épileptique sévère. 

Les variants pathogènes des cas survenus de novo sont des faux-sens localisés dans l'homéodomaine, ou des variants tronquants, ce qui est également le cas pour les cas familiaux les plus sévères.

 

Cette étude permet (i) de confirmer l'existence d'un phénotype sévère d'encéphalopathie épileptique chez les femmes porteuses d’un variant pathogène du gène ARX, (ii) de préciser la fréquence de la DI chez les femmes conductrices (iii)  et de souligner l’importance de l’étude de ce gène devant une ACC, associée ou non à des troubles du neuro-développement.


Mathilde GRAS (Paris), Solveig HEIDE, Cyril MIGNOT, Sandra WHALEN, Boris KEREN, Anna JANSEN, Kathelijn KEYMOLEN, Katrien STOUFFS, Mélanie JENNESSON, Céline POIRSIER, Gaetan LESCA, Mathieu MILH, Perrine CHARLES, Delphine HERON
10:00 - 11:00 #27937 - P023 Délimitation du phénotype épileptique et neurodéveloppemental des patients porteurs de variants constitutionnels pathogènes du gène RORB.
P023 Délimitation du phénotype épileptique et neurodéveloppemental des patients porteurs de variants constitutionnels pathogènes du gène RORB.

Contexte : RORB code pour un facteur de transcription dont le ligand est inconnu. Son expression est limitée au système nerveux central. Des études menées sur des modèles murins ont montré l’importance du gène RORB dans le système nerveux. Les premiers patients décrits présentaient une microdélétion 9q21.13 comprenant RORB avec un tableau clinique associant un retard du développement et une épilepsie fréquente. Deux autres publications ont rapporté des patients porteurs d'autres types de variants pathogènes du gène RORB avec une description du phénotype incluant une déficience intellectuelle et une épilepsie comme trait commun. Notre objectif est de délimiter le type de crises, les syndromes épileptiques et le profil neurocognitif d’une cohorte de patients porteurs de variants de RORB.

Méthodes : Un appel à collaboration internationale nous a permis d’analyser les phénotypes détaillés (description des crises, EEG, IRM) et les génotypes de 30 patients.

Résultats : 30 patients ont été inclus (15 patients masculins, âge médian : 9,5 ans (1an-21 ans)). Les différents variants de RORB comprenaient 4 microdélétions, 9 variants non-sens (frameshift and nonsense), 2 variants d'épissage, 2 variants délétions dans la trame (inframe) et 10 variants faux-sens. Les variants de RORB étaient de novo chez 15 patients (50%) et étaient hérités chez 9 patients (par la mère pour 4 patients et par le père pour 5 patients). Le mode de transmission était inconnu pour 6 patients.

Des crises d’épilepsie ont été rapportées chez 26/30 (87%) patients, avec un âge médian au début de l'épilepsie de 3 ans (4 mois-12 ans). Le syndrome épileptique le plus fréquent était l'épilepsie-absence, incluant l'épilepsie absence de l’enfant (n=6), l'épilepsie absence de l’adolescent (n=1), l'épilepsie absence à début précoce (n=4), l'épilepsie absences avec myoclonies (n=3), les myoclonies palpébrales avec absence (n=4). Un patient présentait une épilepsie myoclonique, deux autres patients avaient une épilepsie focale, et un dernier seulement de rares crises fébriles. Trois individus présentaient une épilepsie généralisée combinant plusieurs types de crises dont des crises toniques, et un patient présentait des pointes-ondes continues du sommeil. Une déficience intellectuelle a été décrite chez 25 des 30 patients (83%), étant légère chez 13 patients, modérée chez 10 patients, et sévère chez 2 patients.

Conclusion : Le phénotype des patients porteurs du variant RORB est caractérisé par des syndromes épileptiques généralisés, avec comme principale type de crises des absences, associé à une déficience intellectuelle légère à modérée. Étant donné le niveau d'expression élevé de RORB dans les réseaux thalamo-corticaux, les variants pathogènes de RORB pourraient altérer les états oscillatoires, favorisant la survenue des absences. Des études fonctionnels sont en cours pour tester les conséquences de certains variants dans des neurones en culture.


Zeynep GOKCE-SAMAR, Annalisa VETRO, Julitta DE BELLESCIZE, Damien SANLAVILLE, Tiziana PISANO, Christian KORFF, Joël FLUSS, Carla MARINI, Blanca MERCEDES ALVAREZ, Nicolas CHATRON, Sanmati CUDDAPAH, François LECOQUIERRE, Anne-Marie GUERROT, Axel LEBAS, Hervé TESTARD, Katherine HELBIG, Alexis ARZIMANOGLOU, Audrey LABALME, Anna RUIZ, Adeline NGOH, Manju KURIAN, Pascal JOSET, Katharina STEINDL, Noemie PENAUD, Georgia RAMANTANI, Martin KRENN, Lucia GERSTL, Silvia VIEKER, Dana CRAIU, Manuela PENDZIWIAT, Chad HALDEMAN-ENGLERT, Ilya KANIVETS, Irina ROMANOVA, Deepa RAJAN, Jill Anne MOKRY, Au MARGARET, Elisabetta CESARONI, Pia ZACHER, Sonja NEUSER, Maximilian RADTKE, Sigrid TINSCHERT, Ines MOHNKE, Tobias BARTOLOMAEUS, Konrad PLATZNER, Chiara KLOECKNER, Rami ABOU JAMRA, Ingo HELBIG, Julien COURCHET, Sébastien KÜRY, Renzo GUERRINI, Gaetan LESCA (Lyon)
10:00 - 11:00 #28267 - P028 Approche intégrative pour la caractérisation de Variants de Signification Inconnue dans le gène DYRK1A et conséquence de son inactivation dans un modèle de précurseurs neuronaux humains.
P028 Approche intégrative pour la caractérisation de Variants de Signification Inconnue dans le gène DYRK1A et conséquence de son inactivation dans un modèle de précurseurs neuronaux humains.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble neurodéveloppemental avec une contribution génétique importante, caractérisé par une grande hétérogénéité génétique. Si l'avènement du séquençage haut-débit a révolutionné l'identification de variants dans la DI, leur interprétation est devenue un enjeu majeur, notamment pour les variants faux-sens qui restent à l’heure actuelle classés comme Variants de Signification Inconnue (VSI). La mise au point de tests fonctionnels visant à tester l’effet des VSI est donc essentiel, et permet d'une part de rendre un diagnostic aux familles concernées mais également de mieux caractériser la fonction des protéines impliquées dans la DI. Nous illustrons cette question en présentant ici une approche intégrative pour reclasser les VSI dans le gène DYRK1A. Le syndrome DYRK1A est une des formes de DI les plus fréquentes (0,5% des patients DI) et inclue entre autres une microcéphalie, un retard de langage ainsi qu’une dysmorphie faciale. DYRK1A code pour une kinase à double spécificité Tyrosine et Serine/Thréonine impliquée dans de nombreux processus cellulaires. Nous avons dans un premier temps mis au point une approche intégrative composée d’un score clinique spécifique du syndrome DYRK1A, d’une signature de méthylation de l’ADN ainsi que de différents tests fonctionnels in vitro permettant d’évaluer l’impact des variants sur la stabilité, la localisation cellulaire ainsi que l’activité kinase de DYRK1A. Cette approche nous a permis de reclasser une douzaine de VSI et de mettre en évidence un potentiel variant gain de fonction dans DYRK1A (la totalité des mutations rapportées jusqu’à présent étant des perte-de-fonction). Pour mieux comprendre les conséquences des mutations perte-de-fonction, nous avons inactivé DYRK1A dans un modèle de précurseurs neuronaux humains (hNSC). Après avoir établi l’interactome de DYRK1A dans ces cellules et identifié de nouveaux partenaires protéiques, nous avons caractérisé les gènes dont l’expression était altérée après une inactivation de DYRK1A. Parmi les gènes cibles identifiés, nous avons pu observer un enrichissement en protéines transmembranaires ou composantes de la matrice extracellulaire, et en protéines impliquées dans la régulation du cycle cellulaire. De plus, nous avons pu mettre en évidence qu’une inactivation de DYRK1A entrainait une diminution de la prolifération des précurseurs neuronaux ainsi qu’une baisse d’expression de la protéine P21, un acteur important du cycle cellulaire, et une diminution de l’activation des protéines de la voie des MAP kinases ERK1/2.

En conclusion, notre étude a permis non seulement de mettre en place un pipeline permettant de caractériser l’effet de n’importe quel VSI identifié dans DYRK1A, mais également de caractériser les conséquences de ces mutations dans un modèle de précurseurs neuronaux en culture, permettant de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans le syndrome DYRK1A.


Jérémie COURRAUD (STRASBOURG), Eric CHATER-DIEHL, Benjamin DURAND, Marie VINCENT, Imène BOUGELBÈNE, Nathalie DROUOT, Maria MUNIZ MORENO, Angélique QUARTIER, Geneticists And Clinicians FRENCH AND DANISH MOLECULAR GENETICISTS AND CLINIC, Alexandra BENCHOUA, Yann HERAULT, Julie THOMPSON, Marjolaine WILLEMS, Rosanna WEKSBERG, Amélie PITON
10:00 - 11:00 #28416 - P033 Première description d’angiopathie amyloïde cérébrale à début précoce et maladie d'Alzheimer liées à une triplication du locus APP.
P033 Première description d’angiopathie amyloïde cérébrale à début précoce et maladie d'Alzheimer liées à une triplication du locus APP.

Le gène APP (Amyloid-β precursor protein, 21q21.3) code pour le précurseur du peptide Amyloide β (Aβ), dont l’agrégation dans le parenchyme cérébral entraine une maladie d’Alzheimer (MA) et l’agrégation dans les vaisseaux corticaux et lepto-méningés entraine une angiopathie amyloïde cérébrale (AAC), à l’origine de saignements intracérébraux. MA et AAC sont souvent associées dans les formes sporadiques comme monogéniques de MA et/ou AAC. Les duplications du locus APP sont responsables d’AAC et/ou MA à début précoce ( < 65 ans). Ces CNV impliquent toujours APP en entier, avec ou sans les gènes voisins, et sont associés à des taux sanguins d'ARN messager d’APP environ 1,5 fois plus élevés que ceux des témoins. Chez les porteurs d’une duplication d’APP, la taille et le contenu génique du CNV n’est pas directement corrélé à la clinique. Cependant, les patients atteints de trisomie 21, qui présentent classiquement une MA précoce, développent moins fréquemment des hématomes cérébraux, suggérant la présence de mécanismes protecteurs. Nous rapportons ici la première triplication du locus APP et discutons de son impact.

Le cas index est un homme de 41 ans adressé pour l'évaluation d'un déclin cognitif progressif (MMSE 18/30). L'IRM cérébrale et les biomarqueurs du liquide cérébro-spinal étaient évocateur d’une MA avec AAC. Son père est décédé à l'âge de 48 ans d’un hématome cérébral dans un contexte de CAA évoluant depuis ses 37 ans et de déclin cognitif progressif évoquant une MA. L’analyse par QMPSF a révélé 4 copies du gène APP chez le cas index. Sa mère, 68 ans, non affectée, était porteuse de 2 copies du gène, suggérant un génotype 3 + 1 chez le patient et son père, génotype confirmé par FISH métaphasique. En aCGH (Agilent 180K), la triplication 21q21.3 de 506 kb (chr21:27,156,233-27,662,338;hg19) était restreinte au gène APP. Les niveaux d'ARNm sanguin d’APP du cas index, évalués par RT-ddPCR, étaient doublés par rapport aux sujets contrôles (N=10) et supérieur à la moyenne des porteurs d’une duplication d’APP (N=9).

Il s'agit du premier cas de triplication du locus APP, provoquant un doublement du niveau d'ARNm d’APP, dans une famille présentant une MA avec AAC autosomique dominante, parmi les plus précoces et sévères comparé aux descriptions des porteurs de duplications. Cette observation suggère que le mécanisme décrit dans les duplications d’APP (augmentation de la production d’APP et, par conséquent, du peptide issu de son clivage, conduisant à des dépôts amyloidies précoces) est encore accentué par la présence d’une quatrième copie du gène. Ce type de sensibilité au dosage génique, illustré par une triplication conduisant à un phénotype proche, mais plus sévère, que de celui de la duplication correspondante, constitue un exemple relativement rare en génétique médicale, à l’instar des duplications/triplications du gène SNCA dans les synucléopathies.  


Kevin CASSINARI (Rouen), Lou GRANGEON, Stéphane ROUSSEAU, Bernard CROISILE, Maïté FORMAGLIO, Olivier MOREAUD, Jean BOUTONNAT, Nathalie LE MEUR, Manuele MINÉ, Thibault COSTE, Eva PIPIRAS, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE, Anne ROVELET-LECRUX, Dominique CAMPION, David WALLON, Gaël NICOLAS
10:00 - 11:00 #28210 - P038 Quand une atteinte dominante cache une forme récessive.
P038 Quand une atteinte dominante cache une forme récessive.

Les épidermolyses bulleuses forment un groupe hétérogène de maladies génétiques caractérisées par une importante fragilité cutanéo-muqueuse : bulles, érosions…. La forme dystrophique, caractérisée par une anomalie quantitative ou qualitative du collagène 7, est transmise selon les modes dominant (EBDD) ou récessif (EBDR). Le phénotype est habituellement modéré dans les formes dominantes même si quelques rares cas ont été associés à des manifestations sévères.

Le cas index (CI), une petite fille âgée de 4 ans, née de parents non apparentés originaires de Tunisie, présente une EBD modérée révélée par une aplasie cutanée congénitale des membres inférieurs d’évolution rapidement favorable en quelques mois. Son père mentionne également des bulles des extrémités survenant aux frottements. Il a des ongles dystrophiques. L’ensemble suggère une EBDD. Le couple consulte dans le cadre d’une grossesse en cours.

Chez le cas index, le séquençage haut débit d’un panel de gènes a permis l’identification de deux variants dans le gène COL7A1, à l’état hétérozygote composite : c.6187C>T p.(Arg2063Trp) localisé dans l’exon 74 et hérité de la mère, et c.4011G>A p.(Pro1337Pro) dans l’exon 33 et hérité du père. Les deux variants sont pathogènes et décrits chez des patients atteints d’EBD dans une forme récessive (Hovnanian et al 1997 PMID Varki et al 2007 PMID 16971478). Ce résultat nous a conduit à reconsidérer le diagnostic d’EBD dominante dans cette famille.

Puisque la forme clinique d’EBD modérée du père du CI ne semblait en effet pas imputable au seul variant c.4011G>A, les explorations génétiques de cette famille ont été complétées par un séquençage haut débit de l’ensemble des exons du gène COL7A1 chez le père révélant  un second variant hétérozygote localisé en trans, c.87del p.(Thr30Profs*74), dans l’exon 2.  Ce variant n’est ni publié ni rapporté dans les bases de données de polymorphismes.  Selon la classification ACMG, le variant c.87del peut être considéré comme pathogène (PVS1 + PM2 + PM3 + PM4).

Ainsi, les résultats inattendus de l’analyse moléculaire ont conduit 1) à reconsidérer le mode de transmission de cette EBD modérée. Initialement autosomique dominante, la transmission est finalement autosomique récessive ; 2) à préciser le conseil génétique pour le couple : risque de 50% d’avoir un enfant atteint d’EBDR, la transmission du variant maternel c.6187C>T et du variant paternel c.87del étant associée à un risque de forme sévère.

Le diagnostic prénatal a permis d’identifier les variants c.6187C>T et c.4011G>A à l’état hétérozygote composite chez le fœtus suggérant une EBD modérée. La grossesse a été poursuivie et l’enfant, de sexe masculin, a présenté une forme d’EBDR plus modérée que celle du CI.

Cette observation montre l’intérêt majeur du séquençage haut débit en trio en cas de mode de transmission alternatif pour un même gène et souligne l’importance de la concertation clinico-biologique dans certaines situations.


Fabienne CHARBIT-HENRION (Paris), Adrienne ELMORJANI, Emilie AZOUGUENE, Alain HOVNANIAN, Christine BODEMER-SKANDALIS, Nathalia BELLON, Tania ATTIE-BITACH, Joana BENGOA, Smail HADJ-RABIA, Julie STEFFANN
10:00 - 11:00 #28799 - P043 Hétérogénéité clinique et moléculaire d’une cohorte française de sujets ayant un syndrome GACI (Generalized Arterial Calcification of Infancy).
P043 Hétérogénéité clinique et moléculaire d’une cohorte française de sujets ayant un syndrome GACI (Generalized Arterial Calcification of Infancy).

Le syndrome GACI (Generalized arterial calcification of infancy) est une maladie autosomique récessive rare caractérisée par l’association variable de calcifications artérielles et péri-articulaires et d’un rachitisme hypophosphatémique (RHP). S’il est généralement diagnostiqué en prénatal ou dans la première année de vie, il peut également être découvert plus tard voire à l’âge adulte. La majorité des nouveau-nés avec syndrome GACI décèdent précocement de complications cardiovasculaires. Les formes avec survie > à 6 mois voire révélées tardivement sont aujourd’hui mieux reconnues, et identifiées sur le plan moléculaire par une variation pathogène de ENPP1 (ecto-nucléotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1) ou ABCC6 (multidrug resistance-associated protein 6). Il existe en effet un chevauchement avec le pseudo-xanthome élastique (PXE associé à ABCC6) ayant élargi le spectre clinico-moléculaire de ce cadre syndromique. Nous rapportons 8 patients avec GACI associés à un variant pathogène de ENPP1, suivis actuellement dans notre filière de santé maladies rares OSCAR. Nous avons exclu de cette cohorte descriptive les patients décédés dans la première année de vie.

Le diagnostic a été porté entre l’âge de 3 semaines et 61 ans. Nous analysons les profils cardio-vasculaires, squelettiques, ORL, cutanés et leur retentissement fonctionnel. Les formes précoces (n=4) se manifestent initialement par des complications cardiovasculaires (n=3) liées aux calcifications étendues des artères de moyen et de gros calibre (n=4). Les formes tardives (n=4) sont révélées par un RHP résistant au traitement médical (avec des déformations sévères récidivantes malgré la chirurgie chez 2 d’entre eux). Tous ces patients « GACI survivants » présentent un RHP dans leur évolution(n=8), auquel s’associent de façon variable :  surdité (n= 5), HTA (n=6), néphrocalcinose (n=2), calcifications vasculaires (n=6), articulaire (n=4) ou viscérales (n=4), retard des acquisitions (n=2), stries angioïdes (n=2) et des anomalies dentaires (n=2). Les patients ont été traités par biphosphonates (n=6), anti hypertenseur (n=6 ), phosphore oral (n=7 ), un-alpha (n= 5), vitamine D (n=8), traitement anti-épileptique (n=1). De nombreuses calcifications vasculaires et viscérales ont régressé après un an, avec ou sans traitement par biphosphonates, ce qui suggère une évolution propre de la maladie après 1 an.

L’hétérogénéité des présentations appelle à évoquer précocément ce diagnostic devant des signes atypiques comme des calcifications articulaires ou viscérales, des stries angioïdes, ou un rachitisme hypophosphatémique non classique.

Seul un suivi prospectif longitudinal permettrait de mieux caractériser la correspondance génotype/phénotype/pronostic et d’évaluer le bénéfice des traitements conventionnels, pour optimiser la prise en charge au long cours et préparer l’avènement de thérapeutiques ciblées.


Alix BESANÇON (Paris), Fanny BAJOLLE, Alexandra DESDOITS, Marina CHARBIT, Mathilde CAILLIEZ, Myriam DAO, Claire GAY, Matthieu ROBERT, Stéphanie PANNIER, Valérie CORMIER-DAIRE, Dominique PRIÉ, Agnès LINGLART, Geneviève BAUJAT
10:00 - 11:00 #28657 - P048 Spectre mutationnel des gènes MYO7A et USH2A enrichi par l’analyse d’une cohorte de 235 patients atteints d’un syndrome de Usher.
P048 Spectre mutationnel des gènes MYO7A et USH2A enrichi par l’analyse d’une cohorte de 235 patients atteints d’un syndrome de Usher.

Le syndrome de Usher est un syndrome oculo-auditif rare de transmission autosomique récessive affectant environ 1 individu sur 30,000. Trois types sont décrits en fonction de la sévérité de l’atteinte auditive et de la rétinite pigmentaire, ainsi que de la présence ou non d’une aréflexie vestibulaire.

MYO7A et USH2A sont les 2 gènes les plus fréquemment impliqués respectivement dans le syndrome de Usher de type I (le plus sévère) et de type II (le plus fréquent).

 

Nous analysons l’ADN de patients référés au laboratoire, par séquençage Illumina via un panel « Neurosensoriel » qui inclut les 10 gènes responsables du syndrome de Usher. Notre approche détecte les SNVs (Single Nucleotide Variation), indels ainsi que les CNVs (Copy Number Variation). Des analyses complémentaires telle la QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short Fluorescent fragments) sont utilisées pour valider la présence des CNVs. Si nécessaire, des analyses fonctionnelles de type minigène sont effectuées pour évaluer l’impact des variants sur l’épissage.

Nous présentons ici l’analyse d’une cohorte de 235 cas index atteints du syndrome d’Usher dont 74 présentent un génotype pathogène MYO7A et 161 présentent un génotype pathogène USH2A.

 

Sur les 470 allèles identifiés, 56 % sont uniques (85 MYO7A et 179 USH2A), ce qui souligne un nouvelle fois la forte hétérogénéité liée à ce syndrome. Parmi ces 470 allèles, 22 allèles MYO7A et 49 USH2A n’ont jamais été rapportés dans la littérature. Tous les types de variants (tronquants, faux-sens, altérant l’épissage, grands réarrangements) et toutes les combinaisons d’allèles sont retrouvés.

Par ailleurs, il est important de noter que les altérations de type faux sens représentent un fort pourcentage : 31,1% (46/148) pour MYO7A et 25,4% (82/322) pour USH2A.

Si le diagnostic moléculaire du syndrome de Usher est aujourd’hui facilement effectué par MPS (Massively Parallel Sequencing), il n’en reste pas moins délicat du fait de l’identification constante de nouveaux variants (dont la plupart resteront privés) et de la forte proportion de faux sens. Ces derniers nécessitent systématiquement des analyses in silico plus poussées rendant le diagnostic, le pronostic ainsi que le conseil génétique compliqués.

 

Notre cohorte illustre la grande variabilité des génotypes MYO7A et USH2A dans le syndrome de Usher, et souligne à la fois l’importance de poursuivre les investigations pour caractériser les nouveaux variants pathogènes ainsi que l’intérêt de décrire et de partager les nouveaux allèles, via, les bases de données Locus-spécifiques telles LOVD ou spécialisées comme ClinVar.

Enfin, nous discutons également une corrélation génotype-phénotype liée à ces gènes. Le partage et l’accessibilité aux différents génotypes pathogènes est indispensable pour appréhender les mécanismes de l’hétérogénéité phénotypique liée aux variants de ces gènes.


Luke MANSARD (Montpellier), David BAUX, Christel VACHÉ, Valérie FAUGÈRE, Corinne BAUDOIN, Julie BIANCHI, Catherine BLANCHET, Marjolaine WILLEMS, Isabelle MEUNIER, Vasiliki KALATZIS, Michel KOENIG, Anne-Françoise ROUX
10:00 - 11:00 #28082 - P058 Atteinte du tissu conjonctif et anomalies cardiovasculaires chez les patients atteints d’hétérotopie nodulaire périventriculaire liée au gène FLNA.
P058 Atteinte du tissu conjonctif et anomalies cardiovasculaires chez les patients atteints d’hétérotopie nodulaire périventriculaire liée au gène FLNA.

L’hétérotopie nodulaire périventriculaire de type 1 (PVNH1) est une maladie rare dominante liée à l’X, due à une perte de fonction du gène FLNA et l’épilepsie en est sa manifestation principale. Des atteintes cardiovasculaires (CV) et des anomalies du tissu conjonctif (CTD) peuvent s’y associer mais leurs fréquences et distributions sont mal connues.

L’objectif est d’évaluer les caractéristiques CV et CTD chez les patients présentant une perte de fonction confirmée du gène FLNA.

Une approche rétrospective systématisée portant sur 32 critères cliniques et paracliniques a été utilisée pour définir leur fréquence et leur distribution, au-delà du tableau neurologique. Nous avons évalué les présentations cliniques des patients présentant au moins un signe CV ou CTD, à partir de trois cohortes indépendantes : 10 patients du Centre de Référence des Maladies Vasculaires Rares, 23 patients du laboratoire national de diagnostic de référence pour les filaminopathies-A, et 59 patients issus de notre revue de la littérature.

La présence d’une hétérotopie nodulaire périventriculaire était confirmée chez 95% (n= 87/92) et n’a pas pu être recherchée chez 4 patients.  La moitié des patients ne présentaient pas de symptôme neurologique. 3/4 avaient une présentation syndromique (CV et/ou CTD). Les anomalies CV se distribuaient, en anévrismes ou dilation aortiques pour ¾ des patients, persistance du canal artériel pour 1/3 et communications interventriculaire et interauriculaire pour 1/3. Les anomalies CTD touchaient 3/4 des patients dont 67% d’hyperlaxité articulaire et 40% d’hyperélasticité cutanée.

Aucune relation génotype/phénotype n’a pu être mise en évidence, mais un enrichissement de variations faux-sens dans le domaine CH1 de la protéine a été identifié.

Notre étude confirme que les anomalies CV et CTD sont fréquentes et associées chez les patients PVNH1 et que l’atteinte neurologique n’est pas systématiquement présente. Ces atteintes CTD et/ou CV devraient être recherchées devant toute PVNH1, en raison de la prévalence et de la gravité de la maladie aortique dans cette affection. Par ailleurs, devant un tableau clinique d’aortopathie syndromique nous proposons que l'analyse moléculaire du FLNA soit réalisée même en l'absence d’épilepsie ou autre signe neurologique. Une IRM cérébrale pourrait être réalisée pour étayer l’hypothèse de PVNH1 notamment en cas de variant de signification incertaine dans FLNA. Enfin, malgré l'hérédité dominante liée à l'X, nos données suggèrent qu’un phénotype évocateur chez un patient masculin ne devrait pas exclure cette hypothèse diagnostique.


Clarisse BILLON (Paris), Salma ADHAM, Natalia HERNANDEZ POBLETE, Anne LEGRAND, Michael FRANK, Laurent CHICHE, Stéphane ZUILY, Karelle BENISTAN, Laurent SAVALE, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI, Anne-Claire BREHIN, Laurence BAL, Tiffany BUSA, Mélanie FRADIN, Chloé QUELIN, Bertrand CHESNEAU, Denis WAHL, Patricia FERGELOT, Cyril GOIZET, Tristan MIRAULT, Xavier JEUNEMAITRE, Juliette ALBUISSON
10:00 - 11:00 #28659 - P063 Rôle majeur de la testostérone dans la survenue de rupture aortique spontanée dans un modèle souris de syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.
P063 Rôle majeur de la testostérone dans la survenue de rupture aortique spontanée dans un modèle souris de syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.

Rationale: Vascular Ehlers-Danlos syndrome (vEDS) is a rare autosomal dominant inherited connective tissue disorder characterized by spontaneous arterial ruptures, usually occurring in young adulthood. A phenotypic heterogeneity has been described, partly explained by the type of variant in the causal COL3A1 gene. Notably, a higher mortality rate is suspected in young affected men, suggesting the influence of sex hormones. Several Col3a1 knock-in mouse models have shown a lower survival rate in males caused by aortic rupture.

Objectives: Investigation of the effect of castration or the addition of testosterone on the occurrence of aortic rupture in our Col3a1+/G182R mouse model.

Methods: The survival and the aortic structure in Col3a1+/G182R knock-in male or female mice with or without castration ± hormone substitution were assessed. Transcriptomic analyses of aortic tissue were performed in Col3a1+/G182R and wild type (WT) males or females using Gene set enrichment analysis (GSEA).

Results: Early orchidectomy (orx) at 5 weeks of age in Col3a1+/G182R male mice improved the survival rate at 16 weeks compared to sham-operated controls (89% vs 67%, p=0.08) whereas ovariectomy (ovx) in Col3a1+/G182R female did not modify it (96% vs 89%, ns). Subcutaneous administration of angiotensin II (Ang II) (0.5 mg/kg/min) considerably worsened the survival rate in Col3a1+/G182R sham-operated male (0% survival rate at 10 days) but mortality was delayed and less severe in orx male mice (27% at 14 days). Ovx did not influence the Ang II – induced mortality rate, suggesting a specific effect of testosterone. Indeed, subcutaneous administration of testosterone in Col3a1+/G182R ovx female mice significantly worsened the survival at 16 weeks (52% vs 96%, p=0.0006). Aortic diameter of Col3a1+/G182R female mice was smaller than that of Col3a1+/G182R male mice, but the collagen content was similar in both sexes and not influenced by castration on this short-term period. Aortic transcriptomic analysis showed 131 differentially-expressed genes (DEG) between Col3a1+/G182R and WT male mice, among them 17 genes expressed in the endothelium and 7 related to the endothelin-1 and nitric oxide pathway. The same comparison in female mice retrieved the upregulation of 21 DEG belonging to the extracellular matrix (ECM) network, among them Fbn1 encoding fibrillin, Col1a1 and Col1a2 encoding the most abundant fibrillar collagen in the arterial wall. GSEA analyses confirmed the upregulation of the endothelin-1 and nitric oxide pathway in males and the remodeling of ECM in females.

Conclusion: This study confirms the implication of testosterone in causing arterial fragility in this vEDS mouse model with a complex mechanism of DEG suggesting an important role of the endothelium in the pathophysiology of the disease.


Anne LEGRAND (PARIS), Charline GUERY, Irmine LOISEL-FERREIRA, Coralie FONTAINE, Frank GITON, Salma ADHAM, Tristan MIRAULT, Eric CLAUSER, Xavier JEUNEMAITRE
10:00 - 11:00 #28000 - P068 Troubles des fonctions exécutives et symptomatologie anxio-dépressive chez les enfants et adolescents atteints de cytopathies mitochondriales.
P068 Troubles des fonctions exécutives et symptomatologie anxio-dépressive chez les enfants et adolescents atteints de cytopathies mitochondriales.

Les cytopathies mitochondriales regroupent une grande variété de pathologies dont le dénominateur commun est un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale. Les troubles neurologiques entrainés par ces déficits énergétiques sont bien connus mais il existe peu de description des troubles psychiatriques qu’ils entraînent.

Les troubles les plus fréquemment rapportés dans les cytopathies mitochondriales sont des troubles dépressifs, anxieux, bipolaires et psychotiques. Ces symptômes psychiatriques précèdent parfois de plus de 10 ans le diagnostic de la pathologie mitochondriale suggérant que les symptômes psychiatriques pourraient apparaitre précocement. Les objectifs de l’étude étaient de décrire les troubles psychiatriques et neuropsychologiques ainsi que la qualité de vie d’enfants atteints de cytopathies mitochondriales.

Matériel et méthodes : une cohorte de 12 enfants a été recrutée prospectivement entre février 2019 et février 2020 dans le Centre de Références des Pathologies Mitochondriales d’Angers (France). Les participants ont bénéficié d’une évaluation psychiatrique, avec entretien semi-structuré et passation d’échelles psychiatriques d’évaluation globale (BPRS : Brief Psychiatric Rating Scale et EGF : Evaluation Globale du Fonctionnement), de dépression (CDI : Children Depression Inventory), de troubles anxieux (RCMAS : Revised Children's Manifest Anxiety Scale), d’hyperactivité/inattention (échelle de Conners parents et enseignants) et de qualité de vie (PedsQL adapté à l’âge). Une évaluation neuropsychologique a également été réalisée avec test d’efficience intellectuelle (WISC-V) et un Inventaire comportemental des fonctions exécutives (BRIEF).

Résultats : Quatre enfants (33,3 %) avaient des symptômes dépressifs. Six enfants (50 %) ont signalé des symptômes d'anxiété lors de l'entretien psychiatrique et 3 enfants (25 %) souffraient effectivement d'anxiété selon l'échelle RCMAS. Par rapport aux autres enfants atteints de maladies chroniques, les individus de cette cohorte ont rapporté un score global de qualité de vie inférieur et des scores inférieurs dans les sous-échelles physiques et sociales. Concernant le profil neuropsychologique des enfants, le score moyen à la WISC-V dans notre cohorte était de 87,3± sd=25,3 [52 ;120]. Deux enfants, soit 20% des 10 enfants évalués avec cette échelle, avait un score de QI total situé dans la zone de déficience (QIT < 70).

Conclusion : Cette étude montre que les cytopathies mitochondriales peuvent entraîner des troubles psychiatriques ainsi que des dysfonctionnements neuropsychologiques chez les enfants et les adolescents dont le cerveau est en développement. Elle met en évidence la nécessité de réaliser des évaluations psychiatriques régulières dans cette population.


Elise RIQUIN, Thomas LE NERZÉ, Natwin PASQUINI, Magalie BARTH, Clément PROUTEAU, Estelle COLIN, Patrizia AMATI-BONNEAU, Vincent PROCACCIO, Patrick VAN BOGAERT, Philippe DUVERGER, Arnaud ROY, Dominique BONNEAU (Angers)
10:00 - 11:00 #28649 - P073 Forme précoce de déficit en MTHFR : une maladie traitable ? Influence du dépistage et du traitement précoce sur le devenir à long terme.
P073 Forme précoce de déficit en MTHFR : une maladie traitable ? Influence du dépistage et du traitement précoce sur le devenir à long terme.

MTHFR deficiency is a severe autosomal recessive inborn error of folate metabolism leading to hyperhomocysteinemia and low methionine due to the dysfunction of the remethylation pathway of homocysteine to methionine.

MTHFR deficiency can present at any age. The clinical course varies according to the age of onset: the early-onset presentations (neonatal period and early infancy [≤ 3 months]) and the non-early-onset presentations (late infancy or early childhood [from 3 months to 10 years] and adolescence or adulthood [ > 10 years]). Early-onset patients typically exhibit a life-threatening acute neurologic deterioration. However, data on these patients especially long-term outcomes are scarce. The aims of this study were 1) to study and describe the clinical and laboratory parameters of early-onset MTHFR-deficient patients (i.e. ≤ 3 months of age) and 2) to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcomes.

To this end, we conducted a retrospective multicentric international cohort study on patients with MTHFR deficiency. Characteristics of patients with early-onset MTHFR deficiency were described at time of diagnosis and at the last follow-up visit. Logistic regression analysis was used to identify predictive factors of severe neurodevelopmental outcome in a broader subset of patients with early and non-early-onset MTHFR deficiency.

The study cohort, recruited from 32 international metabolic centres, consisted of 64 patients including 32 with early-onset presentation. More than 70% of the early-onset MTHFR-deficient patients exhibited neurologic symptoms (including hypotonia, microcephaly, seizures) and feeding difficulties at time of diagnosis. Eyes issues (i.e. poor or absent eye contact) and respiratory failure were reported in 38% and 30% of patients respectively. Initial brain MRI abnormalities  included ventricle dilatation (67%), cortex atrophy (56%), external CSF spaces dilatation (56%) and myelination delay (44%). At the last follow-up visit (median follow-up time of 8.1 years), 76% of treated patients exhibited a severe neurodevelopmental outcome. Among the whole study population, pre-symptomatic diagnosis was independently associated with a significantly better neurodevelopmental outcome (adjusted OR 0.004, [0.002-0.232]). The analytic neurologic examination was normal for all of them at the last follow-up visit.

Paediatricians and geneticists need to be aware of this rare and severe but potentially treatable inborn error of metabolism. Treatment should be initiated as early as possible, before irreversible brain damage. This study provides a clear evidence for benefits of pre-symptomatic diagnosis and subsequent appropriate therapeutic management, highlighting the need for systematic newborn screening and family screening in high-risk families for MTHFR deficiency.


Mathilde YVERNEAU (Rennes), Stéphanie LEROUX, Apolline IMBARD, Florian GLEICH, Jean-François BENOIST, Léna DAMAJ, Manuel SCHIFF
10:00 - 11:00 #28543 - P078 Autoinflammation liée à l’haploinsuffisance A20 : identification et caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants A20.
P078 Autoinflammation liée à l’haploinsuffisance A20 : identification et caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants A20.

A20 est une enzyme d'édition de l'ubiquitine codée par le gène A20 (ou TNFAIP3, tumor necrosis factor a-induced portien 3). A travers son activité E3 ligase et déubiquitinase, A20 régule plusieurs substrats de la voie NF-kappaB, tels que RIP1, NEMO et TRAF6. La protéine A20 joue un rôle central dans la régulation de l'inflammation et de l'immunité en inhibant cette voie de signalisation. Les premières mutations d’A20 décrites en 2016 conduisaient à une haploinsuffisance, donnant ainsi le nom haploinsuffisance A20 (HA20) à cette maladie auto-inflammatoire (MAI) de transmission autosomique dominante. Le phénotype de HA20 est partiellement chevauchant avec celui de la maladie de Behçet mais se caractérise par un âge de début de maladie précoce ; il associe des accès récurrents de fièvre, des ulcères buccaux et génitaux, une atteinte gastro-intestinale avec diarrhée, des arthralgies ou polyarthrites et des uvéites antérieures bilatérales. Avec plus de 25 mutations tronquantes de A20 rapportées à ce jour, HA20 est une MAI monogénique fréquemment diagnostiquée. Cependant, la signification pathogénique des variations faux-sens de A20 a été peu étudiée est reste difficile à établir.

Dans cette étude, nous avons identifié chez six patients indépendants présentant une MAI, cinq nouvelles variations de A20 dont le retentissement fonctionnel a été évalué par des tests cellulaires in vitro : deux variations responsables d’un décalage de cadre de lecture et trois faux-sens. Les deux variations tronquantes c.716dup (p.Ala240Cysfs*14) et c.1504del (p.Arg502Glyfs*195), entraînent une haploinsuffisance due à une dégradation des transcrits A20 par non-sens mRNA decay. La variation faux-sens c.707T>C (p.Leu236Pro) (de classe 3 selon les recommandations de l’American College of Medical Genetics), est responsable d’une dégradation accrue de la protéine mutée (suivi de la stabilité de la protéine et de la dégradation par le protéasome). La baisse d’expression de la protéine A20-Leu236Pro a été par ailleurs confirmée dans les PBMCs provenant des patients. En plus du défaut d’expression, la protéine A20-Leu236Pro présente un défaut fonctionnel avec une moindre suppression de l'activité NF-kappaB que la protéine A20 normale. Quant aux deux autres variations faux-sens identifiées : c.464C>T (p.Thr155Met) et c.237C>G (p.Ser79Arg), de classe 3, elles n’étaient responsables d’aucune anomalie dans les tests in vitro utilisés (étude de l’expression de la protéine et de l’activité NF-kappaB).

Au total, cette étude souligne l’importance d’évaluer le retentissement fonctionnel des variations faux-sens identifiées dans le gène A20 chez les patients chez qui un diagnostic de HA20 est suspecté : les résultats de ces analyses conditionnent la prise en charge thérapeutique des patients et le conseil génétique.


Elma EL KHOURI (Paris), Camille LOUVRIER, Eman ASSRAWI, Alexandre NGUYEN, William PITERBOTH, Bruno COPIN, Florence DASTOT-LE MOAL, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Vanessa LEGUY-SEGUIN, Isabelle KONÉ-PAUT, Achille AOUBA, Sonia-Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA
10:00 - 11:00 #27905 - P083 Agénésie du pancréas et holoprosencéphalie : un variant récurrent dans le gène CNOT1, description d’un cas fœtal.
P083 Agénésie du pancréas et holoprosencéphalie : un variant récurrent dans le gène CNOT1, description d’un cas fœtal.

Introduction : L’holoprosencéphalie (HPE) est une malformation cérébrale cliniquement et génétiquement hétérogène. Dans un cadre syndromique, elle peut être associée à diverses malformations fœtales, parfois non détectables lors des échographies de dépistage prénatal.

Méthodes : Nous rapportons le cas d’un fœtus porteur d’une HPE semi-lobaire diagnostiquée à l’échographie, pour lequel un examen fœtopathologique ainsi qu’un séquençage complet de l’exome en trio a été réalisé suite à une interruption médicale de grossesse.

Résultats-Discussion : L’autopsie fœtale a confirmé la malformation cérébrale de type HPE semi-lobaire et a de plus révélé une agénésie complète du pancréas. L’analyse de l’exome a mise en évidence le variant faux-sens c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans le gène CNOT1, apparu de novo chez le fœtus. Dans la littérature 5 enfants porteurs de ce même variant dans CNOT1 ont été décrits. Tous les patients présentaient une HPE et 4 sur les 5 patients décrits avaient une insuffisance pancréatique endo- et exocrine ou une agénésie du pancréas. Le gène CNOT1 code pour une sous-unité du complexe CCRN4-NOT, impliqué dans la dégradation post-transcriptionnelles des ARNm, et est exprimé au stade précoce du développement embryonnaire. En 2019, De Franco et al., suggèrent un effet précoce de ce variant sur la voie Sonic Hedgehog à l’origine d’une inhibition de la répression de SHH et d’un blocage de la différenciation des cellules pluripotentes en cellules pancréatiques.

Conclusion : Cette observation est la première description fœtale du phénotype associant HPE et anomalie du développement pancréatique lié au variant récurrent c.1603C>T, p.(Arg535Cys) dans CNOT1. L’agénésie pancréatique, difficilement détectable lors des échographies obstétricales, est cependant un élément diagnostique essentiel et conforte l’importance de l’examen fœtopathologique pour orienter les analyses génétiques.


Auriane COSPAIN (Rennes), Marie FAOUCHER, Aurélie CAUCHOIS, Wilfrid CARRE, Marie DE TAYRAC, Sylvie ODENT, Chloé QUELIN, Christèle DUBOURG
10:00 - 11:00 #28301 - P088 Etude épigénétique : une aide dans l’impasse du diagnostic du syndrome Kabuki.
P088 Etude épigénétique : une aide dans l’impasse du diagnostic du syndrome Kabuki.

Le syndrome Kabuki (SK) est une maladie génétique rare avec une prévalence de 1/32000 naissances mais qui est fréquente chez les fœtus avec malformation. Le diagnostic clinique du SK peut être difficile au cours de la première année de vie ou lorsque les caractéristiques dysmorphiques sont atypiques. L’identification de variants pathogènes de novo dans les 2 gènes connus du SK (KMT2D et KDM6A) représente alors une confirmation du diagnostic. Notre laboratoire propose ainsi une analyse moléculaire des gènes responsables du SK ainsi que d’autres gènes régulant la méthylation via une approche haut débit par panel de gènes cibles. Depuis sa mise en place, cette stratégie moléculaire a confirmé le diagnostic clinique du SK dans environ 70.7% des cas (29/41 patients SK), parmi lesquels 96,5% (28/29) présentent un variant de classe 4 ou 5 dans KMT2D et seulement 3,4% (1/29) dans KDM6A. Cependant, l’absence de confirmation moléculaire dans 29.3% des cas (12/41) soulève la question suivante : existe-t-il un variant non détecté par les techniques utilisées ou s’agit-il d’un autre gène ?

Récemment, des profils uniques de méthylation de l'ADN génomique de certains gènes ou épi-signatures ont été établis (Aref-Eshghi E, Am. J. Hum. Genet, 2020). Afin de répondre à la question posée, une étude du profil de méthylation de l’ADN des 11/12 patients « négatifs » pour ces 2 gènes a été réalisée, en collaboration avec le Dr Sadikovik via la plateforme EpiSign-CAN. Au préalable, une reprise minutieuse des données cliniques a permis un classement en 2 groupes : patients «SK typiques» (n=3) et «SK atypiques» (n=8). Les résultats montrent que seuls les patients «SK typiques» présentent une signature épigénétique similaire à celle préalablement établie lors de l’analyse des patients avec un variant KMT2D ou KDM6A, ce qui suggère un diagnostic différent pour les «SK atypiques».

La ré-analyse des données de séquençage des 3 patients «SK typiques» avec épisignature spécifique, à l’aide du pipeline bio-informatique MOBIDL (https://github.com/mobidic/MobiDL) plus performant pour la détection des indels et ensuite l’analyse des variations du nombre de copies, ont permis d’identifier 2 nouveaux variants KMT2D. Un variant tronquant, délétion de 20 nucléotides dans l’exon 34 : c.9962_9993del ; p.(Arg3321Hisfs*91)) et une délétion d’au moins une partie de l’exon 35. Ce résultat permet de confirmer le diagnostic du SK pour 2 patients sur 3. Une analyse moléculaire étendue aux régions introniques profondes et régulatrices pourrait aider à identifier le variant causal chez le troisième.

Compte tenu du faible effectif de notre étude, il serait intéressant de répliquer ce résultat sur un échantillon plus large, afin de pouvoir généraliser l’épisignature dans le SK. Une telle approche apporterait une aide précieuse et complémentaire au NGS, et permettrait la sortie de l’impasse diagnostique pour les patients SK et probablement aussi pour des patients atteints d’autres chromatinopathies.


Nathalie PALLARES-RUIZ (Montpellier), Erfan AREF-ESHGH, Bekim SADIKOVIC, Olivier ARDOUIN, David BAUX, Thomas GUIGNARD, Kevin YAUY, Marine LEGENDRE, Stanislas LYONNET, Jean-Luc ALESSANDRI, Marion GÉRARD, Francis RAMOND, Damien HAYE, Anne-Marie GUERROT, Cyril MIGNOT, Bérénice DORAY, Varoona BIZAOUI, Guilaine BOURSIER, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT-HOUARI
10:00 - 11:00 #28756 - P093 Hétérogénéité clinique et génétique dans 13 patients tunisiens atteints du syndrome de paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS).
P093 Hétérogénéité clinique et génétique dans 13 patients tunisiens atteints du syndrome de paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS).

La paralysie du regard horizontal avec scoliose progressive (HGPPS) est un syndrome extrêmement rare. Il s'agit d'une pathologie autosomique récessive, caractérisée par l'absence de mouvements oculaires horizontaux conjugués et une scoliose débilitante progressive pendant l'enfance et l'adolescence. Le HGPPS est associé à des mutations dans le gène ROBO3. Dans cette étude, l'objectif était d'identifier l'étiologie génétique dans une cohorte de patients tunisiens diagnostiqués cliniquement comme atteints de HGPPS.

Treize patients tunisiens issus de six familles consanguines non apparentées ayant des manifestations cliniques de HGPPS ont fait l'objet d'une étude clinique détaillée sur une période de 10 ans. Nous avons investigué les variants en cause utilisant dans un premier temps, le séquençage Sanger, puis, dans un deuxième temps, le séquençage de l’Exome complet (WES).

Quatre mutations homozygotes distinctes ont été identifiées dans le gène ROBO3. Deux de ces mutations ont été identifiées pour la première fois à savoir le variant c.3412C > T au niveau de l’exon 23 chez deux patients originaires de la même région ainsi que le variant c.2833dupG présent au niveau de l’exon 19 et détecté chez 4 patients. L’utilisation des outils de prédiction et l’analyse clinique ont confirmé leur effet pathogène. Les deux autres variants ont été décrits auparavant chez des patients Tunisiens, dont le variant c.284T > C au niveau de l’exon 4 et le variant c.1450T > C au niveau de l’exon 9. Les variants trouvés par WES ont été validés par séquençage Sanger confirmant leur mode de ségrégation.

Il s'agit de la plus grande cohorte de patients tunisiens avec HGPPS dans laquelle des mutations dans le gène ROBO3 ont été identifiées. Ce travail a permis d’élargir le spectre de mutations pour le syndrome HGPPS en Tunisie et dans le monde, ce qui permettra de mettre en place un diagnostic prénatal et un conseil génétique pour les familles à risques, ainsi qu’une prise en charge précoce des patients.


Sami BOUCHOUCHA, Asma CHIKHAOUI, Dorra NAJJAR, Hamza DALLALI, Nabil NESSIB, Houda YACOUB-YOUSSEF (Tunis, Tunisie)
10:00 - 11:00 #28090 - P098 Oncogenèse des gliomes survenant dans un contexte de CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).
P098 Oncogenèse des gliomes survenant dans un contexte de CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).

Objectif. Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est un syndrome de prédisposition au cancer lié à la présence d’une mutation bi-allélique (homozygote ou hétérozygote composite) dans l'un des quatre principaux gènes de réparation des mésappariements (gènes MMR) PMS2, MSH2, MSH6 ou MLH1. Il est associé à l'apparition précoce de cancers, en particulier les glioblastomes (GBM) survenant à un âge pédiatrique. Notre objectif était de décrypter les spécificités moléculaires des gliomes apparaissant dans ce contexte.

Méthodes. Une analyse complète des données cliniques, histopathologiques et génomiques (séquençage de l'exome entier) a été réalisée chez 12 enfants atteints d’un CMMRD, pour lesquels nous disposions de matériel tumoral congelé (10 GBM et 2 astrocytomes anaplasiques).

Résultats. Huit patients présentaient un phénotype ultra-muté avec plus de 100 variants somatiques non synonymes (NS) d'un seul nucléotide (SNV) par mégabase (Mb). Aucune corrélation n'a été observée entre le nombre de mutations et le sexe, l'âge, la survie globale ou le gène MMR muté. Des mutations somatiques dans le domaine exonucléase de POLE ou POLD1 ont été identifiées chez respectivement 8 patients et 1 patient. Les 4 tumeurs sans altération somatique de POLE ne présentaient pas un phénotype classique ultra-hypermuté (nombre de NS coding SNV/Mb : 2, 4, 77, 80). Tous les patients porteurs d'une mutation POLE avaient plus de 20 NS SNV/Mb avec une VAF supérieure à celle de la mutation POLE initiatrice (médiane 40 [range 23-96). Ces deux résultats suggèrent que le phénomène d'accélération de la survenue des mutations a commencé avant l'apparition de la mutation somatique de POLE. En effet, l'analyse des différents bursts de mutations montre que les signatures mutationnelles des tumeurs, dominées par les signatures MMR, n’ont été que légèrement modifiées après l'apparition de la mutation POLE. Des altérations somatiques récurrentes précoces (VAF supérieure à celle de la mutation somatique de POLE) et définies comme pathogéniques ont été observées dans SETD2 (9/12), TP53 (9/12), NF1 (9/12), EPHB2 (8/12) et DICER1 (7/12). Seule la moitié des tumeurs surexprimait PDL1 en immunohistochimie et cette surexpression n'était pas associée à une charge de mutation tumorale plus élevée.

Conclusion. Les gliomes associés au CMMRD ont une oncogenèse spécifique avec des voies de signalisation et des mutations différentes de celles habituellement observées dans les GBM pédiatriques ou adultes de survenue sporadique. Les altérations fréquentes dans les voies MAPK ou DNA-PK, par exemple, peuvent suggérer l'utilisation d'autres thérapies ciblées en dehors des inhibiteurs de PD1.


Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Jane MERLEVEDE, Philippe DENIZEAU, Felipe ANDREIUOLO, Pascale VARLET, Stéphanie PUGET, Kevin BECCARIA, Thomas BLAUWBLOMME, Odile CABARET, Nadim HAMZAOUI, Franck BOURDEAUT, Cécile FAURE-CONTER, Martine MULERIS, Chrystelle COLAS, Tiphaine ADAM DE BEAUMAIS, David CASTEL, Etienne ROULEAU, Laurence BRUGIERES, Jacques GRILL, Marie Anne DEBILY
10:00 - 11:00 #28293 - P103 Identification des difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer par les cliniciens et effet sur la détresse : étude observationnelle prospective auprès de femmes s’adressant en oncogénétique en Allemagne, Espagne et France.
P103 Identification des difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer par les cliniciens et effet sur la détresse : étude observationnelle prospective auprès de femmes s’adressant en oncogénétique en Allemagne, Espagne et France.

Les tests de panel de gènes estimant le risque de cancer et leurs résultats peuvent être source d’interprétation difficile et de détresse chez les patients. L’objectif de cette étude était d’évaluer dans quelle mesure les cliniciens en oncogénétique repèrent les difficultés psychosociales liées au risque génétique de cancer chez des femmes à haut risque de cancer du sein. Il s’agissait également d’évaluer si un repérage adéquat, une sous- ou surestimation des difficultés pouvaient résulter en une détresse plus importante chez ces femmes, et si le niveau de détresse pouvait être affecté par le type de résultat de test.  

L'étude est prospective observationnelle et menée auprès de dyades patiente-clinicien dans des services d’oncogénétique en Allemagne, Espagne et France, impliquant 709 patientes (taux de participation, 83.4%) et 31 cliniciens (taux de participation, 100%). L’accord patiente-clinicien sur les difficultés psychosociales perçues a été mesuré à l’aide du questionnaire portant sur les "Aspects Psychosociaux liés au Cancer Héréditaire (PAHC)" complété indépendamment par les cliniciens et les patientes après la consultation initiale. Ce questionnaire porte sur différents domaines de difficultés liées à la prédisposition héréditaire, l’impact du test sur le plan pratique, la communication familiale, les enfants et le fait de vivre avec le cancer. Les taux (nombre et pourcentage) et les degrés (coefficients Kappa) d’accord ont été calculés. Les niveaux de détresse ont été mesurés grâce à l’échelle "Anxiété et Dépression (HADS)” après la consultation initiale (T1) et de remise de résultat (T2).

Les degrés d’accord sur la perception des difficultés par les patients et les cliniciens sont apparus très modestes, avec des coefficients Kappa allant de 0.001 à 0.17. Les difficultés ont été généralement sous-estimées, dans la plupart des domaines du PAHC. Les niveaux de détresse des patientes, faibles en moyenne, se sont révélés stables de T1 à T2, quels que soient le jugement adéquat ou inadéquat des cliniciens à propos de la présence ou non de difficultés, ou le type de résultat de test génétique. Néanmoins, des scores au HADS de plus de 12 soulignant la nécessité d’une orientation psychologique ont été observés chez près de 30% des patientes. Ces niveaux de détresse > à 12 ont été observés spécifiquement là où le clinicien sous-estimait ou évaluait correctement la présence de difficultés émotionnelles.

Ces résultats suggèrent la nécessité d’améliorer l’appréciation des besoins d’orientation psychologique des patientes s’adressant en oncogénétique face au risque élevé de cancer du sein. Améliorer l’évaluation des difficultés émotionnelles mais aussi le processus d’orientation vers un accompagnement psychologique lorsque des difficultés ont été correctement repérées permettrait de minimiser la détresse chez les patientes qui en présentent au cours de la démarche en oncogénétique.


Anne BRÉDART (Paris), Jean-Luc KOP, Antoine DE PAUW, Alejandra CANO, Dominique STOPPA-LYONNET, Sylvie DOLBEAULT
10:00 - 11:00 #28582 - P108 Séquençage haut débit avec barcodes moléculaires pour la génétique du rétinoblastome.
P108 Séquençage haut débit avec barcodes moléculaires pour la génétique du rétinoblastome.

Le rétinoblastome est une tumeur maligne pédiatrique de la rétine résultant de l’inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur RB1 dans une cellule rétinienne ou, dans de rares cas, à l’amplification somatique du gène MYCN. Dans près de la moitié des cas, il existe une prédisposition génétique avec la présence au niveau constitutionnel d’un variant pathogène du gène RB1 alors que le rétinoblastome non héréditaire est principalement causé par l'inactivation des deux allèles RB1 au niveau somatique. Plusieurs polymorphismes ont été rapportés comme biomarqueurs du risque de rétinoblastome, de son agressivité ou de son invasion. L’analyse génétique de l’ADN tumoral à la recherche des deux variants pathogènes du gène RB1 est l’examen le plus informatif. A ce jour, cette analyse n’est possible que chez les patients traités par énucléation. Cependant, l’augmentation de l’utilisation de traitements conservateurs a fait chuter le taux d’énucléation. De récentes études ont montré que l'ADN tumoral circulant issu de l’humeur aqueuse peut être analysé chez les patients atteints de rétinoblastome. Nous avons mis au point une nouvelle méthode de séquençage haut débit analysant un panel de gènes avec utilisation de barcodes moléculaires, aussi appelés UMI (Unique molecular identifiers), permettant une détection très sensible de la prédisposition génétique et des biomarqueurs du rétinoblastome en une seule analyse. Il s'agit de la première utilisation des UMI pour la génétique du rétinoblastome. Ce panel de gènes permet de détecter les variants ponctuels de RB1, y compris les variants en mosaïque faible, les réarrangements de grande taille de RB1 dont la perte d’hétérozygotie, les amplifications de MYCN, et des facteurs modificateurs du risque de rétinoblastome ou autres biomarqueurs.  Il a été évalué sur 30 échantillons provenant de 23 patients atteints de rétinoblastome. Cette technique permet d’étudier l’ADN extrait de différents fluides biologiques : de l’ADN génomique extrait de sang total, de l’ADN tumoral extrait de fragment tumoral, d'humeur aqueuse ou de plasma. L'accès à l'ADN tumoral circulant améliore le diagnostic de la prédisposition génétique chez les patients bénéficiant d’un traitement conservateur et donne accès à des biomarqueurs pouvant guider la stratégie thérapeutique.


Jessica LE GALL, Jessica LE GALL (Paris), Catherine DEHAINAULT, Camille BENOIST, Alexandre MATET, Livia LUMBROSO-LE ROUIC, Isabelle AERTS, Irène JIMENEZ, Gudrun SCHLEIERMACHER, Claude HOUDAYER, François RADVANYI, Eléonore FROUIN, Victor RENAULT, François DOZ, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Nathalie CASSOUX, Lisa GOLMARD
10:00 - 11:00 #28689 - P113 Intérêt et limites du NGS dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein.
P113 Intérêt et limites du NGS dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein.

On estime que 2 à 4% des cancers du rein surviennent dans un contexte de prédisposition génétique. Selon les recommandations françaises établies par le réseau PREDIR (PREDispositions aux tumeurs du Rein), en cas de suspicion d’une prédisposition génétique au cancer du rein, les laboratoires effectuent l’analyse d’un panel de gènes incluant à minima les gènes VHL, FLCN, FH, MET et SDHB en raison du risque reconnu de cancer du rein associé à la détection d’un variant pathogène.

Selon l’évolution des connaissances, les laboratoires incluent régulièrement de nouveaux gènes « recherche » à ce panel. Les variants dans ces gènes sont rendus au prescripteur à la discrétion des laboratoires effectuant l’analyse.

Nous avons repris rétrospectivement les analyses des patients analysés en NGS sur 18 gènes : VHL, SDHB, FLCN, MET, FH, BAP1, SDHC, SDHD, SDHA, SDHAF2, TMEM127, MAX, CDC73, PTEN, MITF, HNF1b, CDKN2B, PBRM1, TP53. L’objectif principal de ce travail était d’étudier la fréquence de détection et la répartition des anomalies au sein de notre panel et de discuter l’intérêt d’une analyse systématique de certains gènes.

 

              Au total, 742 patients avec un cancer du rein ont été analysés. L’âge moyen au diagnostic était 45 ans, 117 patients présentaient des tumeurs multiples, 130 une histoire familiale de cancer du rein, 56 des signes associés pouvant faire évoquer une forme syndromique. L'histologie était renseignée pour 834 des 857 tumeurs.

Le séquençage a permis la détection d’un variant pathogène ou probablement pathogène (VP) chez 33 patients (4,5%) et la détection de variants de signification inconnue (VSI) chez 55 (7,4%). Dix-neuf VP ont été détectés dans les principaux gènes de prédisposition ainsi qu’une majorité de VUS (56%).

La détection d'un PV était significativement associée à la présence d'une autre tumeur ou de signes associés chez le cas index, et à des antécédents familiaux. Elle était plus fréquente dans certains types histologiques.

 

L’analyse en NGS nous a permis d’analyser en parallèle plusieurs gènes susceptibles d’être impliqués dans les prédispositions héréditaires au cancer du rein, quels que soient l’histologie et le contexte clinique dans le cadre des indications du réseau PREDIR. Cette approche semble particulièrement efficace dans les formes syndromiques et certains sous types histologiques et a parfois permis de corriger certains diagnostics.  Le nombre important de VSI implique de développer les études tumorales ou d’autres approches pour mieux classer ces variants. Le rendement de détection est meilleur si l’on augmente le nombre de gènes analysés mais reste globalement faible, faisant suspecter une part importante de facteurs génétiques et/ou environnementaux inconnus à ce jour. Un travail national est en cours pour harmoniser les pratiques entre laboratoires, définir le « meilleur » panel à proposer chez les patients susceptibles d’avoir une prédisposition au cancer du rein et leur proposer une surveillance adaptée.


Elise PIERRE-NOEL (Nantes), Pascaline BERTHET, Marc PLANES, Julie TINAT, Patricia FERGELOT, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Carole CORSINI, Sophie NAMBOT, Laurence VENAT, Sandra FERT-FERRER, Bertrand ISIDOR, Clémentine LEGRAND, Fabienne PRIEUR, Sophie DUSSART, Jessica MORETTA, Thomas SIMONET, Béatrice CHAMBE, Caroline ABADIE, Sophie GIRAUD
10:00 - 11:00 #28290 - P118 Profil mutationnel des carcinomes rénaux papillaires métastatiques.
P118 Profil mutationnel des carcinomes rénaux papillaires métastatiques.

Introduction :

Les carcinomes rénaux papillaires (papRCC) sont des tumeurs rares, représentant 15 à 20 % des carcinomes à cellules rénales (RCC). Parmi eux, on distingue classiquement 2 sous-types histologiques, le type 1 (papRCC type 1) et le type 2 (papRCC type 2), pouvant co-exister au sein d’une même tumeur (papRCC mixte). Cliniquement, les papRCC type 2 semblent associés à un moins bon pronostic. Une évolution métastatique survient dans 6-10% des cas, avec un pronostic sombre. Le profil mutationnel des papRCC a été peu exploré mais l’étude menée par The Cancer Genome Atlas en 2015 sur 157 tumeurs a montré que les gènes les plus fréquemment mutés étaient MET, FAT1, SETD2 et NF2.

L'objectif de notre étude était de définir une signature mutationnelle spécifique des papRCC métastatiques en vue d’identifier des facteurs prédictifs et de potentielles cibles thérapeutiques pour ce cancer dont le pronostic reste très péjoratif.

Matériel et méthodes :

A partir d’une cohorte monocentrique rétrospective de 242 patients atteints de papRCC, opérés dans les hôpitaux Necker ou Georges Pompidou (Paris) entre 2010 et 2020, nous avons identifié 24 patients (10%)  ayant développé des métastases synchrones (n=11) ou métachrones (n=13).

Pour chacun, nous avons collecté les données clinicopathologiques et avons étudié les profils génétiques et immunohistochimiques des tumeurs primaires.

Nous avons réalisé l’étude génétique somatique (ADNs tumoraux extraits de fragments congelés ou FFPE) par NGS grâce à un panel maison (Twist Bioscience®) ciblé de 29 gènes impliqués dans la tumorigenèse rénale. Les immunohistochimies ont été réalisées par Tissue MicroArray utilisant 14 anticorps ciblant FH, SMARCB1, SMARCA4, TFE3, MET, BAP1, PBRM1, 4-EBP1-P, S6K-P, PDL1, CD3, CD8, CD163 et CD20.

Résultats :

Parmi les 24 papRCC primaires analysés, deux étaient de type 1, 7 de type 2, deux mixtes, 12 inclassables et un biphasique.

Des variations somatiques pathogènes (VP) ou probablement pathogènes (VPP) ont été identifiées dans 58% des tumeurs primaires analysées (14/24). Le nombre d'anomalies identifiées était multiple dans 8 cas. Des VP/VPP ont été trouvées dans les gènes SMARCB1 (n=4), NF2 (n=4), MET (n=3), BAP1 (n=3), VHL (n=3), SETD2 (n=2), PBRM1 (n=2), FH (n=1), KDM6A (n=1), TP53 (n=1), TSC1 (n=1) et TSC2 (n=1). Les résultats du phénotypage immunohistochimique sont en cours d'analyse.

Conclusion :

Les anomalies des gènes SMARCB1 et NF2 sont les plus fréquemment retrouvées dans notre série de papRCC métastatiques, avec une fréquence de 17% pour chacun d'eux. Dans l'étude du TCGA qui comprenait seulement 5 tumeurs métastatiques sur 157 papRCC étudiés, des mutations de ces gènes avaient également été rapportées mais avec une fréquence moindre (2.5% et 6.4% respectivement). Nos résultats suggèrent donc que des mutations des gènes SMARCB1 et NF2 pourraient être des facteurs prédictifs précoces d'évolution métastatique chez les patients atteints de papRCC.


Léa COLLIGNON, Fanny REINHART, Tom DROSSART, Isabelle RONCELIN, Astrid RAMAHEFASOLO, Claudia SPANGENBERG, Marc-Olivier TIMSIT, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Virginie VERKARRE, Nelly BURNICHON (PARIS)
10:00 - 11:00 #27854 - P123 Réflexions et enjeux stratégiques sur la réanalyse, les bases et partages de données dans les maladies rares dans le cadre du Plan France médecine génomique 2025.
P123 Réflexions et enjeux stratégiques sur la réanalyse, les bases et partages de données dans les maladies rares dans le cadre du Plan France médecine génomique 2025.

Au cours de la dernière décennie, le séquençage haut débit pangénomique (STHD) a révolutionné le diagnostic et la recherche médicale. Son utilisation massive a permis d’identifier de nombreux nouveaux gènes responsables de maladies rares (MR). Par ailleurs, depuis quelques années, le STHD est transféré en diagnostic en France, et depuis 2016 dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) qui ambitionne de réaliser à terme un séquençage de génome entier chez 17.000 patients atteints de MR par an. La réanalyse des données, la constitution et/ou la participation à des bases de données (de variations génomique gènes d’intérêt) et le partage de données à l’échelle nationale et internationale sont des enjeux médicaux, scientifiques et stratégiques majeurs. C’est dans ce contexte que le CAD (Collecteur Analyseur de Données) a été créé.  Il a pour objectif de rassembler l’ensemble des données génomiques issues du PFMG2025 et proposera des outils d’aide à l’interprétation à la fois dans le cadre du soin et de la recherche.

Dans le cadre du soin, la réanalyse des données peut être réalisée pour chaque patient individuellement à la demande du prescripteur, devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou de nouvelles hypothèses diagnostiques. Une réanalyse systématique et prospective des données de l’ensemble des patients dont les résultats ont été négatifs/non conclusifs s’avère particulièrement efficace. Dans la déficience intellectuelle par exemple, chaque réanalyse annuelle des données d’exome identifie le diagnostic chez environ 5-7% de ces patients.

Dans le cadre de la recherche, l’enjeu est également crucial puisqu’un élément clé pour confirmer un lien de causalité entre une MR et un nouveau gène candidat est d'identifier plusieurs individus non apparentés présentant des phénotypes chevauchants et porteurs de variations génomiques dans le même gène avec le même modèle d'hérédité. La réanalyse ciblée des données à la demande des chercheurs sur une hypothèse donnée ou la mise à disposition de bases de données de variations candidates d’intérêt (telles que de novo-db par exemple) ont déjà fait la preuve de leur intérêt, de même que le partage de ces variations sur des plateformes internationales (telles que Matchmaker Exchange).

A l’échelle du CAD, et dans l’hypothèse d’une réanalyse prospective massive des données pour lutter contre l’impasse diagnostique et favoriser la recherche dans les MR, deux axes majeurs du PNMR3, des réflexions s’imposent pour déterminer la stratégie et les outils à déployer à l’échelle nationale. Un groupe de travail dédié dans le cadre du PFMG2025 a été mis en place à cet effet. Nous proposons de présenter ses réflexions, ses orientations et les stratégies proposées pour optimiser la réanalyse, les bases et le partage des variations génomiques d’intérêt dans le cadre du PFMG2025.


Christel THAUVIN (DIJON), Frédérique NOWAK, Abdelkader AMZERT, Diane GOZLAN, Damien SANLAVILLE, Julien THEVENON, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Catherine BOILEAU, Laurence FAIVRE, Patrick NITSCHKÉ, Yannick DUFFOURD, David SALGADO, Alban LERMINE, Alain VIARI, Etienne ROULEAU, Gudrun SCHLEIEIRMACHER, Pierre LAURENT-PUIG, Dominique STOPPA-LYONNET, Yves VANDENBROUCK, Franck LETHIMONNIER, Laurent CASTERA
10:00 - 11:00 #27850 - P128 Veille bibliographique prospective intensive et réanalyse ciblée: la grep analysis, une stratégie efficace pour des diagnostics rapides.
P128 Veille bibliographique prospective intensive et réanalyse ciblée: la grep analysis, une stratégie efficace pour des diagnostics rapides.

Introduction: Le séquençage d’exome/genome (ES/GS) entraine régulièrement d’implications de nouveaux gènes ou l’extension phénotypique de gènes déjà connus en pathologie humaine. La réanalyse prospective complète des données d’ES/GS a démontré son efficacité avec un rendement diagnostique additionnel de 10.5% à 32%, mais se heurte à des difficultés organisationnelles importantes pour les laboratoires de diagnostic. Des alternatives moins chronophages ont été discutées comme des réanalyses complètes à la demande du patient et/ou du clinicien, ou ciblées devant l’apparition de nouveaux signes cliniques ou hypothèses diagnostiques. Il est possible d’interroger une grande quantité de données génomiques de façon ciblée, par une ligne de commande nommée grep. Celle-ci n’a été utilisée à ce jour, qu’en cancérologie afin de rechercher des fusions de gènes ou des insertions Alu. Nous présentons une stratégie de réanalyse innovante basée sur une veille bibliographique prospective intensive associée à une recherche ciblée par ligne de commande grep directement appliquée à notre base de données de plus de 6000 exomes.

Méthodes: Depuis avril 2019, nous soumettons quotidiennement 5 mots-clés d’intérêt sur PubMed : intellectual disability, (neuro)developmental delay, (neuro)developmental disorder. Chaque gène nouvellement identifié en pathologie humaine ou dans un nouveau phénotype a été « greppé » dans les 6000 VCF de notre base de données d’ES, avec une ligne de commande Linux et un script à façon afin de collecter toutes ses variations.

Résultats: En 24 mois, 199 gènes sont « greppés » dans 6000 ES dont 2366 cas index avec anomalies du développement/déficience intellectuelle (1550 avec un résultat négatif ou non concluant) et 656 de leurs apparentés. Parmi ces 199 gènes, au moins 78 étaient nouvellement impliqués en pathologie humaine, ou dans un phénotype différent. 89 variations candidates sont identifiées chez 88 cas index. Après discussion pluridisciplinaire, validation Sanger et ségrégation familiale, un diagnostic causal est confirmé pour 26/199 greps (13%) chez 31/1550 cas index (2%) ; des variations de signification incertaine (VSI) sont identifiées pour 24/199 greps (12%) chez 38/1550 cas index (2,5%), dont 37.5% sont inclues dans des collaborations internationales. Le délai entre la publication et le compte-rendu était en moyenne de 2.1 mois. Les journaux Am J Hum Genet, Brain, J Med Genet et Genet Med étaient les plus contributifs conduisant à 32% des diagnostics.

Conclusion: Cette stratégie de réanalyse s’avère efficace et conduit à des diagnostics rapides. Une veille bibliographique prospective intensive appliquée à une base de données d’ES importante apparait efficace et s’avère moins laborieuse qu’une réanalyse périodique complète pour les laboratoires. L’utilisation d’outils de veille bibliographique automatisés, par intelligence artificielle par exemple, pourrait être une piste intéressante à explorer pour optimiser cette stratégie.


Frédéric TRAN MAU-THEM (Dijon), Alexis OVERS, Ange-Line BRUEL, Romain DUQUET, Tharreau MYLENE, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Antonio VITOBELLO, Arthur SORLIN, Hana SAFRAOU, Sophie NAMBOT, Sebastien MOUTTON, Caroline RACINE, Camille ENGEL, Melchior DE GIRAUD D'AGAY, Daphne LEHALLE, Alice GOLDENBERG, Marjolaine WILLEMS, David GENEVIEVE, Alain VERLOES, Yline CAPRI, Laurence PERRIN, Jacquemont MARIE-LINE, Laetitia LAMBERT, Elodie LACAZE, Julien THEVENON, Charlotte DUBUCS, Varoona BIZAOUI, James LESPINASSE, Sandra MERCIER, Emilie TISSERANT, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN
10:00 - 11:00 #28076 - P133 Diagnostic clinique typique et résultats moléculaires de première intention négatifs: quand le séquençage du génome et l'intégration de la transcriptomique aident à diagnostiquer les maladies mendéliennes rares et inexpliquées.
P133 Diagnostic clinique typique et résultats moléculaires de première intention négatifs: quand le séquençage du génome et l'intégration de la transcriptomique aident à diagnostiquer les maladies mendéliennes rares et inexpliquées.

Les anomalies du développement sont extrêmement hétérogènes, mais les caractéristiques cliniques typiques associées aux syndromes OMIM, avec gènes bien connus, représentent une aide précieuse dans l'identification des variants génétiques. Cependant, les investigations génétiques de première intention telles que le séquençage ciblé, les panels de gènes ou le séquençage de l'exome peuvent ne pas mener à un diagnostic moléculaire, entraînant une multiplication de tests diagnostiques.

Nous avons recruté 15 personnes avec un diagnostic clinique typique OMIM avec un mode de transmission autosomique récessif et un seul variant hétérozygote identifié par des tests génétiques de première intention (8/15), ou avec une transmission autosomique dominante ou liée à l'X et sans variant causal identifié (7/15). Nous avons appliqué une analyse en deux étapes comprenant le séquençage du génome en solo (GS) complétée par une analyse transcriptomique (ARNm-seq) dans des échantillons sanguins ou de fibroblastes si nécessaire.

Le GS à lui seul a identifié cinq variants (SNVs/indels) causals, tous manqués par les tests ciblés de première intention, et quatre variants structurels (SVs) (dont deux délétions (6,5 kb et 4,2 kb), une translocation équilibrée et un réarrangement complexe). L'analyse de l'ARNm-seq a permis de valider l’effet délétère de deux réarrangements complexes détectés par GS et qui ont pu être résolues par cartographie optique et GS long read. Il a également permis de mettre en évidence un SV et un SNV intronique profond non identifié auparavant par GS seul.

Nous montrons que les pathologies OMIM typiques avec des résultats de première intention négatifs ou non concluants peuvent être résolus par un déploiement séquentiel de GS et ARNm-seq. Ces approches nous ont permis de confirmer un diagnostic moléculaire dans 87% (13/15) de notre cohorte. Dans l'ensemble, GS et ARNm-seq peuvent être intégrés dans la routine de diagnostic, permettant d'établir de nouveaux diagnostics moléculaires non identifiables par des approches standard.


Estelle COLIN (ANGERS), Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Emilie TISSERANT, Simon VERDEZ, Thomas BESNARD, Alice GOLDENBERG, Benjamin COGNE, Bertrand ISIDOR, Arthur SORLIN, Sébastien MOUTTON, Julian DELANNE, Ange-Line BRUEL, Frédéric TRAN MAU-THEM, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Mélanie FRADIN, Christele DUBOURG, Magali GORCE, Dominique BONNEAU, Salima ELCHEHADEH, Francois-Guillaume DEBRAY, Martine DOCO FENZY, Kevin UGUEN, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Damien SANLAVILLE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Antonio VITOBELLO
10:00 - 11:00 #28652 - P138 Utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostic.
P138 Utilisation du séquençage par Nanopore en routine diagnostic.

L’évolution des techniques de caractérisation génomique et épigénétique a toujours été l'un des fers de lances de la biologie moléculaire moderne et a incontestablement permis des découvertes scientifiques majeurs au cours des dernières décennies. En effet, les technologies de séquençage n'ont cessé d'innover et d'évoluer pour fournir des outils puissants capables d’explorer le génome et l'épigénétique à travers une myriade d’applications qui font dorénavant partie de l’arsenal de dispositifs utilisables aussi bien en recherche que dans les laboratoires d’analyses médicales. Ainsi l’arrivé de nouvelles technologies capables de détecter des altérations indécelables avec les appareils de séquençage déjà en place, avec un coût moindre, un débit plus élevé et/ou une vitesse plus rapide a toujours suscité un grand intérêt pour faire progresser la biologie moléculaire. Ces dernières années, l'intérêt du séquençage par Nanopores s'est progressivement accru dans ce domaine du fait de ces caractéristiques uniques. Techniquement, le séquençage par Nanopore est basé sur la détection en temps réel du changement de courant ionique provoqué par le passage d'un acide nucléique à travers un pore nanométrique intégré dans une membrane électriquement résistante. La technologie de séquençage par Nanopore permet ainsi de distinguer les différents types de nucléotides et donc de séquencer les acides nucléiques sans étapes de synthèses mais aussi de détecter directement les modifications de bases tel que la méthylation des cytosines sans traitement chimique.

Basé sur l’expérience que nous avons acquis de l’utilisation du séquençage par Nanopore depuis 2018 au sein du service d’oncogénétique de l’institut Curie et en particulier sur le méthylome, le low-coverage whole-genome sequencing et la résolution de variants structuraux complexes, nous proposons de faire le point sur ce type de séquençage et sur ses potentielles utilisations applicables en routine diagnostic.

Malgré certaines limitations importantes comme une précision de lecture moindre par rapport aux technologies de séquençage short-read couramment utilisées, le séquençage par Nanopore possède néanmoins des caractéristiques uniques couplées à une simplicité d’utilisation, a un rendu de résultat extrêmement rapide et à son impressionnante possibilité très récemment décrite d’enrichissement contrôlé informatiquement (ou adaptive sampling en anglais). Son utilisation était jusqu’à maintenant plutôt réservé à un usage en recherche mais il y a fort à parier que le séquençage par Nanopore vienne progressivement s’implémenter dans nos laboratoires d’analyses médicales pour des indications précises, seul ou en complément d’autres techniques d’analyse moléculaire déjà en place.


Julien MASLIAH-PLANCHON (Paris), Elodie GIRARD, Abderaouf HAMZA, Christine BOURNEIX, Dominique STOPPA-LYONNET, Victor RENAULT, Nicolas SERVANT, Olivier DELATTRE
10:00 - 11:00 #28215 - P143 L’accumulation de mutations délétères hétérozygotes chez la souris altère la spermatogenèse, indication de l’importance de l’oligogénisme dans l’infertilité masculine.
P143 L’accumulation de mutations délétères hétérozygotes chez la souris altère la spermatogenèse, indication de l’importance de l’oligogénisme dans l’infertilité masculine.

L'infertilité masculine est un problème de santé majeur présentant une importante étiologie génétique. Malgré les apports récents du séquençage haut débit qui a permis l’identification de nombreux facteurs génétiques, l'efficacité diagnostique globale de l’infertilité reste faible. En effet, alors que des défauts génétiques ont été associés à plus de 50 % des anomalies rares et graves du spermogramme, les rendements diagnostiques pour les formes communes et modérées d'infertilité masculine, telles que l'oligozoospermie, demeurent inférieurs à 20 %. Comme seule la transmission mendélienne monogénique est actuellement étudiée, nous avons émis l'hypothèse que la faible efficacité diagnostique pourrait être au moins partiellement due à une étiologie complexe. Ainsi, nous suggérons que de nombreux cas inexpliqués d'infertilité masculine pourraient être liés à des défauts oligogéniques, c'est-à-dire à l'accumulation de plusieurs variants délétères hétérozygotes dans des gènes distincts, mais fonctionnellement connectés. Nous avons testé cette hypothèse en étudiant la fertilité et les paramètres spermatiques chez des souris mâles possédant entre une et quatre mutations tronquantes hétérozygotes, qui, dans leur forme bi-allélique, induisent des syndromes d’anomalies morphologiques multiples du flagelle (MMAF). Nos résultats indiquent une détérioration progressive des paramètres de morphologie et de motilité des spermatozoïdes en corrélation directe avec le nombre de mutations hétérozygotes, chaque nouveau variant diminuant davantage la qualité du spermatocytogramme. Il s'agit du premier rapport d’une hérédité oligogénique de l’infertilité masculine, et les résultats présentés ici suggèrent fortement que l'hétérozygotie oligogénique pourrait expliquer une proportion significative des causes de l'asthénotératozoospermie. Ce projet ouvre la voie à d'autres études, chez la souris - pour confirmer que l'accumulation de défauts génétiques hétérozygotes est associée à d'autres anomalies du sperme comme l'azoo/oligozoospermie et chez l'homme, pour évaluer l'importance des défauts oligogéniques dans l'infertilité masculine idiopathique, afin d'améliorer l’efficacité des diagnostiques génétiques.


Guillaume MARTINEZ, Corinne LOEUILLET, Caroline CAZIN, Magalie BOGUENET, Emeline LAMBERT, Magali DHELLEMMES, Jean-Pascal HOGRAINDLEUR, Charline VILPREUX, Jana MURONOVA, Zine-Eddine KHERRAF, Yasmine NEIRIJNCK, Jessica ESCOFFIER, Serge NEF, Pierre RAY, Christophe ARNOULT, Charles COUTTON (Grenoble)
10:00 - 11:00 #28705 - P148 Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.
P148 Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

Apport de l’exome dans le diagnostic étiologique des blocages de la maturation spermatique.

F Ghieh, AL Barbotin, C Leroy, N Swierkowsky-Blanchard, J Fortemps, C Le Sciellour, C Hue, B Herve, S Jaillard,, M Albert, M Bailly, V Izard, F Marcelli, J Pravisoran, V Serazin, M Delcroix, HJ Garchon, A Louboutin, B Mandon-Pepin, S Ferlicot, F Vialard

Introduction : Les arrêts de maturation testiculaires (AM) sont à l’origine de la forme la plus sévère d’infertilité masculine, « l’azoospermie non-obstructive », avec absence de production de spermatozoïde. L’identification des étiologies de cette pathologie est donc un enjeu dans le cadre de la prise en charge des patients, pour lesquels une biopsie testiculaire (BT) est réalisée. Avec l’émergence des nouvelles technologies d’analyse du génome: analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et/ou l’analyse de l’exome (WES), différentes anomalies génétiques sont rapportées comme à l’origine des AM chez les patients. En revanche, aucune de ces analyses génomiques n’a été introduite dans la routine clinique de prise en charge des patients.

Matériel et méthodes : 26 patients avec AM homogènes sur l’ensemble des tubes séminifères ont été inclus dans cette étude. Pour chaque patient, une SNP-ACPA et un WES ont été réalisés. Tous les variants considérés comme pathogènes ont été validés par méthode Sanger, et une étude de l’expression de la protéine sur coupe testiculaire des patients et de contrôles a été réalisé.

Résultats : Aucune anomalie du nombre de copies n’a été identifiée en ACPA permettant d’expliquer l’AM, pour l’ensemble des patients. En réalisant le WES, il a été identifié des mutations homozygotes et hétérozygotes composites chez 15 patients.

Discussion et perspectives : Ces résultats ont confirmé l'étiologie génétique de la plupart des patients avec AM, avec une fréquence supérieure à 50 % dans l'ensemble de la cohorte, et 100 % en ne considérant que les patients consanguins. Ils confirment la très grande hétérogénéité génétique des arrêts de maturation testiculaires. Les variants identifiés dans cette étude affectent non seulement des gènes méiotiques déjà associés à l’AM dans la littérature, mais aussi de nouveaux gènes testiculaires décrits seulement chez la souris. Ces résultats plaident pour proposer un WES aux patients atteints d'AM identifié après la BT afin d'éviter une deuxième chirurgie, même si, à l'heure actuelle, il faut prendre en considération la complexité d'une telle procédure. Davantage de données sont encore probablement nécessaires pour proposer un WES avant la chirurgie, même si une telle analyse doit être rapidement mise en place pour les patients consanguins.


Farah GHIEH, François VIALARD (Poissy)
10:00 - 11:00 #28374 - P158 Estimation des matrices d’apparentement et de fraternité sur données de séquençage à faible profondeur.
P158 Estimation des matrices d’apparentement et de fraternité sur données de séquençage à faible profondeur.

Même en l’absence d’informations de nature généalogique, les données génomiques peuvent être utilisées pour estimer les coefficients d’apparentement et de fraternité — la probabilité de partager deux allèles héritées d’un ancêtre commun — de deux individus. Les matrices qui contiennent les valeurs de ces coefficients pour toutes les paires d’individus d’un échantillon sont appelées, respectivement, matrices d’apparentement et de fraternité. Une grande variété de méthodes ont été proposées pour leur estimation ; elles peuvent être calculée également pour des individus considérés comme non apparentés. Elles sont utiles dans un grand éventail de situation, par exemple pour l’estimation de l’héritabilité (additive et de dominance) ou pour la prise en compte d’une structure de population dans les analyses d’association avec le génome entier.

 

La méthode d’estimation la plus simple qui a été proposée pour des données génétiques, dite « méthode des moments », peut-être facilement transposée au cas de données de séquence ; cependant, pour des données de séquences peu profondes (inférieure à 10x) elle produit des estimateurs biaisés. Nous proposons ici une méthode simple et robuste pour estimer et compenser le biais de ces estimateurs.

 

Les propriétés de la méthode sont illustrées sur des données simulées à partir des données généalogiques de la population isolée du Cilento (Italie), ce qui permet d’obtenir un échantillon d’individus avec un large éventail de coefficients d’apparentement et de fraternité connus. Notre méthode est plus rapide que les logiciels existants pour l’estimation de l’apparentement sur des données de séquence peu profondes, et d’une précision comparable. De plus les méthodes existantes nécessitent l’application de logiciels tiers, ou reposent sur des modèles statistiques qui pourraient ne pas toujours être pertinents. En revanche, notre package R LoKi, disponible sur github à l’adresse https://github.com/genostats/LoKi/, est autonome et sa flexibilité lui permet de traiter des données de faible profondeur issues de scénarios divers.


Anthony Francis HERZIG (Brest), Marina CIULLO, Anne-Louise LEUTENEGGER, Hervé PERDRY
10:00 - 11:00 #27935 - P163 Projet IGPrare : Face aux enjeux médicaux et éthiques universels liés à l’information génétique des apparentés dans le cadre des maladies rares, faire émerger des solutions par une stratégie de recherche synergique entre approches nationale et européenne.
P163 Projet IGPrare : Face aux enjeux médicaux et éthiques universels liés à l’information génétique des apparentés dans le cadre des maladies rares, faire émerger des solutions par une stratégie de recherche synergique entre approches nationale et européenne.

L’annonce d’un diagnostic de maladie génétique à un patient implique souvent pour lui la nécessité morale, voire légale, d’en informer sa parentèle à risque. L’objectif de cette Information Génétique de la Parentèle (IGP) est i) de permettre une prise en charge plus précoce des apparentés malades en limitant l’errance diagnostique,  ii) de mettre en place des mesures préventives en informant les futurs parents.

Les enjeux médicaux et éthiques entourant l’IGP en font une problématique universelle, à laquelle les pays ont répondu différemment pour des raisons culturelles, de pratique médicale, d’organisation du système de santé et de cadre légal.

En France la réglementation encadre de manière très stricte l’IGP, qui est légalement obligatoire depuis 2011. A partir d’une situation décrite comme particulièrement difficile par certains patients et associations de malades, est né IGPrare, une recherche collaborative et transversale fondée sur l’expérience de malades ayant dû informer leurs apparentés (soutenue par l'Agence de Biomédecine). L’objectif est de comprendre les mécanismes en jeu lors de l’IGP et de proposer des améliorations concrètes.

En synergie avec cette étude de la situation française, il nous a paru nécessaire de documenter à l’échelle européenne les difficultés rencontrées, mais aussi de mettre en lumière la diversité des solutions médicales, réglementaires ou associatives mises en place pour y répondre.

Favoriser l’échange de solutions originales entre pays européens afin de niveler par le haut les pratiques médicales est d’ailleurs au cœur de l’activité d’Eurordis, la fédération européenne d’associations de maladies rares, dont 80% sont génétiques. Partenaire naturel d’un tel projet, Eurordis y apporte ses compétences, sa légitimité et ses ressources logistiques, depuis l’élaboration et la diffusion du questionnaire au travers de son réseau, jusqu’au partage des résultats européens et français.

Nous focalisons nos recherches sur une dizaine de maladies dans six pays d’Europe, pour lesquels nous documentons le cadre légal, les modalités pratiques de réalisation de l’IGP et les expériences des patients auprès d’une cinquantaine d’associations.

Les volets français et européen ont été élaborés de façon à pouvoir se dérouler en parallèle et alimenter mutuellement leurs réflexions. Ainsi les solutions européennes viendront enrichir les débats autour de l’optimisation de l’IGP en France, réciproquement les associations européennes pourront partager les informations collectivement produites et se saisir des mécanismes déterminants de l’issue du volet français. 

Par son approche multi-maladie et européenne, IGPrare propose une analyse approfondie des mécanismes qui sous-tendent l’efficacité et l’acceptabilité de l’IGP en y intégrant notamment les paramètres culturels et législatifs influençant l’issue de cette démarche. A terme, l’objectif est de favoriser les solutions qui garantissent une meilleure qualité de vie et de prise en charge médicale.


Marion GOTTRAU (Marseille), Virginie BROS-FACER, François FAURISSON, François HOUYEZ, Annagrazia ALTAVILLA, Marion MATHIEU
10:00 - 11:00 #28213 - P168 Le rôle du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire : la perception des généticiens en Europe.
P168 Le rôle du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire : la perception des généticiens en Europe.

Introduction : L'évolution génétique rapide que nous avons eu ces dernières années a permis de mieux comprendre et de mieux gérer les maladies communes et rares et a eu un impact considérable sur le traitement et la réponse à la thérapie.  Ce développement a commencé principalement en raison de l'achèvement du projet du génome humain en 2003, qui a déclenché des avancées biotechnologiques majeures qui n'ont pas encore cessé. Par conséquent, la génétique a commencé à être considérée comme une discipline prédominante, qui peut avoir un impact sur la pratique clinique quotidienne. En effet, en raison des progrès de la génomique, un nombre croissant de directives cliniques suggèrent désormais l'intégration de tests génomiques et/ou thérapeutiques dans les soins systématiques de routine. La génétique devenant de plus en plus fondamentale dans la compréhension et la gestion des pathologies, il est nécessaire de comprendre quelle est la manière la plus efficace de prendre en charge les personnes affectées ou à risque de pathologies génétiques. Dans ce contexte, l'équipe qui s'occupe de ces patients a évolué avec l'émergence de la profession de conseillers en génétique. Cette dernière est apparue en Europe en 1980, mais elle est encore très discutée et n'est pas encore reconnue dans tous les pays européens. Objectif - L'objectif de cette recherche est d'étudier à la fois comment une équipe devrait être composée dans la prise en charge des patients atteints ou à risque de pathologies génétiques et quel devrait être le rôle du conseiller en génétique - son champ d'action et ses compétences – en Europe. Méthodologie : Nous avons réalisé une étude européenne, en soumettant un questionnaire en ligne aux médecins généticiens sur les points forts et les domaines potentiels d'amélioration sur la profession de conseiller en génétique. Après une étude bibliographique, un questionnaire en ligne composé de 15 questions a été élaboré sur la plateforme Qualtrics. Dans la première partie du questionnaire, la démographie a été étudiée, et dans la deuxième partie, la procédure du conseil génétique a été étudiée. La dernière partie concerne la composition de l'équipe et en particulier sur le rôle du conseiller en génétique. Résultats - 123 généticiens ont participé à cette étude. Il en est ressorti l'importance de la présence du conseiller en génétique dans l'équipe multidisciplinaire et ce que devraient être les compétences et les qualifications du conseiller en génétique. Grâce à ces données, il a été possible de mettre en évidence les différentes approches européennes. Bien que cette nouvelle profession ait des difficultés de reconnaissance dans certains pays, il semble clair que ces professionnels hautement compétents sont essentiels dans les soins aux patients et dans l'équipe multidisciplinaire.


Francesca CATAPANO (Sienne, Italie), Mohamed EL HACHMI, Natacha KETTERER-HENG, Francesca MARI, Alessandra RENIERI, Michael MORRIS, Christophe CORDIER
10:00 - 11:00 #28256 - P173 Essai thérapeutique de phase 2 : Essai double aveugle contre placebo du Lithium chez les patients ayant un Trouble du Spectre Autistique et un Syndrome de Phelan-McDermid (LiSPheM).
P173 Essai thérapeutique de phase 2 : Essai double aveugle contre placebo du Lithium chez les patients ayant un Trouble du Spectre Autistique et un Syndrome de Phelan-McDermid (LiSPheM).

Le syndrome de Phelan-McDermid (SPM) est un trouble neurodéveloppemental rare et complexe caractérisé par un retard global de développement, des troubles du langage variant du retard d’apparition à l’absence totale de langage, une déficience intellectuelle, des symptômes autistiques et de nombreuses comorbidités somatiques notamment rénales, ophtalmologiques, gastriques. Le SPM est lié à l‘haplo insuffisance du gène SHANK3 localisé en 22q13.3 du fait d’une délétion hétérozygote de la région ou d’un variant tronquant de SHANK3. SHANK3 code une protéine d’échafaudage de la région dense post-synaptique des neurones glutaminergiques. Une méta-analyse a montré que les mutations SHANK3 concernent 0.69 % des patients atteints de TSA et sont présentes chez 2.12 % des patients présentant une déficience intellectuelle modérée à sévère. 

En vue de proposer de nouvelles stratégies thérapeutiques aux patients présentant un SPM, une étude de notre groupe a sélectionné 202 composés pharmacologiques, dont certains référencés comme approuvés par la Food and Drug Administration pour leur capacité potentielle à augmenter la transcription de SHANK3 dans les neurones glutamatergiques différenciés à partir de cellules souches humaines. Quatre composés sont apparus comme permettant d’augmenter significativement le niveau d’ARNm SHANK3 et de la protéine et, par conséquent, d’augmenter sa transmission glutamatergique. Nous avons ensuite généré des IPSc à partir de quatre individus atteints d’un TSA, porteurs de variants tronquants de SHANK3. Nous avons ainsi validé l'efficacité de ces composés dans le contexte génétique des patients. Un des composés identifiés est le carbonate de lithium (Li +).

Prescrit chez une jeune fille de 17 ans atteinte d’un TSA portant une mutation frameshift dans SHANK3, nous avons observé une amélioration significative de sa capacité à communiquer, de sa motivation sociale  (diminution du score total à la Social Responsiveness Scale après 3 mois de traitement). D’autres études rapportent une efficacité du lithium sur d’autres symptômes, en particulier les troubles du comportement. Par ailleurs, des modèles cellulaires et animaux porteurs de mutations SHANK3 confirment que le Lithium restaure l’homéostasie des synapses et réduit les comportements répétitifs chez la souris.

Le centre d’excellence autisme et trouble du neurodéveloppement (InoVAND), le laboratoire de cytogénétique de l’hôpital Robert Debré (Paris) - référant pour les TSA et SPM, et les équipes  du Pr T. Bourgeron à l’institut Pasteur vont initier un essai thérapeutique de phase II dont l’objectif principal est d’évaluer l’effet du Li + à 12 semaines sur le déficit de communication sociale chez les patients  ayant un SPM et un TSA.

Nous présenterons ici les conditions de cet essai thérapeutique à savoir ses objectifs, ses critères d’évaluations, et ses critères d’inclusion et d’exclusion. Nous partagerons également les écueils et difficultés rencontrés dans la mise en place du projet.


Anna MARUANI (Paris), Frédérique AMSELLEM, Olivier BOURDON, Myriam RACHID, Aline VITRAC, Alexandre MATHIEU, Freddy CLIQUET, Claire LEBLOND, Johnathan LEVY, Florentia KAGUELIDOU, Alexandra BENCHOUA, Sophie GUILMIN-CRÉPON, Thomas BOURGERON, Anne-Claude TABET, Richard DELORME
10:00 - 11:00 #28467 - P178 Diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies : Expérience d’une équipe française.
P178 Diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies : Expérience d’une équipe française.

Les RASopathies sont un groupe de pathologies de troubles du développement causées par des mutations germinales dans des gènes codant des protéines de la voie RAS-MAPK. Leur dérégulation peut avoir des conséquences majeures sur le développement. L’utilisation de techniques de séquençage haut débit pour le diagnostic prénatal de ces pathologies a permis d’améliorer le rendement de leur diagnostic moléculaire et de préciser les anomalies fœtales associées (1).

Cette étude dresse le bilan de trois années de diagnostic prénatal du syndrome de Noonan et autres RASopathies réalisé en soins courant.

La cohorte se compose de 104 prélèvements fœtaux adressés au laboratoire pour suspicion de syndrome de Noonan et autres RASopathies. La présence d’un variant pathogène ou probablement pathogène a été recherchée par séquençage haut débit d’un panel de 32 gènes (A2ML1, ACTB, ACTG1, BRAF, CBL, CCNK, CDC42, EPHB4, FGD1, HRAS, KAT6B, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MRAS, NF1, NRAS, NSUN2, PPP1CB, PTPN11, RAF1, RASA1, RASA2, RIT1, RRAS, SASH1, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1). Les variants sont classés selon les recommandations de l’ACMG (2). Les données échographiques au moment du diagnostic, les issues de grossesses et les éventuelles données cliniques postnatales ont été recueillies pour l’ensemble des échantillons.

Nous avons retenu 17 (16%) variants (probablement) pathogènes au sein des gènes du panel. 47% concernent le gène PTPN11. Deux variants sont identifiés au sein des gènes HRAS, RAF1 et SOS1 et un variant au sein des gènes NRAS, RIT1 et SOS2. L’analyse de la ségrégation familiale montre que la majorité de ces variants sont de novo. Un variant de signification incertaine est identifié au sein du gène RAF1 et est en cours d’exploration. Comme récemment décrit (1)(3), les fœtus atteints de RASopathies présentent le plus souvent de multiples signes d’appel échographique parmi lesquels : une clarté nucale augmentée (≥3,5 mm), la présence de sacs jugulaires persistants, un anasarque foeto-placentaire, des œdèmes sous cutanés, un épanchement pleural uni ou bilateral, une ascite, des malformations cardiaques et/ou rénales, un polyhydramnios. Un seul autre cas de variant SOS2 prénatal a été décrit très récemment (4).

Le spectre mutationnel et d’anomalies fœtales de cette cohorte française est très comparable à ce qui a été précédemment rapporté dans la littérature. Cependant, les anomalies échographiques ne sont pas spécifiques des RASopathies. La question se pose de la réalisation d’emblée d’une analyse d’exome à la recherche d’autres pathologies dont les signes d’appel échographiques pourraient être similaires mais avec le risque de découvertes incidentes (5)(6).

(1) Stuurman et al. J Med Genet. 2019;56:654-661. 

(2) Richards et al. Genet Med. 2015;17:405–424

(3) Sparks et al. N Engl J Med. 2020;383:1746-1756.

(4) Gentile et al. Am J Med Genet A. 2021;185:1897-1902.

(5) Lord et al. Lancet. 2019;393:747-757.

(6) Petrovski et al. Lancet 2019;393:758-67.


Armelle LUSCAN (Saint-Ouen-l'Aumône), Emilie ORAIN, Jean-Marc COSTA, Alexandra BENACHI, Alexandre VIVANTI
10:00 - 11:00 #28584 - P183 Recommandations NGS-DIAG : Compte-rendu d’examens de séquençage pangénomiques.
P183 Recommandations NGS-DIAG : Compte-rendu d’examens de séquençage pangénomiques.

Les présentes recommandations s’inscrivent dans la continuité de celles de l’ANPGM (BP-ANPGM_009 : élaboration d’un compte rendu de résultats obtenus par NGS) qu’elles étendent pour les examens de séquençage haut-débit à caractère pangénomique (exome, génome, transcriptome…).

Elles comportent une notice technique abordant les principales problématiques rencontrées dans cette gamme d’examen ainsi que trois comptes rendus, fournis à titre d’exemples (un pour le séquençage d’exome, deux pour le séquençage de génome).

Le contenu des comptes rendus est soumis aux exigences normatives et réglementaires, en particulier, la Norme NF EN ISO 15189 et le SH-REF02, ainsi que l’arrêté du 27 mai 2013 définissant les règles de bonnes pratiques applicables à l'examen des caractéristiques génétiques d'une personne à des fins médicales.

Ces recommandations décrivent les notions qui doivent figurer sur la première page du compte rendu (identification de l’examen, indication de l’examen,  méthode d’analyse, résultat, interprétation et conclusion) ainsi que les items qui peuvent être ajoutés en annexe du compte rendu (méthode analytique, limites techniques, performances de l’examen, périmètre effectif de l’interprétation des données, qualité, politique analytique et post-analytique du laboratoire).

Ces recommandations abordent également la gestion des variations de signification incertaine (VSI), la gestion des variations secondaires et incidentes ainsi que la gestion de la flexibilité des comptes rendus.

Ces nouvelles recommandations s’inscrivent dans l’évolution continuelle des examens de séquençage, et permettent d’avoir une trame qui respecte les réglementations et qui peut s’adapter à l’organisation de chaque laboratoire.


Eulalie LASSEAUX (Bordeaux), Boris KEREN, Laurent PASQUIER, Jean MULLER, Cécile ROUZIER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Nelly BURNICHON, Samira SAADI, Amélie PITON, Laurent CASTERA, Gaël NICOLAS, Pascale SAUGIER-VEBER, Pierre BLANC
Galerie Sud
11:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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B33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 10
Conseil génétique, sciences humaines et sociales

Modérateurs : Emmanuelle HAQUET (conseillère en génétique) (Montpellier), Alexia LE ROUSSEAU (Rennes)
11:00 - 11:15 #27928 - SS055 Où l’éthique se situe-t-elle ? Cartographie pluridisciplinaire de la controverse autour des CRISPR-babies.
SS055 Où l’éthique se situe-t-elle ? Cartographie pluridisciplinaire de la controverse autour des CRISPR-babies.

L'édition du génome de l'embryon humain, notamment par modification CRISPR-Cas, fait l'objet d'intenses controverses. Nous avons questionné dans quelle mesure les débats générés par l'édition du génome de l'embryon humain mobilisent des arguments de nature purement éthique. Pour cela, nous avons réalisé une méta-analyse des revues publiées sur l'édition du génome de l'embryon humain afin de classer et d'évaluer le poids des principaux arguments en faveur ou en défaveur de l'édition du génome de l'embryon humain. Notre analyse montre clairement que les points discutés les plus importants sont d'ordre technique. En particulier, ces arguments explorent en profondeur la question de la sécurité d’utilisation de cette technique et de ses avantages. Ils abordent également la question des effets putatifs à long terme sur la génération future et la question subséquente de l'évaluation de cet aspect. Ensuite, les avantages cliniques prévisibles sont nécessairement discutés, ainsi que les alternatives. L'argument sur le nombre de personnes qui bénéficieraient de cette technique est toujours considéré. Enfin, les questions sociales et anthropologiques sont abordées de manière plus disparate et hétérogène. La parentalité et le désir d'enfant sont des questions cruciales dans ce débat mais sont parfois négligées. La justice sociale, la stigmatisation et l'égalité d'accès devraient être des arguments importants dans ce débat, mais peu d'auteurs articulent finalement leur conclusion sur ces notions. La question du consentement et de l'information est plus clairement abordée, et interroge, au-delà, la relation entre les générations. Enfin, les arguments mettant en cause les effets sur la Nature de l'Homme, sur l'espèce humaine sont loin d'être consensuels ; les risques d'amélioration, d'eugénisme et de transhumanisme sont soulevés. Nous concluons que, dans ce débat éthique, les aspects techniques l'emportent sur les questions sociales et anthropologiques, et rappelons que la finalité doit être questionnée avant d'entreprendre des expériences explorant directement ou indirectement l'édition du génome de l'embryon humain.


Richard POUGNET, Benjamin DERBEZ, Marie-Bérengère TROADEC (BREST)
11:15 - 11:30 #28273 - SS056 Séquençage du génome chez l’enfant atteint de cancer : un parcours revisité par les enfants et leurs parents.
SS056 Séquençage du génome chez l’enfant atteint de cancer : un parcours revisité par les enfants et leurs parents.

Contexte

La généralisation des investigations génomiques tant constitutionnelles que somatiques en oncologie pédiatrique pose la question de la définition d’un parcours de soin adapté, qui réponde à la fois :

- au contexte spécifique du cancer chez l’enfant dont le un pronostic vital peut-être engagé au moment de la proposition d’investigation génétique (rechute, urgence de la greffe …);

- aux enjeux des professionnels, qui doivent délivrer une information complexe dans un cadre légal en évolution ;

- aux attentes des patients et de leurs parents vis-à-vis de l’étiologie de la maladie mais confrontés à des questions qu’ils ne se sont pas toujours posées.

Le projet GeneInfoKid vise à recueillir des propositions concrètes émanant des enfants et des parents concernant le parcours de génomique.

Méthode

GeneInfoKid (Projet INCa-SHS N°2018-127) est un projet multidisciplinaire dont l’un des axes prévoyait l’organisation de focus group (groupe de parole) dans l’un des 6 services partenaires avec d’enfants atteints de cancer suivis et de leurs parents.

22 focus group ont été organisés (5 à 8 personnes, 85 participants). Ayant vécu un parcours en génétique ou non, les participants étaient invités :

- à témoigner de leur expérience avec l’information et le consentement dans leur parcours de soin

- à se projeter dans un parcours de génétique à travers l’évaluation de supports d’information existants et d’exercices projectifs (se mettre dans la peau d’Amelia, 10 ans à qui est proposé un examen génétique dans son parcours de soin/ puis réaliser un collage décrivant le scenario d’une information idéale).

Résultats

Les résultats génomiques sont envisagés comme un moyen de répondre à l’origine de la maladie ou d’aider au choix des traitements. Mais ils peuvent susciter des sentiments individuels ambivalents et différents entre enfants et parents (culpabilité, incompréhension) voire inquiéter par la dimension familiale (projet parental, information à délivrer aux proches). Ces différents enjeux se traduisent par des attentes comme par exemple : la transparence sur les incertitudes, le rejet de l’infantilisation, le droit de ne pas savoir, la possibilité de faire un choix différent entre parents et enfant, le respect de leur disponibilité psychique, la valeur symbolique du consentement ….

Nous proposons de nous centrer sur les propositions concrètes formulées par les enfants et les parents pour améliorer les modalités d’information au cours de leur parcours de soin. Ces propositions s’organisent notamment autour de la question de la temporalité de l’information et du consentement : ils proposent par exemple de délivrer des supports qui pourraient être consultés/visionnés à différents moments (en amont pour prévoir des questions ou en aval pour répondre à des préoccupations non formulées a priori) ou d’appréhender l’information et le consentement comme un processus, scindé en plusieurs temps pouvant aller jusqu’à un rappel de ce à quoi ils ont consenti a posteriori.


Sandrine DE MONTGOLFIER (PARIS), Lucile HERVOUET, Isabelle COUPIER, Marion STRULLU, Sophie JULIA, Marlène PASQUET, Marie NOLLA, Laure SAUMET, Arnaud PETIT, Sylvie WASCHEUL, Hélène CAVÉ, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Emmanuelle RIAL-SEBBAG, Khadija LAHLOU-LAFORÊT, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Franck BOURDEAUT
11:30 - 11:45 #28439 - SS057 Perceptions des professionnels de santé français sur l’extension du dépistage néonatal avec ou sans génétique.
SS057 Perceptions des professionnels de santé français sur l’extension du dépistage néonatal avec ou sans génétique.

Contexte : Les récentes modifications de la loi de bioéthique, les progrès thérapeutiques et le développement massif des nouvelles technologies de génétique (NGS) avec une baisse rapide des couts impliquent de s'interroger sur une extension du dépistage néonatal (DNN) à de nouvelles pathologies actionnable et les méthodes acceptables et pertinentes pour son éventuelle extension. Des études à l’international débutent pour déterminer la place potentielle du NGS dans le DNN. Dans cette perspective, le projet SeDeN a pour objectif d’évaluer pleinement l’acceptabilité sociale de ces questions en mesurant la diversité et la cohérence des attentes des professionnels de santé, parents et décideurs publics.

Matériel et méthode : La partie du projet SeDeN présentée ici s’intéresse à l’avis des professionnels. Ce volet est composé d’une phase qualitative exploratoire (12 entretiens), d’une phase quantitative d’investigation basée sur une enquête par questionnaire et d’une phase qualitative d’approfondissement. Le questionnaire en ligne, porté par la FHU TRANSLAD en partenariat avec la SFDN, a été diffusé via les réseaux et sociétés savantes, aux pédiatres, généticiens, conseillers en génétique, sages-femmes, gynécologues et biologistes moléculaires de France Métropolitaine et Outre-Mer. Seuls les résultats de ce questionnaire sont présentés ici, en particulier en mettant l’accent sur les différences de réponses entre les généticiens et autres professionnels.

Résultats préliminaires et discussion : Au 23/09/21 (mi-parcours), 504 professionnels ont rempli tout ou partie du questionnaire et près de 30% sont des généticiens ou conseillers en génétique. Les professionnels émettent des inquiétudes quant à l’utilisation de techniques pangénomiques dans le DNN et préfèrent l’utilisation de panels ciblés. Les inquiétudes vis à vis d’une utilisation plus large des techniques de génétique comprennent des questionnements éthiques, l’anxiété potentielle pour les familles, les difficultés organisationnelles de mise en place, l’insuffisance de professionnels formés. Lorsque l’on interroge les praticiens sur l’ajout de différents groupes de pathologies débutant dans l’enfance non accessible à un traitement, à l’âge adulte, accessible ou non à un traitement, ou pouvant apporter de l’information aux apparentés, ce sont les généticiens et les conseillers en génétique qui sont les plus réticents à l’ajout de ces groupes de pathologies dans le DNN, car particulièrement sensibilisés aux impacts de l’annonce de maladies génétiques. Il en est de même pour la transmission des résultats incertains. Ces données sont importantes pour mieux appréhender l’avis des professionnels de santé dans une logique d’aide à la décision des politiques de santé.


Camille LEVEL (DIJON), Frédéric HUET, Dominique SALVI, Emmanuel SIMON, Christel THAUVIN, Christine BINQUET, Christine PEYRON, Laurence FAIVRE
11:45 - 12:00 #27866 - SS058 Étude qualitative de l’impact psychologique des résultats des données secondaires chez des parents d’enfants avec une anomalie du développement (étude FIND).
SS058 Étude qualitative de l’impact psychologique des résultats des données secondaires chez des parents d’enfants avec une anomalie du développement (étude FIND).

Contexte : L’étude FIND propose à des parents de patients atteints d’anomalies du développement (AD) éligibles à un exome diagnostique de rechercher 3 groupes de données secondaires (DS) chez leur enfant. Groupe 1 : 122 gènes (dont liste de l’ACMG) responsables de maladies à révélation plus ou moins tardives, accessible à une prévention ou à un traitement. Groupe 2 : 114 gènes impliqués dans les maladies récessives fréquentes (statut d’hétérozygote) ou liés à l’X impactant les projets de procréation. Groupe 3 : 2 gènes responsables de variants pharmacogénomiques pouvant conduire à des adaptations médicamenteuses.

Objectif : Étudier l’impact psychologique chez les parents de l’annonce de DS obtenues par séquençage d’exome chez leur enfant atteint d’AD.

Méthode et matériel : Des entretiens semi-structurés ont été proposés aux parents après l’annonce des résultats de DS chez leur enfant (au moment du résultat, puis 6 et 12 mois après). Une analyse du discours a été réalisée avec le logiciel Nvivo, une évaluation de la précarité (EPICES), puis à chaque visite de l’anxiété (STAI-Y), de la dépression (CES-D) et de la qualité de vie (SF 12).

Résultats et discussion : Sur 28 résultats de DS chez des enfants (Groupe 1 : n=12 ; Groupe 2 : n= 9 ; Groupe 3 : n= 7), au total n= 30 parents (21 mères, 9 pères) ont été inclus. Les scores des échelles d’anxiété, de dépression et de qualité de vie n’ont pas révélé de variations significatives en fonction du résultat mais étaient plutôt corrélés à des fragilités préexistantes en lien avec des contextes de vie difficile. L’analyse des entretiens montre que l’annonce des DS du groupe 3 a eu peu d’impact psychologique. Pour les DS du groupe 2 l’inquiétude suscitée par le résultat est à contextualiser chez 2 femmes enceintes et diminue dans le temps. Pour les DS du groupe 1 l’angoisse est davantage constante et pérenne dans le temps. Le statut d’être à risque qui révèle une confusion entre les notions de facteurs de risque et de maladie déclarée diminue dans le groupe 2 alors qu’il augmente dans le groupe 1. L’actionnabilité médicale est une attente forte et unanime des parents qui les motive en amont à accepter de participer à l’étude et justifie en aval leur choix de rechercher les DS. Concernant les DS des groupes 1 et 2, les parents font une autoévaluation ambivalente au fil du temps car ils mesurent progressivement les bénéfices (actionnabilité) mais aussi les risques (peur de l’avenir) associés à la recherche des DS.

Conclusion : Le degré d’inquiétude et d’angoisse est corrélé à la nature du résultat et au contexte de vie des sujets concernés. Cette étude met en évidence l’importance d’une équipe interdisciplinaire pour accompagner ce type de diagnostics présymptomatiques opportunistes dont les effets sont difficilement anticipables par les parents, d’autant plus que leur motivation principale demeure la quête d’un diagnostic étiologique des troubles de leur enfant et l’actionnabilité potentielle.


Françoise ROBERT (LYON), Aline CHASSAGNE, Stéphanie STARACI, Massimiliano ROSSI, Amandine CADENES, Gaétan LESCA, Audrey PUTOUX, Linda PONS, Sophie DUPUIS-GIROD, Marianne TILL, Carine ABEL, Patrick EDERY, Audrey LABALME, Nicolas CHATRON, Aurore PELLISSIER, Dominique SALVI, Anne FAUDET, Boris KEREN, Mustapha YOUSFI, Julien BURATTI, Christophe MIGNOT, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Perrine CHARLES, Solveig HEIDE, Linda MOUTHON, Elodie GAUTIER, Amandine BAUDRAND, Caroline SAWKA, Geoffrey BERTOLONE, Christel THAUVIN-ROBINET, Antoine VITOBELLO, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sébastien MOUTTON, Arthur SORLIN, Sophie NAMBOT, Christine BINQUET, Christine PEYRON, Delphine HÉRON, Damien SANLAVILLE, Myrtille SPENTCHIAN, Laurence OLIVIER-FAIVRE
12:00 - 12:15 #28081 - SS059 Etude de l'impact d'une sensibilisation à l'utilisation des tests génétiques en accès libre (TGAL) à visée médicale sur le processus de décision de la personne.
SS059 Etude de l'impact d'une sensibilisation à l'utilisation des tests génétiques en accès libre (TGAL) à visée médicale sur le processus de décision de la personne.

Introduction : L’avènement du séquençage à très haut débit et la forte réduction de son coût a permis aux entreprises « Direct-to-Consumer » (DTC) de proposer des tests génétiques en libre accès (TGAL) à la population générale. Ces tests sont de plus en plus utilisés et posent des enjeux éthiques majeurs, que la société se doit de penser : protection des données génétiques, discrimination, conséquences psychologiques pour l’individu et sa famille. En France, les TGAL sont interdits et leur utilisation est punie d’une amende de 3750€ (article 226-28-1 de 2011 du code pénal). Cependant, il semble que leur interdiction est mal connue du grand public, ainsi que les conséquences possibles associées. L’objectif de notre recherche est de faire de la prévention sur l’utilisation des TGAL à visée médicale en choisissant principalement une population jeune et étudiante, cible des DTC.

Matériel et méthodes : L’étude en ligne (autorisation n° 31032021, CERNI, université de Nantes) se déroule en deux temps : à T0 avant la sensibilisation, les participants répondent à un premier questionnaire ; ils visionnent ensuite 3 vidéos et lisent 3 courts témoignages, et, à T1, répondent au deuxième questionnaire corrélé au premier. Les résultats ont été analysés à l’aide du logiciel JAMOVI et utilisation d’un test t de Student sur échantillons appariés.

Résultats : Depuis mars 2021, 128 personnes ont participé à cette étude : 65,6% de femmes, 83,6% d’étudiants et 61,7% âgés de 18 à 22 ans. A T0, la moitié des participants (52,3%) n’a pas connaissance de l’existence des TGAL. Une forte majorité (85,9%) n’a jamais fait de recherche sur les TGAL et 72,7% d’entre eux expriment n’avoir jamais eu de discussion sur les TGAL avec leur entourage. Concernant l’interdiction légale en France, seulement 58,6% des participants pensent que les TGAL sont interdits. La moitié des participants (50%) énonce ne pas avoir entendu parler de génétique médicale. A T0, 48% des personnes sont plutôt défavorables à réaliser un TGAL versus 72% à T1 ; 32% sont plutôt favorables versus 21% à T1 ; et 20% sont sans avis sur la question versus 7% à T1. Nous remarquons un effet significatif de la sensibilisation dans notre population en faveur du choix de ne pas réaliser un TGAL (p < 0,001) et une diminution du nombre de personnes sans avis. Chez les personnes favorables à la réalisation d’un TGAL, la curiosité reste la motivation principale après sensibilisation : 75,6 % à T0 vs 70 % à T1. Chez les personnes défavorables à réaliser un TGAL, la raison principale à T0 est le fait de ne pas être intéressé (55,7 % vs 33,6% à T1) alors qu’elle relève surtout d’un manque de confiance dans le test à T1 (42,3% vs 21,3% à T0).

Conclusion : Ces résultats préliminaires montrent un effet significatif quant à l’effet de la sensibilisation sur le processus de prise de décision de la personne. Cette étude se poursuit dans l’objectif d’obtenir un échantillon plus large et des résultats plus représentatifs.


Solène ROTURIER (LA CHAPELLE SUR ERDRE), Laurane BOURGEOIS, Guillaume DURAND, Sandra MERCIER
12:15 - 12:30 #28248 - SS060 L'accès aux DPN/DPI ne motive pas l'information à la parentèle dans les maladies neurogénétiques.
SS060 L'accès aux DPN/DPI ne motive pas l'information à la parentèle dans les maladies neurogénétiques.

Introduction : Le faible recours aux techniques de procréation médicalement assistée dans les familles concernées par des maladies neurogénétiques nous a interrogés sur la façon dont les options en matière de procréation étaient considérées, et s’il existait une relation avec la sévérité estimée de la maladie. Nous avions pour objectifs d’étudier comment les personnes concernées évaluaient la sévérité de leur pathologie, comment les options reproductives étaient envisagées dans les familles, et d’investiguer les motivations pour informer les apparentés en questionnant le recours au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire comme motif d’information à la parentèle. Nous avions pour hypothèses que i) la sévérité estimée par les personnes concernées serait différente entre les pathologies, ii) elle déterminerait les avis quant aux options reproductives, et iii) le recours possible au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire serait une des motivations principales pour informer les apparentés de leur risque génétique.

Méthode : Nous avons proposé à des personnes concernées par une maladie neurogénétique autosomique dominante de compléter un questionnaire à propos des motivations poussant à informer la parentèle et des opinions à l’égard des options reproductives. Nous avons comparé les réponses avec la sévérité estimée de chaque maladie, et entre les pathologies.

Résultats : Nous avons analysé 562 questionnaires. Les participants étaient concernés par la maladie de Huntington (n=307), les ataxies spinocérébelleuses (n=114), la dystrophie myotonique de Steinert (n=82) et la sclérose latérale amyotrophique/démence frontotemporale (n=59). La sévérité estimée de la maladie était différente entre les pathologies (p < 0.0001). Les participants considéraient le diagnostic prénatal (78.0±34.4/100) et le diagnostic préimplantatoire (75.2±36.1/100) plus justifiés que l’interruption médicale de grossesse (68.6±38.5/100). Moins de participants étaient favorables au don de gamètes (48.3±39.8/100) ou au fait de renoncer à un projet de grossesse (43.3±40.3/100). Plus la maladie était estimée sévère, plus les options reproductives étaient considérées comme justifiées (p≤0.04), sauf le don de gamètes (p=0.89). Le recours potentiel au diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire était une motivation pour informer les apparentés pour seulement 55.3% des participants (p=0.01).

Conclusion : La sévérité estimée par les participants, qui diffère entre les pathologies, semble être liée à l’atteinte cognitive plutôt qu’à l’âge de début de la maladie. Plus la pathologie est estimée comme sévère, plus les différentes options reproductives sont considérées comme justifiées. Pour autant, le recours aux techniques de procréation médicalement assistée est faible en pratique clinique, et ne motive pas la communication intrafamiliale. 


Lucie PIERRON (Paris), Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Marcela GARGIULO, Alexandra DURR
Grand Auditorium

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 09
Oncogénétique

Modérateurs : Louise CRIVELLI (Médecin Oncogénéticien) (RENNES), Marc PLANES (PH) (Brest)
11:00 - 11:15 #28669 - SS049 Révertants cellulaires dans les maladies mendéliennes : recherche des variants somatiques non tumorigéniques dans les Téloméropathies.
SS049 Révertants cellulaires dans les maladies mendéliennes : recherche des variants somatiques non tumorigéniques dans les Téloméropathies.

Les réversions cellulaires dans les maladies mendéliennes ne sont pas rares, particulièrement dans les maladies immuno-hématologiques (Revue P Revy, C Kannengiesser et Alain Fischer, Nat Genetics, 2019). Un variant somatique contrebalançant le défaut induit par la(les) mutation(s) constitutionnelle(s) est sélectionné et détectable dans le sang. Ces sauvetages somatiques (Somatic genetic rescue, SGR) peuvent impliquer directement le gène ou indirectement (Revy, Nat Genetics, 2019). Dans les téloméropathies, maladie d’expression clinique variable (moelle, poumon, foie, peau, …) caractérisée par des mutations germinales perte de fonction dans les gènes de la maintenance des télomères, certains patients, porteurs de variations pathogènes constitutionnelles de TERTTERC et PARN, acquièrent une mutation somatique activatrice du promoteur du gène TERT codant la télomérase en dehors de tout contexte tumoral (Maryoung, et al., 2017 ; Gutierrez-Rodrigues, et al., 2018). Les 3 variants du promoteur de TERT (-57, -124 et -146 ont été extensivement étudiés dans le domaine des cancers et sont associés à une augmentation de l’expression du gène TERT par une augmentation de l’affinité des facteurs de transcription pour le promoteur de TERT. En PCR digitale, technique ultra-sensible, nous avons recherché les 3 variants récurrents du promoteur de TERT (-57, -124 et -146) sur notre cohorte de téloméropathie (n=500 individus) et 800 contrôles. Nous montrons que le SGR peut être indirect aussi sur les gènes RTEL1, NHP2DKC1 et ACD (données non publiées). La probabilité d’identifier ces clones augmente avec l’âge des patients. Ainsi, ces variants somatiques constituent des marqueurs de téloméropathie et peuvent aussi aider à l’interprétation de variants constitutionnels difficilement classables (classe 3).


Ibrahima BA (Paris), Agathe HERCENT, Cécile MASSON, Patrick REVY, Raphael BORIE, Catherine BOILEAU, Bruno CRESTANI, Caroline KANNENGIESSER
11:30 - 11:45 #28686 - SS051 Mise en place d’une stratégie d’analyse NGS pour détecter les variations pathogéniques de l’épissage dans plusieurs gènes de prédisposition au cancer.
SS051 Mise en place d’une stratégie d’analyse NGS pour détecter les variations pathogéniques de l’épissage dans plusieurs gènes de prédisposition au cancer.

INTRODUCTION : L’impact sur l’épissage des anomalies génétiques peut expliquer une part des prédispositions au cancer. Jusqu’à présent, ces analyses étaient réalisées de manière ciblée en fonction des anomalies identifiées sur l’ADN. Toutefois, les variations physiologiques de l’épissage pouvaient entraîner des faux négatifs ou des faux positifs en fonction du positionnement des amorces PCR et des transcrits alternatifs. Enfin, la technique consiste une extraction d’ARN sur des lignées lymphoblastoides traités à la puromycine. Il était important de voir la possibilité d’utiliser d’autres types de matériel, en particulier le matériel fixé en paraffine ou le prélèvement sanguin sur le tube Paxgen.

MATERIEL : Nous avons mis en place un panel XT HS Agilent de 54 gènes comprenant plusieurs isoformes pour chacun de ces gènes et couvrant tous les gènes étudiés dans le service de génétique des tumeurs de Gustave Roussy.  56 variants ont été étudiés sur 22 gènes. Des stratégies complémentaires ont été appliquées : OneStep PCR sanger pour confirmer les anomalies avec des migrations sur Tapestation (Agilent) et ddPCR avec l’approche Stilla pour confirmer les variations quantitatives de certains transcrits.

RESULTAT : Il y a eu 42 analyses NGS, 21 analyses en OneStep PCR et 1 analyse en ddPCR. Sur les 56 variants étudiés, 22 résultats sont en faveur d’un effet sur l’épissage pour les gènes BAP1, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, MET, MLH1, MSH6, NBN, PALB2, POT1 et VHL. 25 résultats sont négatifs et ne sont pas en faveur d’un effet. 9 cas sont encore en cours d’évaluation. 8 cas ont été étudié sur du tissu (congelé ou fixé) dont un cas non contributif. Deux approches quantitatives ont été utilisée :  quantification en ddPCR et RNASeq après avoir normalisé avec une gène de ménage.

DISCUSSION : Notre stratégie permet de faciliter la mise en place en routine d’une paillasse pour étudier l’épissage des gènes de prédisposition. Elle montre l’avantage du panel de gènes. Nous avons pu aussi montrer la pertinence d’une approche OneStep PCR pour confirmer les résultats et travailler sur matériel dégradé comme des tumeurs. Enfin, l’approche quantitative en ddPCR est indispensable pour qualifier l’événement et confirmer l’impact total sur l’épissage de l’événement.

CONCLUSION : Ces résultats permettent d’illustrer l’importance de coordonner plusieurs outils pour valider et comprendre l’impact des variants sur les épissages alternatifs. Les données produites ouvrent aussi une amélioration des connaissances sur l’épissage alternatif de ces gènes.


Alice FIEVET, Odile CABARET, Clémentine GABILLAUD, Molka SEBAI, Céline Sengul KARA, Hela SASSI, Henintsoa RATSIMIALA, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Roseline TANG, Etienne ROULEAU (VILLEJUIF)
11:45 - 12:00 #27840 - SS052 Risque de cancer des patients porteurs d’un variant pathogène de SUFU et recommandations basées sur le génotype (SUFU ou PTCH1) pour la surveillance oncologique des patients porteurs d’un syndrome de Gorlin – rapport du groupe européen “SIOPE Host Genome.
SS052 Risque de cancer des patients porteurs d’un variant pathogène de SUFU et recommandations basées sur le génotype (SUFU ou PTCH1) pour la surveillance oncologique des patients porteurs d’un syndrome de Gorlin – rapport du groupe européen “SIOPE Host Genome.

Les variants pathogènes (VP) des gènes PTCH1 et SUFU sont responsables du syndrome de Gorlin (OMIM109400) dont les risques tumoraux sont différents selon le gène causal. Si les tumeurs associées aux VP de PTCH1 sont bien connues, les données permettant d’évaluer le risque de cancer associé aux VP de SUFU étaient jusqu’à présent limitées. Nous avons réalisé, dans le cadre du groupe SIOPE HGWG, une étude sur 172 patients porteurs d’un VP de SUFU (83 cas index et 89 apparentés) afin de préciser le spectre tumoral et le risque de cancer. Au total 117/172(68%) patients ont développé au moins une tumeur: médulloblastome (86 patients, âge médian au diagnostic 18 mois), carcinome basocellulaire (CBC) (25 patients, âge médian au diagnostic 44 ans), méningiome (20 patients, âge médian au diagnostic 40 ans), tumeurs génitales (11 patients, âge médian 14 ans). L’incidence cumulée de cancers analysée seulement chez les apparentés porteurs d’un variant de SUFU est estimée à 14.4%[CI95%:6.8-21.4], 18.2%[CI95%:9.7-25.9] et 44.1%[CI95%:29.7-55.5] à 5, 20 et 50 ans. Les patients porteurs d’un VP constitutionnel de SUFU ont un risque accru de tumeurs sur l’ensemble de la vie avec un spectre dominé par la survenue de médulloblastome avant l'âge de 5 ans (risque cumulé à 5 ans de 13,3 %[IC95 % :6-20,1], stable ensuite), de tumeurs génitales à l'adolescence, et de CBC et de méningiome à l'âge adulte, justifiant des programmes de surveillance adaptés. Le risque cumulé de tumeur génitale, CBC et méningiome à l'âge de 50 ans était de 4,6 %[IC95 % :0-9,7], 28,5 %[IC95 %:13,4-40,9 ] et 5,2 % [IC95 % : 0-12].

En nous basant sur les données déjà  publiées sur les risques oncologiques associés aux mutations de PTCH1, ces résultats ont conduit le SIOPE HGWG à proposer des recommandations de surveillance basées sur le génotype, pour les patients avec un syndrome de Gorlin :

Dépistage des CBC: Examen dermatologique annuel, à partir de 10ans (PTCH1) et à partir de 20ans (SUFU), plus tôt en cas de radiothérapie antérieure.

Dépistage des kératokystes du maxillaire : Examen odontologique débutant vers l'âge de 2 ans, orthopantogramme annuel à partir de 8 ans (PTCH1).

Dépistage des médulloblastome : Examen neurologique (3 à 4 fois/an de 0 à 3ans, puis 2 fois/an de 4 à 5 ans). IRM cérébrale sans injection sauf le 1er examen seulement en cas de doute clinique (PTCH1), tous les 3-4 mois de 0 à 3ans, puis tous les 6 mois de 3 à 5 ans (SUFU).

Dépistage des méningiomes : IRM cérébrale tous les 3 à 5 ans à partir de 30 ans, et  plus tôt si radiothérapie antérieure (SUFU).

Dépistage des tumeurs de l’ovaire : échographie pelvienne une fois vers 18 ans (PTCH1) ou tous les 3 ans, à partir de 5 ans (SUFU).

Dépistage des fibromes cardiaques: échographie cardiaque dès le diagnostic de Gorlin (PTCH1 et SUFU).

Le suivi des patients traités par radiothérapie doit être prolongé en raison du risque de tumeurs secondaires. Une évaluation prospective de l'efficacité de ces recommandations est requise.



Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Smith MIRIAM, Christian KRATZ, Julien MASLIAH-PLANCHON, Sebastian WASZAK, Pia ALHOPURO, Patrick BENUSIGLIO, Franck BOURDEAUT, Inès BRECHT, Giada DEL BALDO, Maria Luisa GARRE, Corrie GIDDING, Steffen HIRSCH, Pauline HOARAU, Mette JORGENSEN, Lucie LAFAY-COUSIN, Angela MASTRONUZZI, Lorenza PASTORINO, Stefan PFISTER, Christopher SCHROEDER, Pia VAHTERISTO, Roseline VIBERT, Catheline VILAIN, Nicolas WAESPE, Ingrid WINSHIP, Beate DOERGELOH, Saskia HOPMAN, Michaela KUHLEN, Orli MICHAELI, Till MILDE, Vita RIDOLA, Alexandra RUSSO, Salvador HECTOR, Gareth EVANS, Laurence BRUGIERES
12:00 - 12:15 #28167 - SS053 Etude moléculaire des gènes LZTR1, SMARCB1 et NF2 chez 254 patients atteints de schwannomatose : identification d’un exceptionnel variant en mosaïque dans SMARCB1.
SS053 Etude moléculaire des gènes LZTR1, SMARCB1 et NF2 chez 254 patients atteints de schwannomatose : identification d’un exceptionnel variant en mosaïque dans SMARCB1.

La schwannomatose est une maladie rare avec une incidence de 1/40000 à 1/70000 caractérisée par la présence de schwannomes multiples se dévelopant au niveau de la gaine des nerfs du système nerveux central et/ou périphérique associés dans de rares cas à la présence de méningiomes. SMARCB1 et LZTR1 sont les deux gènes majeurs responsables de la maladie. Des altérations du gène NF2 sont également responsables du développement de schwannomes multiples associés à d’autres types de tumeurs dans la neurofibromatose de type 2 (NF2) qui présente donc un chevauchement clinique avec la schwannomatose.

Nous avons analysé par NGS ciblé simultanément les gènes NF2, SMARCB1 et LZTR1 dans une cohorte de 254 patients dont la symptomatologie est compatible avec une schwannomatose. Nous confirmons le rôle important des gènes SMARCB1 et LZTR1 dans les quelques formes familiales de la maladie (N=30) avec des variants pathogènes identifiés chez 4 (13%) et 16 (53%) des cas index respectivement. Dans les formes sporadiques (N=224), nous identifions 2 variants pathogènes dans le gène NF2 dont l’un, à l’état de mosaïque. Nous identifions également 44 (20%) variants (27 de classe 4 ou 5 et 17 VSI) dans le gène LZTR1 et 5 (2%) variants de classe 4 ou 5 dans le gène SMARCB1. En accord avec les données de la littérature, l’ensemble des variants identifiés dans LZTR1 et SMARCB1 sont présents à l’état hétérozygote chez les patients. De manière exceptionnelle, nous rapportons une délétion intronique c.94-33_94-22delCCCTTATAATGA dans l'intron 1 du gène SMARCB1 caractérisée à l’état de mosaïque chez une patiente de 53 ans présentant une schwannomatose associée à un méningiome. La fréquence allélique de l’allèle délété a été estimée par NGS et PCR digitale à 25%. Cette délétion touche le site de branchement de l’intron et l’étude du transcrit du gène SMARCB1 confirme que cette délétion est à l’origine de l’épissage complet hors phase de l’exon 2, entraînant un décalage du cadre de lecture conduisant à priori à l’arrêt prématuré de la synthèse protéique.

Notre étude souligne le rôle majeur des gènes LZTRI et SMARCB1 expliquant 66% des formes familiales et de 22% des formes sporadiques de schwannomatose. Nous montrons également l’importance d’étudier le gène NF2 en raison du chevauchement phénotypique de la NF2 et la schwannomatose. Etant donné la variabilité phénotypique dans la NF2 et la fréquence élevée de mosaïque associée à des formes cliniques incomplètes, il est important d’étudier ce gène lorsqu’une schwannomatose est suspectée. Par ailleurs, il convient de prêter une attention particulière aux variants introniques en dehors des sites canoniques d'épissage. Enfin, même si les mosaïques de SMARCB1 et LZTR1 ne sont pas décrites dans la littérature, nous prouvons qu’elles doivent tout de même être recherchées.


Jean-Marie RAVEL, Juliette QUILICHINI, Laurence PACOT, Raphaël LEMAN, Cécile BARBANCE, Marie BLONSKI, Marie MULLER, Nicolas VAUCOULEUR, Juliette NECTOUX, Dominique VIDAUD, Eric PASMANT, Michel KALAMARIDES, Matthieu PEYRE, Bruno LEHEUP, Béatrice PARFAIT (PARIS)
Carré

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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C33
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 11
De la pathologie à la thérapie

Modérateurs : Dominique BONNEAU (PU-PH) (Angers), Nolwenn JEAN-MARÇAIS (Praticien Hospitalier) (RENNES)
11:00 - 11:15 #28077 - SS061 Séquençage complet de l’exome dans les néphropathies indéterminées de l’adulte.
SS061 Séquençage complet de l’exome dans les néphropathies indéterminées de l’adulte.

Six cent millions de personnes présentent une insuffisance rénale chronique dans le monde, dont plus de 3 millions en France. Malgré l’importance d’un diagnostic étiologique, 10 à 20% des néphropathies restent d’origine indéterminée. Une plus grande accessibilité des examens pangénomiques, tels que le séquençage complet de l’exome et du génome entier, pourrait permettre de reclasser de nombreux cas de néphropathies indéterminées. L’indication d’analyses pangénomiques en néphrologie est loin d’être formellement définie. Nous souhaitons ici rapporter la plus grande cohorte française de séquençage complet de l’exome en néphrologie adulte, son rendement diagnostique (comprenant une analyse performante des Copy Number Variation (CNV)), ainsi que les conséquences de ces diagnostics.

                Entre septembre 2018 et février 2021, dans le cadre du soin courant, 538 cas-index non apparentés ont été prélevés. Après extraction de l’ADN génomique, les régions codantes de l'exome (37 mégabases) ont été enrichies avec le kit Twist Human Core Exome, puis séquencées en paired-end sur NextSeq500 (Illumina). La ségrégation des variants a été étudiée par technique ciblée chez les apparentés, le cas échéant. La recherche de CNV a été faite à partir de l’exome et est basé sur GATK4.

                Sur 538 cas-index non apparentés, le séquençage de l’exome a permis de poser un diagnostic de certitude chez 135 patients, soit un rendement diagnostique de 25%. L’âge moyen des patients était de 43 ans [± 13]. 80% des patients ont été analysés en exome « solo», Une étude de ségrégation à des fins d’interprétation a été nécessaire chez 22% des patients positifs (n=29) et 9% de l’ensemble des patients testés (n=49).

Les principaux diagnostics génétiques posés appartiennent aux groupes des basalopathies (n=34, 25%) et des ciliopathies (n=37, 27,5%). Les résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes relativement pauvres ou atypiques. Sept patients ont eu un résultat concluant avec identification d’un CNV pathogène, soit 5,2% des diagnostics positifs.

Le diagnostic génétique a eu diverses conséquences pour les 135 patients avec diagnostics positifs : clarifier le mode de transmission (n=104, 77%), proposer un diagnostic pré-symptomatique ou dépister des apparentés (n=85, 63%), aider à la sélection d’un potentiel donneur vivant apparenté (n=10, 7,5%), ne pas envisager ou arrêter un traitement immunosuppresseur (n=15, 11%), éliminer une potentielle récidive sur le greffon (n=27, 20%), prescrire des examens complémentaires dans le cadre du rétro-phénotypage (n=48, 35,5%). 

Avec un rendement diagnostique important, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré, notre étude montre l'intérêt du séquençage de l’exome complet avec analyse intégrant la détection des CNV dans les néphropathies indéterminées de l’adulte. Les diagnostics posés ont souvent été inattendus, validant l'intérêt d'une approche pangénomique en première intention.


Alice DOREILLE, Hugo GARCIA, Xavier VANHOYE, Alexandre CEZ, Radoslavasaraeva LAMRI, Marine DANCER, Anne-Sophie LEBRE, Laure RAYMOND, Laurent MESNARD (Paris)
11:15 - 11:30 #28017 - SS062 L’analyse par Exome Ciblé de 400 patients avec Hypogonadisme Hypogonadotrohique congénital (HHC) révèle des architectures génétiques différentes en fonction de la présence (Syndrome de Kallmann) ou de l’absence d’anosmie (HHC normosmique).
SS062 L’analyse par Exome Ciblé de 400 patients avec Hypogonadisme Hypogonadotrohique congénital (HHC) révèle des architectures génétiques différentes en fonction de la présence (Syndrome de Kallmann) ou de l’absence d’anosmie (HHC normosmique).

Contexte : Les SK et les nHHC sont des maladies rares responsables d’altération du développement pubertaire et d’infertilité. Leurs physiopathologies sont distinctes, liées à des anomalies du développement neuronal ou de l’homéostasie gonadotrope.

But du travail/méthodes : Etude mono-centrique, par exome ciblé (EC) incluant 49 gènes, comparant l’architecture génétique et le « gene-burden » chez 169 KS versus 231 nCHH. Deux approches: 1) analyse supervisée (AS) diagnostique. 2) Analyse non supervisée (ANS) de l’ensemble des données génotypiques de notre cohorte.

Résultats : L’EC a identifié 9769 variants chez les KS et 13390 variants chez les nCHH, dans les régions codantes±2bp. L’AS permet de détecter des variants pathogènes (classes 4, 5) chez 42% des SK contre seulement 21% des nCHH. Chez les SK et les nCHH 2 gènes (FGFR1 et PROKR2) étaient prépondérants (50% des cas élucidés). En revanche ANOS1 était exclusif du SK et GNRHR/GNRH1, KISS1R, TACR3/TAC3 exclusifs des nCHH. L’ANS/gene burden (ensemble des données NGS) a montré qu’un seuil de MAF < 0.5% permettait de discriminer deux architectures génétiques distinctes : Le SK associé significativement aux gènes impliqués dans le développement neuronal (ANOS1, PROKR2, PROK2, FGF8, FGF17, IL17RD, CHD7, SEMA3A) versus le nCHH associé significativement aux gènes de l’homéostasie gonadotrope (GNRHR/GNRH1, KISS1R, TACR3).

Conclusion : Vue la concordance constatée entre les AS et ANS il semble raisonnable de limiter pour le diagnostic de première intention un EC ciblée incluant les 14 gènes prévalents. Dans les cas non élucidés, une analyse par WES ou WGS semble pertinente en deuxième intention.


Jérôme BOULIGAND (LE KREMLIN BICETRE), Thomas HUBY, Kenneth CHAPPELL, Bruno FRANCOU, Alexis PROUST, Claire BOUVATTIER, Luigi MAIONE, Anne GUIOCHON-MANTEL, Jacques YOUNG
11:30 - 11:45 #27841 - SS063 Des variants d'EPHX1 sont responsables de diabète lipoatrophique, consécutif à une altération de l'hydrolyse des époxydes et à une sénescence cellulaire accrue.
SS063 Des variants d'EPHX1 sont responsables de diabète lipoatrophique, consécutif à une altération de l'hydrolyse des époxydes et à une sénescence cellulaire accrue.

Objectifs. La découverte de la première époxyde hydrolase (EH), EPHX1, remonte à plus de 40 ans et on connaît aujourd’hui 5 gènes codant des EHs. Les EHs sont des enzymes régulant l'homéostasie cellulaire par l'hydrolyse de divers substrats époxydes en diols moins réactifs. Les fonctions des EHs restent en partie inconnues et aucun variant pathogène n'a été rapporté à ce jour chez l'homme dans cette classe de gènes.

Patients et méthodes. Deux familles indépendantes ont fait l’objet d’analyses d’exomes en trio. L’effet des variants d’EPHX1 identifiés a été modélisé dans différents systèmes cellulaires : des cellules HEK293 exprimant les formes normales et mutées de la protéine, des cellules pré-adipocytaires murines 3T3-L1 et des cellules souches adipocytaires humaines (ASC) dans lesquelles EPHX1 a été inactivé par un système CRISPR-Cas9, ainsi que des fibroblastes de patients.

Résultats. Nous avons identifié deux variants pathogènes de novo situés dans le site catalytique d'EPHX1 chez des patients atteints d'un diabète lipoatrophique complexe caractérisé par une perte de tissu adipeux, une insulino-résistance, et des atteintes multiples d’autres organes. L’analyse des cellules HEK293 a révélé que ces variants conduisaient à l'agrégation de la protéine dans le réticulum endoplasmique et à une perte de son activité d'hydrolyse des époxydes. Le knockout (KO) d'Ephx1 dans les 3T3-L1 et les ASC abolit la différenciation adipocytaire et inhibe la réponse à l'insuline. L’étude de ces deux types cellulaires révèle également un stress oxydatif majeur et une sénescence cellulaire, des observations confirmées sur les fibroblastes de patients. Enfin, un effet bénéfique du traitement par la metreleptine a été observé chez les patients.

Discussion. Cette étude translationnelle souligne l'importance de la régulation des époxydes dans le fonctionnement adipocytaire et la résistance à l’insuline, et apporte de nouvelles connaissances sur les rôles physiologiques des EHs chez l'homme.


Jérémie GAUTHERON, Christophe MORISSEAU, Chung WENDY, Jamila ZAMOURI, Martine AUCLAIR, Geneviève BAUJAT, Emilie CAPEL, Célia MOULIN, Yuxin WANG, Jun YANG, Bruce HAMMOCK, Barbara CERAME, Franck PHAN, Bruno FEVE, Corinne VIGOUROUX, Fabrizio ANDREELLI, Isabelle JÉRU (Paris)
11:45 - 12:00 #28390 - SS064 Diagnostic à l’âge adulte d’une alpha-mannosidose: quand la détection d’une insertion Alu cache une délétion passée inaperçue.
SS064 Diagnostic à l’âge adulte d’une alpha-mannosidose: quand la détection d’une insertion Alu cache une délétion passée inaperçue.

L’alpha-mannosidose est une pathologie rare, autosomique récessive associant des signes dysmorphiques, une surdité, des anomalies squelettiques, des infections récurrentes et une déficience intellectuelle. Elle est secondaire à des mutations bialléliques faux-sens ou perte de fonction du gène MAN2B1 et plusieurs formes, de sévérité variable, sont décrites. 

Nous rapportons ici le cas d’un patient de 30 ans, suivi pour une déficience intellectuelle, une maladie de Verneuil, une dysmorphie (sourcils épais, macroglossie, arête nasale aplatie, raideur articulaire) et une rétinopathie. L’analyse par séquençage d’exome a mis en évidence une première variation faux-sens rare à l’état hétérozygote dans le gène MAN2B1 (p.Gly726Ser) héritée du père. L’analyse de CNVs sur l’exome n’a pas retrouvé de variation dans ce gène. En revanche, l’algorithme  AluMEI (Seqone) a identifié une insertion Alu à l’extrémité 5’ de l’exon 22 du gène MAN2B1, héritée de la mère. L’analyse approfondie de cette région sur IGV a montré que cette insertion était en réalité une délétion de 1556 paires de bases (pb) emportant la totalité de l’exon 21 et 52 pb de l’exon 22 du gène MAN2B1. Le point de cassure en 5’ intronique de cette délétion étant situé dans une séquence Alu, elle a été identifiée comme une insertion d’élément mobile. Cette délétion a été confirmée par PCR digitale et entraîne donc une perte de fonction sur l’allèle maternel.

Un reverse phenotyping a permis de retrouver des signes évocateurs d’alpha-mannosidose, avec une atteinte rétinienne, peu décrite dans cette pathologie mais évoquant une maladie de surcharge lysosomale, et une dysmorphie concordante. L’analyse biochimique a confirmé le diagnostic chez le patient.

Nous décrivons donc un cas d’alpha-mannosidase de diagnostic tardif, avec une atteinte rétinienne rare mais spécifique, et dont l’une des variations responsables est une délétion de petite taille non identifiée par les algorithmes de recherche de CNVs mais rattrapée grâce à la présence d’une séquence Alu. Cet exemple illustre les difficultés d’identification de petits CNVs par séquençage d’exome et démontre la nécessité d’une lecture attentive des fichiers de séquençage, étape déterminante dans l’interprétation et la validation des variations du génome, et plus particulièrement des variations de structure.


Kévin UGUEN (Brest), Sylvia REDON, Karen ROUAULT, Marine PENSEC, Caroline BENECH, Sacha SCHUTZ, Cédric LE MARÉCHAL, Claude FEREC, Séverine AUDEBERT-BELLANGER
12:00 - 12:15 #28628 - SS065 Le traitement par triheptanoïne permet de stabiliser l’atteinte motrice et de diminuer l'atrophie du noyau caudé dans la maladie de Huntington.
SS065 Le traitement par triheptanoïne permet de stabiliser l’atteinte motrice et de diminuer l'atrophie du noyau caudé dans la maladie de Huntington.

Objectif : Évaluer l'efficacité de la triheptanoïne, un triglycéride à chaîne moyenne avec un nombre impair de carbones qui cible le cycle de Krebs, sur l'imagerie cérébrale et l’atteinte motrice dans la maladie de Huntington (MH).

Contexte : Nous avons précédemment montré que le déficit énergétique dans la MH est associé à des besoins accrus en substrats pour le cycle de Krebs. À l'aide de la spectroscopie IRM cérébrale au phosphore 31, nous avons ensuite démontré que la triheptanoïne peut restaurer un profil énergétique cérébral normal chez les patients MH.

Méthodes : Nous avons mené une étude bicentrique (Paris et Leiden) contrôlée randomisée de 6 mois (NCT02453061) comparant la triheptanoïne 1g/kg/jour versus placebo chez 100 patients (ratio 1/1) à un stade précoce de la MH, suivi d'une phase en ouvert de 6 mois. Après un an, les patients pouvaient choisir une extension d'un an. Le critère de jugement principal était l'atrophie du noyau caudé à 6 mois. Les critères de jugement secondaires étaient l’atrophie caudée à 12 et 24 mois, le score moteur total (TMS) de l'UHDRS (United Huntington Disease rating Scale) et l'imagerie microstructurale par tenseur de diffusion (DTI) et par la méthode FBA (Fixel-Based Analysis, qui permet l'analyse des croisements de fibres) à 6, 12 et 24 mois. Pour effectuer une analyse comparative de la triheptanoïne versus placebo sur un an, nous avons par ailleurs utilisé le bras placebo d'un essai contrôlé randomisé d'un an (NCT02336633), mené en parallèle, et avec des méthodes identiques, chez des patients MH présentant les mêmes caractéristiques (âge, durée de la maladie, TMS, répétitions CAG).

Résultats : 86 patients ont terminé l'étude d'un an et 42 patients l'extension de 12 mois. La triheptanoïne a été bien tolérée. Les effets secondaires étaient principalement des problèmes gastro-intestinaux, résolutifs après intervention diététique. L’atrophie caudée n’était pas différente à 6 mois entre les groupes triheptanoïne et placebo. Cependant, nous avons observé une stabilisation de l’atteinte motrice (TMS) à 12 mois chez les patients traités par triheptanoïne (moyenne 0,6 ± 5,1) par rapport aux patients traités pendant 6 mois seulement (2,5 ± 4,5) (p = 0,072), avec une différence significative entre 6 et 12 mois ( -0,7 ± 3,9 vs 1,9 ± 4,7, p= 0,024). Les analyses DTI ont montré moins d'altérations microstructurales chez les patients traités par triheptanoïne pendant 24 mois, et les analyses FBA ont montré une amélioration de la trophicité de certaines fibres à 24 mois. La comparaison à 12 mois avec le bras placebo externe a confirmé la stabilité motrice des patients traités par triheptanoïne (2,6 ± 4,6 vs 0,6 ± 5,1, p = 0,057) et a révélé une diminution de 50% de l’atrophie caudée sous triheptanoïne (-3 % vs -6,7 %, p < 0,001) (Figure 1).

Conclusions: Ces résultats montrent que le traitement par triheptanoïne permet une stabilité de l'atteinte motrice et une diminution de l'atrophie caudée chez les patients MH.


Fanny MOCHEL (PARIS), Aurélie MENERET, Isaac ADANYEGUH, Camille GIRON, Elodie HAINQUE, Marie-Pierre LUTON, Mariana ATENCIO, Magali BARBIER, Milou JACOBS, Fleur VELDKAMP, Emma COPPEN, Kasper VAN DER ZWAAN, Eric VICAUT, Raymund ROOS, Alexandra DURR
12:15 - 12:30 #28607 - SS066 Efficacité et sécurité de l’alpelisib (BYL719) chez les patients adultes et enfants atteints de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome) : essai multicentrique de phase II, randomisé en double-aveugle vs. Placebo.
SS066 Efficacité et sécurité de l’alpelisib (BYL719) chez les patients adultes et enfants atteints de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome) : essai multicentrique de phase II, randomisé en double-aveugle vs. Placebo.

Les syndromes hypertrophiques liés au gène PIK3CA (PROS) regroupent diverses présentations cliniques en fonction de la localisation de l’atteinte principale. Lorsque l’hypertrophie prédomine au niveau cérébral (mégalencéphalie), on parle de syndrome MCAP (Megalencephaly-CApillary malformation Polymicrogyria syndrome). Des malformations vasculaires cutanées, et des anomalies des structures cérébrales, et des troubles cognitifs au cours de la croissance de l’enfant, de type épilepsie ou déficience intellectuelle, peuvent s’associer de façon inconstante au tableau. Il n’existe actuellement aucun médicament autorisé dans cette maladie.

L’alpelisib (BYL719, Novartis®) est un inhibiteur spécifique de la sous-unité α de PIK3CA, autorisé dans le traitement du cancer du sein métastatique, et en cours d’évaluation chez les patients PROS (NCT04589650). Mais les critères de jugement ne sont pas tous adaptés à l’évaluation spécifique des atteintes neuro-cognitives, justifiant la conduite d’un essai dédié au syndrome MCAP.

 

L’essai ESA-MCAP est un essai collaboratif, initié par le CHU Dijon Bourgogne, et co-financé par le laboratoire Novartis. Il s’agit d’un essai national de phase II multicentrique en 2 périodes : i) une période randomisée de 6 mois à dose fixe en double aveugle versus placebo suivie ii) d’une période en ouvert (alpelisib pour tous les patients) avec possibilité d’escalade de dose, pour obtenir une durée totale de traitement par alpelisib de 24 mois.

L’objectif principal sera d’évaluer l’efficacité à 24 mois d’un traitement par alpelisib sur les comportements adaptatifs des patients entre 2 et 40 ans avec syndrome MCAP, mesurée par une amélioration ≥4 points sur l’échelle de comportement adaptatif de Vineland-2nde édition. L’efficacité précoce à 6 mois versus placebo, ainsi que l’efficacité sur les paramètres neuropsychologiques (échelles de performance neuropsychologiques adaptées à l’âge), le volume cérébral (IRM), l’épilepsie (nombre d’épisodes convulsifs), la qualité de vie (questionnaires) et sur les autres atteintes non cérébrales seront secondairement évaluées. Les patients seront suivis au maximum 34 mois, avec au maximum 15 visites, alternées entres le centre coordinateur pour les visites d’évaluation (à l’initiation du traitement, à 6, 12 et 24 mois) et leur centre local pour les visites de suivi de sécurité. Un total de 16 patients est prévu dans l’essai pour une durée d’inclusion d’un an, avec un début prévu au premier trimestre 2022.

 Cette étude s’inscrit dans un programme d’essais thérapeutiques initiés depuis plusieurs années par la FHU TRANSLAD (TRANSLAD-Treat), les centres de référence AnDDI-Rares, Déficience et FIMARAD, dans le but d’identifier des thérapies ciblées dans les pathologies liées à PIK3CA. Ce projet permettra également d’apporter une nouvelle expérience sur la conduite des essais thérapeutiques encore insuffisants dans les troubles du neurodéveloppement.


Maxime LUU (Dijon), Pierre VABRES, Agnès MAURER, Amélie CRANSAC, Maud CARPENTIER, Camille FLECK, Romaric LOFFROY, Aurore GARDE, Jenny CORNATON, Claire NICOLAS, Aurélie ESPITALIER, Noémie RELIN, Clémence FAUCONNIER-FATUS, Laurent GUIBAUD, Aurore CURIE, Nadia BAHI-BUISSON, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE
Nef

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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D33
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SESSIONS SIMULTANEES 12
Médecine personnalisée et maladies neuromusculaires

Modérateurs : Godelieve MOREL (CCA) (La Réunion - St Denis), Kévin YAUY (CCA) (Montpellier)
11:00 - 11:15 #27883 - SS067 Implication de GDAP1 dans la fonction mitochondriale et le stress oxydatif, investiguée dans un modèle de motoneurones dérivés d’iPSC pour la maladie de Charcot-Marie-Tooth.
SS067 Implication de GDAP1 dans la fonction mitochondriale et le stress oxydatif, investiguée dans un modèle de motoneurones dérivés d’iPSC pour la maladie de Charcot-Marie-Tooth.

La maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) est la neuropathie héréditaire la plus fréquente avec une prévalence de 1/2500. Connue aussi sous le nom de neuropathie sensitivo-motrice, il existe plusieurs formes de CMT qui se différencient par leur mode de transmission, et leur aspect électrophysiologique (forme démyélinisantes et forme axonales).

Actuellement, plus de 90 gènes, codant différentes protéines, sont impliqués dans les CMT, dont le gène GDAP1, exprimé principalement au niveau des nerfs périphériques.

Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans cette pathologie et de pouvoir développer des stratégies thérapeutiques, des cellules souches induites à la pluripotence (iPSc) ont été créés à partir de fibroblastes humains d’individus sains et d'un patient CMT2H porteur d’une mutation non-sens à l’état homozygote du gène GDAP1 (c.581C>G, p.Ser194*). Les cellules iPS peuvent ensuite être différenciées en motoneurones.

Au niveau moléculaire, l’analyse par RT-PCR a montré que chez les sujets normaux, l’ARNm de GDAP1 est principalement exprimé dans les motoneurones, alors qu'il est drastiquement réduit dans les cellules du patient contenant un codon de terminaison prématurée (PTC). Ce résultat suggère que l’ARNm de GDAP1 est probablement dégradé par le système nonsense-mediated mRNA decay (NMD).

Des analyses morphologiques et fonctionnelles ont révélé, dans les motoneurones du patient CMT, une diminution de la viabilité cellulaire associée à un dysfonctionnement lipidique et au développement du stress oxydatif. La mitochondrie est un organite clé dans la génération du stress oxydatif, mais elle est aussi principalement impliquée dans le métabolisme énergétique. Dans les motoneurones du patient CMT des défauts des crêtes mitochondriales ont été observés, même si aucun déficit de production d'ATP n'est apparu. Ce modèle cellulaire de motoneurones dérivés d’iPSC nous a permis de mettre en évidence le rôle de la mitochondrie et du stress oxydatif dans la maladie CMT, et d’ouvrir la voie à des nouvelles stratégie thérapeutiques.


Nesrine BENSLIMANE (Limoges), Corinne MAGDELAINE, Sylvie BOURTHOUMIEU, Federica MIRESSI, Frédéric FAVREAU1, Marion RASSAT, Laurence RICHARD, Cécile LAROCHE, Laurent MAGY, Franck STURTZ, Anne-Sophie LIA, Pierre-Antoine FAYE
11:15 - 11:30 #28742 - SS068 The diagnostic workup in children with Arthrogryposis: description of practices from a single reference center, comparison with literature and suggestion of recommendations.
SS068 The diagnostic workup in children with Arthrogryposis: description of practices from a single reference center, comparison with literature and suggestion of recommendations.

Introduction: Arthrogryposis multiplex congenita (AMC) refers to a clinical presentation of congenital contractures involving two or more body areas. More than 400 distinct conditions may lead to AMC, making the etiological diagnosis challenging. The objective of this work was to describe and compare the etiological management of a cohort of AMC children with literature data in order to set up recommendations.

Material and methods: We conducted a retrospective single center observational study. Patients had been evaluated at least once at a pediatric age in the AMC clinic of Grenoble University Hospital from 2007 to 2019. After gathering data about their diagnostic procedure, a literature review was performed for each paraclinical investigation to discuss their relevance.

Results: One hundred and twenty five patients were included, 43% had Amyoplasia, 27% had distal arthrogryposis, and 30% had other forms. A definitive etiological diagnosis was available for 66% of cases. We recommend a two-time diagnostic process: first, non-invasive investigations that aim at classifying patients into one of the three groups, and second, selected investigations targeting a subset of patients.

Conclusion: The etiological management for patients with AMC remains arduous. This process will be facilitated by the increasing use of next-generation sequencing combined with detailed phenotyping. Invasive investigations should be avoided because of their limited yield.


Pauline LE TANNO (GRENOBLE), Xenia LATYPOVA, John RENDU, Julien FAURE, Marjolaine GAUTHIER, Gipsy BILLY, Véronique BOURG, Pierre-Simon JOUK, Klaus DIETERICH
11:30 - 11:45 #28664 - SS069 61870 exomes non-diagnostic en population générale pour recherche ET détection préventive de >2700 mutations actionnables: le programme discovEHR – MyCode Geisinger, collaboration entre un système de santé en Pennsylvanie rurale et un labo pharmaceutique.
SS069 61870 exomes non-diagnostic en population générale pour recherche ET détection préventive de >2700 mutations actionnables: le programme discovEHR – MyCode Geisinger, collaboration entre un système de santé en Pennsylvanie rurale et un labo pharmaceutique.

La faisabilité et l’utilité de la détection à grande échelle de variants actionnables (selon définition ACMG) fait débat en France, et malgré des avis divergents des diverses instances consultées (dont CCNE) pour la révision des lois de bioéthique, cette détection n’est pas autorisée hors données incidentes d’exome diagnostic ou risque élevé en fonction des antécédents médicaux ou familiaux. Il m’a semblé intéressant de faire le point sur un programme méconnu en France, celui de la collaboration entre un organisme de santé privé à but non-lucratif, Geisinger (en Pennsylvanie rurale), doté depuis 25 ans d’un système de dossier médical électronique performant, et le labo pharmaceutique Regeneron, spécialisé dans les monoclonaux thérapeutiques. Cette collaboration initiée en 2014, basée sur la participation de clients volontaires de Geisinger ( > 290 000 ont signé le consentement éclairé, sur 2 millions de patients suivis) qui acceptent un prélèvement sanguin pour analyse d’exome par Regeneron et la liaison aux données (anonymisées) de leur Electronic Health Record (EHR) ayant pour but de détecter des variants rares permettant d’identifier des gènes cibles thérapeutiques potentielles (ex variants tronquants qui paraissent associés à la protection contre une pathologie, comme démontré pour PCSK9 et l’hypercholestérolémie et la maladie coronarienne). En échange, pour les volontaires qui le souhaitent, Geisinger recherche les variants actionnables et informe le patient et son médecin traitant, selon un protocole publié, et propose un conseil génétique et médical adapté à la pathologie concernée.
A l’heure actuelle 184 000 exomes ont été réalisés, et pour 61870 éligibles pour la recherche de variants actionnables, des résultats ont été communiqués pour 2733 variants actionnables (4,4% des individus testés). Les pathologies/gènes principalement concernés sont BRCA1/2 634 patients, hypercholestérolémie familiale 277 (APOB et LDLR), syndrome de Lynch 342  (surtout PMS2 et MSH6), cardiomyopathies 230 (en tête MYBPC3 et MYH7), arrythmies 258 (KCNQ1 et SCN5A), hyperthermie maligne/RYR1 156,  hémochromatose C282Y homozygote 356, et MEN1/2 86. Des articles plus détaillés sont parus sur les aspects BRCA1/2 et hypercholestérolémie.
Du point de vue recherche, des résultats impressionnants ont commencé à être publiés en 2016 (deux Science et un NEJM) et ont permis d’identifier ou confirmer en affinant les Odds ratios plusieurs cibles thérapeutiques, dont ANGPTL3 et ANGPTL4 (risque cardiovasculaire, hyperlipidémie, NEJM 2016 et 2017 ) et HSD17B13 (chronic liver disease, NEJM 2018).
La présentation est basée sur une visite initiale chez Geisinger (Danville) fin 2016 et l’analyse des publications parues dans des revues internationales ou sur le site Geisinger/MyCode. Elle pourra servir de base à une discussion sur l’utilité et faisabilité  ou non de proposer en France un dépistage ciblé de telles mutations sur tout ou partie de ces gènes.


Jean Louis MANDEL (ILLKIRCH)
11:45 - 12:00 #28746 - SS070 Données additionnelles en exome, quel impact pour notre pratique d’aujourd’hui et de demain ?
SS070 Données additionnelles en exome, quel impact pour notre pratique d’aujourd’hui et de demain ?

Introduction : Tout examen médical s’accompagne du risque de mettre en évidence des informations médicales sans lien avec le diagnostic recherché. Ces données additionnelles peuvent être recherchées volontairement (données secondaires) ou non (données incidentes). Les analyses pangénomiques que sont l’exome et le génome génèrent un volume sans précédent d’informations génétiques concernant le patient mais également sa famille. Ces examens à visée diagnostique font entrer progressivement dans notre routine les données additionnelles, toujours plus fréquentes. En 2012, l’ACMG s’est prononcée sur une liste restreinte de 59 pathologies présentant un intérêt en tant que données additionnelles. En mai 2021, cette liste a été étendue à 72 gènes. En 2019 l’Agence de la Bio-Médecine a émis ses propres recommandations sur la gestion de ces données additionnelles sans caractère législatif contraignant. Il y a tout à penser que l’intérêt pour les données additionnelles s’accroit, en particulier pour les maladies traitables, la pharmacogénétique et le dépistage d’hétérozygotes.

Matériel et Méthodes : Afin de mieux nous préparer à faire entrer la gestion de ces données dans notre pratique, nous avons cherché à évaluer la fréquence des ces données additionnelles à travers 100 exomes trio, duo ou solo réalisés dans notre centre sur 12 mois de 2020 à 2021. Nous avons pour cela recherché la fréquence des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez le cas index dans la dernière liste ACMG, mais également dans 2 listes d’intérêt (maladies traitables et carrier screening) de quelques 138 et 326 gènes.

Résultats : Il en ressort un rendement de 83% données secondaires pour les seuls cas index pour les 3 listes confondues (19% liste ACMG uniquement) alors que le rendement diagnostic est lui de 50%. Si ces variants concernent l’ensemble des groupes de pathologies ciblées dans les recommandations ACMG, de nombreux autres ont été identifiées ciblant des pathologies récessives fréquentes dans la population générale et amenant à discuter l’utilité d’un diagnostic pré conceptionnel.

Discussion et perspectives : Il est donc possible, qu’à l’avenir, notre pratique de l’exome ou du génome, génère avant tout plus de données additionnelles que de diagnostics. Face à ce constat, nous avons commencé une étude prospective, via des consultations dédiées à la prescription d’exome, afin d’exposer aux patients les questions que posent la découverte de données additionnelles et recueillir leur préférence quant à la recherche et la restitution de ces informations. Les premiers résultats de cette étude pourront être exposés.

 


Rodolphe DARD (POISSY), Denise MOLINA-GOMES, Bérénice HERVE, Camille COHEN, Elisa MORALES, Jeremie MORTREUX, Emeline BELLANGER, Aude TESSIER, Laure RAYMOND, François VIALLARD
12:00 - 12:15 #28579 - SS071 Fast-exome chez les nouveaux-nés et nourrissons en réanimation: retour d’expérience et conclusions de l’étude REUNIR.
SS071 Fast-exome chez les nouveaux-nés et nourrissons en réanimation: retour d’expérience et conclusions de l’étude REUNIR.

Le séquençage de l’exome est un outil diagnostic de routine ayant permis de réduire l’errance diagnostique des individus chez qui est suspecté une maladie monogénique. Chez les nourrissons en réanimation, l’établissement d’un diagnostic précis est une étape clé de la prise en charge.

L’objectif de l’étude REUNIR (Rapide Exome en Unité de Néonatologie soins Intensifs Réanimation) était d’évaluer la faisabilité et l’efficacité de l’exome rapide avec des résultats en moins de 16 jours au CHU de Montpellier.

Quinze enfants de moins d'un an ont été inclus avec une moyenne d’âge de 54 jours (4-272 jours). L’ensemble des résultats étaient disponibles en 16 jours ou moins (moyenne de 12,8 jours, médiane 14 jours). L’indication du fast-exome était principalement une détresse neurologique, avec hypotonie pour 11 patients, convulsions pour 3, anomalies rénales pour 5, malformation cardiaque pour 4. Sept patients étaient dépendants d’une ventilation invasive, 4 d’une ventilation non invasive.

Cette étude a permis un diagnostic dans 6 cas sur 15 (40%) et a permis de modifier la prise en charge des enfants dans 9 cas (60%), dont 2 avec un changement thérapeutique radical (changement de traitement anti-épileptique pour l’un, néphrectomie et gonadectomie pour l’autre). Deux patients ont eu un diagnostic par d’autres investigations génétiques. Les difficultés rencontrées sont celles du rendu aux parents lorsque l’enfant est décédé ou sorti d’hospitalisation, de la gestion des données incidentes, des variants de signification inconnue avec nécessité d’enquête familiale étendue en contexte d’urgence, de l’identification d’une pathologie héritée d’un parent asymptomatique. 

En conclusion, la mise en place du fast-exome a été un succès, avec très forte satisfaction parentale et des pédiatres, même en cas de résultat négatif, et a pu être implémentée en routine au CHU de Montpellier, avec une demande d’analyse mensuelle en moyenne.


Constance WELLS, Mylène THARREAU, Guilaine BOURSIER, Kévin YAUY, Déborah MECHIN, Nathalie RUIS-PALLARES, Valentin RUAULT, Christine COUBES, Lucile PINSON, Patricia BLANCHET, Thomas GUIGNARD, Marc FILA, Sabine DURAND, Odile PIDOUX, Maliha BADR, Christophe MILESI, Julien BALEINE, Gilles CAMBONIE, Floriane HEMERY, Renaud MESNAGE, Florence MASSON, Maëlle DEREURE, Marie-Christine PICOT, Olivier ARDOUIN, Isabelle TOUITOU, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT, Marjolaine WILLEMS (Montpellier)
12:15 - 12:30 #28623 - SS072 Evaluation formative par la simulation des compétences relationnelles durant l’internat de génétique médicale.
SS072 Evaluation formative par la simulation des compétences relationnelles durant l’internat de génétique médicale.

L’acquisition de compétences relationnelles apparait indispensable au métier de généticien clinicien et il semblerait qu’elles puissent être optimisées par l’apport de la simulation de consultations. Des consultations simulées avec comédiens professionnels ont été mises en place depuis 2018 pour les internes de génétique médicale (DES 48) à l’échelle nationale par le Collège National des Enseignants et des Praticiens de Génétique Médicale, soutenu par la Faculté de médecine de Nantes, la Société des Internes de Génétique de France, l’Alliance Maladies Rares et financièrement par la Fondation MACSF ainsi que la filière AnDDI-Rares.

Un protocole de recherche en pédagogie a été adossé à cette nouvelle formation dont l’objectif principal était d’améliorer les compétences relationnelles des internes du DES de génétique médicale en consultation ; les objectifs secondaires consistaient à évaluer la satisfaction des internes par rapport à cette méthode pédagogique et identifier le profil des internes ayant le plus progressé dans leur relation médecin-patient par cette formation.

Dans le cadre de cette recherche, un numéro d’anonymat a été attribué aux internes avant le début des sessions de simulation. A T0, en amont des consultations simulées, chaque interne a rempli des scores d’empathie (Reading the Mind in the Eyes ; échelle de Jefferson) ; lors de la session de consultations simulées, les internes ont rempli des grilles sur leur relation médecin-patient (Standardized Patient Satisfaction Questionnaire (SPSQ)) au décours de chaque consultation. Les comédiens professionnels ont également rempli cette grille en parallèle. T1 correspond à la participation de l’interne à une 1ère session de consultations simulées, T2 à la 2ème, etc. Le critère de jugement principal utilisé est l’amélioration significative du score moyen de la grille sur la relation médecin-patient par les comédiens (SPSQ) au cours des sessions de consultations simulées.

Au total, 110 internes ont participé aux sessions de consultations simulées, 41 internes à 2 sessions, 24 à au moins 3 sessions, le maximum étant 5 sessions pour un interne. Les résultats aux différentes échelles sont actuellement en cours d’analyse et devraient être prochainement disponibles. Les premières analyses montrent une grande satisfaction des internes sur l’apport de la simulation. Une majorité d’entre eux pensent que leur relation auprès des patients va être profondément changée. Les limites de l’étude sont l’échantillon limité d’internes, inhérent à la spécialité et le biais de l’augmentation des compétences relationnelles du fait de l’expérience clinique, de l’avancée dans l’internat et non du fait de l’impact des consultations simulées.

Une étude complémentaire sur l’impact des consultations simulées sur les compétences techniques (performances cliniques) est en cours selon le même protocole.


Mathilde RENAUD (NANCY), Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Pierre POTTIER, Sandra MERCIER
Belvédère
12:45

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B34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER AGILENT
Dernières innovations et retours d’expérience en génétique constitutionnelle

Modérateur : Roubila MEZIANI
12:45 - 13:45 De l’échantillon à une analyse tout en 1 : #Magnis #Alissa #Exome SNV #Exome CNV #CGH. Eulalie LASSEAUX (Praticien spécialiste) (Intervenant, Bordeaux), Claudio PLAISANT (Ingénieur hospitalier) (Intervenant, Bordeaux)
12:45 - 13:45 Place du séquençage d’ARN (RNAseq) dans un laboratoire de diagnostic. Nadège CALMELS (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Strasbourg)
Carré

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C34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER MGI-TECH
How DNBseq enables research to go to infinity and beyond

12:45 - 13:45 Advantages of DNBseq technology. Manal KHALIFE
12:45 - 13:45 To infinity and beyond: future-proofing a genomics laboratory. Nik MATTHEWS (Intervenant, Londres, Royaume-Uni)
Nef

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D34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER SOPHiA GENETICS
Utilisation de machine learning pour mesurer le déficit de recombinaison homologue à partir de données de séquençage de basse couverture du genome.

Intervenants : Alexandre HARLE (Intervenant, Nancy), Alexander KURZE (Intervenant, Suisse)
Belvédère

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E34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER INTEGRAGEN
Après l'ère du séquençage ciblé, solutions WGS et méthylation proposées par IntegraGen

12:45 - 13:45 FastGen, 50% des enfants suspects de maladie génétique grave diagnostiqués par séquençage de génome en moins de 4 semaines : vers une meilleure prise en charge. Frederic TRAN MAU THEM (PH) (Intervenant, Dijon)
12:45 - 13:45 Analyse de la méthylation de l'ADN, nouvelles approches par NGS et analyse associée. Emmanuel MARTIN (Intervenant, INTEGRAGEN)
12:45 - 13:45 Panorama des services et solutions IntegraGen. Elodie LALLET
Dortoirs

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F34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER NEW ENGLAND BIOLABS
New England Biolabs moteur de l’innovation : étude épitranscriptomique ; miniaturisation des préparations des librairies en WGS PCR-Free, application clinique ; étude de l’accessibilité de la chromatine cellulaire par NicE-viewSeq

Modérateur : Nicolas DOLL
12:45 - 13:45 Epitranscriptomique des ARN dans les maladies humaines. Virginie MARCHAND (Responsable) (Intervenant, Nancy)
12:45 - 13:45 Faire mieux avec moins : des préparations de librairies miniaturisées de haute qualité pour du WGS PCR Free vers des applications cliniques, grâce à la plateforme multi-omique automatisée Magelia. Amel BENDALI
12:45 - 13:45 Nicking enzyme associated sequencing (NicE-seq), a versatile method to study open chromatic. Pierre ESTEVE (Intervenant, Ipswich, Etats-Unis)
Horizons

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G34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER PERKINELMER
Retour d’expériences sur la mise en service du Sciclone G3 NGSx iQ Workstation pour la préparation de librairies NGS

Modérateur : Stéphane FENART (PERKINELMER)
Intervenant : Flavie ADER (AHU) (Intervenant, PARIS)
Salle 5

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H34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER SEQONE
La collaboration clinicien, biologiste et machine learning : futur de l’interprétation génomique

Modérateur : Nicolas PHILIPPE
12:45 - 13:45 La co-interprétation clinicien-biologiste au service du patient : CNV Exome et co-interprétation. Laure RAYMOND (Biologiste, Chef de service) (Intervenant, Lyon), Laurent MESNARD (PUPH) (Intervenant, Paris)
12:45 - 13:45 Reclassification des variants de signification incertaine avec l'outil Genome Alert! Armelle LUSCAN (Biologiste) (Intervenant, Saint-Ouen-l'Aumône)
12:45 - 13:45 Comment un laboratoire d’un CHU peut gérer plusieurs activités grâce à SeqOne. Anne-Sophie LEBRE (PU-PH) (Intervenant, Reims)
12:45 - 13:45 Interprétation des variants assistée par IA, de la classification biologique au diagnostic et la suggestion thérapeutique. Denis BERTRAND, Nicolas DUFORET
Salle 6

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I34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER RHYTHM PHARMACEUTICALS
Actualités dans les maladies génétiques rares de l’obésité

Modérateur : Didier LACOMBE (PU-PH) (Bordeaux)
12:45 - 13:45 Les maladies génétiques rares de l’obésité. Didier LACOMBE (PU-PH) (Intervenant, Bordeaux)
12:45 - 13:45 Les obésités monogéniques. Béatrice DUBERN (Intervenant, Paris)
12:45 - 13:45 Syndrome de Bardet-Biedl. Hélène DOLLFUS (PU-PH) (Intervenant, Strasbourg)
Salle 4
13:45 PAUSE - VISITE DE L'EXPOSITION Horizons
14:05

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A35
14:05 - 15:35

COMMUNICATIONS ORALES SÉLECTIONNÉES 02

Modérateurs : Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille), Pascal PUJOL (PUPH) (Montpellier)
14:15 - 14:30 #28029 - CS07 The French OncoGenetic Database : FrOG.
CS07 The French OncoGenetic Database : FrOG.

Afin de garantir une prise en charge optimale des familles suspectes de formes héréditaires de cancer, l’interprétation des variants génétiques identifiés dans les laboratoires d’oncogénétique doit être pertinente et harmonisée au niveau national. Pour améliorer le système actuel, le Groupe Groupe Génétique et Cancer - Unicancer (GGC) a initié et élaboré le programme FrOG (French OncoGenetics Database). L’objectif de FrOG est de centraliser de manière sécurisée les variants de gènes de prédisposition au cancer identifiés chez les patients vus en consultation d’oncogénétique dans une base de données permettant leur annotation, curation et expertise, au sein d’un environnement réglementaire maîtrisé pour les aspects de protection des données des patients (RGPD), et relatifs à la réglementation en vigueur concernant les données de santé, rendue critique par la nature des données. FrOG vise à garantir aux patients et aux professionnels de santé un environnement sécurisé pour traiter ces  informations génétiques. Afin de proposer une gouvernance harmonieuse de FrOG, le GGC a constitué un consortium réunissant les laboratoires membres du GGC et UNICANCER en tant que coordinateur et personne morale représentant le GGC. Le consortium régit les modalités d’accès, l’utilisation et l’exploitation de la base FrOG et définit les règles de fonctionnement et la contractualisation avec les partenaires publics et privés. Le consortium FrOG développe et maintient, une suite logicielle qui s’articule autour d’une base de données, d’un pipeline de traitement et d’annotation des données, d’une API sécurisée et d’une interface web. FrOG a permis la reprise des données du GGC aussi bien pour les gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire, que pour les gènes de prédisposition aux cancers du côlon et polyposes, du syndrome de Li Fraumeni, et des cancers gastriques diffus héréditaires. L’application web de FrOG, accessible par les laboratoires d’oncogénétique membres, intègre 11912 variants identifiés chez 41605 patients pouvant être appelés via un moteur de recherche. Les résultats de la recherche sont filtrables selon plusieurs critères. L’interface présente les annotations dans des pages par variants et propose des liens vers des bases généralistes ou d’experts externes. Elle permet également une gestion de la bibliographie et la traçabilité des décisions d’expertise préfigurant un système de curation automatisable. Le recueil des données des nouveaux patients est prévu de manière déclarative sur un dépôt sécurisé à l’aide d’un fichier soumission.  Cet outil permettra la mise en relation de réseaux d’experts permettant ainsi une curation assistée par le système, associée à des alertes de reclassification. Au final FrOG permettra une standardisation des interprétations au niveau national, une meilleure visibilité de l’expertise nationale et envisager des modèles de valorisation pertinents pour son maintien.


Laurent CASTÉRA (Caen), Sandrine CAPUTO, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Camille BARON, Nicolas PHILIPPE, Anne-Laure BOUGÉ, Thibaut LAVOLÉ, Alexandre ATKINSON, Sophie COUTANT, Marie-Pierre BUISINE, Nicolas SÉVENET, Florence COULET, Tetsuro NOGUCHI, Marie BEAUMONT, Christine TOULAS, Le Consortium FROG
14:30 - 14:37 #28345 - CS08 Interprétation et conséquences de l’identification des variations de TP53 issues de l’analyse de 22 500 panels HBOC français.
CS08 Interprétation et conséquences de l’identification des variations de TP53 issues de l’analyse de 22 500 panels HBOC français.

Depuis 2017, un panel de 13 gènes, incluant TP53, a été validé par le Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse des patients évocateurs d’une prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire (HBOC). Le cancer du sein étant l’entité la plus fréquente du spectre tumoral lié aux altérations constitutionnelles de TP53 ou syndrome de Li-Fraumeni (LFS), nous avons entrepris de collecter à grande échelle les variations constitutionnelles de TP53 identifiées par l’analyse de panels HBOC et de les classer. Ainsi, le séquençage de plus de 22 500 panels HBOC parmi les laboratoires de génétique moléculaire français a permis la détection de 203 variations hétérozygotes (ratio allélique > 35 %) de TP53 (1 %), après exclusion des variations liées à de l’hématopoïèse clonale ou correspondant à de l’ADN tumoral circulant. Dans cette cohorte,  65 % des patients présentaient un cancer du sein (âge médian = 39 ans [24 -82]) et 6,4% de cancer de l’ovaire (âge médian = 70 ans [38 – 81]).

La plupart des variations de TP53 identifiées n’étant pas encore classées par le groupe d’experts ClinGen, nous avons effectué ce travail en respectant les recommandations de classement spécifiques pour TP53 adaptées de l’ACMG. Ainsi, 40 % des variations identifiées étaient délétères (classes 4 et 5), le reste correspondait à des VSI nécessitant des investigations complémentaires. De façon intéressante, 45 % de ces variations délétères n’avaient jamais été décrites auparavant dans le LFS (IARC TP53 database et base de données locale) suggérant un spectre mutationnel différent chez les patients HBOC. Un enrichissement en variations pathogènes a été observé parmi les patients remplissant les critères nosologiques de Chompret utilisés dans le LFS (cancer du sein < 36 ans, antécédents familiaux évocateurs ou tumeurs primitives multiples). Dans cette cohorte, un âge de développement plus précoce des cancers du sein (âge médian = 29,5 ans) semble associé aux variations de TP53 à effet perte de fonction et non aux variations à effet dominant-négatif (âge médian = 36 ans). De façon surprenante, parmi les patients présentant un cancer du sein ou de l’ovaire plus tardif (âge médian respectivement de 46 et 79 ans) nous avons également identifié 30 % de variations pathogènes de TP53, perte de fonction ou à effet dominant-négatif, certaines correspondant à des hot spots mutationnels et déjà décrites dans des familles LFS associées à une survenue de cancers dès l’âge pédiatrique. Cette observation permet de rappeler la pénétrance incomplète des variations de TP53.

L’identification de ces variations pathogènes de TP53, associées aux cancers de l’enfant chez des adultes dont l’histoire personnelle et familiale de cancer est éloignée du LFS confirme l’existence de facteurs modificateurs et souligne toute l’importance des réseaux d’expertise ainsi que la complexité du conseil génétique et de la prise en charge de ces patients et leurs familles.

*Ces travaux sont dédiés à la mémoire du Pr T. Frebourg.


Edwige KASPER (ROUEN), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Noémie BASSET, Florence COULET, Lisa GOLMARD, Jessica LE GALL, Nadia BOUTRY-KRYZA, Juliette ALBUISSON, Sarab LIZARD, Christine TOULAS, Céline GARREC, Mathilde GAY-BELLILE, Nicolas SÉVENET, Paul VILQUIN, Marie BIDART, Fanny BRAYOTEL, Gaëlle BOUGEARD, Thierry FREBOURG *, Claude HOUDAYER
14:37 - 14:45 #28803 - CS08b RCP nationale Li-Fraumeni : retour sur 2 ans d’activité & hommage au Pr Thierry Frebourg.
CS08b RCP nationale Li-Fraumeni : retour sur 2 ans d’activité & hommage au Pr Thierry Frebourg.

La détection croissante des altérations constitutionnelles de TP53, à l’origine du syndrome de Li-Fraumeni (LFS), maintenant inclu dans de nombreux panels NGS, a fait émerger la nécessité d’homogénéiser les pratiques en France : de l’interprétation des variations à la prise en charge du patient porteur et de sa famille.

Une réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) a été créée, en 2019, sous l’impulsion de l’équipe de génétique du CHU de Rouen, en collaboration avec la SFCE et le GGC. Un quorum, comprenant des généticiens cliniciens et biologistes, des oncologues médicaux, oncopédiatres et des radiothérapeutes, a  été constitué.

Une visio-conférence organisée tous les 2e mercredi de chaque mois permet au professionnel référent du patient d’exposer la problématique clinique en lien avec une suspicion ou un diagnostic avéré de LFS. Il fournit en amont, via un réseau informatique sécurisé, une fiche d’inscription comprenant les antécédents familiaux et personnels connus, les résultats biologiques validés et la question posée. La classification de la variation est alors reprise selon les critères adaptés de l’ACMG en se référant notamment aux résultats des tests fonctionnels publiés ou développés au laboratoire de Rouen ainsi qu’aux bases de données nationale et internationale décrivant les familles porteuses de la même altération.

26 séances de RCP ont été organisées de juin 2019 à septembre 2021 au cours desquelles un nombre croissant de dossiers a été analysé : au total 170, dont 164 nouveaux cas, 5 cas ayant fait l’objet d’une 2ème présentation et 1 cas d’une 3ème. 40 dossiers seulement concernaient des patients mineurs (âge médian 34 ans [0-84]). La majorité des dossiers ont été présentés afin de valider les modalités de suivi du patient ou la réalisation des tests présymptomatiques dans la famille, particulièrement chez les apparentés mineurs. Des adaptations thérapeutiques (protocoles de chimiothérapie, allègement de la radiothérapie) ont également été proposées. 85 % des patients évoqués lors de cette RCP étaient porteurs d’une variation hétérozygote pathogène de TP53 (classe 4 ou 5), de rares variations de signification incertaine ou des variations à faible ratio allélique ont également été discutées.

Cette RCP souligne la nécessité d’un suivi sur le long terme des patients afin d’actualiser les guidelines (nouveaux tests biologiques, enrichissement des bases cliniques…), d’évaluer, grâce à un suivi prospectif, l’intérêt du diagnostic présymptomatique et de la surveillance, ainsi que l’importance de la création d’un quorum de radiologues pour formaliser des guidelines fixant les modalités de réalisation et d’interprétation des imageries dans le cadre du LFS.

La création de cette RCP nationale donne toute sa place à un réseau d’expertise LFS en harmonisant les pratiques françaises, légitimant des décisions médicales individualisées complexes et en permettant d’enrichir les connaissances clinico-biologiques liées aux altérations de TP53.


Nadège CORRADINI (Lyon), Edwige KASPER, Gaëlle BOUGEARD, Valérie BONADONA, Olivier CARON, Christine CHEVREAU, Jérome DOYEN, Alexandre ESCANDE, Marion GAUTHIER VILLARS, Léa GUERRINI ROUSSEAU, Daniel ORBACH, Valérie LAURENCE, Pierre VANDE PERRE, Laurence BRUGIERES*, Thierry FREBOURG *
14:45 - 15:00 #28351 - CS09 Approche vie-entière pour caractériser les déterminants génétiques des volumes cérébraux sous-corticaux et leur lien avec les maladies neurodégénératives.
CS09 Approche vie-entière pour caractériser les déterminants génétiques des volumes cérébraux sous-corticaux et leur lien avec les maladies neurodégénératives.

Background: Subcortical brain structures play a key role in pathological processes of age-related neurodegenerative disorders. Mounting evidence also suggests that early-life factors may have an impact on the development of common late-life neurological diseases, including genetic factors that can influence both brain maturation and neurodegeneration.

 

Objectives: Using large population-based brain imaging datasets across the lifespan (N < 40,628) we aimed to: (i) estimate the heritability of subcortical volumes in young (18-35), middle (35-65), and older age (65+), and their genetic correlation across age groups; (ii) identify whether genetic loci associated with subcortical volumes in older persons also show associations in early adulthood, and explore underlying genes using transcriptome-wide association studies (TWAS); (iii) explore their association with neurological phenotypes.

 

Methods: We first estimated the heritability of subcortical volumes in different age groups in population-based cohorts (i-Share cohort for young adults; 3C-Dijon for older adults) and in family-based cohorts (Framingham Heart Study, in middle-aged and older adults). We studied genetic correlation between subcortical volumes in young and middle-aged to older adults. We then tested variants, previously identified in genome-wide association study (GWAS) of subcortical volumes in older adults, in i-Share individually and aggregated in genetic risk scores (GRS). We conducted a TWAS using the summary statistics from the GWAS of subcortical volumes. For the significant signals, we generated gene expression scores in i-Share and tested them in association with subcortical volumes. We explored the relation between the identified loci associated with subcortical volumes in TWAS and single-variant analyses in i-Share, with Alzheimer disease (AD), Parkinson disease (PD) and cognition. We finally tested the association between genetically-determined AD and PD with subcortical volumes in young and older adults using Mendelian randomization.

 

Results: Heritability of subcortical volumes consistently decreased with increasing age. GRS for smaller caudate nucleus, putamen and hippocampus volume in older adults were associated with smaller volumes in young adults. Individually, ten loci associated with subcortical volumes in older adults also showed associations in young adults. Within these loci, TWAS showed that expression of several genes in brain tissues (especially MYLK2 and TUFM) was associated with subcortical volumes in both age-groups. One risk variant for smaller caudate nucleus volume (TUFM locus) was associated with lower cognitive performance. Genetically-predicted AD was associated with smaller subcortical volumes in middle and older age.

 

Conclusions: Our findings provide novel insights into the genetic determinants of subcortical volumes across the lifespan. More studies are needed to decipher the underlying biology and clinical impact.


Quentin LE GRAND (Bordeaux), Claudia L SATIZABAL, Hieab H. H. ADAMS, Joshua C. BIS, Sudha SESHADRI, Christophe TZOURIO, Bernard MAZOYER, Stéphanie DEBETTE
15:00 - 15:15 #27714 - CS10 L’étude cas-témoin européenne ADES identifie les gènes ATP8B4 et ABCA1 comme nouveaux facteurs de risque de maladie d’Alzheimer à partir de 32 558 exomes.
CS10 L’étude cas-témoin européenne ADES identifie les gènes ATP8B4 et ABCA1 comme nouveaux facteurs de risque de maladie d’Alzheimer à partir de 32 558 exomes.

En dehors des rare familles de maladie d'Alzheimer (MA) de transmission autosomique dominante, la MA est de déterminisme complexe pour la majorité des patients, avec un rôle important des facteurs génétiques. La composante génétique de la MA a été principalement évaluée par GWAS (études d'association pangénomiques sur puces à ADN), qui incluent principalement des variants fréquents. Le développement du séquençage d’exomes/génomes a révélé une grande diversité interindividuelle en variants rares, enrichis en variants potentiellement délétères, ce qui en fait de bons candidats facteurs de risque. Les premières études d'association cas-témoins sur les variants rares ont révélé le rôle des variants rares codants de TREM2, ABCA7 et SORL1, avec des odds ratios plus élevés qu’en GWAS. Afin d’identifier de nouveaux gènes associés à la MA par le biais de variants rares, de grandes études internationales sont maintenant indispensables.

Dans le consortium européen ADES, nous avons mis en commun les fichiers fastq d’exomes ou BAMs de génomes de 25 982 individus, combinant, dans la plus large étude de ce type sur la MA, des données européennes (France [CNRMAJ de Rouen, institut Pasteur de Lille, études FREX et 3C], Pays-Bas, Allemagne, Royaume Uni, Espagne) et américaines (consortium ADSP). L’ensemble des données a fait l’objet d‘un traitement bioinformatique commun et d’un contrôle qualité (QC) extensif, afin d’homogénéiser les données et de restreindre aux régions comparables. Après QC, nous avons effectué un test de charge pangénomique à l’échelle du gène sur 12 652 patients (dont 4 060 avec une forme précoce, début < 65 ans) et 8 693 témoins, portant sur les variants codants rares (fréquence allélique < 1%) avec des niveaux progressifs de prédiction du caractère délétère (tronquants triés par LOFTEE, faux sens triés par score REVEL).

En plus des 3 gènes connus, nous avons identifié un nouveau gène significatif à l'échelle de l'exome (p < 10-6), ATP8B4. Sept autres gènes présentaient des p-valeurs suggestives, dont ABCA1 et ADAM10. Après réplication sur 3590 cas et 9389 contrôles indépendants, nous avons répliqué ATP8B4 et ABCA1, ADAM10 restant suggestif après méta-analyse. Certains de ces gènes appartiennent aussi à des loci de GWAS, indépendamment. Nous avons repris tous les loci de GWAS et identifié RIN3, CLU, ZCWPW1 et ACE comme portant probablement le rôle biologique car indépendamment touchés par un enrichissement en variants rares codants.

Ces gènes soutiennent encore plus le rôle du peptide Aβ dans la physiopathologie. ABCA1, en lipidant APOE, est impliqué dans l’agrégation d’Aβ. ADAM10 empêche le clivage d’APP en Aβ. Le rôle d’ATP8B4, gène purement microglial, reste à déterminer, la microglie jouant un rôle important. La mise en commun de ces résultats, avec les variants fréquents, pourrait permettre une meilleure prédiction du risque de MA et, à terme, une médecine préventive personnalisée.

*contribution égale : HH, JCL, GN, MH, CC, CB


Gaël NICOLAS (Rouen), Marc HULSMAN, Camille CHARBONNIER, Benjamin GRENIER-BOLEY, Olivier QUENEZ, Ades COLLABORATORS, Collaborators ADSP, Anne BOLAND, Dominique CAMPION, Jean-François DELEUZE, Stéphanie DEBETTE, Jean-François DARTIGUES, Emmanuelle GÉNIN, Mark LATHROP, Florence PASQUIER, Richard REDON, David WALLON, Aline ZAREA, Jordi CLARIMON, John VAN SWIETEN, Michael GREICIUS, Jennifer YOKOYAMA, Philippe AMOUYEL, Carlos CRUCHAGA, John HARDY, Alfredo RAMIREZ, Simon MEAD, Wiesje VAN DER FLIER, Cornelia VAN DUIJN, Julie WILLIAMS, Céline BELLENGUEZ, Jean-Charles LAMBERT, Henne HOLSTEGE
15:15 - 15:30 #28216 - CS11 FISH and Chimps: Fréquence et distribution des aneuploïdies spermatiques chez le chimpanzé (Pan troglodytes).
CS11 FISH and Chimps: Fréquence et distribution des aneuploïdies spermatiques chez le chimpanzé (Pan troglodytes).

Les aberrations chromosomiques de nombre dans les spermatozoïdes sont considérées comme un facteur majeur d'infertilité, de perte de grossesse précoce et de syndromes accompagnés de troubles du développement et de la cognition chez les mammifères, y compris les primates. Malgré de nombreuses études chez l'homme et les animaux d'élevage, l'incidence et l'importance des aneuploïdies spermatiques chez les primates non humains restent majoritairement indéterminées. Nous avons étudié l'incidence et la distribution de l'aneuploïdie spermatique chez les chimpanzés (Pan troglodytes), l'espèce la plus proche de l'homme. Nous avons identifié des séquences d'ADN conservées au cours de l'évolution chez l'homme et le chimpanzé et sélectionné des régions sub-télomériques homologues pour tous les chromosomes afin de construire des sondes spécifiques et d'effectuer des analyses de spermatozoïdes par FISH sur plus de 10 000 noyaux cellules par chromosome. Le taux moyen de disomie des autosomes chez le chimpanzé était de 0,057 ± 0,02 %, le taux de disomie des gonosomes était de 0,198 % et le taux de disomie totale était de 1,497 %. La proportion de gamètes X ou Y était respectivement de 49,94 % et 50,06 % pour un ratio de 1,002 et le taux de diploïdie était de 0,053 %. Cette étude donne un premier aperçu de l'incidence des aneuploïdies chromosomiques dans les spermatozoïdes de chimpanzés. Nous présentons également leurs paramètres spermatiques, leurs caryotypes par rapport à un caryotype humain, validons un protocole de FISH amélioré pour les spermatozoïdes de primates non humains, comparons leurs taux d'aneuploïdie avec ceux des autres primates, et enfin discutons des implications de ces résultats pour la compréhension des aneuploïdies spermatiques. Nos données fournissent pour la première fois une vue d'ensemble de l'aneuploïdie dans les spermatozoïdes de primates non humains et apportent un nouvel éclairage sur les questions des origines et des mécanismes de l'aneuploïdie spermatique.


Charlotte GUYOT, Marlène GANDULA, Wendy NOORDERMEER, Céline FRANCOIS-BRAZIER, Rosemary MOIGNO, Julien BESSONNAT, Sophie BROUILLET, Magali DHELLEMMES, Marie BIDART, Christophe ARNOULT, Véronique SATRE, Charles COUTTON, Guillaume MARTINEZ (Grenoble)
15:30 - 15:45 #27851 - CS12 Altérations de la protéostase mitochondriale dans le syndrome de Costello.
CS12 Altérations de la protéostase mitochondriale dans le syndrome de Costello.

Dard Laetitia1,2,3, Hubert Christophe1,2, Esteves Pauline1,2, Blanchard Wendy1,2,3, Bou-About Ghina4, Baldasseroni Lyla5, Dumon Elodie1,2, Angelini Chloe1,2,6, Guyonnet-Dupérat Véronique1,2,7, Claverol Stéphane2,8, Fontenille Laura9, Kissa Karima9, Seguela Pierre-Emmanuel2,10,11, Thambo Jean-Benoît 2,10,11, Herault Yann4, Bellance Nadège1,2, Nicolas Lévy 5, Dias Amoedo Nivea1,2,3, Magdinier Frédérique5, Sörg Tania4, Rossignol Rodrigue1,2,3* and Lacombe Didier1,2,6.

1 INSERM U1211, 33076 Bordeaux, France

2 Université de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

3 CELLOMET, Centre de Génomique Fonctionnelle (CGFB), 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

4 Institut Clinique de la Souris - 1 rue Laurent Fries - 67404 Illkirch Cedex, France

5 INSERM, UMR_1251, Marseille, France

6 Service de Génétique Médicale, CHU Bordeaux, 33076 Bordeaux, France

7 Plateforme de Vectorologie, Université de Bordeaux, U1035, 33076 Bordeaux, France

8 Plateforme de Protéomique, CGFB, BP 68, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France

9 AZELEAD, 377 rue du Pr. Blayac, 34080 Montpellier, France 

10 Département de Cardiologie, CHU Bordeaux, Bordeaux, France

11 IHU LYRIC, 33600 Pessac, France

 

 

ABSTRACT

Les mutations germinales activatrices de la voie de signalisation canonique RAS/MAPK sont responsables d’anomalies du développement, regroupées sous le terme de Rasopathies, dont fait partie le syndrome de Costello. Nous avons étudié le déterminisme du syndrome de Costello (SC) en utilisant un modèle murin HRASG12S, des fibroblastes cutanés des patients, des cardiomyocytes humains dérivés d’hiPSC, un modèle de poisson zèbre HRASG12V et des fibroblastes humains exprimant des constructions lentivirales portant les mutations HRASG12S or HRASG12A.

Ces études ont révélé des altérations de la protéostase mitochondriale, responsable d’un défaut de la phosphorylation oxydative dans le coeur et le muscle squelettique des souris modèles Costello, et dans les modèles cellulaires de la maladie. Les mécanismes sous-jacents impliquent l’inhibition de la voie LKB1/AMPK via notamment la repression de l’expression de AMPKα2 par le miR-221*, et l’altération concomittante de l’activation de LKB1 par les formes mutantes de HRAS. Ce mécanisme génétique et biochimique entraîne une alteration du renouvellement et de la bioénergétique mitochondriale. 

Une approche pharmacologique brevetée permet de restaurer la bioénergétique mitochondriale dans les modèles cellulaires HRASG12A/S, de prévenir l’hypertrophie cardiaque chez la souris SC, et de réduire la survenue d’anomalies du développement dans le modèle poisson zèbre. Ces résultats originaux ouvrent la voie à des essais thérapeutiques dans le SC.


Didier LACOMBE (Bordeaux)
Grand Auditorium
15:35

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A35b
15:35 - 15:50

COMMUNICATION INVITEE
Loi de Bioéthique: actualités pour la Génétique - Pascale Lévy

Modérateur : Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
15:35 - 15:50 Conférence. Pascale LEVY (Généticien) (Conférencier, Agence de la Biomédecine)
Grand Auditorium
16:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

Modérateurs : Catherine HENRY (Médecin Biologiste - PH) (RENNES), Sylvie MANOUVRIER-HANU (PUPH) (LILLE)
16:00 - 16:07 #28257 - SF01 MBD4 : un nouveau gène de prédisposition aux mélanomes uvéaux.
SF01 MBD4 : un nouveau gène de prédisposition aux mélanomes uvéaux.

Les mélanomes uvéaux (MU) sont des tumeurs malignes rares généralement de mauvais pronostic. La plupart d’entre eux ont une faible charge mutationnelle, mais certains présentent un taux important de transitions CpG > TpG associé à une inactivation tumorale du gène MBD4. Nous avons déjà rapporté un patient atteint d’un MU porteur d’une altération pathogène constitutionnelle de ce gène dont la tumeur, hypermutée et avec une signature spécifique, a bien répondu à un traitement par immunothérapie [1]. Par la suite, 11 autres patients atteints de MU et porteurs d’un variant pathogène constitutionnel du gène MBD4 ont été identifiés. Cette série a permis d’estimer le risque relatif de MU associé aux altérations MBD4 à 9,15 (4,24 – 19,73) [2]. Des variants pathogènes bialléliques constitutionnels de ce gène ont été également rapportés chez des patients atteints de  polyposes digestives et de leucémies aigües [3]. Le gène MBD4 a été inclus dans le panel diagnostique « mélanome uvéal » de l’Institut Curie en Juin 2021 et 2 nouveaux patients ont été identifiés.

Nous avons colligé les antécédents personnels et familiaux de ces 14 patients porteurs d’une altération monoallélique du gène MBD4 identifiés à l’Institut Curie afin de mieux caractériser le spectre tumoral associé à cette prédisposition. Ces informations ont été recueillies lors d’un entretien individuel avec les patients lorsque cela était possible, sinon à partir des dossiers médicaux.

L’âge médian au diagnostic de mélanome uvéal de ces patients porteurs d’un variant pathogène du gène MBD4 est de 55 ans (36-87) ; il n’est pas significativement plus jeune que dans les cas sporadiques (âge médian 55 ans). Seuls deux patients ont eu un autre cancer : un cancer papillaire de la thyroïde et un cancer du sein in situ. Aucun patient ne rapporte de polypes colorectaux. Il n’existe aucun antécédent familial de MU ; en revanche divers autres types de cancers sont décrits chez les apparentés.

Aucun des 14 patients ne présentait d’atteinte bilatérale ou d’antécédent familial de MU. Malgré un RR de 9,15, cette observation n’est pas inattendue du fait de la faible incidence du MU dans la population générale (500 à 600 nouveaux cas par an en France). Néanmoins, nous avons choisi de proposer un test génétique aux apparentés et de discuter d’une surveillance ophtalmologique chez ceux qui seraient porteurs. La recherche d’un second évènement sur le gène MBD4 et de la signature spécifique sur les autres tumeurs survenues chez les apparentés pourrait aider à préciser l’étendu du spectre tumoral liés aux variants pathogènes de ce gène et à interpréter les variants de signification inconnue. Enfin, malgré leur rareté, l’identification de ces patients est cruciale vu l’enjeu thérapeutique dans le cadre de ces tumeurs de mauvais pronostic. 

 

1. Rodrigues M, et al  Nat Commun. 2018 May

2. Derrien AC, et al. J Natl Cancer Inst. 2021 Jan

3. Sanders MA, et al. Blood. 2018 Oct


Marine LE MENTEC (Paris), Marie-Charlotte VILLY, Anne-Céline DERRIEN, Lisa GOLMARD, Alexandre HOUY, Sophie PIPERNO-NEUMANN, Alexandre MATET, Dominique STOPPA-LYONNET, Nathalie CASSOUX, Marc-Henri STERN, Rodrigues MANUEL, Chrystelle COLAS
16:07 - 16:14 #28260 - SF02 Bilan d’un an d’activité de consultation d’information systématique de génétique en oncologie pédiatrique à l’ère du séquençage très haut débit.
SF02 Bilan d’un an d’activité de consultation d’information systématique de génétique en oncologie pédiatrique à l’ère du séquençage très haut débit.

Depuis Septembre 2020, des consultations d’information de génétique ont été mises en place à titre systématique en oncologie pédiatrique au sein du Centre d’Oncologie SIREDO de l’Institut Curie à Paris. Ces consultations s’inscrivent dans le parcours de soins des enfants et adolescents-jeunes adultes (0-25 ans) pris en charge pour une tumeur maligne ou un lymphome. Lorsqu’une prédisposition est suspectée, les patients sont orientés par les oncologues vers une consultation de génétique « classique ». Pour les autres, une consultation d’information systématique par une conseillère en génétique a lieu dans les premiers mois de la prise en charge, lors d’une hospitalisation, ou en téléconsultation.

Cet entretien court permet de préciser les éventuels antécédents tumoraux familiaux. Si une analyse génétique constitutionnelle est finalement indiquée, la famille est orientée vers le circuit classique de consultation oncogénétique.

Cet entretien est également l’occasion d’expliquer que des études génétiques tumorales ayant pour objectif d’affiner le diagnostic, le pronostic et/ou d’identifier de potentielles cibles thérapeutiques sont effectuées, parfois dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (FMG2025) et peuvent comporter un volet constitutionnel. Ces études peuvent donc mettre en évidence des altérations sur des gènes de prédisposition en lien ou non (découverte incidente) avec l’histoire personnelle et/ou familiale de l’enfant.

 

En parallèle de ces consultations, ont été mis en place des Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) de génétique pédiatrique. Elles réunissent des pédiatres et généticiens, une conseillère en génétique, une psychologue et un pédopsychiatre. Ces RCP permettent de discuter des dossiers nécessitant des analyses génétiques tumorales et/ou constitutionnelles complémentaires, y compris dans le cadre des préindications d’oncogénétique FMG2025 en amont de la RCP nationale, ou des dossiers de patients pour lesquels une altération génétique a été identifiée afin d’établir des recommandations de soins et de surveillance. Y sont également discutés les demandes de tests présymptomatiques chez les mineurs.

 

Nous rapportons notre expérience dans la mise en place de ces consultations d’information et de cette RCP. Au total, de septembre 2020 à septembre 2021, sur environ 336 nouveaux patients du centre SIREDO, 167 sont concernés par ces consultations d’information génétique et 74 ont été rencontrés. Pour 18, il s’agissait d’une pré-indication théranostique dans le cadre de FMG2025. Dix patients ont été orientés secondairement vers une consultation de génétique classique du fait de critères familiaux ou devant l’identification d’altérations sur des gènes de prédisposition lors d’études à visée théranostique.

 

Par ailleurs 16 RCP ont permis de discuter 77 dossiers dont 60 internes à l’Institut Curie et 17 demandes d’avis extérieurs. Cela souligne l’importance de la mise en place d’une RCP nationale de génétique pédiatrique.


Fatoumata SIMAGA, Fatoumata SIMAGA (Paris), Franck BOURDEAUT, Isabelle AERTS, Yassine BOUCHOUCHA, Camille CORDERO, Olivier DELATTRE, François DOZ, Valérie LAURENCE, Lauriane LEMELLE, Amaury LERUSTE, Julien MASLIAH-PLANCHON, Lucy METAYER, Daniel ORBACH, Hélène PACQUEMENT, Coralie PETER, Gaëlle PIERRON, Maria RODRIGUEZ CORTINA, Gudrun SCHLEIERMACHER, Etienne SEIGNEUR, Dominique STOPPA-LYONNET, Sarah WINTER, Marion GAUTHIER-VILLARS, Chrystelle COLAS
16:14 - 16:21 #28332 - SF03 Exome diagnostique en Oncogénétique : retour sur deux ans d’expérience à Rouen.
SF03 Exome diagnostique en Oncogénétique : retour sur deux ans d’expérience à Rouen.

Le séquençage d’exome est un apport majeur au diagnostic génétique des maladies rares, mais il reste à évaluer en oncogénétique. Ainsi, depuis 2 ans, un exome constitutionnel est réalisé dans les indications suivantes : 1) forme néonatale ou cancer « de l’adulte » chez l’enfant 2) cancers primitifs multiples avant 31 ans 3) association à des éléments syndromiques 4) tumeurs exceptionnelles de déterminisme génétique non connu 5) agrégation familiale suspecte d’une forme Mendélienne non expliquée par un gène diagnostique. Les exomes sont préparés sur le Magnis (Agilent), séquencés sur Nextseq (Illumina) et les données disponibles à l’interprétation en 3 jours.

Cinquante-six exomes ont été analysés en 2 ans. Des variants pathogènes ont été trouvés dans des gènes connus pour des patients n’ayant pas eu de panel préalable. Des variants prédits délétères ont été identifiés dans des gènes de réparation, suggérant un oligogénisme. Deux présentations familiales sont à distinguer. Dans la première, le cas index a présenté un angiomyolipome épithélioide retro-péritonéal à  l’âge de 34 ans. Sa  sœur a présenté 6 mélanomes à 29 ans puis une leucémie lymphoïde chronique (LLC) à 30 ans. Aucune histoire de cancer n’est connue dans la branche paternelle mais dans la branche maternelle un oncle et le grand-père ont développé un cancer colorectal, tandis que la grand-mère est décédée d’une leucémie. Une variation faux sens c.851A>G, p.(Asp284Gly) de POT1 a été identifiée à l’état hétérozygote chez le cas index et sa sœur.

Dans la deuxième famille, le cas index a présenté un carcinome papillaire de la thyroïde à 29 ans et un gliome de bas grade à 34 ans, la mère un cancer à grandes cellules médiastinal et le père un cancer du rein. Une tante maternelle a développé un adénocarcinome bronchique. La variation faux sens c.322G>A, p.(Gly108Arg) de POT1 a été identifiée à l’état hétérozygote chez le cas index et associée à une perte d’hétérozygotie dans la tumeur médiastinale de sa mère.

POT1 appartient au complexe Shelterin de protection des télomères. Des variations constitutionnelles pathogènes ont été rapportées dans des agrégations de mélanomes cutanés, d’angiosarcomes, de cancers de la thyroïde, de gliomes et de LLC. Les phénotypes familiaux rapportés ici sont en accord, les variants identifiés sont prédits délétères et expliquent probablement les histoires familiales, mais restent à valider en fonctionnel.

L’analyse d’exome pointe des gènes peu ou pas documentés. Or, les onco-généticiens se basent sur des risques tumoraux établis sur de grandes séries pour codifier la prise en charge. Il sera intéressant de voir si les réponses biologiques apportées par l’exome se traduiront en clinique. Alternativement, les efforts pourraient porter sur des panels diagnostiques optimisés par l’inclusion des introns et régions promotrices et/ou le couplage à une analyse de transcrits ciblée afin de maximiser la puissance diagnostique sur les gènes dont le risque tumoral est connu.


Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Rouen), Edwige KASPER, Céline DERAMBURE, Jacqueline BOU, Emilie BOUVIGNIES, Eva GALATEAU, Nathalie PARODI, Maud BRANCHAUD, Sophie COUTANT, Jean Christophe SABOURIN, Isabelle TOURNIER, Gaelle BOUGEARD, Stéphanie BAERT DESURMONT, Thierry FREBOURG, Claude HOUDAYER
16:21 - 16:28 #27867 - SF04 L'haploinsuffisance du gène SRSF1 est responsable d'une nouvelle forme syndromique de retard de développement incluant un habitus marfanoïde avec déficience intellectuelle.
SF04 L'haploinsuffisance du gène SRSF1 est responsable d'une nouvelle forme syndromique de retard de développement incluant un habitus marfanoïde avec déficience intellectuelle.

SRSF1 (également connue sous le nom de ASF/SF2) est une protéine non-snRNP fortement conservée sur le plan phylogénétique appartenant à la famille SR. Elle contient deux domaines RRM (RNA Recognition Motif) capables de reconnaître l'ARN messager, et représente un régulateur important de l'épissage constitutif et alternatif. La surexpression somatique de SRSF1 a été mise en évidence dans plusieurs tumeurs humaines, dont le cancer du sein. Les effets des variations germinales pathogènes de SRSF1 n'ont jamais été décrits auparavant.

Grâce à un partage international des données, nous avons rassemblé 16 patients porteurs de variations germinales de SRSF1 incluant 2 variations non-sens, 4 variations entrainant un décalage du cadre de lecture avec codon stop prématuré, 7 variations faux-sens et une microdélétion, avec un phénotype compatible. Dans la majorité des cas, ces variations sont survenues de novo. Dans une famille une mosaïque germinale a été suspectée pour expliquer la récurrence chez un frère et une sœur. Les principales caractéristiques cliniques retrouvées sont : retard de développement, déficience intellectuelle (DI), hypotonie, troubles du comportement, anomalies squelettiques et cardiaques. Trois des 16 patients présentaient un habitus marfanoïde avec difficultés d'apprentissage ou DI.

Pour déterminer le mécanisme sous-jacent des variations faux-sens, nous avons exploité un test d'épissage in vivo précédemment établi chez la drosophile. La surexpression spécifique à l'œil de SF2, gène orthologue de SRSF1 chez la drosophile, induit un phénotype oculaire sévère dû à l'épissage incorrect de gènes clés impliqués dans le développement normal de l'œil. Nous avons constaté que la surexpression de SRSF1humain répliquait ce phénotype alors que la forme ad hoc de SRSF1 déficiente en épissage perdait cette capacité. Nous avons utilisé cet essai fonctionnel pour tester la fonction potentielle de 2/7 variations humaines dans SRSF1, c'est-à-dire p.(G40V) et p.(V160M), situées dans les domaines RRM. Comme ces variations ont perdu leur capacité à perturber le développement normal de l'œil lors de leur surexpression, le mécanisme pathogénique sous-jacent est cohérent avec une haplo-insuffisance. Grâce à des données de modélisation insilico, des données RNA-seq issues de patients porteurs de variations pathogènes et de notre modèle in vivo ainsi que des tests de localisation, nous avons exploré les mécanismes responsables d’haploinsuffisance liée aux variations faux-sens.

Avec ce travail, nous rapportons la première cohorte de patients porteurs de variations germinales dans le gène SRSF1, responsable d’une nouvelle forme syndromique de retard de développement


Aurore GARDE (Dijon), Elke BOGAERT, Thierry GAUTIER, Fatima EL IT, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Hana SAFRAOU, Beth HUDSON, Arnold MUNNICH, Claude BESMOND, Kimberly NUGENT, Elizabeth ROEDER, Aurélien TRIMOUILLE, Sophie NAUDION, Marine LEGENDRE, Martine DOCO FENZY, Marco SERI, Francesca MONTANARI, Alison YEUNG, Tadahiro MITANI, Posey JENNIFER E., James LUPSK, Claudia CESARIO, Michele PINELLI, Nicola BRUNETTI-PIERRI, Trine MAXEL JUUL, Charlotte BRASCH ANDERSEN, Michael LYONS, Raymond LOUIE, Elizabeth ROEDER, Kimberly NUGENT, David GENEVIÈVE, Vincent GATINOIS, Flavio FALETRA, Luciana MUSANTE, Kate MOWREY, Hope NORTHRUP, Pontus LEBLANC, Emma VAN REEMPTS, Nika SCHUERMANS, Patrick CALLIER, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Nathalie MARLE, Dimitri HEMELSOET, Anne-Sophie DENNOMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Jérôme GOVIN, Bart DERMAUT
16:28 - 16:35 #28513 - SF05 Un défaut d’acquisition d’identité neuronale lié au facteur PRDM13 cause un dysfonctionnement néonatal du tronc cérébral avec hypoplasie cérébelleuse.
SF05 Un défaut d’acquisition d’identité neuronale lié au facteur PRDM13 cause un dysfonctionnement néonatal du tronc cérébral avec hypoplasie cérébelleuse.

Les hypoplasies pontocérébelleuses (HPC) forment un groupe de maladies caractérisées par une hypoplasie, ou atrophie précoce, du cervelet et du tronc cérébral. Ce sont des maladies essentiellement génétiques récessives, impliquant des développements moteur et cognitif extrêmement limités et généralement une mortalité infantile. Il y a actuellement près de 20 gènes identifiés comme mutés et responsables de ces pathologies mais pour une part importante des patients il n’y a pas de diagnostic étiologique. Nous avons identifié quatre familles avec des patients présentant à la naissance des troubles du système nerveux autonome touchant la respiration et la déglutition, suivis d’une quasi absence de développement moteur et cognitif. L’IRM cérébrale de ces patients a identifié une hypoplasie précoce du cervelet éventuellement associé à une hypoplasie du tronc. Les examens anatomo-pathologiques de fœtus issus de deux familles ont révélé une atteinte du cervelet et du pont de type HPC, associé à des anomalies du bulbe rachidien dont une hypoplasie majeure du noyau de l’olive inférieure.

L’analyse de ces familles par séquençage d’exome entier a mis en évidence des mutations récessives du gène PRDM13. Celui-ci code un répresseur de la chromatine essentiel pour la spécification de sous-types neuronaux dans la rétine et la moelle épinière de souris mais pour lequel un rôle dans le développement cérébral n'avait, jusqu'à présent, jamais été mis en évidence. L’exploitation de données d’expression par séquençage d’ARN en cellule unique et par la réalisation d’hybridation in situ chez l’homme a permis de montrer que PRDM13 est exprimé fortement durant une période courte de développement (autour de 8 semaines post-conception) dans la zone germinative ventriculaire cérébelleuse qui donne naissance aux neurones GABAergiques. Nous avons ensuite modélisé la perte de fonction de ce gène chez le poisson-zèbre. Dans cet organisme, prdm13 présente un territoire d’expression comparable à ce qui est observé chez l’homme, au niveau du rhombencéphale. Nous avons montré que le poisson mutant pour prdm13 présente aux stades larvaires une réduction du nombre de cellules de Purkinje et une perte de sous-populations neuronales spécifiques dans le tronc cérébral, plus particulièrement une absence totale du noyau de l’olive inférieure.  L'ensemble de ces données démontre l’implication d’un nouveau gène, PRDM13, dans la mise en place du cervelet et du tronc cérébral et dont les mutations bi-alléliques causent une nouvelle forme d’hypoplasie pontocérébelleuse.


Marion COOLEN, Nami ALTIN, Karthyayani RAJAMANI, Eva PEREIRA, Karine SIQUIER-PERNET, Maria Emilia PUIG-LOMBARDI, Giulia BARCIA, Aurore POULIET, Antonio RAUSELL, Féréchté RAZAVI, Patrick NITSCHKÉ, Marianne YVERT, Annie LAQUERRIÈRE, Nathalie BODDAERT, Antoinette GELOT, Marine LEGENDRE, Lydie BURGLEN, Sebastien MOUTTON, Vincent CANTAGREL (Paris)
16:35 - 16:42 #28622 - SF06 Variations bi-alléliques de BRAT1 : étude du spectre phénotypique et des corrélations phénotype-génotype à partir de 56 nouveaux cas.
SF06 Variations bi-alléliques de BRAT1 : étude du spectre phénotypique et des corrélations phénotype-génotype à partir de 56 nouveaux cas.

Les variations bi-alléliques de BRAT1 ont initialement été décrites par Puffenberger et al en 2012 chez des patients présentant un tableau d’encéphalopathie épileptique avec rigidité. En 2015, Hanes et al ont rapporté des variations récessives de ce gène chez des patients présentant un retard de développement psychomoteur et une atrophie cérébelleuse, avec ou sans épilepsie. Depuis, 40 patients issus de 29 familles ont été rapportés dans la littérature. Nous décrivons ici les données cliniques et moléculaires de 56 nouveaux patients. La revue de la littérature et l’étude de notre cohorte nous ont permis de constituer une grande série de 96 patients et d’identifier des corrélations phénotype-génotype.

L’analyse des données de notre cohorte a montré la présence de signes prénataux chez 16% des patients (8/49). Une microcéphalie est observée dans 56% des cas (25/45) et celle-ci est congénitale dans 12% des cas (6/49). Une hypotonie axiale est retrouvée chez 63% des patients (31/49) et une hypertonie des membres ou une spasticité dans 55% des cas (30/55). Tous les patients présentent une déficience intellectuelle, sauf un, dont le QI est considéré comme limite. Aucune acquisition psychomotrice n’a été possible pour environ la moitié des patients (25/54 ; 46%). Pour ceux ayant acquis la marche (24/52 ; 46%), celle-ci est ataxique dans 75% des cas (18/24). Une épilepsie est retrouvée chez plus de la moitié des patients (30/56, 54%), avec un âge moyen d'apparition inférieur à un an de vie (311 jours), s’étendant de la période prénatale jusqu’à l’âge de 13 ans. Dans la majorité des cas, cette épilepsie est pharmaco-résistante (25/30; 83%). L’imagerie cérébrale retrouve une atrophie cérébrale dans un peu moins d’un tiers des cas (15/52 ; 29 %) et une atrophie cérébelleuse chez plus de 2/3 des patients (36/52 ; 69 %). Vingt-trois patients de notre cohorte sont décédés (41%), dont 20 avant l'âge de 18 mois (36%).

Au total, le phénotype de nos patients apparait moins sévère que celui des patients décrits dans la littérature. Ceci semble dû, au moins en partie, à la sous-représentation des variations tronquantes dans notre cohorte. L’étude des corrélations phénotype-génotype de l’ensemble des 96 patients montre en effet que les variations bi-alléliques de BRAT1 sont associées à un spectre phénotypique large dont l’extrémité la plus sévère, observée chez les patients avec deux variations tronquantes, est associée à une déficience intellectuelle profonde, une épilepsie pharmaco-résistante, une atrophie cérébrale et un décès précoce. À l'autre extrémité du spectre, chez les patients présentant au moins une variation faux-sens, on observe un phénotype plus modéré comprenant une déficience intellectuelle légère, une atrophie cérébelleuse et  une ataxie.


Camille ENGEL (Besançon), Stéphanie VALENCE, Geoffroy DELPLANCQ, Emanuele AGOLINI, Fowzan Sami ALKURAYA, Valentina BAGLIONI, Irene BAGNASCO, Enrico Silvio BERTINI, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Ange-Line BRUEL, Alfredo BRUSCO, Christelle CABROL, Jong-Hee CHAE, Murim CHOI, Maria Roberta CILIO, Marie-Coralie CORNET, Christine COUBES, Olivier DANHAIVE, Valérie DELAGUE, Marilena Carmela DI GIACOMO, Martine DOCO-FENZY, Harmut ENGELS, Marion GÉRARD, Joseph GLEESON, Joanna GOFFENEY, Frederike L. HARMS, Henry HOULDEN, Michele IACOMINO, Rauan KAIYRZHANOV, Soo Yeon KIM, Dror KRAUS, Paul KUENTZ, Kerstin KUTSCHE, Damien LEDERER, Lauren MASSINGHAM, Reza MAROOFIAN, Cyril MIGNOT, Déborah MORRIS-ROSENDAHL, Lakshmi NAGARAJAN, Sylvie ODENT, Jennifer NEIL PARTLOW, Laurent PASQUIER, Lynette PENNEY, Gianluca PICCOLO, Christophe PHILIPPE, Cathryn POULTON, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Christelle ROUGEOT, Vincenzo SALPIETRO, Ingrid SCHEFFER, Rachel STRAUSSBERG, Siddharth SRIVASTAVA, Vincenzo SALPIETRO, Pasquale STRIANO, Enza Maria VALENTE, Lionel VAN MALDERGEM, Perrine VENOT, Laurent VILLARD, Matias WAGNER, Maha S. ZAKI, Federico ZARA, Lydie BURGLEN, Juliette PIARD
Grand Auditorium

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B36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

Modérateurs : Annick TOUTAIN (PU-PH) (Tours), Alain VERLOES (Responsable UF Génétique Médicale) (Paris)
16:00 - 16:07 #27873 - SF07 Les variations perte de fonction du gène YWHAE sont responsables d’une maladie du neurodéveloppement avec malformations cérébrales.
SF07 Les variations perte de fonction du gène YWHAE sont responsables d’une maladie du neurodéveloppement avec malformations cérébrales.

Introduction

Le syndrome de Miller-Dieker est causé par une délétion de plusieurs gènes sur le chromosome 17p13.3, impliquant notamment PAFAH1B1 (anciennement LIS1) et YWHAE, et caractérisé par une lissencéphalie, une microcéphalie, une épilepsie et des particularités morphologiques. La délétion de PAFAH1B1 est responsable de la lissencéphalie, tandis que la délétion de YWHAE augmente la sévérité de la symptomatologie chez ces patients. Depuis lors, plusieurs patients porteurs de délétions 17p13.3, impliquant notamment YWHAE, ont été décrits avec un retard de développement et des malformations cérébrales. À ce jour, aucune variation perte de fonction spécifique de YWHAE n’a été décrite et le gène n’est pas encore rapporté comme étant clairement morbide.

Méthodes

Par le biais de différents réseaux de partage de données (GeneMatcher, Decipher, AnDDI-Rares et ITHACA), nous avons collecté 11 patients avec une variation hétérozygote perte de fonction de YWHAE (3 variations d’épissage de novo et 8 délétions, dont 4 non publiées, de moins de 1 Mb incluant YWHAE et n’incluant pas PAFAH1B1). Pour étudier l’impact spécifique de la perte de fonction de YWHAE dans le phénotype neurodéveloppemental du syndrome de Miller-Dieker, nous avons généré un knockout complet de Ywhae chez la souris et évalué les paramètres neuroanatomiques en conjonction avec des techniques d’imagerie cérébrale 3D chez des embryons de souris et des adultes.

Résultats

Les manifestations les plus fréquentes étaient un retard de développement ou une déficience intellectuelle (10/10, 100%), un retard ou des troubles du langage (11/11, 100%), une hypotonie (4/8, 50 %), des crises d’épilepsie (7/10, 70%), des troubles du comportement (6/8, 75%), des anomalies des mains (5/9, 56%) et des malformations cérébrales (6/8, 75%) (anomalies corticales, hypoplasie du corps calleux, retard de myélinisation et dilatation ventriculaire). Les patients porteurs de variations ponctuelles dans YWHAE n’avaient pas de particularités morphologiques faciales contrairement à certains patients porteurs de délétions de plusieurs gènes. L’étude des souris Ywhae-/- a mis en évidence des troubles du comportement et de nombreuses malformations cérébrales sévères (amincissement cortical, dysgénésie du corps calleux et hydrocéphalie) similaires à celles observées chez l’homme.

Conclusion

Ces études confirment que les variations perte de fonction de YWHAE sont responsables d’un rare trouble du neurodéveloppement associé à des anomalies cérébrales chez l’homme et la souris.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Stephan C. COLLINS, Ange-Line BRUEL, Anna MIKHALEVA, Christel WAGNER, Valerie E VANCOLLIE, Martin CHEVARIN, Mathys WEBER, Carlos PRADA, María PALOMARES-BRALO, Alexis OVERS, Fernando SANTOS-SIMARRO, Marta PACIO-MÍGUEZ, Tiffany BUSA, Eric LEGIUS, Carlos A. BACINO, Jill A. ROSENFELD, Maria Antonietta MENCARELLI, Ilaria LONGO, Alessandra RENIERI, Frédéric TRAN MAU-THEM, Antonio VITOBELLO, Yannis DUFFOURD, Christopher J. LELLIOTT, Christel THAUVIN-ROBINET, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Binnaz YALCIN
16:07 - 16:14 #27920 - SF08 SOX10 : histoire d’un continuum phénotypique.
SF08 SOX10 : histoire d’un continuum phénotypique.

SOX10 appartient au groupe E de la famille des facteurs de transcription SOX définis par leur domaine HMG qui s’apparent à celui de SRY. Ces facteurs sont connus pour avoir un rôle dans la spécification cellulaires et la différenciation en plusieurs lignages.

SOX10 a été initialement caractérisé comme un facteur de transcription des cellules de Schwann. Mais son implication immédiate, dès 1998, dans le syndrome de Waardenburg de type 4 qui associe anomalies de pigmentation, surdité et maladie de Hirschsprung, a conduit à le considérer dès le début de son histoire comme un acteur majeur du développement de la crête neurale. Depuis, des mutations hétérozygotes ont été rapportées également dans le syndrome de Waardenburg de type 2 ; dans une forme neurologique appelée PCWH ; dans la pseudo-obstruction intestinale chronique ; dans le syndrome de Kallmann. Ces pathologies sont liées au role régulateur de transcription de SOX10 dans plusieurs dérivés de la crête neurale (mélanocytes, système nerveux entérique, cellules de Schwann, cellules olfactives engainantes) et quelques autres tissus (oreille interne, oligodendrocytes). Toutefois, la plupart des signes considérés ne sont pas exclusifs et l’ensemble doit être pensé comme un continuum phénotypique. Les évolutions des pratiques de diagnostic génétique font que les variants de SOX10 sont maintenant également trouvés dans des contextes atypiques comme par exemple « surdité isolée » ou « anomalies du neurodéveloppement », ce qui les rend plus difficiles à valider en l’absence d’un phénotype immédiatement évocateur.

Nous rapportons une cinquantaine de cas indépendant collectés au fil des années, la plupart étant de nouvelles mutations, et faisons le bilan de la bibliographie afin de discuter les mécanismes moléculaires, les arguments de pathogénicité, les arguments cliniques à rechercher et les bases de la variabilité phénotypique.


Véronique PINGAULT (Paris), William BERTANI TORRES, Judite DE OLIVEIRA, Lisa ZERAD, Nadège BONDURAND
16:14 - 16:21 #28118 - SF09 Biallelic loss of function variants in PRMT9 delineate a novel syndromic form of intellectual disability associated with cilia dysfunction.
SF09 Biallelic loss of function variants in PRMT9 delineate a novel syndromic form of intellectual disability associated with cilia dysfunction.

Affecting at least 1% of the population worldwide, intellectual disability (ID) is a major healthcare problem. Sequencing efforts such as trio whole exome (WES) or whole genome analysis have revealed pathogenic variants in many genes ( > 1000 genes) with heterogeneous conditions and transmission mode (X-linked, autosomal dominant or recessive). Autosomal recessive ID (ARID) genes accounts for a small fraction of patients in outbred population. However, it is estimated that the number of ARID genes will especially continue to rise in the coming years

In this study we propose the PRMT9 gene as a novel cause for syndromic form of ID characterized by a global developmental delay, a mild to severe ID, autism features, epilepsy and hypotonia.

The protein arginine methyltransferases 9 (PRMT9) is a type II arginine methyltransferase known to generate monomethylarginines and symmetric dimethylarginines. PRMT9 is thought to play an important role in alternative splicing through interactions with the splicing factor SF3B2 (SAP145) and by modulating small nuclear ribonucleoprotein maturation.

Thanks to WES and data sharing using GeneMatcher, we assemble a cohort of 25 individuals (19 families) carrying biallelic PRMT9 pathogenic variants. The cohort is composed of 15 males and 10 families were of consanguineous marriage. The mutation spectrum encompass 22 different variants including 9 frameshifting indels, 6 nonsenses, 5 missenses, one canonical splice site and one copy number variant.

In order to better understand the functional consequences of some of the identified sequence variants, we determined the human PRMT9 3D structure. This is the last unknown human PRMT protein structure. More precise prediction could be performed for the few identified missenses in our cohort.

Patients’ fibroblasts assays revealed dysfunctional methylation and anomalies in the length of the primary cilia. Transcriptomic analysis showed that genes associated with ID, autism and cilia were differentially expressed in the studied patients’ fibroblasts suggesting a novel role of PRMT9 during ciliogenesis. In addition a prmt9 knockout zebrafish model presented a defective social preference in adult animals.


Ariane KRÖLL-HERMI, Corinne STOETZEL, Christelle ETARD, Levon HALABELIAN, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Kimia KAHRIZI, Peyman JAMALI, Véronique GEOFFROY, Megana PRASAD, Laurie RUCH, Amandine GIRARD, Hong ZENG, Damien PLASSARD, Céline KEIME, Francesca MATTIOLI, Amélie PITON, Atsushi FUJITA, Naomichi MATSUMOTO, Matheus CASTRO AUGUSTO ARAUJO, Chong KIM, Lyse RUAUD, Jonathan LEVY, Blandine DOZIÈRES, Anne-Claude TABET, Ingrid WENTZENSEN, Teresa SANTIAGO-SIM, Roman YUSUPOV, Kristian TVETEN, Marie SMELAND, Ebba ALKHUNAIZI, Chumei LI, Saskia WORTMAN, René FEICHTINGER, Johannes MAYR, Herman GONORAZKY, Gan JING, Xiaodong WANG, Jia WANG, Tatjana BIERHALS, Lev GRINSTEIN, Theresia HERGET, Anna RUIZ, Elisabeth GABAU, Antje KAMPMEIER, Alma KUECHLER, Konrad PLATZER, Rami ABOU JAMRA, Audrey WOERNER, Michaela IDLEBURG, Susanne KIRCHER, Franco LACCONE, Tasic VELIBOR, Caroline Maria KOLVENBACH, Friedhelm HILDEBRANDT, Thomas COURTIN, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Sandra WHALEN, Joelle ROUME, Mariëtte HOFFER, Arie VAN HAERINGEN, Hossein NAJMABADI, Cheryl ARROWSMITH, Uwe STRÄHLE, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER (Strasbourg)
16:21 - 16:28 #28617 - SF10 Caractérisation phénotypique, variabilité intrafamiliale, spectre moléculaire : apport de la cohorte française de 20 patients mutés BRPF1.
SF10 Caractérisation phénotypique, variabilité intrafamiliale, spectre moléculaire : apport de la cohorte française de 20 patients mutés BRPF1.

Des variations pathogènes à l’état hétérozygote de survenue de novo dans le gène régulateur de la chromatine BRPF1 (bromodomain- and plant homeodomain-linked zinc finger-containing protein 1, OMIM *602410) ont été identifiées comme une cause de l’IDDFP : Developmental Disorder With Dysmorphic Facies And Ptosis (OMIM 617333) (Mattioli et al., 2017; Yan et al., 2017). Il s’agit d’une déficience intellectuelle syndromique rare de transmission autosomique dominante d’expressivité variable caractérisée par un retard de développement, une déficience intellectuelle, des troubles du langage, des anomalies ophtalmologiques et des traits dysmorphiques du visage, tels que le ptosis et le blépharophimosis. A ce jour, les données cliniques de 27 patients sont publiées dans la littérature (Deciphering Developmental Disorders, 2017 ; Mattioli et al., 2017 ; Yan et al., 2017 ; Demeulenaere et al., 2019 ; Pode‐Shakked et al., 2019 ; Naseer et al., 2020) mais sans description phénotypique précise particulièrement du profil cognitif. Suite à un appel national à collaboration, nous rapportons la cohorte française de 20 patients atteints avec confirmation moléculaire permettant une description phénotypique affinée notamment avec la caractérisation de signes non décrits et du spectre moléculaire, ainsi qu’une revue de la littérature. Des particularités des phanères (synophris 7/20, hypertrichose 6/20, anomalies des cheveux 6/20, finger pads 6/20) et des troubles du sommeil (6/20), non décrits, sont retrouvées dans environ 30 %. Chez 35% des patients, un RGO est identifié (7/20 vs 0/27) sans les difficultés alimentaires décrites de princeps (1/20, 5/27). 60% des patients de la cohorte présentent des troubles du comportement variables alors qu’ils sont retrouvés sporadiquement dans la méta-analyse (2/27). La microcéphalie est un signe moins fréquent qu’attendu (0/20 vs 8/27). Par ailleurs, dans notre cohorte, 35 % des patients n’ont pas de déficience intellectuelle (vs 37% méta-analyse), 50% ont une déficience intellectuelle modérée et 15% ont une déficience intellectuelle légère. Une évaluation psychométrique réalisée chez 8 patients a permis de montrer en sus d’une variabilité intrafamiliale physique, une variabilité intrafamiliale cognitive.


Cindy COLSON (LILLE), Justine LE CUNFF, Elise BOUCHER BRISCHOUX, Odile BOUTE, Benedicte DUBAN-BEDU, Laurence FAIVRE, Jonathan LEVY, Olivier PATAT, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Christel THAUVIN, Clémence VANLERBERGHE, Catherine VINCENT-DELORME, Thomas SMOL
16:28 - 16:35 #28676 - SF11 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte nationale de 16 patients porteurs d’une variation dans le gène PUF60.
SF11 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte nationale de 16 patients porteurs d’une variation dans le gène PUF60.

Le syndrome de Verheij est un syndrome rare de transmission autosomique dominante associant une déficience intellectuelle, un retard de croissance, des malformations squelettiques (principalement vertébrales), un colobome, des anomalies rénales ou encore une dysmorphie. Initialement en lien avec des microdélétions 8q24.3, l’étude de la région minimale critique a permis l’identification du gène PUF60 comme causal (Dauber et al. 2013, AM J Hum Genet), confirmé par la description de variations pertes de fonction en exome ou panels ciblés (El Chehadeh et al. 2017, Eur J Hum Genet, Moccia et al., 2018, Genet Med). Une cohorte nationale de 16 patients a été constituée afin d’affiner le phénotype et le spectre malformatif du syndrome. Cette cohorte comprend des patients recrutés grâce à un appel à collaboration national via la filière de santé AnDDI-Rares.

Sur ces 16 patients (sexe ratio 1:1), 14 présentent une déficience intellectuelle, dont 57% légère, 29% modérée et 14% sévère. Les 2 patients restant n’avaient pas de déficience intellectuelle objectivée, mais ont présenté des difficultés scolaires. Il est également intéressant de noter que 7 patients ont présenté des troubles alimentaires, principalement un reflux gastro-oesophagien, et 3 patients présentent des malformations des membres, touchant principalement le rayon radial. Par ailleurs, 62,5% ont une malformation vertébrale, touchant les vertèbres cervicales et thoraciques hautes. D’un point de vue moléculaire, 11 patients étaient porteurs d’une variation provoquant l’apparition d’un codon stop prématuré, 2 d’une variation faux-sens et 3 d’une variation récurrente correspondant à une délétion en phase de 3 acides aminés.

Une corrélation génotype-phénotype a pu être notée. Les 3 patients porteurs de la délétion en phase récurrente présentent une déficience intellectuelle légère, une malformation cardiaque et un palais ogival ou une luette bifide. Les variations faux-sens ne sont pas associées à un phénotype spécifique, puisque parmi les deux patients, l’un présente une déficience intellectuelle sévère mais peu de malformations tandis que l’autre présente une déficience intellectuelle modérée et des malformations vertébrales, génitales et des extrémités.

En conclusion, nous décrivons une cohorte de patients porteurs de variants pathogènes de PUF60, permettant d’affiner la connaissance du spectre phénotypique associé et de dégager une probable corrélation génotype-phénotype. Des analyses fonctionnelles sont en cours pour identifier des pistes expliquant la variabilité d’expression clinique.


Perrine BRUNELLE (Lille), Anne-Sophie JOURDAIN, Melanie RAMA, Geneviève BAUJAT, Anne DIEUX, Odile BOUTE, Roseline CAUMES, Valérie CORMIER-DAIRE, Laurence FAIVRE, Jamal GHOUMID, Marion GERARD, Alice GOLDENBERG, Bertrand ISIDOR, Sylvie JORIOT, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Florence RICCARDI, Khaoula ZAAFRANE KHACHNAOUI, Florence PETIT, Fabienne ESCANDE, Thomas SMOL
16:35 - 16:42 #28704 - SF12 SF1, un nouveau gène de troubles du neurodéveloppement syndromique?
SF12 SF1, un nouveau gène de troubles du neurodéveloppement syndromique?

Le gène SF1 code pour un facteur d’épissage (Splicing Factor 1) nucléaire impliqué dans la formation du splicéosome. Son rôle en physiologie est encore mal compris et son implication en pathologie humaine n’a pas encore été décrite. Nous rapportons ici le syndrome neurodéveloppemental associé à des variants hétérozygotes du gène SF1.

Nous avons rassemblé une cohorte de 17 patients (cas index) porteurs de variants dans SF1 à travers diverses collaborations internationales (GeneMatcher, ERN-ITHACA). Ces patients ont été identifiés au décours d’une consultation de neuropédiatrie/génétique après séquençage d’exome ou de génome. Nous avons également prélevés PAXgene et tissu cutané pour culture de fibroblastes (4 patients) afin de réaliser des études transcriptomiques et identifier des motifs d’expression spécifiques à ces patients.

Ces individus partagent des troubles du neurodéveloppement incluant une déficience intellectuelle modérée à légère (17/17), des troubles du spectre autistique (4/17) et des troubles du comportement à type d’hyperactivité (2/17). Il est également rapporté des troubles de l’oralité (4/17). Sur le plan morphologique, une énophtalmie et une hypoplasie malaire a été identifiées chez certains patients (4/17) ainsi qu’une hypoplasie inguéale (4/17) sous réserve du caractère partiel des données cliniques disponibles.

Sur le plan moléculaire, les variants retrouvés sont principalement des variants tronquants (10/17), et des variants faux sens (7/17). Nous pensons que la perte de fonction de SF1 est le mode d’action privilégié des variants retrouvés, la majorité des variants faux-sens retrouvés sont situé dans des régions hautement conservées du gène induisant certainement une diminution de la stabilité de SF1 et probablement une altération de son activité.

Des études fonctionnelles sont en cours afin de déterminer l’impact sur la régulation de la transcription des variants tronquants de SF1 par études transcriptomiques. Nous prévoyons une analyse d’expression différentielle permettant de comparer le niveau d’expression de gènes ou transcrits de patients contre celui de contrôles pour identifier d’éventuelles différences significatives indiquant une sous- ou sur-expression (DESeq2, Sleuth).

Ces premiers éléments cliniques et biologiques nous permettent de considérer le gène SF1 comme un nouveau gène candidat de troubles du neurodéveloppement. Des études complémentaires, en cours de réalisation, sont nécessaires afin de démontrer son implication réelle dans des anomalies de régulation de la transcription.


Thomas COURTIN (Paris), Julien BURATTI, Élodie LEJEUNE, Maria PALOMARES, Alban LERMINE, François LECOQUIERRE, Chloe QUELIN, Mathilde NIZON, Maryann THOMAS, Sallyann LYNCH, Celia VAN DER MERWE, Pascal JOSET, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Cyril MIGNOT
Carré

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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C36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 03

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Laura MARY (AHU) (RENNES)
16:00 - 16:07 #27705 - SF13 AnnotSV et knotAnnotSV : Annotation, priorisation et analyse des variations structurales humaines.
SF13 AnnotSV et knotAnnotSV : Annotation, priorisation et analyse des variations structurales humaines.

Avec l’augmentation des analyses pangénomiques, la génétique humaine génère une grande quantité de données génomiques pour chaque patient. Ces données, issues principalement de techniques de séquençage de nouvelle génération et de puces à ADN, comprennent des millions de petites variations (SNV/Indel) mais aussi des milliers de variations structurales (SV). Afin de faciliter l’identification des SV pathogènes humains, nous avons développé un outil dédié à leur annotation et leur priorisation (AnnotSV [1-2]) ainsi qu’un serveur web pour leur visualisation et leur interprétation (knotAnnotSV [2]). Ces deux outils sont disponibles à l'adresse suivante : https://www.lbgi.fr/AnnotSV/.

 

Premièrement, les sources de données disponibles dans notre moteur d'annotation (AnnotSV) sont multiples : elles comprennent entre autres des bases de données telles que DGV, gnomAD, DDD, OMIM, les scores d'intolérance et les SV pathogènes connus (dbVar, ClinVar et ClinGen) mais également des annotations propres aux utilisateurs (par exemple, les SNV/indel du patient, les gènes candidats...). Deuxièmement, une analyse phénotypique basée sur l’ontologie des phénotypes humains (Human Phenotype Ontology [3]) et sur le module Exomiser [4] a été mise en œuvre pour intégrer la clinique du patient lors de l’analyse. Troisièmement, une classification automatique des SV basée sur les dernières recommandations de l'ACMG [5] a été implémentée.

 

Les résultats obtenus par l’annotation et la priorisation peuvent être soit visualisés dynamiquement avec knotAnnotSV dans un navigateur web, soit intégrés dans un pipeline bioinformatique sous forme de fichier séparé par des tabulations. Le serveur web affiche les SV annotés de manière interactive, avec des popups, des options de filtrage et un code couleur spécifique pour mettre en évidence les SV pathogènes. Des hyperliens pointent directement vers le genome browser de l’UCSC ou d'autres bases de données publiques. L'annotation est disponible pour le SV dans son ensemble (mode « compact ») ou divisée pour chaque gène chevauchant (mode « extended »).

 

Notre moteur d'annotation (AnnotSV), mis à jour en v3.0, bénéficie d’une attention grandissante par la communauté internationale avec 70 citations à ce jour (2 en 2018, 8 en 2019, 17 en 2020 et déjà 43 en août 2021).

 

Nous sommes persuadés que cette nouvelle version ainsi que son application web sont d’un grand intérêt notamment pour les généticiens et les bioinformaticiens. En effet, l’intégration continue de nouvelles données omiques dans AnnotSV (éléments régulateurs, éléments répétés, domaines topologiques associés, réseaux d’interaction protéine-proteine, miRNA…) permettra sans aucun doute de mettre en évidence de nouveaux mécanismes à l’origine de maladies génétiques.

 

References:

1. Geoffroy et al (Bioinformatics, 2018)

2. Geoffroy, Guignard et al (NAR, 2021)

3. Köhler et al (NAR, 2019)

4. Smedley et al (Nature Protocoles, 2015)

5. Riggs et al (Genetics in Medicine, 2020)


Véronique GEOFFROY (Brest), Thomas GUIGNARD, Arnaud KRESS, Jean-Baptiste GAILLARD, Audrey SCHALK, Vincent GATINOIS, Hélène DOLLFUS, Sophie SCHEIDECKER, Jean MULLER
16:07 - 16:14 #27902 - SF14 Rôle majeur du gène DLL1 dans le phénotype associé aux délétions 6qter : une étude multicentrique rétrospective incluant 22 fœtus.
SF14 Rôle majeur du gène DLL1 dans le phénotype associé aux délétions 6qter : une étude multicentrique rétrospective incluant 22 fœtus.

La délétion terminale du bras long du chromosome 6 correspond à un syndrome neuro-développemental rare d’expressivité variable comprenant un retard de développement, une déficience intellectuelle légère à modérée, des anomalies cérébrales, une dysmorphie faciale, une microcéphalie postnatale, une épilepsie, une hypotonie ainsi que des anomalies vertébrales, cardiaques, rénales et rétiniennes. Les délétions 6q terminales rapportées à ce jour sont de taille extrêmement variable, allant de quelques centaines de kilobases à plusieurs mégabases. Récemment, des patients porteurs de variants hétérozygotes dans le gène DLL1, situé dans la région 6q27, et présentant un phénotype qui s’apparente aux patients avec une délétion 6qter ont été rapportés. L’objectif de notre étude consiste à préciser le phénotype des fœtus porteurs d’une délétion 6q terminale diagnostiquée en anténatal ainsi que d’établir une corrélation phénotype-génotype. Par l’intermédiaire du réseau AchroPuce (https://acpa-achropuce.com), 22 foetus porteurs d’une délétion 6q terminale isolée, issus de 11 Centres de Diagnostic Prénatal, ont été inclus. Les données génétiques, d’imagerie (échographie et IRM) et foetopathologiques ont été analysées et comparées à celles des 14 fœtus précédemment rapportés dans la littérature. Ces données ont également été confrontées avec celles des patients porteurs d’une délétion 6qter ou d’un variant pathogène dans le gène DLL1. Chez tous les fœtus de notre série, le diagnostic a été posé suite à la détection d’anomalies cérébrales à l’échographie fœtale. Les délétions 6q terminales détectées étaient de taille variable allant de 371 kb à 12,8 Mb. Les anomalies les plus fréquemment observées étaient l’hypoplasie cérébelleuse, la ventriculomégalie, les anomalies du corps calleux et les troubles de la giration. Occasionnellement, des hétérotopies cérébrales, une sténose de l’aqueduc, des malformations vertébrales, une dysmorphie et des anomalies rénales ont été observées. Nous rapportons ici la première série de fœtus porteurs d’une délétion 6q terminale diagnostiquée en anténatal. Cette étude confirme la fréquence élevée de la ventriculomégalie et de l’hypoplasie cérébelleuse mais révèle également la présence d’autres anomalies cérébrales peu décrites en anténatal comme les anomalies du corps calleux, les troubles de la giration et les anomalies de la migration neuronale. La région critique responsable du syndrome se situe au niveau de la région 6qter et inclut le gène DLL1, connu pour être impliqué dans la voie Notch. Notre étude souligne que l’haploinsuffisance de ce gène joue un rôle majeur dans la survenue du phénotype cérébral et osseux des fœtus porteurs d’une délétion 6qter. Une analyse particulière de la région 6qter, par ACPA et/ou par séquençage d’exome, ciblant le gène DLL1, doit être réalisée lors de la détection de signes d’appel échographiques évocateurs de ce syndrome.


Marion LESIEUR-SEBELLIN (Paris), Marianne TILL, Philippe KHAU VAN KIEN, Bérénice HERVE, Nicolas BOURGON, Céline DUPONT, Anne-Claude TABET, Mathilde BARROIS, Aurélie COUSSEMENT, Laurence LOEUILLET, Eve MOUSTY, Vuthy EA, Amal EL ASSAL, Laura MARY, Sylvie JAILLARD, Claire BENETEAU, Claudine LEVAILLANT, Charles COUTTON, Françoise DEVILLARD, Carole GOUMY, Amélie DELABAERE, Sylvia REDON, Yves LAURENT, Audrey LAMOUROUX, Jérôme MASSARDIER, Catherine TURLEAU, Damien SANLAVILLE, Vincent CANTAGREL, Pascale SONIGO, François VIALARD, Laurent J. SALOMON, Valérie MALAN
16:14 - 16:21 #27916 - SF15 ACUITEE : outil de génération de résumés phénotypiques standardisés à partir de comptes-rendus de génétique clinique.
SF15 ACUITEE : outil de génération de résumés phénotypiques standardisés à partir de comptes-rendus de génétique clinique.

Contexte

De nouvelles approches de phénotypage profond, exploitant d’avantage l'association génotype-phénotype, ont montré une amélioration certaine du diagnostic génétique. Ces approches s'appuient sur l'ontologie du phénotype humain (HPO, Human Phenotype Ontology), qui sert à la fois de terminologie normalisée et de base de connaissances sur les associations génotypes-phénotypes. Cependant, les stratégies de phénotypage profond restent peu utilisées en routine clinique, particulièrement en raison d’absence de résumés phénotypiques standardisés. En effet, les comptes rendus (CRs) de consultation de génétique médicale n’intègrent pas les termes HPO de façon systématique. Des méthodes d'extraction des termes HPO à partir des CRs se développent mais restent largement perfectibles et leur usage est très majoritairement limité à la langue anglaise.

Description de l’outil

Dans ce travail, nous présentons ACUITEE (Annotation and Curation User Interface for Terms Extraction Engines), un système d’annotation semi-automatisé, programmé en python et déployable sur tous les supports. ACUITEE fournit une interface graphique permettant d’extraire les termes HPO à partir des CR bruts en langue française. L’outil intègre plusieurs moteurs de traitement du langage naturel (MTLN) permettant la détection et l’extraction automatique des termes HPO. La curation des termes HPO proposés et l’ajout des termes HPO manquants sont assurés par un système d’annotation manuelle incluant plusieurs fonctionnalités facilitant le processus. Il en résulte un retour humain précieux qui peut être utilisé pour analyser et améliorer les performances des moteurs d’extraction.

ACUITEE fournit un moyen rapide et efficace de construire des ensembles de comptes-rendus de génétique avec leur résumé HPO associés, standardisés et curés. De telles données de qualité seront essentielles pour construire des moteurs d’extraction basés sur des méthodes d'apprentissage automatique. La génération d’un résumé HPO standardisé facilite l’intégration de ces données phénotypiques dans des pipelines d’analyses diagnostiques. 

L’outil ACUITEE a par ailleurs l’avantage d’être modulable. Il est possible d’interfacer d’autres MTLN, de manière à comparer et tester différents modèles. Cette modularité permet également d’intégrer d’autres ontologies, élargissant les termes cibles et les domaines d’application.

Perspectives

Libre d’accès, l’outil ACUITEE est utilisé dans le cadre du projet HUGO-RD (Le chaînon manquant entre la génétique clinique et moléculaire : les entrepôts de données ouvrent la voie à un diagnostic innovant des maladies rares), financé par le GCS HUGO. Ce projet vise à permettre l’intégration et l’exploitation systématique des données issues des consultations de génétique clinique afin d’améliorer le diagnostic par séquençage haut-débit. A termes, ce projet permettra de réduire l’errance diagnostique et d’améliorer la prise en charge des patients atteints des maladies génétiques.


Majd SALEH, Paul ROLLIER (Rennes), Stéphane PAQUELET, Thomas LABBÉ, Jean-Michel SANNER, Olivier DAMERON, Marc CUGGIA, Guillaume BOUZILLE, Youenn MEREL, Stéphane BEZIEAU, Dominique BONNEAU, Sylvie ODENT, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRE, Artem KIM, Marie DE TAYRAC
16:21 - 16:28 #28206 - SF16 Investigations génétiques d’une large cohorte de patients infertiles avec globozoospermie : vers l'indication d'une nouvelle stratégie de diagnostic génétique et de nouveaux gènes candidats.
SF16 Investigations génétiques d’une large cohorte de patients infertiles avec globozoospermie : vers l'indication d'une nouvelle stratégie de diagnostic génétique et de nouveaux gènes candidats.

La globozoospermie est un phénotype rare d'infertilité masculine primaire induisant la production d'une proportion importante de spermatozoïdes à tête ronde sans acrosome. Les anomalies du gène DPY19L2 représentent 50 à 70 % de tous les cas et la délétion du gène entier est le principal défaut génétique identifié chez les sujets testés. Nous présentons ici une large cohorte de patients atteints de globozoospermie comprenant 69 sujets avec 20 à 100 % de spermatozoïdes à tête ronde. Des analyses génétiques comprenant une technique d’Amplification Multiplex de Sondes Ligation-dépendantes (MLPA), le séquençage Sanger et le séquençage exomique ont permis d'identifier 25 sujets présentant une délétion homozygote de DPY19L2 (36%) et 14 porteurs d'autres défauts du gène (20%). Au total, 11 variants nucléotidiques délétères ont été identifiés, dont 8 nouveaux variants et 3 déjà publiés. Les patients présentant un taux plus élevé de spermatozoïdes à tête ronde ont plus d’anomalies retrouvées avec une prédominance d'anomalies perte de fonction, ce qui met en évidence une bonne corrélation génotype-phénotype. En revanche, aucune anomalie génétique n'a été identifiée chez les patients porteurs de moins de 50 % de spermatozoïdes à tête ronde, tandis que l'efficacité du diagnostic passe à 77 % pour les patients présentant plus de 50 % de globozoospermie. Neuf autres gènes (PICK1, ZPBP1, SPATA16, CCDC62, C2CD6, CCIN, C7orf61, DNAH17 et GGN) ont été décrits comme étant associés à la globozoospermie chez l’homme, mais les défauts de ces gènes n'ont été identifiés que chez très peu de patients. Il est intéressant de noter que nous avons identifié un patient présentant une nouvelle variation homozygote tronquante de GGN, ce qui confirme l’association de GGN à la globozoospermie. Au vu de ces résultats, nous proposons une nouvelle stratégie diagnostique axée sur les patients présentant au moins 50% de globozoospermie et basée sur une PCR qualitative classique pour détecter la délétion homozygote de DPY19L2. En l'absence de cette dernière, nous recommandons d'effectuer un séquençage de l'exome entier pour rechercher des défauts dans DPY19L2 puis dans les autres gènes candidats.


Tristan CELSE (Réunion, Réunion), Caroline CAZIN, Flore MIETTON, Guillaume MARTINEZ, Nicolas THIERRY-MIEG, Julie BEUROIS, Julien BESSONNAT, Véronique SATRE, Sylviane HENNEBICQ, Christophe ARNOULT, Zine-Eddine KHERRAF, Charles COUTTON, Pierre RAY
16:28 - 16:35 #28519 - SF17 Explorations pan-génomiques de la dysplasie fibromusculaire artérielle confirme son caractère polygénique impliquant des loci génomiques communs avec des maladies cardiovasculaires plus fréquentes.
SF17 Explorations pan-génomiques de la dysplasie fibromusculaire artérielle confirme son caractère polygénique impliquant des loci génomiques communs avec des maladies cardiovasculaires plus fréquentes.

Genetic investigation of fibromuscular dysplasia identifies novel risk loci and shared genetics with common cardiovascular diseases

Fibromuscular dysplasia (FMD) is an arteriopathy that results in stenosis, aneurysms, sometimes dissection of small to medium arteries (e.g., renal and carotid arteries). FMD is a neglected and under-diagnosed condition with an estimated prevalence of 3% in the general population. Early middle-aged women represent ~80% of patients. Diagnosis mostly follows renovascular hypertension, stroke, or acute myocardial infarction of women with few cardiovascular risk factors. We have previously described PHACTR1, a pleiotropic locus for several vascular diseases to associate with FMD. We aimed to more extensively explore the genetic basis of FMD using genome-wide association study (GWAS).

We performed a meta-analysis of six GWAS involving ~6 million genotyped or imputed SNPs from 1556 FMD cases and 7100 controls, all of European ancestry. We replicated the previously identified PHACTR1 locus on Chr6 (SNP rs9349379, OR=1.44, P=5×10-15) and reported three novel and independently associated loci on Chr12: LRP1 (rs11172113, OR=1.34, P=2×10-10), LIMA1 (rs7301566, OR=1.29, P=4×10-9) and ATP2B1 (rs2681492, OR=1.43, P=2×10-8). Using transcriptome-wide association analysis in arteries from GTEx we identified one additional risk locus (SLC24A3). We found an estimate of SNP-based heritability on a liability scale of 0.43 (standard error= 0.14), which confirmed further the polygenic basis of FMD. We functionally annotated associated variants in FMD risk loci using the assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (ATAC-Seq) peaks generated from arterial primary cells (endothelial and smooth muscle cells) and arterial tissues. We found that FMD associated variants are located in arterial-specific regulatory elements. Target genes are broadly involved in mechanisms related to the actin cytoskeleton biology and intracellular calcium homeostasis, two central mechanisms to vascular contraction. Using linkage disequilibrium score regression, we found global positive genetic correlations between FMD and systolic (rg=0.43, P=2×10-9) and diastolic (rg=0.37, P=1×10-8) blood pressure. FMD also was correlated positively with migraine (rg=0.28, P=8×10-4), intracranial aneurysm (rg=0.36, P=2×10-5), aneurysmal subarachnoid haemorrhage (rg=0.35, P=2×10-4). Interestingly, FMD was negatively correlated with CAD (rg=-0.31, P=5×10-5) and MI (rg=-0.30, P=4×10-4) after adjustment for systolic blood pressure using multi-trait-based conditional and joint analysis (mtCOJO).

In conclusion, we provide a first comprehensive genetic study for FMD, a neglected and women-predominant vascular disease with potentially severe health consequences. Our results describe novel susceptibility loci and support that genetic determinants of FMD are mostly linked to arterial contraction and are shared with more common cardiovascular diseases. 


Takiy BERRANDOU (Paris, Danemark), Adrien GEORGES, Min-Lee YANG, Lu LIU, Ines SAYOUD-SADEG, Stéphanie DEBETTE, Jean-François DELEUZE, Andrzej JANUSZEWICZ, Iftikhar J. KULLO, Michel AZIZI, Xavier JEUNEMAITRE, Alexandre PERSU, Jaso C. KOVACIC, Santhi K. GANESH, Nabila BOUATIA-NAJI
16:35 - 16:42 #28553 - SF18 Apport de la cartographie optique du génome dans l’étude des translocations équilibrées associées à une infertilité masculine.
SF18 Apport de la cartographie optique du génome dans l’étude des translocations équilibrées associées à une infertilité masculine.

Les translocations réciproques apparemment équilibrées sont l'une des causes génétiques les plus fréquentes d'infertilité masculine. Le mécanisme physiopathologique sous-jacent communément admis est un défaut de la méiose masculine mais peu d’études ont été menées dans ce sens. Dans ce travail, nous avons voulu investiguer l’hypothèse de l’altération de l’expression de gènes aux points de cassures, au moins dans certains cas, comme cela a déjà été décrit dans d’autres pathologies constitutionnelles et somatiques.

Les échantillons de sang périphérique de 11 hommes non apparentés présentant une infertilité et porteurs de translocations réciproques apparemment équilibrées identifiées au caryotype, ont été étudiés par cartographie optique du génome (OGM). La technique a été réalisée selon le protocole Bionano sur l’instrument Saphyr® et les résultats ont été analysés par les logiciels Bionano Solve® et Access®. Le contenu génique des points de cassure ainsi que des domaines topologiquement associés (TAD) correspondants a été étudié.

Dix translocations sur onze ont pu être caractérisées par OGM. La seule translocation non détectées est une translocation avec des points de cassure dans l’hétérochromatine du bras long du chromosome Y et l’hétérochromatine du bras long du chromosome 16. L’analyse préliminaire du contenu génique au point de cassure et au niveau des TADs associés a mis en évidence l’interruption d’un gène et la suspicion d’un effet de position sur un autre, tous les deux ayant des rôles dans la spermatogenèse ou la fonction spermatique.

En conclusion, cette étude souligne l’intérêt d'utiliser la cartographie optique du génome par la technologie Bionano pour l'identification et la caractérisation des variations de structure apparemment équilibrées. Ces analyses pourraient permettre d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans les troubles de la reproduction et d’affiner les corrélations génotype-phénotype dans les situations de translocations réciproques associées à ces pathologies.


Faten HSOUMI, Tuomo MANTERE, Yosra LAJMI BAHLOUL, Kornelia NEVELING, Ahmed CHARGUI, Eva PIPIRAS, Aïcha BOUGHALEM, Detlef TROST, Jean-Michel DUPONT, Aziza LEBBAR, Alexander HOISCHEN, Laïla EL KHATTABI (Paris)
16:45 - 16:52 #28318 - SF19 Apport de la consanguinité pour l’identification de variants récessifs rares impliqués dans le diabète chez les individus de la cohorte UK Biobank.
SF19 Apport de la consanguinité pour l’identification de variants récessifs rares impliqués dans le diabète chez les individus de la cohorte UK Biobank.

Depuis plus d’une dizaine d’années, les études d’association pan-génomiques (Genome-Wide Association Studies ; GWAS) ont permis de détecter des associations entre des variants génétiques et des maladies complexes dans des échantillons de population. Leur design expérimental utilise des variants pour la plupart communs dans la population, et les étudie selon un modèle génétique additif. Cependant, il apparaît que la composante génétique de certaines maladies complexes n’est pas encore totalement élucidée ce qui pourrait être dû en partie à la contribution de variants rares avec des effets récessifs, non détectés par les GWAS classiques. Le diabète est une de ces maladies complexes pour laquelle la contribution de variants rares récessifs reste encore inconnue.

Afin de détecter des variants rares récessifs impliqués dans le diabète, nous avons utilisé la méthode HBD-GWAS (Génin et al. 2012) sur les données de génotypage de la cohorte UK Biobank (~500,000 individus vivant au Royaume-Uni) (Bycroft et al. 2018). Le principe de cette méthode est de tester l’excès de segments d’Homozygotie par Descendance (Homozygosity By Descent : HBD) partagés par les cas consanguins d’un jeu de données de GWAS, et d’ainsi définir des régions candidates pouvant contenir des variants rares récessifs.

Nous avons tout d’abord appliqué une méthode de classification par forêt aléatoire afin de regrouper les individus de UK Biobank en six populations (Europe, Afrique, Amérique, Asie de l’Est, Asie centrale et du Sud, Moyen-Orient) en adaptant la méthode de Pan-UK Biobank https://pan.ukbb.broadinstitute.org/.  Nous avons ensuite utilisé le logiciel FSuite (Gazal et al. 2014) afin de détecter les individus consanguins de la cohorte UK Biobank, de comparer la proportion d’individus consanguins entre les diabétiques (n=26,286) et non-diabétiques de la cohorte, et enfin d’appliquer la méthode HBD-GWAS dans chacune de ces populations, avec comme cas les individus diabétiques de la cohorte.

Nous avons détecté 14,061 individus consanguins au total, avec un coefficient de consanguinité moyen plus élevé chez les individus consanguins non-européens par rapport à celui des européens. Nous avons également observé un excès d’individus consanguins chez les diabétiques dans toutes les populations (p = 2.192.10-4). Cependant, cette association n’était significative que pour les populations originaires d’Europe (p=0.002), d’Afrique (p=0.002) et d’Asie centrale du Sud (p= 0.048). Enfin, la stratégie HBD-GWAS a fait ressortir différentes régions d’intérêt pour l’association avec le diabète, qui sont différentes selon la population.

Nos résultats suggèrent le rôle de variants à effet récessif dans le diabète, et illustrent l’apport de l’application de la stratégie HBD-GWAS dans plusieurs populations. Une analyse des données de séquençage d’exomes de UK Biobank dans les régions chromosomiques d’intérêt de chaque population est en cours afin de détecter l’existence de variants récessifs rares.


Marie-Sophie OGLOBLINSKY (Brest), Steven GAZAL, Anne-Louise LEUTENEGGER
Nef

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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D36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 04

Modérateurs : Catherine BOILEAU (Chef de Service) (Paris), Marie FAOUCHER (Assistante Hospitalo-Universitaire) (Rennes)
16:00 - 16:07 #28135 - SF19 Mosaïque somatique dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées : un phénomène sous-estimé.
SF19 Mosaïque somatique dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées : un phénomène sous-estimé.

Introduction

Les mosaïques somatiques existent dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées. Elles sont en général découvertes au cours de l’enquête familiale chez les parents d’un cas index, qui sont la plupart du temps asymptomatiques. Nous rapportons ici l’identification de 11 cas index présentant un syndrome de Marfan ou une pathologie apparentée porteurs de variations pathogènes en mosaïque.

 

Matériel et Méthodes

L’analyse moléculaire de plus de 4000 cas index présentant un syndrome de Marfan ou une pathologie apparentée a été réalisée par séquençage haut débit au laboratoire de Génétique de l’hôpital Bichat à l’aide d’une technologie de capture de 28 gènes associés à ces pathologies. Cette analyse a été réalisée en première intention sur prélèvement sanguin.

 

Résultats

Dix cas index porteurs de variations pathogènes en mosaïque du gène FBN1 ont été identifiés au laboratoire de Génétique de l’hôpital Bichat à ce jour sur un total de plus de 2000 variations identifiées dans ce gène. Il s’agit de cas sporadiques qui présentent pour la plupart une forme classique du syndrome de Marfan. Ces évènements rares sont à la fois des variations ponctuelles (Single Nucleotide Variants) et des grands réarrangements (Copy Number Variations). De façon intéressante, plusieurs des variations identifiées correspondent à des variations associées à l’état hétérozygote à un phénotype particulièrement sévère. Plus récemment, une variation en mosaïque dans le gène SMAD2 a été identifiée chez un cas index présentant une dissection de type A et une atteinte squelettique.

 

Conclusions

La présence d’une variation pathogène en mosaïque chez un cas index est possible dans le diagnostic moléculaire du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées. Il est important que les paramètres d’analyse bio-informatique prennent en compte cette possibilité. Ce phénomène est probablement sous-estimé dans ces pathologies, à la fois par méconnaissance et par manque de sensibilité technique. La présence de cas index symptomatiques porteurs de variation en mosaïque dans plusieurs gènes associés au syndrome de Marfan et pathologies apparentées réaffirme la nécessité d’un examen clinique complet et d’un suivi régulier, notamment cardiovasculaire, chez les parents apparemment sains d’un cas index, porteurs de variation en mosaïque. Par ailleurs, les patients présentant un tableau clinique typique du syndrome de Marfan pour lesquels une première analyse n’a pas permis d’identifier de variation pathogène doivent être réanalysés sur un panel de capture ciblé avec une analyse bio-informatique adaptée à la mise en évidence d’une telle variation. L’analyse de prélèvements tissulaires, notamment aortiques, est envisagée chez ces patients.


Pauline ARNAUD (PARIS), Hélène MOREL, Johanne AURIAU, Benjamin DAURIAT, Antoine DA COSTA, Hélène DOLLFUS, Christine FRANCANNET, Laurent GOUYA, Carine LE GOFF, Olivier MILLERON, Guillaume JONDEAU, Catherine BOILEAU, Nadine HANNA
16:07 - 16:14 #28205 - SF20 Étude de la régulation épigénétique au locus LRP1 associé à un risque cardiovasculaire et de sa fonction cellulaire à partir de cellules pluripotentes induites en cellules musculaires lisses.
SF20 Étude de la régulation épigénétique au locus LRP1 associé à un risque cardiovasculaire et de sa fonction cellulaire à partir de cellules pluripotentes induites en cellules musculaires lisses.

Introduction

The low-density lipoprotein receptor-related protein 1 (LRP1), an endocytic receptor highly expressed in smooth muscle cells (SMCs), participates in diverse biological processes. A common genetic variant located in LRP1 first intron, rs11172113, was associated with several vascular diseases, including coronary artery disease, migraine and spontaneous coronary artery dissection. Rs11172113 is also correlated with LRP1 expression in arterial tissues. However, the biological mechanisms through which rs11172113 influence LRP1 function in the context of arterial lesions is not fully understood.

Methods

We applied in silico functional annotation to select variants and measured their enhancer activity using luciferase reporter assay in rat primary cells (A7r5). We performed siRNA knockdown of LRP1 and 4 transcription factors (TFs) predicted to interact with rs11172113 in human induced pluripotent stem cells (iPSCs) derived SMCs. We analyzed both contractile and synthetic differentiated cells. We edited iPSCs prior to differentiation using CRISPR-Cas9 to generate 100 bp deletion of the enhancer region containing rs11172113. We also created frame-shift indels in exons 2 or 5 of LRP1 in iPSCs to create SMCs knockouts and differentiated into SMCs. We then performed a proteomic and transcriptomic characterization of LRP1 knockout effect in these iPSC derived SMCs.

Results

Seven variants in LRP1 locus co-located with enhancer (histone marks) and open chromatin regions (ATAC-Seq peaks) in SMCs and arterial tissues. Reporter assay in rat SMCs confirmed that rs11172113 belongs to a genomic region showing enhancer activity in vitro . iPSCs with homozygous deletion of rs11172113 enhancer region presented the same pluripotency compared with wild type, and iPSC derived SMCs showed positive expression of specific markers for each phenotype ( ACTA2, TAGLN for both, MYH11 for contractile SMCs and CALM2 for synthetic SMCs). We found that the deletion of rs11172113 enhancer region decreased the expression of LRP1 while L RP1 knockdown increased cell migration capacity in SMCs. Preliminary results in LRP1 -knockout iPSC-derived SMCs suggest LRP1 to enhance the expression of cell contraction markers in contractile SMCs.

Conclusions

We confirmed rs11172113 to regulate LRP1 expression in iPSCs derived synthetic and contractile SMCs. Our results support LRP1 effect on SMCs cellular function alteration as a potential mechanism in genetic susceptibility for vascular disease.


Lu LIU (Paris), Charlène JOUVE, Jean-Sébastien HULOT, Adrien GEORGES, Nabila BOUATIA-NAJI
16:14 - 16:21 #28245 - SF21 Interprétation fonctionnelle de variants faux-sens dans le contexte de l’hémochromatose de type 4, une maladie génétique rare et cliniquement hétérogène du métabolisme du fer causée par des mécanismes moléculaires subtils de perte et de gain de fonction.
SF21 Interprétation fonctionnelle de variants faux-sens dans le contexte de l’hémochromatose de type 4, une maladie génétique rare et cliniquement hétérogène du métabolisme du fer causée par des mécanismes moléculaires subtils de perte et de gain de fonction.

Les variants faux-sens représentent une part importante de la variabilité génétique humaine. Dans un nombre limité de situations, ils peuvent modifier la stabilité, la structure, la fonction ou la régulation d’une protéine et être associés à une maladie génétique. Distinguer les quelques variants pathogènes des très nombreux variants bénins demeure un des défis les plus importants des laboratoires de génétique moléculaire. La place grandissante accordée aux outils de prédiction in silico est justifiée par le développement de méthodologies de plus en plus efficaces et le besoin accru d’une hiérarchisation des variants rares. Les informations issues de l’utilisation de ces différents outils demeurent cependant insuffisantes dans le cadre du diagnostic où l’association d’arguments forts de pathogénicité est systématiquement recherchée. Les tests fonctionnels nécessitent une expertise importante et demandent du temps, mais ils permettent de prendre en compte les particularités biologiques inhérentes à chaque protéine. Ils peuvent ainsi révéler des acides aminés critiques dans des régions insuffisamment caractérisées des protéines (~40% des protéomes eucaryotes).

            Nous souhaitons ici rapporter l’expérience acquise par nos équipes depuis plus de 10 ans dans l’étude des bases moléculaires et physiopathologiques de l’hémochromatose de type 4. Cette maladie autosomique dominante du métabolisme du fer constitue un modèle particulièrement intéressant du fait de son association quasi-exclusive à des variations faux-sens rares du gène SLC40A1, de sa très forte hétérogénéité phénotypique et de l’existence de nombreuses phénocopies. SLC40A1 code la ferroportine 1 (FPN1), seule protéine exportatrice de fer connue chez les mammifères.

            Nos observations reposent sur l’exploitation de données cliniques et fonctionnelles, associant tests in vitro, constructions de modèles de structures 3D de FPN1 dans différentes conformations et étude par dynamique moléculaire des interactions entre acides aminés. Nous documentons des discordances avec des prédictions in silico pouvant en être expliquées par la fonction critique de différents acides aminés uniquement identifiés chez l’homme et la régulation particulière de FPN1 dans l’ordre des primates. Cette régulation est assurée par l’hepcidine, hormone hyposidérémiante synthétisée par le foie. Nous pointons des éléments critiques de l’interaction FPN1/hepcidine et identifions différents mécanismes du type gain de fonction (résistance à l’hepcidine). Nous expliquons à l’échelle atomique un mécanisme original de perte de fonction qui dépend de l’organisation de FPN1 dans la bicouche lipidique et de l’altération de changements de conformations. Au travers de l’étude d’une trentaine de variants faux-sens associés à des phénotypes de surcharge en fer plus ou moins sévères, nous témoignons finalement de l’apport de la génétique médicale et fonctionnelle à la compréhension de mécanismes physiologiques complexes.


Chandran KA, Kévin UGUEN, Marlene LE TERTRE, Isabelle GOURLAOUEN, Claude FEREC, Ahmad ELBAHNSI, Callebaut ISABELLE, Gerald LE GAC (BREST)
16:21 - 16:28 #28278 - SF22 La technologie CRISPR Cas9 dans l’hypobetalipoprotéinémie : un outil indispensable pour l’étude fonctionnelle des variants faux sens de signification indéterminée.
SF22 La technologie CRISPR Cas9 dans l’hypobetalipoprotéinémie : un outil indispensable pour l’étude fonctionnelle des variants faux sens de signification indéterminée.

L’hypobêtalipoprotéinémie (HBL) est définie par une concentration plasmatique de cholestérol-LDL et d’apolipoprotéineB (apoB) inférieure au 5ème percentile pour l’âge et le sexe. La forme familiale (FHBL), est le plus souvent causée par des variations entrainant l’apparition d’un codon stop prématuré sur le gène codant l’apoB (APOB). Cependant, certaines familles avec un phénotype d’HBL sont porteuses de variation faux-sens sur APOB, classées en Variation de Signification Incertaine (VSI). L’objectif de ce travail est de développer une méthode d’évaluation de la pathogénicité de ces VSI, via l’édition du génome de lignées cellulaires humaine sécrétant de l’apoB.

Le VSI NM_000384.2 (APOB): c.1052T > G ; p.Leu351Arg a été mis en évidence chez une famille HBL. L’édition génique de lignées cellulaires HuH7 a été réalisée grace à la technologie CRISPR-Cas9. La synthèse et la sécrétion d’apoB ont été explorées par PCR digitale et par ELISA.

Des variations knock-out (KO) ont été induites dans les cellules HuH7 : p.Arg356Glufs*5 à l’état homozygote et hétérozygote, ainsi que le VSI p.Leu351Arg à l'état homozygote. L'expression d'APOB est diminuée de 70 % chez le clone hétérozygote KO et presque abolie chez le clone homozygote KO, et de façon concordante, la production et de la sécrétion d'apoB sont diminuées. Concernant le VSI p.Leu351Arg, une diminution de 40% de l'expression d'APOB a été observée, et aucune apoB n'a été mise en évidence dans les cellules, ni dans le surnageant.

Cette méthode permet l'étude fonctionnelle des variations de APOB sur la sécrétion de l’apoB. Nous rapportons une nouvelle variation faux-sens APOB : p.Leu351Arg, responsable de FHBL. Des explorations supplémentaires de ces lignées cellulaires conçues avec CRISPR-Cas9 aideront à comprendre comment les variations faux-sens dans APOB peuvent entrainer une FHBL.


Xavier VANHOYE, Alexandre JANIN, Amandine CAILLAUD, Antoine RIMBERT, Fabienne VENET, Morgane GOSSEZ, Wieneke DIJK, Oriane MARMONTEL, Séverine NONY, Charlotte CHATELAIN, Pierre LINDENBAUM, Bertrand CARIOU, Philippe MOULIN, Mathilde DI FILIPPO (LYON)
16:28 - 16:35 #28684 - SF23 Spécificités du conseil génétique des téloméropathies.
SF23 Spécificités du conseil génétique des téloméropathies.

On désigne par téloméropathie (« syndromes of telomeres shortening » ou « (short) telomere syndrome ») un ensemble d’atteintes présentées par les individus porteurs de mutations constitutionnelles dans un gène de la maintenance des télomères, le plus souvent associées à des télomères raccourcis mesurés en Flow-FISH. La dyskératose congénitale (DC) a été la première téloméropathie décrite avec la triade cutanée typique. Les téloméropathies s’expriment principalement au niveau hématologique (insuffisance médullaire de type aplasie, myélodysplasie, leucémie, macrocytose et/ou thrombopénie isolée), pulmonaire (fibroses pulmonaire) ou hépatique (maladie vasculaire du foie). Dans certaines formes pédiatriques, cela peut constituer l’étiologie de syndrome sévère associant atteinte neurologique (hypoplasie cérébelleuse, retard de croissance intra-utérin, microcéphalie) avec ou non insuffisance médullaire.

Le service de génétique de l’hôpital Bichat a obtenu la reconnaissance de son expertise nationale avec le label LBMR (laboratoire de Biologie Médicale de Référence) pour les téloméropathies. Il propose l’analyse moléculaire du nombre croissant de gènes impliqués dans les téloméropathies (dont TERT, TERC, DKC1, RTEL1, PARN, TINF2, NOP10, NHP2, ACD, NAF1, ZCCHC8, WRAP53, SHQ1, CTC1, STN1…). 

Avec un nombre croissant de familles identifiées porteuses de mutations le plus souvent suite à une étude génétique dans le contexte d’une fibrose pulmonaire familiale, le diagnostic pré-symptomatique est proposé aux apparentés. Les données de la littérature ainsi que celle du laboratoire sont en accord sur une pénétrance incomplète et une expressivité variable. Si la question d’un délai de réflexion ne s’était pas posée dans un premier temps du fait de la possibilité de prévenir et traiter certaines atteintes, face à la complexité de ce diagnostic, peut être que cela nécessiterait une nouvelle réflexion multi disciplinaire.

Le conseil génétique des téloméropathies présente quelques particularités spécifiques à cette pathologie. D’une part, il existe une transmission des télomères courts, indépendamment de la mutation, conduisant à une anticipation génétique et quelques phénocopies ont été décrites. D’autre part, des phénomènes de réversion cellulaire sont possibles.

Deux pré indications (fibroses pulmonaire monogénique et insuffisance médullaire d’allure constitutionnelle) ont été retenues permettant de proposer le séquençage de génome pour les familles inexpliquées. Les inclusions sont possibles dans deux réunions de concertation pluri-disciplinaire (RCP) existantes en rapport avec l’atteinte principale: la RCP du centre de référence (CRMR) des Aplasies Médullaires bi mensuelle (Pr Peffault de La tour, Dr Sicre de Fontbrune, Leblanc, Hôpital Saint Louis) avec la filière MariH et la RCP Pneumo-Génétique mensuelle sur Bichat avec la filière RESPIFIL (Pr Crestani, Dr Borie).


Ibrahima BA, Christelle MÉNARD, Claire OUDIN, Fabrizio CENCI, Malika CHELBI, Sylvie ALGLAVE, Karim DIALLO, Cécile FOURRAGE, Albane LASSUS, Cécile GUERIN, Elodie LAINEY, Aurélie PLESSIER, Thierry LEBLANC, Flore SICRE DE FONTBRUNE, Régis PEFFAULT DE LATOUR, Filière MARIH, Raphael BORIE, Bruno CRESTANI, Filière RESPIFIL, Catherine BOILEAU, Caroline KANNENGIESSER (PARIS)
16:35 - 16:42 #28753 - SF24 Enquête sur les pratiques concernant la révélation du statut de porteur sain d'un fœtus lors d'un diagnostic prénatal de maladie génétique.
SF24 Enquête sur les pratiques concernant la révélation du statut de porteur sain d'un fœtus lors d'un diagnostic prénatal de maladie génétique.

La réalisation d’un diagnostic prénatal (DPN) de maladie génétique implique, pour certaines maladies, la détection d’informations ne relevant pas d’une interruption médicale de grossesse, telles qu’un statut d’hétérozygote pour une maladie autosomique récessive, une prémutation du gène FMR1 ou un remaniement chromosomique équilibré. Ces résultats ne modifient pas le déroulement ni le suivi de la grossesse mais révèlent une information importante pour le conseil génétique du futur adulte. Au sujet de l’examen des caractéristiques génétiques chez le mineur asymptomatique, l’article R1131-5 du code de la santé publique stipule que «les examens ne peuvent être prescrits chez un mineur que si ce dernier ou sa famille peuvent personnellement bénéficier de mesures préventives ou curatives immédiates ». Il n'existe pas de consensus en France concernant le rendu d’un statut de porteur sain révélé chez un fœtus à l’issue d'un DPN.

Afin d’établir un état des lieux des pratiques des professionnels impliqués dans la prescription et le rendu des résultats du diagnostic prénatal, nous avons élaboré et diffusé un questionnaire à destination des conseillers en génétique, généticiens cliniciens et biologistes via les listes de diffusion de l’AFGC, l’AFCG, l’ANPGM, l’ACLF et du réseau AchroPuce.

101 réponses ont été recueillies entre février et avril 2021. Les participants étaient à 31,7% généticiens cliniciens, 28,7% conseillers en génétique, 15,8% cytogénéticiens, 12,9% généticiens moléculaires et 10,9% avaient une activité mixte. Toute pathologie confondue, 70,5% des biologistes mentionnent systématiquement les statuts de porteurs sains sur le compte-rendu d’analyse, 9,1% ne les mentionnent pas et 20,4% font intervenir le souhait du clinicien. Concernant les professionnels avec une activité clinique, 54% rendent systématiquement ces résultats aux parents, 10% ne les rendent pas et 36% les rendent à la demande des parents. Il existe des disparités en fonction de la pathologie concernée : les remaniements chromosomiques équilibrés sont rendus par 100% des biologistes et il s’agit du statut de porteur sain le plus souvent rendu par les cliniciens (systématiquement pour 65,6%) ; la prémutation du gène FMR1, qui expose à une problématique supplémentaire puisqu’elle peut être associée à des manifestations à l’âge adulte, est rendue systématiquement par 53.5% des biologistes et 50% des cliniciens ; concernant les statuts d’hétérozygotes, ils sont plus souvent rendus lorsqu’ils concernent une maladie autosomique récessive fréquente. Nous avons recueilli les différents arguments conduisant les professionnels à rendre ou ne pas rendre ces résultats.

Cet état des lieux révèle une tendance générale à plutôt rendre le statut de porteur sain d'un fœtus à l’issue d’un DPN de maladie génétique, avec néanmoins une réelle hétérogénéité des pratiques et des points de vue, qui soulève l’intérêt d’une réflexion générale afin de tenter d’harmoniser les prises en charge des familles.


Marie-Clémence GORENSTEIN, Clémence MOLAC, Aurélie COUSSEMENT, Laurence CUISSET, France LETURCQ, Emmanuelle GIRODON, Sarah GROTTO (Paris)
Belvédère

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E36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 05

Modérateurs : Sandra MERCIER (Généticienne clinicienne) (NANTES), Florence PETIT (PU-PH) (LILLE)
16:00 - 16:07 #27907 - SF25 Analyse fonctionnelle de variants chez des patients atteints d’albinisme.
SF25 Analyse fonctionnelle de variants chez des patients atteints d’albinisme.

L’albinisme est une pathologie génétique liée à l’atteinte d’un des 21 gènes connus actuellement. Malgré une analyse génétique complète, 30% des patients restent sans diagnostic moléculaire.

Afin d’améliorer le diagnostic des patients atteints d’albinisme nous avons mis en place un processus de validation de variants de signification inconnue (VSI) par test fonctionnel sur mélanocytes en culture mettant en œuvre des essais de sauvetage de phénotype (rescue).

A ce jour nous avons inactivé par CRISPR/Cas9 les gènes TYR et OCA2 et nous poursuivrons par les gènes TYRP1 DCT et SLC45A2. Nous avons caractérisé ces modèles sur le plan fonctionnel en confirmant l’absence de production de la protéine et l’altération de production de mélanine par mesure spectrophotométrique. Dans un second temps nous avons réintroduit la séquence cDNA sauvage dans les cellules inactivées pour vérifier la récupération de la production de la protéine.

Afin de caractériser plus finement ces modèles, la maturation des mélanosomes sera évaluée par microscopie électronique à transmission et l’acidification des mélanosomes sera effectuée par test Lysotracker. Les différents composés ou intermédiaires de mélanine seront mesurés par HPLC et RMN. Ceci nous permettra de valider les indicateurs pertinents et de calibrer les essais de validation fonctionnelle des VSI.

Une fois ces modèles bien caractérisés, les ADNc correspondants aux VSI d’intérêt obtenus par mutagénèse dirigée seront introduits dans les clones KO pour le gène correspondant afin d’évaluer leur effet sur la récupération du phénotype.

Au-delà de répondre à l'errance diagnostique liée aux variants de signification inconnue, cette étude va identifier des éléments de compréhension de la relation génotype-phénotype. En particulier, la mise en évidence des molécules ayant un rôle clé dans le processus physiopathologique doit permettre de proposer des pistes thérapeutiques pour les patients atteints d'albinisme.


Vincent MICHAUD (Bordeaux), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Eulalie LASSEAUX, Benoit PINSON, Sabrina LACOMME, Etienne GONTIER, Antoine LOQUET, Benoit ARVEILER, Sophie JAVERZAT
16:07 - 16:14 #27913 - SF26 Apport du WES dans les pathologies du métabolisme du fer : une nouvelle approche intégrative améliore le rendement diagnostic et identifie de nouveaux gènes candidats.
SF26 Apport du WES dans les pathologies du métabolisme du fer : une nouvelle approche intégrative améliore le rendement diagnostic et identifie de nouveaux gènes candidats.

Les pathologies héréditaires du métabolisme du fer sont un groupe de maladies pouvant causer des atteintes organiques parfois sévères. On distingue globalement les surcharges en fer (SF) et les hyperferritinémies sans surcharge (HF). Une fois l’hypothèse d’une hémochromatose C282Y homozygote éliminée, le diagnostic de ces pathologies peut s’avérer complexe. En effet, considérées comme mendéliennes dans leur première description, les connaissances actuelles tendent à caractériser ces maladies comme des pathologies complexes, dont la pénétrance et l’expression sont influencées par l’environnement, la stratification de la population ainsi que par des variants hypomorphes. De plus, certaines maladies génétiques sont associées à des perturbations secondaires du bilan martial, comme les anémies héréditaires notamment. A l’heure actuelle, la stratégie diagnostique au CHU de Rennes consiste en un séquençage ciblé de douze gènes (HFE, HJV, HAMP, TFR2, SLC40A1, BMP6, CP, TF, SLC11A2, FTL, FTH et TMPRSS6). Avec cette stratégie, le rendement diagnostic n’est que de 20 à 30%. Ainsi, une analyse par whole exome sequencing (WES) a été menée sur une cohorte de 30 individus porteurs d’un phénotype de SF ou HF, pour lesquels l’analyse par panel n’avait pas permis d’établir de diagnostic. Afin d’analyser ces données, une liste de gènes stratifiée en quatre groupes a été réalisée en agrégeant les données disponibles sur la base de données Harmonizome ainsi qu’en effectuant une revue étendue de la littérature. Les groupes ont été constitués en fonction de l’implication des gènes retenus en pathologie humaine et de leur description dans des phénotypes de SF ou de HF. Les gènes n’appartenant à aucun de ces quatre groupes et dont la pLI est supérieur à 0.9 ont également été explorés selon une méthode « hypothesis-free ». Cette approche par palier permet de faciliter l’exploration des données en modulant les autres paramètres de filtration des variants. Avec cette approche, un total de 25 variants de classe 3, 4 et 5 (classification ACMG) ont été retrouvés. Un diagnostic de maladie de Gaucher sans autre manifestation clinique qu’une HF ainsi que celui d’une anémie sidéroblastique liée à ALAS2 (sur un trait microcytaire uniquement) ont ainsi pu être posés. Ces résultats permettent de sensibiliser le biologiste et le clinicien à ces étiologies rares. De nouveaux gènes candidats tels que SLC11A1 ont également pu être mis en évidence et constituent des pistes de recherche intéressantes pour de nouvelles voies de signalisation et d’éventuels effets multigéniques.


Anna LOKCHINE (Rennes), Wilfrid CARRE, Martine ROPERT, Lénaick DETIVAUD, Olivier LORÉAL, Marie DE TAYRAC, Edouard BARDOU-JACQUET, Houda HAMDI-ROZÉ
16:14 - 16:21 #28330 - SF27 Caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants non codants créant de nouveaux cadres de lecture dans le 5’UTR de l’Endogline et responsables de Maladie de Rendu-Osler.
SF27 Caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants non codants créant de nouveaux cadres de lecture dans le 5’UTR de l’Endogline et responsables de Maladie de Rendu-Osler.

La maladie de Rendu-Osler (MRO), ou « télangiectasie hémorragique héréditaire », est une maladie vasculaire caractérisée par une atteinte de petits vaisseaux à l’origine de troubles hémorragiques, de télangiectasies cutanéomuqueuses et de malformations arterioveineuses. D’incidence d’ ~ 1/8000 naissances, la MRO est une maladie  génétique à transmission autosomique dominante. Les 3 principaux gènes impliqués dans la MRO sont ACVRL1 (ou ALK1), ENG et SMAD4. Mais ~20% des cas de MRO restent sans explication moléculaire dans les régions exoniques/introniques de ces 3 gènes.

Dans le cadre du screening moléculaire de ces 3 gènes réalisé chez 274 patients MRO par le département de génétique de la Pitié-Salpêtrière, nous avons identifié 3 nouveaux variants situés dans le 5’UTR de l’ENG chez 3 patients non apparentés. Ces 3 variants (c.-406C > T ; c.-79C > T et c.-68G > A) considérés au premier abord comme de signification inconnue (VUS en anglais) s’avèrent créer différents types de codons d’initiation à la traduction (uTIS, upstream Translation Start Site) (uAUG et uCUG), à l'origine de potentiels nouveaux cadres de lectures (uORF, upstream Open Reading Frame) chevauchants avec la partie codante du gène.

Par des études in vitro, nous montrons que ces 3 variations sont associées à une diminution de l’expression de l’ENG et/ou une altération de l’activité du promoteur de l’ENG dans les cellules HeLa et des cellules endothéliales. De plus, l’application de techniques de polysome-/ribosome- profiling suggère que ces variants inhibent la traduction de l’Endogline (codée par ENG) dont l’haploinsuffisance est responsable de la MRO. Ces 3 nouveaux variants s’ajoutent à 3 variants du même type rapportés dans la littérature et identifiés chez des patients MRO.

Ces résultats contribuent non seulement à améliorer le diagnostic moléculaire de la MRO mais suggèrent qu’une attention toute particulière doit être portée, dans le cadre du diagnostic moléculaire des maladies rares, aux variations génétiques à l’origine de nouveaux uORFs.


Omar SOUKARIEH (Bordeaux), Carole PROUST, Preeti KUTE, Kornel LABUN, Eivind VALEN, Florent SOUBRIER, Aurélie GOYENVALLE, Mélanie EYRIES, David-Alexandre TRÉGOUËT
16:21 - 16:28 #28382 - SF28 SLP2 et les Prohibitines, des acteurs majeurs dans les maladies liées aux mutations CHCHD10.
SF28 SLP2 et les Prohibitines, des acteurs majeurs dans les maladies liées aux mutations CHCHD10.

Dans une famille avec myopathie mitochondriale et maladie du motoneurone, nous avons identifié par séquençage d’exome un variant pathogène hétérozygote (c.176C > T, p.Ser59Leu) dans le gène CHCHD10 qui code pour une protéine mitochondriale (S. Bannwarth et al., Brain 2014). L’identification de ce gène nous a permis de fournir la preuve génétique qu’un dysfonctionnement mitochondrial peut entraîner une maladie du motoneurone. Par la suite, notre groupe et d'autres ont également montré l’implication de ce gène dans la sclérose latérale amyotrophique (SLA), la démence frontotemporale (DFT) et d'autres maladies neurodégénératives. La fonction précise de CHCHD10 dans la mitochondrie restant encore à définir, nous analysons des effets les mutations CHCHD10 pour identifier les mécanismes moléculaires responsables du large spectre clinique observé chez les patients. Pour cela, nous avons généré des souris knock-in (KI) hétérozygotes pour la mutation p.Ser59Leu (Chchd10S59L/+) et avons montré que ce modèle murin reproduit la myopathie mitochondriale présentée par les patients. Avant 14 mois, elles développent une cardiomyopathie mitochondriale fatale associée à une dégradation des mitochondries par mitophagie. De façon tout à fait intéressante, elles présentent également une dégénérescence des neurones moteurs et de la jonction neuromusculaire avec une perte des motoneurones dans la moelle lombaire (Genin et al., Acta Neuropathol. 2019).

 

A partir de modèles cellulaires humains et de modèles murins, nous venons d’identifier 2 nouveaux partenaires majeurs de CHCHD10 : SLP2 (Stomatin-like protein 2) et le complexe des prohibitines (PHB) dont la déstabilisation serait à l’origine d’une cascade d’évènements associée aux maladies liées aux mutations CHCHD10. Nous montrons que CHCHD10 interagit avec SLP2 pour contrôler la stabilité du complexe PHB qui est situé dans la membrane interne mitochondriale. Dans les tissus atteints des souris Chchd10S59L/+, SLP2 forme des aggrégats avec les prohibitines, le complexe PHB est déstabilisé induisant une activation de la protéase OMA1 ce qui augmente la protéolyse de OPA1 entraînant une fragmentation du réseau mitochondrial, une perte des crêtes mitochondriales et la mort cellulaire par apoptose. La perte des crêtes mitochondriales dépend à la fois de la déstabilisation du complexe PHB et de l’instabilité du complexe MICOS via la perturbation de l’interaction OPA1/Mitofiline et de l’activation de la mitophagie dépendante de Pink1 et de Parkin. Nous observons également un dysfonctionnement de SLP2/PHB dans l’hippocampe de ces animaux qui serait impliqué dans la neurodégénérescence observée chez ces animaux.

 

En conclusion, nous démontrons que les aggrégats SLP2/PHB et la déstabilisation du complexe PHB sont impliqués dans les cascades d’évènements responsables des pathologies liées à CHCHD10S59L.

 


Sylvie BANNWARTH (NICE), Emmanuelle GENIN, Baptiste ROPERT, Alessandra MAURI-CROUZET, Françoise LESPINASSE, Gaëlle AUGE, Konstantina FRAGAKI, Charlotte COCHAUD, Sandra LACAS-GERVAIS, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
16:28 - 16:35 #28569 - SF29 Analyse rétrospective et reclassification des variants du gène DYSF dans une grande série française de patients atteints de dysferlinopathie.
SF29 Analyse rétrospective et reclassification des variants du gène DYSF dans une grande série française de patients atteints de dysferlinopathie.

L'évolution récente des technologies de séquençage ainsi que le développement de normes internationales d'interprétation des variants ont profondément changé les approches diagnostiques en génétique médicale. En conséquence, de nombreux variants initialement considérés comme pathogènes peuvent désormais être reclassés comme bénins ou incertains à la lumière des nouvelles données disponibles. Malheureusement, les variants avec une classification erronée initiale sont toujours présents dans la littérature scientifique et dans les bases de données, ce qui interfère grandement avec l'interprétation des résultats de séquençage. Malgré le besoin urgent, les efforts pour mettre à jour les classifications de ces variants ne sont toujours pas suffisants.

Nous avons effectué une analyse rétrospective de 176 variants du gène DYSF qui ont été identifiés chez des patients atteints d’une dysferlinopathie, adressés au Département de Génétique Médicale de Marseille pour un séquençage diagnostique depuis 2001. Nous avons reclassé tous les variants dans les cinq classes de pathogénicité selon les recommandations ACMG/AMP, révélant une pathogénicité modifiée pour 17 variants. Nous avons ensuite mis à jour les informations pour les variants qui ont été précédemment publiés dans la base de données LOVD-DYSF et avons soumis 46 variants DYSF supplémentaires.

Outre les avantages directs pour le diagnostic de dysferlinopathie, notre étude contribue à l'effort global de réanalyser les variants des cohortes précédemment publiées. Notre travail souligne également l’importance de travailler en concertation avec des bases de données de variants afin de mettre à jour les informations pour les variants classés de manière erronée au préalable des recommandations actuelles.


Théo CHARNAY, Véronique BLANCK, Mathieu CERINO, Marc BARTOLI, Florence RICCARDI, Nathalie BONELLO-PALOT, Christophe PÉCHEUX, Karine NGUYEN, Nicolas LÉVY, Svetlana GOROKHOVA (MARSEILLE), Martin KRAHN
16:35 - 16:42 #28685 - SF30 Liaisons dangereuses entre les allèles intermédiaires de l’expansion TBP (SCA17) et les mutations STUB1 (SCA48).
SF30 Liaisons dangereuses entre les allèles intermédiaires de l’expansion TBP (SCA17) et les mutations STUB1 (SCA48).

Les expansions pathogéniques de motifs « CAG » dans le gène TBP sont responsables de l’ ataxie spinocérébelleuse de transmission autosomique dominante de type 17 (SCA17). Les patients SCA17 présentent une ataxie cérébelleuse associée à une démence qui peut être au premier plan. Les allèles de TBP sont polymorphes et varient entre 25 et 40 répétitions CAA/CAG dans la population générale alors que le seuil pathologique d’une expansion est de 49 répétitions. Dans la large zone regroupant les allèles intermédiaires (41-48 répétitions) qui représente 1 à 2% de la population européenne, la pathogénicité est discutée, notamment du fait de nombreux individus asymptomatiques à un âge avancé. Soit ces allèles intermédiaires ne sont pas pathogènes, soit d’autres facteurs influencent leur pénétrance.

Dans une étude récente nous avons mis en évidence l’importance des variants pathogènes du gène STUB1 (SCA48), qui de manière similaire à SCA17 se manifestent par une atteinte cognitive dans plus de la moitié des cas (Roux et al Genet Med. 2020 Nov;22(11):1851-1862). Nous avions alors détecté dans 2 familles la co-ségrégation de variants STUB1 avec des allèles intermédiaires de TBP, qui avaient été incriminés initialement. Ceci suggéra que les variants de STUB1 pouvaient être la cause de la maladie, ou agir de concert avec les expansions intermédiaires de TBP pour modifier la pénétrance de la maladie. Afin de répondre à cette question nous avons recherché des mutations du gène STUB1 dans une cohorte de 22 familles précédemment diagnostiquées SCA17 et séquencé les expansions TBP dans une cohorte étendue de patients SCA48 (n=57).

Une large majorité, 79%, des patients STUB1 présentent des allèles normaux de TBP mais 21% des allèles intermédiaires de TBP. De manière frappante, la moitié des 22 cas avec des allèles intermédiaires de TBP présentent des variants pathogènes de STUB1, mettant en cause la pathogénicité des seuls allèles intermédiaires de TBP en suggérant un lien avec les variations de STUB1.

De plus, l’analyse clinique des patients STUB1 a permis de montrer une association forte de la présence des allèles intermédiaires de TBP avec le risque de développer une démence (OR=1.845 [1.188 ; 3.453], p = 0.0229).

En conclusion, cette étude souligne que l’interprétation des allèles intermédiaires de TBP en clinique doit être faite avec beaucoup de précaution car d’autres gènes, en particulier STUB1, sont plus probablement en cause. De plus, nos résultats suggèrent que ces allèles intermédiaires de TBP agissent en modificateur de la pathologie SCA48, en favorisant l’apparition d’une démence. Le lien fonctionnel entre STUB1 et TBP reste maintenant à élucider.


Mathieu BARBIER (Paris), Claire Sophie DAVOINE, Maximilien PORCHE, Emilien PETIT, Giulia COARELLI, Sabrina SAYAH, Lena GUILLOT NOEL, Jean Philippe NEAU, Lucie GUYANT MARECHAL, Anne-Laure FAURET, Alexis BRICE, Alexandra DURR
Dortoirs

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F36
16:00 - 16:45

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 06

Modérateurs : Florence DEMURGER (medecin) (Vannes), Marie-Bérengère TROADEC (PU-PH) (BREST)
16:00 - 16:07 #27994 - SF31 Étude de phase 3 sur le setmélanotide chez des patients ayant un syndrome de Bardet-Biedl : résultats contrôlés par placebo.
SF31 Étude de phase 3 sur le setmélanotide chez des patients ayant un syndrome de Bardet-Biedl : résultats contrôlés par placebo.

Introduction et but de l’étude : cette étude de phase 3 a été menée chez 38 participants souffrant d’obésité : 32 ayant un syndrome de Bardet-Biedl (SBB) et 6 un syndrome d’Alström (SA). Chez les patients SBB, le setmélanotide était associé à une réduction significative du poids et de la faim à la semaine 52 (critère d'évaluation principal).

Matériel et méthodes : dans cette étude (NCT03746522), les patients SBB ou SA ont été randomisés au setmélanotide ou au placebo pendant 14 semaines. L’obésité était définie par un poids > 97e percentile chez les enfants de 6 à 15 ans et un IMC ≥ 30 kg/m² chez les enfants de ≥ 16 ans. Le poids, la faim et les événements indésirables (EI) ont été évalués.

Résultats et analyse statistique : 32 participants SBB ont été inclus, dont 29 de ≥ 12 ans. Dans le groupe traité par setmélanotide, on a observé entre l’inclusion et la semaine 14 : une réduction significative du poids moyen de -4 kg correspondant à une variation moyenne de -3,2 % et une diminution moyenne du score de faim de -34,8 %. Chez tous les participants, l’EI le plus fréquent était l’érythème au point d’injection (setmélanotide, 42,1 % ; placebo, 36,8 %). Les EI étaient similaires entre les groupes de traitement sauf pour l’hyperpigmentation retrouvée chez 11 (57,9 %) patients traités par setmélanotide, versus 0 patient sous placebo.

Conclusion : les patients SBB traités par setmélanotide ont significativement réduit leur poids et leur score de faim par rapport au groupe placebo : respectivement -4 kg vs -0,2 kg et -34,8 % vs -14,5 %. Le setmélanotide pourrait être un traitement prometteur contre l’obésité et la faim chez les patients atteints d’un SBB.


Jesús ARGENTE, Karine CLÉMENT, Hélène DOLLFUS (Strasbourg), Joan C. HAN, Andrea M. HAQQ, Gabriel Á. MARTOS-MORENO, Robert S. MITTLEMAN, Murray STEWART, Matt WEBSTER, Jack A. YANOVSKI, Guojun YUAN, Robert HAWS
16:07 - 16:14 #28132 - SF32 Explication d’une surdité syndromique par une anomalie chromosomique équilibrée de novo impactant un élément régulateur de NR2F1 identifiée par séquençage du génome entier sur AURAGEN.
SF32 Explication d’une surdité syndromique par une anomalie chromosomique équilibrée de novo impactant un élément régulateur de NR2F1 identifiée par séquençage du génome entier sur AURAGEN.

Nous rapportons les résultats de l’analyse du génome entier sur la plateforme AURAGEN, indiquée pour un cas sporadique de surdité syndromique bilatérale associée à une hypoplasie cochléaire, révélant une translocation équilibrée de novo interrompant un élément régulateur d’intérêt.

 Chez cet enfant, l’échographie du 2e trimestre révélait une suspicion de CIV minime. Il est né eutrophe à terme. L’examen cardiologique a retrouvé une petite CIA et trois minimes CIV musculaires de fermeture spontanée. Les oto-émissions acoustiques étaient négatives, les PEA ont confirmé une surdité profonde d’un côté et sévère de l’autre nécessitant un appareillage bilatéral dès l’âge de 3 mois. La recherche de CMV était négative. Le développement psychomoteur et la croissance sont normaux, avec bon développement du langage. Il présente quelques particularités morphologiques non héritées avec oreilles décollées, clinodactylie bilatérale des 5e doigts, chevauchement des 2ème sur les 3ème orteils. L’IRM cérébrale a révélé une hypoplasie des deux cochlées avec mauvaise visualisation du modulus. La CGH array n’a pas identifié d’anomalie.

L’analyse du génome entier a révélé la présence d’une translocation équilibre t(5;18)(q15;q21.1) de novo, confirmée par caryotype et FISH. Le point de cassure est localisé dans le gène MCTP1, 1Mb en aval du gène NR2F1, à la base 94804165 (hg38). Le point de cassure identifié chez notre patient survient dans l’intron 17 de MCTP1. Les données bioinformatiques suggèrent la présence d’un domaine d’association topologique à proximité du point de cassure identifié.

En 2010, le premier patient rapporté avec une anomalie de NR2F1 était porteur d’une inversion paracentrique identifiée dans le bilan d’une surdité syndromique. Depuis, les variations de la séquence codante de ce gène sont connues comme responsables du syndrome de Bosch-Boonstra-Schaaf, où environ 20 à 40% des patients présentent une surdité.

Deux lignées murines naturelles permettent d’explorer les élément régulateurs introniques à distance de NR2F1 et présentent notamment des malformations cochléaires. Le modèle murin spontané de surdité deaf wanderer présente une délétion des exons 11 à 15 de Mctp1, localisé 1.4 Mb en amont de Nr2f1. Cette délétion engendre une diminution de l’expression de Nr2f1, spécifiquement dans la cochlée embryonnaire. Les altérations morphologiques de l’oreille interne étaient similaires à celles observées chez les souris mutées Nr2f1.

Des études complémentaires semblent requises pour déterminer avec certitude le mécanisme moléculaire de cette variation candidate au diagnostic. Ce cas illustre l’intérêt de réaliser l’analyse du génome entier en première intention devant une pathologie malformative syndromique, qui permet d’identifier en une seule analyse une translocation équilibrée et de préciser ses points de cassure, pouvant révéler des gènes ou éléments régulateurs d’intérêt.


Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Julien THEVENON, Vincent GATINOIS, Luke MANSARD, Jacques PUECHBERTY, Anne-Françoise ROUX, Fanny MERKLEN, Michel MONDAIN, Mohamed AKKARI, Lylou CASTEIL, Nicolas LEBOUCQ, Damien SANLAVILLE, Virginie BERNARD, Renaud TOURAINE
16:14 - 16:21 #28165 - SF33 Identification de variants génétiques rares par analyse d’exome impliqués dans les infections invasives à pneumocoque en pédiatrie.
SF33 Identification de variants génétiques rares par analyse d’exome impliqués dans les infections invasives à pneumocoque en pédiatrie.

Invasive pneumococcal diseases (IPDs) are still severe diseases in the pediatric population, despite major progress in vaccination and therapeutics. Apart from the pathogen virulence factors, host individual characteristics, including host genetic factors, are implicated in the susceptibility and severity to these diseases. Further understanding of the molecular factors involved in the development of these severe infections could lead to better treatment, prevention, and thus better outcome. Previous studies identified several candidate genes for IPDs, however, mostly because of methodological shortcomings, these results are yet to be confirmed. Our study aimed to identify rare coding genetic variants implicated in the development of IPDs through a large-scale genetic strategy using whole-exome sequencing (WES) of 32 children admitted in the pediatric intensive care unit for IPD.

Contrary to most previous studies related to IPDs, we chose an untargeted approach to identify novel variants. We developed a bioinformatic analysis pipeline to identify rare, non-synonymous and possibly pathogenic variants implicated in IPD. The pipeline was designed to identify genetic variants, store their Minor Allele Frequency (MAF), and determine possible pathogenicity with 4 tools: VEP, ANNOVAR, InterVar and CADD. Furthermore, we compared the number of variants observed in our 32 patients to an unrelated control population (n=69) to validate our pipeline and discoveries.

We identified 86 rare variants at heterozygous state in 18 different genes, including 7 genes previously associated with immunological functions, inflammation, or infectious diseases. The control population presented significantly fewer variants (p=7.6x10-16) in fewer genes (p=5.5 x10-16): a median of 6.5 variants in 4.2 genes/control vs. 14.9 variants in 10.5 genes/patients in the IPD population.

We built a predictive model based on the identified variants present in each individual of the 18 genes. We used a stepwise regression to further select genes which better predicted the status IPD vs. control. The best predictive model included 7 genes, the ROC curve showed an AUC of 0.999. These 7 genes were MYO5B, PABPC1, NBPF26, PCDHB4, SPATA31A3, CFTR, and AHNAK2.

Our results revealed multiple heterozygous variants in a restricted set of genes for each patient presenting an extreme phenotype of pneumococcal disease, emphasizing the likely polygenicity of IPD risk. In conclusion, these first results suggest an unprecedented immune deficiency involving the association of several rare mutations in immune-related genes. These results may be used to predict the individual risk of children to present IPDs. We will pursue our efforts in characterizing this risk by reproducing our findings with other populations of children with IPDs.


Morgane GÉLIN (Nantes), Sophie LIMOU, Pierre-Antoine GOURRAUD, Olivia ROUSSEAU, Axelle DURAND, Fleur LORTON, Christèle GRAS-LEGUEN, Elise LAUNAY, Nicolas VINCE
16:21 - 16:28 #28447 - SF34 TTC12, un gène de dyskinésie ciliaire primitive révèle différents modes d’assemblage des bras de dynéines axonémaux entre cils mobiles et flagelles.
SF34 TTC12, un gène de dyskinésie ciliaire primitive révèle différents modes d’assemblage des bras de dynéines axonémaux entre cils mobiles et flagelles.

Contexte

Les cils mobiles respiratoires et les flagelles des spermatozoïdes partagent une structure axonémale conservée au cours de l’évolution. Les défauts de structure et/ou de fonction de cet axonème sont responsables des dyskinésies ciliaires primitives (DCP), maladies génétiques de transmission essentiellement récessive se manifestant par des infections respiratoires chroniques dues à un défaut d’épuration mucociliaire (cils respiratoires), associées à une infertilité masculine (flagelle des spermatozoïdes) et/ou féminine (cils tubaires), plus rarement à une hydrocéphalie (cils épendymaires) et chez la moitié des patients, à un défaut de latéralisation (cil nodal).

Les DCP sont très hétérogènes génétiquement, reflétant la complexité du fonctionnement des cils et des flagelles. Les gènes impliqués peuvent coder des protéines de structure axonémale ou des protéines  cytoplasmiques assemblant les composants axonémaux avant leur transport vers le cil.

A ce jour, les mutations des gènes de DCP codant des protéines d’assemblage se traduisent par une absence des bras de dynéine externes (BDE) et internes (BDI), complexes protéiques axonémaux porteurs d’une activité ATPasique indispensable au battement ciliaire et flagellaire.

 

Résultats

Nous avons identifié 4 mutations bi-alléliques dans le gène TTC12, codant une protéine cytoplasmique, dans 4 familles indépendantes au sein desquelles les individus atteints présentaient un phénotype de DCP particulier. En effet, l’absence des BDE et des BDI dans le flagelle des spermatozoïdes contrastait avec la simple absence des BDI observée par microscopie électronique dans les cellules épithéliales nasales des patients.

Cette absence isolée de BDI a été confirmée dans un modèle de culture primaire de cellules nasales humaines en interface air-liquide invalidées pour TTC12 via CRISPR-Cas9. Des analyses par immunofluorescence nous ont également permis de mettre en évidence dans ce modèle et chez les patients, que le défaut des BDI des cils respiratoires était restreint à certains sous-type de BDI, différents des sous-types de BDI impliqués dans le flagelle des spermatozoïdes.

Par ailleurs, nous avons montré que la déplétion de TTC12 dans Paramecium tetraurelia, protiste modèle pour l’étude des cils mobiles, reproduisait le phénotype du flagelle des spermatozoïdes (absence des BDE et BDI).

 

Conclusion

Cette étude, qui a permis d’identifier TTC12 comme gène responsable de DCP codant pour un nouvel acteur dans l’assemblage cytoplasmique des bras de dynéines, révèle l’existence de mécanismes d’assemblage différents entre cils mobiles et flagelles chez l’homme.

Le développement du modèle de cellules épithéliales nasales humaines différenciées in vitro en cellules ciliées après une invalidation de gène par CRISPR-Cas9, ouvre de nouvelles perspectives pour l’étude des protéines impliquées dans la ciliogenèse et de la physiopathologie des maladies touchant l’épithélium respiratoire. 


Lucie THOMAS (PARIS), Khaled BOUHOUCHE, Marjorie WHITFIELD, Guillaume THOUVENIN, André COSTE, Bruno LOUIS, Claire SZYMANSKI, Emilie BEQUIGNON, Jean-François PAPON, Manon CASTELLI, Michel LEMULLOIS, Xavier DHALLUIN, Valérie DROUIN-GARRAUD, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Philippe DUQUESNOY, Bruno COPIN, Florence DASTOT, Sandrine COUVET, Anne Laure BARBOTIN, Catherine FAUCON, Isabelle HONORE, Bernard MAITRE, Nicole BEYDON, Aline TAMALET, Nathalie RIVES, France KOLL, Estelle ESCUDIER, Anne-Marie TASSIN, Aminata TOURE, Valérie MITCHELL, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE
16:28 - 16:35 #28455 - SF35 Retard de consolidation et pseudarthrose après fracture mandibulaire non stabilisée dans le modèle d’hypochondroplasie, Fgfr3N534K/+.
SF35 Retard de consolidation et pseudarthrose après fracture mandibulaire non stabilisée dans le modèle d’hypochondroplasie, Fgfr3N534K/+.

L’hypochondroplasie (HCH) est une forme de chondrodysplasie, liée à des mutations gain-de-fonction dans le gène Fibroblast Growth Factor Receptor 3 (FGFR3). Les patients HCH présentent un nanisme rhizomélique de sévérité modérée, avec anomalies morphologiques craniofaciales de sévérité variable (rétrusion maxillaire, prognathisme, macrocranie).

Notre équipe a généré le premier modèle murin d’Hch (Fgfr3N534K/+) exprimant la mutation faux-sens la plus fréquente, pAsn540Lys localisée dans le domaine kinase I de la protéine. Ce modèle Hch reproduit les caractéristiques phénotypiques de la pathologie humaine, liées à des perturbations dans les mécanismes d’ossification endochondrale et membranaire. Nous avons montré que les structures du cartilage et de l’os des squelettes axial et appendiculaire sont altérées par le gène muté, en revanche l’impact de la mutation activatrice FGFR3 sur la réparation osseuse est à ce jour inconnu.

L’objectif de notre projet fut d’analyser la réparation osseuse après fracture mandibulaire non stabilisée chez les souris Fgfr3N534K/+ et contrôles à l’âge de 6 semaines. Des analyses morphométriques à partir de microscanners ont été réalisées à différents stades après fracture (J10, J14, J21 et J28, ce dernier stade correspondant au délai normal d’une réparation complète). Nous avons observé que le Bone Volume/Total Volume (BV/TV) était diminué significativement de J10 (-10.17% ± 5.04, p < 0.05) à J28 (-4.9% ± 1.64; p < 0.01) chez les souris Hch comparées aux contrôles. Les analyses histomorphométriques ont confirmé l’implication du processus de réparation endochondrale dans ce modèle de fracture non stabilisée mandibulaire. Au stade J14 post fracture, l’aire chondrocytaire hypertrophique était fortement diminée (-83,87 ± 17,17 (% de l’aire chondrocytaire totale Collagène II positive); p < 0,001) au sein des cals de réparation chez les souris Hch comparées aux contrôles. De façon surprenante, nous avons observé au stade J28, que la consolidation osseuse était complète chez tous les contrôles, alors que chez les souris Hch, un retard de consolidation était toujours observé. Un grand nombre de souris Hch (60%) présentaient une pseudarthrose au sein des zones de réparation. Nous avons observé une persistance de cartilage chez 30 % de ces animaux avec une expression importante de Fgfr3 à la fois dans les plages de pseudarthrose et le cartilage.

Cette analyse de la réparation osseuse dans le modèle Hch montre la présence d’un retard important de réparation et démontre que le gène FGFR3 régule la formation osseuse dans un contexte traumatique. Ces données sont majeures pour les patients porteurs de mutations FGFR3 et apportent un éclairage nouveau dans le cadre de la prise en charge en chirurgie maxillo-faciale avec pour exemple les ostéotomies, distractions ostéogéniques et la traumatologie osseuse.


Anne MORICE, Lea LOISAY (Paris), Laurence LEGEAI MALLET
16:35 - 16:42 #28526 - SF36 La microcorie congénitale : une maladie rare modèle pour l’étude du développement oculaire et du glaucome.
SF36 La microcorie congénitale : une maladie rare modèle pour l’étude du développement oculaire et du glaucome.

L'iris et le corps ciliaire sont des tissus continus dotés de deux fonctions. La première est de moduler l’intensité de lumière qui passe au travers de la pupille dont le diamètre est contrôlé les muscles sphincter et dilatateur. La seconde est d’assurer le drainage de l’humeur aqueuse qui, produite par l’épithelium postérieur du corps ciliaire, s'écoule entre l'iris et le cristallin, à travers la pupille jusqu'à la partie antérieure de l'iris, au niveau de l’angle irido-cornéen, où elle est drainée. Une résistance à l'écoulement de l'humeur aqueuse peut provoquer une augmentation de la tension oculaire et un glaucome.

La microcorie congénitale est une malformation dominante autosomique de l'iris qui affecte ces deux fonctions. Elle se caractérise par une absence partielle ou totale de muscle dilatateur. Une implantation haute de la racine de l’iris dans l’angle irido-cornéen est rapportée dans la quasi-totalité des cas. Bien que sans conséquence sur l’ouverture de l’angle, cette anomalie est incriminée pour rendre compte du glaucome juvénile diagnostiqué chez 30% des malades. Enfin, il est à noter qu’une myopie axiale forte est associée dans 80% des cas.

Précédemment, nous avons montré que la maladie est due à des délétions submicroscopiques de la région 13q32.1. Ici, nous rapportons l’étude d’un modèle murin porteur de la délétion minimale, que nous avons généré et qui révèle l’existence de mécanismes complexes de dérégulation tridimensionnelle de l’expression d’un facteur de transcription, Sox21. Nous montrons que la délétion critique de la région MCOR est responsable d’une expression ectopique constitutive de Sox21 dans l’épithélium postérieur de l’iris et du corps ciliaire. Nous montrons aussi que Sox21 se lie à l’intron 1 du gène Tgfb2, provoquant une augmentation de l’expression du gène dans l’iris et le corps ciliaire et l’accumulation de la protéine dans l’humeur aqueuse. Enfin, nous montrons que si la délétion minimale dans des lignées tumorales iriennes humaines est sans conséquence sur l’expression de SOX21, dans les cellules de l’épithélium postérieur de l’iris humain en culture celle-ci provoque l’expression ectopique du gène.

Ces observations suggèrent que la microcorie congénitale est une maladie complexe due à une dérégultation de la voie de signalisation TGFB2 impliquant SOX21. L’augmentation de l’expression de TGFB2 dans l’iris et le corps ciliaire, et l’accumulation de son produit dans l’humeur aqueuse, peuvent expliquer i) le défaut de développement du muscle dilatateur qui se développe dans l’épithélium antérieur par un effet paracrine, ii) la survenue d’un glaucome ; l’accumulation de TGFB2 dans l’humeur aqueuse est un facteur reconnu de prédisposition au glaucome primitif à angle et enfin iii) la myopie axiale, de nombreuses études mettant en relation TGFB2 et la croissance axiale de l’œil. Enfin, nos travaux ouvrent des perspectives thérapeutiques inattendues pour lutter contre les glaucomes en ciblant TGFB2 et/ou SOX21.


Clémentine ANGÉE, Elisa ERJAVEC (Paris), Brigitte NEDELEC, Pierre DAVID, Sylvie GERBER, Sylvain CRIPPA, Bruno PASSET, Jean-Luc VILOTTE, Nicolas CHASSAING, Corrine KOSTIC, Patrick CALVAS, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Lucas FARES-TAIE
Horizons
16:45 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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KF4
16:45 - 18:15

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16:45 - 18:15 #27910 - P004 Diagnostics moléculaires multiples dans la déficience intellectuelle et les anomalies du développement : 8% des diagnostics positifs.
Diagnostics moléculaires multiples dans la déficience intellectuelle et les anomalies du développement : 8% des diagnostics positifs.

Introduction : Le bilan étiologique des anomalies du développement et de la déficience intellectuelle (AD/DI) a grandement bénéficié des technologies de séquençage d’exome (ES) et de génome (GS). Au cours des dernières années a émergé la question des diagnostics moléculaires multiples (DMM), allant de 1,8% à 7,1% des diagnostics positifs identifiés par ES/GS dans la littérature. Nous présenterons les résultats d’une étude prospective et rétrospective dédiée à l’identification et la caractérisation des diagnostics moléculaires multiples (DMM) au sein d’une cohorte de 2346 patients atteints d’AD/DI.

Méthodes : Entre 03/2014 et 12/2020, notre laboratoire a rendu 730 diagnostics positifs identifiés par ES chez des patients atteints d’AD/DI. A partir de 01/2019, la recherche approfondie de DMM sur les données d’ES a été mise en place, d’une part en prospectif et d’autre part en rétrospectif sur l’ensemble des données d’ES rendues entre 03/2014 et 12/2018.

Résultats : Dans la cohorte prospective (01/2019 à 12/2020), parmi les 421 ES positifs, 18 (4,3%) présentaient un DMM et 17 (4%) incluaient une variation de signification inconnue (VSI) avec une forte probabilité d’être reclassée ; le taux diagnostique global était de 8,3%. Dans la cohorte rétrospective (03/2014 à 12/2018), parmi les 309 ES positifs, la réanalyse de 126 ES est à ce jour disponible (ES rendus avant 2017), incluant 3 DMM (2,4%) et 6 DMM avec une VSI (4,8%) ; le taux diagnostique global était de 7,1%. L’analyse rétrospective est encore en cours pour les résultats rendus en 2017 et 2018, et sera disponible dans les semaines à venir. Les modes de transmission, types de variations, proportion des variations du nombre de copies, le caractère hérité, la contribution des VSI, la temporalité des DMM et les caractéristiques des patients seront discutés.

Discussion : Les taux de DMM, respectivement 4,3% (8,3% en incluant les VSI) et 2,4% (7,1% en incluant les VSI) pour les cohortes prospective et rétrospective, sont en rapport avec la littérature. Deux des 3 DMM retrouvés lors de l’analyse rétrospective n’avaient pas été identifiés lors du rendu diagnostique initial car le gène n’était pas encore impliqué en pathologie humaine. Les taux de DMM s’avèrent variables car ils dépendent de la prise en compte de ce concept par l’équipe d’interprétation, de la mise à jour de données cliniques évolutives, de la connaissance croissante des gènes impliqués en pathologie humaine (gènes non encore connus, VSI non encore reclassées) et de l’amélioration des outils bio-informatiques. Les DMM semblent être sous-estimés dans les AD/DI alors même qu’ils impactent significativement les patients et leurs familles pour le conseil génétique, le dépistage anténatal et un suivi personnalisé. Ils participent également à une meilleure définition des spectres phénotypiques. Les DMM identifiés par réanalyse des données positives interrogent sur la nécessité de réanalyser les ES positifs, à la demande ou systématiquement.


Caroline RACINE (DIJON), Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Camille ENGEL, Frédéric TRAN MAU-THEM, Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Arthur SORLIN, Hana SAFRAOU, Sopie NAMBOT, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Marie BOURNEZ, Sébastien MOUTTON, Julien THEVENON, Daphné LEHALLE, Nada HOUCINAT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Marjolaine WILLMEMS, Alain VERLOES, Fanny LAFFARGUE, Lucile PINSON, James LESPINASSE, Elodie LACAZE, David GENEVIEVE, Olivier PATAT, Laetitia LAMBERT, Marion GERARD-BLANLUET, Charlotte BENIGNI, Valentin BOURGEOIS, Philippine GARRET, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:45 - 18:15 #28018 - P009 Des variations du gène SEMA6B sont responsables de déficience intellectuelle et altèrent la densité synaptique des neurones primaires d’hippocampes de souris.
Des variations du gène SEMA6B sont responsables de déficience intellectuelle et altèrent la densité synaptique des neurones primaires d’hippocampes de souris.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble neuro-développemental fréquent touchant 1 à 3% de la population et d’origine majoritairement génétique. Par séquençage à haut débit d’exome chez des patients atteints de DI sévère puis après un appel à collaboration internationale sur GeneMatcher, le gène SEMA6B a été identifié comme un bon candidat pour la DI. Quatorze variations dont onze jamais décrites dans la littérature (quatre faux-sens, six frameshift et quatre non-sens dont deux récurrents) ont ainsi été identifiées chez seize patients non apparentés atteints de déficience intellectuelle sévère à modérée sans dysmorphie reconnaissable ni malformation. Les patients avaient un langage limité à quelques mots ou absent, des troubles de motricité globale et de motricité fine, des stéréotypies et une épilepsie pour la majorité d’entre eux. Des données d’imagerie cérébrale étaient disponibles pour 7 patients, mentionnant des anomalies modérées et non spécifiques chez 3 d’entre eux : atrophie corticale, atrophie cérébelleuse, corps calleux fin ou court, syndrome d’interruption de la tige pituitaire. Le gène SEMA6B code la protéine sémaphorine 6B, une protéine chimiorépulsive inhibant la croissance axonale lors du développement du système nerveux central. Afin de démontrer l’implication de ce gène dans un phénotype neurodéveloppemental, nous avons initié des études fonctionnelles en générant des constructions plasmidiques contenant la forme sauvage ou mutée du gène Sema6b (cDNA murin). Ces constructions ont été surexprimées dans des lignées cellulaires (HEK293T) puis dans des cultures primaires de neurones hippocampiques de souris. Dans un premier temps, nous avons évalué l’impact de ces mutations sur la stabilité des protéines par Western Blot dans les cellules HEK293T et sur leur localisation subcellulaire par immunocytochimie dans les cellules HEK293T et les cultures neuronales. Les conséquences induites par les variations du gène Sema6b sur la morphogenèse et la synaptogenèse ont également été évaluées via l’étude de différents paramètres neuronaux tels que la morphologie, l’arborisation dendritique ou encore la densité synaptique dans les cultures de neurones après analyse en microscopie confocale. Les résultats montrent un impact des variations non-sens sur la localisation subcellulaire de la protéine que ce soit dans les lignées cellulaires HEK293T ou dans les neurones. De plus, les variations semblent altérer la densité synaptique des neurones et la maturation des épines dendritiques. Ces résultats suggèrent que l’expression d’un variant protéique de SEMA6B pourrait altérer la morphogenèse neuronale. Cette étude permet donc de valider la pathogénicité de ces variations et plus largement de démontrer le rôle de la sémaphorine 6B dans la physiopathologie de la DI.


Amélie CORDOVADO (Tours), Martina SCHAETTIN, Médéric JEANNE, Veranika PANASENKAVA, Anne Sophie DENOMMÉ-PICHON, Boris KEREN, Cyril MIGNOT, Lance RODAN, Kery RAMSEY, Vinodh NARAYANAN, Julie R. JONES, Eloise J. PRIJOLES, Wendy G. MITCHELL, Jillian R OZMORE, Erin TORTI, Leslie GRANGER, Andrea K. PETERSEN, Paige STURM-MATHENY, Margaret AU, Chanika PHORNPHUTKUL, Mary-Kathryn CHAMBERS, Eduardo LOPEZ-LASO, Joaquin-Alejandro FERNANDEZ-RAMOS, Michael C. KRUER, Marcella ZOLLINO, Guiseppe MARANGI, Manuela MORLEO, Davide MEI, Tiziana PISANO, Renzo GUERRINI, Martine DOCO-FENZY, Raymond J. LOUIE, Anna CHILDERS, David B. EVERMAN, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Frédéric LAUMONNIER, Esther STOECKLI, Annick TOUTAIN, Marie-Laure VUILLAUME WINTER
16:45 - 18:15 #28383 - P014 Apport des modèles murins à l’étude des troubles du spectre autistique : l’exemple de la souris Shank3Δ11/Δ11.
Apport des modèles murins à l’étude des troubles du spectre autistique : l’exemple de la souris Shank3Δ11/Δ11.

Les troubles du spectre autistique (TSA) concernent 1 à 2% de la population. Ces troubles neurodéveloppementaux sont caractérisés par des altérations de la communication et des interactions sociales, ainsi que des comportements stéréotypés et des intérêts restreints. Plus de 200 gènes sont associés à l’autisme, mais pour chaque gène le nombre de patients est limité (<1% de toutes les formes d’autisme). 

Les mutations du gène SHANK3, qui code pour une protéine d’échafaudage de la densité post-synaptique des synapses glutamatergiques, concernent 1-2% des patients avec TSA et déficience intellectuelle, notamment les patients atteints du syndrome Phelan-McDermid, généralement porteurs d’une délétion terminale de la région 22q13.3. Les autres symptômes de ce syndrome sont une hypotonie néonatale, une absence ou un retard d’acquisition du langage, une épilepsie dans 60% des cas.

Nous avons entrepris une caractérisation multi-échelle de la souris mutante Shank3Δ11/Δ11 dépourvue des isoformes majeures de SHANK3. Cette caractérisation comprend (i) une étude longitudinale (de 3 à 12 mois) du comportement des animaux, (ii) des analyses moléculaires à grande échelle (transcriptome et protéome de différentes régions du cerveau), (iii) l’étude de l’expression de gènes/protéines d’intérêt par RT-PCR quantitative et immunomarquage sur coupes de cerveau et (iv) de l’imagerie cérébrale fonctionnelle. Durant ce projet, nous avons développé deux outils innovants : le Live Mouse Tracker (LMT) qui permet d’analyser automatiquement le comportement d’un groupe d’animaux et un système automatique d’analyse des vocalisations ultrasoniques (USV) émises par les souris. Pour identifier les anomalies d’activation et de connectivité cérébrale chez la souris Shank3Δ11/Δ11 nous utilisons l’imagerie fonctionnelle par ultrasons (fUS) sur la souris éveillée avec présentation éventuelle de stimuli sociaux.

L’analyse comportementale a mis en évidence une diminution des comportements exploratoires, une augmentation des interactions socio-sexuelles et des comportements stéréotypés (auto-toilettage excessif qui peut induire des blessures graves) chez la souris Shank3Δ11/Δ11. L’analyse transcriptomique, réalisée sur le cortex, l’hippocampe, le striatum et le cervelet, a pointé le striatum comme région particulièrement impactée par le déficit en SHANK3. Le taux d’expression de certains gènes (Gad2, Gnal et Cnr1) exprimés différentiellement dans le striatum des souris Shank3Δ11/Δ11 et Shank3+/+ est corrélé au degré d’auto-toilettage. Enfin, le profil d’expression dans le striatum de la glutamate décarboxylase 65, codée par Gad2, suggère un défaut de compartimentation du striatum chez la souris Shank3Δ11/Δ11.

L’ensemble de ces études devrait nous permettre de mieux comprendre les mécanismes à l’origine des TSA avec altérations du gène SHANK3 et de proposer et tester de nouveaux traitements pharmacologiques.

 


Elisabeth VERPY (PARIS), Benoît FORGET, Fabrice DE CHAUMONT, Allain-Thibeault FERHAT, Anne BITON, Sabrina COQUERAN, Florian LASZLO, Mickael TANTER, Elodie EY, Thomas BOURGERON
16:45 - 18:15 #28754 - P019 La signature épigénétique d’ATRX permet de conclure sur le pathogénicité des variants de signification inconnue et d’élargir le spectre clinique : à propos de 4 familles.
La signature épigénétique d’ATRX permet de conclure sur le pathogénicité des variants de signification inconnue et d’élargir le spectre clinique : à propos de 4 familles.

Le syndrome ATR-X (Alpha-thalassémie-déficience intellectuelle liée à l'X, OMIM #301040) est caractérisé par l’association d’une déficience intellectuelle (DI) sévère, des traits morphologiques reconnaissables, un trait alpha-thalassémique et des anomalies génitales. Par la suite, il a été montré que le trait alpha-thalassémique n’était pas toujours présent et que la DI pouvait être modérée. Ce syndrome est causé par des variants pathogènes dans le gène ATRX, localisé sur le chromosome X et la protéine ATRX est impliquée dans le remodelage chromatinien. Les variants pathogènes d'ATRX provoquent des changements dans la méthylation de l'ADN mais les mécanismes biologiques ne sont complètement élucidés. Récemment, l'équipe du Dr.  Sadikovic a montré que le syndrome ATR-X possède une signature épigénétique. Nous avons utilisé cette nouvelle approche dans 4 familles indépendantes pour lesquelles nous suspections une hérédité liée au chromosome X. 

Nous présentons les données cliniques et moléculaires de 7 patients de sexe masculin, suivis de longue date dans notre centre, pour lesquels 4 variants faux-sens dans le gène ATRX ont été identifiés. Du fait du manque de données moléculaires et de l’absence des caractéristiques typiques du syndrome ATR-X, le diagnostic n'avait initialement pas été retenu par notre équipe clinico-biologique et les variants avaient été classés de signification incertaine (VSI). Récemment, nous avons relancé les analyses dans le but d’obtenir un conseil génétique précis pour les sœurs des patients. 

Nous avons repris l’ensemble des données médicales des patients et de leur famille. Les analyses génétiques ont été complétées par le séquençage à haut débit de panel de gènes impliqués dans la DI ou d’exome. L’analyse de la signature épigénétique d’ATRX a été réalisée. Nous avons ainsi pu poser de façon certaine le diagnostic de syndrome ATR-X dans 3 familles. Pour la quatrième famille, un autre diagnostic a pu être identifié.

Ce travail démontre l’intérêt de l'utilisation de la signature épigénétique en pratique courante et son utilité chez les patients avec un tableau clinique moins évocateur. La description méticuleuse des patients et leur suivi à long terme permet d’élargir le spectre clinique associé au syndrome ATR-X.


Alexandre ASTIER (Marseille), Svetlana GOROKHOVA, Solveig HEIDE, Francisco MARTINEZ, Sabine SIGAUDY, Catherine BADENS, Florence RICCARDI
16:45 - 18:15 #27985 - P024 Expansion phénotypique des variants bialléliques de PRRT2, de l’épilepsie néonatale pharmacorésistante aux mouvements anormaux paroxystiques : une étude de cohorte française.
P024 Expansion phénotypique des variants bialléliques de PRRT2, de l’épilepsie néonatale pharmacorésistante aux mouvements anormaux paroxystiques : une étude de cohorte française.

Introduction: Depuis 2011, de nombreux phénotypes ont été associés aux variations pathogènes hétérozygotes du gène PRRT2. Outre les historiques mouvements anormaux paroxystiques kinésigéniques, des tableaux de convulsions bénignes infantiles, d’ataxie épisodique, de dyskinésies non kinésigéniques, de migraines avec ou sans auras et de migraines hémiplégiantes ont été rapportés. Les phénotypes associés aux variations bi-alléliques de PRRT2 sont en revanche bien moins connus, avec seulement quelques patients décrits dans la littérature, et semblent différer en termes de sévérité et de présentation clinique. Parallèlement aux mouvements anormaux paroxystiques, ces patients peuvent en effet présenter un retard développemental ainsi qu’une maladie épileptique plus fréquente, plus sévère et plus précoce. Dans ce travail nous présentons une cohorte multicentrique française de 10 individus porteurs de variations bialléliques de PRRT2, permettant de confirmer et d’enrichir les connaissances sur les phénotypes associés aux variations bialléliques de ce gène.

Méthodes : Les patients ont été recrutés par le biais d’un appel à collaboration de la filière AnDDI-Rare et de la plateforme GeneMatcher®. Ils ont été phénotypés cliniquement, par imagerie médicale, et ont bénéficié de bilans biologiques exhaustifs pour écarter toute autre cause, acquise ou constitutionnelle. Le diagnostic moléculaire a été obtenu par séquence pangénomique (génome ou exome) ou ciblé selon les patients.

Résultats : Dix patients issus de 9 familles différentes ont été recrutés dans 6 centres français. Parmi ces patients (7 hommes et 3 femmes), 9 ont présenté des manifestations épileptiques dans les premiers mois de leur vie (8 avant 5 mois), dont 4 à type d’état de mal épileptique pharmacorésistant, focal ou généralisé. Cinq individus (50%) ont présenté un retard développemental, le plus souvent léger, associé à des troubles du comportement. Cinq patients ont présenté des manifestations paroxystiques apparues dans un second temps, à type de dyskinésie, d’ataxie épisodique ou de migraines, parfois hémiplégiantes. Les imageries cérébrales étaient normales pour 7 patients, et ont révélé une atrophie cérébelleuse progressive chez les 3 autres. Pour les 10 individus, la ségrégation familiale a révélé que toutes les variations étaient héritées d’un des deux parents dont au moins 70% étaient porteurs asymptomatiques, soulevant la question d’une possible transmission autosomique récessive.

Discussion : Parmi les différents tableaux cliniques observés on retient la forte prévalence d’épilepsie néonatale sévère, volontiers pharmacorésistante, avec un retard de développement chez 50% des patients, et l’association secondaire à des mouvements anormaux paroxystiques chez uniquement 50% des patients. Une possible épilepsie néonatale isolée est donc possible, jusqu’alors inconnue, et semble être transmise selon un mode autosomique récessif.


Quentin THOMAS (Dijon), Agathe ROUBERTIE, Delphine HÉRON, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Florence DUMERGER, Alinoe LAVILLAUREIX, Maryline CARNEIRO, Gaetan LESCA, Ange-Line BRUEL, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:45 - 18:15 #28268 - P029 Criblage du gène de la DOPA décarboxylase dans une cohorte multi-centrique de patients atteints de formes précoces de la maladie de Parkinson.
P029 Criblage du gène de la DOPA décarboxylase dans une cohorte multi-centrique de patients atteints de formes précoces de la maladie de Parkinson.

INTRODUCTION: La décarboxylase des L-acides aminés aromatiques (AADC), responsable de la décarboxylation de la L-DOPA et du 5-hydroxytryptophane est une enzyme clé pour la synthèse de la dopamine et de la sérotonine. La maladie de Parkinson (MP) et le déficit génétique en AADC (dAADC) sont 2 maladies neurologiques invalidantes avec des troubles moteurs dus à des déficits en dopamine. dAADC est une maladie récessive métabolique pédiatrique très rare, caractérisée par une hypotonie musculaire précoce, des troubles du mouvement et un retard de développement. Plus de 60 mutations différentes dans la DOPA décarboxylase (DDC) ont été identifiées. La MP est une maladie fréquente affectant 1% de la population âgée de plus de 60 ans, caractérisée par la triade bradykinésie, rigidité et tremblement de repos, due à une dégénérescence massive des neurones dopaminergiques dans la substance noire. Bien que des mutations dans une vingtaine de gènes aient été rapportés comme associées aux formes héréditaires rares de MP, le gène DDC n’a pas été criblé jusqu’à présent dans la MP.

MATERIEL ET METHODES

- Génération des données de séquençage d’exome de 800 patients avec des formes précoces de MP (âge de début de la maladie < 45 ans) sur la plateforme iGenSeq de l’Institut du Cerveau (ICM) avec les kits de capture Kapa HyperPlus kit (Roche) et Twist Human RefSeq 40 Mb et séquençage à extrémité appariée sur les séquenceurs NovaSeq 6000 (Illumina). Alignement et annotation des séquences avec les outils Dragen et Ensembl Variant Effect Predictor (VEP).

- Prioritisation des variants en fonction:

1) de leur rareté (fréquence de l’allèle mineur –MAF- < 1% dans Genome Aggregation Database –GnomAD-);

2) de leur nature (variants codants ou affectant des sites d’épissage);

3) du caractère pathogénique des variants faux-sens par l’utilisation i) de 16 logiciels de prédiction de pathogénicité dont Sift, Polyphen, Mutation Taster, Combined Dependent Depletion Score –CADD- et ii) des scores de conservation des acides aminés au cours de l’évolution des espèces animales (PhastCons, PhyloP).

RESULTATS: Parmi les 4000 variants dans DDC, nous avons identifié 8 variants rares chez 13 patients avec MP, tous de nature faux-sens, à l’état hétérozygote:

- 3 variants (L41M, M239L et R479G) sont déjà rapportés comme associés à dAADC. Le variant M239L est retrouvé chez 5 patients et 2 autres, L41M and M314I sont prédits pathogéniques avec un CADD score de 22,8 et 30, respectivement. Le variant L41M est hautement conservé au cours de l’évolution des espèces animales jusqu’à la mouche;

- Tous les variants sauf R479G sont localisés dans des domaines catalytiques de AADC.

CONCLUSION : Des altérations moléculaires bi-alléliques dans le gène DDC connues pour être la cause majeure de dAADC semblent être rarement associées à la MP. Cependant, ces variants hétérozygotes identifiés dans cette étude pourraient être des mutations hypomorphes avec des conséquences importantes dans la fonction de cette protéine.


Suzanne LESAGE (Paris), Christelle TESSON, Thomas COURTIN, Mélanie FERRIEN, Jean-Christophe CORVOL, Alexis BRICE
16:45 - 18:15 #28632 - P034 SORD: une nouvelle étiologie avec potentiel espoir thérapeutique dans la maladie de Charcot-Marie-Tooth de type 2 autosomique récessive.
P034 SORD: une nouvelle étiologie avec potentiel espoir thérapeutique dans la maladie de Charcot-Marie-Tooth de type 2 autosomique récessive.

Introduction: En 2020 Cortese et al. ont mis en évidence un nouveau gène de transmission autosomique récessive: SORD, codant pour la sorbitol déshydrogénase responsable de la dégradation du sorbitol en fructose. Une mutation de cette enzyme est responsable d’une accumulation de sorbitol chez les patients. Ils ont analysé 1 500 patients CMT dont 45 issus de 38 familles porteurs de la mutation « frameshift » c.757delG (p.Ala253GlnfsX27) à l’état homozygote ou hétérozygote composite. Ils ont montré en parallèle une augmentation du sorbitol jusqu’à 100 fois supérieure aux valeurs normales chez les patients mutés, sans pouvoir expliquer la relation physiopathologique entre cet excès et le développement de la maladie.

 

Objectif: Nous avons recherché des mutations SORD chez des patients provenant de l’hôpital Timone et nous avons mis en place une méthode de dosage du sorbitol afin de vérifier les résultats publiés par Cortese et de mieux comprendre la physiopathologie.

 

Patients et méthodes: 64 patients avec CMT2 sans diagnostic moléculaire établi ont été analysés. Les 9 exons du gène SORD ont été amplifiés par PCR puis séquencés par méthode Sanger. Pour l’exon 7 nous avons mis au point une PCR nichée du fait de l’existence du pseudogène SORD2P porteur de la mutation d’intérêt : c.757delG (p.Ala253GlnfsX27) homozygote. Nous avons comparé nos séquences avec le logiciel SEQUENCHER®(5.4.6).

Pour le dosage du sorbitol sérique, nous avons utilisé une méthode par spectrométrie de masse LC-MS/MS en utilisant du sorbitol exogène et du sorbitol marqué OH*CH2(*CHOH)4*CH2OH en tant qu’étalon interne.

 

Résultats: La mutation c.757delG a été vue chez 4 patients sur 64, 2 à l’état homozygote (P1 et P2), 2 à l’état hétérozygote composite avec les mutations c.553G > A (P3) et c.458C > A (P4), et 1 patient a été trouvé hétérozygote composite avec les mutations c.248 T > C et c.488A > G (P5).

Les mutations c.640A > G et c.952G > T ont été vues chez 2 patients, respectivement P6 et P7, à l’état hétérozygote isolé.

Nous avons identifié 5 nouvelles mutations hétérozygotes : c.248 T > C (p.Val83Ala), c.488A > G (p.His163Arg), c.553G > A (p.Gly185Arg), c.640A > G (p.Lys214Glu) et c.952G > T (p.Val318Leu).

Les résultats du dosage du sorbitol sérique n’ont pas encore été réalisés, la méthode étant en cours de réalisation.

 

Discussion: Cette étude a établi un diagnostic chez 5 patients atteints de CMT2 permettant un conseil génétique adapté et un espoir thérapeutique.

Une normalisation du taux de sorbitol et une amélioration du phénotype avec l’utilisation d’inhibiteurs de l’aldose réductase (epalrestat) dans des modèles in vitro et in vivo (drosophile) ont été montrées par Cortese. Ces médicaments utilisés dans les neuropathies diabétiques sont donc une piste thérapeutique pour les patients mutés SORD. Le dosage du sorbitol pourrait apporter un élément diagnostique supplémentaire et pourrait permettre de suivre l’évolution de la maladie si un traitement est instauré chez ces patients.


Nicolas PONS (Marseille), Nathalie BONELLO-PALOT, Manon DEVEDJIAN, Sharham ATTARIAN, Nicolas LEVY
16:45 - 18:15 #28317 - P039 Étude du rôle de deux microARNs (miARNs) dans la physiopathologie et le phénotype osseux de la Progeria de Hutchinson-Gilford.
P039 Étude du rôle de deux microARNs (miARNs) dans la physiopathologie et le phénotype osseux de la Progeria de Hutchinson-Gilford.

La progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS) est une maladie génétique très rare, causée par une mutation ponctuelle de novo dans le gène LMNA (c.1824C > T). Cette mutation isosémantique (p.G608G) aboutit à la délétion de 50 acides aminés dans la prélamine A. La protéine générée, appelée progérine, s’accumule dans le noyau des cellules avec une toxicité dose-dépendante. La progeria est caractérisée par un vieillissement accéléré aboutissant au décès vers 14 ans. Les patients présentent dès l’âge de 1 an un retard de croissance staturo-pondéral, et développent de nombreuses anomalies osseuses (ostéopénie, hypoplasie des clavicules, ostéoporose...). Nous avons identifié par étude miRNome en NGS la surexpression de deux miARNs issus d’un même précurseur dans des fibroblastes dermiques de patients. Le premier est connu pour cibler, entre autres, les transcrits de molécules clés participant à la différenciation ostéoblastique comme Pin1 (Peptidyl-prolyl cis/trans isomerase 1) et BMP2 (Bone Morphogenetic Protein 2). Celui-ci est aussi impliqué dans la régulation de la différenciation chondrocytaire, du stress oxydant et de la sénescence. Le second cible TGβ3 qui régule également la différenciation ostéoblastique.

Dans cette étude, 4 modèles complémentaires, humains et murins, sont utilisés :

L’étude in vitro par RT-qPCR ciblées a validé la surexpression de ces miARNs dans les fibroblastes de différents patients HGPS, à différents passages et à différents niveaux de sénescence. Une modulation par transfection de l’expression de chacun des deux miARNs dans des fibroblastes de patients HGPS (antimiRs) et de témoins (mimics) a permis d’évaluer leurs effets sur la prolifération cellulaire et la sénescence.

Deux outils ont été développés afin d’étudier les deux miARNs d’intérêt au cours des différenciations ostéoblastique et chondrocytaire : 1/ Des cellules souches mésenchymateuses (MSC) humaines HGPS et témoins dérivées d’iPSC ont été différenciées en ostéoblastes et chondrocytes, 2/ des ostéoblastes et des chondrocytes ont été prélevés sur des souris WT (wild type) et HGPS (KI LmnaG609G/G609G) de moins de 5 jours, et cultivés in vitro.

Des tissus prélevés dans le modèle de souris HGPS et WT, à différents âges, ont permis de réaliser une cartographie de l’expression de ces miARNs. Ce travail a notamment mis en évidence une diminution de l’expression de ces deux miARNs dans l’aorte, la crosse aortique, le tissu adipeux et l’os de souris HGPS âgées. Au contraire, une augmentation de leur expression a été retrouvée dans les VSMCs isolées à partir d’aortes de souris HGPS jeunes.

L’identification des mécanismes dans lesquels ces 2 miARNs interviennent pourrait permettre d’améliorer la compréhension de la physiopathologie de la progeria ou des pathologies liées à l’âge au cours du vieillissement normal, et peut-être à terme, d’envisager de nouvelles thérapeutiques dans cette maladie au pronostic très sombre.


Léa TOURY (Marseille), Diane FRANKEL, Coraline AIRAULT, Catherine BARTOLI, Hadrien TROUQUET, Nicolas LÉVY, Elise KASPI, Patrice ROLL
16:45 - 18:15 #27997 - P044 Diagnostic des surdités d'origine génétique au CHU de Lille : caractérisation clinique et moléculaire d'une cohorte de 692 patients.
P044 Diagnostic des surdités d'origine génétique au CHU de Lille : caractérisation clinique et moléculaire d'une cohorte de 692 patients.

La surdité est le handicap sensoriel le plus répandu dans les pays développés. Son incidence est estimée entre 1/1000 et 1/500 naissances. Les surdités congénitales sont d’origine génétique dans 60 à 80% des cas. Ces pathologies sont hétérogènes cliniquement et génétiquement. Le séquençage à haut débit (NGS) a permis de grandes avancées dans leur diagnostic étiologique. Les implications de celui-ci sont nombreuses : conseil génétique, pronostic, optimisation de la prise en charge ORL, dépistage des atteintes associées. L’objectif principal de cette étude rétrospective et multicentrique est l’analyse descriptive clinique et moléculaire des patients ayant bénéficié de l’analyse NGS du panel de gènes associés aux surdités au CHU de Lille de 2018 à 2020. Notre cohorte comprend 692 patients, dont 304 cas de surdité isolée et 388 cas de surdité syndromique. Le taux diagnostique du panel est de 26%. Il est significativement plus élevé dans les formes familiales que pour les cas sporadiques. Les 75 cas positifs de surdité isolée présentent tous une atteinte bilatérale. Les profils sont variables par ailleurs. Les 97 cas positifs de surdité syndromique sont répartis parmi 15 syndromes différents. Les plus fréquents sont les syndromes d’Usher (n=24), Waardenburg (n=11), Stickler (n=11), BOR (n=9) et Pendred (n=7). Certains signes cliniques sont fortement prédictifs d’un diagnostic précis. Nous nuançons le caractère prédictif d’autres signes classiquement associés à un syndrome particulier. Il est difficile de comparer nos résultats avec ceux de la littérature, les stratégies d’analyses variant selon les études. La description de larges cohortes améliore les connaissances cliniques et biologiques des surdités génétiques. Un nombre conséquent de cas négatifs de surdité isolée familiale, non éligibles au plan France Médecine Génomique, incite à proposer localement des analyses plus larges.


Simon BOUSSION (Lille), Isabelle FAJARDY, Claire LECIGNE, Claire-Marie DHAENENS, Nicolas-Xavier BONNE, Sylvie MANOUVRIER, Florence PETIT, Catherine VINCENT-DELORME
16:45 - 18:15 #28743 - P049 L’atrophie progressive de la rétine du border collie comme modèle de rétinite pigmentaire humaine.
P049 L’atrophie progressive de la rétine du border collie comme modèle de rétinite pigmentaire humaine.

Les rétinites pigmentaires (RP) sont un groupe hétérogène de troubles rétiniens héréditaires qui conduisent à la cécité, avec des âges d'apparition, des progressions et des sévérités différents. La RP humaine, initialement caractérisée par la dégénérescence progressive des cellules photoréceptrices à bâtonnets, présente une grande hétérogénéité génétique avec plus de 90 gènes identifiés. Cependant, le diagnostic génétique reste encore inconnu pour environ un tiers des patients. De façon intéressante, les chiens sont également gravement touchés par des maladies rétiniennes, dont l'atrophie progressive de la rétine (APR), homologue de la RP chez l’homme. En effet, les RP et les APR présentent des signes cliniques, une physiopathologie et des résultats comparables, des méthodes de diagnostic similaires et, le plus souvent, des gènes orthologues sont impliqués. Nous avons décrit depuis plusieurs années une APR transmise selon un mode récessif lié au chromosome X dans la race Border collie, avec une prévalence estimée à 8%, et un ratio de chiens atteints  mâles / femelles significativement différent (16% et 2%, respectivement).

L'objectif de cette étude est d'identifier le(s) gène(s) impliqué(s) et leur mutation(s) afin de mieux comprendre les bases moléculaires de l’APR et de fournir de nouveaux gènes candidats aux RP humaines liées à l’X. Plusieurs études génétiques classiques ont été réalisées (études de liaison génétique, GWAS) avec plus de 200 chiens atteints et indemnes (Cani-DNA : http://dog-genetics.genouest.org). Plus récemment, nous avons séquencé les génomes de 5 chiens appartenant à la même famille (trois mâles atteints et deux femelles porteuses). Ces séquences ont déjà été comparées aux génomes de plus de 330 chiens de 87 races ne présentant pas d’APR, grâce au consortium DVBDC. Nous avons ainsi identifié une centaine de variants de type SNV, mais aucun n’est annoté dans une région codante ou proche d’un gène. Ces variants doivent maintenant être validés sur un plus grand nombre de border collie atteints et indemnes. En parallèle, nous allons séquencer le génome de deux chiens atteints et d’un chien indemne âgé avec une technologie de séquençage « longs fragments » (Nanopore) afin d’identifier d’éventuelles altérations chromosomiques, non visisbles par les méthodes de séquençage classiques. 

Notre hypothèse principale reste que cette APR est une maladie récessive monogénique liée à l'X, peut-être le variant causal serait dans un élément régulateur, ce qui pourrait expliquer la variabilité des caractéristiques cliniques, l'âge d'apparition différent en fonction des chiens et l'évolution différentielle des lésions chez les femelles atteintes et entre les mâles et les femelles. Nous espérons que ce travail pourra conduire à la découverte d’un nouveau gène /nouvelle mutation et ainsi contribuer à une meilleure compréhension de cette maladie chez le chien et l'homme.


Pascale QUIGNON (Rennes), Morgane BUNEL, Gilles CHAUDIEU, Stéphanie MOTTIER, Nadine BOTHEREL, Richard GUYON, Catherine ANDRÉ
16:45 - 18:15 #28350 - P054 Néphropathies chroniques syndromiques ou non syndromiques de l’adulte : intérêt du séquençage de génome entier en soin.
P054 Néphropathies chroniques syndromiques ou non syndromiques de l’adulte : intérêt du séquençage de génome entier en soin.

Environ 10 à 20 % des patients adultes souffrant d'insuffisance rénale chronique n'ont pas de diagnostic étiologique précis et sont donc porteurs de maladies rénales d’origine indéterminées (MRI). Même en absence d’histoire familiale, 10 à 30% des MRI sont des maladies rares d’origine génétique.

Au sein d’APHP.Sorbonne Université, le service de néphrologie de l’Hôpital Tenon a mis en place la consultation de néphrogénomique de l’adulte et la réunion de concertation pluridisciplinaire de prescription « RCP G4-Idf » rattachée au laboratoire France médecine génomique SeqOIA. Afin de prendre en charge ces patients, le laboratoire du département de génétique médicale a mis en place une nouvelle activité de génétique moléculaire en 2020.

Vingt patients adultes avec MRI ont été inclus via cette consultation de néphrogénomique et via la RCP G4-Idf /MARHEA dans le cadre de la pré-indication « Néphropathies chroniques » de la Filière de santé maladies rares ORKID dans le cadre du PFMG2025. Un séquençage de génome complet (WGS) a été réalisé pour ces 20 patients [en solo (1), duo (3), trio (11) ou quatuor (5)]. Dix patients (50%) étaient porteurs de néphropathies dites non syndromiques. Quinze patients (75%) avaient eu accès à une ACPA ou à un séquençage de gènes isolés, panels ou exome. Seul cinq patients (25%) n’avaient eu aucun test génétique au préalable. Un résultat concluant a été rendu pour 3 des 20 patients (15%). Deux CNV et un SNV ont été identifiés : une délétion de 1,8Mb emportant le gène PHF21A permettant d’expliquer uniquement la déficience intellectuelle d’un patient avec néphropathie syndromique, une délétion de 4252pb dans le gène INF2 chez un patient permettant d’expliquer sa maladie de Charcot-Marie-Tooth avec glomérulosclérose et un SNV intronique profond classé en « classe 3+ » dans le gène COL4A5 chez un patient avec syndrome d’Alport. Ce variant intronique profond est prédit comme pathogène et la validation sur fibroblastes de peau est en cours dans l’équipe du Pr C. Antignac. Un résultat non conclusif a été rédigé pour 17 des 20 patients. Le délai de rendu de résultat qui a pu être récemment abaissé à 2 mois entre réception du prélèvement et génération du compte-rendu. Une ré-analyse des données de WGS sera faite annuellement pour ces patients en fonction de l’évolution des connaissances et des nouvelles performances du pipeline bio-informatique GLeaves.

L’analyse de WGS a permis de poser de nouveaux diagnostics avec la détection de CNV de taille < 5kb qu’il est possible de borner finement et de SNV intronique profond, variants qui n’étaient pas recherchés par les examens habituels. Nos résultats suggèrent qu’un WGS fait en première intention est une option performante en termes de rendement diagnostique et de délai de génération d’un compte-rendu, puisqu’il permet de détecter tous les types de variants du génome humain détectables à une profondeur de lecture de 40X et peut être relu a posteriori.


Laurent MESNARD (Paris), Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Alice DOREILLE, Emilie CORNEC-LE GALL, Anne-Marie GUERROT, Ivona MILIC, Manon GODIN, Nicolas BÉNICHOU, Sandrine VUILLAUMIER BARROT, Eric LE GUERN, Anne-Sophie LEBRE
16:45 - 18:15 #28092 - P059 Apport du séquençage du génome: Implication du gène FBXO32 dans une Cardiomyopathie Dilatée Récessive.
P059 Apport du séquençage du génome: Implication du gène FBXO32 dans une Cardiomyopathie Dilatée Récessive.

Introduction : La cardiomyopathie Dilatée (CMD) est une cause majeure d’insuffisance cardiaque, avec dysfonction systolique du myocarde et dilatation ventriculaire. Elle est transmise le plus souvent selon un mode autosomique dominant. Les gènes impliqués sont des gènes codant pour les protéines du sarcomère, des protéines membranaires, du cytosquelette ou nucléaires. La moitié des patients reste sans diagnostic moléculaire et dans les formes familiales avérées, l’élargissement du séquençage au génome entier dans le cadre de la préindication « Cardiomyopathies héréditaires » devrait permettre d’associer ces phénotypes à de nouveaux gènes ou bien d’identifier des variants pathogènes dans les régions mal ou non interprétées des gènes déjà reliés à la maladie.

Patients et méthodes : Nous rapportons l’analyse d’une famille originaire de Tunisie dans laquelle les parents asymptomatiques ont 2 enfants, un garçon et une fille qui présentent une CMD biventriculaire d’évolution rapide. L’analyse d’un panel de 71 gènes étant négative, la famille a été adressée pour un séquençage du génome entier au Laboratoire de Médecine génomique SeqOIA dans le cadre du PFMG2025. 

Résultats : Le garçon a été hospitalisé à 28 ans pour insuffisance cardiaque. Le bilan retrouve une dysfonction bi-ventriculaire (FEVG, 17%, FEVD 16%). Quelques semaines plus tard le patient est transplanté dans un contexte de choc cardiogénique. Sa sœur présente à 21 ans une dyspnée d’effort. Le bilan conduit au diagnostic de CMD bi-ventriculaire (FEVG 17%, FEVD 15%). Deux mois après, dégradation hémodynamique et la patiente est transplantée en urgence. Il est noté un myosis congénital chez les deux patients. L’exploration neuromusculaire est en cours suite à une rhabdomyolyse post transplantation chez le garçon.  

L’interprétation du génome dans cette famille identifie pour la première fois un variant nonsense c.904C > T (p.Arg302*) dans le gène FBXO32 (NM_058229.3) à l’état homozygote chez les 2 patients et transmis par chacun des parents hétérozygotes. Ce variant présente les arguments de pathogénicité (PVS1, PS3, PM2, PM3, PP1, PP3, PP4, PHRED : 41) et est absent de GnomAD. Le gène FBXO32, qui code pour la protéine F-box only protein 32 (ATROGIN1), avait été publié dans une seule famille de CMD récessive mais non encore acté par le consortium ClinGen comme causale. Les F-box protéines constituent une des sous unités du complexe “Ubiquitine protein ligase » et cette protéine pourrait être également impliquée dans la régulation d’autres protéines majeures de cardiomyopathies comme c-MyBPC3. 

Discussion : L’identification, par l’analyse du génome, d’un variant nonsense homozygote dans le gène FBXO32 permet d’accroitre le spectre des gènes responsables de formes récessives de CMD d’évolution rapide, et permet ainsi un conseil génétique familial.  La fonction de ce gène au sein du système ubiquitine- protéasome constitue de nouvelles cibles diagnostiques mais aussi thérapeutiques pour la CMD.

 


Pascale RICHARD (PARIS), Flavie ADER, Céline BORDET, Marion MASINGUE, Julie PROUKHNITZKY, Jean Francois PRUNY, Pascal DE GROOTE, Corinne METAY, Teresinha EVANGELISTA, Virginie SAILLOUR, Philippe CHARRON
16:45 - 18:15 #28692 - P064 L’hétérogénéité génétique est à l’origine de la variabilité phénotypique de l’hypertension hyperkaliémique familiale.
P064 L’hétérogénéité génétique est à l’origine de la variabilité phénotypique de l’hypertension hyperkaliémique familiale.

Introduction : L’Hypertension Hyperkaliémique Familiale (FHHt) est une forme rare d’hypertension artérielle (HTA) d’origine génétique, appelée aussi pseudo-hyperaldostéronisme de type 2 ou syndrome de Gordon. Elle est caractérisée par une HTA d’intensité variable avec hyperkaliémie chronique et acidose hyperchlorémique, une rénine basse et une aldostéronémie variable. Elle est due à des variants pathogènes dans les gènes codant pour WNK1, KLHL3, WNK4, ou CUL3, protéines impliquées dans la régulation de la réabsorption du NaCl dans le néphron distal. La transmission génétique est principalement autosomique dominante, sauf dans les formes associées à KLHL3, qui peuvent être de transmission autosomique dominante (AD) ou récessive (AR).

Matériel et Méthodes : Analyse rétrospective de données clinico-biologiques de 153 patients avec FHHt confirmée génétiquement (84 cas-index, 69 apparentés).  Les variants moléculaires ont été identifiés par séquençage (Sanger ou haut débit) ou qPCR et classés selon les recommandations de l'ACMG.  Les relations génotype-phénotype ont été analysées avec le test de Kruskal-Wallis suivi d’un post-test de Dunn’s à l’aide du logiciel Prism-V6.

Résultats : La proportion des gènes responsables de FHHt dans les 84 familles est la suivante : KLHL3 59% (43% AD et 16% AR); CUL3 19% (9/12 de novo); WNK1 17% (13% dans l’exon 7 et 4% délétions de l’intron 1); et WNK4 5% (exon 7). Les cas les plus graves et précoces sont associés soit à CUL3 soit à KLHL3 dans sa forme AR . Un retard de croissance a été observé dans tous les génotypes, mais est plus fréquent en cas de variant CUL3. Les groupes avec variants WNK1, WNK4 et KLHL3-AD ont un phénotype modéré et d’apparition plus tardive. Cette étude montre une différence significative pour l'âge d'apparition, la kaliémie, la chlorémie et le bicarbonate, entre CUL3 et les autres groupes. La fréquence de l’HTA en fonction du gène atteint est la suivante: CUL3 93%, KLHL3-AR et WNK4 66%, KLHL3-AD 53% et WNK1 41%. En comparant les données cliniques de KLHL3-AR et KLHL3-AD, nous observons une sévérité croissante du phénotype suivant l’ordre: KLHL3 AR > , KLHL3 AD  et apparentés hétérozygotes des KLHL3 AR, suggérant un effet de dosage génique. Les variants observés chez les sujets KLHL3 AD  ne différent pas de ceux observés chez les sujets KLHL3 AR. L’HTA et l'hyperkaliémie ont été améliorées par l'administration d'hydrochlorothiazide dans tous les groupes.

Discussion : Cette étude confirme la présence d’une grande variabilité phénotypique de la FHHt et sa corrélation avec le génotype, et souligne l’intérêt du dépistage génétique des apparentés permettant une meilleure prise en charge médicale du patient et de sa famille.


Marguerite HUREAUX (paris), Stephanie MARZUKIEWICZ, Valerie BOCCIO, Xavier JEUNEMAITRE, Rosa VARGAS
16:45 - 18:15 #28322 - P069 Ajustement des critères ACMG de classification de variants : application à GCK, HNF1A et HNF4A dans le diabète monogénique.
P069 Ajustement des critères ACMG de classification de variants : application à GCK, HNF1A et HNF4A dans le diabète monogénique.

Dans un contexte où le résultat moléculaire conduit à une médecine de précision et/ou à une médecine prédictive, la juste détermination de la pathogénicité des variants identifiés est essentielle. Pour faciliter et uniformiser cette interprétation, l’ACMG a proposé des recommandations générales cependant un ajustement s’avère nécessaire en relation avec des spécificités propres à certaines pathologies voire à certains gènes. Ainsi un groupe international d’experts pluridisciplinaires (The ClinGen Monogenic Diabetes Expert Panel, MDEP) a été mis en place afin d’adapter les critères de l’ACMG pour application aux diabètes monogéniques (DM). Le travail s’est d’abord concentré sur les trois gènes les plus fréquemment impliqués dans les DM, GCK, HNF1A et HNF4A.

Les spécialistes endocrinologues du groupe ont précisé la présentation clinique indispensable pour être en mesure d’attribuer un score PP4, voire les éléments qui permettraient de réévaluer ce critère en modéré ou en fort. Les biologistes spécialisés ont borné les domaines fonctionnels méritant un PM1, parfois réduit à un niveau faible, ou encore ont établi la liste des études fonctionnelles et des contrôles qualité à vérifier afin de pouvoir garantir un PS3 plus ou moins modulé selon des seuils déterminés collégialement. Les généticiens ont fixé les fréquences limite d’acceptabilité pour un PM2, un BS1 ou un BA1 ou encore convenu gène par gène de l’attribution ou non d’un PVS1 dans des cas de variant sur le codon d’initiation, de perte du stop ou de délétion d’un ou plusieurs exons. Au total, ce sont 18 critères de l’ACMG dont les règles d’utilisation ont spécifiquement été réévaluées.

Le groupe a examiné plus de 800 variants sur ces trois gènes en rassemblant les cas identifiés dans la littérature ainsi que dans les laboratoires respectifs de chaque membre du panel. Parmi cette liste, 360 avaient préalablement été identifiés au laboratoire. Sur l’ensemble de ces variants, 61 (17%) ont été reclassés suite à ce nouvel examen. Pour 48% de ces réévaluations (29/61), aucun impact n’est à prévoir pour le rendu du diagnostic moléculaire dans le cadre d’un diabète monogénique car ce changement de classe s’est opéré entre pathogène (5) et probablement pathogène (4) ou entre bénin (1) et probablement bénin (2). En revanche 21 variants (34%) qui avaient été rendus (4/5) sont dorénavant considérés de signification incertaine (3) et un variant supplémentaire est passé de classe 4 à 2. Cinq variants précédemment classés 3 ont été réévalués en 4. Enfin 5 variants qui avaient été considérés 3 ont été dévalués en classes 2 ou 1.

L’expérience dans le diabète monogénique prouve la valeur ajoutée d’une expertise collégiale dans l’examen de la pathogénicité des variants moléculaires et démontre l’utilité d’une adaptation des scores d’interprétation gène par gène.


Cécile SAINT-MARTIN (Paris), Delphine BOUVET, Christine BELLANNÉ-CHANTELOT
16:45 - 18:15 #28737 - P074 Cytopathie mitochondriale associée à MSTO1 : élargissement du spectre clinique et remise en cause de l’existence d’une transmission dominante autosomique.
P074 Cytopathie mitochondriale associée à MSTO1 : élargissement du spectre clinique et remise en cause de l’existence d’une transmission dominante autosomique.

MSTO1 est un gène nucléaire codant pour un régulateur de distribution et de morphologie mitochondriale, la protéine misato homolog 1. Son implication en pathologie humaine a été rapportée pour la première fois en 2017, dans une famille présentant un phénotype de cytopathie mitochondriale dominante, avec identification du variant c.22G > A ; p.(Val8Met). À notre connaissance, il s'agit de la seule substitution dominante de MSTO1 décrite. En revanche, des variants pathogènes récessifs ont été rapportés chez 25 patients issus de 21 familles présentant un phénotype associant myopathie précoce avec taux élevé de CK et une constellation variable de symptômes, notamment une atrophie/ataxie cérébelleuse non progressive, une déficience visuelle en lien avec une rétinopathie pigmentaire, un retard de développement moteur, une altération cognitive, une atteinte du tractus cortico-spinal et des anomalies squelettiques. Nous rapportons le cas d’un patient de 63 ans qui présente une myopathie de début précoce avec CK élevés, une atteinte du tractus cortico-spinal, une discrète atrophie cérébelleuse et une neuropathie optique (NO) bilatérale diagnostiquée à l’âge de 30 ans, sans difficultés d'apprentissage. Son frère et sa sœur présentent un tableau similaire. Le séquençage de l'exome entier a permis d'identifier deux nouveaux variants du gène MSTO1 chez le patient et sa sœur symptomatique : un variant faux-sens c.65C > A ; p.(Ala22Glu) prédit comme probablement pathogène et absent des bases de données de sujets contrôles, ainsi qu'un variant d'épissage c.220+5G > C pour lequel l'analyse in silico a prédit une perte de fonction et un saut d'exon que nous avons pu confirmer par séquençage de l'ADNc de MSTO1 dans les fibroblastes du patient. Cette observation élargit le spectre phénotypique associé au gène MSTO1, en particulier concernant l’atteinte ophtalmologique puisqu’il s’agit de la première observation de neuropathie optique. Le patient s'est vu proposer une thérapie combinée (Coenzyme Q10, Levocarnitine, vitamine B2 et vitamine E) et a déclaré un bénéfice clinique subjectif après un traitement de 6 mois. Les mutations hypomorphes des gènes de cytopathies mitochondriales avec NO sont volontiers responsables de NO non-syndromiques. L'analyse de 49 cas de NO isolée n’a identifié aucun variant de MSTO1, à l'exception de la substitution dominante c.22G > A, détectée dans 32,6 % des cas, remettant en question sa pathogénicité. Nous avons montré que le variant est en réalité porté par le pseudogène misato homolog 2 (MSTO2P), et non par MSTO1 avec lequel il partage une homologie de séquence de 99,8%. Il s’agit en fait du variant polymorphe n.83G > A de MSTO2P. Cette confusion est liée à l’usage d’amorces qui ne permettent pas de différencier MSTO1 et MSTO2P. Cette observation questionne l’existence d’une maladie MSTO1 dominante et invite à la plus grande vigilance en ce qui concerne le diagnostic moléculaire de ce gène.


Audrey PUTOUX (LYON), Sylvie GERBER, Lola LESSARD, Cécile ROUZIER, Samira SAADI, Roxana AMELI, Stéphane THOBOIS, Lucie ABOUAF, Françoise BOUHOUR, Josseline KAPLAN, Antoine PEGAT, Jean-Michel ROZET
16:45 - 18:15 #27882 - P079 Amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales : un cas de diagnostic néonatal précoce.
P079 Amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales : un cas de diagnostic néonatal précoce.

Introduction :
L’amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales (SMABF) est une forme extrêmement rare et sévère d’amyotrophie spinale, décrite cliniquement depuis longtemps, mais seulement récemment documentée comme une pathologie autosomique récessive liée aux variants pathogènes des gènes
TRIP4 (Type 1 – OMIM 604501) et ASCC1 (Type 2 – OMIM 616867).

Cas clinique :
Nous rapportons un nouveau-né de sexe masculin, 4
ème enfant de parents cousins germains d’origine algérienne, né prématurément par césarienne dans un contexte d’anamnios et de présentation de siège. A la naissance il présentait une hypotonie généralisée, une arthrogrypose sévère, une détresse respiratoire, une aréflexie des membres inférieurs, une micrognathie, une cryptorchidie et un œdème généralisé. Ses radiographies osseuses montraient des côtes et des os longs fins et la présence d’une fracture diaphysaire humérale gauche. Le diagnostic d’amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales était confirmé par l’identification rapide du variant récurrent c.157dup (p.Glu53Glyfs*19) de l’exon 3 du gène ASCC1, décalant le cadre de lecture et entraînant l’apparition d’un codon stop prématuré. Le patient décédait à un mois de vie et trois jours, après une décision de limitation des soins.

Discussion :
L'amyotrophie spinale avec fractures osseuses congénitales peut se traduire durant la vie fœtale par des mouvements fœtaux réduits et des anomalies de la quantité de liquide amniotique (hydramnios ou oligoamnios). Durant la période néonatale sont présents chez la plupart des patients une hypotonie sévère, une détresse respiratoire, une dysphagie, une aréflexie ostéotendineuse, des fractures néonatales essentiellement humérales et/ou fémorales. Les radiographies montrent des os longs fins (côtes, fémurs, humérus…) et une ostéopénie. Les biopsies musculaires sont anormales chez tous les patients testés avec une coexistence de fibres musculaires atrophiques et hypertrophiques. Plusieurs patients présentent des anomalies cardiovasculaires ou des troubles de la coagulation. Tous les patients rapportés sont décédés durant les premiers jours ou les premiers mois de vie. Jusqu’à présent, seul 14 patients avec des variants bialléliques du gène
ASCC1 et 5 patients avec des variants bialléliques du gène TRIP4 ont été rapportés. Le variant pathogène de ASCC1 c.157dupG est récurrent et le plus souvent identifié.

Conclusion :
Cette observation montre que malgré sa grande rareté, cette affection est cliniquement reconnaissable. Son diagnostic nécessite un travail conjoint clinico-biologique. Une confirmation diagnostique rapide favorise une prise en charge adaptée.


Alexis BILLÈS (AMIENS), Valérie BIANCALANA, Sara COSTANTINI, Guy KONGOLO, Florence JOBIC, Guillame JEDRASZAK, Gilles MORIN
16:45 - 18:15 #27987 - P084 Génétique de la maladie de Hirschsprung: des nouveaux gènes aux diagnostics moléculaires.
P084 Génétique de la maladie de Hirschsprung: des nouveaux gènes aux diagnostics moléculaires.

La maladie de Hirschsprung (MH) est une neurocristopathie, caractérisée par une absence des neurones entériques dans la partie distale de l’intestin. La majorité des patients est atteinte d’une MH isolée, dans laquelle les rôles du gène majeur RET ainsi que des variants non-codants prédisposants ont été démontrés. La MH syndromique représente 30% des cas, souvent associés à des mutations au sein des gènes impliqués dans le développement de la crête neurale, dont EDNRBEDN3ZEB2PHOX2B, et SOX10. Cependant, des variations géniques n'ont été trouvées que chez 60% de patients. Notre travail a donc visé à identifier de nouveaux gènes candidats, de nouvelles catégories d’altérations génomiques, et des facteurs modificateurs chez des patients dépourvus à ce jour de diagnostic moléculaire.

Afin d’étudier le rôle de variants rares dans la MH isolée, nous avons séquencé un panel de 92 gènes dans une cohorte multinationale de 384 patients caucasiens et asiatiques. Des études d’association des variants rares ont montré une forte association de notre panel de gènes avec la maladie, mais la charge mutationnelle de chaque gène n’atteint pas le seuil de signification statistique. Ces résultats suggèrent qu’une accumulation de variants rares de plusieurs gènes candidats prédispose des individus à la MH. De plus, nos analyses statistiques permettent d’optimiser la valeur prédictive des variations géniques identifiées afin d’établir un modèle de prédiction de risque de MH chez chaque individu.

Concernant les formes syndromiques, notre étude d’exomes et de génomes a permis d’incriminer deux nouvelles voies de signalisation développementale. D’abord, par des variants bialléliques du gène SMO chez des patients atteints de ciliopathies, puis des variants bialléliques des gènes ERBB3 et ERBB2 chez des patients atteints d’une neurocristopathie complexe. De nouveaux patients ont été recrutés grâce à nos collaborations avec les hôpitaux parisiens et le Consortium International de la MH. Dans chaque cas, des analyses fonctionelles ont démontré les conséquences délétères des variants identifiés sur la stabilité des ARN messagers, sur la fonction des protéines, et sur l’activation des voies de signalisation en aval. Ces travaux ont mis en évidence l’importance des voies de signalisation de NRG1-ERBB3-ERBB2 et Sonic Hedgehog dans le développement du système nerveux entérique, ainsi que l’implication des gènes SMO, ERBB3 et ERBB2 dans la MH syndromique.

En conclusion, le présent travail a permis de réévaluer le modèle oligogénique de la MH isolée, de décrire deux nouveaux syndromes prédisposant à la MH, dont des ciliopathies associées à des variants bialléliques de SMO, et une neurocristopathie complexe associée à des variants bilalléliques de ERBB3 et de ERBB2. Il montre enfin, de nouveau, le dialogue mutationnel à un même locus (SMO, ERBB3 et ERBB2), entre des altérations conduisant à une anomalie de développement, et des variants alléliques impliqués dans l’oncogénèse.


Thuy-Linh LE (PARIS), Chris GORDON, Anna PELET, Louise GALMICHE, Fabienne JABOT-HANIN, Anne-Sophie JANNOT, Franck BOISMOREAU, Jean-François BRUNET, Céline HUBER, Geneviève BAUJAT, Valérie CORMIER-DAIRE, Salima EL CHEHADEH, Xiaomin DONG, Tiong TAN, John CHRISTODOULOU, Jonathan LEVY, Yline CAPRI, Severine DRUNAT, Anne-Claude TABET, Fabien GUIMIOT, Jelena MARTINOVIC, Mathilde LEFEBVRE, Antoinette GELOT, Sandra WHALEN, Linda MOUTHON, Boris KEREN, Marie HULLY, Cyril GITIAUX, Olivier GOULET, Christophe CHARDOT, Debby HELLEBREKERS, René DE COO, Alice BROOKS, Robert HOFSTRA, Tania ATTIÉ-BITACH, Consortium International HSCR, Sophie THOMAS, Nadège BONDURAND, Jeanne AMIEL, Stanislas LYONNET
16:45 - 18:15 #28384 - P089 PhenoGenius: un atlas structuré et requêtable des associations génotypes-phénotypes en maladie mendélienne.
P089 PhenoGenius: un atlas structuré et requêtable des associations génotypes-phénotypes en maladie mendélienne.

Introduction: Les connaissances en maladies mendéliennes sont majoritairement disponibles en texte libre dans des bases de données manuellement curées ou dans des articles scientifiques. L’initiative Human Phenotype Ontology porté par le Jackson Laboratory (HPO JAX) vise à standardiser la dénomination de données cliniques et répertorier les associations génotypes-phénotypes connues afin de permettre l’utilisation du phenome humain dans les analyses bioinformatiques. Cependant, ce catalogue est actuellement incomplet ne permettant pas encore une utilisation généralisée, laissant la place à d’autres méthodologies de collecte de connaissances. 

 

Méthodes: Nous avons développé une méthodologie d’extraction des associations génotypes-phénotypes basée sur ElasticSearch des données en texte libre (OMIM, MedGen, HPO JAX, DD2GP, Orphanet et l’ensemble des abstracts de PubMed). L’ensemble des informations est formaté dans une matrice d’association génotype-phenotypes nommée PhenoGenius. Cette matrice est la base de 2 applications : (i) un outil de suggestion de diagnostic génétique basé sur la clinique du patient (ii) un outil de suggestion d'investigations moléculaires, ciblée ou pangénomique, obtenu par détection d’enrichissement statistique de symptômes. Nous avons testé ces deux outils sur une cohorte multicentrique de 760 patients avec un diagnostic génétique atteint d’anomalies du developpement ou d’atteinte rénale.

 

Résultats: En janvier 2021, notre atlas présente plus de 2 millions d’associations gene-HPO, recouvre 4.974 gènes et 9.687 termes HPO, soit une augmentation de 235% du nombre d'associations, 10 % du nombre de gènes et 2 % du nombre de HPO couvert en comparaison avec HPO JAX. 76% des associations sont exclusives à une seule base de données, soulignant la nécessité de diversifier les sources de données. Basé sur cet atlas, la performance de l’outil de priorisation obtient une médiane des rank du gène diagnostique de 66, soit une forte amélioration comparé aux meilleurs outils actuels (médiane des ranks à 144 pour l’outil CADA). L’outil de suggestion des panels propose le bon panel diagnostique dans 43% des cas et presente une aide à la décision sur la prescription d’un test ciblé ou pangénomique.

 

Conclusion: PhenoGenius est à ce jour l’atlas des associations génotypes-phénotypes en maladie mendélienne le plus complet, permettant d’explorer les gènes associés à une liste de symptômes. Cet atlas peut être utile à de nombreuses applications en routine clinique telles que la génération d’un panel in silico personnalisé, la suggestion de symptômes associés en vue d’un diagnostic différentiel et la suggestion de voies métaboliques enrichies en signe clinique.


Kevin YAUY (Montpellier), Nicolas DUFORET, Quentin TESTARD, Sacha BEAUMEUNIER, Yannis DUFFOURD, Jerome AUDOUX, Marie DE TAYRAC, Nicolas CHATRON, Sophie NAMBOT, Cedric LE MARECHAL, Jean-François TALY, Wilfrid CARRE, Gaetan LESCA, Claire BARDEL, Frederic TRAN MAU THEM, Marc PLANES, Marie Pierre AUDREZET, Laure RAYMOND, Bruno BZEZNIK, Charles COUTTON, Veronique SATRE, Pauline LE TANNO, Julien FAURE, Nathalie ROUX-BUISSON, John RENDU, Mouna BARAT-HOUARI, Elodie SANCHEZ, Marjolaine WILLEMS, Thomas GUIGNARD, Dimitri LARUE, Anne-Laure BOUGE, Jean-Marc HOLDER, Denis BERTRAND, Virginie BERNARD, Christophe PHILIPPE, Sylvie ODENT, Damien SANLAVILLE, Laurence FAIVRE, David GENEVIEVE, Laurent MESNARD, Nicolas PHILIPPE, Julien THEVENON
16:45 - 18:15 #28798 - P094 A five-year audit of fetal pathology: Its pertinence and pitfalls.
P094 A five-year audit of fetal pathology: Its pertinence and pitfalls.

To assess efficiency and pertinence of oriented fetopathological examination at tertiary maternity laboratory, we conducted a 5-year retrospective audit including 1710 fetuses and their placentas. All cases referred to the foetopathology laboratory Antoine Bclere, APHP, Paris Saclay University Hospital, between January 2013 and December 2017, including medical terminations (TOPs), stillbirths and miscarriages are reported.

We were particularly interested in the rate of new macroscopic and/or microscopic data brought up by fetal and placental examination (re)orienting the further molecular studies. In 51.8% of the reports the fetopathological examination added an important finding (ie modifying considerably definitive diagnosis), which was missed on the prenatal follow-up. Among those, the highest level of the new data was observed in the deceased newborns: 69.7%, and 48.3% in TOPs.

Additionally, feasibility and interest of genetic post-natal tests performed during  fetopathological examination were a focus of our interest. The non-systematic, hence examination-oriented postnatal karyotypes and aCGH samples requests resulted in 9.2% and 25.9% of pathological results respectively. The highest level of aneuploidies was observed in stillbirths (54.2%), whilst the aCGH was most frequently unbalanced in TOPs (83.3%). The global failure rate of karyotypes and aCGH performed after fetopathological examination was 31.7% and 15.1% respectively. Furthermore, the predictive factors of these failures on fetal /placental tissue in immediate post-natal collection are discussed to enhance the yield of better results in the future.

An accurate diagnosis after fetopathological examination was established in 51.2% of the cases:  69.9% in the cohort of miscarriages, 56.2% among TOPs, ad 42.2% in stillbirths.


Edouard LEYNE, Francesca GUBANA, Aurore BONNIN, Catherine EGOROFF, Ferechte ENCHA-RAZAVI, Aline RECEVEUR, Julien SAADA, Anne BAZIN, Daniella BUZAS, Emanuel JULIEN, Radka STOEVA, Julie GREVOUL-FESQUET, Ellie AZRIA, Marie-Victoire SENAT, Judith MELKI, Alexandre VIVANTI, Alexandra BENACHI, Jelena MARTINOVIC (Paris)
16:45 - 18:15 #28093 - P099 Caractérisation fonctionnelle de variations à l’origine d’anomalies d’épissage en phase : le modèle du gène MSH2 impliqué dans le syndrome de Lynch.
P099 Caractérisation fonctionnelle de variations à l’origine d’anomalies d’épissage en phase : le modèle du gène MSH2 impliqué dans le syndrome de Lynch.

Les variations génétiques localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1/2) sont généralement considérées comme des allèles nuls, associés à une perte de fonction et, en conséquence, présumées pathogènes. Néanmoins, certaines d’entre elles sont susceptibles d’induire des anomalies d’épissage en phase, potentiellement à l’origine d’une protéine fonctionnelle, au moins en partie. Récemment, nous avons vérifié cette hypothèse dans le contexte d’un gène majeur de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire, BRCA2, en démontrant que certaines variations IVS±1/2 mais également non-sens, sont responsables d’un saut en phase de l’exon 12 permettant la production d’une protéine partiellement fonctionnelle. Ces données sont susceptibles de remettre en question le caractère pathogène de ce type de variations. Afin d’étendre cette question à d’autres gènes de prédisposition au cancer, nous avons entrepris d’identifier et de caractériser des variations à l’origine de défauts d’épissage en phase dans MSH2, un gène impliqué dans le syndrome de Lynch. Dans un premier temps, à l’aide d’un test indicateur d’anomalies d’épissage basé sur l’utilisation de minigènes, nous avons identifié 18 variations splicéogéniques en phase, dont 14 IVS±1/2. Trois biotypes distincts ont été mis en évidence : (i) des sauts d’exon (ΔE3, ΔE4, ΔE5, ΔE12), (ii) des délétions de segments exoniques (ΔE7q48, ΔE15p36) ou (iii) des rétentions de segments introniques (▼E4p24, ▼E7p9, ▼E12q30, ▼E14p9). Les 10 isoformes protéiques issues de ces défauts d’épissage en phase présentent soit des délétions plus ou moins importantes (de 12 à 93 aa), soit de petites insertions (de 3 à 10 aa), au sein de différents domaines fonctionnels. Afin d’évaluer les conséquences de ces modifications sur l’activité de la protéine MSH2, nous avons dans un second temps mis à profit un test basé sur la réponse cellulaire aux agents méthylants médiée par le système MMR (test de tolérance à la méthylation). Dans cet essai, toutes les isoformes protéiques testées présentent un défaut d’activité MSH2.

Cette étude représente la première caractérisation fonctionnelle de variations splicéogéniques en phase dans un gène MMR. Elle démontre que, contrairement à BRCA2, la fonction MSH2 est intolérante à toutes les modifications en phase (insertions/délétions) induites par les variations splicéogéniques testées, confirmant ainsi leur caractère pathogène, en accord avec les données clinico-pathologiques des patients porteurs de ces variations. Ces travaux mettent en exergue l’importance des approches expérimentales combinées, au niveau de l’ARN et de la protéine, pour une interprétation biologique et clinique fiable des variations splicéogéniques à l’origine d’altération en phase.


Laëtitia MEULEMANS, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Marie-Christine WAILL, Gaia CASTELAIN, Audrey KILLIAN, Julie HAUCHARD, Thierry FRÉBOURG, Florence COULET, Alexandra MARTINS, Martine MULERIS, Pascaline GAILDRAT (Rouen)
16:45 - 18:15 #28402 - P104 Mutations constitutionnelles du gène EGFR : quelle prédisposition génétique au cancer pulmonaire ?
P104 Mutations constitutionnelles du gène EGFR : quelle prédisposition génétique au cancer pulmonaire ?

Le cancer du poumon représente la première cause de décès par cancer dans le monde en 2020. Plus de 2 millions de nouveaux cas ont été diagnostiqués.

Bien que la recherche d’altérations génétiques de type mutation ou translocation sur certains gènes soit de nos jours une analyse de routine en tumoral, la prédisposition au cancer pulmonaire reste néanmoins peu étudiée.

Des mutations constitutionnelles R776X, T790M, V843I et P848L sur le gène EGFR; epidermal growth factor receptor; ont été rapportées dans les populations caucasiennes et asiatiques. EGFR est un récepteur à tyrosine kinase, où des mutations activatrices sont retrouvées en tumoral dans 17% des adénocarcinomes bronchiques. La recherche de ces altérations a un intérêt théranostique puisqu’elles peuvent être ciblées par des inhibiteurs de la tyrosine kinase (TKI) EGFR.

Des mutations constitutionnelles dans les 7 gènes mutés en somatique EGFR, KRAS, BRAF, MET, ALK, RET et ROS1 ont été recherchées par Yang chez 36 800 patients atteints d’un cancer pulmonaire. Des mutations pathogènes constitutionnelles ont été identifiées sur le gène EGFR que dans 0.06% des cas. L’institut Dana-Farber Cancer a montré la présence de nodules pulmonaires ou de cancer bronchique chez des apparentés asymptomatiques porteurs de la mutation constitutionnelle T790M.

Dans notre laboratoire 5200 tumeurs pulmonaires ont été analysées depuis novembre 2017. Le variant V843I a été identifié sur la tumeur primitive d’une patiente de 59 ans. La fréquence allélique (FA) à 49% et la coexistence d’une mutation sur le gène KRAS, mutuellement exclusif avec le gène EGFR était en faveur d’une origine constitutionnelle de la mutation EGFR. Ceci a été confirmé lors d’un test constitutionnel proposé dans le cadre d’une consultation d’oncogénétique. Deux apparentés de 1er degré de la patiente, son fils et sa sœur, sont aussi porteurs. Nous avons noté dans les antécédents familiaux un oncle paternel décédé d’un cancer pulmonaire à 60 ans. Les recommandations de surveillance pour les apparentés indemnes et porteurs consistent en un scanner thoracique de référence à basse intensité et une exploration fonctionnelle respiratoire. Il est recommandé un arrêt du tabagisme avec une orientation vers une consultation de sevrage tabagique.

Un autre variant a été identifié, le T790M sur l'exon 20 d'EGFR avec une FA à 60% sur une tumeur primitive pulmonaire jamais traitée par des TKI-EGFR chez une patiente de 63 ans, en co-occurance avec la mutation G719S du gène EGFR. Après progression tumorale le variant T790M a été retrouvé avec la même FA dans un épanchement pleural avec le hot spot L858R d’EGFR. La patiente doit être rencontrée en consultation d’oncogénétique prochainement.

Conclusion : Les mutations constitutionnelles sur le gène EGFR sont très rares, mais elles sont facilement repérées par le biais de l’analyse tumorale. Il est important de rapporter toutes les familles afin d’établir un lien de prédisposition et d’adapter le conseil génétique.


Olfa TRABELSI GRATI (Paris), Nicolas GIRARD, Fatoumata SIMAGA, Céline CALLENS, Samia MELAABI, Marie-Ange MASSIANI, Arnaud GAUTHIER, Anne VINCENT-SALOMON, Dominique STOPPA-LYONNET, Ivan BIECHE, Marion GAUTHIER-VILLARS
16:45 - 18:15 #28604 - P109 Nouvelles variations pathogènes de novo du syndrome de Lynch : le premier recueil français.
P109 Nouvelles variations pathogènes de novo du syndrome de Lynch : le premier recueil français.

Introduction. Le syndrome de Lynch ou HNPCC (Hereditary Non Polyposis Colorectal Cancer) est une prédisposition héréditaire autosomique dominante aux cancers digestifs et gynécologiques liée à un défaut de protéine du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR) codés par les gènes MLH1, PMS2, MSH2, MSH6. La réalisation des analyses génétiques à la recherche de ce syndrome est codifiée sur la base de critères d’analyse comprenant historiquement les antécédents familiaux et l’âge de survenue des cancers du spectre (critères de Bethesda II et Amsterdam). Des analyses tumorales (perte d’expression des protéines MMR en immunohistochimie (IHC), recherche d’une instabilité des microsatellites en biologie moléculaire) sont désormais utilisées de manière systématique même en l’absence d’histoire familiale et parfois dans un but théranostique. Ces analyses ont permis de caractériser des formes de syndrome de Lynch familiales peu pénétrantes voire des variants pathogènes de novo. Les variants pathogènes de novo sont plus rares que dans d’autres prédispositions aux cancers et sont estimés entre 1 et 5 %.
Méthode. Ce recueil répertorie 8 variants pathogènes de novo rapportés par les laboratoires de Bordeaux, Caen, Nantes et Rouen correspondant à des familles de Bordeaux, Caen, Dijon, Rennes, Rouen et Vannes. L’histoire clinique était le plus souvent en lien avec un adénocarcinome colique précoce et respectait les critères de Bethesda II (âge du diagnostic allant de 29 ans à 39 ans sauf pour une personne à l’âge de 50 ans). L’IHC était concordante avec la biologie moléculaire dans 6 tumeurs sur 8. Le caractère de novo du variant a été confirmée par l’absence du variant pathogène chez les parents et par la confirmation de la paternité/maternité par analyse des microsatellites dans 6 familles sur 8. Résultats. Etaient concernés, 3 variants pathogènes du gène MLH1 : c.790+1G>A, p.(Glu227_Ser295del) ; c.415_418dup, p.(Lys140Thrfs*2) ; c.1771delG, p.(Asp591Ilefs*25) ; 2 variants pathogènes du gène MSH2 : c.2023A>G, p.(Lys675Glu) et une délétion des exons 3 à 16 ; et 2 variants pathogènes du gène MSH6 : c.2194C>T, p.(Arg732*) ; c.652_653del, p.(Lys218Glufs*2) et un variant de signification inconnue c.3656C>T, p.(Thr1219Ile) sur le gène MSH6. Discussion. Les cas de variants pathogènes de novo sont rares dans la littérature, 18 ont été rapportés dont 2 faisant partie de ce recueil.  C’est la recherche d’instabilité des microsatellites couplées à une IHC dans les tumeurs qui ont permis de diagnostiquer le syndrome de Lynch chez ces 8 individus et ce même en l’absence d’antécédents familiaux. Conclusion. Ce premier recueil français confirme une nouvelle fois l’importance et la complémentarité des analyses d’anatomopathologie et de biologie moléculaire dans le diagnostic du syndrome de Lynch qui devraient être réalisées de manière systématique. Les cas de variants de novo sont possiblement sous-estimés et mériterait un travail collaboratif international.


Pierre DEVULDER (Caen), Zoé NEVIÈRE, Edwige KASPER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Louise THIBAUT, Stéphane BÉZIEAU, Fabrice AIRAUD, Julie TINAT, Sophie NAMBOT, Elodie COSSET, Elise PIERRE-NOEL, Estelle CAUCHIN, Claude HOUDAYER, Manuella VIGOT-GEORGES, Capucine DELNATTE, Caroline ABADIE, Laurence FAIVRE, Nicolas SEVENET, Marie-Pascale BEAUMONT, Philippe DENIZEAU, Florence DEMURGER, Lorrie LE PAGE, Céline HEUDE, Flavie BOULOUARD, Laurent CASTERA, Sophie KRIEGER, Raphael LEMAN, Agathe RICOU, Dominique VAUR, Pascaline BERTHET
16:45 - 18:15 #28716 - P114 Expérience et Satisfaction des patients ayant réalisé une téléconsultation en oncogénétique dans le contexte de l’épidémie de COVID19 en Ile-de-France.
P114 Expérience et Satisfaction des patients ayant réalisé une téléconsultation en oncogénétique dans le contexte de l’épidémie de COVID19 en Ile-de-France.

L’implémentation de projets de téléconsultation/télé-expertise a démarré en 2019 dans les CLCC sous l’impulsion d’UNICANCER. Ce développement s’inscrit totalement dans un des objectifs du projet UNICANCER « cancérologie 2025 : décryptage des changements majeurs et des adaptations de la cancérologie à l’horizon de 2025 » : Développement de la télémédecine en cancérologie (développer la téléconsultation de spécialistes experts à distance).

Des projets pilotes ont ainsi vu le jour dans les services d’oncogénétique de l’Institut Curie et de Gustave Roussy. Les téléconsultations réalisées dans ce cadre étaient ciblées à des situations très particulières. L’épidémie de COVID19 et le premier confinement ont bouleversé l’organisation des consultations et nous ont contraints à très rapidement nous adapter afin de maintenir intact le parcours de soins des patients et faire en sorte que la prise en charge soit le moins impactée possible.

Par conséquent, durant cette période, quel que soit le type de consultation d’oncogénétique prévue (première consultation, consultation de rendu d’analyse génétique sans anomalie identifiée, avec identification d’un variant pathogène, avec identification d’un variant de signification inconnue), nous avons proposé systématiquement que la consultation présentielle soit remplacée par une téléconsultation.

Nous avons évalué l’appréciation et la satisfaction des patients dans le cadre d’une étude dédiée (TELEGENIQUE) menée parallèlement à l’Institut Curie et à Gustave Roussy.

Entre mars 2020 et septembre 2020, 1 010 téléconsultations ont été réalisées, à l’issue de chacune d’elle, un auto-questionnaire anonyme a été envoyé par mail. Ce questionnaire a été établi à partir de questionnaires validés, notamment l’échelle TUQ (Telehealth Usability Questionnaire, utilité, facilité d’utilisation, efficacité, fiabilité, satisfaction), la sous-échelle ‘anxiété’ de l’HADS, un questionnaire standardisé OUTPATSAT35 et enfin des caractéristiques démographiques et personnelles.

346 patients (34%) ont répondu au questionnaire. Pour 31%, il s’agissait d’une première consultation de génétique et pour 65% d’une consultation de rendu de résultat, au cours de laquelle 40 patients ont appris l’identification d’un variant pathogène et 15, l’identification d’un variant de signification inconnue. La satisfaction globale de la téléconsultation était élevée, sur une échelle de Likert en 5 points, 46% et 33% des patients ont rapporté respectivement une satisfaction « excellente » ou « très bonne ». Aucun facteur discriminant le niveau de satisfaction n’a été mis en évidence (âge, sexe, type de consultation, nature du résultat, distance domicile/hôpital, période de confinement ou non).

Cette expérience contrainte par la situation épidémique nous a permis d’accéder à une nouvelle organisation et de cerner des pistes d’amélioration au bénéfice des patients et des consultants.


Emmanuelle MOURET-FOURME (PARIS), Leonor FASSE, Anne BREDART, Helene DELHOMELLE, Marine LE MENTEC, Marina DI MARIA, Fatoumata SIMAGA, Sophie VILLEBASSE, Ophelie BERTRAND, Mathilde WARCOIN, Antoine DE PAUW, Marion GAUTHIER-VILLARS, Veronica GOLDBARG, Bruno BUECHER, Chrystelle COLAS, Claire SAULE, Marie-Charlotte VILLY, Dominique STOPPA-LYONNET, Olivier CARON
16:45 - 18:15 #28700 - P119 Evaluation du statut mutationnel du promoteur de TERT comme marqueur prédictif de réponse aux inhibiteurs de check-point dans le mélanome métastatique.
P119 Evaluation du statut mutationnel du promoteur de TERT comme marqueur prédictif de réponse aux inhibiteurs de check-point dans le mélanome métastatique.

Le mélanome est une tumeur maligne de la peau dont le pronostic devient redoutable lorsque la maladie atteint le stade métastatique. Ces formes graves bénéficient d’une prise en charge standardisée dont la conduite thérapeutique est actuellement dictée par la réalisation d’un génotypage de la tumeur. Celui-ci, centré sur l’étude du gène BRAF, permet en cas de mutation sur la position V600 d’orienter le patient vers une thérapie ciblée reposant sur un double blocage des kinases BRAF et MEK. La seule alternative à cette thérapie ciblée est l’immunothérapie avec l’utilisation d’un inhibiteur de check-point. Les réponses cliniques à l’immunothérapie sont généralement plus longues que celles observées avec la thérapie ciblée (médianes respectives de 24 et 12 mois). Cependant ces réponses restent malheureusement limitées à une faible proportion de patients (34 à 44%) vraisemblablement en raison de l’absence de marqueurs prédictifs. De nombreuses études ont été réalisées afin d’identifier de tels marqueurs et la présence d’une charge mutationnelle élevée (ou TMB) a pu ainsi être corrélée à de meilleures réponses à l’immunothérapie, sans pour autant conditionner la prescription d’inhibiteur d’immune checkpoint. Par ailleurs, la détermination de ce paramètre reste difficile en routine ce qui le rend peu accessible à une utilisation en pratique clinique. L’identification d’un marqueur de sensibilité aux immunothérapies reste donc une question ouverte et d’importance notamment dans le choix de la 1ere ligne de traitement des tumeurs métastatiques BRAF V600.

Dans le mélanome cutané, la charge mutationnelle élevée est associée à l’exposition aux irradiations solaires UV avec des mutations de transition de type C>T. Parmi les altérations fréquemment rencontrées portant les cicatrices de l’irradiation, on retrouve les mutations du promoteur du gène TERT. Nous avons donc fait l’hypothèse que la présence d’une mutation hotspot de pTERT pourrait constituer un marqueur prédictif de réponse à l’immunothérapie. Le statut mutationnel du promoteur de TERT a donc été déterminé sur les tumeurs issues d’une cohorte de 21 patients traités en 1ère ligne par inhibiteurs de checkpoint (nivolumab ou pembrolizumab). Les ADN extraits à partir d’échantillons tumoraux FFPE ont été analysés par PCR digitale (Stilla®) au moyen du kit commercial IDTERT® (ID-Solution®) ciblant spécifiquement les altérations hotspot -124C>T et -146C>T. Le statut pTERT vis-à-vis des deux mutations hotspot a pu ainsi être déterminé de façon certaine dans 19 cas retrouvant une mutation pour 47% des tumeurs associés à une survie sans progression moyenne de 13 mois contre 5,4 mois pour les tumeurs wild-type. Les résultats obtenus ont permis la détermination des caractéristiques d’utilisation de l’approche méthodologique choisie et de préciser l’intérêt théranostique de ce marqueur dans le traitement du mélanome. Ces résultats très encourageants obtenus sur une petite cohorte méritent d’être confirmés.


Lucas PELTIER (Rennes), Alexandra LESPAGNOL, David RUSSO, Florence POIZEAU, Monica DINULESCU, Alain DUPUY, Lise BOUSSEMART, Marie-Dominique GALIBERT
16:45 - 18:15 #27855 - P124 Accès aux données pour la recherche et déploiement du Collecteur Analyseur de Données (CAD) dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025).
P124 Accès aux données pour la recherche et déploiement du Collecteur Analyseur de Données (CAD) dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025).

La France s’est dotée depuis 2016 d’un plan national de mise en œuvre de la médecine génomique pour intégrer le séquençage du génome complet dans le parcours de soins des patients. Il s’appuie sur 3 piliers principaux : un Centre national de collecte et d’analyse des données (CAD), un réseau de laboratoires de séquençage génomique (LBM-FMG), et un Centre de Référence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert (CRefIX). Au-delà de sa vocation sanitaire première, le PFMG2025 s’inscrit dans un continuum soin-recherche. La réutilisation des données issues du soin pour des projets de recherche en constitue un de ses axes majeurs, s’appuyant pour sa mise en œuvre sur l’élaboration de modèles de consentements adaptés et la création d’une infrastructure de collecte des données dédiée et sécurisée, le CAD. La réutilisation des données du PFMG2025 pour la recherche s’inscrit dans une dynamique de science ouverte. Cette ouverture des données a vocation à être la plus large possible, tout en assurant leur sécurité et en respectant un certain nombre de critères scientifiques et éthiques définis par le PFMG2025. Le CAD offrira une capacité de stockage de données et une puissance de calcul intensif inédite à ce jour, un éventail de services informatiques et un accès à des bases de connaissances multiples. Il sera alimenté en continu par les LBM-FMG (AURAGEN et SeqOIA à ce jour) et recevra également les données des 4 projets pilotes du PFMG2025 orientés maladies rares, cancer déficience intellectuelle et population générale.

Les données du CAD seront des données de génomes assemblés, des variants génétiques annotés et/ou interprétés, des données cliniques, un corpus de bases de connaissances et de données. Le CAD offrira un ensemble de services permettant aux chercheurs d’accéder, d’analyser et d’explorer l’ensemble de ces informations à des fins de découvertes ou de développement de nouveaux outils d’analyse. Les chercheurs pourront par exemple tester le lien entre des gènes et certaines manifestations cliniques, mettre en évidence des différences interindividuelles pouvant expliquer les différences de réponse aux traitements ou encore développer des outils d’identification d’anomalies moléculaires non recherchées dans le cadre du soin.

L’accès aux données s’effectuera dans un espace sécurisé au sein duquel les chercheurs auront la possibilité d’apporter leurs propres données et outils d’analyse. Un Comité Scientifique et Ethique (CSE) multidisciplinaire s’assurera que les projets de recherche demandant l’accès aux données du PFMG2025 respectent les critères définis dans une charte dédiée. Un guichet d’accompagnement des projets est d’ores et déjà mis en place en amont du CSE. Le CAD donnera accès aux premiers projets de recherche dans le courant de l’année 2022.

L’accès aux données en recherche au sein du CAD représente une véritable opportunité pour les chercheurs en France de s’inscrire dans des projets de recherche nationaux et internationaux ambitieux.


Diane GOZLAN, Christel THAUVIN (DIJON), Frédérique NOWAK, Franck LETHIMONNIER, Yves VANDENBROUCK, Anne JOUVENCEAU, Abdelkader AMZERT
16:45 - 18:15 #27869 - P129 Utilisation d'un algorithme de reconnaissance faciale basé sur les réseaux neuronaux pour identifier des gestalt distincts de syndrome de Kabuki 1 et 2.
P129 Utilisation d'un algorithme de reconnaissance faciale basé sur les réseaux neuronaux pour identifier des gestalt distincts de syndrome de Kabuki 1 et 2.

Le syndrome de Kabuki est une maladie génétique rare causée par des mutations dans deux gènes principaux, KMT2D et KDM6A, responsables du syndrome de Kabuki de type 1 (KS1, OMIM147920) et 2 (KS2, OMIM300867) respectivement. Nous manquons d'une description clinique permettant de distinguer KS1 et KS2. Nous avons utilisé une analyse de morphologie faciale pour détecter des différences morphologiques entre les deux types de syndrome de Kabuki.

Nous avons utilisé un algorithme de reconnaissance faciale pour explorer les différences morphologiques entre les deux types de syndrome de Kabuki. Nous avons comparé plusieurs séries de photographies d'individus KS1 et KS2, puis nous avons comparé uniquement les photographies d'individus caucasiens (12 individus pour chaque gène) car il s'agissait de l'ethnie majoritaire dans notre série de cas. Nous avons aussi collecté 32 photographies de la littérature pour élargir la série de cas. Nous avons validé les résultats obtenus par l'algorithme en utilisant des évaluations réalisées par des généticiens cliniciens entrainés, en utilisant les mêmes photographies.

L'utilisation de l'algorithme a révélé une différence statistiquement significative entre chaque groupe pour notre série de photographies, ce qui montre bien une différence au niveau du morphotype facial entre les individus KS1 et KS2 (aire sous la courbe = 0.85 [p=0.027] entre KS1 et KS2). L'algorithme était meilleur pour faire une distinction entre KS1 et KS2 avec les photographies de notre série qu'avec celles de la littérature (p=0.0007). Les généticiens cliniciens entrainés à différencier KS1 et KS2 ont reconnu de façon significative un morphotype faical unique, ce qui a validé les découvertes de l'algorithme (p=1.6e-11)

L'algorithme de reconnaissance faciale basé sur les réseaux neuronaux permet de créer des images composites révélant un gestalt spécifique pour les individus KS1 et KS2


Flavien ROUXEL (Montpellier), Yauy KEVIN, Guilaine BOURSIER, Vincent GATINOIS, Mouna BARAT-HOUARI, Elodie SANCHEZ, Didier LACOMBE, Stephanie ARPIN, Fabienne GIULIANO, Damien HAYE, Marlène RIO, Annick TOUTAIN, Klaus DIETERICH, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Sophie JULIA, Mathilde NIZON, Alexandra AFENJAR, Boris KEREN, Aurélia JACQUETTE, Sebastien MOUTTON, Marie-Line JACQUEMONT, Claire DUFLOS, Yline CAPRI, Jeanne AMIEL, Patricia BLANCHET, Stanislas LYONNET, Damien SANLAVILLE, David GENEVIEVE
16:45 - 18:15 #28146 - P134 Base de données innovantes en génétique humaine : SCNVBase.
P134 Base de données innovantes en génétique humaine : SCNVBase.

L’essor du séquençage à haut-débit améliore grandement le taux de diagnostic des maladies rares et la connaissance du génome humain. Mais ces nouvelles technologies génèrent des quantités importantes de données. Le stockage et l’interrogation de ces données hétérogènes par leurs formats reste une difficulté importante pour agréger les variations détectées afin de découvrir de nouveaux gènes impliqués en pathologie humaine. Il est donc nécessaire d’inventer de nouveaux moyens pour améliorer le stockage et l’analyse de ces données.

Pour répondre à ces problématiques, nous avons créé et mis en place une base de données innovante, SCNVBase, permettant le stockage et la recherche efficaces dans ces données volumineuses. Elle est basée sur un système de gestion de base NoSQL, MongoDB, pour accueillir une grande quantité de données orientées documents. Ce système est donc bien adapté au stockage et à l’interrogation de grands volumes de données hétérogènes. Nous avons créé un outil en Java pour insérer les données concernant les variations de type CNV et SNV et les annoter rapidement avec des bases externes telles RefSeq ou OMIM via l’outil SnpEff.

Une architecture 3-tiers a été utilisée. Le web service récupère les données de la base et les envoie à l’interface web. Cette dernière a été faite en HTML, CSS, JavaScript, Bootstrap4 et jQuery. Le web service incluant la base MongoDB a été fait en Python, Flask. Une couche de sécurité est ajoutée par Flask JWT utilisant un système de jeton. L'accès aux données anonymisées est libre et sans authentification, permettant d’utiliser les informations de fréquence populationnelle. Relier les variations aux patients et à leurs phénotypes est possible après authentification de l’utilisateur et l’autorisation préalable par l’administrateur. Ce système permet un accès fiable et sécurisé aux données identifiantes.

Nous pouvons donc interroger les données en les visualisant sous forme de table ou de graphiques comme Lollipop et celles-ci peuvent être exportées dans des formats classiques (TSV, VCF, BED, etc.).. Les champs à visualiser sont sélectionnables selon la volonté de l’utilisateur. La première version de l’application est déployée sur nos serveurs en test interne et sera bientôt mise à disposition des chercheurs. Le modèle de la base de données est libre et accessible sur notre dépôt git.

Le système affiche de très bonnes performances permettant l’interaction en temps réel avec les données. Les tests montrent un temps de réponse constant de quelques millisecondes pour un jeu de données augmentant incrémentalement.

De nouvelles fonctionnalités seront intégrées au fur et à mesure de l’utilisation. Ainsi, de nouveaux types de variation vont être supportés et intégrés à la base (Eléments mobiles, STR, etc.) et de nouvelles solutions d’interrogation seront mises à disposition. La base, ainsi que le modèle de la base restera libre, gratuite et accessible à tous grâce à l’utilisation d’une licence GPLv3.


Kuan-Hua ARTIGNAN (non), Philippine GARRET, Cyril FOURNIER, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN, Yannis DUFFOURD
16:45 - 18:15 #28670 - P139 Recherche de variants introniques profonds par une approche transcriptomique de première intention : exemple du syndrome d’Alport.
P139 Recherche de variants introniques profonds par une approche transcriptomique de première intention : exemple du syndrome d’Alport.

Le séquençage haut débit permet d’identifier un variant dans une région codante chez 30% des patients atteints de néphropathie glomérulaire. Peu de nouveaux gènes impliqués dans ces maladies sont aujourd’hui découverts, suggérant qu’une partie des patients sans diagnostic moléculaire pourraient être porteurs de variants introniques profonds dans des gènes déjà connus. Le séquençage de génome (WGS) permet de mettre en évidence ces variants. Leur caractérisation nécessite des études fonctionnelles non adaptées à l’étude du nombre de variants identifiés. L’étude du transcriptome entier (RNAseq) est le plus souvent limitée par la profondeur de lecture offerte par cette technologie, en particulier pour les gènes faiblement exprimés.

L’objectif de ce travail était de développer une approche d’identification d’évènements d’épissage potentiellement pathogènes en mettant en place une approche de RNAseq ciblé et en développant un algorithme bioinformatique pour filtrer les évènements d’intérêt en amont ou en parallèle de l’analyse du génome. Pour évaluer la performance de cette approche, nous avons pris l’exemple du syndrome d’Alport lié à l’X (XLAS), en raison de son homogénéité génétique.

L’ARN de fibroblastes de 16 patients atteints de XLAS sans cause moléculaire identifiée dans les régions codantes du gène COL4A5 a été étudié. L’ADNc a été capturé par des sondes dirigées contre les régions codantes d’un panel de 228 gènes, incluant COL4A5, régulièrement utilisé en diagnostic moléculaire des néphropathies héréditaires. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus chez 5 contrôles, et à ceux obtenus en RNAseq classique (transcriptome entier). 

Le RNAseq ciblé avait une profondeur de lecture 25 fois supérieure au RNAseq classique. Au total, après les contrôles qualité, nous avons identifié 37 évènements chez 13 patients [26 rétentions d’intron (RI) et 11 sauts d’exon (SE)]. Chez 3 patients, aucun évènement n’a été identifié. L’algorithme développé a permis d’identifier chez 7 patients un unique évènement d’épissage absent chez les contrôles (1 SE et 6 RI), et chez les 6 autres, un enrichissement statistiquement significatif d’un transcrit non canonique trouvé à une fréquence statistiquement plus faible chez les contrôles (2 SE et 4 RI). Dans tous les cas, le séquençage de l’ADN a permis d’isoler le variant responsable de l’épissage alternatif, prouvant la puissance de l’algorithme. Tous ces variants étaient absents dans la population générale, et prédits impliqués dans la modification/création d’un site silencer (n=2), enhancer (n=3), donneur (n=5) ou accepteur (n=2) d’épissage, ou encore dans la modification d’un point de branchement (n=1).

 Au total, nous avons identifié des variants impliqués dans l’épissage chez 81% des patients de cette cohorte grâce aux analyses qualitatives et quantitatives offertes par le RNAseq ciblé. L’intégration des données issues du RNAseq ciblé avec le WGS sera un outil majeur pour la caractérisation rapide de tels variants.


Guillaume DORVAL (Paris), Marie BOISSON, Christelle ARRONDEL, Vincent MORINIÈRE, Nicolas CAGNARD, Zaïna AIT ARKOUB, Lamine COULIBALY, Olivier GRIBOUVAL, Christine BOLE, Nitschké PATRICK, Corinne ANTIGNAC
16:45 - 18:15 #28300 - P144 Analyse des variations du nombre de copies de l’ADN d’une cohorte de 163 patients atteints d’un syndrome de Kallmann.
P144 Analyse des variations du nombre de copies de l’ADN d’une cohorte de 163 patients atteints d’un syndrome de Kallmann.

Le syndrome de Kallmann est une maladie génétique associant un hypogonadisme hypogonadotrope par déficit de GnRH et une anosmie ou une hyposmie. Sa prévalence est estimée à 1/8 000 garçons et 1/40 000 filles. L’origine de ce syndrome est une anomalie du développement neuronal affectant à la fois la migration des terminaisons nerveuses olfactives et celle des neurones à GnRH. La mise en évidence de mutations génétiques causales (gènes KAL1, FGFR1, FGF8, PROKR2, PROK2) a permis l’identification des voies de signalisation impliquées. Cependant, ces mutations identifiées à ce jour n’expliquent que 30% des cas. Notre objectif était de réaliser une approche pangénomique afin d’identifier de nouveaux gènes candidats responsables de ce syndrome.

Les prélèvements sanguins d’une cohorte de 163 patients ont été analysés par CGH-array (Agilent 180K) de résolution moyenne de 17Kb. Ces patients sont suivis par le centre de référence des Maladies Rares du Développement Génital des Hôpitaux Paris Saclay.

Un total de 930 CNV ont été identifiés avec une moyenne de 5,7 CNV par individu. Les variations ont été interprétées comme bénigne, probablement bénigne, de signification inconnue (VOUS), probablement pathogène et pathogène, ou PIEV (CNV de pénétrance incomplète et d’expressivité variable) selon les critères en vigueur. Il en résulte l’identification de 17 CNV d’intérêt (classes VOUS, probablement pathogènes, pathogènes ou PIEV) dont 6 CNVs récurrents. La cartographie des gènes de ces régions nous permet de proposer une corrélation génotype-phénotype précise. Les gènes candidats identifiés dans cette étude sont impliqués notamment dans la régulation du développement embryonnaire et certaines voies de signalisation clés. Cette étude devrait permettre de contribuer à la compréhension des mécanismes génétiques liés au syndrome de Kallmann.


Lucie TOSCA (Clamart), Aurélie MOUKA, Luigi MAIONE, Romain DIOT, Ingrid WIEDER, Jérôme BOULIGAND, Gérard TACHDJIAN, Jacques YOUNG
16:45 - 18:15 #28720 - P149 Anomalie testiculaire du développement sexuel chez les hommes 46,XX SRY+ : rare observation d’un psudic(X;Y)(p22.13;q11.21).
P149 Anomalie testiculaire du développement sexuel chez les hommes 46,XX SRY+ : rare observation d’un psudic(X;Y)(p22.13;q11.21).

Un homme de 28 ans nous a été adressé pour exploration d'une azoospermie. L’échographie testiculaire notait une atrophie bilatérale, confirmée à la biopsie testiculaire qui retrouvait une diminution nette de la spermatogenèse et une sclérose des tubes séminifères.

Le caryotype retrouve deux populations cellulaires  : une population 45,X minoritaire et une population 46,XX très majoritaire avec des chromosomes X de morphologie et taille normales. Une FISH métaphasique a montré la présence du locus SRY à l’extrémité d’un des deux chromosomes X comme attendu pour 85% des hommes XX.

Parallèlement, une Fish interphasique à l’aide des centromères des chromosomes X et Y a été réalisée sur le deuxième tube de sang non utilisé afin d’éliminer une erreur lors de la mise en culture. De manière surprenante, la majorité des noyaux présentait deux signaux du centromère du chromosome X et un signal du centromère Y, évoquant un chromosome dicentrique, ce qui a été confirmé sur les métaphases.

L’analyse chromosomique par puce ADN (Puce Agilent ISCA 60k, Hg19) a ensuite précisé les points de cassure de ce chromosome pseudodicentrique (X;Y).

Nous rapportons donc un très rare cas de caryotype 46,XX SRY+ avec un chromosome pseudodicentrique (X;Y) chez un un homme qui présente une azoospermie. Chez la plupart des patients présentant une anomalie testiculaire du développement sexuel avec un caryotype XX, l’anomalie est causée par la translocation d'un petit fragment du bras court du chromosome Y comprenant le locus SRY, sur le chromosome X, en raison d’un crossing over asymétrique entre PRKX et PRKY.

Devant l’aspect normal des chromosomes X malgré un déséquilibre important chez ce patient, nous avons réanalysé 9 cas d’hommes avec un caryotype 46,XX SRY+ pour mieux caractériser les points de cassure sur les chromosomes X et Y en utilisant une combinaison et de FISH et d’ACPA et rechercher d’autres cas de réarrangements différents du der(X)t(X;Y) classiquement décrit.

Les résultats de ces 10 patients seront présentés dans cette communication.


Théo DOMINOT (Paris), Camille VEREBI, Martine MONTAGNON, Catherine PATRAT, Jean-Michel DUPONT, Aziza LEBBAR
16:45 - 18:15 #28149 - P154 Méthylation de l'ADN dans le syndrome de délétion 22q11.2 et risque de développer une schizophrénie.
P154 Méthylation de l'ADN dans le syndrome de délétion 22q11.2 et risque de développer une schizophrénie.

Le syndrome de délétion 22q11.2 (22q11DS) est une maladie génétique rare associée à une grande variabilité de symptômes. L’apparition d’un trouble du spectre de la schizophrénie à l’adolescence ou chez le jeune adulte est environ 25 fois plus élevée chez les personnes avec 22q11DS par rapport à la population générale. Les causes de l'apparition de ce trouble ne sont pas encore comprises. Des facteurs environnementaux tels que le stress peuvent modifier l'épigénome et pourraient précipiter l’entrée dans la psychose chez les individus à risque. Nous avons donc comparé la méthylation de l'ADN dans des échantillons de sang de 9 patients atteints de 22q11DS et affectés par la schizophrénie, avec celle de 5 patients atteints de 22q11DS sans schizophrénie. Le séquençage de la méthylation de l'ADN par RRBS a couvert six millions de CpGs à travers le génome. Un total de 4 187 CpGs différentiellement méthylées était significatif, correspondant à 3 265 gènes. Ces gènes sont connus pour être fortement exprimés dans le cerveau et une analyse d’enrichissement de leur présence dans les GWAS sur la schizophrénie a montré un enrichissement significatif (p ajusté=9,64e-07). Ces gènes sont notamment impliqués dans les voies de signalisation associées avec l'interaction ligand-récepteur neuroactif, le calcium et l'adhésion focale. Nous avons ensuite analysée la méthylation de l'ADN par RRBS dans le cortex préfrontal de souris afin d’étudier un modèle Gène x Environnement. Quatre groupes ont été constitués : souris de type sauvage (WT), souris portant un facteur de risque génétique homologue à la délétion 22q11.2 de l’homme Df(h22q11)/+ (G), souris WT exposées à un stress aigu (E), et souris G exposées au stress (GxE). Une analyse d’enrichissement des gènes différentiellement méthylés entre ces animaux a montré leur enrichissement significatif dans le GWAS associée à la schizophrénie. Selon la condition, ces gènes étaient également enrichis parmi les gènes impliqués dans le syndrome de délétion 22q11.2, étaient fortement exprimés dans le cerveau et enrichis dans les neurones. Les voies biologiques associées à ces gènes les plus significatives étaient MAPK, le calcium et le guidage axonal. Cette approche translationnelle nous a permis d'identifier des modifications méthylomiques qui pourraient être associées à la pénétrance variable de la schizophrénie chez les patients atteints de 22q11DS. S'ils sont reproduits, ces résultats pourraient permettre le développement de biomarqueurs prédictifs ou d’aide au diagnostic pour une prise en charge précoce. Ils pourraient aussi servir de cibles thérapeutiques médicamenteuses.


Chuan JIAO (Paris 14th arrondissement), Fanny DEMARS, Qin HE, Oussama KEBIR, Anushree TRIPATHI, Hugo TURBÉ, Caroline DEMILY, Marie-Odile KREBS, Thérèse JAY, Boris CHAUMATTE
16:45 - 18:15 #28377 - P159 Estimation non biaisée de l’héritabilité d’un trait binaire à partir d’une étude cas/témoins.
P159 Estimation non biaisée de l’héritabilité d’un trait binaire à partir d’une étude cas/témoins.

L’héritabilité h2 quantifie la proportion de variance d’un phénotype expliquée par les variations génétiques entre les individus. Plusieurs méthodes ont été proposées pour estimer h2 dans le contexte des études d’association pangénomique de type cas/témoins, chacune souffrant de biais potentiels. L'une des méthodes les plus populaires (GCTA, Yang et coll, 2011) est basée sur le modèle linéaire mixte où la contribution des variants communs est estimée à partir de la méthode du maximum de vraisemblance restreint (REML). Développée dans un premier temps pour l’étude des traits phénotypiques quantitatifs, elle a été étendue aux traits binaires grâce au modèle de la liabilité. Cependant, dans le cas d’un trait binaire, il a été montré que la méthode REML fournissait une estimation biaisée de h2 dès lors que la proportion Ke de cas dans l’échantillon était différente de la proportion K de cas dans la population (Golan et coll, 2014). Ces derniers ont suggéré que cette différence induit une corrélation artéfactuelle entre la composante génétique et la composante résiduelle (GxE) du modèle qui engendre alors ledit biais. 

Nous avons étudié ce biais dans une étude de simulation. Nous avons pour cela simulé un échantillon cas-témoins à partir du modèle de la liabilité sous l’hypothèse que chaque variant commun contribue en moyenne de façon équivalente et additive au phénotype binaire et que donc h2 est constante à travers le génome. Nous avons montré qu’à K fixé, la corrélation GxE est une fonction parabolique de Ke qui s’annule en deux points : Ke1 = K et Ke2 = K + (1-K) √(2π) K t exp(t2/2)t est le seuil de la liabilité qui sépare les cas des témoins ; la valeur de t se calcule à partir de K. 

À partir de cette constatation, nous proposons d’associer la méthode REML à un rééchantillonnage bien choisi, consistant à calculer h2 à partir d’un sous-échantillon respectant une proportion de cas, soit égale à Ke1 (sous-échantillonnage des cas), soit égale à Ke2 (sous-échantillonnage des témoins). La répétition de l’étape de sous-échantillonnage permet d’obtenir une estimation non biaisée et précise de h2.  

Nous avons évalué les performances de cette méthode dans une étude de simulation avec et sans structure de population et comparé notre méthode aux méthodes GCTA et PCGC (Golan et coll, 2014). Nous montrons que notre méthode permet d’obtenir un estimateur sans biais de h2 quelle que soit la structure de la population étudiée. Nous appliquons cette méthode à l’estimation de l’héritabilité de la maladie d'Alzheimer, et en particulier de la maladie d'Alzheimer à début précoce, sur des données cas/témoins issues du large consortium européen EADB. 


Catherine SCHRAMM (ROUEN), Simon CHENU, Céline BELLENGUEZ, Benjamin GRENIER-BOLEY, Jean-François DELEUZE, Jean-Charles LAMBERT, Gaël NICOLAS, Hervé PERDRY, Camille CHARBONNIER
16:45 - 18:15 #27960 - P164 Description du phénotype développemental, cognitif et socio-adaptatif des enfants porteurs du Syndrome de Rubinstein-Taybi.
P164 Description du phénotype développemental, cognitif et socio-adaptatif des enfants porteurs du Syndrome de Rubinstein-Taybi.

Le Syndrome de Rubinstein-Taybi (SRT) est une anomalie génétique caractérisée par des particularités physiques, avec un faciès particulier, une microcéphalie, des pouces et orteils larges. Le gène CREBBP est impliqué dans le déterminisme du SRT sur le chromosome 16p13.3 (Lacombe et al. 1992, Roelfsema et al. 2005). Il existe une hétérogénéité génétique avec un deuxième gène impliqué (EP300).

Le phénotype cognitif des enfants SRT se distingue par un handicap intellectuel avec un QI moyen de 51, des limitations du langage expressif, des difficultés de planification des actes moteurs et des anomalies de la mémoire visuo-spatiale.

Alors que les recherches de ces dix dernières années suggèrent un ensemble de particularités comportementales, sociales (Galera et al, 2009) et motrices (Cazalets et al, 2017) caractéristiques du phénotype comportemental des enfants SRT, aucune étude ne s’est vraiment intéressée au profil des développements psychomoteur, cognitif et socio-émotionnel, psychoéducatif et adaptatif.

Tout récemment, nous avons identifié sur un groupe de 23 enfants avec SRT et DI sévère, un profil cognitif et socio-émotionnel caractérisé par des déficits du développement du jeu symbolique, du langage expressif et de l’imitation vocale et de bonnes capacités de communication sociale et émotionnelle (Taupiac et al, 2020), qui, ces dernières les distinguent très clairement des enfants ayant un trouble du spectre de l’autisme (Adrien et al, 2021)

L’objectif de cette nouvelle étude est d’identifier la spécificité du phénotype développemental d’enfants avec SRT en le comparant à celui d’enfants ayant une Trisomie 21.

Dans cette étude, le développement cognitif, socio-émotionnel et adaptatif de 72 enfants avec SRT et de 68 enfants avec TR21 (âges réels : entre 3 ans et 10 ans) appariés en âge de développement (entre 16 et 30 mois) a été évalué à l’aide, du Brunet-Lézine Révisé (ECPA 2001), de la BECS (Adrien, 2007),  du PEP-3 (Lansing et al, 2010) et de la Vineland II (Sparrow et al, 2015). Les comparaisons intergroupes et intragroupes sont réalisées à l’aide de tests non paramétriques.

Cette étude montre qu’il existe un profil développemental caractéristique des enfants SRT. Les enfants du groupe SRT ont un meilleur développement pour les fonctions « attention conjointe » et « expression émotionnelle » que ceux du groupe de Trisomie 21. Les enfants du groupe TR21 ont un meilleur développement psychoéducatif global que ceux du groupe de SRT, notamment dans le secteur de la cognition préverbale et la motricité fine. Les enfants du groupe TR21 ont un meilleur comportement adaptatif que ceux du groupe SRT, notamment dans les domaines de l’autonomie domestique et les capacités adaptatives.

Ces observations vont permettre aux familles et aux professionnels d’avoir une meilleure connaissance des caractéristiques du développement psychologique et socio-adaptatif des enfants avec SRT pour envisager des modalités d’intervention psycho-éducative plus adaptées.


Emmanuelle TAUPIAC (BORDEAUX), Didier LACOMBE, Eric THIÉBAUT, Grégory MICHEL, Jean-Louis ADRIEN
16:45 - 18:15 #28340 - P169 Etat des lieux du déroulement de la démarche de diagnostic présymptomatique en France dans le domaine de la Neurogénétique, l’Oncogénétique et la Cardiogénétique.
P169 Etat des lieux du déroulement de la démarche de diagnostic présymptomatique en France dans le domaine de la Neurogénétique, l’Oncogénétique et la Cardiogénétique.

Une personne non malade à risque peut décider de connaître son statut génétique vis-à-vis d’une pathologie ou d’une prédisposition génétique existante dans sa famille. Cette démarche de diagnostic présymptomatique (DPS) est encadrée par le décret n°2000-570 du 23 juin 2000, fixant les conditions de prescription des caractéristiques génétiques d’une personne à des fins médicales. Le bénéfice attendu, l’autonomie du patient, le choix éclairé, la confidentialité et le respect de la vie privée, ainsi que le droit de ne pas savoir sont les fondements principaux de cette démarche. Les équipes pratiquant le DPS doivent être déclarées auprès de l’Agence de la Biomédecine ainsi que les protocoles types de prise en charge pluridisciplinaire par pathologies ou groupes de pathologies. Les équipes peuvent regrouper des généticiens, des cliniciens, des conseillers en génétiques, des psychologues, des travailleurs sociaux… Chaque équipe étant indépendante dans son organisation et dans la mise en place des protocoles de prise en charge, nous avons choisi de nous intéresser dans cette étude aux différentes structurations et organisations de cette procédure en France, en diffusant un questionnaire via l’AFCG aux conseillers en génétique exerçant dans le domaine de la Neurogénétique, l’Oncogénétique et la Cardiogénétique. Nos questions portent sur la composition de l’équipe du DPS, sur les différents entretiens proposés, la temporalité, les modalités de consultation et de rendu de résultat. Le but de notre étude est de souligner les similarités et les différences de prise en charge des patients demandeurs d’un DPS, en fonction des centres et de la sous-spécialité, ainsi que leur impact sur la réalisation ou non du test génétique.


Manon LAURENT (BORDEAUX), Virginie DORIAN, Caroline ROORYCK-THAMBO, Julie TINAT, Cyril GOIZET, Cécile ZORDAN
16:45 - 18:15 #27924 - P174 Série de 101 exomes trio en diagnostic prénatal : retour d’expérience du CHU de Montpellier.
P174 Série de 101 exomes trio en diagnostic prénatal : retour d’expérience du CHU de Montpellier.

A l’heure actuelle, le dépistage et le diagnostic des maladies génétiques en France pendant la grossesse, se base sur le dépistage combiné du premier trimestre de la T21 et, en cas de découverte d’anomalies fœtales aux échographies sur l’analyse chromosomique, parfois associée à un panel de gènes. Le séquençage de l’exome reste marginal et il n’existe pas de consensus sur son utilisation pour le diagnostic prénatal en routine. La littérature sur le sujet comporte de nombreux articles discutant des avantages et des inconvénients. Les rendements diagnostics oscillent entre 5,5% et 87% en fonction des indications. Le CAGM a publié en 2020 des recommandations indiquant son utilité dans l’arsenal diagnostique des malformations fœtales. Nous proposons, à Montpellier, cette technologie aux couples dans un contexte de grossesse, après un caryotype et une CGH-array normaux.

Les exomes ont été réalisés en trio par l’entreprise privée CERBA. Les variants rapportés ne concernent que des variants classés « Pathogène » ou « Probablement pathogène » selon la classification ACMG et confirmés par Sanger. Les variants présents dans les gènes classés comme « Données secondaires » selon la liste de l’ACMG ont été volontairement exclus de l’analyse.

Entre mars 2019 et décembre 2020, nous avons réalisé 101 séquençages d’exome trio pour des fœtus présentant un syndrome malformatif. Nous avons obtenu 21 diagnostics permettant une information et un conseil génétiques appropriés (20,8%). Le délai de réponse a été en moyenne de 32,72 jours (12 à 94 jours).

Le diagnostic prénatal génétique sur signes d’appel échographique constitue un challenge et l’étude chromosomique seule s’avère souvent insuffisante pour l’évaluation diagnostique et le conseil génétique. L’exome reste peu utilisé du fait des contraintes techniques et des longs délais et surtout controversée du fait de questions éthiques majeures que pose l’accès à l’ensemble du patrimoine génétique d’un individu en prénatal (données incidentes) et des risques d’eugénisme. Cependant il s’avère augmenter considérablement le taux diagnostic de pathologies monogéniques et donc constitue un apport indéniable pour l’amélioration de la prise en charge des familles.


Camille CENNI (Nimes), Constance WELLS, Emmanuelle HAQUET, Detlef TROST, Aicha BOUGHALEM, Jean-Marc COSTA, Florent FUCHS, David GENEVIEVE, Patricia BLANCHET
16:45 - 18:15 #28552 - P179 Evaluation de la performance du dépistage prénatal par ADNlc dans les grossesses triples.
P179 Evaluation de la performance du dépistage prénatal par ADNlc dans les grossesses triples.

Objectif : Évaluer la performance dans les grossesses triples du dépistage par ADN libre circulant (ADNlc) des trisomies 21, 18 et 13.

Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective multicentrique incluant les femmes enceintes avec une grossesse triple et ayant bénéficié d’un dépistage par ADNlc entre le 1er Mai 2017 et le 15 Janvier 2020. Ce dépistage a été réalisé par séquençage massif en parallèle (Illumina, VeriSeq, V1). Les issues de grossesses ont été recherchées.

Résultats : Durant la période d’étude, 130 patientes avec une grossesse triple ont bénéficié d’un test par ADNlc. Trois résultats étaient non exploitables soit 2.3% des tests versus 0.22% dans la population de grossesses singletons et doubles (performance 2019, V1 Illumina sur 40273 tests). Trois tests par ADNlc étaient positifs, soit 2.3% (versus 1.3% dans la population de grossesses singletons et doubles) : 2 dépistages positifs pour la trisomie 21 dont un confirmé par le caryotype anténatal, 1 dépistage positif pour la trisomie 18 non confirmé par le caryotype (perdu de vu). Aucun cas de trisomie 13 n’a été rapporté dans la cohorte. Aucun faux négatif n’est à déplorer parmi les 89 grossesses (68%) dont l’issue était disponible.

Conclusion : En absence d’autre test de dépistage possible dans la population des grossesses triples, le dépistage par ADNlc, malgré une probable baisse d’efficience (augmentation du nombre de test non exploitables, plus forte proportion de résultats positifs) est réalisable (absence de faux négatif). Une plus large cohorte est nécessaire afin de confirmer ces résultats.


Hoda ZAKARIA, Pascale KLEINFINGER, Laurence LOHMANN, Armelle LUSCAN, Jean-Marc COSTA, Mylène VALDUGA, Detlef TROST, Aicha BOUGHALEM (Saint-Ouen), Adèle DEMAIN, Alexandre VIVANTI, Alexandra BENACHI
Galerie Sud
17:00

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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F37
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ASSEMBLEE GENERALE DU CNEPGM

Carré
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A37bis
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Prix Thierry Frebourg

Grand Auditorium
18:30

"Jeudi 03 f\u00e9vrier"

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A38
18:30 - 19:15

CONFERENCE INVITE 02

Modérateur : Emilie CONSOLINO (conseillère en génétique) (MARSEILLE)
18:30 - 19:15 L’homme et la technique. Pierre LE COZ (ENSEIGNANT CHERCHEUR) (Conférencier, MARSEILLE)
Grand Auditorium