Mercredi 02 février
08:30

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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A21
08:30 - 10:30

CONFERENCE PLENIERE 2
Nouveaux mécanismes génétiques

Modérateurs : Houda HAMDI-ROZÉ (Praticien Hospitalier) (Rennes), Stanislas LYONNET (Directeur) (PARIS)
08:30 - 09:00 Expansion de nucléotides: vieux mécanismes qu’on redécouvre autrement. Christel DEPIENNE (Professeur) (Conférencier, Essen, Allemagne)
09:00 - 09:30 Rôle des microARN : revisitons le dogme. David GILOT (Maitre de Conférences) (Conférencier, Rennes)
09:30 - 10:00 Mécanismes de compensation génétique. Didier STAINIER (Director) (Conférencier, Bad Nauheim, Allemagne)
10:00 - 10:30 Variants synonymes : redondance du code génétique et implication en pathologie. Artem KIM (Postdoc) (Conférencier, Rennes, Etats-Unis)
Grand Auditorium
10:30 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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KF1
10:30 - 11:30

Session 1 - Posters affichés en présence des auteurs

10:30 - 11:30 #27871 - P001 Des variations du gène SLITRK2 identifiées chez huit patients avec une forme rare de trouble du neuro-développement altèrent la transmission synaptique et la cognition chez la souris.
Des variations du gène SLITRK2 identifiées chez huit patients avec une forme rare de trouble du neuro-développement altèrent la transmission synaptique et la cognition chez la souris.

SLITRK2 est une protéine transmembranaire exprimée au niveau des neurones postsynaptiques qui régule la croissance des neurites et le maintien des synapses excitatrices. Dans cette étude, nous rapportons des variations rares de SLITRK2, localisé sur le chromosome X, identifiées en exome chez des patients atteints de troubles du neuro-développement (TND). Ces variants comprenaient un variant non-sens (p.Glu461*) et six variants faux-sens qui n'ont pas été rapportés précédemment à l'état hémizygote dans les populations de la base de données gnomAD. Quatre variants sont apparus de novo chez les patients ou chez la mère de l’un d’entre eux, et trois variants ont été hérités de mères asymptomatiques. Les individus porteurs de ces variants présentaient une déficience intellectuelle de sévérité variable, un retard de langage, une démarche instable pouvant s’associer à une spasticité des membres inférieurs, une épilepsie et des manifestations neuropsychiatriques, notamment une anxiété majeure et un trouble du spectre de l’autisme. Des études fonctionnelles ont montré que les variants Leu74Ser, Pro374Arg, Arg426Cys et Glu461* induisaient, dans des cellules HEK293, une altération de la localisation des protéines SLITRK2 mutantes à la membrane et de leur capacité à interagir avec leur ligand extracellulaire, PTPδ. L’analyse de neurones d’hippocampe issus de souris knock-out conditionnelles (cKO), chez lesquelles Slitrk2 a été inactivé dans le système nerveux central, a révélé une altération de la transmission synaptique. Cette altération, caractérisée par une diminution de l’amplitude des courants synaptiques excitateurs, est reversée par l’expression de la protéine SLITRK2 humaine mais pas par celle des protéines mutantes Leu74Ser, Pro374Arg, Arg426Cys, Thr312Ala et Glu461*. De plus, nous avons pu montrer que les souris Slitrk2 cKO pour Slitrk2 présentaient une altération de la mémoire à long terme et une démarche anormale, récapitulant un sous-ensemble de caractéristiques cliniques des patients porteurs de variations du gène SLITRK2. Collectivement, ces données suggèrent que le gène SLITRK2 est impliqué dans une nouvelle forme de TND lié à l'X causée par la perturbation de diverses facettes de la fonction de SLITRK2.

 

 

 


Salima EL CHEHADEH (Strasbourg), Han KYUNG AH, Kim DONGWOOK, Jang GYUBIN, Lim DONGSEOK, Kim JINHU, Julia WYNN, Kim HYEONHO, Somayeh BAKHTIARI, Wendy K CHUNG, Giuseppina VITIELLO, Ioana CUTCUTACHE, Matthew PAGE, Jozef GECZ, Kelly HARPER, Arjan Pm DE BROUWER, Anneke VULTO-VAN SILFHOUT, Marjolaine WILLEMS, Alberto FERNÁNDEZ JAÉN, Angelo SELICORNI, Silvia MAITZ, Els K VANHOUTTE, Martin ARMSTRONG, Joseph SYMONDS, Sebastien KÜRY, Bertrand ISIDOR, Benjamin COGNÉ, Jean MULLER, Allan BAYAT, Michael C KRUER, Jaewon KO, Jiwon UM, Mathilde NIZON, Amélie PITON
10:30 - 11:30 #27967 - P006 Réanalyse d’exomes : intérêt et outils informatiques automatisés.
Réanalyse d’exomes : intérêt et outils informatiques automatisés.

L’évolution rapide des connaissances scientifiques dans le domaine des maladies rares et en particulier pour les troubles du neurodéveloppement ainsi que l’amélioration continue des outils bioinformatiques  rendent indispensables la réanalyse périodique des études pangénomiques telles que le séquençage d’exome et de génome.

Nous avons réanalysé les données de séquençage d’exome de 49 patients atteints d’une trouble du neurodéveloppement pour lesquels un résultat négatif ou un variant de signification inconnue avait été rendu. Le taux diagnostic initial était de 39% (31/80). La réanalyse a été réalisée entre 18 et 36 mois après la première analyse. Ceci a permis d’identifier 5 nouveaux diagnostics ce qui représente 10% des dossiers réanalysés. Pour 3 d’entre eux, il s’agissait de gènes décrits après la première analyse (FOXP4 : +10 mois, AP2M1 : +13 mois, AGO2 : +22 mois). Les 2 autres ont été identifiés grâce à une amélioration du logiciel utilisé permettant de mettre en évidence une délétion hétérozygote de plusieurs exons dans le gène CNOT2 et un variant hérité d’un parent dans le gène MAGEL2. Cette réanalyse a donc permis de passer d’un rendement diagnostic de 39% à 45%.

La réanalyse régulière pose des problèmes en termes de temps puisque le nombre d’exomes à réanalyser est croissant, notre plateforme de bioinformatique a donc développé un outil (PolyBTF) permettant de rechercher automatiquement tous les 3 mois, les patients porteurs de variants nouvellement décrits dans les bases de données de patients HGMD et ClinVar. Ceci est particulièrement utile pour les variants en dehors des régions codantes des gènes déjà connus et pour les variants récurrents des nouveaux gènes ce qui était le cas pour les variants des gènes FOXP4 et AP2M1. La plateforme a également développé un outil (PolyDejaVu) permettant de rechercher dans un gène donné tous les variants présents dans notre base de données, nous permettant de rechercher des patients éventuellement porteurs de variants dans des gènes nouvellement décrits.

Avec la montée en puissance des études pangénomiques, il devient indispensable de développer des outils informatiques d’aide à la réanalyse afin d’optimiser au maximum les données génomiques de nos patients.


Sophie RONDEAU (Paris), Geoffroy DELPLANCQ, Patrick NITSCHKE, Marc BRAS, Ghislaine ROYER, Mathieu BERNARDELLI, Elodie TRON, Christine BOLE, Jeanne AMIEL, Geneviève BAUJAT, Sandrine MARLIN, Marlène RIO, Julie STEFFANN, Giulia BARCIA
10:30 - 11:30 #28161 - P011 Etude de l’implication de la protéine centrosomale rotatine (RTTN) dans la régulation du cil primaire au cours du neuro-développement.
Etude de l’implication de la protéine centrosomale rotatine (RTTN) dans la régulation du cil primaire au cours du neuro-développement.

Le gène RTTN (OMIM 614833) code pour la protéine rotatine, cruciale pour l’établissement de l’asymétrie droite-gauche et la rotation axiale de l’embryon. Cette protéine est requise lors des premières étapes d’élongation et maturation des centrioles, régule le cycle cellulaire et participe à la formation du cil primaire, organelle à la surface des cellules qui fonctionne comme une antenne relais de nombreux signaux essentiels au développement et à l’homéostasie tissulaire.

Les variants pathogènes de RTTN sont associés à un syndrome autosomique récessif associant une petite taille, un retard de développement, une microcéphalie avec anomalies de gyration et une épilepsie. Ici, nous rapportons deux cas, celui d’un fœtus présentant une micro-lissencéphalie, et celui d’une patiente présentant un phénotype fortement chevauchant avec le syndrome de Taybi-Linder (TALS/MOPD1, OMIM 210710). Dans les traits caractéristiques de la patiente : un retard de croissance sévère, un retard d’ossification, une microcéphalie avec une pachygyrie et un corps calleux fin, une dysmorphie faciale marquée avec des yeux proéminents et un menton fuyant, des cheveux épars et de l’eczéma. Les deux cas portent le même variant pathogène c.2953A > G du gène RTTN, qui affecte un site donneur d’épissage. TALS est une pathologie très rare causée par des mutations récessives dans le gène RNU4ATAC, qui est transcrit en un petit ARN nucléaire non-codant, U4atac, composant du splicéosome mineur impliqué dans l’épissage des 850 introns mineurs du génome humain.

Afin d’élucider les causes physiopathologiques du TALS, restées inconnues à ce jour, nous avons choisi d’étudier la mutation RTTN dans différents modèles. Tout d’abord, nous avons confirmé que le variant entraîne un défaut d’épissage de RTTN comme décrit précédemment, dans les fibroblastes de nos deux patients, et ce sans affecter le niveau d’expression des transcrits. Par la méthode de super-résolution appelée microscopie à expansion, nous avons montré une légère réduction de la localisation de rotatine aux centrioles, accompagnée d’une diminution de leur taille. Enfin, nous avons observé une diminution de la longueur des cils dans les fibroblastes du fœtus seulement, et aucun défaut concernant le désassemblage du cil.

Pour étudier plus spécifiquement les processus de neurogenèse, nous avons introduit par CRISPR-Cas9 la mutation c.2953A > G dans des cellules souches pluripotentes induites (iPSC), et réalisé des différenciations en monocouche de neurones et en organoïdes corticaux. Les données préliminaires montrent de manière surprenante une augmentation de la taille des cils dans les progéniteurs neuronaux mutés pour RTTN, ainsi qu’un défaut de différenciation en organoïdes observable dès J32. Nous poursuivrons notre étude par l’analyse morphologique des organoïdes et des processus de ciliogenèse, prolifération, apoptose et migration, qui seront par la suite appliqués aux modèles iPSC mutés RNU4ATAC que nous avons générés.


Justine GUGUIN (Lyon), Eloïse BERTIAUX, Noémie GILIBERT, Alicia BESSON, Lucile BOUTAUD, Virginie HAMEL, Sophie THOMAS, Patrick EDERY, Sylvie MAZOYER, Audrey PUTOUX, Marion DELOUS
10:30 - 11:30 #28565 - P016 Biallelic variants in TRAPPC10 cause a microcephalic TRAPPopathy disorder in humans and mice.
Biallelic variants in TRAPPC10 cause a microcephalic TRAPPopathy disorder in humans and mice.

The evolutionarily conserved transport protein particle (TRAPP) complexes (TRAPP II and III) perform fundamental roles in subcellular trafficking pathways. Here we identified biallelic sequence alterations in TRAPPC10 , a component of the TRAPP II complex, in individuals with a severe microcephalic neurodevelopmental disorder. Molecular studies revealed a weakened interaction between mutant TRAPPC10 and its putative adaptor protein TRAPPC2L. Studies of patient lymphoblastoid cells revealed an absence of TRAPPC10 alongside a concomitant absence of TRAPPC9, another key TRAPP II complex component associated with a clinically overlapping neurodevelopmental disorder. The TRAPPC9/10 reduction phenotype was recapitulated in TRAPPC10-/- knockout cells, which also displayed a membrane trafficking defect. Notably, both the reduction in TRAPPC9 levels and the trafficking defect in these cells could be rescued by wild type but not mutant TRAPPC10 gene constructs. Moreover, studies of Trappc10-/- knockout mice revealed neuroanatomical brain defects and microcephaly, paralleling findings seen in the human condition as well as in a Trappc9-/- mouse model. Together these studies confirm TRAPPC10 gene mutation as a cause of human disease and define TRAPP-mediated pathomolecular outcomes of importance to TRAPPC9 and TRAPPC10 mediated neurodevelopmental disorders in humans and mice.


Lettie RAWLINS, Binnaz YALCIN (Dijon)
10:30 - 11:30 #27861 - P021 Nouvelles variations structurelles responsables de la maladie de Charcot-Marie-Tooth : Les deux premières grandes délétions de KIF5A détectées par le logiciel CovCopCan.
P021 Nouvelles variations structurelles responsables de la maladie de Charcot-Marie-Tooth : Les deux premières grandes délétions de KIF5A détectées par le logiciel CovCopCan.

La maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) est la neuropathie périphérique héréditaire la plus fréquente résultante de lésions des nerfs moteurs et sensoriels. PMP22 a été le premier gène décrit comme étant impliqué dans la CMT via une variation structurelle (SV ; Structural Variation) de type duplication, expliquant environ 15% des cas globaux de CMT dans notre cohorte. À ce jour, plus de 90 gènes sont connus pour être impliqués dans la CMT, sur lesquels principalement des variants ponctuels (SNV ; Single Nucleotide Variants) et des courts insertions ou délétions ont été décrits, tandis que les SVs sont souvent sous-diagnostiqués. Dans notre étude, nous avons utilisé du NGS ciblé et l'outil bioinformatique CovCopCan pour analyser les données NGS de deux familles non apparentées présentant des symptômes de CMT associés à un syndrome pyramidal. Nous avons alors découvert deux grands SVs dans le gène KIF5A, un gène associé à des formes axonales de CMT (CMT2), dans lequel aucun SV n'a encore été décrit. Dans la première famille, le patient présentait une large délétion de 12 kb dans KIF5A incluant les exons 2-15. Dans la seconde famille, deux cas présentaient une large délétion de 3 kb dans KIF5A incluant les exons 24-28. De plus, l'analyse bioinformatique de la séquence de la région du point de cassure a révélé que le mécanisme de NAHR (Non-Allelic-Homologous-Recombination), similaire à celui impliqué dans la duplication du PMP22, pourrait être responsable de l'un de ces SVs de KIF5A et pourrait potentiellement être présent chez plusieurs autres patients. Cette étude établit un nouveau concept de mécanisme impliqué dans les maladies neurologiques, puisque de grandes délétions de KIF5A peuvent causer le CMT2. En outre, nous soulignons l'importance d'analyser non seulement les SNVs mais aussi les SVs lors du diagnostic des neuropathies, car elles pourraient être impliquées dans les neuropathies périphériques plus fréquemment que suspecté actuellement.


Ioanna PYROMALI (Limoges), Alexandre PERANI, Angélique NIZOU, Nesrine BENSLIMANE, Paco DEROUAULT, Sylvie BOURTHOUMIEU, Mélanie FRADIN, Guilhem SOLE, Fanny DUVAL, Constantin GOMES, Frédéric FAVREAU, Franck STURTZ, Corinne MAGDELAINE, Anne-Sophie LIA
10:30 - 11:30 #28094 - P026 Une forme traitable de paraparésie spastique liée à un variant d’épissage homozygote de COQ9.
P026 Une forme traitable de paraparésie spastique liée à un variant d’épissage homozygote de COQ9.

Nous rapportons le cas d’un patient et de sa sœur présentant tous deux une paraparésie spastique ayant débutée vers l’âge de deux ans avec une atteinte modérée des membres supérieurs sans autre signe associé.

La réalisation d’un exome, dans cette fratrie, issue de parents cousins germains, a mis en évidence un variant d’épissage à l’état homozygote, absent de gnomAD, dans le gène COQ9 : Chr16(GRCh37):g.57481490G > A, NM_020312.3(COQ9):c.73G > A, p.(Val25Met). Les logiciels de prédictions d’effet sur l’épissage montrent que ce variant situé sur la dernière base de l’exon 1 diminue la force du site donneur.

L’analyse des ARNm extraits de différents tissus (lignée lymphoblastoïde, myoblastes, fibroblastes et muscle) montre la présence du transcrit attendu ainsi que la présence de trois transcrits additionnels de taille supérieure à celle de l’amplicon attendu. Ces trois transcrits additionnels sont absents chez des contrôles. Le séquençage du transcrit additionnel majoritaire a montré la rétention de 113 pb de l’intron 1 de COQ9 conduisant à un frameshift. Ce transcrit illégitime représente entre 10 et 60% des transcrits totaux en fonction du tissu. C’est au niveau des lignées lymphoblastoïdes qu’il est le plus retrouvé (60% versus 8-9% du transcrit normal) ; dans les myoblastes et le muscle les rapports s’inversent avec 50 à 60% du transcrit attendu contre 10 à 20 % du transcrit contenant l’insertion de 113 pb. Les deux autres transcrits additionnels n’ont pas été séquencés; ils représentent 5 à 30% du total des transcrits en fonction du tissu.

Bien que sa fonction précise ne soit pas encore complètement élucidée, la protéine mitochondriale COQ9 est impliquée dans la biosynthèse du Coenzyme Q10 (CoQ10) et les variants pathogènes de COQ9 entraînent un déficit de la molécule. L’analyse des complexes de la chaîne respiratoire sur la biopsie musculaire du patient a retrouvé de façon cohérente un déficit partiel des complexes CoQ10-dépendants (complexes I+III et II+III), corrigé par l’ajout de CoQ10. Ces résultats ont été confirmés par la mise en évidence d’un déficit musculaire et plasmatique en CoQ10.

Sept patients ont été décrits dans la littérature, avec un phénotype beaucoup plus sévère que celui de nos deux patients. L’atteinte était caractérisée par une encéphalopathie néonatale associée à une atteinte cardiaque et/ou rénale, conduisant pour 6 à un décès dans les premiers mois ou premières années de vie.

Une supplémentation en Coenzyme Q10 a pu être proposée à cette famille. Nous n’avons que peu de recul pour décrire son effet ; mais aucune aggravation du phénotype n’est constatée.

Nous rapportons donc, un variant d’épissage homozygote du gène COQ9 conduisant à une paraparésie spastique isolée ; élargissant le spectre phénotypique des mutations dans ce gène. La moindre sévérité du phénotype de nos patients par rapport à ceux publiés pourrait s’expliquer par des taux résiduels en CoQ10 plus importants dans cette famille.


Audrey LABALME (LYON), Chloé LAURENCIN, Fanny FONTAINE, Nicolas CHATRON, Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN, Nathalie STREICHENBERGER, Isabelle ROUVET, Damien SANLAVILLE, Stéphane ALLOUCHE, Gaëtan LESCA
10:30 - 11:30 #28368 - P031 Vers une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques des anomalies cérébrales associées aux ciliopathies : cellules souches et modélisation 2D et 3D du développement néocortical.
P031 Vers une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques des anomalies cérébrales associées aux ciliopathies : cellules souches et modélisation 2D et 3D du développement néocortical.

Les ciliopathies sont des maladies génétiques rares, très hétérogènes génétiquement et à spectre phénotypique très large et chevauchant. Elles résultent d’anomalies ciliaires, secondaires à des mutations de gènes codant des protéines centrosomales ou ciliaires. A l’inverse des cils motiles, le cil primaire (CP) est quasi ubiquitaire expliquant la pléiotropie des atteintes. En particulier, des malformations cérébrales sont fréquemment associées aux ciliopathies, de même que des troubles cognitifs ou comportementaux sans base neuro-anatomique, soulignant l'importance de la fonction ciliaire pour le développement et le fonctionnement du cerveau. Avec l'avènement du séquençage haut débit, les études génomiques ont largement accéléré notre compréhension des bases moléculaires des anomalies neuro-développementales. Cependant, les mécanismes sous-jacents sont restés largement inexplorés en raison de l'absence de modèles récapitulant les processus clés spécifiques au développement du cortex cérébral humain. La possibilité de reprogrammer des cellules somatiques de patients en cellules souches pluripotentes (IPS) capables de s'auto-organiser et de se différencier en ébauches d’organes ou organoïdes a révolutionné la modélisation des maladies humaines. 

Afin d'étudier les mécanismes physiopathologiques qui sous-tendent les anomalies cérébrales chez les patients atteints de ciliopathies, nous avons ainsi tiré profit des avancées technologiques en matière de cellules souches et généré des modèles du développement néocortical en 2D et 3D à partir de cellules IPS, i.e. rosettes neurales et organoïdes cérébraux. Ces deux systèmes de modélisation récapitulent de nombreux aspects du développement néocortical, notamment la génération des divers types de cellules progénitrices neurales ainsi que de neurones néocorticaux. Ces systèmes de modélisation nous permettent d'étudier la biogenèse et la fonction des CP. La transduction de la voie Sonic Hedgehog (SHH) est analysée par quantification de l’expression de gènes cibles de cette voie et par analyse immunochimique de la dynamique de localisation ciliaire des acteurs de la voie SHH. Afin de tirer parti de l'organisation 3D des organoïdes cérébraux, nous avons mis au point une méthode simple permettant d’imager les organoïdes cérébraux entiers après immunomarquage et permettant de détecter, à l’échelle de l’oragnoïde entier, à la fois les centrosomes et les CP des progéniteurs et neurones néocorticaux. 

L’utilisation de ces méthodes de modélisation à partir de cellules IPS humaines générées soit par reprogrammation de cellules de patients atteints de ciliopathies, soit par l'utilisation de la technologie CRISPR/CAS9 pour éditer spécifiquement les gènes ciliaires, devrait permettre des progrès significatifs dans la compréhension de la contribution du CP au cours du développement normal et pathologique du cortex cérébral.


Lucile BOUTAUD (paris), Marie MICHAEL, Céline BANAL, Damélys CALDERON, Sarah FARCY, Julie PERNELLE, Nicolas GOUDIN, Camille MAILLARD, Clémantine DIMARTINO, Cecile DELESCHAUX, Sébastien DUPICHAUD, Corinne LEBRETON, Sophie SAUNIER, Tania ATTIÉ-BITACH, Nadia BAHI-BUISSON, Nathalie LEFORT, Sophie THOMAS
10:30 - 11:30 #28791 - P036 La recherche de syndrome de l’X Fragile a-t-elle toujours sa place en première intention dans les troubles neurodéveloppementaux à l’ère du NGS ?
P036 La recherche de syndrome de l’X Fragile a-t-elle toujours sa place en première intention dans les troubles neurodéveloppementaux à l’ère du NGS ?

Introduction :  Le syndrome de l’X Fragile (FXS), lié à une expansion de plus de 200 triplets CGG du gène FMR1, est la première cause de déficience intellectuelle (DI) héréditaire.  Les Sociétés Savantes de différents pays recommandent sa recherche en première intention avec l’aCGH chez tous les patients présentant un trouble neurodéveloppemental (TND)/DI/trouble du spectre autistique (TSA)/ trouble du déficit de l’attention (TDAH). Dans la littérature, le taux diagnostique de FXS a été évalué à 2,5% chez les patients avec DI et à 1,2% chez les patients avec TSA, ce qui est inférieur à l’aCGH (15-20%) et l’exome (30-40%). De ce fait, la dernière recommandation de l’American College of Medical Genetics soulève la question de la pertinence de la recherche de FXS en première intention.  Nous avons tenté d’évaluer ce point.

Méthodes : 1) Détermination du taux diagnostique de FXS, toute indication confondue, de 2014 à 2020 au sein du laboratoire de génétique moléculaire du CHU Necker. 2) Analyse des dossiers des patients FXS à la recherche de la mention de signes dysmorphiques évocateurs de FXS selon genereview et d’histoire familiale évocatrice (DI lié à l’X, FXS, FXTAS, FOIP). 3) Rétrophénotypage des photos des patients FXS disponibles selon les signes dysmorphiques de genereview. Utilisation et évaluation de l’application Face2Gene (FDNA Inc., Boston, USA) et de son logiciel de reconnaissance faciale DeepGestalt afin d’orienter la prescription.

Résultats : 1) 2324 tests ont été effectués sur 1620 hommes et 704 femmes. Un FXS a été diagnostiqué chez 23 (1,4%) hommes et 12 (1,7%) femmes. L’âge au diagnostic était compris entre 11 mois et 43 ans.  Pour 13/34 (38%) des patients positifs le test avait été prescrit dans un contexte familial de pathologies du spectre FMR1. 21/34 (62%) étaient des cas index présentant un TND/DI ou TSA. 2) 30/34 (88%) des patients avaient des signes dysmorphiques ou une histoire familiale mentionnés dans leur dossier médical. 3) Par rétrophénotypage, 15/16 patients présentaient ≥ 1 signe évocateur. Au total, des signes dysmorphiques évocateurs étaient retrouvés chez 33/34 patients.  L’application Face2Gene a classé le FXS en première position chez 12/16 patients.

Discussion : Le taux diagnostique de notre cohorte (1,5%) est concordant avec ceux de la littérature, ce qui reste bien inférieur à l’exome. Chez la grande majorité des patients (30/34) le FXS pouvait être évoqué devant la présence de signes dysmorphiques (l’application Face2Gene ne semble pas très discriminante chez les patients jeunes) et/ou une histoire familiale évocatrice d’où la justification d’une consultation de génétique avant prescription. La possibilité d’acquérir une présomption diagnostique forte chez les rares patients atteints de FXS semble justifier la relégation du test FXS en seconde intention   sous réserve d’une étude du rapport coût-bénéfice versus l’exome.


Geoffroy DELPLANCQ (Versailles), Leslie LORI, Mathieu BERNARDELLI, Marlène RIO, Julie STEFFANN, Jean-Paul BONNEFONT, Guillaume DORVAL
10:30 - 11:30 #28530 - P041 Syndrome d’Ellis-Van Creveld : analyse phénotypique et génotypique d’une cohorte de 50 individus.
P041 Syndrome d’Ellis-Van Creveld : analyse phénotypique et génotypique d’une cohorte de 50 individus.

Le syndrome d’Ellis-Van Creveld (EVC) fait partie du groupe de ciliopathies squelettiques ou Côtes Courtes-Polydactylie (CCP), et est caractérisé par une dysplasie ectodermique, une chondrodysplasie, une polydactylie et une cardiopathie congénitale, avec une grande variabilité phénotypique allant de formes létales à des formes modérées. Les gènes EVC et EVC2 sont connus pour être les principaux gènes responsables du syndrome EVC. Cependant, un nombre croissant de gènes impliqués dans le fonctionnement du cil - WDR35, GLI1, DYNC2LI1, PRKACA, PRKACB, et SMO - ont été identifiés dans le syndrome EVC, permettant une meilleure compréhension de sa physiopathologie. Ces gènes codent tous pour des protéines du cil primaire, jouant un rôle clé dans la transduction du signal au sein des voies Hedgehog (Hh). L’objectif de cette étude était l’analyse de 50 patients, issus de 45 familles, diagnostiqués EVC, afin de mieux définir les bases phénotypiques et moléculaires du syndrome EVC. Nos critères d’inclusion pour le diagnostic clinique du syndrome EVC étaient la présence d’au moins trois critères parmi : 1) un aspect typique squelettique (brachydactylie, membres courts, thorax étroit) et/ou radiologique (os courts et tubulaires, côtes courtes, ailes iliaques courtes, acetabulum en trident), 2) une polydactylie, 3) la présence d’anomalies unguéales ou de la sphère orofaciale, 4) une cardiopathie congénitale. Notre taux de détection moléculaire au sein de la cohorte des 45 familles a été de 91,11%, avec des variants identifiés dans EVC/EVC2 (77.8%), DYNC2H1 (6.7%), DYNC2LI1 (2.2%), SMO (2.2%), et PRKACB (2.2%). Nous avons identifié une grande proportion de délétions (26.92%, 14/52) dans les gènes EVC et EVC2, dont deux délétions récurrentes retrouvées respectivement six et quatre fois dans le gène EVC. Ces CNVs étaient majoritairement hérités de la mère, et probablement médiés par un mécanisme de recombinaison homologue non allélique impliquant des séquences Alu. Sur le plan clinique, nous avons retrouvé de nombreuses anomalies supplémentaires, dont plusieurs sont décrites ici pour la première fois. La taille finale était rarement impactée dans notre cohorte, même au sein des patients mutés EVC/EVC2. Nous n’avons pas noté de corrélation génotype-phénotype significative, mais quelques éléments sont notables : taille normale chez les individus mutés dans DYNC2LI1, SMO et PRKACB ; et corrélation entre la présence d’une cardiopathie congénitale et le degré d’altération de la fonction protéique pour DYNC2LI1. Notre étude confirme qu’EVC et EVC2 sont les gènes majeurs avec une fréquence importante de CNV non décrite à ce jour.


Marion AUBERT-MUCCA (Toulouse), Celine HUBER, Genevieve BAUJAT, Caroline MICHOT, Mohammed ZARHRATE, Marc BRAS, Valerie MALAN, Tania ATTIE-BITACH, Valerie CORMIER-DAIRE
10:30 - 11:30 #28445 - P046 Spectre phénotypique des patients atteints de DFNX2 dans une série de 33 cas avec une mutation du gène POU3F4.
P046 Spectre phénotypique des patients atteints de DFNX2 dans une série de 33 cas avec une mutation du gène POU3F4.

Les surdités prélinguales ont une transmission liée à l’X dans 1 à 2% des cas et 50% des cas de surdité isolée liée à l'X sont causés par des mutations du gène POU3F4 impliqué dans la surdité héréditaire liée à l'X-2 (DFNX2). DFNX2 est une surdité de transmission et de perception associée à une malformation de l’oreille interne. Des études récentes ont montré une expression de POU3F4 durant le développement cérébral et dans le tube neural. Notre étude visait à constituer une cohorte française de patients présentant une DFNX2, d’établir leur génotype et leur phénotype précis, notamment sur le plan neurodéveloppemental. Notre second objectif était de rechercher une éventuelle corrélation génotype-phénotype.

Les patients ont été identifiés auprès des laboratoires de génétique faisant l’analyse du gène POU3F4. Les données cliniques ont été recueillies auprès des médecins responsables de chacun de ces patients par un questionnaire clinique.

Nous avons constitué une cohorte de 33 patients, âgés de 2 à 52 ans, issus de 25 familles différentes. En étudiant le génotype de ces patients, nous avons observé 5 grands réarrangements, 7 petites délétions intragéniques, 2 petites duplications intragéniques et 12 substitutions nucléotidiques. Nous avons mis en évidence 16 nouvelles mutations. En regardant le phénotype auditif, on voit que la surdité est d’apparition prélinguale chez 70% des patients. 23 patients ont une surdité de perception, 4 ont une surdité mixte et 1 a une surdité de transmission. Cette surdité est sévère ou profonde dès le diagnostic chez 20 patients et modérée chez 9 patients. Le TDM des rochers retrouvait une malformation de l’oreille interne chez 96% (25/26) des patients. Concernant le phénotype neurologique, on observe un trouble de l’équilibre chez 35% (8/23) des patients et des troubles du sommeil chez 40% (10/25) des patients. Concernant le neurodéveloppement 48% (12/25) des patients ont un retard à la marche. Sur 20 patients, 1 a un retard de développement psychomoteur à 3 ans et 9 mois et 6 patients ont une déficience intellectuelle. 43% (7/16) des patients ont un trouble du spectre de l’autisme (TSA) et 41% (9/22) ont déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH).

Depuis sa description en 1971 par Nance et al, DFNX2 est connue comme une surdité isolée de transmission liée à l’X. Notre étude montre que d’autres symptômes peuvent être associés à la surdité. Le retard à la marche et les troubles de l’équilibre s’expliquent par les malformations de l’oreille interne. Cependant, la déficience intellectuelle, le TSA et le TDAH semblent plus fréquents que dans la population générale. Cela pourrait s’expliquer par un rôle de POU3F4 dans le développement cérébral. Au vu de ces résultats, il semble intéressant de suivre le neurodéveloppement de ces patients. Cela permettra d’étendre nos connaissances sur le phénotype des patients atteints de DFNX2, d’améliorer leur prise en charge et de préciser le conseil génétique.


Lara KERBELLEC (TOURS), Marie-Pierre MOIZARD, Soizick PONDAVEN-LETOURMY, Anne-Françoise ROUX, Isabelle FAJARDY, Laurence JONARD, Souad GHERBI-HALEM, Magalie BARTH, Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Elise BOUCHER, Renaud TOURAINE, Valérie PELLETIER, Laetitia LAMBERT, Marion GERARD, Juliette PIARD, Laurence OLIVIER-FAIVRE, Linda PONS, Damien HAYE, Catheline VILAIN, Chantal LIGNY, Genevieve LINA-GRANADE, Clémence GUENNE, Emmanuel LESCANNE, Sandrine MARLIN, Annick TOUTAIN
10:30 - 11:30 #27998 - P051 Étude moléculaire par séquençage moyen débit d’un panel de gènes d'une cohorte de cas avec anomalies rénales sévères dépistées en prénatal.
P051 Étude moléculaire par séquençage moyen débit d’un panel de gènes d'une cohorte de cas avec anomalies rénales sévères dépistées en prénatal.

Les maladies rénales dépistées par l’échographie fœtale représentent un groupe hétérogène de pathologies dont certaines ont une cause monogénique. Elles se présentent principalement sous forme d’anomalies de développement des reins et des voies urinaires ou de gros reins hyperéchogènes parfois kystiques. Leur sévérité est extrêmement variable. Elles peuvent être isolées ou syndromiques. L’existence de formes familiales a fait suspecter une composante génétique, hypothèse validée par l’identification de variations pathogènes dans un très grand nombre de gènes. L’identification des variations causales dans les formes monogéniques de ces pathologies est essentielle pour le conseil génétique. L’objectif de cette étude était d’évaluer la fréquence des causes monogéniques au sein d’une cohorte de 100 fœtus présentant des anomalies rénales sévères. Cinq fœtus présentaient une atteinte compatible avec une dysgénésie rénale tubulaire, 79 des anomalies de développement des reins et des voies urinaires (CAKUT) et 16 une atteinte rénale évoquant une ciliopathie (gros reins hyperéchogènes et/ou kystiques). Une analyse moléculaire a été réalisée par une technique de séquençage moyen débit d’un panel de gènes mis en place dans le laboratoire de génétique de l’hôpital Necker-Enfants malades, le panel « Rénome ». Chez les fœtus présentant une atteinte évocatrice de dysgénésie rénale tubulaire, des variations bialléliques de classe 4 des gènes AGT et AGTR1 ont été identifiées chez deux fœtus, et des variations homozygotes de classe 3 des gènes AGT, ACE et AGTR1 chez les trois autres fœtus. Des variations pathogènes responsables du phénotype ont été mises en évidence chez 10 fœtus avec anomalies de développement des reins et des voies urinaires (dans les gènes PAX2, FRAS1, EYA1, MYOCD et BICC1), et des variations de classe 3 dans le gène GREB1L ont également été identifiées chez trois fœtus avec agénésie rénale bilatérale. Une nouvelle variation de splice dans le gène MYOCD, associé chez les fœtus de sexe masculin à une mégavessie congénitale, a été identifiée chez deux jumeaux grâce à une technique de séquençage haut débit de cDNA issus de rein fœtal. Un diagnostic moléculaire a pu être établi chez 75% des fœtus avec un phénotype évocateur de ciliopathie, avec l’identification de variations pathogènes dans 11 familles (gènes PKHD1, PKD1, PKD2, NPHP3, CEP290 et TMEM67). Ce travail a également permis de montrer qu’une variation bi-allélique du gène DNAJB11 était associée au syndrome d’Ivemark II (OMIM #208540), ciliopathie fœtale sévère associant dysplasie rénale, hépatique et pancréatique. Au total, une variation causale ou possiblement causale a été identifiée dans 30% des cas, avec un taux diagnostique variable en fonction du phénotype et bien plus faible pour les CAKUT que pour les ciliopathies ou les dysgénésies rénales tubulaires.


Pénélope JORDAN, Guillaume DORVAL (Paris), Christelle ARRONDEL, Vincent MORINIÈRE, Marie-Pierre AUDREZET, Laurence MICHEL, Audrey PUTOUX, Gaetan LESCA, Audrey LABALME, Mathilde LEFEBVRE, Sandra WHALEN, Laurence LOEUILLET, Jelena MARTINOVIC, Tania ATTIE-BITACH, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Laetitia LAMBERT, Claire BENETEAU, Olivier PATAT, Odile BOUTE BENEJEAN, Arnaud MOLIN, Fabien GUIMIOT, Nicolas FONTANAROSA, Mathilde NIZON, Cécile JEANPIERRE, Sophie SAUNIER, Laurence HEIDET
10:30 - 11:30 #28495 - P056 Etude monocentrique, par exome ciblé chez 112 enfants, de l'architecture génétique des DSD 46,XY.
P056 Etude monocentrique, par exome ciblé chez 112 enfants, de l'architecture génétique des DSD 46,XY.

Etude monocentrique, par exome ciblé chez 112 enfants, de l'architecture génétique des DSD 46,XY. Huby Thomas*, Avril Tristan*, Lambert Anne-Sophie, Proust Alexis, Laddada Lilia, Lucie Tosca, Young Jacques, Guiochon-Mantel Anne, Linglart Agnès, Bouvattier Claire**, Bouligand Jérôme**.  *co-premiers auteurs, **co-derniers auteurs.

 

Contexte : Les DSD pour « Disorders of Sex Development » sont des pathologies regroupant un grand nombre de situations médicales congénitales où le développement du sexe chromosomique, gonadique ou anatomique est atypique. Ce développement est régulé par de nombreux gènes et la recherche étiologique par séquençage nouvelle génération (NGS) est devenue le standard pour le diagnostic moléculaire de ces maladies.

Objectifs : Étudier l’architecture génétique des DSD 46,XY et discuter de l’intérêt de l'exome ciblé par NGS pour certaines catégories de patients.

Patients : 112 patients avec DSD 46,XY ont été inclus dans notre étude monocentrique : 13 patients dans un groupe de DSD 46,XY syndromiques, 44 dans un groupe avec retard de croissance intra-utérin, 21 dans un groupe DSD 46,XY isolé avec dysgénésie gonadique (AMH < 250 pmol/l) et 34 dans un groupe DSD 46,XY isolé sans dysgénésie gonadique (AMH > 250 pmol/l).

Méthodes : Analyse par exome ciblé (EC) d’un panel de 39 gènes. Deux approches : Analyse supervisée (AS), interprétation des variants génétiques selon la classification ACMG 2015 ; Analyse non supervisée (ANS) de l’ensemble des données génotypiques de notre cohorte.

Résultats : Au cours de l'AS, des variants pathogènes ou probablement pathogènes (classe 4 ou 5) ont été identifiés chez 25 patients soit 22,3% (IC95[14,6%-30%]), des variants de signification inconnue (classe 3) chez 42 patients soit 37,5% (IC95[28,5%-46,5%] et des variants probablement bénins ou bénins (classe 2 ou 1) chez 45 patients soit 40,2% (IC95[31,1%-49,3%]). Entre les 4 groupes, il n’a pas été retrouvé de différence significative du nombre de variants de classe 4 ou 5, de classe 3 et de classe 2 ou 1. L'AS confirme que NR5A1/SF1 est le gène principal responsable des DSD 46,XY avec dysgénésie gonadique. Parallèlement, l'ANS a permis d'identifier des variants de classe 3 qui sont candidats prioritaires pour une ré-interprétation ultérieure.

Conclusion/Perspectives : Après EC, plus de 75% des patients DSD 46,XY restent dans l’errance diagnostique. Dans ce contexte, la poursuite de ces analyses par séquençage complet de génome dans le cadre de la préindication France Médecine Génomique « Anomalies sévères de la différenciation sexuelle d’origine gonadique et hypothalamo-hypophysaire » constitue une véritable opportunité. 


Thomas HUBY (SAINT-DENIS), Tristan AVRIL, Anne Sophie LAMBERT, Alexis PROUST, Lilia LADDADA, Lucie TOSCA, Jacques YOUNG, Anne GUIOCHON-MANTEL, Agnès LINGLART, Claire BOUVATTIER, Jérôme BOULIGAND
10:30 - 11:30 #28385 - P061 Caractérisation épigénétique de cellules musculaires lisses différenciées à partir d’iPSC : un modèle cellulaire pour l’étude de diverses maladies artérielles à génétique complexe.
P061 Caractérisation épigénétique de cellules musculaires lisses différenciées à partir d’iPSC : un modèle cellulaire pour l’étude de diverses maladies artérielles à génétique complexe.

Introduction

Smooth muscle cells (SMCs) capacity to switch between proliferative (synthetic) and quiescent (contractile) phenotypes is a widely studied mechanism in cardiovascular disease. Primary SMCs tend to lose many physiological features in culture, which makes the study of their contractile function challenging. Recently, an optimized protocol of induced pluripotent stem cells (iPSCs) differentiation into contractile SMCs was described. Here we aimed at defining the transcriptomic and open chromatin dynamics during the acquisition of SMCs phenotypes.

 

Methods

We differentiated 4 human iPSC lines (2 males, 2 females) towards either contractile (Repsox induced) or synthetic (PDGF-BB/TGF-β induced) SMC phenotypes using a 24-days protocol. We performed RNA-Seq and assay for transposase accessible chromatin (ATAC)-Seq at 6 time points of differentiation. We compared gene expression and open chromatin profiles between them and to existing datasets of primary human SMCs and artery tissues.

 

Results

iPSCs derived SMCs showed expected morphology and positive expression of SMC markers. Synthetic SMCs exhibited greater capacity of proliferation, migration and lower calcium release capacity, compared to contractile SMCs. RNA-Seq results showed that multiple disease-associated genes involved in the contractile function of arteries, including smooth-muscle myosin heavy chain (MYH11), myosin light chain kinase (MYLK) and angiotensin type 1 receptor (AGTR1) genes, were highly expressed in contractile compared to synthetic SMCs. Interestingly, multiple genes coding for extracellular matrix components were also enriched in contractile SMCs.  Analysis of transcriptomic and open chromatin profiles suggests contractile SMCs retained a high level of activity for transcription factors involved in vascular smooth muscle development. Synthetic SMCs however presented open chromatin profiles similar to cultured primary SMCs. Open chromatin regions of contractile SMCs were highly enriched in variants associated to vascular diseases such as hypertension, spontaneous coronary artery dissection and intracranial aneurysm , whereas synthetic SMCs were more enriched for variants associated to peripheral artery disease and aortic aneurysm.

 

Conclusions

Differentiation of SMCs from iPSC using two complementary protocols provides valid cellular models suitable for the study of a variety of vascular diseases. Utilization of these cells in combination with genome-editing tools is a promising approach to the study of complex regulatory mechanisms at genetic risk loci while taking into account phenotypic variability of arterial cellular components.

 


Adrien GEORGES (Paris), Lu LIU, Takiy BERRANDOU, Charlène JOUVE, Jean-Sébastien HULOT, Nabila BOUATIA-NAJI
10:30 - 11:30 #27915 - P066 Aspects cliniques, génétiques et thérapeutiques dans la maladie de Menkes – Étude d’une cohorte française et revue de la littérature.
P066 Aspects cliniques, génétiques et thérapeutiques dans la maladie de Menkes – Étude d’une cohorte française et revue de la littérature.

Introduction

La maladie de Menkes (MNK), maladie récessive liée à l’X (ATP7A), résulte d’un défaut de transport du cuivre, est une maladie multi-organes (atteintes neurologiques, cutanées, urologiques, vasculaires, osseuses) et conduit historiquement au décès avant 3 ans. L’histidinate de cuivre (HisCu) est le seul traitement spécifique proposé, avec des résultats variables en fonction des études. L’objectif était d’étudier les caractéristiques cliniques et génétiques d’une cohorte française pour discuter de la prise en charge thérapeutique.

Méthodes

Une cohorte a été constituée à partir des diagnostics génétiques (gène ATP7A) de MNK en France et comparée à une analyse systématique de la littérature.

Résultats

Un variant pathogène causal a été identifié dans 81% des 88 dossiers analysés. 94% des variants sont privés dont la moitié non-décrite dans les bases de données. 24,6% sont des délétions/duplications intragéniques, 50,8% des variants de type perte de fonction et 24,6% des variants faux-sens. Ces derniers se répartissent exclusivement à partir de l’exon 7, avec pour conséquence d’un certain nombre une anomalie d’épissage avec délétion partielle d’exon.

Sur les 24 individus dont les données cliniques ont pu être étudiées, l’âge moyen au diagnostic est de 4,5 mois (78% entre 3 et 6 mois). Les signes au diagnostic sont : l’hypotonie (96% ; un seul patient non hypotonique diagnostiqué en période néonatale sur antécédents familiaux), l’épilepsie (88% ; souvent le point d’appel à la démarche diagnostique), les anomalies des phanères (83% de pili torti, 44% de pâleur cutanée). Une hypothermie néonatale (35%) et des céphalhématomes (27%), bien que non spécifiques, sont sur-représentés.

55% des individus ont été mis sous HisCu, à un âge moyen de 5,1±2,78 mois. On ne met pas en évidence de différence de survie entre le groupe traité par HisCu et le groupe non traité ni de corrélation génotype-phénotype distinguant les individus ayant le mieux répondu. En comparant ces données à celles issues de la littérature, on ne retrouve une efficacité de l’HisCU sur le plan de la survie et du neurodéveloppement que lorsque le traitement est mis en place chez des nourrissons n’ayant pas encore d’atteinte neurologique soit avant 1 mois de vie. 

L’épilepsie apparait chez tous les individus de la cohorte même quand l’HisCu a été instauré avant les premiers symptômes, bien que, dans la littérature, est décrit une efficacité de l’HisCu sur la fréquence des crises.

L’HisCU pourrait aussi permettre de mieux contrôler l'atteinte urologique mais ne paraît pas avoir d'impact sur les phénotypes vasculaires et osseux.

Conclusion

La MNK reste une maladie non curable avec un éventail thérapeutique limité et un pronostic sombre. L’introduction de l’HisCu ne devrait être basée que sur des critères cliniques et amènent à ne la proposer que chez des patients présymptomatiques. Dans ce cadre, il permettrait d’avoir un effet sur la survie et le développement psychomoteur de certains patients.


Paul ROLLIER (Rennes), Moizard MARIE-PIERRE, Annick TOUTAIN, Sophie BLESSON, Eric BIETH, Chrystèle BONNEMAINS, Aline CANO, Brigitte CHABROL, Annabelle CHAUSSENOT, Léna DAMAJ, François FEILLET, Sylvie JORIOT, Manoëlle KOSSOROTOFF, Christian RICHELME, Dominique BONNEAU, Sylvie ODENT, Magalie BARTH
10:30 - 11:30 #28507 - P071 Amélioration du diagnostic des maladies mitochondriales à l’aide de la variation de l'hétéroplasmie des variants de l'adn mitochondrial dans le sang et les urines.
P071 Amélioration du diagnostic des maladies mitochondriales à l’aide de la variation de l'hétéroplasmie des variants de l'adn mitochondrial dans le sang et les urines.

Actuellement, plus de 250 variants pathogènes ont été identifiés sur le génome mitochondrial (ADNmt), avec un large spectre clinique, notamment en raison du phénomène d'hétéroplasmie. De plus, le séquençage de nouvelle génération a considérablement augmenté l'identification de nouveaux variants de signification inconnue (VSI), augmentant la complexité de l'interprétation de l'ADNmt.

L'objectif de notre étude était de comparer l'hétéroplasmie des variants de l'ADNmt dans le sang et l'urine afin d'améliorer les corrélations génotype-phénotype et prioriser les VSI. Les taux d'hétéroplasmie ont été quantifiés pour 179 variants chez 174 patients, sur des échantillons d'urine et de sang.

Comme précédemment rapporté, la corrélation génotype-phénotype est apparue plus significative dans l'urine que dans le sang pour les patients porteurs du m.3243A > G. Des résultats similaires ont été obtenus pour d'autres variants pathogènes de l'ADNmt, accréditant l'utilité de l'urine pour le diagnostic des maladies mitochondriales. Cependant, la correction de l'hétéroplasmie, en tenant compte de l'âge ou du sexe, n'a pas amélioré ces corrélations.

En raison de la variabilité de la distribution tissulaire des variants hétéroplasmiques de l'ADNmt, l'analyse multivariée a permis de distinguer les polymorphismes des variants pathogènes et de discriminer les porteurs asymptomatiques des patients symptomatiques, suggérant l'intérêt de cette comparaison pour la priorisation des VSI. Cette approche a été appliquée à 10 VSI, dont 9 nouveaux variants, et permet de classer 6 d'entre eux : Cinq comme probablement pathogènes (m.5668G > A, m.7778T > C, m.8186G > A, m.10161A > C, m.15243G > A) et un comme polymorphisme (m.8809A > G). Pour 4 variants (m.5770C > G, m.8816A > C, m.8980C > T, m.13679C > T) cette approche n'a pas permis de conclure.

Notre étude confirme l'utilité des cellules uroépithéliales pour le diagnostic mitochondrial, permettant de meilleures corrélations génotype-phénotype et facilitant la priorisation des nouveaux variants.


Matthieu DENIS (Angers), Valérie DESQUIRET-DUMAS, Naig GUEGUEN, Magalie BARTH, Estelle COLIN, Pascale MARCORELLES, Alice GOLDENBERG, Aleksandra NADAJ-PAKLEZA, Camille GIRON, Chloé QUELIN, Pascal REYNIER, Patrizia AMATI-BONNEAU, Vincent PROCACCIO, Céline BRIS
10:30 - 11:30 #28110 - P081 Characterization of CACNA1S truncating variants in two patients with congenital myopathy.
P081 Characterization of CACNA1S truncating variants in two patients with congenital myopathy.

Muscle contraction is triggered by a massive release of Ca2+ within myofibers in response to nerve excitation. This process, known as excitation contraction coupling (ECC), relies on the interaction of two Ca2+ channels, the dihydropyridine receptor (DHPR) and the type I ryanodine receptor (RYR1). The DHPR is a voltage-gated L-type Ca2+ channel composed of four subunits (α1, α2δ, β, and γ). The α1S subunit of DHPR forms the pore domain which is essential for proper functioning of ECC in skeletal muscle. Variants in the CACNA1S gene, encoding the α1S subunit, have been recently identified in patients with congenital myopathies. We identified compound heterozygosity for nonsense variants of the CACNA1S gene in two unrelated patients presenting with muscle weakness. Here, we characterized the impact of these two CACNA1S truncating variants on transcript and protein expressions in one of them. Whole RNA-sequencing, completed by functional studies, revealed the unexpected consequences of these variants. Our findings could open up new perspectives in the understanding of pathophysiological mechanisms associated with CACNA1S-related diseases.


Mélanie FOURGEAUD (BORDEAUX), Edoardo MALFATTI, Mireille COSSÉE, Dimitri RENARD, Julie BROCARD, Anne-Sophie NICOT, Marion LARRIEUX, Corinne THÈZE, Kamel MAMCHAOUI, Isabelle MARTY, Julien FAURÉ, John RENDU
10:30 - 11:30 #28073 - P086 Syndrome de Townes-Brocks (SALL1) : précision du phénotype notamment auditif dans une cohorte de 42 patients.
P086 Syndrome de Townes-Brocks (SALL1) : précision du phénotype notamment auditif dans une cohorte de 42 patients.

Le syndrome de Townes-Brocks (TBS) est une pathologie génétique autosomique dominante, à pénétrance complète et expressivité variable, liée à des mutations du gèneSal-like 1 (SALL1). Il comprend classiquement une triade clinique : imperforation anale, oreilles dysplasiques (tubercules, fistules, anomalies des hélix) et malformations des pouces (triphalangés, polydactylie pré-axiale), pouvant être associée à d’autres atteintes notamment auditives. Plus de 150 cas ont été rapportés dans la littérature permettant une bonne description du phénotype malformatif associé au TBS. La surdité y est décrite comme fréquente (65%), le plus souvent neurosensorielle et de sévérité variable. Cependant, l’âge d’apparition, le profil évolutif ou la présence de malformations de l’oreille interne sont rarement précisés. Or ces éléments peuvent permettre d’ajuster le suivi et la prise en charge précoce de ces patients.


L’étude du gène SALL1 est réalisée au CHU de Lille depuis 2006. L’objectif de notre étude est de préciser le phénotype, notamment auditif, des patients présentant un TBS confirmé sur le plan moléculaire. Nous disposons d’une cohorte de 42 patients issus de 25 familles. D'après les données présentes au laboratoire, qui sont parcellaires, 15/42 patients (36%) présentaient une surdité au moment du diagnostic. Elle était congénitale (1/4) ou apparue dans l’enfance (3/4), le plus souvent neurosensorielle (6/8), bilatérale (5/6) et légère (3/5). L’imagerie des rochers montrait des malformations des osselets chez un patient sourd et un patient sans donnée quant à son audition (2/3). 14/15 patients sourds avaient des malformations des oreilles externes comparativement à 18/27 patients normo-entendants a priori, ce qui en faisaient le signe clinique le plus fréquent dans notre cohorte.


Par ailleurs, 20/42 présentaient une malformation des membres supérieurs avec une majorité de patients ayant une polydactylie pré-axiale ou un pouce triphalangé et 17/42 présentaient une imperforation anale. Enfin, 18/42 patients présentaient une anomalie réno-urinaire, ayant évolué vers une insuffisance rénale chronique pour 10 d’entre eux.

25 variations pathogènes ou probablement pathogènes de SALL1 ont été identifiées : 8 non-sens, 16 frameshift et 1 large délétion emportant tout le gène. A notre connaissance, 7 étaient survenues de novo et 9 étaient héritées. Il n’y a pas de corrélation génotype-phénotype évidente dans cette cohorte, tout comme dans la littérature.

 

Les données dont nous disposons ayant été recueillies au moment de la prescription de l’analyse moléculaire, la surdité a pu apparaître secondairement chez certains patients. Ces résultats préliminaires vont donc être précisés en recontactant les cliniciens référents des patients, afin de connaître leur évolution et compléter les données manquantes. Nous suggérons d’étendre cette étude aux patients ayant bénéficié de l’analyse du gène SALL1 dans un autre laboratoire, dans le cadre d’un appel à collaboration.


Fiona LEDUC (Lille), Fabienne ESCANDE, Florence PETIT, Laurence BELLENGIER, Catherine VINCENT-DELORME, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Clémence VANLERBERGHE
10:30 - 11:30 #28602 - P091 PHENOTYPE FOETAL DU SYNDROME CARDIO-UROGENITAL DÛ A UNE HAPLOINSUFFISANCE DU GENE MYRF.
P091 PHENOTYPE FOETAL DU SYNDROME CARDIO-UROGENITAL DÛ A UNE HAPLOINSUFFISANCE DU GENE MYRF.

Le gène MYRF code pour un facteur de transcription qui agit comme facteur de régulation de la myéline et qui est fortement exprimé dans le diaphragme, les poumons, le cœur en développement ainsi que dans les tissus oculaires. L'haploinsuffisance de MYRF est impliquée dans le syndrome cardio-urogénital (MIM 618280). Les caractéristiques communes de ce syndrome rare, décrit chez 16 patients dans la littérature (dont 1 cas en prénatal), sont une hernie de coupole diaphragmatique, une cardiopathie congénitale et des anomalies génito-urinaires. Des cas d’encéphalopathie aigüe transitoire avec lésion réversible du splénium du corps calleux (MERS) ainsi que des cas de nanophtalmie ont également été décrits associés aux variations du gène MYRF.

Après avoir fait dans notre service le diagnostic moléculaire de syndrome cardio-urogénital chez un fœtus, nous avons collaboré avec d'autres centres pour constituer une cohorte prénatale internationale de cas similaires. Nous rapportons ici les données échographiques, radiologiques, histologiques, pathologiques et moléculaires de six nouveaux fœtus non apparentés porteurs d'une variation délétère du gène MYRF. Tous présentent une association syndromique polymalformative similaire dont les signes cardinaux sont une hernie de coupole diaphragmatique, des anomalies cardiaques congénitales, une hypoplasie pulmonaire et des anomalies génito-urinaires. Le séquençage de l'exome ou du génome a permis d'identifier chez chacun un variant hétérozygote pathogène ou probablement pathogène de MYRF

A ce jour, les caractéristiques cliniques récurrentes chez les enfants présentant des variants délétères du gène MYRF ont déjà été décrites mais le phénotype fœtal reste encore à définir pour en permettre le diagnostic prénatal. Ce travail confirme également l'intérêt du séquençage de l'exome en prénatal en cas de hernie de coupole diaphragmatique syndromique.


Maud FAVIER (BESANCON), Louise C. PYLE, Eric DAHLEN, Marion AUBER-LENOIR, Julie CATTIN, Nicolas MOTTET, Francine ARBEZ-GINDRE, Christelle CABROL, Odile BOUTE, Louise DEVISME, David CHITAYAT, Lev PRASOV, Odelia CHORIN, Annick RAAS-ROTHSCHILD, Juliette PIARD, Elise BRISCHOUX-BOUCHER
10:30 - 11:30 #27859 - P096 MSH3, un nouveau gène de prédisposition aux polyposes adénomateuses et au-delà….
P096 MSH3, un nouveau gène de prédisposition aux polyposes adénomateuses et au-delà….

Le gène MSH3 appartient au système de réparation des mésappariements de l’ADN. Sa déficience entraîne l’instabilité de certains microsatellites de type tétranucléotides, mais aucun variant du gène MSH3 n’a jamais été mis en cause dans le syndrome de Lynch. Cependant, son implication dans les prédispositions héréditaires au cancer est suspectée depuis 2016, puisqu’Adam et al. ont rapporté quatre patients porteurs de variants constitutionnels bialléliques dans MSH3 appartenant à deux familles différentes. Ces patients présentaient, à l’âge adulte, une polypose adénomateuse colorectale atténuée ainsi que différentes tumeurs extra-digestives. Leurs tumeurs présentaient un phénotype appelé « EMAST » (pour « elevated microsatellite alteration at selected tetranucleotide repeats »), caractéristique de la déficience de MSH3. Depuis cette publication, aucun nouveau patient MSH3 n’a été rapporté.

Nous rapportons quatre nouveaux patients non apparentés porteurs de variants constitutionnels bialléliques dans MSH3, sans variant pathogène retrouvé dans les autres gènes connus de prédisposition. Nous avons recueilli leurs antécédents personnels et familiaux et étudié les caractéristiques moléculaires de divers prélèvements de tissu sain et de tissu tumoral, dont le phénotype EMAST (panel de 8 microsatellites développé dans le laboratoire de génétique de l’Institut Curie).

Les patients, deux hommes et deux femmes, présentent tous une polypose adénomateuse colorectale atténuée. Deux d’entre eux ont eu un cancer colorectal et deux une polypose duodénale. Un des deux hommes a également développé un cancer pulmonaire à 58 ans et les deux femmes un cancer du sein à 46 et 63 ans. Aucun patient n’a d’antécédents familiaux de cancer digestif. Trois patients sont homozygotes pour des variants pathogènes jamais rapportés dans MSH3 (deux de ces patients présentent le même variant). Le dernier patient est hétérozygote composite pour un variant pathogène et un variant de signification inconnue. Le phénotype EMAST a été retrouvé à des degrés différents (instabilité d’un nombre variable de microsatellites parmi les 8 testés) dans tous les prélèvements testés exceptés dans les leucocytes, avec un gradient dans les polypes dépendant de leur degré de dysplasie.

La déficience constitutionnelle de MSH3 est donc responsable d’une polypose adénomateuse colorectale survenant à l’âge adulte contrairement à celle observée dans la déficience constitutionnelle des autres gènes MMR. Ces résultats plaident pour l’ajout de MSH3 aux panels de gènes utilisés dans le cadre des prédispositions aux cancers digestifs. L’identification de nouvelles familles pourrait permettre de préciser le spectre tumoral et le risque de cancer chez les porteurs de variants dans MSH3 à l’état mono et biallélique. La caractérisation du phénotype EMAST dans les tumeurs extra-digestives de ces patients peut également aider à définir le spectre tumoral, ainsi qu’à interpréter la pathogénicité des variants.


Marie-Charlotte VILLY (Paris), Julien MASLIAH-PLANCHON, Sophie VACHER, Hélène DELHOMELLE, Lisa GOLMARD, Samia MELAABI, Anne SCHNITZLER, Maud BLANLUET, Voreak SUYBENG, Marion DHOOGE, Nadim HAMZAOUI, Solenne FARELLY, Amal AIT OMAR, Robert BENAMOUZIG, Vincent CAUMETTE, Michel BAHUAU, Joël CUCHEROUSSET, Yves ALLORY, Dominique STOPPA-LYONNET, Ivan BIÈCHE, Chrystelle COLAS
10:30 - 11:30 #28258 - P101 Apport du séquençage tumoral dans l’interprétation des variants de signification inconnue dans les gènes associés aux formes familiales de cancer de l’ovaire.
P101 Apport du séquençage tumoral dans l’interprétation des variants de signification inconnue dans les gènes associés aux formes familiales de cancer de l’ovaire.

L’implémentation du séquençage de nouvelle génération (NGS) dans les laboratoires de diagnostic moléculaire a permis la recherche simultanée des altérations dans plusieurs gènes, augmentant notre rendement diagnostique dans le cadre du cancer de l’ovaire familial. L’identification de variants de signification inconnue (VSI) dans les gènes associés aux formes familiales de cancer de l’ovaire, BRCA1BRCA2BRIP1PALB2, RAD51C et RAD51D (GACO), ainsi que dans les gènes hors spectre des panels de routine, est en augmentation constante (entre 15% et 40%). Le véritable défi consiste aujourd’hui en l’interprétation de ces VSI afin d’optimiser le conseil génétique et la prise en charge diagnostique et thérapeutique pour ces patientes. Par ailleurs, la moitié des tumeurs de l’ovaire présenteraient un déficit dans la voie de réparation par recombinaison homologue (HRD), dont environ 20% seraient secondaires à des pertes bialléliques dans les gènes BRCA1/2 d’origine constitutionnelle ou somatique. Dans ce contexte, la connaissance du statut HRD ainsi que la recherche d’une rétention allélique par perte d’hétérozygotie (LOH) tumorale pourraient nous apporter un poids supplémentaire pour l’interprétation des VSI. Le but de notre étude était de rechercher des arguments en faveur ou non de la pathogénicité des VSI à l’aide du séquençage constitutionnel et tumoral. Nous avons analysé de manière rétrospective 158 patientes atteintes de cancer de l’ovaire séreux de haut grade en combinant l’étude du statut HRD (MyChoice® - Myriad Genetics), et l’évaluation du statut d’hétérozygotie dans les GACO par comparaison des statuts génétiques constitutionnel et tumoral. Nous avons retrouvé 18 variants tumoraux de classe 4 et 5 dans les GACO ainsi que dans les gènes ARID1A, ATM, et CDK12. Un total de 22 VSI tumoraux a été identifié dans les GACO ainsi que dans les gènes ATM et MSH6. Environ 30% des tumeurs étaient porteuses d’une signature HRD. Parmi ces 22 variants, seuls 19 ont pu faire l’objet d’une interprétation de comparaison entre statut HRD et LOH. Un total de 5 variants VSI avec LOH ont été identifiées dans des tumeurs HRD-positives dans les gènes BRCA1BRCA2 et BRIP1, sans différence observée avec les scores HRD des variants tronquants pathogènes connus (t-test, p = 0,43). A l’inverse, nous avons identifié 8 VSI sans LOH et dans des tumeurs HRD-négatives. Enfin, 6 VSI présentaient une discordance entre le statut LOH et la signature HRD. En accord avec les précédentes études, les variants associés à une LOH étaient significativement associés à un score HRD positif (t-test, p ≤ 0,001). Malgré notre cohorte de faible effectif, et la nécessité de tests fonctionnels afin de statuer définitivement sur la pathogénicité de ces VSI nous avons été en mesure d’identifier des VSI au caractère pathogène probable. Actuellement non reconnue par les critères ACMG, la combinaison de la LOH et du statut HRD pourrait devenir un critère d’interprétation phénotypique modéré (PP4).


Thibaut MATIS (Bordeaux), Sabine RAAD, Delfine LAFON, Laurene DUFIN, Julie BLASQUIZ, Jennifer CHIRON, Françoise BONNET, Isabelle SOUBEYRAN, Nicolas SÉVENET
10:30 - 11:30 #28503 - P106 Quatre nouveaux variants pathogènes et une nouvelle duplication du gène MET identifiés sur une cohorte de 153 patients présentant un carcinome papillaire du rein de type I.
P106 Quatre nouveaux variants pathogènes et une nouvelle duplication du gène MET identifiés sur une cohorte de 153 patients présentant un carcinome papillaire du rein de type I.

Introduction : Les mutations constitutionnelles du gène MET sont impliquées dans la prédisposition aux carcinomes papillaires du rein de type I (KP1). Il s’agit de mutations activatrices de type faux-sens du domaine tyrosine kinase. A ce jour, dix mutations ont été rapportées dans la littérature.

Méthodes : Notre cohorte a porté sur 153 cas index présentant un carcinome papillaire du rein de type I. Une étude génétique à la recherche des mutations constitutionnelles du gène MET (NM_001127500.2) a été réalisée par les méthodes dHPLC ou qPCR-HRM et séquençage Sanger des exons 2 à 21 (98 cas) ou par séquençage de nouvelle génération (55 cas – XT HS Agilent). Tous les variants détectés ont été confirmés par séquençage Sanger ou par MLPA. Une étude fonctionnelle a été réalisée pour les nouveaux variants faux-sens identifiés du domaine tyrosine kinase. Nous avons étudié le taux de phosphorylation de ERK et la capacité de formation de clones après transfection sur des fibroblastes NIH3T3. Trois tumeurs de patients présentant un nouveau variant faux-sens du gène MET ont été relues par un anatomopathologiste expert à la recherche du variant alvéolaire squamoïde biphasique. Les grands réarrangements ont été caractérisés par cartographie optique par le système Bionano (BioNano Genomic, San Diego USA).

Résultats : Nous avons identifié sept variants faux-sens du domaine tyrosine kinase du gène MET chez 19 cas index dont trois variants classés comme pathogènes dans la littérature : MET p.H1112R (5 cas); MET p.V1238I (4 cas); MET p.Y1248C (3 cas). Les nouveaux variants MET p.L1130S (4 cas), MET p.C1125G (1 cas) et MET p.I1102T (1 cas) étaient associés à un KP1 bilatéral (6/6) et multifocal (5/6). Nous ne disposions pas de données concernant la tumeur du patient porteur du quatrième nouveau variant MET p.H1086L. Le variant anatomopathologique alvéolaire squamoïde biphasique a été retrouvé sur trois tumeurs porteuses du variant MET p.L1130S. Ces tumeurs présentaient également une triplication du chromosome 7. L’étude fonctionnelle a conclue au caractère pathogène des quatre nouveaux variants du domaine tyrosine kinase MET p.L1130S;p.C1125G;p.I1102T et p.H1086L. Une duplication des exons 6 à 21 et incluant le domaine tyrosine kinase du gène MET a été identifiée chez trois cas index de la cohorte. Sa caractérisation par cartographie optique par le système Bionano a montré qu’elle se situait en aval de la région 3’ du gène à plus de 70kb laissant supposer qu’elle serait probablement neutre. Cette duplication a été retrouvée chez au moins 25 cas non associés sur plus de 10000 analyses avec un syndrome de prédisposition aux cancers.

Conclusion : Il s’agit de la première étude Française réalisée sur une large cohorte incluant 153 cas index et décrivant les mutations constitutionnelles du gène MET dans le carcinome papillaire du rein de type I. Nous avons pu identifier quatre nouveaux variants pathogènes en s’appuyant sur des arguments cliniques, tumoraux et fonctionnels. 


Molka SEBAI (Paris), David TULASNE, Sandrine CAPUTO, Virginie VERKARRE, Marie Aude ROBERT-DE-RANCHER, Marie FERNANDES, Célia GUERIN, Fanny REINHART, Severine ADAMS, Christine MAUGARD, Olivier CARON, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Pascaline BERTHET, Yves-Jean BIGNON, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Jean CHIESA, Thierry FREBOURG, Sophie GIRAUD, Sophie LEJEUNE, Jean-Marc LIMACHER, Antoine DE PAUW, Dominique STOPPA-LYONNET, Helene CANNONI, Sophie DEVEAUX, Lidereau ROSETTE, Stéphane RICHARD, Etienne ROULEAU
10:30 - 11:30 #28618 - P111 Identification des points de cassure de grandes délétions du gène STK11 par séquençage de longs fragments sur Nanopore avec enrichissement informatique en temps réel ou par CRISPR/Cas9.
P111 Identification des points de cassure de grandes délétions du gène STK11 par séquençage de longs fragments sur Nanopore avec enrichissement informatique en temps réel ou par CRISPR/Cas9.

Le syndrome de Peutz-Jeghers (PJS) (MIM 175200) est une maladie héréditaire causée par des variants hétérozygotes perte-de-fonction du gène STK11. Les délétions de tout ou partie de STK11 sont responsables d’un tiers des cas de PJS. Seuls 22 cas de délétions constitutionnelles ont été décrits dans la littérature. Les 3 principaux mécanismes impliqués sont le non-allelic homologous recombination (NAHR) médié par la présence de séquences Alu (10 cas), le non-homologous end joining (NHEJ) (8 cas) et la micro-homologie de séquence (4 cas).

L’objectif de ce travail a été de caractériser les mécanismes mutationnels par l’identification des points de cassure des délétions de STK11 d’une cohorte de 25 patients. Trois délétions étaient récurrentes : délétion de l’exon 1 (9 cas), délétion complète du gène (7 cas), délétion des exons 2-3 (3 cas). Pour déterminer les points de cassure des délétions de l’exon 1, nous avons réalisé un séquençage long read (Oxford Nanopore Technologies) avec enrichissement dans la région d’intérêt (ROI) : (1) par informatique par échantillonnage adaptatif en temps réel ; (2) par CRISPR/Cas9. Dans le premier cas, les molécules d’ADN étaient éjectées du pore si la séquence déterminée en temps réel ne correspondait pas à la ROI. Dans le second cas, l’intron 1 de STK11a été coupé en 3 sites par CRISPR/Cas9 et les fragments générés à partir des points de coupure ont été séquencés.

Nous avons pu identifier les points de cassure d’une délétion de l’exon 1 de STK11. Les autres délétions sont en cours de séquençage. Cette délétion résultait d’un NAHR : les points de cassure se situaient dans des séquences AluSx en amont du gène (GRCh37(hg19) chr19:1182917-1183237) et AluSp de l’intron 1 (chr19:1211014-1211309).

Les enrichissements en temps réel et CRISPR/Cas9 ont permis d’obtenir des profondeurs respectives de 18X et 42X au point de cassure intronique avec 39% et 45% de lectures du fragment de jonction de la délétion.

Nous avons mis à profit la capacité de l’enrichissement à augmenter la profondeur de séquençage des ROI pour déterminer les mécanismes mutationnels de délétions du gène STK11. L’enrichissement par CRISPR/Cas9 permet d’obtenir une profondeur décroissante de la ROI à partir du site de coupure mais nécessite de cibler une région précise connue comme non délétée ou des analyses quantitatives préliminaires. L’enrichissement en temps réel aboutit à une profondeur plus faible mais relativement homogène de la ROI permettant une analyse sans a priori.

Nous avons montré que le NAHR médié par la présence de séquences Alu est à l’origine de la délétion étudiée mais également des délétions des exons 2-3 que nous avons caractérisées par PCR long range. Les points de cassure se situaient au sein de séquences AluY de l’intron 1 (chr19:1212990-1213294) et AluY de l’intron 3 (chr19:1219530-1219843). Ce mécanisme pourrait expliquer la récurrence de ces délétions et la forte proportion de cas de novo parmi les patients délétés (16 cas sur 25).


Albain CHANSAVANG (PARIS), Abderaouf HAMZA, Sébastien JACQUES, Ingrid LAURENDEAU, Aurélie TOUSSAINT, Véronique DUCHOSSOY, Virginie BENOIT, Patrick NITSCHKE, Frédéric TORES, Pierre LAURENT-PUIG, Solène FARELLY, Camille TLEMSANI, Romain CORIAT, Audrey BRIAND-SULEAU, Nicolas SERVANT, Franck LETOURNEUR, Marion DHOOGE, Ivan BIECHE, Julien MASLIAH PLANCHON, Eric PASMANT, Nadim HAMZAOUI
10:30 - 11:30 #28815 - P116 Une diminution considérable des transcrits pleine-longueur de BRCA2 n’est pas associée à une augmentation du risque de cancer : implications pour l’interprétation de variations génétiques à l’origine de défauts d’épissage partiels.
P116 Une diminution considérable des transcrits pleine-longueur de BRCA2 n’est pas associée à une augmentation du risque de cancer : implications pour l’interprétation de variations génétiques à l’origine de défauts d’épissage partiels.

Le gène BRCA2, impliqué dans la prédisposition au cancer du sein et de l'ovaire, a un très large spectre mutationnel, avec un nombre particulièrement important de variations de signification inconnue (VSI). Parce qu’il s’agit d’un gène cliniquement actionnable, BRCA2 est devenu un emblème du défi actuel d’interprétation des VSI identifiées en Génétique Médicale, et une priorité pour le développement de tests fonctionnels visant aider la classification de ce type de variations. Parmi toutes les VSI de BRCA2, celles qui provoquent des défauts d'épissage partiels sont spécialement difficiles à interpréter car le niveau minimal de transcrits pleine-longueur (PL) requis pour une fonction normale reste à établir.  

 

Ici, nous avons exploré l'exon 3 de BRCA2 (BRCA2e3) pour dépister des variations splicéogéniques avec des effets partiels et effectuer la première estimation des seuils d'haplo-insuffisance de BRCA2, spécifiquement au niveau de l’ARN. Cet exon a été choisi comme modèle parce qu’il est essentiel pour le rôle suppresseur de tumeurs de BRCA2.  Afin de s’affranchir d’effets combinés « ARN-protéine » potentiellement induits par les VSI, nous avons exclusivement étudié des variations introniques ou synonymes. Nos approches ont compris : (i) des analyses in silico (prédictions sur des altérations des sites d’épissage et/ou d’éléments régulateurs d’épissage), (ii) des tests indicateurs d’anomalies d'épissage basés sur l’utilisation de minigènes, (iii) des analyses de l'ARN de patients porteurs hétérozygotes des variations d’intérêt, (iv) des essais de complémentation basés sur l’utilisation de cellules souches embryonnaires de souris (mESCs),  (v) l’étude de données cliniques et génétiques relatives aux patients et leurs familles, et (vi) l’analyse de la fréquence des variations dans la population générale.

 

Parmi les 100 variations de BRCA2e3 analysées dans le test-minigène, 64 se sont révélés être splicéogeniques, provoquant des sauts d’exon plus au moins prononcés selon la variation. Les défauts d'épissage identifiés dans ce test ont été confirmés par analyse de l'ARN de patients lorsque de tels échantillons étaient disponibles, ainsi que dans des mESCs porteuses des variations d’intérêt. De façon importante, l'analyse de la VSI c.231T > G a montré qu'une perte de ~40% des transcrits BRCA2 PL exprimés par l’allèle mutant n'entraîne aucune augmentation du risque de cancer chez les individus porteurs de cette variation, ce qui à permis de la classer comme non-pathogène et d’établir un seuil minimal d’expression de BRCA2 PL. De plus, les variations provoquant une perte de ~70% PL pourraient aussi être non-pathogènes étant donné que, dans ces conditions, les mESCs restent viables et résistantes aux agents endommageant l'ADN. En revanche, les mESCs produisant des quantités plus faibles de BRCA2 PL présentent des phénotypes nuls ou hypomorphes. Nos résultats ont des implications pour l'interprétation de toute variation diminuant l’expression de BRCA2 PL


Hélène TUBEUF, Sandrine M. CAPUTO, Teresa SULLIVAN, Julie RONDEAUX, Sophie KRIEGER, Virgine CAUX-MONCOUTIER, Julie HAUCHARD, Gaia CASTELAIN, Alice FIÉVET, Laëtitia MEULEMANS, Françoise RÉVILLION, Mélanie LÉONÉ, Nadia BOUTRY-KRYZA, Capucine DELNATTE, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Linda CLEVELAND, Susan REID, Eileen SOUTHON, Omar SOUKARIEH, Aurélie DROUET, Daniela DI GIACOMO, Myriam VEZAIN, Françoise BONNET-DORION, Violaine BOURDON, Hélène LARBRE, Danièle MULLER, Pascal PUJOL, Fátima VAZ, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Chrystelle COLAS, Laurence VENAT-BOUVET, Angela R. SOLANO, Dominique STOPPA-LYONNET, Claude HOUDAYER, Thierry FRÉBOURG, Pascaline GAILDRAT, Sharan SHYAM K, Alexandra MARTINS (ROUEN)
10:30 - 11:30 #28779 - P121 Le sarcome histiocytaire: un exemple de l’intérêt du modèle spontané canin pour identifier les bases génétiques d’un cancer humain rare.
P121 Le sarcome histiocytaire: un exemple de l’intérêt du modèle spontané canin pour identifier les bases génétiques d’un cancer humain rare.

Le sarcome histiocytaire (SH) est un cancer rare mais extrêmement agressif. Du fait de sa rareté et de son hétérogénéité, il n’existe pas de consensus pour sa prise en charge ni de facteurs pronostiques. Chez le chien, certaines races sont fortement prédisposées à ce cancer, partageant de nombreuses similitudes cliniques et histologiques avec le SH humain. Notre objectif est d’identifier les bases génétiques, prédisposantes et somatiques de ce cancer agressif grâce au modèle spontané unique qu’est le chien.

Afin d’identifier les facteurs prédisposants, nous avons réalisé des études d’association pan-génome (GWAS) sur 800 chiens appartenant à 4 races prédisposées. Nous avons confirmé le rôle majeur du locus de CDKN2A et identifié de nouveaux loci sur les chromosomes canins 2, 5, 12, 14, 20, 26 et X. Le séquençage NGS de ces régions a permis d’identifier des variants suspectés régulateurs (ilots de méthylation). L’effet additif de ces variants entraine une forte prédisposition au SH (Odd Ratio  5.4 [4.04-7.24]) mais aussi à d’autre cancers hématopoïétiques ( lymphome ou mastocytome ) (Hédan et al., 2021).

Sur le plan des altérations somatiques, à partir de 3 cas de SH chez le Bouvier bernois, nous avons identifié des altérations récurrentes de TP53 et de PTPN11. La validation de ces altérations sur 111 cas de SH a permis d ‘identifier des altérations dans la voie des MAPKinases dans 64% des cas de SH avec des mutations exclusives de PTPN11 (56.75%), KRAS (7.2%) et BRAF (0.9%). Ces mutations sont retrouvées aux mêmes hotposts que dans les cancers humains, reflétant la forte conservation de ces voies oncogéniques. Grace aux présentations cliniques spécifiques observées dans les races canines prédisposées et à l’analyse de 19 cas de SH humain, nous avons montré que les mutations de PTPN11 sont, chez l’homme et  le chien, associées à un sous-type de SH viscéral et disséminé de plus mauvais pronostic (Rault et al., 2020). Très récemment, nous avons réalisé le séquençage des exomes de 39 tumeurs, représentatives de 3 races canines fortement prédisposées et de différentes présentations cliniques.  Les premiers résultats confirment l’implication majeure de la voie MAPKinase et révèle d’autres altérations récurrentes pertinentes

De plus, en testant des drogues ciblant la voie des MAPKinase sur 8 lignées canines de SH, nous avons démontré que les inhibiteurs de MEK avaient une meilleure inhibition de la prolifération cellulaire que les inhibiteurs ciblant en amont, PTPN11.

 

Ces résultats illustrent l’intérêt du modèle canin pour comprendre les bases génétiques de cancers rares chez l’homme, mais fréquent dans certaines races canines prédisposées.  L’identification de sous-types moléculaires et de cibles thérapeutiques partagés entre l’homme et le chien permettra de sélectionner et de tester de nouvelles thérapies avec un bénéfice pour la médecine humaine et vétérinaire.


Benoit HEDAN (Rennes), Mélanie RAULT, Edouard CADIEU, Maud RIMBAULT, Armel HOUEL, Amaury VAYSSE, Stéphanie MOTTIER, Patrick DEVAUCHELLE, Nadine BOTHEREL, Jérôme ABADIE, Thomas DERRIEN, David GILOT, Jean Yves BLAY, Jean DONADIEU, Catherine ANDRE
10:30 - 11:30 #28221 - P126 Utilisation du séquençage d’exome pour la détection de variants pharmacogénétique dans le cadre de l’oncologie.
P126 Utilisation du séquençage d’exome pour la détection de variants pharmacogénétique dans le cadre de l’oncologie.

Introduction : Le séquençage pangénomique joue un rôle de plus en plus important dans la caractérisation des cancers et dans le choix de la thérapeutique antitumorale. En parallèle cette technologie permet aussi de détecter les variants responsables d’effets iatrogènes en relation avec la chimiothérapie, les antiémétiques ou les antalgiques, fréquemment prescrits aux patients atteints de cancer. 

Matériels et Méthodes : Nous avons évalué l’intérêt pharmacogénétique de cette approche en détectant les variants d’intérêts au sein d’une cohorte de 445 patients porteurs d’au moins une tumeur solide et ayant bénéficié d’un séquençage d’exome. Nous avons appliqué un pipeline dédié pour extraire 67 variants contenus dans 8 gènes. Après consultation des dossiers d’hospitalisation, nous avons retenu 2 gènes avec des variations d’intérêts, le gène DPYD (dihydropyrimidine déshydrogénase) et le gène CYP2D6. Pour le gène CYP2D6 nous avons prédit le statut métaboliseur pour chaque patient. Nous avons ensuite rétrospectivement analysé les concentrations plasmatiques et les effets indésirables en lien avec les variants identifiés. 

Résultats : Quatre paires allèles-molécules furent analysées : DPYD/5FU, CYP2D6/Opioïdes, CYP2D6/Tamoxifène et CYP2D6/Ondansétron. Six patients avec au moins un variant sur le gène DPYD montrent une clairance en 5FU diminuée par rapport aux non-porteurs (p=0.01). L’ensemble des patients (n=5) avec un statut métaboliseur lent ou métaboliseur ultra-rapide vis-à-vis du CYP2D6 ont montré un effet indésirable en lien avec leur statut métaboliseur (p=0.02 et p < 0.01). L’analyse de la proportion de métaboliseur lent ayant reçu du tamoxifène et ayant rechuté, n’a pas montré de différence significative avec la population générale. 

Conclusion : Nous avons montré que le séquençage pangénomique peut fournir des informations pharmacogénétiques supplémentaires pour les patients porteurs d’une tumeur solide. Cette information peut être utile dans les choix thérapeutiques auquel sont confrontés les prescripteurs, notamment par la transmission des variants du gène DPYD et du statut métaboliseur du CYP2D6.


Simon VERDEZ (Dijon), Juliette ALBUISSON, Yannis DUFFOURD, Romain BOIDOT, Manon REDA, Christelle THAUVIN-ROBINET, Jean-David FUMET, Sylvain LADOIRE, Sophie NAMBOT, Maxime LUU, Patrick CALLIER, Laurence FAIVRE, Francois GHIRINGHELLI, Nicolas PICARD
10:30 - 11:30 #27921 - P131 Détection de CNV sur données de séquençage d’exome : la fin de l’ACPA ?
P131 Détection de CNV sur données de séquençage d’exome : la fin de l’ACPA ?

Introduction

Actuellement, la technique de première intention pour la détection de Copy Number Variation (CNV) est l’ACPA (analyse chromosomique par puce à ADN). Cette technique a une résolution d’environ de 200kb et a un rendement diagnostique limité (~10% dans la déficience intellectuelle). En conséquence, pour bon nombre de ces patients, la réalisation d’explorations complémentaires est nécessaire, notamment l’analyse des Single Nucleotide Variation (SNV) et indels sur Panel ou Exome. Pourtant, avec un pipeline bioinformatique adéquat, il est possible de réaliser l’identification des CNV à partir des données de séquençage d’exome. Le but de ce travail est d’évaluer si cette approche peut permettre de remplacer l’ACPA, et de quantifier le rendement diagnostique additionnel.

 

Matériel et Méthode

L’ADN de plus de 2000 patients, adressés majoritairement pour déficience intellectuelle ou maladie rénale, a été séquencé sur la Plateforme de séquençage d’Exome Eurofins-Biomnis (Kit Twist Biosciences / Séquençage NextSeq500 Illumina). Nous avons développé un pipeline bioinformatique pour la détection des CNV basé sur le module gCNV de l’outil GATK4.

Afin de valider cette méthode de détection des CNV, nous avons comparé les données issues de ce pipeline aux résultats d’études génétiques préalables permettant la détection de CNV (majoritairement ACPA, mais aussi caryotype, MLPA et CNV sur panel).

 

Résultats

Pour 616 patients ayant bénéficié d’une technique orthogonale de détection de CNV, nous obtenons avec la méthode proposée, après exclusion de 25 échantillons en échec pour le CNV-Exome, 100% de concordance : 528 sans anomalies, détection de 63 anomalies d’intérêt clinique (variants de signification inconnue ou pathogènes : délétion ou duplication allant de 725pb à 156Mb).

De plus, dans la cohorte de 2000 patients, cette méthodologie a permis l’identification de 31 autres CNV responsables de la pathologie du patient (ACPA non réalisé en première intention ou non assez résolutive), allant de 700pb (1 exon de CLDN16) à 80Mb (chromosome 18). Plus précisément, nous avons mis en évidence :

- 20 CNV de taille supérieure à 50kb

- 10 CNV de taille inférieure à 50 kb, classiquement inaccessible aux techniques d’ACPA.

- 1 CNV, associé à un SNV dans un gène entrainant une pathologie de transmission récessive.

 

 

 

 

Conclusion/Discussion

De plus en plus de patients ont bénéficié ou bénéficieront d’un séquençage d’exome. Pourtant, les CNV ne sont pas toujours recherchés sur cette base, malgré leur implication en génétique médicale. Nous proposons un processus qui permet l’obtention de données de CNV non seulement fiables et robustes mais aussi, assez spécifique pour être directement interprétable. Nous proposons donc l’approche Exome first puisqu’elle permet de réaliser une étude pan-exonique complète (SNV et CNV, de la taille d’un exon à un chromosome entier) sur un même prélèvement et dans un même laboratoire. Le parcours diagnostique du patient est simplifié et accéléré.


Xavier VANHOYE (Lyon), Quentin TESTARD, Marie-Émmanuelle NAUD-BARREYRE, Aurore PERDRIAU, Vanna GEROMEL, Pascal MOUTY, David GENEVIEVE, Christine COUBES, Valentine MARQUET, Thomas ROBERT, Renaud TOURRAINE, Inès HARZALLAH, Benjamin COGNÉ, Aude TESSIER, Rodolphe DARD, Bérénice HERVÉ, Laurent MESNARD, Benjamin DAURIAT, Jean-François TALY, Laure RAYMOND, Julien THEVENON
10:30 - 11:30 #28468 - P136 Apport du séquençage de génome entier en trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle chez des patients négatifs en séquençage d’exome
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P136 Apport du séquençage de génome entier en trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle chez des patients négatifs en séquençage d’exome
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La déficience intellectuelle (DI) a une prévalence estimée entre 1% et 3%. Plus de 1400 gènes sont déjà connus pour être impliqués et plus de 1200 sont candidats. Le séquençage de nouvelle génération a considérablement contribué à l’amélioration du rendement diagnostique et à l’identification de nouveaux gènes responsables de DI. Le diagnostic moléculaire repose aujourd’hui essentiellement sur le séquençage d'exome (ES), mais son rendement plafonne à environ 35%, ce qui laisse près de 2/3 des patients sans diagnostic. 

Le séquençage de génome (GS) peut, en théorie, permettre d’améliorer ce rendement. L’accès à des régions peu ou pas couvertes en ES autorise une meilleure couverture de certaines régions exoniques, la détection des variants dans les régions non codantes et la détection des variants structuraux (SV) équilibrés ou non. Afin d’évaluer le potentiel diagnostique du GS, nous avons effectué un séquençage de génome en trio de 33 patients atteints de DI, négatifs en ES. Les SNV/INDELs ont été appelés en suivant les recommandations de GATK et leur annotation/filtration a été réalisée par VEP et un pipeline snakemake maison. Un autre pipeline snakemake combinant les outils CNV de GATK4 et MANTA incluant la filtration et l’annotation des SV a également été développé. Les pipelines sont disponibles sur gitlab. 

Nous avons mis en évidence un variant pathogène ou probablement pathogène chez 24% des patients. Nous avons été identifié 11 SNV (9 par effet de ré-analyse; 2 non détectés en ES) et 9 SV. Parmi ces variants structuraux, 6 étaient de novo, un transmis selon un mode récessif, un lié à l’X et un variant avec point de cassure dans NUS1 transmis par une mère saine. Le taux de faux positifs est relativement faible. En moyenne moins de 10 SV de novo par patient ont été retenus par notre algorithme de détection et de filtration. L’ensemble de ces résultats confirme les bonnes performances de notre pipeline. De plus, notre méthode a montré son efficacité dans l’identification d’évènements complexes et de variants dans des régions non-codantes du génome. Nous avons notamment pu mettre en évidence une délétion du long ARN non-codant CHASERR dont l’implication dans des troubles neurodéveloppementaux est fortement suspectée. 


Nous présenterons ici notre méthode, les résultats obtenus et discuterons des difficultés que posent l’annotation et la filtration.


Kevin RIQUIN (NANTES), Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Sandra MERCIER, Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Bertrand ISIDOR, Jean-François DELEUZE, Stéphane BEZIEAU, Benjamin COGNE
10:30 - 11:30 #28001 - P141 Apport d’un panel de gènes étudié par NGS chez des femmes ayant présenté des môles hydatiformes.
P141 Apport d’un panel de gènes étudié par NGS chez des femmes ayant présenté des môles hydatiformes.

Les môles hydatiformes (MH) sont des grossesses humaines avec un développement embryonnaire anormal et une prolifération trophoblastique excessive. En France, on estime la fréquence des môles à environ 1 pour 1000 grossesses.

Il y a 2 types de môles : môle complète dans laquelle il n’y a jamais d’embryon ou de fœtus identifiable et môle partielle où un embryon peut se développer sans pouvoir survivre longtemps.

La très grande majorité des môles (98%) sont accidentelles. Seulement 2% sont récurrentes lors d’une grossesse suivante. Parmi ces môles récurrentes une fraction est d’origine génétique, le plus souvent il s’agit de môles complètes, biparentales et aucune grossesse n’aboutit à une naissance vivante. Six gènes ont été impliqués dans ces môles récurrentes : NLRP7, KHDC3L, PADI6, TOP6BL/C11orf80, MEI1 et REC114. Les femmes ont des variant bi-alléliques. La transmission est autosomique récessive. Ces femmes ont une diminution importante voire une impossibilité de produire des ovocytes fonctionnels.

Des patientes ayant présenté au moins deux môles ont pu avoir une ou plusieurs grossesses normales, mais ceci reste exceptionnel en cas de mutation bi-allélique. Il est important pour ces couples et ces familles de déterminer si la récurrence de môle est sous la dépendance d’un tel génotype du fait de cet élément malheureusement de mauvais pronostic pour la procréation, faisant orienter le couple vers une AMP avec don d’ovocytes. On peut aussi s’interroger sur le caractère éventuellement plus modéré de certains génotypes qui permettrait de continuer à envisager une grossesse naturelle, même si cela parait peu probable. Enfin d’autres gènes pourraient être impliqués dans ces situations.

C’est pourquoi nous avons développé un panel contenant les 6 gènes connus donnant des môles récurrentes et 68 gènes candidats. Nous avons obtenu une couverture de 100% à une profondeur de 30X, pour tous les exons de ces 6 gènes sur une série de 24 patientes. La couverture était de 99% à une profondeur de 30X sur l’ensemble du panel.

Une patiente a été utilisée comme témoins positif. Les 2 mutations, connues, de cette patiente ont bien été retrouvées.

Sur les 23 patientes testées en prospectif, nous avons identifiés 2 hétérozygotes composites NLRP7, 2 hétérozygotes NLRP7. Les variants bi-alléliques sont considérés comme responsables de la pathologie molaire à répétition des 2 patientes concernées. Les deux patientes ayant une mutation bi-allélique de NLRP7 ont une histoire obstétricale correspondant à ce qui est décrit : MH et absente d’enfant. L’interprétation pour les 2 patientes hétérozygotes est plus délicate puisque seuls les altérations bi-alléliques aboutissent à des môles : le variant en trans n’a pas été identifié ou s’agit-il seulement d’hétérozygote simple ? Des études complémentaires familiales et sur l’ARN sont nécessaires.

Pour certaines patientes sans mutation identifiée, une étude pangénomique serait intéressante afin d’essayer d’identifier d’autres gènes.


Anna BLANC--DECHAUD (Saint Etienne), Inès HARZALLAH, Jérôme MASSARDIER, Fabienne ALLIAS MONTMAYEUR, Lucie GAILLOT DURAND, Pierre Adrien BOLZE, Touria HAJRI, Renaud TOURAINE
10:30 - 11:30 #28489 - P146 Combinaison de l’utilisation du séquençage exomique et de la technologie CRISPR/Cas9 pour étudier l'étiologie de l'azoospermie non-obstructive : Etude de l’implication des gènes C1orf185 et CCT6B.
P146 Combinaison de l’utilisation du séquençage exomique et de la technologie CRISPR/Cas9 pour étudier l'étiologie de l'azoospermie non-obstructive : Etude de l’implication des gènes C1orf185 et CCT6B.

On estime qu'au moins 4000 gènes sont impliqués dans la spermatogenèse humaine qui représentent autant de candidats pour expliquer les anomalies spermatiques responsables de la majorité des infertilités masculines. La composante génétique de l'infertilité masculine est complexe et hétérogène. Dans cette étude, nous avons analysé par séquençage exomique deux patients infertiles non apparentés. Ces deux sujets présentaient une azoospermie non-obstructive (ANO) non syndromique et idiopathique. Comme ces sujets sont issus de parents apparentés, nous avons postulé que l’étiologie de leur affection était très probablement liée à une cause génétique à transmission autosomique récessive. L’analyse bio-informatique a donc été focalisée sur les variants homozygotes. Après une première étape d’analyse des données d’exome basée sur l’investigation des variants localisés dans des gènes candidats dans l’ANO (panel in silico de 151 gènes), nous nous sommes intéressés aux variants localisés dans des gènes à expression testiculaire spécifique ou dominante chez l’homme et la souris, et dont la fonction et/ou l’implication dans l’infertilité masculine ne sont pas connues. Cette dernière analyse nous a permis d’identifier pour chaque sujet testé un variant homozygote perte de fonction dans un gène exprimé spécifiquement dans les cellules germinales testiculaires, C1orf185 (c.250C>T ; p.Gln84Ter) et CCT6B (c.615-2A>G). Ces deux variants sont rares dans la population générale (fréquence allélique <0.005% selon gnomAD) et absents de notre cohorte locale de sujets contrôles (n=445). Pour vérifier l'implication de ces gènes candidats dans l’ANO, nous avons employé la technique CRISPR/Cas9 pour invalider les orthologues murins des gènes candidats identifiés chez nos patients et avons produit deux lignées de souris knockout (KO). Nous avons montré que les mâles KO homozygotes sont fertiles et présentent des paramètres spermatiques et un volume testiculaire comparables aux souris contrôles ainsi qu’une spermatogenèse fonctionnelle. Ces résultats montrent que tous les gènes fortement et spécifiquement exprimés dans les testicules ne sont pas essentiels à la spermatogenèse et en particulier, C1orf185 et CCT6B. 


Caroline CAZIN (Grenoble), Serge NEF, Raoudha ZOUARI, Corinne LOEUILLET, Christophe ARNOULT, Pierre RAY, Zine-Eddine KHERRAF
10:30 - 11:30 #28764 - P151 Le syndrome microdélétionnel 8q12.11 : délimitation du gène HEY1 comme un nouveau gène candidat impliqué dans les signes neurologiques et cardiaques.
P151 Le syndrome microdélétionnel 8q12.11 : délimitation du gène HEY1 comme un nouveau gène candidat impliqué dans les signes neurologiques et cardiaques.

Le syndrome microdéltionnel 8q21.11 (OMIM # 614230) est un syndrome rare caractérisé par une déficience intellectuelle, une dysmorphie faciale, des anomalies des extrémités, associées à d’autres anomalies ophtalmologiques, cérébrales et/ou cardiaques. Les délétions décrites à ce jour sont de tailles variables et le gène ZFHX4 est le seul gène candidat identifié pour expliquer essentiellement les signes oculaires identifiés dans ce syndrome. 

Nous rapportons le cas d’un garçon de six ans présentant un retard psychomoteur syndromique. L’examen clinique a montré une dysmorphie faciale et une hypotonie. Le bilan malformatif a objectivé une atrophie corticale avec une agénésie du corps calleux à l’IRM cérébrale et une communication inter-auriculaire à l’échographie cardiaque.

Le caryotype standard a objectivé la présence d’une translocation t(8;16)(q21;q11.2) de novo et l’analyse par FISH a confirmé qu’il s’agit d’une translocation réciproque n’impliquant que les chromosomes 8 et 16. L ‘analyse chromosomique par puces à ADN (ACPA) (Agilent 4X44K) a révélé une délétion interstitielle de 9.4 Mb de la région 8q21.12-q21.3 n’emportant pas le gène ZFHX4.

L’alignement de cette délétion avec toutes les délétions chevauchantes précédemment rapportées dans la littérature et dans la base de données Decipher nous a permis de délimiter une nouvelle région de chevauchement (SRO) contenant cinq gènes dont HEY1 ( hairy/enhancer of split related to the YRPW motif 1). Ce gène code pour un facteur de transcription impliqué dans la voie de signalisation Notch, dans l’embryogenèse cardiaque et dans la neurogenèse. Compte tenu de son expression et de sa fonction, nous suggérons que HEY1 est un nouveau gène candidat qui serait responsable à la fois des manifestations neurologiques et cardiaques dans le syndrome microdélétionnel 8q21.11. Cette étude permettra d’avancer dans la compréhension bases moléculaires de ce syndrome microdélétionnel encore non expliquées à ce jour.


Fatma MEJDOUB, Imene BOUJELBENE, Amal BOUZID, Fatma ABDELHÉDI, Amal SOUISSI, Olfa JALLOULI, Salma MALLOULI, Chahnez TRIKI, Hassen KAMOUN, Saber MASMOUDI, Ikhlas BEN AYED (Sfax, Tunisie)
10:30 - 11:30 #28263 - P156 RAVAQ, un pipeline complet pour les analyses d’association avec variants rares : du contrôle de qualité aux résultats d’association.
P156 RAVAQ, un pipeline complet pour les analyses d’association avec variants rares : du contrôle de qualité aux résultats d’association.

Les technologies de séquençage nouvelle génération ont ouvert la possibilité de séquencer de grands échantillons de malades et de tester l'association avec des variants rares. Pour ce faire, les données de séquence des malades sont comparées à des données obtenues sur des témoins qui peuvent être séquencés spécifiquement pour l’étude ou, pour limiter les coûts, extraites de panels de témoins partagés comme le panel d’exomes FREX. Les données de séquence de ces panels de témoins peuvent avoir été générées sur des plateformes de séquençage différentes de celles utilisées pour séquencer les malades et se pose alors un problème de comparabilité des données et la possibilité de biais dans les analyses. Pour limiter ces biais et éviter de détecter de faux signaux d’association, des contrôles de qualité rigoureux sont nécessaires.

Nous proposons un pipeline complet en 5 étapes, RAVAQ, qui a) effectue un contrôle de qualité spécifique en 3 étapes tenant compte du statut cas-témoin pour assurer la comparabilité des données, b) sélectionne les variants pour les tests d’association selon la stratégie définie par l'utilisateur, et c) effectue les tests d’association avec variants rares par région génomique. Le pipeline RAVAQ est intégré dans un package R. Il est convivial et flexible dans ses arguments pour s'adapter à la spécificité de chaque projet de recherche. Nous montrons par des exemples sur des données réelles comment RAVAQ améliore les tests d'association avec variants rares. Le contrôle de qualité par défaut de RAVAQ est meilleur que la méthode VQSR (Variant Quality Score Recalibration) largement utilisée pour identifier des données de bonne qualité et aboutit à un test d'association mieux contrôlé, éliminant l'inflation due aux faux signaux d’association. Dans l’étape de contrôle de qualité des échantillons, RAVAQ intègre une méthode de détection des échantillons contaminés. Sur des données réelles, nous montrons que cette méthode est comparable à la méthode standard actuellement utilisée. Le package R RAVAQ est open source et disponible gratuitement sur https://gitlab.com/gmarenne/ravaq. La documentation du package est détaillée avec une vignette-tutoriel et deux scripts R qui peuvent être testés sur un vcf exemple inclus dans RAVAQ.


Gaelle MARENNE (Brest), Thomas E LUDWIG, Ozvan BOCHER, Anthony F HERZIG, Chaker ALOUI, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE, Emmanuelle GÉNIN
10:30 - 11:30 #28785 - P161 Fibrose pulmonaire idiopathique : entre instabilité télomérique et déficit de réparation.
P161 Fibrose pulmonaire idiopathique : entre instabilité télomérique et déficit de réparation.

Abstract

Les fibroses pulmonaires idiopathiques (FPI) familiales ont été associées environ 30% des cas à des mutations germinales dans les gènes liés aux télomères (TRG). Dans cette étude, nous avons étudié la taille et la stabilité des télomères, l’intégrité des chromosomes et la réponse à l’exposition à un stress génotoxique tel que l’irradiation dans des fibroblastes pulmonaires primaires de patients atteints de FPI associées (FPI-TRG) ou non à une mutation d’un TRG. 

Matériels et méthodes :

Treize patients atteints de FPI, dont 7 patients porteurs d’un variant pathogène de  TRG (TERT et RTL1), et 7 témoins ont été introduits dans cette étude.  

La quantification de la taille des télomères et les aberrations télomériques ont été analysées par Aging kit. L’instabilité chromosomique a été étudiée après marquage des télomères et des centromères suivi par la technique de M-FISH. L’expression des protéines 53BP1, gH2AX et pATM ont été dénombrée par immunofluorescence avant et après irradiation in vitro.

Résultats :

La détection automatisée à haut débit des signaux télomériques a mis en évidence une intensité de signal plus faible dans les fibroblastes pulmonaires des patients atteints de FPI, suggérant un raccourcissement des télomères dans ces cellules. L’analyse des aberrations télomériques (pertes et délétions) a montré une fréquence significativement plus importante chez les patients FPI par rapport au contrôle et en particulier chez les FPI-TRG montrant une instabilité des télomères chez ces patients. Des chromosomes dicentriques, marqueur d’instabilité chromosomique, ont été trouvés chez tous les patients FPI-TRG.  Une accumulation spontanée des dommages de l'ADN (foyers spontanés de 53BP1 et gH2AX) a été détectée dans la majorité des cellules des FPI. Une sensibilité plus élevée aux rayonnements avec un retard systématique dans l’activation de la protéine ATM, nécessaire à la reconnaissance complète du DSB, était associée à la persistance d'un taux élevé de foyers gH2AX et 53BP1 après irradiation.

Conclusion :

Les fibroblastes issus de FPI présentent une instabilité télomérique et chromosomique avec un déficit de réparation des cassures double brin, instabilité qui pourrait jouer un rôle dans la physiopathologie de la maladie.  


Radhia M'KACHER (Évry-Courcouronnes), Madeleine JAILLET, Eric JEANDIDIER, Eirini VASARMIDI, Arnaud MAILLEUX, Bruno COLICCHIO, Caroline KANNNENGIESSER, Alain DIETERLEN, Philippe VOISIN, Patrice CARDE, Bruno CRESTANI
10:30 - 11:30 #28204 - P166 Diffusion de l’application « SmartGenetCancer » d’orientation rapide en oncogénétique destinée aux professionnels de santé en Normandie.
P166 Diffusion de l’application « SmartGenetCancer » d’orientation rapide en oncogénétique destinée aux professionnels de santé en Normandie.

Lors des dernières assises, nous avions présenté l’élaboration d’un outil digital en étroite collaboration avec l’Union Régionale des Médecins Libéraux et financé par l’ARS Normandie, destiné à faciliter l’accès à la génétique auprès des praticiens non généticiens (sage femmes, médecins généralistes, gynécologues…). Cet outil d’aide à la décision, disponible gratuitement, sur smartphone et ordinateur, vise à faciliter l’orientation des patients dont l’histoire personnelle et/ou familiale relève d’une consultation d’oncogénétique. L’outil s’intègre à la procédure basée sur les Entretiens Téléphoniques de Préparation (ETPs) et de routage implantée en Normandie, permettant d’accélérer la prise en charge des patients. Le but de cet outil n’est pas d’apporter une expertise en oncogénétique mais de déterminer si un(e) patient(e) doit être adressé(e) vers une consultation d’oncogénétique. Cette application repose sur une arborescence constituée d’une succession de questions simples à 2 ou 3 réponses possibles. L’algorithme est construit en commençant par les questions les plus discriminantes (cancer du sein chez un homme, cancer du sein triple négatif...) puis en intégrant les antécédents familiaux afin d’arriver le plus rapidement possible, en moins de 2 minutes, à la conclusion : « indication à un ETP » ou « pas d’indication à un ETP ». Cette application intègre également la possibilité de propositus asymptomatique, considérant que les professionnels de santé sont amenés à prendre en charge des apparentés asymptomatiques dont un proche a présenté un cancer du sein et/ou de l’ovaire. Lorsque l’indication à un ETP est retenue, l’application indique les coordonnées du service de génétique le plus proche, ainsi qu’un code que le patient communique lors de sa prise de rendez-vous. Ce code permet de façon cryptée et anonyme de tracer le parcours sur l’application qui a conduit à cette prise de rendez-vous dans le service de génétique correspondant et justifie l’ETP.  Ce nouvel outil nommé « SmartGenetCancer », associé à la stratégie des ETPs, s’inscrit dans un nouveau parcours en oncogénétique, offrant réactivité. En effet, l’outil a été pensé comme un vecteur simple des connaissances actualisées, auprès des professionnels de santé non formés à la génétique. A terme, compte tenu de l’impact de la consultation d’oncogénétique dans le parcours thérapeutique des patients pris en charge en oncologie (exemple des inhibiteurs de PARP), cette application pourra être un outil évolutif en accord avec les recommandations, s’inscrivant dans une médecine génomique personnalisée, accessible rapidement et au plus grand nombre. Cette application est maintenant diffusée en Normandie et son impact sur le parcours du patient et le retour des professionnels utilisateurs est en cours d’évaluation. A l’occasion de ces assises, « SmartGenetCancer » est mis à disposition afin de permettre son test dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire.


Maud BRANCHAUD (Rouen), Laurent ROUSSEL, Nathalie PARODI, Yann LURTON, Zoe NEVIERE, Pascaline BERTHET, Antoine LEVENEUR, Claude HOUDAYER, Dominique VAUR, Thierry FREBOURG
10:30 - 11:30 #27880 - P171 Correction de mutations de l’exon 49 du gène de la dystrophine par saut d’exon thérapeutique pour la myopathie de Duchenne.
P171 Correction de mutations de l’exon 49 du gène de la dystrophine par saut d’exon thérapeutique pour la myopathie de Duchenne.

Les anomalies du gène DMD sont responsables de la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD). Nous avons identifié pour la première fois une délétion de l’exon 49, respectant le cadre de lecture du gène DMD, et associée à un phénotype musculaire normal. Sur la base de cette observation, et de données préalables d’efficacité thérapeutique du saut d’exon dans la DMD, y compris avec des applications cliniques pour d’autres exons, nous avons débuté un projet dont l’objectif sera d’étendre l’utilisation clinique de cette approche aux patients porteurs de mutations ponctuelles dans l’exon 49. Ainsi, cela permettra d’élargir le nombre de patients pouvant bénéficier de cette approche thérapeutique.  Pour cela, nous avons réussi d’abord à caractériser la taille génomique précise de la délétion. Puis, nous avons transfecté, in vitro, des myotubes différenciés à partir de myoblastes humains sains avec des AON et démontré leur efficacité pour effectuer le saut de l’exon 49. Nous présenterons aussi de futures études fonctionnelles. Notre projet est une preuve de concept pour concevoir des AON thérapeutiques, et initier des essais cliniques dans le but d’élargir l’utilisation du saut d’exon pour la DMD.


Mario ABAJI, Nathalie DA SILVA, Tiffany BUSA, Maude GRELET, Chantal MISSIRIAN, Sabine SIGAUDY, Nicole PHILIP, France LETURCQ, Nicolas LEVY, Martin KRAHN, Marc BARTOLI, Mario ABAJI (Marseille)
10:30 - 11:30 #28188 - P176 Les atteintes fœtales de la voie de réparation de l’ADN (NER) : quand y penser ?
P176 Les atteintes fœtales de la voie de réparation de l’ADN (NER) : quand y penser ?

Les déficits de la voie de réparation de l’ADN par excision de nucléotides (NER) sont à l’origine de plusieurs maladies de transmission autosomique récessive, de sévérité et de pronostic variables. Peu de données existent sur la reconnaissance précoce des premiers symptômes, nécessaires à l’amélioration de la prise en charge, du suivi ainsi que du conseil génétique de ces patients et de leur famille.

 

Nous avons inclus l’ensemble des fœtus avec une variation pathogène dans un des gènes de la voie NER présentant un phénotype clinique détaillé (autre qu’un RCIU isolé). Les données ont été collectées à partir de patients de la littérature ainsi que de patients diagnostiqués au sein de notre laboratoire.

 

13 cas fœtaux issus de 7 familles différentes ont ainsi été rapportés, 11 d’entre eux sont décédés in utero (10 lors d’une interruption médicale de grossesse et 1 mort fœtale in utero), 1 lors de l’accouchement et 1 enfant est décédé à 6 ans. Des mutations d’ERCC5/XPG était retrouvées chez 77% (10/13) d’entre eux. Les 1ers signes cliniques sont retrouvés à l’échographie entre 20 et 32 semaines d’aménorrhées, plutôt aspécifique avec pour la majorité d’entre eux une arthrogrypose (9 cas), une réduction des mouvements fœtaux (8 cas), et/ou une microcéphalie (7 cas). Devant ces anomalies, 3 IRM fœtales in utero ont été réalisées mettant en évidence pour tous une hypoplasie cérebelleuse.10 fœtus ont eu une autopsie post-natale avec analyse microscopique notamment cérébrale et 2 un examen post-natal mini invasif (IRM + examen macroscopique).  A l’examen post-natal on retrouve une microcéphalie pour la totalité des cas (100% ; 12/12), une dysmorphie pour 83% (10/12) d’entre eux (essentiellement une micrognathie et des oreilles basses implantées), un RCIU pour 72% (8/11) et une cataracte uniquement pour 33% (3/9) d’entre eux. Sur le plan cérébral, 70% (7/10) des cas présentaient des anomalies de la fosse postérieure (à type d’hypoplasie ponto-cérebelleuse ou hypoplasie cérébelleuse isolée), 70% (7/10) une dilatation des ventricules latéraux et 50% (6/12) un retard de maturation corticale. Au total 11 présentaient un phénotype correspondant au syndrome cérébro-oculo-facio-squelettique (COFS), 1 avec un phénotype de trichothiodystrophie et une patiente avec un syndrome de Cockayne de type 2.

 

Les anomalies associées aux syndromes de la voie NER en anténatal diffèrent des atteintes retrouvées habituellement en post-natal avec notamment une plus forte prévalence des anomalies cérébrales à type de malformation corticale notamment hypoplasie ponto-cérébelleuse qui pourraient attirer l’attention des cliniciens en l’absence de la totalité des critères cliniques habituellement associés à ces pathologies en post-natal.


Sarah BAER (Strasbourg), Lydie BURGLEN, Sophie JULIA, Cathy OBRINGER, Jamel CHELLY, Yline CAPRI, Bérénice DORAY, Vincent LAUGEL, Nadège CALMELS
10:30 - 11:30 #28781 - P181 Rendement de l’exome en prénatal, avec pipeline de détection des CNV, et contribution au pronostic pour 40 grossesses avec signes d’appel échographiques.
P181 Rendement de l’exome en prénatal, avec pipeline de détection des CNV, et contribution au pronostic pour 40 grossesses avec signes d’appel échographiques.

Introduction

L’analyse d’exome a pris une place prépondérante dans le bilan étiologique des syndromes malformatifs avec un rendement diagnostique pouvant être estimé entre 25 et 40% selon les études, leur ancienneté, le design (solo, trio, autre), le cadre diagnostique ou l’extension en recherche contribuant à identifier de nouveaux gènes et/ou nouveaux mécanismes physiopathologiques. Dans un premier temps, l’exome a été utilisé en période post-natale (patients vivants ou décédés dont post-IMG). Depuis quelques temps, la prescription s’est élargie au contexte prénatal devant des signes d’appel échographiques afin de tenter de préciser le pronostic de grossesses. Ce travail a pour but de contribuer à évaluer l’apport de l’exome, comprenant la détection des CNV, dans ce cadre.

Méthode

Les exomes ont été prescrits par différents médecins intervenant au sein de CPDPN entre juin 2020 et aout 2021 inclus pendant ou après ACPA. Les interprétations ont été réalisées au laboratoire Eurofins Biomnis et au CHU de Saint-Etienne à l’aide de la plateforme bioinformatique SeqOne pour les SNV et un pipeline interne pour les CNV, après séquençage Illumina.

Résultats

Quarante analyses ont été réalisées. Il existait une atteinte de plusieurs organes dans 11 à 13 cas (2 cas diagnostiqués en cours de récupération de données complémentaires). Le motif principal d’atteinte d’organe isolée était une anomalie du corps calleux dans 9 cas (22,5%) sur 13 cas (32,5%) d’anomalies uniquement cérébrales. Dans 22/37 cas, la recevabilité d’une IMG pouvait s’envisager avant la prescription.

Au total, 10/40 diagnostics (25%) ont été posés dont 1 duplication intra-génique. Dans un autre cas, un variant chromosomique (vu en ACPA et sur le pipeline CNV) prédisposant aux troubles neurodéveloppementaux pouvait participer à l’anomalie isolée du corps calleux (sans autre cause identifiée).

Parmi les syndromes polymalformatifs, 4/11 à 6/13 diagnostics ont été posés ; parmi les anomalies du corps calleux isolées, 0/9 diagnostic posé (intérêt pour réduire le risque résiduel dans la majorité).

Concernant l’apport de l’exome pour le pronostic pour les 8 cas diagnostiqués avec données cliniques suffisantes :

- pour 6 cas, l’apport de l’exome a été principalement diagnostique, les signes en imagerie étaient déjà associés à un pronostic réservé ;

- dans 1 cas, le résultat a permis de rassurer le couple (polydactylie isolée des 4 extrémités) ;

- dans 1 cas, le résultat a permis de diriger la surveillance échographique et envisager un pronostic possiblement moins marqué (SLC26A2/DTDST).

Discussion

Il s’agit d’une cohorte hétérogène avec prescription débutante d’exome en prénatal rendant la pertinence des pourcentages limités. Plus les tableaux seront légers, plus le rendement diagnostique attendu diminuera. Des tests supplémentaires en cours vont enrichir la cohorte.

Il existe un intérêt à détecter les CNV pour le diagnostic et à une concertation régulière génétique-imagerie pour préciser le pronostic.


Sébastien MOUTTON (Lyon), Ines HARZALLAH, Laure RAYMOND, Jérémie MORTREUX, Patrice BOUVAGNET, Nada HOUCINAT, Marine DANCER, Vanna GEROMEL, Radoslava SARAEVA-LAMRI, Angeline PRETO, Luc DRUART, Fabienne PRIEUR, Marine LEBRUN, Francis RAMOND, Rodolphe DARD, Aude TESSIER, Benjamin DAURIAT, Valentine MARQUET, Constance WELLS, Audrey LAMOUROUX, Caroline DEILLER, Bruno SCHAUB, Renaud TOURAINE, Marie-Emmanuelle NAUD-BARREYRE
Galerie Sud
11:30

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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A23
11:30 - 13:00

COMMUNICATIONS ORALES SÉLECTIONNÉES 01

Modérateurs : Wilfrid CARRE (Ingénieur) (Rennes), Laurence OLIVIER-FAIVRE (PUPH) (DIJON)
11:30 - 11:45 #28563 - CS01 Mouse models of neurodevelopmental disorders.
CS01 Mouse models of neurodevelopmental disorders.

Neurodevelopmental disorders are extremely genetically heterogeneous developmental disorders of the brain. Although next-generation sequencing has revolutionized our ability to identify genes, as many as 50% of patients still wait years for a genetic diagnosis, by our lack of knowledge of function for most genes in the genome. Neurodevelopmental disorders are frequently associated with developmental structural abnormalities of the brain such as microcephaly, macrocephaly, hypoplasia of the hippocampus, thin cortex, atrophy of the cerebellum, or agenesis of the corpus callosum. These neuroanatomical phenotypes can thus be used as reliable and easily measurable endophenotypes of neurodevelopmental disorders, which in turn can be evaluated in animal models. Recently, my group identified 164 genes newly involved in mammalian brain morphology using a highly robust approach for the assessment of 161 neuroanatomical parameters in 1,566 lines of mutant mice through a collaboration with the International Mouse Phenotyping Consortium. By sharing these 164 genes on the GeneMatcher platform (https://genematcher.org/) and in collaboration with several French and International teams, we identified a similarity of brain phenotypes between the two species for 16 of these genes, most of the time involving few patients. The identification of additional patients with similar manifestations would make it possible to conclude with certainty on the involvement of these 16 genes of interest in neurodevelopmental disorders. These preliminary results demonstrate the value of high-throughput neuroanatomical studies and the relevance of the mouse model to provide a solution to the problem of diagnostic odyssey, in particular in complex and ultra-rare cases, by combining high-throughput identification of genes and pathophysiological mechanisms.


Binnaz YALCIN (Dijon)
11:45 - 12:00 #28479 - CS02 Mode de transmission oligogénique dans les Anomalies de Fermeture du Tube Neural: implication majeure des gènes du cil primaire, de la Polarité Planaire Cellulaire et de la matrice extracellulaire.
CS02 Mode de transmission oligogénique dans les Anomalies de Fermeture du Tube Neural: implication majeure des gènes du cil primaire, de la Polarité Planaire Cellulaire et de la matrice extracellulaire.

Les anomalies de fermeture du tube neural (AFTN) sont des malformations congénitales sévères à l’origine d’une fermeture incomplète du tube neural qui concernent environ 5 naissances sur 10 000. Des études récentes chez le modèle murin et chez l’Homme suggèrent une origine multifactorielle impliquant des facteurs environnementaux (déficit en acide folique, toxiques, diabète gestationnel) et des facteurs génétiques (gènes de la Polarité Planaire Cellulaire (PCP), gènes du métabolisme des folates). Une transmission oligogénique, c’est-à-dire l’effet cumulatif de plusieurs variants rares dans les gènes associés à la maladie, est une hypothèse évoquée chez l’Homme et démontré chez la souris dans les gènes de la voie PCP. Nos objectifs sont de mieux caractériser les gènes et/ou les voies de signalisations impliqués dans la survenue de cette pathologie et de préciser le mode de transmission complexe.

Cette étude multicentrique se base sur le séquençage de l’exome de 28 familles (exomes trio, quatuor, quintuor) et de 74 patients (exomes solo) atteint d’AFTN. L’analyse a porté sur un panel in-silico de gènes candidats primaires (impliqués dans les AFTN chez l’homme et/ou le modèle murin) et secondaires (gènes impliqués dans les mêmes voies de signalisations que les gènes primaires). L’étude des familles a permis de sélectionner des variants rares (fréquence < 1% dans gnomAD) et délétères (score CADD > 20) pour former des combinaisons oligogéniques présentant une ségrégation familiale concordante. Une seconde analyse d’enrichissement de combinaisons oligogénique dans la cohorte de patients (exomes solo) par rapport à une cohorte contrôle d’individu sain (cohorte GoNL) a été effectué sur les gènes issus de l’étude des familles.

88 gènes candidats sont impliqués dans des combinaisons oligogéniques chez 54% des familles. Les voies de signalisations les plus représentées sont la voie du cil primaire (17% des gènes), des gènes de la voie PCP (12%) mais sont aussi impliqués des gènes de la matrice extracellulaire (12%), des gènes de la voie Wnt/Notch/SHH (9%), des gènes de l’apoptose (9%) et des gènes du métabolisme des folates (6%). Dans un second temps, au sein de notre cohorte de cas solo, un enrichissement de combinaisons oligogéniques a été mis en évidence (58% de combinaisons chez les cas contre 22% dans la cohorte de contrôle) avec une p-value très significative de 1,66E-08.

Les AFTN sont des pathologies présentant une très forte hétérogénéité génétique et un mode de transmission complexe avec l’implication de plusieurs variants au sein d’un même individu dans notre cohorte. Les principales voies de signalisations impliquées ont un impact important sur la migration cellulaire et l’apoptose, mécanismes majeurs de la fermeture du tube neural. Afin de confirmer les résultats d’enrichissement de combinaisons oligogèniques, une étude réplicative sera effectuée sur une deuxième cohorte indépendante (511 cas).

 


Marie FAOUCHER (Rennes), Artem KIM, Wilfrid CARRÉ, Marie BEAUMONT, Florence DEMURGER, Linda AKLOUL, Laurent PASQUIER, Mélanie FRADIN, Chloé QUÉLIN, Houda HAMDI ROZE, Erwan WATRIN, Sylvie ODENT, Marie DE TAYRAC, Christèle DUBOURG, Valérie DUPÉ
12:00 - 12:15 #28006 - CS03 LBMMS SeqOIA : leçons des 2 premières années.
CS03 LBMMS SeqOIA : leçons des 2 premières années.

La production massive d’examens diagnostiques tels que génomes, exomes ou transcriptomes constitue un défi sans précédent à l’échelle du pays.

Au terme d’un peu plus de deux années de fonctionnement, le laboratoire SeqOIA présente les principes fondateurs de son organisation interne, dresse le bilan opérationnel de ce modèle d’exploitation et en extrait les principaux enseignements.

En cumul depuis 2019, les volumes de prescriptions en zone nord et sud, sont sensiblement identiques qu’il s’agisse des champs maladies rares, cancers ou oncogénétique. Contrairement aux prévisions initiales, les prescriptions des maladies rares excèdent nettement celles des cancers (80% versus 20%).

Les problématiques pré-analytiques incluant la e-prescription dans le contexte des RCP et la logistique sont un facteur très sensible dans la fluidité du processus de réalisation des examens. La gestion des non-conformités pré-analytiques (action requise sur les échantillons ou la prescription) constitue un poste très chronophage, source de ralentissement.

L’écoulement du flux analytique SeqOIA est très robuste : le nombre de dossiers complets en attente de séquençage est faible et stable. Le temps analytique est de l’ordre de 1 mois.

L’organisation du secteur post-analytique (validation biologique des résultats) est un troisième secteur stratégique. Si le flux d’examens entrants sont comparables dans les deux LBM-FMG, le flux sortant de comptes rendus diffère actuellement sensiblement. En septembre 2021, SeqOIA a généré 73% des comptes rendus maladies rares et 61% des comptes rendus cancers (en dépit d’un démarrage d’activité différé). Le modèle post-analytique de SeqOIA lui est propre. Il est fondé sur les piliers suivants :

1.       L’expertise des biologistes : mettre les meilleures compétences en face des questions posées par un examen

2.       La mobilisation de l’ensemble des biologistes de la zone nord : 185 biologistes habilités à la validation des examens

3.       Le développement bioinformatique au plus près des besoins: 2 groupes Bioinfo SeqOIA pour la génétique constitutionnelle et la génétique somatique

4.       Une interface d’interprétation (GLeaves) ouverte et flexible : les biologistes sont libres d’accéder à l’intégralité des données, d’y exercer leur expertise et de répondre sur mesure à la ou aux questions posées par le prescripteur

5.       L’animation collective des biologistes via la mise en place de 13 RICB pour les maladies rares et de RCP d’aval pour les tumeurs solides et l’oncohématologie

6.       La diffusion des connaissances via des webinaires et la montée en compétence des biologistes.

Cette organisation permet à SeqOIA d’anticiper la montée en charge des examens, de répondre aux défis en matière d’amélioration des rendements diagnostiques et de permettre à l’ensemble des biologistes, sur la zone géographique qui lui est dévolue, de s’intégrer dans la médecine génomique.


Pierre BLANC (PARIS), Jennifer WONG, Damien VASSEUR, Emmanuelle CLAPPIER, Cyril BURIN DES ROZIERS, Boris KEREN, Audrey BRIAND, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Lucas RAMON, Sofia DOS SANTOS, Saadia BENJELLOUN, Mario NEOU, Nicolas DERIVE, Adrien LEGENDRE, Virginie SAILLLOUR, Alban LERMINE, Michel VIDAUD
12:15 - 12:30 #28770 - CS04 Etat des lieux à deux ans du démarrage de l’activité de séquençage de génome entier par AURAGEN pour la filière AnDDI-rare.
CS04 Etat des lieux à deux ans du démarrage de l’activité de séquençage de génome entier par AURAGEN pour la filière AnDDI-rare.

Au 15 septembre 2021, après 18 mois de fonctionnement cette indication est très active puisqu’elle concentre 1022 des 2099 prescriptions. Au total, 21 centres ont réalisé au moins une prescription mais 6 centres sont responsables de 77% des prescriptions (790/1022). Les 1022 dossiers sont répartis le long de la chaine de valeur pré-analytique (19%), analytique (26%), interprétation (35%), rendus au prescripteur (17%). 33 dossiers (3%) sont bloqués sur le processus pour des raison d’indentitovigilance ou de problème d’échantillon. Cinq résultats ont été rendus en échec. Parmi les 170 dossiers rendus, 114 étaient négatifs et 56 permettent un diagnostic de certitude.

Le travail d’interprétation se concentrait sur 14 praticiens de la région auvergne-rhône-alpes, qui participent par ailleurs à l’interprétation d’autres pré-indications. Chaque interprétation a été réalisée en binôme moléculariste et cytogénéticien, et discutée en réunion de validation interne (RVI) avant le rendu de résultat. Les RVI étaient régionales en 2020, puis locales en 2021. La démarche active d’inclusion de praticiens hors de cette région a été entamée pour réduire le délai d’interprétation et de rendu de résultat.

Parmi les 175 résultats rendus, nous avons identifié 13 anomalies chromosomiques confirmées secondairement par caryotype, FISH ou ACPA. Une homodisomie uniparentale paternelle du chr15 a été identifiée. Aucune anomalie chromosomique équilibrée a été diagnostiquée dans cette indication.

Aucune récurrence entre les patients n’a été observée au sein de cette indication. Au-delà des diagnostics médicaux de routine, on mentionne des résultats d’intérêt scientifique dans des gènes de publication très récente (CDH2, CUL3), des variations candidates de gènes non publiés (DPP6, MINK1). Entre indications, trois patients porteurs de variations de novo de MN1 ont été identifiés, proposant la participation à une série internationale.

Les prescriptions de foetopathologie illustrent la difficulté à définir certaines indications de malformation d’organe spécifique au sein des syndromes malformatifs.

Pour trois familles, le séquençage pan-génomique a permis la précision de phénotypes complexes où plusieurs diagnostics mendéliens ont été réalisés. Pour l’un, le diagnostic d’une anomalie du développement sporadique causée par une variation de novo de SOX4, associée à une variation familiale de F11 expliquant les antécédents sans que ce soit le motif de prescription. Pour les deux autres familles, deux pathologies récessives ont été identifiées et expliquant des phénotypes complexes. Notamment, un enfant a été diagnostiqué porteur d’une microdélétion 22q11.2 paternelle et d’une variation moléculaire maternelle de BRWD3.

Cet état des lieux permet de démontrer l’apport du WGS pour le diagnostic des anomalies du développement, l’organisation analytique robuste proposée par AURAGEN, et la dynamique d’intégration de nouveaux praticiens pour participer à cette activité de laboratoire innovante.


Julien THEVENON (Grenoble), Valentin KLEIN, Virginie BERNARD, Quentin CHARRET, Anne THOMAS, Nicolas PONS, Yasmine ZERDOUMI, Marjolaine WILLEMS, Laurence FAIVRE, Julian DELANNE, David GENEVIEVE, Elise SCHAEFER, Damien HAYE, Fanny LAFFARGUE, Constance WELLS, Estelle COLIN, Christel THAUVIN-ROBINET, Isabelle MAREY, Elise BOUCHER, Audrey PUTOUX, Salima EL CHEHADEH, Marie BOURNEZ, Christine FRANCANNET, Sophie NAMBOT, Pauline MONIN, Aurore GARDE, Juliette PIARD, Martine DOCO-FENZY, Françoise DEVILLARD, Céline POIRSIER, Marie-Line JACQUEMONT, Sébastien MOUTTON, Pauline LE TANNO, Charlotte DUBUCS, Massimiliano ROSSI, Consortium AURAGEN, Charles COUTTON, Caroline JANEL, Céline PEBREL, Gaelle SALAUN, Isabelle CREVEAUX, John RENDU, Marine LEBRUN, Nicolas CHATRON, Harbuz RADU, Renaud TOURAINE, Véronique SATRE, Xénia MARTIN, Damien SANLAVILLE
12:30 - 12:45 #28179 - CS05 Solve-RD : partage systématique des données d’exome et de génome à l’échelle européenne et réanalyse collaborative pour résoudre les maladies rares.
CS05 Solve-RD : partage systématique des données d’exome et de génome à l’échelle européenne et réanalyse collaborative pour résoudre les maladies rares.

Introduction

Le rendement diagnostique de l’exome dans les anomalies du développement est de 35 à 40 %, laissant plus de la moitié des patients sans diagnostic. Solve-RD, un projet européen Horizon 2020, a pour but de résoudre l’impasse diagnostique et d’identifier les causes moléculaires des maladies génétiques rares encore non expliquées. Le projet agrège près de 19000 exomes et génomes de patients sans diagnostic partagés par les réseaux européens de référence (ERN), pour réanalyser les données à l’aide de pipelines bioinformatiques automatisés et standardisés.

Nous présentons les résultats des réanalyses et l’impact de la mise à disposition des données génomiques des patients inclus sur le territoire français au sein de la cohorte ERN-ITHACA.

Méthodes

En vue de la réanalyse systématique des données génomiques des patients sans diagnostic de la cohorte de Solve-RD, dix pipelines ont été développés et lancés sur les données brutes. Chaque pipeline mettait en évidence un type de variation donnée ou utilisait des approches innovantes : 1) variations (probablement) pathogènes dans ClinVar, 2) SV et CNV, 3) éléments mobiles insérés (EMI), 4) variations mitochondriales, 5) disomies uniparentales, 6) variations dans des régions d’homozygotie, 7) variations de novo, 8) expansions de microsatellites, 9) filtres à partir de bases de données telles que Gene4denovo, 10) méta-analyses.

En parallèle de la réanalyse systématique, les centres investigateurs de Solve-RD avaient accès aux variations via l’outil RD-Connect-GPAP, permettant de réaliser des requêtes ciblées sur l’ensemble de la cohorte, d’identifier des variations candidates et de contacter les centres ayant partagé les données pour vérifier la corrélation génotype-phénotype.

Résultats

Nous avons pu inclure 1700 cas index sur le territoire français et près de 19000 en Europe.

En 1 an et demi, 1333 exomes ou génomes ont été réanalysés avec les 10 pipelines développés par le consortium. 309 patients avaient au moins une variation candidate. Le pipeline basé sur ClinVar a mené à l’identification de 5 diagnostics et celui des EMI a mené à 1 diagnostic.

Nous avons été contactés par d’autres centres investigateurs pour 22 variations, 2 ont mené à un diagnostic, 3 ont permis d’établir des collaborations sur des gènes encore non connus en pathologie humaine, 4 sont en cours de ségrégation, 13 ont été écartées (phénotype non compatible, variations peu convaincantes sur le plan moléculaire, variations héritées après ségrégation, faux positifs).

 

Conclusion

Les réanalyses et la mise à disposition des données génomiques ont déjà permis, à ce jour, d’établir 8 diagnostics au sein de la cohorte française et l’implication potentielle de 3 gènes en pathologie humaine. Le pipeline avec le plus fort rendement diagnostique était celui basé ClinVar. La mise à disposition des données de séquences était également un excellent moyen d’augmenter le rendement diagnostique sur le long terme sans nécessiter de travail de réanalyse.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Elke DE BOER, Adam JACKSON, Elisa BENETTI, Siddharth BANKA, Ange-Line BRUEL, Giogio CASARI, Andrea CIOLFI, Jill CLAYTON-SMITH, Bruno DALLAPICCOLA, Yannis DUFFOURD, Kornelia ELLWANGER, Christian GILISSEN, Holm GRAESSNER, Tobias HAACK, Marketa HAVLOVICOVA, Alexander HOISCHEN, Anne HUGON, Nolwenn JEAN, Tjitske KLEEFSTRA, Anna LINDSTRAND, Estrella LÓPEZ-MARTÍN, Milan MACEK JR., Leslie MATALONGA, Manuela MORLEO, Sébastien MOUTTON, Vincenzo NIGRO, Ann NORDGREN, Maria PETTERSSON, Michele PINELLI, Simone PIZZI, Manuel POSADA, Clementina RADIO, Alessandra RENIERI, Caroline ROORYCK, Lukas RYBA, Hana SAFRAOU, Martin SCHWARZ, Marco TARTAGLIA, Christel THAUVIN-ROBINET, Julien THEVENON, Annalaura TORELLA, Frédéric TRAN MAU-THEM, Aurélien TRIMOUILLE, Pavel VOTYPKA, Klea VYSHKA, Birte ZUREK, Alain VERLOES, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO, Lisenka VISSERS, Laurence FAIVRE, Orphanomix GROUPE DE CLINICIENS
12:45 - 13:00 #27845 - CS06 Conduite à tenir lors de l’identification de CNVs PIEV en diagnostic prénatal et postnatal – Retour sur une enquête d’opinion pluridisciplinaire et multicentrique française.
CS06 Conduite à tenir lors de l’identification de CNVs PIEV en diagnostic prénatal et postnatal – Retour sur une enquête d’opinion pluridisciplinaire et multicentrique française.

La démocratisation des puces à ADN au cours de ces dernières années a révélé l’identification de CNVs (Copy Number Variations) récurrents responsables de phénotypes variables. Un travail du consortium AchroPuce a permis d’établir une liste de ces CNVs récurrents reconnus majoritairement comme des facteurs de susceptibilité aux troubles neuro-développementaux et identifiés PIEV (Pénétrance Incomplète et à Expressivité Variable). Les CNV PIEV soulèvent des questions sur la gestion de leur rendu mais aussi sur la conduite à tenir en terme de prise en charge médicale. En effet, ces CNVs sont souvent hérités de parents asymptomatiques et aucune recommandation n’est disponible en France ce qui rend la prédiction du phénotype et le conseil génétique complexes.

Cette problématique concerne tous les professionnels impliqués dans la prise en charge des patients chez lesquels de tels variants sont identifiés ainsi que leur famille. Nous avons proposé à ces professionnels de répondre à un questionnaire axé sur trois domaines : le diagnostic postnatal, le diagnostic prénatal et la fœtopathologie. Cette étude a pour but de recueillir leurs pratiques mais aussi leurs avis sur la place des variants PIEV au sein de ces secteurs.

Les professionnels sont majoritairement favorables au rendu des CNVs PIEV aux patients au cours d’un diagnostic postnatal (91%). Cependant, leurs avis divergent quant au dépistage ou non des apparentés. Par ailleurs, l’identification de tels CNV PIEV chez le premier enfant d’un couple et un de ses parents suggère de prévoir un conseil génétique adapté, en vue d’une prochaine grossesse (demande de diagnostic prénatal – DPN). Les avis des professionnels sont partagés à ce sujet (28% en faveur d’une demande de DPN contre 73% opposés) et fortement influencés par le contexte familial. L’identification fortuite d’un CNV PIEV chez un fœtus dans le cadre d’une grossesse en cours divise les professionnels de santé quant au comportement à adopter sur le rendu, le conseil génétique et la prise en charge associée (suivi postnatal, interruption médicale de grossesse…). Ces disparités se réduisent lorsque ce type de CNVs est associé à des signes d’appel échographiques, et d’autant plus s’ils sont précurseurs de troubles du neuro-développement.

Dans le cadre d’une grossesse interrompue (fœtopathologie), les pratiques des professionnels ont tendance à être proches de celles du diagnostic postnatal concernant le rendu des CNVs. Quant à la prise en charge des patients et de leurs apparentés, les professionnels adopteraient les mêmes attitudes qu’en diagnostic prénatal.

En conclusion, cette étude nous permet de faire un état des lieux sur les pratiques des professionnels de santé en charge des patients chez qui un CNV PIEV a été identifié et de leurs apparentés. Les avis des professionnels concernant cette thématique dans les trois domaines du diagnostic prénatal, diagnostic postnatal et de la fœtopathologie diffèrent et sont régis par différents facteurs.


Floriane LEJAMTEL, Cécile OHEIX, Elisa MORALES, Jelena MARTINOVIC, Philippe LABRUNE, François PETIT, Aline RECEVEUR, Nelly FRYDMAN, Alexandra BENACHI, Chloé PUISNEY-DAKHLI (CLAMART), Alexandre VIVANTI
Grand Auditorium
13:15

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B24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER FLUIDIGM
Préparation de librairies NGS automatisées, flexibles et évolutives: les innovations possibles avec le système Juno™

Modérateur : Amelie BARTHELEMY
13:15 - 14:15 Introduction. Amelie BARTHELEMY
13:15 - 14:15 Du diagnostic des tumeurs solides au séquençage du SARS-CoV-2 avec le Juno, une plateforme flexible pour des applications multiples. Alexandra LESPAGNOL (Docteur es science (PhD)) (Intervenant, Rennes)
13:15 - 14:15 isolation-forest CNV (ifCNV): l’intelligence artificielle au service de la détection de CNV à partir de données NGS. Simon CABELLO-AGUILAR (Ingénieur Bioinformaticien) (Intervenant, Montpellier)
Carré

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C24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER ASTRAZENECA
Inhibiteurs de PARP au stade précoce - Actualités et nouvelles approches en oncogénétique

Modérateur : Chrystelle COLAS (Dr.) (PARIS)
13:15 - 14:15 Actualités dans le cancer du sein précoce : Impact sur la recherche de mutations BRCA1/2. Pascal PUJOL (PUPH) (Intervenant, Montpellier)
13:15 - 14:15 Partage d’expérience d’un circuit en oncogénétique. Patrick BENUSIGLIO (Responsable d'UF) (Intervenant, Paris)
Nef

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D24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER EUROFINS BIOMNIS
Exome en 1ère intention, applications et enjeux, implication du prescripteur

13:15 - 14:15 Exome en Génétique clinique. Valentine MARQUET (praticien hospitalier) (Intervenant, Limoges), Benjamin DAURIAT (PH) (Intervenant, Limoges)
13:15 - 14:15 Exome en Génétique prénatale : quels impacts sur la prise en charge de la grossesse ? Rodolphe DARD (PH) (Intervenant, POISSY)
13:15 - 14:15 Exome en Cancérologie. Gestion des données incidentes/secondaires. Pascal PUJOL (PUPH) (Intervenant, Montpellier)
13:15 - 14:15 Quels outils pour demain ? Kévin YAUY (CCA) (Intervenant, Montpellier)
Belvédère

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E24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER AGILENT
Dernières innovations et retours d’expérience en génétique des cancers et oncohématologie

Modérateur : Claude REVEL (Vénissieux Cedex)
13:15 - 14:15 Panel de gènes avec UMI pour la génétique du rétinoblastome : ADN génomique et ADN tumoral circulant. Jessica LE GALL (Praticien des CLCC) (Intervenant, Paris)
13:15 - 14:15 Implémentation de la technologie XT-HS2 pour le criblage moléculaire par RNAseq et DNAseq de l’essai EXOMA2. Romain BOIDOT (Intervenant, DIJON)
Dortoirs

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F24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER TWIST BIOSCIENCE
The New Standard - Performance Evaluation of Twist Target Enrichment Solutions

Modérateur : Eric BAUD (Clermont-Ferrand)
13:15 - 14:15 Use Twist Bioscience Solutions for NGS and applications in ONCO-Hematology. Sandrine VANDERMEERSCH-GEFFROY (Intervenant, Lille)
13:15 - 14:15 No Fragment left behind - Performance Evaluation of the Twist Exome 2.0. Massimo DELLEDONNE (Intervenant, Verona, Italie)
Horizons

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G24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER THERMO FISHER SCIENTIFIC
Automatisées et rapides, nos innovations en NGS, Séquençage Capillaire et PCR Digitale au service du rendu de résultats.

Intervenants : Amélie EPERCIEUX, Stephane LLENSE, Gaëtan MOTY
Salle 5

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H24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER ROCHE DIAGNOSTICS FRANCE
Les dernières nouveautés Roche en NGS et présentation d'une approche innovante utilisant la capture de séquences sur ADN & ARN en génétique humaine

13:15 - 14:15 Introduction: KAPA HyperPETE, KAPA EvoPlus et AVENIO Edge Systems, les nouveautés Roche pour 2022. Carole DONNE-GOUSSE (Intervenant, ROCHE DIAGNOSTICS)
13:15 - 14:15 Double approche de séquençage haut débit ADN & ARN d’un panel de gènes impliqués dans des myopathies. Mireille COSSÉE (MCU-PH) (Intervenant, MONTPELLIER), Charles VAN GOETHEM (Ingénieur) (Intervenant, Montpellier)
Salle 6
14:15 PAUSE - VISITE DE L'EXPOSITION Grand Auditorium
14:45

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A25
14:45 - 15:45

CONFERENCE INVITE 1

Modérateur : Sandrine MARLIN (Génétique) (PARIS)
14:45 - 15:45 Bases génétiques des prédispositions aux formes sévères et à la résistance à l'infection par le SRAS-CoV-2. Aurélie COBAT (Chercheur) (Conférencier, paris)
Grand Auditorium
15:45 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS Grand Auditorium

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KF2
15:45 - 16:45

Session 2 - Posters affichés en présence des auteurs

15:45 - 16:45 #27874 - P002 Leçons de la réanalyse basée sur ClinVar de la cohorte ITHACA du projet européen Solve-RD.
Leçons de la réanalyse basée sur ClinVar de la cohorte ITHACA du projet européen Solve-RD.

Introduction

Le rendement diagnostique de l’exome dans les anomalies du développement est de 35 à 40 %, laissant plus de la moitié des patients sans diagnostic. Solve-RD, un projet européen Horizon 2020, a pour but de résoudre l’impasse diagnostique et d’identifier les causes moléculaires des maladies rares génétiques non connues. Le projet agrège près de 19000 exomes et génomes de patients sans diagnostic partagés par les réseaux européens de référence (ERN) pour réanalyser les données à l’aide de pipelines bioinformatiques automatisés et standardisés. Parmi ceux-ci, celui dédié à la recherche de variations (probablement) pathogènes dans ClinVar dans les données des patients permet d’identifier rapidement les variations présentant un intérêt clinique. Nous présentons les résultats de cette réanalyse, appelée « ClinVar low-hanging fruits », les raisons de l’absence de diagnostic au moment de la première analyse et les leçons à en tirer.

Méthodes

À partir des données brutes des cas non résolus de la cohorte ERN-ITHACA, nous avons retenu les SNV et indels 1) situés dans des gènes associés à la déficience intellectuelle ou aux troubles du neurodéveloppement (1740 gènes) 2) de fréquence allélique dans gnomAD <  1 % et dans la base de données interne RD-Connect <  2 % et 3) rapportés dans ClinVar comme étant pathogènes ou probablement pathogènes. Les résultats ont été retournés aux centres d’inclusion pour une interprétation clinico-biologique.

Résultats

Nous avons réanalysé 1522 cas, priorisé 147 variations et retenu 9 variations permettant 9 nouveaux diagnostics :

- 2 faux-sens de novo dans des gènes non connus en pathologie humaine au moment de la première analyse : 1 dans TRRAP associé à un retard de développement depuis 2018 ; 1 dans NFIA rapporté morbide dans OMIM depuis 2017.

- 3 variations mal interprétées : 1 d’épissage dans SYNGAP1 qui n’avait pas été retenue ; 1 faux-sens dans PTEN qui avait été rendu comme étant de signification incertaine car hérité de la mère paucisymptomatique ; 1 indel homozygote dans ANO10 qui avait été lue comme hétérozygote du fait d’un alignement mal interprété sur IGV.

- 4 variations non détectées ou filtrées par les pipelines locaux : 1 faux-sens dans TUBB3 situé dans une région non ciblée par le kit d’enrichissement ; 1 faux-sens dans TUBB éliminé du fait d’une faible profondeur de couverture ; 1 en mosaïque dans EEF1A2 non identifiée car seuls quelques reads la soutenaient ; 1 frameshift dans FKBP14 filtré car annoté « commun » dans dbSNP (610-4 dans gnomAD), responsable dans 70 % des cas de la pathologie.

Conclusion

La réanalyse « ClinVar low-hanging fruits » des cas négatifs de la cohorte ITHACA, montre l’utilité d’une réanalyse systématique des exomes négatifs, notamment ciblée sur les variations rapportées (probablement) pathogènes dans ClinVar, avec des critères peu stricts. Des outils développés par la communauté comme VariantAlert permettent de réaliser une telle réanalyse à mesure des soumissions dans ClinVar.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Leslie MATALONGA, Elke DE BOER, Adam JACKSON, Elisa BENETTI, Siddharth BANKA, Ange-Line BRUEL, Giogio CASARI, Andrea CIOLFI, Jill CLAYTON-SMITH, Bruno DALLAPICCOLA, Yannis DUFFOURD, Kornelia ELLWANGER, Christian GILISSEN, Holm GRAESSNER, Tobias HAACK, Anna HAMMARSJÖ, Marketa HAVLOVICOVA, Alexander HOISCHEN, Anne HUGON, Nolwenn JEAN, Tjitske KLEEFSTRA, Anna LINDSTRAND, Estrella LÓPEZ-MARTÍN, Milan MACEK JR., Manuela MORLEO, Sébastien MOUTTON, Vincenzo NIGRO, Ann NORDGREN, Maria PETTERSSON, Michele PINELLI, Simone PIZZI, Manuel POSADA, Clementina RADIO, Alessandra RENIERI, Caroline ROORYCK, Lukas RYBA, Hana SAFRAOU, Martin SCHWARZ, Marco TARTAGLIA, Christel THAUVIN-ROBINET, Julien THEVENON, Annalaura TORELLA, Frédéric TRAN MAU-THEM, Aurélien TRIMOUILLE, Pavel VOTYPKA, Klea VYSHKA, Birte ZUREK, Alain VERLOES, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO, Lisenka VISSERS, Laurence FAIVRE, Orphanomix GROUPE DE CLINICIENS
15:45 - 16:45 #27977 - P007 Évaluation de la pathogénicité des variants de DISP1 associés au spectre des anomalies de la ligne médiane craniofaciale.
Évaluation de la pathogénicité des variants de DISP1 associés au spectre des anomalies de la ligne médiane craniofaciale.

L'holoprosencéphalie (HPE ; MIM# 236100) est la malformation cérébrale congénitale la plus fréquente (1 sur 10 000 naissances vivantes, 1 sur 250 conceptions). Elle résulte d'un défaut de clivage médian du prosencéphale, entre le 18e et le 28e jour de gestation, affectant à la fois le cerveau antérieur et le visage.

Le spectre phénotypique est très large, allant de l'HPE alobaire sévère avec ventricule cérébral unique et cyclopie jusqu'aux porteurs asymptomatiques dans le cas des HPE familiales. Trois classes anatomiques classiques ont été décrites, par ordre décroissant de gravité : HPE alobaire, semi-lobaire et lobaire. Le spectre complet du HPE comprend également des microformes caractérisées par des anomalies de la ligne médiane craniofaciale, avec fente labiale/palatine, hypotélorisme, colobome, microcéphalie, sténose des sinus piriformes et/ou incisive médiane maxillaire unique (IMU).

Les bases génétiques de l'HPE ne sont que partiellement comprises car ∼70% des cas familiaux restent sans cause moléculaire établie. Différents modes de transmission ont été décrits, notamment l'hérédité autosomique dominante, récessive, digénique et oligogénique, illustrant l'architecture génétique complexe de ce spectre. La plupart des variants pathogènes rapportés présentant une pénétrance incomplète et une expressivité variable, les modificateurs génétiques apparaissent désormais comme des modulateurs clés du phénotype de cette pathologie.

La plupart des gènes d'HPE connus appartiennent à la voie Sonic Hedgehog (SHH) - une cascade moléculaire complexe qui joue un rôle central dans le développement du cerveau. Le principal effet commun des variants pathogènes identifiés est l'altération de l'activité de la voie SHH, ce qui entraîne une perturbation de la ligne médiane ventrale du cerveau.

DISP1 est un facteur positif nécessaire à la sécrétion efficace du morphogène SHH et à l'établissement de son gradient de concentration le long de la ligne médiane du tube neural. Les souris déficientes (KO) Disp1 présentent une HPE sévère associée à une cyclopie et une signalisation SHH défectueuse. Chez l'homme, des études génétiques supplémentaires sont nécessaires pour élucider le rôle précis de DISP1 dans la pathogénèse de la maladie.

Dans cette étude, nous décrivons la première cohorte de patients atteints d'HPE et présentant des variants de DISP1. Nous élucidons la contribution de DISP1 à l'HPE en effectuant une évaluation de la pathogénicité des variants de DISP1 associés à l'HPE. Nous décrivons une cohorte de 28 individus issus de 23 familles non apparentées, en regroupant les variants de DISP1 retenus lors du diagnostic moléculaire dans notre laboratoire, ainsi que les résultats obtenus en collaboration et ceux publiés précédemment.  Nous analysons plus précisément le spectre clinique de l'HPE associée à DISP1, nous donnons un aperçu du processus pathologique sous-jacent et nous décrivons des facteurs modulant les conséquences phénotypiques des variants de DISP1.


Alinoë LAVILLAUREIX (Rennes), Artem KIM, Paul ROLLIER, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRE, Erwan WATRIN, Helene GUYODO, Boris KEREN, Sandra WHALEN, Jessica BOS, Mederic JEANNE, Clemence VANLERBERGHE, Laurence FAIVRE, Marie DE TAYRAC, Chloé QUELIN, Sylvie ODENT, Valérie DUPE
15:45 - 16:45 #28270 - P012 Protocole d’exploration neuroradiologique des patients avec un variant pathogène dans le gène PTEN, basé sur une série de 58 patients.
Protocole d’exploration neuroradiologique des patients avec un variant pathogène dans le gène PTEN, basé sur une série de 58 patients.

Le syndrome hamartomateux lié au gène PTEN, ou PHTS (PTEN-related Hamartoma Tumor Syndrome), est un syndrome de prédisposition au cancer dans lequel on décrit diverses anomalies cérébrales : fistules artério-veineuses durales (FAVD), tumeurs cérébelleuses de Lhermitte-Duclos (TLD), malformations d’Arnold-Chiari (MAC) et des anomalies veineuses du développement (AVD)Les FAVD sont rares, leur développement est lent et pauci-symptômatique mais leurs conséquences parfois fatales. Les TLD, dont la fréquence parmi les patients PHTS varie de 9 à 50%, et les MAC, dont la fréquence est comprise entre 12 et 33%, nécessitent parfois des interventions neurochirurgicales. Malgré cela, il n’existe pas de consensus d’exploration ni de suivi par imagerie cérébrale chez ces patients. 

Le but de notre étude était de quantifier et de décrire les anomalies cérébrales afin de proposer un protocole d’exploration. Elle a porté sur une série de patients diagnostiqués dans le laboratoire de génétique moléculaire de la Pitié-Salpêtrière dont nous avons relu les IRM cérébrales. Nous avons inclus 58 patients. L’âge moyen était de 15.7 ans [0.6 ; 55.9] au moment du diagnostic avec un sex ratio H/F de 1.9. Les portes d’entrée diagnostiques étaient diverses : oncogénétiques, enquête familiale, trouble du neurodéveloppement/macrocéphalie ou malformation vasculaire. Deux patients avaient une FAVD, suggérant un risque supérieur à celui de la population générale (incidence de 0.3/100 000/an). Alors que les FAVD se manifestent généralement après 50 ans, ces deux patients étaient âgés de 21 et 36 ans. Les patients n’ayant pas tous bénéficié des séquences d’IRM dans le but de visualiser les anomalies vasculaires, ce chiffre est possiblement sous-estimé. Par ailleurs, 10,3 % des patients avaient une AVD dont un symptomatique (épilepsie). 63,2% avaient des anomalies non progressives de la substance blanche. La fréquence des TLD était de 12,3 %, celui de MAC de 14,0% et un patient présentait un méningiome, ce qui est en cohérence avec les données de la littérature existante. Il n’y avait ni cavernome ni dysplasie corticale.

Ces observations confirment l’intérêt d’une IRM cérébrale systématique chez les patients porteurs d’un variant pathogène dans le gène PTEN. Nous proposons un protocole de surveillance comprenant : 1) une séquence T1 sans injection et 2) FLAIR pour éliminer une MAC, faire le bilan des anomalies de la substance blanche et vérifier l’intégrité du cortex ; 3) une susceptibilité magnétique SWI ou SWAN, ou à défaut une T2*, afin de visualiser les lésions d’allure vasculaire de type cavernome ou AVD ; enfin, la recherche systématique d’une FAVD implique 4) l’acquisition avec injection en 5) ARM dynamique, ainsi qu’une 6) séquence perfusion ASL à la recherche de shunts vasculaires ou d’AVD puis 7) une séquence d’angio-IRM en temps de vol (grand 3D-TOF). Les FAVD étant des lésions qui se développent, une répétition de cet examen est envisageable tous les 5 à 7 ans.


Anna GERASIMENKO (Paris), Cyril MIGNOT, Florence COULET, Olivier NAGGARA, Delphine HÉRON, Alexis GUÉDON, Emmanuel HOUDART, Mélanie EYRIES, Patrick BENUSIGLIO, Anne Annouk BISDORFF
15:45 - 16:45 #28619 - P017 Identification de biomarqueurs complémentaires des troubles sensoriels visuels des sujets avec syndrome de l'X fragile (FXS).
Identification de biomarqueurs complémentaires des troubles sensoriels visuels des sujets avec syndrome de l'X fragile (FXS).

La vision, considérée comme le sens le plus complexe, le plus développé et le plus important, semble particulièrement affectée chez les patients FXS. Des preuves relient également directement les anomalies sensorielles à l'expression clinique des troubles du comportement chez les personnes atteintes de FXS.

En utilisant l'électrorétinographie (ERG) et la sensibilité au contraste (CS), nous avons précé-demment décrit la présence de déficits sensoriels dans le système visuel du modèle de souris Fmr1-/y (Ros-signol et al, 2014 ; Perche et al, 2018 ; Felgerolle et al, 2019). La présente étude rapporte une approche similaire dans une cohorte de garçons avec FXS (n=20, 18-45 ans) et de témoins appariés en âge (n=20, 18-45 ans). L'enregistrement des données a été réalisé avec succès pour l'ERG et le CS chez la plupart des individus. Des anomalies de l’ERG et CS similaires à celles observées chez le modèle souris Fmr1-/y ont été caractérisées chez les sujets avec FXS.

Notre étude montre la pertinence d'utiliser l’ERG et CS pour évaluer le système visuel dans le FXS. La similitude du phénotype humain et du modèle souris valide l’utilisation de ce modèle animal pour l’étude préclinique du déficit sensoriel visuel chez l’homme.

Enfin, en objectivant un phénotype électrophysiologique (ERG) associé à un phénotype fonction-nel, notre étude suggère la possibilité d’utiliser l'ERG et la CS (ERG-CS) comme biomarqueurs complémen-taires pour caractériser les anomalies sensorielles visuelles observées dans le FXS (Perche et al, in press).

Bibliographie :

Rossignol R et al. Visual sensorial impairments in neurodevelopmental disorders: evidence for a retinal phenotype in Fragile X Syn-drome. PLoS One. 2014;9(8):e105996

Perche O et al. Early Retinal Defects in Fmr1-/y Mice: Toward a Critical Role of Visual Dys-Sensitivity in the Fragile X Syndrome Pheno-type? Front Cell Neurosci. 2018;12:96

Felgerolle C et al. Visual Behavior Impairments as an Aberrant Sensory Processing in the Mouse Model of Fragile X Syndrome. Front Behav Neurosci. 2019;13:228

Perche et al. Electroretinography and contrast sensitivity, complementary translational biomarkers of sensory deficits in the visual system of individuals with Fragile X Syndrome. J Neurodev Disord. 2021; in press.


Fabien LESNE (Orléans), Olivier PERCHE, Dominique BONNEAU, Sylvie ODENT, Alain PATAT, Susanne RAAB, Roy TWYMAN, Robert H RING, Sylvain BRIAULT
15:45 - 16:45 #27889 - P022 CANVAS : retour sur deux années de diagnostic moléculaire du gène RFC1 au CHU de Montpellier.
P022 CANVAS : retour sur deux années de diagnostic moléculaire du gène RFC1 au CHU de Montpellier.

Contexte :

Le syndrome de CANVAS (Cerebellar Ataxia, Neuropathy, Vestibular Areflexia Syndrome) est une maladie autosomique récessive rare d’apparition tardive, caractérisée par une atteinte cérébelleuse lentement progressive (démarche ataxique, nystagmus, dysarthrie), une atteinte vestibulaire bilatérale, une neuropathie sensitive axonale ainsi qu’un syndrome dysautonomique. La présence d’une toux chronique antérieure à l'apparition du tableau neurologique est fréquente. La prévalence de ce syndrome serait de 1 sur 20 000 dans la population caucasienne soit plus fréquent que l’ataxie de Friedreich.

Récemment, une expansion bi-allélique d’un pentanucléotide (AAGGG) dans l’intron 2 du gène RFC1 a été identifiée comme la cause moléculaire de ce syndrome (Cortese et al. Nature Genetics 2019).

 

Méthode :

Nous rapportons le bilan de 2 ans de diagnostic moléculaire du syndrome de CANVAS par analyse des expansions RFC1 par RP-PCR et PCR longue, chez 130 familles (120 cas sporadiques et 10 cas familiaux) présentant une ataxie d’apparition tardive.

 

Résultats :

Au sein de notre cohorte, nous avons pu identifier une expansion pathologique du pentanucléotidique AAGGG dans le gène RFC1 chez 50% des cas index à l’état homozygote et chez 9% à l’état hétérozygote.

Des profils de PCR longue atypiques ont parfois été identifiés chez certains de ces patients. Le séquençage Sanger des allèles a permis de mettre en évidence des expansions complexes non-décrites à ce jour et dont la signification est inconnue.

Nous constatons une forte hétérogénéité clinique chez nos patients présentant l’expansion pathogène à l’état bi-allélique (AAGGG) :

- 25% avec un syndrome de CANVAS (triade : Ataxie, Neuropathie, Vestibulopathie dont 5% présentent un phénotype plus complet : triade + toux chronique + dysautonomie). 

- 48% au moins 2 signes (Ataxie + Neuropathie ou Neuropathie + Areflexie Vestibulaire)

- 27% 1 seul signe (majoritairement la Neuropathie).

Nous notons que la neuropathie sensitive est quasi constante (99%) et que la toux chronique est retrouvée chez 58 % des patients porteurs de l’expansion à l’état homozygote.

Nous ne disposons pas toujours des résultats des investigations cliniques (IRM et EMG) ce qui explique peut-être des phénotypes incomplets.

 

Conclusion :

Notre étude permet de confirmer la forte implication du gène RFC1 dans les ataxies d’apparition tardive associées à une neuropathie sensitive. L’absence de neuropathie sensitive rend le diagnostic de CANVAS peu probable, justifiant la nécessité d’une bonne caractérisation clinique de l’atteinte neurologique afin d’optimiser le criblage génétique. A l’heure du séquençage haut-débit systématisé, il apparait justifié d’exclure une expansion bi-allélique du gène RFC1 avant toute étude génomique (recommandations du PFMG2025), au vue la grande proportion de CANVAS identifiée sur le plan moléculaire au sein de notre cohorte.


Lise LARRIEU, Mehdi BENKIRANE, Morgane POINTAUX, Guillame TAIEB, Cecilia MARELLI, Raul JUNTAS MORALES, Ioana ION, Chloé GREGOIRE, Bertrand ISIDOR, Michel KOENIG, Marie-Claire VINCENT (Montpellier)
15:45 - 16:45 #28252 - P027 Les formes dominantes de MPAN peuvent mimer une démence fronto-temporale.
P027 Les formes dominantes de MPAN peuvent mimer une démence fronto-temporale.

Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer, ou NBIA (pour Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation) constituent un groupe de pathologies héréditaires très rares, ayant pour dénominateur commun une accumulation excessive de fer dans les ganglions de la base du cerveau visible en IRM cérébrale. L’IRM cérébrale est en général l’examen clé révélant la surcharge en fer. Les signes cliniques sont variables, dominés par des mouvements anormaux (dystonie, parkinsonisme, chorée, ataxie, spasticité), des troubles du comportement et des troubles cognitifs. L’âge de début est très variable de même que l’évolution, pouvant conduire en quelques années au décès ou être d’évolution lente avec des périodes de stabilité. Des variants pathogènes de NBIA ont été identifiés dans une quinzaine de gènes différents, la plupart étant soumis à une hérédité autosomique récessive (AR).

Les variants pathogènes de C19ORF12 sont à l’origine de la NBIA type 4 ou Mitochondrial membrane Protein Associated Neurodegeneration (MPAN) dont la présentation classique débute au cours de la première décennie par des troubles de la marche de type cérébellospastique. Les symptômes fréquents sont des difficultés d’apprentissage, des troubles psychiatriques qui peuvent être présents dès la petite enfance, une dysarthrie, une dystonie habituellement limitée aux pieds et aux mains et une atrophie optique quasi constante avec une baisse d’acuité visuelle. La transmission est AR. Récemment quelques familles avec MPAN de transmission autosomique dominante ont été décrites avec des présentations cliniques et des âges de début relativement similaires aux formes classiques ( AR.

Nous décrivons 8 patients supplémentaires de MPAN dominant issus de 5 familles et identifiés par séquençage haut-débit d’un panel de 9 gènes impliqués dans les NBIA. Le tableau clinique et paraclinique des 8 patients est très détaillé, reproduisant en partie les données de la littérature.  Cependant de façon plus originale, un phénotype très fortement évocateur d’une démence fronto-temporale a été relevé chez plusieurs patients, éventuellement associé à une atteinte du motoneurone (suspicion de DFT-SLA). Les variants pathogènes hétérozygotes dans C19ORF12 sont tous de type tronquant (3 non-sens et 1 délétion d’une base), localisés dans le 3ème exon  codant la moitié C-terminale de la protéine. Le cerveau d’un patient décédé a été analysé, révélant des anomalies déjà décrites, incluant des corps de Lewy abondants dans les ganglions de la base. Enfin sur le plan fonctionnel, nous avons obtenu des cultures primaires de fibroblastes de 3 de ces patients permettant d’analyser les fonctions mitochondriales, l’autophagie et le métabolisme du fer. Les données obtenues suggèrent une homéostasie anormale du fer, et des défauts de biogénèse mitochondriale ou de mitophagie chez les patients présentant une forme dominante.


Christelle DURAND, Chloé ANGELINI, Isabelle COUPRY, Anne VITAL, Stéphane MATHIS, Victoria GONZALEZ, Mathilde RENAUD, Solene FRISMAND, Patrice MENEGON, Elisabeth SARRAZIN, Remi BELLANCE, Guilhem SOLE, Patricia FERGELOT, Cyril GOIZET (Bordeaux)
15:45 - 16:45 #28407 - P032 CONTRIBUTION DES VARIATIONS RARES DU NOMBRE DE COPIES DANS LES FORMES COMPLEXES DE LA MALADIE D’ALZHEIMER.
P032 CONTRIBUTION DES VARIATIONS RARES DU NOMBRE DE COPIES DANS LES FORMES COMPLEXES DE LA MALADIE D’ALZHEIMER.

Les variations nucléotidiques rares faux sens et perte de fonction dans les gènes SORL1, TREM2 et ABCA7 sont des facteurs de risque modérés à forts de la maladie d’Alzheimer (MA) identifiés par tests de charge à l’échelle du gène. Récemment, les gènes ATP8B4 et ABCA1 ont aussi été associés à la MA notamment grâce à l’agrégation des données de séquençage d’exomes issues d’un consortium européen (Alzheimer Disease European Sequencing, ADES) et d’un consortium américain (Alzheimer Disease Sequencing Project, ADSP). 

A partir des mêmes données d’exomes, nous avons étudié le rôle des variations rares (fréquence < 1%) du nombre de copies (CNV) sur le risque de développer la MA. Pour détecter les CNVs des individus, nous avons utilisé un pipeline bioinformatique basé sur le logiciel CANOES présentant un haut niveau de sensibilité (87,25%) et une haute valeur prédictive positive (86,4%). Ce pipeline a été appliqué à 20 661 exomes (8941 témoins, 3770 cas présentant une forme précoce de la MA [début avant 65 ans, Early Onset Alzheimer Disease, EOAD] et 7950 cas présentant une forme tardive de la MA [Late Onset Alzheimer Disease, LOAD]).  

Au total, nous avons détecté 49 460 CNVs rares (19 449 duplications, 30 011 délétions). Après un contrôle qualité extensif, nous avons étudié l’effet des CNVs à l’échelle du gène, séparément pour les délétions (partielles et complètes) et les duplications (complètes uniquement). Parmi les gènes précédemment associés avec la MA dans les tests de charge sur variants rares, nous avons identifié 6 délétions d’ABCA7 chez les cas (3 EOAD, 3 LOAD) et 3 délétions chez les témoins, ainsi que 3 délétions d’ABCA1 chez 3 patients (EOAD uniquement) et aucune chez les témoins. Afin de déterminer globalement l’effet des variations perte de fonction d'ABCA1 sur le risque de développer une forme précoce ou tardive de la MA, nous avons agrégé à la fois les données de variations nucléotidiques perte de fonction et les délétions dans ABCA1 dans un modèle de régression ordinale. Alors que l’association précédente des variations faux sens et perte de fonction (OR=1,9 [1,5-2,5]) dissimule un effet hétérogène de ces dernières (OR=1,7 [1,3-2,2] pour les faux sens prédits délétères et OR = 4,7 [2,2-10,3] pour les pertes de fonction), l’analyse conjointe des variations ponctuelles perte de fonction et des délétions rares d’ABCA1 (p= 3,1x10-5) confirme la forte association de ces variations avec le risque de développer une forme précoce de la maladie d’Alzheimer (OR=8,1 [2,9-29,4]). 

Nos données suggèrent que, en plus de rares formes autosomiques dominantes, non incluses dans ce travail, des CNVs ultra-rares peuvent contribuer au risque de MA, certains avec un effet important tel que les délétions d’ABCA1. Des analyses sont actuellement menées à l’échelle de l’exome entier afin de découvrir de potentiels nouveaux gènes d’intérêt, dont les résultats seront présentés.


Olivier QUENEZ (Rouen), Catherine SCHRAMM, Kevin CASSINARI, Marc HULSMAN, Céline BELLENGUEZ, Ades CONSORTIUM, Penny NORSWORTHY, Rebecca SIMS, Jordi CLARIMON, John C. VAN SWIETEN, John J. HARDY, Alfredo RAMIREZ, Simon MEAD, Wiesje M. VAN DER FLIER, Cornelia M. VAN DUJIN, Julie WILLIAMS, Jean-Charles LAMBERT, Henne HOLSTEGE, Camille CHARBONNIER, Gaël NICOLAS
15:45 - 16:45 #28178 - P037 Caractérisation des anomalies de la charnière cranio-vertébrale chez les patients atteints d’achondroplasie suivis au CHU de Lyon.
P037 Caractérisation des anomalies de la charnière cranio-vertébrale chez les patients atteints d’achondroplasie suivis au CHU de Lyon.

L’achondroplasie est une maladie osseuse constitutionnelle autosomique dominante causée par la présence du variant pathogène récurrent p.Gly380Arg du gène FGFR3, responsable d’une anomalie de l’ossification endochondrale et de la fermeture prématurée des synchondroses. Les patients présentent un sur-risque de mort subite dans la première année de vie due à une myélopathie compressive secondaire à un rétrécissement significatif du foramen magnum (FM). Un suivi multidisciplinaire incluant une IRM de la charnière cranio-vertébrale (CCV) et une polysomnographie vers l’âge 6 mois est préconisé afin d’identifier les patients nécessitant une chirurgie de décompression. Cependant, la corrélation entre la dimension du FM et le risque de complications neurologiques n’est pas complétement élucidée et l’évaluation de l’indication neurochirurgicale reste complexe.

Nous avons réalisé une étude rétrospective des patients suivis dans notre centre entre 2008 et 2020 afin de mieux caractériser les modifications anatomiques précoces de la CCV et leur évolution et de proposer des critères anatomiques de sévérité.

Des mesures anatomiques de la CCV ont été réalisées sur l’IRM cervicale des 21 patients et 84 contrôles sains, en aveugle par deux radiologues. L’âge médian à l’IRM était de 1,5 ans pour les filles et de 5,4 ans pour les garçons. Les 21 patients ont bénéficié d’une ou plusieurs IRM avec un temps moyen de suivi de 5,7 ans. Les données cliniques et de polysomnographie disponibles ont également été collectées afin d’évaluer la corrélation entre l’évolution radiologique et clinique.

Une sténose de la CCV a été retenue chez 52,4% des patients, dans tous les cas avant 2 ans. Notre étude confirme la diminution du FM (13,6±6,2mm vs 28,5±4,7mm, p<0,001) en accord avec la littérature. Cependant, nous avons observé chez tous les patients présentant une sténose de la CCV que celle-ci n’est pas liée au diamètre du FM mais plutôt au diamètre antéro-postérieur entre la dent de C2 et l’opisthion (8,7±3,9mm vs 24,6±5,1mm, p<0,001). D’autres modifications anatomiques précoces incluent un antelisthesis de l’opisthion, une bascule postérieure de C1-C2, un épaississement de la dent de C2. Nous avons donc défini 3 formes anatomiques de CCV à l’IRM chez les nourrissons porteurs d’achondroplasie : 1) absence de sténose, 2) compression postérieure, 3) association de compressions postérieure et antérieure (en « Z »). Concernant le pronostic, tous les nourrissons dont le diamètre C2-opisthion était supérieur à 6 mm ont présenté une bonne évolution clinique et radiologique spontanée. L’absence d’apnée centrale ne semble pas être un argument permettant d’écarter une sténose sévère.

Une étude prospective à l’échelle nationale concernant une série plus large de patients serait souhaitable pour confirmer ces résultats préliminaires, dans le but de mieux préciser l’indication de la prise en charge neurochirurgicale des patients achondroplases dans la première année de vie.


Sara CABET, Alexandru SZATHMARI, Carmine MOTTOLESE, Patricia FRANCO, Laurent GUIBAUD, Massimiliano ROSSI (LYON), Federico DI ROCCO
15:45 - 16:45 #28776 - P042 Les deux formes cliniques du syndrome de Netherton partagent une signature IL-17/IL36 et se distinguent par leur réponse IFN-1 et allergique.
P042 Les deux formes cliniques du syndrome de Netherton partagent une signature IL-17/IL36 et se distinguent par leur réponse IFN-1 et allergique.

Le syndrome de Netherton (SN) est une maladie génétique cutanée rare due à des mutations perte de fonction du gène SPINK5 codant l’inhibiteur de protéase LEKTI. Les personnes atteintes du SN présentent une profonde anomalie de la barrière cutanée, des lésions cutanées inflammatoires, une desquamation superficielle de la peau, une anomalies pilaire spécifique (trichorrhexis invaginata) et des manifestations atopiques sévères avec IgE sériques élevées. Les personnes atteintes de SN développent la forme classique d’ichthyose linéaire circonflexe (SN-ILC) ou une érythrodermie desquamative (scaly erythroderma) (SN-SE). Il n’existe actuellement pas de traitement satisfaisant pour cette maladie orpheline.  

L’objectif du notre étude était de combiner des approches de génomique, protéomique et de profilage moléculaire afin de caractériser les anomalies cutanées, immunologiques et allergiques des sujets SN-ILC et SN-SE.

Nous avons étudié une cohorte de 13 sujets SN comprenant 9 SN-ILC et 4 NS-SE. Une approche multi-omique intégrée a révélé des anomalies de la prolifération et de la différenciation épidermique et des signatures moléculaires IL-17/IL-36 dans la peau lésée et le sang des deux phénotypes. Les profils moléculaires de la peau lésée des sujets SN-ILC et SN-SE étaient très comparables, mais la peau non lésée de chaque sous-type de la maladie présentait des signatures moléculaires distinctes.   L’épiderme lésé et non lésé de sujets SN-SE montrait une activation de la voie de signalisation de l’interféron de type 1 (IFN-1), alors que la peau lésée des sujets SN-ILC se distinguait de la peau non lésée SN-ILC par une activation du complément et un infiltrat cutané de polynucléaires neutrophiles. Le profilage moléculaire des cytokines sériques et l’immuno- phénotypage des lymphocytes circulants montraient une activation des réponses allergiques de type Th2 chez les sujets SN-ILC, alors que les patients SN-SE présentaient principalement une réponse allergique de type Th9 avec une augmentation des concentrations sériques de CCL22/MDC et CCL17/TARC.

Notre étude confirme les signatures IL-17/IL-36 prédominantes dans les deux phénotypes SN et révèle des profils moléculaires permettant de distinguer les sujets SN-ILC et SN-SE. Ces résultats ont permis d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et pourraient guider le développement d’une médecine de précision pour traiter le SN. 


Alain HOVNANIAN (Paris)
15:45 - 16:45 #28540 - P047 Cohorte de 140 enfants de moins de 5 ans atteint de retard d’éveil visuel : les étiologies génétiques.
P047 Cohorte de 140 enfants de moins de 5 ans atteint de retard d’éveil visuel : les étiologies génétiques.

ETUDES : Cohorte de 140 enfants de moins de 5 ans atteint de retard d’éveil visuel : les étiologies génétiques

 

METHODES : Il s’agit d’une étude rétrospective portant de 2015 à 2021, dans le centre de compétence de maladie rare neuro-visuelle de Nantes étudiant les retards d’éveil visuel chez l’enfant de moins de 5 ans. Le mode de recrutement, la pyramide des âges, les pathologies prénatale et périnatale, les retard psychomoteurs, l’âge de la marche,  le phénotype ophtalmologique, le retentissement médico-social sont calculés dans l'ensemble de la cohorte, ainsi que les étiologies génétiques.

 

RESULTATS : Nous avons analysé une cohorte de 140 enfants de moins de 5 ans qui présentent tous un retard d’éveil visuel, d’âge moyen lors de la première consultation de 10 mois, avec une nette prédominance de garçons (59%). Les enfants étaient directement adressés pour 45% par des neuropédiatres, pour 32% par des ophtalmologistes, pour 14% par des pédiatres, et pour 5% par des généticiens. Les problèmes périnataux (prématurité, syndrome de west, hypotonie axiale,…) concernent quasiment un enfant sur deux (55%). Pour une moyenne d’âge de la dernière consultation à 5 ans et 4 mois, la marche est non acquise pour 73% d’entre eux. Il a également été constaté un nystagmus associé chez 30 % des enfants. 

Un bilan génétique a été demandé dans 60% des cas. Chez ces enfants, la biologie moléculaire (CGH array, exome, panel, ..), a confirmé l’étiologie génétique dans 41 % des cas,  est revenu négative dans 13% des cas déclenchant une étude du génome entier sur plateforme Seqoia, et en attente de résultat pour 46 % des enfants. Des microdélétions, des trisomies en mosaïque ont été retrouvées. Des variants pathogènes des gènes KAT6B, EPG5 , MYO5A, POGZ, CLCN4, SALSA2, KIF5C, CHD7, YIF1B, ITPR1, PIGA, P1GN, CIP1B1, FOXG1, CDKL5, UBA5 ont été retrouvés De façon beaucoup plus surprenante, nous avons retrouvé des variants pathogènes de gènes donnant classiquement des nystagmus et une amblyopie, mais pas de retard d’éveil visuel comme le PDE6C et le CMGB3 (achromatopsie) et 2 phénotypes d’albinisme oculaire et oculocutané dont nous attendons les résultats.

 

CONCLUSIONS : Notre cohorte montre que devant tout retard d’éveil visuel, un bilan cytogénétique, métabolique et génétique est très souvent nécessaire, et que l’on retrouve une étiologie génétique certaine dans 41% des cas, pourcentage qui devrait augmenter avec les résultats en attente des génomes entiers.


Dr Xavier ZANLONGHI (RENNES), Dr Magalie BARTH, Pr Dominique BONNEAU, Patrick VAN BOGAERT, Sophie GUEDEN, Pr Sylvie ODENT, Mélanie FRADIN, Florence DEMURGER, Marc PLANES, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Aline DELIGNIÈRES, Claire-Marie DHAENENS
15:45 - 16:45 #28019 - P052 Analyse du locus CYP21A2 par séquençage nouvelle génération : vers un nouveau standard pour le diagnostic moléculaire des blocs en 21-hydroxylase ?
P052 Analyse du locus CYP21A2 par séquençage nouvelle génération : vers un nouveau standard pour le diagnostic moléculaire des blocs en 21-hydroxylase ?

Contexte : Le déficit en 21-hydroxylase (D21OH) par mutation de CYP21A2 est une cause très fréquente d’hyperplasie congénitale des surrénales, une des maladies génétiques les plus fréquentes en France. Peu de laboratoires réalisent cette analyse, rendue compliquée par une région génomique très complexe avec un pseudogène (CYP21A1P). Le séquençage par Sanger après amplification spécifique reste la seule méthode communément utilisée et elle doit être combinée à une MLPA afin de rechercher des délétions/réarrangement du locus. L’analyse par diverses méthodes de séquençage nouvelle génération (NGS), théoriquement transposable dans de nombreux laboratoires, n’était à ce jour pas fiable.

Objectif : Développer et valider une méthode fiable, rapide et reproductible d’analyse de CYP21A2 par NGS, facilement utilisable.  

Méthode : L’amplification spécifique du locus CYP21A2 est assurée par une unique PCR longue (4kb). Le locus est ensuite entièrement séquencé par NGS Illumina et analysé par un protocole bioinformatique spécifique.

Résultats : Nous avons analysé 100 patients avec (D21OH) avec cette méthode originale qui a été validée par comparaison à la technique de référence Sanger combinée à la MLPA. Cette comparaison des méthodes initiale (concordance > 90%) a permis d’optimiser le protocole final afin d’améliorer la détection des variants substitutions ou insertions/délétions. La détection des anomalies du nombre de copies est en cours d’optimisation et permettra éventuellement de s’affranchir de la MLPA.

Conclusion : Nous décrivons une méthode rapide et robuste d’analyse de CYP21A2 par NGS. En raison de sa facilité de mise en œuvre, cette méthode serait utilisable dans la plupart des laboratoires de génétique.


Lilia LADDADA (Paris), Fanny CHASSELOUP, Alexis PROUST, Anne GUIOCHON-MANTEL, Peter KAMENICKY, Jacques YOUNG, Claire BOUVATTIER, Jérôme BOULIGAND
15:45 - 16:45 #27895 - P057 Identification par étude d’association génome entier (GWAS) de deux nouveaux loci impliqués dans l’insuffisance cardiaque par cardiomyopathie dilatée en 3p25.1 et 22q11.23.
P057 Identification par étude d’association génome entier (GWAS) de deux nouveaux loci impliqués dans l’insuffisance cardiaque par cardiomyopathie dilatée en 3p25.1 et 22q11.23.

Résumé

Introduction. La cardiomyopathie dilatée (CMD) est l’une des causes principales de l’insuffisance cardiaque systolique et, de ce fait, un problème majeur de santé publique.

Objectif. Le but de cette étude était d’améliorer nos connaissances et notre compréhension des causes génétiques de la cardiomyopathie dilatée.

Méthodes. Nous avons mené une étude d’association pan-génomique, combinée à une imputation sur les données 1000Genome, pour 2719 cas sporadiques de CMD et 4440 contrôles, tous d’origine européenne, sur 9 152 885 SNPs. Cette étude d’association a été complétée par une étape de réplication des signaux significatifs dans deux autres cohortes européennes. Nous avons ensuite recherché, au sein des nouveaux loci identifiés, les meilleurs gènes candidats, en nous basant sur une stratégie de sélection dédiée. Cette stratégie inclue des recherches in silico dans les bases de données publiques (expression tissue spécifique des gènes, loci de caractères quantitatifs, QTL, liés aux niveaux d’expression et/ou de méthylation) ainsi que des analyses fonctionnelles de séquençage 4C sur des cardiomyocytes dérivés de cellules souches pluripotentes induites. Un score de risqué génétique (GRS) a également été construit à partir du nombre d’allèles à risque pour chaque locus impliqué.

Résultats. L’étude d’association génomique suivie de l’étape de réplication ont permis d’identifier deux nouveaux loci pour la CMD, en 3p25.1 (meilleur signal rs62232870 avec une p = 8.7 x 10-11 et 7.7 x10-4 dans les phases exploratoires et de réplication, respectivement) et 22q11.23 (meilleur signal rs7284877, avec une p = 3.3 x10-8 et 1.4 x10-3, dans les phases exploratoires et de réplication, respectivement), tout en confirmant deux loci précédemment identifiés, BAG3 and HSPB7. Le GRS construit à partir de ces 4 loci révèle une augmentation par plus de 3 du risque de CMD pour les individus avec 8 allèles à risque comparés à ceux n’en présentant que 5 (médiane de la population de référence) et une diminution par 5 du risque pour ceux n’en présentant qu’un. Au locus 3p25.1, notre stratégie de sélection pointe SLC6A6 comme le meilleure gène candidat. Ce gène code un transporteur de la taurine, métabolite dont l’implication dans la dysfonction cardiaque et la CMD est soutenue par de nombreuses observations chez l’homme et l’animal. Au locus 22q11.23, cette même stratégie suggère que SMARCB1 est le meilleur candidat.

Conclusion. Cette étude fournit de nouvelles pistes sur l’architecture génétique de la cardiomyopathie dilatée tout en mettant en lumière de nouvelles voies biologique sous-jacente de l’insuffisance cardiaque, avec un potentiel pour des perspectives thérapeutiques en particulier via la modulation de la taurine.


Sophie GARNIER (Paris), Magdalena HARAKALOVA, Stefan WEISS, Michal MOKRY, Richard ISNARD, Laëtitia DUBOSCQ-BIDOT, Michel KOMAJDA, François CAMBIEN, Jean-François DELEUZE, Marcus DÖRR, Folkert ASSELBERGS, Eric VILLARD, David-Alexandre TRÉGOUËT, Philippe CHARRON
15:45 - 16:45 #28630 - P062 Altération de la fonction de pseudo tissus cardiaques générés à partir de cellules iPSC éditées par CRISPR/Cas9 pour une délétion de l’exon 42 du gène FLNC.
P062 Altération de la fonction de pseudo tissus cardiaques générés à partir de cellules iPSC éditées par CRISPR/Cas9 pour une délétion de l’exon 42 du gène FLNC.

Introduction. La cardiomyopathie dilatée (CMD) est caractérisée par une dilatation ventriculaire et un dysfonctionnement systolique débutant chez l’adulte jeune et conduisant à une insuffisance cardiaque avec peu d'options thérapeutiques. Les mutations perte de fonction du gène FLNC, codant la Filamine C, y compris les mutations d'épissage, ont été fortement associées à un phénotype de CMD arrythmogène. Les cardiomyopathies liées au gène FLNC sont transmises sur un mode autosomique dominant et les mécanismes conduisant au phénotype ne sont pas entièrement compris. Des modèles in vitro sont nécessaires pour améliorer les connaissances sur les mécanismes pathogéniques. 

 

Méthode. Une lignée iPSc de contrôle (ICAN-403.3) a été établie à partir de fibroblastes d’un donneur sain et un sous-clone muté FLNC (ICAN-FLNC-42.1) a été dérivé en utilisant la technologie CRISPR/Cas9. Les cellules iPSc ont été ensuite été différenciées en cardiomyocytes et en pseudo-tissus battants afin d’étudier les effets fonctionnels de la mutation 

 

Résultats. Nous avons généré deux clones iPS, l’un dérivé de l’autre après mutation induite par réparation non-homologue de l’ADN CRISPR/Cas9 dépendante. Les clones ont été caractérisés pour leur pluripotence (immunoflurescence et qPCR de gènes exprimés à l’état pluripotent, test à la phosphatase alcaline), leur intégrité génomique (exome, caryotype) et pour leur capacité de différenciation dans les 3 feuillets (ScoreCard). Plus particulièrement, ces cellules peuvent être différenciées en cardiomyocytes battants ( > 85% des cellules expriment la troponine T) et qui présentent une striation sarcomérique par immunomarquage de l’actinine-2. Le séquençage montre que la mutation induite par CRISPR/Cas9 est une délétion de la borne 3’ de l’exon 42 du gène FLNC retrouvée à l’état homozygote (Chr7(GRCh38):g.128854898_128854915del) et sans effet hors cible mesurable après contrôle par séquençage d’exome. L’analyse par RT-PCR et immunoblot montre que la mutation induit un saut de l’exon 42 aboutissant et l’expression réduite d’une protéine de poids moléculaire abaissé. Des pseudos tissus battants enregistrés durant 3 semaines (engineered heart tissue (EHT) issus de cardiomyocytes différenciés des deux clones iPS montrent, pour le mutant, une fréquence de battement abaissée et un index d’arythmie plus élevé.

 

Conclusion. Nous avons développé et caractérisé au niveau moléculaire et fonctionnel un modèle d’étude iPSc-cardiomyocytes-EHTs pour une mutation saut d’exon dans le gène FLNC responsable de cardiomyopathie humaine. Ce modèle permettra d’appréhender le mécanisme patho-physiologique de la CMD due aux mutations FLNC, dans un contexte où le tissu malade est difficilement accessible. Ces modèles sont également utiles pour tester des voies thérapeutiques potentielles. 


Flavie ADER (PARIS), Laetitia DUBOSCQ-BIDOT, Vincent FONTAINE, Sibylle MARTEAU, Jean Pierre SIFFROI, Matthieu HAMMELIN, Pierre BOBIN, Pascale RICHARD, Eric VILLARD
15:45 - 16:45 #27974 - P067 Une variation bi-allélique dans SARS1 identifiée chez des enfants présentant un un retard de développement neurologique, une surdité, une cardiomyopathie, et une décompensation pendant un épisode de fièvre.
P067 Une variation bi-allélique dans SARS1 identifiée chez des enfants présentant un un retard de développement neurologique, une surdité, une cardiomyopathie, et une décompensation pendant un épisode de fièvre.

Aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS) are ubiquitously expressed enzymes responsible for ligating amino acids to their cognate tRNA molecules through an aminoacylation reaction. The resulting aminoacyl-tRNA is delivered to ribosome elongation factors to participate in protein synthesis. Seryl-tRNA synthetase (SARS1) is one of the cytosolic aaRSs and catalyzes serine attachment to tRNASer.

SARS1 deficiency has already been associated with moderate intellectual disability, ataxia, muscle weakness, and seizure in one family. We describe here a new clinical presentation including developmental delay, central deafness, cardiomyopathy, and metabolic decompensation during fever leading to death, in a consanguineous Turkish family, with biallelic variants (c.638G > T, p.(Arg213Leu)) in SARS1.

This missense variant was shown to lead to protein instability, resulting in reduced protein level and enzymatic activity.

Our results describe a new clinical entity and expand the clinical and mutational spectrum of seryl- and aminoacyl-tRNA synthetases deficiencies.


Jean-Marie RAVEL (Nancy), Dreumont NATACHA, Mosca PAULINE, Desiree E.c. SMITH, Marisa I. MENDES, Arnaud WIEDEMANN, David COELHO, Emmanuelle SCHMITT, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Tran-Mau-Them FRÉDÉRIQUE, Julien THÉVENON, Paul KUENTZ, Marc POLIVKA, Sabine A. FUCHS, Gautam KOK, Christel THAUVIN-ROBINET, Jean-Louis GUÉANT, Gajja S. SALOMONS, Laurence FAIVRE, Feillet FRANCOIS
15:45 - 16:45 #28533 - P072 Nouveau variant intronique affectant l’épissage du gène NARS2 et variablité intrafamiliale.
P072 Nouveau variant intronique affectant l’épissage du gène NARS2 et variablité intrafamiliale.

Le gène NARS2 code pour l’Asparaginyl-tRNA synthétase mitochondriale. Les variants pathogènes dans ce gène sont associés à un large spectre de phénotypes cliniques de transmission autosomique récessive. Les tableaux varient de formes sévères d’encéphalopathies de mauvais pronostic comme les syndromes de Leigh ou d’Alpers, à des tableaux plus modérés comme une myopathie isolée ou une surdité non syndromique. À ce jour, seulement une vingtaine de cas porteurs de variants pathogènes dans NARS2 ont été rapportés et les corrélations génotype-phénotype sont compliquées. Nous rapportons ici une fratrie avec trois patients qui ont tous les mêmes variants NARS2, mais présentent une large variabilité clinique. Nous décrivons particulièrement le phénotype du patient le plus âgé ( > 45 ans) à ce jour et présentant un tableau sévère de début infantile. Ce patient a développé une surdité de perception à l'âge de 2 ans après une période infectieuse. Il a également présenté dans l'enfance des troubles cognitifs et comportementaux évoquant un syndrome frontal. À l'âge adulte, il a développé une épilepsie généralisée, une ataxie, une neuropathie axonale, une myopathie mitochondriale et un déficit de la chaine respiratoire. Il a deux sœurs qui ont également développé pendant leur petite enfance une surdité, mais l’évolution est beaucoup moins sévère que celle de leur frère. Le NGS a permis l'identification d’un variant connu comme pathogène c.822G > C dans NARS2 à l'état hétérozygote. L'analyse de couverture suivie du séquençage Sanger a révélé un nouveau variant intronique c.922-21_922-19delCTT en trans avec le c.822G > C chez les trois patients. Les analyses fonctionnelles de l’ARNm (RT-PCR) à partir des fibroblastes du patient ont montré que cette délétion affecte l'épissage, conduisant à un saut de l'exon 9 du gène NARS2. De plus, nous montrons que le c.822G > C conduit à un saut de l'exon 7, mais n'affecte pas l'exon 8, contrairement à ce qui a été rapporté. Les deux variants auraient comme conséquence un décalage du cadre de lecture et un codon stop prématuré. Tout en confirmant la complexité de la corrélation génotype-phénotype pour le gène NARS2, nos résultats suggèrent qu’il est difficile de prévoir l’évolution des patients porteurs de variants d'épissage. Ceci pourrait être dû au fait que l’épissage peut être complet ou partiel et/ou aux mécanismes de NMD (nonsense-mediated decay) et/ou à d’autres mécanismes moléculaires. La description d’autres patients avec des variants pathogènes dans le gène NARS2, notamment ceux altérant l'épissage du gène, ainsi que des études fonctionnelles complémentaires seraient d’une grande utilité pour mieux comprendre le gène NARS2 et la famille des aminoacyl-tRNA-synthétases mitochondriales et les pathologies associées.


Samira AIT-EL-MKADEM SAADI (Nice), Amaya MORALES JAURRIETA, Elsa KAPHAN, Annabelle CHAUSSENOT, Konstantina FRAGAKI, Sylvie BANNWARTH, Christelle CAMUSO, Charlotte COCHAUD, Gaëlle AUGÉ, Mathieu BERTHET, Bernadette CHAFINO, Sandra FOUSTOUL, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Cécile ROUZIER
15:45 - 16:45 #28220 - P077 Identification et caractérisation fonctionnelle de mutations de LYN dans une urticaire auto-inflammatoire syndromique.
P077 Identification et caractérisation fonctionnelle de mutations de LYN dans une urticaire auto-inflammatoire syndromique.

Introduction. Les maladies auto-inflammatoires (MAI) sont liées à des anomalies génétiques de facteurs impliqués dans le système immunitaire et caractérisées par des accès inflammatoires fébriles récurrents spontanément résolutifs. Les atteintes cutanées ont une place importante dans l’orientation étiologique. Elles sont rencontrées dans les urticaires familiales au froid et les syndromes de Muckle-Wells ou CINCA (chronique infantile neurologique, cutané et articulaire) liés à NLRP3 ou plus rarement à PLCG2. Nous rapportons ici 2 patientes avec une urticaire auto-inflammatoire syndromique liée au gène LYN, un régulateur essentiel de plusieurs récepteurs de l’immunité. Deux autres patients avec des variations de LYN non explorées sur le plan fonctionnel ont été rapportés lors de congrès. Le gène LYN code pour une protéine tyrosine kinase, finement régulée au niveau post-traductionnel par la phosphorylation de deux de ses tyrosines (Y397 et Y508). Dans un modèle murin, le knock-in Y508F conduit à une hyperactivation de Lyn et au développement d’une glomérulonéphrite autoimmune sévère.

Matériel et Méthodes. Etude NGS d’un panel de gènes de MAI chez 2 patients adressés pour séquençage de NLRP3. Etudes fonctionnelles in vitro des variations LYN identifiées : phosphorylation de Lyn par western blot et activation de la voie NF-kB par essai luciférase.

Résultats. Nous avons identifié chez deux patients indépendants présentant une urticaire autoinflammatoire syndromique deux variations hétérozygotes au sein de LYN : c.1522T > C, p.(Tyr508His) de novo chez le patient 1 (P1) et c.1079G > A, p.(Arg360Gln) chez P2. P1, une enfant de 3 ans, présentait une atteinte néonatale sévère caractérisée par un important retard de croissance, une urticaire et une hépatosplénomégalie ainsi qu’une dysmorphie faciale (front bombé, hypertélorisme et exophtalmie). Les épisodes inflammatoires d’une durée d’une semaine étaient caractérisés par une fièvre élevée, des lésions cutanées, des arthrites et des troubles gastro-intestinaux, une CRP élevée et une hypercytokinémie. Un traitement par anti-IL1 a nettement amélioré sa maladie. P2, une femme de 25 ans présentait une MAI modérée ayant débuté à 14 ans avec des épisodes récurrents associant arthralgies, céphalées et atteinte cutanée et oculaire.

L’étude in vitro de la phosphorylation de Lyn portant la variation Tyr508His a montré une absence totale de la protéine sous sa forme phosphorylée inactive. L’étude de la voie de signalisation NF-kB a montré une activation constitutive de cette voie en l’absence de stimulation pour les 2 variations étudiées.

Conclusion. Cette étude permet de mieux définir le cadre nosologique des urticaires autoinflammatoires et d’en élargir le spectre phénotypique avec un régulateur immunitaire Lyn. Ce travail a permis de caractériser pour la première fois les défauts fonctionnels de 2 variations faux-sens de LYN et de démontrer l’effet gain de fonction de ces variations sur l’activation de la voie NF-kB.


Camille LOUVRIER (Paris), Martine GRALL LEROSEY, Gilles KAPLANSKI, Pierre QUARTIER DIT MAIRE, Brigitte BADER-MEUNIER, Julie CHICAN, Malaïka MOHAMMAD, Elma EL KHOURI, Eman ASSRAWI, Angela ARENAS-GARCIA, Bruno COPIN, William PITERBOTH, Florence DASTOT-LE MOAL, Sonia A. KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA
15:45 - 16:45 #28717 - P082 Apport de l’IRM musculaire dans l’évaluation fonctionnelle d’adultes présentant une Arthrogrypose Multiple Congénitale.
P082 Apport de l’IRM musculaire dans l’évaluation fonctionnelle d’adultes présentant une Arthrogrypose Multiple Congénitale.

Introduction : L’arthrogrypose multiple congénitale (AMC) se définit par des limitations articulaires congénitales touchant au moins deux niveaux articulaires, conduisant à des handicaps multiples. La fonction musculaire est altérée. Le but de notre étude était d’évaluer la corrélation entre l’infiltration graisseuse musculaire avec les déficiences et limitations d’activité chez des adultes présentant une AMC.

Méthode: Cette étude évalue des adultes non sélectionnés adressés au centre de références de l’AMC entre 2010 et 2020. Tous ont bénéficié d’une évaluation pluridisciplinaire, ainsi qu’une IRM musculaire corps entier. Les muscles ont été analysés grâce à l’échelle de Mercuri, quantifiant l’infiltration graisseuse. Deux groupes étiologiques ont été formés selon l’étiologie Amyoplasie et Arthrogryposes Distales (AD), les deux formes les plus communes d’AMC.

Résultats : La moyenne d’âge des 53 adultes (34 femmes) était de 34 ans, 35 avaient une Amyoplasie, et 18 une Arthrogrypose Distale. Dans les deux groupes d’individus avec Amyoplasie et AD, nous avons retrouvé une corrélation significative entre le score Mercuri moyen et l’évaluation manuelle de la faiblesse musculaire aux membres supérieurs et inférieurs. De plus, dans l’Amyoplasie, les scores Mercuri des membres supérieurs et inférieurs étaient corrélés à l’amplitude articulaire passive, le score Mercuri des membres inférieurs était corrélé au test de marche de 6 minutes, et celui des membres supérieurs à la mobilité de la main dans l’espace. Dans l’AD, ces corrélations n’ont pas été retrouvées.

Conclusion : Notre étude est la première à étudier le lien entre imagerie médicale et aspects fonctionnels dans l’AMC. L’IRM musculaire, un puissant outil diagnostic, est aussi hautement adapté pour évaluer le handicap fonctionnel. Des scores Mercuri élevés étaient corrélés à de plus grandes déficiences et une moindre mobilité.


Marion FINZI, Maryia RAIKOVA, Hoai Thu NGUYEN, Shenhao DAI, Chantal DURAND, Dominic PERENNOU, Klaus DIETERICH (GRENOBLE)
15:45 - 16:45 #28236 - P087 Phénotypage standardisé d’une cohorte de 350 patients et analyse combinée de 50 exomes et génomes pour une maladie complexe : le spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS).
P087 Phénotypage standardisé d’une cohorte de 350 patients et analyse combinée de 50 exomes et génomes pour une maladie complexe : le spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS).

Le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS) ou Syndrome de Goldenhar est une anomalie du développement embryonnaire des premier et deuxième arcs branchiaux, principalement caractérisée par une microsomie hémifaciale associée à des malformations auriculaires, oculaires et vertébrales. L’hétérogénéité clinique et génétique de ce spectre avec une pénétrance incomplète et une expressivité variable, rendent son diagnostic moléculaire complexe. Des CNV ou SNV pathogènes ont été identifiés chez environ 15 % des patients OAVS, avec peu de loci et gènes récurrents, et environ 10% de cas familiaux. Afin de s’aventurer au-delà du monogénique, nous avons développé une approche clinico-biologique combinée. D’un point de vue clinique, nous avons standardisé les données phénotypiques des 350 patients issus de notre cohorte OAVS via l’ontologie HPO, afin d’établir une heatmap de similarité sémantique, pour rechercher des clusters phénotypiques et établir des endophénotypes au sein de la cohorte. D’autre part, d’un point de vue moléculaire, nous avons analysé conjointement 45 exomes et 5 génomes de patients OAVS en simplex, avec des approches de type test oligogénique et burden-test, incluant une comparaison à une cohorte de témoins. En effet, après la recherche de variants à effet fort, l’analyse a été étendue aux loci de plus faible pénétrance, en identifiant des combinaisons de variants altérant les protéines et raisonnablement fréquents. L’idée est d’identifier des effets combinés de petits facteurs de risque pour atteindre une puissance statistique suffisante pour identifier les gènes candidats. Nous avons confronté ces gènes à nos listes de gènes candidats pour l’OAVS et aux voies de signalisation impliquées dans le développement craniofacial. D’autres analyses multivariées combinant les études omiques mais aussi des études environnementales sont nécessaires pour décrypter les bases étiologiques de cette maladie complexe.


Thomas SAGARDOY (Bordeaux), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Laetitia GASTON, Sacha SCHUTZ, Aurélien TRIMOUILLE, Caroline ROORYCK
15:45 - 16:45 #28651 - P092 Étude phénotypique du syndrome de Silver-Russell à partir d’une série de 19 patients adolescents et adultes.
P092 Étude phénotypique du syndrome de Silver-Russell à partir d’une série de 19 patients adolescents et adultes.

Le syndrome de Silver-Russell (SSR, OMIM#180860, ORPHA#813) est un syndrome (épi)génétique rare lié à l’empreinte parentale décrit pour la première fois par Silver et Russell en 1953 et 1954 respectivement. Ce syndrome se caractérise par l’association d’un retard de croissance intra-utérin et post-natal sévère, un périmètre crânien relativement préservé à la naissance, une asymétrie corporelle, un front proéminent et des difficultés d’alimentation pendant l’enfance. Le SSR est causé dans 5-10% des cas par une disomie uniparentale maternelle du chromosome 7 et un défaut de méthylation au locus IGF2/H19 dans la région 11p15 dans 40-60% des cas. Dans de nombreux cas, les causes du SSR demeurent inconnues. Les individus atteints du SSR présentent des signes cliniques variables, notamment en fonction de la cause génétique sous-jacente. Si de nombreuses avancées ont été réalisées ces dernières années concernant les connaissances médicales relatives au SSR, certains aspects du phénotype du SSR restent encore peu connus. Les descriptions du phénotype cognitif et psychosocial sont notamment peu nombreuses et reposent parfois sur la description de patients dont le diagnostic n’a pas été confirmé au niveau moléculaire. Cette étude poursuivait ainsi deux objectifs : étudier les caractéristiques cognitives, psychologiques et comportementales des adolescents et adultes porteurs d’un SSR (e.g., efficience intellectuelle, fonctions exécutives, estime de soi, qualité de vie) et d’autre part, d’identifier les facteurs associés à ces différentes caractéristiques (e.g., âge, anomalie moléculaire, traitements). Au total, 19 participants ayant un SSR (8 adolescents et 11 adultes) âgés de 13 à 39 ans, et 19 participants contrôles ont pris part à cette recherche. Nous présenterons les résultats du phénotype clinique, cognitif et psychosocial des participants ayant un SSR. Les résultats de notre étude montrent que les participants ayant un SSR présentent des capacités intellectuelles similaires à celles de la population générale. Des difficultés cognitives et psychologiques ont été retrouvées chez les participants ayant un SSR. Cependant, ces difficultés ne s’expriment pas de la même manière chez les adolescents et les adultes ayant un SSR. Une importante variabilité interindividuelle était observée dans le groupe d’adultes ayant un SSR dû à un défaut de méthylation du locus IGF2/H19 dans la région 11p15. Des liens entre le phénotype et le génotype des participants ont également été observés chez les adolescents : les adolescents ayant une mUPD7 semblaient présenter davantage de difficultés. Ces résultats offrent une meilleure compréhension du SSR et ouvrent des perspectives en matière de prises en charge du SSR.


Mélissa BURGEVIN (Rennes), Agnes LACROIX, Karine BOURDET, Régis COUTANT, Bruno DONADILLE, Laurence FAIVRE, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Florence PETIT, Christel THAUVIN-ROBINET, Annick TOUTAIN, Irène NETCHINE, Sylvie ODENT
15:45 - 16:45 #28087 - P097 Bilan de 2 ans de Réunions de Concertation Pluridisciplinaire nationales «Plan France Médecine Génomique 2025» pour les deux pré-indications oncogénétiques portées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer.
P097 Bilan de 2 ans de Réunions de Concertation Pluridisciplinaire nationales «Plan France Médecine Génomique 2025» pour les deux pré-indications oncogénétiques portées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer.

Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, les plateformes SeqOIA et AURAGEN proposent des séquençages très haut débit du génome dans la pratique clinique pour des indications médicales sélectionnées. Dans le domaine du cancer, deux préindications, portées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer (GGC), concernent l’oncogénétique constitutionnelle et s’adressent aux patients atteints de cancer avec des antécédents familiaux très évocateurs de prédisposition et aux patients atteints de cancers isolés sur le plan familial mais de survenue très précoce et/ou multiples.

Nous rapportons ici le bilan de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire nationale (RCP) GGC PFMG2025 créée en 2019 avec deux objectifs : en amont, sélectionner les patients éligibles à l’analyse ; en aval, discuter des résultats du séquençage du génome et de leurs conséquences en termes de prise en charge ou d’explorations secondaires. C’est aussi une RCP de recours pour d’autres préindications lors de la découverte de données incidentes constitutionnelles sur les gènes de prédisposition aux cancers.

Elle réunit, une fois par mois en visioconférence, un assistant de RCP, les représentants des deux plateformes, les correspondants du GGC, un oncogénéticien de chaque région, les biologistes interprétateurs, et les cliniciens présentant les cas. En 2 ans, 331 familles, présentées par 36 équipes de génétique, ont été discutées en RCP d’amont. Un séquençage de génome a été retenu pour 230 d’entre elles et recusé pour 65. Pour 36 familles, des analyses ou des renseignements complémentaires ont été demandés. A ce jour, 101 dossiers complets ont été reçus sur les plateformes (38 pour AURAGEN et 63 pour SeqOIA). Les résultats de 67 familles (36 cas isolés, 31 cas familiaux) ont été discutés en RCP d’aval. Seul un nouveau variant pathogène a été identifié. Pour 41 dossiers, l’analyse s'est avérée non conclusive. Enfin, pour 25 familles des explorations complémentaires ont été demandées (étude ARN, analyse tumorale...) afin de préciser l’impact des variants identifiés.

En conclusion, avec 21 RCP réalisées depuis Septembre 2019, cette RCP remplit sa mission de sélection et de discussion des dossiers en assurant un accès au séquençage très haut débit sur tout le territoire pour les pré-indications d’oncogénétique. Le faible nombre de résultats concluants peut en partie s’expliquer par notre capacité encore insuffisante à exploiter totalement les données de séquençage du génome. La perspective de progrès dans l’analyse de ces données, en particulier pour les variants structuraux, pourrait permettre de réanalyser certains dossiers. De même, la possibilité de séquencer les tumeurs des patients, en parallèle de l’analyse constitutionnelle, serait une aide indéniable à l’interprétation. Enfin, la structuration des données collectées, à visée de recherche, est un enjeu majeur pour progresser dans le domaine des prédispositions génétiques aux cancers.


Hélène DELHOMELLE (St Cloud), Noémie BASSET, Pascaline BERHET, Marie BIDART, Nadia BOUTRY KRYZA, Nelly BURNICHON, Odile CABARET, Olivier CARON, Mathias CAVAILLE, Marie-Agnès COLLONGE RAME, Carole CORSINI, Edouard COTTEREAU, Florence COULET, Capucine DELNATTE, Philippe DENIZEAU, Antoine DE PAUW, Alice FIEVET, Pascale FLANDRIN, Mathilde GAY BELLILE9, Anne-Paule GIMENEZ ROQUEPLO, Sophie GIRAUD, Lisa GOLMARD, Erell GUILLERM, Nadim HAMZAOUI, Jérôme LAMORIL, Sophie LEJEUNE, Laetitia MARISA, Christine MAUGARD, Jessica MORETTA, Isabelle MORTEMOUSQUE, Pierre NAIBO, Eric PASMANT, Stéphane PINSON, Etienne ROULEAU, Nicolas SEVENET, Fatoumata SIMAGA, Dimitri TCHERNITCHKO, Julie TINAT, Camille TLEMSANI, Nancy UHRHAMMER, Dominique VAUR, Qing WANG, Jennifer WONG, Catherine NOGUES, Chrystelle COLAS
15:45 - 16:45 #28282 - P102 Un nouveau marqueur immunohistochimique comme aide au diagnostic du syndrome de Lynch : détection de cryptes déficientes pour les protéines de la voie de réparation des mésappariements de l’ADN au sein de la muqueuse colique non tumorale.
P102 Un nouveau marqueur immunohistochimique comme aide au diagnostic du syndrome de Lynch : détection de cryptes déficientes pour les protéines de la voie de réparation des mésappariements de l’ADN au sein de la muqueuse colique non tumorale.

Le syndrome de Lynch (SL) est la forme la plus fréquente de cancer colorectal (CCR) héréditaire. Son diagnostic repose sur la détection d’un variant pathogène monoallélique germinal sur un des gènes de la voie de réparation des mésappariements de l’ADN (système MMR, MisMatch Repair). Les cancers de ces patients présentent un phénotype MSI (instabilité des microsatellites) et/ou une perte d’expression des protéines MMR (dMMR) en immunohistochimie (IHC). Quelques études suggèrent l’existence de cryptes coliques morphologiquement normales mais perdant l’expression d’une des protéines MMR chez les patients atteints de SL. Ces cryptes appelées « cryptes coliques MMR déficientes » seraient pathognomoniques du SL. Il y a toutefois peu de données dans la littérature, notamment sur leur fréquence précise et la manière optimale de les détecter. Les objectifs de ce travail ont été de (i) préciser les caractéristiques des cryptes dMMR chez des patients avec SL afin de proposer un protocole de détection optimal; (ii) rechercher si la détection de ces cryptes dMMR pourrait être un outil diagnostique intéressant dans les cas d’interprétation difficile comme les patients avec un syndrome de « Lynch-like » (SLL); ou lorsque le caractère pathogène du variant détecté est impossible à affirmer (variant de signification incertaine ou VSI). Tous les patients ont été sélectionnés rétrospectivement, en fonction du matériel disponible, parmi les patients atteints de CCR dMMR/MSI suivis en oncogénétique dans les hôpitaux APHP. Sorbonne Université. L’étude a porté sur 15 malades atteints d’un SL (5 MLH1 ; 7 MSH2 ; 3 MSH6); 7 malades atteints de SLL et 7 patients avec un VSI dans un gène MMR. Pour chaque patient, dix lames d’IHC ont été techniquées à l’aide de l’anticorps dirigé contre la protéine MMR perdue par la tumeur sur 1 ou 2 blocs de muqueuse colique normale adjacente et à distance du CCR. Pour chaque bloc, le nombre réel de cryptes dMMR a été comptabilisé et un ratio de cryptes (nombre de cryptes dMMR/nombre total de cryptes analysées) a été déterminé. Des cryptes dMMR ont été identifiées chez 80% des patients avec SL. Elles tendaient à être plus fréquentes au sein de la muqueuse à distance, et à augmenter avec l’âge. Des cryptes dMMR ont été identifiées chez 1 patient avec SLL, ainsi candidat pour une exploration moléculaire approfondie à la recherche d’une anomalie complexe. Enfin, des cryptes dMMR ont été identifiées chez 4 patients avec VSI constituant un argument supplémentaire en faveur de la pathogénicité des variants détectés. Notre étude a permis de confirmer la présence de cryptes dMMR chez 80% des patients avec SL et d’établir un protocole immunohistochimique de détection optimale de ces lésions. Par ailleurs, nos données suggèrent que cet outil s’avère pertinent dans les cas d’interprétation difficile comme les SLL ou VSI. La présence de ces lésions pourrait aider au diagnostic d’authentique SL même si elle n’aurait de valeur que positive.


Sarah BRETON (Paris), Isabelle SOURROUILLE, Noémie BASSET, Erell GUILLERM, Isabelle BROCHERIOU, Pierre BOURGOIN, Alex DUVAL, Thierry ANDRE, Martine MULERIS, Magali SVRCEK, Florence COULET
15:45 - 16:45 #28554 - P107 Modèles cellulaires d'épimutation constitutionnelle du gène MLH1 : une utilisation originale des iPSCs.
P107 Modèles cellulaires d'épimutation constitutionnelle du gène MLH1 : une utilisation originale des iPSCs.

Alors que les cellules souches pluripotentes induites (iPSCs) sont largement utilisées pour leur capacité de différenciation en tout type cellulaire, elles ne le sont que rarement pour leur capacité de méthylation de novo. C’est cette caractéristique des iPSCs que nous exploitons pour développer des modèles cellulaires d’épimutation constitutionnelle du gène MLH1 responsable de syndrome de Lynch.

Le syndrome de Lynch est un syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, en particulier du côlon, du rectum et de l’endomètre. La plupart des patients présentent un variant génétique constitutionnel d’un gène codant l’une des protéines impliquées dans la réparation des mésappariements de l’ADN (système MisMatch Repair) : MLH1, MSH2, MSH6 ou PMS2. Cependant pour certains patients, c’est une épimutation qui est responsable du phénotype. Il s’agit alors d’une hyperméthylation du promoteur du gène MLH1 ou MSH2, associée à une inactivation transcriptionnelle du gène. Nous nous intéressons plus particulièrement aux épimutations du gène MLH1, dont les mécanismes moléculaires à l’origine de la méthylation sont mal connus. Ces épimutations peuvent être primaires, correspondant à des événements épigénétiques purs labiles dans les lignées germinales, ou secondaires, c’est-à-dire associées à une altération génétique en cis transmise à la descendance sur un mode Mendélien.

La cohorte de patients porteurs d’une épimutation constitutionnelle du gène MLH1 recrutés au CHU de Lille regroupe actuellement une cinquantaine de patients (recrutement national grâce aux généticiens moléculaires et cliniques du GGC, Groupe Génétique et Cancer). Nous avons identifié, au sein de plusieurs familles de cette cohorte, de nouveaux variants génétiques qui ségrègent avec l’hyperméthylation (Leclerc et al., Genetics in Medicine 2018). Afin de démontrer le lien de causalité entre ces variants et l’hyperméthylation, nous développons des modèles cellulaires de ces épimutations à partir d’iPSCs humaines issues de fibroblastes de donneur sain, grâce à la technologie CRISPR-Cas9.

Ces modèles cellulaires permettront également (1) de caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la méthylation du promoteur du gène MLH1 ; (2) de tester de nouvelles thérapeutiques déméthylantes et des stratégies d’epigenome editing. Ces modèles seront comparés à des iPSCs issues de la reprogrammation de cellules de patients.

 

mail : julie.leclerc@chru-lille.fr ; julie.leclerc@inserm.fr



Camille LORET, Catherine VERMAUT, Lucie DELATTRE, Cathy FLAMENT, Michel CREPIN, Audrey VINCENT, Sonia PAGET, Laurent DAVID, Anne GAIGNERIE, Anne ROVELET-LECRUX, Afane BRAHIMI, Sophie LEJEUNE, Pascal PIGNY, Marie-Pierre BUISINE, Julie LECLERC (LILLE), Et Les Généticiens DU GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER
15:45 - 16:45 #28674 - P112 Développement du séquençage haut débit d’ARN messagers pour le diagnostic génétique de prédisposition aux cancers.
P112 Développement du séquençage haut débit d’ARN messagers pour le diagnostic génétique de prédisposition aux cancers.

Introduction. Avec l’évolution des technologies de séquençage haut-débit, la détection des variants par analyse de panel de gènes dans le cadre du diagnostic génétique de prédisposition aux cancers est devenue très sensible. Cependant, ces analyses sont généralement effectuées sur la séquence codante et les jonctions intron-exon au niveau de l’ADN. L’étude des ARN messagers (ARNm) peut mettre en évidence une anomalie d’épissage causée par une mutation intronique profonde, ou une quantité d’ARNm diminuée causée par un variant pathogène dans le promoteur ou autre région régulatrice de l’expression d’un gène. Nous avons évalué deux méthodes d’analyse des ARNm par séquençage haut débit, une analyse d’un panel de gènes et une analyse globale du transcriptome, sur des échantillons avec altération d’épissage déjà identifiée par séquençage Sanger.

Matériels et Méthodes. Les ARN ont été extraits de lignées lymphoblastoïdes traitées à la puromycine. L’enrichissement et la préparation des banques ont été réalisés par la méthode SureSelect XT-HS2 RNA (Agilent) sur 16 échantillons pour un panel à façon de 62 gènes, et par le kit TruSeq Stranded mRNA (Illumina) sur 8 échantillons pour le transcriptome. Le séquençage a été effectué en High Output 2x150pb sur NextSeq 500 (Illumina) et l’analyse bioinformatique avec l’outil SpliceLauncher et visualisation sur IGV. Les variants d’épissage connus étaient sur les gènes APC (n=1), ATM (n=1), BRCA1 (n=3), BRCA2 (n=5), DICER1 (n=1), MLH1 (n=2), MSH2 (n=1), PTEN (n=1), RB1 (n=2). Les anomalies étaient variées : sauts d’une partie, d’un ou de plusieurs exons, rétentions de début ou fin d’intron, exon cryptique.

Résultats. Toutes les anomalies d'épissage attendues ont pu être visualisées sur IGV avec les deux méthodes lorsque les données étaient analysables (3 échantillons du panel de gènes n’ont pas été exploitables). Cependant, la profondeur de lecture étant plus faible en analyse de transcriptome, les jonctions anormales attendues étaient supportées par moins de 100 reads pour 3 échantillons sur 8, et elles n’auraient pas été distinguées du bruit de fond sans une recherche ciblée sur ces altérations connues. SpliceLauncher a attribué une statistique significative aux jonctions anormales attendues pour 7 échantillons sur 13 pour l’analyse en panel de gènes, et 3 sur 8 pour l’analyse du transcriptome. Il rapportait avec une statistique significative en moyenne 18 évènements d'épissage anormaux par échantillon pour le panel de gènes, et 2 évènements par échantillon pour le transcriptome.

Conclusion. Une méthode de RNAseq ciblé sur les gènes d’intérêt est aujourd’hui plus adaptée à la mise en place du diagnostic génétique de prédisposition aux cancers par séquençage haut débit d’ARNm, en complément de l’analyse génomique pour les cas fortement évocateurs. L’analyse bioinformatique reste à optimiser pour une utilisation dans un cadre diagnostique.


Virginie CAUX-MONCOUTIER (Paris), Emeline ANDRÉ, Voreak SUYBENG, Camille BENOIST, Khadija ABIDALLAH, Delphine GUILLEMOT, Gaëlle PIERRON, Dominique STOPPA-LYONNET, Victor RENAULT, Lisa GOLMARD
15:45 - 16:45 #27927 - P117 Une cause génétique directe entre la protéine de fusion ETV6-RUNX1 et les mutations additionnelles responsables de l’émergence de leucémie.
P117 Une cause génétique directe entre la protéine de fusion ETV6-RUNX1 et les mutations additionnelles responsables de l’émergence de leucémie.

Background: ETV6-RUNX1 B-cell precursor leukemia (BCP-ALL) is a pediatric leukemia which emerges from a multi-hit leukemogenesis process. Schematically, two sequential genetic events occur. The first one consists in the formation of the ETV6-RUNX1 fusion gene from the t(12;21)(p13;q22) chromosomal translocation. The second event implicates abnormal high incidence of recombination events due to RAG recombinase aberrant activity (a complex composed of RAG1 and RAG2 proteins), resulting in the acquisition of secondary genetic aberrations, which leads to leukemia. Here, we questioned a putative causal and genetic direct link between those 2 events. We focused on the impact of the transcription factors ETV6-RUNX1 and RUNX1 on the upregulation of RAG1.

Methods and Results: By chromatin immunoprecipitation-sequencing, we identified two regulatory regions, a promoter at -80bp from RAG1 gene and an enhancer at -1200bp, bound by ETV6-RUNX1 and RUNX1 in human BCP-ALL patients’ pre-B blasts and pre-B cell lines. Using luciferase assays, we validated the responsiveness of these RAG1 regulatory regions to ETV6-RUNX1 and RUNX1 and determined the DNA-binding sequences of RUNX1. By CRISPR-activation assays, we determined that both chromatin regions are physiologically transcription active sites in pre-B cells and control RAG1 expression. Moreover, ETV6-RUNX1 preferentially binds the enhancer whereas RUNX1 predominantly binds the RAG1 promoter. Finally, we demonstrated that RAG1 mRNA induction caused by ETV6-RUNX1 is associated with an aberrant increase of RAG recombinase activity in pre-B lymphoblasts.

Conclusions: Our finding uncovers a genetic missing step in the multi-hit model of ETV6-RUNX1-related leukemogenesis between the ETV6-RUNX1 fusion protein, the normal RUNX1 transcription factor and RAG recombinase aberrant activity. We propose a multi-step model of ETV6-RUNX1 leukemogenesis: Step 1 consists in the ETV6-RUNX1 translocation that usually occurs in utero. In step 2, ETV6-RUNX1 and RUNX1 directly induce abnormal RAG1 expression. In step 3, a dysregulated immune response occurs during infections or inflammation. Step 4 is the cumulative action of step 2 and step 3 which results in a RAG aberrant increased activity, and generates in step 5 inappropriate genomic rearrangements that will convert the ETV6-RUNX1 preleukemic clone into overt leukemia. This finding is crucial because it genetically, functionally and causatively links two events of the multi-hit BCP-ALL leukemogenesis.


Yan JIANG, Hélène JAKOBCZYK, Lydie DEBAIZE, Benoit SOUBISE, Stéphane AVNER, Aurélien A. SÉRANDOUR, Jérémie ROUGER-GAUDICHON, Anne-Gaëlle RIO, Jason S. CARROLL, Hana RASLOVA, David GILOT, Ziling LIU, Jocelyne DEMENGEOT, Gilles SALBERT, Nathalie DOUET-GUILBERT, Laurent CORCOS, Marie-Dominique GALIBERT, Virginie GANDEMER, Marie-Bérengère TROADEC (BREST)
15:45 - 16:45 #27846 - P122 Les recommandations et actions mises en place en 2020-2021 par le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) afin de faciliter le parcours de soin génomique.
P122 Les recommandations et actions mises en place en 2020-2021 par le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) afin de faciliter le parcours de soin génomique.

En 2017, suite à un appel à projet national lancé par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre du Plan France Médecine Génomique (PFMG2025), les deux premiers laboratoires LBM-FMG, SeqOIA et AURAGEN, ont été sélectionnés par un jury international. Ils ont démarré leur activité en 2019, couvrant l’ensemble du territoire métropolitain et Outre-Mer, pour 61 préindications validées par la HAS dans le champ des maladies rares (MR), de l’oncogénétique et de la cancérologie. Le déploiement du séquençage à très haut débit (STHD) en diagnostic dans le parcours de soins des patients est un défi de taille à l’échelle nationale, impliquant des changements conséquents dans les pratiques médicales. Après une phase de structuration importante, la quasi-totalité des 61 préindications sont désormais opérationnelles.

Nous présentons les différentes recommandations et actions mises en place par le PFMG2025 au cours de ces deux dernières années pour faciliter le parcours de soin génomique.

Les recommandations concernent notamment les modalités de STHD chez les fœtus décédés, la gestion des données constitutionnelles pour les pré-indications de cancérologie, et l’organisation des circuits postanalytiques, par la mise en place pour les MR des Réunions d’Interprétation Clinico-Biologiques (RICB-FMG).

Les actions majeures sont : 

-          Un accompagnement individuel de chaque porteur de préindications

-          Une aide à la prescription par le financement en 2020 de 24 postes d’assistants de prescription pour 12 mois dans le champ des MR, par la DGOS dans le cadre du PNMR3, pour faciliter les prescriptions. Cette action est renouvelée en 2021 et étendue à la cancérologie.

-          Un projet pilote pour la création de 8 RCP-FMG-MR génomiques d’amont dans les MR. Après une phase d’évaluation, ce dispositif pourra être déployé sur l’ensemble du territoire.

-          Une aide à la constitution d’un réseau d’interprétateurs par la création d’un annuaire de 500 volontaires (exerçant dans 50 structures différentes, dont 44 établissements de santé) pour participer à l’analyse biologique des données de STHD et la mise à disposition d’une convention cadre, qui permet désormais aux LBM-FMG SeqOIA et de solliciter des praticiens extérieurs à leur GCS pour participer à l’activité d’interprétation de leurs données.

Des réflexions sont également actuellement en cours pour disposer d’un set minimum de données cliniques minimal pour assurer la qualité des prescriptions tout en évitant les saisies multiples et de la qualité des données pour leur réutilisation en recherche. Un projet d’interopérabilité entre les outils de e-prescription du PFMG2025 avec l’application BaMaRa de la BNDMR et le Dossier Communicant de Cancérologie (DCC) est ainsi en cours. La mise en place du Collecteur et Analyseur de Données (CAD) va également mener à des réflexions sur les futures modalités de réanalyse de données et de développement de nouveaux outils d’analyse dans le cadre du soins.


Franck LETHIMONNIER, Frédérique NOWAK, Christel THAUVIN (DIJON), Diane GOZLAN
15:45 - 16:45 #28398 - P127 MULTISARC, essai de médecine personnalisée et projet pilote cancer France Médecine Génomique : focus sur le circuit biologique.
P127 MULTISARC, essai de médecine personnalisée et projet pilote cancer France Médecine Génomique : focus sur le circuit biologique.

Les sarcomes des tissus mous (STM) représentent 1% des cancers de l’adulte et 15% des cancers de l’enfant. Malgré un traitement locorégional bien conduit, 40% des patients vont développer une rechute métastatique. Les options de traitement sont alors limitées et la médiane de survie chez ces patients reste faible (entre 12 et 18 mois) sans amélioration depuis les années 1970. Des travaux récents ont mis en évidence que la réalisation d’un séquençage génétique peut permettre d’identifier une altération génomique actionnable chez près de 50% des patients atteints de STM. 

L'essai MULTISARC est un essai clinique multicentrique national randomisé de médecine génomique personnalisée incluant des patients atteints de STM avancés avec deux bras : « avec séquençage » versus « pas de séquençage ». MULTISARC est un des 4 projets pilote du Plan France Médecine Génomique 2025 visant à identifier et lever les verrous technologiques qui pourraient bloquer le déploiement du diagnostic génétique dans le cadre d’un parcours de soin opérationnel et efficace. Pour répondre à l’objectif principal qui est d’évaluer la faisabilité du séquençage de l’exome et du transcriptome avec diffusion de résultats dans un délai de 7 semaines, le circuit biologique suivant a été mis en place. Les échantillons prélevés sur différents centres sont qualifiés et techniqués sur la plateforme de biologie de l’Institut Bergonié (IB) ; l’ADN et l’ARN extraits sont séquencés sur la plateforme de séquençage d’Evry ; les résultats sont traités par la plateforme bio-informatique de l’IB avec des critères précis et présentés de façon structurée aux biologistes via un outil d’aide à l’interprétation, GenVarXplorer développé à l’IB. Ce même outil permet également une présentation des variants génétiques d’intérêt diagnostique ou thérapeutique en réunion de concertation pluridisciplinaire afin de proposer un accès à des molécules ciblées dans chacun des sous-essais de MULTISARC en fonction des altérations mises en évidence.

Cet essai permettra également de déterminer si le choix des traitements guidé par le séquençage génomique est une stratégie qui améliore la survie des patients. Ainsi, grâce à un partenariat public-privé avec 4 industriels, 10 thérapies ciblées sont disponibles en monothérapie ou en combinaison dans le cadre de sous-essais de phase II dont l’objectif est d’évaluer l’efficacité de la thérapie ciblée en évaluant le taux de non-progression à 6 mois.

 

Grâce aux efforts de toutes les équipes impliquées depuis la mise en œuvre de l'étude en octobre 2019, 160 patients ont été randomisés dans les 15 centres ouverts aux inclusions dont 80 patients sont randomisés dans le bras « avec séquençage ». Les échantillons de 83 patients ont été analysés. Parmi eux, 42 ont au moins une altération « ciblable » dans le cadre de l’essai, au sein desquels 12 d’entre eux ont terminé leur première ligne de traitement et ont donc ainsi pu être inclus par la suite dans un des sous-essais de phase II.


Nathalène TRUFFAUX, Damien GENESTE, Anne BOLAND, Emmanuel KHALIFA, Robert OLASO, Aurélien BOURDON, Quentin CAVAILLE, Yec’Han LAIZET, Céline AUZANNEAU, Barbara SQUIBAN, Zuzana GERBER, Derek DINART, Carine BELLERA, Hélène ESPÉROU, Christelle DELMAS, Noémie MERCIER, Sabrina ALBERT, Ludivine POIGNIE, Cédrick WALLET, Antoine BÉNARD, Pierre LAURENT-PUIG, Simone MATHOULIN-PELISSIER, Antoine ITALIANO, Jean-François DELEUZE, Carlo LUCCHESI, Isabelle SOUBEYRAN (Bordeaux)
15:45 - 16:45 #27979 - P132 Evaluation du séquençage ciblé de l’ADN en lectures longues appliqué au diagnostic des prédispositions génétiques au cancer.
P132 Evaluation du séquençage ciblé de l’ADN en lectures longues appliqué au diagnostic des prédispositions génétiques au cancer.

Certaines situations évocatrices d’une prédisposition au cancer restent inexpliquées malgré les diagnostics moléculaires reposant sur le séquençage des régions codantes de panel de gènes. L’exploration du génome indique que persistent des facteurs génétiques fortement pénétrants pouvant expliquer la multiplicité des cancers individuels ou dans une famille. En effet, les variations structurales ou changements de copie de gènes (SV et CNV), ou bien les éléments mobiles, dans des zones régulatrices de l’expression sont autant d’évènements complexes peu accessibles par les techniques conventionnelles de séquençage. Nous avons évalué la capacité du séquençage en lectures longues après enrichissement des locus entiers d’un panel de gènes à détecter ces évènements complexes. L’ADN de témoins sélectionnés sont : 13 CNV (8 délétions, 5 duplications), 8 Indels (dont une sur un pseudogène), 1 insertion de séquence Alu (insAlu) et 2 SV potentiels. Les locus de gènes ont été enrichis deux fois avec des sondes de capture après multiplexage de 4 ou 12 échantillons. Le séquençage a été réalisé sur un Sequel II en HiFi. Les read consensus ont été générés par CCS, puis démultiplexés (Lima). Après alignement (pbmm2), l’appel des variants a été réalisé avec HaplotypeCaller (HC), DeepVariant (DP) et pbSV. Le multiplexage avant capture de 12 échantillons montre les meilleures performances avec en moyenne 15x de couverture pour un on target de 14% et une longueur de lecture de 6 350pb (min=4 250 max=14 350), un échec de séquençage (1 CNV). L’ensemble des indels sont détectées par notre analyse ainsi que l’insAlu. Parmi les CNV intragéniques, six sur sept sont identifiés par notre approche. Les CNV touchant le locus entiers (n = 2) et les CNV dont au moins une extrémité dépasse probablement le locus (n = 3), n’ont pour l’instant pu être confirmés. Sur les 2 SV potentiels, un SV est pleinement caractérisé par notre pipeline, le second présente une séquence sur l’alignement mais n’est pas appelé. Au final notre approche permet de détecter la majorité des évènements complexes et son utilisation en routine diagnostique nécessite une amélioration des performances de capture et une optimisation du pipeline bioinformatique pour intégrer des approches de comptage des lectures. Notre approche autorise l’intégration dans le séquençage des régions de régulation à distance des gènes une fois leurs annotations maitrisées afin d’améliorer encore le rendement diagnostique dans ces situations à risque de cancer.


Alexandre ATKINSON (), Nicolas GOARDON, Agathe RICOU, Sophie KRIEGER, Flavie BOULOUARD, Raphaël LEMAN, Dominique VAUR, Laurent CASTÉRA
15:45 - 16:45 #28611 - P137 Apport du séquençage haut débit de l’ARN combiné au séquençage du génome dans le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.
P137 Apport du séquençage haut débit de l’ARN combiné au séquençage du génome dans le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.

Introduction : Le séquençage du génome court fragment (GS), notamment en trio (GSt), est en passe de devenir le gold standard du diagnostic moléculaire des maladies mendéliennes associées aux troubles du neurodéveloppement (TND). En effet, le GS apporte actuellement un rendement diagnostique supplémentaire d’environ 10 % par rapport au séquençage d’exome en permettant notamment d’analyser les variations dans les régions non codantes et les variations de structure. Cependant, le défi majeur du GS reste l'interprétation clinico-biologique de ces nombreuses variations. Le RNA-sequencing (RNAseq) peut compléter le GS par une analyse quantitative et qualitative (gène de fusion par exemple) de l’ensemble des ARN, permettant d’explorer les conséquences transcriptionnelles des variations identifiées par GS, en particulier des VSI (variations de signification incertaine), avec un rendement diagnostique supplémentaire d’environ 7.5% à 36% par rapport au GS seul. Ce taux variable dépend des maladies rares explorées et du tissu utilisé.

Notre objectif était d’évaluer l’apport supplémentaire du RNAseq-solo dans le diagnostic moléculaire des TND à partir d’ADN et d’ARN sanguins.

Méthodes : Entre octobre 2018 et octobre 2019, 61 patients atteints de TND sans diagnostic moléculaire après séquençage haut débit (pannels ou exome) ont été inclus. L’analyse des données a suivi 3 stratégies distinctes : GSt, GSt+RNAseq-solo et GS-solo+RNAseq-solo. Pour chaque patient, les stratégies ont été réalisées avec une double lecture et en aveugle. Les résultats ont été discutés et comparées entre eux lors de réunion de levée d’aveugle.

Résultats : les données de RNAseq n’étant pas disponibles pour 8 patients (mauvaise qualité d’ARN ne permettant pas le séquençage), 53/61 patients (87%) ont bénéficié des 3 stratégies d’interprétation. La cause moléculaire a été identifiée chez 6/53 patients (11 %), dont 5/6 retenus par les 3 stratégies. Chez le 6ème patient, seule la stratégie GSt+RNAseq-solo a permis l'identification d'un variant intronique profond causal entrainant l’activation d’un site cryptique d’épissage et la création d’un exon cryptique. Des VSI ont été identifiées chez 21/53 patients (40%). Pour 12 SNV survenus de novo et retenus par la stratégie GSt seule, le RS-solo a exclu un effet sur l'épissage, ne donnant pas d’argument pour leur causalité.

Conclusion : Le GSt est une stratégie efficace pour résoudre les cas négatifs après ES, puisque la cause moléculaire a été identifiées dans 6/53 cas (11%). Bien que l’apport supplémentaire du RNAseq sur sang semble être faible chez les patients atteints de TND (1/53 ; 2%), il semble très utile pour l'interprétation des variations introniques (12/53 ; 23%), qui représenteraient la majorité des variations identifiées par GS.


Hana SAFRAOU (Dijon), Ange-Line BRUEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Antonio VITOBELLO, Sophie NAMBOT, Arthur SORLIN, Sébastien MOUTTON, Daphné LEHALLE, Alice GOLDENBERG, Marjolaine WILLEMS, David GENEVIEVE, Verloes ALAIN, Yline CAPRI, Marie-Line JACQUEMONT, Laëtitia LAMBERT, Elodie LACAZE, Julien THEVENON, Varoona BIZAOUI, James LESPINASSE, Sandra MERCIER, Emilie TISSERAND, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN, Frédéric TRAN MAU-THEM
15:45 - 16:45 #28088 - P142 Caractérisation phénotypique et génotypique des réarrangements chromosomiques en 1q21.1: description d’une nouvelle cohorte de 34 patients et revue de la littérature.
P142 Caractérisation phénotypique et génotypique des réarrangements chromosomiques en 1q21.1: description d’une nouvelle cohorte de 34 patients et revue de la littérature.

Les réarrangements chromosomiques en 1q21.1 sont associés à un large spectre phénotypique, allant d’un phénotype normal à une déficience intellectuelle légère à modérée avec anomalies congénitales variables et dysmorphie. Ils sont souvent hérités de parents sains et le conseil génétique est difficile.

Nous décrivons les données d’une cohorte de 34 patients avec un Copy Number Variation (CNV) en 1q21.1, comprenant 24 duplications, 8 délétions et 2 triplications et rapportons les données de 208 cas décrits dans la littérature. Les objectifs étaient d’identifier les éléments cliniques les plus souvent associés à ces déséquilibres et déterminer l’expression phénotypique chez les cas, étant donné la difficulté de prédire leur pathogénicité, comprendre leur implication dans le phénotype des patients et apporter une aide au conseil génétique et des recommandations dans le cadre du diagnostic prénatal.

La majorité des patients présentaient un retard de développement ou un retard des apprentissages et des anomalies neuropsychiatriques. Des anomalies cardiaques étaient fréquemment décrites. La dysmorphie commune entre les trois CNV comprenait un hypertélorisme, un nez bulbeux et un front proéminent. Ces CNV étaient principalement hérités de parents apparemment sains et presque la moitié était distaux, chevauchant une région minimale commune de 1,2 Mb. Des anomalies échographiques étaient observées jusque dans 25% des cas.

Nous avons précisé les conséquences de ces CNV et confirmé qu’ils sont pathogènes, malgré l’expressivité variable et la pénétrance incomplète associées. Un suivi à long terme incluant le dépistage des anomalies cardiaques et neuropsychiatriques chez tout patient nouvellement diagnostiqué est recommandé, ces atteintes étant fréquentes. Le conseil génétique dans le cadre du diagnostic prénatal doit être discuté en considérant l’impossibilité de prédire les atteintes que présentera un fœtus ni leur sévérité, mais une interruption médicale de grossesse peut se discuter en présence de facteurs de sévérité ou de mauvais pronostic.


Alexia BOURGOIS (Caen), Marion GERARD, Varoona BIZAOUI, Aline VINCENT, Joris ANDRIEUX, Cindy COLSON, Arnaud MOLIN, Nicolas GRUCHY
15:45 - 16:45 #28601 - P147 Etude des très grands CNVs hérités et de leur impact phénotypique à propos de 90 dossiers.
P147 Etude des très grands CNVs hérités et de leur impact phénotypique à propos de 90 dossiers.

Contexte : L’étude du génome en NGS améliore la connaissance des grands réarrangements génomique et les limites de résolution de l’observation des chromosomes du caryotype : nouvelles clefs pour comprendre les relations génotype phénotype . l’ACPA pour le diagnostic de la déficience intellectuelle et ou des syndromes malformatifs, identifient des variations de nombre de copie (CNVs) de taille variable : taille d’un exon à celle d’un chromosome. L’interprétation de la pathogénicité des CNVs repose sur plusieurs critères (taille, composition en gène, transmission etc) cf guides de bonne pratique en ACPA. Cependant il persiste des interrogations sur la pathogénicité de grand CNVs, type CNVs de plus de 3 Mb hérités de parents normaux. Ces doutes peuvent survenir dans un contexte d’urgence notamment le diagnostic prénatal. Il existe très peu de données dans la littérature sur des cohorte de sujets Européens proche de nos patients.

Méthode : En l’absence d’une base de données de CNVs de sujets normaux pour notre population, nous avons lancé un projet collaboratif au sein de l‘ACLF et du réseau Achropuces afin d’initier le bilan de la distribution des CNVs par taille et par chromosome observés dans les analyses réalisées depuis 2007. La 1ére étape a permis de recueillir dans nos différents centres les données des CNVs de 71357 dossiers afin d’en évaluer la distribution des taille. et la proportion globale de grand CNVs à propos et 207000 CNVs. Nous avons ensuite collecté les observation des grands CNVs Hérités.

Résultats : Durant la 1ere  phase 207000 CNVs ont été détectés. Parmis ces CNVS plus de 12 % ont une taille supérieure à 1 Mb, dont environ 56 % ont une taille entre 1 et 2 Mb, 22 % entre 2 et 3 Mb, 18,5 % plus de 3 Mb, 13 % plus de 5 Mb et 7 % ont plus de 10 Mb de taille. Durant la 2ème étape nous avons pu collecter les données des observations de 86 patients porteurs de grands CNVs de plus de 3 Mb avec 40 délétions et 44 gain respectivement, hérités d’un parent dont le phénotype est dit sain. Le mode de transmission est plus fréquemment d’origine maternel en cas de duplication. Nous allons détailler le phénotype des parents et enfants et discuter les discordances des phénotypes afin d’en trouver les causes. Une première étude a été basée sur 26 dossiers de patients avec des CNVs supérieurs à 5 Mb. Les tailles moyennes des CNVs de plus de 5 Mb sont globalement de 10,21 Mb pour les duplications et de 8,9 Mb pour les délétions. Une étude clinique et biologique des 86 familles est maintenant proposée avec de nouveaux cas associés. Toutes les paires chromosomiques sont représentées excepté les chromosomes 17 dans cette cohorte de grands CNVs. Les résultats de cette étude collaborative au sein du réseau de nos laboratoires  et de nos cliniciens sont discutés à travers les données de la littérature. 


Martine DOCO-FENZY (NANTES), Jean-Michel DUPONT, Patrick CALLIER, Chantal MISSIRIAN, Pascal CHAMBON, Nathalie DOUET-GILBERT, Paul KUENTZ, Charles COUTTON, Sylvie JAILLARD, Nicolas GRUCHY, Sylvia REDON, Olivier PICHON, Céline RICHARD, Gael VIEVILLE, Jeanne-Avril AVRIL, Lucas HÉRISSANT, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Anne-Claude TABET, Emilie LANDAIS, Jonathan LEVY, Boris KEREN, Eva PIPIRAS, Mathide PUJALTE, Marie FAOUCHER, Kamran MORADKHANI, Christele DUBOURG, Nicolas CHATRON, Caroline ROORYCK-THAMBO, Dorothée REBOUL, Matthieu HUSSENET, Guillaume JEDRASZAK, Vincent GATINOIS, Cedric LECAIGNEC, Pascale KLEINFINGER, François VIALARD, Valérie MALAN, Damien SANLAVILLE
15:45 - 16:45 #27686 - P152 Expositions aux radiations ionisantes au thorax et risque de cancer du sein chez les femmes ayant une prédisposition héréditaire au cancer du sein inexpliquée par une mutation sur BRCA1 ou BRCA2.
P152 Expositions aux radiations ionisantes au thorax et risque de cancer du sein chez les femmes ayant une prédisposition héréditaire au cancer du sein inexpliquée par une mutation sur BRCA1 ou BRCA2.

L’exposition aux radiations ionisantes reçues au cours d’examens diagnostiques est un facteur de risque de cancer du sein. Ce risque augmente avec l'augmentation des doses reçues à la poitrine et diminue quand l'âge aux expositions augmente. Cette association entre exposition aux radiations ionisantes et cancer du sein semble également varier en fonction de la présence ou non d’une prédisposition familiale au cancer du sein. En effet, une augmentation du risque associée aux radiographies pulmonaires a été montrée chez des femmes ayant une mutation sur les gènes BRCA1 ou BRCA2 (BRCA1/2) comparé aux non-porteuses. Très peu d’études sur l’effet de ces expositions chez les femmes ayant une prédisposition au cancer du sein et avec un test BRCA1/2 négatif existent.  L'effet des expositions aux radiations ionisantes dans un tel contexte est donc inconnu et son évaluation pourrait avoir un intérêt clinique.

Par conséquent, nous avons évalué l'effet de l'exposition aux radiations à faible dose chez des femmes non porteuses d’une mutation BRCA1/2 de l’étude GENESIS. Nous avons également évalué si le fait de porter un variant rare, vraisemblablement délétère, dans un gène de la réparation de l'ADN autre que BRCA1/2 modifiait l'effet de l'exposition aux radiations. Les femmes de GENESIS atteintes d’un cancer du sein ont été identifiées par les consultations d’oncogénétiques du Groupe Génétique et Cancer (Unicancer). Les témoins sont des amies ou des collègues des cas appariées sur l’année de naissance des cas à +/- 3 ans.

Nous avons comparé les radiations reçues à la poitrine de 1 552 cas de cancer du sein et 1 363 témoins. Les participantes à l’étude ont renseigné leurs antécédents d'expositions aux radiations dans un questionnaire détaillé standardisé. 74% d’entre elles ont été séquencées pour 113 gènes de la réparation de l'ADN. Des modèles de régression logistique et multinomiale ont été utilisés pour évaluer les associations avec le cancer du sein.

Avoir été exposée aux radiations ionisantes au thorax multiplie par deux le risque de cancer du sein (odds ratios (OR):2,05; 95%IC:1,55-2,73), avec une augmentation du risque de 3% par exposition (OR:1,03; 95%IC:1,01-1,04). Avoir 20 ans ou moins lors de la première exposition ou avoir été exposée avant la première grossesse menée à terme ne semble pas modifier ce risque. Etre née après 1960 (OR:2,54; 95%IC:1,63-3,98) ou être porteuse d’un variant rare dans un des gènes de la réparation de l'ADN (OR:3,31; 95%IC:2,14-5,12) modifie l'effet de l'exposition aux radiations (Phétérogénéité=0,024 et 0,0038 respectivement). Le risque associé à ces expositions est multiplié par environ 5 chez les femmes porteuses de 3 variants ou plus (OR:4,61; 95%IC:2,34-9,08) comparé aux non porteuses.

Ces résultats suggèrent que les techniques d'imagerie par rayonnements ionisants devraient être évitées autant que possible chez les femmes à haut risque de cancer du sein testées négatives pour une mutation BRCA1/2.


Maximiliano GUERRA, Juliette COIGNARD, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Noura MEBIROUK, Muriel BELOTTI, Olivier CARON, Marion GAUTHIER-VILLARS, Isabelle COUPIER, Bruno BUECHER, Alain LORTHOLARY, Jean-Pierre FRICKER, Paul GESTA, Catherine NOGUÈS, Laurence FAIVRE, Pascaline BERTHET, Elisabeth LUPORSI, Capucine DELNATTE, Valérie BONADONA, Christine MAUGARD, Pascal PUJOL, Christine LASSET, Michel LONGY, Yves-Jean BIGNON, Claude ADENIS-LAVIGNASSE, Laurence VENAT-BOUVET, Hélène DREYFUS, Laurence GLADIEFF, Isabelle MORTEMOUSQUE, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Florent SOUBRIER, Sophie GIRAUD, Sophie LEJEUNE-DUMOULIN, Jean-Marc LIMACHER, Jean CHIESA, Anne FAJAC, Anne FLOQUET, François EISINGER, Julie TINAT, Sandra FERT-FERRER, Chrystelle COLAS, Thierry FREBOURG, Francesca DAMIOLA, Laure BARJHOUX, Eve CAVACIUTI, Sylvie MAZOYER, Anne TARDIVON, Fabienne LESUEUR, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU (PARIS)
15:45 - 16:45 #27922 - P162 « Indétermination de sexe à la naissance : enjeux psychologique et éthiques ».
P162 « Indétermination de sexe à la naissance : enjeux psychologique et éthiques ».

Nous aborderons dans cette présentation, les enjeux psychologiques et éthiques de l’indétermination de sexe à la naissance.

L’essentiel de notre réflexion sera autour de l’identité : Comment (ade)venir  au monde quand on ne peut pas être pensé, nommé, prénommer ? Qu’est-ce qui détermine notre identité ? ou l’identité est-elle possible sans être sexuée ? cela nous amenera a discuter de la normalité, de l’anormalité et du pathologique. Nous aborderons enfin la notion d’autonomie avec la question du consentement libre et éclairé. Quel consentement est-il possible d’obtenir ? Celui des parents pris dans la déflagration de la découverte et l’annonce de l’intersexualité à la naissance ? Celle du bébé, futur enfant, adolescent, adulte ?  


Eva TOUSSAINT (BORDEAUX)
15:45 - 16:45 #28212 - P167 Étude sur la prise de décision en oncogénétique.
P167 Étude sur la prise de décision en oncogénétique.

Introduction: La “Shared Decision Making” (SDM) est un modèle de prise de décision partagée utilisé dans le contexte clinique, selon lequel le professionel de santé et le patient échangent activement des informations et examinent ensemble les différentes options de traitement et/ou de prévention dans le but de prendre ensuite une décision en partenariat (Gerber, et al 2014). Pour que cette démarche ait du succès, il faut que le professionel de santé crée un climat de confiance permettant au patient de s’exprimer librement. Lorsque le professionel de santé utilise des outils décisionnels, la démarche “SDM” permet au patient d’en apprendre davantage sur sa maladie, l’encourage à collaborer et l’aide à formuler ses préférences, notamment celle de s’orienter sur la réalisation d’un test génétique. Objectif: Nous avons décidé d’évaluer la “prise de décision” en oncogénétique par les patients suite à leur entrevue avec un conseiller en génétique. Nous nous proposons de comprendre quelles stratégies sont disponibles pour optimiser et améliorer la prise de décision dans les consultations en oncogénétique. Méthodologie: Nous avons réalisé un questionnaire anonymisé comprenant 17 questions sur la prise de décision, que nous avons soumis à nos patients sur une période de 2 mois. Les patients pouvaient répondre au questionnaire soit directement à l’issue de la consultation, soit le retourner par email. Résultats: 50 patients ont accepté de participer à cette étude qui a eu lieu en Suisse. Il ressort que de manière générale, la prise de décision est un acte devant être réfléchi, mais qui n’est pas forcément aisé du point de vue du patient. Nous préciserons la satisfaction du patient vis-à-vis de l’aide reçue et partagée avec le professionel de santé, les motivations qui influencent la prise de décision (composante familale, agressivité de la tumeur), et de l’impact de la culture et de la religion du patient pour la réalisation de tests génétiques. Conclusions: Bien que la démarche sur la prise de décision soit appropriée sur le plan éthique, les patients sont rarement associés à la “prise de décision” comme ils le souhaiteraient. Son application dépend avant tout de l’attitude et des compétences du professionel de santé, et des facteurs familiaux et culturels. Il est important que la démarche en “prise de décision” soit mise en œuvre avec souplesse, car les besoins des patients peuvent changer avec le temps et ils sont différents d’un patient à l’autre. 


Mohamed EL HACHMI (Paris), Francesca CATAPANO, Natacha KETTERER-HENG, Francesca MARI, Alessandra RENIERI, Michael MORRIS, Christophe CORDIER
15:45 - 16:45 #27972 - P172 Développement d’une thérapie génique par édition du génome pour un enfant porteur d’une gangliosidose à GM1 de type II.
P172 Développement d’une thérapie génique par édition du génome pour un enfant porteur d’une gangliosidose à GM1 de type II.

La gangliosidose à GM1 est une maladie de surcharge lysosomale, due à des mutations bi-alléliques inactivatrices au sein du gène GLB1, qui code pour la beta-galactosidase. Cette enzyme lysosomale permet de cliver les résidus beta-galactosyl des gangliosides à GM1 et de certains glycoconjugués. Le déficit en beta-galactosidase entraîne une accumulation intra-cellulaire de gangliosides, notamment au niveau cérébral, responsable d’une neuro-dégénérescence.  A ce jour, aucun traitement curatif ayant prouvé son efficacité n’a été approuvé dans le cadre de cette maladie. Le développement de nouvelles pistes thérapeutiques pour le traitement de cette pathologie représente donc un véritable enjeu. Quelques essais thérapeutiques sont en cours, dont un essai de thérapie génique actuellement en phase d’évaluation clinique en Europe et aux Etats-Unis, basé sur l’apport d’une copie saine exogène du gène GLB1 par vecteur AAV (FR0013233475 – LYS).

Nous rapportons ici le cas d’un enfant porteur d’une gangliosidose à GM1 de forme infantile tardive (type II), hétérozygote composite pour le gène GLB1 (GLB1/NM_000404 c.75+2dup, c.907G > A), pour lequel nous avons étudié le développement d’une toute nouvelle stratégie de thérapie génique. Cette thérapie repose sur l’édition du génome dans le but de corriger directement dans l’ADN endogène du patient les mutations génétiques responsables de la pathologie. Nous utilisons deux outils d’édition du génome de dernière génération, le « base editing » et le « prime editing », respectivement surnommés « CRISPR 2.0 » et « CRISPR 3.0 ».  En effet, le 26 juin 2021, il a été démontré qu’une autre pathologie héréditaire, l’amyloïdose à transthyrétine, pouvait être prise en charge avec succès in vivo par la technologie CRISPR (en injection intra-veineuse chez les patients), ouvrant la voie à des perspectives thérapeutiques inespérées pour les patients souffrant de maladies génétiques rares ou orphelines.

 


Delphine LECLERC, Louise GOUJON (PARIS), Léna DAMAJ, Christèle DUBOURG, Thierry LEVADE, Roseline FROISSART, Sylvie JAILLARD, Erika LAUNAY, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sylvie ODENT, David GILOT
15:45 - 16:45 #28459 - P177 Diagnostic prénatal non invasif des maladies monogéniques par exclusion de variants paternels : trois ans d'expérience clinique.
P177 Diagnostic prénatal non invasif des maladies monogéniques par exclusion de variants paternels : trois ans d'expérience clinique.

L’analyse de l’ADN fœtal libre circulant (cffDNA) est réalisée dans les laboratoires de diagnostic pour les suspicions d’aneuploïdies, de génotypage RhD et de détermination du sexe fœtal. L’application de l’étude du cffDNA au diagnostic non invasif (DPNI) des maladies monogéniques reste une exception et la plupart de ces applications se concentrent sur l’exclusion des maladies à risque de transmission paternelle. Seuls quelques laboratoires proposent le DPNI d’exclusion dans un cadre de diagnostic de routine à ce jour, mais aucun en France. Dans nos précédentes publications (1,2), nous avons décrit un protocole expérimental standardisé pour la détection qualitative non invasive de variants pathogènes paternels ou de novo par droplet digital PCR.

Depuis janvier 2017, 198 demandes de DPNI concernant 175 familles nous ont été adressées pour lesquelles 202 tests ont été réalisés. Les indications incluaient les grossesses présentant un risque de 25 ou 50 % de maladie monogénique à risque de transmission paternelle ainsi que les grossesses associées à un risque accru de maladie monogénique dû à un variant de novo, soit en raison de signes d'appel échographiques soit d'un éventuel mosaïcisme germinal parental dans le contexte d'un enfant précédemment atteint. Le temps moyen de développement de nouveaux tests était de 14 jours [7-43] entre la commande du test et la validation des contrôles qualité. Les tests ont été conçus et validés pour 57 variants dans 16 gènes différents, en plus des 24 tests développés pendant l'étude de validation (1,2). Deux demandes ont été spontanément annulées et dans un seul cas, le test ciblant le variant c.2033dup dans le gène NF1 n'a pas pu être conçu en raison d'un motif de répétition polyC. Au total, 193 résultats (98,5 % des DPNI) ont été rendu en une moyenne de 6 jours et un prélèvement invasif a pu être évité pour 119 familles. Aucun faux positif ni faux négatif n’a été rapporté.

Nous avons mis en œuvre avec succès une méthode de DPNI d'exclusion efficace, robuste, rapide et abordable de variants paternels ou de novo et proposons ce test dans notre arsenal diagnostique. Le court délai d'exécution n'a eu aucun impact sur la prise en charge conventionnelle des patients en cas de besoin. Elle a été largement adoptée par les couples et les cliniciens, l'éligibilité pouvant être étendue théoriquement à toute maladie monogénique.

(1) Gruber A, Pacault M, El Khattabi LA, Vaucouleur N, Orhant L, Bienvenu T, et al. Non-invasive prenatal diagnosis of paternally inherited disorders from maternal plasma: detection of NF1 and CFTR mutations using droplet digital PCR. Clin Chem Lab Med. 25 avril 2018 ;56(5):728–38.

(2) Orhant L, Anselem O, Fradin M, Becker PH, Beugnet C, Deburgrave N, et al. Droplet digital PCR combined with minisequencing, a new approach to analyze fetal DNA from maternal blood: application to the non-invasive prenatal diagnosis of achondroplasia. Prenat Diagn. mai 2016;36(5):397–406.


Mathilde PACAULT, Camille VEREBI (Paris), Maureen LOPEZ, Nicolas VAUCOULEUR, Lucie ORHANT, Nathalie DEBURGRAVE, France LETURCQ, Dominique VIDAUD, Emmanuelle GIRODON, Thierry BIENVENU, Juliette NECTOUX
15:45 - 16:45 #28577 - P182 CLIN-NGS et BIO-NGS, deux formations académiques de l’ANPGM répondant à l’enjeu fort de la prescription, et de l’analyse de variants issus de NGS d’exome ou de génome.
P182 CLIN-NGS et BIO-NGS, deux formations académiques de l’ANPGM répondant à l’enjeu fort de la prescription, et de l’analyse de variants issus de NGS d’exome ou de génome.

Introduction

Le séquençage à haut débit (NGS) en panels larges, exomes ou génomes entraîne la caractérisation d’un nombre croissant de variants dont il convient d’interpréter la pathogénicité en vue d’établir leur utilité clinique. L’enjeu actuel n’est plus la génération des données mais bien leur analyse, leur filtration et l’interprétation de variants sélectionnés. L’ANPGM a construit deux parcours de formation académique, CLIN-NGS à destination des cliniciens prescripteurs, et BIO-NGS, formation technique et scientifique sur l’analyse de variants issus de NGS d’exome ou de génome, à destination des biologistes et généticiens médicaux.

Méthodologie

Chaque parcours de formation est spécifique : CLIN-NGS, en e-learning, comprend 3 séquences dédiées à la juste prescription, la présentation technique et l’analyse des résultats. La formation BIO-NGS fait, elle, intervenir 30 oratrices et orateurs, impliquant 8 sociétés savantes ou groupes professionnels dont l’ANPGM mais également l’association BioInfoDiag, le réseau AchroPuce, le réseau NGS-Diag, l’ACLF (Association des Cytogénéticiens de Langue Française), le GGC (Groupe Génétique et Cancer), les filières de santé Maladies Rares et le GFCO (Groupe Francophone de Cytogénomique Oncologique). Ces deux formations sont organisées sous l’égide de la FFGH (Fédération Française de Génétique Humaine), et agréées pour le DPC (Développement Professionnel Continu) sur la base des orientations nationales prioritaires. La formation CLIN-NGS est disponible par périodes de 3 mois plusieurs fois dans l’année, tandis que pour BIO-NGS, deux sessions sont organisées chaque année (printemps-automne).

Progression pédagogique

Si CLIN-NGS, condensée en 3 heures, aborde les notions essentielles du séquençage haut débit, la formation BIO-NGS permet quant à elle sur 14h de formation de s’approprier en profondeur les subtilités du séquençage haut débit, parmi lesquelles un état des lieux des technologies, des stratégies d’analyse des données et pipelines bioinformatiques, les recommandations d’interprétation des variants, ainsi que les notions de pénétrance incomplète et de facteur de risque. La formation comprend également des ateliers pratiques simultanés d’analyse de données (exomes/génomes/RNA-Seq) illustrés par des cas cliniques, organisés par filières de maladies rares ou de dispositifs nationaux (oncogénétique, génétique tumorale).

 

Résultats

Concernant CLIN-NGS, plus de 60 cliniciens se sont formés sur 18 mois, tandis que pour BIO-NGS, en deux sessions de formation, plus de 140 professionnels ont suivi l’entièreté de la formation. Ils proviennent de l’ensemble des filières maladies rares ou cancer, et présentent l’ensemble des statuts (PUPH, MCUPH, Assistant et CCA, internes et ingénieurs). Les objectifs des formations, le profil des apprenants, les résultats des évaluations pré- et post-formation ainsi que ceux des questionnaires de satisfaction seront présentés.


Cécile ROUZIER, Marie-Pierre BUISINE, Nadège CALMELS, Morgane PLUTINO, Leclerc JULIE, Martin FIGEAC, Emilie AIT YAHYA, Jean MULLER, Olivier QUENEZ, Antony LE BECHEC, Frédéric TRAN MAU-THEM, Amélie PITON, François LECOQUIERRE, Gael NICOLAS, Eulalie LASSEAUX, Pierre BLANC, Samira SAADI, Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN, Jean-François BENOIST, Pascale RICHARD, Juliette NECTOUX, Guillaume SARRABAY, Jérôme BOULIGAND, Lisa GOLMARD, Edwige KASPER, Ludovic LACROIX, Emmanuel KHALIFA, Etienne ROULEAU, Damien VASSEUR, Nicolas SALLÉ, Jennifer CHATILLON, Claude HOUDAYER, Christophe PHILIPPE, Pascale SAUGIER-VEBER, Nicolas SEVENET (Bordeaux)
Galerie Sud
16:45

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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A27
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 05
Oncogénétique

Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Philippe DENIZEAU (Oncogénéticien) (Rennes)
16:45 - 17:00 #28446 - SS025 Premières estimations du risque de cancer gastrique diffus chez les porteurs de variants pathogènes constitutionnels du gène CTNNA1.
SS025 Premières estimations du risque de cancer gastrique diffus chez les porteurs de variants pathogènes constitutionnels du gène CTNNA1.

CDH1 est le gène le plus connu impliqué dans la prédisposition au cancer gastrique diffus héréditaire. Des variants pathogènes du gène CTNNA1 ont également été mis en évidence dans des familles répondant aux critères classiques de cette prédisposition. La prise en charge de ces familles est calquée sur celle de CDH1, cependant, jusqu'à présent, aucune estimation des risques tumoraux n'était disponible. 

L'objectif de notre travail était d'évaluer le risque de cancer gastrique diffus associé aux variants pathogènes de CTNNA1 dans un contexte de cancer de l’estomac. Les auteurs de familles publiées ont été contactés pour mettre à jour leurs données et d’autres familles CTNNA1 non publiées ont été identifiées grâce à des collaborations internationales. 

Des analyses de liaison avec la méthode du LOD-score sous différents paramètres ont été utilisées pour évaluer la coségrégation des variants de CTNNA1 avec le cancer gastrique dans 13 familles informatives. Le risque cumulé de cancer gastrique selon l'âge pour les porteurs de variants a été estimé par la méthode de vraisemblance restreinte au génotype (GRL), qui tient compte des individus non génotypés et qui corrige les biais de sélection des familles pour obtenir des estimations non biaisées. Les données d'incidence de CG dans la population générale ont été fournies par le registre épidémiologique FRANCIM. La courbe d'incidence de Kaplan-Meier et les ratios d'incidence standardisés (SIR) ont également été calculés. Une stratégie "leave-one-out" a été utilisée pour mesurer l'incertitude de ces estimations. 

Les risques cumulés de cancer gastrique diffus à 80 ans pour les porteurs de variants pathogènes de CTNNA1 sont respectivement de 49%, 57% et 77% avec les méthodes GRL Weibull, GRL Non Paramétrique et Kaplan Meier. Les risques relatifs par rapport à la population générale atteignent des valeurs particulièrement élevées aux âges précoces et diminuent avec l'âge. A 40 ans, ils sont égaux à 65, 833 et 21574 respectivement avec les méthodes GRL Weibull, GRL NP et SIR. L’estimation de l’incertitude par la méthode "leave-one-out" confirme la cohérence des estimations obtenues par la méthode GRL.

Il s'agit de la plus grande série de familles CTNNA1 qui fournit les premières estimations de risques de cancer gastrique diffus avec une méthodologie s’affranchissant des biais de sélections. Ces données sont en faveur de l'inclusion du gène CTNNA1 dans les panels diagnostiques et permettront d’étayer les discussions concernant la prise en charge des personnes porteuses des variants de ce gène.


Marie COUDERT, Youenn DROUET, Hélène DELHOMELLE, Magali SVRCEK, Patrick BENUSIGLIO, Florence COULET, Dana FARENGO CLARK, Bryson W KATONA, Liselotte P VAN HEST, Lizet VAN DER KOLK, Annemieke CATS, Jolanda M VAN DIEREN, Bita NEHORAY, Thomas THOMAS SLAVIN, Isabel SPIER, Robert HÜNEBURG, Silvana LOBO, Carla OLIVEIRA, Lise BOUSSEMART, Laure MASSON, Jean CHIESA, Mathias SCHWARTZ, Bruno BUECHER, Lisa GOLMARD, Anne Marie BOUVIER, Valérie BONADONNA, Dominique STOPPA-LYONNET, Chrystelle COLAS (PARIS)
17:00 - 17:15 #28085 - SS026 Rapport d’activité de l’Institut national du cancer sur le dispositif national d’oncogénétique : bilan 2019 – 2020 et projet sur l’évaluation du dispositif.
SS026 Rapport d’activité de l’Institut national du cancer sur le dispositif national d’oncogénétique : bilan 2019 – 2020 et projet sur l’évaluation du dispositif.

Près de 5 % des cancers diagnostiqués sont liés à des formes héréditaires de cancer. En France, le diagnostic de ces prédispositions est mis en œuvre dans le cadre du dispositif national d’oncogénétique. En 2019 (recueil de l’activité 2020 en cours), celui-ci s’organisait autour de :

- 145 sites de consultation répartis dans 101 villes sur l’ensemble du territoire (métropole et départements d’outre-mer) ;

- 25 laboratoires historiquement connus de l’Institut, en charge de la réalisation des tests génétiques prescrits au cours des consultations (ne prend pas en compte les laboratoires privés) ;

- 17 centres experts de suivi auxquels sont adressées les personnes à haut risque de cancer.

Au terme du bilan du 3ème Plan Cancer (2014-2019), des améliorations sont évidentes comme le nombre annuel de consultations qui a été multiplié par 1,5 entre 2014 et 2019 (progressant de 56 897 à 87 367), une meilleure structuration en région, la réduction globale du délai d’obtention d’un premier rendez-vous de consultation et du délai de rendu des résultats par les laboratoires, la mise en place des procédures de prise en charge accélérée pour les situations urgentes et une meilleure qualité du suivi.

Les bilans 2019 et 2020 (dont les conséquences de la crise sanitaire liées à la COVID-19) seront présentés plus en détails.

Malgré la forte augmentation de l’activité en 2019, plusieurs coordonnateurs des réseaux d’oncogénétique alertent sur les limites du système et sur le manque de moyens, en particulier humain, pour répondre à la demande croissante, avec le risque d’augmenter à nouveau les délais. En effet, la demande ne peut que continuer à croître, conséquence du développement de la médicine de précision comme par exemple les nouvelles indications pour les inhibiteurs de PARP, et de la mise en place du Plan France Médecine Génomique 2025.

Il est aujourd’hui nécessaire d’adapter le dispositif d'oncogénétique pour être en mesure :

- de maîtriser les délais d’obtention des rendez-vous de consultations et des analyses génétiques ;

- de proposer des traitements innovants aux patients porteurs d'une altération génétique constitutionnelle ;

- d’assurer l’équité d’accès et de recours pour toutes les personnes susceptibles de présenter une prédisposition héréditaire au cancer ;

- d’offrir un suivi personnalisé et approprié au niveau de risque.

Dans le cadre de la stratégie décennale, les consultations d’oncogénétique devraient bénéficier d’un financement supplémentaire. Par ailleurs, et pour répondre aux objectifs définis précédemment, l’Institut national du cancer réalise un état des lieux et une évaluation du dispositif (consultation et suivi). L’Institut souhaite émettre des préconisations pour améliorer le dispositif, tant sur l’organisation que sur un éventuel modèle de financement plus adaptés aux évolutions récentes et attendus du parcours en oncogénétique. Ces recommandations permettront d’appuyer nos échanges ultérieurs avec la DGOS.


Sophie DEVEAUX (Boulogne), Sophie LE RICOUSSE, Alain EYCHENE
17:15 - 17:30 #28125 - SS027 Le Groupe Génétique et Cancer actualise les recommandations françaises concernant les panels de gènes analysés dans les recherches de prédispositions héréditaires au cancer du sein ou de l’ovaire.
SS027 Le Groupe Génétique et Cancer actualise les recommandations françaises concernant les panels de gènes analysés dans les recherches de prédispositions héréditaires au cancer du sein ou de l’ovaire.

Contexte

En 2018, le Groupe Génétique et Cancer GGC (UNICANCER) a publié les recommandations françaises pour l’analyse de 13 gènes identifiés dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein ou de l’ovaire et reconnus d’utilité clinique : BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, CDH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM. Les variants constitutionnels pathogènes (VCP) de ces 13 gènes sont associés à un risque de cancer du sein ou de l’ovaire au moins 4 fois supérieur au risque de la population générale, permettant de proposer une prise en charge clinique spécifique en termes de dépistage et de prévention, ainsi que des tests génétiques pré symptomatiques dans les familles. Il a alors été recommandé de poursuivre des études d’épidémiologie génétique afin d’estimer plus précisément les risques de cancer associés à un ensemble de gènes, retenus ou non dans le panel GGC en 2018, et de réaliser une veille bibliographique compte tenu de la rapidité d'évolution des connaissances.

Méthodologie

En 2021, un groupe de travail composé de membres du GGC a entrepris une analyse critique des articles publiés durant les 5 dernières années et en particulier les publications sur des populations non sélectionnées, c’est-à-dire non enrichies en cancers familiaux ou en cancers de survenue précoce.

Résultats

Il sera présenté l’analyse bibliographique réalisée par ce groupe de travail et l’actualisation des données concernant notamment les risques de cancers du sein associés aux VCP des gènes RAD51C, RAD51D, ATM, ainsi que sur les risques de cancers de l’ovaire associés aux VCP du gène PALB2.

 

Perspectives

Grâce à ce travail qui se poursuit sur d’autres gènes d’intérêt (CHEK2 entre autres), les recommandations du GGC de dépistage, de prévention et de conseil génétique dans les familles seront actualisées. Dans la continuité, compte-tenu de la multiplicité des publications sur les scores de risques polygéniques de ces 5 dernières années, une attention et réflexion particulières seront fournies en 2022 pour évaluer la pertinence clinique d’intégrer ces scores à la pratique en génétique oncologique. Par ailleurs, des groupes de travail vont se poursuivre concernant les panels de gènes de prédispositions à d’autres cancers, tels que les cancers du pancréas et du rein.


Jessica MORETTA (Marseille), Capucine DELNATTE, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Virginie BUBIEN, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Chrystelle COLAS, Carole CORSINI, Antoine DE PAUW, Sophie DUSSART, Christine LASSET, Elisabeth LUPORSI, Christine M MAUGARD, Nadine ANDRIEU, Catherine NOGUÈS
17:30 - 17:45 #28438 - SS028 Reclassification de patients avec syndrome Lynch-like grâce à l’étude des ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 par RNAseq ciblé.
SS028 Reclassification de patients avec syndrome Lynch-like grâce à l’étude des ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 par RNAseq ciblé.

Introduction. Le syndrome de Lynch (SL) prédispose principalement au cancer du côlon et de l’endomètre. Il est lié à la présence d’un variant pathogène constitutionnel monoallélique des gènes MLH1, MSH2, MSH6 ou PMS2, impliqués dans la réparation des mésappariements de l’ADN (MMR, MisMatch Repair). Le phénotype tumoral est caractérisé par une instabilité des microsatellites (MSI) et une perte d’expression d’au moins une des quatre protéines MMR. Certains patients présentent ce phénotype mais n’ont pas de variant pathogène constitutionnel identifié, ni d’explication tumorale retrouvée ; on parle alors de syndrome Lynch-like (SLL). L’objectif de cette étude est de rechercher des altérations des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 par l’analyse des ARN messagers (ARNm) chez des patients présentant un SLL.

Méthodes. L’étude pilote porte sur 12 échantillons de 8 patients présentant un SLL et au moins un antécédent familial de cancer du spectre du SL. Les ARNm sont extraits de sang total sur tube Paxgene, de lignée lymphoblastoïde traitée à la puromycine (p+) et/ou de tumeur congelée. Les analyses sont réalisées par séquençage haut débit d’un panel de gènes comprenant MLH1, MSH2 et MSH6, avec enrichissement SureSelect XT-HS2 (Agilent), séquençage sur NextSeq 500 (Illumina) et analyse bioinformatique par SpliceLauncher.

Résultats. Des anomalies d’épissage sont détectées chez 3 patients sur 8 : 1) chez un patient atteint à 28 ans d’un cancer colorectal MSI avec perte de MSH2/MSH6, il a été observé un saut hors phase de l’exon 11 de MSH2 sur sang total et lignée p+. L’évènement causal identifié ultérieurement sur ADN constitutionnel est une insertion de séquence Alu dans l’exon 11 de MSH2. Il s’agit donc d’un SL ; 2) chez une patiente atteinte à 64 ans d’un cancer de l’endomètre MSI avec perte de MSH2/MSH6, il a été observé, sur lignée p+ et tumeur, le variant MSH2 c.2635-26T>C, prédit comme abolissant le site de branchement de l’intron 15. Le nombre de lectures supportant la jonction entre les exons 15 et 16 est très réduit mais l’altération de l’ARNm reste à caractériser. Il pourrait s’agir d’un SL si ce variant constitutionnel est classé pathogène. Elle est également porteuse au niveau tumoral du variant MSH2 c.1662-2A>G qui provoque un saut hors phase de l’exon 11 de MSH2 ; 3) chez une patiente atteinte à 39 ans d’un cancer du côlon MSI avec perte de MSH2/MSH6, deux variants ont été identifiés exclusivement sur sa tumeur, signant son caractère sporadique. Il s’agit du variant MSH2 c.641-1G>T qui provoque l’insertion en phase de 24 et 27 nucléotides de l’intron 3, et du variant MSH2 c.792G>C qui provoque l’insertion hors phase de 38 nucléotides de l’intron 4.

Conclusion. Le RNAseq ciblé permet d’améliorer le diagnostic génétique de SL et d’identifier des causes de SLL. La mise en évidence de ces altérations permet de guider la prise en charge des patients et de leurs apparentés. Cette analyse peut facilement être implémentée dans les laboratoires diagnostiques.


Amélie Sirine HALOUI, Voreak SUYBENG (Paris), Virginie MONCOUTIER, Camille BENOIST, Khadija ABIDALLAH, Yoël DAGAN, Noémie BASSET, Florence COULET, Marion DHOOGE, Béatrice PARFAIT, Philippe LAFITTE, Victor RENAULT, Antoine DE PAUW, Dominique STOPPA-LYONNET, Bruno BUECHER, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD
17:45 - 18:00 #28539 - SS029 Optimisation du diagnostic moléculaire des formes sporadiques de polypose adénomateuse par une stratégie d’analyse simultanée constitutionnelle et somatique.
SS029 Optimisation du diagnostic moléculaire des formes sporadiques de polypose adénomateuse par une stratégie d’analyse simultanée constitutionnelle et somatique.

Les variations constitutionnelles du gène APC sont responsables de la polypose adénomateuse familiale (PAF) de transmission autosomique dominante et de sévérité variable (10 à > 1000 adénomes). Environ 20 % des variations du gène APC surviennent de novo durant l’embryogénèse, correspondant à des mosaïques présentes à des taux variables selon les tissus étudiés posant le problème de leur détection dans le sang. Or, l’identification des patients porteurs de mosaïque APC est cruciale pour adapter leur prise en charge clinique et codifier la surveillance dans leur famille.

Nous avons constitué une série consécutive de 44 patients atteints de PAF sporadique, classique ou atténuée, inexpliquée. Grâce à une étroite collaboration avec le laboratoire d’anatomie pathologique, nous avons collecté des prélèvements coliques (adénome ou tissu sain) que nous avons séquencés en panel NGS. La présence d’une variation en mosaïque a été confirmée lorsqu’elle était retrouvée dans au moins 2 tissus coliques distincts (adénomes distants ou adénome/tissu sain). 

Sur les 44 patients analysés, 11 nécessitent des explorations complémentaires sur un tissu distinct. A ce jour, nous avons pu objectiver la présence d’une variation en mosaïque chez 5 patients sur 33. La fraction allélique observée pour ces variations au niveau somatique est comprise entre 12 et 35 %. La ré-analyse ciblée des données de séquençage NGS du prélèvement sanguin montre la présence de la variation à un très faible taux (1.2% et < 1 %) dans 2 cas seulement, malgré des profondeurs de lectures supérieures à 1300X. Cette fraction allélique est probablement sous le seuil de détection des variations utilisé en routine diagnostique pour la détection des variations constitutionnelles. La sévérité du phénotype de ces 5 patients est variable, avec un nombre d’adénomes compris entre 17 et 100, associés à un adénocarcinome dans 2 cas et un âge au diagnostic allant de 23 à 65 ans.

Notre étude, explorant la plus grande série rapportée de patients analysés au niveau constitutionnel et somatique, permet d’identifier 15 % de variations en mosaïque du gène APC parmi les cas sporadiques de PAF inexpliquée. Ce résultat est en accord avec les données de la littérature indiquant un taux de mosaïques d’environ 20 %. La détection de ces mosaïques permet donc d’adapter la prise en charge clinique des patients, de rassurer la fratrie dont le risque de cancer colorectal rejoint celui de la population générale et d’offrir des tests génétiques limité à la descendance. Enfin, en raison de la faible représentativité des variations en mosaïque d’APC dans le sang, nous proposons désormais, en première intention, cette stratégie d’analyse simultanée constitutionnelle et somatique, afin d’optimiser le diagnostic moléculaire des formes de PAF sporadiques.


Edwige KASPER (ROUEN), Nathalie PARODI, Maud BRANCHAUD, Jacques MAUILLON, Jacqueline BOU, Emilie BOUVIGNIES, Gwendoline LIENARD, Sandrine MANASE, Stéphanie VASSEUR, Tristan VIAL, Sophie COUTANT, Jean-Christophe SABOURIN, Aude LAMY, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT
18:00 - 18:15 #28102 - SS030 Performance des scores de risque polygéniques pour prédire le risque de cancer du sein des femmes de la population française d'ascendance européenne présentant une prédisposition familiale.
SS030 Performance des scores de risque polygéniques pour prédire le risque de cancer du sein des femmes de la population française d'ascendance européenne présentant une prédisposition familiale.

Contexte. Trois scores de risque polygéniques (ou « PRS », pour Polygenic Risk Scores), construits à partir des génotypes de 77, 179 et 313 polymorphismes nucléotidiques (SNPs) ont été développés et validés chez les femmes d'ascendance européenne par le consortium « Breast Cancer Association » (BCAC) pour prédire le risque de cancer du sein dans la population générale. Seulement, l’effet de certains SNPs est hétérogène d’une population à l’autre et pourrait générer des différences dans la performance de ces PRS. Nous avons donc estimé le risque associé à ces PRS ainsi que leur performance dans la prédiction du risque de cancer du sein chez les femmes de la population française d’ascendance européenne présentant ou non une prédisposition familiale à la maladie. Ainsi des porteuses d'un variant pathogène (VP) sur BRCA1BRCA2 ou d’un autre gène de prédisposition au cancer du sein et des non-porteuses ont été étudiées.

Méthodes. Les analyses ont porté sur 1015 cas de cancers du sein invasifs et 996 témoins de l'étude en population générale CECILE, 1257 cas de cancers du sein familiaux sans VP connu de BRCA1 ou BRCA2 et 1266 témoins de l'étude GENESIS, ainsi que 1522 porteuses d’un VP de BRCA1 et 1117 porteuses d’un VP de BRCA2 de l'étude GEMO. Toutes les participantes ont été génotypées avec les puces iCOGS ou OncoArray et les génotypes manquants ont été imputés. Les PRS ont été construits en utilisant les log Odds Ratios (ORs) publiés par le BCAC. L’association de ces PRS avec le cancer du sein a été estimée en utilisant des modèles de régression logistique dans CECILE et GENESIS et des modèles de Cox dans GEMO, leurs performances ont été calculées par l’aire sous la courbe de ROC (AUC).

Résultats. Les trois PRS sont associés au cancer du sein dans les trois études, avec des ORs par écart-type variant de 1,7 à 2,0 dans CECILE et GENESIS, et des Hazard Ratios (HRs) par écart-type variant de 1,2 à 1,3 dans GEMO. Alors que les valeurs prédictives des PRS179 et PRS313 sont similaires dans GENESIS et proches de celle du PRS313 estimée dans la population du BCAC (AUC = 0,70), ces PRS sont moins performants pour les porteuses d’un VP de BRCA2 (AUC=0,60 pour PRS313) et non prédictifs chez les porteuses d’un VP de BRCA1 (AUC=0,54 pour PRS313).

De plus, dans GENESIS, parmi les femmes porteuses d’un variant perte de fonction ou d’un variant faux-sens probablement délétère sur les gènes ATMCHEK2 ou PALB2, celles ayant un PRS313 dans le tertile le plus élevé ont un risque 4,6 fois plus élevé (IC 95% : 2,1-10,1) de développer un cancer du sein que celles ayant un PRS313 dans le tertile moyen.

Perspectives. Des analyses sont en cours pour évaluer la performance de PRS specifiques aux tumeurs exprimant ou non les récepteurs d’œstrogènes dans les trois études. Ces travaux permettront de mieux stratifier les risques des femmes de la population française et mieux adapter les recommandations de dépistage et de prévention.


Yue JIAO (Paris), Thérèse TRUONG, Noura MEBIROUK, Sandrine M. CAPUTO, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Mojgan KARIMI, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Juliette COIGNARD, Edith LE FLOCH, Claire DANDINE-ROULLAND, Delphine BACQ-DAIAN, Robert OLASO, Anne BOLAND-AUGÉ, Jean-François DELEUZE, Pascal GUÉNEL, Groupe GEMO, Groupe GENESIS, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
Grand Auditorium

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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D27
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 08
Neurogénétique

Modérateurs : Alexandra DURR (PUPH) (Paris), Audrey RIOU (Neurologue) (RENNES)
16:45 - 17:00 #28369 - SS043 Le séquençage du génome permet-il de comprendre l’hétérogénéité clinique de patients porteurs de mutations dans le gène SHANK3 ?
SS043 Le séquençage du génome permet-il de comprendre l’hétérogénéité clinique de patients porteurs de mutations dans le gène SHANK3 ?

Les troubles du spectre autistique (TSA) font partie des troubles du neurodéveloppement (TND) et sont caractérisés par une altération des interactions sociales, la présence de comportements répétitifs et d’intérêts restreints. L’origine des TSA est multifactorielle avec une forte composante génétique et plus de 200 gènes ont été significativement associés à l’autisme. 

SHANK3 code une protéine d'échafaudage de la synapse glutamatergique et des mutations de novo affectant SHANK3 sont retrouvées chez environ 0,7% des patients avec TSA et jusqu’à 2% lorsque des déficiences intellectuelles (DI) sont associées. SHANK3 est également fréquemment délété chez les patients avec une délétion terminale du 22q13 et avec syndrome de Phelan-McDermid (PMS). Les patients qui sont haploinsuffisants pour SHANK3 présentent généralement les signes cliniques suivants: un retard développemental, un langage appauvri voire absent, une hypotonie, une déficience intellectuelle ainsi qu’un risque de développer des crises d’épilepsies et/ou un autisme chez respectivement 60% et 80% des patients.

Afin d’identifier les variants génétiques contribuant aux différences phénotypiques des patients SHANK3, nous avons selectionné 65 patients porteurs de SNV, indels ou CNV affectant SHANK3 et effectué un séquençage complet de leur génome (ainsi que celui de leur parents et frères et sœurs lorsque leur ADN était disponible). Nous avons également collecté pour tous ces patients SHANK3 un large set de données cliniques.

Nous vous présenterons le profil clinique et génétique de ces patients. En particulier nous fournirons une description précise des variants de novo et hérités identifiés. Par comparaison avec le profil génétique de patients avec TSA sans mutations SHANK3, nous déterminerons si les patients porteurs de mutations dans SHANK3 accumulent des mutations qui pourraient expliquer les différentes atteintes cliniques. L’analyse des mutations de novo montre d’ores et déjà la présence de variants additionnels dans des gènes associés aux TND et considérés comme délétères. L’ensemble de ces résultats génétiques et l’analyse fine des corrélations phénotypiques/génétiques seront également exposés.


Aline VITRAC, Aline VITRAC (PARIS), Claire LEBLOND, Myriam RACHID, Anna MARUANI, Freddy CLIQUET, Alexandre MATHIEU, Frédérique AMSELLEM, Réseau ACHROPUCE, Jonathan LEVY, Yline CAPRI, Laurence PERRIN, Séverine DRUNAT, David GERMANAUD, Nathalie COUQUE, Céline DUPONT, Lyse RUAUD, Alain VERLOES, Richard DELORME, Anne Claude TABET, Thomas BOURGERON
17:00 - 17:15 #28002 - SS044 L'ataxie spinocérébelleuse de type 25 (SCA25) expliquée par des variants pathogéniques du gène PNPT1 : la fin d’une longue histoire ?
SS044 L'ataxie spinocérébelleuse de type 25 (SCA25) expliquée par des variants pathogéniques du gène PNPT1 : la fin d’une longue histoire ?

Les formes dominantes d’ataxies spinocérébelleuses (ASC) sont caractérisées par une hétérogénéité génétique importante. A ce jour, 48 loci associés au ASC sont décrits, certains sans gène responsable identifié, comme le locus SCA25. Ce locus a été identifié pour la première fois par notre équipe et publié en 2004 suite à une analyse de liaison génétique issue de l’étude d’une grande famille. Les patients de cette famille souffrent principalement d’ataxie et de neuropathie sensitive, avec une sévérité très variable. A l’époque aucun gène candidat n’avait pu être défini.

Plus récemment, des analyses NGS (whole exome, whole genome et RNA-Seq) effectuées au sein de cette famille française ainsi que dans une seconde grande famille australienne dont la maladie était elle aussi liée au même locus, ont permis de mettre en évidence le gène PNPT1 comme gène candidat commun entre les deux familles. Les variants identifiés dans ces deux familles altèrent l’épissage, introduisant un décalage du cadre de lecture débutant au même acide aminé du domaine protéique S1 de liaison aux ARN de la protéine PNPase, codée par le gène PNPT1. Une troisième variation introduisant un codon Stop prématuré dans le même domaine protéique S1 a également pu être détectée chez un patient présentant des signes cliniques similaires. Dans un second temps nous avons montré sur des fibroblastes de patients que ces variants induisaient une baisse nette d’expression protéique, avec la présence de protéines tronquées également produites en très faible quantité.

Un des rôles de la protéine PNPase est notamment de prévenir l’accumulation anormale d’ARN mitochondriaux double-brin dans la mitochondrie, et de limiter ainsi leur fuite dans le cytoplasme. Cette accumulation cytoplasmique est à la base d’une réponse interféron de type 1 exacerbée et délétère dans les formes récessives de mutations PNPT1, comme observée dans d’autres interféronopathies. Une signature transcriptionnelle témoignant d’une réponse interféron de type 1 anormalement élevée chez les hétérozygotes atteints d'ASC a ainsi pu être détectée dans le sang (lymphocytes), contrairement à un porteur sain, et aux individus non porteurs utilisés comme contrôles. Ces résultats suggèrent que l’effet délétère des variants hétérozygotes de PNPT1, via l’accumulation d’ARN mitochondriaux double-brin, va résulter en une réponse interféron de type 1 exacerbée qui pourrait être à la base du développement de la maladie.

La résolution du locus SCA25, presque 20 ans après la description initiale, permet donc d’établir un lien entre la physiologie des ARN mitochondriaux, les interféronopathies de type 1, et certaines formes dominantes d’ataxies spinocérébelleuses.


Mathieu BARBIER (Paris), Melanie BAHLO, Alessandra PENNISI, Maxime JACOUPY, Claire EWENCZYK, Kayli DAVIES, Patricia LINO-COULON, Claire COLACE, Haloom RAFEHI, Nicolas AUGER, Brendan ANSELL, Katherine HOWELL, David AMOR, Emeline MUNDWILLER, Lena GUILLOT-NOËL, Elsdon STOREY, Mckinlay GARDNER, Mathew WALLIS, Alfredo BRUSCO, Olga CORTI, Agnès RÖTIG, Richard LEVENTER, Alexis BRICE, Martin DELATYCKI, Giovanni STEVANIN, Paul LOCKHART, Alexandra DURR
17:15 - 17:30 #28003 - SS045 Spectres cliniques et génétiques d’une série de 1550 patients atteints de paraplégie spastique héréditaire explorés par panel de gènes : description de la plus grande série mondiale.
SS045 Spectres cliniques et génétiques d’une série de 1550 patients atteints de paraplégie spastique héréditaire explorés par panel de gènes : description de la plus grande série mondiale.

Les paraplégies spastiques héréditaires (PSH) sont des maladies neurologiques rares, phénotypiquement et génétiquement hétérogènes, avec une prévalence estimée à 5/100 000 hab. en Europe. Ces pathologies se caractérisent principalement par la présence d’un syndrome pyramidal progressif et d’une spasticité des membres inférieurs dans les formes « pures », les formes « complexes » étant associées à un ou plusieurs signes neurologiques ou extra-neurologiques. En plus d’une grande hétérogénéité clinique, les PSH sont également caractérisées par une diversité des modes de transmission (autosomique dominant ou récessif, lié à l’X, mitochondrial) et des gènes impliqués. A ce jour, des mutations ont été décrites dans plus d’une soixantaine de gènes.

 

Depuis plusieurs années, nous utilisons en routine diagnostique un panel de 65 gènes (puis 72 gènes depuis peu). Plus de 1500 cas index ont pu être explorés dans le cadre d’un diagnostic moléculaire de PSH, ce qui en fait la plus grande série mondiale de patients décrite à ce jour. Pour 30% des patients explorés, il a été possible d’identifier le gène responsable de la pathologie. Les gènes SPAST et SPG7 sont les gènes les plus fréquemment impliqués, touchant respectivement 142 (9.2%) et 75 (4.8%) patients. KIF1A, ATL1, SPG11 et KIF5A représentent chacun plus de 1% des cas. Au total, nous avons identifiés 661 variants (382 variants uniques), 30 d’entre eux s’avérant des variants structuraux (CNV).

 

Cette grande cohorte nous a permis d'obtenir une vue d'ensemble des spectres cliniques et génétiques des paraplégies spastiques héréditaires en pratique clinique. En raison de la grande variabilité phénotypique, il n'existe pas de signe assez spécifique permettant de prédire le gène impliqué, mais certaines associations de symptômes ont été retrouvées liées à des sous-types particuliers. Enfin, nous avons confirmé l'efficacité diagnostique d'un panel de séquençage ciblé comme test génétique de première ligne dans les PSH. Elle apparait ainsi comme une stratégie pertinente pour identifier des variants dans les gènes impliqués les plus rares et pour détecter des CNV via une analyse basée sur la couverture, détection qui s’avère pour l’instant moins efficace dans les données d'exome. Cette détection s’avère cruciale car ces CNV représentent une proportion importante des variants pathogènes dans les paraplégies spastiques héréditaires (jusqu'à 7% des patients), notamment pour SPAST, SPG11 et REEP1. Enfin, dans un sous-ensemble de 45 cas index négatifs avec notre panel, un séquençage de l'exome a permis d'atteindre un rendement diagnostique théorique de 54% en focalisant l’analyse sur les gènes impliqués dans des maladies héréditaires humaines. Nous proposons donc une stratégie diagnostique en deux étapes combinant l'utilisation d'un panel de gènes suivi du séquençage de l'exome ou le génome entier dans les cas négatifs. L’approche exome / génome permet dans un second temps l’identification de nouveaux gènes potentiels.


Guillaume BANNEAU (TOULOUSE), Jean-Loup MÉREAUX, Mélanie PAPIN, Giulia COARELLI, Rémi WALTER, Laure RAYMOND, Bophara KOL, Olivier ARISTE, Livia PARODI, Laurène TISSIER, Mathilde MAIREY, Samia AIT SAID, Célia GAUTIER, Marine GUILLAUD-BATAILLE, THE FRENCH SPATAX CLINICAL NETWORK, Sylvie FORLANI, Pierre DE LA GRANGE, Alexis BRICE, Giovanni VAZZA, Alexandra DURR, Eric LEGUERN, Giovanni STEVANIN
17:30 - 17:45 #28151 - SS046 Conséquences développementales du déficit autophagique par mutations d’ATG7 chez l’homme.
SS046 Conséquences développementales du déficit autophagique par mutations d’ATG7 chez l’homme.

L’autophagie est un mécanisme majeur de dégradation intracellulaire des cellules eucaryotes. Le KO systémique des gènes centraux de l’autophagie (ATG) chez la souris entraine une mortalité embryonnaire ou périnatale, et les modèles conditionnels présentent des signes de neuro-dégénérescence. Une altération de l’autophagie a été associée à un large spectre de maladies multifactorielles chez l’homme, mais les formes héréditaires sont rares. Nous avons identifié 12 patients de 5 familles avec mutations récessives d’ATG7, un gène majeur indispensable pour la voie classique de l’autophagie dégradative, et un tableau complexe d’atteinte neuro-développementale. Les patients présentent une atrophie du cervelet et de la partie postérieure du corps calleux, ainsi que différents degrés de dysmorphie faciale. Les patients survivent jusqu’à l’âge adulte, malgré l’altération du flux autophagique résultant de la diminution ou de l’absence de la protéine ATG7. Bien que la séquestration autophagique était significativement diminuée, une activité basale résiduelle a été clairement identifiée dans les fibroblastes et muscle squelettique déficients en protéine ATG7. En conclusion, cette étude montre que l’absence ou la diminution drastique d’ATG7, une enzyme effectrice essentielle de l’autophagie, est compatible avec la survie dans un contexte d’atteinte neuro-développementale, et ce en l’absence de paralogue fonctionnel connu.


Jack J COLLIER, Claire GUISSART, Monika OLÁHOVÁ, Souphatta SASORITH, Florence PIRON-PRUNIER, Fumi SUOMI, David ZHANG, Nuria MARTINEZ-LOPEZ, Nicolas LEBOUCQ, Angela BAHR, Silvia AZZARELLO-BURRI, Selina REICH, Ludger SCHÖLS, Tuomo M POLVIKOSKI, Pierre MEYER, Lise LARRIEU, Andrew M SCHAEFER, Hessa S ALSAIF, Suad ALYAMANI, Stephan ZUCHNER, Inês A BARBOSA, Charu DESHPANDE, Angela PYLE, Anita RAUCH, Matthis SYNOFZIK, Fowzan S ALKURAYA, François RIVIER, Mina RYTEN, Robert MCFARLAND, Agnès DELAHODDE, Thomas G MCWILLIAMS, Michel KOENIG (Montpellier), Robert W TAYLOR
17:45 - 18:00 #28504 - SS047 Utilisation d’une technologie basée sur les ultrasons pour optimiser le traitement par thérapie génique du cerveau des souris modèles du syndrome de Rett.
SS047 Utilisation d’une technologie basée sur les ultrasons pour optimiser le traitement par thérapie génique du cerveau des souris modèles du syndrome de Rett.

Le syndrome de Rett (RTT) est une pathologie neurologique sévère et progressive touchant les femmes et causée par des mutations du gène MECP2. La preuve de la réversibilité des symptômes chez un modèle murin indique l’importance du développement de stratégies thérapeutiques avec le gène MECP2. En effet, la thérapie génique utilisant un vecteur permettant l’expression de MECP2 pourrait être bénéfique aux patientes RTT.

Ces dernières années, beaucoup de progrès ont été réalisés pour la thérapie génique ciblant le système nerveux central (SNC), en partie grâce à l’utilisation d’AAV9 qui ont la capacité de franchir la BHE et d’infecter les cellules du cerveau après une administration intraveineuse. Notre équipe a précédemment montré que l’administration intraveineuse d’un AAV9-Mecp2 permet des effets thérapeutiques discrets avec cependant une récupération totale des symptômes respiratoires des animaux modèles. La faible transduction de l’AAV dans le cerveau (6 à 20% des cellules en fonction des structures) explique les effets bénéfiques limités. De plus, nous avons observé des effets secondaires importants chez les souris femelles modèles du RTT avec une hépatotoxicité menant parfois au décès de l’animal. La présence de la barrière hémato-encéphalique (BHE), limite la transduction des AAVs dans le cerveau. Cette barrière induit la concentration des vecteurs thérapeutiques en périphérie ce qui mène à une captation massive des vecteurs par le foie et donc des effets secondaires toxiques. Il est donc important de trouver de nouvelles solutions alternatives pour améliorer l’accès au cerveau du matériel thérapeutique. L’utilisation d’ultrasons focalisés (FUS) couplée à l’injection intraveineuse de microbulles (MB) est connue depuis plusieurs années pour permettre l’ouverture temporaire de la BHE. L’apport de cette technologie sur l’optimisation de la thérapie génique visant le cerveau entier n’avait pas encore été étudiée. Nous avons démontré que l’utilisation des FUS couplé à l’injection intraveineuse de MB permet d’augmenter de façon homogène et importante la transduction des AAV9 dans le cerveau des souris injectées par voie intraveineuse. L’absence d’effets secondaires à court et à long-termes rend la technologie sûre et en fait un réel atout. Nos premiers résultats en utilisant cette nouvelle technologie couplée à l’administration intraveineuse d’un AAV9-Mecp2, chez des souris mâles modèles du RTT, nous montrent une amélioration importante de la survie des animaux traités avec un maintien de leur poids. Les évaluations fonctionnelles sont en cours d’analyse. Cette technique représente un espoir important pour le traitement des maladies neurologiques par thérapie génique, comme le RTT, en augmentant la disponibilité du matériel thérapeutique dans l’entièreté du cerveau. Nous espérons que cette technologie permettra aussi la diminution de la circulation des AAVs dans les organes périphériques et donc la limitation des effets secondaires.

 


Marie-Solenne FELIX (), Emilie BORLOZ, Khaled METWALLY, Valerie MATAGNE, Ambre DAUBA, Yann EHINGER, Benoit LARRAT, Laurent VILLARD, Anthony NOVELL, Serge MENSAH, Jean-Christophe ROUX
18:00 - 18:15 #28603 - SS048 10 ans d’ACPA sur indication d’épilepsie aux Hospices Civils de Lyon - Rendement diagnostique, CNV retrouvés et stratégie à l’ère du séquençage du génome.
SS048 10 ans d’ACPA sur indication d’épilepsie aux Hospices Civils de Lyon - Rendement diagnostique, CNV retrouvés et stratégie à l’ère du séquençage du génome.

Les investigations génétiques dans les épilepsies ont connu plusieurs révolutions successives dont du début des années 2010 avec l’avènement de l’ACPA. Le séquençage du génome de plus en plus accessible est certainement la prochaine étape. Dans le cadre du PFMG2025, le séquençage de génome est aujourd’hui réservé aux épilepsies débutant avant 2 ans. La possibilité de détecter les CNV par cette approche nous a poussé à quantifier l’apport diagnostique de l’ACPA dans un contexte d’épilepsie depuis son démarrage dans cette indication aux Hospices Civils de Lyon (HCL) en 2011 pour envisager la future stratégie diagnostique.

 

Dans cette étude rétrospective, nous avons repris l’ensemble des données des ACPA postnatales, réalisées entre 2011 et 2021 aux HCL, chez des patients dont les informations cliniques de la prescription mentionnaient une épilepsie isolée ou syndromique. Sur toute la période considérée une puce 180k (Agilent Technologies, AMADID : 022060) a été utilisée.

Nous avons analysé les CNV identifiés chez ces patients pour calculer le rendement diagnostique (avant et après réinterprétation avec les recommandations actuelles), caractériser les CNV retrouvés (nombre de copie, taille, contenu génique) et le risque de données incidentes. L’évaluation du contenu génique est basée sur les 139 gènes du Panel d’Analyse des Gènes d’Épilepsie Monogénique (PAGEM) v5, utilisé entre autres par notre laboratoire.

 

À date de ce résumé, sur 8786 ACPA réalisées en postnatal aux HCL sur la période de l’étude, 892 l’ont été chez des patients présentant une épilepsie. Parmi ces patients, 12.6 % (112) sont porteurs d’un ou plusieurs des 131 CNV interprétés comme probablement pathogènes ou pathogènes.  Parmi ces CNV, 94 sont des pertes et 37 des gains. Deux tiers (67 %) de ces CNV (probablement) pathogènes dépassent 1 Mb, 16 % sont compris entre 400 kb et 1 Mb et 16.8 % ont une taille < 400 kb. Cinquante-quatre (41%) CNV couvrent au moins partiellement un gène du PAGEM V5. Cela correspond à 46 patients (41%) pour lesquels le PAGEM serait susceptible de réaliser un diagnostic au moins partiel. Sur les 139 gènes du PAGEM v5, 46 (33%) sont représentés ≥ 1 fois dans les CNV retrouvés. Neuf diagnostics « incidentaux » ont été réalisés (8% des patients avec diagnostic). En excluant les données incidentes, le rendement après réinterprétation est de 8,6 % (77 patients).

 

Notre étude met en évidence l’importance de l’implication des CNV dans cette indication très hétérogène. Notre rendement diagnostique est cohérent avec celui décrit dans la littérature (5-13%, (1). Nous présenterons les données complètes des CNV identifiés, notamment leur contenu génique. Ainsi, en attendant que le génome soit aussi accessible en termes de coût et délai de rendu, l’ACPA reste pertinente en cas d’épilepsie syndromique. En ajoutant au PAGEM des captures de régions génomiques au niveau des CNV récurrents, cette nouvelle version du PAGEM sera encore plus efficiente pour les épilepsies isolées.


Evan GOUY (Lyon), Nicolas CHATRON, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Gaétan LESCA
Carré

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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B27
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 06
Syndromes malformatifs

Modérateurs : Philippe LOGET (fœtopathologie) (Rennes), Aude TESSIER (Médecin génétique) (GOSSELIES, Belgique)
16:45 - 17:00 #27954 - SS031 Apport d'une stratégie par séquençage d'un panel de gènes dans le diagnostic des retards de croissance à début intra utérin et syndromes de croissance excessive.
SS031 Apport d'une stratégie par séquençage d'un panel de gènes dans le diagnostic des retards de croissance à début intra utérin et syndromes de croissance excessive.

Les syndromes de croissance excessive et les syndromes associés aux retards de croissance intra utérins (RCIU) représentent des entités hétérogènes de causes diverses, parmi lesquelles des anomalies génétiques, cytogénétiques ou épigénétiques. Les syndromes de Silver Russell (SRS) et de Beckwith Wiedemann (BWS) sont principalement dus à des anomalies de régions soumises à empreinte dans la région 11p15 (SRS, BWS) ou des chromosomes 7 ou 14 (SRS). L'analyse de la méthylation de ces régions est normale dans environ 40% des cas. Des diagnostics moléculaires alternatifs ont été identifiés plus récemment. De même certains syndromes proches cliniquement peuvent être difficile à distinguer. 

Méthode: nous avons développé un panel de gènes associés aux syndromes avec RCIU (avec ou sans relative macrocéphalie) et proches du SRS (29 gènes) ou associés aux syndromes proches du BWS (11 gènes). Nous présentons les résultats des analyses pour les 189 premiers patients analysés (116 RCIU, 73 croissance excessive, sans anomalie de méthylation de 11p15 (SRS, BWS), ou des chromosomes 7 (SRS) et 14q32 (SRS)). Le plus souvent, il s'agissait de patients adressés pour suspicion clinique de syndrome de Silver Russell ou de Beckwith Wiedemann, et dans des cas plus rares pour RCIU avec suspicion d'anomalie de l'axe GH/IGF1.

Résultats: 22 variants de classe 4 ou 5 et 5 CNV ont été identifiés dans 11 gènes chez les 116 patients RCIU, permettant d'identifier un mécanisme moléculaire pour 25 patients, soit un rendement de 21.6%. Pour les 73 patients avec croissance excessive, 5 variants de classe 4 ou 5 ont été identifiés dans 3 gènes, permettant d'identifier un mécanisme moléculaire pour 4.1% des cas. Pour 15 patients avec RCIU (12.9%) et 4 patients avec croissance excessive (5.5%), l'étude de la ségrégation familiale de variants de classe 3 (le plus souvent un variant à l'état hétérozygote dans un gène associé à une pathologie de transmission autosomique dominante) est en cours afin de préciser le caractère bénin ou possiblement pathogène du variant. 

Conclusion: même si les anomalies épigénétiques ou disomies uniparentales représentent le mécanisme moléculaire le plus fréquent en cas de diagnostic clinique de SRS ou BWS, un grand nombre de patients restent sans diagnostic moléculaire à l'issue des études de méthylation. L'étude par séquençage de nouvelle génération d'un panel de gènes dessiné à façon permet d'augmenter le taux de positivité des tests moléculaires diagnostiques, en particulier pour les patients avec suspicion clinique initiale de SRS. 


Frédéric BRIOUDE (Paris), Aurélie PHAM, Marilyne LE JULE FERNANDES, Irene NETCHINE
17:00 - 17:15 #28600 - SS032 Étude clinique et génétique du syndrome de williams : a propos de 60 patients tunisiens.
SS032 Étude clinique et génétique du syndrome de williams : a propos de 60 patients tunisiens.

introduction

Le syndrome de Williams est une anomalie génétique rare. Son incidence est estimée à 1/20000 naissances vivantes. C’est une maladie multisystémique associant une dysmorphie faciale caractéristique, une déficience intellectuelle et un syndrome polymalformatif.

Méthodes :

Nous avons mené une étude descriptive et rétrospective portant sur 60 patients suivis pour syndrome de Williams au Service des Maladies Congénitales et Héréditaires à l’hôpital Charles Nicolle de Tunis colligés sur une période de 15 ans (allant de janvier 2005 à décembre 2019).

Résultats :

L’âge moyen des patients à la première consultation était de 4,4 ans. Le Sex-ratio était de 1,8. Le délai moyen entre la première consultation en génétique et le diagnostic clinique était de 6 mois. Un retard global des acquisitions psychomotrices et une déficience intellectuelle ont été retrouvés dans 100 % des cas. Les troubles du comportement étaient retrouvés dans 82 % des cas. Une dysmorphie faciale typique a été retrouvée dans 100 % des cas. Le bilan du syndrome polymalformatif a été réalisé chez la majorité de nos patients. Les malformations cardiaques étaient retrouvées dans 70 % des cas avec une prédominance de la sténose pulmonaire (37 %). Les autres atteintes étaient à type d’anomalies orthopédiques (83 %), ORL (67 %), ophtalmologiques (37 %), digestives (37%), endocriniennes (24 %) et rénales (9 %). Une prise en charge orthophonique, motrice et psychologique a été réalisée dans respectivement 63 %, 35 % et 20 % des cas. Seulement 28% des patients avaient un suivi ≥ 3 ans.  Le syndrome de Williams était en rapport avec une microdélétion en 7q11.23 détectée par FISH chez 59 patients et une délétion de la région 7q11.23 visible sur le caryotype chez un patient. La FISH des parents, réalisée chez 53 couples, était normale dans tous les cas. Toutes les familles ont bénéficié d’un conseil génétique. 5/60 couples (8 %) ont eu un diagnostic prénatal (DPN) sans récurrence de la maladie.

Conclusion :

La majorité des données épidémiologiques, cliniques et génétiques de notre population sont similaires aux autres populations. La prise en charge médicale et paramédicale ainsi que le suivi de nos patients étaient insuffisants. La mise en place d’un centre pluridisciplinaire pour les enfants atteints de syndrome de Williams est nécessaire afin de leur faciliter l’accès aux soins et améliorer leur qualité de vie.


Sana GABTENI, Ridha MRAD, Lilia KRAOUA, Ines OUARTENI, Rim MEDDEB, Cyrine ADHOUM, Dhekra ISMAIL (Paris), Faouzi MAAZOUL, Mediha TRABELSI
17:15 - 17:30 #28500 - SS033 Apport de l’examen foetopathologique dans les IMG du 1er trimestre de la grossesse.
SS033 Apport de l’examen foetopathologique dans les IMG du 1er trimestre de la grossesse.

Les progrès de l’échographie au 1er trimestre de la grossesse permettent de mettre en évidence des anomalies fœtales de plus en plus précocement. Lorsqu’une interruption médicale de grossesse (IMG) est demandée à ce terme par le couple, un accouchement par voie basse ou une aspiration sont possibles. En l’absence d’anomalie à l’ACPA (analyse chromosomique par puce à ADN) l’examen foetopathologique (EFP) complet après une voie basse modifie le conseil génétique dans 65 % des cas. Des analyses moléculaires par séquençage à haut débit peuvent être proposées dès lors qu’un EFP est réalisé. L’objectif de notre travail est d’étudier l’apport de l’EFP au premier trimestre et l’apport du séquençage à haut débit au décours de cet examen.

 

Cette étude rétrospective réalisée à l’hôpital Necker Enfants Malades de janvier 2017 à Décembre 2020 inclut 96 fœtus avec au moins une anomalie morphologique décelée au 1er trimestre de la grossesse, dont 9 récidives avec diagnostic moléculaire pour 2 cas index. L’EFP confirme les anomalies échographiques dans 46,5% des cas, révèle au moins une anomalie majeure supplémentaire dans 36,4% des cas, et au moins une anomalie mineure dans 12,5% des cas. Dans 4,6% des cas (n=4) l’EFP n’objective pas l’anomalie échographique initiale.

 

Dans la majorité des cas, les résultats de l’ACPA ne sont pas disponibles au moment de l’autopsie. Ils montrent 10 aneuploïdies, 4 micro-délétions expliquant le phénotype et 5 variations de signification inconnue sans lien avec le phénotype. Ainsi un diagnostic génétique a été apporté par l’ACPA dans 14,5% des cas.

 

Parmi les 73 cas sporadiques avec une ACPA sans déséquilibre génomique, l’EFP a permis de donner un conseil génétique rassurant dans 34 cas (48%, anomalies isolées à faible risque de récidive). L’EFP a permis de conclure à une association malformative fréquente avec un faible risque pour les grossesses ultérieures dans 10 cas (13,5%) et à une cause placentaire dans 9 cas (12%). Un cas de syndrome polymalformatif est imputable à une cause tératogène. Dans 19 cas (25%), il est proposé des investigations génétiques complémentaires par séquençage haut débit. Deux couples n’ont pas souhaité d’explorations. Les résultats des 13 premiers cas explorés sont conclusifs pour 5 (38%) d’entre eux et une variation de signification inconnue a été pointée dans un gène candidat.

 

Parmi les 9 cas de récidives, l’examen fœtopathologie confirme le diagnostic prénatal de 2 cas (FRAS1 et POLR1D). Pour les 7 autres cas sans diagnostic initial, l’EFP précise le phénotype fœtal et l’analyse par séquençage haut débit est conclusive pour 4 d’entre eux (45%). Une variation de signification inconnue dans un gène candidat est identifiée dans deux cas.  

 

L’examen foetopathologique au 1er trimestre permet de rectifier le phénotype dans plus de 50% des cas et est indispensable pour conforter les résultats des analyses génétiques (retrophénotypage).


Nathalie ROUX (Paris), Giulia PETRILLI, Bettina BESSIÈRES, Houria SALHI, Emmanuel SPAGGIARI, Sarah GROTTO, Clemence MOLAC, Aurélie COUSSEMENT, Marie Paule BEAUJARD, Yves VILLE, Philippe ROTH, Olivia ANSELEM, Vassilis TSATSARIS, Virginie SAILLOUR, Tania ATTIE-BITACH, Laurence LOEUILLET
17:30 - 17:45 #28647 - SS034 Phénotype foetal de la dysostose mandibulofaciale de type Guion-Almeida, à propos de 13 cas .
SS034 Phénotype foetal de la dysostose mandibulofaciale de type Guion-Almeida, à propos de 13 cas .

La dysostose mandibulofaciale de Guion-Almeida, aussi connue sous le nom de dysostose mandibulofaciale avec microcéphalie (Mandibulofacial dysostosis, Guion-Almeida type ; MFDGA ; MIM 610536) est un syndrome de transmission autosomique dominante, à forte pénétrance, lié à une haploinsuffisance du gène EFTUD2 (17q21.31). Il code une enzyme GTPase entrant dans la composition d’une ribonucleoprotéine participant au complexe du spliceosome qui a pour rôle de médier l’épissage des introns. Une anomalie dans le gène EFTUD2 entraîne donc indirectement une dysfonction du traitement des ARN messagers. Il s’agit le plus souvent de variations de novo (mutations faux sens ou non sens voire larges délétions).

Ce syndrome a été décrit pour la première fois par Guion-Almeida et al. en 2006. Il associe microcéphalie, dysmorphie faciale et anomalies céphaliques secondaires à un défaut de développement des premier et deuxième arcs branchiaux à type d’hypoplasie malaire et mandibulaire, d’anomalies de l’oreille externe et moyenne, de fente palatine ou encore d’atrésie des choanes.  A ces anomalies du pôle céphalique peuvent s’ajouter des anomalies des extrémités, des cardiopathies ou une atrésie de l’œsophage. 

Sur la soixantaine d’individus atteints décrits dans la littérature, une extrême minorité concerne des cas fœtaux. Nous rapportons dans cette étude 13 foetus atteints de MFDGA confirmé sur le plan moléculaire afin de préciser les malformations fœtales et d’en améliorer le diagnostic lors de l’examen foetopathologique et du dépistage échographique.

Nous confirmons et précisons les anomalies précédemment rapportées en post-natal, notamment la microcéphalie ainsi que la dysmorphie faciale avec, pour notre cohorte, 6 cas (92 %) des malformations du pavillon de l’oreille et 10 (77 %) avec des oreilles bas implantées, 8 (65 %) avec appendices prétragiens, 11 (85 %) avec micrognathie et/ou rétrognathie, 5 (39 %) avec des fentes palatines, 7 (54 %) avec hypoplasie de l’arc zygomatique et autant avec anomalies des yeux (hypertélorisme, obliquité des fentes palpébrales). Nous retrouvons également 6 cas (46%) avec atrésie de l’oesophage et fistule oeso-trachéale ainsi que 4 cas avec anomalies cardiaques.

Nous mettons également l’accent sur certaines malformations à priori moins fréquentes (la présence d’un cou court pour la moitié des cas étudiés, des anomalies au niveau des orteils et des malformations des organes génitaux pour un tiers de nos cas), et enfin nous précisons des anomalies cérébrales observées lors de l’examen neuropathologique, ces données n’étant habituellement pas disponibles.


Adélie PERROT (Rennes), Philippe LOGET, Olivia ANSELEM, Claire BENETEAU, Frédéric BILAN, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Marie GONZALES, Fabien GUIMIOT, Khaoula KHACHNAOUI-ZAAFRANE, Jelena-Hélène MARTINOVIC, Clémence MOLAC, Sophie PATRIER-SALLEBERT, Aude TESSIER, Houria SALHI, Radka STOEVA, Alexandre VASILJEVIC, Géraldine VIOT, Tania ATTIÉ-BITACH, Chloé QUÉLIN
17:45 - 18:00 #27844 - SS035 Understanding the new BRD4-related syndrome: clinical and genomic delineation with an international cohort study.
SS035 Understanding the new BRD4-related syndrome: clinical and genomic delineation with an international cohort study.

INTRODUCTION. To date, only three patients have been described in the literature with BRD4 point variants. They share a characteristic common phenotype suggesting a new syndrome. Recently, the BRD4 protein has been shown to closely interact with NIPBL, well known for its role in loading the cohesin complex onto DNA and required for cohesin-mediated loop extrusion and topologically associating domains (TADs) formation. Pathogenic variants in this complex have been associated with a growing number of syndromes, collectively known as cohesinopathies, the most classic being Cornelia de Lange syndrome. However, no cohort study has been conducted to delineate the clinical and molecular spectrum of the new cohesinopathy associated with BRD4. METHODS. To characterize this novel syndrome, we formed an international collaborative study, and collected fourteen new patients, including two fetuses. Six patients had 19p13.12 deletions encompassing BRD4, and eight patients had BRD4 point variants, including four protein-truncating variants and four missense variants. We performed phenotype and genotype analysis, integrating prenatal findings from fetopathological examinations, phenotypes of pediatric patients and adults. RESULTS. We report the first cohort of patients with BRD4-related disorder, and explore the molecular mechanisms through which BRD4 haploinsufficiency is associated with a Cornelia de Lange-like condition. By integrating prenatal findings from fetopathological examinations, phenotypes of pediatric patients and adults, we describe the specific evolution of dysmorphic features during the different stages of life. This work extends the phenotypic spectrum of cohesinopathies and characterize a new clinically relevant and recognizable pattern, distinguishable from the other cohesinopathies.


Guillaume JOURET (Dudelange, Luxembourg, Luxembourg), Solveig HEIDE, Arthur SORLIN, Laurence FAIVRE, Sandrine CHANTOT-BASTARAUD, Claire BENETEAU, Marie DENIS-MUSQUER, Peter D. TURNPENNY, Charles COUTTON, G. VIEVILLE, Julien THEVENON, Austin LARSON, Florence PETIT, Elise BOUDRY, Thomas SMOL, Chiara FALLERINI, Francesca MARI, Caterina LO RIZZO, Alessandra RENIERI, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Frederic TRAN MAU-THEM, Isabelle MAYSTADT, Thomas COURTIN, Boris KEREN, Linda MOUTHON, Perrine CHARLES, Silvestre CUINAT, Bertrand ISIDOR, Philippe THEIS, Christian MÜLLER, Marizela KULISIC, Emmanuel SCLALAIS, Barbara KLINK
18:00 - 18:15 #28434 - SS036 Les duplications du gène OTX2 : nouvelle cause récurrente du spectre oculo-auriculo-vertébral (OAVS).
SS036 Les duplications du gène OTX2 : nouvelle cause récurrente du spectre oculo-auriculo-vertébral (OAVS).

Le spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS) est la deuxième cause la plus fréquente de malformation de la tête et du cou chez l'enfant après les fentes orofaciales. Il existe une importante variabilité du phénotype décrit dans la littérature et même s'il n'y a pas de consensus à l’heure actuelle, la microtie ou la microsomie hémifaciale associée à de légères malformations de l'oreille telles que les chondromes auriculaires, les sinus et les kystes prétragiens ont été suggérées comme critères minimaux de diagnostic. Diverses anomalies génétiques ont été impliquées dans l'OAVS, impliquant fréquemment des variations du nombre de copies. Des duplications impliquant le gène OTX2 ont été décrites chez quelques patients, mais ces grandes duplications impliquaient de nombreux autres gènes, la cohorte restait limitée et aucune preuve fonctionnelle n'a été apportée. Ainsi, le lien entre la duplication du gène OTX2 et l'OAVS reste à prouver à ce jour.

Dans cette étude, nous décrivons 5 cas index et 3 parents affectés par l'OAVS et porteurs d'une microduplication 14q22.3 identifiée par une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA). Les caractéristiques cliniques ont été recueillies dans différents centres médicaux européens de France, de Suède et du Royaume-Uni par les cliniciens qui ont reçu les patients. Nous avons également étudié la surexpression du gène dans le modèle poisson zèbre.

Nous avons défini une région commune minimale (RCM) de 406 kb qui emporte uniquement le gène OTX2 dans sa globalité. Des malformations de la tête et du cou avec une prédominance d'anomalies de l'oreille étaient présentes chez 100% des patients. La variabilité de l'expressivité était importante, allant de simples chondromes à une microtie sévère, y compris entre les cas intrafamiliaux. Nos résultats indiquent que la duplication d’OTX2 conduit à une surexpression protéique qui est responsable de malformations des premier et deuxième arcs branchiaux au sein du large spectre oculo-auriculo-vertébral. La surexpression hétérologue de OTX2 dans les embryons de poisson zèbre démontre des effets importants sur le développement précoce avec des altérations du développement cranio-facial. Ce travail permet donc de corréler la duplication du gène OTX2 a une entité phénotypique de l’OAVS décrite par des malformations auriculaires de sévérité variable.


Tristan CELSE (Réunion, Réunion), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Klaus DIETERICH, Caroline ROORYCK-THAMBO, Charles COUTTON
Nef

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SESSIONS SIMULTANEES 07
Génétique chromosomique constitutionnelle, troubles de la reproduction

Modérateurs : Charles COUTTON (PUPH) (Grenoble), Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (NANTES), Sylvie JAILLARD (PU-PH) (Rennes)
16:45 - 17:00 #28464 - SS037 Les mutations de ZMYND12 sont responsables d’infertilité masculine et de défauts flagellaires chez le Trypanosome, la souris et l’homme.
SS037 Les mutations de ZMYND12 sont responsables d’infertilité masculine et de défauts flagellaires chez le Trypanosome, la souris et l’homme.

L’infertilité masculine regroupe de nombreux phénotypes en lien avec des défauts quantitatifs ou qualitatifs de la spermatogénèse affectant la production et/ou la fonction normale des spermatozoïdes. Le spermatozoïde est une cellule hautement spécialisée composé d’un flagelle indispensable à sa mobilité dans le tractus génital féminin. La fonction flagellaire est critique pour le spermatozoïde et tout défaut de cette organelle entraine irrémédiablement une infertilité. Le phénotype d’anomalies morphologiques multiples du flagelle (MMAF) est un phénotype spécifique entrainant une infertilité due à une absence de mobilité et des défauts morphologiques sévères (asthéno-tératozoospermie). Bien que plusieurs causes génétiques aient été déjà identifiées, la moitié des cas reste encore inexpliquée.

L’analyse exomique d’une large cohorte de 167 patients MMAF nous a permis d’identifier 3 patients avec des mutations tronquantes (2 stop et 1 délétion exonique) dans le gène ZMYND12 dont la fonction était inconnue. Un patient supplémentaire avec une mutation pathogène de ZMYND12 issu d’une cohorte chinoise indépendante de patients MMAF a aussi été inclus. Les analyses par immunofluorescence (IF) avec un anticorps anti-ZMYND12 ont montré un marquage spécifique au niveau du flagelle sur des spermatozoïdes contrôles et une disparition complète du signal chez les patients mutés. Des IF complémentaires ont révélé la disparition d’autres protéines axonémales et notamment des protéines du complexe calmodulin-associated and spoke-associated complex (CSC) mais aussi de la protéine TTC29 impliquée dans le transport intra-flagellaire (IFT). Pour valider l’implication de ce gène dans le phénotype, des souris inactivées pour le gène Zmynd12 ont été produites par CRISPR/Cas9. Les souris males Zmynd12-/- sont infertiles et présentent des spermatozoïdes avec des anomalies similaires à celles observées chez nos patients MMAF mutés. L’étude de l’orthologue de ZMYND12 chez le Trypanosome (TbTAX1) a confirmé la localisation axonémale de la protéine. De plus, l’inactivation de TbTAX1 par RNAi entraine des défauts majeurs de mobilité flagellaire identiques à ceux observés chez l’homme. Enfin, l’analyse de coupes testiculaires humaines par IF ont mis en évidence un signal de la protéine ZMYND12 dans les cellules de Sertoli suggérant une fonction de la protéine autre que purement flagellaire durant la spermatogénèse.

Au final, nous avons pu mettre en évidence pour la première fois des mutations pathogènes dans le gène ZMYND12 chez 4 patients infertiles avec un phénotype MMAF et confirmer son rôle critique dans la fonction flagellaire chez différentes espèces. La localisation flagellaire et testiculaire ainsi que les potentiels interactions avec des protéines du CSC et de l’IFT ouvrent des hypothèses intéressantes pour élucider la fonction de la protéine ZMYND12 dans la biogénèse du flagelle du spermatozoïde et la spermatogénèse.


Julie BEUROIS (Grenoble), Guillaume MARTINEZ, Caroline CAZIN, Zine-Eddine KHERRAF, Raoudha ZOUARI, Amir AMIRI-YEKTA, Nicolas THIERRY-MIEG, Aminata TOURÉ, Christophe ARNOULT, Mélanie BONHIVERS, Pierre RAY, Charles COUTTON
17:00 - 17:15 #28488 - SS038 Valeur diagnostique et pronostique du séquençage exomique dans la prise en charge de l’azoospermie non-obstructive.
SS038 Valeur diagnostique et pronostique du séquençage exomique dans la prise en charge de l’azoospermie non-obstructive.

L'azoospermie non obstructive (ANO), définie par l’absence totale de spermatozoïdes dans l’éjaculat liée à une altération de la spermatogenèse, est une cause fréquente et sévère d'infertilité masculine. Dans certains cas, l’extraction de spermatozoïdes testiculaires est possible et offre au couple une chance de conception intra-conjugale par fécondation in vitro assistée par micro-injection intra-ovocytaire de ces spermatozoïdes. Cependant, en l’absence de facteurs prédictifs, les chances de succès de la biopsie testiculaire sont imprévisibles et de nombreuses chirurgies sont réalisées inutilement. Comme l’ANO repose sur une base génétique solide et très hétérogène, l’identification de nouvelles causes génétiques et la caractérisation de la physiopathologie associée permettraient d’établir une corrélation génotype-phénotype et de prédire les chances de succès d’extraction de spermatozoïdes testiculaires. Dans cette étude, nous avons recruté une cohorte de 96 sujets infertiles atteints d’ANO idiopathique. Tous les sujets avaient bénéficié d’une biopsie testiculaire à visée thérapeutique et d’une étude histologique pour caractériser l’anomalie spermatogénique responsable du phénotype spermatique (aplasie germinale, blocage de la maturation ou hypospermatogenèse). Un séquençage exomique a été réalisé pour l’ensemble des sujets de la cohorte. L'analyse bioinformatique a été limitée à un panel de 151 gènes sélectionnés comme gènes causaux ou candidats connus pour l’ANO. Seuls les variants homozygotes ou hémizygotes hautement délétères ont été retenus comme candidats. Une cause génétique probable a été identifiée dans 16 gènes chez un total de 22 sujets (23%). Sept gènes n'avaient pas été décrits auparavant chez l'homme (DDX25, HENMT1, HFM1, MCMDC2, MSH5, REC8, TDRKH) et 9 avaient déjà été rapportés dans la littérature (C14orf39, DMC1, FANCM, GCNA, MCM8, MEIOB, PDHA2, TDRD9, TERB1). Il est intéressant de noter que 7 sujets présentaient des défauts dans des gènes codants pour des protéines importantes pour le maintien de la stabilité génomique des cellules germinales, 12 dans des gènes de la méiose et trois dans des gènes impliqués dans la maturation post-méiotique. Comme attendu, tous les sujets présentant des défauts dans des gènes méiotiques ont subi un échec d’extraction de spermatozoïdes testiculaires. Dans cette cohorte, le séquençage exomique a donc permis d’obtenir un diagnostic pour 23% des patients analysés. Dans plus de la moitié des cas, un pronostic défavorable fiable de l’extraction spermatique était obtenu, qui pourrait permettre d’éviter un certain nombre de gestes chirurgicaux.


Zine-Eddine KHERRAF (Grenoble), Caroline CAZIN, Charles COUTTON, Nicolas THIERRY-MIEG, Amine BOUKER, Raoudha ZOUARI, Pierre RAY
17:15 - 17:30 #28484 - SS039 Les variants bi-alleliques de BRME1 sont responsables d’arrêt méiotique complet de la spermatogenèse chez l’homme.
SS039 Les variants bi-alleliques de BRME1 sont responsables d’arrêt méiotique complet de la spermatogenèse chez l’homme.

La protéine BRME1 (break repair meiotic recombinase recruitment factor 1) a été décrite très récemment comme étant un facteur important  dans le processus de recombinaison homologues pendant la méiose des cellules germinales testiculaires. Les souris mâles déficientes en BRME1 sont infertiles et présentent une azoospermie liée à un blocage méiotique de la spermatogenèse. Dans cette étude, nous avons étudié par séquençage exomique une cohorte de patients  infertiles présentant une azoospermie non-obstructive (ANO) idiopathique et non syndromique. L’analyse bio-informatique des données d’exome nous a permis d’identifier un variant homozygote dans l’exon 6/8 du gène BRME1 (c.1498C>T ; p.Gln500Ter) chez un sujet issu de parents consanguins et présentant un arrêt méiotique de la spermatogenèse. Le variant identifié est un variant rare (fréquence allélique <1% dans gnomAD), absent de notre  cohorte locale de sujets contrôles (n=445). Après avoir vérifié la présence de ce variant à l’état homozygote par séquençage Sanger, nous avons utilisé la technique CRISPR/Cas9 pour induire une délétion frameshift dans l’exon 6/8 de l’orthologue murin mimant ainsi le variant identifié chez notre patient. Après avoir produit une lignée stable, nous avons montré par RT-PCR et séquençage Sanger que les souris homozygotes produisent un transcrit unique codant pour une protéine tronquée et dépourvue de son domaine C-terminal. L’analyse phénotypique des souris mâles homozygotes adultes a confirmé que celles-ci étaient infertiles et présentaient une azoospermie liée à un arrêt méiotique. Ces résultats confirment donc le caractère délétère du variant BRME1 identifié par séquençage exomique et l’importance du domaine C-terminal de la protéine. Il s’agit ici du premier rapport montrant l’implication de ce gène dans l’infertilité masculine et l’ANO chez l’homme. Comme le phénotype testiculaire associé est homogène, les chances de récupération des spermatozoïdes par biopsie testiculaire sont quasi-nulles, contre-indiquant ainsi cette procédure chez les futurs patients présentant des variants BRME1 bi-alleliques perte de fonction.


Caroline CAZIN (Grenoble), Raoudha ZOUARI, Corinne LOEUILLET, Christophe ARNOULT, Serge NEF, Pierre RAY, Zine-Eddine KHERRAF
17:30 - 17:45 #28107 - SS040 Implication de voies moléculaires communes dans les insuffisances ovariennes prématurées et les azoospermies non obstructives.
SS040 Implication de voies moléculaires communes dans les insuffisances ovariennes prématurées et les azoospermies non obstructives.

L’infertilité se définit comme l’impossibilité de concevoir une grossesse après 12 mois de rapports sexuels réguliers non protégés. Elle est principalement due à un défaut qualitatif ou quantitatif des gamètes. Chez les femmes, une origine ovarienne est observée dans 35% des cas d’infertilité ; une des causes majeures est l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP). Plusieurs mécanismes ont été proposés pour expliquer l’insuffisance ovarienne : une formation anormale du stock folliculaire ou sa déplétion accélérée, une augmentation de l’atrésie folliculaire, un défaut de recrutement folliculaire et un arrêt de maturation folliculaire ou ovocytaire. L’arrêt méiotique, impliqué dans la dernière situation, est aussi observée chez des hommes infertiles présentant une azoospermie non obstructive (ANO). Une collaboration a été mise en place entre le CHU de Rennes ayant développé une plateforme régionale pour la prise en charge des IOP et le CHI de Poissy Saint-Germain-en-Laye impliqué dans la prise en charge des NOA, afin de mettre en évidence des origines génétiques communes aux situations d’arrêt méiotique chez la femme et chez l’homme, à partir de données de séquençage massif en parallèle. Ce travail a permis de mettre en évidence de nouveaux variants dans des gènes récemment associés aux arrêts méiotiques. L’implication d’un même variant homozygote du gène STAG3 dans une fratrie comprenant une sœur avec IOP et un frère avec ANO a été décrite. Il s’agit du premier cas de variant faux-sens homozygote décrit pour ce gène ainsi que du premier cas familial. Chez une patiente avec IOP, l’implication du gène ZSWIM7 est suspectée. Un variant homozygote de ce gène a été observé chez 2 patients avec ANO en 2021 et encore plus récemment chez une patiente avec IOP. De nouveaux variants du gène PSMC3IP ont également été observés en cas d’IOP ou d’ANO. L’implication d’autres gènes comme REC8 qui n’ont pas encore été décrits dans des situations d’arrêt méiotique est en cours d’évaluation. Ces résultats confortent l’implication des gènes « méiotiques »  dans les IOP et ANO et montrent l’existence de voies moléculaires communes à ces situations d’infertilité masculine et féminine. L’ensemble de ces résultats sont en accord avec les données observées chez l’animal et en particulier la souris, où l’inactivation de gènes impliqués dans la méiose est à l’origine d’une infertilité dans les 2 sexes.


Sylvie JAILLARD (Rennes), Farah GHIEH, David GILOT, Denise MOLINA-GOMES, Delphine LECLERC, Camille COHEN, Géraldine JOLY-HELAS, Linda AKLOUL, Fathallah KHADIJA, Erika LAUNAY, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Vialard FRANCOIS
17:45 - 18:00 #27914 - SS041 Translocations équilibrées dans le cadre des insuffisances ovariennes prématurées : apport du whole genome sequencing et implication de nouveau gènes candidats.
SS041 Translocations équilibrées dans le cadre des insuffisances ovariennes prématurées : apport du whole genome sequencing et implication de nouveau gènes candidats.

Bien qu’une majorité des insuffisances ovariennes prématurées (IOP) soient idiopathiques, des causes génétiques telles que les anomalies de structure chromosomiques impliquant notamment le chromosome X ont été mises en évidence. Le mécanisme physiopathologique des anomalies équilibrées est difficile à caractériser et outre la possible perturbation de la méiose, il fait également intervenir l’interruption ou la dérégulation de gènes au niveau ou à proximité du point de cassure. Les techniques actuelles de WGS permettent une analyse fine des variants structuraux (SV), révélant une architecture complexe des points de cassures (BP).

Afin d’essayer caractériser au mieux les réarrangements équilibrés associés à des IOP, nous avons analysé une cohorte de 7 patientes. Pour l’ensemble d’entre elles, un caryotype, une ACPA ainsi qu’une analyse des points de cassure par WGS ont été réalisés. En l’absence d’interruption génique ou en cas d’interruption d’un gène sans lien avec le phénotype, les gènes situés à 1 Mb de chaque côté des points de cassure ont été analysés, en s’appuyant sur les bases de données OMIM (online mendelian inheritance in man), OKdb (ovarian kaleidoscope database) et GeneHancer pour les éléments régulateurs. 6/7 présentaient une translocation impliquant le chromosome X et 1/7 une translocation impliquant des autosomes (préciser laquelle). Un réarrangement complexe comprenant une translocation t(X ;4) ainsi qu’une inversion sur le chromosome X a été mise en évidence. Les points de cassure observés sur le chromosome X étaient concordants avec les données de la littérature : 3/6 étaient retrouvés en Xq21 (région POF2) et 3/6 en Xq26 (région POF1). Les phénotypes associés étaient cohérents avec les données précédemment décrites de la littérature, les patientes porteuses d’un BP en Xq21 ayant un phénotype plus sévère.

Plusieurs gènes candidats ont été retenus. Le gène EIF2AK4 était interrompu chez la patiente porteuse d’une translocation autosomique. La famille des EIF a été décrite comme impliquée dans la maturation de l’ovocyte. EIF2AK4 est fortement exprimé au niveau des ovocytes murins et des variants délétères d’EIF2AK1 ont été décrits dans des cas d’IOP syndromiques. Chez une autre patiente, Genehancer a de mettre en évidence un effet longue distance sur le gène INHBA. Les inhibines et activines sont des hormones sécrétées par les cellules de la granulosa, essentielles pour la sécrétion de FSH. Le dosage de l’inhibine A chez la patiente retrouvait un taux effondré.

Cette analyse a ainsi permis de mettre en évidence de nouveaux gènes candidats à proximité ou au niveau des BP (EIF, RAD, NUP, INHBA), de confirmer les données phénotypiques de la littérature associées aux régions POF1 et POF2, ainsi que de finement caractériser les SV impliqués.


Anna LOKCHINE (Rennes), Caroline SCHLUTH-BOLARD, Erika LAUNAY, Linda AKLOUL, Florence DEMURGER, Solène DUROS, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Wilfrid CARRE, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Sylvie ODENT, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sylvie JAILLARD
18:00 - 18:15 #28254 - SS042 Etude de l’impact des remaniements de structure chromosomique sur l’architecture nucléaire par 3D-FISH.
SS042 Etude de l’impact des remaniements de structure chromosomique sur l’architecture nucléaire par 3D-FISH.

La chromatine est organisée dans le noyau interphasique selon une architecture tridimensionnelle hiérarchique, dont l’organisation de base est le territoire chromosomique. Cette architecture joue un rôle critique dans la régulation transcriptionnelle. La périphérie nucléaire est un environnement particulier, répressif pour la transcription, alors que l’intérieur du noyau est plus favorable à l’activité transcriptionnelle.

Les remaniements de structure chromosomique équilibrés peuvent être associés à un phénotype anormal par interruption de gène ou effet de position. Leur impact sur l’architecture nucléaire a cependant été peu étudié.

Nous avons étudié par 3D-FISH le positionnement nucléaire radial de loci impliqués dans des remaniements chromosomiques équilibrés chez huit patients atteints de déficience intellectuelle et/ou malformations congénitales. Ces remaniements, six translocations réciproques et deux inversions péricentriques, ont été préalablement caractérisés par séquençage génome entier. Suite à l’hybridation de sondes localisées à proximité des points de cassure chez les patients et des contrôles, la reconstruction et l’analyse de 50 à 100 noyaux a été réalisée à l’aide du logiciel Arivis, permettant de calculer le ratio de position radiale. 

Les loci impliqués dans un même remaniement occupent des positions nucléaires radiales proches, ce qui a très probablement favorisé la survenue du réarrangement entre ces loci. Une relocalisation nucléaire radiale significative a été observée pour quatre des huit remaniements, du centre vers la périphérie pour trois d’entre eux et de la périphérie vers le centre pour un autre. Parmi ces remaniements, une translocation X-autosome t(X;1) présente une relocalisation du centre vers la périphérie du noyau pour le locus RP11-958E2 (1p36.31) sur le dérivé X. De façon intéressante, le phénotype de la patiente porteuse de cette translocation est très évocateur d’une monosomie 1p36. L’étude de l’inactivation de l’X a montré un biais en faveur du chromosome X normal. La relocalisation en périphérie du bras court du chromosome 1 pourrait être à l’origine d’un silence transcriptionnel et d’une monosomie 1p36 fonctionnelle, permettant d’expliquer le phénotype malgré le biais d’inactivation favorable.

En conclusion, ce travail montre que les remaniements chromosomiques peuvent être associés à un repositionnement nucléaire de régions chromosomiques qui pourraient ainsi jouer un rôle dans l’apparition d’un phénotype anormal.


Julie MASSON, Sarah PONTHUS, Emilie CHOPIN, Sophie BLESSON, Bénédicte DEMEER, Patrick EDERY, Marine LEBRUN, Gaétan LESCA, Massimiliano ROSSI, Sophie SCHEIDECKER, Alain VERLOES, Damien SANLAVILLE, Julien COURCHET, Caroline SCHLUTH-BOLARD (STRASBOURG)
Belvédère
18:15

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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A28
18:15 - 18:45

CONFERENCE INVITE
Pascal MAYER - Breakthrough Prize Laureate (2022, Life Sciences)

Modérateur : Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
18:15 - 18:45 Du séquençage d’ADN de nouvelle génération aux traitements médicaux de nouvelle génération. Pascal MAYER (Président Directeur Scientifique) (Conférencier, Riom)
Grand Auditorium
18:45

"Mercredi 02 f\u00e9vrier"

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A29
18:45 - 19:30

ASSEMBLEE GENERALE DE LA FFGH

Grand Auditorium