Introduction : L'interprétation des variations introniques est l'un des défis de l'ère post-génomique. Les outils de prédiction de l'épissage in silico permettent d'identifier des variations d'intérêt, mais seule la caractérisation fonctionnelle permet une classification adaptée à un usage diagnostique. Pour cela, l'étude de l'ARNm du patient dans un tissu accessible exprimant le gène d’intérêt permet de caractériser l'impact de la variation d'épissage. Nous rapportons l'étude d'une variation intronique du gène PKD1. Méthode : Une étude par séquençage de panel a été réalisée chez une patiente présentant des kystes rénaux et une histoire familiale de polykystose rénale. Les outils de prédiction d’épissage in silico indiquent une diminution de l'utilisation du site d'épissage canonique donneur, l'utilisation d'un site d'épissage accessoire exonique et une rétention intronique. L’étude de l’ARNm de la patiente par séquençage haut-débit a été effectuée pour explorer l’impact de cette variation. Résultats : L’exploration génétique par panel a mis en évidence une variation hétérozygote de l’intron 18 du gène PKD1 (NM_001009944.3:c.7489+5G>A). L'analyse par cDNA-Seq de l'ARNm de notre patient a modifié les résultats (rétention intronique) obtenus dans une étude ultérieure par séquençage Sanger en démontrant la présence de cette rétention intronique chez les témoins, sur l'allèle WT de notre patient ainsi qu’une surreprésentation de cette rétention sur l'allèle mutant. Elle a, en plus, démontré l'utilisation d'un site d'épissage accessoire exonique, en position c.7470, entraînant un décalage du cadre de lecture. Discussion : Cette étude a permis de nuancer les résultats obtenus précédemment tout en approfondissant l'impact fonctionnel grâce à l'identification d'un deuxième transcrit aberrant. Nos résultats permettent de reclasser cette variation de signification incertaine et de poser un diagnostic de certitude. Nous confirmons la nature pathogène par haplo-insuffisance de cette variation et renforçons la notion que l'étude de l'ARNm par séquençage à haut débit est plus exhaustive. Ces résultats renforcent, dans le cadre du diagnostic moléculaire, l’importance des tests fonctionnels lors de l’interprétation des variations introniques de signification incertaine mais également des variations rapportées dans la littérature. De plus, l’identification et la caractérisation des conséquences des variations d’épissage peut désormais permettre l’accès à des essais cliniques grâce au développement des thérapies par oligonucléotide antisens.

Le séquençage haut débit de panel de gènes ou de génomes identifie continuellement des variants candidats d’épissage de signification incertaine pour lesquels des analyses fonctionnelles restent indispensables afin de valider leur caractère pathogène. Pour répondre à ces demandes de caractérisation de variants, notre stratégie de diagnostic moléculaire comporte des analyses de transcrits basées sur des techniques de RT-PCR ou de constructions minigènes couplées à des séquençages classiques ou long read. Bien que ces analyses soient efficientes elles restent néanmoins contraintes au choix de la région étudiée et des mises au point qui peuvent être chronophages. Afin de restreindre ces limites, nous avons donc choisi d’intégrer à nos analyses fonctionnelles une approche RNAseq ciblée sur un panel de 157 gènes impliqués dans des maladies neurosensorielles. Le workflow suivi pour cette approche comporte une étape d’extraction des ARNs totaux, manuelle ou robotisée, une étape de construction de librairie avec multiplexage de 5 échantillons, une étape de séquençage short read, une étape de traitement informatique et une analyse manuelle des données visualisées avec le logiciel Integrative Genomics Viewer. Cette approche a dans un premier temps été testée sur des transcrits issus de personnes non atteintes pour établir un état des lieux de l’expression de nos gènes d’intérêt dans différents tissus, puis elle a été appliquée aux patients porteurs de variants candidats d’épissage. Nous avons choisi de présenter ici des résultats de RNAseq ciblé qui illustrent les effets de plusieurs altérations typiques sur le mécanisme d’épissage; il s’agit des substitutions en position c.2424-23, c.248-16, c.2930-1, c.5187, c.422+5, c.1374+608 des gènes NBAS, RPGR, SLC12A2, CDH23, ABHD12 et d’un rétrotransposon SVA inséré en position c.7482+145 dans le gène CDH23. Les effets observés ont été des sauts d’exon(s) constitutif(s), des modifications de ratio d’inclusion d’exon alternatif, des rétentions introniques ou des diminutions de taille d’exon liés à l’utilisation de sites d’épissage cryptiques ou nouveaux, des inclusions de pseudo-exons et des combinaisons entre ces différents éléments. Au niveau de notre offre de tests fonctionnels, l’analyse par RNAseq est maintenant priorisée quand un accès au tissu exprimant le gène est possible. Quand le gène d’intérêt est trop faiblement exprimé pour une telle analyse, alors des essais de RT-PCRs nichées sont réalisées, et quand celui-ci n’est pas exprimé, ce sont des constructions minigènes qui sont proposées. Ces analyses fonctionnelles sont essentielles à la compréhension des mécanismes en jeu en contexte pathogène et participent à l’élaboration d’un diagnostic moléculaire exhaustif pour les patients.

Introduction : Le syndrome de Fanconi-Bickel (SFB) est une maladie rare à début précoce caractérisé par une accumulation de glycogène au niveau hépatorénal, une dysfonction tubulaire rénale proximale liée à défaut de transport du glucose et du galactose. Il est de transmission autosomique récessive et causé par des variants pathogènes bi-alléliques dans le gène SLC2A2, qui code le transporteur GLUT2 responsable du transport du glucose et du galactose dans les reins, le pancréas et le foie. Case report : Ici, nous rapportons un nouveau variant synonyme dont la pathogénicité a été confirmée par une analyse RNAseq à partir d’ARN extrait de cellules urinaires, identifiée chez quatre patients appartenant à trois familles non apparentées, tous présentant une forme rénale isolée du SFB. Tous les patients présentaient une atteinte du transport rénal proximal isolé, caractérisé par une glycosurie, une protéinurie de faible poids moléculaire et une acidose métabolique, non associé à une atteinte hépatique clinique, biologique ou échographique. Une analyse génétique a été réalisée chez un patient et ses parents sains par séquençage de génome et chez les trois autres patients par analyse d’un panel de gène impliqués dans les tubulopathies proximales par séquençage de nouvelle génération. L’analyse moléculaire a permis d’identifier le variant synonyme c.1374G>A; p.(Ala458=) à l’état homozygote dans le gène SLC2A2 (NM_000340.2) chez les quatre patients. L'analyse des transcrits SLC2A2 par séquençage d'ARN à partir de cellules urinaires a montré un saut de l'exon 10, un défaut d'épissage qui n'était pas totalement prédit par les outils d'épissage in silico. Discussion : Cette étude souligne l’intérêt de penser au SFB même en cas d’atteinte rénale proximale isolée, en diagnostic différentiel du syndrome de Toni-Debré-Fanconi. De plus, elle rappelle que les outils de prédiction d'épissage in silico doivent toujours être utilisés avec prudence, et leurs résultats systématiquement complétés par une analyse de transcrit pour confirmer ou infirmer tout impact délétère sur l'épissage normal. Conclusion : Étant donné les avancées dans les technologies de séquençage et l’augmentation croissante de l’identification de variants de signification incertaine, l'accès aux techniques de séquençage d'ARN pourra améliorer considérablement la précision diagnostique et, par conséquent, le conseil génétique pour les patients et leur famille.

La cystinose est une maladie lysosomale autosomique récessive, principalement caractérisée par une accumulation de cystine dans les lysosomes. Elle affecte préférentiellement le rein et évolue fréquemment vers l’insuffisance rénale terminale. Les trois formes cliniques (infantile, juvénile et adulte) sont causées par des mutations du gène CTNS, codant pour la cystinosine, un transporteur lysosomal de cystine. Une corrélation entre génotype et phénotype a été établie, les mutations entraînant une perte complète de fonction étant généralement associées à la forme infantile sévère. Dans cette étude, nous avons réalisé une analyse in silico de l’effet d’une variation intronique nouvellement identifiée au sein du site accepteur canonique de l’intron 7 du gène CTNS, afin d’élucider les mécanismes moléculaires sous-tendant le phénotype observé. Le patient, âgé de six ans, présentait un tableau clinique évocateur de cystinose infantile incluant diarrhée chronique, retard staturo-pondéral, hypokaliémie et dépôts cristallins de cystine. Le séquençage Sanger a mis en évidence une substitution au niveau du site accepteur d’épissage de l’intron 7. L’analyse prédictive de l’impact de cette variation a été réalisée à l’aide du logiciel Alamut Visual Plus, permettant d’envisager différents scénarios d’épissage anormaux. Les cadres de lecture ouverts ont été déterminés via ExPASy, et la prédiction des domaines transmembranaires a été effectuée avec PSIPRED. La modélisation structurelle de la protéine a été réalisée à l’aide de Phyre2 et PyMOL, et la localisation subcellulaire a été inférée par comparaison avec les données UniProt. Nos résultats indiquent que cette variation altère non seulement le site accepteur canonique, mais pourrait également activer un site accepteur cryptique situé en début d’exon 8. Deux transcrits anormaux sont ainsi prédits : l’un résultant en un saut complet de l’exon 8, et l’autre en une rétention partielle de ce dernier. Ces événements conduiraient à la synthèse de deux protéines tronquées, respectivement de 164 et 347 acides aminés. La forme la plus courte ne contiendrait qu’un seul domaine transmembranaire au lieu de sept, et les deux formes présenteraient des altérations structurales majeures, affectant notamment les motifs fonctionnels et la localisation lysosomale. La forme tronquée de 164 acides aminés, dépourvue des signaux de ciblage lysosomal, est probablement non fonctionnelle et pourrait expliquer le phénotype sévère du patient. Ces résultats soulignent l’importance des approches in silico pour l’interprétation des variants d’épissage, mais nécessitent une validation fonctionnelle ultérieure.

Le déficit en 11β-hydroxylase, deuxième cause d’hyperplasie congénitale des surrénales, est lié à des variations du gène CYP11B1. Dans le cadre de la caractérisation du spectre mutationnel de ce gène, nous avons identifié une nouvelle variation intronique c.1200+5G>C, jamais rapportée dans la littérature, et ce chez plusieurs membres d’une famille tunisienne. La confirmation de sa pathogénicité nécessite des analyses fonctionnelles afin d’affiner le diagnostic clinique et d’orienter la prise en charge thérapeutique. L’objectif de ce travail était de mettre en place des méthodes d’analyse in vitro permettant la caractérisation fonctionnelle de cette nouvelle variation. Tout d’abord, nous avons réalisé une analyse in silico afin d’évaluer l’impact de la variation sur l’épissage de l’ARNm et sur l’activation éventuelle de sites cryptiques. Sur la base de ces prédictions, nous avons réalisé une modélisation moléculaire 3D afin de comparer la protéine mutée à la protéine sauvage et d’explorer les conséquences potentielles de la variation sur la structure et la conformation de la protéine. Par la suite, nous avons réalisé une étude fonctionnelle in vitro moyennant l’approche « Exon-Trapping » qui permet d’exprimer un mini-gène portant la variation dans des cellules eucaryotes et d’analyser son effet sur l’épissage de l’ARNm. L’analyse in silico a suggéré que cette variation résulterait en une rétention de l’intron 7 conduisant au décalage du cadre de lecture et à l’apparition d’un codon stop prématuré, ce qui altérerait la conformation ainsi que la fonction de la protéine mutée. En revanche, les études fonctionnelles in vitro ont révélé que la variation aurait plutôt comme conséquence l’excision de l’exon 7, situé en amont de la variation, confirmant ainsi son rôle pathogène. Par conséquent, la divergence entre les résultats de la prédiction in silico et l’analyse fonctionnelle in vitro souligne les limites des outils bioinformatiques, qui bien que prédictifs, doivent systématiquement être validés par des approches expérimentales.

Introduction : L'interprétation des variants introniques non canoniques représente un défi diagnostique majeur. Les prédictions in silico, bien qu'utiles, restent limitées pour anticiper la complexité réelle de l’épissage alternatif des transcrits. Nous présentons un variant d’épissage de novo dans le gène POGZ NM_015100.4:c.2570+3A>T dans l’intron 18 identifié par séquençage haut débit (SHD) de génome, chez une patiente présentant un trouble neurodéveloppemental syndromique. Ce variant est prédit pour induire uniquement un saut complet de l’exon 18 par les outils prédictifs in silico (Splice AI et SPiP). Le séquençage d’ARN (RNA-seq) a permis de montrer un effet délétère beaucoup plus complexe que les prédictions in-silico et de reclasser ce variant de signification incertaine (VSI) en pathogène Méthodes : À partir d'ARN leucocytaire de la patiente, du cDNA double brin a été généré (Second Strand Cdna synthesis, Invitrogen). Une librairie a été préparée par capture d’Exome (Agilent V8 XT-HS2) et séquencée par la technologie NextSeq500 Illumina. L'analyse bio-informatique (alignement hg19, visualisation IGV, Sashimi plots et annotation) a été réalisée grâce à la plateforme Polyweb de l’Institut Imagine. Résultats : L'analyse RNA-seq ciblée du gène POGZ a révélé un paysage d'épissage anormal et complexe, bien au-delà du simple effet attendu sur les sites canoniques d’épissage de l’exon 18. Le variant est responsable simultanément de quatre anomalies transcriptionnelles distinctes sur le même allèle : 1. Rétention probablement complète de l'intron 17 (avec un taux élevé). 2. Saut de l'exon 18 (à un taux d’environ 30%). 3. Utilisation d'un site donneur cryptique en amont, entraînant l'insertion d'un pseudo-exon de 33 pb (taux de 8%). 4. Rétention probablement complète de l'intron 18 (avec un taux élevé). Conclusion : Ce cas démontre qu'un variant unique peut orchestrer plusieurs mécanismes d'épissage pathogènes concomitants. L’étude par RNA-seq est indispensable pour dépasser les limites de la prédiction in silico et révéler la complexité des effets des variations des sites non canoniques d’épissage. Elle a permis la reclassification définitive du variant c.2570+3A>T en variant pathogène, un diagnostic moléculaire indispensable pour la prise en charge de la patiente dont le phénotype est compatible avec les signes associés aux variants pathogènes dans POGZ ainsi qu’un un conseil génétique pour la famille . Cette approche doit être systématiquement envisagée pour l'interprétation des variants introniques non canoniques.

Contexte L’analyse de l’expression génique à partir d’ARN total est devenue incontournable pour interpréter certains variants de signification inconnue (VSI) détectés par NGS et pouvant affecter l’épissage. Cependant, la qualité et la quantité d’ARN dépendent fortement des conditions pré-analytiques et des méthodes utilisées. Les principaux obstacles restent l’instabilité des transcrits, les pertes liées aux manipulations, la contamination par l’ADN génomique et des délais techniques peu compatibles avec un diagnostic rapide. Les laboratoires doivent donc évaluer les méthodes disponibles afin d’optimiser et simplifier l’extraction d’ARN. Objectifs Comparer les performances des tubes S-Monovette® RNA Exact (Sarstedt), permettant une extraction semi-automatisée, à une méthode de référence standardisée à partir de tubes PAXgene® (Becton Dickinson). Méthodes Seize patients ont été inclus. Deux protocoles ont été comparés : (1) Extraction de référence à partir de 2,5 ml de sang dans un tube PAXgene® avec protocole standard : plusieurs étapes manuelles (centrifugations, lavages, resuspension), puis extraction automatisée avec l’automate MagnetaPure (Macherey Nagel). (2) Extraction alternative à partir de 1,5 ml de sang dans un tube S-Monovette® RNA Exact : extraction automatisée directe sur le même automate. Les ARN ont été évalués par : quantification (Qubit), qualification (Tapestation®-BioAnalyzer), mesure de l’ADN génomique résiduel, et détection des évènements d’épissage (NGS et bioinformatique). Résultats Malgré un volume sanguin inférieur, les S-Monovette® ont fourni un rendement équivalent à la méthode standard (80,2 vs 73,6 ng/µL). La qualité des ARN était supérieure avec S-Monovette® (RIN moyen 8,2 vs 6,9 ; p=0,02). La contamination par l’ADN génomique était nettement réduite (3,4 vs 89,6 ng/µL ; p=0,006), améliorant la fiabilité des analyses ultérieures. Sur le plan médico-technique, le protocole standard nécessitait 3–4 h avec de nombreuses étapes manuelles, tandis que l’extraction S-Monovette® était réalisable en environ 1h30, réduisant de moitié le temps technicien. Conclusion Le système S-Monovette® RNA Exact constitue une alternative robuste et efficiente à l’extraction ARN standard. Il permet d’obtenir une quantité équivalente mais une qualité supérieure d’ARN, tout en réduisant la contamination par l’ADN génomique et le temps de manipulation. Il simplifie aussi la logistique : les prélèvements restent stables jusqu’à 5 jours à température ambiante (vs 2 h pour PAXgene®). L’étude médico-économique a montré un gain en temps, en coût global, et une diminution des déchets biologiques. L’adoption de cette méthode pourrait ainsi améliorer la prise en charge diagnostique des maladies génétiques nécessitant l’étude des transcrits.

Introduction : SMARCC1, code pour BAF155, est impliqué dans le développement embryonnaire et la régulation des progéniteurs neuronaux. Depuis 2018, moins de 20 familles porteuses de variants pathogènes (VP), majoritairement type perte de fonction et hérités des parents sains, ont été rapportées. Le gène est actuellement annoté dans OMIM (601732) comme prédisposant à l’hydrocéphalie, mais le phénotype, les corrélations phénotype–génotype et la pénétrance demeurent imparfaitement définies. Objectifs : Mieux caractériser le spectre clinique et radiologique associé aux variants ma, préciser la variabilité inter- et intrafamiliale et documenter la transmission familiale. Patients et Méthodes : Description clinique détaillée et imagerie pré et post-natale des 4 familles multigénérationnelles. Deux familles, déjà partiellement décrites par Rive Le Gouard et al. en 2023, font l’objet d’une caractérisation élargie et approfondie. Deux autres familles sont rapportées pour la première fois. Résultats : Les cas-index sont 4 fœtus et 2 enfants issue de 4 familles avec le diagnostic a été établi par séquençage du génome, soit après une interruption de grossesse entre 19 et 25 SA pour anomalies sévères de l’imagerie prénatale, soit après la naissance. Dans la famille 1, 2 fœtus présentaient une ventriculomégalie sévère et une macrocrânie; l’un avec anomalies de gyration et rupture septale et l’autre dysmorphie des cornes frontales. Ils portaient un VP, p.Asn479Lysfs*18 hérité d’une mère saine. Dans la famille 2, 1 fœtus présentait une hydrocéphalie avec atrésie de l’aqueduc, une agénésie du corps calleux et une macrocéphalie. Le VP p.Asn557Ter transmis par le père et la grand-mère sains. Dans la famille 3, une IMG a été réalisée pour hydrocéphalie tri-ventriculaire majeure. Le VP p.Lys89* était hérité par la mère présentant une ventriculomégalie avec dysmorphie des cornes occipitales. Son fils de 12 ans, portait également la variant, sans anomalie à l’IRMc. Dans la famille 4, le garçon de 11 ans présentait une agénésie partielle du corps calleux (splénium) et une dilatation ventriculaire, portait le VP p.Val265Phefs*3, hérité d’une mère asymptomatique. Discussion/Conclusion : Les variants de SMARCC1, gène considéré comme prédisposant à l’hydrocéphalie, sont associés à un spectre plus large de malformations cérébrales, incluant anomalies du corps calleux, macrocéphalie et anomalies de la gyration. Le phénotype neuro-développemental est variable, et doit être précisé par des études plus larges. La pénétrance incomplète, illustrée par des porteurs sains chez les parents pourrait s’expliquer par un second évènement dans les formes fœtales sévères. Cette étude enrichit la compréhension du spectre clinique des variants SMARCC1 et fournit des données supplémentaires pour l’interprétation des variants et le conseil génétique. Néanmoins, à l’heure actuelle, ces données sont encore insuffisantes pour préciser le pronostic en prénatal, qui reste dépendant de l’imagerie cérébrale.

Introduction : Les progrès des technologies de séquençage de haut débit ont amélioré le rendement diagnostique en génétique médicale. Cependant, ces progrès révèlent aussi un nombre croissant de diagnostics moléculaires multiples, estimés dans la littérature entre 2 et 5 %, ce qui pose davantage de défis dans l’interprétation des variants. Dans ce travail, nous rapportons une co-occurrence de deux pathologies autosomiques récessives révélées par séquençage de l’exome (SE). Méthodes : Nous rapportons l’observation d’un patient Tunisien adressé pour trouble neuro-développemental (TND). Un SE a été réalisé avec la technologie short-read d’Illumina, avec la recherche concomitante de CNV. Résultats : Il s’agit d’un nourrisson âgé de 13 mois, issu d’un mariage consanguin, présentant un retard sévère sur le plan moteur et langagier. A l’examen, une dysmorphie faciale a été objectivée avec un nystagmus rotatoire et une hypotonie axiale. L’IRM cérébrale a montré une hypoplasie vermienne avec un aspect en "dent molaire" évocateur d’un syndrome de Joubert. L’électrorétinogramme a montré une dystrophie des cônes. Le caryotype était normal. Le SE a mis en évidence 3 anomalies : 1. Un variant homozygote dans le gène AHI1 (NM_001134831.2:c.1550G>A, p.Trp517Ter), de type non-sens, entraînant un codon stop prématuré. Ce variant est classé pathogène dans ClinVar. Le gène AHI1 code pour la Jouberin, protéine impliquée dans le développement du cervelet et du tronc cérébral et les variants délétères de ce gène sont associés au syndrome de Joubert de type 3, ce qui est concordant avec le phénotype observé. 2. Un variant homozygote intronique profond dans le gène USH2A (NM_206933.4:c.784+14389G>T, p ?). Ce variant est rapporté comme probablement pathogène dans ClinVar, chez des patients atteints du syndrome d’Usher de type IIA, ou de rétinite pigmentaire isolée, chacun de transmission autosomique récessive. Des études fonctionnelles ont montré qu’il induit l’insertion d’un pseudo-exon dans l’ARNm, entraînant un décalage du cadre de lecture et un codon stop prématuré (p.Gly262Aspfs*26), confirmant son caractère délétère. Un bilan électrophysiologique auditif et un examen ophtalmologique ont été demandés afin de préciser l’expression phénotypique liée à ce variant, et d’orienter le diagnostic moléculaire. 3. Une microduplication homozygote au niveau du bras court du chromosome 8 (8p11.21p11.1), de taille minimale 273,8 kb et contenant les deux gènes POMK et HGSNAT impliqués dans des maladies autosomiques récessives n’expliquant pas le phénotype de notre patient. Elle a été classée comme de signification incertaine. Conclusion : Ce cas illustre l’intérêt du SE dans le diagnostic étiologique des TND et des syndromes malformatifs. Le SE a permis d’instaurer une prise en charge multidisciplinaire ciblée et de prodiguer un conseil génétique adapté. Également, ce cas souligne les défis posés par les diagnostics multiples et les variants de signification incertaine.

Les anomalies de la région 15q11.2q13.3, soumise à empreinte parentale, sont impliquées dans plusieurs troubles du neurodéveloppement (TND) syndromiques, en particulier les syndromes bien connus de Prader-Willi et d'Angelman, respectivement causés par un défaut d'expression de l'allèle paternel et maternel. Au sein de cette région, c'est plus précisément la perte de l'expression maternelle du gène UBE3A, qui code une E3 ubiquitine ligase favorisant la dégradation des protéines par le protéasome, qui est responsable du syndrome d’Angelman, caractérisé par un trouble du développement intellectuel sévère, une épilepsie avec aspect évocateur à l'EEG, des troubles moteurs, une dysmorphie et un comportement agité et joyeux. Si les conséquences phénotypiques de la perte d'expression d’UBE3A sont très connues, celles d'un excès d’activité d'UBE3A sont beaucoup moins documentées. Elles ont été suspectées en raison du phénotype de TND avec troubles du spectre autistique, distinct du syndrome d’Angelman, associé aux gains du nombre de copies d’origine maternelle (duplication et triplication) de la région 15q11q13, UBE3A étant le seul gène de la région dont l’expression dans les neurones matures soit exclusivement d’origine maternelle. En 2021, la caractérisation fonctionnelle de variants faux-sens du gène UBE3A identifiés chez des patients ayant un TND a permis de montrer que les variants activateurs étaient habituellement d’origine maternelle et associés à un phénotype de trouble du développement intellectuel avec ou sans épilepsie, distinct du syndrome d’Angelman (Weston et al., 2021). Nous rapportons une patiente avec une déficience intellectuelle légère et une macrocéphalie porteuse d'un variant faux-sens du gène UBE3A hérité de sa mère asymptomatique. Les tests fonctionnels utilisés pour évaluer l’activité de la protéine UBE3A ont montré un gain d’activité de 80% par rapport à la protéine sauvage. Le séquençage du génome en long read a montré que la mère de la patiente portait le variant sur son allèle paternel, ce qui explique l’absence de manifestations cliniques chez elle. Ces résultats sont en faveur de la pathogénicité du variant et de son implication dans le phénotype de la patiente. La macrocéphalie, décrite chez certains patients porteurs d’une duplication 15q11q13, semble compatible avec un gain de fonction d’UBE3A, en miroir de la microcéphalie modérée du syndrome d’Angelman. Cette observation souligne la complexité de l’interprétation des variants dans les gènes soumis à empreinte et les limites des arguments habituellement invoqués (ségrégation, présence ou absence en population générale) pour estimer la pathogénicité d’un variant.

Introduction Le gène YARS1 code pour la tyrosyl-ARNt synthétase, une enzyme essentielle à la traduction protéique et la réponse au stress cellulaire. Des variations bialléliques pathogènes de ce gène sont associées à une forme récessive de maladie multisystémique neurologique, endocrine et pancréatique (syndrome IMNEPD2, OMIM #619418). À ce jour, plus de 30 cas présentant un déficit en YARS1 ont été rapportés dans la littérature. Nous décrivons un nouveau cas dont le diagnostic a pu être établi sur la base de la spécificité des données cliniques, indépendamment des critères de l’ACMG. Patient et méthodes Nous rapportons le cas d’un nourrisson de 6 mois, hospitalisé pour une hypotonie néonatale, malnutrition, hypoglycémie, hypertriglycéridémie, insuffisance pancréatique exocrine, hépatomégalie et particularités morphologiques. Le bilan biologique a révélé une hypoalbuminémie, un effondrement global des acides aminés plasmatiques et un hypométabolisme médullaire par déficit en érythropoïétine. Un avis spécialisé en maladies métaboliques orientait vers un défaut de transport des acides aminés. Une analyse du génome en trio (cas index et parents) a été réalisée sur la plateforme Auragen dans le but d’identifier la cause moléculaire. Résultats Dans un premier temps, l’étude in silico des gènes impliqués dans ce mécanisme s’est révélée non contributive. L’analyse élargie des données de génome a ensuite permis d’identifier deux variations faux-sens dans le gène YARS1 à l’état hétérozygote composite. Les éléments cliniques rapportés étaient compatibles avec le syndrome IMNEPD2. Toutefois, conjointement, les arguments cliniques et moléculaires (localisation, scores de prédiction in silico, fréquence, bases de données) conduisent à classer ces variations tout au plus comme étant de signification incertaine d’après les critères de l’ACMG. Une discussion clinico-biologique a permis d’intégrer des éléments cliniques complémentaires, notamment un petit poids pour l’âge gestationnel, un placenta recouvrant, une microcéphalie et une régression psychomotrice. Ces échanges ont également permis de confronter les données clinico-biologiques du nourrisson à celles de la littérature rapportant des cas porteurs de variations bialléliques pathogènes dans ce gène. Une forte concordance phénotypique a ainsi pu être établie avec le syndrome IMNEPD2. Discussion Sur la seule base de la concordance clinico-biologique particulièrement spécifique, le génotype associant ces deux variations de séquence a été considéré comme probablement pathogène et susceptible d’expliquer le phénotype complexe observé chez ce nourrisson, indépendamment des critères de l’ACMG. Conclusion Cette observation illustre l’importance des données cliniques dans l’interprétation génomique des variations. Elle souligne également le rôle fondamental du dialogue clinico-biologique dans l’établissement du diagnostic, particulièrement dans les situations où les données moléculaires sont peu ou ne sont pas contributives.

Introduction : Le syndrome d’Allgrove ou syndrome des 3A, est une maladie autosomique récessive rare, caractérisée par la triade clinique : alacrymie, achalasie et insuffisance surrénalienne. Le gène impliqué, AAAS, code pour l’ALADIN, une protéine du complexe du pore nucléaire. Depuis sa première description par J. Allgrove en 1978, plusieurs mutations ont été rapportées. Certaines variations géographiques suggèrent des effets fondateurs, mais les données restent limitées au Maroc. Matériel et méthodes : Nous rapportons une série de six patients marocains non apparentés issus de mariages consanguins, pris en charge dans un contexte multidisciplinaire entre février et juin 2024. Les données clinico-biologiques ont été analysées. Une recherche ciblée de la mutation récurrente c.1331+1G>A du gène AAAS par séquençage Sanger a été réalisé. Résultats : Tous les patients présentaient une alacrymie, décrite dès la naissance, constituant le signe d’alerte majeur. L’insuffisance surrénalienne est survenue chez cinq patients entre 5 mois et 7 ans, plus tardivement chez un autre. L’achalasie œsophagienne a été confirmée chez quatre patients, suspectée chez un et absente chez un autre. Les troubles neuropsychiatriques (anxiété, agressivité, déficit intellectuel, retard scolaire) étaient présents chez quatre patients. Cinq présentaient un retard staturo-pondéral ou pubertaire. L’étude moléculaire a identifié la mutation c.1331+1G>A du gène AAAS : homozygote chez quatre patients, hétérozygote chez un, absente chez un autre. Ces derniers profils suggèrent la nécessité d’un séquençage élargi afin de rechercher d’autres variants pathogènes. Discussion et Conclusion : Cette série illustre plusieurs aspects essentiels du syndrome d’Allgrove : l’alacrymie est le signe précoce le plus constant et doit orienter le clinicien, l’âge variable de survenue de l’insuffisance surrénalienne peut retarder le diagnostic, et l’achalasie n’est pas systématique, rendant parfois incomplète la triade classique. La récurrence de la mutation c.1331+1G>A chez nos patients confirme son importance dans la population marocaine et renforce l’hypothèse d’un effet fondateur, déjà évoqué dans la littérature. Toutefois, la présence de cas hétérozygotes ou négatifs souligne l’intérêt d’approches moléculaires plus larges. Ces résultats plaident pour un dépistage précoce de l’alacrymie et un diagnostic génétique systématique, afin d’optimiser la prise en charge multidisciplinaire et prévenir les complications vitales.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) se caractérisent par un déficit dans l’un des domaines du développement (langage, motricité, habilités sociales…) et incluent la déficience intellectuelle, les troubles du spectre autistique, les troubles du langage oral et les troubles du comportement. Ils affectent 1 individu sur 6 en France. L’identification de nouveaux gènes impliqués dans les TND rares s’avère un défi majeur face à l’hétérogénéité clinique et moléculaire de ce groupe de pathologies. Dans cette étude, nous rapportons 26 individus issus de 24 familles présentant une variation hétérozygote pathogène dans le gène CSNK1A1 incluant 21 variations de novo, trois variations héritées d’un parent atteint et une variation dont la transmission n’est pas connue. La majorité des variations sont localisées dans le domaine conservé protéine kinase (22/24) incluant 14 variations faux-sens, 7 variations non-sens ou frameshift et une délétion en phase. Deux délétions à l’origine d’un décalage du cadre de lecture et de l’apparition d’un codon stop prématuré sont également identifiées en dehors du domaine protéine kinase. Les individus présentent des anomalies cranio-faciales et musculo-squelettiques variables. Tous les individus présentent un retard global du développement incluant un retard de langage (21/23) et un retard moteur (21/22). Une déficience intellectuelle légère à sévère (17/18), une épilepsie (13/25) et un trouble du spectre autistiques (14/19) ont également été notés. Des anomalies urogénitales (8/22), gastrointestinales (8/23), cardiaques (6/21), et/ou rénales (2/20) sont observées de façon inconstante. Le gène CSNK1A1 code pour une protéine kinase de la superfamille CK1, paralogue des CK2, impliquée dans de nombreux processus cellulaires (apoptose, trafic cellulaire, régulation, voies de signalisation…). Plusieurs membres de cette famille avec des fonctions similaires ont précédemment été décrits ou suspectés dans les TND (TTBK2, CSNK2A1). Les études fonctionnelles en cours permettront de mieux caractériser l’impact des variations faux-sens du gène CSNK1A1. En conclusion, nous avons mis en évidence un nouveau gène responsable d’un TND possiblement syndromique. L’identification de ce gène, paralogue de CSNK2A1 précédemment impliqué dans le syndrome Okur-Chung, démontre une nouvelle fois la tendance à identifier de nouveaux gènes de TND au sein d’une même famille de gène, notamment dans les régions hautement conservées au cours de l’évolution.

1) Contexte : Grâce au Plan France Médecine Génomique 2025, les patients atteints de trouble du développement intellectuel peuvent bénéficier d’un séquençage de génome entier (SGE) dans le cadre de leur parcours de soin. Cette technique qui permet de détecter les SNV et les variants de structure (VS) équilibrés et déséquilibrés de très petite taille, a permis d’obtenir un rendement diagnostique d’environ 50% chez ces patients. Cette approche pangénomique est d’autant plus utile dans les troubles du neurodéveloppement qu’il existe une très grande hétérogénéité clinique et génétique chez les patients atteints de TDI. Elle permet également d’identifier des CNV comprenant des potentiels gènes candidats responsables du tableau clinique de ces patients. Grâce au SGE, nous avons détecté chez deux frères atteints de TDI une délétion 15q15q21 comprenant le gène CTDSPL2 qui code une phosphatase nucléaire impliquée dans la régulation transcriptionnelle. Bien que non décrit en pathologie humaine, son profil d’expression cérébrale et son caractère contraint à la perte de fonction (pLI = 1, pLOEUF = 0,18) nous ont conduit à collecter d’autres patients porteurs d’un CNV à type de délétion impliquant CTDSPL2 ou porteurs de variants perte de fonction dans ce gène. 2) Méthodes : Grâce à GeneMatcher et au réseau AchroPuce, dix patients porteurs de délétions hétérozygotes du gène CTDSPL2 (6/10 patients) ou de variants tronquants (4/10 patients) ont été inclus dans notre étude. Les données cliniques et génétiques (ACPA, SGE) ont été analysées rétrospectivement. 3) Résultats : Les patients présentent un retard global du développement, une déficience intellectuelle associés le plus souvent à un retard du langage et parfois à une microcéphalie. Les troubles du comportement, notamment TSA ou TDAH sont également fréquents retrouvés. D’autres signes neurologiques peuvent être associés comme une hypotonie ou une épilepsie. Il est à noter que certains patients présentent également des anomalies visuelles et squelettiques. Parmi les patients, six sont porteurs d’une délétion 15q, de taille variable (7,3 Kb à 7 Mb), comprenant entièrement ou partiellement le gène CTDSPL2, survenue de novo ou présente en mosaïque chez un parent. Deux patientes sont porteuses d’un variant non-sens, hérité pour chacune de leur mère. 4) Conclusion : Notre étude suggère que CTDSPL2 constitue un gène candidat des troubles du développement intellectuel, probablement selon un mécanisme d’haploinsuffisance. Des analyses fonctionnelles, associées à l’identification de nouveaux patients porteurs de variants perte de fonction, permettront de mieux définir le spectre phénotypique lié à CTDSPL2 et de préciser le mécanisme de pathogénicité sous-jacent.

Introduction Le gène CNKSR2, joue un rôle essentiel dans les voies de signalisation intracellulaire et le développement neuronal. Les variants pathogènes de ce gène sont responsables du syndrome lié à CNKSR2, une encéphalopathie développementale et épileptique rare. Le tableau clinique se caractérise principalement par un retard global du développement, des troubles du langage sévères, des crises épileptiques précoces souvent pharmaco-résistantes, et, dans certains cas, des troubles du comportement. Objectif Rapporter un nouveau cas d’épilepsie pharmacorésistante associée à un retard global du développement, et potentiellement lié à un nouveau variant Synonyme du gène CNKSR2. Méthodologie Une évaluation clinique complète a été réalisée. Les explorations paracliniques incluaient un EEG, une IRM cérébrale et un caryotype standard. Un Whole Genome Sequencing (WGS) a été réalisé afin d’identifier une éventuelle anomalie génétique. Résultats Nous rapportant le cas d’un enfant, âgé de 9 ans,issu d’un mariage non consanguin et qui présente des antécédents familiaux d’épilepsie (un oncle maternel et un oncle paternel du père). La grossesse et l’accouchement ont été sans incident. Le développement psychomoteur a montré un retard global du développement. Sur le plan neurologique, l’épilepsie est apparue à l’âge de 2 ans et 10 mois, rapidement pharmacorésistante, compliquée par des états de mal épileptiques. À l’examen clinique, la croissance staturo-pondérale et le périmètre crânien étaient dans les limites basses de la normale, avec un faciès peu dysmorphique (sourcils fournis, fentes palpébrales horizontales, pointe nasale bulbeuse, columelle saillante, incisives centrales larges, oreilles légèrement décollées). Les examens complémentaires ont montré un EEG comportant une activité paroxystique centro-temporale bilatérale majorée au sommeil, une IRM cérébrale normale et un caryotype 46,XY. Un séquençage du génome entier (WGS) a été réalisé, révélant un nouveau variant synonyme du gène CNKSR2 à l’état hémizygote (NM_014927.5:c.519G>A), initialement classé comme variant de signification incertaine (VUS) selon les critères de l’ACMG. Toutefois, compte tenu de son impact délétère prédit sur l’épissage et de la concordance phénotypique observée chez notre patient avec les atteintes décrites dans le cadre des variants CNKSR2, une reclassification en probablement pathogène peut être envisagée. Par ailleurs, une étude fonctionnelle complémentaire est envisageable afin de confirmer son rôle pathogène. Conclusion Ce cas met en évidence l’intérêt du séquençage génomique dans l’épilepsie pharmacorésistante et les troubles neurodéveloppementaux. L’identification de ce variant du gène CNKSR2 élargit le spectre mutationnel connu et contribue à une meilleure caractérisation des phénotypes associés, ouvrant la voie à un conseil génétique plus précis et à une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques.

Introduction : Les troubles du neurodéveloppement (TND) sont l’un des principaux motifs de consultation en génétique. Pourtant, les descriptions du phénotype fonctionnel demeurent souvent limitées et ne permettent pas de rendre compte de la variabilité des profils cliniques observés. Le recours à des termes diagnostiques généraux (TND, troubles des apprentissages, ...), trop imprécis, complique la constitution de cohortes cliniquement homogènes, indispensables pour progresser dans l’identification des bases moléculaires de certains phénotypes particuliers ou pour caractériser précisément les phénotypes cliniques associés à la découverte de nouvelles bases moléculaires. Certains phénotypes fonctionnels atypiques sont en outre particulièrement difficiles à explorer et nécessitent des évaluations pluridisciplinaires répétées. Patients et méthodes : Nous rapportons la description phénotypique et moléculaire d’une famille présentant un profil atypique d’accès au langage écrit, avec des difficultés à reconnaître les lettres et chiffres, des stratégies de contournement, rendant l’accès au langage écrit très coûteux. Des difficultés d’évocation à l’oral sont également retrouvées. Cette présentation clinique, se rapprochant d’une forme d’alexie développementale, a été explorée par des évaluations neuropsychologique, orthophonique, ergothérapique, en raison d’un retentissement majeur sur le quotidien, alors que les efficiences intellectuelle et sensorielles sont préservées. La terminologie « d’alexie », issue de la sémiologie lésionnelle neurologique, ne traduit pas pleinement la réalité clinique, nous proposons donc d’utiliser le terme de « dysgnosie des signes conventionnels ». Résultats : Les évaluations pluridisciplinaires tendent à montrer une spécificité de l’atteinte sur les signes conventionnels avec un manque d’automatisation de la reconnaissance de lettres et nombres, une grande difficulté à identifier des pseudomots parmi de vrais mots, une écriture phonétique. Les explorations génétiques réalisées dans cette famille ont compris une analyse en CGH array et un séquençage de l’exome, retrouvent une duplication en 15q12q13.1 et une variation faux sens hétérozygote dans le gène GABBR2 (gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2), toutes deux classées de signification incertaines, et héritées du père symptomatique. Le gène GABBR2 a déjà été rapporté chez quelques patients avec TND beaucoup plus sévère (Neurodevelopmental disorder with poor language and loss of hand skills, MIM#617903). Discussion : Les classifications actuelles (DSM-5, CIM-11) ne reconnaissent pas ce type de description phénotypique, qui ne correspond à aucune des catégories existantes. Nous proposons d’utiliser le terme de « dysgnosie des signes conventionnels » pour la décrire. L’identification d’autres patients présentant ce profil permettrait de consolider sa reconnaissance en tant qu’entité clinique et d’évaluer une éventuelle association avec le gène GABBR2.

Contexte L'ATP9A appartient à la famille des protéines P4-ATPase et jouerait un rôle dans le transport vésiculaire de l'appareil de Golgi vers la membrane plasmique, ainsi que dans la libération des vésicules extracellulaires des cellules humaines. En 2021, un variant de perte de fonction de ce gène a été associé à un trouble neurodéveloppemental de transmission récessive caractérisé par un déficit cognitif sévère, un retard moteur, des troubles du langage, de la motricité fine et du comportement (trouble de l'attention avec hyperactivité et agressivité). En 2025, un variant faux-sens de novo dans ce même gène a par ailleurs été identifié comme étant associé à un trouble neurodéveloppemental de transmission dominante présentant un phénotype très similaire. Objectif Nous avons séquencé le génome complet d'un groupe de 38 patients atteints de schizophrénie ou de trouble schizo-affectif et leurs parents. Résultats : Nous avons identifié trois nouveaux variants de novo dans le gène ATP9A chez deux patients non apparentés. Un individu présentant une psychose sévère a été identifié comme porteur d'un variant synonyme de novo, c.2113C>T (p.(Leu705=)), dans le gène ATP9A. Ce variant a été prédit par tous les logiciels comme altérant le site d'épissage 5' de l'intron 9 et a été confirmé comme perturbant l'épissage normal du gène dans un test in vitro minigène. Le deuxième individu, qui présentait une schizophrénie réfractaire, s'est révélé être porteur de deux variants du gène ATP9A : un variant non-sens de novo (c.1740C>G ; p.(Tyr580*)) et une grande délétion de novo incluant les exons 18 et 19 du gène ATP9A (GRCh38 : g.51517885_51628972del). Discussion Nos résultats montrent que les personnes porteuses de variants du gène ATP9A peuvent présenter de graves troubles psychiatriques, quel que soit le mode de transmission héréditaire. Dans notre cohorte, 5 % des patients étaient porteurs d'un variant de novo dans ce gène. Cela suggère que l'ATP9A, qui joue un rôle dans le développement neuronal, pourrait être impliqué dans le développement de troubles psychiatriques, et qu'il faudrait accorder une attention particulière aux personnes hétérozygotes. Pour renforcer nos observations, la plus grande méta-analyse d'exome réalisée par le consortium SCHEMA a révélé que les variants tronqués et pathogènes du gène ATP9A étaient significativement associés à la schizophrénie (p = 0,000372 ; OR = 5,48).

Introduction : En 2023, les variations faux-sens du gène DOT1L ont été rapportées dans un syndrome de transmission autosomique dominante associant troubles du neurodéveloppement avec une atteinte prédominant sur le langage et des anomalies congénitales dans une cohorte post-natale de neuf patients. Le mécanisme physiopathologique rapporté dans cette étude est de type gain de fonction. Récemment, une nouvelle cohorte de 16 patients a été publiée. Cette étude complète la description phénotypique et implique pour deux patients des variations tronquantes avec un mécanisme physiopathologique de type perte de fonction. Nous rapportons le vingt-sixième patient présentant ce phénotype. Méthode : Une étude par séquençage de génome entier (WGS) en trio a été réalisée chez une patiente de 10 ans présentant un retard de développement global affectant principalement le langage et le comportement. Résultats : L’examen clinique a révélé une hypotonie, des anomalies ophtalmologiques et musculo-squelettiques et des éléments morphologiques particuliers. L’IRM encéphalique a révélé la présence d’hypersignaux de la substance blanche. L’étude par WGS a mis en évidence une variation hétérozygote faux-sens de novo de l’exon 4 du gène DOT1L (c.161C>T; p.(Ala54Val)) qui est rapportée pour la première fois comme responsable d’un phénotype avec retard de développement et anomalies congénitales. Discussion : Nous présentons la première revue de la littérature relative aux variations connues du gène DOT1L et discutons brièvement de la corrélation génotype-phénotype entre les variations perte de fonction et celles gain de fonction, ainsi qu'une description complète du phénotype de notre patiente. Les signes les plus constants rapportés chez les patients, y compris le nôtre, sont un retard global du développement associé à des effets prédominants sur le langage et le comportement et éventuellement des caractéristiques faciales.

Introduction: MED13L code pour une sous-unité du module CDK8-kinase du complexe Mediator. Son haplo-insuffisance entraîne un trouble du neurodéveloppement syndromique caractérisé par une hypotonie, une déficience intellectuelle avec atteinte sévère du langage et des troubles du comportement. Une dysmorphie avec des fentes palpébrales courtes et/ou orientées vers le haut, et une bouche large, souvent ouverte avec langue protruse est décrite. Une épilepsie, des malformations musculo-squelettiques, cardiaques et également fente palatine postérieure/ séquence de Pierre Robin sont également rapportées. Il s’agit le plus souvent d’altérations tronquantes. Néanmoins, plusieurs variants faux-sens ont été rapportés, dont certains récurrents, et localisés principalement dans les exons 15 à 17 et 25 à 31. Des données cliniques et photographiques sont disponibles dans la littérature pour un individu porteur du variant p.Pro866Leu et pour trois individus porteurs du variant p.Pro869Ser (tous deux situés dans l’exon 15, ne correspondant pas à un domaine protéique connu). Ces individus présentent un phénotype plus sévère que ceux porteurs de variants tronquants. Méthodes/Résultats : Nous rapportons ici trois individus non apparentés porteurs du variant récurrent p.Pro866Leu, survenu de novo, et présentant un tableau clinique remarquablement similaire incluant une microcéphalie progressive pré- et/ou post-natale, un trouble du développement intellectuel modéré à sévère prédominant sur le langage, une atteinte musculo-squelettique avec hyperlaxité, brachytéléphalangie, fetal pads, scoliose sévère, coxa valga, os graciles, ostéoporose et fractures. La morphologie faciale se caractérise par un aspect de « masque facial » avec saillie de la métopique, des paupières effilées et éversées et, une lèvre supérieure fine. De façon intéressante, les individus précédemment rapportés dans la littérature avec les variants aux codon Pro866 et Pro869 partagent ces mêmes traits morphologiques qui se distinguent de ceux des patients porteurs de variants tronquants. De plus, la microcéphalie et l’habitus gracile observé chez les individus avec variant aux codons 866 et 869 contrastent avec le morphotype trapu observé chez la majorité des patients présentant le syndrome d’haplo-insuffisance de MED13L. Conclusion : Ces trois cas renforcent l’hypothèse d’un mécanisme dominant-négatif ou gain de fonction pour ce cluster de variants faux-sens touchant des résidus hautement conservés (Pro866 et Pro869), responsables d’un phénotype reconnaissable et distinct du syndrome associé à l’haplo-insuffisance de MED13L.

Les troubles du développement intellectuel (TDI) sont l’un des principaux troubles du neurodéveloppement (TND). Ils concernent près de 3 % de la population générale et sont souvent associés à d'autres troubles du neurodéveloppement, comme l’épilepsie ou les troubles du spectre autistique. Les causes de ces affections sont diverses et plus de 40 % des cas demeurent encore inexpliqués. Récemment, notre équipe a identifié un variant homozygote dans le gène RMC1 (Regulator of Mon1 Ccz1) chez deux frères atteints d’un TDI syndromique avec une absence de langage, des anomalies hépatiques, une peau atypique ainsi qu’un retard de maturation cérébrale à l’IRM et, pour l’un d’eux, un syndrome de West. Le gène RMC1 code une protéine impliquée dans la voie de l’autophagie, mécanisme d’autodigestion des composants intracellulaires ayant un rôle physiologique essentiel pour l’homéostasie cellulaire. Ce processus est encore plus important dans les neurones qui sont des cellules post-mitotiques et nécessitent une élimination des protéines et organites non fonctionnels rapide. La protéine RMC1 stabilise le complexe MON1-CCZ1 qui permet le recrutement de Rab7, une petite GTPase indispensable à la maturation des autophagosomes et à leur fusion avec les lysosomes. Nos résultats obtenus sur les fibroblastes des patients montrent une perturbation du flux autophagique. L’expression des protéines p62 et LC3B, principaux marqueurs de dérèglement de cette voie, est plus importante chez le patient après inhibition de l’autophagie comparée au contrôle. De plus, les structures Lc3B positives sont plus larges et il y a une augmentation du nombre de structures p62 positives. En parallèle, nous avons mesuré une diminution de l’expression de la protéine MON1 chez le patient ce qui pourrait suggérer une instabilité du complexe et un défaut de maturation. L’étude de la colocalisation de CD63 et de Rab7 confirme un taux de vésicules matures plus faible chez les patients. Enfin, la mesure de la fusion avec le plasmide ptfLC3 montre un taux d’autolysosomes plus faible chez le patient après 4h de déplétion en sérum comparé au contrôle. Ces résultats montrent que la voie de l’autophagie est perturbée chez les patients présentant un variant dans le gène RMC1 et appuient son implication dans leur pathologie. Une étude des neurones dérivés de cellules iPS de ces patients nous permettra de mieux comprendre le rôle de RMC1 dans les neurones et l’importance de cette voie au niveau du développement cérébral.

Le syndrome d'Adams-Oliver (SAO) est une affection héréditaire multisystémique rare, caractérisée par une aplasia cutis congénitale, des anomalies terminales des membres et des malformations cardiaques congénitales. Elle est fréquemment associée à d’autres anomalies, notamment cutanées, hépatiques et neurologiques. Six gènes sont impliqués : les formes autosomiques dominantes sont liées à des variants pathogènes dans ARHGAP31, DLL4, NOTCH1 et RBPJ, et les formes autosomiques récessives à DOCK6 et EOGT. Parmi eux, DOCK6 joue un rôle crucial dans la stabilité vasculaire, l’organisation du cytosquelette d’actine et l’adhésion endothéliale. Ses variants pathogènes peuvent être associés à des malformations cérébrales et à la déficience intellectuelle. Nous décrivons un nouveau variant bi-allélique de DOCK6 (c.1833_1G>T, NM_020812.4) identifié chez trois familles réunionnaises non apparentées. Cette variation était présente à l’état hétérozygote chez 25 des 2228 individus issus de la base d’exomes locale, soit une fréquence de 1 %. Aucun individu n’était homozygote. Cliniquement, les personnes atteintes présentaient une hétérogénéité phénotypique marquée. Certaines avaient la triade classique du SAO, d'autres présentaient surtout des atteintes neurologiques, notamment anomalies de migration neuronale et lésions vasculaires. Cette variabilité complique le diagnostic, en particulier en l'absence de caractéristiques majeures. La fréquence et la récurrence de ce variant pourraient faire suspecter un effet fondateur à La Réunion. Le but de notre étude est de répertorier le tableau clinique les patients présentant cette variation génétique, afin de pouvoir évaluer, dans le futur, la possibilité d’un effet fondateur pour ce gène sur l'ile de La Réunion.

Les protéines Argonaute (AGO) sont impliquées dans la régulation post-transcriptionnelle de l’expression des ARN messagers par les petits ARN non codants via le complexe RISC. Des variants faux-sens de novo et des délétions en phase dans les gènes AGO sont associés à un trouble du neurodéveloppement (NDD), caractérisé par une déficience intellectuelle, de l’autisme, des anomalies cérébrales et de l’épilepsie, appelé syndrome Argonaute. À ce jour, plus de cinquante individus atteints de NDD et portant un variant pathogène dans AGO1 ont été rapportés, les plus récurrents étant Gly199Ser et Phe180del. Chez C Elegans, ces deux variants affectent le développement et la survie du ver. De manière à pouvoir étudier comment ces variants affectent le développement du cerveau, nous avons introduit la variation Gly199Ser dans des cellules pluripotentes induite que nous avons différencié en progéniteurs neuronaux. Une analyse transcriptomique a permis de détecter plusieurs centaines de transcrits codant et plus d'une cinquantaine de microARN dont l'expression est affectée par la variation. Ces variations sont confirmées également lors de l'analyse de single cell RNAseq réalisée sur un modèle de différentiation 3D en organoides cerebraux. Cette analyse a également révélé des changements dans les proportions de neurones et progéniteurs neuronaux obtenus dans les organoïdes mutés comparés à leurs isogéniques. Dans l’ensemble, ce travail contribue à élucider comment les variants d’AGO1 perturbent les étapes clés du développement cérébral, conduisant à des troubles du neurodéveloppement, et pourrait faciliter l’identification de cibles thérapeutiques potentielles.

Contexte et objectifs Le syndrome CDG type IIc (OMIM #266265, déficit en GDP-fucose transporter 1, gène SLC35C1) est une maladie autosomique récessive rare entraînant un trouble du neurodéveloppement syndromique avec anomalies osseuses, infections répétées, hypotonie, troubles alimentaires, dysmorphie lié à un déficit de fucosylation. La fucosylation joue un rôle majeur dans la structure des glycoprotéines, l’adhésion leucocytaire, l’immunité, la biosynthèse des antigènes de groupes sanguins (ABH, LEWIS). Le diagnostic est complexe du fait de la variabilité clinique, du faible nombre de cas décrits (<10) et de la subtilité des anomalies biochimiques et génétiques. Nous rapportons un cas atypique illustrant les défis diagnostiques et le rôle du suivi clinique, de la génétique moléculaire, des analyses biochimiques et du phénotypage sanguin. Observation Un patient de 15 ans, né à 41 SA, eutrophe après une grossesse marquée par des fémurs courts, os propres du nez courts, et discordance des biométries céphaliques. Le caryotype foetal était normal. Il présente depuis la naissance un retard staturo-pondéral (-3DS) avec radiographies osseuses normales, hypotonie, retard global de développement et TSA, dysmorphie (traits grossiers). L’IRM cérébrale montre des kystes de l’antéhypophyse et hypersignaux diffus de la substance blanche temporale stables dans le temps. Un panel de gènes impliqués dans les anomalies de la substance blanche et une CGH-array, étaient sans anomalie significative. En 2017, un panel de 456 gènes impliqués dans les troubles du développement intellectuel a identifié deux variants faux sens du gène SLC35C1, hérités chacun d’un parent, de classe 3. Le séquençage du génome complet en trio (2023) confirme ces variants sans autre anomalie causale. Leur reclassement a reposé sur des analyses biochimiques spécialisées qui ont révélé une hypofucosylation des protéines sériques et un marquage très diminué des fibroblastes par la lectine AAL. Le phénotypage sanguin a d’abord montré un groupe Oh (phénotype Bombay) puis des analyses immuno-hématologiques montrent une présence de la substance H mais en faible quantité. Un phénotypage lymphocytaire a révélé une lymphocytose. Discussion Le diagnostic de déficit en GDP-fucose transporter 1 reste complexe, même avec les outils génétiques modernes, du fait de la variabilité phénotypique et de la subtilité des anomalies biochimiques. Ici, l’étude de fucosylation a fourni un indice secondaire utile au reclassement et à la prise en charge du patient. Ce parcours souligne l’importance d’une approche multidisciplinaire, l’apport déterminant des analyses de fucosylation, du phénotypage érythrocytaire, et de la génétique moléculaire dans l’identification d’un syndrome CDG IIc. Un traitement ciblé par L-fucose oral existe et pourrait permettre une amélioration clinique, en empruntant une voie métabolique alternative.

Contexte : Les troubles du spectre de l’alcoolisation fœtale (TSAF) sont la cause la plus fréquente de troubles neurocognitifs et d’inadaptation sociale, affectant une naissance sur 100. Le diagnostic reste difficile en France en raison du manque de connaissances des critères diagnostiques parmi les professionnels de santé. Depuis 2016, La Réunion étant devenue une région pilote pour l’identification, le diagnostic et la prise en soins des TSAF en France, le diagnostic a considérablement progressé, permettant la constitution d’une large série de patients. Une évaluation génétique systématique a été réalisée pour compléter le diagnostic étiologique. Objectif : Cette étude avait pour objectifs d’évaluer la prévalence et les types de variations du nombre de copies (CNV) chez les patients atteints de TSAF. Méthodes : Une analyse rétrospective des dossiers de 115 patients diagnostiqués avec un TSAF au Centre de référence pour les anomalies du développement et au Centre de diagnostic des TSAF du CHU a été réalisée. Les dossiers de tous les patients ont été examinés afin de recueillir leurs antécédents médicaux, leurs antécédents familiaux, leur phénotype clinique et les examens complémentaires, y compris les tests génétiques (CGH ou SNP array). Résultats : Des CNV ont été identifiés chez 23 % (27/115) de nos patients, répartis en 54 % (14/27) de variants pathogènes et 35 % (9/27) de variants de signification incertaine (VUS). Certains de ces CNV impliquent des gènes de la machinerie épigénétique tels que SH2B1 ou PRDM8. Conclusion : Un nombre particulièrement élevé de CNV a été retrouvé dans notre série (supérieur aux fréquences rapportées dans la littérature). Le phénotype clinique de nos patients pourrait donc être dû aux effets directs de l’exposition prénatale à l’alcool, mais aussi à la présence du CNV lui-même, ou aux deux. Le concept de vulnérabilités croisées doit être pris en compte : si l’alcool est connu pour affecter l’expression des gènes impliqués dans le développement embryo-fœtal, la perte ou le gain de certains gènes, dont certains impliqués dans la machinerie épigénétique, doit également influencer le phénotype clinique. De plus, nos résultats soulèvent une dernière question : l’association entre les TSAF et les CNV est-elle une coïncidence, ou l’alcool pourrait-il favoriser l’apparition de microremaniements via des cassures chromosomiques favorisées

Le syndrome de DeSanto-Shinawi (DESSH, OMIM #616708) est une affection neurodéveloppementale syndromique rare due à des variants pathogènes du gène WAC, codant une protéine impliquée dans la régulation transcriptionnelle, l’organisation de la chromatine et le développement neuronal. Ce syndrome se caractérise classiquement par un retard global du développement, une hypotonie néonatale, des troubles du comportement, une déficience intellectuelle variable et des particularités morphologiques spécifiques tels que l’hypertélorisme, l’hypoplasie du segment moyen de la face et des fentes palpébrales obliques vers le bas. La rareté des individus rapportés rend le spectre clinique incomplet, compliquant le diagnostic et la prise en charge. Nous décrivons trois individus porteurs de variants classés pathogènes (classe 5) ou de signification incertaine (classe 3) dans WAC. - Le premier individu, âgé de 9 ans, présente un retard global, une hypotonie néonatale, des troubles du comportement (intolérance à la frustration), des particularités morphologiques caractéristiques et un bilan malformatif normal (IRM cérébrale, échographies cardiaque et abdominale). Il souffre également de troubles digestifs, du sommeil, dentaires et ophtalmologiques (constipation chronique, caries et chevauchements, myopie, astigmatisme). - Le deuxième individu, âgé de 5 ans, a été adressé précocement pour hypotonie néonatale. Il partage un phénotype similaire, avec retard psychomoteur et troubles digestifs et du sommeil, sans anomalies paracliniques. - Le troisième individu est une fille âgée de 10 ans. Elle présente un phénotype élargi incluant trouble de l’attention sans hyperactivité, hyperlaxité articulaire, antéversion fémorale, hyperlordose, troubles digestifs atypiques, troubles visuo-spatiaux associés à un strabisme, implantation basse des cheveux et pilosité cervicale postérieure marquée. Son bilan abdominal révèle une dilatation pyélocalicielle gauche, les autres examens sont normaux. Un variant de classe 3 a été identifié avec une étude fonctionnelle en cours. Ces individus et leurs tableaux cliniques illustrent la grande variabilité phénotypique du DESSH à des âges différents, compliquant non seulement un diagnostic souvent tardif malgré l’accessibilité au séquençage génomique, mais aussi l’interprétation et la classification de variants génétiques moins caractérisés. Au regard de la diversité clinique et de probable sous-estimation de la prévalence du DESSH, nous avons lancé un un appel à collaboration international collectant des données cliniques, paracliniques et génétiques standardisées via REDCap. Les réponses à cet appel à collaboration permettent d’envisager une série d’environ 60 individus enfants et adultes porteurs de variants pathogènes ou probablement pathogènes de WAC. L’objectif final est d’améliorer le diagnostic précoce, le conseil génétique et la qualité de vie des individus atteints de DESSH.

Le séquençage du génome entier (WGS) est devenu un outil essentiel dans l’exploration des troubles neurodéveloppementaux complexes et des épilepsies résistantes. Au-delà des résultats primaires, il peut révéler des variants secondaires ayant des implications médicales et éthiques majeures. Nous rapportons le cas d’un adolescent de 16 ans présentant un trouble neurodéveloppemental complexe, une diplégie spastique, des traits autistiques et une épilepsie pharmacorésistante. Les explorations initiales (CGH-array, analyse de l’X fragile) étaient non contributives. Un WGS en trio a permis d’identifier deux variants hétérozygotes hérités du père ont été identifiés : - Un variant faux-sens du gène TSC2 (c.5074G>C, p.Glu1692Gln), classé comme variant de signification incertaine (VOUS), mais absent des bases de données de population et situé sur un résidu conservé. - Un variant tronquant du gène CDH1 (c.1942G>T), pathogène et responsable du syndrome de cancer gastrique diffus héréditaire (HDGC) selon the International Gastric Linkage Consortium (IGCLC) Le variant TSC2 pourrait contribuer au phénotype neurologique malgré l’absence de manifestations extracérébrales typiques. Le variant CDH1, découvert fortuitement, représente une donnée secondaire actionnable au sens des recommandations ACMG. Sa restitution soulève toutefois des enjeux éthiques majeurs liés à la minorité du patient et à l’absence du père, principal concerné, n’ayant pas participé à la consultation d’annonce. Ce cas illustre le double apport du WGS : - Médical, en élargissant le spectre diagnostique des épilepsies complexes via l’identification de variants candidats. - Éthique, en posant la question de la restitution des résultats secondaires chez l’enfant et des difficultés de communication familiale. Il souligne la nécessité d’un cadre adapté pour la gestion intergénérationnelle et éthique des données génomiques.

L’épissage constitue un processus essentiel de maturation de l’ARN et mobilise deux machineries : le spliceosome majeur, bien connu, qui assure l’excision de plus de 200 000 introns majeurs/U2, et le spliceosome mineur, responsable de l’excision d’environ 1 000 introns mineurs/U12 répartis dans 835 gènes (U12) chez l’Homme. Ces deux spliceosomes sont composés de cinq snRNPs, chacun constitué d’un snRNA et de protéines associées. Des mutations du gène RNU4ATAC, transcrit en U4atac intervenant dans le spliceosome mineur, sont à l’origine de syndromes neurodéveloppementaux rares, caractérisés principalement par une microcéphalie, une ostéodysplasie et un retard de croissance. Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques des RNU4ATAC-opathies, nous avons généré des modèles de poisson-zèbre déficients en u4atac par morpholino (MO) et exprimé U4atac humain, sauvage ou muté. Nous avons mis en évidence que la perte de fonction (LOF) d’u4atac (par MO ou mutation) induit des anomalies du développement liées aux cils, en plus d’une sévère microcéphalie. Pour identifier les gènes U12 contribuant le plus à ces phénotypes, nous avons réalisé un séquençage ARN à partir de têtes d’embryons de poisson-zèbre âgés de 2 jours post-fécondation. Nous avons observé que 60 à 96 % des introns U12 des gènes exprimés sont significativement retenus dans les transcrits d’ARNm en conditions de déficit en u4atac, plus de la moitié présentant une forte rétention d’intron (IR) (ΔIRratio > 10 %), tandis que les niveaux globaux d’expression génique restent inchangés. En croisant ces données avec celles obtenues à partir de cellules de patients, nous avons identifié 90 gènes communs présentant une rétention d’intron U12. Nous avons choisi de nous concentrer sur deux gènes liés à la genèse des cils, RFX7 et TMEM107. Nous avons validé l’expression des orthologues de RFX7 et TMEM107 au cours du développement du poisson-zèbre, ainsi que les défauts d’épissage des introns U12 dans les modèles déficients en U4atac, aussi bien chez le poisson-zèbre que dans des progéniteurs neuronaux et neurones dérivés d’iPSC humaines. De plus, la perte de fonction de rfx7b et tmem107l, induite par CRISPR ou MO chez le poisson-zèbre, conduit à une microcéphalie et une hydrocéphalie sévères, ainsi que d’autres caractéristiques observées chez les morphants u4atac. Des expériences d’épistasie confirment l’implication de ces gènes, conjointement à u4atac, dans l’apparition de la microcéphalie. Ces résultats désignent RFX7 et TMEM107 comme contributeurs à la microcéphalie des RNU4ATAC-opathies, et ils pourront potentiellement être utilisés comme cibles thérapeutiques à l’avenir. Des expériences de sauvetage du morphant u4atac par des ARNs correctement épissés issus de ces deux gènes candidats sont en cours, et finiront d’établir TMEM107 et RFX7 comme contributeurs majeurs à la microcéphalie observée chez les patients.

Les troubles congénitaux de la glycosylation constituent un groupe génétiquement et cliniquement hétérogène de plus de 130 maladies causées par des anomalies survenues à diverses étapes des voies de modification des glycanes avec des manifestations multisystémiques. Le trouble congénital de glycosylation COG5 (COG5-CDG, anciennement connu sous le nom de trouble congénital de glycosylation de type IIi) est une maladie héréditaire autosomique récessive qui provoque des symptômes neurologiques et d'autres troubles. Les individus atteints de COG5-CDG développent généralement une hypotonie, un retard de développement, une déficience intellectuelle modérée à sévère, un retard d'élocution, des troubles de la coordination et de la marche. Les autres caractéristiques cliniques du COG5-CDG sont une petite taille, une microcéphalie, une dysmorphie faciale, une perte auditive et une déficience visuelle Nous rapportons le cas d'un enfant marocain âgé de 6 ans, consanguin premier degré, adressé à l'unité de génétique médicale pour retard psychomoteur et comportement autistique. L'examen clinique révèle une microcéphalie, une dysmorphie faciale et une hypoplasie du corps calleux à l'IRM cérébrale. Le caryotype standard était normal. Une ACPA a été réalisée et a révélé une duplication homozygote de la région 7q22.3. Cette anomalie est le résultat de deux duplications trans héritées de chaque parent. Les deux parents portent une duplication hétérozygote de cette région. Cette duplication (CNV) est localisée au sein du gène COG5 impliqué dans la maladie : Trouble congénital de glycosylation de type IIi. Cette CNV est considérée comme probablement pathogène (classe IV) et responsable du phénotype du patient. Un conseil génétique de maladie autosomique récessive a été prodigué à la famille La prise en charge reste symptomatique et implique une thérapie psychomotrice et orthophonique avec un suivi neuropédiatrique et ophtalmologique. Cette observation représente une situation particulière où l’ACPA peut poser le diagnostic d'une maladie monogénique autosomique récessive chez une famille consanguine.

Résumé – Réévaluation diagnostique en génétique métabolique : quand le phénotype et l’avancée des connaissances conduisent à revisiter un diagnostic établi Les avancées récentes du séquençage haut débit (exome, génome) et de l’interprétation des variants permettent de réinterroger certains diagnostics anciens, en particulier dans les maladies métaboliques héréditaires. En effet, des anomalies biochimiques détectées lors du dépistage néonatal ou d’explorations systématiques peuvent parfois être retrouvées chez des individus asymptomatiques, remettant en question la pathogénicité initialement attribuée. Dans ce contexte, une réévaluation diagnostique, croisant phénotype détaillé et données génétiques actualisées, devient indispensable. Deux observations illustrent cette démarche : Patient 1 : initialement diagnostiqué avec une hyperprolinémie de type I, affection longtemps considérée pathogène. L’évolution des connaissances a montré que cette anomalie pouvait être isolée, sans impact clinique significatif. La réévaluation, via séquençage du génome, a révélé une mutation de novo du gène TRPM3, bien corrélée au phénotype et ayant conduit à un ajustement du conseil génétique. Patient 2 : supposé atteint de galactosémie, mais dont les manifestations cliniques divergeaient du tableau attendu. Une nouvelle analyse a mis en évidence une mutation homozygote du gène ROGDI, responsable d’un phénotype en bien meilleure adéquation avec la présentation du patient. Ces investigations ont donc permis d’identifier deux pathologies génétiques distinctes, plus cohérentes avec les signes observés, et d’adapter la prise en charge ainsi que le conseil familial. Ces cas soulignent l’importance de questionner un diagnostic métabolique ancien dès lors qu’il n’explique pas complètement le phénotype ou que les profils biochimiques apparaissent atypiques. Le recours au séquençage haut débit s’impose comme un outil majeur pour affiner ou corriger le diagnostic, optimiser le conseil génétique et ajuster le suivi médical. À la lumière de ces expériences, d’autres dossiers similaires sont actuellement en cours de réévaluation.

Le diagnostic étiologique des troubles du neurodéveloppement (TND) d’origine génétique peut être difficile en raison d’une grande diversité des présentations cliniques et d’une hétérogénéité génétique. Le séquençage génomique permet l’identification de variations génétiques, mais l’affirmation de leur rôle pathologique est une étape critique dans l’examen diagnostique en génétique. Malgré l’amélioration des outils bio-informatiques, l’interprétation des variants situés dans les régions 5’UTR et 3’UTR des gènes est souvent difficile et requiert parfois des tests fonctionnels. Nous rapportons le cas d’un garçon de 2 ans et 7 mois, présentant un retard global du développement, initialement moteur, associé à une microcéphalie progressive apparue dès 6 mois. Les premiers examens réalisés (IRM cérébrale, analyse du gène FMR1, ACPA) n’ayant pas permis de poser le diagnostic étiologique, un examen de génome en trio (cas index et parents) a été réalisé. Il a mis en évidence le variant NM_001083962.2(TCF4):c.*1A>G à l’état hétérozygote, survenu de novo dans la région 3'UTR du gène TCF4. Ce variant, absent de gnomAD v4, avait été rapporté une fois comme VSI dans ClinVar. L’analyse in silico (SpliceAI, RNA Splicer, MaxEntScan) a noté qu’il pourrait altérer l’épissage avec diverses conséquences fonctionnelles possibles. Ce variant avait été par ailleurs rapporté chez un autre patient (en Chine) présentant des TND et les analyses avaient retrouvé chez ce patient-là l’existence d’un produit d’épissage aberrant, conséquence d’une délétion des 8 derniers nucléotides codant la protéine TCF4 qui entraînerait la perte du codon stop et un allongement de la protéine. Les connaissances sur l’effet fonctionnel de ce variant sont pour le moment limitées pour affirmer son rôle causal dans la genèse de TND. Nous poursuivons donc l’étude de cette variation identifiée pour la deuxième fois chez un patient atteint de TND. Le gène TCF4 code un facteur de transcription clé du développement cérébral. Ses variants pathogènes sont impliqués dans le syndrome de Pitt-Hopkins (OMIM #610954) et d’autres formes de TND à mode de transmission autosomique dominant. Le phénotype de notre patient (microcéphalie, particularités morphologiques, astigmatisme, retard global de développement) rentre dans ce spectre clinique. Les résultats de notre étude permettront probablement une reclassification de ce variant dont le rôle causal reste encore incertain. Ce dossier clinique souligne la difficulté de l’interprétation des variations génétiques identifiables dans les régions 3’UTR. Malgré l’amélioration des prédictions bio-informatiques, la classification de tels variants nécessite la réalisation de tests fonctionnels pouvant être complexes.

Contexte. L’excès de croissance cérébrale (mégalencéphalie, MEG) est une cause habituelle de macrocéphalie chez des personnes avec ou sans trouble du développement intellectuel (TDI). Elle peut être isolée ou syndromique. Il en existe plus de 70 causes génétiques rares, la plupart étant de découverte récente. Il n’existe pas d’étude rapportant le résultat du séquençage de l’exome ou du génome dans ce groupe de patients. Objectifs. Décrire les résultats du séquençage pangénomique réalisé chez les patients avec une MEG examinés dans notre unité de génétique clinique. Méthodes. Les dossiers des patients avec une macrocéphalie 1) ayant un périmètre crânien (PC) atteignant ou dépassant +3 déviations standards (DS), 2) avec une IRM cérébrale prouvant une MEG, ont été sélectionnés à partir de la base des comptes-rendus de l’unité avec les mots-clés « macrocéphalie » et « mégalencéphalie ». Les patients ont tous été examinés dans le service entre 2015 et 2025 et ont bénéficié d’un séquençage d’exome local et/ou du génome au laboratoire SeqOIA. Résultats. Nous avons retrouvé les dossiers de 151 individus répondant aux critères d’inclusion et ayant bénéficié d’un séquençage d’exome (ES, n=77), du génome (GS, n=51) ou des deux (n=23). Ces examens ont permis 1) d’établir le diagnostic étiologique de la MEG dans 73 cas (48%), que le patient ait ou n’ait pas un TDI, 2) d’établir celui du TDI dans 5 cas sans expliquer la MEG, 3) de révéler un variant dans un gène candidat chez 5 individus. Des variants pathogènes ou probablement pathogènes (VP/PP) ont été identifiés dans 53 gènes. La plupart étaient dominants survenus de novo (70%), 10% étaient dominants hérités, 10% récessifs. Les gènes les plus représentés (n≥5) étaient PTEN, CHD8 et DNMT3A. Seize des 73 MEG d’étiologie résolue étaient expliquées par un VP/PP dans un gène codant la voie PI3K-AKT-mTOR. La proportion de VP/PP du gène PTEN est très sous-estimée car la majorité des patients avec une maladie de Cowden, la cause la plus fréquente, avaient été identifiés lors d’études ciblées du gène. Quarante-six (63% des diagnostics) étaient attribuées à des VP/PP dans des gènes codant pour des protéines régulant l’expression d’autres gènes. Parmi ces gènes, 16 interviennent dans le remodelage de la chromatine, 10 sont des facteurs régulateurs de la transcription, 3 interagissent avec les ARN. Conclusion. Le rendement du séquençage pangénomique à la recherche de l’étiologie des MEG est aussi élevé que celui des TDI, y compris lorsque l’on retranche de l’analyse les patients avec une maladie de Cowden. Notre étude confirme l’importance des gènes de la voie PI3K-AKT-mTOR bien connus comme facteurs de survie et de croissance cellulaire impliqués dans le développement cérébral. Les autres facteurs impliqués dans la croissance cérébrale sont moins connus. Les résultats indiquent de nombreux gènes modulateurs de l’expression génique laissant envisager un ou des effecteurs biologiques communs à plusieurs de ces gènes de MEG.

ZNHIT3 (zinc finger HIT type containing protein 3) est une protéine conservée au cours de l’évolution, nécessaire à la biogenèse des ribosomes en médiant l’assemblage des petits ARN nucléolaires (snoARNs) de classe C/D dans des complexes ribonucléoprotéiques (snoRNPs). Des mutations faux-sens du gène codant la protéine ZNHIT3 ont déjà été rapportées comme cause du syndrome PEHO, un trouble neurodéveloppemental sévère apparaissant typiquement après la naissance. Nous rapportons ici le cas de deux fœtus issus d’une même famille, présentant un hydrops isolé au début du deuxième trimestre de grossesse, aboutissant à un décès in utero. L’autopsie n’a révélé aucune malformation associée. Grâce à une analyse par génome en quatuor, nous avons identifié deux nouveaux variants dans le gène ZNHIT3, hérités chacun d’un parent sain, et présents sous forme d’hétérozygotes composites chez les deux fœtus. Le variant p.Cys14Arg provenait du père, tandis que le variant p.Glu84Alafs*8 était d’origine maternelle. L’analyse de ces variants dans des modèles de culture cellulaire humaine montre qu’ils réduisent tous deux la croissance cellulaire, bien que de manière différente, et altèrent la stabilité et la fonction de la protéine selon des mécanismes distincts. Le variant p.Glu84Alafs*8 conduit à la production d’une forme stable de ZNHIT3 dépourvue d’un domaine requis pour la biogenèse des snoRNPs, tandis que le variant p.Cys14Arg se comporte de façon similaire aux variants associés au PEHO déjà décrits, qui déstabilisent la protéine. Les deux variants entraînent d’importantes modifications de l’expression génique, aboutissant à une diminution marquée des niveaux de certains snoARNs de type C/D, à une réduction de la traduction cellulaire et à une hypométhylation 2’-O-méthyl spécifique de certains sites de l’ARNr. En résumé, ce travail élargit le spectre phénotypique du syndrome PEHO en y incluant des manifestations anténatales, et décrit les défauts moléculaires induits par deux nouveaux variants du gène ZNHIT3.

Les variants hétérozygotes pathogènes dans le gène PURA sont responsables du syndrome d'hypotonie-épilepsie-encéphalopathie sévère néonatale associé à PURA (MIM#616158), caractérisé par une hypotonie néonatale sévère, des difficultés alimentaires et respiratoires potentiellement létales, une épilepsie réfractaire et une absence d'acquisition de la marche et du langage. Récemment, un phénotype beaucoup plus modéré a été rapporté. Il s’agit d’une patiente et sa mère porteuses d’un variant faux-sens pathogène dans le gène PURA qui présentaient un tableau de trouble du langage réceptif et expressif avec QI borderline. Les 2 patientes ont suivi un cursus scolaire classique avec soutien (Hildebrand et al., 2024). Nous rapportons trois nouveaux patients porteurs de variants faux-sens de novo dans le gène PURA présentant également un phénotype de trouble de développement plus modéré que le phénotype classique. Les patients ont acquis la marche (entre 20 et 36 mois) et le langage (retard variable). Une patiente présente un QI borderline et est scolarisée en école classique avec soutien. Les deux autres ont une déficience intellectuelle modérée. Un patient présente une épilepsie bien contrôlée. Deux patients sont porteurs du même variant p.(Arg171Gly) et l’autre porteuse du variant p.(Arg164Cys)). Ces variations avaient été initialement classés comme variants de signification incertaine (VSI) puisque le phénotype clinique n’était pas concordant avec la littérature, avant d’être reclassés en pathogène. Nos données confirment un spectre phénotypique plus large associé aux variants pathogènes dans le gène PURA. La connaissance de ce phénotype est essentielle pour une meilleure interprétation des variants et fournir un pronostic et un conseil génétique adaptés aux familles.

Résumé – Association entre mutations DNMT3A gain de fonction et paragangliomes : à propos d’un cas clinique Le gène DNMT3A, acteur clé de la méthylation de l’ADN, est généralement associé au syndrome de Tatton-Brown–Rahman par des mutations perte de fonction. Récemment, des variants activateurs localisés dans le domaine PWWP ont été décrits : ils augmentent l’activité méthyltransférase, entraînent une hyperméthylation aberrante de gènes du développement (notamment les homeobox) et favorisent la survenue de paragangliomes. Nous rapportons une patiente adulte suivie pour un trouble des apprentissages, chez laquelle ont été diagnostiqués des paragangliomes cervicaux. Le séquençage a identifié une mutation hétérozygote du domaine PWWP de DNMT3A, interprétée comme un gain de fonction. Ce cas vient renforcer l’association déjà décrite entre mutations activatrices de DNMT3A et prédisposition aux paragangliomes. Il met aussi en évidence un chevauchement phénotypique entre atteinte neurodéveloppementale et susceptibilité tumorale, suggérant un continuum entre maladies du développement et oncogénétique. Cette observation souligne la nécessité d’une vigilance clinique particulière chez les patients porteurs de mutations DNMT3A gain de fonction. Elle appelle à la mise en place d’études collaboratives et prospectives pour mieux définir le spectre tumoral associé, préciser la pénétrance et établir des recommandations de surveillance adaptées.

Introduction: La maladie de Cowden est une maladie génétique rare liée à des mutations du gène PTEN, associée à des manifestations somatiques et neurologiques hétérogènes. L’étude COSEA a montré que 40% des enfants présentent un trouble du développement intellectuel (TDI) et/ou un trouble du spectre de l’autisme (TSA). L’objectif de cette étude ancillaire est de caractériser le profil neuropsychologique des enfants qui en sont atteints et qui n’ont ni TDI ni TSA associé. Méthodologie: Parmi les enfants avec une maladie de Cowden ayant bénéficié d’une évaluation neuropsychologique dans notre service, 13 d’entre eux n’ont ni TDI ni TSA. Nous rapportons les données de l’analyse des évaluations neuropsychologiques standardisées de ces 13 enfants (âgés de 6 à 17 ans) couvrant le développement précoce, la scolarité, les fonctions instrumentales, exécutives, attentionnelles, la cognition sociale et les comportements. Résultats: Un retard de langage est retrouvé chez 8/13 enfants et un retard de marche chez 9/13. Les difficultés de motricité fine sont fréquentes (10/13). Sur le plan scolaire, 10/13 nécessitent une adaptation et tous bénéficient de prises en charge rééducatives. Les relations sociales sont fragiles chez 8/13. Les fonctions instrumentales montrent une atteinte de la perception visuelle (12/13). Sur le plan exécutif, l’inhibition est déficitaire chez 3/13, la flexibilité chez 5/11, tandis que la planification est préservée. En cognition sociale, 6/12 présentent une conscience de soi faible, 4/13 une théorie de l’esprit altérée, et 4/13 une reconnaissance des affects déficitaire. Les troubles de l’attention sont très fréquents (6/8 au Conners), tout comme l’anxiété (6/11 au CBCL). Conclusion: Chez les enfants avec une maladie de Cowden sans TDI ni TSA, les difficultés scolaires, attentionnelles et instrumentales sont fréquentes et souvent associées à des difficultés d’interactions sociales et de l’anxiété. Ces résultats confirment les publications récentes et soulignent la nécessité d’un dépistage précoce, d’un bilan neuropsychologique systématique et d’une prise en charge pluridisciplinaire.

Introduction : Nous rapportons le cas d’une fratrie, un garçon né en 2015 et une fille née en 2018, présentant tous les deux un trouble du neurodéveloppement syndromique associant un retard psychomoteur, des traits autistiques, une surdité bilatérale, une cardiopathie et un rétrognatisme. La fille avait de plus une tâche hyperpigmentée étendue avec une syndactylie partielle droite 2-3ème orteils. Son frère présentait un phénotype Noonan-like avec des fentes palpébrales orientées en bas, en dehors, un ptosis gauche et une cryptorchidie bilatérale. L’analyse chromosomique sur puce à ADN était normale chez les deux enfants, tout comme le panel RASopathie chez le garçon. Il a été donc complété par une analyse du génome en quatuor dans le cadre du Plan France Médecine Génomique. Résultat : Mise en évidence chez les 2 enfants d’une duplication intragénique hétérozygote de 47819pb, de l’intron 7 jusqu’au début de l’intron 15 du gène ZMIZ1. La duplication du gène ZMIZ1 n’a pas été retrouvée chez les parents mais la récurrence suggère un mosaïcisme chez un des parents. Discussion/Conclusion: Cette duplication probablement pathogène explique une grande partie du phénotype observé. En effet, des variants perte de fonction du gène ZMIZ1 ont été décrits chez des patients présentant un retard global du développement syndromique de transmission autosomique dominante. Les phénotypes décrits chez ces patients sont variables même en intrafamilial. Les anomalies de la pigmentation ne sont en revanche pas décrites. Il s’agit d’un premier cas de réarrangement intragénique du gène ZMIZ1 dont le phénotype associé est de plus en plus décrit depuis 2019. Le rôle de ZMIZ1 comme co-régulateur transcriptionnel de récepteurs nucléaires sensibles aux hormones et du neurodéveloppement reste à explorer. Afin de mieux préciser le conseil génétique, une analyse sur d’autres tissus que le sang est nécessaire pour prouver le mosaïcisme chez les parents.

Introduction : Le syndrome d'Aicardi-Goutières (SAG) est une encéphalopathie héréditaire rare à début précoce caractérisée par une leucodystrophie, une atrophie cortico-sous-corticale, des calcifications des noyaux gris centraux ainsi qu’une lymphocytose et des taux élevés d'interféron alpha (IFN-α) dans le liquide céphalorachidien (LCR). Il est généralement causé par des mutations dans des gènes impliqués dans la réponse immunitaire innée et le métabolisme ou la réparation de l’ADN, notamment TREX1, RNASEH2 et SAMHD1. Compte tenu de la diversité du diagnostic différentiel, la confirmation moléculaire est essentielle. Nous rapportons le cas d'une famille marocaine originaire de Tanger atteinte du SAG type 2. Matériel et méthodes : Il s’agit d’une patiente de quatre ans et demi, issue d’un mariage consanguin au premier degré, présentant un retard de développement global, une microcéphalie, une spasticité et une épilepsie. L’IRM cérébrale a montré une atrophie cortico sous corticale et des calcifications intracrâniennes, y compris au niveau des noyaux gris centraux. Sa sœur aînée présente les mêmes manifestations cliniques. Un séquençage de l’exome complet (WES) a été réalisé. Résultat : Le WES a identifié un variant probablement pathogène au niveau du gène RNASEH2B à l’état homozygote : p.A177T (c.529G>A), ce qui confirme le diagnostic de syndrome d'Aicardi-Goutières de type 2. Les deux parents étaient porteurs hétérozygotes de ce variant. Un conseil génétique a été proposé à la famille, qui a opté pour un diagnostic préimplantatoire ou prénatal pour les futures grossesses. Discussion et Conclusion : Le syndrome d'Aicardi-Goutières, bien que rare, doit être suspecté devant une régression développementale associée à une spasticité et des calcifications intracrâniennes. Ce cas s’ajoute aux données récentes rapportant la mutation p.A177T du gène RNASEH2B chez plusieurs familles marocaines (Ouhenach et al., 2025). Sa mise en évidence dans notre observation renforce l’hypothèse d’un possible effet fondateur au Maroc et souligne l’importance de l’intégrer en première ligne du diagnostic moléculaire en cas de suspicion de l’AGS.

Introduction : Les jumeaux monozygotes discordants pour la trisomie 21 (T21) sont extrêmement rares, avec une incidence estimée à moins d’une grossesse sur 7 millions. Ils partagent un patrimoine génétique quasiment identique, à l’exception du chromosome 21 surnuméraire, permettant d’isoler l’effet spécifique de ce chromosome sur l’expression génique et l’épigénome. L’étude COLIBRI suit depuis fin 2022 deux paires de frères jumeaux discordants pour la T21 : l’une monozygote et l’autre dizygote, respectivement âgées de 4 et 9 à l’inclusion. Son objectif est de mettre en place une approche intégrée combinant analyses multi-omiques et modélisation cellulaire afin de mieux comprendre l’impact de la T21 sur les réseaux moléculaires et ses conséquences cliniques. Dans ce cadre, des cellules souches pluripotentes induites (iPS) ont été générées à partir de cellules somatiques des jumeaux monozygotes. Les iPS, cellules capables de se maintenir à l’état pluripotent et de se différencier en tous types cellulaires, permettent ainsi de modéliser des maladies et de tester de nouvelles stratégies thérapeutiques. Les iPS de jumeaux monozygotes discordants pour la T21 offrent des perspectives uniques pour étudier les mécanismes moléculaires de la T21, modéliser ses comorbidités et explorer de nouvelles approches thérapeutiques.Méthodes : Une première série d’analyses multi-omiques a été réalisée sur sang : séquençage complet du génome, transcriptome, protéome, méthylome et microbiome. Ces analyses seront répétées cinq ans post inclusion ou en cas d’évènement clinique. Parallèlement, les iPS ont été générées à partir de fibroblastes via les facteurs de Yamanaka et le virus Sendai non intégratif. La pluripotence a été vérifiée par cytométrie en flux (FACS), montrant une forte expression des marqueurs SSEA4, SSEA5, TRA-1-60 et NANOG, et une absence d’expression détectable du marqueur CD15, confirmant une population largement pluripotente et indifférenciée. La capacité de différenciation a été confirmée par formation de corps embryonnaires et immunofluorescence détectant Nestin (ectoderme), β-catenine (endoderme) et SMA (mésoderme). L’intégrité génomique a été vérifiée à l’aide de la méthode iCS-digital™, qui permet la détection de variations du nombre de copies (CNVs) sur 24 positions récurrentes du génome et l’identification statistique d’anomalies.Résultats et conclusion : Les iPSC dérivées ont été générées et caractérisées avec succès. La lignée T21 est déjà disponible, et la lignée non-T21 poursuit les tests de caractérisation et sera également mise à disposition prochainement. Ces lignées constituent un modèle unique pour étudier l’impact du chromosome 21 sur la pluripotence, la différenciation et la régulation épigénétique. Le CRB BioJeL propose ces ressources à la communauté scientifique afin de favoriser les collaborations et de développer la recherche sur la trisomie 21, et ses comorbidités, ainsi que d’explorer de nouvelles approches thérapeutiques.

Le gène CYP51A1 code la lanostérol 14α-déméthylase, enzyme clé de la biosynthèse du cholestérol. Le déficit en CYP51A1 est responsable d’un syndrome autosomique récessif extrêmement rare associant une cataracte congénitale bilatérale à une atteinte hépatique et/ou développementale variable. À ce jour, seuls six patients ont été rapportés dans la littérature (Patel et al., Hum Genet, 2017 ; Colonna et al., Mol Genet Metab, 2025). Nous décrivons ici le premier cas français de déficit en CYP51A1. L’enfant âgé de 4 ans, né à terme, eutrophe de parents non apparentés, présentait dès la période néonatale une cholestase avec GGT et acides biliaires sériques élevés, selles décolorées, hépatomégalie et insuffisance hépatocellulaire modérée initiale. La biopsie hépatique réalisée à l’âge d’un mois montrait une cholestase sévère, une discrète stéatose microvacuolaire et une fibrose portale et lobulaire disséquante. Il présentait également une cataracte bilatérale congénitale, et, au cours de l’évolution, un retard de croissance staturo-pondérale avec microcéphalie (-3,3 DS), un retard psychomoteur global ainsi que des crises convulsives fébriles. Les explorations diagnostiques incluant un bilan métabolique complet, une CGH-array et des panels NGS étaient négatives. Un séquençage génomique en trio a permis d’identifier deux nouveaux variants hétérozygotes en trans du gène CYP51A1 : une délétion de 1 402 pb emportant l’exon 5, héritée du père, probablement pathogène, et un variant faux-sens rare (c.1349C>T), transmis par la mère, initialement de signification indéterminée, et secondairement reclassé probablement pathogène du fait de la compatibilité phénotypique et de la présence du variant pathogène en trans. Le dosage du lanostérol sanguin, qui a montré une nette accumulation, a permis de conforter le déficit en lanostérol 14α-déméthylase. À titre de comparaison, le déficit en 7-déshydrocholestérol réductase (DHCR7), responsable du syndrome de Smith-Lemli-Opitz (SLOS), est beaucoup plus fréquent et donc mieux connu, tandis que le déficit en stérol-C5 désaturase (SC5D), à l’origine de la lathostérolose, reste rare mais mieux documenté que celui en CYP51A1. Ces trois enzymes interviennent toutes dans le bloc de synthèse en amont du cholestérol, et leurs déficits entraînent des phénotypes convergents, tels que la cataracte congénitale associée ou non à une atteinte neurodéveloppementale et/ou hépatique. Ces manifestations semblent liées à l’accumulation toxique d’intermédiaires stéroliques (lanostérol, 7-déhydrocholestérol, lathostérol) et possiblement à une réduction de la disponibilité en cholestérol, essentielle au développement du cristallin et du système nerveux, et au maintien de l’homéostasie hépatique. En conclusion, le déficit en CYP51A1 doit être évoqué en cas de cataracte congénitale, en particulier lorsqu’elle s’accompagne d’une atteinte hépatique et/ou neurologique.

Contexte : Les familles consanguines présentent un risque accru de maladies autosomiques récessives. L’essor du séquençage à haut débit permet désormais de mieux caractériser des phénotypes atypiques ou combinés, liés à la co-occurrence de pathologies rares. Si l’héritabilité multilocus impliquant des loci indépendants est bien documentée, les situations de variants pathogènes distincts mais localisés dans une même région homozygote restent exceptionnelles. Méthodes : Nous rapportons deux enfants issus d’un couple tunisien apparenté au premier degré, adressés pour l’exploration d’un trouble du neurodéveloppement syndromique. Un séquençage du génome a été réalisé. Les données de séquençage ont fait l’objet d’une réanalyse en raison de particularités cliniques et biologiques non expliquées par le diagnostic initial. Résultats cliniques : Les deux patients présentaient un retard global des acquisitions, une microcéphalie, une photosensibilité modérée et une surdité neurosensorielle bilatérale. L’évolution du proband a été marquée par l’apparition d’une hypotonie musculaire, une adipomastie, un retard de croissance et des anomalies thyroïdiennes, avec élévation persistante de la T4 libre alors que la T3 et la TSH étaient normales. Résultats moléculaires : Le séquençage génomique a initialement identifié un variant homozygote pathogène dans XPA, expliquant les manifestations cutanées et neurologiques compatibles avec un xeroderma pigmentosum. Cependant, ce diagnostic ne rendait pas compte de l’ensemble des signes cliniques et biologiques observés chez le proband, ce qui a motivé une réanalyse du génome. Celle-ci a permis d’identifier un second variant homozygote pathogène dans SECISBP2, gène clé de la biosynthèse des sélénoprotéines. Les deux variants étaient situés dans la même région homozygote, suggérant une co-héritabilité sur un haplotype partagé. Conclusion : Il s’agit, à notre connaissance, du premier cas rapporté de co-ségrégation de variants pathogènes dans XPA et SECISBP2, générant un phénotype combiné associant xeroderma pigmentosum et déficit en sélénoprotéines. Ce cas illustre l’importance de la réanalyse des données génomiques lorsqu’un tableau clinique excède le cadre d’un diagnostic unique. Il met également en lumière la possibilité, encore rarement décrite, de variants pathogènes liés dans un locus commun, élargissant ainsi le spectre des mécanismes génétiques contribuant aux phénotypes complexes observés en contexte consanguin.

INTRODUCTION Les tubulinopathies constituent un groupe hétérogène de troubles neurodéveloppementaux liés à des variants pathogènes dans les gènes codant pour la tubuline. Elles se caractérisent classiquement par un ensemble d’anomalies radiologiques récurrentes : malformations du cortex cérébral (de la lissencéphalie à la dysgyrie), noyaux gris centraux dysmorphiques ou hypertrophiques associés à un tractus corticospinal ectopique, anomalies du corps calleux, ainsi qu’hypoplasie ou dysplasie du cervelet et du tronc cérébral. Cliniquement, la majorité des cas décrits présentent un retard global du développement sévère, une déficience intellectuelle modérée à sévère, des troubles moteurs et une épilepsie réfractaire. Si la plupart des formes connues sont de novo et sévères, des observations récentes mettent en évidence des phénotypes cliniques et radiologiques plus modérés, incluant des formes familiales avec symptômes neurologiques atténués. MÉTHODES Dans le cadre d’une collaboration internationale, nous avons recueilli des données cliniques, d’imagerie cérébrale et moléculaires chez 24 individus (≥ 4 ans) issus de 16 familles, porteurs de variants pathogènes ou probablement pathogènes dans TUBA1A, TUBB2B, TUBB3, TUBB ou TUBB2A. Les patients présentaient une IRM cérébrale disponible et ne présentaient pas de déficience intellectuelle. Les modes de transmission et les corrélations génotype-phénotype ont été étudiés. RÉSULTATS Parmi les 24 patients, 15 ont été identifiés par imagerie fœtale ou pédiatrique, et 9 lors d’analyses familiales. Aucun cas ne présentait d’anomalies corticales sévères de la gyration. TUBB3 était le gène le plus fréquemment impliqué (12/24 ; 50 %). Parmi les 14 variants identifiés, 7 étaient hérités. Deux variants récurrents — TUBB3 p.(Pro357Leu) et TUBB p.(Asn52Ser) — étaient systématiquement associés à l’absence de déficience intellectuelle, aussi bien dans notre cohorte que dans la littérature. CONCLUSIONS Nos résultats élargissent le spectre phénotypique des tubulinopathies, en y incluant des formes radiologiques modérées et des manifestations cliniques atténuées chez l’enfant et l’adulte. L’absence de malformations corticales majeures, la présence de variants hérités et certains variants spécifiques pourraient constituer des marqueurs pronostiques plus favorables. Ces données apportent des éléments utiles pour le conseil génétique, notamment dans un contexte prénatal.

Une fillette présente à 14 mois des crises convulsives conduisant à un diagnostic d’épilepsie, traitée par acide valproïque. A 21 mois, au décours d’un coma hyperammoniémique, le bilan métabolique est caractéristique de déficit en ornithine transcarbamylase (OTC), déficit du cycle de l’urée de transmission liée à l’X : élévation importante de l’excrétion d’acide orotique avec hypocitrullinémie. Un traitement spécifique est mis en place : épurateur de l’ammoniac, régime hypoprotidique, supplémentation en citrulline. L’enquête familiale montre chez la mère et l’oncle maternel, des anomalies biochimiques similaires. La mère asymptomatique est considérée comme porteuse hétérozygote alors que l’oncle présente un déficit intellectuel avec troubles du comportement, compatibles avec un déficit en OTC. L’étude du gène OTC par séquençage haut-débit incluant la région promotrice et la recherche de CNV ne permet pas d’identifier de variant pathogène ou probablement pathogène. Dans ce contexte, l’étude familiale a été réalisée par approche biochimique associant dosage des acides aminés plasmatiques et de l’acide orotique urinaire : la grand-mère maternelle est considérée comme porteuse hétérozygote et le demi-frère et la demi-sœur côté maternel, explorés en période néonatale, ont été considérés comme à risque de décompensation hyperammoniémique, avec une expression clinique pouvant être gravissime chez le garçon. Ces explorations ont ainsi conduit chez ces 2 enfants à mettre en place le traitement du déficit en OTC dès la période néonatale. Pour approfondir l’étude moléculaire, l’indication de séquençage de génome en quatuor incluant le cas index, ses parents et l’oncle maternel a été retenue dans la préindication Maladies Héréditaires du Métabolisme pour une exploration approfondie du gène OTC incluant les régions introniques profondes et la totalité de la région promotrice. Devant l’absence de variants identifiés (SNV, CNV, SV), une analyse étendue du génome, incluant l’analyse de l’ADNmt, a été réalisée mettant en évidence 2 anomalies indépendantes : un variant hétérozygote probablement pathogène dans le gène UMPS expliquant l’élévation de l’excrétion d’acide orotique, anomalie sans conséquence clinique, le déficit en UMPS étant de transmission autosomique récessive et un variant de l’ADNmt, m.9176T>G à l’état homoplasmique chez le cas index, hétéroplasmique à 83 % chez la mère et à 98% chez l’oncle maternel, pouvant expliquer l’hypocitrullinémie. L’étude familiale élargie est en cours. Ces résultats, soulignant l’importance de l’analyse de ADNmt via le PFMG, ont permis de réfuter le diagnostic de déficit en OTC avec des conséquences majeures sur la prise en charge et le conseil génétique pour cette famille : arrêt du régime hypoprotidique, des épurateurs de l’ammoniac et de la supplémentation en citrulline en restant toutefois prudent sur la pathogénicité potentielle du variant mitochondrial, qui bénéficiera de l’expertise du réseau national Mitodiag.

L’interprétation des exomes et des génomes pour le diagnostic moléculaire des maladies rares est complexe. Un rétro-phénotypage peut permettre à la fois d’affiner la description clinique et renforcer les critères du diagnostic biologique. Nous présentons le cas d’un patient ayant un trouble du neurodéveloppement dont l’exploration moléculaire a conduit au diagnostic du syndrome de Dias-Logan (OMIM#617101) grâce à une collaboration clinico-biologique ayant permis une recherche ciblée de manifestations cliniques particulières (rétro-phénotypage) suite à l’identification d’un variant dans le gène BCL11A. Ce dossier concerne un enfant de 4 ans, exploré dans le cadre du diagnostic étiologique de troubles du neurodéveloppement associant un retard global de développement avec des troubles du comportement et du sommeil, une épilepsie, une microcéphalie et un surpoids. L’examen de l’exome réalisé en duo a retrouvé le variant NM_022893.4(BCL11A):c.2437_2441del ; [p.(Ser813Profs*11] et le variant NM_000335.5(SCN5A):c.361C>T ; [p.(Arg121Trp)], tous deux présents à l’état hétérozygote chez le cas index et absents chez la mère. Concernant la variation BCL11A:c.2437_2441del, il s’agit d’un variant tronquant dans le dernier exon du gène impliqué dans le Syndrome de Dias-Logan. Il est absent des bases de données populationnelles (gnomAD) et des bases de patients (ClinVar et LOVD) et n’a jamais été rapporté dans la littérature. Le Syndrome de Dias-Logan associe une persistance de l’hémoglobine fœtale à des troubles du neurodéveloppement et peut comporter des caractéristiques morphologiques particulières. La découverte de ce variant a suscité un rétro-phénotypage ayant notamment mis en évidence un taux élevé d’hémoglobine fœtale. Ce variant a finalement été classifié comme probablement pathogène (classe 4), confortant alors le diagnostic du syndrome de Dias-Logan. L’analyse du variant du gène SCN5A a conduit à le considérer comme une variation probablement pathogène pour les tachyarythmies ventriculaires de type Brugada ; cela constitue une découverte incidente jugée utile. Le rétro-phénotypage a permis de compléter les arguments cliniques du diagnostic de syndrome de Dias-Logan. Il a ainsi renforcé les critères biologiques et conforté le diagnostic moléculaire. La variation identifiée NM_022893.4:c.2437_2441del constitue le plus distal des variants tronquants dans le gène BCL11A à ce jour connus. Elle affecterait uniquement l’isoforme XL de la protéine BCL11A, la plus longue des 3 isoformes identifiées. Cette découverte revêt un intérêt majeur pour une éventuelle corrélation clinico-biologique dans la mesure où les variants pathogènes rapportés à ce jour affecteraient plusieurs des isoformes. Ce cas souligne l’importance du dialogue entre cliniciens et biologistes lors de l’analyse des données de séquençage génomique à but diagnostique. Cette collaboration permet de mieux caractériser les patients et de mieux classifier les variations identifiées.

Il était une fois un biologiste en génétique moléculaire qui parcourait en ligne les abstracts de l’ESHG 2025 à la recherche des nouveautés. Son attention fut attirée par un abstract d’une équipe italienne qui décrivait une cohorte de 11 patients présentant un trouble du neurodéveloppement lié à des variants bi-alléliques perte de fonction sur un gène nouvellement décrit : JKAMP. Convaincu par cette cohorte internationale rassemblée via GeneMatcher, il partit à la pêche aux variants parmi les milliers de génomes du laboratoire AURAGEN grâce à la requête AURAmatcher. Quelle ne fut pas sa surprise d’identifier en quelques secondes un patient avec un variant d’épissage JKAMP homozygote. Ce génome d’un enfant de 18 mois, analysé dans la pré-indication Maladies mitochondriales, venait d’être rendu négatif. Aussitôt contactés, biologistes et médecins en charge du patient s’accordèrent sur l’intérêt de la découverte et sur la similitude du patient français avec la cohorte décrite. Les éléments phénotypiques communs comprenaient une déficience intellectuelle, un retard de développement, une hypotonie, des anomalies cérébrales, une microcéphalie, des crises d’épilepsies et des traits dysmorphiques (nez, philtrum, yeux, oreilles). Les études fonctionnelles sur fibroblastes montraient un dysfonctionnement du réticulum endoplasmique avec rétention de GPR37, un récepteur spécifique du système nerveux central, impliqué dans la différentiation en oligodendrocyte et la myélinisation. Les échanges avec l’équipe italienne confirmèrent rapidement l’intérêt de ce variant JKAMP et les conduisirent à ajouter in extremis le patient à la cohorte déjà constituée avant la soumission d’un article. Dans l’attente des études fonctionnelles pour ce patient français et de la publication de ce nouveau gène en pathologie humaine, ce variant d’épissage JKAMP fit l’objet d’un nouveau compte-rendu AURAGEN et fut classé comme étant un Variant de Signification Incertaine avec arguments de pathogénicité (ACMG classe 3+). Pour la famille, cette découverte fit naitre l’espoir qu’un futur diagnostic prénatal puisse dans un avenir proche être proposé pour prévenir la récurrence de cette pathologie. Peut-être un jour verra-t-on à l’œuvre une requête AURAmatcher automatique, qui telle une sentinelle infatigable, interrogera systématiquement les données du PFMG à chaque nouveau gène identifié en pathologie humaine, et qui, en un éclair, révélera aux biologistes concernés la clé de diagnostics restés non résolus.

Le gène RBM10 (OMIM #300160) code pour une protéine de liaison à l’ARN impliquée dans la régulation de l’épissage alternatif de nombreux gènes. Des variants de type perte de fonction de ce gène sont responsables du syndrome TARP (OMIM #311900), une maladie à transmission récessive liée à l’X. L’effet des variants faux-sens est en revanche peu décrit et semble être associé à un phénotype plus modéré que le syndrome de TARP classique. Nous rapportons trois familles différentes suivies dans le service de génétique médicale du CHU de Nice dans le cadre d’un trouble du neuro-développement avec des particularités phénotypiques variables pour lesquels l’analyse par exome a mis en évidence des variants faux-sens dans RBM10 jusque-là non décrits. Ces cas ont pu être intégrés dans un effort collaboratif plus vaste mené par une équipe Danoise visant à redéfinir le spectre phénotypique associé aux variants RBM10 à travers des études fonctionnelles notamment par l’analyse de l’impact des variants sur les mécanismes d’épissage. Notre série niçoise est un parfait exemple du spectre phénotypique étendu causé par les variants RBM10, qui ne peut être défini par un seul syndrome. En effet, 2 groupes distincts émergent : le syndrome TARP (TARPS) incluant le TARP classique (TARPc) et le TARP-like (TARPL) ainsi que le syndrome de retard intellectuel associé à RBM10 (RAID). Un phénotype intermédiaire avec des caractéristiques à la fois du RAID et du TARPS fait partie du continuum phénotypique lié à RBM10.

From clinical suspicion to molecular confirmation: A Moroccan Pitt-Hopkins syndrome case SABKY Z. 1,2 , LYAHYAI J. 1,2 , SEFIANI A. 1,2 1Research Team in Genomics and Molecular Epidemiology of Genetic Diseases, Genopath Centre, Faculty of Medicine and Pharmacy, Mohamed V University, Rabat, Morocco, 2Department of Medical Genetics, National Institute of Health, Rabat, Morocco. Background: Pitt-Hopkins syndrome (PTHS) is a rare neurodevelopmental disorder characterized by severe developmental delay, absent speech, distinctive facial dysmorphism, stereotypic hand movements, and variable additional features. It is caused by heterozygous pathogenic variants or deletions involving the TCF4 gene located on chromosome 18q21.2. Case presentation: We report a 3-year-old boy, born to non-consanguineous Moroccan parents, who presented with severe global developmental delay. He was unable to walk, had only recently achieved sitting position, did not speak, and failed to respond to his name. Clinical examination revealed persistent axial hypotonia, absent speech, poor eye contact, and stereotypic hand movements. Dysmorphic features were subtle but recognizable, including wide mouth, thin upper lip, long philtrum, deep-set eyes, epicanthus and thickened partially folded ears helices. No macrocephaly, paroxysmal breathing anomalies, or seizures were observed. Using clinical exome sequencing with CNV detection based on depth-of-coverage analysis, we identified a heterozygous 1 Mb microdeletion on chromosome 18q21.2 encompassing ~20 genes, including TCF4. This finding is consistent with partial monosomy 18q21.2 and confirms the molecular diagnosis of Pitt-Hopkins syndrome. Conclusion: Our report highlights the diagnostic value of CNV analysis combined with high-throughput sequencing for establishing accurate « genotype–phenotype correlations » in patients with global neurodevelopmental delay and subtle dysmorphic features. To our knowledge, this is among one of the first molecularly confirmed cases of Pitt-Hopkins syndrome reported in a Moroccan patient.

Les RASopathies associent atteintes cranio-faciales, cardiaques, cutanées et risques tumoraux. Les variants constitutionnels du gène HRAS sont classiquement rapportés dans le syndrome de Costello. Le séquençage à haut débit et le partage international des données contribuent à élargir le spectre phénotypique de gènes connus, en mettant en évidence des bases moléculaires qui n’auraient pas été suspectées sur la seule évaluation clinique, fondée sur les connaissances issues de la littérature. A partir de l’observation d’une patiente atypique, nous avons colligé une série de cas avec la même variation pour mieux décrire le spectre phénotypique associé. La patiente index, âgée de 64 ans, est venue consulter pour une malformation artério-veineuse (MAV) du genou, une hypertrophie du membre et un angiome. L’étude d’un panel de gènes impliqués dans les malformations vasculaires (ACVRL1, ENG, SMAD4, EPHB4, RASA1, GDF2) à partir d’ADN leucocytaire s’est révélée normale. L’étude d’un second panel de gènes impliqués dans les pathologies en mosaïque à expression cutanée à partir d’ADN extrait d’une biopsie cutanée, a identifié une variation HRAS (c.175G>A ; p.Ala59Thr) à l’état hétérozygote. Un prélèvement sanguin a confirmé son origine constitutionnelle. Un rétro-phénotypage a retrouvé quelques traits évocateurs de RASopathie, comprenant une peau pigmentée, des cheveux crépus, une macrocéphalie et des fentes palpébrales obliques en bas et en dehors, mais sans aucun trouble du neurodéveloppement (TND). Des traits phénotypiques identiques ont été retrouvés par l’étude de photographies d’archives familiales chez deux membres de sa lignée maternelle, mais pas sa mère, pouvant suggérer une éventuelle pénétrance incomplète, ne pouvant être démontrée compte tenu du décès des personnes impliquées. Devant ce tableau clinique très modéré, et en l’absence de données dans la littérature, nous avons lancé un appel à collaboration aux 3 équipes rapportant le même variant dans la base de données Clinvar. Deux retours ont été obtenus. Le même variant a été retrouvé dans une famille de 5 membres atteints, avec un diagnostic de syndrome cardio-facio-cutané (CFC) sans TND. Il a aussi été retrouvé chez un autre patient ayant un phénotype également modéré de type CFC. Un article dans la littérature a rapporté une famille avec un variant situé sur le même codon (c.176C>G ; p.Ala59Gly), présentant également un phénotype atténué avec des cheveux fins et éparses sans TND, en faveur de variants faiblement activateurs. Les MAV, porte d’entrée pour notre patiente, sont exceptionnellement décrites en lien avec les variants constitutionnels HRAS. L’hypothèse d’un 2ème événement non identifié, ou une modulation de l’expression via des mécanismes épigénétiques restent possibles. La publication d’observations supplémentaires, associant variants HRAS et pénétrance incomplète et/ou MAV, permettront d’enrichir les connaissances sur le spectre phénotypique en lien avec le gène HRAS.

La voie de l’UFMylation est une modification post-traductionnelle impliquant les enzymes UBA5, UFC1, et UFM1. Des variants bialléliques dans UBA5, UFM1 et UFC1 ont été associés à des encéphalopathies précoces. À ce jour, seuls quatre familles (8 patients) et deux variants faux-sens dans le gène UFC1 ont été décrits. Nous présentons ici un nouveau patient porteur à l’état hétérozygote composite d’un variant non-sens et d’un variant intronique dans UFC1. Cette observation confirme l’association de UFC1 avec ce phénotype neurodéveloppemental et élargissant le spectre moléculaire. Le patient, âgé de 7 ans, présente un trouble du développement intellectuel sévère, une hypotonie axiale précoce, une hypertonie des quatre membres, une microcéphalie post-natale, des troubles de l’oralité, et un retard staturo-pondéral marqué. L’IRM cérébrale a montré un retard de myélinisation associé à des hypersignaux diffus de la substance blanche. L’EEG est normal. Le séquençage de génome a identifié deux variants dans UFC1 : c.163C>T, p.(Arg55*), variant non-sens d’origine paternelle, et c.255+17G>A, variant intronique maternel. Ce dernier n’avait initialement pas été retenu comme causal, car observé une fois à l’état homozygote dans la base de données deCAF. Cependant, l’analyse transcriptomique, avec notamment l’outil OUTRIDER, a montré une réduction significative d’expression d’UFC1, compatible avec un effet perte de fonction, en cohérence avec le mécanisme physiopathologique déjà rapporté. Cette observation clinique est en cohérence avec les phénotypes décrits pour UFC1. Elle confirme l’association entre les variants bialléliques dans ce gène et les troubles du neurodéveloppement. Ce cas illustre l’apport des analyses fonctionnelles dans l’interprétation de variants rares. Ici, l’analyse transcriptomique, compatible avec un effet hypomorphe du variant intronique, concorde avec les données obtenues chez le modèle murin, où le knock-out de UFC1 est létal. Ainsi, ce variant pourrait être pathogène uniquement lorsqu’il est présent en trans avec un allèle porteur d’un variant entraînant une perte complète de fonction. En perspective, la collecte de nouvelles observations sera essentielle pour mieux préciser le spectre phénotypique associés à la voie de l’UFMylation.

Depuis 2022, le PFMG a introduit le séquençage du génome en trio dans la pratique clinique de routine pour 70 pré-indications, dont les syndromes malformatifs (MCA), la déficience intellectuelle (DI) et les troubles du neurodéveloppement (TND). Entre 2022 et septembre 2025, plus d’un millier de trios ont été prescrits pour des malformations multiples ou des TND lorsque le diagnostic clinique n’était ni évident ni totalement couvert par les panels ciblés existants. Aucune enquête préliminaire n’était requise : la majorité des patients ont été testés en première intention ou après une ACPA normale. Des tests FMRX ont été réalisés en parallèle en parallèle lorsqu’ils étaient jugés cliniquement pertinents (DI). En septembre 2025, sur 1 003 patients analysés en trio pour les préindications MCA, DI ou TND (variants de séquence, déséquilibres génomiques, expansions de répétitions), un diagnostic moléculaire a été obtenu chez 476 patients (48 %). Parmi eux, 428 (90 %) présentaient au moins un variant pathogène dans l’un des 357 gènes pour lesquels au moins un variant avait été identifié ; le gène le plus commun (ANKRD11) était représenté 7 fois (1,5%). 68 patients (14 %) avaient un réarrangement chromosomique, 20 combinaient anomalies chromosomiques et monogéniques. 386 patients (90 %) avaient un variant pathogène dans un seul gène, 30 présentaient des variants ACMG classe 4 ou 5 dans 2 gènes et 6 patients dans 3 gènes. Phénotypiquement, ces diagnostics combinés relèvent de quatre situations : (a) phénotype équivalent (phénotype combiné identique à celui attendu avec un seul variant) ; (b) phénotype additif (plus sévère qu’attendu pour chaque variant considéré séparément) (c) phénotype combiné/hybride; (d) phénotype "nouveau". Ces résultats illustrent l’intérêt du séquençage du génome comme approche de première intention en routine dans les anomalies du (neuro)développement et l’importance des diagnostics combinés qui auraient pu être manqués par des panels ciblés, conduisant à un conseil génétique inapproprié. Nous recommadons de réévaluer tout patient ayant reçu un diagnostic moléculaire par approche ciblée lorsque le phénotype n’est pas parfaitement concordant avec le tableau « classique » (présentation atypique ou sévérité inhabituelle).

Introduction Face au nombre limité de CRB spécialisés dans la déficience intellectuelle d’origine génétique, l’Institut Jérôme Lejeune a créé en 2008 le CRB-BioJeL. Certifié ISO 20387 et ISO 9001, il collecte, traite et distribue des échantillons biologiques issus de la consultation pour soutenir la recherche nationale et internationale. Méthodes Le CRB prélève des échantillons de sang et de peau, chez des enfants et des adultes lors des consultations cliniques de l’Institut Jérôme Lejeune auquel il est adossé. Ces patients sont atteints en majorité de trisomie 21 ou d’autres déficiences intellectuelles d’origine génétique (syndromes de l’X fragile, de Williams-Beuren, de Smith Magenis, de delétion 22q11, de Rett, et d'autres maladies plus rares encore). Les prélèvements sont transformés en plasmas, ADN, PBMC, LCL et fibroblastes, puis conservés à très basse température (-80 °C ou -150 °C). Depuis 2023, le CRB développe la génération de cellules souches pluripotentes induites (iPS) et propose désormais ses premières lignées d’iPS issues d’un cas extrêmement rare de jumeaux monozygotes discordants pour la trisomie 21. Ces échantillons sont mis à disposition de la communauté scientifique et peuvent être associés à des données cliniques et neuropsychologiques issues de l’entrepôt de données de santé de l’institut. Résultats et conclusion :Depuis sa création, plus de 25 000 ressources biologiques ont été collectées auprès de plus de 2 500 patients, dont 70 % atteints de T21. Des milliers de ressources ont été cédées pour des recherches sur des gènes spécifiques (DYRK1A, CBS), des profilages méthylomiques, la COVID- 19, ainsi que pour des études cliniques sur la maladie d’Alzheimer, la cognition et les comorbidités associées à la T21. Les échantillons collectés au sein de BioJeL et les données cliniques associées sont des ressources précieuses pour la recherche, permettant de mieux comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la déficience intellectuelle d’origine génétique.

Le syndrome d’hyperphosphatasie mentale (syndrome de Mabry) est une maladie autosomique récessive rare. Nous rapportons le cas d’un garçon âgé de 1 an, originaire de Guyane, porteur d’un déficit en Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class O protein (PIGO), causé par deux variants hétérozygotes composites du gène PIGO. Sur le plan clinique, le patient présentait un retard global du développement, une hyperphosphatasie, des convulsions, une dysmorphie faciale typique, une hypoplasie des phalanges, une hernie inguinale ainsi qu’une dysplasie osseuse caractérisée par un retard de maturation osseuse et des anomalies métaphysaires. Le séquençage de l’exome en trio, associé à l’analyse des CNV, a mis en évidence deux variants hétérozygotes du gène PIGO, hérités respectivement du père et de la mère : c.839T>C (p.Met280Thr) et c.590C>T (p.Pro197Leu). L’enzyme PIGO joue un rôle clé dans la biosynthèse du glycosylphosphatidylinositol (GPI), indispensable à l’ancrage membranaire de nombreuses protéines. Les variants pathogènes bi-alléliques de PIGO entraînent un trouble congénital de la glycosylation (CDG) caractérisé par un retard global du développement, une élévation du taux sérique de phosphatase alcaline et des anomalies congénitales touchant notamment le système anorectal, génito-urinaire et les membres. Ce phénotype est connu sous le nom de « syndrome de Mabry » ou d’« hyperphosphatasie avec déficit intellectuel 2 ». À notre connaissance, il s’agit du premier cas rapporté de syndrome de Mabry diagnostiqué chez un patient originaire de Guyane. Les variants du gène PIGO identifiés, ainsi que les manifestations cliniques observées, contribuent à élargir le spectre génotypique et phénotypique de ce syndrome.

Introduction Les variations de nombre de copies (CNVs) pathogènes représentent 15 à 20% des causes génétiques des troubles du neurodéveloppement et des anomalies congénitales. Bien que l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) soit la méthode de référence pour les détecter, l’analyse combinée des CNVs et SNVs (single nucleotide variant) au séquençage de l’exome a significativement amélioré le rendement diagnostique. Matériels et méthodes Nous rapportons l’étude clinique et génétique de deux patientes (P1 et P2) suivies au service de génétique de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis pour trouble du neurodéveloppement. Un caryotype standard a été réalisé chez P1. Un séquençage de l’exome entier (WES) et un complément d’étude par hybridation in situ en fluorescence (FISH) ont été réalisés chez les deux patientes. Résultats P1 nous a été initialement adressée à l’âge de 3 mois pour dysmorphie faciale, retard de croissance intra-utérin, microcéphalie et cardiopathie congénitale. Un caryotype standard réalisé en première intention n’a pas montré d’anomalies. Au cours de son suivi, un retard psychomoteur sévère et un déficit immunitaire ont été notés. Le WES a identifié une duplication 19p13.3 de taille de 1,94 Mb comportant 80 gènes codants, classée comme pathogène selon la classification ACMG/ClinGen. Ce résultat est compatible avec le tableau clinique de notre patiente. La FISH réalisée avec la sonde subtélomérique 19pter a permis de confirmer la présence de la duplication ainsi que sa survenue de novo. P2 nous a été adressée à l’âge de 6 ans pour dysmorphie faciale et retard global de développement. L’examen a objectivé un poids à +4 DS et une dysmorprhie faciale faite de front large, hypertélorisme, nez bulbeux et grande bouche. Le WES a mis en évidence une délétion interstitielle faisant 106kb en 9q34.3 emportant le gène EHMT1, compatible avec le diagnostic de syndrome de Kleefstra. Un complément d’étude par FISH n’a pas pu confirmer la délétion vu sa petite taille. Une confirmation par une PCR quantitative ou par ACPA a été indiquée. Conclusion Bien que le WES nous ait permis de détecter deux CNVs pathogènes pouvant expliquer les manifestations cliniques de nos patientes. Une confirmation par une deuxième technique reste nécessaire mettant ainsi l’accent sur l’importance de la complémentarité entre les différentes techniques en génétique.

Les épilepsies constituent un groupe hétérogène de maladies neurologiques chroniques. On estime que 15 à 30% des épilepsies sont pharmaco résistantes et que 70 à 80 % des épilepsies précoces et pharmaco résistantes sont d’origine génétique. L’avènement du séquençage haut débit (NGS) a révolutionné leur exploration étiologique, permettant d’identifier plus de 900 gènes impliqués à ce jour avec la découverte de nouveaux variants non préalablement reportés. L’objectif de ce travail est de discuter les implications clinique et scientifique d’un variant du gène QARS1 dans l’épilepsie pharmaco résistante précoce. Nous rapportons le cas d’un patient, âgé de 8mois, issu d’un mariage entre apparentés (Cf=1/32), présentant une épilepsie d’apparition néonatale (H40 de vie) à types de crises focales faciale, hémi corporelles et généralisées pharmaco résistantes nécessitant le recours à la sédation. Ce tableau compliqué de retard psychomoteur sévère était associé à un retard statural, une microcéphalie -4.5DS et une dysmorphie faciale. L’IRM cérébrale réalisée à J6 de vie n’a pas révélé d’anomalies. L’EEG a montré des pointes et pointes lentes multifocales sur un tracé désorganisé. Le bilan métabolique était sans anomalies. Un séquençage de l’exome entier (WES) a été réalisé d’emblée. Un seul variant du gène QARS1 de signification incertaine (VUS) a été retenu après application des critères et de la pondération selon les recommandations de l’ACMG. Ce gène est associé au phénotype: Microcéphalie progressive, convulsions et atrophie cérébrale et cérébelleuse (OMIM#615760), tandis que le variant NM_005051(QARS1):c.40G>A (p.Gly14Ser), présent à l’état homozygote, n’a été rapporté qu’une seule fois dans la littérature chez une patiente de deux ans. Le phénotype partagé par les patients se caractérise par une épilepsie pharmaco résistante à début néonatal, des myoclonies, un retard psychomoteur sévère, une évolution vers l’hypertonie ainsi qu’une microcéphalie à début prénatal aggravée en post natal. Les anomalies à l’IRM cérébrale ont pu être discernées à l’âge de deux ans. Les deux critères de pathogénicités retenus étaient PM2 pour sa rareté dans les bases de données de population et PM3_faible pour sa présence en état homozygote chez un patient atteint. Un génome entier a été indiqué en deuxième intention afin d’étudier les régions introniques et de vérifier l’absence de CNV montrant un autre variant VUS à l’état hétérozygote: (NM_197968.4):c.1851+977A>G p.? du gène ZMYM2(OMIM#619522). Ce cas met en lumière, d’une part, l’apport du NGS dans la mise à jour de nouveaux variants dans des gènes peu étudiés dans les épilepsies pharmaco résistantes précoces et souligne d’autre part les défis majeurs liés à l’interprétation des variants identifiés compliquant le conseil génétique et la prise en charge personnalisée des patients. La collecte des cas similaires peut être d’un grand apport pour affiner la classification de tels variants et leur signification clinique.

Introduction : Les mutations du gène FOXG1, initialement associées à la forme congénitale du syndrome de Rett (OMIM : 613454), ont vu leur spectre phénotypique s’élargir grâce aux nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Les manifestations cliniques varient d’une encéphalopathie modérée à sévère caractérisée par un retard psychomoteur, une déficience intellectuelle, une microcéphalie, une épilepsie pharmaco-résistante et des anomalies cérébrales. Objectif : Nous rapportons l’étude clinique et moléculaire d’une patiente adressée au service de génétique de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis pour exploration génétique d’une encéphalopathie épileptique avec microcéphalie. Observation : Il s’agit d’une fille âgée de 3 ans, née d’une grossesse sans particularités, issue de parents consanguins, et quatrième enfant du couple. L’histoire familiale est marquée par le décès d’un frère à l’âge de 5 ans, atteint d’une encéphalopathie infantile. L’anamnèse a révélé une acquisition de la tenue de la tête à l’âge de 1 an, l’absence d’acquisition de la marche et de la parole et une épilepsie à début précoce (6 mois) bien équilibrée. L’examen a montré une microcéphalie à - 4 DS, une dysmorphie faciale caractérisée par une énophtalmie, un nez bulbeux, des joues pleines, de grandes oreilles, un rétrognatisme, une clinodactylie bilatérale du 5ème doigt, un strabisme et une hypotonie axiale. L’IRM cérébrale a montré un retard de myélinisation. L’analyse d’un panel de 205 gènes associés aux microcéphalies a mis en évidence le variant c.244_248del ; p.(Pro82AlafsTer37) dans le gène FOXG1 à l’état hétérozygote. Il s’agit d’un variant décalant le cadre de lecture non précédemment décrit, classé probablement pathogène selon les critères ACMG. Les variants pathogènes au niveau du gène FOXG1 sont responsables d’une encéphalopathie épileptique de sévérité variable, généralement débutant au cours des premiers mois de vie, transmise selon un mode autosomique dominant. Une corrélation génotype-phénotype est bien établie, les variants décalant le cadre de lecture étant associés à des formes plus sévères. Conclusion : Le variant identifié est compatible avec les manifestations cliniques observées chez notre patiente et explique la sévérité de l’atteinte neurologique. L’étude des parents est en cours, mais il s’agit le plus souvent de mutations de novo. Le conseil génétique s’avère rassurant. Toutefois, en raison du risque de mosaïcisme germinal, un diagnostic prénatal pourra être proposé à la famille en cas de grossesse.

Les troubles neurodéveloppementaux et les atteintes psychiatriques sévères présentent fréquemment une intrication phénotypique, pouvant se manifester simultanément chez un même individu ou au sein d’une même famille. Cette convergence clinique traduit à la fois une hétérogénéité génétique importante et une complexité physiopathologique encore incomplètement élucidée. Malgré les avancées majeures de la génétique, un grand nombre de patients demeure en impasse diagnostique. De plus, plusieurs gènes candidats sont régulièrement identifiés dans ces contextes, sans que des preuves formelles de leur implication causale ne soient établies, ce qui limite leur intégration en pratique clinique. Nous présentons l’observation d’un garçon âgé de 8 ans présentant un phénotype neurodéveloppemental complexe associant un retard cognitif, des troubles du langage oral, des troubles attentionnels, une anxiété majeure avec besoin constant de réassurance, troubles de la coordination, des troubles sensoriels, des traits du spectre autistique et des troubles du sommeil. L’examen clinique ne montre pas de dysmorphie faciale particulière, ni d’obésité. L’enfant est issu de parents non consanguins. Du côté maternel, plusieurs membres de la famille présentent des troubles psychiatriques sévères: schizophrénie, troubles du comportement majeurs avec retrait social, photophobie invalidante, hétéro-agressivité et des accès colériques et dépressifs suggérant une composante génétique forte. L’ACPA a identifié une duplication partielle du gène FAAH2, d’une taille de 215 kb. La ségrégation familiale montre que cette duplication co-ségrège avec le phénotype, compatible avec une transmission récessive liée à l’X. Le séquençage de l’exome n’a révélé aucune variation ponctuelle pouvant expliquer les manifestations cliniques. Une analyse complémentaire par séquençage long read est en cours pour caractériser finement la duplication. FAAH2 code une enzyme clé de la dégradation des endocannabinoïdes. Son isozyme FAAH est impliqué dans la modulation de l’humeur, de la douleur, du métabolisme énergétique et de l’inflammation. Les données animales, notamment chez le poisson-zèbre, montrent qu’une perte de fonction de FAAH2a (paralogue de FAAH2) réduit les comportements liés au stress, renforçant le rôle potentiel de FAAH2 dans le neurodéveloppement. Ce qui suggère que des réarrangements structurels interrompant FAAH2 peuvent contribuer à des phénotypes neurodéveloppementaux complexes. Ce travail apporte un nouvel argument en faveur du rôle potentiel de FAAH2 comme gène candidat impliqué dans des phénotypes associant troubles neurodéveloppementaux et atteintes psychiatriques, ouvrant ainsi la voie à des investigations fonctionnelles complémentaires.

Introduction Le syndrome de Smith-Magenis (SMS) se caractérise par un phénotype neurodéveloppemental complexe associant fréquemment trouble du développement intellectuel, comportements auto- et hétéroagressifs, troubles du sommeil et psychopathologie souvent atypique. Malgré une meilleure connaissance génétique du syndrome, les spécificités cognitives et comportementales des patients restent encore mal reconnues dans les parcours diagnostiques et de prise en charge. Cette communication vise à dresser un panorama actualisé des manifestations cognitives, comportementales et psychiatriques du SMS à partir de trois sources complémentaires. Méthode & Résultats Premièrement, une revue systématique de la littérature (selon les recommandations PRISMA) a été réalisée afin d’évaluer la prévalence des troubles du neurodéveloppement (TND) dans le SMS, incluant le Trouble du Développement Intellectuel (TDI), le Trouble du Spectre de l’Autisme (TSA), le Trouble Déficitaire de l’Attention avec ou sans Hyperactivité (TDAH), les troubles des apprentissages. Cette revue montre que les phénotypes TSA et TDAH sont souvent observés dans le syndrome, les porteurs du gène RAI1 étant encore plus fréquemment touchés malgré un niveau cognitif plus élevé. Deuxièmement, nous illustrerons ces données par un cas clinique détaillé d’un garçon de 12 ans porteur d’un variant d’épissage de classe 4 du gène RAI1 survenu de novo, identifié par séquençage d’exome trio et dont l’impact a été confirmé par analyse de l’ARN. L’enfant présente un profil cognitif préservé sans TDI et un TDAH associé à des comportements-défis. La dimension psychiatrique est marquée par une labilité émotionnelle et une anxiété invalidante. Ce cas met en évidence la complexité de l’expression neurodéveloppementale et psychiatrique du SMS dans ses formes non délétées et l’importance d’une approche multidisciplinaire pour la prise en charge. Enfin, nous présenterons les résultats d’une étude récente consacrée aux troubles du sommeil chez les enfants dans le SMS, qui constituent un symptôme quasi-constant et précoce du syndrome. Leur identification précoce associée à une prise en charge adaptée représente un levier important pour améliorer la qualité de vie des enfants et de leur entourage. Discussion En conclusion, cette communication souligne la nécessité d’une reconnaissance plus fine des caractéristiques neuropsychiatriques du SMS, en particulier dans les formes liées aux mutations ponctuelles de RAI1, et plaide pour une meilleure articulation entre génétique, pédopsychiatrie et neuropsychologie dans les parcours de soin.

Les formes autosomiques récessives (AR) des maladies liées à l’adénylate cyclase 5 (ADCY5) sont extrêmement rares. Leur phénotype est associé à un trouble du neurodéveloppement avec mouvements hyperkinétiques et dyskinésie. Dans la littérature, les formes AR ont été rapportées dans quatre cas seulement, parmi plus de 70 publications décrivant des variants de ce gène. La plupart des mutations d’ADCY5 surviennent de novo ou sont transmises selon un mode autosomique dominant, et sont associées à la dyskinésie familiale, à la chorée et à la dystonie à début précoce, ainsi qu’à la chorée héréditaire bénigne. Dans ce contexte, nous rapportons le premier cas familial décrit au Maroc, présentant une maladie liée à ADCY5 de transmission AR, suivi en consultation de génétique médicale au CHU Ibn Rochd de Casablanca. Le présent travail décrit deux sœurs, nées de parents sains et consanguins de deuxième degré. Elles présentent une symptomatologie similaire, comprenant un déficit intellectuel sévère, une hyperammoniémie, des crises épileptiques, une déficience globale du développement, un retard staturo-pondéral, des troubles du langage, une microcéphalie, un strabisme, une arthrogrypose, une hypotonie axiale et hypertonie périphérique, ainsi qu’une atrophie du corps calleux et cortico-sous-corticale, accompagnée d’une cachexie. la sœur aînée est décédée à l’âge de 23 ans. L’exome de séquençage entier a mis en évidence une mutation homozygote du gène ADCY5 (NM_183357.3). Le variant identifié : NC_000003.12:g.(?_123318020)(123331016_?)dup, affecte et s’étend sur les exons 5 à 11 du gène est actuellement classé comme variant de signification incertaine (VUS) selon l’ACMG. Le gène ADCY5 (OMIM 600293) code pour une enzyme membranaire qui fait partie de la famille des adénylate cyclases. Ces derniers transforment l’ATP en AMPc, un second messager clé des voies de signalisation intracellulaires. Le variant identifié affecte le domaine catalytique C1, dont l’intégrité est cruciale avec C2 pour la formation de la poche catalytique et la liaison à l’ATP. Compte tenu de l’ampleur de la duplication (exons 5–11) et de sa localisation dans le domaine catalytique C1, une altération de la protéine ADCY5 est hautement probable. Si la duplication est hors cadre, elle entraînera un décalage du cadre de lecture avec apparition d’un codon stop prématuré en amont de la dernière jonction exon–exon, déclenchant une dégradation des ARNm médiée par non-sens et conduisant à une perte de fonction ; si elle est en cadre, elle est susceptible de perturber la conformation de la poche catalytique et d’altérer l’activité enzymatique. Ce cas illustre une forme autosomique récessive rare de maladie liée à ADCY5, associée à un phénotype neurologique sévère. Bien que classé VUS, ce variant apparaît cohérent avec la sévérité clinique et le contexte de consanguinité. Des analyses complémentaires permettront de consolider la reclassification et d’affiner le conseil génétique.

INTRODUCTION : Les variants pathogènes du gène TUBB3 (tubulin beta-3 class III), sont impliqués dans un spectre de tubulinopathies touchant le neurodéveloppement, la migration neuronale et le développement oculaire. Ces mutations, affectant la dynamique des microtubules, sont à l’origine de phénotypes complexes associant retard neurodéveloppemental, anomalies structurelles cérébrales et signes dysmorphiques. Deux entités pathologiques sont associées à ce gène incluant la fibrose congénitale des muscles oculo-moteurs et la dysplasie corticale complexe avec d’autres malformations cérébrales. Le séquençage de l’exome représente une approche diagnostique efficace pour identifier ces variants dans des contextes cliniques imprécis ou atypiques. L’objectif de notre travail est de rapporter un cas marocain présentant une fibrose congénitale des muscles oculo-moteurs liée à des variants pathogènes du gène TUBB3 identifiés par séquençage d’exome. PATIENT ET METHODE : Il s’agit d’un garçon âgé de 10 ans, non consanguin, adressé à la consultation de génétique médicale du centre hospitalo-universitaire Mohammed VI d’Oujda pour un retard des acquisitions psychomotrices et une dysmorphie faciale faite de fentes palpébrales orientées en haut et en dehors, des cils denses, un nez bulbeux, un philtrum long et effacé, une lèvre supérieure fine, une bouche entrouverte, un chevauchement dentaire et des oreilles décollées et bas implantées. L’enfant présente également des anomalies à l’examen ophtalmologique représentées par une ophtalmoplégie, une baisse de l’acuité visuelle, un regard limité et une exotropie. Le reste de l’examen trouve une hyperlordose et un micropénis. Une analyse moléculaire de l’exome par NGS a été réalisé sur une plateforme NovaSeq6000(Illumina). RESULTAT ET DISCUSSION : Un variant hétérozygote pathogène a été identifié au niveau du gène TUBB3 : c.1228G>A (p.Glu410Lys). Ce gène code pour la protéine beta-tubuline isotype 3 qui joue un rôle important dans la formation des microtubules neuronaux, et le développement neuronal. Dans notre cas le variant retrouvé est déjà décrit dans la littérature comme associé à un spectre d’anomalies neurogénétiques incluant la fibrose congénitale des muscles oculo-moteurs avec ou sans atteinte extra-oculaire et la dysplasie corticale complexe avec d’autres malformations cérébrales. Le tableau clinique de notre patient nous oriente vers la fibrose congénitale des muscles oculo-moteurs. Cette pathologie est de transmission autosomique dominante. L’absence du phénotype chez les parents suggère que la survenue est de novo chez l’enfant. CONCLUSION : Notre cas rapporté illustre l'intérêt du NGS dans l’identification de variants rares responsables de tableaux cliniques complexes et non spécifiques. La mise en évidence du variant TUBB3 c.1228G>A permet de retenir le diagnostic de la fibrose congénitale des muscles oculo-moteurs facilitant ainsi la compréhension du phénotype et orientant le conseil génétique.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) sont souvent secondaires à des causes génétiques, toutefois d’autres facteurs jouent un rôle dans le développement cérébral, et le généticien se doit de les rechercher afin de déterminer la pertinence de la prescription d’analyses génétiques. Il est d’usage de questionner sur la prise de toxiques ou de médicaments au cours de la grossesse, sur les antécédents périnataux, ou les modalités d’accouchement, et plus récemment sur l’exposition à des polluants environnementaux comme les pesticides. La question des violences, pourtant très fréquentes au sein des familles suivies en génétique, est plus rarement posée dans la quête d’un diagnostic différentiel. Pourtant, des études ont montré l’impact de violences subies par les enfants sur le développement cérébral, notamment sur l’axe hypothalamo-hypophysaire, sur la sécrétion de cortisol et sur le développement de structures cérébrales comme l’hippocampe, les amygdales, la microglie ou le cortex cingulaire antérieur. Par ailleurs, des « marques » épigénétiques avec profils de méthylation particuliers ont été identifiées chez des enfants ayant subi des traumatismes précoces. Ces violences peuvent être physiques, sexuelles, psychologiques, de l’ordre de la négligence, ou du fait d’être témoin de violences conjugales. Il est observé des altérations cérébrales durables liées aux traumatismes, d’autant plus importantes que ceux-ci sont précoces et non traités. La maltraitance des enfants concerne environ 20% de la population, et les violences sexuelles 10% des petites filles. Celles-ci sont le plus souvent intrafamiliales et commises par des auteurs de sexe masculin dans 99% des cas. Les enfants porteurs d’un handicap ont 3 fois plus de risque d’être victimes de maltraitance, en particulier les filles avec un trouble cognitif (6,7 fois plus de risque). En effet 9 femmes autistes sur 10 ont été victimes de violences sexuelles, dont 30% avant l’âge de 9 ans. Il n’est pas toujours simple de savoir si la présence d’un handicap a favorisé la survenue de violences ou si celles-ci sont à l’origine des difficultés cognitives ou comportementales. Bien souvent malheureusement les deux sont intriqués, et aux violences peut s’ajouter la maladie génétique. Ainsi, il existe un lien très fort entre violences et TND ; distinguer la cause de la conséquence n’est pas aisé ni indispensable car l’un n’empêche pas l’autre. Les pédiatres et généticiens ont souvent peur de passer à côté de la maladie rare, mais il est grave également de ne pas repérer la maltraitance. Il paraît important d’introduire de manière systématique la question des violences pendant la consultation. Par ailleurs, il est primordial de prévenir les parents de patients porteurs de handicap, en particulier les filles avec troubles cognitifs, du risque élevé de violences sexuelles.

Contexte : La neurodégénérescence cérébrale avec accumulation de fer (neurodegeneration with brain iron accumulation ou NBIA) est un groupe de pathologies rares, principalement héréditaires, impliquant une accumulation anormale de fer dans les ganglions de la base du cerveau. Des variantes hétérozygotes de FTL, codant pour la chaîne légère de la ferritine, ont été rapportées dans la neuroferritinopathie héréditaire, caractérisée par des symptômes cérébraux et cérébelleux progressifs et des dépôts de fer principalement dans les ganglions de la base. Récemment, une mutation non-sens récurrente dans le dernier exon de FTH1, codant pour la chaîne lourde de la ferritine, a été trouvée chez cinq enfants présentant des caractéristiques typiques de NBIA, appelée NBIA3. Objectif : Nous présentons une fille avec une NBIA3 liée à FTH1 et une neuropathie démyélinisante périphérique associée comme nouvelle caractéristique clinique. Méthodes : Nous avons effectué un examen clinique et génétique approfondi, incluant une évaluation neuropsychologique (WISCV). EEG, EMG, IRM, TDM, dépistage biologique extensif, micro-array chromosomal et séquençage du génome entier (WGS) ont été réalisés. Résultats : Nous avons identifié une délétion hétérozygote de novo en 11q12.3 de 0,6 kb, englobant l'exon 4/4 de FTH1 et le 3'UTR de BEST1. Aucun autre variant suspect n’a été retenu sur l’analyse génomique. L'électromyoneurographie a montré une vitesse de conduction motrice et sensitive sévèrement et homogènement diminuée. Discussion : Contrairement à la mutation récurrente de type stop de FTH1, la suppression partielle de FTH1 étend le spectre clinique de la NBIA3 à la neuropathie démyélinisante et donc aux lésions de la substance blanche centrale et périphérique.

Early Infantile Epileptic Encephalopathy (known as Ohtahara Syndrome) is one of the most severe and earliest forms of epilepsy, characterized by early seizures onset. It affects newborns and children between two and six years old. Among the genes that have been associated with early infantile epileptic encephalopathy, the STXBP1 gene, which encodes the Syntaxin binding protein1a that is involved in SNARE complex formation, contributes to synaptic vesicles exocytosis. The aim of this study was to identify the most pathogenic polymorphisms of STXBP1 gene and determine their impact on the structure and stability of Stxbp1 protein. The high-risk nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) in the STXBP1 gene were predicted using 13 bioinformatics tools. The conservation analysis was realized by CONSURF web server. The analysis of the impact of the pathogenic SNPs on the structure of Stxbp1 protein was realized using YASARA software, and the molecular dynamics simulation was performed using GROMACS software. Out of 245 nsSNPs, we identifed 11 (S42P, H103D R190W, R235G, D238E, L256P, P335S, C354Y, L365V, R406C, and G544D) as deleterious using in silico prediction tools. Conservation analysis results revealed that all these nsSNPs were located in conserved regions. The comparison of the hydrogen and hydrophobic interactions in the wild type Stxbp1 structure and its mutant forms showed that all these nsSNPs affect the protein structure on different levels. The molecular dynamics simulations revealed that the total of nsSNPs affect the protein stability, residual fluctuation, and the compaction at different levels. This study provides helpful information on high risk nsSNPs that may affect the Stxbp1 protein structure and function. Thus, these variants should be taken into consideration during the genetic screening of patients suffering from early infantile epileptic encephalopathy.

La maladie de Parkinson (MP) est la deuxième maladie neurodégénérative la plus fréquente affectant des personnes âgées de plus de 65 ans. Environ 15% des cas parkinsoniens présentent une histoire familiale de MP, à transmission autosomique dominante ou récessive. Les gènes les plus fréquemment impliqués dans les formes récessives sont PRKN, PINK1 et PARK7 caractérisées par un début précoce. Cependant, il existe une grande proportion de formes récessives non expliquées par ces gènes connus. Le but de cette étude est d’identifier de nouveaux gènes associés aux formes récessives précoces (<50 ans) de la MP et de valider les gènes candidats par modélisation dans des organismes simples (drosophile). L’intégration des données de cartographie par homozygotie et de séquençage à haut débit, ainsi que des études de réplication génétiques dans des cohortes indépendantes de milliers de patients parkinsoniens (consanguins ou de transmission autosomique récessive) a permis d’identifier plus de 300 gènes candidats dont une trentaine retrouvée chez au moins 2 familles. La première étape de validation de gènes candidats de la MP met à profit le réflexe de géotaxie négative. Les gènes candidats sont sous-exprimés par ARN interférence (ARNi) spécifiquement dans les neurones. La sous-expression des gènes connus (PRKN, PINK1 et PARK7) induit un trouble locomoteur qui peut être reversé par la prise de Ldopa. Plusieurs gènes candidats (PTPA, PSMF1) ont pu être validés grâce à l’apparition de troubles locomoteurs dans ce test lors de leurs inhibition dans les neurones (Fevga et al. 2022) (Magrinelli et al, 2025). La seconde étape vise à déterminer si les troubles locomoteurs chez la drosophile sont en lien avec des dysfonctionnements des fonctions nécessaires à la survie cellulaire, mitophagie et/ou autophagie. Pour cela, nous avons entrepris de créer de nouvelles lignées stables exprimant des sondes fluorescentes : mito-keima pour la mitophagie, et pHluorin pour l’autophagie. Chaque lignée sera croisée avec des lignées exprimant un ARNi ciblé contre l’un des gènes candidats, spécifiquement dans les neurones à l’aide du système UAS/Gal4 et d’un promoteur neuronal. L’analyse sera faite par microscopie confocale sur les cerveaux de drosophiles adultes, à plusieurs temps post-éclosion, pour observer l’impact de cette inhibition au cours du temps. Un traitement au paraquat, induisant un stress neurotoxique sera fait afin d’observer la réponse au stress dans les neurones. Certains gènes connus de MP induisent (PINK1, PRKN) une diminution de la mitophagie et/ou de l’autophagie chez la drosophile lors de leur inhibition (Liu et al, 2021). Nous pourrons ainsi déterminer si les mêmes fonctions sont perturbées par l’inhibition de l’expression de nouveaux gènes candidats. Ce projet a pour but de comprendre le lien entre les troubles locomoteurs et la perturbation d’importantes fonctions cellulaires (mitophagie, autophagie) dans la drosophile pour de nouveaux gènes associés à la MP.

Introduction Le gène MAST1 (Microtubule Associated Serine/Threonine Kinase 1) code pour une kinase sérine/thréonine associée aux microtubules, impliquée dans le développement neuronal et l’organisation cérébrale. Depuis 2018, des variants pathogéniques de MAST1 ont été associés à un syndrome rare appelé syndrome Mega-corpus-callosum (MCC), caractérisé par un corps calleux hyperplasique, des malformations corticales variables (pachygyrie, polymicrogyrie, hypoplasie cérébelleuse), des troubles moteurs et cognitifs, une épilepsie variables. Objectif Nous décrivons les caractéristiques cliniques, radiologiques et moléculaires d’une enfant porteuse d’un variant pathogénique hétérozygote de MAST1, et discutons des implications pour le diagnostic, la prise en charge et le conseil génétique. Méthodologie L’évaluation a reposé sur un suivi clinique longitudinal intégrant des bilans cliniques neurologiques, complétés par une IRM cérébrale et des investigations génétiques dont une analyse génomique en trio. Résultats La patiente, âgée de 2 ans et 4 mois, présentait un retard neurodéveloppemental global sévère. Elle présentait initialement une hypotonie avec retard de station assise, la station debout était acquise à 2 ans 4 mois. Le langage oral restait limité à quelques syllabes associé à une communication non verbale gestuelle adaptée. Elle n’avait pas développé d’épilepsie. Les courbes montraient une croissance staturopondérale à + 2DS et un périmètre crânien légèrement supérieurs à la moyenne. Il n’était pas retrouvé d’élément dysmorphologique notable. L’IRM cérébrale révélait une pachygyrie pariéto-occipitale bilatérale, un corps calleux hyperplasique, ainsi qu’une dilatation modérée des ventricules latéraux et du troisième ventricule. Le cervelet était de dimension normale. L’analyse du génome par séqeunçage au débit révélait un variant hétérozygote de novo c.844_846del (p.Ile282del) dans le gène MAST1, classé pathogénique (classe 5). Discussion Ce nouveau cas confirme le rôle pathogénique des variants MAST1 dans les malformations cérébrales et le retard neurodéveloppemental. La délétion in-frame (p.Ile282del) affecte une région conservée du domaine N-terminal, perturbant la fonction de la kinase. Le tableau clinique observé recoupe le spectre décrit dans le syndrome MCC, avec présence d’un corps calleux hyperplasique et d’une dilatation modérée des ventricules latéraux associée aux anomalies cérébrales mais sans anomalie du cervelet, et avec dilatation du troisième ventricule. Une variabilité des manifestations IRM est possible mais l’hyperplasie du corps calleux reste un signe très évocateur qui peut guider les cliniciens. Conclusion Les variants pathogéniques de MAST1, encore rarement décrits sont toutefois responsables d’un syndrome cliniquement et radiologiquement identifiable, le syndrome MCC. Un suivi longitudinal reste essentiel afin de surveiller le risque épileptique, le développement pubertaire et les acquisitions neurodéveloppementales.

Introduction : Les neuropathies optiques héréditaires constituent un groupe hétérogène de maladies rares, souvent liées à des mutations des gènes impliqués dans la fonction mitochondriale. Le gène OPA1, principalement associé à l’atrophie optique dominante, peut être impliqué dans des formes syndromiques plus sévères lorsqu’il existe des mutations récessives. Observation : Nous rapportons le cas d’un patient âgé de 9 mois, issu d’un mariage entre apparentés, adressé pour un retard psychomoteur sévère. L’interrogatoire a révélé le décès d’un frère à l’âge de 2 ans qui souffrait d’une cécité néonatale associée à un retard psychomoteur. L’examen a retrouvé un retard staturo-pondéral, une discrète dysmorphie faciale (bouche en chapeau de gendarme, hypertélorisme) ainsi qu’une hypotonie axiale. Les explorations révélaient un potentiel évoqué visuel pathologique, un électrorétinogramme normal, et une IRM cérébrale montrant des anomalies bilatérales symétriques des pédoncules cérébelleux moyens et des faisceaux tegmentaux pontiques. Une étude génétique par séquençage de l’exome a identifié une variation faux sens homozygote du gène OPA1 (NM_130837.3:c.1575C>A), classée de signification incertaine selon les critères de l’ACMG (PM1 faible, PP3 moyen, PM2 modéré). Cette variation est en pleine cohérence avec le phénotype observé chez notre patient. Une étude fonctionnelle sur l’ARN est envisagée afin de confirmer son effet délétère sur l’expression génique et d’appuyer sa reclassification en variant probablement pathogène. Conclusion : Le séquençage de l’exome, associé à une interprétation rigoureuse des variants, représente un outil clé pour l’établissement des corrélations génotype-phénotype dans les neuropathies optiques héréditaires. Néanmoins, l’intégration de différentes approches omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) apparaît indispensable afin d’affiner la classification des variants et de renforcer l’accès à un véritable diagnostic de précision.

Plusieurs formes de leucodystrophies autosomiques dominantes (ADLD, autosomal dominant leukodystrophies) ont été décrites depuis la description de la duplication du gène LMNB1 en 2006 (PMID: 16951681). En 2024, Bergner et al. ont identifié des variants tronquants du gène CST3, ne conduisant pas à une dégradation des ARNm non-sens (NMD, nonsense mediated decay), chez des individus présentant une ADLD associée à un taux abaissé de cystatine C sérique. Nous avons évalué une famille présentant une ADLD sur 3 générations. Le père âgé de 66 ans, présente une leucodystrophie cérébrale sévère et diffuse impliquant également le bras postérieur de la capsule interne et les pédoncules cérébelleux moyens, associées à une atrophie du corps calleux et un déclin cognitif progressif après 60 ans. Sa fille souffre de migraines avec aura depuis l’enfance. A l’âge de 34 ans, elle a présenté une migraine accompagnée d’une confusion aigüe et d’une prosopagnosie. L’IRM cérébrale a révélé des lésions en hypersignal T2/FLAIR dans le cortex cérébelleux droit, ainsi que des anomalies de la substance blanche impliquant le corps calleux, le lobe frontotemporal droit, le bras postérieur de la capsule interne et le pédoncule cérébelleux moyen gauche. Des lésions similaires ont été mises en évidence chez le fils du cas index, lors d’une crise convulsive. Deux sœurs du cas index présentent des migraines et un déclin cognitif, tandis que leur mère, décédée, avait été internée pour « folie ». En 2021, un séquençage de l’exome réalisé en trio (fille du cas index + parents) n’avait pas permis de mettre en évidence de variant pathogène expliquant la pathologie familiale. En 2025, la famille a été présentée à un panel d’expert·es en leucodystrophies (« RCP LEUKOFRANCE Adulte »). Les images de l’IRM cérébrale ont fait suspecter une leucodystrophie liée au gène CST3, codant pour la cystatine C, publié récemment dans le cadre d’ADLD. La réanalyse des données d’exome a mis en évidence un variant probablement pathogène (classe 4) au sein du gène CST3 (NM_000099.4:c.358-3C>G) à l’état hétérozygote chez le cas index, sa fille et son fils (confirmé par Sanger). Ce variant est absent gnomAD. SpliceAI prédit une perte ou un gain du site accepteur d’épissage avec un score de 0.93 et 0.98 respectivement (échelle 0-1, un score élevé étant associé à une haute probabilité de défaut d’épissage). L’absence de détection de cystatine C sérique chez les deux enfants est en faveur de l’implication du gène CST3 dans la pathologie familiale (PMID: 38489591). Une étude d’ARN est en cours pour vérifier l’impact du variant sur l’épissage et la présence ou non de NMD. La réanalyse des données de séquençage d’exome sur base des imageries cérébrales évocatrices d’une ADLD liée à CST3 a donc permis d’établir un diagnostic moléculaire, de clore une errance diagnostique de plus de 40 ans, et d’assurer un conseil génétique approprié à la famille.

Le Protocole National de Diagnostic et de Soins (PNDS) pour les maladies mitochondriales liées aux mutations POLG est en cours de rédaction en 2025. Ce PNDS est nouveau et s’intéresse aux maladies mitochondriales liées aux mutations POLG, causées par des variants pathogènes du gène POLG codant pour l’ADN polymérase gamma mitochondriale. La polymérase gamma est responsable de la réplication du génome mitochondrial. Ce groupe représente la cause la plus fréquente de maladies mitochondriales, avec une prévalence estimée à 1/10 000, mais aussi la cause la plus fréquente d'épilepsie mitochondriale à tous les âges, 10-25% des cas d’ophtalmoplégie externe progressive et >10% des cas d'ataxie d’origine génétique. Il constitue un continuum de phénotypes définis cliniquement avant la découverte de leurs bases moléculaires génétiques. On les considère aujourd’hui comme un spectre de maladies qui se chevauchent, se manifestant de la petite enfance à l'âge adulte. Les PNDS sont des référentiels de bonne pratique portant sur les maladies rares. L’objectif d’un PNDS est d’expliciter aux professionnels concernés la prise en charge diagnostique et thérapeutique optimale et le parcours de soins d’un patient atteint d’une maladie rare donnée. Le PNDS POLG est rédigé par des acteurs des centres de référence Carammel et Calisson, soutenus par la filière Filnemus. Une équipe constituée de soixante-dix médecins référents issus de huit spécialités pédiatriques ou adultes et répartis sur tout le territoire, de professionnels de santé paramédicaux et de représentants d'association de patients est actuellement réunie autour de la thématique. Les principales associations décrites sont le Syndrome d'Alpers-Huttenlocher ; Myo-cérébro-hépatopathie infantile ; MNGIE-like ; Syndrome MEMSA ; Syndrome SANDO ; Ophtalmoplégie externe progressive autosomique dominante/récessive. Les premières mutations POLG ont été décrites en 2004. On compte aujourd’hui plus de 300 variants pathogènes rapportés (HGMD). La discussion permet l'échange des pratiques au sein du territoire et la mise en commun de données. Un diagnostic précoce, une prise en charge coordonnée et un suivi par des professionnels avertis semblent d'autant plus importants qu'à l'heure actuelle, il n'existe pas de traitement curatif ces maladies. Ce PNDS rappellera certaines clés comme la contre-indication stricte au traitement par valproate de sodium en raison du risque d’insuffisance hépatique fulminante. La rédaction de ce PNDS permet d'établir des recommandations françaises pour le spectre phénotypique des maladies mitochondriales liées aux mutations POLG, des formes pédiatriques précoces aux formes adultes tardives. Si vous souhaitez participer à la rédaction du PNDS POLG, merci d'écrire aux contacts référencés.

Au cours de la dernière décennie, de nombreuses connaissances ont été accumulées sur la génétique des maladies neurodégénératives, notamment sur le rôle des expansions répétées du gène C9orf72 dans les maladies du motoneurone, la démence fronto-temporale, mais également dans d’autres pathologies avec atteinte cognitive ou motrice. L’objectif de cette étude est d’analyser les principaux aspects cliniques et génétiques des phénotypes liés à l’expansion de l'hexanucléotide GGGGCC (G4C2)n du gène C9orf72. Principalement les atteintes neurodégénratives. Par la suite, une mise au point et description des deux principales méthodes de détection et d’analyse de la taille de l’expansion a été effectué; il s’agit de la PCR et le séquençage long-read, avec des exemples des technologies actuellement disponibles, tel le kit AmplideX PCR/CE C9orf72 d’Asuragen, et le Target repeat expansion panel de PacBio. La mise au point de techniques d’étude du gène C9orf72 ciblant l’expansion de l'hexanucléotide GGGGCC va permettre d’améliorer la prise en charge des patients atteints de troubles neurodégénératifs, de fournir un conseil génétique et éventuellement un diagnostic pré-symptomatique. Par ailleurs, l’identification de nouveaux gènes comme le gène C9orf72 dans les maladies neurodégénératives permet de reconnaître de nouveaux mécanismes pathogéniques et d’orienter la thérapeutique vers de nouvelles cibles thérapeutiques.

Introduction : Les dystrophies musculaires-dystroglycanopathies représentent un groupe rare et hétérogène de myopathies liées à un défaut de glycosylation de l’α-dystroglycane, avec une variabilité phénotypique allant de formes congénitales sévères à des formes plus modérées. Le gène FKTN (9q31) est impliqué dans plusieurs sous-types. L’objectif de ce travail est de rapporter un cas de dystroglycanopathie liée à des variants du gène FKTN, en soulignant l’apport du séquençage de l’exome dans le diagnostic précoce et le conseil génétique. Matériel et méthodes : Nous rapportons le cas d’une fille âgée de 2 ans, non consanguine, présentant un retard de la marche. L’examen clinique a révélé une hypotonie des membres supérieurs et inférieurs ainsi qu’une hypertrophie des mollets. Il n’y a pas de cas similaires dans la famille. Son bilan complémentaire a été marqué par une élévation importante des CPK et un aspect de dystrophie musculaire non systématisée avec régénération et fibrose à la biopsie musculaire. Une analyse moléculaire par séquençage de l’exome complet a été réalisée sur une plateforme Aviti (Element Biosciences). Résultats et discussion : Deux variants probablement pathogènes du gène FKTN ont été identifiés, c.183_193dup (p.Thr65delinsIleLeuCysTer) et c.1135A>C (p.Asn379His) à l’état hétérozygote composite. L’étude de ségrégation familiale a montré que chacun des parents était porteur hétérozygote d’un variant distinct, confirmant le génotype de la patiente. Il s’agit de nouveaux variants qui n’ont pas été décrits auparavant dans les bases de données de référence. Leur association avec le phénotype clinique soutient fortement le diagnostic de dystroglycanopathie de type C4. Sur le plan pratique, la famille a bénéficié d’un conseil génétique adapté, permettant d’expliquer le mode de transmission autosomique récessif, le risque de récurrence dans la fratrie et les options de prise en charge, notamment en matière de suivi multidisciplinaire. Conclusion : Le recours au séquençage de l’exome dans notre cas a permis d’identifier des variants du gène FKTN, confirmant le diagnostic d’une dystroglycanopathie. Cette approche génomique constitue un élément essentiel à la prise en charge diagnostique et au conseil génétique dans les formes pédiatriques des maladies neuromusculaires.

Introduction : Les pathologies liées au gène FDXR, impliqué dans la fonction mitochondriale, demeurent rares et peu documentées. Ce gène code pour la ferrédoxine réductase mitochondriale, une enzyme clé dans la biosynthèse des agrégats fer-soufre et de l’hème, éléments essentiels aux fonctions cellulaires. Des mutations bialléliques de FDXR sont associées à des neuropathies sensorielles, des atrophies optiques, ainsi que des troubles auditifs. Nous rapportons ici le premier cas marocain chez qui deux variants pathogènes ont été identifiés, dont l’un n’a jamais été décrit à ce jour. Matériels et méthodes : Il s’agit d’un patient de 30 ans, issu d’un mariage non consanguin mais avec notion d’endogamie, présentant depuis l’âge de 24 ans une neuropathie sensorielle débutant par des paresthésies et dysesthésies des membres inférieurs, suivie d’une baisse marquée de l’acuité visuelle. L’IRM cérébrale a révélé un amincissement des nerfs optiques. Un séquençage de l’exome complet (WES) a été réalisé dans le cadre du bilan étiologique. Résultats : Le WES a mis en évidence deux variants pathogènes à l’état hétérozygote composite sur le gène FDXR : l’un extrêmement rare, l’autre inédit dans la littérature, ce qui a permis de confirmer le diagnostic. L’analyse de ségrégation familiale est actuellement en cours. Discussion et conclusion : Les atteintes liées à FDXR sont rares, avec environ une cinquantaine de cas décrits à ce jour, essentiellement hors du Maroc. L’atteinte ophtalmologique est habituellement précoce, parfois dès la petite enfance. Dans notre cas, la survenue tardive des signes visuels souligne la variabilité phénotypique de ces pathologies. Ce cas met en évidence la diversité clinique associée à FDXR et renforce l’intérêt du séquençage génétique, notamment le WES, dans le diagnostic des neuropathies sensorielles d’étiologie indéterminée. Il illustre également la nécessité de mieux documenter les variants rares ou inédits, en particulier dans les populations sous-représentées telles que la population marocaine.

Les DRHs constituent un ensemble de maladies avec une forte hétérogénéité clinique, dont les bases physiopathogéniques sont diverses, conduisant à une dégénérescence rétinienne. Elles se manifestent sous une forme isolée ou syndromique, à tout âge, rendant difficile leur classification nosologique qui repose désormais sur la génétique. Le diagnostic moléculaire des DRHs est un véritable défi, impliquant plus de 300 gènes avec tous les modes de transmissions, mais a considérablement progressé grâce au séquençage de nouvelle génération. Néanmoins, 40% des cas restent non conclusifs. Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique (PFMG), le séquençage du génome a été évalué comme un outil diagnostique de première ou deuxième intention sur une cohorte nationale pédiatrique/adulte avec présentations cliniques variées de DRHs. Cinq ans après l’inclusion du premier patient dans le Plan France Médecine Génomique (PFMG), 1 312 dossiers ont été rendus (650 via SeqOIA, 662 via AURAGEN). Au total, 699 dossiers sont conclusifs avec des variants pathogènes/probablement pathogènes dans 189 gènes (les plus fréquents : ABCA4 (n=86), USH2A (n=67) et RPGR (n=42)), assurant un rendement global de 53,3 % variable selon les sous-groupes phénotypiques. Le génome est un atout pour la détection de variants introniques (n=24) ou promoteurs (n=12), de variants structuraux (n=54), d’expansions de triplets (n=2) et anomalies affectant des gènes non codants (petits ARN nucléaires, n=9). Il a aussi permis d’élargir le spectre phénotypique de certaines ciliopathies, initialement décrites comme syndromiques, désormais reconnues comme DRHs non syndromiques. De plus, 192 dossiers sont partiellement résolus avec un variant significatif d’intérêt (VSI) conforme au phénotype et au mode de transmission, en attente d'investigation complémentaires dans les laboratoires de référence (ségrégation familiale, analyse fonctionnelle). Leur validation porterait le rendement à 68 %, particulièrement élevé dans les cas séquencés en première intention. Près de 30 % des cas demeurent non résolus. Les explications possibles incluent des causes non génétiques, l’implication de gènes encore inconnus, des variants complexes non détectables par short-read ou des variants non codants dont la validation fonctionnelle reste un défi majeur, notamment concernant les insertions d’éléments mobiles. En conclusion, le séquençage du génome en trio, en première intention et enrichi par une description clinique précise, constitue la stratégie la plus performante. Elle permet d’identifier en une même analyse des variants de natures diverses, et de réduire considérablement l’errance diagnostique. De surcroît, la médecine personnalisée, notamment la thérapie génique (RPE65), imposant « des fenêtres temporelles thérapeutiques spécifiques » justifie les efforts d’identification du génotype causal le plus précocement possible. Les auteurs réunis en "Consortium des Biologistes IMR0027" remercient l'ensemble des prescripteurs

Le syndrome d'Aicardi-Goutièrs (AGS) est une encéphalopathie héréditaire caractérisée par une grande variabilité clinique, principalement des calcifications cérébrales, une atrophie cérébrale et une leucodystrophie. L’évolution clinique peut être fatale. À ce jour, 7 gènes sont impliqués, cependant, la mutation p.A177T(c.529G>A) du gène RNASEH2B a été décrite comme la mutation la plus récurrente dans plusieurs populations. Notre objectif était de résumer les caractéristiques cliniques des patients marocains atteints d'AGS et de proposer une stratégie de diagnostic génétique. L’étude a concerné 7 patients marocains issus de 4 familles différentes. Le premier patient est un garçon âgé d'un 1 an et demi atteint de leucodystrophie, et les 6 autres patients (un garçon âgé de 2 ans et demi, 3 sœurs âgées de 14, 12 et 10 ans, deux sœurs âgées de 5 et 3 ans et un garçon de 2 ans et demi) présentant une symptomatologie évocatrice du syndrome d'Aicardi-Goutièrs. Nous avons effectué un séquençage de l'exome sur notre premier patient, puis une réaction de PCR et un séquençage Sanger ont été utilisés pour détecter la variante pathogène récurrente p.A177T (c.529G>A) du gène RNASEH2B chez les autres patients dans le cadre d'un test génétique de première ligne. Sur les 7 patients, 5 étaient homozygotes pour la variante pathogène p.A177T (c.529G>A) du gène RNASEH2B. Ces résultats démontrent la diversité phénotypique de l'AGS, et indiquent que la première étape de la stratégie de diagnostic devrait être le test génétique de la mutation récurrente du gène p.A177T (c.529G>A) du gène RNASEH2B.

Introduction : Les variants pathogènes dans le gène CACNA1A incluent une expansion de CAG, associée à l’ataxie spinocérébelleuse de type 6 (SCA6), ainsi que des variants ponctuels et structuraux affectant les domaines fonctionnels du canal calcique. Ces variants sont impliqués dans un large spectre clinique, allant des troubles paroxystiques (migraines hémiplégiques familiales (FHM) et ataxie épisodique de type 2) aux troubles du neurodéveloppement (NDD) et encéphalopathies épileptiques (EE). Certains variants sont retrouvés chez des individus asymptomatiques, suggérant une pénétrance incomplète. Méthodes : Nous avons analysé les patients porteurs d’un variant pathogène, non liée à l’expansion CAG, dans le gène CACNA1A, issus des cohortes SCANOP et SPATAX/BIOMOV de l’Institut du Cerveau de Paris (ICM). Résultats : La cohorte comprenait 272 patients (147 hommes, 123 femmes, 2 non renseignés). La majorité des variants étaient faux sens (70%), suivis de variants stop (21%), variants d’épissage (5.5%) et délétions (2.9%). L’âge de début médian était de 12 ans [0-73]. 18.4% des patients avaient une forme congénitale (0 -1 an), 14.7% un début dans la petite enfance (2-5 ans), 15.8% un début à l’âge scolaire (6-12 ans), 9.6% un début dans l’adolescence (13-17 ans), 33.8% un début adulte (>18 ans) et 7.7% un âge de début inconnu. Les NDD et l’épilepsie étaient principalement associés aux débuts très précoces (congénital et petite enfance), tandis que l’ataxie épisodique prédominait chez les enfants d’âge scolaire. Aucune corrélation génotype-phénotype n’a pu être établie dans cette cohorte. Les analyses spécifiques des ataxies CACNA1A à début adulte ont révélé un âge moyen de début de 34.5 ± 14 ans, avec une progression très lente. Ces formes étaient plus fréquemment associées à un nystagmus battant en bas (53%) qu’à un nystagmus induit par le regard (34%). Une dysarthrie cérébelleuse était présente chez 51% des patients, et une ataxie épisodique chez 30%. L’atrophie cérébelleuse était rare et généralement discrète. Pour cette forme, le diagnostic différentiel doit principalement inclure FGF14/SCA27B et SCA6, qui se caractérisent par un début plus tardif, la présence de tremblements cérébelleux et une diplopie plus fréquente, ainsi qu’une atrophie cérébelleuse plus marquée à l’IRM. Conclusion : Les variants ponctuels et structuraux dans le gène CACNA1A sont responsable d’un spectre étendu de maladie, dont les manifestations cliniques peuvent être partiellement prédites en fonction de l’âge de début des symptômes. Toutefois, une variabilité phénotypique importante persiste, y compris au sein d’une même famille et pour un même variant génétique. Cette hétérogénéité suggère l’implication de modificateurs génétiques, qui pourrait influencer l’expression clinique. Une meilleure compréhension de ces mécanismes permettrait d’affiner le conseil génétique mais également de mieux stratifier les patients au sein des études cliniques.

Introduction Les amyotrophies spinales proximales ou SMA pour spinal muscular atrophy sont des affections neuromusculaires de transmission autosomique récessive, caractérisées par une dégénérescence progressive des motoneurones de la corne antérieure de la moelle épinière et souvent des motoneurones du bulbe à l’origine d’une atrophie et d’une faiblesse musculaire des muscles proximaux. Sur le plan moléculaire, les SMA sont liées dans 98 % des cas à une délétion homozygote des exons 7 et ou 8 du gène SMN1. Objectifs : - Confirmer le diagnostic des patients présentant un phénotype SMA de type II et III par la recherche de la délétion de l’ exons 7 du gène SMN1, -Évaluer l’apport de l’analyse du gène NAIP et du nombre de copies de SMN2 dans la détermination du phénotype des SMA II et III, afin d’explorer leur rôle potentiel en tant que modulateur de la sévérité clinique. Patients et Méthodes : Tous nos patients répondaient aux critères définis par le consortium international de 1992. L‘étude génétique a comporté l‘analyse des gènes SMN1 et NAIP par PCR/RFLP et PCR multiplex respectivement et le dosage du nombre de copies de SMN2 par PCR en temps réel. Résultats : Nos patients étaient répartis en 16 SMA de type II et 53 de type III. La délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1 était de 43 .75 % dans les SMA de type II et de 45.28 % dans le type III. La délétion dans le gène NAIP a été retrouvée dans les deux types de SMAII et III , avec une fréquence un peu plus élevée chez les patients SMA de type II (16.68 %) que de type III (12.50 %). L’analyse quantitative du nombre de copies SMN2 a mis en évidence une corrélation qui semble vraie mais non absolue entre le nombre de copies SMN2 et la sévérité du phénotype. En effet dans le groupe de SMA de type II, 16.16 % des patients portaient deux copies, 58.33 % 3 copies et 25% 4 copies alors que dans le groupe de type III seuls 15,15% des patients portaient 3 copies, 81.81% portaient 4 copies et 3.03% portaient 5 copies. Conclusion Les résultats de notre étude se rapprochent de ceux de nombreuses données de la littérature.

Les myopathies héréditaires sont un groupe de maladies neuromusculaires caractérisées par une faiblesse musculaire progressive. Elles peuvent affecter les muscles cardiaques et squelettiques.Elles reposent sur une forte hétérogénéité génétique influencée par plusieurs gènes. Parmi ceux -ci, TTN, SYNE1 et TNNI3 codent pour des protéines structurales nécessaires à l'intégrité et au fonctionnement des muscles ,dont leurs variations pathogènes sont liées aux maladies cardiaques et neuromusculaires . Cette diversité a été démontrée dans notre étude à travers l’analyse de trois familles suspectées de myopathies d’origine génétique .Dans la première famille étudiée, le séquençage de l’exome (WES) a permis d'identifier deux mutations hétérozygotes du gène TTN : c.105946G>T (p.Glu35316*) et c.98716del (p.Val32906Tyrfs4). l’analyse de ségrégation par séquençage Sanger a montré que la mutation c.105946G>T est transmise par le père , tandis que la délétion c.98716del est héritée par la mère .Dans la deuxième famille, la séquence de l'exome a révélé deux substitutions rares de type faux-sens dans le gène SYNE1 (p.Glu6031Lys et p.Val7010Glu). Des analyses structurales et des simulations de dynamique moléculaire ont révélé des variations de la stabilité structurale et des interactions intraprotéiques de la nesprine-1, indiquant un impact fonctionnel de ces variants et renforçant leur rôle potentiel dans le phénotype clinique observé .Enfin, dans la troisième famille, une analyse ciblée de 206 gènes liés aux cardiomyopathies a révélé une mutation non-sens dans le gène TNNI3 (c.292C>T ; p.Arg98*) localisé dans l'exon 6. Dans notre observation , les parents consanguins étaient porteurs hétérozygotes sains, tandis que leurs deux filles , atteintes de cardiomyopathie dilatée. étaient supposées homozygotes .Ensemble, ces résultats démontrent la grande variabilité génétique et clinique des myopathies héréditaires et soulignent la valeur des approches intégratives qui combinent le séquençage de nouvelle génération, l'annotation bioinformatique, la modélisation structurelle et la dynamique moléculaire pour améliorer la précision diagnostique.

Introduction : La dystrophie neuroaxonale infantile (INAD), également connue sous le nom de maladie de Seitelberger, est une maladie neurodégénérative autosomique récessive très rare. Elle est considérée comme la forme la plus caractéristique de neurodégénérescence avec accumulation de fer dans le cerveau. Cette affection est causée par des variants pathogènes bialléliques dans le gène PLA2G6, qui code pour la phospholipase A2 indépendante du calcium (iPLA2-VI). Nous rapportons le cas d'un enfant marocain présentant un tableau clinique compatible avec l'INAD, chez qui une combinaison inédite de deux variants pathogènes connus du gène PLA2G6 a été identifiée. Patient et méthodes : Nous rapportons le cas d'un enfant marocain âgé de 3 ans, né de parents sains non apparentés, sans antécédents familiaux significatifs. Le développement psychomoteur initial était dans les limites de la normale. Toutefois, vers 16 mois, il a présenté une régression des acquisitions motrices (affectant la marche, puis la capacité à maintenir la position assise). Cette régression s’est accompagnée d’une amyotrophie observée au niveau de la musculature des membres inférieurs. L’IRM cérébrale a mis en évidence une atrophie cérébelleuse et vermienne et les potentiels évoqués auditifs ont montré une surdité bilatérale légère à modérée. Un séquençage de l’exome entier a été réalisé par NGS sur la plateforme Illumina NextSeq2000. Résultats et discussion : Deux variants ont été identifiés au niveau du gène PLA2G6. Le premier variant, c.1547_1548dupCG (p.Gly517fs) au niveau de l’exon 11 est répertorié dans Clinvar et classé comme pathogène ou probablement pathogène. Le deuxième variant, c.2070_2072delTGT (p.Val691del) au niveau de l’exon 15. Ce variant a été rapporté chez plusieurs patients atteints et est classé comme pathogène. L’analyse de ségrégation a montré que le variant c.1547_1548dupCG avait été hérité de la mère, tandis que le variant c.2070_2072delTGT provenait du père, ce qui est compatible avec un état hétérozygotie composite. Ces deux variants expliquent le phénotype clinique observé et confirment le diagnostic de la dystrophie neuroaxonale infantile liée au gène PLA2G6. Un conseil génétique adapté a été prodigué à la famille et une prise en charge orienté du patient a été instaurée. Conclusion : L’identification précise des variants en cause de la dystrophie neuroaxonale infantile chez notre patient améliore la compréhension des corrélations génotype-phénotype dans les formes liées au gène PLA2G6 et met en lumière l’importance du conseil génétique dans la prise en charge familiale.

DPYSL5 est un gène récemment impliqué (2021) chez des individus présentant une malformation cérébrale (agénésie du corps calleux +/- anomalie de la fosse postérieure) associée à une déficience intellectuelle constante. A ce jour seulement 9 individus issus de 8 familles non apparentés sont rapportés. Tous les variants sont de novo, sauf pour une famille avec deux enfants ou un mosaïsme parental est suspecté. Nous décrivons une patiente de 7 ans, issue d’une grossesse gémellaire avec diagnostic anténatal d’agénésie partielle du corps calleux, isolée sur le plan morphologique, dans un contexte de retard de croissance intra utérin, et dont l’amniocentèse pour ACPA n’a pas été souhaitée. Naissance à 32SA +5j, hypotrophe (PN :1.23kg, <3ème percentile ; T :39cm, <3ème percentile ; PC :29cm, <3ème percentile ). Les suites néo-natales ont été simple. Son développement psychomoteur a été marqué par un retard d’acquisition à la marche à 28 mois, pas de retard de langage et une scolarité actuelle ordinaire, en CE1, sans difficultés et avec un examen neuromoteur normal. L’IRM post natale, réalisée à l’âge de 3 mois, a confirmé une agénésie partielle du corps calleux en association à un lipome péricalleux, sans autre anomalie. Le séquençage de génome en trio, réalisé dans le cadre de la malformation cérébrale et retard moteur, a révélé un variant pathogène dans DPYSL5, de novo. L'absence de déficience intellectuelle chez notre patiente, associée à la présence d'un lipome péricalleux, sans atteinte de la fosse postérieure contrastent avec les données de la littérature et suggère un nouveau phénotype possible associé à ce gène. Ce cas clinique soulève les difficultés de rendu, de conseil génétique et nous invite à réfléchir quant à la possibilité de large variabilité phénotypique notamment pour les nouveaux gènes impliqués dans les malformations cérébrales. Le meilleur moment pour réaliser des études génétiques chez des patients asymptomatiques porteurs d'une malformation cérébrale de diagnostic anténatal, doit être réfléchi afin de ne pas réaliser un diagnostic pré symptomatique de déficience intellectuelle qui peut être erroné avec des conséquences désastreuses pour l'individu et sa famille. Nous rappelons par cet exemple, que l’information pronostique, que ce soit en anténatal lorsque des variants pathogènes sont diagnostiqués dans des gènes connus pour donner un phénotype variable, ou en postnatal immédiat, peut s’avérer un véritable challenge, en absence de phénotype clinique. Le suivi clinique des patients s'avère alors indispensable afin de mieux connaitre les histoires naturelles des anomalies génétiques.

Introduction : Le diagnostic des maladies génétiques rares reste complexe en raison de l’hétérogénéité phénotypique et de la présence fréquente de variants de signification incertaine (classe 3). L’analyse de la méthylation de l’ADN représente une nouvelle approche pour améliorer la classification de ces variants. Des profils spécifiques de méthylation, appelés épisignatures, ont été décrits dans plusieurs syndromes de développement. Le gène CHD7, impliqué dans le syndrome CHARGE et dans l’hypogonadisme hypogonadotrope congénital (HHC), avec ou sans anosmie, constitue un bon modèle pour évaluer l’intérêt de ces épisignatures. Méthode : Nous avons étudié une cohorte de 42 patients porteurs de variants classe 3, 4 ou 5 de CHD7, incluant des cas de CHARGE (N=7), d’HHC (avec anosmie, syndrome de Kallmann N=12 ou sans anosmie N=15), 2 patients « CHARGE-like » sans variant CHD7, des apparentés HHC (N=6) ainsi que 36 témoins HHC sans variant CHD7 et associés à des mutations des gènes GNRHR/GNRH1. L’ADN extrait à partir du sang a été traité au bisulfite puis analysé par séquençage haut débit Illumina après amplification par PCR spécifique. Les 42 CpG analysés afin de créer les profils de méthylation ont été sélectionnés à partir de ceux publiés dans la littérature (Butcher et al. Am J Hum Genet.2017) et les données ont été analysées par clustering hiérarchique. Résultats : L’analyse confirme que l’épisignature permet d’identifier, en regroupant au sein d’un cluster, l’ensemble des patients CHARGE par variant CHD7 (7/7 patients) avec une distinction nette par rapport aux 36 témoins. Les 2 patients « CHARGE-like » sans variant CHD7 ont un profil de méthylation différent des CHARGE, suggérant qu’il faut rechercher un autre gène. Parmi les HHC porteurs de variants CHD7, seuls 2 patients ont un profil de méthylation type CHARGE, ce qui permet de reclasser ces 2 variants CHD7 « probablement pathogène » (classe 4). Un de ces variants CHD7 est déjà associé au CHARGE d’après la littérature alors que le second est identifié chez un patient avec des signes possiblement évocateurs de CHARGE (atteinte cardiaque de type CIA). Ces deux patients nécessitent donc une exploration phénotypique plus aboutie. De façon intéressante, les CpG les plus informatifs pour l’identification des patients CHARGE se retrouvent dans des régions du génome impliquant des gènes connus comme jouant un rôle dans le neurodéveloppement embryonnaire, laissant entrevoir la possibilité de simplifier encore le test et de limiter le nombre de CpG à analyser dans le cadre du diagnostic. Conclusion : Ce travail confirme l’intérêt des épisignatures comme biomarqueurs fonctionnels, notamment dans les pathologies liées à CHD7, gène complexe à interpréter et ne possédant pas de test fonctionnel. Le laboratoire poursuit des tests en vue de simplifier cette méthodologie dérivée d’une épisignature déjà publiée afin de la rendre robuste en vue d’une application diagnostique en routine.

L’expansion pathologique, supérieure à 250 triplets GAA, dans l’intron 1 du gène FGF14 est responsable de l’ataxie spino-cérébelleuse 27B (SCA27B) de transmission autosomique dominante. Il est décrit une instabilité intergénérationnelle pouvant aller jusqu’à une centaine de répétitions : les transmissions paternelles sont associées à des évènements de contractions tandis que les transmissions maternelles sont associées à des expansions de l’amplification. Nous décrivons ici un cas inédit d’expansion d’un allèle d’origine paternelle. En effet nous avons identifié chez un patient symptomatique depuis l’âge de 36 ans un allèle pathogène à 339 répétitions GAA, tandis que son père symptomatique depuis l’âge de 61 ans présente un allèle plus petit à 321 répétitions GAA. Il est à noter que la sœur de ce patient, suivie pour une pathologie ophtalmologique sans atteinte cérébelleuse, est porteuse traditionnellement d’un allèle contracté à 303 répétitions GAA par rapport à celui de son père. Le génotypage au locus FGF14 de la mère de ces deux patients (9/22 GAA) ainsi que l’étude des haplotypes ont permis d’exclure une transmission d’origine maternelle et de vérifier la génocompatibilité entre les deux patients et leur père. Cette observation est une exception à la tendance classique d’instabilité intergénérationnelle observée dans la SCA27B et est intéressante à prendre un compte dans le discours à tenir aux patients notamment dans le cadre du diagnostic présymptomatique

Les malformations du corps calleux (MCC) sont des anomalies neurodéveloppementales fréquentes, survenant dans environ 1 naissance sur 4000. Leur grande variabilité phénotypique et génétique rend souvent le diagnostic et la prise en charge complexes. 107 patients tunisiens présentant une MCC adressés au service de Génétique entre 2010 et 2025 ont fait l’objet de cette étude. Les phénotypes observés comprenaient une agénésie totale (23,4 %), une agénésie partielle (10,3 %), une hypoplasie (33,6 %) et des formes non spécifiées (29 %). La quasi-totalité des cas étaient syndromiques (95,6 %), contre seulement 4,4 % de MCC isolées. L’évaluation génétique a inclut le caryotype chez tous les patients, complété, selon les indications, par FISH et/ou MLPA et/ou CGH-array et/ou séquençage de l’exome. Des anomalies pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiées chez un sous-groupe, incluant des variations du nombre de copies (CNV) et des variants de séquence. Les CNV pathogènes regroupaient des pertes (14q12, 4p, 1q43q44, 1p32, 5p14.3, 5q35, 16q, 18p) et des gains (4q, 18p isochromosome, 2p23.3). Trois patients présentaient simultanément des variants pathogènes et des variants de signification incertaine (VUS) : des variants WLS en hétérozygotie composite responsables du syndrome de Zaki ; un variant homozygote ERCC8 causant un syndrome de Cockayne associé à un gain 1q31.1 ; un variant homozygote VPS39 chez deux fratries associé à un gain en 20q11.22 et un variant hétérozygote MID1 associé à une perte 9p21. Ces résultats illustrent la complémentarité des approches génomiques combinées pour optimiser le rendement diagnostique et affiner les corrélations génotype–phénotype. Des VUS supplémentaires ont été identifiés en 15q11.2, 15q13.1 et 12q12. Globalement, cette cohorte met en évidence l’implication récurrente de gènes déjà associés aux MCC (ZNF238, FOXG1, NFIA) ainsi que de nouveaux candidats (BRINP3, FMN2, PLD5, PRKD1, VPS39), impliqués dans la migration neuronale, le développement des axones calleux (SPOCK3, CTNND2, SEMA5A, LAMA1) et la formation des structures médianes et gliales (MID1, FOXG1, NFIA). En conclusion, cette étude souligne l’extrême hétérogénéité génétique des MCC. L’intégration des analyses CNV et du séquençage améliore significativement le rendement diagnostique, précise les corrélations génotype–phénotype et contribue à une meilleure prise en charge clinique et au conseil génétique.

Le syndrome d’hypomyélinisation-cataracte congénitale, également connu sous le nom d’Hypomyelinating leukodystrophy-5 (OMIM #610532), est une leucodystrophie héréditaire rare caractérisée par une cataracte congénitale bilatérale, des troubles du développement, une ataxie, une spasticité et un déficit cognitif léger à modéré. D’autres manifestations incluent une hypotonie axiale, une dysarthrie, des signes cérébelleux, une neuropathie périphérique et l’épilepsie. Sur le plan radiologique, une hypomyélinisation avec anomalies de la substance blanche périventriculaire est typiquement observée. Ce syndrome est transmis selon un mode autosomique récessif et résulte de mutations du gène FAM126, impliqué dans la différenciation des oligodendrocytes et la myélinisation. Nous rapportons le premier cas familial décrit au Maroc, observé chez deux frères issus d’un mariage consanguin et suivis en consultation de génétique médicale au CHU Ibn Rochd de Casablanca. L’aîné, âgé de 11 ans, présentait une cataracte congénitale bilatérale, une régression psychomotrice à partir de 2 ans, une paraparésie spastique, une cyphose et un retard statural. Le cadet, âgé de 7 ans, porteur également d’une cataracte congénitale, présentait une régression psychomotrice associée à des crises tonico-cloniques fébriles. L’IRM montrait une atteinte bilatérale, symétrique et diffuse de la substance blanche sus-tentorielle, suspectant une leucodystrophie métachromatique. L’EEG objectivait une encéphalopathie épileptogène. Le séquençage de l’exome entier a identifié une mutation homozygote du gène FAM126A (NM_: c.414+G>T). Ce variant affecte le site donneur canonique d’épissage, entraînant un saut d’exon. Déjà rapporté dans la littérature, il est classé comme probablement pathogène. Le gène FAM126A/HYCCIN (OMIM 610531) code pour une protéine constituante d’un complexe régulant la synthèse du phosphatidylinositol-4-phosphate, essentielle à la différenciation et au développement des oligodendrocytes. Son rôle dans la myélinisation du système nerveux central et périphérique explique les manifestations neurologiques progressives. FAM126 pourrait également intervenir dans la voie de signalisation β-caténine/Lef, cruciale pour le développement embryonnaire. Ce premier cas marocain élargit le spectre clinique et génétique du syndrome d’hypomyélinisation-cataracte congénitale, tout en soulignant l’importance du séquençage de l’exome pour un diagnostic précis et la nécessité d’une approche individualisée pour la prise en charge des patients.

La maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) est le groupe le plus fréquent de maladies neuromusculaires. Cette maladie qui touche le système nerveux périphérique (SNP) se caractérise par une forte hétérogénéité génétique et phénotypique, avec plus de 100 gènes connus à ce jour. Nous avons étudié deux patientes, d’une même famille non consanguine libanaise, présentant une forme sévère de neuropathie axonale, à transmission autosomique récessive. L’une de deux sœurs est décédée à l’âge de 12 ans de détresse respiratoire. Un premier séquençage à haut-débit de l’exome a permis d’identifier, chez les deux sœurs, un variant faux-sens c.1328G>A (p.Arg443His) hétérozygote dans l’exon 9 du gène IGHMBP2 (NM_002180). Les mutations bi-alléliques dans IGHMBP2 sont responsables de formes sévères à extrêmement sévères de neuropathies motrices associée à une détresse respiratoire, parfois appelées amyotrophie spinale autosomique récessive avec détresse respiratoire (SMARD1, MIM 604320), pour les cas les plus sévères. En raison de la proximité des signes cliniques entre nos deux patientes et le spectre phénotypique des neuropathies liées à IGHMBP2, nous avons suspecté la présence d’une seconde mutation hétérozygote dans des régions introniques non séquencées dans le WES chez nos patientes. Afin d’identifier ce deuxième variant, nous avons séquencé le génome entier (WGS) de la sœur encore vivante par séquençage Illumina short-read. En parallèle, en vue d’interpréter la pathogénicité d’un possible variant intronique profond, nous avons réalisé un séquençage des transcrits (mRNA-Seq) à haut-débit. Nous avons réalisé ce séquençage à partir d’ARN total extrait de la lignée lymphoblastoide immortalisée de la patiente, vu l’expression ubiquitaire de IGHMBP2. L’analyse du WGS a permis d’identifier, dans l’intron 8 de IGHMBP2 (NM_002180), un second variant c.1236-1051G>T, dont l’analyse de ségrégation familiale a montré qu’il était bien en trans avec la mutation faux-sens précédemment identifiée chez les patientes, et que chaque variant était transmis par chaque parent. L’analyse du mRNA-Seq a mis en lumière un épissage anormal au niveau de la jonction exon 8-exon 9, suggérant une rétention d’une partie de l’intron 8 et l’inclusion d’un pseudo-exon. Néanmoins, il est difficile, sur un séquençage short-read, à partir d’un tissu non atteint, donc « pollué » par l’épissage alternatif, de précisément identifier le transcrit aberrant causé par la mutation intronique profonde. Un séquençage long-read Oxford Nanopore est en cours, à partir d’ARN extrait de motoneurones dérivés de cellules souches pluripotentes induites. Le séquençage des transcrits sur toute leur longueur, nous permettra de caractériser avec précision les transcrits mutants par rapport aux transcrits alternatifs et de présenter l’intérêt de l’analyse du génome couplée à un séquençage des transcrits en long-read pour résoudre ces cas de variants bi-alléliques dont un est situé dans une région « sombre » du génome.

Objectif : Peu de patients présentant une déficience en PARS2 ont été rapportés, et l’interprétation des variants identifiés reste difficile en l’absence d’une compréhension approfondie des protéines impliquées. Méthodes : Afin d’évaluer la pathogénicité du nouveau variant p.(Pro293Ala) du gène PARS2, identifié chez deux patients atteints d’encéphalopathie épileptique, nous avons réalisé une modélisation comparative et une analyse de conservation des séquences. De plus, nous avons mené une étude phénotypique d’une cohorte de 22 patients précédemment rapportés. Résultats : Nous avons montré que ce variant, prédit bénin par les outils conventionnels, est en réalité localisé dans un domaine fonctionnel de liaison au zinc (ZBD) jusque-là non reconnu au sein de la ProRS mitochondriale des mammifères, structurellement analogue au ZBD bien caractérisé de la ProRS cytosolique. Le phénotype des patients était pleinement cohérent avec celui des patients décrits avec une déficience en PARS2. Conclusion : Au-delà de la caractérisation clinique et de la confirmation de la pathogénicité du variant p.(Pro293Ala), ce travail a conduit à la découverte d’un nouveau domaine fonctionnel de liaison au zinc dans la ProRS mitochondriale. Cette découverte remet en question l’hypothèse précédente selon laquelle la séquence résiduelle des mt-ProRSs ne serait qu’une cicatrice évolutive, et suggère au contraire un rôle critique dans la fonction enzymatique. De plus, cette étude met en évidence la complexité de l’interprétation des données de prédiction in silico basées sur la conservation inter-espèces. Enfin, nous avons réalisé une étude détaillée du spectre phénotypique associé aux variants pathogènes de PARS2.

Introduction KLF7 code un facteur de transcription à doigt de zinc impliqué dans la prolifération et la différenciation cellulaires. Des troubles du neurodéveloppement (TND) ont été rapportés (Courtens 1997, Jang 2015, Powis 2017) chez des patients porteurs de délétions 2q33.3q34 incluant KLF7, suggérant son rôle de gène candidat aux TND. Observation Nous décrivons un nourrisson porteur d’une variation classe 4 de novo hétérozygote de KLF7 (NM_003709.4, c.790G>A, p.Asp264Asn), identifiée par génome. Né à terme après RCIU dysharmonieux, il présentait à la naissance pieds varus, ectopies testiculaires, ombilications mamelonnaires, hypertrophie des boules de Bichat, plagiocéphalie, microcéphalie (-3 DS), petite taille (-3 DS), faible poids (-1 DS). Dès 2 mois, révulsions oculaires, spasmes infantiles et hypotonie globale sévère apparaissent. Une encéphalopathie épileptique infantile précoce pharmacorésistante (échec TOPIRAMATE, VIGABATRINE, VALPROATE, régime cétogène) est diagnostiquée à 6 mois. À 14 mois, surviennent des épisodes de blockpnées avec désaturations centrales, bradycardies profondes et arrêts cardio-respiratoires récupérés. Après 3 mois d’hospitalisation marqués par des malaises itératifs, le patient décède à 19 mois d’un arrêt respiratoire. Les IRMc à 8, 14 et 16 mois montrent une atrophie cortico-sous-corticale évolutive, une hypomyélinisation globale sévère et des anomalies T2, FLAIR et diffusion du tronc cérébral, des globus pallidus et du thalamus, évoquant une pathologie neurodégénérative. Nous notons aussi une agénésie des bulbes olfactifs. État actuel des connaissances Quarante-cinq variations de KLF7 ont été rapportées via GeneMatcher. Certaines sont associées à des encéphalopathies épileptiques avec atrophie cérébrale, dont au moins une proche de la nôtre (c.793G>C). Powis et al. décrivent trois variations, dont l’une (c.790G>A) est identique à notre cas, rapportée une seule fois. Elle est associée à un phénotype partiellement similaire (RCIU, petit poids de naissance, microcéphalie, apnées, hypotonie axiale, paralysie cérébrale). Les autres variations décrites concernent surtout des TND sans épilepsie avec parfois des anomalies cérébrales aspécifiques. Discussion Les variations associées aux encéphalopathies épileptiques se situent dans la région C-terminale de KLF7, contenant des domaines à doigt de zinc responsables de la liaison à l’ADN, notamment à l’activateur de TrkA, codant pour un récepteur du facteur de croissance nerveuse NGF. Son altération pourrait donc perturber les voies du NGF, essentielles au développement neurologique. Les variations N-terminales ne semblent pas être associées à l’épilepsie. Conclusion Ces cas soutiennent l’implication de KLF7 dans les encéphalopathies épileptiques, en particulier lorsqu’une variation affecte le domaine C-terminal, suggérant une région critique pour la fonction du gène. L’évolution clinique et radiologique observée souligne une atteinte neuroévolutive encore peu décrite pour KLF7.

La maladie de Fahr, ou calcifications cérébrales familiales primaires (PFBC, Primary Familial Brain Calcification), est une affection neurodégénérative rare caractérisée par des dépôts calciques symétriques notamment au niveau des noyaux gris centraux, pouvant entrainer une large gamme de symptômes comprenant déclin cognitif, troubles du mouvement et symptômes neuropsychiatriques. Sur le plan génétique, des mutations pathogènes dans sept gènes ont été identifiées à l'origine des PFBC : MYORG, JAM2 et NAA60 pour les formes autosomiques récessives, SLC20A2, PDGFB, PDGFRB et, plus rarement, XPR1 pour les formes autosomiques dominantes. À ce jour, peu de publications décrivent des variants de XPR1 associés aux PFBC, ce qui limite la connaissance du spectre phénotypique et génotypique lié à ce gène. Nous présentons ici le cas de deux apparentés présentant des calcifications cérébrales bilatérales révélées par l’imagerie, associées à des signes neurologiques compatibles avec la maladie PFBC. L’analyse de l’exome a identifié chez les deux patients un variant hétérozygote de signification clinique incertaine (classe 3, selon les critères ACMG) au sein du gène XPR1 (NM_004736.4, GRCh38) : c.1358G>A p.(Cys453Tyr). Cette substitution faux-sens, non référencée dans la population générale (gnomAD v4.1.0) et non décrite dans la littérature scientifique, impacte un acide aminé fortement conservé. Les prédictions bio-informatiques soutiennent un possible effet délétère. Le gène XPR1 code pour un exportateur de phosphate inorganique. D’un point de vue structural, le résidu C453 est localisé dans le segment transmembranaire 6 (TM6) de la protéine XPR1, à proximité du segment TM7. TM6 et TM7 participant structurellement à la formation du tunnel d’export du phosphate, la substitution C453Y pourrait altérer l’interface entre TM6 et TM7, et potentiellement affecter la stabilité conformationnelle du tunnel ou son fonctionnement. L’altération de l’export de phosphate intracellulaire est un mécanisme pathogène bien établi, systématiquement mise en évidence lors de l’évaluation fonctionnelle de variants XPR1 retrouvés chez les patients PFBC. Afin d’affiner la classification de ce variant particulièrement suspect, des analyses de ségrégation familiale sont en cours, de même que des tests fonctionnels visant à caractériser la capacité de ce mutant à exporter le phosphate intracellulaire dans des lignées cellulaires déficientes pour XPR1. Ce travail apporte un nouvel argument en faveur de l’implication de XPR1 dans les calcifications cérébrales d’origine génétique, et souligne l’intérêt d’inclure ce gène dans le dépistage génétique des formes familiales inexpliquées de la maladie PFBC. En documentant un variant rare dans un gène encore peu étudié, cette étude participe à l’élargissement des connaissances sur les bases moléculaires de cette pathologie encore mal comprise.

Les ataxies congénitales non progressives (ACNP) constituent un groupe hétérogène de maladies rares d’origine essentiellement génétique dont le dénombrement est toujours en cours. L’amélioration des techniques de génétique moléculaire a permis l’identification de nombreux gènes. Les ACNP se présentent dans les premiers mois de vie par une hypotonie et un retard de développement psychomoteur avant l’apparition secondaire des symptômes cérébelleux classiques. Elles peuvent toutefois être difficiles à distinguer de certaines ataxies dégénératives d’origine métabolique à début très précoce et d’évolution très lente. Entre 2014 et 2025, 842 patients présentant une ataxie congénitale ou à début très précoce ont été adressés à notre centre de référence des Malformations et Maladies Congénitales du cervelet ou à notre laboratoire de référence, pour exploration et identification d’une cause génétique de leur pathologie. Tous les patients présentaient des symptômes cliniques de syndrome cérébelleux avant l’âge de 2 ans. Nous avons exclu de l’analyse les patients présentant une ataxie clairement progressive au moment du diagnostic, ainsi que les patients dont l’IRM cérébrale était évocatrice d’une cause spécifique (syndrome de Joubert, lésion cérébelleuse acquise…). Les patients ont été explorés initialement par un panel ciblé comportant 247 gènes, puis si les résultats étaient négatifs, un séquençage d’exome ou de génome a été réalisé. Cette stratégie a permis d’identifier un variant pathogène dans 35% des cas avec le panel ciblé et jusqu’à 46% des cas en incluant les patients explorés en exome ou génome. Parmi ces patients, nous avons identifié 16 cas index porteurs de variants causals dans des gènes impliqués dans des maladies métaboliques. Ces gènes sont tous présents sur le panel ciblé des ataxies congénitales ou très précoces de notre laboratoire de référence. 8 patients présentaient une forme de céroïde lipofuscinose neuronale (gène CLN6 : 4 patients, gène TPP1 (CLN2) : 3 patients, gène CLN8 : un patient). 1 fratrie (2 patients) présentait une forme atypique de syndrome de Menkes (gène ATP7A). 2 patients présentaient une forme de maladie mitochondriale avec myopathie et ataxie (gène MSTO1). Enfin 5 patients avaient une maladie de de Vivo (gène SLC2A1). De plus, à l’heure où les études biochimiques ne sont plus réalisées systématiquement avant les analyses génétiques, l’ajout récent du gène PMM2 dans le panel, nous a permis d’identifier 3 patients adultes qui présentaient un CDG syndrome. Nos résultats mettent donc en évidence l’importance de maintenir ces gènes de maladies métaboliques dans les panels d’exploration d’ataxie congénitale ou très précoce, en particulier CLN6. Le diagnostic rapide de ces pathologies potentiellement accessibles à une prise en charge voire un traitement spécifique, est important également pour le conseil génétique des familles.

Les troubles moteurs mixtes hyperkinétiques liés à ADCY5 (MxMD-ADCY5) constituent une maladie génétique rare, caractérisée par une combinaison de mouvements involontaires, souvent associés à des accès paroxystiques nocturnes et à une atteinte faciale. Les variants pathogènes touchant le gène ADCY5, qui code pour l’adénylate cyclase AC5, entraînent des altérations des voies de signalisation intracellulaire modulant le métabolisme de l’adénosine monophosphate cyclique (AMPc) dans les neurones de projection striataux. La majorité de ces variants sont autosomiques dominants et quelques variants récessifs ont été aussi rapportés, avec une grande variabilité dans la sévérité du phénotype et la réponse aux traitements. À ce jour, cinq variants dominants non tronquants ont été rapportés comme étant des gains de fonction, tandis que deux variants affectant l’épissage, l’un dominant et l’autre récessif, ont été proposés comme perte de fonction. Cependant, le spectre complet des variants ADCY5, en particulier récessifs, reste peu étudié, et la corrélation entre le type de variant, ses conséquences fonctionnelles, la sévérité du phénotype et la réponse thérapeutique reste inexplorée. Nous avons étudié par test minigène les conséquences de 12 variants d’épissage ADCY5 (dont 2 récessifs), impactant directement les sites consensus (6) ou localisés à proximité (5 faux-sens et 1 délétion en phase). Nous avons ensuite prédit leurs effets potentiels sur la fonction de la protéine AC5 in silico et recherché une éventuelle corrélation génotype-phénotype. Nos résultats montrent que les variants faux-sens et la délétion n’altèrent pas l’épissage, même lorsque les prédictions in silico suggéraient un effet. À l’inverse, les 6 variants touchant les sites consensus perturbent l’épissage et tous conduisent à la formation de plusieurs transcrits. Parmi eux, 4 devraient induire une perte de fonction, tandis que les 2 autres demeurent ambigus car ils génèrent différents transcrits aux conséquences potentiellement opposées. Ces observations suggèrent qu’un variant d’épissage ADCY5 responsable d’un MxMD-ADCY5 peut conduire soit à un gain, soit à une perte de fonction d’AC5. Des investigations complémentaires sur l’expression et l’activité enzymatique d’AC5, dans le cas de variants faux-sens et délétions en phase, sont nécessaires pour mieux comprendre les altérations de la voie striatale de l’AMPc dans le MxMD-ADCY5, et ouvrir la voie à une médecine de précision pour ces patients.

RRM2B gene encodes ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2 B, the p53-inducible small subunit (p53R2) of ribonucleotide reductase (RNR), an enzyme catalyzing dNTP synthesis for mitochondrial DNA. Defects in this gene may cause severe mitochondrial disease affecting mainly the nervous system. This study is aimed at examining the effect of deleterious nonsynonymous SNP (nsSNP) on the structure of the RRM2B protein, using a variety of prediction tools followed by a molecular modeling analysis. After using 13 algorithms, 19 nsSNPs were predicted deleterious. Among these variants, 18 decreased the protein stability and 16 were localized in very highly conserved regions. Protein 3D structure analysis showed that 18 variants changed amino acid interactions. These results concur with what has been found in experimental trials; 7 deleterious nsSNPs were previously reported in patients suffering from genetic disorders affecting the nervous system. Thus, our study will provide useful information to design more efficient and fast genetic tests to find RRM2B gene mutations.

The PIGO gene encodes the GPI-ethanolamine phosphate transferase 3, which is crucial for the final synthetic step of the glycosylphosphatidylinositol-anchor serving to attach various proteins to their cell surface. These proteins are intrinsic for normal neuronal and embryonic development. In the current research work, a clinical investigation was conducted on a patient from a consanguineous family suffering from epileptic encephalopathy, characterized by severe seizures, developmental delay, hypotonia, ataxia and hyperphosphatasia. Molecular analysis was performed using Whole Exome Sequencing (WES). The molecular investigation revealed a novel homozygous variant c.1132C > T in the PIGO gene, in which a highly conserved Leucine was changed to a Phenylalanine (p.L378F). To investigate the impact of the non-synonymous mutation, a 3D structural model of the PIGO protein was generated using the AlphaFold protein structure database as a resource for template-based tertiary structure modeling. A structural analysis by applying several bioinformatic tools on both variants 378L and 378F models predicted the pathogenicity of the non-synonymous mutation and its potential functional and structural effects on PIGO protein. We also discussed the phenotypic and genotypic variability associated with the PIGO deficiency. Our findings, therefore, widen the genotype and phenotype spectrum of GPI anchor deficiencies and broaden the cohort of patients with PIGO associated epileptic encephalopathy with an elevated serum alkaline phosphatase level.

La presbyacousie ou perte auditive liée à l’âge, représente aujourd’hui la déficience neurosensorielle la plus répandue dans la population adulte, avec des impacts sociaux et cognitifs majeurs. À l’échelle mondiale, on estime que plus de 320 millions de personnes âgées de 65 et plus souffrent actuellement d’une déficience auditive. La surdité liée à l’âge se caractérise par une surdité progressive et d’apparition tardive, survenant généralement autour de 40 ans, et affecte le plus souvent la perception des sons de haute fréquence. Elle résulte d’un ensemble complexe de facteurs génétiques et environnementaux, et sa composante héréditaire a récemment été caractérisée. Dans une publication antérieure, nous avons révélé l’implication de variants ultra-rares, portés par 35 gènes de surdité précoce à transmission autosomique dominante à l’origine de formes monogéniques de surdité liée à l’âge. Compte tenu de l’élargissement continu du panel des gènes impliqués dans la surdité depuis 2020, nous avons procédé à une réanalyse exhaustive de nos cas familiaux non élucidés afin d’identifier de nouveaux gènes responsables de surdité liée à l’âge.. La réanalyse a permis l’identification d’un variant rare et prédit délétère NM_032236.8:c.2215_2216delinsTT dans le gène USP48 (DFNA85) chez 5 membres atteints d’une même famille présentant une surdité neurosensorielle progressive liée à l’âge, avec, dans certains cas, des manifestations vestibulaires (troubles de l’équilibre). Il est à noter que ce variant a déjà été identifié comme impliqué dans une forme de surdité précoce. Le gène USP48 est rapporté ici comme responsable de surdité liée à l’âge à transmission autosomique dominante.

Introduction : Ce cas clinique souligne que, chez les patients présentant une déficience intellectuelle, un diagnostic d’hypoxie périnatale ne doit pas être considéré comme définitif en l’absence d’une réévaluation diagnostique approfondie et actualisée. L’étiquetage précoce d’une cause présumée peut masquer une pathologie sous-jacente génétique potentiellement identifiable, même plusieurs décennies après le diagnostic initial. Description du cas clinique : Un patient âgé de 55 ans, suivi pour déficit intellectuel attribué à une hypoxie périnatale, a été adressé en consultation de neurologie en raison d’hallucinations visuelles à recrudescence progressive. L’examen clinique neurologique a révélé une dystonie cervicale et laryngée, une dystonie segmentaire des membres, un syndrome extrapyramidal ainsi qu’un syndrome cérébelleux. Un bilan ophtalmologique récent a mis en évidence une rétinite pigmentaire. Le patient avait par ailleurs présenté des antécédents de thromboses veineuses profondes des membres inférieurs. Ces nouvelles données cliniques, peu compatibles avec un antécédent isolé d'hypoxie néonatale, ont conduit à une réévaluation diagnostique et à l’orientation du patient vers une consultation en neurogénétique. A l’anamnèse, il n’y avait pas d’antécédents familiaux de déficit intellectuel, de symptômes neurologiques et/ou de rétinite pigmentaire ; pas de consanguinité rapportée entre les parents du patient. Les analyses moléculaires ont permis d’exclure les principales causes génétiques d’ataxie (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7), l’ataxie de Friedreich, ainsi que le syndrome de l’X fragile. Un panel de gènes liés aux troubles du mouvement a permis d’identifier un variant pathogène (classe V selon les critères ACMG) c.563A>G,p.(Asp188Gly) dans le gène PMM2 (NM_000303.3), à l’état homozygote. Le diagnostic de trouble congénital de la glycosylation de type 1a (PMM2-CDG1a) a ainsi été établi. Ce trouble, connu pour associer ataxie, déficience intellectuelle, rétinite pigmentaire et des événements thrombotiques veineux et/ou artériels, correspond au phénotype observé chez notre patient. Conclusion : À notre connaissance, ce patient est le cas le plus âgé décrit à ce jour avec un diagnostic confirmé de PMM2-CDG1a. Ce cas illustre l’importance de ne pas accepter trop rapidement un diagnostic d’hypoxie périnatale comme étiologie définitive devant une déficience intellectuelle, surtout en présence de signes neurologiques progressifs ou atypiques. Une réévaluation clinique et génétique, même tardive, peut permettre d’identifier des pathologies rares mais spécifiques, offrant ainsi une meilleure compréhension du parcours du patient, des implications pour la famille, et ouvrant parfois des perspectives de prise en charge adaptées.

La paraplégie spastique autosomique dominante de type 4 (SPG4, gène SPAST) est généralement décrite comme un phénotype pur, avec une faiblesse spastique progressive des membres inférieurs. Certains troubles cognitifs ont été rapportés, mais restent difficiles à caractériser. La TEP cérébrale au 18F-FDG est un biomarqueur sensible du métabolisme glycolytique et montre la perte d'activité neuronale. Notre objectif était de décrire les troubles cognitifs des patients porteurs du variant SPG4, étayés par la TEP cérébrale au 18F-FDG, afin de caractériser le profil cognitif et sa localisation. 20 sujets du Grand Est, porteurs d'un variant pathogène du gène SPAST, ont été inclus. Chaque patient a bénéficié d'une évaluation neuropsychologique, d'une TEP cérébrale au 18F-FDG et d'une évaluation clinique SPATAX-EuroSpa, incluant l'échelle d'évaluation de la paraplégie spastique (SPRS). La TEP cérébrale au 18F-FDG a été analysée semi-quantitativement après comparaison avec des sujets témoins appariés selon l'âge et le sexe. La population étudiée était composée à 65 % (13/20) de femmes, avec un âge moyen de 50 ans (19-75 ans). Le score SPRS médian était de 15/52 (12-45). 44% (7/16) des patients avaient un score déficient à l'évaluation cognitive de Montréal (MoCa) (score < 26) sans aucune déficience grave (score < 10). Les évaluations avec un score pathologique de < 1,65 écart type ou au 5e percentile comprenaient la mémoire épisodique verbale dans le rappel libre et indicé de 16 items (RL/RI-16 ; 63 %, 10/16), la reconnaissance des émotions faciales (56 %, 9/16) et les fonctions exécutives (Trail Making Test A et B ; 47 %, 7/15 ; le Stroop ; 47 %, 7/15 ; WAIS-4; 38 %, 6/16). Comparées à celles des sujets témoins, les images TEP au 18-FDG du cerveau des sujets SPG4 ont révélé un hypométabolisme frontotemporal et du précunéus, principalement au niveau du cortex préfrontal, et plus spécifiquement mésial (valeur p voxel < 0,001, corrigée de la taille du cluster FWE, k = 1464). L'hypométabolisme frontal était corrélé à l'âge d'apparition (k = -0,475, p = 0,046) et au délai de réalisation du test TMT B (k = -0,597, p = 0,019). En conclusion : nous décrivons ici cliniquement un trouble cognitif léger chez les patients SPG4, associé à un hypométabolisme à l'imagerie TEP au 18F-FDG, correspondant principalement à une localisation frontotemporale. Un dysfonctionnement cognitif léger doit être dépisté chez les patients SPG4, car il peut avoir un impact significatif sur la vie socioprofessionnelle. La TEP cérébrale au 18F-FDG, associée à une évaluation neuropsychologique. semble être un bon examen de dépistage et de suivi de ces troubles cognitifs.

Contexte Le syndrome de délétion 22q11 est le syndrome microdélétionnel le plus fréquent avec une incidence de 1/5000 à 1/3000 naissances. Le phénotype clinique est variable et bien décrit dans le syndrome de DiGeorge et le syndrome vélo-cardiofacial connus de longue date, dont la prise en charge pédiatrique est bien définie. Le suivi à l’âge adulte a permis de décrire l’évolution naturelle de ce syndrome et de montrer que ces patients sont à risque de développer des complications neurologiques et psychiatriques. La fréquence des syndromes parkinsoniens varie selon les études (jusqu’à 25%) de même que la fréquence des troubles psychotiques en particulier de schizophrénie (10%). Depuis la fin des années 90, différentes études ont décrit les troubles moteurs associés, mais se sont heurtées à la fréquence élevée de prescription de traitements anti psychotiques susceptibles d’aggraver les symptômes d’une maladie de Parkinson pré-existante ou d’entraîner l’apparition d’un syndrome parkinsonien. Une récente étude de grande ampleur, réalisée sur 856 adultes porteurs d'une microdéletion 22q11.2, a conclu à une prévalence de 3,4 % de syndromes parkinsoniens, tous âges confondus, et de 23,7 % chez les plus de 50 ans. L’âge médian d’apparition des symptômes moteurs était de 45 ans. Dans cette cohorte, la prévalence de la maladie de Parkinson vraie était d’au moins 1,8 % tous âges confondus, et d’au moins 14 % chez les plus de 50 ans, contre 0,3 % et 3 % en population générale, respectivement (von Scheibler et al., 2025) mais sans précision sur les traitements antiparkinsoniens prescrits. Objectifs et méthodes Nous avons recueilli de façon rétrospective chez 130 patients adultes (>18 ans) suivis dans le département de génétique, à l’aide de la base de données Cohorte 360 de l’APHP, les données cliniques (en particulier l’existence d’un syndrome parkinsonien et ou de troubles psychotiques), les traitements prescrits (antiparkinsoniens et/ou psychotropes), les données de l’imagerie (DATscan). Les objectifs sont de : - caractériser la nature et la sévérité des troubles moteurs, l’existence de troubles psychiatriques - déterminer l’origine, iatrogène ou non, des symptômes moteurs - recenser les traitements antiparkinsoniens prescrits (posologie, fréquence d’administration) et les traitements psychotropes (neuroleptiques classiques ou atypiques) - évaluer la réponse des troubles moteurs aux traitements (Dopa sensibilité) Conclusion Cette étude permettra de préciser les habitudes de prescription des traitements antiparkinsoniens et anti psychotiques chez les patients porteurs d’une microdélétion 22q11.2, de recenser les prescriptions hors AMM, d’évaluer la réponse aux traitements dans l’objectif d’adapter la prise en charge de ces patients, d’établir des recommandations de prescriptions, des règles de bonnes pratiques du traitement des syndromes parkinsoniens et d’obtenir éventuellement le repositionnement de certaines molécules ou leur prescription compassionnelle.

La dystrophie neuroaxonale infantile (INAD) est une affection neurodégénérative rapidement progressive, se manifestant précocement dans la vie et conduisant à un décès prématuré. Elle est causée par des variants pathogènes du gène PLA2G6, qui code pour une phospholipase A2 indépendante du calcium. Nous rapportons le cas d’une fillette de 6 ans, née d’un mariage consanguin, présentant une régression motrice débutant à l’âge de 18 mois, associée à une ataxie et à une puberté précoce dès l’âge de 5 ans. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) a montré une hyperplasie hypophysaire avec atteinte de la post-hypophyse. Le séquençage de l’exome entier (WES) a identifié un variant faux-sens homozygote de signification incertaine dans le gène PLA2G6 (NM_001349864.1: c.1046 A>C). Le dépistage chez les parents a révélé la présence de ce variant à l’état hétérozygote. Il s’agit d’un nouveau variant classe 3, jamais rapporté dans les bases de données (ClinVar, GenomeAD). L’analyse in silico (MutationTaster) suggère qu’il est probablement pathogène. Cette mutation pourrait être responsable du phénotype observé. Compte tenu de la forte incidence des mariages consanguins dans la population marocaine, la famille a consenti à un conseil génétique concernant les mutations du gène PLA2G6 afin de prévenir la survenue de maladies apparentées.

Le gène CACNA1C code une sous-unité d’un canal calcique exprimé notamment dans le cœur, le système nerveux et le muscle. Des variants pathogènes hétérozygotes sont responsables de pathologies à transmission autosomique dominante telles que le syndrome de Timothy (OMIM#601005) ou des troubles du neurodéveloppement avec ou sans anomalies cardiaques (NEDHLSS, OMIM#620029). Nous rapportons le cas d’une patiente porteuse à l’état homozygote d’une variation de séquence de signification incertaine (VUS) posant la question d’un effet hypomorphe cliniquement significatif en situation récessive. La patiente présente un retard psychomoteur global avec déficience intellectuelle, une diparésie spastique des membres inférieurs, des dyskinésies, des tremblements, des convulsions fébriles et une hypothyroïdie. Le bilan cardiologique réalisé en 2021 était normal. L’analyse de l’exome a identifié la variation c.4183C>T [p.(Arg1395Trp)] dans CACNA1C à l’état homozygote (ségrégation confirmée, parents hétérozygotes). Ce variant, extrêmement rare en population générale (2 occurrences hétérozygotes gnomADv4), est rapporté une fois dans ClinVar comme VUS dans un contexte de QT long. Il entraîne le remplacement d’une arginine (polaire, chargée positivement) par un tryptophane (hydrophobe) sur une position plutôt intolérante à la substitution sur la face cytoplasmique (entre les segments S4 et S5) de la 4ème répétition du domaine transporteur d'ions du canal. Les prédictions in silico (SIFT, Polyphen-2, REVEL, + modèles structuraux Miztli/Mobidetails) suggèrent un effet délétère. À ce jour, seules des transmissions dominantes sont rapportées pour les variants pathogènes identifiés dans CACNA1C. La mise en évidence d’une variation de séquence homozygote dans ce gène interroge sur la possibilité d’un effet récessif pour certains variants. L’hypothèse d’un allèle hypomorphe — peu ou pas délétère à l’état hétérozygote mais cliniquement pertinent à l’état homozygote — mérite d’être considérée. Chez notre patiente, le phénotype est moins sévère que dans les syndromes classiques liés à CACNA1C : sans manifestations cardiaques, mais compatible avec une atteinte neurodéveloppementale. De façon intéressante, un modèle animal récent de syndrome de Timothy (zebrafish) met en évidence un phénotype aggravé chez les homozygotes porteur de variations pathogènes [Semenova S.A. et al., bioRxiv, preprint 2025]. Ce cas illustre l’importance de documenter les situations rares où des variants dans des gènes dominants peuvent exprimer un effet pathogène uniquement en situation d’homozygotie. La poursuite de la ségrégation familiale, en particulier chez les collatéraux, sera essentielle pour affiner l’interprétation. Ce variant, de signification incertaine selon les recommandations actuelles, ne peut à lui seul guider la prise en charge clinique, mais il souligne la nécessité d’intégrer ces situations atypiques dans la réflexion diagnostique et la recherche en génétique médicale.

INTRODUCTION : Les neuropathies périphériques héréditaires représentent un groupe hétérogène de pathologies également appelées maladie de Charcot-Marie-Tooth. Ces pathologies peuvent être évoquées devant un interrogatoire et un examen clinique évocateurs de troubles neurologiques d’ordre moteurs, sensitifs, ou autonomes. Cet examen est généralement suivi d’un électroneuromyogramme afin de préciser le type d’atteinte (axonale, démyélinisante ou intermédiaire). Le diagnostic précis et la détermination du caractère héréditaire de ces maladies reposent sur l’analyse par panel de gènes en biologie moléculaire. OBJECTIF : Nous proposons ici l’étude d’un cas clinique dont le diagnostic de pathologie syndromique a pu être posé à la suite d’une analyse moléculaire par panel de gènes des neuropathies périphériques héréditaires. METHODES : Nous avons réalisé une analyse par Next Generation Sequencing (NGS) du panel de 167 gènes neuropathies périphériques héréditaires dans notre laboratoire. RESULTATS : Le patient a été suivi initialement pour une maladie de Crohn sévère. Il a ensuite été adressé en consultation de neurologie devant l’apparition d’une neuropathie périphérique démyélinisante d’évolution rapide. Ce tableau était consécutif à la prise de TNFalpha, évoquant toutefois une possible pathologie neurologique sous-jacente face à la rapidité de son apparition. L’analyse NGS a identifié la présence d’un variant faux-sens pathogène (classe V d’après la classification ACMG) dans le gène TYMP : c.1282G>A, p.(Gly428Ser) à l’état homozygote. Cette mutation n’a jamais été rapportée dans la littérature, toutefois une mutation du même codon a été rapportée en lien avec le phénotype que présente ce patient. DISCUSSION : L’analyse moléculaire a permis de poser le diagnostic de MNGIE (Mitochondrial NeuroGastroIntestinal Encephalopathy) chez ce patient. Il s’agit d’une maladie métabolique rare, de transmission autosomique récessive, qui se caractérise par l’association d’une atteinte gastro-intestinale, d’une atteinte neurologique et parfois d’une atteinte endocrinologique. Cette analyse a donc permis de connaître la cause des différents symptômes gastriques et neurologiques de ce patient, d’améliorer sa prise en charge et de lui délivrer un conseil génétique. CONCLUSION : Ce résultat souligne l’importance d’inclure des gènes responsables de pathologies syndromiques dans le panel des neuropathies périphériques afin d’améliorer la prise en charge des patients et de leurs apparentés.

Leptin receptor (LEPR) is a member of the class I cytokine receptor family that receives and transmits leptin signals. It is primarily involved in the regulation of energy expenditure and food intake. This study aimed to evaluate the association of LEPR gene polymorphisms, Lys109Arg, Gln223Arg and Lys656Asn, with obesity in Moroccan women and to explore the structural and functional consequences of these SNPs. The variants were genotyped using the Sanger sequencing method. The threedimensional structures of LEPR extracellular domains were determined using a template-based tertiary structure modeling web server and the protein variants were generated using in silico mutagenesis. The amino acids conservation analysis in the variants region was performed based on a protein’s evolutionary profile. The molecular dynamics simulations of the wild-types and variants N-terminal, cytokine receptor homology I and fibronectin type III domains of LEPR protein were performed to investigate their impact on the domain structures. We identified that only Lys656Asn polymorphism is associated with obesity in Moroccan women (P¼0.024). In silico analyses revealed that Lys109, Gln223 and Lys656 are exposed residues and their substitution leads to changes in protein structure through loss or gain of hydrogen bonds and hydrophobic interactions. Lys656Asn increases the stability and decreased flexibility of the fibronectin type III domain. Lys109Arg highly decreases the stability and increases flexibility and the overall dimension of N-terminal and cytokine receptor homology I domains. Gln223Arg increases the stability and the compaction level of these domains. These results provide insight into the involvement of LEPR variants in obesity development.

Background: The melanocortin-4 receptor (MC4R) is a key component of the leptin–melanocortin pathway and plays a central role in the regulation of energy homeostasis. Genetic variants in MC4R are among the most frequent monogenic causes of severe obesity. Methods: We screened 63 Moroccan patients with obesity for MC4R mutations and compared them with 96 healthy individuals and 333 healthy population controls. The MC4R coding region was sequenced, and detected variants were further analyzed using in silico prediction tools (PolyPhen-2, SIFT, PredictSNP) and structural modeling approaches. Results: A rare missense variant, p.Met215Ile (rs768687497), was identified in one patient with morbid obesity (BMI = 40.03 kg/m²) characterized by hyperphagia. This variant was absent in all other obese patients, healthy controls, and population controls. In GnomAD, it has been reported in only 2 heterozygous alleles out of 251,254 from non-Finnish Europeans (AF = 0.000007960) and is described in Ensembl with a MAF < 0.01. Functional predictions consistently indicated a deleterious effect. Structural modeling revealed that the Met215Ile substitution disrupts hydrophobic interactions within the transmembrane domain, suggesting altered receptor conformation and function. Conclusion: The identification of the rare p.Met215Ile MC4R variant in a Moroccan patient provides new insights into the genetic basis of severe obesity. Given its rarity and predicted functional consequences, this variant may contribute to obesity pathogenesis in select individuals and could have implications for genetic counseling and therapeutic strategies.

Introduction: L’avènement du séquençage à haut débit a profondément transformé l’exploration des maladies rares et du retard du développement. Toutefois, cette avancée s’accompagne de nouveaux défis, notamment l’identification de variants de signification incertaine, parfois localisés dans des gènes dont le rôle pathogène lui-même reste incertain (GUS). Observation: Nous rapportons le cas d’un nourrisson âgé de 21 mois, issu d’un couple apparenté, et qui présentait un retard psychomoteur sévère avec hypotonie axiale et périphérique et absence d’acquisition de la position debout, associés à une dysmorphie faciale (racine du nez haute, oreilles légèrement décollées, philtrum court bombé, cou court). Les explorations ont également révélé des calculs caliciels droits, un reflux gastro-œsophagien et une myopie isolée. L’EEG, l’IRM cérébrale, le bilan osseux et le caryotype standard étaient sans anomalies. Le séquençage de l’exome a identifié un variant hétérozygote VUS du gène DDX23 : NM_004818.3: c.2085C>A (p.(His695Gln)), absent des bases de données de population (gnomAD, dbSNP) et non rapporté dans ClinVar. DDX23 code pour une hélicase nucléaire du complexe spliceosomal, jouant un rôle dans l'épissage du pré-ARNm, mais dont l’implication pathogène dans les maladies humaines reste indéterminée. Des études complémentaires (fonctionnelle, étude de ségrégation familiale) sont requises afin de déterminer de manière plus précise le rôle éventuel de ce variant dans le profil clinique de notre patient. Conclusion: Cette observation souligne les limites actuelles de la médecine génomique et la nécessité d’une approche intégrative. L’expertise du médecin demeure essentielle pour interpréter les variants, relier génotype et phénotype, et assurer un conseil génétique éclairé aux familles.

Introduction : Le syndrome de Pendred est une MAR, due à une mutation du gène SLC26A4 également responsable de surdité isolée (DFNB4). Ce gène code pour une protéine qui est la Pendrine exprimée au niveau de l’oreille interne et la thyroide où elle participe à la synthèse des hormones thyroïdiennes .Cette maladie est caractérisée par une surdité neurosensorielle congénitale et des anomalies de fonctionnement de la glande thyroïde responsable d’un goitre hypothyroïdien. Matériels et méthodes :30 familles ayant au moins un cas de surdité congénitale sont recrutées dans le service ORL du CHU de Blida. Tous les membres des familles ont subi un prélèvement sanguin, l’ADN en est par la suite extrait au niveau du laboratoire central du CHU Frantz Fanon. L’étude génétique a été faite au niveau du laboratoire de biochimie génétique du CHU Babeloued et l’institut Pasteur de Paris par le séquençage de l’exome Résultats et discussion : Le diagnostic génétique a retrouvé une nouvelle mutation faux sens Homozygote du gène SLC26A4 chez une famille ayant 2 cas de surdité avec goitre et une hypersécrétion de TSH. La mutation a été retrouvée à l’état hétérozygote chez les parents Conclusion : le dysfonctionnement hypophysaire du syndrome de Pendred est curable par de la thyroxine à vie, traitement non démuni de complications. Le conseil génétique est primordial pour décourager les mariages consanguins qui augmentent le risque des MAR.

La surdité est le trouble neurosensoriel le plus fréquent, touchant 1 à 3 nouveau-nés sur 1 000 et plus de 5 % de la population mondiale. Selon l’Organisation mondiale de la santé, d’ici 2050, 2,5 milliards d’individus seront concernés, dont plus de 700 millions nécessiteront une réhabilitation auditive. Près de 50 % des cas de surdité sont d’origine génétique, et les variations du nombre de copies (CNVs) en représentent environ 18,7 à 20 %. En Tunisie, comme dans d’autres pays de la région MENA, la forte consanguinité accroît la prévalence des formes autosomiques récessives, conférant à cette population l’un des paysages cliniques et mutationnels les plus hétérogènes d’Afrique. Toutefois, le dépistage génétique en pratique clinique reste limité au criblage de la mutation c.35delG du gène GJB2, responsable d’environ 35 % des cas de surdité autosomique récessive non syndromique, tandis que l’analyse des CNVs reste restreinte en raison de contraintes technologiques. Dans ce contexte, nous avons évalué la contribution des CNVs à l’étiologie moléculaire de la surdité chez des patients tunisiens négatifs pour la mutation GJB2, en ciblant le gène STRC (locus DFNB16), deuxième gène le plus fréquemment impliqué après GJB2, caractérisé par la présence d’un pseudogène hautement homologue (STRCP). Une cohorte de patients GJB2-négatifs ayant une surdité modérée à sévère a été étudiée. Le séquençage de l’exome entier (WES) a été réalisé chez dix individus. Une analyse bioinformatique des données WES a d’abord été effectuée afin d’explorer d’éventuels variants nucléotidiques simples dans une liste de 298 gènes prioritaires. Ensuite, les CNVs ont été détectés à l’aide d’un pipeline R optimisé, puis filtrés à travers une liste actualisée de 38 gènes de surdité associés à des CNVs. Les CNVs identifiés ont été validés expérimentalement par Touchdown-PCR et séquençage de Sanger. Nos résultats révèlent la présence d’au moins un CNV potentiellement pathogène chez chaque individu. Deux délétions homozygotes majeures impliquant STRC ont été confirmées : l’une de 90,3 Kb englobant également CATSPER2, suggérant un syndrome surdité-infertilité, et l’autre de 24,2 Kb incluant CKMT1B, associée à une perte auditive autosomique récessive 16. Par ailleurs, un événement complexe a été observé chez un troisième patient, combinant une duplication hétérozygote de 12,5 Kb touchant STRC et CKMT1B, ainsi qu’une délétion hétérozygote de 18,8 Kb affectant STRCP et CKMT1A. Cette étude démontre, pour la première fois en Tunisie, l’implication des CNVs liés à STRC dans l’étiologie moléculaire de la surdité. Elle souligne l’importance d’intégrer systématiquement l’analyse des CNVs, et en particulier le criblage du locus DFNB16, dans les approches diagnostiques de routine pour les cas GJB2-négatifs. De telles stratégies permettront d’améliorer le rendement diagnostique et de mieux caractériser le paysage moléculaire complexe de la surdité héréditaire dans les populations à forte consanguinité.

Les dégénérescences rétiniennes héréditaires (DRH) constituent un groupe hétérogène de maladies génétiques rares, responsable d’une malvoyance sévère. Environ 30% de ces pathologies sont attribuables à des variants pathogènes de gènes impliqués dans la biologie du cil primaire des photorécepteurs (PR). Ce sont donc également des ciliopathies associées la plupart du temps à des atteintes multi-systémiques dont le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) est un modèle emblématique. L’analyse des mécanismes physiopathologiques des tissus rétiniens humains reste un défi majeur, en raison de leur accessibilité extrêmement limitée. Dans ce contexte, les cellules souches pluripotentes induites (iPSC) grâce à leurs capacités de différenciation apparaissent comme un outil révolutionnaire. A partir de la cohorte COBBALT, 2 frères porteurs de la même variation à l’état homozygote (c.123del, p.Gly42Glufs*11) dans le gène BBS5 ont été sélectionnés et des iPSC ont été générées à partir de fibroblastes de peau. La reprogrammation de ces fibroblastes a été effectuée à l’aide du cocktail de facteurs de Yamanaka (Klf4–Oct3/4–Sox2, cMyc et Klf4) ainsi que des particules de virus Sendai. Ces 2 lignées ont été soumises à un processus rigoureux de caractérisation et de validation, conformément aux recommandations internationales de l’ISSCR (International Society for Stem Cell Research). Ainsi, nous présenterons une morphologie validée des colonies (bords francs) et la confirmation de la pluripotence par l’augmentation de l’expression relative des gènes tel NANOG, LIN28A et OCT3/4 par RT-qPCR ainsi que l’expression protéique de NANOG, SOX2 et OCT3/4 par immunofluorescence. La capacité de différenciation en trois feuillets embryonnaires par la formation de corps embryonnaires, l’analyse de l’intégrité génomique par caryotype et ddPCR, et la vérification de l’identité cellulaire par profilage STR. Les deux lignées sont en mesures de se différencier en corps embryonnaire exprimant les 3 feuillets embryonnaires : AFP et FOXA2 pour l’endoderme ; NESTIN et GFAP pour l’ectoderme ainsi que SMA et VIMENTIN pour le mésoderme. L’intégrité génomique est confirmée par le caryotype et la ddPCR. L’identité cellulaire a pu être vérifiée par analyse de marqueurs STR et la présence de la variation dans les lignées iPSC. Toute trace de contamination par des mycoplasmes a été confirmée. Pour conclure, 2 lignées de patients issus de la même fratrie porteurs de la même variation ont pu être générés et correspondent aux critères de l’ISSCR. Ceci permet d’assurer l’aptitude des lignées générées à être différenciées en divers types cellulaires d’intérêt comme des organoïdes rétiniens (mimant la complexité des PR) , et l’épithélium pigmentaire rétinien (cellules de soutien des PR). Ceci offre un accès inédit aux mécanismes moléculaires et cellulaires responsables des ciliopathies rétiniennes.

Introduction Le syndrome de Wolfram de type 1 (WS1) est une maladie neurodégénérative héréditaire caractérisée par un diabète insipide, un diabète sucré, une atrophie optique, des manifestations neurologiques et une surdité. Ce syndrome est très rare, avec une prévalence de 1/770 000 individus selon la première étude épidémiologique rapportée. À ce jour, plus de 740 mutations ont été enregistrées pour le WS1, situées dans la plupart des cas dans le huitième exon du gène WFS1, cependant aucune corrélation génotype-phénotype évidente n'a été observée. Objectif L’objectif de ce travail était de décrire trois nouveaux cas Tunisiens de syndrome de Wolfram, porteurs du même variant rapporté pour la première fois par notre équipe chez un autre patient Tunisien, suggérant l’existence d’un effet fondateur pour ce variant. Nous discutons également la corrélation génotype-phénotype pour ce variant. Patients et Méthodes Nous rapportons les observations cliniques de quatre patients adressés pour suspicion d’un syndrome de Wolfram. L’exploration génétique s’est basée sur un séquençage ciblé de l’exon huit du gène WFS1. Résultats Tous nos patients ont été adressés pour un diabète de type 1 associé à une atrophie optique. Les patients P1 et P2 étaient originaires du centre de la Tunisie. P3 et P4 étaient une fratrie originaire de la région du Nord. Tous nos patients présentaient des antécédents familiaux de diabète de type 1 associé à une atrophie optique, avec la présence de cas similaires dans la fratrie. L’âge de début du diabète de type 1 variait entre 10 ans et 12 ans dans notre série. L’atrophie optique a été diagnostiquée à 23 ans pour P1, à 20 ans pour P2, à 33 ans chez P3 et à 40 ans chez son frère P4. Les chiffres glycémiques étaient mal contrôlés chez P1 et P3 avec des épisodes fréquents d’hypoglycémie. P1 (âgé de 26 ans) a développé une rétinopathie diabétique sévère. P1 et P3 (37 ans) présentaient une hypoacousie neurosensorielle. Des manifestations neurologiques ont été retrouvées chez P3 (AVC ischémique à 33 ans) et P4 (41 ans, ataxie et vessie neurologique). L’analyse moléculaire de l’exon 8 du gène WFS1 a mis en évidence la même variation NM_006005.3(WFS1):c.1901A>T (p.(Lys634Met) à l’état homozygote chez les quatre patients, classée comme probablement pathogène selon les critères de l’ACMG. L’identification récurrente de cette nouvelle variation du gène WFS1 chez nos trois familles non apparentés mais originaires de régions différentes suggère fortement l’existence d’un effet fondateur pour ce variant dans la population Tunisienne. Conclusion La variabilité phénotypique inter et intrafamiliale en rapport avec le variant récurrent dans notre série met en difficulté l’établissement d’une corrélation génotype-phénotype. La recherche ciblée de ce variant chez les apparentés asymptomatiques à risque permettra un diagnostic et une prise en charge précoces afin de prévenir les complications du WS1.

Les dystrophies rétiniennes sont des pathologies dont les bases moléculaires ont été bien caractérisées à partir de plusieurs cohortes mondiales impliquant plus de 300 gènes grâce à une approche NGS ou exome. Néanmoins, de nombreux cas restent inexpliqués, suggérant l’implication, pour une part, de variants situés dans les régions non-codantes qu’une approche de séquençage du génome serait susceptible de résoudre. Ici, nous rapportons des données de relecture du génome dans le cadre de la pré-indication dystrophies rétiniennes du Plan France Médecine Génomique 2025 qui a permis de valider des cas initialement rendus non conclusifs (soit aucun gène d’intérêt, soit 1 seul allèle pathogène/probablement pathogène identifié). Cette relecture s’est reposée sur la base d’une étude récente rapportant deux substitutions nucléotidiques rares (c.−69G>T et c.−69G>A) dans le promoteur du gène TMEM216, associées à des ciliopathies du spectre Joubert-Meckel de transmission autosomique récessive et dont l’effet fonctionnel sur la transcription de TMEM216 a été validé (PMID:39191256). Méthodes Les variations nucléotidiques (c.−69G>T ; c.−69G>A) de TMEM216 ont été recherchés rétrospectivement dans les bases de données de séquençage de génome des laboratoires SeqOIA et Auragen. Résultats La variation c.−69G>T de TMEM216 a été retrouvée rétrospectivement chez 8 patients issues de 7 familles indépendantes, à l’état homozygote chez 5 patients et à l’état hétérozygote composite en trans d’un variant classé pathogène selon les critères ACMG: c.341T>G p.(Leu114Arg) et c.253C>T p.(Arg85*) chez 3 patients. Aucun patient c.−69G>A de TMEM216 n’a été identifié. Sur le plan clinique, les patients présentaient une dystrophie rétinienne de type bâtonnets-cônes avec un début des symptômes dans la première/deuxième décennie de vie (3/8 et 4/8 respectivement). Les patients rapportaient une héméralopie (5/8), une photophobie (3/8), une perte du champ visuel périphérique (7/8), avec une hypoautofluorescence diffuse périphérique avec anneau hyperautofluorescent central et un remaniement de l’épithélium pigmentaire. L’ERG montrait un dysfonctionnement modéré à sévère du système scotopique et photopique avec un ERG plat chez 6/8 patients. On note également que trois patients, parmi les plus âgés de la cohorte, présentent une cataracte précoce. Aucun des patients ne présentait des signes systémiques de ciliopathie. L’ensemble de ces données phénotypiques est conforme à la présentation clinique des patients rapportés dans la publication princeps. Par ailleurs, l’analyse des SNPs du locus TMEM216 montre que les patients porteurs de la variation c.−69G>T partagent un même haplotype d’une taille de 170kb, conformément à celui rapporté chez les patients d’ascendance Africaine, supportant l’hypothèse d’un effet fondateur. Conclusion Ces résultats illustrent le bénéfice d’une ré-analyse transversale des bases de données génomiques dans la pré-indication dystrophies rétiniennes héréditaires du PFMG.

Une enfant de 7 ans est adressée en consultation dans le cadre du suivi d’une ésotropie précoce. Dans ses antécédents, on note un trouble du neuro-développement, en lien avec une délétion de 1,96 Mb sur le locus 15q13.2-q13.3, survenue de novo. L’examen ophtalmologique montre un nystagmus attribué à son ésotropie précoce, ainsi qu'une acuité visuelle corrigée plafonnant à 3/10. De plus, l'examen clinique met en évidence la présence d'un syndrome du nystagmus précoce associé au nystagmus de type latent, une myopie axile moyenne, une rétine peu pigmentée, mais aucune autre anomalie ni clinique ni de l'imagerie multimodale de la rétine ou du nerf optique. L'interrogatoire est repris ; il révèle une absence d'héméralopie, mais une photophobie modérée. Un électrorétinogramme global met en évidence des réponses issues du système des cônes dans la norme, une diminution des amplitudes des réponses issues du système des bâtonnets et une électronégativité des réponses mixtes. Ce profil est évocateur de cécité nocturne congénitale stationnaire (CSNB) de type 1 complète. Compte tenu de la délétion connue sur le chromosome 15, une exploration génétique a été menée afin d’explorer un lien potentiel avec la CSNB. Parmi les sept gènes inclus dans la délétion, le gène TRPM1, localisé en 15q13.3, est connu pour être impliqué dans la CSNB de type 1 selon un mode autosomique récessif. Une étude en panel des dysfonctions rétiniennes a été réalisée et a mis en évidence deux variants en trans altérant le gène TRPM1 : la délétion hétérozygote déjà connue, emportant l’ensemble des exons codants, et un variant non-sens pathogène de classe 5 également à l’état hétérozygote, c.2629C>T, p.(Arg877*). Cette substitution nucléotidique, héritée du père asymptomatique, entraîne l’apparition d’un codon Stop prématuré et est déjà répertoriée comme étant responsable de CSNB à transmission autosomique récessive. L’ensemble aboutit donc à une perte de fonction bi-allélique du locus TRPM1. Ces résultats confirment le diagnostic de CSNB1 complète secondaire à un double événement mutationnel en trans sur TRPM1, l’un des allèles étant délété dans le cadre de la délétion 15q13.2-q13.3 déjà connue dans le cadre d’un trouble du neuro-développement et survenue de novo ; l’autre sous la forme d’une mutation ponctuelle non-sens héritée.

Contexte : Le diabète néonatal (NDM) est une maladie rare liée à des mutations dans plus de 30 gènes monogéniques. Il se caractérise par une carence insulinique apparaissant précocement après la naissance. Les mutations affectant le canal potassique ATP-dépendant des cellules β pancréatiques en sont parmi les causes les plus fréquentes, le gène ABCC8 étant l’un des principaux gènes impliqués. Observation clinique : Nous rapportons le cas d’une fillette de 3 mois, née de parents non apparentés, présentant un diabète néonatal révélé par un syndrome polyuro-polydipsique, avec un développement psychomoteur normal. L’analyse moléculaire du gène ABCC8 a identifié une nouvelle mutation hétérozygote composite (Chr11:g.17496498C>A et Chr11:g.17414028C>A). Le traitement a débuté par une perfusion continue d’insuline sous-cutanée avec surveillance glycémique en continu, puis a été relayé par la glibenclamide per os. L’équilibre glycémique s’est stabilisé, la prise pondérale est devenue progressive et la croissance staturo-pondérale ainsi que le développement psychomoteur se sont maintenus dans les normes. Conclusions : Ce cas souligne l’importance d’un diagnostic moléculaire précoce pour une prise en charge optimale du diabète néonatal. Nous décrivons une nouvelle mutation du gène ABCC8 responsable de NDM, élargissons le spectre phénotypique connu et mettons en évidence les défis liés à la prise en charge clinique. Ces résultats apportent de nouvelles perspectives sur le rôle de ABCC8 dans la physiopathologie du diabète néonatal.

Contexte : Les maladies mitochondriales sont définies comme des troubles affectant la fonction de la chaîne respiratoire mitochondriale, dus à des mutations de gènes du génome nucléaire (ADNn) ou mitochondrial (ADNmt). Leur diagnostic est complexe en raison d’une grande hétérogénéité clinique et génétique, et repose sur une évaluation approfondie incluant des examens cliniques, biochimiques, histologiques et de neuroimagerie. Le séquençage ciblé des gènes associés aux maladies mitochondriales a un rendement diagnostique d’environ 35 %. Néanmoins, deux tiers des patients restent sans diagnostic génétique, soulignant les limites de cette approche ciblée. Depuis l’introduction du Plan France Médecine Génomique, le séquençage du génome (WGS) est disponible pour les patients chez lesquels une maladie mitochondriale est suspectée. Méthodes : Nous avons évalué rétrospectivement les résultats du séquençage de génome réalisé chez 267 patients recrutés dans les deux Centres Nationaux de Référence pour les maladies mitochondriales (CARAMMEL et CALISSON). Les données de WGS ont été analysées par des biologistes moléculaires du réseau français de laboratoires diagnostiques des maladies mitochondriales (MITODIAG). Nous avons également évalué le nombre de WGS réalisés dans d’autres préindications du Plan France Médecine Génomique pour lequels un diagnostic de maladie mitochondrial a été posé. Résultats : Le séquençage du génome a permis d’établir un diagnostic chez 96 des 267 patients (36 %). Les variants de classe 4 ou 5 identifiés sont localisés dans 55 gènes différents : 60 % sont des gènes nucléaires codant pour des fonctions mitochondriales, et 40 % sont des gènes « non mitochondriaux » impliqués dans des phénotypes mimant les maladies mitochondriales. Chez 7 patients (5 %), le WGS a permis d’identifier des variants introniques profonds, incluant 4 délétions intragéniques et 3 inversions, qui n’auraient pas pu être détectés par un panel. Concernant les autres pré-indications du Plan France Médecine Génomique, un diagnostic de maladie mitochondriale a été établi chez 221 patients, principalement inclus dans les préindications « neuropathies périphériques", "ataxies du sujet jeune", "leucodystrophies" et "troubles cognitifs neurodégénératifs". Conclusions : Avec un rendement diagnostique de 36 %, le WGS s’avère être une stratégie efficace pour le diagnostic moléculaire des maladies mitochondriales. Cette approche permet l’identification de variants introniques profonds et de réarrangements complexes non détectables par les panels, ainsi que de variants impliqués dans les diagnostics différentiels des maladies mitochondriales. Depuis 2025, l’accès aux données de l’ADNmt est possible sur les deux plateformes, ce qui permettra d’augmenter ultérieurement le rendement diagnostique. Une collaboration étroite entre cliniciens et biologistes experts des maladies mitochondriales reste essentielle pour une interprétation précise des résultats du WGS.

More than 900 genes have been identified as monogenic causes of developmental delays associated with epilepsies. A genetic etiology can now be established in nearly 50% of patients through next-generation sequencing technologies. However, a significant proportion of patients remain undiagnosed, highlighting persistent gaps in our understanding of these syndromes. Here, we report the case of a male patient who presented in early childhood with severe absence epilepsy, followed by features consistent with autism spectrum disorder, mild psychomotor delay (delayed walking and speech), and intellectual disability. Brain MRI was unremarkable, and there was no relevant family history or consanguinity. Genetic investigations identified a 232 kb deletion at Xq24, encompassing the entire SLC25A5 gene, which encodes ANT2, a mitochondrial adenine nucleotide translocase involved in ADP/ATP exchange across the inner mitochondrial membrane. Family screening revealed that the patient's mother and sister are asymptomatic carriers of the deletion, with skewed X-inactivation (91–8% and 79–21%, respectively), whereas other maternal relatives tested negative. The contribution of the SLC25A5 deletion to the observed phenotype remains to be characterised. The objective of this study is to elucidate its biological impact. Given the known role of ANT2 in mitochondrial energy metabolism, we hypothesize a link between SLC25A5 deletion and mitochondrial dysfunction contributing to the observed neurodevelopmental phenotype. To explore this, we performed western blot analyses of mitochondrial respiratory complexes. Seahorse assays, 13C-glucose-based NMR spectroscopy for metabolic flux analysis and ATP/ADP quantification will also be performed. Our findings support a role for SLC25A5 as a novel candidate gene involved in neurodevelopmental disorders. ANT2 deficiency may impact brain energy metabolism, potentially contributing to the underlying pathophysiological mechanism.

La maladie de Fabry est une maladie génétique liée à l’X, due à des variants pathogènes du gène GLA, responsable d’un déficit en α-galactosidase A lysosomale. Dans sa forme classique comme sa forme de révélation tardive, l’hypertrophie ventriculaire est une manifestation clinique fréquente. Une variabilité phénotypique inattendue doit faire envisager l’implication de mécanismes additionnels parmi lesquels la possibilité d’un variant pathogène dans un autre gène de CMH. Patients et méthodes. Treize patients suivis dans le centre de référence (www.centre-geneo.com) ont bénéficié d’un panel NGS de gènes des CMH en raison d’une symptomatologie cardiaque importante. Les variants identifiés ont été interprétés selon les recommandations ACMG et confrontés aux données cliniques. Résultats Quatre patients présentaient un « double hit » constitué d’un variant pathogène dans GLA et d’un second variant dans un gène sarcomèrique ou apparenté et un cinquième un variant pathogène de GLA et un variant de signification indéterminé. La patiente #1 (67 ans, hétérozygote) présentait une CMH résistante malgré un traitement enzymatique substitutif bien conduit. Le panel NGS a identifié, en plus du variant GLA c.154T>C, p.Cys52Arg (classe 5), un variant pathogène de MYH7 c.4589G>A, p.Arg1530Glu (classe 4). Son apparentée porteuse du même double génotype présentait un phénotype sévère suggérant une contribution de MYH7. La patiente #3 hétérozygote suivie pour une maladie de Fabry due au variant GLA c.658C>T, p.Arg220Ter (classe 5) présentait une CMH très sévère, nécessitant l’implantation d’un défibrillateur. Le panel a mis en évidence un variant pathogène de MYH7 c.2608C>T, p.Arg870Cys (classe 5). Le patient #4, hémizygote porteur d’un variant GLA c.545A>G, p.Asp182Gly (classe 4), présentait un phénotype sévère, avec CMH et AVC itératifs. Le panel a identifié un variant de MYBPC3 c.3619A>G, p.Ser1207Gly de signification indéterminée. Chez la patiente #5 hétérozygote pour un variant GLA c.1073A>G, p.Glu358Gly (classe 5), le panel a identifié un variant dans TTR c.424G>A, p.Val142Ile (classe 5), responsable d’amylose cardiaque. Discussion Nous illustrons la possibilité d’une double atteinte génétique chez des patients atteints d’une maladie rare, avec des conséquences cliniques notables : phénotype sévère ou association de manifestations atypiques. Les variants de MYH7 expliquent la sévérité accrue de la cardiopathie de 3 patientes. Si la pathogénicité du variant de MYBPC3 ne peut être affirmée, son association à des AVC justifie une réanalyse régulière. La découverte d’un digénisme GLA et ATTRv complexifie la prise en charge de l'atteinte cardiaque. Conclusion L’hypothèse d’un second variant pathogène doit faire partie de la réflexion génétique, afin d’améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients porteurs de maladies rares complexes. L’existence de 2 variants pathogènes n’est pas exceptionnelle et doit être envisagée en cas de discordance génotype-phénotype.

Un cas de Pseudohypoparathyroïdie type 1A de découverte anténatale R. Ben Mefteh1, M. Didier-Defrasne1, S. Bacrot2, M-A. Joly1, H. Devlamynck1, F. Forestier1, E. Houot1, F. Moreau1, D. Buzas1, C. Veluppillai1, S. Bouba3. 1- Service de diagnostic anténatal, hôpital NOVO-Site de Pontoise. 2- Laboratoire Cerba, Saint-Ouen-l’Aumône. 3- Service de Gynécologie-Obstétrique, hôpital NOVO-Site de Pontoise Introduction : La pseudohypoparathyroïdie de type 1A est caractérisée par une résistance à la parathormone. Il s’agit d’une maladie à transmission autosomique dominante due à une mutation du gène GNAS rentrant dans le cadre des pathologies de l’inactivation de la signalisation PTH/PTHrP (iPPSD2). Le gène GNAS est soumis à l’empreinte parentale avec une pénétrance et une expressivité variables en fonction de l’allèle parental atteint, une empreinte génomique parentale de la maladie plus sévère si l’allèle maternel est atteint avec un tableau de pseudohypoparathyroïdie type 1A se caractérisant cliniquement par des signes d’ostéodystrophie héréditaire d’Albright avec un risque de 70% de troubles du neurodéveloppement et un tableau de pseudopseudohypoparathyroïdie si la variation survient sur l’allèle paternel et dans ce cas l’atteinte neurodéveloppementale est exceptionnelle sauf que le retard de croissance est plus sévère. Observation : Nous vous présentons le cas d‘une patiente âgée de 32 ans, G2PO ayant eu une fausse couche spontanée en 2024, un couple non apparenté. A l’échographie T1, CN : 3.2 mm, >99% percentiles avec présence de logettes cervicales. Elle a été adressée au DAN de l’hôpital de Pontoise, une biopsie de trophoblaste lui a été réalisée, le caryotype a montré une formule chromosomique à 46, XY, l’ACPA est revenue sans déséquilibre pathogène. L’évolution de la grossesse était marquée par la régression des logettes et par une nuque fine à l’échographie de 18 SA mais par l’installation d’un retard de croissance avec des fémurs courts au 2 ème percentile et un retard de deux semaines pour tous les autres os longs. Un séquençage d’exome en trio a été réalisé à 23SA2J mettant en évidence un variant pathogène classe IV du gène GNAS, c.134T>G p.(Leu45Arg) de novo pouvant être impliqué dans la pseudohypoparathyroïdie type 1A ou la pseudopseudohypoparathyroïdie selon la localisation de la variation sur l'allèle maternel ou paternel. La patiente a été adressée pour un avis spécialisé au centre de référence du Kremlin Bicêtre, nos collègues ont confirmé l’impossibilité actuelle en anténatal de déterminer la localisation parentale du variant. Conclusion : Etant donné le fait qu’on ne peut pas exclure une forme sévère de pseudohypoparathyroïdie de type 1a qui pourrait s'accompagner de troubles neurocognitifs importants, le couple a décidé d’interrompre la grossesse, leur demande a été acceptée par notre CPDPN. L’évolution des techniques de détection des anomalies de la méthylation en anténatal permettra un conseil génétique plus précis de ces maladies.

PIWLI1 protein is an endoribonuclease that play a central role in postnatal germ cells by repressing transposable elements and preventing their mobilization, which is essential for germline integrity. The aim of the present study is to identify the most pathogenic nsSNPs of PIWIL1 gene and evaluate their impact on PAZ domain structure and function. Thus, we predicted the functional effects of all nsSNP using eight bioinformatic tools, analyzed the amino acid conservation level with Consurf server and compared their impact on PAZ domain structure with YASARA viewer. In addition, we compared the stability, flexibility and dimension level of wild type PAZ domain and variants PAZ domain after their dynamic simulations by Gromacs software. As a result, eighteen nsSNPs PIWIL1 gene (R146C, L150P, T194M, K272N, G305S, Y317C, Y346C, S583R, R701C, Y731C, V740M, V740G, P761H, Y794C, R827C, R827H, A835T and V842L) were predicted as deleterious by all bioinformatics tools used. Three of them (G305S, Y317C, Y346C) were localized in PAZ domain and affect their stability, flexibility and compaction level. The present study showed for the first time the most deleterious nsSNP of PIWIL1 gene. The presence of these variants may affect the repressing transposable elements process and consequently DNA integrity in the male germline.

Purpose The aim of this study is to evaluate the frequency and nature of chromosomal abnormalities in Moroccan couples with recurrent spontaneous miscarriage (RSM). In addition, the data were compared with those reported elsewhere in order to give a global estimation of chromosomal abnormalities frequencies. Methods The study was performed for all couples with RSM who were referred to the cytogenetic department, Pasteur Institute of Morocco, from different hospitals in Morocco between 1996 and 2016. Cytogenetic analysis was performed according to the standard method. Results Among 627 couples with RSM, the chromosomal abnormalities were identified in 11.00% of couples, with chromosomal inversions in 4.30%, reciprocal translocations in 2.71%, Robertsonian translocations in 1.43%, and deletion, isochromosome, and insertion in 0.15% each. The insertion identified [46,XX,ins(6)(p24q21q27)] is new, and is the fourth reported in association with RSM. The mosaic karyotypes were observed in 0.64%, polymorphic variants were identified in 1.27%, and numerical aneuploidy was observed in 0.15%. In regrouping our results with those in 27 other studies already published in 21 different countries, we obtained the frequency of chromosomal abnormalities in couple with RSMto be 5.16% (991/19197 couples). The reciprocal translocation was the most frequent with 2.50%, followed by Robertsonian translocation 0.83% and inversions 0.77%. The other types of chromosomal abnormalities were present with 0.98% in the world. Conclusion This data showed that the frequency of chromosomal abnormalities in Moroccan couples with RSM is 11.00%, and in regrouping our results with other studies, the frequency changes to 5.16%.

Nous rapportons un cas de diagnostic prénatal d’un dérivé déséquilibré issu d’une translocation impliquant le chromosome 21 : t(2;21)(q37.1;q22.12). Le couple n’est pas apparenté. Une précédente grossesse avait été interrompue sur une trisomie 21 (T21) libre et homogène. La grossesse actuelle a été obtenue par FIV avec gamètes parentaux. Une ponction de liquide amniotique (LA) a été faite à 22 SA + 5 devant un RCIU sévère et précoce chez le fœtus. Une recherche d’aneuploïdie des chromosomes 13, 18, 21 sur noyaux interphasiques réalisée avec le Kit Fast-FISH n’a pas retrouvé d’anomalie. Le caryotype fœtal sur LA a identifié un chromosome surnuméraire faisant évoquer une récidive de T21 libre et homogène. L’ACPA réalisée en parallèle a décelé un gain d'une copie de 11.2Mb en 2q37.1q37.3 associé à un gain d'une copie de 22.3Mb en 21p11.2q22.12. Le chromosome surnuméraire correspond donc à un dérivé déséquilibré de translocation (2;21). La négativité de la Fast-FISH s’explique par la localisation de la sonde 21 du kit Fast-FISH (CytoCell®) en 21q22.13, en dehors du segment dupliqué. Une IMG a été réalisée à la demande du couple devant ce remaniement chromosomique pathogène. L’étude familiale par cytogénétique conventionnelle a mise en évidence une translocation réciproque cryptique apparemment équilibrée maternelle : t(2;21)(q37.1;q22.12). Ce fœtus, et probablement le 1er fœtus, ont donc hérité du dérivé 21 de la t(2;21) selon une ségrégation de type 3:1. Le tétravalent de pachytène formé par cette translocation est très asymétrique. Avec un facteur supérieur à trois de taille entre la taille des deux fragments centriques, un facteur 3 de taille entre les segments transloqués, un fragment transloqué plus grand qu’un fragment centrique et l’implication d’un chromosome acrocentrique, cette translocation présente tous les facteurs de risque connus de ségrégation 3:1 (Jalbert et al. 1980). Ce cas souligne la nécessité de rechercher systématiquement un dérivé de translocation devant une T21 d’apparence libre et homogène en cas de discordance entre la Fast-FISH et le caryotype. La QF-PCR, désormais utilisée en remplacement de la Fast-FISH dans notre laboratoire, aurait détecté une T21 partielle grâce aux multiples marqueurs répartis sur le chromosome. Sur les 6 marqueurs disponibles dans le kit Devyser Compact® (2 en 21q21.1, 2 en 21q21.3, 1 en 21q22.13 et 1 en 21q22.3), 4 auraient été inclus dans la région dupliquée et auraient permis de suspecter une T21 partielle sans permettre cependant d’en affirmer le mécanisme. Pour cette famille, la réalisation de l’ACPA a permis de rectifier le diagnostic qui aurait été fait sur le caryotype à savoir le diagnostic de la transmission d‘un dérivé de translocation selon une ségrégation de type 3:1 aboutissant à un gain partiel du chromosome 21 et un gain partiel du bras long du chromosome 2 et non d’une T21 libre et homogène. L’étude familiale va être poursuivie et un conseil génétique approprié a pu être donné.

Introduction : Le gène SMARCC1, qui code pour une sous-unité du complexe SWI/SNF, a été impliqué dans l'hydrocéphalie congénitale autosomique dominante à pénétrance incomplète. À ce jour, seuls quatre fœtus, issus de trois familles non apparentées, ont été rapportés dans la littérature. Les quatre grossesses ont mené à une interruption médicale de grossesse suite à la demande des couples. Méthodes : Un couple sans antécédent a été orienté en échographie de référence à 20+4 semaines d’aménorrhée (SA) en raison d'une hydrocéphalie isolée chez JA dans le cadre d'une grossesse monochoriale biamniotique, tandis que JB n'était pas affecté. Le suivi échographique jusqu'à 34+4 SA a montré une régression complète de l'hydrocéphalie, confirmée par une IRM cérébrale fœtale. L’ACPA et un séquençage d'exome en trio ont été réalisés sur le liquide amniotique natif de JA. Résultats : L’ACPA est normale. Le séquençage de l'exome en trio a mené à l’identification d’un variant pathogène hétérozygote, hérité paternel, dans SMARCC1 (NM_003074.4:c.1597G>T, p.(Gly533Ter)). Le variant a été retrouvé chez JB par séquençage Sanger ciblé. Après conseil génétique, le couple a choisi de poursuivre la grossesse. Un suivi du neurodéveloppement postnatal jusqu'à l'âge de 6 ans est prévu dans le cadre du Réseau Grandir Ensemble. Conclusion : Il s'agit du premier cas rapporté d'hydrocéphalie régressive associée à un variant pathogène du gène SMARCC1 chez des jumeaux monochoriaux. Cette variabilité phénotypique complique encore davantage le conseil génétique.

Contexte : L’inversion péricentrique dite récurrente inv(5)(p13q13) est considérée de longue date comme un polymorphisme chez l’Homme (cf guide de bonne pratique de l’ACLF (p62-V2011)). Il a été rapporté qu’elle est transmise sur plusieurs générations sans conséquences reproductives mais les publications sont très rares. La question du diagnostic anténatal peut se poser en cas de découverte de cette inversion. Nous avons étudié précédemment 3 familles indépendantes pour identifier le ou les points de cassure des inversions du chromosome 5 de ces patients. Les points de cassure du bras p étaient similaires pour le bras p et très proches pour le bras q. Nous avons étudié récemment une quatrième famille non apparentée avec une inv(5)(p13q13) dont nous présentons les résultats. Méthode Nous avons découvert fortuitement une inv(5)(p13q13) chez une patiente en attente de Diagnostic Préimplantatoire pour une translocation réciproque chez son conjoint. Cette patiente a un phénotype normal elle a une sœur qui va bien et ses parents n’ont pas eu de trouble de la reproduction. La découverte a eu lieu pendant la mise au point des sondes de DPI Cytogénétique. Cette inversion a été identifiée ensuite chez sa sœur alors enceinte. Nous avons étudié cette inversion inv(5)(p13q13) par la technique de FISH et la technique de cartographie optique du génome (OGM-Bionano) suivant le protocole du fournisseur. Résultat : Les sondes de FISH ont été choisies avec les résultats de la caractérisation précédente des points de cassure, notamment les sondes RP11-767K03 et RP11-765G09 (5p13.1), et RP11-97L02 and RP11-157L21 (5q13.3). Les 2 techniques de FISH et OGM ont ainsi confirmé les points de cassure en 5p13.1 et 5q13.3. Les points de cassure sur les bras p et q sont similaires voir identiques aux précédents. L’intervalle [GRCh38] est (38 649 440 - 38 650 858) en 5p13 et (74 648 249 - 74 663 536) en 5q13.3. Les résultats de cette inversion inv(5)(p13q13) dans cette 4ème famille permet de la qualifier de récurrente. Conclusion: A notre connaissance il s’agit de la première description d’une inversion péricentrique du 5 récurrente dans un contexte de DPI. Nous avons montré que les points de cassure sont similaires ou très proches par rapport aux points de cassure de l’inversion péricentrique considérée comme polymorphique et jusque la non publiée sur le plan moléculaire. Dans ce contexte nous n’avons pas proposé de DPI pour cette inversion, le diagnostic prénatal pourra cependant être discuté.

Contexte : En cas d’échec de DPI cytogénétique au 3ème jour, une rebiopsie embryonnaire peut être effectuée au 5ème jour (J5). Celles-ci se pratiquent sur des embryons au stade de blastocystes nécessitant une congélation de l’embryon équilibré. Cette pratique nécessite une organisation contraignante tant au niveau du service d’AMP que du service de cytogénétique DPI. De nombreuses études dans la littérature montrent que ces rebiopsies sont le plus souvent positives augmentant le taux de naissance vivante chez les couples concernés. Cependant, certaines études démontrent que les processus de vitrification/revitrification et de double biopsie des embryons peuvent impacter leur développement et donc avoir un effet négatif notamment sur le taux de grossesse (études réalisées uniquement sur des blastocystes). Cependant aucun effet négatif n’a été noté sur la santé de l’enfant à naitre. Dans notre centre, nous ne procédons pas à des doubles vitrifications dans plus de 98% de nos cas, contrairement aux études publiées dans la littérature sur l’impact de celles-ci. À l’heure actuelle, aucune recommandation n’est établie en France sur la place et les indications des rebiopsies, peu d’études ont été rapportées sur le DPI cytogénétique par FISH et aucune requête n'est demandée dans les rapports annuels de l’ABM. Méthode : Notre centre a réalisé 4000 biopsies d’embryons pour un DPI cytogénétique de 2016 à 2024. Nous présentons les résultats d’une étude sur les 160 rebiospies réalisées au CHU de Nantes sur cette période, analysant : les indications de ces rebiopsies, leur impact sur le pourcentage de sauvetage, de naissances vivantes et sur l’organisation des services de cytogénétique et d’AMP. Nous avons procédé à une analyse rétrospective de l’ensemble des indications des rebiopsies et de leurs résultats de 2016 à 2024, puis une étude prospective depuis 2025 avec la définition de nouveaux critères d’indications de rebiopsie . Résultats : 50% des rebiospies étaient dues à l’absence de FISH sur J3, seulement 33% étaient équilibrés avec 13 transferts et aucune grossesse biochimique. Les autres motifs de rebiopsies étaient les embryons « non interprétables ». Il a été observé plus de 60% de sauvetage (embryons équilibrés) sur ces autres indications donnant lieu à 4 naissances et une grossesse clinique en cours. En conséquence nous avons décidé de ne plus proposer de rebiospie en cas de « no-FISH » à J3 étant donné leur faible impact positif sur les grossesses. Conclusion : Notre étude a permis de confirmer l’impact positif des rebiopsies embryonnaires en DPI cytogénétique par FISH et de préciser les contextes dans lesquels elles doivent être réalisées afin d’optimiser le nombre d’embryons disponibles pour un transfert. Cela permet la reclassification d’embryons initialement non diagnostiqués, tout en assurant une meilleure organisation entre les services d’AMP et de cytogénétique et en respectant nos délais et la qualité de nos résultats.

Le syndrome de Rubinstein-Taybi (SRT) est une maladie génétique rare, dont la prévalence à la naissance est estimée entre 1/100 000 et 1/125 000 nouveau-nés. Il se caractérise par une dysmorphie faciale distinctive, des pouces et orteils élargis, ainsi qu’un retard de croissance et du développement. Dans la majorité des cas, il est lié à des mutations du gène CREBBP, impliqué dans les mécanismes d’acétylation et jouant un rôle clé dans la régulation de l’expression génétique. Nous présentons ici le profil clinique et génétique d’un nouveau cas marocain atteint de SRT. Il s’agit d’un garçon de 7 ans, sans antécédents familiaux particuliers, présentant une dysmorphie faciale typique, un retard global du développement psychomoteur et du langage, des troubles du comportement, des malformations squelettiques et une cryptorchidie. L’analyse par séquençage de l’exome complet (WES) a mis en évidence un variant non-sens pathogène à l’état hétérozygote (NM_004380.3:c.1270C>T) du gène CREBBP. Ce dernier est associé au syndrome de Rubinstein-Taybi de type 1, de transmission autosomique dominante (OMIM : 180849). Le SRT présente une hétérogénéité génétique et aucune démarche diagnostic n’est établi. Chez notre patient, il s’agit d’un variant rare probablement d’origine germinal de novo, déjà décrit (ClinVar, Lovd), qui altère la fonction protéique (p.Arg424Ter). Sur le plan clinique, le patient présente un tableau typique. Une étude de ségrégation chez les parents a été proposé mais n’a pas été réalisée. Le Syndrome de Rubinstein Taybi étant hérité selon un mode autosomique dominant, un conseil génétique a été réalisé. À notre connaissance, il s’agit du premier cas de ce variant rare décrit au Maroc. Ce travail aidera dans la mise en place d’une démarche diagnostique de cette condition sous-estimée et sous-déclarée au Maroc.

Le syndrome de duplication 15q11.2-q13 est une affection neurodéveloppementale rare, à transmission autosomique dominante. La région chromosomique 15q11-q13 renferme des gènes soumis à empreinte parentale, impliqués notamment dans les syndromes d’Angelman et de Prader-Willi. Sa prévalence est estimée entre 1/30 000 et 1/60 000 naissances. Nous rapportons ici le premier cas décrit au Maroc. Il s’agit d’une fillette de huit ans, sans antécédents familiaux particuliers, présentant un phénotype complexe associant dysmorphie faciale, retard staturo-pondéral, retard du développement psychomoteur, absence de langage, trouble du spectre autistique et déficience intellectuelle. L’analyse par séquençage de l’exome a mis en évidence une duplication hétérozygote pathogène de 9,0 Mb, localisée en 15q11.2q13.3 (NC_000015.10:g.(?_23129470)(32101347_?)), correspondant au syndrome de duplication 15q11-q13 (OMIM 608636). Cette région inclut un cluster de gènes soumis à empreinte, impliqués dans les syndromes d’Angelman (OMIM 105830) et de Prader-Willi (OMIM 176270). Ce syndrome présente une grande hétérogénéité clinique et génétique, avec une expressivité variable, ce qui rend l’établissement d’une démarche diagnostique standardisée difficile. Des duplications de novo ou héritées d’un parent ont été rapportées ; dans notre cas, une étude de ségrégation parentale pour déterminer l’origine et orienter le conseil génétique a été proposée mais n’a pas été réalisée. Notre observation contribue à enrichir les données cliniques et moléculaires disponibles, et souligne l’importance du diagnostic génétique dans l’orientation et la prise en charge des patients.

Syndrome d’Alazami : nouvelle série de 22 patients et effet fondateur à La Réunion Introduction. Le syndrome d’Alazami (SA, MIM 615071) est une maladie autosomique récessive rare due à des variants pathogènes de LARP7, composant clé du complexe 7SK snRNP qui régule la pause transcriptionnelle de l’ARN polymérase II. Il associe classiquement un retard global de développement sévère, une microcéphalie, une petite taille, des particularités morphologiques et une dysplasie squelettique, avec des atteintes multisystémiques. Le rôle de la biologie des télomères dans le SA reste mal élucidé, avec un cas rapporté de télomères courts dans une famille. Nous présentons ici la plus grande cohorte de patients afin d’affiner le spectre phénotypique et moléculaire et d’explorer l’implication de la longueur télomérique dans le SA. Méthode. Dans le cadre d’une collaboration multicentrique, nous avons identifié 22 nouveaux individus issus de plusieurs familles avec le SA confirmé génétiquement par séquençage de l’exome (WES) ou du génome entier (WGS). Les données cliniques, radiographiques et moléculaires ont été recueillies de manière systématique. L’analyse de la longueur des télomères a été réalisée par qPCR et cytométrie en flux. Résultats. Tous les individus présentaient les caractéristiques communes du SA, incluant un déficit intellectuel sévère, une petite taille, et des anomalies craniofaciales typiques telles que la microcéphalie, un front proéminent et un rétrognatisme. Les anomalies squelettiques, en particulier un retard d’âge osseux, des malpositions des orteils et une scoliose, étaient fréquentes. Des signes additionnels comprenaient des difficultés alimentaires, des infections respiratoires récurrentes et des anomalies génito-urinaires. Les évaluations neurodéveloppementales ont montré une atteinte cognitive sévère avec un développement du langage absent ou très limité chez la majorité des patients, associé à des troubles du comportement chez tous sauf un, notamment des traits autistiques et une hyperactivité. Dix-sept variants différents ont été mis en évidence : 1 non sens, 1 faux sens, 2 variants d’épissage, 13 frameshift. Nous avons identifié l’existence d’un variant pathogène récurrent avec effet fondateur à La Réunion, L’analyse de la longueur des télomères n’a pour l’instant été réalisée que chez quatre individus et leurs parents, et n’a pas mis en évidence d’anomalies significatives. Conclusion. Cette étude élargit le spectre phénotypique du syndrome d’Alazami et fournit une caractérisation complète de ses manifestations cliniques. Les résultats soulignent l’atteinte multisystémique du SA, mettant en avant l’importance d’un diagnostic précoce et d’une prise en charge multidisciplinaire.

Nous présentons le cas d’une patiente porteuse d’une délétion chromosomique rare impliquant la région 16q22.2q23.1. La patiente a été adressée en consultation de génétique à l’âge de 6 mois devant la persistance et l’aggravation de mouvements anormaux lors de l’alimentation, présents dès les premiers jours de vie. Une insuffisance cardiorespiratoire sur canal artériel associé à 2 CIA avait conduit à une hospitalisation en réanimation. Un retard psychomoteur était présent. Elle a, par la suite, été revue en consultation de génétique dans le cadre de son suivi, à 4 ans et 10 mois. Son évolution est marquée par un retard psychomoteur, avec une marche acquise à 2 ans, un retard de langage, des difficultés alimentaires, un retard de croissance et des particularités phénotypiques. L’ACPA a révélé une délétion d'environ 6.5 Mb, qui emporte une quarantaine de gènes répertoriés dans la base internationale OMIM. On ne retrouve pas de cas similaires dans les bases de données ni dans la littérature. D’autres délétions dans la même région ont été rapportées, mais certaines sont soit chevauchantes soit plus importantes que la sienne. Le syndrome de microdélétion 16q22 est répertorié dans OMIM (# 614541); il est associé à un retard de croissance chez le nourrisson, une croissance insuffisante, un retard du développement psychomoteur, une hypotonie et des caractéristiques dysmorphiques. Les caractéristiques phénotypiques et la taille des délétions du bras long du chromosome 16 sont variables, mais la délétion de la région 16q22 semble être déterminante pour les manifestations du syndrome. De nombreux cas ont été décrits avant l’avènement des techniques de caryotype moléculaire. Ainsi, la description de cas plus précis sur le plan moléculaire permet d’étayer la description phénotypique et ce, dans le but d’améliorer le conseil génétique et surtout la prise en charge des patients.

Lors de sa première description en 2006 par Nascimento et son équipe, le phénotype lié au gène UBE2A associe une déficience intellectuelle avec épilepsie, anomalie de la substance blanche, dysmorphie, atteinte ectodermique et micropénis. Par la suite, des atteintes cardiaques, immunitaires et auditives, ophtalmologiques sont rapportées. Au total, il y a 62 patients porteurs de variant pathogène dans le gène UBE2A dans la littérature. A La Réunion, 2 patients ont un syndrome polymalformatif de révélation prénatale et un variant de signification incertaine dans le gène UBE2A. Le patient 1 est un nouveau-né masculin à 33SA + 3 jours dont l’histoire anténatale est marquée par une hyperclarté nucale, un fémur court, une fente labio-palatine, une cardiopathie, une atteinte rénale et un hydramnios. A la naissance, il est rapporté entre autres une dysmorphie, un micropénis, une cryptorchidie et des reins en fer à cheval. Son décès brutal à J13 de vie n’est pas expliqué. L’autopsie retrouve une hypoplasie de la fosse postérieure et une dysplasie cérébelleuse avec agénésie partielle du corps calleux. Un génome en trio post-mortem est réalisé. La mère du patient 2 a un antécédent de 5 fausse-couches spontanées. Le patient 2 est un fœtus masculin dont les échographies anténatales ont mis en évidence une hyperclarté nucale, un retard de croissance sévère et précoce, une cardiopathie, un corps calleux hypoplasique et des reins en fer à cheval. Le couple a souhaité faire un exome prénatal puis a finalement demandé une interruption médicale de grossesse faite à 21SA. L’examen foetoplacentaire permet d'apprécier de plus une dysmorphie et une fente vélaire. Ces patients portent le même variant de signification incertaine c.82C>T (p.Pro28Ser) du gène UBE2A situé sur le chromosome X, hérité de leurs mères asymptomatiques chez qui des analyses complémentaires ont montré un biais d'inactivation majeur du chromosome X. Nous décrivons pour la première fois 2 patients dont le diagnostic de pathologie liée à UBE2A n’a pas éte posé sur des inquiétudes neurodéveloppementales mais sur un syndrome polymalformatif de révélation prénatale. Dans la littérature, 5 patients sont décédés subitement de cause inexpliquée et une patiente a un antécédent de 6 fausse-couches en lien avec une délétion du gène UBE2A (de fœtus féminin sans biais d’inactivation de l’X ou de fœtus masculin). Il s’agit de la première description d’une hyperclarté nucale, d’un hydramnios, d’une fente labio-palatine et vélaire, d’un retard de croissance intra-utérin et d’une dysplasie cérébelleuse. Tous les autres signes ont déjà été rapportés chez un ou plusieurs autres patients. Ces deux observations ainsi que la revue de la littérature de 62 patients publiés permettent d’étendre le phénotype malformatif en lien avec UBE2A. De plus, cette pathologie semble être associée à un risque de mort subite et de fausse-couches spontanées.

La thrombopénie allo-immune fœtale et néonatale (TAFN) est une affection rare qui survient lorsqu’une femme enceinte développe une allo-immunisation contre des antigènes paternels exprimés par les plaquettes fœtales. Cette pathologie se caractérise par une sévérité clinique très variable, allant de simples manifestations cutanées à des hémorragies intracrâniennes sévères, potentiellement responsables de décès ou de séquelles neurologiques majeures. Les formes les plus graves concernent environ une naissance vivante sur 11.000 et dans ce cas, entraînent un décès périnatal dans près de 59% des cas. Nous rapportons ici le cas d’une interruption médicale de grossesse chez un fœtus masculin, adressé pour hydrocéphalie majeure secondaire à de multiples hémorragies intracrâniennes mises en évidence à l’IRM cérébrale (22 SA). L’examen fœtopathologique a montré une thrombose Sylvienne, une atteinte corticale diffuse avec de nombreux lacs hémorragiques récents et des stigmates d’hémorragies anciennes, accompagnée de foyers de nécrose prédominants en périventriculaires, ainsi que des signes d’ischémie dans certains organes. Devant ce phénotype, la principale hypothèse diagnostique était une forme sévère d’incompatibilité plaquettaire materno-fœtale. Le bilan immunologique parental a révélé une incompatibilité materno-fœtale au locus HPA-1, compatible avec une thrombopénie allo-immune. En l’absence d’analyses biochimiques effectuées sur le sang fœtal, la recherche du SNP c.176T>C du gène ITGB3 a été réalisée sur les données de l’exome en trio afin de confirmer cette hypothèse. Cette analyse a permis de montrer que le fœtus avait un génotype identique à celui de son père, incompatible avec celui de la mère, confirmant ainsi le diagnostic de TAFN. Face à ce phénotype fœtal sévère et peu classique, une investigation supplémentaire des gènes COL4A1 et COL4A2 a également été demandée. Le variant probablement pathogène (classe 4) c.1889G>A a été identifié au sein du gène COL4A1. Cette substitution faux-sens, survenue de novo, concerne une glycine conservée durant l’évolution et est prédite pathogène par les logiciels. En effet, les variants pathogènes de COL4A1, transmis sur un mode autosomique dominant, sont connus pour conférer une fragilité vasculaire importante, responsable d’anévrismes et/ou d’hémorragies cérébrales. En conclusion, l’association d’une TAFN liée à une incompatibilité HPA-1 et d’un variant probablement pathogène de COL4A1 rend compte du phénotype fœtal observé, en particulier de la sévérité et de la précocité des manifestations cliniques. Ce cas illustre l’intérêt d’une approche collaborative entre généticiens cliniciens, biologistes et fœtopathologistes, permettant d’affiner le diagnostic prénatal et d’orienter le conseil génétique.

Les variants pathogènes postzygotiques du gène MTOR sont responsables d’anomalies de pigmentation cutanée et d’anomalie du neurodéveloppement. La majorité des patients présentent une déficience intellectuelle (80%), une épilepsie (67%), des anomalies cérébrales à type de dysplasie corticale focale ou mégalencéphalie (1). Nous rapportons le cas d’une patiente de 3 ans adressée dans notre service pour une suspicion de syndrome de Beckwith Wiedemann devant une hémihypertrophie du membre inférieur droit isolée. L’examen des téguments montrait des lésions hypopigmentées de disposition segmentaire et ne suivant pas les lignes de Blaschko à la face postérieure du tronc. Son développement psychomoteur est normal pour l’âge et son IRM cérébrale ne montre aucune anomalie corticale ou anatomique. On note chez elle un retard de croissance statural à -2DS. Une analyse génétique sur biopsie cutanée en lésion hypopigmentée a mis en évidence le variant c.5930C>T, p.(Thr1977Ile) dans le gène MTOR en mosaïque sur 14,4% des lectures. Nous décrivons donc une présentation clinique atypique associée à un variant postzygotique du gène MTOR responsable d’une hémihypertrophie et des hypopigmentations sans anomalie cérébrale. Ce variant a été rapporté plusieurs fois en mosaïque entre 11% et 55% dans la peau chez des patients avec anomalies cérébrales (polymicrogyrie, mégalencéphalie, anomalie de myélinisation), déficience intellectuelle et/ou épilepsie (1) (2)(3). Cette description souligne l’importance de rechercher des anomalies en mosaïque, et d’analyser un autre tissu que le sang en cas d’atteinte unilatérale ou asymétrique. Elle permet également d’élargir le spectre phénotypique en rapportant une forme très modérée associé à la présence d’un variant postzygotique dans MTOR. (1) Carmignac V, Mignot C, Blanchard E et al. Clinical spectrum of MTOR-related hypomelanosis of Ito with neurodevelopmental abnormalities. Genet Med. 2021 Aug;23(8):1484-1491. doi: 10.1038/s41436-021-01161-6. Epub 2021 Apr 8. PMID: 33833411; PMCID: PMC8354853 (2) Handoko M, Emrick LT, Rosenfeld JA et al. Recurrent mosaic MTOR c.5930C > T (p.Thr1977Ile) variant causing megalencephaly, asymmetric polymicrogyria, and cutaneous pigmentary mosaicism: Case report and review of the literature. Am J Med Genet A. 2019 Mar;179(3):475-479. doi: 10.1002/ajmg.a.61007. Epub 2018 Dec 19. PMID: 30569621. (3) Mirzaa GM, Campbell CD, Solovieff N et al. Association of MTOR Mutations With Developmental Brain Disorders, Including Megalencephaly, Focal Cortical Dysplasia, and Pigmentary Mosaicism. JAMA Neurol. 2016 Jul 1;73(7):836-845. doi: 10.1001/jamaneurol.2016.0363. PMID: 27159400; PMCID: PMC4979321.

Il s'agit du troisième enfant d'un couple non apparenté, né à terme par césarienne après une grossesse sans particularité. L’examen néonatal montre un poids à -3 DS, une taille à -2 DS, des particularités morphologiques (hypertélorisme, fontanelle antérieure large, microcéphalie, tâche mongoloïde étendue, une fente vélo-palatine. Le dépistage néonatal de la surdité est anormal. Le bilan malformatif montre des formations multikystiques corticales bilatérales au niveau des reins. À 2 mois, il existe une hypotonie axiale et le bilan auditif conclut à une surdité de transmission bilatérale liée à une probable otite séromuqueuse dans un contexte de fente vélaire sans pouvoir exclure une légère atteinte perceptive. Cette situation conduit à réaliser une analyse chromosomique par puce à ADN (CGH-array), qui met en évidence une délétion de 5,8 Mb en 4p16.3p16.2, responsable d'un syndrome de Wolf-Hirschhorn. Les caryotypes parentaux sont sans particularité. L’évolution clinique est marquée par un retard des acquisitions, le développement d’une cyphoscoliose à partir de l’âge de 6 mois, une crise convulsive en contexte fébrile à l’âge de 9 mois conduisant à instaurer un traitement par Lévétiracétam en raison d’un EEG anormal. Malgré la pose d’aérateurs trans-tympanniques, les manifestations ORL s’intensifient pour devenir permanentes (rhinorrhée avec otites à répétition, ronchopathie avec ronflement nocturne, troubles du sommeil). A l’âge de 18 mois lors de la réalisation d’un hémogramme, le frottis sanguin montre la présence de lymphocytes de Gasser, ces lymphocytes sont souvent associés à l’existence de maladies de surcharge lysosomale notamment les mucopolysaccharidoses (MPS). Après étude de la délétion présente chez l’enfant il apparait que le gène IDUA responsable de la MPSI est inclus dans cette délétion. Les analyses biochimiques (mucopolysaccharides urinaires, activité enzymatique alpha L-iduronidase) permettent le diagnostic de MPSI. S’agissant d’une maladie de transmission récessive autosomique, le séquençage du gène IDUA est effectué montrant une délétion totale de novo et la présence du variant pathogène c.1598C>G p.(Pro533Arg) d’origine paternelle. La mise en place du traitement enzymatique substitutif spécifique de la MPSI va permettre d’améliorer rapidement les manifestations ORL. La présence de la MPSI explique les manifestations ORL, la tâche mongoloïde étendue, la cyphoscoliose. Le SWH explique le RCIU à la naissance, la microcéphalie, le fente vélo-palatine, les kystes rénaux, l’épilepsie. Les 2 pathologies partagent la surdité, la petite taille et le trouble du neurodéveloppement. Cette observation rappelle l’importance de l’analyse du phénotype clinique pour ne pas négliger un diagnostic concomitant. De plus lorsqu'une délétion est mise en évidence, il est nécessaire d’analyser les possibilités de la présence d’une autre affection de transmission récessive autosomique.

L’analyse de l’exome est aujourd’hui réalisée en routine en anténatal, permettant de poser plus de diagnostics, de donner des informations plus précises sur les conséquences cliniques à attendre et ainsi de laisser la liberté au couple de poursuivre ou non la grossesse. Toutefois, on peut se demander si ce type d’information est toujours bénéfique pour les futurs parents. Nous rapportons l’observation d’un couple reçu au cours de leur première grossesse à 26 semaines d’aménorrhée (SA) suite à la découverte chez le fœtus de mains crispées avec pieds en talus, d’une communication interventriculaire musculaire, d’une artère ombilicale unique et d’un shunt porto-ombilical extrahépatique. L’exome en trio a retrouvé le variant c.3467G>C dans le gène FBN2, survenu de novo, de classe IV, identifié à 31 SA. Les patients porteurs de variants dans FBN2 présentent un syndrome d’arachnodactylie congénitale avec contractures (OMIM 121050) appelé aussi syndrome de Beals. Ce syndrome de transmission autosomique dominante est un diagnostic différentiel du syndrome de Marfan néonatal sur la morphologie du nouveau-né, mais n’implique pas de risque cardio-vasculaire ou ophtalmologique majeur. Les principales complications sont une camptodactylie persistante, une dysplasie des oreilles, une scoliose et une possible dilatation aortique modérée mais avec risque de dissection faible. Il n’y a habituellement pas d’atteinte intellectuelle et la qualité de vie est préservée. D’après les quelques cas rapportés et selon notre propre expérience, l’évolution est plutôt favorable au long cours avec une amélioration globale, même s’il peut persister une gène fonctionnelle liée aux contractures. Il existe une grande variabilité d’expression clinique voire même une pénétrance incomplète. Il est possible que les formes néonatales soient susceptibles d’être plus sévères. En dépit d’une information considérée rassurante donnée au couple, celui-ci s’est orienté vers une interruption médicale de grossesse, acceptée du fait de la variabilité d’expression et du shunt extra-hépatique associé. Cet exemple illustre la complexité de l’information médicale à donner aux parents suite à l’identification d’un syndrome génétique de pronostic considéré comme « favorable ». La découverte d’une maladie génétique incurable associée au possible handicap résiduel était pour ce couple d’une particulière gravité. L’influence des informations disponibles au grand public et les incertitudes sur le phénotype échographique ont contribué au climat d’anxiété et à leur décision. L’apport diagnostique indiscutable de l’exome en anténatal (et ultérieurement du génome) nous interroge légitimement sur la possibilité de rassurer un couple en cas de syndrome de pronostic considéré favorable. L’atteinte intellectuelle semblant déterminante dans le pronostic n’est finalement pas le seul facteur de décision.

Les délétions interstitielles au locus 12q14 ont été initialement décrites en 2007 chez trois individus présentant une ostéopoecilie, une petite taille ainsi qu’un retard de développement. Par la suite, 22 individus avec des délétions impliquant au moins les régions 12q14.2 ou 12q14.3 ont été rapportés dans la littérature. La plupart d’entre eux présentaient un retard de croissance pré et postnatal, une déficience intellectuelle, des difficultés d’alimentation, une dysmorphie faciale, ainsi qu’une macrocéphalie relative chez certains faisant évoquer un syndrome Silver-Russel like. Notre étude vise à décrire le phénotype des individus présentant une microdélétion 12q14 afin d’identifier une éventuelle corrélation génotype-phénotype. Ainsi, une collaboration européenne nous permet de rapporter 8 nouveaux patients présentant une microdélétion chevauchante de cette région. De plus, nous avons réalisé une revue des patients décrits dans la littérature. Chez ces 33 patients, 84% des individus rapportés présentent un retard de croissance pré et/ou post natal compris entre -5 et -2DS avec une sensibilité variable au traitement par hormone de croissance. Les microcéphalies sont rapportées chez 50% et les macrocéphalies chez 9%. Cependant, une macrocéphalie relative est décrite chez environ un tiers. Un retard de développement psychomoteur prédominant sur le langage ainsi que des troubles du comportement sont fréquemment rapportés. Enfin, les individus semblent présenter des caractéristiques morphologiques communes comprenant un visage triangulaire, un front haut, un hypertélorisme ainsi qu’une lèvre supérieure fine. Ainsi, certains gènes candidats ont été rapportés tels que le gène HMGA2 (MIM#600698) associé au phénotype Silver-Russel like. Tous les individus porteurs d’une délétion de ce gène présentent un retard staturo-pondéral. Le gène USP15 (MIM#604731) est candidat pour les macrocéphalies. Cependant, nous rapportons le premier individu présentant une délétion de USP15 associée à une microcéphalie. Les délétions du gène LEMD3 (MIM#607844) sont décrites comme associées aux ostéopoecilies, des variations ponctuelles ayant par ailleurs déjà été rapportées. Concernant le retard de développement et les difficultés d’apprentissage, nous ne mettons pas en évidence de région minimale critique bien que les délétions impliquant la région d’USP15 soient fréquemment retrouvées chez des individus présentant des troubles du neurodéveloppement. Enfin, nous faisons l’hypothèse d’une région minimale critique de 0.9Mb, incluant 6 gènes OMIM, qui pourrait être impliquée dans les caractéristiques morphologiques communes chez certains patients. Au total, ces données précisent le phénotype des patients présentant une délétion 12q14.2q14.3 afin de permettre un suivi plus adapté chez ces individus. La description d’autres cas pourrait permettre de mieux définir une corrélation génotype-phénotype associée aux délétions de cette région.

Le syndrome de Wildervanck, ou dysplasie cervico-oculo-acoustique, est une maladie congénitale ultra-rare, caractérisée par l’association de trois (ou deux) manifestations principales suivantes : une fusion des vertèbres cervicales (anomalie de Klippel-Feil), une paralysie externe bilatérale avec rétraction oculaire (syndrome de Duane) et une surdité neurosensorielle ou mixte. Les bases moléculaires du syndrome demeurent encore mal élucidées. Un excès de filles a été rapporté, faisant discuter d’une hérédité dominante liée à l’X. Le gène FGF13 localisé sur le chromosome X a été proposé comme gène candidat à partir d’un garçon présentant une microdélétion Xq26.3 en 2014, non confirmé sur une plus large cohorte. Dans le cadre du projet européen Solve-RD (Solving the Unsolved Rare Diseases), qui vise à identifier les bases moléculaires de syndromes cliniquement définis après séquençage de l’exome négatif, notre équipe a été en charge de coordonner l’étude du syndrome de Wildervanck au sein de la cohorte « Ultra-Rare ». L’analyse du génome (GS) a été réalisée pour de sept patients recrutés au sein des pays européens partenaires, atteints de syndrome de Wildervanck. Trois présentaient la triade complète et quatre une dyade, 3 garçons et 4 filles, avec un âge moyen de 12 ans. L’analyse du génome suivant les approches classiques n’a pas permis d’identifier de gène candidat. En particulier, nous n’avons pas identifié de variants dans le gène FGF13, ni dans les gènes impliqués dans le syndrome de Klippel-Feil (GDF6, GDF3, MEOX1 et MYO18B) ou le syndrome de Duane (CHN1, MAFB, SALL4, HOXA1, KIF21A et TUBB3). Il s’agit de la seule étude rapportant un séquençage du génome dans cette pathologie rare. La négativité de ces résultats pourrait justifier la poursuite des investigations par des analyses multi-omiques.

La mise en place de l'observatoire du diagnostic au sein des Filières de Santé Maladies Rares (FSMR) a constitué une action majeure du Plan National Maladies Rares 3 (PNMR3), ayant pour ambition de réduire l'errance et l'impasse diagnostique. Le PNMR4 renforce cette dynamique en maintenant les actions des FSMR, avec la poursuite de l'observatoire et une demande accrue concernant le remplissage optimisé des données dans BaMaRa. Au cours du PNMR3, AnDDI-Rares a mis en œuvre 2 actions majeures dans ce cadre : la mise en place (i) du SDM-Génomique dans BaMaRa, permettant un recueil d'informations génomiques plus détaillées en lien avec les évolutions des technologies et (ii) un projet de recherche ciblé (divisé en 3 WP) pour identifier les patients en impasse diagnostique et candidats à la reprise des investigations : WP1 - étude rétrospective et prospective pour évaluer l’évolution des situations d’errance et d’impasse diagnostique au sein de la filière entre 2012 et 2022 sur une semaine de consultations tirée au sort, au regard de l’intégration des nouvelles technologies dans le soin, et des attentes des patients et des familles. Les inclusions sont terminées, les données en cours d’analyse et font l’objet d’une publication et d’une soutenance de thèse de médecine; WP2 - réévaluation des variations du nombre de copies (CNV) de signification inconnue sporadiques (VSI) (>1 Mb) identifiées par ACPA (en partenariat avec les laboratoires de l’ACLF et du réseau AChroPuce). Les inclusions sont terminées, les derniers résultats sont attendus pour finaliser l’analyse. Ce volet fait l'objet d’une thèse de médecine ; WP3 - sortir de l’errance diagnostique les patients présentant des syndromes emblématiques avec diagnostic clinique certain mais étude moléculaire négative via une analyse génomique et transcriptomique, en partenariat avec l’ANPGM. À ce jour, 14 patients ont été inclus sur les 30 attendus. Les projets WP1 et WP2 touchent à leur fin et dans le cadre du PNMR4 la filière AnDDI-Rares prévoit : un amendement au CPP pour finaliser le WP3; - L’extension du WP2 à des CNV VSI hérités d’un parent dit asymptomatique (>2 Mb en perte, >3 Mb en gain); - Un projet d’évaluation des patients adultes dans les centres ESSMS (établissements sociaux et services médico-sociaux). L’objectif est de démontrer l’intérêt de réaliser les bilans même à l’âge adulte, notamment sur la prise en charge et l’orientation/projet de vie du patient ; - Une optimisation du SDM-Génomique par la reprise en rétrospectif des patients sans diagnostic, en particulier ceux ayant bénéficié d’un examen pangénomique ces dernières années (période 2020-2023). À travers l’Observatoire du diagnostic, la filière AnDDI-Rares œuvre pour une médecine translationnelle et personnalisée. Elle associe expertise clinique, outils génomiques innovants tout en intégrant les dimensions éthiques et médico-économiques, dans le respect des besoins et préférences des patients et des familles.

Introduction La préindication « Maladies constitutionnelles du globule rouge » concerne les impasses diagnostiques pour deux grandes entités physiopathologiques : (i) l’anémie et/ou l’hémolyse inexpliquée et (ii) la polyglobulie vraie. Après validation en RCP nationale, le séquençage du génome (WGS) est préférentiellement réalisé en trio (cas index, père, mère) sur l’une des 2 plateformes de séquençage au débit SeqOIA ou AURAGEN. L’objectif de ce travail est de dresser le bilan d’activité du STHD pour cette pré-indication après 6 ans de fonctionnement (2020-2025). Résultats Au total, 56 demandes ont été adressées, 18 pour SeqOIA et 38 pour AURAGEN. Elles se répartissaient en 33 dossiers d’anémie et/ou hémolyse inexpliquée et 23 dossiers de polyglobulie. Treize (10 d’anémie/hémolyse et 3 de polyglobulie) ont pu être résolus grâce au WGS. Parmi ces 13 dossiers, 4 auraient pu être résolus avant d’aller au génome (variant faux-sens sur des gènes des panels de 1ère intention : JAK2, HBB x2 et EPB42) mais 9 correspondaient en revanche à de « vraies victoires » du WGS: quatre cas d’anémie syndromique pédiatrique (gènes YARS1 x2, VPS4A et SARS2), une anémie sidéroblastique congénitale (gène TRNT1), deux cas de sphérocytoses héréditaires (variations introniques profondes ANK1), une anémie hypochrome avec splénomégalie (gène XIAP) et un cas de thrombose cérébrale multiple dans un contexte de polyglobulie (gène F2). Parmi les 43 résultats non conclusifs (i.e. sans diagnostic), 5 d’entre eux correspondaient à une recherche de facteur de gravité additionnel (anomalie génétique principale déjà caractérisée) tandis que des variations de signification indéterminée (VSI) ont été découvertes sur de nouveaux gènes-candidats dans 8 dossiers (3 cas d’anémie/hémolyse et 5 cas de polyglobulie dont un candidat intronique profond JAK2). Conclusion Après une montée en charge progressive des prescriptions, notre préindication a atteint sa vitesse de croisière et est désormais en capacité de rendre des résultats de génome en 3 à 6 mois, délai tout à fait acceptable pour les patients et les cliniciens. On note de francs succès sur le versant « anémie / hémolyse » avec les deux premiers cas de sphérocytose héréditaire causée par une variation intronique profonde. Très souvent cependant, l’anémie s’inscrivait dans un cadre syndromique plus large et n’était pas purement corpusculaire. Le bilan est plus mitigé concernant les polyglobulies pour lesquelles l’origine génétique est beaucoup plus difficile à établir en RCP. Le panel polyglobulie de base étant très exhaustif, seuls des VSI sur de nouveaux gènes-candidats de polyglobulie ont ainsi pu être retrouvés. Le bilan est néanmoins très encourageant avec un taux diagnostique global d’environ 20%. Ce rendement et le délai de l’errance diagnostique pourraient encore être améliorés si, après un premier panel ciblé négatif, le passage direct au séquençage du génome devenait systématique.

Contexte : Le syndrome LUMBAR (Lower body infantile hemangioma, Urogenital anomalies/hemangioma Ulceration, spinal cord Malformation, Bony deformity, Anorectal/Arterial anomalies, Renal anomalies) est un syndrome malformatif rare, également connu sous les acronymes SACRAL ou PELVIS, défini comme l’association d’un hémangiome infantile (HI) segmentaire et de malformations en regard, notamment urogénitales, médullaires, squelettiques, anorectales, et artérielles. Tous les cas décrits sont sporadiques. Le syndrome LUMBAR est considéré comme appartenant au spectre phénotypique du syndrome PHACE (Posterior fossa brain malformations, facial infantile Hemangioma, Arterial, Cardiac and Eye abnormalities), plus fréquent, qui associe un HI et des malformations du pôle céphalique. Aucune base génétique n’a, à l’heure actuelle, été identifié dans ces entités. Sur la base de chevauchements phénotypiques, il a récemment été suggéré que le syndrome LUMBAR puisse faire partie du groupe des « constellation récurrente de malformations embryonnaires », qui partagent une épisignature commune. Méthodes : Nous décrivons les caractéristiques phénotypiques de 5 patients présentant un syndrome LUMBAR, recrutés via le service de Neurochirurgie de l’hôpital Trousseau. Résultats : Il s’agit de 4 filles et 1 garçon, âgés de 18 mois à 17 ans. Une patiente a des antécédents familiaux notables (scoliose chez la mère et angiome plan hémifacial chez l’oncle maternel) ; par ailleurs, des jumeaux monozygotes sont rapportés dans deux familles. Concernant la période anténatale, on note une grossesse obtenue par FIV, un diabète gestationnel, deux diagnostics anténataux de dysraphisme. A l’examen, tous les patients présentaient un HI de la région lombosacrée et, plus ou moins, d’un membre inférieur (3/5). Une deuxième anomalie cutanée était décrite chez 3/5 patients (angiome plan ou pertuis lombaire). Tous les patients présentaient un lipome du cône médullaire, associé chez un patient à un angiolipomyélocystocèle. Une malformation rénale était présente chez 2/5 patients (dilatation des cavités pyélocalicielles, agénésie rénale unilatérale). 3 patients présentaient une anomalie squelettique vertébrale, sacrée et/ou iliaque (scoliose, anomalie de segmentation complexe, hypoplasie iliaque, hémi-agénésie sacrée). Des malformations des organes génitaux externes concernaient 2/5 patients (ectopie testiculaire, hypoplasie d’une grande lèvre). Tous les patients avaient un développement psychomoteur et intellectuel normal. Au total, cette série permet de mettre en lumière les caractéristiques cliniques et d’anamnèse du syndrome LUMBAR. Des prélèvements sanguins et tissulaires effectués dans le cadre de la prise en charge neurochirurgicale permettront la poursuite des explorations génétiques (méthylome, séquençage haut débit de génome) dans l’optique d’une meilleure compréhension des causes et mécanismes physiopathologiques sous-jacents.

Le syndrome de Baraitser-Winter (BRWS1-2; OMIM #243310, #614583) est un syndrome caractérisé par une dysmorphie faciale, une déficience intellectuelle de degré variable et malformations congénitales. BRWS1 est causé par des mutations faux-sens dans le gène ACTB (OMIM *102630) et BRWS2 dans le gène ACTG1 (OMIM *102560). Variants hétérozygotes pathogènes dans le gène ACTG1 causent également une hypoacusie progressive isolée (Deafness, Autosomal Dominant 20, OMIM #604717). Les deux gènes codent pour deux isoformes des types d'actine (Beta-actine et Gamma-actine, respectivement) exprimées de manière ubiquitaire. Les deux isoformes sont conservées et presque identiques : elles diffèrent par quatre acides aminés biochimiquement similaires dans les 10 résidus N-terminaux. Phénotypes variables chez des patients présentant les mêmes variants ont été décrits. Dans la littérature un défet de la paroi abdominale e a été observé chez une minorité des patients (diastase recti n=1, omphalocele n=1). Nous rapportons deux patients, mère et fille, âgés de 42 et 6 ans respectivement, avec omphalocèle. La fille a été référée pour une histoire en époque prénatale de pyélectasie monolatérale et omphalocèle en région épigastrique opéré en époque postnatale (3 cm), retard psychomoteur (marche à 15 mois, premiers mots à 17 mois) avec retard de langage. Le bilan neuropsychologique réalisé à 5 ans montrait de troubles spécifiques mixtes du développement. Au niveau dysmorphique elle présente facies triangulaire, sourcils arqués, strabisme convergent, hypertélorisme, dystopie des cantus internes, paupières allongées et orientées vers le haut, narines antéversées, filtrum allongé, columelle courte, lèvre supérieure fine, diastèmes dentaires multiples, laxité ligamentaire, télétélie, pectus excavatum. Une IRM cérébrale est en programme. La mère présentait hirsutisme, hypoacousie bilatérale appareillée et trait dysmorphiques subtiles: facies triangulaire, sourcils arqués, filtrum allongé, lèvre supérieure fine. Au niveau familiale maternelle, il n’y a pas d’autres anomalies rapportées. L’analyse chromosomique traditionnelle et sur puce ADN (SNParray) n’a pas retrouvé de déséquilibre génomique chez la fille. Le séquençage d’exome (Clinical Exome Sequencing) en duo a mis en évidence un variant hétérozygote faux-sens hérité de la mère: NM_001614.5(ACTG1):c.1003C>T (p.Arg335Cys), prédit délétère et classifié comme probablement pathogène. Une substitution d'acide aminé différente dans le même résidu (c.1004G>A, p.Arg335His de novo) dans le gène ACTG1 a été rapportée chez un patient avec BRWS2 et dans le gène ACTB chez un fetus présentant hygroma kystique et omphalocèle (c.1004G>A, p.Arg335His de novo) avec diagnostic post-mortem de BRWS1. Ces deux cas (mère et fille avec AGTC1-BRWS2), présentant omphalocèle en époque prénatale, montrent un signe rare et atypique du BRWS. Ce syndrome doit être considéré devant un omphalocèle apparemment isolé en époque anténatale.

Le gène RASA1 (OMIM *139150) code la protéine p120-RasGAP qui régule négativement la voie de signalisation RAS/MAPK en interaction avec le récepteur EPHB4 dans l’endothélium vasculaire (Henkemeyer et al., 1995). Les variants pathogènes de RASA1 sont responsables du syndrome CM-AVM1 (Capillary Malformation – ArterioVenous Malformation 1), une maladie autosomique dominante à expressivité clinique variable, souvent héritée de parents pauci-symptomatiques (Revencu et al., 2008). Ce syndrome se caractérise typiquement par des malformations capillaires multifocales associées à des malformations artérioveineuses (MAV) de haut débit touchant la peau, la moelle épinière ou le système nerveux central (Eerola et al., 2003). Nous rapportons le cas d’une famille porteuse d’un variant hétérozygote pathogène de RASA1 (NM_002890.3:c.1075C>T; p.(Gln359Ter)) identifié grâce au séquençage du génome en trio. Deux cas index de cette famille avaient bénéficié d’un séquençage de l’exome réalisé dans deux laboratoires différents et interprétés non conclusifs. Le premier cas index a présenté à 32SA+4 un tableau d’anasarque fœtale nécessitant la pose d’un drain thoracique fœtal, sans variant causal identifié par analyse de l’exome anténatal avec stratégie en trio. La patiente a évolué vers une forme sévère néonatale avec chylothorax récidivant malgré drainage thoracique et introduction de somatostatine, associé à une ascite. Dans ce contexte réanimatoire, un FAST génome a été réalisé mettant en évidence un variant pathogène hétérozygote de RASA1 hérité de la mère. Ce variant est compatible avec le spectre des atteintes lymphatiques et vasculaires rarement décrites dans CM-AVM1 d’expression prénatale à savoir des chylothorax, des ascites ou des anomalies du drainage lymphatique central (Mologousis et al., 2023). Sa cousine, fille de la tante maternelle était suivie pour une malformation artérioveineuse cérébrale pariétale droite symptomatique ayant nécessité une embolisation. L’analyse de l’exome réalisée dans un autre laboratoire diagnostique chez cette patiente n’avait pas été contributive. La relecture a posteriori des deux exomes a retrouvé le variant RASA1 avec une mauvaise couverture. Cette discordance s’explique d’une part par la faible couverture locale de la région cible lors de la capture, qui a conduit à une profondeur de lecture insuffisante. D’autre part, la faible valeur allélique (VAF à 9% chez le premier cas index) liée à un déséquilibre d’amplification et à un bruit de fond élevé qui a rendu l’appel du variant peu fiable. Les séquençages Sanger ont confirmé la présence des variants et le rétro phénotypage chez les mères retrouve des angiomes cutanés discrets. Cette observation illustre la variabilité intrafamiliale majeure des CM-AVM1 et l’importance du séquençage du génome lorsque l’exome est non contributif, en raison de défauts de couverture selon les techniques utilisées pour le séquençage, particulièrement devant ce type de présentation clinique.

La révision de la loi de bioéthique de 2021 a (ré)ouvert la question de l’autorisation du DPI-A dans le parcours d’Assistance Médicale à la Procréation (AMP). Si le cadre juridique est finalement demeuré inchangé, la Fédération Française de Génétique Humaine a décidé de mettre en place un groupe de réflexion sur cette question. Rappelons que le DPI-A est une technique complémentaire à la technique de fécondation in vitro. Elle a pour objet d'identifier les embryons euploïdes, considérés, a priori, comme plus aptes à donner lieu à une grossesse évolutive et une naissance vivante. Interdite en France, la technique est au contraire largement disponible à l’étranger, de manière toutefois très hétérogène. En effet, dans certains pays, aucun cadre légal n’existe quant à son utilisation alors qu’elle est réglementée voire interdite dans d’autres. Selon les pays, l’accès au DPI-A peut être proposé à l’ensemble des patients ou restreint à certaines populations. Enfin, certains Etats financent tout ou partie des analyses tandis qu’ailleurs elles sont exclusivement à la charge des patients. Lors de la révision de la loi bioéthique, plusieurs parties prenantes ont soutenu la légalisation du DPI-A. Notamment, le collectif BAMP! souhaitait une ouverture du DPI-A principalement pour des raisons d’efficacité technique et de non-malfaisance. Les travaux parlementaires révèlent toutefois que des interrogations sur l’efficacité réelle du DPI-A subsistent. Par exemple, la question du mosaïcisme embryonnaire, qui est au cœur du débat scientifique sur le DPI-A et pour lequel les recommandations des sociétés savantes ont beaucoup évolué. Ces interrogations ont convaincu les parlementaires de ne pas modifier le cadre légal et d’attendre les résultats de la recherche. En effet, un projet hospitalier de recherche était alors en cours. Mais, la fondation Jérôme Lejeune, qui estime que le DPI-A pose des problèmes scientifiques et éthiques a par la suite entamé des poursuites judiciaires contre ce projet et obtenu l’annulation des autorisations délivrées précédemment. Sur le plan scientifique, le DPI-A fait l’objet d’un grand nombre de publications mais beaucoup de travaux présentent des limites importantes. A ce jour, seules deux études prospectives randomisées sont considérées comme faisant référence par les sociétés savantes. Celles-ci n’ont pas mis en évidence d'amélioration significative des taux de grossesses évolutives et de naissances vivantes. Les études portant sur les femmes d’âge maternel avancé ne montrent pas non plus de différence significative en termes de naissance vivant. Elles montrent, par contre, une amélioration du délai d’obtention d’une naissance vivante. Enfin, il n’y a pas, à ce jour, de bénéfice démontré chez les patientes ayant présenté des fausses couches à répétition. Cet état de l’art repose sur un travail bibliographique de la littérature scientifique et juridique ainsi que sur les prises de position du milieu associatif.

Introduction : Les variations pathogènes du gène KDM5C représentent l’une des principales causes de déficience intellectuelle (DI) modérée à sévère. Il s’agit d’une forme rare de DI liée à l’X, avec seulement 35 variants pathogènes rapportés à ce jour. Chez les hommes atteints, le tableau clinique associe généralement un retard intellectuel modéré à sévère, une épilepsie, des troubles du comportement, une dysmorphie faciale spécifique, ainsi qu’une petite taille. En revanche, chez les femmes porteuses, le phénotype clinique et la pénétrance sont plus variables, en lien avec le mécanisme d’inactivation aléatoire du chromosome X. En raison de ce phénotype majoritairement neurodéveloppemental, le diagnostic de cette pathologie est habituellement postnatal en l’absence d’antécédents familiaux. Résultats : Nous rapportons ici à notre connaissance la première description anténatale d’une variation du gène KDM5C, identifiée par un exome en trio chez un fœtus de sexe féminin, dans un contexte d’hydramnios sévère et de malposition des pieds en hyperflexion avec une camptodactylie observés à partir du terme de 32 semaines d’aménorrhée et 4 jours. Il s’agit d’une variation faux-sens de novo, non répertoriée dans les bases de données de populations contrôles, et localisée dans un domaine catalytique de la protéine. Cette variation a été classée comme probablement pathogène (classe 4), sur la base des arguments moléculaires. Discussion : Chez un fœtus de sexe féminin, le risque de DI associé à cette variation est estimé à 50 %. Les femmes porteuses symptomatiques peuvent également présenter des troubles endocriniens, des troubles du langage expressif, ainsi que des troubles de l’identité. Le couple a formulé une demande d’interruption médicale de grossesse (IMG), qui a été jugée recevable. L’examen fœtopathologique a mis en évidence en plus de la malposition des pieds observés par les échographies, des traits dysmorphiques, ainsi qu’une hypoplasie de la moelle épinière, éléments soutenant l’hypothèse d’un phénotype syndromique lié à la variation identifiée. Conclusion : Cette observation permet d’élargir le spectre phénotypique associé aux variations du gène KDM5C, en intégrant des anomalies pouvant être détectées en période prénatale.

Introduction : Les variants mono-alléliques pathogènes de « type perte de fonction » du gène MEF2C (5q14.3), facteur de transcription crucial pour le développement cérébral, sont responsables de troubles sévères du neurodéveloppement (TND) (OMIM#613443). Alors que l’impact des variants tronquants et des délétions impliquant la région codante est bien caractérisé, le rôle pathogène des remaniements des régions régulatrices en amont du gène est un mécanisme émergent encore à élucider (Redin et al., 2017 ; D'Haene et al., 2019). Méthode : Le séquençage du génome en trio a été réalisé sur de l’ADN lymphocytaire au laboratoire SeqOIA après recrutement du patient dans la pré-indication « déficience intellectuelle ». Résultat : Notre patient est âgé de 14 ans et issu de parents non apparentés, avec des antécédents familiaux de maladie de Parkinson chez le grand-père paternel. Il a comme antécédent néonatal la découverte d’une cardiopathie congénitale. L’évolution est marquée par l’apparition d’un retard du langage et de crises convulsives, avec un diagnostic d’un trouble du spectre autistique (TSA) associé à une déficience intellectuelle (DI) modérée. L’examen clinique a montré un strabisme, une scoliose et un périmètre cranien à +2.3 DS. L’IRM cérébrale a montré une leucomalacie occipitale. Les explorations génétiques (CGH-array, séquençage ciblé du gène SCN1A) n’ont pas mis en évidence d’anomalies notables. L’analyse du génome a montré la présence d'une délétion de la région génomique 5q14.3 à l’état hétérozygote d'une taille d’environ 8.3 kb. Cette délétion est survenue de novo. Elle est absente des bases de données de polymorphismes (DGV, gnomAD SV V4) et chevauche partiellement la région promotrice du gène MEF2C. Discussion : Notre cas représente le 3ème cas et la plus petite délétion de la région promotrice MEF2C. La revue de la littérature identifie deux cas similaires porteurs de délétions comprenant le promoteur et la région 5'UTR du gène MEF2C et présentant un tableau TND. Cette délétion du promoteur altère l'expression du gène, potentiellement en perturbant l'architecture chromatinienne (TADs) ou l'activité transcriptionnelle. Pour confirmer définitivement son impact, une analyse fonctionnelle par séquençage d'ARN sur sang périphérique est en cours afin de quantifier l'effet de la délétion sur les niveaux d'expression des transcrits de MEF2C et les éventuelles modifications de son épissage alternatif. Ce cas clinique souligne l'importance de l'analyse des régions régulatrices dans le diagnostic des TND.

Introduction : Le syndrome de Van Den Ende-Gupta (VDEGS, OMIM : 600920) est une affection héréditaire autosomique récessive extrêmement rare, décrite pour la première fois en 1992. Ce syndrome présente une incidence estimée à environ 1 cas pour 1 000 000 de naissances vivantes. Il se caractérise principalement par des anomalies crâniofaciales et squelettiques, avec une croissance et un développement normal. Le VDEGS est dû à des variants homozygotes du gène SCARF2 qui code un récepteur Scarvenger impliqué dans le développement de divers tissus. Ce travail décrit le cas d’un patient porteur d’un nouveau variant du gène SCARF2. Il s'agit du premier cas de syndrome VDEG rapporté au Maroc et en Afrique du Nord. Observation : Nous présentons le cas d'un enfant de 12 ans, fils unique de parents non apparentés, sans antécédents familiaux de maladies héréditaires, suivi au service de génétique médicale du CHU Mohammed VI d’Oujda pour un syndrome dysmorphique caractéristique (scaphocéphalie, visage triangulaire, blépharophimosis, microrétrognathie…), associé à des anomalies squelettiques. Son développement psychomoteur était normal. Les radiographies du squelette ont objectivé un défaut du remodelage osseux. L’analyse moléculaire par séquençage nouvelle génération a identifié un nouvel variant du gène SCARF2(NM_182895.5): c.1306+1G>A(p.?) à l’état homozygote. L’étude de la ségrégation familiale a montré la présence de ce variant à l’état hétérozygote chez les deux parents, ce qui explique la symptomatologie présentée par le patient et confirme le diagnostic. Discussion : Le syndrome de Van Den Ende-Gupta est une maladie génétique monogénique rare, à transmission autosomique récessive, caractérisée par des manifestations crâniofaciales et squelettiques, notamment un blépharophimosis, une hypoplasie malaire et maxillaire, un nez caractéristique, une arachnocamptodactylie et des os longs et fins des mains et des pieds. Il est associé à une mutation homozygote du gène SCARF2 (Scarvenger Receptor Class F Member 2), un gène à 11 exons, situé sur le chromosome 22 en q11.21. Le gène SCARF2 code une protéine transmembranaire impliquée dans le développement embryonnaire, notamment du squelette et des tissus conjonctifs. Le diagnostic de ce syndrome repose sur une combinaison de signes cliniques caractéristiques et de confirmations génétiques. Nous rapportons le premier cas marocain de syndrome de Van Den Ende-Gupta avec une nouvelle variante intronique homozygote du gène SCARF2, classée probablement pathogène (classe 4 selon les critères de l’ACMG). Ce cas souligne l’importance d’un examen clinique minutieux et de l’analyse moléculaire dans l’identification des maladies génétiques dysmorphiques rares. Conclusion : Ce cas illustre l’apport de l’analyse génétique dans la confirmation diagnostique des syndromes dysmorphiques rares et enrichit le spectre mutationnel connu du gène SCARF2, contribuant ainsi à une meilleure compréhension du syndrome de Van Den Ende-Gupta.

Le syndrome de Myhre est une affection génétique très rare (<1/1 000 000), en lien avec des variants pathogènes mono-alléliques du gène SMAD4. Le phénotype associe typiquement une petite taille, une dysmorphie faciale caractéristique, une brachydactylie, une peau épaissie d'aspect cartonné, des anomalies squelettiques, une pseudo-hypertrophie musculaire, une raideur articulaire, une hypoacousie et une déficience intellectuelle de sévérité variable. Son évolution est progressive, les maladies respiratoires restrictives ou obstructives, la péricardite et l’atteinte laryngotrachéale constituent les principales causes de morbidité. Nous rapportons le cas d’un patient adressé pour le bilan d’une surdité bilatérale mixte. Le scanner des rochers montrait une déminéralisation importante de la capsule otique, interprétée comme une otospongiose juvénile. Nous avons reçu ce patient au CRMR surdités génétiques. Cliniquement, ce jeune homme présentait une petite taille (−2 DS), une dysmorphie crânio faciale, un morphotype pseudo-athlétique, une peau cartonnée, une brachydactylie et des clinodactylies, sans difficulté scolaire, laissant suspecter un syndrome de Myrhe. L’analyse d’un panel de gènes impliqués dans les surdités (CHRU Lille) a identifié une variation probablement de novo dans SMAD4 c.1486C>T p.(Arg496Cys) (non héritée de la mère ; père non disponible au moment de la rédaction de cet abstract). Ce variant pathogène est bien documenté dans ClinVar et dans plusieurs cohortes, et constitue l’un des plus fréquents du syndrome de Myhre (≈38 % des cas, Lin 2024). Dans la littérature, la surdité dans le syndrome de Myrhe est fréquente (≈ 55–70 %), bilatérale, de type transmissionnelle ou mixte, parfois neurosensorielle, apparaissant le plus souvent dans l’adolescence (Yang 2022 ; Lin 2024). Son mécanisme est souvent incertain, les données radiologiques disponibles dans la littérature sont rares. Chez notre patient, l’évolution auditive montre une aggravation progressive jusqu’à une surdité mixte, sévère et bilatérale sur le dernier contrôle en 2025. Les déminéralisations se sont accentuées sur le scanner des rochers de contrôle. Il bénéficie désormais d’un suivi multidisciplinaire incluant généticien, ORL, cardiologie, pneumologie et rhumatologie. Ce cas relate un parcours atypique menant au diagnostic de syndrome de Myrhe, avec comme point d’appel majeur une surdité avec déminéralisation massive péri-labyrinthique. Il souligne l’importance du bilan génétique dans la surdité, du recours à l’imagerie dans leur exploration et l’intérêt d’un diagnostic précoce permettant un suivi multidisciplinaire adapté. Références : Yang J, Duan H, Zuo Y, et al. Natural history of Myhre syndrome: a multicenter study of 56 patients. Orphanet J Rare Dis. 2022;17(1):80. doi:10.1186/s13023-022-02219-7 Lin AE, Garavelli L, Williams MS, et al. Emergence of the natural history of Myhre syndrome. Genet Med. 2024;26(1):100005. doi:10.1016/j.gim.2023.100005

La maladie de Fanconi est une maladie génétique rare multisystémique caractérisée par une insuffisance médullaire progressive associée à des malformations congénitales et un risque élevé d'hémopathies myéloïdes et de tumeurs solides. Elle est hétérogène sur le plan génétique, pouvant être causée notamment par des variants bialléliques dans plusieurs gènes de réparation de l’ADN, dont BRCA2. Nous rapportons le cas d’une récurrence d’un syndrome polymalformatif chez deux fœtus issus d’un couple originaire du Cap-Vert. L’analyse du génome réalisée dans le cadre du plan France Médecine Génomique chez le premier fœtus sur ADN conservé d'une interruption médicale de grossesse en 2018 a révélé un variant pathogène homozygote c.632-3C>G du gène BRCA2, responsable de la maladie de Fanconi, compatible avec le phénotype foetal. Le diagnostic a été posé alors que la patiente était à nouveau enceinte, avec une récidive d’anomalies malformatives. Nous avons pu réaliser une analyse ciblée sur liquide amniotique, confirmant la récidive de la maladie de Fanconi et permettant ainsi au couple de prendre une décision éclairée concernant une nouvelle interruption médicale de grossesse. Ce cas illustre l’importance du séquençage du génome dans l’amélioration de la prise en charge diagnostique en prénatal. En effet, le phénotype fœtal n’étant pas très spécifique d’un Fanconi notamment en l’absence d’anomalie radiale associée, le dossier était en errance diagnostique avant la réalisation du génome. Il souligne également les enjeux du conseil génétique en raison de « la donnée incidente » qui découle du diagnostic primaire. En effet, le couple est porteur hétérozygote du variant dans BRCA2, en plus de leur risque de récurrence de 25 % d'avoir un enfant atteint, ils sont également prédisposés à développer des cancers (sein, ovaire et prostate). Il est également nécessaire d’élargir l’enquête dans leurs deux familles respectives. L’interrogatoire repris à posteriori a révélé des antécédents de cancers du sein dans la famille maternelle de la patiente. Enfin, nous mettons en avant l’apport de l’examen fœtopathologique couplé à l’analyse génomique pour optimiser le rendement diagnostique des syndromes malformatifs fœtaux.

L’hydrocéphalie malformative de l’enfant est une affection relativement fréquente, souvent diagnostiquée dès la période néonatale, caractérisée par une présentation clinique variable et un pronostic inconstant. Cependant, elle ne représente qu’un signe d’appel de processus physiopathologiques divers correspondant à des étiologies variées, acquises ou génétiques. Nous rapportant le profil génétique d’un couple avec antécédent d’enfants décèdés dans un tableau d’hydrocéphalie létale. Il s’agit d’un couple consanguin au 1ére degré qui a eu deux décès de deux enfants après leur naissance (à 7 jours de vie et 5 mois de vie) suite à un tableau clinique similaire dominé par l’hydrocéphalie triventriculaire asymétrique laminant le parenchyme cérébral, d’origine passive. Un whole exome sequencing a été réalisé chez le couple avec le même résultat : deux variantes à l’état hétérozygote pathogène : le gène POMGNT2 (NM_032806.6 :c.7779-2A>G), ainsi que le gène LAMA1 (NM_005559.4 :c.7779-2A>G). Le variant pathogène sur le gène POMGNT2 provoque une dystrophie musculaire congénitale-dystroglycanopathie de type A, 8 [OMIM : 614830]. Le variant pathogène sur le gène LAMA1 provoque un syndrome de Poretti-Boltshauser syndrome [OMIM : 615960]. Les deux syndromes sont à transmission autosomique récessif et à présentation clinique malformatif congénital. Devant cette complexité du profil génétique un dépistage prénatal est obligatoire lors des prochaines grossesses avec recherche ciblé des deux variants pour une prise en charge en anténatal est un conseil génétique approprié.

La monosomie du chromosome 21 est une anomalie chromosomique rare, étant donné la létalité d’une forme complète. Elle se manifeste principalement par une déficience intellectuelle, un retard de croissance, une microcéphalie et des traits faciaux caractéristiques. Nous rapportant le cas d’un garçon de 6 ans avec une dysmorphie faciale caractéristique, une déficience intellectuelle profonde ainsi que des malformations organiques. Une hybridation chromosomique comparative a été réalisée révélant une micro délétion de 3,1 Mb au niveau du bras long du chromosome 21 arr(GRCh38/hg38) 21q22.12q22.2(37234957-40686480)x1, une confirmation par FISH a été réalisé( ish del(21)(q22.13q22.13)(RP11-98013-)dn[26]/21q22.13(RP11-98013x2)[4] ). La recherche de ce variant chez les parents est sorti négatif. Le gène DYRK1A peut être considéré comme responsable du phénotype. Il est recommandé de poursuivre le suivi cardiologique, orthopédique et neuropsychiatrique infantile ainsi que les thérapies de rééducation selon les délais et les schémas prescrits par les spécialistes concernés.

Contexte Les facteurs influençant les maladies génétiques liées à des aberrations chromosomiques de nombre, telles que les trisomies, ne sont pas encore complètement connus. Dans cette étude, nous avons analysé les télomères, véritables horloges biologiques des cellules, l’instabilité chromosomique associée dans les lymphocytes de patients atteints de trisomies pré-zygotiques et post-zygotiques, ainsi que dans les lymphocytes circulants de leurs parents. Matériel et méthodes Des préparations cytogénétiques de 10 patients atteints de trisomie 21 ou 18, ainsi que de lymphocytes sanguins périphériques de leurs parents, ont été analysées. Nous avons utilisé une technique automatisée à haut débit basée sur l’hybridation in situ en fluorescence (FISH), avec des sondes spécifiques des télomères et des centromères, ainsi que des sondes permettant l’identification individuelle de chaque chromosome. Cette approche a permis de cribler un grand nombre de cellules afin de détecter les aberrations télomériques (perte de télomères, délétions terminales, télomères doublets), et d'évaluer les variations de la longueur des télomères entre les échantillons. Une cohorte de 100 sujets, âge et sexe comparable sans pathologie déclarée a servi de contrôle. Résultats L’analyse des télomères chez les enfants porteurs d’une trisomie, qu’elle soit pré- ou post-zygotique, a révélé un raccourcissement significatif de la longueur des télomères ainsi qu’une fréquence élevée d’aberrations télomériques (perte de télomères, télomères doublets). Une clonalité des aberrations télomériques a également été observée. Ce dysfonctionnement télomérique était associé à une fréquence accrue d’aberrations chromosomiques non clonales et à la formation de micronoyaux. Chez les parents, les caryotypes étaient normaux. Toutefois, un raccourcissement des télomères et des taux élevés d’aberrations télomériques ont été observés chez un ou les deux parents. La clonalité des aberrations télomériques a également été confirmée, touchant préférentiellement le chromosome impliqué dans la trisomie de l’enfant. Une fréquence élevée des aberrations chromosomiques non clonale a été détectée chez les parents. Nos résultats soutiennent l’hypothèse selon laquelle l’instabilité télomérique pourrait contribuer à la mal-ségrégation chromosomique, à une accumulation d’aberrations chromosomiques, et par conséquent, à la survenue d’aneuploïdies telles que les trisomies. Conclusion Notre étude montre que la longueur et les aberrations des télomères sont des traits héritables. L’implication du dysfonctionnement télomérique dans la genèse des aberrations chromosomiques de nombre est un élément important à approfondir pour aider au conseil génétique et préciser un éventuel risque de récurrence.

Le gène SHOX (Short Stature Homeobox) est localisé dans la région pseudo-autosomale 1 (PAR1), en Xp22.33 et Yp11.32. SHOX code le facteur de transcription du même nom exprimé au niveau des plaques de croissance et impliqué dans la croissance des os longs (Marchini et al. 2016). L’haplo-insuffisance du gène SHOX s’étend de la dyschondrostéose de Léri-Weill à des patients de taille normale, en passant par des patients présentant une petite taille idiopathique (Fukami et al. 2016). A l’état pseudo-autosomal récessif, les variants délétères de SHOX sont associés à la dysplasie mésomélique de Langer. Il s’agit d’une maladie osseuse constitutionnelle sévère avec un retard de croissance entre -6 et -9 DS lié à un raccourcissement mésomélique et rhizomélique des membres (Cormier-Daire et al. 1999). Nous rapportons une observation prénatale illustrant l’interaction entre une délétion hétérozygote de SHOX héritée et un mosaïcisme gonosomique de type Turner. Un fœtus de sexe masculin, issu d’une grossesse spontanée, présentait à l’échographie morphologique de 23 SA une eutrophie pondérale (25ᵉ percentile) mais des os longs très courts avec un raccourcissement mésomélique prédominant sur l’ulna et la fibula. Le suivi par imagerie fœtale retrouvait par la suite un début d'incurvation de la partie supérieure des deux tibias en faveur d'une dysplasie mésomélique de type Langer au scanner. Un diagnostic prénatal par amniocentèse a été réalisé. L’analyse par CGH-array a identifié une délétion hétérozygote terminale d’environ 1 Mb apparemment homogène en Xp22.33 ou Yp11.32 incluant le gène SHOX associée à une délétion hétérozygote terminale de 58 Mb en Yp11.32q12 correspondant au reste du chromosome Y, en mosaïque (environ 33%). Le caryotype constitutionnel a confirmé la présence de deux lignées cellulaires sur les 22 cellules analysées : une lignée de cellules 46,XY (50% des cellules analysées) et une lignée de cellules avec une monosomie X (45,X, 50% des cellules examinées). Les techniques complémentaires d'hybridation in situ réalisées ont montré que le chromosome X est porteur d'une délétion terminale de son bras court impliquant le locus portant le gène SHOX, avec pour conséquence dans les cellules 45,X une absence complète du locus SHOX, confirmant la dysplasie mésomélique de type Langer. L’étude parentale a montré que cette délétion était héritée de la mère, mesurant 156 cm (-1,5 DS). Les radiographies des avant-bras n’ont pas retrouvé de franche déformation de Madelung mais une inclinaison articulaire radiale inférieure discrètement augmentée pouvant faire évoquer l’implication de l’haplo-insuffisance SHOX chez elle. La coexistence d’une délétion SHOX hétérozygote et d’une monosomie X induite par une perte du chromosome Y constitue un mécanisme original conduisant à un déficit complet du gène SHOX dans une proportion significative de cellules et au diagnostic de dysplasie mésomélique de Langer.

Les ciliopathies sont des pathologies rares du développement caractérisées par une grande variabilité génétique et phénotypique, touchant de nombreux organes, en particulier le cerveau, la rétine, les reins, le foie et le squelette. Plus de 140 protéines localisées dans les cils primaires, organelles sensorielles essentielles au développement des vertébrés, sont impliquées dans les ciliopathies. Parmi elles, TMEM17, une protéine transmembranaire située dans la zone de transition ciliaire et codée par le gène du même nom (TMEM17) a récemment été liée au syndrome orofaciodigital de type 6 (OFD6) et au syndrome de Joubert (JS), chez deux individus, issus de deux familles différentes. Le JS et le syndrome OFD6 sont des pathologies pédiatriques, caractérisées par l’association d’un trouble du neurodéveloppement avec hypotonie et une déficience intellectuelle très fréquente mais de sévérité variable, et d’une malformation particulière du mésencéphale et du rhombencéphale connue sous le nom de « signe de la dent molaire ». Des atteintes pluri-organiques sont variablement présentes (atteintes rénales, hépatiques, squelettiques…) ainsi qu’une ataxie, une apraxie oculomotrice, des troubles respiratoires (JS) ou des anomalies oro-faciales (OFD6). Nous rapportons ici deux cas de fœtus non apparentés présentant une encéphalocèle occipitale, une polydactylie et des kystes rénaux, chez lesquels le séquençage de l'exome a identifié une variation homozygote (Arg94Trp) dans TMEM17, affectant un résidu hautement conservé. Cette association élargit le spectre phénotypique lié aux mutations de TMEM17 pour inclure le syndrome de Meckel (MKS), une ciliopathie extrêmement sévère, létale en période anténatale ou néonatale. Les analyses fonctionnelles réalisées montrent un mécanisme de perte de fonction de toutes les variations connues du gène TMEM17, in vitro sur tissus et cellules de patients ainsi qu’in vivo chez un modèle C. elegans. Notre étude révèle ainsi d’importantes conséquences fonctionnelles de ces variations, notamment la déstabilisation et la localisation anormale de TMEM17, des anomalies dans la composition et la fonction des cils primaires, et l'abrogation de la signalisation Sonic Hedgehog. Ces expériences confirment la pathogénicité de toutes les variations de TMEM17 identifiées à ce jour et soulignent son rôle essentiel dans la zone de transition du cil primaire. Collectivement, nos résultats établissent définitivement TMEM17 comme gène de ciliopathie associé à un large spectre phénotypique allant de syndromes viables (OFD6 et JS) à un syndrome létal en anténatal (MKS).

Il est désormais établi que le séquençage d’exome en prénatal (SEp) permet d’améliorer l’évaluation pronostique et de préciser le conseil génétique en cas de signes d’appel échographiques (SAE) évocateurs d’une pathologie d’origine génétique. Cependant, la détection de variants de signification incertaine (VSI) dans le contexte urgent de la grossesse, avec un accès incomplet au phénotype fœtal est un défi, menant à une gestion différente selon les centres. Nous rapportons ici l’expérience de 4 ans de SEp dans notre centre. Entre novembre 2019 et décembre 2024, 268 fœtus ont été inclus via les CPDPN de Cochin-Port Royal et Necker-Enfants Malades pour SAE. Les indications retenues ont permis d’obtenir un diagnostic dans 33% des cas mais dans 13% des cas la présence d’un VSI a nécessité une discussion clinico-biologique et/ou la réalisation d’examens complémentaires d’imagerie ou biologique pour conclure. En effet, ces variants ne sont pas indiqués dans le compte-rendu car ils ne permettent pas d’aider à la prise de décision, et leur reclassement dans le temps de la grossesse est un défi majeur. Dans 17% des cas (n=6) un séquençage de l’ARN des amniocytes (RNAseq) ou un complément d’imagerie a permis d’écarter la responsabilité du variant dans le phénotype fœtal avant la fin de la grossesse (classe II). Mais la réalisation de ces examens complémentaires pose la question de l’inquiétude générée. Après la naissance, quatre VSI ont été reclassés probablement pathogènes, trois devant une clinique compatible et un VSI après analyse placentaire (11%) . Six VSI (17%) ont été reclassés probablement bénins devant une absence d’argument clinico-biologique compatible avec le variant (n=4), après RNAseq (n=1) ou ségrégation familiale (n=1). Dans le reste des cas, les VSI sont toujours en cours d’exploration (n=5 ; 14%) ou non reclassés, en attente d’une évaluation phénotypique d’un enfant jeune ou sans réévaluation possible (refus d’autopsie après une IMG, couple perdu de vue) (n=15 ; 43%). Dans 2 cas seulement le VSI a été indiqué dans le compte rendu (CR), alors que la grossesse était en cours, devant la nécessité d’un accouchement en maternité de niveau 3 (ODAD4) ou un risque de perte de contact avec le couple (SALL1). Dans les 2 cas les VSI ont été reclassés classe IV après la naissance. Enfin, et bien que le VSI n’ait pas été indiqué sur le CR, 2 familles ont été informées par oral au cours de la grossesse lors de la consultation post-test, car la connaissance du VSI ne modifiait pas le pronostic déjà défavorable par imagerie (PSID) ou était de bon pronostic (SLC34A1) Cette expérience soulève la question de la révélation des VSI au couple pendant la grossesse dans certaines situations particulières et l’importance de pouvoir recourir à des avis spécialisés (Centre de Référence Maladie Rare -CRMR), de disposer d’outils rapides (intégration de données multi-omiques : RNAseq, imagerie de référence) mais aussi du suivi prospectif en postnatal ou postmortem.

Le développement continu du séquençage d’exome (WES), puis du génome (WGS) en pratique courante pour le diagnostic des pathologies génétiques permet aujourd’hui une utilisation en urgence chez des patients pédiatriques critiques, parfois même en première intention. L’objectif de notre étude est d’évaluer l’apport du WES et du WGS réalisés en urgence pour le diagnostic et la prise en soins de patients pédiatriques en situation critique au CHU de Bordeaux. Un total de 414 patients ont bénéficié d’un WES ou d’un WGS réalisé en situation d’urgence au CHU de Bordeaux entre le 01/09/2021 et le 01/09/2025. Pour 388 d’entre eux, l’indication était la réalisation d’une analyse prénatale, une grossesse en cours, un conseil génétique, ou non précisée, et sont donc non concernés par cette étude. Les 26 patients restants ont ainsi bénéficié d’une analyse réalisée en urgence, indiquée en raison d’une situation critique, avec possible impact du diagnostic moléculaire sur la prise en charge. 16 cas concernaient un WES et 10 un WGS (dont 1 avait eu auparavant un WES). 25 patients ont été analysés par stratégie en trio, et 1 patient par stratégie en duo. Les indications étaient en majorité des patients présentant un syndrome polymalformatif et/ou hospitalisés en réanimation ou soins intensifs pédiatriques (19/26), puis des patients atteints d’encéphalopathie (6/26) et un patient présentant une hépatomégalie d’aggravation rapide (1/26). Le rendement diagnostic est de 42% (11/26). Le séquençage en urgence a permis de mettre fin rapidement à l’errance diagnostique dans près de la moitié des cas. Le rendement diagnostique était plus performant pour le WGS (70%, 7/10) que pour le WES (25%, 4/16). Pour l’un des patients avec WGS positif, un WES anténatal avait été non contributif en raison d’un défaut de capture sur la région concernée. Pour deux patients en réanimation, le diagnostic a aidé les parents à envisager plus sereinement l’arrêt des soins curatifs. A l’inverse, un diagnostic avec une évolution favorable a permis de poursuivre les soins pour une autre patiente. Concernant les patients présentant des pathologies neurologiques sévères, le diagnostic a orienté le suivi et renforcé la prise en soins complexe. Un geste invasif a pu également être évité chez un autre patient. Une donnée incidente de prédisposition héréditaire au cancer a permis d’instaurer une surveillance spécifique chez le parent concerné. Les résultats de notre étude confortent la nécessité d’un circuit rapide dédié à ces patients pédiatriques, permettant une prise de décision plus éclairée et sereine lorsqu’un diagnostic est identifié. Ils soulèvent néanmoins des questions sur l’impact du diagnostic précoce, parfois établi avant l’apparition de certains signes cliniques, ainsi que sur la gestion de son annonce dans des situations complexes incluant le décès du patient et nécessitant un suivi rapproché des parents après cette annonce.

Introduction : La maturité nucléaire des spermatozoïdes constitue un facteur déterminant de la fertilité masculine. Des anomalies de la spermatogenèse peuvent perturber la compaction de la chromatine, entraînant des dommages à l’ADN spermatique et une altération de la fonction des gamètes. Le gène C14orf39 joue un rôle majeur dans la formation du complexe synaptonémal (SC), structure indispensable à la méiose, et interagit avec plusieurs protéines impliquées dans la compaction de la chromatine. Nous rapportons ici l’identification d’une nouvelle variation pathogène du gène C14orf39 chez un patient infertile issu d’une famille présentant un défaut de maturation chromatinienne des spermatozoïdes. Matériel et méthodes : L’étude a porté sur deux frères issus d’un mariage consanguin, tous deux consultant pour une infertilité primaire. L’évaluation spermatique comprenait un spermogramme standard et un test au bleu d’aniline pour analyser la maturité nucléaire. Un séquençage complet de l’exome (WES) a été réalisé chez l’un des frères afin de détecter d’éventuelles variations génétiques. Résultats et discussion : Le premier patient présentait une oligo-asthéno-tératospermie sévère, tandis que son frère montrait une tératospermie isolée. Le test au bleu d’aniline a mis en évidence une proportion élevée de spermatozoïdes à chromatine immature. Le WES a révélé un nouveau variant dans le gène C14orf39, classé pathogène selon ACMG. L’altération ou l’absence du SC compromet la méiose, perturbe la compaction de la chromatine et entraîne une infertilité masculine. Conclusion : Plusieurs mutations de C14orf39 ont été associées à l’infertilité masculine en raison de leur rôle clé dans la méiose et la maturation spermatique. La présence de cette nouvelle mutation souligne l’importance fonctionnelle de ce gène dans la compaction de la chromatine et la spermatogenèse, et ouvre des perspectives pour le diagnostic génétique des infertilités idiopathiques.

Le syndrome de Patau, ou trisomie 13, est une maladie chromosomique constitutionnelle, due à la présence d'un chromosome 13 surnuméraire, et parfois à des réarrangements chromosomiques impliquant ce chromosome. Cette maladie génétique rare se caractérisent par des malformations d’évolution létale dans l’ensemble des cas. Nous rapportons les résultats d’une étude descriptive transversale, clinique et cytogénétique, réalisée sur une période de 15 ans, allant de mai 2011 à avril 2025, et qui a concerné les patients avec suspicion clinique, puis confirmation cytogénétique, du syndrome de Patau. Au total, deux patients de sexe masculin ont été identifié, âgés respectivement au moment du diagnostic de 5 jours et de 8 jours. Les signes cliniques évocateurs étaient les syndromes dysmorphique et malformatif, principalement la fente labio-palatine, la polydactylie, l’artère ombilicale unique, et les malformations cardio-pulmonaire, compliquées de détresse respiratoire et d’insuffisance cardiaque. Le caryotype a confirmé le diagnostic de trisomie 13 libre et homogène dans un cas, et de trisomie 13 par translocation robertsonienne dans le 2ème cas. L’évolution a été fatale chez les 2 patients. Le syndrome de Patau de révélation post-natale est devenu exceptionnel, grâce aux avancées du diagnostic prénatal, notamment du diagnostic prénatal non-invasif sur sang maternel. Le risque de récurrence d'une trisomie 13 est de l'ordre de 1 %. Cependant, dans les familles où la trisomie 13 est associée à une translocation robertsonienne, le risque de récurrence est plus élevé si l'un des parents est porteur de cette translocation.

Introduction Le syndrome CPSFS1B (contractures, ptérygions et synostose spondylocarpotarsienne de type 1B) est une affection génétique récessive extrêmement rare, liée à des mutations bialléliques du gène MYH3, codant pour la myosine embryonnaire. Ce syndrome se caractérise par des ptérygions multiples, des contractures articulaires, ainsi que des synostoses vertébrales, carpiennes et tarsiennes, avec une expressivité clinique variable. Moins de 20 cas ont été rapportés à ce jour, rendant sa prévalence inconnue et compliquant souvent le diagnostic, notamment dans les formes partielles ou atypiques. Matériel et Méthodes Nous rapportons le cas d’une fillette de 3 ans et 8 mois, issue d’un mariage non consanguin avec notion d’endogamie familiale. Elle a été adressée pour évaluation d’un tableau dysmorphique associant un ptérygium colli marqué, des oreilles basses implantées, des mamelons écartés et un pied plat. Le caryotype était normal. En l’absence d’étiologie évidente, un séquençage de l’exome entier (WES) a été réalisé. Résultats Deux variants du gène MYH3 ont été identifiés, dont un classé pathogène et un de signification incertaine (VUS). Une étude de ségrégation familiale est en cours. Discussion et Conclusion Le tableau clinique, associé à la présence de deux variants MYH3, dont un VUS, suggère une forme récessive de CPSFS1B. L’étude de ségrégation familiale, en cours, pourrait contribuer à l’évaluation de la pathogénicité du VUS. Ce cas illustre la complexité du diagnostic génétique dans les syndromes rares à expression variable et souligne l’intérêt du séquençage de l’exome dans l’identification précoce de ces pathologies. Une meilleure compréhension des variants génétiques et de leur corrélation phénotypique demeure essentielle pour optimiser la prise en charge et le conseil génétique des patients concernés.

Le gène de la déoxyhypusine hydroxylase (DOHH) code pour une enzyme impliquée dans la modification post-traductionnelle du facteur d'initiation de la traduction eucaryote eIF5A1. Des variants bi-alléliques de DOHH ont récemment été rapportés chez cinq patients et associaient des troubles du développement ; retard neurodéveloppemental global, cardiopathie congénitale et retard de croissance (OMIM 620066_NEDMVIC). Nous présentons un patient de 10 ans, porteur d'un variant faux-sens homozygote de DOHH, caractérisé par une augmentation de la clarté nucale prénatale, le développement postnatal d'une cardiomyopathie, d'une hypoparathyroïdie et d'une déficience intellectuelle légère. Durant la première année de vie, une puce CGH-array et un panel in silico pour les RASopathies ont été initialement réalisés, tous deux donnant des résultats non conclusifs. Le variant DOHH a finalement été identifié lors d'une seconde analyse des données de séquençage d'exome entier effectuée pendant le suivi clinique. Une comparaison avec la littérature suggère que notre patient présente une atteinte neurodéveloppementale et une déficience intellectuelle plus légères que précédemment décrites, et aucun retard de croissance. Il est intéressant de noter qu'il s'agit du deuxième cas - sur six - d'augmentation de la clarté nucale prénatale chez un patient avec des variants DOHH. La cardiomyopathie et l'hypoparathyroïdie étant rapportées pour la première fois dans cette pathologie, des cas supplémentaires sont nécessaires pour confirmer ou réfuter leur association. Dans le contexte des maladies rares, rapporter les descriptions cliniques et le suivi à long terme des patients avec des troubles nouvellement identifiés est essentiel pour la prise en charge médicale, le conseil génétique, et une meilleure caractérisation et compréhension de la maladie. Cela souligne également la nécessité de révisions périodiques des données de séquençage d'exome disponibles.

Introduction En génétique médicale, certains patients présentent un tableau clinique complexe qui ne peut être expliqué qu’en considérant l’association de deux variants distincts. Les techniques de séquençage à haut débit (NGS), en analysant simultanément un grand nombre de gènes, ont considérablement amélioré la démarche diagnostique, permettant d’éviter une longue « odyssée diagnostique » et d’expliquer, en une seule analyse, des phénotypes atypiques. Notre objectif était de souligner l’importance du recours au NGS dans l’identification de diagnostics moléculaires multiples chez des patients présentant une association phénotypique. Patients et Méthodes Nous rapportons deux patients P1 et P2 adressés à notre consultation pour suspicion d’une maladie génétique. Un séquençage à haut débit par whole exome sequencing (WES) a été réalisé. Les variants ont été classés selon les critères de l’ACMG. Observations P1, âgé de 3 ans, présentait une avance staturo-pondérale, une dysmorphie faciale évocatrice d’un syndrome de Sotos, un retard du langage, des convulsions et des polyarthrites fébriles. P2, âgé de 8 ans, présentait un retard global du développement, un déficit intellectuel profond, des convulsions, une ichtyose modérée, des anomalies squelettiques et des traits dysmorphiques. Le WES a mis en évidence deux variants hétérozygotes probablement pathogènes : c.2522delinsTTT (p.P506Ffs5) dans NSD1 et c.2843T>A (p.L948) dans NLRP12, confirmant le syndrome de Sotos associé à une fièvre périodique héréditaire, chez P1, et deux variants homozygotes dans ALDH3A2 (c.551C>G, p.Thr184Arg) et NPR2 (c.266T>C, p.Leu89Pro) responsables du syndrome de Sjögren-Larsson associé à une dysplasie acromésomélique de type Maroteaux, chez P2. Dans les deux cas, la combinaison de ces variants expliquait le phénotype complexe et a permis d’instaurer une prise en charge adaptée. Conclusion Chez les patients présentant un tableau clinique atypique, le séquençage à haut débit s’impose comme un outil diagnostique incontournable. Il permet non seulement d’identifier des diagnostics moléculaires multiples, mais aussi d’éviter l’errance diagnostique et d’orienter rapidement la prise en charge médicale et le conseil génétique.

Introduction : Le syndrome de malformation cardiaque congénitale-dysplasie ectodermique-brachydactylie-télangiectasie (CHDED) OMIM#617364, est une maladie génétique autosomique dominante d’expressivité variable, pouvant être pourvoyeuse d’anomalies du neuro-développement, peu décrite dans la littérature (seul 8 cas rapportés dans 3 études) et uniquement en situation post-natale. Nous évoquons ici le cas d’un diagnostic prénatal sur le seul point d’appel échographique d’une microcéphalie d’allure isolée. Cas clinique: Le fœtus de sexe féminin, était issu de parents bien-portants et non-apparentés. Grossesse initialement marquée par une tentative infructueuse d’IVG médicamenteuse. Dépistage combiné de la trisomie 21 au 1er trimestre avec un risque inférieur à 1/10 000. Les sérologies maternelles au VHB, VHC, et à la toxoplasmose étaient négatives. La sérologie maternelle au cytomégalovirus (CMV) était positive (IgG et IgM augmentées). Une microcéphalie (PC et BIP < 1er percentile) fut échographiquement mise en évidence à 23SA+1j. Une amniocentèse avait ainsi été demandée, selon le souhait du couple, pour analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), exome en trio, et recherche de CMV. La PCR CMV était négative sur liquide amniotique, rendant peu probable l’hypothèse d’une infection cytémagalovirale fœtale. L’ACPA ne montrait pas d’anomalie. L’exome en trio mettait en évidence la variation probablement pathogène (classe 4 ACMG) de novo de PRKD1 NM_002742.3(PRKD1):c.2334C>G, p.(Ser778Arg), décrite in-silico comme pathogène, jamais décrite dans la littérature ou dans les bases de données de variations pathogènes, ni dans les bases des variations portées dans la population générale. Cette variation de PKRD1, fut considérée comme en lien avec le phénotype fœtal et les parents avaient demandé une interruption médicale de grossesse (effectuée à 29 SA + 5j) pour suspicion d’une maladie incurable d’une particulière gravité. A l’examen fœtopathologie, le fœtus présentait une importante autolyse. Etait exempt d’anomalies macroscopique particulières faciales ou des extrémités. Les radiographies squelettiques ne retrouvaient pas de trouble de maturation ou minéralisation osseuse, une fracture suspectée radiographiquement avait pu être infirmée lors de l’examen fœtopathologie. Une analyse histologique microscopique du système nerveux central était impossible du fait de l’autolyse. Les organes analysables en microscopie ne présentaient pas d’anomalie. Le placenta était hypoplasique. L’examen fœtopathologie concluait à une microcéphalie isolée sous réserve de remaniements autolytiques majeurs. Conclusion : Les variations pathogènes et probablement pathogènes du gène PRKD1 peuvent induire des microcéphalies fœtales d’allure isolée. La variation Ser778Arg de PKRD1 peut être considérée comme probablement pathogène dans cette pathologie. Le phénotype anténatal de ce syndrome reste à étoffer via d’autres observations échographiques et fœtopathologies.

Introduction Les translocations chromosomiques réciproques apparemment équilibrées (TRAE), sont observées chez environ 1 individu sur 500. Elles sont le plus souvent sans conséquence phénotypique. Toutefois, dans environ 6 % des cas, les TRAE de novo peuvent être associées à un phénotype anormal. Les manifestations cliniques observées pourraient résulter de différents mécanismes, tels que l’interruption d’un gène important au niveau d'un ou des deux points de cassure, un effet de position ou la présence d’un microremaniement déséquilibré. Objectif Nous rapportons l’étude clinique et cytogénétique de trois patients (P1, P2 et P3) porteurs de TRAE de novo, associées à un retard du développement syndromique chez P1 et P3 et un syndrome malformatif chez P2. Méthodes Les trois patients ont été examinés par un médecin généticien dysmorphologue. Un caryotype sanguin a été indiqué en première intention pour les trois patients et un complément d’étude par hybridation in situ fluorescente (FISH) a été réalisé chez P3. Résultats P1 nous a été adressée à l’âge de 4 ans pour retard psychomoteur et dysmorphie faciale. Un syndrome Tricho-Rhino-Phalangien a été suspecté. Le bilan radiologique a révélé un aspect en cônes des phalanges de tous les orteils. Le caryotype sanguin a montré une translocation réciproque de novo entre le bras court d’un chromosome 1 en 1p33 et le bras long d’un chromosome 8 en 8q24, impliquant très probablement le gène TRPS1 localisé en 8q23.3. P2, aux antécédents de retard de fermeture de la fontanelle antérieure, nous a été adressé à l’âge de 19 ans pour dysmorphie faciale, micromélie et hypoplasie des clavicules. Le diagnostic de dysplasie cléidocrânienne a été évoqué et le caryotype sanguin a montré une translocation réciproque de novo entre le bras court d’un chromosome 6 en 6p21 et le bras long d’un chromosome 14 en 14q31, impliquant très probablement le gène RUNX2 (6p21.1). P3, âgé de 2 ans, nous a été adressé pour retard psychomoteur, dysmorphie faciale, macrocrânie et avance staturo-pondérale. Le diagnostic de syndrome de Sotos a été évoqué. Le caryotype sanguin a montré une translocation réciproque entre le bras long d’un chromosome 5 en 5q35 et le bras long d’un chromosome 16 en 16q22. La FISH utilisant la sonde NSD1 a mis en évidence trois signaux : deux en place sur les chromosomes 5 et un transloqué sur le bras long du chromosome 16. Ainsi, le point de cassure en 5q35 aurait interrompu le gène NSD1 (5q35.3). Conclusion Les TRAE identifiées seraient associées à une interruption de gènes connus impliqués dans les syndromes suspectés, renforçant ainsi notre orientation diagnostique. Toutefois, un complément d’étude génétique est nécessaire pour confirmer cette hypothèse et préciser le mécanisme moléculaire en cause.

Le syndrome de persistance des canaux de Müller (PMDS) est un syndrome rare avec moins de 300 cas décrits à ce jour dans la littérature scientifique. Il s’agit d’une variation du développement génital causée par l’inactivation de l’AMH, se manifestant chez les garçons normalement virilisés par la présence de dérivés müllériens, trompes de Fallope, utérus et partie supérieure du vagin. Sur le plan génétique, les variations des gènes AMH et AMHR2 codant respectivement pour l’hormone anti-müllerienne (AMH) et son récepteur sont décrites dans ce syndrome selon un mécanisme de transmission autosomique récessif. Nous rapportons ici le cas d’un patient adulte atteint de PMDS découvert fortuitement à l’âge de 5 mois lors d’une prise en charge chirurgicale d’ectopie testiculaire bilatérale. La chirurgie réalisée a permis le maintien partiel des dérivés müllériens dans le but de conserver la vascularisation testiculaire. L’analyse moléculaire du gène AMHR2 a mis en évidence une délétion récurrente homozygote de 27pb dans l’exon 10, c.1332_1358del ; p.(Gly445_Leu453del), considérée comme pathogène. Cette variation est rapportée chez près d’un quart des patients mutés AMHR2 avec un effet fondateur décrit dans les populations d’Europe du Nord. Il s’agit de l’un des premiers patients atteints de PMDS décrits dans la littérature et pour lequel nous bénéficions aujourd’hui d’un suivi à long terme. Le suivi de ce patient reprend à l’âge adulte dans un contexte d’azoospermie avec une prise en charge en procréation médicalement assistée. La réalisation d’une biopsie testiculaire permet l’obtention de spermatozoïdes et la réalisation d’une fécondation in vitro qui aboutira à une grossesse évolutive. Au-delà du suivi du patient, l’étude familiale a permis la détection de cette variation à l’état homozygote chez les sœurs asymptomatiques du cas index. Par ailleurs les enjeux de conseil génétique particuliers sur l’île de la Réunion dans le contexte d’une variation présentant un effet fondateur ont conduit à rechercher cette délétion chez les conjoint(e)s du cas index et de ses sœurs. Ce travail nous permet de discuter de la prise en charge chirurgicale initiale avec maintien partiel des dérivés müllériens dans le but de conserver la vascularisation testiculaire grâce au suivi à long terme du patient et au regard des troubles de la fertilité associés au PMDS. Nous détaillons également les enjeux et modalités du suivi de l’ensemble de cette famille Réunionnaise dans le contexte particulier d’un syndrome rare de transmission autosomique récessive mais d’expression uniquement masculine au sein d’une population dont le mode de peuplement influe directement sur les caractéristiques des pathologies génétiques décelées.

Introduction : Le syndrome de Tatton-Brown-Rahman (TBRS) est lié à des variants constitutionnels généralement de novo de DNMT3A, gène codant une méthyltransférase de l’ADN. Les mécanismes pathogéniques diffèrent selon le type de variant et le domaine fonctionnel atteint : pertes de fonction (LoF) par haploinsuffisance, gain de fonction, ou effet dominant négatif en cas d’atteinte de la région catalytique. Nous rapportons l’observation 2 nouveaux individus porteurs d’un variant pathogène du gène DNMT3A, illustrant cette corrélation génotype-phénotype. Observation 1 : individu de sexe masculin, âgé de 37 ans, porteur du variant pathogène c.783_798dup (p.Ser267Alafs*2) localisé dans le domaine PWWP du gène DNMT3A. Le mécanisme pathogénique correspond à une haploinsuffisance. Tableau clinique : grande taille, habitus marfanoïde avec hyperlaxité, macrocéphalie, trouble du neurodéveloppement avec hypotonie néonatale, déficience intellectuelle légère et manifestation psychiatrique (trouble anxieux généralisé), et particularités morphologiques. Observation 2 : Individu de sexe masculin, âgé de 5 ans, porteur du variant c.2654G>A (p.Arg882His), situé dans le domaine Mtase du gène DNMT3A. Cette substitution conserve la capacité de dimérisation mais altère l’activité catalytique. Le mécanisme est de type dominant négatif. Tableau clinique : avance staturo-pondérale et macrocéphalie, hyperlaxité importante, retard psychomoteur et trouble du développement intellectuel sévères, épilepsie, cryptorchidie, hernie ombilicale et communication inter-atriale. Discussion : Ces deux observations illustrent l’importance du domaine impacté et du mécanisme moléculaire associé : • Le variants LoF dans le domaine PWWP (comme c.783_798dup) induit un décalage du cadre de lecture, générant une protéine tronquée ou absente, et conduit à un mécanisme d’haploinsuffisance. • Les variants dominants-négatifs du domaine MTase (comme p.Arg882His) perturbent fortement la méthylation par interaction avec la protéine sauvage, ciblant préférentiellement les régions régulatrices des gènes de différenciation hématopoïétique, expliquant leur rôle central dans la leucémogenèse, et probablement la présentation plus sévère. Conclusion : La comparaison entre ces deux patients souligne la dualité des mécanismes pathogéniques de DNMT3A. La localisation du variant dans un domaine fonctionnel spécifique détermine non seulement le mécanisme moléculaire (haploinsuffisance versus effet dominant négatif), mais aussi la balance entre phénotype syndromique de croissance excessive et risque de leucémie. Ces observations renforcent la nécessité d’un suivi différencié des patients selon le type de variant identifié. Lors de l’évaluation des variants, nous avons également cherché à corréler les phénotypes cliniques observés avec les caractéristiques moléculaires des variants identifiés.

Introduction : Le syndrome de Turner (ST) est une maladie chromosomique rare, touchant environ une naissance féminine vivante sur 2500. Il résulte d’une monosomie totale ou partielle du chromosome X et se caractérise par une grande variabilité phénotypique. Les anomalies chromosomiques responsables du ST comprennent la monosomie (45,X), les formes mosaïques (45,X/46,XX), les variants structuraux tels que l’isochromosome X, le chromosome en anneau ou les délétions partielles du chromosome X, ainsi que les mosaïques associées à ces variants. La formule classique 45,X représente environ 45 % des cas, tandis que les autres formes sont plus rares et souvent associées à des présentations cliniques atypiques. Dans notre observation, nous rapportons l’étude clinique et génétique d’une forme rarement décrite du syndrome de Turner en mosaïque impliquant l’isochromosome Xp. Matériel et méthodes : Il s’agit d’une patiente âgée de 12 ans et demi, adressée en consultation de génétique pour retard staturo-pondéral, déficience intellectuelle légère et dysmorphie faciale. L’examen clinique a objectivé un poids à –3 DS, une taille à –5 DS et un périmètre crânien à –1,4 DS. Elle présentait des fentes palpébrales orientées en bas et en dehors, un hypertélorisme, des sourcils arqués, un blépharoptosis, des cils longs, des narines antéversées, un philtrum court, un microrétrognathisme, ainsi qu’un cou court et large associé à un pterygium colli. Un pectus excavatum, des foetal pads et une hypertrichose ont également été retrouvés.Un caryotype en bande R sur lymphocytes sanguins périphériques et une analyse par hybridation in situ fluorescente (FISH) ont été réalisés. Résultats : Le caryotype a révélé une mosaïque composée de deux lignées cellulaires : 45,X et 46,Xi(X)(p), traduisant la présence d’un isochromosome Xp. Cette formule chromosomique, faite de cellules monosomiques X dans plus de 75 % et de cellules avec isoXp dans près d’un quart des métaphases, a été confirmée par FISH: 45,X[13]/ 46,Xi(X)(p10)[5].nuc ish(DXZ1x1,tel Xp x 1)[94]/(DXZ1x2,tel Xp x3)[6]. Conclusion : L’anomalie chromosomique présentée par notre patiente a été rarement décrite dans le ST. Notre observation contribue à la caractérisation phénotypique de cette anomalie chromosomique peu fréquente.

Introduction : La région Xq28 terminale comprend plusieurs gènes impliqués dans le neurodéveloppement. Des variations ponctuelles ou des délétions intragéniques affectant ces gènes peuvent être responsables de syndromes associés à une déficience intellectuelle liée à l’X. Parmi eux, le gène MECP2, impliqué dans le syndrome de Rett, est bien connu. La bande Xq28 inclut également une région récurrente encadrée par les duplications segmentaires int22h-1 et int22h-2, dont les délétions sont généralement létales in utero chez les fœtus de sexe masculin, mais asymptomatiques chez les femmes en raison d’un biais d’inactivation de l’X. En revanche, les délétions larges de la région terminale Xq28 sont très peu décrites dans la littérature. Patients et méthodes : Nous rapportons une délétion familiale de la région Xq28 terminale, de 3,12 mégabases, emportant 29 gènes morbides répertoriés dans la base de données OMIM, dont MECP2, L1CAM, ABCD1, GDI1 et RAB39B. Cette délétion a été initialement identifiée sur caryotype constitutionnel et caractérisée par analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) chez le cas index, dans le cadre d’un bilan d’insuffisance ovarienne prématurée (IOP). L’étude familiale a révélé que cette délétion avait été transmise par la mère, ménopausée à l’âge de 45 ans, et retrouvée également chez la sœur du cas index, qui présente une diminution de la réserve ovarienne. À notre connaissance, aucune des femmes concernées ne présente d’anomalie neurodéveloppementale. Discussion et conclusion : Certaines délétions de taille variable, situées entre les bandes Xq26 et Xq28, ont été rapportées dans la littérature comme associées à une IOP, permettant de définir une seconde région critique. La délétion ici décrite, bien qu’elle chevauche partiellement cette région, est de taille plus petite, avec un point de cassure proximal situé plus distalement. Elle est, par ailleurs, rarement décrite à ce jour. Cette observation familiale suggère l’existence potentielle d’autres gènes critiques pour l’IOP au sein de cet intervalle, et permet d’affiner la délimitation de la région critique précédemment définie. Toutefois, la description d’autres cas similaires est nécessaire pour confirmer cette hypothèse. Enfin, l’absence de phénotype neurodéveloppemental dans cette famille s’explique vraisemblablement par un biais d’inactivation de l’X chez les femmes porteuses.

Le syndrome FOXG1 est une encéphalopathie développementale sévère, caractérisée par un retard neurodéveloppemental précoce, une déficience intellectuelle constante, des troubles du comportement (anomalies des interactions sociales, troubles du sommeil, stéréotypies motrices), des mouvements anormaux (dyskinétiques et hyperkinétiques), une épilepsie et une microcéphalie post-natale. Les anomalies du corps calleux, fréquentes et parfois associées à des anomalies de la gyration, constituent un signe d’appel radiologique. Ce tableau est parfois désigné sous le terme de « syndrome de Rett congénital », en raison de la similitude clinique, bien qu’il s’en distingue par l’absence de régression marquée. La majorité des cas sont dus à des variants pathogènes intragéniques ou à des délétions entraînant une perte de fonction de FOXG1. Plus rarement, des réarrangements intergéniques touchant des régions régulatrices situées à distance mais dans un même domaine topologiquement associé (TAD) ont été décrits. Ces réarrangements perturbent des éléments régulateurs agissant en cis et entraînent un effet de position pathogène. Nous rapportons le cas d’une grossesse marquée par la découverte d’une agénésie isolée du corps calleux au deuxième trimestre (22+3 SA). Les antécédents parentaux étaient non contributifs et les IRM cérébrales parentales normales. Une amniocentèse suivie d’une analyse chromosomique par ACPA et d’un séquençage d’exome prénatal n’a révélé aucune anomalie. Les parents ont finalement opté pour une interruption médicale de grossesse à 30+6 SA. L’examen fœtopathologique a montré un excès de croissance, une microcéphalie relative, une hypertrophie placentaire, une avance d’âge osseux et une dysmorphie faciale (dolichocéphalie, étroitesse bi-temporale, hypertélorisme, racine nasale proéminente et nez bulbeux). L’examen cérébral confirmait l’agénésie du corps calleux, avec présence de bandelettes de Probst. Le séquençage du génome en trio a révélé une translocation équilibrée de novo entre les chromosomes 13 et 14 : t(13;14)(q13.3;q12)dn. Le point de cassure du chromosome 14 est situé entre FOXG1 et sa région régulatrice distale, suggérant une séparation fonctionnelle entre le gène et ses éléments régulateurs. Ce mécanisme correspond à un effet de position à longue distance entraînant probablement une haplo-insuffisance de FOXG1. Ce cas illustre l’intérêt du séquençage du génome entier en diagnostic prénatal. Contrairement à l’exome, qui ne permet pas d’identifier des anomalies équilibrées de type translocation, le génome met en évidence des variants structurels cryptiques et éclaire des mécanismes pathogènes complexes. Actuellement, l’exome est le test prénatal le plus largement utilisé en France. Toutefois, la présente observation plaide en faveur de l’intégration progressive du séquençage de génome entier dans le diagnostic prénatal, en particulier dans les agénésies du corps calleux.

ETUDE CYTOGENETIQUE CHEZ 622 HOMMES INFERTILES AVEC ANOMALIES DU SPERMOGRAMME Rabeh N, Bellil H, Ben Yahia S, Ouedrani F, Smati O,Trabelsi S, Yahyaoui L, Maazoul F, Mrad R, Kraoua L, Trabelsi M. Service de Génétique, Hôpital Charles Nicolle, Tunis, Tunisie Introduction : L'infertilité touche environ 15 % des couples en âge de procréer. Dans 50% des cas, les causes sont d'origine masculine et sont associées à une altération de la spermatogenèse. Des causes cytogénétiques sont identifiées chez 15% des hommes infertiles. Matériels et méthodes : Nous rapportons les résultats de l’étude cytogénétique réalisée chez 622 hommes infertiles présentant une anomalie du spermogramme colligés au Service de Génétique de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis, pendant une période de 11 ans allant de janvier 2011 à février 2023. Un caryotype standard sur sang périphérique a été réalisé pour tous les patients. Résultats : Le nombre de patients infertiles avec anomalies du spermogramme colligés était de 622. Le caryotype sanguin a montré la présence d’une anomalie chromosomique chez 81 patients (13%) dont 69/81 avaient une azoospermie, 9/81 avaient une oligoasthénotératospemrie, 2/81 avaient une cryptozoospermie et un patient avait une dégradation du sperme. L’âge moyen à la première consultation en génétique était de 38 ans. Les anomalies chromosomiques identifiées étaient à type de syndrome de Klinefelter (47,XXY) chez 56/81 patients (homogène chez 50/56 patients et en mosaïque chez 6/56 patients), une formule associant une population 45,X et une population comportant un chromosome Y normal ou remanié chez 4/81 patients , une formule XYY chez 3/81 patients et une délétion Yq chez 3/81 patients, un chromosome marqueur surnuméraire chez 1/81 patient, un remaniement de structure équilibré chez 12/81 patients (4 translocations robertsoniennes, 5 translocations réciproques et 3 inversions) et une formule 46,XX chez 2/81 patients avec phénotype masculin et dysgénésie gonadique. Conclusion : Le taux élevé d'anomalies chromosomiques identifiées chez les hommes infertiles de notre étude (13%) souligne l’importance de réaliser un caryotype en cas d’anomalie du spermogramme afin de rechercher une cause chromosomique et d’orienter la prise en charge. Mots-clés : Infertilité masculine, Spermogramme, Caryotype sanguin, anomalie chromosomique, Klinefelter.

Les différences/troubles du développement sexuel (DSD) sont des anomalies congénitales caractérisées par un développement atypique du sexe chromosomique, gonadique et/ou anatomique. Le diagnostic des DSD reste particulièrement difficile en Afrique subsaharienne en raison d’un plateaux technique limité et du manque d’outils de diagnostic avancés, malgré une incidence croissante. Afin de mieux comprendre les bases génétiques des DSD au Sénégal, nous avons mené des analyses cytogénétiques et moléculaires complémentaires. Matériels et méthodes : Les lymphocytes du sang périphérique de 35 patients (âge moyen : 3,3 ans, de 0 à 18 ans) ont été analysés à l'aide de techniques cytogénétiques conventionnelles, de coloration des télomères et des centromères, de FISH multiplex et de sondes spécifiques du gène SRY, avec 150 donneurs sains comme témoins. En parallèle, un séquençage ciblé de nouvelle génération (NGS) a été réalisé sur 13 patients atteints de DSD. L'interprétation des variants et leurs effets fonctionnels sur les protéines ont été effectués à l'aide du pipeline bio-informatique MobiDL. Résultats : L'analyse cytogénétique a révélé des caryotypes principalement normaux. 46,XY (n = 19) et 46,XX (n = 13), ainsi que deux cas de syndrome de Turner en mosaïque : 46,XX[12]/45,X[5] et 45,X[28]/46,XY[20] et un cas de syndrome de Klinefelter en mosaïque : nuc ish(DXZ1x2,SRYx1)[85/200]. Des aberrations chromosomiques structurelles ont été détectées chez 22 % (8/35) des patients. Les études sur les télomères ont montré des télomères significativement plus courts chez les patients atteints de DSD (6,99 kb [4,33-9,85 kb]) par rapport aux témoins (10,5 kb [5,2-13,9 kb]), associés à une augmentation des anomalies télomériques (pertes, doublets). L'analyse moléculaire a été réalisée chez 13 patients (P.1 à P.13). Un diagnostic moléculaire définitif a été établi chez 8 des 13 patients (61 %). Des variants pathogènes ont été identifiés dans sept gènes : AR, NR5A1, HSD3B2, DHX37, AKR1C2, UBR1 et CYP21A2. Des variants du gène AR : c.1789G>A ; p.(Ala597Thr) et c.2191G>A ; p.(Val731Met) ont été identifiés chez le patient P.4. Une délétion avec décalage du cadre de lecture du gène NR5A1 : c.398del ; p.(Pro133LeufsTer163) a été observée chez P.6, et une variante HSD3B2 : c.464C>T ; p.(Pro155Leu) chez P.8. Les variations du nombre de copies comprenaient des réarrangements au niveau du gène AKR1C2 (P.1 et P.12), UBR1 (P.7 et P.11) et une grande délétion du gène CYP21A2 chez P.3. Conclusions : Cette étude met en évidence le dysfonctionnement des télomères comme une nouvelle caractéristique des DSD et démontre l'intérêt d'intégrer les approches cytogénétiques et moléculaires. Dans la plupart des cas, l'établissement d'un diagnostic génétique ou cytogénétique améliore la prise en charge clinique et souligne l'importance des tests avancés pour les enfants atteints de DSD en Afrique subsaharienne.

INTRODUCTION: Les môles hydatiformes (MH) représentent une entité rare de maladie trophoblastique gestationnelle caractérisée par une néoplasie trophoblastique entraînant un développement embryonnaire défectueux et un avortement spontané en raison d’une surexpression du génome paternel. Les MH récurrentes (MHR) sont rapportées dans 1 à 4% des cas, et sont associées à des variants délétères au niveau de l’un des sept gènes à effet maternel décrits à ce jour. Le gène NLRP7, jouant un rôle crucial dans l’empreinte génomique et la régulation du développement et de la différenciation placentaires, est impliqué chez 55% des patientes présentant au moins 2 MH, avec une grande hétérogénéité allélique (plus de 200 variants rapportés). Nous rapportons un nouveau variant identifié par séquençage de l’exome (SE) au niveau du gène NLRP7 associé à des MHR . METHODES: Nous rapportons l’observation d’un couple exploré pour infertilité avec des antécédents de MHR. L’étude moléculaire a été réalisée sur l’ADN lymphocytaire des deux partenaires par SE utilisant la technologie short-read (Illumina), avec la recherche concomitante de variations de nombre de copie (CNV). RESULTATS: Il s’agit d’un couple non apparenté (37 ans et 40 ans) suivi pour infertilité secondaire. L’enquête génétique était négative. La patiente, G3P0A3, a eu trois grossesses môlaires consécutives. La première grossesse, diagnostiquée comme MH partielle, a été prise en charge par aspiration et par traitement par méthotrexate, avec évolution favorable. La deuxième et la troisième grossesses ont été diagnostiquées comme MH complètes ayant nécessité un traitement par chimiothérapie (méthotrexate, actinomycine). La patiente a finalement eu une tentative de fécondation in-vitro qui a échoué avec arrêt embryonnaire précoce au stade J3. Le caryotype du couple était sans anomalie. Le SE n’a pas identifié de variant pathogène chez l’époux. Chez la patiente, un nouveau variant a été mis en évidence à l’état homozygote au niveau du gène NLRP7 (NM_001127255.1): c.818G>A (p.Trp273Ter). Ce variant non rapporté dans ClinVar, a été classé comme probablement pathogène selon les critères de l’ACMG (PM2, PVS1). Il entraînerait une perte de fonction par nonsense-mediated decay, pouvant expliquer le phénotype des produits de conception observés. CONCLUSION: Cette observation illustre le rôle central du gène NLRP7 dans la régulation de la différenciation trophoblastique, la décidualisation et l’implantation embryonnaire. L’identification moléculaire par SE a permis de prodiguer un conseil génétique adapté et d’orienter la prise en charge reproductive notamment devant le risque de choriocarcinome associé aux MHR.

Le gène RARA (Récepteur de l’Acide Rétinoïque α) est impliqué dans la voie de signalisation de l’acide rétinoïque, essentielle à la morphogenèse embryonnaire des vertébrés (Mark et al. 2009). Une patiente porteuse du variant survenu de novo c.826C>T, p.(Arg276Trp) (NM_000964) et présentant un syndrome polymalformatif avait été décrite (Jakubiuk-Tomaszuk et al. 2019). Nous décrivons ici 4 nouveaux patients français présentant un tableau clinique similaire et porteurs du variant récurrent p.(Arg276Trp) du gène RARA. Les cinq patients présentaient des anomalies cardiaques, incluant deux communications interauriculaires, deux valvulopathies mitrales et deux anomalies du tronc veineux pulmonaire. Quatre patients avaient des malformations rénales, et une patiente présentait une agénésie utérine. Trois patients présentaient un métatarsus varus bilatéral. L’imagerie cérébrale, réalisée chez tous, montrait un élargissement ventriculaire chez trois patients. Deux patientes avaient des malformations vertébrales et une présentait une hypercyphose thoracique. Tous les patients avaient des difficultés alimentaires, dont trois nécessitant une sonde nasogastrique ou une gastrostomie ; une patiente présentait une laryngomalacie sévère. Deux patients avaient une atteinte mésentérique. Parmi les traits morphologiques, un philtrum long était observé chez trois patients et une microstomie chez deux. Quatre patients présentaient des anomalies ophtalmologiques, dont deux colobomes bilatéraux. Quatre patients présentaient une hypotonie axiale. Le développement psychomoteur a pu être décrit pour quatre d’entre eux, une patiente étant décédée à l’âge de cinq mois. Les enfants ont marché entre 18 et 27 mois et prononcé leurs premiers mots vers l’âge d’un an. Les deux patientes les plus âgées ont rattrapé leur retard psychomoteur initial. Ces observations confirment que le variant de novo récurrent p.(Arg276Trp) dans RARA est responsable d’un syndrome polymalformatif distinct, touchant plusieurs systèmes (cardiaque, génito urinaire, squelettique, ophtalmologique et cérébral). L’atteinte colobomateuse n’est pas systématique, et le développement psychomoteur, bien qu’initialement retardé, peut s’améliorer significativement avec l’âge. Ces nouvelles données élargissent le spectre phénotypique associé à RARA et permettront d’orienter un suivi ciblé pour la détection complète des manifestations de ce syndrome.

Introduction : Les SVs (structural variations) constituent une classe d’événements génétiques mutationnels dont la compréhension des mécanismes complexes d’apparition constitue un intérêt à la fois scientifique et diagnostique majeur. L’essor du séquençage en génome entier permet aujourd’hui la détection d’un grand nombre de ces événements structurels avec une précision permettant de mieux comprendre leur survenue. Méthode : Deux cas de double délétion à l’état de mosaïque ont été identifiés en séquençage de génome entier en technique Illumina et colligés dans le cadre du groupe de travail bioinformatique du laboratoire SeqOIA. Un séquençage long fragment a été réalisé pour phaser les allèles mutés. Résultats : Un séquençage de génome entier en trio a identifié deux délétions de 3kb et 4kb emportant chacune un fragment de l’exon 2 de ZBTB18 et présentes dans deux lignées cellulaires mosaïques distinctes chez une enfant atteinte d’un trouble du neurodéveloppement sévère. Un séquençage de génome entier en quatuor a identifié une délétion de 5kb emportant les exons 13-14 et une délétion de 3kb emportant l’exon 15 de SMARCA2 à l’état de mosaïque chez une femme, mère de deux enfants ayant hérité chacun d’un seul de ces deux événements, à l’état hétérozygote. Dans les deux cas, les délétions ont pu être identifiées comme apparues sur le même allèle, de part et d’autre d’un point de cassure commun d’une dizaine de paire de bases. Conclusion : Cette découverte et celle de quelques cas évocateurs au sein du groupe de travail et dans la littérature pose la question d’un mécanisme mutationnel non décrit à ce jour et commun à ces événements distincts, évoquant une cassure double-brin résolue dans chaque sens par microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR) lors de la phase S (réplication) d’une cellule à un stade embryonnaire très précoce. L’identification d’un tel mécanisme présente un intérêt scientifique mais aussi diagnostique du fait du risque spécifique de transmission d’une même maladie par deux remaniements distincts au sein d’une même famille.

La tétrasomie 9p partielle ou totale est une anomalie chromosomique rare caractérisée par la présente de 4 copies d’une partie ou de la totalité du bras court du chromosome 9. Le diagnostic cytogénétique peut être fait en pré-ou post-natal. Plusieurs malformations peuvent être associées à cette anomalie selon la taille de la région 9p impliquée et la présence ou pas d’anomalies chromosomiques associées. Nous rapportons le cas d’une grossesse de 24SA et 3jours, au cours de laquelle un caryotype sur liquide amniotique (LA) a été demandé dans le cadre de l’exploration d’un tableau polymalformatif : une dysmorphie faciale (rétrognathisme, protrusion de la lèvre supérieure, oreilles bas implantées), un fémur court, pyélectasie droite. Une mosaïque chromosomique prénatale a été mise en évidence avec un marqueur chromosomique caractérisée par FISH (hybridation in-situ fluorescente) montrant du matériel chromosomique issu du chromosome 9. La présence d’une tétrasomie 9p homogène sur lymphocytes sanguins a été confirmée en post-natal. La térasomie 9p est une anomalie de structure secondaire dans la majorité des cas à une non- disjonction au cours de la méiose II maternelle. Elle peut être secondaire à une non-disjonction mitotique. Des mécanismes de recombinaison, duplication avec délétion 9q ont également été mis en cause. Le diagnostic est généralement fait en période prénatale devant un tableau polymalformatifs associant: un retard de croissance intra-utérin (57%), anomalies du système nerveux central (59%), anomalies squelettiques (29%), anomalies urogénitales (29%) et cardiaques (29%),… La tétrasomie 9p homogène sur lymphocytes sanguins s’explique chez notre cas index par la meilleure tolérance de cette anomalie de structure par les lymphocytes sanguins par rapport aux fibroblastes, aux amniocytes et aux villosités choriales. La sévérité de phénotype est variable selon le taux de mosaïque, les tissus atteints et la taille de la région impliquée. Une caractérisation par CGH array est indiquée chez notre patient pour une meilleure corrélation génotype-phénotype.

La synostose radio-ulnaire avec thrombopénie amégacaryocytaire (RUSAT) de type 2, causée par des mutations du gène MECOM (MDS1 and EVI1 complex locus), est un syndrome d’insuffisance médullaire héréditaire rare (IBMFS) associé à des anomalies squelettiques. Elle se caractérise par une présentation variable incluant une thrombopénie congénitale évoluant vers une pancytopénie, une synostose radio-ulnaire proximale bilatérale et d’autres anomalies osseuses. Le diagnostic clinique est souvent difficile en raison de la grande hétérogénéité phénotypique et du caractère encore limité des connaissances sur ce syndrome. Nous rapportons le cas d’une fillette de 9 ans, originaire de Guyane et de descendance chinoise, présentant une synostose radio-ulnaire proximale, une communication interauriculaire (CIA, opérée), une communication interventriculaire (CIV découverte secondairement), un retard du langage et une surdité. Le séquençage de l’exome entier en trio, associé à l’analyse des CNV, a révélé une variation hétérozygote de novo, perte de fonction, classée 4, située dans l’exon 8 du gène MECOM. À ce jour, la patiente ne présente aucun signe d’atteinte hématologique. Le spectre phénotypique associé aux mutations de MECOM reste incomplètement défini. Certaines variations sont associées à une hypertension artérielle pulmonaire, même en l’absence de malformations cardiaques, ce qui en fait un point de surveillance important. La présence d’une CIV, même minime, pourrait en outre aggraver l’évolution d’une telle complication, du fait du shunt gauche-droite. Ce cas contribue à élargir le spectre génotypique et phénotypique associé aux mutations de MECOM, et souligne l’importance d’une surveillance multidisciplinaire, incluant le suivi hématologique et cardiologique.

Contexte : Le dysfonctionnement des télomères, résultant de leur raccourcissement ou de mutations germinales affectant les gènes télomériques, joue un rôle majeur non seulement dans l’initiation des maladies, mais également dans leur progression et leur agressivité. Dans cette étude, nous avons évalué le dysfonctionnement télomérique dans les lymphocytes circulants « non tumoraux » par comparaison avec les cellules tumorales de patients atteints de pathologies hématologiques, afin de proposer un biomarqueur précoce des formes agressives. Matériels et méthodes : Des cohortes rétrospectives de patients atteints de pathologies hématologiques avant traitement ont été analysées : 200 lymphomes de Hodgkin, 150 lymphomes non hodgkiniens, 10 leucémies aiguës lymphoblastiques et 20 leucémies myéloïdes chroniques. Le dysfonctionnement des télomères (longueur et aberrations) a été évalué à l’aide d’une technique de cytogénétique haut débit (Next Generation Cytogenetics, NGC), permettant de distinguer les lymphocytes tumoraux des lymphocytes « sains ». Les résultats ont été comparés à ceux d’un groupe témoin constitué de 200 donneurs sains. Le suivi moyen des patients était supérieur à 12 ans. Résultats : L’analyse des lymphocytes circulants des patients a révélé un dysfonctionnement télomérique significativement différent de celui observé chez les témoins sains. Ce dysfonctionnement se caractérise principalement par un raccourcissement des télomères, mais certains patients présentaient également des télomères anormalement longs. La présence d’aberrations télomériques dans les lymphocytes non tumoraux (telles que la perte d’un télomère ou la formation de doublets) était corrélée à des formes agressives et à une réduction de la survie. À l’inverse, les patients dont le taux d’aberrations télomériques était comparable à celui des témoins présentaient une survie significativement prolongée. Conclusion : Ces résultats mettent en évidence, pour la première fois, l’importance des variations de la longueur et des aberrations des télomères comme biomarqueurs précoces des formes agressives de pathologies hématologiques. Ces paramètres pourraient constituer des outils précieux pour le suivi des patients et la prédiction de l’évolution de la maladie.

Les réarrangements de grande taille des gènes BRCA1 et BRCA2 sont des altérations connues, impliquées dans les prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire. Les délétions totales de ces gènes sont plus rares. Leur identification en récurrence dans différentes familles d’origine polynésienne suggère un effet fondateur. Pour le confirmer, nous proposons de caractériser ces variants de structure (SV) par séquençage en longue lecture, en déterminant les points de cassure et les haplotypes correspondant aux allèles délétés. Les SV de BRCA1 et BRCA2 ont été détectés initialement sur de l’ADN lymphocytaire chez des cas index par panel Next Generation Sequencing (NGS) ou chez des apparentés par Multiplex Ligand Probe Amplification (MLPA), adressés par la consultation d’oncogénétique de Polynésie française au service de génétique des tumeurs de l’institut Gustave Roussy. La caractérisation des SV a été réalisée par séquençage longue lecture sur PromethION P48 (Oxford Nanopore Technologies) avec enrichissement ciblé sur les régions contenant les gènes d’intérêt. La délétion de BRCA2 a été retrouvée chez 23 individus appartenant à 3 familles distinctes, dont 11 femmes atteintes de cancers du sein (moyenne d’âge au diagnostic : 40 ans), un cancer du sein chez un homme à 85 ans, un cancer de l’ovaire à 76 ans, et 10 porteurs sains ou hors phénotype. La très grande famille F1 comportait 19 porteurs du SV ainsi que 16 individus atteints non testés (10 cancers du sein, 5 cancers de la prostate, un cancer de l’ovaire). Les familles F2 et F3 comptaient chacune deux porteurs, F2 comprenant en plus deux cancers du sein non explorés. La caractérisation de ce SV chez un des porteurs a montré une délétion de 201 kb en 13q13.1 (Hg38 ; 13:32286601-32487603) n’emportant comme gène morbide que BRCA2. Cette altération n’est pas rapportée dans la base de Copy Number Variation (CNV) pathogènes Decipher et n’a pas d’association syndromique connue. L’altération de BRCA1 a été mise en évidence chez 11 patients : 3 cancers du sein, 3 cancers de l’ovaire, 1 association sein/ovaire, et 4 individus sains, répartis dans 5 familles. La famille F4 comptait en plus 5 cancers du sein et 2 cancers de l’ovaire, et les familles F5, F6 et F8 un cancer de l’ovaire chacune, tous non explorés. La confirmation des points de cassure et la recherche du haplotype associé au SV de BRCA2 chez les autres porteurs, ainsi que la caractérisation du SV de BRCA1, sont en cours. Ces résultats préliminaires soulignent d’une part le rôle complémentaire du séquençage à lecture longue dans l’exploration des altérations génétiques constitutionnelles en oncologie, et son apport pour l’épidémiologie moléculaire. D’autre part, ils mettent en évidence l’importance de la collaboration avec des centres en lien avec des populations au génotype peu étudié, pour la détermination des risques spécifiques et l’adaptation des prises en charge.

Les adénocarcinomes pancréatiques surviennent dans un contexte de prédisposition génétique suspectée ou avérée dans 5 à 10 % des cas. Le NCCN (National Comprehensive Cancer Network) et l'ASCO (American Society of Clinical Oncology) recommandent actuellement l’analyse systématique d’un panel de gènes au niveau constitutionnel pour tout patient atteint d’un adénocarcinome du pancréas. Cette analyse était auparavant réservée aux patients présentant des critères personnels et/ou familiaux suggérant une prédisposition héréditaire. Nous présentons les résultats de cette approche « sélective » appliquée à l’Institut Curie de janvier 2018 à juin 2023. L’analyse constitutionnelle d'un panel de 13 gènes « cliniquement exploitables » (APC, ATM, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, RAD51C, RAD51D et STK11) a été réalisée chez 496 patients atteints d'un adénocarcinome pancréatique et chez lesquels une prédisposition génétique pouvait être suspectée sur la base de la validation de critères cliniques et familiaux prédéfinis. Un variant pathogène (VP) ou probablement pathogène (VPP) constitutionnel de l'un de ces gènes a été identifié chez 49 patients, soit 9,9 % de la population étudiée. Les gènes ATM et BRCA2 étaient les deux gènes les plus fréquemment impliqués (18 et 16 cas respectivement) et la prévalence des VP et VPP de ces gènes était significativement plus élevée que dans la population contrôle gnomAD. La contribution globale des gènes du système de réparation de l'ADN par recombinaison homologue était de 83,7 %, tandis que celle du système de réparation des mésappariements était de 10,2 %. Une approche exploratoire consistant à dévoiler les résultats de l'analyse NGS (Next Generation Sequencing) de 123 gènes « de recherche » impliqués dans la carcinogenèse a été appliquée aux 447 patients chez lesquels aucun VP/VPP n’avait été retrouvé dans notre panel diagnostique. Cette approche n'a pas permis d'identifier d'autres gènes de susceptibilité aux adénocarcinomes pancréatiques. Ainsi, nos résultats confirment l’importance de proposer une analyse génétique en panel chez les patients atteints d’adénocarcinome pancréatique ayant des critères personnels ou familiaux évocateurs d’une prédisposition héréditaire. Cela permet d’identifier de manière pertinente les principales prédispositions héréditaires et d’orienter la prise en charge thérapeutique et familiale. La question de l’élargissement à l’ensemble des patients atteints d’adénocarcinome pancréatique reste posée.

Forkhead box P1 (FoxP1) est un facteur de transcription agissant comme activateur et répresseur de nombreux gènes impliqués dans le développement, la différenciation et la pluripotence cellulaire (notamment OCT4, NANOG). Il fonctionne seul ou en hétérodimère avec FoxP2 et FoxP4. FoxP1 participe au développement des poumons, du cœur, du thymus et du système immunitaire. Il contrôle l’expression cérébrale de CNTNAP2, essentielle à la connectivité neuronale. Des mutations germinales de novo de FoxP1 causent un syndrome neurodéveloppemental caractérisé par une déficience intellectuelle, des troubles du langage, du spectre autistique, du comportement et une instabilité émotionnelle souvent associés à une dysmorphie (OMIM : 613670). FoxP1 est exprimé de façon prédominante dans les lymphomes diffus à grandes cellules B (LDGCB), de sous type ABC, à haut potentiel agressif, avec mutations somatiques gain de fonction. Il maintient et amplifie l’activation de la voie NFKB, favorise la prolifération, l’inhibition de l’apoptose et l’instabilité génique. Dans notre série de 27 cas de syndrome FoxP1 à début précoce (24 variants germinaux pathogènes faux sens ou non-sens, 3 délétions de grande taille), 4 présentaient un variant de novo faux sens récurrent c.1541G>A (p. Arg541His). Parmi eux, une patiente de 26 ans, sous tutelle, a présenté un lymphome LDGCB stade IV (atteinte ganglionnaire, pulmonaire et SNC) avec altération de l’état général (PS=3), perte de poids, détresse respiratoire nécessitant la ventilation mécanique et fébricule. Les sérologies montraient une immunité EBV et CMV ancienne, VIH négatif. Un traitement de sauvetage par chimiothérapie a permis une évolution favorable avec retour à l’état clinique antérieur, extubation rapide et régression des images pulmonaires et des adénopathies. Après 6 cures de Rituximab-CHOP et Méthotrexate (y compris intrathécale), la patiente est en rémission complète à plus d’un an de suivi. L’analyse du LDGCB montrait qu’il était non GC (de type ABC), sans surexpression de Myc/Bcl2 ni EBV avec un caryotype complexe sans anomalies spécifiques ni réarrangement de MYC mais des mutations somatiques CARD11 D230N, MYD88 S219C, NOTCH1 Q2416, activatrices de la voie NFKB. Dans ce premier cas de LDGCB dans un syndrome FOXP1, la coexistence de mutations somatiques favorisant l’apparition de lymphomes B avec une mutation germinale de FoxP1 suggère un rôle de cette dernière dans la présentation atypique pulmonaire et agressive du lymphome avec instabilité génétique. Cette observation soulève la question du risque accru de LDGCB chez les porteurs de variants germinaux de Foxp1 et des modalités de surveillance à adopter. Une analyse moléculaire systématique des LDGCB agressifs ou avec atteinte pulmonaire permettrait d’identifier les variants germinaux hypomorphes FoxP1 avec formes syndromiques atténuées et d’adapter au mieux le suivi et le traitement de ces patients.

Contexte : En France, environ 20% des cancers du sein sont diagnostiqués avant l’âge de 50 ans, les diagnostics avant l’âge de 30 ans sont rares. Néanmoins, l’incidence des cancers du sein augmente dans toutes les tranches d’âge y compris pour les femmes de moins de 40 ans. Les facteurs influençant l’augmentation d’incidence d’une façon générale et plus particulièrement pour les femmes jeunes ne sont pas déterminés à l’heure actuelle. Des projets de recherche multidimensionnels ciblant les femmes jeunes (moins de 30 ans) sont mis en place à l’Institut Curie afin d’identifier de nouveaux facteurs génétiques héréditaires, de nouveaux facteurs de risque, et de caractériser des spécificités tumorales et/ou du microenvironnement tumoral. Ces projets sont développés notamment dans le cadre de l’IHU (Institut des cancers des femmes). Méthodes : Dans ce contexte, nous présentons une large série (N=592) de patientes atteintes d’un cancer du sein avant l’âge de 31 ans prises en charge à l’Institut Curie et ayant bénéficié d’une analyse génétique constitutionnelle entre 1996 et 2024. Objectifs : Cette cohorte ambispective unicentrique de 592 femmes jeunes au moment du diagnostic a pour objectifs d’estimer la prévalence de prédisposition génétique constitutionnelle dans cette tranche d’âge, de préciser les caractéristiques clinico-biologiques et les modalités de prise en charge et le pronostic. Ces éléments seront comparés en fonction de la présence ou pas d’une prédisposition génétique identifiée et de son type. Résultats : Le taux d’identification d’une prédisposition génétique constitutionnelle est de 26% (152/592) dans notre étude. Ce taux se situe entre 5 et 10% sur l’ensemble des cas index. Les altérations génétiques les plus fréquemment mises en évidence dans cette tranche d’âge concernent le gène BRCA1 dans 52% des cas (79/152) puis BRCA2 dans 33.5% (51/152), les altérations du gène TP53 ont été retrouvées chez 10% des cas. D’autres altérations ont été identifiées sur les gènes PTEN, CDH1 et PALB2 de façon beaucoup plus exceptionnelle. Nous présenterons les caractéristiques clinico-biologiques, les facteurs de risque et le suivi des femmes porteuses d’une prédisposition génétique constitutionnelle comparées à ceux des femmes chez qui aucune altération génétique n’a été identifiée. Conclusion : Dans un contexte d’augmentation de l’incidence des cancers du sujet jeune, ces résultats contribuent à faire un bilan et à mieux caractériser les cancers du sein dans cette tranche d’âge. Le taux élevé et attendu de prédispositions génétiques constitutionnelles permet dans un quart des cas d’expliquer la survenue précoce de pathologie tumorale. Dans cette classe d’âge, on note un enrichissement attendu d’altérations du gène TP53. Pour explorer d’autres pistes de prédisposition héréditaire méconnues, nous avons pu proposer des analyses en génome entier à 50 patientes de notre cohorte dans le cadre de PFMG2025.

Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est un syndrome rare qui prédispose aux cancers pédiatriques. Il est dû à des variants pathogènes constitutionnels bi-alléliques dans les gènes du système de réparation des mésappariements (MMR) tels que MLH1, MSH2, MSH6 ou PMS2. Les patients atteints présentent un risque élevé de développer des hémopathies, des tumeurs cérébrales ainsi que des tumeurs du spectre de Lynch et ce, dès un très jeune âge. Nous faisons ici le bilan des tests fonctionnels complémentaires réalisés dans le cadre de la routine dans notre laboratoire pour le diagnostic du CMMRD pris en charge par les cliniciens du Groupe Génétique et Cancer. En effet, depuis mars 2021, notre laboratoire est le seul en France à proposer en routine des tests fonctionnels spécifiques pour le diagnostic du CMMRD, permettant ainsi un dépistage unique et essentiel. Le premier test implémenté est le gMSI (germinal MSI), décrit par Ingham et al. (2013), qui évalue l’instabilité des microsatellites sur l’ADN constitutionnel à l’aide de trois marqueurs dinucléotidiques (D17S250, D17S791, D2S123). Sur 89 tests réalisés, 6 % étaient en faveur d’un CMMRD, 45 % permettaient d’exclure ce diagnostic (sauf en cas d’atteinte de MSH6), mais 49 % étaient non contributifs. Il est essentiel de noter que ce caractère non contributif ne traduit pas une défaillance technique liée à la qualité de l’ADN, mais reflète les limites intrinsèques du test. En effet, ce dernier n’est pas adapté à la détection d’anomalies du gène MSH6, et les marqueurs hétérozygotes avec un écart allélique <6 pb ne sont pas interprétables. Le second test mis en place est le test fonctionnel cellulaire ex-vivo sur lignées lymphoblastoïdes de patients, selon le protocole de Bodo et al. (2015). Il associe deux volets : un test de tolérance à la méthylation, évaluant la réponse cellulaire à un agent méthylant et un test evMSI (ex-vivo MSI), qui mesure l’instabilité microsatellitaire sur l’ADN des lignées lymphoblastoïdes (après au moins 120j de culture post-immortalisation par EBV), comparée à l’ADN germinal du patient, via trois marqueurs mononucléotidiques (NR21, NR27, BAT26).Parmi les 50 tests ex-vivo réalisés, 100 % se sont révélés contributifs : 24 % ont confirmé un CMMRD, tandis que 76 % l’ont exclu. Notre expérience confirme l’intérêt de coupler ces deux approches complémentaires (gMSI et tests fonctionnels ex-vivo) pour un diagnostic fiable du syndrome CMMRD. Cette analyse est indispensable dans les cas où les critères cliniques et/ou phénotypiques sont évocateurs d’un CMMRD sans que le génotype n’ait pu être démontré du fait de la présence de variants de signification incertaine ou de difficultés techniques (exemple : pseudogène, variants complexes). Cette stratégie diagnostique est essentielle pour confirmer ou écarter un syndrome CMMRD, garantissant ainsi une prise en charge adaptée et précoce des patients.

Introduction ERCC2 a un rôle dans le maintien de l’intégrité génomique en intervenant dans la réparation de l’ADN par la voie Nucleotide Excision Repair (NER). Les altérations constitutionnelles bialléliques d’ERCC2 sont responsables de syndromes rares, notamment le Xeroderma pigmentosum (XP) groupe D, associé à un surrisque marqué de cancers cutanés. Néanmoins, l’implication des altérations monoalléliques en prédisposition aux cancers n’est pas documentée. En somatique, environ 5 % des tumeurs sont mutées ERCC2, notamment les tumeurs de la vessie, avec signatures moléculaires spécifiques. L’objectif de ce travail est d’évaluer le rôle d’ERCC2 dans la prédisposition au cancer. Méthodes Nous avons réalisé une analyse rétrospective d’ERCC2 chez tous les patients ayant bénéficié entre 2018 et 2025, à l’Institut Curie, d’une analyse constitutionnelle par séquençage haut débit d’un panel de gènes dans le cadre d’une suspicion de prédisposition aux cancers du sein, de l’ovaire, de la prostate, digestifs, du pancréas et au mélanome uvéal. Les variants retenus étaient les variants constitutionnels pathogènes/probablement pathogènes (cVP/VPP), les variants constitutionnels faux-sens rares de signification incertaine prédits délétères (CADD≥20) (cVSI+) et les variants introniques et synonymes rares associés à des prédictions d’impact sur l’épissage (SPIP≥80% ou ≥50% si SpliceAI>0,1) (cVSI+). Les fréquences observées ont été comparées à celles de la cohorte de référence gnomAD v4.1.0 (test exact de Fisher). Les données cliniques et tumorales ont été collectées. Résultats Au total, 21 217 panels constitutionnels ont été analysés : 59 cVP/VPP et 290 cVSI+ ont été identifiés chez des patients atteints de cancers. Parmi les 59 cVP/VPP, 42 (71%) étaient identifiés chez des patients atteintes d’un cancer du sein, 8 (13%) présentaient une co-occurrence avec un cVP/VPP dans un des gènes de prédisposition dans les cancers associés aux panels diagnostiques étudiés. L’analyse d’association réalisée sur les porteurs de cVP/VPP montre une augmentation modeste mais statistiquement significative du risque de cancer (OR = 1,31 [1,10–1,59], p < 0,00004). Toutefois, l’ampleur de cet effet, bien que robuste statistiquement, reste faible et ne suggère pas que les altérations monoalléliques d’ERCC2 constituent un facteur de prédisposition majeur. Cette absence d’effet marqué est confirmée lorsque l’analyse est stratifiée par type tumoral, sans signal spécifique pour un cancer donné. Des données tumorales étaient disponibles pour 7 des patients porteurs d’un cVP/VPP ; aucun second hit tumoral n’a été identifié. Conclusion Ce travail mené sur une large cohorte ne plaide pas en faveur de l’implication des altérations monoalléliques d’ERCC2 dans la prédisposition aux cancers étudiés à l’Institut Curie. Des études complémentaires sont nécessaires pour préciser la contribution d’ERCC2, en particulier dans une cohorte de personnes atteintes de cancers urothéliaux et de la vessie.

Introduction : Les mutations constitutionnelles dans le gène CDH1 peuvent être responsables de formes familiales de cancers gastriques de type adénocarcinome gastrique diffus à cellules peu cohésives et de cancers mammaires de type lobulaire infiltrant. L’identification de variants tronquants est sans équivoque en terme de pathogénicité. Cependant, l’identification de variants faux sens conduit souvent à classer ces derniers en variants de signification biologique incertaine (classe 3). Il existe cependant des histoires familiales évocatrices chez qui on retrouve seulement un variant CDH1 de classe 3. Il serait donc crucial d’être capable de reclasser ces variants pour apporter une prise en charge adaptée à ces familles. Matériel et Méthode : En partenariat avec le laboratoire portugais IPATIMUP (Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto) nous avons mis en place au laboratoire de l’institut Paoli-Calmettes, Marseille, France, des tests fonctionnels pour évaluer l’effet biologique des variants de CDH1. Pour cela, nous avons réalisé de la mutagenèse dirigée pour intégrer le variant d’intérêt faux sens V252E (porté par une famille suivie à l’IPC) dans des cellules CHO (Chinese Hamster Ovary cells) grâce à un plasmide pIRES2-EGFP. Nous avons par la suite analysé l’effet de ce variant en réalisant des tests d’expression et de localisation protéique ainsi que des tests d’agrégation cellulaire que nous avons comparés aux cellules CHO non transfectées et transfectées avec le gène CDH1 sauvage. Résultats : Les cellules CHO transfectées avec le plasmide contenant le variant V252E ont un comportement qui s’apparente aux cellules CHO non transfectées et qui est différent des cellules CHO transfectées avec le gène CDH1 sauvage. En effet, alors que les Western blots indiquent que les cellules expriment bien le plasmide qui a été transfecté, on s’aperçoit que les tests d’agrégation montrent l’absence d’agrégation des CHO transfectées V252E tout comme les cellules non transfectées alors que les cellules transfectées avec le CDH1 sauvage agrègent. Pour ce qui est des tests d’immunofluorescence, les cellules CDH1 sauvages expriment la E-cadhérine à leur membrane lorsqu’elles sont en contact avec d’autres cellules alors que les cellules CHO V252E montrent un marquage cytosolique de la E-cadhérine. Discussion : Les tests fonctionnels mis en place permettent d’évaluer les conséquences au niveau cellulaire des variants CDH1 et ils seront une aide précieuse pour aider à caractériser les variations faux sens dans ce gène. Nous espérons qu’ils aideront à améliorer la reclassification des variants classe 3 en variants probablement pathogènes (classe 4) afin de proposer une prise en charge et un suivi améliorés pour les patients et les familles porteuses de ces variations notamment pour la famille que nous suivons dans notre institut. Il serait en outre intéressant de pouvoir intégrer ces tests au sein du groupe de curation CDH1/FrOG.

L’interprétation des variations génétiques localisées dans les exons terminaux ou leurs régions introniques adjacentes représente un défi majeur en génétique médicale, notamment dû à la difficulté à évaluer leurs effets sur l’ARN et/ou la protéine. Ce challenge concerne, entre autres, l’exon 16 (ex16) du gène MSH2, impliqué dans le syndrome de Lynch (LS). L’identification de la variation causale est essentielle pour poser le diagnostic de LS et adapter la prise en charge des patients et de leur famille. Toutefois, de nombreuses variations situées dans l’ex16 de MSH2 sont encore classées comme de signification incertaine (VSI), en partie dû à l’absence de données expérimentales, freinant ainsi le diagnostic. Nous reportons ici les résultats d’études fonctionnelles sur des variations localisées dans l’ex16 ou dans sa région intronique adjacente (in15). Nos méthodes sont basées sur des analyses : (i) sur l’épissage de l’ARN (tests-minigène et validation par RT-qPCR et/ou RT-ddPCR sur l’ARN de patients quand disponible) et (ii) pour certaines variations tronquantes, sur la fonction de la protéine MSH2 (évaluation de la tolérance à la méthylation présentée par des cellules MSH2-/- exprimant de façon transitoire l’ADNc de MSH2 muté ou non). Parmi les 70 variations analysées dans le test-minigène, une fraction étonnamment élevée (45/70, 64%) a provoqué des défauts d’épissage de l’ex16 conduisant à une diminution/perte des transcrits de référence. Le caractère splicéogénique ou non de 12/70 variations, a pu être confirmé sur l’ARN de patients. De façon importante, nous avons aussi observé que, sur l’ARN des patients, la diminution de l’épissage canonique ex15-ex16 était associée à une augmentation de l’épissage alternatif ex15-ex17. Ces résultats suggèrent que l’ex17 (un exon terminal alternatif de MSH2, physiologiquement très faiblement exprimé) peut être utilisé comme rapporteur pour révéler la présence de variations splicéogéniques dans la région in15/ex16. De plus, pour certaines variations tronquantes, y compris les variations non-sens les plus terminales identifiées dans l’ex16 actuellement classées VSI, nous avons effectué un test de tolérance à la méthylation afin de mieux appréhender leur impact protéique. Ces analyses ont permis (i) d’identifier les variations qui altèrent l’activité de réponse aux dommages de l’ADN de MSH2 et (ii) d’apporter des pistes de compréhension quant à la séquence C-terminale minimale nécessaire à la fonction de la protéine. Cette étude souligne l’importance d’utiliser des approches expérimentales complémentaires, au niveau de l’ARN et de la protéine, pour mieux interpréter des variations localisées au niveau d’un exon terminal. Nous collectons actuellement des données cliniques, tumorales et familiales relatives aux patients porteurs des variations d’intérêt afin d’agréger les arguments permettant de les classer cliniquement selon les recommandations ACMG/NGS-Diag.

Le gène PSM2 comporte 15 exons, dont seulement 4 exons spécifiques du gène (exon 6 , 7, 8 et 10). En 5’ de ce gène, 12 et 15 pseudogènes, sont des copies inactives des régions exons 1-5 du gène PMS2. Alors qu’en 3’ de ce gène, le pseudogène PSM2CL, constitue une copie inactive des régions exon 9 et exons 11-15 du gène PMS2, avec une très forte homologie (98%) entre PMS2 et PMS2CL. Ainsi la présence d’allèles hybrides (ou conversion génique) PMS2-PMS2CL est fréquente. Dans la pratique clinique pour le diagnostic du Syndrome de Lynch ou du CMMRD (syndrome de déficience constitutionnelle des gènes MMR), il est crucial de s’assurer qu’un variant pathogène se trouve dans le gène actif de PMS2. Afin de répondre à ce défi, nous avons évalué les performances pour l’étude du gène PMS2, du kit de préparation de librairie NGS : Devyser LynchFAP™, et du logiciel d’analyse associé : Amplicon Suite. Cet outil, analyse 10 gènes par technologie d’enrichissement par PCR multiplex, précédé d’une PCR longue ciblant spécifiquement les exons 10 à 15 du gène PMS2. Le logiciel d’analyse Amplicon Suite, permet, à partir des fichiers Fastq, une analyse des critères de qualités (couverture…), une analyse des SNVs, des CNV ainsi qu’une analyse des conversions géniques dans la région C-terminale du gène PMS2 (exons 13-15). Nous rapportons l’analyse de 30 variants génétiques sur le gène PMS2, ou sur le pseudogène PMS2CL (28 patients) : 17 SV (61%), 8 CNV (28%), 5 conversions géniques (20%), initialement identifiés par les stratégies diagnostiques conventionnelles (capture, MLPA, PCR longue). Cette technique a permis l’identification de l’ensemble des SV spécifique de PMS2 en une seule étape technique. Les 5 conversions géniques ont été confirmées également et de nouvelles ont été détectées nécessitant des explorations approfondies. L’analyse de CNV a permis de confirmer l’absence de CNV spécifique de PMS2 dans 4 cas, d’alerter sur la présence de CNV dans 3 cas alors que les exons concernés ne sont pas strictement spécifiques surtout en 3’, et d’identifier un faux négatif (CNV) dans la région 3’. Cette technologie permet une analyse spécifique du gène PMS2 par une approche de séquençage haut débit applicable facilement dans nos laboratoires de routine, combinant analyse de SV, CNV et conversion génique. Cependant à ce stade, concernant les CNV, la technique ne permet pas de s’affranchir d’une confirmation par la technique de MLPA. Les conversions géniques sont en cours de confirmation par séquençage long read (Nanopore). Cette approche originale, intégrant PCR longue et enrichissement par PCR multiplex, permet un séquençage spécifique de gène présentant de fortes homologies avec des pseudogènes tel que PMS2.

Introduction: La polypose adénomateuse familiale (PAF, OMIM 175100) est une affection autosomique dominante rare. Elle est caractérisée par le développement de centaines à des milliers de polypes adénomateux colorectaux avec un risque important de dégénérescence en absence de prise en charge. Sur le plan moléculaire, elle est causée par des variants pathogènes au niveau du gène APC (Adenomatous Polyposis Coli), gène suppresseur de tumeur, impliqué dans la régulation de la voie Wnt/β-caténine. En Tunisie, peu d'études se sont intéressées à l'étude génétique du gène APC. Observation: Dans ce contexte, nous rapportons le cas d’une patiente adressée au service de Génétique de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis pour suspicion de PAF. L'enquête génétique a révélé des antécédents familiaux de polypose colique, de cancers colorectaux et d'atrophie optique dans la branche maternelle. Elle avait comme antécédents personnels une polypose colique (>100 polypes) découverte à l'âge de 43 ans. L’évolution a été marquée par la survenue d’une tumeur desmoïde intra abdominale à l'âge de 46 ans et d' un cancer du colon à l'âge de 52 ans. Un séquençage haut débit (NGS) par panel de gènes de cancers a été réalisé, et a permis d'identifier un nouveau variant à l’état hétérozygote au niveau du gène APC. Il s’agit d’un variant frameshift entraînant la synthèse d’une protéine tronquée. Cette perte de fonction se traduit par la perte de plusieurs domaines fonctionnels impliqués dans la régulation de la β-caténine et la stabilisation du cytosquelette. Une analyse bioinformatique a été réalisée afin d’évaluer l’impact fonctionnel potentiel du variant identifié sur la protéine APC et la voie Wnt/β-caténine. Ce variant a pu être classé comme probablement pathogène en s’appuyant sur les critères de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) ainsi que les résultats de l’étude bioinformatique. L’identification de ce variant a permis d’adapter la stratégie de prise en charge chez cette famille. Un conseil génétique a été donné et un test présymptomatique a été proposé aux apparentés à risque. Ce dernier a permis de confirmer la prédisposition héréditaire au cancer colorectal chez un fils et un neveu. Conclusion: Cette étude illustre l’importance du diagnostic moléculaire dans la prise en charge personnalisée des syndromes de prédisposition héréditaires au cancer colorectal et ouvre la voie à l’exploration de thérapies ciblées visant à améliorer le pronostic des patients atteints de PAF.

Le vieillissement s’accompagne d’une diminution de la taille des télomères et d’une hématopoïèse clonale (HC), définie par la présence d’une ou plusieurs variations somatiques dans les cellules hématopoïétiques et donc observable dans le sang. Les téloméropathies ou TBD pour Telomere Biology Disorders sont des maladies du vieillissement précoce pour lesquelles on identifie une/des anomalie(s) constitutionnelle(s) dans un gène impliqué dans la maintenance des télomères associées le plus souvent à une diminution de la taille des télomères dans le sang. La fibrose pulmonaire est l’atteinte la plus fréquemment décrite dans les téloméropathies. Les variants du promoteur du gène TERT (pTERT) codant la télomérase entrainent une augmentation de l’expression du gène TERT. La présence des pTERT ont été rapportées dans le sang de certains patients TBD présentant une variation pathogène constitutionnelle, en dehors de tout contexte tumoral. Cela a été décrit comme un mécanisme de sauvetage somatique (Somatic Genetic Rescue, SGR), afin de contrebalancer le défaut germinal du complexe télomérase. Au sein de notre LBMR, depuis 2022 nous avons implémenté la recherche des 3 variations récurrentes (en position c.-57, c.-124 et c.-146) pTERT en PCR digitale dans la stratégie diagnostique des patients suspectés de téloméropathie. Dans une cohorte de patients atteints de fibrose pulmonaire (n = 150), nous observons la présence d’un ou plusieurs variants pTERT chez des patients en l’absence de variation pathogène constitutionnelle. Notre hypothèse de travail était que la présence des variants somatiques pTERT pourrait être associée à une taille de télomères plus basses. Nous avons mesuré la taille des télomères sur ADN leucocytaire par une technique innovante d’ADN branché (kit « QuantiGene Plex DNA » sur intrument Luminex). Nos résultats explorent la taille des télomères dans un contexte de fibrose pulmonaire avec suspicion de téloméropathie monogénique et en particulier chez les patients sans variation pathogène constitutionnelle. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de la génétique somatique des patients atteints de fibrose pulmonaire.

Le syndrome de Cowden (SC), ou syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN (STH), est une affection rare à transmission autosomique dominante, causée par des variants germinaux pathogènes. Il se caractérise par la présence de lésions hamartomateuses multiples touchant divers organes et tissus, notamment le tube digestif, la peau, les muqueuses, le sein, la thyroïde, l’endomètre et le cerveau. Une macrocéphalie et des lésions mucocutanées caractéristiques apparaissent souvent à l’âge adulte jeune, mais le diagnostic peut être posé dans l’enfance en cas de polypes gastro-intestinaux multiples, de troubles du spectre autistique ou de déficience intellectuelle. La polypose juvénile (PJ) est également une affection rare, précancéreuse, de transmission autosomique dominante, associée à un risque accru de cancers gastro-intestinaux. Elle doit être évoquée après exclusion des autres syndromes de polypose hamartomateuse (Peutz-Jeghers, Cowden), en présence de polypes juvéniles multiples, notamment coliques et rectaux. Nous rapportons le cas d’une fillette d’origine guyanaise présentant une macrocéphalie, de multiples polypes gastro-intestinaux et un retard du développement psychomoteur. Le séquençage d’exome en trio associé à l’analyse des CNV a révélé une délétion hétérozygote d’environ 2 Mb en 10q23.1-q23.31. Cette région contient à la fois le gène PTEN, impliqué dans le syndrome de Cowden, et le gène BMPR1A, impliqué dans la polypose juvénile. Cette délétion explique le phénotype observé chez la patiente. PTEN code pour une phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase, régulant les voies AKT/PI3K et MAPK en tant que suppresseur tumoral. BMPR1A code pour un récepteur du facteur de croissance BMP. Ces deux gènes occupent une place centrale dans plusieurs voies de signalisation (MAPK, BMP, WNT, β-caténine), essentielles au maintien de la pluripotence des cellules souches intestinales. Leur dérégulation favorise les désordres de la prolifération cellulaire et de l’apoptose. Une surveillance clinique et paraclinique rapprochée est indispensable, compte tenu du risque élevé de cancers (sein, thyroïde, colorectal, endomètre, rein) chez ces patients. Ce cas illustre l’importance du diagnostic génétique en Guyane pour optimiser la prise en charge et la surveillance des patients atteints de syndromes de prédisposition tumorale tels que le SC et la PJ.

Les variants pathogènes hétérozygotes du gène FH entrainent la léimyomatose cutanée et utérine familiale (HLRCC). Ce syndrome associe des léimyomes cutanées (70%), des léimyomes utérins (près de 100% des femmes), des cancers du rein (20%) et un faible sur-risque de paragangliome/phéochromcyome. Si initialement le syndrome était recherché en cas de cancer du rein papillaire de type II ou en cas de lésion cutanée évocatrice, il est maintenant recommandé de le rechercher en cas léimyomes utérins avec un déficit en FH. Dans ce contexte, nous avons reçu en consultation d’oncogénétique une femme qui a développé de multiples léimyomes utérins dont la prise en charge a fini par nécessiter une hystérectomie à l’âge de 33 ans. Il a été détecté une perte en immunohistochimie de FH sur deux léiomyomes utérins distincts. La consultante ne présentait pas d’autres atteintes (cutané ou rénale) ou d’histoire familiale évocatrice. L’analyse génétique constitutionnelle réalisée par NGS à partir d’une prise de sang n’a pas identifié de variant pathogène sur le gène FH. Nous avons donc analysé 4 léiomyomes distincts provenant de deux opérations différentes. Il a été détecté sur chaque léimyome le variant probablement pathogène c.712G>T p.(Asp238Tyr) du gène FH (NM_000143.4). Afin d’écarter un variant constitutionnel hétérozygote qui n’aurait pas été vu par NGS, un dosage enzymatique de FH a été réalisé à partir d’une prise de sang et n’a pas identifié d’anomalie, ce qui est cohérent avec l’absence de variant pathogène ou probablement pathogène dans l’analyse constitutionnelle. Nous avons finalement conclu à une mosaïque de FH qui explique la présence du même variant dans les différents léiomyomes. Une surveillance du syndrome HLRCC a donc été mis en place. Il s’agit du deuxième cas décrit de mosaïque du gène FH. Cela incite, en cas de phénotype évocateur, à poursuivre les investigations par des analyses tumorales appropriées et un dosage enzymatique.

Le gène ATM est un gène suppresseur de tumeur impliqué dans la réparation des cassures double-brin de l’ADN. Il constitue un gène de prédisposition au cancer du sein (CS) avec une pénétrance considérée moyenne et un risque absolu estimé à 30%. Le spectre de tumoral inclut également le pancréas, la prostate, le côlon et l’ovaire. L’objectif de notre travail est de souligner l’importance de ce gène dans la prédisposition du cancer du sein et la probabilité d’une pénétrance élevée des variants récurrents dans la population tunisienne. Trois patientes (P1,P2,P3) issues de trois familles non apparentées (F1,F2 et F3) ont été adressées en consultation d’oncogénétique. Une enquête génétique et un prélèvement d’ADN ont été réalisés. Un séquençage par le panel TruSight hereditary Cancer (Illumina) a été effectué sur le NextSeq 550, suivi d’une confirmation par le séquençage Sanger pour les variants identifiés. P1 a développé un cancer du rectum à 52 ans, tandis que P2 et P3 ont eu chacune un cancer du sein, à l’âge de 46 et 40 ans respectivement. Elles avaient toutes une histoire familiale chargée de CS (9 cas chez chacune des familles F1 et F2, et 5 cas chez F3). L’âge moyen de survenue était à 49 ans (31 à 69 ans). D’autres types de cancer ont été observés essentiellement dans les familles F1 et F2 (estomac, prostate, du poumon, cerveau, et gynécologique). Tandis que F3 n’a pas présenté d’autres cancers à part celui du sein. L’analyse génétique a mis en évidence deux variants au niveau du gène ATM (NM_000051): c.6115G>A (p.Glu2039Lys) probablement pathogène chez P1 et P2, récurrent dans la population tunisienne, et le variant c.5716C>T(p.Gln1906Ter) pathogène chez P3 à l’état hétérozygote. Nos observations illustrent la variabilité de la pénétrance et du spectre tumoral liés aux variations délétères du gène ATM et soulignent son importance dans la prédisposition au cancer du sein. Ainsi la prise en charge thérapeutique, prophylactique et les mesures de surveillance devraient être discutées selon le contexte familial et le variant identifié.

Les femmes porteuses d’une altération constitutionnelle des gènes BRCA1 ou BRCA2 présentent un risque accru de cancer du sein. Les recommandations françaises et internationales préconisent un suivi clinique et radiologique spécifique à partir de 25/30 ans. Le dépistage mammaire à haut risque, incluant une IRM mammaire annuelle, permet une avance significative au diagnostic, et une amélioration de certains facteurs pronostiques. Néanmoins, la transposition en bénéfice clinique à long terme est toujours en cours d’évaluation dans des études observationnelles. Méthodes : Nous avons évalué l’impact du dépistage à haut risque incluant l’IRM mammaire chez 520 femmes porteuses d’un variant pathogène BRCA1/BRCA2, traitées pour un cancer du sein à l’Institut Curie entre 2000 et 2016. La comparaison a porté sur les caractéristiques tumorales au diagnostic, les traitements, les chirurgies préventives et le pronostic à long terme de patientes dont le statut génétique était connu avant le diagnostic de cancer du sein (ayant bénéficié d’un dépistage à haut risque (cancers incidents « CI ») ; n= 124) avec des patientes dont le statut génétique a été identifié au moment (ou après) le diagnostic (cancers prévalents « CP ») (n=396). Résultats : Globalement, 55% des patientes sont porteuses d’une altération du gène BRCA1. L’âge médian au diagnostic est de 42.3 ans (CI) et de 41.2 ans (CP). 68% des patientes ayant connaissance de leur statut génétique avant le diagnostic ont bénéficié d’une mastectomie controlatérale prophylactique au cours du suivi versus 40% dans l’autre groupe. Les cancers du sein du groupe CI ont été diagnostiqués à un stade plus précoce T0 : 64% versus 19% dans le groupe CP (p-value < 0.00001), plus fréquemment sans envahissement ganglionnaire N0 : 90% dans le groupe CI versus 75% dans le groupe CP (p-value < 0.00001). En revanche, il n’a pas été mis en évidence d’effet sur le grade et le phénotype tumoral. Les critères pronostiques plus favorables dans le groupe CI ont conduit à une réduction significative de chimiothérapie néoadjuvante (7.1% versus 28.5%) et adjuvante (47.7% versus 61.9%). Après un suivi médian de 12 ans, le risque de rechute à distance est significativement réduit dans le groupe CI (p value = 0.015) qui se traduit par une réduction de la mortalité spécifique par cancer du sein (p value = 0.05). Cet avantage pronostique est retrouvé pour les patientes BRCA1 et BRCA2 et quel que soit l’âge au diagnostic. L’impact pronostique de la connaissance du statut génétique doit encourager la réalisation des tests génétiques en cascade dans les familles concernées. La mise en place d’un dépistage à haut risque adapté impacte favorablement le pronostic pour les femmes porteuses d’une altération constitutionnelle de BRCA1 ou BRCA2 qui ne souhaitent pas recourir à la chirurgie mammaire préventive. Ces résultats ont été présentés au BRCA Symposium mai 2025 Montréal

Introduction: Les variants constitutionnels (probablement) pathogène V(P)P du gène BAP1 (BRCA1-associated protein 1) sont associés à une prédisposition aux cancers, augmentant notamment le risque d’apparition de mélanomes uvéaux (MU), mélanomes cutanés (MC), cancers rénaux à cellules claires (CRCC) et les mésothéliomes malins (MM). Jusqu’ici, aucune méthode corrigeant les biais de sélection n’avait été utilisée pour estimer ces risques. Matériel et méthode: Nous avons inclus 26 familles avec 90 porteurs d’un V(P)P BAP1 constitutionnel identifiés au laboratoire de l’Institut Curie entre 2011 et 2024. Les risques cumulés et relatifs comparés à la population générale pour les MU, MC, CRCC, MM, cancers du poumon et cancers du sein ont été estimés avec la méthode Genotype-Restricted Likelihood qui corrige les biais de sélection. Résultats: Les risques cumulés à 80 ans pour les porteurs constitutionnels d’une V(P)P BAP1 sont 7.3% (IC 95%: 1.3-37.9) pour les MU, 16.1% (2.9-74.4) pour les MC, 49.4% (6-83.9) pour les CRCC, 8.5% (2.5-73.8) pour les MM, 9.8% (6.5-55.9) pour le poumon et 58.6 (19-91.8) pour le sein. Les risques relatifs comparés à la population générale à 50 et 80 ans sont respectivement 383.4 (72.4-779.1) et 95.9 (17.3501) pour les MU, 5.7 (1-24.4) et 8.2 (1.537.9) pour les MC, 61.1 (11.7-157) et 29.9 (3.750.8) pour les CRCC, 7.5 (1.1-1530.7) et 55.7 (16.5482) pour les MM, 1.4 (1-26.4) et 1.7 (1.19.6) pour le poumon et 7.4 (1-17.2) et 4.7 (1.57.4) pour le sein. Conclusion: Il s’agit des premières estimations utilisant la méthode GRL pour les risques tumoraux chez les porteurs constitutionnels de V(P)P de BAP1. D’autres études sont nécessaires pour confirmer ces résultats. Ces estimations permettront d’adapter au mieux le conseil génétique et les stratégies de surveillance.

Partant du constat que nous sommes de plus en plus sollicités pour recevoir en consultation d’Oncogénétique, en vue de la réalisation d’une analyse en panel, des personnes indemnes ayant des antécédents familiaux de cancer, pour lesquelles une recommandation de test génétique a été formulée pour l’un de leurs apparentés également indemne par un autre service d’Oncogénétique, nous avons souhaité questionner les différentes équipes d’Oncogénétique sur leurs pratiques. Pour cela, nous avons transmis un questionnaire en ligne aux conseillers en Génétique exerçant une activité en Oncogénétique, par le biais de l’Association Française des Conseillers en Génétique. Nous avons pu obtenir 48 réponses, correspondant à 38 lieux d’exercice différents (11 CLCC, 21 CHU, 5 CH et une clinique). Ce questionnaire s’intéressait aux modalités de validation et de critères pour la prescription d’une analyse en panel chez une personne indemne, dans une première partie pour les agrégations familiales de cancer du sein et/ou de l’ovaire et dans une seconde pour les agrégations familiales de cancers colorectaux ou de l’estomac. A la question « en l’absence de cas index accessible, une analyse en panel peut-elle être proposée à la personne indemne ? », la quasi-totalité des réponses est « au cas par cas », à l’exception de 2 qui répondent « oui, systématiquement » pour les agrégations familiales de cancer du sein. Pour les agrégations familiales de cancers digestifs, la discussion « au cas par cas » est également majoritaire, cependant 3 centres ne le proposent « jamais » dans cette situation et un a répondu « oui, systématiquement ». La nécessité de la documentation des atteintes tumorales familiales, de la réalisation d’un calcul de risque, d’une validation en RCP, ainsi que la possibilité d’une analyse tumorale des gènes d’intérêt et le degré de parenté avec les personnes atteintes, obtiennent des réponses variables en fonction des centres, et parfois également des retours différents de professionnels exerçant au sein d’une même structure, illustrant le manque d’homogénéité. Bien que chaque situation familiale soit unique et nécessite une évaluation individualisée, rendant difficilement superposables les pratiques dans les différents centres, cette étude ouvre le débat sur l’harmonisation des prises en charges possibles sur le territoire, à titre individuel pour un patient, mais également pour des apparentés issus d’une même famille consultant dans différentes régions. Pour poursuivre cet état des lieux, ce questionnaire pourra être transmis plus largement, notamment dans les sites de consultations ne disposant pas de conseillers en Génétique, pour l’obtention d’un plus grand nombre de réponses et une vision plus exhaustive des pratiques en France.

Contexte : Les paragangliomes (PGL) SDHx dépendants ont une pénétrance incomplète dont le mécanisme n’est pas actuellement connu. Des facteurs environnementaux comme les fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHi) pourraient jouer un rôle dans leurs émergences. Objectifs : Nous avons cherché à évaluer la faisabilité d'une étude épidémiologique cas-témoins portant sur le lien entre les pesticides, en particulier les fongicides SDHi, et le risque de PGL héréditaire SDH-déterminé. Méthodes : Les cas étaient des patients porteurs d’une mutation SDHx et ayant un PGL, les témoins des sujets porteurs d’une mutation SDHx mais sans PGL. Des données sur l'utilisation domestique de pesticides, l'historique résidentiel et professionnel ont été recueillies. La qualité du géocodage des adresses a été évaluée. L'exposition résidentielle aux pesticides agricoles a été estimée, ainsi que l’exposition professionnelle aux SDHi. Résultats : 101 patients ont été inclus dans l'étude et 82 ont réalisé l’entretien (42 cas, 40 témoins). Le pourcentage de données manquantes sur l'exposition domestique aux pesticides était beaucoup plus élevé pour les adresses anciennes. En revanche, la qualité du géocodage restait élevée même pour les adresses anciennes. Dans une zone tampon d'un rayon de 1500 mètres, les terres arables étaient présentes pour 55% des adresses des sujets. Deux sujets ont pu être exposés aux SDHi dans le contexte professionnel. Conclusion : Notre étude a montré un taux de participation élevé et une bonne évaluation de l’exposition aux pesticides. Cette étude pilote a permis de valider l’extension de ce projet au niveau national (PGL.EXPO-2).

Introduction : La néoplasie endocrinienne multiple de type 2 (NEM2) est une maladie génétique rare (OMIM : 171400). Sa prévalence est estimée entre 1/30000 et 1/50000. Cliniquement, Elle se manifeste par une association de tumeurs endocrines affectant principalement la thyroïde, les glandes surrénales et les glandes parathyroïdes. Sur le plan moléculaire, il s’agit d’une affection autosomique dominante, causée par des variations pathogènes au niveau du gène RET (NM_020630.5), proto-oncogène codant pour un récepteur transmembranaire a activité tyrosine kinase. L’objectif de notre travail est d’étudier les caractéristiques cliniques et génétiques de la NEM2 et d’établir une corrélation génotype-phénotype chez les cas confirmés. Matériel et méthodes: Il s’agit d’une étude rétrospective menée sur 13 patients (P1-P13) tunisiens adressés à la consultation d’oncogénétique de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis pour suspicion de NEM2. Une enquête génétique, un examen clinique et un séquençage ciblé des exons les plus fréquemment mutés (10, 11, 13,14, 15 et 16) du gène RET ont été réalisés. Résultats : L’étude a porté sur 13 patients appartenant à 13 familles tunisiennes non apparentées. Le motif de consultation était un carcinome médullaire de la thyroïde (CMT) chez tous les patients. L’âge moyen de survenue de CMT était de 38,7 ans. 2/13 patients avaient une association CMT- phéochromocytome. L’enquête génétique a révélé des antécédents familiaux de CMT chez 3/13 patients. L’analyse moléculaire du gène RET a mis en évidence deux variations pathogènes à l’état hétérozygote : c.1900T>C (p.Cys634Arg) chez P1 et c.1901 G>A (p.Cys634Try) chez P4. La confirmation diagnostique de la NEM2 chez deux familles nous a permis de donner un conseil génétique et de réaliser un test pré-symptomatique chez deux filles de P1. Une thyroïdectomie totale a été réalisée chez la fille de P1 qui était porteuse de la variation familiale. Conclusion : Nos résultats soulignent l’importance de l’onco-généticien dans l’évaluation et la prise en charge des familles atteintes de NEM2. L’étude moléculaire demeure un élément clé pour confirmer le diagnostic et orienter le suivi des apparentés à risque. Pour le reste des patients, le recours à des panels de séquençage à haut débit (NGS) est recommandé afin de garantir une analyse plus exhaustive et une optimisation du rendement diagnostique.

Les tissus FFPE (Formalin Fixed Paraffin Embedded), contrairement aux tissus frais congelés (Frozen Fresh, FF), sont traités dans le but de préserver à long terme, à température ambiante et à moindre coût, les échantillons issus de pathologies chirurgicales. Ces prélèvements représentent une ressource précieuse en génétique médicale et en oncologie, mais leur exploitation est limitée par la dégradation de l’ADN : rendement d’extraction faible, fragmentation importante, dommages chimiques irréversibles (dus au formol) et artefacts de variants fréquents lors du séquençage. L’objectif de notre étude était d’identifier un protocole de préparation de librairies WGS PCR-Free adapté à l’ADN FFPE, avec un input faible, une rapidité d’exécution (<1 jour), une quantité de librairie suffisante et la capacité à réparer l’ADN endommagé. Un protocole de librairie PCR Free permet de réduire les biais de PCR et le taux de duplicats observé avec un protocole PCR. Nous avons évalué le kit NEB UltraShear FFPE DNA Library Prep (input 250 ng) en comparaison avec les kits TruSeq DNA PCR-Free (Illumina, 1000 ng) et Illumina DNA Prep PCR-Free (100 ng). Les extractions d’ADN ont été effectués avec les kits QIAamp DNA FFPE tissue kit (Qiagen) et Maxwell RSC FFPE Plus DNA kit (Promega+). Des tests manuels sur des échantillons de 5 patients atteints de cancer du poumon ont révélé que 2/5 échantillons échouaient avec le kit TruSeq (quantité de librairie insuffisante malgré 1000 ng d’input), le nombre de copeaux FFPE nécessaires étant trop important. Le kit Illumina DNA Prep PCR-Free produisait aussi une quantité de librairie insuffisante avec un taux de duplicats >14 % (N<10%°). À l’inverse, le kit NEB UltraShear a permis la réussite complète (5/5) avec des librairies de quantité optimale, un insert de ~300 pb, une réduction significative des artefacts. Sur cette base, nous avons optimisé ce protocole sur l’automate MAGELIA (INOREVIA) à 250 ng, 100 ng et 50 ng. L’input de 50 ng sur MAGELIA a permis de générer une librairie équivalente à celle obtenue manuellement à 250 ng. Des tests sont actuellement en cours sur l’automate FIREFLY (SPTlabtech) afin de valider la réduction d’input et de volume de réaction dans une optique de standardisation et de baisse des coûts. Le kit NEB s’est ainsi révélé particulièrement adapté aux contraintes de l’ADN FFPE, dès 50 ng, avec une compatibilité démontrée sur plateformes automatisées à faible volume. Ce protocole ouvre la voie à la préparation de librairies WGS PCR-Free à haut débit, jusqu’à 384 échantillons par plaque, avec un impact direct en diagnostic génétique des cancers.

Le syndrome de Birt-Hogg-Dubé (BHD) correspond à une prédisposition génétique aux tumeurs du rein bénignes et malignes liée à une altération constitutionnelle du gène FLCN, se transmettant sur le mode autosomique dominant. Cette affection se caractérise par la présence de lésions cutanées typiques bénignes appelées fibrofolliculomes et de kystes pulmonaires favorisant la survenue de pneumothorax. La prise en charge du risque tumoral rénal repose sur la réalisation d’une imagerie abdominale annuelle (recommandations réseau national PREDIR). D’autres types de tumeurs extra-rénales (cancer colorectal, thyroïde) ont été décrites bien que leur association reste débattue dans la littérature du fait d’une prévalence non négligeable en population générale. Nous rapportons ici deux cas français de tumeurs extra-rénales rares, affectant la corticosurrénale, survenues chez des patients atteints d’un syndrome de BHD. Le diagnostic génétique n’était pas connu pour ces deux patients au diagnostic de tumeurs surrénalienne. Le patient A a été initialement adressé en consultation de dermatologie au sein du Centre de Référence Neurofibromatoses (CHU Nantes) avec suspicion de phéochromocytome à l’âge de 57 ans. L’examen cutané complet révéla de multiples fibrofolliculomes typiques, conduisant au diagnostic de syndrome de BHD. L’analyse moléculaire constitutionnelle a permis d’identifier le variant pathogène c.1157_1169del p.(Ser386fs) du gène FLCN. L’expertise anatomo-pathologique décrit une tumeur surrénalienne de morphologie très inhabituelle dont les immunomarquages peuvent orienter vers un carcinome corticosurrénalien de bas grade. L’évolution est favorable avec un recul de 5 ans. De façon surprenante, l’histoire familiale du patient A a révélé secondairement un autre cas de carcinome corticosurrénalien à l’âge de 35 ans chez un frère décédé en 1997 à l’âge de 39 ans. L’analyse moléculaire réalisée sur la tumeur du patient A a détecté la présence du variant pathogène du gène FLCN à une fréquence allélique en faveur d’une perte d’hétérozygotie au locus FLCN, suggérant ainsi un lien entre FLCN et la tumorigenèse. La patiente B a été prise en charge pour un carcinome corticosurrénalien diagnostiqué à l’âge de 40 ans, avec évolution métastatique un an après le diagnostic initial. Elle avait un antécédent personnel de cancer de la thyroïde et de deux épisodes de pneumothorax. Le diagnostic de syndrome de BHD a été réalisé suite à l’analyse du génome dans le cadre du plan France Médecine Génomique sur l’indication du cancer rare, identifiant le variant pathogène c.1379_1380del p.(Leu460fs) du gène FLCN. A notre connaissance, nous décrivons les premiers cas français de carcinomes corticosurrénaliens chez des patients porteurs d’un syndrome de BHD avec des arguments tumoraux évocateurs d’un potentiel lien entre FLCN et la tumorigenèse.

Les femmes porteuses d’un variant pathogène (VP) des gènes BRCA1 ou BRCA2, présentent un risque augmenté de cancer de l’ovaire au cours de leur vie, raison pour laquelle il leur est recommandé une annexectomie bilatérale préventive (ABP) dès 40 ans dans un contexte BRCA1 et 45 ans pour BRCA2. Ces cancers de l’ovaire correspondent dans la majorité des cas à un adénocarcinome séreux de haut grade. Lors des APB des carcinomes invasifs tubaires ou ovariens occultes peuvent être identifiés ainsi que des lésions tubaires appelées carcinome tubaire intra-épithélial (STIC) décrites comme précurseurs de ces carcinomes. Ces femmes ont également un risque de développer un cancer du péritoine après une ABP. Nous avons conduit une étude visant à évaluer l'incidence des carcinomes invasifs occultes, des STIC et des carcinomes péritonéaux chez les femmes porteuses de VP de BRCA1/2 et ayant eu une APB à Curie entre janvier 1997 et octobre 2021. Au total, 947 femmes ont été incluses, 521 porteuses d'un VP de BRCA1 et 426 d'un VP de BRCA2, avec un suivi cumulé de 7 433,25 années-femmes. Une relecture par des anatomopathologistes experts a été réalisée pour toutes les pièces opératoires qui rapportaient dans les comptes rendus des anomalies histologiques autres que des lésions infiltrantes (n=67). Au cours de l’ABP, 13 carcinomes invasifs tubaires ou ovariens occultes ont été identifiés (1,3 %) ainsi que 12 STIC. Au cours du suivi, quatre cas de carcinomes péritonéaux ont été diagnostiqués. Pour les femmes n’ayant pas eu d’anomalie sur la pièce opératoire de l’ABP, l'incidence cumulée sur cinq ans du carcinome péritonéal est de 0,5 %. En revanche pour celles- qui avait des lésions de STIC identifiés lors de l’ABP, le risque de cancer péritonéal est fortement augmenté ; à 11.1% à 5 ans. L’âge tardif à l’ABP est un facteur de risque de STIC ou d’infiltrant : âge médian à 55 ans pour le carcinome infiltrant, 54 ans pour le STIC (p< 0.001). De plus, les femmes porteuses d’un VP de BRCA1 ont un risque significativement plus élevé de carcinome infiltrant occulte ou de STIC que les femmes porteuses d’un VP de BRCA2 (p < 0,039). Ces données soulignent l’importance d'une d’ABP précoce pour les femmes porteuses d’un VP de BRCA1/2 et d’une étude exhaustive de la pièce opératoire. L’identification d’un STIC doit faire proposer une prise en charge adaptée au risque de carcinome péritonéal. La chirurgie de stadification actuellement retenue présente une morbidité certaine. Il est nécessaire de mettre en place des études pour évaluer l'efficacité d'un suivi régulier par exemple à l'aide de marqueurs tels que le Ca125.

Introduction La polypose liée au gène MUTYH est un syndrome de prédisposition héréditaire au cancer colorectal (CCR), caractérisé par la présence de nombreux polypes digestifs avec un risque accru de dégénérescence. Il s’agit d’une affection autosomique récessive, dûe à des variations germinales au niveau du gène MUTYH, gène impliqué dans la réparation de l’ADN. L’objectif de notre travail était de contribuer à une meilleure compréhension du profil phénotypique et mutationnel de cette polypose à partir d’une série de patients tunisiens adressés pour suspicion d’une prédisposition héréditaire au CCR. Matériels et méthodes Nous rapportons l’étude clinique et génétique de patients tunisiens, adressés à la consultation d’oncogénétique à l’hôpital Charles Nicolle de Tunis pour polypose adénomateuse colorectale. Une étude moléculaire par séquençage Sanger du gène MUTYH et/ou par panel de gène de prédisposition aux cancers ont été réalisés chez ces patients. Résultats Notre étude a porté sur 13 patients issus de 12 familles non apparentées, originaires du Nord-Ouest (7/12), du Centre-Ouest (1/12) et de Médenine (4/12). Une consanguinité a été notée chez 11/12 familles. L’enquête génétique a révélé une histoire familiale de CCR chez tous les patients. Parmi les cas index, 12 ont été adressés pour CCR sur polypose dégénérée avec un âge moyen de survenue de 44 ans. La coloscopie a objectivé plus de 100 polypes chez 3/13 patients. L’étude moléculaire a révélé la présence de deux variants à l’état homozygote au niveau du gène MUTYH (NM_001048174.2) : le variant 1227_1228dup (12/13) et le variant c.1143_1144dup (1/13). Un conseil génétique a été donné et un test pré-symptomatique a été proposé aux apparentés à risque. Conclusion Nos résultats soulignent le rôle de l’oncogénéticien dans l’orientation du diagnostic et l’importance de l’étude moléculaire dans la prise en charge des cancers colorectaux héréditaires. La confirmation du diagnostic permet d’adapter la stratégie de surveillance selon les recommandations internationales.

Introduction : Les paragangliomes (PGL) sont des néoplasies neuroendocrines rares, fréquemment associées à des altérations des gènes codant les sous-unités de la succinate déshydrogénase (SDHx). Toutefois, certains cas familiaux demeurent inexpliqués à l’issue des investigations génétiques conventionnelles, soulignant la nécessité d’approches diagnostiques élargies. Observation : Nous rapportons ici l’étude d’une famille présentant des paragangliomes multiples cervicaux chez un père et son fils. L’analyse immunohistochimique tumorale objectivait une perte d’expression de la protéine SDHB, fortement évocatrice d’une altération d’un gène SDHx. Cependant, les analyses moléculaires classiques allant jusqu’au séquençage de génome en trio étaient restées négatives. Dans ce contexte, un séquençage du génome longs fragments (Technologie Oxford Nanopore sur séquenceur PromethION) a été réalisé dans cette famille. Cette analyse a permis d’identifier l’insertion d’un rétrotransposon de type SVA (SINE-VNTR-Alu) d’environ 2700 pb au sein de l’intron 3 du gène SDHD dont la ségrégation familiale est concordante. L’analyse génomique et transcriptomique des tissus tumoraux a mis en évidence une prédominance de l’allèle muté en faveur d’une perte d’hétérozygotie et la présence d’ARN messagers anormaux du gène SDHD, confirmant l’anomalie de l’épissage prédite par les outils in silico. Discussion : C’est la première fois que l’insertion d’un élément transposable de grande taille est mise en évidence dans un gène de susceptibilité au PGL. Cet évènement, non détectable par les outils diagnostiques usuels, souligne l’intérêt du séquençage longs fragments pour la mise en évidence de variations structurales complexes, notamment chez les patients ayant une forte suspicion de forme génétiquement déterminée sans diagnostic étiologique moléculaire.

Le séquençage à haut débit long-read (LR) permet de lire de longs fragments d’ADN de plusieurs kb facilitant la détection de variants de structure (SV) complexes et l’analyse précise des régions répétées. Cette technologie reste peu implémentée dans les laboratoires diagnostiques plus habitués aux technologies short-read (SR), bien validées mais basées sur des fragments de 300pb au maximum. Nous exposons ici comment le LR a pu résoudre une errance diagnostique et améliorer le conseil génétique chez 2 patients présentant un syndrome de Peutz-Jeghers, une prédisposition génétique rare, liée à une altération du gène STK11, associant polypes hamartomateux gastro-intestinaux, lentigines péri-orificiels et risque accru de cancers digestifs et extra-digestifs. La technologie Oxford Nanopore avec enrichissement en temps réel des régions de 157 gènes d’oncogénétique +/- 40kb nous a permis d’obtenir, en moyenne, des fragments de 8kb et une profondeur de 30X. Chez un premier patient, dont l’atteinte, isolée sur le plan familial, consistait en des hamartomes digestifs multiples et une lentiginose buccale et palmaire à 27 ans, le SR (panel « digestif » explorant exons et introns à une profondeur >1000X), initié en 2016, n’avait identifié aucune anomalie à la fois sur le sang et sur un hamartome. L’analyse de l’ARN par SEALigHTS (PMID: 40712994) avait détecté un saut des exons 2-3 de STK11, alors sans point d’appel génomique. Le LR a mis en évidence une délétion en mosaïque des exons 2-3 de STK11 (5 reads/29) avec des bornes situées dans des séquences répétées Alu (AluJb dans l’intron 1 et AluY dans l’intron 3). Ce résultat, validé par MLPA et RNAseq, permet de codifier la surveillance chez ce patient et sa famille. Chez une seconde patiente, atteinte à 13 ans de lentigines labiales et digitales associées à des polypes gastro-intestinaux, une délétion hétérozygote de novo des exons 2–3 de STK11 avait été détectée par QMPSF. Un projet de diagnostic préimplantatoire, a nécessité une caractérisation précise des bornes de la délétion afin de réaliser une PCR ciblée sur cellule unique. Le SR n’avait pas permis de capturer les points de cassure, malgré l’exploration des introns, contrairement au LR qui a permis d’identifier précisément les bornes de ce SV, dont l’une également située dans la séquence répétée AluY de l’intron 3. Ces résultats illustrent l’intérêt d’approfondir les investigations pour les patients sans diagnostic atteints d’un syndrome associant un phénotype très spécifique et un rendement diagnostique élevé (>80% pour STK11). Ils montrent la puissance du LR dans la caractérisation des SV médiés par des séquences répétées qui échappent aux captures et pipelines bioinformatiques classiques, notamment en contexte de mosaïque. Enfin, le LR fournit des informations précieuses de mécanique moléculaire car la récurrence du point de cassure observé dans la séquence AluY du gène STK11 suggère une susceptibilité particulière de cette région aux réarrangements.

Nous rapportons le cas d’une patiente prise en charge à l’âge de 56 ans pour une carcinose péritonéale secondaire à un adénocarcinome du côlon droit. Le statut MMR (MisMatch Repair) réalisé sur la tumeur colique a révélé une instabilité microsatellitaire (phénotype MSI MicroSatellite Instability) avec perte d’expression des protéines MLH1 et PMS2, sans hyperméthylation somatique du promoteur du gène MLH1, faisant suspecter un syndrome de Lynch. L’enquête familiale n’a pas révélé d’antécédent carcinologique du spectre de syndrome de Lynch. L’analyse constitutionnelle des gènes de prédisposition aux cancers digestifs et aux polyposes colorectales a mis en évidence un réarrangement touchant le gène PMS2 (duplication des exons 13 à 15) ou le pseudogène PMS2CL (duplication des exons 4 à 6), les techniques de routine actuelles (NGS short-reads et MLPA) ne permettant pas de faire la distinction entre les deux. Pour aider à l’interprétation, une analyse somatique des gènes MMR a été réalisée mettant en évidence deux évènements pathogènes du gène MLH1. Ce résultat, concordant avec le résultat de l’immunohistochimie des protéines MMR, permettait donc d’expliquer le phénotype tumoral et apportait un argument en faveur d’une tumeur sporadique. Etant donné le statut MSI de la tumeur, la patiente a pu être traitée par immunothérapie et a présenté une bonne réponse avec régression des lésions. Néanmoins, au décours d’un contrôle coloscopique, deux ans après le premier diagnostic, de nouvelles lésions coliques ont été identifiées. L’examen anatomopathologique réalisé sur la pièce d’iléo-colectomie a mis en évidence six nouvelles lésions distinctes correspondant toutes à un adénocarcinome bien différencié. Il s’agissait de tumeurs intraluminales situées dans l’iléon pour deux d’entre elles et sur le côlon droit pour les quatre autres. Il n’existait pas de polypose colorectale associée. L’analyse du statut MMR réalisée sur ces six lésions a révélé un phénotype MSI avec perte d’expression des protéines MLH1 et PMS2, sans hyperméthylation somatique du promoteur du gène MLH1. Dans ce contexte, l’hypothèse de métastases multiples intraluminales issues d’une première tumeur colique est d’abord évoquée, bien que ce mécanisme soit rare (Simmer et al., Gastroenterology, 2021). Une autre hypothèse est celle d’un variant du gène MLH1 en mosaïque, non détectée dans le sang lors de l’analyse constitutionnelle. Des analyses complémentaires, réalisées sur le tissu sain et les différentes tumeurs, ont donc été nécessaires afin d’élucider ce cas.

BRCA1 est un gène majeur impliqué dans la prédisposition héréditaire aux cancers du sein, de l’ovaire et du pancréas. L’identification d’une variation pathogène de BRCA1 permet de poser le diagnostic moléculaire de ce syndrome et d’optimiser la prise en charge des patients et de leurs apparentés. Cependant, la pathogénicité de certaines variations est parfois remise en question. C’est le cas de BRCA1 c.[594-2A>C;641A>G], variation initialement classée pathogène du fait de son impact drastique sur l’épissage de l’ARN (saut de l’exon 10, Delta10, hors phase) conduisant à la perte apparemment totale des transcrits pleine-longueur (PL) de BRCA1. De façon inattendue, des données d’études de co-ségrégation et de cas/témoins, entre autres, ont révélé que cette variation n’est pas associée à un risque accru de développer un cancer, ce qui a conduit à sa reclassification comme bénigne en 2016. Afin de concilier ces informations a priori contradictoires, il a été proposé que l’expression physiologique de transcrits BRCA1 alternatifs, dépourvus des exons 9 et 10 (Delta9-10, en phase), pourrait préserver l’activité suppresseur de tumeurs de BRCA1. Si l’hypothèse de ce mécanisme de sauvetage se confirme, cela aura des implications importantes pour la reclassification de la majorité des variations identifiées au niveau de ces exons, la plupart étant aujourd’hui de signification incertaine (VSI). Ici, nous avons caractérisé l’impact sur l’épissage de 135 variations situées au niveau des exons 9 et 10 de BRCA1 en réalisant des tests-minigène et/ou des analyses sur l’ARN de patients, celles-ci à l’aide d’approches complémentaires : RT-PCR fluorescente semi-quantitative pour tous les échantillons disponibles, mais aussi RT-ddPCR, expression allèle-spécifique et RNA-seq ciblé pour certains d’entre eux. Cette étude a mis en évidence une grande proportion (~52%) de variations avec des effets négatifs sur l’épissage conduisant à une perte totale ou partielle de transcrits PL (sans diminution de Delta9-10), certaines de sévérité similaire à c.[594-2A>C;641A>G]. Le potentiel mécanisme de sauvetage par Delta9-10 pourrait donc être également mis en jeu pour ces variations qui restent encore aujourd’hui classées VSI. De façon intéressante, nous avons aussi identifié des variations avec des effets positifs (augmentation de PL avec diminution de Delta9-10), pour lesquelles un tel mécanisme pourrait, au contraire, ne pas s’appliquer. Pour l’instant, nous ne nous prononçons pas sur l’interprétation des variations de notre cohorte sauf pour les introniques sans effet sur l’épissage, qui pourraient être classées comme bégnines. Des données cliniques/familiales/tumorales sont en cours de collecte pour évaluer la pathogénicité des autres variations de notre cohorte, surtout les splicéogéniques. Enfin, nous envisageons des tests fonctionnels additionnels pour vérifier si la présence de transcrits alternatifs Delta9-10 est suffisante pour expliquer la neutralité de c.[594-2A>C;641A>G].

Le gène CDH1 code pour la protéine d’adhésion intercellulaire E-cadhérine qui est une glycoprotéine transmembranaire des cellules épithéliales. Elle exerce un rôle dans l’adhésion intercellulaire. La perte de fonction de la protéine induit une perte d’adhésion entre les cellules épithéliales, une perte de la polarité cellulaire, une dysrégulation des voies de signalisation impliquées dans la prolifération cellulaire, et une invasion des tissus adjacents. Les variants pathogènes constitutionnels monoalléliques de CDH1 prédisposent au carcinome gastrique diffus (CGD), aussi appelé cancer gastrique à cellules indépendantes, un sous-type histologique minoritaire des cancers gastriques à cellules peu cohésives selon la classification OMS 2019. Ils prédisposent également aux cancers du sein dont principalement le carcinome lobulaire infiltrant (CLI) chez les femmes. C’est pour cela qu’il a été sélectionné par le Groupe Génétique et Cancer pour faire partie des panels diagnostiques dans les prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire ainsi que celui sur les pathologies digestives. De nombreux laboratoires ont alors mis en évidence dans leurs panels des variants génétiques CDH1 sans pouvoir apporter une expertise sur leur classification. Début 2020, un groupe national composé de sept laboratoires historiques a été mis en place pour palier à cette problématique. Le rôle du groupe est avant tout de réaliser la curation des variants avant leur mise à disposition en ligne dans la base nationale de variants FrOG (French OncoGenetics). Il s’agit de reprendre les données cliniques ainsi que les données biologiques sur des variants en rétrospectif ou en prospectif à la demande des laboratoires français. A ce jour, parmi les 400 variants évalués, 67 ont été classés en variant pathogène ou probablement pathogène et 121 en variant bénin ou probablement bénin. D’autres missions incombent au groupe, comme la mise à jour régulière des conduites à tenir et de la veille bibliographique avec l’aide de cliniciens ou encore d’anatomo-pathologistes. Des discussions sont en cours avec des équipes de recherche quant au poids des tests fonctionnels pouvant aider à la classification de ces variants ainsi que l’adaptation des critères ACMG au gène CDH1.

L’inactivation des gènes suppresseurs de tumeur par méthylation de leur promoteur est fréquente en génétique tumorale. La méthylation constitutionnelle du promoteur, ou épimutation, est beaucoup plus rare et rapportée dans quelques cas seulement, dont MLH1 est l’exemple prototypique. Les épimutations du promoteur de BRCA1 font l’objet d’un débat croissant : la méthylation tumorale du promoteur de BRCA1 aurait une origine embryonnaire avec évolution clonale à partir d’une cellule unique. Il s’agirait donc d’une épimutation initiale déclenchant la tumorigénèse, détectable au niveau constitutionnel [1]. La fraction d’allèle épimuté (VEF) varie considérablement mais des épimutations faibles (VEF < 1%) auraient déjà un impact sur le risque de cancer du sein triple négatif [2]. La situation est complexe car ces épimutations de BRCA1 se retrouveraient dans 5% de la population générale et les techniques classiquement employées, necessitant la conversion bisulfite des cytosines non méthylées et ciblant certains ilots CpG, n'autorisent pas une vue exhaustive du promoteur. Le séquençage long read, en revanche, est une approche puissante qui permet d’obtenir la méthylation du promoteur sans la transformation chimique de la séquence, et ce en un seul fragment. Nous avons ainsi cherché à clarifier le patron de méthylation du promoteur de BRCA1 dans un contexte « non cancer ». Les données ont été extraites de génomes long read séquencés en PacBio Revio et provenant d’une cohorte de 106 patient.es Alzheimer jeunes sans histoire connue de cancer. La zone promotrice de BRCA1 a été définie entre g. 43 124 504_g.43 126 161 (hg38) soit c.-19-389_ c.-910 (NM_007294.4). Le graphique des niveaux de méthylation en fonction de la position génomique sur le promoteur donne une courbe en U, avec une méthylation moyenne à distance du site d'initiation de la transcription de 51.8%, SD 27.8 (positions c.-910_c.-703) et une méthylation plus faible et hétérogène avec une moyenne de 5.3%, SD 9.72 au niveau proximal (positions c.-19-508_c.-19-389). Entre ces extrémités et comme attendu, la méthylation moyenne est faible (1,25%) et la médiane est nulle. Cependant, 3 cas montrent une méthylation de l’ensemble du promoteur (VEF entre 2.7% et 56% le long de la séquence). De plus, en restreignant l’analyse au « core » promoteur (c.-133_c.-96), classiquement testé par approches ciblées, des VEF entre 2,9% et 15% sont observées pour 24 individus soit 22.8% de la cohorte. Les résultats dans cette population « non cancer » montrent donc que la méthylation du promoteur de BRCA1 n’est pas un phénomène localisé et que des valeurs importantes peuvent être atteintes aux extrémités. Ces données incitent donc à la prudence dans le dessin et l’interprétation des approches ciblées en population « cancer » et participent à une meilleure cartographie du promoteur par définition fine des régions non méthylées. 1. Lonning et al., JAMA Oncol 2022 2. Schwartz et al., Clinical Epigenetics 2025

Le syndrome de Peutz-Jeghers est une affection autosomique dominante caractérisée par l’association de polypes hamartomateux gastro-intestinaux et de lentiginoses muco-cutanées, liée à des mutations germinales du gène STK11. Au-delà des manifestations digestives et cutanées, il confère un risque significativement accru de cancers gastro-intestinaux et extra-digestifs, ce qui justifie une surveillance précoce et individualisée. Nous rapportons le cas d’une fillette âgée de 3 ans, présentant une hyperpigmentation muco-cutanée typique localisée aux lèvres. L’exploration digestive a révélé la présence de quelques polypes gastro-intestinaux. Devant ce tableau clinique évocateur, un séquençage de nouvelle génération d’un panel de 113 gènes (Panel Trusight) a été réalisé et a mis en évidence une délétion étendue des exons 2 à 10 du gène STK11 à l’état hétérozygote. Ce résultat a été confirmé sur un second prélèvement par la technique de MLPA, consolidant ainsi le diagnostic moléculaire. Ce cas illustre l’importance de l’association entre données cliniques et analyses moléculaires dans le diagnostic précoce du SPJ. L’identification précise de l’anomalie génétique permet d’instaurer un suivi adapté et d’initier un dépistage familial ciblé. Elle souligne également la complémentarité du séquençage de nouvelle génération et MLPA dans la détection des délétions de grande taille. Une prise en charge multidisciplinaire précoce est essentielle afin de prévenir les complications digestives et de réduire la morbi-mortalité liée à la carcinogenèse dans ce syndrome rare.

Introduction. Un variant pathogène ou probablement pathogène (VP/VPP) constitutionnel à l’état hétérozygote du gène DDX41 est identifié chez 5-6% des patients atteints de leucémie aigüe myéloïde (LAM), de syndrome myélodysplasique (SMD) ou de cytopénie idiopathique. Contrairement aux principaux syndromes de prédisposition oncogénétique, les diagnostics d’hémopathies malignes dans ce contexte ne sont pas précoces (âge médian entre 65 et 69 ans). La majorité des études portant sur DDX41 concernent des séries de patients atteints d’hémopathies, ainsi le risque de développer une hémopathie pour les apparentés porteurs sains hétérozygotes de VP/VPP de DDX41 n’est pas connu avec précision. De fait, la stratégie de leur dépistage et de leur suivi n’est pas homogène et des données prospectives sont nécessaire afin d’établir de telles recommandations. Participants et Méthodes. LUCID (LeUkemia in Carriers of germlIne DDX41 mutation) est une étude française dont le but est d’évaluer le risque d’hémopathies malignes en fonction de l’âge des porteurs de VP/VPP constitutionnels de DDX41. Une cohorte multicentrique de familles est en cours de constitution. Les cas index (présentant une hémopathie myéloïde et chez qui un VP/VPP constitutionnel de DDX41 est avéré ou suspecté) sont inclus en consultation de génétique (questionnaire de santé +/- prélèvement salivaire). Leurs apparentés de premier, deuxième et troisième degrés sont invités par courrier, de manière centralisée par la cellule de gestion de LUCID (IUCT-Oncopole, Toulouse), pour prendre part à l’étude (questionnaire, prélèvement salivaire et hémogramme). La participation de 910 patients est attendue pour une durée totale d’étude de 74 mois. Résultats. Nous décrivons ici les résultats des 23 mois de la première phase de faisabilité du projet (5 centres participants) qui a permis l’inclusion de plus de 260 participants (≥45 familles). Une analyse intermédiaire des données des 209 premiers participants (dont 46% sont porteurs du VP/VPP familial) est en cours. Conclusion. Le protocole d’inclusion est opérationnel, l’étude LUCID sera donc poursuivie en l’ouvrant à la collaboration d’autres centres investigateurs.

La polypose adénomateuse familiale (PAF) est un des grands syndromes de prédisposition génétique au cancer du côlon, notamment chez le sujet jeune. Elle se caractérise par la formation de multiples polypes nécessitant un suivi coloscopique dès l’âge de 10-12 ans et une colectomie prophylactique. Sans prise en charge, la probabilité de développer un cancer colorectal est de 100% à un âge médian compris entre 35 et 45 ans. Les variants pathogènes du gène APC sont responsables de la PAF dont la transmission est autosomique dominante. Un diagnostic présymptomatique (DPS) est proposé chez l’enfant dès l’âge de 10-12 ans. Nous décrivons ici une fratrie concernée par une PAF, héritée du père, avec un âge d’apparition des polypes et de cancer extrêmement précoce. Le père est porteur à l’état hétérozygote d’un variant pathogène du gène APC (NM_000038.6 : c.2547_2550del p.(Asp849Glufs*11)), a priori non corrélé à une polypose profuse. Il a lui-même été colectomisé à l’âge de 15 ans. La fratrie est composée de 4 enfants issus de la même mère. Le frère ainé a réalisé sa première coloscopie à 13 ans pour bilan de rectorragies. Il est identifié une polypose avec adénocarcinome colique. Le deuxième fils a bénéficié d’un DPS à l’âge de 12 ans, et est non porteur de la variation familiale. La première fille, asymptomatique, a bénéficié, à l’âge de 8 ans, du fait de l’histoire familiale, d’une coloscopie retrouvant une polypose profuse sans adénocarcinome. Le test génétique a confirmé sur le plan moléculaire le diagnostic de PAF. La seconde fille, âgée de 4 ans, serait en théorie trop jeune pour bénéficier d’un DPS. Néanmoins, du fait de l’histoire familiale, les parents sont demandeurs d’un DPS précoce, et ce d’autant que l’équipe de pédiatrie envisage le bilan endoscopique avant 8 ans. L’un des intérêts du DPS dans la PAF étant de pouvoir éviter notamment la réalisation d’examens invasifs chez les mineurs, nous avons retenu pour cette famille la réalisation d’un DPS à l’âge de 5-6 ans devant l’expression phénotypique particulièrement précoce. Un DPS aussi précoce complexifie la préparation de l’enfant aux deux résultats possibles et l’élaboration avec lui de l’impact à moyen terme de ces derniers. Fort de cette expérience et de par le manque de données dans la littérature scientifique, nous pensons qu’il serait intéressant de mener une étude plus large sur ces formes précoces de PAF, permettant de préciser l’âge le plus adapté pour la réalisation du DPS en fonction des corrélations génotype/phénotype et/ou de l’histoire familiale afin d’améliorer le parcours de soins pour ces familles avec expression clinique digestive particulièrement précoce.

La maladie de von Hippel-Lindau (VHL) est une affection génétique de transmission autosomique dominante touchant environ 1 personne sur 36 000 à la naissance, due à des anomalies constitutionnelles du gène VHL. Elle se manifeste par le développement de tumeurs bénignes ou malignes touchant de multiples organes (système nerveux central (SNC), rétine, reins, surrénales, pancréas) et représente la principale cause de cancer du rein héréditaire. On distingue le VHL de type 1 qui se caractérise par un risque élevé d’hémangioblastomes (HB) et de carcinomes rénaux (RCC) sans phéochromocytome, et le type 2 qui inclut, en plus, un risque important de développer des phéochromocytomes. Les patients français sont pris en charge par le Réseau National de Référence pour Cancers Rares de l'Adulte PREDIR (PREDIspositions héréditaires aux tumeurs du Rein) créé en 2009 et labellisé depuis 2014 par l’INCa. Dans la base de données nationale de PREDIR, 428 familles avec maladie de VHL prouvée génétiquement et comprenant 1157 individus (535 hommes, 622 femmes ; 1 à 25 patients par famille) ont été inclus entre 1990 et 2024. Parmi ces patients, 901 présentent une variation pathogène ou probablement pathogène (VP/VPP) de type substitution ou indel du gène VHL et 256 portent une délétion d’un ou plusieurs exons. Chez les patients avec VHL type 1 (74%) la majorité des VP/VPP conduisent à une protéine absente ou tronquée, la plus fréquente étant p.Arg161Ter. Dans le VHL type 2 (26%), les variations faux-sens prédominent, les plus fréquentes touchant le codon 167. Au total, 1078 patients (93%) ont développé des manifestations cliniques : 61% ont présenté un HB du SNC et 40% un HB rétinien (âge moyen de survenue respectivement à 30,5 et 26,5 ans), 37% un RCC (âge moyen 37,5 ans), 26% un phéochromocytome (âge moyen 28 ans), 44% des kystes du pancréas (âge moyen 33 ans), 13% une tumeur neuroendocrine du pancréas (TNEP) (âge moyen 37,5 ans) et 4% une tumeur du sac endolymphatique (âge moyen 31 ans). L’âge moyen au diagnostic de la première lésion était de 27 ans (3 à 80 ans). Les lésions les plus souvent révélatrices de la maladie étaient l’HB du SNC (39% des patients), suivi de l’HB rétinien (24%), du phéochromocytome (17%), des kystes du pancréas (7,4%) et du RCC (7,3%). Au cours du suivi, 321 décès ont été recensés dont 229 liés à la maladie (142 secondaires à un HB du SNC, 71 à un RCC, 16 à un phéochromocytome ou une TNEP). Cette étude porte sur l’une des plus importantes séries internationales de patients porteurs de VP/VPP du gène VHL. Elle permet de mieux préciser la pénétrance globale de l’affection, la fréquence des différentes tumeurs et le type de variations génétiques portées par les patients. Ces données pourraient également permettre d’anticiper le risque de survenue d’un type de lésion au sein d’une même famille, assurant une prise en charge plus adaptée des individus à risque. Pour le Réseau PREDIR.