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C10
09:00 - 12:30
WORKSHOP 4
Expression, épissage, intron, transcriptome
Modérateurs :
Claude HOUDAYER (PU PH) (Rouen), Véronique PINGAULT (Biologiste) (Paris)
09:00 - 09:10
#38633 - SS092 Analyse comparative d'outils de prédiction d'épissage.
SS092 Analyse comparative d'outils de prédiction d'épissage.
On estime que 50 % des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont un effet sur le mécanisme d'épissage. Dans la base de données HGMD (variants pathogènes publiés), seuls 10% des variants ont un effet sur l’épissage (n=29207). Les raisons de cette différence résident très probablement dans notre capacité récente à identifier des variations introniques profondes par l’utilisation facilitée du génome complet et dans le manque de prédictions bioinformatiques fiables pour certaines catégories de variants. En effet, plusieurs éléments codés dans l’ADN sont responsables de la bonne reconnaissance par la machinerie d’épissage des limites exon-intron telles que le site d’épissage canonique incluant le site donneur (5’) et accepteur (3’). Les variations dans ces régions peuvent altérer considérablement le mécanisme d'épissage, provoquant par exemple un saut d'exon ou une intégration totale ou partielle d'intron. Ces régions ont été très bien caractérisées et leurs prédictions sont fiables. D'autres régions, plus difficiles à reconnaître comme le point de branchement ou les éléments de régulation d'épissage tels que les enhancer introniques/exoniques (ISE et ESE) ou les silencer (ISS et ESS), sont plus complexes à prédire. Plusieurs outils bioinformatiques ont été développés au fil du temps, allant d'outils plus anciens tels que MaxEntScan ou plus récents tels que SpliceAI à certains outils dédiés comme Branchpointer pour les points de branchement, et enfin des agrégateurs d’outils tels que SPiP. Plusieurs comparaisons d’outils ont déjà été rapportées sur des gènes en particulier mais rarement de manière compréhensive, ce que nous proposons dans cette étude.
Notre jeu de données d’évaluation est composé d’une part de variants pathogènes ou possiblement pathogènes extraits de HGMD (n=29 207) et ClinVar (n=17 251) et d’autre part de variants bénins ou possiblement bénins extraits de ClinVar (n=176 959) et gnomAD v2 (28 538 des génomes et 121 504 des exomes, avec une fréquence allélique > 3%). Au total, 638 219 variants non redondants sont considérés dont 41 341 pathogènes et 596 878 comme bénins. L'examen de la distribution des variants pathogène sur le gène révèle que la majorité d'entre eux sont situés sur les sites d'épissage consensus (n=38 710, 94,1 %).
L'ensemble de données a été utilisé pour évaluer 7 programmes dont MaxEntScan, MMSplice, NNSplice, SPiP, SpliceAI (2 paramétrages), SQUIRLS, SSF-like. D’autres algorithmes ou score sont encore en cours de traitement (par exemple CADD). Les résultats de cette étude sont exprimés sous la forme de courbes ROC et l'analyse de l’aire sous la courbe (AUC) révèlent des performances proches pour les sites consensus et des différences notables avec 3 outils plus performants pour les autres types de variants (SpliceAI, SQUIRLS et SPiP). Les résultats détaillés seront présentés permettant de définir un pipeline bioinformatique efficace pour l’évaluation des variations affectant l’épissage.
Jean-Baptiste LAMOUCHE (STRASBOURG), Céline BESNARD, Hélène DOLLFUS, Antony LE BÉCHEC, Jean MULLER
09:10 - 09:20
#38619 - SS093 PolySplice : un nouvel outil bio-informatique de tri et d’analyse des variants d’épissage.
SS093 PolySplice : un nouvel outil bio-informatique de tri et d’analyse des variants d’épissage.
L’avènement du séquençage de génome lors des plans nationaux ont permis la mise en évidence de nombreux variant intronique ayant un effet potentiel sur l’épissage. Par ailleurs, certaines études suggèrent que jusqu’à 20% des variants affectant les régions codantes pourraient avoir un effet sur l’épissage. Les scores de prédictions développés ces dernières années sont insuffisamment efficace, en particulier pour l’analyse des variants introniques profonds. Dans un papier récent, nous avons montré dans une cohorte de patients avec un syndrome d’Alport lié à l’X, que seuls 60% des variants introniques profonds identifiés chez les patients, et dont l’effet sur l’épissage avait été prouvé, étaient décrit comme altérant probablement l’épissage par les scores de prédictions. Ces éléments prouvent que l’obtention d’une preuve fonctionnelle est indispensable avant de conclure à la pathogénicité d’un variant impliquant l’épissage. Dans ce contexte, nous avons développé une approche de séquençage d’ARN basée sur la capture d’ADN complémentaire issu de tissus d’intérêt des patients. Cette approche pouvant être réalisée avant ou en parallèle des études génomique permet la mise en évidence de nombreux évènements d’épissage. L’objectif de ce travail était de développer une interface bio-informatique permettant la caractérisation, le tri et la présentation des évènements d’épissage identifiés chez un patient.
A partir des données issues du séquençage du cDNA de patients après capture par les différents panels utilisés dans le service de génétique moléculaire, nous avons aligné (Hisat2), puis annoté chaque évènement d’épissage (Sambamba) pour isoler les évènements non canoniques. Ces derniers ont ensuite été triés selon leur effet sur l’épissage (saut d’exon / rétention d’intron), et la probabilité de leur pathogénicité basée sur différents critères : (1) qualité de l’évènement, (2) profondeur de séquençage, (3) caractère déjà vu de cet évènement dans notre base de données et (4) le « bruit de fond » au niveau des jonctions proches. Les évènements dans les gènes incriminés sont ainsi classés et présentés à l’utilisateur associé à un visuel direct du sashimi plot correspondant à l’évènement. L’accès de l’utilisateur à ces évènements triés, et au paramétrage de ces différents filtres a été proposé dans le cadre d’une nouvelle interface appelée PolySplice.
L’utilisation de cette interface permet ainsi l’identification des évènements d’épissage issus du séquençage d’ARN des patients, et confirmer la pathogénicité des variants identifiés en comparant ces évènements à une base de données interne alimentée continuellement. A l’avenir, il est prévu que cet outil soit relié au pipeline d’identification des variants génomiques (Polyviewer) afin d’intégrer les données issues des analyses génomiques et transcriptomiques.
Marc BRAS (Maurepas), Nicolas CAGNARD, Guillaume DORVAL, Nitschké PATRICK
09:20 - 09:25
#38042 - SS094a Mise en place d'une analyse RNA-seq pour la détection d'événements d'épissage aberrants en génétique constitutionnelle : expérience lyonnaise avec l’utilisation du pipeline SAMI (Splicing Analysis with Molecular Indexes).
SS094a Mise en place d'une analyse RNA-seq pour la détection d'événements d'épissage aberrants en génétique constitutionnelle : expérience lyonnaise avec l’utilisation du pipeline SAMI (Splicing Analysis with Molecular Indexes).
L'identification précise des anomalies d'épissage génétique est un enjeu essentiel en génétique constitutionnelle puisqu’environ 15 à 30 % des variants délétères responsables de maladies héréditaires entraînent des modifications dans l'épissage des gènes. Bien que des solutions de séquençage d'ARN existent depuis des années pour quantifier l'expression génique et détecter des gènes de fusion dans les tumeurs, l'utilisation du RNAseq pour l'analyse de l'épissage reste limitée dans le diagnostic moléculaire de routine.
Le RNASeq développé dans notre laboratoire a deux objectifs principaux : offrir une analyse complémentaire aux patients pour lesquels le diagnostic reste suspect malgré des tests constitutionnels négatifs, et aider à interpréter les variants de classe 3 en recherchant leurs conséquences fonctionnelles sur l'épissage. Notre panel de 160 gènes d'intérêt en oncologie, médecine interne et neurologie est analysé avec l’ARN extrait à partir de de tubes Paxgene. Le séquençage de 16 échantillons est fait avec un séquenceur Illumina NextSeq 500.
La détection et la quantification des épissages alternatifs, tels que les sauts d'exon, les troncatures ou les élongations d'exon, ainsi que la rétention d'introns ou la création de néo-exons, présentent un défi. Actuellement, il existe peu d'outils performants répondant à ces besoins. Pour pallier ce manque, l'équipe de bioinformatique des Hospices Civils de Lyon a développé le pipeline SAMI, qui peut détecter, annoter et quantifier des jonctions d'épissage physiologiques et aberrantes à partir de données de séquençage RNAseq.
Ce pipeline, basé sur Nextflow et tirant partie des UMI pour éliminer les duplicats de PCR, classe chaque jonction détectée en quatre catégories : Annotated (jonction physiologique), Plausible (jonction anormale entre deux sites d’épissage connus : saut d’exon), Anchored (jonction avec un site d’épissage connu : rétention ou élongation d’exon) et Unknown (jonction sans site d’épissage connu : néo-exon). L'analyse des données est comparative entre les échantillons d’un même run, en utilisant des critères tels que la profondeur de séquençage (Reads > 5), le nombre de récurrences ( < ou = 2) et un index PSI (Percent Spliced In > 1%) pour sélectionner les jonctions d'intérêt. Les anomalies d'épissage sont visualisées via des Sashimi plots générés par SAMI et IGV.
Les résultats obtenus avec SAMI sont prometteurs, détectant les anomalies d'épissage attendues et en y ajoutant parfois des anomalies complémentaires. Malgré des difficultés persistantes dans la détection des néo-exons introniques profonds, le pipeline montre une bonne reproductibilité et répétabilité pour les gènes suffisamment exprimés dans le sang.
Nous envisageons une mise en production du RNAseq au laboratoire comme analyse de seconde intention et nous n’écartons pas d’utiliser en parallèle d’autres pipelines (Splice-Laucher par exemple de nos collègues de Caen) pour une analyse complémentaire.
Stéphane PINSON (LYON), Lucas GAUTHIER, Sylvain MARESCHAL, Valentin WUCHER, Claire BARDEL, Maude VECTEN, Maud TUSSEAU, Alain CALENDER
09:25 - 09:30
#38235 - SS094b Détection d’événements d’épissage aberrants chez des patients isolés en RNA-seq avec SAMI.
SS094b Détection d’événements d’épissage aberrants chez des patients isolés en RNA-seq avec SAMI.
Bien que ces 15 dernières années aient vu le séquençage d’ARN à haut débit remplacer progressivement les puces transcriptomiques, l’informativité supplémentaire de cette technique concernant l’épissage reste à exploiter en clinique. De nombreux outils ont été développés pour quantifier des isoformes connues a priori (RSEM, kallisto) ou comparer des groupes d’échantillons (rMATS, MAJIQ), mais peu de solutions sont adaptées au contexte clinique le plus fréquent : retrouver des événements d’épissage uniques dans des échantillons isolés.
C’est dans cette optique que nous avons développé SAMI (Splicing Analysis with Molecular Indexes), un pipeline Nextflow capable d’identifier et représenter graphiquement de tels événements en prenant en charge l’analyse complète d’un séquençage d’ARN à haut débit (contrôles qualités, déduplication basée sur les UMI, alignement, quantification de l’expression, détection des événements d’épissage aberrants et fusions de gènes). L’utilisation des technologies Nextflow (pipeline) et Singularity (conteneurisation) en font un outil simple à diffuser et déployer, aussi bien en local que dans le cloud.
Appliqué à un contrôle commercial séquencé sur un premier panel de 17.6 kb dédié au cancer de poumon, SAMI a été en mesure de détecter 13/13 sauts de l’exon 14 de MET et 12/13 sauts d’exons 2-7 correspondant au variant EGFRvIII. Bien qu’initialement développé pour l’épissage, SAMI a également démontré un potentiel pour l’identification de gènes de fusions, en retrouvant les 15 événements de fusions attendus dans l’échantillon contrôle avec une sensibilité au moins équivalente à Arriba et STAR-Fusion, des outils de référence en la matière.
Dans un second panel de 2.44 Mb dédié aux cancers hématologiques, l’application de SAMI a un plan d’expérience plus proche de la recherche (comparaison de patients atteints de syndromes myélodysplasiques avec et sans mutations de SRSF2) a également donné des résultats très satisfaisants, en retrouvant l’exon « poison » d’EZH2 décrit précédemment dans ce contexte.
L’application de SAMI et d’un outil équivalent (SpliceLauncher) à un troisième panel de 1.12 Mb fait l’objet d’une seconde soumission indépendante. Bien qu’applicable en l’état au séquençage de transcriptomes complets, ce dernier cas de figure fait encore l’objet de développements et d’optimisations à l’heure actuelle.
Sylvain MARESCHAL, Valentin WUCHER, Sarah HUET, Camille LÉONCE, Kaddour CHABANE, Sandrine HAYETTE, Pierre-Paul BRINGUIER, Stéphane PINSON, Marc BARRITAULT, Claire BARDEL (Lyon)
09:30 - 09:40
#37994 - SS095 Mise en place d'une stratégie de séquençage d'ARN par capture issus de différents tissus : une approche intégrative pour un diagnostic ciblé.
SS095 Mise en place d'une stratégie de séquençage d'ARN par capture issus de différents tissus : une approche intégrative pour un diagnostic ciblé.
Le séquençage d’ARN (RNAseq) est un outil indispensable pour l’évaluation fonctionnelle post-génomique de certains variants (intronique ou non) affectant l’épissage. Son utilisation est parfois rendue difficile en cas de gène dont l’expression est limitée à un tissu spécifique et peu accessible comme c’est le cas du tissu rénal. Par ailleurs, l’étude des transcrits nécessite une profondeur de couverture importante, parfois difficile à atteindre.
Dans cette étude, nous appliquons une technologie de RNAseq ciblé par capture d’un panel de 228 gènes impliqués dans les maladies rénales monogéniques, à différents tissus (rein, sang, fibroblastes et urines) issus de patients présentant un variant affectant l’épissage identifié préalablement. Nous comparons ainsi les profils d’expression des différents gènes capturés dans chaque tissu et interprétons le retentissement de chaque variant identifié sur l’épissage de l’ARN considéré.
Nous avons pu étudier plusieurs échantillons pour chaque tissu. En moyenne, 11 176 reads s’alignaient sur les jonctions exons-exons identifiées (soit environ 354 reads/jonction) assurant une profondeur de lecture moyenne suffisante à l’interprétation des évènements d’épissage. L’analyse en cluster des différents prélèvements a permis de retrouver une homogénéité des tissus ce qui témoigne de la reproductibilité des résultats (Figure 1). A titre d’exemple, l’étude de l’ARN issu des urines totales de trois patients a permis l’analyse de l’épissage de 222/228 gènes capturés. Dans tous les cas, l’étude spécifique des transcrits d’intérêts ont permis de valider la conséquence du variant sur l’épissage pour les gènes PKHD1, NPHS2 et PODXL (tissu rénal), COL4A4 et COL4A5 (urines totales), COQ2 et NUP93 (fibroblastes), BBS9 et COQ8B (sang). L’ensemble de ces données ont été analysées grâce à une interface spécialement conçue pour cette analyse, permettant de hiérarchiser les évènements identifiés : PolyRNAseq.
Dans ce travail, nous montrons que l’étude de l’ARN total issu de différents tissus permet l’interprétation fonctionnelle des variants ayant un effet sur l’épissage. Nous montrons que dans le domaine de la néphrogénétique, l’ARN total issu des urines permet l’interprétation des évènements dans la presque totalité des 228 gènes étudiés.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Marc BRAS, Zaina AIT ARKOUB, Vincent MORINIERE, Christelle ARRONDEL, Nicolas CAGNARD, Patrick NITSCHKE, Manon MAUTRET GODEFROY, Laurence HEIDET, Corinne ANTIGNAC, Guillaume DORVAL
09:40 - 09:50
#37905 - SS096 Evaluation du séquençage ciblé d'un panel ARN pour le classement de variants d’épissage en oncogénétique.
SS096 Evaluation du séquençage ciblé d'un panel ARN pour le classement de variants d’épissage en oncogénétique.
Les analyses de routine par panel de gènes permettent désormais d’identifier les variants pathogènes dans les gènes cliniquement pertinents en oncogénétique. Cependant, de nombreux variants de signification incertaine (VSI) sont également mis en évidence, dont une grande partie pourrait avoir un impact sur la transcription et l’épissage des ARNm. Plusieurs logiciels tentent de prédire l'impact des variants sur l'épissage et permettent ainsi de sélectionner les variants pour lesquels il est important d'étudier l'effet sur les transcrits. L’analyse des ARNm permet également de préciser le caractère en tandem des grandes duplications et peut être utile pour la recherche de variants introniques profonds difficiles à identifier en panel ADN.
Notre étude présente ainsi l’analyse de 53 VSI par capture et séquençage ciblé d’un panel de 38 gènes, sur des ARN totaux extraits d’échantillons sanguins de patients. Des RT-PCR, du séquençage Sanger des ARNm des patients ou des analyses monoalléliques de mini-gènes ont également été réalisés en complément lorsque cela était nécessaire.
Sur les 57 VSI analysés par panel ARN, 23 variants (40%) ont montré une modification partielle ou totale des transcrits (effet sur l’épissage ou duplication d’exon en tandem). Treize variants (23%) ont pu être classés comme pathogènes ou probablement pathogènes. Sur les 34 VSI sans impact observé sur l’épissage, 21 (62%) ont pu être classés probablement neutres. Les données obtenues pour 4 variants seront présentées de manière exhaustive : PTEN c.206+6T > G, MLH1 c.791-489_791-20del, BRCA2 c.68-8_68-7delinsAA et MSH2 c.(1076+1_1077-1)_( 1276+1_1277 -1)dup.
Ces 4 exemples illustrent l’utilité du séquençage de panels ARN réalisés sur prélèvements sanguins pour aider à classer les VSI avec un effet sur l’épissage prédit. Cette technique peut également être utile pour caractériser les grandes duplications et pour rechercher l’impact de variants introniques profonds sur les transcrits exprimés.
Maud PRIVAT (CLERMONT FERRAND), Flora PONELLE-CHACHUAT, Sandrine VIALA, Nancy UHRHAMMER, Mathis LEPAGE, Anne CAYRE, Yannick BIDET, Yves-Jean BIGNON, Mathilde GAY-BELILLE, Mathias CAVAILLE
09:50 - 10:00
#38225 - SS097 Retour d’expérience sur la mise en place du séquençage de l’ARN messager (mRNA-seq) dans un laboratoire de neurogénétique moléculaire en diagnostic de routine.
SS097 Retour d’expérience sur la mise en place du séquençage de l’ARN messager (mRNA-seq) dans un laboratoire de neurogénétique moléculaire en diagnostic de routine.
Le séquençage à haut débit de l’ARN (RNA-seq) constitue une approche de validation fonctionnelle complémentaire à celle du séquençage de l’ADN. Il permet la mise en évidence de jonctions aberrantes suite à un épissage alternatif ou à la présence de gènes de fusion, la détection de variants mais aussi l’expression différentielle des gènes. Plusieurs études ont montré l’intérêt majeur de cette technique qui améliore le rendement diagnostique et permet de reclassifier des variations de signification incertaine représentant un challenge pour les laboratoires de génétique en l’absence de données d’études fonctionnelles.
Nous avons mis en place dans notre laboratoire de neurogénétique moléculaire une double approche qualitative du séquençage de l’ARN messager ciblé et total dans un contexte de caractérisation de variants de signification incertaine ayant un impact prédit sur l’épissage et mis en évidence préalablement en DNA-seq panel, exome et aussi en Génome (plateformes nationales SeqOIA et AURAGEN). Les ARNs sont extraits à partir de cellules lymphocytaires (Tube Paxgene) ou de fibroblastes (Biopsie de peau), et plus rarement à partir de tissu fœtal (Muscle, Poumon) selon l’expression du gène d’intérêt. Nous procédons par la suite à la sélection des ARNm par la capture de la queue polyA puis déplétion ou non en globine et en ARN ribosomal selon l’analyse souhaitée et le type d’échantillon utilisé. Pour l’analyse mRNA ciblée, nous capturons par la suite 250 gènes impliqués dans nos pathologies d’intérêt (maladies congénitales ou très précoces du cervelet et du tronc cérébral, et mouvements anormaux à début pédiatrique). Le traitement bioinformatique des données a été initialement assuré par Génosplice lors de la mise en place de la technique, puis nous avons effectué une transition vers une utilisation en routine diagnostique sur la plateforme MOABI(APHP), Ces deux pipelines intègrent l’outil d’alignement STAR pour l’analyse qualitative des jonctions aberrantes. L’interprétation des résultats est réalisée d’une part à partir d’un fichier de comptage de jonctions présentes au niveau de l’échantillon et le calcul du ratio des jonctions d’inclusion et d’exclusion et d’autre part par la visualisation des BAMs jonctions en Sashimi Plot sur IGV. 82% des gènes panel sont analysables à partir d’ARN extrait sur Tube Paxgene contre 63 % des gènes mRNA total.
Cette approche nous a permis de reclasser à ce jour 57% des variants testés de signification incertaine en probablement pathogène ou pathogène selon la classification ACMG et confirme l’intérêt de l’implémentation de cette technique en routine dans un laboratoire de diagnostic. Plusieurs exemples de RNAseq ciblé et total seront présentés ainsi qu’un comparatif des différents processus techniques utilisés.
Leila QEBIBO (PARIS), Cindie SILVA, Alexandra AFENJAR, Malek LOUHA, Lydie BURGLEN
10:00 - 10:30
Table ronde.
10:30 - 10:59
PAUSE.
10:59 - 11:00
IL N’Y A PAS QUE LE RNASEQ AU LABORATOIRE !
11:00 - 11:10
#37781 - SS098 Combinaison de SpliceAI et d'un test dans un modèle de gène complet pour interpréter l'impact de l'épissage de tous les variants codants possibles de SPINK1.
Combinaison de SpliceAI et d'un test dans un modèle de gène complet pour interpréter l'impact de l'épissage de tous les variants codants possibles de SPINK1.
CONTEXTE : Les variants mono-nucléotidiques, ou « single-nucleotide variants » (SNVs), au sein des séquences codantes des gènes peuvent influencer profondément l'épissage du pré-ARNm, avec d'importantes implications en termes de diagnostic et de traitement personnalisé. L'analyse de l’effet des SNVs sur l'épissage à partir d’échantillons biologiques se heurte souvent à des contraintes pratiques. Bien que les outils in silico fournissent des prédictions de plus en plus fiables, ils ne répondent pas à eux seuls aux normes de classification clinique. Nous avons précédemment mis au point un test d'épissage in vitro dans un modèle de gène complet (FLGSA, « full-length gene splicing assay »), permettant une caractérisation fine des effets de variants codants et introniques du gène SPINK1, un gène associé à la pancréatite chronique. Cette nouvelle étude vise à exploiter les avantages du test FLGSA, en conjonction avec les capacités prédictives de SpliceAI, pour interpréter de manière prospective l'impact de tous les SNVs codants potentiels dans le gène SPINK1 sur l'épissage.
RÉSULTATS : Une corrélation rétrospective comparant les données du FLGSA avec les prédictions de SpliceAI pour un total de 62 SNVs codants (n = 27) et introniques (n = 35) connus de SPINK1 a d’abord été réalisée. Sur la base des résultats de cette corrélation croisée, 35 SNVs potentiels (score SpliceAI : 0,00 – 0,93) sur 16 positions nucléotidiques codantes ont été sélectionnés pour une analyse fonctionnelle par l’approche FLGSA. En fin de compte, nous avons obtenu des données FLGSA pour 62 SNV codants. Ces 62 SNVs représentent 8,6 % des 720 SNVs potentiels dans la séquence codante de SPINK1 (80 codons ; 3 positions/codon ; 3 variants/position), pour un total de 42 positions nucléotidiques (soit 17,5% des 240 nucléotides de l’ORF). Les tests fonctionnels ont révélé un effet délétère pour 12 SNVs, dont 9 qui conduisaient à la production du transcrit de type sauvage et de transcrits aberrants, et trois qui conduisaient uniquement à la production de transcrits aberrants. Ces 12 SNVs étaient tous localisés dans les exons 1 et 2. Nous avons réalisé une nouvelle corrélation croisée des données FLGSA et SpliceAI dans le contexte des 62 variants codants (12 variants ayant un effet délétère, et 50 variants neutres), suggérant qu’aucun des variants potentiels non-sélectionnés, donc non-testés par FLGSA, n’aura d’impact fonctionnel significatif. Cela conduit à l’estimation d’un effet sur l’épissage du pré-messager du gène SPINK1 de seulement 12 des 720 variants codants possibles, soit 1,67%.
CONCLUSIONS : En comparant les prédictions obtenues par SpliceAI et les données du test in vitro FLGSA, nous concluons que moins de 2 % (1,67 % dans cette étude) de tous les SNVs codants possibles de SPINK1 auraient un effet significatif sur l'épissage.
Hao WU, Jin-Huan LIN, Xin-Ying TANG, Wen-Bin ZOU, Sacha SCHUTZ, Emmanuelle MASSON, Yann FICHOU, Gerald LE GAC, Claude FÉREC, Zhuan LIAO, Jian-Min CHEN (BREST)
11:10 - 11:20
#37797 - SS099 L’analyse de transcrits en oncogénétique par la technique SEALigHTS diminue l’errance diagnostique.
SS099 L’analyse de transcrits en oncogénétique par la technique SEALigHTS diminue l’errance diagnostique.
Le diagnostic moléculaire à haut débit est essentiel dans la prise en charge des patients en oncogénétique. La découverte d’un variant pathogène permet d’identifier les individus à risque, d’adapter la surveillance, de guider les interventions chirurgicales préventives voire thérapeutiques. Cependant, le rendement diagnostique de ces analyses n’est pas satisfaisant, seulement 10% pour la prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire et 25% pour la prédisposition aux cancers digestifs. Afin d’améliorer l’identification de ces variants il est impératif de perfectionner l’interprétation des variations de signification incertaine (VSI) largement identifiées dans nos laboratoires. Une meilleure exploration des variants d’épissage, sous explorés par manque de moyen, permettrait ainsi de reclasser un grand nombre de ces variants. Ainsi, pour élucider une partie de cette hérédité manquante, nous proposons de réaliser une étude de l’ARN, en panel à haut débit, de manière concomitante et systématique à l’analyse génomique. Ceci est rendu possible par une technique développée au sein de l’unité Inserm U1245 : SEALigHTS pour Splice and Expression Analysis by Exon Ligation and High Throughput Sequencing (Levacher et al., 2023). Cette technique permet l’exploration simultanée de toutes les jonctions exon-exon d’un panel de 44 gènes et peut être réalisée pour 64 patients en 2 jours et demi pour 30 euros par patient. En pratique, après rétrotranscription, des sondes dessinées à chaque extrémité d’exon vont s’hybrider puis se liguer si elles sont accolées, pour enfin être amplifiées et séquencées par NGS. Cette technique a été validée par l’analyse de 30 variations d’épissage documentées au titre du diagnostic. Nous avons également exploré en SEALigHTS 37 patients très évocateurs d’une prédisposition au cancer sans variation pathogène identifiée jusqu’alors, permettant de réaliser 6 nouveaux diagnostics par l’identification d’une anomalie de l’épissage puis de son altération génomique en regard. Fort de ces résultats encourageants nous avons initié le projet STRATEGIC (STRucturation de l’Analyse des Transcrits dEs Gènes Impliqués dans les Cancers héréditaires en Normandie et Nord-Pas de Calais) financé par le Cancéropôle Nord-Ouest et porté par le CHU de Rouen en collaboration avec le centre François Baclesse à Caen et le CHU de Lille dans le cadre de la FHU G4 génomique. Ce projet a pour objectif d’inclure 1000 patients vus en consultation de génétique pour prédisposition héréditaire au cancer du sein et/ou de l’ovaire ou aux cancers digestifs chez qui nous réaliserons l’analyse concomitante de l’ADN et de l’ARN par SEALigHTS. La puissance d’une interprétation conjointe se révèle être un avantage majeur pour les patient.es en diminuant l’errance diagnostique et l’incertitude liée aux VSI. L’accumulation des données d’épissage au cours de ce projet pourra également se révéler précieuse pour améliorer nos connaissances des corrélations génotype-phénotype.
Julie AMIOT (Rouen), Corentin LEVACHER, Philippe RUMINY, Camille CHARBONNIER, Françoise CHARBONNIER, Jean-Christophe THÉRY, Isabelle TENNEVET, Jacques MAUILLON, Violette ALLOUCHERY, Nathalie PARODI, Maud BRANCHAUD, Pascaline BERTHET, Dominique VAUR, Sophie KRIEGER, Marie-Pierre BUISINE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Edwige KASPER, Claude HOUDAYER
11:20 - 11:30
#37896 - SS100 Variants du gène d’albinisme oculocutané OCA2 et pathogénicité du saut d’exon 10.
SS100 Variants du gène d’albinisme oculocutané OCA2 et pathogénicité du saut d’exon 10.
Le diagnostic génétique des patients présentant une suspicion clinique d'albinisme est essentiel pour adapter les soins aux patients en fonction du type (syndromique, oculaire ou oculocutané) et offrir un conseil génétique aux familles. A ce jour, environ 30% des patients restent génétiquement non résolus avec une proportion importante d'entre eux (60%) présentant au moins un variant de signification inconnue (VSI) dans l'un des 20 gènes connus d’albinisme.
Nous nous sommes intéressés aux patients suspectés d’albinisme oculocutané de type 2 (OCA2) présentant au moins un VSI rare dans le gène OCA2. Dans cette étude, nous avons sélectionné les VSI dans et autour de l’exon 10. Cet exon est connu pour être sensible au saut lors de l’épissage conduisant, chez les sujets contrôles sains, à une fraction minoritaire de transcrits non fonctionnels délétés de l’exon 10. Par une approche fonctionnelle, nous avons cherché à savoir si les VSI dans ou autour de l’exon 10 pouvaient significativement augmenter le saut de cet exon et résulter en un défaut de production de protéine fonctionnelle suffisant pour entraîner la pathogénicité.
En combinant plusieurs approches (essai par minigène, caractérisation de transcrits issus de biopsies de peau), nous avons montré que 3 variants introniques ainsi que deux variants synonymes augmentent significativement le saut de l’exon 10 nous permettant de les classer pathogènes (Michaud et al. 2023). Nous complétons cette étude en mesurant l’effet de ces variants rares en fonction de la présence de variants bénins de la région. En particulier, l’influence du SNP c.1065G > A;p.(Ala 355=), majoritaire dans les populations européennes à peau claire, est en cours d’évaluation. Chez la souris, l’exon 10 d’Oca2 n’est pas sensible au saut. Ce constat nous permet de sélectionner les quelques nucléotides non homologues entre les deux espèces, pour tester par minigène leur capacité à contrôler l’épissage dans la perspective d’identifier les séquences critiques et donc d’améliorer les outils de prédiction.
De façon intéressante, nous montrons que les erreurs d'épissage ainsi que d'autres anomalies touchant les transcrits d’OCA2 peuvent être détectées directement à partir d'échantillons de cellules sanguines, ce qui permet d’éviter le recours à des biopsies invasives de peau. Nous recommandons donc le prélèvement systématique d'un échantillon d'ARN sanguin chez les patients suspectés d’OCA2 dont le diagnostic génétique n'est pas concluant (ex : un seul variant pathogène dans OCA2 ; 1 VSI ; 2 VSI en trans).
Michaud V, Sequeira A, Mercier E, Lasseaux E, Plaisant C, Hadj-Rabia S, Whalen S, Bonneau D, Dieux-Coeslier A, Morice-Picard F, Coursimault J, Arveiler B, Javerzat S. Unsuspected consequences of synonymous and missense variants in OCA2 can be detected in blood cell RNA samples of patients with albinism. Pigment Cell Melanoma Res. 2023 Aug 31. doi: 10.1111/pcmr.13123. Epub ahead of print. PMID: 37650133.
Elina MERCIER (Bordeaux), Vincent MICHAUD, Angèle SEQUEIRA, Eulalie LASSEAUX, Claudio PLAISANT, Benoit ARVEILER, Sophie JAVERZAT
11:30 - 11:40
#38157 - SS101 Etude de la dérégulation de l'épissage induite par les mutations de l'exon 2 de VHL associées au développement de polyglobulie ou de tumeurs.
SS101 Etude de la dérégulation de l'épissage induite par les mutations de l'exon 2 de VHL associées au développement de polyglobulie ou de tumeurs.
La voie de l'hypoxie est un mécanisme moléculaire essentiel qui permet l’adaptation au taux d’oxygène et repose sur la régulation du facteur inductible par l’hypoxie HIF alpha. En normoxie, le gène VHL contribue à la dégradation de ce facteur, inhibant ainsi l’expression de ces gènes cibles associés notamment à la survie, la prolifération et l'angiogenèse.
Les mutations germinales du gène VHL sont associées au développement de deux phénotypes distincts. Des mutations hétérozygotes entraînent le développement de tumeurs hypervascularisées : hémangioblastomes, carcinomes rénaux à cellules claires et phéochromocytomes (maladie de von Hippel-Lindau). Des mutations homozygotes sont associées à la surexpression d’érythropoïétine (EPO) qui entraîne une surproduction de globules rouges (polyglobulie). Dans le but d’améliorer le suivi et le diagnostic des patients, les mécanismes moléculaires complexes sous-jacents à ces deux phénotypes sont explorés par le laboratoire. Notre travail porte sur l’hypothèse d’un modèle d’oncogenèse en gradient qui suggère une corrélation directe entre l’importance des conséquences fonctionnelles des mutations et la gravité des symptômes cliniques observés.
Le gène VHL, constitué de trois exons, code deux transcrits majeurs. Le premier transcrit contient les trois exons et code une protéine activement impliquée dans la dégradation de HIF, tandis que le second, résultant d’un saut d'épissage de l'exon 2, code une protéine qui a perdu la propriété de réguler HIF.
Treize mutations localisées dans l'exon 2 de VHL identifiées chez des patients avec polyglobulie (n=5) ou atteints de la maladie de VHL (n=8) ont été étudiées à l'aide d'un test "minigène" rapporteur d’épissage dans différentes lignées cellulaires. Il a pu être mis en évidence que la dérégulation de l'épissage (saut de l'exon 2) causée par les mutations associées au développement de tumeurs est plus importante que l'impact des mutations associées aux polyglobulies. Cette observation est un argument en faveur de l’hypothèse d’oncogenèse en gradient.
Afin d'élucider les mécanismes moléculaires responsables du saut de l’exon 2 en présence de mutations spécifiques de VHL, les protéines de liaison à l'ARN (RNA-Binding Proteins - RBP) impliquées dans la régulation de cet épissage différentiel ont été recherchées. Les RBP liées aux sondes ARN de la séquence de l’exon 2 de VHL sauvage ou muté ont été précipitées par la technique de RNA-Protein Pull-Down puis identifiés par spectrométrie de masse. Cette étude s’est concentrée sur les mutations : c.413C>T (P138L), c.413C>G (P138R) et c.414A>G (P138P), respectivement associées aux phénotypes de polyglobulie, carcinome rénal à cellules claires sporadique et maladie de VHL.
L'identification d'acteurs protéiques spécifiques de la régulation de l'épissage de VHL pourrait constituer de nouvelles pistes de ciblage thérapeutique visant à inverser le ratio d'expression des deux transcrits VHL en faveur du transcrit correctement épissée.
Valéna KARAGHIANNIS (Nantes), Loic SCHMITT, Marion LENGLET, Sophie COUVÉ, Franck CHESNEL, Anne COUTURIER, Marine DELAMARE, Amandine LEROY, Valentine LESIEUR, Bruno CASSINAT, Stéphane RICHARD, Yannick ARLOT, Sylvie TUFFERY-GIRAUD, Julie MIRO, François GIRODON, Betty GARDIE
11:40 - 11:50
#37671 - SS102 Évaluation des conséquences transcriptomiques des variations pathogènes de NIPBL dans des cellules souches pluripotentes induites éditées.
SS102 Évaluation des conséquences transcriptomiques des variations pathogènes de NIPBL dans des cellules souches pluripotentes induites éditées.
Introduction : Le complexe cohésine joue un rôle critique dans la structure chromatinienne et la régulation de l'expression des gènes. Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une transcriptomopathie liée à des altérations de ce complexe. NIPBL, le principal gène du CdLS, code le facteur de chargement de la cohésine, en lien avec son partenaire MAU2. Les conséquences de l'expression génique des variations pathogènes, nucléotidiques ou structurales, de NIPBL permettront une meilleure compréhension du syndrome et pourraient être utilisées comme des biomarqueurs potentiels.
Méthodes : Par CRISPR/Cas9, nous avons introduit, dans une lignée iPSC, les variations pathogènes de NIPBL suivantes, à l'état hétérozygote ou homozygote : p.Arg45*, p.Arg834*, p.Ser1466Lysfs*13, p.Asp2157Gly et p.Arg2298Cys, ainsi que des indels entrainant un décalage de cadre dans les exons correspondants. Nous avons évalué les niveaux d'ARNm de NIPBL et de MAU2 par RT-ddPCR et RNAseq et mesuré les niveaux protéiques de NIPBL et de MAU2 par western-blot. Nous avons ensuite utilisé les données de RNAseq pour établir une signature transcriptomique des altérations de NIPBL.
Résultats : La RT-ddPCR et le RNAseq ont montré une diminution des niveaux d'ARN de NIPBL pour toutes les cellules portant des variants tronquants, sauf pour le variant p.Arg45*, probablement à cause d’un site alternatif d’initiation de la traduction précédemment décrit entrainant un non déclenchement du Nonsense Mediated Decay (NMD). Pour toutes les conditions, y compris les variations faux-sens, une diminution d’environ 50% des niveaux de protéine de MAU2 a été observée, sans modification de l'ARNm de MAU2. L'analyse de l'expression différentielle a mis en évidence 60 gènes dérégulés dont 47 gènes sous-exprimés (FC >0.125, FDR<5%), parmi lesquels 8 gènes sont haploinsufisants (pLi>0.9) et associés à un phénotype dans OMIM Morbid dont les caractéristiques phénotypiques chevauchent celles du CdLS.
Conclusion : Nous proposons de nouveaux modèles d’iPSC édités pour le CdLS. Nos résultats confirment les données précédemment établies suggérant que les variations dans l'extrémité 5’ de la séquence codante de NIPBL échappent à la dégradation médiée par le non-sens. Nous suggérons l’intérêt d’étudier les niveaux de protéine MAU2 comme biomarqueurs potentiels du CdLS. Enfin, nous montrons que l’altération de NIPBL conduit à la diminution significative de l’expression de gènes dont plusieurs permettent de recomposer le phénotype du CdLS. Cette signature est en cours de comparaison avec des données de méthylomique.
Kévin CASSINARI (Rouen), Anne ROVELET-LECRUX, Céline DERAMBURE, Myriam VEZAIN, Coutant SOPHIE, Anne-Claire RICHARD, Nathalie DROUOT, Juliette COURSIMAULT, Gabriella VERA, Alice GOLDENBERG, Saugier-Veber PASCALE, Camille CHARBONNIER, Gaël NICOLAS
11:50 - 11:55
#38250 - SS103a La modulation d'épissage comme stratégie thérapeutique appliquée aux mutations introniques profondes de COL7A1 causant l'épidermolyse bulleuse dystrophique récessive.
SS103a La modulation d'épissage comme stratégie thérapeutique appliquée aux mutations introniques profondes de COL7A1 causant l'épidermolyse bulleuse dystrophique récessive.
L'épidermolyse bulleuse dystrophique récessive (EBDR) est une maladie cutanée rare à transmission autosomique récessive caractérisée par des bulles et des érosions récurrentes de la peau et des muqueuses après des traumatismes mineurs, entraînant des complications locales et systémiques majeures. Elle est dûe à des mutations du gène COL7A1 codant le collagène de type VII (C7), le principal composant des fibres d'ancrage qui forment des structures d'attache stabilisant la zone de la membrane basale cutanée. Les anomalies de structure et/ou d'expression de C7 conduisent à des fibres d'ancrage anormales, rares ou absentes, entraînant une perte d'adhérence dermo-épidermique et la formation de décollements cutanéo-muqueux. A ce jour, plus de 1200 mutations distinctes de COL7A1 ont été rapportés et 19% sont des variants délétères d'épissage. Dans cette étude, nous rapportons deux patients atteints d’EBDR présentant de nouvelles mutations introniques profondes pathogènes dans COL7A1. Le patient 1 est un homme de 45 ans atteint d’EBDR inversée, issu de parents sains non apparentés, pour lequel le séquençage de COL7A1 à partir de l'ADN génomique et de l'ADNc extrait de biopsies cutanées a révélé deux mutations récessives avec perte de fonction. Une mutation maternelle non-sens (c.6721C>T; p.Gln2241*) et une mutation paternelle intronique profonde (c.7795-97C>G), qui perturbe l'épissage du pré-ARNm COL7A1 et entraîne l'inclusion d'un pseudo-exon de 96 pb et un décalage de la phase de lecture avec l’apparition d’un codon stop prématuré (PTC). Il s’agit de la mutation intronique la plus profonde rapportée à ce jour dans COL7A1 et la première conduisant à l'inclusion d'un pseudo-exon dans l’EBDR. La patiente 2 est une femme de 32 ans atteinte d’EBDR prurigineuse, issue de parents sains consanguins, pour laquelle le NGS a révélé une mutation non-sens paternelle (c.8299G>T; p.Glu2767*), et une mutation intronique profonde maternelle entraînant une rétention partielle ou complète de l'intron 51 (c.4899+31G>A). Les deux patients présentent une forte diminution de l’expression de C7 à la jonction dermo-épidermique et une diminution des fibres d’ancrage. La modulation de l'épissage à l'aide d'oligonucléotides antisens (ASO) ciblant les mutations introniques identifiées a permis de restaurer à plus de 94 % l'épissage normal de l'ARNm de COL7A1. Les analyses en western blot et en immunocytofluorescence ont démontré une forte ré-expression de l'expression de C7, jusqu'à 56 % du niveau normal d’expression ex vivo, un niveau suffisant pour inverser le phénotype. Ainsi, tout comme la maladie de Batten, l'ataxie-télangiectasie et la sclérose latérale amyotrophique pour lesquelles trois ASO spécifiques de mutations privées ont été approuvés par la FDA, la modulation d’épissage appliquée à des mutations introniques profondes de COL7A1 représente une stratégie thérapeutique prometteuse pour la médecine personnalisée de l’EBDR.
Nathalie PIRONON, Emmanuelle BOURRAT, Catherine PROST, Mei CHEN, David WOODLEY, Matthias TITEUX (PARIS), Alain HOVNANIAN
11:55 - 12:00
#38169 - SS103b L’identification de nouveaux variants délétères du promoteur de COL7A1 permet d’élucider des cas d’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive.
SS103b L’identification de nouveaux variants délétères du promoteur de COL7A1 permet d’élucider des cas d’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive.
Les épidermolyses bulleuses dystrophiques (EBD) sont dues à des mutations du gène COL7A1 codant le collagène VII (C7). Elles sont transmises selon un mode autosomique récessif (EBDR) ou dominant (EBDD) selon la nature et la position de la mutation. Les patients souffrent dès la naissance de décollements bulleux cutanés et muqueux souvent étendus et sévères. Le collagène VII s’assemble en fibres d’ancrage qui forment des structures essentielles pour l’adhésion entre le derme et l’épiderme. À ce jour, environ 1 200 variants de COL7A1 ont été rapportés (HGMD). Environ 43 % des mutations sont des mutations faux-sens, 19 % des mutations d'épissage, 22 % des petites insertions ou délétions et 10 % des mutations non-sens. Seules deux mutations régulatrices ont été identifiées dans le promoteur de COL7A1 chez deux patients atteints d’EBDR sévère. Nous décrivons six patients non apparentés atteints d'une forme d’EBDR légère ou modérée dont le second variant pathogène n'a pas pu être détecté dans les séquences codantes mais pour lesquels 4 variants différents ont pu être identifiés dans la région du promoteur de COL7A1 dont 3 étaient nouveaux. L’étude in silico de ces mutations prédit une altération de la fixation du facteur de transcription Sp1. Pour confirmer l’effet de ces variants sur la fixation du facteur de transcription Sp1, nous avons montré par test de DNA pull-down, une diminution de la fixation de Sp1 sur les séquences mutées. Sp1 est un facteur de transcription qui régule le niveau d'expression de nombreux gènes sans boîte TATA, comme COL7A1 qui contient de nombreux sites Sp1 potentiels à proximité du site d’initiation de la transcription. Nos résultats mettent donc en évidence deux nouveaux sites de fixation de Sp1 cruciaux qui sont des éléments régulateurs forts de COL7A1 dont l'intégrité est nécessaire pour l'expression basale de COL7A1. Les sites Sp1 du promoteur de COL7A1 jouant un rôle crucial dans l'expression du gène, il est essentiel, lorsque la seconde mutation n'a pu être identifiée dans les séquences codantes ou introniques chez un patient atteint d’EBDR, d'analyser les sites de liaison Sp1 de la région promotrice.
Nathalie PIRONON (Paris), Artyom GASPARYAN, María Joao YUBERO, Sabine DUCHATELET, Kristina HOVHANNESYAN, Stephanie LECLERC-MERCIER, Natella KOSTANDYAN, Francis PALISSON, Tamara SARKISIAN, Matthias TITEUX, Ignacia FUENTES, Alain HOVNANIAN
12:00 - 12:30
Table ronde.
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Salle Maillot |
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"Mardi 09 janvier"
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D10
09:00 - 12:30
WORKSHOP 3
Déficience intellectuelle
Modérateurs :
Nicolas CHATRON (MCU-PH) (Lyon), Amélie PITON (MCU-PH) (Strasbourg)
09:00 - 12:30
Votre variant/cas clinique en 180' - variant CC2D2A.
Leila QEBIBO (Assistant spécialiste des hôpitaux) (Orateur, PARIS)
09:00 - 12:30
Votre variant/cas clinique en 180' - variant ADNP.
Mathieu GEORGET (AHU) (Orateur, Paris)
09:00 - 12:30
Votre variant/cas clinique en 180' - variant PLK.
Lucile BOUTAUD (PHC) (Orateur, paris)
09:00 - 12:30
Nouveaux gènes de DI et TND - GRID1.
Devina UNG (Chercheur postdoctoral) (Orateur, Tours)
09:00 - 12:30
Nouveaux gènes de DI et TND - RBBP4.
Tanguy DEMARET (Interne en génétique clinique) (Orateur, Gosselies, Belgique)
09:00 - 12:30
Actualités sur les épisignatures.
09:00 - 12:30
Retour sur l'échange Interlaboratoire 2023.
09:00 - 12:30
Le diagnostic de la DI à l'ère du Génome.
- Résultats des analyses de génome réalisées dans la préindication DI
- Point sur l'évolution des pratiques
- Discussion
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Salle 242AB |
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F10
09:00 - 12:30
WORKSHOP 2 - Bio-informatique
Du variant à l’annotation, de l’individu à la cohorte: Quels apports de la bio-informatique ?
Modérateurs :
Alban LERMINE (Directeur SI & Bioinformatique) (Paris), Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg), Marie DE TAYRAC (PU-PH) (Rennes)
Comité d’organisation : Claire Bardel, Mathieu Chopelet, Anne-Sophie Denomme-Pichon,
Florent Denoual, Christophe Habib, Charles van Goethem, Anne-Louise Leutenegger, Alban Lermine, Marie de Tayrac, Jean Muller
09:00 - 12:30
Annotation, priorisation et interprétation des variants.
09:00 - 12:30
SpliceAI visual, l’IA pour l’épissage.
Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE (AHU) (Orateur, Paris)
09:00 - 12:30
AlphaMissense, l’IA au service des faux-sens.
Perrine BRUNELLE (AHU) (Orateur, Lille)
09:00 - 12:30
Annotations des variants, exemple de Mobidetails.
David BAUX (Ingénieur bioinformatique) (Orateur, MONTPELLIER)
09:00 - 12:30
Nouveautés ACMG/AMP/ClinGen et autres classifications de variants.
Svetlana GOROKHOVA (AHU) (Orateur, MARSEILLE)
09:00 - 12:30
Priorisation du variant/gène via HPO.
Kévin YAUY (CCA) (Orateur, Montpellier), Virginie BERNARD (Ingénieur) (Orateur, Grenoble)
09:00 - 12:30
Interface d’analyse, exemple d’un projet collaboratif DIAGHO.
Marie DE TAYRAC (PU-PH) (Orateur, Rennes)
09:00 - 12:30
Agrégation de données entre possibilités et technologies liées au Data lake.
09:00 - 12:30
Présentation et démo de la réanalyse de cohortes de génomes humains complets (gros volume).
Sacha SCHUTZ (biologiste) (Orateur, Rennes), Pierre MARIJON (Ingénieurs de Recherche) (Orateur, Paris)
09:00 - 12:30
Forces et limites de l’IA en santé.
Emmanuel BACRY
09:00 - 12:30
Table ronde - La place de la bioinformatique dans le diagnostic.
09:00 - 12:30
Retour sur l’enquête GT Métier - BioInfoDiag.
Antony LE BECHEC (Bioinformaticien) (Orateur, STRASBOURG)
09:00 - 12:30
Discussion autour de la place du bioinformaticien.
09:00 - 12:30
Quelles perspectives d'avenir pour la discipline ?
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Salle 251 |
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G10
09:00 - 11:00
WORKSHOP 5
AnDDi/Outre-mer
Modérateurs :
Yline CAPRI (Praticien Hospitalier) (Paris), Didier LACOMBE (PU-PH) (Bordeaux), Laurence OLIVIER-FAIVRE (PUPH) (DIJON)
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Salle 243 |
10:00 |
"Mardi 09 janvier"
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E10
10:00 - 12:30
WORKSHOP 1
PFMG : Vers une déconstruction post-génomique de la biologie génétique. Quelles analyses ? quelles perspectives ?...
Modérateurs :
Olivier CARON (Chef du comité de génétique) (VILLEJUIF), Massimiliano ROSSI (Praticien hospitalier) (LYON), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
10:00 - 10:30
Aspects règlementaires.
Christophe BARRET ((Procureur général près la cour d'appel de Grenoble)) (Conférencier, Grenoble)
10:00 - 12:30
Enjeux éthiques.
Dominique STOPPA-LYONNET (PU-PH, professede génétique médicale - chef du service de génétique) (Conférencier, Paris)
10:00 - 12:30
Plan France Médecine Génomique : après 2025.
Frédérique NOWAK (Coordinatrice du PFMG2025) (Conférencier, Paris), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (Conférencier, DIJON)
10:00 - 12:30
Discussion.
Anne-Sophie LAPOINTE (Cheffe de projet de la mission maladies rares (DGOS)) (Conférencier, France), Frédérique NOWAK (Coordinatrice du PFMG2025) (Conférencier, Paris)
10:00 - 12:30
Table ronde.
Pascaline BERTHET (Médecin) (Participant, CAEN), Massimiliano ROSSI (Praticien hospitalier) (Participant, LYON), Olivier CARON (Chef du comité de génétique) (Participant, VILLEJUIF)
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Salle 241 |
10:30 |
PAUSE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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11:00 |
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G12
11:00 - 12:30
WORKSHOP 6
Anomalies développement DPN avec éthique
Modérateurs :
Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Emilie CONSOLINO (conseillère en génétique) (MARSEILLE)
11:00 - 12:30
Résultats de l'enquete sur le séquençage d'exome prénatal en France (groupe de travail Foetopatholgie / génomique foetal AnDDI-Rares).
Matthieu DAP (Obstétricien - Foetopathologiste) (Orateur, Nancy)
11:00 - 12:30
Réflexion du groupe de travail "Ethique" de la FFGH sur les enjeux éthiques du séquençage d’exome en prénatal.
Guillaume COGAN (Docteur junior en génétique médicale) (Orateur, Paris)
11:00 - 12:30
Récidive de syndrome malformatif à prédominance cérébrale: quand un variant en cache un autre, apport de l’exome en prénatal.
Céline DUPONT (Praticien Hospitalier) (Orateur, PARIS)
11:00 - 12:30
Redécouverte d'une pathologie familiale sur point d'appel fœtal - Syndrome OPD.
Paul ROLLIER (Assistant Hospitalo-Universitaire) (Orateur, Rennes)
11:00 - 12:30
Discussion clinico-biologique chez un foetus présentant un RCIU et des pieds bots: difficultés rencontrées.
Élise SCHAEFER (PH) (Orateur, Strasbourg)
11:00 - 12:30
Un nez court qui en dit long.
Audrey PUTOUX (MCU-PH) (Orateur, LYON)
11:00 - 12:30
Une petite taille familiale ?
Audrey PUTOUX (MCU-PH) (Orateur, LYON)
11:00 - 12:30
Exome prénatal trio pour anasarque fœtale : donnée incidente avec implication pour le conseil génétique.
Claire BENETEAU (PH) (Orateur, BORDEAUX CEDEX)
11:00 - 12:30
Exome prénatal : multiples questionnements.
Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (Orateur, Paris)
11:00 - 12:30
Faut-il "genematcher" en prénatal?
Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (Orateur, Paris)
11:00 - 12:30
Conclusions et perspectives de travail.
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Salle 243 |
12:45 |
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INDC13
12:45 - 13:45
ATELIER DEJEUNER SEQONE GENOMICS
Comment aider le biologiste moléculaire à diagnostiquer les maladies génétiques grâce à l'intelligence artificielle ?
12:45 - 12:55
Introduction.
Michaël BLUM
12:55 - 13:10
Intégrer les phénotypes dans le diagnostic moléculaire avec la méthode d'intelligence artificielle Phenogenius.
Kévin YAUY (CCA) (Intervenant, Montpellier)
13:10 - 13:25
Faciliter le diagnostic moléculaire en nephrologie grâce à l'intégration des phénotypes et la co-interprétation.
Laurent MESNARD (PUPH) (Intervenant, Paris)
13:25 - 13:35
Accélérer l'interpétation des exomes grâce à l'intelligence artificielle.
Marine SERVEAUX DANCER (pharmacien biologiste) (Intervenant, Lyon)
13:35 - 13:45
Discussion.
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Salle Maillot |
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INDD13
12:45 - 13:45
ATELIER DEJEUNER TWIST BIOSCIENCE
Advancing Genomic Profiling: Strategies for Enhanced Performance, Efficiency, and Flexibility in Targeted Sequencing Technologies
12:45 - 13:05
Nouvelle approche pour la découverte de biomarqueurs épigénétiques par séquençage ciblé du méthylome : application dans le cadre du cancer de l'ovaire.
Mehdi BEN SASSI (Doctorant) (Intervenant, Evry)
13:05 - 13:25
Organisation et Optimisation d’une plateforme NGS : Expérience du laboratoire de Biologie Moléculaire du Département d’Anatomie et Cytologie Pathologiques du CHU de Toulouse.
Solène EVRARD (Intervenant, Toulouse)
13:25 - 13:45
Improving the Performance, Efficiency and Flexibility of Targeted Sequencing.
Yann MERLET (Intervenant, Toulouse)
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Salle 242AB |
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INDE13
12:45 - 13:45
ATELIER DEJEUNER ROCHE DIAGNOSTICS FRANCE
Optimisation de la préparation des échantillons pour le séquençage : clé du succès en pratique clinique
12:45 - 13:15
Simplification de l’accès aux tests génétiques : étude de panels de gènes à partir d’ADN extrait de sang déposé sur papier buvard ; exemple des hyperoxaluries primitives.
Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN (Intervenant, Lyon), Sophie VASSEUR (Ingénieure Biologie Médicale) (Intervenant, LYON)
13:15 - 13:45
Détection du statut HRD avec la technologie Roche : retour d’expérience.
Mathilde GAY BELLILE (biologiste) (Intervenant, Clermont-Ferrand)
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Salle 241 |
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INDF13
12:45 - 13:45
ATELIER DEJEUNER BIOMARIN
Prise en charge de l’Achondroplasie en 2023-2024
12:45 - 12:55
Introduction à l'achondroplasie et au réseau MOC.
12:55 - 13:35
Nouvelle approche thérapeutique de l’achondroplasie. L'organisation au sein de l'hôpital Necker et au niveau national : bonnes pratiques dans la prise en charge de maladies rares.
Valérie CORMIER-DAIRE (Généticien) (Intervenant, Paris)
12:55 - 13:35
Bilan pré-thérapeutique et suivi des patients.
Valérie CORMIER-DAIRE (Généticien) (Intervenant, Paris)
13:30 - 13:45
Conclusion & discussion.
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INDG13
12:45 - 13:45
ATELIER DEJEUNER STILLA
Analyse des mutations ESR1 avec le test « 12-Plex » sur ADN circulants plasmatiques et FFPE en Crystal Digital PCR® sur le Nio™+
Intervenant :
Julien CORNÉ (Intervenant, Rennes)
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Salle 243 |
14:00 |
"Mardi 09 janvier"
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A14
14:00 - 14:15
Discours d'ouverture.
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Grand Amphithêatre |
14:15 |
"Mardi 09 janvier"
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A15
14:15 - 16:15
CONFERENCE PLENIERE 1
Tumoral, mosaïque, constitutionnel : de la cible au traitement
Modérateurs :
Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO (PU-PH) (PARIS), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
14:15 - 14:45
Traitements ciblés des syndromes d'hyper-croissance par activation PIK3CA.
Guillaume CANAUD (Conférencier, Paris)
14:45 - 15:15
Traitements ciblés des mutations activatrices constitutionnelles de FGFR3.
Laurence LEGEAI-MALLET (chercheur) (Conférencier, Paris)
15:15 - 15:45
Réparation de l’ADN, tumorigénèse et thérapie ciblée.
Raphael CECCALDI (Conférencier, Paris)
15:45 - 16:15
Thérapie ciblé et mélanome : espoirs et frustrations.
Caroline ROBERT
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Grand Amphithêatre |
16:15 |
PAUSE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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16:45 |
"Mardi 09 janvier"
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A17
16:45 - 18:15
Sessions simultanées 01
Neurogénétique
Modérateurs :
Alexandra DURR (PUPH) (Paris), Cyril GOIZET (PU-PH) (Bordeaux)
16:45 - 17:00
#37990 - SS001 Insertion AluYa5 en 3’UTR d’un gène du matrisome perturbant l’utilisation des signaux de polyadénylation de ce gène et conduisant à une maladie des petites artères cérébrales par up-régulation de ce gène.
SS001 Insertion AluYa5 en 3’UTR d’un gène du matrisome perturbant l’utilisation des signaux de polyadénylation de ce gène et conduisant à une maladie des petites artères cérébrales par up-régulation de ce gène.
Les maladies des petites artères cérébrales (acronyme anglais / CSVD) sont un groupe hétérogène d’affections responsables de 25% des accidents vasculaires cérébraux chez l’adulte. La plupart des CSVD sont sporadiques et liées à l’âge et à l’hypertension. Certaines sont monogéniques et plusieurs gènes responsables ont été identifiés. Cependant, chez la plupart des patients atteints de CSVD familiale, la cause reste inconnue, empêchant ainsi conseil génétique et études mécanistiques.
Notre objectif était d’identifier de nouvelles causes génétiques de CSVD.
Nous avons combiné analyse de liaison, séquençage de l'exome et du génome pour identifier la cause génétique dans deux grandes familles présentant une CSVD autosomique dominante de cause inconnue (panel de gènes CSVD négatif). Le variant candidat identifié a ensuite été recherché chez 244 index CSVD non apparentés adressés pour diagnostic moléculaire. L'âge au diagnostic des index était inférieur à 55 ans ; tous avaient au moins un apparenté du premier degré atteint. Un groupe de 467 individus en bonne santé d'ascendance française et la base de données gnomAD_SV ont été utilisés comme contrôles.
Les données de séquençage de l'exome n'ont identifié aucun variant codant candidat fort dans les régions de liaison potentielles des 2 familles. Une de ces régions contenant un gène codant pour une protéine exprimée dans le matrisome vasculaire était commune aux 2 familles laissant suspecter un possible variant non codant. Le séquençage du génome entier et l’utilisation d’outils bio-informatiques spécifiques ont permis l’identification d’une insertion d'élément mobile hétérozygote, AluYa5, dans la région 3’UTR de ce gène chez tous les sujets affectés des deux familles et chez 5 index supplémentaires et leurs apparentés affectés. Cette insertion était absente de 467 contrôles français sains (p = 0,0005) et de 10 847 génomes de la base de données gnomAD_SV (p = 2,42x10-12). L'analyse de ségrégation a révélé que les 19 membres affectés testés dans ces 7 familles sont porteurs de l'insertion. L’analyse par RT-qPCR du cDNA et par Western blotting a mis en évidence une up-régulation de l’ARNm et de la protéine codés par ce gène dans les fibroblastes des 3 patients analysés. Les données de séquençage d'ARN à lecture longue (Nanopore) ont montré que l'insertion perturbait l'utilisation des sites canoniques de polyadénylation.
Nous rapportons ici un nouvel événement mutationnel non codant conduisant à une régulation positive d’un gène de la matrice extracellulaire et à une CSVD hautement pénétrante à l'âge adulte. Ces données suggèrent fortement que des altérations quantitatives de protéines du matrisome cérébrovasculaire résultant de divers mécanismes sont impliquées dans la pathogenèse de CSVD avec des implications diagnostiques et thérapeutiques.
Chaker ALOUI (PARIS), Lisa NEUMANN, Françoise BERGAMETTI, Eric SARTORI, Marc HERBRETEAU, Arnaud MAILLARD, Thibault COSTE, Hélène MOREL, Dominique HERVE, Hugues CHABRIAT, Serge TIMSIT, Irina VIAKHIREVA, Yves DENOYER, Rémi ALLIBERT, Florence DEMURGER, Cedric GOILLON, Patrick VERMEERSCH, Florence MARCHELLI, Corinne BLUGEON, Sophie LEMOINE, Claire TOURTIER-BELLOSTA, Alexis BROUAZIN, Anne-Louise LEUTENEGGER, Eva PIPIRAS, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE
17:00 - 17:06
#38032 - SS002a Eclairage transcriptomique sur le rôle majeur de l’épissage mineur dans le développement, particulièrement celui du cerveau.
SS002a Eclairage transcriptomique sur le rôle majeur de l’épissage mineur dans le développement, particulièrement celui du cerveau.
De manière intrigante, la plupart des espèces ont deux mécanismes d’épissage distincts, l’un opéré par le splicéosome majeur, bien caractérisé, qui contient les ARNsn U1, U2, U4, U5 et U6, et l’autre par le splicéosome mineur, moins connu, qui contient U11, U12, U4atac, U5 et U6atac. L’épissage mineur, comme son nom l’indique, concerne chez la plupart des espèces un très petit nombre d’introns : dans le génome humain, il y en a environ 800 répartis dans 750 gènes.
Les mutations dans RNU4ATAC, le gène de U4atac, conduisent à plusieurs maladies développementales récessives très rares associant dysplasie squelettique, retard de croissance, retard des acquisitions, déficience intellectuelle, microcéphalie, anomalies cérébrales, maladies dont on se rend compte petit à petit qu’elles forment un continuum phénotypique : le syndrome de Taybi-Linder (TALS, ou MOPD1), le syndrome de Roifman (RFMN), le syndrome de Lowry-Wood (LWS), et un syndrome Joubert-like. Dans les cas les plus sévères, le décès intervient avant l’âge de 3 ans.
Suite à la découverte de RNU4ATAC en tant que gène du TALS en 2011, nous avons entrepris de rechercher les bases physiopathologiques et moléculaires des syndromes RNU4ATAC afin d’identifier quels gènes contenant un intron mineur sont importants pour le développement, et notamment celui du cerveau, et comprendre la raison d’être de l’épissage mineur. L’association avec un syndrome Joubert-like que nous avons récemment mise en évidence suggérait un lien entre l’épissage mineur et le complexe cil primaire/centrosome ; nous avons démontré ce lien, révélant ainsi un premier mécanisme physiopathologique.
Le séquençage des ARN polyA+ des lignées de cellules de patients a montré que bien que la plupart des introns mineurs sont retenus lorsque RNU4ATAC est muté, l’ampleur de ces rétentions diffère d’un gène à l’autre et selon le type cellulaire. Celui de nos modèles poissons-zèbres a révélé que chez les embryons knock-out, étonnamment, l’épissage mineur a encore lieu, parfois même plus efficacement que dans les contrôles, mais seulement aux stades précoces (jusqu’à 20-25 somites), après quoi le développement s’arrête et les embryons meurent. Concernant le développement du cerveau, nous avons vu en séquençant les ARN polyA+ extraits de la tête des embryons des poissons knock-down un grand nombre d’introns mineurs montrant un niveau élevé de rétention. De façon inattendue, nous avons également constaté une augmentation de l’efficacité de l’épissage de certains introns majeurs (2.500 au total), suggérant que l’épissage mineur pourrait contrôler les rétentions d’introns majeurs physiologiques, reconnues comme un type d’épissage alternatif régulant l’expression de certains gènes.
Adresses actuelles:
AC: Bioaster, Lyon, France
DK: Gourmey, Paris, France
CBP: Université d'Helsinki, Finlande
Audric COLOGNE, Deepak KHATRI, Alicia BESSON, Clara BENOIT-PILVEN, Audrey PUTOUX, Patrick EDERY, Anne-Louise LEUTENEGGER, Vincent LACROIX, Marion DELOUS, Sylvie MAZOYER (Lyon)
17:06 - 17:15
#38039 - SS002b Caractérisation d’organoïdes corticaux mutés RTTN : de nouvelles pistes pour comprendre la microcéphalie de MOPD1.
SS002b Caractérisation d’organoïdes corticaux mutés RTTN : de nouvelles pistes pour comprendre la microcéphalie de MOPD1.
Le syndrome de Taybi-Linder (TALS), ou nanisme primordial ostéodysplasique microcéphalique de type 1, est une maladie autosomique récessive très rare (<100 cas dans le monde). Elle se caractérise principalement par une microcéphalie sévère avec des anomalies cérébrales, une petite taille constitutionnelle, et une dysplasie osseuse. Elle est due à des mutations du gène non codant RNU4ATAC, transcrit en un petit ARN nucléaire U4atac, composant du splicéosome mineur, impliqué dans l’épissage de ~800 introns dans le génome humain.
Nous rapportons ici le cas d'une patiente présentant tous les traits cliniques du TALS mais porteuse d'un variant homozygote dans le gène RTTN (c.2953A>G, p.(Arg985Gly)). RTTN code pour la protéine centrosomale rotatine, essentielle à l'allongement du procentriole et à la progression du cycle cellulaire. Ainsi, en étudiant le cas particulier de cette patiente, nous espérons éclairer les causes physiopathologiques du TALS, toujours mal comprises.
Nous avons confirmé, dans les fibroblastes de la patiente, que le variant c.2953A>G entraîne un défaut d’épissage de l’intron 23 de RTTN, qui génère trois transcrits différents. Afin d’évaluer l’impact de ces transcrits, les différentes formes ont été exprimées dans une lignée RPE1 TP53-/- ; RTTN-/- et nous avons démontré que la mutation faux-sens p.Arg985Gly avait peu d’effet, alors que la délétion en phase de 23 acides aminés (correspondant au saut de l’exon 23) était très délétère. La troisième forme (délétion des exons 22 et 23), hors phase, est très peu abondante.
L'analyse des fibroblastes RTTNm/m a révélé une diminution de l’expression de rotatine au centrosome, accompagnée d’une longueur réduite des centrioles, sans que cela affecte la prolifération et la division cellulaires. Pour étudier plus spécifiquement le processus de neurogenèse, nous avons généré des lignées isogéniques de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) RTTNm/m par CRISPR-Cas9, et avons réalisé des différenciations en 2D de progéniteurs neuronaux (NPC) et en 3D d’organoïdes corticaux (OC). Dans les NPC, nous avons observé des anomalies de mitose et une progression anormale du cycle cellulaire, confirmé dans les NPC dérivés d’iPSC de la patiente. En outre, les OC RTTNm/m présentent une taille réduite comparé aux OC contrôles, avec un nombre réduit de rosettes neurales, structures assimilées aux ventricules cérébraux primitifs, imitant ainsi la microcéphalie. L’analyse temporelle des OC montre un retard de formation des rosettes qui restent plus petites que dans les contrôles, associé à un retard de la phase proliférative des NPC et un défaut d’orientation des mitoses, suggérant l’altération de plusieurs processus cellulaires à l’origine de la microcéphalie: un défaut des NPC à établir leur polarité apico-basale et à s’organiser en rosettes, un défaut de prolifération des NPC, et une différenciation prématurée des NPC en neurones, tous trois contribuant probablement à l’appauvrissement du stock de NPC.
Justine GUGUIN, Ting-Yu CHEN, Alicia BESSON, Lisa MALAISÉ, Eloïse BERTIAUX, Lucile BOUTAUD, Murguiondo MIRENLMAZ, Sophie THOMAS, Virginie HAMEL, Audrey PUTOUX, Sylvie MAZOYER, Tang K. TANG, Marion DELOUS (Lyon)
17:15 - 17:30
#38094 - SS003 Évaluation indépendante des épisignatures publiées avant leur utilisation pour le diagnostic des troubles du neuro-développement : résultats préliminaires et mise en place du projet Epi2Diag.
SS003 Évaluation indépendante des épisignatures publiées avant leur utilisation pour le diagnostic des troubles du neuro-développement : résultats préliminaires et mise en place du projet Epi2Diag.
Contexte : En réponse au défi de l’interprétation des variants de signification incertaine pour le diagnostic moléculaire des troubles du neuro-développement, plus de 50 épisignatures ont été publiées, utilisant les profils de méthylation pour discriminer les témoins normaux de patients porteurs de variations pathogènes dans certains gènes de chromatinopathies. Ces épisignatures ont été identifiées dans un contexte dit de grande dimension : plusieurs centaines de milliers de positions CpG analysées chez quelques dizaines de sujets seulement. Les biais techniques et biologiques s’ajoutent à ce contexte statistique extrême pour réduire les chances que les bonnes performances prédictives initiales d’une épisignature soient reproduites sur des échantillons indépendants, condition préalable à une utilisation éclairée de ces épisignatures dans un contexte diagnostique.
Méthodes : Nous avons généré des données de méthylation de l'ADN pour 102 porteurs de variants (probablement) pathogènes dans dix gènes pour lesquels au moins une épisignature était disponible, 58 porteurs de variants de signification incertaine dans ces gènes, et 25 témoins négatifs. En combinant les informations sur les épisignatures publiées et de nouvelles données de validation avec un classificateur k-plus-proches-voisins, au sein d'un schéma de validation par leave-one-out, nous fournissons des estimations de spécificité et de sensibilité non biaisées pour chacune des signatures.
Résultats : Nous montrons que cette procédure garantit une spécificité de 100 % mais que les sensibilités sont très variables. Alors que les signatures associées aux gènes ATRX, DNMT3A, KMT2D et NSD1 affichent une sensibilité de 100 %, les signatures CREBBP-RSTS et la plus récente signature CHD8 atteignent moins de 40 % de sensibilité. Les signatures restantes du syndrome de Cornelia de Lange, KMT2A, KDM5C et CHD7 atteignent une sensibilité raisonnable, de l’ordre de 70%-90%, mais instable, souffrant de profils de méthylation hétérogènes parmi les cas et de rares échantillons discordants.
Conclusion : Nos résultats fournissent une première expertise indépendante quant à l’exploitation des épisignatures publiées. L’hétérogénéité des sensibilités observées appelle à la prudence. Certaines signatures sont prêtes à être utilisées en toute confiance dans un contexte diagnostique, mais plusieurs présentent une structure complexe qui interdit de les utiliser en l’état comme des prédicteurs binaires automatiques. Il est indispensable de valider leur périmètre de validité réel et de comprendre la structure des corrélations génotypes/phénotypes/méthylome pour chaque signature. Dans cet objectif, nous présenterons la mise en place de notre projet Epi2Diag, permettant la génération et l’analyse de 1200 nouvelles puces de méthylation indépendantes pour l’évaluation fine d’une trentaine d’épisignatures supplémentaires dans le contexte du diagnostic post mais aussi prénatal des troubles du neurodéveloppement.
Thomas HUSSON, François LECOQUIERRE, Gaël NICOLAS, Anne-Claire RICHARD, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Julien VAN GILS, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Gabriella VERA, Pascale SAUGIER-VEBER, Olivier GUILLIN, Dominique CAMPION, Camille CHARBONNIER (ROUEN)
17:30 - 17:45
#38098 - SS004 Apport du séquençage du génome pour le diagnostic des épilepsies pharmacorésistantes à début précoce.
SS004 Apport du séquençage du génome pour le diagnostic des épilepsies pharmacorésistantes à début précoce.
Notre connaissance des bases génétiques des épilepsies a considérablement évolué au cours des dernières années grâce au développements technologiques, en particulier le séquençage haut débit. Le réseau EPIGENE a été constitué en 2014 pour coordonner le développement du séquençage haut débit dans le cadre du diagnostic et de la recherche en France. Il comporte 14 centres et regroupe des généticiens cliniciens et génomiciens, ainsi que des neuropédiatres et des neurologues au sein du centre de référence des épilepsies de causes rares (CRéER). Un panel de gènes des épilepsies monogéniques (PAGEM) a été mis en place en 2015 puis actualisé régulièrement ; selon les centres, l’analyse du PAGEM est réalisée en solo ou en trio, de façon réelle ou virtuelle à partir de l’exome. La dernière version comporte 170 gènes. L’analyse de > 5000 patients a montré un rendement diagnostique d’environ 30% pour le PAGEM. Ce rendement varie de façon inversement proportionnelle à l’âge de début de l'épilepsie et est influencé par la coexistence d’un trouble du neurodéveloppement. Dans le cadre du plan France Médecine génomique 2025, la pré-indication épilepsies pharmacorésistantes à début précoce a permis de proposer l’analyse du génome en deuxième ligne après un PAGEM négatif.
Entre janvier 2021 et septembre 2023, 284 analyses du génome ont été rendues. Réalisé en trio dans la majorité des cas, l’analyse du génome a apporté un diagnostic supplémentaire de 29% (n=83) par rapport au PAGEM. Des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiés dans 64 gènes différents : 39 de ces gènes ne figurant dans aucune version du PAGEM et 15 de ces gènes ne figurant que dans les dernières versions, la majorité d’entre eux ayant été récemment impliquée dans les épilepsies. Plusieurs variants ont été retrouvés pour 12 gènes, dont SCN1A qui est le principal gène d’épilepsies monogéniques, responsable du syndrome de Dravet. En ce qui concerne de gènes analysés avec le PAGEM, la plus-value de l’analyse de génome est liée à des variants introniques profonds (SCN1A, SCN8A), des délétions partielles d’exons ou des régions promotrices, une duplication d’un motif répété (ARX) et une translocation équilibrée (CDKL5). Un variant pathogène du gène SCN1A, non identifiable par le PAGEM, a été retrouvé chez la quasi-totalité des patients présentant un syndrome de Dravet.
Ces résultats démontrent que l’analyse du génome apporte un rendement additionnel significatif chez les patients porteurs d’une épilepsie pharmacorésistante à début précoce, justifiant son intérêt comme stratégie complémentaire du PAGEM. Il est intéressant de noter que l’analyse du génome permet d’augmenter encore le taux diagnostic dans le syndrome de Dravet, un variant pathogène ou probablement pathogène ayant été identifié chez la quasi-totalité des patients. L’analyse de génome de patients épileptiques a également permis d’identifier plusieurs gènes candidats dont l’étude est en cours.
Giulia BARCIA, Jean-Madeleine DE SAINTE-AGATHE, Lionel ARNAUD, Marie FAOUCHER, Anne-Sophie LEBRE, Nicolas CHATRON, Chrsitèle DUBOURG, Cyril MIGNOT, Laurence PERRIN, Patrick VAN BOGAERT, Silvia NAPURI, Anne DE SANT-MARTIN, Marie-Thérèse ABI WARDE, Sarah BAER, Mathieu MILH, Nathalie VILLENEUVE, Anne LEPINE, Dorothée VILLE, Anne-Lise POULAT, Matthildi PAPATHANASIOU, Eleni PANAGIOTAKAKI, Clair BAR, Frédéric VILLEGA, Caroline HACHON LE CAMUS,, Mélanie JENNESSON-LYVER, Julien THEVENON, Henri MARGOT, Marine LEGENDRE, Elise BOUCHER, Juliette PIARD, Olivier PATAT, Valentin RUAULT, Marine LEBRUN, Anaïs L'HARIDON, Virginie BERNARD, Rima NABBOUT, Laurent VILLARD, Gaetan LESCA (Lyon)
17:45 - 18:00
#38234 - SS005 Conséquences diagnostiques de l’étude clinico-génétique de plus de 2500 patients avec suspicion de dégéneresence lobaire fonto-temporale.
SS005 Conséquences diagnostiques de l’étude clinico-génétique de plus de 2500 patients avec suspicion de dégéneresence lobaire fonto-temporale.
La dégénerescence lobaire fornto-temporale (DLFT) est la deuxième cause de démence liée à l'âge après la maladie d'Alzheimer (MA), touchant plus de 0,4% de la population au-delà de 65 ans. Elle se manifeste principalement par des troubles du comportement (désinhibition, perte d'empathie, irritabilité) et des troubles phasiques (aphasie primaire progressive verbale non fluente, démence sémantique). Elle s'associe plus rarement à un syndrome parkinsonien, des troubles praxiques ou une atteinte du motoneurone. Avec 40% des individus présentant au moins un antécédent neurologique familial (Démence, sclérose latérale amyotrophique ou maladie de Parkinson), la génétique joue un rôle prépondérant dans cette pathologie. Le taux diagnostic du séquençage des principaux gènes décrits à ce jour varie entre 10 et 38% selon les cohortes. La puissance relativement limitée de celles-ci ne permet qu’une estimation partielle du rendement diagnostique en fonction du phénotype (âge de début, sexe, forme familiale ou isolé, symptômes additionnels etc.) — rendant approximatif les indications des analyses génétiques ciblées.
Nous décrivons les résultats de l'analyse génétique de 2770 patients avec un diagnostic de DLFT adressés à l'UF de neurogénétique moléculaire et cellulaire de la Pitié-Salpêtrière (Département de génétique médicale d’APHP Sorbonne Université) pour confirmation moléculaire. Le rendement diagnostique est de 12,2%. Nous identifions que les 3 gènes majeurs, C9orf72, GRN, MAPT, représentent 91% des diagnostics, les autres gènes ne semblant contribuer que faiblement à la DLFT (9%). La présence d’un antécédent familial de SLA est le facteur le plus prédictif de diagnostic génétique (41%). Nous remarquons également que les formes comportementales sont plus pourvoyeuses d’un diagnostic génétique (13,7%) que les formes langagières (10,3%) et autres (8,4%). Par ailleurs, il existe un enrichissement en diagnostic génétique chez les femmes comparativement aux hommes.
La DLFT est, avec la sclérose latérale amyotrophique, la maladie neurodégénérative la plus pourvoyeuse de forme génétique et donc une cause fréquente de consultation en génétique médicale. Nous profitons de la description de cette cohorte — la plus large à ce jour — pour proposer une adaptation de la stratégie diagnostique française entre panel et génome, rendue nécessaire par l’arrivée de la pré-indication « démence » dans le PFMG 2025.
Guillaume COGAN (Paris), Isabelle LEBER, Dario SARACINO, Foudil LAMARI, Walid KHROUF, Sandrine NOËL, Isabelle DAVID, Patricia MOREAU, Anne-Laure FAURET, Lionel ARNAUD, Eric LE GUERN, Fabienne CLOT
18:00 - 18:15
#38644 - SS006 Identification de nouveaux facteurs génétiques modifiant la pénétrance de la maladie de Parkinson associé à la variation G2019S du gène LRRK2 : une vaste étude multiethnique.
SS006 Identification de nouveaux facteurs génétiques modifiant la pénétrance de la maladie de Parkinson associé à la variation G2019S du gène LRRK2 : une vaste étude multiethnique.
Les variants de la Leucine-Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) sont la cause monogénique la plus fréquemment rapportée de la maladie de Parkinson (MP). Parmi eux, la substitution de glycine par sérine (p.Gly2019Ser, G2019S) est la plus courante. Malgré l'homogénéité génétique, une variabilité de la pénétrance est observée chez les porteurs, suggérant l'influence de variations génétiques additionnelles.
Nous avons recruté une grande cohorte de porteurs de la variation G2019S du gène LRRK2, comprenant 1495 participants de trois origines ethniques différentes (Caucasienne, N = 561, Nord-Africaine, N = 624, Ashkénaze,N = 310). Un génotypage (Infinium OmniExpress, NeuroChip) a été réalisé suivi d’une imputation (TopMed). Une étude d’association (Genome Wide Association Analysis, GWAS) a été réalisée en fonction de l'âge de début afin d’identifier des régions génomiques d’intérêt.
En utilisant l’age de début en trait quantitatif sur la cohorte Nord-Africaine, nous avons identifié deux Single Nucleotide Polymorphism (SNP) (rs1762792, p value = 8.70E-08; rs1360821 p value = 1.00E-07) localisés à proximité de deux gènes, FABP5P4 et GPC6 (chromosome 13q31.3). Ces résultats étaient ensuite confirmés ( rs1762792 - p value = 1.20E-07; rs1360821 - p value = 2.00E-07) en utilisant l’âge comme variable catégorielle par dichotomisation de la cohorte selon l'âge médian de survenue des symptômes (52ans). L’analyse de la survie (Estimateur de Kaplan-Meier), montre que les porteurs homozygote de l’allèle effectuer de rs1762792 débutent leur symptomes 11 ans plus tot (p value = 0,0034) que les porteurs homozygote de l’allèle alternatif suggérant un rôle protecteur de cet allèle. Ces résultats ont été répliqués dans la cohorte de patients caucasiens, confirmant le rôle potentiel de rs1762792 comme facteur génétique modificateur de l’age de début de la MP chez les patients porteurs du variant p.Gly2019Ser dans ces deux populations.
Ces données suggèrent que la variabilité génétique portée par la région 13q31.3 pourrait influencer l’âge de début des symptômes des patients présentant une MP associée à des variants du gène LRRK2. De plus amples analyses sont nécessaire afin de mieux comprendre le rôle de cette région dans la régulation de l’activité de LRRK2.
Thomas COURTIN (Paris), Grazia IANNELLO, Mélanie FERRIEN, Fanny CASSE, Suzanne LESAGE, Jean-Christophe CORVOL, Alexis BRICE
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"Mardi 09 janvier"
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B17
16:45 - 18:15
Sessions simultanées 02
Oncogénétique Constitutionnelle
Modérateurs :
Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
16:45 - 17:00
#37660 - SS007 Indication et modalités du dépistage de l’adénocarcinome du pancréas : les recommandations du groupe francilien PRED-IdF de prise en charge des sujets avec prédisposition génétique avérée ou suspectée.
SS007 Indication et modalités du dépistage de l’adénocarcinome du pancréas : les recommandations du groupe francilien PRED-IdF de prise en charge des sujets avec prédisposition génétique avérée ou suspectée.
La mise en place d’un dépistage systématique de l’adénocarcinome du pancréas chez les sujets à risque est justifiée par la sévérité du pronostic expliquée en grande partie par le caractère non résécable de la majorité des cas diagnostiqués à un stade symptomatique. L'évaluation du risque individuel est basée à la fois sur les données génétiques et sur les antécédents familiaux. Une étude génétique constitutionnelle correspondant au screening d'un panel de gènes doit être proposée à tout individu atteint lorsqu'une prédisposition génétique est suspectée. Les formes syndromiques, caractérisées par l’altération constitutionnelle d’un gène majeur de prédisposition, s’opposent aux agrégations familiales non syndromiques dont le déterminisme génétique n’est pas connu. A l’occasion de la révision des référentiels de prise en charge des personnes prédisposées héréditairement aux cancers du tube digestif et de ses annexes du réseau fancilien PRED-IdF, un groupe de travail composé de différents professionnels (généticiens, gastroentérologues, oncologues, chirurgiens, radiologues) a été constitué. Le travail de ce groupe, basé sur une revue exhaustive de la littérature disponible ainsi que sur une analyse critique des recommandations professionnelles existantes a permis de préciser les points suivants : population « cible », éligible à un dépistage systématique du cancer du pancréas ; lésions cibles de ce dépistage ; efficacité et limites des modalités du dépistage évaluées à ce jour. Des recommandations ont été finalement établies qui ont été adoptées par le réseau PRED-IdF. Nous nous proposons d’exposer ces recommandations mais également de souligner les limites actuelles du dépistage et de donner un éclairage sur les perspectives d’avenir.
Ugo MARCHESE, Vinciane REBOURS, Alain SAUVANET, Olivier CARON, Einas ABOU ALI, Geraldine PERKINS, David MALKA, Anthony DOHAN, Louise May THIBAULT, Chrystelle COLAS, Guillaume PERROD, Bruno BUECHER (PARIS)
17:00 - 17:15
#38324 - SS008 Réflexion sur l’information médicale et les enjeux psychologiques du syndrome Li-Fraumeni. A propos des mineurs indemnes dans le cadre d’un test génétique constitutionnel ciblé sur un variant pathogène du gène TP53.
SS008 Réflexion sur l’information médicale et les enjeux psychologiques du syndrome Li-Fraumeni. A propos des mineurs indemnes dans le cadre d’un test génétique constitutionnel ciblé sur un variant pathogène du gène TP53.
Dans le service de Génétique de l’Institut Curie, nous sommes amenés à rencontrer des enfants indemnes de toute pathologie tumorale et leurs parents, dans le cadre de tests génétiques ciblés sur un variant pathogène (VP) du gène TP53 identifié chez un apparenté. Il est nécessaire de les informer sur le syndrome de Li-Fraumeni caractérisé par des risques tumoraux élevés et de localisations multiples et sur la prise en charge recommandée en cas de présence du VP. Or l’enfant est intégré à cette consultation de façon très variée en fonction de son âge, de son développement et de l’organisation de la cellule familiale. De plus, cette consultation est bien souvent concomitante de pathologies ou de décès pour un ou plusieurs membres de la famille, du fait de la particulière sévérité de cette prédisposition génétique. L’information délivrée en consultation de génétique suscite des réactions psychologiques extrêmement variées pour les enfants et leurs parents. La découverte d’un VP TP53 chez un des parents est souvent très récente avec un enchevêtrement des demandes de soutien. Les patients interrogent sans cesse les praticiens dans leur pratique en lien avec l’accompagnement psychologique sur lesquels ils peuvent s’appuyer.
Fort d’une réflexion collégiale nous proposons de revenir sur trois situations cliniques d’enfants qui ont eu un test génétique ciblé à la recherche d’un syndrome de Li-Fraumeni. La recherche d’un VP TP53 donne lieu à des questionnements profonds sur l’abord médical et médico-psychologique de ces enfants et de leurs familles. Comment intégrer l’enfant dans ce parcours génétique en fonction de son âge ? Quel cadre donner aux consultations de génétique et de pédopsychiatrie selon la temporalité de l’information : avant et après le test ciblé et l’obtention de son résultat ?
Yann CRAUS (Paris), Marion GAUTHIER-VILLARS, Fatoumata SIMAGA
17:15 - 17:30
#38663 - SS009 Syndrome CMMRD : description clinique et premières estimations de risque de cancer en fonction du gène impliqué à partir des données du consortium européen C4CMMRD.
SS009 Syndrome CMMRD : description clinique et premières estimations de risque de cancer en fonction du gène impliqué à partir des données du consortium européen C4CMMRD.
Le syndrome CMMRD ou Constitutional Mismatch Repair Deficiency et un syndrome rare de prédisposition aux cancers pédiatriques. Il est dû à la présence de de variants pathogènes (VP) constitutionnels bi-alléliques dans l’un des gènes du système MMR (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). Les patients ont alors un risque élevé de développer des tumeurs telles que des hémopathies, des tumeurs cérébrales ainsi que des tumeurs du spectre de Lynch et ce dès un très jeune âge. Il existe encore peu de données sur les risques de cancers et la survie des patients en fonction de l’âge et selon le gène en cause. Le but de cette étude est d’estimer le risque oncologique des patients porteurs d’un syndrome CMMRD ainsi que d’explorer les corrélation génotype-phénotype.
Nous avons extrait les données de 100 patients issus de la base de données européenne du consortium européen C4CMMRD. La survie globale et les risques cumulés de cancer ont été estimés grâce à la méthode Kaplan Meier. Nous avons également conduit des études de sous-groupe selon le gène muté et le type de variant.
Au total, les patients avaient développé 178 tumeurs. Parmi elles, 40% de tumeurs cérébrales, 31% d’hémopathies malignes et 26% de tumeurs appartenant au spectre du syndrome de Lynch. Le gène PMS2était le plus fréquemment muté suivi des gènes MSH6, MSH2 et MLH1. Nous avons observé une variation du spectre tumoral selon le gène impliqué. L’âge médian à la première tumeur était de 7 ans (0,1-33,6) et était significativement différent selon le gène muté (p < 0,001). On observait également des différences significatives pour le risque cumulé (RC) de développer une tumeur (p < 0,0001). Le risque le plus élevé était observé pour les patients porteurs de VP bialléliques de MLH1, avec un RC de 75% à l’âge de 5 ans. La médiane de survie globale était de 13,2 ans (1,2-46,8), avec 71% des patients décédés au moment du recueil. La survie était également très largement corrélée au gène (p < 0,001), avec une médiane de survie à 6 ans pour les porteurs de mutations bi-allélique de MLH1, 7 ans pour MSH2, 13 ans pour MSH6 et 20 ans pour PMS2.
Cette étude présente l’une des plus large série rapportée de patients avec un syndrome CMMRD et fournit de premières estimation de risque et survie. Malgré la présence de biais dans cette étude, ces données permettent d’apporter des arguments afin d’orienter la prise en charge et le suivi des patients CMMRD en fonction de leur génotype. Cette étude remet également la lumière sur la nécessité de collaborations internationale afin d’accroitre les connaissance sur ces syndromes rare.
Julie ROBBE (Marseille), Youenn DROUET, Lea GUERRINI-ROUSSEAU, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Delphine BONNET, Franck BOURDEAUT, Karin DAHAN, Françoise DESSEIGNE, Christine DEVALCK, Natacha ENTZ-WERLE, Laurence FAIVRE, Maurizio GENUARDI, Yael GOLDBERG, Danuta JANUSZKIEWICZ-LEWANDOWSKI, Edita KABICKOVA, Michaela KUHLEN, Clara RUIZ-PONTE, Julie TINAT, Sheila UNGER, Anne UYTTEBROECK, Anja WAGNER, Christine LASSET, Katharina WIMMER, Laurence BRUGIÈRES, Chrystelle COLAS
17:30 - 17:45
#37601 - SS010 Déficit MMR et syndrome de Lynch dans une grande série de gliomes non sélectionnés.
SS010 Déficit MMR et syndrome de Lynch dans une grande série de gliomes non sélectionnés.
Introduction : L'association entre syndrome de Lynch (SL) et gliome est mal documentée. Dans les gliomes, les données manquent également concernant le déficit de réparation des mésappariements de base (dMMR), caractéristique des tumeurs associées au SL. Nous avons déterminé la prévalence du MMRd et du LS dans une grande série de gliomes non sélectionnés, et exploré les caractéristiques associées.
Méthodes : Nous avons d’abord analysé 1225 gliomes adultes par séquençage multigene somatique. Ces gliomes avaient diagnostiqués en Neuropathologie à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière, Sorbonne Université, entre 2017 et 2022. Tous les prélèvements précédaient un éventuel traitement par temozolomide. Pour les gliomes avec ≥1 variant pathogène (VP) MMR, nous avons réalisé une immunohistochimie (IHC) MMR. Les gliomes avec ≥1 PV et une perte d'expression protéique étaient considérés dMMR. Les patients avec gliome dMMR ont eu une analyse constitutionnelle. Nous avons ensuite recherché un dMMR par IHC dans une seconde série comprenant uniquement des glioblastomes IDH-wild type (IDH-wt). Ce type histologique semblait en effet associé tant au dMMR qu’au SL.
Résultats : Neuf gliomes étaient dMMR (9/1225, 0.73 %). L'âge au diagnostic était < 50 ans pour 8/9 patients. Huit tumeurs correspondaient à des glioblastomes IDH-wt, une tumeur était un astrocytome IDH-mutant. Après analyse constitutionnelle des cas dMMR, la prévalence globale du SL était de 5/1225 (0.41%). Le syndrome était déjà connu chez un patient de 77 ans. Concernant les quatre cas avec un nouveau diagnostic de SL, les VP constitutionnels concernaient MSH2 (n=3) et MLH1 (n=1). Un sixième patient a eu un diagnostic de CMMRD associé à PMS2. Les analyses constitutionnelles étaient négatives pour les trois autres patients, tous avec un dMMR lié à MSH6. Dans la seconde série, la prévalence du dMMRd était de 12,5% pour les patients avec glioblastome IDH-wt < 40 ans, 2.6% dans le groupe 40-49 ans, et 1.6% dans le groupe ≥50 ans.
Conclusion : Le glioblastome, IDH-wt, avant l'âge de 50 ans est évocateur de dMMRd et de SL. Un dMMR doit être recherchée systématiquement dans ce contexte, avec analyses constitutionnelles en aval si indiqué. A notre connaissance, il s’agit de la plus grande étude jamais rapportée explorant le dMMR le SL dans les gliomes.
Patrick BENUSIGLIO (Paris), Fikret ELDER, Mehdi TOUAT, Perrier ALEXANDRE, Marc SANSON, Chrystelle COLAS, Guerrini-Rousseau LEA, Dhooge MARION, Duval ALEX, Florence COULET, Bielle FRANCK
17:45 - 18:00
#37761 - SS011 Médulloblastomes associés aux variants pathogènes ELP1 : un syndrome faiblement pénétrant avec un spectre restreint dans une fenêtre d'âge limitée - une série nationale rétrospective de la SFCE.
SS011 Médulloblastomes associés aux variants pathogènes ELP1 : un syndrome faiblement pénétrant avec un spectre restreint dans une fenêtre d'âge limitée - une série nationale rétrospective de la SFCE.
Les variants pathogènes (VP) constitutionnels dans le gène ELP1 représentent le plus fréquent des syndromes de prédisposition au médulloblastome (MB) (15% des MB-SHH, Waszak et al. 2020). Pourtant, le risque et le spectre oncologique associés aux VPs de ELP1 restent inconnus.
Nous avons mené une étude rétrospective nationale (collection des données cliniques, tumorales et familiales) sur 29 patients ayant développé un MB présentant un VP de ELP1, traités dans 14 sites de la Société Française de Lutte contre les Cancers et leucémies de l'Enfant et de l'adolescent (SFCE).
Pour tous les MBs présentant un VP somatique de ELP1, le VP était aussi retrouvé au niveau germinal (donnée disponible pour 26 patients).
Tous les patients (sex ratio 16M/13F) ont présenté un MB du sous-groupe SHH, le plus souvent nodulaire desmoplasique (n=20/28), entre 3 et 15 ans (médiane 7.3 ans). 5/29 tumeurs étaient métastatiques au diagnostic. Compte tenu de la large période de l'étude et de l'hétérogénéité des âges et des stratifications de risque, les traitements étaient hétérogènes: chimiothérapie exclusive HITSKK (n=5), irradiation craniospinale (ICS) (n=6), ICS + chimiothérapie conventionnelle dont PNET5 MB (n=8), stratégie thérapeutique incluant une chimiothérapie à haute dose dont PNETHR+5 (n=10).
La plupart des tumeurs (93%) présentaient une inactivation biallélique de PTCH1 cooccurrente, y compris une large délétion 9q englobant les loci de ELP1 et PTCH1. On retrouvait également une altération de la voie MDM4/PPMID/TP53 (dont 1 VP somatique TP53) dans 8 tumeurs et une altération dans la signalisation MYC/MYCN/MYCL/MAX dans 7 tumeurs.
Avec une médiane de suivi de 13 ans [intervalle 5-22], la survie globale à 5 ans était de 85%, comparable à celle habituellement retrouvée. Trois patients ont présenté une seconde tumeur (1 carcinome thyroïdien et 2 gliomes malins) dans les champs de radiothérapie.
Sur les 10 analyses en trio réalisées, tous les VPs de ELP1 étaient hérités d'un parent asymptomatique (6 mères/4 pères). Aucune caractéristique morphologique spécifique associée n’a été mentionnée chez ces patients. Une histoire familiale de MB a été retrouvée dans seulement 2 familles (cousins germains, 1 famille testée). Aucun autre cancer n’était récurrent ni remarquable chez les porteurs de VP de ELP1, en dehors du MB.
Cette étude met en évidence que tous les patients présentant un MB avec un VP somatique de ELP1 en sont également porteurs au niveau constitutionnel et qu’ils l’ont également toujours hérité d’un de leur parent, indemne de toute pathologie tumorale. Le risque oncologique associé aux VP de ELP1 semble limité à la survenue de MB dans l’enfance avec une pénétrance faible ce qui rend la surveillance et le conseil génétique complexe. Le devenir de ces patients est comparable à ceux des patients traités pour un MB sporadique ne justifiant à priori pas d’adaptation thérapeutique des patients atteints ou de suivi spécifique des porteurs (cas index ou apparentés).
Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Julien MASLIAH-PLANCHON, Mathilde FILSER, Natacha ENTZ-WERLE, Christine MAUGARD, Samuel ABBOU, Olivier AYRAULT, Kevin BECCARIA, Pascaline BERTHET, Anne Isabelle BERTOZZI, Thomas BLAUWBLOMME, Damien BODET, Valérie BONADONA, Yassine BOUCHACHA, Laurence BRUGIERES, Emilie DE CARLI, Marina DIMARIA, Francois DOZ, Cécile FAURE-CONTER, Marion GAUTHIER-VILLARS, Jacques GRILL, Olivier INGSTER, Sophie JULIA, Clémentine LEGRAND, Ludovic MANSUY, Anne PAGNIER, Etienne ROULEAU, Fatoumata SIMAGA, Arnault TAUZIEDE-ESPARIAT, Jacob TORREJON, Marjolaine WILEMS, Christelle DUFOUR, Franck BOURDEAUT
18:00 - 18:07
#37726 - SS012a Estimation du risque cumulé d’hémopathie myéloïde par la méthode GRL chez les apparentés de patients atteints d’hémopathies myéloïdes porteurs de variants pathogènes constitutionnels de DDX41.
SS012a Estimation du risque cumulé d’hémopathie myéloïde par la méthode GRL chez les apparentés de patients atteints d’hémopathies myéloïdes porteurs de variants pathogènes constitutionnels de DDX41.
Introduction : Les hémopathies myéloïdes (HM) sont des maladies hétérogènes dont le pronostic est globalement sombre. La prise en charge curative nécessite souvent la réalisation de greffe de cellules souches hématopoïétiques, procédure lourde dont l’indication doit être évaluée en fonction du risque évolutif pour chaque patient. Les variants pathogènes constitutionnels du gène DDX41 (VPDDX41) représentent la prédisposition génétique la plus fréquente aux HM, correspondant à environ 5% des cas de syndromes myélodysplasiques (SMD) et leucémies aiguës myéloïdes (LAM) [1,2]. Etablir la pénétrance des HM chez les apparentés porteurs d’un VPDDX41 représente un enjeu majeur pour leur surveillance. Jusqu’à présent, une seule publication s’est intéressée aux risques pour les porteurs de VPDDX41 de développer une HM, rapportant pour la population japonaise un risque absolu faible avant 40 ans mais augmentant à 49% à 90 ans [3]. Ces risques, difficilement transposables à la population française, ont été estimés à partir de l’étude rétrospective d’une cohorte d’apparentés (kin-cohort study). Notre objectif était donc d’évaluer la pénétrance d’HM dans une cohorte française d’apparentés porteurs de VPDDX41.
Matériel et méthodes : Les données des familles dans lesquelles ségrége un VPDDX41 suivies à Limoges et à l’hôpital Saint-Louis à Paris ont été collectées. Le risque cumulé d’HM (SMD et LAM) a été estimé en utilisant la méthode GRL (genotype restricted likelihood), qui permet de corriger le biais de sélection des familles et de tenir compte de l’incidence d’HM dans la population générale, en comparaison aux résultats obtenus en utilisant la méthode de Kaplan-Meier.
Résultats : 31 familles comprenant 75 porteurs d’un VPDDX41 ont été incluses. Parmi les apparentés, 11 étaient atteints d’HM. Le risque cumulé d’HM à 70 ans pour les porteurs était estimé à 49% pour les femmes et à 66% pour les hommes avec la méthode de Kaplan-Meier, avec une augmentation progressive du risque à partir de 40 ans, comme déjà décrit dans l’étude japonaise. Avec la méthode GRL, le risque absolu de développer une HM pour les porteurs restait faible tout au long de la vie : de 3% à 40 ans à 6,2% à 70 ans ou stable à 4,8% en fonction du modèle utilisé. Cependant, le risque relatif de développer une HM entre 40 et 50 ans était très élevé, estimé à 132, en raison de la faible incidence d’HM dans la population générale de cette tranche d’âge.
Conclusion : Il s’agit des premières estimations du risque d’HM chez les porteurs de VPDDX41 par la méthode GRL. Ces résultats questionnent la pénétrance de ces variants, qui pourrait être bien plus faible qu’initialement estimée, mais finalement signifiante à un âge plus précoce que celui actuellement retenu pour mettre en place une surveillance (50 ans). La poursuite de ce travail sur une plus large cohorte de familles est nécessaire pour consolider ces résultats.
1. Sébert et al, Blood 2019
2. Duployez et al, Blood 2022
3. Makishima et al, Blood 2023
Marie-Charlotte VILLY (Paris), Youenn DROUET, Marie-Mathilde AUBOIROUX, Lise LARCHER, Lucie FREIMAN, Jean SOULIER, Chrystelle COLAS, Emmanuelle CLAPPIER, Dominique STOPPA-LYONNET, Marie SEBERT
18:07 - 18:15
#38283 - SS012b Entre allogreffe et diagnostic-présymptomatique : Réflexions sur le parcours patient et les impacts de la recherche en oncogénétique.
SS012b Entre allogreffe et diagnostic-présymptomatique : Réflexions sur le parcours patient et les impacts de la recherche en oncogénétique.
Cinq à dix pourcents des cancers sont liés à une prédisposition génétique. Une fois la variation pathogène connue, les autres membres de la famille peuvent connaitre leur statut dans le cadre du diagnostic présymptomatique (DPS) et ainsi adapter leur suivi. Jusqu’à peu, l’oncohématologie était moins concernée que les cancers solides. Toutefois, avec l’évolution des connaissances et des pratiques comme l’analyse systématique en NGS de la moelle, des gènes de prédisposition ont été mis en évidence pour les syndromes myélodysplasiques (SMD) et les leucémies aigues myéloïdes (LAM).
Une variation pathogène sur DDX41 prédispose entre autre aux SMD et aux LAM autour de 60 ans. Environ 15% des familles présentent une histoire familiale d’hémopathie. A ce jour, il n’existe pas de prise en charge préventive spécifique chez les personnes asymptomatiques. Seule une numération formule sanguine annuelle est proposée. Aucune attitude de réduction de risque n’est possible. Lorsque la maladie hématologique se déclare, un des traitements curatifs majeurs est l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Pour que cette greffe fonctionne au mieux, il est important de respecter des critères très spécifiques de compatibilité du système HLA. Les donneurs intrafamiliaux sont donc privilégiés (fratrie en première intention). Dans le cas de familles présentant une prédisposition sur DDX41 et afin de ne pas augmenter le risque d’hémopathie sur greffon (à distinguer d’un échec de greffe), le donneur ne doit pas, en théorie, être porteur de la variation pathogène familiale. Le statut génétique des potentiels donneurs doit donc être connu. Deux démarches s’organisent alors en parallèle : la recherche de compatibilité HLA intrafamiliale et le DPS sur DDX41. Il n’existe pas de recommandation sur la temporalité dans laquelle le parcours du donneur doit s’effectuer. Dans tous les cas, un délai de quelques semaines est à respecter pour permettre d’organiser le bilan pré-greffe, le don et respecter le calendrier thérapeutique.
Dans nos pratiques en oncogénétique, nous sommes de plus en plus confrontés aux consultations à visée « théranostique personnelle ». La particularité en oncohématologie est l’impact du résultat génétique de personnes asymptomatiques dans la thérapeutique de membres de la famille à visée « théranostique familiale ». Dans ce contexte où don d’organe intrafamilial de CSH et DPS se mêlent, quels sont les impacts d’un DPS pour le potentiel donneur et pour les autres membres de la famille non compatibles ? Quel est le vécu émotionnel des donneurs dans un contexte d’annonce et de thérapeutique déjà conséquent ? Quel parcours semble le plus adapté pour respecter les délais ? Nous reprenons le cas d’une famille suivie au CHU d’Amiens où deux frères ont présenté successivement une LAM, mettant en évidence une variation pathogène sur DDX41. Nous discutons différents parcours, de leur temporalité et des conséquences psychologiques personnelles et familiales.
Emilie LACOT-LERICHE, Benedicte BONTE, Florence AMRAM, Lyza BRUN, Gilles MORIN, Nicolas DUPLOYEZ, Nicolas GUILLAUME, Amandine CHARBONNIER, Florence JOBIC, Emma LACHAIER (amiens)
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Amphi Bleu |
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"Mardi 09 janvier"
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C17
16:45 - 18:15
Sessions simultanées 03
Neurosensoriel
Modérateurs :
Hélène DOLLFUS (PU-PH) (Strasbourg), Sandrine MARLIN (Génétique) (PARIS)
16:45 - 17:00
#37810 - SS013 Identification de variants de GPATCH11 impactant le spliceosome, à l'origine d'une dystrophie rétinienne précoce avec déficience neurologique.
SS013 Identification de variants de GPATCH11 impactant le spliceosome, à l'origine d'une dystrophie rétinienne précoce avec déficience neurologique.
Les dysfonctionnements ciliaires et ceux du spliceosome peuvent conduire à des syndromes cliniques remarquablement similaires. Ici, nous décrivons l’étude de dix individus présentant une dystrophie rétinienne avec atteinte neurologique et dysmorphie faciale évocatrice d’une spliceosomopathie ou d’une ciliopathie, ayant permis l’identification des premières mutations du gène GPATCH11.
Ce gène code une protéine nucléaire appartenant à une famille comprenant une vingtaine de membres caractérisés par la présence d’un domaine riche en glycines, ou G-patch. GPATCH11 est le membre le moins connu de cette famille dont l’étude a révélé un rôle dans la régulation du métabolisme de l'ARN.
Pour élucider la fonction de GPATCH11, nous avons utilisé des fibroblastes provenant de contrôles et de patients porteurs d'une mutation retrouvée chez 9/10 malades supprimant la majeure partie du domaine GPATCH, tout en préservant les autres domaines. De plus, nous avons généré un modèle murin exprimant une protéine mutante identique à celle exprimée chez les malades et dont le phénotypage a révélé une dystrophie rétinienne précoce et des anomalies comportementales de mémorisation.
L’analyse de la localisation subcellulaire dans les fibroblastes nous a permis de confirmer la localisation nucléaire de GPATCH11 mais aussi de découvrir que la protéine y est agrégée sous la forme de condensats évocateurs d’un rôle dans le métabolisme de l'ARN. De façon inattendue, nous avons également mis au jour une localisation au niveau des fibres de liaison centrosomales reliant les centrioles mère et fille. Outre les rôles établis de longue date dans la division cellulaire, le modelage du cytosquelette et la formation des cils, les centrosomes ont récemment révélé un rôle dans l’assemblage des composants du spliceosome dont l’intégrité semble essentielle à la ciliogénèse. En accord avec la localisation centrosomale de GPATCH11 nous avons observé la dérégulation significative de l’expression de snRNA U4 dans les fibroblastes des patients. L’analyse de la ciliation n’a quant à elle pas révélé de défaut. Cependant, dans la rétine des souris modèles nous avons observé la dérégulation de l'expression et de l’épissage de gènes nécessaire à la réponse à la lumière des photorécepteurs et la régulation de l'ARN mais aussi le métabolisme associé aux cils primaires.
Ces résultats mettent en évidence les rôles multiples de GPATCH11 dans le métabolisme de l'ARN, la régulation du spliceosome et une possible implication ciliaire et soulignent l’importance de GPATCH11 dans les fonctions rétiniennes, neurologiques et squelettiques.
Andrea ZANETTI (Paris), Lucas FARES-TAIE, Jeanne AMIEL, Jérôme ROGER, Isabelle AUDO, Matthieu ROBERT, Pierre DAVID, Vincent JUNG, Nicolas GOUDIN, Ida Chiara GUERRER, Stéphanie MORICEAU, Danielle AMANA, Nathalie BODDAERT, Sylvain BRIAULT, Ange-Line BRUEL, Cyril GITIAUX, Karolina KAMINSKA, Nicole PHILIP-SARLES, Mathieu QUINODOZ, Cristina SANTOS, Luisa SANTOS COUTINHO, Sabine SIGAUDY, Mariana SOEIRO E SA, Ana Berta SOUSA, Christel THAUVIN, Josseline KAPLAN, Carlo RIVOLTA, Jean-Michel ROZET, Isabelle PERRAULT
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