Le gène EEF1A2 code pour la sous-unité alpha du complexe d'élongation-1 responsable de la liaison enzymatique de l'aminoacyl-ARNt au ribosome lors de la synthèse protéique. Depuis 2012, 21 variants faux-sens pathogènes de EEF1A2 ont été décrits chez 42 individus présentant un phénotype neurodéveloppemental sévère incluant une encéphalopathie épileptique et une déficience intellectuelle modérée à profonde. Une régression neurologique a été rapportée dans près de la moitié des cas.

Après avoir identifié un patient avec un phénotype moins sévère que ce qui était connu, nous avons réalisé un appel à collaboration international, et recueilli 26 patients présentant des variants du gène EEF1A2. Nous avons fait la revue de la littérature et comparé les cohortes afin d’améliorer les connaissances sur ce gène et préciser le pronostic neurodéveloppemental de ces patients. De plus, nous avons réalisé la modélisation protéique des variants.

Les patients de notre cohorte présentent un phénotype neurodéveloppemental significativement moins sévère que les patients de la littérature. En effet, 83% des patients ont acquis une marche autonome  contre seulement 29% dans la littérature. De plus, 84% de nos patients ont des capacités langagières contre seulement 15% dans la littérature. De manière intéressante, trois de nos patients n'ont pas de déficience intellectuelle. L'épilepsie est moins fréquente et rapportée dans 63% des cas (vs 93%). L'examen neurologique retrouve significativement moins d'hypotonie (58% vs 96%), et de signes pyramidaux (24% vs 68%). Dans notre cohorte, le taux de régression cognitive est significativement plus faible car présent dans seulement 4% des cas. Sur le plan moléculaire, nous rapportons 10 nouveaux variants faux-sens de EEF1A2.  La modélisation protéique de l’ensemble des variants connus nous a permis de mettre en évidence des corrélations génotype/phénotype. Ainsi, les variants associés à un phénotype sévère, et la majorité de ceux associés à un phénotype modéré, se regroupent dans la région switch II de la protéine et peuvent donc affecter l'échange de GTP. En revanche, les variants associés à des phénotypes plus légers peuvent avoir un impact sur des fonctions plus secondaires telles que la formation de faisceaux d'actine.

Nous rapportons la plus grande cohorte d'individus présentant des variants EEF1A2, élargissant ainsi le spectre phénotypique de cette pathologie afin d'améliorer le conseil génétique des familles. De plus, nous avons mis en évidence de nouvelles corrélations génotype/phénotype améliorant ainsi la compréhension de la variabilité clinique.

Souvent d’origine génétique, les troubles neurodéveloppementaux (TND) regroupent plusieurs pathologies, comme la déficience intellectuelle, l'autisme et les troubles de l'apprentissage ou du comportement, isolées ou associées à des malformations cérébrales. Les TND découlent d’anomalies survenues pendant le développement embryonnaire. La détermination de la pathogénicité des variations de signification incertaine (VSI) dans de nouveaux gènes candidats ou dans des gènes déjà impliqués en pathologie humaine avec une expression restreinte au système nerveux central représentent un défi majeur. Cette problématique limite la possibilité de poser un diagnostic moléculaire aux patients, alors en impasse diagnostique. Une des stratégies actuellement déployée dans notre équipe est la génération d’organoïdes cérébraux et/ou de neurones à partir de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs), obtenues par reprogrammation de cellules des patients (fibroblastes ou sang) ou par modélisation de la mutation par la technologie CRISPR/Cas9 dans des iPSCs contrôles. Les iPSCs sont ensuite différenciées en neurones 2D ou en organoïdes cérébraux 3D, et analysés pour différents critères. Pour les organoïdes, la morphologie et la croissance sont étudiées à différents temps de culture par des coupes/immunomarquages. Entre autres, sont étudiés et comparés à des organoïdes contrôles : la prolifération des progéniteurs (Ki67) et leur axe de division (HTA28, Tpx2), ainsi que la mise en place des différentes structures à identité neuronales spécifiques (PAX6 (progéniteurs), TBR1/TUJ1/SATB2/CTIP2 (neurones), GFAP (astrocytes)… Grâce à la technologie de MicroElectrode Array (MEA), l’activité électrique spontanée et synchronisée peut être mesurée après 3 mois de culture. Des analyses omiques (ex : génomiques, transciptomiques ou épigénomiques) sont aussi conduites à différents temps du développement de l’organoïde ou de la différenciation neuronale 2D pour comprendre l’effet du variant pathogène et les mécanismes physiopathologiques résultant de ces variations génétiques. Plus récemment, des nouvelles technologies à type séquençage d’ARN « single-cell » permettent d’étudier de façon plus fine les effets des variations à l’échelle cellulaire. Ainsi plusieurs projets sont déjà en cours et concernent des variations génétiques dans les gènes codant le facteur d’épissage PTBP1 donnant une déficience intellectuelle variable, le facteur de transcription MEF2C responsable d’encéphalopathie épileptique, le récepteur du glutamate GRIN2A lui aussi responsable d’encéphalopathie épileptique et la protéine associée aux microtubules SOGA1 responsable de lissencéphalie et déficience intellectuelle sévère. Cette approche de culture cellulaire 3D est un complément important dans l’étude des mécanismes cellulaires responsables du TND et peut déboucher sur la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques qui pourront être testées in vitro.

L'hydrocéphalie congénitale (HC) est associée à une morbidité et une mortalité infantile élevées. Son incidence est estimée à une naissance sur 1000. L’HC peut être isolée, non syndromique, ou associée à des malformations extra-cérébrales dans un cadre syndromique. Les études épidémiologiques suggèrent une cause génétique dans 40% des HC. Une centaine de gènes ont été impliqués dans les formes tant syndromiques que non syndromiques d’HC. Cependant, le rendement diagnostique des analyses génétiques dans cette indication est faible soulignant l’importance de poursuivre les efforts d’identification de nouveaux gènes impliqués dans la survenue de ces hydrocéphalies. L1CAM est le premier gène identifié dans les HC, responsable de l’hydrocéphalie liée à l’X ou syndrome de Bickers-Adams, caractérisé par une dilatation triventriculaire, une sténose de l’aqueduc de Sylvius, une hypoplasie ou une agénésie du corps calleux, une hypoplasie ou une agénésie des faisceaux pyramidaux et des pouces adductus chez des fœtus de sexe masculin.

L’identification d’une HC mimant la présentation d’un syndrome de Bickers-Adams chez un fœtus de sexe masculin puis deux fœtus de sexe féminin au sein d’une même fratrie, en l’absence de variant pathogène dans le gène L1CAM, nous a conduit à suspecter une forme d’hydrocéphalie de transmission autosomique récessive. Le séquençage d’exome en trio, cas index et parents, a permis d’identifier une variation homozygote non-sens dans le gène FSD1L. La protéine FSD1L est composée d’un domaine coiled-coil, un domaine Fibronectine de type III et un domaine SPRY et sa fonction est inconnue. Cette variation homozygote a également été retrouvée chez les deux autres fœtus atteints de la famille. L’électroporation in utero d'un plasmide CRISPR-FSD1L-KO/GFP dans les ventricules cérébraux d’embryons de souris confirme le rôle de FSD1L dans l’HC : la dilatation ventriculaire était significativement plus importante dans le groupe électroporé avec le plasmide CRISPR-FSD1L-KO/GFP par rapport au groupe électroporé avec GFP seul ou au groupe contrôle sans électroporation. Par ailleurs, nous avons montré par immunohistochimie que les profils d'expression de FSD1L et de L1CAM au cours du développement du cerveau humain normal étaient identiques, avec notamment une forte expression au niveau des commissures cérébrales. Enfin, un double marquage FSD1L/L1CAM ne montre pas de colocalisation, indiquant que ces deux protéines n’interagissent pas physiquement.

L’expression de FSD1L dans les mêmes structures anatomiques que L1CAM et la similitude des présentations cliniques des fœtus atteints de ce syndrome et du syndrome de Bickers-Adams suggèrent que ces molécules contrôlent la guidance axonale, la fasciculation et la compliance cérébrale. Ainsi, les variations du gène FSD1L constituent une cause d’hydrocéphalie de transmission autosomique récessive et FSD1L représente un nouvel acteur impliqué dans la navigation des neurones commissuraux.

Using mouse genetic studies and systematic assessments of brain neuroanatomical phenotypes, we set out to identify which of the 30 genes causes brain defects at the autism-associated 16p11.2 locus. We show that multiple genes mapping to this region interact to regulate brain anatomy, with female mice exhibiting far fewer brain neuroanatomical phenotypes. In male mice, among the 13 genes associated with neuroanatomical defects, Mvp is the top driver implicated in phenotypes pertaining to brain, cortex, hippocampus, ventricles and corpus callosum sizes. The major vault protein (MVP), the main component of the vault organelle, is a conserved protein found in eukaryotic cells, yet its function is not understood. Here, we find MVP expression highly specific to the limbic system and show that Mvp regulates neuronal morphology, postnatally and specifically in males. We also recapitulate a previously reported genetic interaction and show that Mvp^+/-;Mapk3^+/- mice exhibit behavioral deficits, notably decreased anxiety-like traits detected in the elevated plus maze and open field paradigms. Our study highlights multiple gene drivers in neuroanatomical phenotypes, interacting with each other through complex relationships. It also provides the first evidence for the involvement of the major vault protein in the regulation of brain size and neuroanatomy, specifically in male mice.

Les tubulinopathies définissent un groupe de malformations cérébrales en lien avec des variants pathogènes dans un des gènes codant pour différents isotypes de tubuline. Cliniquement, la plupart des patients présentent un retard global de développement, une déficience intellectuelle modérée à sévère, une épilepsie et des troubles moteurs. L’IRM cérébrale montre classiquement une anomalie de fragmentation des noyaux gris centraux,  associée fréquemment à des anomalies de la giration (polymicrogyrie, lissencéphalie), du corps calleux ou de la fosse postérieure.

La plupart des mutations sont de novo, mais quelques familles ont été décrites dans la littérature, avec une transmission dominante, avec un phénotype décrit parfois moins sévère. Des cas de formes « mild » radiologiques, c’est à dire sans anomalie de giration ont également été décrits chez des fœtus, hérités pour certains de parents pauci ou asymptomatique. L’objectif principal de cette étude est de décrire un nouveau phénotype clinico-radiologique de patients avec une forme « mild » de tubulinopathie.

Nous avons donc inclus, à partir d’un appel à collaboration européen, les adultes ou enfants de plus de 6 ans, porteurs d'un variant pathogène dans TUBA1A, TUBB2B, TUBB3, TUBB ou TUBB2A avec une cognition normale ou une déficience intellectuelle légère (QIT >70). Les données cliniques, neuropsychologiques et d’IRM cérébrales ont été recueillies.

23 patients issus de 15 familles non apparentées ont été inclus. Le gène majoritairement retrouvé est TUBB3 avec 52% de patients porteurs. 6 variants sont de novo et 8 hérités.

78% ont présenté un retard psychomoteur, seulement 16% ont présenté une épilepsie, et 88% présentent des troubles des apprentissages. Aucun des patients ne présentent d’anomalie de giration à l’IRM cérébrale.

La corrélation génotype – phénotype a permis de mettre en évidence deux variants récurrents (TUBB3 p. Pro357Leu et TUBB p.Asn52Ser), à la fois dans notre étude et dans la littérature, chez des patients présentant le même phénotype. Toutefois, pour 4 variants, il existe une variabilité phénotypique intra et inter familiale.

Notre étude confirme l’existence d’un phénotype « mild » de tubulinopathie, avec, pour certains variants, une corrélation génotype phénotype, importante pour l’information pronostique.

TRPM3 est un canal cations localisé à la membrane plasmatique, sensible à la température et aux neurostéroïdes, très exprimé dans le cervelet, et important pour l’homéostasie du calcium. Des variants de novo de TRPM3, dont une mutation majoritaire, ont été identifiés chez des patients avec trouble du neurodéveloppement (retard psychomoteur, hypotonie, épilepsie, déficience intellectuelle, diminution de la sensibilité au chaud et à la douleur). Lors de l’exploration génétique des patients du CRMR atteints d’ataxie congénitale, nous avons identifié 4 nouveaux patients présentant un phénotype cérébelleux associé à un variant de novo de TRPM3. Nous décrivons le phénotype de 10 patients (8 filles, 2 garçons; 21 mois-45 ans) recrutés par une collaboration internationale, porteurs de 7 mutations de TRPM3 distinctes. Ces patients présentent un large éventail de symptômes, en terme de retard moteur, déficience intellectuelle (sévère 4/10, légère 3/10), épilepsie (2/10 et crises fébriles 1/10), anomalies squelettiques (7/10: subluxation de hanche, dislocation rotulienne, maladie de Perthes, brachydactylie, pieds valgus, anomalie des côtes). Deux sur 7 ont un retard statural et 3/10 une microcéphalie postnatale modérée. Le phénotype cérébelleux, ataxie ou hypotonie sévère, nystagmus, atrophie cérébelleuse, est objectivé chez 6/10 patients. Une collaboration avec l’équipe de Joris Vriens à Leuven a permis de confirmer le mécanisme gain de fonction pour tous les variants, caractérisé par une activité basale accrue entraînant une surcharge cellulaire en calcium. La primidone, antiépileptique antagoniste connu du TRPM3, réduit l’activité basale accrue de tous les canaux mutants.

Ce travail confirme l’existence d’un spectre de troubles du neurodéveloppement autosomique dominant avec une composante cérébelleuse fréquente, lié à un gain de fonction de TRPM3, et incite à l’évaluation des antagonistes du TRPM3 comme thérapie potentielle.

Contexte : Le pronostic neurodéveloppemental des anomalies du corps calleux (AnCC), l'une des malformations cérébrales les plus fréquentes, varie considérablement, allant d'un développement normal à une déficience intellectuelle (DI) profonde. De nombreux gènes sont responsables d’AnCC syndromiques avec DI, tandis que les causes génétique d’AnCC sans DI restent peu connues.

Objectif et Méthode : À travers un travail collaboratif, nous décrivons ici ZEB1, gène précédemment impliqué dans une condition ophtalmologique appelée dystrophie cornéenne polymorphe postérieure de type 3 (PPCD3), en tant que nouveau gène dominant de l'AnCC. Nous rapportons les données cliniques et moléculaire d’une série de neuf individus présentant un AnCC (dont trois fœtus interrompus en raison de l'AnCC) chez qui un variant hétérozygote perte de fonction de ZEB1 a été identifié par séquençage d’exome.

Résultats : Chez cinq patients, le variant était hérité d'un parent avec un corps calleux normal, illustrant la pénétrance incomplète de l'AnCC chez les individus avec perte de fonction ZEB1. Tous les patients ont eu une scolarité normale et aucun d'entre eux n'avait de DI. L'évaluation neuropsychologique chez six patients a montré soit un fonctionnement normal soit une cognition hétérogène. Deux patients avaient un utérus bicorne, trois avaient une anomalie cardiovasculaire et quatre avaient une macrocéphalie à la naissance, suggérant un spectre plus large de malformations liées à ZEB1.

Conclusion : Cette étude montre que les variants de perte de fonction de ZEB1 sont responsables d’AnCC dominante sans DI et élargit le phénotype extra-oculaire lié à ce gène.

Des variations pathogènes à l’état hétérozygote de survenue de novo dans le gène EBF3 (Early B-Cell Factor 3, OMIM*607407) ont été identifiées comme cause du syndrome HADD (hypotonia, Ataxia, and delayed development syndrome, OMIM* 617330). Il s’agit d'un trouble neurodéveloppemental rare caractérisé par une déficience intellectuelle, une dysmorphie faciale, une hypotonie et une ataxie. A ce jour, une cinquantaine de patients ont été rapportés dans la littérature. L'IRM cérébrale est rapportée normale chez la plupart des patients, mais certains patients ont été décrits avec une malformation cérébelleuse avec hypoplasie du vermis et une anomalie de foliation décrite comme le « signe du pissenlit ». Nous présentons la caractérisation clinique, radiologique et moléculaire de 8 patients âgés de 26 mois à 16 ans porteurs d’une variation pathogène hétérozygote survenue de novo dans le gène EBF3.  1 patient est porteur d’une délétion chromosomique 10q26 de novo emportant le gène EBF3, 7 patients sont porteur d'une mutation ponctuelle hétérozygote du gène. Les données, obtenues par une analyse rétrospective des dossiers, permettent une description phénotypique fine et l’identification de signes non décrits. Tous les patients ont un trouble du neurodéveloppement : hypotonie, retard global de développement, déficience intellectuelle, ataxie. La sévérité de la déficience intellectuelle est variable. 2 patients présentent une pseudo-hypertrophie musculaire. Les IRM cérébrales, examinées par des neuroradiologues experts, sont anormales chez tous les patients. Sept patients ont été identifiés avec le signe du pissenlit, 1 patient présentait une atrophie cérébelleuse. Nous soulignons la fréquence élevée des malformations cérébelleuses associées aux variations pathogènes du gène EBF3. Le signe du pissenlit est fréquemment retrouvé et reconnaissable. La pseudo-hypertrophie musculaire présente chez deux patients élargit le spectre de cette pathologie récemment décrite.

Introduction : Les gènes MYCN, CCND2 et AKT3 jouent un rôle central dans la régulation cellulaire et la croissance. Les variations nucléotidiques simples (SNV) et les variations du nombre de copies (CNV) dans ces gènes sont associées à des maladies génétiques humaines. Cette revue examine les phénotypes connus et inverses, les mécanismes de gain et perte de fonction et met en lumière les partages internationaux de données qui facilitent la compréhension de ces altérations.

Matériel et méthodes : Une recherche bibliographique approfondie a été effectuée pour recueillir des données sur les altérations génétiques (SNV, CNV) des gènes MYCN, CCND2 et AKT3 et leurs effets sur les phénotypes humains. Des bases de données génétiques internationales, des articles de recherche et des rapports cliniques ont été consultés. L'analyse des mécanismes de gain et perte de fonction a été intégrée à cette revue. De plus, l'apport des partages internationaux de données a été pris en compte pour une vision globale.

Résultats : Les SNV et CNV dans le gène MYCN sont étroitement liés au neuroblastome, un cancer pédiatrique du système nerveux. Les variations induisant un gain de fonction peuvent entraîner une croissance cellulaire incontrôlée, tandis que les pertes de fonction peuvent altérer le développement neuronal normal. Pour CCND2, les SNV conduisant à un gain de fonction sont associées à l'hyperplasie nodulaire focale du foie, alors que les pertes de fonction perturbent le cycle cellulaire. En ce qui concerne AKT3, les altérations activatrices sont corrélées au syndrome de mégencéphalie-cortical dysplasia-polymicrogyrie (MECP), caractérisé par des anomalies cérébrales, tandis que des pertes de fonction peuvent entraver la croissance neuronale normale.

Conclusion : Les gènes MYCN, CCND2 et AKT3 jouent un rôle crucial dans la régulation cellulaire, et leurs altérations (SNV, CNV) sont étroitement associées à diverses maladies génétiques humaines. La compréhension des mécanismes de gain et perte de fonction est essentielle pour cerner l'impact de ces altérations sur les phénotypes humains. L'efficacité des recherches est renforcée par les partages internationaux de données, favorisant une vision globale de ces altérations et ouvrant ainsi la voie à des traitements plus précis et personnalisés. Des efforts continus sont nécessaires pour approfondir notre compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à ces altérations et pour développer des thérapies plus efficaces dans le contexte des maladies génétiques.

La protéine PTBP1 (Polypyrimidine tract-binding protein 1), appartenant à la famille des ribonucléoprotéines nucléaires hétérogènes (hnRNP), joue un rôle de régulateur dans la biogénèse et la stabilité des ARNs en effectuant la navette entre le noyau et le cytoplasme grâce à des signaux de localisation et d'exportation nucléaires partiellement chevauchants. L’étude clinique réalisée a démontré que des variations hétérozygotes dans PTBP1 sont responsables de formes syndromiques de troubles du développement neurologique et squelettique. En parallèle, par une combinaison d’approche de génétique moléculaire et transcriptomique dans des fibroblastes primaires prélevés sur des individus porteurs de la variation, ainsi que des modèles in vitro et in vivo indépendant, nous avons entre autres mis en évidence une distribution anormale de la protéine entre le noyau et le cytoplasme et des défauts transcriptomiques majeurs.  

Bien que des défauts d'ostéochondrogenèse (84%) soient sur le premier plan, le phénotypage des patients a aussi mis en évidence des troubles neurodéveloppementaux variables (36%) comprenant un retard moteur, une déficience intellectuelle et des troubles du comportement, associés à des défauts neuroanatomiques (hypoplasie du corps calleux, du cervelet et retard de myélinisation). Pour surmonter l’inaccessibilité du tissu cérébral, l’une des stratégies actuellement déployée dans l’équipe GAD est la génération d’organoïdes cérébraux et/ou de neurones à partir d’iPSCs (plateforme MasSC Marseille). En parallèle, un financement du projet européen « Rare Disease Models & Mechanisms Europe (RDMM)-(SolveRD) et la collaboration avec la clinique allemande de la souris (GMC) nous ont permis la création d'un modèle de souris portant la variation la plus fréquente dans notre cohorte (C57BL/6N_2T > C). Ces modèles in vitro et in vivo constituent un outil puissant pour caractériser les défauts biologiques et anatomiques, dès les premiers instants du développement cérébral. Étant donné que PTBP1 est exprimé précocement lors du développement embryonnaire, ses défauts d'activité pourraient entraîner des effets moléculaires (dérégulation transcriptionnelle et génique) et cellulaires (prolifération, migration et différentiation neuronale).

Grâce au financement MultiOmixCAre (Programme prioritaire de recherche Maladies rares – Inserm), le développement du cerveau est alors étudié à l'aide de deux approches principales, déployées sur des embryons de souris PTBP1^KI/+ à différents stades de développement (E7.5 à E18.5) et sur les organoïdes cérébraux des patients: (i) le "single cell-RNA-seq", pour investiguer les défauts transcriptomiques propres à chaque type cellulaire et (ii) la transcriptomique spatiale par la méthode Merscope (Vizgen), qui permet de marquer de manière précise et spécifique des ARNs, sur des coupes d'embryon et de cerveau. Nous espérons ainsi mettre en évidence les événements moléculaires responsables de ces anomalies neurodéveloppementales.

L’identification des variations du nombre de copies (CNV) est essentielle pour l’interprétation complète des données de séquençage. Cependant leur détection reste un challenge pour les pipelines bioinformatiques. Les variations de structure (SV) peuvent être extrêmement variées, pouvant aller de 50 paires de bases à plusieurs mégabases. Leur détection est un enjeu majeur de la cytogénétique actuelle, permettant une amélioration du taux diagnostique, et donc du circuit de prise en charge des patients. La stratégie diagnostique actuelle priorise les analyses de cytogénétiques classiques et moléculaires ciblées, avant l’accès au génome. De multiples stratégies ont émergé pour améliorer la détection des SV, notamment en séquençage d’exome ou de panels ciblés : utilisation d’algorithmes d’étude des profondeurs de lecture, couplés à l’analyse de la répartition des variations ponctuelles, et des paires chimériques ou splittées.

A partir de données d’exome, nous avons évalué 3 approches bio-informatiques pour la détection de CNV : CNV DRAGEN (read depth), SV DRAGEN (split reads) et ROH DRAGEN (snp distribution). Nous avons mesuré leurs apports diagnostique sur une cohorte de près de 600 patients porteurs de troubles du neurodéveloppement, analysés à l’Institut de Génétique Médicale entre Septembre 2020 et Mars 2022. L’ensemble des patients avait bénéficié d’une CGH-array en première intention avant séquençage d’exome.

Nos résultats mettent en évidence la complémentarité de ces approches et leurs limites. Ainsi, CNV DRAGEN identifie avec une grande efficacité les CNV de plus de 500pb alors que SV DRAGEN est plus pertinent pour les variants à partir de 50pb. Cependant, la couverture fragmentée et partielle de l’exome ne permet pas une utilisation optimale de ces pipelines. L’utilisation de ces approches combinées a permis de faire 8 diagnostics supplémentaires par read depth et 2 par split reads, sur 600 patients, soit un apport diagnostique de 1,7%.

Catalysée par les enzymes de la famille ADAR, la déamination A-to-I est une des formes d’editing des ARN les plus fréquentes chez les mammifères et contribue à la diversité transcriptomique et protéomique.

Les données publiées à ce jour suggèrent qu’un dysfonctionnement d’ADAR1 provoque une reconnaissance des ARNs non-edités par des senseurs cytosoliques, Mda5 en particulier, conduisant à une activation de l'expression de centaines de gènes stimulés par l'interféron (ISGs), et une mort cellulaire. En accord avec ces observations, des mutations d’ADAR1 sont responsables du syndrome d'Aicardi-Goutières (AGS : encéphalopathie inflammatoire génétiquement déterminée). Des mutations de ce gène sont aussi responsables de dyschromatose symétrique héréditaire (DSH: macules hyper et hypo-pigmentées). Ces défauts de pigmentation suggéraient un rôle d’ADAR1 au cours du développement des mélanocytes dérivés de la crête neurale, mais le rôle de cette enzyme dans d’autres dérivés de cette structure restait à définir.

Pour avancer dans ce domaine, nous avons généré un modèle murin de délétion conditionnelle d’Adar1 dans la crête neurale. En accord avec le phénotype observé chez l’homme, les mutants présentent une dépigmentation globale due à une apoptose des mélanocytes. Une absence totale de myéline le long des nerfs périphériques, due à un défaut de différenciation des cellules de Schwann, a également été mise en évidence. Comme pour les mélanocytes, ces défauts sont précédés par une augmentation de l’expression d’ISGs. Une analyse transcriptomique combinée à des expériences in vitro et in vivo (doubles mutants murins) nous ont ensuite permis d’identifier les voies de signalisation dont la dérégulation impacte la formation de la myéline périphérique. Comme dans d’autres tissus, nous avons montré le rôle central de l’activation de la voie Mda5/Mavs et la recherche des facteurs de transcription dérégulés suite à cette activation nous a conduit à montrer le rôle central du facteur de transcription EGR1 dans la genèse des anomalies de myélinisation observées chez les mutants. Supportés par une récente description clinique indiquant qu’une neuropathie périphérique peut faire partie du spectre clinique associé à des mutations d’ADAR1 chez l’homme, ces résultats démontrent un rôle essentiel d’ADAR1 et du RNA editing au cours du processus de myélinisation du système nerveux périphérique chez l’homme et la souris.

Le syndrome de l’X-Fragile (FXS) est la forme la plus courante de déficience intellectuelle et comportementale héréditaire associée à des troubles de la sensibilité aux stimuli sensoriels (Penagarikano et al., 2007 ; Hagerman et Hagerman, 2015). Sur le plan de visuel, l’intégration est perturbée sur la sensibilité aux contrastes, formes, textures et mouvement (Kogan et al., 2008 ; Farzin et al., 2011). Une étude électrophysiologique (électrorétinogramme - ERG) associée à une évaluation de la perception des contrastes (tests comportementaux), menée chez des patients avec FXS (CLIBIOMAR, ID-RCB 2019-A01015-52) et chez le modèle murin du FXS (souris FMR1^y/-), nous a permis de mettre en évidence l’existence d’un trouble visuel de la perception rétinienne (Perche et al., 2018 ; Felgerolle et al., 2019 ; Perche et al., 2021). Chez le patient, outre les conséquences comportementales, notre étude semble démontrer que la dys-sensibilité rétinienne semble se manifester par la présence d’une photophobie avec douleur.

La photophobie peut être définie comme une réduction de la sensibilité au contraste provoquée par une lumière éblouissante et une aversion générale pour la lumière (Burstein et al., 2019 ; Chung et al., 2013 ; Noseda et al., 2019). L’existence d’un lien entre les troubles de la discrimination des contrastes et la photophobie suggère qu’elle trouve son origine dans un dysfonctionnement des cellules rétiniennes (Burstein et al., 2019 ; Chung et al., 2013 ; Noseda et al., 2019). L’implication des voies rétiniennes dans la physiopathologie de la photophobie évoquée dans la littérature est confortée par étude de cohorte de patients atteints de FXS (CLIBIOMAR, ID-RCB 2019-A01015-52). En effet, les familles et soignants ont décrit une hypersensibilité avec sensations douloureuses et des comportements d’évitement d’exposition à la lumière dans 55% des cas (11/20) et une « aversion » à la lumière dans 20% des cas (4/20). L’investigation par Short Sensory Profile (SSP) a mis en lumière des comportements significativement altérés sur les paramètres visuels [Sous-score 16.2(6.07) - Probable différence]. Chez le modèle murin, nous avons démontré, en utilisant un Elevated-Plus-Maze modifié, un comportement d’évitement d’exposition à la lumière et de photophobie, à différentes luminances (Delgado de Alba et al., en cours de publication). En effet, l’index d’aversion à la lumière est significativement supérieur chez la souris FMR1^y/- comparé au souris sauvage (WT) pour des intensités lumineuses de 120/300 lux [0.155±0.063 versus 0.041±0.070] et 500/1000 lux [0.155±0.051 versus 0.043±0.070].

Ces résultats préliminaires démontrent pour la première fois un phénotype visuel avec nociception dans le FXS. Ce comportement spécifique à des conséquences comportementales majeures pour la vie du patient. Notre objectif est de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques moléculaires et cellulaires impliqués dans cette photophobie à l’aide du modèle murin.

La maladie d’Alexander est une leucodytrophie démyélinisante de transmission autosomique dominante, causée par des variations pathogènes du gène GFAP (Glial Fibrillary Acidic Protein). Trois formes cliniques principales, toutes postnatales sont décrites : néonatale (/infantile), juvénile et adulte. Au niveau cérébral, elle est caractérisée par une dégénérescence de la substance blanche en lien avec la formation de fibres de Rosenthal le long du système nerveux central. La protéine acide fibrillaire gliale (GFAP) s’associe sous forme de filaments intermédiaires qui sont un des constituants du cytosquelette des astrocytes. La GFAP mutée entraîne l’agglomération des protéines des filaments intermédiaires dans les astrocytes : ce sont les fibres de Rosenthal. Celles-ci sont décelables sur des coupes de cerveau en colorations anatomopathologiques. Les caractéristiques phénotypiques principales sont une déficience intellectuelle (ou une régression), une épilepsie, des difficultés alimentaires, une hydrocéphalie, une ataxie, spasticité et une dégradation pouvant entraîner le décès du patient. Nous présentons le cas d’un couple non apparenté et sans antécédent, menant une 1^ère grossesse sans signe d’appel échographique jusqu’au 3^ème trimestre. L’échographie de 32 SA (semaines d’aménorrhées), quant à elle, révèle une dilatation triventriculaire avec ventriculomégalie majeure évoquant une sténose de l’aqueduc de Sylvius (atrium gauche 23mm, atrium droit 20mm), évolutive, avec majoration à l’échographie de contrôle. Cette évolution, de mauvais pronostic, conduit le couple à formuler une demande d’IMG (Interruption médicale de grossesse). Les premières investigations génétiques étant négatives (caryotype/ ACPA), une analyse d’exome en trio a été proposée. Celle-ci a révélé l’existence d’un variant faux-sens dans le gène GFAP, apparu de novo : NM_002055.5(GFAP):c.227T > C p.(Leu76Pro). Ce variant, prédit délétère par les outils in silico (SIFT, Provean, FATHMM, REVEL) et absent des bases de données de population, touche le même résidu qu’un variant décrit pathogène. Afin d’étudier l’impact fonctionnel de ce variant, nous avons réalisé des études fonctionnelles sur ce variant ainsi que sur 2 autres variants déjà publiés (c.226C > T (L76F)¹, c.739T > C (S247P)²) sur cellules HEK293T. En microscopie confocale, la désorganisation des filaments est clairement établie pour les 4 variants par comparaison au wild-type, confirmant le caractère délétère du variant mis en évidence. Ce travail représente, à notre connaissance, le premier cas de maladie d’Alexander de présentation anténatale. Il illustre également l’intérêt des études fonctionnelles qui permettent de caractériser des variants génétiques identifiés par NGS (Next-Generation Sequencing).

1. Rodriguez D et al. PMID: 11567214

2. Boczek et al.  PMID: 27648269

Contexte: La macrocrânie désigne un périmètre crânien (PC) au-delà de 2 dérivation standard (DS) et concerne 2-3% de la population. Elle est considérée comme «cliniquement pertinente» si supérieure à 3DS. À l’inverse de la microcéphalie qui sous entend toujours un cerveau de petite taille, la macrocrânie et son spectre large d’étiologie n’implique pas systématiquement une mégalencéphalie (MEG) à savoir une croissance excessive du cerveau. Aujourd’hui la démarche étiologique d’une macrocrânie s’appuie sur son caractère évolutif ainsi que sur son association ou non à des signes cliniques neurologiques ou extra-neurologiques. La découverte d’un caractère familial ou d’un développement psychomoteur (DPM) normal peut rassurer à tort le praticien qui ne poursuivra pas l’enquête étiologique afin d’exclure une pathologie génétique.

Méthode: nous avons l’objectif de clarifier la démarche diagnostique et les étiologies génétiques des macrocéphalies avec MEG à l’ère du séquençage pan-génomique. Notre étude est basée sur deux axes : une recherche et un recueil systématique des informations cliniques et génétiques des patients dont le PC se situe à +3DS, suivis dans notre centre entre 1990 à aujourd’hui et une revue exhaustive des étiologies génétiques de MEG connues sur les bases OMIM et Pubmed avec entrée «macrocephaly», «mégalencephaly».

Résultats: Au total 205 patients répondaient à nos critères d’inclusion, les motifs d’adressage majoritaires étaient «déficience intellectuelle» (46%) «retard de développement» (30%), «macrocéphalie» (21%) et «troubles des apprentissages» (11%). Pour 114 soit 55% patients nous avons trouvé une étiologie génétique, avec un variant PTEN dans 17% des cas. Pour 32 patients soit 28% des patients avec diagnostic confirmé, le tableau correspondait à une macrocéphalie isolée ou avec un décalage modéré des acquisitions. 

Discussion: 74 gènes ont été identifiés, avec une surreprésentation de la voie PI3K/AKT/MTOR, de la voie de signalisation Sonic Hedgehog (SHH) et des gênes de régulation d’expression. Si les troubles du neurodéveloppement et la déficience intellectuelle apparaissent comme des traits phénotypiques fréquents, ils ne sont pas systématiques et cela laisse supposer un retard diagnostic lorsque 15% de ces étiologies sont associées à un risque tumoral impliquant un suivi.

Les expansions GAA dans l'intron 1 du gène FGF14 sont une cause fréquente d'ataxie cérébelleuse héréditaire de transmission autosomique dominante (ataxie GAA-FGF14 ; ataxie spinocérébelleuse 27B, SCA27B), en particulier en cas d’ataxie tardive (Late Onset Cerebellar Ataxia : LOCA). SCA27B se caractérise classiquement par un syndrome cérébelleux lentement progressif à début épisodique dans plus de 2/3 des cas, au-delà de 40 ans. Jusqu’à présent, la confirmation moléculaire des expansions GAA de FGF14 reposait principalement sur le séquençage long-read, technologie non encore disponible en routine dans les laboratoires de génétique.

Nous avons développé et validé une stratégie de diagnostic moléculaire en trois étapes : PCR long-range fluorescente pour déterminer la taille des allèles, triplet-primed PCR (TP-PCR) bidirectionnelle pour vérifier la présence et la nature de l’expansion (profil dentelé si le motif est GAA) et électrophorèse sur gel des produits de PCR long-range et/ou séquençage de Sanger en fonction du profil observé en TP-PCR. Par ailleurs, nous avons mis au point une seconde LR-PCR permettant d’amplifier de façon spécifique les allèles supérieurs à 30 GAA, afin de faciliter la lecture du séquençage Sanger. Enfin, nous avons mis en place l’analyse d’un set de marqueurs microsatellites afin de déterminer les haplotypes des allèles FGF14, afin de préciser la transmission des allèles dans certaines familles.

Nous avons comparé cette stratégie au séquençage long-read Nanopore sur 22 patients canadiens d’origine française SCA27B et l’avons ensuite testée sur une cohorte de 53 patients lorrains atteints de LOCA non résolue. Nous avons identifié 9 patients (9/53 ; 17 %) et 2 apparentés porteurs d'une expansion FGF14 (GAA)_≥250. 

Grâce à un appel à collaboration national, nous avons complété la cohorte par l’étude de 507 patients avec LOCA de cause indéterminée, soit un total de 560 individus. Nous avons identifié au total 107 patients (19,1 %) porteurs d’expansions FGF14 (GAA)_≥250 dont 17/560 (3%) avec des expansions entre 250 et 300 GAA (allèle intermédiaire avec pénétrance incomplète). Des études ultérieures regroupant les données moléculaires des cohortes SCA27B sur le plan international sont nécessaires afin d’aider à l’interprétation de ces allèles intermédiaires. Nous avons identifié des expansions non-GAA-pures non pathogènes en l’état actuel des connaissances et des interruptions au sein des répétitions GAA. L’étude des haplotypes a permis d’élucider la transmission des expansions dans deux familles. Une expansion est observée en méiose maternelle et une contraction en méiose paternelle.

Nous confirmons que SCA27B est une cause fréquente de LOCA. Le phénotypage détaillé des patients apparaît indispensable pour l’interprétation des résultats, en particulier en cas d’allèle intermédiaire. Cette nouvelle stratégie moléculaire permet de détecter les expansions GAA-FGF14 et de déterminer leur taille de façon fiable.

Contexte. La xanthomatose cérébrotendineuse (OMIM#213700/ORPHA:909) est une maladie récessive rare ( < 1/135 000 en Europe) qui résulte d’un déficit en Stérol 27-hydroxylase, enzyme clé de la biosynthèse des acides biliaires. L’accumulation de stérols anormaux en amont du bloc enzymatique, provoque une maladie de surcharge d’évolution progressive vers un tableau neuropsychiatrique sévère.

L’errance diagnostique résulte de symptômes généraux peu spécifiques ou ignorés dans l’enfance, qui évolueront à l’âge adulte vers une démence, une neuropathie diffuse et polymorphe, associées de manière inconstante à une athérosclérose et une xanthomatose tendineuse et cérébrale. Le diagnostic bioclinique repose sur la spectrométrie de masse, qui révèle des taux sanguins normaux ou bas de cholestérol et massifs de cholestanol. L’acide chénodésoxycholique (CDCA) débuté précocement est le seul traitement efficace sur l’évolution de la CTX, par freinage de la production de stérols anormaux.

La génétique moléculaire outre la confirmation diagnostique (VPP=100% si cholestanol > 1,5X ULN), permet le dépistage et le traitement par CDCA d’apparentés présymptomatiques. Bien que les régions d’intérêt diagnostique de CYP27A1 (NM_000784) soient aisément explorées par Sanger, le séquençage à haut débit (NGS) permet l’identification directe des phases alléliques, la détection de CNV et l’exploration des séquences non codantes.

Objectifs. Réévaluer la stratégie diagnostique par analyse rétrospective des génotypes et variants pathogènes observés chez 33 cas de CTX testés par génétique moléculaire depuis 25 ans. 

Résultats. Le diagnostic était effectué dans 70% des cas (16M/17F), après l’âge de 30 ans (39±16 ans), devant un tableau neuropsychiatrique patent et des taux de cholestanol > 10XULN. Les patients étaient homozygotes (n=14) et hétérozygotes composites (n=19), pour 17 variants pathogènes de CYP27A1 dont 12 sont prévalents en Europe, et 5 non décrits. Les patients étaient porteurs de mutations faux-sens, frameshift, et non-sens en régions codantes respectivement sur: 40, 4 et 3 allèles.

Dans 13 cas (27% des allèles pathogènes) au moins un des allèles pathogènes altérait un site consensus d’épissage. Aucun CNV n’a été détecté. Un seul variant en séquence non codante n’a pas été caractérisé, seule sa phase a été déterminée par analyse haplotypique des variants synonymes observés au locus CYP27A1 sur un trio informatif. L’exploration des séquences introniques profondes et périgéniques de CYP27A1 est en cours.

Conclusion. Sur une série de 33 patients atteints de Xanthomatose Tendineuse, 42% étaient homozygotes. Les variants pathogènes en régions non codantes, voire en régions génomiques profondes, représentaient près du tiers des causes génétiques de CTX. Cela souligne l’intérêt d’un premier criblage du locus CYP27A1 par séquençage exomique élargi, complété du séquençage génomique en cas de tableau clinico-biologique typique, offrant une sensibilité diagnostique de 100%.

Contexte : Ces dernières années, la réalisation des tests pré-symptomatiques (TPS) dans la Sclérose Latérale Amyotrophique/Démence Fronto-Temporale (SLA/DFT) a pris de l’ampleur dans l’activité des centres de Neurogénétique, en parallèle de l’essor de la génétique dans ce domaine, de l’augmentation des diagnostics génétiques chez les malades, et de l’arrivée de thérapies innovantes dans ces pathologies. Cette activité relativement récente, s’appuie sur l’expérience des centres de Génétique dans autres maladies neurodégénératives à révélation tardive, en particulier celle de la Maladie de Huntington.

Méthodes : Nous avons fait une cartographie du nombre des demandes et des spécificités des pratiques dans la réalisation des TPS en France. Pour cela, nous avons adressé un questionnaire aux 21 Centres de Référence ou Compétence des Maladies du Neurone Moteur, articulés par la Filière FILSAN (SLA et Maladies du Neurone Moteur).

Résultats : 17/21 des centres ont répondu au questionnaire ; 12/17 avaient reçu, les dernières années, entre 5 et 10 nouvelles demandes de TPS pour une SLA/DFT par an, 2 centres sur 17 ont reçu entre 30 et 45 nouvelles demandes par an. Au total nous avons recensé un nombre total d’entre 230 et 440 demandes par an. Le délai d’attente pour accéder aux consultations est de 1-2 mois pour la moitié des centres et > 4 mois pour un quart des centres. Le parcours des consultants dès la première consultation jusqu’au rendu des résultats est de 2-4 mois pour 50%, et < 4 mois pour 47% des centres, avec seulement un centre déclarant une durée entre 1- 2 mois. Le principal facteur limitant identifié est l’absence de disponibilité des ressources humaines. Le plus souvent, 3 rendez-vous sont proposés avant le rendu du résultat du TPS, faisant intervenir un psychologue, un généticien et/ou neurologue spécialisé et un conseiller en génétique. Dans 30% des centres, le parcours est différent selon la maladie du cas index (SLA ou DFT). Des téléconsultations sont exceptionnellement proposées. Cinq centres ont reçu des couples en demande de DPI/DPN, cette demande concernant jusqu’à 30 couples par an en France, avec < 10 DPN réalisés. Dans 65% des centres, un suivi est systématiquement proposé aux porteurs, le plus souvent avec un neurologue et/ou un psychologue.

Au total, cette activité spécifique répond à une demande croissante, nécessite des intervenants expérimentés et est très consommatrice de ressources humaines. Nous n’avons pas identifié de grandes disparités dans la pratique entre les différents centres. Tous les ans, entre 100 et 200 nouveaux sujets porteurs à risque de SLA/DFT sont identifiés en France. L’arrivée des thérapies génétiques pour certains variants pathogènes nécessite d’être préparée. Une réflexion à l’échelle nationale ou européenne est nécessaire pour définir les modalités de prise en charge et suivi de ces sujets. Des études seront ensuite indispensables pour évaluer l’impact des différentes interventions sur cette population.

Les ataxies spinocérébelleuses (SCA) sont des maladies neurologiques de transmission autosomique dominante. Les SCAs sont soit due aux expansions CAG codantes (SCA polyQ) représentant 60 % des SCA dans le monde, ou des variants pathogènes dans des gènes variés. La présentation clinique prédominante est le syndrome cérébelleux associé à un syndrome pyramidal mais aussi à une atteinte cognitive variable. Le Syndrome Cognitivo-Affectif Cérébelleux (CCAS), a été décrit comme une atteinte cognitive spécifique et secondaire à une lésion cérébelleuse (vasculaire, traumatique, etc.) mais dans les ataxies génétiques la fréquence et la sévérité du CCAS n’est pas connue. L’échelle cognitive spécifique (le CCAS-Scale) évalue 10 domaines cognitifs distincts.

Nous avons inclus 63 porteurs (26 patients présymptomatiques, 37 patients ataxiques, avec une durée moyenne de la maladie de 6,59 ans) avec des expansions dans ATXN1, responsable de SCA1 (n=5), ATXN2/SCA2 (n=15), ATXN3/SCA3 (n=25) et ATXN7/SCA7 (n=18). Tous ont eu la CCAS Scale, une évaluation quantitative du syndrome cérébelleux, une analyse de biomarqueur (Nfl dans le plasma) et l’imagerie cérébrale (3T).

Dans les SCA polyQ nous avons pu montrer une atteinte de 3 domaines cognitifs ou plus sur 10 chez 51%. Un CCAS probable est retrouvé chez 74%. Selon le génotype la fréquence et sévérité varie : SCA2 avait une atteinte cognitive dans 61%, et SCA3 la plus sévère. L’atteinte cognitive était corrélée à la sévérité du syndrome cérébelleux (p < 0,001) et au taux de Nfl (p=0,02). Les domaines les plus touchés étaient la flexibilité mentale et la mémoire de travail, par contre le domaine visuo-spatial a été conservé.

Les résultats obtenus suggèrent la présence d'un profil cognitif spécifique chez les patients SCA polyQ. Les patients présenteraient également une atteinte comportementale, et les fonctions visuo-spatiales semblent préservées (différent du déficit cognitif observé dans d'autres pathologies avec lésions cérébelleuses). Nous allons comparer ce profil cognitif avec des  SCAs non-polyQ et celles en lien avec des variants dans SPG7.

Ce projet propose un élément de réponse au défi général du Séquençage Haut Débit en génétique moléculaire, avec le reclassement de variants de signification incertaine (VSI) en variant probablement pathogène ou pathogène. Nous avons étudié 19 VSI dans différents gènes responsables d’encéphalopathies épileptiques, ayant un effet putatif sur l’épissage prédit par les outils bio informatiques incluant SpliceAI. En effet, avec les recommandations actuelles, lorsqu’un variant ne touchant pas les sites consensus d’épissage est prédit par SpliceAI comme affectant l’épissage, il est nécessaire de réaliser un test fonctionnel pour reclasser ce VSI en variant probablement pathogène. Comme la plupart de ces gènes sont peu ou pas exprimés dans les tissus accessibles (sang notamment) nous avons utilisé un test fonctionnel pour confirmer ou infirmer la pathogénicité de ces variants en étudiant leurs effets dans un modèle hétérologue d’épissage, la technique de Minigène. La technique Minigène consiste à déterminer le profil d’épissage d’une construction plasmidique comportant le variant et l’exon correspondant dans des cellules humaines en culture après transfection. Les cellules utilisées pour la transfection étaient les cellules HeLa, et, pour 3 variants, le test Minigène a été réalisé à la fois après transfection dans des cellules HeLa, mais également après transfection dans des lignées à différentiation neuronales SH-SY5Y (plus proches morphologiquement des cellules dans lesquels sont physiologiquement exprimés ces gènes in vivo). La concordance entre la prédiction de SpliceAI et le résultat du test Minigène pour ces variants était totale pour 12 variants, partielle pour 5 variants et absente pour 2 variants. Ce projet a permis de reclasser 12 variants en probablement pathogène, ce qui a une implication directe en conseil génétique. Nous avons optimisé et simplifié le protocole de minigène (8 variants/2 semaines), mais des modifications seront encore nécessaires pour étudier dans un temps plus court un plus grand nombre de variants, et cette stratégie sera prochainement introduite en routine non seulement dans le cadre du diagnostic des encéphalopathies épileptiques mais aussi dans celui d’autres groupes de pathologies prises en charge dans le département de génétique médicale d’AP-HP Sorbonne Université.

Background: Mitochondrial membrane protein-associated neurodegeneration (MPAN) is caused by mutations in the C19orf12 gene. MPAN typically appears in the first two decades of life and presents with progressive dystonia-parkinsonism, lower motor neuron signs, optic atrophy, and abnormal iron deposits pre- dominantly in the basal ganglia. MPAN, initially considered as a strictly autosomal recessive disease (AR), turned out to be also dominantly inherited (AD). Objectives: Our aim was to better characterize the clinical, molecular, and functional spectra associated with such dominant pathogenic heterozygous C19orf12 variants.

Methods: We collected clinical, imaging, and molecular information of eight individuals from four AD-MPAN families and obtained brain neuropathology results for one. Functional studies, focused on energy and iron metabolism, were conducted on fibroblasts from AD-MPAN patients, AR-MPAN patients, and controls.

Results: We identified four heterozygous C19orf12 variants in eight AD-MPAN patients. Two of them carrying the familial variant in mosaic displayed an atypical late- onset phenotype. Fibroblasts from AD-MPAN showed more severe alterations of iron storage metabolism and autophagy compared to AR-MPAN cells.

Conclusion: Our data add strong evidence of the realness of AD-MPAN with identification of novel monoallelic C19orf12 variants, including at the mosaic state. This has implications in diagnosis procedures. We also expand the phenotypic spectrum of MPAN to late onset atypical presentations. Finally, we demonstrate for the first time more drastic abnormalities of iron metabolism

L’utilisation du séquençage de nouvelle génération dans le diagnostic de maladies génétiques entraîne l’augmentation du nombre de variants de signification incertaine (VSI) identifiés. Certains de ces variants entraînent potentiellement une anomalie d’épissage, nécessitant une caractérisation fonctionnelle. Concernant les maladies neurologiques, les études sur ARN sont limitées par la faible expression de la plupart des gènes impliqués dans le sang, et la non disponibilité du tissu concerné.

Nous avons donc développé un panel dédié à l’étude par RNAseq ciblé des gènes prédisposant à l’ensemble des pathologies neurologiques étudiées au laboratoire (n=252) : épilepsies, démences, dystonies, sclérose latérale amyotrophique, paraplégies spastiques, maladie de Charcot-Marie-Tooth, et ataxies dominantes. Pour cela, nous avons éliminé du panel 22 gènes (soit seulement 9%) bien exprimés dans le sang à partir des résultats d’une technique de RNAseq total développé au centre de génétique, pour qu’ils ne rentrent pas en compétition avec ceux présentant un faible niveau d’expression. Le design du panel sur les 230 gènes restants (séquences codantes et régions 5’UTR) a été effectué avec le logiciel SureDesign, les techniques réalisées avec le kit Sureselect XT HS2 (Agilent), et le séquençage de séries de 16 patients réalisé sur Nextseq500 (Illumina).

Le premier objectif était de déterminer le niveau d’expression de chaque gène du panel dans plusieurs types de prélèvements : paxgenes (n=19), lignées lymphoblastoïdes ou lymphocytes (n=5), et fibroblastes (n=6). Une majorité des gènes (n=151, 60%) a une couverture moyenne supérieure à 50x sur l’ensemble des exons sur les paxgene, et peut donc être analysé sur ces prélèvements facilement accessibles. 29 gènes supplémentaires (12%) peuvent être analysés sur fibroblastes. Au total, seulement 50 gènes (19%) ne peuvent pas être analysés par notre technique RNAseq sur des prélèvements issus de sang ou de biopsie de peau, et devront être étudiés par une technique ex vivo comme le minigene. Par ailleurs, la couverture des régions supérieures à 50x était très élevée, avec une moyenne de 1633x sur paxgene et 1998x sur fibroblastes, respectivement.

Le deuxième objectif était de confirmer des anomalies prédites d’épissage. Nous avons pu analyser à ce jour 20 variants sur 12 gènes différents, et détecter différents types d’effet: création d’exon cryptique, saut d’exon, rétention intronique, délétion partielle d’exons. Les couvertures élevées permettent également d’identifier des épissages physiologiques ou pathologiques minoritaires (jusqu’à 5% environ).

En conclusion, le panel pour étude par RNA seq de l’épissage de gènes impliqués dans les maladies neurologiques que nous avons développé permet d’analyser une grande majorité des gènes (80%) à partir de prélèvements facilement accessibles (sang, peau). Les fortes couvertures obtenues permettent de confirmer ou infirmer de manière fiable des effets prédits sur l’épissage.

Le Plan France Génomique (PFMG) 2025 a permis l’accès au séquençage de génomes sur tout le territoire. La préindication Maladies Osseuses Constitutionnelles (MOC) concerne toutes les ostéochondrodysplasies : fragilité osseuse, atteinte épi et/ou métaphysaire et/ou vertébrale, atteinte lytique ou condensante, prolifération anarchique du tissu osseux, et dysostoses.  L’inclusion des patients dans la préindication MOC a démarré dès la première vague de pré-indication en octobre 2019, elle est réalisée pour les patients avec panel négatif ou avec des phénotypes atypiques pour lesquels les panels disponibles ne sont pas adaptés. Il y a eu à ce jour plus de 500 prescriptions (CRMR MOC Necker : 412, autres centres : 88). Nous faisons ici le bilan des 400 premiers résultats : 124 génomes ont été rendus positifs (31%), 42 ont retrouvé un variant de signification incertaine (10%), et 234 ont été rendus non conclusifs (59%). 

Les 124 génomes positifs concernent 92 gènes différents avec un maximum de 5 patients mutés pour 3 gènes : COL2A1, FGFR3, RPL13. Huit génomes ont permis d’identifier une anomalie de structure (3 inversions, 3 grandes délétions, 1 duplication,1 translocation), 5 ont mis en évidence un variant intronique profond, et 3 ont retrouvé une disomie uniparentale (DUP).

Les variants de signification incertaine concernent 38 gènes différents. Ils comprennent des variants introniques, des variants dans des gènes non décrits en pathologie humaine retenus suite à une soumission dans Genematcher, ou des variants pour lesquels une étude de ségrégation ou un phénotypage fin des parents est en cours.

L’interprétation des génomes ne peut se faire sans un dialogue entre cliniciens et biologistes au travers de réunions dédiées permettant la confrontation clinico-biologique des résultats.

Douze dossiers n’auraient pu être résolus par une autre technique de séquençage que le génome : translocation, inversion, délétions, variants introniques, cela représente 3% des génomes analysés et 10% des génomes positifs). Le séquençage de génome a permis de faire 4 doubles diagnostics.   

L’arrivée du séquençage de génome a révolutionné le diagnostic moléculaire des MOC et permis des diagnostics n’étant pas accessibles par l’approche de séquençage de panels, d’exome ou d'ACPA.

Les Epidermolyses Bulleuses Héréditaires (EBH) sont un groupe de maladies rares caractérisées par une fragilité de la peau conduisant à la formation de bulles et d’érosions cutanées (parfois muqueuses) par désunion entre l’épiderme et le derme. Elles touchent environ 1 nouveau-né sur 20 000. Leur gravité est très variable, allant d’une gêne mineure à des formes rapidement incompatibles avec la vie en passant par des affections chroniques responsables de handicaps sévères par leurs complications infectieuses, nutritionnelles, cicatricielles, fonctionnelles voire viscérales.

On distingue trois groupes d'EBH selon le niveau de clivage dans la peau. Au sein de chacun de ces trois groupes il existe plusieurs formes cliniques d’EBH distinguées par leur symptomatologie et leur mode de transmission héréditaire.

Méthodes : Des RCP mensuelles du Centre de Référence Maladies Rares (cliniciens et infirmières) permettent l’orientation du diagnostic clinique ainsi que des avis et recommandations pour la prise en charge des patients.

Lorsqu’une biopsie cutanée est possible, la détermination du niveau de clivage par immunofluorescence est la première étape du diagnostic. Le niveau de clivage est apprécié de façon rapide et précise par l’utilisation d’anticorps dirigés contre différents constituants de la jonction dermo-épidermique. Cette étape permet une orientation de l’analyse moléculaire mais également une réponse rapide dans l’urgence de la prise en charge néonatale (pronostic vital, évolution). Des marquages spécifiques permettent parfois la validation fonctionnelle des variants de signification incertaine (VSI) identifiés lors de l’étude génétique.

L’identification des variants pathogènes responsables de la maladie permet un conseil génétique aux familles et la réalisation d’un diagnostic prénatal. Si un sous-type est diagnostiqué cliniquement et/ou histologiquement, un séquençage Sanger est réalisé. En deuxième intention ou en l’absence d’orientation, un panel de 17 gènes impliqués dans les EBH est analysé par séquençage haut débit.

Résultats : Sur la période janvier 2021- août 2023, 67 cas index ont été traités par le centre de référence. L’analyse histologique sur 14 biopsies cutanées reçues en bon état a permis d’établir un diagnostic différent de l’orientation clinique initiale dans 50% des cas, 70% ont été ensuite confirmés lors de l’analyse moléculaire. De son côté, l’analyse moléculaire des 67 cas index a permis un taux d’élucidation de 85%, dont environ 25% de résultats obtenus par NGS. Cette démarche réduit l’errance diagnostique à 3 mois en moyenne. En cas d’impasse diagnostique (15%), une demande d’analyse du génome par les laboratoires du Plan France Médecine Génomique (PFMG) est réalisée dans la préindication Génodermatose.

L’extension des études génétiques aux diagnostics différentiels des EBH et le recours à des méthodes de validations fonctionnelles des VSI permettront de réduire les impasses diagnostiques des fragilités cutanées.

Les variations des gènes COL1A1 et COL1A2, codant pour le collagène de type I, sont associées à une grande hétérogénéité phénotypique. Elles sont responsables d’un large éventail de troubles héréditaires du tissu conjonctif incluant l'ostéogenèse imparfaite (OI), quatre types de syndromes d'Ehlers-Danlos (SED arthrochalasique, classique, vasculaire et cardiaque valvulaire) et plus récemment, la notion de « COL1-related overlap disorder (C1ROD) » a émergé. Le C1ROD est une affection très rare et peu décrite, caractérisée par un phénotype chevauchant entre SED et OI. Nous décrivons ici, 16 nouveaux patients issus de 4 familles, présentant les critères diagnostiques de C1ROD. La porte d’entrée des 4 cas index était une hyperlaxité articulaire et une fragilité cutanée, laissant suspecter un SED, avec un morphotype marfanoïde chez l’un d’entre eux. La présence de sclérotiques bleutées, habituellement retrouvées dans l’OI, a conduit à réaliser une analyse génétique qui a mis en évidence 4 variants pathogène (classe 5) dans COL1A1 ou COL1A2, dont: deux jamais décrits*; un intronique dans COL1A1 entrainant un décalage du cadre de lecture précédemment décrit dans un cas d’OI; et une délétion sur COL1A2 décrite chez un cas de C1ROD. (*Le dépistage familial est encore en cours pour 6 individus d’une même famille). Parmi les apparentés, un cas d’OI a été identifié. Les autres individus présentaient un phénotype frontière entre SED et OI à minima. 13/15 individus présentaient une hyperlaxité articulaire généralisée. 14/15 présentaient des manifestations articulaires (luxations/entorses multiples) et 12/15 avaient des signes de fragilité cutanée (7 avec hyperélasticité cutanée, 3 avec cicatrices atrophiques, 11 avec tendance aux ecchymoses spontanées). 11/15 individus avaient les sclérotiques bleutées, 1/15 présentaient une anomalie de l’émail dentaire et 3/15 une hypoacousie. 5/15 individus avaient fait 1 à 3 fractures à l’âge pré-pubère, et 8/15 individus avaient fait des fractures en post-pubère dont 5 avaient une ostéoporose. 8 individus présentaient une atteinte cardiovasculaire (7 des valvulopathies mitrales ou aortiques dont 2 opérées, 4 des dilatations artérielles de l’aorte thoracique et des artères de moyen calibre) et/ou une fragilité tissulaire (hernie abdominale, prolapsus pelvien, éventration, hémorragie de la délivrance…). Cette étude illustre la grande hétérogénéité phénotypique, inter et intrafamiliale, associée aux variants des gènes COL1A1 ou COL1A2 et notamment le chevauchement clinique entre SED et OI. Il est donc important de savoir rechercher des signes d’OI à minima chez des malades se présentant comme des SED et de proposer un test génétique. Les éléments cliniques devant faire évoquer un C1ROD sont : fragilité cutanée, hyperlaxité avec instabilité articulaire, pieds plats valgus, fractures, sclérotiques bleues et hypoacousie. Une surveillance cardiovasculaire chez ces individus est importante pour prévenir d’éventuelles complications.

Malgré le nombre élevé de gènes associés aux anomalies du développement de l'œil, plus de 50 % des individus restent sans diagnostic génétique après analyse. Du fait de leurs difficultés de détection, les variants de structure (SVs), en particulier lorsqu’ils sont équilibrés, complexes ou de petite taille, ne sont pas toujours complètement analysés. Néanmoins, ces variants peuvent perturber des gènes ou leur régulation et représentent un mécanisme pathologique important.

Nous avons utilisé la cartographie optique du génome (OGM) pour rechercher des SVs dans 45 familles présentant des anomalies du développement oculaire appartement au spectre microphtalmie, anophtalmie, colobome.

Cette analyse nous a permis d’identifier des SVs affectant différents gènes ou voies de signalisation impliqués dans le développement oculaire. Parmi eux, nous avons ainsi retrouvé deux petites délétions intragénique de 4,5kb, non détectées précédemment par SNP array, en trans d’un variant faux-sens connu dans les gènes ALDH1A3 et STRA6 chez deux individus présentant une anophtalmie bilatérale. Ces deux gènes codent pour des protéines impliquées dans la voie de signalisation de la vitamine A et sont associés a des anomalies du développement oculaire de transmission autosomique récessive. Nous avons également retrouvé un SV rare et complexe en 10q23.33, correspondant à une inversion de 80kb entourée de deux délétions de 15 et 140kb, chez deux individus non apparentés. Ce SV contient notamment les gènes CYP26A1 et CYP26C1, également impliqués dans le métabolisme de la vitamine A. Enfin, l’OGM a permis une meilleure caractérisation de trois SVs de signification inconnue, déjà connus avant l’analyse, chez un individu avec une microphtalmie unilatérale : une translocation déséquilibrée entre 10q26.3 et 13q32, une duplication de 80kb sur le chromosome 11 en 5’ du gène PAX6 contenant l’élément régulateur SIMO et la délétion récurrente 16p11.2.

Cette étude montre l’importance de la recherche des SVs dans l’explorations des individus avec anomalies du développement oculaire. Elle montre aussi l’apport de l’OGM dans la détection de SV d’intérêt dans ce groupe de pathologies, créant un pont entre les techniques de CNV array et le séquençage génome entier.

Les dystrophies rétiniennes héréditaires sont la cause la plus fréquente de déficience visuelle et de cécité d’origine génétique. Elles sont liées à des anomalies génétiques affectant la fonction des photorécepteurs cônes et/ou bâtonnets. Ces pathologies sont principalement isolées, avec une atteinte limitée à la rétine, mais des formes syndromiques plus rares et graves sont possibles et sont associée à l'atteinte d'autres organes. Ainsi le gène MFSD8, a été initialement décrit dans la céroïde lipofuscinose neuronale infantile tardive (CLN), maladie neurodégénérative avec perte sévère de la vision centrale, épilepsie, déficits moteurs et cognitifs marqués, entraînant un décès précoce. Cependant, il a été récemment associé à des dystrophies maculaires (DM) non syndromiques de transmission autosomique récessive. Le gène MFSD8 code pour la protéine lysosomale CLN7 dont l’effet est peu connu. Notre équipe a identifié plusieurs patients hétérozygotes composites pour des variants du gène MFSD8. En utilisant des lignées cellulaires lymphoblastoïdes des patients atteints de DM et CLN, nous avons montré que les DM non syndromiques étaient associées à la présence de deux variants à effet modéré ou d'un variant sévère avec un variant modéré en trans, alors que les formes syndromiques étaient dues à la présence de deux variants sévères bi-alléliques. Suite à cette étude, nous avons évalué l’effet des variants sur la protéine CLN7 et ses interactants potentiels ainsi que les conséquences cellulaires des variants de MFSD8 associés aux deux pathologies dans le but d’identifier des marqueurs cellulaires et moléculaires spécifiques à la CLN et à la DM. L’analyse de l’expression et de la localisation cellulaire de la protéine CLN7 ne montre pas de différences significatives chez les patients mais un profil d'isoformes modifié selon la sévérité de la maladie. Nous n'avons pas observé de différences d'expression pour les marqueurs lysosomaux LAMP2 et CTSD chez les patients. Au niveau cellulaire, une augmentation du taux de mortalité des cellules de patients a été constatée. En microscopie électronique, des signes d’autophagie avec la présence de fingerprints, un marqueur spécifique de CLN, sont visibles chez tous les patients. En parallèle, une analyse transcriptomique par RNA-seq sur les cellules de patients a été réalisée. Les premières données obtenues montrent que des transcrits impliqués dans l’autophagie, les voies de signalisation mTor et calciques sont différentiellement exprimées chez les patients comparés aux témoins. Nos résultats suggèrent un effet des variants du gène MFSD8 dans des mécanismes impliquant la formation des vésicules et l’autophagie qui reste à démontrer. Une meilleure connaissance de ces phénomènes permettra de comprendre les mécanismes déterminant soit l'atteinte isolée, soit l'atteinte syndromique, et ainsi d’expliquer comment un même gène peut être à l'origine de phénotypes si différents, en termes de sévérité et de pronostic.

Les téloméropathies regroupent un ensemble de pathologies d’expression clinique variable ayant en commun une anomalie dans la maintenance des télomères. La protéine TIN2/TINF2 codée par le gène TINF2 appartient au complexe protecteur des extrémités télomériques. Elle interagit avec d’autres protéines du complexe télomérase, dont POT1, afin de stabiliser les extrémités télomériques.

Initialement rapportées dans les formes pédiatriques sévères, notamment dans la dyskératose congénitale (DC) (Savage et al. 2008) avec un taux important de néo-mutations, les variations monoalléliques de TINF2 ont récemment été décrites dans les formes de l’adulte et plus particulièrement dans la fibrose pulmonaire (Alder et al. 2015).

Nous avons identifié dans le LBMR des téloméropathies (Hôpital Bichat) depuis 2015, 15 patients de tout âge porteurs d’une variation (classe 4 ou 5) monoallélique dans le gène TINF2.

Un phénotype pédiatrique de téloméropathie est présent chez 10 patients avec un âge moyen au diagnostic de 5 ans. Le sex-ratio (H/F) est de 1,5. Les phénotypes de ces patients sont : une aplasie médullaire (n=5), une DC (n=4) ou un syndrome de Revesz (n=1). La taille des télomères se situe invariablement en dessous du 1^er centile.

Au niveau moléculaire, les variants sont tous localisés au niveau de l’exon 6 dans le domaine « DC ». Dans 80% des cas, la mutation touche l’acide aminé hotspot Arg282 avec 7 faux-sens et 1 frame-shift.

Un phénotype pulmonaire plus ou moins associé à une atteinte neurologique type déficience intellectuelle (n=1) ou hématologique (n=1) a été retrouvé chez les 5 patients les plus âgés, tous ayant plus de 34 ans. Tous les patients sont de sexe masculin. Une mesure des télomères montre également une taille très raccourcie ( < 1^er centile) (n=3 patients).

L’étude des variants retrouvés chez ces patients adultes met en évidence des variants de classification difficile en dehors du hotspot caractérisant les patients pédiatriques. En effet, chez les 5 cas index 3 variations faux-sens sont localisées dans l’exon 6 mais 1 seule dans le domaine « DC ». Les 2 autres variants faux-sens sont localisés dans l’exon 3 au niveau du domaine « TRFH – Telomeric Repeat Factor Homology ».

Des données d’autres centres référents de téloméropathies suggèrent que les patients TINF2 présenteraient dans leur sang un mécanisme de sauvetage somatique (ou SGR – somatic genetic rescue) (Revy et al. 2021) entre autre indirect sur le gène POT1 (Gutierrez et al. 2021).  

Finalement, nous mettons en évidence dans une cohorte de patients présentant une variation dans le gène TINF2, un phénotype de téloméropathie variable selon la localisation du variant : comme rapporté dans la littérature, nous confirmons chez les patients pédiatriques le hotspot mutationnel « DC ». Chez les adultes, les variations sont localisées en revanche hors de ce locus. La recherche de SGR chez nos patients adultes permettra de mieux caractériser ces patients et le retentissement clinique.

Introduction

La maladie rénale chronique (MRC) de l'adulte peut être associée à une microangiopathie thrombotique (MAT). Dans un certain nombre de cas, même au terme d'une enquête étiologique poussée incluant la recherche de variants dans les gènes de régulation de la voie alterne du complément, il n'est pas possible d'aboutir à un diagnostic uniciste. Les MAT complément -dépendantes (variations pathogènes dans CFH, CFI, CD46, C3, CFB, CFHRs) est une maladie rare (syndrome hémolytique et urémique atypique, SHUa, ORPHA :2134), touchant 50 nouveaux patients par an en France. Un traitement par Eculizumab a transformé le pronostic depuis 2013. Une analyse génétique systématique des MAT pourrait mieux préciser la prévalence de la maladie SHUa en particulier chez l’adulte. Le Whole Exome Sequencing (WES), pourrait avoir un intérêt dans ces formes cliniques comparé à l’étude Panel.

Description

Étude de cohorte bicentrique prospective.

Méthodes

Nous avons inclus tous les patients consécutifs ayant eu un WES réalisé dans le cadre du soin courant entre le 10/10/2017 et le 31/12/2022 dans le département de Néphrologie de Sorbonne Université (sites Tenon et Pitié-Salpêtrière) devant une MRC de cause inconnue ou incertaine. Le recueil des caractéristiques cliniques - notamment la présence de MAT histologique et/ou biologique - est fait de manière prospective par le médecin prescripteur au moment de la prescription. Les données sont consolidées lors de la réunion de concertation pluridisciplinaire analysant les résultats du séquencage.

Résultats obtenus ou attendus

Sur la période d'étude, 1413 patients ont bénéficié d'un WES et 153/1413 (11%) présentaient ou avaient présenté une MAT. Parmi eux, l'analyse par WES a permis d'identifier un variant expliquant le phénotype rénal - selon la classification de l'American College of Medical Genetics and Genomics - dans 20/153 (13%) des cas. 13/20 (65%) des diagnostics portés n'impliquaient pas les gènes de régulation de la voie alterne du complément : néphronophtises, n=5; collagènes de type 4, n=2; MMACHC, UMOD, IFT140, SOX18, TREX1, WT1, n = 1. La plupart était rate par le panel de référence MAT.

Conclusion

Dans cette étude de cohorte prospective, l'analyse par Whole Exome de 153 patients présentant une MRC associée à une MAT sans diagnostic étiologique évident en premier lieu, a permis de poser un diagnostic dans 20/153 (13%) des cas. 13/20 (65%) des diagnostics portés n'impliquaient pas la voie alterne du complément, expliquant pourquoi l’étude panel était négative, chez ces patients adultes avec atteintes rénale sévère.

Introduction: Paradoxical increase of GH following oral glucose load has been described in ~30% of patients with acromegaly and has been related to the ectopic expression of the glucose-dependent insulinotropic polypeptide (GIP) receptor (GIPR) in somatotropinomas. Recently, we identified germline pathogenic variants and somatic loss of heterozygosity of lysine demethylase 1A (KDM1A) in patients with GIP-dependent primary bilateral macronodular adrenal hyperplasia with Cushing’s syndrome. The ectopic expression of GIPR in both adrenal and pituitary lesions suggests a common molecular mechanism. We, therefore, searched for genetic abnormalities of KDM1A in somatotroph pituitary adenomas.

Methods: We collected somatotropinoma specimens from acromegalic patients followed in two tertiary endocrine centers in France and one in Italy. Somatic DNA was studied by targeted exome sequencing and array-CGH. GIPR and KDM1A expression were quantified in the tumors using digital droplet PCR.

Results: 146 patients were included, and 72.6 % had a classic pathological GH response after oral glucose load, whereas 27.4 % displayed a paradoxical rise in GH concentrations. Amongst the 146 somatotropinomas specimens analyzed, no tumor harbored a KDM1A pathogenic variant. Nonetheless, we identified a recurrent 1p deletion encompassing the KDM1A locus in 29 patients. Paradoxical rise of GH and higher GIPR expression were more prevalent amongst patients displaying KDM1A haploinsufficiency compared to those with 2 copies of KDM1A (p=0.0166 and p < 0.0001, respectively). Further, KDM1A expression was lower and was associated with higher GIPR in somatotropinomas from patients with KDM1A haploinsufficiency than in samples without KDM1A copy number variation (KDM1A expression: 4.47 ± 2.49 vs. 8.56 ± 5.62, p < 0.0001 and GIPR expression: 1.09 ± 0.92 vs.0.43 ± 0.51, p=0.0012).

Discussion: We did not identify KDM1A genetic variants in a large cohort of acromegalic patients independently of their GH response pattern to oral glucose loading. However, we identified a loss of one KDM1A copy due to chromosome 1p deletion in a subset of somatotropinomas harboring higher levels of GIPR transcripts than in adenomas diploid for the KDM1A locus. If KDM1A haploinsufficiency leads to (partial) transcriptional derepression at the GIPR locus and a paradoxical rise of GH after glucose load warrants further investigations.

Nous rapportons un des premiers cas de nourrisson atteint de mucoviscidose dont la mère était tout au long de sa grossesse sous KAFTRIO®. Ce traitement est un modulateur de la protéine CFTR associant trois molécules élexacaftor/ivacaftor/tezacaftor et qui restaure partiellement la fonction du CFTR.

La mère de l’enfant, homozygote pour le variant F508del, a commencé à prendre le KAFTRIO® en octobre 2021. Dans le cadre d’un projet parental les parents du bébé ont consulté dans le passé une conseillère en génétique et le père s’est avéré être hétérozygote pour le variant F508del. Sous Kaftrio la mère n’a pas eu de problème de fertilité avec un début de grossesse 3 mois après l’arrêt de la contraception. Le diagnostic prénatal à 13 SA a révélé une homozygotie F508del chez le fœtus. La balance bénéfices/risques pour la mère était en faveur du maintien du Kaftrio pendant la grossesse. Lors du suivi de grossesse aucune anomalie n’a été mise en évidence sur les échographies anténatales hormis une légère hyperéchogénécité intestinale à 18 SA qui a disparu par la suite. La vésicule biliaire notamment a été visualisée.

L’enfant est né à 39 SA. Un dépistage néonatal a été fait à 3 jours de vie et s’est révélé normal avec une trypsine immunoréative à 14,7 ug/L. Une élastase fécale prélevée à la maternité est revenue aussi normale alors que 98 % des patients homozygotes pour la F508del présentent une insuffisance pancréatique à la naissance.

Dans la littérature Il a été rapporté dans des modèles animaux que la trithérapie traversait la barrière placentaire. Aussi l’exposition in-utéro au Kaftrio chez ce bébé expliquerait l’élastase normale à la naissance et par conséquent un retard dans l’apparition d’un dysfonctionnement pancréatique.

Ce bébé a été pris en charge par le CRCM dès la naissance. L’évaluation de l’exposition anténatale au Kaftrio n’a pas révélé d’impact sur la fonction hépatique ni d’opacité au niveau du cristallin. Sa fonction pancréatique s’est rapidement détériorée dès les premiers mois, nécessitant une supplémentation en enzymes pancréatiques dès le premier mois de vie.  Les autres traitements préventifs notamment la kinésithérapie respiratoire la supplémentation en vitamines ont étaient mis en place dès la maternité. Actuellement âgé de 7 mois il a une bonne croissance staturo-pondérale, pas de symptômes pulmonaires. Le dosage de l’élastase fécale est effondré et son test de la sueur positif.

Grace aux améliorations de la fonction pulmonaire, l’observatoire national note une augmentation significative du nombre de grossesses sous trithérapie. Cette dernière passant la barrière placentaire le dépistage néonatal a été dans ce cas décrit faussement négatif. Le risque de retard diagnostic dans les situations ou les couples ne sont pas demandeurs de diagnostic prénatal doit inciter les pédiatres et obstétriciens à rester vigilants sur le suivi des grossesses chez les femmes sous modulateurs. 

Le syndrome d’hypoplasie du cœur gauche est un syndrome malformatif caractérisé par un développement incomplet du cœur gauche associé à des anomalies de la valve mitrale, de la valve aortique et/ou de l’aorte ascendante. Son expression est congénitale avec une morbidité et mortalité importantes et il nécessite souvent une prise en charge chirurgicale précoce par procédure de Fontan. Les étiologies moléculaires des hypoplasies du cœur gauche ne sont pas encore élucidées.

RBFOX2 est un gène candidat récemment décrit dans les cardiopathies et principalement dans les hypoplasies du cœur gauche. Son implication a été suspectée suite à des modèles murins porteurs de variants perte de fonction de RBFOX2 et présentant un phénotype d’hypoplasie du cœur gauche (McKean et al. 2016). Au niveau moléculaire, son rôle a été décrit dans l’épissage alternatif tissu-spécifique et la polyadénylation alternative notamment vis-à-vis de gènes impliqués dans la régulation et l’adhésion cellulaires. La protéine RBFOX2 est conservée phylogénétiquement et possède plusieurs domaines protéiques déjà identifiés dont un domaine de reconnaissance de l’ARN.

Nous rapportons ici une cohorte internationale de 15 patients issus de 8 familles différentes porteurs de variants perte de fonction ou de délétions hétérozygotes du gène RBFOX2 et atteints de cardiopathies congénitales incluant principalement une hypoplasie ou une atteinte du cœur gauche. Parmi ces patients, 3 cas sporadiques avaient été décrits isolément dans la littérature, atteints d’hypoplasie du cœur gauche (Glessner et al. 2014, Homsy et al . 2015, Vermat et al. 2016). Dans notre cohorte, la totalité des patients porteurs de variants dans RBFOX2 présente une cardiopathie congénitale (pénétrance complète) dont 10 patients avec une hypoplasie du ventricule gauche (66%) et 7 avec une coarctation de l’aorte (46%). Les cas familiaux ont une transmission autosomique dominante avec expressivité variable. En effet, au sein d’une même famille, on peut observer un spectre phénotypique allant de l’hypoplasie du ventricule gauche à la coarctation de l’aorte isolée en passant par la non-compaction isolée du ventricule gauche. Durant ce travail, nous avons aussi recueilli toutes les délétions ou les variants perte de fonction décrits dans les différentes bases de données patient et témoin ce qui nous permet de mieux caractériser le mécanisme derrière cette haploinsuffisance et notamment un phénomène de codon initiateur alternatif initialement décrit par Arya et al. 2014 et ayant un impact sur la pathogénicité des délétions.

Ce travail a pour but de préciser le phénotype lié à l’haploinsuffisance du gène RBFOX2, d’établir des corrélations génotype/phénotype, de caractériser la pénétrance et l’expressivité des variants identifiés, par l’étude d’une première cohorte internationale de 15 patients.

Contexte : Les cardiomyopathies héréditaires sont des pathologies du muscle cardiaque, majoritairement monogéniques, de transmission autosomique dominante. Des investigations moléculaires sont proposées aux patients atteints des cardiomyopathies d’allure primitive afin d’identifier le gène causal, permettant de préciser le conseil génétique et la surveillance cardiologique pour les autres membres de leur famille. Près de 50% des familles restent en impasse diagnostique malgré la réalisation d’un panel de gènes dédié. Dans le cadre du PFMG 2025, il a été proposé d’intégrer les analyses génomiques dans la pratique clinique afin de réduire l’errance diagnostique et d’optimiser la prise en charge des patients et de leur famille. Nous dressons ici l’état des lieux de la pré-indication « cardiomyopathie familiale ».

Méthode : Les données ont été obtenues à l’aide des logiciels Spice (laboratoire SEQOIA - recueil au 15/06/23), Hygen (laboratoire AURAGEN - recueil au 15/07/23), et Rofim (RCP cardiomyopathies nationales), en collaboration avec les responsables des laboratoires, les biologistes interprétateurs et les coordinateurs des RCP nationales. 

Résultat : Au total, 168 dossiers ont fait l’objet d’une discussion en RCP nationale, nous notons 13 dossiers supplémentaires probablement présentés en RCP locale. Sur ces 181 dossiers, les CMD (79) et CMH (59) étaient majoritairement concernées puis les NCVG/CMD (21), les CAVD (16), les CMR (1), CMP histiocytoide (1) et 4 données manquantes. A ce jour, 79 résultats de génome sont disponibles avec 7 diagnostics moléculaires établis et a minima 6 autres dossiers en cours d’analyse. Nous relevons 50 dossiers validés en RCP nationale pour lesquels les résultats ne sont pas disponibles, les prélèvements sanguins nécessaires à l’analyse de génome sont pour la plupart en cours d’organisation. Pour finir, 46 dossiers ont fait l’objet d’un refus en RCP nationale, certains pourraient faire l’objet d’une nouvelle discussion si des éléments complémentaires étaient apportés.

L’analyse en génome a permis d’établir un diagnostic moléculaire pour 9% des dossiers analysés, notamment en identifiant des variants dans différents gènes tels que MYBPC3, DSP, FHOD3, TBX20 et dans un nouveau gène d’intérêt avec une transmission autosomique récessive. A noter qu’il a été identifié pour 18 familles des variants de signification incertaine, pour certains nécessitant une étude de ségrégation afin de conclure sur le lien de causalité de ce variant avec la maladie.

Conclusion : Cette étude pilote montre que l’analyse du génome identifie une cause chez 9% des familles avec cardiomyopathies et panel préalablement réalisés et négatifs. Ces résultats permettront notamment de mettre à jour les panels diagnostiques utilisés en pratique clinique.

Remerciements : This research was made possible through access to the data generated by the 2025 French Genomic Medicine Initiative.

A l'état hétérozygote composite ou homozygote, les variations pathogènes du gène MYL2, situé sur le chromosome 12, constituent une cause rare de myopathie myofibrillaire de début infantile avec cardiomyopathie. Les variations pathogènes du gène MYL2 sont également la cause de moins de 3% des formes dominantes de cardiomyopathie hypertrophique. A ce titre, il fait partie du panel de 16 gènes défini par les laboratoires de la filière Cardiogen (filière nationale de santé maladies cardiaques héréditaires ou rares) pour l'indication "cardiomyopathie hypertrophique " et du panel élargi de 71 gènes "cardiomyopathies".

Le cas index est un nourrisson de 5 mois, troisième enfant d'un couple non apparenté, préalablement suivi pour une hypotonie axiale franche isolée, ayant présenté un tableau de choc cardiogénique avec un diagnostic cardiologique s'orientant initialement plus vers une myocardite qu'une cardiomyopathie. Des prélèvements ont été réalisés pour 1/ étude par NGS du panel élargi cardiomyopathie, 2/ biopsie musculaire (qui a montré un aspect de myopathie congénitale par disproportion des types de fibre), 3/ CGH array (qui n'a pas détecté de déséquilibre chromosomique pathogène connu). Dans notre laboratoire, le wetlab du NGS utilise un panel de 116 gènes incluant les 71 gènes du panel élargi cardiomyopathie. L'analyse bio-informatique permet de restreindre la liste des gènes analysés à ceux de l'indication.

Chez le cas index, l'étude du panel élargi cardiomyopathie a révélé la présence de la variation pathogène du gène MYL2 NM_000432.3:c.45_46delinsT/p.(Asn16Thrfs*34) à l'état homozygote, un génotype compatible avec le phénotype observé. La variation n'étant pas répertoriée dans la base de données GnomAD, sa présence à l'état homozygote chez un cas index issu d'une union non consanguine était surprenante. L'étude des parents a révélé que seul le père était porteur du variant à l'état hétérozygote.

Un ré-examen du fichier .vcf de résultats, incluant tous les gènes du panel (116 gènes) a montré une homozygotie pour tous les SNP des huit gènes situés sur le bras court (gènes CACNA1C, KCNA5, ABCC9 et PKP2) et sur le bras long (TMPO, MYL2, PTPN11 et TBX5) du chromosome 12. Compte-tenu de ce résultat et de ceux obtenus chez les parents, nous avons fait l'hypothèse d'une isodisomie uniparentale d'origine paternelle. Le SNParray réalisé sur l'ADN du cas index a montré en effet une perte d'hétérozygotie sur la totalité du chromosome 12, confirmant l'isodisomie uniparentale d'origine paternelle qui résulte probablement d'une correction de monosomie 12, a priori accidentelle.

Même si le NGS sur panel de gènes ciblés n'est pas l'outil dédié à la détection des isodisomies, un résultat d'homozygotie inattendue doit inciter à un examen attentif des résultats du fichier .vcf.

Background: With the development of advanced sequencing techniques, genetic testing has emerged as a valuable tool for the work-up of non-ischemic sudden cardiac arrest (SCA).

Aims: To evaluate the effectiveness of genetic testing in patients with unexplained SCA, according to clinical phenotype.

Methods: All patients who underwent molecular genetic testing for non-ischemic SCA with no left ventricular cardiomyopathy between 2012 and 2021 in two French university hospitals were included.

Results: Of 66 patients (mean age 37±12 years, 54% men), 32% (n=21) carried a genetic variant, 18% (n=12) with a pathogenic or likely pathogenic (P/LP) variant and 14% (n=9) with a variant of uncertain significance (VUS). Among patients with no phenotypic clues (n=37/66, 56.1%), genetic testing identified a P/LP variant in 24.3% (n=9/37) and a VUS in 13.5% (n=5/37), mainly in SCN5A (n=3) and RYR2 (n=3). None of the 9 patients with phenotypic evidence of channelopathies had P/LP variants, but 2 had VUS in RYR2 and NKX2.5. Among the 20 patients with suspected arrhythmogenic cardiomyopathy, 3 P/LP variants (15%) and 2 VUS were found in DSC2, PKP2, SCN5A and DSG2, TRPM4, respectively. Note that genetic testing was performed sooner after cardiac arrest (p < 0.001) and results were obtained more rapidly (p=0.02) after versus before 2016.

Conclusion: This study highlights the utility of molecular genetic testing with a genetic variant of interest identified in one-third of patients with unexplained SCA. Genetic testing was beneficial even in patients without phenotypic clues, with one-fourth of patients carrying a P/LP variant that could have direct implications. 

Contexte : L'hypercholestérolémie autosomique dominante (ADH) est une maladie monogénique fréquente (1/313)¹ caractérisée par une élévation isolée des taux de LDL-cholestérol en raison d’un défaut de catabolisme. Ainsi, l'ADH est associée à un risque élevé de maladies cardiovasculaires en raison du développement précoce d'athérosclérose. Dans près de 80 % des cas, l'ADH est due à un variant pathogène dans l’un des 4 gènes majeurs (LDLR, APOB, APOE, PCSK9). Les 20 % restants (ADH/M-) n’ont pas de défaut dans ces gènes et ne peuvent bénéficier d’un diagnostic génétique. Précédemment, il a été montré que l'inhibition des gènes codant pour le spliceosome-U2 (S-U2) réduit l'internalisation des LDL dans des lignées cellulaires Huh-7 en raison d’un mécanisme de régulation post-transcriptionnel du récepteur des LDL². Ces résultats suggèrent que les gènes du S-U2 sont des candidats qui pourraient expliquer une partie des cas ADH/M-.

Objectif : Notre objectif était de séquencer les gènes du S-U2 dans une cohorte française de patients ADH/M-. En parallèle, nous avons étudié l’internalisation des LDL dans les cellules de patients porteurs de variants prédits pathogènes dans ces gènes.

Méthodes : Les 11 gènes du S-U2 ont été explorés par séquençage nouvelle génération chez 476 patients ADH/M- recrutés grâce au Réseau Français ADH selon un bilan lipidique et un score Dutch Lipid Clinic Network > 6 (ADH probable et certaine).  Les variants sont sélectionnés selon (1) une profondeur de lecture > 15, (2) une fréquence < 1 % dans GnomAD³ et (3) un effet prédit délétère selon les outils de prédiction CADD (score > 20)⁴ et/ou MutationTaster⁵.
L’étude du phénotype cellulaire par cytométrie en flux a été réalisée sur des lymphocytes-B des patients immortalisés par le virus d’Epstein-Barr.

Résultats : Le séquençage a révélé 24 variants exoniques rares prédits délétères dans 7 gènes du S-U2 chez 35 patients. Ces variants présentent une fréquence plus élevée dans la cohorte ADH/M- que dans la population générale selon gnomAD[MV1] . Par exemple, le variant p.(Arg642Pro) dans SF3A1 est identifié avec une fréquence de 1,05 % dans notre cohorte ADH/M-, soit vingt-et-une fois la fréquence dans la population totale de GnomAD. Pour les variants p.(Ala67Thr) dans RBM25 et p.(Pro675His) dans SF3A1, un élargissement familial a été réalisé et a montré une ségrégation avec le phénotype ADH dans chaque famille. Les cellules des patients porteurs du variant RBM25 ont montré une diminution du nombre de récepteurs aux LDL en surface ainsi que de l’internalisation des LDL.

Conclusion : Ces résultats pourraient révéler les gènes du S-U2 comme de nouveaux facteurs génétiques de l’ADH.

References          
1. Beheshti et al. J Am Coll Cardiol. 2020;75(20):2553-2566. 
2. Zanoni et al. Circ Res. 2022;130(1):80-95.              
3. https://gnomad.broadinstitute.org/

4. https://www.mutationtaster.org/

5. https://cadd.gs.washington.edu/snv

La neuropathie optique héréditaire de Leber (NOHL) est une maladie neurodégénérative primaire du nerf optique et l'une des maladies mitochondriales les plus fréquentes. Elle se caractérise par une phase aigüe ou subaiguë de perte d'acuité visuelle, suivie d'une phase chronique de perte de fibres optiques. La maladie a été attribué à des variants du génome mitochondrial, en particulier les mutations m.3460G > A, m.11778G > A et m.14484T > C respectivement localisées dans les gènes ND1, ND4 et ND6. Mais, il existe de nombreux cas de NOHL qui échappent à la détection de mutation dans le génome mitochondrial, même lorsque celui-ci fait l’objet d’analyses de dernière génération. En 2016, nous rapportions l’identification de mutations bialléliques dans le gène  NDUFS2 chez trois frères souffrant d’une authentique NOHL. Pour la première fois, l'implication de l’ADN nucléaire était évoquée dans des cas de NOHL non-résolus par le séquençage du génome mitochondrial. Cette hypothèse a été confirmée de manière retentissante en 2021 et 2022, avec les publications de mutations bialléliques dans les gènes nucléaires DNAJC30, NDUFA12 et MCAT à l’origine de LHON non résolus, en très grande majorité masculins, les femmes apparentées porteuses des mutations étant le plus souvent asymptomatiques.

La découverte de cas de NOHL autosomique récessive (arNOHL) met un terme à l’énigme ayant longtemps intrigué la communauté scientifique des cas de LHON sans mutation du génome mitochondrial et rompt avec le dogme d’une transmission maternelle exclusive. Elle définit un nouveau paradigme ophtalmo-génétique qui doit être considéré chez les individus manifestant un phénotype NOHL, mais dont le diagnostic moléculaire n'est pas concluant. Les DNAJC30, NDUFS2, NDUFA12 et MCAT doivent être étudiés chez ces individus, sachant que d'autres gènes d’arNOHL restent à découvrir.

Ces dernières années, la génétique moléculaire a été complètement révolutionnée par l'émergence des technologies de séquençage haut débit (NGS, Next Generation Sequencing) qui ont permis d'augmenter rapidement le diagnostic génétique des maladies mitochondriales (MM), de 10% à 20% dans l'ère pré-NGS, à plus de 50 % dans certaines cohortes.

Les MM sont secondaires à des variants pathogènes de l’ADN mitochondrial (ADNmt) ou de gènes nucléaires. Le séquençage haut débit de l'ADNmt est désormais systématiquement utilisé dans les laboratoires de diagnostic, cependant, le NGS a également conduit à l'identification d'un nombre exponentiel de variants de signification inconnue (VSI) et leur interprétation reste difficile. Un des critères majeur, permettant de classer les variants de l’ADNmt de bénin à pathogène, est une bonne corrélation du taux d’hétéroplasmie d’un variant avec l’atteinte tissulaire ou cellulaire. En effet, les mutations de l’ADNmt sont en général hétéroplasmiques, ce qui correspond à la coexistence de molécules normales et mutées dans une même cellule ou un même tissu, les tissus les plus atteints ayant un fort taux d’hétéroplasmie. De même, la présence d’un fort taux d’hétéroplasmie dans les fibres musculaires présentant un déficit en cytochrome oxydase (COX-négatives), contrairement aux fibres sans déficit, est un argument fort en faveur de la pathogénicité d’un variant.

Nous avons développé une nouvelle technique de quantification d’hétéroplasmie sur fibre musculaire unique, par NGS, afin de faciliter son utilisation en routine. Ainsi nous avons pu reclasser 4 nouveaux variants de signification inconnue affectant des ARNt. De plus, nous avons montré l’utilité de cette technique chez des patients présentant des variants pathogènes à des faibles taux d'hétéroplasmie pour lesquels l’implication de ces variants dans la pathologie du patient peut aussi être interprétée comme une découverte fortuite.

La mise en place de cette nouvelle technique plus rapide et facile d’utilisation a permis d’éviter une impasse diagnostique chez ces patients atteints de maladie mitochondriale et ainsi améliorer leur prise en charge, y compris le traitement et le conseil génétique.

Les maladies mitochondriales, caractérisées par un dysfonctionnement de la chaine respiratoire, forment un groupe de pathologies très hétérogène cliniquement et génétiquement, et pour lesquels le séquençage de l’exome ou de génome montre un réel intérêt. En effet, pour plus de la moitié des patients avec suspicion de maladie mitochondriale, testés par ces deux stratégies, le gène responsable s’avère codant pour une protéine non mitochondriale ou non inclus dans les panels de diagnostic des mitochondripathies. Nous rapportons ici 8 patients issus d’une grande famille suspectés d’avoir une maladie mitochondriale devant l’atteinte multisystémique. Ils présentaient une encéphalopathie précoce, un retard de croissance, une dystonie et un retard de développement sévère. L'analyse biochimique a révélé une altération de l'activité et de l'assemblage des complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale pour les patients testés. Le séquençage de l’exome ou du génome chez 2 patients a permis l’identification du variant pathogène c.-273_-271delTCA (mutation fondatrice, Hamilton et al. 2017) dans le promoteur du gène UFM1 à l’état homozygote. L’analyse familiale par séquençage Sanger des ADN disponibles a montré que tous les patients étaient homozygotes pour ce variant sauf un qui était hétérozygote. L’analyse du génome de ce dernier a révélé de manière surprenante la présence, en trans du variant dans le promoteur, d’une indel affectant la jonction intron-exon5 du gène UFM1. Il s’agit d’un nouveau variant complexe avec une délétion de 22 nucléotides et une insertion de 17 nucléotides. UFM1 (ubiquitin-fold modifier 1) est une protéine de 9,1 kDa qui joue un rôle d’ufmylation (liaison d’UFM1 aux protéines cibles). Le rôle de l’ufmylation dans le neurodéveloppement et la neurodégénérescence n’est pas encore bien connu. L’identification d’un variant pathogène dans UFM1 chez des patients présentant un déficit de la chaine respiratoire est intrigante et soulève la question de la relation entre ce gène et les mitochondries. Très peu de cas sont décrits dans la littérature. Des études explorant le lien entre UFM1 et la fonction mitochondriale pourraient aider à une meilleure compréhension des mécanismes par lesquels les défauts de l'UFMylation conduisent à une encéphalopathie précoce et à d'éventuelles pistes thérapeutiques.

Contexte : Les collagénopathies rénales liées aux anomalies du collagène IV (COL4R) représentent la seconde cause d’insuffisance rénale chronique terminale (IRCT) d’origine génétique par absence et/ou anomalie d’une des 3 chaînes de la membrane basale glomérulaire (COL4A3, COL4A4, COL4A5). La multikystose rénale (MKR) a été observée dans d'autres collagénopathies (COL4A1). Nous avons étudié la présence de la MKR dans les COL4R.

Méthode : Etude de cohorte de COL4R multicentrique, rétrospective incluant des patients avec une variation de classe IV ou V selon les critères de l’ACMG-AMP sur les gènes COL4A3, COL4A4 et COL4A5. La présence d’une MKR a été définie par la présence d’au moins 3 kystes dans chaque rein décrit sur les comptes rendus d’imagerie rénales. Les données ont été recueillies à partir des dossiers médicaux et des registres de génétique de chaque centre (CHU de Bordeaux, Lille, Marseille et Paris-Tenon). Un variant été défini à effet « nul » lorsqu’il était responsable d’un décalage du cadre de lecture, atteinte d’un site d’épissage, non-sens, ou délétion de plusieurs exons.

Résultats : Parmi les 271 patients inclus, 38 (14%) présentaient une MKR, sans variation détectées dans le panel in silico des gènes associés aux néphropathies kystiques séquencé par Whole Exome Sequencing (WES). Les patients MKR développaient significativement plus d’IRCT (56.76% vs 37.56%, p=0.0276) mais avec un âge de diagnostic plus tardif (64.9 (55.1-73.9) vs 48.2 (42.2-52.8) ans, p<0.0001). Les COL4R autosomiques avaient tendance à être surreprésentées (78.1% vs 67.2, p=0.05) et les variations hétérozygotes à effet « nul » étaient significativement associées à la MKR (31.6 vs 15.6 %, p=0.05).  L’hématurie microscopique était plus rare dans ce groupe (30.6% vs 11.7%, p=0.0035). Il n’y avait pas de différence entre les groupes en termes de protéinurie, d’atteinte ophtalmologique ou auditive. 2/37 patients ont présentaient un anévrisme de l’aorte ou de ses branches chez les MKR versus 3/223 patients. Les facteurs de risques cardiovasculaires classiques – le sexe masculin (p=0.002), le tabagisme (p=0.03), l’obésité (p=0.006), la dyslipidémie (p=0.0001) et l’HTA (p=0.008) étaient plus fréquents dans le groupe MKR. Sur le plan histologique, les patients MKR présentaient une atteinte vasculaire significativement plus importante (40 vs 9.1%, p=0.006) avec notamment plus d’endartérite fibreuse (p=0.0064), plus d’athérosclérose (p=0.01), et plus d’artériolosclérose (p=0.013).

Conclusion : Nous rapportons pour la première fois un phénotype multikystique dans 14% des cas de COL4R. Le phenotype de MKR semblait correspondre à une présentation de néphropathie vasculaire tardive dont le pronostic rénal était plus favorable, notamment devant la survenue plus tardive de l’IRCT. La physiopathologie sous-tendant cette association, de même que la nature de ces kystes, mériteraient d’être étudiée de manière plus approfondie au travers de futures études fondamentales.

Introduction

Le déficit multiple en acyl coA déshydrogénase (MADD) ou acidurie glutarique de type 2 constitue une anomalie de l’oxydation des acides gras et des acides aminés de transmission autosomique récessive. Il est en rapport avec une dysfonction deux riboflavines : l'ETF (codée par les gènes ETFA et ETFB) et l'ETF-QO (codé par le gène ETFDH).

La présentation clinique de cette maladie est hétérogène, allant de la forme néonatale sévère à la forme modérée pouvant se révéler à tout âge.

Nous présentons dans ce travail, un frère et une sœur présentant une forme modérée de MADD diagnostiquée à l’âge adulte.

Patients et méthodes

Nous avons inclus deux patients présentant MADD en rapport avec un variant pathogène du gène ETFH à l’état homozygote.

Observations

Il s’agit d’un patient A âgé de 26 ans, issu d’un mariage consanguin, rapportant une fatigabilité à l’effort avec des crampes musculaires depuis un an. Il présentait une discrète faiblesse musculaire au niveau des membres et une discrète amyotrophie des quadriceps. Le bilan avait montré des CPK élevées et une cytolyse hépatique sans cholestase.

Le diagnostic de MADD a été suspecté sur les études biochimiques sur biopsie musculaire et confirmé par l’identification du variant pathogène c.524G > A (p.R175H) du gène ETFDH (NM_004453.3) à l’état homozygote.

Sa sœur B présentait depuis l’adolescence des épisodes récurrents de nausées, vomissements et interruption de l’alimentation pendant plusieurs jours. Elle présenté à 24 ans une obnubilation avec au bilan une acidose métabolique, une rhabdomyolyse sévère et une cytolyse hépatique. Le diagnostic de MADD a été suspectée devant les antécédents du frère. L’étude moléculaire a relevé chez cette patiente le même variant que son frère.

Actuellement A et B âgés respectivement de 37 et 31 ans présentent une bonne évolution sous riboflavine.

Conclusion

La confirmation moléculaire du MADD a permis un diagnostic en cascade et une prise en charge thérapeutique adaptée. La variant identifié dans cette famille a été décrit antérieurement chez des patients présentant une forme néonatale ou une forme à révélation tardive. Cette hétérogénéité appuie l’importance de l’étude génétique.

On behalf of all authors of the PTCRA consortium.

We describe humans with rare biallelic loss-of-function PTCRA variants impairing pre-TCR-⍺ expression. Low blood naive ⍺β T-cell counts at birth persisted over time, with normal memory ⍺β and high γδ T cell counts. Their TCR-⍺ repertoire is biased, suggesting that non-canonical thymic differentiation pathways can rescue ⍺β T cell development. Only a minority of these individuals are sick, with infection, lymphoproliferation, and/or autoimmunity. We also report that ~1/4,000 individuals from the Middle East and South Asia are homozygous for a common hypomorphic PTCRA variant. They have normal naive ⍺β T-cell counts but high γδ T cell blood counts. Residual pre-TCR-⍺ expression drives the differentiation of more ⍺β T cells. However, autoimmune conditions are more frequent in these patients than in the general population.

Introduction 

Environ 20% des états réfractaires de transfusion plaquettaire sont liés à des allo-anticorps dirigés contre des HPA (Human Platelet Antigen). Ces états nécessitent de sélectionner des donneurs de concentrés plaquettaires compatibles. Les patients qui sont de plus en plus d’origine diverse sont susceptibles d’être de statut HPA rare, ce qui entraine des états réfractaires par allo-immunisation contre des HPA très fréquents dans notre population.

Objectif

Le but de notre travail a été de mettre en place une technique de génotypage des systèmes HPA rares, non explorés par les techniques de routine (HPA-1 à -6, -9 et -15). 

Matériel et méthodes

Nous avons développé un panel de séquençage NGS ciblé par capture afin d’identifier l’ensemble des exons, UTR et promoteur des gènes GP1BA, GP1BB, ITGA2, CD109, ITGB3 et ITGA2B codant pour 34 systèmes HPA. Ce nouveau système de capture (Roche®) présente l’avantage d’utiliser deux jeux de sondes de capture permettant de renforcer la spécificité des fragments séquencés. L’analyse des données a été réalisé en collaboration avec Xegen®.

Résultats

Nous avons validé cette technique par l’analyse de 12 échantillons de référence (CQI et CQE) de génotypage HPA classique connu. Pour les systèmes HPA rares, la validation a été effectuée à partir de l’analyse des données exomiques issus du projet 1000génomes et de certains échantillons issus de ces populations et présentant des antigènes HPA rares. Enfin, l’analyse d’une cohorte de 60 donneurs de phénotype sanguin R0r a permis d’identifier des HPA rares.

Conclusions

Pour conclure, la capacité de cette nouvelle technologie à identifier 34 systèmes HPA en fait une méthode de choix pour l’exploration des patients et des donneurs de cytaphérèse.

Introduction : Les néoplasies myéloprolifératives (NMP) BCR-ABL négatifs sont des maladies

hématologiques acquises caractérisées par la prolifération d’une ou plusieurs lignées

sanguines. Elles regroupent la polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocytémie essentielle

(TE) et la myélofibrose primitive (MFP). En 2013, la découverte de mutations somatiques au

niveau du gène codant pour la calréticuline (CALR) a représenté une étape majeure dans le

diagnostic moléculaire des néoplasies myéloprolifératives (NMP). En effet, le séquençage de

nouvelle génération a révélé que la plupart des patients atteints de thrombocytémie

essentielle (TE) ou de myélofibrose primitive (MFP) non mutées pour JAK2 ou MPL,

présentent une mutation au niveau de l'exon 9 du gène CALR.

Objectif : Il s’agit de la première étude du profil mutationnel du gène CALR dans la

population marocaine. La recherche de ces mutations est essentielle pour une meilleure

définition de la maladie, pour une précision accrue du diagnostic et du pronostic, ainsi que

pour le choix thérapeutique.

Patients et Méthodes : Nous avons réalisé un séquençage Sanger de l'exon 9 du gène

CALR sur des échantillons de sang obtenus auprès de patients marocains, vus en consultation de génétique médicale, atteints de TE ou de MFP non mutés pour JAK2.

Résultats : Parmi les 80 patients analysés, 26 patients (32,5%) avaient un variant

pathogène au niveau du gène CALR. Plusieurs types de mutations ont été identifiés,

principalement des délétions et insertions.

Conclusion : Il s'agit de la première cohorte sur l’analyse du profil mutationnel du gène

CALR chez les patients marocains. Nos résultats concordent avec ceux de la littérature.

Les récentes avancées moléculaires ont permis une meilleure stratification diagnostic des

NMP, l’identification de facteurs pronostiques, le développement de thérapies ciblées et les

possibilités de suivi moléculaire.

Les mutations du gène LMNA sont responsables d'un large spectre de pathologies appelées laminopathies, dont la majorité affecte les muscles striés. Parmi les laminopathies affectant le muscle strié (SML), la dystrophie musculaire d'Emery-Dreifuss (EDMD) et la dystrophie musculaire des ceintures de type 1B (LGMD1B) présentent une atteinte des muscles squelettiques de gravité différente mais partagent la même atteinte cardiaque, à savoir une cardiomyopathie dilatée associée à des troubles de conduction (DCM-CD) qui peut également être présente de manière isolée. L'hétérogénéité clinique est bien connue parmi les porteurs d’une même mutation LMNA et des facteurs génétiques modificateurs seraient responsables de cette variabilité. La mutation LMNA p.Gln6* identifiée dans une grande famille française est associée à une variabilité clinique en lien avec l'âge d'apparition des symptômes myopathiques (AOMS). Trois sous-groupes phénotypiques ont été décrits : AOMS précoce (avant 20 ans), tardif (AOMS après 30 ans) et une atteinte cardiaque isolée sans symptômes musculo-squelettiques. Le séquençage du génome entier des 16 porteurs de la mutation LMNA a identifié deux variants d’épissage fréquents ayant un potentiel effet aggravant dans 2 gènes codant les protéines NUP50, une protéine mobile du pore nucléaire, et FKBP1B, un régulateur des récepteurs ryanodine (RYR). En plus du potentiel effet modificateur, la caractérisation fonctionnelle de ces 2 protéines dans une cohorte de patients porteurs de différentes mutation LMNA, montre que ces 2 protéines semblent participer aux mécanismes physiopathologiques des SML, identifiant ainsi 2 nouveaux acteurs de ces pathologies.

En résumé, nos résultats suggèrent qu'un seul modificateur génétique n'est peut-être pas le seul responsable de la variabilité phénotypique dans cette famille, mais qu'une combinaison de plusieurs facteurs est plus probable.

Introduction :

La Dystrophie Musculaire de Duchenne (DMD) et la Dystrophie Musculaire de Becker (BMD) font partie des maladies génétiques héréditaires les plus courantes. Lors de l'identification d'un variant pathogène dans le gène DMD chez un cas index, la possibilité que les mères transmettent la maladie devient un des enjeux de la prise en charge familiale de la maladie. Même lorsque le variant causal du gène DMD n’est pas détecté dans leur sang, les mères ayant un enfant atteint de DMD ou BMD possèdent un statut de potentielles transmettrices, en raison du risque de mosaïque germinale. Un variant dit en « mosaïque germinale », correspond à un variant génétique qui n’est pas retrouvé dans le sang mais confiné aux gonades et pouvant être transmis. Dans les dystrophinopathies, environ un tiers des cas surviennent suite à l’apparition de variants de novo, et compte tenu du risque important de mosaïque germinale, son intégration dans le conseil génétique est impérative.

Résultats :

Nous présentons les données de la plus large cohorte française de Diagnostics Prénataux (DPN) DMD en vue d’estimer le risque de mosaïque germinale dans les dystrophinopathies. Entre octobre 2006 et mai 2023, 499 diagnostics prénataux ont été analysés, représentant 332 familles. La plupart des événements de novo (66,1%, 41/62) ont été détectés chez la mère non porteuse pour laquelle le DPN a été effectué. Dans les autres cas, l'apparition de la variation causale s'est produite dans la génération précédente. Un mosaïcisme germinal n'a été prouvé que dans 5 familles (8,1%). L'incidence globale du mosaïcisme germinal documenté dans la cohorte est donc de 1,5 %.

Une revue exhaustive de la littérature disponible concernant la mosaïque germinale dans les dystrophinopathies a également été réalisée. Parmi les familles dans lesquelles un variant de novo avait été mis en évidence, 6,6 % à 40 % d’entre elles présentaient une mosaïque germinale documentée, avec une moyenne de 7,6 %. Pour les mères de patients porteurs d'un variant causal de novo confirmé, le risque de récurrence variait de 4,3 % à 11 % pour un fœtus masculin, avec une moyenne de 5,8 %.

Conclusion :

En fournissant l’étude des mosaïques germinales dans la plus large cohorte française de DPN DMD et le premier panorama exhaustif de la littérature sur le sujet, cette étude vise à faire progresser notre compréhension des évènements de mosaïque germinale dans les dystrophinopathies. Ceci permettra l'élaboration de stratégies de conseil génétique basées sur des données fiables et un conseil génétique mieux documenté pour l'évaluation du risque de récurrence pour les familles touchées par des événements de novo du gène DMD. Nos travaux soulignent l'importance de proposer un DPN lors de situation de transmission apparemment de novo du gène DMD si l’indication est posée, en considérant le risque de récurrence dû à une mosaïque germinale.

Les bases moléculaires de la microsomie craniofaciale ou Spectre Oculo-Auriculo-Vertébral (OAVS) ou Syndrome de Goldenhar (MIM:164210) restent largement inconnues. On observe une hétérogénéité clinique et génétique dans ce syndrome malformatif. Le gène FOXI3 a récemment été décrit comme une des causes génétiques les plus récurrentes de microsomie craniofaciale chez des patients associant au minimum une microsomie hémifaciale et des anomalies des oreilles (microtie, tags préauriculaires) (21 patients/670 = 3.1%, Mao et al. Nat Commun. 2023). 

Une famille incluse dans notre cohorte présente 5 cas atteints sur 4 générations montrant une transmission autosomique dominante avec une pénétrance incomplète. Le séquençage des génomes d’un frère et d’une sœur atteints a mis en évidence un variant hétérozygote faux-sens très rare (1/152 182, 0.00000657, GnomADv3.1.2), de classe 4 (critères ACMG : PM1, PM2, PM5, PP1) dans le gène FOXI3, g.2:88448766C > T, NM_001135649.3 c.704G > A, NP_001129121.1 p.(Arg235His). L’étude de ségrégation montre une pénétrance incomplète et une expressivité variable. Nos études fonctionnelles montrent que ce variant, situé dans la séquence de localisation nucléaire de la protéine FOXI3, abolit sa localisation nucléaire ainsi donc que sa fonction de transactivation in vitro. 

Le criblage par séquençage de notre cohorte de 251 patients OAVS (Berenguer et al, 2017) met en évidence 3 autres variants très rares dans le gène FOXI3. Ainsi, un variant faux-sens dans la partie C-terminale de la protéine Chr2 g.88448350T > C, p.Asn374Asp impacte faiblement la fonction de transactivation de la protéine. Deux variants synonymes ont été testés via un test de minigènes sans qu’aucun effet ne soit mis en évidence. 

En conclusion, cette étude confirme l’implication du gène FOXI3 dans la microsomie craniofaciale avec un hotspot mutationnel dans le signal de localisation nucléaire de la protéine (50% des variants décrits). Des variants très rares sont également identifiés bien que les résultats ne démontrent pas à ce jour d’effets altérant la fonction protéique dans la limite des tests utilisés.

Le syndrome de Smith-Lemli-Opitz (SLOS) est un syndrome polymalformatif associant un trouble du neurodéveloppement de sévérité variable et une dysmorphie faciale, une microcéphalie, un retard de croissance pré et post-natal, une syndactylie des orteils 2-3 et des anomalies des organes génitaux externes chez les garçons. L’incidence de la maladie est estimée à 1/30000 naissances en Europe. Cette maladie autosomique récessive est due à un déficit en 7-déhydrocholestérol réductase (7DHC), enzyme codée par le gène DHCR7 situé en 11q13.4. Ce déficit entraîne une accumulation de 7DHC et des taux de cholestérol diminués.

L’histoire naturelle de la maladie reste mal connue, avec peu de descriptions longitudinales dans la littérature. Aujourd’hui, il est encore difficile de décrire l’évolution du SLOS et sa prise en charge pour les familles concernées, en raison du manque de connaissances sur l’évolution des symptômes dans le temps. Des associations de patients en Europe se sont constituées afin de palier à cette absence d’informations. Il est donc difficile d’évaluer l’impact de possibles traitements spécifiques du SLOS, tels que la supplémentation en cholestérol, la simvastatine, l’acide cholique, et les supplémentations vitaminiques. En conséquence, il n’existe pas de consensus ni de recommandations nationales ou internationales sur la prise en charge. A l’échelle européenne, il n’existe pas à ce jour d’essais thérapeutiques mais les associations de patients encouragent ces recherches.

Une cohorte française est en cours de création sous l’égide du centre de référence AnDDI-Rares du CHU de Rennes, en partenariat avec une initiative allemande et de l’ERN MetabERN (UIMD) sur la constitution d’une cohorte européenne. Cette étude permettra de préciser l’histoire naturelle de la maladie, d’établir des recommandations de suivi, et de proposer des essais thérapeutiques aux patients européens atteints de SLOS. Parallèlement à la filière AnDDI-Rares, ce travail bénéficie aussi du soutien de la filière G2M et permettra de mettre à jour le PNDS en cours de rédaction.

Nous rapportons, par exemple, dans ce cadre, l’histoire clinique d’une patiente chez qui le diagnostic de SLOS a été porté à 2 mois de vie, puis suivie sur 20 ans. Elle présentait à la naissance une hypotonie, une dysmorphie faciale avec microrétrognathisme et microcéphalie, une syndactylie 2-3 et des difficultés alimentaires importantes ayant nécessité une gastrostomie. L’évolution a été marquée par un retard staturo-pondéral à -3DS puis à -2DS à l’adolescence et une microcéphalie à -4DS. Ses progrès ont été favorisés par le soutien familial et sa prise en charge précoce en IME avec des professionnels adaptés : l’alimentation orale, la propreté et la marche ont été retardées mais acquises. Elle a été réglée à l’âge de 14 ans. Cette patiente est actuellement institutionnalisée dans un SAMSAH. Elle a pris un jaune d’œuf par jour de 6 mois à 17 ans, avant que le bouton de la gastrostomie ne soit retiré.

Le syndrome de Holt-Oram est une affection rare de transmission autosomique dominante caractérisée par l’association d’une atteinte radiale bilatérale des membres supérieurs et d’une atteinte cardiaque, de sévérité variable. Il est lié à l’altération du gène TBX5, un facteur de transcription exprimé notamment au cours du développement des membres supérieurs et du cœur. Les variants pathogènes de TBX5 sont le plus souvent responsables d’une haploinsuffisance (codon stop prématuré, décalage du cadre de lecture, …) mais la pathogénicité de certains variants plus rares est parfois difficile à prédire, nécessitant le développement de tests fonctionnels in vitro. Nous avons sélectionné, dans la littérature et dans la cohorte de patients étudiés au CHU de LIlle, 21 variants de signification inconnue (VSI) de TBX5 identifiés chez des patients présentant un phénotype évocateur de syndrome de Holt-Oram. Il s’agit de 11 variants faux-sens et 10 variants affectant potentiellement l’épissage. Pour les variants faux-sens, une perte de fonction a pu être démontrée par test rapporteur à la luciférase (activation du promoteur de NPPA, cible de TBX5) pour 9 des 11 variants testés. Un gain de fonction a pu être démontré pour le variant c.713G > C ; p.(Gly238Ala), observé chez un patient présentant un phénotype atypique (dysplasie scapulaire, scoliose, trouble du rythme cardiaque sévère) au même titre que la seule autre famille avec un variant de type gain de fonction de TBX5 décrite dans la littérature. Les 10 variants pouvant affecter l’épissage ainsi que 2 des variants faux-sens localisés à l’avant-dernière position des exons 3 et 4 ont été étudiés par test minigène. Un impact sur l’épissage a pu être montré pour 6 des 10 variants testés : saut d’exon complet, rétention intronique ou délétion d’une partie d’un exon par recrutement d’un site d’épissage exonique. Un saut d’exon partiel était observé pour les 4 autres variants d’épissage. Les 2 variants faux-sens testés n’ont pas montré d’impact sur l’épissage. Nous avons notamment caractérisé un variant intronique profond de TBX5 (c.664-342G > T) identifié dans une forme familiale de syndrome de Holt-Oram, responsable de l’incorporation d’un pseudo-exon dans l’intron 6, avec décalage du cadre de lecture avec apparition d’un codon stop prématuré.  Au total, nos tests fonctionnels permettraient de reclassifier 17/21 VSI en variants de classe 4 ou 5 selon les critères ACMG, confirmant leur implication dans le phénotype. Le développement de tests fonctionnels complémentaires permettrait d’explorer l’impact des 4 variants restants, à ce jour, de signification indéterminée. 

Introduction : La trisomie 21 (T21) est l’aneuploïdie autosomique viable la plus fréquente. La prise en charge médicale et paramédicale a permis une meilleure qualité de vie et une augmentation très significative de l’espérance de vie passant de 25 ans en 1983 à environ 60 ans actuellement. Les complications néphrologiques sont encore peu décrites et la néphroprotection (alimentation contrôlée en sel et protéines, éviction des AINS en automédication, promotion de l’activité physique, pas de surpoids ni de tabagisme) est devenue un enjeu important, surtout en cas de prématurité, de petit poids de naissance et/ou de cardiopathie.  

Objectif : Décrire la créatininémie en fonction de l’âge dans une cohorte d’enfants porteurs d’une trisomie 21, ayant eu des dosages de créatininémie dans le même laboratoire de biochimie.

Méthodes : L'étude a porté sur 279 enfants âgés de 0 à 10 ans suivis régulièrement entre 2004 et 2021 dans un même service de génétique et ayant eu au moins un dosage de la créatinine. Les valeurs de créatininémie ont été établies en estimant la médiane et les quantiles d'ordre 2,5 et 97,5% en fonction de l'âge. Un modèle GAMLSS (Generalized Additive Models for Location, Scale and Shape) a été utilisé pour modéliser les trois paramètres : de position, d’échelle et d’asymétrie.

Résultats : Les résultats ont révélé des concentrations de créatinine plus élevées chez les enfants atteints de T21 par rapport aux enfants de la population générale. 

Conclusion : Les données de Nishino et al., ayant montré que les enfants japonais T21 ont un débit de filtration glomérulaire 20% plus bas que les enfants japonais sains âgés de 18 mois à 16 ans, sont donc confirmées dans la population pédiatrique française. Nous proposons, si les valeurs dépassent le 95°p des courbes en population générale pédiatrique, de rappeler les mesures de néphroprotection, mesurer annuellement la pression artérielle, rechercher une protéinurie sur miction et faire une échographie rénale si cela n’a pas été fait. Par ailleurs, nous souhaitons réaliser des explorations complémentaires afin de mieux comprendre les raisons de cette augmentation de créatinémie dans cette population et pour optimiser la prise en charge médicale et la détection précoce de maladies rénales chez les enfants porteurs T21.

Introduction: les variations pathogènes bialléliques du gène SMPD4, localisé en 2q21.1, sont responsables d’un trouble du neurodéveloppement avec microcéphalie, arthrogrypose et malformations cérébrales (MIM 618622). La majorité des variations pathogènes décrites dans la littérature sont des variations perte de fonction décrites chez une trentaine d’individus atteints. Quatre cas prénataux ont été rapportés dont l’un d’entre eux avec un examen fœtopathologique. 

Patient: un couple non apparenté, sans antécédent familial, a été adressé en consultation de génétique lors de leur 2^egrossesse pour la découverte échographique au terme de 21 semaines d’aménorrhée (SA) d’un retard de croissance intra-utérin (RCIU) précoce et sévère. Un caryotype et une ACPA réalisés sur liquide amniotique se sont avérés sans particularité. Au terme de 25 SA, le suivi échographique a mis en évidence des pieds bots bilatéraux, une microcéphalie et des anomalies de la ligne médiane. Une IRM fœtale réalisée au terme de 29 SA a retrouvé une microcéphalie, une gyration simplifiée, une agénésie/hypoplasie du corps calleux, une agénésie/hypoplasie du chiasma optique et des bulbes olfactifs, et une hypoplasie cérébelleuse. Devant le pronostic fœtal défavorable, une interruption de grossesse a été réalisée au terme de 35 SA. L’examen fœtopathologique a confirmé la présence d’un syndrome polymalformatif avec un RCIU sévère (-3 à -5 DS), une microlissencéphalie, des particularités morphologiques et des anomalies de la ligne médiane (agénésie du corps calleux, hypoplasie du chiasma optique et des bulbes olfactifs, hypoplasie vermienne). 

Résultat : le séquençage d’exome (ES) en trio sur ADN extrait de thymus a mis en évidence la variation faux-sens p.Ala635Val (NM_017951.5:c.1904C > T) à l’état homozygote du gène SMPD4, héritée uniquement de la mère, avec une concordance d’échantillon du trio. Il s’agit d’une variation absente à l’état homozygote dans la base de données gnomAD, dont les scores de prédiction in silico sont en faveur de son caractère pathogène.  Les données de l’ES ont confirmé la présence d’une isodisomie parentale complète du chromosome 2 d’origine maternelle, liée à une probable correction de trisomie 2 précoce. 

Discussion : Nous décrivons un 5^e cas fœtal lié à des mutations bialléliques du gène SMPD4. Les signes échographiques similaires aux cas déjà rapportées sont une hypoplasie cérébelleuse (4/5), des pieds bots bilatéraux (4/5), une gyration simplifiée (2/5) et un RCIU (3/5). A l’examen microscopique du fœtus rapporté par Magini et al., il est retrouvé une architecture cérébrale corticale désorganisée avec une disruption de la zone marginale. L’examen neuropathologique de notre fœtus n’a pas retrouvé d’anomalie similaire. En conclusion, nous décrivons une présentation fœtale rare en lien avec une nouvelle variation pathogène homozygote du gène SMPD4 secondaire à un mécanisme moléculaire rare d’isodisomie parentale. 

Le syndrome de la délétion 10q26 est une anomalie chromosomique rare caractérisée par un spectre phénotypique étendu et hétérogène comprenant une dysmorphie faciale, un retard de croissance, des anomalies cardiaques et génitales et un retard du développement. La région critique du syndrome 10q26 n'est pas déterminée et les relations précises entre les gènes responsables et les phénotypes demeurent controversées.

Nous rapportons le cas d’une fillette de trois ans, issue d’un couple apparenté 1^er degré, présentant une déficience intellectuelle sévère, une microcéphalie, un retard global du développement, une hypotonie généralisée, un retard de langage avec principalement une uropathie malformative type RVU. Malgré une intervention chirurgicale réalisée à l'âge d'un an, la croissance retardée et les infections urinaires fébriles persistaient de manière constante, ce qui a conduit à la réalisation d'examens complémentaires. Le caryotype était normal (46, XX). De plus, l’EEG, l’imagerie par résonance magnétique cérébrale et le potentiel évoqué visuel sont sans particularité. En revanche, le profil chromatographique des acides aminés, le profil des acylcarnitines et la chromatographie des acides organiques sont perturbés. La cystographie et la scintigraphie rénale statique et dynamique ont montré un aspect en faveur d’une duplicité pyélique droite avec retentissement fonctionnel du reflux vésico-urétéral droit. Le séquençage d’un large panel pour les troubles métaboliques par NGS a montré la présence de deux mutations pathogènes à l’état hétérozygote au niveau des gènes BTD (c.1495C > T ; p.Pro499Ser) et HFE (c.187C > G ; p.His63Asp) responsables d’un déficit en biotinidase et d’une hémochromatose héréditaire respectivement. D'autre part, le séquençage de l’exome entier (WES) a révélé la présence d’un variant de signification incertaine (NM_018117.12 : c.99528C > G ; p. ?) au niveau du gène WDR11 à l’état homozygote. Un bilan hormonal endocrinien a été demandé afin d’exclure une déficience combinée en hormones hypophysaires ou une dysgénésie hypophysaire.

Le gène WDR11 est situé dans la région chromosomique 10q25-26. Il a été impliqué dans l'hypogonadisme hypogonadotrope congénital et le syndrome de Kallmann, des troubles génétiques du développement humain qui se caractérisent par un retard de la puberté et une infertilité. Néanmoins, il n'a pas été rapporté à ce jour que les mutations du gène WDR11 causent une malformation rénale chez l'homme. En effet, l'inactivation des deux allèles du gène WDR11 chez la souris entraîne un phénotype sévère avec un retard de croissance et de développement, des caractéristiques d'holoprosencéphalie, des malformations cardiaques et des troubles de la reproduction. Il a été suggéré que les variants WDR11 chez l'homme entraînent un phénotype similaire mais moins sévère. Le présent cas suggère que les variants du gène WDR11 seraient partiellement responsables des caractéristiques cliniques du syndrome de la délétion 10q26. 

Introduction:

Les Anomalies de Fermeture du Tube Neural (AFTN) sont des malformations congénitales affectant environ 1 naissance sur 1000. Elles résultent d’un défaut de fermeture du tube neural durant la 3ème semaine du développement embryonnaire humain. L’étiologie des AFTN repose sur des facteurs génétiques et environnementaux. Près de 100 gènes ont été identifiés comme potentiellement prédisposants et plusieurs variants génétiques présents chez un même patient suggèrent un mode d’héritabilité oligogénique. Cependant, la pathogenicité de la combinaison de ces variants reste inexplorée chez l’homme. Nous rapportons le cas d’une fratrie de 2 fœtus atteints de myélomeningocèle (MM) syndromique présentant une hérédité digénique ainsi que des explorations fonctionnelles des variants à travers un modèle organoïde spinal. 

Méthodes:

Un séquençage de l’exome a permis de mettre en évidence un mode de transmission digénique chez 2 fœtus atteints de MM syndromique. Des études fonctionnelles sur des organoïdes spinaux dérivés à partir de cellules iPS humaines et modifiés grâce à CRISPR-Cas9 ont permis d’explorer les conséquences phénotypiques de la combinaison de ces 2 variants identifés.  

Résultats:

Dans la famille explorée, la mère présente un syndrome de Waardenburg (SW) dû à un variant tronquant dans le gène PAX3: NM_181458:c.181G > T, p.(Glu61*). Elle a eu 2 fœtus présentant un SW associé à un MM. PAX3 est un facteur de transcription ayant un rôle dans la fermeture du tube neural cependant il ne peut expliquer à lui seul la survenue du MM. L’analyse de l’exome a permis de mettre en évidence le variant PAX3 chez les 2 fœtus mais aussi un deuxième variant rare et prédit délétère dans le gène SFRP5: NM_003015: c.307G > A, p.(Asp103Asn) hérité du père asymptomatique. SFRP5 intervient notamment dans la voie de la polarité planaire cellulaire indispensable à la neurulation primaire. Dans le modèle organoïde spinal, la perte de PAX3 modifie la structure épithéliale en provoquant une accumulation réduite de F-actin à la périphérie des organoïdes et une fragmentation du réseau de laminine dans la matrice extracellulaire. Un phénotype similaire mais moins prononcé apparaît dans les organoides présentant la mutation familiale SFRP5. Le phénotype observé s’aggrave en présence des deux variants. 

Conclusion:

Les variants dans les gènes SFRP5 et PAX3 identifiés chez les 2 fœtus provoquent un phénotype similaire responsable d’une désorganisation neuroépithéliale dans le modèle organoïde qui s’aggrave dans un contexte de double mutant. Nos résultats suggèrent que ces variants considérés comme facteurs de risques agissent de façon synergique et perturbent la neurulation bien qu’appartenant à deux voies de signalisation cellulaire différentes mais essentielles. 

Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est une prédisposition héréditaire au cancer rare, due à la transmission autosomique dominante d’une altération du gène TP53. Il se caractérise par un spectre tumoral varié et une diversité de l’âge de développement des tumeurs survenant principalement chez l‘enfant et l’adulte jeune. Il prédispose notamment aux sarcomes des tissus mous, aux ostéosarcomes, aux cancers du sein, aux corticosurrénalomes et aux tumeurs cérébrales mais d’autres localisations, telles que les cancers pulmonaires, les adénocarcinomes gastriques et coliques, certaines hémopathies, sont rapportées comme étant associées au LFS (« spectre large »).

Une connaissance précise des risques cumulés de cancer en fonction de l’âge (pénétrances) pour les différentes localisations chez les sujets porteurs d’un variant pathogène / probablement pathogène (VP/VPL) constitutionnel du gène TP53, est essentielle pour l’élaboration des protocoles de prise en charge. Peu d’études de pénétrance ont été publiées et la plupart ne prennent pas en compte le biais de recrutement des familles, conduisant à une surestimation importante des risques.

Nous avons conduit une étude de pénétrance à partir d’une série de familles recrutées entre 2007 et 2018 par les centres de consultation d’oncogénétique français, pour lesquelles un VP/VPL de TP53 a été identifié ou confirmé par le Laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Rouen, Centre de référence national du diagnostic moléculaire du LFS qui collige les données généalogiques, phénotypiques, génotypiques des familles françaises LFS depuis 30 ans.

Les pénétrances ont été estimées par la méthode GRL (Genotype Restricted Likelihood), développée par l’équipe du Dr Bonaïti-Pellié (Bonaïti B 2011), implémentée dans un programme sous R et adaptée au LFS ; elle modélise une vraisemblance conditionnelle à tous les phénotypes des membres d’une famille donnée et au génotype du cas-index permettant de s’affranchir des biais de sélection. Les individus non génotypés contribuent à l’estimation des pénétrances grâce au calcul de leur probabilité d’être porteur selon le génotype connu de leurs apparentés.

Ont été incluses 180 familles informatives pour la GRL (VP/VPL de TP53 identifié chez le cas index et au moins un apparenté génotypé), rassemblant 3447 sujets, dont un tiers génotypé et 492 reconnus porteurs d’un VP/VPL de TP53 ; 618 sujets ont développé une première tumeur appartenant au spectre large à un âge médian de 31 ans. Les risques cumulés à 70 ans de développer un premier cancer du spectre large chez les porteurs de VP/VPL de TP53 sont estimés à 46,2 % [IC 95% : 25,2-76] pour l’homme et 70,8 % [42,7-94] pour la femme. Nous présenterons le détail des pénétrances pour chaque localisation tumorale lors des 12èmes AGHM.

Nous rapportons des estimations non biaisées du risque de premier cancer chez les porteurs de VP/VPL de TP53 et mettons en évidence des pénétrances plus faibles que les estimations publiées jusqu’à présent.

Le carcinome rénal à cellules claires (ccRCC) est le sous type histologique le plus commun de carcinome à cellules rénales (RCC). Une inactivation somatique biallélique du gène VHL est retrouvée dans 70% des cas. Au niveau constitutionnel, les variations pathogènes (VP) hétérozygotes du gène VHL sont responsables de la maladie de von Hippel-Lindau (VHL), pathologie génétique de transmission autosomique dominante. Elle prédispose au développement de ccRCC, d’hémangioblastomes de la rétine et du SNC, de phéochromocytomes, de tumeurs endocrines du pancréas et de kystes rénaux et pancréatiques. L’incidence de la maladie de VHL est estimée à 1/36000 naissances. Cependant, il existe quelques familles ou individus dont la clinique est évocatrice de maladie de VHL sans qu’un VP du gène VHL (VHL^wt/wt) ne soit identifié. Nous présentons deux familles normandes particulièrement évocatrices d’une maladie de VHL dont les explorations génétiques constitutionnelles sur le gène VHL se sont révélées négatives. Famille A : patient avec une atteinte rétinienne gauche à 29 ans qui a été opéré ensuite d’un hémangioblastome cervical avec hémangioblastomes médullaires en place. Il a été traité par néphrectomie bilatérale pour un ccRCC à 34 ans, de même que sa mère à 57 ans. Cette dernière a présenté un phéochromocytome et des hémangioblastomes rétiniens bilatéraux.  Famille B : patiente présentant à 38 ans un ccRCC avec lésions pancréatiques en cours d’exploration.  Une stratégie tumorale, à partir des ccRCC des patients, a montré l’absence de variant du gène VHL, mais a permis la mise en évidence dans les deux familles, de deux variants du gène ELOC, aussi connu sous le nom de TCEB1, respectivement à une fréquence allélique de 71% et 55% suggérant leur caractère constitutionnel. Elément notable, l’Elongine C agit en partenaire avec la protéine VHL dans un complexe E3 ubiquitine ligase modulant l’activité transcriptionnelle de facteur angiogénique, voie impliquée dans l’oncogenèse rénale sporadique. Ainsi, le patient et sa mère sont porteurs à l’état hétérozygote constitutionnel d’un variant de signification inconnue c.275A > G p.(Glu92Gly) du gène ELOC, jamais rapporté (bases gnomAD et COSMIC), situé dans une région conservée d'un domaine fonctionnel de la protéine Elongine C et les prédictions in silico sont en faveur de son impact sur la protéine. Le variant c.236A > G p.(Tyr79Cys) retrouvé chez la famille B, a quant à lui été déjà rapporté dans la littérature chez un patient présentant un phénotype VHL avec VHL^wt/wt. Une relecture anatomopathologique des tumeurs rénales des patients sont actuellement en cours afin de rechercher une inactivation biallélique du gène ELOC avec délétion du chromosome 8q, signatures d’une nouvelle entité anatomopathologique rénale récemment décrite. Nous décrivons donc la première transmission d’un variant du gène ELOC et suggérons le gène ELOC comme nouveau gène de prédisposition au cancer du rein et de la maladie de VHL avec VHL^wt/wt.

La personnalisation de la prévention des cancers est une voie majeure d’amélioration de la santé. INTERCEPTION est un programme pilote, créé par Gustave Roussy en 2021, en collaboration étroite ville-hôpital. Il est basé sur 4 piliers : 1. L’ identification des personnes à risque augmenté de cancer ; 2. Une journée comprenant des consultations individuelles et des ateliers de groupe, destinée à informer et rendre ces individus pro-actifs de leur santé, ainsi qu’à élaborer, de façon partagée, un plan personnalisé de prévention (PPP) ; 3. La mise en place de ce PPP, en ville principalement, avec un suivi annuel digital; 4. Une prise en charge rapide en cas de suspicion ou diagnostic de cancer. INTERCEPTION comporte un parcours spécifique pour les femmes à risque augmenté de cancer du sein (CS) en raison d’une prédisposition génétique (BRCA1, BRCA2 ou  PALB2). 

Méthodes : Les données des participantes (pts) à ce parcours ont été analysées :  habitudes nutritionnelles (score WCRF), autoévaluation des risque de cancer, de l’impression de connaissances sur les risques personnels, le dépistage et la prévention  (échelle visuelle numérique de 0 à 100, avant la journée Interception et 8 jours après,  à partir de février 2022). Les analyses statistiques ont été faites avec le test de Wilcoxon pour valeurs appariées.

Résultats : Entre 01/21 et 04/23, 136 pts sont venues à une journée INTERCEPTION. La médiane d’âge était de 40 ans [31-45]. La médiane du score WCRF était de 4.0 [3.5-4.7]. Un tiers des pts étaient en surpoids ou obésité. Quarante pour cent ne faisaient pas d’activité physique (AP). Parmi celles qui faisaient de l’AP, 68% n’en faisaient pas assez ( < 2h30 par semaine). Dix pour cent étaient fumeuses actives. L’autoévaluation des risques de cancer au cours de la vie est passé d’un risque de 80% en moyenne à 70% (p=0.003, n=27), avant et après la journée. La perception d’avoir assez de connaissances concernant leur situation, le risque de cancer, le dépistage et la prévention adaptés est passée de 72% à 91% (p < 10-6, n=28), avant et après la journée. La satisfaction globale concernant la journée (questionnaire anonyme) était très bonne. Sur 88 pts venues entre 01/21 et 04/22, 49 ont répondu au questionnaire de suivi (56% de réponses). Parmi elles, 17 (35%) ont eu une mastectomie prophylactique bilatérale (MPB) depuis leur venue, et 6 ont une date opératoire prévue (12%). Parmi les 22 autres femmes, 10 poursuivent la surveillance mais souhaiteraient avoir une MPB dans le futur (45%), et 11 préfèrent poursuivre la surveillance sans souhait de MPB (50%). 

Conclusion : Les premiers résultats de ce programme montrent qu’au-delà de leur risque génétique, ces pts présentent d’important facteurs de risque actionnables. En plus de cette identification de  cibles de prévention, la journée permet d’aider ces pts dans leur choix, en améliorant leurs connaissances et la perception de leurs risques.

Le syndrome de Lynch est une prédisposition génétique aux cancer colorectal et endométrial de transmission autosomique dominante. Il est lié à une altération constitutionnelle d’un des gènes du système MisMatch Repair (MMR) impliqué dans le système de réparation des mésappariements de l’ADN : MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, ou à une délétion de l’extrémité 3′ du gène EPCAM conduisant à l’inactivation de MSH2.

L’analyse constitutionnelle des gènes MMR est prescrite en cas de suspicion de syndrome de Lynch fondée sur une histoire personnelle et familiale évocatrice et/ou sur un test somatique révélant une déficience du système MMR (dMMR) dans les tumeurs du spectre. Les phénotypes tumoraux retenus sont une perte d’expression d’une ou deux protéines MMR en immunohistochimie et /ou d’une instabilité microsatellitaire en biologie moléculaire, sans hyperméthylation somatique du promoteur de MLH1 en cas de perte MLH1/ PMS2.

En France, le taux global de détection d’anomalie génétique en lien avec le syndrome de Lynch chez un cas index était de l’ordre de 19% en 2020. Ce taux de détection atteint 38% chez les patients présentant une tumeur dMMR. Pour 62% des patients, le statut tumoral dMMR est donc inexpliqué sur le plan constitutionnel. En effet, soit un variant a été identifié mais il s’agit d’un variant de signification incertaine (VSI), ne permettant pas de confirmer le diagnostic de syndrome de Lynch. Soit aucun variant pathogène n’a été détecté, posant la question de l’origine sporadique de la tumeur présentée par le patient. Dans ce cas, l’inactivation bi-allélique d’un des gènes MMR est la conséquence d’un double évènement somatique

Au laboratoire de l’institut Bergonié, depuis 2004, nous avons recensé 319 patients avec tumeur dMMR sans variant pathogène constitutionnel identifié. Pour 61 patients, des analyses en tissu tumoral par séquençage NGS ciblé ont été réalisées. Pour 4 patients porteurs de VSI dans un des gènes MMR, un second évènement a été retrouvé dans la tumeur contribuant au reclassement du variant et confirmant le diagnostic de syndrome de Lynch. Pour les patients sans variant pathogène constitutionnel identifié, un double évènement somatique a été détecté dans 60% des tumeurs, faisant évoquer une origine sporadique du cancer. Toutefois, les âges de survenue précoces de certaines tumeurs nécessitent d’écarter l’hypothèse d’un mosaîcisme à explorer par l’étude de tissu sain péri-tumoral. Pour 23 patients (40%), le statut tumoral dMMR reste inexpliqué par l’absence de détection ou la détection d’un seul évènement somatique pathogène, suggérant un défaut de détection mutationnel lié aux limites des techniques utilisées en routine. Les résultats de cette cohorte de patients seront discutés pour proposer une prise en charge plus adaptée au patient et ses apparentés.

L’inactivation constitutionnelle du gène PMS2 est l'une des principales causes du syndrome de Lynch et du syndrome de déficience constitutionnelle des gènes MMR (CMMRD). L'identification des variants dans la région 3' de ce gène est compliquée par la présence du pseudogène PMS2CL qui partage une homologie de séquence élevée avec PMS2. Par conséquent, les stratégies de criblage de courts fragments (NGS, Sanger) risquent de ne pas capable de discriminer la localisation du variant. En utilisant une approche combinée de long-range PCR et d’analyse de cDNA, nous avons évalué 42 variants détectés par NGS. Cette étude a pu localiser 32 variants sur PMS2 tandis que 6 sur PMS2CL. Fait intéressant, 4 variants ont été détectés dans l'un ou l'autre chez différents patients. Le phénotype clinique était bien corrélé au génotype, ce qui constitue des éléments importants dans l'évaluation des variants. Nos résultats soulignent la nécessité d'analyses complémentaires plus spécifiques pour confirmer la localisation de chaque variant détecté chez différents individus afin d'éviter une mauvaise interprétation. En outre, nous avons caractérisé deux altérations génomiques délétères de PMS2 impliquant une duplication en tandem des exon 12-14 médiée par Alu et une conversion génique dans l’exon 11. Ces mécanismes semblent être particulièrement favorisés dans PMS2 contribuant aux fréquents réarrangements génomiques dans la région 3' du gène.

FrOG est la base de données de référence des variants génétiques identifiés dans les laboratoires d’oncogénétique dont l’interprétation est validée par les différents groupes de curation du Groupe Génétique et Cancer (GGC). La mission de FrOG est de garantir et diffuser une interprétation pertinente cliniquement harmonisée au niveau national pour une meilleure prise en charge des familles. La gouvernance de FrOG est régie par un accord de consortium regroupant  21 établissements de santé CHU et CLCC. Les laboratoires de ces établissements en lien avec le Groupe Génétique et cancer (GGC) disposent d’un outil informatique permettant la collecte des données de patients, la curation et le repartage des informations via une page web sur internet ou via son API. FrOG est conforme aux exigences du Règlement Général sur la Protection des Données  (RGPD) en vigueur et la collecte est réalisée dans le cadre du soin via un traitement à finalité médicale (article 9h du RGPD). FrOG a mis à disposition de chaque établissement membre une analyse socle d’impact sur la protection des données (AIPD) en lien avec les DPO (Délégué à la protection des données) et les RSSI (Responsable de la sécurité des systèmes d’informations) de chaque établissement. Une note d’information aux patients, validée par le bureau du GGC, a été diffusée aux consultations d’oncogénétique afin d’harmoniser les discours concernant l’intérêt voire la nécessité du programme FrOG et permettant d’expliquer les droits des patients. La sécurité informatique de FrOG-db.fr bénéficie d’une remise à niveau constante des outils de développement et des techniques d’intégration continue et de conteneurisation modernes. FrOG bénéficie d’une infrastructure chez un hébergeur de données de santé agréé. Le dépôt de nouveaux variants et les données phénotypiques associées est réalisé par les contributeurs autorisés, sous une forme pseudo-anonymisée, sur un espace de stockage sécurisé (Data Lake). Le pipeline d’annotation est en redéveloppement et se fonde sur l’intégration d’une instance privée de la solution Mobidetails, mettant à profit la richesse des développements académiques. FrOG est consulté plusieurs centaines de fois par jour dans le cadre de la réalisation d’un diagnostic moléculaire et est incontournable pour les activités en oncogénétique. En perspective le consortium FrOG travaille à l’ouverture de la base aux autres laboratoires de biologie médicale publics ou privés hors oncogénétique avec un système de licences. Enfin, l’utilisation de FrOG pour la recherche médicale et scientifique est envisagée avec la création d’un entrepôt de données de santé incluant une demande d’autorisation à la CNIL et une nouvelle AIPD et des espaces de travail dédiés. En conclusion, ce projet académique est aujourd’hui conforme aux différentes exigences règlementaires en vigueur et est devenu un outil indispensable au diagnostic des patients du réseau d’oncogénétique français.

Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), the most common lymphoid malignancy, remains incurable in ~40% of patients. Coding-genome sequencing efforts identified several genes/pathways altered in this disease, as well as genetic subgroups of potential clinical relevance. However, the large non-coding portion of the genome, including regulatory domains, remained largely unexplored.

We recently identified a pervasive hypermutation mechanism targeting active super-enhancers (SEs) in > 90% of DLBCL and leading to dysregulation of multiple genes. Such aberrant somatic hypermutation involves both intra-genic and inter-genic SEs, displays signatures of Activation Induced Deaminase (AID) activity, and is linked to genes encoding B cell developmental regulators and oncogenes. Of oncogenic relevance, hypermutated SEs linked to several proto-oncogenes, including BCL6, BCL2 and CXCR4, prevent the binding and transcriptional downregulation by their specific transcriptional repressors. Genetic correction of selected mutations restores repressor DNA-binding, downregulates target gene expression, and lead to the counter-selection of cells harboring corrected alleles, indicating oncogenic dependency from the SE mutations and the important and pervasive pathogenetic role of SE hypermutation. We have now extended these studies toward the comprehensive identification of commonly involved SE and the analysis of the most involved pathways.

These data identify a highly pervasive mutational mechanism involving regulatory chromatin domains in DLBCL. These findings:  i) reveal a new major set of genetic lesions deregulating gene expression, including known oncogenes, likely representing an important mechanism in DLBCL pathogenesis; ii) expand the involvement of known oncogenes in DLBCL pathogenesis and identify new deregulated gene targets that may represent candidate therapeutic targets.

Introduction : Les leucémies aigües lymphoblastiques (LAL) représentent la forme la plus commune de cancer chez l’enfant. Bien que la plupart des cas de LAL soient considérés comme sporadiques, des études récentes suggèrent l’existence de variants constitutionnels associés de manière variable au risque de développer une LAL. Afin de déterminer les situations cliniques dans lesquelles une prédisposition aux LAL doit être suspectée et d'identifier les gènes à séquencer dans ces situations, nous avons réalisé une étude génétique chez 25 familles françaises fortement évocatrices de prédisposition familiale.

Matériel et méthode : Ces familles ont été sélectionnées sur la base de la présence d'un cas index ayant développé une LAL et la confirmation d'au moins un antécédent familial de leucémie aiguë au 4^ème degré maximum. Les échantillons (fibroblastes, bulbes capillaires ou échantillons sanguins de rémission complète) ont été séquencés sur un large panel de gènes associés aux prédispositions aux hémopathies malignes, que ce soit dans un contexte syndromique ou non-syndromique et par exome via l’analyse du cas index et d’un apparenté atteint.

Résultats : L’analyse du panel a permis d’identifier un variant pathogène dans deux des principaux gènes de prédisposition aux LAL, IKZF1 et ETV6, expliquant ainsi l’agrégation de LAL-B dans 2 familles. Dans une autre famille, le panel nous a permis d’identifier un variant pathogène dans PTPN11, ce qui a conduit au diagnostic d’un syndrome de Noonan chez un cas index atteint de LAL-B et sa mère indemne de toute hémopathie maligne. De plus, dans 2 familles distinctes, un des cas présentait un syndrome pouvant expliquer la survenue d’une leucémie (i.e.syndrome de Down et Neurofibromatose de type 1). Aucun variant pathogène n'a été identifié par le panel dans les autres familles et l'exome n'a pas permis d'identifier de variant pathogène supplémentaire dans les gènes OMIM morbid ou dans les gènes Cancer Census Tier 1 ou 2.

Discussion : La recherche de prédisposition dans les familles fortement évocatrices d'une prédisposition aux LAL a permis d'identifier la cause sous-jacente dans 8% des familles (2/25). Notamment, ces prédispositions n’ont été mise en évidence que dans des familles de cas d’apparentés au 1^er ou 2^ème degré atteints chacun de LAL-B. Par ailleurs, au moins trois cas individuels peuvent être attribués à des syndromes associés, à des degrés divers, à la survenue de LAL, justifiant l'utilisation d'un panel étendu pour la recherche d'une prédisposition aux LAL. Par ailleurs, l'exome ne semble pas apporter d'informations supplémentaires par rapport à un panel étendu. Le faible nombre de résultats concluants pourrait en partie s'expliquer par une analyse limitée aux seules régions codantes. L'analyse du génome à la recherche de variants introniques ou structurels dans les principaux gènes de prédisposition aux LAL pourrait apporter une contribution précieuse en complément des analyses déjà réalisées.

L’accessibilité aux consultations d’oncogénétique est une problématique importante. Malgré le développement de consultations délocalisées pour permettre aux patients un accès plus simple, il persiste des bassins de population très éloignés des sites de consultations.

Le développement des téléconsultations a permis de rendre plus accessibles les consultations pour certains patients, mais cette solution comporte un grand nombre d’inconvénients. Certains patients ont des difficultés à utiliser les outils informatiques, la qualité du son et de l’image peut rendre difficile la communication, l’échange sécurisé de documents à signer tels que les consentements et les ordonnances est complexe et le prélèvement ne peut pas être réalisé immédiatement à la fin de la consultation.

L’e-consultation hospitalière de génétique permet de palier en partie à ces difficultés. Elle consiste à recevoir le patient en milieu hospitalier à proximité de son domicile. Durant toute la durée de sa prise en charge, celui-ci est accompagné par un psychologue et une infirmières formés aux spécificités de la prise en charge en génétique, au matériel informatique et au logiciel de communication dédié à ces e-consultations qui permet l’échange sécurisé de documents. Ces professionnels assurent ainsi le lien entre le patient et l’oncogénéticien.

Depuis plus d’un an, l’équipe du CHU de Lille propose des e-consultations au Centre Hospitalier de Fourmies, à 120 km du CHU et 70 km du site de consultations délocalisées le plus proche.  Ces consultations ont lieu deux demi-journées par mois. Plus de 120 e-consultations ont été réalisées, dont 60 % consacrés à des cas-index. Elles sont maintenant bien identifiées par les médecins du secteur qui adressent les patients. Ces derniers sont très satisfaits d’avoir accès aux consultations de génétiques dans leur hôpital de proximité.

Identification des altérations des Copy Number Variation (CNV) chez les patients atteints de cancer colorectal héréditaire sans polypose (HNPCC)

Introduction: Le syndrome Hereditary non polyposis colorectal cancer (HNPCC) est l'une des formes les plus fréquentes de prédisposition héréditaire au cancer colorectal, caractérisée par des mutations dans les gènes de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR).

Cependant, une proportion significative de patients présentant une suspicion d'HNPCC reste sans diagnostic génétique.

Objectif : Identifier et analyser les altérations de copy number variation (CNV) chez les patients atteints de HNPCC, qui n'ont pas été diagnostiqués génétiquement.

Méthodologie : Une cohorte de 1079 adultes, avec prédisposition familiale au HNPCC a donné leur consentement éclairé à l'utilisation de l’ADN. L'âge moyen au moment du diagnostic, était de 50 ans (18-83), avec une répartition égale entre hommes et femmes. Des échantillons d'ADN ont été prélevés dans le sang périphérique et analysés par le NGS. Des tests de routine ont été effectués pour identifier les mutations dans les gènes de réparation de l’ADN et l'analyse CNV a été réalisée pour tous les patients.

Tous les cas ont subi le test de diagnostic moléculaire SOPHiA-Genetics (panel HCS).

Résultats : Le syndrome HNPCC a été détecté chez 30% des sujets, tandis que 14% présentaient des altérations des gènes de réparation de l'ADN ou des variations du CNV. Quatre-vingt-dix pour cent des patients présentant des modifications génétiques : altérations somatiques des protéines de réparation de l'ADN ou une instabilité des microsatellites. 124 cas, 11.5% de la cohorte, a révélé des altérations dans la séquence des gènes de réparation de l'ADN: MSH2, MSH6, et PMS2 (à l'exception du gène MLH1).

Parmi 22(2,2%) cas présentaient des altérations de CNV (IC 95% ; 0,014-0,033), notamment :

- la perte complète du gène EPCAM et des exons 1-8 du MSH2 (2 cas) ;

- la perte des exons : 8-9 du EPCAM (1 cas) ; 17-20 du MLH1 (1 cas); 14-16 du  MSH2 (11 et 3 cas); 1-7 (2 cas) et 5-6 du MSH6 (2 cas).

La présence de modifications génétiques chez les patients atteints du HNPCC, sous forme de : mutations ponctuelles dans les gènes de réparation de l'ADN et d'altérations dans les CNV, confirme la complexité de la prédisposition héréditaire au cancer colorectal.

Conclusion :

L'étude a révélé des altérations significatives de la variation du CNV chez les patients atteints de HNPCC non diagnostiqué génétiquement. Ces données soulignent l'importance d'une compréhension plus ponctuelle des altérations du CNV, afin de définir la prédisposition génétique au HNPCC. Une étude approfondie de ces aspects serait souhaitable pour améliorer le diagnostic et la prise en charge de cette pathologie héréditaire.

Dans le domaine de la neuro-oncologie, il existe de nombreuses entités tumorales difficiles mais cruciales à distinguer, particulièrement dans le cas du médulloblastome de l’enfant où il est essentiel de discerner les enfants nécessitant une chimiothérapie ou une irradiation crânio-spinale, afin de limiter les effets indésirables, y compris sur le système nerveux en développement.

Les nouvelles techniques d’analyse moléculaire ont permis d’aider au diagnostic des tumeurs cérébrales notamment via l’analyse de la méthylation de l’ADN.  Le profil de méthylation (méthylome) d’un type tumoral donné est stable et spécifique d’une classe tumorale. En comparant le méthylome de la tumeur d’un patient à une cohorte de données de méthylation de tumeurs caractérisées, on peut précisément établir sa classe tumorale. Pour les tumeurs cérébrales, le méthylome tumoral est comparé aux données de méthylation de la cohorte de référence du DKFZ (Heidelberg, Allemagne) regroupant 82 entités tumorales.

La technique de référence par puces EPIC (Illumina) pour l’analyse de la méthylation requiert un protocole technique chronophage et coûteux, incluant une étape de traitement de l’ADN au bisulfite et une étape d’amplification. Nous avons comparé cette technique à celle innovante de séquençage Nanopore, pour laquelle l’analyse du génome entier permet un séquençage direct de l’ADN sans étape complexe de préparation. La fixation d’adaptateurs sur l’ADN natif va permettre le passage de chaque brin d’ADN au travers d’un nanopore inséré dans une membrane bio-électriquement neutre. Ce passage entraîne un changement de courant ionique spécifique de la base séquencée, dont les cytosines méthylées. La préparation de banque s’effectue aisément (moins de 2h selon notre pratique) sur 400ng d’ADN congelé, puis le séquençage est effectué en 24 à 48h, suivi de l’analyse bio-informatique, permettant un rendu de classification en moins d’une semaine.

Nous présentons les résultats de notre étude comparant les données de méthylation de 40 échantillons de médulloblastomes, obtenues par puces EPIC Illumina et par analyse de génome entier par technique Nanopore. Nous avons également développé une technique ultra-rapide utilisant des flow cells de type Flongle, comprenant un nombre de pores réduit mais permettant l’obtention d’un profil de méthylation fiable à faible coût en moins de 72 heures. Nous avons ensuite validé nos résultats sur une cohorte de validation de 135 échantillons congelés de médulloblastomes. Sur les 40 échantillons de médulloblastomes, la méthylation Nanopore était concordante avec les données EPIC pour 39 échantillons, avec une moyenne de 64 088 CpG communs entre méthylations Nanopore et EPIC. Sur la cohorte de validation, les données de méthylation étaient concordantes pour 130 cas.

Notre étude démontre l’apport indéniable du séquençage Nanopore sur le rendu d’un typage du médulloblastome précis et rapide, ouvrant la voie pour son utilisation sur d’autres entités tumorales.

La caractérisation des nodules thyroïdiens, réalisée par évaluation cytologique sur produit de cytoponction à l’aiguille fine, permet d'établir un diagnostic de bénignité ou de malignité dans environ 70% des cas. Les autres nodules entrent dans des catégories cytologiquement indéterminées, Bethesda III, IV et V, associées à un risque de malignité croissant (13-83%). Certains tests moléculaires sur produit de cytoponction ont montré des performances intéressantes pour préciser la nature bénigne ou maligne des nodules cytologiquement indéterminés.

Evaluation des performances d’un panel NGS (AmpliSeq Focus) dans des nodules thyroïdiens cytologiquement indéterminés Bethesda III, IV et V, en le comparant au diagnostic anatomopathologique définitif.

Étude rétrospective monocentrique au CHU La Pitié-Salpêtrière (Paris), portant sur l’étude moléculaire par un panel NGS d’oncologie générale sur produit de cytoponction de 121 nodules thyroïdiens cytologiquement indéterminés (Bethesda III, IV et V), entre décembre 2019 et septembre 2022. Ces nodules ont été opérés et le résultat anatomopathologique définitif correspondait au gold-standard de l’étude.

L’objectif principal était d’estimer la valeur prédictive négative (VPN) de malignité du panel dans les nodules thyroïdiens Bethesda III, IV et V. Le critère de jugement principal était d’estimer la précision diagnostique du test moléculaire par rapport au résultat histologique définitif. Les objectifs secondaires étaient d’estimer la sensibilité, la spécificité et la valeur prédictive positive (VPP).

Parmi les 121 nodules thyroïdiens, 86 (71%) étaient bénins et 35 malins (30 carcinomes, 2 tumeurs vésiculaires non invasives avec atypies nucléaires de type papillaire (NIFTP) et 3 tumeurs à potentiel de malignité incertain (TPMI)). Nous avons identifié 56 (46%) nodules Bethesda III, 42 (35%) nodules Bethesda IV et 23 (19%) nodules Bethesda V. Des évènements moléculaires étaient retrouvés pour 33% des nodules (40/121) : 17 nodules Bethesda III, 12 nodules Bethesda IV et 11 nodules Bethesda V. Les anomalies les plus fréquentes étaient les mutations RAS (21% ; 26/121) et BRAF (6% ; 7/121).

Les performances du panel pour l’ensemble de la cohorte (121 nodules Bethesda III, IV et V) étaient : sensibilité 60,0% (IC95% [42,1;76,1]), spécificité 77,9% (IC95% [67,7;86,1]), VPP 52,5% (IC95% [40,6;64,1]), VPN 82,7% (IC95% [75,9;87,9]), avec une prévalence de malignité de 29.

Les performances du panel NGS utilisé sont encourageantes, mais la VPN reste insuffisante pour affiner le diagnostic des nodules thyroïdiens cytologiquement indéterminés et éviter certaines interventions chirurgicales réalisées pour des nodules bénins. Afin d’améliorer l’apport des études moléculaires sur produit de cytoponctions thyroïdiennes indéterminées, un panel dédié à la tumorigenèse thyroïdienne est en cours d’évaluation.

 Introduction

Le syndrome de Maffucci est une maladie génétique rare associé à des mutations somatiques en mosaïque des gènes IDH1 et IDH2. Il associe des anomalies ostéo-cartilagineuses (enchondromes) à des anomalies vasculaires veineuses et capillaires (hémangiomes). Nous rapportons le cas d’une patiente présentant un paragangliome (tumeur neuroendocrine rare extra-surrénalienne) dans un contexte de syndrome de Maffucci. Cette association a été décrite exceptionnellement à ce jour.

Observation

Nous rapportons le cas d’une patiente de 40 ans suivie depuis son enfance pour un syndrome de Maffucci. Depuis l’enfance, elle a présenté des hémangiomes multiples des doigts dont certains ont fait l’objet d’une exérèse. A l’âge de 33 ans, il est découvert une lésion de l’aile iliaque gauche ayant les aspects d’une tumeur cartilagineuse. Compte-tenu de la taille, de la localisation et des signes d’agressivité de cette lésion, un chondrosarcome était suspecté à l’IRM, sans preuve histologique à notre connaissance. Actuellement, l’apparition à l’IRM de masses pré-sterno-claviculaire gauche et médiastinale (pré-aortique) a conduit à l’exérèse de ces lésions correspondant respectivement à un hémangiome à cellules fusiformes et à un paragangliome. Ces deux tumeurs sont toutes deux porteuses de la même mutation (c.516G > T, p.(Arg172Ser)) au niveau du gène IDH2 .

Discussion

Ce cas est une présentation rarissime de syndrome de Maffucci pour lequel de multiples hémangiomes et une tumeur cartilagineuse sont associés au développement d’un paragangliome pré-aortique : à notre connaissance, seules deux observations rapportent ce type de co-occurence. Dans le syndrome de Maffucci, les mutations somatiques en mosaïque au niveau des gènes IDH1 et IDH2 sont associées aux enchondromes et hémangiomes. Ces mutations sont en revanche très rares (0,7%) dans les paragangliomes où elles pourraient être impliquées dans la pathogénèse par activation de la voie pseudo-hypoxique. Dans la présente observation, l’identification au niveau du paragangliome de la même mutation IDH2 que celle mise en évidence au niveau de l’hémangiome sus-claviculaire gauche suggère une causalité de cette mutation dans la survenue du paragangliome.

Conclusion

Ce cas clinique rapporte pour la première fois l’association probable entre la présence d’une mutation somatique en mosaïque IDH2 c.516G > T (R172S) dans un contexte de syndrome de Maffucci et la survenue d’un paragangliome pré-aortique.

Introduction :

L’unité de néphrogénomique de Sorbonne Université propose en première attention des analyses par exome chez les patients adultes atteints de néphropathie Il est donc de plus en plus courant de découvrir des variants génétiques de manière incidentale, non liées à la néphropathie sous-jacente.

Nous avons étudié la fréquence des données incidentales retrouvées dans notre cohorte de patients (1906 cas index/exomes) et la prise en charge de ces données par l’équipe soignante et par le patient cas index.

Matériel :

Nous avons examiné un groupe de 1906 patients adultes atteints de néphropathie, tous ayant bénéficié d'une analyse par exome depuis 2019, dans le cadre de leur néphropathie (Taux de diagnostic positifs global en relation avec la maladie rénale : 25%)

La technique d’analyse utilisé est une analyse par exome de séquençage de nouvelle génération (NGS) ou short read sequencing

La lecture et l’interprétation des données génétiques se fait entre biologiste et cliniciens, par le biais de l’outil SeqOne. Seuls les variants génétique de classe IV et V sont répertoriés dans cette étude.

Résultats

Parmi les 1906 patients analysés, une variation incidentale a été retrouvée pour 95 d'entre eux, représentant 5% de la population étudiée. Ces variants secondaires ne sont pas directement liées à la néphropathie diagnostiquée initialement chez ces patients.

25% des 96 patients sont porteurs à l’état hétérozygote d’un variant sur le gène CFTR. Les gènes impliqués dans les maladies hématologiques sont présents chez 16% de notre cohorte, les gènes prédisposant à des cancers sont présents chez 13%, enfin on retrouve des gènes responsables de cardiopathies dans 9% des cas.

Parmi ces 95 patients, 69%, n’ont pas de diagnostique génétique concernant leur néphropathie, l’unique variant retrouvé chez eux n’est donc pas en lien avec leur symptomatologie.

Conclusion :

L'intérêt majeur pour les patients réside dans la capacité à anticiper au mieux les pathologies potentielles associées à ces variants génétiques. En accord avec les patients, en identifiant des facteurs de risque pour des affections diverses, il devient possible d'élaborer des stratégies de prévention et de surveillance adaptées à chaque individu et potentiellement leur famille au delà de leur maladie rénale.

Contexte Le trouble dépressif majeur (TDM) est actuellement la principale cause d'incapacité dans le monde. La variation génétique peut influencer l’effet de son traitement principal, les antidépresseurs. Les études d'association pangénomique facilitent l'analyse génétique mais souffrent notamment de tests multiples ; l’agrégation des variations génétiques selon leurs contextes de gène peut réduire cette charge statistique. Notre objectif était d'analyser l'association de la variation génétique, contrainte aux gènes, d'un panel ciblé avec les mesures d’amélioration clinique dans METADAP, une cohorte naturalistique de patients atteints de TDM sous traitement antidépresseur suivis pendant 6 mois.

Patients, matériels et méthodes Les évaluations ont été réalisées à l’inclusion (M0) et après 1 (M1), 3 (M3) et 6 (M6) mois de traitement antidépresseur. Les données génétiques ont été obtenues à partir du séquençage à haut débit (HTS) en utilisant un panel ciblé de 72 gènes candidats. Parmi les 624 patients de la cohorte METADAP, 394 patients pour qui les données cliniques et génétiques étaient disponbiles ont été analysés. Genome-to-Phenome Sparse Regression (G2PSR) a été utilisée pour analyser l'association de la variation génétique contrainte aux gènes aux scores de l'échelle de dépression de Hamilton 17-items (HDRS) et le changement de pourcentage de HDRS. Des modèles à effets mixtes ont été utilisés pour évaluer l’association de la variation génétique à ces mesures cliniques ainsi qu’aux taux de réponse (réduction du score HDRS ≥50% par rapport à M0) et de rémission (HDRS ≤7) au cours du temps.

Résultats Parmi les 394 individus, 260 polymorphismes génétiques au sein de 58 gènes ont été analysés. SLC1A1 était le seul gène pertinent associé aux mesures cliniques. Le polymorphisme génétique rs301435(T > C) de SLC1A1 était significativement associé au score de HDRS (P=0.0077), au changement de pourcentage de HDRS (P=0.026), au taux de réponse (P=0.038) et au taux de rémission (P=0.016). Dans chaque cas, l’allèle C était associé à une moins bonne amélioration.

Conclusion Nos résultats démontrent l'utilité du G2PSR dans l'analyse des données pharmacogénétiques ciblées issue de HTS et une association des polymorphismes génétiques de SLC1A1 à l'amélioration clinique après un traitement antidépresseur chez des patients déprimés. Des recherches de SLC1A1 plus approfondies pourraient éclairer son utilité potentielle en tant que biomarqueur dans ce contexte.

L’analyse des variants détectés dans les tumeurs solides est réalisée par des biologistes médicaux et des pathologistes ayant des formations et des accès variables aux bases de données spécifiques. Avec l’arrivée de grands panels de gènes et des analyses pangénomiques, ces professionnels sont confrontés à l’analyse d’une grande diversité de gènes, comportant notamment de nombreux gènes suppresseurs de tumeur. 

Le programme Gen&Tiss propose depuis 2018 une évaluation de l’interprétation de la pathogénicité et de l’actionabilité des variants pour les tumeurs du côlon, poumon, mélanome et ovaire à l’ensemble des structures du territoire français. Nous rapportons ici les résultats observés entre 2018 et 2022, avec 49 à 52 structures participantes. Au total, 3150 évaluations ont été réalisées sur les gènes couramment mutés dans les cancers hors ovaire et 1120 évaluations pour les gènes BRCA1 et BRCA2 dans le cancer de l’ovaire. Une méthodologie d’évaluation a été mise en place pour prendre en compte l’incertitude et l’accès à l’information sur certains variants. Pour la pathogénicité, la réponse est considérée comme non-acceptable si elle modifie le type de variants (bénin/probablement bénin vs VSI vs pathogène/probablement pathogène). Pour l’actionabilité, la réponse est non-acceptable si elle n’est pas en accord avec les recommandations nationales/internationales.

Le taux d’interprétation de pathogénicité non-acceptable est passé de 26% en 2018 à 14% en 2021. A la suite d’une formation organisée en 2022 (webinar), le taux d’interprétation de pathogénicité non-acceptable était de 7%. Il semble que le type de structure (CLCC, CHU, autres structures non académiques), l’accès à une RCP moléculaire et l’accès aux bases de données constitutionnelles (comme Frog) soient des critères significatifs pour expliquer les différences entre les structures. L’accès à une RCP moléculaire a un impact sur la détermination de l’actionabilité (94% de bonnes réponses vs 92%) mais pas sur la détermination de la pathogénicité. L’interprétation des variants est plus difficile pour les gènes suppresseurs (19% de réponses non acceptables vs 12% pour les oncogènes). Pour les gènes BRCA1/2, les variants ayant un impact fonctionnel sont les moins bien classés (16% de réponses non-acceptables vs 8% pour les stops prématurés). Enfin, les tumeurs du côlon et de l’ovaire (BRCA1/2) ont les scores les moins bons par rapport aux autres tumeurs.

Ce programme a eu un effet bénéfique sur l’amélioration des compétences pour l’interprétation. Il montre l’importance des actions de formation pour améliorer les performances. Une enquête a été réalisée auprès des laboratoires pour connaître le nombre de professionnels intéressés par une évaluation et une formation individuelle : 110 professionnels issus de 68 structures se sont déclarés intéressés. Gen&Tiss proposera donc un programme pilote sur ce thème en 2024 associé à une formation ciblée en fonction des analyses réalisées.

Situation - Le programme Gen&Tiss d’évaluation nationale de la qualité en génétique somatique des tumeurs solides a été lancé en 2012, conjointement par le GFCO (Groupe Francophone de Cytogénomique Oncologique) et l’AFAQAP (Association Française d’Assurance Qualité en Anatomie Pathologique) avec la collaboration de l’Université de Louvain (Belgique), en réponse à un appel à projet de l’INCa. Nous proposons ici un bilan à 10 ans de son impact.

Méthodologie - Basé sur l’analyse d’échantillons fixés et inclus en paraffine issus de la pratique diagnostique, ce programme annuel s’adresse aux plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers et aux laboratoires de biologie ou de pathologie réalisant de tels examens. L’évaluation des participants porte sur les résultats des analyses ainsi que sur le contenu des comptes rendus aux cliniciens.

Résultats - Plus de 10 000 échantillons ont été évalués depuis 2012. Le programme initialement centré sur le poumon et le côlon s’est progressivement étendu à de nouvelles évaluations : le mélanome puis l’ovaire et les méthodes ciblées (2016), l’ADN circulant et l’interprétation des variants (2018), les transcrits de fusion (2020), et plus récemment l’HRD (2021) en complément du programme sur l’ovaire.

En 2022, Gen&Tiss a évalué 67 laboratoires contre 54 en 2012 (+ 24%). A partir de 2014, la participation des hôpitaux publics et des laboratoires privés a progressé, ces derniers passant de 0 en 2012 à 13 laboratoires inscrits en 2022.

Les résultats analytiques de génotypage ont été excellents dès le lancement du programme et ceci s’est maintenu dans le temps avec un taux de réussite moyen ³ 98%. Des difficultés ont été identifiées avec des gènes nouvellement ajoutés au programme et plus complexes d’interprétation, comme par ex. TP53 dans les tumeurs de l’ovaire.

Des axes d’amélioration sont à rechercher dans la restitution des comptes rendus. Les résultats de l’évaluation des comptes rendus sont passés de 70% d’items conformes présents en 2012 à près de 85% en 2022. Les évolutions les plus fortes portent sur la mention de la sensibilité de la méthode (passée de 40% en 2018 à plus de 80% en 2022) et, à partir de 2015, celle de la raison de la prescription (passée de 20% à 60%).

Le programme Gen&Tiss a permis de suivre les évolutions des techniques et l’augmentation progressive de l’utilisation des séquenceurs de grande capacité. La mise en place des RIHN a favorisé l’essor des techniques NGS à partir de 2015.

Conclusion - Gen&Tiss a créé un maillage entre les laboratoires pour l’analyse moléculaire des tumeurs solides en France, renforcé par des réunions nationales de restitution des résultats et d’échange. Le programme a contribué au fil des années à l’amélioration des pratiques, malgré la diversification et la complexité croissante des techniques de biologie moléculaire. Concernant les comptes rendus, ils ont gagné significativement en homogénéité, y compris sur la manière de rapporter les variants somatiques.

Ring chromosomes are rare cytogenetic anomalies due to the circularization of chromosomes mainly formed after breakage of the distal part of both short and long arms of the same chromosome followed by the fusion of the broken ends. Rings of chromosome 22 (r(22)) are observed in individuals with Phelan-McDermid syndrome (PMS) after a terminal deletion of 22q13.3. Individuals with PMS can have different clinical features, but in majority they present with hypotonia, developmental delay, mild to severe intellectual disability (ID) and speech disorder. It is estimated that 10 to 20% of chromosome 22 terminal deletions are ring-related, probably underestimated since CMA is now used as first tier. Identification of r(22) in PMS patients is of clinical importance because they increased risk of developing nervous tumors related to tumor-suppressor genes located on chromosome 22, especially NF2 at 22q12.2. Currently, the identification of r(22) or ring derived from acrocentric chromosome is only based on karyotype or FISH. Indeed, there is no probe targeting short arm of acrocentric chromosomes (SAACs) on chromosomal micro array and most of the time short reads from WGS are aligned to GRCh37 or 38, for which SAACs sequences are still missing. Investing a cohort of individuals with PMS and WGS data, we developed “Gollum” a new tool that analyze the alignment of short paired-end read sequences on the recent Telomere to Telomere (T2T) human genome that robustly detect rings of chromosome 22 and in more generally of all acrocentric chromosomes. This has direct clinical implication on the management of the individuals with PMS with ring chromosome. Gollum is easily added to the pipeline of WGS analyses and could detect r(22) in individuals with PMS for personalized management to reduce the risk for cancer.

De plus en plus performantes, rapides et économiques, les technologies de séquençage actuelles permettent un essor de la génomique dans le domaine des maladies rares et de l’oncologie. Devant autant de génomes séquencés, il devient indispensable de pouvoir comparer de manière efficace les résultats issus de ces expériences. En ce qui concerne les variations du nombre de copies (CNV) détectées, peu d’outils bioinformatiques sont capables de comparer efficacement des CNV sur la base de leurs bornes, niveau de copie et fréquence.

Nous proposons donc un nouvel outil de comparaison de CNV permettant d’analyser ces évènements sur des milliers d’échantillons de manière efficace et ultra-rapide : cnvCompare.

M&M

Ce nouvel outil permet une comparaison très rapide des bornes des CNVs fournis au format VCF ou BED. Plusieurs méthodes de comparaison sont utilisables, la principale étant la création d’une carte des points de cassures et du nombre d’échantillons associés à ce point. Chaque niveau de copie des CNV analysés se voit attribuer une carte des points de cassure rencontrés à travers tous les échantillons.
La récurrence est calculée simplement en moyennant le nombre d’échantillons concernés sur la longueur d’un évènement. Cette fréquence est calculée dans le batch d’analyse, mais aussi séparemment sur un ensemble d’échantillons de contrôle optionnel, permettant de mettre en évidences de possibles biais récurrents.

Par défaut, cnvCompare fonctionne avec le génome de référence humain GRCh38, mais un fichier dictionnaire peut-être fourni afin de le faire fonctionner sur d’autres génomes de référence. Il nécessite différents tags du format VCF en version 4.1 ou plus pour fonctionner.

Résultats

Les tests effectués montrent des performances d’éxécution de la comparaison de l’ordre de quelques dizaines de secondes pour comparer les CNV de 3000 génomes, incluant plus de 843551
évènements. Les performances sont dépendantes de facteurs issus du choix des matériels utilisés lors de son exécution mais sa faible empreinte mémoire de quelques mégaoctets, et sa faible consommation de puissance de calcul permet donc de le faire fonctionner efficacement sur tout type de machine.

Conclusion

Versatile et performant, CnvCompare est donc un outil de comparaison de CNV avec de nombreuses possibilités d’adaptation selon les données utilisées. Il est très adapté aux problèmatiques modernes de gestion et de comparaison de données à des échelles nationales et internationales. Actuellement ce logiciel ne fonctionne que sur les CNV (DEL, DUP, INS), mais nous travaillons actuellement pour prendre en charge d’autres types de variations sutrcturales (INV, TRN).

Un article décrivant dans le détail son fonctionnement a été soumis à Bioinformatics. CnvCompare est écrit en C++, est open-source et accessible sur un dépôt github à l’adresse suivante : https://github.com/Gad-Bioinfo-Lab/cnvCompare

Thanks to the large interest in human medical genomics and the facilitated access to pangenomic analysis, Human geneticists have generated large amount of genomic data. Indeed, millions of small variants (SNV/Indel) and thousands of structural variations (SV) are identified from next-generation sequencing, array-based techniques but also now optical genome mapping. To help analysing human pathogenic SV, we present the new version of our webserver dedicated to their annotation, ranking and visualization available at the following address: https://www.lbgi.fr/AnnotSV/.

Since the first AnnotSV version [1] and the webserver publication [2], we have continuously provided updated annotations, updated methods and visualizations. Novel annotations include miRNA data annotations, cytoband definitions, consistent terminology from GenCC, Benign SV from Children’s Mercy Research Institute WGS. The phenotype driven module has been updated considering the latest Exomiser version available. The automatic ranking based on the ACMG/ClinGen recommendations [3] has been updated to add 8 supplementary subsections and enhance the ranking precision. In parallel, the ranking description has been improved.

Finally, the webserver allows the visualization of SV using 3 different methods: An interactive web page, an interactive circos view and a handy spreadsheet mode. Input files include either standard bed or vcf files. Output can be either visualized in a web browser directly or downloaded as separated files including the newly proposed vcf output file..

We are convinced that this comprehensive online SV annotation and interpretation tool is of great interest for the biologists interested in human genomics.

This website is free and open to all users and there is no login requirement.

References

1. Geoffroy Véronique. AnnotSV: An integrated tool for Structural Variations annotation. Bioinformatics, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty304

2. Geoffroy Véronique and Guignard Thomas. AnnotSV and knotAnnotSV: a webserver for human structural variations annotations and analysis. Nucleic Acid Research., 2021. doi:10.1093/nar/gkab402

3. Erin Rooney Riggs. Technical Standards for the Interpretation and Reporting of Constitutional Copy-Number Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen). Genetics in Medicine, 2020. doi : 10.1038/s41436-019-0686-8

MobiDetails est un outil en ligne d’annotation des variations d’ADN (substitutions géniques et petites insertions/délétions ( < 50pb)), libre d’accès pour les utilisateurs académiques. Avec une interface intuitive et conviviale, MobiDetails apporte une aide à la phase d’interprétation des variants et d’évaluation de leur effet pathogène en proposant une agrégation d’outils et de données pertinentes. Chaque jour, en moyenne 700 nouveaux variants sont ajoutés, et 1000 à 1500 variants sont consultés par 300-400 visiteurs, pour un total d'environ 7000 pages web servies. On dénombre actuellement près de 800 utilisateurs enregistrés.

Depuis la publication de l’outil début 2021 et une première présentation aux assises de génétique humaine et médicale début 2022, de nombreuses mises à jour ont été réalisées. Deux mises à jour successives ont permis l’inclusion d’environ 65000 transcrits supplémentaires pour l’annotation, dont ceux issus du projet MANE, et de transcrits difficilement alignables sur la version 37 du génome humain, portant le total disponible à plus de 110000.

Plusieurs outils ayant démontré leur intérêt dans la littérature ont été ajoutés, tels AbSplice, qui intègre la dimension de tissu-spécificité aux prédictions d’épissage issues de SpliceAI et MMSplice, ou plus récemment AlphaMissense, un algorithme d’apprentissage profond basé sur AlphaFold, et donc sur l’exploitation des données structurales. Ces nouveaux algorithmes ouvrent la voie à une interprétation toujours plus fine des variants.

MobiDetails propose aussi des outils développés en interne, tels que SpliceAI-visual, dérivé du logiciel de prédiction d’atteinte de l’épissage SpliceAI, qui actionne 2 leviers : l’utilisation des scores bruts et le traitement graphique des résultats. SpliceAI-visual a fait l’objet d’une publication dédiée.

Les experts de différents gènes et pathologies travaillant sous l’égide de ClinGen délivrent maintenant des recommandations « gène-dépendant » d’interprétation des variants basées sur les recommandations ACMG/AMP, mais aussi proposent des classifications de variants amenées à faire autorité. Ces informations sont disponibles dans MobiDetails et mises à jour automatiquement sur une base hebdomadaire.

L’évaluation de l’effet pathogène d’un variant est également grandement améliorée par le regroupement des avis experts, retrouvé dans la base de données ClinVar. MobiDetails propose de tracer l’évolution des opinions concernant des variants d’intérêt et leur classification dans ClinVar. Ainsi pour chaque variant tagué, un email d’alerte est envoyé en cas de modification significative de sa classification dans ClinVar (ex. passage d’une classe 3 à 4), à nouveau sur la base d’une mise à jour automatique hebdomadaire.

Ces nouveautés contribuent à faire de MobiDetails, logiciel libre issu d’un développement académique, un outil performant et indispensable pour l’interprétation des variants.

Introduction : Les analyses moléculaires de première intention reposent majoritairement sur l’utilisation du séquençage exonique short reads. Dans plus de 50% des cas, les limites de cette technologie ne permettent pas de poser un diagnostic de certitude. Pourtant dans certains cas, l’implication d’un seul gène est fortement suspectée, via la clinique ou via les résultats d’un examen de première intention. Pour ces patients, une analyse complète et exhaustive de la région candidate pourrait être cruciale pour éclairer le diagnostic.

Méthodes : Nous avons sélectionné des patients pour lesquels une région candidate a été identifiée. Cette région d'intérêt a été amplifiée par long range PCR. Les fragments résultants ont ensuite été séquencés en long read sur une plateforme GridION (Oxford Nanopore). Les données ont été analysées à l'aide d'un pipeline bioinformatique maison : Targeted-Nanopore (alignement avec Minimap2 et appel des variants avec Clair3).

Résultats :

Ø  Cas 1 = phasing : patient présentant un trouble neuro-developpemental sévère. Un exome short-reads a identifié 2 variants de signification indeterminée dans le gène HERC1 : un variant hérité de la mère et un variant de novo, distants de 32 kb. L’ étude ciblée en long reads a permis de déterminer la phase de ces variants : en trans, ce qui a conduit à reclasser les variants en « probablement pathogène ».

Ø  Cas 2 = phasing et variant de structure : patient présentant une insuffisance rénale, avec présence de cristaux de DHA urinaire et une activité enzymatique de l'Aprt nulle. Une analyse des régions exoniques d’APRT a été réalisé en exome short reads, et s’est révélé non contributive. Une analyse complète du gène par séquençage long reads a permis de mettre en évidence 2 variants (probablement) pathogènes, en trans : un variant intronique (NM_000485.3:c.322-36G>A) et une délétion de la moitié de l’exon 3 (NM_000485.3:c.188-140_296del).

Ø  Cas 3 = recombinaison entre gènes homologues : patiente présentant une insuffisance ovarienne primitive avec anomalie de la zone pellucide. Une délétion intragénique de ZP3 est supectée par le pipeline CNV-Exome. Une étude ciblée en long reads a permis de mettre en évidence un gène hybride ZP3-POMZP3, créant un allèle nul (frameshift physiologique dans la séquence de POMZP3).

Conclusion : le séquençage long reads permet de mettre en évidence des variants non détectables en short reads sequencing, ou de mieux les caractériser. Cette approche s'avère particulièrement utile pour déterminer la phase de plusieurs variants ou pour explorer les gènes présentant des homologies importantes. Compte tenu des performances techniques et des coûts réduits, c’est un excellent complément d’analyse à l’exome ou au génome short-reads.

Introduction:

Au cours des dernières années, le domaine de la génétique a nettement évolué grâce à l’avènement des nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Parmi ces techniques, nous nous sommes intéressés au séquençage de l’exome entier (WES) permettant l’analyse simultanée de toutes les régions codantes et des bornes introniques flanquantes du génome. L’objectif de ce travail était d’analyser l’apport du WES chez une famille suivie pour encéphalopathie infantile familiale.

Méthodes:

Etude descriptive, rétrospective à propos d’une fratrie suivie au service des maladies congénitales et héréditaires de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis pour encéphalopathie infantile familiale. Un WES en trio avec recherche de variations du nombre de copies a été réalisé en collaboration avec le centre médical universitaire de Leiden.

Résultats:

Il s’agit d’une fille (III2) et d’un garçon (III3), âgés de 15 et 9 ans respectivement. Ils étaient issus de parents apparentés avec un coefficient de consanguinité de 1/16. L’enquête génétique était négative. Les deux présentaient un retard global du développement, une déficience intellectuelle, des troubles du comportement, une microcéphalie, une dysmorphie faciale et des anomalies des extrémités. III2 avait en plus un retard staturo-pondéral, une ataxie et un tremblement cinétique alors que III3 était suivi pour épilepsie associée à une hypotonie axiale, des réflexes ostéotendineux vifs et des anomalies des organes génitaux externes. Le WES en trio, réalisé chez III2, a révélé deux variants homozygotes dans deux gènes impliqués dans la déficience intellectuelle: NM_212533.3 (ABCA2): c.3535G > A, p.(Glu1179Lys) et NM_030653.3 (DDX11): c.2624C > T, p.(Pro875Leu). En effet, le gène ABCA2 joue un rôle essentiel dans le transport lipidique neuronal et le gène DDX11 intervient dans la cohésion des chromatides sœurs et dans la stabilité chromosomique. Nous avons ainsi sélectionné ces deux variations et les avons classées comme variants de signification incertaine (VUS) en nous basant sur les critères de l’ACMG suivants: PM2 et PP3 pour le variant du gène DDX11 et PM1, PM2, PP3 et BP1 pour celui du gène ABCA2.  

Conclusion:

Notre étude souligne les défis de l’interprétation du WES lors de la révélation d’un VUS surtout en présence de plus d’un variant dans des gènes pouvant être impliqués dans le phénotype. Il est souvent nécessaire de compléter par une étude fonctionnelle pour valider l’un de ces variants.

Les copy number variants (CNVs) de la région 3p26, située à l’extrémité du bras court du chromosome 3 sont difficiles d’interprétation.  Cette région chromosomique, d’environ 8,5Mb, est relativement pauvre en gènes : elle contient une quinzaine de gènes OMIM. Cependant, des variants de cette région ont été associés à des pathologies, notamment de la déficience intellectuelle.

Afin d’aider à l’interprétation de ces CNVs, nous avons étudié rétrospectivement l’ensemble des variants 3p26 identifiés au sein du laboratoire de Cytogénétique du Centre Hospitalier Intercommunal de Poissy – Saint-Germain-En-Laye. Pour chaque variant, nous avons recueilli l’indication initiale de l’ACPA, les données cliniques du cas index, et le caractère hérité ou de novo lorsque l’étude familiale avait été réalisée.

Résultats :

5 cas de CNVs en 3p26 ont été identifiés, dont la taille varie entre 227kb à 2,9Mb. Trois duplications ont été retrouvées. La première, en diagnostic prénatal, mise en évidence sur un risque combiné du 1^e trimestre supérieur à 1/50, et héritée du père. La deuxième, toujours en diagnostic prénatal, devant une hyperéchogénicité intestinale et une dilatation d’un bassinet pour lequel aucune étude parentale n’a pu être réalisée. La 3^ème a été identifiée dans un contexte de retard des acquisitions. Celle-ci été héritée également du père. Enfin, 2 cas de délétions ont été retrouvées dans le cadre d’étude de troubles de la reproduction ou d’anomalies du développement. Ces délétions étaient héritées dans les 2 cas et issus d’un dérivé d’une translocation réciproque impliquant le chromosome 3. L’ensemble des CNVs 3p26 identifiés ont été considérés comme des variants de signification inconnue, selon les recommandations du réseau AchroPuce.

Discussion :

Dans la littérature, des délétions et des duplications de la région 3p26 ont été rapportées chez des patients avec une déficience intellectuelle avec l’identification de gènes candidats (CHL1, CRBN). Hors, des CNVs de cette région ont également été recensés chez des populations témoin, notamment dans la base de données DGV. De plus, les individus de notre cohorte porteurs de CNVs 3p26 présentent des phénotypes aspécifiques, et sont dans la très grande majorité hérités de parents à priori sains. Ces premiers résultats semblent indiquer que les CNVs de la région 3p26 seraient des variants probablement bénins ou pénétrance incomplète et d’expressivité variable. Le recueil et l’étude d’autres cas sont nécessaires dans afin d’affiner la corrélation génotype-phénotype voire caractériser la pathogénicité ou l’inocuité de ces variants. 

La région 14q32.2 est une région soumise à empreinte contenant des gènes à expression paternelle (DLK1 et RTL1) et des ARNs longs non codants à expression maternelle (MEG3, RTL1as et MEG8). Des microdélétions et des disomies uniparentales de cette région sont responsables de deux tableaux cliniques distincts (Syndrome de Kagami-Ogata et Syndrome de Temple), en fonction de l'origine paternelle ou maternelle de l'anomalie. A ce jour, il n’y a pas de phénotype associé à la microduplication de cette région.

Nous rapportons un cas familial de microduplication 14q32, découverte lors d’un diagnostic prénatal pour un retard de croissance intra-utérin inférieur au premier percentile. L’analyse chromosomique sur puce à ADN réalisée sur un prélèvement de liquide amniotique vers 28 semaines d’aménorrhée a montré la présence d’une duplication de 390 Kb en 14q32.2q32.31, héritée de la mère, comportant les gènes DLK1, MEG3, RTL1 et MEG8.  L’étude de la méthylation par MS-MLPA chez le fœtus a montré que l'allèle maternel porteur de la duplication était non-méthylé, pouvant faire supposer une expression en double exemplaire des gènes MEG3, MEG8 et RTL1as.

L’étude familiale a montré que cette duplication était présente chez d’autres membres de la famille, mais avec un statut de la méthylation variable en fonction de la transmission d’origine maternelle ou paternelle. Plusieurs individus porteurs de la duplication non-méthylée ont présenté des difficultés d’apprentissage dans l’enfance et une taille en dessous de la moyenne. Ces signes cliniques pourraient être compatibles avec une forme modérée de syndrome de Temple. Le syndrome de Temple est causé généralement par une disomie maternelle de la région 14q32, sans contribution paternelle. Dans notre cas il s’agit d’une disomie fonctionnelle maternelle par duplication 14q32, en présence d’un chromosome 14 d’origine paternelle sans anomalie. L’enfant est né à 41 semaines d’aménorrhée et un jour avec un poids de naissance au 8^ème percentile, une taille au 10^ème percentile et un périmètre crânien au 2^ème percentile. L’effet et le retentissement clinique de cette duplication reste difficile à prédire à ce stade rendant le conseil génétique délicat. L’évolution clinique et des investigations complémentaires seront nécessaires pour mieux caractériser le phénotype associé à cette duplication.

La mise en place de nouvelles techniques d’analyse pangénomique du génome, comme l’ACPA et récemment le séquençage du génome, ont permis d’augmenter le rendement diagnostique des laboratoires de génétique. Pour les analyses du nombre de copies, l’interprétation des délétions est relativement facile la plupart du temps, notamment pour les gènes déjà impliqués dans des pathologies (OMIM morbide, PUBMED). Par contre, l’interprétation des duplications est plus difficile et leur pathogénicité reste souvent inconnue.

Nous discutons le cas d’un garçon âgé de 14 ans présentant un syndrome de Klippel-Feil (malformation vertébrale cervicale, anomalie de la charnière crânio-cervicale, torticolis, plagiocéphalie occipitale droite secondaire) associé à une anomalie de l’organisation corticale temporo-occipitale gauche à l’IRM, des difficultés d’apprentissage, une dyslexie, une dyscalculie, une difficulté de concentration, des épisodes d’angoisse, une épilepsie temporale, une surdité de transmission et un hypospadias.

L’ACPA a montré deux duplications héritées de la mère respectivement de taille 447 et 441 kb, situées dans les régions chromosomiques Xq24 et Xq25 et espacées de 4,5 Mb. La première comprend les gènes WDR44 et DOCK11, elle coupe le gène IL13RA1, elle a été classée non pathogène. La seconde coupe les gènes GRIA3 en amont et THOC2 en aval, elle a été classée de signification inconnue. Le séquençage du génome a retenu une variation du gène GDF6, héritée du père, impliqué dans le syndrome de Klippel-Feil et classée de signification inconnue et a retrouvé les duplications de l’ACPA mais dédoublée pour celle située en Xq25, réalisant au total 3 duplications en continuité entre elles sous forme d’un remaniement chromosomique complexe situé en Xq25. La localisation a été déterminée par FISH et cartographie optique (impossible par ACPA et génome).

Les variations pathogènes perte de fonction et surtout faux-sens du gène GRIA3 sont associées cliniquement à une déficience intellectuelle syndromique modérée à sévère liée à l'X associée à une épilepsie, des troubles du comportement, des variations morphologiques faciales (brachycéphalie, arcades sourcilières proéminentes, yeux profondément enfoncés). Le gène est essentiellement exprimé au niveau cérébral.

Le remaniement laisserait une copie du gène GRIA3 et deux copies du gène THOC2 intactes et une copie du gène GRIA3 tronquée. L’effet sur la fonction de GRIA3 est inconnu. Nous avons retrouvé une publication rapportant une duplication avec un point de cassure intragénique dans GRIA3 chez un garçon ayant une déficience intellectuelle attribuée à cette disruption génique (PMID: 17568425). Il n’existe cependant pas assez d’éléments permettant de reclasser cette duplication en probablement pathogène. Il importe néanmoins d’explorer plus avant ce remaniement du fait de son importance pour le conseil génétique aux deux sœurs mineures du patient.

Les malformations cardiaques congénitales (CHD) figurent parmi les malformations congénitales les plus courants, touchant 4 à 8 naissances vivantes pour 1000. Seulement 20 % des causes génétiques sont connues et mal comprises jusqu’à ce jour. L'analyse üar caryotype identifie des anomalies chromosomiques comme la cause sous-jacente chez 3 à 18 % des patients atteints de CHD, et la prévalence signalée est plus élevée lors de l'utilisation des techniques FISH et CGH-array.

Dans notre travail, nous avons établi une étude cytogénétique sur 250 patients tunisiens atteints de CHD collectés sur une période s'étalant du 01/01/2014 à aujourd'hui.

Dans cette étude, les CHD les plus courantes identifiées étaient les communications interventriculaires (30 %), les communications interauriculaires (25 %) et la tétralogie de Fallot (20 %), dans 90 % des cas associés à d'autres signes cliniques. Les anomalies chromosomiques identifiées étaient la trisomie 21 dans 31 cas, un cas de trisomie 18 et un cas de monosomie X. De plus, une duplication du 8q22, quatre délétions du 22q11.1, une duplication du 22q11.2, et une délétion du 17q12.23 ont été observées. Trois délétions, chacune associée à une duplication résultant d'une translocation parentale (t(9;20), t(2,15)), ont été identifiées. L'établissement de corrélations génotype-phénotype nous a permis de mettre en évidence des gènes connus tels que TBX1, ELN et NR2F2. Le gène ELN code pour la protéine élastine connue pour être exprimée dans les plus grands vaisseaux du cœur. De plus, TBX1 montre une expression précoce en tant que facteur de transcription régulant le développement cardiaque. Plusieurs études ont montré l'association entre une variation du gène NR2F2 et des CHDs isolées et syndromiques.

Des gènes candidats tels que TRPS1, HTR2B, DOCK8 et KANSL1, respectivement situés en 8q23.2, 2q37.1, 9p24.3 et 17q21.3, ont été mis en évidence. Une forte association entre les altérations de ces gènes et les CHDs a été décrite, mais les mécanismes exacts impliqués dans la pathologie restent mal compris.

En conséquence, seuls 20 % des cas présentaient des anomalies chromosomiques. Cependant, environ 75 % des cas restent inexpliqués. Nous pouvons souligner la valeur ajoutée des investigations cytogénétiques dans les CHDs syndromiques, mais une meilleure caractérisation par d'autres techniques à haut débit reste utile dans ces cas.

Primary infection with SARS-CoV-2 underlies a broad spectrum of clinical manifestations in unvaccinated individuals, ranging from asymptomatic infection to lethal COVID-19 pneumonia. There have been major findings in the genetic and immunological basis of the development of COVID-19 related disease phenotypes. Common and rare genetic variants have been identified to be associated with hypoxemic COVID-19 pneumonia. Moreover, autoantibodies neutralizing type I interferon (IFN) underlie at least 15% of cases of critical COVID-19 pneumonia, highlighting a key role of type I IFNs in protective immunity to SARS-CoV-2 infection. No HLA class I locus had been reported with any COVID-19 phenotype yet, and only one HLA class II locus, HLA-DRB1*04:01, had been found to confer a small decrease in risk of critical COVID-19. In July 2023, an association was reported between the HLA-B*15:01 allele and asymptomatic SARS-CoV-2 infection. This was the first genetic study focusing on asymptomatic infection. This study further showed that T cells from individuals with HLA-B*15:01, who had not been infected by SARS-CoV-2, did recognize a SARS-CoV-2 T-cell epitope by cross-reactivity due to prior exposure to one of two common cold coronaviruses OC43-CoV or HKU1-CoV. In this context, we tested the hypothesis that this or other HLA alleles may be associated with asymptomatic SARS-CoV-2 infection in two large independent cohorts: a prospective population-based study in the US (191 asymptomatic and 945 cases with symptomatic COVID-19) and a European subsample of the COVID Human Genetic Effort cohort (206 asymptomatic and 2199 cases with symptomatic COVID-19). We report a lack of association of classic HLA loci alleles with asymptomatic SARS-CoV-2 infection for either cohort individually or for the two cohorts meta-analyzed. In the meta-analysis, the strongest signal of association was observed for the HLA-B*40:02 allele (Zscore for asymptomatic COVID-19 = 3.2, Pmeta-analysis = 0.0013), which was not significant after correction for multiple testing. Despite power greater than 90% in both cohorts individually, we did not replicate the HLA-B*15:01 association (Zscore for asymptomatic COVID-19 = -0.67, Pmeta-analysis = 0.51). A probable explanation is that population structure was not considered in the original study, contrary to our study, while the distribution of HLA-B*15:01 varies across populations within the US and between European countries. Overall, our results are consistent with previous results showing an absence of strong association between HLA alleles and immune responses during the acute phase of viral infections.

La méthylation de l’ADN est une marque épigénétique qui peut notamment participer au développement tumoral par l’inactivation de gènes suppresseurs de tumeurs. Au sein de nos laboratoires d’oncogénétique constitutionnelle et somatique les techniques de référence utilisées en routine consistent en l’analyse de fragment après utilisation d’enzymes spécifiques de la méthylation ou au séquençage après modification des cytosines non méthylées par une réaction au bisulfite. Cependant, le traitement au bisulfite fragmente et dégrade l'ADN et induit un biais de conversion perturbant l'analyse de méthylation ultérieure (Olova et al Genome Biol 2018). De plus, les techniques utilisées en routine ne permettent pas actuellement d'avoir une évaluation de l'ensemble d'un îlot CpG (pouvant contenir plusieurs centaines de groupements CpG), ni une profondeur de séquençage suffisante pour une évaluation fiable du taux de méthylation dans une région donnée.

Ces constats nous ont amenés à évaluer deux technologies émergentes afin d’améliorer puis de développer l’élaboration des profils de méthylation. Comme alternative à la conversion bisulfite nous avons testé la conversion enzymatique proposée par les laboratoires NEB : Enzymatic Methyl-seq (EM-seq^TM) suivie d’un séquençage NGS après amplification par PCR de la région d’intérêt. Cette approche présente l'intérêt d'être quantitative et d’utiliser une méthode de conversion qui est censée diminuer la fragmentation de l’ADN et ainsi permettre plus facilement le typage de larges régions d'un gène. L’autre technologie émergente testée est le séquençage long read de type Oxford Nanopore, qui permet d’analyser des ADN natifs après enrichissement CrispR/Cas9, technique dont l’intérêt est de s’affranchir de toute conversion. Ces deux technologies ont été évaluées sur une cohorte de 12 ADN tumoraux porteurs d’une hyperméthylation du promoteur du gène SDHC précédemment caractérisée par pyroséquençage après traitement au bisulfite.

Les résultats obtenus montrent des corrélations entre les profils obtenus par le séquençage Nanopore et par le séquençage NGS après conversion NEB. Ces deux technologies ont permis de retrouver l’hyperméthylation du promoteur de SDHC précédemment mise en évidence dans les ADN tumoraux et une hypométhylation du promoteur de SDHC dans les ADNs contrôles, et donc de visualiser différents profils de méthylation. Ces résultats montrent la faisabilité des différentes techniques, les défis posés par les analyses bioinformatiques nécessaires et ouvrent la discussion sur une possible utilisation en routine hospitalière.

Contexte : Lors de la découverte d’une anomalie du corps calleux en prénatal, les couples sont confrontés à la question du pronostic, éminemment variable. Lorsque les examens génétiques ne montrent pas d’anomalie et que l’ACC reste isolée (ACCi) à l’imagerie, le pronostic est favorable dans plus de 80% des cas. Afin de préciser les besoins de ces couples et l’accompagnement nécessaire dans leur processus de décision face à cette incertitude, une recherche en psychologie, ACCED, a été mise en place avec des services hospitaliers de génétique, neuropédiatrie et maternité.

Objectif : i) décrire rétrospectivement le processus de décision des couples, ii) renforcer les connaissances sur les besoins spécifiques des futurs parents au moment de la prise de décision dans un contexte d’incertitude pronostique chez leur fœtus/bébé.

Méthode : une psychologue chercheure rencontre 3 mois à 5 ans après l’accouchement (i) des couples qui ont choisi de poursuivre la grossesse, (ii) des couples qui ont choisi de l’interrompre. L’anxiété, la dépression, l’harmonie et le degré de regret dans le couple sont évalués. Un entretien semi-directif est proposé aux couples. Les entretiens enregistrés sont analysés selon l’analyse phénoménologique interprétative (IPA) qui permet d’avoir accès à leur perception de l’expérience vécue.

Résultats : Nous présentons ici les résultats préliminaires, sous le format d’un case report.

Il s’agit d’un couple confronté lors de sa 1^ère grossesse à une IMG tardive pour un syndrome de Williams-Beuren. Il y a 4 ans, leur 4^ème grossesse a été marquée par la découverte d’une ACCi (2^ème trimestre). Les examens génétiques n’ayant pas identifié d’anomalie, ils ont choisi d’accueillir leur fille qui a aujourd’hui un développement normal.

L’expérience de l’ACCi a réactualisé le précèdent deuil périnatal encore traumatique, entrainant des blessures profondes dans la structure du couple et se manifestant par des éléments de confusion dans leurs perceptions et représentations des différentes grossesses. L’éventualité d’une autre IMG pour cette grossesse a été évoquée de manière distanciée, au même titre que le handicap potentiel de leur enfant. La génétique a été identifiée comme un moyen de réduire l’incertitude et de se sentir acteur dans ce temps d’exploration. Le dialogue possible avec les soignants leur a permis de partager les zones de certitude et d’incertitude et a ainsi constitué un support important à la prise de décision. Du fait de l’incertitude développementale de leur fille, ce couple est pour le moment empêché de raconter à leurs 3 enfants vivants (de moins de 10 ans) l’histoire de cette ACCi et ses implications, qui figure comme un non-dit familial.

Au total, ce case report nous donne des informations importantes et approfondies du vécu d'un couple confronté à une annonce d'ACCi pendant la grossesse et de leur décision, en mettant l'accent sur l'accompagnement attentif des soignants dans le temps de la grossesse et en après-coup.

Contexte : Les propositions de séquençage du génome somatique et constitutionnel prennent place dans la diversité des étapes de soins d’un enfant atteint de cancer. Comme pour l’adulte, ces pratiques questionnent les repères que les professionnels avaient établis en oncogénétique. L’analyse des caractéristiques génétiques constitutionnelles requiert un « consentement exprès recueilli par écrit », les analyses somatiques, notamment parce qu’elles peuvent délivrer des données sur l’hérédité, nécessitent, elles aussi, de s’interroger sur les conditions d’entrée dans le parcours en oncogénétique et la préparation des personnes à des potentiels résultats incidents. Ainsi, la question se pose de savoir comment mettre en place une information pertinente et répondre aux exigences de la loi française qui exige que les personnes soient informées en amont de la réalisation de tels tests si ceux-ci peuvent révéler des données constitutionnelles. Ces enjeux sont d’autant plus sensibles que la maladie grave d’un enfant, et le cancer de surcroit, est vécue comme un évènement traumatique par l’enfant lui-même et ses parents.

Objectifs : A partir des propositions de tests génomiques diverses possible au cours des parcours de soin, nous interrogerons leur temporalité, la place des différents acteurs, la représentation et perception de cette expérience génomique, ainsi que le sens du consentement en rendant compte des résultats du projet GeneInfoKid, financé par l’INCa.

Méthodologie : Nous nous appuierons sur les résultats des axes juridique, éthique et psychologique de cette recherche, à partir des matériaux des différentes enquêtes qualitatives (entretiens et focus group) réalisées auprès de professionnels, patients et parents.

Résultats : Les résultats principaux mettent en exergue la juxtaposition des dilemmes éthiques rencontrés par les oncologues tout au long du parcours de soin des enfants intégrant de la génomique, l’assentiment basé sur la confiance et l’attente voire le besoin exprimé d’une information et d’un consentement repris dans le temps. Ceci nous incite à penser la temporalité des propositions mais surtout des choix parfois complexes de savoir ou de ne pas savoir certaines informations. En ce sens, la proposition de consultations à distance de la maladie aigue pourrait permettre la reprise de l’information vis-à-vis des différents membres de la famille.

Au total : Cette recherche souligne la nécessité de poursuivre le travail avec des données quantitatives qui permettraient de mettre en perspective les différents dispositifs de consultations et les besoins des enfants et parents, afin de faire évoluer les dispositifs et d’affiner l’accompagnement des professionnels. De plus, ces nouveaux résultats seraient l’occasion de tester et d’évaluer de nouveaux consentements adaptés au niveau de compréhension des enfants (comme celles du PFMG co-construits avec des associations par le groupe Notice de l’INSERM et testé au sein de GeneInfoKid).

Le Plan France Médecine Génomique 2025 est une initiative française avec pour objectif d’avoir recours au séquençage à très haut débit (STHD), déployé à grande échelle, pour permettre d’une part de rendre accessible cette approche à tous les patients susceptibles d’en retirer un bénéfice et d’autre part d’intégrer en routine l’analyse du génome du patient afin de renforcer la qualité des diagnostics et des orientations thérapeutiques. Afin de répondre à cet enjeu considérable, 2 plateformes de STHD, les laboratoires AURAGEN et SeqOIA, se partagent le séquençage, l’analyse et l’interprétation de plusieurs milliers de génomes déjà prescrits en 2023. Néanmoins, afin de coordonner et structurer ces nouvelles prescriptions, l’HAS a priorisée 70 préindications couvrant les différents domaines des maladies rares, de l'oncogénétique et de la cancérologie avec le déploiement de parcours de soins spécifiques pour chacune des préindications. Ces parcours de soins se décomposent en plusieurs étapes : consultation médicale, réunion de concertation pluridisciplinaire afin d’évaluer la pertinence d’une analyse STHD (RCP d’amont), prescription connectée par des outils dédiés (SPICE et HYGEN), STHD, réunion d’interprétation clinico-biologique, RCP d’aval et compte-rendu transmis au prescripteur. Afin d’aider au fonctionnement de ce parcours de soins, le recrutement de 51 chargés de parcours génomiques (CPG), ex-assistant de prescription, sur l’ensemble du territoire français, métropolitain et d’outre-mer, devra permettre de faciliter la prescription des analyses de STHD pour les pré-indications validées du PFMG2025 et d’assister le clinicien prescripteur dans la gestion de RCP dédiées. 

Notre étude s’est intéressée aux profils et formations de ces nouveaux professionnels de santé avec une attention particulière sur l’apport de la formation initiale de conseiller en génétique, pour quelques-uns d’entre eux, dans leur pratique quotidienne. Sous forme d’un questionnaire adressé à l’ensemble des CPG des 2 laboratoires, nous avons recueilli le témoignage de CPG conseillers en génétique de formation ou non et avons pu comparer leurs réponses, notamment leurs appréciations du poste, ses difficultés et limites, et leurs attentes. 

Grâce à cette étude, nous avons pu mettre en évidence la forte hétérogénéité de leurs parcours de formation corrélée à une importante diversité des tâches confiées en fonction de leurs profils. Il existe un net avantage dans l’exercice des fonctions de CPG ayant reçu une formation de conseiller en génétique. Nous avons pu mettre également mis en avant les limites pressentis et les besoins associés à cette nouvelle fonction de la médecine génomique. Il est important d’adapter et d’optimiser le recrutement, rôles et fonctions des futurs CPG afin d’anticiper les nouveaux besoins que créée la montée en puissance du STHD en France.

Introduction : Trop souvent, les notices d'information proposées dans le cadre de recherches cliniques ou du soin se réduisent à des documents réglementaires difficilement compréhensibles. Pourtant, les personnes concernées doivent avoir accès à une information transparente et loyale.

Objectifs : Présenter NOTICE_InfoBox^©, un outil pour les cliniciens et les investigateurs permettant de créer facilement des notices d’information adaptées aux personnes concernées quel que soit leur niveau de compréhension.

Méthode : Formation, mise en place de méthodologies, création de groupes de travail collaboratifs et multidisciplinaires.

Résultats : Le groupe de travail « GT Notices d’information » piloté par le Collège des relecteurs de l’Inserm a été mis en place à l’automne 2020. Il est constitué de professionnels de santé et de la recherche, représentants d’associations de patients ou de fondations de recherche, juristes, médiateurs scientifiques, communicants et graphistes.

 L’application NOTICE_InfoBox^© est disponible gratuitement. Cet outil innovant, évalué et validé, permet de concevoir des notices d’information adaptées au niveau de compréhension de la personne concernée.  

Lors d’une phase pilote menée en collaboration avec le Plan France Médecine Génomique 2025, des notices pour les examens de génétique constitutionnelle ou tumorale ont été créées. Elles sont disponibles sur la page https://pfmg2025.aviesan.fr/professionnels/notices-dinformation.

Conclusion : Ces travaux répondent à la demande sociétale d’être acteur de son parcours de soin et favorise l’autonomie dans le choix de participer ou non à une recherche. Mieux informés, les personnes seront davantage en confiance et pourront plus facilement discuter avec l'équipe de recherche ou les cliniciens. Cela contribuera à donner plus de visibilité, de transparence et de confiance dans la recherche et dans le système de soin à l’ensemble de la société civile.

Contexte : Chez 50 % des patients, la cause de la déficience intellectuelle (DI) reste inexpliquée. L'analyse génomique est présentée par les professionnels du champ comme une innovation susceptible de rendre possible l'obtention d’un diagnostic causal. L'objectif de cette étude était d’analyser la manière dont les parents ayant un enfant présentant une DI se saisissaient de cette opportunité, et de comprendre le sens qu’ils donnaient à cette démarche d’investigation dans l’ensemble de leurs parcours de soins.

Méthode : Des entretiens semi-directifs en face à face, au téléphone et en visio-conférence ont été menés entre juin 2020 et décembre 2021 par une sociologue et deux psychologues cliniciennes auprès de 62 mères et/ou pères, recrutés dans deux centres de soins français, dans le cadre du projet pilote DEFIDIAG (NCT04154891) du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).

Résultats : Les entretiens ont montré la prégnance de la souffrance parentale depuis la découverte des premiers troubles de leur enfant. Leur réception de la proposition d’analyse génomique est ambivalente : s’ils expriment un grand intérêt pour la démarche scientifique, ils soulignent avant tout leur satisfaction d’être intégrés dans cet espace social où ils pensent que leur parole peut être entendue, et les besoins spécifiques de leur enfant reconnus, après un parcours de soins marqué par l’errance diagnostique et parfois l’isolement social. Être considérés comme acteurs de la démarche renforce leur sentiment que leur demande de reconnaissance sociale est légitime, d’autant plus que les équipes médicales s’efforcent de rendre compréhensibles leurs savoirs. Ils relativisent cependant l’attente des résultats au regard du contexte de carence de prise en charge. Celle-ci représente une charge lourde, aux plans organisationnel, économique et émotionnel pour eux. Le degré de leur engagement dans la démarche diagnostique demeure toutefois socialement situé, les parents disposant de davantage de capitaux scolaires et sociaux étant mieux à même de retraduire les enjeux de la recherche génomique, et les attentes étant exprimées de manière différenciée selon l’appartenance de genre. L’âge de l’enfant, la sévérité des troubles ainsi que le caractère nouveau de la démarche d’investigation, façonnent également les attentes parentales. Ces premiers résultats invitent à penser le degré d’engagement des parents dans l’analyse génomique comme le résultat d’interactions sociales, que l’enquête longitudinale- qui se poursuit actuellement- permettra d’appréhender plus finement.

Conclusion : Dans un contexte international de mise en œuvre de programmes de diagnostic génomique à grande échelle, les attentes des parents apparaissaient nuancées. Ces résultats doivent maintenant être analysés au regard des réactions et du ressenti de ces mêmes parents après le rendu des résultats de l’étude du génome et à distance de ce rendu.

Objectif : Le séquençage génomique rapide (SGr) pour l’investigation de maladies rares est de plus en plus utilisé comme outil diagnostique de première ligne chez les enfants se présentant dans un contexte de soins aigus avec un tableau fortement suggestif d’une étiologie génétique. Les expériences et perspectives des parents et des médecins dans le cadre du SGr dans un système de santé universel doivent être mieux comprises pour optimiser son usage en pratique. Dans le cadre d’une étude sur les impacts du SGr, nous visons à évaluer les perspectives parentales et celles des cliniciens au sujet du SGr.

Méthode : L’étude PRAGMatIQ est une étude prospective multicentrique en cours dans les quatre centres universitaires pédiatriques au Québec, Canada, visant à recruter 750 enfants. Les enfants éligibles doivent être âgés entre 0-18 ans et être hospitalisés pour une condition aiguë pour laquelle une étiologie génétique est fortement suspectée. En plus du SGr, les parents et cliniciens complètent des questionnaires au moment du recrutement et un mois après la transmission des résultats. Les questionnaires des parents portent sur leur compréhension, attentes et préoccupations en lien avec le SGr. Les questionnaires des cliniciens portent sur leur évaluation de la compréhension et des préoccupations parentales, ainsi que leurs propres attentes quant aux résultats du test.

Résultats : En date de septembre 2023, 130 enfants ont été recrutés. Pour 65 enfants, les questionnaires au recrutement ont bien été complétés par les parents et par les cliniciens. Les parents et les cliniciens ont évalué de façon similaire la probabilité d’identifier une cause génétique avec le SGr (p=0.0817). Les parents ont bien compris le SGr (score moyen de compréhension 4.51/5). Les attentes parentales en lien avec l’impact du SGr pour leur enfant sont significativement plus élevées que les attentes des cliniciens pour obtenir un pronostic plus clair (3.83 vs 2.74; p<0.0001), guider la prise en charge (4.25 vs 2.26; p<0.0001), influencer le niveau de soins (4.08 vs 1.26; p=0.0150), identifier une trouvaille fortuite actionable (3.16 vs 1.20; p<0.0001) et permettre un conseil génétique (3.39 vs 2.77; p=0.0001). Les cliniciens sous-estiment également le niveau de préoccupation parentale, tant en comparant les moyennes du niveau de préoccupation des parents et de la perception des cliniciens (1.82 vs 2.51; p=0.0072) que par analyse pairée pour chaque enfant (p=0.0150).

Conclusion : Les parents comprennent le SGr et ont de hautes attentes quant aux impacts des résultats du test et des préoccupations modérées. Les cliniciens tendent à sous-estimer les attentes et les préoccupations parentales. La collecte de données est toujours en cours et des analyses supplémentaires incluront une comparaison des perspectives des parents et des cliniciens après l’annonce des résultats. Ces résultats seront utiles pour mieux préparer la mise en place du SGr dans les soins cliniques au Québec.

En France, le métier de conseiller en génétique (CG) fêtera ses 20 ans en 2024. Depuis sa création jusqu’au récent décret du 29/11/2022 relatif aux conditions de prescription, les missions des CG n’ont cessé de croître. Dans les pays anglo-saxons où les CG existent depuis plus longtemps, ceux-ci bénéficient d’une «supervision», parfois obligatoire, permettant une autorégulation de leur pratique, laquelle pouvant s’avérer complexe et éprouvante. La supervision nécessite l’intervention d’un tiers superviseur soumis au secret professionnel. Elle fournit au CG une aide réelle pour conserver une pratique sécuritaire et éthique, éviter l’épuisement professionnel et enrichir sa pratique au bénéfice du patient et de son équipe.

L’Association Française des Conseillers en Génétique (AFCG), avec le soutien de la SFMPP,  a organisé une journée de sensibilisation et d’initiation à la supervision professionnelle des CG. Celle-ci avait pour objectifs de présenter l’état des lieux de la supervision en Europe et les recommandations de l’European Board of Human Genetic (EBMG), de s’initier aux bonnes pratiques de la supervision auprès de 2 expertes internationales puis de croiser le témoignage de superviseurs et supervisés. La qualité des orateurs a contribué à la bonne formation des CG présents. Des  groupes de travail animés par des psychologues ont permis aux CG d’échanger autour de 3 thèmes en lien avec la supervision : la place du CG, la rencontre et le lien avec le patient, et la mise en place de la supervision dans notre pratique.

38 CG ont assisté à cette journée de formation ayant permis des échanges constructifs entre orateurs et participants. Les CG ont pu découvrir les enjeux de la supervision professionnelle, les règles inhérentes à cette pratique et comprendre les écueils que pose l’absence d’un cadre bien défini de supervision. Ils ont été sensibilisés à différentes pratiques : la supervision d’un CG par un.e psychologue, entre pairs, ou encore individuelle et de groupe.

Une obligation de la supervision professionnelle des CG exerçant en France nous paraît à ce jour prématurée. Néanmoins, celle-ci permet d’assurer une pratique « sécure » grâce notamment à une meilleure conscience de ses réactions et comportements, à l’acquisition de compétences en communication et à l’analyse a posteriori de situations complexes. L’expérience de nos collègues anglo-saxons, rapportant une plus-value non négligeable de cette pratique, nous invite à sensibiliser les CG et à former les étudiants en master à ce sujet.

Des initiatives de supervision se mettent en place en France, sous l’impulsion de CG certifiés par l’EBMG. Un recensement auprès des membres de l’AFCG, bénéficiant ou souhaitant bénéficier de cette pratique, est en cours de réalisation. L’objectif de cet état des lieux étant de rendre la supervision accessible au plus grand nombre par exemple par la formation de certains CG à la fonction de superviseur.

Depuis 2014 avec la première AMM pour un inhibiteur de PARP, conditionnée par la présence d’un variant pathogène d’un gène BRCA au niveau tumoral ou constitutionnel, les services d’oncogénétique sont amenés à recevoir des patients dans un but théranostique.

Afin d’organiser le parcours de soins de ces patients et d’effectuer les tests nécessaires dans un délai compatible avec leur traitement en s’assurant qu’ils disposent de toute l’information nécessaire notamment sur la portée familiale de ces tests, l’INCa a publié en 2017 des recommandations mises à jour en 2019 suite à de nouvelles AMM.

L’ensemble des indications représentent plusieurs milliers de patients par an, ce qui pose le problème de la capacité des services d’oncogénétique à absorber l’activité afférente, notamment lorsque l’indication des inhibiteurs de PARP est conditionnée à la présence d’un variant pathogène constitutionnel.

Afin d’avoir une vue sur les différentes organisations du parcours théranostique au niveau national et de déterminer la place des conseillers en génétique (CGs), une enquête a été réalisée durant l’été 2023 auprès de l’ensemble des CGs français via la liste de distribution de l’Association Française des Conseillers en Génétique.

Sur environ 80 sites référencés dans l’annuaire des consultations d’oncogénétique, 27 ont répondu à l’enquête représentant 62 CGs.

Les résultats montrent que dans la moitié des sites, les consultations à visée théranostique sont assurées exclusivement par les CGs. Dans 75% des sites, des créneaux dédiés ont été créés pour assurer ces consultations. Il existe une hétérogénéité des circuits selon les organisations locales et selon les établissements partenaires qui adressent les patients et avec lesquels il semble plus difficile de formaliser un circuit. Tous les sites assurent des consultations individuelles physiques, 15% assurent également des consultations à distance et 11% des consultations en groupe.

Dans la plupart des sites de consultation, les préconisations de l’INCa sont respectées avec une analyse tumorale première prescrite par le clinicien et une orientation en oncogénétique lorsqu’il y a des critères évocateurs d’une prédisposition héréditaire et/ou qu’un variant pathogène d’un gène BRCA est identifié sur la tumeur. Dans les indications où l’anti-PARP ne peut être délivré que si le variant pathogène du gène BRCA est constitutionnel, les patients peuvent être directement orientés en consultation d’oncogénétique. Dans 7% des sites (et bientôt 15%), des consultations « mainstreaming » sont assurées par l’oncologue ou le chirurgien qui prescrit l’analyse constitutionnelle et travaille en partenariat avec un service de génétique.

Ces différentes approches théranostiques présentent chacune des avantages et des inconvénients. Quelle que soit l’organisation, les CGs sont des acteurs majeurs pour la prise en charge des patients dans le circuit théranostique et dans l’interaction entre les équipes clinique, oncogénétique et biologique.

Introduction  La drépanocytose (SCD) est une maladie génétique du globule rouge (GR) provoquée par une mutation du gène codant pour la β-globine. L'hémoglobine anormale (HbS) polymérise dans des conditions de faible teneur en oxygène et provoque la faucille des GR. Les progrès des connaissances des mécanismes impliqués dans la physiopathologie de la SCD ont conduit au développement de nouvelles thérapies géniques (GT) potentiellement curatives. La transplantation de cellules souches hématopoïétiques (HSPC) autologues et génétiquement modifiées représente une option thérapeutique pour les patients dépourvus de donneur compatible. Nous avons précédemment conçu un vecteur lentiviral (βAS3 LV) exprimant une globine βAS3 anti-falciforme (HbAS3) et démontré son innocuité et son efficacité dans les cellules de patients SCD (Weber 2018). Des études précliniques ont démontré la sécurité et l'efficacité d'un protocole de thérapie génique basé sur la transduction de HSPC SCD mobilisées par le plérixafor par βAS3 LV (Lagresle-Peyrou 2018). Nous avons donc lancé un essai clinique ouvert de phase I/II pour les patients atteints de SCD sévère. Méthodes Nous rapportons ici le suivi de 8 à 33 mois de la perfusion de GT des patients traités dans l'étude ouverte non randomisée de phase I/II DREPAGLOBE (NCT03964792). L’étude a été menée à l’hôpital Necker de Paris et a été initiée en 2019.  Résultats Au total, 6 patients ont été inclus. 4 patients homozygotes SCD (P1, P2, P3 et P4) ont été traités tandis que 2 patients ont étés retirés de l’étude pour causes médicales. De plus, un patient présélectionné, a été exclu après détection d'une hématopoïèse clonale suspectée par l'analyse de séquençage (NGS). Aucun événement indésirable grave lié au médicament a été observé chez les patients traités. Malgré le taux similaire des VCN, le marquage des gènes dans les cellules mononucléées du sang périphérique était variable et, par conséquent, la correction du phénotype clinique. Aucun des 4 patients traités n'a présenté de syndrome thoracique aigu malgré l'absence (pour P1 et P2) ou la réduction importante (pour P3 et P4) des exsanguinotransfusions. P3 et P4 ont continué à connaître de crises veino-occlusives sévères en lien avec la quantité moins importante et le déclin rapide des cellules génétiquement modifiées. Une analyse transcriptomique a été réalisée pour étudier les mécanismes physiopathologiques sous-jacents au dysfonctionnement des HSPC SCD. Cette analyse a révélé une signature inflammatoire exacerbée dans les HSPC les plus immatures chez les 2 patients présentant une faible prise de greffe des cellules corrigées. Conclusion Les résultats ont surligné une efficacité variable du traitement par GT chez les patients SCD, probablement liée aux altérations inflammatoires intrinsèques des HSPC génétiquement modifiées et/ou de l’environnement. Un nouveau traitement combiné pour réduire l’inflammation pourrait améliorer les résultats dans les essais cliniques de GT.

La dystrophie rétinienne liée à RPE65 (DRG-RPE65) est une maladie rare liée à des mutations bialleliques de RPE65 entrainant une dégénérescence des photorécepteurs, conduisant à la cécité. Le Voretigene Neparvovec (VN) est la première thérapie génique pour le traitement des DRG-RPE65 avec suffisamment de cellules rétiniennes viables. Le but de l’étude LIGHT est de collecter sur un an des éléments de sécurité et d’efficacité des patients traités par VN par l'utilisation secondaire des données.

Méthodes: une inhection sous rétinienne de VN à chaque œil avec au moins 6 jours entre les deux yeux, a été effectuée avec une visite pré-chirurgie puis 1, 3, 6 et 12 mois après chirurgie du deuxième œil. Les données recueillies visaient à évaluer l’efficacité, l’innocuité et à décrire de façon exploratoire l’expérience des patients après la chirurgie entre décembre 2018 et novembre 2019 et avec une période de suivi d’au moins 1 an. L’efficacité a été évaluée par (1) la fonction visuelle (acuité visuelle (AV), seuil de stimulation plein champ (FST) et champ visuel (CV)); (2) la vision fonctionnelle, (test de mobilité sur la plateforme (Streetlab®) avec quatre conditions d’éclairage (2, 7,5, 50 et 500 lux)). La mobilité a été évaluée en fonction du pourcentage de vitesse de marche préférée (PPWS) et du temps de complétion du parcours. Les verbatims des patients ont été recueillis juste après la chirurgie puis à différents moments et classés selon Kay et al.

Résultats: Douze patients de 4 à 35 ans (6 adultes et 6 enfants) traités par VN ont été inclus, 11 avec un diagnostic d’amaurose congénitale de Leber et un de rétinite pigmentaire
À 1 mois, le FST était diminué de -33,2 (-33,7; -19,8) dB, et cette amélioration est restée stable jusqu’à la dernière évaluation. Aucun changement significatif de l'AV et CV n'a été noté. L’évaluation de la vision fonctionnelle a montré à 2 lux et à grande vitesse, 1 mois après la chirurgie, une augmentation de PPWS de 63,9% (47,8%; 88,5%) et une durée du parcours diminuée de -47,23% ( 58,50%; -41,16%) avec une stabilité au cours du temps. Le recueil des verbatims a mis en évidence trois catégories mentionnées par plus de 50 % des patients : « Symptômes de la fonction visuelle », « Impact sur les activités de la vie quotidienne qui dépendent de la vision » et « Mécanismes d’adaptation et aides visuelles ».
Tous les patients ont eu au moins un effet indésirable (EI) lié à la chirurgie dont un sérieux (décollement de la rétine); 7 ont présenté au moins un EI modéré lié à la VN. Une atrophie choriorétinienne a été observée dans les deux yeux de 5 patients, évaluée comme possiblement liée à la chirurgie ou à VN.
Conclusion: Cette étude en vie réelle est la première sur les données d'un large cohorte traitée par VN avec suivi à un an. Elle est en cohérence avec le bénéfice retrouvé dans l'étude de phase III et souligne l'importance du génotypage pour identifier les candidats pour le seul traitement actuellement approuvé dans les DRG.

Introduction: La découverte fréquente d’anomalies échographiques anténatales (5-10% des grossesses) rend le diagnostic prénatal (DPN) d’anomalies du développement un véritable défi médical. Malgré un engouement croissant pour le séquençage d’exome en DPN (pES), les contraintes de délai et la difficulté d’interprétation de données génomiques avec un phénotype clinique parcellaire réduit à l’imagerie anténatale peuvent rendre l’analyse complexe. Première équipe en France à pratiquer le pES, couplé à une étude SHS auprès des professionnels et patients, nous présentons notre expérience pour aider à l’élaboration de recommandations nationales.

Méthodes: Depuis juin 2019, nous avons réalisé un pES-trio dans 255 grossesses (23 centres d’inclusion), suite à la découverte d’anomalies échographiques pouvant évoquer une cause génétique. Seules les variations classe 5, 4 et 3 dont la probabilité de pathogénicité était jugée élevée sont rendues. Des entretiens de couples et des focus groupes de professionnels ont été organisés pour améliorer les pratiques.

Résultats: Le délai médian de rendu de résultats au prescripteur est de 42j (44j après ACPA, 35j en 1^ère intention), à partir de la date du prélèvement fœtal (28j après la réception de l’échantillon fœtal au laboratoire). Le taux diagnostique initial est de 32% (82/255) puis de 35% après reclassification (89/255) dont une majorité de variants de novo (49/89), avec un taux de variants de signification incertaine initial de 9% (24/255) abaissé à 6% (15/255) après reclassification. Le taux diagnostique est de 38% en 1^ère intention avec une concordance de 100% avec l’ACPA pour la détection des CNV. Pour les 150 premiers, la grossesse est interrompue dans 11% des cas avant le rendu des résultats. La grossesse est interrompue dans 59% des cas avec diagnostic positif et poursuivie dans 79% des cas sans diagnostic causal. Les études SHS nous ont appris que le rendu des résultats séquentiel était psychologiquement compliqué pour les couples et qu’ils préfèreraient bénéficier d’un examen unique rendu en un seul temps.

Conclusion: L’ES-trio en DPN présente un intérêt indéniable avec la nécessité d’une analyse en trio pour faciliter l’interprétation dans l’urgence, d’autant que la majorité de causes s’avère sporadique.  Les coûts décroissants du séquençage de génome (GS), sa capacité à détecter SNV, CNV et SV et sa plus grande rapidité encouragent maintenant de remplacer l’ES et l’ACPA par le GS en 1^ère intention en DPN. Le taux d’interruption de grossesse avant le rendu résultat (11%), malgré un délai médian de 28j, rend également nécessaire un délai de rendu de résultat plus court. Nous allons ainsi débuter fin 2023 une étude de faisabilité pour rendre le résultat de GS-trio en DPN en moins de 8j. L’implémentation du GS en 1^ère intention en DPN en France pose par contre la question de son impact médico-économique et organisationnel sur le système de soins dans une future stratégie nationale.

Un jumeau évanescent (JE) est défini par la disparition d’un embryon ou d’un sac gestationnel après la mise en évidence d’une activité cardiaque chez chacun des fœtus d’une grossesse multiple. Si la prévalence est mal connue en population générale, elle oscille entre 10 et 39% dans la population ayant bénéficié d’une procréation médicalement assistée.

L’American College of Obstetricians and Gynecologists (ACOG) recommande en cas de JE de ne pas réaliser de dépistage des aneuploïdies et préconise d’emblée un test diagnostic impliquant un prélèvement invasif. En revanche, en France, le dépistage par ADNlc (DPNI) est largement réalisé dans cette population.  

Afin de déterminer si la pratique française est appropriée, nous rapportons ici notre expérience de DPNI sur une cohorte de 847 patientes présentant un JE (population d’étude), sur une période de 3 ans. Nous comparons ces résultats avec ceux retrouvés sur la même période dans une cohorte de 105560 patientes avec grossesses singletons d’une part et ceux retrouvés dans une cohorte de 9691 patientes de grossesses gémellaires évolutives d’autre part (populations de référence).

Le DPNI a été réalisé avec le test VeriSeq^TM NIPT Solution v2, avec un dépistage ciblé uniquement sur les trisomies 13 (T13), 18 (T18) et 21 (T21), et en utilisant le mode « Twin ».

La fraction fœtale moyenne (FFM) dans la population d’étude est comprise entre la FFM de la cohorte de grossesses singletons et la FFM de la cohorte de grossesses gémellaires, confirmant ainsi qu’il s’agit bien d’une population singulière, non assimilable à aucune des 2 populations de référence. Aucune patiente n’a eu de résultat non exploitable. Nous n’avons eu connaissance d’aucun faux négatifs (FN). On retrouve 29 tests positifs : 14 T21 (1.6%), 9 T18 (1.1%) et 6 T13 (0.7%), soit au total environ 5 fois plus qu’en absence de JE (3.42% versus 0.69% en cas de grossesses multiples évolutives). Les caryotypes réalisés alors confirment le dépistage pour 7 T21, 1 T18 et aucune T13, soit des valeurs prédictives positives (VPP) de 50%, 11% et 0% respectivement. Sur les 21 cas où l’information sur la date d’arrêt de grossesse est disponible, il n’apparait pas que le délai entre cette dernière et la date de prélèvement modifie la VPP.

En conclusion, il n’y a pas de contre-indication à la pratique d’un DPNI en cas de JE: le taux de non rendus n’est pas augmenté ; aucun argument n’est en faveur d’une augmentation du taux de FN ; un geste invasif est indiqué dans 3.42% soit loin des 100% préconisés par l’ACOG. Le DPNI pour le dépistage de la trisomie 21 reste le test de choix puisque la VPP de 50% en fait le test actuellement le plus performant. En revanche, pour les T13 et T18, l’intérêt du DPNI est discutable puisque les VPPs sont très inférieures à celles de l’échographie et une nouvelle stratégie de surveillance de ces grossesses sera discutée.

Le diagnostic préimplantatoire (DPI) est autorisé en France depuis 1994. Cinq centres sont actuellement autorisés à le pratiquer (Paris, Strasbourg, Montpellier, Nantes et Grenoble). En France, le DPI est réservé aux couples ayant un risque élevé de donner naissance à un enfant atteint d’une maladie génétique d’une particulière gravité, reconnue comme incurable au moment du diagnostic, le risque étant apprécié par un centre pluridisciplinaire de diagnostic prénatal (CPDPN). Le syndrome héréditaire de prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire a été classé dans le groupe des maladies à révélation tardive (groupe 3 du rapport INCa-ABM) qui ne présentent pas a priori une gravité et une incurabilité qui pourraient justifier un DPI, mais cette classification est donnée sur une base générique indicative et ne peut résumer chaque situation particulière en raison de l’hétérogénéité familiale des formes héréditaires de cancers. 

Dans le centre de DPI de Paris (Necker-Béclère), depuis 2015, 40 demandes de DPI en raison du risque de prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire ont été reçues : 31 pour variant pathogénique dans le gène BRCA1, 8 pour BRCA2 et 1 pour PALB2. Sept couples n’ont finalement pas donné suite. Onze demandes ont été refusées, soit pour refus du CPDPN au vu de l’histoire familiale (N=4), soit pour non faisabilité gynécologique (altération de la réserve ovarienne) (N=7). En tout, les demandes de 22 (55%) couples ont été éligibles. Parmi ceux-ci, 15 (68%) ont bénéficié d’un DPI et 7 sont encore en attente. Au total, 28 cycles de stimulation ovarienne pour FIV ont été débutés permettant le recueil de 163 ovocytes matures et l’obtention de 136 embryons. Parmi ceux-ci, 81 ont été biopsiés et 33 étaient sains. Nous avons réalisé au total 18 transferts d’embryons frais ou congelés (21 embryons au total). Sept grossesses ont été obtenues menant à 3 naissances vivantes (20% des couples ayant démarré un cycle de DPI). Jusqu’à présent l’ensemble des couples a demandé de réserver le transfert aux seuls embryons non porteurs du variant, quel que soit leur sexe. Cependant, afin d’augmenter les chances de succès, le transfert des embryons masculins porteurs, qui ont un risque tumoral a priori faible (BRCA1 et PALB2 ou pour BRCA2 lorsque les hommes porteurs de la famille n’ont pas été atteints de cancer à un âge jeune) devrait se discuter. Ce d’autant que parmi les 37 couples qui n’ont pu avoir de naissance par DPI, aucun n’a formulé de demande de diagnostic prénatal en cours de grossesse. Le DPI parait être une alternative pour des couples qui considèrent plus « acceptable » de ne pas transférer un embryon que de réaliser une interruption de grossesse en cas de prédisposition à des cancers à révélation tardive, dont on ne peut prévoir aujourd’hui quelles seront les méthodes de prévention ou de traitement dans le futur.

Le diagnostic préimplantatoire moléculaire repose en grande partie sur une méthode indirecte en analysant les marqueurs microsatellites polymorphes situés à proximité du gène d'intérêt chez différents membres de la famille dont le statut est connu pour la mutation familiale. Cet haplotypage est réalisé en amont de la première tentative lors de la phase de mise au point à partir de l’ADN des deux membres du couple et de celui de leurs parents ou de leur(s) descendant(s).

Lorsque la mutation est survenue de novo chez un individu et qu'il n'a ni enfant testé ni DPN réalisé lors d'une précédente grossesse, il n'est pas possible de savoir si elle a eu lieu sur le chromosome maternel ou paternel. Seule l'analyse de ses gamètes, isolés les uns des autres, peut permettre de le déterminer. Chez un homme, cette analyse est réalisable à partir d'un prélèvement de sperme. On parle de sperm-typing. Par contre, chez une femme, l'accès aux ovocytes est moins aisé et nécessite un traitement hormonal et une ponction ovocytaire rendant la mise au point du DPI plus délicate. Dans ce cas, l'attribution de la mutation peut donc être déterminée, au plus tôt, lors de l'analyse de la ou des première(s) cohorte(s) d'embryons.

Étant données les difficultés inhérentes à l'analyse sur cellule unique, nous avons défini que, pour valider les résultats du DPI avec fiabilité, nous devions réaliser la biopsie à J5 et obtenir au moins deux fois chacun des deux allèles maternels. Afin d'augmenter la probabilité d'atteindre ces critères, nous avons également décidé d'analyser les couples globules polaires / ovocytes non fécondés ainsi que les embryons non biopsiables dépellucidés. Lorsqu'à l'issue de la première tentative, nous n'avons pas rempli les critères de validation, les résultats ne sont pas rendus, les embryons sont congelés et une nouvelle tentative à J5 est programmée. L'analyse de la seconde cohorte est combinée à la première pour permettre la libération des résultats définitifs.

Depuis 2019, nous avons accepté huit demandes de DPI pour mutation survenue de novo chez une femme. Nous vous présentons ici, les résultats des tests de validation des biopsies de globules polaires et ceux des tentatives réalisées pour les sept premiers couples pris en charge à Nantes dans ce contexte.

Le Diplôme d’Etudes Spécialisées (DES) de génétique médicale (GeM) a été créé il y a bientôt 30 ans, en 1995, dans l’objectif de répondre aux avancées importantes de la GeM et la place croissante qu’elle occupe dans la prise en charge des patients. Il a bénéficié de plusieurs refontes, dont la dernière au sein de la réforme du troisième cycle de 2017 (R3C).

Constatant qu’aucune donnée chiffrée n’existait pour évaluer le DES, la Société des Internes et jeunes Généticiens de France (SIGF) avec l’appui du Collège National des Enseignants et des Praticiens de GM (CNEPGM) a diffusé un questionnaire en ligne en 2017 et en 2021 aux internes et anciens internes du DES de GeM. Les données recueillies concernent principalement la démographie, la formation et les souhaits professionnels. Nous avons obtenu 206 réponses, 146 en 2017 et 60 en 2021 (dont 27 réponses aux 2 enquêtes). À partir de ces données inédites, nous dressons un état des lieux de la formation en GeM mais également de l’impact de la R3C et des défis qui restent à relever.

L’un des premiers constats de l’impact de la R3C concerne l’obligation de faire les 2 premiers semestres en GeM. Avant la réforme, seuls 43% des internes débutaient par un stage en GeM. Depuis son application, 76% des étudiants ont commencé par la génétique clinique et 24% par la génétique biologique. Le stage hors-filière en pédiatrie n’est plus obligatoire et 2 stages libres sont désormais possibles, offrant plus de souplesse. Les internes semblent s’être saisis de cette opportunité puisqu’ils ne sont plus que 50% à réaliser au moins un stage hors-filière, préférant effectuer plus de stages en GeM. Le stage de pédiatrie reste majoritaire (41%).

Concernant le temps de travail, environ deux-tiers des internes estiment travailler au-delà des 48h hebdomadaires légales en génétique clinique, et un quart en génétique biologique. Par ailleurs, 89% des internes travaillent les week-ends.

La majorité des internes post-R3C (57%) souhaite pratiquer une activité mixte clinico-biologique, 32% une activité seulement clinique et 5% une activité seulement biologique. En pratique, parmi les praticiens en exercice seuls 21% ont une activité mixte, 51% une activité clinique seule et 22% une activité biologiste seule (+ 6% de non-réponse).

Enfin, si les internes se disent globalement satisfaits de leur formation (85%), ils sont 77% à avoir pensé faire un droit au remords au cours de l’internat. Les données de la SIGF sur la période 2017 – 2020 pointent un taux de 16% de droits au remords par promotion (environ 3 sur un effectif moyen de 20).

Ce travail met en lumière les forces du DES de GeM et apporte des informations chiffrées ayant vocation à suivre l’évolution des parcours dans le temps et à permettre d’éventuelles améliorations de la formation des généticiens de demain. Des données plus précises, notamment sur l’implication en recherche et l'attractivité ont également pu être obtenues et seront présentées dans d’autres communications.

Depuis la création du Diplôme d’Etudes Spécialisées (DES) en Génétique Médicale (GeM) en 1995, la place de la discipline ne cesse de croître. Pour autant, cette spécialité reste relativement méconnue des étudiants et de nos confrères. 

La Société des Internes et jeunes Généticiens de France (SIGF) avec l’appui du Collège National des Enseignants et des Praticiens de GeM (CNEPGM) a diffusé un questionnaire en 2017 et en 2021 aux internes et anciens internes du DES de GeM explorant notamment les aspects de découverte de la spécialité et la démographie. La SIGF a également recensé le nombre de postes ouverts depuis 2010 ainsi que les droits au remord.

Depuis 2010, 20 postes sont ouverts en moyenne par an à l’issue du 2e cycle, avec une récente augmentation suite aux demandes des coordonnateurs du DES de GeM, du CNEPGM et de la SIGF. Toutefois, le rang moyen des étudiants choisissant ce DES a tendance à reculer (3912 en 2013 et 5435 en 2023), ce qui interpelle sur la visibilité de la spécialité.

L’enquête a recueilli les réponses de 179 généticiens médicaux dont 47% (n=85) n’étaient plus internes. Treize pourcent des répondants connaissaient la spécialité avant de débuter leur cursus à travers les connaissances personnelles dont la famille et les médias. La majorité (64%) l’ont découverte pendant le premier et le deuxième cycle des études de médecine (enseignements facultaires (34%), réalisation d’un stage en GeM ou dans un service accueillant un interne en GeM (24%). Cependant, 23% des répondants n’ont découvert la spécialité qu’au moment du choix à l’ECN, ce qui pourrait participer à expliquer le nombre de droits au remord sortants. En effet, entre les promotions 2017 et 2020, environ 3 étudiants par promotion ont quitté le DES (16%), soulignant l’importance de mieux faire connaître la spécialité.

Le nombre de postes ouverts étant limité, nous nous sommes interrogés sur la répartition territoriale. Avant 2010, 48% des internes étaient formés dans 3 subdivisions (Paris, Bordeaux, Strasbourg). Depuis 2010, la répartition géographique, qui dépend de l’Observatoire National de la Démographie des Professions de Santé (ONDPS), s’est harmonisée. Ainsi, 27 des 28 subdivisions ont formé aux moins 2 GeM depuis 2010 (à l’exception des Antilles-Guyane en raison d’un abandon de poste). 72% des étudiants hospitaliers changent de subdivision pour le DES de GeM et 50% sont restés dans leur subdivision d’origine ou à moins de 2 heures de transport de celle-ci. Bien qu’il faille considérer d’autres facteurs tels que l'attractivité des villes, des CHU et des services, il reste cependant intéressant de s’interroger sur une meilleure répartition territoriale des postes à l’occasion du nouveau système de choix apporté par la réforme du 2e cycle.

Ainsi, il est nécessaire d’améliorer la visibilité et l’attractivité de la spécialité de Génétique Médicale auprès des étudiants et la coordination de la répartition des postes accessibles à l’issue du 2e cycle et du 3e cycle.

Par son caractère récent et en évolution constante grâce aux nouvelles technologies et découvertes, la spécialité de Génétique Médicale (GeM) a un lien renforcé avec la recherche clinique, translationnelle ou fondamentale. Ce lien a un retentissement sur la formation.

La Société des Internes et jeunes Généticiens de France (SIGF) avec l’appui du Collège National des Enseignants et des Praticiens de GeM (CNEPGM) a diffusé un questionnaire en ligne en 2017 et en 2021 aux internes et anciens internes du Diplôme d’Etudes Spécialisées (DES) de GeM explorant entre autres les parcours scientifiques réalisés pendant et après l’internat. 206 réponses ont été récoltées (n=146 en 2017 ; n=60 en 2021), dont 27 professionnels ayant répondu aux deux enquêtes soit 179 répondants.

La réalisation d’un Master 2 (M2) reste plébiscitée dans le cursus en GeM, même s’il existe une légère diminution avec 87% des internes sondés issus des promotions 2010 à 2016 contre 98% des internes des promotions antérieures à 2010. Ces M2 sont principalement financés par une année-recherche (44%). La majorité des internes réalisent leur M2 entre la 3e et la 4e année (56%). 7,6% l’ont effectué avant de débuter l’internat.

Soixante et un pourcent ont réalisé le Magistère Européen de Génétique et 30% des M2 dits “locaux”. 47% ont réalisé leur stage de M2 dans leur ville d’origine, 38% à Paris (hors ville d’origine) et 9% à l’étranger.

Tous les professionnels ont assisté à au moins un séminaire ou une conférence nationale au cours des 4 années du DES de GeM, 77,6% ont assisté à plus de 5 congrès et 53% ont obtenu une communication orale. On note que 12% ont assisté aux conférences de l'ESHG.

Sur les 92 répondants ayant terminé leur internat, 78% ont publié un article en premier ou deuxième auteur au cours du DES.

Concernant l’implication dans la recherche après le DES, les proportions d’internes et d’assistants souhaitant y être impliqués sont relativement homogènes (75% et 78% respectivement). Ce lien avec la recherche se fait notamment par les carrières hospitalo-universitaires (HU) : 44% des internes et jeunes généticiens souhaitent s’orienter vers un parcours HU. 

En pratique, la majorité des HU (67%) consacrent 25 à 30% de leur temps à la recherche. Par contre, parmi les PH ayant répondu à notre enquête, 20% ont une thèse de sciences et 37% font partie d’une équipe de recherche, mais seule la moitié d’entre eux (n=15/30) peut accorder plus de 10% de son temps à la recherche.

Cet état des lieux confirme l’intérêt des futurs généticiens médicaux pour la recherche en mettant en avant leur formation scientifique complémentaire et leur participation dans les congrès et la rédaction d’articles. Il met également en avant le décalage réel entre les souhaits d’implication en recherche chez les internes et assistants et la réalité des pratiques professionnelles qui sont fonction du statut, de l’organisation des équipes et des différentes facettes de l'exercice médical.

Les petits ARN interagissant avec PIWI (piRNA) jouent un rôle important dans la régulation des éléments transposables par un mécanisme analogue à l'interférence par ARN. Ils sont essentiels à différentes étapes du développement des cellules germinales mâles, ce qui rend leur fonction critique pour la spermatogénèse. Les altérations de la voie piRNA entrainent irrémédiablement de défauts sévères de la spermatogénèse et peuvent être ainsi responsables d’infertilité masculine. Nous avons précédemment rapporté deux patients infertiles présentant une azoospermie en lien avec des mutations du gène HENMT1. HENMT1 est responsable de la stabilisation des piRNA en ajoutant un groupe 2'-O-méthyl à leur extrémité 3'. Cette modification permet aux piRNA méthylés d’être chargés sur les protéines PIWI pour reconnaître leurs cibles, initiant ainsi une série d'événements conduisant à l’inactivation des transposons.

Dans ce travail, nous rapportons une nouvelle mutation du gène HENMT1 qui entraîne la perte complète de la protéine. De façon surprenante, des spermatozoïdes ont pu être retrouvés dans l’éjaculat du patient avec un spectre phénotypique allant de l'asthénozoospermie, la nécrospermie à la globozoospermie. Malgré plusieurs tentatives par injection intracytoplasmique de spermatozoïdes (ICSI), aucune naissance n’a pu être obtenue en lien avec une absence totale de développement embryonnaire après l'implantation. Une mobilité et une morphologie altérées des spermatozoïdes ont respectivement été observées par CASA (Computer-Assisted Sperm Analysis) et microscopie électronique. Nos investigations par plusieurs techniques d’immunofluorescence et de coloration ont également révélées des défauts majeurs de compaction de l’ADN nucléaire, une absence de transition des histones vers les protamines et des anomalies d’apposition des marques épigénétiques.

Au final, nos résultats confirment le rôle crucial de HENMT1 dans la voie piRNA et son rôle critique sur la bonne conformation de la chromatine dans les cellules germinales masculines. Surtout, nous avons pu mettre un évidence un continuum phénotypique allant de l’azoospermie à la tératozoospermie en lien avec les mutations HENMT1. Cependant, la présence de spermatozoïdes n’est pas suffisante pour entrevoir des chances de grossesses par ICSI en raison des défauts majeurs de l’ADN nucléaire.

Contexte: PCSK9 est le troisième gène impliqué dans l'hypercholestérolémie familiale à transmission autosomique dominante (ADH). PCSK9 code pour la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 impliquée dans la régulation (1) du nombre de récepteurs des lipoprotéines de basse densité (LDL) à la surface cellulaire et (2) du taux de cholestérol transporté par les LDL dans la circulation. La première mutation identifiée dans le gène PCSK9 à l'origine de l'ADH, p.(Ser127Arg), est presque exclusivement rapportée chez des patients français et représente 67 % des variants pathogènes dans PCSK9 en France en raison d'un effet fondateur. Quelques porteurs de cette mutation ont été rapportés en Afrique du Sud et en Norvège.

Objectif : Cette étude vise à estimer la date à laquelle a vécu l'ancêtre commun le plus récent porteur de la mutation française p.(Ser127Arg) dans l’exon 2 du gène PCSK9.

Méthodes : Huit familles (7 françaises et une d’Afrique du Sud) et 14 cas index (12 français et 2 Norvégiens) porteurs de la mutation PCSK9-p.(Ser127Arg) ont été sélectionnés pour le génotypage. Les haplotypes ont été construits à l'aide de 11 marqueurs microsatellites (D1S211, D1S451, D1S2720, D1S197, D1S2661, D1S417, D1S200, D1S2742, D1S220, D1S473, D1S390) s'étendant sur 19,6 Mo autour de PCSK9 et de 6 SNP localisés dans l’exon 1: p.(Leu21dup), l’intron 2: c.400-201 A > G, l’intron 3: c.524-90G > C et c.524-68G > C, l’intron 4: c.657+82 A > G, et l’exon 9: p.(Val474Ile).

Résultats : L’haplotype commun à tous les porteurs de la mutation PCSK9-p.(Ser127Arg) de cette étude encadre la mutation sur 6,44 kb. L'haplotype ancestral le plus probable porteur de la mutation p. (Ser127Arg) est : 163-175-237-136-186-188-L9-A-G-G-A-A-169-248-235-240-208. La date à laquelle a vécu l'ancêtre commun le plus récent a été estimée il y a 31 générations [IC 95% : 23-43] à partir de la longueur des haplotypes partagés par les porteurs à l'aide du logiciel Estiage. En supposant qu'une génération équivaut à 20 ans, cet ancêtre commun vivait en France il y a environ 620 ans [IC 95% : 460-860] soit autour de l’an 1 403, entre 1 163 et 1563. L’identification de porteurs de la mutation actuellement en Norvège et en Afrique du Sud pourrait provenir de l’exil des protestants français qui a eut lieu après la révocation de l'édit de Nantes, de 1685 à 1715.

Conclusion : Nous montrons que la mutation PCSK9-p.(Ser127Arg) initiale s'est produite chez l'ancêtre commun des porteurs actuels, qui vivait en France il y a environ 620 ans.

Introduction :

Nous avons identifié au cours des analyses de notre panel NGS 50 Gènes-Marfan/Apparentés/AATDA héréditaires, plusieurs variants de signification inconnue (VSI) mais candidats pour impacter l’épissage : NM_00138.5(FBN1) :c.6164-8T>G et c.3963A>G ; NM_019032.6(ADAMSTL4) :c.434+4A>G ; NM_001365276.2(TNXB) :c.12210+5G>A et NM_002474.3(MYH11) :c.5353_5354del. L’analyse des transcrits de ces gènes peu ou non exprimés dans les leucocytes est généralement réalisée à partir de biopsie cutanée ou de pièce opératoire (chirurgie aortique), lorsque disponible ou envisageable, mais toujours complexe à organiser. Peu de données sont disponibles concernant l’analyse des transcrits illégitimes de ces gènes à partir de prélèvements de sang (Magyar et al., 2009), plus éthiques à proposer aux patients et plus simples à gérer pour le laboratoire. Nous présentons ici les données d’une étude réalisée à partir de prélèvements recueillis dans 8 familles, comportant des témoins positifs ou négatifs pour une anomalie d’épissage connue, en plus des 4 familles avec les VSI précédemment cités.

Méthodes :

Extraction d’ARNs totaux à partir de sang total prélevé sur tube(s) PAXGene (Qiagen), RT-PCR à partir de couples d’amorces spécifique de la région des transcrits où l’anomalie d’épissage est susceptible d’être observée, purification des produits par ExoSap-IT (Thermofisher), électrophorèse capillaire (TapeStation System, Agilent) et analyse de la taille des fragments ; séquençage bidirectionnel SANGER (ABI3500XL (ABI Prism Applied Biosystem).

Résultats :

Un impact sur l’épissage est confirmé pour 3 des 4 VSI étudiés ainsi que chez les témoins positifs présentant un variant délétère connu pour impacter l’épissage. Néanmoins, pour les témoins positifs, les anomalies d’épissage observées à partir de la transcription illégitime, sont parfois différentes de celles documentées à partir de biopsie cutanée ou des données de littérature.

Conclusion :

L’analyse des transcrits illégitimes à partir de prélèvement de sang pour des gènes exprimés dans la matrice extracellulaire peut être utile pour documenter l’éventuel impact d’un VSI sur l’épissage et le classer. Néanmoins, cette analyse ne permet probablement pas de caractériser la nature des anomalies d’épissage au niveau des tissus cibles et de les corréler à la situation clinique (N.B : le Non-sens-Mediated Decay est peu efficace sur la transcription illégitime). Ceci peut être une cause de difficulté d’interprétation, notamment pour le gène MYH11 dont les corrélations génotype/phénotype/mode de transmission sont complexes et où l’analyse de transcrits à partir de tissus cibles se révèle nécessaire.

La protéine associée au tri des protéines vacuolaires 13B (VPS13B) est une protéine de grande taille et très conservée. La mutation de VPS13B est à l'origine du syndrome de Cohen, une maladie rare, à transmission autosomale récessive, caractérisée par une microcéphalie et une déficience intellectuelle parmi d'autres caractéristiques comme un retard de développement, une hypotonie et une personnalité amicale. Cependant, les mécanismes sous-jacents par lesquels la perturbation de VPS13B entraîne un dysfonctionnement cérébral restent encore inexpliqués.  Pour mieux comprendre la neuropathogenèse du syndrome de Cohen, nous avons caractérisé systématiquement les changements cérébraux chez les souris mutantes Vps13b et comparé les résultats murins à ceux de 235 patients déjà publiés et de 17 nouveaux patients diagnostiqués avec un syndrome de Cohen lié à VPS13B. Nous avons montré que Vps13b est exprimé de manière différentielle dans toutes les régions du cerveau, l'expression la plus élevée étant observée dans le cervelet, l'hippocampe et le cortex avec un pic postnatal. La moitié des souris Vps13b^-/- meurent au cours de la première semaine de vie. Les autres souris ont une durée de vie normale et présentent les principaux phénotypes de la maladie humaine, notamment la microcéphalie, le retard de croissance, l'hypotonie, l'altération de la mémoire et une sociabilité accrue. Des analyses histomorphologiques systématiques du cerveau en 2D et 3D révèlent des changements structurels spécifiques dans le cerveau dès la naissance. Le gyrus denté est la région cérébrale dont la taille est la plus réduite, tandis que le cortex moteur est spécifiquement aminci dans la couche VI. Le fornix, le fascicule rétroflexe et le cortex cingulaire ne sont pas affectés. Il est intéressant de noter que ces changements neuroanatomiques impliquent une augmentation de la mort neuronale pendant les stades infantiles, sans progression à l'âge adulte, ce qui suggère que VPS13B favorise la survie neuronale au début de la vie. Il est important de noter que si les deux sexes sont touchés, certains phénotypes neuroanatomiques et comportementaux sont moins prononcés, voire absents chez les femmes. Nous avons évalué les différences entre les sexes chez les patients Cohen et avons conclu que les femelles étaient moins touchées, tant chez les souris que chez les patients. Nos résultats fournissent de nouvelles informations sur la neurobiologie de VPS13B et mettent en évidence des phénotypes cérébraux non signalés auparavant, tout en définissant le syndrome de Cohen comme une nouvelle entité probable de neurodégénérescence infantile non progressive.

Les troubles du spectre autistique (TSA) comme un certain nombre de troubles spécifiques et précoces des acquisitions (langage, coordination, fonction exécutives…) appartiennent aux troubles du neurodéveloppement (TND) au même titre que la déficience intellectuelle (DI). Marqués par une forte hétérogénéité clinique y compris syndromique, les TND sont fréquemment associés chez un même patient ; comme c’est le cas pour la DI présente chez 30% à 40% des patients avec TSA. Leur architecture génétique est complexe allant de formes monogénique à des formes oligogéniques ou multifactorielles. Les taux de diagnostic moléculaire varient fortement d’une étude à l’autre, toutefois le rendement diagnostique diffère probablement en fonction du phénotype neurodéveloppemental précis, plus faible par exemple dans un TSA isolé que dans un TSA syndromique et/ou associé à une DI.

Les anomalies chromosomiques visibles au caryotype correspondent à environ 5% des diagnostics de TSA. Le taux diagnostique est passé à environ 10-15% pour l’ensemble des TSA depuis l’utilisation en routine des puces à ADN.  Les études d’analyse de séquençage haut débit d’exome ou de génome complet (WGS) suggèrent une étiologie dans environ 15-20% des TSA. Toutefois, les taux diagnostiques des patients avec TSA ou TND précoces sévères sans DI sont mal définis, les cohortes regroupant le plus souvent des sous phénotypes.

Près de 200 patients ont été inclus dans la préindication TSA et TND précoce sévère sans DI dans le cadre du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2020-2025 et 120 dossiers ont été rendus. Le rendement diagnostique est de 9%. Il s’agit de SNV (67%) ou CNV (33%) pathogènes ou facteurs de susceptibilité aux troubles du neurodéveloppement. Environ 5% des patients présentent un Variant de Signification Inconnue (VSI) pouvant correspondre à un variant de novo dans un gène pour lequel une étude collaborative est en cours ou un variant hérité d’un parent légèrement atteint pour lequel une étude de ségrégation est en cours. Ces études complémentaires pourraient augmenter le rendement diagnostique et la compréhension des troubles.

Dans le cadre du PFMG, un travail collaboratif alliant les équipes d’expertises clinique, biologique et l’équipe de recherche du Pr T. Bourgeron experte dans la génétique des TND est initié. Les données brutes des génomes de ces patients seront réinterprétées et confrontées aux cohortes de patients avec TND recrutées dans différents projets Européens tels que AIMS-2Trials (Autism Innovative Medicine Studies-2-Trials), R2D2-MH (Risk and Resilience in Developmental Diversity and Mental Health). Elles serviront également de support pour établir des scores de risque polygéniques pour l’autisme et les TND sans DI.

L’ensemble des résultats permettra de préciser l’architecture génétique des TSA et TND précoces sévères dans toute leur diversité.

Contexte : Avec le développement des technologies de séquençage de nouvelle génération en France au cours de la dernière décennie, le séquençage de l'exome était apparu comme une opportunité pour améliorer le taux diagnostique des patients atteints de déficience intellectuelle (DI). Afin d'aider les décideurs français à déterminer un tarif adéquat pour le séquençage de l'exome, nous avons estimé le coût unitaire d’une analyse diagnostique de la DI reposant sur le séquençage de l'exome, depuis la préparation de l'étape pré-analytique jusqu'à la rédaction du compte-rendu envoyé au généticien et identifié la part des postes de dépenses dans ce coût unitaire

Méthodes : Une approche en micro-costing a été réalisée pour l'année 2018 dans le cadre de l'étude DISSEQ, une étude coût-efficacité financée par le ministère de la Santé et réalisée en collaboration avec l’équipe de recherche GAD (Génétique des Anomalies du Développement, Inserm UMR 12131, Dijon) et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH, Evry). L'analyse a été menée du point de vue de ces deux acteurs. L'ensemble des ressources (main d'œuvre, équipements, matériels jetables et réactifs, matériel réutilisable) nécessaires à l'analyse des échantillons sanguins a été identifié, collecté et valorisé monétairement. Afin de tenir compte de l’évolution de la technologie de séquençage et de la baisse des prix des consommables, plusieurs analyses de sensibilité ont été réalisées.

Résultats : Le coût nominal unitaire par analyse diagnostique reposant sur le séquençage de l'exome a été estimé à 2 019 €. La main d'œuvre représentait 50,7 % du coût total. L'étape analytique (de la préparation des librairies à l'analyse des séquences) représentait 88% du coût total. Des analyses de sensibilité ont montré qu'une baisse simultanée de 20 % du prix du kit de capture et de 50 % du prix des flow-cells permettait d'estimer à 1 769 € le coût d'un test diagnostique pour la DI basé sur le séquençage d’exome.

Conclusion : Il s'agit de la première estimation du coût du séquençage de l’exome dans le contexte français du diagnostic de la DI. L'estimation est particulièrement influencée par le prix des flow-cells et par les coûts de main d’œuvre, mais plus généralement par l'organisation des centres impliqués dans les différentes étapes de l'analyse et la période à laquelle l'étude a été menée. Ces informations peuvent maintenant être utilisées pour définir un tarif adéquat. Ils ont également participé à élaborer la méthodologie de l’analyse médico-économique de l’analyse de génome dans le cadre de l’étude pilote DEFIDIAG (NCT04154891) du Plan France Médecine Génomique  (PFMG) 2025.

Le centre DEFI-Bourgogne, intégré au CRMR Déficiences intellectuelles (DI) de causes rares, a pour but d’apporter une évaluation pluridisciplinaire aux patients suspects de DI ou aux patients porteurs d’une maladie génétique et présentant un trouble du neurodéveloppement (TND). L’équipe est donc composée de plusieurs paramédicaux qui mettent en place des séances de prise en charge innovantes ou participent à des projets de recherche.

Parmi celles-ci, on note la mise en place de groupes Barkley (Programme d’Entraînement aux Habiletés Parentales), qui sont des groupes d’habiletés parentales pour des parents d’enfants ayant des troubles des Troubles Oppositionnels avec Provocation (régulièrement associés à un diagnostic de Trouble Déficitaire de l’Attention avec Hyperactivité). Le programme consiste en une dizaine de séances qui ont pour but d’amener les parents à une meilleure connaissance du trouble et à leur apporter des outils pour les guider vers une meilleure gestion des comportements difficiles. Le but est aussi de les amener vers un meilleur sentiment de compétences parentales. L’équipe propose également des séances de remédiation cognitive, ayant pour but de réduire l'impact des troubles cognitifs dans la vie quotidienne. Pour cela, les séances visent à promouvoir le développement de nouvelles stratégies de traitement de l'information, spontanément mises en œuvre par le patient et/ou développées avec étayage du thérapeute.  Cette activité a permis de prendre part à deux projets de recherche coordonné par GenoPsy au Vinatier, Cognitus & Moi pour les enfants puis Réhabilitus pour les adultes.

Enfin, d’autres initiatives peuvent être citées, comme des groupes de paroles pour les parents, les hôpitaux de jour de transition enfants-adultes pour les patients avec TDI/TND, le programme ETP « En route vers l’autonomie », la participation aux webinaires Patients Familles Soignants proposés par la plateforme d’expertise maladies rares.

Dans le cadre de la recherche, les neuropsychologues peuvent avoir un rôle central notamment pour essayer de mettre évidence des profils cognitifs précis dans certaines pathologies. Après la description du profil cognitif du syndrome de White-Sutton, un travail similaire est mené chez les patients atteints du syndrome de Bosch-Boonstra-Schaaf (NR2F1). L’équipe travaille également sur la description d’un nouveau syndrome de définition « psychométrique et orthophonique », baptisée la dysgnosie des signes conventionnels. Cette symptomatologie touche des patients qui ont une efficience intellectuelle normale mais présentent une impossibilité de reconnaitre des signes et symboles. Les évaluations neuropsychologiques sont également indispensables aux essais thérapeutiques menés au sein du CRMR.

En conclusion, l’investissement majeur des paramédicaux du centre a permis de mettre en place des initiatives innovantes qui permettent d’améliorer la prise en charge des patients et font avancer la recherche dans les TND.

Introduction : Le syndrome de Cowden est une maladie génétique rare associée à des mutations du gène PTEN. Il se caractérise par des manifestations cliniques variées, notamment la présence d'hamartomes multiples, un risque accru de cancer, un excès de croissance cérébrale, ainsi que des troubles du neurodéveloppement. Le volet pédiatrique de l’étude COSEA révèle que 40% des enfants atteints ont une déficience intellectuelle (DI) et/ou un trouble du spectre de l'autisme (TSA). Parmi les 60% restants, au moins 30% présentent un trouble spécifique des apprentissages. Ce volet neuropsychologique de l’étude COSEA se concentre sur l'évaluation neuropsychologique des patients atteints du syndrome de Cowden qui ne présentent ni DI ni TSA, dans le but de mieux comprendre les difficultés auxquelles ils sont confrontés.

Méthodologie : Nous avons recueilli les évaluations neuropsychologiques de 14 enfants atteints du syndrome de Cowden n’ayant ni DI ni TSA. Ces évaluations proviennent des services de génétique de l'APHP Sorbonne Université, de neuropédiatrie de l'Hôpital Femme Mère Enfant de Lyon et de génétique du CHU de Rennes. Huit de ces patients ont été évalués avant le lancement de l'étude COSEA, ce qui a permis d'effectuer des observations préliminaires conduisant à l'établissement d'un protocole spécifique pour les futurs patients. À ce jour, six enfants ont suivi ce protocole, incluant une évaluation standardisée couvrant l'efficience intellectuelle, la perception visuelle, les fonctions exécutives, l'attention, la cognition sociale et les comportements.

Résultats Préliminaires : Tous les enfants avec un syndrome de Cowden sans DI ni TSA ont rencontré des difficultés scolaires nécessitant des adaptations (classes ULIS et SEGPA, AESH) et des interventions spécialisées (orthophonie, psychomotricité, ergothérapie). Les résultats des huit patients évalués avant le lancement de l'étude COSEA ont confirmé les difficultés d'apprentissage et révélé une hétérogénéité des profils neuropsychologiques avec une prédominance des difficultés praxiques et de cognition sociale. L’analyse des six premiers enfants ayant suivi le protocole sont en faveur de ces observations. L'étude est toujours en cours, avec l'inclusion continue de nouveaux patients.

Conclusion : La fréquence des troubles spécifiques apprentissages des enfants atteints du syndrome de Cowden est probablement sous-estimée. Elle justifie la réalisation d’un diagnostic moléculaire précoce, d’un suivi pluridisciplinaire dès l'entrée à l'école, ainsi qu’un bilan neuropsychologique, en prévention de l’échec scolaire. Par ailleurs, l’hétérogénéité des difficultés constatées souligne la complexité de la physiopathologie du dysfonctionnement cérébral dans les excès de croissance encéphalique.

More than half of patients diagnosed with a neurodevelopmental disorder (NDD) lack a molecular diagnosis.

The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex modulates gene expression important for pluripotency, lineage commitment, and corticogenesis. De novo variants in CHD3 (leading to Snijders Blok-Campeau (SNIBCP) syndrome), CHD4 (Sifrim-Hitz-Weiss (SIHIWE) syndrome), and GATAD2B (GAND syndrome), that encode NuRD complex subunits, are associated with overgrowth and NDD and have been coined the term NuRDopathies.

The RB binding protein 4 (RBBP4) gene codes for a histone-binding protein that plays a role in the NuRD complex, but also CAF-1 and PRC2 complexes. The phenotype associated with pathogenic RBBP4 variants is unknown.

We collected a cohort of 16 patients carrying 14 different mono-allelic RBBP4 variants. One is an inherited splice variant (CADD score 22.9, SpliceAI 0.69), 13 are missense variants (11 de novo and 2 not inherited from the available parent). In silico prediction tools support the pathogenicity of the variants: median (range) CADD and REVEL scores are 26.3 (21.7-32) and 0.56 (0.30-0.94), respectively. All variants are scattered in the functional and highly conserved domains of the protein. Most of the affected amino acid residues (12/14) are conserved down to yeast.

Fifty percent of the reported patients have microcephaly (4/9). Recurrent dysmorphic features can be recognized: tall forehead (5/6), hypertelorism or broad nasal bridge (4/8) and thin upper lip or short philtrum (4/6). All patients have developmental delay and/or intellectual disability (13/13 and 9/9, respectively) and moderate to severe speech delay (9/9). Autistic features are presented by half of the patients (4/8) but only a third have a confirmed autism spectrum disorder (2/6). Seizures are uncommon (3/10) but they are therapy-resistant when present (3/3). Brain magnetic resonance imaging highlights nonspecific white matter hyperintensities or cerebral atrophy (5/7). Cryptorchidism (3/9) and strabismus (2/6) are less frequent.

This cohort shares common features with SNIBCP (autistic features), SIHIWE and GAND syndromes (seizures) or a combination of those (speech delay, high forehead, hypertelorism, cryptorchidism and strabismus). Interestingly, macrocephaly is common in these syndromes (39-85%) but was absent from the RBBP4 cohort. The p.Ser73, p.Tyr181 and p.Asn282 residues have been reported to be critical for RBBP4 interaction with its partners and are affected in 5 patients of this cohort. In vitro and in vivo (fly model) studies are currently underway to further ascertain the phenotype-genotype association.

In summary, we describe a new NuRDopathy with partial clinical overlap of previously reported NuRDopathies, but also significant differences (microcephaly and/or absence of macrocephaly). Exploring the functional consequences of the dysfunction of different complex subunits could help delineate the phenotypic differences between the syndromes.

Introduction : Les interneuronopathies sont un trouble du neurodéveloppement caractérisé par une altération de la migration et de la différenciation des interneurones GABAergiques, et dont le très large spectre clinique comporte des troubles du spectre autistique, des encéphalopathies épileptiques à début précoce, une déficience intellectuelle ou des troubles psychiatriques comme la schizophrénie. Une de leurs principales étiologies est la présence de variants pathogènes dans des gènes impliqués dans le développement neuronal. SP9 est un facteur de transcription appartenant à la famille des facteurs KLF/SP, qui possèdent des domaines de liaison à l'ADN très conservés. Ce gène joue un rôle central dans le développement des interneurones et leur migration tangentielle, comme l'ont démontré des modèles murins, mais n'a pas encore été impliqué dans des maladies humaines.

Matériels et méthodes : Grâce à Genematcher, nous avons pu collecter des cas présentant des variants dans le gène SP9. Pour évaluer l’impact de ce gène, nous avons mené des études anatomopathologiques, des analyses in silico (analyses bioinformatiques utilisant des bases de données de séquençage d’ARN dans des structures cérébrales à différents stades de développement)  et in vitro (analyses de Luciférase, construction de plasmide et imagerie confocale de cellules vivantes).

Résultats : Nous montrons ici que les variants hétérozygotes de novo du gène SP9 sont responsables d’une interneuronopathie avec d’une part des variants faux-sens récurrents sur l’acide aminé Glutamate en position 378 entraînant une encéphalopathie épileptique sévère par un effet hypomorphe et néomorphe et d’autre part des variants perte de fonction entraînant un phénotype un peu moins sévère caractérisé par une déficience intellectuelle et des troubles du spectre autistique.

Conclusion : Les variants hétérozygotes de novo du gène SP9 sont responsables d’une interneuronopathie avec deux phénotypes distincts de sévérité variable. Ces résultats confirment également les données de la littérature montrant que certains variants situés dans un domaine de liaison à l'ADN conservé des facteurs de transcription de la famille KLF/SP peuvent conduire à des fonctions néomorphes qui responsable de pathologie de transmission autosomique dominante.