La pycnodysostose est une maladie lysosomale autosomique récessive, liée à un déficit en cathepsine K, et caractérisée par une ostéosclérose du squelette, une petite taille et une fragilité osseuse. Le diagnostic est clinique et doit être confirmé par un examen radiographique complet du squelette et des radiographies du crâne.

Nous rapportons l’histoire de trois enfants atteints de pycnodysostose et discutons l’intérêt de l’étude moléculaire de cette pathologie et de l’établissement d’un diagnostic précoce pour une meilleure prise en charge.

Il s’agit de trois enfants, deux Tunisiens et un d’origine Libyenne. Le motif de consultation était des fractures à répétition pour les deux enfants Tunisiens (frère (P1) et sœur (P2) âgés respectivement de 13 ans et de 8 ans), et un retard staturopondéral pour la fille Libyenne (P3) âgée de 9 ans. L’examen a objectivé une dysmorphie faciale associée à un nanisme, une mal implantation dentaire, une brachydactylie et des pouces larges dans tous les cas. Le développement psychomoteur est normal pour les trois enfants. Le bilan radiologique des enfants Tunisiens a objectivé une augmentation diffuse de la densité osseuse. Le diagnostic de pycnodysostose a été alors retenu devant ces critères cliniques et radiologiques chez P1 et P2. La pycnodysostose a été évoquée chez P3 devant la dysmorphie faciale. L’étude moléculaire du gène CTSK a montré la présence du variant pathogène c.436G > C (p.Gly146Arg) à l’état homozygote au niveau de l’exon 5 chez P1 et P2, hérité au moins de leur père (analyse génétique non faite chez la mère). Par ailleurs, aucun variant pathogène au niveau du gène CTSK n’a pu être identifié chez la patiente P3 en dépit de la dysmorphie faciale caractéristique qu’elle avait.  Ceci nous a permis d’écarter le diagnostic de pycnodysostose chez cette patiente. Ce résultat souligne l’intérêt de la recherche des signes radiologiques de pycnodysostose chez les patients ayant une dysmorphie faciale évocatrice. En effet, cette dysmorphie faciale peut être associée à d’autres syndromes génétiques selon son association à d’autres signes cliniques.

Le variant pathogène identifié a été déjà décrit dans la littérature, en particulier dans notre population. L’effet délétère sur la protéine a été confirmé par des études fonctionnelles. Bien que le diagnostic positif est clinico-radiologique, l’étude moléculaire reste indispensable pour le conseil génétique mais également pour l’établissement des corrélations génotype-phénotype. L’identification du variant pathogène chez le cas index permettra également de proposer un diagnostic prénatal précoce à ces couples, étant donné le risque élevé de récurrence (25% à chaque grossesse) et le risque de retard des acquisitions psychomotrices estimé à 30%. La prise en charge de la pycnodysostose est symptomatique et multidisciplinaire permettant de limiter les complications soulignant ainsi l’importance de la précocité de l’établissement du diagnostic.

Des mutations activatrices localisées dans le gène FGFR2 (Fibroblast Growth Factor Receptor 2) sont responsables de craniosynostoses syndromiques. Pour exemple, les patients atteints du syndrome de Crouzon, présentent des craniosynostoses coronales, une hypoplasie de l’étage moyen de la face et un proptosis. A ce jour, l’impact des mutations activatrices FGFR2 au cours de la réparation osseuse de type endochondrale reste à préciser. Pour répondre à ces questions, nous avons mené des études expérimentales à partir du modèle murin de Crouzon Fgfr2^C342Y/+ mimant la pathologie humaine.

Les analyses morphométriques des cals de réparation après fracture mandibulaire non stabilisée ont montré une augmentation significative du Bone Volume / Tissue Volume (BV/TV) à J21 (+10.6%, p < 0.01) et J28 après fracture (+7.15 % ; p < 0.01) chez les souris Fgfr2^C342Y/+ par rapport aux contrôles, en rapport avec une formation osseuse augmentée.

Nos analyses histomorphométriques n'ont montré aucun impact significatif de la mutation Fgfr2^C342Y/+ sur la prolifération et la différenciation chondrocytaire, montrant ainsi que la mutation Fgfr2^C342Y/+ perturbe préférentiellement la lignée ostéoblastique. En effet, à la fin de la période de consolidation osseuse (J28), nous avons montré une réduction majeure et significative du nombre d’ostéoclastes situés en périphérie du cal de réparation chez les souris mutantes Fgfr2^C342Y/+ comparé aux souris contrôles (-90%, p < 10^-4), ceci confirmant l’augmentation de la formation et du remodelage osseux.

En conclusion, nos résultats montrent que dans un modèle de fracture non stabilisé, la mutation activatrice Fgfr2^C342Y/+ de type Crouzon syndrome modifie le processus de réparation osseuse et de remodelage, en fin de période de consolidation. À l'avenir, cette meilleure compréhension de l'impact des mutations activatrices FGFR2 au cours de la réparation osseuse permettra une meilleure prise en charge médico-chirurgicale de ces patients.

L’expansion pathologique, supérieure à 300 triplets GAA, dans l’intron 1 du gène FGF14 est responsable de l’ataxie spino-cérébelleuse 27B (SCA27B) de transmission autosomique dominante. Il s’agit d’une pathologie d’apparition tardive avec un âge moyen pour l’ataxie permanente d’environ 60 ans, les crises épisodiques commençant plus tôt (55 ans en moyenne).

Nous décrivons ici un frère et une sœur. Le frère présentant un syndrome cérébello-spastique avec dysarthrie cérébelleuse associé à des éléments choréo-dystoniques axiaux depuis l’âge de 30 ans. La sœur présentant elle un tableau d’ataxie cérébelleuse et phénomènes paroxystiques depuis l’âge de 27 ans Les analyses suivantes étaient négatives : DM1, ataxie Friedreich, DRLPA, ACPA, ADN mitrochondrial, SCA-AD, HTT, C9orf72, panel ataxie épisodique, exome en duo ainsi que le génome en quatuor avec les deux parents. La recherche d’une expansion GAA dans l’intron 1 du gène FGF14 met en évidence la présence de deux amplifications pathologiques à l’état hétérozygote composite chez les deux patients (483 / 534 GAA chez le frère ; 473 / 510 GAA chez la sœur).

La recherche d’expansion chez les parents (présentant un tableau clinique moins sévère que celui de leurs enfants) a montré que chacun est porteur d’une expansion pathologique à l’état hétérozygote (433 GAA chez la mère et 579 GAA chez le père).

Cette étude de ségrégation permet ainsi d’observer conjointement une contraction de l’allèle d’origine paternelle ainsi qu’une expansion de l’allèle maternelle chez les deux enfants.

De plus, la présence de deux amplifications pathologiques à l’état hétérozygote composite au locus FGF14 semble donc associée à un tableau clinique plus sévère et à une apparition plus précoce des symptômes dans cette famille.

Dans la majorité des laboratoires de référence hospitaliers, la recherche du génotype morbide des surdités neurosensorielles est classiquement réalisée par un séquençage à haut débit de seconde génération ciblé sur un panel de gènes. Néanmoins, confrontés aux limites du séquençage short-reads, de plus en plus de laboratoires s’équipent de séquenceurs de troisième génération qui permettent des lectures dites long-reads. Cette implantation est notamment favorisée par la possibilité d’acquérir un séquenceur à coût réduit, le MinION développé par Oxford Nanopore Technologies, qui permet d’obtenir des résultats concluants en offrant une grande souplesse dans les volumes à traiter.

En 2020, cette approche long-reads nous avait permis de mettre en évidence une grande inversion dans le gène PCDH15 responsable du syndrome de Usher diagnostiqué chez une patiente. Depuis lors, l’utilisation de cette technologie est progressivement devenue incontournable dans notre stratégie de diagnostic moléculaire.

Les exemples que nous avons choisis de rapporter ici illustrent les apports de cette approche  pour le diagnostic moléculaire des surdités neurosensorielles.

Les résultats présentés ont été obtenus en amplifiant les régions d’intérêt par PCR-Long Range et en séquençant les produits d’amplification à l’aide de cassettes de séquençage MinION ou Flongle R9. Les données ont été traitées avec un pipeline développé au laboratoire et les fichiers VCF résultants ont été importés et analysés avec le logiciel SEAL. Une analyse manuelle a également été effectuée en utilisant le logiciel Integrative Genomics Viewer.

Les deux premiers exemples traités ici concernent la caractérisation de deux grands remaniements, une grande délétion dans le gène LOXHD1 localisée entre deux éléments transposables introniques et une conversion entre le gène OTOA et son pseudogène.

Les autres exemples concernent le gène TRIOBP et plus particulièrement les 3 kb de son exon 7 qui se caractérisent par une séquence nucléotidique délicate à séquencer en approche short-reads. Le séquençage par MinION  a permis ainsi de valider la présence de variants détectés par séquençage short-reads, préciser le statut homo/hémizygote ou hétérozygote de variants ponctuels ainsi qu’établir la configuration cis ou trans de deux variations.

Au niveau de notre stratégie de diagnostic, ce séquençage de troisième génération se révèle donc être un complément essentiel à notre approche short-reads et nous permet d’offrir une analyse moléculaire la plus exhaustive possible aux patients.

Les dégénérescences rétiniennes (DR) telles que la dégénérescence maculaire liée à l'âge ou la rétinopathie pigmentaire sont des causes importantes de déficiences visuelles et de cécité avec plus de 200 millions de personnes atteintes dans le monde. Quelle que soit l’étiologie de la DR, les dommages oxydatifs cumulatifs et prolongés entraînent le même mécanisme de mort des neurones rétiniens par apoptose. Les traitements actuels se limitent à retarder ou à ralentir la progression de la déficience visuelle, mais présentent un faible taux de réussite. L'identification de nouvelles cibles moléculaires impliquées dans les premiers stades du processus dégénératif, quelle que soit l'origine de la DR, est la clé d'un futur traitement réussi.
Ces dernières années, notre équipe a montré chez le modèle animal comme chez l’homme que la protéine FMRP (Fragile X messenger ribonucleoprotein) présente un rôle clé dans la vision et plus particulièrement dans la rétine, de la régulation de l’homéostasie des neurotransmetteurs, à la genèse de la fonction rétinienne en passant par la structuration synaptique (Rossignol et al., 2014, Felgerolle et al., 2019, Perche et al., 2018,2021, Ardourel et al., 2022a,b). Parallèlement, des faisceaux de preuves de l’implication de FMRP dans les mécanismes de stress oxydatif et d’apoptose ont été documentés dans la littérature. Ainsi, sur ces bases, nous avons choisi d’étudier le rôle de FMRP dans les DR.
Nous avons induit une DR par injection unique de N-Méthyl-N-nitrosourée (i.p, 60mg/kg) (Chen et al., 2014) chez des animaux exprimant (sauvage, WT) ou non FMRP (KO Fmr1) dans leurs rétines. Chez les WT, la fonction (évaluée par électrorétinographie - ERG) et la structure (évaluée par histologie) rétiniennes ne sont pas atteintes 24h post-injection (PI) malgré un grand nombre de noyaux en apoptose (TUNEL). À 48h PI, nous observons une diminution significative de 57.7 % de la fonction (p<0.0001), et de 10,2 % du nombre de photorécepteurs en histologie. Ces résultats corroborent la littérature. Chez les animaux KO Fmr1, la cinétique de la DR est beaucoup plus rapide avec une diminution significative de la fonction rétinienne dès 24h PI (-44.9%, p<0.0001) mais surtout 48h PI avec une perte totale de fonction (p<0.0001). A ce stade, le nombre de photorécepteurs est inférieur de 42,2% (p<0.0001) à celui des WT traités. Ces données suggèrent une DR deux fois plus rapide chez les KO Fmr1 que chez les WT. Des analyses transcriptomiques sur rétine entière réalisées à 48h PI montrent que 9083 gènes sont dérégulés (3592 Down, 5491 Up) par la DR chez le WT contre 11582 gènes (4496 Down, 7086 Up) chez le KO Fmr1. Par ailleurs, seuls 57.8% des gènes dérégulés sont en communs suggérant des mécanistiques spécifiques sous dépendance de FMRP.
L’ensemble de nos résultats préliminaires montrent que les rétines ne présentant pas d’expression de FMRP sont plus sensibles aux DR, suggérant un rôle clé de FMRP dans les processus moléculaires des DR.

Le gène RPGR est responsable de rétinopathies pigmentaires (RP) liées à l’X. Un des transcrits de ce gène possède un exon d’une taille de 1,7kb, dont les variants sont responsables de 60% des RP liées à l’X (ORF15, exon 15 du transcrit NM_001034853.2). Cet exon est caractérisé par la présence d’une région d’1,7kb, riche en purine, particulièrement délicate à séquencer par les méthodes traditionnelles, Sanger ou Illumina.

Cette difficulté peut être contournée par le séquençage de 3^ème génération ONT (Oxford Nanopore Technology, lecture longues). Après amplification par PCR de l’ORF15 et des régions introniques adjacentes, celle-ci est séquencée en lectures longues sur MinIon. Douze patients ont été analysés en simultané.

La faisabilité a été évaluée sur une cohorte de 60 patients, 38 hommes hémizygotes et 22 femmes conductrices, préalablement difficilement génotypés par Sanger et/ou illumina. Dix-neuf patients, préalablement analysés par 2 laboratoires extérieurs, ont été analysés en aveugle, les autres provenant de notre laboratoire. Trente-deux mutations différentes ont été testées, la majorité ayant pu être observées à l’état hémizygote et à l’état hétérozygote. Vingt d’entre elles sont situées dans la partie mal couverte en séquençage Illumina.

            En parallèle, nous avons mis au point un pipeline d’analyse qui permet, à partir des fichiers fastq, l’alignement basé sur minimap2 et l’appel de variants en utilisant CLAIR3. Les VCFs résultant sont ensuite annotés et visualisés dans le système de base de données interfacée SEAL. De plus, tous les échantillons ont été examinés visuellement dans un navigateur de génome.

Les données obtenues présentent une uniformité de couverture bien supérieure à celles obtenues en lecture courtes (Illumina), et une profondeur comprise entre 1000 et 3000X. La visualisation dans le navigateur de génome a permis l’identification des variants d’intérêt (pathogènes ou non) préalablement identifiés chez les patients connus du laboratoire, mais également chez les patients tests lus en aveugle. La majorité de ces variants ont été également détectés à l’aide du pipeline bioinformatique testé en parallèle.

Le séquençage de 3^eme génération permet l’analyse de régions génomiques réfractaires aux méthodes traditionnelles. Notre cohorte, d’une taille significative, montre la faisabilité en diagnostic de ce type d’analyse.

L'hypophosphatémie liée à l'X (XLH) est la forme la plus fréquente d'hypophosphatémie héréditaire résultant de mutations perte de fonction de l'endopeptidase PHEX associées à une augmentation de l’expression de l’hormone phosphaturiante FGF23. La surexpression de FGF23 est responsable de nombreuses manifestations de l’XLH telles que le rachitisme et les déformations osseuses. 60% des patients XLH présentent une fusion des sutures crâniennes dont l'origine reste à définir. Le poisson zèbre est un modèle pertinent pour l’étude du développement du squelette crâniofacial. Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques responsables des anomalies crâniofaciales observées dans l’XLH nous avons étudié 1) l’expression des gènes phex et fgf23 au cours de développement du squelette crâniofacial chez le poisson zèbre et 2) le développement du squelette crâniofacial chez un nouveau modèle de poisson zèbre phex perte de fonction (phex ^lof). 

L’étude de l’expression de phex et de fgf23 a été réalisée par RNAscope du stade embryonnaire 24 heure post fécondation (hpf) au stade adulte (3 mois). phex est exprimé dans les ostéoblastes du squelette crâniofaciale dès (72hpf) jusqu’au stade adulte. fgf23 est exprimé principalement dans le corpuscule de Stannius intervenant dans l’homéostasie phospho/calcique et uniquement de 72hpf à 3 spf dans quelques ostéoblastes du squelette crâniofacial.

L’établissement du modèle poisson zèbre phex lof a été réalisé par CrispR/Cas9. Les poissons phex^lof sont viables et présentent une croissance normale. En revanche, à 1spf les poissons phex^lof présentent 1) une diminution significative de la surface des tissus minéralisés (phex⁺ : 5,2 104 ; phex^lof : 2,3 10⁴ μm²), 2) une augmentation de fgf23 au niveau du squelette crâniofacial (phex⁺ : 1,0 ; phex^lof : 1,7) et une modification de l’expression de différents gènes impliqués dans l’homéostasie du phosphate npt2a, entpd5 et spp1 mise en évidence par RT-PCR. Concernant l’ostéogénèse, grâce à l’utilisation d’une lignée transgénique exprimant la mCherry dans les ostéoblastes immatures, nous avons observé une diminution du nombre d’ostéoblastes immatures. Cette diminution est associée à une diminution de l'expression de gènes clés impliqués dans l'ostéogenèse tels que alpl ( phex⁺ : 1,0 phex ^lof : 0,8 ) ou bglap ( phex⁺ : 1,1 phex^lof : 0,3) chez les poissons phexlof à 3spf . 

Ces résultats indiquent que les poissons phexlof au stade larvaire présentent des caractéristiques clés de l’XLH, avec un défaut de minéralisation, une augmentation de l’expression de fgf23 et une modification du métabolisme du phosphate. Nous mettons également en évidence un défaut de l’ostéogénèse chez les poissons phexlof. Ce nouveau modèle poisson zebre phexlof offre de nouvelles perspectives pour comprendre la physiopathologie de l’XLH et pourrait constituer un nouvel outil pour le criblage de molécules thérapeutiques pour cette pathologie. 

Introduction :

La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une affection de transmission autosomique dominante dont la prévalence est d’environ 1/3000 à 1/6000 [PNDS]. Il s’agit d’une génodermatose pour laquelle les critères diagnostiques et radiologiques sont établis depuis 1988, et ont été révisés en 2021 par l’ajout d’un critère génétique [Legius et al, 2021]. L’expression cutanée habituelle est la présence d’au moins 6 tâches café au lait (TCAL) de plus de 5mm chez les enfants, de plus de 15mm chez les adultes, et des lentigines axillaire ou inguinales. Les patients présentent également des neurofibromes cutanés et sous-cutanés, des anomalies osseuses, et un risque accru de cancers, nécessitant un suivi régulier pluridisciplinaire. Le diagnostic est retenu en présence d’au moins 2 critères.

Cas clinique :

Une patiente de 33 ans est adressée en consultation de conseil génétique pré-conceptionnel. Le diagnostic clinique de NF1 est suspecté chez elle devant des signes cutanés évocateurs.

Dès l’adolescence, la patiente a présenté des douleurs prédominant dans le membre inférieur gauche, motivant des imageries successives, dont une IRM du bassin mettant en évidence des lésions évoquant des neurofibromes sous-cutanés multiples. Une étude des gènes NF1 et SPRED1 retrouve la variation c.1845+17A>G à l’état hétérozygote dans l’intron 16 du gène NF1, considérée de signification inconnue puis variant bénin après étude de transcrit.

Elle présente alors un seul des critères diagnostiques de manière certaine: la présence d’une douzaine de TCAL, l’histologie des lésions de l’IRM n’ayant pas été vérifiée.

Suite à cela, une biopsie d’une lésion du nerf sural gauche est analysée, et confirme qu’il s’agit d’un neurofibrome. Il semble donc pertinent pour la biologiste experte de poursuivre les études ciblées sur le gène NF1, dans l’hypothèse d’une mosaïque ou d’une mutation non détectable par les techniques conventionnelles.

Après des études tumorales et fonctionnelles non concluantes, mais en faveur d’une mutation du promoteur du gène NF1, l’indication à un génome sur la plateforme Auragen est retenue.

L’analyse a permis la mise en évidence du variant de novo c.-272G>T (classe 4) à l’état hétérozygote au niveau du gène NF1. Localisé en région intronique, il est à l’origine d’un défaut de transcription du gène NF1.

La RCP d’aval de génome a permis la mise en commun des résultats somatiques, fonctionnels et cliniques, entre cliniciens et biologistes experts, affirmant l’imputabilité du variant intronique au phénotype de la patiente.

Discussion et conclusion

Les échanges entre les différents spécialistes experts, tant dans les services cliniques que dans les laboratoires, ont permis l’identification de la mutation en cause de NF1 clinique atypique chez cette patiente, et ont pu permettre de lui fournir un conseil génétique fiable.

La délétion 22q11 représenterait 0,5% des syndromes parkinsoniens juvéniles. 71,4% des porteurs de microdélétion 22q11 développent un syndrome extrapyramidal (1). Nous rapportons les cas de 2 patients avec délétion 22q11, atteinte psychiatrique et extra pyramidale sévère, traités par diffusion continue de dopamine par sonde gastro-jejunale sous forme de gel (système Duodopa®). Traitement continu actuellement validé que pour les maladies de Parkinson idiopathiques.

Cas 1 : Patient avec Déficience Intellectuelle (DI) légère, scolarité en IME poursuivie jusqu’à un niveau CAP. Présentant un syndrome extrapyramidal de forme akinéto-rigide et trémulant droit apparu à l’âge de 32 ans. Apparition des fluctuations motrices à l’âge de 34 ans. Symptomatologie délirante, hallucinations et agitation psychomotrice lors d’une modification thérapeutique nécessitant la mise sous neuroleptique à 34 ans. ACPA (analyse chromosomique sur puce à ADN) devant l’associant DI, troubles psychiatriques et syndrome parkinsonien : arr[GRCh37]22q11.21(18651614_21464119)x1 dn, délétion interstitielle hétérozygote en 22q11.21 d'une taille minimale de 2,8 Mb. Pose de dispositif Duodopa® à 37 ans après un fractionnement dopaminergique en 8 prises per os et persistance de fluctuations majeures. La mise sous Duodopa® a permis une amélioration des symptômes parkinsoniens fluctuants, baisse du nombre de prise médicamenteuse dopaminergique per os à 2, sans nouvel épisode psychiatrique.

Cas 2 : Patient avec difficultés d’apprentissage dans l’enfance et apparition d’un trouble anxieux à l’adolescence. Scolarité stoppée à l’âge de 14 ans. Le patient développe une symptomatologie psychotique et hallucinante au contact d’une surconsommation d’alcool à 30 ans. Diagnostic de schizophrénie porté avec introduction de neuroleptique. Apparition dans les suites d’un syndrome akinéto-rigide et trémulant hémicorporel droit dopa sensible. Les fluctuations motrices apparaissent à l’âge de 33ans, nécessitant un fractionnement progressif de la thérapeutique jusqu’à 8 prises par jour. Nouvel épisode psychotique aigue à 36 ans. Le diagnostic est porté à 39 ans sur l’ACPA : arr[GRCh37]22q11.21(18651614_21464119)x1, Délétion interstitielle hétérozygote en 22q11.21 d’une taille minimale de 2,8Mb. Pose de dispositif Duodopa® à 38 ans avec nette amélioration de la symptomatologie extrapyramidale fluctuante et une seule prise de dopamine per os résiduelle. Pas de récidive psychiatrique aiguë.

Conclusion :  
La microdélétion 22q11 doit être évoquée devant l’association de troubles psychiatriques et syndrome parkinsonien du sujet jeune. Le dispositif Duodopa® apparaît comme une option envisageable pour le contrôle de la symptomatologie parkinsonienne avec fluctuations motrices chez les patients atteints de 22q11, même en cas de comorbidités psychiatriques.

(1) Typical features of Parkinson disease and diagnostic challenges with microdeletion 22q11.2. Neurology, (2018)

Introduction : L’albinisme est une pathologie génétique autosomique récessive hétérogène causée par une altération de la mélanogenèse. Le séquençage haut débit d’un panel de 19 gènes d’albinisme permet de confirmer le diagnostic, bien que 30% des patients restent non résolus. Ce travail vise à apporter des arguments en faveur de l’existence d’une forme dominante d’albinisme liée au gène OCA2, et de la possible participation des variants OCA2 c.1256G > A, p.Arg419Gln et HERC2 rs12913832-C au phénotype des patients.

Méthode : Nous avons rétrospectivement comparé le phénotype de 115 patients porteurs d’un variant hétérozygote du gène OCA2 à celui de 273 patients avec un diagnostic d’OCA 2 confirmé et à celui de 151 patients sans variant dans aucun des 19 gènes d’albinisme.

Résultats : Les patients atteints d’OCA 2 avaient un phénotype statistiquement plus clair et des signes oculaires plus sévères que les porteurs hétérozygotes. Il n’y avait pas de différence statistiquement significative entre les porteurs hétérozygotes de variant d’OCA2 par rapport aux patients sans aucun variant. Le variant OCA2 c.1256G > A semblait avoir un effet modéré sur le phénotype, contrairement au variant HERC2 rs12913832-C.

Conclusion : Des variants hétérozygotes dans le gène OCA2 sont associés à des signes modérés d’albinisme, dont l’expression phénotypique serait moins sévère que la forme classique d’OCA 2. Ce travail renforce l’hypothèse d’une possible forme dominante d’OCA 2.

Mitoribosome complexes, composed of a small (28S) and a large (39S) subunit, are essential for the mitochondrial synthesis of 13 respiratory chain proteins. The 28S subunit contains mtDNA-encoded 12S ribosomal rRNA and 30 nuclear DNA-encoded mitochondrial ribosomal proteins (MRPs), whereas the 39S subunit contains mtDNA-encoded 16S rRNA and 52 nuclear DNA-encoded MRPs. While mitoribosomes are rich in proteins, there is few data reporting mutations in MRPS and MRPL genes. Here, we present two patients with variants, one in the MRPL3 gene and the other in the MRPL12 gene.

The first patient, aged 39 and harboring the homozygous c.542C>T mutation in the MRPL12 gene (p.(A181V)), has extensive medical history since childhood: bilateral optic neuropathy with atrophy, deafness, hypothyroidism, ovarian failure, hypertrophic cardiomyopathy, and diabetes mellitus. Analysis of respiratory chain enzyme activities in fibroblasts indicated a deficiency in both complex I and IV.

The second patient (actually 35 years-old) is compound heterozygous for the novel c.271-1G>C and c.689C>T variations in the MRPL3 gene. A generalized epilepsy developed at the age of 20 and he complained of muscle pain in both upper and lower limbs since the age of 33. A muscle biopsy was performed and showed decrease of cytochrome c oxidase staining, as well as a partial reduction in complex IV activity.

We performed complementary analyses (blue native-PAGE, western-blot, mRNA sequencing, oxygraphy) to demonstrate the deleterious effects of those variations.

Introduction : L’ubiquitine C-terminale hydrolase L1 (UCHL1) a été associée à une paraplégie spastique autosomique récessive (AR) sévère (HSP79) avec ataxie cérébelleuse précoce, déficience intellectuelle, dysmorphie et atrophie optique (quatre familles décrites). Plus récemment, des variantes UCHL1 hétérozygotes entrainant une perte de fonction (LoF) ont été associées à une ataxie spastique tardive autosomique dominante (AD), avec neuropathie et atrophie optique (Park et al.2022).

Méthodes : Séquençage clinique du génome (GS) et de l'exome (ES).

Résultats: Famille 1 : le cas index (71 ans) est atteint d'ataxie cérébelleuse tardive (60 ans) (SARA : 13/40) et d'une neuropathie sensitive. L’acuité visuelle est normale mais l'examen ophtalmologique (OE) montre une pâleur papillaire temporale, une diminution de l'épaisseur des fibres nerveuses et une altération centrale du champ visuel, bilatérale. L’IRM cérébrale montre une atrophie cérébelleuse. Son frère est décédé à 68 ans d'une maladie neurodégénérative avec ataxie et atrophie optique. Son fils a présenté à 15 ans une atrophie optique sévère, avec acuité visuelle à 1/10 et atrophie du nerf optique à l'IRM cérébrale. Un examen neurologique à 36 ans a montré une légère ataxie cérébelleuse (SARA=4/40). L’analyse par GS a trouvé une variante hétérozygote (NM_004181.5:c.345del) dans UCHL1 chez le père et son fils, probablement pathogène (PVS1, PM2).Famille 2: le cas index (52 ans) présente une atrophie optique depuis la deuxième décennie de vie, suivie d'une ataxie mixte sensitive et cérébelleuse. L'OE montre une acuité visuelle réduite (1,6/10), une atrophie optique et une épaisseur réduite des fibres nerveuses. L’IRM cérébrale montre des hypersignaux et une atrophie des nerfs optiques. Son frère souffre d'une atrophie optique avec acuité visuelle préservée. Sa mère souffre d'une ataxie cérébelleuse et d'une atrophie optique d'apparition tardive (environ 60 ans). L’analyse par ES a trouvé un variant hétérozygote (NM_004181.5:c.171_174+7del) dans UCHL1 chez le patient et sa mère, probablement pathogène (PVS1, PM2). Discussion: Nous présentons deux familles (4 sujets) avec deux nouvelles variantes hétérozygotes, prédites LoF, dans UCHL1. Cela confirme la pathogénicité des variants AD et montre une grande variabilité phénotypique intrafamiliale : d’une atrophie optique juvénile sévère (suivie d’une légère ataxie cérébelleuse plus de 15 ans après le début de la maladie) jusqu’à une ataxie tardive avec une atrophie optique asymptomatique. L'atrophie optique est constamment présente, à différents degrés de gravité ; la spasticité est minime ou absente. Contrairement à la forme AR, le retard psychomoteur et la dysmorphie ne font partie du phénotype AD. Des variants hétérozygotes dans UCHL1 doivent donc être recherchés en cas d’atrophie optique précoce ou de syndromes ataxiques complexes d’apparition tardive avec atrophie optique asymptomatique. 

Recherche possible grâce au Plan France Médecine Génomique 2025

Contexte: Les réseaux européens de référence (ERN) sont des réseaux virtuels impliquant des professionnels de santé et visant à améliorer la prise en charge des maladies rares. L’ERN-EYE est consacré aux maladies rares de l'œil et couvre 24 pays de l'UE, afin de garantir la meilleure prise en charge pour 900 maladies rares de l'œil. L'une des activités les plus importantes est la mise en place de cliniques virtuelles, utilisant la plateforme informatique. Afin d'augmenter le taux de résolution des diagnostics, l'ERN-EYE a lancé des réunions multidisciplinaires impliquant des ophtalmologues, des généticiens moléculaires cliniques et des chercheurs, les RED-Var, qui fournissent des recommandations sur les variants génétiques incertains. Dans le domaine des maladies rares de l’œil, de nombreuses thérapies géniques ont été étudiées. Une thérapie génique, le Luxturna, a été approuvée par l’EMA en 2018 et est réservée à la rétinopathie associée au gène RPE65. Afin de remplir les critères d'éligibilité au traitement, un diagnostic moléculaire précis est nécessaire. Un clinicien référent télécharge les données des patients dans la clinique virtuelle, pour en discutent ensuite lors des réunions. Les activités des consultations RED-Var sont présentées. Méthodes: L'outil RED-Var, associé à la clinique virtuelle de l’ERN-EYE est décrit pour résoudre les cas complexes de maladies rares de l’œil qui seraient potentiellement éligibles à une thérapie génique, ainsi que pour permettre l’éducation à plus grande échelle. Le nombre de cas résolus est présenté, illustré par des exemples. Résultats: Six réunions RED-Var ont eu lieu en 2022-2023, au cours desquelles 15 patients ont été discutés. Treize cas ont été référés par des institutions du réseau ERN-EYE, les 2 cas restant provenant d'un hôpital australien.  Parmi les cas présentés, 14 étaient initialement présumés atteints de rétinopathie liée à RPE65, et un était présumé atteint d'amaurose congénitale de Leber liée à CEP290. La principale demande de consultation concernait les corrélations génotype-phénotype, en particulier en présence d'un ou deux variants de signification inconnue (VUS). Tous les cas (n=15) ont été résolus au cours des réunions : 1) les VUS ont été reclassés en classe 4 (probablement pathogènes), 2) des recommandations avec les étapes requises pour la reclassification ont été fournies à l'institution référente. Conclusion: Les consultations multidisciplinaires RED-Var associées à la clinique virtuelle de l’ERN-EYE sont un outil efficace pour les cliniciens qui rencontrent des cas complexes, présentant une corrélation génotype-phénotype incertaine ou des difficultés avec la validation de variants génétiques. Cette étape est importante pour permettre la prise de décisions sur l'éligibilité aux thérapies géniques disponibles. Il s'agit également d'un outil clinique sécurisé qui facilite le partage d'informations et l'éducation dans le cadre des maladies rares de l’œil dans l'UE et au-delà.

La neurodégénérescence associée à la protéine en hélice Bêta (BPAN) est une forme ultra-rare de neurodégénérescence avec accumulation intracérébrale de fer (NBIA). Cette forme dominante liée à l’X est secondaire à des variants pathogènes dans WDR45, codant pour le domaine répété WD45 ou WIPI4 impliqué dans l'autophagie cellulaire. La BPAN est principalement décrite chez les femmes, et seulement 17 cas masculins sont rapportés à ce jour. Les variants pathogènes dans WDR45 chez les patients masculins surviennent typiquement de novo ou à partir de mutations germinales héritées d'une mère indemne. Plus rarement, des cas de mosaïcisme somatique postzygotique sont rapportés mais demeurent mal compris à ce jour. Les manifestations de la maladie ont tendance à être plus sévères chez les hommes. Son évolution est généralement biphasique: développementale dans l'enfance, marquée par un retard du développement et un trouble moteur, suivie d'une aggravation progressive avec une dystonie et un parkinsonisme à l'adolescence/âge adulte. L’épilepsie est fréquente (66%) et l'imagerie de susceptibilité magnétique (SWI MRI) peut mettre en évidence, de façon inconstante, un dépôt de fer dans les ganglions de la base.

En collaboration avec les centres de référence de neurogénétique en France, nous menons une étude de cohorte multicentrique rétrospective en utilisant une approche multimodale: nous recueillons des évaluations cliniques détaillées, des électroencéphalogrammes (EEG), des IRM cérébrales et les données génétiques. Ceci afin d’élargir notre compréhension des formes masculines de BPAN.

Nous présentons ici nos résultats préliminaires à propos de quatre cas masculins. Dans la première famille, deux jumeaux monozygotes de 40 ans (T1 et T2) portent une variation postzygotique en mosaïque au site d'épissage c.519+1_519+3del. De manière intéressante, bien qu'ils aient tous deux un degré de mosaïcisme apparent presque identique (70-80%), T1 est sévèrement affecté et souffre d'une déficience intellectuelle avec déclin cognitif et parkinsonisme depuis l'âge de 32 ans, tandis que T2 demeure parfaitement indemne. Dans la deuxième famille, un patient masculin de 7 ans porteur d'une variation non-sens de novo c.400C>T ou p.(Arg134*), présente une encéphalopathie épileptique avec spasticité et dystonie. Enfin, dans la troisième famille, un patient masculin de 10 ans porteur d'une variation non-sens de novo c.19C>T ou p.(Arg7*), présente une encéphalopathie épileptique stabilisée avec hypertonie pyramidale et extrapyramidale avec des phénomènes dystoniques des membres. Les données longitudinales d'imagerie de ce patient illustrent l'accumulation progressive du fer dans les ganglions de la base, comme en témoignent les trois IRM cérébrales réalisées respectivement aux âges de 18 mois, 5 et 8 ans.

Nous faisons un appel à collaboration pour constituer la plus grande cohorte de BPAN masculins, afin de préciser le spectre phénotypique et génotypique de cette maladie.

Le syndrome de Pitt-Hopkins (PTHS) est un trouble neurodéveloppemental rare caractérisé par des traits faciaux distinctifs (yeux enfoncés, nez proéminent, bouche large avec des dents très espacées), un retard du développement associé à une déficience intellectuelle, et un dysfonctionnement marqué du système nerveux autonome (des épisodes d'hyperventilation intermittente et de motilité intestinale associés à des crises épileptiques). Le PTHS est généralement causé par l'haploinsuffisance du gène TCF4, résultant soit d'un variant pathogène au niveau du gène TCF4 soit d'une délétion de la région chromosomique 18q21.2 comportant le gène TCF4.

Nous rapportons le premier cas de PTHS au Maroc. Il s’agit d’un enfant âgé de 3ans, issu d’un mariage consanguin, ayant comme antécédents une hypotonie axiale néonatale associée à une dépression des ROT. L’examen clinique a révélé un retard global du développement, une absence de langage, une microcéphalie ainsi qu’une dysmorphie faciale typique. L’examen ophtalmologique a montré un nystagmus, une estropie, une rétine plate avec ACR diffuse et une papille optique de grande taille. Les résultats de l'électrorétinogramme aux deux yeux étaient altérés au niveau du système scotopique. En plus des caractéristiques typiques du PTHS, le jeune garçon présentait des épisodes de respiration rapide suivis de cyanose et une épilepsie récurrente. L’électroencéphalogramme a montré un tracé mal organisé sur le plan spatial avec une activité pauvre et asymétrique, une absence de signes électriques de comitialité et une mauvaise modulation entre les états de vigilance. Les images par résonance magnétique ont mis en évidence une malformation de la FCP type Dandy Walker associée à une agénésie totale du corps calleux. Le caryotype standard et l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) ont montré une délétion terminale de novo de 27.894Kb du bras long du chromosome 18 :

46,XY,del(18)(q21         qter).arr(GRCh)18q21.2q23(50120023_78014123)x1 dn.

Un séquençage à haut débit est en cours d’exécution pour confirmer le diagnostic.

Le risque pour les frères et les sœurs d'une personne atteinte est légèrement plus élevé que celui de la population générale en raison de la possibilité de mosaïcisme germinal. Dans de tels cas, il est pertinent d'envisager des options telles que le dépistage prénatal ou pré-implantatoire.

Les protéines sarcomériques sont le produit de gènes fortement conservés et homologues. Des gènes codent pour des isoformes distinctes dans les muscles cardiaque et squelettique, et les pathologies résultant de l'apparition de variants pathogènes dans ces gènes affectent spécifiquement le muscle où ils sont exprimés. Cependant, il est important de noter que cette distinction n'est pas toujours absolue. Ainsi des individus avec une myopathie associée à ACTA1, gène codant pour l’isoforme squelettique de l’alpha-actine, ont été rapportés comme présentant également des anomalies cardiaques. Inversement, l'isoforme cardiaque de l'alpha-actine, ACTC1, est associée à des cardiomyopathies et des malformations cardiaques congénitales or une étude a rapporté des cas d’arthrogrypose distale (AD) avec atteinte cardiaque chez 5 familles porteuses de variants faux sens hétérozygotes (Chong et al. HGG advances 2023).

Nous avons récemment identifié un cas d’AD chez un fœtus présentant un variant identique à un des variants rapportés dans l’étude de Chong et al. Les premiers signes sont apparus à 21 semaines d'aménorrhée (SA) + 6 jours, avec la détection à l’échographie de diminution des mouvements fœtaux et des contractures des quatre membres ainsi qu’une angulation importante du rachis. Ces anomalies furent ensuite confirmées par une seconde échographie à 22 SA + 3. Compte tenu du mauvais pronostic associé à ces résultats échographiques, le couple a opté pour une interruption de grossesse à 23 SA + 6. Une autopsie du fœtus a confirmé le diagnostic d'AD.

Ce cas renforce l’hypothèse selon laquelle les variants monoalléliques du gène ACTC1 peuvent être responsables d’AD. Il est d’autant plus remarquable qu’il existe des similarités entre notre cas et le cas de l’étude en particulier l’apparition des premiers signes en anténatal et l’absence de manifestations cardiaques.

Ces ressemblances pourraient être attribuées à un rôle spécifique de l'acide aminé affecté par le variant en question. Par conséquent, nous avons effectué une modélisation structurale qui suggère que le variant pourrait perturber les liaisons non covalentes à l'interface actine/profiline. La liaison de l'actine globulaire inactive à la profiline étant cruciale pour sa réactivation, nous émettons l'hypothèse que l'altération de ce processus peut conduire à une diminution du recyclage et de la polymérisation en filaments. Ce mécanisme se distinguerait ainsi des hypothèses mécanistiques avancées dans les atteintes cardiaques associées au gène ACTC1, à savoir l'haploinsuffisance dans les communications interauriculaires et dans les cas de cardiomyopathie hypertrophiques ou dilatée, une sensibilité au calcium et donc une activité contractile augmentée ou diminuée, respectivement.

Spectre génotypique des patients atteints d’albinisme de Bamako (Mali).

Modibo Diallo¹, Ousmane Sylla², Mohamed Kole Sidibé², Aziz Hadid³, Elina Mercier¹, Angèle Sequeira¹, Sophie Javerzat¹, Claudio Plaisant⁴, Eulalie Lasseaux⁴, Vincent Michaud⁴, Benoit Arveiler^1,4

1-Laboratoire Maladies Rares, Génétique et Métabolisme INSERM U1211, Bordeaux, France

2-Infirmerie Hôpital Militaire, Bamako, Mali

3-Laboratoire d’Analyses PA&KA, Bamako, Mali

4-Service de Génétique Médicale, CHU Bordeaux, France

Au Mali, aucune étude génétique des patients atteints d’albinisme n’a été réalisée jusqu’à présent. En collaboration avec les équipes dermatologique et ophtalmologie de l’Infirmerie Hôpital Militaire de Bamako et l’Association pour la protection des patients avec albinisme de Bamako, nous avons déterminé le spectre génotypique de 18 familles maliennes atteintes d’albinisme. Nous avons réalisé le séquençage des 20 gènes d’albinisme connus. Les cas index présentaient un phénotype  d’albinisme oculo-cutané modéré ou sévère. Une consanguinité était présente dans 8/18 familles. L’OCA2 est la forme la plus fréquente (13/18 familles, 72%), suivi d’OCA1 (3/18 familles, 17%) et OCA4 (2/18 familles, 11%). Un variant d’OCA2 déjà décrit dans la littérature est trouvé de façon récurrente et représente 62% des allèles d’OCA2. 5 nouveaux variants ont été identifiés, dont 2 dans OCA2, 2 dans TYR et 1 dans SLC45A2. L’un des nouveaux variants d’OCA2 est un variant intronique profond, NM_000275.3: c.1951+1215G > T, qui active à la fois un accepteur et un donneur cryptique d’épissage selon les algorithmes de prédiction d’épissage. Une étude de l’ARN (PAXgene) des patients porteurs du variant intronique profond par RT-PCR et une étude par minigène ont permis de mettre évidence l’inclusion d’un pseudoexon de 77 pb avec décalage du cadre de lecture et  apparition d’un codon stop prématuré, rendant ainsi le transcrit aberrant. Ce travail a permis d’établir le diagnostic chez tous les patients et servira de base pour de futures études de patients atteint d’albinisme au Mali et d’autres pays d’Afrique subsaharienne.

Mots clés : Albinisme, Bamako, diagnostic moléculaire.

Introduction : La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une maladie génétique à transmission autosomique dominante, causée par des variants perte-de-fonction dans le gène NF1. Plus de 2200 variants pathogènes différents ont été décrits (LOVD), répartis sur l’ensemble de la séquence codante du gène NF1. La maladie est très hétérogène sur le plan clinique, y compris au sein d’une même famille. Si le type de variant causal ne permet globalement pas de prédire la sévérité de l’atteinte, des corrélations génotype-phénotype été mises en évidence pour certains variants faux-sens de NF1 dans des cohortes internationales. Nous avons cherché à confirmer ces corrélations dans la cohorte française.

Méthodes : Les patients ont été inclus et décrits phénotypiquement à l’aide d’un questionnaire standardisé entre 2005 et 2020. Les atteintes cliniques ont été comparées à celles d’une population NF1 de référence dite « NF1 classique ».

Résultats : Les données cliniques ont été recueillies pour différents variants faux-sens de la neurofibromine affectant les codons : Met1149 (2 patients),  Arg1809 (21 patients),  Arg1276 (23 patients), Lys1423 (31 patients) et les codons 844 à 848 (25 patients). L’âge médian des patients était de 16,5, 18, 17, 19 et 17 ans respectivement. Comme précédemment décrit, aucun des patients porteurs de variants faux-sens de la Met1149 ou de l’Arg1809 ne présentait de neurofibrome. Les neurofibromes cutanés étaient moins fréquents chez les porteurs de variants faux-sens de l’Arg1276 par comparaison avec la cohorte « NF1 classique » (46% vs 91%), tandis que les neurofibromes spinaux étaient plus fréquents (50% vs 1,7%). Les patients mutés pour l’Arg1276, la Lys1423 ou les codons 844 à 848 avaient développé plus fréquemment des neurofibromes plexiformes (60%, 63% et 43% vs 18,5%, respectivement). Les anomalies osseuses étaient plus fréquemment associées avec les mutations des Lys1423 et des codons 844 à 848 (80 et 61% vs 15,2%). Contrairement à ce qui a pu être précédemment décrit, les neurofibromes cutanés semblaient moins fréquents et les gliomes des voies optiques plus fréquents chez les patients porteurs de variants faux-sens des codons 844 à 848 de le neurofibromine. Par ailleurs, nous décrivons pour la première fois l’association d’une forme modérée de NF1 avec les variants faux-sens modifiant l’Arg1204 de la neurofibromine : aucun des 10 patients porteurs ne présentait de neurofibrome.

Conclusion : La description de la cohorte française est en accord avec les précédentes publications sur des cohortes internationales. Quelques discordances sont observables pour les variants des codons 844 à 848, ce qui suggère que des corrélations individuelles à l’échelle de chaque acide aminé pourraient être plus pertinentes dans cette région de la neurofibromine. Nous identifions une nouvelle corrélation génotype-phénotype, qui ouvre la porte à des études plus larges des variants pathogènes du gène NF1, incluant notamment des approches fonctionnelles.

Le diagnostic moléculaire de l’albinisme repose sur l’analyse systématique des 20 gènes connus à la recherche de SNV et de CNV. Le rendement diagnostique est d’environ 70%. Afin d’améliorer le taux de diagnostic, nous avons élargi notre panel NGS en incluant la totalité des introns des gènes des 5 formes les plus fréquentes d’albinisme, TYR, OCA2, SLC45A2, GPR143 et HPS1. Nous rapportons ici l’identification chez 6 patients de variants introniques distants des sites canoniques d’épissage et d’un variant synonyme qui provoquent des altérations de l’épissage des gènes OCA2, SLC45A2 et HPS1.

Chaque patient porte un premier variant exonique hétérozygote classé comme probablement pathogène ou pathogène. Les critères suivants ont été utilisés pour rechercher des variants introniques : 1) fréquence dans la population générale (gnomAD3.2) ≤1%, 2) variant en trans du 1^er variant, 3) prédiction d’altération de l’épissage par l’un des logiciels MaxEntScan, SpliceAI, SPiP, RNA Splicer.

Comme nous l'avons récemment publié, les transcrits d'OCA2 et SLC45A2 peuvent être analysés après RT-PCR sur ARN issus d'échantillons sanguins, permettant d’éviter le recours à des biopsies de peau (Michaud et al. 2023). Le gène HPS1 quant à lui est connu pour s’exprimer dans les cellules sanguines. Par cette approche, nous montrons que le variant NM_000275.3 c.2433-22889T>A dans l’Intron 23 du gène OCA2 induit l’inclusion d’un pseudoexon de 159 bp avec décalage du cadre de lecture et apparition d’un codon stop prématuré. Le variant synonyme NM_000275.3 c.1857C>T, p. (ASP619=) situé dans l’exon 18 d’OCA2, et le variant NM_000275.3: c.1951+1215G>T situé dans l‘intron 18 du gène OCA2 ont montré par RT-PCR l’inclusion d’un même pseudoexon de 77 bp avec décalage du cadre de lecture et apparition d’un codon stop prématuré. Ces résultats, confirmés par test minigène pour le variant c.1951+1215G>T, indiquent une possible prédisposition particulière pour le choix sélectif des deux sites accepteur et donneur impliqués au sein de l’intron 18 d’OCA2. Le variant NM_000275.3c.1117-17T>C provoque un saut des exons 10 et 11 d’OCA2 vu par RT-PCR. Le variant NM_016180.5 : c.1157-765C>G, situé dans l’intron 5 du gène SLC45A2, engendre l’inclusion d’un pseudoexon de 130 bp, aboutissant à un codon stop prématuré, confirmé par RT-PCR. Enfin le variant NM_000195.5: c.1599-16T>G du gène HPS1 provoque un saut de l’exon 17 vu par minigène. Ce résultat n’a pu être confirmé par RT-PCR en raison de la dégradation de l’ARN dérivé de l’allèle muté.

Ce travail a permis d’établir le diagnostic chez les 6 patients grâce à l’identification de variants synonyme ou introniques non canoniques qui altèrent l’épissage normal démontrant l’intérêt de l’analyse des séquences non codantes en diagnostic.

Michaud et al. Unsuspected consequences of synonymous and missense variants in OCA2 can be detected in blood cell RNA samples of patients with albinism. Pig Cell Melan Res. 2023 doi: 10.1111/pcmr.13123.

3-Hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A Lyase deficiency (HMGCLD) is a rare autosomal recessive metabolic disorder caused by homozygous or compound heterozygous variations in the HMGCL gene. This disorder typically manifests early during the neonatal period with life-threatening metabolic intoxication including a profound hypoketotic hypoglycemia, metabolic acidosis, hyperammonemia and lethargy that may progress to coma. In rare cases, symptoms may appear later in childhood or adulthood, or with milder effects.

We present a case study of a 3-year-old girl who experienced a sudden episode of ataxia, which spontaneously and fully resolved. Exome sequencing unveiled two previously unknown missense variations in the HMGCL gene (NM_000191.3). One of the variations (c.605T > C) changes the leucine 202 into proline which is positioned in a deeply conserved region of the protein that would play a crucial role in the proper positioning of the substrate. The second variation, c.349G > T p.(Val117Phe), is predicted to affect the splicing of the gene. Further study of the patient's mRNAs demonstrated that the latter variation led to the exon 5 skipping with a frameshift p.(Ala118Argfs*9) and a nonsense-mediated decay (NMD), as well as a little amount of the p.(Val117Phe) protein. This potentially functional protein might account for the less severe phenotype of the patient and the absence of metabolic crises.

Thus, even if HMGCLD typically presents with a sudden metabolic intoxication, it should also be considered in patients who were previously healthy or displayed minimal symptoms, as soon as they display the characteristic profile of elevated levels of 3-hydroxy-methylglutaric, 3-methylglutaric, 3-methylglutaconic, and 3-hydroxyisovaleric acids in their urine.

Introduction

La schizophrénie est un trouble psychotique complexe qui affecte environ 1% de la population générale dans le monde. Les interactions entre les facteurs environnementaux et la vulnérabilité génétique ont été émises comme des facteurs étiologiques de cette maladie. Plusieurs études ont démontré que l'allèle 677T du gène MTHFR était associé à des niveaux élevés d'homocystéine et de faibles taux plasmatiques de folates et de vitamine B12. De même, le polymorphisme Insertion (I) / Délétion (D) du gène codant l'ACE semble impliqué puisque l'activité de l'enzyme de conversion de l'angiotensine dans différentes régions du cerveau de patients atteints de schizophrénie est augmentée.

Nous avons voulu par ce travail, rechercher une éventuelle relation entre le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR et le taux plasmatique d’homocystéine d’une part et  polymorphisme Insertion (I) / Délétion (D) du gène codant l'ACE et l'activité de l'enzyme de conversion de l'angiotensine d’autre part dans une population de schizophrène de l’Est algérien.

Patients et méthodes

Notre étude a porté sur 114 témoins et 42 schizophrènes. La recherche du polymorphisme I/D du gène de l’ACE a été réalisé par une simple PCR suivie d’une séparation des produits de PCR par une électrophorèse sur gel d’agarose et La mutation C677T du gène de la MTHFR a été détectée par PCR /RFLP en utilisant l'enzyme de restriction Hinf I.

Résultats et discussion

Nos résultats ont montré une association significative entre le sexe masculin (82.14%), le tabagisme (69.77% vs 46.55%), la prise de cannabis (39.95% vs 00%), la morbidité familiale (56.86% vs7.41%) et les taux plasmatiques de folates. Cependant les taux de Vitamine B12 et d’homocystéine n’ont montré aucune association avec la schizophrénie.

Nous avons également retrouvé une forte association entre le génotype homozygote muté TT du gène de la MTHFR (57.14 % vs 5.36 %) et la schizophrénie avec des odds ratios des génotypes TT vs CC=30.87 IC (7.21-153.23)p < 0.00001 et TT+CT vs CC=9.16IC(3.47-24.78) p < 0.00001.

Les fréquences génotypiques du polymorphisme I/D du gène de l’ACE étaient comme suit : 13.33 % vs 40.35%, sont hétérozygotes ID, 66.66% vs 51.75% sont homozygotes DD et 13.33 % vs 5.26% sont des homozygotes II respectivement chez les malades et les témoins. L’odds ratios I/I vs DD est non significative 1.97 (0.50-7.69) avec une p=0.21, par contre l’odds ratios I/I+ID vs DD est proche de la significativité 0.45 (0.20-1.04) avec une p=0.06.

Conclusion

Nos résultats ont montré que le génotype TT du gène de la MTHFR était un facteur de risque de développement de la maladie, cependant  aucune association entre le polymorphisme I/D de l’ACE et la susceptibilité à la schizophrénie n'a été révélée. D’autres études sur des  échantillons plus larges sont nécessaires pour confirmer cette constatation.

The known disease associated with THOC2 mutations is Intellectual developmental disorder, X-linked 12. A family case of fetal arthrogryposis multiplex congenita associated to a specific mutation in THOC2 gene was recently published. We report here, a second family with the same splice site mutation in THOC2 gene involved in fetal arthrogryposis as well. We described for the first time the muscular phenotype of this new disease unravelling the presence of cytoplasmic bodies. All together these findings expand the clinical phenotype of THOC2 gene related defects and suggest its involvement in a new primary myopathy with cytoplasmic bodies. It highlights the interest of whole genome sequencing combined with complete fetoplacental exam not only to discover new genes in known phenotypes but also new phenotype in known genes.

Contexte : Les collagénopathies VI englobent des myopathies allant de formes sévères (dystrophie musculaire congénitale d’Ullrich) jusqu’à des formes plus modérées (myopathie de Bethlem). Elles résultent d’anomalies d’expression et/ou de sécrétion du collagène VI (COLVI), composant de la matrice extracellulaire et formé par l’assemblage de 3 chaines alpha1, aplha2 et alpha 3 codées respectivement par les gènes COL6A1-A2-A3. Leur diagnostic repose sur des critères cliniques, d’IRM musculaire et d’analyses génétiques. Nous présentons le cas d’un patient avec un phénotype typique de collagénopathie mais pour lequel les analyses initiales en panel NGS n’ont pas été concluantes. Des techniques complémentaires d’études protéiques et transcriptionnelles ont permis de confirmer le diagnostic.

Matériel et méthode : Un panel NGS de gènes associés aux myopathies rétractiles incluant COL6A1, COL6A2 et COL6A3 a été séquencé à partir d’ADNg sanguin. L’expression du COLVI a été réalisée par immunomarquage sur fibroblastes obtenus à partir d’une biopsie cutanée. Une étude transcriptomique par RNA-seq sur les ARN issus de fibroblastes a permis d’analyser des anomalies d’épissage des COL6A1-A2-A3.

Résultats : Aucun variant d’intérêt n’ayant été retenu sur le panel NGS, un immunomarquage COLVI sur fibroblastes a été réalisé et a montré une altération de sa sécrétion avec absence de réseau COLVI. Par la suite, une approche transcriptomique par RNA-seq a montré un saut de l’exon 11 à l’état hétérozygote dans COL6A1.

Conclusion : Devant la clinique très évocatrice et grâce aux études fonctionnelles, nous avons identifié le variant génétique causal permettant de confirmer le diagnostic de myopathie d’Ullrich. Cet exemple illustre l’importance du dialogue clinicien-biologiste, de la limite des analyses sur ADN génomique, et de la complémentarité des tests fonctionnels afin de réduire l’errance diagnostique.

Les dysplasies ectodermiques (DE) sont des maladies génétiques rares le plus souvent héréditaires, caractérisées par l’absence ou la dysplasie de certains tissus d’origine ectodermique. Bien qu'il existe des formes autosomiques récessives et dominantes, la dysplasie ectodermique hypohidrotique (DEH) liée à l'X est la forme la plus fréquente de la maladie, responsable du syndrome de Christ – Siemens – Touraine. Les variations du gène EDA sont responsables de la DEH. Ce gène, situé sur le chromosome Xq12-13.1, code pour deux protéines, EDA1 (EDAR) et EDA2 (XEDAR), qui activent la voie NF-κB. Cette voie est essentielle pour la transmission du signal de l'ectoderme au mésenchyme, ce qui influence le développement des structures ectodermiques telles que les cheveux, les dents, la peau, les ongles et les glandes sudoripares exocrines. Ce travail met à jour les caractéristiques cliniques de la DEH en prenant en compte les récentes avancées moléculaires concernant l'inactivation du chromosome X (ICX) chez les porteuses hétérozygotes.

Dans une famille marocaine, nous avons pu identifier la présence d’une mutation faux-sens pathogène (NM_001399.5 : c.467G > A ; p.Arg156His) au niveau du gène EDA, à l’état hémizygote chez le garçon et hétérozygote chez sa mère grâce au séquençage haut débit de l’exome entier (WES) dans un premier temps et au séquençage de Sanger pour l’étude de la ségrégation familiale. L’examen clinique de l’enfant âgé de 6 ans a révélé une dysmorphie faciale caractéristique, une hypodentie, une hypotrichose expliquant les épisodes d’hyperthermie récurrente et une peau sèche et écailleuse. La maman, porteuse hétérozygote, présentait une absence de 4 dents, des cheveux fins et cassants et des ongles déformés. Normalement, les porteuses hétérozygotes avec des mutations du gène EDA présentent généralement un phénotype moins sévère par rapport à celui observé dans notre étude, probablement en raison d’une inactivation biaisée du chromosome X avec une surexpression du gène mutant. Ainsi, une étude de l’ICX au locus HUMARA est en cours de réalisation.

L’hérédité du glaucome primitif a angle ouvert (GPAO) a fait l’objet de nombreux travaux ; son étude mérite toutefois d’être reprise.

Le GPAO est une neuropathie optique chronique progressive typiquement bilatérale, qui survient le plus souvent après 40 ans.

Le GPAO représente une des grandes causes de cécité irréversible à travers le monde. En effet, une histoire familiale de GPAO est souvent présente dans ces familles ,qui ont montré une augmentation de 10 % du risque de développer un GPAO pour des apparentés du premier degré d’un individu atteint.

 Seuls 5 %  GPAO sont monogéniques (résultant d’une mutation dans un seul gène) et généralement de transmission autosomique dominante.

En effet, il n’existe que très peu de familles qui correspondent à une transmission mendélienne classique, à savoir qu’une mutation dans un gène donné est suffisante et nécessaire pour que la maladie apparaisse.

Dans le GPAO, il s’agit le plus souvent d’hérédité à transmission autosomique dominante, c’est-à-dire qu’elle touche un seul allèle d’un individu, et un individu atteint (hétérozygote) porteur de la mutation va avoir 50 % de risque de transmission à sa descendance ; l’arbre généalogique sera dit vertical, c’est-à-dire avec des cas présents de génération en génération, touchant aussi bien les hommes que les femmes. Deux gènes sont principalement impliqués dans les formes monogéniques : la myociline et l’optineurine.

 Le gène de la myociline (MYOC) est responsable, d’une manière générale dans le monde, de 3 à 5 % des GPAO. Plus de 70 mutations ont été rapportées, la plus fréquente étant la mutation Q368X, qui a d’ailleurs été plutôt associée à des formes de début très précoce.

Le deuxième gène responsable de forme monogénique de GPAO a été identifié grâce à l’étude d’une très grande famille atteinte de glaucome à pression normale, avec une transmission autosomique dominante et porteuse de la mutation p.Glu50Lys (ou E50K) dans l’optineurine. À l’inverse des mutations dans le gène de la myociline, celles-ci semblent plutôt limitées à certaines populations et la contribution génétique est plus complexe à analyser.

D’autres gènes ont été identifiés par des approches identiques aux deux précédents, mais néanmoins sont sujets à controverse dans la littérature : le gène TANK binding kinase 1 (TBK1), Le gène WD repeat domaine 36 (WDR36) et le gène NFT4 codant pour la neurotrophine 4.

Pour le GPAO, la forme la plus courante, les gènes associés à une pression intraoculaire élevée ou au risque de glaucome sont ABCA1, AFAP1, ARHGEF12, ATXN2, CAV1, CDKN2B-AS1, FOXC1, GAS7, GMDS, SIX1/SIX6, TMCO1 et TXNRD2.

Pour 95 % des GPAO, les facteurs génétiques sont des facteurs de prédisposition qui s’additionnent entre eux et à des facteurs environnementaux.

À l’avenir, l’établissement des facteurs génétiques de prédisposition au GPAO interprétés à travers d’autres éléments, constitueront le socle de la médecine personnalisée et la base de découvertes physio pathogéniques et thérapeutiques.

L'amélogenèse imparfaite (AI) regroupe un ensemble hétérogène de maladies génétiques rares affectant le développement de l'émail. Les phénotypes cliniques de l'émail peuvent être décrits comme (1) hypoplasiques avec un défaut quantitatif de l’émail qui apparaît alors plus mince, piqué ou strié, allant jusqu’à l’agénésie de l'émail ; (2) hypominéralisés avec une sous-minéralisation rendant l’émail plus mou, rugueux, et coloré ; ou enfin (3) hypomatures avec un émail relativement dur mais non translucide voire coloré. L’AI peut-être isolée ou bien associée à d’autres symptômes dans le cadre de syndromes. Actuellement, plus de 100 gènes responsables ont été identifiés, dont le gène DLX3.  Celui-ci est impliqué dans deux entités distinctes de transmission autosomique dominante : une AI hypomature avec taurodontisme non syndromique dite de type IV (OMIM # 104510) et le syndrome tricho-dento-osseux (TDO) (OMIM # 190320), une forme de dysplasie ectodermique avec des cheveux frisés et des anomalies osseuses. Cliniquement l’émail est hypoplasique, fin avec parfois la présence de puits ; les molaires présentent une anomalie morphologique radiculaire observée sur les radiographies et appelée le taurodontisme. Le gène DLX3 (17q21.33, trois exons), code pour un facteur de transcription impliqué dans la différenciation ostéogénique, et plus particulièrement dans le développement du prosencéphale et du massif cranio-facial. En 2018, Whitehouse et al., a rapporté des variants pathogènes (délétion, faux-sens, tronquant) dans 3 familles avec des individus présentant une AI avec taurodontisme associée à des signes discrets au niveau des cheveux et osseux témoignant de la variabilité clinique.

Les individus atteints d’AI peuvent bénéficier d’une prise en charge spécifique dans le réseau O-Rares. Un panel NGS GenoDENT avec le séquençage de plus de 500 gènes et le séquençage d’exome ont été développés spécifiquement pour les maladies rares à expressions bucco-dentaires au sein du laboratoire de diagnostic génétique des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg. Plus de 500 individus ont ainsi pu être séquencés. Parmi eux, nous avons identifié six variations (faux-sens et petite délétion) dont quatre dans 4 familles avec un phénotype d’AI hypoplasique isolée ainsi que deux dans 2 familles avec un phénotype d’AI syndromique.

En conclusion, l’utilisation des outils de diagnostic en biologie moléculaire tels que le séquençage sur un panel de gènes et l’exome a permis d’identifier des nouveaux variants génétiques impliqués dans ces AI hypoplasiques liées à DLX3 et donc d’améliorer la prise en charge des patients. L’AI avec taurodontisme et le TDO pourraient être deux maladies alléliques. Enfin, si des variants de signification inconnue (VSI) sont identifiés, ils pourraient être étudiés en recherche en culture de cellules et/ou d’organoïdes dans l’optique de déterminer leur impact et éventuellement de les reclasser comme probablement pathogène (classe 4) ou pathogène (classe 5).

La poïkilodermie fibrosante héréditaire avec myopathie rétractile et fibrose pulmonaire (POIKTMP ; MIM: 615704) est une maladie génétique dominante très rare causée par des variants hétérozygotes du gène FAM111B dont la physiopathologie reste encore mal comprise. En effet, le gène FAM111B code une sérine protéase de type trypsine, principalement étudiée en oncologie. Le fait que des variants dans le gène FAM111B soient responsables d’une atteinte multi-systémique dans la POIKTMP suggère un champ fonctionnel plus large pour cette protéine, qui va au-delà de son rôle dans la prolifération cellulaire décrit jusqu’ici.

Dans cette étude, nous rapportons 4 nouveaux patients POIKTMP issus de 2 familles indépendantes, ainsi qu’une revue des 37 cas déjà publiés, portant à 41 le nombre de patients POIKTMP décrits à ce jour. Nous élargissons (i) le spectre clinique au risque d’insuffisance rénale, de neuropathie périphérique et aux anomalies dentaires à type de racines courtes et de microdontie ; et (ii) le spectre moléculaire à un nouveau variant pathogène, c.1301A > C ; p.(Tyr434Ser), localisé dans la région de hot-spot mutationnel comprenant au total 12 variants pathogènes identifiés dans FAM111B.

Sur le plan fonctionnel, nous avons mené des études multi-omiques sur des fibroblastes de patients POIKTMP porteurs de variants faux-sens dans FAM111B. Nos données ont révélé une étroite interaction entre la protéase FAM111B et les composants du système ubiquitine-protéasome (UPS), une voie hautement conservée impliquée dans le maintien de l'homéostasie des protéines chez les eucaryotes. Le fonctionnement de l’UPS s’avère significativement altéré dans les cellules de patients POIKTMP, entraînant une accumulation incontrôlée d'agrégats de protéines ubiquitinylées. La perturbation de l'homéostasie protéique dans ces cellules s'accompagne d'une augmentation de l'autophagie et d’une signature interféron de type I chez les patients.

Au total, ces résultats mettent en évidence un dysfonctionnement de l'UPS comme un moteur central de la physiopathologie de la POIKTMP, ce qui ouvre des voies nouvelles et prometteuses pour envisager des pistes thérapeutiques pour les patients.

Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer, ou NBIA (pour Neurodegenerescence with Brain Iron Accumulation) sont un groupe de pathologies le plus souvent héréditaires, ayant pour dénominateur commun une accumulation anormale de fer au niveau de l’encéphale. La prévalence des NBIA est estimée à un peu plus d’un cas/1000000 habitants. La neurodégénérescence associée à un déficit en pantothénate kinase (PKAN) est la forme la plus fréquente des NBIA. Parmi les gènes responsables de cette pathologie, le gène PKAN2. Les objectifs de cette étude sont de décrire les caractéristiques cliniques et génétiques de cette entité pathologique et de souligner l’intérêt du conseil génétique dans sa prise en charge.

Il s’agit d’un patient âgé de 8 ans suivi pour des troubles du neurodéveloppement associés à des signes dystoniques. L’anamnèse retrouve une notion de consanguinité parentale au 1^er degré, un cas similaire chez la sœur ainée, ainsi qu’un retard du développement psychomoteur et une dysarthrie. L’examen clinique met en évidence des attitudes dystoniques principalement aux membres inférieurs avec des troubles de la marche associés à des chutes fréquentes nécessitant un déplacement en chaise roulante. Le séquençage haut débit de l’exome réalisé chez le patient a révélé la présence à l’état homozygote d’une mutation pathogène NM_153638.2 : c.1176_1177del ; p.(Val 394fs⃰) au niveau du gène PKAN2, responsable de la neurodégénérescence par déficit en pantothénate kinase.

La PKAN, aussi appelée syndrome d’Hallervorden-Spatz (OMIM : 606157), est une maladie génétique rare, de prévalence inconnue, qui se transmet sur le mode autosomique récessive. Le risque de récurrence est de 25%. Ceci explique l’intérêt du conseil génétique, en vue de proposer un diagnostic prénatal ou pré-implantatoire au couple, et une recherche de la mutation chez les apparentés à risque. Sur le plan thérapeutique, le traitement de cette pathologie neurodégénérative est symptomatique incluant des myorelaxants pour la dystonie et la spasticité. La stimulation cérébrale profonde et la toxine de botulique peuvent soulager certains symptômes. Un chélateur du fer, la défériprone, peut également être étudié comme option thérapeutique.

L’encéphalopathie par déficit en sulfite oxydase, est une maladie génétique rare, secondaire à la mutation du gène SUOX. Ce gène code pour l'enzyme sulfite oxydase qui catalyse l'oxydation de sulfite en sulfate, processus essentiel pour le catabolisme des acides aminés soufrés. Cette maladie rare est caractérisée sur le plan clinique par des convulsions, une encéphalopathie progressive et une luxation du cristallin. Les objectifs de rapporter cette observation sont de décrire les caractéristiques cliniques, paracliniques et évolutives de cette pathologie, ainsi que l’intérêt des diagnostics prénatal et pré-implantatoire dans sa prise en charge.

Il s’agit d’un couple apparenté au 1^er degré, adressé au service de génétique médicale, dans le cadre d’une histoire personnelle de 3 décès néonataux dans leur descendance, à j6, j5 et j21 de vie respectivement, dans un tableau d’encéphalopathie épileptique apparaissant 12 heures après la naissance. Les 3 grossesses étaient bien suivies, menés à terme, sans notion de souffrance fœtale aigue, de syndrome infectieux ni de prise toxique. Les nouveau-nés présentaient un poids et un score d’Apgar normaux à la naissance, et n’avaient pas de signes malformatifs ni dysmorphiques. Une IRM cérébrale a pu être réalisée chez le dernier enfant, et a mis en évidence un hypersignal T2 de la substance blanche sus-tentorielle, un kyste arachnoïdien de la fosse cérébrale postérieure, ainsi qu’une hypoplasie du cervelet.

Vu qu’aucune analyse génétique n’a pu être réalisée chez les 3 nouveau-nés, et devant le tableau clinique et paraclinique évoquant un trouble inné du métabolisme et la notion de consanguinité au 1^er degré, un séquençage haut débit de l’exome des deux parents a été demandé. Ainsi, une mutation faux-sens NM_000456.2: c.1187A>G p.(Gln396Arg) de signification inconnue (classe 3) du gène SUOX a été retrouvée à l’état hétérozygote chez les deux parents. Par ailleurs, une mutation faux-sens pathogène (classe 1) du gène TTC21B a été découverte de façon fortuite à l’état hétérozygote chez le père. Cette mutation est responsable à l’état homozygote de la néphronophtise héréditaire.

Devant l’histoire familiale et les résultats des tests génétiques, le diagnostic d’encéphalopathie par déficit en sulfite oxydase par mutation homozygote du gène SUOX a été retenu. Cette maladie génétique rare, de prévalence inconnue, se transmet sur le mode autosomique récessive. Ainsi, le risque de récurrence pour ce couple est de 25%. Ceci explique l’intérêt du conseil génétique, en vue de proposer un diagnostic prénatal ou pré-implantatoire au couple, et une recherche de la mutation chez les apparentés à risque.

La 11ème révision de la nosologie des dysplasies squelettiques reconnait 772 entités distinctes avec 552 gènes identifiés à ce jour à leur origine.  Elles sont classées en  41 groupes,  selon leur base moléculaire leur description clinique ou radiologique. Notre laboratoire a identifié une base physiopathologique commune à l’origine du groupe des chondrodysplasies à luxations multiples (CLM), en démontrant un défaut de synthèse des protéoglycanes (PG). Les PG sont des protéines de la matrice extra cellulaires caractérisées par l’ajout de nombreuses chaînes latérales de glycosaminoglycanes (GAG) sur la chaîne protéique principale.

Nous rapportons l’identification d’une mutation homozygote non-sens (exon 13, c.1825C>T)  dans le gène DDR1 (Discoidin Domain Receptor Family, Member 1; MIM #600408). Les deux parents sont hétérozygotes pour cette mutation ponctuelle par substitution, et la ségrégation montre que  les frères et sœurs ne sont pas homozygotes pour ce variant. Ce patient présente des luxations multiples, une hyperlaxité, un retard épiphysaire et des  pieds bots. Via GeneMatcher nous avons pu identifier 2 autres patients mutés dans DDR1.

DDR1 fait partie de la famille des récepteurs à domaine discoïdine, qui comprend également DDR2. Les mutations dans DDR2 sont connues pour être responsables de la dysplasie spondylo-méta-épiphysaire avec mains courtes et calcifications anormales (MIM #271665). Dans la littérature, les modèles de souris Ddr1^-/- et Ddr2^-/- présentent des anomalies squelettiques, ainsi qu'une anomalie des chondrocytes (cellules cartilagineuses) et des ostéoblastes (cellules osseuses). Dans les fibroblastes de notre patient, nous avons démontré une diminution importante de l’ARNm et une absence de la protéine. Nous avons mis en évidence un défaut de production de GAG. Nous avons également montré une  dérégulation de la voie de signalisation WNT, cohérente avec le modèle murin. Nos résultats suggèrent que DDR1 est nouveau gène candidat pour le groupe des CLM.

Introduction :

Le syndrome de Micro-Warburg 1 est un trouble neurodéveloppemental qui se transmet selon le mode autosomal récessif, caractérisé par des anomalies oculaires, neurologiques et endocriniennes. Les mutations du gène RAB3GAP1 sont responsables de ce syndrome.

L’objectif de ce travail est de réaliser une analyse clinique et génétique du syndrome de Micro-Warburg chez une famille tunisienne.

Patients et méthodes :

Étude clinique et génétique, par séquençage d’exome, chez deux frères ayant une déficience intellectuelle, une agénésie du corps calleux et une atteinte oculaire.

Résultats :

Il s’agit de deux frères (V-1 et V-3) issus d’un mariage consanguin de second degré, âgés de 7 et 11 ans et adressés pour cataracte bilatérale congénitale.

Le V-1 avait une déficience intellectuelle isolée, et le V-3 avait, en plus de la déficience intellectuelle, une microcéphalie et des traits autistiques. L’examen ophtalmologique a objectivé une microphtalmie avec une cataracte bilatérale congénitale chez les 2 enfants. L’IRM cérébrale a révélé une hydrocéphalie avec une agénésie partielle du corps calleux chez le V-1 et une agénésie partielle du corps calleux isolée chez le V-3.

Une analyse par séquençage d’exome a permis d’identifier, chez les deux frères, une nouvelle mutation à l’état homozygote de RAB3GAP1 (NM_012233.3:c.297del (p.Gln99fs)) en faveur du diagnostic du syndrome de Micro-Warburg. Cette variation, retrouvée à l’état hétérozygote chez les parents, est classée pathogène selon les recommandations ACMG et produise une protéine tronquée de tout son domaine catalytique, causant ainsi une protéine dépourvue de son activité GAP.

Conclusions :

La découverte d’une nouvelle mutation de RAP3GAP1 permet de confirmer le diagnostic chez notre famille et d’élargir le spectre mutationnel de ce gène.

En absence d’orientation clinique, le séquençage d’exome permet d’établir le diagnostic moléculaire et d’offrir un conseil génétique adapté aux familles concernées.

Introduction :

Le retard statural est la porte d’entrée dans une myriade de pathologies de l’enfant et de l’adolescent. Dans la majorité des cas, malgré un bilan étiologique rigoureux, aucune cause ne peut être identifiée, et le retard de croissance est dit « idiopathique ». Il existe dans la littérature un haut degré d’héritabilité de la taille ( > 80%) ce qui souligne le rôle prédominant des facteurs génétiques. Le diagnostic génétique est important afin de comprendre la cause du retard statural, de pouvoir faire bénéficier d’un traitement mais également proposer un conseil génétique.

Objectif : Identifier de nouvelles causes de retard de croissance chez des patients présentant une petite taille familiale idiopathique (cas familiaux de retard de croissance).

Méthodes : Exploration génétique d’un panel de 106 gènes impliqués dans la croissance par séquençage haut-débit. L’analyse supervisée des données génétique, avec classification des variants d’intérêts selon ACMG2015, a été complétée par une analyse non supervisée de l’intégralité des données génétiques de la cohorte qui sont comparées aux données de GnomAD (approche dite de “gene burden”).

Résultats : Notre étude a permis d’explorer sur le plan génétique une cohorte de 61 patients répartis en 29 familles. Cela a permis de proposer un diagnostic étiologique de la petite taille dans 6 familles (20,7%). Des variants de signification incertaine (classe 3) ont été mis en évidence dans 10 familles (34,5%). Concernant les mutations classe 4 ou 5, on retrouve dans notre cohorte 3 mutations d’ACAN, 2 mutations de NPR2 et une mutation de COL1A1 touchant respectivement 10,3%, 6,9% et 3,4% des familles. Nous mettons en évidence la grande diversité phénotypique entraînée par ces mutations via des comparaisons inter-familiales et intra-familiales. Le seul facteur apparaissant associé à une augmentation du rendement dans notre cohorte est la présence d’anomalies radiographiques. L’approche de “gene burden” a mis en lumière 14 gènes dont la fréquence de variants est significativement augmentée dans notre population de patients comparativement aux données de GnomAD.

Perspectives : Ces données préliminaires fournissent une base solide pour des recherches futures, visant à approfondir notre compréhension des mécanismes génétiques influençant la croissance.

Hearing impairment (HI) remains the most disabling sensory deficit worldwide. Without early diagnosis and treatment, HI impedes language acquisition and cognitive development. 60% of congenital HI have a genetic etiology, of which 70% are non-syndromic. GJB2 is the major cause of non-syndromic HI (NSHI) in Europeans and Asians. However, its contribution to HI in most sub-Saharan African populations is close to zero. This study aimed to investigate the genetic etiology of HI in Senegal.  

157 hearing impaired individuals belonging to 66 families with suspected genetic origin were recruited from 13/14 administrative regions of Senegal. Careful clinical examination was performed, and hearing threshold was assessed by pure tone audiometry or auditory brainstem response. Families segregating autosomal recessive NSHI (ARNSHI) were screened for variants in GJB2 exon2. Furthermore, Whole Exome Sequencing (WES) was used to identify other HI genes involved in GJB2-negative families.

Pedigree analysis suggested autosomal recessive inheritance in 48 families. Consanguinity rate was estimated at 70%. Clinically, 59 families exhibited NSHI and 7 families showed SHI. The majority (151/157 patients) displayed prelingual HI. Of the 44 multiplex families segregating ARNSHI, GJB2 pathogenic variants were identified in 15 families. GJB2: c.94C>T p.(Arg32Cys) was the most frequent variant (11/15 families) and may have a founder effect in Senegal. 51GJB2-negative families underwent WES. We identified variants in 15 known NSHI genes [21/51 families (41.2%)], 5 genes associated with either SHI or NSHI [7/51 families (13.7%)] and 6 SHI genes [6/51 families (11.9%)]. Variants in CLDN14 and CIB2 contributed the most to HI [7/51 families (13.7%)]. CIB2: c.409C>T p.(Arg137Trp) was the most prevalent variant among GJB2 negative families and was identified in 3 unrelated consanguineous families with the same ethnic background (Serer). Post lingual HI associated with type 1 diabetes was linked to a variant in LOXDH1. KCNE1, known to cause Jervell Lange-Nielsen syndrome segregates with profound HI associated with a normal QT interval in a family. Digenic inheritance was suspected for GJB2/USH2A in two unrelated families. We also identified, 3 novel candidate genes associated with NSHI (OPA3, DDX10 and FST). Half of the genetic variants identified in this study have not been previously associated with HI (25/50). Ten families were unsolved by WES and will go for Whole Genome Sequencing.

This study showed that GJB2 is a major cause of NSHI in Senegal. WES data reveals locus heterogeneity despite a high consanguinity rate, and suggests discovery of novel genes which will foster our understanding of HI biopathology.

Si l’AVC a longtemps été considéré comme une pathologie du sujet âgé, il survient dans 15% des cas chez l’adulte de moins de 50 ans. Parallèlement aux causes usuelles d’AVC du sujet âgé, certaines étiologies sont spécifiques aux populations jeunes, formant un paysage diagnostique large. Cependant, 25 à 50% des AVC du sujet jeune restent inexpliqués malgré un bilan étiologique exhaustif, soulevant la question de l’imputabilité de maladies rares, et en particulier génétiques. Les maladies monogéniques représenteraient près de 5 % des AVC. Parmi elles, certaines peuvent engendrer des atteintes multisystémiques, justifiant d’un traitement et d’un suivi médical spécifiques. A l’inverse, l’usage grandissant du séquençage haut débit dans le domaine neurovasculaire amène à l’identification de formes plus modérées et tardives de maladies génétiques, repoussant le spectre clinique et moléculaire des AVC monogéniques du sujet jeune.

Afin d'évaluer l'intérêt du séquençage d’exome (ES) chez l’adulte jeune ayant présenté un AVC cryptogénique, nous avons collecté les données des patients âgés de moins de 50 ans admis en USINV au CHU de Dijon entre 2019 et 2021. Les patients ayant présenté un AVC de cause indéterminée malgré un bilan considéré exhaustif ou ayant bénéficié d’un diagnostic étiologique pour lequel il existe des formes génétiques (dissection artérielle cervicale sans facteur déclenchant, leucopathie vasculaire sans facteurs de risque de microangiopathie ou syndrome de Moya-Moya sans cause acquise) étaient éligibles à ce travail.

Au total, parmi les 230 patients hospitalisés pour un AVC, 65 répondaient aux critères d’éligibilité. Un ES a été réalisé chez 23 d'entre eux, permettant de trouver des variants d’intérêt chez 6 patients, dont 3 variants classés pathogènes ou probablement pathogènes, soit un rendement diagnostique de 13% : un variant hétérozygote de RNF213 chez une patiente dont l’imagerie cérébrale a révélé une angiopathie de Moya Moya sans cause acquise retrouvée, une délétion homozygote emportant NPHP1 chez une patiente suivie pour une insuffisance rénale chronique greffée à 18 ans, posant le diagnostic de néphronophtise juvénile de type 1 et une variation hétérozygote de ABCC6, responsable d’une forme fruste de pseudoxanthoma elasticum chez un patient ayant une leucopathie vasculaire évoluée. Les 3 autres patients se sont vu découvrir des variants de signification incertaine de ABCC6, GSN et RNF213, offrant des pistes moléculaires pertinentes. Des études de rétrophénotypage, de ségrégation familiale et de biologie complémentaires sont en cours pour aider à reclasser ces variants.

Parallèlement aux données issues de l’ES, 5 patients ont obtenu un diagnostic moléculaire avant l’initiation de l’étude ou par une autre technique dans les gènes MTHFR, COL3A1, NOTCH3 et TNNI3. Ainsi, un total de 8 patients (3,5%) de l’ensemble des patients hospitalisés en USINV ont reçu un diagnostic de maladie rare génétique sur la période de 3 ans.

Introduction: Le syndrome d’ostéolyse carpo-tarsienne multicentrique (MCTO) est une maladie génétique rare, caractérisée par une ostéolyse progressive, généralement du carpe et du tarse, entraînant un handicap. Ce syndrome est fréquemment associé à une néphropathie. Cette maladie est mal diagnostiquée et chevauche dans ses caractéristiques cliniques avec l'arthrite idiopathique. Le syndrome MCTO est causé par des mutations dans le gène MAFB, qui code pour un facteur de transcription et qui régule négativement la différenciation des ostéoclastes médiée par le ligand RANKL.

Objectif: Dans cette étude, nous avons étudié les caractéristiques cliniques et génétiques de ce syndrome chez 3 patients, et investigué l’altération de la voie de signalisation du MAFB.

Méthodes: Nous rapportons 3 patients tunisiens avec une suspension de MCTO ayant des caractéristiques cliniques hétérogènes. L'étude génétique a été réalisée par séquençage Sanger, et une analyse in silico a été menée pour étudier l'effet de ce variant sur la phosphorylation de la protéine MafB. De plus, l’étude de l’expression du gène MAFB et d’autres gènes candidats impliqués dans l’ostéogenèse (RANKL et TNFα) a été réalisée par rt-qPCR.

Résultats: L'investigation clinique a montré une variabilité intra-familiale. En effet, nous avons identifié un nouveau variant au niveau du gène MAFB. L’étude de l’expression de ce gène a montré une surexpression chez les patients avec MCTO présentant un phénotype modéré. Cependant, le MAFB était sous-exprimé chez un patient présentant un phénotype sévère. Dans les deux cas, cette altération est associée à une surexpression du RANKL et du TNFα, ce qui explique l’ostéolyse chez ces patients. De plus, afin d’investiguer l’implication de ce variant dans l’ostéolyse, nous avons montré par les outils de prédiction que ce variant entraine une altération post-traductionnelle de la protéine MafB montrant une perte du site de phosphorylation dans le résidu de thréonine, et la création d'un nouveau site de phosphorylation dans un nouveau résidu. Néanmoins, la différence du niveau d’expression du gène MAFB nous a orienté vers l’investigation du statut rénal de ces patients. Nous avons trouvé que la sous-expression du MAFB est associée à des lésions rénales, ce qui nous a permis de détecter la néphropathie de manière précoce chez un patient avant même l’apparition des signes cliniques.

Conclusion : Notre étude génétique a permis d’élargir le spectre mutationnel de la MCTO. L’étude in silico a révélé que ce variant pourrait affecter la phosphorylation de la protéine MafB. De plus, nous avons montré l’implication des gènes RANKL et TNFα dans le mécanisme physiopathologique. En outre, nous avons mis en évidence que la sous-expression du gène MAFB est associé à l’apparition de la néphropathie, qui pourrait jouer un rôle de biomarqueur moléculaire pour le diagnostic précoce de la maladie.

La majorité des surdités d’origine génétique sont liées à des variations pathogènes des gènes codant les connexines, notamment le gène GJB2 qui code la connexine 26 et le gène GJB6 qui code la connexine 30. Ces deux gènes se trouvent au locus DFNB1, sur le chromosome 13q11-q12 et sont classiquement associés à une forme autosomique récessive de surdité isolée.

La surdité récessive DFNB1 est le plus souvent liée à des variations pathogènes de GJB2 ou plus rarement à des délétions de grande taille impliquant GJB6. Une délétion récurrente peut être observée à l’état homozygote ou plus fréquemment à l’état hétérozygote en trans d’une variation de GJB2. Par ailleurs, des variations pathogènes dominantes de GJB6 ont été rapportées dans une forme syndromique de dysplasie ectodermique : le syndrome de Clouston.

Jusqu’à présent la surdité autosomique dominante liée à GJB6 a été décrite dans une seule famille en 1999 puis chez un cas sporadique d’une cohorte indépendante en 2007. Il s’agissait des variations faux-sens : NM_001110219.3: c.14 C > A (p.Thr5Met) et NM_001110219.3: c.119C > T, p.(Ala40Val).

Nous rapportons ici une nouvelle famille dans laquelle ségrége en dominance la variation hétérozygote, faux-sens : NM_001110219.3: c.173C > G, p.(Pro58Arg) de GJB6, évaluée comme probablement pathogène. Les 12 individus atteints sur 5 générations présentent une surdité de perception bilatérale non-syndromique d’âge de début et de sévérité variables. Aucun antécédent dermatologique n’a été noté chez les individus sourds de la famille.

Notre observation confirme l’implication du gène GJB6 dans une forme rare de surdité de perception isolée autosomique dominante.

La dysplasie sponastrime est une dysplasie spondyloépimétaphysaire autosomique récessive rare caractérisée par une petite taille pré et postnatale, une platyspondylie biconcave et une hypoplasie médio-faciale. D'autres caractéristiques telles que la scoliose, la cataracte infantile et l'hypogammaglobulinémie ont également été rapportées. En 2019, elle a été liée à des variations bi-alléliques de TONSL. Depuis, très peu de cas ont été rapportés dans la littérature.

Dans cette étude, nous avons recueilli les caractéristiques cliniques et radiologiques de 4 patients de 4 familles différentes présentants de nouvelles variations pathogènes bi-alléliques dans TONSL identifiées par séquençage de génome entier. Les effets d'épissage des variations de signification inconnues ont été confirmés par des études sur ARN.

Cliniquement, tous les patients présentaient une petite taille à la naissance et un retard de croissance postnatal variable, ainsi qu'une hypoplasie de l’étage moyen et une hyperlaxité articulaire. Ils présentaient également un phénotype dentaire variable avec notamment un encombrement dentaire, des déchaussements et des caries multiples. Aucun patient n’avait d’anomalies hématologiques ou thyroïdiennes ni de cataracte.

Par ailleurs, il est intéressant de noter qu’un patient était traité par hormone de croissance, sans efficacité notée.

Sur le plan radiologique, les patients présentent une platyspondylie typique, biconcave ainsi qu'une scoliose sévère et des stries métaphysaires chez 2 des patients. Il existe également d'autres caractéristiques non spécifiques comme un canal lombaire étroit et de petites épiphyses.

Ces différents résultats contribuent à nos connaissances cliniques et radiologiques sur la dysplasie sponastrime. Nous rapportons également le premier patient traité par hormone de croissance, qui semble inefficace dans ce type de dysplasie osseuse.

Les remaniements géniques équilibrés sont peu habituels dans les maladies monogéniques et constituent un challenge pour le diagnostic génétique dans la mesure où ils ne sont pas détectés par les méthodes conventionnelles de génétique moléculaire. Nous rapportons le cas d’un enfant de 12 ans atteint d’une forme neurologique sévère de maladie de Wilson. Le diagnostic a été posé sur la base de la présentation clinique, des anomalies de l’IRM cérébrale et des perturbations du bilan cuprique, typiques de la maladie de Wilson. Un traitement chélateur du cuivre a été débuté, puis une transplantation hépatique a été proposée devant l’aggravation clinique rapide malgré le traitement.

L’étude par séquençage à haut débit des régions codantes (exons +/- 25nt) du gène ATP7B, impliqué dans la maladie de Wilson, a mis en évidence un seul variant pathogène à l’état hétérozygote. L’identification du second variant a nécessité le séquençage du gène complet, incluant les régions introniques. Il s’agit d’un remaniement intragénique hérité, consistant en une inversion d’une région d’environ 15 kb incluant l’exon 2 et les régions introniques adjacentes (Chr13(GRCh37):  g.52,563,145_52,547,619inv), et deux délétions introniques au niveau des points de cassures dans l’intron 1 (g.52,567,955_52,563,175del) et l’intron 2 (g.52,547,618_52,547,447del). Ce variant est le premier remaniement intragénique équilibré rapporté dans le gène ATP7B.

Ce cas souligne l’importance du diagnostic clinique et phénotypique des maladies héréditaires du métabolisme comme point d’appel pour réaliser des investigations complémentaires en cas d’étude génétique non conclusive en première intention.  

La maladie de Huntington est due à une expansion de CAG > 35 dans le gène HTT. Les expansions proches du seuil de 35 CAG sont traditionnellement associées à une pénétrance incomplète et un âge de début tardif, important pour le conseil génétique. Nous avons montré que le phénotype des patients porteurs d’expansion CAG_36-38 comparé aux expansions courantes (CAG_40-42) était caractérisé par un âge de début et un profil cognitif similaire, mais une fréquence de chorée plus faible. Des variants de séquence à type d’interruptions dans le stretch de l’expansion peuvent modifier l'âge de début, suggérant qu’ils pourraient augmenter la pénétrance et modifier le phénotype si le stretch CAG est pur. 

Dans notre cohorte, 92 sujets atteints ou présymptomatiques portent une expansion CAG_36-39 (n_{36 CAG}=10 , n_{37 CAG} =11, n_{38 CAG}=15, n_{39 CAG} =56). Nous allons amplifier la région d’intérêt par PCR avec les amorces précédemment décrites (Ciosi et al, 2020), puis séquencer les amplicons sur un séquenceur MiSeq Illumina. Nous utiliserons le pipeline DRAGEN pour le contrôle qualité, l’alignement des séquences puis nous analyserons la présence des variants de séquence. Notre hypothèse est d‘identifier un enrichissement d’interruptions chez des porteurs symptomatiques comparé aux présymptomatiques, expliquant des différences du phénotype. Cela pourrait améliorer le conseil génétique chez des sujets porteurs de petites expansions qui est particulièrement difficile.

Une nouvelle expansion dans FGF14 a récemment été rapportée chez les patients avec une ataxie à début tardif (SCA27B). Elle implique un triplet GAA situé dans l’intron 1 de FGF14 (NM_175929.2). Une amplification >300 GAA est pathogène avec une pénétrance forte alors que les expansions entre 250 et 300 GAA ont une pénétrance réduite compliquant l’attribution de causalité.  

Chez les patients, la maladie se manifeste par une démarche instable associée à des troubles visuels (notamment un downbeat nystagmus), des vertiges, des troubles de la motricité fine, et plus rarement une dysarthrie. Une atrophie cérébelleuse est fréquemment retrouvée. L’âge moyen de début des symptômes est de 60 ans. La maladie peut commencer par des symptômes épisodiques, en particulier une aggravation épisodique des troubles de la marche et des vertiges.

Nous avons testé le locus FGF14/SCA27B pour une cohorte de patients adressés pour bilan d’ataxie épisodique, avec début après 40 ans et sans mutation identifiée dans les gènes connus d’ataxie épisodique, en particulier dans CACNA1A. L’analyse a été faite par Long Range PCR et Repeat Primed PCR suivi d’une électrophorèse sur séquenceur capillaire ABI 3500, complétée au besoin par une migration sur gel d’agarose ou sur TapeStation pour l’identification des expansions de grande taille (>380 GAA).

125 patients non apparentés ont été analysés, 97 ayant débuté leurs manifestations cliniques après 50 ans (61.8 +/- 8.1 ans) et 32 entre 40 et 50 ans ; 83 cas étaient familiaux, 41 cas étaient isolés, l’information n’était pas connue pour les 5 derniers. 

Une expansion > 300 GAA a été détectée chez 51 patients : 41 d’entre eux avaient un début après 50 ans (29 cas familiaux et 12 cas sporadiques) et les 10 autres étaient familiaux avec un début entre 40 et 50 ans. Chez 7 autres patients (5 cas familiaux et 2 cas sporadiques), une expansion intermédiaire entre 250 et 300 GAA a été mise en évidence (6 patients ayant un début après 50 ans et le dernier à 48 ans).

Conclusion : une expansion du locus FGF14/SCA27B est fréquemment retrouvée chez les patients avec ataxie épisodique à début tardif (40.8% > 300 GAA dans notre série), en particulier dans les formes familiales débutant après 50 ans (53.7%).

Osteogenesis imperfecta (OI) is a genetic connective tissue disorder with an estimated incidence of 1 in 20,000. It is clinically characterized by frequent fractures, deformities of the long bones and spine, along with extraskeletal anomalies. OI is classified into five types (OI type I–V) and up to 90% of OI type I–IV are caused by pathogenic variants in the COL1A1/2 genes causing either a structural or quantitative deficiency of type I collagen. An exception is the OI type V, which phenotypically differs from other OI types, due to the presentation of hypertrophic callus formation and calcification of the interosseous membranes in the patients. It is caused by a single recurrent heterozygous c.-14C˃T mutation in the 5′-UTR (untranslated region) of IFITM5 (Interferon-Induced Transmembrane Protein 5) gene, which encodes for osteoblast specific bone-restricted (IFITM)-like protein (BRIL). So far, in vitro studies on mouse models and primary human osteoblast cell cultures have shown this variant results in a gain of function mutation, increased extracellular matrix (ECM) mineralization, responsible for exuberant production of poorly organized ECM, and involved in inflammation response. Further studies to investigate hyperplastic callus formation mechanisms and underlying pathophysiology are necessary.

We designed a multi-omics pipeline, integrating RNAseq data, matrisome (ECM proteomic profile) analysis and secretome profiling of cytokines for a robust study of OI type V pathophysiology.

We identified 6 patients (5-18 years old) showing shorter long bones during prenatal development, multiple fractures, no extraskeletal abnormalities, and most importantly the presence of hyperplastic callus formation post fracture strongly supporting OI type V diagnosis. Molecular analysis by next generation sequencing and/or Sanger sequencing for the probands and parents identified c.−14C > T mutation in the IFITM5 gene in all the probands.

To conduct functional studies, we performed standard Alizarin Red S staining to analyze mineralization in the primary osteoblast cell culture derived from patient bone biopsies. Results showed early onset and increased mineral deposition in the cell culture, compared to controls.

Transcriptomics analysis via RNA sequencing was conducted on the primary osteoblasts from OI type V patients vs controls. Resulted heatmaps have shown a downregulation in ECM mineralization related calcium-calcineurin signaling pathway, inflammation associated IL13 in a STAT6-dependent mechanism, and IGF-1 growth hormone signaling pathway affecting bone growth and metabolism. Additional functional tests to back up the transcriptomics analysis are ongoing. Our multi-omics approach will give new insights into the pathophysiology of OI type V and/or bone biology to ultimately develop new therapeutic strategies for OI.

Les protéines C liant la myosine (Myosin binding proteins-C ou MyBP-C) sont des protéines accessoires du sarcomère qui contribuent à l’assemblage et la stabilisation des filaments épais et modulent la contraction musculaire. Cette famille comporte trois isoformes : squelettique lente (s (slow), squelettique rapide (f (fast) et cardiaque (c) codées respectivement par les gènes MYBPC1, MYBPC2 and MYBPC3. Des mutations du gène MYBPC1 ont été récemment associées à des maladies neuromusculaires, avec des modes de transmission autosomique récessif (AR) et autosomique dominant (AD). Les formes AR sont habituellement sévères, responsables du syndrome de contractures congénitales létales de type 4 (MIM #614915). Les formes AD d’arthrogrypose distale de type 1B (MIM #614335) et de myopathie modérée avec tremblements myogéniques (MMMT, MIM #618524) sont en revanche plus modérées.

Nous décrivons la première famille atteinte d'une forme AR modérée de myopathie liée à MYPBC1. Les parents non apparentés étaient tous deux d'origine sépharade (Algérie). Les deux sœurs atteintes présentaient une hypotonie dès la naissance et un retard de développement moteur. Pendant l'enfance, elles ont toutes deux présenté un syndrome pseudomyasthénique (fatigabilité marquée, diplopie, ptosis) et des tremblements des membres. L'une d'entre elles présentait également des tremblements de la langue. L'intelligence et le développement cognitif étaient normaux. Les biopsies musculaires montraient de légères modifications myopathiques non spécifiques. À l'âge adulte, toutes deux se plaignent d'une fatigabilité et de douleurs dorsales. À l'examen, les patientes présentent une légère faiblesse musculaire axiale et proximale. L'une d'elles présente des tremblements posturaux des deux mains et des membres inférieurs. Un séquençage d'exome a permis d’identifier la variation homozygote probablement pathogène MYBPC1 : c.394G>A (p.Gly132Arg) chez les deux sœurs atteintes. Les deux parents et le frère asymptomatique sont porteurs hétérozygotes.

MYBPC1 code une protéine modulaire composée de répétitions d'immunoglobuline et de fibronectine-III (C1 à C10) entrecoupées de séquences uniques. L'extrémité NH2 de la sMyBP-C comprend un motif riche en Pro/Ala et un motif M (domaine de liaison à la myosine, C1 à C2) et favorise la liaison à l'actine et à la myosine. La plupart des mutations sont situées dans la région NH2-terminale. La mutation p.Gly132Arg est située dans le domaine M, et à notre connaissance, elle est la première à être localisée dans le domaine C1 Ig-like.

L’atteinte clinique de nos patientes étaient très similaire à celle des patients atteints de MMMT autosomique dominante. La mutation p.Gly132Arg a probablement un effet moins radical sur la fonction de la protéine sMyBP-C que les mutations situées dans la région « linker » et associées à la MMMT, ce qui expliquerait que seuls les porteurs homozygotes de la mutation développent un phénotype neuromusculaire.

Les maladies génétiques ophtalmologiques présentent une grande hétérogénéité phénotypique et génétique, touchant aussi bien les structures antérieures et postérieures de l’œil. Elles peuvent être isolées ou associées à des atteintes extra-oculaires en faisant des formes syndromiques d’approche multidisciplinaire mais dont l’atteinte oculaire est souvent inaugurale.

Pour optimiser l’offre de soin et de diagnostic dans un contexte de développement accéléré des thérapies géniques, nous rapportons ici la méthodologie et les résultats d’un parcours-patient d’ophtalmogénétique pédiatrique et adulte, offrant des histoires naturelles complètes. Ce parcours implique : les centres de référence des maladies rares (CRMR) en ophtalmologie (OPHTARA, affilié à la filière sensorielle SENSGENE), et Anomalies du Développement (Necker), le service de médecine génomique des maladies rares (Necker), le laboratoire du Service de Médecine Génomique des Maladies de Système et d’Organes (Cochin), et le laboratoire de recherche d’ophtalmogénétique (institut Imagine). Ils œuvrent conjointement à l’orientation diagnostique par un phénotypage ophtalmologique spécialisé, une approche de génétique clinique à la recherche d’éléments évocateurs d’une atteinte syndromique, un génotypage adapté discuté en RCP, voire une recherche, en cas de résultats négatifs notamment.

Le bilan d’activité moléculaire des années 2022-2023 montre un taux d’élucidation de 81%, 75%, 51%, 51%, 44% et 42% dans les indications de dystrophies rétiniennes, albinisme oculaire et nystagmus congénital, malformations oculaires, cataractes congénitales et dystrophies cornéennes respectivement, illustrant le succès de l’approche globale utilisée en génétique moléculaire. Cette approche est séquentielle, avec en première intention, un panel NGS unique « oculome » réalisé dans le laboratoire de l’Hôpital Cochin et comprenant 6 sous-panels dédiés aux maladies génétiques ophtalmologiques les plus fréquentes, suivi, en cas de négativité, par une approche Whole Genome Sequencing (WGS) sur la plateforme SeqOIA.

À titre d’exemple, l’apport du WGS a permis d’identifier 6 variants de structures différents chez 4 cas d’aniridie congénitale et 2 cas d’Axenfeld-Rieger, négatifs en NGS. 4 de ces variants impliquaient des régions non-codantes régulatrices à proximité des gènes PAX6 et PITX2. Leurs conséquences fonctionnelles « in vivo » sont en cours d’étude dans le cadre de la recherche translationnelle.

En conclusion, l’étroite collaboration entre ophtalmologistes, généticiens cliniciens, généticiens moléculaires et chercheurs permet de renforcer les compétences dans le domaine de l’ophtalmologie, de réduire l’errance diagnostique, d’adapter la prise en charge des patients et des apparentés, et d’accéder à un conseil génétique adapté. Ce parcours contribue enfin, désormais, au développement des programmes de recherche clinique de thérapie génique dans le cadre notamment des dystrophies rétiniennes héréditaires.

Parmi les ataxies cérébelleuses de début tardif (Late Onset Cerebellar Ataxia - LOCA), les expansions de motifs répétés sont une cause héréditaire fréquente. La double expansion d’un pentanucleotide AAGGG dans l’intron 2 du gène RFC1 est impliquée dans le CANVAS (Cerebellar Ataxia, Neuropathy, Vestibular Areflexia Syndrome). Il s’agit de la plus fréquente des ataxies cérébelleuses récessives à début tardif. Les signes évocateurs associés à l’ataxie sont : toux chronique, aréflexie vestibulaire et la ganglionopathie, SCA27B est causée par une expansion de plus de 250 GAA dans l’intron 1 du gène FGF14, responsable d’une ataxie de début épisodique secondairement progressive. Les signes évocateurs sont le Down Beat Nystagmus (DBN), la diplopie transitoire, les oscillopsies et l’absence de dysarthrie. Le mode de transmission est dominant à pénétrance variable.

^{Nous rapportons 3 cas isolés porteurs d’une double expansion RFC1 associée à une expansion FGF14}

Cas 1 : Femme française de 73 ans rapportant à 52 ans des accès de flou visuel et adressée plusieurs fois au SAU pour des vertiges et/ou épisodes d’ataxie paroxystiques étiquetés AIT. Elle évolue vers une ataxie progressive mixte, cérébelleuse et proprioceptive avec dysarthrie et troubles cognitifs. Une expansion 9/255 GAA dans FGF14 est mise en évidence. La découverte d’une ganglionopathie à l’EMG ainsi qu’une toux chronique à l’interrogatoire orientent vers le CANVAS, une double expansion RFC1 est aussi mise en évidence. Elle présente un phénotype sévère associant les caractéristiques des deux LOCA. Les troubles cognitifs ont été explorés par PET scan cérébral et révèlent une probable maladie d’Alzheimer surajoutée.

Cas 2 : Homme français de 73 ans, avec une ataxie épisodique depuis l’âge de 56 ans rapidement suivie d’une évolution chronique avec exacerbations transitoires aiguës évoquant SCA27B. On note aussi des pieds creux, une toux chronique et une ganglionopathie évoquant le CANVAS. Le génotype pour FGF14 est 15/265 GAA et il a également une double expansion AAGGG dans le gène RFC1.

Cas 3 : Femme anglaise avec une ataxie d’emblée progressive, modérée, d’évolution lente, associée à des symptômes vestibulaires, un DBN (Down Beat Nystagmus), une atrophie cérébelleuse modérée et une ganglionopathie. Elle a également la double pathologie CANVAS/SCA27B confirmée sur le plan moléculaire.

Discussion : Ces 3 cas montrent l’association possible de plusieurs expansions pathologiques responsables de LOCA. CANVAS et SCA27B sont parmi les ataxies héréditaires les plus fréquentes en Europe. Le phénotypage détaillé a permis de rechercher l’association des 2 entités. Le diagnostic moléculaire précis est nécessaire du fait des répercussions sur le conseil génétique (modes de transmission différents) et de la prise en charge thérapeutique (4-Aminopyridine dans SCA27B). A l’avenir, le long read sequencing devrait permettre de détecter toutes les expansions pathologiques chez un même patient LOCA avec un seul test.

Le gène LRP6 code un récepteur membranaire des lipoprotéines qui joue un rôle majeur dans de nombreux processus biologiques durant l’embryogénèse mais également en post-natal. Il participe à l’activation des voies Wnt impliquées dans de nombreux processus physiologiques dont la prolifération et la différentiation des ostéoblastes. Des variants “perte de fonction” de ce gène ont été rapportés dans l’agénésie dentaire de type 7 (OMIM 616724), dans les pathologies coronariennes liées à l’athérosclérose (OMIM 610947) et dans l’ostéoporose d’apparition précoce (PMID: 33118644), toutes ces pathologies sont de transmission autosomique dominante. Plus récemment, et à l’inverse, des variants “gain de fonction” ont été associés au phénotype de densité minérale osseuse élevée/sclérostéose (PMID: 37065631). Par ailleurs, ce gène a été décrit dans le spina bifida avec un mécanisme physiopathologique complexe associant un déséquilibre entre la voie wnt canonique et les voies non canoniques (PMID: 25546815). Nous rapportons ici pour la première fois une famille avec un phénotype de sclérostéose atypique combinant des anomalies squelettiques, oligodontie, anomalies cardiaques (persistance de la veine cave supérieure), cérébrales (anomalie de la fosse postérieure), génitales ainsi que des kystes hépatiques et une hernie inguinale. L’analyse moléculaire a mis en évidence un nouveau variant du gène LRP6, à l’état hétérozygote, NM_002336.2: c.724T > C, p.(Trp242Arg). Ce variant est localisé dans un motif conservé impliqué dans la liaison à la sclérostine (SOST) et à dickopf1 (DKK1), deux inhibiteurs du co-récepteur LRP6. L’analyse 3D ainsi qu’une revue de la littérature suggère très fortement un effet probablement pathogène de ce variant par rupture de la capacité de liaison de SOST et DKK1 à LRP6, aboutissant à la perte de régulation négative sur LPR6 et donc à l’activation anormale de la voie Wnt canonique dans les ostéoblastes. Ce variant conforte le rôle de LRP6 dans les anomalies osseuses et dentaires mais ouvre également la voie à une rôle plus large englobant le développement cardiaque, cérébral et génital. 

La glycogénose de type Ia, dite aussi, maladie de Von Gierke, est un désordre métabolique causé par des mutations touchant le gène G6PC affectant ainsi l’activité de l’enzyme la glucose-6-phosphatase responsable de l’ultime étape de la glycogénolyse hépatique, consistant à la libération du glucose.

Notre travail a consisté à réaliser un diagnostic génotypique chez les patients, présentant une clinique évocatrice de de la GSD Ia à savoir : une hypoglycémie, une hépatomégalie, une hypertriglycéridémie, une hyperuricémie, une hyperlactacidémie. Cette étude à été faite en réalisant une PCR- Séquençage directe par la méthode de Sanger.

Selon le Guide ACMG, nous avons retrouvé des mutations classées pathogènes p.R83C et la mutationp.Q347Ter, la mutation p.Y85C, Non décrites auparavant classée comme probablement pathogène a également été retrouvé chez un de nos malades

Après plus d’un siècle de la découverte de la maladie d’Alzheimer par « Alois Alzheimer », l’étiologie et la physiopathologie de cette maladie restent encore mal comprises. Néanmoins, la génétique de la forme familiale de la MA était la clef unique pour approfondir les mécanismes physiopathologiques.

Dans ce travail réalisé sur 14 familles tunisiennes autosomiques dominantes à début précoce, nous avons étudié les variations génétiques au niveau des gènes causaux APP, PSEN1, PSEN2 et l’étude du gène de susceptibilité de l’ApoE.

Malgré, le lien de causalité entre ces 3 gènes et la forme autosomique dominante, on n’a pas trouvé de mutation dans notre étude, par ailleurs, nous avons détecté des sites polymorphes dans les introns ou les exons des gènes objet d’étude (APP rs116650065C> A ; PSEN1 rs3025786 T>C, rs165932 G>T, rs201776669 A>G ; PSEN2 rs11405 C>T, rs6759 C>T, rs61730652T>C, rs1295643 G>A, rs1295644 C>T), ainsi qu’une nouvelle variation génétique au niveau de l’intron 5 de la PSEN2.

Cependant, les familles sans mutations identifiées constituent un champ d’investigation très important. C’est à partir de ces familles qu’on pourra probablement identifier de nouveaux gènes impliqués dans la forme autosomique dominante de la MA en Tunisie.

Finalement, dans un pays ou la prévalence de la consanguinité est élevée, le profil génétique de la MA familiale demeure inconnu. Il convient de rechercher de nouveaux gènes candidats dans les formes autosomiques dominantes notamment par les nouvelles techniques d’investigations génétiques comme le séquençage à haut débit (séquençage d’exome)

Introduction:

Le collagène VI est un composant microfibrillaire de la matrice extracellulaire de plusieurs tissus dont le muscle. Il est composé par 3 chaines alpha codées par 3 gènes différents: COL6A1, COL6A2, et COL6A3. Les variants pathogènes au niveau de ces gènes sont associés à un spectre phénotypique très large de myopathies allant de la forme la plus sévère d’Ullrich, à la myopathie de Bethlem représentant la forme la plus modérée.

 Nous rapportons les observations de deux patients adressés pour des phénotypes atypiques de myopathies associées au collagène VI confirmées par WES (Whole Exome Sequencing).

Observation 1

La patiente P1 a été adressée à l’âge de 10 ans pour suspicion d’amyotrophie spinale (AMS) type 3. L’enquête génétique était négative. L’enfant a eu un développement psychomoteur normal jusqu’à l’installation d’une marche instable à 6 ans.

A l’examen, elle présentait un déficit proximodistal prédominant en distal et au niveau des membres inférieurs, des réflexes abolis, des fasciculations de la langue, un tremblement des doigts, une scoliose dorsale, et une marche dandinante. Elle n'avait pas de contracture tendineuse ni d’hyperlaxité ligamentaire.

Le tracé EMG était de type myogène avec signes de dénervation. La biopsie musculaire a montré une atteinte neurogène compatible avec une AMS. Les CPK étaient peu élevées.

L’étude moléculaire des gènes SMN n’a pas permis de retenir le diagnostic d’AMS.

L’étude par WES a mis en évidence un nouveau variant frameshift à l’état hétérozygote au niveau du gène COL6A3 (NM_004369.4:c.9479del), classé comme probablement pathogène. La confrontation clinico-moléculaire a retenu le diagnostic de myopathie de Bethlem.

Observation 2

Le patient P2, issu d’un mariage consanguin, a été adressé à l’âge d’un mois pour syndrome malformatif. Il a présenté à la naissance une détresse respiratoire et un souffle cardiaque.. L’examen a noté une dysmorphie faciale, une hypotonie axiale et périphérique, une hyperlaxité ligamentaire, et une camptodactylie.

Le bilan malformatif a mis en évidence une cardiopathie complexe.

Le caryotype réalisé de première intention était normal. Le syndrome de microdélétion 22q11, suspecté devant la dysmorphie et la cardiopathie, n’a pas été retenu par la FISH (hybridation in-situ fluorescente). De même, l’ACPA (analyse chromosomique sur puce à ADN) n’a pas mis en évidence de déséquilibre chromosomique. Finalement, le WES a montré la présence d’un variant intronique à l’état homozygote au niveau du gène COL6A2 (NM_001849.4 :c.1970-9G > A). Ce variant qui aurait un haut impact sur l’épissage, a été classé comme pathogène, et serait associé au phénotype sévère de myopathie d’Ullrich.

 Conclusion :

Le WES nous a permis de redresser le diagnostic de myopathie associée au collagène VI chez deux enfants ayant des phénotypes peu spécifiques. Cette confirmation moléculaire a permis d’instaurer une prise en charge adaptée et de donner un conseil génétique adéquat aux familles.

Les dystrophinopathies sont les troubles neuromusculaires génétiques les plus fréquents de l'enfance, avec un mode de transmission récessif lié à l'X. En raison de l'hétérogénéité clinique et génétique des dystrophinopathies, l'analyse moléculaire du gène de la dystrophine localisé en Xp21.2 est en évolution constante parallèlement au développement des techniques de biologie moléculaire. La réaction en chaîne par polymérase multiplex (MPCR) est utilisée en première ligne pour détecter les délétions récurrentes des exons du gène de la dystrophine (représentant 65% des mutations), suivie par la technique d'amplification par sonde multiplex dépendante de la ligature (MLPA) pour identifier les délétions et duplications d'exons plus rares (10 à 15 % de cas positifs supplémentaires au test MPCR). Aujourd’hui, le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet de cribler les mutations larges et ponctuelles rares.

Nous rapportons ici les résultats de l'analyse moléculaire du gène de la dystrophine chez une cohorte marocaine de 419 patients par MPCR.

Malgré le développement des nouvelles technologies de biologie moléculaire, la MPCR garde encore une place importante dans la détection des délétions récurrentes chez les patients avec un bon rapport coût-bénéfice, avant de considérer des tests génétiques plus coûteux. La confirmation du diagnostic permet ainsi d’adapter la prise en charge des patients et de prodiguer un conseil génétique à leurs familles.

Nous rapportons deux cas fœtaux de dysplasie gnathodiaphysaire, affection osseuse de transmission autosomique dominante, et partageons une revue de la littérature. Les deux fœtus présentaient un raccourcissement et une incurvation des os. Les analyses génétiques ont révélé deux mutations hétérozygotes de novo du gène ANO5, confirmant le diagnostic de GDD (Gnatho Diaphyseal Dysplasia). Une revue systématique de la littérature a été réalisée pour explorer la présentation clinique et paraclinique de la GDD, son diagnostic et sa prise en charge.  Il s’agit d’une maladie rare  (seulement 67 cas déjà rapportés), responsable d’une fragilité osseuse et de lésions de la mâchoire, caractérisée par une mutation gain de fonction du gène ANO5. Le spectre des manifestations cliniques est large, s’étendant d’ infections dentaires récurrentes avec lésions modérées de la mâchoire, à une fragilité osseuse sévère avec de nombreuses fractures, associées à d'importantes lésions de la mâchoire nécessitant des chirurgies délabrantes. La stratégie diagnostique dépend du contexte : analyse ciblée du gène ANO5 ou analyse moléculaire non ciblée par séquençage d’exome ou de génome. Ce travail souligne l'importance de reconnaître la GDD comme une nouvelle cause d’incurvation et de fractures des os pendant la grossesse. La description de ces 2 nouveaux cas de révélation fœtale enrichit les données de la littérature, et contribue à l’enrichissement des connaissances des professionnels de santé, pour le diagnostic et la prise en charge des patients atteints de GDD.

Les dystrophies musculaires des ceintures ou Limb Girdle Muscular Dystrophy (LGMD) sont un groupe hétérogène de pathologies génétiques affectant principalement les ceintures pelvienne et/ou scapulaire mais peuvent également toucher d’autres muscles notamment respiratoires et cardiaque. Leur mode de transmission peut être soit autosomique dominant (LGMD1) ou le plus souvent autosomique récessif (LGMD2).

Le diagnostic des LGMD est suspecté devant un tableau clinique de myopathie chez un enfant avec un taux d’enzymes musculaires (créatine phosphokinase) élevé et un électromyogramme myogène. La biopsie musculaire avec analyse immunohistochimique permet d’orienter l’étude génétique en précisant la protéine musculaire déficiente. 

La stratégie de diagnostic génétique des LGMD2 adoptée par  notre laboratoire en l’absence d’analyse immunohistochimique en routine pour les patients, consiste à rechercher en première intention la mutation récurrente c.525delT du gène SGCG chez les filles ou garçons lorsque la généalogie est compatible avec une transmission autosomique récessive. En l’absence de cette mutation, une analyse par séquence Haut débit (panel de gènes de myopathies) est réalisée chez les patients.

Nous rapportons les résultats moléculaires colligés entre 2013 et 2023 de 91 patients non apparentés atteints de LGMD2, répartis comme suit : 79 cas de LGMDR5, 8 cas de LGMDR3, 2 cas atteints de LGMDR9, 1 cas avec LGMDR4 et 1 cas avec LGMDR1.

Parmi les mutations identifiées dans notre cohorte, quatre sont nouvelles et prédites pathogènes in silico.

Les chondrodysplasies non létales associées à des mutations hétérozygotes du gène FGFR3 comprennent l'achondroplasie (OMIM#100800,ACH), l'hypochondroplasie (OMIM#146000,HCH), et l'achondroplasie sévère avec retard de développement et acanthosis nigricans (OMIM#616482,SADDAN). L'analyse moléculaire est capitale pour la confirmation du diagnostic ainsi que le conseil génétique.

Nous rapportons dans ce travail les données épidémiologiques, cliniques, radiologiques et moléculaires de 37 patients atteints d’Achondrodysplasie appartenant à 34 familles marocaines, colligés au sein du Département de Génétique Médicale (DGM) de l'Institut National d'Hygiène (INH) sur une période de 10 ans. Le séquençage Sanger ciblé de l’exon 9 hotspot du gène FGFR3 a révélé la présence des deux mutations récurrentes : c.1138G > A(p.Glv380Arg) chez 33 patients de 30 familles, c. 1138G > C(p.Gly380Arg) chez 2 patients non apparentés. Nous avons également identifié chez un patient une nouvelle mutation NM_ 000142.5(FGFR3) : c.1124G > T(p.Gly375Val), jamais rapporté dans les bases de données et prédite probablement pathogénique selon la classification ACMG.

L'étude génétique est d'une importance majeure pour conforter le diagnostic suspecté d’Achondroplasie, adapter la prise en charge des patients et prodiguer un conseil génétique approprié aux familles.

La dystrophie myotonique de type 1 (DM1 ou maladie de Steinert) est une maladie multi-systémique autosomique dominante liée à l’expansion anormale d’un triplet CTG localisé dans le gène DMPK (Dystrophy Myotonica Protein Kinase). Elle représente la dystrophie musculaire la plus fréquente de l’adulte avec une prévalence de 1/8000 en France.

Son expression clinique et son évolution sont très variables, fonction notamment de la taille de l’expansion et de l’instabilité somatique.

La taille de l’expansion est corrélée positivement avec la sévérité de la maladie et inversement avec l’âge de début des symptômes. Les patients peu ou moyennement affectés ont généralement entre 51 et 100 répétitions, ceux atteints de forme classique entre 100 et 1000 répétitions et ceux atteints de forme congénitale plus de 1000 répétitions. Cependant, le nombre de répétitions ne constitue en aucun cas un facteur pronostic individuel de la pathologie.

Le diagnostic moléculaire repose sur la mise en évidence de l’expansion pathogène (supérieure ou égale à 51 répétitions CTG) par des techniques simples basées sur la PCR et l’analyse de fragments. Ces techniques permettent une évaluation de la taille des expansions de moins de 200 répétitions environ. Au-delà, l’estimation de la taille nécessite d’avoir recours au Southern blot sur ADN génomique ou sur produit de long-range PCR.

Il s’agit d’une technique manuelle longue (4 jours), délicate, peu robuste et qui nécessite de fortes concentrations en ADN (15-20µg). Ces inconvénients ont conduit plusieurs laboratoires français à arrêter la réalisation de cet examen.

Afin d’appréhender l’impact de la taille de l’expansion sur la prise en charge des patients dans différents contextes cliniques (adulte, pédiatrique, anténatal), nous allons réaliser de mi-octobre à fin novembre 2023 une enquête nationale sous forme d’un questionnaire auprès des médecins prenant en charge des patients atteins de maladie de Steinert. Le public visé sera multiple : neurologues, neuropédiatres, généticiens et gynécologues, contactés notamment via les centres de références des maladies neuromusculaires, la filière Filnemus et les centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal. Les pratiques seront questionnées sur la base de cas cliniques fictifs.

Les résultats de cette enquête permettront d’évaluer la nécessité de poursuivre ou non l’évaluation de la taille des expansions. En effet, selon les pays, celle-ci n’est plus systématiquement réalisée. Si le maintien de cette évaluation est plébiscité par les cliniciens, le recours aux nouvelles techniques de séquençage haut débit de lectures longues sera envisagé comme technique de remplacement du Southern blot.

Dans une famille avec myopathie mitochondriale et maladie du motoneurone, nous avons identifié par séquençage d’exome un variant pathogène hétérozygote (c.176C>T, p.Ser59Leu) dans le gène CHCHD10 qui code pour une protéine mitochondriale (S. Bannwarth et al., Brain 2014). L'identification de ce gène nous a permis d’apporter la première preuve génétique qu'un dysfonctionnement mitochondrial peut déclencher une maladie du motoneurone. Nous avons montré que ce variant pathogène entraîne la désorganisation du complexe MICOS (MItochondrial contact site and Cristae Organizing System), un complexe multi-protéique majeur responsable du maintien de la structure des crêtes mitochondriales. Nous avons généré des souches de levure mutantes mimant l'instabilité de MICOS et nous les avons utilisées pour tester la capacité de plus de 1600 composés, issus de 2 bibliothèques de drogues repositionnables, à restaurer le défaut de croissance de ces cellules. Parmi les composés identifiés, nous avons sélectionné le nifuroxazide, une molécule antibactérienne à large spectre. Nous montrons que le nifuroxazide restaure la fragmentation du réseau mitochondrial et les anomalies des crêtes observées dans les fibroblastes des patients CHCHD10^S59L/+. Cette molécule diminue également la mort dépendante de la caspase des motoneurones humains dérivés d'iPSCs porteurs de la variante p.Ser59Leu. Les effets positifs du nifuroxazide sur les paramètres mitochondriaux dans les cellules CHCHD10^S59L/+ dépendent de KIF5B, une protéine impliquée dans le transport mitochondrial. 

Nos résultats montrent que le nifuroxazide et certains de ses analogues structuraux sont des molécules thérapeutiques potentielles pour les troubles associés au désassemblage du MICOS, y compris les maladies du motoneurone de type sclérose latérale amyotrophique.

Le Syndrome de Leigh est une maladie neurodégénérative progressive qui se manifeste par une symptomatologie variable caractérisée le plus souvent par une encéphalopathie, une acidose lactique, une régression psychomotrice, une hypotonie, une dystonie, des convulsions, des mouvements oculaires, une insuffisance respiratoire, des anomalies cardiaques et des vomissements. Les causes génétiques de ce syndrome sont hétérogènes mais le déficit isolé en complexe I de la chaîne respiratoire reste l’anomalie la plus fréquente. Nous rapportons le cas d’un enfant marocain atteint du syndrome de Leigh suivi en consultation de génétique médicale au CHU Ibn Rochd de Casablanca.

Il s’agit d’un garçon âgé de 1 an et 6 mois, issu d’un mariage non consanguin, sans antécédents familiaux. Il présentait une hypotonie avec ataxie et dyskinésie, une ophtalmoplégie ainsi qu’un retard psychomoteur. Le bilan biologique a révélé une hyperlactatémie, une acidurie dicarboxylique et une hyperglycémie. La chromatographie des acides aminés était normale. L’IRM cérébrale a mis en évidence une encéphalopathie anoxo-ischemique profonde bilatérale et symétrique respectant les noyaux gris centraux, une atteinte cérébelleuse et des strokes-like sous corticaux. L’échocardiographie n’a pas montré d’anomalie. Par ailleurs, le séquençage de l’exome entier (WES) a montré la présence d’un variant faux-sens (NM_002495.2 : c.355G > C ; p.Asp119His) au niveau du gène NDUFS4 à l’état homozygote. Il s’agit d’un variant qui a été rapporté auparavant dans la littérature et qui est classé comme un variant de signification indéterminée. L’étude in-silico quant à elle prédit qu'il a un effet délétère sur la fonction de la protéine. Les deux parents sont porteurs du même variant à l’état hétérozygote.

Le gène NDUFS4 ou NADH-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE Fe-S PROTEIN 4 (OMIM 602694) code pour la sous-unité NDUFS4 composée de 175 acides aminés. Elle joue un rôle critique dans la régulation de l'activité catalytique et dans les dernières étapes du processus d'assemblage du complexe I. Le complexe I est le plus grand des cinq complexes du système de phosphorylation oxydative (OXPHOS) qui produit l'énergie cellulaire. Ainsi, un défaut dans l'assemblage ou l'activité du complexe I entraîne une insuffisance du processus global de phosphorylation oxydative ce qui est délétère pour les cellules des organes à forte demande énergétique, tels que le cerveau et les muscles.

Le présent cas confirme l’hétérogénéité clinique du syndrome de Leigh par l’absence des crises convulsives et de l’atteinte cardiaque. D’où le recours à l’analyse de l’exome entier pour confirmer le diagnostic et mener un conseil génétique adéquat.

L’amyotrophie spinale (SMA) est une maladie neuromusculaire autosomique récessive dont l’incidence varie de 1/10 000 à 1/25 000 naissances. Elle se caractérise par une faiblesse musculaire et une atrophie des muscles de la racine des membres secondaires à une  dégénérescence  primaire et sélective des motoneurones alpha de la corne antérieure de la moelle épinière.

La SMA est liée dans 95% des cas à une délétion homozygote  de l’exon 7 du gène SMN1 en 5q. Cette délétion peut être mise en évidence par une PCR-Digestion avec création artificielle d’un site de restriction qui permet de distinguer le gène SMN1 de son pseudogène SMN2.

Au Maroc la prévalence estimée de la SMA en tenant compte de l’effet de la consanguinité serait de   1/1800 naissances (Lyahyai et al)  , ce qui laisse prédire que c’est l’une des maladies autosomiques récessives les plus répandues dans la population marocaine.

Nous rapportons les résultats de l’analyse moléculaire par PCR-digestion du gène SMN1 chez une cohorte de 569 patients marocains sur une période de 26 ans.

A travers ce travail, nous mettons l’accent sur  l’intérêt de l’étude génétique dans notre pays pour confirmer le diagnostic d’SMA, adapter la prise en charge des patients et prodiguer un conseil génétique adéquat à leurs familles.

La dysplasie ectodermique anhidrotique (DEA) est une maladie génétique rare caractérisée par un défaut de développement des tissus ectodermiques à l’origine de plusieurs symptômes tels que des anomalies capillaires et dentaires, troubles de régulation de la température corporelle et dans certains cas absence des glandes sudoripares. Plusieurs modes de transmission sont possibles à savoir AD, AR et RLX, ce dernier touche exclusivement les garçons sauf dans certains cas pathologiques exceptionnels où les filles peuvent être touchées.  

Nous rapportons ici les données cliniques et moléculaires d'une fille marocaine de 3 ans qui  présentait des caractéristiques clinique de DEA. Le NGS a détecté  au niveau de l’exon 2 du gène EDA (Xq12-q13.1) une mutation de novo  monoallélique NM_001005609.2(EDA): c.457C>T(p.Arg153Cys). Cette mutation a été déjà rapporté et  classée comme pathogène selon le Collège Américain de Génétique Médicale. Un caryotype a été réalisé chez la petite ce qui a permis  d’éliminer un Turner, une translocation (X,autosome) et une femme XY , et puisque cette mutation est monoallélique il s’agit très probablement d’une inactivation préférentielle de l’X normal qui est à l’origine du phénotype DEA chez notre patiente .

A travers ce travail, nous soulignons l'intérêt du NGS pour confirmer le diagnostic génétique exact de la DEA, et de diagnostiquer les cas exceptionnels d’expression de maladie récessive liée à l’X chez une fille. Ce diagnostic a permis d’adapter la prise en charge de la patiente et prodiguer un conseil génétique adéquat à  sa famille.

La neuropathie héréditaire sensitive et autonomique (HSAN), est une affection rare d’origine génétique caractérisée par une absence congénitale de la perception de la douleur. Il existe 8 types de HSAN de I à VIII qui diffèrent par leurs signes cliniques et leur mode de transmission.

 La HSAN type IV est caractérisée par l'absence de réaction à la douleur, une anhidrose avec présence d'automutilations et des épisodes de fièvre associés à un retard psychomoteur.

        Nous présentons ici les observations de 2 enfants de familles différentes âgés de 6 ans et de 10 ans, consanguins, adressé en consultation de génétique médicale pour insensibilité congénitale à la douleur. Ces patients présentaient des signes d’insensibilité à la douleur. Cliniquement,  ils avaient plusieurs signes d’automutilation : absence de plusieurs phalanges et orteils, un mal perforant plantaire et des lésions de morsures au niveau de la langue et une anhidrose. Par ailleurs les 2 patients présentaient un retard mental avec retard de langage.

        Devant la suspicion clinique de HSAN type IV un exome clinique a été réalisé et a objectivé la présence de la mutation c.1994T>C (p.Met665Thr) à l’état homozygote au niveau du gène NTRK1 pour le 1^er patient, c’est une nouvelle mutation jamais décrite mais prédite pathogène. Concernant le deuxième patient, le séquençage de l’exome a montré la présence de la mutation c.1877dup (p.Leu627fs) à l’état homozygote au niveau du même gène. Le diagnostic de HSAN Type IV a été confirmé.

 A travers ces 2 observations nous présentons l’intérêt du diagnostic moléculaire qui permet non seulement de faire le diagnostic étiologique, une prise en charge adaptée, mais aussi d’établir un conseil génétique adéquat et d’envisager notamment un diagnostic prénatal ou préimplantatoire pour les grossesses à venir.

Les dystrophies musculaires de Duchenne et de Becker sont des maladies neuromusculaires d’origine génétiques les plus fréquents de l'enfance, avec un mode de transmission récessif lié à l'X. Les mutations du gène DMD sont très hétérogènes, les grands réarrangements génomiques à type de délétions ou duplications sont majoritaires. La réaction en chaîne par polymérase multiplex (MPCR), n’explore que 18 exons du gène DMD et permet de détecter les délétions récurrentes représentant 65% des mutations. La technique d'amplification par sonde multiplex dépendante de la ligature (MLPA) permet d’identifier les délétions et duplications d'exons et d’ajouter 10 à 15 % de cas positifs supplémentaires au test MPCR.

Dans ce travail, nous avons exploré 8 patients de sexe masculin suspects de dystrophinopathies avec un phénotype Duchenne ou Becker par la technique de MLPA, et qui sont négatifs pour la technique MPCR, permettant de mettre en évidence aussi bien les délétions que les duplications.

Nous rapportons ici les premiers résultats de l'analyse moléculaire du gène de la dystrophine par la technique de MLPA dans une cohorte marocaine de 8 patients. Nous avons identifié la délétion causale chez 3 par les 8 patients analysés (37%).

La confirmation du diagnostic par la technique de MLPA est rapide et fiable, elle permet de résoudre la majorité des anomalies du gène DMD, de prodiguer un conseil génétique aux familles, d’établir des corrélations phénotype-génotype et d’inclure les patients éligibles dans les essais cliniques.

La myopathie centronucléaire (CNM) est une maladie neuromusculaire héréditaire caractérisée par les caractéristiques cliniques d'une myopathie congénitale et des noyaux placés au centre sur la biopsie musculaire causée par une mutation du gène MTM1. Le gène MTM1 encode myotubularine (MTM1), une phosphatase endosomale qui agit pour déphosphoryler les lipides clés du second messager PI3P et PI3,5P2.

L'incidence de la myopathie myotubulaire liée à l'X est estimée à 2/100 000.

La forme liée à l'X donne généralement lieu à un phénotype sévère chez les garçons présentant à la naissance une faiblesse et une hypotonie marquées, une ophtalmoplégie externe et une insuffisance respiratoire. La prise en charge du CNM est principalement symptomatique, basée sur une approche multidisciplinaire. Alors que la forme liée à l'X due aux mutations MTM1 est souvent mortelle dans la petite enfance.

Nous présentons l’observation d’un patient dont l’issue a été malheureusement fatale a été en période néonatale.

Il s’agit d’un bébé de sexe masculin qui présentait une hypotonie congénitale sévère avec détresse respiratoire.

Un séquençage exome en trio a montré chez le bébé une variation pathogène hémizygote dans le gène MTM1 hérité de la mère porteuse hétérozygote

Nous rapportons le cas d'un homme de 42 ans adressé en génétique pour dysplasie squelettique. Il présentait un corps trapu, une petite taille (131 cm) avec un tour de tête moyen (57 cm) et pesait 47 kg. Le segment du haut de son corps mesurait 84 cm et l'envergure de ses bras 124 cm. Il avait un front bombant. L’examen physique retrouvait un palais ogival, un raccourcissement des segments (proximaux et moyens) des membres, des mains et des pieds de petite taille, un genu varum bilatéral et une scoliose lombaire.

Les premières analyses génétiques (ACPA, analyse ciblée des deux variations de séquence pathogènes fréquentes de l’achondroplasie et une analyse NGS basée sur un panel « ostéochondrodysplasie ») n’ont identifié aucune anomalie causale.

Nous avons réalisé un séquençage de l'exome en trio mettant en évidence la substitution FGFR3(NM_000142.4):c.1075+95C > G à l’état hétérozygote de novo chez le proposant. Cette transversion a été prédite par SpliceAI (entre autres) comme susceptible de modifier l'épissage du transcrit primaire FGFR3 en activant un site donneur d'épissage cryptique à 5 bases en amont de la variation de séquence. Le variant n’a pas été retrouvé dans gnomAD malgré une bonne couverture moyenne. Un test minigène a été réalisé pour documenter l'effet fonctionnel de ce variant sur l'épissage du transcrit primaire FGFR3. Les résultats obtenus avec la construction portant le variant c.1075+95C > G de FGFR3 ont montré un effet complet sur l'épissage. Il entraîne la synthèse d’un produit majoritaire de 482 pb correspondant à une exonisation des 90 nucléotides suivants de l'extrémité 5' de l'intron 8. Cette exonisation n'induit aucun codon stop.

En résumé, nous avons détecté le variant pathogène FGFR3(NM_000142.4):c.1075+95C > G à l'état hétérozygote chez un patient adulte caucasien atteint d'achondroplasie. Nous avons fourni une description du phénotype qui peut aider à approfondir la corrélation génotype/phénotype ou l'évaluation du pronostic chez les enfants porteurs ou dans les cas prénataux. De façon concordante avec le permier article rapportant cette variation de séquence, nous suggérons d’étendre la recherche des mutations causales à l'ensemble du gène FGFR3 en cas de forte suspicion diagnostique si les investigations initiales demeurent négatives. En effet, le diagnostic moléculaire aura un impact sur la conception et les essais de nouvelles thérapies basées sur FGFR.

La dysplasie ectodermique hypo/anhidrotique (DEH) est une génodermatose rare définie par une atteinte des dérivés ectodermiques incluant les cheveux, les dents et les glandes sudoripares. Son incidence est estimée entre 1/5000 et 1/10000 naissances vivantes. La maladie demeure très peu étudiée en Tunisie. Les objectifs de notre travail étaient de décrire les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de la DEH chez des patients tunisiens et de déterminer, en vue d’une étude moléculaire, les gènes cibles en corrélation avec les profils épidémio-cliniques de ces patients.

Nous avons mené une étude rétrospective et descriptive portant sur 28 patients, issus de 20 familles non apparentées, suivis pour DEH au Service des Maladies Congénitales et Héréditaires de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis, colligés sur une période de 36 ans (de 1985 à 2021). Nous avons inclus les patients présentant deux signes ou plus parmi l’oligo-hypo-anodontie, l’hypotrichose et l’hypo-anhidrose.

L’âge moyen à la première consultation était de 6 ans. Une prédominance masculine a été notée avec un Sex-Ratio de 3,7. Les parents étaient apparentés dans 61% des cas et des antécédents familiaux de DEH ont été notés dans 9/20 familles. L’atteinte dentaire était présente chez tous les patients. Elle était à type d’oligodontie (62%), d’anodontie (21%) et d’hypodontie (17%). L’hypotrichose a été notée chez tous les patients. Elle touchait les cils et les sourcils (100%), les cheveux (89%) et la pilosité corporelle (92%). Une hypo-anhidrose était présente chez 86% des patients. Une dysmorphie faciale évocatrice de DEH a été retrouvée chez tous les patients, associant un front haut et large (93%), des sourcils raréfiés ou absents (100%), une hyperpigmentation périorbitaire (64%), une arête nasale déprimée (79%), une ensellure nasale (68%), un philtrum court (54%) et des lèvres éversées (82%). Les principales atteintes associées étaient l’atteinte cutanée (96%), les anomalies ORL (57%), les anomalies oculaires (50%), les infections à répétition (39%), les anomalies digestives (36%) et les anomalies mammaires (25%). Parmi les patients étudiés, 64% étaient évocateurs de DEH récessive liée au chromosome X, 29% étaient évocateurs de DEH autosomique récessive et 7% étaient évocateurs de DEH autosomique dominante.

Les profils épidémio-cliniques de nos patients illustrent l’hétérogénéité génétique et phénotypique de la DEH. La prise en charge de cette maladie rare est multidisciplinaire et l’étude moléculaire reste indispensable pour un conseil génétique adéquat. 

Introduction :

Les maladies ophtalmologiques, congénitales ou acquises, englobent un large spectre de symptôme, tels que le glaucome, la cataracte et la rétinite pigmentaire. Sur le plan génétique, elles peuvent être mono- ou polygéniques, avec des modes de transmission différents, parfois une pénétrance incomplète et une expressivité variable. Cette hétérogénéité clinique et génétique représente un défi pour le diagnostic et la prise en charge de ces affections.

Objectif :

Intérêt du séquençage à haut débit dans le diagnostic étiologique des maladies ophtalmologiques d’origine génétique.

Matériel et Méthodes :

Nous présentons trois patients ayant des manifestations ophtalmologiques congénitales variées, adressés au service de génétique de l’hôpital Mongi Slim. Ils ont bénéficié d’une consultation spécialisée en génétique et d’un séquençage de l’exome entier (WES).

Résultats:

Cas 1 : Un nourrisson âgé de 7 mois, issu d’union entre apparentés, a présenté un glaucome et une cataracte bilatéraux. Le développement psychomoteur était retardé. A l’examen clinique, une dysmorphie faciale, une hypotonie axiale importante et une abolition des réflexes ostéo-tendineux ont été notées. Le WES a objectivé un variant à l’état hémizygote au niveau du gène OCRL(NM_000276.4):c.2470-2A>G classé comme pathogène (classe 5) selon les critères de l’ACMG (The American College of Medical Genetics and Genomics). Le syndrome de Lowe a été retenu chez ce patient.

Cas 2 : Un garçon âgé de 7 ans avait une rétinite pigmentaire isolée. Le WES a objectivé un variant de type frameshift à l’état hémizygote au niveau du gène CHM(NM_000390.4):c.729_732del classé comme probablement pathogène (classe 4) selon les critères de l’ACMG. Le diagnostic de choroidérémie a été confirmé chez cet enfant.

Cas 3 : Une fille âgée de 3 mois a été adressée pour microphtalmie bilatérale et cataracte unilatérale. Elle avait un aspect aphaque unilatéral et un retard staturo-pondéral. Les explorations ont mis en évidence une chambre antérieure occluse à l’échographie oculaire, et une dysplasie rénale multi-kystique unilatérale. Le WES a objectivé un variant de signification inconnue de type faux sens à l’état homozygote au niveau du gène FOXE3(NM_012186.3):c.263C>G. Les variants de ce gène sont impliqués dans l’aphakie primaire congénitale.

Conclusion:

Devant la grande l'hétérogénéité clinique et génétique des maladies ophtalmologiques congénitales, le WES demeure un outil puissant qui permet de poser un diagnostic précis afin d’adapter la prise en charge médicale et de fournir un conseil génétique aux familles.

Introduction :

Les maladies mitochondriales sont des troubles neurométaboliques complexes caractérisées principalement par un défaut de la phosphorylation oxydative. Elles constituent la forme la plus fréquente des maladies métaboliques héréditaires et peuvent se manifester à tout âge.

Compte tenu de l'ubiquité des mitochondries et de leur rôle crucial dans la production d'énergie, tout dysfonctionnement mitochondrial peut engendrer un large éventail de manifestations phénotypiques. Ces manifestations touchent souvent les organes à forte demande énergétique, engendrant ainsi des tableaux cliniques multisystémiques : neurologiques, musculaires, hépatiques et rénaux. D'un point de vue génétique, ces maladies peuvent être causées par des mutations touchant l'ADN mitochondrial ou l'ADN nucléaire. Cette dualité s'explique par le fait que le protéome mitochondrial est contrôlé conjointement par ces deux génomes, ce qui leur confère tous les modes de transmission.

Notre étude a pour objectif d'établir de nouvelles corrélations entre les phénotypes et les génotypes, ainsi que de décrypter le spectre génétique de ces maladies au sein de la population tunisienne.

Matériels et méthodes :

Nous avons recruté cinq patients tunisiens issus de cinq familles présentant un tableau radioclinique évoquant une maladie mitochondriale. Par la suite, nous avons procédé à un séquençage de l'exome entier (WES) pour identifier les mutations causales, suivi d’un séquençage Sanger afin de confirmer la présence des mutations et vérifier leurs ségrégations familiales. De plus, une étude structurale a été réalisée pour évaluer l’impact des variants identifiés sur la stabilité des protéines et les interactions intra-atomiques.

Résultats :

L'analyse bioinformatique des données brutes générées par le WES a révélé cinq variants homozygotes, dont quatre variants faux sens et une délétion de type frameshift. Nous avons identifié deux nouvelles mutations au niveau des gènes NDUFAF5 et FASTKD2, associées à une présentation sévère du syndrome de Leigh et à un syndrome de type Leigh-like. Les analyses structurales, ainsi que les outils bioinformatiques, ont corroboré leurs caractères pathogènes. De plus, notre étude a mis en évidence deux variants localisés au niveau des gènes FOXRED1 et GFM2. Ces variants non jamais été rapportés auparavant chez la population nord-africaine. En outre, nous avons décrit le premier cas d'acidurie fumarique en Tunisie, chez un patient porteur d'un variant au niveau du gène FH, suggérant un effet fondateur au sein de la population nord-africaine.

Conclusion :
Notre étude a souligné l'importance de l'investigation génétique pour confirmer le diagnostic des maladies mitochondriales, et elle a mis en évidence un spectre hétérogène de ces maladies. En perspective, une étude à grande échelle sera nécessaire pour définir les mutations fréquemment observées chez la population tunisienne et estimer la prévalence de ces maladies.

La dystrophie musculaire facioscapulohumérale (DMFSH) est l’une des myopathies les plus fréquentes. Aucun traitement n’existe, et le mécanisme physiopathologique n’est pas pleinement élucidé. Des registres nationaux ont été établis pour compléter les connaissances sur la pathologie et en améliorer la prise en charge. Avec ~1200 malades inclus et 39 sites participants, l’Observatoire français figure parmi les registres neuromusculaires les plus riches.

Notre registre est conçu pour faciliter et accélérer la mise en place de projets variés. Avec l’arrivée des essais thérapeutiques, c’est un outil de choix pour le développement et la validation de tests et indicateurs pertinents, affiner les protocoles et rassembler rapidement les cohortes adéquates.

Une palette de projets satellites y sont progressivement connectés sous forme d’un réseau en étoile (hub). L’essai Clinical Trial Readiness Network FSHD France (NCT04038138), visant à valider des indicateurs de mesure chez des patients FSH type 1 ambulatoires, a été conçu comme un premier module. Un essai spécifique a été mis en place pour les patients non-ambulatoires. De futurs essais cibleront les populations pédiatriques, et celles de type 2. Une étude ancillaire vise à valider de nouveaux biomarqueurs et à préparer la collecte de données de vie réelle.

La stratégie de collecte double, auprès des malades et des médecins, a été validée par une analyse statistique publiée. La qualité des données ainsi mise en évidence permet d’envisager l’utilisation d’algorithmes de machine learning, pour développer, notamment, des modèles prédictifs de l’évolution de la DMFSH.

Enfin, le développement d’une application mobile contribuera à stimuler la participation, mais aussi à rendre possible la collecte de données d’un nouveau type, augmentant les chances de succès de la mise en œuvre de l’IA sur nos données, et renforçant le rôle du registre comme lien éducatif entre les patients et les médecins.

Ce projet est financé par l’AFM-Téléthon.

But de la présentation

Matériels et Méthodes

Résultats

Conclusion

La surdté AUNA1 est responsable d'un phénotype de neuropathie auditive apparaissant au cours de la trentaire, avec aggravation progressive et bénéfice limité de l'appareillage auditif conventionnel. L'implantation cochléaire semble apporter un bénéfice satisfaisant au patients. La caractérisation exacte de la pathologie notamment sur le plan génétique est nécessaire en cas de neuropathie auditive, car elle permet de conseiller au mieux le patient sur le type de réhabilitation possible.

L'ataxie spino-cérébelleuse 27B (SCA27B) ou ataxie GAA-FGF14 est une nouvelle cause d'ataxie cérébelleuse d'apparition tardive. La transmission est autosomique dominante à pénétrance variable. Elle se caractérise par une ataxie cérébelleuse pure à début épisodique dans 2/3 des cas. La symptomatologie est lentement progressive. Dans 60% des cas, un nystagmus est présent, préférentiellement battant vers le bas. Nous décrivons ici les anomalies oculomotrices à l’examen neurologique de 5 patients SCA27B.

Les 5 patients inclus dans cette série avaient un âge médian de 78 ans (de 61 à 86 ans), quatre de France et un du Québec, Canada. Le début de la maladie se situait entre 40 et 76 ans, avec une durée moyenne d’évolution de 11 ans. Tous avaient des antécédents familiaux d'ataxie cérébelleuse à transmission autosomique dominante. La taille médiane de l'expansion de répétitions GAA dans l’intron 1 du gène FGF14 était de 485 répétitions (de 334 à 550 répétitions). Quatre patients présentaient une ataxie cérébelleuse progressive, tandis qu'un patient était encore au stade d’ataxie épisodique. Le score SARA (Scale for the Assessment and Rating of Ataxia) allait de 2/40 chez ce dernier patient à 23/40. Les 5 patients présentaient une aggravation de leur symptôme avec la consommation d'alcool et/ou l'exercice physique, comme décrit habituellement dans SCA27B. L’examen oculomoteur a été filmé chez les 5 patients et revu par 2 neurologues spécialisés dans les mouvements anormaux de manière indépendante.

Les symptômes visuels présentés par les patients sont principalement la diplopie épisodique : 4/5, le flou visuel épisodique : 3/5 et les oscillopsies (battements de l’image) : 3/5. Les anomalies retrouvées à l’examen oculomoteur standardisé sont les suivantes : (a) anomalies de la fixation primaire (intrusions saccadiques) : 1/5, (b) anomalies de la poursuite oculaire (ralentie et/ou saccadique) : 5/5, (c) présence d'un nystagmus : 5/5, avec plusieurs particularités possibles pour le nystagmus: battant vers le bas (downbeat nystagmus) : 2/5, battant vers le haut (upbeat nystagmus) : 2/5, des regards excentrés (gaze-evoked nystagmus) : 5/5, de rebond (rebound nystagmus) : 1/5  ; (d) anomalies des saccades oculaires (dysmétrie saccadique, ralentissement des saccades verticales et/ou horizontales, augmentation de la latence des saccades, trajectoire incurvée dans les saccades verticales) : 4/5.

L'évaluation oculomotrice est importante dans SCA27B et montre la présence de nombreuses anomalies oculomotrices possibles, au-delà du nystagmus. Par ailleurs, ces dernières peuvent être présentes dès le stade épisodique, guidant ainsi le clinicien vers ce diagnostic. Un examen oculomoteur complet est donc conseillé en pratique clinique pour orienter l’analyse moléculaire de SCA27B. Des études complémentaires par vidéonystagmographie devraient être réalisées pour documenter plus précisément et à plus grande échelle ces résultats dans cette nouvelle forme d’ataxie.

Contexte

L'arthrogrypose multiple congénitale (AMC) est caractérisée par la réduction des amplitudes articulaires à au moins deux niveaux articulaires à la naissance. Des variants nucléotidiques, des remaniements chromosomiques équilibrés et des variations du nombre de copies impliquant ZC4H2 situé sur le locus Xq11.2 ont été identifiés chez les patients présentant une AMC, un retard psychomoteur sévère et une faiblesse musculaire distale. Le spectre clinique s’est récemment étendu aux formes de paraparésies spastiques isolées ou avec un léger déficit cognitif. L’ensemble du spectre est actuellement désigné ZC4H2-associated rare diseases (ZARD).

Objectifs

Nous avons constitué une cohorte francophone de vingt-cinq patients dont trois foetus diagnostiqués avec ZARD. Nous souhaitons approfondir la caractérisation des phénotypes cliniques neurologiques centraux et périphériques incluant notamment des données psychométriques et de l'IRM musculaire.

Résultats

Tous les patients présentaient une AMC à la naissance, ainsi qu'un trouble du développement de sévérité variable, pour ceux nés vivants. Les limitations articulaires disparaissaient dans les formes avec une atteinte musculaire en IRMm la plus modérée, mais persistaient au moins sous forme de camptodactylie dans les autres. Les bilans neuropsychologiques réalisés chez quatre patients mettaient en évidence des indices de vitesse de traitement en dessous de la normale, mais avec efficience cognitive dans des valeurs normales, ainsi que des déficits attentionnel. Dans plus de la moitié des patients, des signes d’atteinte motrice du premier motoneurone étaient présents à l’examen clinique, a minima par un signe de Hoffmann ou Babinski, sinon par un syndrome pyramidal avéré. L'imagerie musculaire réalisée chez huit patientes a montré une atrophie musculaire sévère prédominante au niveau des membres inférieurs (cuisse, mollet), mais une préservation des muscles adducteurs longus et brevis, soulignant davantage une implication du système nerveux périphérique. Une atteinte uni ou bilatérale spécifique du tenseur du fascia lata a également été identifiée chez sept patientes et pourraient constituer un biomarqueur diagnostique en imagerie.

Conclusions

Nous mettons en évidence des caractéristiques cliniques, radiologiques et psychométriques spécifiques du ZARD. Nos résultats confortent une implication du système nerveux central et périphérique chez les patientes porteuses de variants du gène ZC4H2. Des données supplémentaires sont nécessaires pour préciser s’il existe une corrélation entre les atteintes centrales et périphériques.

L’inflammasome est une plateforme multiprotéique formée suite à la détection de motifs microbiens ou de signaux de danger par les récepteurs PRR (pattern recognition receptors) conduisant à l’activation de la caspase-1. Celle-ci a un double rôle : l’activation de cytokines pro-inflammatoires, IL-1β et IL-18 et le déclenchement d’une mort cellulaire inflammatoire, la pyroptose. Il existe plusieurs catégories de PRR récepteurs, avec des spécificités distinctes. NLRP1 fait partie de la famille NLR (NOD like receptors) et est activé par les signaux de nature microbienne (PAMPs). Les mutations gain de fonction de ce gène entrainent l’activation constitutive de l’inflammasome et sont responsables de maladies auto-inflammatoires. Nous rapportons 3 familles atteintes d’inflammasomopaties à expression cutanéo-muqueuse polymorphe sans atteinte systémique,  présentant des variants prédits pathogènes du gène NLRP1. 

Famille1: femme de 37 ans présente une kératodermie palmoplantaire (KPP) sporadique focale hyperalgique associée à une hidradénite suppurée (HS) et une sclérose en plaque. Famille 2: femme de 36 ans et son frère présentent une KPP focale hyperalgique dyskératosique avec dyskératose laryngée et une HS. Famille 3: femme de 35 ans, son père et son frère atteints de KPP focale hyperalgique familiale avec dyskératose buccale.

L’analyse génétique par séquençage d’exome et séquençage ciblé du panel des gènes à façon développé dans le laboratoire, a mis en évidence des variants hétérozygotes faux-sens du gène NLRP1 prédits pathogènes par les logiciels in silico dans les 3 familles. Ces variants ségrégent avec le phénotype atteint dans les familles. Le dosage de l’IL-1β sérique était normal chez le cas index des 3 familles. Le dosage de l’IL-1β et de l’IL-18 dans le surnageant des kératinocytes non stimulés du cas index de la famille 1 était très significativement élevé indiquant une hyperactivation de l’inflammasome.

Les mutations identifiées dans cette étude sont localisées dans les domaines PYD (pyrin) et FIIND de NLRP1, qui en absence des stimuli maintient cette protéine à l’état inactif de monomère prévenant son oligomérisation et l’activation ultérieure de l’inflammasome. Les mutations précédemment rapportées dans ces domaines sont associées à des tableaux cliniques hétérogènes comprenant des kératoacanthomes palmoplantaires multiples, une fièvre récurrente, une kératodermie palmoplantaire avec dyskératose histologique, souvent focale et hyperalgique, une dyskératose muqueuse cornéenne, buccale et  laryngée et une HS.

Nos résultats élargissent le spectre des mutations de NLRP1 et indiquent que la recherche des mutations de ce gène doit être considérée chez les patients atteints de KPP syndromiques sans mutations dans les gènes connus des KPP.

Introduction : Le syndrome PHARC est une maladie neurodégénérative progressive rare, associant polyneuropathie, surdité, ataxie cérébelleuse, rétinite pigmentaire et cataracte. Cette pathologie autosomique récessive est due aux mutations du gène ABDH12. L’expressivité est variable ; sur les 64 patients décrits dans la littérature, seuls 14 présentent les cinq signes cardinaux. L’atteinte neurologique est plus pénétrante, 71% des patients présentant une polyneuropathie et/ou une ataxie.

Le système endocannabinoïde cérébral (SEC) a une influence majeure sur les schémas de motivation et de récompense. Sa dérégulation participe au développement d’addictions. Le SEC a principalement été étudié pour son rôle dans les addictions aux drogues, mais quelques études pointent vers un rôle additionnel dans le sport. L’enzyme codée par ABDH12 est impliquée dans le métabolisme endocannabinoïde ; elle hydrolyse le 2-arachidonyl glycerol (2-AG), un des deux agonistes endocannabinoïdes. Elle a également une activité lysophosphatidylserine lipase.

Cas clinique : Nous présentons un patient avec un variant stop homozygote de ABDH12. Il présente une surdité progressive, une dystrophie rétinienne bâtonnets-cônes et une cataracte. Ce patient a une longue histoire de pratique sportive intensive et ne présente aucun signe d’ataxie ni de polyneuropathie à l’âge de 45 ans.

Discussion : Un taux cérébral élevé de 2-AG augmente les pics de concentration de dopamine et la recherche de récompense. Un déficit en ABDH12 pourrait stimuler la recherche de pratique sportive intensive. Des taux élevés de 2-AG pourraient également augmenter l’hypoalgésie non-opioïde induite par le sport. Cette hypoalgésie pourrait inciter les personnes à pratiquer un entraînement sportif intense.

La pratique d’un sport d’endurance est une thérapie non médicale utilisée pour prévenir la neuro-inflammation dans plusieurs maladies neurodégénératives comme la maladie de Parkinson ou les douleurs neuropathiques. Nous émettons l’hypothèse que la pratique sportive intensive chez notre patient pourrait prévenir la neuroinflammation résultant de l’accumulation de lipides proinflammatoires dans son système nerveux central du fait de son déficit en ABDH12. La discussion est de savoir si les mutations ABDH12 peuvent être un facteur de risque d’addiction au sport ou si la pratique sportive intensive pourrait prévenir ou retarder l’atteinte neurologique du syndrome PHARC.

La génétique dans le sport s’est principalement focalisée sur les facteurs génétiques capables de modifier les performances physiques, peu sur des facteurs génétiques capables de modifier la motivation ou l’attraction pour le sport. A l’aube d’une nouvelle édition des Jeux Olympiques et Paralympiques, il serait intéressant de rechercher des polymorphismes d’ABDH12 dans une cohorte d’athlètes de haut niveau pour confirmer le lien entre une dérégulation du SEC et l’entraînement sportif.

Un réarrangement chromosomique complexe en Xp11.3 à l'origine d'une maladie de Norrie chez un jeune garçon : à propos d'un cas :

La maladie de Norrie (ND) est un trouble récessif rare lié à l'X, caractérisé par l’association variable d’une cécité congénitale due à une dysplasie vitréorétinienne, une surdité neurosensorielle et une déficience intellectuelle. NDP (Norrie pseudoglioma), gène responsable de la ND, est situé en Xp11.3 et comprend trois exons, le premier étant non codant. Il code pour la protéine Norrin, un facteur de croissance essentiel à l'angiogenèse et au développement rétinien.

Composé de 133 acides aminés, il possède un « cystine knot » et est connu pour activer la voie de signalisation Wnt/bêta-caténine, jouant un rôle central dans le développement vasculaire de la rétine.

Dans notre cas, un jeune patient masculin a présenté les symptômes classiques de la ND, incluant la cécité congénitale, la perte auditive progressive et les troubles cognitifs. L’analyse pangénomique par puce SNP n’avait pas retrouvé de déséquilibre chromosomique considéré comme délétère. Le séquençage du génome en trio a révélé une inversion paracentrique du chromosome Xp11, survenue de novo, d’environ 4 Mb qui interrompt le gène NDP entre les exons 2 et 3. La plupart des variants de structure (SV) rapportés sont des délétions, plus rarement des translocations et exceptionnellement un cas d’inversion paracentrique familiale Xp11.4q22. Aucune inversion paracentrique interrompant ce gène n’a été décrite jusqu’à présent. De par sa taille et sa structure, elle n’est pas détectable par les techniques de cytogénétique et de séquençage classiques. Elle représente un véritable défi diagnostique.

Ce cas souligne l'importance de l’analyse du génome dans la détection des SV rares, en particulier dans le diagnostic des maladies rares.

Le Syndrome AMME (Alport Syndrome, Mental retardation, Midface hypoplasia and Elliptocytosis) est un syndrome de gènes contigus associé aux délétions de la région Xq22.3q23. L’imputabilité des signes cliniques aux différents gènes de la région a été partiellement établie. Des anomalies du gène COL4A5 sont responsable du syndrome d’Alport lié à l’X. Les délétions et mutations ponctuelles du gène AMMECR1 (AMME Chromosomal Region 1) sont associées à une surdité syndromique liée à l’X, avec principalement une déficience intellectuelle, un retard global des acquisitions, une surdité de perception ou mixte, une elliptocytose, une fente sous muqueuse et une hypoplasie de l’étage moyen et de manière moins constante un retard de croissance staturopondéral, des malformations cardiaques et des anomalies squelettiques. Les mères conductrices présentent une surdité de perception postlinguale évolutive, avec parfois une dysplasie de hanche et une fente sous muqueuse.

Nous rapportons le cas d’un patient présentant une surdité mixte bilatérale moyenne, un retard des acquisitions, des stéréotypies motrices, un strabisme avec dysfonction des cônes bâtonnets et des particularités morphologiques. Le scanner et l’IRM des rochers montrent un diastasis uncudostapédien bilatéral, une malformation bilatérale des cochlées avec un deuxième tour de spire hypoplasique ainsi qu’une hypoplasie des nerfs cochléaires et des bulbes olfactifs. Le séquençage du génome en duo a montré la présence d’un variant frameshift dans l’exon 2 du gène AMMECR1, hérité de sa mère qui présente une surdité de perception bilatérale évolutive.

Ce résultat génétique vient éclairer l’histoire familiale.

Contexte et objectifs de l'étude : La goutte est une maladie rhumatismale commune causée par un dépôt de cristaux d’urate de sodium dans les articulations lorsque le taux d’acide urique dans le plasma est chroniquement supérieur au seuil de saturation d’acide urique. Cette élévation du taux d’acide urique est le plus souvent due à une consommation excessive d’aliments riches en purines ou à un défaut d’élimination rénale. Plus rarement, ces crises de goutte peuvent avoir une origine génétique. Récemment des variants pathogènes dans le site actif de la D-Lactate deshydrogenase (D-LDH), enzyme responsable de l’oxydation du D-lactate en pyruvate, ont été rapportés dans la littérature dans un syndrome associant hyperlactaturie et susceptibilité aux crises de goutte (OMIM#245450) de transmission autosomique récessive. L'objectif de ce travail était, chez un patient suivi depuis l’âge de 19 ans pour des crises de goutte à répétition, de vérifier la pathogénicité de deux variants faux-sens hétérozygotes composites de signification incertaine (NM_194436.2:c 1310G > C et c.317G > A) dans le gène LDHD.

Matériels et méthodes : Le dosage enzymatique spécifique du D-lactate (Megazyme D-lactic acid) a été réalisé sur le plasma et les urines du patient, ainsi que chez des contrôles présentant ou non une prolifération bactérienne.

Résultats : Le cas index présentait une concentration anormalement élevée de D-Lactatedans les urines par rapport à des urines aux individus présentant une infection urinaire ou celles d’un individu sain. De même, la concentration plasmatique en D-lactate était anormalement élevée comparée aux données de littérature chez un individu sain. Les concentrations retrouvées étaients concordantes avec celles préalablement publiées dans la littérature chez les  patients présentant des variants faux-sens pathogènes dans le gène codant LDHD.

Conclusion et perspective :

La présence anormalement élevée de D-lactate dans le sang et les urines chez le cas index nous a permis de confirmer le dysfonctionnement de l’enzyme D-LDH. Cet élément de validation fonctionnelle nous a permis de reclasser les variants identifiés dans le gène LDHD, selon les critères de l’ACMG, en « probablement pathogène » (classe 4) et ainsi confirmer la responsabilité du gène LDHD dans la survenue des crises de goutte chez le patient.

Nous rapportons le cas d’un enfant présentant en anténatal des os long sur limite basse des courbes de croissance et un aspect inhabituel des mains. L’ACPA effectuée à l’époque avait mis en évidence une duplication 8q23.3 d’environ 1,55 Mb d’origine paternelle et considérée comme de signification incertaine. Sans signe d’appel échographique supplémentaire, la grossesse s’est poursuivie. 

A 1 an, l’enfant présentait une surdité neurosensorielle profonde, une cataracte congénitale et un retard de développement moteur. On retrouvait aussi une hexadactylie, d’importants troubles de l'oralité, une hypotrophie harmonieuse avec microcéphalie, un hirsutisme, une mélanodermie, une hypothyroidie et une scoliose. Le dossier a été accepté en RCP d’inclusion pour analyse de génome. 

Deux variations de séquence tronquantes ont été trouvées à l’état hétérozygote dans le gène TOR1AIP1, chacune héritée d’un des parents : c.768T > G [p.(Tyr256*)] et c.1499del [p.(Asn500Thrfs*7)].

Ces variations de séquence sont absentes des bases de données populationnelles et cliniques. A noter que la variation de séquence c.1499del, localisée dans le dernier exon codant du gène TOR1AIP1, prédit un échappement au système NMD.

Le gène TOR1AIP1 code 2 isoformes du polypeptide associé à la lamine de type 1 (LAP1B et LAP1C), protéine membranaire localisée dans la membrane nucléaire interne. Elles se lient aux lamines de type A et B et sont impliquées dans la régulation de la torsine-A ATPase. Les variations de séquence pathogènes de ce gène sont responsables d'une forme de dystrophie musculaire à transmission autosomique récessive avec colonne vertébrale rigide et contractures articulaires distales (MRRSDC ; OMIM#617072). Plus récemment, une forme plus sévère a été rapportée, de présentation néonatale, avec déficit neurologique progressif, cataracte bilatérale et retard de croissance (Fichtman B. et al., Nature Communications, 2019). Ce phénotype est lié à des variants tronquants localisés dans une région affectant l'expression des 2 isoformes LAP1B et LAP1C de la protéine, comme c’est le cas pour les 2 variations de séquences retrouvées chez ce patient. 

Les éléments cliniques rapportés pour cet enfant sont compatibles avec la forme néonatale de la pathologie. Les variations de séquence c.768T > G [p.(Tyr256*)] et c.1499del [p.(Asn500Thrfs*7)] dans le gène TOR1AIP1 sont considérées comme probablement pathogènes (classe 4, ACMG) et leur présence à l'état hétérozygote composite comme probablement responsable du phénotype.

A 3 ans, on retrouve les éléments cliniques cités précédemment avec un retard majeur de développement moteur GMFCS V, une absence totale de langage et de communication et une déficience intellectuelle probable.

Ce cas vient confirmer et compléter la description phénotypique de cette forme sévère de myopathie à transmission autosomique récessive avec colonne vertébrale rigide et contractures articulaires distales pour laquelle très peu de cas sont rapportés à ce jour.

Lors de l’évaluation des patients en consultation de génétique, il est parfois difficile de trancher entre une forme isolée ou syndromique de surdité précoce. Cette situation peut être rencontrée lorsqu’un patient présente des signes extra-auditifs pouvant être expliqués par sa pathologie cochléo-vestibulaire, ou des signes extra auditifs mal caractérisés ou rarement associés à une surdité. Nous présentons le cas de deux patients avec une cause rare de surdité syndromique liée à l’X, due au gène BCAP31.

Le premier patient est un homme de 28 ans, suivi dans le Centre de Référence depuis l’âge de 3 ans, qui présente une surdité de perception profonde bilatérale congénitale, avec pose d’implant cochléaire tardive à l’âge de 5 ans. Il garde des troubles de l’articulation malgré un résultat satisfaisant de son implant. Quinze ans plus tard, l’apparition de troubles de l’équilibre ont fait découvrir une areflexie vestibulaire, dans un contexte de sérologie CMV positive. Devant l’association d'une surdité de perception bilatérale profonde et d'une aréflexie vestibulaire, plusieurs tests rétiniens ont été réalisés, tous subnormaux. Dernièrement, ses troubles de l’équilibre se sont intensifiés, l'imagerie a montré une légère hypoplasie cérébelleuse et les tests électrophysiologiques, un déficit proprioceptif. A ce stade, le bilan génétique était négatif, il était difficile de déterminer quels symptômes étaient liés à son trouble cochléo-vestibulaire et lesquels étaient des symptômes associés. Le séquençage du génome a identifié le variant hémizygote de novo probablement pathogène c.212G > C p.(Arg71Pro) de BCAP31.

Le second patient est un garçon de 6 ans qui présente un retard de langage dû à une surdité de perception moyenne bilatérale diagnostiquée à 4 ans. A partir de l’âge de 2 ans, il a présenté des malaises à type de cyanose buccale, pâleur et hypothermie avec élévation des transaminases. La cytolyse est stable dans le temps, avec une stéatose et une fibrose débutantes. Il est décrit comme étant très agité et brouillon dans ses mouvements, présente des troubles de coordination et d’équilibre. L’association d’une surdité de perception à des troubles hépatiques est extrêmement rare. Il était difficile de savoir si ces deux symptômes étaient liés ou s’il s’agissait d’une association fortuite. Le séquençage du génome en trio a montré la présence du variant hémizygote de novo probablement pathogène c.703-2A > G de BCAP31, qui explique l’association de ces signes. Ce variant abolit le site accepteur du dernier intron du gène, avec émergence d’un site accepteur distant de 5 nucléotides dans l’exon suivant, entraînant un décalage de lecture dans le dernier exon.

Ces deux tableaux cliniques correspondent à la forme modérée du syndrome DDCH (Deafness, Dystonia and Cerebral Hypomyelination) due aux variations faux-sens de BCAP31. Seul le séquençage du génome a permis de comprendre l’origine des différents signes cliniques présentés par ces deux patients.

Les variants bialléliques pathogènes de COL25A1 sont décrits en pathologie constitutionnelle humaine en 2015 avec un trouble congénital du développement des nerfs crâniens avec désinnervation, puis en 2022 par Natero-de Benito et al., chez 5 patients présentant une arthrogrypose multiple congénitale. Le signe clinique décrit en anténatal est une réduction des mouvements fœtaux. Les principaux signes cliniques décrits en postnatal rassemblent anomalie de développement des nerfs crâniens avec désinnervation, contractures, atrophie musculaire généralisée, défaillance respiratoire, paralysie des cordes vocales et ptosis. Cependant une variabilité d’expression sans corrélation génotype-phénotype semble présente.

Nous rapportons le cas d’un fœtus présentant au 1^er trimestre un hygroma kystique avec une clarté nucale augmentée à 15.6mm ainsi qu’un immobilisme fœtal. A 22SA, l’hygroma kystique persiste, une anasarque est mise en évidence associée à des pieds varus équins fixés. Une interruption médicale de grossesse (IMG) est réalisée à 25SA, permettant une analyse fœtopathologique qui confirme les signes échographiques et y ajoute des ptérygia multiples de toutes les articulations, un petit thorax et une hypoplasie musculaire généralisée.

L’analyse en SNP-array réalisée en anténatale sur biopsie de trophoblaste décèle une délétion homozygote d’environ 130 kilobases de la région 4q25(108696045_108830747) (GRCh38) emportant les exons 33 à 38 de COL25A1 héritée des deux parents hétérozygotes. Au moment de ce résultat, la littérature ne fait aucun lien avec l'arthrogrypose ; la délétion est donc étiquetée « variation de signification inconnue ». Dans les suites de l’IMG, un séquençage complet du génome est réalisé. La délétion des exons 33 à 38 de COL25A1 est à nouveau rapportée, cette fois considérée probablement pathogène du fait des patients récemment publiés présentant un phénotype similaire. D’autre part, aucune autre anomalie causale n’est décelée.

Il est à noter que parmi les 2700 SNP-array réalisées au sein du laboratoire de génétique du CHU de La Réunion, cette délétion précise est retrouvée à l’état hétérozygote chez 7 patients en plus de cette famille. Face à son absence des bases de données DGV et Decipher, cette proportion soulève la question d’un effet fondateur au sein de la population Réunionnaise comme cela est décrit dans d’autres pathologies de fréquence élevée sur l’île.

Nous rapportons ici le premier cas de délétion homozygote de COL25A1 chez un patient présentant un tableau d’arthrogrypose congénitale avec ptérygia multiples. Cela fait état d’une nouvelle variation causale et étend le spectre phénotypique. Cette observation démontre l’importance de COL25A1 dans l’innervation musculaire précoce au cours du développement. Ce travail met également en perspective l’adaptation du conseil génétique dans la population réunionnaise dont le peuplement a entrainé la présence d’effets fondateurs.

Hétérogénéité clinique et la variabilité du pronostic des patients présentant des variants pathogènes de BMPER (ou du spectre de BMPER). 

Introduction :

BMPER est un gène crucial impliqué dans la formation osseuse et la différenciation des cellules chondrogéniques. Les mutations de ce gène sont connues pour causer la dysostose diaphanospondylique (DSD), un trouble génétique rare caractérisé par des anomalies squelettiques et des kystes rénaux. Cependant, la dysplasie ischio-vertébrale   (IVD) est un phénotype moins connu associé aux mutations de BMPER, qui a été rarement rapporté dans la littérature, peut-être en raison d'un chevauchement avec d'autres dysostoses vertébrales.

Objectif :

Cette étude vise à décrire la présentation clinique et le pronostic des patients atteints d'IVD secondaire à des mutations de BMPER.

Méthodes :

Nous présentons trois patients et un fœtus avec des mutations confirmées de BMPER. L'analyse moléculaire a révélé des mutations héréditaires homozygotes chez trois patients et une mutation dé novo hétérozygote composée chez un patient. Les manifestations prénatales comprenaient une agénésie sacrée, une cyphose thoracique et des anomalies de la cage thoracique. Des anomalies squelettiques telles que la cyphoscoliose, des ailes iliaques larges et des anomalies de l'ossification ont été observées. De plus, un patient présentait une hypoplasie des 4e et 5e doigts, une découverte précédemment non rapportée. Les manifestations extra-squelettiques comprenaient une glande pituitaire postérieure ectopique, des niveaux d'hormone IGF bas, une hypoplasie rénale et une capacité respiratoire réduite. Les caractéristiques dysmorphiques comprenaient une grande fontanelle antérieure, des membres d'apparence longue et une poitrine bombée. Un retard de croissance a été observé chez tous les patients, tandis qu'une intelligence normale a été notée avec un retard du développement moteur (degré variable de troubles d'apprentissage).

Conclusion :

Cette étude élargit la compréhension des mutations du gène BMPER en mettant en évidence la présentation clinique et le pronostic des patients atteints d'IVD plutôt que de DSD. Nos résultats soulignent l'importance des examens pelviens et des radiographies dans l'interprétation des variants de ce gène. Le phénotype et le pronostic des patients atteints de mutations du gène BMPER peuvent être influencés par divers facteurs, notamment la mutation spécifique et la rééducation reçue.

HSAN, Hereditary Sensory Autonomic Neuropathies, in humans are characterized by insensitivity to pain, sometimes combined with self-mutilation, with more than 20 genes identified to date (Lischka et al., 2023). Such peripheral nerves neuropathies are also reported in dogs, as “auto-mutilation syndromes” in various dog breeds (Granger et al., 2011). Causal variants were identified in only 2 dog breeds suggesting a large genetic heterogeneity between breeds. We thus anticipate that identifying HSAN breed specific genetic variants will either serve as natural models of the involvement of such genes in HSAN or will provide relevant candidate genes.

Indeed, in hunting dog breeds, we previously identified a regulatory variant upstream the GDNF gene (Plassais et al., 2016), a good candidate under investigation in human HSAN patients. Our aim is to explore the genetic etiology of HSAN in other affected dog breeds.

For 3 breeds German spitz, Pinschers & Fox terriers, affected dogs showed loss of pain sensation in the distal extremities, leading to intense licking, biting, and self-mutilation of digits, claws, and paw pads, resulting in severe lesions, progressing to amputation. For each breed, affected dogs and their family have been sampled through our Cani-DNA BRC and 3 to 4 dogs per family have been sequenced by Whole Genome Sequence (WGS), with a high coverage (30 X).

For the Fox terrier breed, electron microscopy analyses were previously performed and showed identical features than in HSAN (Correard et al., 2019). For the German spitz dogs, WGS of 4 dogs (one affected, its dam and two unaffected) was carried out, using the most recent dog reference genome assembly UU_Cfam_GSD_1.0. The list of variants, private to the case, was filtered based on autosomal recessive (AR) inheritance and allele frequency of the variants was again filtered in a cohort of 961 publicly available WGS of dogs. A single candidate causal variant was discovered on dog chromosome 4 in the RETREG1 gene (c.656C>T, p.Pro219Leu). Through the genotyping of 80 German spitz samples (Cani-DNA BRC), we confirmed the AR segregation in this breed. This variant was previously pointed in one mixed-breed dog family with similar clinical signs (Gutierrez-Quintana R et al., 2021) and most interestingly, this RETREG1 gene is already known to harbor different variants causing HSAN in humans (Kurth I et al., 2001 ; Lischka et al., 2023), through inhibition of endoplasmic reticulum turnover, leading to neuron degeneration.

Our findings allow to develop a genetic test, for this recessive form of HSAN in German spitz, to help breeders and vets to diagnose and predict this disease. In addition, in a comparative genetic approach, affected dogs can provide natural models of this corresponding Human HSAN 2B. Other breeds, Pinschers & Fox terriers, were similarly analyzed and to date, the identified variants do not hit already HSAN known genes, thus providing potential new candidates for human HSANs.

Le gène MAPT code pour la protéine Tau essentielle à l'assemblage des microtubules et fortement exprimée dans le système nerveux central. Les variations pathogènes de MAPT sont impliquées dans un spectre de maladies neurodégénératives nommées taupathies et comprenant la démence frontotemporale avec parkinsonisme, la maladie de Pick, la maladie d'Alzheimer, la paralysie supranucléaire progressive et la dégénérescence corticobasale. Elles sont caractérisées par une agrégation intra-neuronale aberrante de protéines tau hyperphosphorylées à l'origine d'atrophie puis de perte neuronale provoquant une dégénérescence généralisée du système nerveux central.

Nous rapportons les données cliniques de 7 sujets apparentés présentant un tableau neurologique progressif avec une atteinte atypique du motoneurone et une insuffisance respiratoire au premier plan. Six sont décédés. Ils ont tous présenté une dyspnée-orthopnée d'aggravation progressive ponctuée d'épisodes de décompensation respiratoire aigüe allant jusqu'au coma hypercapnique. Les autres manifestations cliniques comprenaient des troubles de la marche, des réflexes vifs et polycinétiques, un signe de Babinski et un signe de Hoffman positifs, une hypertonie des membres inférieurs, une trépidation épileptoïde non épuisable, des troubles de déglutition et d'élocution. 

Une analyse moléculaire a été réalisée chez 2 d’entre eux et a retrouvé la variation faux-sens hétérozygote c.2041C > T ; p. Pro681Ser de MAPT. Cinq patients de la littérature avec une variation pathogène de MAPT ont également présenté une insuffisance respiratoire rapidement évolutive. 

Ces observations permettent d’étendre le spectre phénotypique associé aux variations de MAPT en décrivant une insuffisance respiratoire atypique, d'évolution rapide, avec épisodes d'exacerbation et décès prématuré, au premier plan du tableau neurodégénératif.

 Les agénésies dentaires font partie des anomalies dentaires héréditaires les plus couramment observées dans les différentes populations mondiales. Elles sont regroupées sous le terme d’oligodontie lorsque plus de six dents permanentes sont absentes  (hors dents de sagesse) et peuvent être héritées soit en tant que trait non syndromique, soit en tant que phénotype faisant partie d'un syndrome plus large (trait par exemple retrouvé dans le large spectre des dysplasies ectodermiques).  L'étiologie génétique des oligodonties non syndromiques est hétérogène et une sévérité phénotypique variable et une pénétrance incomplète sont décrites. De nombreux gènes ont été associés aux oligodonties syndromiques ou non syndromiques parmi lesquels ceux des voies WNT/β-caténine, TGF-β/BMP et EDA/EDAR/NF-κB jouent un rôle majeur. Initialement décrite comme une maladie/un trait monogénique, de nouvelles hypothèses d'hérédité digénique voire oligogénique ont été récemment formulées.

L’objectif de cette analyse rétrospective a été la recherche systématique et l’appariement des variants nucléiques rares (SNVs) de signification inconnue du panel « oligodontie » développé au sein de la  Fédération de Génétique et Médecine Génomique d’APHP centre Université de Paris.

Les analyses ont été menées sur les données issues de NGS ciblé sur le panel « oligodontie» de 76 cas index présentant des oligodonties, adressés dans le Service de Médecine Génomique des Maladies de Système et d’Organe entre 2018 et 2022 par les Centre de Référence et Compétences  Maladies Rares O-Rares et CaPi de la fédération hospitalo universitaire DDSParis-Net, et pour lesquels un  variants pathogène, probablement pathogène ou de signification inconnue avait été rendu au titre du diagnostic. Les associations avec d’autres SNVs ont été systématiquement recherchées en filtrant uniquement sur les SNVs altérant la séquence codante ou les sites d’épissages ,  avec une fréquence d'allèle mineur (MAF) < 0,01 dans la population européenne (gnomAD V2) et avec un Score CADD  >  30.

Une association de SNVs a été identifiée dans 86% des cas, avec majoritairement des digénismes (45%) mais également des tri ou quadri-génisme. Les gènes des voies canoniques WNT/β-caténine, TGF-β/BMP et EDA/EDAR/NF-κB sont sur-représentés, tout particulièrement WNT10A, en association avec lui-même ou d’autres gènes de ces voies dans 66% des cas. L’addition des variants peut se traduire par un phénotype plus sévère chez le porteur, mais la pénétrance incomplète de WNT10A rend très difficile les analyses de corrélation génotype/phénotype.

Ce travail confirme donc les publications récentes dans le domaine des maladies dentaires rares ouvrant la question d’une hérédité oligogénique et nécessite d’être poursuivi en terme de suivi des ségrégations des SNVs et de corrélation génotype/phénotype.

Background context: Arthrogryposis multiplex congenita (AMC) is classified into 3 subgroups (Amyoplasia, distal arthrogryposis (DA), other causes) according to their phenotype and underlying aetiologies.

Purpose: Our main objective was to analyse the type of spinal involvement within each subgroup of AMC. We hypothesized that there was a difference in the prevalence of scoliosis between subgroups.

Design: This is a single centre retrospective observational study with national recruitment at the AMC clinic at University Hospital Grenoble Alpes (CHUGA) from October 2007 to March 2022.

Patient sample: People underwent a clinical spinal assessment and spine X-rays.

Outcome measures: We looked for the presence of scoliosis, Cobb angles, and underlying spinal abnormalities.

Methods: We carried out comparative statistical analyses between subgroups of AMC within two separate series: adults and children.

Results: We included 203 people. We performed statistical analysis on 148 people (102 children, 46 adults). We found an overall prevalence of scoliosis of 46% in children and 78% in adults and an overall prevalence of underlying spinal anomalies of 41% in children and 53% in adults. There was a difference in the prevalence of scoliosis between the three subgroups of AMC in children (X²=6.8, p=0.033, v=0.18). The prevalence of scoliosis was higher in the DA group (47% in children and 78% in adults) and in the group “other causes” (65% in children) compared to the Amyoplasia group (33% in children and 75% in adults). Cobb angles were greater and spinal abnormalities more prevalent in the DA group than in Amyoplasia and “other causes” groups.

Conclusion: Our data confirm the hypothesis of a difference in the prevalence of scoliosis between AMC subgroups in children. The high prevalences of scoliosis and spinal abnormalities in all AMC subgroups justify screening in childhood by combined clinical examination of systematic AP and lateral spine X-rays.

Le Syndrome de Leigh ou encéphalomyopathie nécrosante subaiguë est une maladie mitochondriale de l’enfant caractérisée par une variabilité clinique et une hétérogénéité génétique pouvant impliqué des gènes mitochondrial ou nucléaires. Elle est secondaire à un dysfonctionnement de la chaîne respiratoire mitochondriale.

Nous rapportant l’observation d’un enfant de sexe féminin âgée de 4 ans issue d’un mariage consanguin adressé à notre centre consultation de génétique médicale pour suspicion du syndrome de Leigh ; l’enfant présentait à partir de l’âge de 3 ans un tableau d’atteinte cérébelleuse avec dysmétrie et tremblement associé à un nystagmus horizontal sans régression psychomotrice en plus l’enfant avait un retard staturo-pondérale. Sur le plan biologique l’enfant avait une hyper-lactatémie isolée et l’imagerie par résonnance magnétique cérébral avait objectivé des lésions évocatrices d’un syndrome de Leigh. Vue l’hétérogénéité génétique de ce syndrome nous avons choisis de réaliser un exome clinique comportant l’analyse des gènes nucléaire et mitochondriaux impliqués dans cette cytopathie mitochondriale, ce qui nous a permis de confirmer le diagnostic et a révélé la présence de la mutation c.703A>G (p.Met235Val) du gène SURF1 à l’état homozygote.

Il s’agit d’un tableau clinique moins sévère du syndrome de Leigh avec un début tardif sans dystonie, ni hypotonie et ni régression motrice ; l’enfant a été mise sous coenzyme Q10 et complexe vitaminique avec notion d’une légère amélioration de ces symptômes neurologiques. Cette étude souligne la variabilité clinique du syndrome de Leigh et démontre que le séquençage clinique de l’exome est un outil de diagnostic efficace pour étudier cette pathologie caractérisée par une grande diversité clinique et génétique et défend son utilisation en routine clinique.

L’acidurie glutarique de type I est une pathologie métabolique due à un déficit héréditaire autosomique dominant en glutaryl-CoA déshydrogénase, qui donne naissance à l'acide glutarique et l'acidase 3-hydroxyglotorique ainsi que la gluturyl carnitine dans les fluides corporels. Elle se manifeste typiquement par une crise neurologique sous forme de « pseudo encéphalitique » avec atteinte striatale bilatérale aigue qui survient le plus souvent dans la petite enfance avec une macrocéphalie, irritabilité, trouble de la conscience, dystonie et une dysarthrie. Généralement le diagnostic est poser par le dosage des AG et du 3-OH-GA dans les urines ou le sang (par chromatographie gazeuse / spectrométrie de masse (GC/MS)) et  le
dosage de la glutarylcarnitine.

Nous rapportant dans ce travail le cas d’un patient marocain de sexe féminin issue d’un mariage consanguin adressée pour une installation progressive d’une hypotonie à partir de l’âge de 6 mois. La chromatographie des acides organique à objectivée une légère diminution de l’acylcarnitine et l’imagerie par résonnance magnétique cérébral a objectivé des anomalies de la substance grise et des faisceaux cortico-spinaux. Devant ce tableau clinique non typique nous avons réalisé un exome clinique pour suspucion de pathologie métabolique, ce qui nous a permis de poser le diagnostic de l’acidurie glutarique de type I en objectivant la présence de la mutation c.1213A>G (p.Met405Val) du gène GCDH à l’état homozygote. Il s’agit d’une muation liée à un phénotype low excretoire et qui peut passer inaperçus au début de la maladie.

Nous rapportant par cette observation les particularitées clinique et radiologiques de la forme insidieuse de l’acidurie glutarique type I ainsi que le caractère faible excretoire de certains génotypes rendant le diagnostic difficile à la période néonatale et nous soulignant l’intérêt de l’exome clinique dans le diagnostic des pathologies métabolique.

L'Incontinentia Pigmenti (IP, syndrome de Bloch-Sulzberger) est une maladie multisystémique qui associe des lésions cutanées spécifiques évoluant en quatre stades, et parfois une atteinte du système nerveux central, des yeux, des cheveux, des dents, des atteintes musculo-squelettiques. Les cas familiaux (2/3) et sporadiques (1/3) sont causés par des variants pathogènes du gène IKBKG. Nous rapportons ici une famille inhabituelle où deux demi-soeurs sont atteintes d'Incontinentia Pigmenti suite à des mutations survenues de novo à 2 reprises sur leur chromosome X d'origine paternelle. Cette observation souligne l’ importance d’un diagnostic clinique solide à l’ère des études pangénomiques.

Introduction

Une histoire familiale est identifiée chez un tiers des patients souffrant de maladie de Verneuil (hidrosadénite suppurée, HS) mais des anomalies génétiques ne sont identifiées que chez moins de 10% d’entre eux. La HS peut être une des manifestations de pathologies génétiques complexes, telles que la trisomie 21, ou être monogénique. Ainsi, un article de 2017 a identifié KDF1 comme un gène causal de dysplasie ectodermique (DE) associée à une HS de sévérité variable dans une grande famille Saoudienne. L’association de KDF1 avec la DE n’a été répliquée qu’une seule fois sans que le patient rapporté dans l’étude n’ait de signes en faveur d’une HS. En raison de la dysplasie ectodermique présentée par les souris Kdf1 ko, il a été fait l’hypothèse que les mutations chez l’homme induisent une perte de fonction.

Patient et Méthodes

Nous rapportons l’observation d’un adolescent porteur suivi pour une HS sévère et réfractaire aux traitements associée à une dysplasie ectodermique hypohidrotique.

Nous avons quantifié la réponse Interféron sanguine du patient ainsi que celle d’un des individus de la famille Saoudienne mentionnée plus haut. De plus, nous avons étudié par co-immunoprécipitation l’impact des mutations de KDF1 sur son interaction avec IKKα à la fois sur un modèle in vitro et dans des cultures de fibroblastes des deux patients.

Résultats

Une mutation de novo de KDF1 a été mise en évidence chez le patient français. Une signature interféron de type 1 a été identifiée dans les prélèvements sanguins des deux patients testés. Une augmentation de l’affinité des mutants KDF1 pour IKKα a été démontrée. Cet accroissement aboutissait à une stabilisation d’IKKα et donc à une augmentation de son expression.

Discussion

Nos données confirment l’implication de KDF1 dans une forme syndromique rare de HS soulignant l’importance de rechercher des signes, même mineurs, de DE chez les personnes présentant une HS. De plus, nos données sont en faveur d’un effet gain de fonction des mutations de KDF1 entrainant une activation d’IKKα et une réponse Interféron de type 1 systémique. Ces résultats incitent à étudier le rôle de KDF1 et d’IKKα dans les formes non-syndromiques de maladie de Verneuil et pourraient aboutir à l’identification de nouvelles pistes thérapeutiques.

Introduction

La maladie des noyaux gris centraux sensible à la biotine et à la thiamine (MNGCBT) est une maladie autosomique récessive, causée par des mutations bialléliques du gène SLC19A3. Elle est caractérisée par une encéphalopathie subaiguë récurrente avec une détérioration neurologique ultérieure. Sans traitement, l'évolution clinique pourrait être fatale.

Observation

Nous rapportons le cas d’un garçon MA âgé de 2 ans et 1 mois, issu de parents consanguins, suivi pour encéphalopathie infantile. Il présentait une régression motrice associée à des mouvements anormaux depuis l’âge de 7 mois. Sa sœur, suivie pour une épilepsie réfractaire depuis l’âge de 6 mois,  est décédée à l’âge de 18 mois dans un état de mal épileptique.

L’examen chez MA a objectivé une hypertonie axiale et périphérique avec des réflexes ostéotendineux présents et symétriques sans signes dysmorphiques. Les enzymes musculaires et les bilans métaboliques étaient sans anomalies. L’électroencéphalogramme était normal. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) cérébrale a montré un hypersignal bilatéral et symétrique des thalami, des putamens et de la substance blanche sous corticale, plus marqué en pariétal avec un pic de lactate à la spectroscopie, évoquant un syndrome de Leigh. L’évolution était marquée par une perte de la marche à 2 ans avec vomissements et une aggravation rapidement fatale. La recherche ciblée des mutations de l’ADN mitochondrial (m.8993T > G et m.8993T > C), responsables du syndrome de Leigh, était négative. Cependant, un séquençage de l’exome entier a objectivé la présence d’un variant pathogène c.1264A > G (p.Thr422Ala) au niveau du gène SLC19A3 à l’état homozygote, responsable de la MNGCBT. 

Conclusion

 La MNGCBT constitue un diagnostic différentiel crucial du syndrome de Leigh. Par conséquent, un traitement précoce par supplémentation en biotine et thiamine est recommandé pour tout patient présentant des lésions des noyaux gris centraux et symptômes neurologiques jusqu'à ce que la MNGCBT soit exclue.

Les variants homozygotes au niveau du gène DENND5A sont associés à une encéphalopathie développementale et épileptique sévère caractérisée par une épilepsie néonatale, un retard de développement global, une hypotonie, une spasticité et des traits du visage grossiers. Certains patients peuvent présenter des calcifications cérébrales à l’imagerie.

Nous rapportons l’observation d’une fille, âgée de 02 ans, adressée au service de génétique médicale à l’hôpital Hédi Chaker Sfax pour une épilepsie néonatale, un retard du développement psychomoteur, une microcéphalie et une surdité. Elle est issue d’un mariage consanguin. Elle avait un frère ainé avec une surdité isolée et un autre frère cadet décédé, ayant une acidurie glutarique type 2, retenue sur le profil de la chromatographie d’acides organiques urinaires. L’examen physique à l’âge de 09 mois a objectivé une microcéphalie (-5.9DS) sans traits grossiers du visage. Le fond d’œil a révélé une pâleur papillaire bilatérale. Le scanner cérébral a mis en évidence des calcifications sus et sous tentorielles sous corticales des lobes frontaux et occipitaux et des noyaux gris centraux. La chromatographie des acides organiques urinaires était normale. Le séquençage de l’exome entier chez la patiente a identifié un nouveau variant frameshift probablement pathogène à l’état homozygote dans le gène DENND5A, considéré comme étant la cause probable du tableau clinique de notre patiente. La ségrégation familiale de ce variant est en cours.

Ainsi, le séquençage haut débit a bien contribué à surmonter le problème de la grande hétérogénéité génétique des encéphalopathies développementales et épileptiques. Cette confirmation moléculaire a permis de donner un conseil génétique adéquat pour cette famille consanguine.

Chez l’homme, l’épilepsie est la maladie neurologique la plus invalidante, avec un grand nombre de formes, chacune étant considérée comme une maladie rare. Il est intéressant de noter que l'épilepsie est également répandue dans l’espèce canine, avec 5% de chiens atteints, chaque race ou groupe de races présentant une forme clinique spécifique avec une prévalence élevée sous-jacente à une origine génétique spécifique à chaque race. Cependant, à ce jour, malgré les nombreuses races canines touchées, les études en cours concluent plutôt à des formes multigéniques et peu de gènes impliqués ont été découverts. Ainsi, nous proposons une approche originale en étudiant et comparant quatre races de chiens particulièrement prédisposées à l’épilepsie généralisée et présentant des crises tonico-cloniques : grand bouvier Suisse, bouvier bernois, cane corso et dogue de Bordeaux pour lesquels nous avons collecté des échantillons d'ADN et les données cliniques de chiens atteints et de chiens indemnes. L’hypothèse étant que chez les bouviers bernois et les grands bouviers suisses, qui présentent les mêmes origines géographiques et génétiques, l’épilepsie serait due à des mutations communes ; et nous faisons la même hypothèse pour les cane-corso et les dogue de Bordeaux, qui appartiennent au même groupe de races des molossoïdes.

Ainsi, pour rechercher les gènes et les mutations impliqués, nous avons déjà séquencé le génome complet de 2 chiens atteints et 3 chiens sains dans chacune des 4 races d’intérêt. Les séquences ont été alignées sur le génome de référence CanFam4, en utilisant le pipeline GATK. Les séquences ensuite été comparées aux séquences génomiques de plus 300 chiens sains d’épilepsie, afin d'identifier les altérations génétiques des 4 races et de trouver les variations communes aux différentes races, 2 à 2 (bouvier bernois / grand bouvier Suisse et cane corso / Dogue de Bordeaux). L’effet des variants ainsi identifiés a été prédit en utilisant l’outil snpEFF.

Les analyses préliminaires de ces données sont encourageantes, des variants communs étant annotés dans des gènes candidats fonctionnellement pertinents. Ces variants doivent maintenant être validés sur un plus grand nombre de chiens des races d’intérêt ainsi que dans d’autres races ne présentant pas d’épilepsie génétique. Nous espérons vivement que cette approche nous permettra d’identifier les bases génétiques des épilepsies dans ces races canines et apportera de nouveaux gènes candidats aux épilepsies humaines correspondantes, présentant ainsi un intérêt diagnostic et thérapeutique en médecine humaine et vétérinaire.

Introduction

La glycogénose de type III ou maladie de Forbes, est une erreur innée du métabolisme du glycogène, entrainant un déficit en enzyme débranchante du glycogène, l’amylo-1, 6-glucosidase, caractérisée par une hépatopathie sévère et/ou une atteinte musculaire. Elle est due à des mutations homozygotes au niveau du gène AGL (1p21.2). Plus de 300 mutations ont été identifiées à ce jour, et le variant c.3980G > A (p.W1327X) est la mutation avec effet fondateur en Tunisie et précisément à Mahdia.

Patients et méthodes

Etude rétrospective de patients Tunisiens suspects de glycogénose type III adressés au service de Génétique Médicale du CHU Hedi Chaker de Sfax, durant l’année 2022. Un séquençage ciblé de l’exon 31 du gène AGL (NM_000642.3) a été réalisé à la recherche de la mutation fondatrice de Mahdia c.3980G > A (p.W1327X).

Résultats

Il s’agissait de 6 cas appartenant à 6 familles non apparentées. Un mariage consanguin était noté dans 4 familles. Les patients étaient originaires de : la région d’El Hencha (2 patients), Sidi Bouzid (2 patients), Sfax (1 patient) et Gafsa (1 patient). L’âge moyen des premiers signes était de 3 ans et l’âge moyen du diagnostic était de 8 ans.

Le diagnostic de glycogénose type III était confirmé en objectivant la présence de la mutation fondatrice c.3980G > A (p.W1327X) à l’état homozygote chez 3 patients présentant un tableau compatible comportant essentiellement une hypoglycémie, une hépatomégalie et une cytolyse hépatique. Deux patients ont bénéficié de ponction biopsie du foie montrant la présence de filaments de glycogène. Par ailleurs, les 3 patients étaient issus de mariages consanguins et originaire d’El Hencha (2 cas) et de Gafsa (1 cas). Pour les autres patients, un séquençage de tout le gène AGL est envisagé.

Conclusion

L’identification d’une mutation avec effet fondateur en Tunisie présente un grand intérêt pour Le diagnostic moléculaire de la glycogénose type III dont le pronostic reste réservé.

L’épilepsie est une maladie neurologique chronique qui se caractérise par des crises alternées. Les crises épileptiques sont des manifestations d’une activité électrique anormale dans le cerveau, et peuvent s’exprimer de différentes manières : des mouvements involontaires, des absences, des pertes de conscience… Il existe plusieurs facteurs à l’origine de la survenue de cette pathologie y compris les facteurs génétiques et environnementaux. Le polymorphisme C677T du gène MTHFR est une mutation génétique affectant l’activité de l’enzyme MTHFR. Cette modification a un impact sur plusieurs métabolismes physiologiques chez l’homme et peut entrainer plusieurs troubles neurologiques et cardiaques. La prévalence du polymorphisme C677T chez les patients épileptiques a fait l’objet de nombreuses recherches. Notre étude a été menée sur des patients marocains épileptiques recrutés au Centre Hospitalier Universitaire IBN ROCHD dans l’objectif de déterminer la distribution du polymorphisme C677T du gène MTHFR dans cette population en utilisant la technique moléculaire de PCR-RFLP. Les patients étaient répartis selon un sexe ratio à prédominance masculine avec une moyenne d'âge de 12,9 ans. Les crises d’épilepsie étaient généralisées (100%). De plus, 20% des patients présentaient une épilepsie pharmaco-résistante. Sur le plan moléculaire, l’analyse du polymorphisme C677T du gène MTHFR a montré que 30 % des patients ne portaient pas la mutation et 70% présentaient le génotype hétérozygote CT. Les fréquences des allèles C et T étaient de 65% et 35% respectivement. Notre étude a été menée sur des patients marocains épileptiques recrutés au Centre Hospitalier Universitaire IBN ROCHD dans l’objectif de déterminer la distribution du polymorphisme C677T du gène MTHFR dans cette population en utilisant la technique moléculaire de PCR-RFLP. Les patients étaient répartis selon un sexe ratio H/F à prédominance masculine avec une moyenne d'âge de 12,9 ans. Les crises d´épilepsie étaient généralisées (100%). De plus, 20% des patients présentaient une épilepsie pharmaco-résistante. Sur le plan moléculaire, l’analyse du polymorphisme C677T du gène MTHFR a montré que 30 % des patients ne portaient pas la mutation et 70% présentaient le génotype hétérozygote CT. Les fréquences des allèles C et T étaient de 65% et 35% respectivement. A la lumière de ces données moléculaires, d’autres études sont nécessaires afin d’analyser la corrélation génotype-phénotype entre le polymorphisme C677T du gène MTHFR et l’épilepsie afin de mieux comprendre l’implication de ce polymorphisme dans l’épilepsie. 

Introduction

Les cytopathies mitochondriales sont des pathologies complexes associées à une grande hétérogénéité clinique et génétique. En effet, ces pathologies sont en rapport avec des variants dans différents gènes soit nucléaires soit mitochondriaux. Par ailleurs, le taux d’hétéroplasmie des variants de l’ADN mitochondrial (ADNmt) dans différents tissus représente l’un des facteurs les plus important de cette variabilité clinique inter et intra familiale.

Dans ce travail, nous présentons le cas d’un frère et d’une sœur présentant une myopathie et chez lesquels on a trouvé un variant du gène MT-TL1 codant pour l’ARN de transfert mitochondrial de la leucine 1.

Patients et méthodes

Il s’agit de deux patients suivis pour une suspicion de cytopathie mitochondriale et chez lesquels un variant du gène MT-TL1 a été mis en évidence par séquençage NGS de la totalité l’ADNmt.

Observations

L’enfant TS a été adressé à l’âge de 7 ans pour exploration d’une cardiomyopathie associée à une myopathie.  Sa Sœur TJ a consulté à l’âge de 6 ans pour une fatigabilité musculaire. L’enquête familiale avait révélé des atteintes cardiaques et musculaires isolées ou associées chez plusieurs membres de la famille maternelle.

L’examen neurologique des deux enfants a retrouvé une fatigabilité, une faiblesse musculaire et une amyotrophie. TS présentait en plus un ptosis bilatéral et sa sœur avait des réflexes rotuliens faibles. Les CPK et la LDH étaient élevés chez les deux enfants. L’éléctromyogramme était sans anomalies chez le garçon et il était compatible avec une atteinte myogène modérée chez sa sœur.

Une biopsie musculaire a révélé chez le patient une discrète inégalité de la taille des fibres avec un aspect compatible avec une cytopathie mitochondriale sur les colorations oxydatives. Il présentait, par ailleurs, une cardiomyopathie évolutive, initialement hypertrophique puis mixte puis dilatée.

Une acidose lactique et une élévation du rapport lactates/pyruvate ont permis de suspecter une cytopathie mitochondriale chez les deux enfants.

Le séquençage de la totalité de l’ADNmt sur sang périphérique chez TS et TJ avait montré le variant m.3251A > G du gène MT-TL1(NC_012920.1) à des taux d’hétéroplasmie respectifs de 57 et 63%. Leur mère asymptomatique présentait ce variant à un taux d’hétéroplasmie de 26% sur le même tissu. Par ailleurs, l’analyse par PCR longue de l’ADNmt chez les patients et leur mère n’a montré pas de grandes délétions.

Ce variant a été rapporté antérieurement et il a été classé pathogène chez des patients présentant une fatigabilité musculaire. Néanmoins, sa présence chez la mère remet en question son implication dans le phénotype de nos patients.

Conclusion

Cette observation souligne la complexité de l’interprétation de variants de l’ADNmt dans certains cas. Un séquençage du génome nucléaire de ces patients et des autres membres atteints de leur famille est nécessaire pour rechercher d’autres variants pouvant expliquer leur phénotype.

L’hyperméthioninémie par déficit en adénosine kinase est une erreur innée   du métabolisme, impliquant la méthionine et le métabolisme des purines, caractérisée par une hyperméthioninémie persistante avec des taux élevés de S-adénosylméthionine et de S-adénosylhomocystéine. Il s’agit d’une maladie génétique rare de transmission autosomique récessive, en rapport avec des mutations du gène ADK. Elle se manifeste par une encéphalopathie, un retard global et sévère du développement, une atteinte hépatique légère à sévère, une hypotonie et une dysmorphie faciale notamment une bosse frontale, une macrocéphalie et un hypertélorisme). Des crises d'épilepsie, une hypoglycémie et des malformations cardiaques peuvent être associées. Le tableau clinique est très variable et peut se limiter à une atteinte neurologique isolée.

Nous rapportons le cas d’une patiente marocaine âgée de 4 ans, consanguine,  qui présente un tableau clinique fait de retard psychomoteur, hypotonie, dysmorphie faciale avec front bombé, hypoglycémies à répétition, défaillance hépatique et anomalies de la substance blanche à l’IRM cérébrale.

Un séquençage d’exome complet a été réalisé et a mis en évidence un variant pathogène à l’état homozygote du gène ADK , jamais rapporté dans la littérature, il s’agit d’une délétion de 5pb : c.647_651del avec décalage du cadre de lecture et codon stop prématuré.

Le conseil génétique est celui d’une maladie autosomique avec risque de récurrence de 25% à chaque grossesse chez les parents du propositus.

La prise en charge fait surtout appel à un régime alimentaire pauvre en méthionine.  

Cette observation montre encore une fois l’intérêt du séquençage d’exome dans le diagnostic des maladies génétiques rares en général et les maladies métaboliques en particulier, ce qui permet d’adapter la prise en charge thérapeutique du patient, prodiguer un conseil génétique adéquat à la famille et mettre fin à l’errance diagnostique.

Introduction

Le syndrome H ou syndrome histiocytose-lymphadénopathies plus ou maladie de Rosai-Dorfman (RDD) familiale (OMIM#602782) est une maladie génétique autosomique récessive liée à des variants bialléliques du gène SLC29A3. Cliniquement il associe une hyperpigmentation progressive du bas de l’abdomen et des cuisses, une hépatosplénomégalie, une petite taille, des anomalies cardiaques, une surdité neurosensorielle, un diabète sucré, une exophtalmie, des télangiectasies du visage, une déficience intellectuelle modérée et des camptodactylies.

La maladie d’Erdheim-Chester (ECD) est une forme rare et récurrente d’histiocytose donnant un diabète insipide, une péricardite restrictive, une fibrose péri-rénale et des lésions de sclérose osseuses. Elle est considérée comme une pathologie néoplasique en raison de la découverte de variants somatiques de la voie RAS-MAPK.

Cas clinique

Une femme de 25 ans présente une importante baisse de l’acuité visuelle. Son examen ophtalmologique met en évidence une atteinte choroidienne bilatérale avec néovascularisation choroidienne de l’œil gauche. Ces constatations sont en faveur d’une forme frontière d’histiocytose de type ECD. Cette patiente est suivie depuis l’enfance pour un syndrome H documenté sur le plan génétique (variant homozygote p.Y77Z de SLC29A3). Sa présentation clinique associe une surdité bilatérale de perception appareillée, un diabète insulino-dépendant, une péricardite chronique dans l’enfance, une petite taille (137,4 cm), des poussées inflammatoires récurrentes et inexpliquées, des lésions cutanées pigmentées caractéristiques, des arthralgies et des épisodes pseudo-thrombotiques des orteils.

Discussion

Plusieurs publications soulignent le chevauchement phénotypique entre le syndrome H, l’ECD et la RDD. Cette observation témoigne des ressemblances phénotypiques de ces trois entités à l’occasion d’une complication ophtalmologique inhabituelle. Elle ouvre la porte à des approches thérapeutiques, notamment par le tocilizumab, anticorps monoclonal humanisé qui bloque l’action des récepteurs de l’interleukine 6, associé ou non à une corticothérapie et le cobimetinib, inhibiteur allostérique sélectif et réversible bloquant la voie des MAPK.

Arthrogryposis multiplex congenita (AMC) is a heterogeneous group of rare diseases characterized by multiple joint contractures. Low bone mineral density (BMD) of the lumbar spine is reported in children and adolescents with AMC. No studies have evaluated the prevalence of low BMD in adults with AMC. The objective of this study was to evaluate the prevalence of low BMD with dual-energy X-ray absorptiometry (DXA) and prevalence of 25-hydroxy-vitamin D (25OHD) deficiency in adults with AMC.

We performed a retrospective cohort analysis of adult patients with AMC who were enrollees in the French Reference Center for AMC from 2010 to 2020. Fifty-one patients (mean age 32.9±12.6 years) were included and 42 performed DXA.  Thirty-two (62.7%) had Amyoplasia and 19 (37.3%) had other types of AMC (18 distal arthrogryposis, 1 Larsen). Six patients (14.3%) had a lumbar BMD Z-score below -2. The mean of lumbar spine BMD Z-score (-0.03±1.6)) was not significantly lower than BMD expected in the general population.  Six (15.0%) and nine (22.5%) patients had, respectively, a femoral neck and a total hip Z-score below -2. The mean femoral neck (-0.82±1.05) and total hip (-0.93±1.25) BMD Z-score in our patients with AMC were statistically significantly lower than BMD expected in the general population (p<0.001). Femoral neck BMD correlated with calcium levels (rs=0.53, p=0.006), and Six-Minute Walk Test (rs=0.340, p=0.032). Twenty-five individuals with AMC (49.0%) reported 38 fractures. Thirty-one (86.1 %) patients had 25OHD insufficiency.  

In conclusion, adults with AMC have lower hip bone density than expected for the age and more frequently vitamin D insufficiency. Longitudinal studies are necessary to confirm the interest of DXA analysis to predict the risk of future fractures in AMC.

Les pathologies du spectre Zellweger sont un ensemble de maladies métaboliques rares, touchant environ 1 naissance sur 50 000 à 500 000, et résultant d'une perturbation dans la synthèse des peroxysomes en raison de mutations bialléliques dans un des gènes PEX. La gravité de ces affections est corrélée à la précocité des symptômes, les formes les plus sévères présentant des signes dès la période anténatale. Ceci rend nécessaire la réalisation d’un diagnostic précoce en cas de syndrome malformatif, afin de présenter un pronostic précis pour les parents au cours de la grossesse.

Nous rapportons le cas d’une grossesse interrompue à 29 semaines d'aménorrhée en raison d'anomalies de gyration cérébrale, de malpositions des pieds et d'une hyperéchogénicité rénale chez le fœtus. L'examen fœtopathologique confirme ces malformations et identifie un retard de migration neuronale, des microkystes rénaux, une surcharge en fer hépatocytaire et des calcifications au niveau des patellas. L’ensemble des éléments, en particulier les calcifications des patellas et l’atteinte neurologique, a permis d’évoquer une forme sévère du spectre Zellweger qui a été confirmée par la mise en évidence d’une mutation hétérozygote composite dans le gène PEX6.

Nous avons réalisé une revue des cas 34 publiés dans 24 articles, dont 7 cas familiaux dépistés au premier trimestre. Ils présentaient un phénotype anténatal qui se caractérise principalement par une augmentation de la clarté nucale repérée au premier trimestre, des reins hyperéchogènes et des malformations du système nerveux central comme une ventriculomégalie, des malformations corticales, des malformations de la fosse postérieure et des anomalies de la substance blanche.

Bien que le phénotype postnatal soit relativement bien connu, les connaissances sur le phénotype prénatal restent limitées. Par conséquent, il est essentiel de documenter les éléments du phénotype prénatal afin d’évoquer plus facilement ce diagnostic devant un syndrome polymalformatif, particulièrement à une époque où les exomes en période prénatale sont de plus en plus accessibles.

Introduction

Les dystrophies musculaires congénitales (DMC) représentent un groupe hétérogène de maladies génétiques. Plusieurs gènes ont été identifiés, dont le gène LAMA2, impliqué dans la DMC de type 1A (MDC1A, OMIM #607855) ; et le gène FKRP impliqué dans la dystrophie musculaire-dystroglycanopathie de type B5 (MDDGB5, OMIM #606612). Ces deux formes sont de transmission autosomique récessive et se caractérisent chacune par la présence d’une mutation avec un effet fondateur en Tunisie. 

Objectif

Souligner l'intérêt du diagnostic moléculaire de ces deux formes de DMC afin d'établir le conseil génétique approprié.

Patients et méthodes

Etude moléculaire par séquençage ciblé pour rechercher soit la mutation c.8007delT(p.Gln2670AsnfsTer58) dans le gène LAMA2(NM_000426.4), soit la mutation c.1364C>A(p.Ala455Asp) dans le gène FKRP(NM_024301.5), devant un phénotype compatible avec MDC1A ou MDDGB5, respectivement.

Résultats

Le diagnostic d’une DMC de type 1A a été évoqué chez 6 enfants présentant un phénotype compatible : hypotonie néonatale globale, retard des acquisitions motrices, amyotrophie, déformations osseuses, déficit en mérosine à la biopsie musculaire et/ou antécédents familiaux de cas similaires. Ces enfants appartiennent à trois familles non apparentées de la même origine géographique. L’étude moléculaire ciblée a objectivé la présence de la mutation c.8007delT dans le gène LAMA2 à l'état homozygote.

Pour la MDDGB5, le diagnostic a été retenu chez 6 enfants appartenant à quatre familles non apparentées dont 3 ont la même origine géographique. Le diagnostic a été évoqué devant un phénotype compatible: hypotonie globale, augmentation des enzymes musculaires, atteinte myogène à l’EMG et/ou anomalies de la substance blanche à l’IRM cérébrale.

L’étude de la ségrégation a permis de confirmer que chacun des parents est porteur hétérozygote de la mutation avec ainsi un risque de récurrence de 25 %. Deux familles ont opté pour un diagnostic prénatal, ce qui a permis de prédire un fœtus atteint de MDDGB5, justifiant une interruption médicale de la grossesse.

Conclusion

La présence de mutation fondatrice pour deux formes de DMC en Tunisie facilite le diagnostic de ces maladies hétérogènes sur le plan génétique. La confirmation moléculaire permet de prodiguer un conseil génétique adéquat et d'éviter la récidive et la survenue de ces maladies de prise en charge lourde.

 L'ataxie avec apraxie oculomotrice de type 1 est une maladie neurologique qui appartient au groupe des ataxies cérébelleuses autosomiques récessives. Elle est due à des mutations bialléliques du gène APTX. 

Elle associe une ataxie, une apraxie oculomotrice (AOM), des polyneuropathies, une hypoalbuminémie et une hypercholestérolémie.

   Nous présentons dans ce travail les observations de deux patients adressés pour diagnostic génétique d'une ataxie avec apraxie oculomotrice. Le premier patient, d’origine marocaine, est consanguin et sporadique. Le deuxième patient, d’origine libyenne, est également consanguin et appartient à une fratrie de 11 dont quatre individus sont atteints. Devant l'hétérogénéité clinique et génétique des ataxies, une analyse par séquençage haut débit (NGS) a été réalisée.  Elle a permis de mettre en évidence chez les deux patients la présence de la mutation c.875-1G>A à l’état homozygote au niveau  du gène APTX qui code pour la protéine Aprataxin. Ce résultat est compatible avec le diagnostic d'ataxie avec apraxie oculomotrice de type 1. Cette mutation a déjà été  rapportée, dans la littérature, chez d'autres patients nord-africains atteints d'AOA 1, et à notre connaissance n’a jamais été retrouvée à ce jour chez des patients d’une autre origine ethnique. 

    A travers ce travail, nous mettons l’accent sur l’utilité du NGS dans le diagnostic précis des pathologies hétérogènes comme les ataxies. Nous discutons également l'intérêt de l'épidémiologie moléculaire pour identifier les mutations ethniques pertinentes à rechercher en première intention chez les patients d’origine marocaine et maghrébine, avant de recourir au NGS qui reste encore coûteux et non disponible en routine dans notre contexte. 

Le recours aux techniques de séquençage de génome (GS) dans un cadre diagnostique grâce au plan PFMG permet de résoudre certaines impasses diagnostiques chez des patients chez lesquels les panels réalisés en 1^ère intention sont négatifs. Nous présentons le cas d’une jeune fille adressée dans la préindication "génodermatoses" pour hypotrichose, xérose cutanée, leucodermie punctiforme des membres inférieurs, parodentopathie, associés à un retard staturo-pondéral, une déficience intellectuelle (DI), cataracte, des anomalies rénales et squelettiques. Les analyses antérieures de différents panels étaient négatives.

L’analyse de génome a mis en évidence une variation de séquence à l’état homozygote dans le gène CWC27 :

CWC27:c.599+1G>A  (classe 5, NGS-Diag).

Ce variant, absent des bases de données populationnelles, avait précédemment été décrit dans une autre famille (PMID: 28285769) . Il entraine une altération de l’épissage du pré-messager avec création d’un site cryptique d’épissage dans l’exon 6, décalage du cadre de lecture et apparition de codons stop prématurés.

Le gène CWC27 code une cyclophiline, protéine associée au complexe de jonction des exons (EJC) qui interagit avec le spliceosome lors de l’épissage. Les variations pathogènes tronquantes ou altérant l’épissage sont responsables d’un syndrome très rare de transmission autosomique récessive (Retinitis pigmentosa with or without skeletal anomalies ou RPSKA) (OMIM#250410), primitivement décrit comme associant rétinite pigmentaire avec ou sans anomalies squelettiques, brachydactylie, petite taille, dysmorphie faciale et troubles neurologiques. Le phénotype s’est par la suite affiné avec notamment la présence d’anomalies de l’ectoderme.

Nous lançons un appel à collaboration pour des patients porteurs de variants dans CWC27 afin de compléter la description phénotypique du syndrome et de caractériser d’éventuelles corrélations génotype-phénotype.

Ce diagnostic a été permis grâce à l'accès aux données de GS générées par le GCS AURAGEN dans le cadre du PFMG ainsi qu'à une collaboration entre interpréteurs et prescripteur. La description clinique du phénotype des patients est un prérequis fondamental pour permettre une analyse de GS exhaustive et pertinente.

Le syndrome de Rett est une atteinte neurologique. Elle affecte presque exclusivement les filles avec une prévalence d’environ 1/10 000 à 1/15 000. Cette maladie apparaît entre l’âge de 6 à 18 mois de la fille. Le signe le plus distinctif est l’apparition des mouvements stéréotypés des mains. Cette maladie génétique est causée par des anomalies dans le gène MECP2 (Methyl-CpG-Binding Protein 2) codant pour la protéine MeCP2 ayant un rôle dans la méthylation.

L’objectif de cette investigation est l’étude moléculaire du gène MECP2, le premier gène responsable de cette anomalie génétique chez des patientes atteintes du syndrome de Rett dans la population tunisienne.

Le séquençage automatique du gène MECP2 a révélé la présence de la délétion (c.378_17delT) chez deux patientes tunisiennes et de la mutation ponctuelle (c.861C>T) pour la première fois en Tunisie.

En effet, la délétion (c.378_17delT) élimine la Thymine (T) localisée dans l’intron 3 en amont de 17 pb de la position c.378 (c.378_17delT) de l’exon 4 du gène MECP2.

La mutation (c.861C>T) représente une transition de C en T à la position 861 de l’ADN codant du gène MECP2. Cette mutation est silencieuse ; elle n’entraine pas la substitution du résidu Alanine à la position 287 de la protéine MeCP2, qui reste conservé.

Une exploration bioinformatique a été réalisée sur ces changements nucléotidiques identifiés afin de prédire leurs impacts sur les processus moléculaires dont l’expression du gène  MECP2 est impliquée.

En conclusion, cette étude a permis de révéler deux changements nucléotidiques identifiés au niveau du gène MECP2 et de prédire leurs conséquences génétiques et moléculaires via une investigation bioinformatique.

La poikilodermie est caractérisée par une atrophie cutanée, des telangiectasies et des modifications maculaires de la pigmentation entrainant un aspect cutané irregulier. Elle est soit acquise ( principalement infectieuse, auto-immune ou néoplasique) soit d’origine génétique. Peu de forms syndromiques sont décrites, incluant les syndromes de Bloom et de Rothmund-Thomson, causés par des mutations bi-alléliques des gènes  RECQL3 et ANAPC1/RECQL4 respectivement.

CRIPT est une petite protéine de 101 acides aminés, riche en cysteine, très conservée, capable de se lier au domaine PDZ, et exprimée dans un large nombre de tissues. Au niveau cérébral, elle régule l’interaction entre la protéine PSD95 - post synaptic density-95 - via sa liaison au domaine PDZ, essentielle à l’induction de la croissance dendritique par CRIPT. Hors du cerveau, le role fonctionnel de CRIPT demeure inconnu.

Des variants bialléliques au sein du gene CRIPT ont initialement été rapportés chez 2 individus présentant un nanisme primordial et une dysmorphie faciale caractéristique en 2014. Un examen dermatologique détaillé n’avait alors pas été réalisé. Suite à la publication d’un cas supplémentaire présentant un phenotype similaire, une entité OMIM a été créée, définie par “ petite taille, microcéphalie et dysmorphie faciale reconnaissable” (SSMCF, MIM #615789).  Nous rapportons 2 individus, porteurs d’une même  mutation homozygote faux-sens au sein du gène CRIPT, et présentant un phenotype élargi ainsi que leur suivi longitudinal. Ils présentent une poikilodermie, une microcéphalie, un retard de croissance, des anomalies squelettiques, et un deficit intélectuel. En complément des signes décrits précédemment, ces descriptions permettent un élargissement du spectre clinique par une myopie sévère et des anomalies des extrémités. Ces 2 descriptions additionnelles sont en faveur de l’association  de variants bialléliques du gene CRIPT à une entité clinique reconnaissable  appartenant au spectre des poikilodermies syndromiques. Les 2 familles rapportées, non apparentées sont d’origine marrocaine, suggérant un éffet foundateur dans cette region géographique.

Nous résumerons les spectres génotypique et phénotypique associés au syndrome SSMCF lié à CRIPT, en incluant 2 nouveaux individus

Les taches café-au-lait (TCL) sont fréquentes chez l'enfant. Dans la majorité des cas, elles sont sans signification médicale. Elles sont parfois le signe précoce d’une génodermatose et font partie des critères diagnostic de la Neurofibromatose de type 1 (NF1). Il n’existe aucune recommandation ou consensus d’experts sur la prise en charge des enfants avec TCL multiples isolées. Nous avons réalisé une étude de pratiques médicales face aux TCL de l’enfant prépubère.

Nous avons mené une étude descriptive et transversale via une enquête de type connaissances, attitudes, pratiques (CAP). Le questionnaire a été envoyé par mail aux pédiatres et médecins généralistes de Lorraine et aux dermatologues de France. Il comportait 26 items incluant 3 situations cliniques décrivant un risque prédictif différent de développer une NF1. L’objectif principal était de décrire les pratiques médicales en région Lorraine quelle que soit la spécialité. Les objectifs secondaires étaient de les décrire en fonction de la spécialité et du type d'exercice. Pour les dermatologues, les pratiques médicales ont été analysées selon la région d'exercice en France.

Nous avons obtenu 190 réponses en Lorraine ; 39 des 103 dermatologues en exercice (37,8%), 71 des 252 pédiatres (28,2%) et 80 des 3266 généralistes (2,5%). Le besoin d’avoir des recommandations a été exprimé par 94,2% des médecins. Les critères NF1 étaient connus par 74,7% des médecins, 91,5% et 100% des pédiatres et dermatologues contre 47,5% des généralistes (p < 0,0001). La majorité des médecins se sont trompés dans l’évaluation du risque intermédiaire et élevé de développer une NF1 (66,5% et 58,5% respectivement), sans différence entre les spécialistes. Le risque élevé était significativement mieux évalué par les dermatologues hospitaliers que libéraux (76,9% contre 35,3%, p = 0,02). Le faible risque était bien évalué dans 53% des cas. En présence de 3 à 5 TCL, 20,5% des médecins ont prescrit un bilan et 76,5% à partir de 6 TCL. Dans ce dernier cas, 44% des généralistes ont prescrit un fond d'œil, contre 76,7 % et 83,3 % des pédiatres et dermatologues (p < 0,0001). Une IRM cérébrale a été prescrite par 70% des pédiatres contre 43,6% et 40% des généralistes et dermatologues (p = 0,004). Les connaissances et attitudes des dermatologues étaient homogènes sur le territoire français.

En Lorraine, les taux de participation ont été particulièrement élevés pour une étude basée sur un questionnaire en ligne. Cela peut refléter l’intérêt que les médecins portent à ce sujet et le besoin ressenti d’établir des recommandations sur la prise en charge des enfants avec TCL multiples isolées. Bien que les connaissances sur la NF1 soient correctes en Lorraine, l’évaluation du risque en fonction de l’âge de l'enfant et du nombre de TCL est mauvaise. L’établissement de recommandations permettrait une meilleure prise en charge des patients avec un dépistage précoce des maladies génétiques avant l'apparition de tout autre signe.

Objective: Deletions of STRC gene (DFNB16) account for 12%

of isolated congenital mild to moderate hearing loss (HL). In

mice, the stereocilin protein, encoded by STRC, is present in the

vestibular kinocilium embedded in the otoconial membrane of

the utricular macula. Despite this, effects on vestibular function

have not been widely investigated. The aimof this study was to investigate

the prevalence of benign paroxysmal positional vertigo

(BPPV) in a cohort of DFNB16 patients.

Study Design: Observational descriptive epidemiological study.

Setting: Single-center study, in a tertiary referral center.

Patients: Older than 5 years, with a genetic diagnosis of HL related

to biallelic STRC gene deletions, diagnosed between 2015

and 2021

Intervention: Patients or their parents were interviewed to determine

whether they had experienced vertigo or episodes of

BPPV.

Main Outcome Measure: Criteria were at least five acute episodes

of rotatory vertigo, each lasting less than 1 minute, episodes

triggered by changes in specific head position, and an absence of

neurological symptoms.

Results: Sixty-four patients having mild (33%) tomoderate (66%)

HL were included. Median age was 15 years (range, 6–48 yr).

Prevalence of BPPV was 39%(25 of 64).Median age of first onset

was 13 years (range, 3–18 yr).

Conclusions: This study showed recurrent BPPVand early age of

onset in patientswith biallelic STRC gene deletions. BPPV may be

associated with the HL phenotype in patients with STRC gene deletions.

It is important to inform patients and families of this potential

risk such that appropriate management can be proposed.

Objectif :

La libération de l’ADNlibre circulant (cfDNA) dans la circulation sanguine fait intervenir différents mécanismes. Cette libération est en effet physiologique dépendant du mode de vie (Yuwono et al., 2021). Elle est aussi influencée par des contextes pathologiques tels que l'inflammation, le stress oxydatif, l'auto-immunité, la mort cellulaire et les prises médicamenteuses (Kustanovich et al., 2019). Toutes ces situations pouvant être retrouvées chez les individus atteints de troubles psychiatriques, l'analyse du cfDNA semble prometteuse en tant que biomarqueur diagnostique, pronostique ou de réponse au traitement, mais aussi comme support de la recherche thérapeutique par l’apport de connaissances des mécanismes physiopathologiques impliqués. Pour explorer le potentiel biomarqueur du cfDNA et, celui-ci ayant montré son intérêt dans d’autres pathologies psychiatriques (Verebi et al., 2023), nous avons quantifié le cfDNA plasmatique chez des patientes atteintes de différents Troubles du Comportement Alimentaire (TCA).

Méthodes :

Dans cette étude, 110 participantes (98 patientes atteintes de TCA répartis en 30 patientes atteintes de boulimia nervosa, 33 patientes atteintes d'anorexia nervosa (AN) de type restrictif, 35 patientes atteintes d'AN de type hyperphagique/purgative et 12 contrôles) ont été inclues. Le cfDNA d’origine nucléaire (cf-nDNA) et d’origine mitochondriale (cf-mtDNA) ont été quantifiés dans le plasma par deux tests spécifiques Evagreen en PCR digitale, se référant à deux tailles différentes d’amplicons.

Résultats :

Les niveaux plasmatiques de cf-nDNA et de cf-mtDNA ne diffèrent pas significativement entre les contrôles et les patientes atteintes de TCA. Cependant, nous avons observé une proportion significativement plus élevée de fragments longs de cf-nDNA chez les patientes atteintes de TCA, montrant ainsi son intérêt potentiel en tant que biomarqueur pour les TCA.

Conclusion :

Il s'agit de la première étude quantifiant le cfDNA chez des patientes atteintes de TCA. Cette étude met en lumière le potentiel de l'exploration qualitative du cfDNA dans le contexte métabolo-psychiatrique de cette affection. La caractérisation complète du cfDNA pourrait jouer un rôle en tant que biomarqueurs dans les TCA, en fournissant des aperçus des mécanismes ignorés impliqués dans la mise en place chronique de la maladie, telles que l’immunité et l’inflammation.

La progéria de Hutchinson-Gilford (HGPS) est une maladie génétique très rare dans laquelle une protéine anormale, appelée progérine, s'accumule dans le noyau avec une toxicité dose-dépendante. La progéria se caractérise par un vieillissement accéléré et prématuré aboutissant à la mort vers l'âge de 14 ans. Les patients présentent de nombreuses anomalies osseuses. Nous avons identifié par NGS la surexpression de deux miARNs issus du même précurseur dans les fibroblastes dermiques des patients. Le premier est connu pour cibler les transcrits de molécules clés impliquées dans la différenciation des chondrocytes et dans la régulation du stress oxydatif. Ces deux miARNs régulent la différenciation ostéoblastique.
Pour élucider le rôle de ces deux miARNs dans la maladie de HGPS, nous avons utilisé des modèles humains et murins : Modulation in vitro des deux miARNs par transfection dans des fibroblastes de patients HGPS et de témoins ; différenciation de cellules souches mésenchymateuses humaines (MSC) HGPS et témoins dérivées d'iPSCs en ostéoblastes et chondrocytes ; ostéoblastes et chondrocytes prélevés sur des souris nouveau-nées WT (wild type) et HGPS (KI LmnaG609G/G609G) ; tissus prélevés sur les souris HGPS et WT à des âges différents. Ces travaux ont révélé une diminution de l'expression de ces deux miARNs dans l'aorte, la crosse aortique, le tissu adipeux et l'os de souris HGPS âgées (4 mois), alors que leur expression a été augmentée dans les VSMC isolées de l'aorte de souris HGPS jeunes (1 mois). L'identification des mécanismes dans lesquels ces deux miARNs sont impliqués, pourrait améliorer la compréhension de la physiopathologie de la progéria et ouvrir la voie à de nouvelles thérapies.

Le recours au séquençage haut débit dans les laboratoires hospitaliers de génétique et sur les plateformes de séquençage génomique a multiplié le nombre de variants de signification incertaine (VSI) identifiés. Afin de répondre aux besoins grandissants de reclassement de ces variants il apparaît crucial de pouvoir mettre en place des tests fonctionnels pouvant répondre spécifiquement à chaque problématique posée. L’étude présentée ici est un exemple de ce travail de développement de nouvelles approches pour l’interprétation des variants.

Lors de l’analyse moléculaire effectuée pour une famille qui présentait une surdité non syndromique dominante, nous avions identifié une nouvelle variation dans le gène HOMER2. Celle-ci était une substitution non-stop (NM_199330.2 c.1064A > G) qui, en convertissant le codon de terminaison du gène en un codon tryptophane pouvait allonger la protéine HOMER2 de 10 acides aminés. Conformément aux directives de l'ACMG/AMP cette substitution était classée comme VSI, entrainant ainsi un rendu de diagnostic moléculaire non-conclusif. Afin de pouvoir reclasser ce variant nous avons alors mis en place un test fonctionnel innovant basé sur l’étude comportementale de poissons zèbre.

Dans un premier temps, nous nous sommes tout d’abord assurés que les transcrits HOMER2 portant le variant échappaient à la voie de dégradation NSD en analysant l’ARN d’un patient. Cette vérification effectuée, nous avons ensuite réalisé des tests in vivo en utilisant des larves de poisson zèbre qui exprimaient la protéine HOMER2 humaine après micro-injection, au stade une cellule, d’ARN HOMER2 sauvage ou muté. Les résultats des tests de motricité des larves à des stimuli acoustiques et visuels (Zebrabox-ViewPoint), ont clairement établi son effet délétère sur l'audition. L’ensemble de ce travail nous a ainsi permis de reclasser cette substitution en variant pathogène.

Cette étude souligne toute l'importance de développer de nouveaux tests fonctionnels pour caractériser sans ambiguïté la pathogénicité des VSI et ainsi répondre aux impasses diagnostiques des patients.

Les ataxies cérébelleuses sont un groupe hétérogène de maladies neurodégénératives rares pour lesquelles le diagnostic génétique n’est pas établi dans près d’un cas sur deux en raison du chevauchement phénotypique des très nombreuses formes d’ataxies. Depuis plusieurs années, l’analyse de l’exome par les laboratoires de référence puis du génome par les plateformes mises en place par le plan France Médecine Génomique 2025  permet d’identifier de nombreuses mutations responsables d’ataxies. Cette analyse exhaustive du génome a également mis en évidence des variants de signification inconnue (VSI) qui sont parfois des variants d’épissage.

Les analyses in silico sur les logiciels de prédiction NN splice et Splice AI prédisent un effet de ces VSI sur l’épissage. Dans cette étude, nous présentons plusieurs cas de patients atteints d’ataxie pour lesquels une mutation d’épissage potentielle a été identifiée. Des prélèvements complémentaires de sang sur tubes Paxgene ont été réalisés et les prélèvements envoyés à notre laboratoire pour une analyse approfondie des transcrits des patients.

Après extraction des ARNs et RT-PCR, nous avons vérifié l’expression de ces transcrits chez les patients et démontré la pathogénicité de ces variants de signification inconnue.  Nous avons ainsi pu démontrer l’altération de site donneur d’épissage, des altérations d’épissage intronique profond, l’utilisation de sites cryptiques d’épissage et l’insertion de pseudo-exons.

Les laboratoires experts  de référence dans les maladies génétiques rares ont donc un rôle important à jouer dans le plan France Médecine Génomique en aidant à l’interprétation des VSI identifiés par les plateformes.

Mots clés : Diagnostic, Génétique moléculaire, Ataxie cérébelleuse, génome, VSI, analyse de transcrits, épissage

L’amyotrophie spinale prénatale avec fractures osseuses de type 2 ou SMABF2 (OMIM #616867) est un syndrome rare de transmission autosomique récessive causé par des variations pathogènes bialléliques du gène ASCC1. Ce syndrome est caractérisé par une hypotonie néonatale sévère le plus souvent précédée d’une hypokinésie fœtale et de contractures articulaires congénitales entraînant un tableau d’arthrogrypose multiple congénitale et associé à un risque de fractures prénatales des os longs. Les nouveaux-nés atteints ont une espérance de vie très limitée et décèdent le plus souvent dans les premiers mois de vie. Le diagnostic de cette pathologie est transversal et fait appel à plusieurs spécialités dont la génétique clinique et biologique, l’imagerie médicale et l’anatomopathologie.

Le gène ASSC1 localisé en 10q22.1 a un transcrit canonique de 2,479 kb (NM_001198800.3) comprenant 10 exons et codant une protéine de 357 acides aminés. Cette protéine est membre d’un complexe appelé ASC-1 incluant également trois autres protéines, ASCC2, ASCC3 et TRIP4 et jouant un rôle essentiel dans le développement en régulant la transcription de gènes impliqués dans la neurogénèse et l’ostéogenèse.

A ce jour, 13 variations distinctes comprenant cinq variations nonsens, quatre variations d’épissage, deux délétions hors phase et deux délétions en phase ont été rapportées chez 25 patients issus de 16 familles non apparentées. Dans la majorité des cas, ces variations entraînent la formation d’un codon stop prématuré et sont susceptibles d’induire une perte de fonction d’ASCC1 du fait de la dégradation des transcrits par Nonsense Mediated Decay. A notre connaissance, aucune variation faux-sens pathogène à l’état hétérozygote ou homozygote n’a jamais été décrite dans le gène ASCC1. Nous élargissons, ici, le spectre mutationnel associé à ASCC1 en rapportant, pour la première fois, une variation faux-sens homozygote identifiée par séquençage d’exome en trio chez deux fœtus apparentés présentant des caractéristiques cliniques concordantes avec le phénotype d’amyotrophie spinale prénatale avec fractures osseuses de type 2. Cette variation héritée de chacun des parents, NM_001198800.3 :c.473T > C, p.(Leu158Pro) est absente de la base de données de populations contrôles GnomAD v2.1.1 et prédite pathogène par les logiciels de prédiction in silico. Elle affecte un acide aminé très conservé entre les espèces et est localisée dans le domaine RNA-ligase-like de la protéine, un domaine essentiel pour la liaison de la protéine aux ARN ou aux nucléotides. Bien que la nature de cette variation soit différente des variations précédemment décrites, elle entraîne un phénotype aussi sévère que celui qui est causé par des variations perte de fonction. Des études fonctionnelles et la description d’autres variations faux-sens dans ce gène seront nécessaires pour préciser les mécanismes physiopathologiques associés aux mutations faux-sens ASCC1.

La Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative rare qui affecte les neurones moteurs du cerveau et de la moelle épinière, contrôlant le mouvement des muscles volontaires. En général, les personnes atteintes de SLA décèdent dans les trois à cinq ans qui suivent l’apparition des premiers symptômes. Afin d’éviter le développement chronophage des RT-PCR mutation/gène/patient dépendant lors de la vérification de l’impact des variants d’épissage détectés, nous avons mis au point une approche de RNA-seq par capture ciblée de 49 gènes impliqués dans la SLA, à l’aide du kit Agilent Sureselect sur un MiSeq Illumina. Les données brutes ont été traitées sur le logiciel STAR, après le « trimming » des adaptateurs, puis ont été découpées en k-mers et alignées sur le génome de référence. Les fichiers BAM générés ont été visualisés sur le logiciel IGV à l’aide de l’outil Sashimi plot. Grâce à cette méthode, nous avons pu caractériser l’impact sur les transcrits et confirmer le caractère pathogène de 4 variants identifiés chez des patients atteints de SLA, dont l’effet sur l’épissage n’avait jamais été décrit dans la littérature : OPTN (NM_001008211) : c.1613-7T > G, SPG11 (NM_025137) : c.3039-5T > G, OPTN (NM_001008211) : c.1242+1G > A et SPG11 (NM_025137) : c.6754+2_6754+3dupTG. A l’opposé, l’approche nous a également permis de reclasser le variant SPG11 (NM_025137) : c.4744-42T > G de signification incertaine en probablement bénin. Dans le cadre du projet ROSA financé par ARSLA et NIMAO, nous allons maintenant séquencer selon cette méthode 156 patients atteints de SLA et 30 contrôles négatifs en focalisant nos efforts sur la mise en évidence en aveugle des anomalies d’épissage. Le but de l’utilisation de cette approche en routine diagnostique est de réduire le temps de mise à disposition des résultats et potentiellement de rendre possible l’inclusion de patients dans les protocoles d’essai thérapeutique de thérapie ciblée en fonction du gène incriminé.

Introduction :

Le syndrome de Usher est une maladie autosomique récessive qui associe une double atteinte neurosensorielle affectant l'audition et la vision. Il est la première cause de surdité-cécité héréditaire         Ce syndrome est caractérisé par une grande hétérogénéité clinique et génétique. Trois formes cliniques et 10 gènes ont été décrits comme responsables de ce syndrome.                                               

Matériel et méthodes :                                                                                                                                                                                                                                                                              Parmi les patients recrutés pour cette étude dans le service ORL du CHU de Blida en Algérie, un enfant de 11 ans présentant une déficience auditive congénitale profonde et un défaut visuel progressif a été suspecté d'être atteint du syndrome de Usher. Pour étayer le diagnostic, l'enfant a subi des examens complémentaires tels que l'audiogramme, l'imagerie par autofluorescence du fond d'œil et l'électrorétinogramme, qui ont confirmé le double déficit neurosensoriel.L'analyse moléculaire a été réalisée à l'Institut de la Vision à Paris sur de l'ADN extrait par la méthode du "salting out" au laboratoire central de biologie du CHU de Blida.

Résultats et discussion : Nous avons recherché des mutations dans les gènes du syndrome d'Usher, mais nous n'en avons détecté aucune.                                                                                         Nous avons alors effectué un séquençage de l'exome entier afin d'identifier la causalité des mutations dans les gènes du syndrome d'Usher.                                                                                            Nous avons trouvé deux mutations homozygotes faux-sens, p.(Arg84Trp) dans TMIE, responsable de la surdité et p.(His337Arg) dans PDE6B, responsable de la rétinite pigmentaire.                                               La combinaison des deux mutations imite le syndrome d'Usher.

Conclusion : La possibilité d'une combinaison de mutations dans deux gènes, l'un responsable de la surdité et l'autre de la rétinite pigmentaire, ne peut être exclue chez les patients présentant le phénotype du syndrome d'Usher, en particulier dans les familles à fort taux de consanguinité.

L’ataxie spinocérébelleuse de type 2 (SCA2) est une pathologie autosomique dominante largement décrite chez l’adulte. Bien qu’elle débute entre 30 et 40 ans, elle a été rapportée chez des enfants de tous âges avec un phénomène d’anticipation lié à la l’instabilité des expansions de triplets CAG du gène ATXN2. L’histoire naturelle de SCA2 chez l’enfant reste cependant mal connue puisqu’elle n’est décrite que chez une vingtaine de patients.

Nous avons entrepris de rassembler une série d’enfants avec un SCA2 grâce aux appels à collaboration dans les réseaux maladies rares Pour décrire en détails le phénotype. Nous y associons une revue de la littérature à la recherche d’une éventuelle corrélation génotype/phénotype.

Nous avons colligé les données de 20 patients. La comparaison des données de ces patients avec 20 patients de la littérature nous a permis 1) de discerner l’existence de deux formes pédiatriques de SCA2, 2) de montrer que le nombre de CAG est corrélé à l’âge de début de la maladie, à l’âge du décès, ainsi qu’à la sévérité du phénotype 3) que les caractéristiques de SCA2 chez l’enfant sont différentes de celles de SCA7, autre dégénérescence cérébelleuse à polyglutamine avec anticipation.

Ce travail, la première étude portant sur une large série de patients SCA2 pédiatrique, aidera les cliniciens 1) à évoquer SCA2 chez l’enfant, 2) à orienter l’étude moléculaire de façon ciblée car le diagnostic moléculaire n’est pas réalisé par les études pangénomiques, 3) à établir un pronostic en rapport avec la découverte d’une expansion de CAG dans ATXN2.

Introduction :

L'épilepsie myoclono-astatique (EMA), également connue sous le nom de syndrome de Doose, représente 1 à 2,2 % des cas d'épilepsie chez l'enfant. Les patients présentent généralement des crises myocloniques, myocloniques-atoniques et tonico-cloniques généralisées. Environ 10 à 20 % d'entre eux présentent une déficience intellectuelle.

Méthodes :

Nous rapportons le cas d'un garçon de 8 ans adressé à notre service pour une déficience intellectuelle, une obésité et une épilepsie. Une évaluation clinique, un caryotype en bande R des lymphocytes périphériques, une étude de la méthylation de l'ADN de la région 15q11-q13 et un séquençage de l'exome entier (WES) ont été réalisés chez ce patient.

Résultats :

Le patient présentait des difficultés d'apprentissage sévères avec un retard du langage sans retard du développement moteur. Les crises d'épilepsie ont commencé à l'âge de deux ans et ont été contrôlées par le levetiracetam et la carbamazépine. Il a commencé à prendre du poids à l'âge de trois ans. L'IRM cérébrale réalisée à l'âge de cinq ans était normale. L'examen clinique a révélé une discrète dysmorphie faciale à type d’oreilles mal ourlées et des yeux en amande, un micropénis, de petits testicules et un chevauchement des orteils avec une clinodactylie bilatérale du deuxième orteil. Le poids était à +4 DS tandis que la taille et le périmètre crânien étaient normaux pour l'âge. Le caryotype était normal et le syndrome de Prader-Willi a été exclu. Le WES a identifié une variation hétérozygote de novo du gène CHD2 (p.Arg900Gln) déjà rapportée chez des patients atteints de syndrome de Doose.

Conclusion : 

Ce rare cas met en évidence la présentation inhabituelle d'une déficience intellectuelle comme manifestation principale du syndrome de Doose. Cependant, dans notre cas, l'obésité ne fait probablement pas partie du phénotype mais une association fortuite.

Introduction :

Le syndrome d'Ehlers-Danlos de type I est une maladie rare caractérisée par une peau hyperextensible, des cicatrices atrophiques et une hypermobilité articulaire généralisée. Il s'agit d'une maladie autosomique dominante causée par des variations hétérozygotes du gène COL5A1.

Méthodes :

Nous avons étudié le cas d'un patient âgé de 6 ans, né de parents sains non apparentés, et qui présentait un retard de croissance et une fragilité du tissu conjonctif. Nous avons effectué un séquençage de l'exome entier du patient en utilisant la plateforme NovaSeq 6000 (Illumina).

Résultats :

Nous avons identifié une nouvelle variation synonyme dans l'exon 46 de COL5A1, NM_000093:c.3690G>A (p.(Gln1230=)). Une étude complémentaire de l'ARNm sur des cultures de fibroblastes a été réalisée afin de vérifier sa pathogénicité. Cette analyse a montré qu’un seul allèle COL5A1 a été détecté, impliquant une haploinsuffisance pour COL5A1. La variation a été classée comme probablement pathogène.

Conclusion :

Notre étude souligne l'importance d'évaluer l'effet d'une variation synonyme au niveau de l'ARNm dans le syndrome d'Ehlers-Danlos classique.

Le facteur de transcription 1 de la famille Achaete-Scute (ASCL1) avec motif basique hélice-boucle-hélice (bHLH) est un facteur de transcription impliqué dans le développement neuronal dans le système nerveux central et périphérique. Des variations du gène ASCL1 ont été initialement rapportées chez trois individus atteints d’une forme de syndrome d’hypoventilation congénitale centrale 1 (CCHS), associée ou non à une maladie d’Hirschsprung (HSCR). Son implication a été secondairement écartée par la mise en évidence chez l’un de ces individus d’une expansion pathologique de polyalanine dans le gène PHOX2B à l’état hétérozygote, classiquement connue comme responsable de CCHS.

Nous décrivons ici deux nouveaux individus non apparentés partageant une même variation faux-sens à l’état hétérozygote, de novo, dans le gène ASCL1 : p.(Glu127Lys), localisée dans le domaine bHLH, ainsi qu’un phénotype commun avec HSCR de forme courte, signes de dysautonomie et retard de développement. Un des individus présente également un CCHS de forme légère, en l’absence d’expansion de polyalanine de PHOX2B, phénotype qui est compatible avec le diagnostic de syndrome d’Haddad.

A notre connaissance, il s’agit de la deuxième description de patients présentant un phénotype chevauchant CCHS et HSCR associé à une variation dans ASCL1. De plus, des variations faux-sens, avec une position homologue dans le même domaine bHLH, dans d’autres gènes sont connues comme induisant des pathologies humaines. La description de cas supplémentaires serait intéressante afin de poursuivre l’évaluation du rôle d’ASCL1 dans les neurocristopathies.

Les actions de la filière AnDDI-Rares ont pour objectifs d'être centrées sur le patient et ses proches touchés par des anomalies du développement avec ou sans syndrome malformatif et déficit intellectuel associé. Une implication de toutes les parties prenantes est fondamentale : les patients, les proches, les associations, les professionnels de santé et les paramédicaux. 

Afin de mener à bien ses missions, la filière organise différentes actions pour améliorer le parcours de soin du patient et de sa famille, comme les e-Rendez-vous (e-Rdv) des Associations de la filière. 

Ces webinaires permettent :

• La diffusion des connaissances :

Informer les associations sur les différentes ressources disponibles et partager l’information au plus grand nombre.

• Des échanges riches et variés :

Permettre aux associations et leurs membres de se sentir moins isolées et échanger sur des problématiques communes.

• Un accompagnement de proximité avec les associations :

Soutenir les associations dans leur vie associative et leur développement.

Les e-Rdv s’appuient sur les besoins remontés par les associations et permettent d’échanger sur des thématiques communes avec des experts du sujet tels que : 

• Les dispositifs et recours MDPH : Présentation des dispositifs ; Aides et prestations ; Le RAPO ; Partage de bonnes pratiques ; 
• Communication et Déficience Intellectuelle : Particularités cognitives ; Comportement adaptatif ; Ajuster sa communication ;  

• Le bilan neuro psy : Les indications, Les prises en charge et les recommandations ; 

• Vie affective et sexuelle avec son enfant : Posture des parents ; Bons réflexes ; Outils et médiations ;

• Transition : Les enjeux ; Les démarches administratives et sociales ; Faciliter le transfert du dossier ;

• Concilier vie personnelle et vie professionnelle : Les facteurs impactant la vie professionnelle ; Les dispositifs existants ; Trouver les bonnes informations ;

• L’annonce diagnostique : Particularités des maladies rares ; Les répercussions ; Dimension familiale - Comment informer sa famille? Aspects juridiques et éthiques ;

• Les comportements défis : Comportements auto-agressifs ; L’avancée de la recherche ; Répercussions psychosociales; Stress parental ; Ressources 

Ces ateliers sont gratuits et ont lieu sur le temps du midi, entre 12h30 et 14h et en visioconférence. Dans un premier temps, l’intervenant développe sa présentation pendant environ une vingtaine de minutes puis le reste du temps est consacré aux échanges avec les participants. Ce rendez-vous peut être animé en binôme. Il est très apprécié par les associations et leurs adhérents. Depuis le 24/03/2022, date de leur mise en place, 10 e-Rdv ont été réalisés par 8 professionnels de santé et 7 par des spécialistes de la thématique ou des représentants associatifs. Une quarantaine de personnes sont connectées en moyenne. Lorsque le sujet s’y prête, les eRDV peuvent être proposés en interfilière.

Les replays sont visionnables sur la chaîne You Tube de la Filière AnDDI-Rares.

Sous l’impulsion de la filière de santé AnDDI-Rares et de l’unité mixte de développement professionnel continu santé (UMDPCS), l’université de Bourgogne, dispense une formation « Patient Partenaire Formateur » (PPF). Unique en France, cette formation de 23 heures (2 heures de e-learning et 21 heures de présentiel) destinée aux patients ou aux aidants a été conçue par des professionnels de santé, des représentants des patients et des formateurs professionnels pour améliorer la prise en charge dans le parcours des soins. 

Objectifs pédagogiques : 

•       Informer sur son savoir expérientiel et son vécu de la maladie

•       Animer des ateliers en utilisant les différentes techniques pédagogiques à disposition,

•       Co-construire des programmes de formation et ateliers avec les professionnels de santé-enseignants

•       Co-animer une séance pédagogique auprès du grand public, des étudiants et des professionnels de santé 

A l’issue de la formation, il est demandé aux participants de préparer et co-animer un cours de 2 heures pour les étudiants de 3^ème année de médecine au CHU de Dijon sur le parcours de soins du point de vue du patient. 

Fort de son succès, la filière a pu dispenser cette formation pour la 3^ème année consécutive. La filière prend en charge les frais de formation/déplacement pour ses associations membres. Ainsi, ce sont 24 personnes réparties sur tout le territoire national qui ont pu être formées, et une dizaine en cours de formation. Une mise en relation est possible entre professionnels et PPF. 

Le partenariat permet d’associer les savoirs expérientiels des patients et des proches aidants avec les savoirs académiques et cliniques des professionnels de santé. Consciente des enjeux que cela représente, la filière, au-delà d’encadrer cette pratique par de la formation, a constitué un groupe de travail (GT), composé de PPF et de médecins, pour établir un document définissant la vision de la filière du PP. Ce GT collabore en adéquation avec les recommandations de la DGOS. 

Dans ses réflexions, le GT s’appuie sur le mémoire de recherche de Lola Brot, Master 1 Psychopathologie Clinique, Psychologie Médicale et Psychothérapies, [U1] portant sur « Devenir Patient-Partenaire-Formateur comme Tentative d’Elaboration de Traumatismes en Lien avec le Corps Médical chez les Parents d’Enfant Atteint de Pathologie d’Origine Génétique ? ». Cette étude permet d’approfondir les connaissances sur la notion de PPF, et de dégager les motivations, ambitions, et freins des personnes formées. 

La relation soignant-soigné est en pleine évolution, impliquant plus le patient dans le parcours de soin. Bien que le partenariat offre de nombreux avantages, il existe également plusieurs défis qui doivent être relevés (statut, confiance, confidentialité, responsabilité, dynamique de pouvoir, rémunération…). La filière se doit d’accompagner cette évolution pour améliorer le parcours médical et le parcours de vie de la personne malade, des familles, et de l’entourage.

Problématiques : Un marqueur chromosomique surnuméraire (sSMC) est un chromosome additionnel de structure anormale dont l'origine et la composition ne peuvent être détectées par les techniques de cytogénétique conventionnelle et dont la taille est inférieure ou égale à un chromosome 20 dans la même métaphase. Les sSMC peuvent être associés à des tableaux cliniques très variables et hétérogènes. En Tunisie, peu d’études ont été réalisés sur les sSMC, d’où l’intérêt de notre travail qui rapporte une série de patients ayant des phénotypes variés associés à des sSMC et caractérisés par ACPA.

But : Le but de ce travail est de déterminer l’origine chromosomique des sSMC et de les caractériser par les techniques de cytogénétiques moléculaires (FISH et ACPA) afin d’établir des corrélations génotype-phénotype et de délivrer un conseil génétique adéquat.

Méthodes : Notre étude a porté sur une cohorte de 12 patients présentant un sSMC au caryotype, colligés au sein du service de Génétique Médicale de Sfax, sur une période de 9 ans, allant de janvier 2014 à décembre 2022 et explorés par FISH et ACPA.

Résultats : Parmi les patients explorés, huit avaient un phénotype clinique variable, et quatre avaient des problèmes de procréation isolées. La majorité des sSMC (10/12) ont pu être caractérisés par FISH et ACPA. Il s’agit de quatre cas d’inversion duplication du 15, dont l’un chez un enfant avec déficience intellectuelle et trois chez des hommes avec des troubles de la procréation, deux cas de sSMC associés à un syndrome particulier (un cas de syndrome de Pallister Killian avec tétrasomie 12p et un cas de syndrome d’Emanuel résultant d’un défaut de ségrégation d’une translocation 11;22 maternelle),  un cas de sSMC dérivant du chromosome X, 1 cas de sSMC complexe dérivé d’une malségrégation d’une translocation réciproque maternelle t(3;13) et un sSMC dérivé du chromosome 3. Dans deux cas uniquement l’origine chromosomique du sSMC n’a pu être identifiée en dépit de l’analyse par FISH et par ACPA. Ceci serait dû principalement aux limites de l’ACPA dans la caractérisation des marqueurs contenant uniquement de l’hétérochromatine ou présents en faible mosaïcisme.

Conclusion : L’apport de la FISH et l’ACPA est certes considérable pour la caractérisation du sSMC. Elles permettent une identification précise du sSMC pour un diagnostic plus précis et une prise en charge plus adaptée.

Les syndromes de DYRK1A et de Wiedemann-Steiner (WSS) sont deux syndromes génétiques responsables de troubles du neurodéveloppement. Bien que leur phénotype clinique ait été largement décrit, le phénotype neurocomportemental des patients n'a jamais été étudié de manière systématique et à l'aide d'outils d'évaluation standardisés.

Afin de mieux caractériser ce phénotype, nous avons mené une étude rétrospective, en recueillant les données sur l'histoire développementale, le diagnostic de trouble du spectre de l’autisme (TSA), les comportements adaptatifs, les troubles du comportement (troubles anxieux, trouble de déficit de l'attention / hyperactivité (TDAH)), et le profil sensoriel d‘individus avec un syndrome DYRK1A (n=14) et d’individus avec un syndrome de Wiedemann-Steiner (n= 21). En parallèle, nous avons analysé les données renseignées par les parents de patients (n=20 pour le syndrome DYRK1A; n=20 pour le syndrome de Wiedemann-Steiner), dans le site collaboratif GenIDA, qui est une base de données participative internationale dont le but est de mieux caractériser les manifestations cliniques et les histoires naturelles de formes génétiques de déficience intellectuelle et/ou de TSA.

Au total, notre étude montre que les individus atteints du syndrome de DYRK1A ont des scores de comportements adaptatifs à l’échelle Vineland II plus faibles que ceux atteints du syndrome de Wiedemann-Steiner, dont les scores étaient plus hétérogènes. Un diagnostic de TSA a été établi pour 57 % (n=8/14) des patients avec syndrome de DYRK1A et 24 % (5/21) des patients avec un syndrome de Wiedemann-Steiner. Le langage et la communication étaient plus altérés chez les individus atteints du syndrome de DYRK1A, ce que l’on retrouve également dans les données de GenIDA. L'étude des troubles du comportement dans le groupe de patients avec un syndrome de Wiedemann-Steiner a révélé l'importance de la symptomatologie anxieuse et des signes de TDAH chez ces patients, ce qui est également signalés par les familles dans la base de données GenIDA. Une proportion significative de patients présentant des troubles sensoriels est rapportée dans les deux syndromes.

Cette étude décrivant les phénotypes comportementaux des individus atteints des syndromes de DYRK1A et de Wiedemann-Steiner a permis de mettre en évidence certaines spécificités importantes à prendre en compte de ces patients.

Introduction : Le premier axe du 3^ème Plan National Maladies Rares porte sur la réduction de l’errance et de l’impasse diagnostique. Afin d’y répondre, les filières de santé maladies rares (FSMR) ont été missionné de mettre en place un observatoire du diagnostic. La filière AnDDI-Rares a ainsi proposé un projet divisé en trois work-packages (WP) visant à réduire les situations d’impasse diagnostique dont le WP1 : « Etude de l’évolution entre 2012 et 2022 des situations d’impasse diagnostique dans le contexte de la diffusion des techniques de séquençage haut débit. »

Méthodes : L’objectif principal de cette étude est de mesurer l’apport des nouvelles technologies dans le diagnostic au sein des centres de Référence et de Compétence Maladies Rares « Anomalies du Développement et syndromes Malformatifs ». Le critère de jugement principal est évalué par comparaison du pourcentage de consultations aboutissants à un diagnostic principal entre une semaine tirée au sort de 2012 et une semaine tirée au sort de 2022. Les objectifs secondaires comprennent l’évaluation de l’attente des patients vis-à-vis d’un diagnostic, les délais, la technique permettant le diagnostic … Un eCRF a été conçu à cet effet. L’attente des patients vis-à-vis du séquençage haut débit a été évalué par questionnaire, élaboré avec une équipe d’économie de la santé.

Résultats : En 2012, sur 301 consultations de patients sans diagnostic, 47 ont pu bénéficier d’un diagnostic à l’issue de la consultation de 2012 (15.6%) et 36 à l’issue d’une consultation entre 2013 et 2022 (11%). Les 198 patients restant sans diagnostic ont été recontactés, certains sont perdus de vue, d’autres n’ont pas d’indication à poursuivre ou n’ont pas souhaité reprendre les investigations, et enfin d’autres sont en attente de rendez-vous. A ce jour, 43 patients ont souhaité poursuivre les investigations avec une demande de diagnostic persistante, un séquençage du génome a été prescrit pour 27, avec des résultats progressivement disponibles. En 2022, 293 patients sans diagnostic ont été identifiés, certains ayant déjà bénéficié d’investigations au préalable et d’autres en demande d’un premier bilan diagnostic. Les résultats progressivement disponibles montrent déjà un taux diagnostic de la consultation de 2022 supérieur à celui de 2012. Au total, 136 parents ont rempli le questionnaire sur leurs attentes vis-à-vis d’un diagnostic. 23 questionnaires pour 2012 et 113 pour 2022 ont été reçus.

Conclusion : Ces éléments démontrent l’évolution des pratiques diagnostiques, et l’apport des nouvelles technologies de séquençage en France, notamment via le Plan France Médecine Génomique 2025, pour lutter contre l’errance et l’impasse diagnostique. La difficulté de recontacter des patients après 10 ans est manifeste. Les questionnaires et le souhait de ne pas poursuivre les investigations à distance de certaines familles permettront de mieux évaluer la demande des familles avec le temps.