| Mardi 27 janvier |
| Heure |
Louis Lumiere |
Debussy |
Salon Ambassadeurs 2/3 |
Salon Ambassadeurs 1/3 |
Zone 1 - Salle 2 |
Zone 1 - Salle 1 |
Zone 1 - Salle 3 |
Espace débat - hall d'exposition |
| 09:00 |
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09:00-10:30
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WS1
WORKSHOP ANALYSE DES TRANSCRITS
WORKSHOP ANALYSE DES TRANSCRITS
Le workshop « analyse des transcrits », initié comme « symposium épissage et diagnostic » rassemble depuis maintenant plus de 10 ans (nous en sommes à la 6ème édition!) la communauté des ami.es de l’ARN dans ses différentes facettes : organisation, prédiction in silico des anomalies, techniques déployées, bioinformatique, stratégies d’analyse etc. Des situations diagnostiques prototypiques sont aussi présentées afin de partager les expériences et éclairer la communauté sur ce domaine aussi passionnant que complexe et évolutif. Ces workshops ont d’ailleurs permis la création d’un groupe expert de bonne volonté qui vient de publier des recommandations pour l’analyse diagnostique des transcrits [https://rdcu.be/epxiR ; https://www.nature.com/articles/s41431-025-01881-2 ].
Vos communications sur les différents aspects de l’analyse des transcrits sont donc attendues afin de bâtir un beau programme et un temps d’échange fructueux.
09:00 - 09:07
#49358 - SS106 Mise en place de l’analyse transcriptomique (ARNseq) pour le diagnostic des maladies musculaires.
SS106 Mise en place de l’analyse transcriptomique (ARNseq) pour le diagnostic des maladies musculaires.
Les maladies neuromusculaires sont génétiquement et cliniquement hétérogènes, avec 30 à 60 % des cas restant sans diagnostic moléculaire après le séquençage du génome. L’analyse transcriptomique par l’ARNseq peut contribuer à établir un diagnostic chez ces patients en mettant en évidence des anomalies d’épissage liées aux variants non détectés ou initialement classés comme variants de signification incertaine. Afin de mettre en place l’analyse ARNseq dans le Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM, plusieurs approches techniques et bioinformatiques ont été évaluées. La comparaison entre l’ARNseq total (ribodéplétion) et l’ARNseq polyA montre que l’approche polyA permet une couverture supérieure pour certains gènes, tels que MTM1, et comparable pour d’autres, comme CAPN3. Cependant, la couverture des grands gènes, tels que TTN, était beaucoup moins uniforme pour l’approche ARNseq-polyA, avec certaines régions très peu couvertes. Par exemple, un variant pathogène affectant l’épissage du gène TTN n’a été que très faiblement détecté (2 lectures anormales) avec l’approche ARNseq-polyA, contre 371 lectures anormales avec l’approche ARNseq total. Nos résultats constituent ainsi un atlas permettant de guider le choix de la stratégie de séquençage du transcriptome en fonction du gène suspecté cliniquement ou le variant candidat. Plusieurs outils bioinformatiques ont été évalués pour la détection d’anomalies d’expression et d’épissage (FRASER, OUTRIDER, SpliceLauncher, rMATS-Turbo, RSeQC). Différents paramètres de l’outil d’alignement STAR ont également été testés.
La performance de l’approche ARNseq total a été ensuite évaluée dans le cadre du projet APHM Starter ARNseq-Musc qui prévoit l’analyse ARNseq total sur 50 biopsies musculaires de patients en errance diagnostique. Même si les inclusions sont toujours en cours, un diagnostic a déjà pu être posé chez 9 patients. Dans certains cas, le variant candidat a entraîné plusieurs anomalies d’épissage, rendant l’analyse ciblée par RT-PCR difficilement envisageable. L’approche ARNseq apparaît ainsi plus adaptée et plus efficace que la RT-PCR pour identifier des anomalies complexes d’épissage.
Au-delà de cette phase pilote, des résultats préliminaires montrent que l’approche ARNseq basée sur la capture exome permet d’obtenir une couverture très satisfaisante des gènes musculaires, tout en facilitant l’intégration de l’analyse transcriptomique dans le workflow de séquençage d’exome déjà en place dans notre laboratoire. Nous avons également mis en place l’analyse ARNseq sur des lymphocytes cultivés, ce qui a permis dans plusieurs cas d’explorer l’effet du variant sur l’épissage sans recourir à une biopsie musculaire. Ainsi, nous avons intégré l’ARNseq dans notre pratique diagnostique, offrant un outil efficace pour identifier des anomalies d’épissage et réduire l’errance diagnostique chez les patients atteints de maladies musculaires.
Pape FAYE, Narimène ASSAIDI, Véronique BLANCK, Camille HUMBERT, Christel CASTRO, Marc BARTOLI, Chantal MISSIRIAN, Valérie DELAGUE, Martin KRAHN, Svetlana GOROKHOVA (MARSEILLE)
09:07 - 09:14
#49233 - SS107 Implémentation du séquençage de l’ARN en routine dans le diagnostic des maladies mitochondriales : intérêts, défis et limites.
SS107 Implémentation du séquençage de l’ARN en routine dans le diagnostic des maladies mitochondriales : intérêts, défis et limites.
Les maladies mitochondriales sont des pathologies génétiques rares et hétérogènes, dont le diagnostic demeure complexe : près de la moitié des patients restent sans diagnostic moléculaire malgré un séquençage d’exome, voire de génome. Le séquençage haut débit de l’ARN (RNA-seq), constitue un outil prometteur pour améliorer le rendement diagnostique, notamment par l’étude de l’expression et de l’épissage des gènes. Cependant, il est encore peu intégré en routine diagnostique. Ainsi, l’objectif de notre étude était d’évaluer la faisabilité de combiner le RNA-seq au séquençage de l’exome dans notre laboratoire, à travers deux stratégies : une approche ciblée, chez huit patients porteurs de variants de signification incertaine (VSI) ou d’un seul variant pathogène dans des gènes candidats récessifs, et une approche non ciblée, chez 30 patients sans gène candidat, centrée sur la détection d’anomalies d’expression.
Au total, 38 patients présentant un résultat non concluant de séquençage d’exome ont bénéficié d’un RNA-seq. Chez 10 patients sans gène candidat, un séquençage de génome a également été réalisé. L’approche ciblée a permis d’identifier des phénotypes aberrants d’ARN associés à sept variants, confirmant leur pathogénicité et conduisant à un diagnostic moléculaire définitif chez cinq patients (62.5%, 5/8). La combinaison du RNA-seq avec le séquençage du génome a permis un diagnostic chez deux patients supplémentaires. Ces résultats ont été obtenus grâce à la mise en évidence d’une expression mono-allélique pour cinq variants et d’un épissage aberrant pour six variants, dont deux n’ont pu être significativement détectés qu’après un traitement à la puromycine. Concernant l’approche non ciblée, l’utilisation de l’outil Outrider et d’une approche dédiée aux gènes mitochondriaux a permis d’identifier trois gènes sous-exprimés chez trois patients présentant un tableau clinique compatible (10%, 3/30). Une réanalyse de l’exome, voire une étude du génome, est en cours afin d’interpréter ces résultats.
Cette étude met en évidence la valeur ajoutée du RNA-seq dans le diagnostic des maladies mitochondriales chez des patients restés sans diagnostic après séquençage d’exome, en apportant des preuves fonctionnelles solides pour reclasser plusieurs VSI et en identifiant de nouveaux gènes candidats chez des patients sans orientation diagnostique initiale. Bien que très prometteurs, ces résultats pourraient vraisemblablement être encore améliorés grâce à l’augmentation de la taille de la cohorte, de la profondeur de séquençage et au recours à des outils bio-informatiques complémentaires capables de détecter des phénotypes aberrants d’ARN différents. Enfin, bien que le RNA-seq soit un outil essentiel, son interprétation demeure complexe et doit être menée avec prudence, en tenant compte de ses limites et en s’appuyant sur une expertise clinique et fonctionnelle des gènes analysés.
Lucile RIERA-NAVARRO (Nice), Samira AIT-EL-MKADEM SAADI, Eleonore BIRGY, Alexandre JANIN, Annabelle CHAUSSENOT, Sarra BOURI, Konstantina FRAGAKI, Bruno FRANCOU, Edery PATRICK, Kaphan ELSA, Gaetan LESCA, Fabienne ORY, Cintas PASCAL, Julien MAQUET, Célia HOEBKE, Aline CANO, Alain FOUILHOUX, Marion AUBERT-MUCCA, Olivier PATAT, Véronique PAQUIS-FLÜCKLINGER, Sylvie BANNWARTH, Vincent PROCACCIO, Marco LORENZI, Cécile ROUZIER
09:14 - 09:21
#49167 - SS108 Séquençage d’ARN : reclassification de variants de signification inconnue et apport diagnostique après génome non contributif ; retour d’expérience sur une cohorte de 102 patients.
SS108 Séquençage d’ARN : reclassification de variants de signification inconnue et apport diagnostique après génome non contributif ; retour d’expérience sur une cohorte de 102 patients.
Contexte :
Malgré les progrès des algorithmes de prédiction in silico, l’impact fonctionnel de nombreux variants susceptibles d’altérer l’épissage reste incertain, limitant leur interprétation clinique selon les critères ACMG. Dans le cadre de l'évolution des techniques de diagnostic génétique, l'intégration du séquençage d'ARN permet une meilleure compréhension des variants d'épissage.
Objectifs :
1/ Evaluer l'apport du séquençage d'ARN dans la reclassification, selon les critères ACMG, de variants de signification incertaine (VSI) ayant un possible effet sur l’épissage (analyse ciblée)
2/ Evaluer l’apport diagnostique du séquençage de l’ARN chez des patients en impasse diagnostique après les approches conventionnelles de séquençages haut débit en short read (exome et/ou génome) (analyse en aveugle).
Méthodes :
Notre cohorte inclut 102 familles adressées à notre laboratoire après un génome ou un exome non contributifs. L’indication la plus fréquente était un trouble du neurodéveloppement avec ou sans déficience intellectuelle (88 %). 60 % des familles avaient au moins un VSI dans un gène d’intérêt prédit pour avoir un effet sur l’épissage. Le séquençage d’ARN a été réalisé à partir de sang total prélevé dans des tubes PAXgene, incluant les trios parent-enfant lorsque disponibles. Les librairies ont été réalisés avec une étape de capture des queues polyA et une étape de déplétion des ARN ribosomaux. Les données du séquençage ont été analysées à l’aide du pipeline DROP (Outrider + Fraser) et une inspection visuelle des sashimi plots a été réalisée pour les VSI identifiés par exome ou génome.
Résultats :
1/ L’analyse ciblée a permis de reclasser 43 VSI (69 %), dont 23 en classe 4/5 (pathogène/probablement pathogène) et 20 en classe 2 (probablement bénin). La concordance avec les algorithmes de prédictions in silico était partielle.
2/ L’analyse en aveugle chez 79 patients a permis de prioriser des régions du génome chez 5 patients, et a conduit à un diagnostic chez 3/79 patients (3.8%). Dans 2 cas, il s’agissait de variants de structure complexe, non détectés par exome ou génome et dans 1 cas, d'un variant ponctuel hétérozygote.
Sur l’ensemble de la cohorte, un diagnostic moléculaire (variant de classe 4 ou 5) a été établi pour 26/102 (25,5%) patients, expliquant totalement ou en partie le phénotype.
Conclusion :
Le séquençage d’ARN s’avère particulièrement utile en cas de VSI prédits pour affecter l’épissage, permettant d’aboutir à un diagnostic dans 37 % des cas (23/62). En analyse en aveugle, bien que son rendement reste plus faible (3/79, soit 3.8 %), il a permis de mettre en évidence des variants non détectés par les approches conventionnelles. Ces résultats soulignent l’intérêt du RNA-seq comme outil complémentaire pour améliorer le taux de diagnostics génétiques.
Charlotte LASSAIGNE (Paris), Cyril MIGNOT, Elodie LEJEUNE, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Alexandra AFENJAR, Anna-Gabriella GERASIMENKO, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, Aurélie WAERNESSYCKLE, Claude ESTADE, Corinne MACH, Fabienne RAJHONSON, Valérie OLIN, Giulia BARCIA, Noélie PALERMO, Julie BOGOIN, Julien BURATTI, Marlène RIO, Daphne LEHALLE, Perrine CHARLES, Romain DUQUET, Sarah GROTTO, Solveig HEIDE, Delphine HERON, Boris KEREN, Caroline NAVA
09:21 - 09:28
#49858 - SS109 Apport des études de transcrits dans le diagnostic des maladies héréditaires du métabolisme : retours d’expériences sur différentes stratégies d’analyse.
SS109 Apport des études de transcrits dans le diagnostic des maladies héréditaires du métabolisme : retours d’expériences sur différentes stratégies d’analyse.
Les maladies héréditaires du métabolisme sont un groupe de maladies génétiques rares qui touchent la fonction d’une enzyme ou transporteur impliqués dans l’homéostasie cellulaire. Les manifestations cliniques et l’âge d’apparition des symptômes sont variables selon les déficits, létaux dans les formes les plus graves. Le diagnostic génétique de ces maladies, orienté préalablement par le bilan biochimique, est essentiel pour la mise en place d’un traitement et la prévention des décompensations aiguës. Il permet également de proposer un conseil génétique aux familles, et d’avoir recours à un DPN pour les déficits les plus sévères sans traitement efficace.
Mais pour ces maladies parfois extrêmement rares, il n’y a souvent que peu de mutations rapportées dans la littérature et des variants convaincants, en adéquation avec le phénotype clinique et biochimique, sont classés comme VUS. Les laboratoires de génétiques qui réalisent ces diagnostics ne sont pas équipés pour réaliser des études fonctionnelles complexes.
Nous proposons plusieurs approches basées sur des études de transcrits à partir d’ARNm extraits de sang ou fibroblastes chez des patients atteints d’un déficit du métabolisme pour lesquels le séquençage de l’ADNg en première intention a conduit à l’identification d’un VUS. Le séquençage RNAseq est une technique de choix pour les gènes exprimés dans ces tissus. Par cette approche, nous avons pu confirmer l’effet délétère du variant c.1091-2075T>G du gène PCCB qui est responsable de la rétention d’un fragment intronique de plus de 100nt, et du variant c.-14+1G>A du gène CPT1A qui crée un nouvel exon 1 non traduit alternatif. Mais cette approche ne peut être appliquée systématiquement, et notamment pas pour le déficit en OTC qui est le déficit le plus fréquent du cycle de l’urée, l’enzyme déficitaire étant quasi exclusivement exprimée dans le foie. Pour ces patients, nous avons alors recours à la technique de RT-PCR, et pallions au faible niveau d’expression dans les fibroblastes en ré-amplifiant la région cible du transcrit par une PCR nichée. Par cette technique, nous avons pu démontrer l’effet délétère du variant c.-142G>A du gène OTC qui entraine un défaut de la transcription, ainsi que de la large duplication des exons 1 à 4 du gène OTC qui sont en tandem avec rétention d’un fragment du promoteur. Dans certains cas, les analyses à partir des tissus du patient ne nous permettent pas d’apporter les arguments nécessaires pour confirmer le caractère délétère d’un variant. Nous proposons dans ce cas l’analyse du variant cible par minigene assay. Nous avons ainsi pu démontrer l’impact du variant c.387-12G>A du gène OTC qui entraine une anomalie de l’épissage par rétention d’un fragment intronique.
Ces trois approches différentes d’études du transcrit, facilement réalisables dans un laboratoire de diagnostic, nous ont permis de confirmer le caractère délétère de VUS identifiés chez plusieurs patients atteints de déficits du métabolisme.
Stephanie GOBIN LIMBALLE, Maryse MAGEN, Marie SIMON, Edwige FRESSE, Manel GUIRAT, Ghislaine ROYER, Jean-Michel LAPIERRE, Zaina AIT ARKOUB (Paris), Jean-Baptiste ARNOUX, Anais BRASSIER, Juliette BOUCHEREAU, Margaux GASCHIGNARD, Tristan MEKDADE, Marlene RIO, Caroline MICHOT, Karine NGUYEN, Manuel SCHIFF, Pascale DE LONLAY, Jean-Paul BONNEFONT, Julie STEFFANN
09:28 - 09:35
#49072 - SS110 Quand l’épissage joue à saute-mouton : cas d’un réarrangement complexe du gène NF1 donnant naissance à un transcrit anormal incluant des régions pseudo-exoniques du brin antisens.
SS110 Quand l’épissage joue à saute-mouton : cas d’un réarrangement complexe du gène NF1 donnant naissance à un transcrit anormal incluant des régions pseudo-exoniques du brin antisens.
La neurofibromatose de type 1 (NF1, OMIM#162200) est une maladie génétique de transmission autosomique dominante. Elle est la conséquence de variants perte-de-fonction du gène NF1, gène codant la neurofibromine, un suppresseur de tumeur par régulation négative de la voie des RAS-MAPK. Les variants pathogènes décrits dans ce gène incluent principalement des altérations de type non-sens, frameshift, faux-sens, des variants d’épissage, ou des délétions partielles ou complètes du gène. Plus rarement, la maladie peut résulter de l’insertion d’éléments mobiles dans le gène NF1, ou de réarrangements complexes modifiant la structure du gène.
Nous présentons le cas d’une patiente adulte atteinte d’une forme familiale typique de NF1, avec des taches café-au-lait multiples, des lentigines, des nodules de Lisch et de multiples neurofibromes cutanés et sous-cutanés. L’analyse moléculaire initiale en panel NGS et en MLPA a mis en évidence la présence d’une duplication des exons 37 à 57 du gène NF1 (NM_001042492.3). L’analyse ciblée du transcrit du gène NF1 n’a cependant pas permis de confirmer la nature en tandem de cette duplication.
L’analyse moléculaire du génome par le laboratoire SeqOIA a révélé une duplication inversée en tandem des exons 37 à 57 du gène NF1, associée à une duplication simple directe d’une partie de l’intron 57. L’analyse ciblée du transcrit par séquençage Sanger a montré que cette duplication inversée était responsable d’une altération majeure de l’ARN produit, avec la maturation de transcrits multiples, avec insertion, non seulement du gène EVI2A (naturellement présent en antisens dans l’intron 36 du gène NF1), mais également de séquences pseudo-exoniques présentes dans cette région antisens.
En conclusion, c’est la combinaison de différents outils moléculaires qui a permis de confirmer le diagnostic de NF1 chez cette patiente, rendant possible un conseil génétique optimal. L’étude fonctionnelle de ce réarrangement génétique a révélé toute la complexité des mécanismes d’épissage aboutissant à la formation de transcrits multiples et à la perte de la fonction de la neurofibromine.
Laurence PACOT (PARIS), Fatma HAMZA, Audrey COUSTIER, Théodora MAILLARD, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Dominique VIDAUD
09:35 - 09:45
Questions / Table Ronde.
09:45 - 09:52
#49378 - SS111 Alliance du séquençage long read et des pipelines SOSTAR et MAGIC au profit des analyses fonctionnelles de l’épissage en minigène.
SS111 Alliance du séquençage long read et des pipelines SOSTAR et MAGIC au profit des analyses fonctionnelles de l’épissage en minigène.
La caractérisation précise des isoformes d’ARNm demeure un enjeu majeur en recherche et en diagnostic moléculaire. Les méthodes actuelles peinent à fournir une annotation standardisée et exhaustive des transcrits. Pour répondre à ce besoin, nous avons précédemment développé SOSTAR (iSofOrmS annoTAtoR), un pipeline bioinformatique dédié à l’assemblage, la quantification et l’annotation des isoformes à partir de données de séquençage long read.
Nous présentons ici la validation de SOSTAR sur une cohorte de patients présentant une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire. De plus, nous avons développé MAGIC (Minigene Assembly and Generation of Isoform Combinations), une extension de SOSTAR conçue pour l’analyse de constructions artificielles issues de minigènes multi-exoniques. MAGIC intègre une interface graphique permettant la génération automatisée d’un génome de référence artificiel, représentatif des constructions réalisées. Il est suivi d’un pipeline d’analyse basé sur minimap2 ou STAR, StringTie et SOSTAR pour l’annotation fine des isoformes.
La robustesse du protocole SOSTAR a été éprouvée sur 64 nouveaux patients, séquencés sur la plateforme PromethION P2 Solo (P2Solo). L’analyse a révélée des événements aberrants pertinents, tels qu’une délétion des exons 6 à 37 du gène ATM ou un renforcement d’un pseudo-exon dans l’intron 12 de BRCA2. Ces résultats renforcent la valeur diagnostique du pipeline, en démontrant à la fois une concordance avec les données short read précédentes, et sa capacité à détecter des événements supplémentaires non identifiés par les approches classiques.
Par ailleurs, 20 constructions de minigènes, incluant des variations dans les gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, MLH1, PMS2 et TP53, ont été séquencées en une seule expérience sur la plateforme P2Solo. L’analyse des données avec le pipeline MAGIC a permis d’annoter les isoformes générées à partir de ces constructions artificielles. Une comparaison avec les profils obtenus par électrophorèse capillaire des produits de RT-PCR est en cours. Les premières observations montrent que MAGIC offre une annotation structurée, exhaustive et standardisée des transcrits, inaccessible par les méthodes classiques.
En combinant SOSTAR et MAGIC, nous proposons une solution intégrée pour l’analyse des isoformes, applicable à la fois aux échantillons biologiques et aux constructions artificielles à haut débit, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour le diagnostic moléculaire et la recherche fonctionnelle.
Camille AUCOUTURIER (Caen), Nicolas GOARDON, Laurent CASTERA, Alexandre ATKINSON, Thibaut LAVOLE, Angélina LEGROS, Agathe RICOU, Flavie BOULOUARD, Dominique VAUR, Sophie KRIEGER, Raphael LEMAN
09:52 - 09:59
#49203 - SS112 Améliorer le diagnostic par RNA-seq dans les maladies rares grâce à RAINBOW, un outil bioinformatique de filtrage, annotation et mise en forme interactive des résultats de DROP.
SS112 Améliorer le diagnostic par RNA-seq dans les maladies rares grâce à RAINBOW, un outil bioinformatique de filtrage, annotation et mise en forme interactive des résultats de DROP.
Introduction : Le séquençage d’ARN (RNAseq), en permettant l’identification d’anomalies d’expression, d’épissage ou d’expression monoallélique, s’impose progressivement dans le diagnostic des maladies rares comme une analyse de premier plan en complément des séquençages génomiques. Cependant, les suites bioinformatiques telles que DROP génèrent des résultats riches mais non annotés, rendant leur interprétation complexe et chronophage. L’objectif de ce travail a été de développer RAINBOW (RNA-seq Annotation and Interpretation with Bioinformatics Organized Workflow), un outil destiné à appliquer des filtres spécifiques, enrichir les sorties via des annotations multi-sources et automatiser leur mise en forme interactive pour faciliter le diagnostic en maladies rares.
Méthode : RAINBOW prend en entrée l’intégralité des tables générées par DROP pour les modules OUTRIDER, FRASER et MAE qui sont ensuite filtrées par une série de critères définis de façon empirique, combinant la significativité statistique (brute ou ajustée), la sévérité des événements (fold changes extrêmes pour OUTRIDER ou variations marquées de deltaPsi pour FRASER). L’outil intègre également les informations phénotypiques de chaque individu afin de mettre en évidence des candidats compatibles avec le tableau clinique. Une analyse ciblée est également possible sur liste de gènes d’intérêt fournie par l’utilisateur. Pour augmenter la spécificité, un module applique une blacklist ciblant notamment les familles MUC, HLA et OR. Les résultats conservés sont enrichis par des annotations issues de bases de données (OMIM, PubMed, PanelApp, GTEx, gnomAD, UCSC) puis organisés automatiquement en fichiers Excel interactifs par patient, intégrant macros VBA pour faciliter la priorisation et le suivi de l’interprétation.
Résultats : Appliqué à une cohorte de 146 individus, RAINBOW s’exécute en une douzaine de minutes sur une station de travail équipée de 40 cœurs CPU et de 64 Go de RAM. Il génère pour chaque patient un fichier Excel unique structuré en onglets correspondant aux différents modules et filtres appliqués, enrichi de liens directs vers les bases de données, permettant une exploration rapide des données. Enfin, un système de cases à cocher permet à la fois d’assurer la traçabilité de l’analyse et de sélectionner les gènes candidats, afin de pouvoir les extraire et les intégrer dans le logiciel de gestion du laboratoire en vue de leur inclusion dans le compte rendu.
Conclusion : RAINBOW offre un environnement reproductible et personnalisable pour transformer les sorties brutes de DROP en résultats cliniquement exploitables. Il vise à réduire le temps nécessaire à l’interprétation et à mieux exploiter le potentiel diagnostique du RNAseq. Les prochaines étapes consisteront à évaluer systématiquement sa sensibilité, sa spécificité et son impact réel sur le rendement diagnostique.
Clarisse BATTAULT (Angers/Paris), Céline DELLA MEA, Vincent PROCACCIO, Agnès GUICHET, Estelle COLIN, Louis LEGOFF, Céline BRIS
09:59 - 10:06
#48881 - SS113 Les variations de SMC1A, SMC3 ou NIPBL responsables de syndrome de Cornelia de Lange résultent en des altérations transcriptionnelles distinctes de l’haploinsuffisance de SMC3 : une étude isogénique dans des iPSCs humaines.
SS113 Les variations de SMC1A, SMC3 ou NIPBL responsables de syndrome de Cornelia de Lange résultent en des altérations transcriptionnelles distinctes de l’haploinsuffisance de SMC3 : une étude isogénique dans des iPSCs humaines.
Introduction. Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une déficience intellectuelle syndromique causée par des variations pathogènes altérant le complexe cohésine, impliqué dans l’organisation de la chromatine et la régulation transcriptionnelle. Le CdLS est ainsi classé parmi les cohésinopathies, elles-mêmes incluses dans les transcriptomopathies. Si les effets transcriptomiques des variations de NIPBL ont été largement étudiés, ceux de SMC1A et SMC3, codant l’hétérodimère constitutif de la cohésine, restent peu caractérisés. Un mécanisme dominant négatif est suspecté pour ces variations, mais de rares patients porteurs de variations prédites perte de fonction de SMC3, présentant un phénotype neurodéveloppemental distinct du CdLS, ont également été rapportés. L’analyse transcriptomique de ces différents types de variations pourrait améliorer la compréhension de la physiopathologie du CdLS, mais aussi apporter une base moléculaire aux différences cliniques observées.
Méthodes. Trois variations faux-sens hémizygotes de SMC1A, une variation faux-sens et une indel inframe hétérozygotes de SMC3, toutes causales de CdLS, ont été introduites par CRISPR/Cas9 dans des iPSCs dérivées d’un individu sain masculin. Quatre clones porteurs de variations perte de fonction hétérozygotes de SMC3 (SMC3+/–) ont également été générés. Les niveaux d’ARNm et protéiques de SMC1A, SMC3 et d’autres sous-unités de la cohésine ont été déterminés par RNA-seq et western blot. Une signature transcriptomique a été générée pour chaque condition.
Résultats. Respectivement 125 et 308 gènes différentiellement exprimés ont été identifiés dans les clones porteurs de variations de SMC1A et SMC3 associées au CdLS (FC<0,8 ou >1,25, FDR<5%). Environ deux tiers étaient sous-exprimés, certains haploinsuffisants (pLI>0,9) et liés à des troubles neurodéveloppementaux partageant des éléments cliniques avec le CdLS. Une augmentation partagée du niveau d’ARNm STAG1, autre sous-unité de la cohésine, a été observée entre les deux signatures. Les iPSCs SMC3+/- ne présentaient presque aucun gène significativement dérégulé, malgré une réduction confirmée des niveaux d’ARNm et de protéine SMC3, cohérente avec une dégradation par NMD.
Discussion. Les signatures transcriptomiques spécifiques des variations faux-sens/inframe de SMC1A et SMC3, obtenues à partir d’un modèle isogénique mimant un stade embryonnaire précoce, impliquent des gènes dont les modifications d’expression pourraient contribuer à la physiopathologie du CdLS. Nous montrons que les variations hétérozygotes perte de fonction de SMC3, soumises au NMD, n’induisent pas de dérégulation transcriptionnelle comparable à celles retrouvées dans les cellules porteuses de variations causales du CdLS pour SMC3, SMC1A ou NIPBL. Pour cela nous émettons l’hypothèse que d’autres fonctions du complexe cohésine que celui de la régulation de l’expression génique seraient impliquées dans la perte de fonction de SMC3.
Mathilde QUIBEUF (Rouen), Anne ROVELET-LECRUX, Catherine SCHRAMM, Myriam VEZAIN, Céline DERAMBURE, Benoit BERGK-PINTO, Anne-Claire RICHARD, Pascal CHAMBON, Pascale SAUGIER-VEBER, Magalie LECOURTOIS, Gaël NICOLAS, Kévin CASSINARI
10:06 - 10:13
#49551 - SS114 Le taux de saut de l’exon 10 d’OCA2 module la pigmentation : du phototype clair à l’albinisme.
SS114 Le taux de saut de l’exon 10 d’OCA2 module la pigmentation : du phototype clair à l’albinisme.
La perte de fonction d’OCA2, un acteur clé de la pigmentation, provoque l’albinisme oculo-cutané de type 2. Chez l'homme et plusieurs autres espèces mammifères, un transcrit alternatif d’OCA2 dépourvu de l'exon 10 est exprimé à de faibles niveaux. Nous avons découvert que les niveaux de saut de l'exon 10 sont étroitement modulés par des variants bénins et pathogènes. Il en résulte une association dose-dépendante entre saut d’exon et hypopigmentation sur un spectre continu, allant de la variation physiologique de la couleur de la peau et des cheveux à l'albinisme. Notre étude identifie le SNV exonique synonyme le plus fréquent d’OCA2, rs1800404-T (c.1065G>A/pAla355=), comme un variant susceptible d'avoir un impact fonctionnel sur les niveaux de mélanogénèse dans des contextes pathologique et physiologique, en fonction de l'haplotype dans lequel il est intégré. Notamment, nos études d'association révèlent que rs1800404-T est étroitement corrélé à une pigmentation plus claire de la peau et des cheveux dans une population européenne (UK Biobank) comme cela a été observé dans d'autres populations à travers le monde. Cette étude apporte des informations nouvelles et importantes sur la modulation du saut d'exon, qui présente un intérêt général pour l'amélioration du diagnostic génétique ainsi que pour la compréhension du déterminisme génétique complexe de la pigmentation et du seuil de pathogénicité. En outre, cette étude ouvre la voie vers l'élucidation de la variabilité des phénotypes qui dépendent de la pigmentation, tels que le développement de la rétine et l'acuité visuelle qui sont altérés chez les sujets atteints d’albinisme.
https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1011801
Elina MERCIER, David-Alexandre TRÉGOUËT, Sébastien CAMPAGNE, Vincent MICHAUD, Benoît ARVEILER, Sophie JAVERZAT (BORDEAUX)
10:13 - 10:20
#49628 - SS115 ARN messagers et ARN circulaires : décryptage d’une relation loin des projecteurs.
SS115 ARN messagers et ARN circulaires : décryptage d’une relation loin des projecteurs.
Les ARN circulaires (ARNcirc) constituent une classe d’ARN peu connue, produits par rétro-épissage à partir des mêmes précurseurs que les ARN messagers (ARNm). Il est supposé qu’un équilibre physiologique entre ARNm et ARNcirc existe, pouvant être rompu par compétition entre épissage linéaire et rétro-épissage. La rupture de cet équilibre pourrait ainsi être un nouveau mécanisme qui initie ou participe au développement pathologique.
Nous avons testé cette hypothèse dans deux modèles, le cancer colorectal et le cancer du sein, à l’aide d’une technique dédiée qui permet l’analyse conjointe du couple ARNm-ARNcirc sur un panel de gènes impliqués dans les prédispositions aux cancers [1].
Dans la collection nationale DOCC de patients suspects de prédisposition au cancer colorectal mais restant sans diagnostic génétique, l’analyse de 716 échantillons sanguins comparés à 249 témoins a révélé une augmentation significative du ratio ARNcirc/ARNm global sur 23 gènes (×1,93 ; p<2×10⁻¹⁶), notamment pour POLD1 (×3,11 ; p=5,2×10⁻⁸). L’observation est particulièrement intéressante car cette augmentation est causée par l’ARNcirc POLD1 qui lie l’exon 3 à l’exon 2 et dont le caractère oncogène vient d’être démontré [2]. Nous n’avons cependant pas mis en évidence d’augmentation de cet ARNcirc dans des tissus colorectaux FFPE (34 tumeurs vs 30 normaux adjacents). En revanche, la distinction entre 21 tumeurs MSS et 13 tumeurs MSI montre une diminution des ARNcirc dans les tumeurs MSS.
Dans le cancer du sein, l’analyse de 112 tissus FFPE tumoraux et 45 normaux adjacents a montré une diminution significative du ratio ARNcirc/ARNm sur 28 gènes liés à la recombinaison homologue, suggérant une diminution des ARNcirc liée à la prolifération cellulaire. Nous avons validé cette observation en montrant l’absence d’ARNcirc dans 138 lignées lymphoblastoïdes et PBMC en culture. Afin de mieux comprendre la répartition des ARNm et ARNcirc, nous avons ensuite réalisé une analyse de transcriptomique spatiale (BaseScope) sur 10 tissus FFPE de cancers du sein triple-négatifs et révélé une localisation distincte des ARNcirc et des ARNm de BRCA1, suggérant une régulation cellule spécifique.
Nos résultats montrent aussi une abondance d’ARNcirc avec plus de 900 jonctions circulaires identifiées pour 58 gènes, abondance méconnue car ces ARN, dépourvus de queue polyA, ne sont pas capturés par les protocoles classiques. Les profils de rétro-épissage varient qualitativement et quantitativement selon les gènes et les tissus étudiés, à l’image de l’épissage alternatif pour les ARN messagers.
Au total, nous n’avons pas montré de compétition entre ARNm et ARNcirc dans les modèles étudiés, mais une relation de production messager-circulaire synergique et tissu-dépendante ainsi qu’un déséquilibre en relation avec la prolifération et les voies moléculaires impliquées (MSI vs MSS).
[1] Levacher et al., Cancers, 2023
[2] Zhao et al., Journal of Translational Medicine, 2025
Corentin LEVACHER (ROUEN), Aurélie DROUET, Sabine VAUTIER, Camille CHARBONNIER, Françoise CHARBONNIER, Edwige KASPER, Jacques MAUILLON, Nathalie PARODI, Florent MARGUET, Marick LAÉ, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Philippe RUMINY, Claude HOUDAYER
10:20 - 10:30
Questions / Table Ronde.
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09:00-10:30
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WS2
WORKSHOP DPN
L’incertitude en DPN
WORKSHOP DPN
L’incertitude en DPN
Le diagnostic prénatal (DPN) a connu une avancée rapide ces dernières années, portée par l'évolution des technologies de séquençage, l'élargissement des panels d'analyse et la diffusion des tests non invasifs. Ce progrès, bien qu'il offre des possibilités inédites de détection, introduit également une nouvelle complexité : celle de l'incertitude. Variants de signification inconnue, anomalies de découverte fortuite, phénotypes incomplets ou imprévisibles — autant de situations qui mettent à l’épreuve les médecins, les conseillers en génétique, et les familles concernées. Ce workshop vise à explorer les multiples facettes de l’incertitude en DPN : comment elle est générée, perçue, partagée et gérée dans la pratique clinique. À travers des présentations de cas, des discussions et des retours d’expérience, nous partagerons notre vécu.
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09:00-10:30
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WS4
WORKSHOP PFMG (Plan France Génomique)
Oncogénomique : parcours, PFMG, information et consentement
WORKSHOP PFMG (Plan France Génomique)
Oncogénomique : parcours, PFMG, information et consentement
Cette session aborde le bilan de la première phase du Plan France Médecine Génomique, les perspectives à venir, les enjeux liés aux données génomiques (réglementation, réutilisation, données incidentes) et la place des patients dans une approche éthique et participative.
09:00 - 10:30
Oncogénomique : parcours, PFMG, information et consentement.
09:00 - 10:30
Les enjeux de l’articulation entre génétique tumorale et constitutionnelle et parcours de soin.
Frédérique NOWAK (Coordinatrice du PFMG2025) (Conférencier, Paris)
09:00 - 10:30
Les enjeux éthiques soulevés par les parcours de génomique en oncologie - Zoom sur l'information et le consentement au sein du PFMG - Projet de recherche participatif en pédiatrie et chez l’adulte.
Sandrine DE MONTGOLFIER (Maître de conférence) (Conférencier, Marseille)
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09:00-10:30
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WS3
WORKSHOP DOME
L'analyse dont vous êtes le héros !
WORKSHOP DOME
L'analyse dont vous êtes le héros !
Analyse génétique, formats de fichiers, pièges d’alignement, filtrage malin… Saurez-vous prendre les bonnes décisions pour résoudre une enquête génomique ?
Un atelier interactif et ludique où vous êtes aux commandes d’un pipeline bioinformatique réel.
L'association DOME (Données | Omiques | Médecine de précision | Empowerment) se consacre à la promotion de la médecine de précision à travers le prisme de l'analyse de données omiques et l'intégration de l'intelligence artificielle en santé.
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09:00-10:30
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WS5
WORKSHOP OUTRE-MER
WORKSHOP OUTRE-MER
Modérateurs :
Yline CAPRI (Praticien Hospitalier) (Paris), Didier LACOMBE (PU-PH) (Bordeaux)
La pratique de la génétique clinique en territoire ultra-marin* représente un défi, à la fois en raison des spécificités démographiques, sociales et culturelles, mais aussi des particularités génétiques des populations locales. Ces territoires, souvent éloignés et caractérisés par une diversité ethnique et génétique importante, rencontrent des enjeux spécifiques dans l’accès aux soins, le diagnostic et le suivi des maladies rares. En outre, l’éloignement géographique, le faible nombre de médecins spécialistes et les contraintes logistiques compliquent la mise en œuvre des avancées récentes de la génétique médicale. Pourtant, ces particularités offrent aussi des opportunités pour mieux comprendre les maladies génétiques dans des contextes particuliers, contribuant ainsi à l'élargissement des connaissances scientifiques et à l'adaptation des soins aux réalités locales. Au cours des Assises de Génétique Humaine et Médicale 2026, le workshop « Outre-Mer » offrira l'opportunité de discuter des stratégies mises en place dans les territoires ultra-marins pour garantir à leur population un accès à la génétique.
* Départements et Régions d’Outre-Mer (DROM) : la Martinique, la Guadeloupe, la Guyane, La Réunion et Mayotte ; et Collectivités d’Outre-Mer (COM) : essentiellement la Polynésie française et la Nouvelle-Calédonie
09:00 - 10:30
ALLELFOUNDER : Une application pour la modélisation et l'analyse d'effets fondateurs responsables de pathologies génétiques dans l’Océan Indien.
Patrick MUNIER (Technicien de laboratoire CS) (Intervenant, Saint-Denis), Fanny FERROUL (Assistante-Spécialiste) (Intervenant, La Réunion)
09:00 - 10:30
Le point sur le Larsen de La Réunion (B4GALT7-linkeropathie) : aspects anténataux, néonataux et évolution sur les 3 premières années de la vie.
Jean-Luc ALESSANDRI (PH) (Intervenant, Saint-Denis (La Réunion))
09:00 - 10:30
Bilan et Perspectives du Premier Congrès des Maladies Rares en Guyane.
Mody DIOP (Généticien) (Intervenant, CAYENNE)
09:00 - 10:30
Maladies Rares NeuroDégénératives, spécificités martiniquaises - Focus sur une SLA familiale avec anticipation.
Anna-Gaëlle GIGUET-VALARD (conseiller génétique, PhD) (Intervenant, Fort-de-France)
09:00 - 10:30
Singularités de la génétique en Nouvelle-Calédonie : population, organisation, effet fondateur.
Catherine CHARLIER (Praticien hospitalier) (Intervenant, NOUMEA, Nouvelle-Calédonie)
09:00 - 10:30
Bilan et perspectives de 3 années de prescriptions génomiques Maladies Rares en Guadeloupe.
Kara RANGUIN (Chargée de Parcours Génomique) (Intervenant, GUADELOUPE)
09:00 - 10:30
Activité de cytogénétique distancielle - Solution pour palier au déficit démographique ? Organisation innovante au CHU de La Réunion.
Tristan CELSE (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Grenoble)
09:00 - 10:30
Situation de la génétique à Mayotte et circuit des prélèvements.
Anrifati HAROUNA (CONSEILLERE EN GENETIQUE) (Intervenant, MAMAOUDZOU)
09:00 - 10:30
Activités Outre-mer / AURAGEN.
Christine VINCIGUERRA (PU PH) (Intervenant, LYON)
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| 10:30 - 11:00 |
PAUSE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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11:00-12:30
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WS6
WORKSHOP NGS DIAG
Interprétation des variants : nouveautés et guide pratique à travers des cas cliniques
WORKSHOP NGS DIAG
Interprétation des variants : nouveautés et guide pratique à travers des cas cliniques
Ce workshop propose un tour d'horizon des principaux pièges dans l'interprétation des variants et de leur classification selon les recommandations NGS-Diag/ACMG/AMP. Les participants renforceront leur maîtrise des critères de classification au cours d'un atelier interactif basé sur des cas cliniques concrets. Les dernières nouveautés sur l'interprétation de variants seront également abordées pour rester à jour avec les évolutions du domaine.
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11:00-12:30
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WS7
WORKSHOP NEURO GENETIQUE SFNG
Continuum entre les pathologies neurodéveloppementales et neuroévolutives
WORKSHOP NEURO GENETIQUE SFNG
Continuum entre les pathologies neurodéveloppementales et neuroévolutives
Modérateurs :
Alexandra DURR (PUPH) (Paris), Cyril GOIZET (PU-PH) (Bordeaux)
Dans les maladies neurologiques à début tardif, les symptômes apparaissent entre 40 et 60 ans, bien que l’anomalie génétique soit présente dès la conception.
Des recherches ont clairement démontré l’existence d’altérations neurodéveloppementales précoces dans la maladie de Huntington, susceptibles de préparer le terrain à son expression tardive. À l’inverse, certaines affections du développement, avec une expression clinique dès la naissance, peuvent évoluer au fil du temps vers des pathologies neurodégénératives comme la maladie de Parkinson.
Ce workshop explorera les liens entre troubles neurodéveloppementaux et maladies neuroévolutives à début tardif : points communs, divergences, mécanismes moléculaires impliqués et manifestations cliniques.
11:00 - 11:20
Le lien moléculaire entre le neurodéveloppement et la neurodégénérescence.
Sandrine HUMBERT (Conférencier, Paris)
11:20 - 11:55
Gènes impliqués dans deux types de pathologies neurodéveloppementales et neuroévolutives.
Cyril MIGNOT (PH) (Conférencier, Paris), Gaetan LESCA (PU-PH) (Conférencier, Lyon)
11:55 - 12:30
Pathologies neurodéveloppementales devenant neuroévolutives, exemple des pathologies avec accumulation intracérébrale de fer.
Agathe ROUBERTIE (Conférencier, Montpellier), Chloé ANGELINI (Chef de clinique) (Conférencier, Bordeaux)
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11:00-12:30
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WS8
WORKSHOP BioInfoDiag
La génétique IA pas mieux!
WORKSHOP BioInfoDiag
La génétique IA pas mieux!
L'association BioInfoDiag vous propose un atelier interactif pour mieux appréhender l'IA et notamment les grands modèles de langages (LLM). BioInfoDiag vise à regrouper les différentes communautés d’utilisateurs et de développeurs d’algorithmes et de pipelines bioinformatiques pour le diagnostic et la prise en charge des pathologies humaines en lien direct ou indirect avec la génomique.
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11:00-12:30
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WS9
WORKSHOP DI Réseau : RéDDI
Génétique des Troubles du développement Intellectuel, workshop organisé par le réseau réDDI
WORKSHOP DI Réseau : RéDDI
Génétique des Troubles du développement Intellectuel, workshop organisé par le réseau réDDI
Le réseau réDDI, qui réunit des généticiens moléculaires, cytogénéticiens et cliniciens, a pour objectif de favoriser le partage de savoirs, l’échange d’expertises et la diffusion des avancées scientifiques et technologiques autour des Troubles du développement Intellectuel et autres Troubles du Neurodéveloppement. Ce workshop sera l’occasion de présenter de nouveaux gènes impliqués dans les TDI/TND, de discuter de l’impact des évolutions technologiques récentes sur le taux de diagnostic, du développement de modèles d’études cellulaires et animaux pour les TDI/TND, ainsi que de cas cliniques complexes.
11:00 - 12:30
GenIDA.
Maria Victoria HINCKELMANN (Cheffe de Projet) (Conférencier, Illkirch-Graffenstaden)
11:00 - 12:30
Retour sur les EIL NGS (Exome et Génome) par le Groupe de Pilotage EIL-DI 2025.
11:00 - 12:30
Point sur le tout premier EIl ARN.
Benjamin COGNÉ (praticien hospitalier) (Conférencier, Nantes)
11:00 - 12:30
Troubles du développement intellectuel et déficits immunitaires héréditaires (TDI & DIH).
Jérémie ROSAIN (Conférencier, Paris)
11:00 - 12:30
CIZ1 : premier gène responsable d’un TND autosomique récessif affectant exclusivement les femmes.
Thomas BESNARD (Ingénieur hospitalier) (Conférencier, Nantes)
11:00 - 12:30
Session « Mon variant en 180s ».
11:00 - 12:30
Du doute à la certitude : apport du génome dans l’interprétation d’un variant de structure complexe.
Wissal TERGUI (Interne en Génétique Médicale) (Conférencier, Tunis, Tunisie)
11:00 - 12:30
Cas d’un variant dans variant dans TUBB4A.
Anaëlle GENTAZ-MAURIN (Interne) (Conférencier, Rennes)
11:00 - 12:30
Plot twist diagnostique : l’épisignature change la donne.
Anne-Sophie LEBRE (PU-PH) (Conférencier, Reims)
11:00 - 12:30
variant GABRA1 : Quand l'étude fonctionnelle lève le doute sur un cas fœtal.
Océane COUDRIEU (Interne de Génétique médicale) (Conférencier, Clermont-Ferrand)
11:00 - 12:30
SAF, génétique… et si c’était bien plus ? Le casse-tête d’un triple diagnostic qui défie les certitudes.
Vivien CUVELIER (Interne de génétique médicale) (Conférencier, Lille)
11:00 - 12:30
TADs en morceaux, diagnostic en éclats, retour sur une anomalie complexe.
Manon FABARD (Interne) (Conférencier, Lille)
11:00 - 12:30
Taux de diagnostic du génome first.
Laurent FEYERSEN (Conférencier, Strasbourg)
11:00 - 12:30
Avancées du GT Arbre décisionnel Troubles du développement intellectuel.
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11:00-12:30
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WS10
WORKSHOP CYTOGENOMIQUE ONCOLOGIQUE
ADN circulants en cancérologie
WORKSHOP CYTOGENOMIQUE ONCOLOGIQUE
ADN circulants en cancérologie
Coordinateur :
Pascal PUJOL (PUPH) (Coordinateur, Montpellier)
11:00 - 12:30
Fragmentomique sur ADN circulant - GFCO.
Simon GARINET (Praticien Hospitalo-Universitaire) (Conférencier, Paris)
11:00 - 12:30
Nouvelles technologies appliquées à l'ADN circulant - GFCO.
Romain BOIDOT (Conférencier, DIJON)
11:00 - 12:30
Découverte de prédisposition au cancer à partir de l'ADN circulant - SFMPP.
Benoist CHIBAUDEL
11:00 - 12:30
Pratique de l'ADN circulant en génétique et découverte incidente en cancérologie - SFMPP.
Margot COMEL (Interne) (Conférencier, Montpellier)
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ATELIERS DEJEUNER SPONSORISÉS / TEMPS LIBRE POUR DEJEUNER
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12:40-13:40
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INDD13
ATELIER DEJEUNER SEQONE
Avancées analytiques et Intelligence Artificielle en génomique clinique : de la détection des variants complexes à leur classification
ATELIER DEJEUNER SEQONE
Avancées analytiques et Intelligence Artificielle en génomique clinique : de la détection des variants complexes à leur classification
12:40 - 13:40
Optimisation des pipelines pour la détection, l'interprétation et la visualisation de variants avec Germvar et Diag AI.
Marie MILLE, Jiri RUZICKA (Data Scientist) (Intervenant, -)
12:40 - 13:40
Optimiser l’analyse d’exomes en routine clinique: retour d’expérience sur l’intégration de SeqOne à l’Hôpital Robert-Debré.
Céline DUPONT (Praticien Hospitalier) (Intervenant, PARIS)
12:40 - 13:40
Place de l’IA dans le médical.
Kévin YAUY (MCU-PH) (Intervenant, Montpellier)
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12:40-13:40
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INDF13
ATELIER DEJEUNER BIOMARIN
Diagnostic anténatal d’une maladie rare : regards croisés autour de l’achondroplasie
ATELIER DEJEUNER BIOMARIN
Diagnostic anténatal d’une maladie rare : regards croisés autour de l’achondroplasie
Modérateur :
Valerie CORMIER DAIRE (MEDECIN) (PARIS)
12:40 - 13:40
L’achondroplasie en 2026.
Valerie CORMIER DAIRE (MEDECIN) (Intervenant, PARIS)
12:40 - 13:40
Diagnostic anténatal : point de vue du gynéco-obstétricien.
Florent FUCHS (Intervenant, Montpellier)
12:40 - 13:40
Binôme ‘conseiller en génétique et généticien’ dans l’accompagnement du diagnostic prénatal.
Roxana BORGHESE (conseillère en génétique) (Intervenant, paris)
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12:40-13:40
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INDG13
ATELIER DEJEUNER SANOFI
Eclairage sur les bonnes pratiques pour réduire l’errance diagnostique : Le rôle central du généticien
ATELIER DEJEUNER SANOFI
Eclairage sur les bonnes pratiques pour réduire l’errance diagnostique : Le rôle central du généticien
Modérateur :
Karine NGUYEN (MCU-PH génétique médicale) (MARSEILLE)
12:40 - 13:40
Introduction - Généralités sur les bonnes pratiques : Enquête familiale, néphrogénétique.
Karine NGUYEN (MCU-PH génétique médicale) (Intervenant, MARSEILLE)
12:40 - 13:40
Retours d’expérience sur une approche pluridisciplinaire en consultation spécialisée, exemple de la cardiologie - Le rôle du généticien.
Caroline ROORYCK-THAMBO (PU-PH) (Intervenant, Bordeaux)
12:40 - 13:40
Interprétation des variants génétiques à l’heure du séquençage haut débit: progrès et enjeux.
Dominique GERMAIN (PU-PH) (Intervenant, Paris)
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| 13:45 |
13:45-14:15
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A14
Discours d'ouverture.
Discours d'ouverture.
Conférenciers :
Jeanick BRISSWALTER (Président d'Université Côte d'Azur) (Conférencier, Nice), Jacques GAUTHIER (Conférencier, Cannes), Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (PU-PH) (Conférencier, Nice), Damien SANLAVILLE (PUPH) (Conférencier, LYON)
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14:15-16:15
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A15
CONFERENCE PLENIERE 1
Les mitochondries en santé et pathologie humaine
CONFERENCE PLENIERE 1
Les mitochondries en santé et pathologie humaine
Modérateurs :
Sylvie BANNWARTH (PU-PH) (NICE), Benoit FUNALOT (Chef de Service) (Créteil)
14:15 - 14:45
Pesticides SDHi : des perturbateurs mitochondriaux à potentiel cancérigène.
Sylvie BORTOLI (Conférencier, Paris)
14:45 - 15:15
Voies dérégulées dans l'ataxie de Friedreich : neuroinflammation dans la progression de la maladie et ciblage thérapeutique.
Hélène PUCCIO (Research Director Inserm) (Conférencier, Illkirch)
15:15 - 15:45
Pathologies liées à CHCHD10 : du gène au traitement.
Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (PU-PH) (Conférencier, Nice)
15:45 - 16:15
Brain organoid models of mitochondrial and neurological disorders.
Alessandro PRIGGIONE (Conférencier, Düsseldorf, Allemagne)
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| 16:15 - 17:00 |
PAUSE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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| 17:00 |
17:00-18:30
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A17
Sessions simultanées 01
Genetique tumorale
Sessions simultanées 01
Genetique tumorale
Modérateurs :
Cornel POPOVICI (Marseille), Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (VILLEJUIF)
17:00 - 17:15
#49095 - SS001 Diagnostic des tumeurs rares : quand le séquençage long fait court.
SS001 Diagnostic des tumeurs rares : quand le séquençage long fait court.
Introduction : Les récents progrès des technologies de séquençage ont considérablement affiné la caractérisation des tumeurs en permettant une analyse détaillée des altérations génétiques, des profils transcriptomiques, ainsi que l’analyse de la méthylation de l’ADN. Combinées aux données pathologiques, ces informations moléculaires sont devenues essentielles pour une classification précise des tumeurs au diagnostic, offrant ainsi une meilleure évaluation pronostique et la mise en œuvre de stratégies thérapeutiques plus adaptées. Actuellement, l’obtention de ce panorama moléculaire complet nécessite le recours à plusieurs techniques, ce qui entraîne souvent des délais prolongés et des coûts élevés. Un enjeu majeur réside donc dans le développement d’une méthode intégrée capable de détecter simultanément les variations du nombre de copies, les réarrangements structuraux et d’établir une classification fondée sur le profil tumoral de méthylation, le tout de manière rapide et efficace.
Matériel et Méthodes : Dans cette étude, nous avons appliqué le séquençage long reads Nanopore, couplé à un enrichissement par adaptive sampling, à une série de 20 tumeurs rare pédiatriques et de l’adulte, préalablement caractérisées par des panels conventionnels short reads et par séquençage ARN. La cohorte était composée de neuf tumeurs cérébrales, une tumeur rhabdoïde et dix sarcomes. Les régions enrichies comprenaient une liste de gènes impliqués dans des fusions d’intérêt et remaniements de structures dans ces entités tumorales. Les reads rejetés de l’adaptive sampling, d’une taille moyenne de 400pb, ont permis de construire le profil de nombre de copies génomique ainsi que d’analyser la méthylation des CpG à l’échelle du génome entier.
Résultats : Notre approche a permis de détecter avec succès l’ensemble des variants structuraux cliniquement pertinents et classants. Certains variants de structures, tels que les duplications internes en tandem, parfois difficiles à identifier avec les techniques short reads classiques, ont été facilement détectés par séquençage Nanopore. Ce résultat souligne là encore l’intérêt du séquençage long read pour l’identification précise de points de cassures introniques, ainsi que pour la caractérisation fine des remaniements de grande taille. De plus, nous avons généré, à partir du même échantillon d’ADN, des profils génomiques de variations du nombre de copies et des données de méthylation de haute qualité, permettant une classification moléculaire intégrée.
Discussion : Ces résultats démontrent la forte concordance de cette méthode unifiée avec les approches standards et soulignent l’intérêt du séquençage Nanopore en tant qu’outil puissant et rapide pour une caractérisation complète des tumeurs. Ne nécessitant qu’un seul échantillon et offrant un traitement technique accéléré, cette approche s’inscrit pleinement dans l’objectif clinique d’optimiser les délais diagnostiques et d’améliorer la prise en charge des patients.
Elisa LEMAITRE (Paris), Mathilde FILSER, Kevin MERCHADOU, Christine BOURNEIX, Samantha ANTONIO, Guillaume CHOTARD, Franck AH-PINE, Yves REGUERRE, Mathilde BONNOT, Homa ADLE-BIASSETTE, Arnault TAUZIEDE-ESPARIAT, Pascale VARLET, Sophie EL ZEIN, Joanna CYRTA, Dan Christian CHIFOREANU, Francisco LLAMAS-GUTIERREZ, Kevin BECCARIA, Thomas BLAUWBLOMME, Karima MOKHTARI, Ahmed IDBAIH, Daniel ORBACH, Delphine GUILLEMOT, Gaelle PIERRON, Victor RENAULT, Djihad HADJADJ, Eric PASMANT, Francois DOZ, Franck BOURDEAUT, Olivier DELATTRE, Julien MASLIAH-PLANCHON
17:15 - 17:30
#49275 - SS002 Reset-mpnst : reprogrammation épigénétique et structuration des épigénomes dans la tumorigenèse des tumeurs malignes des gaines des nerfs.
SS002 Reset-mpnst : reprogrammation épigénétique et structuration des épigénomes dans la tumorigenèse des tumeurs malignes des gaines des nerfs.
L’altération de l’identité cellulaire est une caractéristique commune à de nombreux cancers. Son rôle précis dans la tumorigenèse reste toutefois mal compris. Les tumeurs malignes des gaines des nerfs périphériques (MPNST) constituent un modèle pertinent pour étudier la contribution de ces altérations dans la progression tumorale. Le développement de ces sarcomes rares implique le plus souvent la perte des deux allèles du gène NF1 (neurofibromine 1) au sein des cellules de Schwann tumorales. NF1 est un gène suppresseur de tumeurs codant un régulateur négatif de la voie RAS-MAPK. La perte séquentielle d’autres gènes clés a également été identifiée, notamment SUZ12 et EED qui codent des sous-unités du complexe PRC2 (polycomb repressive complex 2). Le PRC2 permet le maintien de la répression transcriptionnelle lors du développement et de la différenciation cellulaire, via la triméthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27me3). Il a été montré que la perte de H3K27me3 dans les MPNST est un biomarqueur clinique de la perte de fonction de PRC2, et qu’elle constitue également un marqueur de mauvais pronostic. De plus, des travaux récents ont mis en évidence dans les MPNST, une corrélation entre la perte du PRC2 et l’expression de gènes marqueurs des cellules de la crête neurale, les cellules progénitrices des cellules de Schwann.
Dans le projet RESET, nous cherchons à comprendre l’impact fonctionnel de la perte du PRC2 sur les changements d’identité des cellules tumorales. Pour cela, nous avons utilisé une lignée immortalisée de cellules de Schwann humaines NF1-/- et induit un KO du PRC2, via la technologie CRISPR-Cas9.
Nos analyses transcriptomiques (RNA-seq et RT-qPCR) montrent que la perte de PRC2 induit l’expression de gènes associés aux processus de développement, en particulier des marqueurs précoces de la différenciation des cellules de la crête neurale. À l’échelle de l’épigénome (méthylation de l’ADN, ChIP-seq et HiChIP), nous observons un remodelage global du paysage chromatinien, avec des modifications des marques d’histones activatrices (H3K27ac, H3K4me1 et H3K4me3) et une augmentation du nombre de boucles d’interactions dans le génome. Nous mettons notamment en évidence un nouveau mécanisme impliquant des interactions promoteur–enhancer pouvant expliquer la surexpression de gènes marqueurs de la crête neurale.
Ainsi, nous confirmons que les pertes de fonctions combinées du régulateur épigénétique PRC2 et du gène suppresseur de tumeur NF1 induisent une reprogrammation épigénomique, conduisant à un processus de dédifférenciation des cellules de Schwann vers un état de cellules de la crête neurale.
Alix MARTIN, Eric PASMANT (PARIS), Djihad HADJADJ
17:30 - 17:45
#49542 - SS003 Classification histo-moléculaire des tumeurs cérébrales : résultats de l’analyse de l’ADNg tumoral de 70 tumeurs avec un panel de séquençage de nouvelle génération dédié.
SS003 Classification histo-moléculaire des tumeurs cérébrales : résultats de l’analyse de l’ADNg tumoral de 70 tumeurs avec un panel de séquençage de nouvelle génération dédié.
L’identification de biomarqueurs spécifiques des tumeurs cérébrales permet, en complément des critères histopathologiques, un diagnostic précis. Ainsi, pour les gliomes infiltrants de l’adulte, la classification OMS 2021 identifie 3 sous-types histomoléculaires et 3 grades d’agressivité : les astrocytomes grade OMS 2 à 4 (IDH1/IDH2 mutés), les oligodendrogliomes grade OMS 2 et 3 (IDH1/IDH2 mutés et co-délété 1p/19q) et les glioblastomes grade OMS 4 (pTERT muté et/ou EGFR amplifié et/ou gain du chromosome 7 associé à une perte du chromosome 10).
Dans notre étude, l’ADNg tumoral extrait de 70 tumeurs cérébrales FFPE a été analysé par NGS avec un panel dédié VariantPlex™ Archer™ permettant la détection de SNV, de small indels et de CNV au niveau de biomarqueurs d’intérêt incluant les gènes IDH1, IDH2, TERT, Histones H3, ATRX, TP53, BRAF, CDKN2A, CDKN2B, EGFR, MYC, MYCN. Pour 16 tumeurs, une recherche d’isoforme oncogénique et de transcrits de fusion avec un panel FusionPlex® Lung Archer™ a également été réalisé. 50 tumeurs correspondaient à un diagnostic histologique initial de gliome : 15 astrocytomes (grade OMS 2 (n=8), 3 (n=4) et 4 (n=3)), 4 oligodendrogliomes (grade OMS 2 (n=3) et 3 (n=1)), 11 glioblastomes, 12 gliomes d’interprétation difficile ou de différenciation ambigüe, 1 gliome des voies optiques, 1 gliome infiltrant de haut grade de type pédiatrique, 3 astrocytomes pilocytiques et 3 xanthoastrocytomes pléomorphes. Les autres types tumoraux étaient : 1 gangliogliome, 5 méningiomes, 3 tumeurs épendymaires, 1 tumeur pinéale et 1 neurofibrome diffus. Pour les 9 dernières lésions étudiées, le caractère tumoral était difficile à établir. Les séquençages ont été réalisés sur des systèmes MiSeq Illumina et les résultats ont été analysés avec la suite Archer™ Analysis Version 7.3.2.
Le profil moléculaire identifié pour 39 tumeurs était concordant avec l’histologie. Pour 16 tumeurs d’interprétation difficile (fragments de petites tailles) ou ambigüe, l’identification d’anomalies moléculaires pathognomoniques a permis un diagnostic.
De plus, les résultats moléculaires ont contribué à la reclassification de 6 tumeurs. A titre d’exemple, une petite lésion pour laquelle les aspects morphologiques et immunohistochimiques étaient en faveur d’une tumeur bénigne de type astrocytome pilocytique a finalement été classée en tumeur neuroépithéliale NOS au regard de la détection d’un transcrit de fusion FGFR3 :: TACC3 généralement associé à des gliomes infiltrants de haut grade.
Enfin un haut grade moléculaire (OMS 3 et 4) a finalement été conclu pour 9 tumeurs morphologiquement de bas grade suite à l’identification d’un variant pathogène du gène TERT ou d’une délétion des gènes CDKN2A / CDKN2B.
Notre approche NGS dédié permet un typage moléculaire précis aujourd’hui indispensable pour la classification OMS 2021 des tumeurs cérébrales. Les biomarqueurs identifiés permettent de prédire le pronostic et d’adapter la prise en charge thérapeutique.
Aude LAMY (Rouen), France BLANCHARD, Adrien DECEUNINCK, Louison LEBLOND, Jean-Christophe SABOURIN, Florent MARGUET
17:45 - 17:52
#49624 - SS004.1 BRCA1 et RAD51C : de la méthylation tumorale à la méthylation constitutionnelle dans le cancer de l’ovaire.
SS004.1 BRCA1 et RAD51C : de la méthylation tumorale à la méthylation constitutionnelle dans le cancer de l’ovaire.
La méthylation tumorale des gènes impliqués dans la recombinaison homologue, notamment BRCA1 ou RAD51C, est une altération épigénétique retrouvée dans certains cancers de l’ovaire présentant une signature HRD (Homologous Recombination Deficient), marqueur théranostique essentiel en cas d’atteinte ovarienne. La méthylation constitutionnelle de ces gènes, potentiellement impliquée dans la prédisposition au cancer, reste peu explorée en pratique clinique. Ce projet vise à évaluer la fréquence des méthylations constitutionnelles chez des patientes présentant une méthylation tumorale ovarienne de BRCA1 ou RAD51C.
Entre janvier 2024 et juin 2025, les patientes de l’Institut Curie atteintes d’un carcinome séreux de haut grade avec une signature tumorale HRD et sans variant pathogène (VP) des gènes BRCA1 ou 2 ont bénéficié d’une étude de méthylation de BRCA1 et RAD51C. Lorsqu’une méthylation était présente, elle a été recherchée en constitutionnel, lorsqu’un prélèvement était disponible. Les données cliniques, histologiques et la réponse au traitement ont été extraites des dossiers médicaux.
Parmi les tumeurs de 290 patientes ayant eu une analyse de la HRD et des gènes BRCA1/2, 117 présentaient une signature HRD (40%) : 53 (45%) avec un VP ou probablement pathogène de BRCA1 ou BRCA2. Les 64 tumeurs HRD sans VP de BRCA1 et BRCA2 ont eu une analyse de la méthylation tumorale du promoteur de BRCA1 et RAD51C. Sur ces 64, 37 tumeurs présentaient une méthylation de BRCA1 (n=32) ou de RAD51C (n=5). Une recherche de méthylation constitutionnelle a été réalisée pour 26 d’entre elles : 17 présentaient une méthylation constitutionnelle de BRCA1 et aucune de RAD51C.
Au total, nous avons identifié 17 patientes avec une méthylation constitutionnelle de BRCA1. Il s’agit pour toutes d’une méthylation constitutionnelle en mosaïque à faible taux (<10%).
L’âge médian des femmes porteuses d’une méthylation constitutionnelle BRCA1 était de 54 ans (35 ans – 76 ans). En comparaison, l’âge médian au diagnostic des cancers de l’ovaire en population générale est de 70 ans.
Quatre patientes, parmi les 37 dont la tumeur est méthylée, ont un antécédent de cancer du sein (2 tumeurs triple-négatifs, 2 RH+). Deux d’entre elles ont une méthylation constitutionnelle de BRCA1 et leur cancer du sein (1 TN et 1 RH+) est HRD, comme leur cancer de l’ovaire.
La méthylation constitutionnelle de BRCA1 en mosaïque a déjà été décrite comme associée à un surrisque modéré de cancer du sein, en particulier triple négatif, et de cancer de l’ovaire. Nous confirmons cette association en décrivant en âge au diagnostic du cancer de l’ovaire plus jeune chez ces patientes et une association à des cancers du sein.
Ces données préliminaires soulignent l’intérêt d’intégrer la recherche de méthylation tumorale puis constitutionnelle de BRCA1 en routine diagnostique. L’utilisation de ces informations pour la prise en charge thérapeutique, la surveillance et le conseil génétique sont encore à préciser.
Victoire MONTECALVO (paris), Samia MELAABI, Elsa HUA, Olfa TRABELSI GRATI, Marie-Charlotte VILLY, Celine CALLENS, Ivan BIECHE, Dominique STOPPA-LYONNET, Eric PASMANT, Chrystelle COLAS
17:52 - 17:59
#49769 - SS004.2 Altérations et méthylation du gène RAD51C : un des trois gènes clefs du déficit en recombinaison homologue (HRD) dans le cancer de l'ovaire.
SS004.2 Altérations et méthylation du gène RAD51C : un des trois gènes clefs du déficit en recombinaison homologue (HRD) dans le cancer de l'ovaire.
Introduction
Le cancer séreux de l’ovaire de haut grade (HGSOC) est fréquemment associé à un déficit en recombinaison homologue (HRD), biomarqueur prédictif majeur de la sensibilité aux inhibiteurs de PARP (PARPi). Le calcul du score HRD est limité lorsque la cellularité tumorale est inférieur à 20 %. Nous avons montré que la méthylation du promoteur de BRCA1 constitue un indicateur robuste du statut HRD, même dans des échantillons pauvres en cellules tumorales (Blanc-Durand F et al. Cancer. Clin Cancer Res. 2023 Aug 15;29(16):3124-3129). Nous avons également exploré la méthylation du promoteur du gène RAD51C, un autre gène crucial de la voie de la recombinaison homologue. La recherche du statut de la méthylation des promoteurs des gènes de l'HR pourrait mieux expliquer ou prédire l’HRD et permettre une stratification plus précise des patients, en particulier dans les cas où le contenu tumoral est limité. L’étiologie du statut HRD est donc définie à la fois par les variants délétères dans les gènes majeurs de l’HRD et par les méthylations de leur promoteurs.
Matériels et méthodes
Un total de 671 échantillons (tissus FFPE et ascites) de cancers de l’ovaire et de l’endomètre a été analysé. Le séquençage ciblé (SureSelect XT HS2, GIScar, panel interne) a permis l’identification des variants via le pipeline Grio-Dx v3.0. Le score d’instabilité génomique (GIS) a été calculé avec GIScar (Centre François Baclesse) ou sWGS (Sophia Genetics). La méthylation des promoteurs des gènes BRCA1 et RAD51C a été évaluée par ddPCR après conversion au bisulfite (EpiTect Bisulfite Kits, QIAGEN, Stilla Technologies).
Résultats
Sur l’ensemble des 671 échantillons analysés, 43,2 % (290/671) présentaient un profil HRD.
Parmi ces échantillons HRD : 46,6 % (135/290) sont associés à un variant génétique délétère des gènes BRCA1/BRCA2 ; 1,0 % (3/290) PALB2 ; 0,3 % (1/290) RAD51D ; 1,7 % (5/290) RAD51C. Parmi les 146 cas HRD sans variant génétique délétère, la méthylation du promoteur du gène BRCA1 a pu être analysée dans 108 échantillons, révélant une méthylation dans 60,2 % des cas (65/108).
Dans les échantillons HRD et non altérés sur BRCA1/2 (43 échantillons), la méthylation de RAD51C a été étudiée dans 28 cas et détectée dans 25 % (7/28).
En extrapolant, les anomalies de RAD51C (mutations + méthylations) représentent 6,6 % des cas HRD, ce qui place ce gène en troisième position après BRCA1 et BRCA2. Néanmoins, 15,2 % des profils HRD restent inexpliqués, incluant 4,8 % de VUS dans BRCA1/2.
En conclusion
Les altérations du gène RAD51C (mutations et méthylation) constituent un biomarqueur significatif du statut HRD et doivent être systématiquement recherchées sur les tumeurs HRD BRCA1/2 sauvage. Leur intégration en routine diagnostique permet d’affiner la stratification moléculaire et d’optimiser l’accès aux PARPi dans le cancer de l’ovaire.
Roseline TANG, Voryak SUYBENG, Olfa TRABELSI GRATI (Paris), Céline Sengul KARA, Cassandre FRANÇOIS, Monali TAILOR, Emine SIMSEK, Hela SASSI, Yahia ADNANI, Victor GONDRAN-TEILLER, Ludovic LACROIX, Félix BLANC-DURAND, Alexandra LEARY, Etienne ROULEAU
17:59 - 18:14
#49887 - SS005 Apport du Séquençage d’Exome Tumoral dans les phénotypes extrêmes de cancers : résultats complémentaires de l’étude EX²TRICAN.
SS005 Apport du Séquençage d’Exome Tumoral dans les phénotypes extrêmes de cancers : résultats complémentaires de l’étude EX²TRICAN.
Contexte
Les phénotypes extrêmes en cancer (PEC) [(1) survenue précoce et isolée, aggrégation (2) individuelle ou (3) familiale de multiples cancers] avec analyses par panels de gènes soient négatives sont très évocateurs d’une cause héréditaire méconnue. L’étude EX²TRICAN, basée sur le séquençage d’exome constitutionnel (GES) chez des patients avec PEC, a pour objectif principal d’identifier de nouvelles prédispositions. Nous avons réalisé le séquençage d’exome tumoral (TES) afin de contribuer à élucider ces phénotypes extrêmes.
Matériel et méthodes
Un couplage TES + GES a été réalisé pour 28% des tumeurs des 97 patients inclus dans EX²TRICAN (n = 27). Les SNV, CNV, et les biomarqueurs génomiques ont été analysés (instabilité génomique (GIS), charge mutationnelle (TMB), perte d’hétérozygotie (LOH) ou signatures mutationnelles (SBS) par exemple.).
Résultats
Parmi les 27 tumeurs analysées (de 15 types tumoraux), trois groupes ont été définis :
I : mutations drivers somatiques canoniques suffisantes pour affirmer le caractère sporadique (n = 10, 37%),
II : mutations drivers somatiques insuffisantes (n = 7, 26%),
III: Absence de driver somatique identifié (n = 10, 37%).
Les patients du groupe 1, étaient déjà évocateurs d’une atteinte sporadique, car n’étaient représentés que par des cas isolés précoces, majoritairement porteurs de tumeurs ovariennes et colorectales. A titre d’exemple, deux cancers colorectaux diagnostiqués chez deux jeunes patientes-index (31 et 35 ans), se sont révélés d’origine sporadique, avec des mutations somatiques dans POLE et POLD1 respectivement, et associées à une signature SBS10 caractéristique. Les tumeurs des patients du groupe 2 présentaient le plus souvent une unique mutation driver (généralement du gène TP53).
Discussion
D’après les données de la littérature, plus d’un millier de gènes drivers du cancer ont été identifiés. Néanmoins, le nombre de variations drivers canoniques (i.e nécessaires et suffisantes) par tumeur, généralement estimé entre 1 et 4, est incertain, et surtout variable selon le type tumoral. Nos résultats suggèrent que l’analyse des anomalies somatiques pourrait aider à distinguer les cancers sporadiques des formes à risque héréditaire.
Conclusion
Parmi les 27 tumeurs analysées chez des patients de phénotype extrême de cancer, 37% ont pu être considérées sporadiques grâce à l’analyse du TES. Couplé au GES, le TES peut permettre de confirmer la pathogénicité de variants, somatiques ou constitutionnels, grâce à des signatures spécifiques (TMB, SBS, GIS) et/ou à l’identification d’un second hit tumoral. Cette approche contribue directement au conseil génétique, en affinant l’évaluation du risque familial, en adaptant les indications de dépistage chez les apparentés, et en orientant le suivi personnalisé des patients. Elle plaide pour une intégration systématique du TES dans la stratégie diagnostique des phénotypes extrêmes de cancer, au croisement de l’oncogénétique et de la génétique tumorale.
Anais FOLLETET, Benoit MAZEL (Dijon), Vincent GOUSSOT, Valentin DERANGÈRE, Anthony COMTE, Romain BOIDOT, Laurence FAIVRE, Sophie NAMBOT, Juliette ALBUISSON
18:14 - 18:29
#49970 - SS006 Les profils de méthylation de l’ADN révèlent des entités pertinentes pour la classification diagnostique des sous-types de sarcome.
SS006 Les profils de méthylation de l’ADN révèlent des entités pertinentes pour la classification diagnostique des sous-types de sarcome.
En raison de leur importante hétérogénéité et de morphologies parfois chevauchantes, les sarcomes constituent un type de cancers pour lequel les approches moléculaires jouent un rôle central en complément de l’anatomopathologie. Outre la recherche de mutations, de variations du nombre de copies (CNV, copy number variation) ou de transcrits de fusion parfois pathognomoniques, l’étude des profils de méthylation de l’ADN représente un outil prometteur d’aide au diagnostic.
Nous montrons ici l’intérêt d’agréger des données de méthylation de l’ADN issues de plusieurs études afin de construire un classifier robuste. À partir de ces données publiques, nous avons identifié des profils différentiels spécifiques d’hyper- et d’hypo-méthylation de groupes de CpG selon les sous-types de sarcomes, reflétant potentiellement des mécanismes distincts de tumorigenèse.
Sur la base de ces profils de méthylation, nous proposons un score de corrélation diagnostique et un modèle prédictif combinant deux classifiers complémentaires, RandomForest et k-nearest neighbors.
Par une approche en puce de méthylation (EPICv2, Illumina), nous avons ensuite appliqué cette approche à une cohorte de validation de vie réelle, composée de tumeurs à morphologies évocatrices de tumeurs malignes des gaines nerveuses périphériques (MPNST, Malignant Peripheral Nerve Sheath Tumors), sarcomes rares au diagnostic différentiel complexe. Deux tumeurs ont ainsi été reclassées en sarcome synovial et en dermatofibrosarcome protubérant (DFSP) grâce à ce score prédictif.
Enfin, par séquençage long-read (ONT, Oxford Nanopore Technologies), nous avons également généré des données de méthylation directement intégrables au classifier et simultanément détecté des translocations spécifiques grâce à l’enrichissement adaptatif en temps réel (adaptive sequencing), offrant ainsi une analyse multimodale.
L’intégration des informations morphologiques et moléculaires, incluant la méthylation de l’ADN, pourrait ainsi améliorer le diagnostic et affiner la compréhension de la biologie des sarcomes.
Baya DJADOUN, Pierre SOHIER, Eleonore FROUIN, Antoine QUONIAM-BARRÉ, Albain CHANSAVANG, Ingrid LAURENDEAU, Aurélie TOUSSAINT, Abderaouf HAMZA, Mathilde FILSER, Julien MASLIAH-PLANCHON, Camille TLEMSANI, Frédérique LAROUSSERIE, Victor RENAULT, Eric PASMANT, Djihad HADJADJ (Paris)
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17:00-18:30
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B17
Sessions simultanées 02
Syndromes malformatifs
Sessions simultanées 02
Syndromes malformatifs
Modérateurs :
Jeanne AMIEL (PU-PH) (PARIS), Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI (Praticien Hospitalier) (Nice)
17:00 - 17:15
#49217 - SS007 Evolution des parcours diagnostiques dans les maladies du développement : dix ans d’expérience issus de l’observatoire du diagnostic du réseau anddi-rares (2012–2022).
SS007 Evolution des parcours diagnostiques dans les maladies du développement : dix ans d’expérience issus de l’observatoire du diagnostic du réseau anddi-rares (2012–2022).
Contexte : Dans le cadre du 3ᵉ Plan National Maladies Rares, la filière AnDDI-Rares a initié, dans le cadre de son Observatoire du Diagnostic, une étude nationale visant à évaluer l’évolution des pratiques diagnostiques des anomalies du développement au cours de la dernière décennie (2012–2022). Cette période correspond à la mise en œuvre progressive du séquençage haut débit (SHD) et notamment du séquençage du génome (GS) dans le parcours de soins, via le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). L’objectif de l’étude était de mesurer l’impact réel de ces innovations sur le rendement diagnostique et les délais au sein du système de santé français.
Méthodes : Cette étude a analysé les taux de diagnostic dans 35 CRMR/CCMR français dédiés aux « Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs », en comparant une semaine tirée au sort en 2012 et en 2022. Les critères secondaires incluaient les délais diagnostiques, les attentes des patients via un questionnaire dédié, les technologies utilisées et l’efficacité du GS.
Résultats : Le nombre de patients recensés avec anomalies du développement ayant consulté sur la semaine tirée au sort était de 303 en 2012 et de 350 en 2022, soit une augmentation de 15,5 % en dix ans. On observe une diminution significative de la part des malformatives congénitales au profit des troubles du neurodéveloppement dans les motifs de consultations. Le rendement diagnostique global a significativement augmenté, passant de 16 % en 2012 à 27 % en 2022 (p < 0,001). Les techniques de SHD pangénomiques (exome et génome), disponibles en 2022 en 1ere intention dans la démarche diagnostique, ont été prescrites en première intention dans seulement 23 % des cas, et dans 52 % des cas en seconde ligne. Une forte variabilité inter-centres a été observée, liée notamment au maintien de panels ciblés, à l’organisation locale des circuits et à des délais hétérogènes. Au total, 189 patients et familles sans diagnostic ont complété des questionnaires portant sur les attentes diagnostiques, révélant l’évolution des besoins et des attitudes au fil du temps. Les résultats soulignent également que l’errance diagnostique persistante continue d’impacter la planification de vie familiale et le bien-être psychosocial des patients et de leurs proches. Cependant pour les patients de 2012 sans diagnostic, environ un sur deux n’a pas pu être contacté ou n’a pas donné de réponse, et un environ un sur quatre recontacté n’a pas souhaité reprendre des investigations.
Conclusion : Ces résultats mettent en évidence les progrès des pratiques diagnostiques et le rôle central du SHD, soutenu par le PFMG2025. Toutefois, des difficultés persistent, liées à l’appropriation limitée des reprises d’investigations, ainsi qu’à des freins organisationnels tels que les disparités d’accès, les pertes de suivi et les contraintes structurelles.
Julien MARAVAL (Dijon), Céline DAMPFHOFFER, Antoine JOURNÉ, Céline POITEVIN, Marie-Laure HUMBERT ASENSIO, Niki SABOUR, Anne-Sophie BRIFFAUT, Didier LACOMBE, Marta SPODENKIEWICZ, David GENEVIEVE, Olivier PATAT, Philippe KHAU VAN KIEN, Laëtitia LAMBERT, Mathilde RENAUD, Hortense THOMAS, Céline POIRSIER, Elise SCHAEFER, Juliette PIARD, Yline CAPRI, Rodolphe DARD, Sandra WHALEN, Andrée DELAHAYE-DURIEZ, Marilyn LACKMY-PORT-LIS, Sylvie ODENT, Annick TOUTAIN, Bertrand ISIDOR, Dominique BONNEAU, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Radka STOEVA, Florence DEMURGER, Odile BOUTE, Pierre LECOMTE, Florence JOBIC, Bénédicte DEEMER, Anne-Marie GUERROT, Aline VINCENT-DEVULDER, Pauline MONIN, Sabine SIGAUDY, Isabelle MAREY, Christine FRANCANNET, Renaud TOURAINE, Maude GRELET, Gwenaël LE GUYADER, Mathieu EGLOFF, Frédéric BILAN, Jeanne AMIEL, Caroline RACINE, Christine VINCIGUERA, Pierre BLANC, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurent DEMOUGEOT, Aurore PELISSIER, Anddi-Rares Diagnosis Observatory Network THE, Estelle COLIN, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE
17:15 - 17:30
#49236 - SS008 Nanismes microcéphaliques primordiaux : vers une nouvelle classification.
SS008 Nanismes microcéphaliques primordiaux : vers une nouvelle classification.
Chez les mammifères, la taille des organismes est directement corrélée au nombre de cellules qui les constituent, et leur croissance résulte donc d’un équilibre positif entre prolifération et mort cellulaire. Logiquement, des variants pathogènes dans les gènes codant des protéines directement ou indirectement impliquées dans le cycle cellulaire sont responsables de maladies mendéliennes rares dues à une « hypocellularité », allant des microcéphalies primitives (MCPH) aux nanismes microcéphaliques primordiaux (MPD). Les MPD se caractérisent par un retard sévère de croissance pré- et post-natal, associé à une microcéphalie congénitale, généralement accompagnée d’anomalies neurodéveloppementales, mais il n’existe actuellement pas de définition consensuelle. Depuis la description des entités classiques (syndromes de Seckel, Taybi-Linder, Majewski et Meier-Gorlin), et l’identification des gènes responsables de ces pathologies, le développement du NGS à visée diagnostique a permis la découverte de nombreux nouveaux gènes associés aux MPD, montrant souvent un continuum phénotypique entre MPD et MCPH.
Afin de rendre compte de l’état actuel des connaissances d'un point de vue clinique et moléculaire, nous avons conduit une revue de la littérature intégrant l’ensemble des syndromes pouvant se manifester par un MPD, que nous choisissons de définir par la réunion des trois critères suivants : (1) RCIU harmonieux (taille et périmètre crânien <–2 DS à la naissance) ; (2) Microcéphalie et retard statural sévère dans la période postnatale (taille et périmètre crânien final <–4 DS) ; (3) L'hypothèse physiologique prépondérante d'une hypocellularité en cause des troubles de croissance et de la microcéphalie.
Nous nous sommes intéressés aux phénotypes associés à ces pathologies, mais aussi aux gènes impliqués, et aux hypothèses physiopathologiques. Au total, nous avons identifié 130 gènes qui peuvent être associés à un MPD selon ces critères. Ces gènes impactent principalement la biogenèse du centrosome, la dynamique du fuseau mitotique, la compaction, la réplication, ou la réparation de l’ADN, certaines voies de prolifération cellulaire, mais aussi l’épissage mineur, la traduction, et le trafic endomembranaire.
A la lumière de cette étude, nous proposons une nouvelle définition des MPD, ainsi qu’une classification basée sur leur physiopathologie et sur les interactions entre les gènes impliqués. Nous détaillons les éléments d'orientation qui permettent de distinguer ces syndromes sur le plan clinique (p.e prédisposition aux cancers, anomalies rétiniennes, épilepsie, dysplasie squelettique, anomalies cutanées, dysimmunité), et biologique (p.e patterns spécifiques au caryotype, hypersensibilité à certains agents cytotoxiques, anomalies de la mitose ou du cil primaire), représentant tout autant de biomarqueurs potentiels.
Silvestre CUINAT (Lyon), Justine GUGUIN, Alexia RABEC, Sylvie MAZOYER, Patrick EDERY, Marion DELOUS, Putoux AUDREY
17:30 - 17:45
#49269 - SS009 Apport du génome dans les malformations oculaires : bilan de cent dossiers séquencés sur Auragen.
SS009 Apport du génome dans les malformations oculaires : bilan de cent dossiers séquencés sur Auragen.
Les malformations oculaires constituent un groupe hétérogène sur les plans clinique et génétique. Malgré les progrès des analyses moléculaires, moins de la moitié des patients concernés bénéficient aujourd’hui d’un diagnostic génétique. Or, l’obtention de ce diagnostic est essentielle tant pour la prise en charge médicale que pour le conseil génétique. Le séquençage du génome (Whole Genome Sequencing, WGS) est désormais entré en routine diagnostique, en France dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. Son apport spécifique dans les malformations oculaires reste cependant encore peu documenté.
Nous avons analysé une série de 100 patients présentant des anomalies du développement oculaire par WGS au sein du laboratoire Auragen. Les patients présentaient diverses atteintes oculaires, en particulier une micro-anophtalmie, un colobome, ou une dysgénésie du segment antérieur. L’atteinte oculaire était associée à des signes systémiques, notamment un trouble du développement intellectuel, dans près de la moitié des cas. Avant l’accès au WGS, deux tiers des patients avaient déjà bénéficié d’un séquençage NGS d’un panels de gènes impliqués dans le développement oculaire, et un tiers d’une analyse par CGH-array.
Le WGS a permis d’identifier une cause chez 18 patients. De plus, un variant de signification incertaine a été retrouvé chez 9 autres patients. La majorité de ces variants n’aurait pas été détectée par les approches de panel de gènes ou par CGH-array.
Nos résultats montrent que le WGS améliore significativement le rendement diagnostique chez les patients atteints de malformations oculaires congénitales, y compris chez ceux restés sans diagnostic après exploration NGS. Ces données soutiennent donc l’intégration du WGS dans la démarche diagnostique des anomalies du développement oculaire.
Bertrand CHESNEAU (Toulouse), Timotéo COUSTEIX, Abdelhakim BOUAZZAOUI, Consortium AURAGEN, Julie PLAISANCIÉ, Nicolas CHASSAING
17:45 - 18:00
#49357 - SS010 Pseudo-obstruction intestinale chronique : les analyses génétiques et histologiques améliorent le diagnostic, l'évaluation du pronostic et les stratégies thérapeutiques.
SS010 Pseudo-obstruction intestinale chronique : les analyses génétiques et histologiques améliorent le diagnostic, l'évaluation du pronostic et les stratégies thérapeutiques.
Introduction
La pseudo-obstruction intestinale chronique (POIC) représente un défi en termes de diagnostic et de prise en charge chez les enfants et les adultes. L'apport de la génétique et de l'histologie n'a pas été étudié dans une grande cohorte de patients. Cette étude visait à évaluer si ces méthodes pouvaient fournir des informations précieuses pour la pratique clinique.
Méthode :
Les données de 130 patients atteints de POIC suivis dans le service de gastroentérologie de l'hôpital Beaujon (Clichy, France) entre le 1er janvier 2007 et le 1er décembre 2023 ont été analysées. Des tests génétiques et des analyses histologiques ont été réalisés chez 112 et 96 patients, respectivement.
Résultats :
Notre cohorte comprenait 55 hommes et 75 femmes, âgés de 19 à 74 ans. 82% des patients ont été caractérisés après l'intégration des données génétiques et histologiques, contre 58 % lorsque seule l'analyse génétique (n = 65/112) était prise en compte. Nos résultats ont permis de classer tous les patients dans six groupes avec des caractéristiques cliniques, des profils génétiques et histologiques, des réponses aux traitements et des pronostics distincts : myopathie monogénique (n = 42, 32 %) ; mitochondriopathie (n = 19, 15 %) ; myopathie non spécifique (n = 26, 20 %) ; myopathie auto-immune (n = 8, 6 %) ; neuropathie (n = 9, 7 %) ; et autres (n = 26, 20 %). Les patients du groupe myopathie monogénique ont montré une survie favorable à l'âge adulte (HR : 0,02, IC à 95 % : 0,00-0,11 ; p<0,001) et des taux d'amélioration significatifs après colectomie (OR: 12.12, 95% CI: 2.97– 90.32; p<0.001) et entérectomie (OR : 19.77, 95% CI: 3.55–504.66; p<0.001). Parmi les patients du groupe des myopathies monogéniques, les patients porteurs d'une mutation ACTG2 (n=29) ont nécessité l'introduction d'une nutrition parentérale plus précoce mais ont montré des taux de survie plus élevés que les autres patients à l'âge adulte.
Discussion :
L’identification des six groupes, en particulier du groupe des myopathies monogéniques, pourrait améliorer la prise en charge des patients atteints de POIC, conduisant à des diagnostics plus rapides et à un meilleur accès à la chirurgie et au conseil génétique pour les adultes. Notre étude souligne également la variété des mécanismes sous-jacents à la POIC et leur prévalence dans une large population d'adultes: perturbation du complexe actine-myosine, dysrythmie intestinale, dysfonctionnement mitochondrial et auto-immunité impliquant la voie JAK/STAT.
Conclusion :
Cette étude souligne l’importance de la génétique et de l'histologie devant toute suspicion de POIC car le résultat de ces analyses peuvent améliorer la prise en charge des patients.
Minh-Chau TA, Dominique CAZALS-HATEM, Billiauws LORE, Aurélien AMIOT, Dominique BERREBI, Corcos OLIVIER, Emmanuelle DUGELAY, Olivier GOULET, Florence LACAILLE, Cécile TALBOTEC, Cécile LAMBE, John RENDU, Francisca JOLY, Fabienne CHARBIT-HENRION (Paris)
18:00 - 18:15
#49431 - SS011 Circuit RAPIDE au laboratoire AURAGEN pour le séquençage génomique urgent dans les maladies rares pédiatriques : organisation, performances et perspectives.
SS011 Circuit RAPIDE au laboratoire AURAGEN pour le séquençage génomique urgent dans les maladies rares pédiatriques : organisation, performances et perspectives.
Contexte : Le circuit « RAPIDE » destiné au séquençage urgent de génomes pédiatriques visent à réduire le délai diagnostique et à orienter précocement la prise en charge des enfants atteints de maladies rares, une cause majeure de morbi-mortalité néonatale et pédiatrique. Suite aux préconisations du Plan France Médecine Génomique (PFMG), le laboratoire AURAGEN a déployé un circuit RAPIDE sur la zone AURAGEN destiné aux situations cliniques urgentes.
Méthodes : Le circuit inclut une revue rapide des prescriptions par une équipe pluridisciplinaire puis la priorisation des dossiers par un circuit particulier de séquençage génomique et d’analyse bioinformatique pour réduire le délai de rendu. Les indicateurs collectés comprenaient le nombre de demandes, les pré-indications concernées, les délais pour chaque étape analytique, le temps de traitement (TAT) médian et le rendement diagnostique. Les modalités d’échange avec les prescripteurs et les critères cliniques de pré-indication ont été analysés qualitativement.
Résultats : Sur 100 dossiers AURAGEN RAPIDE, la médiane de demandes par mois observée est de 5,5. La majorité des dossiers ont été prescrit en “Anomalies du développement syndromes malformatifs et syndromes dysmorphiques sans déficience intellectuelle“ (59%), les autres dossiers étaient répartis dans 15 pré-indications différentes (“Hypotonies néonatales périphériques suspectes de maladies neuromusculaires”, “Épilepsies pharmacorésistantes à début précoce”, “Malformations cérébrales”, etc.). La médiane du TAT observée est de 17 jours, soit inférieur à l’objectif de 30 jours défini par le PFMG. Le rendement diagnostique global observé est de 39%.
Difficultés et limites : Les principaux challenges relevés concernent la fluidité du circuit en amont (information au prescripteur, qualité des prescriptions), l’intégration au flux et la disponibilité des biologistes pour l’interprétation urgente. L’évaluation systématique des modifications de prise en charge induites par les résultats RAPIDE a été partiellement réalisée.
Conclusion et perspectives : Le circuit RAPIDE mis en place par AURAGEN est réalisable et à fort rendement diagnostique pour la population pédiatrique avec un accès ouvert aux enfants du territoire métropolitain et d’Outre-mer. Les actions futures viseront à améliorer la coordination prescripteur-laboratoire, formaliser et quantifier systématiquement l’impact clinique sur la prise en charge des patients.
Lucas W. GAUTHIER (Lyon), Louis JANUEL, Laure SAPEY-TRIOMPHE, Clémentine FAURE, Brune HENRY, Quentin CHARRET, Anne THOMAS, Virginie BERNARD, Julien THEVENON, Eulalie LASSEAUX, Christine VINCIGUERRA, Consortium AURAGEN
18:15 - 18:30
#49779 - SS012 Des variants de novo dans le gène ETF1, codant pour le facteur de terminaison de la traduction, causent un nouveau syndrome neurodéveloppemental.
SS012 Des variants de novo dans le gène ETF1, codant pour le facteur de terminaison de la traduction, causent un nouveau syndrome neurodéveloppemental.
Introduction
Le gène ETF1 (Eukaryotic Translation Termination Factor 1) code pour une protéine clé de la machinerie de traduction, responsable de la reconnaissance du codon stop et de la libération de la chaîne polypeptidique, assurant une terminaison correcte de la synthèse protéique. En plus de cette fonction essentielle, ETF1 participe à la surveillance de la traduction, via le Nonsense-Mediated Decay (NMD) qui élimine les ARNm porteurs de codons stop prématurés. Aucune implication pathologique n’avait été rapportée jusqu’ici.
Matériels et méthodes
Suite à l’identification d’un variant de novo dans le gène ETF1 chez un patient présentant un trouble du développement intellectuel syndromique, et à un appel à collaboration à travers GeneMatcher et Decipher, nous avons constitué une cohorte internationale de 18 patients porteurs de variants nucléotidiques dans ce gène. Les données cliniques et moléculaires de ces patients ont été recueillies via un formulaire standardisé. L’étude a reçu l’accord du comité d’éthique. Nous avons initié une étude fonctionnelle multi-systèmes pour valider l’implication d’ETF1 dans ce nouveau syndrome développemental. Nous avons généré une lignée isogénique de cellules souches portant un variant faux-sens dans un motif essentiel à la discrimination entre les codons stop et sens. Nous avons généré des organoïdes cérébraux corticaux à partir de cette lignée, que nous avons caractérisés par des marqueurs d’identité cellulaire et par transcriptomique bulk et single cell, complétés par des approches spécifiques à la traduction. Parallèlement, nous avons invalidé l’orthologue du gène ETF1 chez le poisson zèbre pour étudier les phénotypes associés. Enfin, l’impact de mutation de l’orthologue chez la drosophile sur la spécification neuronale est en cours d’étude.
Résultats
A ce stade de l’étude, l’analyse clinique révèle un phénotype commun qui consise en un trouble du neurodéveloppement syndromique associant un retard du développement psychomoteur avec ou sans atteinte intellectuelle, une microcéphalie et un retard de croissance. Sur le plan moléculaire, 13 variants sont de type faux-sens, trois induisent un décalage du cadre de lecture, un est de type non-sens et un dernier entraîne une perte du codon d’initiation. Les études fonctionnelles sont en cours, mais les premières observations suggèrent déjà des anomalies au niveau des progéniteurs neuraux et des perturbations précoces du développement chez le poisson zèbre.
Conclusion
Ces données préliminaires soutiennent l’implication d’ETF1 dans un nouveau syndrome neurodéveloppemental autosomique dominant. Les modèles fonctionnels (organoïdes, zebrafish, drosophile) permettront de préciser les mécanismes physiopathologiques associés au trouble du neurodéveloppement, à la microcéphalie et au retard de croissance. Les premiers résultats orientent vers un mécanisme de perte de fonction de la protéine.
Cyril MIGNOT (Paris), Francesco CAPUTO, Matthew DEARDORFF, Johnny BOU ROUPHAEL, Driss BENSEFA, Marlène CASSAR, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Boris KEREN, Marina MICHELSON, Dorit LEV, Keren YOSOVICH, Emmelien ATEN, Alexandra AFENJAR, Bregje VAN BON, Nicole DE LEEUW, Bailey MITCHELL, Stephanie BASKIN, Elysa MARCO, Guillaume BANNEAU, Sophie JULIA, Sulekha RAJAGOPALAN, Marine TESSARECH, Alban ZIEGLER, Daryl SCOTT, Andi LEWIS, Ray LOUIE, Theresa GREBE, Morgan THOMAS, Xiao MAO, Michael SPILLER, David BONTHRON, Bassem HASSAN, Laïla EL KHATTABI
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17:00-18:30
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C17
Sessions simultanées 03
Continuum neurodéveloppement / neurodégénérescence
Sessions simultanées 03
Continuum neurodéveloppement / neurodégénérescence
Modérateurs :
Cyril GOIZET (PU-PH) (Bordeaux), Solveig HEIDE (Praticien Hospitalier) (PARIS)
17:00 - 17:15
#48953 - SS013 Le dosage génique du locus 22q11.21 est associé au risque de développement de la maladie d’Alzheimer.
SS013 Le dosage génique du locus 22q11.21 est associé au risque de développement de la maladie d’Alzheimer.
Les variations du nombre de copie (CNV) ont été peu étudiées dans la maladie d’Alzheimer (MA). Les rares duplications du gène APP, sur le chromosome 21, représentent les CNVs majeurs responsables d’une MA jeune (MAJ, début avant 65 ans) autosomique dominante, et sont responsables directement d’une augmentation d’expression d’APP, précurseur du peptide Aβ. D’exceptionnelles délétions partielles de PSEN1, en phase, peuvent également expliquer des cas de MA jeune monogénique. Concernant la MA non monogénique, aucun CNV n’est considéré comme facteur de risque certain à ce jour.
Afin d’étudier l’impact des CNVs rares dans la MA, nous étudié une cohorte de 22 319 exomes (4150 MAJ, 8519 MA tardifs, et 9650 témoins, et appliqué un pipeline de détection des CNVs basé sur le logiciel CANOES. Après un contrôle qualité mis au point pour cette étude d’association pangénomique sur CNV à partir de données d’exomes utilisant des kits de capture divers, nous avons fait une analyse en deux étapes : (i) analyse de dosage MAJ-témoins sur l’ensemble des transcrits codants, (ii) analyse perte de fonction (LOF) regroupant les variations ponctuelles tronquantes et les délétions, restreinte aux gènes priorisés en (i) avec False Discovery Rate (FDR) <10% et sur une liste de gènes associés à la MA.
L’analyse pangénomique a identifié 17 gènes sur 4 loci avec un FDR<10%. Ces résultats ont été répliqués dans des cohortes indépendantes (43 723 cas et 375 775 contrôles, meta-analyse p=9,7 10-4). Parmi ces loci se trouve la région centrale du locus 22q11.21 (FDR=0.0386, p=2,7x10-4), les délétions étant associées à une augmentation du risque de MA et les duplications en miroir, enrichies chez les témoins. L’analyse LOF a permis de réduire le locus 22q11.21 à la région MED15-KLHL22-SCARF2. Du fait de la fonction supposée de SCARF2 comme récepteur Scavenger, nous l’avons surexprimé dans des cellules HMC3 et réprimé par CRISPR-Cas9 dans des cellules IPS, et identifié que l’augmentation ou la diminution d’expression est associée à une augmentation ou une diminution de l’internalisation cellulaire du peptide Aβ, respectivement, ce qui est parfaitement cohérent avec le risque diminué et augmenté de MA, respectivement chez les porteurs de duplications et de délétion.
En plus de ce locus, nous identifions un signal suggestif (meta-analysis p=3,6 10-4) avec les délétions du gène FADS6 enrichis chez les MAJ, et des délétions considérées comme des facteurs de risque certains dans les gènes déjà associés ABCA1, ABCA7, TYROBP, ainsi qu’un signal suggestif dans le gène CTSB en analyse LOF.
Il s’agit de la première identification d’une région dont le dosage est directement associé au risque de la MA. Les patients atteints du syndrome de DiGeorge, maladie du développement causée par une délétion plus large en 22q11.21, devraient avoir un suivi cognitif. Ces résultats permettent de pointer le gène SCARF2 comme une cible thérapeutique potentielle à travers son rôle sur la clairance du peptide Aβ.
Olivier QUENEZ (Rouen), Catherine SCHRAMM, Kevin CASSINARI, Aude NICOLAS, Joan GROENEVELD, Guillaume HUGUET, Benjamin GRENIER-BOLEY, Marc HULSMAN, Anne ROVELET-LECRUX, Sébastien FEUILLETTE, Laetitia MIGUEL, G Bragi WALTERS, Itziar DE ROJAS, Anne-Claire RICHARD, Stéphane ROUSSEAU, Ades CONSORTIUM, Eadb CONSORTIUM, David WALLON, Magalie LECOURTOIS, Hreinn STEFANNSON, Sébastien JACQUEMONT, Jean-Charles LAMBERT, Sven VAN DER LEE, Camille CHARBONNIER, Gaël NICOLAS
17:15 - 17:22
#49036 - SS014.1 Dépôts de fer dans les noyaux gris centraux sur l’IRM cérébrale : est-ce une NBIA ?
SS014.1 Dépôts de fer dans les noyaux gris centraux sur l’IRM cérébrale : est-ce une NBIA ?
Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer ou NBIA représentent un groupe hétérogène de maladies neurodégénératives ultra rares d’origine génétique, avec 11 gènes responsables connus à ce jour. Le dénominateur commun de ces pathologies est la présence de dépôts de fer, notamment au niveau des noyaux gris centraux, visibles à l’IRMc sur des séquences spécifiques. Bien que ces dépôts orientent vers une NBIA, des images similaires peuvent aussi être présentes dans d'autres maladies neurodégénératives ou apparaitre au cours du vieillissement cérébral.
Notre étude compare le phénotype radiologique IRMc de patients avec NBIA confirmée génétiquement (NBIA +) à une cohorte de patients avec panel des 9 principaux gènes de NBIA négatif (NBIA -), afin d'identifier un phénotype radiologique spécifique aux NBIA.
Nous avons analysé les données cliniques et radiologiques de 290 patients ayant bénéficié d’une analyse des 9 principaux gènes de NBIA au CHU de Bordeaux. Le diagnostic a été confirmé moléculairement chez 72 patients. Nous avons réexaminé les IRM de 122 patients (27 NBIA+ et 95 NBIA-) pour localiser les dépôts de fer et utilisé le pipeline informatique Volbrain pour mesurer de manière automatisée les volumes cérébraux sur les IRM de 50 patients avec séquence 3D T1 non injecté disponible, afin de quantifier l’atrophie cérébrale.
L’âge moyen de début des symptômes était significativement plus élevé chez les patients NBIA- (40,3 ans) que chez les NBIA+ (14,5 ans, p<0,001). L’âge moyen à l’IRM était également significativement plus élevé chez les patients NBIA- à 45,2 ans contre 27,5 ans pour les NBIA+ (p<0,001).
La quasi-totalité des patients (NBIA+ et NBIA-) présentaient des dépôts de fer au niveau pallidal. Le signe de l’œil de tigre est statistiquement associé à un diagnostic de NBIA (OR 6,2 [2,8-13,8]). À l’inverse, des dépôts au niveau putaminal sont associés significativement à un panel NBIA négatif (OR 0,28 [0,11-0,64]). Les dépôts au niveau thalamique ou de la substance noire sont également corrélés positivement à un panel NBIA positif (OR 4,9 et 3,1).
L’analyse des volumes cérébraux a révélé une prévalence élevée d’atrophie cérébrale dans les deux groupes (66,7% des NBIA+ et 54% des NBIA-). L’atrophie putaminale tend à être plus importante chez les NBIA- (34%) que chez les NBIA+ (11%), tandis que l’atrophie pallidale est plus marquée chez les NBIA+ (66,7% contre 42%).
Cette étude identifie des éléments sémiologiques radiologiques spécifiques aux NBIA, comme le signe de l’œil de tigre, bien décrit chez les patients PKAN, et des signes écartant le diagnostic, tels que des dépôts touchant le putamen, qui peuvent être présents notamment dans l’atrophie multisystématisée. De plus, une proportion importante de patients NBIA- présente une atrophie cérébrale importante, pouvant conduire à des hyposignaux T2* des noyaux gris centraux sans que cela s’intègre dans le cadre d’une réelle NBIA.
Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Valeria GIOIOSA, Patricia FERGELOT, Julie DEFORGES, Aurélien TRIMOUILLE, Thomas TOURDIAS, Cyril GOIZET, Chloé ANGELINI
17:22 - 17:29
#49563 - SS014.2 Caractérisation des variations génétiques du gène DYRK1A dans les troubles du neurodéveloppement et exploration des mécanismes physiopathologiques du syndrome DYRK1A à l’aide du modèle d’organoïdes cérébraux.
SS014.2 Caractérisation des variations génétiques du gène DYRK1A dans les troubles du neurodéveloppement et exploration des mécanismes physiopathologiques du syndrome DYRK1A à l’aide du modèle d’organoïdes cérébraux.
Le syndrome DYRK1A est un trouble neurodéveloppemental causé par des variations de novo hétérozygotes dans le gène DYRK1A, conduisant à une protéine tronquée et une perte de fonction. Ce syndrome affecte 0,1 à 0,5 % des patients atteints de troubles du développement intellectuel. Il est accompagné d’une microcéphalie, de troubles du spectre autistique et de traits faciaux caractéristiques tels que l’œdème des paupières et la rétrognathie. DYRK1A code pour une kinase possédant deux domaines de localisation nucléaire, lui permettant de se localiser à la fois dans le cytoplasme et le noyau, où elle possède de nombreux rôles, notamment dans la régulation du cycle cellulaire et de l’expression génique.
Des travaux antérieurs du laboratoire ont montré que l’inactivation transitoire de DYRK1A par siARN dans des cellules souches neurales humaines (hNSC) entraine une diminution de leur prolifération au profit d’une augmentation de l’apoptose. Afin d’établir un modèle plus stable du syndrome, des mutations tronquantes précoces dans un ou les deux allèles de DYRK1A ont été introduites par CRISPR/Cas9 dans deux lignées de cellules souches pluripotentes induites humaines (iPSCs). La différenciation de ces iPSCs en hNSC a révélé une dérégulation de l’expression de 607 gènes (RNA-seq, validée par RT-qPCR), la plupart sous exprimés, en particulier plusieurs gènes impliqués dans les troubles neurodéveloppementaux (dont SCN3A et DCX).
Pour approfondir la compréhension des mécanismes physiopathologiques du syndrome DYRK1A, nous avons généré des organoïdes cérébraux à partir de ces mêmes iPSCs. Cela nous a permis d’évaluer l’impact des mutations sur la taille des organoïdes, un marqueur de microcéphalie chez les patients, ainsi que d’étudier les populations neuronales présentes dans ces organoïdes cérébraux par single cell RNAseq (scRNA-seq). Aucune différence significative de taille n’a été observée mais l’analyse du scRNA-seq a mis en évidence des changements dans la composition des types cellulaires entre les organoïdes mutants et les contrôles. Nous avons pu également confirmer les changements d’expression préalablement observés dans le modèle de hNSC 2D. Ces altérations observées au niveau cellulaire et transcriptionnel dans les organoïdes mutants nous permettent de mettre en lumière comment des mutations du gène DYRK1A perturbent le développement cérébral et contribuent à l’apparition du syndrome DYRK1A. A terme, ce projet pourrait fournir des marqueurs clés pour tester des molécules thérapeutiques potentielles.
Par ailleurs, notre laboratoire étudie également des variations génétiques situées dans les régions N- ou C-terminales de la protéine DYRK1A, susceptibles d’altérer son activité de façon distincte de celle observée dans le syndrome DYRK1A classique.
Solène MOCHEL (Strasbourg), Cyril QUESSADA, Jérémie COURRAUD, Valérie SKORY, Damien PLASSARD, Clarisse DELVALLEE, Jean-Louis MANDEL, Amélie PITON
17:29 - 17:44
#49642 - SS015 La quantification de la susceptibilité magnétique à visée de quantification du fer intracérébral : vers un biomarqueur d’évolution de l’accumulation intracérébrale de fer dans les NBIA ?
SS015 La quantification de la susceptibilité magnétique à visée de quantification du fer intracérébral : vers un biomarqueur d’évolution de l’accumulation intracérébrale de fer dans les NBIA ?
Introduction : Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer (NBIA, Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation) sont un groupe de maladies ultra-rares, caractérisées par une accumulation de fer visible à l’IRM cérébrale et une neurodégénérescence progressive. À ce jour, 11 gènes ont été identifiés. La physiopathologie de ces maladies implique notamment l'homéostasie mitochondriale, la peroxydation lipidique, l'autophagie et le métabolisme du fer, mais reste encore partiellement comprise.
Sur le plan radiologique, certains profils d’imagerie sont évocateurs de sous-types spécifiques, mais il n’existe pas de corrélation claire entre l’accumulation de fer et le stade de la maladie. L’évaluation actuelle du fer sur l’IRM cérébrale est qualitative, et une mesure quantitative pourrait constituer un biomarqueur utile pour suivre l’évolution au cours de la pathologie. La quantification de la susceptibilité magnétique (QSM, Quantitative Susceptibility Mapping) permet une telle quantification. Nous présentons ici une étude de faisabilité réalisée chez trois patientes atteintes de NBIA.
Matériels et méthodes : Les acquisitions IRM ont été réalisées au CHU de Bordeaux (CER-BDX 2025-224), sur un système IRM General Electric 3 Tesla avec antenne 48 canaux. Une séquence 3D écho de gradient (SWAN) a été ajoutée aux séquences conventionnelles. Après contrôle qualité sur fantôme, les données ont été recueillies chez trois patientes et un volontaire sain apparié.
Les reconstructions QSM ont été réalisées à l’aide d’un pipeline Python, basé sur l’algorithme MEDI, permettant de générer les cartes R2* et QSM, et d’extraire les valeurs dans les ganglions de la base, segmentés manuellement.
Résultats : Les trois patientes étaient des adultes de sexe féminin, respectivement porteuses de BPAN (gène WDR45), PKAN (PANK2), et MPAN (C19orf12). L’analyse de leurs IRM a montré une augmentation significative de la charge en fer, notamment dans le pallidum (x5 par rapport au contrôle) ainsi que dans le noyau caudé, le putamen et la substance noire (x2). Chaque patiente présentait un profil de distribution du fer distinct, en particulier dans le pallidum et la substance noire.
Conclusion : La QSM permet une quantification précise de l’accumulation cérébrale de fer chez des patients NBIA sur une IRM 3T, et met en évidence des profils distincts dans les sous types de NBIA évalués. Ces résultats préliminaires suggèrent que la QSM pourrait devenir un biomarqueur pertinent pour évaluer de façon précise la charge en fer intracérébrale ainsi que la progression de la maladie au cours du temps. Elle pourrait ainsi être intégrée au suivi clinique et utilisée pour évaluer l’efficacité de nouvelles approches thérapeutiques, en tant que critère de jugement objectif et quantitatif.
Chloé ANGELINI (Bordeaux), Cyril GOIZET, Patricia FERGELOT, Ludovic DE ROCHEFORT, Samira MCHINDA, Anis BENYAHIA, Thomas TOURDIAS, Stéphane ROCHE
17:44 - 17:59
#49644 - SS016 Réalité du continuum neurodéveloppement / neurodégénérescence.
SS016 Réalité du continuum neurodéveloppement / neurodégénérescence.
Résumé
L’hypothèse d’un continuum entre troubles du neurodéveloppement et pathologies neurodégénératives s’appuie sur certaines affections génétiques connues, comme le syndrome de Down. Avec l’essor du séquençage à haut débit, le rendement diagnostique des troubles du neurodéveloppement atteint environ 50 % chez l’adulte. La caractérisation clinique à l’âge adulte, en particulier l’apparition progressive de manifestations neurologiques, suggère que des affections initialement considérées comme purement développementales peuvent évoluer vers un tableau dégénératif.
Cette étude avait pour objectif de décrire la fréquence, la nature et l’évolution des atteintes neurologiques dans une large cohorte d’adultes (> 18 ans) avec trouble du neurodéveloppement et diagnostic génétique établi. Plus de 3000 patients suivis à l’AP-HP ont été analysés via l’outil Cohort360. Les données recueillies concernaient la présence de syndromes pyramidaux, extrapyramidaux, cérébelleux, neuropathiques, d’une régression psychomotrice ou encore d’une épilepsie.
Les résultats montrent une fréquence notable d’atteintes motrices : 11,4 % des patients présentaient une atteinte pyramidale (paraparésie spastique), 7,7 % une atteinte cérébelleuse, 10,2 % une atteinte extrapyramidale (principalement dystonique) et 4,7 % une atteinte neuropathique. Des formes mixtes ont également été observées (spastico-dystoniques, cérébello-dystoniques, neuropathico-dystoniques, etc.), représentant chacune entre 0,6 % et 3,6 % des cas.
L’analyse longitudinale a confirmé des évolutions neurodégénératives déjà rapportées pour certains gènes (par exemple WDR45), mais a également révélé des trajectoires inédites, enrichissant la connaissance de l’histoire naturelle de plusieurs pathologies neurodéveloppementales.
En conclusion, cette cohorte de plus de 3000 adultes souligne la fréquence élevée et la grande diversité des atteintes neurologiques associées aux troubles du neurodéveloppement. La prédominance des formes extrapyramidales dystoniques et l’identification de nombreuses formes mixtes renforcent l’hypothèse d’un continuum neurodéveloppement / neurodégénérescence. Toutefois, des biais de recrutement existent, les patients les plus sévèrement atteints étant surreprésentés en consultation spécialisée. Ces résultats plaident pour l’élaboration de recommandations de bonnes pratiques afin d’améliorer la description des trajectoires évolutives, d’optimiser la prise en charge neurologique et d’anticiper les besoins des patients concernés.
Romain DUQUET (Paris), Solveig HEIDE, Anna GERASIMENKO, Daphné LEHALLE, Cristina PEDUTO, Perrine CHARLES
17:59 - 18:14
#49721 - SS017 RBMX2, responsable d’une nouvelle forme de troubles neurodéveloppementaux liés à l’X affectant les deux sexes.
SS017 RBMX2, responsable d’une nouvelle forme de troubles neurodéveloppementaux liés à l’X affectant les deux sexes.
Les analyses pangénomiques ont permis d’identifier des variants rares non-synonymes dans le gène RBMX2 chez des patients non apparentés présentant des troubles neurodéveloppementaux (TND), incluant un trouble du développement intellectuel, une microcéphalie, une épilepsie et des atteintes rétiniennes. Un total de 10 patients, 5 filles avec variants de novo et 5 garçons avec variants de novo ou hérités ont pu être identifiés. Ces patients sont porteurs de variants tronquants ou de variants faux-sens, dont certains sont localisés dans le domaine de liaison aux ARN (RNA Recognition Motif, RRM). RBMX2, localisé sur le chromosome X, code une protéine du complexe RES du spliceosome. Son invalidation chez le poisson-zèbre induit des rétentions introniques et des anomalies cérébrales (Fernandez et al. 2018). Pour élucider son rôle dans le neurodéveloppement, nous avons réalisé un knockdown de RBMX2 par siARN dans des progéniteurs neuronaux humains (hNSC). L’analyse transcriptomique (RNA-seq) de deux lignées cellulaires a révélé des altérations de l’épissage, notamment une rétention préférentielle de petits introns (outils : IRfinder, DEXseq, KissSplice). Parmi les gènes affectés, une surreprésentation significative concerne des acteurs du trafic intracellulaire et vésiculaire (ex. AP3D1, SYNJ2). Ces résultats ont été validés dans une troisième lignée de hNSC par qPCR. Par ailleurs, nous avons développé un système de minigène pour évaluer l’impact fonctionnel des variants faux-sens, dont seulement la moitié altère la stabilité ou la localisation de RBMX2. Ce modèle permettra également de caractériser les variants de signification incertaine identifiés ultérieurement. En parallèle, nous avons entrepris une reprogrammation de cellules de patients en cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de manière à étudier plus précisément comment les mutations du gène RBMX2 et les altérations d’épissage qu’elles entraînent affecte le développement du cerveau. En conclusion, nos données désignent RBMX2 comme un nouveau gène lié aux TND associés à l’X, et révèlent des mécanismes cellulaires altérés (épissage, trafic intracellulaire) sous-jacents à ce syndrome.
Eva MEYER (Strasbourg), Clarisse DELVALLÉE, Valérie SKORY, Sarah CLUZEL, Nathalie DROUOT, Salima EL CHEHADEH, Anne DE SAINT MARTIN, Alice GOLDENBERG, François LECOQUIERRE, Marie VINCENT, Benjamin COGNE, Annick RAAS-ROTSCHILD, Mihael ROGAC, Donald R. LATNER, Krzysztof SZCZAŁUBA, Małgorzata RYDZANICZ, T.s. BARAKAT, William MACKEN, Serene SIYING LIN, Susanne KOHL, Katarina STINGL, Amélie PITON
18:14 - 18:29
#49867 - SS018 Identification d’un nouveau gène d’ataxie congénitale; ESRRG, première cause d’AC sans trouble du développement intellectuel et à IRM normale.
SS018 Identification d’un nouveau gène d’ataxie congénitale; ESRRG, première cause d’AC sans trouble du développement intellectuel et à IRM normale.
Les ataxies congénitales (AC) sont définies cliniquement par des symptômes cérébelleux précoces dès les premiers mois de vie, se traduisant initialement par une hypotonie et un retard de développement psychomoteur avant l’apparition secondaire des symptômes cérébelleux classiques. Il s’agit habituellement de pathologies non progressives. Les signes cérébelleux restent stables ou s’atténuent avec le temps, sont associés fréquemment à un trouble du développement intellectuel (TDI) et parfois à d’autres signes neurologiques (épilepsie, syndrome pyramidal, neuropathie). L’imagerie cérébrale, parfois normale précocement, révèle fréquemment une atrophie cérébelleuse. Toutefois un petit nombre de patients conservent une IRM normale.
Les AC sont hétérogènes également sur le plan physiopathologique et génétique. En dehors du syndrome de Joubert (forme particulière d’AC) plus de 50 gènes impliquant des voies physiopathologiques variées ont été identifiés. Le séquençage d’un panel ciblé comportant les gènes principaux d’AC permet d’identifier, de façon rapide, des variants pathogènes (y compris les délétions/duplications et les mosaïques) chez 35% des patients.
A ce jour peu de gènes sont associés à une AC à IRM et intelligence normale.
Nous avons identifié des variants hétérozygotes du gène ESRRG chez 4 patients de 3 familles (2 garçons – 2 filles – âgés de 7ans à 47 ans) présentant cette forme d’AC. Les variants sont de novo (2) ou transmis par un père atteint (1). Le mécanisme est une perte de fonction. Les patients ont tous présenté une hypotonie précoce et un retard psychomoteur puis un syndrome cérébelleux avec une ataxie persistante à l’âge adulte. Les patients n’avaient pas de TDI, ni d’autres signes neurologiques. Les signes ophtalmologiques sont fréquents (strabisme, ptosis, glaucome, colobome). Les IRM sont normales chez tous, et le restent avec le temps.
Le gène ESRRG code pour un récepteur hormonal nucléaire (estrogen-related receptor γ) et agit comme un facteur de transcription, régulant l’expression de gènes endocriniens et métaboliques. Une étude collaborative a permis de rassembler à ce jour 8 patients (7 familles) avec AC liée à des variants du gène ESRRG et de valider ce gène par des études fonctionnelles.
Dans notre cohorte de 756 cas index avec AC, les variants pathogènes du gène ESRRG, bien que rares, représentent la 1ère cause d’AC avec IRM normale et sans TDI, justifiant son inclusion dans notre panel ciblé.
Alexandra AFENJAR (PARIS), Odile GOZE-MARTINEAU, Ariane MAHIEUX, Madeleine HARION, Frédérique AUDIC, Perrine CHARLES, Lydie BURGLEN
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17:00-18:30
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D17
Sessions simultanées 04
Epidémiologie génétique, génétique des populations, maladies complexes
Sessions simultanées 04
Epidémiologie génétique, génétique des populations, maladies complexes
Modérateurs :
Emmanuelle GENIN (Directrice de Recherches) (BREST), Anthony HERZIG (Chargé de Recherche) (Brest)
17:00 - 17:15
#49262 - SS019 Analyses pangénomiques multi-traits et fondée sur les gènes impliquent les voies de la coagulation et du muscle lisse vasculaire dans la dissection spontanée de l’artère coronaire.
SS019 Analyses pangénomiques multi-traits et fondée sur les gènes impliquent les voies de la coagulation et du muscle lisse vasculaire dans la dissection spontanée de l’artère coronaire.
Résumé
Contexte et objectifs
La dissection spontanée de l’artère coronaire (SCAD) représente jusqu’à un tiers des syndromes coronaires aigus chez les femmes de moins de 50 ans, généralement sans facteurs de risque cardiovasculaires classiques. Son diagnostic basé sur l’imagerie est difficile, entraînant un sous-diagnostic et des effectifs insuffisants pour les études pangénomique mono-trait (GWAS). Nous avons cherché à accroître la puissance par des approches multi-traits et basé sur les gènes afin d’identifier de nouvelles voies biologiques liées à la SCAD.
Méthodes
Nous avons harmonisé huit statistique résumés de GWAS (SCAD, dysplasie fibromusculaire, anévrisme intracrânien, dissection des artères cervicales, migraine, maladie coronarienne, anévrisme de l’aorte abdominale, anévrisme/dissection de l’aorte thoracique) et utilisé GAUSS pour imputer uniquement les variants manquants dans certaines études. Après contrôle qualité, 4,94 millions de SNP autosomiques étaient communs à tous les traits. Afin d’exploiter les corrélations génétiques inter-traits et d’augmenter la puissance pour la SCAD, nous avons appliqué l’approche « Multi-Trait Analysis of GWAS » (MTAG), qui a porté la taille d’échantillon effective pour la SCAD de 6 356 à 9 354 participants (+47 %). Les associations au niveau gène ont été testées avec la méthode LDAK-GBAT, en s’appuyant sur un panel de référence européen de 10 000 individus issus de UK Biobank pour estimer le déséquilibre de liaison entre variants. Des analyses d’enrichissement tissulaires, d’eQTL, de régions ouvertes de chromatine et de voies biologiques ont servi à contextualiser l’ensemble des signaux, au niveau SNP comme au niveau gène.
Résultats
MTAG a identifié 24 nouveaux locus SCAD absents du GWAS initial, impliquant entre autre GGCX, COL6A3, EDNRA, SLC39A13, LTBP3, BCAR1, SLC39A8 et SERPINA1. Les enrichissements en variants culminaient dans la chromatine accessible des cellules musculaires lisses et des fibro-myocytes coronaires. LDAK-GBAT a mis en évidence 46 gènes significatifs après correction Bonferroni ; 13 d’entre eux (par exemple : ABO, BMP8A, PMS2) se situaient dans des régions sans SNP significatif au seuil pangénomique (p<5×10-8), montrant un gain de puissance au-delà de l’approche SNP par SNP. L’analyse d’ensembles de gènes a mis en avant la gamma-carboxylation dépendante de la vitamine K, le remodelage de la matrice extracellulaire et la contraction du muscle lisse, reliant de façon cohérente la coagulation et l’intégrité vasculaire à la susceptibilité à la SCAD.
Conclusions
Cette analyse multi-niveaux élargit le paysage génétique de la SCAD et met en évidence un axe coagulation–muscle lisse centré sur GGCX et ABO. Elle ouvre des pistes mécanistiques pour les maladies cardiovasculaires spécifiques aux femmes et désigne des cibles prometteuses pour la validation fonctionnelle et la prédiction personnalisée du risque.
Takiy BERRANDOU (Paris), Adrien GEORGES, Doug SPEED, Nabila BOUATIA-NAJI
17:15 - 17:30
#49720 - SS020 Étude populationnelle des gènes HLA de six ethnies d’Afrique de l’Ouest (Bénin) et leur impact sur l’imputation HLA des populations africaines.
SS020 Étude populationnelle des gènes HLA de six ethnies d’Afrique de l’Ouest (Bénin) et leur impact sur l’imputation HLA des populations africaines.
Le système HLA, hautement polymorphe, joue un rôle central dans la réponse immunitaire en modulant la reconnaissance antigénique. La diversité allélique y est particulièrement marquée en Afrique, région encore sous-représentée dans les bases de données internationales, limitant la précision de l’imputation HLA. Ce projet s’inscrit dans le cadre du SNP-HLA Reference Consortium (SHLARC, hla.univ-nantes.fr), dont l’objectif est d’élargir les panels de référence pour améliorer les performances de l’imputation HLA, notamment pour les populations africaines.
Nous avons génotypé 11 gènes (kit GenDx NGSgo MX11-3 : HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DRB1, HLA-DRB1, HLA-DRB3/4/5) chez 480 individus béninois issus de six ethnies : Sud (Aizo n=96, Tori Avame n=96, Tori Cada n=96), et Nord (Gando n=80, Otamari n=54, Peulh n=58). L’attribution des allèles a été réalisée avec NGSengine (GenDx).
L’analyse des fréquences alléliques regroupant l’ensemble des ethnies béninoises révèle une grande diversité génétique, particulièrement marquée pour HLA-B avec 41 allèles distincts, et une relative homogénéité des fréquences : les 20 premiers allèles HLA-B ayant une fréquence >1%. Au contraire, HLA-DPB1 et HLA-DPA1 sont dominés par quelques allèles fréquents : HLA-DPB1*01:01, 60% ; HLA-DPA1*02:01, 37%. Une analyse en composantes principales des fréquences alléliques a montré une séparation claire entre les groupes du Sud et du Nord. Ces derniers présentent une dispersion plus marquée, notamment la population Peulh est porteuse exclusive du HLA-B*37:01 (8,9%).
Nous avons ensuite utilisé ces données pour imputer le HLA grâce au package R HIBAG. Les données SNP proviennent de puces Illumina OMNI5. Le SHLARC a fourni des données de populations diverses : 1KG (1000 Genomes project), HGDP (Human Genome Diversity Project), et SABE (Health, Wellbeing and Aging Study, Brazil). Nous avons construit plusieurs panels de référence : régional (Sud n=285, Nord n=228), national (Bénin n=513), continental (1KG Afrique de l’Ouest, n=603 ; 1KG Afrique de l’Ouest+Bénin, n=1116) et mondial (Bénin+1KG+SABE+HGDP, n=5860). Les performances, évaluées par le F1-score pondéré sur les fréquences alléliques, montrent que les modèles issus du Sud atteignent d’excellents scores (HLA-A, 0,99 ; HLA-DRB1, 0,99), alors que ceux du Nord sont plus modestes (HLA-A, 0,83 ; HLA-DRB1, 0,89), reflet d’une plus grande hétérogénéité génétique dans ces populations. L’évaluation des performances montre que les panels intégrant spécifiquement les données béninoises et ouest-africaines (HLA-DQA1, 0,89) surpassent nettement le panel multiethnique avec les données internationales du SHLARC (HLA-DQA1, 0,74). L’adéquation des données entre la référence et la population à imputer permet d’améliorer la précision.
En conclusion, l’intégration de données génétiquement proche améliore significativement la précision de l’imputation HLA pour les populations d’Afrique sub-sahariennes.
Nicolas VINCE (Nantes), Mohamed BENZAHI, Jacqueline MILET, Nayane S. B. SILVA, Gabriela SATO PAES, Sonia BOURGUIBA-HACHEMI, David COURTIN, Sophie LIMOU, André GARCIA, Audrey SABBAGH, Laure GINEAU
17:30 - 17:45
#49811 - SS021 Identification des types cellulaires causaux des variants de maladies humaines.
SS021 Identification des types cellulaires causaux des variants de maladies humaines.
Les études d'association pangénomique (GWAS) ont identifié de nombreux variants associés à des maladies, mais leurs impacts au niveau cellulaire restent souvent inexplorés. Les méthodes basées sur les eQTLs (expression quantitative trait loci) permettent d'identifier les tissus causaux des variants humains, mais elles reposent généralement sur des données eQTL en masse ('bulk'), de résolution limitée, et sont souvent peu consistants avec les signaux GWAS.
Ici, nous présentons CT-FM-SNP, un modèle probabiliste inférant les types cellulaires causaux des variants GWAS. CT-FM-SNP utilise le signal polygénique estimé à partir des données GWAS et un ensemble de 924 annotations spécifiques à des différents types cellulaires provenant principalement d'ENCODE4 et de données scATAC-seq. Combiné à notre modèle liant les SNPs à leurs gènes d'action (combined SNP-to-Gene, cS2G), CT-FM-SNP permet d'inférer des relations causales {SNP, type cellulaire, gène, phénotype}.
Nous avons évalué CT-FM-SNP sur ~1,500 SNPs candidats de 5 traits sanguins, et inféré des types cellulaires causaux attendus pour ~50 % d'entre eux. Pour les traits liés aux lymphocytes et aux monocytes, nous avons validé CT-FM-SNP grâce aux données cis-eQTLs de OneK1K, montrant que les SNPs reliés par notre modèle aux types cellulaires immunitaires pertinents étaient significativement plus enrichis en cis-eQTLs correspondants que les SNPs non reliés. De plus, notre approche CT-FM-SNP+cS2G a identifié un nombre beaucoup plus élevé de paires {type cellulaire–gène} que les méthodes de référence exploitant des eQTLs bulk ou single-cell (respectivement 3,7× et 65,9× plus).
Nous avons appliqué CT-FM-SNP à 6,975 SNPs candidats de 39 traits de la UK Biobank et inféré au moins un type cellulaire causal pour ~44 % d'entre eux. CT-FM-SNP a également généré 2,694 relations causales, cohérentes avec la biologie connue, par exemple des SNPs agissant sur GLIS3 dans le pancréas, IRF8 dans les cellules myéloïdes, IL2RA dans les lymphocytes. Nous avons également observé que certains SNPs pléiotropiques peuvent cibler différents types cellulaires selon le contexte phénotypique. Enfin, l'application de CT-FM-SNP à d'autres traits a révélé de nouveaux mécanismes, notamment un SNP associé à la schizophrénie agissant sur LPCAT4 à la fois dans le cerveau et dans les cellules immunitaires (suggérant des mécanismes pathogéniques partagés entre la schizophrénie et les maladies autoimmunes), ainsi qu'un SNP lié à la polyarthrite rhumatoïde ciblant SESN3 dans les lymphocytes B et T.
En conclusion, CT-FM-SNP permet d'inférer les types cellulaires causaux des variants associés aux maladies humaines et explore les mécanismes par lesquels ces variants confèrent un risque pathologique au niveau cellulaire.
Artem KIM (Los Angeles, Etats-Unis), Steven GAZAL
17:45 - 18:00
#49866 - SS022 Différences entre les sexes dans l'asthme : la contribution des facteurs génétiques.
SS022 Différences entre les sexes dans l'asthme : la contribution des facteurs génétiques.
L’asthme est une maladie chronique non transmissible qui touche plus de 262 millions de personnes dans le monde. C’est une maladie complexe résultant de multiples facteurs génétiques et environnementaux. La prévalence de l’asthme varie selon le sexe et l’âge. Ainsi, chez les enfants, la maladie est plus fréquente chez les garçons et est généralement associée à une composante allergique, des antécédents familiaux, et une bonne réponse aux traitements. En revanche, l’asthme débutant à l’âge adulte est plus fréquent chez les femmes et se caractérise souvent par une inflammation neutrophilique, une moindre sensibilité aux corticoïdes, une association à l’obésité et un pronostic plus défavorable. Les mécanismes à l'origine de ces différences spécifiques au sexe ne sont pas bien compris, et restent de plus peu étudiés.
Les études d’association pangénomiques (GWAS) ont identifié près de 200 régions du génome associées à l’asthme, mais qui n'expliquent qu'une partie de la composante génétique de cette maladie. La grande majorité de ces études combinaient les données des deux sexes, considérant le sexe comme un facteur de confusion, et plus de 75% des GWAS ont négligé le chromosome X. Ainsi, peu de recherches ont été menées sur les mécanismes de régulation génétique potentiellement différents selon le sexe ou spécifiques au sexe influençant la survenue de l'asthme et des sous-types d’asthme.
Nous proposons ici de combler cette lacune en menant des études de GWAS de l’asthme et ses sous-types (asthme infantile, âge d'apparition ≤12 ans ; et asthme de l’adulte, âge d'apparition ≥26 ans) stratifiées selon le sexe dans la cohorte UK Biobank (239 558 hommes et 277 121 femmes). Ces analyses ont permis d’identifier 30 loci indépendants significatifs au seuil génome-entier associés de manière différentielle à l'asthme en fonction du sexe : 13 loci sur 28 pour l'asthme infantile chez les garçons, 12 loci sur 24 pour l'asthme infantile chez les filles, 3 loci sur 7 pour l'asthme adulte chez les hommes et 2 loci sur 7 pour l'asthme adulte chez les femmes. Une cartographie positionnelle des variants principaux de chaque locus spécifique au sexe a identifié 26 gènes spécifiques à l'une des strates d’analyse. Ces gènes sont principalement impliqués dans les voies de l’immunité, de la différenciation épidermique et de la biosynthèse des catécholamines.
Cette étude montre que l'architecture génétique de l'asthme diffère selon le sexe et l'âge d'apparition de la maladie. Ces recherches sont actuellement poursuivies avec l’étude des associations entre l’asthme et les variants du chromosome X en considérant différents modèles dont l'inactivation du chromosome X et les régions pseudoautosomique des chromosomes sexuels. Ces analyses devraient contribuer à élucider les mécanismes génétiques sous-jacents à l’asthme et aux sous-types d'asthme chez les hommes et les femmes, et à identifier des cibles thérapeutiques pour chaque sous-type.
Financement: ANR-SEGNORA
Océane LI (Paris), Gloria BENOIT, Lucie TROUBAT, Léo HENCHES, Véronique LEGRAND, Emmanuelle BOUZIGON, Hanna JULLIENNE
18:00 - 18:15
#49919 - SS023 Étude génomique de liaison et d'association du trouble dépressif majeur associé à une douleur chronique dans un échantillon américain, reproduite dans la UK Biobank.
SS023 Étude génomique de liaison et d'association du trouble dépressif majeur associé à une douleur chronique dans un échantillon américain, reproduite dans la UK Biobank.
Bien que le trouble dépressif majeur (TDM) ait une forte composante génétique, les loci de susceptibilité identifiés n'expliquent qu'une proportion minime de la variance génétique sous-jacente. En outre, environ la moitié des patients atteints de TDM souffrent également de douleurs chroniques, qui ont elles-mêmes une composante génétique. Des recherches récentes suggèrent que ces affections souvent comorbides pourraient partager une physiopathologie commune. Nous émettons l'hypothèse d'une susceptibilité génétique commune à ces affections. L'analyse d'un sous-phénotype spécifique – le TDM avec douleurs chroniques comorbides – pourrait ainsi révéler des loci génétiques que les études sur les phénotypes isolés n'ont pas identifiés. Nous avons d'abord testé cette hypothèse en effectuant des analyses de liaison et d'association pangénomiques dans le cadre de l'étude familiale GenRed sur la dépression récurrente à début précoces ; les participants ont été évalués à l'aide des critères du DSM IV et de l’Interview-diagnostic pour des études génétiques (DIGS), le statut « affecté » intégrant à la fois le diagnostic de TDM et la classification de la douleur chronique. À l'aide de l'analyse bayésienne (probabilité a posteriori de liaison, PPL) mise en œuvre dans KELVIN, qui mesure la force de soutien pour l’hypothèse de liaison ou d’association sous forme de probabilité, nous avons identifié des signaux de liaison au niveau des chromosomes 8p23 (PPL = 0,35), 16q12 (PPL = 0,51) et 5p12 (PPL = 0,14). Une association pangénomique employant KELVIN a permis d'identifier des signaux d’association au niveau de SNPs individuels dans ces régions liées. La région 8p23 contient le gène CSMD1, précédemment associé à la dépression, au trouble bipolaire et aux traits cognitifs, tandis que la région 16q12 représente une nouvelle découverte. Notre signal d'association le plus fort (PPL max = 0,63) était contenu dans le gène HCN1 sur le chromosome 5p12, un gène impliqué dans la réponse à la kétamine, la dépression et la douleur dans plusieurs études, y compris un modèle murin « knock-down ». Nous avons tenté de reproduire les résultats d'association dans ces trois régions à l'aide de la population d’étude du UK Biobank d'origine européenne. Les associations dans les régions 8p23 et 16q12 ont été reproduites dans cette cohorte indépendante, désignant CSMD1 (8p23) et CHD9 (16q12) comme des gènes candidats majeurs pour ces phénotypes, tandis que HCN1 (5p12) reste un candidat positionnel et fonctionnel solide pour ces phénotypes, malgré l'échec de la reproduction dans l'échantillon britannique. L'identification de gènes déjà associés à la dépression ainsi que de nouvelles régions génomiques, confirmée par leur réplication dans une vaste cohorte indépendante, valide notre approche et suggère que l'intégration de la douleur chronique dans les études génétiques de la dépression pourrait faciliter l'identification de nouveaux gènes et ouvrir des pistes thérapeutiques prometteuses.
Daniel NOLAN (n/a, Etats-Unis), Veronica VIELAND, William VALENTINE-COOPER, John BURIAN, Sang-Cheol SEOK, Audrey Virginia GRANT
18:15 - 18:30
#49981 - SS024 Fantasio : une approche cas-témoins pour détecter les variants récessifs rares impliqués dans les maladies multifactorielles.
SS024 Fantasio : une approche cas-témoins pour détecter les variants récessifs rares impliqués dans les maladies multifactorielles.
Les études d’association pangénomique (Genome-Wide Association Studies, GWAS) visent à identifier des associations entre variants génétiques et traits multifactoriels. Elles étudient principalement les variants communs sous un modèle génétique additif. Or, une part importante de la composante génétique de la plupart des maladies multifactorielles reste inexpliquée, possiblement en raison de la contribution de variants rares à effets récessifs, pour lesquels les GWAS manquent de puissance statistique.
Nous proposons Fantasio, une extension de la méthode HBD-GWAS (Génin, 2013) aux données cas-témoins. L’approche repose sur la détection d’un excès de segments Homozygotes par Descendance (Homozygous-by-Descent, HBD) partagés chez les cas, comparé à ce qui est attendu chez les témoins. Ces segments, caractéristiques des individus consanguins, sont porteurs de variants récessifs rares.
Afin d’évaluer Fantasio, nous avons construit un cadre de simulations pour évaluer l’erreur de type I et la puissance de Fantasio. Dans ces simulations, des haplotypes issus du projet 1000 Génomes ont été recombinés pour créer de nouveaux haplotypes “mosaïques”, permettant de contrôler le type de consanguinité des individus simulés. Des individus consanguins porteurs de variants récessifs rares dans une région génétique cible ont été sélectionnés comme cas. Les autres cas et les témoins présentent des degrés de consanguinité variés. Les simulations étaient variables selon la taille de l’échantillon, le pourcentage de cas liés aux variants récessifs rares et les types de consanguinité.
Nos résultats montrent que l’erreur de type I est bien contrôlée. Fantasio atteint une puissance satisfaisante dans des modèles réalistes (ex. maladie rare où 10% des cas partagent les allèles délétères), à partir d’un effectif total de 1000 individus. Notre méthode est prometteuse pour l’étude des variants récessifs rares dans les maladies multifactorielles communes, tels que les cancers, particulièrement avec de grands effectifs.
Sidonie FOULON (Villejuif), Thérèse TRUONG, Anne-Louise LEUTENEGGER, Hervé PERDRY
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17:00-18:30
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E17
Sessions simultanées 04BIS
Maladies Cardiovasculaires
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Maladies Cardiovasculaires
Modérateurs :
Philippe CHARRON (PU-PH) (PARIS), Cécile ROUZIER (PH) (Nice)
17:00 - 17:15
#48975 - SS025 Cardiomyopathies liées au gène RBM20 : intérêt du minigène et du séquençage Nanopore pour l’exploration de variants de signification incertaine.
SS025 Cardiomyopathies liées au gène RBM20 : intérêt du minigène et du séquençage Nanopore pour l’exploration de variants de signification incertaine.
Introduction
Les cardiomyopathies dilatées (CMD) ont une prévalence estimée à 1:250 et sont une des causes de la mort subite cardiaque. Des variants pathogènes (P) ou probablement pathogènes (LP) liés à une transmission autosomique dominante de CMD ont été rapportés dans plus de 50 gènes. Cependant, des variants de signification incertaine (VSI), ne permettant pas d’apporter un conseil génétique sans étude fonctionnelle complémentaire, sont identifiés chez un grand nombre de patients (36,5 % dans notre étude récente portant sur 1300 patients atteints de CMD). Les variants P ou LP du gène RBM20 sont responsables de plus de 3% des cas de CMD et sont associées à un mauvais pronostic. En se fixant à l’ARN, RBM20 favorise la synthèse de l’isoforme cardiaque de gènes d’expression musculaire et cardiaque (TTN, RYR2,…).
Objectifs
Le projet visait à mettre au point une méthode d’exploration des VSI du gène RBM20.
Matériel & Méthodes
Le modèle retenu est basé sur la co-transfection de cellules HEK293T par un vecteur d’expression contenant l’ADN complémentaire du gène RBM20 et par un vecteur minigène rapporteur. Les variants à tester (six pathogènes et deux bénins pour mise au point et validation de la méthode ; onze VSI) ont été introduits par mutagénèse dirigée. Après extraction des ARN totaux, rétrotranscription, l’impact fonctionnel des VSI est évalué via séquençage MinION (Oxford Nanopore) et analyse du profil d’épissage du minigène rapporteur par SashimiPlot.
Résultats
Après validation de la méthode, trois des 10 VSI explorés montrent un profil d’épissage anormal et peuvent donc être reclassés comme variant LP et utilisés pour le conseil génétique.
Conclusion
Ce test fonctionnel peut être proposé lorsqu’un VSI candidat faux-sens est identifié dans le gène RBM20 afin de mieux appréhender son éventuel caractère pathogène. Sa réalisation a ainsi pu être transférée vers le laboratoire de diagnostic moléculaire du CHU de Lyon.
Alexandre JANIN (LYON), Gilles MILLAT, Valérie CHANAVAT, Séverine NONY, Cécile CAZENEUVE, Yohan BOSSE, Christian STEINBERG
17:15 - 17:30
#49041 - SS026 Intérêt et rendement du diagnostic moléculaire des malformations cardiaques congénitales non syndromiques familiales en France.
SS026 Intérêt et rendement du diagnostic moléculaire des malformations cardiaques congénitales non syndromiques familiales en France.
Contexte : Les malformations cardiaques congénitales (MCC) sont les malformations congénitales les plus fréquentes et associées à une importante morbi-mortalité. Grâce aux progrès considérables de la chirurgie et de la réanimation cardiaque ces dernières décennies, les patients guéris de leur MCC arrivent en âge de procréer et sont en demande croissante de conseil génétique. Jusqu’alors le risque de récurrence familiale de MCC était seulement estimé de manière empirique par des études observationnelles populationnelles. Les études génétiques, quand elles sont contributives permettent de donner un risque de récidive plus précis et d’orienter le dépistage familial.
Objectif : Établir un bilan du diagnostic génétique des MCC non-syndromiques familiales en France et évaluer l'apport des différentes techniques diagnostiques.
Méthodes : Étude rétrospective multicentrique incluant les familles avec au moins deux individus atteints de MCC au premier ou second degré, avec une analyse génétique réalisée dans les laboratoires du CHU de Bordeaux, du CHU d'Amiens-Picardie, ou sur les plateformes SeqOIA et AURAGEN du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG). Les analyses comprenaient l'analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA), des panels de gènes (14, 92 puis 320 gènes au CHU de Bordeaux, panel 110 puis 320 gènes au CHU d'Amiens) et le séquençage du génome.
Résultats : 239 individus issus de 87 familles ont été inclus (médiane de 2 individus atteints par famille). Les phénotypes prédominants étaient la tétralogie de Fallot (17,2%), les communications inter-atriales (10,3%) et le syndrome d'hypoplasie du cœur gauche (10,3%). Un diagnostic moléculaire a été établi dans 35 familles (40,2%) avec 15 diagnostics monogéniques différents. Les gènes les plus fréquemment impliqués étaient NOTCH1 (8%), MYH6 (6,8%), puis NKX2.5 (3,4%) et ELN, JAG1 et RBFOX2 (2,3% chacun). Le séquençage du génome s'est révélé l'approche la plus contributive (37,1% des diagnostics), permettant notamment la détection de variants de structure non identifiables par d'autres techniques.
Conclusions : Cette première description mondiale d’une cohorte de MCC non-syndromiques familiales étudiées par NGS confirme l’intérêt du diagnostic moléculaire dans ces familles avec un rendement diagnostique élevé de 40,2%. De plus, le dépistage cardiologique des apparentés du 1er degré est primordial afin de ne pas méconnaitre une forme familiale et d’aider à l’interprétation moléculaire. L'étude souligne l'apport du séquençage du génome et met en évidence l'émergence de nouveaux gènes candidats rares comme RBFOX2, justifiant des collaborations internationales pour mieux caractériser leur implication.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Vincent MICHAUD, Claire BENETEAU, Cécile COURDIER, Guenaëlle LANCELOT, Kahia MESSAOUDI, Claudio PLAISANT, Pierre BLANC, Patrice BOUVAGNET, Guillaume JEDRASZAK, Caroline ROORYCK-THAMBO
17:30 - 17:45
#49659 - SS027 Utilisation du modèle Zebrafish pour l’évaluation de l’effet fonctionnel des délétions d’exon en phase du gène FLNC.
SS027 Utilisation du modèle Zebrafish pour l’évaluation de l’effet fonctionnel des délétions d’exon en phase du gène FLNC.
La filamine C, codée par le gène FLNC, est une protéine cytosolique exprimée dans les cellules musculaires et cardiaques. Les variants nuls de ce gène sont principalement associés au développement de cardiomyopathies dilatées (CMD). Toutefois, peu de données existent sur le lien entre les délétions d’exons en phase et le développement de CMD. Dans ce travail, le phénotypage d’un modèle zebrafish a été utilisé afin d’évaluer l’implication de délétions d’exon en phase du gène FLNC dans le développement de la CMD (exons 2, 25 et 42, dont certaines identifiées chez des patients atteints de CMD).
Le taux de survie, ainsi que les phénotypes musculaires et cardiaques d’embryons de zebrafish injectés au stade unicellulaire par 2ng de morpholino (MO) (ARN antisens modifiant l’épissage) ciblant les exons 2 (MO2), 25 (MO25) et 42 (MO42) du gène orthologue de FLNC chez le poisson-zébre flncb, ont été comparés aux contrôles adaptés (contrôle négatif p53, et positif MO11 ciblant l’exon 11 publié comme responsable de CMD (Begay, 2016)). La validation de l’effet des MO a été réalisée par RT-PCR. Le phénotype cardiaque est évalué par la présence d’œdème cardiaque à 3 jours post fertilisation (dpf). Le phénotype musculaire à 5dpf est évalué par 1) la mesure de la distance parcourue en 20min (tracking automatisé, DanioVision), 2) l’évaluation de la masse musculaire en loupe à polarisation et 3) la réalisation d’immunomarquage de la myosine (MF20) et de l’actine (phalloïdine). L’analyse statistique a été faite par test de Fisher et Mann Whitney.
Le taux de survie à 5dpf des zebrafish MO2 (n=94, 69%), MO11 (n=27, 52%), MO25 (n=83, 30%) et MO42 (%, n=33) n’est pas significativement réduit comparé au contrôle p53 (n=154, 63%). Les zebrafish MO25 présentent une proportion d’œdèmes cardiaques à 3dpf significativement plus importante (18%) que le contrôle p53 (0,6%, p=10-8) et comparable au contrôle CMD MO11 (11%, p=0.19). Les zebrafish MO2 et MO42 ne présentent pas d’œdème cardiaque. La distance parcourue en 20min est significativement réduite pour les zebrafish MO2 (269+/-426mm, p= 2.10-6, n=8), MO25 (542+/-617mm, n=11, p=2.10-5), et MO11 (523+/-929mm, n=10, p=1.10-4) et normale pour les MO42 (1994+/-1290mm, n=12, p=0.44) en comparaison au contrôle p53 (2097+/-1069mm, n=24). Une réduction de la masse musculaire en biréfringence associée à une désorganisation des sarcomères par immunomarquage pour les MO2, MO11 et MO25 a été observée.
En conclusion, ce travail conforte l’implication fonctionnelle du saut en phase de l’exon 25 comme possible cause de CMD. Les phénotypes musculaires décrits, sont nouveaux mais cohérents avec la fonction de la protéine, en particulier pour le saut de l’exon 2 localisé dans le domaine de liaison à l’actine.
Le modèle zebrafish offre la possibilité de réaliser des tests fonctionnels sur des variants identifiés chez les patients dans une délai rapide (<6mois) et se place comme un outil intéressant pour l’exploration post génomique des variants.
Flavie ADER (PARIS), Clarisse BILLON, Adrien BLOCH, Corinne METAY, Diala KHRAICHE, Philippe CHARRON, Eric VILLARD, Daniel OSBORN, Pascale RICHARD
17:45 - 18:00
#49693 - SS028 Nouvel outil diagnostique pour la classification des hypercholestérolémies sévères.
SS028 Nouvel outil diagnostique pour la classification des hypercholestérolémies sévères.
L’un des contributeurs majeurs de l’athérosclérose est l’hypercholestérolémie sévère (HS). Elle correspond à une entité multi étiologique définie par des valeurs de LDL Cholestérol (LDL-C) supérieures à 1,90 g/L (4,9 mmol/L). L’étiologie la mieux caractérisée est l’hypercholestérolémie familiale dont le dépistage génétique représente un défi sanitaire mondial puisqu’elle entraine un surrisque cardiovasculaire. Elle ne représente cependant qu’un tiers des HS et la prévalence des autres étiologies comme l’hypercholestérolémie polygénique, évaluée par des scores de risque génétique (GS), restent largement à préciser. Notre étude à pour but de mieux caractériser l’HS, d’évaluer les prévalences de ses étiologies afin d’améliorer la prise en charge des patients dont le diagnostic moléculaire est négatif.
Depuis 2015, nous avons dépisté plus de 5000 cas index par une approche NGS sur les gènes responsables de l’HF (LDLR, APOB, PCSK9 et APOE). Sur 4564 patients (≥ 18 ans, LDL-C ≥ 1,90 g/L, TG < 4 g/L), 1 816 cas présentent un variant pathogène ou vraisemblablement pathogène (M+), 2481 ne présentent pas de mutation (M-) et 267 un variant de signification inconnue.
Dans une approche combinant la distribution des déciles de concentration LDL-C de l’ensemble des patients (M+ et M-) et la distribution des déciles des valeurs de GS des patients M+, puis en appliquant un modèle additif généralisé nous avons obtenu des distributions modélisées pour les patients M+ et M-. Le biais de distribution des patients, les données relatives au risque cardiovasculaire et les variations du LDL-C au cours du suivi indiquent que les patients M- du 1er décile présentent les caractéristiques de l'HF monogénique, ce qui est validé par la mise en évidence de nouvelles altérations génétiques par une approche Long Read Sequencing. Par ailleurs, 50 % des patients M- regroupés sur seulement 25 % de notre nouvelle distribution combinée (déciles 6 à 10) permettent de définir les caractéristiques de l’hypercholestérolémie d’origine polygénique.
Grâce à cette approche il est possible de caractériser plus de 70 % des HS. D’une part en précisant les limites de l’hypercholestérolémie polygénique qui représente la moitié des patients sans mutation qui peuvent ainsi bénéficier d’un diagnostic moléculaire. D’autre part, elle identifie les patients pour lesquels des investigations génétiques supplémentaires sont nécessaires.
Alain CARRIÉ, Olivier BLUTEAU (Paris), Nathanael LAPIDUS, Philippe GIRAL, Sophie BÉLIARD, Valérie CARREAU, Randa BITTAR, Khaldia BELABBAS, Mathieu GEORGET, Philippe COUVERT, Hedi CHTIOUI, Samir SAHEB, Laetitia ROBILLARD, Wilfried LE GOFF, Maryse GUÉRIN, Jean Marc LACORTE, Dominique BONNEFONT-ROUSSELOT, Eric BRUCKERT, Francois PAILLARD, René VALERO, Antonio GALLO
18:00 - 18:15
#49989 - SS029 Le séquençage ARN Long-Read couplé au phasage haplotypique renforce le potentiel diagnostique du RNA-seq : application aux cardiomyopathies dilatées.
SS029 Le séquençage ARN Long-Read couplé au phasage haplotypique renforce le potentiel diagnostique du RNA-seq : application aux cardiomyopathies dilatées.
Contexte : Les maladies rares, principalement de cause génétique, affectent 250 millions de personnes dans le monde. Dans les maladies autosomiques dominantes comme les cardiomyopathies dilatées (CMD), le taux diagnostic ne dépasse pas 40%, menant à une perte de chance pour les patients en impasse diagnostique. Les variants d’épissage échappent fréquemment aux approches de séquençage ADN standards, car situés dans des régions peu couvertes ou d’interprétation difficile. Leur effet transcriptionnel peut cependant être révélé par séquençage de l’ARN. Alors que la technologie Short-Read (SR-ARN-seq) peine à restituer la complexité du transcriptome, le séquençage ARN Long-Read (LR-ARN-Seq) permettant le phasage haplotypique pourrait s’imposer comme un outil prometteur pour détecter des altérations transcriptionnelles jusqu’ici inaccessibles.
Objectif : Evaluer l’apport du séquençage ARN Long-Read et du phasage haplotypique pour réduire l’impasse diagnostique en particulier chez les patients CMD.
Méthodes : Nous avons réalisé un séquençage d’exome et de transcriptomes par LR-ARN-Seq et SR-ARN-Seq pour 25 échantillons de coeurs explantés de patients CMD. Les anomalies de structures des transcrits patient-spécifiques ont été explorées avec FRASER, avec ou sans phasage haplotypique.
Résultats : L’approche LR-ARN-Seq permet de détecter 90% des variants identifiables sur l’exome, à une couverture minimale de 20X, compatible avec la détection de mutations dans la majorité des gènes associés aux maladies génétiques rares. Dans les gènes d’intérêt, le taux diagnostic en LR-ARN-Seq ou en exome est identique avec 11 mutations identifiées (~40%). En élargissant à l’ensemble des gènes, l’analyse d’épissage par LR-ARN-Seq permet d’augmenter de 50% le taux de détection d’épissages aberrants par rapport au séquençage de l’exome. Cette amélioration s’explique notamment par l’identification de variants non accessibles (dont 17% de pseudo-exons) ou insuffisamment prédits in silico : 60% des variants causaux retrouvés ont une prédiction faible ou intermédiaire (score SpliceAI ou Pangolin < 0.8). À l’inverse, l’abaissement des seuils de prédiction à partir de l’ADN génère de nombreux faux positifs, avec 83 % des variants prédits (SpliceAI > 0,2) sans impact réel sur l’épissage.
Le LR-ARN-Seq surpasse le SR-ARN-Seq avec 70% d’évènements d’épissage identifiés en plus, principalement dans les régions répétées.
Le phasage, possible uniquement en LR et qui concentre l’analyse sur l’haplotype porteur du variant, amplifie la puissance de détection des effets quantitatifs d’expression, et permet d’identifier 25 évènements d’épissage aberrant supplémentaires.
Conclusion : Le séquençage ARN Long-Read améliore nettement la détection des anomalies transcriptionnelles et révèle des mécanismes potentiellement pathogènes inaccessibles aux approches classiques. Il constitue ainsi une piste prometteuse pour réduire l’impasse diagnostique dans les maladies mendéliennes.
Laëtitia RIALLAND (Paris), Claire PERRET, Laetitia DUBOSCQ-BIDOT, Hélène MADRY, Badreddine MOHAND OUMOUSSA, Jean-François PRUNY, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD, Eric VILLARD
18:15 - 18:30
#49990 - SS030 Le NGS ciblé de l’ARNm permet de guider la classification des variants de signification incertaine dans les gènes de cardiomyopathies.
SS030 Le NGS ciblé de l’ARNm permet de guider la classification des variants de signification incertaine dans les gènes de cardiomyopathies.
Contexte: Les cardiomyopathies héréditaires, à transmission autosomique dominante, permettent l’identification du variant causal dans 35% des cas par séquençage d’ADN génomique (ADNg). Les variants d’épissage expliqueraient une partie des formes non résolues, mais leur détection sur ADNg reste partielle, d’où l’intérêt de stratégies basées sur l’analyse des ARNm. Toutefois, le caractère tissu-spécifique des ARNm limite cette approche. Nous avons évalué, après optimisation analytique, une stratégie de NGS sur cellules sanguines avec capture ciblée des ARNm et ses conséquences pratiques sur la détection et la classification des variants.
Objectifs : 1) Évaluer une approche de NGS ciblé sur ARNm de cellules sanguines pour déterminer l‘impact des variants affectant l’épissage dans MYBPC3. 2) Identifier le type de prélèvement permettant de séquencer les ARNm des principaux gènes de cardiomyopathies.
Matériel et méthodes: Nous avons sélectionné 26 variants (16 introniques et 10 exoniques) du gène MYBPC3 détectés sur l’ADN et affectant potentiellement l’épissage. A partir de sang/tubes PaxGene, les ARN polyA+ ont été rétro-transcrits, capturés avec un design de sondes optimisé pour les 28 gènes du panel CMH et séquencés sur un NextSeq550. Avec l‘objectif d’une optimistation de la méthode pour son extension à plusieurs gènes difficilement analysables,, nous avons évalué comparativement différentes techniques de prélèvements et de préparations des ARNm sanguins.
Résultats: A partir des tubes PaxGene, la profondeur de couverture des jonctions de MYBPC3 est améliorée par la capture ciblée (x 1000), permettant une analyse fiable de l’épissage (RPM~6809, Profondeur moyenne ~ 2947X). Parmi 13 variants considérés comme des variants de signification incertaine, 11 (85%) ont pu être reclassifiés dont 10 en classe 4, soulignant l’intérêt majeur de cette approche dans la résolution de l’impasse diagnostique. La comparaison de la profondeur aux jonctions pour 3 types de prélèvements (PaxGene (n=64) ; LCL (n=32) et préculture cellulaire sur tubes ACD (n=64)) a permis de déterminer qu‘une profondeur minimale de 10X constitue le seuil minimal permettant l’interprétation des évènements d’épissage. Ce seuil est atteint dans plus de 80% des jonctions uniquement pour 50% et 46% des 28 gènes d’intérêts respectivement avec les approches PaxGene ou LCL. La préculture des cellules avant extraction démontre un meilleur rendement avec 79% des gènes d’intérêt accessibles, incluant les 9 gènes majeurs.
Conclusion: Le séquençage ciblé des ARNm à partir de cDNA issus des cellules sanguines permet une amélioration de la classification des variants d’épissage. L’utilisation d’une culture courte sur ACD améliore significativement le nombre de gènes accessibles, donnant accès à 79% des gènes d’intérêt dont les 9 gènes majeurs. Un prélèvement simploe et l’émergence d’outils informatiques de criblage dédiés à l’ARN-Seq permettent d’envisager cette approche comme une méthode de diagnostic .
Laëtitia RIALLAND (Paris), Imane BAATOUT, Pierre BOBIN, Léo BEAUDOIN, Emilie BLIN, Claire PERRET, Flavie ADER, Pierre DE LA GRANGE, Julie PROUKHNITZKY, Philippe CHARRON, Eric VILLARD, Pascale RICHARD
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| 18:30 - 20:30 |
COCKTAIL D'OUVERTURE
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| Mercredi 28 janvier |
| Heure |
Louis Lumiere |
Debussy |
Salon Ambassadeurs 2/3 |
Salon Ambassadeurs 1/3 |
Zone 1 - Salle 2 |
Zone 1 - Salle 1 |
Zone 1 - Salle 3 |
Espace débat - hall d'exposition |
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| 08:00 |
08:00-10:00
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A20
CONFERENCE PLENIERE 2
Single cell RNA-Seq et omiques spatiales
CONFERENCE PLENIERE 2
Single cell RNA-Seq et omiques spatiales
Modérateurs :
Claude HOUDAYER (PU PH) (Rouen), Cécile ROUZIER (PH) (Nice)
08:00 - 08:30
Approches multiomiques dans le diagnostic des maladies rares.
Julien GAGNEUR (Conférencier, Munich, Allemagne)
08:30 - 09:00
Atlas développementaux multimodaux du tractus urogénital chez l'homme : trajectoires normales et altérées.
Frederic CHALMEL (Conférencier, Rennes)
09:00 - 09:30
Séquences dans l'espace : Investigation transcriptomique des cellules dans leur contexte spatial, application à la SEP.
Bastien HERVÉ (Conférencier, Stockholm, Suède)
09:30 - 10:00
De l’analyse de la cellule unique au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques : l’exemple des liposarcomes dédifférenciés.
Sarah WATSON (Conférencier, PARIS)
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PAUSE-VISITE DES STANDS & EPOSTERS-SESSION1 POSTERS AFFICHES
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KF1
Session 1 - Posters affichés en présence des auteurs
Session 1 - Posters affichés en présence des auteurs
10:00 - 11:00
#48858 - P001 Évaluation de la performance des tests génétiques prénataux dans les cardiopathies congénitales: expérience du CHU Sainte-Justine.
P001 Évaluation de la performance des tests génétiques prénataux dans les cardiopathies congénitales: expérience du CHU Sainte-Justine.
Présentes chez environ 1 % des nouveau-nés, les cardiopathies congénitales (CC) représentent la malformation la plus fréquemment détectée en anténatal. Bien que souvent isolées et multifactorielles, on identifie une cause génétique dans environ 40 % des cas incluant des aneuploïdies, des variations du nombre de copies (CNV) ou des anomalies monogéniques. Certaines de ces anomalies seront à l’origine d’une atteinte multi-systémique et/ou développementale. L’identification d’une étiologie génétique en prénatal est donc essentielle pour clarifier le pronostic, orienter la prise en charge postnatale et préciser le conseil génétique. Ce projet, mené au CHU Sainte-Justine, visait à évaluer la performance réelle des tests génétiques prénataux basés sur le phénotype pour identifier les cas où une étiologie syndromique est en cause ainsi qu’à comparer le phénotype pré et post-natal en vue d’optimiser au besoin les tests proposés et le conseil en prénatal.
Une analyse rétrospective de 200 dossiers de patientes référées entre 2017 et 2018 pour une suspicion de CC fœtale a été réalisée. Après exclusion des cas avec échocardiographie normale ou anomalies mineures non pertinentes, 152 dossiers ont été inclus dans l’étude. Tous les cas ont bénéficié d’une évaluation génétique avec proposition de tests incluant QF-PCR ou FISH, CGH et, dans un tiers des cas, des analyses moléculaires ciblées. Le taux de diagnostic global était de 10 % d’aneuploïdies (3,9% isolées (CCI) et 17,7% non isolées (CCNI)), 5 % de CNV (2,6% CCI et 8% CCNI), et 3,6 % de causes monogéniques (0% CCI et 8% CCNI). À la révision des données post-natales, 23 % des enfants avaient une atteinte neurodéveloppementale significative, dont 17,5 % parmi ceux considérés comme isolés en prénatal. De plus, 39 % des cas jugés isolés en prénatal se sont révélés syndromiques en post-natal et 19 % présentaient une atteinte extra-cardiaque sévère non détectée à l’échographie (incluant un retard développemental modéré-sévère). Ces résultats soulignent les limites du phénotypage anténatal et la nécessité d’un conseil prénatal nuancé, même en présence d’une CC isolée. Ils mettent également en évidence la nécessité d’un suivi des nouveau-nés avec CC vu le risque d’autres anomalies associées, notamment du neurodéveloppement pouvant être secondaire à la CC elle-même ou indicatrice d’un syndrome génétique sous-jacent. Enfin, le rendement diagnostique global de 3,6 % des tests moléculaires dans notre étude est inférieur à celui rapporté dans la littérature (10–35 % par exome), possiblement en raison d’un échantillon trop petit, ou d’un sous-diagnostic lié à un défaut référence en génétique en post-natal ou à des tests moléculaires trop ciblés. Toutefois, aucun diagnostic n’a été posé en post-natal qui aurait été manqué en prénatal. Cette étude est pertinente dans un contexte de système de soins avec des ressources limitées où un exome prénatal pour toute anomalie fœtale majeure isolée n’est pas réaliste.
Camille T. LAGANIÈRE, Amélie DOUSSAU, Magdalena JAWORSKI, Laurence BEAULIEU-GENEST, Marie-Josée RABOISSON, Anne-Marie LABERGE, Marie-Ange DELRUE (Montréal, Canada)
10:00 - 11:00
#49300 - P005 Diagnostic prénatal et diagnostic pré-implantatoire dans les maladies cardiaques héréditaires : un état des lieux national.
P005 Diagnostic prénatal et diagnostic pré-implantatoire dans les maladies cardiaques héréditaires : un état des lieux national.
Contexte.
Les maladies cardiaques héréditaires, qu’il s’agisse de cardiomyopathies ou de troubles isolés du rythme ou de la conduction, exposent à un risque de mort subite et/ou d’insuffisance cardiaque. Leur transmission génétique, très majoritairement autosomique dominante, confronte les couples porteurs à des choix complexes en matière de projet parental. Le diagnostic prénatal (DPN) et le diagnostic pré-implantatoire (DPI) constituent deux options médicales permettant de prévenir la transmission de ces pathologies. Néanmoins, leur recours dans le cadre des maladies cardiaques isolées (non-syndromiques), reste peu documenté en France.
Méthode.
Une analyse rétrospective des données nationales collectées par l’Agence de la biomédecine a été réalisée. Les données étudiées s’étendent de 2009 à 2023 pour le DPN et de 2013 à 2023 pour le DPI. Les évolutions temporelles du recours à ces techniques ont été analysées par un modèle de régression de Poisson. L’évolution de la proportion des techniques réalisées dans le cadre de maladies cardiaques isolées parmi l’ensemble des indications cardiologiques (isolées et syndromiques) a également été analysée.
Résultats.
Entre 2009 et 2023, 59 DPN ont été réalisés pour une maladie cardiaque isolée (moyenne 3,9/an), dont 39 % ont révélé que le fœtus était porteur. Toutes les grossesses avec un fœtus porteur identifié ont été suivies d’une interruption médicale de grossesse jusqu’en 2018, dernière année à laquelle cette donnée a été rapportée. Une augmentation moyenne de 19,5 % par an du recours au DPN a été observée (p < 0,000001). Concernant le DPI, 91 demandes ont été déposées entre 2013 et 2023, dont 58 acceptées (moyenne 5,3/an, taux d’acceptation ~68%). L’analyse statistique révèle une augmentation annuelle moyenne de 11,8 % des demandes acceptées (p=0,010). La part des DPN et DPI réalisés dans un contexte de maladie cardiaque isolée parmi l’ensemble des indications comprenant une atteinte cardiaque a montré une légère tendance à l’augmentation au cours du temps.
Conclusion.
Cette étude constitue la plus large évaluation nationale du recours au DPN et au DPI dans le cadre des maladies cardiaques héréditaires isolées. Les résultats montrent des nombres absolus faibles au regard de la prévalence élevée des maladies cardiaques héréditaires, mais une augmentation significative de leur pratique au cours des dernières années. Ces résultats illustrent la complexité des décisions médicales et éthiques dans ce contexte, ainsi que la nécessité de poursuivre les recherches pour mieux comprendre les déterminants du recours à ces techniques et mieux accompagner les couples concernés.
Isabelle JONVEAUX (Paris), Ousmane SUWAREH, Julie PROUKHNITZKY, Agathe BERTINOTTI, Céline BORDET, Estelle GANDJBAKHCH, Philippe CHARRON
10:00 - 11:00
#49629 - P013 25 ans de Diagnostic préimplantatoire à Strasbourg.
P013 25 ans de Diagnostic préimplantatoire à Strasbourg.
Introduction
Le diagnostic préimplantatoire (DPI) est autorisé en France depuis 1994. Le centre de DPI de Strasbourg a été l’un des premiers à débuter cette activité en 1999. Aujourd’hui, 5 centres sont autorisés par l’agence de la biomédecine. La loi française réglemente strictement le DPI qui ne peut rechercher que l’anomalie héritée des parents, ou d’un ascendant immédiat, qu’elle soit moléculaire ou cytogénétique. Ceci limite l’utilisation de technologies pangénomiques et interdit la recherche des aneuploïdies (DPI-A).
Au cours des années, nous avons dû nous adapter à de nombreux changements et défis techniques et légaux. L’organisation et l’activité de DPI ont pu progresser grâce aux évolutions scientifiques en embryologie et en génétique. Nous souhaitons présenter les étapes et chiffres clés des 25 années d’expérience dans le centre de DPI de Strasbourg.
Résultats
Nous avons validé plus de 400 tests PCR (polymerase chain reaction) spécifiques pour 176 maladies monogéniques différentes et plus de 300 tests FISH (fluorescence in situ hybridization) pour des réarrangements chromosomiques variés ou sexage (pour les maladies liées à l’X). Entre octobre 1999 et octobre 2024, 2909 dossiers ont été ouverts (67% pour les indications moléculaires, 32% pour les indications chromosomiques et 1% pour indications mixtes), 3424 cycles ont débuté aboutissants à 3210 ponctions d’ovocytes (38 000 ovocytes ponctionnés) et 2740 biopsies (14 312 embryons). Sur 2822 transferts (52% frais, 48% congelés), il y a eu 917 grossesses évolutives (32%/TE) et 872 bébés sont nés.
Julia LAUER ZILLHARDT (STRASBOURG), Emmanuelle KIEFFER, Julie ROOS, Elodie JAVEY, Gaétan CARAVELLO, Sarah DONAT, Nathalie GARDES, Catherine HAMM, Karen LEVESQUEAU, Jean-Christophe NICOD, Vanesha KEMPF, Elodie KIEFFER, Laetitia BIERLING, Magali BEAUGEY, Chloé SCHAMPER, Marine STREIFF, Emilie BEAU, Marion CERVANTES, Marie-Laure KELLER, Linda RAMDANI, Céline MICHEL, Karima BETTAHAR, Olivier PIRRELLO, Justine RISS, Catherine RONGIERES, Louise GONTARD, Arthur LUTON, Jean-Baptiste DURAND, Philippe GOSSET, Céline MOUTOU
10:00 - 11:00
#49763 - P017 Évaluation de la valeur prédictive positive du dépistage biochimique de la trisomie 21 : expérience tunisienne.
P017 Évaluation de la valeur prédictive positive du dépistage biochimique de la trisomie 21 : expérience tunisienne.
Le dépistage biochimique de la trisomie 21 (T21) repose sur le dosage, dans le sang maternel, de la PAPP-A et l’hCG au premier trimestre (T1) et de l’alpha-foetoprotéine (AFP), l’estriol non conjugué (uE3) et l’hCG sérique au deuxième trimestre (T2).
Aujourd’hui, les marqueurs sériques maternels (MSM) sont utilisés en première intention dans de nombreux pays pour le dépistage des anomalies chromosomiques fœtales. Une évaluation de la valeur prédictive positive (VPP) vise à réduire les faux positifs, limiter l’anxiété maternelle et prévenir les complications iatrogènes liées à l’amniocentèse (taux de perte fœtale estimé à 1/100 procédures).
Nous avons conduit une étude rétrospective portant sur 90 patientes ayant consulté au service de génétique de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis pour des MSM pathologiques entre Janvier 2025 et Avril 2025. Toutes les patientes ont eu un prélèvement de liquide amniotique avec étude de caryotype fœtal. L’étude par FISH a été réalisée dans certains cas.
Les 90 patientes âgées de 23 à 45 ans [moyenne=39ans] sont adressées pour amniocentèse. 47 avaient bénéficié d’un dépistage T1 (11SA+2j–13SA+6j) et 43 d’un dépistage T2 (14SA+2j–19SA+1j).
Nous avons réparti nos patientes sur 3 groupes selon la valeur estimée du risque de T21 au MSM : groupe 1 avec un risque >1/50 fait de 35 patientes, groupe 2 avec un risque entre 1/51 et 1/250 fait de 52 patients et groupe 3 avec un risque entre 1/251-1/1000 fait de 3 patientes.
En plus du caryotype fœtal, 11 études par FISH ont été réalisées devant un risque T21=1 (1cas), un DPNI positif pour la T21 (1cas), un risque >1/50 pour les trois aneuploïdies 13,18 et 21 en même temps (3 cas), les six autres avaient un terme avancé.
Six cas de T21 ont été confirmés : 5/35 dans le groupe 1 et 1/52 dans le groupe 2, dont 3 confirmés par FISH avant le caryotype.
Nous rapportons notamment une anomalie de structure, une microdélétion 3q22.33q24 (10,8 Mb) découverte devant un risque biochimique T1=1/118 et combiné à 1/684 avec une PAPP-A basse (0,33 MoM). Un DPNI a permis de suspecter cette anomalie avant l’étude du caryotype.
Ces résultats suggéraient les performances suivantes:
• VPP seuil >1/50 : 14,3 % (5/35)
• VPP seuil entre 1/51 et 1/250 : 6,9 % (6/87)
• Aucune anomalie n’a été rapportée pour le groupe ayant un seuil entre 1/251 et 1/1000.
Le taux global de faux positifs atteignait 93,3 %. Un cas d’avortement post-amniocentèse avec caryotype normal a été observé (1/90).
En Tunisie, l’absence d’un accès large au DPNI impose l’optimisation des seuils de risque des MSM pour l’indication de l’étude du caryotype fœtal et l’insistance sur l’approche combinée (échographie + MSM). Par ailleurs, des MSM anormaux avec caryotype normal doivent alerter sur la possibilité d’autres anomalies. L’interprétation clinique élargie est nécessaire pour améliorer la prise en charge materno-fœtale.
Emna KOUBAA, Mediha TRABELSI, Tergui WISSAL (Tunis, Tunisie), Ines OUERTANI
10:00 - 11:00
#49833 - P021 Apport de la CGH array dans les grossesses à haut risque de trisomie 21 isolée (>1/50) : une étude de cohorte rétrospective.
P021 Apport de la CGH array dans les grossesses à haut risque de trisomie 21 isolée (>1/50) : une étude de cohorte rétrospective.
Contexte :
En France, il est recommandé de proposer de proposer un prélèvement invasif aux femmes ayant un risque combiné au 1er trimestre supérieur à 1/50 pour la trisomie 21. Toutefois, avec l'émergence des tests non invasifs reposant sur l’analyse de l'ADN libre circulant du génome entier, la place des examens invasifs dans cette population à haut risque est désormais discutée. Notre étude vise à étudier une cohorte de femme ayant un haut risque de trisomie 21 isolé, qui ont bénéficié d’un prélèvement invasif avec une analyse par CGH array.
Méthode :
Il s’agit d’une étude rétrospective comprenant 163 femmes ayant un dépistage combiné de la trisomie 21 au 1er trimestre à un haut risque (>1/50) sans hyper clarté nucale ni anomalie échographique au 1er trimestre, et qui ont bénéficié d’un prélèvement invasif avec une CGH array à la maternité de Necker Enfants Malades entre 2017 et 2023. L’étude a consisté dans un premier temps à répertorier les anomalies chromosomiques identifiées par CGH array dans cette population, puis à analyser les facteurs biologiques et échographiques associées à un déséquilibre génomique par un test de Wilcoxon. Enfin, chaque anomalie chromosomique identifiée par CGH array a été analysée rétrospectivement afin de déterminer si le dépistage non invasif par ADN libre circulant du génome entier aurait pu les dépister.
Résultats :
Des anomalies chromosomiques ont été identifiées dans 23 % des cas (38/163) : 27 trisomies 21, 6 autres aneuploïdies (2 trisomies 18, 2 trisomies 16 et 1 trisomie 22 en mosaïque, 1 monosomie X en mosaïque), 2 aneuploïdies placentaires confinées au placenta (1 trisomie 13 et 1 trisomie 22), 2 CNV de classe 2 (probablement bénin) et 1 CNV de classe 5 (pathogène). Toutes les anomalies de mauvais pronostic sur le plan neuro-développemental auraient pu théoriquement être détectées par le test non invasif. Un faible taux de PAPPA était significativement associé à une CGH array avec déséquilibre (p < 0,001).
Discussion - Conclusion :
Les anomalies chromosomiques, autres que la trisomie 21, détectées par ACPA chez les femmes ayant un risque élevé isolé au dépistage non invasif sont rares et hétérogènes. Bien qu'elles ne soient pas toutes détectables par l'ADN libre circulant génome entier, toutes les anomalies de mauvais pronostic sur le plan neurodéveloppemental auraient été théoriquement dépistées selon les résultats de notre étude. De ce fait, les tests d'ADN libre circulant génome entier pourraient être une alternative à l'analyse par ACPA chez les femmes dont les grossesses sont à haut risque isolé de T21. Cependant, en cas de PAPPA basse au 1er trimestre, une analyse par ACPA à partir d’un prélèvement invasif serait préférable car elle permet d’obtenir un diagnostic rapide et d’éviter le délai supplémentaire de prise en charge inhérent au test de dépistage non invasif.
Helyett OLLIVIER (Paris), Valérie MALAN, Raphaël BARTIN, Jean-Michel DUPONT, Julien STIRNEMANN, Yves VILLE, Matthieu DAP
10:00 - 11:00
#49038 - P025 Diagnostic prénatal et suivi du syndrome blépharocheilodontique (CDH1 et CTNND1) : élargissement du spectre phénotypique.
P025 Diagnostic prénatal et suivi du syndrome blépharocheilodontique (CDH1 et CTNND1) : élargissement du spectre phénotypique.
Le syndrome blépharochéilodonte (BCDS) est une maladie rare et multisystémique, caractérisée par une fente labiale et/ou palatine (CLP), des anomalies des paupières et dentaires. Il est lié à des variants pathogènes hétérozygotes identifiés dans deux gènes : CDH1, codant pour l’E-cadhérine, protéine clé de l’adhésion épithéliale, et CTNND1, codant pour la p120-caténine, régulateur jonctionnel. Ces protéines interviennent dans la cohésion, la polarité et la morphogenèse épithéliale. Une collaboration européenne a permis de rassembler 25 cas, dont 13 porteurs d’un variant de CDH1 et 12 de CTNND1. L’analyse de ces données a permis de mieux définir le phénotype prénatal et postnatal.
Des anomalies prénatales ont été observées dans 58 % des cas, le plus souvent des CLP. Le BCDS lié à CDH1 se caractérisait plus souvent par des anomalies craniofaciales, parfois associées à une hypothyroïdie congénitale et une imperforation anale. Un cas de cancer gastrique diffus est décrit chez une patiente. Le BCDS lié à CTNND1 se présentait plus fréquemment sous forme de syndrome polymalformatif avec des anomalies extracraniofaciales, sans cas de cancer rapporté dans notre cohorte. Une pénétrance incomplète et une expressivité variable ont été observées, sans corrélation génotype- phénotype identifiée.
Les formes de BCDS liées à CDH1 et CTNND1 représentent des syndromes proches mais distincts. Nos résultats soutiennent la réalisation d’un exome prénatal en cas de CLP. Ils recommandent un dépistage systématique d’un trouble thyroïdien à la naissance, associé à un bilan cardiaque, une échographie abdominale et un examen clinique pelvien approfondi. Enfin, ils soulignent la nécessité d’une prise en charge multidisciplinaire au long cours et d’une gestion coordonnée du risque tumoral.
Cindy COLSON (LILLE), Jamal GHOUMID, Florence PETIT, Sylvie MANOUVRIER, Adrien TRAN MAU THEP, Alessandra RENIERI, Laurence PERRIN, Mathilde NIZON, Maria-Antonietta MENCARELLI, Margot HENRI, Lorenzo LOBERTI, Marine LEGENDRE, Pablo LAPUNZINA, Jolien KLEIN WASSINK-RUITER, Guillaume JOURET, Yvan HENRENGER, Jaqueline EASON, Jeromine CARRET, Marie-Pierre ALEX-CORDIER, Muriel HOLDER
10:00 - 11:00
#49119 - P029 Génome non codant et syndrome Nail-Patella : vers une médecine de précision.
P029 Génome non codant et syndrome Nail-Patella : vers une médecine de précision.
Le syndrome Nail-Patella (NPS) est une maladie rare causée par l'haploinsuffisance ou la perte de fonction du gène LMX1B, caractérisée principalement par des anomalies squelettiques, une atteinte rénale et ophtalmologique, avec une expressivité variable. Le pronostic fonctionnel est principalement lié à l’importance de l’hypoplasie/aplasie de la patella, tandis que le développement d’une atteinte glomérulaire chez 20-50% des patients peut conduire à l’insuffisance rénale. Des recommandations de surveillance multidisciplinaire régulière ont été publiées en 2020 dans le cadre du Protocole National de Diagnostic et de Soins.
Nous rapportons quatre familles atteintes de NPS en lien avec des anomalies du génome non codant identifiées par séquençage haut-débit, et confirmées par des techniques de cytogénétique ou biologie moléculaires conventionnelles. Nous décrivons les éléments cis-régulateurs (CRE) tissu-spécifiques et diverses anomalies moléculaires au locus de LMX1B : une délétion de CRE, deux variations structurales perturbant l'interaction CRE-promoteur et un variant du 5'UTR responsable d'une diminution de l'expression due à un cadre de lecture ouvert (ORF) en amont.
Ces données associées à la revue de la littérature récente montrent que les mécanismes moléculaires concernant le génome non codant peuvent avoir un impact tissu-spécifique sur l’expression du gène, à l’origine de formes incomplètes du syndrome, mais également modifier son mode héréditaire classique. Alors qu'environ 95 % des individus atteints de NPS sont porteurs de variants pathogènes hétérozygotes dans les régions codantes du gène LMX1B, des altérations non codantes expliquent l’impasse diagnostique dans les autres cas. Ce travail illustre l'importance du diagnostic génomique (altération de l’ORF versus altération des CRE) pour la médecine de précision et le conseil génétique dans les maladies rares.
Perrine BRUNELLE, Anne-Sophie JOURDAIN, Fabienne ESCANDE, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Sonia BOUQUILLON, Valérie CORMIER-DAIRE, Alexandra DESDOITS, Didier LACOMBE, Arnaud MOLIN, Nicolas GRUCHY, Renaud TOURAINE, Julien VAN GILS, Jamal GHOUMID, Luc THOMES, Florence PETIT (LILLE)
10:00 - 11:00
#49314 - P033 Étude transcriptomique de phénotypes atypiques et atténués dans les RNU4ATAC-opathies.
P033 Étude transcriptomique de phénotypes atypiques et atténués dans les RNU4ATAC-opathies.
En 2011, des variants pathogènes bi-alléliques de RNU4ATAC, ont été identifiés chez des patients atteints de nanisme microcéphalique ostéodysplasique primordial de type 1 (MOPD1), ou syndrome de Taybi-Linder (TALS). Par la suite, des mutations de ce gène ont également été associées aux syndromes de Roifman (RFMN) et de Lowry-Wood (LWS), ainsi qu’à une forme chevauchante avec une ciliopathie, le syndrome de Joubert. Ces pathologies rares se caractérisent, à des degrés variables, par une microcéphalie, une déficience intellectuelle, un retard de croissance, une dysplasie osseuse, des anomalies oculaires et une immunodéficience. Les formes les plus sévères du TALS entraînent un décès précoce.
Le gène RNU4ATAC est transcrit en un petit ARN nucléaire, U4atac, composant du splicéosome mineur, responsable de l’épissage d’environ 1% des introns du génome humain, appelés introns mineurs. Des analyses short-read bulk RNA-seq réalisées en particulier par notre équipe sur différents modèles, notamment des cellules de patients atteints de TALS ou de RFMN, ont montré que la rétention d’intron mineurs est la principale conséquence des mutations de RNU4ATAC.
Grâce à un appel à collaboration national (AnDDI-Rares) et européen (ERN-ITHACA), nous avons identifié 67 nouveaux patients et 17 nouveaux variants. Certains patients présentent des phénotypes atténués ou atypiques, parfois associés à de nouveaux variants. Afin d’étudier les niveaux de rétention d’introns mineurs et de confirmer la pathogénicité de ces variants, une analyse short-read bulk RNA-seq a été réalisée à partir de lignées lymphoblastoïdes dérivées de 9 de ces nouveaux patients, dont 7 présentent une forme atténuée ou atypique, ainsi que de leurs contrôles appariés. Nos résultats montrent des rétentions d’introns mineurs massives spécifiques chez tous les patients analysés, validant le fait que ces formes atténuées ou atypiques sont bien des RNU4ATAC-opathies
Alexia RABEC (Lyon), Silvestre CUINAT, Alicia BESSON, Isabella BORG, Anne DIEUX, Bertrand ISIDOR, Alissandre LECORDIER, Victoria PAUL, Céline POIRSIER, Radka STOEVA, Irene VALENZUELA PALAFOLL, Martin WETZKE, Marion DELOUS, Sylvie MAZOYER
10:00 - 11:00
#49438 - P037 Syndrome de Goltz chez un homme adulte en lien avec un variant d’épissage hémizygote du gène PORCN.
P037 Syndrome de Goltz chez un homme adulte en lien avec un variant d’épissage hémizygote du gène PORCN.
Le gène PORCN est responsable du syndrome de Goltz ou Hypoplasie dermique en aires (MIM 305600). Ce syndrome rare se caractérise par un spectre d’anomalies du développement associant une atteinte cutanée caractéristique, des anomalies oculaires, squelettiques, dentaires et des extrémités ainsi qu’une asymétrie. De transmission autosomique dominante liée à l’X, le syndrome de Goltz est considéré comme létal in utero chez les hommes, sauf très rarement en présence d’un variant de novo en mosaïque. Seuls quatre enfants de sexe masculin (issus de deux familles) porteurs d’un variant hémizygote du gène PORCN ont été rapportés dans la littérature. Tous sont décédés dans l’enfance. Nous rapportons ici la première observation d’un homme adulte porteur d’un variant pathogène hémizygote homogène du gène PORCN.
Une analyse génomique en solo sur la plateforme SeqOIA a été réalisée chez un homme de 35 ans sans domicile fixe adressé en consultation pour l’association de difficultés d’apprentissage et d’un colobome unilatéral. L’examen retrouvait un strabisme, une hypoplasie des clavicules, une syndactylie 2-3 des orteils ainsi qu’une calvitie précoce, une papillomatose cutanée et une asymétrie faciale et thoracique. L’analyse génomique a identifié le variant c.525C>G du gène PORCN (NM_203475.3) à l’état hémizygote (fréquence allélique 100%), prédit in silico pour affecter l’épissage : SpliceAI prédit un affaiblissement du site donneur canonique de l’exon 5 (Donor Loss : 0.33) et la création d’un nouveau site cryptique donneur d’épissage (Donor Gain : 0.99), situé 31 bases en amont du site canonique. Ceci entrainerait la perte hors-phase des 31 dernières bases de l’exon 5. Malgré le fait que le variant soit à l’état hémizygote, l’analyse du transcrit du gène PORCN par RNAseq retrouve à la fois des transcrits porteurs de l’anomalie d’épissage prédite et des transcrits wild-type. Ceci confirme l’effet partiel du variant. Le variant a été recherché et retrouvé dans d’autres tissus (ongles et urines), confirmant son caractère homogène.
Nous rapportons donc le premier cas adulte masculin atteint du syndrome de Goltz en lien avec un variant pathogène du gène PORCN à l’état hémizygote homogène. L’hypothèse évoquée est celle d’un effet partiel du variant sur l’épissage, à l’origine de la présence à la fois de transcrit anormal mais également de transcrit wild-type, expliquant ainsi le phénotype modéré du syndrome de Goltz chez ce patient et sa survie à l’âge adulte.
Juliette QUILICHINI (Paris), Pierre BLANC, Alban LERMINE, Julien BURATTI, Julie BOGOIN, Aurélie LAFITTE, Elodie LEJEUNE, Corinne MACH, Valérie OLIN, Claude ESTRADE, Fabienne RAJHONSON, Caroline NAVA, Boris KEREN, Daphné LEHALLE
10:00 - 11:00
#49750 - P041 Des variants pathogènes mono-alléliques de JAG1 sont associés à des néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes isolées.
P041 Des variants pathogènes mono-alléliques de JAG1 sont associés à des néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes isolées.
La néphropathie tubulo-interstitielle autosomique dominante (NTIAD) est une maladie monogénique génétiquement hétérogène, conduisant à l’insuffisance rénale terminale à l’âge adulte en raison de lésions rénales à type de fibrose interstitielle non inflammatoire avec atrophie tubulaire. Elle est causée par des variations mono-alléliques pathogènes dans les gènes UMOD, MUC1, REN, HNF1B ou SEC61A1. Cependant, dans 25 à 50% des cas, aucune cause n’est identifiée.
Nous rapportons une cohorte de 203 familles présentant un phénotype de NTIAD, testées dans le service de médecine génomique des maladies rares de l’hôpital Necker entre 2017 et 2024. Un variant pathogène UMOD a été identifié dans 77 familles (37.9%), MUC1 dans 54 familles (26.6%), HNF1B dans 4 familles, SEC61A1 dans 2 familles, REN dans 3 familles. Dans 28 familles un variant pathogène a été identifié dans un gène impliqué dans un autre type de néphropathie autosomique dominante (« phénocopies») : 12 DNAJB11, 6 IFT140, 2 SALL1, 1 PAX2, 1 OCRL, 3 COL4A5, 1 COL4A3, 1ALG5, et 1 PBX1.
Nous avons identifié un variant pathogène hétérozygote dans le gène JAG1 (habituellement associé au syndrome d’Alagille) dans 3 grandes familles de NTIAD dans lesquelles de nombreux individus se présentaient avec une maladie rénale isolée. Dans ces familles les variants JAG1 ségrégeaient avec la maladie. Dans deux familles, un enfant de la quatrième ou cinquième génération a présenté un phénotype de syndrome d’Alagille, alors qu’aucun des 23 patients adultes atteints n’avait d’atteinte extra-rénale, même après « rétrophénotypage » détaillé. Les études d’expression par RNAseq ciblé et par western blot, et l’analyse de lignées de cellules épithéliales rénales d’origine urinaire suggèrent que la physiopathologie de la maladie rénale n’implique pas le stress du réticulum endoplasmique (contrairement aux autres causes de NTIA), et serait plutôt liée à une haplo-insuffisance de JAG1. Ces résultats compliquent le conseil génétique dans ces familles. Les mécanismes conduisant les variants pathogènes JAG1 à une pathologie rénale isolée, distincte des atteintes rénales classiquement décrites dans le syndrome d’Alagille, restent à déterminer.
Lucie MENGUY, Laurent HUDIER, Mohamad ZAIDAN, Bertrand KNEBELMANN, John A SAYER, Juliana ARCILA GALVIS, Christelle ARONDEL, Aurelie HUMMEL, Guillaume DORVAL (Paris), Vincent MORINIÈRE, Landrine FULA-PITU, Chiara GUERRERA, David BUOB, Maud RABEYRIN, Pierre MARIJON, Nolwen JEAN-MARCAIS, Chloe FOURNIER, Jean-Paul DUONG VAN HUYEN, Corinne ANTIGNAC, Sophie SAUNIER, Laurence HEIDET
10:00 - 11:00
#49173 - P045 Cytogenetic profile of patients with clinical spectrum of ambiguous genitalia, amenorrhea, and Turner phenotype: A 21-year single-center experience.
P045 Cytogenetic profile of patients with clinical spectrum of ambiguous genitalia, amenorrhea, and Turner phenotype: A 21-year single-center experience.
The aim of the present study was to determine the frequency and nature of chromosomal abnormalities involved in patients with the clinical spectrum of ambiguous genitalia (AG), amenorrhea, and Turner phenotype, in order to compare them with those reported elsewhere. The study was conducted in the Cytogenetic Department of Pasteur Institute of Morocco, and it reports on the patients who were recruited between 1996 and 2016. Cytogenetic analysis was performed according to the standard method. Among 1,415 patients, chromosomal abnormalities were identified in 7.13% (48/673) of patients with AG, 17.39% (28/161) of patients with primary amenorrhea (PA), 4% (1/25) of patients with secondary amenorrhea, and 23.20% (129/556) of patients with Turner phenotype. However, Turner syndrome was diagnosed in 0.89% (6/673) of patients with AG, 10.56% (17/161) of patients with PA, and 19.78% (110/556) of patients with Turner phenotype. In addition, Klinefelter syndrome and mixed gonadal dysgenesis were confirmed in 2.97% and 1.93% of patients, respectively, with AG, while, chimerism, trisomy 8, and trisomy 13 were confirmed only in 0.15% each. Trisomy 21 was confirmed in patients with AG and Turner phenotype (0.15% and 0.36%, respectively). Moreover, 5.60% (9/161) of patients with PA have been diagnosed as having sex reversal. Thus, the frequency of chromosomal abnormalities observed in Moroccan patients with PA is comparable to that reported in Tunisia, Turkey, Iran, and Hong Kong. However, the frequency is significantly less than that identified in India, Malaysia, Italy, and Romania.
Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Boutaina BELKADY, Hicham CHAROUTE, Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Sanaa NASSEREDDINE, Chadli ELBAKAY, Boubker NASSER, Abdelhamid BARAKAT, Hassan ROUBA
10:00 - 11:00
#49374 - P049 Sortir de l’errance diagnostique : Réévaluation des variations du nombre de copies de signification incertaine de plus de 1 Mb survenus de novo chez 208 patients.
P049 Sortir de l’errance diagnostique : Réévaluation des variations du nombre de copies de signification incertaine de plus de 1 Mb survenus de novo chez 208 patients.
Introduction et Objectifs
L’Observatoire du Diagnostic, coordonné par la filière AnDDI-Rares, a proposé 3 sous-études (Work Package 1, 2 et 3) visant à réduire les situations d’impasse diagnostique des patients atteints d’anomalies du développement (AD), associés ou non à un trouble du développement intellectuel (TDI).
Le Work Package 2, réalisé en partenariat avec le réseau AChroPuce et l’ACLF, a visé à identifier l’ensemble des variations du nombre de copies (CNV) de signification incertaine (VSI) de plus de 1 Mb de novo identifiées depuis le début des analyses en ACPA dans les laboratoires partenaires en France. Une première étape de réanalyse de ces CNVs a permis d’évaluer l’intérêt de la réinterprétation périodique des données VSI et l’apport de l’évolution des connaissances scientifiques dans la reclassification. Les patients restés en impasse diagnostique suite à cette reclassification, porteurs de CNVs restés VSI ou reclassés en probablement bénin ou bénin, ont été invités à une réévaluation en consultation de génétique. Une reprise des investigations leur a été proposée, notamment par en leur proposant un séquençage de génome dans le cadre des préindications du Plan France Médecine Génomique 2025.
Matériels et Méthodes
Etude multicentrique, avec une partie rétrospective et une partie prospective, proposée à l’ensemble des laboratoires du réseau AChroPuce et l’ensemble des CRMR/CCMR de la filière AnDDI-Rares, avec une période de recrutement de juillet 2022 à mars 2025.
Résultats, Discussion et Conclusion
Suites aux réponses de 30 laboratoires à l’appel à collaboration, un total de 208 patients porteurs de 211 CNVs remplissant les critères d’éligibilité ont été inclus dans l’étude. La date de la première analyse de CNV s’étend de 2007 à 2023. 46% des CNV sont des gains de copie (n=97), 54 % des délétions (n=114). 51% ont une taille de 1 à 2 Mb (n=107), 22% de 2 à 3Mb (n=45), 10% de 3 à 4 Mb (n=21), 4% de 4 à 5 Mb (n=9), et 13% de plus de plus de 5Mb (n=27). A noter la présence 12 CNV récurrents, dont 7 PIEV, et 7 cas de remaniements chromosomiques complexes et de mosaïques.
La réinterprétation des CNV a permis un taux de reclassification de 17% (36/211), ce taux s’élève à 23% (13/57) pour les CNV >3Mb. 5 CNV ont été reclassés en bénin ou probablement bénin, 25 en pathogène ou probablement pathogène, 6 en variants à pénétrance incomplète et expressivité variable (PIEV). Le taux de réinterprétation est de l’ordre de 20% en moyenne par an dès la deuxième année après le rendu du résultat initial.
La collecte et l’interprétation des données des génomes réalisées est en cours (c. n=40). Le taux de reclassification ainsi que la question de la contribution ou non du CNV de >1Mb à l’éventuel diagnostic posé seront étudiés.
Laura FEYEREISEN (Strasbourg), Céline DAMPFHOFFER, Niki SABOUR, Thi Thu CREUSVAUX, Assoumpta MBARUSHIMANA, Sofiane KORCHI, Fofana KANGOU, Laurence BELLENGIER, Elisa PIRAS FERENCZ, Mathilde LAUBERT, Ndeye Fatou NGOM, Anna NIKOLAEVA, Zakia NEJJARI, Laurent DEMOUGEOT, Laurence FAIVRE, Jean-Marie RAVEL, Valérie MALAN, Damien SANLAVILLE, Martine DOCO-FENZY
10:00 - 11:00
#49493 - P053 Expérience française dans le diagnostic cytogénétique des syndromes d’instabilité chromosomique : Fanconi, Bloom et autres maladies cassantes.
P053 Expérience française dans le diagnostic cytogénétique des syndromes d’instabilité chromosomique : Fanconi, Bloom et autres maladies cassantes.
Introduction :
Les maladies cassantes ou syndromes d’instabilité chromosomique constituent des syndromes rares de prédisposition au cancer, liés à des anomalies dans les systèmes de réparation de l’ADN. certaines nécessitent un examen cytogénétique spécialisé.
Matériel et méthodes :
Nous avons analysé l’activité de notre laboratoire sur la période de plus de 10 ans. Les techniques incluent la mise en culture avec agents clastogènes pour la recherche d’anémie de Fanconi et l’étude des échanges de chromatides sœurs pour le syndrome de Bloom. Les recherches plus ponctuelles d’ataxie-télangiectasie ou d’autres syndromes cassants ont également été considérées.
Résultats :
Anémie de Fanconi : du 01/01/2020 au 30/06/2025, 303 prélèvements reçus ; 18 diagnostics confirmés. Il y aune bonne corrélation avec les tests fonctionnels et c'est FANC A qui est principalement muté. L’âge au diagnostic variait de 2 mois à 47 ans. Les indications les plus fréquentes concernaient des anomalies hématologiques (cytopénies, aplasies, leucémies) ou un syndrome malformatif évocateur et les enquêtes familiales. De nouvelles indications émergent : exploration de variants identifiés en génotypage, cancers solides du sujet jeune, insuffisance ovarienne précoce.
Syndrome de Bloom : depuis 2016, 27 prélèvements reçus ; 6 cas confirmés, chez des patients âgés de 7 mois à 53 ans. Les indications principales étaient un retard de croissance associé à des hémopathies ou cancers, ou la découverte de mutations (sujet ou parents) par génotypage.
Ataxie-télangiectasie : les demandes deviennent rares, les mutations d’ATM étant désormais aisément identifiées par NGS. Quelques cas persistent pour étude de clones sanguins. Par ailleurs, certains réarrangements évocateurs d’AT ont été observés lors d’analyses pour Fanconi.
Autres syndromes : 6 suspicions encore plus rares ont été adressées comme des Nijmegen ou des ICF syndromes.
Discussion – Conclusion :
En France, le circuit diagnostique débute généralement par un test cytogénétique sur sang, suivi de tests fonctionnels (notamment à Saint-Louis pour Fanconi) et d’analyses moléculaires (Institut Curie pour la recherche de mutations). L’expérience acquise montre la diversité des indications et l’élargissement progressif des motifs de prescription au-delà des tableaux classiques. La cytogénétique conventionnelle demeure une étape clé pour confirmer ou orienter le diagnostic de ces syndromes rares de prédisposition au cancer.
Nathalie AUGER (Villejuif), Etienne ROULEAU, Alexander VALENT, Jean SOULIER, Pages MÉLANIE, Nadia VASQUEZ, Chaima LABASSI, Chainese DEHRI
10:00 - 11:00
#49669 - P057 Variants de structure pathogènes hérités d’un ou des deux parents : les pièges de l’interprétation du génome.
P057 Variants de structure pathogènes hérités d’un ou des deux parents : les pièges de l’interprétation du génome.
Le séquençage de génome short-read fait à présent partie des explorations de routine pour le diagnostic des maladies rares. Bien que très performant pour la détection des variations nucléotidiques (SNV), le diagnostic des variations de structure équilibrées (SV) ou déséquilibrées (CNV) est soumis à plus de limites. L’identification de variations de structure pathogènes peut devenir encore plus difficile quand celles-ci sont héritées d’un ou des deux parents, symptomatiques ou non. Nous allons l’illustrer avec quatre situations.
Cas n°1 : Une patiente adressée pour agénésies dentaires est porteuse d’une inversion équilibrée de 2,2Mb d’un chromosome 4, héritée de sa mère. Aucun gène morbide n’est annoté aux points de cassure. Cependant, un effet de position sur le gène MSX1, localisé à 67kb du point de cassure distal est probablement responsable du phénotype.
Cas n°2 : Un CNV complexe sur les bras longs d’un chromosome 7, annoté de novo, associant une délétion de 5,2Mb en 7q35q36.1 emportant le gène EZH2 et un gain de 5,3Mb en 7q36.2q36.3 est identifié chez un patient avec une déficience intellectuelle syndromique compatible avec un syndrome de Weaver. L’analyse des SVs signale un évènement de 15Mb entre les bandes 7q35 et 7q36.3, hérité du père. Le père est en fait porteur d’une inversion paracentrique équilibrée. Une recombinaison homologue non allélique, liée à la présence de duplications segmentaires, est très probablement à l'origine de la transmission déséquilibrée à son fils.
Cas n°3 : Chez un nourrisson présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) sévère, l’analyse des SNVs met en évidence une délétion homozygote de 7 nucléotides au niveau du pénultième acide aminé du gène CTSD (11p15.5) (céroïde lipofuscinose neuronale de type 10), héritée de chacun des parents hétérozygotes. Aucun variant de structure n’est signalé dans cette région du chromosome 11. La mauvaise qualité d’alignement des reads a motivé un examen attentif des split-reads sur IGV qui a révélé l’insertion d’une séquence alphasatellite dérivée d’un chromosome 13, secondairement confirmée par séquençage long-read.
Cas n°4 : La réanalyse du génome chez une patiente présentant un TND syndromique a montré un SV, complexe, hérité du père sur le chromosome 10 interrompant le gène FRA10AC1, responsable de TND de transmission autosomique récessive. Aucun autre SNV, CNV ou SV n’est annoté comme impliquant ce gène. L’analyse des reads sur IGV montre la présence d’une délétion homozygote de la région promotrice de ce gène chez la patiente. La mère est également porteuse d’un SV complexe intéressant le premier exon du gène FRA10AC1.
Ainsi, la difficulté de confirmer le caractère pathogène de variants de structure hérités peut être liée à l’appel de variants, à l’annotation ou à l’interprétation. Les points de vigilance sont le lien entre SNV, CNV et SV, la recherche d’un gène d’intérêt à distance du point de cassure, un examen plus large que pour rechercher un remaniement complexe.
Caroline SCHLUTH-BOLARD (STRASBOURG), Aurélie GOURONC, Laura FEYEREISEN, Salima EL CHEHADEH, Elise BOUCHER BRISCHOUX, Benjamin DURAND, Marie-Thérèse ABI-WARDE, Marguerite MIGUET, Consortium AURAGEN, Paul KUENTZ
10:00 - 11:00
#49321 - P061 Insuffisance ovarienne prématurée et bilan des avancées génétiques - PFMG2025.
P061 Insuffisance ovarienne prématurée et bilan des avancées génétiques - PFMG2025.
L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est une cause d’infertilité féminine touchant 1 à 4% des femmes avant 40 ans. Elle se définit par l’existence de troubles du cycle associés à un taux sérique de FSH élevé (> 25 UI/L). Les étiologies peuvent être auto-immunes, iatrogènes, virales ou génétiques. A ce jour, l'IOP reste idiopathique dans 50 à 60% des cas. Le bilan génétique des IOP a rapidement évolué ces dernières années. En plus du bilan génétique initial comprenant le caryotype et l’étude du gène FMR1, il est à présent possible de proposer des analyses par séquençage haut débit (SHD). L’IOP a ainsi été retenue comme préindication au niveau du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025. Le séquençage du génome peut être réalisé par un des deux laboratoires de séquençage à très haut débit (SeqOIA ou AURAGEN), après validation par une RCP nationale mensuelle (filière FIRENDO). Un bilan clinico-biologique, un arbre généalogique et le séquençage d’un panel de gènes ou de l’exome sont requis pour accéder au séquençage du génome.
A ce jour, les prélèvements ont été réalisés principalement par 4 centres, avec un total de 124 dossiers analysés ou en cours d’analyse. Les prélèvements sont majoritairement des trios parents-fille. Un résultat concluant, avec un variant expliquant tout ou partie du phénotype, a été observé dans 12% des cas (e.g. MGME1, MCM8, FIGLA, BRCA2) . Par ailleurs, des variants de signification incertaine ont été identifiés dans environ 20% des cas (e.g. TUFM, MFN1, PNMA1). Leur validation fonctionnelle et l’étude de la ségrégation familiale sont en cours pour préciser leur implication dans l’IOP.
La réalisation des analyses par SHD nécessite une étroite collaboration multidisciplinaire en raison des possibilités d’identification de variants dans des gènes impliqués dans la survenue d’un spectre phénotypique plus large (IOP initialement considérée comme isolée avec variant responsable d’une pathologie syndromique, variant dans un gène prédisposant à la survenue de cancer).
Ainsi, le développement du SHD a permis d’améliorer considérablement le diagnostic génétique de l’IOP, avec la description à ce jour de plus de cent gènes associés. Ces gènes sont impliqués dans différents processus comme le développement gonadique, la méiose et la réparation de l’ADN, la folliculogenèse, la fonction hormonale, l’apoptose, la régulation immunitaire, la fonction mitochondriale, le métabolisme et la cytoprotection. L'identification d'une cause génétique constitue un enjeu majeur, car elle permet d'adapter plus précisément la prise en charge des patientes atteintes d’IOP et d'orienter le conseil génétique auprès de leur entourage familial.
Léna NOUGAREDE (Grenoble), Anna LOKCHINE, Bruno DONADILLE, Véronique TARDY-GUIDOLLET, François VIALARD, Linda AKLOUL, Aude BRAC DE LA PERRIÈRE, Françoise PARIS, Philippe TOURAINE, Anne BACHELOT, Jérôme BOULIGAND, Laila EL KHATTABI, Solène CONRAD, Leila GUESH, Virginie GROUTHIER, Sacha WEBER, Noémie CELTON, Radka STOEVA, Florian CHERIK, Elise SHAEFER, Julianne LEGER, Clara HOUDAYER, Fréderic ILLOUZ, Christine FRANCANNET, Clarisse BILLON, Claire KASTNER, Géraldine JOLY-HELAS, Sophie NAMBOT, Léa GAUDILLAT, Marine LEBRUN, Aurore BRUN, Eric BIETH, Delphine DUPIN-DEGUINE, Lauriane LE COLLEN, Camille CENNI, Aurore GARDE, Marie BOURNEZ, Sylvie ROSSIGNOL, Julie ALCOCER, Pascaline LETARD, Juliette PIARD, Carine ABEL, Laure METAYER-AMELOT, Marine CHUET, Fanny LAFFARGUE, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Valérie BERNARD, Laetitia LAMBERT, Florence AMBLARD, Véronique SATRE, Tristan CELSE, Marine SERVEAUX DANCER, Zine-Eddine KHERRAF, Radu HARBUZ, Pierre F RAY, Sylvie ODENT, Pierre BLANC, Auragen CONSORTIUM, Charles COUTTON, Sophie CHRISTIN-MAITRE, Sylvie JAILLARD
10:00 - 11:00
#49605 - P065 Vers une exploration en première ligne par cartographie optique du génome dans les infertilités masculines.
P065 Vers une exploration en première ligne par cartographie optique du génome dans les infertilités masculines.
Parmi les infertilités masculines, les anomalies du chromosome Y (aneuploïdies, remaniements et microdélétions AZF) expliquent 8–12% des azoospermies, 3–7% des oligozoospermies sévères, soit 1–3% des causes d’infertilité masculine. Cette propension aux recombinaisons intrachromosomiques et aux délétions au cours de la spermatogenèse s’explique par la forte densité du chromosome Y en séquences répétées et par une structure hautement ampliconique et palindromique. Cette structure rend cependant l’exploration des anomalies du chromosome Y particulièrement difficile. Ainsi, en 2026, la stratégie d’exploration de ces anomalies repose toujours sur la recherche de microdélétions du locus AZF soit par analyse de marqueurs microsatellites, soit par technique FISH, en association avec l’analyse du caryotype.
Le développement des approches longues molécules, et tout particulièrement de cartographie optique du génome (Optical Genome Mapping, OGM) laisse espérer une meilleure exploration de ce chromosome. Hélas, les pipelines standards écartent de l’analyse la majeure partie du chromosome Y en raison de ces régions complexes.
En s’appuyant sur des remaniements connus du chromosome Y, nous avons déterminé les modifications de pipeline, de filtres et de choix d’interface informatique nécessaires à la détection et à une meilleure caractérisation de ces anomalies par OGM. Initialement non ou mal détectés, les 7 remaniements ou aneuploïdies différents du chromosome Y ont pu être observés et caractérisés.
Il s’agit de la première étude évaluant l’OGM pour l’analyse du chromosome Y. Si le nombre limité de patients incite à poursuivre ce travail sur une cohorte plus large, la qualité des données est prometteuse et permet de proposer l’OGM en association à un caryotype a minima dans la détection et la caractérisation d’anomalies du chromosome Y. L’OGM permettrait ainsi d’améliorer non seulement le rendement diagnostique, mais aussi d’accéder à une caractérisation à haute résolution des anomalies du chromosome Y dans l’infertilité masculine. Ce travail ouvre également la possibilité d’une amélioration des performances de l’OGM au niveau des autres régions complexes du génome et permettra de poser des bases solides pour l’exploration de ces anomalies par séquençage long read.
Pascal CHAMBON (Rouen), Candice SAURIN, Anne-Marie GUERROT, Romane LEVADE, Juliette COURSIMAULT, Aurélie FERAILLE, Gabriella VERA, Gaël NICOLAS, Alice GOLDENBERG, Claude HOUDAYER, Nathalie RIVES, Kévin CASSINARI
10:00 - 11:00
#49882 - P069 Le score PICADAR : un outil clinique pour l’optimisation des analyses génétiques dans les DCP.
P069 Le score PICADAR : un outil clinique pour l’optimisation des analyses génétiques dans les DCP.
Les dyskinésies ciliaires primitives (DCP) sont des maladies respiratoires rares d’origine génétique dont la prévalence atteinte 1/16000, liées à des dysfonctions des cils moteurs, et responsables d’atteintes respiratoires, ORL, de défauts de latéralisation et d’infertilité. Le syndrome de Kartagener, décrit au début du XXe siècle, associe situs inversus, bronchectasies et sinusite chronique, et concerne près de 50 % des DCP. Les signes cliniques peuvent être plus discrets, rendant la démarche diagnostique complexe, notamment chez l’enfant. Après exclusion des diagnostics différentiels (mucoviscidose, déficits immunitaires), il est recommandé en France de réaliser une analyse ciliaire : mesure indirecte du NO nasal ou observation directe du battement ciliaire en microscopie optique après brossage épithélial. Le diagnostic est confirmé par l’étude ultrastructurale en microscopie électronique (ME) sur biopsie nasale ou bronchique, avant toute analyse moléculaire. Cette stratégie nécessite des explorations parfois difficiles, voire impossibles chez le jeune enfant, et non disponibles dans tous les centres (notamment la ME). L’externalisation engendre coûts, contraintes logistiques et risque de non-interprétabilité lié aux conditions de transport et conservation.
Certains pays privilégient désormais la biologie moléculaire en première intention si la présomption clinique est forte. L’American Thoracic Society recommande depuis 2018 un panel élargi de gènes impliqués dans les DCP avant la ME. L’intérêt du séquençage d’exome a été évalué avec des résultats variables : le rendement peut atteindre 90 % lorsqu’il confirme une DCP déjà établie, mais varie entre 17 et 70 % lorsqu’il repose sur la clinique seule. Il apparaît donc essentiel de définir un cadre clinique précis pour optimiser l’usage du NGS en première intention, surtout lorsque les méthodes diagnostiques classiques sont peu accessibles. Le score PICADAR a notamment été développé pour estimer la probabilité de DCP chez un patient présentant une toux grasse quotidienne.
Ce score a été utilisé, en association avec la mesure du No nasal, pour effectuer une analyse rétrospective du rendement du séquençage d’exome en première intention en cas de suspicion de DCP à Bordeaux. Cette analyse, réalisée sur 94 patients, a permis de montrer que l’utilisation de l’exome pour le diagnostic des DCP chez des patients avec un score PICADAR >4 et/ou un No nasal abaissé et/ou une microscopie électronique positive permettrait d’atteindre un rendement diagnostique de 62,8%. En cas de score PICADAR >4 seul, sans valeur de No nasal ni d’analyse en ME, le rendement atteint 66,7%. A l’inverse, 100% des patients ne rentrant dans aucun de ces 3 critères étaient négatifs en exome. Ceci a permis de recibler les prescriptions en cas de suspicion clinique de DCP tout en continuant à proposer une stratégie diagnostique alternative en cas d’impossibilité à suivre la démarche habituelle.
Louis DOMENACH (Bordeaux), Marie-Pierre REBOUL, Aurélien TRIMOUILLE, François GALODÉ
10:00 - 11:00
#48954 - P073 Réanalyse à long terme (entre 3 et 6 ans après l’analyse initiale) des données de séquençage de génomes en trio réalisés initialement dans le cadre d’une stratégie accélérée chez des nouveau-nés et nourrissons pris en charge en unité de soins intensifs.
P073 Réanalyse à long terme (entre 3 et 6 ans après l’analyse initiale) des données de séquençage de génomes en trio réalisés initialement dans le cadre d’une stratégie accélérée chez des nouveau-nés et nourrissons pris en charge en unité de soins intensifs.
Les maladies génétiques représentant jusqu’à 10% des admissions en réanimation/soins intensifs néonatal/pédiatrique, une analyse pangénomique accélérée dans ce contexte d’urgence peut s’avérer un atout majeur pour la prise en charge des enfants. Néanmoins, nous manquons de données de suivi à long terme de ces enfants, limitant notre connaissance de leur évolution clinique et des éventuels diagnostics génétiques qui auraient pu être manqués lors de l’analyse initiale. Dans ce contexte, la réanalyse des données pangénomiques peut présenter un intérêt certain.
De décembre 2018 à octobre 2021, 92 nouveau-nés et nourrissons (NN) de 12 CHU ont bénéficié d’un séquençage de génome (GS) en trio en circuit accéléré. En janvier 2025, chez les 39 enfants présentant un résultat négatif, non concluant ou positif partiel, les données de GS ont été réanalysées avec une mise à jour des données de suivi clinique et du pipeline bioinformatique.
En circuit accéléré, le taux diagnostic initial du GS était de 50% (46/92), atteignant 57% (52/92) après reclassification de variations de signification incertaine (VSI). Pour l’impact de ces résultats initiaux (excluant les 11 enfants décédés avant le rendu des résultats), un diagnostic a pu être établi chez 40/81 (49%) enfants, parmi lesquels 16/40 (40%) ont pu bénéficier d’une prise en charge adaptée ou d’un traitement spécifique, et 7/40 (17,5%) ont pu être orientés vers une prise en charge d’accompagnement palliatif suite au diagnostic. Parmi les 6 enfants pour lesquels des VSI ont été reclassées comme causales au cours du suivi avant réanalyse finale, 4 ont bénéficié d’une prise en charge adaptée au diagnostic. Les 5 diagnostics non posés par GS l’ont été par l’imagerie cérébrale (2/5) ou d’autres analyses génétiques (3/5). Le suivi a diagnostiqué un déficit en CblC, non identifié initialement mais qui aurait pu être retrouvé par la réanalyse des données de GS avec un pipeline bioinformatique actualisé. Par ailleurs, la réanalyse finale a permis d’identifier 2 nouveaux diagnostics partiels parmi les 39 enfants (5,1%) dans 2 gènes non OMIM morbides lors de l’analyse initiale. Celle-ci a également permis de mettre en évidence de nouvelles variations candidates chez 7 enfants sans diagnostic, dont 4 chez lesquels des analyses ou informations cliniques complémentaires sont en attente.
La réanalyse à moyen et long terme de données pangénomiques indique que le rendement diagnostique du GS en circuit accéléré semble similaire à celui du GS classique, avec un risque limité de manquer un diagnostic génétique causal malgré le délai contraint de cette analyse. Malgré les défis liés à une organisation multicentrique dans un tel contexte, le GS accéléré s’avère une stratégie performante pour les NN hospitalisés en réanimation/soins intensifs. Ces résultats témoignent également de l’intérêt de la poursuite de la démarche diagnostique à moyen et long terme par réanalyse des données de GS avec actualisation du pipeline bioinformatique.
Marlène MALBOS (Dijon), Frédéric TRAN-MAU-THEM, Arthur SORLIN, Antonio VITOBELLO, Robert OLASO, Alban ZIEGLER, Médéric JEANNE, Victor COUTURIER, Caroline RACINE, Bertrand ISIDOR, Charlotte POË, Fatima EL IT, Bertrand FIN, Delphine BACQ-DAIAN, Céline BESSE, Aurore GARDE, Emilie TISSERANT, Julian DELANNE, Sophie NAMBOT, Gorce MAGALI, Mathilde NIZON, Marie VINCENT, Sébastien MOUTTON, Mélanie FRADIN, Alinoë LAVILLAUREIX, Paul ROLLIER, Yline CAPRI, Julien VAN GILS, Tiffany BUSA, Sabine SIGAUDY, Laurent PASQUIER, Magalie BARTH, Marine LEGENDRE, Estelle COLIN, Sophie NAUDION, Charlotte CAILLE-BENIGNI, Laetitia LAMBERT, Marta SPODENKIEWICZ, Céline POIRSIER, Henri MARGOT, Sandra MERCIER, Godelieve MOREL, Juliette PIARD, Chloé QUELIN, Elise SCHAEFER, Martin CHEVARIN, Ange-Line BRUEL, Hana SAFRAOU, Cyril FLAMANT, Clément PROUTEAU, Dominique BONNEAU, Annick TOUTAIN, Denis SEMAMA, Corinne CHANTEGRET, Jean-François DELEUZE, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Christel THAUVIN-ROBINET
10:00 - 11:00
#49088 - P077 Prévalence et histoire naturelle du syndrome d’Allan-Herndon-Dudley : Contribution de la cohorte française issue de la BNDMR.
P077 Prévalence et histoire naturelle du syndrome d’Allan-Herndon-Dudley : Contribution de la cohorte française issue de la BNDMR.
Le syndrome d’Allan-Herndon-Dudley Syndrome (AHDS), ou déficit en MCT8, est un syndrome rare de trouble du développement intellectuel lié à l’X secondaires à des variations pathogènes du gène SLC16A2 (Xq13.2). Cette pathologie affecte le transport des hormones thyroïdiennes, notamment la triiodothyronine (T3), jusqu’au cerveau, entrainant un lourd handicap moteur et intellectuel chez les hommes atteins. Les essais cliniques concernant l’acide triiodothyroacetique (tiratricol) semblent pointer vers une amélioration des symptômes périphériques, avec plus de réserve concernant les fonctions neurocognitives. Ce traitement était jusque-là disponible en France selon une procédure d'accès compassionnel. Le manque d’information concernant l’histoire naturelle, le bénéfice supposé d’une intervention précoce et l’absence de données longitudinales sont autant d’obstacles à la prise en charge de ces patients. Si environ 300 patients masculins d’une centaine de familles ont été rapportés dans la littérature, la prévalence exacte reste inconnue. La Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR) est en France un outil unique, qui recueille depuis plus de quinze ans les données de patients atteints de maladies rares suivis dans les CRMR et CCMR. De par son exhaustivité et sa structuration, elle offre une ressource inestimable pour la réalisation d’études épidémiologiques à grande échelle en permettant l’identification des centres impliqués dans le suivi d’un patient et la sollicitation de ces équipes.
Cette étude vise à exploiter les données de la BNDMR pour réaliser une étude épidémiologique et d’histoire naturelle du AHDS. Les informations tirées de la BNDMR incluent la prévalence, l’âge, la survie et le taux de mortalité. Afin de rassembler les données cliniques et biologiques nécessaires à la description précise de cette pathologie, un eCRF a été développé en collaboration avec les cliniciens experts et les laboratoires de référence. Les analyses s’attacheront à rechercher d’éventuelles différences dans la trajectoire des patients traités et non-traités,
Selon les données de la BNDMR, 52 patients porteurs de variations pathogènes dans SLC16A2 sont suivis dans les centres de référence français. La prévalence estimée est donc < 1 pour un million en France. L’âge médian est 13 ans (IC 9 – 20). Dix patients sont décédés, avec un âge médian de décès de 13 ans. Treize patients sont actuellement traités par tiratricol. L’eCRF est opérationnel depuis juin 2025 et les premiers patients ont été inclus.
Cette étude nationale tire profit de l’effort collectif impulsé dans la BNDMR pour affiner l’épidémiologie du AHDS. Elle fournira des informations précieuses en collectant et comparant les données en vie réelle de patients traités et non-traités en complément des essais thérapeutiques en cours. A terme, elle aidera à décrire le suivi au long terme, optimiser les soins et guider les futures stratégies thérapeutiques pour cette pathologie.
Estella CASTILLON (Dijon), Laurence FAIVRE, Christine BINQUET, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Aurore CURIE, Vincent DESPORTES, Frederic FLAMANT, Helene FRENKIEL, Isabelle OLIVER, Eleni PANAGIOTATAKI, Catherine SARRET, Frederique SAVAGNER, Caroline SEVIN, Athanasia STOUPA
10:00 - 11:00
#49211 - P081 Des variants de novo impactant l’épissage d’un exon non codant dans la région 3’UTR du gène CREBZF sont responsables d’un nouveau syndrome avec déficience intellectuelle.
P081 Des variants de novo impactant l’épissage d’un exon non codant dans la région 3’UTR du gène CREBZF sont responsables d’un nouveau syndrome avec déficience intellectuelle.
Dans cette étude, nous décrivons le phénotype de 3 patients présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) syndromique avec des caractéristiques communes : une dysmorphie faciale reconnaissable avec une morphologie favorisant un syndrome d'apnées obstructives du sommeil (SAOS), un retard psychomoteur global avec déficience intellectuelle, des difficultés d’alimentation dans la petite enfance, un retard de croissance et un reflux vésico-urétéral.
L’analyse du génome a révélé chez les 3 patients des variants de novo dans la région 3’ UTR avec un effet prédit sur l’épissage du gène CREBZF, non décrit en pathologie à ce jour. Les variants impactent le site donneur d’épissage en +1, +2 et +3 de l’exon 2, seul l’exon 1 étant codant. L’analyse par RNA-Seq capture d’exome chez l’un des patients a mis en évidence une surexpression du gène CREBZF associée à une modification de la répartition des différents transcrits. La présence d’une séquence 3’UTR de plus grande taille semble entrainer une surexpression dont le mécanisme précis reste à élucider.
Sur le plan physiopathologique, le gène CREBZF est situé sur le bras q14.1 du chromosome 11 et code pour un facteur de transcription ubiquitaire aux rôles non complétement élucidés. La protéine CREBZF est décrite comme co-régulatrice de nombreux facteurs nucléaires dont ATF4 (CREB2), CREB3, le récepteur à l'oestrogène, suggérant un rôle dans la reproduction, de suppresseur de tumeur, ou encore dans la pathogenèse de maladies métaboliques hépatiques. Il y a cependant peu de données sur son rôle dans le neurodéveloppement.
Ainsi, notre étude a identifié une nouvelle entité clinique de TND se caractérisant notamment par une dysmorphie faciale reconnaissable. Sur le plan moléculaire, les variants situés en 3’UTR du gène CREBZF soulèvent la question d’un mécanisme original à expliciter. Si l’étude du génome dans les anomalies du développement permet l’analyse des régions non codantes des gènes, le RNA-Seq se place comme un outil complémentaire indispensable pour caractériser l’impact des variants dans ces régions et rapporter de nouveaux mécanismes physiopathologiques.
Laura KAREMBÉ (Nantes), Mathilde NIZON, Thomas BESNARD, Gaëlle LANDEAU-TROTTIER, Clara VELMANS, Ruth ARMSTRONG, Pierre BLANC, Stéphane BÉZIEAU, Benjamin COGNÉ
10:00 - 11:00
#49246 - P085 Les troubles du système visuel dans le syndrome de Prader-Willi.
P085 Les troubles du système visuel dans le syndrome de Prader-Willi.
Le syndrome de Prader-Willi (PWS) est une maladie génétique rare causée par une anomalie de la région 15q11-13, le plus souvent une microdélétion paternelle ou une disomie uniparentale maternelle. Il est responsable d’un ensemble de manifestations cliniques évocatrices, telles qu’hypotonie néonatale, déficience intellectuelle modérée, polyphagie, surpoids, troubles de la coordination motrice et du spectre de l’autisme (TSA) (OMIM176270). Au plan du système visuel, il est rapporté une prévalence accrue de strabisme, d’anomalies réfractives et d’amblyopie (Hered et al., 1998), des difficultés d’intégration visuomotrice et des anomalies de traitement des voies visuelles dorsale et ventrale (Lo et al., 2015 ; Woodcock et al., 2009). Toutefois, ces travaux demeurent fragmentaires et centrés sur des aspects spécifiques du système visuel. À ce jour, aucune étude n’a évalué de manière intégrative l’ensemble des processus du système visuel dans le PWS.
Cette étude rétrospective a pour objet de caractériser les atypies du système visuel dans le syndrome de PWS et de les corréler avec le type d’anomalie moléculaire observé. Onze patients ont été inclus (4 filles et 7 garçons, âge : 14,18 6 ans). Un bilan ophtalmologique et orthoptique a été recueilli, complété pour cinq d’entre eux, par une évaluation neurovisuelle approfondie explorant les capacités visuoperceptives, visuospatiales, visuo-constructives, visuomotrices et attentionnelles.
Sur le plan ophtalmologique (n=6), tous les patients présentent une hypermétropie et une astigmatie. Aucun ne présente de myopie. Au niveau orthoptique (n=11), 7/11 présentent un strabisme et des troubles oculomoteurs (fixation, poursuite). Au plan neurovisuel (n=5), tous présentaient un trouble visuospatial d’attention sélective visuelle, 4/5 un trouble de la reconnaissance visuelle (dont 3 avec une simultagnosie), des difficultés de visuoconstruction et/ou de coordination visuomotrice. Concernant les mutations génétiques responsables du PWS, 8/11 patients présentent une disomie uniparentale maternelle et 3/11 une microdélétion paternelle.
Cette étude adopte pour la première fois une approche intégrative et montre que les patients PWS ayant un strabisme présentent également des troubles oculomoteurs, visuospatiaux et d’attention visuelle. Elle souligne l’intérêt de poursuivre cette étude avec un échantillon plus large, et d’évaluer systématiquement la fonction visuelle dans son ensemble, dans le PWS, afin d’optimiser la prise en charge, mais également d’apprécier les différences potentielles en fonction du mécanisme moléculaire à l’origine du PWS.
Sasha DEHOLLANDER (Paris), Léa CONVERSY, Arnold MUNNICH, Marie PIERON, Sylvie CHOKRON
10:00 - 11:00
#49287 - P089 Le transport des lipides est nécessaire à la lamination néocorticale.
P089 Le transport des lipides est nécessaire à la lamination néocorticale.
En 2018, nous avons décrit le syndrome d’Alkuraya Kučinskas, une pathologie liée à des variants bialléliques du gène BLTP1 (anciennement KIAA1109). Cette maladie est caractérisée par une mortalité périnatale élevée. Les patients présentent typiquement une agénésie du corps calleux, une ventriculomégalie, des anomalies du cervelet et une arthrogrypose. L’extinction biallélique de l’orthologue Bltp1 chez la souris entraîne également une létalité précoce, reflétant ainsi la sévérité du phénotype chez l’être humain.
Nous rapportons ici douze nouveaux cas. Si la majorité des patients présentent les traits classiques du syndrome, nous observons aussi des individus présentant exclusivement des caractéristiques autistiques et un retard de développement, en l’absence de malformations cérébrales visibles.
Pour modéliser ce syndrome, nous avons généré des knockouts conditionnels (cKO) ciblant la suppression de l’expression de Bltp1 dans les neurones du cortex et de l’hippocampe. À l’instar des knockouts constitutifs, ces cKO restreints sont létaux, suggérant que l’expression de BLTP1 dans ces populations neuronales est vitale. Les souris homozygotes présentent une agénésie complète du corps calleux, une réduction de la commissure antérieure, des malformations hippocampiques et un amincissement notable de la plaque corticale. Le cortex est dépourvu de lamination, et l’immunomarquage avec les anticorps anti Pax6, anti Tbr2 et anti Tbr1 révèle une absence de neurones matures ainsi que de progéniteurs gliaux et neuronaux.
La similarité structurelle entre BLTP1 et les protéines VPS13A D, établie grâce aux prédictions d’AlphaFold, suggère que BLTP1 forme un tunnel hydrophobe facilitant le transport de lipides. Nous avons donc comparé les profils lipidomiques des cortex de souris cKO à ceux des témoins. Les cortex des souris transgéniques sont significativement appauvris en phosphatidyléthanolamines, notamment les formes à liaison éther, ainsi qu’en triglycérides, tandis que des accumulations de sphingomyélines et hexosylcéramides sont observées.
Nos observations concordent avec la description récente de BLTP1 en tant que protéine tubulaire impliquée dans le transport lipidique entre le réticulum endoplasmique et la membrane plasmique. Nos données suggèrent que le transport lipidique non vésiculaire est essentiel à la lamination néocorticale et cérébelleuse, et que son altération aboutit à des défaillances neurodéveloppementales majeures.
Jacqueline CHRAST, Stephan COLLINS, Chiara AUWERX, Julijana IVANISEVIC, Nicolas GUEX, Binnaz YALCIN, Alexandre REYMOND (Lausanne, Suisse)
10:00 - 11:00
#49362 - P093 Beyond the de novo paradigm: clinical, molecular and epigenetic insights into familial Rubinstein-Taybi syndrome.
P093 Beyond the de novo paradigm: clinical, molecular and epigenetic insights into familial Rubinstein-Taybi syndrome.
Background: Rubinstein-Taybi syndrome (RTS; MIM 180849 & 613684) is a rare autosomal dominant neurodevelopmental disorder caused by heterozygous loss-of-function variants in CREBBP or EP300, encoding histone acetyltransferases (HAT) critical for chromatin regulation. RTS features global developmental delay, postnatal growth restriction, characteristic facial gestalt, broad, angulated thumbs and halluces, and usually arises de novo. Familial transmission remains exceptionally rare, with only five constitutionally inherited forms reported to date. Yet, in over half of these, either the phenotype of parent-offspring pair is incompletely characterized, or molecular confirmation is lacking, thereby limiting interpretability and hindering deeper insights into familial RTS.
Methods: Through a national effort, we collected extensive clinical and molecular data from five RTS families, comprising 13 affected individuals (five transmitting parents, eight offspring). Findings were compared with previously published familial RTS reports. Peripheral blood DNA methylation profiling was additionally performed to compare RTS-associated methylation patterns in parent–child pairs.
Results: Four families carried CREBBP variants—a terminal exon stop-gain, a bromodomain missense, and a recurrent HAT domain missense. One family carried an EP300 frameshift in exon 8/31. Transmitting parents exhibited milder phenotypes, with cognitive abilities ranging from normal to mild intellectual disability. CREBBP parents showed classical facial traits; the EP300 carrier’s gestalt was less pronounced. Limb malformations were subtler in parents than in offspring, who additionally exhibited classical RTS facial features and global developmental delay. Finally, DNA methylation profiling confirmed the RTS episignature in all 13 individuals, supporting variant pathogenicity.
Discussion: This is the first series-based analysis of familial RTS and the first to examine DNA methylation episignatures in affected parent–child pairs. Our findings indicate that CREBBP and EP300 pathogenic variants may cause attenuated phenotypes in transmitting parents, consistent with partial loss-of-function. Missense variants in CREBBP could act as hypomorphic alleles, whereas terminal exon stop-gain variants likely escape nonsense-mediated decay (NMD), supporting a milder functional impact. CREBBP splice-disrupting synonymous variant reported in the literature likely allows production of residual full-length transcripts. EP300 exon 8/31 frameshift we describe likely triggers NMD but preserves part of the KIX domain, essential for transcription factor binding. Additionally, CNS-specific compensation via a short alternative EP300 isoform including exons 6–7 and 9–11 (ENST00000634690.1) remains plausible. Overall, this study expands our understanding of RTS inheritance, while highlighting the importance of recognizing mildly affected transmitting parents to ensure tailored genetic counseling.
Quentin SABBAGH (Montpellier, Pays-Bas), Samuel FENNELLY, Camille CHARBONNIER, Florence DEMURGER, Alice GOLDENBERG, Sarah GROTTO, Gwenaëlle LANCELOT, Pauline MARZIN, Gaël NICOLAS, Amandine SANTINI, Clément SAUVESTRE, Elise SCHAEFER, Didier LACOMBE, Patricia FERGELOT, Julien VAN GILS
10:00 - 11:00
#49529 - P097 Un variant gain-de-fonction récurrent du RHOGEF TRIO affecte le neurodéveloppement in vivo.
P097 Un variant gain-de-fonction récurrent du RHOGEF TRIO affecte le neurodéveloppement in vivo.
Le RhoGEF TRIO est essentiel au neurodéveloppement en contrôlant le remodelage du cytosquelette d'actine via la GTPase RAC1. Des variants rares de novo du gène TRIO ont été identifiés chez une centaine de personnes atteintes de troubles du neurodéveloppement, majoritairement de déficience intellectuelle. Nous avons précédemment établi une corrélation phénotype/génotype frappante entre les caractéristiques cliniques des individus porteurs de mutations TRIO ciblant différents domaines de la protéine et la modulation opposée de l'activité de TRIO sur RAC1. Nous nous sommes focalisés sur un variant gain-de-fonction (GoF) induisant une hyperactivation de RAC1 et retrouvé de façon récurrente chez les patients présentant une déficience intellectuelle sévère et une macrocéphalie.
Nous avons généré un modèle de souris knock-in (KI) pour ce variant GoF de TRIO. Ces souris présentent un phénotype rappelant le tableau clinique des patients, notamment un retard de croissance général, une macrocéphalie et une dysmorphie cérébrale, ainsi que de l'hyperactivité et des déficits de mémoire et d'interaction sociale. Au niveau moléculaire, nous montrons que le variant GoF induit une hyperactivation de RAC1 dans le cerveau in vivo et impacte la morphogenèse neuronale et notamment la synaptogenèse. Ce nouveau modèle de souris KI représente donc un outil pertinent pour mieux comprendre les conséquences d'un variant rare de TRIO dans les troubles du neurodéveloppement. A long terme, l'identification des voies de signalisation perturbées par ce variant nous permettra de développer une approche pharmacologique comme potentielle stratégie thérapeutique pour ces maladies complexes.
Jeanne BERNARD, Steeve THIRARD, Arpoudamarie ROC, Franck COMUNALE, Angelina ROGLIARDO, Christine FAGOTTO-KAUFMANN, Christelle BERTRAND-GADAY, Cédric ORFÉO, Anne SUTTER, François CASAS, Federica BERTASO, Anne DEBANT, Susanne SCHMIDT (MONTPELLIER)
10:00 - 11:00
#49745 - P101 Confirmation du spectre phénotypique associé à l’haploinsuffisance d’ADGRL1 : description d’une nouvelle cohorte de 14 patients.
P101 Confirmation du spectre phénotypique associé à l’haploinsuffisance d’ADGRL1 : description d’une nouvelle cohorte de 14 patients.
Introduction
La protéine ADGRL1 (Adhesion G protein-coupled receptor L1) est impliquée dans le développement, la maturation et l’activité synaptiques. L’haploinsuffisance d’ADGRL1 a récemment été rapportée pour la première fois en pathologie humaine (Vitobello et al., 2022), avec dix patients hétérozygotes présentant un trouble neurodéveloppemental variable incluant déficience intellectuelle (DI), retard développemental (DD), troubles du spectre de l’autisme (TSA), trouble déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH) et/ou épilepsie. Des données fonctionnelles chez la souris ont confirmé l’impact de ces variants. Depuis, seule une nouvelle famille a été rapportée dans la littérature. Nous présentons ici une deuxième cohorte de 14 patients non encore publiés, porteurs de variants hétérozygotes d’ADGRL1 avec un phénotype similaire, confirmant l’implication de ce gène dans un trouble neurodéveloppemental chez l’homme (MIM #620065).
Méthodes
Les données cliniques et moléculaires de 14 nouveaux patients ont été recueillies via le réseau de l’ERN-ITHACA, les filières AnDDI-Rares et DéfiScience, et la plateforme GeneMatcher. Les variants identifiés ont été classés selon les critères de l’ACMG. Une comparaison descriptive a été faite avec la cohorte initiale de Vitobello et al.
Résultats
Parmi les 14 patients identifiés (âge médian : 11 ans [4–44]), 12 présentaient un retard des acquisitions motrices (âge médian de la marche : 20 mois [12–24]) et/ou du langage (âge médian des premiers mots : 18 mois [12–36]). Une déficience intellectuelle légère à modérée était rapportée chez 6 patients. 7 patients présentaient un TSA, 5 un TDAH et 5 une épilepsie (crises focales, absences ou crises tonicocloniques généralisées). 6 patients présentaient une dysmorphie non spécifique, sans profil commun identifié. Une macrocéphalie était observée chez 7 patients et une obésité chez 5. Les IRM cérébrales, réalisées chez 9 patients, étaient normales dans la majorité des cas.
Nous avons identifié 7 faux-sens, 4 frameshifts, une délétion des exons 3 à 24 et un variant d’épissage partagé par un patient et sa mère. A l’exception du variant p.(Tyr346Cys) déjà rapporté chez deux patients, aucun de ces variants n’avait été décrit jusqu’ici. 6 variants étaient de novo, 4 hérités d’un parent présentant au moins des difficultés d’apprentissage et la ségrégation parentale n’a pas pu être réalisée dans 4 cas. La majorité des variants était située dans les domaines transmembranaire ou cytosolique de la protéine.
Discussion
Les données observées sont concordantes avec celles précédemment rapportées, confirmant que les variants hétérozygotes d’ADGRL1 sont associés à un spectre neurodéveloppemental incluant DD/DI, TSA, TDAH et épilepsie. La récurrence du variant p.(Tyr346Cys), déjà décrit chez deux patients, suggère un hotspot mutationnel. Cette cohorte indépendante confirme le rôle d’ADGRL1 dans la pathogénie d’un trouble neurodéveloppemental d’expressivité variable.
Benoit MAZEL (Dijon), Sophie NAMBOT, Ange-Line BRUEL, Stephanie RILEY, Mahim JAIN, Georgia VASILEIOU, Amanda BARONE PRITCHARD, Jessica O'SHEA, Asuman KOPARIR, Neda DRAGICEVIC, Katharina STEINDL, Christin KUPPER, Sandra MERCIER, Benjamin COGNE, Michael GÖßLER, Tracy DUDDING-BYTH, Amna OTHMAN, Seth BERGER, Darilyn MAHONEY, Elise BOUDRY, Aurélie Ley LEY, Clémence VANLERBERGHE, Colin ELLIS, Anna PRENTICE, Myrtille SPENTCHIAN, Geoffroy DELPLANCQ, Anne-Sophie DÉNOMMÉ-PICHON, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO
10:00 - 11:00
#49835 - P105 InDiCE (Intellectual Disability Clustering and Exploration) : intégration de données génomiques et phénotypiques pour l’étude des troubles du développement intellectuel.
P105 InDiCE (Intellectual Disability Clustering and Exploration) : intégration de données génomiques et phénotypiques pour l’étude des troubles du développement intellectuel.
Les troubles du développement intellectuel (TDI) concernent 1 à 3 % de la population et représentent la première cause de consultation en génétique pédiatrique. Le séquençage du génome a nettement amélioré le rendement diagnostique (près de 50 %), mais de nombreux cas restent inexpliqués en raison de l’hétérogénéité phénotypique et des difficultés d’interprétation des données génomiques. Le projet InDiCE (Intellectual Disability Clustering and Exploration), porté par le programme ACCES de l’AP-HP, préfigure l’offre de service Génomique de l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP, en intégrant des données génomiques à forte valeur ajoutée. Le TDI a été choisi comme cas d’usage pilote. L’objectif est double : i) mieux caractériser les patients grâce à l’analyse combinée de variants génomiques et de phénotypes, et ii) améliorer la prédiction génomique en exploitant les données cliniques non structurées par des approches d’intelligence artificielle (IA), notamment le traitement automatique du langage naturel (TALN).
Deux cohortes de patients atteints de TDI suivis à l’AP-HP seront constituées. La première (WGS-CLIN-DI) correspond aux patients ayant bénéficié d’un séquençage de génome et regroupera environ 15 000 individus (~5 000 cas index). Ces patients index atteints de TDI ou de troubles neurodéveloppementaux apparentés seront identifiés via MOABI. Les données de l’EDS AP-HP associées à ces patients viendront enrichir ces données génomiques. La deuxième cohorte (CLIN-DI) est constituée de patients n’ayant pas bénéficié de ce séquençage de génome mais ayant uniquement des données de l’EDS AP-HP. Cette cohorte est estimée à 50 000 patients. Les données exploitées inclueront :
1) Les données de séquençage du génome 2) Les données phénotypiques et génétiques structurées et non structurées de l’EDS AP-HP, nécessitant le développement d’outils TALN. Les premiers résultats sont attendus pour novembre 2025.
InDiCE permettra de comparer l’apport respectif des données structurées et non structurées pour le phénotypage et la caractérisation génomique du TDI en identifiant notamment de nouvelles causes génétiques de TDI. L’utilisation de modèles IA/TALN réduira la dépendance aux extractions manuelles chronophages et favorisera l’identification automatisée d’entités phénotypiques dans les dossiers médicaux.
Au-delà du TDI, InDiCE préfigure une offre de service Génomique de l’EDS AP-HP, généralisable à toutes les pathologies. Il contribuera à optimiser l’exploitation des ressources existantes (dossier patient, MOABI, BaMaRa), à fluidifier l’accès au diagnostic génétique et à développer de nouveaux outils de présélection pour les essais cliniques. Enfin, il illustre la capacité de l’AP-HP et de ses partenaires à structurer un écosystème innovant, associant experts cliniques, data scientists et infrastructures nationales, dans une dynamique de montée en maturité de l’EDS AP-HP au service de la santé numérique.
Thomas COURTIN (Paris), Boris KEREN, Marlène RIO, Pauline CHASTE, Catherine ENG, Alban LERMINE, Kévin JOUSSELIN, Antonio RAUSELL, Florian JOLY, Nicolas GARCELON, Isabelle DESGUERRE, Benoit FUNALOT, Caroline GERMAIN, Anita BURGUN, Indice CONSORTIUM
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#49877 - P109 Nouvelles variations du gène ATP2B2 identifiées en séquençage génomique : corrélation génotype-phénotype dans les surdités, les troubles du neurodéveloppement et l’épilepsie.
P109 Nouvelles variations du gène ATP2B2 identifiées en séquençage génomique : corrélation génotype-phénotype dans les surdités, les troubles du neurodéveloppement et l’épilepsie.
Le gène ATP2B2 code pour la pompe à calcium PMCA2, exprimée principalement dans les cellules sensorielles de l’oreille et certains neurones spécifiques et permettant la régulation de l’homéostasie calcique intracellulaire. Les variations de ce gène sont associées à un phénotype de surdités isolées d’apparition progressive (OMIM#619804).
Récemment deux publications rapportent des cohortes de patients porteurs de variations faux-sens et tronquantes de ATP2B2 présentant des troubles neurologiques complexes. En 2023, Poggio et al. identifient 7 individus porteurs de variations hétérozygotes rares d’ATP2B2, dont 6 variations de novo et 1 sans ségrégation possible. Ces patients présentent un spectre de symptômes incluant ataxie, dystonie, déficience intellectuelle, troubles du spectre de l’autisme, épilepsie, et parfois une atrophie cérébelleuse, contrastant avec les cas antérieurs de surdité isolée. Les analyses fonctionnelles ont révélé des perturbations significatives de la régulation du calcium intracellulaire, avec des effets tant de perte que de gain de fonction. En 2024, Stehr et al. confirment ces observations en décrivant 5 nouvelles familles porteuses de variations pathogènes, 4 faux-sens de novo et 1 variation tronquante héritée. Les phénotypes incluent un retard de développement, une déficience intellectuelle, une épilepsie, des troubles du spectre de l’autisme, et des troubles moteurs, avec une atrophie cérébelleuse marquée chez un patient.
L’analyse de génome sur la plateforme Auragen a permis l’identification de 8 nouvelles variations chez 15 patients : 5 faux sens, 1 variant d’épissage et 2 tronquants. Parmi elles 2 variations sont de novo, 1 sans ségrégation disponible et 5 sont héritées d’un parent symptomatique et ségrégant dans la famille. Cette cohorte rassemble 8 familles présentant l’ensemble des spectres phénotypiques rapportés dans la littérature : une surdité isolée pour 2 d’entre elles, un trouble du neurodéveloppement de sévérité modérée incluant des troubles du spectre de l’autisme, un retard des acquisitions et/ou une déficience intellectuelle chez 4 familles et un trouble du neurodéveloppement plus sévère avec une épilepsie au premier plan pour les 2 dernières. Ce travail permet d’étayer les corrélations génotype-phénotype suspectées dans les précédentes publications et de renforcer l’implication d’ATP2B2 dans les troubles du neurodéveloppement, dessinant les contours de trois phénotypes distincts : une surdité isolée et un trouble du neurodéveloppement avec et sans épilepsie.
Tristan CELSE (Grenoble), Marie-Noelle BONNET-DUPEYRON, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Anne Sophie DENOMME-PICHON, Delphine DUPIN-DEGUINE, Benjamin DURAND, Clémence FAUCONNIER-FATUS, Gaetan LESCA, Luke MANSARD, Sophie NAUDION, Linda PONS, Caroline RACINE, Anne-Françoise ROUX, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Renaud TOURAINE, Laurent VILLARD, Olivier GRUNEWALD
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#48863 - P113 Séquençage du génome entier dans les formes non résolues de calcifications cérébrales : implication de NOTCH1 et nouveaux gènes candidats.
P113 Séquençage du génome entier dans les formes non résolues de calcifications cérébrales : implication de NOTCH1 et nouveaux gènes candidats.
Les calcifications cérébrales primaires (CCP) sont une maladie neurologique rare, caractérisée par des calcifications dans les noyaux gris centraux et d'autres régions cérébrales. Quatre gènes de transmission autosomique dominante, SLC20A2, PDGFB, PDGFRB et XPR1, et trois de transmission autosomique récessive, MYORG, JAM2 et NAA60 ont été identifiés. Pourtant, environ 50% des patients restent sans diagnostic moléculaire. Nous avons mené une étude visant à explorer les cas non résolus de CCP à l'aide du séquençage du génome (WGS), afin d’identifier de nouveaux variants et mieux comprendre la physiopathologie sous-jacente.
Le WGS a été réalisé au CNRGH (CEA, Evry) chez 25 individus issus de 17 familles non apparentées présentant des calcifications cérébrales inexpliquées malgré un exome négatif. Les analyses bioinformatiques ont consisté en l’alignement sur le génome de référence GRCh38, la détection de variants nucléotidiques par DeepVariant, de variants structuraux (SV) via CANVAS et MANTA, ainsi que l’annotation par SnpEff, AnnotSV et des scripts développés au laboratoire pour les régions non codantes. L’analyse a débuté par l’exploration ciblée de variants dans une liste de gènes d’intérêt. Des analyses ont été menées selon le mode de transmission supposé, mais également des analyses de récurrence, puis ces résultats ont été répliqués dans une base interne d’exomes de patients atteints. Nous avons également interrogé les bases nationales du plan France Médecine Génomique via Auramatcher et GleavesAD. Des analyses de ségrégation familiale ont été effectuées par séquençage Sanger.
Des variants probablement pathogènes ont été identifiés dans le gène NOTCH1 chez trois familles, associés à un phénotype nouvellement décrit combinant une leucoencéphalopathie cérébrale et des calcifications pontiques. Il a également été mis en évidence cinq variants de signification incertaine. La majorité des variants localisés dans le domaine de régulation négative sont supposés induire un gain de fonction, contrairement aux variants décrits dans les phénotypes déjà connus associés au gène NOTCH1 tel que le syndrome d’Adams-Oliver. Par ailleurs, des variants candidats ont été identifiés dans deux gènes jusqu’ici non associés aux calcifications cérébrales : Trois variants faux-sens dans KIDINS220, un modulateur de l’exportateur de phosphate XPR1, et deux variants faux-sens dans SLC8A3, codant pour un échangeur Na⁺/Ca²⁺ co-exprimé avec des transporteurs de phosphate. Aucun variant non codant ni SV jugé pertinent n’a été retrouvé dans les gènes associés aux CCP.
Ce travail soutient l’implication de variants gain de fonction de NOTCH1 dans un sous-groupe de calcifications cérébrales de l’adulte, associées à une leucoencéphalopathie, une atteinte du pont, et des troubles cognitifs. Des variants rares dans KIDINS220 et SLC8A3 ont été identifiés, gènes jusqu’ici non associés aux CCP, mais présentant une pertinence biologique justifiant des investigations complémentaires.
Florian BOULIN (Rouen), Antoine BONNEVALLE, Anne-Claire RICHARD, Olivier QUENEZ, Sophie COUTANT, Benjamin HEBANT, David WALLON, Catherine SARRET, Laetitia GOUAS, Sandra MERCIER, Jean CHIESA, Giovanni CASTELNOVO, Annabelle CHAUSSENOT, Aurore GARDE, Christophe PHILIPPE, Yann NADJAR, Adriana PRUNDEAN, Hélène-Marie LANOISELÉE, Béatrice LAUDIER, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Kévin CASSINARI, Gaël NICOLAS
10:00 - 11:00
#48956 - P117 Mise en place d’un algorithme de classification clinique des facteurs de risque génétiques de maladie d’Alzheimer : application prospective à 2083 patients et intégration de tests fonctionnels à grande échelle pour la reclassification de variants.
P117 Mise en place d’un algorithme de classification clinique des facteurs de risque génétiques de maladie d’Alzheimer : application prospective à 2083 patients et intégration de tests fonctionnels à grande échelle pour la reclassification de variants.
La maladie d’Alzheimer (MA) est autosomique dominante (variants pathogènes d’APP, PSEN1 ou PSEN2) dans <1% des cas, 12% parmi les MA jeunes (MAJ, début ≤65 ans). Les autres ont probablement une forme complexe à forte composante génétique, surtout dans la MAJ. De nombreux facteurs de risque (FDR) génétiques ont été identifiés, de l’allèle E4 d’APOE, fréquent (9-23% de porteurs) et à effet modéré à fort, aux résultats des études pangénomiques sur puces ou variants rares en exome. A ce jour, identifier un FDR n’a pas d’impact direct sur la prise en soins. Pourtant, le rendu médical s’avère utile pour 1) contribuer à comprendre la maladie, 2) identifier des arguments en faveur d’un oligogénisme et 3) préparer les essais thérapeutiques. Néanmoins, aucune recommandation ne propose de classification clinique des FDR, à l’instar de l’ACMG-AMP pour les maladies Mendéliennes.
Nous avons mis au point un algorithme de classification des FDR dans la MA basé sur 1) le niveau de preuve d’association du gène, 2) l’interprétation au niveau du variant (ex. association significative à l’échelle du génome, perte de fonction (LOF) dans un gène dont le burden de LOF est significativement associé, effet fonctionnel démontré sur ≥2 tests) et 3) le niveau de l’association, divisé en tranches d’odds ratio (OR<1.5 faible, non rendu ; 1.5 5 fort).
Nous avons appliqué cet algorithme à une série prospective de 2083 cas index non apparentés séquencés en exome, 700 de l’étude ECASCAD puis 1383 consécutifs (1969 MAJ, 114 début 65-75 ans), diagnostic de MA soutenu par biomarqueurs chez 99.7%. Nous avons identifié 71 variants pathogènes dans APP, PSEN1 ou PSEN2 (3,5% des MAJ, nouvelles familles), 19 autres copathologies monogéniques démentielles ou diagnostics différentiels.
Chez les 1993 restants, 1326 (66%) portaient ≥1 FDR modeste, modéré ou fort (MMF), dont 269 (13.5%) ≥1 FDR rare, 173 (8.7%) ≥ 2 FDR et 21 (1%) ≥3 FDR, suggérant une hérédité oligogénique. Par ailleurs, 1227 (61,5%) portaient ≥1 FDR rare modéré ou fort, dont 175 (8,8%) au moins un rare. Parmi les MAJ avec antécédent familial de MAJ sur une autre génération, compatible avec un trait dominant, 11,6% avaient une forme monogénique et 86%, ≥1 FDR MMF.
Dans notre algorithme, les variants faux sens non significativement associés sont de signification incertaine (VSI) et non rendus. Nous avons extrait 92 VSI du gène FDR majeur SORL1, dont les tronquants ont un OR>27, et réalisé des études multiples in vitro (surexpression, édition CRISPR/Cas9, Aβ binding assays) et mesuré la protéine SORL1 soluble dans le LCR de 151 individus. En exigeant ≥2 tests concordants pour considérer un effet LOF, 20/92 variants (21.7%) ont été reclassés en FDR probable.
L’utilisation de notre algorithme est faisable et les résultats sont rendus en prospectif depuis 2018, distinctement des gènes Mendélien, avec courrier explicatif. L’impact psychosocial a été étudié et est présenté dans un autre abstract.
Gaël NICOLAS (Rouen), Laetitia MIGUEL, Anne ROVELET-LECRUX, Romain CASTELOT, Sébastien FEUILLETTE, Aline ZAREA, Muriel QUILLARD-MURAINE, Stéphane ROUSSEAU, Anne-Claire RICHARD, Olivier QUENEZ, Catherine SCHRAMM, Camille CHARBONNIER, Jean-François DELEUZE, Cnrmaj COLLABORATEURS, Magalie LECOURTOIS, David WALLON
10:00 - 11:00
#49047 - P121 La leucodystrophie métachromatique à La Réunion : étude rétrospective de 1994 à 2024, identification d'un possible effet fondateur.
P121 La leucodystrophie métachromatique à La Réunion : étude rétrospective de 1994 à 2024, identification d'un possible effet fondateur.
Introduction :
La leucodystrophie métachromatique (LDM) est une maladie de surcharge lysosomale rare, neurodégénérative de transmission autosomique récessive, le plus souvent en lien avec des mutations du gène ARSA. Sur l’île de La Réunion, l’ensemble des patients sont porteurs de la même mutations récurrente soit à l’état homozygote soit à l’état hétérozygote composite, suggérant un possible effet fondateur. L’histoire naturelle de la maladie semble en corrélation avec le génotype.
Objectif :
Mettre en évidence l’existence d’une mutation récurrente dans la population réunionnaise avec un possible effet fondateur. Description de l’histoire naturelle de la maladie et établir une corrélation génotype phénotype.
Méthodes :
Étude rétrospective descriptive incluant tous les cas de LDM diagnostiqués entre 1994 et 2025 sur l’île de la Réunion.
Résultats :
Sur 15 patients, 10 présentaient la même mutation homozygote dans ARSA, p.Arg246His (c.737G>A), et 2 à l’état hétérozygote composite. Ils sont tous originaires de l’île de La Réunion.
On observe, en l’absence de traitement, une histoire naturelle superposable, avec une entrée dans la maladie prédominant sur l’atteinte motrice avec des chutes à répétition.
L’évolution vers la grabatisation est rapide et le décès se fait généralement avant l’âge de 10 ans.
La ségrégation familiale a permis le diagnostic précoce à la phase pré symptomatique d’un jeune frère ayant pu bénéficier d’une thérapie génique.
Conclusion :
Cette étude suggère la présence d’un effet fondateur à La Réunion en lien avec la variation dans ARSA p.Arg246His (c.737G>A). L’histoire naturelle de la maladie est à cheval entre la forme infantile tardive, pour sa rapidité d’évolution, et la forme juvénile précoce, pour son mode d’entrée dans la maladie.
Avec l’émergence de nouveaux traitements, notamment la thérapie génique, il est primordial que ses enfants soient diagnostiqués en pré symptomatique ou early symptomatique.
La LDM pourrait être éligible au programme de dépistage néonatal national.
Anais CALAYA (La Réunion), Valérie TROMMSDORFF
10:00 - 11:00
#49216 - P125 Syndrome de CANVAS : étude rétrospective sur une cohorte de 1019 patients analysés.
P125 Syndrome de CANVAS : étude rétrospective sur une cohorte de 1019 patients analysés.
Introduction : Le syndrome de CANVAS est une maladie neurologique génétique de transmission autosomique récessive. Elle est caractérisée par une triade clinique constituée d’une neuropathie sensitive, une ataxie cérébelleuse et une aréflexie vestibulaire. Le diagnostic moléculaire est majoritairement lié à l’expansion biallélique de la répétition (AAGGG)n dans l’intron 2 du gène RFC1.
Objectif : Nous rapportons une étude rétrospective réalisée sur 4 ans sur une cohorte de patients suspects de CANVAS adressés au laboratoire de génétique moléculaire au CHU de la Timone à Marseille.
Patients et méthode : 1019 patients suspects de CANVAS ont été inclus. Trois analyses moléculaires successives ont été réalisées : Short Range PCR, Repeat-Primed PCR puis Long Range PCR. Dans certains cas, un séquençage Sanger a été effectué.
Résultats : L’étude a inclus 1006 cas index et 13 apparentés (10 familles) avec 563 hommes (55%) et 456 femmes (45%). L’âge des patients variait de 17 à 94 ans, avec une médiane à 70 ans. Le rendement diagnostic est de 19% (193 patients). Parmi eux 191 patients (99%) sont homozygotes (AAGGG)n/(AAGGG)n et 2 patients (1%) portent des motifs atypiques : un patient tahitien présentant un génotype (AAAGG)₁₀₋₂₅ + (AAGGG)n, et un patient originaire de la région Asie-Pacifique avec un motif (AAGGG)n/(ACAGG)n. Sur les 193 patients homozygotes identifiés, les données cliniques étaient disponibles pour 98 cas. Parmi eux, 49 patients (50%) avaient une neuropathie associée à une ataxie, 33 patients (34%) présentaient une neuropathie isolée, 22 patients (22%) présentaient la triade clinique caractéristique, 9 patients (9%) présentaient une neuropathie associée à une aréflexie et 5 patients (5%) présentaient uniquement une ataxie cérébelleuse.
Par ailleurs, 139 patients (14%) sont hétérozygotes pour l’expansion pathologique. Parmi lesquels 128 cas (92%) ont présenté le génotype (AAAAG)n/(AAGGG)n et 11 cas (8%) ont présenté le génotype (AAAGG)n/(AAGGG)n. Un séquençage Sanger a été réalisé pour certains patients hétérozygotes et n’a pas identifié d’anomalie moléculaire.
Discussion et conclusion : Cette étude montre que le syndrome de CANVAS est la plus fréquente des neuropathies sensitives. En effet, le rendement diagnostic des HSAN est d’environ 1% alors que ce syndrome a un rendement diagnostic de 19% d’après cette étude. Il existe des motifs atypiques mais également des patients porteurs de mutations non-sens dans le gène RFC1 qui nous laisse à penser que d’autres défauts moléculaires restent à identifier. Le séquençage long read représente ainsi la technique d’avenir pour le diagnostic moléculaire de cette maladie.
Syrine BOUAZIZI, Amandine BOYER, Emilien DELMONT, Annie VERSCHUEREN, Emmanuelle CAMPANA-SALORT, Aude-Marie GRAPPERON, Ludivine KOUTON, Shahram ATTARIAN, Nathalie BONELLO-PALOT (MARSEILLE)
10:00 - 11:00
#49251 - P129 Les données biochimiques de perte de fonction du gène SIM1 augmentent la probabilité d'une réponse clinique favorable en termes de perte de poids au setmélanotide, un agoniste du récepteur de type-4 aux mélanocortines (MC4R).
P129 Les données biochimiques de perte de fonction du gène SIM1 augmentent la probabilité d'une réponse clinique favorable en termes de perte de poids au setmélanotide, un agoniste du récepteur de type-4 aux mélanocortines (MC4R).
Objectif : Le facteur de transcription ‘Single-minded homolog 1’ (SIM1) est exprimé par la majorité des neurones du noyau paraventriculaire de l’hypothalamus. Parmi ces neurones, ceux exprimant le récepteur de type-4 aux mélanocortines (MC4R) jouent un rôle central dans la régulation de la satiété et du poids. Des variants rares de perte de fonction (LOF) de SIM1 sont associés à une obésité sévère précoce et à une hyperphagie. Parmi environ 50 000 individus atteints d’obésité sévère ayant bénéficié d’un séquençage, 243 variants faux-sens de SIM1 ont été identifiés chez 594 patients (1,3%). Parmi eux, 20 patients, porteurs de 17 variants uniques, ont été inclus dans l’essai clinique DAYBREAK. Dans cette analyse rétrospective, nous avons évalué si l’impact fonctionnel de ces variants sur SIM1 pouvaient prédire la réponse au setmélanotide sur la perte de poids.
Matériel/Patients et Méthodes : L’impact fonctionnel de 213 variants faux-sens du gène SIM1 a été évalué en utilisant un gène rapporteur de la luciférase. La réponse clinique a été définie comme une variation de l’indice de masse corporelle (IMC) ≥5 % entre l’inclusion dans l’étude et la 16ème semaine.
Résultats: Vingt patients porteurs de l’un des 17 variants rares du gène SIM1 ont été inclus dans l’essai DAYBREAK (15 variants de signification incertaine [VSI] et 2 probablement pathogènes selon les critères de l’ACMG). Au total, 5 des 20 patients ont obtenu une réduction de l’IMC ≥5 % à 16 semaines (25 %). Une analyse post hoc a été réalisée afin de déterminer si les résultats des tests fonctionnels in vitro permettaient de prédire l’issue du traitement. Les données étaient disponibles pour 13 variants portés par 16 patients. Sept des 13 variants étaient prédits comme conservant une activité de type sauvage (TS), tandis que 6 étaient associés à une perte de fonction (LOF). Les 7 patients porteurs des 7 variants TS ont soit interrompu l’essai, soit n’ont pas perdu de poids. Parmi les 9 patients porteurs d’un variant LOF, 4 (44 %) ont répondu au traitement.
Le variant p.Asp707His, connu pour avoir un effet modérément délétère et une pénétrance variable, a été retrouvé chez 3 patients, avec une évolution variable de leur IMC à 16 semaines (−15,1 %, −3,3 % et +1,1 %). Des résultats comparables ont été observés chez les 16 patients ayant terminé les 16 semaines de traitement : 5 (31 %) ont présenté une réduction de l’IMC ≥5 %. Dix variants ont été analysés fonctionnellement. En excluant les variants TS et ceux non caractérisés, 8 patients étaient porteurs de variants LOF, et 4 d’entre eux ont répondu au traitement (50 %). Parmi les 4 non-répondeurs porteurs de variants LOF, 2 étaient porteurs du variant p.Asp707His.
Conclusion: Ces données montrent l'importance de la caractérisation fonctionnelle des VSI de SIM1 pour interpréter leur signification clinique et évaluer leur intérêt potentiel dans le cadre d’un traitement par setmélanotide.
Patrick SLEIMAN, Gloria ORTIZ, Dorit KOREN, Jill C. GARRISON (Boston, Etats-Unis), Alastair S GARFIELD, Bhavik P. SHAH, Marta RAMÓN, Sadaf FAROOQI
10:00 - 11:00
#49291 - P133 Gains de copies des gènes COL4A1 et COL4A2 comme cause génétique de maladie des petites artères cérébrales de l’adulte.
P133 Gains de copies des gènes COL4A1 et COL4A2 comme cause génétique de maladie des petites artères cérébrales de l’adulte.
Les maladies des petites artères cérébrales (MPAC) représentent une cause majeure d’accidents vasculaires cérébraux (AVC) et de démence vasculaire, mais leurs mécanismes demeurent encore peu élucidés. Alors que les variants de type glycine ou perte de fonction de COL4A1 et COL4A2 sont des causes monogéniques de MPAC maintenant bien établies, le rôle des gains de copies (duplications/triplications) de ces gènes n’a été reconnu que très récemment, et les cas rapportés à ce jour dans la littérature demeurent très limités.
Nous rapportons ici la plus grande cohorte décrite à ce jour de patients adultes porteurs d’une duplication ou triplication de COL4A1 et COL4A2 (7 cas index et 1 apparenté). L’identification des réarrangements s’est faite par une approche combinée associant séquençage ciblé à haut débit, PCR semi-quantitative, puces à ADN et, dans certains cas, hybridation in situ en fluorescence (FISH). Ces analyses ont confirmé, chez tous les patients, la présence de réarrangements de taille variable dans la région 13q33q34. Sur le plan clinique et radiologique, ces anomalies génétiques induisent un phénotype cérébral homogène mais d’expression variable, caractérisé par des AVC ischémiques ou hémorragiques précoces, des infarctus pontiques, des hypersignaux de la substance blanche et des microhémorragies. Des anomalies artérielles intracrâniennes (anévrismes, dolichoectasies) ont également été observées chez plusieurs patients, suggérant une atteinte diffuse des petits et grands vaisseaux.
Contrairement aux variants glycine ou pertes de fonction, associés à un tableau pléiotropique multisystémique, les duplications/triplications de COL4A1/2 entraînent un phénotype strictement cérébral, débutant à l’âge adulte et proche de la microangiopathie pontine autosomique dominante (PADMAL). Les caractéristiques à l’IRM (lacunes notamment au niveau du pont, hypersignaux confluents de la substance blanche, présence de microhémorragies) renforcent l’hypothèse d’une microangiopathie diffuse liée à la surexpression de COL4A1/2.
La variabilité clinique observée reflète probablement l’hétérogénéité des duplications/triplications et l’influence de facteurs environnementaux. L’absence fréquente d’histoire familiale souligne l’importance d’un dépistage génétique même dans les formes sporadiques. Enfin, la surexpression démontrée dans les fibroblastes confirme le caractère pathogène de ces anomalies et ouvre la voie à des stratégies thérapeutiques visant à réduire, plutôt qu’abolir, l’expression de COL4A1/2.
Dominique HERVÉ, Saskia A J LESNIK OBERSTEIN, Eva PIPIRAS, Steven J KITTNER, Dimitri RENARD, Hélène MOREL, Françoise BERGAMETTI, Michaelle CORPECHOT, Gwénola BOULDAY, Stéphanie GUEY, Chaker ALOUI, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE, Thibault COSTE (PARIS)
10:00 - 11:00
#49367 - P137 Étude du rôle du gène LAMC1 dans les maladies des petites artères cérébrales.
P137 Étude du rôle du gène LAMC1 dans les maladies des petites artères cérébrales.
Contexte :
Les microangiopathies cérébrales (MPAC) constituent un groupe hétérogène de maladies touchant les petits vaisseaux cérébraux, à l’origine d’accidents vasculaires, de troubles cognitifs ou moteurs. Si certaines formes monogéniques sont bien décrites, notamment celles liées à NOTCH3, COL4A1/A2 ou HTRA1, de nombreux cas restent sans cause génétique identifiée. Des travaux récents de notre équipe ont montré le rôle d’autres gènes du matrisome, codant pour des protéines de la matrice extracellulaire (MEC), comme LAMB1 dans une forme monogénique. Une association avec des variants de LAMC1 (laminine gamma-1) a par ailleurs été décrite dans les formes polygéniques de MPAC. Les laminines, éléments majeurs de la MEC, sont des hétérotrimères αβγ, jouant un rôle essentiel dans la cohésion vasculaire et la signalisation cellulaire. Le gène LAMC1, code la sous-unité γ1 qui interagit notamment avec COL4A1/2 et NID2, renforçant l’hypothèse de son implication dans l’intégrité vasculaire cérébrale.
Objectif :
L’objectif de cette étude visait à explorer l’implication de variants rares du gène LAMC1 dans les MPAC.
Matériel et méthodes : Une cohorte de 6987 patients consécutifs, orientés vers notre laboratoire entre 2018 et 2025 pour suspicion d’une MPAC d’origine génétique, a fait l’objet d’un séquençage NGS incluant le gène LAMC1. La fréquence des variants rares et prédits pathogènes détectés dans cette cohorte a été comparée à la cohorte contrôle GnomAD.
Résultats :
Dans la cohorte, 447 variants distincts du gène LAMC1 ont été identifiés. Ces variants, présents avec des fréquences variables, concernaient environ 5930 patients, certains variants étant uniques (singleton), d’autres retrouvés chez plusieurs individus. Après filtrage sur la fréquence <1/10 000 (gnomAD v4) et la pathogénicité prédite par 2 outils in silico (Alpha missense et REVEL), un total de 13 variants distincts chez 14 patients index a été retenu.
Aucune différence statistiquement significative n’a été observée pour ce qui est des variants faux-sens pris dans leur globalité.
Par contre, une fréquence significativement plus élevée de variants pLoF (perte de fonction) a été observée dans la cohorte MPAC (p=0.0025).
Conclusion et perspectives :
Nous avons mis en évidence une association significative entre MPAC et variants perte de fonction de LAMC1. Une étude de la ségrégation familiale des variants pLoF avec le phénotype MPAC est en cours chez les apparentés des index mutés. Elle sera suivie d’une analyse phénotypique détaillée, clinique et IRM, de tous les patients identifiés. Une analyse in silico 3D sera par ailleurs réalisée pour ceux des variants faux-sens identifiés qui sont absents de la base de données GnomAD.
Chloé TALARMIN-GAS (Paris), Elisabeth TOURNIER-LASSERVE
10:00 - 11:00
#49400 - P141 La séquence des motifs répétés CAG dans les dégénérescences spinocérébelleuses.
P141 La séquence des motifs répétés CAG dans les dégénérescences spinocérébelleuses.
Contexte : Les ataxies cérébelleuses autosomiques dominantes (SCA) sont des maladies neurodégénératives affectant les voies spino-cérébelleuses. Les expansions de motifs répétés représentent 60% de leurs causes connues. La taille seuil de ces répétitions définit leur pathogénicité, tandis que la présence d’interruptions dans la séquence répétée peut modifier l’expression clinique.
Méthodes : Nous avons analysé, par séquençage short-read d’amplicons, la séquence répétée des principales formes d’ataxies autosomiques dominantes causées par expansion codante CAG dans les gènes ATXN1, ATXN2, ATXN3 et ATXN7, chez 993 individus porteurs d’une expansion CAG.
Résultats : Des interruptions CAA au sein des expansions CAG ont été identifiées dans ATXN2 chez 5 patients sur 214 cas (2,3%). Les expansions CAG dans ATXN1 (n=208), ATXN3 (n=461) et ATXN7 (n=110) étaient pures sans interruption. En fonction de la taille de l’expansion CAG, les interruptions CAA dans ATXN2 modifient le phénotype de SCA2 : pour les petites expansions, les interruptions CAA sont associées à un syndrome parkinsonien et pour les grandes expansions, à un âge de début de l’ataxie plus tardif de 30 ans pour le cas concerné. L’instabilité somatique habituelle des expansions était absente dans les expansions interrompues. Le séquençage short-read a permis d’obtenir à la fois la taille et la séquence de l’expansion CAG, dans les limites actuelles de la taille du read, jusqu’à 600 bases.
Conclusion : Le séquençage short-read permet de caractériser la taille et la composition des expansions CAG de taille habituelle. Cette approche met en évidence le rôle des interruptions CAA dans ATXN2, qui modifient le phénotype clinique de SCA2, d’une ataxie en un syndrome parkinsonien. Ce résultat permet une meilleure stratification génétique et clinique de SCA2. La variabilité de l'âge de début des symptômes, au-delà de la taille de l’expansion CAG, suggère l’existence de modificateurs génétiques encore à identifier.
Jean-Loup MÉREAUX, Claire-Sophie DAVOINE (Paris), Emilien PETIT, Claire EWENCZYK, Anna HEINZMANN, Giulia COARELLI, Alexandra DURR
10:00 - 11:00
#49607 - P145 Expansion de triplets CAG pathologique à pénétrance incomplète dans TBP et variations dans STUB1 : à propos de 3 cas avec phénotype Huntington-like.
P145 Expansion de triplets CAG pathologique à pénétrance incomplète dans TBP et variations dans STUB1 : à propos de 3 cas avec phénotype Huntington-like.
Introduction
Les expansions complètes (> 49 CAG) dans TBP sont responsables de l’ataxie spinocérébelleuse de type 17 (SCA17), caractérisée par un phénotype Huntington-like. Une zone pathologique à pénétrance incomplète entre 41 et 48 triplets est rapportée. Les variations de STUB1 sont associées à une ataxie autosomique récessive (SCAR16) et à une SCA autosomique dominante (SCA48) avec ataxie cérébelleuse tardive et troubles cognitifs. Une association TBP41-48/STUB1 a été initialement décrite par Magri et al. en 2022, alors que d’autres séries de patients avec STUB1 (Barbier et al., 2023 ; Palombo et al., 2024 ; Van Projie et al., 2024 ; De Winter et al., 2025) suggèrent que STUB1 est une maladie monogénique et que TBP intermédiaire aurait un effet modificateur menant à une ataxie cérébelleuse avec troubles cognitifs majorés et progression plus rapide.
Cas cliniques
Nous rapportons 3 cas issus de 3 familles distinctes avec ataxie cérébelleuse, troubles cognitifs dysexécutifs, syndrome pyramidal avec un début moyen à 38 ans (28-48 ans). D’autres atteintes pouvaient être présentes selon les cas : mouvements choréiques, dystonie, troubles psycho-comportementaux de type désinhibition, agressivité, irritabilité. Une maladie de Huntington avait été évoquée devant le tableau clinique de chaque patient puis infirmée par l’analyse moléculaire. Selon les recommandations, SCA17 avait été évoqué, toutefois un allèle TBP intermédiaire avait été retrouvé. Les IRM cérébrales montraient une atrophie cérébelleuse. Pour une famille, un diagnostic prénatal pour SCA17 avait été demandé.
Analyses moléculaires
Le séquençage complet des exons du gène STUB1 par Sanger a mis en évidence une association TBP41-48/STUB1 :
- 43 triplets +/- 1 dans TBP et variation non-sens c.544C>T p.(Arg182*) au niveau de l’exon 4 de gène STUB1 (classe 4).
- 41 +/- 1 triplets dans le gène TBP et variation faux-sens c.194A>G p.(Asn65Ser) au niveau de l’exon 2 du gène STUB1 (classe 4).
- 43 triplets +/- 1 dans TBP et variation faux-sens c.728C>T p.(Pro243Leu) au niveau de l’exon 6 du gène STUB1 (classe 4). Duplication interstitielle hétérozygote en 2p11.2 (variant de signification inconnue) à l’analyse chromosomique sur puce à ADN. Ce patient avait eu des troubles de l’apprentissage dans l’enfance.
Discussion et conclusion
Dans les 3 cas, l’imputabilité des allèles intermédiaires TBP41-48 paraissait insuffisante devant un tableau neurologique complexe et sévère. L’analyse supplémentaire de STUB1 a permis de mettre en évidence une association STUB1/ TBP41-48 expliquant le phénotype. Nos cas illustrent la pertinence d’une recherche systématique de variation de STUB1 concomitante à des allèles TBP41-48 en cas de phénotype Huntington-like. Cette association rend le conseil génétique complexe. En cas de demande de diagnostic présymptomatique, il parait indispensable de connaître le statut du cas index pour les deux gènes pour informer au mieux de la pénétrance et de la sévérité du phénotype attendu.
Sophie GRESSER (Nancy), Armand HOCQUEL, Noémie WILLAUME, Vincent HUIN, Constance WELLS, Mélanie CLOTEAU, Mylène DEXHEIMER, Jean-Marie RAVEL, Cécilia MARELLI, Céline BONNET, Mathilde RENAUD
10:00 - 11:00
#49784 - P149 Etude clinique et génétique des épilepsies syndromiques : apport du séquençage de l’exome.
P149 Etude clinique et génétique des épilepsies syndromiques : apport du séquençage de l’exome.
INTRODUCTION
Les épilepsies représentent un défi majeur de santé publique en raison de la complexité de leur prise en charge. Les progrès du séquençage à haut débit, en particulier le séquençage de l'exome (SE), ont permis d'identifier un nombre croissant de gènes impliqués, mettant en évidence une importante hétérogénéité génétique.
Notre objectif est de décrire le profil clinique et génétique d’une série de patients tunisiens épileptiques explorés par SE.
METHODES
Étude descriptive et rétrospective portant sur une série de patients tunisiens présentant une épilepsie syndromique, suivis au service de génétique de l’hôpital Mongi Slim de la Marsa sur une période de 11 ans (2012-2023), avec au moins un cas index par famille ayant bénéficié d’un SE.
Le SE a été réalisé avec la technologie short read d’Illumina, avec la recherche concomitante de variations du nombre de copies (CNV).
RESULTAS
Nous avons colligé 37 patients issus de 34 familles différentes. Une consanguinité a été retrouvée dans 35% des cas et des antécédents familiaux d’épilepsie étaient notés chez 38% des familles.
Un retard de développement global a été observé chez 94 % des patients. Une dysmorphie faciale a été retrouvée dans 68% des cas et 86% des patients avaient des malformations congénitales associées. L’âge moyen au début des crises épileptiques était de 10 mois, avec 89% de cas à début infantile et 22% à début néonatal. L'épilepsie généralisée était la plus fréquente (54%), suivie de l'épilepsie focale et généralisée combinée (30%) et de l'épilepsie focale (16%). L’épilepsie était associée à d’autres manifestations neurologiques dans 73% des cas. Elle était pharmaco-résistante dans 47% des patients. Des anomalies cérébrales ont été observées chez 64% des patients. Un tracé EEG pathologique était noté dans 87% des cas.
Le SE, réalisé en première intention ou après un caryotype sanguin normal chez 74% des patients, a identifié 35 variations différentes, dont 32 variations nucléotidiques au niveau de 30 gènes différents et trois CNV. Un diagnostic génétique a été établi chez 81% des patients. Sept patients étaient porteurs de variants de signification incertaine. Six patients avaient des variants de novo et 15 des variations héritées. Parmi les variations causales, 30% étaient situées sur des gènes actionnables.
CONCLUSIONS
À travers ce travail, nous avons pu obtenir un aperçu du spectre génétique des épilepsies syndromiques dans la population tunisienne. L'identification de variants délétères dans des gènes actionnables a influencé la prise en charge des crises épileptiques, selon le gène et/ou le variant impliqué.
L'établissement d'un diagnostic génétique a permis de mettre fin à l'errance diagnostique, d'orienter le dépistage des comorbidités extra-neurologiques, d'instaurer une prise en charge multidisciplinaire adaptée et de fournir un conseil génétique chez 81% de nos patients.
Feriel AGREBI (Bron), Houweyda JILANI, Imen REJEB, Yasmina ELARIBI, Sana KAROUI, Rahma KCHAOU, Maysa MERIDA, Mariem MKADMINI, Hedia KLAA, Zouhour MILEDI, Ichraf KRAOUA, Lamia BEN JEMAA
10:00 - 11:00
#49966 - P153 Stratégie de diagnostic moléculaire de l'ataxie tardive SCA27B liée aux expansions introniques gaa dans le gène fgf14 : application à une large cohorte européenne de 1895 patients.
P153 Stratégie de diagnostic moléculaire de l'ataxie tardive SCA27B liée aux expansions introniques gaa dans le gène fgf14 : application à une large cohorte européenne de 1895 patients.
Les expansions GAA dans l'intron 1 du gène FGF14 sont une cause fréquente d'ataxie cérébelleuse héréditaire de transmission autosomique dominante (ataxie GAA-FGF14 ; ataxie spinocérébelleuse 27B, SCA27B), en particulier en cas d’ataxie tardive (Late Onset Cerebellar Ataxia : LOCA). SCA27B se caractérise classiquement par un syndrome cérébelleux lentement progressif, à début épisodique dans plus de 2/3 des cas, au-delà de 40 ans.
Une stratégie de diagnostic moléculaire en trois étapes a été développée au laboratoire de Génétique de Nancy : une LR-PCR fluorescente pour déterminer la taille des allèles, une triplet-primed PCR (TP-PCR) bidirectionnelle pour vérifier la présence et la nature de l’expansion (profil dentelé si le motif est GAA), et enfin une électrophorèse sur gel des produits de LR-PCR et/ou un séquençage de Sanger selon le profil observé en TP-PCR. Une seconde LR-PCR peut être réalisée afin d’amplifier spécifiquement les allèles supérieurs à 30 GAA et faciliter la lecture du séquençage Sanger si besoin. Les haplotypes des allèles FGF14 peuvent être déterminés grâce à un panel de marqueurs microsatellites, ce qui permet de préciser leur transmission intrafamiliale.
Cette stratégie a été validée en la comparant au séquençage long-read Nanopore sur 22 patients canadiens-français SCA27B et par la suite sur une cohorte de 53 patients nancéiens atteints de LOCA non résolue. A ce jour, nous avons étudié une cohorte de 1895 patients avec LOCA indéterminée, recrutés au niveau européen. Au total, nous avons identifié 401 patients (29,4 %) porteurs d’expansions FGF14 (GAA) ≥ 250, dont 74 (3,9 %) avec des expansions entre 250 et 300 GAA (allèles intermédiaires à pénétrance incomplète) et 87 (4,5 %) avec des expansions entre 200 et 250 GAA (allèles en zone grise). Des indices croissants suggèrent la possible pathogénicité des allèles en zone grise, ce qui pourrait conduire à abaisser le seuil. Des études internationales seront nécessaires afin d’affiner leur interprétation. De même, des expansions non-GAA-pures et des interruptions GAA, non considérées pathogènes à ce jour, ont également été identifiées.
Nous avons récemment mis en place le diagnostic présymptomatique des apparentés, ce qui permettra d’affiner la description de la transmission intrafamiliale. L’étude des haplotypes a déjà élucidé la transmission des expansions dans deux familles, avec mise en évidence d’une expansion en méiose maternelle et d’une contraction en méiose paternelle.
Avec cette stratégie diagnostique, nous confirmons que SCA27B est une cause fréquente de LOCA, et nous poursuivons sa caractérisation phénotypique sur une large cohorte, afin de mieux définir le phénotype des patients — notamment ceux présentant des allèles intermédiaires ou en zone grise.
Victor Andrés VALLE (Nancy), Virginie ROTH, Marion WANDZEL, David PELLERIN, Florent GIRARDIER, Stéphanie CACCIATORE, Clément ROBIN, Frédéric WEBER, Guillemette CLÉMENT, Thomas WIRTH, Cécilia MARELLI TOSI, Salomé PUISIEUX, Laëtitia LAMBERT, Natacha DREUMONT, Armand HOCQUEL, Solène FRISMAND, Amory JARDEL, Marian DOUARINOU, Fabienne ORY, Chloé ANGELINI, Manon DEGOUTIN, Virginie PICHON, Marie Anne POIROUX GUERID, Frédérique FLUCHÈRE, Thomas PALPACUER, Elsa BESSE, Sacha WEBER, Quentin THOMAS, Chloé LAURENCIN, Isabelle LAVENU, Mélanie FRADIN, Lauriane LE COLLEN, Anna CASTRIOTO, Eléna MORO, Jonathan DE WINTER, Olivier FLABEAU, Caroline FROMENT, Bart DERMAUT, Adrien DERGARDIN, Benjamin DAURIAT, Annabelle CHAUSSENOT, Giovanni CASTELNOVO, Sarah COULETTE, Sophie DUCLOS, Nadège CALMELS, Jean-Loup MEREAUX, Florence RIANT, Emmanuel FLAMAND ROZE, Gaëtan LESCA, Gaël NICOLAS, Stephan ZUCHNER, Matt DANZI, Elisabeth TOURNIER LASSERVE, Alexandra DURR, Christine TRANCHANT, Christophe VERNY, Cyril GOIZET, Michel KOENIG, Mathieu ANHEIM, Bernard BRAIS, Mathilde RENAUD, Céline BONNET
10:00 - 11:00
#49538 - P157 Le séquençage de génome pour la pré-indication surdités précoces, retour de 5 années au CHU de Toulouse, nouvellement labellisé centre de reference maladies rares des surdités génétiques.
P157 Le séquençage de génome pour la pré-indication surdités précoces, retour de 5 années au CHU de Toulouse, nouvellement labellisé centre de reference maladies rares des surdités génétiques.
Sur la période de juillet 2020 à juillet 2025, un total de 82 dossiers du CHU de Toulouse pour la pré-indication surdités précoces ont été envoyés sur la plateforme AURAGEN pour le séquençage de génome.
Un ensemble de 102 dossiers ont été validés en réunion pluridisciplinaire surdité nationale, via la plateforme Skemeet. 16 dossiers sont en attente de prescription et 8 parcours ont été annulés. Le séquençage de génome a été prescrit comme examen de seconde intention, après l’analyse du panel de gènes impliqués dans les surdités et pour les formes syndromiques, avec en plus une ACPA revenue normale. Concernant les données du panel de gènes impliqués dans les surdités réalisé au CHRU de Lille, sur une période de janvier 2023 à août 2025, ont été rendus 375 résultats pour des patients cas index toulousains, dont 117 ont un rendu de résultat conclusif (soit un rendement diagnostic de 31%).
Quant aux résultats du séquençage du génome pour la pré-indication surdités, nous avons obtenu des résultats pour 54 dossiers, les 24 autres étant toujours en attente. Le délai moyen pour l’obtention des résultats est de 11 mois (1 mois pour le délai le plus rapide, ce dossier avait été orienté sur un parcours prioritaire et 24 mois pour le délai le plus long). 39 dossiers soit près de 72 % étaient prescrits dans le cadre d’une surdité isolée et 15 dossiers présentaient une surdité syndromique.
Sur les résultats obtenus, nous avons eu 11 diagnostics conclusifs. Nous comptons également 12 dossiers avec l’identification d'un variant de signification inconnue et pour 4 d’entre eux, des analyses complémentaires sont en cours.
Parmi les diagnostics rendus nous détaillerons quelques cas cliniques d’intérêt : un jeune patient porteur d’un variant pathogène FDXR, un diagnostic de syndrome KBG (ANKRD11), de brachyolmie (PRPV4) de novo et une forme familiale de surdité neurosensorielle associée à une thrombopénie macrocytaire avec l’identification d’un variant pathogène dans DIAPH1.
Pour 6 dossiers, le séquençage de génome avait pour but d’identifier un deuxième variant pathogène d’un gène responsable d’une pathologie de transmission autosomique récessive, dans une région non couverte par le panel initialement réalisé. Nous pouvons notamment citer la suspicion d’anomalies du gène SLC26A4 pour des patients avec large aqueduc vestibulaire bilatéral. Effectivement pour 2 d’entre eux, cela a été le cas, dont un diagnostic sur le locus DFNB1 hétérozygote composite GJB2 et GJB6 non identifié en panel.
En conclusion, le rendement diagnostic du génome après l’analyse d’un panel est de 20%, peut être plus, grâce à la future reclassification du nombre non négligeable de variants de signification inconnus identifiés (22%).
Nelly DEWULF, Olivier GRUNEWALD, Luke MANSARD, Renaud TOURAINE, Anne-Françoise ROUX, Delphine DUPIN DEGUINE (TOULOUSE)
10:00 - 11:00
#49725 - P161 Surdité liée au gène coch dans une cohorte française : corrélations génotype-phénotype et nouveaux variants.
P161 Surdité liée au gène coch dans une cohorte française : corrélations génotype-phénotype et nouveaux variants.
Caractériser les variants hétérozygotes pathogènes du gène COCH dans une cohorte française de patients atteints de surdité neurosensorielle non syndromique (SNNS) et explorer les corrélations génotype-phénotype.
Étude observationnelle rétrospective portant sur 58 individus issus de 16 familles non apparentées diagnostiquées avec une surdité neurosensorielle autosomique dominante (DFNA9) entre 2005 et 2025. Tous les patients ont bénéficié d’une évaluation clinique et audiologique ainsi que d’une analyse génétique par séquençage ciblé (Sanger du gène COCH) ou par panels de gènes utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS). Les variants ont été classés selon les recommandations de l’ACMG. Les audiogrammes et données vestibulaires ont été analysés afin d’identifier des profils phénotypiques associés aux variants et aux domaines protéiques impliqués.
Nous avons identifié six variants hétérozygotes pathogènes déjà rapportés dans huit familles, ainsi que sept nouveaux variants probablement pathogènes dans sept familles. Les variants localisés dans les domaines vWFA étaient majoritairement associés à une surdité bilatérale symétrique, progressive et d’apparition précoce. Trois variants (p.Gln410Arg, p.Ile450Val, p.Cys542Arg) étaient associés à une surdité congénitale ou prélinguale, une présentation atypique du DFNA9. En revanche, les variants situés dans le domaine LCCL étaient plus fréquemment associés à une surdité d’apparition tardive et à une prévalence accrue de troubles vestibulaires. Les explorations vestibulaires, lorsqu’elles étaient disponibles, mettaient en évidence une atteinte plus fréquente dans les cas d’apparition tardive que dans les formes précoces.
La surdité liée au gène COCH constitue une cause rare de SNNS autosomique dominante, avec seulement 16 familles identifiées en 20 ans dans le réseau français. Notre étude élargit le spectre mutationnel du gène COCH en rapportant sept nouveaux variants et suggère l’existence d’une corrélation génotype-phénotype selon la localisation du variant dans les domaines protéiques. Ces résultats contribuent à affiner le diagnostic clinique et le conseil génétique des patients atteints d’une surdité DFNA9.
Ralyath BALOGOUN (PARIS), Margaux SEREY-GAUT, Laurence JONARD, Ghizlene LAHLOU, Isabelle LEMIERE, Véronique PINGAULT, Sandrine MARLIN
10:00 - 11:00
#49525 - P165 Les microARN et la pathogenèse du diabète de type 2.
P165 Les microARN et la pathogenèse du diabète de type 2.
Les microARN (miARN) apparaissent comme des régulateurs clés dans la physiopathologie du diabète de type 2 (DT2) et de ses complications. Ils offrent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à cette pathologie et ouvrent la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Cette étude met en évidence le rôle potentiel des miARN en tant que biomarqueurs diagnostiques et pronostiques du DT2. De nombreuses recherches ont rapporté des modifications de l’expression des miARN circulants chez les patients diabétiques. Par exemple, Zampetaki et al. ont identifié une signature plasmatique de 13 miARN chez des sujets atteints de DT2. Un panel composé des cinq miARN les plus significatifs — miRNA-15a, miRNA-28-3p, miRNA-126, miRNA-223 et miRNA-320 — a permis de classer correctement 70 % des cas et 92 % des témoins. Ce panel a également permis de prédire l’apparition du diabète chez des sujets normoglycémiques, renforçant ainsi l’intérêt des miARN comme biomarqueurs prédictifs.
De manière similaire, Karolina et al. ont identifié une altération de l’expression de plusieurs miARN circulants chez des patients diabétiques. Ces miARN sont impliqués dans des voies biologiques majeures : la biosynthèse de l’insuline (ex. : miRNA-30d), sa sécrétion (miRNA-9, miRNA-124a, miRNA-375), ainsi que la signalisation insulinique dans les tissus cibles (miRNA-27a, miRNA-29a, miRNA-144, miRNA-146a, miRNA-150, miRNA-182, miRNA-192 et miRNA-320), notamment via la translocation du transporteur de glucose GLUT4.
D’autres miARN, tels que miR-15a, miR-23a et miR-766-3p, ont montré une forte capacité à distinguer les patients atteints de DT2 de ceux ayant une tolérance normale au glucose, ce qui confirme leur potentiel en tant qu’outils diagnostiques.
Malgré ces résultats prometteurs, les données actuelles demeurent partielles, en raison de limites méthodologiques, de la variabilité des populations étudiées, et d’un manque de standardisation dans les techniques de détection des miARN. Des études plus robustes, à grande échelle, sont nécessaires pour valider l’utilisation clinique de ces miARN en tant que biomarqueurs fiables.
Sabah HANACHI (Constantine, Algérie), Salima ZEKRI, Karima SIFI, Karima BENMEBAREK, Noredine ABADI
10:00 - 11:00
#49826 - P169 Analyses multiomiques des cellules du sédiment urinaire pour un diagnostic non-invasif des maladies mitochondriales.
P169 Analyses multiomiques des cellules du sédiment urinaire pour un diagnostic non-invasif des maladies mitochondriales.
Introduction. Les maladies mitochondriales primaires sont les plus fréquentes des pathologies métaboliques, avec une prévalence estimée à 1/4300. Leur hétérogénéité clinique est considérable et s'explique en partie par leur hétérogénéité génétique du fait de leur dépendance à leur propre ADN mitochondrial (ADNmt) et au génome nucléaire . Leur diagnostic est complexe et repose sur un faisceau d’arguments : la clinique, les examens paracliniques, la génétique et des analyses fonctionnelles pour permettre l’interprétation des nombreux variants de signification incertaine (VSI). Récemment, les analyses multiomiques ont montré leur capacité à améliorer les rendements diagnostiques pour les maladies mitochondriales. Cependant, une de leurs limites est la nécessité d'étudier les tissus affectés nécessitant de procéder à des prélèvements invasifs.
Objectif de l’étude. L’objectif de ce travail était de développer la culture primaire des cellules du sédiment urinaire afin de proposer une alternative non-invasive pour la réalisation d’études multiomiques, les urines étant déjà largement utilisées pour le diagnostic génétique.
Matériels et Méthodes. Huit cultures primaires ont été obtenues à partir d’échantillons mictionnels provenant de six individus sains et de deux individus porteurs d’un variant pathogène de l'ADNmt. Différentes analyses fonctionnelles couramment utilisées pour la caractérisation des dysfonctions mitochondriales sur biopsie de muscle ou de fibroblastes ont été : histochimie COX/SDH, activités enzymatiques des complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale, western blot OXPHOS, microscopie et séquençage de l’ARN (RNAseq).
Résultats et discussion. Les analyses réalisées ont mis en évidence que les cellules issues de la culture du sédiment urinaire étaient riches en mitochondries, permettant ainsi l’identification de dysfonctions mitochondriales concordantes avec les données de la littérature : un déficit isolé du complexe I identifié chez le patient 1 (m.13513G>A MT-ND5) et un déficit combiné chez le patient 2 (m.3242A>G MT-TL1). L’analyse du RNAseq a montré que les cellules exprimaient fortement les gènes mitochondriaux et présentaient un transcriptome intermédiaire entre les fibroblastes et les cellules du tractus urinaire. Nous n’avons pas mis en évidence de grande variabilité du transcriptome entre les individus sains, même après plusieurs passages cellulaires. Les cellules dérivées des patients ont montré des variations de leur transcriptome, notamment une diminution significative des gènes du système immunitaire, corroborant les observations cliniques selon lesquelles les patients atteints de maladies mitochondriales seraient plus sensibles aux infections.
Conclusion. Ces résultats confirment que les cultures primaires dérivées du sédiment urinaire constituent un outil prometteur pour l’étude du transcriptome et la validation fonctionnelle des VSI de l’ADNmt ou nucléaires, limitant ainsi le recours à des échantillons invasifs.
Dina AL-EZZI, Laetitia LE TEXIER, Louisa PARIS, Matthieu DENIS, Arnaud CHEVROLLIER, Naïg GUEGUEN, Louis LE GOFF, Assane MBODJ, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Magalie BARTH, Franck LETOURNEL, Guy LENEARS, Estelle COLIN, Vincent PROCACCIO, Céline BRIS (Angers)
10:00 - 11:00
#49944 - P173 Première observation prénatale d’un déficit congénital lié à ALG14 : analyses fonctionnelles et validation in vivo.
P173 Première observation prénatale d’un déficit congénital lié à ALG14 : analyses fonctionnelles et validation in vivo.
Le gène ALG14 code une sous-unité du complexe glycosyltransférase intervenant dans les premières étapes de la N-glycosylation. Les variations bialléliques pathogènes (faux-sens et un non-sens récurrent) d’ALG14 sont associées à 3 phénotypes : un syndrome myasthénique congénital chez 2 sujets adultes (#616227), un phénotype sévère d’encéphalopathie épileptique néonatale létale avec myopathie chez 5 sujets (#619031) et un phénotype plus modéré de déficience intellectuelle avec épilepsie chez 2 adultes (#619036). Chaque phénotype a fait l’objet d’une unique publication sans réplication.
Nous rapportons le cas d’un fœtus dont l’échographie de 22 SA a révélé un corps calleux court et épais isolé. L’examen fœtopathologique a mis en évidence une anasarque, des contractures des quatre membres et une brachycéphalie.
Une analyse prénatale de l’exome en trio (fœtus et parents) a révélé deux variations non-sens hétérozygotes composites dans ALG14 : l’une en 5’ prédite échapper au NMD, l’autre précédemment publiée dans le syndrome myasthénique congénital.
Le séquençage de Sanger sur l’ARN sanguin montre l’expression des deux allèles mutés, suggérant une absence de dégradation des ARNm non-sens (NMD). Ce résultat est confirmé par l’immunofluorescence réalisée sur lymphocytes fœtaux transformés EBV traités ou non par puromycine (pour évaluer l’impact d’une inhibition de NMD) qui montre la présence d’ALG14 de façon similaire entre le fœtus et le témoin, indépendamment de l’ajout de puromycine.
Des expériences de knockdown d’alg14 et de rescue par l’introduction d’ARNm synthétisé (muté et sauvage) réalisées chez le Xénope montrent que l’expression des deux variations non-sens n’améliore pas de façon significative la motilité embryonnaire et les crises épileptiques, par opposition à l’allèle sauvage, confirmant l’effet pathogène de ces deux variations.
Ce premier cas prénatal illustre la forme la plus sévère des pathologies associées à ALG14 liée à deux variations non-sens. Le modèle de Xénope reproduit le phénotype, confirmant l’incapacité des protéines tronquées à assurer la fonction enzymatique et constituant la première preuve in vivo liant ALG14 à une pathologie neurométabolique.
L’identification d’une variation déjà rapportée dans la littérature dans une autre entité phénotypique suggère le fait que les maladies liées aux variations à effet perte de fonction dans ALG14 ne constituent pas des entités phénotypiques distinctes, mais plutôt les différentes expressions cliniques d’un même spectre. Nous proposons de regrouper les trois entités sous le terme de pathologies liées à ALG14. Une cohorte plus large est en cours de constitution.
Une étude de la fonction de la protéine dans son rôle de glycosylation nous permettrait de renommer la pathologie désordre congénital de glycosylation associé à ALG14 (ALG14-CDG).
Fatima EL IT, Jonathan MARQUEZ, Victor COUTURIER, Flavien ROUXEL, Laurence DUPLOMB, Valentin BOURGEOIS, Anne-Sophie BRIFFAUT, Ange-Line BRUEL, Martin CHEVARIN, Benjamin GANNE, Vincent GATINOIS, Manon GROUALLE, Christina LAM, Camille LARRIEU-ARGUILLE, Charlotte POE, Alexis RODRIGUEZ, Valentin RUAULT, Isabelle ROUVET, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Constance WELLS, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon)
10:00 - 11:00
#48980 - P177 Cancers du sein (CS) dans une série de 140 femmes atteintes de neurofibromatose 1 (NF1) : caractéristiques cliniques et histologiques, pronostic.
P177 Cancers du sein (CS) dans une série de 140 femmes atteintes de neurofibromatose 1 (NF1) : caractéristiques cliniques et histologiques, pronostic.
Contexte : La NF1 est un syndrome de prédisposition tumorale héréditaire à transmission autosomique dominante, touchant environ 1 personne sur 3 000.
Des petites séries de CS chez des patientes atteintes de NF1 ont rapporté des caractéristiques pathologiques agressives : grade III, RE négatif, Her2 positif. Un impact pronostique négatif sur la survie globale spécifique du CS était associé. Nous présentons ici les résultats d’une vaste série française multicentrique.
Méthodes : Les caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des CS ont été recueillies chez des patientes atteintes de NF1 dans 4 centres de cancérologie français (Institut Curie, hôpital Henri Mondor, Centre Léon Bérard, Gustave Roussy). Chaque cas a été apparié à environ 2 témoins atteints de CS selon l’âge au diagnostic et la décennie de traitement (< 1990, 1991-2000, 2001-2010, > 2010), à partir d’une base de données locale de l’Institut Curie.
Les facteurs associés aux patientes atteintes de NF1 ont été étudiés par régression logistique. Les risques cumulés de CS controlatéral ont été estimés en tenant compte du décès comme risque compétitif, et comparés par le test de Gray. La survie globale spécifique du CS a été évaluée à l’aide de courbes de Kaplan-Meier, comparées à des tests du logrank et à des modèles multivariés de Cox.
Résultats : Une série de 140 femmes atteintes de NF1 et d’un CS diagnostiqué entre 1978 et 2023 a été comparée à 261 témoins, avec un suivi médian de 11,7 ans. L’âge médian au diagnostic du CS dans la NF1 était de 48 ans, soit plus jeune que celui rapporté dans la population générale (63 ans) en France. Les caractéristiques du CS étaient significativement plus agressives chez les patientes atteintes de NF1 que chez les témoins : plus d’atteintes ganglionnaires cliniques N2/3 (OR 6,23 ; IC95% 1,96-23,6 ; p = 0,003), plus de grade 3 (OR 2,59 ; IC95% 1,27-5,58 ; p = 0,012), plus de cancers Her2 positifs (OR 2,44 ; IC95% 1,13-5,18 ; p = 0,023).
Au cours du suivi, les récidives controlatérales étaient plus fréquentes chez les patientes atteintes de NF1 que chez les témoins : 15% contre 5,1% ; HR 4,27 (IC95% 2,11-8,64 ; p < 0,001). Le risque cumulé de cancer du sein controlatéral à 10 et 20 ans était de 2,8% et 9,3% chez les témoins, contre 9,2% et 23% chez les patientes atteintes de NF1, ce qui est similaire aux risques rapportés chez les patientes porteuses d’altération BRCA1/2.
Malgré les caractéristiques agressives du CS chez les patientes atteintes de NF1, la survie globale spécifique du CS n'a pas été significativement impactée (HR = 0,98 ; IC95% 0,56-1,74 ; p = 0,96), ce qui pourrait s'expliquer par l'efficacité des traitements.
Conclusion : Les femmes atteintes de cancer du sein et de NF1 présentent des caractéristiques plus agressives que les témoins, avec un risque accru de cancer du sein controlatéral, sans impact sur la survie globale spécifique ; justifiant une attention particulière à leur traitement ainsi qu'à leur suivi.
Sophie FRANK (Paris), Matthieu CARTON, Salah FERKAL, Pierre WOLKENSTEIN, Ouidad ZEHOU, Mona AMINI-ADLE, Olivier CARON, Delphine WEHRER, Mathilde REICH, Claire SAULE, Emmanuelle FOURME, Chrystelle COLAS, Dominique STOPPA-LYONNET
10:00 - 11:00
#49118 - P181 Les analyses génomiques en France en oncogénétique constitutionnelle : bilan de 6 ans d’expérience dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025.
P181 Les analyses génomiques en France en oncogénétique constitutionnelle : bilan de 6 ans d’expérience dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025.
Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025), les plateformes SeqOIA et AURAGEN proposent des séquençages très haut débit du génome (WGS), dans la pratique clinique, pour des indications médicales sélectionnées. Deux d’entre elles, portées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer (GGC), concernent l’oncogénétique constitutionnelle et s’adressent soit aux patients atteints de cancers avec des antécédents familiaux très évocateurs d’une prédisposition soit aux patients sans antécédent familial mais ayant un cancer à un âge très précoce et/ou des cancers multiples et/ou associés à un contexte syndromique.
Nous rapportons le bilan de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) nationale GGC PFMG2025 créée en 2019 avec deux objectifs : en amont, sélectionner les patients éligibles à l’analyse ; en aval, discuter des résultats du séquençage du génome et de leurs conséquences en terme de prise en charge ou d’explorations secondaires. C’est aussi une RCP de recours pour d’autres préindications lors de la découverte de données incidentes constitutionnelles sur les gènes de prédisposition aux cancers.
En 6 ans, 1066 familles, présentées par 53 équipes de génétique, ont été discutées en RCP d’amont. Un WGS a été retenu pour 792 d’entre elles (74%) et récusé pour 199 (19%). Pour 75 familles, il a été demandé des explorations ou des renseignements complémentaires préalables au WGS.
A ce jour, 458 dossiers complets ont été reçus sur les plateformes (170 pour AURAGEN/288 pour SeqOIA). Les résultats de 388 familles (217 cas isolés/171 cas familiaux) ont été discutés en RCP d’aval. Pour 15 patients (4%), un variant pathogène ou très suspect d’être en lien avec le phénotype a été identifié. Seize données incidentes ont aussi été mises en évidence. Pour les autres patients, l’analyse s'est avérée semi-conclusive ou non conclusive mais des explorations complémentaires (étude ARN, analyse tumorale...) ont été suggérées pour 77 d’entre eux afin de préciser l’impact des variants identifiés.
En conclusion, la RCP nationale GGC PFMG2025 remplit sa mission de sélection et de discussion des dossiers en assurant un accès au WGS sur tout le territoire pour les pré-indications de génétique oncologique constitutionnelle. Le faible nombre de résultats concluants s’explique en partie par notre capacité encore insuffisante à exploiter totalement les données du WGS et par le caractère multi-factoriel de la maladie cancéreuse. L’analyse des tumeurs congelées, mise en place pour cette pré-indication en avril 2025, et l’amélioration des pipelines pour la détection de certains évènements comme les éléments mobiles ou les variants structuraux vont nous permettre de ré-analyser certains dossiers. Il est aussi primordial de développer d’autres outils (méthylome, séquençage long-read, Polygenic Risk Scores…) pour mieux expliquer l’histoire carcinologique personnelle et/ou familiale des patients, et ainsi délivrer un conseil génétique approprié.
Hélène DELHOMELLE, Ahmed BOURAS, Lisa GOLMARD, Olivier CARON, Stéphanie BAERT DESURMONT, Noémie BASSET, Molka BEN YAKHLEF6, Pascaline BERTHET, Marie BIDART, Nadia BOUTRY KRYZA, Virginie BUBIEN, Nelly BURNICHON, Alexandre BUFFET, Odile CABARET, Laurent CASTERA, Marie-Agnès COLLONGE RAME, Carole CORSINI, Florence COULET, Capucine DELNATTE, Philippe DENIZEAU, Antoine DE PAUW, Pierre DEVULDER, Sophie DUSSARD, Alice FIEVET, Mathilde FILSER, Pascale FLANDRIN, Mathilde GAY-BELLILE, Sophie GIRAUD, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Erell GUILLERM, Abderaouf HAMZA, Nadim HAMZAOUI, Claude HOUDAYER, Edwige KASPER, Jérôme LAMORIL, Jessica LE GALL, Eulalie LASSEAUX, Marine LEBRUN, Marine LEGENDRE, Sophie LEJEUNE, Raphaël LEMAN, Laetitia MARISA, Jessica MORETTA, Mélanie PAGES, Christine M MAUGARD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Emmanuelle MOURET-FOURME, Etienne ROULEAU, Eric PASMANT, Elise PIERRE-NOEL, Stéphane PINSON, Agathe RICOU, Fatoumata SIMAGA, Jennifer WONG, Yoann VIAL, Dominique VAUR, Nancy UHRHAMMER, Camille TLEMSANI, Julie TINAT, Dimitri TCHERNITCHKO, Nicolas SEVENET, Juliette QUILICHINI, Audrey REMENIERAS, Iulian BAN, Lamisse MANSOUR HENDILI, Alexandre PERRIER, Catherine NOGUES, Chrystelle COLAS (PARIS)
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#49266 - P185 Analyse coût-efficacité de la prévention versus le traitement du cancer dans le syndrome de Li-Fraumeni - Projet européen PREVENTABLE.
P185 Analyse coût-efficacité de la prévention versus le traitement du cancer dans le syndrome de Li-Fraumeni - Projet européen PREVENTABLE.
Contexte : À l’échelle européenne, aucune étude médico-économique d’envergure n’a encore évalué de manière comparative les stratégies de prise en charge préventive (enquête génétique, surveillance clinique, détection précoce) face aux approches curatives initiées à l’apparition des premières manifestations tumorales, chez les patients à haut risque tumoral.
Objectif : Le projet européen PREVENTABLE (2023–2026) vise à évaluer l’impact clinique, économique et psychosocial de stratégies de surveillance préventive comparées à une prise en charge curative, chez des patients atteints de huit syndromes rares à risque tumoral élevé (RTRS), dont le syndrome de Li-Fraumeni (LFS). Ce dernier, dû à des variants pathogènes (VP) du gène TP53, représente une des prédispositions héréditaires majeure aux cancers en raison d’un spectre tumoral très large, d’une survenue précoce des tumeurs, et d’un risque élevé de cancers multiples tout au long de la vie.
Méthodes : L’un des axes centraux du projet consiste à développer un modèle économique robuste fondé sur des données cliniques réelles. Sur la base d’une expertise multidisciplinaire, une matrice structurée de différents parcours de soins a été élaborée selon six modules : (1) diagnostic génétique, (2) prévention/réduction des risques, (3) surveillance clinique, (4) traitement du cancer à un stade précoce, (5) traitement à un stade avancé, (6) suivi post-thérapeutique. Cette matrice a été validée à partir de données cliniques rétrospectives recueillies auprès de neuf centres européens du réseau ERN GENTURIS, incluant patients porteurs symptomatiques, asymptomatiques et non-porteurs.
Les coûts associés aux différentes interventions ont été estimés à partir des tarifs hospitaliers français (GHS), permettant une standardisation des analyses. Un outil numérique, respectant le RGPD, a été développé pour la collecte systématique des données.
Résultats : À ce jour, 505 individus porteurs de VP de TP53 ont été recrutés dans l’étude, ainsi que 367 non-porteurs apparentés à des fins de comparaison. La soumission complète et centralisée des données cliniques sera finalisée dans les semaines à venir. Ces données permettront de cartographier les trajectoires individuelles et, par la suite, la cartographie des coûts sera intégrée aux modèles économiques de santé. L’objectif est de comparer les dépenses liées aux stratégies de dépistage et de surveillance avec les coûts des traitements à un stade précoce ou avancé du cancer.
Conclusion : L’évaluation du rapport coût-efficacité des stratégies de surveillance intensive chez les patients atteints d’un syndrome de Li-Fraumeni représente un enjeu central du projet PREVENTABLE. Dans un contexte de déploiement de la médecine de précision, ces résultats visent à fournir des données robustes pour orienter les décisions de santé publique, et favoriser l’harmonisation des parcours de soins à l’échelle européenne.
Marion ROLAIN (Rouen), Patricia FAURE, Muriel BELOTTI, Julie BOONE, Elisa PIRAS-FERENCZ, Coralie RUBECK, Pauline ROCHEFORT, Marion GAUTHIER-VILLARS, Emmanuelle FOURME, Solveig MENU-HESPEL, Laurence BELLENGIER, Valérie BONADONA, Isabelle ROCHET, Nadège CORRADINI, Olivier CARON, Véronica GOLDBARG, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Janneke H.m. SCHUURS-HOEIJMAKERS, Katja C.j. VERBEEK, Núria DUEÑAS, Adriana COSTAL, Judith BALMAÑA, Laura DURAN-LOZANO, Ana AZEVEDO, Hildegunn HØBERG VETTI, Birte BLINDHEIM LUNDHAUG, Marianne TVEIT HAAVIND, Barbara PELETEIRO, Stefan ARETZ, Amalia Nicole NANCIU, Svetlana BAJALICA-LAGERCRANTZ, Margaux CLEMENT LE CHOISMIER, Maud BRANCHAUD, Nathalie PARODI, Emilie MARTINEAU, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Edwige KASPER, Gaëlle BOUGEARD, Mariette RENAUX-PETEL, Thomas VERMEULIN, Cécile GUILLEMET, Ricardo AMORIM, Sara PEREIRA, Liliana SOUSA, Carla OLIVEIRA, Jean-Christophe THERY, Claude HOUDAYER
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#49311 - P189 Caractérisation d’une duplication exonique du gène BRCA1, grâce au génome de référence T2T qui entraîne la formation d'un transcrit de fusion constitutionnel.
P189 Caractérisation d’une duplication exonique du gène BRCA1, grâce au génome de référence T2T qui entraîne la formation d'un transcrit de fusion constitutionnel.
L'évaluation de la pathogénicité des variants génétiques est la pierre angulaire du conseil génétique. Les gains de copies d'exons sont difficiles à évaluer, car la pathogénicité dépend de la localisation des exons supplémentaires. Huit patients issus de six familles présentaient des gains de copies des exons 8 à 20 du gène BRCA1. Afin de les caractériser de manière appropriée, un séquençage long-read aligné sur trois assemblages distincts du génome de référence (hg19, hg38 et T2T), une cartographie génomique optique, ainsi qu'un séquençage d'ARN short-read et long-read ont été réalisés. Tous les patients partageaient le même variant structurel pathogène, impliquant un large segment situé en aval dans le génome. Un point de rupture s'est produit dans une région incorrectement annotée dans GRCh37/hg19 et GRCh38/hg38. L'alignement sur le récent assemblage T2T-CHM13/hs1 était donc nécessaire pour une caractérisation précise et a permis de comprendre l’événement complexe. Ce réarrangement identifié chez les patients a provoqué diverses anomalies transcriptomiques du gène BRCA1 : épissage inverse, transcription du brin génomique avant par insertion d'un promoteur ectopique, transcrits de fusion avec le gène « Next to BRCA1 » 1 (NBR1). Nos résultats soulignent la nécessité de combiner des technologies de pointe avec les dernières références génomiques afin de résoudre des réarrangements complexes ayant des implications médicales importantes.
Mathias SCHWARTZ, Mathilde FILSER, Kevin MERCHADOU, Elisa LEMAITRE, Khadija ABIDALLAH, Henrique TENREIRO, Catherine DUBOIS D’ENGHIEN, Rapinat AUDREY, Elise PIERRE-NOEL, Voreak SUYBENG, Marion ESPENEL, Sylvain BAULANDE, Severine ADAMS, Audrey REMENIERAS, Crystal RENAUD, Camille AUCOUTURIER, Capucine DELNATTE, Céline GARREC, Victor RENAULT, Lisa GOLMARD, Emmanuelle FOURME, Julien MASLIAH-PLANCHON, Sandrine CAPUTO (Paris)
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#49336 - P193 Maladie de Fanconi, entre pathogénicité et hypomorphie : histoire d'un variant homozygote sur le gène FANCE.
P193 Maladie de Fanconi, entre pathogénicité et hypomorphie : histoire d'un variant homozygote sur le gène FANCE.
Nous rapportons le cas d’une patiente de 19 ans, aînée d’une fratrie de six enfants [5-19 ans], issus d’une union consanguine, atteinte du syndrome de Tatton-Brown-Rahman (TBR) lié à un variant pathogène de novo du gène DNMT3A et prise en charge pour une AT/RT (atypical teratoid/rhabdoid tumor), diagnostic exceptionnel à cet âge. La prise en charge oncologique a été marquée par une chimiotoxicité majeure inexpliquée (hémato/cardiotoxicité) ayant motivé la réalisation d’une analyse constitutionnelle des gènes impliqués dans la maladie de Fanconi. Un variant d’épissage, inconnu des bases de données, à l’état homozygote, a été identifié sur le gène FANCE : c.248+2dup. Les tests fonctionnels sur fibroblastes ont mis en évidence un profil FA-core avec hypersensibilité à la mitomycine C (MMC). Malgré l’absence d’autre élément phénotypique de maladie de Fanconi, possiblement masqué par le syndrome de TBR, ce diagnostic a été proposé et des tests génétiques ont été réalisés dans la fratrie. Statistiquement inattendu, toute la fratrie s’est révélée porteuse à l’état homozygote du variant. Aucun membre de la fratrie ne présentait de signe clinique évocateur de maladie de Fanconi. La recherche du variant chez chacun des parents a finalement montré qu’ils étaient également porteurs à l’état homozygote. Ces résultats surprenants questionnant le diagnostic de maladie de Fanconi initialement proposé, des explorations complémentaires ont été réalisées chez chaque membre de la famille. Tous avaient une numération-formule sanguine normale. Deux enfants présentaient une élévation de l’alphafoetoprotéine (FP) sérique. Les tests fonctionnels sur sang chez chacun des membres de la famille ont montré un profil FA-core avec ubiquitination résiduelle faible de FANCD2. Des biopsies cutanées, réalisées chez le père et un des enfants ayant une élévation de l’FP, ont confirmé la présence d’un profil FA-core et d’une hypersensibilité des fibroblastes à la MMC. Afin de confirmer l’impact du variant sur l’épissage, une étude de transcrits a été réalisée (sur culture de fibroblastes du cas index et lignée lymphoblastoïde d’un frère) et a montré un effet total avec utilisation d’un site cryptique, entraînant une rétention intronique en phase conduisant à l’ajout de dix acides aminés. Un effet hypomorphe du variant est fortement suspecté, expliquant le phénotype frustre et l’ubiquitination résiduelle de FANCD2. Cette observation rapporte une situation inédite où tous les individus d’une famille répondent à une définition biologique et moléculaire de la maladie de Fanconi mais dont la seule expression clinique est une chimiotoxicité chez le cas index. Elle illustre les subtilités entre les concepts de pathogénicité et d’hypomorphie d’un variant et la complexité à les appréhender du point de vue du suivi clinique et du conseil génétique. Par ailleurs, ce cas rappelle l’importance de considérer le diagnostic de maladie de Fanconi devant une toxicité inattendue à la chimiothérapie.
Mélanie PAGES, Mélanie PAGES (Paris), Lise LARCHER, Marie-Charlotte VILLY, Elise PIERRE NOEL, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Christelle BERTHEMIN-CARRIÈRE, Khadija ABIDALLAH, Antoine DECÉES, Nadia VASQUEZ, Mélanie DA COSTA, Jessica LE GALL, Lisa GOLMARD, Eric PASMANT, Franck BOURDEAUT, Jean SOULIER, Dominique STOPPA-LYONNET
10:00 - 11:00
#49397 - P197 Bilan de la réunion de concertation pluridisciplinaire nationale d’oncogénétique pédiatrique (RCPOP) à 4 ans d’activité.
P197 Bilan de la réunion de concertation pluridisciplinaire nationale d’oncogénétique pédiatrique (RCPOP) à 4 ans d’activité.
Depuis Septembre 2021, une réunion mensuelle nationale de concertation pluridisciplinaire d’oncogénétique pédiatrique (RCPOP), organisée par visioconférence, permet des discussions collégiales autour de prédispositions génétiques au cancer de l’enfant. Grâce à un quorum multidisciplinaire (oncologues, généticiens-cliniciens, généticiens-biologistes) et des experts spécifiquement sollicités, les aspects suivants sont abordés : (i) indication à réaliser de nouvelles analyses chez un enfant atteint de cancer en l’absence de facteur génétique causal détectable selon les recommandations actuelles de test mais dont l’histoire médicale ou familiale incite à poursuivre les investigations ; (ii) définition des modalités de surveillance du patient ou de ses apparentés en l’absence de recommandations publiées; (iii) discussion sur la prise en charge de syndromes de prédisposition héréditaire au cancer découverts par des investigations pan-génomiques.
Au total, 227 discussions (pour 211 patients) ont eu lieu au cours de 40 RCPOP (5 à 6 dossiers/séance), auxquelles étaient connectés 25 participants en moyenne. Le nombre de dossiers discutés par an était globalement stable sur les dernières années avec une diversité croissante du nombre de participants nationaux et même quelques dossiers internationaux présentés.
L’objet des discussions a porté dans 44% des cas sur les modalités de surveillance des patients, 34% des cas concernait l’interprétation des résultats d’analyses pangénomiques (21% issues de pré-indications cancer et 13% issues de pré-indications autour d’anomalies du développement) et 22% des discussions portaient sur les analyses génétiques complémentaires à proposer aux patients/familles. On note une augmentation croissante des dossiers issus des pré-indications des anomalies du développement pré et post-natales ce qui interrogent le risque oncologique associé à ces syndromes malformatifs.
Les questionnements autour du conseil génétique lié à des variations des gènes DICER1 ; SMARCA4 ; PTEN ; NF1 ; BRCA2 ; LZTR1 ; POLE ; RECQL4 ; WT1 ; PMS2 ; SMARCB1 sont les plus représentés. Le partage de ces observations permet l’homogénéisation des surveillances au niveau national quand il n’y a pas de recommandations publiées et illustre le besoin de travaux de recherche sur ces syndromes rares. A ce jour, trois études ont été initiées suite à ces discussions : risque tumoral et pénétrance des variants de SMARCA4; RECQL4 et risque tumoral; exostoses post-cancer.
L’intérêt de la RCPOP est consensuellement retenu. Cette RCPOP favorise le recensement des patients porteurs d’une prédisposition au sein de l’observatoire PREDCAP. La RCPOP permet une discussion clinico-biologique de qualité, des prises en charge adaptées abordant les aspects éthiques et psychologiques, et ce grâce à la mobilisation nationale des experts travaillant dans les domaines spécifiques de la génétique des anomalies du développement et de l’oncogénétique pédiatrique.
Tiphaine ADAM DE BEAUMAIS, Sarah BENEZECH, Carole COZE, Chrystelle COLAS, Natacha ENTZ-WERLÉ, Stéphanie GOURDON, Edwige KASPER, Liesbeth CARDOEN, Ludovic MANSUY, Rame-Collonge MARIE AGNÈS, Marion GAUTHIER-VILLARS, Marion STRULLU, Julien MASLIAH-PLANCHON, Olivier INGSTER, Julie TINAT, Marjolaine WILLEMS, Yoann VIAL, Franck BOURDEAUT, Nadège CORRADINI, Philippe DENIZEAU, Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif)
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#49483 - P201 Vers une stratégie de séquençage intégrée : apports complémentaires du NGS short-read, du RNAseq et du long-read sequencing : application dans le cadre du centre de référence des neurofibromatoses localisé à Lyon.
P201 Vers une stratégie de séquençage intégrée : apports complémentaires du NGS short-read, du RNAseq et du long-read sequencing : application dans le cadre du centre de référence des neurofibromatoses localisé à Lyon.
Au centre de référence des neurofibromatoses de Lyon, dont l’activité multidisciplinaire a débuté en 2001, nous assurons la prise en charge de patients atteints de neurofibromatose de type 1 (NF1), de schwannomatose liée à NF2 (NF2) et de schwannomatoses familiales associées à LZTR1 ou SMARCB1 (NF3). Ces pathologies constituent un groupe de maladies génétiques caractérisées par une grande hétérogénéité clinique et moléculaire.
Le diagnostic repose principalement sur des critères cliniques. Dans les situations complexes (formes mosaïques, diagnostic pédiatrique ou tardif), l’identification précise du variant pathogène est indispensable pour confirmer l’atteinte, orienter le conseil génétique et adapter la surveillance. Cette complexité est renforcée par la diversité des variants responsables (substitutions ponctuelles, anomalies d’épissage, mosaïques, variations du nombre de copies, réarrangements structuraux complexes) ainsi que par la variété des prélèvements nécessaires en cas de suspicion de mosaïque germinale (sang, tissus tumoral, cutané et muqueux).
Le séquençage à courtes lectures (NGS short-read) a permis une amélioration majeure de la sensibilité et de l’efficacité diagnostique. L’analyse complémentaire de tumeurs par NGS short-read a également permis de confirmer le diagnostic de mosaïque germinale chez certains patients. Toutefois, cette méthode ne permet pas toujours d’identifier le variant causal, y compris dans des familles dont le diagnostic clinique est certain. Afin de pallier ces limites, deux approches de seconde intention ont été mises en place :
• RNAseq, qui renforce l’interprétation des variants en révélant des anomalies d’épissage et en détectant des variants introniques profonds responsables de pseudo-exons
• NGS long-read, qui permet la détection et la caractérisation de réarrangements complexes par un ciblage spécifique de régions de grande taille (méthode Adaptive Sampling, Oxford Nanopore).
L’expérience acquise au laboratoire montre que la combinaison du NGS short-read, du RNAseq et du long-read sequencing constitue une stratégie intégrée et hautement complémentaire. Cette approche est particulièrement adaptée aux neurofibromatoses et aux schwannomatoses, dont le diagnostic clinique est bien défini. Elle a permis d’augmenter les taux de détection des variants délétères chez les familles suivies et d’apporter une aide déterminante à l’interprétation de variants initialement classés comme de signification incertaine. Elle autorise en outre une caractérisation précise des grands réarrangements et de leurs points de cassure, améliorant ainsi le diagnostic moléculaire et la prise en charge des patients.
Stéphane PINSON (LYON), Patrick COMBEMALE, Mona AMINI ADLE, Francois DUCRAY
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#49557 - P205 PREDCAP, l’observatoire français des syndromes de prédisposition génétique au cancer des enfants et des adolescents. Etat des lieux en 2025 et perspectives.
P205 PREDCAP, l’observatoire français des syndromes de prédisposition génétique au cancer des enfants et des adolescents. Etat des lieux en 2025 et perspectives.
Un syndrome de prédisposition au cancer (SPC) est identifié chez 7 à 10 % des enfants et adolescents atteints de cancer. La généralisation des analyses somatiques et constitutionnelles augmente le nombre de variants identifiés, connus pour être associés à un SPC. Néanmoins, en raison de la rareté ou de l’identification récente de certains SPC, le risque de cancer (spectre, pénétrance …) associé à ces syndromes reste mal connu et le conseil génétique est difficile en particulier chez les enfants.
Pour ces raisons, les membres du comité Oncogénétique de la Société Française des Cancers et leucémies de l’Enfant et de l’adolescent (SFCE) ont créé en 2021, un consortium et l’observatoire sur les syndromes de prédisposition génétique (PREDCAP), dans le but de collecter de manière nationale et structurée les données cliniques, biologiques et familiales de ces patients.
PREDCAP est ouvert dans 33 centres d’oncologie en France, 470 patients ont été enregistrés (110 gènes) et leurs données sont collectées dans un eCRF Redcap.
Au-delà de faciliter la réalisation des projets scientifiques déjà bien identifiés, PREDCAP a aussi pour finalité de faciliter la recherche à venir en simplifiant l’accès aux données via un cadre réglementaire pérenne, large et conforme aux contraintes actuelles. PREDCAP permet d’identifier les patients et familles porteurs d’un SPC avec une veille annuelle des données, afin entre autres objectifs d’améliorer nos prises en charge sur les points suivants : (i) établir une corrélation phénotype-génotype et déterminer le risque tumoral, particulièrement pour les altérations génétiques récemment identifiées, (ii) aider à la classification des variants de signification incertaine (VSI) dans les SPC connus, (iii) évaluer la pertinence et la compliance des patients aux recommandations de suivi, (iv) établir des recommandations de traitement et suivi pour les SPC qui n’en n’ont pas.
Les fiches de recueil PREDCAP peuvent être modulées par de nouveaux porteurs de projets pour répondre spécifiquement à chaque question scientifique. Il est ouvert à tous les investigateurs français qui le souhaitent, après validation du comité de pilotage. À ce jour, des projets sont déjà initiés : thèse sur la description des familles porteuses d’un variant de SMARCA4, centralisation nationale des patients porteurs d’un mélanome pédiatrique ou d’un Xeroderma pigmentosum, Tumeur et développement (relai des enregistrements), travail national sur les IRM corps entier chez les patients Li-Fraumeni, etc …
PREDCAP est une infrastructure opérationnelle qui nous permettra d’établir des collaborations internationales. Les résultats des premiers travaux seront disponibles dans les prochains mois. Des financements complémentaires permettent d’assurer son fonctionnement dans les années à venir. Tout projet de recherche prospectif ou toute cohorte de SPC existante sont les bienvenus afin d’améliorer nos connaissances et la prise en charge des patients et familles avec un SPC.
Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Gaelle BOUGEARD, Chrystelle COLAS, Nadège CORRADINI, Valérie BONADONA, Pauline HOARAU, Florian GAGNEUX, Sahra BODO, Michaela SEMERARO, Florent DE VATHAIRE, Laurence BRUGIERES, Franck BOURDEAUT
10:00 - 11:00
#49592 - P209 Détection de néoantigènes prédits de tumeurs mutées POLE par une approche protéogénomique.
P209 Détection de néoantigènes prédits de tumeurs mutées POLE par une approche protéogénomique.
Les variants pathogènes du domaine exonucléase de l’ADN polymérase epsilon (POLE) sont responsables d’un phénotype tumoral ultramuté associé à une réponse aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire. Si cette sensibilité est généralement attribuée à une charge mutationnelle accrue et à la génération de néoantigènes, peu d’études ont caractérisé de manière intégrée les répercussions de ce profil ultramuté, aux niveaux génomique, transcriptomique et protéomique.
Au sein d'une cohorte incluant (i) des tumeurs mutées POLE, (ii) des tumeurs présentant une instabilité des microsatellite (MSI) et (iii) des tumeurs issues de patients avec variants constitutionnels de POLE, nous avons mis en œuvre une approche protéogénomique combinant séquençage d’exome et de transcriptome, protéome trypsique et prédiction bioinformatique de néoantigènes.
Les tumeurs POLE se distinguent par une charge mutationnelle (TMB) extrêmement élevée, associée à une prévalence accrue de variants faux-sens et réduite de variants frameshift en comparaison aux tumeurs MSI. Ce TMB corrèle de manière linéaire au nombre de néoépitopes potentiels dérivés de ces variants, confirmant un lien entre hypermutabilité et densité antigénique potentielle. La prédiction de ces néoépitopes en néoantigènes montrait que les tumeurs mutées POLE et les tumeurs MSI présentaient un nombre plus important de néoantigènes en comparaison aux tumeurs avec variant constitutionnel de POLE. L’intégration du typage HLA a mis en évidence l’importance du contexte génétique de "l'hôte" de la tumeur dans la traduction du TMB en charge néoantigénique présentée, soulignant les limites d’une approche reposant uniquement sur le nombre brut de variants non-synonymes.
Par une approche protéomique au sein des tumeurs mutées POLE, nous avons identifié plusieurs peptides issus de variants somatiques prédits comme générant des néoantigènes. Nous montrons une expression protéique détectable pour une fraction des néoantigènes prédits à partir des données génomiques. Nos observations confortent ainsi le modèle liant l’hypermutabilité aux réponses cliniques à l'immunothérapie.
Nos résultats montrent que les tumeurs mutées POLE produisent des néoantigènes au potentiel immunogénique prédit et confirment les variants pathogènes de POLE comme biomarqueurs de réponse aux inhibiteurs de points de contrôle. Au-delà du TMB, l’intégration de paramètres tels que le contexte HLA et la validation protéomique des néoantigènes exprimés apparaît comme une stratégie prometteuse pour affiner la prédiction de la sensibilité à l’immunothérapie. Ces approches pourraient également nourrir le développement de stratégies thérapeutiques personnalisées, telles que des vaccins ou des thérapies cellulaires ciblant des néoantigènes spécifiques.
Albain CHANSAVANG (PARIS), Elodie GIRARD, Pierre SOHIER, Sophie VACHER, Anne SCHNITZLER, Nicolas SERVANT, Laurène SYX, Marjorie LEDUC, Ivan BIECHE, Nadim HAMZAOUI, Eric PASMANT
10:00 - 11:00
#49640 - P213 Circuit « tumoral first » : à la recherche d’une prédisposition.
P213 Circuit « tumoral first » : à la recherche d’une prédisposition.
Les résultats des essais cliniques évaluant les inhibiteurs de PARP (PARPi) ont permis d’améliorer le traitement de personnes atteintes d’un cancer présentant un déficit de la recombinaison homologue des cassures double brin de l’ADN (HRD). L’étude Olympia (2021) a conduit à retenir l’indication d’un PARPi chez des femmes atteintes d’un cancer du sein présentant certains critères de gravité devant un variant pathogène (VP) constitutionnel de BRCA1 ou BRCA2.
Cette indication limitée à la présence d’un VP constitutionnel BRCA1 ou BRCA2 a conduit les équipes d’oncologie et de génétique à réfléchir aux circuits à mettre en place. A l’Institut Curie, deux circuits ont été instaurés : un circuit urgent « germline first » pour les patientes présentant les « critères oncogénétique » (histoire familiale, âge jeune au diagnostic, …) et un circuit « tumoral first » pour les patientes ne les présentant pas avec une analyse constitutionnelle secondaire en cas d’identification d’un VP tumoral.
Nous présentons les résultats des analyses réalisées dans le cadre du circuit « tumoral first », notamment le taux de VP tumoraux des gènes BRCA1 et BRCA2 identifiés de l’ordre de 1% attendu pour ces femmes ne présentant pas les critères oncogénétique et l’origine du VP (constitutionnel ou somatique). Une présentation des familles concernées par un VP constitutionnel illustrera la limite des critères individuels et familiaux pour proposer des analyses constitutionnelles en routine.
Les résultats obtenus nous permettent de conclure au bon fonctionnement du circuit mis en place puisque nous avons pu confirmer que toutes les femmes présentant un VP tumoral de BRCA1 ou BRCA2 avait bien été rencontrées secondairement et dans les meilleurs délais en consultation de génétique pour une analyse constitutionnelle.
En conclusion, l’approche « tumoral first » a permis aux patientes porteuses d’une prédisposition génétique liée à BRCA1 et BRCA2 qui ne présentaient pas les « critères oncogénétiques » de pouvoir bénéficier d’une thérapie ciblée lorsque cela a été nécessaire. Nous sommes aujourd’hui confortés dans le choix de cette organisation d’une part parce que ce circuit a permis d’éviter de saturer la consultation d’oncogénétique et d’autre part parce qu’il a permis de ne pas induire l’inquiétude et l’anxiété possiblement générées par une consultation d’oncogénétique, consultation qui aurait été inutile pour la quasi-totalité des femmes ne présentant pas les « critères oncogénétiques ».
Antoine DE PAUW (PARIS), Camille BERGER, Olfa TRABELSI-GRATI, Ivan BIECHE, Lisa GOLMARD, Céline CALLENS, Samia MELAABI, Jessica LE GALL, Mélanie PAGES, Elise PIERRE-NOEL, Ophélie BERTRAND, Bruno BUECHER, Hélène DELHOMELLE, Emmanuelle FOURME, Marion GAUTHIER-VILLARS, Marine LE MENTEC, Victoire MONTECALVO, Claire SAULE, Fatoumata SIMAGA, Léa VEYRUNE, Mathilde WARCOIN, Eric PASMANT, Dominique STOPPA-LYONNET, Chrystelle COLAS
10:00 - 11:00
#49743 - P217 Mise à jour des recommandations françaises de prise en charge préventive dans le syndrome de Lynch par le Groupe Génétique et Cancer (GGC) d’UNICANCER.
P217 Mise à jour des recommandations françaises de prise en charge préventive dans le syndrome de Lynch par le Groupe Génétique et Cancer (GGC) d’UNICANCER.
Le Syndrome de Lynch (SL) est une prédisposition héréditaire au cancer, liée à des variants pathogènes (VP) d’un gène MMR (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). La pénétrance du syndrome (risque cumulé de cancer par organe) varie selon le gène impliqué. Pour cela, les recommandations internationales (NCCN, EHTG) proposent des stratégies de dépistage différenciées. Les recommandations françaises actuelles (INCa, 2009) sont anciennes et ne prennent pas en compte ces différences de pénétrance ce qui pourrait conduire à une prise en charge inadaptée (excessive ou insuffisante) selon le profil de risque.
Le Groupe Génétique et Cancer (GGC) d’UNICANCER a entrepris une révision des recommandations françaises en lien avec l’INCa.
Ce travail s’appuie sur trois principes : i) l’estimation des risques tumoraux chez les personnes porteuses d’un VP MMR pour décider de la nécessité d’une prise en charge préventive et de son âge de début ; ii) l’état des connaissances sur les méthodes de dépistage utilisées et, iii) l’expérience des professionnels du domaine.
Les données sur les niveaux de risques tumoraux proviennent de deux ressources principales et deux indicateurs
• Une méta-analyse des données internationales estimant les risques de cancer selon le gène impliqué en cours de publication (S. Campoy et al.).
• Les données issues du registre national français OFELy comptant plus de 2300 familles porteuses d’un SL.
• La pénétrance et le risque relatif de cancer dans une tranche d’âge donnée
L’état des connaissances et le savoir expérientiel sont pris en compte par une méthode Delphi afin d’établir un consensus d’experts.
Un comité de pilotage (COPIL) de 6 experts du SL ou méthodologistes et un groupe de travail (GT) de 20 participants issus du GGC ont été constitués début 2025 pour un délivrable fin 2025.
Fin juin, 2 réunions du GT ont eu lieu permettant de présenter la démarche et les données de risque, de définir des sous-groupes de travail thématiques (Carcinogénèse colique et données de suivi colique dans le SL, dépistage du grêle, pronostic des cancers pelviens et intérêt de la surveillance pelvienne, dépistage urologique) et de réaliser la restitution de leurs travaux.
Suite à cette phase, le COPIL a élaboré un e-questionnaire proposant différentes prises en charge spécifiques à chaque VP MMR concernant l’âge de début, le rythme et les modalités de prise en charge pour les cancers suivants : colorectaux, endomètre, ovaire, intestin grêle, pancréas, estomac, voies urinaires, vessie, voies biliaires, sein et prostate. En fonction des réponses au questionnaire initial envoyé début septembre un deuxième tour sera organisé précédant une étape de validation externe au GT sollicitant les sociétés savantes et associations de patients concernées pour aboutir d’ici décembre à la publication d’un référentiel du SL actualisé basé sur un consensus d’experts.
L’ensemble des travaux du GT et le nouveau référentiel seront présentés aux Assises de Génétique 2026.
Marion DHOOGE (PARIS), Séphora CAMPOY, Bruno BUECHER, Jean-Christophe SAURIN, Clémence EVREVIN, Anika BENSEN, Valérie BONADONA, Virginie BUBIEN, Estelle CAUCHIN, Clélia CHALUMEAU, Marie Agnès COLLONGE-RAME, Carole CORSINI, Pierre DEVULDER, Youenn DROUET, Yolanda FERNANDEZ, Rosine GUIMBAUD, Emma LACHAIER, Samuel LESOURD, Sophie LEJEUNE, Mathis LEPAGE, Christine MAUGARD, Jeanne NETTER-COTI, Géraldine PERKINS, Stéphane PINSON, Pauline ROCHEFORT, Catherine NOGUES, Christine LASSET
10:00 - 11:00
#49936 - P221 Tumeur neuroendocrines duodénopancréatiques, quels gènes et quel panel?
P221 Tumeur neuroendocrines duodénopancréatiques, quels gènes et quel panel?
Objectif : Cette étude visait à déterminer la prévalence des variants constitutionnels associés aux tumeurs neuroendocrines duodéno-pancréatiques (TNE-dp) héréditaires afin d’identifier le panel génétique le plus efficient selon l'anamnèse et l’examen clinique des patients.
Type d'étude : Nous avons mené une analyse rétrospective de 410 patients adressés au département de biologie moléculaire GEnOPé de Marseille pour un dépistage génétique lié aux TNE-dp.
Méthode : Nous avons analysé les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) de ces 410 cas, recherchant des variants (probablement) pathogènes dans le panel le plus efficient contenant les gènes MEN1, NF1, VHL, CDKN1B, TSC1 et TSC2. Les gènes NF1, CDKN1B, TSC1 et TSC2 ne faisaient pas partie des recommandations actuelles pour l’analyse par panel des TNE-dp.
Nous avons ensuite combiné ces résultats génétiques avec les caractéristiques des patients et des tumeurs pour déterminer la stratégie d'analyse de panel optimale. La présentation clinique était catégorisée comme « syndromique » en cas d’association d’une TNED et d’au moins un symptôme d’une des maladies syndromiques associées, ou d’« isolé » quand ce n'était pas le cas. Nous avons ensuite sous catégorisé en « familial » ou « sporadique » dans le cas inverse.
Résultats : Nous avons identifié 36 patients porteurs de variants (probablement) pathogènes. MEN1 était le plus fréquemment détecté (27 cas), suivi de NF1 (6 cas) et VHL (3 cas). Aucun variant (probablement) pathogène de TSC1, TSC2 ou CDKN1B n'a été trouvé. Les TNE-dp « syndromiques sporadique » et « syndromiques familiales » présentaient des taux de détection significativement plus élevés de variants (probablement) pathogènes (respectivement 20% et 63%) comparés aux TNE-dp « isolées sporadiques » (<2%). Les TNE-dp « isolées sporadiques » représentaient 71% des échantillons analysés au laboratoire alors que TNE-dp « syndromiques sporadique » et « syndromiques familiales » en représentaient seulement 22 et 4 %.
Conclusions : Pour les patients avec TNE-dp, l'anamnèse et l’examen clinique devrait rechercher les lésions liées aux néoplasies endocrines multiples de type 1 et 4, à la maladie de Von Hippel-Lindau, à la sclérose tubéreuse et à la neurofibromatose de type 1, ceci afin d’orienter au mieux l’analyse des gènes du panel utilisé, et éviter d’analyser les patients pour lesquels un diagnostic génétique d’une de ces pathologies est déjà existant.
D’autre part pour améliorer l'efficacité du panel, nous recommandons de limiter les tests génétiques dans les cas « isolés sporadiques » aux patients de moins de 40 ans ou à ceux présentant des lésions multiples quel que soit l'âge.
Théo CHARNAY (Marseille), Camille GIANNETTI, Arnaud LAGARDE, Catherine ROCHE, Anne BARLIER, Pauline ROMANET
10:00 - 11:00
#49312 - P225 Speedendoc : accélérer le diagnostic moléculaire dans les urgences oncologiques thyroïdiennes.
P225 Speedendoc : accélérer le diagnostic moléculaire dans les urgences oncologiques thyroïdiennes.
Introduction:
Le circuit Speedendoc est dédié aux cancers endocriniens graves. Il a pour mission d’optimiser et d’accélérer le diagnostic des patients présentant des pathologies endocriniennes sévères en intégrant une prise en charge multidisciplinaire. Pour les tumeurs thyroïdiennes suspectées de forte agressivité, notamment les carcinomes anaplasiques, les délais diagnostiques conditionnent directement l’accès au traitement et, par extension, la survie. Ce travail décrit la mise en place d’un circuit d’urgence dédié avec des tests moléculaires rapides afin de réduire les délais diagnostiques et orienter précocement la stratégie thérapeutique.
Méthodes:
Une analyse moléculaire rapide a été réalisée chez des patients présentant des signes cliniques évocateurs (masse cervicale évolutive, volumineuses adénopathies métastatiques). Les prélèvements réalisés par ponction cervicale sont extraits sur Maxwell (Promega), puis analysés par ddPCR (QX200, Biorad) ciblant spécifiquement les mutations BRAFV600E, TERTC228T/C250T (kits ID-BRAF/ID-TERT, ID-Solution). Parallèlement, chaque échantillon bénéficie d’un panel NGS ADN/ARN (AmpliSeq FOCUS, Illumina) afin d’élargir la recherche d’altérations génomiques et de documenter la concordance des résultats.
Résultats:
De Septembre 2023 à Aout 2025, 41 patients (23 femmes, 18 hommes) ont été inclus. 39 analyses de ddPCR ont été contributives avec un rendu < 48h. Sur 20 échantillons, au moins une des mutations BRAFV600E et/ou TERT a pu être identifiées (9 BRAFV600E + TERTC228T, 4 BRAFV600E seul, 7 TERT seul). La concordance entre ddPCR et NGS pour la détection de BRAFV600E est de 100%. Le NGS a permis d’identifier, en complément, 4 mutations NRASQ61R, deux fusions RET, 2 mutations PIK3CA, ainsi que d’autres altérations ponctuelles impliquant différents oncogènes. Le diagnostic final retenu a été de 21 cancers thyroïdiens ( 9 anaplasiques, 2 peu différenciés et 1 thyroblastome), 6 lymphomes, 5 métastases d’un autre cancer, 3 lésions bénignes et 4 indéterminés (perdu de vue ou décès). Parmi les 13 patients porteurs d’une mutation BRAFV600E, 6 ont pu bénéficier d’une thérapie ciblée anti-BRAF/MEK, avec un délai médian de seulement 11 jours entre la première consultation et l’initiation du traitement et 3 autres patients ont été opérés rapidement.
Conclusion:
Ce travail démontre la faisabilité et la pertinence d’un parcours structuré intégrant des analyses moléculaires ciblées et rapides dans la prise en charge oncologique d’urgence. L’association ddPCR puis NGS permet d’identifier précocement les altérations actionnables, de réduire les délais critiques entre suspicion clinique et décision thérapeutique, et d’augmenter l’accès à des traitements ciblés ou chirurgicaux dans un contexte de cancers thyroïdiens particulièrement agressifs.
Ronan LEGRAND, Erell GUILLERM, Michaël DEGAUD, Jean-Marc LACORTE, Florence COULET, Alexandre PERRIER, Jeanne DUONG VINH, Gabrielle DENIZIAUT, Anne FAJAC, Cécile GHANDER, Johanna WASSERMAN, Camille BUFFET, Jérôme Alexandre DENIS (Paris)
10:00 - 11:00
#49515 - P229 Identification de trois nouvelles mutations du gène POLE chez deux jeunes patientes atteintes de cancer de l’endomètre.
P229 Identification de trois nouvelles mutations du gène POLE chez deux jeunes patientes atteintes de cancer de l’endomètre.
Actuellement, le traitement du cancer de l’endomètre est largement déterminé par la « classification moléculaire », qui inclut la recherche de mutations au niveau des exons 9 à 14 du gène POLE codant pour la région exonucléasique de l’ADN polymérase. Ces mutations sont nombreuses mais ne sont pas toutes pathogènes.
Notre étude a porté sur la recherche de mutations du gène POLE chez 80 patientes tunisiennes atteintes de cancers de l’endomètre. L’ADN tumoral a été extrait à partir de tissus paraffinés, puis les exons 9 à 14 ont été séquencés par la méthode Sanger. L’évaluation de la pathogénicité des nouvelles mutations trouvées s’est basée sur des outils in silico et la plateforme d’intelligence artificielle CancerVar.
L’analyse des séquences a permis d’identifier trois mutations jamais rapportées auparavant : W410G, C407R et M444R, chez deux jeunes patientes âgées de 27 et 31 ans. L’évaluation bio-informatique suggère que les mutations c.1228T>G (W410G) et c.1219T>C (C407R), présentes chez la même patiente, sont potentiellement délétères, avec un effet synergique aggravant le dysfonctionnement de l’ADN polymérase. La mutation c.1331T>G(M444R), affectant un codon déjà connu pour une mutation pathogène (M444K), pourrait également compromettre la fonction enzymatique.
En conclusion, cette étude rapporte trois nouvelles mutations présumées pathogènes du gène POLE, identifiées chez deux jeunes patientes atteintes de cancer de l’endomètre. Le jeune âge de survenue du cancer plaide également en faveur du caractère pathogène de ces altérations, soulignant l’importance du profilage moléculaire dans la prise en charge précoce de cette pathologie. Pour une meilleure évaluation du caractère pathogène de ces mutations, une combinaison des analyses bio-informatiques et cliniques aux données fonctionnelles (charge mutationnelle tumorale) et de conservation évolutive serait nécessaire.
Hayet DOUIK (Tunis, Tunisie), Mohamed Nasreddine RAJOUA, Ons AZAIEZ, Ghada SAHRAOUI, Aya KHEMIR, Dorra BENGUEZALA, Raoudha DOGHRI, Maher KHARRAT, Lamia CHARFI
10:00 - 11:00
#49756 - P233 Étude des biomarqueurs moléculaires dans le cancer de l'ovaire muté BRCA1 à l'aide d'un réseau ceRNA et d'une analyse de survie.
P233 Étude des biomarqueurs moléculaires dans le cancer de l'ovaire muté BRCA1 à l'aide d'un réseau ceRNA et d'une analyse de survie.
Contexte :
Le cancer de l’ovaire est l’un des cancers gynécologiques les plus létaux. Les mutations du gène BRCA1 augmentent considérablement le risque tumoral. L’hypothèse des ARN endogènes compétitifs (ceRNA) met en lumière l’importance des interactions lncRNA–miRNA–mRNA dans la régulation post-transcriptionnelle. L’objectif de cette étude était d’analyser la structure d’un réseau ceRNA et d’évaluer son impact pronostique chez des patientes BRCA1 mutées issues de la cohorte TCGA-OV.
Méthodes :
Un réseau ceRNA a été construit à partir des fichiers ceRNA_network_edges.csv et ceRNA_hubs.csv. Les nœuds ont été classés (lncRNA, mRNA, miRNA), et les gènes hubs identifiés. En parallèle, une analyse différentielle d’expression (DESeq2) et des analyses de survie (Cox, Kaplan–Meier) ont été réalisées.
Résultats :
Le réseau comprenait 45 737 nœuds et 23 017 arêtes, dont 44 727 lncRNA. Le hub majeur était PCED1B-AS1 (379 connexions). L’analyse de survie a révélé que TRBV6-1 avait un effet protecteur (HR = 0,5 ; p = 0,00058), tandis que KRT16 était associé à un pronostic défavorable (HR = 1,32 ; p = 3,9e-05). De plus, une expression élevée de ENSG00000162654.9 et TRGC1 corrélait avec une survie prolongée.
Conclusion :
Nos résultats montrent que certains lncRNA, en particulier les hubs comme PCED1B-AS1, pourraient jouer un rôle central dans la biologie tumorale. Les gènes associés à la survie constituent des biomarqueurs potentiels et des cibles thérapeutiques prometteuses. L’intégration des réseaux ceRNA et des données cliniques ouvre la voie à des approches de médecine personnalisée dans le cancer de l’ovaire BRCA1 muté.
Belma Gözde ÖZDEMİR (SELÇUKLU, Turquie), Ahmet BILGI, Çetin ÇELIK, Hilal ARIKOĞLU
10:00 - 11:00
#49845 - P237 SoVaD 2.0 : plateforme nationale accessible pour l’interprétation collaborative des variants somatiques rares.
P237 SoVaD 2.0 : plateforme nationale accessible pour l’interprétation collaborative des variants somatiques rares.
Avec la participation du copil Sovad
Introduction
L’interprétation des variants somatiques rares demeure un défi majeur en cancérologie moléculaire. Les bases de données internationales sont incomplètes, les recommandations hétérogènes, et les bases locales sont difficile à partager. Sous l’impulsion de l’INCa, une première version de la base SoVaD (Somatic Variant Database) a été développée dès 2019. Elle rassemblait initialement 85 gènes, 477 variants pathogènes rapportés et 1739 variants de signification inconnue (1460 variants uniques). Un premier exercice de curation avait permis de reclasser environ un tiers des variants revus, illustrant l’intérêt de croiser les expériences de plusieurs laboratoires.Toutefois, ses fonctionnalités restaient limitées et l’accès restreint à cause de la structuration des données.
Avec le financement du GFCO, SoVaD 2.0 a été développé afin de proposer cette expérience à un plus grand nombre de laboratoire. Elle a été mise en production en septembre 2025.
Application
SoVaD 2.0 comprend plusieurs changements majeurs : l’anonymisation totale des variants rares, la possibilité d’un accès visiteurs et l’hébergement dans un HDS.
SoVaD 2.0 repose toujours sur une architecture modulaire permettant l’importation standardisée de variants au format Excel ou TSV. Chaque variant est automatiquement annoté à partir des principales bases de données internationales, notamment ClinVar, COSMIC, OncoKB et CIViC. Des prédicteurs fonctionnels tels que SIFT, PolyPhen-2 ou CADD évaluent l’impact potentiel des mutations, tandis que des annotations contextuelles précisent la localisation protéique et les effets sur l’épissage. Les données sont restituées sous forme de fiches dynamiques intégrant les classifications proposées par les utilisateurs,. La plateforme est interopérable avec les systèmes hospitaliers via les standards HL7 et FHIR facilitant la possibilité de son intégration dans les flux de routine. Enfin, il offre toujours un accès à un classement ACMG dédié pour le classement des variants somatiques.
Depuis sa mise en production, SoVaD a été adoptée par plusieurs centres ce qui a permis d’augmenter significativement la déclaration des variants rares. La plateforme a démontré sa capacité à accélérer le passage d’un statut VUS à une interprétation consensuelle, tout en assurant la traçabilité complète des décisions.
Conclusion
SoVaD 2.0 constitue aujourd’hui une ressource nationale unique pour l’interprétation collaborative des variants somatiques rares. En associant automatisation des annotations, visualisation interactive et suivi collaboratif, elle favorise l’harmonisation des pratiques, limite l’hétérogénéité des classements sur des panels de plus en plus larges et optimise la prise en charge des patients. Au-delà d’une simple base de données, SoVaD s’affirme comme un outil de médecine de précision, garantissant que chaque patient puisse bénéficier d’une expertise homogène.
Etienne ROULEAU (VILLEJUIF), Céline GUIEN, Walid BEN-YEDDER, Victor GONDRAN-TEILLER, Christophe BEROUD, Anne CAYRE, Alexandra LESPAGNOL, Olfa TRABELSI GRATI, Gaëlle TACHON, Mélissa ALAME, Cédric LEMARÉCHAL, Jonathan LOPEZ, Ludovic LACROIX, Jacqueline LEHMANN-CHE, Dominique GALLIBERT, Lucie KARAYAN-TAPON, Anne GAIRE, Alexandre HARLE, Isabelle SOUBEYRAN
10:00 - 11:00
#49983 - P241 Néphroblastome et WT1 : données congolaises.
P241 Néphroblastome et WT1 : données congolaises.
Introduction
Le néphroblastome, est une tumeur maligne qui se développe à partir du tissu rénal embryonnaire. C’est un problème de santé publique notoire car dans le monde, environs 160.000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. En République du Congo, le néphroblastome occupe le premier rang des cancers chez l’enfant congolais et le gène WT1 n’est pas analysé.
L’objectif de l’étude était de décrire les caractéristiques épidémiologiques du néphroblastome en République du Congo et d’identifier l’expression du gène WT1.
Matériel et méthodes : Il s’agissait d’une étude transversale descriptive qui s’est déroulée sur une période de 19 ans (2005 à 2024). Elle a porté sur trente-quatre cas de néphroblastomes recutés dans les hôpitaux de Brazzaville, Pointe-noire et Oyo. La méthodologie avait reposé sur une approche progressive qui avait inclue: une enquête épidémiologique, clinique, microscopique suivi d’une analyse immunohistochimique du gène WT1.
Résultats : L’étude a permis de définir une prévalence du néphroblastome à 26% par rapport à l’ensemble des cancers pédiatriques. L’âge moyen des patients était de 5 ans avec une prédominance du sexe féminin. Sur le plan clinique, une masse abdominale était retrouvée dans 53% des cas associée à des douleurs abdominales. La microscopie avait retrouvé les trois types histologiques du néphroblastome. On notait une absence d’expression de la protéine WT1 en faveur d’une mutation du gène WT1 dans 58,82% des cas.
Conclusion: Le présent travail avait mis en évidence une prévalence du néphroblastome qui le plaçait au premier rang des cancers rénaux et des tumeurs malignes de l’enfant. La microscopie avait identifié les trois types histologiques du néphroblastome qui avaient signés son caractère embryonnaire. L’analyse inumnohistochimique avait indexé le gène WT1 impliqué dans la carcinogénèse de la majorité néphroblastome.
Henriette POATY, Henriette POATY (Brazzaville, Congo)
10:00 - 11:00
#48992 - P249 Pourquoi l’information génétique de la parentèle est-elle difficile ? Analyse collaborative de 685 expériences de patients dans les maladies rares.
P249 Pourquoi l’information génétique de la parentèle est-elle difficile ? Analyse collaborative de 685 expériences de patients dans les maladies rares.
Introduction
Les tests génétiques peuvent faciliter le diagnostic d’une personne dans de nombreuses maladies rares mais être aussi utiles pour ses apparentés. Bien que possiblement réalisable par le médecin, cette démarche d’information génétique de la parentèle (IGP), encadrée par la loi depuis 2004, repose en France essentiellement sur le patient. Cependant, comme en témoignent les associations de malades, elle génère parfois des difficultés liées à la transmission d’informations complexes, pouvant impacter les relations intrafamiliales. En 2020, nous avons initié la recherche collaborative IGPrare (pour Information Génétique de la Parentèle dans les maladies rares) grâce à un financement de l’Agence de la Biomédecine. L’objectif d’IGPrare est de comprendre les mécanismes en jeu lors de l’IGP et d’identifier des pistes d’améliorations concrètes pour sa réalisation.
Matériels et méthodes
IGPrare est une recherche collaborative reposant sur une approche multidisciplinaire, mobilisant patients, professionnels de santé et chercheurs en SHS. Un questionnaire, co-construit par ces acteurs, a été diffusé auprès d’une soixantaine d’associations, de l’Alliance Maladies Rares et des filières. Sa méthodologie d’analyse repose sur une Analyse des Correspondances Multiples suivie d’une classification hiérarchique permettant, sans a priori sur les mécanismes en cause, de mettre en évidence des situations prototypiques d’IGP susceptibles d’être améliorées.
Résultats
Au total, 685 IGP ont été rapportées, issues d’une centaine de maladies rares. L’analyse statistique a permis, de mettre en lumières 3 groupes d’IGP, distincts à la fois i) dans le contenu de l’information transmise, ii) dans la survenue d’effets délétères individuels et relationnels, et iii) dans l’engagement à réaliser cette mission. Les facteurs associés à une IGP délétère comprennent notamment des problèmes préexistants dans les relations familiales et le manque de connaissance de l'information à transmettre, souvent dû à une mauvaise communication lors du diagnostic initial. D'autres facteurs de risque précédemment suggérés, tels que certaines caractéristiques des maladies et le type de professionnel de santé impliqué dans le processus, jouent peu dans la typologie.
Conclusions
Ces résultats, parfois contre-intuitifs, soulignent la valeur de l'approche collaborative adoptée pour cette recherche. Cette stratégie et nos résultats fournissent une base factuelle de pistes d’améliorations de l’accompagnement des personnes dans cette tâche délicate d’information des apparentés.
Marion MATHIEU (Marseille), Bérengère SALIBA-SERRE, Sandrine DE MONTGOLFIER, Martine LIBANY, Annagrazia ALTAVILLA, Paola DE CARLI, Pierre LE COZ, François FAURISSON, Perrine MALZAC
10:00 - 11:00
#49215 - P253 Intérêt d’un dépistage ciblé des hémoglobinopathies à partir des paramètres érythrocytaires de l’hémogramme.
P253 Intérêt d’un dépistage ciblé des hémoglobinopathies à partir des paramètres érythrocytaires de l’hémogramme.
Introduction
Les hémoglobinopathies sont les maladies monogéniques les plus fréquentes. Leur identification précoce peut modifier la prise en charge et conduire à des conseils génétiques, avec, le cas échéant, un recours au diagnostic prénatal. Examen de routine le plus prescrit en France, l’hémogramme fournit des paramètres érythrocytaires susceptibles d’orienter un dépistage ciblé à large échelle à coût marginal.
Méthodes
Nous avons analysé de façon rétrospective et exhaustive 996 864 hémogrammes réalisés sur un an dans un laboratoire de métropole. Les données des explorations martiales (ferritine + marqueur inflammatoire et/ou coefficient de saturation de la transferrine) ont été récupérées. À partir des hémogrammes d’intérêt, quatre indices parmi les plus référencés dans la littérature permettant d’identifier les patients porteurs d’une hémoglobinopathie ont été employés : Mentzer, Jayabose, Green & King, England & Fraser (E&F). Les données de la base nationale OpenBio ont été exploitées comme connaitre la proportion de Français bénéficiant d’au moins un hémogramme annuel.
Résultats
Parmi 996 864 hémogrammes étudiés, 25 918 présentaient une microcytose marquée et 5 890 d’entre eux n’avaient pas d’argument biologique de carence en fer. L’application des indices a identifié une forte suspicion d’hémoglobinopathie chez 3 164 (avec l’indice E&F) à 5 007 patients (avec l’indice Jayabose), avec une valeur prédictive positive d’hémoglobinopathie de 72 à 93%. Rapporté à l’échelle nationale, un tiers de la population française bénéficiant d’un hémogramme chaque année, les projections réalisées permettent d’estimer à 120 000 personnes le volume de patients potentiellement éligibles à une exploration ciblée, avec une forte proportion d’anomalies constitutionnelles de l’hémoglobine.
Conclusion
Le dépistage opportuniste des hémoglobinopathies à partir des paramètres de l’hémogramme, renforcé par des indices discriminants simples, permet d’identifier une grande majorité de sujets à risque, souvent sous-diagnostiqués. L’approche est peu coûteuse, scalable et porteuse d’un impact direct en santé publique : amélioration de la prise en charge des patients, orientation vers une consultation de génétique, dépistage familial en cascade, optimisation du suivi préconceptionnel et prénatal. ). Cette stratégie s’intègre sans modification du parcours de soins, mobilise des données déjà disponibles et peut être automatisée dans les logiciels métiers.
Alexandre JANEL, Pascal COUDENE (RODEZ)
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#49375 - P257 Surdité néonatale d’origine génétique : évolution du vécu et des besoins des pères et des mères au cours du processus diagnostique ; analyse des facteurs influençant le stress parental.
P257 Surdité néonatale d’origine génétique : évolution du vécu et des besoins des pères et des mères au cours du processus diagnostique ; analyse des facteurs influençant le stress parental.
Les surdités permanentes néonatales, dont 80 % sont d’origine génétique, constituent le handicap sensoriel le plus fréquent. La systématisation du dépistage néonatal de la surdité depuis 2012 a considérablement amélioré le Processus Diagnostique (PD) de la surdité permettant une prise en charge précoce. Néanmoins, ce PD n’est pas sans conséquences sur le vécu émotionnel, notamment sur le niveau de Stress Parental (SP) : plus de 90 % des parents sont entendants et confrontés pour la première fois au diagnostic de surdité pour lequel ils n’ont pas de connaissances.
L’étude menée par le CRMR “Surdités Génétiques” du CHU de Lille et l’Université de Picardie, en collaboration avec d'autres centres hospitaliers français, visait à identifier de manière différenciée le vécu émotionnel et les besoins de pères et de mères normoentendants à différents temps du PD (allant du dépistage jusqu’à sa confirmation diagnostique puis son diagnostic génétique) et à analyser l’influence de facteurs susceptibles d’agir sur le SP.
Deux études ont été menées. La première repose sur une analyse qualitative d’entretiens semi-directifs menés auprès de chaque membre de 35 couples (mère et père) visant à explorer leur vécu et leurs besoins ayant émergé au décours du PD de surdité de leur enfant. La seconde étude quantitative concerne 21 dyades ayant rempli des questionnaires évaluant le niveau de SP, les besoins parentaux, ainsi que le degré d’implication parentale et le sentiment d’auto-efficacité.
L’analyse des entretiens met en évidence un vécu émotionnel (inquiétudes, détresse, culpabilité...) évoluant au cours du PD, avec une expression plus importante chez les mères. Les deux parents expriment également des besoins en termes d'informations, de soutien psychologique, de contact avec d’autres parents ainsi que le souhait de s’inscrire dans un parcours de soin davantage coordonné. Néanmoins, certains besoins sont spécifiques, comme le besoin d’informations plus présent chez les pères et le besoin d’avoir du temps pour soi chez les mères.
L’analyse dyadique des questionnaires identifie les liens existants chez les deux parents entre le SP et le niveau d’implication parentale, le sentiment d’auto-efficacité et les besoins en soutien social. Ces liens sont plus marqués chez les mères. Toutefois, lorsque l’on envisage les relations entre chacun de ces facteurs au sein du couple, les effets du fonctionnement de l’un des partenaires sur le fonctionnement de l’autre ne sont pas identiques. Par exemple, une moindre implication paternelle est associée à un niveau de stress maternel plus élevé.
Notre étude démontre des vécus émotionnels, des besoins et des fonctionnements en termes de SP différenciés chez les pères et mères confrontés au diagnostic de surdité de leur enfant. Ces résultats appellent à favoriser l’implication des deux parents dans le parcours de soins afin de les accompagner de manière personnalisée face à ces bouleversements en s’appuyant sur des leviers pertinents.
Marjolaine CORBEIL, Laetitia CLABAUT (Lille), Amelie MARIE, Barbara LE DRIANT, Laurence BELLENGIER, Simon BOUSSION, Catherine VINCENT DELORME
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#49465 - P261 Maillon clé de l’accès aux tests génétiques : rôle du conseiller en génétique en service de spécialité non génétique – Exemple de la biologie de la reproduction.
P261 Maillon clé de l’accès aux tests génétiques : rôle du conseiller en génétique en service de spécialité non génétique – Exemple de la biologie de la reproduction.
Grâce à ses progrès techniques et scientifiques, la génétique n’est plus une discipline isolée ou réservée aux cas rares. Elle est désormais pleinement intégrée aux parcours de soins et ce, dans de nombreuses spécialités médicales telles que la pédiatrie, l’oncologie… En conséquence, on constate une augmentation des besoins en compétences génétiques dans les services cliniques de spécialités non génétiques. Le Centre Hospitalier Universitaire de Rouen a intégré en 2024, dans son service de Biologie de la Reproduction-CECOS (BDR-CECOS), un conseiller en génétique (CG) afin de répondre à la hausse des demandes de recours à l’Assistance Médicale à la Procréation (AMP) liées à la révision de la loi de bioéthique de 2021. Les missions du CG dans ce cadre sont variées et adaptées à ses compétences. Une partie de ses missions est réalisée sous la responsabilité d’un médecin du service BDR-CECOS : enquête familiale pour des donneurs et receveurs de gamètes, explication des analyses génétiques prescrites et recueil du consentement écrit. La seconde partie de ses missions est réalisée dans le service de génétique sous la responsabilité du médecin qualifié en génétique (MQG) comprenant des consultations de conseil génétique avec prescription et rendu de résultat supervisés par le MQG, des consultations conjointes avec un MQG, de la formation continue en participant aux staffs de génétique. Pour faciliter le bon déroulement de l’ensemble de ces missions, un routage hebdomadaire avec le MQG a été mis en place permettant la centralisation des avis sur dossier émanant de manière générale du centre d’AMP du CHU de Rouen dans le cadre de l’AMP intraconjugale pour demande de conseil génétique. En 10 mois de prise de fonction, 205 consultations ont été réalisées dans le service BDR-CECOS par le CG, 142 consultations dans le service de génétique dont 21 consultations conjointes avec le MQG. La présence du CG renforce la collaboration entre les services, réduit les délais pour les patients et diffuse l’information génétique en libérant du temps médical. Ce modèle, mis en place dans le cadre de l’AMP, est parfaitement transposable à d’autres spécialités médicales. L’intégration des CG dans les services de spécialités non génétiques représente un modèle organisationnel innovant, structurant pour l’avenir de la médecine génomique sous condition d’un encadrement médical de qualité grâce au lien permanent avec un MQG. Aujourd’hui, on compte 400 CG en France, on estime que 3% d’entre eux travaillent dans des services de spécialités non génétiques. Ce modèle expérimenté à Rouen rend les analyses génétiques accessibles, compréhensibles et intégrées à la médecine de la reproduction. Cette évolution nécessite le maintien d’un lien hiérarchique et légal de prescription entre le CG délocalisé et le MQG. Un complément à la formation initiale dans la spécialité médicale considérée permettrait aux CG d’acquérir des compétences spécifiques nécessaires à l’évolution de leur pratique.
Lison GAUDIN (Rouen), Nathalie RIVES, Romane LEVADE, Aurélie FERAILLE, Anne-Marie GUERROT, Pascal CHAMBON, Pascaline BERTHET, Delphine GONDE, Caroline GUEGAN, Alice THOMAS, Nathalie PARODI, Emilie MARTINEAU, Maud BRANCHAUD, Claude HOUDAYER, Alice GOLDENBERG
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#49545 - P265 PERIGENOMED-CLINICS2 : un schéma d’étude permettant l’évaluation de l’implémentation en vie réelle du dépistage néonatal génomique à l’échelle d’un Centre régional de dépistage néonatal.
P265 PERIGENOMED-CLINICS2 : un schéma d’étude permettant l’évaluation de l’implémentation en vie réelle du dépistage néonatal génomique à l’échelle d’un Centre régional de dépistage néonatal.
Le dépistage néonatal (DNN) est un outil approprié pour détecter précocement des maladies rares (MR), afin d’instaurer des mesures permettant d'atténuer, voire d’éviter, leurs effets délétères. Depuis plusieurs années, des innovations thérapeutiques majeures se développent dans les MR, ouvrant de nouvelles perspectives pour les patients. De plus, les récentes modifications des lois de bioéthique autorisent désormais les tests génétiques en tant que procédure de DNN de 1ère intention. En parallèle, la baisse du coût du séquençage du génome (GS) ouvre la voie à un élargissement de son utilisation. Enfin, les résultats de l’étude SeDeN visant à étudier l’acceptabilité sociale de l’extension du DNN par l’utilisation des technologies de GS ont montré un fort soutien des professionnels de santé et des parents de jeunes enfants, concernés ou non par les MR, en faveur d'un élargissement du DNN.
Ces éléments nous ont conduit à lancer le projet PERIGENOMED afin d'évaluer la faisabilité et la pertinence de l'extension du DNN sur la base d'une analyse ciblée du GS (DNNg) en France. La 1ère partie de ce projet (PGC1), dont les résultats préliminaires sont soumis dans un autre résumé, a déjà montré la faisabilité technique et l’acceptabilité du DNNg dans le contexte de plusieurs CHU. La 2ème phase (PGC2) vise à évaluer la mise en œuvre et les conditions permettant le déploiement national d’un DNNg intégré dans le circuit du DNN classique et réalisé en parallèle de celui-ci. En effet, si la faisabilité technique parait bien démontrée, la performance du DNNg, et notamment le pourcentage de faux négatifs d’un tel programme reste encore peu évalué. De même, son impact en vie réelle sur la santé des enfants et surl’état psychologique des parents, les conditions de son organisation à l’échelle d’un territoire, sa soutenabilité économique et environnementale ainsi que les conditions juridiques et réglementaires de son déploiement doivent être étudiés.
Afin de répondre à ces différentes questions, nous nous sommes inspirés du cadre d’évaluation RE-AIM (Reach, Effectiveness, Adoption, Implementation and Maintenance), pour l’appliquer au déploiement du DNNg dans 5 départements couverts par le Centre Régional du Dépistage Néonatal de Bourgogne-Franche-Comté, et caractérisés par leur diversité socio-économique et d’accès aux soins. La présentation proposée permettra de détailler les méthodes longitudinales qualitatives et quantitatives mobilisées pour répondre aux différentes dimensions du cadre RE-AIM et les populations étudiées (nouveau-nés, parents et professionnels). Elle abordera également les méthodes participatives engagées pour améliorer les modalités d’information des couples, en tenant compte de leur niveau de littératie et de leur langue de préférence. Enfin, la présentation envisagera les modalités d’implication et de formation des professionnels impliqués dans le suivi des parents, afin de soutenir leur appropriation et leur adhésion au programme.
Christine BINQUET, Camille LEVEL, Frédéric HUET, Cyrille DELPIERRE, Sandrine BAFFERT, Catherine LEJEUNE, Anne-Sophie MARIET, Marie PRÉAU, Emmanuelle RIAL-SEBBAG, Pierre GARREAU, Nicolas MEUNIER-BEILLARD, Margot LEMAITRE, Amadou-Khalilou SOW, Marc BARDOU, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET (DIJON)
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#49932 - P269 Un groupe de travail collaboratif d’experts interfilières pour définir la liste des gènes/maladies à dépister dans la 1ère phase du projet français de dépistage néonatal génomique PERIGENOMED-CLINICS 1.
P269 Un groupe de travail collaboratif d’experts interfilières pour définir la liste des gènes/maladies à dépister dans la 1ère phase du projet français de dépistage néonatal génomique PERIGENOMED-CLINICS 1.
Contexte : Les initiatives internationales de dépistage néonatal génomique (DNNg) se sont multipliées grâce aux progrès thérapeutiques et à l’évolution des technologies génétiques devenues plus accessibles. En France, le projet PERIGENOMED comporte deux phases, la 1ère (PGC1) étant une étude de faisabilité et d’acceptabilité portant sur 2 500 nouveau-nés issus de 5 CHU des FHU TRANSLAD et GenOMedS.
Méthodes : La France bénéficie d’une organisation unique dans le domaine des maladies rares, regroupant l’ensemble des experts clinico-biologiques au sein de 23 Filières de Santé Maladies Rares (FSMR). Pour définir la liste des gènes et maladies de PGC1, une base de données consolidée a été transmise à ces filières pour expertise, indiquant le nombre d’occurrences de chaque dyade gène/maladie issues de 10 projets pilotes internationaux de DDNg, ainsi que des métadonnées sur leurs caractéristiques. Les FSMR ont été sollicitées pour décider de l’inclusion des dyades de leur champ d’expertise en liste 1 (maladies pédiatriques traitables, définies comme disposant d’un traitement modifiant l’histoire naturelle de la maladie et permettant de limiter fortement ou d’éviter l’apparition de symptômes chez la majorité des patients) ou en liste 2 (actionnables, proposées de manière optionnelle aux parents, définies lorsqu’une action entreprise durant l’enfance modifie son évolution et/ou améliore la qualité de vie de l’enfant, même si la prise en charge n’a qu’un effet partiel, limité à une minorité de patients, avec une efficacité restreinte, ou si des essais thérapeutiques sont attendus à court terme). Une enquête déployée au décours de ce travail, achevé fin 2024, évalue les organisations mises en place au sein des FSMR et les difficultés rencontrées.
Résultats : 1 794 dyades (1 525 gènes) figuraient dans au moins un des 10 projets. Seules 41 dyades étaient présentes dans les 10 projets et 180 dans > 6 projets. Parmi les 182 dyades en List1_Work, 147 ont été maintenues en liste 1, 21 ont été rétrogradées en liste 2 et 18 exclues. Parmi les 758 dyades en List2_Work, 220 ont été reclassées en liste 1, 242 maintenues en liste 2 et 37 exclues. 35 dyades absentes de toutes les listes ont été ajoutées en liste 1 et 79 en liste 2. La liste finale 1 comprend 400 gènes et 171 maladies/groupes de maladies ; la liste finale 2 regroupe 407 gènes et 218 maladies/groupes de maladies. L’enquête a soulevé la question de l’expressivité variable des pathologies et de l’interprétation hétérogène des définitions traitables/actionnables.
Perspectives : Cette approche garantit l’adhésion de la communauté. Pour la 2ème phase préfiguratrice (PGC2), les FSMR seront sollicitées afin d’élaborer une liste unique de maladies traitables, respectant des critères élaborés par la commission scientifique de prospectives du dépistage néonatal. La définition de la liste de gènes demeure une question centrale, ce qui a justifié la participation au groupe de travail mis en place au sein d’ICoNS.
Camille LEVEL, Yannis DUFFOURD, Emeline DAVOINE, Frédéric HUET, Anddi-Rares FILIÈRE, Brainteam FILIÈRE, Cardiogen FILIÈRE, Défiscience FILIÈRE, Fai2R FILIÈRE, Fava-Multi FILIÈRE, Filfoie FILIÈRE, Filnemus FILIÈRE, Fimarad FILIÈRE, Fimatho FILIÈRE, Firendo FILIÈRE, G2M FILIÈRE, Marih FILIÈRE, Mhemo FILIÈRE, Mcgre FILIÈRE, Muco-Cftr FILIÈRE, Orkid FILIÈRE, Oscar FILIÈRE, Respifil FILIÈRE, Sensgene FILIÈRE, Liste De Gènes GROUPE DE TRAVAIL, Jean-Baptiste ARNOUX, Alexandre BELOT, Martin KHRAN, David CHEILLAN, Véronique TARDY, Paul ROLLIER, Stéphane BEZIEAU, Sylvie ODENT, Dominique SALVI, Laurent PASQUIER, Christine BINQUET, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE (DIJON)
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#49231 - P273 Effet de setmélanotide sur le changement de corpulence des patients ayant une obésité associée à un syndrome de Bardet-Biedl (BBS).
P273 Effet de setmélanotide sur le changement de corpulence des patients ayant une obésité associée à un syndrome de Bardet-Biedl (BBS).
Objectif :
La voie leptine-mélanocortines au niveau hypothalamique est un régulateur clé de la prise alimentaire et de l’équilibre énergétique. L’altération de la signalisation de cette voie chez les patients atteints d’un BBS peut entrainer une hyperphagie (pathologique, faim insatiable) et une obésité sévère. Setmélanotide, un agoniste du récepteur de type-4 aux mélanocortines, a démontré des réductions significatives de la faim et du poids chez ces patients
Ce travail rapporte les trajectoires pondérales stratifiées par catégorie de corpulence des patients atteints d’un BBS après un an de traitement.
Matériel/Patients et Méthodes :
Les patients atteints de BBS ≥ 2 ans issus de 2 études pivotales évaluant l’efficacité de setmélanotide ont été inclus. Les modifications de l'indice de masse corporelle (IMC) pour les patients adultes ≥ 18 ans et du pourcentage du 95ème percentile de l'IMC (%IMC95) pour les patients pédiatriques < 18 ans entre l’initiation et 1 an ont été évaluées et stratifiées par catégories de corpulence (poids normal, surpoids, obésité de classe I, obésité de classe II, obésité sévère de classe III). L'évolution de la faim a également été évaluée.
Résultats :
Sur 31 patients analysés, 67,7 % présentaient une obésité sévère à l’initiation. Après 1 an de traitement, 14 patients avaient une amélioration de ≥ 1 catégorie de corpulence (45,2 %), dont 2 une amélioration de 2 catégories. Deux patients (6,4%) sont passés d’une obésité / un surpoids à un poids normal. Des améliorations significatives de l’IMC ont été observées chez les patients adultes (intervalle, -8,3% à -9,5%) et des améliorations du z-score de l’IMC ont été observées chez tous les patients pédiatriques (intervalle, -0,16 à -2,32), ainsi que chez les patients âgés de 2 à <6 ans (intervalle -0,16 à -2,32). Au total, vingt-huit patients (90,3 %) ont obtenu une amélioration significative de l’IMC ou du %IMC95. Parmi les 28 patients pour lesquels des données sur la faim étaient disponibles, 25 (89,3 %) ont constaté une réduction de la faim.
Conclusion :
Chez les patients adultes et pédiatriques souffrant d'hyperphagie et d’obésité associées à un BBS, setmélanotide a diminué l'IMC, amélioré la corpulence et réduit la sensation de faim. L'amélioration de la catégorie de corpulence a été associée à une amélioration de la qualité de vie et une réduction de l'incidence des comorbidités. Ces données chez les patients pédiatriques et adultes viennent renforcer les preuves existantes en faveur de l'utilisation du setmélanotide comme traitement ciblé chez les patients ≥ 2 ans souffrant d'obésité liée au BBS, et soutiennent une initiation précoce chez les patients pédiatriques.
Uzoma OKORIE, Gauri MALTHANKAR (Boston, Etats-Unis), Elizabeth FORSYTHE, Jesús ARGENTE
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#49818 - P277 Projet DEPISMA de dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale : bilan de fin d’étude.
P277 Projet DEPISMA de dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale : bilan de fin d’étude.
Depuis le 1er septembre 2025, l’amyotrophie spinale (SMA), maladie neuromusculaire grave affectant les motoneurones de la moelle épinière et entraînant une faiblesse musculaire progressive, fait partie des 16 pathologies dépistées à la naissance sur l’ensemble du territoire français. Un diagnostic précoce de cette pathologie améliore en effet l'efficacité des traitements. Nous présenterons le bilan de l’étude DEPISMA, programme préfigurateur du dépistage néonatal de la SMA dans les régions Grand Est et Nouvelle Aquitaine, mené de décembre 2022 à aout 2025.
Plus de deux cent cinq mille nouveaux nés ont bénéficié de ce dépistage basé sur la détection de la délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1 par PCR quantitative. L’ensemble des 81 maternités des deux régions a participé au projet. L’exhaustivité du dépistage a atteint 94,4%, dépassant l'objectif initial de 80%. Les refus de participation étaient faibles, mesurés à moins de 2% lors de l’analyse intermédiaire à 1 an. Les résultats du dépistage étaient disponibles en moyenne à 7,4 jours de vie.
Au total, 19 cas positifs ont été identifiés. Treize enfants ont bénéficié d’un traitement par thérapie génique, administré à 21,2 jours de vie en moyenne. Huit étaient porteurs de 2 copies du gènes SMN2 et 5 étaient porteurs de 3 copies du gène SMN2. Parmi les 13 enfants traités, 3 étaient symptomatiques avant le traitement, témoignant de l’urgence de la prise en charge. Cinq patients non traités étaient porteurs de 4 ou 5 copies SMN2 : ils bénéficient d’un suivi clinique et électromyographique régulier. Enfin, un patient symptomatique, porteur de 2 copies SMN2, a été accompagné en soins palliatifs. L’évolution clinique de ces patients sera présentée. Une étude ancillaire au projet DEPISMA est en cours portant sur l’évaluation psychologique de l’expérience parentale du dépistage de la SMA (étude PSYSMA).
Aucun faux positif n'a été signalé, et un seul faux négatif a été identifié chez un nourrisson porteur hétérozygote composite d’une délétion et d’un variant ponctuel du gène SMN1, une limite connue de la technique utilisée. Par ailleurs, une situation demeure non résolue chez un nouveau-né dépisté positif : le test de confirmation diagnostique a révélé une délétion hétérozygote associée à un variant ponctuel de signification incertaine. Des analyses fonctionnelles sont actuellement menées et un suivi rapproché de l’enfant a été instauré.
En conclusion, l’étude DEPISMA a démontré l’acceptabilité de ce dépistage moléculaire (le 1er réalisé en France en première intention), ses bonnes performances ainsi que l’efficacité de la prise en charge clinique précoce des enfants atteints. Les chiffres consolidés de l’étude DEPISMA seront disponibles en janvier 2026, ainsi que les premiers retours concernant la généralisation de ce test à l’ensemble du territoire.
Nadège CALMELS (Strasbourg), Virginie RACLET, Virginie HAUSHALTER, Valérie BIANCALANA, Didier LACOMBE, Vincent LAUGEL, Yvan DE FERAUDY, Caroline ESPIL-TARIS, Clémentine LAMBERT, Marie THIBAUD, Sarah ROMAIN, Pascale SAUGIER-VEBER, Céline BONNET, Amandine VAIDIE, Nicolas MEYER, Marie DE CASTELMUR, Madoe JULIANS, Audrey KURZEPA, Noémie MERCIER, Carole RAMOUSSET, Christian COTTET, Marie-Pierre REBOUL
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#49183 - P281 Analyse génomique dans les neuropathies héréditaires : aperçu d'une cohorte nationale française (PFMG2025).
P281 Analyse génomique dans les neuropathies héréditaires : aperçu d'une cohorte nationale française (PFMG2025).
Objectif : Les neuropathies héréditaires représentent un défi diagnostique majeur en raison de leur grande hétérogénéité clinique et génétique. Le programme national Plan France Médecine Génomique 2025 permet désormais le recours au séquençage du génome entier ou whole genome sequencing (WGS) dans le cadre des soins cliniques, en s’appuyant sur deux plateformes nationales, SeqOIA et AuRaGen. Notre étude vise à évaluer l’apport du WGS dans le diagnostic des neuropathies héréditaires débutant avant l’âge de 50 ans et à explorer son impact dans l’identification de nouveaux gènes impliqués.
Méthodes : De février 2023 à juillet 2025, 238 prescriptions de séquençage de génome entier ont été reçues pour des cas index présentant une suspicion de neuropathie héréditaire. Les critères d’inclusion des dossiers étaient d’avoir été discutés en réunion plurisdisciplinaire d’experts (RCP) et d’avoir eu une analyse des principaux gènes de neuropathie négative (panel de gènes). Les cas index étaient séquencés majoritairement en trio. 121 dossiers ont été soumis au pipeline de séquençage du génome Auragen et 117 au pipeline SeqOIA. Parmi ceux-ci, 185 analyses ont été réalisées, 26 sont en cours et 27 sont en attente de démarrage.
Résultats : Parmi les 185 demandes analysées, 64 (34 %) ont abouti à un diagnostic génétique concluant, identifiant des variants pathogènes dans des gènes connus associés à des troubles neuromusculaires. Sept cas (4 %) ont révélé des variants de signification incertaine nécessitant une validation supplémentaire. Cent quatorze cas (62 %) n'ont pas été concluants, soulignant la complexité de l'architecture génétique des neuropathies héréditaires. Le WGS a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats et, dans certains cas, de réviser le diagnostic initial et de proposer une prise en charge appropriée.
Conclusions : Cette étude souligne la valeur ajoutée du séquençage du génome pour raccourcir l’« odyssée diagnostique » des patients atteints de neuropathie héréditaire, avec un taux de rendement diagnostique élevé (34 %) malgré des panels de gènes préalablement négatifs. Le WGS se révèle également essentiel pour la découverte de nouveaux gènes, soutenant son intégration dans le parcours diagnostique des neuropathies héréditaires, en particulier chez les patients jeunes.
Marina KONYUKH, Vianney POINSIGNON, Anne-Sophie LIA, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Jérôme BOULIGAND, Christine VINCIGUERRA, Alix DE BECDELIÈVRE, Nathalie BONELLO-PALOT (MARSEILLE)
10:00 - 11:00
#49544 - P285 Perigenomed (perigenomed-clinics 1) - première expérience en france d’extension du dépistage néonatal par la médecine génomique : quels défis pour l’analyse bioinformatique et l’interprétation biologique ?
P285 Perigenomed (perigenomed-clinics 1) - première expérience en france d’extension du dépistage néonatal par la médecine génomique : quels défis pour l’analyse bioinformatique et l’interprétation biologique ?
L’intégration de la médecine génomique dans le dépistage néonatal (DNNg) révolutionne la médecine préventive en pédiatrie en permettant la détection précoce de pathologies génétiques. Sa mise en œuvre exige toutefois une validation rigoureuse et rapide, depuis l’échantillonnage jusqu’à l’analyse bioinformatique et l’interprétation, en particulier en l’absence de données cliniques et de recommandations internationales spécifiques au DNNg (équivalentes aux critères de l’ACMG pour le diagnostic). Le projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 vise à évaluer la faisabilité du DNNg en France à partir de 2500 naissances dans 5 CHU, en analysant une liste de 400 gènes (171 maladies précoces et traitables) et une liste optionnelle de 407 gènes (218 maladies actionnables). L'analyse in silico de ces gènes est faite à partir de données de séquençage de génome réalisé dans 2 laboratoires (Dijon, Nantes).
Les échantillons d’ADN sont séquencés à partir de sang de buvards de nouveau-nés (NN) en parallèle du DNN classique. Le pipeline bioinformatique comprend contrôle qualité, alignement, appel, annotation et filtrage des variations. Une priorisation automatisée a été définie selon les modes de transmission et des critères stricts : pathogénicité reconnue (ClinVar, listes de laboratoires experts), variations dites « nulles » dans des gènes à perte de fonction connue (LOEUF <0,6 et fréquence dans gnomAD <0,01), et critères spécifiques pour les CNV (taille, rareté, qualité des données). Une interprétation biologique manuelle est requise en cas de variations retenues, de discordance sexe phénotype/génotype ou d’anomalies SMN1/SMN2 ; à défaut, le résultat est automatiquement rendu négatif par e-mail aux parents. Seules les variations génétiques classées pathogènes ou probablement pathogènes sont rendues au clinicien.
Depuis mai 2025, 603 NN ont été inclus et 547 échantillons séquencés (0.7% reséquençage) à Dijon. Parmi les 158 (29%) nécessitant une interprétation manuelle, 17 (3%) ont été discutés en RCP avec 7 (1.3%) demandes d’avis d’expert. Au total, 8 résultats positifs ont été rendus : TSC2 (sclérose tubéreuse de Bourneville), GJB2 (surdité congénitale), LDLR*2 (hypercholestérolémie familiale), G6PD*3 (anémie hémolytique) et KCNQ1 (QT long). Un résultat faux-positif a été observé (variation appelée homozygote mais hétérozygote par séquençage Sanger avant rendu du résultat) et un faux-négatif retrouvé après ajustement des critères. Au total, le délai médian du prélèvement du buvard au rendu de résultat aux parents était de 15,7 jours pour les 539 résultats négatifs et au clinicien de 21,85 jours pour les 8 résultats positifs.
Cette première expérience démontre la faisabilité de l’extension du DNNg par la médecine génomique. Pour un passage à grande échelle, il apparaît nécessaire d’améliorer l’automatisation de l’interprétation des variations et d’établir des recommandations adaptées au DNNg afin de faciliter et d’harmoniser l’interprétation des variations issues du DNNg.
Hana SAFRAOU (Dijon), Martin CHEVARIN, Ange-Line BRUEL, Emilie TISSERAND, Oussama KETTANI, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Antonio VITOBELLO, Richard BELMONTE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Anthony AUCLAIR, Valentin VAUTRIN, Paul KUENTZ, Céline BRIS, Antoine CIVIT, Sébastien SCHMITT, Laura DO SOUTO FERREIRA, Pierre GUIBERT, Julien BARC, Eric CHARPENTIER, Pierre LINDENBAUM, Marine CORNEC, Audrey BIHOUÉE, De Tayrac MARIE, Christèle DUBOURG, Marie FAOUCHER, Mathieu CHOPELET, Houda HAMDI-ROZE, Paul ROLLIER, Frédéric HUET, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN
10:00 - 11:00
#49840 - P289 Évaluation prénatale de l'arthrogrypose : résultats échographiques et génétiques selon le sous-groupe étiologique.
P289 Évaluation prénatale de l'arthrogrypose : résultats échographiques et génétiques selon le sous-groupe étiologique.
Contexte :
L’arthrogrypose multiple congénitale (AMC) est définie comme la présence de limitations articulaires congénitales touchant au moins deux niveaux articulaires. La diminution des mouvements fœtaux est le mécanisme commun. Plus de 400 gènes sont actuellement associés à l’AMC. Le diagnostic prénatal repose sur l’échographie avec une sensibilité très limitée (30% de diagnostic positif). La classification actuelle identifie trois groupes 1) l'Amyoplasie, 2) les arthrogryposes distales et 3) le troisième groupe ou divers. Alors que le pronostic intellectuel est toujours normal dans les deux premiers groupes, et les malformations ou anomalies fonctionnelles d’organe exceptionnelles, le pronostic global est plus variable dans le troisième groupe. Le conseil prénatal reste donc difficile, même lorsqu'une cause génétique est identifiée.
Objectif :
L’objectif de notre étude est d’évaluer le taux de détection prénatale des limitations articulaires dans l'AMC, comparer la fréquence des signes échographiques entre les groupes et décrire la fréquence des diagnostics génétiques.
Matériel et méthodes :
Notre étude s’est appuyée sur le registre « Pediatric and adult registry for arthrogryposis » (PARART, NCT05673265, n = 260 patients) du CHUGA. Les données cliniques, maternelles, prénatales, périnatales et génétiques ont été analysées.
Résultats :
La cohorte comprenait 118 patients avec Amyoplasie (45 %), 73 avec arthrogrypose distale (28 %), et 69 du troisième groupe (27 %). Un test génétique a été réalisé chez 79 % des patients (56 % des Amyoplasies, 99 % des arthrogryposes distales, 97 % du troisième groupe). Un diagnostic moléculaire a été établi dans 48 % des cas testés dont 3 % des Amyoplasies (formes atypiques), 86 % des arthrogryposes distales, 51 % du troisième groupe. Les cinq gènes les plus fréquemment identifiés étaient PIEZO2, MYH3, ECEL1, ZC4H2 et TPM2. L’échographie prénatale a mis en évidence une anomalie de position articulaire dans 30 % des cas dont 41 % des Amyoplasies, 19 % des arthrogryposes distales et 25 % du troisième groupe. La distribution des anomalies articulaires détectées en prénatal ne différait pas significativement entre les groupes. Les malpositions les plus fréquentes étaient les pieds bots (n = 42) et les mains botes (n = 32).
Conclusion :
Nos résultats soulignent les limites des approches actuelles pour aboutir à un diagnostic précis en anténatal. Aucun signe échographique n’est spécifique d’un groupe d’AMC. D’autres approches comme l'IRM et l’échographie musculaire fœtale doivent être développées afin de mieux anticiper les besoins périnataux, préparer les familles et améliorer la prise en charge globale des patients.
Alicia COUDERT (Grenoble), John RENDU, Anthony MAINO, Julien FAURE, Marjolaine GAUTHIER, Cécile LACHAUD, Véronique SATRE, Radu HARBUZ, Charles COUTTON, Klaus DIETERICH
10:00 - 11:00
#49471 - P293 Le Système National des Données de Santé (SNDS): un outil de repérage des causes environnementales des troubles du spectre autistique.
P293 Le Système National des Données de Santé (SNDS): un outil de repérage des causes environnementales des troubles du spectre autistique.
Depuis 1998, une équipe mobile propose des consultations de génétique sur site dans 40 hôpitaux de jour et instituts médicoéducatifs de la région Ile de France accueillant des enfants et jeunes adultes atteints de troubles du neurodéveloppement (TND) et du spectre autistique (TSA) associés ou non à une déficience intellectuelle. L’équipe est constituée de médecins pédiatres généticiens, d’une conseillère génétique, de deux neuropsychologues et de deux coordinatrices. Les consultations ont lieu en présence des soignants de l’institution. L’unité mobile opère sous l’égide de la Fondation Elan Retrouvé dans le cadre d’une convention avec l’hôpital Necker. Ce nouveau mode d’exercice a permis de recenser des données anamnestiques et environnementales de près d’un millier de patients.
Le séquençage de nouvelle génération a considérablement amélioré le rendement diagnostique des TND d'origine génétique, avec en moyenne 45 % de diagnostics génétiques dans la littérature. Dans notre cohorte, les anomalies cytogénétiques représentent 8,2% (dont la moitié de novo) et les causes monogéniques 31,2% (75% de novo). Tous les patients diagnostiqués présentaient un TSA atypique, syndromique et/ou déficitaire.
La question de savoir si les cas non diagnostiqués résultent de facteurs environnementaux inconnus ou de causes génétiques méconnues reste ouverte. Les variants pathogènes non codants, les modifications épigénétiques et le mosaïsme somatique postzygotique sont autant de causes génétiques méconnues possibles.
Les questionnaires anamnestiques de routine remplis lors des consultations mobiles ont permis de détecter des signaux faibles indiquant de possibles facteurs environnementaux dans la population étudiée1. L’accès au Système National des Données de Santé (SNDS) a permis de montrer que les enfants exposés au VIH et aux antirétroviraux in utero présentaient un risque plus élevé de TND d'origine multifactorielle2. Parmi d'autres signaux faibles détectés, figure la procréation médicalement assistée (PMA). Sur 601 patients atteints de TND suivis dans cette cohorte entre 2019 et 2025, 4,83% étaient issus d'une PMA contre 2,7% dans la population générale (INSEE 2020).
Le SNDS devrait permettre de tester la pertinence de certains facteurs environnementaux à l’occasion de la détection de signaux faibles dans la population étudiée. La cohorte rétrospective du SNDS couvre 98,9 % de la population française. L’impact du niveau et de la durée d'exposition à ces facteurs environnementaux pourrait être évalué et ultérieurement testé in vitro.
1. Munnich, A. et al. Impact of on-site clinical genetics consultations on diagnostic rate in children and young adults with autism spectrum disorder. Mol. Autism 10, 33 (2019).
2. Collier, M. et al. Risk of Neurodevelopmental Disorders in Children Exposed to HIV and Antiretrovirals In Utero: A National Cohort Study in France. Clin. Infect. Dis. Off. Publ. Infect. Dis. Soc. Am. 81, 92–100 (2025).
Sylvia ROSE (Paris), Mathis COLLIER, Khawla ALJABALI, Moïse ASSOULINE, Jean-Marc TRELUYER, Arnold MUNNICH
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#49753 - P297 Les microsatellites en population générale : création d’un catalogue de près de 800 000 loci à partir de la cohorte POPGEN pour améliorer le diagnostic génomique des maladies rares.
P297 Les microsatellites en population générale : création d’un catalogue de près de 800 000 loci à partir de la cohorte POPGEN pour améliorer le diagnostic génomique des maladies rares.
L’avènement du séquençage haut débit de génome a permis un recul significatif de l’impasse diagnostique dans les maladies rares. Malgré tout, près de la moitié des patients reste à ce jour sans diagnostic, notamment du fait de liens gènes-pathologie encore inconnus. Améliorer notre connaissance du génome humain et de ses variations en population générale est primordial pour faire reculer encore l’impasse diagnostique. C’est dans ce cadre que le projet POPGEN a vu le jour, qui consiste en la caractérisation génétique de plusieurs milliers d’individus de la population française issus de la cohorte Constances, avec entre autres le séquençage du génome pour 3 998 d’entre eux. Ces données vont permettre de mettre en place un catalogue de variations génétiques, allant des substitutions nucléotidiques aux variants structuraux, mais aussi les microsatellites. Les microsatellites, ou STRs (Short Tandem Repeat) sont des séquences répétées de 1 à 9 nucléotides et représentent 3% de notre génome. Certaines de ces expansions de nucléotides peuvent être responsables de pathologies. A ce jour plus de 60 pathologies concernées par ce phénomène ont été décrites, la plupart grâce au séquençage haut débit, et d’autres pathologies restent à découvrir. La démocratisation d’outils de recherche d’expansions de nucléotides à partir de données de séquençage courts et longs fragments permet aujourd’hui la détection de nouvelles expansions potentiellement impliquées dans des maladies rares. Le challenge est de les interpréter et pour ce faire, il faut pouvoir les comparer avec des données en population générale pour discriminer les simples polymorphismes des situations pathologiques. Grâce à l’utilisation combinée de deux outils, ExpansionHunter et GangSTR, nous avons pu génotyper près de 800 000 microsatellites sur les individus POPGEN. Ces données nous permettent de dresser un catalogue qui sera rendu disponible pour la communauté afin de mieux interpréter les variations identifiées chez les patients, mais également de mieux comprendre l’architecture génomique de ces séquences répétées, dans le but d’identifier des loci susceptibles d’être instables et de cibler la recherche de nouvelles bases moléculaires de maladies rares. Enfin, ce travail permettra de mieux caractériser la variabilité génétique des individus à l’échelle de la population française, et de pouvoir la comparer aux données issues d’autres projets européens de séquençage en population générale.
Kévin UGUEN (Brest), Gaelle LE FOLGOC, Anthony HERZIG, Emmanuelle GÉNIN, Study Group POPGEN
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#49937 - P301 GenEFCCSS : Cohorte française dédiée à l’étude de la susceptibilité génétique aux cancers pédiatriques et aux effets tardifs des anticancéreux utilisés en pédiatrie.
P301 GenEFCCSS : Cohorte française dédiée à l’étude de la susceptibilité génétique aux cancers pédiatriques et aux effets tardifs des anticancéreux utilisés en pédiatrie.
Introduction.
Plus de 80% des enfants atteints de cancer guérissent, mais souvent au prix de séquelles ou complications tardives retentissant sur la qualité de vie et cause de mortalité prématurée. Les analyses épidémiologiques menées dans les grandes cohortes de survivants à long terme de cancers pédiatriques telles que la cohorte française FCCSS ont permis d’estimer le rôle des traitements anticancéreux reçus dans la survenue de ces effets tardifs. D’’’autres facteurs, en particulier génétiques, sont susceptibles d’interagir avec les traitements et d’être associés à ces effets tardifs.
Matériel et méthodes.
La cohorte GenEFCCSS comprend 2673 survivants à 5 ans de cancer pédiatrique, disposant d’échantillons sanguins ou salivaires séquencés en génome complet avec la plateforme NovaSeq X+ Illumina, avec une profondeur moyenne de 30X. La cohorte présente un sex-ratio M/F de 1:1, un âge médian au diagnostic de 6 ans (IQR 2–12) et une durée médiane de suivi de 28 ans (IQR 19–36). Les tumeurs pédiatriques les plus fréquentes sont les tumeurs rénales (15 %), le neuroblastome (12 %) et le lymphome hodgkinien (8 %). 1 518 ont reçu une radiothérapie et 2 130 une chimiothérapie. 384 patients ont développé une seconde tumeur.
Les fichiers bruts FASTQ ont été soumis à un prétraitement de qualité avec Fastp. Les analyses ont été réalisées via le pipeline nf-core/sarek pour la détection de variants constitutionnels. L’alignement a été effectué avec BWA-MEM2, le marquage des duplicats avec GATK MarkDuplicates, et l’appel de variants avec HaplotypeCaller, suivi d’un joint calling pour générer un fichier VCF de population final. L’annotation des variants a été réalisée à l’aide de la base ClinVar afin d’identifier les variants pathogènes et probablement pathogènes (P/LP) de 129 gènes de prédisposition au cancer.
Résultats.
177 variants P/LP ont été identifiés dans les 129 gènes de prédisposition au cancer testés chez 253/2673 patients (9.5%), dont 105 dans des gènes à transmission dominante (n=125) et 72 dans des gènes à transmission récessive sans aucun cas homozygote (n=138). Chez les patients atteints d’un second cancer, une prédisposition génétique a été identifiée chez 30/131 cas diagnostiqués avant l’âge de 25 ans (23%), chez 17/188 cas diagnostiqués entre 25 et 45 ans (9%), et chez 10/36 cas diagnostiqués après 45 ans (27%).
Conclusion
La cohorte GenEFCCSS est une ressource essentielle pour étudier la susceptibilité génétique aux effets tardifs après traitement d’un cancer pendant l’enfance, et notamment à la survenue des seconds. Les premières analyses retrouvent un enrichissement en variants délétères dans des gènes prédisposant au cancer chez les patients ayant développé un premier cancer avant l’âge de 25 ans. Les analyses suivantes testeront les interactions entre la présence de ces variants et les traitements reçus pendant l’enfance sur le risque de développer un second cancer.
Ons HAMZAOUI (Paris), Delphine BACQ, Marion FRESQUET, Monia ZIDANE, Pauline HOARAU, Marc DELOGER, Anne BOLAND-AUGÉ, Anthony HERZIG, Nadia HADDY, Carole RUBINO, Lea GUERRINI, Christelle DUFOUR, Veronique MINARD, François DOZ, Hélène PACQUEMENT, Tiphaine ADAM-DE-BAUMAIS, Laura LENEZ, Chiraz EL-FAYECH, Hélène BLANCHÉ, Jean-François DELEUZE, Emmanuelle GÉNIN, Brice FRESNEAU, Florent DE VATHAIRE
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#49732 - P309 Anticipation du règlement IVDR : retour d’expérience sur la mise en conformité d’un workflow de séquençage pangénomique short-read et d’analyse d’exome pour l’aide au diagnostic.
P309 Anticipation du règlement IVDR : retour d’expérience sur la mise en conformité d’un workflow de séquençage pangénomique short-read et d’analyse d’exome pour l’aide au diagnostic.
À moins de trois ans de la fin de la période transitoire du règlement IVDR, l’heure est à l’action : les laboratoires doivent se préparer à une refonte réglementaire qui bouleversera durablement le paysage du diagnostic génétique.
La mise en application du Règlement (UE) 2017/746 relatif aux dispositifs médicaux de diagnostic in vitro (IVDR), en vigueur depuis le 26 mai 2022, marque une évolution réglementaire majeure dans le domaine du diagnostic biologique. Remplaçant la directive 98/79/CE (IVDD), il vise à renforcer la sécurité des patients, la fiabilité des résultats et la transparence des dispositifs utilisés en laboratoire. Il impose des exigences accrues en matière de documentation technique, de validation clinique, de traçabilité et de surveillance post-commercialisation.
L’article 5.5 du règlement IVDR encadre spécifiquement l’utilisation des tests développés en interne (Laboratory Developed Tests – LDT), en imposant aux laboratoires de biologie médicale (LBM) de justifier leur usage par rapport aux dispositifs commerciaux disponibles, tout en assurant une documentation rigoureuse et une gestion qualité conforme. La phase transitoire, s’étendant jusqu’en 2028 selon la classe de risque du dispositif (A à D), ne doit pas être interprétée comme une période de latence, mais comme une opportunité d’anticipation stratégique.
En anticipation, le laboratoire Ouilab-Biosphère, membre actif du groupe des biologistes indépendants (LBI), a initié une démarche proactive en développant un workflow de séquençage pangénomique short-read (exome) humain conforme IVDR, applicable à toute indication clinique. L’objectif est de démontrer la faisabilité d’une mise en conformité réglementaire ainsi que de partager le retour d’expérience pour les autres acteurs du domaine.
Le workflow mis en place couvre l’ensemble du processus, de l’échantillon d’ADN à l’interprétation biologique et au rendu du compte-rendu au prescripteur. L’outil Platomics, conforme aux recommandations du Medical Device Coordination Group (MDCG), notamment les guides MDCG 2022-8 et MDCG 2022-15, a été utilisé pour générer les documents nécessaires à la constitution du dossier technique IVDR. Ce support numérique facilite la traçabilité, la gestion des risques et la conformité documentaire, tout en s’intégrant dans une démarche qualité globale.
L’approche retenue repose sur un workflow unique pour toutes les indications, avec une différenciation opérée au niveau de l’interprétation biologique. Cette stratégie permet une mutualisation des ressources, une simplification des processus qualité et une meilleure reproductibilité des analyses. Elle répond également aux exigences de l’article 10 du règlement IVDR concernant la démonstration de la performance clinique et analytique.
Ce retour d’expérience vise à sensibiliser la communauté génétique française à l’urgence d’anticiper les obligations réglementaires en proposant une approche valide pour les analyses pangénomiques.
Edgar HORTA (Strasbourg), Tristan REY, Mathieu LAENG
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#48940 - P313 Nouvelle méthode de séquençage à longue lecture dans les dystrophies myotoniques : vers une caractérisation génotype-phénotype affinée.
P313 Nouvelle méthode de séquençage à longue lecture dans les dystrophies myotoniques : vers une caractérisation génotype-phénotype affinée.
Les dystrophies myotoniques de type 1 (DM1) et 2 (DM2) sont des maladies génétiques complexes, caractérisées par une grande hétérogénéité clinique. La DM1 est causée par une expansion instable de triplets CTG pouvant atteindre jusqu’à 4000 répétitions. Bien qu’une corrélation entre la taille de l’expansion et la sévérité des symptômes soit observée, cette relation reste insuffisante pour expliquer à elle seule la variabilité phénotypique. D’une part, il est difficile de mesurer précisément les longues expansions par les méthodes classiques. D’autre part, plusieurs facteurs modulateurs contribuent également à cette variabilité, tels que la présence d’interruptions de type CCG et la mosaïque somatique. La DM2 est liée à une expansion instable de répétitions CCTG pouvant aller jusqu’à 11 000 répétitions. Cette expansion s’inscrit dans un motif complexe (TG)x(TCTG)y(CCTG)n, dont la composition varie d’un individu à l’autre. Comme pour la DM1, la caractérisation fine du locus DM2 reste difficile avec les outils diagnostiques actuels.
Pour dépasser ces obstacles, nous avons appliqué des technologies de séquençage longue lecture sans amplification (PacBio et Oxford Nanopore) à l’ADN de patients DMs. La méthode PacBio, particulièrement robuste, permet de séquencer avec précision des expansions de plus de 1 000 répétitions, d’analyser leur composition nucléotidique, la mosaïque somatique ainsi que la méthylation des loci pathologiques.
Nos premières analyses ont permis d’identifier une famille DM1 présentant une expansion composée à plus de 90 % de CCG, associée à une forme clinique atténuée. Ces interruptions CCG sont fortement méthylées, de même que les séquences flanquantes. Chez les patients DM2, nous avons mis en évidence une forte hétérogénéité génétique et la présence de TCTG de tailles variables en 5’ des CCTG.
Ces travaux démontrent l’apport crucial du séquençage longue lecture pour affiner le diagnostic moléculaire, établir de nouvelles corrélations génotype-phénotype, et mieux comprendre les mécanismes responsables de la variabilité clinique interindividuelle.
Sonia LAMEIRAS, Eirini Maria LAMPRAKI, Duncan KILBURN, Tina ALAEITABAR, Ismail JAMAIL, Nicolas SERVANT, Sylvain BAULANDE, Sarah KINGAN, Sam HOLT, Valeryia GAYSINSKAYA, Guilherme DE SENA BRANDINE, David STUCKI, Badreddine Mohand OUMOUSSA, Hélène MADRY, Pierre-Yves BOELLE, Karim LABRECHE, Tanya STOJKOVIC, Guillaume BASSEZ, Denis FURLING, Geneviève GOURDON, Stéphanie TOMÉ (Paris)
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#49046 - P317 Chimérisme post-greffe : le séquençage de 3e génération au service de la réactivité et de la précision.
P317 Chimérisme post-greffe : le séquençage de 3e génération au service de la réactivité et de la précision.
Introduction
La quantification du chimérisme est essentielle après greffe allogénique et pour le suivi de la maladie résiduelle. Actuellement basée sur l’analyse des STR ou la qPCR, elle évolue grâce à l’émergence de technologies comme la digital PCR (dPCR) et le séquençage nouvelle génération (NGS). La dPCR offre une réponse rapide, mais reste peu adaptée aux séries, tandis que le NGS, compatible avec une organisation automatisée, ne convient pas aux situations urgentes.
Objectif
Cette étude évalue la première solution commerciale de quantification du chimérisme par séquençage de troisième génération (TGS, Nanopore) : la technologie ONtrack (EurobioGendx®), qui ambitionne d’unifier l’approche en série et en urgence avec un même panel de marqueurs.
Matériel et méthode
Quinze échantillons de contrôle qualité externe (EEQ) et 12 échantillons cliniques (sang total, moelle osseuse, tri cellulaire) de 4 patients greffés ont été analysés. Les quantifications de référence avaient été réalisées par qPCR, dPCR et NGS (LBMR chimérisme, EFS Marseille). La technologie ONtrack a été utilisée selon les recommandations du fabricant.
Résultats
Les résultats montrent une excellente corrélation avec les méthodes de référence. Un résultat unitaire est obtenu après 2 heures de séquençage, via un logiciel sécurisé permettant un import automatisé des données. Des tests de reproductibilité et de répétabilité mettent en évidence des coefficients de variation satisfaisants, confirmant la robustesse et la fiabilité de la méthode. La sensibilité analytique a été confirmée à 0,5 %, permettant la détection de faibles niveaux de chimérisme.
Conclusion / Discussion
En conclusion, ONtrack offre des performances analytiques comparables aux méthodes actuelles, avec un atout majeur : la possibilité de couvrir à la fois les situations d’urgence et les analyses en série avec un seul outil, adaptable aux laboratoires à forte ou faible activité.
Pascal PEDINI (Marseille), Sandrine MAIOLI, Nisem CHEROUAT, Agnès BASIRE, Coralie FRASSATI, Sandrine VISENTIN, Vincent BARLOGIS
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#49093 - P321 La corrélation phénotype-génotype pousse les explorations et révèle pour la première fois une insertion de séquence Alu dans le gène CYP21A2 impliqué dans le déficit en 21-hydroxylase.
P321 La corrélation phénotype-génotype pousse les explorations et révèle pour la première fois une insertion de séquence Alu dans le gène CYP21A2 impliqué dans le déficit en 21-hydroxylase.
Introduction
La forme classique de déficit en 21-hydroxylase (FC-D21), maladie autosomique récessive, se définit par un déficit en cortisol +/- aldostérone et un excès d’androgènes induisant une virilisation des organes génitaux externes (OGE) des individus 46,XX. Le diagnostic est confirmé par génotypage du gène CYP21A2 habituellement analysé par séquençage Sanger (recherche de variants ponctuels) et MLPA (recherche d’anomalie du nombre de copies).
Observation
Nous rapportons le cas d’un enfant 46,XX qui présentait une virilisation des OGE à la naissance et un bilan hormonal réalisé à H3 de vie (17OH-Progesterone augmentée à 14.6 ng/ml, ACTH augmentée à 215 pg/ml, delta4-androstènedione augmentée à 15.1 ng/ml, testostérone augmentée à 4.6 ng/ml) permettant de suspecter une FC-D21.
Seul un variant pathogène hétérozygote (hérité de la mère) a été retrouvé par les techniques habituelles d’analyses moléculaires (prélèvement paternel non disponible). Une analyse complémentaire par technique NGS short-read (NextSeq500, Illumina) n’a initialement pas identifié de deuxième variant pathogène.
Quelques années plus tard, l’analyse du prélèvement paternel a pu être réalisée. Celle-ci retrouvait une discrète séquence chevauchante en Sanger, pouvant être prise à tort pour du bruit de fond, et des pertes d’alignement de lectures en NGS short-read faisant suspecter un réarrangement au niveau de l’intron 2. Une étude par TOPO cloning, technique permettant d’isoler l’allèle portant le réarrangement afin d’en déterminer la séquence précise après séquençage Sanger, a permis d’identifier une séquence insérée de 289 pb. Le BLAST de cette séquence a montré qu’il s’agissait d’un élément transposable de la sous-famille AluYb8.
La ré-interrogation des données NGS short-read de l’enfant retrouvait bien des pertes d’alignement de lectures dans la même région. Une PCR long range suivie du séquençage long-read (LRS) (MinION) réalisé a posteriori chez l’enfant a permis de visualiser directement la séquence insérée provenant du père sur un allèle et le variant pathogène provenant de la mère sur l’autre allèle. Un impact de l’insertion d’Alu sur l’épissage est prédit in silico et est en cours d’étude par minigène.
Discussion
Le phénotype évocateur d’une FC-D21 a permis d’approfondir les investigations moléculaires et d’identifier pour la première fois une insertion d’Alu dans le gène CYP21A2 comme responsable de déficit en 21-hydroxylase. La caractérisation précise de cet évènement est primordiale pour poser le diagnostic chez l’enfant mais aussi pour pouvoir proposer un conseil génétique dans la famille ainsi qu’un diagnostic prénatal au couple en cas de nouvelle grossesse. Le LRS apparaît être un outil essentiel pour repérer plus facilement ce type d’évènement difficilement visible par séquençage Sanger, tout en phasant les variants sans la nécessité d’étudier les parents. Le LRS améliore ainsi le rendement diagnostique et la rapidité de l’étude moléculaire du gène CYP21A2.
Jordan TEOLI (Lyon), Delphine MALLET, Alexandre JANIN, Florence ROUCHER-BOULEZ, Sylvie NIVOT-ADAMIAK, Rita MENASSA
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#49252 - P325 L’analyse d’images histologiques de tumeurs du sein par intelligence artificielle prédit le statut ATM des patientes.
P325 L’analyse d’images histologiques de tumeurs du sein par intelligence artificielle prédit le statut ATM des patientes.
L’inactivation bi-allélique constitutionnelle du gène ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated) est responsable de l’ataxie-télangiectasie (A-T). Les patients souffrant de cette maladie ont un risque accru de cancer et sont particulièrement radiosensibles. Au niveau cellulaire, la déficience d’ATM est associée à une forte instabilité génomique. On estime que 0,5 à 1% de la population est hétérozygote pour un variant pathogène (VP) d’ATM. Les porteuses hétérozygotes d’un VP d’ATM ont un risque accru de développer un cancer, notamment un cancer du sein, le plus souvent luminal (RO+) sans aucune caractéristique histologique ne permettant de les distinguer des tumeurs survenant dans un contexte sporadique.
Notre objectif était d’évaluer si l’analyse des lames histologiques digitalisées (LHD) de carcinome mammaire par une approche d’apprentissage profond permet de prédire le statut ATM des patientes et d’identifier leurs caractéristiques histologiques.
La série de découverte est composée de LHD de cancers luminaux de deux patients A-T, de 44 porteuses hétérozygotes pour un VP d’ATM (N=58 LHD), et de 51 non porteuses (N=129 LHD) inclus dans les études épidémiologiques françaises GENESIS et CoF-AT2. Les résultats ont été répliqués dans une série de tumeurs de patientes incluses dans d’autres études menées par nos collaborateurs du consortium international ENIGMA (19 porteuses d’un VP d’ATM et 22 non porteuses). Le modèle utilisé est celui développé par Lazard et coll. (Cell Rep Med. 2022) pour prédire la signature HRD (Homologous recombination deficiency) des cancers du sein luminaux de porteuses d’un VP de BRCA1 ou BRCA2 à partir des lames de coupes histologiques de leur tumeur.
Dans la série de découverte, le modèle entraîné prédit le statut ATM avec une aire sous la courbe (AUC) de 0,90 [IC95% : 0,85-0,95] et une précision équilibrée de 0,80 [IC95% : 0,72-0,88]. Dans la série de réplication, l’AUC est de 0,85 [IC95% : 0,70-1,00] et la précision de 0,67 [IC95% : 0,51-0,83]. Notre approche a également permis de mettre en évidence des caractéristiques histologiques prédictives des tumeurs de porteurs d’un VP ATM : ces tumeurs présentent souvent des cellules carcinomateuses non cohésives, comme observées dans les carcinomes lobulaires infiltrants, et une infiltration dense de lymphocytes, reflétant un micro-environnement enrichi en cellules immunitaires.
Ainsi, l’analyse par apprentissage profond de LHD permet de prédire le statut ATM des patientes et d’identifier des caractéristiques histologiques de ces tumeurs. Comprendre le lien biologique entre le phénotype observé et l’inactivation d’ATM est en cours. Identifier ces tumeurs ATM au moment du diagnostic est une première étape vers une médecine de précision personnalisée pour les femmes concernées et pourrait permettre d’adapter le suivi clinique des membres de leur famille si des recommandations de prise en charge spécifiques pour les porteurs d’un VP d’ATM sont définies.
Nicolas VIART (Paris), Lucie THIBAULT, Tristan LAZARD, Séverine EON-MARCHAIS, Yue JIAO, Laetitia FUHRMANN, Dorothée LE GAL, Eve CAVACIUTI, Marie-Gabrielle DONDON, Juana BEAUVALLET, Marina DE BROT, Joanne NGEOW, Soo-Hwang TEO, Maria ISABEL ACHATZ, Elizabeth SANTANA DOS SANTOS, Fergus J. COUCH, Dominique STOPPA-LYONNET, Melissa C. SOUTHEY, Anne VINCENT-SALOMON, Thomas WALTER, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
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#49306 - P329 RNA-based Intelligent Algorithm (RNIA) : un modèle de machine learning pour prédire des signatures spécifiques d'expression génique en RNAseq.
P329 RNA-based Intelligent Algorithm (RNIA) : un modèle de machine learning pour prédire des signatures spécifiques d'expression génique en RNAseq.
Dans le cadre des pathologies rares, la difficulté à identifier un gène responsable pour établir un diagnostique définitif reste une problématique majeure, malgré les avancées réalisées dans l'étude et les applications de la génomique humaine à visée diagnostique. Pour pallier à cela, certaines approches de machine learning reposant sur des algorithmes de classification ont été mises en œuvre avec succès. Ces méthodes permettent d’orienter le diagnostic d’un patient parmi plusieurs pathologies rares, en s’appuyant notamment sur des signatures spécifiques issues de données "omiques", comme la méthylation de l’ADN (Aref-Eshghi et al., 2018; Sadikovic et al., 2021).
Dans cette optique, nous proposons une approche bioinformatique similaire, fondée sur l’analyse de profils d’expression génique obtenus par RNAseq. L’objectif est d’entraîner des algorithmes à partir d’échantillons provenant de patients dont le diagnostic est connu. Il s’agit de créer un modèle capable d’associer un profil d’expression à une pathologie spécifique, plus précisément à la diminution ou l'absence d'expression d'un gène. Une fois entraîné, l’algorithme est capable de proposer, pour un échantillon dont l’origine pathologique est incertaine, une orientation diagnostique fondée sur une score de similarité transcriptomique avec des cas déjà caractérisés auxquels il a été confronté. Ainsi, cette méthode pourrait significativement accélérer et affiner le processus diagnostique, en particulier dans les situations où les données cliniques ou génétiques classiques s’avèrent insuffisantes pour établir un diagnostic définitif.
À titre de preuve de concept, nous avons utilisé des données brutes de RNAseq dans lesquelles l’expression du facteur de transcription TCF4 est altérée ou supprimée, mimant le déficit observé dans le syndrome de Pitt-Hopkins, ou encore celle des cofacteurs CBP et EP300, impliqués dans le syndrome de Rubinstein-Taybi. Après traitement et normalisation, nous avons testé plusieurs types d’algorithmes avec ces données. Les meilleurs résultats ont permis une classification des échantillons dont l'expression de TCF4 est altérée ou CBP/EP300 avec une précision et un score de "recall" médians supérieurs à 0.8 pour les 2 cibles. Nous prévoyons également d’évaluer les performances de cette approche sur d’autres pathologies rares liés à une déficience d'expression d'un gène. Il sera notamment nécessaire de tester cette approche avec des données supplémentaires pour évaluer plus précisément les capacités du modèle en conditions réelles. Cependant, l'un des principaux défis réside dans la disponibilité limitée de données transcriptomiques, inhérente à la rareté des pathologies étudiées, et limitant l'entraînement et la validation robuste des modèles prédictifs. Malgré cela, l’approche algorithmique développée dans cette étude constitue un outil prometteur pour l’aide au diagnostic dans le contexte des maladies rares.
Valentin VAUTROT (Dijon), Clarisse BOCHÉ, Anthony AUCLAIR, Théo SERRALTA, Antonio VITOBELLO, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN, Yannis DUFFOURD
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#49364 - P333 Long-read HiFi genome sequencing resolves recurrent Alu-mediated deletions in TANGO2 deficiency disorder.
P333 Long-read HiFi genome sequencing resolves recurrent Alu-mediated deletions in TANGO2 deficiency disorder.
Background: TANGO2 deficiency disorder (TDD, MIM 616878) is a rare autosomal recessive condition with early-childhood onset, caused by biallelic pathogenic variants in TANGO2. TDD presents with global neurodevelopmental delay, seizures, dystonia, and hypothyroidism. Affected individuals may also undergo life-threatening episodic metabolic crises marked by acute neurological deterioration, rhabdomyolysis, and ventricular arrhythmias. Recurrent TANGO2 deletions account for the majority of TDD cases (58.2%), with the most common deletions involving exons 3-9 (49.3%) and exons 4-6 (5.5%). Although NGS remains a cornerstone of rare disease diagnosis, its standard pipelines may fail to detect certain SVs, particularly within highly repetitive sequences. This study reports the identification of TDD in two unrelated families using long-read HiFi genome sequencing (GS), which uncovered homozygous deletions missed by standard-of-care short-read exome sequencing.
Methods: Long-read HiFi GS was performed on blood-derived genomic DNA using the SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 (Pacific Biosciences). Samples were sequenced on the Revio system (30X coverage), aligned to GRCh38 assembly, and analyzed with Via™ software (Bionano Genomics) for SNVs and structural variants (SVs).
Results: Homozygous deletions spanning exons 3-9 in Family 1 (~33.82 kb) and exons 4-6 in Family 2 (~9.40 kb) were identified. These recurrent deletions resulted from genomic recombination between an Alu element and distinct retrotransposon subclasses: ERV1 in Family 1 and L1MB8 in Family 2. The lack of extended homology at breakpoint junctions, deletion sizes, and the dense repetitive genomic context support a replication-based rearrangement mechanism, most consistent with fork stalling and template switching or microhomology-mediated break-induced repair (FoSTeS/MMBIR). The divergent ancestries of reported families, the repetitive architecture of TANGO2, and previously documented deletions exhibiting non-identical breakpoints, further supports independent events rather than a founder effect.
Conclusion: This study highlights the diagnostic value of long-read HiFi GS for detecting SVs in repetitive regions overlooked by standard NGS and enabling base-pair level breakpoint characterization. It provides the first evidence of Alu-mediated recombination causing recurrent TANGO2 deletions. These results suggest that TDD prevalence may be underestimated due to undetected SVs. Therefore, visual inspection of the TANGO2 locus should be considered in individuals presenting with the characteristic combination of neurodevelopmental delay or epilepsy, hypothyroidism and episodes of acute metabolic decompensation when standard NGS remains inconclusive, to detect false-negative results. These results echo findings from the SOLVE-RD initiative, in which long-read HiFi GS provided a genetic diagnosis in 11.8% of previously unsolved families and revealed additional candidate SVs in 5.4%.
Quentin SABBAGH (Montpellier, Pays-Bas), Felipe VILLA-TOBÓN, Zahra KAZEMI, Laura LENTINI, Marie-Emmanuelle DILENGE, Daniela BUHAS, Tomi PASTINEN, Isabelle THIFFAULT, Geneviève BERNARD
10:00 - 11:00
#49528 - P337 Evaluation de l’apport des grands modèles de langages (LLM) pour le diagnostic génétique: application au syndrome de Bardet-Biedl.
P337 Evaluation de l’apport des grands modèles de langages (LLM) pour le diagnostic génétique: application au syndrome de Bardet-Biedl.
Le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) est une maladie rare à transmission autosomique récessive. Classée parmi les ciliopathies, elle se caractérise par une atteinte multisystémique touchant de façon variable de nombreux organes (l’œil, le tissu adipeux, les membres, le rein, le cerveau…). À ce jour, plus de 26 gènes BBS expliquent environ 80-90 % des cas diagnostiqués. Le processus diagnostique chez les patients atteints de maladies rares est souvent marqué par une errance diagnostique au niveau clinique en raison de la complexité des chevauchements phénotypiques ou au niveau moléculaire avec la difficulté de classer les variants.
L'application de l'intelligence artificielle (IA) en santé est en pleine évolution pour analyser des ensembles de données complexes. L'objectif est d'améliorer la prise de décision et à terme d'automatiser des processus complexes qui nécessitent pour l'instant l'expertise humaine. Dans ce contexte, les grands modèles de langage (LLM), basés sur l'architecture Transformer, traitent les données textuelles à l'aide d'un mécanisme d'attention en les pondérant et en intégrant des dépendances à longue portée. Grâce au calcul de vecteurs sous forme de matrices et aux puissances des cartes graphiques, les textes sont traités en entiers simultanément permettant une compréhension efficace et plus naturelle.
Nous avons étudié la capacité d'interprétation et de raisonnement des LLM. Deux agents utilisant le modèle français Mistral8x7B ont été développés en Python 3 et exécutés dans l’environnement CUDA dans un Docker dédié sur un système Linux. L'agent clinique propose des diagnostics différentiels basés sur les signes cliniques, et l'agent génétique évalue la pathogénicité des variants génétiques. Dans le respect des données de santé, ces modèles ont été exécutés sur une machine isolée disposant d’un processeur graphique puissant (Nvidia RTX A6000).
Sur une cohorte de 846 patients suspectés d’un BBS, dont les signes cliniques sont recueillis sur un formulaire standardisé et codés informatiquement via une ontologie (HPO), un diagnostic différentiel (5 hypothèses hiérarchisées) pour chacun des patients est automatiquement effectué par l’IA. Les différentes versions de Mistral8x7B ont été évaluées sur deux méthodes de prompts (zero-shot et chain-of-thought). Parmi ces 846 patients, certains ont un diagnostic moléculaire de certitude BBS (428 vrais positifs) ou un autre gène (118 vrais négatifs) et d’autres n’ont pas encore de diagnostic établis. L’évaluation du meilleur modèle indique 92% de sensibilité pour le Top 1 des propositions et une précision de 85%.
Les résultats montrent que les LLM sont des solutions d’aide au diagnostic intéressantes et efficaces (90 secondes par patient). Un entrainement spécifique (fine tuning) devrait permettre d’améliorer encore les résultats. Les performances seront comparées aux modèles plus classiques telles que la régression logistique multivariée ou les méthodes random forest.
Medhi EL ALAOUA, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Aurélie GOURONC, François SÉVERAC, Samuel NICAISE, Julie THOMPSON, Hélène DOLLFUS, Antony LE BÉCHEC, Jean MULLER (Strasbourg)
10:00 - 11:00
#49798 - P341 Le défi du suivi des contrôles dans un laboratoire de séquençage à très haut débit pour le diagnostic : mise en place des protocoles et outils de suivi à AURAGEN.
P341 Le défi du suivi des contrôles dans un laboratoire de séquençage à très haut débit pour le diagnostic : mise en place des protocoles et outils de suivi à AURAGEN.
Introduction: AURAGEN, laboratoire de Biologie Médicale issu du Plan France Médecine Génomique 2025 a une activité dédiée au séquençage très haut débit pour les patients atteints de maladies rares et de cancers. Cette activité, nouvelle dans le domaine de la médecine génomique, a nécessité le développement de nouveaux outils et protocoles, notamment dans le suivi de l’activité, la mise en place de contrôles et d’indicateurs.
Méthodes / Organisation: Un suivi des performances du laboratoire a été établi, avec les EEQ, CIL et CIQ, mais aussi run par run, à partir des séquençages des patients. Les métriques de qualité les plus pertinentes ont été recensées, de l’extraction des acides nucléiques au post-alignement. Les outils statistiques permettant d’analyser la variabilité des métriques, ont été mis en place, en tenant compte des conditions environnementales, matériels et humaines. Un outil interne de suivi du contrôle qualité a été développé afin de centraliser et d’automatiser l’évaluation des performances au laboratoire. Des modules interactifs de visualisation permettent d’explorer des statistiques descriptives, des tendances temporelles et des modélisations par splines. Ces modules permettent non seulement de détecter des dérives de performances mais également une comparaison intra séquenceurs/robots. Un système de gestion des alertes a été ajouté pour mettre en évidence les anomalies et faciliter la mise en place d’actions correctives.
Résultats Des plans de contrôles internes et un dashboard ont été établis concernant les métriques de qualité à suivre; ils permettent un suivi longitudinal de ces dernières. Seize critères ont été retenus en MR,9 pour le WGS et le WES KC, 7 pour le RNAseq en KC. Selon les métriques, le suivi a été planifié pour des ADN ou ARN de référence ou pour l’ensemble des dossiers séquencés au laboratoire. Les métriques de qualité sont décrites à l’aide de statistiques usuelles (moyennes, médianes, quartiles…) et représentées par des graphiques standards. Les tendances temporelles sont modélisées par des splines, permettant de détecter dérives et valeurs extrêmes. La périodicité du suivi, les seuils d’alerte et des seuils critiques ont été définis, ainsi que 3 niveaux de contrôles: métriques critiques avec des seuils d’alerte ; métriques dont la variation est surveillée et métrique utilisée pour expliquer un dysfonctionnement observé. Le système de suivi et de management des erreurs a ensuite été éprouvé à l’aide de données des 2 dernières années.
Conclusion, Perspectives: L’intégration des analyses génomiques et transcriptomiques à très haut débit dans l’activité d’un laboratoire de Biologie médicale nécessite de mettre en place des nouveaux outils de suivi de qualité, et de suivi des dérives et écarts. Cette expérience du laboratoire AURAGEN illustre la faisabilité et les évolutions technologiques et organisationnelles nécessaires pour implémenter les analyses à très haut débit en oncologie et dans les maladies rares.
Estelle CHAMPION, Anne THOMAS, Joanna PAUTONNIER, Olivier CHENAVIER, Alain VIARI, Christine VINCIGUERRA, Pascal ROY, Carole FERRARO-PEYRET (Lyon), Auragen CONSORTIUM
10:00 - 11:00
#49922 - P345 Analyse des séquences répétées du génome par méthode long reads appliquées aux néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes associées à MUC1.
P345 Analyse des séquences répétées du génome par méthode long reads appliquées aux néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes associées à MUC1.
Introduction :
Les néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes associées à MUC1 sont caractérisées par des variations situées dans une région de répétitions en tandem à nombre variable (VNTR), rendant leur détection difficile via les méthodes classiques de séquençage en short reads. L’utilisation d’outils bioinformatiques dédiés (comme VNTyper, SharkVNTyper) permet de dépister la présence du variant 27dupC, variant le plus fréquemment décrit. Cependant, une méthode confirmatoire (Snapshot PCR ciblée) est nécessaire et la performance de détection des autres variants n'a pas été évaluée. .
Le but de ce travail est d’évaluer l’utilisation du séquençage long read Nanopore, dans la détection des variants situés au sein du VNTR de MUC1.
Méthodes :
Nous avons testé deux méthodes de séquençage long read via Nanopore : une reposant sur une analyse ciblée par long range PCR, et une par adaptive sampling utilisant un panel in silico de 404 gènes décrits comme étant associé à une néphropathie ou le génome entier. Par LR-PCR, l’intégralité du gène MUC1 est amplifié. Les lectures sont alignées sur un fichier de référence de séquences de MUC1 de différentes tailles, permettant de dégager deux groupes de lectures correspondant aux deux allèles. En adaptive sampling, les lectures de séquençage correspondant à la région de MUC1 sont haplotaggées et une séquence consensus par haplotype est réalisée. Ces séquences sont alignées sur génome de référence T2T.
Résultats :
Par PCR, parmi 36 patients analysés, les résultats sont concordants avec les résultats de Snapshot PCR 27dupC pour 35 patients. Pour le dernier patient, le variant 28dupA a été mis en évidence par PCR ; ce variant n’est pas recherché par Snapshot . En adaptive sampling, le variant 27dupC présent chez 4/4 individus contrôle positif a bien été retrouvé. Le variant a également été retrouvé chez une patiente avec forte suspicion clinique mais avec Snapshot PCR négative. La négativité de la Snapshot PCR est probablement liée à la présence d'un autre variant entrainant un allèle drop out. De plus, l’utilisation de séquençage long read permet de déterminer le nombre de VNTR pour chaque allèle et de localiser la position du variant au sein du VNTR, ce qui était impossible par les méthodes utilisées jusqu’à présent.
Conclusion :
Le séquençage long read permet la détection de variants pathogènes au sein du VNTR de MUC1, impliqués dans la néphropathie tubulo-interstitielle autosomique dominante, avec une sensibilité qui semble meilleure que par la technique de référence en France jusqu’à présent. De plus, cette méthode permet d’obtenir des informations complémentaires (taille du VNTR, localisation du variant frameshift, méthylation), pour lesquelles la corrélation génotype/phénotype est à effectuer.
Ilias BENSOUNA (Paris), Xavier VANHOYE, Jimmy PERROT, Nadhir YOUSFI, Laure RAYMOND, Laurent MESNARD
10:00 - 11:00
#49335 - P349 Foetopathologie et génétique : quand la piste de l’escargot mène au diagnostic d’une dysplasie de Schneckenbecken par identification en exome d’un nouveau variant faux-sens du gène SLC35D1.
P349 Foetopathologie et génétique : quand la piste de l’escargot mène au diagnostic d’une dysplasie de Schneckenbecken par identification en exome d’un nouveau variant faux-sens du gène SLC35D1.
Introduction
Le diagnostic de chondrodysplasie létale est établi sur signes d’appel échographiques dans 99% des cas. L’évaluation clinique ou fœtopathologique et l’analyse génétique affinent le diagnostic nosologique. Parmi les chondrodysplasies létales, le groupe hétérogène des dysplasies spondylodysplastiques sévères (SSDD) associe micromélie, thorax étroit et platyspondylie. Nous rapportons le cas d’un fœtus atteint d’une SSDD extrêmement rare, porteur homozygote d’un nouveau variant faux-sens pathogène du gène SLC35D1.
Cas clinique
Il s’agit de la première grossesse d’un couple apparenté. L’échographie du 1er trimestre révèle un œdème diffus, une micromélie et un thorax étroit, évoquant une chondrodysplasie létale et motivant une trophocentèse à visée génétique. Les analyses par PCR aneuploïdies, FISH du chromosome X, caryotype et CGH-array sont normales. L’évolution montre une macrocrânie, une absence de cavité septale et des intestins hyperéchogènes, orientant le couple vers une interruption médicale de grossesse réalisée au terme de 16 SA.
Les radiographies post-mortem mettent en évidence des os longs très courts, des métaphyses larges, une platyspondylie sévère et des os iliaques hypoplasiques avec une projection médiane en forme d’escargot. L’examen fœtopathologique confirme les signes échographiques, décrit une dysmorphie faciale et une fente médiane du palais postérieur. Le diagnostic de dysplasie de Schneckenbecken (SBD) est évoqué. L'aspect histologique fémoral complète l'examen et retrouve des anomalies cartilagineuses très en faveur du diagnostic.
Le séquençage de l’exome sur culture de villosités identifie le variant SLC35D1 NM_015139.3:c.972C>G p.(Ser324Arg) à l’état homozygote, hérité des deux parents. Ce variant est absent des bases de données d’individus contrôles et de sujets atteints. Il affecte un résidu très conservé et est prédit pathogène par l’ensemble des logiciels (CADD=26,9). Ces éléments, associés au caractère très évocateur des radiographies, nous ont permis de classer ce variant comme probablement pathogène.
Discussion
La SBD est une dysplasie ostéochondrale létale et très rare, de transmission autosomique récessive. Elle peut être suspectée en anténatal devant des os longs courts, un thorax étroit, une fente palatine et un œdème sous-cutané. L’aspect radiographique en escargot des ailes iliaques lui donne son nom. La SBD est liée à la présence de variations bi-alléliques majoritairement tronquantes dans le gène SLC35D1, qui code un transporteur de sucres nucléotidiques essentiel à la synthèse des protéoglycanes de la matrice cartilagineuse.
À ce jour, une dizaine de variants seulement ont été rapportés dans la SBD, dont quatre variants faux-sens, associés aussi bien à des formes létales classiques qu’à des formes viables de type “SBD-like”. Notre observation enrichit la description moléculaire de la SBD et confirme à ce jour l’absence de corrélation entre la nature ou la localisation du variant et le phénotype.
Johanne PIOTROWSKI (Strasbourg), Pauline LE VAN QUYEN, Monique KOHLER, Marie-Laure LEGRIS, Emmanuelle GINGLINGER, Alexandra SAUVIGNON, Odile NULLANS, Claire FEGER, Nadège CALMELS
10:00 - 11:00
#49473 - P353 Variants frameshift C-terminaux de FGFR1 : confirmation d’une nouvelle cause de Dysplasie Epiphysaire Multiple.
P353 Variants frameshift C-terminaux de FGFR1 : confirmation d’une nouvelle cause de Dysplasie Epiphysaire Multiple.
Les dysplasies épiphysaires multiples (DEM) constituent un groupe hétérogène de pathologies osseuses caractérisées par un retard d’ossification des épiphyses, des douleurs articulaires précoces, une arthrose prématurée et une petite taille modérée. Les principaux gènes impliqués concernent le développement du cartilage et de l’os (COMP, MATN3, COL9A1-3, CANT1, SLC26A2). L’implication de FGFR1 dans les DEM a été proposée en 2020, avec la description d’un variant frameshift de novo localisé dans l’exon terminal.
Nous rapportons ici une cohorte internationale de 13 patients porteurs de variants frameshift C-terminaux de FGFR1, issus de deux familles (3 cas et 9 cas respectivement) ainsi que le patient précédemment publié. Tous présentent une DEM sans atteinte vertébrale, avec un début des symptômes entre 3 et 13 ans et une pénétrance complète. Le genu valgum est quasi constant, et la majorité des patients ont subi plusieurs interventions chirurgicales. Une petite taille modérée est retrouvée en majorité, et un hypogonadisme hypogonadotrope est retrouvé dans environ la moitié des cas.
Dans les trois familles, les variants entraînent la même élongation C-terminale de 164 acides aminés, générant une néostructure sans homologie connue mais suggérant un possible effet antimorphe.
Ces résultats confirment FGFR1 comme nouveau gène de DEM et précisent le spectre clinique associé, ouvrant la voie à des perspectives fonctionnelles et diagnostiques nouvelles.
Marion AUBERT-MUCCA (Toulouse), Roberto MENDOZA LONDONO, Valerie CORMIER-DAIRE, Thomas EDOUARD, Olivier PATAT, Hannah FAGHFOURY, Josh SILVER, Renaud TOURAINE, Philippe CAMPEAU, Alban ZIEGLER
10:00 - 11:00
#49678 - P357 Apport du séquençage du génome entier dans la maladie des exostoses multiples.
P357 Apport du séquençage du génome entier dans la maladie des exostoses multiples.
La maladie des exostoses multiples, caractérisée par la présence d’ostéochondromes, est une cause fréquente de consultation de génétique. Il s’agit d’une ostéochondrodysplasie d’origine génétique, de transmission autosomique dominante, en rapport avec des variants mono-alléliques des gènes EXT1 # 133700 ou EXT2 # 133701. Une analyse moléculaire est fréquemment proposée afin de confirmer le diagnostic qui est clinico-radiologique. 30 patients sont analysés par an dans cette indication sur notre panel dédié aux atteintes lytiques / condensantes / proliférations anarchiques du tissu osseux, par séquençage haut débit (NextSEq-500 Illumina). Une cause moléculaire est identifiée dans plus de 95% des cas. Nos résultats sont discutés en réunion clinico-biologique afin de confronter le résultat moléculaire au phénotype. Lorsque qu’aucun variant pathogène ou probablement pathogène n’est identifié chez un patient présentant un phénotype typique, une étude par séquençage de génome entier est proposée dans le laboratoire SeqOIA, via le PFMG 2025.
Cette étude a permis d’identifier la cause moléculaire pour 3 patients:
- Le 1er patient (46 ans) présente une forme sévère de la maladie avec de nombreuses exostoses ayant un retentissement douloureux et fonctionnel. Plusieurs exostoses ont bénéficié d’une exérèse chirurgicale. Une inversion de novo du chromosome 8 avec un point de cassure dans l’intron 1 du gène EXT1 a été identifiée.
- Le 2eme patient (20 ans) présente une forme modérée de la pathologie caractérisée par la présence de plusieurs exostoses sur le fémur et le tibia gauche, dont une a nécessité une intervention chirurgicale. L’étude moléculaire a montré une insertion de 4 nucléotides de novo en mosaïque (VAF dans le sang à 9%, 5 reads variants/58) dans l'exon 1/11 du gène EXT1. Cette variation c.427_430dup, p.(Tyr144PhefsTer46), est prédite pour être responsable d’un décalage du cadre de lecture avec apparition d’un codon stop prématuré.
- La 3eme patiente (15 ans) présente plusieurs exostoses ayant nécessité une intervention chirurgicale (exérèse d’exostoses au niveau des 2 avant-bras, du membre inférieur droit, des côtes et d’une vertèbre cervicale), en raison de conséquences douloureuses et fonctionnelles. Elle est porteuse d’une insertion dans l'exon 1 du gène EXT1. Cette insertion est survenue de novo et correspond à l'insertion d'une séquence Alu (probablement AluYb8) d’environ 300 pb au sein de l'exon 1 de EXT1, ayant pour conséquence possible la synthèse d'une protéine EXT1 anormale ou l'absence de synthèse de cette protéine.
Ces observations soulignent l’importance de la discussion clinico-biologique pour les patients dont l’analyse moléculaire est non conclusive afin d’évaluer la pertinence de la poursuite des investigations. Le séquençage du génome est souvent réalisé dans ces situations et permet de mettre en évidence des variants non détectables par panel.
Sophie MONNOT (paris), Maelle CHARPIE, Caroline MICHOT, Geneviève BAUJAT, Solenne FISSON, Perrine BRUNELLE, Briand AUDREY, Julie STEFFANN
10:00 - 11:00
#49977 - P361 Expansion du spectre phénotypique et moléculaire du syndrome de Bruck.
P361 Expansion du spectre phénotypique et moléculaire du syndrome de Bruck.
Introduction : Le syndrome de Bruck est une maladie ultra-rare (<50 cas décrits), caractérisée par l’association dès la naissance d’une fragilité osseuse et de rétractions articulaires, classiquement associé à FKBP10 (BRKS1, MIM 259450) ou PLOD2 (BRKS2, 609220). Nous rapportons les données de 12 patients, permettant d’étendre le spectre clinico-moléculaire et rechercher des corrélations génotype-phénotype, en incluant notamment des variations pathogènes inédites de COL1A1 et COL1A2.
Méthodes : Nous avons inclus des patients présentant l’association d’une fragilité osseuse et de rétractions articulaires congénitale, suivis dans le CRMR MOC. Ils ont tous bénéficié du panel NGS fragilité osseuse et/ou un séquençage génomique complet (plateformes de génétique moléculaire de Necker et du laboratoire SeqOIA).
Résultats : La cohorte comprend 12 patients (11 garçons et seulement 1 fille), avec 7 cas familiaux et 5 cas isolés. Le diagnostic moléculaire a été confirmé à 20 mois en moyenne. Dix ont eu au moins une fracture (dont 50 % néonatale), touchant surtout tibias, côtes, fémurs et humérus. Les contractures touchent principalement pieds, hanches et genoux. Quatre patients (1/3) ont des complications cervicales sévères avec impression basilaire. Des complications respiratoires sont retrouvées chez 4 patients (1/3) et deux patients (16%) sont toujours trachéotomisés à l’âge de 18 ans. Aucun n’est autonome à la marche mais tous ont un développement cognitif parfait. Les signes associés à l’ostéogenèse imparfaite (dentinogenèse imparfaite, sclérotiques bleutées et surdité) sont présents chez 2 patients. Les radiographies montrent une cyphoscoliose progressive (66 %) et une protrusion acétabulaire sévère (42 %).
Nous avons identifié des variants bialléliques dans PLOD2 (17 %) et FKBP10 (50 %), ainsi que, pour la première fois, des variants monoalléliques dans COL1A1 et COL1A2 (33 %). Les patients COL1A1/A2 présentent tous : dentinogenèse imparfaite, sclérotiques bleutées et surdité, signes absents chez les patients FKBP10 et PLOD2 ; ils avaient également plus de fractures (moyenne 16,5). Les patients PLOD2 montraient une fragilité sévère, avec complications respiratoires précoces et impression basilaire marquée. Les patients FKBP10 avaient moins de fractures mais une allodynie et des déformations progressives sévères. Un patient COL1A1 a une atteinte respiratoire sévère, sans cause moléculaire associée identifiée en génome.
Conclusion : Nous rapportons la plus grandes série de syndrome de Bruck et mettons en évidence l’implication inédite de COL1A1 et COL1A2. La majorité des patients présentent une forme sévère, progressivement déformante, avec complications respiratoires et douleurs quotidiennes invalidantes. Un dépistage cervical précoce et une prise en charge orthopédique, respiratoire et fonctionnelle (appareillage, kinésithérapie, CPAP) sont essentiels. Malgré leur atteinte motrice, ces enfants présentent un développement cognitif et social préservé.
Camille GALLUDEC-VAILLANT (Paris), Sophie MONNOT, Zagorska PEJIN, Corinne COLLET, Lucile BOUTAUD, Eugénie KOUMAKIS, Pauline LE TANNO, Graziella PINTO, Philippe WICART, Valérie CORMIER-DAIRE, Geneviève BAUJAT
10:00 - 11:00
#49452 - P365 Diagnostic des Epidermolyses Bulleuses Héréditaires et Fragilités Cutanées au CHU de Nice.
P365 Diagnostic des Epidermolyses Bulleuses Héréditaires et Fragilités Cutanées au CHU de Nice.
Les Epidermolyses Bulleuses Héréditaires (EBH) sont un groupe de maladies rares caractérisées par une fragilité de la peau conduisant à la formation de bulles et d’érosions cutanées (parfois muqueuses) par désunion entre l’épiderme et le derme. Elles touchent environ 1 nouveau-né sur 20 000. Leur gravité est très variable, allant d’une gêne mineure à des formes rapidement incompatibles avec la vie en passant par des affections chroniques responsables de handicaps sévères par leurs complications infectieuses, nutritionnelles, cicatricielles, fonctionnelles voire viscérales. On distingue trois groupes d'EBH selon le niveau de clivage dans la peau. Au sein de chacun de ces trois groupes il existe plusieurs formes cliniques d’EBH distinguées par leur symptomatologie et leur mode de transmission héréditaire.
Des RCP mensuelles du Centre de Référence Maladies Rares (cliniciens et infirmières) permettent l’orientation du diagnostic clinique ainsi que des avis et recommandations pour la prise en charge des patients.
Lorsqu’une biopsie cutanée est possible, la détermination du niveau de clivage par immunofluorescence est la première étape du diagnostic. Le niveau de clivage est apprécié de façon rapide et précise par l’utilisation d’anticorps dirigés contre différents constituants de la jonction dermo-épidermique. Cette étape permet une orientation de l’analyse moléculaire mais également une réponse rapide dans l’urgence de la prise en charge néonatale (pronostic vital, évolution). Des marquages spécifiques permettent parfois la validation fonctionnelle des variants de signification incertaine (VSI) identifiés lors de l’étude génétique.
L’identification des variants pathogènes responsables de la maladie permet un conseil génétique aux familles et la réalisation d’un diagnostic prénatal. Si un sous-type est diagnostiqué cliniquement et/ou histologiquement, un séquençage Sanger est réalisé. En deuxième intention ou en l’absence d’orientation, un panel de 34 gènes impliqués dans les EBH et Fragilités cutanées est analysé par séquençage haut débit.
Résultats : Sur la période janvier 2022- août 2025, 132 cas index ont été reçus par le centre de référence. L’analyse histologique sur 28 biopsies cutanées reçues en bon état a permis d’établir un diagnostic différent de l’orientation clinique initiale dans 68% des cas, 90% ont été ensuite confirmés lors de l’analyse moléculaire. De son côté, l’analyse moléculaire des 132 cas index a permis un taux d’élucidation de 85%, dont environ 45% de résultats obtenus par NGS. Cette démarche réduit l’errance diagnostique à 3 mois en moyenne. En cas d’impasse diagnostique (15%), une demande d’analyse du génome par les laboratoires du Plan France Médecine Génomique (PFMG) est réalisée dans la préindication Génodermatose.
L’extension des études génétiques aux diagnostics différentiels des EBH et le recours à des méthodes de validations fonctionnelles des VSI permettront de réduire les impasses diagnostiques des fragilités cutanées.
Marjorie HEIM (NICE), Thomas HUBICHE, Marion ARNAUD, Mathilde LELOUP, Jocelyn RAPP, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Christine CHIAVERINI, Bruno FRANCOU
10:00 - 11:00
#49114 - P369 Mise en place et premier bilan d’une activité de néphrogénomique adulte par séquençage d’exome.
P369 Mise en place et premier bilan d’une activité de néphrogénomique adulte par séquençage d’exome.
Contexte et objectifs
L’activité de néphrogénomique adulte contribue à mieux comprendre les maladies rénales d’origine génétique de l’adulte afin de poser des diagnostics plus précis, adapter les prises en charge médicales et orienter les décisions thérapeutiques ou de transplantation.
Sur le GHU Sorbonne Université, près de 800 exomes (WES) en néphrologie sont externalisés chaque année dans le cadre de l’activité du CRMR MARHEA GHU Sorbonne. Ce projet décrit la structuration d’une plateforme de néphrogénomique adulte : constitution des équipes, choix technologiques (wet-lab, pipeline bioinformatique), accès à un séquenceur à haut débit, logistique des données (intégration d’un e-CRF, paramétrage du Système de Gestion de Laboratoire) et premiers résultats cliniques.
Mise œuvre
Le projet a débuté avec l’attribution de 20 % d’un ETP médical et l’accès à un séquenceur NovaSeqX (Illumina) via une convention avec l’ICM. L’objectif était de ré-internaliser progressivement les WES en s’appuyant sur une stratégie d’autofinancement via un séquençage à coût optimisé par échantillon. Un wet-lab a été choisi pour la préparation des échantillons et des librairies (Roche). L’analyse bioinformatique repose sur l’association du pipeline de SeqOne et d’un pipeline maison. Le dépistage du variant 27dupC de MUC1 a été rendue possible du fait de la profondeur moyenne à 100X obtenue en WES.
Le recueil des données cliniques est réalisé via l’e-CRF RedCap du Département de néphrologie de Tenon et l’ensemble du flux est intégré dans le SGL Genno. Sur le plan humain, un technicien a été recruté suite à son stage de DUT. Par la suite, un biologiste à temps plein a été recruté pour superviser les activités.
Résultats
Au 1er juillet 2025, 278 cas index adultes ont été analysés par WES, principalement en solo. Un diagnostic moléculaire a été établi dans 55/278 cas (19,7 %), avec 27 gènes différents impliqués. Les gènes COL4A3/4/5 (syndrome d’Alport) et PKD1 (polykystose autosomique dominante) représentent 26/55 diagnostics (47%). Par ailleurs, un génotype à risque APOL1 a été identifié chez 25 patients. Cette activité est en pleine progression avec un objectif de 300 WES/an et est complétée par une lecture de génome (pré-indication Néphropathie chronique) pratiquée sur la plateforme nationale Seqoia (116 dossiers analysés). En parallèle, une activité de séquençage Oxford Nanopore Technologies® a été développée en partenariat avec le département de néphrologie du GHU Sorbonne et le CNR-MAT, pour orienter rapidement la prise en charge des syndromes hémolytiques et urémiques atypiques (42 patients rendus).
Conclusion
Cette organisation permet aujourd’hui au GHU Sorbonne Université de disposer d’une plateforme intégrée, autonome et innovante de néphrogénomique adulte. La mise en place progressive, soutenue par une stratégie collaborative, garantit la pérennité du dispositif, tout en assurant un équilibre économique durable au sein du département de Génétique médicale.
Mathieu GEORGET (Paris), Laurent MESNARD, Nadhir YOUSFI, Anouar NABTI, Julie BOGOIN, Ilias BENSOUNA, Marie YANNICK, Julien BURATTI, Eric LEGUERN, Anne-Sophie LEBRE
10:00 - 11:00
#49454 - P373 Apport du séquençage génomique dans les maladies respiratoires rares.
P373 Apport du séquençage génomique dans les maladies respiratoires rares.
Introduction
Le diagnostic génétique des maladies respiratoires rares reste complexe en raison de leur forte hétérogénéité clinique et moléculaire. Si le séquençage haut débit a transformé la prise en charge des maladies constitutionnelles, de nombreux patients demeurent sans étiologie identifiée malgré des panels de gènes ciblés orientés par le phénotype. Actuellement, une cause génétique est retrouvée chez environ 90 % des hypoventilations centrales (HC) et 70% des dyskinésies ciliaires primitives (DCP), mais beaucoup plus rarement (< 20%) dans les formes isolées d’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP), les pneumopathies interstitielles diffuses (PID), les anomalies syndromiques du développement pulmonaire (ADP) ou les bronchectasies idiopathiques (DDB). L’ouverture de la pré-indication « Maladies respiratoires rares » (IMR0029) en mars 2020 a permis aux patients en impasse diagnostique d’accéder au séquençage génomique complet (WGS), après validation en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP). Nous présentons ici les résultats combinés des plateformes nationales de séquençage très haut débit SeqOIA et AuRAgen pour cette pré-indication.
Résultats
Sur 5 ans, 98 prescriptions ont été effectuées, 59 (60%) sur SeqOIA et 39 (40%) sur AuRAgen. A ce jour, 63 dossiers ont été interprétés : 6 dossiers (9%) étaient concluants et 49 dossiers non conclusifs.
Les 6 cas formellement diagnostiqués présentaient des symptômes de DCP (n=1, ARMC4), HTAP (n=1, TBX4), HC (n=2, HMBS, SOS1), PID avec déficit immunitaire (n=1, NFkBX) et DDB (n=1, CFTR). Huit dossiers, rendus non conclusifs, présentaient des variants de signification incertaine nécessitant des investigations complémentaires (études de ségrégation élargies ou tests fonctionnels) pour statuer : PID (n=4), HTAP (n=3), DCP (n=2).
Les rendements diagnostics les plus élevés sont observés pour des phénotypes très spécifiques avec des tests diagnostiques bien établis de type DCP, HC ou HTAP, avec des gènes bien caractérisés. Le taux diagnostic est plus bas pour les pathologies plus hétérogènes comme les PID de l’enfant ou de l’adulte, les DDB et les ADP.
Conclusion
Le WGS a permis d’établir un diagnostic chez plus de 9 % des patients de la pré-indication IMR0029, avec des performances variables selon le phénotype. Ce rendement diagnostic devrait augmenter dans les prochaines années avec l’évolution des connaissances. La pénétrance incomplète, le caractère possiblement polygénique de certaines pathologies, l’influence environnementale, l’âge variable de début des symptômes et la complexité syndromique compliquent l’interprétation. Ces résultats soulignent l’importance d’une expertise multidisciplinaire et de stratégies d’analyse évolutives pour optimiser le diagnostic génétique dans ce contexte.
Céline RENOUX (LYON), Florence COULET, Nathalie COUQUE, Ibrahima BA, Anne BERGOUGNOUX, Jérémy BERTRAND, Mélanie EYRIES, Victor GRAVRAND, Caroline KANNENGIESSER, Marina KONYUKH, Camille LOUVRIER, Hélène MOREL, Adrien PAGIN, Maud TUSSEAU, Marie-Pierre REBOUL, Jérémie ROSAIN, Auragen CONSORTIUM, Caroline RAYNAL, Alix DE BECDELIEVRE
10:00 - 11:00
#49690 - P377 Evaluation de la technologie de séquençage nouvelle génération appliquée au dépistage néonatal de la mucoviscidose.
P377 Evaluation de la technologie de séquençage nouvelle génération appliquée au dépistage néonatal de la mucoviscidose.
Le dépistage néonatal (DNN) de la mucoviscidose permet un diagnostic et une prise en charge précoces qui ont contribué à améliorer le pronostic des patients. En France, il est basé, depuis sa généralisation en 2002, sur un test de la trypsine immunoréactive (TIR) à 3 jours de vie et la recherche de variants du gène CFTR, puis d’un test de la sueur. La technique de biologie moléculaire (BM) actuellement utilisée permet la détection de 29 variants fréquents associés à la mucoviscidose à partir de la même tache de sang sur buvard. Cette technique, bien que robuste, ne sera plus commercialisée en 2028, du fait des contraintes de la future règlementation européenne IDVR.
Afin d’assurer la continuité du dépistage par BM, les laboratoires de génétique des CHU de Brest et Montpellier ont évalué les performances de deux trousses commerciales 4bases CFTR panel (Adgenix) et Devyser CFTR-NGS et d’un panel communautaire Ampliseq® CFTR (Thermo Fisher), pour l’analyse du gène CFTR à partir d’ADN extraits de buvards. Les librairies sont obtenues par une approche amplicon pour les trois solutions. Les ADN témoins ont été extraits par trois méthodes différentes et le séquençage a été réalisé sur MiSeq et MiniSeq (Illumina). Les critères de comparaison étaient les flux de travail (étapes, durée), la qualité des données brutes de séquençage et les performances de détection des variants ponctuels (SNV) et les petites insertions et délétions. Nous avons séquencé respectivement 24, 16 et 45 échantillons par les techniques Ampliseq® CFTR, 4bases CFTR panel et Devyser CFTR-NGS. Les concentrations d’ADN de départ étaient faibles : de 0,06 à 5,45 ng/microlitre. Le protocole du panel Ampliseq® CFTR a permis d’obtenir des données brutes de très bonne qualité et de détecter tous les variants testés (n=27), mais il n’est par certifié CE-IVD. Il est plus long et complexe que celui des trousses commerciales, qui peut être réalisé sur une journée. La trousse CFTR panel n’a pas permis d’obtenir des données brutes de qualité suffisante et l’un des variants CFTR n’a pas été détecté (sensibilité de 93,33%). La trousse Devyser CFTR-NGS a permis d’obtenir des données brutes de bonne qualité. La solution d’analyse Amplicon Suite fournie avec cette trousse a détecté tous les variants testés avec une sensibilité de 100% (n=88 allèles mutés), dont deux variations du nombre de copies (CNV) sur les deux plateformes de séquençage.
En conclusion, la trousse Devyser CFTR-NGS est applicable au DNN de la mucoviscidose, de par sa rapidité et ses performances à partir de très faibles quantités d’ADN, quelle que soit la plateforme de séquençage utilisée. Amplicon Suite permet également de créer des filtres in silico pour détecter en premier lieu un nombre restreint de variants fréquents, puis d’élargir l’analyse chez les enfants porteurs d’un seul variant fréquent et présentant un test de la sueur positif, afin de poser leur diagnostic plus rapidement et sans nécessiter un deuxième prélèvement.
Fanny VERNEAU, Karine LE MILLIER, Jean-Pierre ALTIERI, Corinne BAREIL, David CHEILLAN, Aurore CATTEAU, Isabelle SERMET-GAUDELUS, Caroline RAYNAL, Marie-Pierre AUDRÉZET (brest cedex 3)
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#48969 - P381 Le gène myl2 dans les cardiomyopathies héréditaires: spectre mutationnel et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale (cardiogen).
P381 Le gène myl2 dans les cardiomyopathies héréditaires: spectre mutationnel et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale (cardiogen).
Introduction :
Le gène MYL2 code pour une chaîne légère régulatrice de la myosine, essentielle à la stabilisation de l’interaction actine-myosine au sein du sarcomère. Selon les consensus d’experts, des variants délétères du gène MYL2 sont formellement impliqués dans les cardiomyopathies hypertrophiques (CMH) de transmission autosomique dominante, tandis que leur rôle dans les cardiomyopathies dilatées (CMD) reste incertain. En raison de la faible prévalence des variants de ce gène, les corrélations génotype-phénotype sont limitées, rendant l’interprétation des variants difficile.
Objectifs :
Cette étude a pour but de recueillir les données phénotypiques de patients présentant un variant d’intérêt unique dans le gène MYL2, et d’établir leurs relations avec la nature et la localisation de ces variants.
Matériel et Méthodes :
Il s’agit d’une étude rétrospective multicentrique nationale (laboratoires de la filière CARDIOGEN) incluant les patients porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène (classification ACMG) identifié dans le gène MYL2 lors d’un séquençage pour suspicion de cardiopathie héréditaire. Les patients porteurs d’un autre variant pathogène/probablement pathogène pouvant expliquer le phénotype ont été exclus.
Résultats :
Sur une cohorte initiale de 118 cas index porteurs d’un variant du gène MYL2, 106 ont été retenus. Parmi eux, 46% étaient des femmes et 54% des hommes. L’âge moyen au diagnostic était de 42 ans (0-74).
La distribution phénotypique montrait que 74% (n = 78) présentaient une CMH avec une mesure de septum interventriculaire moyenne de 20.5 +/- 5.3mm, 19 % (n = 20) une CMD avec une fraction d’éjection du ventricule gauche moyenne de 28.3 +/- 12%, et 7% (n = 8) une autre forme de cardiomyopathie, incluant cardiomyopathie restrictive, non-compaction du ventricule gauche ou mort subite.
L’analyse moléculaire a permis d’identifier 64 variants distincts de MYL2, dont 83 % (n = 53) étaient des variants faux-sens. De plus, l’étude de la répartition des variants au sein de la protéine a mis en évidence un enrichissement significatif dans le domaine de liaison au calcium EF-hand 1 (OR = 2,096 ; p = 0,0082). Le Burden test comparant les patients atteints de CMD à la population contrôle GnomAD v4.0.1 a montré une association significative entre les variants de MYL2 et la CMD (OR = 3,577 ; p = 0,00045). Enfin, dans la région N-terminale, les variants sont plus fréquemment associés à une CMD qu’à une CMH (OR = 9,18 ; p = 0,015).
Conclusion :
Cette cohorte nationale, la plus importante à ce jour pour le gène MYL2, apporte des éléments de preuve allant dans le sens de l’implication de ce gène dans la CMD. Nous montrons aussi un enrichissement significatif des variants dans le domaine de liaison au calcium EF-hand 1, et une association des variants N-terminaux avec la CMD. Ce travail permet d’accroitre les connaissances sur le gène MYL2, et d’améliorer l’interprétation des variants ainsi que le conseil génétique dans les familles.
Lina Rose KABBAJ (Paris), Adrien BLOCH, Gilles MILLAT, Annachiara DE SANDRE-GIOVANOLLI, Clarisse BILLON, Julie PROUKHNITZKY, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD, Flavie ADER
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#49205 - P385 Analyse comparative des annotations fonctionnelles des loci de prédisposition génétique à la dissection spontanée de l’artère coronaire et à l’anévrysme intracrânien.
P385 Analyse comparative des annotations fonctionnelles des loci de prédisposition génétique à la dissection spontanée de l’artère coronaire et à l’anévrysme intracrânien.
Les maladies fréquentes ont une architecture génétique complexe et sont le résultat cumulé de plusieurs facteurs génétiques en interaction avec des facteurs environnementaux. Les études pangénomiques (GWAS : Genome-Wide Association Studies) sont adaptées pour l'étude de ces maladies, cas elles permettent une couverture génétique optimale pour identifier les loci génétiques contribuant à leurs risques. Cependant, ces loci se situent dans des régions non codantes, ce qui complique leur analyse fonctionnelle. L'annotation génomique des variants, comme le permet le profilage de l'accessibilité de la chromatine (snATAC-seq), permet de fournir des pistes tissus-spécifiques sur les mécanismes biologiques mis en jeu.
Le but de cette étude était de réaliser une annotation génomique des variants associés à deux maladies vasculaires, la dissection spontanée de l'artère coronaire (SCAD) et l'anévrysme intracrânien (IA) qui ont la particularité de toucher particulièrement les femmes en âge moyen.
Nous avons combiné des données de profilage de la chromatine ouverte en cellule unique (snATAC-seq) issus de plusieurs artères humaines de la base de données CATlas, et des données résumées de GWAS chez ~1900 patients SCAD, et 10K témoins d’une part, et 10,754 cas IA et 306,882 témoins d’autre part. Les analyses ont été réalisées à l’aide des suites dplyr (v.1.1.4), et corcoverage (v.1.2.0) du langage R (v. 4.4.2). L’outil GREGOR (v.1.4.0) a permis de réaliser l’analyse d’enrichissement des variants.
Nous avons démontré pour la première fois un enrichissement significatif pour les loci IA dans les cellules musculaires lisses (CML). Un enrichissement significatif a été également observés dans les astrocytes. L’analyse d’enrichissement comparative a montré que les 2 maladies présentent également des enrichissements significatifs dans des régions potentiellement régulatrices des péricytes, dont le rôle est important pour l'angiogenèse et la fonction contractile des capillaires.
Ainsi, cette étude a montré un enrichissement des variants de l’IA et la SCAD dans des types cellulaires communs, qui sont les CML et les péricytes. D’autres types cellulaires sont plus spécifique à chaque maladie, tel que les astrocytes pour l’IA et les fibroblastes pour la SCAD.
Asraa ESMAEL (paris), Georges ADRIEN, Margaux-Alison FUSTIER, Nabila BOUATIA-NAJI
10:00 - 11:00
#49328 - P389 Progrès dans la prise en charge du syndrome de Marfan : les limites de la dissection de type B.
P389 Progrès dans la prise en charge du syndrome de Marfan : les limites de la dissection de type B.
Objectif :
Évaluer l’évolution des événements aortiques et de la mortalité chez les patients atteints du syndrome de Marfan porteurs d’un variant pathogène du gène FBN1, sur une période de 30 ans.
Méthodes :
Étude rétrospective portant sur 1898 patients porteurs d’un variant pathogène de FBN1, vus dans notre centre de référence entre 1995 et 2023, tous inclus dans un registre prospectif avec un suivi tous les 3 ans. Les dissections aortiques (type A et B), les chirurgies prophylactiques et la mortalité ont été analysées selon trois périodes (1995–2004, 2005–2014, 2015–2023).
Résultats :
Au cours des 30 dernières années, la prise en charge du syndrome de Marfan s’est nettement améliorée. La population référée n’a pas beaucoup changé en termes d’âge et de sexe, mais la prise en charge a évolué. Le diagnostic de syndrome de Marfan après chirurgie de la racine aortique est resté stable au cours des périodes étudiées (1995–2004 : 7,4 % ; 2005–2014 : 8,5 % ; 2015–2023 : 8,6 %), avec une augmentation des chirurgies conservatrices de la valve au détriment des procédures de type Bentall. En revanche, le diagnostic après dissection aortique a significativement diminué (7,8 % vs 6,1 % vs 4,8 %, p<0,01), notamment pour les dissections de type A (6,0 % vs 4,7 % vs 2,7 %), tandis que celles de type B sont restées stables. Après la première visite, 52 % des dissections de type B et 13 % des dissections de type A sont survenues, suggérant une prévention limitée des dissections de type B après le diagnostic. La survie globale des patients s’est significativement améliorée entre les trois périodes (p<0,001).
Conclusion :
Les progrès médicaux et chirurgicaux ont significativement amélioré l’espérance de vie des patients atteints du syndrome de Marfan, en particulier chez les jeunes pris en charge précocement La prise en charge a permis une réduction marquée des dissections aortiques de type A et une meilleure survie. Toutefois, la prévention des dissections de type B reste un défi. De nouvelles stratégies de suivi et de traitement sont nécessaires pour mieux anticiper ces événements.
Maria TCHITCHINADZE, Souraya WADIH (paris), Olivier MILLERON, Ludivine ELIAHOU, Florence ARNOULT, Kenza MIHOUBI, Brittany KIMBIMBI, Arienne MIRMIRAN, Guillaume JONDEAU
10:00 - 11:00
#49572 - P393 Lymphœdème primaire : du diagnostic à la découverte de nouveaux gènes candidats par séquençage d’exome.
P393 Lymphœdème primaire : du diagnostic à la découverte de nouveaux gènes candidats par séquençage d’exome.
Contexte :
Les lymphœdèmes primaires, généralement isolés mais parfois syndromiques ou familiaux, sont liés à des anomalies constitutionnelles du système lymphatique. Plus de 40 gènes impliqués dans cette pathologie ont été identifiés, certains associés à des atteintes extra-lymphatiques encore peu recherchées mais dont la connaissance peu améliorer la prise en charge des patients. Malgré les avancées, de nombreux cas restent sans cause moléculaire connue. Cette étude évalue l’apport du séquençage d’exome dans une cohorte de patients afin de préciser la performance diagnostique et d’explorer de nouvelles pistes génétiques.
Méthode :
• Etude monocentrique conduite de février 2024 à juillet 2025 incluant 51 patients atteints de lymphœdème primaire, suivis au Centre de référence des Lymphœdèmes primaires de l’hôpital Cognacq-Jay, Paris.
• Séquençage d’exome (Exome Twistv2, séquençage NovaSeq), analyse bioinformatique (pipeline interne et plateforme SeqONE) et interprétation selon les critères ACMG.
Résultats :
Cinquante et un patients (31 femmes, 20 hommes) ont été inclus, avec un âge médian de début du lymphœdème de 17 ans (Q1–Q3 : 11,1–33,6) ; 7 présentaient une forme congénitale. On dénombrait 17 formes isolées, 18 familiales et 16 syndromiques (maladie de Waldmann, épanchements des séreuses, syndrome des ongles jaunes).
Concernant la localisation du lymphœdème : 28 patients (55 %) présentaient une atteinte isolée des membres inférieurs, 14 (27 %) une atteinte combinée des membres inférieurs et supérieurs, 8 (16 %) une atteinte des membres inférieurs associée aux organes génitaux et 1 patient (2 %) une atteinte isolée des membres supérieurs.
Un diagnostic moléculaire a été obtenu chez 9 patients (18 %), avec des variations pathogènes identifiées dans : FOXC2 (n=3), FLT4 (n=2), PTPN11 et RIT1 ((n = 1 chacun) en lien avec des formes isolées ou syndromiques. Des variations pathogènes dans PKD1 (n = 1) et FAM83H (n = 1) ont également été identifiées, associées respectivement à une polykystose rénale et à une amélogénèse imparfaite, en plus du lymphœdème.
Enfin, des variations de signification incertaine (VUS) ont été identifiées chez 4 patients (7.8 %) dans les gènes EPHB4 (n=2), PIEZO1 (n=1) et ARAP3 (n=1). La ré-évaluation de l’impact de ces variations par des explorations complémentaires est en cours
Conclusion :
Cette étude montre l’intérêt du séquençage d’exome, permettant d’identifier une cause génétique chez 18 % des patients atteints de lymphœdème primaire. FOXC2 et FLT4 restent les principaux gènes impliqués, tandis que l’identification de variants dans PTPN11 et RIT1 associés à des formes syndromiques, souligne l’importance d’un bilan clinique élargi. L’émergence de variants dans des gènes moins connus (EPHB4, ARAP3) suggère un spectre génétique plus large et ouvre la voie à de nouvelles perspectives diagnostiques et thérapeutiques.
Melanie EYRIES (LYON), Vanna GEROMEL, Caroline FOURGEAUD, Amina MIHOUBI, Sarah ABBA, Laure RAYMOND, Stephanes VIGNES
10:00 - 11:00
#49253 - P396 Vers une harmonisation du RNA-seq ciblé dans les maladies vasculaires rares : retour d’expérience de la filière FAVA-Multi pour l’optimisation du diagnostic génétique.
P396 Vers une harmonisation du RNA-seq ciblé dans les maladies vasculaires rares : retour d’expérience de la filière FAVA-Multi pour l’optimisation du diagnostic génétique.
La filière FAVA-Multi est dédiée aux maladies vasculaires rares avec atteinte multi-systémique. Elle regroupe notamment le syndrome de Marfan, le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire, la maladie de Rendu-Osler-Weber, les anomalies vasculaires superficielles, les anomalies vasculaires neurologiques et cérébro-médullaires, les lymphœdèmes primaires.
Avec l’essor des technologies de séquençage, un nombre croissant de variants de signification incertaine (VSI), y compris introniques, sont identifiés. Ces variants peuvent perturber l’épissage de l’ARN ou modifier l’expression de certains gènes. Le RNA-seq ciblé s’impose comme une première approche de validation fonctionnelle, facilitant la reclassification des VSI dans les laboratoires de génétique.
Bien que cette technique soit déjà utilisée dans plusieurs centres de la filière, des disparités existaient dans les étapes techniques (extraction d’ARN, préparation des librairies, sélection des régions d’intérêt, analyse bio-informatique) et la validation des stratégies restait laborieuse. Afin d’harmoniser les pratiques et d’en améliorer la performance, un ingénieur a été recruté pour coordonner ces études fonctionnelles. Plusieurs réunions inter-laboratoires ont permis de cibler trois axes d’optimisation :
1. Optimisation qualitative et quantitative de l’ARN issu du prélèvement
L’expression des transcrits étant tissu-dépendante, certains gènes sont peu, voire non exprimés dans le sang. De nouveaux tubes de prélèvement (S-Monovette® RNA Exact, SARSTEDT) ont été testés. Comparés aux tubes PAXgene™, ils permettent une extraction plus rapide, une meilleure intégrité de l’ARN (score moyen 7,35 vs 6,7) et une quantité plus élevée (2997 vs 1370 ng/ml de sang).
2. Amélioration de la capture des gènes faiblement exprimés
Le panel de sondes (Twist Bioscience) sélectionné cible les exons des gènes d’intérêt (n=42) dans les pathologies de la filière FAVA-Multi. Ce panel "exon-aware" a permis d’augmenter significativement la couverture des gènes peu exprimés. Par exemple, le nombre de lectures couvrant le gène FBN1 a été multiplié par 7 (médiane 80668 VS 10709 reads)
3. Évaluation des outils bio-informatiques
Une comparaison inter-laboratoires des pipelines d’analyse est en cours, afin d’optimiser les traitements bio-informatiques et de standardiser les interprétations des résultats RNA-seq.
Les avancées techniques et méthodologiques issues de ce travail collaboratif seront partagées avec l’ensemble des laboratoires de la filière. Cette dynamique collective et collaborative vise à renforcer la robustesse et la valeur diagnostique du RNA-seq ciblé, à accélérer sa mise en place dans le cadre de la lutte contre l’errance diagnostique de ces maladies rares, tout en harmonisant et optimisant les pratiques au sein de la filière FAVA-Multi.
Nathalie DÉSIRÉ (PARIS), Pauline ARNAUD, Julie SETIAO, Nawel MALOUCHE, Julie CHASSAGNE, Abdoul Karim DIALLO, Philippe LAFITTE, Malika CHELBI, Julie BOGOIN, Julien BURATTI, Annabelle VENISSE, Karine AURIBAULT, Isabelle JERU, Maud TUSSEAU, Clarisse BILLON, Florence COULET, Nadine HANNA, Guillaume JONDEAU
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A22
COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES 1
COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES 1
Modérateurs :
Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (PU-PH) (Nice), Nicole PHILIP (PU-PH) (MARSEILLE)
11:00 - 11:15
#49582 - PL002 Retour d’expérience du CHU Grenoble Alpes, premier centre français à utiliser la technique de Karyomapping pour le Diagnostic Préimplantatoire Moléculaire.
PL002 Retour d’expérience du CHU Grenoble Alpes, premier centre français à utiliser la technique de Karyomapping pour le Diagnostic Préimplantatoire Moléculaire.
Le Karyomapping est une technique d’analyse utilisée en Diagnostic Préimplantatoire Moléculaire (DPI-M) afin d’identifier les embryons sains et atteints issus d’un couple à risque de transmettre une maladie monogénique grave et incurable. Cette technique se base sur l’étude de la ségrégation familiale de variants nucléotidiques (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) encadrant le gène d’intérêt, afin d’identifier chez le ou les membres du couple les segments chromosomiques correspondant à l’allèle morbide et ceux correspondant à l’allèle sain. Les SNPs sont distribués sur tout le génome et présentent l’avantage de pouvoir être étudiés simultanément sur des puces à ADN commerciales. L’analyse bioinformatique est ensuite ciblée sur le gène d’intérêt. Cette technique étant applicable à la majorité des patients et des gènes, elle permet une prise en charge rapide des couples en parcours de DPI et est utilisée par de nombreux centres au niveau international.
Cependant, en France, les centres DPI utilisent la technique historique basée sur l’analyse de marqueurs microsatellites (Short Tandem Repeats, STRs), qui nécessite une mise au point manuelle et fastidieuse, pour chaque gène et chaque couple. Le maintien de cette technique s’explique par une incertitude réglementaire sur la possibilité d’utiliser des techniques pangénomiques, puisque la loi de Bioéthique de 2021 précise que le DPI ne peut avoir pour objet que la recherche de l’anomalie génétique responsable de la maladie. L’arrêté du 18 juin 2024 relatif aux recommandations de bonnes pratiques en matière de DPI a permis de clarifier la situation en mentionnant la possibilité d’utiliser des techniques non ciblées, comme le Karyomapping.
Cette technique est désormais utilisée en routine diagnostique dans le laboratoire de DPI moléculaire du CHU Grenoble Alpes. Nous proposons de faire un état des lieux depuis sa mise en place en octobre 2024.
En septembre 2025, nous rapportons 23 couples pris en charge pour autant de maladies monogéniques différentes. Douze biopsies de blastocystes ont été réalisées et 56 embryons étudiés, avec un diagnostic obtenu dans plus de 96% des cas. Trois grossesses sont en cours. Le délai de mise au point est réduit de moitié par rapport à la technique historique. Nous présentons enfin des cas complexes pour lesquels la technique de Karyomapping a permis une prise en charge en DPI, qui n’aurait pas été possible avec la technique historique. Ces données seront actualisées en décembre 2025.
Le centre de DPI de Grenoble est ainsi devenu le premier centre français à utiliser la technique de Karyomapping pour les DPI-M, ce qui permet de prendre en charge plus de couples et des situations complexes techniquement, avec un délai réduit.
Flore MIETTON, Isabelle LORDEY, Valerie KONIK-MATHEVET, Floriane LEFEUVE, Pascale HOFFMANN, Elena-Andreea REBREYEND, Lucie FRANTIN, Marie ROUMENOFF, Hélène TIXIER, Pierre F RAY, Caroline BOSSON (GRENOBLE)
11:15 - 11:30
#49255 - PL001 Déchiffrer les mécanismes moléculaires causaux au diabète de type 2 à travers diverses populations et tissues.
PL001 Déchiffrer les mécanismes moléculaires causaux au diabète de type 2 à travers diverses populations et tissues.
Le diabète de type 2 (DT2) est une maladie fréquente qui résulte de mécanismes moléculaires complexes. Dans cette étude, nous exploitons les plus récentes associations génétiques liées au DT2 afin d’identifier les mécanismes moléculaires causaux, en tenant compte de l’ascendance et du tissu. En utilisant la randomisation mendélienne à deux échantillons dans quatre ascendances génétiques mondiales, corroborée par la colocalisation, nous avons analysé l’expression de 20 307 gènes et de 1 630 protéines à partir de cis-QTLs dérivés du sang. Nous avons détecté des effets causaux des niveaux génétiquement prédits de 335 gènes et 46 protéines sur le risque de DT2, avec des taux de réplication respectifs de 16,4 % et 50 % dans des cohortes indépendantes. En utilisant des cis-QTLs d’expression génique issus de sept tissus impliqués dans le DT2, nous avons identifié des liens causaux entre l’expression de 676 gènes et le risque de DT2, améliorant la compréhension des mécanismes de certains gènes connus tels que BAK1, et décrivant de nouvelles associations causales telles que HIBCH. En comparant les effets causaux obtenus avec le tissu d’expression des gènes et les mécanismes du DT2 connus, nous avons validé la pertinence de notre approche centrée autour des gènes et protéines. Les effets causaux sont largement partagés entre ascendances, mais avec quelques exemples identifiés uniquement dans les populations non-européennes. Nous avons cependant observé une forte hétérogénéité entre tissus. Nos résultats apportent de nouvelles perspectives pour les approches d’inférence causale multi-omiques intégrant des données de différentes sources, et démontrent leur efficacité à révéler et mieux comprendre les processus moléculaires impliqués dans le développement du DT2.
Ozvan BOCHER (Brest), Ana Luiza ARRUDA, Satoshi YOSHIJI, Chi ZHAO, Alicia HUERTA-CHAGOYA, Chen-Yang SU, Xianyong YIN, Davis CAMMANN, Henry J. TAYLOR, Jungchun CHEN, Ken SUZUKI, Ravi MANDLA, Ta-Yu YANG, Fumihiko MATSUDA, Josep M. MERCADER, Jason FLANNICK, James B. MEIGS, Alexis C. WOOD, Vujkovic MARIJANA, Benjamin F. VOIGHT, Cassandra N. SPRACKLEN, Jerome I. ROTTER, Andrew P. MORRIS, Eleftheria ZEGGINI
11:30 - 11:45
#49648 - PL003 Histoire naturelle du syndrome de Wiedemann-Steiner à l’âge adulte : une cohorte de 114 patients.
PL003 Histoire naturelle du syndrome de Wiedemann-Steiner à l’âge adulte : une cohorte de 114 patients.
Le syndrome de Wiedemann-Steiner (SWS), lié à des variants pathogènes de KMT2A, est caractérisé principalement par un retard de développement, une déficience intellectuelle (DI), un déficit statural, et une dysmorphie faciale caractéristique. Depuis son identification moléculaire en 2012, de nombreux cas pédiatriques ont été rapportés avec des trajectoires développementales variées. L’histoire naturelle du SWS à l’âge adulte reste peu connue avec seulement 39 adultes décrits à ce jour dans la littérature.
Grâce à un appel à collaboration (AnDDI-Rare, Défiscience, ERN ITHACA, association SWS France), nous avons recueilli les données cliniques et moléculaires d’une cohorte internationale de 114 patients avec SWS (Europe, Chine, Afrique du sud), porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène de KMT2A (critères ACMG), avec un âge supérieur à 15 ans.
Cette cohorte est constituée de 56 hommes et 56 femmes, avec un âge médian de 19 ans à la dernière évaluation, incluant trois patients décédés (entre 19 et 40 ans). Sur le plan neurodéveloppemental 92/108 présentent une DI. 93 % des patients marchent de manière autonome à l’âge adulte et 86% ont un niveau de langage de normal à quasi-normal (phrases courtes). Les 36 bilans neuropsychologiques de 26 patients montrent une relative préservation de l’indice de compréhension verbale par rapport aux autres indices. Sur le plan socio-professionnel, 36% des adultes travaillent en milieu protégé (ESAT), 20% sont en cours d’études ou ont un emploi en milieu ordinaire, 25% ont intégré une structure médico-sociale type MAS/FAM. Sur le plan somatique, 51/104 patients présentent des troubles digestifs.
Sur le plan moléculaire, 93 patients sont porteurs d’un variant perte de fonction (variant non-sens, frameshift, d’épissage ou de structure) et 18 patients d’un variant faux-sens, synonyme ou d’une délétion en phase. Nous rapportons 2 variants hérités d’une mère symptomatique. L’étude de corrélation génotype-phénotype indique un cluster de variants faux-sens associé à un phénotype plus sévère sur le plan neurodéveloppemental.
Cette étude est la première centrée sur l’adulte avec SWS et permet d’esquisser une histoire naturelle de ce syndrome à la sortie de l’âge pédiatrique. Enfin, l’identification de nouvelles corrélations génotype-phénotype ouvre des perspectives pour le conseil génétique et la compréhension des mécanismes physiopathologiques.
Uriel BENSABATH (Paris), Perrine CHARLES, Elise SCHAEFFER, Sylvie ODENT, Laurence FAIVRE, Alice GOLDENBERG, Valerie CORMIER DAIRE, Mette MØLLER HANDRUP, Leticia Diana PIAS PELETEIRO, Heidi Elisabeth NAG, Livia GARAVELLI, Delphine HERON, Cyril MIGNOT, Kmt2A Adulte CONSORTIUM, Boris KEREN, Caroline NAVA, Thierry BIENVENU, Solveig HEIDE
11:45 - 12:00
#49652 - PL004 Caractérisation in vivo d’un modèle de dysplasie squelettique liée aux variations entrainant une rétention cytoplasmique de la protéine PTBP1.
PL004 Caractérisation in vivo d’un modèle de dysplasie squelettique liée aux variations entrainant une rétention cytoplasmique de la protéine PTBP1.
La protéine PTBP1 (Polypyrimidine tract-binding protein 1), est une ribonucléoprotéine nucléaire hétérogène (hnRNP), principalement connue pour son rôle dans la régulation de l’épissage alternatif, mais aussi dans la biogenèse et la stabilité des ARN via sa navette noyau-cytoplasme.
Récemment, notre équipe a identifié des variations pathogènes entraînant une redistribution anormale de PTBP1 entre le noyau et le cytoplasme, avec d’importantes perturbations transcriptomiques et protéomiques. Ces perturbations s’accompagnent d’une accumulation accrue de PTBP1 et de ses ARN dans les P-bodies, sites de stockage et dégradation des ARN. Cliniquement, elles sont responsables d’un syndrome associant dysmorphie faciale, troubles neurodéveloppementaux et dysplasie osseuse. Cette dernière, présente chez 89 % des patients, se traduit par une petite taille, des membres disproportionnés (63 %) et des malformations récurrentes des os longs et des extrémités.
Grâce au financement du programme européen RDMM-SolveRD et en collaboration avec la German Mouse Clinic (GMC), nous avons généré un modèle murin C57BL/6N_2T>C portant la variation la plus fréquente identifiée dans notre cohorte. À l'âge de 14 semaines, l'absorptiométrie biphotonique à rayons X (DXA) a montré une diminution significative du contenu minéral osseux (BMC) et de la densité minérale osseuse (BMD) chez les deux sexes. Les analyses par micro-tomographie (micro-CT) du fémur réalisées à l'âge de 6 et 16 semaines ont révélé une diminution de la densité minérale osseuse trabéculaire (BMD) et une augmentation de la densité minérale du tissu cortical (TMD), indiquant une altération globale de la microarchitecture osseuse. Le micro-CT a également mis en évidence une diminution du volume osseux fémoral et une réduction du nombre de trabécules, confirmée par une coloration H&E sur des coupes fémorales. Plus précocement, ces perturbations se traduisent, au stade E16.5, par des malformations révélées par coloration bleu alcian/rouge alizarine, mettant en évidence un défaut de minéralisation et des altérations des structures cartilagineuses de la tête et de l’axe antéro-postérieur.
Afin d’investiguer plus précisément ces défauts, nous recherchons sur le plan moléculaire des perturbations transcriptomiques dès le stade E9.5 par des analyses de transcriptomique par cellule unique (sc-RNA-seq). En parallèle, sur le plan cellulaire, nous développons des modèles in vitro à partir de lignées pré-ostéoblastiques et pré-ostéoclastiques génétiquement modifiées pour porter la variation d’intérêt. L’objectif est d’évaluer leur potentiel de différenciation et d’analyser leurs fonctions afin de déterminer comment la variation impacte directement ces populations cellulaires clés du remodelage osseux.
Nos travaux démontrent pour la première fois un rôle majeur de PTBP1 dans le développement ostéo-cartilagineux, établissant un lien inédit entre rétention cytoplasmique de PTBP1, stabilité des ARN et développement embryonnaire.
Julien PACCAUD (Dijon), Laurence DUPLOMB, Dominique HEYMANN, Javier MUÑOZ-GARCIA, Bianca BISCOTTI, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN, Susan MARSCHALL, Claudia SEISENBERGER, Adrian SANZ-MORENO, Markus KRAIGER, Helmut FUCHS, Laurence FAIVRE, Gailus-Durner VALERIE, Martin HRABÉ DE ANGELIS, Antonio VITOBELLO
12:00 - 12:15
#49746 - PL005 L’analyse systématique des snRNA révèle RNU2-2 comme cause fréquente d’encéphalopathies développementales et épileptiques dominantes et récessives.
PL005 L’analyse systématique des snRNA révèle RNU2-2 comme cause fréquente d’encéphalopathies développementales et épileptiques dominantes et récessives.
Les petits ARN nucléaires (snRNA) jouent un rôle central dans l’épissage, mais leur implication en pathologie a longtemps été sous-estimée en raison de leur organisation en copies multiples, de leur annotation imprécise et du fait que, appartenant au génome « non codant », ils échappent au séquençage d’exome et sont souvent peu analysés en génome. En 2024, la découverte de variants récurrents de novo du gène RNU4-2, responsables du syndrome ReNU (OMIM 620851), désormais reconnu comme l’un des troubles neurodéveloppementaux (TND) les plus fréquents, a ouvert la voie à l’exploration systématique des snRNA comme gènes impliqués en pathologie.
Dans ce contexte, nous avons analysé 200 gènes snRNA potentiellement fonctionnels dans la cohorte nationale du Plan France Médecine Génomique (26 911 individus atteints de maladies rares, dont 18 186 avec un TND), enrichie par des collaborations internationales. Cette approche a permis d’identifier des variants de novo et bialléliques dans RNU2-2, longtemps considéré comme pseudogène, comme cause fréquente de TND.
Au total, 126 individus, issus de 108 familles indépendantes, porteurs de variants de RNU2-2 ont été inclus. Les formes récessives (81 cas, 64 familles) apparaissent au moins deux fois plus fréquentes que les formes dominantes (31 cas, principalement liées aux variants récurrents n.4G>A et n.35A>G). Les formes récessives résultent souvent d’un variant de novo associé à un variant transmis en trans, soulignant la forte mutabilité de ces gènes.
La présentation clinique associe retard de développement, déficience intellectuelle, souvent sévère, et épilepsie à début précoce (89%). Les mouvements anormaux sont significativement plus fréquents dans les formes récessives. Les formes les plus sévères (station assise non acquise, décès précoce) ont été observés dans les cas bialléliques, avec une variabilité interfamiliale marquée mais peu de variabilité intrafamiliale.
Les analyses transcriptomiques et de méthylation révèlent des anomalies d’épissage subtiles et spécifiques de chaque variant. Les prédictions structurales suggèrent que selon la position du variant, l’interaction U2/U6 et la reconnaissance du site de branchement peuvent être altérées, tandis que certains variants récessifs compromettent l’import de U2 dans le spliceosome, équivalant à des allèles nuls. Certains variants semblent présenter un effet intermédiaire, pouvant agir comme dominants à pénétrance variable ou comme récessifs selon le contexte allélique, suggérant un modèle de gradient d’impact.
Ces résultats mettent en évidence les variants pathogènes de RNU2-2 comme une cause majeure d’encéphalopathie développementale et épileptique, expliquant environ 0,35% des TND, avec une prévalence comparable à celle du syndrome ReNU. Ils soulignent la nécessité de rechercher systématiquement un second variant en trans en cas de variant de novo. Leur interprétation reste complexe et ouvre un champ encore largement inexploré de la génétique.
Caroline NAVA (Paris), Elsa LEITÃO, Amandine SANTINI, Benjamin COGNE, Myriam ESSID, Maria ATHANASIADOU, Christy W LAFLAMME, Pierre MARIJON, Virginie BERNARD, Nicolas CHATRON, Giulia BARCIA, Boris KEREN, Cyril MIGNOT, Perrine CHARLES, Thomas BESNARD, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Edith P. ALMANZA FUERTE, Soham SENGUPTA, Mathieu MILH, Francis RAMOND, Study Group RNU2-2, Alban LERMINE, Gael NICOLAS, Joseph G. GLEESON, Lynette G. SADLEIR, Michael S. HILDEBRAND, Ingrid E. SCHEFFER, Nicola WHIFFIN, Anne O’DONNELL-LURIA, Heather C. MEFFORD, Pierre BLANC, Julien THEVENON, Camille CHARBONNIER, Clément CHARENTON, Christel DEPIENNE, Gaetan LESCA
12:15 - 12:30
#49783 - PL006 Le programme FRESH pour faciliter l’accès à l’oncologie de précision par la biopsie liquide en France : bilan de 6000 analyses sur une.
PL006 Le programme FRESH pour faciliter l’accès à l’oncologie de précision par la biopsie liquide en France : bilan de 6000 analyses sur une.
Contexte :
Le laboratoire de Profilage Génomique sur Biopsie Liquide (PGBL), intégré au département de biologie et pathologie médicales de Gustave Roussy (GR) au sein du service de génétique des tumeurs, a débuté son activité le 11 juillet 2024 dans le cadre du programme FRESH (French Hub for Liquid Biopsy). Ce programme associe la technologie FoundationOne® Liquid CDx (F1LCDx, Roche), permettant de caractériser le profil moléculaire de l’ADN tumoral circulant (ADNtc), à un circuit intégré de Réunion de Concertation Pluridisciplinaire Moléculaire (RCPM/MTB). Son objectif est d’offrir à chaque patient atteint de cancer métastatique en échec thérapeutique une orientation personnalisée, prenant en compte son profil clinique, moléculaire et sa situation géographique. Nous proposons un premier bilan un an après l’ouverture du laboratoire, mettant en évidence les résultats obtenus et les perspectives de développement du programme.
Résultats :
Depuis son lancement, FRESH est ouvert à l’échelle nationale et a inclus près de 6 000 patients, issus de l’ensemble du territoire français, y compris ultra-marin. Plus de 30 établissements y participent : 11 CLCC, 8 CHU, 11 hôpitaux non universitaires et 3 cliniques privées. Parmi les patients inclus, plus de 25 % présentent un carcinome bronchique, suivi par les carcinomes du sein, de la prostate et du pancréas. La concentration moyenne d’ADNtc extrait est de 3,5 ng/µL. Moins de 3 % des échantillons présentent une concentration insuffisante pour être engagée dans le processus. Des altérations théranostiques ont été identifiées chez 58.9% des patients et la RCPM a recommandé un traitement ciblé dans 33% des cas, majoritairement vers une inclusion dans un essai clinique (69.6%). Le délai moyen entre la réception de l’échantillon à GR et la restitution du compte rendu biologique au clinicien est de 12,9 jours. Enfin, une étape majeure a été franchie avec l’accréditation ISO15189 obtenue le 21 août 2025 garantissant la qualité de son processus analytique.
Conclusion :
Ce programme permet de démontrer l’importance d’intégrer l’apport d’analyses moléculaires basées sur ADNtc avec un panel NGS étendus pour la détections des SNV/CNV/fusion théranostiques. Cette initiative vise à élargir l’accès au diagnostic moléculaire de précision et aux traitements personnalisés sur l’ensemble du territoire français. Il devrait permettre aussi de valider l’utilité clinique de la biopsie liquide et son rôle dans l’amélioration de la prise en charge courante du cancer. Les prochains défis visent à maintenir ce niveau d’exigence et à anticiper l’inscription au RIHNv2.
Edouard TURLOTTE, Voreak SUYBNEG, Michaël DEGAUD, Roseline TANG, Margot PENRU, Chaymaa HAMMOU, Dorcas HOUNGUE, Natacha CASTOR, Joël BRETON, Ingrid NOWAK, Zakia AOUFOUCHI, Laurence DROUARD, Ludovic LACROIX, Marie MORFOUACE, Etienne ROULEAU (VILLEJUIF)
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ATELIER DEJEUNER PACBIO
HiFi : la révolution des longs reads en génomique humaine
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HiFi : la révolution des longs reads en génomique humaine
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Nouvelles perspectives avec la technologie de séquençage HiFi.
Benjamin AUBIER
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Des lectures HiFi aux résultats biologiques: outils et ressources bioinformatiques.
Valérie MAROT-LASSAUZAIE
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Mise en place du séquençage HiFi, performances et applications.
Celine DERAMBURE (Ingenieur Recherche) (Intervenant, Paris), Olivier QUENEZ (Ingénieur Hospitalier / Doctorant) (Intervenant, Rouen)
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Séquences répétées et maladies neurologiques héréditaires : analyse par le panel PureTarget et optimisation bioinformatique.
Isabelle QUADRIO (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Lyon), Zoé DMITRIEVSKY (Technicienne de laboratoire) (Intervenant, LYON)
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ATELIER DEJEUNER AGILENT
Panorama des applications NGS : du short-read au long-read
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Panorama des applications NGS : du short-read au long-read
Modérateur :
Claude REVEL (Vénissieux Cedex)
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Tour d’horizon des nouveautés NGS Agilent dans le domaine de la génétique humaine.
Adrien JEANNIARD
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Implémentation d'une plateforme exome-transcriptome automatisée et standardisée pour l'analyse des Maladies Rares.
Svetlana GOROKHOVA (AHU) (Intervenant, MARSEILLE), Martin KRAHN (PUPH) (Intervenant, Marseille)
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Capture Agilent sur Magnis et séquençage long read ONT : exemple en pharmacogénétique.
Louis LEBRETON (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Bordeaux)
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ATELIER DEJEUNER VARVIS®
Vers une génomique clinique de nouvelle génération
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Vers une génomique clinique de nouvelle génération
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Introduction à varvis®.
Orianne MAZEMONDET (Intervenant, Rostock, Allemagne)
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Comment l'IA révolutionne-t-elle la génomique clinique ?
Aina PI ROIG (Clinical CSM) (Intervenant, Barcelone, Allemagne)
12:40 - 13:40
Transformer la complexité en clarté : analyse automatisée du séquençage à lecture longue.
Ben LIESFELD (Intervenant, Allemagne)
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T2T vs. hg38 : vers une nouvelle norme.
Rolf SCHRÖDER (bioinformaticien) (Intervenant, Rostock, Allemagne)
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ATELIER DEJEUNER INTEGRAGEN
Du tissu à la biopsie liquide : comment le profilage tumoral transforme la prise en charge des cancers.
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Du tissu à la biopsie liquide : comment le profilage tumoral transforme la prise en charge des cancers.
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Profilage Multi-Omique du Microenvironnement Tumoral : Intégration du WES, RNA-seq et de données spatiales pour Prédire la Réponse à l'Immunothérapie dans le Cancer du Sein Triple Négatif.
Léo LAOUBI (Intervenant, Lyon)
12:40 - 13:40
Moliqio, la solution MRD “tumor-informed” développée par IntegraGen : pour le suivi ultra-sensible et personnalisé de la maladie résiduelle à partir d’ADN tumoral circulant.
Elodie LALLET
12:40 - 13:40
Essai UMBRELLA : Le statut MRD au cœur de la stratification thérapeutique en oncologie (ZOOM).
Antoine ITALIANO (Intervenant, Villejuif)
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ATELIER DEJEUNER NEW ENGLAND BIOLABS
Innovations pour la détection des biomarqueurs et perspectives en génétique : Profilage des small RNA et ADN circulants par NGS
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Innovations pour la détection des biomarqueurs et perspectives en génétique : Profilage des small RNA et ADN circulants par NGS
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Identification d’une microproteine traduite par un lncRNA dans la cellule bêta pancréatique.
Bénédicte TOUSSAINT (Responsable technique LIGAN) (Intervenant, Lille)
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Overcoming bias in small RNA library prep and unlocking true biological insights.
Andrew BARRY
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Plateforme de Profilage Génomique par Biopsie Liquide de Gustave Roussy : De la création à la routine.
Edouard TURLOTTE (ingenieur plate forme) (Intervenant, Villejuif)
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PAUSE CAFE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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A25
CONFERENCE INVITEE 1
Intelligence Artificielle
CONFERENCE INVITEE 1
Intelligence Artificielle
Modérateur :
Charles VAN GOETHEM (Ingénieur) (Montpellier)
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Intelligence artificielle et jumeau numérique pour la médecine du futur.
Nicholas AYACHE (Conférencier, Nice)
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A26
Sessions simultanées 05
Neurodeveloppement 1
Sessions simultanées 05
Neurodeveloppement 1
Modérateurs :
Sylvie BANNWARTH (PU-PH) (NICE), Gaetan LESCA (PU-PH) (Lyon)
14:45 - 15:00
#49323 - SS031 Variants constitutionnels hétérozygotes de PIK3CA : caractérisation clinique, radiologique et fonctionnelle d'une cohorte de 17 patients.
SS031 Variants constitutionnels hétérozygotes de PIK3CA : caractérisation clinique, radiologique et fonctionnelle d'une cohorte de 17 patients.
Introduction : La voie PI3K/AKT/mTOR est un régulateur majeur de la croissance et du développement. Les variants post-zygotiques en mosaïque de PIK3CA, bien décrits, sont responsables de syndromes hypertrophiques (PROS) dont les présentations cliniques varient selon la localisation ou le type d’atteinte prédominante comme le syndrome CLOVES, Klippel-Trenaunay, MCAP, macrodactylie et hypertrophie musculaire, l’hyperplasie fibroadipeuse, la lipomatose multiple avec hémihyperplasie ou les hémimégalencéphalies. Les variants constitutionnels hétérozygotes de PIK3CA demeurent peu caractérisés avec seulement 39 individus décrits. Nous rapportons la plus grande cohorte d’individus porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène hétérozygote de PIK3CA à travers une étude clinique, radiologique et fonctionnelle.
Méthode : Dix-sept individus ont été recrutés via le réseau AnDDI-Rares. Les données cliniques et moléculaires ont été collectées rétrospectivement, avec une relecture de 3 IRM cérébrales. Le diagnostic moléculaire, établi par diverses techniques de séquençage, a été vérifié, chez 7 individus, par un séquençage profond d’un second tissu afin d’attester la nature constitutionnelle du variant. Une étude fonctionnelle de la prolifération cellulaire et de l'activation d'AKT de 3 variants a été réalisée à partir de cultures de fibroblastes.
Résultats : La cohorte inclut 17 individus, 9 de sexe masculin et 8 de sexe féminin, âgés de 5,5 mois à 45 ans. La naissance est marquée par une macrosomie (56%) et une macrocéphalie constante et persistante (100%), de +3 à +7,2 DS. La croissance staturo-pondérale est variable. Une dysmorphie craniofaciale légère et non spécifique est notée dans 81%. Des anomalies cardiaques congénitales sont présentes dans 80%. Les atteintes neurodéveloppementales sont fréquentes, incluant des retards du langage (71%) et moteur (67%), ainsi que des besoins éducatifs spécifiques (64%). Les interprétations d’imagerie initiales rapportaient des anomalies variées, incluant notamment une mégalencéphalie. Après relecture, un aspect commun d’anomalies subtiles de la gyration a été retenu. Il n’est pas rapporté de tumeurs bénignes ou malignes. Neuf variants faux-sens distincts ont été identifiés, dont un récurrent p.(Arg108His) chez 5 individus. Ces variants sont majoritairement de novo (64%). Les études fonctionnelles révèlent une augmentation de la prolifération des fibroblastes de patients corrélée à une hyperphosphorylation basale d’AKT, traduisant un gain de fonction intermédiaire entre le profil des témoins et celui d’un variant mosaïque hotspot oncogénique.
Conclusion : Notre étude permet de mieux caractériser le syndrome lié aux variants constitutionnels hétérozygotes de PIK3CA, associant macrocéphalie constante, troubles neurodéveloppementaux variables, malformations cardiaques et cérébrales. Elle souligne le besoin d’un suivi multidisciplinaire et permet d’adapter le conseil génétique au vu des différences avec le PROS.
Clarisse BATTAULT (Angers/Paris), Laurence DUPLOMB, Charles Joris ROUX, Salomé BIZE, Agnès GUICHET, Alice BOURGES, Manon GODINEAU, Vincent MICHAUD, Didier LACOMBE, Boris KEREN, Xenia LATYPOVA, Jonathan LEVY, Pierre BLANC, Jérémie MORTREUX, Julie PERNIN-GRANDJEAN, Aurélia JACQUETTE, Fabienne ESCANDE, Florence PETIT, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Valentin RUAULT, Marjolaine WILLEMS, Benjamin COGNÉ, Mathilde NIZON, Frédéric BILAN, Xavier LE GUILLOU, Christèle DUBOURG, Erika LAUNEY, Audrey PUTOUX, Virginie BUBIEN, Natalie JONES, Michel LONGY, Nadia BAHI-BUISSON, Laurence FAIVRE, Paul KUENTZ, Mélanie FRADIN, Estelle COLIN
15:00 - 15:15
#49353 - SS032 Des variants pathogènes de GTF2I au locus du syndrome de Williams-Beuren sont responsables d'un trouble du neurodéveloppement.
SS032 Des variants pathogènes de GTF2I au locus du syndrome de Williams-Beuren sont responsables d'un trouble du neurodéveloppement.
Contexte : Le syndrome de Williams-Beuren (WBS) est une cause bien connue de trouble du neurodéveloppement causée par une perte du nombre de copies d’ADN au locus 7q11.23. Bien que la délétion récurrente de 1.5 à 1.8 Mb emporte de nombreux gènes d’intérêt, aucun gène siège de variants pathogènes n’a été identifié comme responsable d’un trouble du neurodéveloppement. A ce locus, le gène GTF2I, codant le facteur de transcription général TFII-I, a été considéré comme le gène candidat principal pour le phénotype cognitivo-comportemental du WBS, d’après des observations cliniques d’individus porteurs de délétions atypiques au locus 7q11.23 et sur des études fonctionnelles in vivo chez la souris et in vitro l’humain.
Méthodes : Des individus présentant un trouble du neurodéveloppement ont été identifiés via une collaboration multicentrique utilisant GeneMatcher et le réseau d’ERN-ITHACA. Il n’existait pas de diagnostic moléculaire pour ces individus, après séquençage de l’exome ou du génome. Les évaluations cliniques ont été réalisées au sein de chaque centre participant.
Résultats : Nous avons identifié sept individus porteurs de variants de novo de GTF2I (deux non-sens, deux variants d’épissage, un faux-sens, une indel, et une délétion intragénique). Tous présentaient un retard global du développement et une dysmorphie faciale, avec un retard de langage et/ou un trouble du spectre de l’autisme dans quatre cas. L’effet des variants altérant l’épissage a été confirmé par RNA-seq. Dans une autre cohorte, nous avons identifié un huitième individu présentant une baisse d’expression de GTF2I identifiée par RNA-seq, et une présentation clinique très semblable à celle du syndrome de Williams-Beuren.
Conclusion : Des variants pathogènes de GTF2I à l’état hétérozygote sont responsables d’un trouble du neurodéveloppement caractérisé par un retard global de développement avec une dysmorphie faciale, ressemblant au phénotype observé chez les individus porteurs d’un syndrome de Williams-Beuren.
Jeanne JURY (Nantes), Thomas BESNARD, Wallid DEB, Annick TOUTAIN, Paul GUEGUEN, Ange-Line BRUEL, Arjan BOUMAN, Danielle VEENMA, Tahsin Stefan BARAKAT, Laura DO SOUTO FERREIRA, Petra ZWIJNENBURG, Sarah SCHUHMANN, Georgia VASILEIOU, Matthieu EGLOFF, Frédéric BILAN, Anne MERCIER, Pascaline LETARD, Tobias LAUTWEIN, Elsa LEITÃO, Christopher SCHRÖDER, Christel DEPIENNE, Pierre BLANC, Stéphane BÉZIEAU, Benjamin COGNÉ, Bertrand ISIDOR
15:15 - 15:30
#49363 - SS033 Troubles du neurodéveloppement associés à HCN2 : données provenant d’une cohorte de 21 individus et de modèles cellulaires de Xénope.
SS033 Troubles du neurodéveloppement associés à HCN2 : données provenant d’une cohorte de 21 individus et de modèles cellulaires de Xénope.
Les canalopathies, résultant de dysfonctions des canaux ioniques, sont impliquées dans diverses pathologies neurologiques de l’enfant et de l’adulte, notamment les syndromes épileptiques. Nous avons étudié le spectre phénotypique et les conséquences fonctionnelles de variants du gène HCN2, codant un canal ionique voltage-dépendant modulé par les nucléotides cycliques.
Grâce à l’outil GeneMatcher, nous avons recruté 21 individus, issus de 15 familles non apparentées, porteurs de variants de HCN2. Des analyses fonctionnelles in vitro ont été menées, incluant une étude de l’impact de ces variants sur l’activité électrique du canal HCN2 par technique de voltage-clamp dans des ovocytes de Xenopus laevis, une analyse du trafic membranaire par imagerie confocale dans les cellules HEK ainsi qu’une analyse structurelle en 3D des variants du gène HCN2.
Le spectre clinique inclue un retard de développement et/ou un trouble du développement intellectuel (17/21), une épilepsie (10/21), des troubles du langage (16/21), des troubles moteurs (12/21) et une hypotonie axiale (10/21). Des mouvements anormaux sont présents dans plus de la moitié des cas. Treize variants pathogènes ont été identifiés, dont 12 non décrits dans la littérature : 11 variants faux-sens (8 monoalléliques, 3 bialléliques), une délétion monoallélique récurrente en phase, et un variant biallélique induisant un décalage du cadre de lecture.
L’analyse fonctionnelle révèle une augmentation marquée de la conductance canalaire pour le variant p.(Arg324His), tandis que les variants p.(Ala363Val) et p.(Met374Leu) exercent un effet dominant négatif. Les variants p.(Leu377His), p.(Pro493Leu) et p.(Gly587Asp) rendent le canal électrophysiologiquement silencieux et altèrent son trafic membranaire. L’analyse structurale montre que tous les variants, à l’exception de p.(Arg324His), impactent la stabilité du canal.
Ces résultats élargissent le spectre phénotypique associé aux variants HCN2, en incluant les troubles du développement intellectuel avec ou sans épilepsie. Les analyses fonctionnelles suggèrent des mécanismes pathogéniques hétérogènes, avec perte ou gain de fonction, fournissant des bases pour le développement de thérapies ciblées.
Clara HOUDAYER (Angers), A Marie PHILLIPS, Marie CHABBERT, Jennifer BOURREAU, Reza MAROOFIAN, Henry HOULDEN, Kay RICHARDS, Nebal Waill SAADI, Eliska DAD'OVA, Patrick VAN BOGAERT, Mailys RUPIN, Boris KEREN, Perrine CHARLES, Thomas SMOL, Audrey RIQUET, Lynn PAIS, Anne O'DONNELL-LURIA, Grace E VANNOY, Allan BAYAT, Rikke S MOLLER, Kerne OLOFSSON, Rami ABOU JAMARA, Steffen SYRBE, Majed DASOUKI, Laurie H SEAVER, Jennifer A SULLIVAN, Vandana SHASHI, Fowzan S ALKARUYA, Alexis F POSS, J Edward SPENCE, Rhonda E SCHNUR, Ian C FORSTER, Chaseley E MCKENZIE, Cas SIMONS, Min WANG, Penny SNELL, Kavitha KOTHUR, Michael BUCKLEY, Tony ROSCIOLI, Noha ELSERAFY, Benjamin DAURIAT, Vincent PROCACCIO, Daniel HENRION, Lenaers GUY, Estelle COLIN, Nienke E VERBEEK, Koen L VAN GASSEN, Claire LEGENDRE, Dominique BONNEAU, Christopher REID, Katherine B HOWELL, Alban ZIEGLER, Christian LEGROS
15:30 - 15:45
#49520 - SS034 Intérêt du RNA-Seq sur culture lymphocytaire après un génome négatif pour le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.
SS034 Intérêt du RNA-Seq sur culture lymphocytaire après un génome négatif pour le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.
Dans le cadre du PFMG2025, le séquençage du génome devient la stratégie de première intention pour le diagnostic des anomalies du développement, avec un rendement diagnostique de 35–40%. Toutefois, l’interprétation des variants reste limitée par la performance des outils de prédiction et les stratégies de priorisation. Le RNA-Seq apparaît comme une approche complémentaire pertinente pour révéler des variants non retenus par l’analyse génomique.
Nous avons mis en place une culture lymphocytaire à court terme (48–72 h à partir d’un tube de sang) permettant d’obtenir un ARN de qualité. Les librairies (100 ng d’ARN, SureSelect XT HS2 v8, Agilent) ont été séquencées sur NextSeq550 (Illumina). L’alignement a été réalisé avec STAR (GRCh38) et les anomalies d’expression/épissage détectées par OUTRIDER et FRASER2.
À ce jour, environ 300 RNA-Seq ont été effectués, dont 90 dans le cadre de la recherche (ex : collaborations sur RNU4-2 et RNU2-2), 80 sur variants ciblés et 130 après un génome négatif. Parmi les 100 premiers patients analysés et porteurs d’un trouble du neurodéveloppement (TND) avec un génome négatif, nous avons établi un diagnostic certain ou probable chez 11 patients (11% : 3 AD, 6 AR, 1 XLR et 1 XLD). Les variants identifiés incluent 3 remaniements structuraux (2 délétions, 1 inversion) et 13 SNV (dont 8 affectant l’épissage). La majorité de ces variants n’avaient pas été priorisés initialement, parfois en raison de prédictions qui n’étaient pas en faveur d’un effet pathogène. De plus, 5 variants de signification incertaine sont en cours de validation : 3 CNV (dont un responsable d’un transcrit de fusion) et 2 SNV, dont un variant faux-sens homozygote impactant l’épissage dans NOP56 (nouveau gène candidat) et un variant de novo dans le promoteur de CCT2 associé à une baisse d’expression.
Le RNA-Seq sur culture courte lymphocytaire permet l’analyse de 71% des gènes responsables de TND (seuil TPM>10), représentant un compromis satisfaisant entre sang total (expression plus faible et plus hétérogène des gènes d’intérêt) et fibroblastes (procédure plus invasive). Nos résultats démontrent que cette approche permet d’apporter un diagnostic pour 11% des patients après un génome négatif et une nouvelle piste à explorer dans 5% des cas. Nous avons également détecté des anomalies d’expression pour des gènes d’intérêt sans identifier de variant sur le génome, des méthodes complémentaires comme le séquençage long fragment seront nécessaires.
En conclusion, le RNA-Seq s’impose comme un outil complémentaire performant pour aider à l’interprétation du génome et réduire l’impasse diagnostique dans les TND, ouvrant de nouvelles perspectives pour la suite du PFMG2025.
Thomas BESNARD, Laura DO SOUTO FERREIRA, Wallid DEB, Delphine QUINQUIS-LEROUX, Patricia TALARMAIN, Gaëlle LANDEAU-TROTTIER, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Solène CONRAD, Marie VINCENT, Sylvie ODENT, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU, Benjamin COGNÉ (Nantes)
15:45 - 16:00
#49751 - SS035 Haplotypage de variants de significations incertaines par séquençage long-read.
SS035 Haplotypage de variants de significations incertaines par séquençage long-read.
Introduction
Le séquençage dans les troubles du neurodéveloppement (TND) confronte régulièrement les laboratoires diagnostiques à l’absence d’analyses en trio, nécessitant le recours aux duos, le plus souvent propositus-mère. Plusieurs gènes impliqués dans les TND sont soumis à empreinte, rendant essentielle la caractérisation de l’origine allélique, même pour un variant de novo. L’étude des polymorphismes peut répondre à cette problématique, mais leur répartition hétérogène limite les approches short-reads. Nous présentons une stratégie long-reads adaptée à différents contextes cliniques.
Méthodes
Une approche combinant analyse in silico et séquençage long-reads a été développée. L’étape in silico cartographie la distribution des SNP autour du variant et estime la probabilité d’obtenir un SNP informatif. Selon la taille et le contexte, nous avons utilisé soit une amplification ciblée suivie d’un séquençage Oxford Nanopore Technologies (ONT), soit un séquençage avec adaptive sampling permettant enrichissement ciblé et analyse des marques de méthylation. Pour optimiser l’analyse, un multiplexage des ADN familiaux a notamment été réalisé lors de l’adaptive sampling.
Résultats
Deux haplotypages de variants candidats dans MAGEL2 identifiés par exome en trio (de novo) et duo (non maternel) ont été réalisés. Les deux patients présentaient un phénotype compatible avec un syndrome de Schaaf-Yang (MIM #615547). Après PCR de 2,2 kbp pour le premier et séquençage ciblé ONT par adaptive sampling pour le second ciblant une région d’interêt de 30Mb, l’analyse (Minimap2/Clair3) a montré que les variants étaient portés par l’allèle paternel, conduisant à leur reclassification comme pathogènes, cohérente avec le contexte clinique. La localisation du variant était également cohérente avec les marques de méthylations de cette région à empreinte. Un haplotypage d’un variant de novo dans le gène UBE3A, identifié par génome en trio, a également été réalisé. Le variant était porté par un patient avec microcéphalie et trouble du neurodéveloppement. Un séquençage ONT sur amplicon de 5,5Kb a permis d’identifier deux SNP informatifs démontrant que le variant était porté par l’allèle maternel, entraînant sa reclassification de VUS à probablement pathogène. Enfin, un haplotypage d’un variant hétérozygote dans RNU5B-1, identifié en génome duo, a été réalisé. Le séquençage d’un amplicon de plus de 3,5 kbp a confirmé sa présence sur l’allèle maternel, permettant sa reclassification comme variant de novo.
Conclusion
Le séquençage long-reads constitue une approche robuste pour reclassifier rapidement des variants de signification incertaine notamment dans les régions soumises à empreinte. La flexibilité de l’outil ONT dans ces contextes permet un positionnement complémentaire pertinent de cette technologie.
Caroline THUILLIER, Manon FABARD, Marine TESSARECH, Pauline PLANTÉ-BORDENEUVE, Paul GUEGUEN, Perrine BRUNELLE, Catherine VINCENT-DELORME, Jade FAUQUEUX, Jamal GHOUMID, Thomas SMOL (Lille)
16:00 - 16:15
#49964 - SS036 Mise en évidence d’un rôle tissu et espèce spécifique pour les protéines de ciliopathies neurales humaines grâce à des modèles d’organoïdes spinaux dérivés de cellules souches pluripotentes.
SS036 Mise en évidence d’un rôle tissu et espèce spécifique pour les protéines de ciliopathies neurales humaines grâce à des modèles d’organoïdes spinaux dérivés de cellules souches pluripotentes.
Au cours des deux dernières décennies, la fonction des cils primaires a été largement étudiée chez les animaux et les lignées cellulaires, ce qui a permis de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le large éventail de symptômes observés chez les patients atteints de ciliopathies. Cependant, la grande variabilité des organes affectés suggère l'existence de mécanismes tissus- spécifiques, qui ne sont que partiellement compris et dont l'étude chez l'humain constitue un défi particulier. C’est notamment le cas pour les ciliopathies neurodéveloppementales telles que le syndrome de Joubert, qui affecte plus particulièrement le cervelet.
Afin d’établir de nouveaux modèles d’études des ciliopathies neurodéveloppementales, nous avons développé des approches d’organoïdes neuraux à partir de cellules souches pluripotentes mutées pour deux gènes ciliaires mutés dans le syndrome de Joubert : RPGRIP1L et TMEM67. Les recherches précédentes menées chez la souris ont mis en lumière les fonctions essentielles de ces deux gènes dans le développement du cerveau et de la moelle épinière, en particulier à travers la régulation de la voie SHH, dont l'un des phénotypes caractéristiques est un défaut de différenciation des motoneurones spinaux. Dans cette étude, nous avons généré des organoïdes spinaux dérivés de cellules pluripotentes induites humaines (hiPS) et de cellules souches embryonnaires murines, mutées pour ces gènes. Nous avons combiné une analyse transcriptomique temporelle de ces organoïdes avec une étude cellulaire approfondie, notamment à l'aide d'imagerie à haute résolution. De manière surprenante, nous montrons que les progéniteurs spinaux humains déficients pour RPGRIP1L ou TMEM67, contrairement à leurs homologues murins, conservent un cil primaire, maintiennent leur capacité à activer la voie SHH et à s'engager vers une différenciation motoneuronale. Cependant, les motoneurones déficients pour RPGRIP1L présentent des anomalies dans le patterning antéro-postérieur, suggérant un rôle inédit des protéines ciliaires dans la régionalisation antéropostérieure de la moelle épinière (Wiegering et al., 2025).
Ces résultats soulignent l'importance de développer de nouveaux modèles pour étudier les gènes des ciliopathies dans un contexte humain. En explorant des organoïdes de cervelet dérivés d’hiPS mutées ou portant des mutations issues de patients, nous espérons désormais éclaircir l'origine moléculaire et cellulaire des anomalies observées dans les cervelets des patients atteints du syndrome de Joubert.
Antonia WIEGERING, Ludovica BRUNETTI, Isabelle ANSELME, Damelys CALDERON, Sophie THOMAS, Stephane NEDELEC, Martin CATALA, Sylvie SCHNEIDER-MAUNOURY, Aline STEDMAN (PARIS)
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14:45-16:15
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B26
Sessions simultanées 06
Oncogenetique 1
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Oncogenetique 1
Modérateurs :
Sophie GIRAUD (MEDECIN DE CENTRE) (BORDEAUX), Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
14:45 - 15:00
#49344 - SS037 Inégalités, représentations et effets du suivi d’oncogénétique sur les trajectoires de porteur·ses de mutation prédisposant au cancer. GOPxie, une étude sur les expériences de patient·es.
SS037 Inégalités, représentations et effets du suivi d’oncogénétique sur les trajectoires de porteur·ses de mutation prédisposant au cancer. GOPxie, une étude sur les expériences de patient·es.
Lancée en 2024, la recherche pluridisciplinaire Le Genre de l’oncoprophylaxie (GOPxie) menée par une équipe d’oncogénétique et de sociologues, analyse les dynamiques sociales à l’œuvre dans l’expérience du suivi des porteur·ses de mutations héréditaires prédisposant aux cancers. Ce projet explore ce qui préside aux normes de prescription et aux conditions d’acceptation du suivi et des chirurgies préventives.
En effet, à la fin des années 1990 la cancérologie connaît une importante évolution avec le développement de tests génétiques permettant d’identifier des mutations héréditaires susceptibles d’accroître le risque de cancer notamment autour des gènes BRCA 1 et 2 (Bourgain & Gaudillière 2018). Avec la publication des recommandations BRCA en 2004 proposant la mastectomie comme outil de prévention, un tournant s’opère en France (Löwy & Gaudillière, 2008): en plus de servir à délimiter une population « à très haut risque » soumise dès lors à une « surveillance à vie », la génétique conduit désormais à la prescription d’interventions prophylactiques, même si les pratiques et les représentations que les patient·es s’en font restent variées (Ménoret 2023).
À partir de l’étude des dossiers médicaux de plus de 1 200 patient·es ayant un syndrome de Lynch (prédisposant aux cancers de l’endomètre, des ovaires, du côlon) ou porteur·ses de mutations BRCA2 (prédisposant aux cancers du sein, des ovaires, de la prostate) ou CDH1 (favorisant les cancers du sein et de l’estomac) et d’entretiens semi-directifs, nous montrons que cette norme biomédicale de prévention des cancers n’est pas universellement appliquée et qu’elle produit des effets sur les trajectoires familiales, professionnelles et intimes.
D’abord, nous montrons que la mise en place du suivi n’échappe pas aux représentations genrées des corps et des rôles sociaux. La chirurgie prophylactique est majoritairement préconisée pour des cancers sexués « féminins » (i.e. sein, ovaires, endomètre) et jamais dans le cas de mutation prédisposant au cancer « masculin » (prostate) (Meidani 2021). Aussi, le travail de transmission de l’information génétique au sein des familles est surtout accompli par des femmes (Mathieu & Froger-Lefebvre 2024).
Puis, nous dévoilons les effets des recommandations des collectifs pluridisciplinaires (Bourret & Rabeharisoa 2008) qui enjoignent à médicaliser des corps « sains » – surtout ceux des femmes – sur les dynamiques familiales, les parcours de soin et les expériences individuelles et collectives. Nous révélons comment ces normes de prévention peuvent engendrer des trajectoires heurtées par des actes médicaux à répétition.
Enfin, nous rendons compte des effets des caractéristiques sociales des patient·es (genre, classe, âge, origine géographique, etc.) sur leur adhésion à ce nouveau mode de prévention, leurs résistances et stratégies de contournement et les effets concrets du suivi préconisé sur leurs vies familiales et professionnelles.
Juliette FROGER-LEFEBVRE (PARIS), Marie MATHIEU, Anne-Lise DALL'AGNOLA
15:00 - 15:15
#49368 - SS038 Contribution des variations en mosaïque du gène APC dans la polypose adénomateuse : résultats de l’analyse couplée constitutionnelle/somatique chez 147 patients par séquençage à haut débit.
SS038 Contribution des variations en mosaïque du gène APC dans la polypose adénomateuse : résultats de l’analyse couplée constitutionnelle/somatique chez 147 patients par séquençage à haut débit.
La polypose adénomateuse familiale (PAF) est un syndrome héréditaire rare caractérisé par le développement de multiples adénomes colorectaux, parfois dès l’adolescence, pouvant évoluer vers l’adénocarcinome. La majorité des cas sont liés à des variants pathogènes (VP) constitutionnels du gène APC, de transmission autosomique dominante. Des VP en mosaïque d’APC ont déjà été décrits, parfois limités au tissu colique et indétectables dans le sang. La présence de VP d’APC dans plus de 50% des polypes colorectaux complexifie la détection des mosaïques et souligne la nécessité d’une stratégie diagnostique adaptée, leur identification étant déterminante pour le conseil génétique chez les patients et leurs enfants (surveillance et chirurgie prophylactique).
Afin d’évaluer la contribution des mosaïques du gène APC, 147 patients atteints d’une polypose adénomateuse non sélectionnés sur l’âge ou le nombre de polypes ont bénéficié d’analyses NGS couplées constitutionnelles/somatiques (sang ⁺/₋ tissu sain + ≥2 adénomes) grâce au panel multigènes digestif recommandé par le GGC (CHU Rouen, 2016-2025). En parallèle, 1138 patients avec polypose adénomateuse ou cancer digestif pMMR ont été étudiés uniquement en constitutionnel.
Cette approche combinée a permis d’identifier un VP d’APC en mosaïque chez 21/147 patients (14,3%). Dans les atteintes sporadiques, ce chiffre atteint 15,0% (15/10) grâce à l’approche combinée, soit 4 fois plus qu’avec l’approche constitutionnelle seule (4,1%, 16/393).
Parmi les patients ayant bénéficié d’une analyse couplée, on observe un enrichissement en mosaïque d’APC chez les patients avec plus de 50 polypes (OR= 0,07, IC 95% [0,011;0,336], p-value=0,0001). En revanche, l’âge au diagnostic [15;74], la présence d’adénomes avancés ou d’adénocarcinome ne permettent pas de prédire une probabilité plus élevée de VP en mosaïque. Concernant le risque de transmission d’un VP en mosaïque à la descendance, il semble très faible, puisqu’aucun des 14 enfants des porteurs de mosaïques testés n’a hérité du variant parental, en cohérence avec l’absence du VP dans le sang chez la plupart (3 cas seulement avec une VAF>3%).
La contamination du tissu sain par du tissu tumoral, l’existence de hotspots somatiques, la présence d’ADN tumoral circulant et le taux d’échecs important (22%) des analyses NGS à partir des échantillons FFPE sont autant d’écueils nécessitant une expertise biologique et une étroite collaboration avec les anatomopathologistes pour garantir la fiabilité des résultats.
Cette étude souligne l’importance d’une approche couplée constitutionnelle/somatique, permettant la détection des mosaïques du gène APC, pour tous les patients atteints de polypose adénomateuse sporadique, particulièrement chez ceux présentant plus de 50 polypes. La maîtrise des écueils biologiques et histologiques est cruciale pour distinguer inactivation somatique d’APC et mosaïque restreinte au tissu colique et ainsi assurer avec certitude le diagnostic de PAF.
Sabine VAUTIER (ROUEN), Nathalie PARODI, Florent MARGUET, Aurélien GRÉAUME, Jacques MAUILLON, Julie AMIOT, Odile BÉRA, Estelle BERNARD, Pascaline BERTHET, Jacqueline BOU, Virginie BUBIEN, Stéphanie CHIEZE-VALERO, Margaux CLÉMENT LE CHOISMIER, Mathis DELACOUR, Pierre DEVULDER, Sophie GIRAUD, Aude LAMY, Gwendoline LIENARD, Sandrine MANASE, Anna MARGHERITI, Marie-Emmanuelle MORIN-MESCHIN, Marc PLANES, Lucie SALLE, Julie TINAT, David TOUGERON, Stéphanie VASSEUR, Jean-Christophe SABOURIN, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Edwige KASPER
15:15 - 15:30
#49383 - SS039 Prévalence et caractérisation phénotypique de l’hypercalcémie d’origine parathyroïdienne dans une cohorte française de 1258 patients.
SS039 Prévalence et caractérisation phénotypique de l’hypercalcémie d’origine parathyroïdienne dans une cohorte française de 1258 patients.
Hypercalcémie d’origine parathyroïdienne (PHCa) est un trouble phosphocalcique dû à une sécrétion inappropriée ou excessive de PTH. Classiquement, la PHCa est due à une prolifération cellulaire tumorale, l’hyperparathyroïdie primaire (HPTP), qui peut être la conséquence d’une prédisposition héréditaire syndromique ou non syndromique. La PHCa peut être due également à une mauvaise régulation des taux de PTH, en raison d’anomalie dans la voie de signalisation du récepteur sensible au calcium, le CaSR. Cette condition, réputée rare et bénigne, est appelée hypercalcémie hypocalciurique familiale (HHF). L’HHF est souvent difficile à distinguer d’une HPTP sans test génétique.
L’identification d’un variant génétique responsable d’HPTP héréditaire ou d’HHF permet de proposer une prise en charge adaptée aux patients. Pourtant, la prévalence des formes génétiques d’HPTP reste mal connue et le niveau de preuve pour les recommandations de dépistage relativement faible. En France, un test génétique est proposé chez tout patient présentant une PHCa isolée et sporadique avant 50 ans, ou une forme familiale ou syndromique. L’objectif de ce travail est de déterminer la prévalence des formes génétiques d’PHCa dans la population des patients français éligibles à cette analyse génétique et d’établir des corrélations génotype-phénotype.
Méthodes : Nous avons inclus dans cette étude rétrospective tous les cas index présentant une PHCa isolée, adressés pour un test génétique constitutionnel dans deux laboratoires français entre 2019 et 2022. Un séquençage ciblé de nouvelle génération a été réalisé pour sept gènes responsables de prédisposition à PHPT (MEN1, CDC73, CDKN1B, GCM2) ou d’HHF (CaSR, AP2S1, GNA11).
Résultats : Nous avons inclus 1258 patients âgés de 0 à 95 ans (médiane 50 ans), dont 115 cas familiaux. Un variant (probablement) pathogène a été identifié chez 81 patients (6,4%), principalement dans CASR (51,9%), suivi de MEN1 (16%) et CDC73 (14,8%). Le taux de positivité était plus élevé dans les formes familiales (21%) que sporadiques (5,2%). La présence d’une forme génétique était associée à un jeune âge, une atteinte multiglandulaire, une PTH > 100 pg/mL (pour les gènes de prédisposition tumorale) et une PTH < 100 pg/mL (pour les gènes de l’HHF).
Conclusion : Nous rapportons ici la plus grande série à ce jour de patients atteints d’une PHCa apparemment isolée ayant bénéficié d’un test génétique. Dans cette population, l’HHF est plus fréquente qu’initialement supposé, remettant en question le paradigme conventionnel du diagnostic différentiel entre HPTP et HHF. L’évaluation génétique doit demeurer un élément clé de la prise en charge personnalisée des PHCa.
Lucie COPPIN, Camille GIANNETTI, Morgane PERTUIT, Thomas CUNY, Carole GUERIN, Catherine CARDOT-BAUTERS, Loïc HAUTEMAYOU, Maelle LE BRAS, Benjamin CHEVALIER, Frédéric SEBAG, David TAIEB, Anne BARLIER, Marie-Françoise ODOU, Pauline ROMANET (MARSEILLE)
15:30 - 15:45
#49514 - SS040 Place de l’approche tumorale dans le diagnostic des schwannomatoses.
SS040 Place de l’approche tumorale dans le diagnostic des schwannomatoses.
La révision récente des critères cliniques et moléculaires permettant de conduire au diagnostic des schwannomatoses introduit l’étude des caractéristiques génétiques somatiques lorsque les études menées au niveau constitutionnel ne permettent pas de mettre en évidence d’anomalie moléculaire des gènes NF2, LZTR1 et SMARCB1. Dans les formes sporadiques avec une clinique évocatrice de schwannomatose liée au gene NF2 (critères de Manchester révisés), compte tenu de la fréquence élevée de mosaïques (20 à 80% en fonction de l’âge) l’intérêt de l’approche tumorale est indéniable pour identifier les bases moléculaires de la maladie et ainsi proposer un conseil génétique et un diagnostic prénatal le cas échéant. Lorsque la clinique est évocatrice d’une schwannomatose non liée au gène NF2, nous montrons dans cette étude que l’analyse tumorale présente également un intérêt évident. Nous avons étudié les séquences codantes des gènes LZTR1, SMARCB1 et NF2 au locus 22q11.21-22q12.2 dans l’ADN extrait des leucocytes et d’au moins deux schwannomes anatomiquement distincts, soient 69 schwannomes chez 22 patients présentant uniquement des schwannomes multiples périphériques mononodulaires (13/22) ou multinodulaires (9/22). Parmi ces 22 patients, une anomalie moléculaire constitutionnelle a été identifiée au niveau du gène LZTR1 chez 11 d’entre eux (50 %) permettant de poser le diagnostic de schwannomatose liée au gène LZTR1. Chez ces patients, les schwannomes sont majoritairement mononodulaires (9/13) et le profil moléculaire tumoral montre une perte d’hétérozygotie au locus 22q11.21-22q12.2 et un événement additionnel somatique dans le gène NF2 spécifique à chaque tumeur (mécanisme 3 steps/4 hits). Chez trois patients, aucune anomalie moléculaire n’a pu être mise en évidence au niveau constitutionnel mais le profil moléculaire tumoral évocateur d'une schwannomatose liée au gène LZTR1 ou SMARCB1 nous a conduit à proposer la poursuite des investigations en analysant les séquences non codantes des gènes LZTR1 et SMARCB1. Chez 7 patients (32%), nous avons identifié une anomalie moléculaire du gène NF2 commune dans au moins deux schwannomes anatomiquement distincts permettant de poser le diagnostic de schwannomatose liée au gène NF2 en mosaïque. Chez ces patients, les schwannomes sont majoritairement multinodulaires (5/9). Enfin, chez un patient, l’étude des schwannomes permet de montrer au moins en partie l’implication du locus 22q (diagnostic de schwannomatose liée au 22q). Cette étude illustre la fréquence élevée et sous-estimée de la schwannomatose liée au gène NF2 en mosaïque chez les patients présentant de schwannomes multiples périphériques multinodulaires. Les schwannomes multinodulaires étant associés à une morbidité chirurgicale plus élevée et le rôle central du gène NF2 dans leur tumorigenèse ouvre de nouvelles perspectives dans leur prise en charge clinique, thérapeutique et pour le conseil génétique.
Matthieu PEYRE, Cécile BARBANCE, Suzanne TRAN, Khadija CHRAIBI, Laurence PACOT, Benoit TERRIS, Michel KALAMARIDES, Béatrice PARFAIT (PARIS)
15:45 - 16:00
#49588 - SS041 Evaluation fonctionnelle à haut débit par mutation à saturation du domaine exonucléase de l'ADN polyérase epsilon.
SS041 Evaluation fonctionnelle à haut débit par mutation à saturation du domaine exonucléase de l'ADN polyérase epsilon.
Les variants pathogènes du domaine exonucléase de l’ADN polymérase epsilon (POLE) ont un double enjeu clinique. Au niveau constitutionnel, ils prédisposent au développement de cancers, notamment colorectaux. Au niveau somatique, ils induisent une hypermutabilité tumorale, signature moléculaire ouvrant potentiellement l’accès à une immunothérapie. Pourtant, l’interprétation fonctionnelle de nombreux variants faux-sens reste difficile, limitant leur utilisation médicale en oncogénétique clinique et en oncologie de précision.
Nous avons développé un test fonctionnel à haut débit par mutation à saturation pour évaluer systématiquement l’impact fonctionnel des variants du domaine exonucléase de Pol epsilon de Saccharomyces cerevisiae. Après validation de la preuve de concept sur une librairie de contrôle comportant des variants connus pathogènes, qui ressortent clairement délétères avec le test, nous avons déployé cette approche à grande échelle pour dresser un atlas fonctionnel des variants du domaine exonucléase de POLE.
Cette cartographie révèle plusieurs points saillants. Premièrement, les substitutions correspondant à la divergence naturelle entre levure (modèle du test) et humain (modèle pertinent) sont systématiquement tolérées, confirmant la robustesse du système expérimental. Deuxièmement, les variants pathogènes se concentrent dans des régions structurales critiques pour l’activité exonucléase : (i) les motifs constituant la poche catalytique, (ii) une boucle modulant l’accès de l’extrémité 3’ du brin naissant et (iii) une structure hélice-boucle-hélice séparant les domaines exonucléase et polymérase, passage obligé de l’ADN pour la correction d’épreuves. En dehors de ces régions, la grande majorité des résidus tolère la substitution, à l’exception de quelques positions isolées.
La confrontation des résultats du test aux données cliniques, issues à la fois de variants constitutionnels prédisposant aux tumeurs, notamment digestives, et de variants somatiques associés à une charge mutationnelle tumorale élevée, conforte la validité du modèle et du test fonctionnel. Cette correspondance souligne la transposabilité des résultats expérimentaux aux variants identifiés chez l’Homme. Enfin, la comparaison avec les principaux prédicteurs bioinformatiques met en évidence une performance limitée de ces derniers pour anticiper correctement la fonctionnalité des variants, soulignant l’intérêt d’approches expérimentales directes.
En conclusion, notre étude fournit la première carte fonctionnelle exhaustive du domaine exonucléase de POLE, clarifie les mécanismes de tolérance et d’intolérance aux substitutions d’acides aminés et éclaire les relations structure-activité. Cet outil constitue une ressource précieuse pour l’annotation clinique des variants de POLE et ouvre la voie à une meilleure intégration de la génétique fonctionnelle dans la prise en charge personnalisée des patients.
Albain CHANSAVANG (PARIS), Ingrid LAURENDEAU, Bertrand DIEBOLD, Dario MONACHELLO, Eric PASMANT, Nadim HAMZAOUI
16:00 - 16:15
#49869 - SS042 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : estimations à partir du registre national OFELy.
SS042 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : estimations à partir du registre national OFELy.
Le syndrome de Lynch (SL), prédisposition héréditaire au cancer en lien avec un variant pathogène (VP) d’un gène MMR (MLH1, MSH2, MSH6 ou PMS2) entraîne des risques majorés de cancers, notamment colorectal (CCR) et endomètre (CE) ainsi que d’autres cancers plus rares. Une surveillance personnalisée est souhaitée pour les individus porteurs d’un VP MMR. Elle doit s’appuyer sur des estimations précises de ces risques.
À partir du registre français OFELy, créé en 2011 avec le soutien de l’INCa, les risques cumulés par âge (pénétrance) et les risques relatifs ont été estimés pour 12 types de cancer selon le gène impliqué. Pour corriger les biais de sélection inhérents au caractère rétrospectif de l’étude, la méthode Genotype Restricted Likelihood (GRL) - « phénotypes multi-trait » a été utilisée pour prendre en compte simultanément l’ensemble des cancers d’intérêt dans le calcul de pénétrance de chaque type de cancer.
Des différences de risque sont identifiées entre les différents gènes MMR. Pour le CCR, une augmentation plus tardive du risque est confirmée chez les porteurs de VP MSH6 et PMS2. En effet, la pénétrance dépasse celle de la population générale à 70 ans dès 20–40 ans pour MLH1/MSH2, mais seulement à 50 ans pour MSH6 et à 60–70 ans pour PMS2 chez les hommes et les femmes respectivement. Concernant le CE, les pénétrances à 70 ans sont inférieures aux estimations précédemment rapportées pour tous les gènes : 18.7% (3.4-58.3), 15.6% (7.7-41.5), 8% (4.7-15.8) et 1.8% (1.1-3.3) pour MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 respectivement.
Les pénétrances estimées pour le cancer de l’ovaire sont en accord avec la littérature pour MSH2 et MSH6 mais plus faible pour MLH1 avec des risques à 40 ans de 0.3% (0.1-1) et 3.1% (1.6-8.4) pour MLH1 et MSH2 respectivement et à 45 ans de 0.7% (0.1-3.5) pour MSH6. Pour l’intestin grêle, il est confirmé une majoration du risque dès 35 ans pour MLH1 (1.2% (0.3-3.5)) et dès 40 ans (0.3% (0.1-4.3)) pour MSH2. Le risque de cancer de l’estomac est plus élevé pour MLH1 comparé à MSH2 et MSH6 et cette tendance est observée dès 40 ans, avec des risques pour MLH1 de 2.5% (0.6-6.7) contre <0.5% pour les autres gènes. Pour le pancréas, les pénétrances estimées à 45 ans sont de 3% (0.1-14.6) et 1.4% (0.1-9.3) pour MLH1 et MSH2. Le risque de cancers du tractus urinaire est plus élevé à 70 ans pour MSH2 comparé à MLH1 et MSH6 mais les risques n’excèdent pas 1.5% à 40 ans pour tous les gènes, et restent <1% jusqu’à 55 ans pour MSH6.
Les risques relatifs de cancer du sein et de la prostate sont similaires à ceux de la population générale, confirmant leur non-appartenance au spectre Lynch.
Cette étude reposant sur une des plus grandes séries de familles fournit des estimations robustes des risques de cancer dans le SL. Ces résultats confrontés aux données de la littérature contribueront à actualiser les recommandations de surveillance avec une approche personnalisée selon le VP du gène MMR.
Séphora CAMPOY (Lyon), Youenn DROUET, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Patrick BENUSIGLIO, Pascaline BERTHET, Virginie BUBIEN, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Louise CRIVELLI, Isabelle COUPIER, Capucine DELNATTE, Françoise DESSEIGNE, Marion DHOOGE, Laurence FAIVRE, Rosine GUIMBAUD, Clémentine LEGRAND, Sophie LEJEUNE, Marie-Emmanuelle MORIN-MESCHIN, Catherine NOGUES, Pierre LAURENT-PUIG, Jean-Christophe SAURIN, Valérie BONADONA, Ggc Unicancer* OFELY INVESTIGATOR GROUP,, Christine LASSET
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C26
Sessions simultanées 07
Thérapies, medecine personnalisée, maladies neuromusculaires
Sessions simultanées 07
Thérapies, medecine personnalisée, maladies neuromusculaires
Modérateurs :
Anne-Sophie LIA (MCU-PH) (LIMOGES), Vincent PROCACCIO (PU-PH) (Angers)
14:45 - 15:00
#49278 - SS043 Analyse comparative des méthodes de séquençage long-read pour décrypter la complexité du locus de la Dystrophie Facio-Scapulo-Humérale (FSHD).
SS043 Analyse comparative des méthodes de séquençage long-read pour décrypter la complexité du locus de la Dystrophie Facio-Scapulo-Humérale (FSHD).
La dystrophie facioscapulohumérale (FSHD) est associée à la contraction du nombre de macrosatellites D4Z4 au locus 4q35, les individus non affectés portant de 11 à 150 répétitions D4Z4. Environ 95 % des patients FSHD (FSHD1) présentent une contraction à 1–10 unités, accompagnée d’une diminution de la méthylation de l’ADN. Un autre ~3 % (FSHD2) est lié à des variants pathogènes dans le gène SMCHD1, entraînant une dérégulation épigénétique du locus 4q35. Enfin, 1–2 % des patients cliniquement diagnostiqués ne présentent pas de cause génétique établie, soulignant des lacunes persistantes dans le diagnostic moléculaire. Depuis plus de vingt ans et la mise en place du diagnostic par peignage moléculaire dans notre laboratoire, plus de 70 patients avec des réarrangements complexes impliquant les loci 4q35 ou 10q26 ont été identifiés, dont 20 % en errance diagnostique, en l’absence d’autres caractéristiques génétiques associées à la FSHD1 ou FSHD2.
Compte tenu de leur pertinence pour le diagnostic, nous avons effectué des analyses détaillées de ces réarrangements à l’aide de technologies de séquençage long-read (Oxford Nanopore et PacBio) chez sept patients présentant différents remaniements de structure des loci 4q35 ou 10q26. Ces approches ont permis de résoudre l’architecture de la séquence et d’étudier les profils de méthylation de ces régions. Pour certains patients, nous avons comparé ces résultats à la cartographie optique du génome (Bionano).
Nos travaux révèlent que les allèles cis-dupliqués résultent de recombinaisons intrachromosomiques variables entre les éléments LSau et β-satellite, produisant des délétions de taille variable au sein de la région proximale de D4Z4, contrairement à une hypothèse antérieure suggérant un ancêtre commun et un remaniement récurrent. Ces variants complexes ne sont pas détectables avec des technologies standard comme le Bionano Optical Genome Mapping et nécessitent une curation manuelle.
Ce travail souligne l’importance d’une caractérisation moléculaire approfondie pour les patients atypiques. À mesure que de nouveaux variants complexes au locus 4q35 seront identifiés, leur analyse fine sera cruciale pour guider le conseil génétique et améliorer la prise en charge des individus atteints de FSHD avec des profils moléculaires atypiques.
Charlotte TARDY (MARSEILLE), Jean-Philippe TRANI, Victor MURCIA PIENKOWSKI, Loeva MORIN, Christel CASTRO, Louis SOUVILLE, Camille HUMBERT, Coralie PROVOST, Laurène GERARD, Nathalie EUDES, Amire ASSOUMANI, Karine BERTAUX, Camille VEREBI, Juliette NECTOUX, Emmanuelle SALORT-CAMPANA, Marie-Line JACQUEMONT, Martial MALLARET, Céline TARD, Mélanie FRADIN, Shahram ATTARIAN, Karine NGUYEN, Raphaelle BERNARD, Frédérique MAGDINIER
15:00 - 15:15
#49455 - SS044 Quel prélèvement réaliser pour une thérapie de remplacement mitochondrial : évaluation de la contamination par l’ADNmt.
SS044 Quel prélèvement réaliser pour une thérapie de remplacement mitochondrial : évaluation de la contamination par l’ADNmt.
Introduction : Les maladies par mutations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) suivent une transmission maternelle et sont souvent graves, multisystémiques, et incurables. La thérapie de remplacement mitochondrial (TRM) est une stratégie innovante pour prévenir la transmission des mutations pathogènes de l’ADNmt tout en conservant l’ADN nucléaire parental. Consistant à transférer le génome nucléaire parental dans une cellule donneuse de cytoplasme comprenant des mitochondries saines, la TRM s'accompagne cependant du co-transfert d’une petite quantité de mitochondries mutées. Cette contamination induit un état d’hétéroplasmie dans l’ovocyte ou le zygote reconstitué qui expose par la suite à un risque de réversion dans l’embryon, l’ADNmt muté devenant majoritaire, compromettant ainsi l’efficacité de la procédure. Des techniques visant à réduire la contamination d’ADNmt sont étudiées afin de minimiser le risque de réversion.
Dans cette étude, nous avons mesuré la quantité d’ADNmt dans différents prélèvements utilisés pour la TRM: les pronoyaux de zygotes (PN) et le premier globule polaire d’ovocyte (GP1) et l’avons comparé avec celle d’ovocytes immatures donnés à la recherche.
Matériel et méthode : Le nombre de copies d’ADNmt a été quantifié par PCR quantitative en temps réel (qPCR SYBR Green) dans 8 ovocytes bloqués en métaphase I, 12 GP1 issus d’ovocytes en métaphase II, et 6 PN de zygotes polyploïdes, obtenus auprès de 11 patientes (28–36 ans) suivies en assistance médicale à la procréation et ayant donné leur consentement à des fins de recherche. Les comparaisons intergroupes ont été réalisées par le test de Mann–Whitney.
Résultats : Des écarts significatifs de quantité d’ADNmt ont été observés dans les 3 groupes, les ovocytes MI contenant 40 fois plus d’ADNmt (361 244 copies, allant de 51 226 à 758 222) que les PN (8 863 copies, allant de 2 851 à 19 886), et 720 fois plus que les GP1 (500 copies, allant de 15 à 2 554). Ainsi, nous démontrons que le transfert de PN entraîne une contamination mitochondriale 18 fois plus élevée que celle observée avec le transfert de GP1.
Discussion-conclusion : Nos résultats montrent que dans le cadre des TRM, le transfert du GP1 diminue significativement la contamination par l’ADNmt maternel. Afin de minimiser le risque de réversion, ce prélèvement pourrait être utilisé préférentiellement dans le cadre de la TRM, ce d’autant qu’il permet d’éviter la création d’embryons donneur de cytoplasme et donc détruits par la suite. Pour consolider ces données, des investigations complémentaires s’avèrent nécessaires, incluant notamment la quantification précise de l'ADNmt associé aux fuseaux méiotiques, qui est utilisé par certaines équipes, ainsi qu’à plus long terme, une évaluation rigoureuse des conséquences sur le développement embryonnaire, et la santé des enfants issus de ces approches.
Robin GHANEM (Paris), Nora BRAHIMI, Paula RUBENS, Sophie MONNOT, Nelly FRYDMAN, Anne MAYEUR, Julie STEFFANN
15:15 - 15:30
#49507 - SS045 Stratégie d’identification automatisée de données additionnelles lors d’une analyse d’exome entier dans le contexte légal actuel en France.
SS045 Stratégie d’identification automatisée de données additionnelles lors d’une analyse d’exome entier dans le contexte légal actuel en France.
La loi relative à la bioéthique du 2 août 2021 précise (code civil article 16-10) que préalablement à la réalisation d’un test génétique, la personne doit être informée qu’un tel examen pourrait révéler incidemment des caractéristiques génétiques sans relation avec l’indication initiale, mais aussi de la possibilité qu’elle a de refuser la révélation de tels résultats.
Le décret no 2023-1426 du 30 décembre 2023 relatif à l’examen des caractéristiques génétiques d’une personne précise (code de santé publique article R1131-3), qu’un arrêté devra définir les règles de bonnes pratiques applicables à la confirmation et communication de ces données sans relation avec l'indication initiale.
En cas d’identification de données génétiques actionnables, ces nouvelles dispositions législatives entrainent de nouvelles obligations de rendu de résultats, dans un contexte par ailleurs contraint en ressources humaines disponibles.
Dans l’attente de ces recommandations de bonnes pratiques professionnelles, nous avons réfléchi à la mise en place d’une procédure d’identification automatisée de variants de classe ACMG pathogènes ou probablement pathogènes, dont la connaissance permettrait de bénéficier de mesures de prévention, ou de soins.
Cette procédure utilise une préclassification bioinformatique (suite SeqOne) et les données répertoriés dans la base ClinVar, pour identifier des variants dans les listes de 49 gènes actionnables pour les personnes majeures et 46 gènes pour les personnes mineures, élaborées par le Comité de génétique du Réseau Québécois de Diagnostic Moléculaire. L’identification automatisée de ces variants est ensuite soumise à une validation par un généticien/biologiste, et le résultat inclus dans le compte-rendu d’examen, pour être communiqué au patient (sauf refus de sa part), par le médecin prescripteur, afin de l’orienter, le cas échéant, vers une consultation spécialisée.
Dans ce contexte d’évolution législative, notre stratégie a été guidée par l’intérêt du patient qui, correctement informé, souhaiterait connaitre d’éventuels risques génétiques pour lui–même ou ses apparentés. Nous avons aussi pris en compte la faisabilité, en condition réelle, d’une telle approche, notamment en temps supplémentaire à consacrer à l’identification de variants actionnables.
Sur notre cohorte de 3651 échantillons analysés en exome, une analyse rétrospective a permis d’évaluer à 4% (143 échantillons) la proportion d’échantillons identifiés comme comportant des données génétiques actionnables selon les listes précitées; les gènes et variants impliqués seront présentés en détail. De manière plus globale, l’ouverture des filtres à l’exome entier montre que plus de 90% des échantillons comportent au moins 1 variant de classe ACMG pathogènes ou probablement pathogènes.
Soucieux du bénéfice des patients, nous souhaitons partager notre stratégie afin de faire face au défi organisationnel qu’implique le nouveau cadre législatif.
Martin KRAHN (Marseille), Annachiara DE SANDRE-GIOVANNOLI, Anne Marie LABERGE, Sébastien LÉVESQUE, Laurent VILLARD, Nathalie BONELLO-PALOT, Catherine BADENS, Christophe BUFFAT, Marc BARTOLI, Mathieu CERINO, Véronique BLANCK, Amandine BOYER, Patrice BOURGEOIS, Svetlana GOROKHOVA, Marie-Pierre ATTALI, Nicolas LENFANT, Perrine MALZAC
15:30 - 15:45
#49886 - SS046 Modulation thérapeutique de l’épissage du gène COL4A5 : preuve de concept dans un modèle d’organoïdes rénaux de syndrome d’Alport lié à l’X.
SS046 Modulation thérapeutique de l’épissage du gène COL4A5 : preuve de concept dans un modèle d’organoïdes rénaux de syndrome d’Alport lié à l’X.
Introduction
Environ 20 % des variants pathogènes impliqués dans les maladies monogéniques affectent l’épissage. Leur interprétation reste difficile, notamment pour les variations introniques profondes. Le syndrome d’Alport lié à l’X (XLAS), dû à des variants du gène COL4A5 codant la chaîne α5 du collagène IV, en est une illustration. Nous avons précédemment identifié chez de nombreux patients sans diagnostic moléculaire des variations introniques profondes de COL4A5. Chez ces patients, les oligonucléotides antisens (ASO) constituent une approche thérapeutique personnalisée prometteuse, capable de restaurer un épissage normal. Cette étude vise à développer une plateforme de thérapie personnalisée pour le syndrome d’Alport lié à l’X.
Méthodes
Nous avons conçu une plateforme intégrant (i) des fibroblastes primaires de patients porteurs de variants introniques et (ii) des organoïdes rénaux dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC). Les variants introniques identifiés ont été reproduits dans des lignées isogéniques par édition CRISPR/Cas9. Les organoïdes ont été caractérisés par RNA-seq (bulk et single-cell), protéomique et imagerie confocale. Les ASO, puis des morpholinos (PMO) mieux adaptés aux organoïdes, ont été testés pour restaurer l’épissage normal.
Résultats
Dans les fibroblastes, plusieurs ASO ont corrigé efficacement l’épissage aberrant, permettant la restauration complète d’ARNm sauvage de COL4A5. Dans certains cas, le même ASO a permis de corriger des défauts d’épissage, différents, propres à chaque famille.
Dans les organoïdes, une culture prolongée (≥38 jours) a été nécessaire pour reproduire la dynamique transcriptionnelle et la constitution de la membrane basale glomérulaire (MBG), révélant le défaut de collagène IV associé aux variants. Les lignées isogéniques XLAS ont confirmé une absence quasi totale de transcrit et de protéine α5(IV), validant la pertinence du modèle pour mimer la MBG.
Les PMO testés ont permis de restaurer l’ARNm sauvage de COL4A5 et la sécrétion de la protéine α5(IV), rétablissant le réseau collagénique α3α4α5(IV) à des niveaux significativement supérieurs à ceux des organoïdes mutés.
Discussion – Conclusion
Nous démontrons ici la faisabilité de corriger des anomalies d’épissage de COL4A5 grâce aux oligonucléotides antisens dans un modèle in vitro de MBG. Ces résultats soulignent la valeur des organoïdes dérivés d’iPSC comme modèles fonctionnels pour (i) valider le caractère pathogène de variants introniques, (ii) sélectionner des séquences thérapeutiques efficaces, et (iii) accélérer la mise en place de thérapies de précision ciblant l’épissage. Cette stratégie est généralisable à d’autres gènes impliqués dans des maladies héréditaires où l’interprétation des variants d’épissage demeure un défi majeur.
Hassan SAEI, Bruno ESTEBE, Gaudin NICOLAS, Mahsa ESMAILPOUR, Julie HAURE, Olivier GRIBOUVAL, Christelle ARRONDEL, Vincent MORINIÈRE, Tian PINYUAN, Rachel LENNON, Géraldine MOLLET, Corinne ANTIGNAC, Guillaume DORVAL (Paris)
15:45 - 16:00
#49940 - SS047 Analyse pharmacogénétique à partir des données d’exome et co-interprétation pharmaco-clinico-biologique pour une prise en charge personnalisée en néphrologie et en transplantation rénale.
SS047 Analyse pharmacogénétique à partir des données d’exome et co-interprétation pharmaco-clinico-biologique pour une prise en charge personnalisée en néphrologie et en transplantation rénale.
Introduction :
Les panels pharmacogénétiques réalisés de manière préemptive réduisent de 30 % l’incidence des effets indésirables. À Sorbonne Université, le séquençage d’exome apporte non seulement un diagnostic moléculaire, mais aussi des données pharmacogénétiques encore peu exploitées. Les patients atteints de MRC, souvent polymédiqués, pourraient tirer un bénéfice important de cette analyse pharmacogénétique.
Méthodes :
Nous avons analysé les profils pharmacogénétiques de 456 patients adultes ayant bénéficié d’un séquençage d’exome (capture Twist, NovaSeq6000 Illumina, 2x150 pb) pour néphropathie inexpliquée. L’analyse ciblait 217 variants situés dans 23 pharmacogènes, selon les recommandations des consortiums CPIC et DPWG. Les loci HLA-A et HLA-B ont été caractérisés grâce à un pipeline exome dédié. La traduction en « star » allèles et les recommandations posologiques ont été réalisées avec SONOGEN-XP (INTLAB AG), sur la base des recommandations internationales. 146 patients ont bénéficié d’une conciliation médicamenteuse et d’un conseil pharmacogénétique, tenant compte de leur traitement actuel et des effets indésirables potentiels afin d’ajuster les posologies ou de modifier certains traitements. 88 cas ont été discutés en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP).
Résultats :
L’analyse pharmacogénétique réalisée en interne à partir des données d’exome a montré une concordance complète avec les échantillons de référence Get-RM et les méthodes orthogonales (amplification PCR et détection LC-MS, profil HLA par Immucor). 100 % des patients présentaient au moins un variant dans un pharmacogène cliniquement actionnable. À l’issue des RCP, 84/88 patients (95%) ont reçu au moins recommandation concernant des ajustements de posologie ou des contre-indications médicamenteuses, totalisant 262 recommandations individualisées. Les médicaments concernés par un métabolisme altéré incluaient : tacrolimus (34/88 soit 39%), azathioprine (12/88 soit 14%), tramadol (38/88 soit 43%), clopidogrel (19/88 soit 22%), allopurinol (15/88 soit 17%), atorvastatine (29/88 soit 33%).
Conclusion :
L’analyse pharmacogénétique basée sur les données d’exome pourrait permettre de prévenir ou d’expliquer les effets indésirables chez les patients suivis en néphrologie. Elle semble particulièrement utile pour les patients devant recevoir un traitement immunosuppresseur dans le cadre d’une transplantation rénale.
Ilias BENSOUNA (Paris), Virginie DEROCHE, Fanny PONCE, Nicolas JAUNIAUX, Amina BENOMAR, Isabelle DEBRIX, Florence FEDERSPIEL, Laure RAYMOND, Laurent MESNARD
16:00 - 16:15
#49975 - SS048 Traitement de la leucodystrophie liée au gène CSF1R par greffe de cellules souches dans une cohorte internationale.
SS048 Traitement de la leucodystrophie liée au gène CSF1R par greffe de cellules souches dans une cohorte internationale.
Enjeux :
La leucodystrophie liée au gène CSF1R (LD-CSF1R) est une des plus fréquentes maladies héréditaires de la substance blanche chez l’adulte (PMID 39040919). C’est une maladie autosomique dominante à pénétrance incomplète dont la médiane de survie est de 5 ans. La maladie se présente souvent sous la forme d’atteinte spastique ou de démence fronto-temporale rapidement progressive. La protéine CSF1R étant exclusivement exprimée dans les cellules du système immunitaire (macrophages et microglie), la LD-CSF1R est un modèle de microgliopathie. Le remplacement de la microglie par une greffe de cellules souches hématopoïétiques (GCSH) semble donc une thérapie de choix. Nous avons réalisé la première greffe en 2016 chez une patiente de 33 ans dont la maladie a été complètement stabilisée (PMID 31213485). Depuis, il y a eu quelques cas rapportés publiés en Europe et aux Etats-Unis mais avec des suivis de courte durée et sans évaluation standardisée.
Méthodes :
Nous avons réalisé une étude internationale incluant 5 pays (France, Pays-Bas, Allemagne, Espagne, Brésil) chez 17 patients adultes (8 femmes/9 hommes, 43,3 ± 9,4 ans) ayant bénéficié d’une GCSH avec un variant pathogène dans CSF1R et un enfant de 8 ans avec 2 variants. La médiane de suivi était de 2,5 ans (2-8 ans) avec des évaluations standardisées cliniques, radiologiques (charge lésionnelle) et biologiques (chaine légère de neurofilament NfL).
Résultats :
Dans les 6 mois suivant la GCSH, nous avons observé une aggravation clinique et radiologique chez la majorité des patients et 2 patients adultes sont décédés des complications précoces de la greffe myéloablative. A 1 an post-greffe, tous les patients, sauf un, ont complètement stabilisé leur maladie cliniquement et radiologiquement, avec même une amélioration motrice et/ou cognitive chez près de la moitié d’entre eux (Figure). Nous avons également observé une diminution majeure voire une normalisation des taux de NfL plasmatiques à 1 an post-greffe. Les résultats de la GCSH étaient comparables chez les patients ayant reçu un conditionnement myéloablatif ou réduit.
Conclusion :
Cette étude est la première à montrer de façon multicentrique que la GCSH est le traitement de référence pour la LD-CSF1R. Cette étude a déjà permis à plusieurs patients d’accéder à la greffe dans des pays où le remboursement de la greffe n’était pas possible. Ces résultats ouvrent également des perspectives thérapeutiques pour l’ensemble des maladies neurologiques ou neurogénétiques où la microglie a un rôle prépondérant dans la physiopathologie. Le fait que des conditionnements réduits donnent des résultats similaires permet de réduire la toxicité de la greffe chez ces patients mais également de proposer la greffe à des patients plus âgés.
Figure (page de couverture du journal Movement Disorders): La GCSH stoppe la neurodégénérescence dans la LD-CSF1R, avec une stabilisation clinique, radiologique et biologique de la maladie, et une amélioration possible à long terme.
Hemmo YSKA (Paris), Marianne GOLSE, Natalia JULIA PALACIOS, Camille HUIBAN, Damien GALANAUD, Vincent PERLBARG, Cecilia MARELLI, Xavier AYRIGNAC, Csf1R-Rd INTERNATIONAL WORKING GROUP, Stéphanie NGUYEN, Fanny MOCHEL
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14:45-16:15
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D26
Sessions simultanées 08
MOC, Dermato, Nephro
Sessions simultanées 08
MOC, Dermato, Nephro
Modérateurs :
Genevieve BAUJAT (Praticien Hospitalier) (PARIS), Bruno FRANCOU (Biologiste) (NICE)
14:45 - 15:00
#49120 - SS049 Diagnostic rapide par séquençage long reads des microangiopathies thrombotiques.
SS049 Diagnostic rapide par séquençage long reads des microangiopathies thrombotiques.
Contexte
Les microangiopathies thrombotiques (MAT) sont un ensemble de pathologies rares au cours desquelles il existe une atteinte de la microcirculation notamment rénale, conduisant fréquemment à une atteinte rénale aiguë sévère. Parmi leurs étiologies, les anomalies de la voie alterne du complément sont impliquées dans le syndrome hémolytique et urémique atypique (SHUa), pour lequel l’Eculizumab a démontré son efficacité. Toutefois, ce traitement est onéreux et expose les patients à un risque infectieux non négligeable. La stratégie actuelle consiste à l’administrer de manière empirique, sur des arguments cliniques non-spécifiques, bien que seulement 10 % des patients (population adulte de Tenon) s’avèrent ultérieurement porteurs de variations pathogènes dans les gènes du complément et aient donc bénéficié d’être traités. Le séquençage Oxford Nanopore technologie® offre la possibilité de résultats génétiques rapides et permet, grâce à l’étude de longs fragments d’ADN, une analyse simultanée des variants ponctuels et des gènes hybrides responsables de SHUa, ainsi que leur phasing. De même les haplotypes à risque CFH-H3 pourraient être mis en évidence avec le même test.
Objectifs et méthodes
En partenariat avec la néphrologie de l’hôpital Tenon, nous avons mis en place une stratégie de diagnostic rapide par séquençage long-read. La préparation des librairies est effectuée en utilisant le kit-SQK-LSK114 et le séquençage sur un PromethION P24 avec des flow-cells R10.4 à la plateforme P3S. Le séquençage est effectué en adaptive-sampling permettant d’enrichir les régions d’intérêts à partir d’un fichier BED contenant les gènes impliqués dans les SHUa et 400 autres d’intérêt en néphrologie. Après le séquençage d’une durée de 12-24h les données sont envoyées au supercalculateur MeSU de Sorbonne Université afin de générer un fichier FASTQ qui sera chargé sur SeqOne Genomics pour alignement et appel des variant par le pipeline GermlineVarLR.
Résultats
42 patients ont été analysés avec un délai moyen de rendu de 5 jours. Des variants d’intérêts dans les gènes de régulation de la voie alterne ont été identifiés chez cinq patients (11,9 %) : un variant pathogène dans le gène CFH et des VSI dans CD46, CFB et C3. Cela a permis une prescription ciblée d’Eculizumab chez les patients avec variation pathogène tandis l’absence de variant chez les 37 patients restants a évité un traitement non nécessaire réduisant le risque iatrogène et générant une économie estimée à au moins 295470€.
Chez trois autres patients (7,1%) nous avons identifiés des variants pathogènes dans des gènes de néphropathie (NPHS2, TSC1 et GLA) expliquant leur pathologie rénale préexistante à la MAT.
Conclusion
Ces données sont en faveur de l’intérêt du séquençage long-read comme outil diagnostic rapide, fiable et économiquement pertinent dans la stratégie thérapeutique des MAT, permettant une prise en charge personnalisée des patients avec la stratification du risque des MAT.
Mathieu GEORGET (Paris), Nadhir YOUSFI, Aurélie WAERNESSYCKLE, Badreddine MOHAND-OUMOUSSA, Hélène MADRY, Corinne MACH, Claude ESTRADE, Valérie OLIN, Fabienne RAJHONSON, Elodie LEJEUNE, Patricia MOREAU, Anouar NABTI, Sandrine TARDIEU, Bophara KOL, Cédric RAFAT, Caroline NAVA, Cyril MOUSSEAUX, Boris KEREN, David DE SAINT GILLES, Eric LEGUERN, Laurent MESNARD
15:00 - 15:15
#49497 - SS050 Apport du séquençage de génome dans le diagnostic des maladies osseuses constitutionnelles : bilan de 827 patients.
SS050 Apport du séquençage de génome dans le diagnostic des maladies osseuses constitutionnelles : bilan de 827 patients.
Le Plan France Génomique (PFMG) 2025 a permis l’accès au séquençage de génomes (GS) sur l’ensemble du territoire. La préindication « Maladies Osseuses Constitutionnelles » (MOC) concerne toutes les ostéochondrodysplasies : fragilité osseuse, atteinte épi et/ou métaphysaire et/ou vertébrale, atteinte lytique ou condensante, prolifération anarchique du tissu osseux, dysostoses.
L’inclusion dans cette préindication concerne les patients avec panel négatif ou avec des phénotypes atypiques pour lesquels les panels disponibles ne sont pas adaptés.
Nous présentons ici les résultats d’une cohorte de 827 patients inclus dans la préindication « maladies osseuses constitutionnelles » ayant bénéficié d’un GS réalisé au laboratoire SeqOIA entre octobre 2019 et août 2025.
Nous avons identifié des variants de classe 4/5 chez 27% des patients (n=223) et des variants de classe 3 chez 16% des patients (n=135). Parmi les résultats positifs, 84% sont des variants nucléotidiques (SNV) et 16% sont des variations du nombre de copies (CNV) ou des variants de structure (SV).
Concernant les SNV, six variants introniques profonds et un variant en 5’UTR ont été mis en évidence. Seize variants sont hérités d’un parent dont 10 étaient atteints et 6 asymptomatiques (1 mosaïque).
Parmi les CNV/SV identifiés figurent notamment sept inversions (dont une séparant les éléments régulateurs d’un gène), trois disomies uniparentales, une délétion d’une région promotrice, un dérivé du chromosome X, une tétrasomie 12p en mosaïque.
Deux insertions de séquence d’Alu et une expansion dans le gène DMPK ont également été détectées.
Six doubles-diagnostics ont été fait associant deux SNV ou un SNV et un CNV.
Chez les 60 patients présentant un retard statural isolé, le rendement est de 8%.
Le séquençage du génome constitue une approche “tout-en-un”, capable de détecter simultanément SNV, CNV, SV et expansions de répétitions en tandem, avec une sensibilité supérieure à celle de l’exome associé à la CGH, cela a révolutionné le diagnostic moléculaire des MOC
Le nombre encore important de patients sans diagnostic reflète cependant les limites actuelles de l’analyse et de l’interprétation, notamment pour les variants hérités de parents asymptomatiques ou ceux situés dans des régions non codantes ou intronique dont l’impact reste difficile à prédire.
Ainsi, si le rendement du génome apparaît limité dans ce contexte, il est amené à augmenter grâce à l’amélioration des outils bioinformatiques, de l’annotation et des outils de prédiction des variants non codants, ainsi qu’à l’intégration de données multi-omiques comme le RNAseq.
Sophie RONDEAU (Paris), Audrey BRIAND-SULEAU, Corinne COLLET, Séverine BACROT, Tania ATTIE-BITACH, Fabienne ESCANDE, Sophie MONNOT, Lucile BOUTAUD, Arnaud MOLIN, Stéphanie DUCREUX, Céline GAUCHER, Perrine BRUNELLE, Virginie SAILLOUR, Ilyas CHALLET, Emma RAIMBAULT, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Dominique BONNEAU, Yline CAPRI, Martine COHEN SOLAL, Thomas COURTIN, Demeer BÉNÉDICTE, Anne DIEUX, Mélanie FRADIN, Alice GOLDENBERG, Bertrand ISIDOR, Agnès LINGLART, Laurence PERRIN, Elise PISAN, Maelle CHARPIE, Caroline MICHOT, Geneviève BAUJAT, Valérie CORMIER-DAIRE
15:15 - 15:30
#49635 - SS051 Caractérisation phénotypique et moléculaire de la dysplasie thoraco-laryngo-pelvienne (syndrome de Barnes).
SS051 Caractérisation phénotypique et moléculaire de la dysplasie thoraco-laryngo-pelvienne (syndrome de Barnes).
Introduction:
La dysplasie thoraco-laryngo-pelvienne (TLPD) ou syndrome de Barnes est une maladie osseuse constitutionnelle (MOC) ultra-rare de transmission autosomique dominante caractérisée par une dystrophie thoracique, un pelvis petit et étroit et une sténose laryngée. A notre connaissance, seulement 6 familles (12 individus) ont été rapportées dans la littérature depuis sa première description en 1969. Les bases moléculaires ne sont pas connues et, dans la dernière nosologie des MOC publiée en 2023, son existence a été considérée comme incertaine.
Sujets et méthodes:
Trois patients atteints de TLPD, non apparentés, ont bénéficié d’un séquençage de génome en trio au sein du laboratoire Auragen (PFMG2025). Le diagnostic de TLPD avait été posé chez 2 patients présentant une dystrophie thoracique, des anomalies pelviennes évocatrices, une sténose sous-glottique et des troubles de l’oralité très sévères motivant la pose de trachéostomie et gastrostomie. L’un de ces patients avait présenté une importante hypotonie néonatale, d’amélioration progressive.
L’interrogation de la base de données Auragen (PFMG2025) via l’outil Auramatcher a permis d’identifier un 3ème patient : cet enfant avait bénéficié d’une étude du génome dans le cadre de la pré-indication « Hypotonies néonatales » et la réévaluation de son phénotype clinico-radiologique a permis de poser rétrospectivement le diagnostic de TLPD.
Résultats:
Le séquençage du génome a mis en évidence chez les 3 patients un variant hétérozygote de novo dans le gène TK1 (même variant récurrent chez 2 des 3 patients). Au total, trois individus non apparentés, atteints de la même MOC ultra-rare, sont porteurs d’un variant de novo dans le gène TK1 très rare en population générale.
Discussion:
Notre étude permet de confirmer que la TLPD représente une entité nosologique spécifique, dont le phénotype est caractérisé par une atteinte squelettique typique (dystrophie thoracique, ailes iliaques hypoplasiques, retard d’ossification des branches ilio-pubiennes), la possible présence d’hypotonie néonatale à évolution favorable et de complications ORL très sévères.
Les résultats moléculaires positionnent TK1 comme le gène candidat pour expliquer la TLPD. Bien que TK1 ne soit pas connu pour jouer un rôle dans l’ostéogenèse à ce jour, l’occurrence de trois événements de novo indépendants dans un même gène, chez des patients non apparentés atteints d’une affection ultra-rare et spécifique, confère une forte valeur statistique à cette hypothèse. Des tests fonctionnels sont actuellement en cours afin d’évaluer l’impact de ces variations sur l’activité de l’enzyme. Cette découverte ouvre de nouvelles perspectives sur le rôle de TK1 dans la biologie osseuse et souligne l’importance du phénotypage clinico-radiologique ainsi que des réseaux collaboratifs clinico-biologiques de partage de données, pour la caractérisation des syndromes génétiques rares.
Louis JANUEL (Lyon), Elise SCHAEFER, Robin POUYAU, Hajira MOKHTAR, Consortium AURAGEN, Valérie CORMIER-DAIRE, Renaud TOURAINE, Massimiliano ROSSI
15:30 - 15:45
#49888 - SS052 Exploration des déterminants génétiques de la variabilité phénotypique de la neurofibromatose de type 1.
SS052 Exploration des déterminants génétiques de la variabilité phénotypique de la neurofibromatose de type 1.
La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une maladie génétique de transmission autosomique dominante. Elle est causée par des variants pathogènes hétérozygotes perte-de-fonction du gène suppresseur de tumeurs NF1 qui code la neurofibromine, régulateur négatif de la voie des RAS-MAPK. La NF1 se caractérise par une importante expressivité variable. Des études internationales de corrélation génotype-phénotype ont montré que certains variants pathogènes de NF1 étaient associés à une forme très modérée ou plus sévère de la maladie. Pour les autres variants, aucune corrélation significative n’a pu être mise en évidence.
Nous avons cherché à identifier les facteurs génétiques liés au gène NF1 ou les gènes modificateurs, impliqués dans la variabilité phénotypique de la NF1, dans la cohorte française. Nous avons analysé les données phénotypiques recueillies dans le cadre (i) de 3 Programme Hospitaliers de Recherche Clinique (PHRC) nationaux dédiés à l’étude des facteurs modificateurs de la NF1 (cohorte NF-France) et (ii) du diagnostic moléculaire réalisé dans le Service de Médecine Génomique de l’hôpital Cochin à Paris.
L’étude des corrélations génotype-phénotype dans la cohorte française a montré des résultats cohérents avec ceux de la littérature. Nous avons confirmé une forme plus modérée de NF1 chez les porteurs de délétions en phase de la Met992 ou de variants faux-sens au niveau de Met1149 ou Arg1809. Les patients porteurs de variant faux-sens aux positions Arg1276, Lys1423 ou affectant les codons 844 à 848 de la neurofibromine sont plus à risque de développer des formes sévères. Nous avons également montré que les patients porteurs d’une délétion complète du locus NF1 présentent significativement plus d’atteintes sévères.
Par ailleurs, nous avons génotypé 1333 patients de la cohorte NF-France pour plus de 7 millions de variants communs du génome. Par étude d’association pangénomique (GWAS), nous avons mis en évidence plusieurs régions génomiques montrant une association avec la survenue des neurofibromes cutanés, sous-cutanés ou plexiformes. Ces régions incluaient près de 170 gènes candidats modificateurs. Par un test de compétition sur des cellules de Schwann isogéniques WT et NF1-KO, nous avons montré qu’au moins deux de ces gènes (GAS1 et SPRED2) pourraient jouer un rôle modulateur dans la prolifération des cellules de Schwann NF1-KO, type cellulaire à l’origine des neurofibromes.
Nos résultats confirment les précédentes études de corrélation génotype-phénotype menées dans le cadre de la NF1. L’haploinsuffisance de gènes adjacents à NF1 pourrait expliquer le phénotype plus sévère identifié chez les patients porteurs de ces grandes délétions du locus NF1. La GWAS menée sur les neurofibromes suggère plusieurs gènes candidats modificateurs. La mise en œuvre de tests de criblage fonctionnel devrait permettre de confirmer l’implication de ces gènes, voire d’apporter de nouvelles pistes thérapeutiques pour la prise en charge des neurofibromes.
Laurence PACOT (PARIS), Pierre WOLKENSTEIN, Dominique VIDAUD, Laura FERTITTA, Salah FERKAL, Audrey SABBAGH, Ingrid LAURENDEAU, Eric PASMANT
15:45 - 16:00
#49969 - SS053 Deep phenotyping of trichothiodystrophy reveals genotype-phenotype correlations.
SS053 Deep phenotyping of trichothiodystrophy reveals genotype-phenotype correlations.
Pierre-Louis Lanvin (Nantes), Alice Phan, Thomas Hubiche, Marina Vasse, Jean-Paul Claudel, Juliette Mazereuw-Hautier, Nathalie Jonca, Louis Lebreton, Christine Bodemer, Smaïl Hadj-Rabia, Fanny Morice-Picard.
Background: Trichothiodystrophy (TTD) is a very rare, multisystemic and heterogeneous autosomal recessive developmental disorder. The condition is primarily characterized by sulfur-deficient hair with “tiger tail” banding upon polarized light microscopy.
Objectives: This review sought to systematically analyze the data concerning the clinical, laboratory, and genetic features of TTD patients. This search was deemed essential to elaborate international recommendations pertaining to diagnostic features, clinical manifestations, genetic characteristics, and management concepts of this rare genetic disorder.
Methods: For this literature search, the interrogated databases included PubMed/Medline, Orphanet, Rare Diseases Database, and Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). The references cited in retrieved articles were additionally examined. Only one expert selected and collected data.
Results: In this study, we present a detailed clinical description of 184 patients with a molecular diagnosis of TTD. We compared the 159 patients from the literature with the 25 new patients from our French cohort, which we detail here (16 ERCC2 patients, 3 GTF2H5 patients, 3 MPLKIP patients, one GTF2E2 patient, one TARS patient and one AARS patient). The two most represented groups of patients were those with mutations in the MPLKIP gene (40,76%) and the ERCC2 gene (38,59%). The other groups are represented by mutations in the GTF2H5 (5,98%), GTF2E2 (4,35%), RNF113A (3,26%), CARS (2,17%), TARS (1,63%), AARS1 (1,63%), ERCC3 (1,09%) and MARS1 (0,5%) genes. In descending order of clinical severity, we find the following: Hair anomalies (76,09%), neurological anomalies (70,65%), growth anomalies (57,06%), skin anomalies (54,35%), nail anomalies (44,56%), facial dysmorphia (42,39%), immuno-hematological anomalies (40,76%), endocrinological anomalies (34,23%), ophthalmological anomalies (22,28%), osteo-articular anomalies (21,19%), dental anomalies (16,30%), prenatal anomalies (16,30%) and cardiac manifestations (12,5%).
Conclusions: This study has enabled us to identify previously unrecognized phenotypes in some TTD groups, as well as several genotype-phenotype relationships in patients. Some specific symptoms may guide clinicians and biologists in the diagnosis of TTD. A systematic and prospective collection of newly diagnosed cases of TTD would enable us to flesh out this clinical description, as well as to set up personalized follow-up via a solid and detailed genotype-phenotype correlation.
Pierre-Louis LANVIN, Fanny MORICE-PICARD, Pierre-Louis LANVIN (Nantes)
16:00 - 16:15
#49988 - SS054 FGFR antagonists avoid pseudarthrosis in a mouse model of osteochondrodysplasia.
SS054 FGFR antagonists avoid pseudarthrosis in a mouse model of osteochondrodysplasia.
Gain-of-function mutations in fibroblast growth factor receptor (FGFR) genes lead to chondrodysplasia and craniosynostoses. FGFR signaling has a key role in the formation and repair of the craniofacial skeleton.
We analyzed the impact of Fgfr2- and Fgfr3-activating mutations on mandibular bone formation and endochondral bone repair after non-stabilized mandibular fractures in mouse models of Crouzon syndrome (Crz) and hypochondroplasia (Hch), based on micro-CT scan, histological, immunohistological and spatial transcriptomics analyses, of the bone calluses.
Bone mineralization of the calluses was abnormally high in Crz mice and abnormally low in Hch mice. The latter model presented pseudarthrosis and impaired chondrocyte differentiation. Spatial transcriptomic analyses of the Hch callus revealed abnormally low expression of Col11, Col1a, Dmp1 genes in mature chondrocytes. We found that the expression of genes involved in autophagy and apoptosis (Smad1, Comp, Birc2) was significantly perturbed and that the Dusp3, Dusp9, and Socs3 genes controlling the mitogen-activated protein kinase pathway were overexpressed. Lastly, we found that treatment with a tyrosine kinase inhibitor (BGJ398, infigratinib) or a C-type natriuretic peptide (BMN111, vosoritide) fully rescued the defective endochondral bone repair observed in Hch mice.
Taken as a whole, our findings show that FGFR3 is a critical orchestrator of bone repair and provide a rationale for the development of potential treatments for patients with FGFR3-osteochondrodysplasia.
Anne MORICE (Paris), Amélie DE LA SEIGLIÈRE, Laurence LEGEAI-MALLET
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14:45-16:15
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E26
Sessions simultanées 08bis
Autisme et Bioinformatique
Sessions simultanées 08bis
Autisme et Bioinformatique
Modérateurs :
Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg), Anne-Claude TABET (MD PhD, responsable UF) (Paris)
14:45 - 15:00
#49283 - SS055 Génétique des troubles du spectre autistique et neurodéveloppementaux sévères : apport diagnostique du séquençage de génome short-read.
SS055 Génétique des troubles du spectre autistique et neurodéveloppementaux sévères : apport diagnostique du séquençage de génome short-read.
Introduction : Les troubles du spectre de l’autisme (TSA) et les troubles précoces et sévères du neurodéveloppement (TND) concernent 1 à 1,5% de la population et représentent un enjeu majeur de santé publique. En France, l’examen de première intention repose encore sur l’analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA), qui ne détecte ni les variants nucléotidiques (SNV), ni les variations du nombre de copies (CNV) de petite taille, ni les anomalies équilibrées ou complexes. Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG) a permis l’accès au séquençage pangénomique (WGS), offrant la possibilité de transformer les pratiques diagnostiques dans les TSA et TND.
Méthodes : Nous rapportons l’ensemble des résultats obtenus sur une période de quatre ans (avril 2021–avril 2025) dans une cohorte nationale et multicentrique de 460 familles (537 patients, structures allant du solo au quintuor) incluses dans la préindication « TSA ou TND précoces et sévères sans déficience intellectuelle » sur la plateforme SeqOIA. Les données ont été interprétées selon les recommandations ACMG, avec restitution des variants pathogènes, probablement pathogènes, des PIEV et de certains VSI d’intérêt.
Résultats : Le rendement diagnostique global est de 19% (15% hors VSI). La majorité des diagnostics concernait des SNV (76%), tandis que les CNV et les anomalies de structure représentaient 24% des cas. Aucun gène n’est retrouvé de manière récurrente ou prépondérante dans la cohorte, ce qui reflète la forte hétérogénéité génétique des TSA et TND. Près de 20% des SNV impliquaient des gènes non référencés dans la base SFARI, témoignant de l’élargissement du spectre génétique associé. Parmi les CNV identifiés, 44% correspondaient à des variants à pénétrance incomplète et/ou expressivité variable (PIEV). Plusieurs réarrangements complexes ont également été identifiés, tels qu’un anneau complexe du chromosome 21 ou une translocation réciproque équilibré interrompant un gène d’intérêt. L’analyse en trio présentait un rendement supérieur aux autres structures familiales, et le taux diagnostique était significativement plus élevé chez les adultes que chez les enfants (30% vs 12%). Le délai moyen de rendu était de 158 jours, plus court pour les résultats pathogènes.
Conclusion : Cette cohorte nationale et multicentrique, la plus vaste série française de TSA sans déficience intellectuelle étudiée par WGS, confirme la très grande hétérogénéité génétique de ces troubles et met en évidence l’implication de voies biologiques convergentes, en particulier les mécanismes synaptiques glutamatergiques, le remodelage de la chromatine et la régulation translationnelle via la voie mTOR. Le WGS permet, en un seul examen, d’identifier SNV, CNV et anomalies structurales complexes, avec un rendement diagnostique supérieur à 15%. Ces résultats plaident pour l’utilisation du WGS comme examen de première intention dans les TSA et TND, en cohérence avec la dynamique de la médecine de précision portée par le PFMG 2025.
Paul BRUZEAU (Paris), Anna MARUANI, Alexandra AFENJAR, Severine AUDEBERT, Pierre BLANC, Thomas BOURGERON, Yline CAPRI, Kevin CASSINARI, Roseline CAUMES, Pascal CHAMBON, Boris CHAUMETTE, Benjamin COGNE, David COHEN, Estelle COLIN, Solène CONRAD, Juliette COURSIMAULT, Thomas COURTIN, Wallid DEB, Andrée DELAHAYE-DURIEZ, Richard DELORME, Romain DUQUET, Anna GERASIMENKO, David GERMANAUD, Alice GOLDENBERG, Paul GUEGUEN, Anne-Marie GUERROT, Yosra HALLEB, Solveig HEIDE, Delphine HÉRON, Mathilde HEULIN, Clara HOUDAYER, Marine HOULIER, Elise HUMEAU, Anton IFTIMOVICI, Bertrand ISIDOR, Aurelia JACQUETTE, Méderic JEANNE, Lara KERBELLEC, Xenia LATYPOVA, Claudine LAURENT-LEVINSON, Claire LEBLOND-MANRY, François LECOQUIERRE, Adrien LEGRAND, Raphaelle LEROUX AUGER, Cecile LOUVEAU, Sandra MERCIER, Cyril MIGNOT, Mylene MOYAL, Caroline NAVA, Gael NICOLAS, Mathilde NIZON, Laurence PERRIN, Florence PETIT, Anne PHILIPPE, Elise PISAN, Antoine POUZET, Marlène RIO, Lyse RUAUD, Veronica SANDRONI, Pascale SAUGER-VEBER, Thomas SMOL, Radka STOEVA, Kevin UGUEN, Gabriella VERA, Camille Odile VEREBI, Alain VERLOES, Dominique VIDAUD, Marie VINCENT, Catherine VINCENT-DELORME, Anne-Claude TABET, Jonathan LEVY
15:00 - 15:15
#49446 - SS056 Evaluation indépendante des épisignatures de la littérature avant translation vers le diagnostic des troubles du neuro-développement : contributions à mi-parcours du projet Epi2Diag.
SS056 Evaluation indépendante des épisignatures de la littérature avant translation vers le diagnostic des troubles du neuro-développement : contributions à mi-parcours du projet Epi2Diag.
Contexte. L’essor des épisignatures a ouvert une nouvelle voie pour le diagnostic moléculaire des troubles du neurodéveloppement mais des incertitudes demeurent quant aux performances diagnostiques de chacune, à leur hétérogénéité et à leur périmètre de validité.
Lancé en 2023, le projet Epi2Diag a été conçu par les équipes de Rouen, Dijon et Bordeaux, pour améliorer la compréhension de ces épisignatures et permettre leur utilisation informée en pré- et post-natal. Il repose sur : 1) la création d'une large base de données à partager avec la communauté, 2) le développement de méthodologies adaptées et 3) l’étude approfondie de la complexité des profils de méthylation.
Méthodes. Une plateforme de méthylation a été créée au CHU de Rouen pour internaliser la production des données. La maîtrise du protocole a été validée par une étude de reproductibilité sur 58 duplicats, produits par plusieurs plateformes et techniques de puces (Illumina Infinium Methylation EPIC v1 et v2). Un recrutement national de témoins positifs et de porteurs de Variants de Signification Incertaine (VSI) dans une liste de gènes croissante est organisé, en commençant par le contexte post-natal, en raison de la grande disponibilité des connaissances associées. Les plans expérimentaux sont préparés par répartition aléatoire des témoins positifs et normaux. Après contrôles qualité et normalisation, les analyses sont ajustées sur l’âge au prélèvement, le sexe et la composition cellulaire sanguine inférée. Plusieurs méthodologies ont été comparées en termes de robustesse et de performances diagnostiques. Le format du compte-rendu recherche a été amélioré pour renforcer la compréhension de l’information apportée et limites possibles de l’analyse. Les données sont progressivement partagées sur la plateforme EGA (EGAD00010002724) après publication.
Résultats. En un an, 243 témoins positifs couvrant 31 gènes ont été générés et appariés à 70 témoins normaux (https://tinyurl.com/epi2diag), permettant l’analyse de 46 VSI dans 17 gènes de performances diagnostiques définies, dont 26% avec un profil compatible avec le diagnostic, 26% intermédiaires d’interprétation difficile, possiblement lié à un variant hypomorphe, un statut de conductrice pour les variants sur l’X ou une signature de signal faible, et 48% ne présentaient pas la signature interrogée, permettant d’écarter l’hypothèse diagnostique pour une maladie donnée avec grande probabilité. Au-delà de l’évaluation indépendante des épisignatures connues, nous avons aussi caractérisé de nouvelles épisignatures, dont celle associée au gène RNU4-2.
Perspectives. La mise au point des signatures reste un effort continu, notamment pour rassembler suffisamment de témoins positifs et exploiter avec confiance les résultats de la littérature. Une collaboration étroite avec l’équipe de R. Weksberg (Toronto) permettra de gagner en puissance et de renforcer le partage d’expérience à l’échelle internationale, en particulier sur l’axe prénatal.
Camille CHARBONNIER (ROUEN), Amandine SANTINI, Anne-Claire RICHARD, François LECOQUIERRE, Julien VAN GILS, Antonio VITOBELLO, Christel THAUVIN, Gaël NICOLAS
15:15 - 15:30
#49586 - SS057 LEAP-InovAND a multiscale resource to explore genetics, brain imaging and clinical data in autism.
SS057 LEAP-InovAND a multiscale resource to explore genetics, brain imaging and clinical data in autism.
La plupart des travaux actuels sur l’autisme reposent sur des comparaisons catégorielles (par exemple, individus autistes versus témoins) et se limitent souvent à l’étude d’un seul domaine biologique, qu’il s’agisse de la cognition, de la génétique ou de l’imagerie cérébrale. Dans cette étude, nous proposons une ressource intégrative unique, combinant données phénotypiques quantitatives, séquençage complet du génome, imagerie par résonance magnétique cérébrale et électroencéphalographie.
Au total, 5 549 participants ont été recrutés dans le cadre des cohortes européennes LEAP1 et InovAND (âges à l’inclusion: 1–83 ans; ratio hommes/femmes = 1,40:1). Parmi eux, 2 531 disposent à la fois de données cliniques et génétiques. Pour 875 de ces individus, des données de neuroimagerie (EEG et/ou IRM, âges: 4–78 ans; ratio hommes/femmes = 1,64:1) sont également disponibles.
En partant des données cliniques, les plus aisément accessibles en pratique de soin, nous avons appliqué des méthodes de regroupement non supervisé à ce jeu de données multi-échelles. Trois sous-groupes distincts émergent, chacun présentant des architectures génétiques différenciées, avec un enrichissement en variants rares (notamment dans les gènes synaptiques et ceux impliqués dans le remodelage de la chromatine) ainsi qu’à des scores polygéniques liés aux troubles du neurodéveloppement (par exemple l’autisme, le TDAH) ou aux capacités cognitives. L’imagerie cérébrale révèle des profils spécifiques de maturation corticale selon les clusters, incluant des trajectoires distinctes de l’épaisseur corticale et du développement de la surface corticale dans différentes régions du cerveau.
Cette ressource est mise à disposition afin de soutenir les recherches visant à mieux comprendre les liens complexes entre génétique, structure et fonction cérébrales, et manifestations cliniques de l’autisme. Nos résultats ouvrent la voie à des approches de médecine de précision, allant au-delà d’une vision purement catégorielle du diagnostic pour tendre vers une stratification fondée sur la biologie.
1. Charman, T. et al. The EU-AIMS Longitudinal European Autism Project (LEAP): Clinical characterisation. Mol Autism 8, 1–21 (2017).
Mathis FLEURY (PARIS), Zakaria MOUGIN, Freddy CLIQUET, Alexandre MATHIEU, Claire LEBLOND, Anna MARUANI, Jean-Madeleine DE SAINT AGATHE, Eli BARTHOME, Selin KORKMAZ, Richard DELORME, Declan MURPHY, Consortium LEAP, Consortium INOVAND, Thomas BOURGERON
15:30 - 15:45
#49608 - SS058 Exploiter les variants régulateurs pour traduire les associations des GWAS en potentiels mécanismes biologiques sous-jacents de l'autisme et d’autres troubles neurodéveloppementaux.
SS058 Exploiter les variants régulateurs pour traduire les associations des GWAS en potentiels mécanismes biologiques sous-jacents de l'autisme et d’autres troubles neurodéveloppementaux.
Bien que l’héritabilité de l’autisme soit estimée à près de 80 % 1, les variants génétiques à l'origine de cette hérédité sont loin d'être totalement identifiés. Les variants rares à forte pénétrance sont identifiés que dans 10% à 30% des personnes autistes2, et n'expliquent pas entièrement la diversité des phénotypes observés. Par conséquent, de nombreux variants communs à faible impact doivent collectivement jouer un rôle important dans l'autisme, mais l’identification de ces variants et de leurs fonctions reste difficile à partir des études d’association pangénomiques (GWAS). Étant donné que la majorité des variations génétiques interindividuelles se trouvent dans des régions régulatrices non codantes, nous émettons l'hypothèse que les variants régulateurs pourraient être des acteurs clés sous-estimés, dans l'autisme et d'autres troubles neurodéveloppementaux (TND).
Nous avons développé une méthode pour annoter les résultats de GWAS qui chevauchent ou sont en déséquilibre de liaison étroit avec des variants régulateurs, notamment les loci de caractères quantitatifs d'expression (eQTL), d'isoforme (isoQTLs), d'épissage (sQTL) et de méthylation (mQTL). De plus, notre méthode combine ces annotations avec la hiérarchisation des gènes GWAS basée sur l’outil MAGMA2. Nous intégrons la force de l'association du SNP QTL avec son phénotype observé, afin de créer une hiérarchie des gènes causaux potentiels, puis nous examinons ces gènes pour déterminer l'enrichissement spécifique de certaines ontologies. Nous avons pu mettre en évidence que de nombreux résultats significatifs issus des GWAS sur l'autisme et les TND associés recoupent directement des variants régulateurs connus, y compris des variants régulant le cerveau en développement. Nous allons ensuite examiner les gènes impliqués dans des ontologies partagées et distinctes des différents TND, ainsi que la manière dont ils sont régulés à partir des QTL. Cette approche devrait permettre de mieux comprendre l'impact des variants communs sur la vulnérabilité aux TND et la pénétrance incomplète observée chez certaines personnes porteuses de variants rares mais sans TND. Bien qu'elle soit ici appliquée à l'autisme et aux TND, notre méthode, qui sera disponible sur GitHub, est adaptable et peut être utilisée pour enrichir l'analyse basée sur les QTL des résultats des GWAS pour tout trait d'intérêt.
1. Bai D, Yip BHK, Windham GC, et al. (2019) Association of genetic and environmental factors with autism in a 5-country cohort. JAMA Psychiatry 76(10):1035–43.
2. Gogate, A., Kaur, K., Khalil, R. et al. (2024) The genetic landscape of autism spectrum disorder in an ancestrally diverse cohort. npj Genom. Med. 9(62)
3. de Leeuw CA, Mooij JM, Heskes T, Posthuma D (2015) MAGMA: Generalized Gene-Set Analysis of GWAS Data. PLOS Computational Biology 11(4): e1004219.
Eli BARTHOME, L. Caitlin MARTIN (Paris), Freddy CLIQUET, Thomas ROLLAND, Thomas BOURGERON
15:45 - 16:00
#49631 - SS059 Mise en place d’un pipeline d’analyse post-GWAS des variants de tous types à partir de génomes complets PacBio HiFi et application à la la maladie d’Alzheimer précoce.
SS059 Mise en place d’un pipeline d’analyse post-GWAS des variants de tous types à partir de génomes complets PacBio HiFi et application à la la maladie d’Alzheimer précoce.
Les études d'association pangénomique (GWAS) sur puces à ADN ont identifié des loci liés à des maladies complexes, dont la maladie d'Alzheimer. Les GWAS reposent sur le principe du déséquilibre de liaison où des SNP sentinelles pointent des loci où un/plusieurs variants causaux expliqueraient l’association, sans que le variant sentinelle soit nécessairement causal. Le séquençage long-reads PacBio HiFi permet désormais de détecter et phaser avec précision tous types de variants, offrant une dissection fine des loci GWAS. Nous avons développé un pipeline dédié à l’étude d’association par haplotype et l’appliquons à la maladie d’Alzheimer Jeune (MAJ, symptômes <65 ans).
La MAJ a une forte composante génétique, ~15% des patients portent une variation pathogène responsable d’une forme monogénique, et 55% portent au moins un facteur de risque modéré à fort (odds ratio, OR >1.5), incluant des variants codants rares détectés par séquençage short reads et l’allèle commun APOE4. Pour les autres, les variants communs des GWAS, même combinés en scores de risque polygéniques, n’expliquent pas l’apparition de la MAJ. Cela suggère que l’étiologie pourrait impliquer d’autres variations telles que non codantes, structurales ou répétitives, qui sont encore peu explorées du fait de leur détection difficile.
Dans une étude d’association MAJ-témoins (230 patients sans variants pathogènes ni facteurs de risque modérés/forts à l’exome short reads; 170 témoins >70 ans, sans troubles cognitifs, dépôts amyloïdes ni APOE4), nous avons séquencé 115 patients MAJ en génome entier PacBio long-read HiFi (30x de couverture, N50 moyen 17kb), offrant une haute précision pour identifier les variations. Nous avons développé un pipeline bioinformatique encapsulé dans Nextflow, intégrant divers outils pour détecter des variations nucléotidiques, structurales, répétitions, éléments mobiles, et incluant un processus de phasage que nous avons optimisé.
Nous avons défini une stratégie analytique comparant les haplotypes des loci identifiés en GWAS. Pour chaque locus d’intérêt, les génotypes en phase avec le SNP sentinelle sont identifiés puis agrégés dans une matrice variants × haplotypes. Nous comparons les occurrences de variants entre haplotypes à risque et non à risque afin de détecter, d’une part, des variations communes sous-jacentes aux signaux GWAS, et d’autre part, des variations plus rares pouvant accroître le risque de MA avec un OR supérieur à celui du SNP sentinelle.
Nos premiers résultats sur le locus ABCA7 confirment que la longueur de la répétition VNTR en aval de l’exon 18, déjà associée à la MA (OR=1,1), est bien liée à un SNP commun, mais indépendante du SNP sentinelle de GWAS, suggérant l’existence d’autres variants non liés. L’analyse des variants en déséquilibre de liaison avec ce SNP priorise une délétion intronique pouvant affecter l’épissage de l’exon 19.
Nous poursuivons actuellement l’analyse sur les premiers patients et présenteront les résultats aux autres loci.
Fatima-Zahra ABANI (Rouen), Grégoire BLAVIER, Stéphane ROUSSEAU, Céline DERAMBURE, Myriam VEZAIN, Françoise CHARBONNIER, Olivier QUENEZ, Catherine SCHRAMM, Gaël NICOLAS
16:00 - 16:15
#49952 - SS060 Analyse des échanges en ligne des familles touchées par une mutation du gène KCNB1 : apports des données de vie réelle et des méthodes d'intelligence artificielle.
SS060 Analyse des échanges en ligne des familles touchées par une mutation du gène KCNB1 : apports des données de vie réelle et des méthodes d'intelligence artificielle.
La mutation du gène KCNB1 est une encéphalopathie épileptique et développementale (EED), une épilepsie rare caractérisée par des crises d’épilepsie fréquentes, difficiles à contrôler et de différents types, ainsi que par un retard global du développement, voire une régression ou une stagnation des acquis. Les familles touchées par ces maladies sont confrontées à de nombreuses difficultés dont l’errance diagnostique, mais également des difficultés sociales et familiales, la solitude face à une maladie très rare, l’absence de traitement, …
Pour toutes ces raisons, ces familles peuvent être amenées à échanger en ligne, et à partager leur expérience, leurs questionnements et leurs doutes. Or, ces données de vie réelle sont riches d’informations sur le vécu de la maladie par les familles, et peuvent permettre d’enrichir les connaissances sur la maladie, et in fine d’avoir une prise en charge encore plus adaptée.
En travaillant avec l’association KCNB1 France, nous avons pu récupérer et étudier les messages échangés par les familles entre août 2021 et mars 2025, sur un groupe fermé dédié aux familles. Ces messages ont été pseudonymisés et sont stockés de manière sécurisée. Le traitement des données s’inscrit dans le cadre de la méthodologie de référence MR-004 et est enregistré au HDH sous le N° F20231205165541.
Nous avons appliqué une méthode d’analyse thématique basée sur l’intelligence artificielle afin de mieux comprendre les échanges des familles. Concrètement, nous avons regroupé les messages en fonction de leurs similarités linguistiques, grâce à une réduction de dimensions des embeddings (représentations des messages) et à un regroupement hiérarchique. Afin de rendre ces sujets plus lisibles, nous avons enrichi le modèle d'embeddings textuels grâce à un entraînement contrastif permettant d’ajouter aux représentations textuelles des représentations spécifiques issues de lexiques médicaux (médicaments, procédures, symptômes/signes cliniques) et d’apprendre les poids de ces différentes représentations grâce à un MLP (multilayer perceptron). Ensuite, en utilisant un modèle génératif de langue, nous générons des titres et descriptions pour chaque thématique à partir des mots distinctifs les plus représentatifs de chaque groupe (obtenus grâce à une analyse des termes par TF-IDF) avant de vérifier manuellement et de donner plus de sens aux thématiques dégagées.
Nous avons ainsi pu mettre en évidence plusieurs thématiques d’intérêt y compris : les pertes d’équilibre, les blessures, les solutions mises en place pour éviter les blessures, les traitements, le sommeil, l’école/les IME, les moments de l’association également.
Ces résultats préliminaires permettront d’avoir un aperçu des thématiques principales de discussion en ligne des familles confrontées à une mutation du gène KCNB1.
Ce travail a été financé par l’Agence Nationale de la Recherche: ANR-10-IAHU-01 (Institut Imagine) et ANR-19-P3IA-0001 (PR[AI]RIE).
Emma LE PRIOL (Paris), Rima NABBOUT, Mélissa CASSARD, Anita BURGUN
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KF2
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#48977 - P002 Défis du mosaïcisme maternel dans le diagnostic prénatal non invasif.
P002 Défis du mosaïcisme maternel dans le diagnostic prénatal non invasif.
L'objectif de cette étude était de rapporter la découverte fortuite d'une mosaïque somatique maternelle lors du développement d'un diagnostic prénatal non invasif (DPNNI) par exclusion pour les maladies monogéniques, initialement indiqué pour des variants pathogènes ou probablement pathogènes (P/PP) a priori de novo.
Un DPNNI par exclusion, basé sur la PCR digitale en gouttelettes (ddPCR), a été développé pour quatre couples, chacun ayant eu une grossesse antérieure marquée par un fœtus porteur d’une pathologie autosomique dominante ou liée à l'X, due à un variant P/PP de novo. Les tests ont été conçus pour détecter les variants fœtaux spécifiques dans le plasma maternel, avec validation sur les échantillons parentaux et du cas index.
Dans 4 cas sur 70 DPNNI personnalisés (5,7%), une mosaïque somatique maternelle (entre 3 et 9% de mosaïcisme) a été identifiée lors de la validation du test, rendant le DPNNI non réalisable en raison d'interférences avec les allèles maternels. Chaque couple a été informé du risque de récurrence élevé. Selon leurs préférences, un diagnostic prénatal invasif ou un suivi échographique intensif a été entrepris. L'analyse rétrospective des données de séquençage maternel a confirmé une mosaïque faible, filtrée lors de l'analyse de routine du fait de la faible fréquence allélique du variant.
Ces cas soulignent une limitation majeure du DPNNI par exclusion en présence d'une mosaïque maternelle. Son identification est essentielle pour une estimation précise du risque de récurrence et un conseil génétique approprié. Des méthodes de détection sensibles, une évaluation pré-test rigoureuse et une communication transparente sont cruciales pour garantir une prise de décision reproductive éclairée.
Margot COMEL (Montpellier), Marina LAMAIRIA, Odile BOUTE, Camille CENNI, Anne BERGOUGNOUX, Lise LARRIEU, Morgane POINTAUX, Mireille COSSÉE, Michel KOENIG, Luke MANSARD, Marie-Claire VINCENT
16:15 - 17:15
#49372 - P006 Syndrome de Walker-Warburg : une cause génétique rare d’anencéphalie.
P006 Syndrome de Walker-Warburg : une cause génétique rare d’anencéphalie.
L’anencéphalie est une anomalie rare du tube neural, caractérisée par l’absence de voûte crânienne et de structures cérébrales, généralement considérée comme d’origine multifactorielle. Les investigations génétiques se limitent souvent à un caryotype moléculaire, accompagné de recommandations de supplémentation en acide folique pour les grossesses ultérieures.
Nous rapportons le cas d’un couple consanguin ayant présenté une récurrence de malformations cérébrales sévères chez cinq fœtus, allant d’une anencéphalie détectée au premier trimestre à une hydrocéphalie majeure diagnostiquée au second trimestre lors de l’échographie morphologique. L’analyse de l’exome effectué sur l’ADN disponible de trois fœtus atteints a révélé un variant probablement pathogène au niveau du gène POMT1 (NM_007171.4:c.(427+1G>A) ; p.(?)) à l’état homozygote. Ce variant, localisé sur le site donneur d’épissage de l’exon 5, est prédit comme altérant le mécanisme d’épissage (scores delta SpliceAI : perte du site donneur de l’exon 5 [−1 bp] : 0,71 ; perte du site accepteur de l’exon 5 [−147 bp] : 0,69).
Des variants pathogènes bialléliques dans le gène POMT1 sont connus pour être responsables du syndrome de Walker-Warburg, une dystrophie musculaire congénitale associée à des anomalies cérébrales et oculaires. Ce syndrome peut entraîner des malformations cérébrales majeures telles qu’une lissencéphalie de type 2, une agyrie, une hydrocéphalie, ou encore des défauts de fermeture du tube neural. L’anencéphalie ou l’acranie, bien que rarement rapportées dans ce syndrome, peuvent représenter une expression extrême de ces défauts.
Ce cas met en lumière la nécessité d’évoquer le syndrome de Walker-Warburg dans le cadre d’une récurrence d’anomalies cérébrales sévères, notamment d’anencéphalie, au sein d’une même fratrie, en particulier en contexte de consanguinité.
Adeline JACQUINET (Liège, Belgique), Léna KUKOR, Jean-Hubert CABERG, Vinciane DIDEBERG, Maria ARTESI, Katty DELBECQUE, Sophie LORQUET, Christine VAN LINTHOUT
16:15 - 17:15
#49482 - P010 DCC, gène « pionnier » des anomalies du corps calleux de bon pronostic : A propos d’une série de 53 nouveaux patients.
P010 DCC, gène « pionnier » des anomalies du corps calleux de bon pronostic : A propos d’une série de 53 nouveaux patients.
Les anomalies du corps calleux (ACC) sont les malformations cérébrales les plus fréquentes, dont le diagnostic est généralement fait en cours de grossesse par échographie. L’enjeu majeur est de préciser le pronostic neurodéveloppemental, variable selon la cause. Les étiologies connues sont essentiellement génétiques, identifiées par séquençage d’exome. Parmi les gènes impliqués, la majorité sont associés à un mauvais pronostic. Récemment, DCC, connu responsable de mouvements en miroir (MM), a été associée à l’ACC isolée, de bon pronostic. Néanmoins, la littérature reste limitée et la plus grande série compte 19 patients.
Nous rapportons 53 nouveaux patients de 26 familles chez qui un variant pathogène (VP) dans DCC a été identifié. Les cas-index (n=26) étaient (i) des fœtus porteurs d’ACC (14/26), (ii) des patients suivis pour ACC de diagnostic anténatal (10/26) et (iii) deux patients explorés pour déficience intellectuelle (DI). Vingt-sept apparentés porteurs du VP familial de DCC ont également été inclus (21 parents ; 5 fratries, 1 nièce). Le patient le plus âgé a 64 ans. Une interruption médicale de grossesse a été réalisée en raison d’un diagnostic concomitant de VP dans CHD3.
L’identification des VP reposait sur le séquençage pangénomique (20 exomes et 1 génome), plus rarement sur l’ACPA (n=4) ou sur un panel de gènes (n=2).
La moitié des VP étaient tronquants (n=13), un quart étaient des faux-sens (n=6), plus rarement des délétions intragéniques (n=4), ou des variants d’épissage (n=3).
La pénétrance de l’ACC était de 77% (36/47) pour l’ensemble de la série (femmes 78%, hommes 80%), mais de 47% (10/21) pour le groupe des apparentés. Le plus souvent, l’ACC était une agénésie totale (58%), ou partielle (32%), voire un corps calleux (CC) court (n=2). Un seul patient avait un CC dysgénésique (n=1).
L’examen clinique révélait des MM chez 45% (14/31), plus fréquemment avec les VP faux-sens qu’avec les délétions ou VP tronquants (86% vs 35%, p = 0.02), avec une tendance à une pénétrance plus élevée chez les hommes (64% vs 35%).
Parmi les patients >6 ans examinés (n=30), tous avaient une intelligence normale, sauf les 2 patients explorés pour une DI, chez lesquels le variant DCC est finalement considéré comme diagnostic partiel, responsable de l’ACC mais n’expliquant pas la DI.
Cette cohorte est la plus vaste rapportée à ce jour, et confirme le bon pronostic neurodéveloppemental associé à DCC, ce qui est cohérent avec les premières publications. Un handicap intellectuel doit inciter à rechercher une autre cause. L’ACC et les MM sont présents chez la moitié des patients seulement. Le type d’ACC est principalement une agénésie, partielle ou totale. Nous n’avons pas retrouvé de corrélation entre sexe et phénotype, contrairement à de précédentes publications. La présence de MM semble dépendre du type de variant. Les études se poursuivent pour l’identification de nouveaux gènes d’ACC associés à un bon pronostic, permettant un conseil prénatal rassurant.
Anna GERASIMENKO (Paris), Lisa FRUGERE, Cyril MIGNOT, Solveig HEIDE, Susie CLEMENT, Boris KEREN, Isabelle MAREY, Sophie JULIA, Olivier PATAT, Yves CHAIX, Clémence JACQUIN, François RIVIER, Khaoula ZAAFRANE, Béatrice DESNOUS, Pascale KLEINFINGER, Isabelle SABATIER, Capucine ROSSI, Jade DUCOURNEAU, Christel DEPIENNE, Caroline NAVA, Toan NGUYEN, Eleonore BLONDIAUX, Fouzia BENKERDOU, Daphne LEHALLE, Claudine LE VAILLANT, Myrtille SPENTCHIAN, Anne FAUDET, Cristina PEDUTO, Marie VINCENT, Marie-Laure MOUTARD, Belinda BOYLE, Dominique EYROLLE-GUIGNOT, Catherine GAREL, Mathieu MILH, Stéphanie VALENCE, Jean-Marie JOUANNIC, Vincent DES PORTES, Delphine HERON
16:15 - 17:15
#49672 - P014 Analyse Des Données Incidentes Et Des Variants De Signification Inconnue (VSI) D’intérêt Dans Une Cohorte D’exomes Prénataux En Trio.
P014 Analyse Des Données Incidentes Et Des Variants De Signification Inconnue (VSI) D’intérêt Dans Une Cohorte D’exomes Prénataux En Trio.
Le séquençage de l’exome en contexte prénatal améliore le rendement diagnostique dans les cas d’anomalies fœtales détectées à l’imagerie. Toutefois, il peut révéler des données incidentes (non liées au phénotype fœtal mais d’impact potentiel) ou des variants de signification inconnue (VSI), soulevant des enjeux éthiques, cliniques et légaux, notamment quant à leur restitution aux familles. L’objectif de cette étude est de caractériser la fréquence, la nature et l’impact clinique de ces variants dans une cohorte d’exomes prénataux.
Cette étude rétrospective porte sur 185 exomes prénatals en trio réalisés entre 2022 et 2025. Les variants identifiés ont été classés selon les recommandations ACMG. Un consentement spécifique a été obtenu pour le rendu éventuel de certaines données incidentes pouvant avoir un impact sur la prise en charge prénatale et/ou néonatale, tandis que les VSI d’intérêt ont été évalués par une approche pluridisciplinaire et discutés en réunion de concertation pour un éventuel rendu prénatal après reclassification.
Résultats :
• Un diagnostic moléculaire en lien avec le phénotype fœtal a été établi dans 19,6 % des cas (36/185).
• 5 données incidentes (2.7 %) ont été identifiées (gènes : KCNQ1(2), HBA1, CFTR, IRF2BP2), certaines restituées après consentement spécifique.
• 9 VSI d’intérêt (4,9 %) ont été relevés, dont un dans TUBA1A hérité du père, reclassé probablement pathogène (classe 4) et restitué avant l’accouchement.
• Le suivi clinique des 14 grossesses concernées a permis d’évaluer l’impact de ces données sur les décisions médicales.
Discussion:
Conformément à la littérature, la fréquence des données incidentes dans notre cohorte reste faible, mais la discussion autour de leur restitution reste délicate et nécessite un cadre éthique, légal et clinique clairement défini notamment en ce qui concerne les gènes liés à des pathologies entrant dans le cadre de la loi sur l’IMG (Interruption Médicale de Grossesse). Les VSI posent également un défi majeur, notamment lorsqu’ils concernent des gènes compatibles avec le phénotype fœtal mais sans preuve formelle de pathogénicité. Dans cette cohorte, l’analyse au cas par cas a mis en évidence la nécessité d’une veille génomique continue et d’une concertation pluridisciplinaire pour guider les décisions de restitution.
Conclusion:
Avec l’arrivée prochaine du séquençage du génome entier en diagnostic prénatal, il devient essentiel de mieux caractériser et harmoniser les pratiques autour du rendu des données incidentes et des VSI d’intérêt. Une collecte systématique multicentrique de ces variants est indispensable pour faire évoluer les recommandations en génomique prénatale.
Céline DUPONT (PARIS), Jonathan ROSENBLATT, Laurence PERRIN, Yline CAPRI, Emilie SERRANO, Marjorie DELEPINE, Farah CHERIET, Andrée DELAHAYE-DURIEZ, Valérie MAIROVITZ, Constance BORIE, Elka KURTOVA, Cécile LE LONG, Sabatini JEYARAJAH, Delphine FOUTREL, Cedric VIGNAL, Véronique IVASHCHENKO, Paul BRUZEAU, Claire LORASCHI, Camille RAMPON, Caroline DECOMBE, Séverine DRUNAT, Nathalie COUQUE, Jonathan LEVY, Anne-Claude TABET
16:15 - 17:15
#49777 - P018 Quelle est la place du génome ultra-rapide dans le diagnostic prénatal ? L’étude pilote PRENATOME-Ultra.
P018 Quelle est la place du génome ultra-rapide dans le diagnostic prénatal ? L’étude pilote PRENATOME-Ultra.
Introduction : La prise en charge prénatale des malformations congénitales (3 % des grossesses) repose sur l’obtention rapide d’un diagnostic causal. En France, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et le séquençage d’exome (ES) présentent un délai de rendu de résultat de 2 à 6 semaines selon les centres. Leur utilisation, le plus souvent de façon séquentielle, s’avère contraignante pour les couples et les professionnels. Le séquençage du génome (GS), capable d’identifier simultanément des variations nucléotidiques (SNV), des variations du nombre de copies (CNV) et des réarrangements structuraux (SV), pourrait constituer un test de première intention pertinent en diagnostic prénatal (DPN), à condition de disposer d’un délai de rendu de résultats compatible avec la grossesse. L’étude pilote PRENATOME-ULTRA évalue la faisabilité et le rendement diagnostique du GS en première ligne avec un délai de rendu de résultats ≤ 7 jours ouvrés.
Méthodes : Un GS court fragment en trio ultra-rapide a été réalisé parallèlement à la combinaison ACPA(solo)+ES(trio) pour 90 grossesses (8 centres) présentant soit deux anomalies échographiques, soit une anomalie unique fortement évocatrice d’une cause génétique. Seules les variations de classe 4 et 5 (critères ACMG) ont été considérées comme diagnostic positif.
Résultats : Les inclusions ont été réalisées de mars 2024 à avril 2025. Le taux diagnostique est de 25,6% (23/90). Les diagnostics positifs concernent principalement des SNV (14/23, dont 2 causes récessives autosomiques), 6 CNV incluant 2 trisomies (13 et 18), et 5 SV, confirmant la capacité du GS court fragments à détecter les aneuploïdies. La seule discordance est une délétion en Xp22.33 emportant le gène SHOX (MIM312865) détectée par ACPA et ES, mais non par GS, ce qui a conduit à l’adaptation du pipeline bio-informatique. Le délai cible est respecté pour 62/90 GS (70%). La médiane de rendu est de 8 jours et 3 heures (jours calendaires, incluant week-ends et jours fériés), avec 71/90 (79%) résultats rendus en moins de 10 jours, et un minimum de 3 jours et demi. Seuls 3 dossiers sont rendus en plus de 15 jours (2 vérifications Sanger et 1 erreur de transmission des données brutes). En comparaison, la médiane de rendu de résultats est de 12 jours pour l’ACPA et de 21 jours pour l’ES.
Conclusions : Alors que très peu de publications sont actuellement disponibles sur l’utilisation du GS en DPN, cette première étude pilote française multicentrique démontre la faisabilité du GS ultra-rapide en contexte prénatal, avec un délai compatible avec la prise en charge des grossesses, et plus court que la combinaison ACPA+ES. Le rendement diagnostique est comparable, tout en permettant la détection simultanée de SNV, CNV et aneuploïdies évitant une stratégie séquentielle d’ACPA puis ES. Ces résultats soutiennent la pertinence du GS ultra-rapide comme test de première intention en DPN, sous réserve d’une organisation adaptée et d’une validation à plus grande échelle.
Caroline RACINE (DIJON), Frédéric TRAN MAU-THEM, Hana SAFRAOU, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Anthony AUCLAIR, Valentin RUAULT, Philippe LABRUNE, Estelle COLIN, Benjamin DURAND, Clara HOUDAYER, Paul ROLLIER, Constance WELLS, Flavien ROUXEL, Thibaud ARMAND, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Elise SCHAEFER, Lina BEJJANI, Claire BENETEAU, Salima EL CHEHADEH, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Olivier PICONE, Marjolaine WILLEMS, Yannis DUFFOURD, Laure RAYMOND, Bénédicte GERARD, Barbara ADDÉ, Xavier VANHOYE, Vincent GASSEND, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:15 - 17:15
#49044 - P026 Identification de variants génétiques somatiques dans les malformations vasculaires superficielles par biopsie liquide : étude de faisabilité sur une cohorte de 88 patients dans un centre hospitalier français.
P026 Identification de variants génétiques somatiques dans les malformations vasculaires superficielles par biopsie liquide : étude de faisabilité sur une cohorte de 88 patients dans un centre hospitalier français.
Les malformations vasculaires superficielles sont des anomalies complexes caractérisées par une croissance vasculaire anormale. Des progrès récents en séquençage à haut débit ont permis d’identifier des variants génétiques somatiques impliqués dans ces lésions, ouvrant la voie à des approches thérapeutiques ciblées. Toutefois, l’analyse génétique repose habituellement sur des biopsies tissulaires, procédures souvent invasives et parfois difficiles à réaliser, en particulier dans le cas des malformations artérioveineuses (MAV) en raison des risques hémorragiques. La biopsie liquide, qui repose sur l’analyse d’ADN circulant libre (cfADN) constitue une alternative non invasive prometteuse. L’objectif de ce travail était d’évaluer la faisabilité d’une telle approche pour la caractérisation moléculaire des malformations vasculaires superficielles et de déterminer si certains sites de prélèvement pouvaient améliorer la sensibilité de détection des variants pathogènes, notamment dans les MAV.
Au total, 88 patients ont été inclus, dont 55 atteints de MAV et 33 de malformations lymphatiques. Chez les patients présentant une MAV, des échantillons de cfADN ont été recueillis dans le sang périphérique, la veines efférente, l’artère afférente et le nidus. Chez les patients avec malformations lymphatiques, le liquide lymphatique a été prélevé par ponction direct lors de procédure diagnostique. L’analyse moléculaire a été réalisée à l’aide d’un panel de gènes ciblant des altérations somatiques connues dans les tumeurs solides. Les variants pathogènes identifiés dans les malformations lymphatiques ont été confirmés par PCR digitale.
Des variants pathogènes ont été détectés chez 23,6 % des patients atteints de MAV, principalement dans les gènes MAP2K1 et KRAS, avec une sensibilité accrue à proximité du nidus. Dans les malformations lymphatiques, 27,3 % des patients présentaient un variant pathogène, exclusivement dans le gène PIK3CA. Bien que la sensibilité de la biopsie liquide soit inférieure à celle d’une analyse tissulaire, ces résultats soulignent son utilité, notamment lorsque la biopsie directe est contre-indiquée ou techniquement impossible.
Cette étude démontre la faisabilité d’une approche par biopsie liquide pour le génotypage des malformations vasculaires superficielles. Si la biopsie tissulaire reste la référence en raison de sa sensibilité supérieure, la biopsie liquide représente une alternative non invasive pertinente, utilisable en première intention ou lorsque le prélèvement direct est irréalisable. La détection des variants apparaît particulièrement optimisée par un prélèvement au niveau du nidus dans les MAV, ce qui constitue une piste méthodologique pour de futurs travaux. Des recherches complémentaires sont nécessaires pour améliorer la sensibilité de cette technique et en évaluer l’applicabilité à d’autres localisations, notamment aux MAV cérébrales, où la biopsie tissulaire comporte un risque hémorragique élevé.
Franck EL SISSY, Franck EL SISSY (Paris), Annouk BISDORFF, Alexandre PERRIER, Erell GUILLERM, Jérôme Alexandre DENIS, Anne LEROY, Loetitia FAVRE, Mathilde AUBERTIN, Mélanie EYRIES, Florence COULET
16:15 - 17:15
#49254 - P030 Élargissement du spectre clinique des RNU4ATAC-opathies : plus fréquentes et diverses que supposées.
P030 Élargissement du spectre clinique des RNU4ATAC-opathies : plus fréquentes et diverses que supposées.
Depuis 2011, des variants bialléliques dans le gène RNU4ATAC, transcrit en un petit ARN non codant essentiel du spliceosome mineur, ont été identifiés successivement dans quatre pathologies : le nanisme microcéphalique ostéodysplasique primordial de type 1 (MOPD1, ou syndrome de Taybi-Linder, TALS), le syndrome de Roifman (RFMN), le syndrome de Lowry-Wood (LWS) et un syndrome Joubert-like. Ces pathologies très rares (109 patients publiés à ce jour, diagnostiqués principalement par séquençage ciblé dans le cadre d’une suspicion clinique de RNU4ATAC-opathie) se caractérisent par une microcéphalie, une déficience intellectuelle, un retard de croissance, une dysplasie osseuse, une dystrophie rétinienne et une immunodéficience, à des degrés variables. Le TALS, premier syndrome associé à RNU4ATAC, est la forme la plus fréquemment rapportée dans la littérature et la plus sévère, caractérisée par un nanisme microcéphalique primordial et un décès précoce dans la majorité des cas.
Afin d’affiner le spectre phénotypique des pathologies liées à RNU4ATAC, nous avons lancé un appel à collaboration national (AnDDI-Rares) et européen (ERN-ITHACA).
Nous présentons ici les données cliniques et moléculaires de 69 patients dont 67 jamais publiés, majoritairement hétérozygotes composites, avec 17 nouveaux variants de RNU4ATAC. La plupart des patients ont bénéficié d'une analyse pangénomique par séquençage de l'exome ou du génome (58%). Au-delà des patients avec présentation classique de syndromes TALS et RFMN, nous observons un spectre phénotypique plus large et plus variable que ce qui était connu, de nouveaux symptômes non décrits auparavant et une prédominance de présentations atténuées, atypiques, avec une grande diversité de points d’appel cliniques. Nous rapportons en particulier un large spectre de nouvelles manifestations inflammatoires et auto-immunes, affectant près de la moitié des patients. Nous montrons grâce à une analyse morphologique faciale informatisée (GestaltMatcher) qu’il existe une dysmorphie spécifique associée aux variants de RNU4ATAC et distincte entre les patients TALS et RFMN. Nous décrivons des patients avec un phénotype chevauchant entre TALS et RFMN, notamment des patients TALS avec survie prolongée et atteinte dysimmunitaire. Nous proposons une nouvelle classification permettant de prendre en compte tous les phénotypes, basée sur les signes cliniques. De plus, notre étude affine la corrélation génotype-phénotype connue, bien que moins franche que précédemment décrite. Nous montrons que le nanisme microcéphalique, les malformations cérébrales et la létalité sont fortement associés aux variants de la 5'SL, tandis que les manifestations dysimmunitaires sont associées aux variants de la stem-II. Enfin, le fait que 36/130 nucléotides de cette courte séquence soient affectés par des variants pathogènes ou probablement pathogènes suggère qu'aucun variant de RNU4ATAC ne doit être négligé.
Silvestre CUINAT (Lyon), Valérie CORMIER-DAIRE, Jeremie ROSAIN, Céline HUBER, Elsa FERRIERE, Benjamin FOURNIER, Morgane CHEMINANT, Martin CASTELLE, Nicolas NOEL, Capucine PICARD, Despina MOSHOUS, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, Séverine DRUNAT, Alexia RABEC, Alicia BESSON, Nicolas CHATRON, Gaetan LESCA, Audrey LAURENT, Jérémie MORTREUX, Marine SERVEAUX DANCER, Radka STOEVA, Alissandre LECORDIER, Céline POIRSIER, Anne DIEUX, Françoise SARROT-REYNAULD, Béatrice LAUDIER, Maelle LE BESNERAIS, Anne-Marie GUERROT, Mathilde NIZON, Benjamin COGNE, Bertrand ISIDOR, Sophie JULIA, Sarra BOURI, Mathieu FUSARO, Marjolaine WILLEMS, Narcisse ELENGA, Elisabeth SARRAZIN, Pere SOLER-PALACÍN, Tahsin Stefan BARAKAT, Marcello NICETA, Giulia SEVERI, Marco TARTAGLIA, Claudio GRAZIANO, Annabelle ARLT, Alexander HUSTINX, Hannah KLINKHAMMER, Peter KRAWITZ, Sophie RONDEAU, Nizar MAHLAOUI, Paul BASTARD, Irene VALENZUELA PALAFOLL, Felipe SUAREZ, Marion DELOUS, Sylvie MAZOYER, Patrick EDERY, Audrey PUTOUX
16:15 - 17:15
#49343 - P034 Synostose huméro-radiale : actualisation de la classification et des diagnostics génétiques associés.
P034 Synostose huméro-radiale : actualisation de la classification et des diagnostics génétiques associés.
Les synostoses huméro-radiales (SHR) sont des malformations rares des membres, caractérisées par la fusion de l’humérus et du radius, entraînant un défaut fonctionnel de l'articulation du coude. Les SHR peuvent survenir dans un contexte familial ou sporadique et être observées de manière isolée ou syndromique.
L’objectif de ce travail était d’actualiser la classification étiologique des SHR, à partir d’une revue de la littérature et de notre expérience du Centre de Référence Maladies Rares (CRMR)-Anomalie des membres du CHU de Lille.
A partir de la revue de la littérature, nous proposons une classification basée sur les voies moléculaires des gènes impliqués : chondrogenèse et ostéogenèse ; développement et déterminisme des membres ; régulation génique. Les pathologies appartenant à la même catégorie présentent des phénotypes cliniques chevauchants, facilitant l’orientation diagnostique. La catégorie « chondrogenèse et ostéogénèse », regroupant notamment le syndrome des synostoses multiples et le syndrome d’Antley-Bixler, est caractérisée par la présence de synostoses multiples (ancienne classe II « joint maldevelopment », McIntyre, et al. 2002). Les catégories « développement et déterminisme des membres » et « régulation génique » ont en commun l’hypoplasie des os longs (ancienne classe I « long-bone hypoplasia » McIntyre, et al. 2002). La catégorie « régulation génique » se distingue par un caractère plus volontiers syndromique (extra-squelettique), et comprend notamment le syndrome de Roberts (microcéphalie, fente palatine, atteinte ophtalmologique). A titre d’exemple concernant la catégorie « développement et déterminisme des membres », le syndrome de Cousin associe en particulier dysmorphie et dysplasie pelvi-scapulaire.
Au sein de notre CRMR, 24 patients avec SHR, majoritairement sporadiques, ont été identifiés. Cinq diagnostics moléculaires ont pu être établis incluant le syndrome TAR (thrombocytopénie-aplasie radiale) (N=2), le syndrome de Cousin (N=1) et le syndrome des synostoses multiples (N=1). A noter que, parmi les patients sans diagnostic moléculaire, seuls 3 avaient bénéficié d’un séquençage de l’ensemble des gènes associés aux pathologies retenues dans la classification.
En pratique clinique, devant une SHR isolée, nous proposons une étude ciblée des gènes impliqués dans la classification. En contexte syndromique, une analyse chromosomique sur puce à ADN devra être considérée. En l’absence de diagnostic moléculaire, une analyse pangénomique (exome, génome) peut permettre d’identifier de nouvelles formes monogéniques.
Au total, les synostoses huméro-radiales sont rares et restent souvent inexpliquées. Des études génétiques et épidémiologiques de plus large envergure sont nécessaires pour évaluer le rendement diagnostique des analyses génétiques, notamment pangénomiques, ainsi que l’éventuelle contribution des facteurs environnementaux dans la physiopathologie des SHR.
Fiona LEDUC (Lille), Clémence VANLERBERGHE, Fabienne ESCANDE, Perrine BRUNELLE, Florence PETIT, Anne DIEUX
16:15 - 17:15
#49463 - P038 Cohésinopathie liée à STAG2 : à propos de 12 nouveaux cas français et revue de la littérature.
P038 Cohésinopathie liée à STAG2 : à propos de 12 nouveaux cas français et revue de la littérature.
Le complexe cohésine est une structure multiprotéique essentielle à l’intégrité du génome et à la régulation de l’expression génique. De forme annulaire, il est constitué de quatre sous-unités principales : SMC1, SMC3, RAD21 et l’isoforme STAG1 ou STAG2. En pathologie humaine, les altérations des différentes protéines de ce complexe et de ses partenaires (notamment NIPBL, HDAC8, BRD4) sont regroupées sous le terme « cohésinopathies ». Le gène STAG2, en position Xq25, a récemment été associé à une cohésinopathie liée à l’X, responsable d’anomalies congénitales multiples (MCA) et de troubles du neurodéveloppement (TND) (OMIM #301022). Dans la littérature, le nombre de cas décrits reste limité (n= 32). Les deux sexes peuvent être atteints, avec une expressivité clinique variable. Chez les femmes, des variants tronquants, d’épissage ou faux-sens ont été rapportés, sans profil clair d’inactivation du chromosome X. Chez les hommes, seuls des variants faux-sens de novo ou hérités de la mère ont été décrits, confortant l’hypothèse d’une létalité embryonnaire associée aux allèles perte de fonction.
L’objectif de ce travail est d’élargir le spectre phénotypique et moléculaire en lien avec des altérations du gène STAG2 par un appel à collaboration nationale via la filière AnDDI-Rares.
Nous rapportons douze nouveaux cas porteurs de variants ponctuels pathogènes ou probablement pathogènes, du gène STAG2, incluant quatre fœtus de sexe féminin, six filles et deux garçons, correspondant à la plus importante cohorte décrite à ce jour dans la littérature. Notre série met en évidence, pour la première fois, un phénotype sévère chez deux fœtus présentant des variants hérités (faux-sens et d’épissage) transmis par des mères paucisymptomatiques.
Nous décrivons également la première observation d’une ectrodactylie/oligodactylie chez un fœtus et documentons une forte prévalence d’anomalies oculaires au sein de notre cohorte. En intégrant la description clinique, les données moléculaires avec le profil d’inactivation du chromosome X et les analyses transcriptomiques (RNA-seq) pour certains cas, ainsi qu’une revue exhaustive de la littérature, nous élargissons le spectre phénotypique et moléculaire de la cohésinopathie liée au gène STAG2. Ces données sont déterminantes pour améliorer les connaissances en termes d’évolution naturelle de la maladie, de suivi médical spécifique et affiner les informations délivrées dans le cadre du conseil génétique, notamment dans le contexte du diagnostic prénatal devant un syndrome polymalformatif à l’heure des investigations pangénomiques anténatales.
Solène REMIZE (Tours), Lucile BOUTAUD, Nicolas BOURGON, Marjolaine WILLEMS, Marlene RIO, Sophie THOMAS, Roseline CAUMES, Paul ROLLIER, Christele DUBOURG, Florian CHERIK, Marie-Laure WINTER, Stephanie ARPIN, Cindy COLSON, Mathilde NIZON, Benjamin COGNE, Anne GUIMIER, Tania ATTIE
16:15 - 17:15
#49849 - P042 Syndrome lié à l’haploinsuffisance de TAB2 : revue systématique de la littérature et recommandations de prise en charge.
P042 Syndrome lié à l’haploinsuffisance de TAB2 : revue systématique de la littérature et recommandations de prise en charge.
Le syndrome lié à l’haploinsuffisance de TAB2 associe principalement anomalies cardiaques, retard statural et hyperlaxité, mais les données cliniques demeurent imprécises. Nous avons réalisé une revue systématique de la littérature incluant 145 patients porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène. Les atteintes cardiaques étaient présentes dans 88% des cas, surtout valvulaires, associées fréquemment à des particularités morphologiques, un retard statural et une hyperlaxité. Des corrélations génotype-phénotype émergent : les variants de structure sont liés à un retard de croissance et psychomoteur plus marqué, tandis que les variants ponctuels s’associent davantage à l’hyperlaxité. Cette étude, la plus large à ce jour, confirme les atteintes cardinales, élargit le spectre phénotypique et fournit des bases pour des recommandations diagnostiques et de suivi dans le cadre d’un PNDS.
Vivien CUVELIER (Lille)
16:15 - 17:15
#49178 - P046 Recherche du chromosome Y à partir de l’ADN libre circulant chez les patientes atteintes du syndrome de Turner.
P046 Recherche du chromosome Y à partir de l’ADN libre circulant chez les patientes atteintes du syndrome de Turner.
Le syndrome de Turner touche 1/2500 nouveaux-nés de sexe féminin. Il est secondaire à une monosomie X (45,X) ou anomalie de structure du chromosome X, homogène ou en mosaïque. La clinique est caractérisée par une petite taille, une dysgénésie gonadique et des anomalies osseuses. L’évolution peut être compliquée par la dégénérescence des reliquats gonadiques en gonadoblastome. Le risque de gonadoblastome est majoré par la présence de matériel issu du chromosome Y. La recherche celui-ci est habituellement effectuée par technique de cytogénétique conventionnelle sur cellules sanguines (caryotype, hybridation in situ en fluorescence (FISH)). Cependant, ce matériel peut être difficile à détecter du fait de sa présence en mosaïque, à des taux variables en fonction des tissus, et de sa présence à l’état cryptique, non visible au caryotype.
Nous avons mis au point un test basé sur l’étude de l’ADN libre circulant (ADNlc) afin de rechercher des séquences du chromosome Y en faible mosaïque chez les patientes atteintes du syndrome de Turner. Ce test repose sur des réactions de PCR en temps réel de type Taqman ciblant trois loci différents du chromosome Y (SRY, RBMY1F, DYS14), réalisées en duplicat.
Dans un premier temps, des dilutions de plasma témoin XY dans un plasma témoin XX ( 20%, 10%, 5%, 2,5%, 1% et 0%) a montré que le seuil de détection du test correspond à une mosaïque de 1%.
Ensuite, 50 patientes atteintes du syndrome de Turner ont été recrutées dans les centres des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg et des Hospices Civils de Lyon. Le test ADNlc a été réalisé en parallèle avec une étude en FISH interphasique (sonde centromérique X et Y) sur frottis sanguin. L’étude en FISH a retrouvé la présence de chromosome Y pour 2/50 patientes. Le test ADNlc était positif pour le chromosome Y pour ces deux mêmes patientes, ainsi que pour une troisième patiente dont la FISH ne retrouvait pas de chromosome Y (3/50).
Cette étude montre la faisabilité de l’approche par ADNlc pour la recherche de chromosome Y chez les patientes atteintes de syndrome de Turner ainsi que son intérêt par rapport à la technique FISH. Des études ultérieures seront nécessaires pour évaluer la pertinence de cette approche dans la prise en charge des patientes.
Margaux BIEHLER, Nicolas CHATRON, Odile NULLANS, Thibault BAHOUGNE, Aude BRAC DE LA PERRIÈRE, Patricia BRETONES, Nathalie JEANDIDIER, Mathilda KRETZ, Mathilde PUJALTE, Sylvie ROSSIGNOL, Carine VILLANUEVA, Marianne TILL, Caroline SCHLUTH-BOLARD (STRASBOURG)
16:15 - 17:15
#49394 - P050 Cohorte de 200 patients principalement atteints d'un retard neurodéveloppemental analysée par cartographie optique du génome en cytogénomique constitutionnelle.
P050 Cohorte de 200 patients principalement atteints d'un retard neurodéveloppemental analysée par cartographie optique du génome en cytogénomique constitutionnelle.
Introduction :
La cartographie optique du génome (OGM) est une technologie innovante basée sur l’analyse optique par fluorescence automatisée de molécules d’ADN de très haut poids moléculaires. Cette approche « génome entier » permet une analyse rapide et fiable des variants de structure (SV) et leur organisation spatiale en cytogénomique constitutionnelle.
Méthode :
85 échantillons de patients d’une 1ere cohorte, dont 80 échantillons de sang et 5 liquides amniotiques, ont été collectés entre 2022 et 2024 et analysés par OGM au CHU de Nantes. Parmi eux, 35 cas ont été étudiés pour caractériser des SV identifiés par d’autres techniques de routine (caryotype, ACPA, séquençage du génome) et pour vérifier l’absence d’autres SVs. De plus 44 patients, atteints de troubles du neurodéveloppement (TND) en impasse diagnostique, ont été analysés par OGM. Dans un second temps, 55 échantillons de patients de notre FHU, atteints de TND, ont été analysés par OGM au sein du service. Les analyses ont été réalisées majoritairement en solo. En parallèle, 60 échantillons de patients témoins ont été analysés pour des fausses couches à répétitions.
Résultats :
Dans notre 1ère cohorte, l'OGM a montré une concordance de 97,1% avec les résultats obtenus par d’autres méthodes pour les SV préalablement identifiés. L’analyse par OGM a permis une meilleure compréhension spatiale des anomalies chromosomiques dans 65% des cas et la découverte de 13 nouveaux SV candidats. Chez les patients en impasse diagnostique, 15 SVs candidats ont été identifiés, dont 8 patients présentant au moins un SV de classe IV-V. Au total, le % de nouveaux SVs candidats est de 32,9% (28/85). Dans l’ensemble, nous avons analysé un large spectre d'anomalies chromosomiques telles que aneuploïdies, délétions, duplications, inversions et insertions, triplications, dérivés de translocations, chromosomes en anneau et marqueurs, inversions-duplications-délétions et les réarrangements complexes. Enfin 29 dossiers sont rendus sans anomalies pathogène ou probablement pathogène. Simultanément, nous avons constitué une base de données locale de SV provenant des 60 « patients sains » facilitant l'interprétation des SV observés par OGM. De plus 55 dossiers de patients atteints de TND ont été analysés dont les résultats sont en cours d’interprétation (service de cytogénétique,CHU Nantes).
Conclusion :
L’analyse de ces différents échantillons de patients nous a permis de maitriser la technique et l'interprétation des données issues de l’OGM. Nous avons validé la méthode après comparaison des résultats aux techniques de routine. Nous avons créé une base de données de variants permettant une analyse plus rapide des échantillons de patients atteints de TND. Ce travail a ainsi enrichi nos connaissances sur l’application de l'OGM en cytogénétique constitutionnelle, d’approfondir notre compréhension de l’organisation spatiale de certains SV et de mieux appréhender les avantages et limites de cette approche innovante
Emma BENBAKIR (Nantes), Wallid DEB, Olivier PICHON, Valentine BARIL, Faezeh VASHEGHANI FARAHANI, Emilie LANDAIS, Tony YAMMINE, Sylvie BERNARD, Céline POIRSIER, Nathalie LE DU, Paul GUEGEN, Vincent JAUFFRET, Noémie CELTON, Valérie KOUBI, Kamran MORADKHANI, Nicolas GRUCHY, Agnes GUICHET, Sylvie ODENT, Sylvie JAILLARD, Sandra MERCIER, Bertrand ISIDOR, Benjamin COGNE, Mathilde NIZON, Marie VINCENT, Céline BONNET, Clémence JACQUIN, Nathalie BEDNAREK, Jonathan LEVY, Mylène BERI, Laetitia LAMBERT, Stéphane BEZIEAU, Martine DOCO-FENZY
16:15 - 17:15
#49501 - P054 Un petit peu plus qu’un syndrome de Turner ?
P054 Un petit peu plus qu’un syndrome de Turner ?
Les analyses de génétique chromosomiques sont complémentaires, avec un apport indéniable des nouvelles techniques de biologie moléculaire. Le caryotype et la FISH sont, cependant, encore, le Gold Standard des techniques de confirmation et restent indispensables, notamment en cas de mosaïcisme ou de remaniement complexe.
Une analyse par CGH array a été demandée chez une patiente, pour qui un caryotype, réalisé en 2000, montrait une monosomie X en mosaïque, avec une population présentant un isochromosome X et une population avec deux X apparemment normaux. Son phénotype était jugé atypique pour un syndrome de Turner ce qui justifiait cet examen.
La CGH array confirme le mosaïcisme de monosomie X avec présence d’au moins un X anormal mais l’aspect de l’hybridation du X ne semblait pas compatible avec la présence d’une population avec deux X normaux, sans pouvoir résoudre la structure exacte du ou des deuxièmes X. Chez cette patiente, un nouveau caryotype et des FISH métaphasiques ont été cruciaux pour déterminer les populations cellulaires en présence et notamment la mise en évidence d’au moins 5 populations différentes.
Une magnifique peinture partielle chromosome X, a permis de déceler, outre la population 45,X, majoritaire, et la population avec un chromosome X isodicentrique (idic(X)), une population inédite avec un chromosome X présentant une délétion terminale du bras court du chromosome X (Xp) et duplication terminale du bras long du chromosome X (Xq), insérée en Xp (der(X)). De plus, de manière inattendue, sont vues de rares cellules avec deux idic(X) et des cellules avec deux der(X). Deux cellules avec 4 idic(X) sont également détectées. Plus de 400 images ont été nécessaires pour parvenir à cette conclusion.
Ce dossier illustre une nouvelle fois la nécessité de maintenir les techniques conventionnelles qui permettent encore d’affiner et de compléter les résultats des nouvelles technologies.
Perrine PENNAMEN (Bordeaux), Amel BOUCHATAL BERRAHOU, Manon LAURENT, Solène CARPENTIER, Natacha KUSCHNER, Alicia ARNETON, Eric LAZAILLE, Julie BOURON, Jérôme TOUTAIN, Sophie NAUDION
16:15 - 17:15
#49671 - P058 Résolution des régions d’incertitude de gains de copie de MED13L par séquençage Long-Reads pour une reclassification des variants.
P058 Résolution des régions d’incertitude de gains de copie de MED13L par séquençage Long-Reads pour une reclassification des variants.
Introduction. Le syndrome MED13L (MIM #616789) est associé à des variants ponctuels pathogènes hétérozygotes dans MED13L conduisant le plus souvent à une haploinsuffisance. De rares descriptions rapportent également des gains de copies identifiées en CGH-array. Si l’interprétation des duplications intragéniques causant un décalage de cadre de lecture est assez évident, l’analyse des duplications associées à une incertitude sur la localisation des points de cassures est plus complexe. Dans ce contexte, le séquençage long-read (LRS) présente un intérêt majeur avec une cartographie précise des points de cassure permettant d’améliorer leur classification et interprétation clinique.
Méthodes. Nous avons étudié trois patients porteurs de gains de copies partiels de MED13L détectés par CGH-Array. Ces anomalies ont été identifiées chez des patients présentant des troubles du neurodéveloppement non évocateur de syndrome MED13L. Nous avons réalisé un séquençage long-reads (LRS) sur plateforme Oxford Nanopore Technologies PromethION, à partir de l’ADN génomique sanguin des trois patients, ainsi qu’un séquençage sur cDNA pour l’un d’entre eux. Les lectures ont été alignées sur le génome de référence GRCh38 à l’aide de minimap2. Enfin, la reconstruction fine des anomalies a été effectuée grâce aux outils de visualisation JBrowse et IGV.
Résultats. Le LRS a permis de caractériser entièrement les trois variants structuraux, montrant que les trois gains de copies correspondaient à des duplications en tandem. Pour trois patients, les bornes fournies par la CGH-array restaient trop larges pour conclure, tandis que le LRS a précisé les points de cassure et démontré l’absence d’impact sur le transcrit sauvage ainsi que l’absence de transcrit aberrant. Dans l’ensemble, cette approche met en évidence la capacité du LRS à reconstruire finement l’organisation des remaniements et à faciliter leur reclassification.
Conclusions. Nos données soulignent la valeur ajoutée du LRS pour la résolution fine des variants structuraux, en particulier lorsque les points de cassures sont situés dans des régions d’incertitude liées à la distribution des sondes. Cette analyse structurale précise a permis de reclasser les anomalies en variants bénins.
Jade FAUQUEUX (Lille), Roseline CAUMES, Ali BENANOUD, Caroline THUILLIER, Emilie AIT YAHYA, Jamal GHOUMID, Thomas SMOL
16:15 - 17:15
#49385 - P062 Etude clinique et étiologies génétiques du syndrome de Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser.
P062 Etude clinique et étiologies génétiques du syndrome de Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser.
Le syndrome de Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser (MRKH) ou aplasie utéro-vaginale est une malformation congénitale rare comportant l’absence ou l’hypoplasie sévère de l’utérus et des 2/3 supérieurs du vagin (anomalies des dérivés Müllériens), avec des caractères sexuels secondaires normaux. Le MRKH peut être classé en forme typique « type I » (forme génitale isolée) ou forme atypique « type II » (présence de signes extra-génitaux tels que surdité, anomalies rénales, squelettiques et/ou cardiaques). Ce syndrome est découvert dans 80% des cas à l’adolescence devant une aménorrhée primaire chez une femme présentant un développement pubertaire par ailleurs normal. Des avancées significatives récentes sur le syndrome MRKH concernent le développement de la transplantation utérine et la mise en évidence d’une étiologie génétique. De nombreuses investigations tentent depuis longtemps de déchiffrer l’origine génétique du syndrome MRKH. L’introduction du séquençage haut débit (SHD) a eu un impact majeur sur le diagnostic étiologique des infertilités féminines d’origine utérine, avec la description de plusieurs gènes pouvant être associés au phénotype.
Notre étude vise à décrire le phénotype génital et extra-génital et à évaluer le taux de diagnostic génétique chez des individus présentant un syndrome MRKH, incluant majoritairement des patientes suivies pour leur malformation génitale ainsi que quelques cas fœtaux.
- Nous décrivons cliniquement une cohorte de 85 femmes. 23,5 % des patientes présentent une aplasie utéro-vaginale isolée mais 38,5 % n’ont pas bénéficié d’une évaluation complète des malformations associées. Par ailleurs, près de 20 % des patientes testées présentent un taux bas d’AMH, indiquant une altération prématurée de la réserve ovarienne.
- Pour la description génétique, la cohorte inclut 91 individus (88 femmes et 3 fœtus) ayant bénéficié d’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et de séquençage d’exome. Les ACPA montrent l’identification de 6 CNV d’intérêt dont la microdélétion récurrente 17q12 chez trois patientes. Concernant le SHD, notre étude confirme le rôle prépondérant des variants pathogènes de GREB1L, avec un spectre phénotypique incluant de façon variable MRKH et/ou agénésie rénale. Nous mettons par ailleurs en évidence l’implication de variants pathogènes dans les gènes PAX8, GATA3 et EP300. Des variants pathogènes n’expliquant pas les anomalies génitales mais responsables du reste du tableau clinique observé ont été identifiés chez trois patientes. Enfin, le corollaire du SHD est l’identification de variants de signification incertaine (VSI) nécessitant des explorations complémentaires afin de comprendre leur potentielle implication dans le phénotype.
Au total, ces données confirment la possibilité d’une origine mendélienne du syndrome MRKH. La découverte d’une étiologie génétique permet d’apporter un conseil génétique précis aux patientes et à leur famille.
Auriane COSPAIN (Rennes), Paul ROLLIER, Anna LOKCHINE, Erika LAUNAY, Chloe QUELIN, Alinoe LAVILLAUREIX, Sylvie ODENT, Godelieve MOREL, Laurent PASQUIER, Emmanuelle GINGLINGER, Emmanuelle HAQUET, Florence RICCARDI, Madi ABDOU, Delphine DUPIN-DEGUINE, Cynthia SARFATI, Anne BERGOUGNOUX, Anne BARLIER, Bénédicte NOUYOU, Fabrice PETIT, Soazik JAMIN, Mélanie FRADIN, Laura MARY, Ludivine DION, Wilfrid CARRE, Regis BOUVET, Daniel GUERRIER, Marie FAOUCHER, Karine MORCEL, Christele DUBOURG, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Vincent LAVOUE, Sylvie JAILLARD
16:15 - 17:15
#49718 - P066 Le séquençage exomique d’une cohorte de 344 patients avec anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde permet l’identification de 38 gènes et le diagnostic de plus de la moitié des patients.
P066 Le séquençage exomique d’une cohorte de 344 patients avec anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde permet l’identification de 38 gènes et le diagnostic de plus de la moitié des patients.
Les anomalies multiples des flagelles spermatiques (MMAF) représentent une forme rare et sévère d’asthénozoospermie. Elles se caractérisent par une forte proportion de spermatozoïdes présentant des défauts du flagelle (absents, courts, irréguliers, angulés ou enroulés), entraînant une mobilité fortement réduite et une infertilité. L’analyse ultrastructurale révèle le plus souvent une désorganisation profonde de l’axonème et des structures péri-axonémales, suggérant l’implication de gènes liés à l’assemblage et la stabilité du flagelle. Grâce au séquençage haut débit et à des approches fonctionnelles, une carte génétique des MMAF a été établie, identifiant un nombre croissant de gènes. Certains sont également impliqués dans la dyskinésie ciliaire primitive (DCP), maladie rare des cils mobiles caractérisée par des infections respiratoires chroniques, un situs inversus et une infertilité.
A ce jour, 344 prélèvements de patients MMAF non syndromiques provenant de 9 centres français (n=74), d’un centre tunisien (n=218) et d’un centre iranien (n=52) ont été analysés au CHU Grenoble Alpes par séquençage exomique. Les patients avec des variants homozygotes ou hémizygotes tronquants ou jugés délétères par une majorité des outils de prédiction in silico (faux-sens : SIFT, Polyphen, CADD, MutationTaster, REVEL, MetaRNN, AlphaMissense ; épissage : SpliceAI, CADD-Splice, dbscSNV-ada et rf) sur des gènes MMAF décrits, ont été considérés comme diagnostiqués. Au total, un diagnostic a été obtenu pour 174 patients (50,5%) concernant les 38 gènes suivants : CFAP251 (n=21), DNAH1 (20), CFAP44 (18), CFAP43 (16), FSIP2 (12), QRICH2 (8), CFAP91 (8), ARMC2 (6), TTC29 (6), CFAP65 (5), DNHD1 (4), DRC1 (4), SPEF2 (4), TTC21A (4), ZMYND12 (4), AK7 (3), IFT74 (3), CCDC146 (2), CCDC65 (2), CFAP69 (2), CFAP70 (2), DNAH10 (2), GAS8 (2), SUN5 (2), AKAP3 (1), CCDC34 (1), CFAP206 (1), CFAP61 (1), DNAI1 (1), DNAH2 (1), DNAH7 (1), DNAH17 (1), DNAH8 (1), MYCBPAP (1), SLC26A8 (1), SPAG1 (1), TDRD6 (1), SPAG17 (1). Onze des gènes décrits ont aussi été identifiés dans des DCP tels que AK7, IFT74 montrant une variabilité phénotypique importante. Deux patients portent une mutation du gène SUN5 rapporté comme essentiel au maintien de la jonction tête/flagelle et associé à des spermatozoïdes acéphaliques. La classification MMAF de ces patients pourrait être due à une variabilité phénotypique, une mauvaise catégorisation ou un spermogramme non représentatif. De plus, des anomalies de la jonction tête–flagelle sont fréquemment associées au phénotype MMAF.
Enfin, l’identification de nouveaux gènes permettrait d’élargir le spectre moléculaire des MMAF. Parallèlement, l’impact du génotype sur la sévérité phénotypique et sur les résultats d’ICSI constitue une question encore ouverte et fait actuellement l’objet d’évaluations systématiques. À terme, ces avancées sont appelées à affiner le conseil génétique, ouvrant ainsi la voie à une prise en charge plus personnalisée des patients infertiles.
Célia TEBBAKH (Grenoble), Asma HAMMOUDA, Sharanya SEN, Anne-Laure BARBOTIN, Natalie RIVES, Aurélie FERAILLE, Antoine CLERGEAU, Marion GÉRARD, Marion PYTEL, Florence CHEVALLIER HELAS, Marine POULAIN, Camille FOSSARD, Achraf BENAMMAR, Emmanuel DULIOUST, Catherine PATRAT, Véronique SATRE, Sylviane HENNEBICQ, Jacques PUECHBERTY, Sophie BROUILLET, Aminata TOURÉ, Catherine GUILLEMAIN, Amir AMIRI-YEKTA, Nicolas THIERRY-MIEG, Selima FOURATI BEN MUSTAPHA, Raoudha ZOUARI, Zine-Eddine KHERRAF, Pierre RAY
16:15 - 17:15
#48894 - P070 Les variants hétérozygotes de novo du gène RSF1 sont responsables d’un trouble du neurodéveloppement syndromique.
P070 Les variants hétérozygotes de novo du gène RSF1 sont responsables d’un trouble du neurodéveloppement syndromique.
Introduction : Les troubles du neurodéveloppement (TND) constituent un ensemble vaste et hétérogène de pathologies liées à une altération du développement cérébral, sous l’influence combinée du génome et de l’environnement. La régulation dynamique de la chromatine est essentielle au cours du développement cortical, et les remodeleurs de chromatine jouent un rôle central dans ce processus. De nombreuses données récentes impliquent des gènes codant des remodeleurs de chromatine dans les TND. En modifiant l’état épigénétique des gènes, les mutations de ces facteurs perturbent la régulation spatiotemporelle de l’expression génique, avec des conséquences développementales parfois majeures. Le gène RSF1 (Remodeling and Spacing Factor 1) code une protéine nucléaire ubiquitaire impliquée dans le remodelage de la chromatine, indispensable à la transcription, la réplication et la réparation de l’ADN.
Méthodes : Nous avons identifié 11 individus non apparentés porteurs de variants hétérozygotes de novo ou hérités d’un parent symptomatique dans RSF1, grâce à une stratégie de partage de données (genematch) (n=7) et à une revue de la littérature (n=4).
Résultats : Tous les individus présentaient un TND, incluant une déficience intellectuelle, un trouble du spectre de l’autisme ou un retard global de développement. Parmi les 7 cas avec description clinique détaillée, on observe des signes associés inconstants et non spécifiques, affectant notamment la morphologie cranio-faciale, les systèmes musculo-squelettique, digestif, visuel, le tonus musculaire, ainsi que des crises d’épilepsie et des anomalies à l’IRM cérébrale.
Discussion : Nos données renforcent l’hypothèse que RSF1 joue un rôle crucial dans le développement cérébral et constitue un nouveau gène candidat dans les TND syndromiques.
Céline JOST (dijon), Tiffany BUSA, Daniel WEGNER, Marwan SHINAWI, Elise SCHAEFER, Amelie PITON, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Perrine CHARLES, Boris KEREN, Katharina MAYERHANSER, Theresa BRUNET, Ulrich SCHATZ, Jennifer E NEIL, Christopher A WALSH, Kathleen SISCO, Alexander J PAUL, Chung LEE, Natalie DYKZEUL, Devon BONNER, Jonathan A. BERNSTEIN, Erin SUTCLIFFE, Ingrid M WENTZENSEN, Catherine FROEHLICH, Kaleigh LIEBLER, Patricia GALVIN PARTON, Jody WEISS-BURNS, Chloé SAGNOL, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Christel THAUVIN-ROBINET, Hana SAFRAOU, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Ange-Line BRUEL, Laurence FAIVRE
16:15 - 17:15
#48965 - P074 Description d’un nouveau trouble neurodéveloppemental lié à des variations perte de fonction dans le gène ATXN1 ?
P074 Description d’un nouveau trouble neurodéveloppemental lié à des variations perte de fonction dans le gène ATXN1 ?
ATXN1 est un gène codant une protéine impliquée dans la répression transcriptionnelle pouvant se lier à différents facteurs de transcription afin de former des complexes tels qu’ATXN1-CIC lors de son lien avec Capicua. Si ATXN1 est principalement connu pour être associé à l’ataxie spinocérébelleuse de type 1 en cas d’expansion pathogène de triplets CAG, des modèles murins ont montré que la perte de ce complexe pouvait engendrer des anomalies corticales et du gyrus dentelé hippocampique, ainsi que des troubles comportementaux. De plus, une femme atteinte de troubles comportementaux avec déficience intellectuelle légère et porteuse d’une délétion emportant partiellement ATXN1 a été rapporté dans la littérature. Ces éléments, associés à une prédiction d’intolérance à l’haploinsuffisance, soulèvent la question de l’imputabilité de l’haploinsuffisance d’ATXN1 dans une pathologie neurodéveloppementale.
Un appel à collaboration a été lancé permettant de constituer une cohorte. En complément, et afin de modéliser les potentielles atteintes cérébrales de l’haploinsuffisance d’ATXN1, différentes analyses fonctionnelles, en cours de réalisation, comprenant : (i) l’étude des taux d’expression (protéique et ARNm) d’ATXN1 dans les fibroblastes de patients par Western Blot et RT-qPCR, afin de confirmer l’haploinsuffisance des variations rapportées, (ii) des analyses transcriptomiques sur des neurones issus de cellules souches pluripotentes induites présentant une inactivation homozygote d’ATXN1 obtenue par la technologie CRISPR-Cas9, afin de mettre en évidence une potentielle différence d’expression entre les neurones issus de cellules sauvages et porteuses de codons stop prématurés, (iii) l’étude de la présence effective ou non du mécanisme de « nonsense-mediated decay » par traitement des cellules à la Puromycine, au vu de la présence de deux exons codants seulement.
La cohorte comprend actuellement 6 individus porteurs de variations non-sens, frameshift ou d’une délétion emportant les exons codants d’ATXN1. Un retard de langage est présent chez tous les individus, ainsi que des difficultés d’apprentissage avec ou sans déficience intellectuelle. Les troubles du comportement sont fréquents dans la cohorte (4/6), et un trouble du spectre autistique est rapporté chez 2/6 individus. En revanche, aucun de ces patients ne semble présenter de syndrome cérébelleux.
Nous présentons les premiers résultats concernant la potentielle implication des variations entraînant des codons stop prématurés et des délétions d’ATXN1 dans un phénotype neurodéveloppemental de sévérité variable. Concernant les analyses fonctionnelles, les fibroblastes de 3 individus ont été récupérés permettant de débuter la réalisation des Western-blots, et différents clones, notamment knock-out, sont en cours de caractérisation avant de débuter leur différenciation pour l’obtention des neurones.
Marlène MALBOS (Dijon), Fatima EL IT, Laurence DUPLOMB, Aurore GARDE, Sylvie ODENT, Romain AUCAGNE, Martin CHEVARIN, Perrine CHARLES, Boris KEREN, Gwenaël LE GUYADER, Matthieu EGLOFF, Christèle DUBOURG, Erika LAUNAY, Anne-Marie GUERROT, François LECOQUIERRE, Kévin CASSINARI, Victor COUTURIER, Charlotte POË, Clarisse DONDON, Laurence FAIVRE, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Hana SAFRAOU, Yannis DUFFOURD, Antonio VITOBELLO, Christel THAUVIN-ROBINET, Quentin THOMAS
16:15 - 17:15
#49204 - P078 Le séquençage du génome et la technologie Hi-C révèlent de nouveaux variants de structure non-codants altérant l'environnement chromatinien tridimensionnel des gènes PAX6 et PITX2, responsables d'aniridie congénitale et du syndrome d'Axenfeld-Rieger.
P078 Le séquençage du génome et la technologie Hi-C révèlent de nouveaux variants de structure non-codants altérant l'environnement chromatinien tridimensionnel des gènes PAX6 et PITX2, responsables d'aniridie congénitale et du syndrome d'Axenfeld-Rieger.
Les malformations oculaires englobent diverses maladies génétiques, dont les plus emblématiques sont l'aniridie congénitale (AC) et le syndrome d'Axenfeld-Rieger (SAR), résultant majoritairement de variants codants perte de fonction dans PAX6 (11p13) et PITX2 (4q25), conduisant à une haploinsuffisance. Néanmoins, environ 10 % d’AC et 30 % de SAR restent génétiquement inexpliqués. Comme de nombreux gènes du développement, PAX6 et PITX2 présentent un paysage génomique complexe, enrichi de plusieurs éléments cis-régulateurs (CRE) dispersés dans les régions non codantes qui contrôlent finement l'expression spatio-temporelle de ces gènes (nombre d'entre eux ayant été fonctionnellement validés chez la souris et/ou le poisson-zèbre). Deux régions régulatrices se démarquent particulièrement, l'une regroupant plusieurs CREs, localisée environ 150 kb en aval de PAX6 (DRR) et l'autre comprenant une quinzaine d'éléments régulateurs (CE1 à CE15) au locus PITX2 dont neuf sont éparpillés dans un « désert génique » s'étendant jusqu'à 1 Mb en amont du gène.
L'étude moléculaire par séquençage haut-débit ciblé de notre cohorte française de plus de 400 patients atteints d'AC et de SAR nous a permis d'identifier un large spectre de variants, dont une majorité dans PAX6 et PITX2, incluant une quinzaine de variants de structure localisés au niveau des régions régulatrices en aval de PAX6 et en amont de PITX2. Le séquençage du génome (GS), sur des cas génétiquement non résolus, a ensuite permis d’identifier trois inversions et une translocation et d’en caractériser précisément les points de cassure localisés à proximité, mais en dehors, des régions codantes de PAX6 et PITX2, suggérant un « effet de position » comme mécanisme alternatif pouvant expliquer l’haploinsuffisance chez les patients. Afin de mieux comprendre les conséquences fonctionnelles de ces réarrangements non-codants, une étude par capture de conformation chromosomique à haut débit (Hi-C) a été réalisée à partir de fibroblastes des patients, permettant une quantification précise des interactions chromatiniennes au sein des chromosomes humains 4 et 11, corrélée à des études d'expression. Les résultats indiquent que seuls les contacts chromatiniens entre les promoteurs de PAX6 et PITX2 et les éléments régulateurs, physiquement séparés par les remaniements de structure, étaient réduits de moitié chez les patients, apportant la preuve fonctionnelle de l'effet de position comme mécanisme physiopathologique d'haploinsuffisance de ces maladies oculaires. L'ensemble de ces résultats illustre l'intérêt d'explorer et d'interpréter les réarrangements génomiques autour de gènes d'intérêt même lorsque ces derniers ne sont pas interrompus, en combinant les approches GS et Hi-C chez les patients sans diagnostic moléculaire posé. Dans le contexte des malformations oculaires congénitales, cette approche a permis de révéler l'importance du génome non-codant dans l'étiopathogénie de l’AC et du SAR.
Cyril BURIN DES ROZIERS (Paris), Djihad HADJADJ, Sabine CANIVET, Baya DJADOUN, Eric PASMANT, Laïla EL KHATTABI, Dominique BREMOND-GIGNAC, Sophie VALLEIX
16:15 - 17:15
#49248 - P086 La perte de fonction bi-allélique du gène autosomique CIZ1 est responsable d’un trouble du neurodéveloppement affectant uniquement les femmes en lien avec un défaut d’inactivation du chromosome X.
P086 La perte de fonction bi-allélique du gène autosomique CIZ1 est responsable d’un trouble du neurodéveloppement affectant uniquement les femmes en lien avec un défaut d’inactivation du chromosome X.
Les anomalies du développement monogéniques répondant à une transmission autosomique récessive se manifestent généralement de façon similaire chez les garçons et les filles. Dans cette étude, nous rapportons une pathologie neurodéveloppementale autosomique récessive affectant uniquement les filles.
Nous avons identifié huit filles de 3 à 16 ans issues de huit familles présentant des variations tronquantes bi-alléliques - homozygotes ou hétérozygotes composites - dans le gène CIZ1. Dans deux de ces familles, les analyses de ségrégation ont permis d’identifier deux frères asymptomatiques, bien que porteurs de variations bi-alléliques dans le gène CIZ1.
Afin d’expliquer la cause de l’absence de symptomatologie chez les garçons, nous avons réalisé des analyses transcriptomiques par RNA-Seq à partir de cultures courtes lymphocytaires chez deux filles symptomatiques et un garçon asymptomatique, tous porteurs de variants bi-alléliques prédits perte de fonction. L’analyse d’expression différentielle par OUTRIDER a confirmé une perte d’expression complète de CIZ1 chez les trois individus. Toutefois, les deux filles présentent une surexpression commune de 25 gènes localisés sur le chromosome X (log2foldchange entre 0,2 et 0,6 et p-value < 0,01), notamment dans des régions identifiées comme étant plus susceptibles d’échapper à l’inactivation. Sept de ces gènes sont associés à des troubles du neuro-développement : BCAP31, HSD17B10, OFD1, SSR4, ATP6AP2, USP9X et SLC35A2. Une analyse comparative de la méthylation (Modkit v0.4.4) entre une des filles atteintes et d’autres filles contrôles a été réalisée à partir de séquençage génomique long-read (Nanopore). Nous avons ainsi pu mettre en évidence une diminution de la méthylation des CpG situés dans les régions promotrices de ces gènes.
Le gène CIZ1 situé sur le chromosome 9, code la protéine CDKN1A-interacting zinc finger protein 1, qui participe au maintien de l’inactivation du chromosome X en interagissant avec Xist et la matrice nucléaire. Une étude par FISH sur l’ARN Xist dans les noyaux des fibroblastes d’une des patientes a permis de mettre en évidence une localisation anormalement diffuse de Xist, suggérant une altération de l’inactivation de l’X.
Nous rapportons ainsi le premier cas d’un trouble du neurodéveloppement sévère à transmission autosomique récessive, spécifique aux filles. Les données issues des études complémentaires de transcriptomique, d’immunofluorescence et de méthylation, montrent que le mécanisme est en lien avec une perte du maintien de l’inactivation du chromosome X limitée à quelques gènes, dont la surexpression est toutefois probablement délétère pour le neurodéveloppement. Cette étude souligne le rôle crucial du maintien de l’inactivation du chromosome X pour le développement neuronal.
Thomas BESNARD (Nantes), Emma KNEUSS, Agnese LODA, Laura DO SOUTO FERREIRA, Frédéric EBSTEIN, Virginie VIGNARD, Amélie PITON, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Patricia TALARMAIN, Meriem M. DERRADJI-COSTEA, Sébastien KÜRY, Wallid DEB, Marc GIBAUD, Emmanuelle RANZA, Xavier BLANC, Martin BROLY, Fowzan ALKURAYA, Hanan E SHAMSEDDIN, Iman ABOMASUM, Lama ALABDI, Bader ALHADDAD, Mais HASHIM, Aboulfazl RAD, Gabriela OPREA, Majid ALFADHEL, Rayyan ALBARAKATI, Stéphane BÉZIEAU, Grant S. STEWART, Stylianos ANTONARAKIS, Edith HEARD, Benjamin COGNÉ, Bertrand ISIDOR
16:15 - 17:15
#49295 - P090 Rôle des canaux sodiques Nav1.1 et Nav1.6 dans un modèle de KCNQ2-DEE : implication dans la physiopathologie des SUDEP.
P090 Rôle des canaux sodiques Nav1.1 et Nav1.6 dans un modèle de KCNQ2-DEE : implication dans la physiopathologie des SUDEP.
Notre équipe étudie une forme néonatale d’épilepsie génétique sévère, appelée encéphalopathie épileptique et développementale (DEE), impliquant plus de 170 gènes différents. La forme la plus fréquente est causée par le variant pathogène p.(Thr274Met) dans la séquence codante KCNQ2 (KCNQ2-DEE). Le modèle murin Knock-in 129Sv-Kcnq2Thr274Met/+, développé au laboratoire, présente 25% de mortalité dans les 3 premiers mois de vie, à la suite de crises spontanées (Milh et al. 2020). Ce modèle peut être considéré comme pertinent pour l’étude de la Mort Subite Inattendue en EPilepsie (MSIE ou SUDEP), possiblement lié à un dysfonctionnement respiratoire. Nous avons donc étudié le réseau qui contrôle la respiration par des approches in vivo et in vitro. L’enregistrement de la ventilation par pléthysmographie en normoxie, montre qu’il n’y a pas de différences significatives de la fréquence respiratoire, du volume courant et du débit ventilatoire entre les animaux Knock-in et sauvages. De même, la réponse aux challenges hypoxiques était normale dans les deux groupes. Cependant, les enregistrements in vitro sur des tranches de tronc cérébral ont montré une réduction de la fréquence de l’activité inspiratoire fictive chez les souris Knock-in, ainsi qu’une altération significative de la réponse à l’hypoxie sévère.
Des études précédentes montrent que les canaux sodiques voltages dépendant sont fortement impliqués dans la réponse à l’hypoxie sévère (Peña et al. 2004) et dans le contrôle de l’excitabilité neuronale. Nous avons donc étudié l’expression des canaux Nav 1.1 et Nav 1.6 dans le cortex et le tronc cérébral, où se trouvent le réseau de neurones intervenants dans la genèse respiratoire. Nos résultats montrent la présence de ces canaux dans la région des centres respiratoires chez les animaux sauvages. Nous avons également étudié le niveau de protéines dans le cortex où la mutation p.(Thr274Met) semble modifier le taux de ces protéines. A la vue de ces résultats, une analyse reste à confirmer au niveau des centres respiratoires du tronc cérébral.
Notre étude montre donc une altération de l’activité inspiratoire in vitro, qui pourrait être due à une différence de quantité des canaux sodique. Si notre hypothèse se vérifie, nos résultats pourraient représenter une piste thérapeutique pour les SUDEP dans le cadre des KCNQ2-DEE.
Manon SAUREY (Marseille), Laurent VILLARD, Jean-Charles VIEMARI
16:15 - 17:15
#49381 - P094 Identification de biomarqueurs pour le diagnostic du syndrome de Rubinstein-Taybi par analyse transcriptomique comparative.
P094 Identification de biomarqueurs pour le diagnostic du syndrome de Rubinstein-Taybi par analyse transcriptomique comparative.
Le syndrome de Rubinstein-Taybi (SRT) est une anomalie génétique du développement avec trouble du développement intellectuel associés à des anomalies typiques de la face et des extrémités et d’autres malformations. Sa prévalence dans la population générale est estimée entre 1/100 000 et 1/125 000 naissances. Deux gènes sont actuellement connus pour être responsables du SRT, CREBBP (RTS1) dans 60 % des cas et EP300 (RTS2) dans environ 8 % des cas cliniquement diagnostiqués. Ces deux paralogues codent pour des coactivateurs transcriptionnels. Les deux protéines CBP (KAT3A) et p300 (KAT3B) contiennent un domaine catalytique lysine acétyltransférase (KAT) impliqué dans l'acétylation des protéines dont les des histones. Par conséquent, le SRT est considéré comme un trouble neurodéveloppemental rare avec une composante épigénétique importante. Cependant, en raison du chevauchement phénotypique et génétique potentiel avec d'autres troubles neurodéveloppementaux, la mise en place de tests fonctionnels adaptés au diagnostic dans le cadre du soin représente une étape cruciale pour la médecine de précision : stratification des patients, validation des variants génétiques et recherche thérapeutique.
Dans ce cadre, en nous appuyant sur nos données préliminaires issues des neurones dérivés de hiPSC chez 4 patients atteints d’un SRT de type 1 (lié à CREBBP), nous avons effectué une analyse transcriptomique comparative avec leurs fibroblastes afin d'identifier des voies moléculaires convergentes et des biomarqueurs potentiels adaptés à une application diagnostique.
L'analyse de l'expression sur les fibroblastes SRT a permis d'identifier plusieurs gènes différentiellement exprimés (DEG) liés à la différenciation neuronale et aux voies de guidage des axones), dont la majorité est sous exprimée. De plus, notre analyse de corrélation canonique a révélé 13 DEG identifiés dans les fibroblastes significativement associés à la même tendance que les 5 DEG identifiés dans les neurones dérivés d’hiPSC.
Nous avons montré que la dérégulation des voies associées à la différenciation et à la maturation neuronales dans les cellules SRT est également détectable dans les fibroblastes primaires des mêmes patients, qui sont plus accessibles que les modèles dérivés de hiPSC. Nous avons ainsi identifié une signature transcriptomique qui pourrait servir de biomarqueur candidat indiquant une activité enzymatique KAT réduite. D'autres types de variants CREBBP doivent être étudiés, mais cette stratégie complémentaire à la définition d'épisignatures par analyse de méthylation de l'ADN pourrait représenter une alternative d’outil fonctionnel pour le diagnostic de précision.
Julien VAN-GILS (BORDEAUX), Slim KARKAR, Aurélien BARRÉ, Sophie NOTHOF, Raphael CHEVALIER, Céline CARPENTIER, Béatrice CLUZEAU DEMOURES, Isabelle PELLEGRIN, Marlene RIO, Cécile LAROCHE, Sylvie ODENT, David GENEVIÈVE, Ndeye Fatou NGOM, Didier LACOMBE, Patricia FERGELOT, Frédérique MAGDINIER
16:15 - 17:15
#49553 - P098 Apport du séquençage génomique après exome dans le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.
P098 Apport du séquençage génomique après exome dans le diagnostic des troubles du neurodéveloppement.
Contexte:
Les troubles du neurodéveloppement (TND) affectent 1 à 3% des enfants et présentent une grande hétérogénéité clinique et étiologique. A partir de 2015, le séquençage d’exome (SE) est devenu l’outil de première intention dans les laboratoires de diagnostic, permettant d’identifier un variant causal dans 30 à 45% des cas en ciblant les régions codantes. À partir de 2020, le séquençage de génome (SG) a été rendu accessible grâce au Plan France Médecine Génomique, et permet une couverture plus homogène, l’exploration des régions non codantes et l’identification des variants structuraux complexes. Peu d’études ont évalué l’apport diagnostique du génome par rapport à l’exome.
Objectifs :
Evaluer l’apport diagnostique du SG après un SE non contributif dans une cohorte de 326 patients présentant un TND et analyser les causes de non-détection des anomalies génétiques par exome.
Patients et Méthodes :
Depuis 2015, 2 253 SE ont été réalisés dans notre laboratoire chez des patients présentant des TND, avec un rendement diagnostique de 42,2%. Parmi les 1 302 cas restés sans diagnostic, 326 ont bénéficié d’un SG au laboratoire SeqOIA.
Le SE a été réalisé sur Illumina NextSeq500 (paired-end 2x75pb, couverture : 92% ≥20X) et analysé via des pipelines internes. Le SG a été effectué sur Illumina NovaSeq6000 (paired-end 2x150pb, couverture : 90% ≥30X).
Résultats :
Un diagnostic a été porté chez 51/326 (15,6%) patients ayant eu un SG après un SE non contributif. Les principales causes de non détection par SE étaient :
• Variants dans des régions non codantes : 12 cas, 3 en régions introniques profondes ou 5’UTR et 9 dans les gènes non codants RNU, récemment identifiés par génome, soulignant le bénéfice du SG à la fois dans le diagnostic et la découverte de nouveaux gènes
• Couverture insuffisante du SE : 5
• Variants de structure complexes non identifiables en SE : 2
• Variants de structure classiques mais non détectable en SE avant 2021 : 13
• Avancées des connaissances entre SE et SG : 10 (nouveaux variants Clinvar, nouveaux gènes)
• Erreurs en SE : 5 (erreurs humaines ou d’annotation des pipelines)
• Données supplémentaires lors du SG : 4 cas, 2 avec une nouvelle indication clinique et 2 analyses en trio versus solo en SE
Conclusion :
Le SG a permis un apport diagnostique supplémentaire de 15,6% après un SE non contributif. Dans 9,8% des cas (32/326), le diagnostic aurait probablement été obtenu si l’exome avait été réalisé aujourd’hui, principalement grâce aux avancées des connaissances et à l’étude des variants de structure qui n’étaient pas réalisés initialement. Dans 5.8% des cas (19/326), l’apport diagnostique est directement attribuable aux avantages du génome : analyse des régions non codantes, meilleure couverture et détection de réarrangements structuraux complexes. Ces résultats confirment l’intérêt du SG pour améliorer le taux diagnostique pour les patients atteints de TND, notamment depuis la découverte de gènes non codants comme cause majeure de TND.
Uriel BENSABATH (Paris), Valérie OLIN, Cyril MIGNOT, Perrine CHARLES, Anna GERASIMENKO, Daphné LEHALLE, Sarah GROTTO, Alexandra AFENJAR, Romain DUQUET, Solveig HEIDE, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Aurélie WAERNESSYCKLE, Claude ESTADE, Corinne MACH, Fabienne RAJHONSON, Elodie LEJEUNE, Euphrasie SERVANT, Julien BURATTI, Alban LERMINE, Delphine HERON, Pierre BLANC, Caroline NAVA, Boris KEREN
16:15 - 17:15
#49794 - P102 Homologie fonctionnelle entre WIPI4 et Atg18 : un modèle levure pour évaluer la pathogénicité des variants WDR45 dans le BPAN.
P102 Homologie fonctionnelle entre WIPI4 et Atg18 : un modèle levure pour évaluer la pathogénicité des variants WDR45 dans le BPAN.
Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer (NBIA) sont un groupe de pathologies neurodégénératives rares et sévères, ayant pour dénominateur commun une accumulation anormale de fer dans les ganglions de la base du cerveau. Les présentations cliniques sont variables, avec des âges de début allant de la petite enfance à l’âge adulte avancé, et associent des atteintes motrices, cognitives et comportementales. Actuellement, la prise en charge est uniquement symptomatique et il n’existe pas de traitement spécifique préventif ou curatif. Parmi les 11 sous-types clinico-génétiques reconnus de NBIA, le BPAN (beta-propeller protein-associated neurodegeneration) représente 40 à 45% des cas. Seul sous-type de NBIA lié à l’X, le BPAN est causé par des mutations dans le gène WDR45 qui code la protéine WIPI4. Malgré son rôle essentiel dans l’autophagie, les mécanismes moléculaires à l’origine du BPAN restent mal compris, et de nombreux variants de WDR45 identifiés chez les patients par NGS sont classées comme « de signification inconnue » (VUS), entravant le diagnostic et la prise en charge clinique.
Dans cette étude, nous avons développé un modèle fonctionnel basé sur la levure Saccharomyces cerevisiae pour évaluer la pathogénicité des variants WDR45. Grâce à une combinaison de tests de croissance sur milieux respiratoires et de mesures de la consommation d'oxygène, nous avons démontré que la délétion d'ATG18 chez la levure entraînait un dysfonctionnement mitochondrial mimant le phénotype observé dans les modèles humains déficients en WDR45. Nous montrons pour la première fois que la protéine humaine WIPI4 est fonctionnellement équivalente à la protéine de levure Atg18, mais pas à la protéine Hsv2, contrairement à ce qui est suggéré par les analyses phylogénétiques, confirmant ainsi leur orthologie fonctionnelle au sein de la famille des protéines PROPPIN. En effet, l’expression de WDR45 sauvage dans une souche de levure dépourvue d’ATG18 (atg18Δ), restaure la fonction mitochondriale altérée.
Ce modèle a été ensuite validé par l’analyse de variants WDR45 connus : les variants bénins restauraient la croissance respiratoire de la souche atg18Δ, au contraire des variants pathogènes, y compris un variant faux-sens dans le motif FRRG conservé. Enfin, nous avons évalué plusieurs VUS identifiés chez des patients BPAN, fournissant ainsi des informations fonctionnelles sur leur pathogénicité et leur implication dans la maladie.
Notre étude a donc permis, d’une part de démontrer l’homologie fonctionnelle existant entre les protéines WIPI4 et Atg18 mais pas Hsv2, clarifiant ainsi les relations d'orthologie PROPPIN entre les espèces et, d’autre part, de développer un modèle de test fonctionnel chez la levure qui représente un outil précieux pour affiner la classification des variants et améliorer le diagnostic des patients BPAN. Il constitue également une plateforme prometteuse pour le criblage de composés thérapeutiques dans le contexte du BPAN.
Jean-Paul LASSERRE (Bordeaux), Christelle DURAND, Vincent MORIN, Elise CHEVALARIAS, Patricia FERGELOT, Chloé ANGELINI, Cyril GOIZET, Giovanni STEVANIN
16:15 - 17:15
#49844 - P106 Approches cellulaires et poisson-zèbre pour modéliser un trouble du neurodéveloppement causé par des mutations du gène CACNA1G.
P106 Approches cellulaires et poisson-zèbre pour modéliser un trouble du neurodéveloppement causé par des mutations du gène CACNA1G.
Contexte :
Des mutations gain de fonction du gène CACNA1G sont impliqués dans une encéphalopathie appelée SCA42ND et caractérisée par une ataxie congénitale, une atrophie cérébelleuse, une microcéphalie et de graves troubles moteurs et cognitifs. CACNA1G code pour le canal calcique de type T Cav3.1, principalement exprimé dans le cervelet, mais également, entre autres, dans le cortex cérébral. Les mutations les plus fréquentes sont p.A961T et p.M1531V, cependant leur impact physiologique est mal connu.
Matériel et méthodes :
L’analyse de corrélations génotype-phénotype dans une cohorte de patients porteurs de variants de CACNA1G a révélé un profil clinique sévère et spécifique associé aux mutations A961T et M1531V. Grâce à l’édition de génome dans les cellules souches embryonnaires humaines induites, nous avons introduit ou corrigé les mutations M1531V et A961T dans CACNA1G, respectivement. Nous avons ensuite différencié ces cellules en progéniteurs neuronaux corticaux (NPC) et en neurones. L’impact des mutations a été étudié dans la lignée A961T par des analyses transcriptomiques et d’imagerie calcique. Nous avons ensuite conçu et évalué des oligonucléotides antisens (ASO) ciblant spécifiquement l’allèle mutant de CACNA1G.
Pour les études in vivo, nous avons établi une méthode pour générer un mutant A961T de poisson-zèbre et caractérisé le gène et le canal orthologue en termes d’expression et d’électrophysiologie.
Résultats :
L’imagerie calcique a révélé une augmentation significative du taux de calcium cytosolique basal dans les NPC et les neurones mutants. L’étude transcriptomique dans ces cellules a permis d'identifier de nombreux gènes dérégulés, notamment des acteurs clés de la signalisation calcique et de multiples canaux ioniques. Dans les NPC et les neurones, un ASO a été testé et identifié comme capable de réduire l'expression de CACNA1G de manière allèle-préférentielle. Chez le poisson-zèbre, un profil d’épissage conservé et une expression télencéphalique ont été caractérisés. L'étude électrophysiologie de cellules HEK293 exprimant le canal Cav3.1 de poisson-zèbre et présentant les mutations correspondantes a montré des altérations similaires à celles observées chez l'homme.
Conclusions :
Ces résultats suggèrent que les mutations SCA42ND impactent significativement l'homéostasie calcique dans les progéniteurs et les neurones en différentiation. Un ASO a été identifié comme candidat pour réduire préférentiellement l’expression de l’allèle muté dans le but d’atténuer l’effet de la mutation.
Mathilde NESSON-DAUPHIN, Karine SIQUIER-PERNET, Lydie BURGLEN, Marion COOLEN, Philippe LORY, Vincent CANTAGREL (Paris)
16:15 - 17:15
#49948 - P110 Les Troubles du Spectre de l'Alcoolisation Foetale TSAF : pas seulement "e;une histoire de femmes"e;.
P110 Les Troubles du Spectre de l'Alcoolisation Foetale TSAF : pas seulement "e;une histoire de femmes"e;.
La plupart du temps, parler de TSAF revient à évoquer la consommation d'alcool des femmes pendant la grossesse. Cela conduit inévitablement à pointer du doigt la femme, parfois à la stigmatiser et, bien sûr, à concentrer la responsabilité sur elle.
La consommation masculine a jusqu'à présent été considérée comme un facteur potentiel d'aggravation de la consommation féminine (par effet d'entraînement ou comme facteur associé aux violences conjugales) ; les effets biologiques de la consommation paternelle préconceptionnelle sont encore souvent mis de côté, notamment dans les campagnes de prévention grand public.
L'exposition de souris mâles entraîne des anomalies épigénétiques de l'ADN et de l'ARN des spermatozoïdes, générant une expression anormale de nombreux gènes, notamment impliqués dans la prolifération, la croissance et le développement du placenta et de l'embryon, mais aussi de gènes impliqués dans la morphogenèse cérébrale ou codant pour des enzymes importantes pour le contrôle épigénétique global lui-même.
En 2020, la méta-analyse de Zhang et al. a démontré que la consommation paternelle d'alcool au cours des trois mois précédant la conception était associée à une augmentation de 44 % du risque de cardiopathie congénitale. La consommation occasionnelle et excessive d'alcool, comme le binge drinking, était associée à une augmentation de 52 % du risque de malformations cardiaques congénitales.
En 2023, Thomas et al. ont rapporté que la consommation d'alcool du père avant la conception était associée à des anomalies morphologiques craniofaciales dans des modèles murins. L'exposition paternelle provoquait des différences craniofaciales plus importantes que l'exposition maternelle et plus sévères chez les nouveau-nés de sexe masculin. Récemment, May et al. ont montré que la consommation d'alcool du père était associée à une influence négative indépendante sur la taille, le périmètre crânien et le QI verbal de l'enfant, et que la consommation d'alcool de la mère, combinée à une consommation excessive d'alcool chez l'homme, était associée à des conséquences plus graves du TSAF.
Il est intéressant de noter que notre propre série de patients comprend des cas de patients atteints de TSAF ayant une exposition paternelle avérée, sans aucune preuve d'exposition maternelle.
L'ensemble de ces données, encore sous-déclarées, appelle à des messages de prévention destinés au grand public. Le message doit être « Zéro alcool pendant la grossesse », mais aussi dès le début du projet de grossesse pour la future maman, car la grossesse est souvent découverte plusieurs mois plus tard, et pour le futur papa, car l'alcool est toxique pour les spermatozoïdes.
Bérénice ROY-DORAY (Saint-Denis), Meïssa NEKAA, Silvia IACOBELLI
16:15 - 17:15
#48878 - P114 Troubles liés au gène DNMT1 dans une cohorte française : caractéristiques cliniques, analyses génétiques et profils de méthylation du génome.
P114 Troubles liés au gène DNMT1 dans une cohorte française : caractéristiques cliniques, analyses génétiques et profils de méthylation du génome.
Introduction : La neuropathie sensitive et autonome héréditaire de type 1E (HSAN1E) est une maladie neurodégénérative caractérisée par une triade clinique associant : neuropathie sensitive, surdité et démence précoce. Elle est causée par des mutations dans le gène DNMT1, qui code pour l'ADN-méthyltransférase 1, enzyme responsable du maintien de la méthylation de l'ADN de nos cellules.
Les objectifs de cette étude sont de décrire les génotypes, les phénotypes et la méthylation de l'ADN d’une cohorte de patients français porteurs de mutations dans ce gène.
Matériel et méthode : Nous avons utilisé le séquençage de nouvelle génération ou le séquençage Sanger pour identifier 18 patients avec des mutations de DNMT1, interprétées selon la classification de l'American College of Medical Genetics and Genomics. Nous avons effectué un recueil rétrospectif des caractéristiques cliniques de ces patients. Nous avons analysé la méthylation de l'ADN de ces patients, de leur apparentés non atteints et de 10 échantillons contrôles avec la puce Illumina Infinium MC MethylationEPICv2.0 BeadChip.
Résultats : Nous avons identifié 10 mutations du gène DNMT1, dont 9 sont nouvelles. La mutation c.1706A>G est rapportée chez un cas isolé d’HSAN1E. La mutation, c.1619A>G, a été classée « pathogène ». Deux mutations, c.1706A>G et c.1492+1G>A, ont été classées « probablement pathogènes ». Sept mutations ont été classées « variant de signification incertaine ». Nous avons décrit 2 familles présentant la triade caractéristique de l’HSAN1E et 2 familles avec phénotypes similaires mais sans troubles cognitifs. Nous avons également décrit des patients avec des phénotypes frontières. L'analyse de la méthylation de l'ADN a mis en évidence des similitudes entre 6 patients issus de 3 familles différentes. Ces patients partagent une épisignature spécifique avec 43 079 sites différentiellement méthylés (DMPs) par rapport au groupe contrôle. Une méthylation anormale a été identifiée sur 19 régions régulatrices de gènes associés aux neuropathies héréditaires et 2 régions régulatrices de gènes associés à la démence.
Conclusion : Cette étude permet d'enrichir nos connaissances sur cette maladie, d’une part sur le plan clinique avec la description de nouvelles familles, d’autre part, sur le plan moléculaire avec l'identification de nouvelles mutations de DNMT1. Nous avons trouvé une épisignature particulière chez 3 familles, qui pourrait être utilisée comme biomarqueur de HSAN1E. De plus, nous avons mis en évidence des anomalies de méthylation dans des régions régulatrices de gènes impliqués dans les neuropathies et la démence, ce qui contribuent à une meilleure compréhension de la physiopathologie de cette maladie.
Manon DEVEDJIAN (Marseille), Jérémy GARCIA, Amandine BOYER, Léo VIDONI, Etienne DOUGY, Diane FRANKEL, Romain APPAY, Shahram ATTARIAN, Nathalie BONELLO-PALOT
16:15 - 17:15
#48963 - P118 Étude longitudinale des saccades oculomotricité en eye-tracking dans la maladie de Huntington.
P118 Étude longitudinale des saccades oculomotricité en eye-tracking dans la maladie de Huntington.
La maladie de Huntington (MH) est une affection neurodégénérative héréditaire caractérisée par une triade de symptômes moteurs, psychiatriques et cognitifs. Les mouvements oculaires saccadiques, impliquant des circuits corticaux et sous-corticaux, sont souvent altérés dans la MH. L’oculométrie (eye-tracking) est un outil non invasif déjà utilisé dans d’autres maladies neurodégénératives, mais dont les données spécifiques à la MH restent limitées.
Nous avons conduit une étude monocentrique, prospective et longitudinale incluant 14 patients porteurs d’une MH génétiquement confirmée, suivis au CHU de Dijon. L’objectif de l’étude était de décrire les anomalies oculomotrices aux différents stades de la MH et d’évaluer leur évolution sur 6 mois. A l’inclusion, tous ont bénéficié d’une évaluation clinique (UHDRS, SARA), cognitive (MoCA, BREF), d’un examen oculomoteur clinique et d’enregistrements oculométriques standardisés (saccades horizontales et verticales, antisaccades). Dix patients ont été réévalués à 6 mois.
À l’inclusion, les résultats oculométriques montraient principalement : diminution de la vitesse des saccades (>50 % des patients), augmentation des latences (notamment dans les tâches cognitives frontales : overlap, saccades volontaires et antisaccades), et taux d’erreurs augmenté en antisaccades. Les altérations oculomotrices étaient significativement corrélées à la sévérité motrice (UHDRS) et aux performances cognitives (MoCA, BREF), la corrélation plus forte concernant le taux d’erreurs aux antisaccades et les scores cliniques. De façon inédite, nous avons mis en évidence une corrélation était observée entre l’asymétrie clinique et l’asymétrie des performances oculomotrices, suggérant une atteinte corticale latéralisée. A 6 mois, les corrélations initiales persistaient, sans progression significative, hormis une augmentation du taux d’erreurs en anti saccades. L’absence d’évolution pourrait s’expliquer par la courte durée de suivi et la taille limitée de l’échantillon.
Nos résultats montrent que les altérations du contrôle oculomoteur corrèlent avec la sévérité de la maladie, suggérant un déclin des fonctions motrices et cognitives. L’étude des anti saccades semble particulièrement intéressante pour apprécier la sévérité de la maladie. Ces paramètres pourraient constituer un marqueur quantitatif intéressant pour apprécier l’évolution corticale et sous corticale de la MH, prédire son apparition ou évaluer la progression de la maladie sous traitement. La corrélation entre asymétrie clinique et anomalies oculomotrices ouvre des perspectives pour l’exploration des mécanismes de latéralisation de la neurodégénérescence. Des études longitudinales plus large et sur une durées prolongée sont nécessaires pour confirmer la valeur pronostique de cet outil dans le suivi de la MH.
Manon GAUDILLÈRE, Vincent SCHNEIDER, Thomas THIBAULT, Gwendoline DUPONT, Quentin THOMAS (Dijon), Christelle BLANC-LABARRE
16:15 - 17:15
#49080 - P122 Le Diagnostic PréImplantatoire (DPI) dans les maladies à révélation tardive : état des lieux en France.
P122 Le Diagnostic PréImplantatoire (DPI) dans les maladies à révélation tardive : état des lieux en France.
La loi française précise que le diagnostic préimplantatoire (DPI) est autorisé lorsqu’il existe une forte probabilité de donner naissance à un enfant atteint d'une maladie génétique d'une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic. L'anomalie (ou les anomalies) responsable d'une telle maladie doit avoir été préalablement et précisément identifiée, chez l'un des parents ou l'un de ses ascendants immédiats dans le cas d'une maladie gravement invalidante, à révélation tardive et mettant prématurément en jeu le pronostic vital. Dans de telles maladies, le DPI d’exclusion est par conséquent autorisé.
Ces dernières années, la part du DPI pour maladies à révélation tardive connaît une progression significative dans notre activité. Nous présentons, sous l’égide de la Société Française de Diagnostic Préimplantatoire (SFDPI), les données d’activité de DPI pour ces maladies dans les cinq centres français autorisés (Grenoble, Nantes, Montpellier, Paris et Strasbourg) entre 2022 et 2024. Les demandes étudiées, le nombre d’analyses de DPI, de transferts embryonnaires et leurs issues ont été recueillis, reflétant une activité nationale exhaustive pendant cette période.
Des tests de DPI ont été développés pour de nombreuses indications : maladie de Huntington, ataxies spinocérébelleuses, scléroses latérales amyotrophiques, démences fronto-temporales, maladies génétiques avec variation dans le gène PRNP, maladie d’Alzheimer précoce et amyloses. Un DPI d’exclusion est possible pour la plupart des indications.
Entre 2022 et 2024, 194 demandes de DPI pour maladies à révélation tardive ont été étudiées : 114 pour la maladie de Huntington (dont près de la moitié par exclusion), 33 pour différentes ataxies spinocérébelleuses, et 1 à 8 pour d’autres pathologies neurodégénératives. Une réponse favorable a été donnée dans 73% des cas et 208 analyses de DPI ont pu être réalisées. A l’issue des DPI, 270 transferts d’embryons ont été effectués, aboutissant à 109 grossesses cliniques, 93 accouchements et à la naissance de 97 enfants (8 grossesses en cours).
La prise en charge de patients à risque de transmettre une maladie à révélation tardive confronte les équipes à des situations complexes que le statut de la personne à risque soit connu ou pas. Nous présentons quelques exemples de cas particuliers qui ont suscité des réflexions ou questionnements éthiques ou des difficultés techniques. Notre expérience souligne l’importance d’une bonne information des patients et de leur entourage, et la nécessité d’une étroite collaboration avec les spécialistes de ces pathologies.
Céline MOUTOU (STRASBOURG), Caroline BOSSON, Anne GIRARDET, Charlotte SONIGO, Julie STEFFANN, Gaëlle MELAYE, - SOUS L'ÉGIDE DE LA SFDPI
16:15 - 17:15
#49230 - P126 Diagnostic moléculaire de la Sclérose Latérale Amyotrophique : intégration du RNA-Seq ciblé pour l’interprétation des variants d’épissage.
P126 Diagnostic moléculaire de la Sclérose Latérale Amyotrophique : intégration du RNA-Seq ciblé pour l’interprétation des variants d’épissage.
Le diagnostic moléculaire de la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est essentiel pour la prise en charge des patients, permettant à la fois le conseil génétique et l’accès aux thérapies ciblées. L’un des principaux défis reste l’interprétation des variants d’épissage, qui représentent environ 11 % des Variants de Signification Incertaine identifiés lors du diagnostic génétique des gènes de la SLA. Bien que leur impact puisse être prédit par des outils in silico, seule l’analyse de l’ARN, issu d’échantillons de patients, permet de confirmer leur caractère pathogène. Pour répondre à cette problématique, nous avons mis en place une stratégie de RNA-Seq ciblé (NCT06083584).
À ce jour, 391 patients ont été inclus dans l’étude et le RNA-Seq a été réalisé chez 74 échantillons. Parmi ces patients, 37 présentent un variant détecté par DNA-Seq ciblé, prédit comme ayant un effet sur l’épissage.
Pour traiter les données de RNA-Seq, nous avons développé un pipeline SpliceVariantRNA : workflow reproductible et modulaire implémenté avec Snakemake. À partir des fichiers FASTQ bruts, il assure le contrôle qualité, le trimming, et l’alignement des lectures avec STAR. Les jonctions d’épissage sont identifiées et évaluées statistiquement grâce à SpliceLauncher, qui applique des modèles gamma ou binomiaux négatifs selon la profondeur de lecture. Les jonctions avec une puissance statistique insuffisante sont conservées, afin de ne pas manquer d’événements rares mais cliniquement pertinents.
Notre étude a permis de confirmer le caractère délétère de 10 variants d’épissage et de préciser l’impact fonctionnel de 3 variants pathogènes jamais décrits dans la littérature :
• HNRNPA1 (NM_031157.4):c.1064-1G>C, chez un homme de 51 ans présentant une quadriparésie distale asymétrique lentement progressive prédominant aux membres supérieurs, avec un taux sérique bas de neurofilaments (19 pg/mL). Ce variant induit trois anomalies distinctes de la transcription : un saut de l’exon 10, l’activation d’un site accepteur cryptique dans l’exon 10, et la rétention de l’intron 9.
• CHMP2B (NM_014043.4):c.531+1G>A, chez une femme de 79 ans atteinte d’une SLA/DFT rapidement progressive et ayant des antécédents familiaux de troubles psychiatriques. Ce variant entraîne une rétention de l’intron 5, avec un allèle muté détecté dans 100 % des lectures RNA-Seq contre 39 % des lectures DNA-Seq.
• SQSTM1 (NM_003900.5):c.969+111G>T, identifié chez 2 patientes SLA sporadiques non apparentées. Il créé un site donneur cryptique entraînant l’insertion des 109 nucléotides du début de l'intron 6 et se traduisant par un frameshift et l’apparition d’un codon stop prématuré.
En conclusion, cette approche permet d’optimiser le conseil génétique et d’élargir l’accès aux thérapies ciblées dans la SLA. Nos développements futurs visent à proposer la détection à l’aveugle des défauts d’épissage, en particulier dans les formes familiales sans variant génomique identifié lors de l’analyse DNA-Seq ciblée.
Corentin MARCO, Lucie JUNILHON, Emilien BERNARD, Etienne FORTANIER, Nathalie GUY, Emilie GAMARD, Amélie PETIT, Virgil PERILLEUX, Mickael COQUERELLE, Pascal PHILIBERT, Marie-Claire VINCENT, Anthony BOUREUX, Claire GUISSART (NIMES)
16:15 - 17:15
#49263 - P130 Variants dans les snRNA RNU4-2, RNU6-8 et RNU6-9 : une nouvelle cause de rétinite pigmentaire autosomique dominante.
P130 Variants dans les snRNA RNU4-2, RNU6-8 et RNU6-9 : une nouvelle cause de rétinite pigmentaire autosomique dominante.
La rétinite pigmentaire (RP) constitue un ensemble hétérogène de dystrophies rétiniennes d’origine génétique, caractérisées par une dégénérescence progressive des photorécepteurs, touchant initialement les bâtonnets puis les cônes, conduisant à une atteinte visuelle sévère. La forme autosomique dominante (adRP) est associée à une trentaine de gènes connus, tandis qu’environ 10 % de notre cohorte française adRP restent sans diagnostic génétique. Dans ce travail, nous avons identifié des variants hétérozygotes dans les gènes RNU4-2 et RNU6, chez sept familles non apparentées atteintes d’adRP non syndromique. RNU4-2 et RNU6 codent respectivement pour les petits ARN nucléaires (snRNA) U4 et U6, qui, en association avec U5, constituent le complexe tri-snRNP, élément central du spliceosome majeur. Récemment, plusieurs variants de novo ou autosomiques dominants affectant RNU4-2, RNU5B1 et RNU5A1, codant pour U5, ont été associés à des troubles du neurodéveloppement. De façon intéressante, les variants identifiés dans nos cas d’adRP se regroupent dans des régions distinctes de celles impliquées dans les désordres neurodéveloppementaux, ciblant plus spécifiquement des domaines critiques pour l’assemblage du complexe tri-snRNP avec PRPF3, PRPF8 et PRPF31, également impliqués dans la RP. Ces résultats apportent de nouveaux éléments sur les mécanismes physiopathologiques et ouvrent la voie à l’élaboration de stratégies thérapeutiques « génériques » ciblant ce complexe du spliceosome.
Camille ANDRIEU (Paris), Julien NAVARRO, Lorenzo BIANCO, Alessio ANTROPOLI, Christel CONDROYER, Aline ANTONIO, Saddek MOHAND-SAÏD, Caroline LAURENT-CORIAT, Raphaël ATIA, Amine BENADJI, Vasily SMIRNOV, José-Alain SAHEL, Isabelle AUDO, Christina ZEITZ
16:15 - 17:15
#49317 - P134 Maladie de Charcot-Marie-Tooth: Reclassification de variants introniques de signification inconnue en variants possiblement pathogènes.
P134 Maladie de Charcot-Marie-Tooth: Reclassification de variants introniques de signification inconnue en variants possiblement pathogènes.
La maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) est la neuropathie périphérique héréditaire la plus fréquente. A ce jour, alors que plus d’une centaine de gènes sont déjà connus pour être impliqués dans cette maladie, presque deux tiers des patients restent encore sans diagnostic moléculaire. Il est important de noter que le diagnostic actuel des CMT réalisé par séquençage ciblé se concentre principalement sur les régions codantes (exons) des gènes. L’absence de diagnostic génétique pourrait refléter le manque d'investigations des variations introniques dont les variants d’épissage.
Afin de mieux comprendre l’impact des variants introniques, l’utilisation de logiciels de prédiction de défauts d’épissage peut être réalisée, mais il nous semblait important de pouvoir tester in vitro l’effet de ces variations dans un système rapporteur de type « Minigène ».
Nous présentons ici l’étude fonctionnelle de deux variants d’épissage : c.2460-8A>G sur le gène FIG4 et c.1980+1G>A sur le gène MME. Sur les ARN produits, nous avons montré dans le premier cas, la rétention de 7 nucléotides en amont de l’exon et dans le deuxième cas, une rétention de 4 nucléotides en aval de l’exon. Dans les deux cas, un changement du cadre de lecture est donc attendu conduisant à une protéine tronquée.
Les analyses fonctionnelles permettent donc de confirmer l’impact de potentiels variants d’épissage impliqués dans les CMT, conduisant alors au reclassement de variants de signification inconnue en variants possiblement pathogènes.
Angélique NIZOU, Corinne MAGDELAINE, Martine VITRY, Steven NAUD, Paco DEROUAULT, Franck STURTZ, Anne-Sophie LIA (LIMOGES)
16:15 - 17:15
#49369 - P138 HSF1 : une expansion dans le tremblement essentiel.
P138 HSF1 : une expansion dans le tremblement essentiel.
Contexte : Le tremblement essentiel est la pathologie du mouvement la plus fréquente en neurologie avec une prévalence de 1% augmentant avec l’âge. Il s’agit d’une maladie souvent de transmission autosomique dominante. Aucune cause moléculaire fréquente n’a été identifiée en dehors de la découverte récente d’une expansion hétérozygote intronique dans HSF1 chez 20% des familles chinoises (Bi et al., 2025). Cette répétition est constituée des motifs CCCCGCNCCGCCT et CCNCGCCT interrompus. La séquence des interruptions aurait un rôle dans la pathogénicité dans la cohorte chinoise.
Méthodes : 290 personnes issues de 116 familles atteintes de tremblement essentiel, 218 personnes avec ataxie cérébelleuse, 12 cas index avec maladie de Parkinson sélectionnés car ayant un allèle de plus grande taille parmi 78 séquençages long-read Nanopore, et 333 témoins ont été génotypés par migration capillaire d’amplicon pour déterminer la taille de la répétition HSF1.
Résultats : Une seule famille avec tremblement essentiel (1/116 - 0,9%) avait une expansion HSF1 pathogène avec une taille d’amplicon de plus de 750 bases, seuil de l’étude chinoise. L’histoire familiale comporte un tremblement d’attitude des membres supérieurs ayant débuté entre 15 et 50 ans, une dystonie (crampe de l’écrivain) et un syndrome parkinsonien. Étonnement, des cas positifs avec une expansion de plus de 750 bases ont également été retrouvés à la même faible fréquence dans les groupes témoins (2/333 - 0,6%), avec ataxie cérébelleuse (3/218 - 1,4%), et maladie de Parkinson (1/78 - 1,2%).
Conclusion : L’expansion HSF1 est exceptionnelle dans notre cohorte française de familles avec un tremblement essentiel. Sa plus grande fréquence dans la population asiatique provient peut-être d’un effet fondateur dans cette population. Elle est également retrouvée chez des témoins et des personnes atteintes d’autres maladies neurodégénératives. Ceci pourrait questionner son rôle causal ou pointer vers le fait que la prévalence élevée et tardive du tremblement essentiel pourrait expliquer la fréquence de l’expansion dans les populations témoins. Cette actualité ouvre la perspective de pouvoir résoudre les causes de tremblement essentiel avec le séquençage long-read et l’analyse des régions répétées.
Jean-Loup MÉREAUX (Paris), Claire-Sophie DAVOINE, Guillaume COGAN, Thomas WIRTH, Clarisse DELVALLÉE, Claire EWENCZYK, Christel DEPIENNE, Mathieu ANHEIM, Alexis BRICE, Alexandra DURR
16:15 - 17:15
#49426 - P142 Pathogénie des protéines de zonula occludens Claudin-5 et Claudin-25.
P142 Pathogénie des protéines de zonula occludens Claudin-5 et Claudin-25.
La claudine-5 est la protéine de jonction serrée la plus abondante de la barrière hémato-encéphalique. Des perturbations de son expression ont été observées dans des affections neurologiques et neuropsychiatriques. Aucun variant pathogène dans la séquence codante du gène n'a été précédemment mentionné. Nous rapportons l'identification d'une mutation de novo (c.178G>A) dans le gène CLDN5 dans deux cas d'hémiplégie alternante avec microcéphalie. Cette mutation (G60R) se situe dans une boucle extracellulaire de la claudine-5. La modélisation protéique nous a permis de prédire qu'elle modifie la claudine-5 pour en faire un composant jonctionnel sélectif des anions, par opposition à une protéine formant purement une barrière.
Des cellules transfectées de manière stable exprimant la claudine-5 de type sauvage ou le variant G60R ont montré que les jonctions serrées pouvaient encore se former en présence de la mutation G60R, mais que la barrière contre les petites molécules était atténuée et présentait une perméabilité aux ions Cl− plus élevée et une perméabilité aux ions Na+ plus faible.
Cette étude suggère que l'hémiplégie alternante associée à CLDN5 est une canalopathie. C’est le premier exemple de conversion de la barrière hémato-encéphalique en un canal sélectif aux anions, médiée par un variant à action dominante dans CLDN5.
La claudine-25, elle, présente une séquence protéique moins conservée que les autres claudines. Son profil d'expression tissulaire est très large et il n’existe pas d'informations fonctionnelles issues de modèles murins knock-out. Nous rapportons un variant hétérozygote faux sens de novo dans CLDN25 (c. 745G>C, p. A249P) chez un patient ayant une leucodystrophie de type Pelizaeus-Merzbacher et présentant des symptômes incluant un retard du développement moteur, des crises d’épilepsie ou d'absences et une dystonie généralisée. La protéine variante ne se localise pas aux frontières intercellulaires où elle devrait être exprimée. La position 249 de l'acide aminé est située à 4 acides aminés de l'extrémité C-terminale de la protéine où la plupart des membres de la famille des claudines ont un motif de liaison conservé pour la protéine d'échafaudage clé ZO-1. La CLDN-25 ne contient pas ce motif. Nous montrons que l'extrémité C-terminale de CLDN-25 est nécessaire à sa localisation jonctionnelle d'une manière indépendante de ZO-1. Il est à noter que la suppression cellulaire de CLDN25 in vitro semble augmenter l'intégrité de la jonction serrée entre deux cellules, tout en entraînant un mouvement accru de solutés entre les cellules. Nous émettons l'hypothèse que la fonction barrière de la CLDN-25 s'apparente à celle d'une claudine leurre, selon laquelle la diminution de son expression dans les cellules épithéliales et endothéliales « perméables » entraînerait des changements dynamiques dans la capacité d'adhésion et d'interaction des points de contact intercellulaires.
Claude BESMOND, Karine POIRIER, Yosuke HASHIMOTO, Laurence HUBERT (Paris), Mélodie AUBART, Anna KAMINSKA, Marianne ALISON, Isabelle DESGUERRE, Nathalie BODDAERT, Arnold MUNNICH, Matthew CAMPBELL
16:15 - 17:15
#49612 - P146 Variants faux-sens : petites différences, grandes conséquences – Exemple de la Paraparésie Spastique Héréditaire SPG4 (SPAST).
P146 Variants faux-sens : petites différences, grandes conséquences – Exemple de la Paraparésie Spastique Héréditaire SPG4 (SPAST).
Introduction
La variabilité phénotypique observée dans des cohortes de patients porteurs de variants affectant un même gène suggère un impact fonctionnel propre à chaque variant. Leur interprétation nécessite une analyse fine prenant en compte leur nature, leur position dans le gène et leur impact sur la structure protéique.
Pour illustrer la spécificité de différents variants faux-sens, nous avons étudié la Paraparésie Spastique Héréditaire de type 4 (SPG4). Cette maladie de transmission autosomique dominante affecte le faisceau cortico-spinal, résultant en une spasticité des membres inférieurs, et une atteinte cordonale postérieure. SPG4 est causée par des variants non-sens ou faux-sens sur un allèle du gène SPAST qui code pour une protéine de remodelage de microtubules, la spastine. SPG4 présente une grande hétérogénéité phénotypique, avec des âges de début s'étendant de la petite enfance à plus de 70 ans. Un début précoce a été rapporté chez les porteurs de variants faux-sens, bien qu'une variabilité intra-groupe persiste. Nous cherchons à mieux comprendre cette hétérogénéité en étudiant l’impact fonctionnel de ces variants.
Méthodologie
Notre étude porte sur dix variants faux-sens SPAST susceptibles d'affecter un même domaine fonctionnel de la spastine. A l'aide d'une combinaison d’analyses biochimiques, de cellules de patients, de prédictions moléculaires et de données cliniques nous avons caractérisé ces variants et recherché des corrélations génotypes-phénotypes.
Résultats
Une quantification sur lymphoblastes de patients montre qu’un variant (p.I406V) entraîne une baisse du niveau protéique, équivalente à celle d'un variant non-sens. Pour les autres variants étudiés, des expériences de co-expression de la forme sauvage et des variants de SPAST suggèrent que trois d'entre eux ont un effet dominant-négatif, inhibant le remodelage des microtubules par la protéine non mutée. L’analyse des données cliniques montre que les patients porteurs de ces trois variants présentent un âge de début précoce ainsi qu’une déficience intellectuelle (DI) chez certains. L'analyse du génome de ces patients n'a pas identifié d’autres causes génétiques de DI, suggérant que cela est lié à la présence du variant SPAST.
Conclusion
L’analyse de variants faux-sens dans le gène SPAST montre des effets fonctionnels distincts. Nous avons identifié un sous-groupe de variants présentant un effet dominant négatif, associé à un début précoce avec DI. Ce travail illustre l’importance du tandem recherche/médecine personnalisée, fondé sur une approche position-dépendante des variants, afin de permettre une interprétation plus précise de leurs effets, avec un impact clinique direct et un ciblage thérapeutique efficace.
Léa BERNACHOT (Paris), Jean-Loup MEREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Giulia COARELLI, Alexandra DURR, Frédéric DARIOS
16:15 - 17:15
#49916 - P150 Apport de la cohorte Genhypopit dans les déficits isolés en hormone de croissance de cause génétique.
P150 Apport de la cohorte Genhypopit dans les déficits isolés en hormone de croissance de cause génétique.
Objectif :
Analyser une cohorte de patients atteints de déficit isolé en hormone de croissance (IGHD) d’origine génétique, et discuter les corrélations génotype/phénotype associées.
Méthodologie :
Cette étude inclut tous les patients présentant un IGHD adressés pour une analyse génétique par séquençage haut débit (NGS) via le réseau Genhypopit entre 2017 et 2024, chez qui une cause génétique a été identifiée.
Résultats :
Parmi 205 cas index d’IGHD, 23 patients (11,7 %) présentaient une variation pathogène (P) ou probablement pathogène (LP). L’âge moyen au diagnostic était de 3,9 ans, et la moitié des patients présentaient une hypoplasie hypophysaire. Les causes génétiques prédominantes concernaient les gènes impliqués dans la sécrétion de l’hormone de croissance (70 %) : 39 % des variations identifiées affectaient le gène GH1, majoritairement dans un contexte de transmission autosomique dominante ; 13 % concernaient GHRHR et 18 % GHSR, avec une transmission autosomique dominante ou récessive et une pénétrance incomplète. Les anomalies génétiques touchant les gènes du développement hypophysaire étaient plus rares (30 %), GLI2 étant le gène le plus fréquemment impliqué (13 %), toujours associé à un syndrome d'interruption de tige. D’autres anomalies génétiques ont été identifiées dans POU1F1 (9 %), HESX1 (4 %) et SOX3 (4 %). Nous rapportons dix nouvelles variations P ou LP, un cas original de mosaïcisme GH1, et élargissons les phénotypes associés à l’IGHD d’origine génétique, notamment des déficits hypophysaires transitoires ou des anomalies osseuses.
Conclusion :
Notre étude élargit le spectre des mutations décrites dans l’IGHD. Les gènes impliqués dans la sécrétion de l’hormone de croissance restent les plus fréquents, mais elle rappelle que les gènes du développement hypophysaire peuvent être impliqués.
Karine AOUCHICHE (), Pauline ROMANET, Anne BARLIER, Alexandru SAVEANU, Rachel REYNAUD
16:15 - 17:15
#49980 - P154 DPS de l’ALD/AMN liée au gène ABCD1 : découverte fortuite d’un second variant familial révélé par la discordance entre les données biochimiques et génétiques.
P154 DPS de l’ALD/AMN liée au gène ABCD1 : découverte fortuite d’un second variant familial révélé par la discordance entre les données biochimiques et génétiques.
Introduction:
L’adrénoleucodystrophie/adrénomyéloneuropathie (ALD/AMN) liée au gène ABCD1 (Xq28) constitue un spectre phénotypique hétérogène pouvant toucher le système nerveux central, périphérique et le cortex surrénalien. Les acides gras à très longue chaîne (AGTLC) représentent un biomarqueur biochimique relativement spécifique de cette pathologie bien que leur élévation puisse également résulter d'autres causes plus rares de dysfonctionnement peroxysomal. La confirmation moléculaire par l'identification d’un variant pathogène ou probablement pathogène dans le gène ABCD1 demeure ainsi indispensable non seulement pour établir un diagnostic définitif mais aussi pour permettre le conseil génétique et le diagnostic présymptomatique (DPS). Dans ce contexte, le DPS constitue un enjeu majeur pour les porteurs de sexe masculin à risque de forme cérébrale rapidement évolutive nécessitant une surveillance rapprochée et un traitement salvateur en temps opportun.
Méthodes :
Deux patients asymptomatiques (une femme et un homme adultes) ont été adressés pour un DPS moléculaire dans le cadre d’un antécédent familial d’AMN liée au gène ABCD1. Le DPS a été réalisé au sein d’une équipe déclarée à l’Agence de la biomédecine, selon un protocole court incluant deux prélèvements indépendants.
Les analyses biochimiques comprenaient le dosage des AGTLC par spectrométrie de masse en tandem avec dilution isotopique ainsi qu’un dosage de C26:0-lysophosphatidylcholine (C26:0-lysoPC). Les analyses génétiques ont consisté en un séquençage SANGER ciblé pour le premier variant familial, suivi d’un séquençage SANGER de l’ensemble de la séquence codante et des régions introniques flanquantes, analysé avec le logiciel SeqScape (Applera).
Résultats :
Chez les deux patients, l’élévation des AGTLC (analyse prescrite par le médecin traitant) contrastait avec l’absence de détection du variant familial c.1166G>A p.(Arg389His). Cette discordance a conduit à un redosage des AGTLC et du C26:0-lysoPC, confirmant un dysfonctionnement peroxysomal. Un séquençage complet du gène ABCD1 a mis en évidence un second variant familial c.901-5C>A p.(?), classé probablement pathogène selon les critères ACMG et répertorié dans la base internationale des variants ABCD1 chez des patients atteints d’ALD. Par conséquent, le DPS a été réitéré chez les membres de la famille initialement testés négatifs pour le premier variant familial.
Conclusion :
Le DPS pour l’AMN/ALD liées au gène ABCD1 devrait reposer sur l’analyse moléculaire plutôt que sur le dosage des AGTLC, susceptible d’entraîner des interprétations erronées. La détection fortuite d’un taux élevé d’AGTLC par une analyse non indiquée dans le cadre du DPS, rappelle une situation similaire au dépistage néonatal, mais à l’âge adulte. À ce jour, cette pathologie n’est pas incluse dans le programme de dépistage néonatal en France, bien qu’elle puisse le devenir à l’avenir.
Sarra BOURI, Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Foudil LAMARI, Sébastien MOUTTON, Natacha SLOBODA, Chloé ANGELINI, Cyril GOIZET
16:15 - 17:15
#49571 - P158 A propos des connexinopathies : description d’une grande famille avec surdité non syndromique autosomique dominante liée à GJB6.
P158 A propos des connexinopathies : description d’une grande famille avec surdité non syndromique autosomique dominante liée à GJB6.
Les variations pathogènes des connexines humaines sont responsables de multiples affections, également connues sous le nom de connexinopathies. Les variations des gènes GJB2 (codant la connexine 26) et GJB6 (codant la connexine 30) sont principalement liées à une forme autosomique récessive non syndromique de déficience auditive. Dans la littérature, les variations pathogènes de transmission autosomique dominante du gène GJB6 ont été associées à deux pathologies distinctes. La première est le syndrome de Clouston qui est caractérisé par une triade comprenant dystrophie unguéale, alopécie et hyperkératose palmo-plantaire. La seconde est une cause très rare de surdité non syndromique rapportée chez trois patients d’une famille italienne [Grifa et al. 1999] et chez un patient chinois indépendant [Pan et al, 2022] avec la même variation faux-sens p.Thr5Met. Le phénotype de ces patients varie d’une forme légère à profonde de surdité. Nous rapportons ici une grande famille avec une surdité de perception bilatérale dominante, non syndromique, de sévérité moyenne à profonde, touchant treize patients sur cinq générations. Les analyses génétiques ont identifié le variant faux-sens probablement pathogène c.173C>G, p.(Pro58Arg) de GJB6. Le séquençage du génome réalisé chez un patient atteint n’a pas retrouvé d’autre variation délétère. L’âge de début de la surdité varie dans la famille d’une forme congénitale à un début à l’âge adulte. La plus jeune patiente de la famille porteuse de la variation n’a pas développé de surdité à l’âge de 4 ans. En conclusion, notre observation renforce l’hypothèse de l’implication de GJB6 dans une forme très rare de surdité non syndromique dominante à expressivité variable.
Elise BRISCHOUX-BOUCHER (Besançon), Michaela RENDEK, Cecile CZAJKA, Renaud TOURAINE, Laurence JONARD, Juliette PIARD
16:15 - 17:15
#49823 - P162 Spectre clinique des variations bialléliques de NARS2.
P162 Spectre clinique des variations bialléliques de NARS2.
Les variations bialléliques de NARS2, gène codant pour la synthétase de l'ARN de transfert de l'Asparagine, sont principalement associées à la Combined oxidative phosphorylation deficiency-24 (COXPD24). Plusieurs présentations cliniques sont décrites : myopathie isolée d'une part, et encéphalopathie mitochondriale à début précoce d'autre part, qui associe différents symptômes comme un retard de développement, une épilepsie réfractaire, une hypotonie, une neuropathie auditive et des anomalies cérébrales consistantes avec un syndrome de Leigh. Initialement, une unique famille avait été décrite avec quatre individus (deux femmes et deux hommes) présentant une surdité de perception précoce isolée (DFNB94), mais les deux patientes ont également une insuffisance ovarienne précoce, faisant penser à un syndrome de Perrault. Une dernière famille (trois atteints) est décrite avec une importante hétérogénéité phénotypique intrafamiliale : surdité de perception précoce isolée ou associée à une épilepsie et des troubles psychiatriques ou à une polyneuropathie périphérique.
Nous rapportons deux familles avec variations bialléliques de NARS2. La première est un cas sporadique, une fille de 6 ans présentant une surdité bilatérale sévère à profonde de type neuropathie auditive et des variations hétérozygotes composites de NARS2, NM_024678.6:c.206C>T d'origine maternelle et NC_000011.10:g.78476711_78486358del d'origine paternelle. La deuxième famille comporte cinq enfants atteints d'une fratrie de sept. Ces patients présentent tous une surdité congénitale ou prélinguale rapidement progressive, associée chez deux d'entre eux à des troubles neuromusculaires progressifs correspondant à une polyneuropathie sensitive périphérique avec atteinte musculaire. Les cinq enfants présentent la variation c.922-21_922-19del, p.(=) de NARS2 à l'état homozygote.
En conclusion, les variations bialléliques de NARS2 sont responsables d'un spectre phénotypique, avec parfois une hétérogénéité intrafamiliale importante. Un plus grand nombre de familles sera nécessaire pour préciser les différentes atteintes et aider à la prise en charge globale des patients, y compris en termes de surveillance, pronostic et conseil génétique.
Margaux SEREY-GAUT (Paris), Hippolyte MENOU, Isabelle ROUILLON, Sophie ACHARD, Diane LANTZ, Nathalie PETROFF, Fabienne SAINT JALMES, Marie HULLY, Manuel SCHIFF, Ralyath BALOGOUN, Pierre BLANC, Giulia BARCIA, Laurence JONARD, Sandrine MARLIN
16:15 - 17:15
#49579 - P166 Implication potentielle des variants bi-alléliques de POLRMT dans les anémies sidéroblastiques congénitales.
P166 Implication potentielle des variants bi-alléliques de POLRMT dans les anémies sidéroblastiques congénitales.
Les anémies sidéroblastiques congénitales (ASC) sont caractérisées par une différenciation érythroïde anormale. Les gènes communément décrits sont impliqués dans 4 voies mitochondriales : i) la synthèse de l'hème ; ii) la synthèse et le transport des clusters Fe-S ; iii) la formation des ARNt et iv) le fonctionnement de la chaîne respiratoire. Cependant 30 % des ASC demeurent inexpliquées sur le plan moléculaire avec les panels de gènes utilisés en routine. Afin d'identifier de nouveaux variants chez des patients génétiquement inexpliqués, nous avons utilisé une approche de séquençage d’exome focalisé sur la voie mitochondriale. Nous avons identifié dans 2 familles non apparentées des cas index (P1 et P2) porteurs de variants bi-alléliques « perte de fonction » de POLRMT, gène nucléaire codant pour une transcriptase de l’ADN mitochondrial. P1 et P2 (15 et 22 ans) sont suivis pour une anémie chronique arégénérative nécessitant des transfusions itératives. Dans les 2 cas, le myélogramme objective une érythroblastopénie et des sidéroblastes en couronne. A ce jour, des variants de POLRMT ont été décrits dans des mitochondriopathies à expression neurologique, mais sans défaut érythroïde rapporté.
Nous avons étudié les conséquences de l’inhibition chimique de POLRMT par IMT1 sur un modèle de différenciation érythroïde de cellules souches hématopoïétiques in vitro. L'exposition de cellules CD34+ normales issues de cytaphérèse à 0,2 µM d'IMT1 inhibe la prolifération cellulaire, bloque la différenciation érythroïde avec défaut d’acquisition de la glycophorine A et perte du potentiel clonogénique érythroïde. L'analyse par RNAseq confirme la diminution de l'expression des gènes associés à la maturation érythroïde et à la synthèse de l'hème. L'exposition à IMT1 diminue fortement l'expression transcriptionnelle des composants mitochondriaux de la chaîne respiratoire (MT-ND1), sans variation des composants nucléaires (NDUFB8). L'inhibition de POLRMT augmente la masse mitochondriale, modifie le métabolisme énergétique mitochondrial et altère la morphologie mitochondriale des érythroblastes.
Nous avons ensuite validé ces résultats à partir des cellules primaires de P1, mises en différenciation érythroïde ex vivo, nous avons observé les mêmes anomalies, bien que plus modérées : un retard de différenciation érythroïde à J9, une prolifération diminuée, une augmentation de la masse mitochondriale et une diminution de l'expression des transcrits mitochondriaux des complexes de la chaîne respiratoire.
Ces résultats confirment l’importance de la transcription mitochondriale médiée par POLRMT pour permettre la phosphorylation oxydative requise pendant l'érythropoïèse. Le déficit de maturation et de prolifération érythroïde observé à partir des cellules primaires de P1 plaide en faveur de la pathogénicité des variants bi-alléliques de POLRMT dans la physiopathologie de l'anémie, et à plus large échelle en faveur de l’ajout de ce gène dans les panels diagnostiques des ASC.
Ophélie EVRARD (Amiens), Cécile DELESCHAUX, Sophie D. LEFEVRE, Hakim OULED-HADDOU, Platon JESSICA, Kahia MESSAOUDI, Valérie LI THIAO TE, Catherine PAILLARD, Jean-Pierre MAROLLEAU, Mariano OSTUNI, Caroline KANNENGIESSER, Loïc GARÇON
16:15 - 17:15
#49851 - P170 Intérêt des outils SPIDER et CafeVariome pour Mitomatcher, base de données française pour les maladies mitochondriales.
P170 Intérêt des outils SPIDER et CafeVariome pour Mitomatcher, base de données française pour les maladies mitochondriales.
Les maladies mitochondriales sont des maladies génétiques rares, cliniquement et génétiquement extrêmement hétérogènes, causées par un déficit de production énergétique via les mitochondries. La mitochondrie a la particularité d’être sous la dépendance de 2 génomes, mitochondrial (ADNmt) et nucléaire, avec de nombreux variants pathogènes responsables de ces pathologies. Il existe de nombreux mécanismes de communication et de régulation entre ces 2 génomes, encore mal compris, impliqués dans le contrôle et le maintien de la biogénèse mitochondriale. L’ensemble de ces mécanismes joue un rôle important dans l’hétérogénéité clinique et génétique présentée par les patients atteints de maladie mitochondriale.
Mitomatcher, est une base de données française pour les maladies mitochondriales, implémentée par l’ensemble des laboratoires du réseau MitoDiag en lien avec les centres de référence nationaux (CARAMMEL et CALISSON) et la filière maladies rares Filnemus. Actuellement, Mitomatcher comporte les données phénotypiques et génétiques de plus de 6000 patients. L'un des principaux défis rencontrés dans la base de données Mitomatcher est l'identification des patients ayant réalisé des analyses mitochondriales dans différents centres du réseau Mitodiag, ainsi que des patients auxquels plusieurs identifiants ont été attribués au sein d'un même centre. Pour résoudre ce problème tout en préservant la confidentialité des patients, nous avons eu recours à un outil de pseudonymisation SPIDER développé au sein de l'infrastructure européenne des registres des maladies rares (ERDRI). Cette solution a fourni un moyen sécurisé et standardisé de reconnaître les patients ayant eu une analyse mitochondriale au sein du réseau Mitodiag sans révéler leur identité personnelle, représentant une approche prometteuse pour surmonter l'un des principaux écueils des bases de données comme Mitomatcher.
Dans le cadre de la mise à disposition des données, nous avons développé un module de requête CafeVariome adapté à Mitomatcher qui permet d’interroger et de croiser ces données clinico-biologiques.
Le développement de Mitomatcher va ainsi nous permettre de mieux comprendre les mécanismes moléculaires responsables de l’hétérogénéité clinico-génétique des maladies mitochondriales grâce au projet Mitomics qui en émane (ANR-France 2030). En effet, l’intégration des données multi-Omics (transcriptomiques/protéomiques/ métabolomiques) combinée aux données cliniques et génomiques (WES, WGS) dans MitoMatcher devrait aider à mieux appréhender la complexité de ces pathologies.
A terme, les résultats obtenus permettront d’identifier de nouvelles corrélations génotype/phénotype, de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques via une approche intégrée multi-OMICs afin de mieux cibler les voies spécifiques et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour les maladies mitochondriales.
Viviane NGUEFACK NGOUNE (Angers), Sai Anuhya A. NALAGANDLA, Mickaella HEITZ, Richard QUENTIN, Pierre-Hadrien BECKER, Eléonore BIRGY, Cécile ROUZIER, Annabelle CHAUSSENOT, Samira AIT-EL-MKADEM SAADI, Bruno FRANCOU, Marco LORENZI, Pauline GAIGNARD, Céline BRIS, Mitodiag RÉSEAU, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Karine ROTTIER, Andri PAPADOPOULOU, Anthony J BROOKES, Sylvie BANNWARTH, Vincent PROCACCIO
16:15 - 17:15
#48630 - P174 Prévalence élevée des épimutations constitutionnelles de BRCA1 chez les patientes atteintes d’un cancer du sein triple négatif précoce.
P174 Prévalence élevée des épimutations constitutionnelles de BRCA1 chez les patientes atteintes d’un cancer du sein triple négatif précoce.
Environ 5 à 8% des femmes de la population générale sont porteuses d'une méthylation constitutionnelle du promoteur du gène BRCA1 (désignée ci-après « épimutation »). Ces épimutations ne sont pas héréditaires, il s'agit de mosaïques qui apparaissent de novo au cours de l'embryogénèse. Bien que leur impact sur le risque de cancer est inférieur à celui des variants pathogènes (VP) génétiques de BRCA1, les épimutations constitutionnelles de BRCA1 sont plus fréquentes chez les patientes atteintes de cancer du sein triple négatif (CSTN) que chez les femmes indemnes (odds ratios allant de 2,3 à 4,7) [Lonning et al., JAMA Oncol 2022 ; Nikolaienko et al., Genome Med 2023]. Plusieurs études suggèrent une apparition plus précoce des CSTN chez les porteuses d’épimutations de BRCA1, mais ces études incluent très peu de patientes atteintes de CSTN à un âge jeune [Prajzendanc et al., Int J Cancer 2020 ; Al-Moghrabi et al., IJMS 2024 ; Glodzik et al., Nat Commun 2020].
Nous avons évalué, par MS-HRM (Methylation-Sensitive High-Resolution Melting), la prévalence des épimutations de BRCA1 dans une large cohorte de 112 patientes atteintes d’un CSTN précoce (≤ 30 ans) mais non-porteuses de VP génétiques dans 14 gènes de prédisposition au cancer (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, PTEN, ATM, CHEK2, CDH1, TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). Nous avons comparé cette cohorte à 87 patientes atteintes de CSTN à début précoce et porteuses de VP prédisposants, ainsi qu’à 93 patientes atteintes de CSTN à début tardif (≥ 70 ans) sans VP prédisposants.
Nous avons observé une prévalence élevée des épimutations de BRCA1 parmi les patientes atteintes de CSTN avant 30 ans sans VP prédisposant (38/112, soit 33,9 %). Cette prévalence étaient beaucoup plus élevé que chez les patientes de moins de 30 ans porteuses d'un VP prédisposant (1/87, soit 1,1 %, p < 0,001), ou que chez les patientes âgées de plus de 70 ans (11/93, soit 11,8 %, p < 0,001). Ces différences restaient significatives en restreignant l’analyse aux épimutations à ratio allélique élevé (plus de 10 % d’allèles méthylés) ou en restreignant aux épimutations à ratio allélique faible (moins de 1 % d’allèles méthylés).
Nos résultats soulignent le rôle des épimutations de BRCA1 dans le risque de CSTN et plaident en faveur de leur intégration dans les modèles multifactoriels utilisés pour calculer un risque personnalisé de cancer du sein.
Mathias SCHWARTZ, Sabrina IBADIOUNE, Hélène DELHOMELLE, Solenn BARRAUD, Sandrine CAPUTO, Olfa TRABELSI-GRATI, Marie-Charlotte VILLY, Laugé ANTHONY, Tang ROSELINE, Etienne ROULEAU, Emmanuelle MOURET-FOURME, Dominique STOPPA-LYONNET, Eric PASMANT, Chrystelle COLAS (PARIS), Ivan BIECHE
16:15 - 17:15
#49000 - P178 Syndrome de Werner de phénotype modéré identifié par la pré-indication « oncogénétique » du plan France médecine génomique.
P178 Syndrome de Werner de phénotype modéré identifié par la pré-indication « oncogénétique » du plan France médecine génomique.
Nous rapportons le cas d’un homme de 36 ans, non-fumeur, présentant un adénocarcinome pulmonaire découvert à 32 ans, sans autre antécédent. Sur le plan familial, sa mère a présenté un cancer de la thyroïde à 58 ans et un cancer du rectum à 63 ans.
Face au jeune âge au diagnostic, une analyse de génome (WGS) en trio, lui a été proposée, dans le cadre de la préindication oncogénétique du plan France Médecine Génomique. Un filtre facilitant la détection des variants à fort impact a mis en évidence un variant pathogène (VP) d‘origine maternelle du gène WRN. Ce gène est impliqué de façon récessive dans le syndrome de Werner (OMIM 277700) caractérisé par un vieillissement prématuré se manifestant par l’apparition précoce d’atteintes telles que cataracte, ulcères, hypogonadisme, artériosclérose, diabète et cancers (notamment sarcomes, cancers thyroïdiens et cutanés, avec un âge moyen au diagnostic de 43 ans) associé à une petite taille et à une lipodystrophie.
Une lecture poussée à la recherche d’un second hit paternel, a mis en évidence deux variants de signification inconnue (VSI) introniques. L’association de ces VSI a déjà été décrit dans la littérature chez un patient avec un tableau clinique modéré de Werner, en trans d’un autre VP. L’étude ARN long-read de Miller et al. mettait en évidence une altération d’épissage potentiellement expliquée par l’un des VSI.
Néanmoins, à ce stade, l’analyse de transcrits short read réalisée chez notre patient ne met pas en évidence d’altération d’épissage.
Les résultats du WGS ont conduit à un rétrophénotypage du patient qui étaye le diagnostic de syndrome de Werner selon les critères d’Oshima et al. En effet, le patient a une petite taille, une canitie, une peau scléreuse, un morphotype caractéristique (dysmorphie, lypodystrophie, voix), il présente une maladie athéromateuse asymptomatique (coronaire, fémorale, calcification vasculaire) et un diabète. De plus, la localisation de son cancer a déjà été rapportée chez des patients avec syndrome de Werner. En revanche, il n’a pas de cataracte, son bilan hormonal est normal et il ne présente pas de calcification tendineuse.
Face à ce tableau caractéristique, des investigations complémentaires sont envisagée afin d’apporter des arguments pour la pathogénicité de l’haplotype paternel. L’éventuel caractère hypomorphe de ce dernier ainsi que l’âge du patient pourrait expliquer l’aspect modéré du tableau clinique.
Ce cas illustre l’apport du WGS en trio pour des tableaux oncologiques précoces ou atypiques qui peuvent être associés à des prédispositions syndromiques modérées (non détectée initialement). Il souligne l’importance de la démarche biologique nécessaire à l’interprétation de génome en l’absence d’orientation diagnostique, ainsi que celle de la disponibilité de techniques complémentaires en aval. Il met également en lumière l’importance de l’examen clinique du généticien et du dialogue entre biologistes et cliniciens dans les études génétiques larges.
Léa VEYRUNE (Paris), Mélanie PAGES, Hélène DELHOMELLE, Benjamin DAURIAT, Nancy UHRHAMMER, Maude PRIVAT, Abderaouf HAMZA, Johan CHANAL, Jean François PERREGAUX, Antonio GALLO, Lisa GOLMARD, Chrystelle COLAS
16:15 - 17:15
#49206 - P182 Un outil visuel pour harmoniser les indications d’analyse génétique chez l’adulte développant un cancer ou des polypes gastro-intestinaux.
P182 Un outil visuel pour harmoniser les indications d’analyse génétique chez l’adulte développant un cancer ou des polypes gastro-intestinaux.
Les indications d’analyse génétique chez les patients adultes atteints de tumeur solide maligne ou de polypes gastro-intestinaux sont multiples et dispersées au sein de diverses ressources. Nous proposons un outil complet et pragmatique visant à les harmoniser. S'appuyant sur les recommandations internationales, GeneReviews et la littérature récente, nous avons compilé ces indications sous forme de tableaux et figures récapitulatifs visuels, organisés à partir de la pathologie tumorale présentée par le patient. Cette démarche inverse le schéma classique, qui part généralement d’une prédisposition génétique connue vers les risques tumoraux associés. Notre outil facilite l'identification rapide des patients éligibles à un test et conseil génétiques, optimisant ainsi leur prise en charge, et éventuellement la prise de décision thérapeutique, et l'évaluation du risque familial.
Audrey GUILMOT, Magali BELPAIRE (Bruxelles, Belgique), Eric OLINGER, Anne DE LEENER, Kevin PUNIE, François P. DUHOUX
16:15 - 17:15
#49272 - P186 Impact d'un programme de détection précoce et de prévention personnalisée des cancers chez des patients porteur d'un syndrome de Lynch.
P186 Impact d'un programme de détection précoce et de prévention personnalisée des cancers chez des patients porteur d'un syndrome de Lynch.
Contexte :
Le syndrome de Lynch (SL) est l’un des syndromes héréditaires de prédisposition au cancer les plus fréquents. Il augmente le risque de développer différents cancers, notamment ceux du tractus digestif et du système gynécologique, nécessitant une surveillance rapprochée. Interception est un programme pilote français, déployé à l’échelle nationale, axé sur la détection précoce et la prévention personnalisée des individus à haut risque de cancer.
Méthodes :
Les individus porteurs du syndrome de Lynch, sans antécédent personnel de cancer ou en rémission depuis plus de deux ans, ont été invités à participer au programme. Celui-ci débute par une journée dédiée incluant des analyses sanguines et urinaires, un atelier d’éducation sur le SL, ainsi que des ateliers sur la nutrition et l’activité physique. Un plan de prévention personnalisé et partagé est élaboré pour chaque participant. Le suivi est à la fois dématérialisé (via une webplateforme) et physique. Le score WCRF (Fonds mondial pour la recherche contre le cancer) est enregistré pour chaque participant à l'initiation du programme puis tous les ans. Un test t apparié a été utilisé pour comparer les scores après un an.
Résultats :
Entre janvier 2022 et avril 2025, 106 porteurs du SL ont participé à la consultation en un jour (70 femmes, 36 hommes, âge médian 44 ans). Parmi eux, 35 (33 %) étaient porteurs de mutations MSH6, 28 (26 %) MSH2, 25 (24 %) MLH1 et 18 (17 %) PMS2. La durée médiane de suivi est de 17,5 mois [10,9 ; 25,4]. Parmi les 33 participants ayant rempli le questionnaire WCRF à un an, le score médian était de 4,75 [4,00 ; 5,50] contre 4,25 [3,50 ; 5,00] au départ (p = 0,16). Seize participants (48 %) ont amélioré leur score (≥ 0,25) tandis que 2 (6 %) sont restés stables. L’adhésion au programme de dépistage était élevée (95 %). Cinq participants ont développé un cancer : 1 adénocarcinome du jéjunum stade I, 1 adénocarcinome du côlon stade II, 2 adénocarcinomes du pancréas (stades I et IV), et 1 carcinome thymique stade II.
Conclusion :
Dans ces résultats préliminaires, le programme Interception pour les participants atteints du syndrome de Lynch démontre une bonne adhésion au dépistage et une amélioration significative du mode de vie. Les résultats de détection des cancers sont prometteurs, avec un diagnostic à un stade précoce (≤ stade II) dans 4 cas sur 5 et un seul cancer du pancréas diagnostiqué à un stade avancé. Ces résultats doivent être confirmés par un suivi plus long.
Thomas PUDLARZ (Villejuif), Tarek BEN AHMED, Lucie VERON, Pamela ABDAYEM, Claire BLADIER, Geraldine CAMILLERI, Simona COSCONEA, Laura DIEBAKATE, Helene CARON, Bruno RAYNARD, André TARDIEU, Maryan CAVICCHI, Michel DUCREUX, Olivier CARON, Suzette DELALOGE
16:15 - 17:15
#49320 - P190 Prévalence des altérations en mosaïque du gène APC chez les patients avec polypose adénomateuse colorectale (ou multiples polypes adénomateux) inexpliquée.
P190 Prévalence des altérations en mosaïque du gène APC chez les patients avec polypose adénomateuse colorectale (ou multiples polypes adénomateux) inexpliquée.
Introduction
Les polyposes adénomateuses colorectales sont une indication d’étude génétique constitutionnelle. En cas de négativité, il convient d’évoquer l’implication d’un gène non encore identifié, mais également une altération en mosaïque du gène APC, voire la contribution de facteurs d’environnement. Les objectifs de notre étude étaient d’évaluer la prévalence des altérations en mosaïque du gène APC dans cette situation et de décrire la nature des variants pathogènes (VP) du gène APC.
Patients et méthode
L’étude a porté sur 127 patients avec polypose adénomateuse colorectale ou polypes adénomateux colorectaux multiples et étude génétique constitutionnelle négative, issus de 4 centres parisiens de prise en charge des personnes prédisposées héréditairement aux cancers du tube digestif. Une présentation familiale évocatrice d’une altération génétique héritée et les histologies non adénomateuses étaient des critères d’inéligibilité. L’étude moléculaire a consisté en un séquençage d’un panel de gènes. Le diagnostic d’altération en mosaïque du gène APC était retenu en cas d’identification d’un VP du gène APC partagé entre ≥ 3 lésions coliques (adénome et/ou adénocarcinome) ou entre ≥ 1 lésion colique et la muqueuse colique saine.
Résultats
Au total, 363 prélèvements ont été adressés au laboratoire (338 lésions coliques et 25 prélèvements de muqueuse saine) parmi lesquels 72 ont été exclus (56 non contributifs et 16 suspects de correspondre à des contaminations). Un nombre de prélèvements contributifs suffisant n’était finalement disponible au moment de l’analyse que pour 59 patients, soit 50,86% de l’effectif. Le diagnostic d’altération en mosaïque du gène APC a été retenu pour 22 des 59 patients « informatifs », soit 37,28% des cas. Le variant d’épissage c.835-8 A>G du gène APC associé à la signature moléculaire SBS88 en lien avec l’exposition à la colibactine produite par les souches Pks+ (Polyketide synthase) de E. Coli et d’autres bactéries représentait une part significative des VP somatiques du gène APC. Il était identifié chez 17 des 59 patients informatifs. Une PRC Pks était positive pour 11 des 50 patients testés de ce groupe. Il n’existait pas de différence significative pour la fréquence du VP d’épissage c.835-8 A>G d’APC ni pour le taux de positivité de la PCR Pks entre les patients avec et sans altération en mosaïque du gène APC.
Conclusion
Une altération en mosaïque du gène APC a été identifiée chez plus d’un tiers des patients de notre étude. Ce diagnostic doit donc être systématiquement évoqué dans une telle situation même si la stratégie diagnostique est difficile à mettre en œuvre comme en atteste la forte proportion de patients « non informatifs » (45%). L’exposition aux bactéries Pks+ productrices de colibactine est fréquente. Elle pourrait rendre compte de certains phénotypes et agir comme « co-facteur environnemental » chez les patients avec altération en mosaïque du gène APC.
Bruno BUECHER (PARIS), Antoine DARDENNE, Marine LE MENTEC, Marion DHOOGE, Jeanne NETTER-COTI, Solenne FARELLY, Marie-Clémence GORENSTEIN, Ivan BIÈCHE, Anne SCHNITZLER, Guillaume PERROD, Albain CHANSAVANG, Eric PASMANT, Olfa TRABELSI-GRATI, Chrystelle COLAS, Keltouma DRIOUCH
16:15 - 17:15
#49351 - P194 Naissance de 77 enfants européens issus d’un donneur de sperme porteur d’une mosaïque germinale de TP53 : enjeux médicaux et appel à une régulation internationale.
P194 Naissance de 77 enfants européens issus d’un donneur de sperme porteur d’une mosaïque germinale de TP53 : enjeux médicaux et appel à une régulation internationale.
Le don de gamètes est primordial pour les couples confrontés à des problèmes de fertilité ainsi que les familles homo- ou monoparentales. L’allongement des délais, dû à la demande croissante et au faible nombre de dons, conduit alors nombre d’entre eux à se tourner vers des banques de spermes privées, pouvant ainsi entraîner, à l’échelle européenne, de multiples familles à avoir recours au même donneur. Nous rapportons ici le cas de d’enfants atteints de cancer, issus de grossesses obtenues entre 2005 et 2013 à partir du même donneur de sperme asymptomatique. Ce dernier est porteur au niveau germinal, d’une variation en mosaïque du gène TP53, responsable du syndrome de Li-Fraumeni (LFS), une prédisposition héréditaire au cancer rare et particulièrement sévère, caractérisée par un large spectre tumoral d’apparition précoce.
Fin 2023, le réseau français et le réseau européen GENTURIS ont été alertés par des demandes de conseil génétique concernant le variant de signification incertaine de TP53(NM_000546.5):c.325T>A,p.(Phe109Ile) chez des enfants issus d’un don de sperme. Tous les dons provenaient d’une banque privée danoise qui a alors bloqué définitivement le donneur et alerté les cliniques de fertilité impliquées. Sur la base d’arguments populationnel et fonctionnels nous avons reclassé le variant en probablement pathogène, utilisable au titre du conseil génétique [PMID:39317423]. Après avis de la RCP LFS, de la SFCE et du GGC, des tests présymptomatiques chez les enfants issus de ce donneur ont été proposés ainsi qu’une surveillance adaptée, basée notamment sur l’IRM corps entier annuelle, chez les porteurs.
Ces cas européens ont été rapportés lors du congrès de l’ESHG 2025. Les retombées médiatiques qui ont suivi ont permis d’identifier de nouvelles familles. De plus, le ministère de la santé belge a révélé un manquement à la législation en identifiant 55 enfants conçus par 39 femmes de nationalités différentes grâce à ce donneur dans des cliniques belges, dérogeant à la limite des 6 femmes par donneur en vigueur dans ce pays.
A ce jour, nous avons pu recenser au niveau européen 54 familles concernées : 15 au Danemark, 13 en France, 10 en Suède, 7 en Belgique, 4 en Espagne, 2 en Islande et 1 en Angleterre, en Allemagne et en Grèce. Parmi ces familles, 77 enfants ont été testés, 25 sont porteurs hétérozygotes du variant et doivent bénéficier d’une surveillance adaptée et 12 enfants ont déjà présenté des cancers. La totalité des familles ayant eu recours à ce donneur n’a malheureusement pas été encore identifiée.
Ce cas met en lumière les problèmes, tant médicaux qu’éthiques, soulevés par l’absence de limite internationale concernant l’utilisation des gamètes d’un même donneur. Une traçabilité internationale des dons paraît nécessaire pour favoriser l’identification et l’alerte des familles concernées. Enfin, ce travail collaboratif souligne l’importance de l’expertise académique et du travail en réseau d’experts tant au niveau national qu’européen.
Edwige KASPER (ROUEN), Svetlana BAJALICA-LAGERCRANTZ, Robin DE PUTTER, Estela CARRASCO, Sigrùn HALLGRÍMSDÓTTIR, Mette JORGENSEN, Verena STEINKE-LANGE, Judith BALMANA, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Hákon BJÖRN HÖGNASON, Gaëlle BOUGEARD, Vincent BOURS, Virginie BUBIEN, Anna BYRJALSEN, Camille CHATELAIN, Kathleen CLAES, Margaux CLÉMENT LE CHOISMIER, Nadège CORRADINI, Philippe DENIZEAU, Anne DESTRÉE, Damien FERET, Stavros GLENTIS, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Sabine HELLEMANS, Olivier INGSTER, Sophie JULIA, Ekaterina KUCHINSKAYA, Charlotte KVIST LAUTRUP, Damien LEDERER, Sophie LEJEUNE, Lucas MORENO MARTIN RETORTILLO, Eirný ÞÖLL ÞÓRÓLFSDÓTTIR, Diana SALINAS CHAPARRO, Hector SALVADOR HERNANDEZ, Edith SEPULCHRE, Ulrik Kristoffer STOLTZE, Emma THAM, Jean-Christophe THERY, Thomas VAN OVEREEM HANSEN, Karin WADT, Claude HOUDAYER
16:15 - 17:15
#49403 - P198 Découvertes de prédispositions génétiques d’utilité clinique par séquençage de l’exome réalisé à des fins thérapeutiques dans l’étude MAPPYACTS chez des enfants atteints d’un cancer en rechute ou réfractaire.
P198 Découvertes de prédispositions génétiques d’utilité clinique par séquençage de l’exome réalisé à des fins thérapeutiques dans l’étude MAPPYACTS chez des enfants atteints d’un cancer en rechute ou réfractaire.
Le séquençage haut débit s’est considérablement développé en pratique clinique pour la recherche de cibles thérapeutiques dans les cancers pédiatriques. L’ADN constitutionnel étant utilisé comme référence, cette approche représente également l’opportunité d’identifier des variations constitutionnelles dans des gènes actionnables. L’objectif de ce projet était d’estimer la fréquence de ces découvertes de prédispositions génétiques chez les enfants atteints de cancer en rechute ou réfractaire.
Parmi les 791 enfants inclus dans le protocole MAPPYACTS (NCT02613962), l’exome constitutionnel a été séquencé pour 674 patients atteints de divers types tumoraux. Un consentement éclairé a été obtenu pour la communication de résultats génétiques en cas d’identification d’une prédisposition génétique actionnable sur le plan médical, en lien ou non avec la survenue de la tumeur analysée. Un comité multidisciplinaire a été constitué afin de définir un panel de gènes d’intérêt, en se concentrant sur les syndromes de prédisposition au cancer (n= 184 gènes) pour lesquels un consensus sur les recommandations de dépistage et surveillance est établi, ainsi que sur des gènes associés à des pathologies non cancéreuses issus de la liste des « Secondary Findings » v3.1 de l’ACMG (n= 49 gènes). L’analyse bioinformatique reposait sur 2 outils de détection de variants (Varscan et Haplotypecaller), des contrôles qualité et des filtres pour sélectionner les variants de haute confiance, des annotations ClinVar pour la classification de la pathogénicité et évalués in silico grâce à des outils de prédiction de l’impact fonctionnel (CADD, SpliceAI et SPiP).
Les biologistes ont évalué 16 620 variants génétiques touchant des gènes de prédisposition au cancer: 25 % ont été classés de signification incertaine et 8 % retenus comme variants probablement pathogènes ou pathogènes (VPP/VP). Ainsi, 132 patients (19,6 %) portaient un variant VPP/VP parmi 53 gènes de prédisposition au cancer. Compte-tenu du mode de transmission des syndromes, un conseil génétique a été recommandé pour 58 patients (8,6 %). Les gènes les plus fréquemment altérés étaient TP53 (n= 16), DICER1 (n= 5), NF1 (n= 4) et BRCA1 (n= 4). Ces prédispositions génétiques correspondaient au spectre tumoral attendu dans 50 % des cas et étaient connues dans 38 % des familles. Par ailleurs, nous avons mis en évidence que 10 patients (1,5 %) étaient prédisposés à une maladie non cancéreuse (n= 6 pour une cardiopathie ; n= 2 pour l’hypercholestérolémie familiale ; n= 2 pour l’amylose à transthyrétine).
Une évaluation spécifique de l’exome constitutionnel réalisé à des fins thérapeutiques est susceptible de fournir des informations supplémentaires d’intérêt clinique chez 10 % des familles, afin de prévenir l’apparition de cancer et la prise en charge de maladies génétiques non tumorales. L’impact psychologique induit par la communication de ces données génétiques supplémentaires aux familles sera investigué.
Tiphaine ADAM DE BEAUMAIS (Villejuif), Yahia ADNANI, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Samuel ABBOU, Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN, Pablo BERLANGA, Adeline BONNARD, Gaelle BOUGEARD, Franck BOURDEAUT, Nelly BURNICHON, Sandrine CAPUTO, Alain CARRIÉ, Olivier CARON, Hélène CAVÉ, Albain CHANSAVANG, Nadège CORRADINI, Sophie COTTERET, Philippe DENIZEAU, Alice FIEVET, Mathilde FILSER, Thierry FREBOURG, Marion GAUTHIER-VILLARS, Birgit GEOERGER, Nadim HAMZAOUI, Edwige KASPER, Florence KYNDT, Ludovic LACROIX, Jessica LE GALL, Julien MASLIAH-PLANCHON, Laurence PACOT, Cécile PAGAN, Mélanie PAGES, Béatrice PARFAIT, Eric PASMANT, Gaelle PIERRON, Pascale RICHARD, Nathalie ROUX-BUISSON, Cécile SAINT-MARTIN, Hela SASSI, Gudrun SCHLEIERMACHER, Renaud TOURAINE, Nancy UHRHAMMER, Dominique VIDAUD, Laurence BRUGIÈRES, Gilles VASSAL, Etienne ROULEAU, Yoann VIAL, Lisa GOLMARD, Odile CABARET
16:15 - 17:15
#49541 - P202 Le séquençage complet de l'exome identifie des gènes candidats dans la prédisposition génétique au cancer du sein chez l'homme.
P202 Le séquençage complet de l'exome identifie des gènes candidats dans la prédisposition génétique au cancer du sein chez l'homme.
Introduction: Le cancer du sein chez l’homme (MBC, Male Breast Cancer) est une pathologie rare dont la physiopathologie est encore mal connue. Peu évoqué devant une symptomatologie mammaire, le diagnostic est souvent posé à un stade tumoral avancé, ce qui a pour conséquence un taux de survie globale plus faible chez l’homme que chez la femme. Le seul facteur de risque de MBC clairement identifié est la présence, au niveau constitutionnel, d’un variant pathogène ou probablement pathogène (« VP ») sur les gènes BRCA2, BRCA1 et PALB2. Les hommes atteints d’un cancer du sein bénéficient ainsi systématiquement d’une analyse génétique constitutionnelle, qui ne révèle la présence d’un VP que dans 15-20% des cas.
Matériels et Méthodes: Afin d’identifier de nouveaux facteurs de risque génétique au MBC, nous avons réalisé un séquençage complet d'exome constitutionnel (WES, Whole Exome Sequencing) de 122 patients atteints de MBC et pour lesquels aucun VP constitutionnel n’a été identifié sur les gènes analysés en routine. Les données génétiques issues du séquençage des patients atteints de MBC ont été comparées à celles d’une population contrôle masculine indemne de cancer issue de la base de données GnomAD. Seuls les variants significativement plus présents dans la cohorte MBC par rapport à la population contrôle ont été retenus (p < 5%). Les variants ont ensuite été classés, automatiquement, afin de ne prendre en compte que les variants pathogènes et probablement pathogènes pouvant être associés au risque de développer un MBC.
Résultats: Cette étude a permis de mettre en évidence la présence de VPs dans des gènes impliqués dans diverses voies cellulaires : la réparation et le maintien de l’intégrité de l’ADN mais également dans l’organisation du cilium, le transport transmembranaire et dans diverses voies métaboliques. Ces résultats suggèrent donc fortement que des voies cellulaires, en plus de celle de la réparation et du maintien de l’ADN, pourraient être impliquées dans le risque de développer un MBC.
Conclusion: À notre connaissance, ce travail est le premier à réaliser une étude complète en exomes dans une large population d’hommes atteints d’un cancer du sein. Certains facteurs environnementaux ayant été impliqués dans le risque de MBC (exposition à certains toxiques, déséquilibre hormonal, obésité, etc.), le risque de MBC est donc très probablement lié à l’association de variants génétiques et de facteurs environnementaux. Dans ce cadre, une analyse supplémentaire est en cours afin d'identifier un profil multifactoriel du risque de MBC en combinant les données génétiques et environnementales des patients.
Ayman AL SAATI (TOULOUSE), Pierre VANDE PERRE, Julien PLENECASSAGNES, Mathilde MORISSEAU, Bastien CABARROU, Ludovic MALLET, Carine VILLARZEL, Edith CHIPOULET, Clémence CARRE, Fabienne THOMAS, Laurence GLADIEFF, Christine TOULAS
16:15 - 17:15
#49562 - P206 Prédisposition héréditaire au cancer et intérêt du séquençage du génome entier en soin : expérience de la plateforme AURAGEN.
P206 Prédisposition héréditaire au cancer et intérêt du séquençage du génome entier en soin : expérience de la plateforme AURAGEN.
Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, la plateforme AURAGEN propose le séquençage du génome entier (WGS) à visée diagnostique pour certaines indications en oncogénétique constitutionnelle. Sont concernés les patients présentant soit des antécédents familiaux évocateurs de prédisposition, soit un phénotype extrême défini par une survenue très précoce et/ou la présence de tumeurs multiples en l’absence d’histoire familiale contributive.
Parmi les 181 dossiers reçus, un WGS a été réalisé et interprété pour 126 patients (76 avec phénotype extrême isolé et 50 avec antécédents familiaux). La majorité avait déjà bénéficié de panels de gènes ciblés restés négatifs. Des variants pathogènes en lien avec le phénotype tumoral ont été identifiés chez 6.3 % (8/126) des participants, 7.1 % (9/126) présentaient des variants de signification incertaine fortement suspects et 2 % supplémentaires (3/126) portaient des variants pathogènes considérés comme découvertes secondaires, avec des implications possibles pour la gestion du risque tumoral.
Certains diagnostics concernaient des délétions introniques profondes, mises en évidence uniquement grâce à la combinaison WGS/RNA-seq, notamment dans PTEN chez une patiente atteinte d’un syndrome de Cowden (PMID: 39920402) et dans MLH1 dans une famille atteinte du syndrome de Lynch. Le RNA-seq a également permis, au-delà de la reclassification de variants introniques, d’identifier des anomalies non détectées par le WGS seul, comme l’insertion d’un élément Alu dans l’intron 11 de MLH1. Dans d’autres cas conclusifs, les variants pathogènes identifié impliquaient des gènes absents des panels de routine (RRAS2) ou associés à des phénotypes complexes, tel POT1 (PMID: 38706191), dont le spectre tumoral apparaît plus large que la prédisposition aux mélanomes. Enfin, des résultats d’intérêt scientifique ont été obtenus dans des gènes liés à l’apoptose (CASP9), à la méiose (REC8) et des suppresseurs de tumeur (PHB2).
En conclusion, le WGS a permis d’établir certains diagnostics jusque-là inaccessibles et d’orienter des explorations complémentaires, grâce notamment à sa capacité unique de détection des variants introniques profonds. Il pourrait également contribuer à affiner le spectre tumoral associé à certains gènes. Bien que son rendement diagnostique demeure limité, son association avec le RNA-seq ou l’analyse tumorale [PMID: 39900383] devrait en accroître la performance. Une ré-analyse des données est prévue pour les cas non conclusifs, à la lumière des avancées bioinformatiques et des connaissances émergentes, notamment sur le risque polygénique.
Mathias CAVAILLE, Marie BIDART, Sophie GIRAUD, Eulalie LASSEAUX, Audrey REMENIERAS, Christine VINCIGUERRA, Julien THEVENON, Virginie BERNARD, Julie TINAT, Nancy UHRHAMMER, Natalie JONES, Consortium AURAGEN, Nadia BOUTRY-KRYZA, Catherine NOGUES, Ahmed BOURAS (Lyon)
16:15 - 17:15
#49600 - P210 Etude par séquençage ARN haut débit de l’effet sur l’épissage de variants de signification incertaine de gènes du panel HBOC (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2).
P210 Etude par séquençage ARN haut débit de l’effet sur l’épissage de variants de signification incertaine de gènes du panel HBOC (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2).
Dans le cadre du diagnostic moléculaire des prédispositions familiales aux cancers du sein et de l’ovaire, le séquençage haut-débit du panel HBOC permet d’identifier chaque année de nombreux variants de signification incertaine, dont l’interprétation et le classement dans la catégorie actionnable pour le conseil génétique et la thérapeutique (pathogène ou probablement pathogène), ou en bénin ou probablement bénin, est primordiale pour une prise en charge adaptée des patients.
Une partie de ces variants de signification incertaine pourraient avoir un effet sur l’épissage, qui justifie la réalisation d’une étude sur l’ARN du patient. Cette étude était auparavant réalisée par RT-PCR ciblée au laboratoire de Génétique moléculaire de Nantes, à partir d’ARN issu de tubes PAXgene et/ou extrait de cultures courtes de lymphocytes du patient à partir de sang sur EDTA, en présence ou pas de puromycine. Nous avons testé le séquençage haut débit de l’ARN par technologie illumina (NextSeq500, cassettes Mid Output Kit v2.5 150 Cycles) avec le kit Sureselect XT HS2 (Panel custom, Agilent) sur les mêmes types de prélèvements. Les fichiers bams ont été analysés à l’aide du logiciel IGV (https://software.broadinstitute.org/software/igv/download) et de la pipeline SpliceLauncher https://github.com/raphaelleman/SpliceLauncher). Un run de 32 échantillons correspondant à 16 patients et 2 témoins a été séquencé, un autre run de 32 échantillons est prévu dans les prochaines semaines.
Nous avons étudié dans le premier run 7 variants du gène BRCA1, 4 variants PMS2, 3 variants PALB2, 1 variant MLH1, 1 variant MSH6. Les localisations des variants étaient celles-ci : 2 variants au niveau du site canonique d’épissage (+/- 1, 2), 5 variants dans la zone « consensus d’épissage » (-12 à +2 et -3 à +6), 2 variants dans la zone « polypyrimidine tract » (-12 à -18), 1 variant dans la zone de branchement (-18 à -44), 4 variants exoniques, 2 duplications d’un exon. Nous avons pu mettre en évidence un effet total, 3 effets partiels (dont un avec suspicion de NMD), 10 cas d’absence d’altération visible, et 2 duplications en tandem. Ces résultats ont fait l’objet de confirmation en RT-PCR ciblée.
Les résultats du second run seront présentés dans le poster.
En conclusion, notre expérience sur un run est positive : notre étude en RNASeq a montré des résultats comparables à la RT-PCR, en faisant baisser le temps technique des études d’épissage. Les échantillons issus de culture courte lymphocytaire du patient sont un matériel intéressant. Nous aimerions utiliser le RNASeq en routine prochainement.
Etude réalisée grâce au soutien financier des sociétés Astrazeneca et MSD.
Céline GARREC (NANTES), Fabrice AIRAUD, Thomas BESNARD, Laura DO SOUTO FERREIRA, Stéphane BEZIEAU
16:15 - 17:15
#49649 - P214 FrOG : Base nationale d'oncogénétique, de l'expertise au partage des variants.
P214 FrOG : Base nationale d'oncogénétique, de l'expertise au partage des variants.
La base de données FrOG (French OncoGenetics ) est la base de référence nationale pour l'interprétation et l'harmonisation des variants génétiques identifiés dans les laboratoires d'oncogénétique du Groupe Génétique et Cancer (GGC) en France. Sa mission est de garantir et de diffuser une interprétation cliniquement pertinente et harmonisée au niveau national pour une meilleure prise en charge des familles. Coordonnée par Unicancer, FrOG réunit un consortium de 30 établissements de santé (CHU et CLCC). Elle met en œuvre l'expertise collective des groupes de curation experts du GGC, qui valident la signification clinique des variants. FrOG est un outil indispensable au diagnostic moléculaire des prédispositions aux cancers. Actuellement, le site web sécurisé frog-db.fr est consulté par environ 300 utilisateurs actifs qui génèrent 120 connexions par jour. La base intègre l'interprétation de plus de 17 579 variants pour 33 gènes identifiés chez 52 107 patients. Le développement et la maintenance de la suite logicielle sont assurés par une équipe dédiée, comprenant notamment deux développeurs et un ingénieur en data. La plateforme bénéficie d'une infrastructure chez un hébergeur de données de santé agréé et est entièrement conforme au Règlement Général sur la Protection des Données (RGPD). Pour l'alimentation de la base, un système sécurisé de dépôt des données collectées via un Data Lake, MinIo, a été créé et est utilisé par tous les laboratoires contribuant à FrOG-db, assurant un stockage pseudo-anonymisé. Un nouveau pipeline d’intégration des données, entièrement automatique, relie MinIo à FrOG-db, optimisant le flux de données. L'interface web offre des fonctionnalités avancées, incluant la possibilité de suivre des variants favoris ainsi que leur interprétation, pour un accès rapide et personnalisé. Elle propose également des fiches variants détaillées, des prédictions bioinformatiques, des liens vers des bases de données externes, et une bibliographie personalisée, renforçant ainsi la prise de décision diagnostique. Les développements en cours incluent la migration de l’infrastructure informatique complète chez Unicancer, la création d’une API sécurisée pour faciliter les échanges et le développement d’un module de curation, visant à automatiser et standardiser davantage l'interprétation des variants. En perspective, le consortium FrOG travaille à l'ouverture de la base à d'autres laboratoires de biologie médicale via un système de licences et envisage son utilisation pour la recherche scientifique via la création d'un entrepôt de données de santé. FrOG est aujourd'hui un pilier essentiel pour la qualité des diagnostics en oncogénétique française, garantissant rapidité, fiabilité et harmonisation de la prise en charge des patients.
Laurent CASTÉRA (Caen), Sandrine CAPUTO, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Safa ELOUAER, Simon FANI, Matthias BOULOC, Lamia GHEZALI, Arthur COSTIL, Camille BARON, Thibaut LAVOLÉ, Alexandre ATKINSON, Sophie COUTANT, Frog LE CONSORTIUM
16:15 - 17:15
#49801 - P218 Analyse de l’efficacité de l’inhibition du NMD via les transcrits alternatifs du gène SRSF3 : impact sur l’évaluation des variants d’épissage en oncogénétique.
P218 Analyse de l’efficacité de l’inhibition du NMD via les transcrits alternatifs du gène SRSF3 : impact sur l’évaluation des variants d’épissage en oncogénétique.
Introduction
L’identification des variants d’épissage est essentielle pour la prise en charge des patients avec une prédisposition au cancer. Les transcrits pathogéniques générés sont souvent non fonctionnels et soumis au nonsense-mediated decay (NMD). Afin d’éviter leur dégradation naturelle ces transcrits et de les révéler, nous avons utilisé des lignées lymphoblastoïdes (LLB) traitées à la puromycine, qui inhibe le NMD. Dans ce cadre, l’expression du transcrit alternatif de SRSF3 (NR_036610), contenant un codon stop prématuré normalement ciblé par le NMD, pourrait constituer un indicateur de l’efficacité de l’inhibition du NMD.
Matériels et méthodes
Nous avons étudié 70 LLB traitées (LLB P+) ou non (LLB P−) par puromycine, 54 tumeurs FFPE, 22 congelées et 8 échantillons PaxGene®. L’analyse par RNASeq ciblé (64 gènes) a été réalisée avec la technologie Agilent SureSelect XTHS2 Capture. En parallèle, la quantification des transcrits alternatifs de SRSF3 a été effectuée par ddPCR (Stilla, Naica®).
Résultats
Dix échantillons porteurs de variants connus d’épissage avec un effet majeur (classe 4/5 ACMG) ont été analysés en RNASeq ciblé et ddPCR Une corrélation est observée entre l’effet des variants et l’expression du transcrit alternatif de SRSF3. Lorsqu’un variant a un effet partiel, l’expression reste partielle (<45 %).
Les analyses par ddPCR confirment : 41 % par NGS contre 55,4 % par ddPCR dans les LLB P+. Dans les LLB P−, l’expression reste très faible (3,2 % NGS, 2,3 % ddPCR). Ces résultats suggèrent que le transcrit de SRSF3 est un marqueur de l’efficacité de l’inhibition du NMD.
Dans la pratique, certains laboratoires utilisent des prélèvements PaxGene®. Ces échantillons montrent une inhibition incomplète du NMD, avec une expression moyenne de 20,6 % par ddPCR, exposant à un risque de faux négatif.
Enfin, dans les tissus tumoraux, l’inhibition du NMD est partielle avec des moyennes de 21,7 % (FFPE) et 15 % (congelés). Ces données soulignent la nécessité d’une interprétation prudente des tissus tumoraux, les enrichissements observés étant souvent liés à la LOH (Loss of Heterozygosity).
Conclusion
L’expression du transcrit alternatif de SRSF3 permet d’évaluer de manière fiable l’inhibition du NMD, que ce soit après puromycine ou sur Paxgene ou dans divers échantillons biologiques. En conclusion, l’étude de SRSF3 constitue un critère qualité indispensable pour interpréter les variants d’épissage et améliorer l’interprétation diagnostique en génétique moléculaire.
Roseline TANG, Rohanna ALCANTARA (Villejuif), Clémentine GABILLAUD, Walid BEN-YEDDER, Hela SASSI, Yahia ADNANI, Henintsoa RATSIMIALA, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Alice FIEVET, Odile CABARET, Ludovic LACROIX, Voryak SUYBENG, Etienne ROULEAU
16:15 - 17:15
#49289 - P222 Les profils de méthylation de l’adn révèlent des entités pertinentes pour la classification diagnostique des sous-types de sarcomes.
P222 Les profils de méthylation de l’adn révèlent des entités pertinentes pour la classification diagnostique des sous-types de sarcomes.
Avec leur extrême hétérogénéité et des morphologies souvent chevauchantes, les sarcomes représentent un type de cancer où les approches moléculaires jouent un rôle central en complément de l’anatomopathologie. Nous avons montré l’intérêt d’agréger des données de méthylation de l’ADN issues de différentes études afin de construire un classificateur robuste. Nous avons identifié des profils différentiels spécifiques d’hyper- et d’hypométhylation selon les sous-types de sarcomes, reflétant potentiellement des mécanismes distincts de tumorigenèse. À partir de ces profils, nous avons proposé un score diagnostique corrélatif inédit et développé un modèle prédictif intégrant un niveau de confiance, combinant deux classificateurs complémentaires : RandomForest et k-Nearest Neighbors.
Nous avons ensuite testé ce modèle sur une cohorte de validation « vie réelle », composée de tumeurs à morphologie évocatrice de MPNSTs, sarcomes rares au diagnostic différentiel complexe. Deux cas ont été reclassés comme sarcome synovial et dermatofibrosarcome à différenciation fibrosarcomateuse grâce au score prédictif.
Par ailleurs, nous avons généré des données de méthylation issues de séquençage long-read, intégrables dans le classificateur. Cette technologie a également permis de détecter simultanément des translocations spécifiques grâce à l’enrichissement par adaptive sampling, ouvrant la voie à une analyse multimodale.
Ainsi, l’intégration de l’information morphologique et des caractéristiques moléculaires, en particulier la méthylation de l’ADN, apparaît comme une stratégie prometteuse pour améliorer le diagnostic et approfondir notre compréhension de la biologie des sarcomes.
Baya DJADOUN, Eric PASMANT, Djihad HADJADJ (Paris)
16:15 - 17:15
#49315 - P226 Rôle des polymorphismes du gène VDR et des facteurs environnementaux dans le développement des cancers de la peau.
P226 Rôle des polymorphismes du gène VDR et des facteurs environnementaux dans le développement des cancers de la peau.
La vitamine D (VD) et son récepteur, le VDR, ont des effets pléiotropes sur différents mécanismes biologiques, pathologies auto-immunes et inflammatoires et différents cancers, y compris les cancers cutanés. Les rayons ultraviolets (UV) ont des effets confirmés et simultanés sur les cancers cutanés et sur la voie VD/VDR. Notre objectif était d'étudier le rôle du VDR et son interaction avec des facteurs environnementaux spécifiques dans le développement des cancers cutanés. Nous avons effectué une méta-analyse des études d'association génétique des polymorphismes SNPs du gène VDR avec le risque des cancers cutanés. La méta-analyse a montré que le polymorphisme FokI du VDR est associé au risque de mélanome (CT vs. CC+TT, P=0,020), le génotype CT est un facteur de risque significatif. Nous avons trouvé une association significative pour le polymorphisme VDR BsmI (modèle AG vs. GG, P=0.020), le génotype AG a un effet protecteur contre le mélanome. Cependant, les polymorphismes VDR TaqI et ApaI ne sont pas associés au mélanome dans l'analyse globale. La méta-analyse des études sur les cancers cutanés non mélaniques a montré des effets significatifs de FokI (TT vs CT+TT, P=0,002, CC vs CT, P=0,017 et CC vs TT, P=0,001), le génotype TT est un facteur de risque, tandis que le génotype CC a un effet protecteur contre les cancers cutanés non mélaniques. Le TaqI a également montré une association significative avec les cancers cutanés non mélaniques (T vs. C contraste allèle : P= 0,006 et TT vs. CT+CC, P=0,011), l'allèle T et le génotype TT ont un rôle protecteur. Les analyses de sous-groupes ont montré des effets significatifs du FokI (TT vs CT+TT, P=0,002, CC vs CT, P=0,017 et CC vs TT, P=0,001), le génotype TT étant un facteur de risque, tandis que le génotype CC était protecteur contre les cancers cutanés non mélaniques. La stratification en fonction de la localisation géographique a montré que le génotype FokI CC a un effet protecteur en Amérique du Nord (CC vs. CT+TT, P=0,003) et en Europe du Nord (CC vs. CT+TT, P=0,010). La stratification en fonction de la période d'étude a révélé que le génotype FokI CT présente un risque hautement significatif (CT vs. TT, P<0,001) dans la dernière décennie 2011-2020. L'analyse des sous-groupes a révélé que les facteurs tels que la localisation géographique et la période d'étude influencent significativement l'association entre le gène VDR et le risque des cancers cutanés.
Kalthoum TIZAOUI (Tunis, Tunisie), Asma CHIKHAOUI, Houda YACOUB-YOUSSEF
16:15 - 17:15
#49570 - P230 Caractérisation de la sous-population atteinte d'un cancer avancé de l'endomètre pMMR dans l'étude randomisée de phase II GINECO-UTOLA.
P230 Caractérisation de la sous-population atteinte d'un cancer avancé de l'endomètre pMMR dans l'étude randomisée de phase II GINECO-UTOLA.
L'essai UTOLA (NCT03745950) a comparé le traitement d'entretien par olaparib (OLA) à un placebo (PLA) chez des patientes atteintes d'un cancer de l'endomètre (CE) avancé sans progression après une chimiothérapie à base de platine. La survie sans progression (PFS) avec OLA n'était pas statistiquement différente dans la population globale. Cependant, les résultats suggèrent une efficacité potentielle des inhibiteurs de PARP (PARPi) dans certaines sous-populations des tumeurs pMMR (proficient Mismatch Repair), notamment les tumeurs présentant une altération de la protéine p53 ou un profil d’instabilité génomique (Joly et al., 2025). Cette analyse complémentaire explore plus en amont ce sous-groupe des tumeurs pMMR.
Parmi les 146 patients (pts) inclus dans l'étude UTOLA, 123 étaient pMMR, selon la définition établie par immunohistochimie centralisée et/ou séquençage de nouvelle génération. À l'aide d'un panel de 127 gènes, nous avons classé les groupes génomiques : les gènes centraux de la recombinaison homologue (HRC) (BRCA1/2, RAD51C/D, PALB2) et un plus large panel de la recombinaison homologue (HRLP) (21 gènes impliqués, y compris le complexe RAD/FANC). Nous avons également défini un score d'instabilité chromosomique basé sur le nombre d’événements génomiques de grande taille (LGE, large genomic events) issu du score de GIScar. Une tumeur avec LGE ≥ 6 est considérée comme instable (Leman et al., 2023; Joly et al., 2025).
Les pts pMMR sont décrites dans le tableau ci-dessous. Parmi ces tumeurs pMMR, 76 tumeurs (61.2%) présentent une altération de la protéine p53 (P53m). Les 47 tumeurs restantes (38,2 %) non mutées p53 sont dénommées NSMP (No Specific Molecular Profil). Peu de pts présentaient des mutations génomiques (2 HRC, 19 HRLP) ; 67 (58 %) présentaient un LGE ≥ 6 (principalement des pts P53m, n = 57).
Trente-huit (31 %) pts ont obtenu une réponse complète (RC) après la chimiothérapie, dont 31 dans le sous-groupe P53m (25 dans le groupe OLA). La RC et le LGE ≥ 6 étaient fortement associés au P53m (p < 0.05).
Les pts P53m avaient un pronostic plus défavorable que les pts NSMP (tableau). La mPFS chez les pts traités par PLA était de 3,45 [1,81-7,61] mois chez les pts P53m et de 9,21 [2,83-32,4] mois chez les pts NSMP. Cependant, la mPFS chez les pts traités par OLA était de 5,45 [3,55-9,29] mois chez les pts P53m et de 5,76 [3,67-18,4] chez les pts NSMP. La mPFS chez les pts présentant une RC était de 7,4 [3,37-10,84] mois (7,4 [5,45-11,3] pour le groupe OLA et 3,73 [3,55-] pour le groupe PLA) et la mPFS chez les pts présentant une LGE ≥ 6 était de 3,73 [3,50-8,84] mois (5,33 [3,55-10,0] pour le groupe OLA et 3,5 [1,81-9,1] pour le groupe PLA).
Parmi les pMMR, les pts ayant une tumeur P53m et/ou un LGE élevé et/ou une RC peuvent bénéficier de l'OLA. Ces résultats soulignent également l’importance de proposer à ces patientes la recherche d’une instabilité génomique. Ces résultats doivent être confirmés dans le cadre d'une plus vaste étude de phase 3.
François CHERIFI, Raphael LEMAN (Caen), Jeanne CORINNE, François CHRISTY, Karen LEROY, Pierre-Alexandre JUST, Corina CORNILA, Yolanda FERNANDEZ DIEZ, Elise BONNET, Antoine ARNAUD, Emilie KACZMAREK, Philippe FOLLANA, Anne-Claire HARDY-BESSARD, Michel FABBRO, Isabelle COJEAN-ZELEK, Sophie ROCHE, Delphine DULIEGE, Marie-Ange MOURET-REYNIER, Jerome ALEXANDRE, Florence JOLY
16:15 - 17:15
#49788 - P234 Identification de remaniements chromosomiques cryptiques par cartographie optique du génome dans une cohorte de 20 patients atteints d’hémopathies malignes.
P234 Identification de remaniements chromosomiques cryptiques par cartographie optique du génome dans une cohorte de 20 patients atteints d’hémopathies malignes.
Introduction : La cartographie optique du génome (COG) est décrite désormais comme un nouvel outil dans le diagnostic des hémopathies malignes, même si le caryotype et la FISH restent encore des outils de référence. Nous avons décidé de comparer les différents outils disponibles dans un laboratoire de génétique chromosomique pour évaluer les différentes techniques et pour élaborer une stratégie d’analyse des données obtenues par COG.
Matériel et méthodes : Nous avons réalisé une étude rétrospective sur une cohorte de 20 patients atteints d’hémopathies malignes. Tous ont bénéficié d’un diagnostic standard (caryotype +/- FISH) ainsi que d’une analyse par COG. Les résultats ont été analysé en simple aveugle par deux biologistes indépendants. Une comparaison des résultats obtenus a ensuite été réalisée afin d’évaluer la concordance entre ces différentes techniques.
Résultats : Nos résultats montrent une bonne concordance entre la COG et les techniques standards. Dans plusieurs cas, la COG a permis d’identifier des anomalies d’intérêt qui n’avaient pas été détectées par nos techniques standards. Elle a permis d’expliquer des remaniements chromosomiques complexes et a permis d’identifier des anomalies cryptiques. Parmi celles-ci, nous observons des délétions récurrentes : délétion de CDKN2A (n=8) et délétion de IKZF1 (n=3). La COG a également permis de mettre en évidence des remaniements de structures rares avec des implications diagnostiques et pronostiques : une t(12;15) avec fusion ETV6::NTRK3, une t(X;14) avec juxtaposition IGH::CRLF2, une inv(9) impliquant une fusion PAX5::JAX2, un chromoanagenesis du chromosome 8 et une t(12;22) avec fusion EP300::ZNF384. La découverte de ces nouveaux évènements a permis de reclasser trois LAL-B selon l’International Consensus Classification (ICC) 2022.
Discussion : La COG apparaît comme un outil "tout en un" efficace pour le diagnostic des hémopathies malignes. Son utilisation pourrait permettre de réduire le nombre FISH réalisées, notamment dans le cadre des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL), où le nombre d’hybridations peut atteindre jusqu’à une dizaine par patient. La COG a permis de reclasser trois LAL-B, soit 15% de la cohorte. Dans 75% des cas (n=15), elle a permis d’identifier un nouveau remaniement et/ou a permis d’expliquer le caryotype. Cette technique a cependant des limites, notamment dans le cas des translocations robertsoniennes, des translocations bras à bras ou encore des variants de faible clonalité. Cette étude démontre la faisabilité de l’intégration simple de la COG dans un laboratoire de cytogénétique hématologique de routine.
Ariane MAHIEUX (PARIS), Corinne TOUS, Nadia GUEGANIC, Séverine COMMET, Steven RICHEBOURG, Audrey BASINKO, Frederic MOREL, Marie-Bérengère TROADEC, Nathalie DOUET-GUILBERT
16:15 - 17:15
#49928 - P238 Cancer de l'endomètre en population martiniquaise : l'amplification CCNE1 comme biomarqueur et cible thérapeutique émergente.
P238 Cancer de l'endomètre en population martiniquaise : l'amplification CCNE1 comme biomarqueur et cible thérapeutique émergente.
En Martinique, la prise en charge du cancer de l’endomètre (CE) constitue un enjeu majeur de santé publique. Si l’incidence du CE est similaire à celle observée en France hexagonale, la mortalité y reste significativement plus élevée. Cette situation pourrait s’expliquer par une surreprésentation des formes agressives, notamment les tumeurs de haut grade et les sous-types non endométrioïdes. Dans une étude récente, nous avons rapporté une amplification du gène CCNE1 dans près de 70% des tumeurs martiniquaises, altération associée à un pronostic défavorable. Cette anomalie moléculaire a également été décrite chez les femmes afro-américaines, renforçant l’hypothèse d’un lien avec l’ascendance africaine.
Afin d’éclairer les bases moléculaires du CE dans cette population, nous avons entrepris une analyse exhaustive d’une cohorte regroupant toutes les patientes diagnostiquées entre janvier 2023 et juin 2024. Le statut d’amplification de CCNE1 a été évalué par PCR digitale. Les altérations des gènes POLE, du système de réparation des mésappariements (MMR) et de TP53 ont également été étudiées, permettant de classifier les tumeurs selon le schéma moléculaire actuellement recommandé par l’OMS.
Au total, 55 patientes ont été incluses. Nos résultats mettent en évidence une distribution des biomarqueurs significativement différente de celle rapportée dans la littérature internationale, avec une fréquence élevée des mutations de TP53 et des amplifications de CCNE1, contrastant avec une prévalence plus faible des mutations de POLE. Dans cette cohorte, les sous-types non endométrioïdes apparaissent particulièrement associés à l’amplification de CCNE1, observation cohérente avec les données antérieures obtenues dans d’autres populations d’ascendance africaine.
Ainsi, nos travaux suggèrent que l’amplification de CCNE1 constitue un marqueur moléculaire clé, potentiellement lié à des déterminants génétiques propres aux populations afro-descendantes. Ce mécanisme pourrait contribuer à expliquer la surreprésentation des formes agressives de CE en Martinique et, plus largement, dans les Caraïbes. En apportant des données originales issues d’une population sous-représentée dans les études internationales, notre étude contribue à une meilleure compréhension des disparités ethniques et géographiques du cancer de l’endomètre. Elle souligne également l’intérêt de cibler CCNE1 comme nouvelle voie thérapeutique afin d’améliorer le pronostic des patientes issues de ces populations à risque.
Jean-Samuel LOGER (Paris), Taina LABEAU, Odile BERA, Emeline COLOMBA, Régine MARLIN
16:15 - 17:15
#50000 - P242 Simplification de la capture ciblée pour des applications NGS de haute précision.
P242 Simplification de la capture ciblée pour des applications NGS de haute précision.
Titre :
Simplification de la capture ciblée pour des applications NGS de haute précision
Auteurs :
Ben Krajacich (Element Biosciences), Terrence Hanscom (Element Biosciences), Rieke Kempfer (SOPHiA GENETICS), Yuanlong Liu (SOPHiA GENETICS), Adrian Willig (SOPHiA GENETICS), Zhenyu Xu (SOPHiA GENETICS), Kelly Wiseman (Element Biosciences), Sophie Billings (Element Biosciences), Shawn Levy (Element Biosciences), Junhua Zhao (Element Biosciences)
En un seul test, les approches NGS par capture permettent de détecter des biomarqueurs cliniquement pertinents au sein de centaines de gènes liés au cancer. Toutefois, la préparation des échantillons pour ce type d’analyse est chronophage et techniquement exigeante. La technologie Trinity simplifie considérablement cette approche en permettant de charger directement la librairie sur le séquenceur après l’hybridation, sans passer par les étapes manuelles de capture et de lavage. Cette étude évalue la compatibilité de Trinity avec des solutions génomiques existantes.
Des échantillons de référence ont été analysés avec la technologie Trinity sur le séquenceur AVITI™ d’ Element, en utilisant des panels d’enrichissement ciblé issus de deux applications SOPHiA DDM™ : MSK-IMPACT® powered with SOPHiA DDM™ et SOPHiA DDM™ Whole Exome Solution v2. Pour évaluer la performance sur des panels de plus petite taille, nous avons également testé SOPHiA DDM™ Community Myeloid Solution v2 et SOPHiA DDM™ Hereditary Cancer Solution v2. En parallèle, les mêmes échantillons ont été traités avec le protocole classique de capture par hybridation des solutions SOPHiA DDM™, suivis d’un séquençage soit sur le séquenceur NovaSeq X d’Illumina, soit sur le séquenceur AVITI™ d’ Element. La qualité de capture et les performances de détection des variants ont été évaluées sur la plateforme SOPHiA DDM™, à l’aide de pipelines bioinformatiques dédiés, dont les algorithmes PEPPER™ (SNV/INDEL) et MUSKAT™ (CNV). Les performances obtenues avec Trinity ont été comparées à celles issues de la capture manuelle correspondante.
L’ensemble des tests a montré des résultats très similaires : 94 % de taux on-target et une uniformité de couverture >99 %, aussi bien avec Trinity qu’avec les méthodes classiques. Le séquençage de l’exome complet avec Trinity et les pipelines DDM™ a affiché d’excellentes performances analytiques, avec une sensibilité de 99,3 % et une précision de 98,7 %.
Ces résultats confirment que Trinity est parfaitement compatible avec les solutions NGS existantes. La précision élevée des applications SOPHiA DDM™ est préservée, tout en bénéficiant d’une approche simplifiée. Des études complémentaires sont prévues pour approfondir l’évaluation des performances analytiques et examiner l’intérêt de cette approche en pratique courante.
Le processus Trinity peut ainsi être utilisé avec les applications SOPHiA DDM™ pour détecter, annoter et prioriser des variants complexes dans différents types de tumeurs.
Ben KRAJACICH (San Diego, Etats-Unis)
16:15 - 17:15
#48971 - P246 Chargé de Parcours Génomique : une nouvelle fonction dans le parcours de soins de la médecine génomique en France – État des lieux et perspectives.
P246 Chargé de Parcours Génomique : une nouvelle fonction dans le parcours de soins de la médecine génomique en France – État des lieux et perspectives.
Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, un parcours de soins spécifique a été déployé pour rendre le séquençage du génome (GS) accessible sur l’ensemble du territoire français, pour le diagnostic des maladies rares et des cancers. Ce parcours s’appuie sur la création de laboratoires réalisant l’analyse du GS (LBM-FMG – Laboratoires de Biologie Médicale France Médecine Génomique), la labellisation de plusieurs dizaines de pré-indications, et l’intégration d’outils numériques innovants, notamment pour la e-prescription et l’analyse des données. Afin d’accompagner ces transformations, une fonction inédite et pionnière au niveau international a été créée : celle de Chargé de Parcours Génomique (CPG), pensée pour accompagner les cliniciens dans les différentes étapes du parcours de soins.
Cette étude constitue le premier état des lieux national de cette fonction d’interface, entre pratiques cliniques, organisation opérationnelle des parcours et coordination interdisciplinaire. Elle repose sur une enquête par questionnaire menée en mai 2023 auprès des 40 CPG recrutés (taux de réponse : 90 %). Les missions clés associées à ce rôle sont largement réalisées : saisie des données dans les outils de prescription connectée (90 %), participation aux réunions de concertation pluridisciplinaires (85 %) et formation des prescripteurs (80 %). Les résultats mettent néanmoins en évidence une hétérogénéité des profils et des responsabilités, selon les établissements et les spécialités médicales. Ainsi, lorsqu’ils exercent également comme conseillers en génétique, les CPG contribuent activement à la transmission d’informations aux patients, renforçant à la fois leur accompagnement dans le parcours génomique et le soutien apporté aux prescripteurs. Enfin, un niveau élevé de satisfaction professionnelle est observé, bien que certains défis apparaissent, concernant notamment les contraintes géographiques, l’absence de standardisation du rôle et le besoin de formation continue.
Les CPG sont donc devenus des acteurs majeurs du déploiement de la médecine génomique dans les pratiques cliniques. Une meilleure compréhension de leurs fonctions et besoins est indispensable pour préciser leurs missions et assurer leur pérennisation. Cette étude offre un éclairage inédit sur une fonction émergente, susceptible d’inspirer d’autres pays engagés dans la mise en œuvre de la médecine génomique à l’échelle nationale.
Léa GAUDILLAT (Dijon), Léa PATAY, Juliette SANTENARD, Amandine BAURAND, Amandine BEAUDOIN, Dominique SALVI, Camille LEVEL, Laurence FAIVRE, Frédérique NOWAK, Christine PEYRON, Christel THAUVIN-ROBINET
16:15 - 17:15
#49076 - P250 Communication des résultats des tests génétiques : les patients préfèrent-ils la transmission par téléphone?
P250 Communication des résultats des tests génétiques : les patients préfèrent-ils la transmission par téléphone?
Au CHU Ste-Justine (CHUSJ), la consultation initiale en génétique se fait en présentiel, mais les résultats peuvent être rendus par téléphone, avec ou sans rendez-vous. Le rendu téléphonique est largement utilisé en prénatal pour ajuster rapidement le suivi de grossesse, mais moins en pédiatrie. Le rendu téléphonique est considéré répondre aux problématiques de distance, disponibilité et organisation personnelle des patients, mais ce préjugé n’a jamais été validé, ni ses éventuels inconvénients considérés. Notre étude vise à évaluer les préférences des patients pour la transmission des résultats en prénatal et en pédiatrie.
Une étude rétrospective est en cours depuis décembre 2023 au CHUSJ. Les patients éligibles doivent avoir reçu un résultat de test génétique en prénatal ou en pédiatrie dans les six mois précédant leur recrutement. Un questionnaire en ligne évalue leur satisfaction et leurs préférences quant au mode de transmission de résultats, ainsi que les facteurs influençant ces choix.
En août 2025, 136 questionnaires ont été reçus : 25 en pédiatrie et 111 en prénatal (taux de réponse 30%). Globalement, 95% des participants se disent satisfaits, sans différence selon le type de résultat obtenu ni le mode de transmission utilisé. Parmi les résultats transmis, 50% sont normaux, 32% anormaux, 10% de VUS et 4% de trouvailles fortuites; 5% ne se souviennent plus du résultat reçu. La répartition des résultats est comparable entre les deux groupes. Le mode de transmission le plus fréquemment employé diffère significativement toutefois : 56% des patients pédiatriques ont reçu leur résultat lors d’un rendez-vous en présentiel, alors que 76% des patients de prénatal l’ont reçu par téléphone sans rendez-vous préalable. Pour une éventuelle transmission future, 47% des participants pédiatriques préféreraient un rendez-vous à l’hôpital, alors que 78% des participants de prénatal privilégient un appel téléphonique sans rendez-vous. La préférence pour le rendez-vous à l’hôpital est significativement plus marquée chez ceux qui y ont déjà eu recours et ceux ayant reçu un résultat de VUS ou une trouvaille fortuite. Les facteurs clés influençant ces choix sont la planification de l’absence au travail ou à l’école, la distance entre le domicile et l’hôpital et le temps de réflexion avant la rencontre. Les participants du prénatal valorisent aussi la présence de leur partenaire ou d’un proche lors de la transmission et insistent sur la rapidité de la communication.
La quasi-totalité des participants est satisfaite des modalités actuelles de transmission des résultats des tests génétiques. Les préférences divergent selon le contexte clinique : les patients pédiatriques favorisent l’annonce en présentiel, tandis que les patients de prénatal privilégient l’appel téléphonique sans rendez-vous. La poursuite de la collecte de données en pédiatrie permettra de confirmer ces tendances et d’ajuster les pratiques du CHUSJ pour mieux répondre aux attentes des patients.
Claudia AZUELOS (Montréal, Canada), Anne-Marie LABERGE, Marie-Ange DELRUE
16:15 - 17:15
#49270 - P254 Informer pour décider : expérience d’information parentale au sein du projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 de dépistage néonatal génomique en France.
P254 Informer pour décider : expérience d’information parentale au sein du projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 de dépistage néonatal génomique en France.
Le dépistage néonatal (DNN), lancé en 1972, ciblait pendant longtemps cinq maladies rares. Il a été élargi en 2020 avec sept pathologies supplémentaires, et une nouvelle extension est prévue en septembre 2025. Grâce aux avancées thérapeutiques et à la diminution des coûts du séquençage génomique, l’élargissement du DNN par analyse ciblée du génome (DNNg) est désormais envisagé dans les pays développés. En France, l’évolution législative introduite par la loi de bioéthique de 2021 a ouvert la voie au lancement de l’étude pilote PERIGENOMED, coordonnée par le CHU de Dijon Bourgogne. L’information des parents, en amont et au moment du dépistage, constitue un enjeu central et complexe de cette expérimentation.
Forts de l’expérience acquise dans le projet européen Screen4Care (700+ patients informés), nous avons optimisé les modalités d’information pour la phase 1 du projet PERIGENOMED (PGC1), visant un consentement libre et éclairé. Lancé au CHU de Dijon Bourgogne le 5 mai 2025, PGC1 s’étendra aux centres de Besançon, Rennes, Nantes et Angers dès septembre 2025, avec des modalités d’information susceptibles de différer.
À Dijon, l’information est délivrée lors d’un entretien individuel (15-30 min), entre J0 et J3 post-partum ou au 8ᵉ mois de grossesse après la consultation d’anesthésie, par un conseiller en génétique ou un technicien d’étude clinique. Divers supports d’information sont utilisés : notice et formulaire de consentement traduits en plusieurs langues, bande dessinée, flyer, ainsi qu’une vidéo en français et en anglais, construits à l’aide du groupe de travail pluridisciplinaire comprenant des représentants des patients. À l’issue de l’information, des questionnaires de satisfaction en ligne ont été proposés aux parents, et un focus est prévu pour recueillir le retour des professionnels.
Entre mai et septembre 2025, 769 familles ont été approchées, dont 180 en période anténatale et 589 en postnatal. Le taux global d’acceptation a été de 78 %, avec une adhésion plus élevée après information anténatale. Les parents ont surtout posé des questions sur le prélèvement, la prise en charge après un résultat positif, et les motifs de refus évoquées par d’autres familles. Le film a été globalement bien accueilli. 33 % des familles ont complété les questionnaires de satisfaction, dont les premiers résultats, ainsi que ceux du focus groupe, seront présentés lors du congrès.
Ces résultats permettront d’identifier des leviers pour améliorer et ajuster la communication autour du DNNg dans des conditions proches de la vie réelle. Ils offriront un éclairage sur la perception qu’ont les parents de la clarté des messages, de la pertinence des supports et de leur niveau de compréhension, y compris dans des contextes de précarité ou lorsque la langue française n’est pas maîtrisée. Ces enseignements sont essentiels pour guider l’évolution des modalités d’information et préparer leur intégration dans les futures phases de mise en œuvre du DNNg.
Camille LENELLE (DIJON), Emeline DAVOINE, Estelle BARBIN, Clarisse THOMAS, Dinia CARTRY, Marie-Laure HUMBERT, Camille LEVEL, Margot LEMAITRE, Emmanuelle LECOMMANDEUR, Amandine CHARRETON, Estelle COLIN, Sandra MERCIER, Léa GAUDILLAT, Nicolas MOTTET, Emmanuel SIMON, Sylvie ODENT, Stéphane BEZIEAU, Laurent PASQUIER, Elisabeth CUDRY, Ioel DETTON, Isabelle MARCHETTI, Christel THAUVIN-ROBINET, Frederic HUET, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE
16:15 - 17:15
#49392 - P258 Numérisation et division du travail de soin : le cas du séquençage génomique en contextes hospitaliers.
P258 Numérisation et division du travail de soin : le cas du séquençage génomique en contextes hospitaliers.
Le développement des technologies de séquençage de l’ADN dans le soin s’inscrit dans un mouvement plus large de numérisation de la médecine, du dossier médical partagé (Lehoux et al, 1998) à l’implantation de systèmes algorithmiques d'aide à la décision médicale (Anichini et Geffroy, 2021) en passant par l’essor de la bio-informatique. Cette transformation s’accompagne d’une redéfinition des tâches au sein des services hospitaliers, parfois même de la création de nouveaux métiers, qui redéfinit la division, notamment sexuée, du travail. Si les femmes ont historiquement été tenues à distance des techniques les plus sophistiquées (Tabet, 1998), elles ne sont pas à l’écart de cette numérisation. Au contraire, certaines professions particulièrement féminisées se trouvent en première ligne de ce que l’on pourrait qualifier de « dirty work » de la technologie, qu’il s’agisse de cliquer, vérifier, alimenter, réaliser les tâches commandées par l’outil ou encore entraîner des systèmes numériques (Casilli, 2019 ; Girard-Chanudet, 2023). Dans le domaine de la génomique, l’introduction des outils numériques accroit le « faisceau de tâches » (Hughes, 1996) et rend essentiel le travail de certaines professionnelles.
À partir d’une enquête sociologique menée dans plusieurs centres hospitaliers (projet ANR TraGenInnov) - basée sur des entretiens et des observations dans des laboratoires de biologie et des services hospitaliers - auprès de conseillères en génétique, techniciennes, chargées de parcours génomique etc., nous mettons en lumière le rôle central de ces professionnelles dans la production et la circulation des données numériques.
Nos résultats montrent d’abord l’importance d’un travail organisationnel indispensable mais souvent invisibilisé : assurer le suivi des échantillons, déposer les documents sur les plateformes numériques, préparer les dossiers, produire des comptes rendus, etc. Ces activités renvoient à la figure du « personnel de renfort » (Becker, 1988), sans lequel l’ensemble de la chaîne ne pourrait fonctionner. Ensuite, ces professionnelles mobilisent des compétences techniques et scientifiques, traduisant les données issues du séquençage en informations compréhensibles par les médecins comme par les patient·es. Par ce rôle de médiation, leur travail n’est pas seulement administratif mais relève d’une expertise à part entière. Enfin, elles assument une fonction socialisatrice et relationnelle, contribuant à la « gestion de l’information collective et à la cohésion » (Simonpoli, 2021). Leur activité comprend la circulation des informations entre acteurs : relances auprès des médecins, rappels des documents manquants, organisation pratique, tout en assurant un suivi auprès des patient·es.
Cette communication invite ainsi à mettre en évidence la réorganisation des soins liée à la gestion numérique des données génomiques et comment le travail d’articulation de ces données, assuré par certaines professionnelles, devient indispensable.
Estelle VALLIER (Villejuif), Juliette FROGER-LEFEBVRE
16:15 - 17:15
#49478 - P262 Indicateurs de performance des LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN dans le domaine des maladies rares : étude SAMARI.
P262 Indicateurs de performance des LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN dans le domaine des maladies rares : étude SAMARI.
Introduction
L’errance diagnostique engendre une souffrance importante pour les patients atteints de maladies rares, dont on estime l’origine génétique à 80%, et leurs familles. Le Plan National Maladies Rares 3 vise à réduire cette errance, notamment par le développement du séquençage pangénomique, en lien avec le Plan France Médecine Génomique 2025. Dans ce cadre, deux laboratoires de biologie médicale nationaux (LBM-FMG SeqOIA et AURAGEN) ont été créés pour déployer le séquençage à très haut débit pour les maladies rares et la cancérologie.
L’étude SAMARI, intégrée à un programme d’évaluation plus large (SEQOGEN), a pour objectif d’évaluer la performance diagnostique de ces laboratoires dans le cadre des maladies rares.
Objectifs et méthode
L’objectif principal de SAMARI est d’évaluer la capacité des LBM-FMG AURAGEN et SeqOIA à établir un diagnostic chez des patients adressés pour une préindication de maladie rare ou d’oncogénétique.
Les objectifs secondaires incluent notamment la mesure du taux d’hypothèses diagnostiques et l’évaluation des délais de rendu des comptes rendus.
La cohorte inclut des patients ayant donné leur consentement PFMG2025, présentant l’une des 63 préindications de maladie rare ou l’une des 3 préindications d’oncogénétique, pour lesquels un séquençage pangénomique a été prescrit entre le 1er janvier 2021 et le 31 décembre 2023. Les enfants mort-nés ont été exclus.
Les données proviennent des outils de prescription électronique (HYGEN pour AURAGEN, SPICE pour SeqOIA) ainsi que des dossiers médicaux des deux LBM-FMG.
Le taux de diagnostic est défini comme le nombre de comptes rendus d’examen comportant des variants de classe 4 et/ou 5, mais pas de variant de classe 3, rapporté au nombre total de comptes rendus.
Le taux d’hypothèses diagnostiques est défini comme le nombre de comptes rendus d’examen comportant au moins un variant de classe 3 d’intérêt, rapporté au nombre total de comptes rendus.
Le délai de rendu des comptes rendus est estimé entre la date où le dossier est considéré comme complet et conforme, et la date du premier compte rendu d’examen.
État d’avancement
L’étude relève du cadre réglementaire des Recherches n’impliquant pas la personne humaine (RIPH-3), est conforme à la méthodologie de référence MR-004 de la CNIL, et a reçu un avis favorable du comité scientifique et éthique des Hospices Civils de Lyon (N° 23-1792).
Le recueil des données est achevé avec environ 16000 dossiers au total. Le gel de la base de données est prévu en septembre 2025, suivi des analyses statistiques en octobre 2025. Les premiers résultats seront présentés lors des Assises de Génétique Humaine et Médicale en janvier 2026.
Conclusion
L’étude SAMARI permettra de documenter les performances diagnostiques des LBM-FMG AURAGEN et SeqOIA, globalement et par préindication, ainsi que les délais de rendu des résultats. Ce projet a en outre permis d’harmoniser les indicateurs de suivi et d’évaluation des deux LBM-FMG dans le domaine des maladies rares.
Hassan SERRIER, Laure HUOT, Sophie SIMON, Pierre BLANC, Damien SANLAVILLE (LYON)
16:15 - 17:15
#49604 - P266 Adaptation francophone du programme PEERS® : résultats préliminaires chez des adolescents et jeunes adultes porteurs de maladies génétiques rares du neurodéveloppement.
P266 Adaptation francophone du programme PEERS® : résultats préliminaires chez des adolescents et jeunes adultes porteurs de maladies génétiques rares du neurodéveloppement.
Introduction :
Les maladies génétiques rares du neurodéveloppement s’accompagnent fréquemment de troubles de la cognition sociale, à l’origine d’isolement, d’exclusion, de conflits interpersonnels et d’un risque accru de troubles psychiatriques. À ce jour, peu de programmes validés en France ciblent spécifiquement ces difficultés. Le programme PEERS® (Program for the Education and Enrichment of Relational Skills), développé par l’UCLA et validé dans plusieurs pays, a montré son efficacité sur les habiletés sociales des adolescents et jeunes adultes avec troubles du spectre de l’autisme ou autres troubles du neurodéveloppement. L’objectif de notre projet était d’adapter PEERS® en langue française et d’en évaluer la faisabilité, l’acceptabilité et les premiers effets dans une population atteinte de maladies génétiques rares du neurodéveloppement.
Méthodologie :
Le manuel PEERS® a été traduit puis adapté culturellement et linguistiquement. Le programme repose sur 14 séances hebdomadaires de 90 minutes menées en parallèle avec les participants et leurs parents (« social coaching »). Les critères d’inclusion étaient : adolescents/jeunes adultes âgés de 12 à 32 ans, porteurs d’une maladie génétique rare du neurodéveloppement, avec trouble du développement intellectuel léger à modéré. Les évaluations incluaient des questionnaires standardisés (QSQP, SAS-A, Friendship Qualities Scale, TASSK, CBCL), administrés avant/après programme et à 6 mois, complétés par des entretiens semi-directifs auprès des familles.
Résultats :
Cinq groupes ont été constitués, incluant 31 participants (11–32 ans), dont 8 porteurs d’anomalies géniques et 23 d’anomalies chromosomiques. L’adhésion a été excellente (>95 % de participation), sans abandon en cours de programme. La satisfaction des familles a été très élevée. Les adolescents/jeunes adultes rapportent une meilleure confiance en soi, une capacité accrue à initier et maintenir des conversations, une meilleure identification d’amitiés de qualité et, dans certains cas, la formation de nouvelles relations amicales. Les parents décrivent une amélioration de leurs propres compétences d’accompagnement et un sentiment de soulagement lié à une meilleure compréhension des difficultés sociales de leur enfant.
Discussion et perspectives :
Cette adaptation francophone de PEERS® démontre sa faisabilité et son acceptabilité dans une population atteinte de maladies génétiques rares du neurodéveloppement. L’implication conjointe des parents apparaît comme un facteur déterminant de réussite. Les résultats préliminaires suggèrent un bénéfice sur les habiletés sociales et la qualité de vie, malgré la taille encore limitée des effectifs et l’absence de groupe contrôle. Les perspectives incluent la publication du manuel en français, la diffusion du programme à d’autres centres de référence et sa future intégration dans le parcours de soins des patients porteurs de maladies génétiques rares du neurodéveloppement.
Evandelia VALLADIER (Paris), Kelly GOUVENOT, Charlotte DANSET, Romane SAVATTE, Dausse NOÉMIE, Marlene RIO, Yannick MORVAN
16:15 - 17:15
#49939 - P270 Douze ans de conseil génétique et de dépistage familial dans l’amylose à transthyrétine en Martinique : impact des innovations diagnostiques et thérapeutiques (2012–2024).
P270 Douze ans de conseil génétique et de dépistage familial dans l’amylose à transthyrétine en Martinique : impact des innovations diagnostiques et thérapeutiques (2012–2024).
L'amylose à transthyrétine est une maladie systémique causée par le dépôt extracellulaire de fibrilles amyloïdes dérivées de la transthyrétine, une protéine principalement synthétisée par le foie. On distingue deux formes principales : la forme sauvage (ATTRwt), généralement sporadique et d’apparition tardive, et la forme héréditaire (ATTRv), due à des variants pathogènes du gène TTR. Plus de 130 variants pathogènes du gène TTR ont été rapportés, associés à des phénotypes hétérogènes. Certains variants peuvent se manifester par des symptômes neurologiques, cardiaques ou mixtes, en fonction de divers facteurs, notamment l'âge et l’ethnie. La pénétrance augmente avec l'âge et est jugée incomplète. L'ATTRv se transmet sur le mode autosomique dominante.
En France, la loi oblige les patients à informer leurs proches à risque, tandis que les médecins ne peuvent pas les contacter directement sans leur consentement écrit. Ce cadre juridique peut limiter l'efficacité du dépistage, en particulier dans des régions comme la Martinique, où les services de Conseil Génétique (CG) sont centralisés et où les familles sont géographiquement éloignées. Dans ce contexte, le CG joue un rôle essentiel dans l'interprétation des résultats génétiques, la coordination du dépistage familial et la facilitation de la communication. Cependant, son rôle réel dans le parcours de soins ATTRv en Martinique reste mal documenté.
Nous avons mené la 1e étude rétrospective, observationnelle et monocentrique de l'activité de la seule conseillère génétique de l’île sur une période de 12 ans (2012-2024). Elle est basée au Centre de référence des Caraïbes des maladies neurologiques et neuromusculaires rares (CERCA) situé au Centre hospitalier universitaire de Martinique. Il est le seul établissement où un conseil génétique pour l'ATTR est proposé. L’objectif est de décrire l'activité de conseil génétique dans le contexte évolutif des traitements thérapeutiques et de la génomique, et d’évaluer son impact sur le dépistage familial.
Plusieurs enseignements s’en dégage, en particulier sur la dynamique croissante du dépistage familial, la distribution génotypique locale en faveur du variant Val142Ile, et l’évolution des parcours diagnostiques sous l’influence des innovations thérapeutiques. Cette étude souligne le rôle central du conseiller génétique dans l’organisation du dépistage familial, dont l’efficacité est attestée par la proportion attendue de porteurs identifiés parmi les apparentés et par la montée en puissance progressive de cette activité depuis l’ère des traitements spécifiques.
L’évolution observée entre la période pré-thérapeutique et l’ère thérapeutique illustre l’adaptabilité des pratiques diagnostiques locales, largement initiées par la cardiologie.
Anna-Gaëlle GIGUET-VALARD (Fort-de-France), Abdoulaye TAMEGA, Sophie DUCLOS, Aïssatou SIGNATE, Astrid MONFORT, Jocelyn INAMO
16:15 - 17:15
#49268 - P274 Caractéristiques cliniques des patients âgés de 2 à 5 ans présentant une hyperphagie et une obésité secondaire à différentes pathologies de la voie leptine-mélanocortines et réponse après un an de traitement par setmélanotide.
P274 Caractéristiques cliniques des patients âgés de 2 à 5 ans présentant une hyperphagie et une obésité secondaire à différentes pathologies de la voie leptine-mélanocortines et réponse après un an de traitement par setmélanotide.
Objectif :
La voie leptine-mélanocortines au niveau hypothalamique est un régulateur clé de la prise alimentaire et de l’équilibre énergétique. L’altération de la signalisation de cette voie chez les patients ayant un déficit biallélique en pro-opiomélanocortine (POMC) ou en récepteur à la leptine (LEPR), ou un syndrome de Bardet-Biedl (BBS) peut entraîner une hyperphagie et une obésité sévère. La réponse au setmélanotide peut varier en fonction de l’âge, de la sévérité de l’obésité, de la physiopathologie et des pathologies sous-jacentes, ou en raison du mécanisme variable du fonctionnement de la voie leptine-mélanocortines.
Ce travail rapporte les trajectoires individuelles pondérales stratifiées par catégorie de corpulence des patients âgés de 2 à 5 ans issus d’un essai de phase III en ouvert après un an de traitement.
Matériel/Patients et Méthodes :
Les patients âgés de 2 à 5 ans présentant une hyperphagie et une obésité dues à un déficit en POMC, en LEPR, ou un BBS étaient éligibles. Les patients avec une observance documentées > 75% tout au long de l’année de traitement ont été inclus.
Les variations du 95ème percentile de l'IMC (%IMC95) entre l’inclusion et un an de traitement par setmélanotide ont été évaluées et stratifiées par catégorie de poids (poids normal [≥5ème à <85ème percentile de l’IMC], surpoids [≥85ème à <95ème percentile de l’IMC], obésité de classe I [%IMC95 ≥95% à <120%], obésité de classe II [%IMC95 ≥120% à <140%], obésité de classe III [%IMC95 ≥140%]). Les évolutions du z-score de l’IMC (méthode CDC et OMS) à 1 an de traitement ont également été analysés.
Résultats :
Au total, 10 des 12 patients inclus ont terminé l’étude avec un traitement continu et ont été inclus dans cette analyse (POMC, n = 3 ; LEPR, n = 3 ; BBS, n = 4).
9 patients sur 10 présentaient une obésité de classe II ou III à l’initiation ; respectivement 100% et 25% présentaient une obésité de classe III dans les cohortes POMC / LEPR et BBS.
Après un an de traitement, une amélioration d’au moins une classe de corpulence a été observée chez 100 % des patients de la cohorte POMC et 75 % des patients de la cohorte BBS. Les patients de la cohorte LEPR présentaient des valeurs de %IMC95 extrêmement élevées (180%-237%) à l’initiation. Bien qu’aucune amélioration de classe n’ait été observée dans cette cohorte, des améliorations significatives au sein de la classe III ont été constatées (réduction moyenne [ET] du %IMC95 de 45% [20%], réduction du z-score de l’IMC selon la méthode CDC de 1,32 [1,00] ou selon la méthode OMS de 4,82 [2,49]).
Conclusion :
Dans différentes populations pédiatriques âgées de 2 à 5 ans avec d’obésité, traitées pendant 52 semaines, setmélanotide a entrainé une réduction du poids et une amélioration de la catégorie de corpulence, bien qu’avec une intensité différente selon le type de maladie liée à la voie leptine-mélanocortines ce qui pourrait être dû à la diversité des mécanismes et à la localisation du dysfonctionnement dans cette voie.
Jesús ARGENTE, Charles F. VERGE, Uzoma OKORIE, Ilene FENNOY, Megan M. KELSEY, Casey COKKINIAS, Cecilia SCIMIA, Guojun YUAN, Jill C. GARRISON (Boston, Etats-Unis), Sadaf FAROOQI
16:15 - 17:15
#49828 - P278 PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1): Premiers résultats, retour d’expérience et perspectives sur la faisabilité, l’acceptabilité et l’impact psychosocial du dépistage néonatal génomique en France.
P278 PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1): Premiers résultats, retour d’expérience et perspectives sur la faisabilité, l’acceptabilité et l’impact psychosocial du dépistage néonatal génomique en France.
Des projets pilotes de dépistage néonatal génomique (DNNg) se déploient dans de nombreux pays dans un contexte de progrès thérapeutiques et de baisse des coûts de séquençage. PERIGENOMED, conçu comme une initiative participative, vise à fournir des premières données concrètes sur la pertinence du DNNg en France. Il est construit en deux phases : une 1ère phase pilote (PGC1) et une 2ème phase préfiguratrice (PGC2). PGC1 évalue l’acceptabilité, la faisabilité, l’impact psychosocial et l’organisation du DNNg pour 2500 naissances dans 5 CHU (Dijon, Besançon, Rennes, Nantes, Angers). Les modalités d’information varient selon les centres pour tester différents modèles. Une 1ère liste (400 gènes, 171 maladies précoces traitables) est proposée aux parents, qui peuvent choisir, en plus, une 2ème liste optionnelle (407 gènes, 218 maladies actionnables). Le DNNg s’appuie sur l’analyse in silico de ces gènes sur données de séquençage de génome short-read.
Depuis mai 2025, le DNNg a été proposé à Dijon à 769 parents (approche: 80%) lors d’entretiens d’information dédiés (moy: 24 min) par conseillers en génétique ou TEC au 3ème trimestre ou à la naissance. Parmi les 983 naissances, 601 nouveau-nés (NN) ont été inclus (acceptabilité: 78%) avec une acceptation quasi équivalente suite à une information prénatale ou postnatale (78% vs 77%) et un choix élevé de la 2ème liste (88 %). Parmi les 547 séquencés, 159 résultats ont nécessité une interprétation humaine, avec 7 demandes d’avis extérieur, les résultats non concluants n’étant pas rendus. Au total, le délai médian du prélèvement du buvard au rendu de résultat était de 15.7 jours pour les 506 résultats négatifs, rendus par e-mail, et de 21.8 jours pour les 8 résultats positifs, rendus en consultation après demande de recommandations auprès de centres experts. Lors du rendu des résultats positifs (2%) (G6PD*3, LDLR*2, GJB2, KCNQ1, TSC2) (7 en 1ère liste – 1 dans le DNN standard), 1 était symptomatique (anémie) ou dépistés par le DNN classique (auto-émissions acoustiques anormales). Le DNNg a permis un dépistage précoce (hypercholestérolémie, risque de trouble du rythme cardiaque ou d’épilepsie) ou la confirmation étiologique d’une anémie avec mesures de prévention secondaires et d’une surdité congénitale avec l’anticipation d’une implantation cochléaire.
Ces résultats préliminaires sont concordants avec les autres projets pilotes. L’exhaustivité de l’information reste un défi, nécessitant un modèle mieux intégré au DNN classique en tenant compte que l’information prénatale semble déterminante. Par ailleurs, le recours à une interprétation humaine s’avère élevée, nécessitant une plus grande automatisation. Ces résultats encourageants reflètent cependant une évaluation du DNNg limitée à 5 CHU. Ils s’avèrent en revanche déterminants pour identifier les évolutions nécessaires à son extension, en poursuivant son évaluation en vie réelle lors d’un préfigurateur à échelle territoriale.
Christel THAUVIN-ROBINET, Camille LEVEL, Christine BINQUET, Yannis DUFFOURD, Hana SAFRAOU, Emeline DAVOINE, Martin CHEVARIN, Ange-Line BRUEL, Camille LENELLE, Margot LEMAITRE, Dominique SALVI, Emilie TISSERANT, Anthony AUCLAIR, Valentin VAUTROT, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Oussama KETTANI, Richard BELMONTE, Emmauelle LECOMMANDEUR, Amandine CHARRETON, Marie DE TAYRAC, Richard REDON, Julien BARC, Sebastien SCHMITT, Juliette PIARD, Paul KUENTZ, Coline CORMIER, Marlène MALBOS, Caroline RACINE, Sophie NAMBOT, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Benoit MAZEL, Eléonore VIORA-DUPONT, Estella CASTILLON, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Brigitte CHABROL, David CHEILLAN, Véronique TARDY, Estelle COLIN, Céline BRIS, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Léa GAUDILLAT, Virginie LOIZEAU, Dinia CARTRY, Estelle BARBIN, Clarisse THOMAS, Kristell OIZEL, Nicolas MOTTET, Emmanuel SIMON, Jean-Baptiste ARNOUX, Mathilde PACAULT, Marie-Virginie BARBOTTE, Maud CARPENTIER, Catherine RENAUD, Alban ZIEGLER, Catherine LEJEUNE, Anne-Sophie JANNOT, Marie-Laure HUMBERT-ASENSIO, Paul ROLLIER, Sylvie ODENT, Stéphane BEZIEAU, Laurent PASQUIER, Frédéric HUET, Laurence FAIVRE (DIJON)
16:15 - 17:15
#49271 - P282 PFMG2025 - Intégrer la médecine génomique dans le système de santé national en France.
P282 PFMG2025 - Intégrer la médecine génomique dans le système de santé national en France.
L'intégration de la médecine génomique dans les systèmes de santé est un défi en matière de politique de santé, qui nécessite de transférer en permanence les avancées scientifiques vers le diagnostic et de garantir un accès égalitaire aux patients. La France a été l'un des premiers pays à intégrer le séquençage génomique dans la pratique clinique à l'échelle nationale, avec l'ambition de poser des diagnostics plus précis et prescrire des traitements personnalisés. Depuis 2016, le gouvernement français a investi environ 300 millions d'euros dans le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025), qui s'est jusqu'à présent concentré sur les maladies rares (MR), les prédispositions génétiques au cancer (PGC) et les cancers. En lien avec la Haute Autorité de Santé (HAS), 77 pré-indications (68 pour les MR/PGC et 9 pour les cancers) ont été sélectionnées et mises en place depuis 2019. Des recommandations nationales ont été élaborées afin de garantir des prescriptions optimales et d’homogénéiser les pratiques médicales à l’échelle nationale. Pour chaque pré-indication, un arbre décisionnel a été conçu en lien avec les filières de santé maladies rares et les sociétés savantes dans le domaine des cancers, définissant les critères d'éligibilité au séquençage du génomes, ainsi que les tests préliminaires requis.
Au 31 décembre 2024, les LBM-FMG (AURAGEN et SeqOIA) avaient reçu un total de 29 779 prescriptions pour des patients atteints de MR/PGC, avec 21 700 résultats renvoyés aux prescripteurs, et 6 235 prescriptions pour des patients atteints de cancers, avec 5 833 résultats renvoyés aux prescripteurs. Pour les MR/PGC, le taux d'exhaustivité était de 72,3 % (délai de rendu de résultat médian : 181 jours, rendement diagnostique : 31,2 %).
Le PFMG2025 a également été conçu pour assurer une continuité entre la recherche et le diagnostic, dans le but de partager les données génomiques tant au niveau national qu'international. L'utilisation secondaire des données du PFMG2025 à des fins de recherche est l'un des principaux objectifs de l'infrastructure nationale de stockage sécurisé et de calcul intensif des données (Collecteur Analyseur de Données – CAD). De plus, la France participe à l'initiative européenne « 1+ Million Genomes », qui vise à partager les données génomiques à l'échelle européenne.
Nous présenterons les résultats des 5 premières années du PFMG2025 dans la pratique clinique, les principales actions mises en place pour y parvenir et les défis à venir.
Contributeurs PFMG2025 (Paris)
16:15 - 17:15
#49650 - P286 Utilité du séquençage haut débit pour l’évaluation des taux d’hétéroplasmie de l’ADN mitochondrial.
P286 Utilité du séquençage haut débit pour l’évaluation des taux d’hétéroplasmie de l’ADN mitochondrial.
Les maladies causées par des mutations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) sont cliniquement très hétérogènes. Cette variabilité s’explique en partie par la variation du taux d’hétéroplasmie (proportion d’ADNmt mutant par rapport à l’ADNmt sauvage) qui varie selon les tissus et au cours de la vie. Une quantification précise de ce taux est donc essentielle, tant pour le diagnostic de ces maladies que pour des protocoles de recherche.
De plus, avec l’essor du séquençage de nouvelle génération (NGS), la détection fortuite de variants pathogènes de l’ADNmt est en augmentation. Or, la présence de séquences mitochondriales insérées dans le génome nucléaire (NUMTs) peut être à l’origine de faux positifs. Par conséquent, des guidelines clairs en cas d’identification de mutation de l’ADNmt par une technique NGS doivent être édités.
Dans cette étude, nous avons évalué la concordance des taux d’hétéroplasmie mesurés par NGS avec ceux obtenus par PCR semi-quantitative suivie d’une digestion enzymatique (PCRdig), une méthode de référence offrant une spécificité et une sensibilité élevées pour des variants connus de l’ADNmt. Nous avons comparé les taux d’hétéroplasmie de 40 échantillons obtenus par NGS avec ceux obtenus par PCR digestion pour les variants pathogènes suivants: m.3243A>G, m.3946G>A, m.8344A>G, m.10197T>C, m.11435A>T, m.12706T>C, m.13513G>A, m.14459G>A et m.14487T>C. Les données NGS ont été obtenues via un protocole de ‘séquençage profond’, les profondeurs étant comprises entre 300 et 19 000 lectures (moyenne:11 000) au niveau du site variant.
Nos données montrent une forte corrélation entre les taux d’hétéroplasmie obtenus par les 2 techniques (R² = 0,98, p < 0,001). Parmi les 40 échantillons, 33 (82,5 %) présentaient une différence inférieure à 4 % entre les deux méthodes, proche du taux d’erreur de la technique. Les 7 échantillons restants montraient des différences de 5 à 10 %. Dans ces cas, 5/7 des échantillons avaient plus de 3000 lectures au locus concerné.
Nos résultats confirment l’utilité potentielle du NGS pour la détection des variants de l’ADNmt, à l’origine d’une quantification précise des taux d’hétéroplasmie, à condition de disposer d’un ADN de bonne qualité, d’une profondeur de séquençage suffisante et de pipelines rigoureusement validés. À mesure que le NGS devient de plus en plus courant en génomique clinique, l’établissement de protocoles de validation robustes et de lignes directrices d’interprétation sont nécessaires pour garantir la fiabilité des résultats dans l’étude et le diagnostic des maladies liées à des mutations de l’ADN mitochondrial.
Paula RUBENS (Paris), Brian SPERELAKIS BEEDHAM, Nadine GIGAREL, Zahra ASSOULINE, Isabelle LEMIÉRE, Maryse MAGEN, Sophie MONNOT, Giulia BARCIA, Julie STEFFANN
16:15 - 17:15
#49096 - P290 Génome Réunion : un référentiel pour une médecine de précision équitable.
P290 Génome Réunion : un référentiel pour une médecine de précision équitable.
Introduction
La population réunionnaise résulte de vagues migratoires successives (Afrique, Madagascar, Europe, Inde, Asie) et d’un isolement insulaire. Cette diversité et l’endogamie partielle ont façonné une architecture génétique unique. Cependant, les génomes de référence et bases internationales (1000 Genomes, gnomAD) demeurent dominés par des données d’ascendance européenne. Peu représentatives localement, ces ressources compliquent le classement des variants et leur interprétation. À l’ère de la donnée et de l’intelligence artificielle, ces biais sont amplifiés : les bases génomiques sont centrales en recherche, de la pharmacogénétique à la conception thérapeutique. Plusieurs études ont montré que l’absence de diversité entraîne une mauvaise estimation de la distribution des variants, exposant certaines populations à des erreurs de classification et à des traitements inadaptés. Ces limites, déjà documentées ailleurs, ont conduit plusieurs pays à initier des programmes nationaux de séquençage (H3Africa, GenomeAsia 100K).
Objectif
Établir un panel de référence de génomes représentatif de la population réunionnaise, pour améliorer la précision diagnostique et la pertinence thérapeutique, et garantir plus d’équité en santé.
Méthodologie
Les échantillons seront collectés auprès de volontaires via l’Établissement Français du Sang, dont les tournées couvrent l’ensemble du territoire réunionnais, y compris des zones reculées comme les cirques de Salazie et Cilaos. L’ADN sera extrait au laboratoire de génétique du CHU de La Réunion. Un génotypage iScan® (Illumina) permettra de caractériser la structure génétique (PCA, admixture) et de filtrer les apparentés afin de constituer un panel d’échantillons restreint mais représentatif. Ces échantillons seront soumis à un séquençage du génome en partenariat avec le consortium POPGEN. Les données issues de ce séquençage alimenteront une base locale.
Résultats attendus
Ces données devraient permettre d’ajuster les fréquences des polymorphismes communs, de mettre en évidence d’éventuels variants rares ou spécifiques à l’île, d’identifier des segments d’autozygotie (ROH) et de dresser une cartographie de la diversité génétique réunionnaise.
Discussion
Les retombées concernent la pratique clinique, avec des diagnostics plus fiables grâce à une meilleure classification des variants. Elles incluent aussi la conception thérapeutique et la pharmacogénétique, en réduisant les erreurs liées à des données de référence non adaptées. Les données produites enrichiront les bases internationales et renforceront la représentativité réunionnaise dans les projets collaboratifs. Enfin, ce projet positionnera La Réunion comme centre de référence génomique pour l’océan Indien, au service de la recherche en santé et épidémiologie.
Conclusion
La mise en place de ce panel de référence de génomes est une étape essentielle pour fiabiliser les diagnostics et rétablir l’équité dans l’accès aux bénéfices de la médecine de précision.
Patrick MUNIER (Saint-Denis), Susie GUILLY, Christine PAYET, Fanny FERROUL, Cécile CHABERT, Guillaume MACCIO, Godelieve MOREL, Pauline MARZIN, Jean-Luc ALESSANDRI, Emmanuelle GENIN, Bérénice ROY-DORAY, Thomas HUBY
16:15 - 17:15
#49472 - P294 Apport du génome dans le cadre du Plan France Médecine Génomique pour la filière de santé maladies autoimmunes et autoinflammatoires rares (FAI2R) : Retour d’expérience des laboratoires Auragen et SeqOIA.
P294 Apport du génome dans le cadre du Plan France Médecine Génomique pour la filière de santé maladies autoimmunes et autoinflammatoires rares (FAI2R) : Retour d’expérience des laboratoires Auragen et SeqOIA.
La filière des maladies auto-immunes et auto-inflammatoires rares (FAI²R) est porteuse de l’une des premières pré-indications validées dans le cadre du Plan France Médecine Génomique. Ces pathologies présentent une forte hétérogénéité clinique et incluent à la fois des formes monogéniques et multifactorielles. Les explorations génétiques reposent actuellement principalement sur des panels de gènes ou des exomes, avec un rendement diagnostique estimé autour de 10–15 %. Nous avons repris l’ensemble des résultats rendus depuis le début du PFMG afin d’analyser les rendements diagnostiques et d’évaluer la pertinence de ces examens en fonction du contexte clinique.
Nous avons repris l’ensemble des données d’inclusion et des résultats rendus pour les analyses de génomes complétées entre début 2020 et août 2025 par les laboratoires Auragen et SeqOIA. Une analyse rétrospective des données cliniques disponibles sur Hygen et Spice ainsi qu’une analyse des résultats moléculaires ont été réalisées.
En août 2025, 203 dossiers avaient été rendus aux prescripteurs par les deux laboratoires. Sur Auragen, l’âge moyen de début des symptômes était de 7 ans (SD :7.5). Dans 67% des cas, il s’agissait de formes sporadiques, analysées le plus souvent en trio, avec un âge moyen de 17 ans pour le cas index au moment de l’inclusion. Des explorations génétiques antérieures comportaient principalement un panel isolé (58%) ou un exome (26%). Pour 6% des patients, plus de deux tests de génétique moléculaire avaient été réalisés (plusieurs panels ou panel et exome).
Au total, 12,3% des dossiers (n=25) ont été rendus conclusifs avec l’identification d’un variant de classe 4/5 expliquant le phénotype immunologique. Parmi ces 25 dossiers, 4 impliquaient le gène IKBKG dans le cadre d’un syndrome NDAS. Des variants de classe 3 ont été identifiés dans 6,4% des dossiers. Des variants d’intérêt recherche ont été identifiés et communiqués au prescripteur dans 12 cas (6%). Par ailleurs, au moins 20 dossiers, soit près de 10% de l’ensemble des dossiers analysés, ont fait l’objet ou font encore l’objet d’études fonctionnelles (ARN, tests cellulaires ou investigations de recherche plus complexes).
Les rendements diagnostics sont identiques sur les deux laboratoires, avec 12% de dossiers conclusifs. Le séquençage du génome apporte une réelle plus-value dans les maladies auto-immunes et auto-inflammatoires rares, y compris en seconde intention. Ce pourcentage est probablement sous-estimé comme le souligne les 12% de dossiers pour lesquels un variant de classe 3 ou un gène de signification incertaine ont été identifiés. La nécessité fréquente d’effectuer des explorations fonctionnelles pour interpréter les variants illustre l’importance des RCP nationales d’amont, d’une articulation étroite entre laboratoires de génétique et laboratoires d’immunologie, et souligne l’importance du développement des tests fonctionnels notamment au sein des laboratoires de génétique ou d’immunologie de routine.
Maud TUSSEAU, Martin BROLY (Montpellier), Isabelle JERU, Brigitte BADER-MEUNIER, Thomas BARBA, Clémence DAVID, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Véronique HENTGEN, Yvan JAMILLOUX, Isabelle KONE-PAUT, Isabelle MELKI, Frédéric RIEUX-LAUCAT, Marie-Elise TRUCHETET, Consortium AURAGEN, Muriel HERASSE, Eric HACHULLA, Alexandre BELOT, Laurence CUISSET, Guilaine BOURSIER
16:15 - 17:15
#49805 - P298 Un effet fondateur dans une nouvelle maladie héréditaire des petites artères cérébrales révélé par l’analyse de segments identiques par descendance (IBD).
P298 Un effet fondateur dans une nouvelle maladie héréditaire des petites artères cérébrales révélé par l’analyse de segments identiques par descendance (IBD).
Contexte : Une nouvelle maladie héréditaire des petites artères cérébrales, liée à l’insertion d’un élément génétique mobile de type Alu dans la région 3’UTR du gène COL4A1, a récemment été identifiée par notre équipe. Parmi les dix familles porteuses de cette mutation, huit étaient originaires de Bretagne, suggérant l’existence d’un ancêtre commun et la survenue d’un effet fondateur.
Méthodes : Les cas index de ces dix familles ont été génotypés à l’aide de puces SNP à haute densité. Des algorithmes bio-informatiques ont permis d’identifier les segments chromosomiques identiques par descendance (IBD) partagés entre différentes familles.
Résultats : Deux familles se sont révélées apparentées au 5ᵉ degré. Surtout, tous les cas index partageaient un haplotype IBD commun autour du locus COL4A1 en 13q34, établissant que la mutation dérivait bien d’un ancêtre unique. L’analyse de la taille du fragment ancestral a permis d’estimer la naissance de l’ancêtre commun le plus récent vers 1735 (IC 95 % : 1600–1820). L’étude des marqueurs différenciés entre populations suggérait par ailleurs une origine européenne de ce chromosome ancestral.
Conclusion : Cette étude démontre que cette nouvelle forme de maladie héréditaire des petites artères cérébrales résulte bien d’un effet fondateur, avec des implications cliniques et épidémiologiques majeures. La mutation est probablement plus fréquente dans les régions ayant des liens migratoires récents avec la Bretagne, notamment les Îles Britanniques et l’Amérique du Nord. À notre connaissance, il s’agit du premier exemple documenté d’un effet fondateur impliqué dans une maladie héréditaire des petites artères cérébrales.
(Maillard et al., Stroke, 2025)
Arnaud MAILLARD (Paris), Eva PIPIRAS, Thibault COSTE, Chaker ALOUI, Audrey DELAFORGE, Valérie JOBIC, Philippe JARNOUX, Elisabeth TOURNIER LASSERVE
16:15 - 17:15
#49954 - P302 Contribution des sous-populations cellulaires du muscle squelettique à la physiopathologie de la dystrophie facio-scapulo-humérale (FSHD).
P302 Contribution des sous-populations cellulaires du muscle squelettique à la physiopathologie de la dystrophie facio-scapulo-humérale (FSHD).
Les muscles squelettiques assurent la posture, la force et le mouvement. Ces fonctions sont altérées dans la dystrophie facio-scapulo-humérale (FSHD), maladie héréditaire autosomique dominante caractérisée par une faiblesse asymétrique et progressive des muscles du visage, des ceintures scapulaires et pelviennes. Dans les années 1990, elle est liée au locus 4q35 et à la contraction du macrosatellite D4Z4 conduisant à l’activation aberrante de DUX4. Ce macrosatellite n’est présent que chez les primates ce qui limite l’étude de la physiopathologie et le développement thérapeutique pour la troisième maladie neuromusculaire héréditaire.
Pour dépasser ces limites, nous avons développé un modèle in vitro à partir de cellules souches pluripotentes induites humaines (hiPSC) différenciées en fibres musculaires innervées par des motoneurones (MN). Il permet d’explorer la contribution des MN et des cellules stromales dont les progéniteurs fibro-adipogéniques (FAP). Les MN sont essentiels à la maturation et la fonction contractile tandis que les FAP régulent la matrice extracellulaire et la régénération musculaire, dont la dérégulation favorise fibrose et infiltration graisseuse dans la FSHD.
L’étude du profil cellulaire au cours de la différenciation met en évidence une prédominance de cellules musculaires et neuronales (CD56+). Entre J8 et J17, émerge une population transitoire (CD56+/CD73+/CD90+/CD201+) au profil mixte stromal/myogénique, absente à J30 et potentiellement impliquée dans la régulation du microenvironnement musculaire ou le soutien de la différenciation.
D’autre part, l’analyse transcriptomique révèle une dérégulation marquée, distincte entre FSHD1 et FSHD2, mais convergeant dans le temps. La FSHD2 présente un nombre plus élevé de gènes dérégulés. À J8, 35 gènes sont communs entre les deux formes, un chevauchement qui s’accentue à J17 (183 gènes) et se maintient à J30 (162 gènes), définissant une signature transcriptomique commune incluant des cibles de DUX4 et des gènes liés aux voies musculaires et neuronales.
Également, deux approches sont testées pour modéliser les mécanismes de fibrose et de remplacement du tissu musculaire en tissu adipeux. Une stimulation pro-fibrogénique (TGFβ1, J8-J17) qui induit un phénotype fibro-mésenchymateux associé à une surexpression de FN1, COL1, α-SMA et une baisse d’ACTA1. Une stimulation pro-adipogénique (cocktail adipogénique, J8-J33) qui favorise l’activation de PPARG, ADIPOQ, FABP4 ainsi qu’une accumulation lipidique, Oil Red O, dans les cellules FSHD.
Enfin, l’étude de l’activité électrophysiologique, réalisée exclusivement sur des motoneurones, montre une activité spontanée accrue dans la FSHD1, révélant une excitabilité anormale et/ou une maturation fonctionnelle altérée.
En intégrant analyses cellulaires, transcriptomiques et fonctionnelles, ces modélisations offrent de nouvelles perspectives d’exploration des mécanismes physiopathologiques et ouvrent la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Loeva MORIN (Marseille), Pierre PERRIN, Bastien FERRO, Flavia GIACALONE, Nathalie EUDES, Natacha BROUCQSAULT, Frédérique MAGDINIER
16:15 - 17:15
#49444 - P306 Métiers de la génétique : une série vidéo pour mieux comprendre, valoriser et attirer des vocations.
P306 Métiers de la génétique : une série vidéo pour mieux comprendre, valoriser et attirer des vocations.
En 2024, les généticiens du réseau d’excellence en génétique et génomique du Grand-Ouest GEM EXCELL ont conduit un projet original de valorisation des métiers de la génétique humaine et médicale à travers une série de vidéos dédiées. Ce projet répond à plusieurs objectifs : mieux faire connaître ces métiers, en expliquer les missions auprès d’un large public, et corriger certaines représentations erronées encore fréquentes, y compris parmi les professionnels de santé. Il s’agit également de promouvoir la filière génétique pour susciter des vocations et valoriser l’expertise portée par les Centres Hospitaliers Universitaires.
Dans un contexte où la génétique occupe une place de plus en plus centrale dans le diagnostic, la prévention et le traitement de nombreuses pathologies, il était important de donner de la visibilité aux acteurs qui œuvrent au quotidien dans ce secteur. Ainsi, dix vidéos ont été réalisées, chacune centrée sur un métier spécifique : généticien clinicien, conseiller en génétique, interne en génétique, technicien de laboratoire, ingénieur en biologie, bioinformaticien, cytogénéticien, biologiste moléculaire, fœtopathologiste et chercheur. Chaque portrait est décliné en deux formats : une version court face caméra (1 à 1’30 min), dynamique et adaptée aux réseaux sociaux, afin d’éveiller la curiosité ; et une version plus longue, en plan-séquence (3 à 4 min), permettant une immersion dans le quotidien du professionnel.
Ces films s’adressent à un large éventail de publics : le grand public, dans une optique de vulgarisation ; les lycéens et les étudiants en médecine, pour les accompagner dans leur orientation professionnelle ; ainsi que les professionnels de santé non spécialisés en génétique, pour favoriser une meilleure compréhension interdisciplinaire. Ils ont également vocation à être utilisés dans un cadre plus institutionnel, au niveau national, pour des actions de communication, d’information ou de formation.
En donnant à voir les visages, les parcours et les compétences des acteurs de la génétique, ce projet contribue à rendre la spécialité plus lisible, plus attractive et mieux reconnue. Les vidéos sont désormais disponibles sur le site internet du réseau GEM EXCELL (www.metiers-genetique.fr) et peuvent être librement diffusées et utilisées par tous les acteurs concernés.
Financeurs : FHU GenOMedS, FSMR ANDDI-Rares, FFGH
Amandine CHARRETON (RENNES), Laurent PASQUIER, Laurence FAIVRE, Damien SANLAVILLE, Evan GOUY, Wilfrid CARRÉ, Claire EFFRAY, Romain GONFREVILLE-ROBERT, Anna LOKCHINE, Edith TERRENOIRE, Anne-Charlotte D’HARDIVILLIERS, Marie-Laure VUILLAUME WINTER, Mathilde BECMEUR-LEFEBVRE, Valérie DUPÉ, Stéphane BEZIEAU, Sandra MERCIER, Sylvie ODENT
16:15 - 17:15
#49775 - P310 SV-Génome : formation à l’interprétation des variants structuraux identifiés par séquençage de génome en constitutionnel.
P310 SV-Génome : formation à l’interprétation des variants structuraux identifiés par séquençage de génome en constitutionnel.
Le Plan France Médecine Génomique 2025 a démocratisé le séquençage de génome dans le parcours diagnostique des maladies rares et en oncogénétique. Au-delà de l’uniformité de séquençage et de l’accès aux variations introniques, cette approche a permis la mise en évidence de variants de structure (déséquilibrés ou équilibrés) et à leurs mécanismes de survenue. Certains de ces variants n’étaient jusqu’alors accessibles que par cytogénétique conventionnelle, avec le caryotype notamment. L’apprentissage des mécanismes cytogénétiques, des modes de transmission chromosomique sont des spécificités du parcours des cytogénéticiens. De plus, les pipelines de génome traitent ensemble les variants « caryotypiques » et les variants de séquence de type « élément mobile » complexifiant la lecture des données. L’interprétation de ces variants est alors un défi qui peut motiver le recours à plusieurs experts pour un même patient.
En complément du D.I U. de Cytogénétique Médicale organisée par l’Université de Paris-Cité et du DIU Européen de Cytogénétique par l’Université de Montpellier, destinés aux praticiens en formation (interne, Dr Junior, AHU..), l’ACLF et le réseau AchroPuce ont mis en place une formation courte dédiée à cette problématique. L’expertise cytogénétique ne pouvant pas être acquise sur un format si court, cette formation se veut comme une sensibilisation et une initiation à l’interprétation du signal délivré par les pipelines dédiés à l’identification de variants de structure. La formation cible préférentiellement les praticiens déjà en exercice, impliqués dans les deux laboratoires du PFMG2025 : SeqOIA et Auragen. Après une partie théorique commune une large partie du temps de formation est dédiée à l’analyse de cas représentatifs sélectionnés rétrospectivement dans l’activité des laboratoires SeqOIA et Auragen, anonymisés et généreusement rendus accessibles aux apprenants.
Une première session de formation a réuni 30 participants en janvier 2024. Sur 24 réponses au questionnaire de satisfaction, tous recommanderaient la formation à un collègue, 22/24 considèrent que la formation améliore leur interprétation de dossier, 21/24 se sentent désormais capables d’expliquer les profils « cytogénétiques » obtenus. Dans les verbatim, plusieurs participants signalent que cette formation ou un équivalent devrait être obligatoire pour l’habilitation à l’interprétation de génome. La note globale de satisfaction était de 4,71/5.
Fort de ce succès une nouvelle session est organisée à Lyon avant les Assises, une troisième est programmée en 2026. Désormais sous l’égide de la FFGH la formation dispose du label Qualiopi. Les prochains enjeux sont de trouver un support permettant l’usage de données de génome hors de la structure des laboratoires SeqOIA et Auragen pour répondre aux demandes de formations de collègues de laboratoires privés ou étrangers et de réfléchir au format d’une formation de niveau 2 en traitant notamment les questions de séquençage long-read.
Nicolas CHATRON (Lyon), Jonathan LEVY, Anne-Claude TABET, Virginie BERNARD, Consortium AURAGEN, Pierre BLANC, Lilia EZZILI, Patrick NITSCHKE, Céline PEBREL-RICHARD, Virginie SAILLOUR, Veronique TARDY, Julien THEVENON, Valérie MALAN, Caroline SCHLUTH-BOLARD
16:15 - 17:15
#48948 - P314 Optimisation d’un pipeline d’analyse long-read PacBio HiFi pour l’identification et le phasage de variants sur génomes complets.
P314 Optimisation d’un pipeline d’analyse long-read PacBio HiFi pour l’identification et le phasage de variants sur génomes complets.
Le séquençage long-read de haute-fidélité (HiFi, Pacbio) apporte une meilleure résolution du génome humain en produisant des reads longs (15–20 kb en moyenne) et précis (QV > 30). Il permet de mieux analyser les régions génomiques répétées et de détecter des variants complexes, tels que les variants structuraux (SV) et les répétitions en tandem (Tandem repeat, TR), souvent manqués ou mal interprétés par les approches short-read. Le séquençage HiFi permet également de phaser les variants sur de larges régions. Cette avancée nous permet de nouvelles perspectives pour l’étude des maladies rares et la compréhension fine de loci génétiques impliqués dans les pathologies humaines.
Afin d’exploiter pleinement ces nouvelles possibilités, nous avons travaillé sur l’optimisation du pipeline bio-informatique proposé initialement par PacBio dans le but de l’automatiser (Nextflow) et qu’il soit reproductible et adaptable à des analyses à grande échelle, notamment pour l’étude de génomes complets en trio ou l’exploration de loci de GWAS. Ce workflow intègre la détection conjointe de SNV/indels (DeepVariant/DeepTrio), des SV (Sawfish) et des TR (TRGT/TRGT-denovo) à partir de catalogues enrichis couvrant 4 166 701 millions de TR, ainsi qu’un phasage global de tous les variants (HiPhase) permettant de reconstituer en partie les haplotypes des individus. Son architecture inclut des scripts dédiés pour associer chaque TR à un haplotype, explorer les interactions entre différentes classes de variants et identifier les événements de novo par analyse des génomes en trio.
Grâce à ces optimisations, nous avons amélioré le nombre total de variants phasés tout en éliminant des variants détectés par les autres logiciels mais mieux caractérisés par TRGT, réduisant ainsi les faux positifs. Sur 120 génomes séquencés à ce jour, nous obtenons en moyenne 3,08 millions de variants phasés par génome, dont 438 478 TR phasés. Cette optimisation s’accompagne également d’une amélioration de la continuité des blocs de phase, avec un Block NG50 moyen de 723 826. Ces résultats devraient nous permettre de détecter avec fiabilité la taille des TR, à les relier à des variants voisins et à fournir une interprétation plus complète des loci complexes.
L’analyse en trio est en cours sur plusieurs génomes de maladies rares dans notre laboratoire et nous permettra d’exploiter l’information parentale pour identifier avec fiabilité des variants de novo et d’apporter une valeur ajoutée directe à l’interprétation clinique.
En intégrant ces informations, notre pipeline d’analyse bio-informatique pourrait améliorer à la fois le rendement diagnostique et la qualité d’interprétation et offrir un cadre adaptable pour intégrer efficacement le séquençage long-read dans les analyses génétiques, ce qui ouvre la possibilité d’étudier de manière plus précise le rôle des SV et TR dans les maladies rares et complexes.
Grégoire BLAVIER (Rouen), Fatima-Zahra ABANI, Catherine SCHRAMM, Stéphane ROUSSEAU, Myriam VÉZAIN, Céline DERAMBURE, Françoise CHARBONNIER, Corentin LEVACHER, David WALLON, Aline ZAREA, Olivier QUENEZ, Gaël NICOLAS
16:15 - 17:15
#49049 - P318 Diagnostic génétique rapide de la lymphohistiocytose hémophagocytaire : une avancée pour la médecine génomique d'urgence au profit de la greffe.
P318 Diagnostic génétique rapide de la lymphohistiocytose hémophagocytaire : une avancée pour la médecine génomique d'urgence au profit de la greffe.
Introduction
La lymphohistiocytose hémophagocytaire primitive (HLHp) est une maladie rare incompatible avec la vie sans allogreffe de cellules souches hématopoïétiques à réaliser en urgence. Le diagnostic génétique est une étape clé pour confirmer la forme primitive de la maladie, mais les délais actuels d’obtention des résultats, de l’ordre de 6 à 8 semaines, retardent la mise en place de son traitement ciblé. Le recours au séquençage de troisième génération (TGS) raccourcira considérablement ces délais, en fournissant un diagnostic génétique en 3 à 5 jours, permettant ainsi une prise en charge spécifique sans délai.
Objectif
Notre objectif était d'évaluer la faisabilité et la performance du TGS pour un diagnostic moléculaire ultra-rapide de la HLHp.
Matériel et méthodes
Nous avons mené une étude rétrospective de preuve de concept en collaboration avec le service de Pédiatrie du CHU La Timone (Marseille). Douze patients atteints de HLHp, dont le diagnostic moléculaire avait été préalablement établi par séquençage de nouvelle génération (NGS), ont été inclus.
Le séquençage TGS a été réalisé à l’EFS PACA Corse par adaptive sampling sur un séquenceur PromethION de type P2Solo (Oxford Nanopore Technologies®) à partir d’ADN conservé.
L’interprétation des variants a été effectuée par une équipe multidisciplinaire pilotée par l’équipe de génétique moléculaire du Biogénopôle de l’APHM (logiciel Candice, Genomnis®).
Résultats
Le processus complet, de la préparation des échantillons au rendu final, a été réalisé en moins d'une semaine. Spécifiquement, la préparation a pris une journée, le séquençage 17 heures en moyenne, l'obtention du fichier VCF moins de 24 heures, et l'interprétation des variants 10 minutes.
Le TGS a confirmé les diagnostics moléculaires des 12 patients initialement établis par NGS. Au total, 14 variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiés, impliquant 9 gènes connus de la HLHp (CD27, LRBA, LYST, PRF1, SH2D1A, STAT1, STXBP2, UNC13D, XIAP).
Fait marquant, un variant intronique profond, non détecté par le NGS conventionnel, a été identifié en première intention grâce au TGS, démontrant la capacité de cette technologie à détecter des variants complexes.
Conclusion et perspectives
Cette étude de preuve de concept montre que le séquençage de nouvelle génération permet d’obtenir un diagnostic de la HLHp à la fois fiable et ultra-rapide, en moins d’une semaine, réduisant ainsi de façon significative le délai d’accès à la greffe. Un PHRC national, réunissant 17 centres français, va prochainement être déployé afin d’évaluer, à plus grande échelle, les retombées organisationnelles et cliniques de cette approche. Ce projet intégrera dans une même analyse le génotypage HLA et celui des groupes sanguins érythrocytaires, permettant ainsi d’initier immédiatement la recherche d’un donneur de CSH compatible.
Pascal PEDINI (Marseille), Claire GOUDET, Nisem CHEROUAT, Emma RATEAU, Théo MARCHAL, Coralie FRASSATI, Christophe PICARD, Nadhir YOUSFI, Mélanie CORCUFF, Christophe BEROUD, Thomas ROBERT, Vincent BARLOGIS
16:15 - 17:15
#49094 - P322 Et si le diagnostic moléculaire du déficit en 21-hydroxylase devenait possible par NGS grâce à l’emploi d’une méthodologie wetlab et drylab adaptée ?
P322 Et si le diagnostic moléculaire du déficit en 21-hydroxylase devenait possible par NGS grâce à l’emploi d’une méthodologie wetlab et drylab adaptée ?
La forme classique de déficit en 21-hydroxylase (FC-D21), maladie autosomique récessive, se définit par un déficit en cortisol +/- aldostérone et un excès d’androgènes induisant une virilisation des organes génitaux externes (OGE) des individus 46,XX. Le diagnostic est confirmé par génotypage du gène CYP21A2 par séquençage Sanger et MLPA. Ces techniques restent le gold-standard de par l’existence d’une homologie structurale > 98% avec le pseudogène de CYP21A2, localisé dans une région avec une duplication segmentale d’environ 30 kb.
Nous rapportons le cas d’une enfant 46,XX née en Algérie qui présentait une virilisation des OGE à la naissance et le bilan hormonal réalisé à J20 a posé le diagnostic de FC-D21 (17OH-Progesterone à 591 nmol/L). Le séquençage Sanger complet (exons, introns, région 5’ régulatrice et 3’UTR) de CYP21A2 chez la patiente, suivi du séquençage ciblé chez ses parents, ont permis de conclure qu’elle a hérité de ses deux parents d’un haplotype sévère portant les variants pathogènes NM_000500.6: c.515T>A p.(Ile172Asn) et c.841G>T p.(Val281Leu), génotype expliquant la FC-D21. En revanche, l’étude a fait suspecter une duplication de CYP21A2 chez la mère. Cette duplication a été confirmée par MLPA et un séquençage Sanger complet a identifié le variant pathogène sévère c.952C>T p.(Gln318*). Par déduction, grâce à l’analyse en trio et au phénotype de la mère (asymptomatique), celle-ci devrait être hétérozygote composite pour un haplotype pathogène portant une copie de CYP21A2 et les variants c.515T>A et c.841G>T et pour un haplotype non pathogène portant 2 copies de CYP21A2 dont l’une seulement avec le variant c.952C>T. Il est en revanche impossible de l’objectiver formellement avec nos techniques Sanger + MLPA actuelles. Les évolutions actuelles vers les techniques de séquençage long read (LRS) sont prometteuses pour l’étude de ces haplotypes complexes, permettant en une seule technique d’identifier les SNV et CNV et le phasage de ceux-ci. Un test de la mère en LRS (WGS sur PromethION) avec des reads de 20kb et une analyse informatique spécialisée dans l’étude des régions complexes du génome (outil Parakit) a confirmé la présence des 3 variants et des 3 copies du gène et a déterminé leur répartition sur les deux allèles, ce en une seule technique et sans nécessiter de déduction grâce à l’analyse en trio et au phénotype de la mère.
En conclusion, l’utilisation du LRS et d’outils bio-informatiques adaptés permet non seulement de déterminer si les variants identifiés sont portés ou non par le même allèle et aussi d’identifier le nombre de copies de CYP21A2 portées par chaque allèle tout en déterminant la répartition des variants sur chacune des copies sans nécessité d’étude familiale. Cette avancée est essentielle pour éviter des erreurs diagnostiques dans le cadre d’haplotypes complexes afin de garantir la meilleure prise en charge des patients et le meilleur conseil génétique possible, notamment pour un diagnostic prénatal futur.
Jordan TEOLI (Lyon), Asmahane LADJOUZE, Delphine MALLET, Florence ROUCHER-BOULEZ, Diane GANDIN, Quentin TESTARD, Ouessila ABBAS, Jean MONLONG, Rita MENASSA
16:15 - 17:15
#49267 - P326 L'identification d'une épisignature pour le syndrome de Snijders-Blok-Campeau lié au gène CHD3 révèle l'hétérogénéité de l'épisignature du syndrome CHARGE : vers une meilleure caractérisation des chromatinopathies.
P326 L'identification d'une épisignature pour le syndrome de Snijders-Blok-Campeau lié au gène CHD3 révèle l'hétérogénéité de l'épisignature du syndrome CHARGE : vers une meilleure caractérisation des chromatinopathies.
Les récents progrès dans les technologies de séquençage ont considérablement amélioré le rendement diagnostic des patients. Cependant, pour un nombre important de patients, les variants pathogènes causaux ne sont pas identifiés en raison d'une compréhension limitée de certains variants, des séquences régulatrices mal cartographiées ou des défis liés au séquençage, tels que les réarrangements complexes. L'étude du paysage épigénétique, ou épigénome, est devenue essentielle pour améliorer le diagnostic des patients.
Les maladies causées par des variants pathogènes dans les régulateurs épigénétiques (ou chromatinopathies), souvent associées à des anomalies de croissance, une déficience intellectuelle et une dysmorphie faciale, sont des modèles pour l'étude pionnière des épisignatures. Parmi celles-ci, le syndrome de Snijders Blok-Campeau (ORPHA : 599082), causé par des variants pathogènes dans le gène CHD3, reste encore peu exploré. Une cohorte européenne de 22 patients présentant les traits typiques du syndrome de Snijders Blok-Campeau et porteurs de variants pathogènes/probablement pathogènes du gène CHD3 a été analysée à l'aide de la puce Illumina EPIC, ce qui a permis d'identifier 139 positions différemment méthylées distinguant les patients des 79 témoins sains appariés. Ces régions peuvent servir d'outil diagnostic pour les cas complexes ou les variants de signification incertaine et aident à mettre au jour les voies dérégulées liées à ce syndrome. Trois patients porteurs de variants pathogènes/probablement pathogènes mais présentant un tableau clinique atypique, ainsi que 5 patients présentant des variants de signification incertaine, ont été analysés dans le cadre du test. La comparaison des méthylomes de patients porteurs de variants pathogènes dans les gènes CHD3, CHD7 (syndrome de CHARGE, ORPHA : 138) ou CHD8 (trouble du développement intellectuel avec autisme et macrocéphalie, ORPHA : 642675) nous a permis d'identifier des sous-groupes distincts présentant des profils de méthylation uniques. Cette nouvelle épisignature robuste de méthylation de l'ADN liée au gène CHD3 aide à reclasser les variants et à identifier les cas atypiques. Nos résultats permettent une nouvelle progression dans le domaine des signatures épigénétiques des maladies rares. Enfin, nous avons ouvert de nouvelles méthodes d’analyse pour approfondir les recherches sur les sous-types définis par les tests de méthylome, ici dans le contexte des chromatopathies, ce qui permet d’affiner le spectre phénotypique et aide à améliorer le diagnostic des patients.
Amandine SANTINI, Angelo TOGNON, Anne-Claire RICHARD, Guillaume VELASCO, Gilles PHAN, Pauline MARZIN, Fabien MAURY, Angele MAY, Caroline MICHOT, Adela CHIRITA-EMANDI, Jorge M. SARAIVA, Maria Juliana BALLESTA-MARTINEZ, Stanislas LYONNET, Ivona SANSOVIĆ, Tahsin Stefan BARAKAT, Perrine BRUNELLE, Jamal GHOUMID, Xavier LE GUILLOU, Pauline LE TANNO, Marjolaine WILLEMS, Martin ZENKER, Ina SCHANZE, Stéphanie MOORTGAT, Bertrand ISIDOR, Paul ROLLIER, Anne-Marie GUERROT, Nicolas CHATRON, Florence DEMURGER, Alice GOLDENBERG, Julian DELANNE, Laurence FAIVRE, François LECOQUIERRE, Gaël NICOLAS, Aurélie COUSSEMENT, Yvan HERENGER, Matthieu DEFRANCE, Valérie CORMIER-DAIRE, Camille CHARBONNIER, Maud DE DIEULEVEULT (Paris)
16:15 - 17:15
#49350 - P330 Pipeline évolutif et trio-aware pour la détection de variants par séquençage longue lecture dans les troubles neurodéveloppementaux non résolus.
P330 Pipeline évolutif et trio-aware pour la détection de variants par séquençage longue lecture dans les troubles neurodéveloppementaux non résolus.
Le séquençage du génome à lectures courtes a profondément transformé le diagnostic génétique, mais de nombreux cas de troubles neurodéveloppementaux (TND) restent non diagnostiqués. Les approches classiques à lecture courte peuvent manquer plus de 60 à 70 % des variants pathogènes, limitant le rendement diagnostique. Le séquençage lectures longues (SLL) a démontré un gain additionnel de 7 à 17 % dans les maladies rares non résolues, en permettant la détection de variants structuraux, de régions répétées, de mosaïcisme et le phasage des variants, mais son adoption reste freinée par les taux d’erreur et le manque de standards reproductibles.
Nous avons développé un pipeline rapide, reproductible et trio-aware, intégrant les lectures longues Oxford Nanopore corrigées par Illumina via Ratatosk pour garantir une précision au niveau des bases. L’alignement est effectué avec minimap2 accéléré par GPU et l’appel de variants structuraux avec Sniffles2. Le module personnalisé trio_sv_annot classe systématiquement les variants structuraux en de novo, hérités, mosaïques ou hémizygotes, permettant une interprétation familiale directe et soutenant la décision clinique dans les trios de TND. L’annotation fonctionnelle via AnnotSV relie les variants au dosage génique, au contexte de régulation et au score ACMG. Parallèlement, les variants ponctuels issus des lectures courtes sont traités avec Parabricks HaplotypeCaller et annotés avec ANNOVAR, permettant un filtrage hiérarchisé des variations cliniquement pertinentes. Le pipeline est entièrement containerisé avec Singularity, garantissant scalabilité et reproductibilité sur des systèmes HPC. Appliqué à 40 trios non résolus, chaque famille a été analysée en moins de deux jours. En moyenne, environ 700 variants structuraux cliniquement pertinents par génome ont été identifiés, dont la majorité étaient indétectables par séquençage à lecture courte. Parmi eux, 1,5 % étaient dé novo et 1,7 % mosaïques ou hémizygotes à forte pertinence clinique. Par exemple, une translocation hémizygote SLC6A8 (chrX:153 691 542 → chrM:5323), responsable du déficit en créatine cérébrale, a été détectée, invisible avec des lectures courtes. De plus, la cartographie optique Bionano a révélé une délétion d’environ 122 kb sur le chrX (48,0–48,2 Mb) englobant ZNF630 et SPACA5, non détectée par plusieurs logiciels (Sniffles2, CuteSV2, GRIDSS, SVIM), soulignant l’intérêt des technologies complémentaires pour la détection complète des variants. Ce pipeline démontre que le SLL, combiné à une correction hybride, à l’annotation trio-aware et soutenu par la cartographie optique, peut être appliqué efficacement à grande échelle dans la génomique des maladies rares. En révélant des variants cliniquement exploitables invisibles aux pipelines classiques, notre approche améliore le rendement diagnostique et facilite l’intégration du SLL dans le diagnostic génétique de routine des TND.
Edris SHARIFRAHMANI (Dijon), Simon VERDEZ, Julien PACCAUD, Théo SERRALTA, Laurence OLIVIER-FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Antonio VITOBELLO, Yannis DUFFOURD
16:15 - 17:15
#49418 - P334 BANCCO+ : Un Entrepôt de Données de Santé innovant au service des troubles du neurodéveloppement et des anomalies fœtales.
P334 BANCCO+ : Un Entrepôt de Données de Santé innovant au service des troubles du neurodéveloppement et des anomalies fœtales.
Les maladies rares, dont 80% ont une origine génétique, constituent un défi scientifique et médical majeur. Parmi elles, les troubles du neurodéveloppement (TND) sont souvent liés à des variations du nombre de copies (CNV), impliquées dans 10 à 15 % des cas. Depuis 2007, la France a constitué un patrimoine exceptionnel avec plus de 200 000 analyses chromosomiques sur puce à ADN (ACPA), réalisées principalement chez des patients présentant un TND. Pour valoriser cette ressource, le projet BANCCO, lancé il y a dix ans, a évolué en 2025 vers un entrepôt de données de santé (EDS) innovant : BANCCO+.
Une plateforme unique alliant soin et recherche
BANCCO+ représente un modèle inédit, en France et en Europe, conçu pour répondre aux enjeux des maladies rares, où soin et recherche se renforcent mutuellement. Ses missions s’organisent autour de deux axes principaux :
1. Améliorer la prise en charge clinique :
Faciliter l’interprétation des données génétiques grâce à des outils d’annotation performants.
Renforcer les collaborations entre professionnels et élaborer un catalogue national des CNV fœtaux associés à des malformations (en partenariat avec la Société de Fœtopathologie).
Optimiser l’analyse des CNV, notamment ceux issus du séquençage pangénomique.
2. Stimuler la recherche et la découverte :
Identifier de nouveaux gènes ou syndromes et affiner les corrélations génotype/phénotype.
Encourager les études collaboratives et déterminer la fréquence des CNV dans la population française.
Contribuer à une meilleure compréhension de l’organisation du génome humain.
Sécurité et éthique : des standards exigeants
BANCCO+ garantit la confidentialité et la sécurité des données en respectant les normes de la CNIL :
Trois bases de données chiffrées, chacune protégée par des clés distinctes.
Gestion des accès strictement contrôlée : profils utilisateurs différenciés, double authentification, et protocoles d’échange sécurisés.
Accès réservé aux projets validés par un comité scientifique et éthique (CSE), assurant une utilisation conforme aux exigences éthiques et réglementaires.
Ouverture et collaboration internationale
Dans une logique d’Open Science, BANCCO+ propose des données agrégées pour favoriser les collaborations internationales. Les outils d’analyse spécialisés, accessibles après évaluation par le CSE, permettent d’exploiter ce patrimoine génétique au service des patients, des cliniciens et des chercheurs.
Une ambition nationale pour l’avenir
Avec la fin de Cartagenia en septembre 2025, BANCCO+ s’impose comme une solution centrale pour les généticiens, notamment pour l’analyse des CNV. Son objectif : inclure 100 000 individus d’ici 2028 et s’intégrer au futur Collecteur et Analyseur de Données (CAD) national.
En associant innovation technologique, rigueur éthique et collaborations, BANCCO+ ouvre la voie à une médecine personnalisée, où les données génétiques deviennent un moteur pour l’amélioration des soins et le progrès scientifique.
Mélanie CORCUFF, Estelle MENORET, Hanitriniaina RABEONY, Sihem SAADI-KHEDDOUCI, Marc BERARD, Delphine CORTIAL, Jean-François GUERIN, Sylvie JAILLARD, Valérie MALAN, Isabelle MARCHETTI-WATERNAUX, Jean MULLER, Amélie PITON, Thoueiba SAANDI, Christophe BEROUD (MARSEILLE), Frédéric BILAN, Damien SANLAVILLE
16:15 - 17:15
#49645 - P338 Projet GenTonic - Diagnostic moléculaire simultané des causes génétiques d’hypotonie néonatale par séquençage haut-débit long-read.
P338 Projet GenTonic - Diagnostic moléculaire simultané des causes génétiques d’hypotonie néonatale par séquençage haut-débit long-read.
Introduction : Trois maladies génétiques rares sont à l’origine d’hypotonie néonatale : l’amyotrophie spinale (SMA), la dystrophie myotonique de type 1 (DM1) et le syndrome de Prader-Willi (PWS). La SMA est majoritairement causée par une délétion homozygote du gène SMN1 et le nombre de copie du gène SMN2 est un facteur pronostique et thérapeutique important. La DM1 résulte d’une expansion de triplets dans le gène DMPK, la taille de l’expansion étant globalement corrélée à la précocité et à la sévérité des symptômes. Le PWS est lié à la perte de l’expression de l’allèle paternel de la région 15q11q13, détectée par une hyperméthylation de la région, avec plusieurs mécanismes possibles. Le diagnostic moléculaire étiologique de première ligne d’une hypotonie néonatale repose actuellement sur la réalisation en parallèle de trois examens, parfois réalisés dans des laboratoires différents, et pouvant nécessiter d’avoir recours à des techniques complémentaires indispensables à la prise en charge du patient et au conseil génétique.
Matériels et méthodes : Nous avons évalué la faisabilité de réaliser simultanément le diagnostic moléculaire de ces trois pathologies par séquençage haut-débit long-read (SLR) sur PromethION 2 solo d’Oxford Nanopore Technologies. Nous avons analysé 12 échantillons de génotype connu pour l’une de ces trois pathologies. Le SLR a été réalisé à partir de 2 µg d’ADN fragmenté par patient, analysés uniquement sur les régions d’intérêt (taille d’environ 100 Mb) par adaptive sampling, en regroupant 3 individus par flowcell. Les variations de petites tailles (SNVs / InDels) ont été mises en évidence par deepvariant, les expansions par STRkit, Straglr et HMMSTR et les variations de structure par dysgu, cuteSV et Sniffles2.
Résultats : Les fragments d’ADN obtenus étaient d’une taille d’environ 6 kb. La profondeur moyenne de séquençage par individu était de 20 X. Pour les individus atteints de SMA, nous avons été confrontés aux difficultés d’alignement spécifique entre SMN1 et SMN2. Malgré cela, nous avons été capables de mettre en évidence la délétion homozygote de SMN1 ainsi que des variations ponctuelles. La détection des délétions hétérozygotes de SMN1 nécessite encore des mises au point. Pour DM1, nous avons identifié des expansions d’une taille de 500 et 1100 répétitions CTG dans le gène DMPK. Concernant les individus porteurs d’un PWS, nous avons pu mettre en évidence l’hyperméthylation des îlots CpG dans la région soumise à empreinte pour tous les individus et une délétion d’une copie de la région concernée.
Discussion : L’utilisation du SLR nous a permis de détecter les principales variations pathogènes des pathologies responsables d’hypotonie néonatale. Ces résultats prometteurs nous permettent d’envisager une étude prospective en collaboration avec les services de neuropédiatrie afin de confronter notre stratégie à la vie réelle.
Ce projet a reçu le soutien de l’ANPGM par l’intermédiaire du prix Michel Goossens.
Aurélie GOURONC (STRASBOURG), Virginie HAUSHALTER, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Anthony LE BECHEC, Claire FEGER, Damien MAURER, Nadège CALMELS
16:15 - 17:15
#49859 - P342 Bioinfo@AURAGEN en amélioration continue : routine automatisée de soin accrédité, vers le soutien à la recherche clinique.
P342 Bioinfo@AURAGEN en amélioration continue : routine automatisée de soin accrédité, vers le soutien à la recherche clinique.
En 2018, le GCS AURAGEN a constitué une équipe bioinformatique dédiée au LBMMS AURAGEN dans la mise en place et le suivi d’analyses génomiques accrédité pour le diagnostic. Dans le domaine de la génomique constitutionnelle (maladies rares et oncogénétique), l’activité actuelle représente une production hebdomadaire moyenne de 120 prescriptions, soit environ 360 génomes analysés, avec pour exigence un maintien constant de la qualité des données remises à l’interprétation. Ce défi implique une adaptation continue aux évolutions technologiques, qu’il s’agisse de l’intégration de nouveaux séquenceurs ou du changement de méthodes de préparation de librairies, tout en garantissant la robustesse des pipelines bioinformatiques.
Notre travail permet de présenter constamment plus de 99,7% des diagnostics rendus dans une interface de synthèse intégrative développée en interne, Aurapport. Une solution industrielle commercialisée par SeqOne présente les variations détectées et annotées par notre équipe, et permet de challenger notre priorisation automatique. Un travail est initié avec cette entreprise concernant la présentation de CNV et SV sur génomes entiers dans leur produit.
Durant l’année 2025, nous avons continué d’améliorer nos process de traitement de la données sur différents plans : (1) la détection de variations :de l’ADN mitochondrial, mosaïques chromosomiques ; (2) l’annotation génomique de ces variations pour les UTR, la mise à jour des transcrits Gencode. D’ici la fin de l’année 2025, nous terminerons les quatre chantiers majeurs entamés : un outil de requête sur la totalité des variations nucléotidiques, une mise à jour complète de VEP pour aller vers une nouvelle amélioration de priorisation clinique, une refonte du tri et priorisation des CNV/SV et STR, l'utilisation de LLM aidant l'interprétation et la rédaction des compte rendus.
Pour toutes ces améliorations, comme précédemment, une réanalyse systématique de chaque dossier sera réalisée. A ce jour, nous pouvons estimer que notre travail itératif a permis des réanalyses conduisant à plus de 300 compte rendus positifs, alors que négatifs initialement (majoritairement liés aux gènes RNUs).
Pour l’année 2026, trois chantiers prioritaires sont identifiés : développer un système de réanalyse par comparaison aux analyses précédente, résolution de nouveaux challenges de variations complexes (pseudo-gènes, éléments mobiles), et renforcement du soutien aux projets de recherche clinique, notamment inspirés de l’expérience collective sur les RNUs.
Après six années d’activité, les perspectives s’orientent, au-delà du maintien de la production de routine, vers un renforcement de la collaboration avec les cliniciens, biologistes et chercheurs, dans l’objectif de progresser sur la reclassification des variations de signification indéterminée, et de valoriser les résultats par des publications de fort impact, réalisées avec un esprit de collaboration national et international.
Virginie BERNARD (Grenoble), Quentin CHARRET, Clément LIONNET, Maelle MARTINET GERPHAGNON, Caroline MEGUERDITCHIAN, Valentin KLEIN, Cornelia MAHITASOA, Damien GENESTE, Anne-Sophie SERTIER, Christine VINCIGUERRA, Anthony FERRARI, Alain VIARI, Julien THEVENON, Consortium AURAGEN
16:15 - 17:15
#49925 - P346 Analyse comparative des outils bioinformatiques de détection de la méthylation 5mCpG par séquençage nanopore.
P346 Analyse comparative des outils bioinformatiques de détection de la méthylation 5mCpG par séquençage nanopore.
La détection précise de la 5-méthylcytosine (5mC) est essentielle pour comprendre la régulation épigénétique dans les cancers. Les technologies Oxford Nanopore (ONT) permettent une détection de la 5mC à résolution mononucléotidique sans conversion de l’ADN, mais les outils de détection de la méthylation présentent une grande variabilité en termes de précision, en particulier avec l’évolution des chimies de nanopores.
Ici, nous avons comparé six outils : Nanopolish, DeepSignal, f5c, Dorado, et deux ensembles METEORE, sur des mélanges d’ADN bactérien avec des niveaux de méthylation connus. Nous avons ensuite évalué Dorado, f5c et Nanopolish sur quatre échantillons humains, incluant des tumeurs (R9.4.1 MinION) et du sang (R10.4.1 PromethION), en utilisant les puces Illumina EPIC comme référence de validation.
Dorado, utilisé avec la chimie R10.4.1, a obtenu les meilleures performances, récupérant plus de 20 millions de CpG à l’échelle du génome à une couverture de 5× et montrant une forte concordance avec les profils issus des puces (corrélation de Pearson ≈ 0,94). f5c a montré une corrélation similaire mais a identifié moins de CpG en raison de filtres plus stricts. Nanopolish est resté fiable pour les données R9 mais n’était pas compatible avec les chimies plus récentes.
Nos résultats identifient Dorado comme la solution la plus robuste pour l’analyse de la méthylation par ONT, offrant un profilage du méthylome à haute résolution et haut débit. Ces observations soutiennent l’intégration de Dorado dans les workflows épigénomiques et fournissent des recommandations pratiques aux chercheurs adoptant le séquençage de troisième génération pour l’analyse de la 5mC.
Djihad HADJADJ, Eric PASMANT, Antoine QUONIAM BARRÉ (Paris)
16:15 - 17:15
#49339 - P350 Implication de GINS2 dans le syndrome de Meier-Gorlin chez un second individu.
P350 Implication de GINS2 dans le syndrome de Meier-Gorlin chez un second individu.
Le syndrome de Meier-Gorlin (SMG) est caractérisé par un retard de croissance, une microcéphalie, un a/hypoplasie patellaire et une microtie bilatérale, parfois associés à d’autres malformations notamment une craniosténose. Le SMG, de transmission autosomique récessive dans la majorité des cas, est lié à des variants pathogènes dans des gènes codants pour les protéines du complexe de pré-réplication de l’ADN. Il existe des corrélations génotypes-phénotypes dans le SMG. Ainsi, la craniosténose est un signe fréquemment observé dans le SMG lié à des variants du gène CDC45 alors qu’il est absent dans le SMG lié à des gènes du complexe ORC. Un seul individu a été décrit avec un SMG lié à des variations bi-alléliques du gène GINS2. Nous décrivons ici un deuxième patient présent un SMG lié à GINS2, avec les données cliniques, génétiques et épigénétiques.
Il s’agit d’une enfant de 3 ans issue d’un couple apparenté. Elle présentait un retard de croissance intra-utérin. Une craniosténose complexe (bi-coronale et bi-lambdoïde) a été diagnostiquée en prénatal et pris en charge chirurgicalement à 1 an. A 3ans, elle présentait un retard de croissance pour le poids et la taille à -3,5 déviation standard (DS) et une microcéphalie à –4 DS. L’examen clinique montrait une hypoplasie de l’étage moyen de la face, des yeux proéminents avec des fentes obliques en bas et en dehors. Les oreilles étaient petites, basses implantées en rotation postérieure avec un canal auditif externe atrétique. Les extrémités étaient courtes, et l’anus antéposé. Le développement psychomoteur était normal. Le bilan malformatif et sensoriel était normal. Les radiographies de squelette montraient des petites épiphyses fémorales supérieures, les rotules étaient non visualisables compte-tenu de l’âge. L’analyse par génome en trio sur la plateforme SeqOIA, a mis en évidence un variant homozygote, NM_016095.3: c.333C>G p.(Asp111Glu) dans le gène GINS2. Ce variant était absent des bases de données HGMD et Clinvar, il était rapporté dans la base de données de populations GnomADv4 avec une fréquence allélique très faible (0.0015%) et aucun homozygote. Les deux parents étaient hétérozygotes pour ce variant, aucune des 4 soeurs, asymptomatiques, n’étaient homozygotes pour ce variant.
L’analyse de la méthylation de l’ADN à l’aide de puces EPIC (Illumina) de cette patiente a montré 20 positions sur le génome arborant des altérations de méthylations. Notamment, sept gènes présentent une hyperméthylation spécifique au niveau de leur promoteur (nommer les gènes?).
Ce deuxième patient confirme l’implication de GINS2 dans le SMG avec retard de croissance pré et post natal, une microcéphalie et une microtie. Les deux patients présentent une craniosténose, un anus antéposé comme décrit dans le SMG lié à CDC45. Le développement psychomoteur est normal chez les 2 patients.
D’autres patients sont nécessaires pour mieux décrire le phénotype du SMG lié à GINS2 et définir une épisignature spécifique.
Pauline MARZIN (La Réunion), Giovanna PATERNOSTER, Klervie LOISELET, Phillip HOFFMANN, Matthieu DEFRANCE, Valérie CORMIER-DAIRE, Collet CORINNE, Maud DE DIEULEVEULT
16:15 - 17:15
#49496 - P354 Repenser les variants pathogènes d'une oligodontie : étude d’une cohorte de patients atteints du centre de référence des maladies rares orales et dentaires de Marseille.
P354 Repenser les variants pathogènes d'une oligodontie : étude d’une cohorte de patients atteints du centre de référence des maladies rares orales et dentaires de Marseille.
L'oligodontie est une anomalie du développement caractérisée par l'absence d'au moins six dents, principalement d'origine génétique. Nous avons examiné les résultats des tests génétiques de 41 patients diagnostiqués par le Centre de référence des maladies rares orales et dentaires de Marseille, France, dans le but d’identifier des variants pathogènes responsables de l’oligodontie.
Des tests en trio ont été effectués après consentement auprès des familles. Les analyses ont été conduites sur les données issues de NGS ciblé sur le panel exhaustif des maladies rares bucco-dentaires (GenoDENT, Strasbourg) [1].
Le gène WNT10A était le plus répandu parmi de 9 gènes impliqués et conduisait dans la majorité des cas à une oligodontie dite non syndromique. Les variants WNT10A étaient présents à l’état bi-allélique pour la plupart des patients : 10 patients homozygotes, 5 patients hétérozygotes composites, 3 patients porteur de variants dans d’autres gènes des voies canoniques WNT ou EDA.
Les phénotypes des patients avec les variants WNT10A à l’état mono-allélique ne s’expliquent que partiellement par le diagnostic moléculaire. Les variants récurrents faux-sens p.Phe228Ile (4 cas index) et p.Arg163Trp (1 cas index), bien qu’appartenant aux classes 4 ou 5 (critères ACMG), n’expliquent pas à eux seuls la sévérité du phénotype (agénésie moy= 8 dents* [6-10] et la présence d’une microdontie observée dans 4 cas. L’allèle pathogène a été hérité dans tous les cas. Des agénésies dentaires de 4 à 7 dents ont été observées chez 3 parents porteurs hétérozygotes.
Cependant, pour les 11 patients homozygotes p.Phe228Ile (agénésie moy=9,8 dents* [7-18]), l’anamnèse familiale contient la notion d’absence d’une dent seulement pour deux pères tandis que pour tous les autres parents porteurs d’un seul allèle pathogène (18 parents) il n’y a pas d'agénésie dentaire identifiée.
Une pénétrance incomplète et une sévérité phénotypique variable ont bien été décrites pour le gène WNT10A [2, 3, 4]. La présence d’autres variations appartenant au gène WNT10A ou aux autres gènes responsables d’agénésie dentaire n’est pas confirmée pour ces patients dans le cadre d’analyse de panel élargi. Afin de mieux comprendre la sévérité phénotypique des patients hétérozygotes, nous suggérons de rechercher des nouveaux variants à l’aide de techniques avancées : séquençage de gène complet incluant les éléments régulateurs non codants [5], séquençage long read [6], la transcriptomique [7]. Ces techniques ont déjà permis d’approfondir la compréhension de la pénétrance incomplète et de la variabilité phénotypique dans d’autres maladies génétiques. Nous ne pouvons pas exclure que des variants dans d'autres gènes, non couverts par le panel, puissent prendre part à la sévérité des manifestations cliniques. L’exploration en détail des phénotypes intra et extra buccaux pour les cas index et les apparentés même asymptomatiques pourraient être contributifs.
*Hors dents de sagesse
Olga O. GLAZUNOVA (MARSEILLE), Anastasia THIBON, Isabelle BLANCHET, Gaétan CARAVELLO, Marzena KAWCZYNSKI, Agnes BLOCH ZUPAN, Caroline SCHLUTH BOLARD, Corinne TARDIEU
16:15 - 17:15
#49739 - P358 SMAD7: un nouveau gène associé à une dysplasie osseuse sclérosante.
P358 SMAD7: un nouveau gène associé à une dysplasie osseuse sclérosante.
Contexte/Objectifs : Les dysplasies osseuses sclérosantes sont des ostéocondensations primaires regroupées au sein d'un ensemble hétérogène de maladies osseuses rares. Ces maladies sont causées par des variants pathogènes de différents gènes responsables d’une diminution de la résorption osseuse ou, au contraire, dans une augmentation de la formation osseuse. Les voies de signalisation Wnt et SMAD jouent un rôle central dans ces pathologies. En effet, leur activation excessive peuve induire une formation osseuse exagérée.
Nous rapportons le cas d'une patiente présentant une hyperostose généralisée atypique. Le séquençage d'exomes en trio, combiné à des études fonctionnelles, a permis d'identifier l'étiologie génétique de cette nouvelle entité pathologique.
Méthodes : différentes techniques ont été utilisées : séquençage de panel de gènes, CGH-array, séquençage de l’exome en trio. Les études fonctionnelles ont été réalisées à partir de cultures primaires de fibroblastes de la patiente et de témoins (Western-blot, RNAseq et RT-qPCR).
Résultats : la patiente présentait une hyperostose facio-mandibulaire sévère et une sclérose diaphysaire des os longs. Les premiers signes sont apparus durant la petite enfance et un diagnostic de dysplasie crânio-diaphysaire (gène SOST) avait été évoqué (service de génétique médicale, CHU Necker). Les signes se sont aggravés jusqu’à l’adolescence (service de génétique médicale du CHU de Rouen). L’exome en trio a révélé deux variants faux-sens hétérozygotes composites dans le gène SMAD7, un inhibiteur des voies SMAD. À partir de cultures primaires de fibroblastes, nous avons constaté que l'expression transcriptionnelle et traductionnelle du gène SMAD7 était diminuée dans les cellules mutées par rapport aux cellules témoins. Les résultats de la technique de Western blot ont montré que les niveaux de SMAD2/3 et de p-SMAD3 étaient plus élevés dans les fibroblastes mutés que dans les cellules témoins après un traitement au TGF-β1. De plus, l'expression du gène ALPL (alcaline phosphatase) était augmentée dans les cellules mutées, associée à une expression réduite de RUNX2, SP7 et COL1A1. En outre, l'expression du RANKL était diminuée dans les cellules SMAD7 mutées, avec une expression de l'ostéoprotégérine légèrement augmentée. L'analyse du RNAseq a révélé une surexpression des gènes impliqués dans les voies de signalisation Wnt et PI3K-AKT. L’ensemble de ces résultats confirme la pathogénicité des variants SMAD7.
Conclusion : nous rapportons ici le premier cas de maladie osseuse constitutionnelle liée au gène SMAD7. Cette pathologie se caractérise par une hyperostose facio-mandibulaire et une ostéosclérose diaphysaire des os longs. Les variants SMAD7 induisent une formation osseuse excessive, notamment pendant l'enfance et l'adolescence. Les études fonctionnelles menées ont confirmé le caractère pathogène de ces variants dans le cadre d'une nouvelle dysplasie osseuse sclérosante.
Anaïk PREVIDI (Paris), Alice GOLDENBERG, Thomas PINNA, Valérie CORMIER-DAIRE, Corinne COLLET
16:15 - 17:15
#49537 - P366 Séries des cas niçois d’albinisme oculo-cutané : intérêt d’une filière de soins ophtalmo-dermato-génétique.
P366 Séries des cas niçois d’albinisme oculo-cutané : intérêt d’une filière de soins ophtalmo-dermato-génétique.
ntroduction : L’albinisme oculo-cutané (AOC) est un groupe hétérogène de génodermatoses affectant principalement : yeux, peau et phanères, souvent à transmission autosomique récessive. Les formes syndromiques rares peuvent engager le pronostic vital. Plus de 20 gènes responsables ont été décrits. La mise en place de centres de référence clinique et biologique a facilité l’accès au diagnostic moléculaire.
Matériel et méthodes : Étude rétrospective monocentrique descriptive des patients vus en consultation de dermato-génétique au CHU de Nice entre 2015 et 2025 pour AOC. Les données cliniques étaient recueillies sur une fiche standardisée.
Résultats : 38 patients (sex ratio : 22 hommes/16 femmes, âge médian = 5 ans) avec un AOC, dont 4 fratries de 2. Le diagnostic avait été suspecté ou posé sur les signes ophtalmologiques (29 cas), dermatologiques (7 cas) et syndromique (2 cas). Tous avaient au minimum une photophobie et une hypopigmentation de la rétine. Sur le plan cutané, le phénotype classique d‘AOC sévère n’était présent que chez la moitié des patients, dans les autres cas on notait simplement un phototype clair, souvent une simple dilution pigmentaire. Cinq patients avaient des signes associés : hématomes (3), troubles neuropsychiatriques (2) faisant évoquer un cadre syndromique.
Une analyse moléculaire était proposée à tous les patients. Deux adultes et 3 parents d’enfant atteint ont refusé. Parmi les 34 patients restants, le gène causal a été identifié dans 23 cas : 11 TYR (OCA1), devant 4 OCA2 et 1 patient avec des variants de TYRP1 (OCA3), SLC45A2 (OCA4), SCL24A5 (OCA6) ou LRMDA (OCA7) respectivement. Une patiente adulte avait une hypoplasie fovéale en rapport avec une mutation dans SLC38A8. Un diagnostic d’albinisme syndromique a été posé chez 3 patients ; deux Hermansky Pudlak (types 2-8) et un Chediak Higashi. Un patient avec un tableau syndromique avait une analyse négative. Un patient avec un tableau clinique typique avait 2 variants hétérozygotes dans TYR et OCA2 respectivement. Pour 3 patients, l’analyse était en cours. Aucun diagnostic prénatal n’a été demandé pour les formes non syndromiques.
Discussion : La structuration d’une filière pédiatrique ophtalmo-dermato-génétique a permis un recrutement progressif et important des patients. La collaboration avec le laboratoire de génétique référent a permis un taux d’élucidation élevé des bases moléculaires. L’intérêt d’un diagnostic génétique varie selon des profils. Il est majeur dans les formes syndromiques et pour le conseil génétique. Il est de moins d’aide dans les tableaux complexes avec un AOC atypique, pour lesquels il faudrait discuter d’une analyse par un génome dans le cadre du PFMG. Dans les formes plus frustres, il permet de distinguer un albinisme de diagnostic différentiel (FRMD7,PAX6,…). Enfin, il contribue à la connaissance scientifique des formes rares d’AOC.
Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI (Nice), Vincent MICHAUD, Ryad ADRAR, Eulalie LASSEAUX-ROBINE, Bérengère SCHNEIDER, Bruno FRANCOU, Benoit ARVEILER, Christine CHIAVERINI
16:15 - 17:15
#49305 - P370 Implication de LAMP3 dans une pneumopathie interstitielle diffuse de l’enfant en lien avec le surfactant.
P370 Implication de LAMP3 dans une pneumopathie interstitielle diffuse de l’enfant en lien avec le surfactant.
Introduction :
Le gène LAMP3 code pour la protéine lysosomale membranaire 3. Il a récemment été suggéré que ce gène, exprimé au niveau pulmonaire dans les cellules alvéolaires de type II, pourrait contribuer au développement d’une pneumopathie interstitielle diffuse (PID) liée au métabolisme du surfactant pulmonaire, sans cependant qu’aucune étude fonctionnelle n’ait été réalisée. Deux variants hétérozygotes ont été identifiés au laboratoire chez un enfant atteint de PID. L’objectif de cette étude était d’évaluer (i) la pathogénicité ces deux variants, ainsi que celle du variant rapporté dans la littérature (G288R), et (ii) l’implication de LAMP3 dans le métabolisme du surfactant pulmonaire.
Méthodes :
Les variants de LAMP3 ont été identifiés par séquençage d’exome. Les études ex vivo ont permis d’étudier l’expression des ARNm de LAMP3 à partir de cellules de brossage nasal et de tissu pulmonaire, ainsi que l’expression de la protéine par immunohistochimie sur biopsie pulmonaire.
Après expression transitoire de dans la lignée A549, la localisation subcellulaire de ces protéines a été étudiée par immunofluorescence et leur expression par western blot. Enfin les interactions potentielles entre LAMP3 et les protéines du surfactant SP-B et SP-C ont été évaluées par co-immunoprécipitation (co-IP).
Résultats :
L’enfant, un garçon de 15 ans atteint de PID, était hétérozygote composite pour deux variants de LAMP3 : p.(Y302Qfs*2) et p.(T268M). Les études ex vivo de l’ARNm ont montré une diminution des transcrits LAMP3 portant la variant décalant le cadre de lecture (et conduisant à un codon stop prématuré) par probable nonsense-mediated mRNA decay (NMD). L’étude immunohistochimique sur biopsie pulmonaire du patient a confirmé la diminution de l’expression de LAMP3.
Les études fonctionnelles de la protéine LAMP3 recombinante portant la variation p.(T268M) (LAMP3_T268M) ou la variation p.(G288R) (LAMP3_G288R) précédemment rapportée n’ont pas révélé de défaut de localisation subcellulaire de ces protéines. En revanche, l’expression de LAMP3_T268M et de LAMP3_G288R est significativement diminuée par rapport à la forme sauvage de la protéine (LAMP3_WT). De plus, la masse moléculaire de LAMP3_T268M, évaluée par western blot, est inférieure à celle de LAMP3_WT. L’étude de la N-glycosylation de LAMP3_T268M a révélé un défaut de glycosylation de la protéine mutée. Par ailleurs, LAMP3 est capable d’interagir avec SP-B et SP-C (co-IP), suggérant un lien entre LAMP3 et le surfactant pulmonaire. Enfin, les quantités de pro-SP-B et pro-SP-C immunoprécipitées avec LAMP3_T268M sont supérieures à celles immunoprécipitées avec LAMP3_WT.
Conclusion :
Cette étude, qui démontre le caractère pathogène de deux variants de LAMP3 chez un patient atteint de PID de survenue précoce, permet d’impliquer le gène LAMP3 dans les PID. L’interaction documentée de LAMP3 avec des protéines du surfactant pourrait au moins en partie expliquer la physiopathologie de ces maladies.
Camille LOUVRIER, Tifenn DESROZIERS (Paris), Yohan SOREZE, Martha DELGADO-RODRIGUEZ, Lucie THOMAS, Valérie NAU, Florence DASTOT LE MOAL, Jonathan A. BERNSTEIN, F. Session COLE, Markus DAMME, Anthony FISCHER, Matthias GRIESE, Daniel HINDS, Laura KEEHAN, Carlos MILLA, Mohammad HADHUD, Jonathan RIPS, Jennifer A. WAMBACH, Daniel J. WEGNER, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE, Irina GIURGEA, Sonia Athina KARABINA, Aurore COULOMB L’HERMINÉ, Nadia NATHAN
16:15 - 17:15
#49512 - P374 Pronostic rénal dans le syndrome HDR : analyse d'une large cohorte française de 65 patients avec variants de GATA3.
P374 Pronostic rénal dans le syndrome HDR : analyse d'une large cohorte française de 65 patients avec variants de GATA3.
Introduction
Le syndrome HDR (hypoparathyroïdie, surdité neurosensorielle et dysplasie rénale) est une maladie génétique rare de transmission autosomique dominante causée par des variants pathogènes dans le gène GATA3, décrit chez environ 200 patients dans le monde. Si l'atteinte rénale fait partie de la triade diagnostique, son phénotype et son pronostic à long terme restent mal définis. Nous rapportons l'évolution rénale d’une large cohorte française de patients porteurs d’un syndrome HDR afin de préciser les facteurs pronostiques et d'optimiser le suivi néphrologique.
Méthodes
Cette étude multicentrique rétrospective a inclus 65 patients issus de 44 familles, jusqu’ici non rapportés dans la littérature, identifiés via trois laboratoires français réalisant l'analyse moléculaire de GATA3 en France. L’analyse moléculaire incluait le séquençage de GATA3 et la recherche de délétions par CGH-array. L'évaluation néphrologique comprenait l'imagerie rénale, la fonction rénale (DFG estimé à partir de la créatinine), la protéinurie et le suivi évolutif rétrospectif.
Résultats
La surdité neurosensorielle était quasi-constante (88%), nécessitant un appareillage chez 66,1% des patients avec une perte auditive moyenne de 55-60dB. L'hypoparathyroïdie était présente chez 58,4% des patients, avec des formes néonatales nécessitant une supplémentation précoce. On observait aussi une fréquence des anomalies génitales plus élevée que dans la littérature, avec 10 patients atteints (15,3%).
Les malformations rénales étaient présentes chez 31/65 patients (47,6%), dominées par l'hypoplasie unilatérale (33%) et l'agénésie unilatérale (32%), suivies par la dysplasie rénale bilatérale (16%) et l'hypoplasie bilatérale (16%). L'insuffisance rénale chronique (DFG<60ml/min/1.73m2) était documentée chez 14 patients (21,5%), soit 45% des patients avec anomalies structurelles. Parmi ces patients, 4 ont évolué vers l'insuffisance rénale terminale (IRT) nécessitant un traitement de suppléance, représentant 6% de la cohorte totale et 13% des patients avec atteinte rénale.
L'analyse des facteurs pronostiques révèle une évolution plus sévère chez les patients avec hypoplasie bilatérale (100% d'IRC) comparativement aux anomalies unilatérales (30% d'IRC en cas d’hypoplasie, 20% d'IRC en cas d’agénésie). Les patients avec dysplasie rénale présentaient un risque intermédiaire d'IRC (40%). Aucune corrélation significative n'a été observée entre le type de variant de GATA3 et la sévérité de l'atteinte rénale.
Conclusion
Cette série confirme la prévalence élevée de la maladie rénale chronique dans le syndrome HDR, avec un risque d'IRC de 21,5% et d'IRT de 6%. Les anomalies bilatérales représentent un facteur pronostique défavorable majeur nécessitant une surveillance néphrologique rapprochée dès le diagnostic. Ces données soulignent l'importance d'un suivi néphrologique précoce et d'une approche multidisciplinaire dans la prise en charge du syndrome HDR pour prévenir la progression de la MRC.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Corinne MAGDELAINE, Nicolas GRUCHY, Olivier GRUNEWALD, Jérôme HARAMBAT
16:15 - 17:15
#49716 - P378 Panel NGS versus génome : que choisir pour le diagnostic génétique des maladies lysosomales ? Expérience de l’hôpital Necker-Enfants Malades.
P378 Panel NGS versus génome : que choisir pour le diagnostic génétique des maladies lysosomales ? Expérience de l’hôpital Necker-Enfants Malades.
Contexte : Les maladies de surcharge lysosomale (MSL) sont des maladies génétiques de transmission autosomique récessive ou liée à l'X, entrainant majoritairement un déficit d’enzyme lysosomale, ou d’autres protéines du lysosome nécessaires à sa fonction. L’accumulation de métabolites non dégradés entrainent des symptômes multiples plus ou moins spécifiques (atteintes neurologiques ou autres atteintes d’organe). Biologiquement, le diagnostic est évoqué devant des profils biochimiques anormaux et/ou un déficit enzymatique. La confirmation diagnostique repose sur l’étude génétique par panel NGS comprenant plus de 50 gènes de MSL. L’objectif de cette étude est d’évaluer le rendement diagnostique du panel NGS « MSL ».
Méthode : Analyse rétrospective de 415 cas index séquencés par panel NGS pour recherche ou confirmation d’une MSL au laboratoire de Biochimie métabolique de l’hôpital Necker-Enfants Malades (Paris), de juin 2020 à août 2025.
Résultats : Pour les MSL avec anomalies biochimiques spécifiques (biomarqueurs urinaires ou plasmatiques augmentés et/ou déficit enzymatique) (n=127, 30% de la cohorte), 109 cas (86%) ont été concluants par NGS avec confirmation de la maladie (identification de variants pathogènes bialléliques ou hémizygotes). Pour 7 cas (5%), la combinaison analyse biochimique et génétique permet de conclure à un pseudo-déficit. Pour les 11 autres cas sans variant biallélique retrouvé (9%), seul un patient a bénéficié à ce jour d’un génome retrouvant 2 variants sur un nouveau gène associé aux MSL mais non encore présent sur le panel NGS. Pour les MSL sans marqueur biochimique spécifique disponible (n=288, 70% de la cohorte), les indications ont été classées en 3 catégories : 1- Suspicion de céroïde-lipofuscinoses neuronales sans marqueur biochimique (CLN3 à 14) (n=37) : seuls 5 cas (14%) ont été concluants et 32 (86%) non conclusifs, dont 4 confirmés ensuite non conclusifs en génome. 2- Suspicion de maladie de Fabry chez des femmes symptomatiques avec activité enzymatique normale (n=218 femmes) : seuls 2 cas ont été concluants (<1%) et 216 non conclusifs. 3- Autres suspicions de MSL sans exploration biochimique possible (n=31) : seul 1 cas (3%) a été concluant (pycnodysostose) sur une forte suspicion clinique, et 30 non conclusifs dont 4 génomes réalisés ensuite (2 non conclusifs et 2 concluants sur des gènes non liés à une MSL).
Conclusion : Pour les MSL suspectées par des anomalies biochimiques évocatrices, comme cela a déjà été décrit pour d’autres maladies métaboliques, le panel NGS montre un excellent rendement diagnostique (91%) suggérant qu’il doit être utilisé en première intention, les quelques cas non conclusifs devant être explorés ensuite par génome. Pour les suspicions de MSL sans marqueur biochimique spécifique disponible, le rendement est très faible, posant la question du recours d’emblée à d’autres techniques telles que le génome dans ces indications, en prenant en compte les contraintes d’organisation et de coût.
Edouard LE GUILLOU (PARIS), Jean-Philippe PUECH, Anaïs BRASSIER, Samia PICHARD, Bénédicte HERON, Juliette BOUCHEREAU, Claire-Marine BERAT, Yann NGUYEN, Yann NADJAR, Wladimir MAUHIN, Olivier LIDOVE, Pascale DE LONLAY, Jean-François BENOIST, Apolline IMBARD, Catherine CAILLAUD
16:15 - 17:15
#49055 - P382 L’haploinsuffisance du gène PRDM16, impliquée dans des cardiomyopathies dilatées à sévérité sexe-dépendante.
P382 L’haploinsuffisance du gène PRDM16, impliquée dans des cardiomyopathies dilatées à sévérité sexe-dépendante.
Introduction : Le gène PRDM16 a été suggéré comme gène candidat dans la cardiomyopathie associée au syndrome de délétion 1p36. Plusieurs publications de cardiomyopathies avec variation perte de fonction de PRDM16 ont renforcés cette hypothèse.
Objectifs : Dans cette étude multicentrique, nous décrivons la plus grande cohorte de patients présentant des variants perte-de-fonction hétérozygotes du gène PRDM16, avec onze nouveaux cas.
Matériel & Méthodes : Des tests génétiques ont été réalisés par trois laboratoires de génétique moléculaire français (Hôpital Européen Georges Pompidou, Lyon et Nantes) sur 4 900 cas index présentant une cardiomyopathie dilatée (CMD) et/ou une hypertrabéculation. Le panel de gènes comprenait toutes les régions codantes et les régions introniques flanquantes de 59 gènes, dont PRDM16 (NM_022114.4).
Résultats : Des variants hétérozygotes perte de fonction ont été identifiés chez onze patients de neuf familles indépendantes. Ces variants comprenaient 2 délétions du gène entier, 1 délétion multi-exonique, 3 variations frameshifts, 2 variants de type nonsense et un variant affectant le site d'épissage. Au moment du diagnostic, l'âge médian des femmes était de 18,5 ans et celui des hommes de 49 ans. Dix patients avaient une CMD et six présentaient une hypertrabéculation. Pour cinq patients, des données de suivi étaient disponibles avec une durée moyenne de 11 ans. Quatre ont présenté une amélioration de leur fraction d'éjection. Enfin, les femmes, principalement des cas pédiatriques, semblent avoir un pronostic plus défavorable.
Conclusion : Ce travail soutient l'hypothèse selon laquelle l’haploinsuffisance du gène PRDM16 est impliquée dans la cardiomyopathie, avec un phénotype plus sévère et une pénétrance plus précoce chez les femmes. Bien que PRDM16 ne soit pas encore inclus dans le panel de gènes couramment utilisé dans les cardiomyopathies, nous suggérons qu'il devrait être systématiquement exploré en cas de CMD ou d’hypertrabéculation cardiaque symptomatique.
Clarisse BILLON (Paris), Gilles MILLAT, Adeline GOUDAL, Valérie MALAN, Diala KHRAICHE, Karim WAHBI, Nadine FERRIER, Jean Christophe EICHER, Romain TIXIER, Nadir BENBRIK, Océane BOUCHOT, Léa GAUDILLAT, Annabelle VENISSE, Pascaline BERTHOME, Xavier JEUNEMAITRE, Damien BONNET
16:15 - 17:15
#49242 - P386 Association entre syndrome des Malformations Veineuses Cutanéomuqueuses Multiples et syndrome de Bean, révélée par une anémie sévère, et d’évolution favorable sous sirolimus.
P386 Association entre syndrome des Malformations Veineuses Cutanéomuqueuses Multiples et syndrome de Bean, révélée par une anémie sévère, et d’évolution favorable sous sirolimus.
Introduction
Les formes familiales de malformations veineuses (MV) cutanéomuqueuses multiples (VMCM), dues à des variants constitutionnels de TEK, sont exceptionnelles. Le syndrome de Bean (SB) associe des MV cutanées et digestives dues à des variants somatiques de TEK. Nous rapportons une présentation à type de SB avec hémorragie grave chez un enfant atteint d’un VMCM familial, d’évolution favorable sous sirolimus.
Observations
Une fillette de 3 ans était hospitalisée pour rectorragies avec anémie à 5 g/dl. Elle présentait comme principal antécédent un sinus pericranii occipital. Elle avait une masse abdominale et une masse du grand dorsal révélant une MV intramusculaire. L’imagerie identifiait une MV péricolique étendue mais aussi hépatique. La biopsie digestive sous endoscopie confirmait une MV avec par endroits l’expression de D2-40. L’analyse génétique montrait dans le sang un variant germinal pathogène de TEK (R915H), également identifié chez sa mère qui présentait des MV digitales isolées. Un second variant de TEK (Y897C), somatique, était identifié dans la MV colique. La fillette ne présentait pas l'aspect cutané de blue rubber bleb retrouvé classiquement dans le SB. Devant des rectorragies persistantes, la chirurgie de résection a été récusée au profit d’un traitement médical conservateur par inhibiteur de mTOR. Après 3 mois de sirolimus, l’évolution était favorable avec rémission des rectorragies, stabilisation de l’Hb à 12 g/dL et tolérance parfaite.
Discussion
Bien que la localisation muqueuse des MV soit caractéristique des rares formes familiales de MV (VMCM), seules des formes sporadiques de SB ont été rapportées jusqu’ici. Les variants exclusivement somatiques de TEK habituellement identifiés dans ces formes sporadiques de SB sont différents, alors qu’ici la MV digestive était porteuse de 2 variants ponctuels de TEK en cis, l’un germinal transmis par la mère, l’autre somatique. Cette observation de MV avec localisations viscérales multiples (hépatiques, coliques, musculaires) et sinus pericranii, étend donc le spectre des complications du VMCM en y incluant les manifestations hémorragiques digestives du SB, qui peuvent engager le pronostic vital. Alors que les transfusions sanguines et perfusions de fer répétées étaient insuffisantes pour compenser l’anémie hémorragique chronique, le sirolimus a permis une évolution rapidement favorable. Cette observation montre aussi l’hétérogénéité clinique intrafamiliale du VMCM, la mère de l’enfant n’ayant qu’une forme mineure exclusivement cutanée.
Conclusion
Bien que le SB et le VMCM associés à TEK soient considérés comme cliniquement distincts, nous montrons ici que le SB peut faire partie du VMCM. L’acronyme TEKVAS pour TEK-related Venous Anomalies Spectrum permettrait de regrouper les MV liées à TEK, qu'elles soient constitutionnelles ou somatiques. Le sirolimus doit être envisagé en première intention pour éviter des résections étendues du tube digestif.
Assia TAZI, Simon BENKIMOUN, Alexandre FABRE, Philippe PETIT, Radia FRITIH, Didier SCAVARDA, Florence COULET (PARIS), Nicolas MACAGNO, Bisdorff ANNOUK, Michel WASSEF, Nathalie DEGARDIN, Paul KUENTZ, Pierre VABRES, Caroline GAUDY-MARQUESTE, Marie-Aleth RICHARD, Stéphanie MALLET
16:15 - 17:15
#49460 - P390 Étude de la susceptibilité génétique dans le syndrome de Tako-Tsubo : une analyse ciblée de SNPs dans la cohorte française TAKOGENE.
P390 Étude de la susceptibilité génétique dans le syndrome de Tako-Tsubo : une analyse ciblée de SNPs dans la cohorte française TAKOGENE.
Le syndrome de Tako-Tsubo (STT) est une cardiomyopathie aiguë réversible mimant un syndrome coronaire aigu (SCA), survenant sans obstruction coronarienne significative. Sa survenue est associée à une toxicité catécholaminergique en contexte de stress, mais sa physiopathologie reste mal comprise. A côté de la nette prépondérance féminine post-ménopausée, qui suggère un rôle des hormones féminines, le fait que tous les individus exposés à un stress ne développent pas la pathologie et l’existence de rares formes familiales suggèrent une susceptibilité génétique spécifique, distincte des cardiopathies ischémiques. Dans cette étude, nous avons évalué si des polymorphismes nucléotidiques uniques (SNPs) précédemment associés à d’autres cardiomyopathies ou à des traits morpho-fonctionnels du ventricule gauche contribuent au risque de STT.
Cette étude repose sur une cohorte cas-témoins nationale multicentrique (ClinicalTrials.gov NCT01520610) incluant 261 patients STT et 259 témoins présentant un syndrome coronaire aigu (SCA), adultes, non apparentés, d’ascendance européenne. Une sélection raisonnée de 325 SNPs candidats a été établie à partir de résultats d’associations génomiques (GWAS) sur les cardiomyopathies dilatées/hypertrophiques (n=202) et les paramètres structurels/fonctionnels ventriculaires gauches en population générale (n=123). Les SNPs ont été filtrés selon la fréquence allélique (MAF>1%), la redondance (LD r²>0,8) et leur présence sur la puce Infinium OmniExpressExome-8 v1.4. Le génotypage a été soumis à un contrôle qualité strict (discordance de sexe, apparentement, taux d’appels manquants, équilibre de HW). Les tests d’association ont été réalisés par régression logistique sous un modèle additif, ajusté sur les quatre premières composantes principales, avec corrections pour les tests multiples (Bonferroni et FDR).
Aucun des 325 SNPs n’a atteint la significativité après correction stricte (Bonferroni p<1,54×10⁻⁴) mais 17 SNPs présentent une association nominale (p-value brute < 0,05), dont 9 dans le groupe « cardiomyopathie » et 8 dans le groupe « traits ventriculaires gauches ». Le signal le plus fort concernait un SNP avec un OR à 1,63 (IC95% 1,24–2,14 ; p=4,6×10⁻⁴).
Nos résultats indiquent que les variants communs impliqués dans d’autres cardiomyopathies ou dans divers traits myocardiques ne jouent pas de rôle majeur dans le risque de STT. L’architecture génétique du STT semble plus complexe, possiblement modulée par l’interaction entre voies de réponse au stress, signalisation adrénergique et facteurs hormonaux. La cohorte TAKOGENE constitue une base solide pour poursuivre des analyses mécanistiques ciblées (gènes adrénergiques, réseaux œstrogéniques, régulation neuro-hormonale) et l’exploration de scores polygéniques. Ces travaux visent à identifier des déterminants génétiques propres au STT, afin d’améliorer sa compréhension physiopathologique et d’ouvrir la voie à une prévention et une stratification du risque plus personnalisées.
Laury NICOLAS (CLERMONT FERRAND), Sophie GARNIER, Philippe CHARRON, Mansencal NICOLAS
16:15 - 17:15
#49738 - P394 Explorations génétiques des cardiomyopathies pédiatriques.
P394 Explorations génétiques des cardiomyopathies pédiatriques.
Introduction : Les cardiomyopathies (CM) pédiatriques sont un groupe de maladies rares incluant les formes hypertrophiques (CMH), dilatées (CMD), restrictives (CMR), arythmogènes (CMA) et non dilatées du ventricule gauche (CNDVG). Leurs causes génétiques sont bien connues chez l’adulte. Malheureusement, l’absence d’études ciblées dans la population pédiatrique empêche une meilleure compréhension des causes constitutionnelles impliquées chez ces patients. De plus, les CM peuvent constituer le premier signe d’une pathologie syndromique ce qui fait de leur identification un enjeu pour une meilleure prise en charge des patients.
Matériel et Méthodes : Nous avons réalisé une étude rétrospective (2018-2024) visant à analyser l’exome de 59 cas index d’âge pédiatrique (<18 ans) ayant bénéficié d’un panel in silico dans cette indication. Ces patients ont été recrutés au CHU Amiens Picardie et du CHU de Lille. L’objectif principal de cette étude était de mieux définir le spectre des gènes impliqués dans les CM pédiatriques grâce a l’exome. L’objectif secondaire était de comparer les données obtenues en exome aux données obtenues en panel de gènes recommandé par la filière Cardiogen.
Résultats :
Au total, 31 patients présentaient une CMH et 18 patients présentaient une CMD. Les autres patients étaient porteurs de formes minoritaires de CM.
Grâce à l’exome, nous avons identifié des variations d’intérêt pour 64,4% des cas (N=38/59). Parmi celles-ci, des gènes rarement décrits dans la littérature étaient impliqués. De plus, toutes cardiomyopathies confondues, le bénéfice de l’exome était supérieur pour les patients de moins d’un an (17/22 cas soit 77%) par rapport aux patients de plus d’un an (21/37 patients soit 56%).
Parmi les CMH et les CMD, nous avons mis en évidence 18.4% de variants d’intérêt dans des gènes de pathologies syndromiques (9/49). De nouveau, la proportion des cas syndromiques était supérieure avant l’âge d’un an. Par ailleurs l’exome a aussi permis de mettre en évidence un « second hit » chez un patient porteur d’une CMH précoce liée (en partie) à un variant pathogène de MYH7. En effet, dans certains cas, la présence de deux variations (hétérozygote composite ou digénisme) a été mise en évidence, soulevant la question de leur impact sur le phénotype précoce des patients.
En comparaison, le taux diagnostic du panel diagnostique habituel de 110 gènes est de 45,8% (27/59 patients). L’exome a permis d’établir un diagnostic chez 6 patients pour lesquels le panel était initialement non conclusif (10,2% des cas).
Conclusion : Une seule étude utilisant l’exome a été réalisée jusqu’alors dans les CM pédiatriques (Ware et al. 2022). Celle-ci rapportait une cohorte de 528 patients dont 56% des cas présentaient un variant d’intérêt. Notre étude confirme donc l’intérêt de réaliser des analyses génétiques larges chez les patients pédiatriques porteurs d’une CM, même lorsque la CM est a priori isolée et d’autant plus dans les formes très précoces.
Luana GIOVANNANGELI (Amiens), Elise DAIRE, Kahia MESSAOUDI, Walaa DARWICHE, Sarah SAUVAL, Emilie LACOT-LERICHE, Didier HERENT, Nathalie DESJEUX, Jean-Benoit BAUDELET, Luisa MARSILI, Alexandre DELARUE, Didier KLUG, Olivia DOMANSKI, Pascal DE GROOTE, Pierre Alexandre FONTANGES, Jamal GHOUMID, Alexis HERMIDA, Florence JOBIC, Guillaume JEDRASZAK
16:15 - 17:15
#49274 - P397bis Lutte contre l’impasse diagnostique dans les maladies mitochondriales : approche fonctionnelle par minigènes.
P397bis Lutte contre l’impasse diagnostique dans les maladies mitochondriales : approche fonctionnelle par minigènes.
Introduction – Les maladies mitochondriales sont les affections héréditaires du métabolisme les plus fréquentes, marquées par une grande hétérogénéité clinique et génétique. Près de 50 % des patients restent sans diagnostic moléculaire, notamment en raison de variants de signification incertaine (VSI) situés dans des régions non codantes. Les minigènes, qui permettent d’étudier l’impact de ces variants sur l’épissage, constituent un outil fonctionnel complémentaire pour affiner leur interprétation.
Méthodes – Chez quatre patients présentant un phénotype évocateur de maladie mitochondriale, étudiés dans le Centre de référence Maladies mitochondriales CALISSON, quatre variants à fort potentiel d’impact sur l’épissage ont été identifiés (AARS2, ST3GAL3, NARS2 et MEGF10). L’impact de ces variants a été étudié par minigènes. Les séquences sauvages et mutées ont été clonées dans le vecteur PSPL3, transfectées dans des cellules HeLa, puis analysées par RT-PCR et séquençage Sanger. Les résultats ont été interprétés selon les recommandations SPLICE GANG et ACMG, en intégrant les données cliniques, paracliniques et de ségrégation.
Résultats – Trois variants ont montré un effet complet sur l’épissage : une perte totale de l’exon 14 dans AARS2, concordante avec un tableau neurologique progressif et une imagerie typique ; un saut complet de l’exon 10 dans ST3GAL3, retrouvé en homozygotie chez deux sœurs atteintes d’encéphalopathie épileptique sévère ; et l’inclusion d’un pseudo-exon de 121 pb dans MEGF10, cohérente avec le phénotype EMARDD. Le variant intronique profond de NARS2 entrainait une inclusion partielle d’un pseudo-exon de 91 pb avec conservation de transcrits normaux (leaky splicing). L’étude sur fibroblastes a confirmé cet effet et le western blot a montré une absence complète de la protéine NARS2 chez les trois patients atteints d’un tableau mitochondrial sévère et homogène. La convergence entre résultats fonctionnels, phénotypes cliniques et ségrégation familiale a permis de reclassifier les quatre variants en classe IV et d’établir un diagnostic moléculaire avec un impact clinique direct sur leur prise en charge et le conseil génétique.
Conclusion – Ces résultats démontrent la pathogénicité des quatre variants étudiés et soulignent l’intérêt d’intégrer les minigènes à notre routine diagnostique, au sein d’une plateforme fonctionnelle dédiée, afin de réduire l’impasse diagnostique dans les maladies mitochondriales.
Manon MICHAUD, Lucile RIERA-NAVARRO, Annabelle CHAUSSENOT, Alain FOUILHOUX, Fabienne ORY MAGNE, Véronique PAQUIS, Bruno FRANCOU, Samira SAADI, Gaelle AUGE, Anna CORRINGER, Gaelle HARDY, Consortium AURAGEN, Sylvie BANNWARTH, Cécile ROUZIER (Nice)
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A29
CONFERENCE
Les 30 ans du DES
CONFERENCE
Les 30 ans du DES
18:00 - 18:30
Présentation du projet.
Chloé PROSPER (Interne) (Conférencier, Nice)
18:00 - 18:30
Diffusion du film.
18:00 - 18:30
Lecture de la lettre de Jean François Mattéi.
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Louis Lumiere |
Debussy |
Salon Ambassadeurs 2/3 |
Salon Ambassadeurs 1/3 |
Zone 1 - Salle 2 |
Zone 1 - Salle 1 |
Zone 1 - Salle 3 |
Espace débat - hall d'exposition |
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08:00-10:00
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A30
CONFERENCE PLENIERE 3
Vieillissement
CONFERENCE PLENIERE 3
Vieillissement
Modérateurs :
David GENEVIEVE (Professeur, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP, responsable PEMR et CRMR) (Montpellier), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
08:00 - 08:30
Leçons de longévité : comment un organisme simple éclaire un problème complexe.
Florence SOLARI (CR1) (Conférencier, Lyon)
08:30 - 09:00
Explorer les mécanismes du vieillissement prématuré et physiologique à travers le syndrome de Cockayne.
Miria RICCHETTI (Team leader) (Conférencier, Paris)
09:00 - 09:30
Vieillissement des adultes avec trouble du développement intellectuel.
Stephanie MIOT (MCU-PH) (Conférencier, Montpellier)
09:30 - 10:00
La manière dont le transhumanisme transforme le vieillissement en une maladie dont nous pourrions guérir.
Jean-Michel BESNIER
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PAUSE-VISITE DES STANDS & EPOSTERS-SESSION3 POSTERS AFFICHES
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KF3
Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs
Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs
10:00 - 11:00
#49062 - P003 Validation du DPNI d’exclusion de maladies monogéniques par séquençage haut débit d’un panel de gènes.
P003 Validation du DPNI d’exclusion de maladies monogéniques par séquençage haut débit d’un panel de gènes.
Contexte/Objectifs : Depuis 2022, notre laboratoire propose aux couples à risque de transmission de maladie monogénique la réalisation d’un diagnostic prénatal non invasif (DPNI) d’exclusion par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Cette technique nécessite une étape de mise au point et de validation préliminaire longue, or les demandes de DPNI sont en augmentation constante (+320% de demandes entre 2022 et 2025 dans notre laboratoire). Afin de réduire ce délai et de répondre à l’afflux d’analyses, nous avons testé la faisabilité et la fiabilité du DPNI d’exclusion par séquençage haut débit (SHD) d’un panel de gènes.
Méthode : L’ADN libre circulant (ADNlc) a été extrait à partir de 5 à 10 ml de plasma maternel avec le kit QIAamp MinElute ccfDNA (Qiagen). Les librairies de séquençage ont été réalisées sur l’ADNlc et l’ADN génomique parental par capture d’un panel de 716 gènes avec le kit SureSelect XTHS2 (Agilent technologies), séquencées sur un instrument NextSeq2000 (Illumina) en 2x150pb et analysées avec le logiciel Dragen v3.7.4 Le taux d’erreur de séquençage a été calculé grâce aux SNP homozygotes identiques chez le père et la mère. La mesure de l’absence d’amplification d’allèle, « allele drop-out » (ADO) a été évaluée en recherchant sur l’ADNlc les SNP homozygotes du père et absents chez la mère. La fraction fœtale dans l’ADNlc et le résultat du DPNI ont été comparés avec ceux obtenus par ddPCR dans le cadre du soin.
Résultats : La profondeur de séquençage de chaque échantillon d’ADNlc varie de 136X à 382X (médiane : 278X). Le taux d’erreur de séquençage moyen est de 0.12±0.0002% sur l’ADN libre circulant, comparable à celui obtenu sur l’ADN génomique des parents (0.13±0.0002%). Les mesures d’ADO varient entre 0 et 7.7% (moyenne : 5.03% ±2.3%) selon les échantillons. L’analyse au cas par cas montre que la présence d’un ADO est liée à la fraction fœtale, à la profondeur de séquençage et à l’environnement nucléotidique du variant. Les fractions fœtales obtenues par SHD varient de 3.92% à 16.57% et sont parfaitement corrélées à celles obtenues par ddPCR. Les résultats du DPNI par SHD sont tous concordants avec ceux attendus, réalisés précédemment par la technique de ddPCR.
Conclusion : Cette étude rétrospective valide la faisabilité du DPNI par SHD d’un panel de gènes pour le DPNI d’exclusion et fixe les seuils d’ADNlc et de fraction fœtale permettant de rester dans un risque d’erreur (faux positifs/négatifs) acceptable dans le cadre d’un diagnostic prénatal. Néanmoins, cette technique ne pourra pas se substituer entièrement à la technique de ddPCR qui, en raison de sa plus grande sensibilité et spécificité, reste la technique de choix en cas de faible fraction fœtale ou d’un environnement nucléotidique du variant défavorable.
Inès DEFER (Paris), Camille ALCAIRE, Yoann VIAL, Arno HOUTMAN, Cédric VIGNAL, Séverine DRUNAT, Nathalie COUQUE
10:00 - 11:00
#49405 - P007 Dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile : difficulté diagnostique liée à un variant ponctuel du gène SMN1.
P007 Dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile : difficulté diagnostique liée à un variant ponctuel du gène SMN1.
Le dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile (Spinal Muscular Atrophy ; SMA) a été déployé en France dans le cadre du projet préfigurateur DEPISMA dans 2 régions françaises depuis décembre 2022 et sa généralisation sur tout le territoire français a débuté le 1er septembre 2025. Cette pathologie neuromusculaire grave, liée à des anomalies du gène SMN1, bénéficie aujourd’hui de traitements innovants (thérapie génique ou modulateurs de l'épissage du gène SMN2) qui ont démontré une efficacité optimale lorsqu’ils sont administrés en phase présymptomatique. Le dépistage néonatal a donc pour objectif d’identifier précocement les enfants atteints afin de leur garantir un accès rapide à une prise en charge adaptée. Nous rapportons le cas d’un nourrisson dépisté dans ce contexte, chez qui une délétion homozygote du gène SMN1 a été détectée par qPCR à l’étape du dépistage. L’examen clinique réalisé immédiatement après ce résultat suggérait une aréflexie ostéotendineuse, compatible avec une suspicion de SMA. Toutefois, le profil ddPCR à l’étape de confirmation apparaissait atypique, avec une double population de gouttelettes, ce qui a conduit à réaliser un séquençage ciblé de l’exon 7 du gène SMN1. Cette analyse a permis d’identifier un variant ponctuel c.842G>C;p.(Arg281Thr) et d’interpréter différemment le génotype : le patient est finalement porteur d’une délétion sur un allèle et du variant ponctuel sur le second allèle du gène SMN1 et de deux copies du gène SMN2. Ce variant ponctuel empêchant l’hybridation de la sonde de qPCR est à l’origine de l’erreur de génotypage lors du dépistage néonatal. Une réévaluation clinique réalisée après identification de ce variant a montré la présence de réflexes ostéotendineux et l’absence d’hypotonie, éléments rassurants. La situation demeure néanmoins incertaine : le variant pourrait être pathogène, conférant un risque élevé de développer une SMA, ou bénin, ce qui correspondrait à un faux positif du dépistage. Dans l’attente de sa reclassification, l’enfant n’a pas reçu la thérapie génique habituellement proposée en période présymptomatique, mais bénéficie d’une surveillance clinique étroite afin de détecter tout signe évocateur de la maladie. Ce cas clinique illustre l’importance de l’étape de confirmation et la difficulté, pour les couples, de détenir une information de signification incertaine. Nous présenterons les résultats des différentes méthodes de confirmation utilisées en France et discuterons de leur fiabilité dans ce type de situation. Parallèlement, des travaux de recherche seront essentiels afin de caractériser l’impact du variant c.842G>C sur la production de transcrit fonctionnel (Full Lengh) et tronqué (Delta-7) afin de préciser sa classification ACMG, dans le but d’adapter au mieux la surveillance, l’administration éventuelle d’une thérapie ainsi que le conseil génétique de la famille.
Marie Pierre REBOUL, Séverine DRUNAT, Marie ADAMO-CROUX, Perrine PENNAMEN, Cécile LAROCHE-RAYNAUD, Caroline ESPIL TARIS, Séverine FEHRENBACH, Nadège CALMELS, Valerie BIANCALANA, Vincent MICHAUD, Cécile ROUZIER, Bruno FRANCOU, Marion WANDZEL, Virginie ROTH, Nathalie ROUX-BUISSON, Renaud TOURAINE, Frédéric BILAN, Julie PLAISANCIE, Anne LEGRAND, Corinne COLLET, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, David CHEILLAN, Didier LACOMBE, Vincent LAUGEL, Claude CANCES, Benoît ARVEILER, Pascale SAUGIER VEBER (Rouen)
10:00 - 11:00
#49561 - P011 Découverte incidente concomitante en anté-natal d’une prédisposition héréditaire au CMMRD et à l’hyperthermie maligne.
P011 Découverte incidente concomitante en anté-natal d’une prédisposition héréditaire au CMMRD et à l’hyperthermie maligne.
Le séquençage d’exome en anténatal est proposé devant des signes échographiques évocateurs de pathologie syndromique ou de particulière gravité. Cette analyse expose à la découverte de données incidentes. Nous rapportons un cas de découverte incidente anté-natale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency). A 28 SA, 3ème grossesse d’un couple non apparenté, a été identifiée une ventriculomégalie modérée (11,5 mm à gauche) et un pied droit varus. Les échographies (T1 et T2) étaient sans particularité. La réalisation d’une analyse en QF-PCR à la recherche d’aneuploïdie et l’analyse chromosomique par CGH-array étaient sans anomalie. Le séquençage de l’exome pré-natal en trio est non conclusif quant à la venticulomégalie. Cependant des données incidentes ont été identifiées: une première concerne le gène RYR1: un variant pathogène du gène RYR1 a été identifié chez le fœtus, hérité du père, une deuxième concerne le gène PMS2: deux variants pathogènes différents du gène PMS2 ont été identifiés chez le fœtus, chacune héritée d'un des parents, conférant un statut d’hétérozygote composite au fœtus, posant le diagnostic de syndrome CMMRD. Ce syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, rare et sévère, est défini par la survenue précoce de tumeurs multiples pouvant concerner le cerveau, le tube digestif et le sang. Dans la cohorte du réseau européen Care For CMMRD et nord-américain IRRDC (environ 300 individus): la majorité des patients ont présenté une tumeur du spectre clinique à l'âge pédiatrique et tous les patients ont présenté au moins une tumeur du spectre à l'âge de 30 ans. Lorsque le gène PMS2 est impliqué, les âges au diagnostic sont plus tardifs mais restent le plus souvent pédiatrique (médiane à 10 ans), les tumeurs digestives sont souvent les premières manifestations. Les recommandations de surveillance sont établies à l’échelle européenne ERN GENTURIS et sont initiées cliniquement dès la naissance, complétées d’imagerie cérébrale tous les 6 mois dès le diagnostic. L'évolution échographique à 32 SA + 5 jours objective une stabilité et une absence d'autre anomalie cérébrale, à l’IRM une absence de signe de tumeur cérébrale, confirmant le caractère incident de ces variants. Le couple a demandé une IMG, autorisée par le CPDPN devant la particulière gravité de ce syndrome. Une étude familiale, des mesures de prise en charge ont été mises en place pour la découverte de la prédisposition à l’hyperthermie maligne liée à RYR1. Un diagnostic présymptomatique pour le CMMRD a été proposé au frère ainé, la prise en charge des deux parents concernant la prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch et une étude familiale. Ce cas pose la question complexe de la découverte de données incidentes dans le contexte anté-natal. Celles-ci peuvent être rendues selon une attitude collégiale définie dans chaque centre de façon multidisciplinaire, en cas de particulière gravité ou d’implication thérapeutique, après information et demande du couple.
Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Montivilliers), Edwige KASPER, Pascal CHAMBON, Stéphanie BAERT DESURMONT, Chrystelle COLAS, Sophie DEGRE, Anna MARGHERITI, Nathalie PARODI, Camille SALDANA, Nathalie DROUOT, Ala ZIADI, Claude HOUDAYER, Jacques MAUILLON, Pascale SAUGIER VEBER, Alice GOLDENBERG
10:00 - 11:00
#49685 - P015 Explorations génétiques prénatales en contexte d’hydramnios isolé : étude rétrospective chez 96 fœtus entre 2016 et 2025.
P015 Explorations génétiques prénatales en contexte d’hydramnios isolé : étude rétrospective chez 96 fœtus entre 2016 et 2025.
Introduction : L’hydramnios correspond à une augmentation anormale du volume de liquide amniotique, définie par un Index de Liquide Amniotique > 24 ou une Plus Grande Citerne > 8 cm. L’hydramnios, qui concerne 1 à 2% des grossesses, est un signe non spécifique pouvant être secondaire à des causes maternelles, placentaires ou fœtales ; parmi elles, diverses causes génétiques de pronostic très variable. Les explorations génétiques devant un hydramnios isolé ne sont pas standardisées. Nous décrivons une série de 96 fœtus avec hydramnios isolé et les explorations étiologiques réalisées.
Matériels et Méthodes : Cette étude rétrospective inclut toutes les grossesses pour lesquelles une consultation de génétique a été sollicitée dans notre service entre 2016 et 2025 en raison de la mise en évidence d’un hydramnios, sans anomalie associée à l’échographie, à l’exception de signes mineurs (hyperéchogénicité intestinale, pyélectasie, artère ombilicale unique).
Résultats : 96 fœtus présentant un hydramnios isolé, diagnostiqué au deuxième ou troisième trimestre de grossesse ont été inclus. Une recherche ciblée de maladie neuromusculaire (amyotrophie spinale infantile et maladie de Steinert) a été réalisée dans 78 cas. 56 fœtus ont bénéficié d’une recherche de syndrome de Prader Willi. Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) a été réalisée chez 71 fœtus. 12 fœtus ont bénéficié d’un séquençage d’exome (SE) en trio. Un fœtus a bénéficié d'une analyse ciblée du gène SOS1 en raison d'un syndrome de Noonan connu chez son père. Pour 16 fœtus, aucune analyse génétique n’a été initiée. Aucun diagnostic de maladie neuromusculaire ni syndrome de Prader Willi n’a été porté. Un CNV pathogène causal de novo a été identifié à l’ACPA chez 2 fœtus : une délétion 22q11.2 et une délétion 7q11.23. Un CNV incidental et un PIEV ont été identifiés chez 2 autres fœtus. Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié au SE chez 3 fœtus : un variant de novo du gène TAOK1, un variant du gène MAGED2, hérité de la mère et un variant du gène ERF hérité du père. Un variant de signification inconnue a été identifié chez 2 fœtus. Enfin, le variant pathogène de SOS1 a été identifié par l'analyse ciblée en contexte familial. Au total, le taux diagnostique est de 2/71 (2.8%) pour l’ACPA, de 3/12 (25%) pour le SE, de 0/78 pour la recherche ciblée de maladie neuromusculaire et de 0/56 pour la recherche de syndrome de Prader Willi.
Conclusion : Cette étude montre l’intérêt de proposer une ACPA et un SE en trio en cas d’hydramnios isolé, afin de préciser le pronostic et/ou d’adapter la prise en charge néonatale. L’absence de spécificité de l’hydramnios rend l’interprétation des variants difficile. De plus l’hydramnios est fréquemment diagnostiqué au troisième trimestre, ce qui expose à des diagnostics en toute fin de grossesse. Il est donc important d’encadrer la prescription des examens pangénomiques afin d’en élaborer les enjeux, dans chaque situation spécifique.
Cécile PRUD'HOMME, Daphné LEHALLE, Jade DUCOURNEAU, Cristina PEDUTO, Solveig HEIDE, Capucine ROSSI, Lisa FRUGERE, Laurence CUISSET, Séverine DRUNAT, Nadège CALMELS, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Geneviève QUENUM MIRAILLET, Boris KEREN, Caroline NAVA, Jean-Marie JOUANNIC, Delphine HERON, Sarah GROTTO (Paris)
10:00 - 11:00
#49782 - P019 La longueur des télomères : nouveau biomarqueur pour les anomalies du développement ?
P019 La longueur des télomères : nouveau biomarqueur pour les anomalies du développement ?
L’EUROCAT estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9/1000 naissances (Dolk et al, 2010). Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine d’apparitions d’anomalies du développement (AD) embryonnaire et fœtal. Des études ont montré qu’il existait un lien entre le raccourcissement de la longueur des télomères (LT) et la survenue d’AD (Mazumdar J. et al, 2017 ; Derradji H. et al, 2008 ; Aoulad Fares D. et al, 2020 et 2022). Les télomères jouent un rôle crucial au cours du développement embryonnaire précoce et le maintien de la LT durant les premières semaines du développement serait essentiel pour assurer les nombreuses divisions cellulaires indispensables à un bon développement embryonnaire et fœtal (Ozturk S. et al, 2014 ; Arias-Sosa LA., 2019).
Dans une 1ère étude (Goumy et al., 2022), nous avons mesuré la LT dans le liquide amniotique (LA) et les villosités choriales (VC) en cas de RCIU et d’AD. Lors d’une 2nd étude (Goumy et al., 2025), la LT a été mesurée sur 204 cordons ombilicaux après perte de grossesse (130 sans AD, 74 avec AD) et comparée à 21 cordons témoins issus de césariennes programmées. Enfin, dans notre dernière étude (Coudrieu et al., 2025), nous avons mesuré la LT fœtale et maternelle pour 75 grossesses évolutives présentant une AD et comparé la LT avec 49 fœtus témoins et 100 femmes témoins. Dans ces trois études, la LT a été mesurée par qPCR.
Nos résultats ont montré que la LT fœtale n’était pas influencée par l’âge gestationnel ni par le sexe fœtal. Dans le LA et les VC, nous observons un raccourcissement significatif de la LT en cas de RCIU, de malformation isolée et de polymalformations, corrélé avec la sévérité du phénotype fœtal. Dans le cordon ombilical, la LT est plus courte en présence d’AD; les diminutions les plus marquées concernent les défauts de fermeture du tube neural et les atteintes cérébrales, osseuses, cardiaques et urogénitales et les malformations multiples. La LT est également plus basse en cas d’avortement spontané, mais pas en cas de MFIU sans AD. Dans le sang maternel, la LT sanguine ajustée sur l’âge est plus courte en cas d’AD fœtale. Enfin, les LT fœtale et maternelle sont corrélées, la LT maternelle expliquant 15 à 38 % de la variance de la LT fœtale.
La LT mesurée sur des prélèvements fœtaux ou chez la femme enceinte émerge comme un potentiel biomarqueur pour estimer le risque de survenue d’AD en période périconceptionnelle et prénatale. Notre hypothèse est que des facteurs génétiques, maternels et/ou environnementaux pourraient altérer la maintenance des télomères dans les premières semaines du développement et être à l’origine d’AD, par instabilité génomique ou insuffisance de prolifération cellulaire. Des études transcriptomiques sont en cours pour tenter de mettre en évidence une origine génétique pouvant expliquer la présence de télomères courts chez ces fœtus.
Océane COUDRIEU (Clermont-Ferrand), Zangbéwendé Guy OUEDRAOGO, Denis GALLOT, Amélie DELABAERE, Lauren VERONESE, Eléonore EYMARD-PIERRE, Delphine VOISIN, Thérèse SUDY, Nicolas MURER, Rodrigue STAMM, Quentin DOMAS, Kamil HADJAB, Camille DARCHA, Andrei TCHIRKOV, Carole GOUMY
10:00 - 11:00
#49927 - P023 Bilan des analyses cytogénétiques réalisées en Alsace entre 2017 et 2025 dans une situation de mort fœtale in utero.
P023 Bilan des analyses cytogénétiques réalisées en Alsace entre 2017 et 2025 dans une situation de mort fœtale in utero.
Introduction
La mort fœtale in utero (MFIU) est définie par l’arrêt spontané de l’activité cardiaque fœtale à partir de 14SA. Avant, le terme utilisé dans le cas de grossesses arrêtée est celui de fausses couches spontanées. Les causes de MFIU sont multiples incluant des anomalies chromosomiques ou géniques.
En France, la prévalence de la MFIU après 22SA est comprise entre 3,2 et 4,4/1000 naissances. En 2024, le Collège National des Gynécologues et Obstétriciens Français (CNGOF) recommande la réalisation d’un bilan génétique fœtal en privilégiant l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) au caryotype.
L’objectif de cette étude est de faire le bilan des analyses cytogénétiques effectuées en Alsace entre 2017 et 2025 devant une mort fœtale inexpliquée.
Matériels et méthodes
Nous avons étudié de manière rétrospective l’ensemble des données cliniques et des analyses cytogénétiques (caryotype, FISH, PCR aneuploïdies, ACPA) réalisées dans le cadre d’un arrêt spontané de grossesse, quelque soit le terme, sur la période de janvier 2017 à juin 2025 en Alsace.
Résultats
Durant cette période, 239 prélèvements fœtaux ont été adressés pour MFIU dans notre laboratoire. Pour 22% des fœtus l’arrêt de la grossesse est survenu avant 14SA, pour 38% des fœtus entre 14 SA et 22 SA et pour 38% après 22SA.
Dans la moitié des cas il s’agissait de prélèvements de villosités choriales, dans ¼ du liquide amniotique et dans ¼ du tissu fœtal.
Aucune analyse génétique n’a pu être effectuée pour 7 fœtus du fait d’une contamination maternelle majeure du tissu fœtal. Pour 20 demandes, seul un résultat de recherche rapide d’aneuploïdies a pu être rendue, sans analyse complémentaire par ACPA, du fait d’une qualité d’ADN insuffisante.
Une aneuploïdie et une polyploïdie a été mise en évidence chez 15,5% des fœtus. Dans 80% des cas ces anomalies sont détectées par les analyses de première intention (FISH et PCR aneuploïdies). Les anomalies majoritaires retrouvées sont les triploïdies (n=7) et les trisomies 18 (n=7). Une variation du nombre de copie (hors anomalie du nombre) a également été mise en évidence par ACPA dans 3% des arrêts spontanés de grossesse. Dans certains cas, le mécanisme chromosomique n’a pas pu être déterminé du fait d’une absence de pousse cellulaire. Dans 65% des cas les analyses réalisées n’ont pas permis de déterminer la cause de la MFIU.
Discussion et conclusion
Les analyses génétiques devant une MFIU sont des situations régulières de notre activité de laboratoire. Le contexte particulier de ces prélèvements précieux mais souvent de moindre qualité représente un défi pour apporter une réponse aux couples endeuillés. L’étude de cette cohorte alsacienne nous permet de confirmer l’intérêt d’une analyse chromosomique dans cette indication. Il reste néanmoins une part importante de MFIU inexpliquées, parfois récidivantes, pour lesquelles la poursuite des analyses par séquençage à haut débit pourrait être envisagées.
Audrey SCHALK (STRASBOURG), Johanne PIOTROWSKI, Marguerite MIGUET, Mélanie HILD, Nadège CALMELS, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Benjamin DURAND, Anais PHILIPPE, Emmanuelle GINGLINGER, Amandine ZAMPA, Anne-Sophie WEINGERTNER, Zilliox Jamet MARIE, Maria Cristina ANTAL, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sophie SCHEIDECKER
10:00 - 11:00
#49070 - P027 First reported case of associated Wolf–Hirschhorn and Hurler syndromes due to unmasking of an inherited IDUA variant by a de novo 4p16.3 deletion: a case report and literature review.
P027 First reported case of associated Wolf–Hirschhorn and Hurler syndromes due to unmasking of an inherited IDUA variant by a de novo 4p16.3 deletion: a case report and literature review.
Background: Wolf–Hirschhorn syndrome (WHS) is a rare chromosomal microdeletion syndrome caused by a deletion of chromosome 4p16.3, typically de novo, characterized by prenatal-onset growth failure, distinctive “Greek warrior helmet” facies, intellectual disability, hypotonia, and seizures. Mucopolysaccharidosis type I (Hurler syndrome) is an autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by α-L-iduronidase deficiency, leading to dermatan and heparan sulfate accumulation and resulting in coarse facial features, organomegaly, skeletal dysplasia, and developmental regression. Their co-occurrence is exceedingly rare and has not been previously reported.
Case Presentation: We describe an 18-month-old female with features of both WHS and Hurler syndrome. She exhibited dysmorphic craniofacial features, cleft palate, growth retardation, hypotonia, and seizures consistent with WHS, and later developed a progressive thoracolumbar gibbus deformity, worsening airway obstruction, and skin coarsening suggestive of Hurler syndrome. Chromosomal microarray confirmed a de novo 4p16.3 deletion encompassing the WHS critical region and the IDUA gene. Given the emergence of atypical features, metabolic evaluation revealed deficient α-L-iduronidase activity and elevated urinary glycosaminoglycans. Subsequent sequencing identified a pathogenic IDUA variant (c.1598C>G, p.Pro533Arg), inherited from her father, confirming Hurler syndrome unmasked by the 4p deletion.
Conclusion: This case represents the first documented co-occurrence of WHS and Hurler syndromes. It underscores the importance of considering the possibility of dual diagnoses in patients with atypical features and highlights the diagnostic value of sequencing genes within chromosomal deletions to identify recessive disorders.
Ebrahem MANDORAH, Selma DOUMER (Lyon), William DUFOUR, Patrick EDERY
10:00 - 11:00
#49276 - P031 Identification des bases moléculaires des dysplasies frontonasales à partir de données multiomiques.
P031 Identification des bases moléculaires des dysplasies frontonasales à partir de données multiomiques.
Les dysplasies frontonasales (DFN) constituent un groupe de malformations craniofaciales rares résultant d’une anomalie du développement du processus frontonasal. Elles se manifestent cliniquement par une association variable d’une fente faciale médiane, d’un hypertélorisme et d’anomalies nasales. Malgré les avancées en génétique, certaines formes restent sans diagnostic moléculaire établi.
Dans la continuité du projet européen Solve-RD (Solving the Unsolved Rare Diseases), notre travail se concentre sur deux syndromes rares dont les bases moléculaires n’ont pas encore été élucidées : le syndrome de Pai et le syndrome oculo-auriculo-fronto-nasal (OAFNS), pour lesquels nous avons pu constituer une biobanque de tissus (AnDDI-SolveRD). Notre approche repose sur l’analyse intégrée de données de séquençage multiomiques (génome « short- » et « long-read », exome à grande profondeur, RNA-seq, et épigénome) obtenues par comparaison de tissus atteints et apparemment sains au sein d'un même individu.
Nous explorons plusieurs hypothèses physiopathologiques :
- maladie constitutionnelle monogénique : impliquant des variations non détectables par les techniques classiques de séquençage (exome/génome « short-read ») ou nécessitant des analyses complémentaires.
- maladie en mosaïque somatique : due à des variations présentes uniquement dans certains tissus et non détectables dans le sang.
- maladie oligogénique : suggérant une contribution combinée de plusieurs gènes appartenant à une même voie moléculaire.
Pour tester ces hypothèses, nous avons mis en œuvre plusieurs approches.
- Analyse intégrée du transcriptome, du protéome et de l’épigénome, ainsi que séquençage « long-read ».
- Étude du tissu atteint par exome à grande profondeur, comparée au tissu sain.
- Analyse de voies de signalisation cellulaire et tissulaire.
Nos premiers résultats ont identifié plusieurs gènes candidats impliqués dans des voies de signalisation clés pour le développement de la face médiane :
- La voie Sonic Hedgehog (SHH) semble particulièrement impliquée, soulignant son rôle majeur dans la régulation de la prolifération cellulaire et l’organisation des structures médianes.
- La voie TGF-Betta, impliquée à la fois dans la différenciation tissulaire et l’apoptose, est également affectée, certaines altérations pouvant conduire à une activation anormale de cette signalisation.
- Des interactions avec la voie MAPK/ERK sont observées, ainsi que des liens fonctionnels avec les voies WNT et FGF, essentielles à la croissance et la morphogenèse crâniofaciale.
Ces résultats renforcent l’hypothèse d’une pathogénie oligogénique au sein de réseaux moléculaires interconnectés, et offrent de nouvelles pistes pour le diagnostic ainsi que pour la compréhension des mécanismes à l’origine de ces dysplasies.
Joe MSALLEM (DIJON), Laurence FAIVRE, Lisenka VISSERS, Vicente YEPEZ, Holm GRAESSNER, Machteld OUD, Julien GAGNEUR, German DEMIDOV, Julia SCHULZE-HENTRICH, Laurent GUIBAUD, Geneviève BAUJAT, Damien SANLAVILLE, David GENEVIÈVE, Audrey PUTOUX, Lucile PINSON, Juliette PIARS, Florence RICCARDI, Gwenaël NADEAU, Aude TESSIER, Marie-Line JACQUEMONT, Maria VALENZUELA PALAFOLL, Muriel HOLDER-ESPINASSE, Leslie MATALONGA BORREL, Anne-Sophie BRIFFAUT, Yannis DUFFOURD, Anddi-Solve-Rd CONSORTIUM, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON
10:00 - 11:00
#49413 - P035 Syndromes oro-facio-digitaux : un kaléidoscope clinique et moléculaire.
P035 Syndromes oro-facio-digitaux : un kaléidoscope clinique et moléculaire.
Les syndromes oro-facio-digitaux (OFD) sont une entité clinique très spécifique, caractérisée par une triade clinique affectant la région orale (fentes, freins gingivaux, hamartomes linguaux…), cranio-faciale et digitale (brachydactylie, polydactylie, …). Associés à ces signes majeurs, une diversité d’autres anomalies peuvent être décrites chez les patients : anomalies cérébrales, musculo-squelettiques, cardiaques, rénales…
Bien que très spécifiques cliniquement, notre équipe a largement participé à l’identification de leurs causes sous-jacentes au cours des deux dernières décennies, démontrant une très grande hétérogénéité moléculaire avec 32 gènes impliqués à ce jour et conduisant à la description de tout autant de sous-types OFD. L'un des gènes clés identifiés est le gène OFD1, de transmission dominante liée à l’X. Cependant la grande majorité des gènes causaux identifiés sont plus rares (20-30 individus), voire ultra-rares (moins de 5 individus) et transmis sur un mode d’hérédité récessif autosomique (30/32 gènes) ou récessif lié à l’X (1/32 gènes). Ces gènes codent pour des protéines du cil primaire ou des protéines impliquées dans l’initiation de la ciliogénèse : parfois, éléments clés dans une voie de signalisation ou un processus cellulaire crucial, parfois sous-unités indispensables d’un complexe fonctionnel et/ou structural du cil primaire. Les cils primaires sont des structures microscopiques présentes à la surface de nombreuses cellules de l'organisme et jouent un rôle essentiel dans la régulation de divers processus cellulaires, notamment durant le développement. L’absence ou le dysfonctionnement du cil primaire conduit indéniablement à des troubles regroupés sous le terme de ciliopathies. Il existe également un allélisme et/ou un chevauchement clinique marqué entre les syndromes OFD et certaines autres ciliopathies, principalement avec les syndromes de Joubert et de Meckel. Une corrélation génotype-phénotype semble se dessiner bien que peu d’individus soient décrits pour la majorité des gènes identifiés à ce jour, à l’exception des gènes OFD1 et C5orf42, plus fréquemment retrouvés. Plus récemment, l’identification d’un gène non ciliaire (SCNM1) mais impliqué dans la régulation de l’épissage des gènes ciliaires élargit le spectre moléculaire associé aux syndromes OFD et souligne la complexité et l’importance du cil primaire dans le développement.
Leur caractérisation clinique et moléculaire reste un enjeu majeur pour tenter une classification en différents sous-types. Nous présenterons une actualisation des corrélations phénotype-génotype et des connaissances physiopathologiques des syndromes OFD. Ces avancées offrent en effet de nouvelles opportunités pour comprendre les mécanismes sous-jacents à ces affections complexes.
Ange-Line BRUEL (DIJON), Emilie TISSERANT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Julien THEVENON, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Alain VERLOES, Laurence PERRIN, Deepti DE SILVA, Tania ATTIE-BITACH, Shuba PHADKE, Laurent PASQUIER, Bérénice DORAY, Didier LACOMBE, Elisabeth STEICHEN, Dominique GAILLARD, Lydie BURGLEN, Geneviève PIERQUIN, Jelena MARTINOVIC, Alice GOLDENBERG, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
10:00 - 11:00
#49481 - P039 Génétique du rhombencéphalosynapsis : à propos d’un cas de syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez.
P039 Génétique du rhombencéphalosynapsis : à propos d’un cas de syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez.
Le rhombencéphalosynapsis (RES) est une malformation rare du cervelet caractérisée par une agénésie du vermis associée à une fusion des hémisphères cérébelleux dans sa forme complète. Les mécanismes embryologiques et génétiques restent mal connus et il n’y a pas de modèle animal. Le RES peut être isolé ou, plus fréquemment, associé à d’autres malformations cérébrales (agénésie du corps calleux, sténose de l’aqueduc de Sylvius, holoprosencéphalie) et/ou extra-cérébrales sans récidive intrafamiliale. Plusieurs CNVs dont aucun n’est récurrent ont été rapportés chez des patients avec RES. A ce jour, le seul syndrome monogénique de cause identifiée est le syndrome MCTT ou CEBALID (MIM 618774) avec des variants hétérozygotes tronquants en C-terminal du gène MN1 (MIM 156100). Le RES est inconstant, mais avec une pénétrance supérieure à 50% chez ces patients, et toujours incomplet. Le syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez (GLHS, MIM 601853) est ultra rare, reconnaissable par l’association RES - alopécie temporo-pariétale bilatérale congénitale et reste sans base moléculaire identifiée après étude par CGH-array et séquençage d’exome chez quelques patients. Nous rapportons un nouveau cas non publié qui présente un RES complet de diagnostic anténatal auquel s’associe une dysplasie du corps calleux et une dilatation triventriculaire. La CGH array en anténatal n’a pas identifié de CNV pathogène et le séquençage d’exome en trio n’a pas retenu de variant pathogène en post natal. Elle est née eutrophe à terme et présente une turribrachycéphalie sans craniosténose, des golfes temporaux et une hypoplasie de l’étage moyen. A 10 mois, la croissance reste dans la norme et elle présente un décalage moteur et un strabisme convergent avec apraxie oculomotrice. Nous attendons les résultats du séquençage de génome long read en trio.
Elise PISAN (Paris), Nadia BAHI-BUISSON, Nabila DJAZIRI, Patrick NITSCHKE, Christine BOLE, Chris GORDON, Jeanne AMIEL
10:00 - 11:00
#49864 - P043 Phénotypes associés aux variants intragéniques de TBX1 : description d’une cohorte de 24patients.
P043 Phénotypes associés aux variants intragéniques de TBX1 : description d’une cohorte de 24patients.
Le gène TBX1 (22q11.2) code un facteur de transcription du groupe T-box, exprimé dans de nombreux tissus au cours de l’embryogénèse. Compris dans la délétion récurrente 22q11.2 responsable du syndrome de Di George, il serait impliqué dans la majorité des malformations de ce syndrome. Peu de patients porteurs de variants intragéniques de TBX1 sont décrits dans la littérature, et leurs présentations cliniques sont très variables. Ce travail descriptif a pour but de mieux décrire les phénotypes associés aux variants de TBX1.
Les patients ont été recrutés via plusieurs canaux : service de génétique clinique du CHU de Lille, panel de gènes de cardiopathies héréditaires (CHU Amiens), ou d’hypoparathyroïdies (CHU Lille, CHU Caen), appels à collaboration (filière AnDDI-Rares, ERN-Ithaca, filière SensGène).
Nous décrivons ici le phénotype clinique et les données moléculaires d’une cohorte de 24 patients porteurs de variants de TBX1 issus de 14 familles. Les cardiopathies congénitales représentent la malformation la plus fréquente (n=8, 33%) et sont variées (tétralogie de Fallot, CIV, tronc artériel commun, anomalies du retour veineux pulmonaire…). L’hypoparathyroïdie est retrouvée chez 7 patients (29%), dont 3 cas d’hypocalcémie néonatale. La surdité est présente chez 7 patients (29%), associée à une dysplasie des pavillons chez 5 cas, et à des anomalies de l’oreille interne pour 1 cas. Trois patients (12.5%) présentent des infections récurrentes et/ou une lymphopénie T, sans agénésie thymique. Dans 25% des cas, une fente palatine sous-muqueuse (n=4) ou une insuffisance vélo-pharyngée (n=2) est présente. Des particularités morphologiques sont décrites chez 9 patients, mais sont non spécifiques (37.5%). Un seul cas de déficience intellectuelle est rapporté. Des variants non-sens, frameshift et faux-sens ont été identifiés, sans hotspot mutationnel ni corrélation génotype-phénotype claire.
Notre cohorte internationale de patients porteurs de variants intragéniques de TBX1 est la plus large décrite à ce jour. Ces données vont dans le sens de l’implication de TBX1 dans les malformations décrites dans le syndrome de Di George. Nous soulignons la diversité des présentations cliniques, en termes de sévérité et d’atteinte d’organes, et la diversité des voies pouvant mener au diagnostic étiologique. Il s’agit de la première étude décrivant des surdités et des malformations de l’oreille chez des patients porteurs de variants de TBX1. Ces résultats doivent faire considérer le séquençage de TBX1 pour des patients évocateurs de syndrome de Di George sans microdélétion 22q11.2, par panel ciblé ou séquençage de génome.
Simon BOUSSION (Lille), Lucie COPPIN, Olivier GRUNEWALD, Marie-Françoise ODOU, Christine LEFÈVRE, Laurence BELLENGIER, Guillaume JOURET, Mette BERTELSEN, Nanna DAHL RENDTORFF, Mathilde NIZON, Erika LAUNAY, Marjolaine WILLEMS, Mylène THARREAU, Gabriela VERA, Guillaume JEDRASZAK, Xenia LATYPOVA, Arnaud MOLIN, Thomas SMOL, Clémence VANLERBERGHE
10:00 - 11:00
#49303 - P047 L’impact des CNVs pathogènes rares est amplifié par l’appariement assortatif.
P047 L’impact des CNVs pathogènes rares est amplifié par l’appariement assortatif.
Les porteurs d’un même variant du nombre de copies (CNV) présentent une large variabilité phénotypique, allant de manifestations subtiles à des atteintes sévères. Nous avons examiné dans quelle mesure le score polygénique (PGS) d’un individu pouvait expliquer cette variabilité, en nous concentrant sur 119 associations CNV–trait couvrant 43 phénotypes cliniquement pertinents.
Les CNV ont été identifiés au sein de la population britannique blanche de la UK Biobank. En évaluant séparément, conjointement et de manière synergique les contributions des CNVs et des PGS, nous avons mis en évidence un effet additif significatif dans 45 (38 %) des paires CNV–trait, sans toutefois détecter d’interaction. Alors qu’une corrélation négative entre le statut de porteur de CNV et le PGS aurait pu être attendue en raison d’un biais de participation dans la UK Biobank, nous avons observé au contraire une corrélation positive généralisée. Cette dernière ne pouvait être expliquée par un déséquilibre de liaison que dans trois paires CNV–trait.
Ayant montré que 64 % des CNVs évalués présentaient une héritabilité non nulle, nous avons exploré le rôle de l’appariement assortatif dans cette corrélation positive entre CNV et PGS. Nos analyses indiquent qu’environ 45 % de cette corrélation (p = 3,9e-7) peuvent être prédits par l’appariement assortatif.
Des tendances similaires ont également été observées entre le PGS et la charge génomique en CNVs, ainsi qu’entre le PGS et les variants rares à perte de fonction. Ces résultats suggèrent que le PGS contribue de manière significative à l’expressivité variable des CNVs et des variants rares. Son intégration pourrait permettre un meilleur suivi des porteurs de CNV les plus à risque de développer des comorbidités cliniquement pertinentes.
Enfin, nous proposons que l’appariement assortatif généralisé représente un mécanisme clé susceptible d’exacerber les effets combinés des différentes classes mutationnelles.
Maria Caterina CEVALLOS BRENES, Chiara AUWERX, Robin HOFMEISTER, Théo CAVINATO, Tabea SCHOELER, Zoltan KUTALIK, Alexandre REYMOND (Lausanne, Suisse)
10:00 - 11:00
#49419 - P051 Diagnostic prénatal d’une triplication Xq27.1q28 chez un fœtus masculin : caractérisation de ce remaniement complexe par séquençage de génome et cartographie optique de génome.
P051 Diagnostic prénatal d’une triplication Xq27.1q28 chez un fœtus masculin : caractérisation de ce remaniement complexe par séquençage de génome et cartographie optique de génome.
Les triplications de grande taille du chromosome X sont des anomalies chromosomiques rares. Elles entraînent généralement une disomie fonctionnelle (c'est-à-dire une surexpression des gènes liés au chromosome X), à l’origine de troubles du neuro-développement et de malformations congénitales. Nous rapportons ici le cas d’un fœtus masculin présentant des malformations congénitales et porteur d'une triplication Xq27.1q28, survenue de novo, détectée par ACPA en anténatal. Une analyse génétique avait été réalisée à la suite de l’échographie morphologique qui avait révélé un retard de croissance intra-utérin, un corps calleux court et dysplasique, un polyhydramnios, une pyélectasie bilatérale et un œdème préfrontal. Après l'interruption de grossesse à 25 semaines d’aménorrhée, l'examen externe du fœtus a montré une dysmorphie craniofaciale, des anomalies mineures des membres et des organes génitaux. La virtopsie fœtale par IRM a confirmé les anomalies du corps calleux et la pyélectase bilatérale. De plus, nous avons caractérisé ce réarrangement chromosomique complexe par séquençage du génome et cartographie optique du génome afin de déterminer les points de cassure et le mécanisme chromosomique sous-jacent. Ces études complémentaires ont révélé la présence de deux petites duplications flanquant la triplication, tous les points de cassure se situant dans des duplications segmentaires. Ce réarrangement complexe est probablement la conséquence de deux recombinaisons homologues non-alléliques au cours de la méiose I maternelle. Nous rapportons ici la plus grande triplication de l’X détectée chez un fœtus en anténatal. Notre cas souligne l'importance de combiner les techniques génomiques pour mieux caractériser les réarrangements chromosomiques complexes.
Hippolyte MENOU (Paris), Romain NICOLLE, Leya DAHER, Emilie BONANNO, Lucile COURONNÉ, Pascale SONIGO, David GREVENT, Pierre BLANC, Laurence BUSSIÈRES, Nathalie ROUX, Valérie MALAN
10:00 - 11:00
#49643 - P055 Caractérisation fonctionnelle d’une insertion d’ADN alpha-satellite impactant le gène CTSD.
P055 Caractérisation fonctionnelle d’une insertion d’ADN alpha-satellite impactant le gène CTSD.
L’accès au séquençage de génome grâce aux plateformes nationales de séquençage à haut débit (AURAGEN et SeqOIA) offre une perspective nouvelle concernant la variété de variations génomiques détectées mais aussi son lot de challenges dans leur interprétation.
Nous rapportons le cas d’un enfant âgé de 4 mois, issu d’un couple apparenté, présentant un trouble du neurodéveloppement précoce incluant une microcéphalie postnatale évolutive et sévère, une absence de tenue de tête et de contact oculaire, des anomalies au fond d’œil ainsi qu’un syndrome pyramidal. L’IRM cérébrale a révélé des hématomes sous-duraux bilatéraux, des anomalies de gyration et de signal de la substance blanche et un corps calleux fin. Le séquençage de génome a mis en évidence une variation homozygote de signification incertaine dans le gène CTSD (11p15.5) codant une enzyme lysosomale, la cathepsine D, impliqué dans la céroïde-lipofuscinose neuronale de type 10 (CLN10) de transmission autosomique récessive, dont les caractéristiques cliniques sont compatibles avec le phénotype du patient. La variation identifiée est une apparente délétion homozygote de 7 nucléotides au niveau du pénultième acide aminé de CTSD pour laquelle chacun des parents est hétérozygote. L’analyse détaillée des split-reads de cette région génomique a laissé suggérer la présence d’un remaniement génomique plus complexe impliquant des séquences alpha-satellites. Le caryotype et l’étude en FISH (sonde NOR) ne retrouvait pas d’anomalie. Un séquençage de génome en long-reads (Oxford Nanopore®) avec alignement sur la référence T2T a révélé l’insertion d’une séquence alpha satellite (ASI) de 246 paires de bases d’un chromosome 13 au niveau du pénultième acide aminé de CTSD. Une étude de l’ARN extrait de fibroblastes du patient a confirmé la présence de cette insertion dans l’ARN messager dont la conséquence serait un allongement de la protéine de 31 acides aminés. Le Western-Blot réalisé sur les fibroblastes du patient a révélé un niveau protéique de la cathepsine D drastiquement réduit (5% de la moyenne des témoins), confirmant la pathogénicité de ce remaniement. Une étude en microscopie électronique a également été initiée en parallèle.
Ce cas clinique illustre l’une des limites bien connue du séquençage short-reads ainsi que les difficultés rencontrées liées aux séquences homologues du génome. L’utilisation du séquençage long-reads nous a permis de caractériser ce remaniement comme étant une ASI. A notre connaissance, une unique description d’ASI a été rapportée dans la littérature, sans que celle-ci soit responsable d’un phénotype. Ainsi, cette présentation clinique semble être la première à impliquer ce type de variation de structure en pathologie humaine. De plus, la confirmation de sa pathogénicité a été déterminante puisque, survenant dans un contexte de grossesse évolutive, elle a permis de prodiguer un conseil génétique fiable aux parents et de leur permettre d’accéder à un diagnostic prénatal.
Aurélie GOURONC (STRASBOURG), Salima EL CHEHADEH, Consortium AURAGEN, Marie-Thérèse ABI WARDE, Maria Cristina ANTAL, Lucile BOUTAUD, Nicolas DONDAINE, Marlène GALLET, Julien GRAFF, Virginie HAUSHALTER, Armelle HORNARD, Marguerite MIGUET, Hélène DOLLFUS, Catherine CAILLAUD, Edouard LE GUILLOU, Caroline SCHLUTH-BOLARD
10:00 - 11:00
#49872 - P059 Rétrospective des évaluations externes de la qualité de l’ACLF depuis 20 ans (2005-2025).
P059 Rétrospective des évaluations externes de la qualité de l’ACLF depuis 20 ans (2005-2025).
Depuis 2005, l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française (ACLF) met à disposition des cytogénéticiens un système d’évaluation externe de la qualité (EEQ). Les EEQs ont débuté par des réunions de consensus sur dossiers papier rétrospectifs. Afin de développer une offre d’EEQ prospectives, et une participation anonyme des laboratoires, l’ACLF s’est dotée d’une plateforme sécurisée (financement EPICQUE-ABM(2006)) et d’un progiciel de gestion des EEQs créé en 2007 avec la société Médifirst. La participation payante des laboratoires permet le fonctionnement de la plateforme et la sauvegarde des données. Depuis 2014, un système de management de la qualité selon la norme ISO/IEC 17043 est en place, géré par un COPIL national avec des audits internes et une revue de direction annuels.
Les EEQs, programmés par des cytogénéticiens bénévoles habilités, concernent la cytogénétique hématologique (HK) (44 laboratoires) et la cytogénétique constitutionnelle (CST) (54-60 laboratoires). Ils sont proposés en version prospective en HK, en ACPA et pour le DPNI. En CST une EEQ rétrospective complète l’offre prospective. Chaque EEQ est proposée une fois par an sous forme de matrices informatiques ou biologiques en fonction des tissus analysés. Les grilles de notation sont basées sur les référentiels et guide de bonne pratique de l’ACLF et de la SFGH. En cas de désaccord avec l’expertise, les laboratoires peuvent émettre anonymement des droits de réponse (DDR) qui peuvent conduire à une correction de la note par le COPIL (moins de 10% des dossiers concernés). Des notes critiques et seuil sont déterminées pour notifier une mauvaise performance aux laboratoires si non conformité. Une présentation du bilan des EEQ lors d’une réunion des laboratoires participants et une enquête de satisfaction clôturent les campagnes annuelles.
Depuis 2005, 108 dossiers prospectifs ont été proposés 20(HK), 28(ACPA), 20(CST PVC prospectif), 20(CST LA prospectif), 20(CST sang prospectif). En parallèle 1455 dossiers rétrospectifs ont été soumis dont 454 (PVC), 487 (LA) et 514 (sang) avec plus de 3 000 images analysées par les experts.
Cette activité entièrement bénévole a mobilisé depuis 2005 plus de 131 experts 26(HK), 75(CST), 30 (ACPA) qui ont formé 71 experts juniors 32(CST),24 (HK),15 (ACPA) encadrés par 29 collègues superviseurs: 19 (CST),3 (HK), et 7 (ACPA).
L’organisation des EEQ s’est adapté à l’évolution des pratiques en modifiant les dossiers proposés (arrêt des EEQ rétrospectives pour les PVC et LA prospectifs ou rétrospectifs à partir de 2022) et en proposant régulièrement des études pilotes pour les nouvelles techniques (ACPA en 2011, DPNI en 2023, OGM en 2025).
Les EEQs ont ainsi permis destructurer et fédérer la communauté autour de la démarche qualité et contribuent à l’obtention de l’accréditation COFRAC des laboratoires. De plus, cette initiative qui fête aujourd’hui ses 20 ans, a favorisé l’harmonisation des pratiques et la formation des cytogénéticiens.
Martine DOCO-FENZY (NANTES), Isabelle LUQUET, Chantal MISSIRIAN, Christine TERRE, François VIALARD, Chrystele BILHOU-NABERA, Marie-Christine COMBRISSON, Francine MUGNERET, Damien SANLAVILLE, Vincent GATINOIS, Vincent JAUFFRET, Elise CHAPIRO, Pascal CHAMBON, Cyril SARRAUSTE DE MENTHIÈRE, Jean-Michel DUPONT
10:00 - 11:00
#49411 - P063 Apport du séquençage de génome long-read dans l’exploration des infertilités d’origine ovarienne.
P063 Apport du séquençage de génome long-read dans l’exploration des infertilités d’origine ovarienne.
L’insuffisance ovarienne (IO) est une cause importante d’infertilité féminine, avec un spectre allant de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) à la diminution de la réserve ovarienne (DRO). La génétique joue un rôle majeur dans la survenue des IO. Une origine génétique est identifiée à ce jour dans plus de 40% des IOP, avec, en particulier, des anomalies chromosomiques présentes chez 10-13% des patientes. Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés (RCAE) peuvent être particulièrement difficiles à caractériser à l’aide des techniques disponibles, en raison de la possibilité de survenue de points de cassure dans des régions répétées du génome notamment. De plus, leur implication dans la physiopathologie des IO reste incertaine et pourrait s’expliquer par des contraintes mécaniques impactant la méiose, une pathologie des points de cassure, un CNV additionnel, une anomalie de la méthylation, une cause monogénique concomitante. Il existe par ailleurs une expressivité clinique variable pour les RCAE compliquant la réalisation du conseil génétique : pour les formes familiales, il n’existe pas d’IO chez toutes les femmes porteuses du RCAE, et pour les formes de novo, il existe une IO de sévérité variable.
Nous proposons d’évaluer les techniques de séquençage de génome long-read (LR-GS) pour l’exploration génétique de patientes avec IO et RCAE. Cette technologie permet de surpasser les limites du séquençage de génome short-read (SR-GS) par l’analyse de régions non étudiées par le SR-GS, comme les régions répétées, l’identification précise des variants de structure, notamment complexes, avec la caractérisation détaillée de leurs points de cassure, l’étude de la méthylation et la réalisation d’un haplotypage. Dans notre cohorte de 345 patientes avec IOP/DRO, 20 présentent un RCAE. 11 patientes ont bénéficié d’une analyse des points de cassure par SR-GS et LR-GS.
- Le séquençage long-read a été réalisé sur PromethION P2 solo, avec utilisation du pipeline wf-human-variation (epi2me-labs : https://github.com/epi2me-labs/wf-human-variation) pour l’analyse bioinformatique (Oxford Nanopore Technologies).
- L’interprétation des données a été réalisée via l’interface DIAGHO développée au CHU de Rennes. Il s’agit d’un portail pour l’analyse de données de séquençage haut-débit, permettant l’annotation, la mise en place de filtres, la priorisation, la visualisation et la création de rapports (www.diagho.com). Plus de 5 millions d’évènements (SV + CNV + SNV) par patiente ont fait l’objet d’une analyse.
- Les translocations ont toutes été identifiées par LR-GS (alors que 2 n’étaient pas caractérisées par SR-GS en raison de points de cassure dans une région répétée). Des variations de quelques paires de bases entre SR-GS et LR-GS étaient notées.
Un travail d’optimisation des filtres est en cours pour détecter des évènements additionnels au RCAE. Au total, ce projet devrait permettre de préciser l’implication des RCAE dans la survenue du phénotype d’IO.
Eve BESNIER (Rennes), Anna LOKCHINE, Bénédicte NOUYOU, Linda AKLOUL, Erika LAUNAY, Manon GODIN, Florence DEMURGER, Alinoé LAVILLAUREIX, Laura MARY, Amandine ETCHEVERRY, Mélanie FRADIN, Mathieu CHOPELET, Houda HAMDI-ROZE, Sylvie ODENT, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Marie DE TAYRAC, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sylvie JAILLARD
10:00 - 11:00
#49719 - P067 MMAF et dyskinésie ciliaire primitive : Variabilité phénotypique des variants de GAS8 et DRC1.
P067 MMAF et dyskinésie ciliaire primitive : Variabilité phénotypique des variants de GAS8 et DRC1.
Les anomalies multiples des flagelles spermatiques (MMAF) représentent une cause majeure d’asthénozoospermie sévère et d’infertilité masculine. L’essor du séquençage à haut débit a permis d’identifier un nombre croissant de gènes responsables, dont plusieurs codent pour des protéines également impliquées dans la fonction des cils respiratoires, établissant ainsi un lien fort entre infertilité masculine et dyskinésie ciliaire primitive (DCP). Parmi les complexes moléculaires centraux de l’axonème, le Nexin–Dynein Regulatory Complex (N-DRC) joue un rôle clé en assurant la cohésion structurale et la régulation des mouvements microtubulaires.
Dans la littérature, des variants bialléliques dans les gènes GAS8 et DRC1, codant pour deux composants essentiels du N-DRC, ont été associés à des formes sévères de DCP. Cependant, la sévérité et la nature des phénotypes observés semblent variables selon les patients. L’objectif de notre étude est d’investiguer le rôle pathogénique de variants identifiés dans GAS8 et DRC1 chez des patients atteints de MMAF isolée, afin de mieux comprendre les déterminants génétiques et cliniques de cette variabilité d’expression.
Une cohorte homogène de patients nord-africains présentant un phénotype MMAF a été analysée par séquençage exomique. Des variants bialléliques délétères dans GAS8 et DRC1 ont été identifiés chez 5 individus (1 patients pour GAS8 ; 4 patients DRC1). Contrairement aux observations rapportées, majoritairement chez des patients d’origine asiatique, ceux de notre cohorte présentaient exclusivement une infertilité masculine non-syndromique, sans atteinte respiratoire sévère associée. Les analyses ultrastructurales par microscopie électronique ont confirmé une désorganisation axonémale caractérisée par un détachement des doublets de microtubules, expliquant la perte de motilité des flagelles. Cette hétérogénéité phénotypique suggère l’existence d’une influence du contexte génétique, modulant l’expression clinique des mutations, ainsi qu’une vulnérabilité plus marquée du flagelle spermatique par rapport au cil respiratoire.
Ces observations ouvrent la voie à des travaux futurs visant à identifier les modificateurs génétiques impliqués dans la variabilité d’expression de GAS8 et DRC1, et à explorer plus largement les mécanismes de compensation différentiels entre flagelles et cils. Enfin, sur le plan clinique, il est recommandé que les patients consultant pour infertilité et porteurs de mutations dans ces gènes bénéficient d’une évaluation pneumologique complémentaire, afin de dépister précocement une éventuelle DCP infra-clinique et de mieux anticiper son évolution.
Célia TEBBAKH (Grenoble), Anne-Laure BARBOTIN, Guillaume MARTINEZ, Angèle BOURSIER, Zeina WEHBE, Caroline CAZIN, Asma HAMMOUDA, Natalie RIVES, Aurélie FERAILLE, Charles COUTTON, Christophe ARNOULT, Nicolas THIERRY-MIEG, Selima FOURATI BEN MUSTAPHA, Raoudha ZOUARI, Pierre RAY, Zine-Eddine KHERRAF
10:00 - 11:00
#48936 - P071 Les variants bialléliques du gène TM2D3 entraînent un trouble du neurodéveloppement syndromique et sévère associé à des anomalies du réticulum endoplasmique et des mitochondries.
P071 Les variants bialléliques du gène TM2D3 entraînent un trouble du neurodéveloppement syndromique et sévère associé à des anomalies du réticulum endoplasmique et des mitochondries.
Nous avons identifié par séquençage d’exome des variants bi-alléliques hétérozygotes composites dans le gène TM2D3 chez quatre individus issus de familles différentes et présentant un tableau clinique similaire, incluant une microcéphalie, un retard du développement global et sévère avec une absence de langage, des traits autistiques, une malformation cardiaque et une dysmorphie faciale spécifique. TM2D3 code pour une protéine transmembranaire présente dans de nombreux tissus, avec une expression importante dans le système nerveux central, dont la fonction et la localisation cellulaire restent peu connues.
En réalisant des expériences de colocalisation par sondes fluorescentes dans le modèle de cellules de glioblastome SNB75, nous montrons que TM2D3 est une protéine du réticulum endoplasmique (RE). Une analyse approfondie réalisée sur cellules SNB75 invalidée/knock-out ? pour TM2D3 ainsi que sur des fibroblastes issus de biopsies cutanées des patients portant un allèle récurrent c.503G>A (p.Gly168Asp) a permis de montrer que TM2D3 a un impact sur la réponse au stress du RE, avec une expression altérée de ATF4, HSPA5 et DDIT3 dans ces modèles en condition basale et sous stress induit par un traitement à la tunicamycine. Par ailleurs, nous avons mis en évidence par microscopie électronique en transmission un gonflement du RE dans ces cellules et, de manière surprenante, des altérations mitochondriales secondaires, incluant une augmentation de la longueur mitochondriale, de la largeur des crêtes, et de la distance RE-mitochondrie. Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués, nous avons procédé au séquençage d’ARN à partir des fibroblastes des trois patients porteurs du variant p.Gly168Asp et des quatre parents à notre disposition, ce qui a permis d’identifier 21 gènes à l’expression différentielle, incluant des gènes codant pour des protéines de la matrice extracellulaire impliquées dans la migration des précurseurs neuronaux.
L’ensemble de ces données cliniques et expérimentales montre que ces variants bi-alléliques de TM2D3 entraînent un syndrome neurodéveloppemental sévère, lié à une sensibilité exacerbée au stress du RE, à des modifications mitochondriales secondaires et à une altération de l’expression de gènes de la matrice extracellulaire.
Claudie GABILLARD-LEFORT, Caroline SILVEIRA-MARTINEZ, Naïg GUEGUEN, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Méline WERY, Louis LEGOFF, Anne GUIMIER, Sophie RONDEAU, Giulia BARCIA, Christine BARNERIAS, Benjamin COGNÉ, Thomas BESNARD, Elsa LORINO, Jessica DOUGLAS, Olaf BODAMER, Annalisa VETRO, Renzo GUERRINI, Simona BALESTRINI, Valerio CONTI, Laura SIRI, Arnaud CHEVROLLIER, Céline BRIS, Estelle COLIN, Vincent PROCACCIO, Delphine MIREBEAU-PRUNIER, Guy LENAERS, Salim KHIATI, Mathilde NIZON (Nantes), Olivier BARIS
10:00 - 11:00
#48978 - P075 Les duplications d’ATAD3 : un lien entre les maladies mitochondriales et le syndrome d’Aicardi-Goutières ? Description d’un nouveau phénotype à partir d'une cohorte française de 9 patients.
P075 Les duplications d’ATAD3 : un lien entre les maladies mitochondriales et le syndrome d’Aicardi-Goutières ? Description d’un nouveau phénotype à partir d'une cohorte française de 9 patients.
Une duplication hétérozygote récurrente de 68 kb du locus ATAD3, médiée par un mécanisme de recombinaison homologue non allélique, a été impliquée dans une cytopathie mitochondriale caractérisée par un début prénatal ou néonatal avec une cardiomyopathie, une hyperlactatémie, une cataracte, une encéphalopathie et un décès dans les premiers jours de vie.
Nous analysons le spectre clinique, biochimique, radiologique et moléculaire associé aux duplications du locus ATAD3 à travers la description d’une cohorte de 8 patients.
Quatre patients présentaient des signes prénataux, incluant un retard de croissance intra-utérin (3/8) et des anomalies cardiaques (2/8). Tous les enfants nés vivants ont présenté une hypotonie néonatale, fréquemment associée à une cardiomyopathie (4/7), à une cataracte ou à des opacités cornéennes (4/7) et à une hyperlactatémie (5/7).
Deux patients porteurs de duplications distinctes ont présenté une survie prolongée (>2 ans) avec une atrophie cérébrale majeure et progressive, associée à une encéphalopathie épileptique.
L’IRM cérébrale a montré des hyperintensités en T2 de la substance blanche (7/7) ainsi qu’une leucoencéphalopathie kystique temporale (5/7). La spectroscopie par résonance magnétique a montré un pic lactate (5/5), et la tomodensitométrie cérébrale a révélé des calcifications des noyaux gris centraux chez 1/2 patients.
Avec la description de cette série de patients, nous élargissons le spectre clinique associé aux duplications de ATAD3, en incluant des formes avec survie prolongée et une atteinte neurologique sévère, avec des caractéristiques neuro-radiologiques évoquant le syndrome d’Aicardi-Goutières et, plus largement, les interféronopathies.
Nous suggérons l’existence d’un mécanisme pathogénique commun sous-jacent aux maladies mitochondriales et aux interféronopathies. Ce locus, contenant les gènes ATAD3A, ATAD3B et ATAD3C a une très forte homologie de séquence, par conséquent, la détection des duplications peut être largement sous-estimée par les techniques de séquençages. Devant des signes d’appel cliniques ou échographiques évocateurs, cette duplication doit être recherchée par des algorithme de détection de CNV basés sur la profondeur de séquençage.
Pauline PLANTÉ-BORDENEUVE (lille), Claire-Marine BÉRAT, Sylvain HANEIN, Cyril GITIAUX, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, Zahra ASSOULINE, Marie-Thérèse ABI-WARDE, Rukhshona ABDULLAZODA, Agnès GUICHET, Radka STOEVA, Celine BRIS, Aurélien CAUX, Marlène RIO, Jeremy BERTRAND, Pauline GAIGNARD, Alice LEPELLEY, Manuel SCHIFF, Arnold MUNNICH, Isabelle DESGUERRE, Agnes ROTIG, Julie STEFFANN, Nathalie BODDAERT, Giulia BARCIA
10:00 - 11:00
#49207 - P079 Résoudre l’impasse diagnostique dans les maladies rares à l’aide d’une combinaison de technologies omiques : premiers résultats du projet MultiOmixCare.
P079 Résoudre l’impasse diagnostique dans les maladies rares à l’aide d’une combinaison de technologies omiques : premiers résultats du projet MultiOmixCare.
La résolution des situations d’impasse diagnostique dans les pathologies génétiques représente un enjeu de Santé Publique majeur. Cependant, de nombreux individus affectés par des troubles neurodéveloppementaux (TNDs) demeurent sans diagnostic, et ce malgré les progrès constants du séquençage de 2ème génération.
La réanalyse de données génomiques permet de répondre à certaines de ces situations, par l’identification de variations dans des gènes nouvellement impliqués en pathologie humaine, ou grâce à l’optimisation et l’amélioration des technologies utilisées, notamment les pipelines bioinformatiques. Une autre solution peut être apportée par l’utilisation de nouvelles technologies génomiques, transcriptomiques ou épigénomiques qui permettent d’outrepasser certaines limites techniques.
Cependant, la place et l’intérêt de ces technologies omiques – en particulier de la cartographie optique et du génome par lectures longues (lrGS) – a encore besoin d’être clarifiée. Il n’existe, par ailleurs, pas de recommandations concernant la stratégie diagnostique à employer pour leur usage dans les TNDs restant non-résolus après séquençage de génome à lectures courtes (srGS) en trio.
Nous avons rassemblé une cohorte nationale de 40 individus présentant un TND restant sans diagnostic – ou avec un diagnostic partiel – après srGS, et 5 individus porteurs de variations de structure complexes, sélectionnés à l’aide des filières AnDDI-Rares et Défiscience. Ces individus ont, en complément d’une réanalyse de leurs données génomiques, bénéficié d’une association de technologies comprenant lrGS, cartographie optique et des analyses transcriptomiques. Des analyses transcriptomiques, protéomiques et/ou épigénomiques complémentaires – sur des fibroblastes issus d’individus de la cohorte, des progéniteurs neuronaux et des neurones obtenus par reprogrammation de cellules souches pluripotentes induites – pourront être effectuées au cas par cas, afin d’évaluer l’impact potentiel de certaines variations dans d’autres lignées cellulaires d’intérêt et l’organisation spatiale du génome via la technique de capture de conformation chromosomique.
Les premières étapes du projet ont mis en évidence 2 nouveaux diagnostics (insertion ALU dans GRIN2B et variation pathogène dans RNU4-2), ainsi que de nouvelles variations candidates chez 7 individus requérant des explorations ou éléments complémentaires. L’analyse intégrée de données lrGs et de cartographie optique nous a permis de préciser des évènements génomiques rares d’un intérêt particulier – dont une insertion d’ADN mitochondrial dans le chromosome X – illustrant leur potentiel et mettant en évidence leurs limites dans l’analyse des variations de structure complexes. La poursuite de ces analyses actuellement en cours devrait enrichir ces observations et contribuer à définir plus précisément la valeur ajoutée et la complémentarité de ces approches omiques dans la stratégie diagnostique des TNDs.
Marlène MALBOS (Dijon), Edris SHARIFRAHMANI, Laurence FAIVRE, Amélie PITON, Valentin VAUTROT, Jean MULLER, Damien PLASSARD, Quentin TESTARD, Claire JUBIN, Alexandre MATHIEU, Caroline RACINE, Estelle COLIN, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Alinoë LAVILLAUREIX, Marjorie WILLEMS, David GENEVIÈVE, Elise SCHAEFER, Sarah BAER, Imen DORBOZ, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Bertrand ISIDOR, Mélanie FRADIN, Sophie NAMBOT, Marie BOURNEZ, Hana SAFRAOU, Michaela RENDEK, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Martin CHEVARIN, Victor COUTURIER, Valentin BOURGEOIS, Charlotte POË, Claire RISSE, Clarisse DONDON, Robert OLASO, Nicolas CHATRON, Claire BARDEL, Julien BURATTI, Stéphanie MOISAN, Gaël NICOLAS, Alexandra BENCHOUA, Boris KEREN, Sylvia REDON, Damien SANLAVILLE, Jean-François DELEUZE, Christel THAUVIN-ROBINET, Yannis DUFFOURD, Antonio VITOBELLO
10:00 - 11:00
#49244 - P083 Modélisation des effets pathogènes des variants de PTBP1 dans les troubles du neurodéveloppement à l’aide d’organoïdes cérébraux dérivés de cellules souches pluripotentes induites.
P083 Modélisation des effets pathogènes des variants de PTBP1 dans les troubles du neurodéveloppement à l’aide d’organoïdes cérébraux dérivés de cellules souches pluripotentes induites.
Les troubles du neurodéveloppement (TND) regroupent un large spectre de pathologies qui peuvent inclure de la déficience intellectuelle et des anomalies cérébrales. Ils sont souvent liés à des altérations génétiques affectant des gènes spécifiques du système nerveux central. Parmi les acteurs moléculaires impliqués, les protéines hétérogènes nucléaires ribonucléoprotéiques (hnRNPs) jouent un rôle clé dans le métabolisme de l’ARN, en particulier dans l’épissage alternatif.
Des variants pathogènes dans le gène PTBP1 de la famille des hnRNPs ont récemment été identifiés par notre équipe chez des patients présentant un phénotype associant dysmorphie faciale, dysplasie squelettique et TND, avec un effet hypermorphique lié à une rétention cytoplasmique accrue de la protéine. Notre objectif est de caractériser l’impact de ces variants sur (1) la différenciation neuronale et (2) la régulation transcriptionnelle/épissage au cours du développement cérébral.
Avec des organoïdes cérébraux générés à partir de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs) de patients et de témoins sains, nous avons réalisé des expériences d’immunohistochimie pour évaluer la prolifération cellulaire, la différenciation des progéniteurs neuronaux et la localisation subcellulaire de PTBP1. Les résultats montrent que les organoïdes porteurs de variants hypermorphiques présentent des rosettes neuroépithéliales désorganisées. En parallèle, des analyses de séquençage des ARN en cellules uniques (scRNA-seq) ont montré des altérations de l’expression de gènes impliqués dans l’engagement vers l’ectomésenchyme, la différentiation ostéochondrale et la spécification mandibulaire dans une population cellulaire présentant une signature moléculaire identifiable de la crête neurale antérieure. Ces données préliminaires, qui sont en cours de confirmation avec des contrôles isogéniques, montrent des altérations corroborant les malformations observées chez les patients, prouvant ainsi la pertinence de notre modèle. D'autre part, elles suggèrent que les variants hypermorphiques de PTBP1 perturbent non seulement la neurogenèse et l'organisation neuronale mais également la spécification des cellules de la crête neurale. Cela établit ainsi un lien inédit entre anomalies du développement cérébral et malformations crânio-faciales, qui ouvre la voie à une compréhension fine des troubles du neurodéveloppement et de nouvelles perspectives pour l’identification de cibles thérapeutiques.
Fatima EL IT (dijon), Claudia SARAIVA, Julien PACCAUD, Yannis DUFFOURD, Carlo MARCELIS, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Laurence DUPLOMB
10:00 - 11:00
#49279 - P087 Aneuploïdies gonosomiques et troubles du neurodéveloppement.
P087 Aneuploïdies gonosomiques et troubles du neurodéveloppement.
Les aneuploïdies gonosomiques impliquant un chromosome X surnuméraire sont relativement fréquentes (1 homme/700 et 1 femme/1000) bien que rarement identifiées (seulement 1/3 des hommes XXY et 10% des triples X).
Les conséquences cliniques neurologiques en lien avec la présence d’un chromosome X surnuméraire sont très variables et discutées dans la littérature médicale. Des études suggèrent une plus grande fréquence de trouble du neurodéveloppement (TND) et troubles psychiatriques, avec une grande variabilité d’expression.
Le mécanisme physiopathologique expliquant ce phénotype neurodéveloppemental n’est pas établi. Plusieurs études suggèrent la surexpression de gènes échappant au mécanisme d’inactivation chez les patients porteurs de chromosomes X surnuméraires dans différents types de tissus. Par exemple, il a été mis en évidence que de nombreux gènes impliqués dans l’immunité sont différentiellement exprimés dans les lymphocytes de patients avec aneuploïdies gonosomiques. En revanche, peu d’études se sont intéressées à l’expression des gènes du neurodéveloppement.
Ainsi, notre étude porte sur l’expression des gènes de l’X par analyse RNAseq sur lymphocytes de patients porteurs d’un syndrome triple X ou d’un syndrome de Klinefelter et atteints d’un TND sans autre explication génétique (séquençage du génome négatif).
Notre cohorte est toujours en cours de constitution. Poursuivre l’étude RNAseq sur un nombre plus important de patients pourrait permettre d’améliorer la compréhension des TND dans les aneuploïdies gonosomiques.
Laura KAREMBÉ (Nantes), Benjamin COGNÉ, Thomas BESNARD, Stéphane BÉZIEAU, Bertrand ISIDOR
10:00 - 11:00
#49297 - P091 Élargissement du spectre phénotypique et moléculaire de DPH2.
P091 Élargissement du spectre phénotypique et moléculaire de DPH2.
Introduction
DPH2 est un facteur impliqué dans la synthèse du diphthamide, une protéine très conservée chez les eucaryotes, responsable de modification post traductionnelles du facteur d’élongation 2. Des variants bi-alléliques perte de fonction du gène DPH2 ont été associés à une forme syndromique de déficience intellectuelle caractérisée par une petite taille, des cheveux clairsemés et cassants, ainsi que des anomalies craniofaciales et des extrémités. À ce jour, seuls quatre enfants ont été rapportés dans la littérature, et le spectre phénotypique et moléculaire reste encore mal défini.
Matériel et méthodes
Nous avons réuni via Genematcher une cohorte comprenant huit personnes (cinq enfants et trois adultes), âgés de 9 mois à 30 ans. Les variants ont été identifiés par séquençage de l’exome en trio, du génome ou par des panels de gènes.
Résultats
L’analyse des données de séquençage a permis d’identifier quatre variants homozygotes différents dans le gène DPH2 dont un variant faux sens récurrent, NM_001384.5 : c.1429C>T, p.(Arg477Ter) présent chez 5 individus.
Cliniquement, on retrouve des similarités phénotypiques au sein de la cohorte. Tous les individus présentent une petite taille et un trouble du neurodéveloppement de sévérité variable. Des signes cliniques de vieillissement prématuré sont décrits, certains chevauchant avec le diagnostic de syndrome d’Hallermann-Streiff. Les manifestations incluent une alopécie avec canitie précoce, une hypotrichose, des ailes du nez hypoplasiques, une peau fine avec vaisseaux visibles, et des hypoplasies unguéales. Parmi les trois cas adultes, l’une présente une dégradation progressive de l’état général à 30 ans avec amaigrissement et apparition d’une cardiomyopathie dilatée.
Conclusion
La description phénotypique et moléculaire de cette cohorte DPH2 permet d’élargir le spectre clinique et moléculaire du syndrome, en particulier l’identification de signes de vieillissement prématuré avec dégradation progressive chez les adultes justifiant d’une surveillance cardiologique rapprochée chez ces patients.
Amandine SMAIL (Toulouse), Guillaume BANNEAU, Zhi Min YAP, Amica MUELLER-NEDEBOCK, Nathalie COUQUE, Varun VENKAT, Sarah NICKEL, Conrad PLATZER, Majid MOJARRAD, Eric BIETH, Wen-Hann TAN, Alban ZIEGLER, Marion AUBERT-MUCCA
10:00 - 11:00
#49402 - P095 Les variants de novo de SRRM2 sont associés à l’hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI).
P095 Les variants de novo de SRRM2 sont associés à l’hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI).
Introduction. L'hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI) est l’une des causes de maladie pulmonaire interstitielle chez l'enfant. Cette maladie pulmonaire très rare (<1/1 000 000) est responsable d'une insuffisance respiratoire débutant typiquement chez le nourrisson de 1-6 mois. Des symptômes non pulmonaires peuvent également être associés, notamment un retard de croissance (45.9%) et un trouble du neurodéveloppement (TND - de 9,3 à 38,1% selon les cohortes). Il n’y a pas de traitement spécifique de cette maladie et sa physiopathologie reste incertaine. Aucune étiologie génétique claire n’a pu être confirmée à ce jour. Afin d'identifier un/plusieurs gènes candidats de NEHI, nous avons réalisé un séquençage de génome et d’exome au sein d’une large cohorte de patients NEHI.
Méthodes. Un séquençage de génome en trios (n = 21) a été réalisé afin d'identifier un gène candidat. Les autres patients NEHI de la cohorte (n=50) ont ensuite bénéficié d’un séquençage d’exome afin de cribler le gène candidat identifié.
Résultats. Quatre variants de novo hétérozygotes perte de fonction (LoF) au sein du gène SRRM2 (délétion de 318kb emportant SRRM2, c.5644_5645del, p.(Leu1882Aspfs*5), c.1615C>T p.(Arg539*) et c.585_588del p.(Asp195Glufs*191)) ont été identifiés chez 4 des 71 patients NEHI présentant des symptômes pulmonaires typiques. La protéine SRRM2 est impliquée dans l'épissage des ARNm, et des variants LoF du gène SRRM2 ont récemment été rapportés chez des patients présentant un TND. Les quatre patients NEHI identifiés présentaient un TND avec notamment un trouble du développement intellectuel léger, une anxiété, une hypersociabilité et un déficit de l'attention. La prévalence des variants LoF SRRM2 dans notre cohorte (5,6%; IC à 95%: 1,6-13,8%) était 20 à 100 fois plus élevée que chez les patients atteints de TND sans maladie pulmonaire, signifiant que le spectre phénotypique des maladies associées au gène SRRM2 doit être élargi à la NEHI.
Conclusion. Cette étude identifie l’haploinsuffisance SRRM2 comme une cause monogénique de NEHI. Ces résultats suggèrent que les patients atteints de NEHI devraient être évalués systématiquement par un neuropédiatre et que le séquençage de SRRM2 devrait être inclus dans chaque bilan diagnostique des patients atteints de NEHI.
Camille LOUVRIER (Paris), Yohan SOREZE, Julie MESINELE, Alix DE BECDELIÈVRE, Tifenn DESROZIERS, Valérie NAU, Florence DASTOT LE MOAL, Romain LEVERGEOIS, Marie LEGENDRE, Irina GIURGEA, Marina KONYUKH, Rola ABOU TAAM, Arnaud BÉCOURT, Laure COSSON, Isabelle GIBERTINI, Raphaël BORIE, Diana RODRIGUEZ, Corinne TROADEC, Aurore COULOMB L’HERMINÉ, Jean-Christophe DUBUS, Nadia NATHAN
10:00 - 11:00
#49603 - P099 Vers une meilleure interprétation des variants faux-sens sur le chromosome X. Exemple du gène HCFC1 : revue de la littérature et constitution d’une cohorte internationale.
P099 Vers une meilleure interprétation des variants faux-sens sur le chromosome X. Exemple du gène HCFC1 : revue de la littérature et constitution d’une cohorte internationale.
Contexte : Le gène HCFC1 (Xq28) code pour un co-régulateur transcriptionnel. Des variants pathogènes ont été rapportés chez des garçons présentant une acidurie méthylmalonique de type CblX, mais également chez des patients avec un trouble du développement intellectuel isolé (TDI) sans anomalie métabolique voire une épilepsie isolée. Une corrélation génotype-phénotype a été décrite dans la littérature notamment concernant les variants localisés dans le domaine Kelch proximal associés aux manifestations métaboliques. Cependant, comme pour d’autres gènes de TDI liés à l’X, l’interprétation des variants faux-sens hérités dans HCFC1 reste délicate, surtout dans les cas de TDI isolés, comme illustré par le nombre important de variants de signification incertaine (VSI) dans ClinVar (300 VSI contre 10 variants pathogènes/probablement pathogènes).
Objectifs : L’identification d’éléments cliniques et biologiques pertinents, incluant l'étude de l’inactivation de l’X (Xi) chez la mère porteuse, est nécessaire afin d’aider à l’interprétation des VSI faux-sens identifiés dans HCFC1 et de faciliter le diagnostic de la forme TDI sans CblX.
Méthodes : Après identification du variant p.(R320C) chez un patient suivi par le service de génétique de Strasbourg pour un TDILX et retrouvé chez une autre fratrie à l’aide de ClinVar, nous avons effectué un appel à collaboration afin de colliger d’autres variants faux-sens dans le gène HCFC1. Nous avons constitué une cohorte de variants pathogènes par le biais d’une revue de la littérature, ainsi qu’une cohorte de variants bénins, afin de comparer différents scores qui pourraient être pertinents dans l’interprétation des variants faux-sens de HCFC1.
Résultats : Nous avons colligé 16 variants faux-sens chez 21 patients pour la majorité de sexe masculin et hérités de mères asymptomatiques. 3 ont pu être reclassés en probablement pathogènes à l’aide des scores CADD, EVE, AlphaMissense, de contrainte et de l'Xi. 5 ont été reclassés en probablement bénins et 8 restent de signification incertaine. Nous avons précisé la corrélation phénotype-génotype avec des variants situés en dehors du domaine Kelch proximal pouvant être responsables d’un phénotype métabolique. Nous rapportons certaines particularités phénotypiques chez les patients porteurs d’un variant pathogène dans HCFC1 sans anomalie métabolique notamment des traits faciaux particuliers, des troubles psychiatriques et des anomalies urogénitales.
Conclusion : Les scores CADD, EVE, AlphaMissense, de contrainte ainsi que l’étude de l’Xi sont utiles dans l’interprétation des VSI faux-sens de HCFC1 chez des patients présentant un TDI sans CblX. Nous avons affiné la corrélation génotype-phénotype existante et élargi le spectre des atteintes liées à HCFC1, en particulier des formes de TDI sans anomalie métabolique. La confirmation de ces observations sur un plus grand nombre de patients permettrait potentiellement de résoudre les incertitudes diagnostiques restantes.
Sarah CLUZEL (Strasbourg), Amélie PITON, Salima EL CHEHADEH
10:00 - 11:00
#49827 - P103 Étude de l'impact des défauts de la voie sonic hedgehog dans les pathologies du neurodéveleppement par des approches d'analyses de réseaux de gènes.
P103 Étude de l'impact des défauts de la voie sonic hedgehog dans les pathologies du neurodéveleppement par des approches d'analyses de réseaux de gènes.
L’holoprosencéphalie (HPE) est une maladie neurodéveloppementale rare induite par une réduction de l’activité de la voie de signalisation Sonic Hedgehog (SHH). Cette pathologie se caractérise par une hétérogénéité importante, tant sur le plan phénotypique que génétique. Bien que SHH soit le principal gène impliqué, dix-huit gènes sont connus pour jouer un rôle dans l’HPE en réduisant l’activité du morphogène SHH. Cette complexité génétique entraîne un faible taux de diagnostic moléculaire (30 %), soulignant ainsi la nécessité de mieux comprendre les processus moléculaires impliquées dans l’HPE.
L’inaccessibilité du tissu principalement affecté chez les patients constituant l’un des principaux défis dans l’étude de cette pathologie, nous avons développé un modèle in vitro du neuroectoderme humain en développement, basé sur des cellules souches pluripotentes induites (iPSCs). Nous avons réalisé des analyses transcriptomiques approfondies sur ce modèle afin d’explorer les conséquences moléculaires d’un déficit en SHH et avons identifié plusieurs gènes potentiellement liés à l’activité de SHH.
Dans le but de revenir vers des aspects cliniques, nous avons intégré ces données transcriptomiques à des données exomiques provenant d’une cohorte de 199 patients atteints d’HPE. Nous avons ensuite exploré des réseaux de gènes pondérés construits à partir de ces données intégrées en utilisant des approches de marche aléatoire itérative. Via cette approche systématique et patient-spécifique, nous visons à détecter des signatures génétiques distinctes et des paysages phénotypiques qui permettront de mieux comprendre les conséquences d’un défaut de SHH dans le neurodéveloppement et d’améliorer le diagnostic de l’HPE.
Jules GARREAU (Rennes), Veranika PANASENKAVA, Valérie DUPÉ, Marie DE TAYRAC
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#49861 - P107 Conséquences de l’haploinsuffisance d’EIF3B chez 2 patients présentant une trouble du neurodéveloppement et une cardiopathie congénitale.
P107 Conséquences de l’haploinsuffisance d’EIF3B chez 2 patients présentant une trouble du neurodéveloppement et une cardiopathie congénitale.
Le gène EIF3B (7p22.3, MIM#603917) code une des 13 sous-unité du complexe eIF3 impliqué dans l’initiation de la traduction. Les délétions hétérozygotes du locus 7p22.3, emportant notamment EIF3B et SNX8, sont candidates dans les cardiopathies congénitales avec retard de développement psychomoteur. Nous décrivons 2 patients présentant une déficience intellectuelle et une cardiopathie congénitale, porteurs de variants hétérozygotes entrainant une haploinsuffisance d’EIF3B. Nous avons étudié in vitro les conséquences de ces variants sur l’activité transcriptionnelle cellulaire.
Chaque patient, reçu en consultation de génétique au CHU de Lille, a bénéficié d’une analyse de génome en trio dans un cadre diagnostique, permettant l’identification de variants candidats. A partir de fibroblastes des patients, nous avons étudié par qPCR l’expression de gènes connus pour influencer le développement ou la transcription de gènes (SNIP1, WNT5B, SMAD1/2) et/ou pour être impliqués dans le stress ou la morphogenèse cellulaire (JUN/FOS, DTX3, DVL3, STK33).
Le patient 1 présente une atrésie de l’œsophage de type III, une tétralogie de Fallot, une microcéphalie progressive (-4DS), une hypoplasie du corps calleux et du tronc cérébral à l’IRM, un retard global du développement psychomoteur, un reflux vésico-urétéral grade II gauche. Le séquençage de génome en trio a mis en évidence une délétion hétérozygote de novo de 131kb incluant le gène EIF3B. Le patient 2 présente l’association d’un canal atrio-ventriculaire diagnostiqué en période néonatale, un retard des acquisitions, une microcéphalie à -3DS, des particularités morphotypiques (palais ogival, épicanthus, racine du nez large, canines coniques). Le séquençage du génome en trio a mis en évidence un variant décalage de cadre de lecture de novo d’EIF3B. Les tests d’expression sur fibroblastes chez le patient 1 mettent en évidence une diminution d’expression des gènes EIF3B, JUN, FOS et EGR1 d’environ 50%. Les tests d’expression sont en cours chez le patient 2.
Nos résultats sont en faveur d’une perturbation de l’activité transcriptionnelle cellulaire secondairement à une haploinsuffisance d’EIF3B. Ces données pourraient expliquer le phénotype de nos patients, permettant d’étendre le spectre clinique associé à EIF3B et de considérer EIF3B comme un gène candidat de l’organogénèse cardiaque.
Simon BOUSSION (Lille), Jade FAUQUEUX, Allamando TOM, Thuillier CAROLINE, Jamal GHOUMID, Thomas SMOL
10:00 - 11:00
#49985 - P111 Découverte de gènes clés du neurodéveloppement par criblage génomique à grande échelle.
P111 Découverte de gènes clés du neurodéveloppement par criblage génomique à grande échelle.
Les troubles du neurodéveloppement (TND) résultent de perturbations du développement cérébral, mais les voies biologiques sous-jacentes restent encore mal comprises.
Nous avons réalisé un criblage génomique à grande échelle par inactivation de gènes et identifié plus de 300 gènes essentiels à la différenciation neuronale. Bien que ces gènes soient enrichis en gènes déjà connus pour leur implication dans les TND, plus de 80 % d’entre eux sont nouveaux.
Les gènes dominants liés aux TND sont enrichis en régulateurs transcriptionnels, tandis que les gènes récessifs sont majoritairement impliqués dans des processus métaboliques.
Des modèles murins pour huit gènes (Eml1, Dusp26, Dynlrb2, Mta3, Peds1, Sgms1, Slitrk4 et Vamp3) ont révélé d’importantes anomalies neuroanatomiques, dont une microcéphalie dans la moitié des cas.
En nous concentrant sur le gène PEDS1, enzyme clé de la biosynthèse des plasmalogènes, nous avons identifié une variation bi-allélique chez des individus présentant microcéphalie, retard global du développement et cataractes congénitales.
Chez la souris, l'inactivation du gène Peds1 entraine une sortie accélérée du cycle cellulaire ainsi qu’une différenciation et une migration neuronales altérées.
Ces résultats mettent en évidence des voies essentielles à la différenciation neuronale et fournissent une plateforme génétique pour la découverte et la valiadation de nouveaux gènes associés aux TND.
Binnaz YALCIN (Dijon), Stephan COLINS, Alana AMELAN, Tamar HAREL, Sagiv SHIFMAN
10:00 - 11:00
#48942 - P115 Description du syndrome cognitivo-affectif cérébelleux (CCASS) et de l’atteinte au PET scanner dans l’ataxie spinocérébelleuse SCA27B.
P115 Description du syndrome cognitivo-affectif cérébelleux (CCASS) et de l’atteinte au PET scanner dans l’ataxie spinocérébelleuse SCA27B.
Introduction
SCA27B est causée par une expansion ≥ 250 GAA dans l’intron 1 du gène FGF14. Peu d'études ont exploré les troubles cognitifs dans SCA27B. L’impact cognitif des ataxies est déjà décrit à travers le syndrome cognitif cérébelleux affectif (CCAS) caractérisé par une atteinte exécutive, visuospatiale, du langage et de la cognition sociale.
Objectif
L’objectif principal était d’évaluer la prévalence du CCAS chez les patients SCA27B. Les objectifs secondaires comprenaient la description du profil cognitif global à l’aide d’un bilan neuropsychologique standardisé et l’évaluation de la qualité de vie. L’étude visait aussi à analyser les corrélations entre les troubles cognitifs, le nombre de triplets GAA, la sévérité motrice et l’âge de début des symptômes, et à décrire les anomalies observées en PET-scan.
Méthodes
Il s’agissait d’une étude prospective monocentrique au CHRU de Nancy sur 17 patients SCA27B. Les données démographiques, cliniques et génétiques ont été recueillies. Tous ont bénéficié d’une évaluation neuropsychologique standardisée incluant la passation de l'échelle CCAS. La qualité de vie a également été évaluée. Un PET-scan au 18-FDG a permis d’évaluer l’hypométabolisme cérébelleux. Les corrélations ont été analysées à l’aide du coefficient de Spearman (p < 0,05).
Résultats
L’âge moyen de début de l’ataxie était de 58 ± 14,6 ans, avec un nombre moyen de GAA de 407 ± 98. L’atteinte motrice était modérée (SARA : 7 ± 6,2/40). Une présentation épisodique était observée chez 94 % des patients. Un CCAS défini (≥ 3 subtests échoués) était retrouvé chez 7/17 patients, soit une prévalence de 41 %. Le score CCAS était corrélé à la sévérité motrice (p = 0,047) et à un âge plus tardif de début de la maladie (p = 0,043). En revanche, aucune corrélation significative n’a été retrouvée avec le nombre d’expansions GAA. La qualité de vie était altérée, avec un score moyen de 55,5 ± 20,3/100 en santé physique et 52,9 ± 18,9/100 en santé mentale. Enfin, le PET-FDG n’a révélé aucun hypométabolisme cérébelleux chez 88 % des patients évalués (15/17).
Discussion
Cette étude est un des premières à explorer le fonctionnement cognitif et la qualité de vie des patients SCA27B. Elle met en évidence une fréquence notable du CCAS (41 %), comparable à celle rapportée dans d’autres SCAs. L’absence d’hypométabolisme cérébelleux pourrait s’expliquer par un mécanisme physiopathologique lié à une perte de fonction de la protéine FGF14 altérant les canaux sodiques voltage-dépendants, s’apparentant à une canalopathie. L’atteinte serait donc plus fonctionnelle que dégénérative, ce qui expliquerait l’absence d’hypométabolisme au PET-scan malgré les troubles cognitifs.
Conclusion
Une fréquence notable du CCAS est retrouvée chez les patients SCA27B, corrélée à la sévérité motrice et à un âge de début tardif. Notre étude souligne l’importance du dépistage dans SCA27B des manifestations non motrices, dont les troubles cognitifs, afin de proposer une remédiation adaptée.
Laurine CROS, Guillemette CLEMENT, Salomé PUISIEUX, Armand HOCQUEL, Antoine VERGER, Solène FRISMAND, Amory JARDEL, Céline DILLIER, Mylène MEYER, Virginie ROTH, Bernard BRAIS, Carine POURIE, Celine BONNET, David PELLERIN, Thomas PALPACUER, Marion WANDZEL, Lucie HOPES, Mathilde RENAUD (NANCY)
10:00 - 11:00
#48968 - P119 La variation p.R272Q de la protéine Miro1 provoque la perte de neurones dopaminergiques dans des organoïdes dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de patients atteints de la maladie de Parkinson et des souris knock-in.
P119 La variation p.R272Q de la protéine Miro1 provoque la perte de neurones dopaminergiques dans des organoïdes dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de patients atteints de la maladie de Parkinson et des souris knock-in.
La maladie de Parkinson (PD) est un trouble neurodégénératif progressif caractérisé par la perte sélective de neurones dopaminergiques dans la voie nigrostriatale. Le dysfonctionnement des mitochondries est une caractéristique bien établie de la PD, contribuant aux formes familiales et idiopathiques de la maladie. Miro1, une GTPase de la membrane externe mitochondriale codée par le gène RHOT1, régule le transport mitochondrial, l'homéostasie du calcium et la mitophagie. Ces dernières années, des mutations hétérozygotes de RHOT1, dont la variation p.R272Q, ont été identifiées chez des patients atteints de PD, suggérant que Miro1 pourrait représenter une voie moléculaire convergente dans la pathogenèse de la PD.
Afin d’élucider le rôle physiopathologique de la mutation Miro1 p.R272Q, nous avons utilisé des organoïdes mésencéphaliques dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) d’un patient atteint de PD porteur de la mutation Miro1 p.R272Q, ainsi que des témoins sains et isogéniques. À partir du 30e jour de culture, les organoïdes mutants ont montré une diminution significative du nombre de neurones positifs à la tyrosine hydroxylase, indiquant une perte sélective de neurones dopaminergiques. La mutation Miro1 p.R272Q induit des altérations mitochondriales, notamment une respiration basale réduite, une production d’ATP altérée, un potentiel de membrane mitochondrial diminué et des niveaux accrus de ROS mitochondriaux, malgré une masse mitochondriale comparable. Le séquençage de l’ARN en cellule unique et la modélisation métabolique ont révélé que la mutation Miro1 perturbe la différenciation de la lignée dopaminergique et modifie le couplage métabolique entre neurones et astrocytes. Ainsi, ces perturbations semblent constituer un mécanisme précoce et central de vulnérabilité des neurones dopaminergiques.
Des études complémentaires in vivo menées chez des souris knock-in âgées exprimant la mutation orthologue Miro1 p.R285Q ont mis en évidence une accumulation de l’α-synucléine phosphorylée dans le striatum, une perte significative de neurones dopaminergiques dans la substance noire, ainsi que des altérations comportementales, renforçant l’implication de Miro1 mutant dans les phénotypes liés à la PD.
Dans l’ensemble, nos résultats démontrent que la mutation Miro1 p.R272Q est suffisante pour induire des dysfonctionnements mitochondriaux et métaboliques menant à une dégénérescence sélective des neurones dopaminergiques dans des modèles humains et murins. L’utilisation d’organoïdes dérivés de patients met en lumière l’utilité de cette technologie pour modéliser la PD et identifier les mécanismes moléculaires précoces de la neurodégénérescence. Nos travaux positionnent Miro1 comme un régulateur clé de la vulnérabilité des neurones dopaminergiques et une cible moléculaire potentielle dans la PD.
Axel CHEMLA, Giuseppe ARENA, Ginevra SACRIPANTI, Kyriaki BARMPA, Alise ZAGARE, Rejko KRÜGER, Jens C. SCHWAMBORN, Claudia SARAIVA (Dijon)
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#49116 - P123 Neuroferritinopathie : description clinique et radiologique de quatre cas, et apport du traitement chélateur.
P123 Neuroferritinopathie : description clinique et radiologique de quatre cas, et apport du traitement chélateur.
La neuroferritinopathie est une maladie neurodégénérative génétique autosomique dominante, liée à des variants pathogènes du gène FTL, codant pour la chaîne légère de la ferritine. Ces variants entraînent une altération de la captation du fer et son accumulation intracérébrale, principalement dans les noyaux gris centraux et la substance grise corticale. Ces dépôts, visibles à l’IRM, induisent un tableau neurologique complexe associant dystonie, syndrome extrapyramidal, chorée, syndrome cérébelleux ainsi que troubles psychiatriques et cognitifs, d’aggravation progressive. L’intérêt d’un traitement par Défériprone, chélateur du fer passant la barrière hématoencéphalique, reste discuté.
Nous rapportons quatre cas de deux familles. Une femme âgée de 55 ans (BMV-01-MOV-0956) et son frère de 51 ans (BMV-01-MOV-0957), présentent une forme sévère évoluant depuis plus de 20 ans, avec dystonie laryngée, chorée, syndromes extrapyramidal et cérébelleux. La maladie a été transmise par leur père, décédé à 64 ans. La deuxième famille comprend deux sœurs, âgées de 31 et 25 ans, paucisymptomatiques. La maladie a été transmise par leur père, décédé à 53ans. Elles présentent respectivement un tremblement d’action isolé et une dystonie d’un membre supérieur.
L’IRM cérébrale révèle des dépôts de fer (hyposignal T2*/SWI) diffus au niveau cortical et des noyaux gris. La première famille présente des cavitations bipallidales asymétriques, non retrouvées chez les sœurs paucisymptomatiques. Une IRM réalisée chez BMV-01-MOV-0957 avant l’apparition des symptômes montre déjà la présence des dépôts de fer, sans lésion cavitaire. Des cavitations sont cependant observées sur les IRM effectuées après le début des symptômes. Enfin, tous présentent des dépôts symétriques de fer dans les colliculi inférieurs déjà visibles en présymptomatique et non décrits à ce jour.
Parmi ces patients, BMV-01-MOV-0956 bénéficie d’un traitement chélateur par Défériprone depuis 22 mois. Les IRM cérébrales réalisées avant et après 20 mois de traitement montrent une stabilité globale de la surcharge en fer et des cavitations bipallidales. La patiente rapporte une stabilité de la symptomatologie ressentie et on note une amélioration du score SARA diminué de 10/40 en 2021 à 7/40 en 2025. Son frère BMV-01-MOV-0957, a également reçu le traitement par Défériprone pendant huit mois, interrompu en raison d’une absence d’efficacité perçue. Enfin, dans la deuxième famille, la sœur cadette est sous traitement depuis huit mois, avec un contrôle IRM prévu après un an de suivi. Aucun effet indésirable n’a été rapporté, et le traitement a été bien toléré par tous les patients.
En conclusion, ces quatre nouveaux cas de neuroferritinopathie mettent en évidence la détection de dépôts de fer dans les colliculi inférieurs et l’absence de cavitations dans les formes paucisymptomatiques. Un traitement prolongé par Défériprone semble bien toléré et potentiellement bénéfique chez les patients atteints de neuroferritinopathie.
Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Mélanie HEBERT, Giulia COARELLI, Alexandra DURR
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#49239 - P127 Dix ans de diagnostic des neurodégénérescence avec accumulation intracérébrale de fer : retour d’expérience d’un laboratoire de référence français.
P127 Dix ans de diagnostic des neurodégénérescence avec accumulation intracérébrale de fer : retour d’expérience d’un laboratoire de référence français.
Introduction
Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer (NBIA) sont un groupe de maladies héréditaires rares, caractérisées par des dépôts anormaux de fer dans les ganglions de la base, détectables par des séquences spécifiques d’IRM cérébrale. Les NBIA sont génétiquement et cliniquement hétérogènes, avec des présentations cliniques et des âges de début variables.
Matériels et méthodes
Nous avons analysé les caractéristiques cliniques et radiologiques de 291 patients, adressés au laboratoire de biologie médicale de référence NBIA pour une présentantation évocatrice de NBIA sur la période 2014-2024. Une analyse par NGS des principaux 9 gènes en cause dans les NBIA (ATP13A2, CP, DCAF17, FA2H, FTL, C19orf12, PANK2, PLA2G6, WDR45) a été réalisée pour 264 patients, un séquençage ciblé de type Sanger des gènes PANK2 ou FTL a été réalisé pour 21 patients évocateurs.
En fonction des premiers résultats, des analyses complémentaires ont été réalisées : séquençage du génome (3 patients), séquençage de l’exome (2 patients), CGH-custom (1 patient).
Résultats
Un diagnostic moléculaire de NBIA a été établi chez 80 patients (28%), le gène PANK2 étant le plus fréquemment impliqué (37.5%). Notre étude a permis d’identifier des formes atypiques de NBIA, notamment quatre familles présentant une forme dominante liée à des variants du gène C19orf12. Parmi ces patients, deux cas impliquaient des porteurs mosaïques, les seuls cas de mosaïcisme rapportés à ce jour pour ce gène.
De plus, un mosaïcisme post-zygotique a été suspecté chez des jumeaux monozygotes cliniquement discordants pour un variant pathogène dans le gène WDR45.
72 % des patients restent non diagnostiqués à ce jour. Une des caractéristiques est d'avoir un âge d'apparition des symptômes plus élevé que celui des cas moléculairement diagnostiqués.
Discussion
Notre travail fournit une description détaillée des aspects génétiques, cliniques et radiologiques des NBIA, met en évidence des phénotypes atypiques, et souligne l’intérêt des analyses expertes pour l’interprétation adéquate des données génétiques et l’identification de nouvelles causes génétiques d’accumulation intracérébrale de fer (72% de patients négatifs à ce jour dans notre cohorte).
Valeria GIOIOSA (Bordeaux), Manon DEGOUTIN, Quentin SABBAGH, Isabelle COUPRY, Julie DEFORGES, Patricia FERGELOT-MAURIN, Lasserre JEAN-PAUL, Claudio PLAISANT, Giovanni STEVANIN, Cyril GOIZET, Chloé ANGELINI
10:00 - 11:00
#49288 - P131 Aneuploïdies mosaïques du chromosome 1q sous-tendent les inclusions astrocytaires hyalines dans l’épilepsie focale pédiatrique.
P131 Aneuploïdies mosaïques du chromosome 1q sous-tendent les inclusions astrocytaires hyalines dans l’épilepsie focale pédiatrique.
Contexte : Les mutations somatiques cérébrales sont une cause majeure des malformations corticales focales épileptogènes nécessitant une neurochirurgie pour contrôler les crises. Dans ces tissus cérébraux prélevés, les inclusions astrocytaires hyalines constituent une entité neuropathologique rare.
Méthode : Nous avons analysé une cohorte de huit patients opérés pour une épilepsie sévère précoce et présentant des inclusions astrocytaires hyalines à l’examen neuropathologique. Nous avons effectué un séquençage profond de l’exome, des puces SNP à haute résolution et une hybridation in situ en fluorescence pour détecter des anomalies génétiques somatiques dans les tissus cérébraux et déterminer leurs distributions dans différents types cellulaires. Des enregistrements électrophysiologiques par microélectrodes (MEA) ont été effectués sur des coupes corticales d’un patient.
Résultats : Des gains mosaïques du nombre de copies du chromosome 1q (chr1q) ont été identifiés dans les tissus cérébraux de tous les patients, avec une tétrasomie du chr1q confirmée dans trois cas. Quatre patients portaient des variants somatiques à haute fréquence allélique sur le chr1q dans les échantillons de cerveau, mais absents dans le sang. L’analyse de ségrégation de ces variants dans les trios patient-parent a révélé que ces variants étaient hérités de la mère, suggérant que le mosaïcisme cérébral résulte d’une correction postzygotic d’une erreur méiotique préexistente. De plus, l’étude de la distribution cellulaire a révélé un enrichissement des gains de 1q spécifiquement dans les astrocytes porteurs d’inclusions hyalines. Les enregistrements MEA ont montré une activité neuronale spontanée, qui n’a pas été corrélée à la présence d’inclusions astrocytaires.
Conclusions : Nos résultats soutiennent le concept selon lequel le mosaïcisme cérébral associé à l’épilepsie peut résulter d’une correction postzygotique d’anomalies chromosomiques prézygotes et le rôle émergent des aneuploïdies mosaïques dans les épilepsies focales réfractaires.
Sara BALDASSARI (Paris), Ann-Sofie DE MEULEMEESTER, Lina SAMI, Melina SCOPIN, Marion DOLADILHE, Jeanne COUTURIER, Uriel BENSABATH, Caroline NAVA, Julia-Lauren CARUANA, Rayann CHECRI, Sarah FERRAND-SORBETS, Georg DORFMÜLLER, Homa ADLE-BIASSETTE, Jean-Cristophe PONCER, Mathilde CHIPAUX, Stéphanie BAULAC
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#49318 - P135 Une forme très tardive de la maladie de Niemann-Pick de type C mimant une paralysie supra-nucléaire progressive.
P135 Une forme très tardive de la maladie de Niemann-Pick de type C mimant une paralysie supra-nucléaire progressive.
Nous rapportons le cas d’une patiente de 71 ans aux antécédents de dyslipidémie et rhinite, adressée pour suspicion de paralysie supranucléaire progressive – syndrome de Richardson (PSP-RS). Depuis deux ans, elle présentait un déclin cognitif progressif, des troubles de la marche avec chutes répétées et une perte pondérale de 14 kg. L’examen neurologique retrouvait une paralysie supranucléaire verticale du regard, une instabilité posturale, des freezing et un syndrome pyramidal. Cependant, son examen révélait également la présence d’un tremblement postural myoclonique distal et d’une ataxie cérébelleuse (SARA 12/40), qui dénotaient avec l'hypothèse d'une PSP-RS. L’IRM cérébrale montrait une leucopathie non spécifique, une atrophie cortico-sous-corticale et cérébelleuse. Le bilan infectieux, auto-immun, paranéoplasique et le bilan du cuivre étaient normaux. Devant cette présentation clinique d'ataxie cérébelleuse tardive avec paralysie supranucléaire progressive et syndrome parkinsonien, nous avons réalisé un dosage des oxystérols, révélant des anomalies évocatrices de Maladie de Niemann-Pick de type C (NPC) : cholestanol 3β,5α,6β-triol 91 nmol/L (N<30), 7-cétostérol 285 nmol/L (N<90), lysosphingomyéline totale 2,0 nmol/L (N<1,1), et lysosphingomyéline-509 139 MoM (N<6). Le séquençage ciblé de NPC1 a identifié 2 variants hétérozygotes composites faux-sens pathogènes (c.2819C>T et c.1976C>T), confirmant le diagnostic de NPC. L’instauration du MIGLUSTAT a permis une stabilisation du score SARA et une amélioration de la déglutition avec reprise pondérale après un an de suivi.
Les formes adultes de NPC, maladie lysosomale rare de transmission autosomique récessive, peuvent se présenter par des symptômes neurologiques proches de la PSP-RS (démence sous-corticale, paralysie supranucléaire du regard, parkinsonisme). L’âge d’apparition est cependant distinct : jusqu’à 50 ans pour la forme adulte, alors que la PSP-RS débute classiquement vers 65 ans. Dans notre cas, l’âge tardif aurait pu amener à écarter à tort le diagnostic de NPC. La détection de l’ataxie cérébelleuse, critère d’exclusion du diagnostic clinique de PSP-RS mais retrouvé chez 76 % des formes adultes de NPC, a été déterminante pour orienter vers le diagnostic. Cette distinction diagnostique est d'autant plus importante que les traitements existent pour la NPC, pouvant ralentir l'évolution de la maladie. Le diagnostic moléculaire et de plus un préalable nécessaire à un conseil génétique et une prise en charge adéquats au reste de la famille.
Nous rapportons ici le cas le plus tardif à notre connaissance de NPC. Ce dossier souligne la nécessité de ne pas exclure ce diagnostic devant une présentation de PSP, même à un âge tardif, et d’attirer l’attention sur ces formes très tardives, probablement sous-diagnostiquées, mais accessibles à un traitement.
Mégane MARTINACHE, Gwendoline DUPONT, Mathilde AIDAN, Christelle BLANC-LABARRE, Cecile PAGAN, Quentin THOMAS (Dijon), Vincent SCHNEIDER
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#49386 - P139 Pathologies liées à l’X associées à RAB39B : un phénotype proche des pathologies liées à FMR1 ?
P139 Pathologies liées à l’X associées à RAB39B : un phénotype proche des pathologies liées à FMR1 ?
Les anomalies du gène RAB39B (chromosome X) causent chez les hommes un trouble du développement intellectuel (TDI ; OMIM #300774) et/ou une maladie de Parkinson précoce (syndrome de Waisman ; OMIM #311510). Deux frères, présentant un TDI et des symptômes parkinsoniens pour l’un, sont présentés ainsi que leur parcours diagnostique. Leur histoire familiale rapporte un oncle et deux grand-oncles maternels atteints de TDI et Maladie de Parkinson pour l’oncle, ainsi qu’une sœur avec insuffisance ovarienne précoce (IOP). Après une petite enfance normale, des difficultés d’apprentissage les ont conduits à une scolarité en IME et un travail en ESAT. Ils ont présenté des crises tonico-cloniques fébriles vers 18 mois et une macrocéphalie (+3 DS). Ils vivent de manière autonome.
Les premières analyses génétiques (2010-2011) — caryotype, étude d’ARX et de FMR1 (21 répétitions) — furent normales. En 2023, un séquençage de l’exome en trio (mère et les 2 frères) a révélé un variant de signification inconnue dans NBEA non concordant avec la ségrégation familiale. En 2024, un séquençage du génome en trio (frères et neveu sain) n’a pas permis de conclure. Mais en 2025, une analyse par RNAseq a montré une perte totale d’expression de RAB39B, gène clé dans le trafic synaptique, l’autophagie neuronale et la survie des neurones dopaminergiques. Sa perte de fonction active la voie PI3K-AKT-mTOR, provoquant macrocéphalie, TDI et parkinsonisme précoce (moins de 45 ans) sensible à la lévodopa. Une réinterprétation orientée du génome a permis d’identifier une délétion de la partie 3’UTR de l’exon 2 de RAB39B, probablement due à l’insertion d’un élément mobile, ce qui explique la difficulté de détection par génome.
Cette étude souligne l’apport du RNAseq pour détecter des anomalies non identifiées par les méthodes classiques. Elle révèle une continuité phénotypique entre ce TDI lié à l’X et le syndrome de Waisman, tous deux liés à une perte de fonction de RAB39B. Ce syndrome, touchant surtout les garçons, représente des similitudes avec les pathologies associées à FMR1, avec TDI variable, macrocéphalie et risque de parkinsonisme précoce. Une surveillance neurologique est essentielle, notamment pour la sensibilité à la lévodopa.
Auriane COSPAIN (Rennes), Thomas BESNARD, Marie FAOUCHER, Christele DUBOURG, Audrey RIOU, Stephane BEZIEAU, Benjamin COGNE, Sylvie ODENT
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#49427 - P143 Mosaïcisme GLUT1 chez un patient présentant des épisodes de migraine hémiplégique - Conséquences sur le conseil génétique.
P143 Mosaïcisme GLUT1 chez un patient présentant des épisodes de migraine hémiplégique - Conséquences sur le conseil génétique.
Le gène SLC2A1 code pour le transporteur de glucose GLUT1, essentiel au passage du glucose à travers la barrière hémato-encéphalique. Les variants pathogènes de ce gène sont responsables du syndrome de déficit en GLUT1 (ou maladie de Vivo), caractérisé par une encéphalopathie épileptique infantile, un retard global du développement, une microcéphalie progressive et des troubles moteurs, lié à une hypoglycorachie due à l’altération du transporteur du glucose. Des hémiplégies transitoires ont aussi été décrites.
Nous rapportons ici le cas d’une patiente qui a présenté depuis l’âge de 14 ans des épisodes d’hémiplégie associée à des céphalées régressant spontanément. L’analyse génétique réalisée n’a pas détecté de variant pathogène dans les gènes de la migraine hémiplégique CACNA1A, ATP1A2, PRRT2 et SCN1A, mais a mis en évidence un variant frameshift en mosaïque à 25% dans le dernier exon du gène SLC2A1. Une analyse fonctionnelle réalisée par le test METAGlut1 (qui permet de mettre en évidence un déficit d’expression du transporteur de glucose Glut1 à la surface des érythrocytes circulants) a montré la présence de deux populations de globules rouges, confirmant le caractère pathogène du variant. Bien qu’on ne puisse pas affirmer que le taux de mosaïque est le même dans le cerveau, il est vraisemblable que la présentation modérée chez notre patiente est liée à la présence de la mosaïque de SLC2A1 au niveau cérébral.
Des variants frameshift situés dans le dernier exon ont été rapportés dans les formes sévères de déficit en GLUT1. Le risque transmission du variant SLC2A1 de la patiente à sa descendance est important et il est probable que celui-ci entrainerait la forme classique sévère de la maladie s’il est transmis à la descendance. Le conseil génétique est donc fortement recommandé.
En conclusion, la recherche de variants dans le gène SLC2A1 doit faire partie du dépistage génétique de la migraine hémiplégique. Le test METAglut1 est efficace pour confirmer la pathogénicité de variants, même en mosaïque. En cas d’identification d’un variant en mosaïque, le conseil génétique est indispensable pour prévenir la transmission de la forme sévère de la maladie. L'identification d'une telle mutation permet également une meilleure prise en charge des migraines, en évitant l'utilisation de traitements potentiellement délétères tels que les barbituriques ou les méthylxanthines.
Sacha WEBER, Simon SAMAAN, Sandrine VUILLAUMIER-BARROT, Florence RIANT (PARIS)
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#49621 - P147 Clair-obscur génomique dans l’ombre de FGF14 : les angles morts de l'analyse du génome révélés par la méthode de référence pour la détection des expansions bi-alléliques.
P147 Clair-obscur génomique dans l’ombre de FGF14 : les angles morts de l'analyse du génome révélés par la méthode de référence pour la détection des expansions bi-alléliques.
L'ataxie spinocérébelleuse de type 27B (SCA27B) est une forme récemment caractérisée d’ataxie autosomique dominante, causée par des expansions de répétitions GAA dans l’intron 1 du gène FGF14. Ces expansions sont généralement mono-alléliques, mais des cas bi-alléliques ont été rapportés (20 cas dans notre cohorte de 1884 patients, soit environ 1,5% des patients testés et 5% des patients atteints), soulevant des enjeux importants pour le diagnostic génétique.
Dans cette étude, nous montrons que l’analyse du génome (couplée à l’outil bioinformatique ExpansionHunter pour la détection des répétitions) ne permet pas de détecter correctement les expansions bi-alléliques de FGF14.
Chez deux patients (non apparentés) porteurs d’une expansion bi-allélique, cette approche aurait pu conclure à tort à la présence d’un allèle amplifié et d’un allèle normal. La visualisation manuelle des lectures sur IGV révèle l’absence de lecture traversante (spanning read) pour le petit allèle supposé normal, suggérant qu’il ne s’agit pas d’un allèle normal mais d’une deuxième expansion pathologique. L’analyse bioinformatique entraîne donc une erreur d’interprétation sur la zygotie de l’amplification.
À l’inverse, la méthode de référence combinant long-range PCR et RP-PCR bidirectionnelle (5’ et 3’) permet une caractérisation précise des deux allèles, y compris la détection de doubles expansions, ainsi que leur taille respective. Cette méthode a en effet mis en évidence la présence des expansions bi-alléliques chez les deux patients interprétés de manière erronée par analyse du génome (360 / 434 GAA et 220 / 230 GAA).
Nos résultats soulignent les limites actuelles des approches de génomique à haut débit pour la détection complète et correcte des expansions pathogènes du gène FGF14, notamment dans le cas des expansions bi-alléliques.
Une vigilance particulière s’impose lors de l’interprétation des résultats d’analyse du génome mettant en évidence une expansion au locus FGF14 et le recours à des techniques de référence reste indispensable pour une évaluation précise de la zygotie et de la taille des expansions dans la SCA27B. La caractérisation des expansions bi-alléliques est importante pour le conseil génétique, notamment pour la descendance ainsi que dans le cadre du diagnostic présymptomatique.
Virginie ROTH (Nancy), Gaël NICOLAS, Randa BENARBIA, Virginie PICHON, Christophe VERNY, Perrine CHARLES, Stéphanie CACCIATORE, Florent GIRARDIER, Clément ROBIN, Frédéric WEBER, David PELLERIN, Bernard BRAIS, Mathilde RENAUD, Céline BONNET, Marion WANDZEL
10:00 - 11:00
#49921 - P151 Phénotypage Approfondi en neurogénétique - cohorte Huntington.
P151 Phénotypage Approfondi en neurogénétique - cohorte Huntington.
La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative rare d'origine génétique qui se caractérise par des mouvements choréiques anormaux et un déclin cognitif. Les premiers signes apparaissent généralement après 50 ans. Elle se transmet sur le mode autosomique dominant. La maladie de Huntington est incurable. La phénocopie la plus courante de la MH est la maladie de Huntington de type 2 (HDL2). HDL2 est souvent associée à des patients d'ascendance africaine. HDL2 est également d'origine génétique, à développement tardif et à transmission dominante. Cependant, elle a été décrite récemment et sa physiopathologie est peu documentée. La MH et HDL2 sont respectivement liées aux gènes HTT et JPH3. Le Centre caribéen des maladies neurologiques et neuromusculaires rares (CERCA, Martinique) gère l'une des plus grandes familles de patients atteints de HDL2 en France (données sous presse). Le projet de phénotypage approfondi en neurogénétique, cohorte Huntington, PAN-H a pour objectif de comparer les biomarqueurs détectés chez les patients atteints de la MH avec ceux des patients atteints de la HDL2, de créer une base de données regroupant tous les éléments du phénotype approfondi et de constituer une collection d'échantillons biologiques. Il s'agit d'une étude exploratoire, comparative, étiologique, longitudinale, prospective, observationnelle et monocentrique, basée sur la file active des patients suivis au CERCA. La recherche consistera à recueillir des indicateurs cliniques, paracliniques et biologiques auprès des patients à leur inclusion, à 12 mois et à 24 mois. Des échantillons sanguins seront prélevés afin de constituer des banques d'ADN et de plasma. Des tests de biomarqueurs seront effectués. Les échantillons d'urine prélevés aux différentes étapes de la recherche seront conservés pour une étude ultérieure. De même, des biopsies cutanées seront utilisées pour préserver des cellules destinées à la culture de cellules souches pluripotentes induites. Compte tenu du manque de données sur les marqueurs cliniques permettant de distinguer la MH de HDL2, le phénotypage approfondi de notre cohorte semble constituer un défi majeur pour la recherche et la comparaison des caractéristiques sous-phénotypiques en vue d'améliorer nos connaissances sur la MH. Cette étude est innovante dans le contexte de HDL2 associée au gène JPH3. Pour la première fois, elle décrira les biomarqueurs connus de la MH dans la HDL2. Cette étude observationnelle et descriptive contribuera à enrichir la littérature et à envisager de nouvelles hypothèses physiopathologiques, voire thérapeutiques. Nous souhaitons présenter ce travail aux « Assises de génétique » car il est innovant et nécessite une collaboration dans ce domaine.
Anna-Gaëlle GIGUET-VALARD (Fort-de-France), Abdoulaye TAMEGA, Sophie DUCLOS, Juliette SMITH-RAVIN, Cyril GOIZET, Aïssatou SIGNATE, Nadège BELLANCE
10:00 - 11:00
#49322 - P155 Caractérisation du promoteur du gène OCA2 à visée d’amélioration du diagnostic d’albinisme.
P155 Caractérisation du promoteur du gène OCA2 à visée d’amélioration du diagnostic d’albinisme.
L’albinisme est maladie génétique rare, cliniquement et génétiquement hétérogène, caractérisée par une hypopigmentation variable et des troubles oculaires. Actuellement, 21 gènes connus sont associés aux formes oculaires (AO), oculo-cutanées (AOC) et syndromiques d’albinisme. Le diagnostic moléculaire de la maladie est crucial pour garantir une prise en charge adaptée et le conseil génétique des patients. Cependant, 30 pourcents des patients demeurent sans diagnostic moléculaire établi. Pour améliorer le taux de diagnostic, les variants situés dans les régions génomiques non-codantes sont investigués, en particulier ceux situés dans les éléments régulateurs, tels que les promoteurs. Ces régions demeurent mal connues et doivent être caractérisées soigneusement pour évaluer l’effet de variants trouvés en leur sein. C’est le cas du promoteur du gène OCA2 impliqué chez 30 pourcents des patients. Afin d’identifier les séquences nécessaires pour définir le promoteur fonctionnel, nous étudions des fragments génomiques de ~ 1 à 6kb incluant un nombre croissant d’éléments cis-régulateurs candidats (CRE) annotés par le projet ENCODE (promoteur, enhancers). Ces fragments sont testés via un essai de gène rapporteur dual luciférase dans lequel ils contrôlent l’expression du gène de la nanoluciférase. Les résultats obtenus sont ensuite validés par une approche in vivo, utilisant la technique CRISPR-Cas9 pour induire la délétion des segments correspondant à chacun des fragments testés in vitro. L’expression du gène régulé est ensuite quantifiée par RT-PCRq. Cette approche par deux techniques conjointes a permis de préciser l’étendue du promoteur d’OCA2. Des variants localisés dans ce segment génomique sont en cours d’étude avec le système luciférase, et une approche par CRISPR-Cas9 knock-in est également envisagée afin d’évaluer leur pathogénicité.
Alicia DEFAY-STINAT (Bordeaux), Modibo DIALLO, Victor GINDENSPERGER, Romane DURAND, Aurélien TRIMOUILLE, Benoit ARVEILER
10:00 - 11:00
#49655 - P159 Détection de variations de structure rares du gène ALMS1 par cartographie optique du génome et séquençage du génome chez des patients atteints du syndrome d’Alström.
P159 Détection de variations de structure rares du gène ALMS1 par cartographie optique du génome et séquençage du génome chez des patients atteints du syndrome d’Alström.
Le syndrome d’Alström (ALMS) est une ciliopathie caractérisée par une dystrophie rétinienne (DR), une surdité, une obésité, une résistance à l’insuline, un diabète de type 2, une cardiomyopathie dilatée et une atteinte hépatique et rénale progressive. La DR de type cone-rod est précoce avec une photophobie et un nystagmus, évoluant vers une cécité à l’adolescence. Ce syndrome rare de transmission autosomique récessive est dû à des variations bialléliques, principalement tronquantes, du gène ALMS1. Notre étude décrit les investigations cliniques et moléculaires de 2 familles atteintes de ce syndrome.
La famille 1 inclut 2 frères ayant un tableau clinique atypique avec des premiers signes notés vers l’âge de 4 ans par une baisse de l’acuité visuelle mais avec un diagnostic de dystrophie des cônes uniquement établi vers l’âge de 20 ans. L’évolution est stable avec une déficience visuelle moyenne. Une surdité bilatérale, diagnostiquée à l’adolescence, a nécessité un appareillage aux âges de 20 et 29 ans. L’ainé présente également une hypothyroïdie frustre. Le second est suivi pour une cholangite sclérosante primitive. Aucun n’a d’atteinte cardiaque ou rénale, d’obésité ou de résistance à l’insuline lors du dernier bilan.
La famille 2 inclut 2 frères issus d’une union consanguine chez lesquels le diagnostic d’ALMS était rapidement suspecté devant l’association de DR, de surdité bilatérale appareillée, de diabète, d’atteinte rénale, d’hypogonadisme et de déficience intellectuelle. L’un d’eux présente également une cardiomyopathie hypertrophique et une atteinte hépatique.
Les 2 familles ont bénéficié de premières explorations, dont le séquençage d’un panel de gènes de surdité ou de dystrophie rétinienne, non contributives. Un séquençage du génome (GS) et une cartographie optique du génome (OGM) ont été réalisés systématiquement chez ces patients. Chez les patients de la famille 1, 2 délétions, de 5032 pb de l’exon 3 et de 10 pb de l’exon 8, du gène ALMS1 ont été détectées à l’état hétérozygote composite par GS. La délétion de l’exon 3 est également détectée par OGM. La délétion de 10 pb de l’exon 8 est en revanche sous le seuil de résolution de cette technique. Chez les patients de la famille 2, les 2 techniques ont pu détecter une duplication en tandem de l’exon 11 à l’état homozygote et transmise de chacun des parents. Cette duplication est observée avec l’OGM mais à l’état hétérozygote en première intention.
En conclusion, nous décrivons 2 familles avec une clinique différente et chez lesquelles des variations de structure pathogènes d’ALMS1 ont été identifiées et confirmées par qPCR. Les variations de structure sont rarement décrites dans ce syndrome et leur détection est essentielle pour établir un diagnostic pour d’autres patients suspectés d’ALMS. Ces observations illustrent le large spectre phénotypique et génétique décrit dans les ciliopathies et l’intérêt des techniques pangénomiques face aux présentations variables de ces pathologies.
Sophie SCHEIDECKER (STRASBOURG), Benjamin COGNE, Samira SECULA, Gaelle HAYOT, Adella KARAM, Valérie PELLETIER, Anais PHILIPPE, Laura GUYON, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Bertrand ISIDOR, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER
10:00 - 11:00
#49879 - P163 Nouveau phénotype causé par des variants bi-alléliques du gène WDR81: dystrophie maculaire avec ou sans signes neurologiques et sans déficience intellectuelle.
P163 Nouveau phénotype causé par des variants bi-alléliques du gène WDR81: dystrophie maculaire avec ou sans signes neurologiques et sans déficience intellectuelle.
Introduction
Le spectre phénotypique associé au gène WDR81 n’a cessé de croître depuis sa première implication en pathologie humaine en 2011. Initialement associé à une déficience intellectuelle avec ataxie cérébelleuse congénitale et marche quadrupède, de transmission autosomique récessive, d’autres descriptions ont permis de faire le lien entre des variants pathogènes de WDR81 et une microcéphalie sévère avec lissencéphalie ou encore des formes sévères d’hydrocéphalie.
Nous rapportons dans ce travail un phénotype très différent et beaucoup moins sévère, sous forme de dystrophie maculaire sans atteinte intellectuelle avec ou sans signes neurologiques tardifs.
Méthode
Une analyse par séquençage du génome entier sur la plateforme Auragen (PFMG 2025) dans les pré-indications dystrophies rétiniennes héréditaires et ataxies héréditaires du sujet jeune a été réalisé pour deux patientes, et a permis d’identifier des variants bi-alléliques du gène WDR81. Après un appel à collaboration via la plateforme GeneMatcher, une troisième patiente a pu être inclue. Un recueil des données cliniques a été fait en rétrospectif.
Résultats
Les 3 patientes présentent une forme sporadique de dystrophie maculaire sans atteinte intellectuelle. Une ataxie cérébelleuse associée à une atrophie cérébelleuse majeure est notée chez deux patientes dont une avait aussi une atteinte pyramidale. Par ailleurs, on retrouve une petite taille chez l’une des patientes.
Nous avons identifié des variants tronquants et faux-sens du gène WDR81 chez chacune de ces patientes. L’étude de ségrégation a confirmé le statut hétérozygote composite dans deux cas et la phase n’a pas pu être établie pour la dernière patiente.
Conclusion
Le gène WDR81 avait été rapporté antérieurement dans une pathologie neurologique sévère et précoce. Nous rapportons ici un phénotype beaucoup plus atténué chez 3 patientes, comportant une dystrophie maculaire avec ou sans troubles neurologiques tardifs et sans déficience intellectuelle. Nous ne disposons actuellement pas d’argument pour corréler ce génotype à des formes moins sévères que celles décrites antérieurement.
Sana SKOURI (Saint Etienne), Cécile COURDIER, Marine TESSARECH, Dollfus HÉLÈNE, Vincent MICHAUD, Adriana PRUNDEAN, Virginie GUILLET-PICHON, Chloé LAENG, Ambre GOUTTARD, Alban ZIEGLER, Francis RAMOND, Patricia FERGELOT
10:00 - 11:00
#49767 - P167 Suivi au long cours des formes atténuées de MPS IVA : bénéfice de l’enzymothérapie substitutive et apport de l’analyse quantifiée de la marche.
P167 Suivi au long cours des formes atténuées de MPS IVA : bénéfice de l’enzymothérapie substitutive et apport de l’analyse quantifiée de la marche.
La mucopolysaccharidose de type IVA (MPS IVA, ou syndrome de Morquio A) est une maladie rare de surcharge lysosomale liée à des variants pathogènes bialléliques du gène GALNS. Depuis 2014, une enzymothérapie substitutive par élosulfase alfa (VIMIZIM®) a l’AMM en France. L’étude de suivi MOR 005 a montré un gain significatif de +32,0 mètres au test de marche de 6 minutes (TM6) dans la population ITT et +39,9 mètres dans la population per protocole modifiée (Hendriks et al., 2016). L’histoire naturelle des phénotypes atténués, récemment décrits et ultra-rares, ainsi que l’efficacité de l’enzymothérapie dans ces formes, restent peu connues.
Nous avons évalué l’évolution clinique de quatre patientes (n=4) présentant une forme atténuée de MPS IVA, traitées par élosulfase alfa et suivies pendant 6 à 11 ans dans notre Centre de Compétences Maladies Rares (CCMR) des maladies osseuses constitutionnelles, à l’aide du programme Morquio A Clinical Assessment Program (MorCAP). La spécificité de l’étude est l’intégration des données de l’analyse quantifiée de la marche (AQM), de l’ostéodensitométrie et de l’IRM cardiaque dans ce suivi.
Toutes les patientes (n=4/4) ont présenté une amélioration de la fonction motrice et des paramètres de marche, avec un gain moyen de +79,25 mètres au TM6. L’AQM a apporté des informations déterminantes sur les schémas posturaux au repos et à la marche, révélant des mécanismes de compensation liés à la douleur, en particulier dans les membres inférieurs. Elle a également permis la détection précoce de troubles articulaires et une adaptation rapide de leur prise en charge. Une diminution significative de la douleur a été rapportée, en particulier chez les patientes les plus douloureuses initialement. Le suivi cardiaque n’a pas montré d’accumulation myocardique de GAGs.
Chez une patiente, une interruption de l’enzymothérapie pendant 8 mois a entraîné, dès les premiers jours, une aggravation des douleurs et à terme une perte de 215 mètres au test de marche. La reprise du traitement a permis une amélioration progressive de la distance parcourue, de la douleur et des paramètres posturaux, avec un retour quasi complet aux valeurs initiales après deux ans. Ce cas particulier souligne l’importance de la continuité thérapeutique.
Ces résultats confirment que l’AQM est un outil pertinent pour le suivi dynamique de la fonction motrice, permettant notamment la détection précoce de troubles articulaires, et qu’elle reflète les bénéfices cliniques de l’enzymothérapie substitutive en conditions réelles. Toutefois, le protocole MorCAP, exhaustif et chronophage, n’a pas pu être appliqué intégralement malgré l’appui d’une infirmière de coordination. Les données issues de cette étude pourraient contribuer à l’élaboration de recommandations individualisées visant à renforcer l’adhésion au traitement et à adapter les stratégies de suivi aux besoins spécifiques des patients atteints de MPS IVA, en particulier des formes atténuées.
Camille PORTERET (BORDEAUX), Manon DEGOUTIN, Claire DELLECI, Elodie BLANCHARD, Steeve BROUSSEAU, Emilie DOAT, Didier GRIFFITHS, Etienne GUILLAUD, Mathilde MAJEAN, Patricia REANT, Christophe RICHEZ, Guilhem SOLE, Nadia MEHSEN-CETRE, Cyril GOIZET, Julien VAN GILS
10:00 - 11:00
#49863 - P171 Le réseau national des laboratoires de référence des maladies mitochondriales MitoDiag : structuration et objectifs.
P171 Le réseau national des laboratoires de référence des maladies mitochondriales MitoDiag : structuration et objectifs.
Contexte et objectifs
Les maladies mitochondriales représentent un groupe hétérogène de pathologies rares à la fois sur le plan clinique et génétique, nécessitant une expertise diagnostique multidisciplinaire et coordonnée. Le réseau MitoDiag a pour mission de fédérer les laboratoires impliqués dans le diagnostic moléculaire afin d’améliorer l’homogénéité des pratiques, la qualité des résultats et l’interaction avec la recherche.
Méthodes et actions mises en place
La structuration du réseau et ses actions sont présentées sur le site MitoDiag (https://www.mitodiag.fr/home) ainsi que sur le site de la filière FILNEMUS. MitoDiag regroupe 11 laboratoires de diagnostic couvrant l’ensemble du territoire national : Angers, Bordeaux, Caen, Grenoble, Lille, Lyon, Nice, Paris (Necker, Bicêtre, Pitié-Salpêtrière) et Reims. Le réseau développe plusieurs projets structurants, parmi lesquels :
• Élaboration d’un annuaire des outils fonctionnels disponibles (BN-PAGE, western-blot, RNA-seq, etc.) ;
• Mise en place d’un groupe de travail transversal FILNEMUS pour renforcer les liens entre cliniciens et chercheurs ;
• Validation des données d’ADN mitochondrial (ADNmt) issues du séquençage génomique complet (WGS) et définition des modalités d’accès via les plateformes LBM-FMG SeqOIA et Auragen ;
• Adaptation et implémentation du document “Interprétation des variants NGS DIAG” par des recommandations spécifiques à l’ADNmt ;
• Déploiement de la base clinico-biologique MitoMatcher et travail d’interconnexion avec BAMARA et le registre européen ERN-NMD ;
• Mise à jour des arbres décisionnels et harmonisation des pratiques entre laboratoires.
• Constitution au niveau national de cohortes homogènes de patients atteints de maladies mitochondriales pour des études de corrélation génotype/phénotype, dont une récente sur les patients avec déficit en Thymidine Kinase 2.
Résultats attendus
Ces initiatives visent à structurer un cadre national cohérent, à optimiser le partage de données et à renforcer la qualité diagnostique des maladies mitochondriales, en synergie avec les réseaux nationaux et européens.
Conclusion
MitoDiag constitue une dynamique collaborative essentielle pour consolider les pratiques de diagnostic moléculaire, favoriser les synergies avec la recherche, lutter contre l’impasse diagnostique et améliorer la prise en charge des patients atteints de maladies mitochondriales.
Cécile ROUZIER (Nice), Mitodiag RÉSEAU, Vincent PROCACCIO
10:00 - 11:00
#48869 - P175 Exploration de l’analyse tridimensionnelle du génome dans les néoplasmes myélodysplasiques avec délétion 5q.
P175 Exploration de l’analyse tridimensionnelle du génome dans les néoplasmes myélodysplasiques avec délétion 5q.
Les néoplasmes myélodysplasiques (SMD) sont des hémopathies malignes d'origine myéloïde du sujet âgé caractérisées par des cytopénies dues à une hématopoïèse clonale dérégulée. La délétion du bras long du chromosome 5 (del(5q)) constitue l’anomalie cytogénétique la plus fréquente (15–20 %). Isolée, elle définit une entité distincte (SMD-5q), associée à des cytopénies profondes et un faible risque évolutif. Toutefois, associée à un caryotype complexe ou à d’autres anomalies, notamment du chromosome 7, elle perd sa valeur pronostique favorable. Outre l’haploinsuffisance, mécanisme physiopathogène bien décrit, la del(5q) pourrait perturber l’organisation tridimensionnelle (3D) du génome, structurée en domaines topologiquement associants (TADs) qui régulent les interactions entre gènes et éléments cis-régulateurs (CREs). Les anomalies de structure peuvent entraîner la formation de néo-TADs et d’interactions aberrantes entre enhancers et promoteurs, dites « enhancer hijacking ». Nous émettons l’hypothèse que la del(5q) modifie les TADs et perturbe les interactions entre les gènes conservés et leurs CREs, contribuant à l’oncogenèse dans les SMD.
Des cellules mononuclées issues de moelle osseuse de 9 patients SMD avec del(5q) et des données de la lignée de leucémie aiguë myéloïde HL60 ont été utilisées. La délétion a été caractérisée par cartographie optique du génome (COG), à l’aide de l’appareil Saphyr (Bionano Genomics, San Diego, USA), et analysée avec le pipeline rare variant (Bionano Access 1.8 / Solve 3.8). L’impact sur l’organisation des TADs a été exploré à partir de données Hi-C publiques (UCSC Genome Bowser/3D Genome).
L’intégration des données COG aux matrices Hi-C a permis de prédire 6 TADs récurrents altérés. Quatre d’entre eux hébergent des gènes connus pour leur implication oncogénique - SSBP2, MSH3, RASA1, ITK, EBF1, GABRA6, NPM1, TLX3, ADRB2, GRIA1 - référencés dans la base COSMIC. Leurs CREs candidats (cCREs) ont été prédits par le modèle Activity-by-Contact (ABC). La lignée HL60, del(5q)(111,071,729-136,496,787), présente une réorganisation locale des TADs en regard du point de cassure proximal, en comparaison aux lignées contrôles lors de l’analyse Hi-C, constituant une preuve de concept.
Cette étude exploratoire pose les bases méthodologiques d’une cartographie fine de l’impact de la del(5q) sur les interactions chromatiniennes. Les données intégrées des points de cassure obtenus par la COG sur les matrices Hi-C permettent de prédire la formation de néo-TADs dont certains semblent récurrents. L’analyse des gènes NPM1, MSH3, RASA1 et SSBP2 apparaît particulièrement pertinente, ces derniers étant impliqués dans des processus biologiques essentiels — réparation de l’ADN, régulation de la signalisation cellulaire et contrôle transcriptionnel — dont les altérations 3D contribuent potentiellement à la pathogenèse des SMD. Il s’agit de la première étude explorant l’effet de la del(5q) sur l’architecture 3D du génome dans les SMD.
Fanny LEMARIÉ, Séverine COMMET, Corinne TOUS, Eloise LE HIR-REYNAUD, Valentine HOYAU, Clara BLOTAS, Frédéric MOREL, Audrey BASINKO, Steven RICHEBOURG, Marie-Bérengère TROADEC, Nathalie DOUET-GUILBERT (Brest), Stéphanie MOISAN
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#49034 - P179 Comprehensive dissection of the PTEN tumor suppressor locus reveals multi-enhancer hubs regulating gene expression.
P179 Comprehensive dissection of the PTEN tumor suppressor locus reveals multi-enhancer hubs regulating gene expression.
Germline disruption of enhancer-promoter interactions is a recognized cause of human disease, but the regulatory landscape of the PTEN tumor suppressor remains largely unexplored. To address this gap, we mapped 3 Mb surrounding the PTEN topologically-associated domain in 11 human cell lines, including two patient-derived lines, using high-resolution Tiled-C combined with multi-omics data. Our analysis identified seven chromatin contact hubs coordinating eleven enhancers, whose inhibition by CRISPR interference decreased PTEN expression by up to 60%. More than half of these enhancers interact extensively with one another, forming complex regulatory networks, while promoter contact is mediated indirectly through chromatin anchor points. PTEN mutational status modestly modulates these contacts. These findings reveal the first high-resolution functional map of PTEN regulatory hubs, providing mechanistic insights into enhancer cooperation and fine-tuned gene control. They also highlight new candidate regions for understanding PTEN dysregulation in cancer and PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, offering potential avenues for future molecular interventions.
Thibaut MATIS (Bordeaux), Elodie DARBO, Jessica BAUD, Noé CALAIS-YAGER, Delfine LAFON, Valérie PROUZET-MAULÉON, Sandrine DABERNAT, Michel LONGY, Nicolas SÉVENET
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#49241 - P183 Étude multicentrique du phénotype méthylateur des îlots CpG et de ses corrélations moléculaires et cliniques dans le cancer colorectal en Tunisie.
P183 Étude multicentrique du phénotype méthylateur des îlots CpG et de ses corrélations moléculaires et cliniques dans le cancer colorectal en Tunisie.
Le phénotype méthylateur des îlots CpG (CIMP) joue un rôle majeur dans l’instabilité épigénétique du cancer colorectal (CCR). Les tumeurs CIMP+ se distinguent par des particularités épidémiologiques, histologiques et moléculaires, suggérant une voie alternative de carcinogenèse. Depuis sa description initiale en 1999, les panels de gènes et les méthodes de détection employés ont considérablement varié, entraînant une hétérogénéité des critères retenus.
Nous avons mené une étude prospective multicentrique incluant 91 patients recrutés dans quatre centres hospitaliers du nord tunisien. Le statut CIMP a été évalué par pyroséquençage sur un panel de sept gènes sélectionnés sur la base de leur prévalence : SOCS1, CDKN2A, NEUROG1, RUNX3, MINT1, MLH1 et CACNA1G. L’hypométhylation globale des séquences LINE-1, ainsi que les mutations de KRAS et BRAF, ont également été analysées par pyroséquençage. Le séquençage de l’exome a permis d’estimer la charge mutationnelle tumorale (TMB) chez 41 patients.
Un statut CIMP+ a été identifié chez 13,86 % des patients (14/91) ; les gènes SOCS1 (62,63 %), CDKN2A (20,87 %) et RUNX3 (17,58 %) étant les plus fréquemment hyperméthylés. Des associations significatives ont été observées entre les profils de méthylation et les caractéristiques moléculaires : RUNX3 (p = 0,002), CDKN2A (p = 0,037) et MINT1 (p = 0,03) étaient hyperméthylés en présence de mutations KRAS, notamment G12D, tandis que SOCS1 (p = 0,02) et CACNA1G (p = 0,04) étaient moins méthylés dans ces tumeurs. Parmi les 41 patients avec séquençage de l’exome, les tumeurs TMB-high présentaient une baisse de méthylation de CDKN2A (p = 0,03) et de RUNX3 (p = 0,0048), tandis que MLH1 montrait une hyperméthylation significative (p = 0,042). L’analyse clinique, réalisée chez 69 patients disposant de données complètes, a montré une méthylation accrue de SOCS1 dans les tumeurs T3/T4 (p = 0,0048) et de CDKN2A en cas d’envahissement ganglionnaire (p = 0,01) ou de métastases (p = 0,04). NEUROG1 était moins méthylé dans les formes mucineuses (p = 0,029), MLH1 plus méthylé chez les patients métastatiques (p = 0,017), et CACNA1G plus méthylé chez les hommes (p = 0,003) et dans les localisations coliques proximales (p = 0,008). Concernant le statut global, aucune association clinique significative n’a été retrouvée, mais le CIMP+ était corrélé à la mutation KRAS G12D (p = 0,04). L’analyse de la méthylation de LINE-1 a montré une hypométhylation dans 50,66 % des cas, significativement associée à la mutation KRAS G12D (p = 0,025).
Cette étude constitue la première caractérisation approfondie du statut CIMP dans le CCR tunisien, combinant un panel étendu et une technique quantitative robuste. Elle met en évidence des associations entre profils de méthylation, mutations somatiques et paramètres cliniques, confirmant la valeur du CIMP comme biomarqueur intégratif et ouvrant la voie à une meilleure stratification pronostique et thérapeutique dans le cancer colorectal.
Nasreddine RAJOUA, Antoine DAUNAY, Wissem TRIKI, Oussema BARAKET, Sami BOUCHOUCHA, Houcine MAGHREBI, Aymen MABROUK, Jean-François DELEUZE, Alexandre HOW-KIT, Maher KHARRAT (Tunis, Tunisie)
10:00 - 11:00
#49292 - P187 Identification d’une prédisposition liée à BAP1 dans une famille de présentation atypique via le plan France Médecine Génomique : vers une extension du spectre tumoral ?
P187 Identification d’une prédisposition liée à BAP1 dans une famille de présentation atypique via le plan France Médecine Génomique : vers une extension du spectre tumoral ?
L’une des pré-indications oncogénétiques du Plan France Médecine Génomique (PFMG) concerne les familles dont l’histoire carcinologique est particulièrement évocatrice de prédisposition. Nous rapportons l’atteinte d’une fratrie : une jeune femme (cas index) atteinte à 18 ans d’un lymphome B malin non Hodgkinien, traité par chimiothérapie exclusive, puis d’un adénocarcinome bronchique primitif infiltrant non mucosécrétant à l'âge de 33 ans, sans facteur de risque, et son frère atteint d’une maladie de Hodgkin à 27 ans. Aucun variant constitutionnel n’avait été identifié par les analyses de routine, en particulier sur les gènes BRCA1, BRCA2 et TP53 chez le cas index. L’analyse génomique constitutionnelle en WGS a été proposée en quatuor avec les parents indemnes de cancer.
Le WGS a mis en évidence sur le gène BAP1 (BRCA associated protein-1) le variant c.122+5G>C chez le cas index et son frère, d’hérédité maternelle, dont l’étude de transcrit a démontré l’impact sur l’épissage et confirmé sa pathogénicité.
Le syndrome de prédisposition aux cancers lié à BAP1 (BAP1-TPDS-OMIM 614327) est caractérisé par un risque élevé de développer des mélanomes uvéaux et cutanés, des mésothéliomes pleuraux et péritonéaux malins et des carcinome rénaux1. Des lésions cutanées bénignes caractéristiques appelées tumeurs mélanocytaires inactivées par BAP1 (BAPomes) ou unguéales (appelées onychopapillomes), sont également fréquemment observées chez ces patients2-3.
L’examen dermatologique orienté a posteriori a retrouvé des BAPomes et de multiples onychopapillomes chez le cas index et sa mère. L’analyse génomique de l’adénocarcinome pulmonaire retrouve une isodisomie du chromosome 3 (perte d’hétérozygotie au locus BAP1) correspondant au second évènement tumoral et démontrant l’implication de BAP1 dans la carcinogénèse de cette tumeur.
Bien que rapportées dans la littérature, les tumeurs du parenchyme pulmonaire ne sont, à ce stade, pas considérées comme faisant partie du spectre BAP1. Pour les personnes porteuses du BAP1-TPDS il n’y a actuellement pas de recommandation de surveillance pulmonaire par imagerie, y compris pour les mésothéliomes. Néanmoins, le scanner low-dose ayant récemment été démontré comme prometteur pour la surveillance pulmonaire, nous avons discuté et retenu dans ce contexte, pour les individus porteurs du variant pathogène BAP1 de cette famille, en plus de la surveillance habituelle, (ophtalmologique, dermatologique et rénale), une surveillance pulmonaire par un scanner low dose tous les deux ans.
L’identification de ce variant via le PMFG alors que le tableau tumoral n’était pas évocateur d’un BAP1-TPDS donne des arguments pour élargir le spectre tumoral de cette prédisposiiton au-delà des localisations habituelles. Des études d’épidemiogénétiques à grande échelle sont nécessaires pour obtenir des estimations des risques associés aux variants pathogènes du gène BAP1 et ainsi contribuer à améliorer la surveillance des personnes qui en sont porteuses.
Helene DELHOMELLE, Yoann VIAL, Olfa TRABELSI-GRATI, Johan CHANAL, Léa VEYRUNE, Alexandre DE MOURA, Denis MALAISE, Laurence AMAR, Nicolas GIRARD, Alexandre MATET, Lisa GOLMARD, Mélanie PAGES, Chrystelle COLAS (PARIS)
10:00 - 11:00
#49325 - P191 Diagnostic d’une anémie de Fanconi : apport inattendu de la cartographie optique du génome.
P191 Diagnostic d’une anémie de Fanconi : apport inattendu de la cartographie optique du génome.
L’anémie de Fanconi est une maladie cassante de l’ADN de transmission essentiellement autosomique récessive, caractérisée par des malformations congénitales, une insuffisance médullaire progressive et une prédisposition aux hémopathies myéloïdes et aux tumeurs solides et dont le diagnostic continue de constituer un challenge clinico-biologique. Nous rapportons le cas d’une fratrie diagnostiquée lors de l’exploration d’une pancytopénie chez le cadet ayant bénéficié de la technique de Cartographie Optique du Génome (COG).
Le patient est initialement adressé à 2 ans en consultation pour retard de croissance et communication interventriculaire (CIV). L’analyse du caryotype sanguin identifie une inv(7)(q11.23q21.2) héritée du père et l’ACPA rapporte 2 déséquilibres (gain Xp11.23 de 30 kb incluant PAGE1 et perte Xq24 de 45 kb sans gène), ces anomalies étant jugées sans lien avec le phénotype.
Le bilan clinique à 7 ans rapporte une évolution du phénotype avec une CIV, une surdité de transmission due à une malformation ossiculaire bilatérale, un retard de croissance (-4DS) sur syndrome d’interruption de tige et posthypophyse ectopique, une hypoplasie de la verge et une anomalie du pouce (également présentée par le père et la sœur). La présence d’une pancytopénie conduit à la réalisation d’un caryotype médullaire qui détecte un faible clone (3/30 métaphases) avec gain d’un Y et trisomie 8. Une analyse complémentaire par COG sur ADN sanguin ne révèle pas de cassure dans un gène d’intérêt au niveau du bras long du chromosome 7, mais décèle une délétion de 165 Kb impliquant FANCA sur le chromosome 16 avec une fraction allélique de 48 %. Rétrospectivement, cette délétion était visible sur l’ACPA initiale mais n’avait pas été rapportée en raison du mode de transmission décrit pour l’anémie de Fanconi et de l’absence de lien évident avec le phénotype rapporté. Le bilan complémentaire incluant un test de cassures chromosomiques positif, un western-blot de FANCD2 mettant en évidence l'absence de forme mono-ubiquitinée de FANCD2 (profil FA-Core) et une hypersensibilité des fibroblastes cutanés à la mitomycine C permet de confirmer le diagnostic d’anémie de Fanconi chez le patient. Un séquençage des gènes de prédisposition aux hémopathies malignes réalisé révèle la présence d’altérations pathogènes bi-alléliques de FANCA avec un variant nucléotidique sur un allèle et la délétion complète du gène sur l’autre allèle.
Le bilan familial confirme le caractère héréditaire de la délétion FANCA retrouvée également chez le père. La grande sœur, âgée de 10 ans, présente une NFS stable, mais un test de cassures chromosomiques positif, suggérant la présence d’une anomalie de FANCA chez la mère.
Ce cas illustre l’apport de la COG dans le diagnostic de l’anémie de Fanconi et sa difficulté diagnostique, qui du fait de son hétérogénéité phénotypique, explique le diagnostic souvent tardif de cette pathologie lors de l’apparition de l’insuffisance médullaire.
Audrey BASINKO, Steven RICHEBOURG, Frédéric MOREL, Nathalie AUGER, Corinne TOUS, Marie PASSET, Yoann VIAL, Sylvia REDON, Caroline BENECH, Johana TOUFFET, Sara CORNEC, Nathalie KERGOAT, Caroline BUORS, Liana CARAUSU, Loïc COULOIGNER, Marc PLANES, Marie-Bérengère TROADEC, Nathalie DOUET-GUILBERT (Brest)
10:00 - 11:00
#49371 - P195 Projet de description des caractéristiques cliniques des patients porteurs d’un variant constitutionnel du gène RECQL4.
P195 Projet de description des caractéristiques cliniques des patients porteurs d’un variant constitutionnel du gène RECQL4.
Le syndrome de Rothmund-Thomson (SRT) se caractérise cliniquement par une éruption précoce photodistribuée évoluant vers une poïkilodermie associée à une petite taille due à un retard de croissance pré- et postnatal, des cheveux clairsemés, des cils et/ou des sourcils épars ou absents, une cataracte juvénile, des anomalies squelettiques en particulier du rayon radial. Sur le plan génétique il est dû à des mutations bialléliques du gène RECQL4. Les patients porteurs de ce syndrome présentent également un risque accru de développer un cancer, en particulier un ostéosarcome avec une toxicité souvent importante liée aux traitements pas chimiothérapie. À ce jour 250 patients atteints du SRT ont été décrits dans la littérature, avec ou sans variant de RECQL4 identifié.
La plupart des articles se concentrent sur les aspects osseux et dermatologiques de la maladie. Seulement 12 patients sont rapportés dans la série la plus importante de patients présentant un ostéosarcome dans le contexte de SRT.
Des variants de RECQL4 ont par ailleurs été associés à une susceptibilité accrue à l’Epstein-Barr virus (EBV) avec le développement de maladies lymphoprolifératives ou d’activation lymphohistiocytaire
Ainsi, le spectre phénotypique et l'incidence des tumeurs malignes des patients avec variants de RECQL4 ne sont pas très clairs.
Cette cohorte rétrospective nationale a pour objectif principal de décrire précisément les manifestations cliniques de patients porteurs de syndrome de Rothmund-Thomson et/ou variants bialléliques de RECQL4. Une analyse clinicomoléculaire exhaustive permettra également de rechercher des corrélations génotype-phénotype et de définir des recommandations de prise en charge et de suivi des patients atteints d’un syndrome de SRT.
La collecte des données est en cours de constitution et concerne les patients de tout âge porteurs de variants bialléliques constitutionnels de RECQL4 (variant de classe 3, 4 ou 5), quel que soit le phénotype, et les patients atteints d’un SRT typique clinique. Les données de suivi clinique, radiologique, moléculaire et thérapeutique sont colligées dans l’observatoire PREDCAP (Prédisposition aux Cancers Pédiatriques) après signature d’un consentement spécifique pour les patients vivants. Les patients vivants ou leurs familles, s'ils n'ont pas encore accepté l'utilisation des données, seront contactés pour signer un consentement éclairé. Les personnes décédées peuvent être incluses sur la base d’une non opposition déclarée par leur médecin.
L’estimation du nombre de patients porteurs d’un variant constitutionnel de RECQL4 au niveau national est d’environ 40-50; l'estimation de 10-15 ayant développé une tumeur maligne doit être confirmée.
Nous invitons toutes les équipes de génétique à nous signaler leurs patients porteurs de variants du gène RECQL4 pour étoffer cette cohorte.
Sahra BODO, Pauline HOARAU, Lea GUERRINI-ROUSSEAU, Smail HADJ-RABIA, Fanny MORICE-PICARD, Juliette MAZEREEUW-HAUTIER, Florence PETIT, Valerie CORMIER-DAIRE, Sylvain LATOUR, Genevieve BAUJAT, Franck BOURDEAUT, Sarah WINTER (Paris)
10:00 - 11:00
#49433 - P199 Lésions thyroïdiennes du sujet jeune : le syndrome de Cowden comme diagnostic différentiel du syndrome DICER1.
P199 Lésions thyroïdiennes du sujet jeune : le syndrome de Cowden comme diagnostic différentiel du syndrome DICER1.
Introduction. Cinq à quinze pour cent des cancers de la thyroïde non médullaires (CTNM) surviennent dans un contexte familial suggérant la présence de facteurs de prédisposition génétique. Plusieurs gènes, en particulier PTEN et DICER1 responsables respectivement du syndrome de Cowden (CS) et du syndrome DICER1, sont considérés comme des facteurs de risque majeurs du CTNM et du goitre multinodulaire (GMN).
Au laboratoire de l’Institut Curie, entre 2016 et 2023, 199 patients ont bénéficié d’une analyse constitutionnelle du gène DICER1 dans le cadre d’un CTNM ou d’un GMN. Cette analyse a été complétée par celle de PTEN, en raison du chevauchement phénotypique existant dans un contexte d’atteinte thyroïdienne. Nous rapportons les résultats du séquençage des gènes DICER1 et PTEN de cette cohorte.
Matériel et Méthodes. Le séquençage haut débit a été réalisé sur ADN génomique leucocytaire par capture d’un panel de gènes de prédisposition aux cancers, avec enrichissement SureSelect QXT (Agilent) et séquençage sur NextSeq 500 (Illumina). Les variants pathogènes (VP) et probablement pathogènes (VPP) ont été confirmés par séquençage Sanger ou MLPA et classés selon les critères ACMG.
Résultats. Dans cette cohorte composée de 156 femmes et 43 hommes (F/H 3,4:1), l'âge médian d’apparition des lésions était respectivement de 19 ans [1,9-60] (n = 128) et 14 ans [3-60] (n = 49) pour le CTNM et le GMN. Nous avons identifié 31 (15,6%) VP ou VPP du gène DICER1 et 7 (3,5%) du gène PTEN.
Parmi les 31 patients porteurs de VP/VPP du gène DICER1 (F/H 4,2:1), on dénombrait 25 GMN et 8 CTNM, 2 patients présentaient les 2 types de lésion. L’âge médian de survenue était respectivement de 13,5 ans [11-33] (n=22) et 15 ans [1,9-33] (n=7). Il n’y avait pas d’autre critère majeur d’indication d’analyse DICER1 pour 14 (45,2%) patients.
Parmi les 7 patients porteurs de VP/VPP du gène PTEN (F/H 6:1), 3 ont présenté un GMN, 3 un CTNM et 1 les deux types de lésion. L’âge médian de survenue était respectivement de 16 ans [15-17] (n=3) et 14 ans [12-29] (n=4) pour le GMN et le CTNM. Pour 4 patients, il n’y avait pas de macrocéphalie dans les limites des informations à disposition. Selon les recommandations NCCN, un seul patient remplissait les critères d’indication d’analyse du gène PTEN, contre trois selon les critères pédiatriques proposés par Tan et al. en 2011.
Conclusion. Le taux de VP/VPP de 15,6% du gène DICER1 confirme que les lésions thyroïdiennes sont un signe d’appel important du syndrome DICER1. L’analyse du gène PTEN en parallèle du gène DICER1 dans le contexte de lésion thyroïdienne a permis de poser le diagnostic de CS chez 3,5% des patients, dont la majorité ne répondait pas aux critères de diagnostic clinique du syndrome. Cette approche permet d’améliorer le diagnostic génétique du CS et donc la mise en place d’un suivi adapté chez les patients et les membres de leur famille identifiés comme porteurs.
Elise PIERRE-NOEL (Paris), Christelle BERTHEMIN-CARRIERE, Thomas FOURME, Fatoumata SIMAGA, Patrick BENUSIGLIO, Bruno BUECHER, Marion DHOOGE, Laurence GUIGNAT, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Olivier INGSTER, Marc KLEIN, Hélène ZATTARA-CANNONI, Marion GAUTHIER-VILLARS, Eric PASMANT, Lisa GOLMARD
10:00 - 11:00
#49547 - P203 Etude rétrospective nationale sur l’expérience française de l’IRM corps entier chez les patients porteurs d’un CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).
P203 Etude rétrospective nationale sur l’expérience française de l’IRM corps entier chez les patients porteurs d’un CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).
Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est caractérisé par la présence d’une mutation bi-allélique (homozygote ou hétérozygote composite) dans un des gènes MMR. Les patients porteurs d’un CMMRD sont à très haut risque de survenue de tumeur maligne (tumeurs cérébrales, digestives ou hématologiques) caractérisées par une charge mutationnelle très élevée et qui surviennent dès l’enfance (90% des patients CMMRD font une tumeur avant l’âge de 18 ans).
L’efficacité du suivi par IRM cérébrale et endoscopie digestive annuelles est bien établi pour la détection de tumeur asymptomatique à un stade précoce. En 2021, le consortium IRRDC a proposé d’associer à ces examens une IRM corps entier annuelle. Néanmoins, le rationnel pour proposer cet examen reste faible et il n’existe pas de données sur l'intérêt de proposer une IRM corps entier répétée de manière annuelle.
Nous avons repris de manière rétrospective, les patients français inclus dans la database C4CMMRD afin d‘évaluer l’intérêt de la surveillance par IRM corps entier annuelle chez les patients porteurs d’un CMMRD. Seize patients ont bénéficié d’un suivi par IRM corps entier depuis 2018, permettant l’analyse de 40 examens au total (1 seul examen pour 6 patients, médiane 2,5 IRM par patient [1-6]). La médiane d’âge à la 1ère IRM corps entier était de 12 ans [3-20]. Seuls 3 patients étaient indemnes de toute pathologie tumorale, les autres étant en cours de traitement ou ayant été traités précédemment. Ces patients étaient également suivis par IRM cérébrale semestrielle +/- coloscopie selon l’âge et la situation clinique du patient.
Des malformations osseuses, abdominales (kystes pancréatiques chez 2 patients, kystes rénaux chez 1 patient et angiome hépatique chez 1 patient) ou cérébrales (multiples anomalies veineuses de développement chez tous les patients) ont été décrites. Elles sont restées stables au cours du temps sur les différentes imageries réalisées. Trois tumeurs ont été découvertes lors de la surveillance, sans signe clinique associé : 2 tumeurs cérébrales (également détectées sur l’IRM cérébrale) et un lymphome lymphoblastique T médiastinal.
Nous montrons que l’IRM corps entier permet la détection de lésions malformatives extra-cérébrales chez 6 patients et ont justifié des examens plus ciblés. Sur cette petite série, nous n’avons pas d’argument pour recommander de répéter les IRM corps entier chez les patients CMMRD dont la plupart des tumeurs peuvent être dépistées par l’IRM cérébrale (semestrielle dans l’enfance) et le suivi digestif annuel indispensable. Les recommandations de surveillance récemment publiées par le consortium C4CMMRD (PMID: 39420201) se sont appuyées sur ces observations pour proposer une IRM corps entier au moins une fois chez les patients CMMRD pour la détection d’éventuelles malformations. La répétition annuelle est optionnelle et les résultats de ces examens doivent être collectés afin de pouvoir analyser de façon plus précise l’indication.
Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Pauline HOARAU, Carole COZE, Ludovic MANSUY, Hélène SUDOUR, Marion STRULLU, Fatoumata SIMAGA, Laurence BRUGIERES, Chrystelle COLAS
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#49564 - P207 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : revue systématique et méta-analyse – impact de la méthodologie des études.
P207 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : revue systématique et méta-analyse – impact de la méthodologie des études.
Le syndrome de Lynch (SL), causé par un variant pathogène (VP) dans un gène MMR (Mismatch Repair) (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2), est associé à un risque accru de cancers, notamment colorectal (CCR) et endométrial (CE). Une surveillance précoce et adaptée est essentielle, mais les recommandations internationales divergent en raison notamment d’estimations de risque imprécises.
L’objectif de cette étude était de préciser les estimations des risques de cancer chez les porteurs de VP des gènes MMR, afin de contribuer à l’actualisation des recommandations de suivi.
Une recherche a été effectuée dans PubMed le 31 décembre 2024 avec les mots-clés “risk” ET “lynch syndrome”. Les articles originaux estimant les risques cumulatifs de cancer (=pénétrance) à 70 ans chez des porteurs de VP dans les gènes MMR ont été inclus. Conformément aux recommandations MOOSE, des méta-analyses à effets fixes (n = 2 estimations) et aléatoires (n > 2 estimations) ont été réalisées selon les gènes, le sexe, les localisations cancéreuses, le type d’étude (études familiales rétrospectives (RFS), cohortes prospectives (PC) ou études cas-témoins populationnelles (PBCC)) et la méthodologie utilisée (avec ou sans correction des biais de sélection). Deux auteurs ont indépendamment évalué l’éligibilité des études et collecté les données d’intérêt.
Parmi les 33 articles retenus, la majorité étaient des RFS (n=31), avec une seule étude PC et une PBCC. Les estimations de pénétrance variaient selon le gène, le type d’étude et la méthodologie. Les méta-analyses des RFS ont montré des risques de CCR plus faibles à 40 ans pour les porteurs de VP MSH6 (0,4 % [0,1–1,3] chez les femmes ; 1,6 % [0,9–2,6] chez les hommes) et PMS2 (0,3 % [0,1–1,3] chez les femmes ; 1,0 % [0,4–2,3] chez les hommes), comparés à MLH1 (3,1 % [1,8–5,3] chez les femmes ; 4,7 % [2,7–8,1] chez les hommes) et MSH2 (4,4 % [2,7–7,0] chez les femmes ; 5,4 % [3,4–8,5] chez les hommes). Pour le CE, les risques à 50 ans étaient de 8,3 % [5,1–13,4], 8,7 % [3,8–18,7], 5,2 % [2,3–11,2] et 3,0 % [1,0–8,0] pour MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 respectivement. Pour le cancer de l’ovaire, les risques à 40 ans étaient de 1,2 % [0,6–2,7] pour MLH1 et 0,9 % [0,5–1,8] pour MSH2. Peu d’études ont évalué les autres localisations du spectre Lynch, soulignant le besoin de données complémentaires.
Il s’agit de la première revue systématique et méta-analyse fournissant des estimations de risque de cancer par localisation, gène et en tenant compte du type d’étude. Ces résultats pourraient aider à réviser les recommandations de surveillance des porteurs du SL, telles que le début de la coloscopie à 30–35 ans pour les porteurs de VP MSH6 et PMS2, le report de l’hystérectomie après 50 ans pour les porteurs de VP PMS2, et le report de l’ovariectomie après 45 ans pour tous les porteurs de VP MMR.
Séphora CAMPOY (Lyon), Youenn DROUET, Pauline ROCHEFORT, Valérie BONADONA, Christine LASSET
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#49632 - P211 Gène KEAP1, un nouveau gène de prédisposition au cancer de la thyroïde ? Identification d’une nouvelle famille via le Plan France Médecine Génomique.
P211 Gène KEAP1, un nouveau gène de prédisposition au cancer de la thyroïde ? Identification d’une nouvelle famille via le Plan France Médecine Génomique.
Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, une analyse constitutionnelle de génome entier a été proposée à 1 sœur et 2 frères d’une famille rencontrée à l’Institut Curie dans laquelle on retrouve chez la sœur un carcinome papillaire de la thyroïde à 30 ans et deux cancers du sein droit à 46 (CCI) et 54 ans (CLI). L’un des frères a été atteint d’un goitre nodulaire avec hyperplasie papillaire à 41 ans, d’un adénome micro et macro-vésiculaire du lobe thyroïdien droit à 46 ans avec carcinome papillaire de la thyroïde, associé à un carcinome tubulo-papillaire rénal bilatéral à 46 ans et à un cancer de la prostate à 61 ans. L’autre frère a été atteint d’un cancer de la vessie à 57 ans et a un antécédent de goitre multinodulaire et multikystique à 42 ans. Les études dans la famille des gènes BAP1 et DICER1, mais aussi des gènes du panel HBOC, s’étaient avérées normales.
L’analyse pangénomique réalisée sur la plateforme SeqOIA a permis d’identifier le variant pathogène (VP) c.1687C>T p.(Gln563*) du gène KEAP1 retrouvé chez les 3 personnes testées. Les VP constitutionnels de ce gène sont décrits dans la littérature comme associés à l’apparition de goitre mais non à une augmentation du risque tumoral au niveau thyroïdien. Cependant des variants pathogènes du gène KEAP1 ont été rapportés au niveau tumoral dans différents cancers, dont le cancer de la thyroïde, et peuvent conférer une résistance à la chimiothérapie et l’immunothérapie.
Le gène KEAP1 est un gène de recherche non actionnable pour le moment, mais pour poursuivre les investigations dans cette famille, il a été proposé une analyse de coségrégation chez la fille du cas index surveillée pour un volumineux nodule thyroïdien depuis l’âge de 33 ans et chez la mère du cas index qui a subi une lobectomie droite à 63 ans pour un nodule macro-vésiculaire de la thyroïde. La fille du cas index a ainsi été identifiée comme porteuse du variant pathogène KEAP1 alors que la mère n’est pas porteuse. Des analyses complémentaires à la recherche d’une perte d’expression de la protéine KEAP1 et d’un second second hit du gène KEAP1 au niveau tumoral et nodulaire sont en cours.
En conclusion, nous rapportons avec cet exemple que le séquençage pangénomique dans les familles dont l’histoire est très évocatrice de prédisposition aux cancers conduit à l’identification de variants potentiellement causaux mais non actionnables. Des analyses complémentaires doivent alors être engagées par les équipes d’oncogénétique pour pouvoir avancer vers une interprétation, sans certitude de pouvoir conclure de façon formelle, ce qui complexifie le conseil génétique réalisé lors des consultations de résultat. Pour le gène KEAP1 en particulier, l’identification de nouvelles familles et des études fonctionnelles contribueront à l’évaluation de ce gène dans la prédisposition au cancer de la thyroïde.
Antoine DE PAUW (PARIS), Abderaouf HAMZA, Hélène DELHOMELLE, Christophe GUY, Céline BORDET, Lorrie LE PAGE, Edouard COTTEREAU, Bertrand ISIDOR, Eric PASMANT, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD
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#49686 - P215 Analyse constitutionnelle systématique dans le cancer du pancréas ? Retour sur l’expérience du CHU d’Amiens Picardie entre 2022 et 2025.
P215 Analyse constitutionnelle systématique dans le cancer du pancréas ? Retour sur l’expérience du CHU d’Amiens Picardie entre 2022 et 2025.
Depuis 2019, avec l’arrivée des inhibiteurs de PARP en thérapeutique dans les cancers du pancréas (CP), les recommandations américaines préconisent une analyse constitutionnelle systématique des patients avec CP. La littérature rapporte entre 10-15% de variations constitutionnelles dans les CP. En France, il n’y a actuellement pas de recommandation nationale sur les indications d’analyse oncogénétique dans le CP. Le plus souvent, celles-ci sont restreintes à des critères d’âge, d’histoire personnelle/familiale ou à une indication à visée théranostique. En l’absence de consensus, il nous a paru intéressant d’étudier le rendement de ces deux attitudes et la faisabilité d’un testing universel des CP. Nous avons donc décidé, au CHU d’Amiens, de réaliser une analyse à tout patient avec un CP.
Depuis janvier 2022, nous proposons dans le service d’oncogénétique au CHU d’Amiens, une analyse constitutionnelle en panel à tous les patients présentant un adénocarcinome pancréatique, quel que soit leur stade, âge et histoire personnelle/familiale. Le panel de gènes analysés comportait au minimum ATM, BRCA1, BRCA2, MMR, PALB2, CDKN2A, TP53. De manière rétrospective, les données des patients ayant consultés entre le 01/01/2022 et le 30/05/2025 ont été analysées par indications et type de variations retrouvées.
Soixante-quinze patients ont été inclus. Les analyses ont mis en évidence : 10 variants de classe 5 (13% ; 3 ATM, 1 BRCA1, 5 BRCA2, 1 TP53) ; 14 variants de signification indéterminée (VSI) dont deux pour un même patient (19% ; 4 ATM, 1 BRCA1, 3 BRCA2, 1 CDKN2A, 2 PALB2, 2 PMS2, 1 MSH6). Selon les critères d’analyse habituellement retenus dans notre service (âge<50 ans, histoire familiale de cancer du pancréas ou personnelle de cancer du sein), 43 patients (57%) n’auraient pas bénéficié d’analyse oncogénétique. Parmi eux, sept sont porteurs de variants de classe 5 (2 ATM, 1 BRCA1, 4 BRCA2) soit 70% des patients porteurs de variants de classe 5. Sept sont porteurs de VSI.
En élargissant nos critères d’analyse à tout CP, nous nous attendions à trouver davantage de variants pathogènes. Néanmoins, dans notre étude, la majorité des variants pathogènes, dont la plupart sur des gènes actionnables, ont été retrouvés chez des patients à qui nous n’aurions pas proposé d’analyse. Ce résultat nous incite à poursuivre cette pratique même si cela implique une augmentation raisonnable de l’activité pour notre centre estimée à environ une vingtaine de patients par an. Nous n’avons cependant pas mesuré, ce jour, l’impact de cette attitude dans notre service sur les demandes de diagnostic pré-symptomatique. Il conviendrait d’élargir cette étude à d’autres centres pour évaluer la pertinence et la faisabilité de ce type de démarche diagnostique en France. De ces observations, pourraient alors émerger des recommandations nationales d’analyse oncogénétique dans le CP.
Luana GIOVANNANGELI, Emilie LACOT-LERICHE, Florence AMRAM, Bénédicte BONTE, Etienne ROULEAU, Alexis BILLES, Gilles MORIN, Florence JOBIC, Emma LACHAIER (amiens)
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#49889 - P219 Une insertion pathogène d’un élément rétrotransposon de type SVA dans BRCA1 révélée par WGS.
P219 Une insertion pathogène d’un élément rétrotransposon de type SVA dans BRCA1 révélée par WGS.
Malgré l’analyse systématique de panels de gènes par séquençage à haut débit, des variants pathogènes ne sont identifiés que dans 10–20 % des familles atteintes de cancer du sein et/ou de l’ovaire héréditaire. Parmi les causes encore sous-estimées figurent les insertions d’éléments mobiles (MEI), connues pour être impliquées dans diverses maladies humaines mais dont la détection demeure difficile en raison de leur structure complexe et de la variabilité de leurs sites d’insertion.
Dans le cadre du programme PFMG2025, une analyse par séquençage du génome entier (WGS) a été réalisée chez une patiente ayant présenté deux cancers du sein, dont un triple négatif à 24 ans suivi d’une récidive homolatérale à 37 ans. Le pipeline de détection des variants structuraux a initialement suggéré une translocation entre les chromosomes 12 (CCDC63) et 17 (BRCA1). L’examen approfondi des données brutes, associé à un BLAST des séquences chimériques sur la base Dfam, a finalement révélé une insertion de type SVA-F d’environ 2,3 kb dans l’exon 5 de BRCA1 (c.208_209insSVA-F). Ce variant altère la séquence codante et entraîne la production d’une protéine tronquée. Une étude fonctionnelle sur ARN est en cours afin de préciser son impact sur le transcrit de BRCA1.
Il s’agit du premier cas rapporté d’une insertion pathogène de type SVA dans l’exon 5 de BRCA1. Cette observation met en évidence les limites des approches classiques de détection des MEI et souligne l’apport du WGS pour améliorer le rendement diagnostic moléculaire dans les cancers héréditaires.
Pierre VANDEPERRE, Ayman AL SAATI, Christine TOULAS, Mélanie LEONE, Nadia BOUTRY-KRYZA, Ahmed BOURAS (Lyon)
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#49304 - P223 Mise en place d’un panel NGS somatique dédié aux mélanomes uvéaux en routine au Centre Antoine Lacassagne.
P223 Mise en place d’un panel NGS somatique dédié aux mélanomes uvéaux en routine au Centre Antoine Lacassagne.
De nombreux patients présentant des tumeurs oculaires sont pris en charge chaque année au Centre Antoine Lacassagne en raison de l’offre de protonthérapie. Parmi ces cancers, le mélanome uvéal est un cancer rare (500 nouveaux cas diagnostiqués par an en France) mais représente la tumeur maligne oculaire la plus fréquente chez l’adulte. Près de la moitié des patients développent une maladie métastatique, notamment hépatique, avec un pronostic sombre.
Afin de caractériser moléculairement ces tumeurs en routine, nous avons inclus 10 gènes d’intérêt à notre panel NGS de 124 gènes (panel à façon Agilent, plateforme NextSeq1000 Illumina, bio-informatique SeqONE) : totalité des séquences codantes de GNAQ, GNA11, BAP1, MBD4, EIF1AX, SF3B1, SRSF2, MAPKAPK5 et hotspots de CYSLTR2 (L129Q) et PLCB4 (codon D360). Les mutations de gènes de la voie Gq alpha sont les évènements drivers de ces tumeurs : principalement GNAQ et GNA11 sur le codon Q209, plus rarement sur d’autres codons ou sur les gènes CYSLTR2 et PLCB4. Les mutations BAP1 sont associées à un mauvais pronostic, SF3B1 à un pronostic intermédiaire, et EIF1AX à un pronostic plus favorable.
Une cohorte de 28 patients atteints de mélanomes uvéaux principalement métastatiques a été séquencée au laboratoire. La totalité des tumeurs présentaient des mutations GNAQ (43% dont 75% Q209P et 25% Q209L) ou GNA11 (57% dont 88% Q209L et 12% Q209Y) sur le codon Q209. Deux de ces mutations de GNA11 n’ont jamais été décrites dans la littérature : c.624_627delinsATAT p.(Gln209Tyr) et c.625_627delinsTAT p.(Gln209Tyr). Au total, 18 de ces 28 tumeurs (64%) présentaient au moins une altération de BAP1 identifiée en NGS : 16 mutations et deux réarrangements de grande taille (perte de l’exon 5 et perte des exons 15-16). Concernant les 10 autres tumeurs : 4 étaient mutées SF3B1 (75% R625H et 25% R625C), 2 EIF1AX (G9R et G15D) et 4 n’avaient aucune autre mutation que GNAQ ou GNA11. L’analyse complète des 124 gènes du panel a permis d’identifier d’autres altérations moléculaires dans 4 tumeurs mutées BAP1, dont certaines avec un potentiel impact théranostique : KDR c.3193G>A p.(Ala1065Thr), MTOR c.7217T>C p.(Val2406Ala), PTEN c.368A>G p.(His123Arg) et TP53 c.919+1G>C p.?.
L’utilisation d’un panel NGS large incluant des gènes spécifiques des mélanomes uvéaux permet la recherche de mutations d’intérêt diagnostic (GNAQ/GNA11/PLCG4/CYSLTR2), pronostic (BAP1/SF3B1/EIF1AX), théranostique et de prédisposition (BAP1/MBD4) dans ce sous-groupe rare de tumeurs dont les options thérapeutiques sont aujourd’hui limitées. L’ajout de ces gènes à notre panel NGS « mélanomes » a également permis de détecter chez un patient présentant une récidive métastatique à 12 ans d’un mélanome du scalp BRAF non muté, les mutations GNA11 c.626A>T p.(Gln209Leu) et SF3B1 c.2218_2220del p.(Gly740del), identifiant chez ce patient un sous-type connu de rares mélanomes non uvéaux présentant un profil moléculaire semblable à ces derniers.
Logan BALDINI, Agnès DUCOULOMBIER, Nathalie EBRAN, Esma SAADA-BOUZID, Francois PETIT (NICE)
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#49377 - P227 Analyse intégrée de l’ADN tumoral circulant dans les sarcomes d’Ewing : une cohorte rétrospective de 226 patients.
P227 Analyse intégrée de l’ADN tumoral circulant dans les sarcomes d’Ewing : une cohorte rétrospective de 226 patients.
Contexte
L’essor de la médecine de précision en oncologie pédiatrique, soutenu par des essais tels que MAPPYACTS et MICCHADO, s’accompagne du développement d’approches innovantes de caractérisation moléculaire. Parmi elles, l’analyse de l’ADN tumoral circulant (ctDNA) émerge comme un outil non-invasif prometteur pour le suivi longitudinal des patients. Dans les sarcomes d’Ewing, pathologie rare et agressive survenant principalement chez l’adolescent et le jeune adulte, les besoins en biomarqueurs dynamiques prédictifs et pronostiques restent majeurs. Ces tumeurs sont majoritairement caractérisées par une translocation impliquant EWSR1.
Objectifs
Cette étude vise à démontrer la valeur ajoutée d’une approche intégrée multi-échantillons (tumeur, sang, constitutionnel) et multi-temporelle (diagnostic, traitement, rechute) du ctDNA dans les sarcomes d’Ewing, pour décrire la dynamique tumorale et identifier des marqueurs précoces de rechute et de réponse.
Matériel et méthodes
Dans cette cohorte rétrospective d’envergure, 713 prélèvements de biopsies liquides ont été collectés chez 226 patients dans le cadre des protocoles EE2012, CombinaiR3, ReeCur et MICCHADO, complétés par 44 échantillons tumoraux et 70 constitutionnels.
Un shallow whole-genome sequencing (génome faible couverture) a été réalisé sur 589 échantillons afin de retrouver le réarrangement structural (gène de fusion) pathognomonique et d’identifier les variations du nombre de copies (CNVs). Un panel ciblé a permis l’analyse fine des gènes de fusion impliquant EWSR1 ainsi que les altérations somatiques associées comme les SNVs et CNVs dans TP53, STAG2 et CDKN2A entre autres.
Résultats
L’analyse longitudinale du ctDNA révèle des profils évolutifs corrélés aux étapes clés du parcours thérapeutique, notamment aux événements de rechute. La comparaison intégrée tumeur/ctDNA met en évidence des concordances et des évolutions informatives, suggérant l’émergence de sous clones et soulignant une hétérogénéité tumorale initiale. Cette approche ouvre la voie à une potentielle stratification dynamique des patients.
Conclusion
Cette étude représente une très large série dédiée à l’analyse génomique du ctDNA dans les sarcomes d’Ewing. Elle démontre la faisabilité d’un suivi moléculaire non-invasif à haute résolution, offrant de nouvelles perspectives pour la surveillance minimale résiduelle et la médecine de précision adaptative. Les résultats sont en cours de publication.
Stelly BALLET (Les Ecrennes), Lieke MOUS, Camille BENOIST, Eleonore FROUIN, Victor RENAULT, Didier SURDEZ, Gaelle PIERRON
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#49681 - P231 L’activité cancer au sein du GCS AURAGEN du Plan France Médecine Génomique 2025 : organisation, mise en œuvre et résultats.
P231 L’activité cancer au sein du GCS AURAGEN du Plan France Médecine Génomique 2025 : organisation, mise en œuvre et résultats.
Introduction
Le Plan France Médecine Génomique 2025 vise à intégrer le séquençage du génome entier dans la pratique clinique afin d’améliorer la prise en charge des patients tout en offrant un accès équitable à l’innovation. Dans ce cadre, le GCS AURAGEN développe une activité dédiée aux cancers, dont nous présentons ici l’organisation et les premiers résultats.
Organisation
Le GCS AURAGEN a en charge les patients de la moitié Sud-Est de la France ainsi que des DROM-COM. Son activité en oncologie repose sur les prescriptions issues de 47 établissements et sur une organisation intégrée, associant étroitement cliniciens, assistants de prescription, équipe technique, bioinformaticiens et biologistes. Les préindications d’accès au diagnostic génomique majoritairement retenues lors des RCP concernent les cancers solides de l’adulte et de l’enfant, ainsi que les leucémies aiguës. Les analyses sont réalisées à partir de prélèvements tumoraux, qualifiés sur des plateformes agréées par l'INCa, et d'un échantillon constitutionnel apparié. Les techniques mises en œuvre incluent le séquençage du génome, de l’exome et du transcriptome. Les données produites sont analysées par des pipelines bio-informatiques « maison » automatisés et validés. Les résultats d’interprétation biologique, permettant l’identification d’altérations pertinentes pour le diagnostic, le pronostic ou l’orientation thérapeutique, sont discutés collectivement au cours de réunions hebdomadaires multidisciplinaires.
Résultats
Les demandes qui ne représentaient que 400 prescriptions en 2022, sont passées à 1005 en 2024 (+150%). Les pré-indications les plus fréquentes concernaient les cancers de l’adulte avancés en échec thérapeutique de première ligne (37%), les cancers rares (24%), ainsi que les cancers pédiatriques (22%) et les leucémies (11%). Le délai médian de rendu du WGS en 2024 était de 4 semaines à réception de l’échantillon. Les analyses réalisées permettent la détection d’un large spectre d’altérations moléculaires (SNV, CNV, SV, fusions de gènes). Un accent particulier a été mis sur l'utilisation de la détection des variants structuraux (SV) en WGS, notamment pour la détection de translocations en hématologie. Grâce au développement de classifiers, les données d'expression génique sont également très employées pour aider au classement des tumeurs, notamment en pédiatrie et en hématologie.
Conclusion / Perspectives
L’intégration des résultats de ces analyses en RCP moléculaire a fortement contribué à enrichir la discussion multidisciplinaire dans l’objectif d’améliorer la personnalisation des traitements. Les prochaines étapes visent à une exploitation encore plus poussée des données propres au WGS, notamment les SV et les signatures associées aux grands réarrangements chromosomiques. Un travail continu est également mené en vue d'optimiser les délais et d’automatiser au maximum la production du compte-rendu médical.
Anne MC LEER (Lyon), Pascale FLANDRIN-GRESTA, Sandrine BOYAULT, Carole FERRARO-PEYRET, Anthony FERRARI, Anne THOMAS, Brune HENRY, Christine VINCIGUERRA, Pierre SAINTIGNY, Jean-Yves BLAY, Alain VIARI, Consortium AURAGEN
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#49815 - P235 Apports du séquençage NGS pan-tumoral des gènes MMR.
P235 Apports du séquençage NGS pan-tumoral des gènes MMR.
Plusieurs études ont démontré que l’instabilité micro-satellitaire (MSI) issue d’une déficience du système mismatch-repair (MMR) pouvait survenir dans de nombreux types de cancers et était associée à une réponse à l’immunothérapie. La Réunion Transversale de Biologie moléculaire PACA-Est du Centre Antoine Lacassagne permet le screening moléculaire de patients métastatiques afin d’être inclus dans un essai clinique ou de pouvoir bénéficier de thérapies ciblées. La détermination du statut MSI (PCR-pentaplex Promega, SeqStudio, ThermoFisher Scientific) et le séquençage des quatre gènes MMR (MSH2, MSH6, MLH1, PMS2) au sein de notre panel NGS de 124 gènes (panel à façon Agilent, NextSeq1000 Illumina, bio-informatique SeqONE) font partie de ce screening. Une analyse des séquences microsatellitaires de notre panel NGS (SomaMSI, SeqONE) a été réalisée en complément, de manière rétrospective.
Au total, près de 430 NGS ont été réalisés entre octobre 2024 et août 2025, pour lesquels 35 variations des gènes MMR ont été retrouvées. Parmi elles, des variations de signification inconnue (VSI) ont été identifiées associées à un statut microsatellitaire stable dans 26 tumeurs. Ces résultats supportent une absence d’effet délétère de ces variations, notamment pour celles identifiées dans des tumeurs du côlon et de l’endomètre.
Nous avons retrouvé 8 tumeurs avec une mutation pathogène d’un gène MMR. Deux carcinomes épidermoïdes MSI et mutés MLH1 c.2057_2058delinsA p.(Ile686Asnfs*97) et c.588+1G>C p.? respectivement. Trois carcinomes endométrioïdes MSI avec hyperméthylation MLH1 mutés MSH6 c.3261del p.(Phe1088Serfs*2). Cette délétion est située dans une région monosatellite (homopolymère de 8 cytosine). La détection de cette mutation en tumoral est plus fréquemment la conséquence d’une instabilité microsatellitaire que sa cause et peut orienter à tort vers un syndrome de Lynch. Un quatrième carcinome endométrioïde MSI avec hyperméthylation MLH1 présentait une mutation MSH2 c.697del p.(Ser233Profs*13). Le nucléotide délété est au sein d’une répétition de 4 thymines, cette mutation est probablement la conséquence de l’hypermutation somatique liée au statut MSI.
Dans un adénocarcinome prostatique et un carcinome épidermoïde des variations pathogènes sans statut MSI associé ont été détectées, probablement en raison de fréquences alléliques inférieures à 20%. Par ailleurs, l’analyse NGS (MSI et gènes MMR) nous a permis de détecter une instabilité microsatellitaire dans deux cas de carcinomes endométrioïdes MSS sur les marqueurs de Bethesda (avec comparaison au tissu sain) et pMMR. Une de ces tumeurs ne présentait pas d’hyperméthylation MLH1 mais un VSI dans MSH6.
Au total l’analyse NGS pan-tumorale du statut MSI et des gènes MMR permet une meilleure compréhension et détection des déficiences du système MMR. Cependant, l’interprétation des variations doit se faire avec précaution et en tenant compte de tous les éléments disponibles comme l’IHC et la méthylation de MLH1.
Logan BALDINI, Esma SAADA-BOUZID, Loïc TRAPANI, Julien BOYER, Nathalie EBRAN, Francois PETIT (NICE)
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#49955 - P239 L’HRD dans les analyses génomiques en cancérologie somatique clinique : Pertinence du score HRD évaluée à partir des analyses génomiques et des données cliniques chez les patients présentés à la RCP moléculaire APHP SeqOIA.
P239 L’HRD dans les analyses génomiques en cancérologie somatique clinique : Pertinence du score HRD évaluée à partir des analyses génomiques et des données cliniques chez les patients présentés à la RCP moléculaire APHP SeqOIA.
L’instabilité génomique est une caractéristique du cancer qui entraine l’accumulation de pertes, gains et de réarrangements de l’ADN. Différentes étiologies ont été identifiées incluant, des erreurs mitotiques, un stress réplicatif ou un défaut de réparation de l'ADN par recombinaison homologue (HRR). La diversité des causes engendre une diversité de conséquences génomiques qui peuvent impacter le phénotype clinique. Le développement des inhibiteurs de PARP (PARPi) dans les cancers séreux de haut grade de l’ovaire (HGSOC) et la corrélation, entre instabilité génomique, déficit HRR (HRD) et réponse au traitement a conduit au développement de scores d’instabilité chromosomique utilisés comme marqueurs indirects de réponse aux PARPi et aux sels de platines. Dans les HGSOC, un score HRD élevé est le plus souvent associé à l’inactivation par mutation ou méthylation de gènes impliqués dans l’HRR, impliquant majoritairement BRCA1, BRCA2 et RAD51C. Le score HRD est calculé à partir de 3 paramètres : Des événements de perte d’hétérozygotie LOH : score LOH ; des événements de déséquilibre allélique télomériques : score Telomeric AI ; et des événements de larges transitions : score LST. Le seuil de positivité dépend de la méthode utilisée, mais, le seuil historiquement validé dans des essais cliniques à 42 par le test MyChoice® CDx Myriad HRD sert de comparateur. Au-delà des HGSOC, ni la corrélation entre ce score et le statut HRD ni sa valeur clinique ne sont validées.
L’analyse exhaustive du génome dans le cadre du plan FMG 2020-2025 pour les patients atteints d’un cancer rare ou d’un cancer en échec thérapeutique, permet d’analyser, la fréquence, le type d’instabilité, les associations avec le profil mutationnel et l’impact phénotypique du score d’instabilité génomique au-delà des HGSOC.
Nous avons réalisé une étude rétrospective, à partir de la cohorte de la RCP moléculaire SeqOIA AP-HP, comportant plusieurs centaines d’échantillons tumoraux analysés par Séquençage Haut-Débit de Génome entier et de transcriptome de septembre 2020 à novembre 2025, et pour lesquels le score HRD a été calculé. A partir de ces données, nous avons identifié des évènements moléculaires qui peuvent moduler la valeur de ce score, et nous avons analysé la valeur des 3 paramètres LOH, LST, TAI pour chaque score HRD. Nous avons également rétrospectivement analysé les données cliniques de l’ensemble des patients de la cohorte, notamment les réponses thérapeutiques. Cela nous a permis de définir des sous-groupes moléculaires de score HRD corrélés à une bonne réponse et à une survie globale plus longue chez les patients traités par sels de platine ou inhibiteurs de PARP.
Le but de cette étude était d’affiner la signification pronostique et thérapeutique du score HRD en pratique courante, par une approche plus globale et plus précise de catégorisation avec un focus par cancer notamment les sarcomes très représentés dans la cohorte et dont 1/3 présentent sont HRD +.
Bernard JONDEAU (Paris), Marie ADOU, Camille TLEMSANI, Jacqueline LEHMANN-CHE, Guillaume BEINSE, Jérôme ALEXANDRE, Karen LEROY, Simon GARINET, Anne JOUINOT, Kariman CHABA, Audrey LUPO MANSUET, Manjula DEVILE, Ivana STANKOVIC, Cécile JOUANNEAUX, Franck BIELLE, Adrien BORGEL, Alexandre BUFFET, Nelly BURNICHON, Albain CHANSAVANG, Erell GUILLERM, Jérôme LAMORIL, Alexandre PERRIER, Marine SROUSSI, Nathalie THÉOU-ANTON, Mélanie TRILLARD, Jeanne NETTER-COTI, Marie-Clémence GORENSTEIN, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Jacques CADRANEL, Pierre LAURENT-PUIG, Hélène BLONS, Laetitia MARISA
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#48852 - P243 Enquête monocentrique sur le dépistage préconceptionnel en assistance médicale à la procréation.
Enquête monocentrique sur le dépistage préconceptionnel en assistance médicale à la procréation.
Cette étude prospective, menée au sein du service d'Assistance Médicale à la Procréation (AMP) de l'hôpital Foch entre janvier 2021 et octobre 2023, explore les opinions des patients vis-à-vis du dépistage génétique préconceptionnel des maladies monogéniques. Un questionnaire anonyme en ligne a été envoyé à 7793 patients ayant consulté dans ce service ; 1206 ont répondu, soit un taux de réponse de 15,5 %.
Les résultats révèlent un fort soutien à cette pratique : 90,8 % des répondants considèrent que le dépistage génétique des porteurs constitue une avancée significative dans le domaine de l’AMP. Par ailleurs, 41,9 % estiment que ce dépistage devrait être proposé à tous les couples envisageant une grossesse, tandis que 43,1 % pensent qu’il devrait être accessible à tout adulte souhaitant connaître son statut de porteur sain.
Ces données mettent en évidence la pertinence d’initier des études pilotes en France, en impliquant les patients en AMP, une population sensibilisée à ces enjeux. De telles initiatives sont essentielles pour appréhender les enjeux éthiques, économiques et technologiques liés à la mise en œuvre du dépistage génétique préconceptionnel à plus grande échelle. Elles permettront également d’évaluer les modalités optimales d’intégration de ce dépistage dans le parcours de soins, notamment en termes de conseil génétique spécialisé et d’information des patients.
En conclusion, le dépistage génétique préconceptionnel suscite un fort intérêt parmi les patients ayant recours à l’AMP dans ce centre. Ce contexte clinique offre une opportunité pour tester, adapter et encadrer cette pratique en vue de garantir des choix reproductifs éclairés et responsables.
Mario ABAJI (Marseille), Arnold MUNNICH, Catherine RACOWSKY, Camille FOSSARD, Jessica VANDAME, Mathilde LABRO, Achraf BENAMMAR, Jean-Marc AYOUBI, Marine POULAIN
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#48972 - P247 Déploiement et intégration des Chargés de Parcours Génomique dans le cadre du PFMG2025 : étude organisationnelle de quatre centres en France.
P247 Déploiement et intégration des Chargés de Parcours Génomique dans le cadre du PFMG2025 : étude organisationnelle de quatre centres en France.
Le Plan France Médecine Génomique 2025 vise à garantir un accès équitable au séquençage du génome sur l’ensemble du territoire français. Pour accompagner les cliniciens face aux évolutions des parcours de soins mis en place dans ce cadre, 51 postes de Chargé de Parcours Génomique (CPG) ont été créés et implantés au sein d’hôpitaux et de centres de lutte contre le cancer. Les CPG, issus de formations diverses (conseil génétique, recherche clinique, biologie), constituent une initiative unique au monde, conçue pour répondre aux enjeux de la médecine génomique. Leurs missions s’articulent autour de quatre grands axes : appui aux prescripteurs, coordination du parcours de soins, interface avec les laboratoires, et optimisation des processus.
Cette étude s’intéresse à la manière dont cette fonction émergente a été intégrée dans la pratique courante, ainsi qu’aux facteurs susceptibles de moduler cette intégration. Elle s’appuie sur des observations de terrain et des entretiens menés dans quatre centres de prescription génomique (Paris, Rennes et Lyon), couvrant les domaines du cancer et des maladies rares.
Ces 4 centres mobilisent les CPG selon les attentes du PFMG2025, mais leurs missions et leur autonomie varient selon les infrastructures, dynamiques organisationnelles préexistantes, spécialités médicales et profils des CPG. Titulaire d’un diplôme de conseiller en génétique (CG), le CPG joue un rôle plus autonome et cliniquement engagé, notamment dans les maladies rares, où il participe à l’information des patients, au recueil du consentement et à la coordination des apparentés, pouvant aller au-delà des missions initiales pour assurer un accompagnement optimal du patient, de sa famille et du spécialiste. En oncologie, les CPG assurent un suivi longitudinal important des parcours génomiques encore en structuration, couvrant les aspects organisationnels, techniques et logistiques. Leur rôle clinique pourrait toutefois se renforcer avec la consolidation des parcours, notamment pour soutenir les cliniciens moins familiers aux aspects constitutionnels des tests génétiques.
Ces résultats soulignent l’importance de l’information au patient dans les fonctions des CPG et suggèrent de repenser la place spécifique du CG dans ce rôle, ainsi que d’adapter les stratégies de recrutement et de formation aux besoins du terrain. Dans un contexte où peu de dispositifs comparables existent à l’échelle internationale, cette étude fournit une base essentielle pour guider la structuration et le développement de ces fonctions au sein des systèmes de santé mondiaux.
Léa GAUDILLAT (Dijon), Léa PATAY, Margot LEMAITRE, Isabelle GUILLOU, Celia DUPAIN, Julie FLAVIUS, Christophe LE TOURNEAU, Faustine MONIN, Benoit YOU, Clara PARIS, Alexandre BELOT, Chloé FOURNIER, Sylvie ODENT, Laurence FAIVRE, Frédérique NOWAK, Christel THAUVIN-ROBINET, Christine PEYRON
10:00 - 11:00
#49299 - P255 Quelle est l’impact pratique de la la co-ségrégation familiale en néphogénomique adulte ?
P255 Quelle est l’impact pratique de la la co-ségrégation familiale en néphogénomique adulte ?
Introduction
Le séquençage d’exome ou de génome conduit fréquemment à l’identification de variant de signification inconnue (VUS), qui constituent un frein à l’interprétation diagnostique et le conseil génétique. Dans cette étude, nous développerons le rôle des informations familiales, à travers l’analyse de co-ségrégration, pour la reclassification des VUS, et d’étudier de manière approfondie l’intérêt de cette approche clinico-biologique notamment dans le cadre d’exome et génome faits en néphrogénomique adulte.
Méthode
Au sein de la consultation de néphrogénomique à Sorbonne Université, les patients peuvent bénéficier d’une analyse par séquençage d’exome, réalisées en collaboration avec le laboratoire Biomnis et Pitié Salpetrière. Des réunions entre cliniciens et biologistes sont réalisées chaque semaine pour discuter des VUS identifiés.
Les patients sélectionnés pour une étude de co-ségrégation, sont contactés afin de collecter les données familiales supplémentaires nécessaires à l’interprétation du variant (afin de reclasser en variant de classe 4 ou l’inverse éliminer la responsabilité de la variation suspecte).
Une fois que toutes les informations familiales sont disponibles, nous discutons à nouveau avec le laboratoire afin de reclasser le VUS notamment via les critères PP1/PP4 et de nouveaux éléments phénotypiques accessibles.
Résultats
Entre mai 2024 et mai 2025 sur 799 exomes, 94 cas index ont été contactés pour bénéficier d’une étude de co-ségrégation. Sur cette période, le taux de participation de cas index et d’apparentés est de 43%.
Dans 13 % des cas, la co-ségrégation a permis une réinterprétation du variant, finalement reclassé comme bénin ou probablement pathogène.
Les 30 % restants sont des familles dont le variant n’a pu être reclasser pour des raisons différentes : des données cliniques d’apparentés insuffisantes, des difficultés d’interprétation liées à la pénétrance incomplète de la maladie, ou un mode de transmission de la maladie non compatible avec les apparentés disponibles
Conclusion
Ces résultats illustrent à la fois l’intérêt et les limites de l’utilisation de co-ségrégation, et met en évidence l’importance de la participation familiale et de la qualité des données cliniques pour la reclassification des VUS.
La co-ségrégation familiale est, dans notre expérience, une méthode utile qui peut apporter des éléments décisifs pour environ 13 % des familles co-ségrégés sur un an en néphrogénomique adulte. Néanmoins, les limites pratiques sont importantes et expliquent une proportion élevée de cas non informatifs ou non exploitables. Ces résultats encouragent à réfléchir à une meilleure sensibilisation à la co-ségrégation au près des patients et des prescripteurs. En comparaison la seule étude disponible qui est l’étude américaine de Tsai et al à 67% de participation, et 61% des variants ont pu être reclassés. Ces différences pourraient être liées à des facteurs culturels, logistiques ou à la structure du système de santé.
Nadia OULD OUALI (paris), Estelle ROMERO, Mélanie EYRIES, Laurent MESNARD
10:00 - 11:00
#49417 - P259 Projet MAG-SUDOE : enquête sur la supervision des professionnels en conseil génétique dans trois pays européens.
P259 Projet MAG-SUDOE : enquête sur la supervision des professionnels en conseil génétique dans trois pays européens.
Le projet MAG-SUDOE (Mentorat/supervision en Conseil Génétique), financé par le programme sud ouest européen Interreg, a pour objectif de promouvoir la supervision des professionnels de la génétique médicale (médecins généticiens et conseillers en génétique).
La supervision constitue un dispositif essentiel pour accompagner les professionnels en conseil génétique, tant sur le plan clinique que réflexif. La supervision clinique permet l’analyse et la discussion des situations rencontrées, tandis que la supervision de conseil génétique offre un espace d’exploration des émotions, des dynamiques relationnelles et des dilemmes éthiques.
Le projet est financé pour une période de trois ans (de juin 2025 à décembre 2028), il regroupe quatre centres de Génétique en Europe: l’Institut de Recherche et d’Innovation en Santé de l’Université de Porto, Portugal, Navarrabiomed, Pampelune, Espagne, la Fondation Publique Galega, Saint-Jacques de Compostelle, Espagne et le CHU de Toulouse, France. Le projet s’articule autour de trois phases. La première consiste à évaluer les pratiques réflectives actuelles basées sur une étude quantitative et qualitative. Les commentaires des parties prenantes soutiendront l’élaboration de lignes directrices nationales adaptées à chaque système de santé, contribuant ainsi à la création de politiques de santé fondées sur des données probantes.
L’objectif de cette enquête est de décrire les pratiques actuelles de supervision des professionnels en conseil génétique en France, d’évaluer leurs attentes et leurs perceptions et de mettre en évidence les besoins en termes de réglementation et de formation des superviseurs.
En France, notre méthodologie s'est basée sur un questionnaire en ligne, diffusé par courriel aux adhérents de l’Association Française de Génétique Clinique et de l’Association Française des Conseillers en Génétique. Il distingue :
• les professionnels ayant accès à une supervision (analyse des modalités d’exercice, bénéfices attendus, retentissement sur le bien-être personnel et professionnel),
• Ceux n’ayant pas accès à une supervision (attentes et bénéfices envisagés).
L’enquête intègre également des questions sur la perception des besoins en matière de supervision et de réglementation. Les questionnaires utilisés sont harmonisés avec ceux diffusés dans les autres pays partenaires du projet (Portugal, Espagne).
La collecte des données est en cours et elle sera finalisée à l’automne 2025. Les résultats détaillés, incluant le nombre de répondants, l’accès actuel à la supervision, les bénéfices perçus et les attentes exprimées, seront présentés lors du congrès.
Les résultats obtenus contribueront à la deuxième phase du projet, qui vise à élaborer un programme de formation destiné aux superviseurs. La troisième phase étant de mettre en place une supervision encadrée sur une population de professionnels volontaires dans les centres partenaires de l’étude et d’en évaluer les bénéfices.
Nelly DEWULF (TOULOUSE), Lidia GUIMARAES, Bérénice HEBRARD, Christelle GARNIER, Emilie CONSOLINO, Jean-Michael MAZZELLA, Emmanuelle HACQUET, Joana BENGOA, Laetitia MONTEIL, Alban ZIEGLER, Sagardia Fernandez ANE MIREN, Maria TUBÍO-FUNGUEIRIÑO, Montserrat FERNANDEZ, Maria RAMOS-ARROYO, Milena PANEQUE, Julie PLAISANCIE
10:00 - 11:00
#49502 - P263 De la procréation médicalement assistée au Togo aux thérapies génétiques en France : quand la migration et le tourisme médical révèlent l'impératif des sciences humaines dans la compréhension des représentations sociales face à l'innovation biomédicale.
P263 De la procréation médicalement assistée au Togo aux thérapies génétiques en France : quand la migration et le tourisme médical révèlent l'impératif des sciences humaines dans la compréhension des représentations sociales face à l'innovation biomédicale.
Cette communication analyse l’impact des représentations sociales sur l’appropriation de la Procréation Médicalement Assistée (PMA) et des thérapies génétiques dans un contexte de mondialisation. L’essor rapide de ces innovations médicales s’accompagne d’une mobilité accrue des patients et des savoirs, où migrations et tourisme médical confrontent des visions culturelles diverses de la maladie, du corps et de la filiation.
Une étude menée au Togo sur la FIV en PMA a montré que l’adhésion ou la résistance à la Fécondation In Vitro ne dépendent pas seulement de ses bénéfices médicaux, mais des croyances locales sur la parentalité, la lignée et le destin. En France, les mêmes dynamiques apparaissent avec les thérapies génétiques, dont la réception varie selon les systèmes de valeurs.
La théorie des représentations sociales (Moscovici, 1961 ; Jodelet, 1989) permet de comprendre les processus d’« ancrage », qui relient la nouveauté aux catégories préexistantes, et d’« objectivation », qui rendent concrets des concepts abstraits (Doise, 1990). Ainsi, une société occidentale peut concevoir la thérapie génique comme une correction de code, tandis qu’ailleurs elle s’inscrit dans une logique de fatalité ou d’héritage ancestral.
Les migrations et le tourisme médical complexifient ces perceptions. Le patient migrant arrive avec des représentations forgées dans son pays d’origine, parfois en tension avec celles du système de soins français. Le tourisme médical, en transformant le soin en produit marchand, soulève aussi des enjeux d’équité et de justice sociale.
Plusieurs hypothèses émergent :
• Les représentations sociales des thérapies diffèrent entre populations migrantes et locales, influençant adhésion et choix éthiques (Herzlich, 1969) ;
• L’échec thérapeutique est interprété diversement, entre destin, insuffisance de la science ou rupture familiale ;
• La non-adhésion ne traduit pas seulement un refus médical mais s’ancre dans des visions culturelles de la santé et de la maladie.
Ces constats montrent que l’approche biomédicale seule est insuffisante. L’intégration des sciences humaines est nécessaire pour adapter la communication médicale, faciliter la décision partagée et reconnaître la diversité des représentations.
En conclusion, les thérapies génétiques ne posent pas seulement des défis techniques mais surtout sociaux et culturels. Dans un monde marqué par la mobilité, l’éthique doit être dynamique et contextuelle, ouverte aux apports des sciences humaines pour construire une génétique réellement au service de l’humanité dans sa pluralité.
Kokoé Essénam KOUEVI (Lyon), Nikos KALAMPALIKIS
10:00 - 11:00
#49611 - P267 Données incidentes issues de l’exome prénatal : état des lieux du CPDPN de l’Océan Indien.
P267 Données incidentes issues de l’exome prénatal : état des lieux du CPDPN de l’Océan Indien.
Introduction :
Le séquençage d’exome s’intègre désormais en routine en prénatal. En raison de ses caractéristiques techniques, il peut révéler des variations sans lien avec le signe d’appel échographique (données secondaires ou incidentes).
Objectif :
Estimer la fréquence des données incidentes (DI) identifiées lors des exomes prénataux prescrits au CPDPN de l’Océan Indien.
Méthodologie :
Cette étude monocentrique rétrospective a été menée sur l’ensemble des exomes prescrits par le CPDPN de l’Océan Indien entre janvier 2022 et janvier 2024. Les exomes étaient analysés en trio ou en duo au laboratoire BIOMNIS.
L’information concernant l’accès aux DI et le recueil du consentement étaient réalisés en consultation de génétique au moment de la prescription de l’exome.
Seules les données pouvant avoir un impact sur le suivi clinique ou le conseil génétique ont été rendues, et uniquement si les patients ne s’y étaient pas préalablement opposés.
La présence de DI était rapportée chez les parents, sauf si elle était associée à une pathologie avec manifestations pédiatriques, après discussion clinico-biologique entre notre équipe et le laboratoire.
Résultats :
Un exome a été prescrit chez 100 fœtus sur la période de l’étude. 42 DI dans 17 gènes ont été mises en évidence, dans 32 familles.
Parmi ces données, le gène le plus fréquemment impliqué était G6PD (18 individus), puis HBB (4) et BRCA2 (3), CFTR (2), LDLR (2), TTR (2), et enfin ALG8, APC, BGN, CDKN2A, F2, GP1BB, HFE, LHFPL5, LRRK2, PALB2 et PKD2 (1).
La variation LRRK2, impliquée dans des formes de maladie de Parkinson à début précoce, retrouvée chez le fœtus et héritée de la mère, n’a pas été rendu en raison de l’absence de prise en charge disponible.
Discussion :
De façon inattendue, aucune DI n’est mise en évidence dans les gènes de maladies récessives récurrentes de la Réunion, en dehors de la variation LHFPL5, responsable d’une surdité non syndromique, et la variation récurrente réunionnaise de BRCA2.
La variation de G6PD reste la DI la plus fréquente. En excluant cette donnée, on retrouve une DI chez 21% des familles.
Enfin, si on se limite à la liste des gènes actionnables de l’ACMG, 10% de DI ont été retrouvées dans notre cohorte, versus 3 à 6 % dans la littérature.
Aucune de ces données incidentes n’étaient connues dans les familles et l’analyse rétrospective ne montrait pas d’antécédents familiaux évocateurs.
Conclusion :
La fréquence des DI dans notre cohorte semble être supérieur à celle attendue dans la littérature. Des études complémentaires sont nécessaires afin de comprendre ce chiffre.
Nos résultats confirment l’importance d’une information préalable éclairée.
Dans la mesure du possible, une consultation spécifique, organisée à distance de celle du rendu de résultats primaire et assurée par un binôme généticien-conseiller en génétique, nous paraît essentielle pour aborder les recommandations de suivi et l’information à la parentèle. Une consultation psychologique nous parait également souhaitable.
Marion ROBERT, Fanny FERROUL, Tiphany LAURENS, Stéphanie BLARD, Pauline BEUVAIN, Mireille IRABE, Godelieve MOREL, Jean Luc ALESSANDRI, Frédérique PAYET, Thomas HUBY, Sarah SNANOUDJ, Radoslava SARAEVA-LAMRI, Coralie DUMONT, Marta SPODENKIEWICZ, Pauline MARZIN (La Réunion)
10:00 - 11:00
#48895 - P271 Les inhibiteurs de tyrosine kinase dans les syndromes de Kosaki et de Penttinen : nouveaux cas, suivi des patients traités et revue de la littérature.
P271 Les inhibiteurs de tyrosine kinase dans les syndromes de Kosaki et de Penttinen : nouveaux cas, suivi des patients traités et revue de la littérature.
Introduction : Les variants activants hétérozygotes du gène PDGFRβ (Platelet-Derived Growth Factor Receptor beta) sont associés à deux syndromes ultra-rares et cliniquement hétérogènes : le syndrome de Kosaki (KOGS) et le syndrome de Penttinen (PS). Les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK), largement utilisés en hématologie et en oncologie, sont désormais explorés comme traitements potentiels pour ces pathologies. Bien que cinq cas publiés aient rapporté des résultats prometteurs, les données disponibles restent insuffisantes pour conclure quant au rapport bénéfice/risque. Le consortium international « Knowing and Treating KOGS/PS » a été mis en place pour évaluer l’efficacité de ces traitements en conditions réelles.
Méthodes : Le consortium présente quatre nouveaux cas de patients atteints de KOGS/PS traités par TKI, ainsi qu’une mise à jour de cinq cas antérieurement publiés, issus de six pays.
Résultats : Neuf patients ont reçu un traitement d’une durée comprise entre un mois et huit ans (Imatinib n=9/9, Dasatinib n=3/9, Sunitinib n=1/9), avec une durée moyenne de 40,8 mois (écart-type : 30,5). L’âge au début du traitement variait de 6 à 57 ans (six patients ayant débuté le traitement pendant l’enfance, trois à l’âge adulte). Une amélioration clinique a été observée chez 8 patients sur 9, souvent dès les premiers mois, avec des effets secondaires minimes. Néanmoins, une diminution de l’efficacité a été rapportée au cours du temps chez certains patients, nécessitant parfois un changement d'ITK.
Conclusion : Ces résultats préliminaires soulignent le potentiel thérapeutique des TKI dans la prise en charge des syndromes KOGS/PS. Des protocoles de suivi standardisés et un eCRF ont été mis en place afin d’améliorer la surveillance et la collecte de données, permettant une comparaison systématique entre patients traités et non traités, malgré la rareté de ces syndromes.
Céline JOST (dijon), Alessandro MUSSA, Jean-Emmanuel KURTZ, Ashmika GOKHUL, Ann NORDGREN, Silvia KALANTARI, Diana CARLI, Andrea GAZZIN, Claudio ISELLA, Enzo MEDICO, Anna CASSISA, Daniela CANTARELLA, Thirona NAICKER, Antoinette CHATEAU, Jean-Baptiste DEMOULIN, Nikolas HEROLD, Yordi-Michaël BOUHATOUS, Liubinka MIRAKOVSKA, Agnès MAURER, Théo GAUMET, Tara WENGER, Helena IZNARDO, Eulalia BASELGA, José Manuel MASCARO, Cécilie BREDRUP, Olav Aga KILDAL, Titas GLADKAUSKAS, Cecilie F RUSTAD, Ingrid VOKTOR SVINVIK, Pond DINEL, Elise SCHAEFER, Maxime LUU, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE
10:00 - 11:00
#49522 - P275 Maladies auto-inflammatoires liées à NLRC4 : Caractérisation fonctionnelle de variants connus et nouvellement décrits.
P275 Maladies auto-inflammatoires liées à NLRC4 : Caractérisation fonctionnelle de variants connus et nouvellement décrits.
Contexte
L’inflammasome NLRC4 est un complexe multiprotéique impliqué dans l’activation des voies de l’immunité innée. Les variants de NLRC4 ont été associés à un large spectre clinique de maladies auto-inflammatoires (MAIs). NLRC4 (NLR family CARD domain-containing protein 4) appartient à la famille des NLRCs et possède un domaine CARD, impliqué dans l’activation de la caspase-1, un domaine NACHT nécessaire à l’oligomérisation, ainsi que des motifs LRRs (Leucine-Rich Repeats), qui exercent un rôle d’autoinhibition en l'absence de signal.
La formation de l’inflammasome NLRC4 dépend de la reconnaissance de PAMPs (Pathogen-Associated Molecular Patterns) par un récepteur cytosolique de type NAIP (NLR family apoptosis inhibitory protein). L’activation de NAIP induit un changement conformationnel de NLRC4, levant l’autoinhibition des LRRs, ce qui permet son activation, son oligomérisation, puis le recrutement des différentes composantes de l’inflammasome.
Objectifs
Évaluer l’impact fonctionnel de variants NLRC4 déjà décrits ou nouvellement identifiés chez des patients atteints de MAIs, et corréler ces données aux manifestations cliniques observées.
Matériel et Méthodes
Dans cette étude, 7 nouveaux variants et 21 variants précédemment rapportés de NLRC4 ont été évalués fonctionnellement dans une lignée stable de cellules HEK293T, exprimant différents composants de l’inflammasome NLRC4. L’activité de la voie NF-κB a été étudiée à l’aide d’un système de gène rapporteur. Pour explorer une éventuelle corrélation génotype/phénotype, les 28 variants ont été cartographiés sur la structure tridimensionnelle du complexe murin Nlrc4-ADP.
Résultats
Parmi les 28 variants NLRC4 analysés, 13 ont induit une activation significative de la voie NF-κB, suggérant un gain de fonction (GOF). La cartographie structurale a montré que ces variants GOF sont localisés soit à proximité immédiate de la molécule d’ADP, soit dans le domaine LRR, suggérant des altérations possibles de la régulation auto-inhibitrice. Parmi les 13 variants GOF, 5 étaient associés à des symptômes légers à modérés, tandis que 8 variants étaient liés à des formes cliniques plus sévères. En revanche, 15 patients présentant une suspicion de MAI liée à NLRC4 portaient des variants non fonctionnels, remettant en question le lien de causalité entre ces variants et la pathologie.
Conclusion
Cette étude montre que seulement 13/28 variants considérés comme potentiellement pathogènes présentent un gain de fonction démontré in vitro, soulignant l’importance cruciale de la caractérisation fonctionnelle des variants de NLRC4 identifiés chez les patients suspects de MAI. Ces résultats mettent en évidence la nécessité d’interpréter les données moléculaires à la lumière des données fonctionnelles afin de confirmer le diagnostic et adapter la prise en charge des patients.
Farah DIAB (Paris), Desiree GRANDI, Aphrodite DASKALOPOULOU, Eman ASSRAWI, Camille LOUVRIER, Florence DASTOT, Wiliam PITERBOTH, Sonia Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA
10:00 - 11:00
#49839 - P279 Le syndrome d’Evans à début pédiatrique : comprendre l’étiologie génétique pour adapter l’arsenal thérapeutique.
P279 Le syndrome d’Evans à début pédiatrique : comprendre l’étiologie génétique pour adapter l’arsenal thérapeutique.
Le syndrome d’Evans à début pédiatrique (pSE) est une maladie auto-immune rare (10 à 20 nouveaux cas par an en France). L’évolution est souvent marquée par l’apparition d’une dysimmunité et le besoin prolongé de lourds immunosuppresseurs. Le pronostic reste réservé avec une probabilité de survie à 5 ans de 85 %. En 2019, nous avons montré que 40% de 80 enfants étudiés avaient une anomalie génétique primitive causale. Les enjeux sont d’identifier chez chaque patient une cible thérapeutique argumentée par la physiopathologie pour améliorer le pronostic.
Depuis 2004, la cohorte nationale prospective OBS’CEREVANCE inclut les patients présentant une ou plusieurs cytopénies auto-immunes (CAI) avant l’âge de 18 ans (ClinicalTrials NCT05937828). A ce jour, parmi 407 patients inclus pour un pSE, 203 ont été explorés par un séquençage d’un panel de gènes (n=73) ou exome entier (n=130 (Etude ACTION, PRTS ANR-DGOS 2018). Les patients avec un pSE post-greffe (moelle osseuse ou organe) ou compliquant une maladie déjà identifiée ont été exclus. L’objectif est d’actualiser la description des causes génétiques identifiées par l’extension du groupe d’étude et de décrire la prise en charge thérapeutique ciblée proposée.
L’étude a permis l’inclusion de 203 patients atteints de pSE, dont 112 garçons, avec un âge médian au diagnostic de la première CAI de 5,9 ans (0,2–17,4). Une consanguinité parentale était retrouvée dans 9 % des cas, et 31 % avaient un apparenté du premier degré atteint d’une dysimmunité. Après un suivi médian de 7,9 ans (0,1–29), 75 % des patients ont développé une dysimmunité et 72 % ont nécessité plus d’un traitement de deuxième ligne. À la dernière évaluation (âge médian 18,5 ans, 1,4–43), 10 patients étaient décédés et 40 présentaient une rémission complète durable de leurs deux CAI.
L’analyse génétique a permis d’identifier une anomalie causale chez 33 % des patients (n=67), de mettre en évidence un variant de signification indéterminée nécessitant des explorations fonctionnelles chez 21 % (n=42), et n’a pas retrouvé de variant d’intérêt chez 46 % (n=94). Les diagnostics ayant conduit à un traitement ciblé concernaient les anomalies des voies d’apoptose lymphocytaire médiée par FAS (n=13) ou KRAS (n=2), de la régulation de CTLA4 (CTLA4, n=10 ; LRBA, n=6), des voies JAK-STAT (STAT3, n=10 ; SOCS1, n=3 ; PTPN2, n=4) et de la signalisation PI3K (n=1). Depuis 2019, de nouveaux déficits immunitaires primitifs révélés par un pSE ont été identifiés, impliquant les gènes du syndrome de Kabuki (n=3), SOCS1 (n=3), DOCK11 (n=2), PTPN2 (n=4) et CBL (n=3).
En 2025, le pSE révèle un une maladie génétique dans 33 % des cas, avec plus de 20 étiologies génétiques différentes. L’enquête génétique permet de proposer des traitements ciblés et d’améliorer l’équilibre bénéfice-risque et la qualité de vie à l’âge adulte. Pour les autres patients, la recherche d’une cause génétique se poursuit dans le cadre des soins (séquençage de génome, PFMG2025) ou de la recherche.
Mathieu FUSARO (Toulouse), Sebastien HERITIER, Charlotte DURAND-TEYSSIER, Jérémie ROSAIN, Wadih ABOU-CHAHLA, Bénédicte NEVEN, Marlène PASQUET, Nathalie GARNIER, Vincent BARLOGIS, Thierry LEBLANC, Eric JEZIORSKI, Isabelle PELLIER, Anne PAGNIER, Nathalie CHEIKH, Aude MARIE CARDINE, Hélène DEUTSCH, Caroline THOMAS, Claire PLUCHART, Chrystelle DUPRAZ, Julien LEJEUNE, Sophie BAYART, Valérie LI THIAO TE, Catherine PAILLARD, Claire DESPLANTES, Christophe PIGUET, Corinne GUITTON, Etienne MERLIN, Joy BENADIBA, Liana CARAUSU, Helder FERNANDES, Capucine PICARD, Rieux-Laucat FRÉDÉRIC, Nathalie ALADJIDI
10:00 - 11:00
#49286 - P283 WHOLE GENOME SEQUENCING IN MYOPATHIES - INSIGHTS FROM A NATIONAL COHORT.
P283 WHOLE GENOME SEQUENCING IN MYOPATHIES - INSIGHTS FROM A NATIONAL COHORT.
Background. Myopathies represent a very heterogeneous group of disease with multiple underlying causes, challenging for molecular genetic diagnosis. Current diagnostic strategies are mainly based on gene-panel approach, or whole exome sequencing in few facilities, and are limited by technological issues and limited knowledge. Hence, the diagnostic yield is very variable within the different myopathy subtypes. In this study, we evaluated the diagnostic performance of the implementation of a large national-scale Whole Genome Sequencing (WGS) strategy for previously unresolved cases in the context myopathy diagnosis, as piloted by the Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG25).
Methods. Patients with clinical presentation of myopathy who beneficiated from a WGS analysis in the context of the PFMG25 between July 2020 and October 2024 were included in this retrospective study. Clinical, paraclinical and genetics data were collected from the two national genome sequencing platform SeqOIa (Paris, France) and AURAGEN (Lyon, France).
Results. The diagnostic yield of WGS in this study was of 26%, corresponding to a conclusive and definitive molecular diagnosis identifying ACMG class 4 probably pathogenic or class 5 pathogenic variants for 68/265 families. When considering candidate class 3 variants of unknown significance that constituted a strong diagnostic hypothesis, this yield raised to 44%. For 20.5% of cases with causative or candidate findings, WGS was required to solve the case as other technics would have been non conclusive. In addition, 43 genes that are not included in that national gene panel from FILNEMUS were identified, some were already associated with myopathic features, other raised strong hypothesis for further gene identification in myopathies.
Conclusions. This nationwide pilot program for the molecular diagnosis of myopathy showed WGS as a valuable and feasible approach allowing the elucidation of complex variants and the discovery of new pathogenic mechanisms. This is the first whole genome sequencing cohort published for patients with myopathy in a clinical setting. This effort illustrates both the complexity of neuromuscular genetic disorders and the diagnostic potential of WGS in this clinical context.
Anthony MAINO (Grenoble), Camille VEREBI, Filnemus CONSORTIUM, Auragen CONSORTIUM
10:00 - 11:00
#49759 - P287 Analyse de l’ADN mitochondrial sur WGS : bilan et recommandations du réseau national MitoDiag.
P287 Analyse de l’ADN mitochondrial sur WGS : bilan et recommandations du réseau national MitoDiag.
Les maladies mitochondriales sont très hétérogènes cliniquement mais aussi génétiquement. Elles sont dues à des variants portés soit par l’ADN nucléaire, soit par l’ADN mitochondrial (ADNmt). Les données de séquençage de l’ADNmt sont maintenant accessibles par WGS grâce à des pipelines bio-informatiques dédiés. Leur interprétation nécessite de suivre des critères particuliers de classification, différents des critères ACMG habituels utilisés pour les gènes nucléaires.
Nous présentons ici la synthèse des recommandations du groupe de McCormick et al. (Human Mutation, 2020) afin d’actualiser le document de référence NGS-Diag. Nous rapportons également les résultats de l’analyse rétrospective de l’ADNmt pour les WGS réalisés sur les deux plateformes françaises.
Les particularités de l’ADNmt à distinguer pour l’interprétation sont principalement :
- Le taux d’hétéroplasmie, c’est-à-dire le pourcentage de copies d’ADNmt mutées. Un variant délétère n’entraine un déficit que si le taux d’hétéroplasmie atteint un seuil de pathogénicité. Néanmoins, le taux d’hétéroplasmie peut être faible dans le sang mais bien plus élevé dans le muscle ou les cellules urinaires. Il est donc essentiel pour confirmer le diagnostic de tester ensuite ces autres tissus.
- Le taux de variation spontanée de l’ADNmt, plus important que celui de l’ADN nucléaire : le seuil pour un variant rare est ainsi de 0,002%.
- La transmission exclusivement maternelle (mais les deux sexes peuvent être atteints).
- L’absence d’intron et donc de prédictions d’épissage.
- La présence de NUMTs, séquences nucléaires d’origine mitochondriale, pouvant entraîner des faux positifs à faible taux d’hétéroplasmie.
Le score de classification utilise des bases de données de variants dédiées (MitoMap) et des outils de prédictions spécifiques (APOGEE2 et MitoTIP).
Avec les équipes de bio-informatiques de SeqOIA et AURAGEN, nous avons mené une analyse rétrospective sur les variants de l’ADNmt. Un variant pathogène de l’ADNmt a été identifié chez 55 sur 7445 (0,7% des individus) sur SeqOIA et 47 sur 4543 (1% des individus) sur AURAGEN. Les principaux variants retrouvés sont des variants prédisposant à la neuropathie optique de Leber et à la surdité induite aux aminosides, relevant ainsi de données incidentes. Pour 12 dossiers, l’identification d’un variant pathogène était en lien avec l’indication et a permis de progresser dans le diagnostic.
En conclusion, l’analyse systématique de l’ADNmt lors de la lecture d’un WGS, toutes indications confondues, peut permettre d’améliorer le rendement diagnostique. Notre synthèse des recommandations constitue une première approche d’aide à la classification par un biologiste non expert. Cependant, l’influence du taux d’hétéroplasmie ainsi que l’apport des études fonctionnelles restent des paramètres difficiles à évaluer, et il est donc fortement recommandé de demander ensuite un avis spécialisé aux biologistes du réseau MitoDiag : https://www.mitodiag.fr/home.
Pierre-Hadrien BECKER, Gaëlle HARDY, Giulia BARCIA, Réseau National MITODIAG, Consortium AURAGEN, Consortium SEQOIA, Jean-Madeleine DE SAINT AGATHE, Pierre MARIJON, Caroline MEGUERDITCHIAN, Virginie BERNARD, Vincent PROCACCIO, Cécile ROUZIER, Pauline GAIGNARD (Le Kremlin-Bicêtre)
10:00 - 11:00
#49264 - P291 Influence des combinaisons génotypiques du complexe majeur d’histocompatibilité sur les associations alléliques dans la sclérose en plaques.
P291 Influence des combinaisons génotypiques du complexe majeur d’histocompatibilité sur les associations alléliques dans la sclérose en plaques.
La sclérose en plaques (SEP) est une maladie auto-immune du système nerveux central touchant 0,16% de la population Européenne. Au sein du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH), 7 allèles prédisposants et 6 protecteurs contribuent au risque de SEP (HLA-DRB1*03:01/*08:01/*13:03/*15:01 (allèle le plus associé), HLA-DQB1*03:02, HLA-DPB1*03:01, LTA-H51P et HLA-A*02:01, HLA-B*38:01/*44:02/*55:01, HLA-DQA1*01:01, HLA-DQB1*03:01, respectivement).
Notre objectif était d’étudier les combinaisons de génotypes de gènes du CMH faisant intervenir les allèles associés à la SEP.
Nous avons analysé les données CMH du Wellcome Trust Case Control Consortium GWAS pour 11 376 patients SEP et 18 872 témoins. Nous avons utilisé l'analyse en composantes principales pour sélectionner les individus d’origine européenne. Les allèles HLA ont été imputés à l'aide du package HIBAG de R ou déduits à l'aide de SNP-proxy (rs2229092, rs9273912 et rs9277565), puis recodés pour ne tenir compte que des 13 allèles d’intérêt. Nous avons utilisé 20% des données pour rechercher des combinaisons génotypiques associées à la SEP et 80% pour réaliser le test de réplication. Les combinaisons répliquées ont ensuite été précisées sur 100% des données.
Nous avons retenu 9 024 patients SEP et 13 923 témoins d’origine européenne. Dans le groupe de 20%, nous avons observé 776 combinaisons génotypiques, dont 41 étaient potentiellement associées à la SEP (P < 0,05). Dans le groupe de 80%, 22 d’entre elles ont été répliquées (P corrigé <0.05/41). Sur l'échantillon global, les 22 combinaisons se répartissaient en 14 prédisposantes (OR 1,83-6,75) et 8 protectrices (OR 0,30-0,57), représentant respectivement 23,61% et 4,29% des individus atteints de SEP. De manière singulière, 4 allèles (HLA-DRB1*03:01, HLA-DPB1*03:01, HLA-A*02:01 et HLA-DQB1*03:01) sont à la fois présents dans des combinaisons prédisposantes et des combinaisons protectrices. L’analyse des peptides d’autoantigènes potentiels (MBP, MOG et PLP1) présentables par leurs molécules HLA ne suggère aucune hypothèse qui puisse expliquer cette observation. L’allèle HLA-DRB1*15:01 était présent dans toutes les combinaisons prédisposantes, sauf une et aucune des combinaisons protectrices. Curieusement, 4,29% des patients atteints de SEP portaient des combinaisons protectrices.
En conclusion, nous avons identifié 22 combinaisons génotypiques du CMH associées à la SEP, 14 prédisposantes and 8 protectrices, présentes chez 27,9% des patients. Le sens d’association d’un allèle à la SEP dépend de la combinaison génotypique à laquelle il appartient. La présence de 8 combinaisons protectrices suggère l’importance d’une contribution génétique hors locus HLA. Ces combinaisons pourraient contribuer à clarifier l'hétérogénéité de la SEP.
Anna SEROVA-ERARD (Clermont-Ferrand), Igor FADDEENKOV, Stanislas DEMUTH, Sonia BOURGUIBA-HACHEMI, Laureline BERTHELOT, Pierre-Antoine GOURRAUD, Nicolas VINCE, François CORNELIS
10:00 - 11:00
#49479 - P295 ATM, radiations ionisantes médicales et risque de cancer du sein chez des femmes à haut risque sans variant pathogène sur BRCA1 et BRCA2.
P295 ATM, radiations ionisantes médicales et risque de cancer du sein chez des femmes à haut risque sans variant pathogène sur BRCA1 et BRCA2.
L’ataxie-télangiectasie (A-T) est une maladie rare due à l’inactivation biallélique du gène ATM. Les patients A-T sont prédisposés aux cancers précoces et présentent une hypersensibilité aux rayonnements ionisants (RI) et aux agents causant des cassures double brin de l'ADN. On estime qu’environ 0,5% de la population générale est hétérozygote pour un variant pathogène (VP) d’ATM. Les études cas-témoins ou de familles évocatrices d’une prédisposition au cancer du sein (CS) et de l'ovaire montrent que ces variants multiplient par 2 à 4 le risque de CS. Le rôle d’ATM dans la prédisposition au CS reste méconnu, notamment chez les femmes exposées aux RI. Si les patients A-T sont hypersensibles aux RI, on ignore l'effet des RI chez les femmes hétérozygotes pour un VP ou pour un autre type de variant d’ATM.
Nous avons étudié ici l’effet des variants nucléotidiques fréquents (SNPs, fréquence de l’allèle mineur (FAM)≥1%) au locus ATM et leur interaction avec les expositions médicales thoraciques aux RI (radiographie conventionnelle, fluoroscopie, tomodensitométrie, scintigraphie) dans l’étude cas-témoins GENESIS incluant 1556 femmes atteintes de CS sans VP sur BRCA1 et BRCA2 et 1546 témoins. Nous avons testé, en utilisant des modèles de régression logistique, l’association entre le CS et 447 SNPs génotypés avec la puce iCOGS ou imputés, situés sur ATM (±100 kb) sous des modèles génétiques additif, dominant et récessif. La puissance a priori étant limitée (1-beta≥80% pour FAM≥20% et OR≥1,3), nous avons adopté une stratégie exploratoire avec alpha=5%, puis une correction FDR (false discovery rate). Les expositions médicales thoraciques aux RI étudiées sont : avoir été exposée (oui/non), nombre d’examens (<10 vs ≥10) et âge à la 1ère exposition (<20 ans vs ≥20 ans).
Sous le modèle additif, 2 SNPs sont associés au CS dans la population entière. L’allèle mineur de rs17412803 diminue le risque (OR=0,7, IC95%=0,5-1,0) et celui de rs117486562 l’augmente (OR=2,0, IC95%=1,2-3,3). Quatre autres SNPs sont identifiés chez les femmes qui n’ont jamais été exposées aux RI (ORs allant de 1,4 à 5,6) (rs2356518, rs141379009, rs148753515, rs75085583). La prise en compte du nombre d’expositions permet d’identifier 5 autres SNPs (rs636837, rs4987915, rs61915066, rs191634003, rs4987886) et celle de l’âge à la 1ère exposition, 2 autres SNPs (rs34052882, rs4987980).
Sous le modèle dominant, 150 SNPs corrélés (déséquilibre de liaison>0,8) sont associés au CS et seulement chez les femmes exposées avant 20 ans ; le top SNP, rs227043, est significatif après correction FDR et l’allèle mineur confère un risque diminué de CS (OR=0,5, IC95%=0,3-0,7).
Ces résultats nécessitent d’être confirmés et la potentielle fonctionnalité des SNPs identifiés approfondie. Cependant, ils montrent que la prise en compte des expositions aux RI permet d’identifier de nouveaux SNPs associés au CS. De plus, l'identification de sous-populations plus ou moins sensibles aux RI est cliniquement pertinente.
Barbara FRITSCH-HUMBLET (Paris), Maximiliano RIBEIRO GUERRA, Yue JIAO, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
10:00 - 11:00
#49816 - P299 AURAGEN : un laboratoire multisites dynamique au service des patients.
P299 AURAGEN : un laboratoire multisites dynamique au service des patients.
Le laboratoire de biologie médicale multisites (LBMMS) AURAGEN a été créé en 2017, dans le cadre du PFMG 2025. La prescription informatisée, les activités de séquençage très haut débit, la réalisation des pipelines bioinformatiques et l’interprétation / validation biologique ont été mises en place de novo.
Depuis 2019, les activités ont augmenté régulièrement de 30 à 50% chaque année. Pour accompagner cette montée en charge, et rester en phase avec les évolutions scientifiques et technologiques, les stratégies de séquençage et d’analyse bio-informatique ont été adaptées.
Le LBMMS a ainsi renforcé son infrastructure avec l’acquisition de 2 séquenceurs NovaSeq X+ et d’un MiSeq i100, permettant d’accroître les capacités de séquençage en optimisant les délais et les coûts. Une équipe bioinformatique dédiée au traitement des datas brutes issues du séquençage a développé ses propres outils, mis à disposition des professionnels du territoire AURAGEN, dont une interface spécifique d’interprétation intégrant les différents types de variants dans une courte liste priorisée, combinée à une application de tri de variants commerciale.
La croissance soutenue de l’activité a progressivement dépassé les capacités d’interprétation assurées par les seuls biologistes de la région AURA. Depuis 2021, des conventions sont établies avec les établissements de Santé en dehors de cette région. Pour faire face à un retard important sur l’activité d’interprétation des dossiers de la filière Maladies Rares des mesures concrètes ont été mises en œuvre par le LBMMS, incluant le renforcement des habilitations, le recrutement de biologistes 100% dédiée à l’activité d’interprétation et une animation collaborative du processus post-analytique. D’autre part, l’interprétation des dossiers cancer se fait au fil de l’eau.
Des réunions interdisciplinaires avec les cliniciens (RICB) permettent d’assurer une prise en charge concertée et adaptée des dossiers.
De nouveaux parcours demandés par le PFMG ont été mis en application par le LBMMS. Par exemple, la gestion des dossiers rapides pour les enfants en réanimation, qui permet un rendu en moins de 15 jours, permettant une prise en charge adaptée.
Ce dynamisme repose également sur une démarche qualité structurante, avec l’engagement du LBMMS dans le processus d’accréditation selon la norme ISO 15189. La première visite des auditeurs COFRAC, en mai 2024, a permis d’obtenir l’accréditation initiale, confirmée lors de la deuxième visite en 2025 en validant la transition vers la version 2022 de la norme.
Après 6 ans d’activité, le LBMMS AURAGEN a fait la démonstration d’une dynamique à tous les niveaux du parcours pour la réalisation de WGS, alliant rigueur scientifique, adaptation technologique et engagement clinique. Loin d’être figée, cette dynamique se poursuit. L’innovation reste au cœur de notre démarche, portée collectivement par une communauté mobilisée pour faire évoluer les pratiques et anticiper les besoins de demain.
Christine VINCIGUERRA, Sandrine BOYAULT, Anne THOMAS, Julien THEVENON, Virginie BERNARD, Anthony FERRARI, Eulalie LASSEAUX-ROBINE, Anne MCLEER, Carole FERRARO-PEYRET, Anne-Christine WAYMEL, Damien SANLAVILLE, Alain VIARI, Flore MATTHIEU, . CONSORTIUM AURAGEN (LYON)
10:00 - 11:00
#49967 - P303 Lier les régions de contrainte évolutive mesuré à différentes échelles de temps à leur fonction et au risque de maladies.
P303 Lier les régions de contrainte évolutive mesuré à différentes échelles de temps à leur fonction et au risque de maladies.
Identifier les régions de contraintes évolutives à travers le génome nous permet de quantifier leur importance fonctionnelle en déduisant si certaines positions ont changé plus lentement que prévu en raison de la sélection. Des études récentes ont estimé des scores de contrainte chez les mammifères et les primates via des comparaisons inter-espèces, et des scores de contrainte chez les humains par des analyses de diversité génétique, permettant une exploration évolutive à travers différentes échelles de temps. Caractériser les régions définies comme contraintes selon une ou plusieurs définitions peut révéler des processus biologiques sous sélection à différentes profondeurs évolutives, mais aussi aider à interpréter les régions génomiques non codantes et à prioriser les variants impactant le risque de maladies.
Ici, nous avons comparé des estimations de contraintes chez les mammifères, les primates et les humains. Malgré une faible corrélation entre les définitions, elles ont montré un enrichissement dans des régions importantes (exons, promoteurs, enhanceurs), démontrant leur rôle fonctionnel. Nous avons ensuite caractérisé les régions définies comme contraintes en utilisant une ou plusieurs définitions. Nous avons observé que la plupart des bases exoniques étaient contraintes en utilisant plusieurs définitions, suggérant une sélection à long terme sur ces régions. Les gènes avec des exons contraints par une seule définition ont tendance à capturer la fonction olfactive (mammifères uniquement), la fonction visuelle (primates) et la fonction immunitaire (humains). En utilisant des données scATAC-seq, nous avons observé que les régions régulatrices candidates des types de cellules fœtales et immunitaires étaient enrichies en contraintes spécifiques aux humains, tandis que celles des types de cellules cérébrales étaient enrichies en contraintes spécifiques aux primates.
Ensuite, nous avons évalué la capacité de chaque score à prioriser les variants impactant le risque de maladies. Premièrement, nous avons observé que la contrainte des mammifères classait efficacement les variants rares pathogènes de ClinVar. Deuxièmement, nous avons observé que les variants contraints chez les primates étaient plus enrichis en variants fréquents associés dans les maladies complexes ; nous avons validé que les variants contraints chez les humains étaient plus enrichis en variants associés avec des traits sanguins/immunitaires, et que les variants contraints chez les primates étaient plus enrichis en variants associés avec des traits liés au cerveau. Dans toutes ces analyses, la contrainte humaine était significativement moins informative que la contrainte des mammifères et des primates.
Pour conclure, malgré des incohérences entre les définitions, les contraintes évolutives sont efficaces pour identifier les régions fonctionnelles, pour interpréter les pressions évolutives à différentes échelles de temps et pour prioriser les variants impactant le risque de maladies.
Wang JUEHAN, Artem KIM, Steven GAZAL (Los Angeles, Etats-Unis)
10:00 - 11:00
#49566 - P307 AnDDI-Clic : des images pour expliquer la génétique.
P307 AnDDI-Clic : des images pour expliquer la génétique.
On dit qu’une image vaut mille mots : la filière AnDDI-Rares a développé une plateforme mettant à disposition une banque d’images pour expliquer et illustrer des concepts scientifiques, médicaux et biologiques en lien avec la génétique et les maladies rares : AnDDI-Clic.
Destinée aux professionnels de santé, aux associations, mais aussi aux enseignants ou à toute autre personne intéressée par la génétique, AnDDI-Clic vise à :
· Accompagner les explications des professionnels lors de leurs consultations ;
· Faciliter la compréhension des informations relatives à la génétique et aux maladies rares ;
· Offrir des ressources visuelles pour illustrer des supports pédagogiques.
AnDDI-Clic est le fruit d’un travail collaboratif, coordonné par la filière, impliquant plusieurs experts en génétique (généticiens, conseillers en génétique, biologistes) et des maîtres d’œuvre pour la création des images et le développement web.
Cette coopération a permis de réaliser 142 images, classées en 11 thématiques (généralités, modes d’hérédité, prélèvements, diagnostic prénatal, variations génétiques, techniques de diagnostic, stratégies de recherche génomique, anomalies du développement, médecine personnalisée et thérapeutique, organisation des maladies rares, divers). Les infographies sont hébergées sur une plateforme web, accessible depuis un ordinateur, une tablette ou un smartphone, permettant aux utilisateurs de :
· Rechercher les images par thème ou par mots clés ;
· Visualiser les images sur grand écran ;
· Ajouter les images en favoris pour y accéder plus facilement ;
· Créer un diaporama pour fluidifier les explications lors des consultations.
Le déploiement d’AnDDI-Clic est prévu pour la fin de Septembre 2025, et les retours des relecteurs sont déjà très positifs.
Des perspectives d’évolution sont déjà envisagées comme le développement d’une version anglaise, une version sans texte afin de permettre aux utilisateurs d’ajouter des légendes dans d’autres langues, et la création de nouvelles infographies plus spécifiques en sollicitant les réseaux et les associations de la filière.
Nina SOKOLOFF, Sylvie ODENT, Patrick EDERY, Amandine GADIER, Coline POIZAT-AMAR, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Sophie NAMBOT, Julian DELANNE, Baurand AMANDINE, Laurent DEMOUGEOT, Laurence FAIVRE (DIJON)
10:00 - 11:00
#49946 - P311 Valorisation des savoirs expérientiels des patients partenaires dans la formation des étudiants en santé au sein de l’Université Bourgogne Europe (UBE) autour de l’annonce diagnostique, de la place des proches aidants et des maladies rares.
P311 Valorisation des savoirs expérientiels des patients partenaires dans la formation des étudiants en santé au sein de l’Université Bourgogne Europe (UBE) autour de l’annonce diagnostique, de la place des proches aidants et des maladies rares.
Contexte : L’engagement des patients dans le système de santé est de plus en plus reconnu comme un facteur clé d’amélioration des parcours de soins. Le concept de « Patient Partenaire », relativement récent, est aujourd’hui considéré comme la forme la plus aboutie de valorisation du savoir expérientiel, en complément indispensable des savoirs scientifiques et médicaux. Ce concept s’étend également aux proches aidants, dont le savoir est particulièrement pertinent, notamment dans le champ des maladies rares. La rencontre des futurs soignants avec le vécu des patients et de leurs proches apparaît essentielle, car certaines thématiques — comme l’annonce diagnostique, les maladies rares ou l’impact des maladies chroniques sur la vie sociale et familiale — nécessitent une approche spécifique et approfondie.
En 2010, l’intégration d’un représentant des patients a été expérimentée au sein de l’Unité d’Enseignement (UE) de Génétique Médicale. Depuis, l’expérience a été reconduite : les interventions des patients, souvent centrées sur le témoignage, se sont enrichies et s’inscrivent aujourd’hui dans une véritable logique de co-construction entre patients et enseignants (séminaire annuel « #AnnonceTonDiag », semaine de sensibilisation au handicap). La montée en compétence a été favorisée par la mise en place, en 2021-2022, d’une formation de « Patients Partenaires Formateurs » (PPF) par l’UBE, en lien avec la filière AnDDI-Rares. Chaque année, 15 patients ou aidants porteurs de maladies chroniques issus de toute la France y sont formés.
Méthodes : Pour passer de pratiques ponctuelles à une organisation structurée, et dans le prolongement de récents textes officiels traduisant une attente forte des autorités publiques, un Département des Patients Partenaires dans la Formation (DPPF) a été créé au sein de l’UFR des Sciences de Santé de l’UBE. L’ambition est d’intégrer, dans chaque UE de médecine et de pharmacie, d’ici trois ans, au moins un cours coanimé par un patient partenaire. Le DPPF capitalisera sur les expériences antérieures de partenariat patient et proposera une expertise spécifique sur l’annonce diagnostique, la place des proches aidants et les maladies rares. Les travaux préparatoires menés en 2025 — identification des patients partenaires formateurs et des enseignants motivés — permettent d’anticiper une bonne réception du dispositif et son adéquation aux attentes et besoins des différents publics concernés. Les patients partenaires seront accompagnés dans leur rôle de formateur par l’équipe pédagogique.
Perspectives : Selon les financements obtenus et la réussite de l’intégration des patients partenaires dans la formation initiale et continue de médecine et de pharmacie, l’ouverture du dispositif aux formations d’autres professions de santé, y compris paramédicales, sera envisagée.
Amélie CRANSAC, Juliette SONDEY, Sonia GOERGER, Elisabeth CUDRY, Dominique JEANNELLE, Stéphanie VACHEROT, Caroline RACINE, Christine BOCCANFUSO, Juliette LACRONIQUE, Marc MAYNADIÉ, Pablo ORTEGA-DEBALLON, Laurence FAIVRE (DIJON)
10:00 - 11:00
#49008 - P315 liftoverSV : Harmonisation des variations structurales en génétique médicale.
P315 liftoverSV : Harmonisation des variations structurales en génétique médicale.
Les variations structurales (SV) représentent un type de variations génétiques d’intérêt en génétique médicale du fait de leur omniprésence sur le génome et de l’impact qu’elles peuvent avoir sur le développement de maladies. Ainsi, l’identification des SV constitue une des étapes de la démarche diagnostique dans les maladies rares. Leur rôle a également été mis en évidence dans certaines maladies communes. Pour mieux comprendre le rôle de ces SV, il est nécessaire de les annoter en déterminant les régions génomiques qu’elles touchent ainsi que leurs fréquences en population générale. Ces informations sont disponibles dans des bases de données, parfois basées sur des versions du génome de référence différentes de celles utilisées en pratique clinique. Des outils ont été développés pour résoudre ce problème pour les variations ponctuelles (SNV/indel) et permettre de convertir les données d’une version du génome vers une autre mais ils ne sont pas adaptés aux SV stockés au format VCF.
Nous présentons ici liftoverSV, un outil en ligne de commande permettant de convertir les coordonnées et les séquences génomiques de SV entre différentes versions de génomes de référence, en prenant en compte les spécificités de leur représentation dans les fichiers VCF. L’intégrité du format VCF est assuré pour tous les types de SV en convertissant systématiquement les coordonnées génomiques dans les champs CHR et POS ainsi que dans les champs INFO et FORMAT, avec des valeurs par défaut cohérentes si la conversion n’est pas réalisable. Les séquences génomiques dans les champs REF et ALT sont également converties. Le champ ID reste quant à lui inchangé afin de garantir la traçabilité des variants d’une version à l’autre et cela même si l’ID est construit sur les coordonnées génomiques de la version initiale (comme par exemple chr22:16848506:DG). liftoverSV fait appel à des outils externes tels que UCSC liftOver pour la conversion des coordonnées et bcftools pour le tri et le formatage du VCF de sortie. L’outil est disponible dans le dépôt GitHub lgmgeo/liftoverSV.
L’usage de liftoverSV facilite la conversion des données de SV pour l’annotation, la validation et l’interprétation des variations structurales en pratique clinique. En conservant les identifiants de SV, l’outil garantit la continuité du suivi des variants dans les cohortes de patients ou entre différentes bases de données. De plus l’outil est maintenu avec un suivi des requêtes déposées dans GitHub pour renforcer la pertinence de l’outil dans un contexte médical.
Pour conclure, en harmonisant les variations structurales entre différentes références, liftoverSV contribue à améliorer l’interopérabilité des données génétiques et leur utilisation en recherche et en clinique. Cet outil s’inscrit dans la continuité d’AnnotSV, outil de référence pour l’analyse des SV, en apportant une brique complémentaire dédiée aux variations structurales.
Véronique GEOFFROY (Brest), Thomas LUDWIG, David PICARD, Gaëlle LE FOLGOC, Emmanuelle GÉNIN, Gaëlle MARENNE
10:00 - 11:00
#49050 - P319 Séquençage nanopore : vers un génotypage HLA haute résolution en médecine génomique d’urgence pour la transplantation d’organe.
P319 Séquençage nanopore : vers un génotypage HLA haute résolution en médecine génomique d’urgence pour la transplantation d’organe.
Introduction
La compatibilité immunologique en transplantation d’organe repose sur la connaissance fine du génotypage HLA du donneur, condition essentielle pour limiter le risque de rejet et optimiser la survie du greffon. Les technologies de séquençage de deuxième génération (NGS, short reads) permettent un typage de haute résolution, mais présentent deux limites majeures dans un contexte d’urgence : un délai analytique long (≈40h) incompatible avec la transplantation d’organe, et des ambiguïtés cis-trans non résolues. Nous avons émis l’hypothèse que la technologie de séquençage de troisième génération (TGS, Nanopore, long reads) pouvait répondre à cette double problématique grâce à un séquençage unitaire, en temps réel, et couvrant de longs fragments.
Objectifs
L’objectif principal de cette étude était d’évaluer la faisabilité d’un génotypage HLA de haute résolution en moins de 3 heures. L’objectif secondaire portait sur la capacité à lever les ambiguïtés de phasing et à confirmer la présence de nouveaux allèles HLA.
Matériel et méthode
Vingt-deux échantillons d’ADN déjà génotypés par NGS (Illumina, NG-Mix EFS) ont été analysés par TGS (Nanopore, MinION, kit GenDx). La sélection incluait des allèles fréquents, des situations d’ambiguïtés cis-trans et des suspicions de nouveaux variants. Les résultats montrent une parfaite concordance entre les génotypages NGS et TGS pour les allèles communs, un temps total compatible avec l’urgence de la transplantation (<3h du prélèvement à l’interprétation), la résolution des ambiguïtés cis-trans identifiées par NGS, et la confirmation de plusieurs nouveaux allèles HLA, dont certains porteurs de mutations non synonymes.
Certaines limites ont été observées, notamment un bruit de fond plus marqué dans les zones répétées et des difficultés d’alignement dans le cas de SNP ou délétions situées en régions homopolymériques. Ces contraintes relèvent en partie du stade encore « bêta » des réactifs et logiciels d’interprétation.
Conclusion
En conclusion, cette preuve de concept démontre que le séquençage TGS permet un typage HLA haute résolution fiable et ultra-rapide, ouvrant la voie à la médecine génomique d’urgence en transplantation d’organe. Des études sont en cours, notamment au sein des laboratoires isolés (DROM-COM), afin de confirmer l’applicabilité clinique et organisationnelle de cette stratégie.
Pascal PEDINI (Marseille), Coralie FRASSATI
10:00 - 11:00
#49100 - P323 Conception d'une base de données du gène GJB2 spécifique aux populations de la région MENA : Implication clinique et amélioration des corrélations génotype-phénotype.
P323 Conception d'une base de données du gène GJB2 spécifique aux populations de la région MENA : Implication clinique et amélioration des corrélations génotype-phénotype.
Le gène GJB2 (Gap Junction Beta 2, MIM #121011) code pour la protéine connexine 26 (Cx26), exprimée dans les cellules de soutien et les tissus conjonctifs de la cochlée. La Cx26 joue un rôle clé dans le recyclage des ions potassium et le transfert du triphosphate d'inositol. Les variants pathogènes du gène GJB2 sont responsables de divers phénotypes cliniques, dont près de 50 % des cas de surdité autosomique récessive (AR) non syndromique dans le monde, sont causés par des mutations à perte de fonction de Cx26 (DFNB1A). Les variants à gain de fonction induisent des formes de surdité autosomique dominante (AD), associées ou non à des troubles cutanés syndromiques (DFNA3A).
Les populations de la région MENA sont caractérisées par de fort taux de consanguinité (20 à 50% de mariages consanguins) et d’endogamie géographique favorisant une augmentation relative de la prévalence des maladies AR et des formes cliniques rares à ultra-rares.
L’absence d'une base de données spécifique au gène GJB2 intégrant les variants et leurs phénotypes associés identifiés dans ces populations constitue un des facteurs freinant le diagnostic précoce et précis. Le projet GJB2ArabDB vise à développer un prototype de base de connaissances dédié au gène GJB2 spécifique aux populations MENA afin d'améliorer la corrélation génotype-phénotype et d’optimiser le diagnostic clinique.
Une collecte manuelle des variants du gène GJB2 à partir de bases de données publiques et de la littérature, et une mise à jour de leur classification selon l’ACMG (data curation, data mining) ont été effectuées. Les outils bioinformatiques XAMPP Control Panel et dbForge Studio ont permis de concevoir et gérer une base relationnelle structurée, regroupant les données génétiques, cliniques et bibliographiques dans un format normalisé.
La GJB2ArabDB inclue un total de 116 variants décrits dans 17 pays arabes démontrant une forte hétérogénéité mutationnelle et inter-ethnique avec une distribution populationnelle variable (Egypte et Maroc (7.37%, 14 variants), Arabie saoudite (6.84%, 13 variants), Qatar et Tunisie (6.32%, 12 variants)). La majorité des variants GJB2 répertoriés sont localisés dans la région codante (8373-10506) (106, 91.4%) de la Cx26. Une prédominance des mutations missenses (64, 60.4 %), suivies des frameshifts (27, 25.5%) et des mutations nonsenses (8, 7.5 %) est observée. La distribution des variants selon leur pathogénicité montrent : Pathogenic (65, 48.5%), Likely-Pathogenic (24, 17.9%), Begnin (14, 10.4%), VUS (10, 7.5%) et Likely-Begnin (8, 6%). Le variant commun c.35delG est observé dans 17 pays (8.95%), avec une fréquence élevée chez la population marocaine (90,8%).
La «GJB2ArabDB» pourrait servir d’outil d’aide à la décision pour le diagnostic de certitude des surdités isolées et syndromiques.
Rim BEN SABER, Cherine CHARFEDDINE (Tunis, Tunisie), Mehrez ESSAFI, Équipe Du Projet Issma ÉQUIPE DU PROJET ISSMA
10:00 - 11:00
#49301 - P327 Apprentissage automatique pour la classification des surdités génétiques : Développement d’un prototype spécifique aux étiologies moléculaires du gène GJB2.
P327 Apprentissage automatique pour la classification des surdités génétiques : Développement d’un prototype spécifique aux étiologies moléculaires du gène GJB2.
La surdité représente le déficit sensoriel le plus fréquent avec des prévisions en 2050, évoquant que 700 millions de personnes nécessiteront une réhabilitation par appareillage ou implantation cochléaire. Les surdités génétiques représentent 60% des cas et sont caractérisées par une forte hétérogénéité étiologique. Le gène GJB2 est responsable de plus de 50% des surdités non syndromique autosomique récessive, et de 15 à 50% des formes congénitales.
En Tunisie, la prévalence de la surdité génétique est de 35.6%. Le variant commun c.35delG du gène GJB2 est observé chez 35.8% des cas de surdité non syndromique et constitue 86.5% des allèles pathogènes identifiés. Toutefois, la forte hétérogénéité clinique et génétique et l’accès limité au test génétique en pratique médicale retardent le diagnostic précoce et la prise en charge des individus entraînant souvent de lourdes conséquences socioéconomiques.
Notre étude vise à concevoir un prototype de modèle prédictif fondé sur l’apprentissage automatique, afin d’optimiser l’interprétation des phénotypes auditifs comme outil de détection précoce de la surdité génétique.
Une étude rétrospective (1992-2025) a permis la collecte des données démographiques, cliniques et audiométriques d’une cohorte sans étiologie moléculaire connue (non étiquetée) (N=44722) (âge variant de 1 à 102). Une cohorte de patients avec une étiologie clinique de surdité associée à GJB2 (N=32) (étiquetée) (âge variant de 2 à 54 ans). Au total 55974 audiogrammes mesurés par conduction aérienne couvrant les seuils auditifs aux fréquences standards de 250 à 8000 Hz et un calcul de la PTA ont été réalisés. Les données générées ont servi pour entraîner un modèle de mélange gaussien, optimisé par l'algorithme Expectation-Maximization pour regrouper des profils audiométriques du génotype GJB2.
Les résultats préliminaires montrent que la perte auditive dans la cohorte étiquetée inclut une perte légère (N= 6, 19%), modérée (N=1, 3%), sévère (N=1, 3%), sévère à profonde (N=10, 31%) et profonde (N=12, 38%). Les patients présentaient des mutations GJB2 bialléliques homozygotes (N=28, 88%) incluant le variant c.35delG (N=21, 66%), suivi de c.139G>T; p.(G47X) (N=6, 19%) et un cas porteur de c.109G>A; p.(V37I) (N=1, 3%). Deux cas étaient hétérozygotes composites (c.35delG/c.235delC) et (c.35delG/c.551G>C). Les étiologies moléculaires GJB2 sont associées majoritairement à des profils auditifs de surdité sévère à profonde en concordance avec la littérature. La performance du modèle est de 71,9% (F1-score pondéré). Cependant, les limites observées sur la classe minoritaire, une précision de 30,1%, rappellent l’importance d’analyser des données plus larges et mieux annotées pour améliorer la robustesse du modèle.
GeneTUNes représente un prototype initial pour étudier des corrélations génotype-phénotype auditives liées à GJB2 pouvant être extrapolé à d’autres étiologies moléculaires et servir au développement d’outils de prédiction des surdités génétiques.
Farah GHARBI, Cherine CHARFFEDINE (Tunis, Tunisie), Faouzi GHORBEL, Fabrice GIRAUDET
10:00 - 11:00
#49355 - P331 Génération d’hypothèses par intégration d’un modèle d’intelligence artificielle de reconnaissance faciale dans une photothèque hospitalo-universitaire.
P331 Génération d’hypothèses par intégration d’un modèle d’intelligence artificielle de reconnaissance faciale dans une photothèque hospitalo-universitaire.
Le diagnostic des maladies ou syndromes génétiques rares repose souvent sur l’analyse des caractéristiques du visage. Cette expertise reste réservée et nécessite une longue expérience. Cela explique certains cas d’errance diagnostique. L’intelligence artificielle (IA) appliquée à l’analyse faciale constitue une opportunité pour soutenir les généticiens, cliniciens et biologistes, dans leurs démarches.
Dans le cadre des projets AIDY (Artificial Intelligence for DYsmophrology) et FaceS-4-Kids de l’IHU Imagine, nous avons développé un modèle permettant de vectoriser des photographies de visage de patients sur 512 dimensions. Pour cela nous avons préentrainé un modèle de reconnaissance faciale open source (Resnet101), à partir d’un corpus de 50 000 photographies de patients à l’hôpital Necker dans les services de génétique et de chirurgie maxillo-faciale. Au total 400 syndromes génétiques sont représentés dans la base d’apprentissage. Ce fine tuning a permis d’optimiser la sensibilité du modèle aux variations morphologiques spécifiques aux maladies rares quel que soit l’âge, le sexe ou l’origine ethnique du patient. Le modèle obtenu a été intégré à la photothèque du service de génétique, via une interface web permettant une recherche en temps réel sur plus de 400 000 photos (faces et profils).
De manière instantanée, cela permet:
- L’identification des k patients les plus similaires à des photos sélectionnées
- La possibilité d’interroger la photothèque avec des images issues de publications scientifiques
- L’affichage des diagnostics génétiques et cliniques confirmés des patients les plus similaires, suggérant ainsi une ou plusieurs pistes diagnostiques, avec des scores de vraisemblance
Cet outil augmente la photothèque en outil de génération d’hypothèses : il permet de conforter ou de réorienter rapidement une hypothèse clinique, de générer des pistes diagnostiques nouvelles pour des cas complexes, de confronter des options cliniques face aux variants générés par NGS, notamment par reséquencage de génomes complets. Il contribue ainsi à réduire l’errance diagnostique dans le contexte des maladies rares. Plusieurs exemples seront présentés sous forme de cas cliniques, notamment pour les syndromes liés aux ciliopathies, cohésinopathies, et RAS-opathies.
L’outil ouvre des perspectives pour la recherche translationnelle. En regroupant des patients similaires par leur caractéristique faciale, il permet d’identifier des rapprochements entre gènes distincts qui appartiendraient à des voies moléculaires communes, pour contribuer à améliorer la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.
L’intégration d’un modèle d’IA spécifiquement affiné chez des patients atteints de maladies génétiques rares dans une photothèque hospitalo-universitaire illustre la faisabilité d’un modèle alliant performance technique, simplicité d’usage et impact direct sur le diagnostic et la génération d’hypothèses.
Olivier LIENHARD, Quentin HENNOCQ, Thomas COURTIN, Ahmed ZAITER, Antoine FERRY, Amandine BAN, Stanislas LYONNET, Roman Hossein KHONSARI, Marlène RIO, Nicolas GARCELON (PARIS)
10:00 - 11:00
#49458 - P335 PERIGENOMED (PERIGENOMED-CLINICS 1) – Mise en place et premiers résultats du séquençage du génome dans l’Ouest pour le dépistage néonatal de 349 maladies génétiques traitables ou actionnables à début précoce.
P335 PERIGENOMED (PERIGENOMED-CLINICS 1) – Mise en place et premiers résultats du séquençage du génome dans l’Ouest pour le dépistage néonatal de 349 maladies génétiques traitables ou actionnables à début précoce.
Les CHU d’Angers, Nantes et Rennes font partie des 5 centres, avec Dijon et Besançon, impliqués dans le projet pilote de dépistage néonatal génomique (DNNg) PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1). Ce projet, piloté par le CHU de Dijon, a pour but d’évaluer l’acceptabilité, la faisabilité, l’impact psychosocial et l’organisation du DNNg pour 2500 naissances, dont 1400 nouveau-nés inclus dans les 3 CHU de l’Ouest.
Le séquençage des 2500 génomes est effectué dans deux plateformes (NEOMICS à Dijon et GenoA à Nantes) équipées chacune d’un NovaSeq X Plus (Illumina). Les échantillons sont adressés aux plateformes en fonction du CHU d’origine des inclusions (Dijon pour la partie Est de la France, et Nantes pour l’Ouest). A partir de l’analyse de génome réalisée, les variants pathogènes ou probablement pathogènes sont recherchés en analysant une liste de 400 gènes (171 maladies précoces et traitables) et une liste optionnelle de 407 gènes (218 maladies actionnables).
A date, plus de 500 nouveau-nés ont déjà été séquencés à Dijon et les résultats des 1000 premières inclusions seront présentés lors des Assises de Génétique. Dans l’Ouest de la France, les inclusions ont débuté le 8 septembre 2025 et nous souhaitons présenter ici la méthodologie utilisée et les résultats obtenus sur les premiers nouveau-nés testés, estimés entre 300 et 500 nouveaux nés fin décembre 2025.
Les équipes des différents sites du projet PGC1 ont travaillé main dans la main pour homogénéiser les pipelines bio-informatiques des deux plateformes de séquençage et les filtres de sélection des variants (probablement pathogènes et pathogènes) en fonction des modes de transmission, afin de faciliter l’interprétation biologique et ne pas créer de biais entre les deux sites de séquençage. Toutefois, des différences existent entre les deux sites en matière de bio-informatique, de mise en œuvre technique et de validation des variants, notamment sur le circuit des prélèvements, les protocoles d’extraction d’ADN et les outils d’interprétation. Ces disparités permettront, dans le cadre de ce projet pilote, d’évaluer plusieurs approches pertinentes pour le développement du DNNg à plus large échelle. Les approches utilisées dans l’Ouest seront détaillées spécifiquement. Par exemple, l’interprétation des génomes repose sur l’utilisation de DIAGHO, un portail génomique développé au CHU de Rennes pour les Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest, permettant aux biologistes interprétateurs des CHU d’Angers, Nantes, et Rennes d’accéder aux données de l’Ouest et de les interpréter. Les statistiques concernant les premiers résultats (positifs, faux négatifs, délais) seront présentées. Les variants et les pathologies concernés par un dépistage positif seront rapportés.
Nous discuterons de la faisabilité technique de l’extension du DNN par les outils de la médecine génomique avec ces premiers résultats du projet PERIGENOMED dans l’Ouest.
Virginie GUIBERT, Stéphane BÉZIEAU (Nantes), Mathilde PACAULT, Adèle TIRILLY, Laura DO SOUTO FERREIRA, Céline BRIS, Antoine CIVIT, Christele DUBOURG, Houda HAMDI-ROZÉ, Jérome BUSCAIL, Sébastien RICHARD, Marine CORNEC, Eric CHARPENTIER, Julien BARC, Richard REDON, Martin CHEVARIN, Angeline BRUEL, Yannis DUFFOURD, Amandine CHARRETON, Emmanuelle LECOMMANDEUR, Mathilde NIZON, Paul ROLLIER, Estelle COLIN, Sandra MERCIER, Mathieu CHOPELET, Marie DE TAYRAC, Thauvin CHRISTEL, Laurence FAIVRE, Sylvie ODENT, Sébastien SCHMITT, Laurent PASQUIER
10:00 - 11:00
#49674 - P339 Diagnostic des tumeurs cérébrales par séquençage Oxford Nanopore Technologies : séquençage multimodal, classification en temps réel et utilisation de la stratégie d’adaptive sampling appliquées aux lymphomes cérébraux.
P339 Diagnostic des tumeurs cérébrales par séquençage Oxford Nanopore Technologies : séquençage multimodal, classification en temps réel et utilisation de la stratégie d’adaptive sampling appliquées aux lymphomes cérébraux.
Contexte et objectifs:
Le diagnostic des tumeurs cérébrales a connu des avancées majeures au cours de la dernière décennie, d’abord avec l’intégration de critères moléculaires (classification OMS 2016), puis grâce à l’intégration des données épigénétiques (classification OMS 2021). La méthylation de l’ADN dans les tumeurs cérébrales permet de révéler des signatures caractéristiques propres à chaque type tumoral. Le profilage de la méthylation via les puces EPIC de méthylation Illumina, est aujourd’hui considérée comme l’une des méthodes les plus robustes pour établir ces signatures.
Au laboratoire de Neuropathologie du GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences, plus de 600 échantillons tumoraux sont, chaque année, analysés par puce EPIC, permettant une classification fiable via des algorithmes disponibles en ligne. Le délai médian de rendu diagnostique reste long (33 jours), et pose problème dans certaines situations cliniques urgentes.
Le séquençage Oxford Nanopore Technologies (ONT) représente une alternative innovante plus rapide. Il permet, même avec une couverture faible et non uniforme du génome, d’accéder simultanément au profil de méthylation et aux variations du nombre de copies (CNV). Ces informations, habituellement obtenues par des techniques distinctes et plus longues à acquérir, peuvent ainsi être générées en moins d’une heure. Cette technique permet aussi de détecter les variants ponctuels et les variants structuraux, offrant finalement un profil moléculaire complet.
Dans ce contexte, nous avons mis en place une plateforme ONT au sein du laboratoire, avec pour objectif d’intégrer ces données au diagnostic de tumeurs cérébrales. La première application clinique explorée concerne les lymphomes cérébraux primitifs et la détection rapide du variant MYD88 L265P, présent dans environ 80 % des cas. Ce variant est un marqueur déterminant qui confirme le diagnostic de lymphome et conditionne une prise en charge thérapeutique adaptée, cruciale pour le pronostic vital.
Méthodologie:
Ce projet est rendu possible grâce à un financement institutionnel (GHU) ayant permis l’acquisition d’un PromethION P2Solo et de ressources de calcul associées. Notre stratégie repose sur : 1) un séquençage low pass permettant d’obtenir simultanément les profils de méthylation et de CNV, analysés via l’outil ROBIN en temps réel; 2) l’utilisation de la stratégie d’adaptive sampling ciblant un panel de gènes impliqués dans les lymphomes; 3) le développement de scripts automatisés pour le variant calling en temps réel, incluant la détection du variant MYD88 L265P.
Conclusion:
L’implémentation du séquençage ONT en routine diagnostique pourrait transformer la prise en charge des tumeurs cérébrales en offrant un accès rapide, intégré et complet à l’information moléculaire. Les premiers résultats sur les lymphomes serviront de preuve de concept pour une extension à d’autres types de tumeurs cérébrales de l’adulte et de l’enfant nécessitant un diagnostic rapide voire extemporanée.
Euphrasie SERVANT (Paris), Alice MÉTAIS, Fadila FETAISSA, Fabrice CHRÉTIEN, Pascale VARLET, Anne-Sophie LEBRE
10:00 - 11:00
#49860 - P343 Apport de l'intelligence artificielle en cytogénétique conventionnelle.
P343 Apport de l'intelligence artificielle en cytogénétique conventionnelle.
Introduction
Les anomalies chromosomiques, responsables de nombreuses maladies, sont détectées par le caryotype conventionnel, méthode de référence mais chronophage et limitée. L’intelligence artificielle, notamment l’apprentissage profond appliqué à l’imagerie biomédicale, constitue une alternative prometteuse pour automatiser l’analyse cytogénétique et en améliorer la rapidité et la précision.
Objectif
Développer un modèle d’apprentissage automatique robuste, capable de classer les chromosomes de manière autonome adaptée aux besoins spécifiques des laboratoires tunisiens.
Matériels et méthodes
Une étude expérimentale a été menée au Service de Génétique de l’Hôpital Charles Nicolle sur 1 000 images de caryotypes en bandes R (2024). Après annotation et prétraitement, la détection et la classification des chromosomes ont été assurées par YOLOv8, associé à une segmentation fine par SAM. La classification a été optimisée par une stratégie multi-orientation avec vote pondéré. Une validation hybride, combinant Random Forest et règles cytogénétiques a consolidé les prédictions. Un module interactif a permis la visualisation, l’édition et l’export des résultats.
Résultats
La détection a atteint une précision et un rappel > 95 % (mAP@50 ≈ 1,0 ; mAP@50–95 = 0,7). La classification a obtenu une exactitude > 93 %, avec une faible confusion interclasses, y compris entre chromosomes morphologiquement proches. La stratégie multi-orientation a amélioré la stabilité des prédictions, et la validation hybride a renforcé la robustesse. La reconstruction automatique du caryotype a été correcte dans 93,8 % des cas, avec < 8 % d’interventions manuelles. Toutefois, des limites persistent, notamment l’absence d’un module d’analyse des bandes chromosomiques et la taille restreinte de la base d’apprentissage.
Conclusion
Ce pipeline hybride, alliant deep learning, validation morphométrique et règles cytogénétiques, assure une reconnaissance fiable, traçable et interprétable des chromosomes. Open source, personnalisable et entraîné sur des données locales, il constitue une alternative accessible et mieux adaptée aux besoins des laboratoires tunisiens.
Rasene GEREISHA (Paris), Lilia KRAOUA, Hela BELIL, Olfa SMATI, Sameh TRABELSI, Lobna YAHYAOUI, Fadhila OUEDRANI, Ridha MRAD, Mediha TRABELSI
10:00 - 11:00
#49153 - P347 Complexité diagnostique de la dentinogenèse imparfaite liée aux variants du gène DSPP.
P347 Complexité diagnostique de la dentinogenèse imparfaite liée aux variants du gène DSPP.
Background
Les variants du gène DSPP sont impliqués dans la dysplasie dentinaire de type II (DD-II ; OMIM #125420) et les dentinogenèses imparfaites (DI) de type II (OMIM #125490) et III (OMIM #125500). DSPP code une protéine précurseur clivée en trois protéines de la matrice dentinaire : DSP, DPP et DGP. L’exon 5 contient plus de 200 répétitions en tandem de 9 pb (domaine DSS), rendant son analyse complexe par les méthodes de séquençage classiques.
Matériels et Méthodes
Nous avons étudié 112 individus (42 cas index et 70 apparentés) présentant des signes cliniques de DI ou de DD. L’ADN salivaire a été analysé à l’aide du panel NGS GenoDENT. Pour les cas non concluants, nous avons eu recours à une PCR long-range et au séquençage long-read Oxford Nanopore Technology (ONT), permettant de surmonter les difficultés liées à la région répétée de DSPP.
Résultats
Des variants pathogènes ou probablement pathogènes de DSPP ont été identifiés dans 40 familles, incluant 15 variants déjà décrits et 13 nouveaux variants. La majorité des variants ont été retrouvés dans l’exon 5, entraînant des décalages du cadre de lecture et l’apparition de codons stop prématurés. Le séquençage ONT a permis la détection de variants dans des cas où le NGS atteignait ses limites. Plusieurs variants montraient une ségrégation familiale ainsi qu’une expressivité variable entre les individus porteurs.
Conclusion
Cette étude souligne l’apport déterminant du séquençage long-read pour l’analyse de régions complexes du gène DSPP et élargit le spectre mutationnel connu. L’hétérogénéité phénotypique observée suggère l’existence de facteurs modificateurs, justifiant des études approfondies de corrélation génotype–phénotype.
Financements
Le projet e-GenoDENT financé par le Fonds d'Intervention Régionale (FIR) de l'Agence Régionale de Santé Grand Est (2019-2022) ; Impulsion recherche Filière TETECOU, 2020 et 2022 ; Fondation Force DIAGNODENT 2023-2026 la MIG F04 dédiée aux centres de référence maladies rares (CRMR), DGOS, Ministère de la Santé et de la prévention.
Gaétan CARAVELLO (Strasbourg), Alexandra JIMENEZ-ARMIJO, Marzena KAWCZYNSKI, Tristan REY, Manuela ANTIN, Alison ROTH, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Aurélie GOURONC, Abdelmalek ALIOUA, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Agnès BLOCH-ZUPAN
10:00 - 11:00
#49414 - P351 Phénocopies de chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique : analyse de 36 cas et comparaison avec 11 patients ayant un variant pathogène identifié dans le gène ARSL.
P351 Phénocopies de chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique : analyse de 36 cas et comparaison avec 11 patients ayant un variant pathogène identifié dans le gène ARSL.
La chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique ou CDPX1 est définie par l’association d’un syndrome de Binder, de calcifications dans les cartilages des zones articulaires et d’une brachytéléphalangie. Elle est causée par une perte de fonction du gène ARSL, transmise sur un mode récessif lié à l’X. Certains individus présentent les mêmes caractéristiques que les patients CDPX1 mais sans variation pathogène de ARSL. Ces phénocopies peuvent être liées à des facteurs maternels comme la présence d’un hyperemesis gravidarum (HG), d’une maladie auto-immune maternelle (MAI), ou la prise d’anti-vitamine K (AVK). L’objectif de ce travail est d’analyser l’histoire naturelle et le pronostic de ces phénocopies en les comparant aux formes avec variants ARSL identifiés.
Les critères d’inclusion ont été un diagnostic clinico-radiologique de CDPX1 ainsi qu’un suivi dans le centre de référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles de l’hôpital Necker Enfants-malades. Les données rétrospectives pré et postnatales de patients comprenant 36 phénocopies CDPX1 et 11 CDPX1 avec un variants dans ARSL, on été analysées. Au sein du groupe des phénocopies, les individus ont été classés en fonction du facteur externe suspecté : hyperemesis gravidarum (n=27), MAI (n=8), prise d’AVK durant la grossesse (n=1). Ils ont été revus en consultation afin de leur proposer un séquençage de génome. Les deux groupes ont ensuite été comparés (Test exact de Fisher, risque α de 5%).
Aucune différence significative entre les cohortes « variant dans ARSL » et « phénocopies » n’a été identifiée, hormis i) une fréquence plus importante d’individus de sexe féminin et ii) une augmentation significative d’hydramnios pour le groupe des phénocopies iii) une origine maternelle caucasienne dans le groupe « ARSL ». Le sous-groupe MAI se distingue du sous-groupe HG par la présence en anténatal d’os longs courts, de ponctuations au niveau du rachis cervical et de prématurité. Le séquençage de génome entier réalisé chez 6 patients phénocopies (4 garçons, 2 filles) n’a pas permis d’identifier de variant pathogène pouvant expliquer le phénotype.
En conclusion, le pronostic et les caractéristiques des CDPX1 sont comparables que le syndrome soit causé par un variant perte de fonction dans ARSL ou par un facteur maternel. Il apparait donc difficile de prédire l’évolution postnatale lors de la découverte d’un syndrome de Binder associé à des ponctuations. Malgré quelques différences pour le groupe des phénocopies d’origine auto-immune, nous n’avons pas observé de profil caractéristique d’une cause. La prise en charge et le suivi des patients atteints de CDP pourrait être améliorée par le développement d’examens d’imagerie prénatale, la systématisation du suivi en postnatal et la réalisation d’analyse de génome entier pour tous les patients présentant une phénocopie.
Alix PAULET (Paris), Caroline MICHOT, Geneviève BAUJAT, Maëlle CHARPIÉ, Pauline MARZIN, Sophie RONDEAU, Corinne COLLET, Klervie LOISELET, Marie FEIGNA, Michel PANUEL, Valérie CORMIER-DAIRE
10:00 - 11:00
#49519 - P355 Relier les arthrogryposes distales aux maladies osseuses congénitales : Approche par voie de signalisation des fusions congénitales osseuses des membres et du squelette axial.
P355 Relier les arthrogryposes distales aux maladies osseuses congénitales : Approche par voie de signalisation des fusions congénitales osseuses des membres et du squelette axial.
Contexte
Les arthrogryposes distales et les syndromes de synostoses multiples sont des pathologies caractérisées par des anomalies squelettiques et en particulier des limitations articulaires congénitales et des fusions osseuses. Parmi les gènes impliqués dans ces deux conditions, NOG, GDF5, MYH3, FLNB, FGF9 et TAB2 sont fréquemment impliqués.
Objectif
Identifier les voies communes entre les gènes impliqués dans les synostoses multiples et l'arthrogrypose distale et comprendre le spectre phénotypique chevauchant en fonction du mécanisme moléculaire sous-jacent.
Sujets et méthodes
Nous avons colligé des patients dans le registre pédiatrique et adulte des patients atteints d'arthrogrypose multiplex congénitale PARART et dans la base de données BAMARA du CHU Grenoble Alpes, et avons sélectionné des patients à partir de la revue de littérature.
Résultats
Nous avons identifié les voies TGF bêta et BMP comme le dénominateur commun qui relie tous les gènes susmentionnés. Les mutations dans les gènes impliqués dans la signalisation TGFβ et BMP sont responsables de nombreux aspects du développement musculaire et squelettique, qui pourrait au moins en partie expliquer le chevauchement phénotypique. Cependant, nous avons observé une variabilité phénotypique pour un gène donné et même l'absence d'une corrélation phénotypique spécifique entre des mutations présumées avoir des conséquences opposées (perte de fonction vs. gain de fonction). La majorité des patients avec des mutations MYH3 et FLNB présentaient des fusions vertébrales alors que le symphalangisme est fréquemment associé à des variants pathogènes de GDF5 et NOG. La synostose des os du carpe était particulièrement liée à FLNB, MYH3 et GDF5, tandis que la synostose des os du tarse était liée à MYH3 et GDF5.
Conclusion
Les voies de signalisation TGF-β et BMP relient les pathologies osseuses et musculaires par le biais d’une formation articulaire anormale. Les corrélations génotype-phénotype restent un défi et posent la question de la nature primaire ou secondaire adaptative des anomalies squelettiques observées.
Deborah KAGLAN, John RENDU, Stanislas ROCHE, Emeline BOURGEOIS, William DUFOUR, Pauline LE TANNO, Charles COUTTON, Klaus DIETERICH (GRENOBLE)
10:00 - 11:00
#49762 - P359 Les variations du gène SERPINF1 sont à l’origine d’une forme distincte et reconnaissable d’ostéogenèse imparfaite.
P359 Les variations du gène SERPINF1 sont à l’origine d’une forme distincte et reconnaissable d’ostéogenèse imparfaite.
L’ostéogenèse imparfaite (OI) est un groupe de maladies cliniquement et génétiquement hétérogènes, caractérisées par une fragilité osseuse. Bien que 85 à 90 % des cas soient liés à des mutations des gènes COL1A1 et COL1A2, plus de vingt gènes responsables de formes ultra-rares d’OI ont désormais été identifiés. Ces formes se distinguent souvent par des caractéristiques cliniques et radiologiques spécifiques, différentes des formes classiques associées aux variations de COL1.
Nous présentons, dans cette étude rétrospective, une cohorte de 16 patients porteurs de variations du gène SERPINF1, responsables d’une forme reconnaissable d’OI avec une évolution particulière et des manifestations cliniques distinctes.
Tous les patients étaient issus de grossesses sans complication. Le premier signe d’OI était une fracture des os longs, le plus souvent du fémur, survenant entre 5 et 19 mois. Tous présentaient des fractures récurrentes des os longs et, dans 14 cas sur 16, des fractures vertébrales dès les premières années de vie. L’évolution clinique était marquée par une déformation progressive des os longs, suivie par l’apparition secondaire d’une cyphoscoliose, généralement à la fin de la première décennie. Ces manifestations aboutissaient fréquemment à une perte de la marche autonome (11/16). Des épisodes de douleurs osseuses sans preuve radiologique de fracture (10/16) et une faiblesse musculaire généralisée (5/16) étaient également rapportés. Aucun patient ne présentait de manifestations extra-squelettiques, à l’exception de rares cas de dentinogenèse imparfaite (2/16).
Cette cohorte permet également de préciser la variabilité phénotypique intrafamiliale associée aux variations de SERPINF1, avec deux sœurs présentant une forme très atténuée (moins de 10 fractures sans atteinte vertébrale et des déformations osseuses mineures), alors que leur frère présentait une forme sévère avec de nombreuses fractures et des déformations majeures.
Sur le plan thérapeutique, 14 des 16 patients ont reçu des perfusions de bisphosphonates, sans efficacité notable sur la réduction du nombre de fractures, bien que la densité osseuse ait souvent été normalisée. Seuls deux patients ont rapporté une amélioration des douleurs.
Maelle CHARPIE (Paris), Pauline LE TANNO, Geneviève BAUJAT, Caroline MICHOT, Bruno LEHEUP, Martine COHEN-SOLAL, Hina SIMONNET, Julia HERROU, Eugenie KOUMAKIS, Graziella PINTO, Corinne COLLET, Zagorka PEJIN, Sophie MONNOT, Valérie CORMIER-DAIRE
10:00 - 11:00
#49390 - P363 Manifestations anévrismales dans le Syndrome d'Ehlers-Danlos Hypermobile : Une étude rétrospective d'imagerie.
P363 Manifestations anévrismales dans le Syndrome d'Ehlers-Danlos Hypermobile : Une étude rétrospective d'imagerie.
Les Syndromes d'Ehlers-Danlos forment un groupe de maladies rares et héréditaires du tissu conjonctif caractérisés par une triade clinique commune : hypermobilité articulaire, hyperélasticité cutanée et fragilité tissulaire. On distingue actuellement 13 types de SED, dont 1 vasculaire et 12 dits non-vasculaires. Les sous-types non vasculaires, bien que généralement exempts de complications vasculaires graves, peuvent néanmoins présenter des anomalies cardio-vasculaires de sévérité variable nécessitant une exploration spécifique. Le SED hypermobile (SEDh), le plus fréquent et d’étiologie moléculaire inconnue, se manifeste par une hypermobilité articulaire généralisée associée à une instabilité articulaire, des douleurs chroniques et des manifestions cutanées. Des anomalies cardiaques ont été rapportées et sont considérées comme des critères cliniques de diagnostic (prolapsus de la valve mitrale et dilatation de la racine de l’aorte). A ce jour, aucune étude ne s'est intéressée aux aspects vasculaires.
Cette étude visait à évaluer la prévalence des anévrismes chez les patients atteints de SEDh. Les données d’imagerie thoraco-abdomino-pelvienne et intracrânienne obtenues lors d'un examen de routine ont été analysées par deux radiologues indépendants pour évaluer notamment la prévalence des anévrismes. Dans un second temps, nous avons évalué leur association potentielle avec des facteurs de risque cardiovasculaires.
Au total, 55 patients explorés entre 2021 et 2023 à l’hôpital Raymond Poincaré ont été inclus. Tous les patients avaient eu un angioscanner thoraco-abdomino-pelvien et 28 d’entre-eux avaient bénéficié d’un angioscanner des troncs supra-aortiques jusqu’au polygone de Willis. Des tests génétiques par panel de gènes en NGS ont été réalisés afin d'éliminer un diagnostic différentiel. Les analyses n’ont révélé aucune variation d’intérêt dans les gènes impliqués dans les SED ou dans un diagnostic différentiel comme le Syndrome de Marfan. La cohorte de patients comprenait 87% de femmes, l’âge moyen était de 38 ans et l’IMC moyen de 24. En ce qui concerne les facteurs de risque cardiovasculaire, la cohorte était composée de 25 % de fumeurs et 22 % de personnes souffrant d'hypertension artérielle. Des anévrismes ont été identifiés chez quatre des patients (soit 7,3 % de la population). Ceux-ci étaient localisés dans l'aorte thoracique, l'artère splénique et sur le Polygone de Willis. Aucune association significative avec les facteurs de risque cardiovasculaire n'a été mise en évidence (hypertension, tabagisme, âge, surpoids/obésité). Par ailleurs, un seul cas de dilatation de la racine de l’aorte a été relevé.
Les résultats de cette étude invitent à la plus grande prudence dans l'interprétation de la prévalence des anévrismes dans le SEDh. D'autres études futures sont nécessaires, avec une méthodologie améliorée, afin de mieux comprendre les anomalies vasculaires dans le SEDh et leur impact clinique
Thomas GEHIN, Malika FOY, Robert CARLIER, Valentin RENAULT, Karelle BENISTAN (Garches)
10:00 - 11:00
#49567 - P367 Etude des mécanismes pigmentaires au cours de l’Epidermolyse bulleuse simple à PIGmentation Mouchetée (EPIGM).
P367 Etude des mécanismes pigmentaires au cours de l’Epidermolyse bulleuse simple à PIGmentation Mouchetée (EPIGM).
Les épidermolyses bulleuses héréditaires (EBH) sont des génodermatoses rares caractérisées par une fragilité cutanée et/ou muqueuse entraînant des bulles, le plus souvent post traumatiques. Les formes simples (EBS), définies par un clivage intra-épidermique, sont majoritairement dues à une mutation des gènes codant pour les kératines 5 ou 14. L’EBS à pigmentation mouchetée (EBS-PM) est caractérisée par une hyperpigmentation mouchetée des extrémités et des grands plis, et est associée à une mutation récurrente (P25L) de la kératine 5 (K5). Les mécanismes sous-jacents à cette hyperpigmentation restent mal élucidés.
La K5 étant exprimée dans la peau uniquement par les kératinocytes, nous avons émis les hypothèses que les anomalies pigmentaires observées résultent : 1) d’un dysfonctionnement du transport ou de la dégradation des mélanosomes au sein de des kératinocytes, ou 2) d’une altération du dialogue kératinocyte-mélanocyte. La mutation pourrait affecter l’expression ou le transfert de facteurs sécrétés par les kératinocytes, modifiant la mélanogenèse dans les mélanocytes.
Nos modèles expérimentaux comprennent des kératinocytes HaCaT que nous avons immortalisés par transduction virale avec la K5 sauvage (WT) ou mutée, ainsi que des biopsies cutanées prélevées sur une zone hyperpigmentée ou normale d’un patient atteint d’EBS-PM. A partir des HaCaT K5 WT ou P25L, nous avons démontré que la dynéine, responsable du transport des mélanosomes dans les kératinocyes, n’interagit pas avec la K5, et que la mutation P25L n’affecte ni l’expression ni la dégradation par autophagie de cette protéine. En revanche, l’étude des mélanocytes issus de la zone biopsiée hyperpigmentée nous a permis d’observer une surexpression des gènes impliqués dans la mélanogenèse. Ces observations sont corroborées par l’analyse en microscopie électronique des biopsies, révélant une augmentation du nombre de mélanosomes dans les mélanocytes et kératinocytes de la zone hyperpigmentée, ainsi qu’un aspect des mélanosomes semblable à ceux observés dans les peaux à phototype foncé. Ensemble, ces résultats nous permettent de privilégier l’hypothèse d’une altération de la mélanogenèse par des facteurs sécrétés par les kératinocytes, plutôt qu’un mécanisme interne aux kératinocytes.
La suite de cette étude vise à identifier les facteurs kératinocytaires impliqués. Pour cela, nous prévoyons d’analyser les sécrétomes des HaCaT WT ou P25L en spectrométrie de masse, ainsi que les miRNA contenus dans les exosomes sécrétés par ces mêmes cellules en RNAseq. Les résultats obtenus in vitro seront ensuite validés sur des modèles 3D d’épidermes pigmentés reconstruits intégrant nos HaCaT transduits.
Marjorie HEIM (NICE), Christine CHIAVERINI, Thierry PASSERON
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#49391 - P371 Comprendre le lien génétique entre l’autisme et les naissances prématurées.
P371 Comprendre le lien génétique entre l’autisme et les naissances prématurées.
L’autisme est un trouble du neurodéveloppement caractérisé par des difficultés de communication sociale, des comportements répétitifs, des intérêts restreints et des particularités sensorielles. Sa prévalence excède 1% de la population, avec une héritabilité supérieure à 80%. Son architecture génétique complexe implique à la fois des variants rares et communs.
La naissance prématurée, définie comme un accouchement survenant avant 37 semaines de gestation, concerne environ 10 % des nouveau-nés. Ses causes sont diverses et souvent multifactorielles. En interrompant la maturation fœtale intra-utérine, elle augmente le risque de complications médicales ainsi que de troubles neurodéveloppementaux. Une méta-analyse a montré que les enfants nés prématurément présentent un risque d’autisme environ 30 % plus élevé que ceux nés à terme (Wang et al., 2017). Une autre étude a précisé que la prévalence de l’autisme varie en fonction du degré de prématurité : elle atteint 6,1 % chez les très grands prématurés (22–27 semaines), 2,6 % chez les prématurés modérés (28–33 semaines), 1,9 % chez les prématurés tardifs (34–36 semaines), et 2,1 % pour l’ensemble des naissances prématurées (Crump et al., 2021).
Pour explorer ce lien, nous avons analysé la cohorte SPARK (Simons Powering Autism Research). Les résultats confirment une prévalence accrue d’autisme chez les enfants prématurés, associée à une sévérité clinique plus marquée que chez les autistes nés à terme. Sur le plan génétique, nous avons observé un enrichissement de variants de novo dans des gènes impliqués dans des troubles neurodéveloppementaux avec un mode de transmission dominant chez les enfants autistes comparés à leurs frères et sœurs non autistes. Au sein même des individus autistes, la proportion de porteurs est plus élevée chez les nés à terme que chez les nés prématurés. L’étude des variants communs à l’aide de scores polygéniques montre que les individus autistes sur-héritent des variants communs associés à l’autisme, indépendamment de la prématurité. Toutefois, aucune différence significative des scores n’a été observée entre autistes prématurés et autistes nés à terme. L’analyse des corrélations génétiques issues des études d’association pangénomique (GWAS) n’a, quant à elle, pas mis en évidence de lien significatif entre autisme et prématurité, tandis qu’une corrélation génétique a été identifiée entre la prématurité et le trouble du déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH).
En conclusion, la prématurité accroît le risque d’autisme et influence sa sévérité clinique, mais les bases génétiques semblent comparables, hormis un enrichissement différentiel en variants de novo. Comprendre ce lien entre développement fœtal et prédispositions génétiques est essentiel pour identifier les origines précoces de l’autisme et orienter des stratégies d’intervention ciblées.
Selin KORKMAZ (Paris), Claire LEBLOND, Thomas BOURGERON, Freddy CLIQUET
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#49526 - P375 Diagnostics fortuits de diabètes monogéniques dus à des variants du gène WFS1.
P375 Diagnostics fortuits de diabètes monogéniques dus à des variants du gène WFS1.
Introduction
Les diabètes monogéniques représentent 2-4% de l’ensemble des diabètes et constituent un ensemble hétérogène d’entités génétiques, les diabètes MODY étant les plus fréquents. Le séquençage haut débit a révélé qu’environ 20 % des variants retrouvés chez des patients suspectés de MODY concernent en réalité des gènes responsables de diabètes syndromiques. L’identification fortuite de variants de gènes syndromiques s’explique par l’expressivité variable des atteintes extra-pancréatiques conduisant à un spectre clinique hétérogène. Au sein de notre laboratoire, 3% des cas résolus de MODY (6ème étiologie la plus fréquente) s’avèrent être porteurs de variants du gène WFS1, gène classiquement associé au syndrome de Wolfram (WS) de transmission autosomique récessive. Ce syndrome se caractérise par la présence d'un diabète, un déficit en arginine-vasopressine (diabète insipide), une surdité neurosensorielle, une atrophie optique bilatérale et de divers signes neurologiques. L’objectif de notre étude est la caractérisation clinique et moléculaire des patients WFS1 initialement adressés sur une porte d’entrée « diabète ».
Méthodes
Cette étude porte sur 29 cas index porteurs de variants du gène WFS1, initialement adressés pour une analyse moléculaire de diabète monogénique entre 2017 et 2025. Ils ont bénéficié de l’étude d’un panel de gènes. Les variants WFS1 ont été classés selon les critères de l'ACMG. Neuf apparentés diabétiques ont secondairement bénéficié d’un génotypage par Sanger. Un examen détaillé des caractéristiques moléculaires et cliniques de ces 38 patients a été réalisé.
Résultats
La présentation clinique de ces patients est celle d’un diabète insulinorequérant non auto-immun, avec un âge médian de survenue de 8 ans [1-36]. Au moment de la demande d’analyse moléculaire, 45% (13/29) avaient un diabète isolé et 35% (10/29) présentaient au moins une atteinte extra-pancréatique pouvant s’intégrer dans le WS. La moitié des cas index présente des variants WFS1 homozygotes, suggérant une consanguinité importante.
L'annonce du résultat moléculaire a été l'occasion de réexaminer le dossier de dix des patients avec diabète isolé. Pour 7 d'entre eux, des éléments cliniques supplémentaires étaient compatibles avec le diagnostic de WS. Les 3 autres patients, d’un âge moyen de 23 ans, n’ont aucune autre atteinte.
Les résultats moléculaires ont montré la complexité de l'interprétation des variants WFS1, avec une majorité de formes récessives (93%) mais également l’identification de rares formes dominantes.
Interprétation
Cette étude met en évidence la pénétrance et l'expressivité variables associées au gène WFS1, justifiant d’intégrer les étiologies syndromiques dans la stratégie diagnostique des diabètes MODY. Ces diagnostics fortuits soulignent la nécessité, lors de la prescription d'une étude moléculaire, d'anticiper un résultat potentiel qui va au-delà du diabète, nécessitant une prise en charge médicale appropriée et un conseil génétique.
Delphine BOUVET (Paris), Marlyse ANGAH, Florence BELLANGER, Séverine CLAUIN, Céline LEMAITRE, Gwendoline LEROY, Philippe PELLET, Cécile SAINT-MARTIN, Christine BELLANNE-CHANTELOT
10:00 - 11:00
#48930 - P379 Étude génétique et fonctionnelle d'une forme familiale de fibrillation ventriculaire idiopathique.
P379 Étude génétique et fonctionnelle d'une forme familiale de fibrillation ventriculaire idiopathique.
Introduction: La fibrillation ventriculaire idiopathique (FVI) est une cause importante de mort subite cardiaque chez les jeunes adultes. Une nouvelle forme de FVI a récemment été décrite, déclenchée par des contractions ventriculaires prématurées (CVP) venant des fibres de Purkinje et caractérisées par un couplage court (i.e. l'intervalle de couplage des CVP est inférieur à 350 ms). Une étude a montré que le premier symptôme de la FVI à couplage court (FVIcc) était la mort subite chez 60% des patients. De plus, près de 15% de ces patients présentent une histoire familiale de mort subite, ce qui pourrait indiquer une cause génétique de la pathologie. En dépit des recherches intensives effectuées au cours des dernières années, les mécanismes moléculaires de la FVIcc sont mal connus à ce jour. De nouvelles études sont donc nécessaires pour améliorer la compréhension de la pathologie et la prise en charge des patients. L'objectif de cette étude est d'identifier les causes génétiques et les mécanismes moléculaires responsables du phénotype de FVIcc dans une petite cohorte de patients affectés par cette pathologie très rare.
Méthodes: Nous avons sélectionné 3 patients présentant une forme familiale de FVIcc, dont 2 sœurs. L'ADN des patients a été obtenu à partir d'un échantillon de sang et leur exome a été séquencé sur un séquenceur Magnis NGS Prep System (Agilent Technologies) grâce au kit SureSelect XT-HS (Agilent Technologies). Les séquences ainsi obtenues ont été alignées sur l’exome humain en utilisant BWA-MEM2, puis les polymorphismes nucléotidiques, insertions et délétions ont été détectés grâce à la fonction HaplotypeCaller de GATK4. Les variants ont ensuite été filtrés en fonction de leur fréquence dans la population générale, des résultats des algorithmes de prédiction et de l’expression des gènes affectés dans le cœur et les fibres de Purkinje.
Résultats et conclusion: Nous avons identifié des variants d'intérêt communs aux 2 sœurs mais aucun variant commun aux 3 patients. Deux variants, un variant faux-sens et un variant d’épissage, affectant des protéines impliquées dans le transport des ions à travers la membrane plasmique ont été identifiés. L’effet du variant d’épissage a été validé par séquençage de l’ARN extrait de cellules iPS du patient. La caractérisation fonctionnelle de ces variants, par des techniques d'électrophysiologie cellulaire et de cartographie optique, est en cours afin d'évaluer leur pathogénicité dans des cellules cardiaques issues des iPS de patients.
Ce projet fournira de nouveaux éléments permettant de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques responsables de la mort subite cardiaque chez les jeunes adultes.
Pauline BELHUMEUR (Paris), Claire PERRET, Laëtitia RIALLAND, Vincent FONTAINE, Delphine DESIGAUD, Guillaume JEDRASZAK, Elodie SURGET, Olivier BERNUS, Fabrice EXTRAMIANA, Michel HAÏSSAGUERRE, Estelle GANDJBAKHCH, Nathalie NEYROUD
10:00 - 11:00
#49111 - P383 Le gène HCN4 : architecture moléculaire et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale.
P383 Le gène HCN4 : architecture moléculaire et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale.
Introduction
Le gène HCN4 code pour le canal ionique responsable du courant If de dépolarisation dans les cellules cardiaques pacemaker du nœud sinusal. Des variants délétères dans le gène HCN4 ont été décrits comme impliqués dans les dysfonctions sinusales ainsi que dans certains phénotypes de cardiomyopathies. Ce gène est peu prévalent, ainsi peu de relations phénotype-génotype ont été proposées et l’interprétation des variants reste difficile.
Objectifs
Cette étude a pour but de recueillir les données phénotypiques de patients présentant un variant d’intérêt dans le gène HCN4, et d’établir leurs relations avec la nature et la localisation de ces variants.
Matériel & Méthodes
Une étude rétrospective multicentrique nationale (laboratoires de la filière CARDIOGEN) a été menée à partir des patients porteurs d’un variant hétérozygote pathogène ou probablement pathogène du gène HCN4 (ACMG) séquencés pour une indication de maladie cardiaque héréditaire. Ont été exclus les patients sans les données cliniques disponibles, et ceux porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène dans un autre gène pouvant expliquer le phénotype cardiaque.
Résultats
Sur une cohorte de 355 patients porteurs de variants dans le gène HCN4, 65 ont été sélectionnés. Parmi eux, 56 étaient des cas index (F=19, H=37). L’âge moyen au diagnostic était de 32,8 ans (0-73). Concernant la distribution phénotypique, 38% (n=21) présentent une cardiomyopathie sans troubles du rythme (TR), 32% (n=18) présentent des troubles du rythme (TR) sans cardiomyopathie, et 30% (n=17) présentent une cardiomyopathie associée à un ou des TR.
Sur le plan moléculaire, 31 variants différents du gène HCN4 ont pu être identifiés dont 71% (n=22) de variants faux-sens. Le Burden Test montre un enrichissement significatif des variants dans le domaine du pore (n=21) par rapport aux variants présents dans le reste de la protéine (Odds ratio 33,48 ; p-value = 1,92.10-19). Ces variants faux sens sont associés dans 48% des cas à un phénotype de non-compaction du ventricule gauche avec dysfonction sinusale. Un second enrichissement significatif de variants (n=7) a été mis en évidence dans le domaine transmembranaire S4 (Odds ratio 4,37 ; p-value 2,8.10-3), 43% des patients présentent un syndrome du QT long (SQTL).
Conclusion
Cette cohorte nationale représente une des plus grandes étudiées à ce jour concernant le spectre moléculaire des variants du gène HCN4 et leur association avec des phénotypes cardiaques et rythmiques. Un chevauchement phénotypique entre TR et cardiomyopathie est observé. La corrélation génotype phénotype montre que les variants faux sens localisés dans le pore sont associés à des phénotypes de non-compaction du ventricule gauche et/ou de dysfonction sinusale, et ceux du domaine S4 à des phénotypes de SQTL.
Ce travail permet d’accroitre les connaissances sur le gène HCN4, et d’améliorer l’interprétation des variants et ainsi le conseil génétique dans les familles.
Anne-Sophie HONG TUAN HA (Paris), Adrien BLOCH, Gilles MILLAT, Karine NGUYEN, Adeline GOUDAL, Clarisse BILLON, Cécile ROUZIER, Isabelle DENJOY, Pierre-François WINUM, Camille BARTHOD, Basile MOUHAT, Julie POUKHNITZKY, Flavie ADER, Véronique FRESSART, Estelle GANDJBAKHCH, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
10:00 - 11:00
#49277 - P387 Préindication « Syndrome de Marfan et pathologies apparentées » : bilan intermédiaire du séquençage génomique sur la plateforme SeqOIA dans le cadre du PFMG 2025.
P387 Préindication « Syndrome de Marfan et pathologies apparentées » : bilan intermédiaire du séquençage génomique sur la plateforme SeqOIA dans le cadre du PFMG 2025.
Le Plan France Médecine Génomique 2025 a été mis en place pour garantir un accès équitable au séquençage du génome entier (WGS) sur l’ensemble du territoire français.
Ce dispositif repose sur deux plateformes nationales, SeqOIA et Auragen, opérant dans un cadre de pré-indications validées par la Haute Autorité de Santé (HAS).
La pré-indication « syndrome de Marfan et pathologies apparentées » a été validée fin 2019, avec un démarrage des premières Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) nationales en juin 2020.
Cette pré-indication cible les formes familiales (avec un minimum de trois individus informatifs) ainsi que les formes sporadiques analysées en trio. Elle inclut à la fois des formes syndromiques et des pathologies aortiques isolées, sous réserve d’un panel NGS diagnostique négatif préalable.
À ce jour, la plateforme SeqOIA a analysé 50 dossiers dans ce cadre, avec une origine des prescriptions répartie entre RCP nationales (65%) et locales (35%). Parmi ces 50 génomes, 20% ont permis d’obtenir un diagnostic concluant, exclusivement dans des formes syndromiques.
Ces résultats positifs ont permis :
• Un repositionnement clinique de certains patients dont les signes initiaux n’étaient pas évocateurs ;
• La confirmation de l’implication de gènes récemment décrits, absents des panels classiques ;
• La mise en évidence de variants introniques profonds dans des gènes connus avec impact sur l’épissage ;
• La détection de faux-négatifs liés aux limites des tests diagnostiques standards ;
• La découverte de nouveaux gènes candidats, ouvrant des perspectives pour l'amélioration du diagnostic.
Ce bilan intermédiaire souligne l’apport majeur des plateformes nationales dans le diagnostic génétique des pathologies aortiques rares, en particulier pour les formes syndromiques. La poursuite de l’analyse des données obtenues permettra d’affiner les critères d’inclusion et d’optimiser le rendement diagnostique de cette pré-indication.
Nadine HANNA (PARIS), Pauline ARNAUD, Souraya WADIH, Sabrine JADOUI, Laurent GOUYA, Luisa MARSILI, Clémence VANLERBERGHE, Bénédicte DEMEER, Sacha WEBER, Pierre BLANC, Catherine BOILEAU, Julie CHASSAGNE, Guillaume JONDEAU
10:00 - 11:00
#49534 - P391 Étude par interférence CRISPR des mécanismes de régulation transcriptionnelle aux loci associés à la dissection spontanée de l’artère coronaire.
P391 Étude par interférence CRISPR des mécanismes de régulation transcriptionnelle aux loci associés à la dissection spontanée de l’artère coronaire.
La dissection spontanée de l’artère coronaire (SCAD) est une pathologie cardiovasculaire touchant en grande majorité les femmes d’âge moyen, qui se manifeste par une obstruction artérielle causée par un hématome de la paroi artérielle pouvant aboutir à un infarctus du myocarde. Une étude d’association pangénomique (GWAS) menée par notre équipe a identifié 16 loci associés à la SCAD, enrichis en variants non codants situés dans des éléments régulateurs actifs dans les cellules musculaires lisses (CML) vasculaires et les fibroblastes. Toutefois, les gènes cibles et les mécanismes par lesquels certains de ces variants modulent l’expression génique restent à élucider.
Ce projet vise à établir un système fonctionnel pour explorer les mécanismes de régulation transcriptionnelle au sein de ces loci et identifier leurs gènes cibles, notamment ceux présentant une expression différenciée selon le sexe. Pour ce faire, notre objectif est d’utiliser un système d’interférence CRISPR (CRISPRi) inductible basé sur une Cas9 catalytiquement inactive (dCas9) fusionnée au répresseur KRAB, permettant une inactivation transcriptionnelle réversible et ciblée.
Nous avons initialement intégré un système CRISPRi inductible au locus AAVS1 (chromosome 19) d’une lignée de cellules souches pluripotentes induites (iPS) normales. Ce locus a été sélectionné pour maintenir une expression stable après différenciation. Après sélection antibiotique et génotypage, nous avons obtenu deux clones disposant d’une copie unique du système intégrée au locus AAVS1. L’expression inductible de la Cas9 a été confirmée par PCR quantitative et Western Blot. Nous avons différencié ces cellules iPS-CRISPRi en CML vasculaires d’origine mésodermale, prolifératives et synthétiques caractérisées par une génération importante de matrice extracellulaire dont le rôle est clef dans la dissection de la paroi artérielle. Cependant, l’intégration du système CRISPRi dans le locus AAVS1 des iPSC n’a pas permis de maintenir une expression inductible après différenciation, suggérant une inactivation du locus. Nous avons toutefois démontré qu’il est possible d’intégrer de manière directe et fonctionnelle un système CRISPRi inductible dans des CML déjà différenciées en utilisant un vecteur lentiviral. L’expression et l’inductibilité de ce système ont été confirmés dans les CML dérivées d’iPS et des fibroblastes. L’analyse des cibles transcriptionnelles d’éléments régulateurs associés à la SCAD à l’aide de cette approche est en cours, avec un intérêt particulier pour ceux dont l’activité est différente par sexe.
Notre étude démontre la faisabilité de l’étude par CRISPRi de cibles transcriptionnelles d’éléments régulateurs dans des CML dérivées d’iPS. L’approche que nous décrivons permettra d’étudier les mécanismes régulateurs sous-jacents à la SCAD et pourra être élargie à d’autres pathologies cardiovasculaires où les CML jouent un rôle clé.
Alberto TEZZA (Paris), London CHARLIE, Nabila BOUATIA-NAJI, Adrien GEORGES
10:00 - 11:00
#49754 - P395 Etat des lieux de la cardiomyopathie dilatée des patients porteurs, à l’état hétérozygote, du variant pathogène c.1961dup (p.T655fsX49) dans le gène LMNA.
P395 Etat des lieux de la cardiomyopathie dilatée des patients porteurs, à l’état hétérozygote, du variant pathogène c.1961dup (p.T655fsX49) dans le gène LMNA.
Contexte : Les variants pathogènes du gène LMNA sont en lien avec les laminopathies, dont l’une des expressions est la lipodystrophie de Dunnigan. Du fait d’un un effet fondateur à La Réunion, la lipodystrophie de Dunnigan liée au variant récurrent c.1961dup est trouvée avec une forte prévalence de 1/8 500 parmi les réunionnais. La cardiomyopathie dilatée (CMD) a déjà été décrite chez les patients homozygotes, cependant, l’atteinte cardiaque chez les patients hétérozygotes est moins bien documentée.
Méthode : Nous avons réalisé une étude observationnelle rétrospective en incluant 162 patients porteurs du variant pathogène c.1961dup du gène LMNA et se focalisant sur les 24 patients ayant une cardiomyopathie. Nous avons comparé les données socio-démographiques, génétiques, cardiologiques et métaboliques de 12 patients hétérozygotes et 12 patients homozygotes.
Résultats : Nos résultats ont mis en évidence que 8,2% (12/145) des patients hétérozygotes présentaient une cardiomyopathie contre 75% (12/16) des patients homozygotes, avec chez les hétérozygotes un âge moyen au diagnostic de la CMD plus tardif (52,2 ans ± 10,8 contre 40,4 ans ± 7,0 – p-value ≈ 0,003), et un DTDVG plus élevé (60,5 mm ± 6,7 contre 53,6 mm ± 4,8 – p-value ≈ 0,011) par rapport aux patients homozygotes. Cependant, le profil cardiologique de la CMD (dysfonction systolique, troubles conductifs et/ou rythmiques et les indications de dispositifs implantations cardiaques) qu’il présente était le même dans les deux groupes et s’inscrit dans les atteintes cardiologiques décrites dans les laminopathies. Enfin, l’atteinte métabolique (âge d’apparition ou prévalence du diabète et la valeur moyenne des triglycérides) était moins sévère et moins présente chez les patients hétérozygotes par rapport aux patients homozygotes.
Conclusion : Nos résultats suggèrent que les patients hétérozygotes présentent un syndrome de Dunnigan au profil métabolique atténué par rapport aux patients homozygotes. La cardiomyopathie semble faire partie du spectre phénotypique de cette lipodystrophie, qui compte tenu des atteintes métaboliques moins sévères n’est pas diagnostiquée lors de la découverte de leur atteinte cardiaque. Ces résultats montrent l’importance de la multidisciplinarité endocrinologique – cardiologique - génétique pour proposer une prise en charge optimale des patients et un conseil génétique approprié aux apparentés porteurs du variant c.1961dup du gène LMNA.
Tiphany LAURENS, Frédérique PAYET, Marta SPODENKIEWICZ, Pierre ROUMEGOU, Floriane AUCLAIR, Maxime CHURET, Olivier GEOFFROY, Anna FLAUS-FURMANIUK, Simon AUVRAY, Pascale RICHARD, Adrien BLOCH, Philippe CHARRON, Mathilde SIMONSON, Pauline MARZIN (La Réunion)
10:00 - 11:00
#49657 - P397 Diagnostic génétique par RNA-seq ciblé sur l’exome : bénéfices démontrés, mise en œuvre encore complexe.
P397 Diagnostic génétique par RNA-seq ciblé sur l’exome : bénéfices démontrés, mise en œuvre encore complexe.
Les laboratoires de génétique sont régulièrement confrontés à la mise en évidence de variations pouvant affecter l’épissage. Alors que l’impact de certaines peut être facilement prédit et déterminé, d’autres posent des difficultés notamment en cas d’échec de validation par une technique de première intention. Le recours au séquençage à haut débit d’ARN (RNAseq) prend alors toute son importance. Nous avons utilisé le RNAseq par capture d’exome sur une cohorte d’individus porteurs de variations affectant l’épissage.
Notre cohorte se compose de 16 échantillons postnataux d’individus atteints de pathologies variées pour lesquels une variation de signification incertaine pouvant affecter l’épissage a été identifiée lors du séquençage d’un panel de gènes ou porteurs d’une variation intragénique du nombre de copie. Parmi ces 16 échantillons, 3 sont des contrôles positifs dont la conséquence des variations est connue. Les ARN totaux ont été extraits à partir de sangs ou de fibroblastes cutanés cultivés. Les librairies ont été préparées à l’aide du kit Agilent Sureselect XT-HS2 RNA en utilisant les sondes de capture de l’exome SureSelect (Human All Exon V8+NCV). Les données de séquençage obtenues sur HiSeq4000 ont été analysées à la recherche de variants, de transcrits anormaux et de modification du niveau d’expression avec les outils GATK, DESeq2, rMATS, LeafCutter, LeafCutterMD et DEXSEQ du pipeline de la plateforme GenomEast.
L’anomalie chez les 3 contrôles positifs a été retrouvée. Sur les 13 autres variations, le RNAseq a été conclusif pour 10 d’entre elles (9 reclassements en classe 5 et 1 en classe 2). Nous avons eu 1 échec lié à un défaut d’expression du gène dans le tissu testé et 2 analyses sont non conclusives. Les impacts identifiés sont majoritairement des anomalies d’épissage de transcrit avec rétention d’intron, exon cryptique et saut d’exon. Les résultats détaillés pour l’ensemble de la cohorte seront présentés.
L’utilisation du RNAseq avec capture de l’exome nous a conduit à reclasser 83 % des variations étudiées, le plus souvent en confirmant leur caractère pathogène, permettant de mettre fin à l’errance diagnostique chez ces patients. Malgré ces résultats probants, nous avons rencontré certaines difficultés techniques et organisationnelles. Outre le possible défaut d’expression du gène d’intérêt dans le tissu étudié, la variabilité d’expression et le faible effectif de nos séries rendent délicates l’interprétation des analyses quantitatives qui nécessitent une normalisation entre de multiples échantillons de même nature. D’autre part, nous manquons de ressources, particulièrement bioinformatiques, pour pouvoir réaliser l’entièreté de l’analyse dans notre laboratoire hospitalier, nécessitant une collaboration avec une plateforme de recherche et la confirmation diagnostique ultérieure des résultats par une seconde technique (RT-PCR par exemple). La mise en place du RNAseq en routine diagnostique reste donc encore complexe mais prometteuse.
Aurélie GOURONC (STRASBOURG), Damien PLASSARD, Manuela ANTIN, Nicolas DONDAINE, Claire FEGER, Consortium AURAGEN, Julien TARABEUX, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Nadège CALMELS
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A32
Sessions simultanées 09
Neurodeveloppement 2
Sessions simultanées 09
Neurodeveloppement 2
Modérateurs :
Veronique DUBOC (CDRI) (Nice), David GENEVIEVE (Professeur, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP, responsable PEMR et CRMR) (Montpellier)
11:00 - 11:15
#49256 - SS061 Profil de méthylation dans le syndrome de Cornelia de Lange : résultats sur 40 patients.
SS061 Profil de méthylation dans le syndrome de Cornelia de Lange : résultats sur 40 patients.
Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une cohésinopathie hétérogène liée à des variants pathogènes dans NIPBL, SMC1A, SMC3, RAD21, HDAC8 ou BRD4, tandis que l’implication de MAU2 reste débattue. En 2020, une épisignature spécifique a été décrite à partir d’ADN sanguin chez les patients porteurs de variants pathogènes, sauf pour HDAC8 (absence d’épisignature, évaluée sur 8 échantillons), MAU2 et BRD4 n’avaient pas été testés. Cette signature présentait toutefois une sensibilité limitée, probablement en lien avec l’hétérogénéité génétique. Un intérêt particulier concerne SMC1A, impliqué à la fois dans le CdLS (OMIM #300590) et dans un syndrome d’encéphalopathie épileptique (OMIM #301044) décrit pour les variants perte de fonction chez les filles.
Nous avons étudié le profil de méthylation de 40 individus au CHU de Rouen par puce Infinium MethylationEPIC v2 (Illumina), en utilisant la liste de sondes spécifiques publiée dans la littérature. La cohorte comprenait 29 porteurs d’un variant pathogène (NIPBL n=19, SMC3 n=3, SMC1A n=6, RAD21 n=1), 8 porteurs de variants de signification incertaine (VSI) (NIPBL n=3, MAU2 n=3, SMC3 n=1, SMC1A n=1) et 3 patients sans variant identifié.
Tous les cas NIPBL et le patient RAD21 présentaient la signature attendue. Deux patientes, porteuses d'un variant faux sens et in-frame de SMC1A, se regroupaient avec les contrôles négatifs. Elles présentaient une encéphalopathie sévère létale précoce et une épilepsie précoce, respectivement, mais correspondaient cliniquement à un syndrome de CdLS, les patients SMC1A avec phénotype CdLS présentant fréquemment des épilepsies.
Parmi les 7 VSI, la signature a permis de reclasser 3 cas comme positifs (MAU2 n=2, NIPBL n=1), tandis que 4 donnaient des profils intermédiaires ininterprétables. Chez les 3 patients sans variant identifié, 2 étaient négatifs et 1 intermédiaire.
Ces résultats confirment l’intérêt diagnostique de l’épisignature CdLS, malgré ses limites de sensibilité, et soulignent la nécessité d’élargir les cohortes pour affiner la classification des variants et mieux comprendre les liens entre variations génétiques, signatures épigénétiques et phénotypes cliniques. Concernant SMC1A, l’absence d’épisignature chez certaines patientes suggère soit un effet d’inactivation différentielle de l’X dans le sang, soit l’existence d’un spectre phénotypique élargi, allant du CdLS à une encéphalopathie épileptique sans signes évocateurs de CdLS. Des analyses complémentaires sont en cours, incluant notamment de nouveaux échantillons SMC1A avec phénotype épileptique seul.
Angèle MAY (Rouen), Amandine SANTINI, Anne-Claire RICHARD, Anne-Marie GUERROT, Alice GOLDENBERG, Juliette COURSIMAULT, Gabriella VERA, Jean-Luc ALESSANDRI, Stéphanie ARPIN, Claire BAR, Séverine BACROT, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Odile BOUTE, Varoona BIZAOUI, Roseline CAUMES, Camille CENNI, Nicolas CHATRON, Chloe QUELIN, Cindy COLSON, Geoffroy DELPLANCQ, Bruno DELOBEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Charlotte DUBUCS, Christine FRANCANNET, Fabienne GIULIANO, Sophie JULIA, Marine LEBRUN, Marine LEGENDRE, Gaetan LESCA, Pauline MONIN, Sophie NAUDION, Laurence OLIVIER-FAIVRE, Philippe PARENT, Olivier PATAT, Amélie PITON, Jean-Marc PINARD, Linda PONS, Melanie RAMA, Francis RAMOND, Joëlle ROUME, Lyse RUAUD, Elise SCHAEFER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Sabine SIGAUDY, Thomas SMOL, Renaud TOURAINE, Lionel VAN MALDERGEM, Julien VAN GILS, Laurent VILLARD, Marie-Laure VUILLAUME-WINTER, Alain VERLOES, Kévin CASSINARI, Pascale SAUGIER-VEBER, François LECOQUIERRE, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
11:15 - 11:30
#49388 - SS062 Les organoïdes corticaux humains permettent de décrypter l’impact neurodéveloppemental précoce de variants pathogènes responsables de troubles du développement intellectuel et d’explorer les mécanismes de variabilité phénotypique.
SS062 Les organoïdes corticaux humains permettent de décrypter l’impact neurodéveloppemental précoce de variants pathogènes responsables de troubles du développement intellectuel et d’explorer les mécanismes de variabilité phénotypique.
Introduction: Le diagnostic moléculaire du trouble du développement intellectuel (TDI) s’est considérablement amélioré ces dernières années, permettant l’identification de milliers de gènes impliqués. Cependant, les mécanismes moléculaires par lesquels les variants pathogènes dans ces gènes affectent le neurodéveloppement, en particulier aux stades précoces, restent mal compris. Le développement récent d’approches de culture et différenciation cellulaire permettant la génération d’organoïdes cérébraux qui récapitulent fidèlement les premières étapes du développement cérébral ainsi que l’essor des analyses de cellules uniques, ouvrent des perspectives inédites pour élucider la physiopathologie des TDI et identifier de nouvelles voies d’intervention. Parmi les gènes responsables de TDI, ceux codant pour des sous-unités du complexe Mediator, notamment MED12 et MED13L, faisant partie du module kinase (CKM), représentent une cause bien établie de syndromes neurodéveloppementaux, dont les bases cellulaires et développementaux restent à élucider.
Méthodes: Nous avons introduit des variants pathogènes dans les gènes MED12 (NM_005120.3 c.1249-1G>C; c.4465C>G) et MED13L (NM_015335.5 c.2597C>T) dans deux lignées isogéniques de cellules souches pluripotentes humaines mâles, différenciées ensuite en organoïdes corticaux. Ces organoïdes ont été caractérisés de manière intégrative, depuis les stades précoces jusqu’aux phases tardives de maturation neuronale (200 jours). Nous avons évalué l’architecture cellulaire, des marqueurs d’identité cellulaire reflétant différents stades allant des progéniteurs aux lignées neuronale et gliale, ainsi que la distribution et les profils transcriptomiques des populations cellulaires par bulk mRNA, Chromatin associated RNA-seq, et single-cell RNA-seq. Enfin, nous avons étudié l’activité des réseaux neuronaux par des enregistrements électrophysiologiques.
Résultats : Nos analyses révèlent des altérations majeures des processus de différenciation neuronale et de synaptogenèse avec un impact sur l’activité neuronale. Les deux variants MED12 induisent des phénotypes significativement distincts, tandis que le variant MED13L présente à la fois des perturbations convergentes, suggérant des mécanismes communs, et des signatures propres reflétant des fonctions différentielles, comparé au variant MED12 associé au phénotype le plus sévère. Ces différences phénotypiques à l’échelle cellulaire sont compatibles avec les différences phénotypiques observées chez les patients porteurs de ces variants. Enfin, l’analyse des trajectoires développementales précoces révèle des voies d’intervention potentielles communes.
Conclusion : Cette étude éclaire sur les mécanismes neurodéveloppementaux précoces liés aux variants pathogènes de MED12 et MED13L, identifie des pistes d’intervention potentielles, et démontre la valeur des organoïdes corticaux comme outil puissant pour la caractérisation fonctionnelle de variants génétiques malgré certaines limites.
Johnny BOU-ROUPHAEL (Paris), Francesco CAPUTO, Marie-Florence REVENEAU, Julien PIGEON, Corentine MARIE, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Jamal GHOUMID, Florence PETIT, Delphine HERON, Alexis VERGER, Bassem HASSAN, Laïla EL-KHATTABI
11:30 - 11:45
#49487 - SS063 Expansion du spectre clinique et moléculaire du trouble du neurodéveloppement lié à SETD1A et identification d’une épisignature chez 28 individus non rapportés.
SS063 Expansion du spectre clinique et moléculaire du trouble du neurodéveloppement lié à SETD1A et identification d’une épisignature chez 28 individus non rapportés.
Rationnel
Le gène SETD1A code pour une méthyltransférase du complexe COMPASS/trithorax, impliquée dans la di- et triméthylation de H3K4 (H3K4me2/3), essentielle à la régulation transcriptionnelle au cours de l’embryogénèse. Les variants perte de fonction pathogènes de SETD1A sont responsables du NEDSID (Neurodevelopmental Disorder with Speech Impairment and Dysmorphic facies, MIM 619056) caractérisé par un retard des acquisitions prédominant sur le langage oral mais pouvant aller jusqu’au trouble du développement intellectuel, une morphologie crâniofaciale distincte, une épilepsie et des troubles psychiatriques (notamment autisme et schizophrénie). Nous décrivons une série de 28 individus non rapportés à ce jour porteurs d’une variation (probablement) pathogène de SETD1A, ainsi que leur profil de méthylation pangénomique.
Méthodes
Les données cliniques, neuropsychologiques et génétiques de 28 individus ont été recueillies, dont 12 ayant bénéficié d’une évaluation psychométrique standardisée, puis comparées à celles de 51 individus décrits dans la littérature. Les profils de méthylation pangénomique ont été établis à partir d’ADN génomique extrait de sang périphérique après conversion au bisulfite, et analysés sur puces Illumina Infinium MethylationEPIC (850K) via la plateforme diagnostique EpiSign. Ces données ont été confrontées à celles de témoins sains et à 104 autres épisignatures déjà décrites pour des pathologies constitutionnelles.
Résultats
L’âge médian d’acquisition de la marche était de 18 mois et des premiers mots de 22 mois. Sur 12 bilans psychométriques, le QIT médian a été estimé à 70, dont 6 individus présentant un trouble du développement intellectuel (i.e. QIT < 70). Des symptômes peu décrits tels que l’anxiété, l’agressivité et le trouble de l’attention ont été observés. Vingt variants distincts de SETD1A non publiés ont été identifiés (13 tronquants, 7 faux-sens). L’analyse différentielle du méthylome a permis d’identifier une signature spécifique basée sur une hypométhylation globale chez les patients porteurs de variants tronquants de SETD1A. Cette même épisignature n’était cependant pas reproductible pour les variants faux-sens.
Conclusion
Cette étude fournit la description phénotypique et moléculaire la plus complète à ce jour du NEDSID et met en évidence une épisignature spécifique aux variants tronquants de SETD1A. Cette épisignature permettra désormais d’aider à la reclassification des variants de signification incertaine de SETD1A et à l’établissement de nouveaux diagnostics par « rétro-génotypage » chez des individus porteurs d’un variant génomique dont la détection est le plus souvent manquée par séquençage nouvelle génération (e.g., variant de structure, insertion de séquence mobile), soulignant l’intérêt de l’épigénétique comme outil diagnostique robuste dans les troubles neurodéveloppementaux syndromiques.
Lucie ROUAUX (Montpellier), Sadegheh HAGHSHENAS, Quentin SABBAGH, Julian DELANNE, Geoffroy DELPLANCQ, Anne-Sophie DÉNOMMÉ-PICHON, Isabelle MAYSTADT, Olivier MONESTIER, Christèle DUBOURG, Mélanie FRADIN, Amaia LASA ARANZASTI, Valentine MARQUET, Nouf ALNUAIMI, Stefan BARAKAT, Ange-Line BRUEL, Estela CASTILLON, Benjamin COGNÉ, Lucie DAUVER, Benjamin DAURIAT, Erika D’HAENENS, Sourav GHOSH, Mihelaiti GUBERTO, Bertrand ISIDOR, Aurélia JACQUETTE, Karim KARIMI, Jennifer KERKHOF, Boris KEREN, Maria IASCONE, Pedro LOURO, Julien MARAVAL, Sandrine MARLIN, Haley MCCONKEY, Jérémie MORTREUX, Angela PERON, Florence PETIT, Christophe PHILIPPE, Véronique PINGAULT, Céline POIRSIER, Flavien ROUXEL, Jessica RZASA, Thomas SMOL, Simon TAVERNIER, Christèle THAUVIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Olivier VANAKKER, Lisa VAN DEN BERSSELAAR, Daniele VEENMA, Léa VEYRUNE, Nathalie RUIZ-PALLARES, Mouna BARAT, Antonio VITOBELLO, Bekim SADIKOVIC, David GENEVIÈVE
11:45 - 12:00
#49761 - SS064 Nouveaux variants germinaux faux-sens du gène PAK1, premier cas de mosaïcisme et identification d’un hotspot dans le domaine catalytique.
SS064 Nouveaux variants germinaux faux-sens du gène PAK1, premier cas de mosaïcisme et identification d’un hotspot dans le domaine catalytique.
Introduction:
La protéine PAK1, composée de deux domaines principaux que sont le domaine d’auto-inhibition et le domaine catalytique à activité sérine/thréonine kinase, est impliquée dans de nombreuses voies de signalisation comme le cytosquelette, l’organisation du faisceau mitotique, … La description de variations altérant la fonction du gène, responsable de pathologies humaines est récente. Chez les onze patients décrits initialement dans la littérature, les variants faux sens du gène PAK1, agissant comme des variants gain de fonction, sont responsables d’un phénotype associant macrocéphalie post-natale, trouble du neurodéveloppement, épilepsie et dans une moindre mesure une ataxie. L’objectif de cette étude est de préciser les caractéristiques cliniques et biologiques à l’aide d’une nouvelle cohorte de patients.
Méthodes:
Les patients ont été recrutés via un appel à collaboration diffusé par la filière AnDDi-Rares et l’ERN ITHICA. Les données cliniques et biologiques pertinentes ont été recueillies au moyen de questionnaires remplis par les généticiens responsables de chaque cas. Pour certains patients, des photographies ont également été obtenues.
En complément de cette description clinico-biologique, nous avons eu recours à des approches de modélisation in silico afin de prédire la localisation des différents variants faux-sens au sein de la protéine PAK1 et d’évaluer leurs effets stériques et énergétiques.
Le consentement des représentants légaux a été recueillis pour tous les patients.
Résultats:
Un ensemble de données, comprenant des informations génotypiques et phénotypiques, a été recueilli chez neuf patients européens (six Français, un Italien, un Néerlandais et un Espagnol) porteurs de variants faux-sens du gène PAK1.
Les signes cliniques les plus fréquents sont les troubles du neurodéveloppement (9/9) notamment la déficience intellectuelle et le trouble du spectre autistique, la macrocéphalie post-natale (8/9), l’épilepsie clinique ou anomalies EEG (6/9). Cependant certaines caractéristiques, telles que l’épilepsie, les anomalies à l’IRM cérébrale et l’ataxie, semblent moins fréquentes dans cette cohorte.
Un patient est porteur d’un variant mosaïque (11% dans le sang).
Cinq patients présentent un variant localisé dans une région de 11 acides aminés formant une hélice alpha du domaine catalytique en contact stérique étroit avec le domaine auto-inhibiteur.
Discussion:
Cette cohorte représente à ce jour la plus vaste cohorte internationale de patients porteurs de variants faux-sens du gène PAK1. Dans cette étude, nous décrivons la présentation clinique inédite liée à un variant mosaïque ainsi qu’un hotspot mutationnel du domaine catalytique. Ce hotspot mutationnel suggère une perturbation de l’auto-inhibition de la kinase PAK1.
Du fait du mécanisme gain de fonction de ces variants, des inhibiteurs spécifiques tels que NVS-PAK1-1 ou les ARN anti-sens permettraient d’améliorer le développement des enfants diagnostiqués précocement.
Lionel HEISER (Lyon), Nicolas CHATRON, Valentin RUAULT, Didier LACOMBE, Vincent MICHAUD, Francis RAMOND, Jamal GHOUMID, Odile BOUTE, Florence PETIT, Nicola BRUNETTI-PIERRI, Julie W. RUTTEN, Mariëtte J.v. HOFFER, Lucía LOPEZ LOPEZ, Berta ALMOGUERA, Lamia BOUSLAMA-OUEGHLANI, William DUFOUR
12:00 - 12:15
#49904 - SS065 Quand l’ADN mitochondrial s’invite dans le noyau : implications cliniques des pseudogènes mitochondriaux ou NUMTs.
SS065 Quand l’ADN mitochondrial s’invite dans le noyau : implications cliniques des pseudogènes mitochondriaux ou NUMTs.
La mitochondrie est responsable de la production énergétique et a la particularité d’être codée par 2 génomes, nucléaire et génome mitochondrial (ADNmt). Selon la théorie endosymbiotique, la majorité des gènes de la mitochondrie primitive a été transférée vers le noyau au cours de l’évolution selon un processus continu et dynamique. Les copies non-fonctionnelles de gènes mitochondriaux sont appelées pseudogènes mitochondriaux ou NUMTS pour « Nuclear mitochondrial DNA fragment ». Chez l’Homme, l’intégralité de la séquence de l’ADNmt est retrouvée dans le génome nucléaire, sous forme de fragments de tailles variables et avec une distribution aléatoire sur tous les chromosomes, localisés essentiellement dans des régions non codantes.
Nous rapportons le cas d’une enfant de 3 ans présentant une épilepsie généralisée associée à de multiples tubers corticaux, ainsi que des macules hypochromiques disséminées et des plaques cutanées en peau de chagrin. En accord avec les critères de Northrup, le diagnostic de Sclérose Tubéreuse de Bourneville (STB) avait été posé devant ces arguments cliniques. L’analyse moléculaire des gènes du complexe TSC (TSC1 et TSC2) par chromatographie liquide à haute pression en condition dénaturante puis séquençage Sanger a permis d’identifier une insertion survenue de novo de 134 paires de bases au niveau de l’exon 18 de TSC2 (NM_000548.5) à la position c.1870. Les analyses in silico ont mis en évidence que la séquence insérée correspondait à un fragment du gène mitochondrial MT-ND5 (m.12500_12633) codant pour une des sous-unités du complexe I de la chaîne respiratoire mitochondriale. (OMIM : 516005).
En population, les insertions de NUMT de novo seraient observées pour une naissance sur 1000, et résulteraient de l’intégration dans le noyau, au cours de la réparation de cassures doubles brins, de fragments d’ADNmt issus de mitochondries endommagées par des dérivés réactifs de l’oxygène ou issus du processus de la mitophagie. Malgré la forte prévalence des NUMTS, leur implication en maladies rares reste limitée, avec moins de 10 occurrences dans la littérature dont des insertions dans les gènes suivants : F7 (déficit en facteur VII), GLI3 (syndrome de Pallister-Hall), MCOLN1 (mucolipidose IV), USH1C (syndrome d’Usher IC), une translocation t(9;11)(p24;q23) et plus récemment CD40LG (syndrome d’hyper-IgM lié à l’X). Les études publiées montraient que l’insertion du NUMT dans la majorité des cas était responsable d’une anomalie d’épissage, d’un décalage du cadre de lecture ou de la formation d’un codon stop prématuré.
Il s’agit, à notre connaissance, du premier cas de STB associé à une insertion de NUMT dans le gène TSC2. De manière plus générale, ce cas illustre l’intérêt de développer des outils permettant de rechercher de manière systématique les insertions de NUMTS, à l’instar de ceux développés pour la détection des éléments mobiles, ceux-ci pouvant permettre de résoudre une part de l’hérédité manquante.
Aksel DURAND (Angers), Marie-Claire MALINGE, Sarah PRESTWICH, Radka STOEVA, Estelle COLIN, Vincent PROCACCIO, Céline BRIS
12:15 - 12:30
#49912 - SS066 La perte de MED13L au cours du développement neuronal précoce entraîne l’activation concurrente de programmes antérieurs.
SS066 La perte de MED13L au cours du développement neuronal précoce entraîne l’activation concurrente de programmes antérieurs.
Le complexe Mediator relie les facteurs de transcription aux promoteurs par l’intermédiaire de boucles chromatiniques, jouant ainsi un rôle central dans l’intégration des signaux régulateurs. Parmi ses sous-unités, MED13L occupe une place particulière. Les variants pathogènes de ce gène représentent l’une des causes génétiques les plus fréquentes de déficience intellectuelle. Pourtant, le rôle précis de MED13L dans le développement neuronal humain reste largement méconnu.
Nous avons généré des cellules souches pluripotentes humaines (hiPSC) knockout (KO) pour MED13L par édition CRISPR–Cas9. Ces lignées ont été différenciées en organoïdes cérébraux. Nous avons combiné des approches multi-omiques à haute résolution (single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, CUT&Tag pour H3K27ac/H3K27me3/H3K4me1) afin de caractériser l’impact de la perte de MED13L sur la régulation genique.
L’absence de MED13L entraîne une réorganisation chromatinienne avec une activation prématurée d’éléments cis-régulateurs (CREs) associés à des gènes rétiniens (OTX2, SIX6, RAX, VSX2), une diminution des marques répressives H3K27me3 sur des régulateurs du télencéphale (BARHL1, LHX5) et une décorrélation promoteur–enhancer pour des facteurs progéniteurs (SOX2, PAX6). À l’échelle cellulaire, plus 40 % des cellules dans les organoïdes KO adoptent une identité rétinienne ou photo-réceptrice (USH2A⁺), tandis que l’expression de gènes de la neurogenèse corticale (NEUROD2, SOX5, NFIB) est réduite.
Nos données identifient MED13L comme un regulateur chromatinien qui empêche l’activation simultanée de programmes antérieurs concurrents, garantissant un engagement exclusif des identités neuronales. Cette étude met en lumière un mécanisme clé reliant la dérégulation cis-régulatrice à la physiopathologie des syndromes liés à MED13L, et illustre la puissance des approches multi-omiques sur organoïdes pour la génétique du développement humain.
Jamal GHOUMID (Lille), Jerome SIGE, Jeromine CARRET, Marie BALERDI, Fiona LEDUC, Anne-Sophie JOURDAIN, Caroline THUILLIER, Frederic FRENOIS, Luc THOMES, Thomas SMOL, Florence PETIT, Nadav AHITUV
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11:00-12:30
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B32
Sessions simultanées 10
Chromosomes
Sessions simultanées 10
Chromosomes
Modérateurs :
Valérie MALAN (PU-PH) (PARIS), Caroline SCHLUTH-BOLARD (PU-PH) (STRASBOURG)
11:00 - 11:15
#49156 - SS067 Recommandations du Réseau Achropuce pour la classification et l’interprétation CNV.
SS067 Recommandations du Réseau Achropuce pour la classification et l’interprétation CNV.
Les variations du nombre de copies (CNV) du génome constituent une cause fréquente de malformations congénitales et de troubles du neurodéveloppement. Si leur interprétation et leur classification ont été largement standardisées par les recommandations internationales de l’ACMG/ClinGen, certains CNV récurrents, classés pathogènes, posent des difficultés de conseil génétique, en raison de leur pénétrance incomplète et/ou de leur expressivité variable. D’autres demeurent également difficiles à classer faute de données épidémiologiques et cliniques suffisantes.
Afin d’harmoniser les pratiques entre laboratoires, le réseau français AchroPuce (https://acpa-achropuce.com/) a ajouté une nouvelle catégorie de CNV aux cinq classes de référence : les « CNV PIEV » c’est-à-dire à Pénétrance Incomplète et/ou Expressivité Variable. Cette catégorie spécifique permet de distinguer les CNV récurrents de susceptibilité aux troubles neurodéveloppementaux des CNV pathogènes à pénétrance complète. Le réseau AchroPuce propose également des modalités spécifiques de restitution de ces CNV PIEV adaptées au contexte diagnostique (prénatal ou postnatal).
L’introduction de cette nouvelle classe, une proposition de classification des principaux CNV récurrents évalués par le réseau AchroPuce, ainsi qu’un algorithme de classification simplifié, applicable à l’ensemble des CNV, ont récemment été publiés par le réseau (PMID : 40693340).
Ces recommandations et la classification des CNV récurrents font l’objet d’une mise à jour annuelle, selon l’évolution des connaissances. Elles visent à harmoniser les pratiques nationales et, par conséquent, à améliorer la qualité du conseil génétique, tout en tenant compte des spécificités éthiques et législatives françaises.
Céline PEBREL-RICHARD (Clermont-Ferrand), Paul KUENTZ, Anne-Claude TABET, Jean-Michel DUPONT, Chantal MISSIRIAN, Serge ROMANA, Detlef TROST, Caroline ROORYCK, Valérie MALAN, Matthieu EGLOFF
11:15 - 11:30
#49224 - SS068 BARACUDA : Un outil de priorisation et visualisation des CNV en mosaïques et des disomies uniparentales dans les maladies rares.
SS068 BARACUDA : Un outil de priorisation et visualisation des CNV en mosaïques et des disomies uniparentales dans les maladies rares.
Introduction et objectifs :
AURAGEN est l’un des deux laboratoires de Biologie Médicale du Plan France Médecine Génomique 2025, comprenant un programme de séquençage pangénomique à grande échelle pour les maladies rares. AURAGEN a pour mission en particulier de diminuer l’impasse diagnostique des patients atteints de maladies rares. Les variations du nombre de copies (CNV), les CNV mosaïques et les disomies uniparentales (DUP) jouent un rôle important dans le diagnostic, mais restent difficiles à détecter et à interpréter avec les technologies de séquençage à lectures courtes.
Matériels et méthodes :
Nous avons développé BARACUDA (B-Allele RAtio Chromosomal Uniparental Disomy and Aneuploidies), un outil conçu pour identifier les CNV en mosaïque et les DUP à partir des données de séquençage pangénomique, en complément des outils classiques d’analyse des CNVs. Il combine 3 approches : 1) détection des DUP selon une approche inspirée des puces SNP en s’appuyant sur les profils des SNV hérités non ambigus chez le patient, 2) identification des CNV en mosaïque par une déviation de la distribution normale des fréquences des allèles alternatives (allèles B) et 3) détection des aneuploïdies par analyse des profondeurs de lecture du patient. Une visualisation originale montrant pour chaque chromosome des histogrammes en miroir des ratios d’allèles B de chaque parent permet une interprétation intuitive des profils hérités.
Résultats, discussion et conclusion :
Sur 13 273 cas analysés, nous avons confirmé 35 dysgonosomies connue et identifié 29 profils de DUP et 80 profils anormaux (mosaïques, « grands » CNV, monosomies et trisomies complètes). Notamment, une trisomie 8 en faible mosaïque (<10 %) d’origine maternelle a été confirmée à 7% par analyse en FISH, et une isodisomie maternelle du chromosome 14 a été confirmée par analyse de méthylation, expliquant un tableau clinique évoquant un syndrome de Temple. Six dossiers non conclusifs ont été réinterprétés conduisant à un nouveau diagnostic classe 4 ou 5, dont une hétérodisomie du chromosome 16 et une du chromosome 15, non identifiable en SNP-array Six anomalies d’intérêt sont actuellement en cours de vérification.
Cette stratégie originale de visualisation améliore significativement la détection de variants traditionnellement difficiles à identifier sur des données pangénomiques obtenues par séquençage short read. BARACUDA pourrait bénéficier à l’ensemble de la communauté des laboratoires de génomique et contribuer à améliorer le rendement diagnostique pour les patients atteints de maladies rares.
Virginie BERNARD, Alexis PRAGA (besançon), Nicolas CHATRON, Charles COUTTON, Cécile PEBREL RICHARD, Francis RAMOND, Auragen CONSORTIUM, Julien THEVENON, Damien SANLAVILLE
11:30 - 11:45
#49226 - SS069 Adapter la SNP array au Diagnostic Préimplantatoire Cytogénétique en France : une stratégie restrictive, conforme à la législation.
SS069 Adapter la SNP array au Diagnostic Préimplantatoire Cytogénétique en France : une stratégie restrictive, conforme à la législation.
Introduction
Le diagnostic préimplantatoire (DPI) permet l’analyse génétique d’embryons obtenus par techniques d’assistance médicale à la procréation, dans le but de ne transférer que des embryons indemnes de la pathologie concernée. Les indications incluent les remaniements structuraux, les maladies monogéniques, ou la recherche d’aneuploïdie (DPI-A).
En France, le DPI est encadré par l’article L2131-4 du Code de la santé publique, limitant son recours à la recherche d’anomalies génétiques présentes chez les parents ou leurs ascendants immédiats. De ce fait, le DPI cytogénétique repose principalement sur l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) et le DPI-A est interdit. La FISH est associée à de nombreuses contraintes techniques incluant des mises au point spécifiques avec un nombre limité de sondes ainsi que des difficultés d’interprétation. Sur le plan international, les techniques pangénomiques (CGH et SNP array, NGS) sont largement utilisées, permettant ainsi d’outrepasser les limites de la FISH.
Notre objectif est d’adapter la SNP array au DPI cytogénétique, tout en respectant la réglementation française, et en évitant les découvertes incidentes.
Matériels et Méthodes
Nous avons mis au point une stratégie de filtres personnalisés afin de limiter l’interprétation des données pangénomiques aux seules régions d’intérêt diagnostique. Cette approche permet de ne visualiser que partiellement les régions chromosomiques impliquées dans le remaniement concerné et exclut les CNV récurrents rapportés par le réseau AChro-Puce.
Ces filtres ont été paramétrés dans les logiciels GenomeStudio et BlueFuse Multi (Illumina) et appliqués sur des données issues de 4 SNP array postnatales et de 30 embryons issus de DPI par FISH, tous de diagnostics connus et variés. Ces embryons considérés comme non transférables avaient été re-biopsiés au stade blastocyste, permettant une amplification des cellules du trophectoderme par MDA (Multiple Displacement Amplification), puis une hybridation sur puce Infinium CytoSNP-850K, Illumina.
Résultats
L’interprétation des déséquilibres postnataux connus grâce à nos filtres a été concluante pour les 4 cas.
La lecture à l’aveugle des 24 profils embryonnaires analysables était concordante avec le résultat initial du DPI pour 23 d’entre eux. Une suspicion de polyploïdie n’a pas été confirmée. Aucune donnée incidente n’a été identifiée. Des mesures d’amélioration de la qualité des résultats sont en cours afin d’optimiser l’interprétation.
Conclusion
Ce travail démontre la faisabilité de notre stratégie. Parallèlement à la validation de la méthode pour le DPI cytogénétique, nous avons initié l’étude de faisabilité pour le DPI moléculaire. Cette technique commune permettrait de réduire les délais de prise en charge des patients, les coûts liés au développement de tests spécifiques et d’enrichir la liste des indications accessibles au DPI.
Elodie JAVEY (Strasbourg), Gaétan CARAVELLO, Eric DAHLEN, Emmanuelle KIEFFER, Mélanie HILD, Karen LEVESQUEAU, Catherine HAMM, Nathalie GARDES, Sarah DONAT, Jean-Christophe NICOD, Magali BEAUGEY, Chloé SCHAMPER, Marine STREIFF, Louise GONTARD, Jean-Baptiste DURAND, Valérie REICHERT, Hélène RENAUD, Carmen FRUCHART, Romain DIOT, Caroline SCHLUTH BOLARD, Céline MOUTOU, Philippe GOSSET, Sophie SCHEIDECKER, Julia LAUER ZILLHARDT
11:45 - 12:00
#49227 - SS070 Amélioration du diagnostic moléculaire de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) grâce à un modèle poisson Médaka.
SS070 Amélioration du diagnostic moléculaire de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) grâce à un modèle poisson Médaka.
L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) correspond à une perte de la fonction ovarienne touchant 1 à 4% des femmes de moins de 40 ans. Parmi les étiologies connues, les causes génétiques incluent des anomalies chromosomiques et des variants géniques. Le développement des techniques de séquençage à haut débit a entraîné une augmentation significative de l’identification de variants pathogènes responsables d’IOP. Ces diagnostics génétiques permettent d’assurer un accompagnement optimal des patientes et de leur famille. En parallèle, le nombre de variants de signification incertaine (VSI : variant incertain dans un gène connu d’IOP) et de gènes de signification incertaine (GSI : variant délétère dans un gène non associé à la survenue d’IOP) n’a cessé de croitre. Afin d’améliorer le rendement diagnostique, il est nécessaire de démontrer la pathogénicité de ces VSI/GSI par des validations fonctionnelles in vitro ou in vivo. Ces approches visent, in fine, à déterminer si un VSI/GSI est à l’origine du phénotype observé, en démontrant l’impact du variant sur la protéine ou le rôle du gène d’intérêt dans le phénotype reproductif. En raison du grand nombre de gènes nécessaires au développement et au fonctionnement normaux de l’ovaire, il est probable que de nombreux gènes causaux restent à mettre évidence, soulignant l’intérêt d’explorer les GSI dans le cadre de l’IOP. Les obstacles rencontrés comprennent la fonction méiotique ou l’expression exclusivement ovarienne de certains gènes, rendant les modèles cellulaires peu adaptés.
Dans ce cadre, nous proposons d’utiliser un modèle poisson Médaka afin de démontrer l’implication de GSI dans des processus essentiels à la fertilité féminine, à partir des données d’une cohorte de 325 patientes présentant une altération de la réserve ovarienne. Par rapport aux modèles plus classiques (drosophile, souris), le Médaka présente l’avantage d’être un vertébré avec un déterminisme génétique XX/XY et ayant 75% de gènes en commun avec l’homme. Il permet d’envisager une approche à semi haut débit grâce à une fécondité élevée, un temps de génération court et un développement externe facilitant les approches d’édition de génome. Le projet repose sur :
1) la génération de lignées de poissons modifiées génétiquement via CRISPR/Cas9 ;
2) un phénotypage complet de la dynamique ovarienne grâce à l’imagerie 3D ;
3) une analyse moléculaire approfondie par transcriptomique pour identifier les voies de signalisation dérégulées ;
4) une réinterprétation des données génétiques des patientes pour affiner les diagnostics.
Des résultats préliminaires portant sur 5 gènes confirment la pertinence du Médaka comme modèle pour des tests fonctionnels dans le cadre de la reproduction humaine. Ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques de l’IOP, d’enrichir la liste des gènes utilisée en diagnostic, de réduire l’errance diagnostique des patientes et d’optimiser leur prise en charge en matière de fertilité.
Sarah JANATI-IDRISSI, Anna LOKCHINE, Laurence CLUZEAU, Thaovi NGUYEN, Mélanie FRADIN, Vincent LAVOUÉ, Linda AKLOUL, Violette THERMES, Julien BOBE, Sylvie JAILLARD (Rennes)
12:00 - 12:15
#49434 - SS071 Shallow genome sequencing : la nouvelle ACPA pour le diagnostic prénatal?
SS071 Shallow genome sequencing : la nouvelle ACPA pour le diagnostic prénatal?
La détection de variation du nombre de copies par analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est aujourd’hui un test de première intention en cas de signes d’appel échographiques. Si la technique est robuste, maitrisée de longue date, elle nécessite une expertise technique et des équipement spécifiques. Pour faire face à une diversification des analyses réalisées par notre laboratoire et une augmentation d’activité générale à l’ère de la génomique nous avons évalué le séquençage de génome à faible profondeur (shallow genome sequencing sGS) comme alternative technologique à l’ACPA.
Le principe du sGS, déjà utilisé pour les tests sur ADN libre circulant de dépistage de la trisomie 21, est de segmenter le génome en bin de quelques kilobases et de comparer la profondeur de séquençage sur cet intervalle par rapport à ce qui est observé dans une population contrôle au même locus.
La préparation de librairie d’ADN est réalisée à partir de 300µg d’ADN (comparable à l’ACPA) avec le kit Illumina PCR-free prep avant séquençage 2X35pb en ciblant un minimum de 10 millions de paires de lectures. Le temps technique est réduit à une demi-journée pour un temps de séquençage d’environ 12 heures. La version GRCh38 du génome est utilisée pour l’alignement et WISECONDORX pour l’appel de variants avec une taille de bin à 10kb et un z-score seuil à 9. Les profils sont visualisés avec IGV. Cinquante échantillons avec ACPA normale ont été utilisés pour la référence. Sur 50 autres échantillons d’intérêt testés, sélectionnés de manière rétrospective, 70 CNVs non bénins ont été recherchés : 12 de taille inférieure à 200kb, 26 compris entre 200kb et 1Mb et 32 au-delà d’un mégabase dont 7 anomalies en mosaïque.
Soixante-huit des 70 CNVs ont été retrouvés avec un bornage souvent plus fin que ce qui était possible en ACPA. Un gain de l’X en mosaïque à 6% n’a pas été détecté par WISECONDORX mais l’avait été lors de l’inspection visuelle du profil. Le seul CNV non identifié est un gain 22qter de 127kb.
Sur une deuxième cohorte de 96 échantillons consécutifs, une moyenne d’1,6 CNV a été identifié dont 0,3 jugé artefactuel visuellement. Pour les CNVs de plus de 100kb connus en ACPA, seul un CNV de classe 2 de 110kb n’a pas été détecté.
Le sGS apparait donc comme une technique alternative à l’ACPA prénatale avec des performances équivalentes permettant une optimisation des laboratoires et une acculturation au séquençage de génome pour le diagnostic prénatal. Les aspects logiciels de visualisation, annotation, base de données restent à travailler avant transfert diagnostic.
Audrey LABALME, Mathilde PUJALTE, Genna BEN-HASSEN, Sylvain MARESCHAL, Claire BARDEL, Louis JANUEL, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Nicolas CHATRON (Lyon)
12:15 - 12:22
#49734 - SS072.1 Projet CHROMOREP : utilisation de l’optical genome mapping pour le diagnostic étiologique des fausses couches à répétition, à propos de 60 patients.
SS072.1 Projet CHROMOREP : utilisation de l’optical genome mapping pour le diagnostic étiologique des fausses couches à répétition, à propos de 60 patients.
Une fausse couche (FC) correspond à l’expulsion spontanée du contenu utérin avant 22 semaines d’aménorrhée. Les FC à répétition (FCR) sont définies par au moins deux FC consécutives avec le même partenaire. Elles représentent un enjeu de santé publique majeur en raison de leurs conséquences médicales, psychologiques et sociales. Les aneuploïdies expliquent plus de 50 % des FC, mais leur rôle est moindre dans les FCR. En revanche, les variations de structure (SV) équilibrées sont surreprésentés dans cette population. L’examen de première intention reste le caryotype, mais sa résolution limitée permet uniquement la détection des SV de grande taille. Cette limite laisse supposer l’existence de SV cryptiques dont l’implication dans les FCR reste inconnue. Par ailleurs, le caryotype ne permet pas d’identifier les variations du nombre de copies d’ADN (CNV), susceptibles d’expliquer certains phénotypes embryonnaires ou maternels. L’absence de détection peut conduire à tort à écarter une origine génétique, entraînant des investigations supplémentaires et retardant une prise en charge adaptée. La cartographie optique du génome (OGM) constitue une alternative innovante permettant l’identification conjointe des SV équilibrées et des CNV. L’OGM repose sur l’imagerie fluorescente de longues molécules d’ADN marquées par l’enzyme DLE-1 tous les 5 à 6 kb, générant ainsi un code-barre spécifique. Les profils obtenus permettent d’identifier avec précision les SV/CNV du génome.
Le projet CHROMOREP (« Amélioration du diagnostic chromosomique chez les couples présentant des FCR ») initié par le CHU de Rennes a permis de proposer l’OGM chez 30 couples présentant des FCR sans étiologie identifiée, à caryotype normal. Les analyses ont été réalisées sur le système Bionano® Saphyr et traitées via les logiciels Bionano® Solve et Bionano® Access au CHU de Nantes. En parallèle, huit couples ont bénéficié d’un séquençage d’exome en duo ou trio avec le produit de conception (PDC), sept d’une ACPA, et six d’une exploration chromosomique du PDC. La performance de ces approches a pu être comparée notamment pour la détection des déséquilibres génomiques.
Nous avons colligé les données des cartes optiques en OGM, établir une base de variants récurrents et enrichir la base existante portant sur 300 patients. Ceci nous a permis d’interpréter les variants observés (40 à 60 par dossier). Nous avons identifié chez une patiente une inversion péricentrique du chromosome 10, non détectée au caryotype et précisé ses points de cassure. Pour une autre patiente, un seul des deux CNV mis en évidence par OGM a été identifié par ACPA et séquençage d’exome. Ce dernier a mis en évidence un CNV homozygote supplémentaire, rétrospectivement vu par l’OGM.
Ces résultats préliminaires permettent une réflexion sur la place de l’OGM dans la stratégie diagnostique des FCR, en complément ou en alternative aux outils existants, afin d’optimiser prise en charge des couples.
Anna LOKCHINE (Rennes), Marion MERCIER, Olivier PICHON, Eve BESNIER, Linda AKLOUL, Céline PIMENTEL, Guillaume ACHEN, Camille VATELOT, Kamran MORADKHANI, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Laura MARY, Solène CONRAD, Bénédicte NOUYOU, Anne-Sophie RITEAU, Erika LAUNAY, Chloé QUELIN, Claire EFFRAY, Valentine BARIL, Solène DUROS, Sylvie ODENT, Ludivine DION, Stéphane BÉZIEAU, Nicolas BELHOMME, Vincent LAVOUÉ, Martine DOCO-FENZY, Sylvie JAILLARD
12:22 - 12:29
#49772 - SS072.2 CHROMAPS : Premiers résultats de l’étude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure.
SS072.2 CHROMAPS : Premiers résultats de l’étude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure.
Les variations de structure (SV) sont impliquées dans l’évolution des espèces, la variabilité interindividuelle et de nombreuses pathologies constitutionnelles ou acquises. Leur détection, en première intention, repose encore principalement sur le caryotype et l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA). L’émergence de nouvelles approches, telles que la cartographie optique du génome (COG) et le séquençage long read du génome (SGlr), pourrait améliorer la résolution diagnostique, mais leur valeur ajoutée n’a pas encore été évaluée prospectivement en pratique clinique.
L’étude multicentrique prospective CHROMAPS (Prospective assessment of optical genome MAPping and long read Sequencing in detecting numerical and structural CHROMosome abnormalities) vise à évaluer les performances de la COG et du SGlr, dans la détection des anomalies chromosomiques et les comparer aux performances des techniques standards en particulier le caryotype et l’ACPA, mais également le séquençage short read du génome lorsque ce dernier a été réalisée. Elle inclut deux populations : (i) patient(e)s avec troubles de la reproduction (TR : insuffisance ovarienne prématurée, azoospermie non obstructive, oligo-asthéno-tératozoospermie, fausses couches à répétition) ayant au moins un caryotype, et (ii) patient(e)s avec troubles du (neuro)développement (TD : déficience intellectuelle et/ou malformations congénitales multiples) ayant au moins une ACPA. Chaque inclusion comporte caryotype et/ou ACPA, COG (Bionano), et pour les cas TD, un SGlr (Nanopore). L’analyse des SV et CNV a été réalisée avec Access (Bionano) et une combinaison d’outils pour Nanopore (Spectre, CNVPytor, Sawfish, Sniffles2, SVIM, Severus). Nous comparons les performances des différentes techniques, ainsi que leur faisabilité dans un contexte diagnostique et les difficultés rencontrées.
Entre septembre 2022 et mars 2025, 321 patient(e)s ont été inclus(es) : 198 TR et 123 TD. Le taux d’anomalies chromosomiques par les techniques standards est de 8 % pour TR et 15 % pour TD. La COG montre un taux de concordance de 99 % avec les méthodes classiques, et identifie des variants additionnels pathogènes ou de signification incertaine dans 12 % des cas. Le SGlr a été finalisé récemment ; les analyses bio-informatiques sont en cours après une phase de benchmarking.
En conclusion, les résultats préliminaires de CHROMAPS démontrent l’intérêt de la COG, que des centres ont implémenté comme test de première ou deuxième intention selon les indications. Le SGlr présente un potentiel prometteur mais soulève des défis techniques et analytiques. Des données comparatives COG/SGlr pour la détection des SV seront présentées. La comparaison directe de ces deux approches, permettra de préciser leur place respective par rapport aux techniques actuelles de génomique chromosomique dans les pathologies constitutionnelles.
Laïla EL KHATTABI (Paris), Nicolas CHATRON, Céline PEBREL-RICHARD, Vincent GÂTINOIS, Kevin CASSINARI, Quentin TESTARD, Claire BARDEL, Adèle BARBOT, Thomas GUIGNARD, Hayat MOKRANI, Nicolas RIVE LE GOUARD, Mathieu BERNARDELLI, Aurélie WAERNESSYCKLE, Angèle MAY, Grégoire BLAVIER, Geraldine JOLY-HELAS, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Aziza LEBBAR, Laura BROSSEAU, Sylvie JAILLARD, Linda AKLOUL, Sophie CHRISTIN-MAÎTRE, Rahaf HAJ-HAMID, Charlotte DUPONT, Cyril MIGNOT, Delphine HERON, Alexandra AFENJAR, Chantal MISSIRIAN, John BOUDJARANE, Martine DOCO-FENZY, Emilie LANDAIS, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Salima EL CHEHADEH, Jean-Baptiste DURAND, Franck PELLESTOR, Damien SANLAVILLE, Pascal CHAMBON, Jean-Michel DUPONT
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Sessions simultanées 11
Oncogenetique 2
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Véronique MARI (vero.mari@orange.fr) (NICE), Audrey REMENIERAS (biologiste) (marseille)
11:00 - 11:07
#49559 - SS073.1 Réseau de suivi PROCHE : évolution et intégration au parcours patient en Oncogénétique.
SS073.1 Réseau de suivi PROCHE : évolution et intégration au parcours patient en Oncogénétique.
Le réseau PROCHE veille au suivi des patients porteurs d’une prédisposition génétique au cancer dans le Nord et le Pas-de-Calais. Il accompagne à ce jour près de 3 000 patients, en étroite collaboration avec les équipes d’oncogénétique du CHU de Lille et du COL et s’adresse à tous les types de prédisposition génétique.
Depuis 2022, le Réseau PROCHE a entrepris une démarche pour adapter l’accompagnement du patient. Cela a conduit à la mise en place d’un modèle structuré en 3 niveaux, déterminant le degré d’autonomie du patient dans l’organisation de son suivi, en fonction de ses besoins, de la complexité et de la spécificité de son plan de surveillance et des ressources disponibles dans son bassin de vie :
- Le niveau 1 correspond à un suivi par entretiens téléphoniques ciblés pour s’assurer de la bonne mise en œuvre du suivi.
- Le niveau 2 propose en plus, des rappels des examens à réaliser, l’envoi des comptes rendus étant fait par le patient.
- Le niveau 3 concerne les suivis complexes et propose une aide à la programmation des examens, des relances actives et l’enregistrement systématique des données du suivi.
Depuis, d’autres évolutions ont eu lieu :
- la création d’un niveau 0, pour tout patient porteur d’une prédisposition génétique, même en l’absence de Plan Personnalisé de Suivi actif. Chaque patient est contacté par l’infirmière coordinatrice. S’il ne souhaite ou si la situation ne nécessite aucun accompagnement par le réseau, le niveau 0 est maintenu pour une durée déterminée, jusqu’à la prochaine prise de contact. Cela permet de ne perdre de vue aucun patient.
- le développement de nouveaux supports informatiques, en s’appuyant sur les systèmes institutionnels du CHU et du COL, pour renforcer la traçabilité du suivi, améliorer la transmission des informations entre les professionnels et gagner en efficacité. Une fiche de liaison Hôpital-médecine de ville est en cours de développement.
- La mise en place de la RCP dédiée à la médecine et à la chirurgie préventive. Elle permet d’accompagner les décisions complexes dans des situations à haut risque, elle renforce l’expertise collective et sécurise les décisions thérapeutiques.
Le réseau PROCHE fait donc maintenant partie du parcours de soin de tout patient porteur d’une prédisposition génétique. L’utilisation des bases de données institutionnelles a permis de nous amender de la question d’un consentement spécifique.
Le nombre de patients suivis augmente chaque année, avec des profils variés et des prédispositions génétiques multiples. L’organisation mise en place permet d’offrir un suivi évolutif, personnalisé et centré sur les besoins de chaque patient. Malgré cette dynamique, des difficultés persistent, notamment la récupération des comptes rendus d’examens et les échanges entre l’hôpital et la médecine de ville.
Julie BOONE (Lille), Cathy VANACKERT, Coralie RUBECK, Solveig MENU-HESPEL, Audrey MAILLIEZ, Sophie LEJEUNE
11:07 - 11:14
#49696 - SS074 Réseau de suivi des femmes à risque de cancers du sein et de l’ovaire : exemple du réseau FAR – Institut Curie.
SS074 Réseau de suivi des femmes à risque de cancers du sein et de l’ovaire : exemple du réseau FAR – Institut Curie.
Depuis 2012, Le Réseau FAR organise à l’institut Curie et à Gustave Roussy, la surveillance des femmes porteuses d’une prédisposition sein/ovaire (BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, RAD51C, RAD51D) ou à très haut risque sans prédisposition identifiée. Nous présentons les données de l’Institut Curie avec un focus sur les patientes porteuses d’un variant pathogène (VP) de BRCA1/2. Au total 4633 patientes sont incluses dans le réseau FAR sur les sites de l’Institut Curie : 1978 porteuses de prédisposition liée à BRCA1/2, 89 à d’autres gènes et 2565 sans prédisposition identifiée. Environ 250 nouvelles patientes sont incluses par an.
Le réseau propose soit un suivi alterné entre l’Institut Curie et un médecin de ville (56.3% soit 1580 femmes), soit un suivi exclusivement en ville (43.7% soit 1228 femmes).
Lors d’un suivi exclusif en ville, un courriel est envoyé annuellement pour s’assurer de la réalisation des examens et des consultations médicales. Des recours à l’Institut Curie peuvent être organisés si nécessaire (consultations spécialisées, relecture d’imagerie, prise en charge oncologique, avis de RCP …). Grace à cette organisation et ces relances, seulement 682 femmes soit 14.7% sont perdues de vue (pas de nouvelles depuis 1 an après 3 relances par des canaux différents).
Cette organisation et le recueil de données nous permet de préciser des éléments importants du suivi et de s’assurer de sa qualité. A ce jour, 241 femmes indemnes porteuses de VP de BRCA1/2 ont réalisé une chirurgie mammaire préventive (241/744), soit un taux de 35.9% dans un contexte BRCA1 (142/395) et 28.4% dans un contexte BRCA2 (99/349). L’âge médian à la réalisation est de 42 ans allant de 23 à 67 ans. Une annexectomie bilatérale prophylactique a été réalisée globalement chez 64% des femmes de plus de 40 ans et 82% des femmes de plus de 50 ans. L’âge médian à la réalisation est 47.2 ans. Ce taux de chirurgies de réduction du risque est similaire aux données internationales disponibles dans la littérature.
Nous présentons l’organisation du réseau de suivi de femmes à très haut risque de cancer du sein et/ou de l’ovaire à l’Institut Curie. La possibilité de faire appel à un suivi délégué en ville permet d’accompagner au mieux ces femmes dans un contexte de moyens contraints devant une file active en augmentation constante ; tout en obtenant des données de suivi grâce à un système de relance par courriel. Cette organisation constitue une opportunité d’informer ces femmes et leurs médecins des évolutions des recommandations, et contribue à collecter des données de vraies vie sur lesquelles peuvent d’appuyer des travaux de recherche (qualité de vie, retentissement des chirurgies préventives, perspectives d’amélioration…).
Claire SAULE (paris), Cecile MARGALIDA, Sophie FRANK, Valérie GALLOT, Claude MOODLEY, Aullène TOUSSAINT, Dominique STOPPA-LYONNET, Chrystelle COLAS, Emmanuelle MOURET-FOURME
11:14 - 11:29
#49651 - SS073.2 Contribution du gène BRIP1 aux prédispositions aux cancers : analyse rétrospective des données de 21 309 panels constitutionnels.
SS073.2 Contribution du gène BRIP1 aux prédispositions aux cancers : analyse rétrospective des données de 21 309 panels constitutionnels.
Introduction BRIP1 joue un rôle clé dans le maintien de l’intégrité génomique via la réparation de l’ADN par recombinaison homologue (HR). Les altérations monoalléliques constitutionnelles de BRIP1 seraient associées à un surrisque de cancer, en particulier de l’ovaire. Toutefois, il reste mal évalué et le spectre tumoral mal défini. Ainsi, BRIP1 n’est pas encore inclus dans les panels français de prédispositions aux cancers et les recommandations pour les porteurs restent imprécises. Ce travail vise à préciser l’implication de BRIP1 dans différents cancers et apporter des arguments pour son ajout au panel HBOC français.
Méthodes Nous avons réalisé une analyse rétrospective de BRIP1 chez tous les patients ayant bénéficié entre 2018 et 2023, à l’Institut Curie ou l’hôpital Cochin, d’une analyse constitutionnelle par séquençage haut débit d’un panel de gènes dans le cadre d’une suspicion de prédisposition aux cancers du sein, de l’ovaire, de la prostate, digestifs, du pancréas, du mélanome, sarcome et corticosurrénalome. Les variants BRIP1 retenus étaient les variants pathogènes/probablement pathogènes (cVP/VPP) et les variants rares de signification incertaine avec un score CADD ≥20 et une fréquence <0,01% dans gnomAD (cVSI+). Les fréquences observées ont été comparées à celles de la cohorte de référence gnomAD v4.1.0 (test exact de Fisher). Les données cliniques et tumorales ont été collectées.
Résultats Au total, 21 309 panels constitutionnels correspondant à 18 548 tumeurs ont été analysés : 11 702 cancers du sein, 1 794 cancers ovariens, 2 771 tumeurs digestives, 750 cancers de la prostate, 702 tumeurs pancréatiques, 258 sarcomes, 50 corticosurrénalomes, 381 cancers de l’endomètre et 140 mélanomes. Un total de 196 variants a été retenu (1.1%) dont 59 cVP/VPP (0.32%). Parmi les patientes avec cancer du sein ou de l’ovaire, respectivement 32 (0.3%) et 14 (0.8%) cVP/VPP ont été identifiés. L’analyse a confirmé une association significative entre cancer de l’ovaire et altération constitutionnelle de BRIP1, avec un odds ratio de 3.8 (p<0.0001). Parmi 14 cas de cancers de l’ovaire avec un cVP/cVPP BRIP1, aucune co-occurrence avec un cVP/VPP sur un gène de prédisposition connu n’a été observée. Les premières données tumorales disponibles retrouvent une inactivation biallélique de BRIP1 et un statut HRD. Un recueil des données cliniques est en cours.
Conclusion Ces données soutiennent l’implication de BRIP1 dans la prédisposition au cancer de l’ovaire, arguant pour son intégration au panel HBOC français. Le surrisque observé plaide pour l’élaboration de recommandations pour la prise en charge des patientes porteuses d’un cVP/VPP sur le gène BRIP1. Ces résultats ouvrent également des perspectives thérapeutiques, notamment avec les inhibiteurs de PARP. Nous prévoyons le recueil et l’analyse subséquente d’une cohorte multicentrique de patientes porteuses d’un cVP/VPP et atteintes d’un cancer du sein et/ou de l’ovaire avec données tumorales disponibles.
Mélanie PAGES (Paris), Albain CHANSAVANG, Olivia ROHR, Jean-Stéphane GIRAUD, Céline CALLENS, Emmanuelle MOURET-FOURME, Chrystelle COLAS, Victor RENAULT, Dominique STOPPA-LYONNET, Voreak SUYBENG, Marie-Charlotte VILLY, Nadim HAMZAOUI, Eric PASMANT, Lisa GOLMARD, Camille TLEMSANI
11:29 - 11:44
#49883 - SS075 Modélisation de l'oncogenèse neurale liée au syndrome de Li-Fraumeni par utilisation d'organoïdes cérébraux autologues.
SS075 Modélisation de l'oncogenèse neurale liée au syndrome de Li-Fraumeni par utilisation d'organoïdes cérébraux autologues.
Les tumeurs cérébrales représentent le 2ème type de néoplasies les plus fréquentes et la principale cause de décès par cancer chez les enfants. Au moins 10 à 20% des tumeurs cérébrales pédiatriques s’initient comme le résultat de syndromes de prédisposition au cancer, dus à des mutations germinales spécifiques. La compréhension des mécanismes cellulaires et moléculaires d’oncogenèse liés à ces prédispositions pourrait orienter les choix thérapeutiques pour prévenir ou intercepter l’apparition des cancers et proposer des traitements adaptés. Cependant, ces mécanismes de développement tumoral dans le cerveau demeurent très mal compris, principalement en raison du manque de modèles d’étude pertinents.
Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est dû à des mutations germinales ou de novo du gène TP53 et fait partie des prédispositions les plus pénétrants et les plus sévères. Il s’associe à des cancers de survenue précoce, à un large spectre tumoral allant de l’enfance jusqu’à à l’âge adulte, ainsi qu’à une hétérogénéité clinique remarquable. Le spectre des tumeurs pédiatriques inclut les tumeurs du système nerveux central (gliomes, médulloblastomes et carcinomes du plexus choroïde, ou CPC).
Nous avons mis en place une stratégie de recherche basée sur la production de cellules pluripotentes induites (iPSC) dérivées de fibroblastes des patients afin de générer des organoïdes cérébraux autologues permettant d’étudier l’organogenèse et l’oncogenèse. Nous utilisons ainsi plusieurs protocoles de différenciation vers des régions cérébrales spécifiques, comme le télencéphale, le plexus choroïde et le cervelet. Cela nous permet d’étudier de manière autologue l'impact des mutations germinales de TP53 retrouvées chez les patients sur le développement des différentes régions cérébrales dans lesquelles les tumeurs s’initient.
Nos premiers résultats montrent que la différenciation d'iPSC dérivées des patients atteints de carcinomes (CPC) en organoïdes du plexus choroïde s’associe à une altération mesurable de la maturation de cette structure au cours du temps, comparée aux organoïdes de donneurs sains. Les analyses moléculaires réalisées sur les organoïdes dérivés de patients et de donneurs sains, ainsi que sur les tumeurs primaires, ont montré un remaniement dans l'expression des programmes conduisant à la différenciation épithéliale et épendymaire en présence des mutations germinales de TP53 retrouvées chez les patients. Ces observations inattendues suggèrent que TP53 agit comme un important régulateur de l'organogenèse embryonnaire dans certaines régions cérébrales, et que ce processus est perturbé par les mutations prédisposantes, créant ainsi un environnement favorable à l'initiation tumorale dans ces régions. Nous nous intéressons actuellement aux trajectoires cellulaires altérées au cours du développement afin d’identifier les populations cellulaires d’origine de ces tumeurs, ainsi que les mécanismes moléculaires qui soutiennent l’initiation tumorale dans le cerveau.
Marco BRUSCHI (Villejuif), Elizaveta BOGDAN, Emilie BARRET, Saïma ZILI, Hela SASSI, Antonin BONNOT, Pauline HOARAU, Pascale VARLET, Arnault TAUZIÈDE-ESPARIAT, David CASTEL, Jacques GRILL, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Marie-Anne DEBILY
11:44 - 11:59
#49898 - SS076 L’analyse des grandes délétions du gène STK11 révèlent l’importance de la réparation des cassures de l’ADN médiée par des micro-homologies dans le remodelage du génome humain.
SS076 L’analyse des grandes délétions du gène STK11 révèlent l’importance de la réparation des cassures de l’ADN médiée par des micro-homologies dans le remodelage du génome humain.
Les grandes délétions représentent une source importante de changements du génome et de maladies héréditaires. Elles résultent d’une réparation erronée de cassures double brin de l’ADN (DSB), qui peut être assurée par jonction directe d’extrémités non homologues, ne nécessitant pas la présence d’homologie entre les points de cassure, par différents types de recombinaison homologue (dHJ, SDSA, BIR, SSA) dépendant de la présence de longues séquences homologues et enfin par des mécanismes très mutagènes qui n’ont besoin que de très courtes homologies pour joindre les extrémités de la cassure (FoSTeS/MMBIR, MMEJ/TMEJ). Ces différents mécanismes de réparation des DSB sont associés à des signatures mutationnelles distinctives au niveau des jonctions de cassure dont l’analyse offre une opportunité unique de mieux comprendre les mécanismes mutationnels et évaluer leur contribution relative à la survenue de grandes délétions potentiellement pathogènes.
Nous avons combiné séquençage Nanopore enrichi par CRISPR/Cas9 ou par échantillonnage adaptatif et long-range PCR pour analyser les jonctions de réparation de 28 grandes délétions du gène STK11 responsables du syndrome de Peutz-Jeghers, et avons extrait 24 points de cassure supplémentaires issus de la littérature afin d’inférer les mécanismes de délétion.
La moitié des cas étaient dus à des délétions médiées par des éléments Alu (AMRD), conduisant à la formation d’Alu chimériques. Ces AMRD ont traditionnellement été attribués à une NAHR ou à une SSA entre éléments Alu. Le faible degré de similarité entre les paires d’Alu impliquées était incompatible avec ces mécanismes. En revanche, des microhomologies (MH) (médiane 14 pb, [5–26]) été observées aux jonctions de réparation de toutes les ARMD. Des MH, généralement plus courtes, étaient également présente dans la grande majorité des cas non médiés par des Alu. Le mécanisme exact de réparation pouvait souvent être inféré de l’examen attentif des séquences présentes autour du point de recombinaison et des insertions, présentes dans un quart des cas. Il s’agissait en général de TMEJ caractérisée par de courtes insertions directes ou inversées copiées des régions entourant la jonction et résultant souvent de cycles répétés où des MH servent d’amorce à la polymérase theta pour copier un court segment d’ADN, ensuite utilisé pour s’attacher à une MH située du côté opposé. Ailleurs, la participation de la MMBIR, autre forme de réparation médiée par les MH était démontrée par la présence de longs inserts copiés dans des régions du génome distantes de plusieurs dizaines de kb du lieu de la cassure.
Nous montrons que des mécanismes de réparation utilisant des MH et intrinsèquement sujet à erreur (TMEJ, MMBIR), connus pour générer de petits indels et des translocations chromosomiques dans les cancers, étaient responsable de la majorité des grandes délétions germinales du gène STK11, démontrant un mécanisme potentiellement délétère du remodelage du génome.
Albain CHANSAVANG (PARIS), Aurélie TOUSSAINT, Véronique DUCHOSSOY, Alimha GODIN, Ingrid LAURENDEAU, Audrey BRIAND-SULEAU, Djihad HADJADJ, Patrick BENUSIGLIO, Bruno BUECHER, Chrystelle COLAS, Marion DHOOGE, Eric PASMANT, Nadim HAMZAOUI
11:59 - 12:14
#49907 - SS077 Estimation du risque de cancer du sein chez les femmes porteuses de variants pathogènes ou probablement pathogènes de RAD51C ou RAD51D avec la méthode GRL.
SS077 Estimation du risque de cancer du sein chez les femmes porteuses de variants pathogènes ou probablement pathogènes de RAD51C ou RAD51D avec la méthode GRL.
Introduction : Les gènes RAD51C et RAD51D, impliqués dans la recombinaison homologue (RH), font partie du panel de gènes actionnables analysé en cas de suspicion de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire. Tandis que leur implication dans la prédisposition au cancer de l’ovaire est bien documentée, l’impact des variants pathogènes ou probablement pathogènes (VP/VPP) constitutionnels des gènes RAD51C et RAD51D sur le risque de cancer du sein est encore mal défini. Ainsi, il n’y a pas de recommandations spécifiques de surveillance mammaire en cas d’altération sur ces gènes ; les arbitrages se basent à ce jour sur l’histoire familiale, indépendamment du statut génétique. L’objectif de ce travail est d’estimer le risque de cancer du sein chez ces femmes afin de proposer une stratégie de surveillance mammaire adaptée à leur niveau de risque. Ont également été estimés les risques de cancers de l’ovaire, de la prostate et du pancréas déjà identifiés comme associés aux autres gènes de la RH.
Méthode : Nous avons analysé 101 familles porteuses de VP ou VPP sur le gène RAD51C et 35 sur RAD51D, issues de 3 centres franciliens. Les risques relatifs (RR) et cumulés (RC) ont été estimés par la GRL (Genotype Restricted Likelihood), modèle basé sur la vraisemblance rétrospective.
Résultats : Nous mettons en évidence pour RAD51C un RR de cancer du sein modéré de l’ordre de 2.2 (IC95% : 1.1-5) à 60 ans, décroissant au-delà de cet âge, et un RC de 17.1% (IC95% : 13.2-32.3) à 80 ans. Ce risque semble augmenter dès 40 ans. Nos résultats suggèrent une tendance similaire mais non significative pour RAD51D, RR de 2.6 (IC95% : 1-7.1) à 60 ans, décroissant au-delà de cet âge et un RC à 80 ans de 19.7% (IC95% : 12.7-45.7). Ces résultats confortent les estimations de risque décrites dans la littérature. Nous mettons également en évidence une sur-représentation de cancers du sein de phénotype triple négatif pour RAD51C et RAD51D, avec un taux de 28% pour chacun de ces gènes contre 11 à 14% en population générale. Notre analyse confirme le sur-risque de cancer de l’ovaire décrit pour ces deux gènes et suggère qu’il pourrait être supérieur pour RAD51C. Nous mettons également en évidence RAD51C un RR de cancer du pancréas de 3.2 (IC95% : 1.1-10.4) à 60 ans. Les données obtenues nous conduisent à envisager une extension de l’étude à une cohorte plus large afin de préciser nos résultats. Il sera intéressant d’estimer spécifiquement l’incidence du cancer du sein triple négatif par la GRL chez les femmes porteuses de VP ou VPP sur RAD51C/D, ainsi que l’implication de ces gènes dans la carcinogénèse des cancers du sein par des analyses tumorales avec recherche de signature HRD et de second évènement aux loci RAD51C ou RAD51D.
Conclusion : Au total, nos résultats vont dans le sens d’un sur-risque de cancer du sein modéré avant l’âge de 50 ans ce qui encourage à proposer aux femmes concernées une surveillance mammaire de type « risque élevé » au sens de la HAS.
Sarah CHAMIEH (Paris), Youenn DROUET, Ludivine GUILLET, Paul VILQUIN, Samia MOURAH, Etienne ROULEAU, Olivier CARON, Dominique STOPPA-LYONNET, Lisa GOLMARD, Chrystelle COLAS, Odile COHEN-HAGUENAUER
12:14 - 12:29
#49993 - SS078 ALADIN : apport du séquençage d’exome constitutionnel systématique en trio dans l’identification des syndromes de prédisposition au cancer pédiatrique.
SS078 ALADIN : apport du séquençage d’exome constitutionnel systématique en trio dans l’identification des syndromes de prédisposition au cancer pédiatrique.
Les cancers restent la première cause de décès par maladie dans la population pédiatrique en France. Bien qu’environ 10% de ces cancers soient liés à une prédisposition génétique, l'absence de consensus concernant l'utilisation systématique du séquençage haut débit limite l'identification des syndromes de prédisposition au cancer (SPC) à certaines indications. Cependant, la méconnaissance d’un facteur génétique peut avoir des conséquences importantes en termes d’optimisation des parcours de soins et conduire à des pertes de chance.
L’objectif de cette étude est de démontrer que le séquençage d'exome constitutionnel (EC) systématique chez les enfants atteints de cancer permet d'identifier une proportion significative de variants germinaux cliniquement exploitables.
L'étude ALADIN a inclus 102 patients pédiatriques atteints de tumeurs solides ou d'hémopathies malignes au CHU de Montpellier. Un séquençage d'EC en trio (enfant-parents) a été réalisé systématiquement.
Sur 101 exomes analysés, un diagnostic moléculaire de SPC a été établi d’emblée chez 9 enfants (9,1%), incluant des syndromes de Li-Fraumeni (2), de Gorlin (1), de déficience constitutionnelle des gènes MMR (1) et de neurofibromatose de type 1 (1). Au total, 133 variants de classe 3 chez 64 patients (63,4%) nécessitent une réévaluation ainsi qu’une poursuite des investigations (génomiques, transcriptomiques ou protéiques) afin de préciser leur classification. Un variant de classe 3 ELP1 a été reclassé 4 après réalisation d’un protéome, portant le nombre de diagnostics dans la cohorte à 10 (10,1%). Trente-cinq données incidentes ont été identifiées chez 27 patients (26,7%). Elles concernent majoritairement des gènes de prédisposition à des maladies autosomiques récessives, comme CFTR, HFE, HBB et MUTYH. De manière notable, 22% des prédispositions identifiées (variant pathogène ou probablement pathogène) n'auraient pas été explorées sur la base des seuls critères cliniques et indications de test génétique classiques.
Le séquençage d'EC systématique en oncologie pédiatrique permet d'identifier des prédispositions génétiques cliniquement non suspectées. Cette approche contribue à une médecine personnalisée optimisée, justifiant son intégration dans le parcours de soins standard des enfants atteints de cancer.
Margot COMEL (Montpellier), Vanna GEROMEL, Rizk BENNANI, Nishta THACOOR, Alexandre THERON, Pascal PUJOL, Marjolaine WILLEMS
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D32
Sessions simultanées 12
Neurogénétique / Neuro dégénératif
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Neurogénétique / Neuro dégénératif
Modérateurs :
Giulia COARELLI (PH) (Paris), Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (Paris)
11:00 - 11:15
#49170 - SS079 Traitement par omaveloxolone dans l’Ataxie de Friedreich : données d’efficacité et de tolérance à un an en vie réelle.
SS079 Traitement par omaveloxolone dans l’Ataxie de Friedreich : données d’efficacité et de tolérance à un an en vie réelle.
Introduction et objectifs
L’omaveloxolone, puissant activateur de la voie antioxydante Nrf-2, est le premier traitement approuvé de l’ataxie de Friedreich (AF) chez les patients de plus de 16 ans. Depuis janvier 2024, l’omaveloxone est prescrit dans le cadre d’un accès précoce (AP) en France via les filières maladies rares BRAIN-TEAM et FILNEMUS, et une collecte de données de suivi des patients concernés est effectuée en partenariat avec la BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares) et soutenue par le laboratoire BIOGEN. Elle permet ainsi d’avoir des données d’efficacité et de tolérance dans une population plus large que les études cliniques. Notre objectif est de décrire l’efficacité à 1 an, ainsi que la tolérance de l’omaveloxolone sur 18 mois de prescription dans cette population.
Méthodes
Les données incluant l’âge, le sexe, la longueur de l’expansion GAA, l’âge du début des symptômes, l’âge au diagnostic, l’âge à l’inclusion dans l’AP, l’échelle d’ataxie SARA (Scale for The Assessment and Rating of Ataxia-et ses sous-items) et l’échelle de qualité de vie SF-12 ont été saisies dans le SDM-T (Set de Données Minimales – Traitement) de la BNDMR. La SARA et la SF-12 ont été réalisées à l’inclusion, à 6 mois et 12 mois. Les données ont été extraites le 29 juillet 2025 et ont été complétées par les données de tolérance issues de la pharmacovigilance nationale.
Résultats
Au 29 juillet 2025, 411 patients AF ont été inclus dans l’AP (soit 43% des patients avec AF répertoriés à la BNMDR), dont 200 patients traités depuis plus d’un an. Les données d’efficacité et de tolérance seront analysées de façon globale et par sous-groupes d’intérêt. Les résultats issus de cette analyse ne pouvant être communiqués qu’après le 19/09/25, date de remise du second rapport périodique de l’accès précoce auprès de la Haute Autorité de Santé, ils ne peuvent figurer sur cet abstract (soumission avant le 14/9/25) mais seront présentés aux Assises de Génétique sous réserve de son acceptation.
Discussion et conclusion
Le dynamisme des réseaux BRAIN-TEAM et FILNEMUS a permis une inclusion efficiente des patients dans ce premier programme d’accès précoce dans l’ataxie de Friedreich. Cette étude permettra d’avoir des données plus précises sur les patients français traités par Omaveloxolone, d’avoir des données d’efficacité et de tolérance en vie réelle sur cette population, et ainsi de guider les praticiens dans leur utilisation de cette molécule.
Claire EWENCZYK (Paris), Valeria GIOIOSA, Andra EZARU, Ariane CHOUMERT, Virginie GUILLET-PICHON, Benoit FUNALOT, Fabienne ORY, Eugénie MUTEZ, Thomas OLLIVIER, Cécilia MARELLI, Antoine PEGAT, Cyril GOIZET, Alix DURAND, Anne Sophie PIEGAY, Frédérique FLUCHERE, Mathieu ANHEIM, Quentin THOMAS, Sacha WEBER, Amélie DOS SANTOS, Anna CASTRIOTO, Christine TRANCHANT, Elsa BESSE-PINOT, Karima GHORAB, Pascal CINTAS, Marie-Lorraine MONIN, Chloé ANGELINI, Philippe PETIOT, Sabine SOUCI, Caroline FROMENT TILKETE, Françoise BOUHOUR, Thomas WIRTH, Elisa DE LA CRUZ, Stephane GRIMALDI, Jean-Philippe AZULAY, Clarisse SCHERER GAGOU, Christophe VERNY, Catherine SARRET, Lucie GUYANT-MARECHAL, Gael NICOLAS, Catherine VANHULLE, Antoine BONNEVALLE, Anne-Laure KAMINSKY, Mathilde RENAUD, Elisabeth SARRAZIN, Armelle MAGOT, Audrey RIOU, Matthieu BENOITON, Solange ROUMEGOUS, Béatrice BACIOTTI, Shahram ATTARIAN, Alexandra DURR
11:15 - 11:30
#49435 - SS080 Dépistage génétique des expansions de répétitions dans les maladies neurogénétiques à l'aide du séquençage multiplex à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9.
SS080 Dépistage génétique des expansions de répétitions dans les maladies neurogénétiques à l'aide du séquençage multiplex à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9.
L'expansion anormale des répétitions nucléotidiques a été identifiée pour la première fois il y a 34 ans comme un mécanisme mutationnel unique. Elle est désormais associée à de nombreux troubles neurogénétiques, dont plusieurs n'ont été découverts que récemment. La découverte de nombreuses expansions de ce type a conduit à diverses classifications basées sur la présentation clinique, la nature de la répétition et son emplacement (régions codantes ou non codantes). Le diagnostic précis de ces affections ne peut être confirmé que par des tests moléculaires, actuellement réalisés gène par gène. Leur analyse reste difficile, en particulier lorsqu'il s'agit d'expansions longues. Notre objectif était d'évaluer l'enrichissement médié par CRISPR-Cas9 associé au séquençage à lecture longue d'Oxford Nanopore Technologies (ONT), afin d'accélérer et d'améliorer le diagnostic moléculaire fastidieux des troubles médiés par ces répétitions. Nous avons ciblé neuf loci impliqués dans 10 troubles liés à l'expansion de répétitions nucléotidiques dans un seul panel de capture, comprenant FMR1, HTT, DMPK, DFNB, ATXN2, JPH3, FXN, C9ORF72 et RFC1, couvrant la plupart des types de répétitions, des tailles d'expansion et des besoins diagnostiques. Nous avons comparé nos résultats aux méthodes de routine. Le séquençage ONT sur Flongle a donné des résultats cohérents avec les techniques standard, du moins pour les répétitions non complexes. Cependant, cette étude pilote a mis en évidence différentes réserves limitant l'utilisation systématique du séquençage ONT enrichi par CRISPR-Cas9 sur Flongle, en particulier lié à la variabilité inter-séries nécessitant plusieurs Flongles par échantillon testé.
Patricia FERGELOT, Christophe BOURY, Benjamin PENAUD, Anna GUIGUET-VALARD, Marie-Claire VINCENT, Kevin MOUZAT, Virginie RACLET, Caroline ROORYCK-THAMBO, Benoit ARVEILER, Rémi BELLANCE, Claire GUISSART, Cecilia MARELLI, Olivier LEPAIS, Cyril GOIZET, Giovanni STEVANIN (Bordeaux)
11:30 - 11:45
#49641 - SS081 Troubles psychiatriques de la maladie de Huntington: quel rôle pour les petites expansions et les variants de séquence du gène HTT?
SS081 Troubles psychiatriques de la maladie de Huntington: quel rôle pour les petites expansions et les variants de séquence du gène HTT?
Contexte: La maladie de Huntington est due à une expansion CAG (>35) dans le gène HTT. La taille de l'expansion est le principal déterminant de l’âge de début et de la pénétrance, expliquant environ 60 % de la variabilité. Néanmoins, à la limite du seuil, cette corrélation est moins forte et la variabilité de l’âge de début et du phénotype est particulièrement importante. Les petites expansions (CAG36-39) sont rares (≈2 %), traditionnellement associées à une pénétrance incomplète et à un âge de début tardif (entre 69 et 95 ans), se présentent fréquemment sans mouvements choréiques et risquent d’échapper au diagnostic. La séquence CAG est un modificateur puissant de l’âge de début, de la pénétrance et de la progression de la maladie. Une perte de l'interruption CAA du CAG est une variation connue pour aggraver le phénotype et cette variation est particulièrement fréquente (≈30 %) chez les porteurs symptomatiques de petites expansions. L’âge de début moteur est considérablement plus précoce qui celui prédit par les modèles : jusqu’à dix ans après correction de la sous-estimation de la taille de CAG non interrompu, voire 30 ans lorsqu’on considère uniquement la taille de CAG estimée par les méthodes diagnostic standard. Ces éléments remettent en question le caractère bénin des petites expansions.
Les manifestations psychiatriques, fréquentes dans la maladie de Huntington, incluent dépression, apathie, irritabilité, agressivité, anxiété, obsessions et, plus rarement, psychose. Si l’apathie est associée à la progression et à la taille de l’expansion, les liens entre taille du CAG et autres troubles psychiatriques restent incertains, et le rôle des variants de séquence n’a jamais été exploré.
Objectifs: Explorer l’impact des variants de séquence dans la région CAG-CCG du gène HTT sur la sévérité et le profil psychiatrique chez les porteurs de petites expansions. Notre hypothèse est qu’ils contribuent à moduler les manifestations psychiatriques chez les porteurs de petites expansions.
Méthodes: Nous présentons une cohorte de 94 sujets CAG36–39, symptomatiques et présymptomatiques. Les variants de séquence ont été détectés par séquençage short-read d’amplicons (NextSeq 2000). Nous décrivons les manifestations psychiatriques et l’âge de début.
Résultats : Parmi les 67/94 porteurs déjà séquencés, 22 présentent un variant de séquence. L’âge de début est plus précoce chez les porteurs de variant (53±9 ans; n=18) que chez ceux sans variant (64±13 ans, n=24; p<0.01). Les tableaux psychiatriques seront présentés.
Conclusion: Une caractérisation précise de la séquence est essentielle pour le diagnostic et le conseil génétique en raison de son impact, d’autant plus que la forte prévalence des petites expansions dans la population générale (1/400–1/600), l’apparition d’expansions de novo à partir d’allèles intermédiaires et l’augmentation de l’espérance de vie devraient conduire à identifier un nombre croissant de porteurs HTT en consultation.
Anna HEINZMANN (Paris), Jean-Loup MÉREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Emilien PETIT, Giulia COARELLI, Sabrina SAYAH, Hortense HURMIC, Marine GUILLAUD BATAILLE, Jérémie PARIENTE, Alexandra DURR
11:45 - 12:00
#49666 - SS082 APPORT DU SEQUENÇAGE DU GENOME DANS LES EPILEPSIES PHARMACO-RESISTANTES A DEBUT PRECOCE : COHORTE NATIONALE FRANÇAISE.
SS082 APPORT DU SEQUENÇAGE DU GENOME DANS LES EPILEPSIES PHARMACO-RESISTANTES A DEBUT PRECOCE : COHORTE NATIONALE FRANÇAISE.
Introduction :
Le réseau français EPIGENE coordonne depuis 10 ans le développement du séquençage haut débit dans le cadre du diagnostic et de la recherche. Le panel de gènes des épilepsies monogéniques (PAGEM) est en place depuis 2015 et actualisé régulièrement. Une étude récente du réseau portant sur 2563 patients, montre un rendement du PAGEM de 27%. Environ trois quarts des patients restent sans diagnostic génétique, soulignant les limites de cette approche ciblée.
Méthodes
Nous avons mené une étude rétrospective des patients ayant bénéficié d’un séquençage du génome en short-read (SG-sr) dans la préindication « épilepsies pharmacoresistantes à début précoce », en 2e ligne après un PAGEM négatif. Le SG-sr était réalisé dans les laboratoires Seqoia et Auragen, dans le cadre du PFMG2025.
Résultats
Entre janvier 2021 et septembre 2025, 801 résultats ont été rendus aux prescripteurs. Le SG-sr était principalement réalisé en trio (91%). La plupart des patients présentaient un phénotype d’épilepsie sévère associée à un retard du neurodéveloppement.
Le SG-sr a apporté un diagnostic chez 25% des patients (n=198). Des variants (probablement) pathogènes étaient identifiés dans 129 gènes distincts. 40% des gènes concernés étaient inclus dans le PAGEM.
Les variants identifiés étaient principalement des SNV (87%) et des remaniements de structure (13%). Les variants de novo représentaient 68% des cas et les variants bialléliques 17% des cas. Sept variants introniques profonds étaient retrouvés dans différents gènes dont 4 au niveau de SCN1A, principal gène des épilepsies monogéniques et responsable du syndrome de Dravet. Des études complémentaires par minigène de ces variants de SCN1A ont démontré la création d’un exon poison conduisant à une perte de fonction.
61 dossiers de génomes urgents ont été traités dont 23 (38%) ont permis d’établir un diagnostic de certitude. Ces prescriptions étaient motivées par une aggravation de l’état du patient, ou une grossesse en cours.
Suite à l’implication en 2024 des gènes du splicéosome RNU4-2 puis RNU2-2 en pathologie humaine, une réanalyse des génomes était menée sur l’ensemble des données. Parmi les patients ayant un diagnostic positif, sept (3,5%) étaient porteurs de variations du gène RNU2-2. Il s’agit donc d’une des causes les plus fréquentes d’encéphalopathie développementale et épileptique. Trois autres patients (1.5%) étaient porteurs de variations de RNU4-2.
Conclusions
Nos résultats soulignent l’intérêt majeur du SG-sr chez les patients présentant une épilepsie pharmaco-résistante à début précoce, en complément du PAGEM. Les réanalyses successives des données disponibles permettent d’établir des diagnostics en fonction de l’identification de nouveaux gènes de maladies mendéliennes. Pour les patients demeurant en impasse diagnostique, des études de séquençage du génome en long-read couplé à un séquençage de l’ARN sont proposées.
Myriam ESSID (Lyon), Giulia BARCIA, Dorothée VILLE, Mathieu MILH, Cyril MIGNOT, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Thomas SMOL, Caroline NAVA, Christelle DUBOURG, Lionel ARNAUD, Nicolas CHATRON, Virginie BERNARD, Julien THEVENON, Magalie BARTH, Estelle COLIN, Nicolas GRUCHY, Adeline TRAUFFLER, Thomas COURTIN, Laurence PERRIN-SABOURIN, Olivier PATAT, Sophie JULIA, Valentin RUAULT, Claire BAR, Maxime COLMARD, Kevin JOUSSELIN, Nathalie VILLENEUVE, Chloé ANGELINI, Laetitia LAMBERT, Eleni PANAGIOTAKAKI, Anne DE SAINT-MARTIN, Rima NABBOUT, Laurent VILLARD, Gaetan LESCA, Consortium AURAGEN
12:00 - 12:15
#49831 - SS083 La sclérose latérale amyotrophique sporadique : quel impact du génome mitochondrial ?
SS083 La sclérose latérale amyotrophique sporadique : quel impact du génome mitochondrial ?
Introduction
Récemment, l’équipe de Cheng a analysé une cohorte de 40 patients atteints de sclérose latérale amyotrophique (SLA) sporadique et a identifié une délétion « 6692delA » dans l’ADN mitochondrial (ADNmt) chez 20 patients (50%) (1). Cette délétion, localisée dans le gène MT-CO1 qui code pour une sous-unité du complexe IV (CIV) de la chaîne respiratoire mitochondriale, a été retrouvée à un taux d’hétéroplasmie de 1 % dans les prélèvements sanguins de ces patients. Cheng et al. ont également confirmé qu’un défaut mitochondrial peut déclencher une maladie du motoneurone (MMN) en montrant qu’un déficit du CIV dans les motoneurones de rat induit un phénotype de SLA. En 2014, avec l’identification de CHCHD10 (une protéine mitochondriale codée par le génome nucléaire), nous avions été les premiers à fournir la preuve génétique qu’un dysfonctionnement mitochondrial peut entraîner une MMN de type SLA (2).
Cependant, le rôle de l’ADNmt dans la SLA n’étant pas clairement établi, nous avons recherché cette délétion, ainsi que les autres variants de l’ADNmt susceptibles d’entraîner un déficit du CIV, dans notre cohorte de patients suspects de maladie mitochondriale.
Méthode
L’ADNmt de 1914 patients, adressés à notre centre de référence des maladies mitochondriales du CHU de Nice, a été séquencé par séquençage haut débit. Rétrospectivement, nous avons réanalysé l’ensemble de nos données de NGS et plus précisément les variants identifiés dans les gènes MT-CO1, MT-CO2 et MT-CO3. Nous avons également recherché les variants identifiés chez les patients avec MMN.
Résultats
Nous montrons que la délétion « 6692delA » (m.6698delA, selon la nomenclature) ainsi que les variants pathogènes des gènes de l’ADNmt codant pour les sous-unités du CIV ne sont pas associés à un phénotype de SLA dans notre cohorte de patients suspects de mitochondriopathie. Ces variants sont extrêmement rares dans le muscle et le sang (0,8 %) de nos patients. Ils ne sont pas non plus retrouvés chez les patients présentant une MMN.
Conclusions
Nos résultats ne confirment pas ceux de l’étude de Cheng et soulèvent donc des questions sur la réelle prévalence et le lien potentiel - et surtout causal – du génome mitochondrial avec les formes sporadiques de SLA.
Références :
1. Cheng M, Lu D, Li K et al. Mitochondrial respiratory complex IV deficiency recapitulates amyotrophic lateral sclerosis. Nature Neurosc. 2025 Apr;28(4):748-756
2. Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, et al. A mitochondrial origine for frontotemporal dementia and amyotrophic sclerosis through CHCHD10 involvement. Brain 2014 Aug;137(Pt8):2329-45
Sylvie BANNWARTH (NICE), Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
12:15 - 12:30
#49945 - SS084 Identification of new candidate genes involved in autosomal recessive forms of Parkinson’s disease.
SS084 Identification of new candidate genes involved in autosomal recessive forms of Parkinson’s disease.
Parkinson disease (PD) affects 1-2% of the population above 65 years. It is characterized by the triad of symptoms: tremor, rigidity, and bradykinesia. To date, more than 10 validated genes have been identified, associated with either autosomal dominant (AD) or autosomal recessive (AR) forms of PD. However, the identified genes associated with early-onset (EO, <40 years) AR PD only explains 45%, other genes remain to be discovered. The aim of the work is to identify new genes involved in EO AR PD, using consanguineous PD families and applying genotyping on DNA microarrays, homozygosity mapping and NGS technologies.
To identify new genes involved in EO-AR PD, we performed whole exome sequencing (WES) on a cohort of 1244 patients (1100 index cases) presenting early onset sporadic PD or AR-PD. At first, we focused on loss of function variants (LoF) identified in the cohort, and/or genes presenting variants in at least 2 unrelated families.
This strategy enabled us to identify 25 candidate genes with LoF variants in 27 families, as possibly being involved in PD. Among them, we identified the homozygous p.Asp38Ilefs*7 frameshift variant in CISD1 in a consanguineous family. This variant is absent from the GnomAD database. In silico analysis predicts this variant to induce transcript degradation by the Nonsense Mediated Decay. Interestingly, CISD1 was identified as a major target of PINK1/Parkin complex, moreover the KO mouse model presents a decreased level of dopamine in the striatum and locomotor abnormalities in the rotarod test.
Further functional data are needed to strengthen the role of CISD1 as well as that of other genes carrying identified LoF variants associated with EO AR PD. The functional validation will be tested by inactivation of these genes on simple organisms, i.e. drosophila melanogaster and C. elegans, to look for induced-locomotor defects. This strategy has already proven its worth and has already led to the identification of two new genes involved in Parkinson's disease: PSMF1 and PTPA.
Christelle TESSON (Paris), Lisa WELMENT, Guillaume COGAN, Gatepe KODJOVI, Aurélie HONORÉ, Valérie DROUET, Suzanne LESAGE, Alexis BRICE
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11:00-12:30
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E32
Sessions simultanées 12bis
Conseil génétique SHS
Sessions simultanées 12bis
Conseil génétique SHS
Modérateurs :
Amandine BOUREAU (conseillère en génétique) (NICE), Marcela GARGIULO (Psychologue) (PARIS)
11:00 - 11:15
#49853 - SS090 Votre patient est-il lié à un don de gamètes ? Enquête sur les pratiques actuelles et perspectives d'évolution.
SS090 Votre patient est-il lié à un don de gamètes ? Enquête sur les pratiques actuelles et perspectives d'évolution.
En 2025, près d’un enfant sur 500 est né d’un don de gamètes en France. Depuis la création, en 1973, des centres de don en France (CECOS), plus de 70 000 enfants sont nés d’un don de gamètes. Le nombre de donneurs et donneuses est stable et la proportion de personnes ayant fait un don de gamètes ou d’embryon augmente donc chaque année dans notre pays.
En parallèle, les avancées technologiques et l’amélioration de nos connaissances nous permettent d’identifier chaque année de plus en plus de variations génétiques responsables de maladies génétiques et héréditaires.
Nous sommes donc de plus en plus confrontés à l’identification d’anomalies génétiques constitutionnelles chez des patients qui sont issus d’un don de gamètes ou ayant précédemment donné.
D’après l’article R1131-1 du Code la Santé Publique, le prescripteur de l’analyse génétique doit interroger le patient, préalablement à la prescription, sur l’existence éventuelle de sa part d’un don de gamètes ou d’embryon et sur la possibilité qu’il soit issu d’un don.
Nous décrivons ici les résultats de deux sondages concernant les pratiques actuelles lors des prescriptions d’analyses génétiques vis-à-vis des dons de gamètes ou d’embryon en France. Le premier, réalisé auprès des conseillers en génétique (109 réponses) et le second (en cours) à l’attention des médecins généticiens.
Les résultats du 1er sondage nous relèvent que seulement 25% des conseillers en génétique demandent à leurs patients s’ils ont déjà fait un don de gamètes ou d’embryon. De plus, 20% des conseillers en génétique interrogés ont été déjà été confrontés au moins une fois à un patient porteur ou à risque d’être porteur d’une anomalie génétique et ayant déjà fait un don de gamètes ou d’embryon. Par ailleurs, 25% ont déjà fait face à des patients issus d’un don et porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène. Le même sondage sera envoyé prochainement aux médecins généticiens afin de densifier ces données.
Ces résultats mettent en avant un défaut dans l’identification des patients concernés par une maladie génétique et le don de gamètes (donneur ou enfant issu du don). En conséquence, l’information à la parentèle et le conseil génétique chez les apparentés biologiques liés au don ne peuvent avoir lieu. Ce travail a donc pour but de sensibiliser les prescripteurs d’analyses génétiques à cette problématique et de favoriser l’évolution des pratiques.
Pour ce faire, nous proposons d’inclure dans le consentement à l’analyse génétique deux nouveaux items. L’un concernant le fait d’avoir déjà donné ou non ses gamètes ou embryons et l’autre celui d’être issu d’un don.
Yann TROADEC (Caen), Marie-Ange CLAROTTI, Camille THEARD
11:15 - 11:30
#49430 - SS088 Expériences parentales de la démarche génétique prénatale en situation d’incertitude : exemple des anomalies du corps calleux.
SS088 Expériences parentales de la démarche génétique prénatale en situation d’incertitude : exemple des anomalies du corps calleux.
Contexte : La découverte d’une anomalie du corps calleux en prénatal confronte les couples à la décision de poursuivre ou d’arrêter la grossesse, du fait du pronostic éminemment variable de cette malformation cérébrale. Les examens génétiques proposés, incluant un séquençage d’exome en trio, permettent de réduire le risque de pronostic défavorable, qui ne peut néanmoins pas être exclu. Afin de préciser les besoins de ces couples et l’accompagnement nécessaire dans leur processus décisionnel face à cette incertitude une recherche en psychologie (ACCED) a été mise en place avec des services hospitaliers de génétique, neuropédiatrie et maternité.
Objectifs : Décrire rétrospectivement le processus de décision et renforcer les connaissances sur les besoins spécifiques des couples au moment de la prise de décision dans un contexte d’incertitude pronostique chez leur fœtus/bébé.
Méthode : Un entretien semi-directif avec une psychologue chercheure a été proposé (i) à des couples ayant choisi de poursuivre la grossesse et (ii) à des couples ayant choisi de l’interrompre. Les entretiens enregistrés et analysés selon l’analyse phénoménologique interprétative (IPA), permettent d’accéder à la manière dont les couples perçoivent et élaborent leur expérience. Nous présentons ici les résultats relatifs à 12 couples, concernant l’un des axes explorés lors des entretiens : leur perception de l’information génétique dans ce contexte.
Résultats : La démarche génétique, dans un contexte d’incertitude prénatale, est vécue comme un moyen d’accéder à l’invisible, de quantifier le risque et d’apporter une forme de rationalité face à l’incertitude. Elle soutient une position active des couples, leur donne le sentiment d’aller « au bout » de ce qui peut être fait et de réduire leur risque subjectif, parfois renforcé par la réassurance perçue des soignants. Toutefois, elle soulève des enjeux de culpabilité liés à l’imaginaire de la transmission, de remise en question de la compatibilité conjugale et questionne les choix reproductifs futurs.
Le rapport aux équipes oscille entre partenariat, perception d’une subjectivité médicale, sentiments de solitude et de lutte face à des discours parfois contradictoires. Le temps d’attente allongé est vécu comme une tension où se déploient incertitudes, espoirs et parfois pensées magiques, il participe à séquencer l’investissement parental et peut devenir libérateur après un résultat rassurant. Enfin, la démarche génétique figure comme un espace pour se positionner face à l’incertitude, en tant que futurs parents de ce fœtus/bébé.
Au total, la démarche génétique en contexte d’incertitude prénatale apparaît comme une expérience ambivalente : entre ressource pour se positionner et source de vulnérabilité.
Marion DROIN-MOLLARD (Paris), Sylvain MISSONNIER, Ariane HERSON, Stéphanie STARACI, Solveig HEIDE, Stéphanie VALENCE, Anne FAUDET, Jean-Marie JOUANNIC, Anne-Marie DARRAS, Lisa FRUGÈRE, Capucine ROSSI, Jade DUCOURNEAU, Delphine HERON, Marcela GARGIULO
11:30 - 11:45
#48955 - SS085 Conséquences psychosociales du rendu de résultat monogénique ou de facteur de risque génétique chez 700 patients avec maladie d’Alzheimer dans la cohorte prospective nationale ECASCAD.
SS085 Conséquences psychosociales du rendu de résultat monogénique ou de facteur de risque génétique chez 700 patients avec maladie d’Alzheimer dans la cohorte prospective nationale ECASCAD.
La maladie d’Alzheimer (MA) est autosomique dominante dans <1% des cas, 12% pour les cas jeunes (MAJ, début ≤65 ans). Les autres ont une étiologie complexe, avec forte composante génétique. De nombreux facteurs de risque génétiques (FDR) ont été récemment identifiés, et un nombre croissant de familles peut être qualifié d’oligogénique, en présence de ≥2 FDR d’impact modéré à fort. Jusqu’en 2018, le criblage était réservé aux familles très évocatrices de formes dominantes, et sans rendu des FDR. Le statut génétique pourrait pourtant jouer un rôle clé dans la future médecine de précision. Néanmoins, si l’impact psychosocial du rendu d’APOE4, FDR le plus fréquent, a été étudié, ce n’est pas le cas des analyses complètes chez un malade.
De 2018 à 2022, l’étude prospective nationale ECASCAD a analysé une liste de gènes de MA monogénique, diagnostics différentiels et FDR certains, classés de modeste à fort par seuils d’odds ratio (faibles non rendus). L’exome était prescrit et rendu par le médecin habituel, le compte rendu comprenait : résultats monogéniques, page FDR, courrier explicatif clinicien, tableau résumé des informations à délivrer, courrier vulgarisé patient. Les patients, seuls ou accompagnés, répondaient aux questionnaires anxiété/dépression (HADS) et affects négatifs/positifs (PANAS) à l’inclusion (V1), au rendu (V2), et au suivi éventuel (V3), et un questionnaire psychosocial (V3).
Sur 700 patients inclus (40 centres, 609 MAJ, 91 MA 65-75 ans), 3% avaient une forme monogénique (POS), 69,5% ≥1 FDR modeste (FDR), 27,5% un résultat négatif (NEG). Les questionnaires étaient rendus pour 618 (V1), 315 (V2) et 151 (V3) patients. Les perdus de vue étaient non différents sauf un score de cognition MMSE plus faible à V1.
A V1, en multivarié, MMSE bas (p<0.0001), durée de la maladie (p=0.0177), et sexe masculin (p=0.0004) corrélaient avec la dépression ; haut niveau d’éducation (p=0.0154) et MMSE (p<0.0001) augmentaient les affects positifs. Entre V1 et V3, dépression et anxiété augmentaient dans tous les groupes. Les NEG avaient une hausse plus marquée d’anxiété/dépression (p<0.01) et une baisse plus marquée d’affects positifs (p<0.0001) que les POS ou FDR. Par génotype APOE, anxiété/dépression augmentaient davantage chez les APOE4- (p<0.01).
Le questionnaire psychosocial montrait une inquiétude sur la transmission aux enfants dans le groupe POS mais pas FDR ou NEG ; les POS étaient aussi plus tristes/contrariés/anxieux vis-à-vis des résultats, 4/4 POS avaient parlé des résultats à leur famille (RF : 89% RF, NEG : 87%), et 4/4 POS ont recherché de l’information. La perception de la gravité restait inchangée chez 2/4 POS, 73% RF, et 75% NEG, 2/4 des POS la jugeaient plus grave.
Cette première étude en conditions réelles chez des malades ne montre pas d’augmentation des affects négatifs liée à un facteur génétique. L’arrivée des traitements anti-amyloïdes, contre-indiqués chez les APOE4 homozygotes, pourrait modifier ces conséquences psychosociales.
Gaël NICOLAS (Rouen), Victor WANG, Antoine GIEN-BOULLOT, Cnrmaj COLLABORATEURS, Camille CHARBONNIER, David WALLON
11:45 - 12:00
#49499 - SS089 Programme d’éducation thérapeutique du patient en oncogénétique : retour d’expérience et perspectives.
SS089 Programme d’éducation thérapeutique du patient en oncogénétique : retour d’expérience et perspectives.
L’éducation thérapeutique du patient (ETP) est peu développée en oncogénétique. Pourtant, les personnes porteuses d’une prédisposition génétique au cancer doivent acquérir des compétences spécifiques : gestion d’un risque tumoral chronique, intégration d’une incertitude pronostique et adhésion durable à un protocole de surveillance.
En 2024, l’équipe d’oncogénétique du CHU de Dijon et du Centre Georges-François Leclerc a conçu PROGENE (PROgramme d’Éducation Thérapeutique pour les personnes porteuses d’une prédisposition GENEtique au cancer du sein et/ou de l’ovaire), destiné aux patientes avec antécédent de cancer et porteuses d’une variation pathogène ou probablement pathogène des gènes BRCA1, BRCA2 ou PALB2.
Le programme validé par l’ARS BFC en octobre 2024 a été mis en œuvre dès novembre 2024. Après réalisation de 11 bilans éducatifs partagés, 8 patientes ont été incluses.
Ce programme comprenait six ateliers collectifs suivis d’un entretien individuel d’évaluation :
1. Mes émotions : Prendre conscience de ses émotions et comprendre leur signification pour mieux les gérer.
2. Comprendre la génétique : Acquérir les bases pour mieux saisir le sens et l’importance de la transmission de l’information à la famille.
3. L’intérêt des examens de suivi : Mieux comprendre le suivi ainsi que les modalités des examens.
4. Le choix d’une chirurgie de réduction de risque : S’informer sur les différentes options chirurgicales, leurs bénéfices, limites et impacts sur la qualité de vie.
5. Quelles aides sociales possibles ? : Identifier les démarches et les dispositifs d’aide sociale disponibles.
6. Activité physique… adaptée : Découvrir le rôle protecteur de celle-ci et l’intégrer à son quotidien.
L’évaluation a montré :
• Un bénéfice pour les patientes sur la compréhension des enjeux médicaux et sociaux.
• La pertinence du format collectif pour le partage d’expériences.
• La valeur ajoutée de la pluridisciplinarité des intervenants.
La première session de PROGENE démontre la faisabilité et la pertinence d’un programme ETP en oncogénétique, tant pour le renforcement des compétences des patientes que pour l’amélioration de leur adhésion au suivi et la réduction de l’anxiété liée au risque tumoral.
Un second cycle de PROGENE est prévu dès 2025 avec, en réponse à la demande des patientes, un programme ETP pour les aidants. Il comportera trois séances spécifiques :
• Psychologique : analyse des impacts émotionnels et stratégies de soutien au patient.
• Aides sociales : clarification des droits et dispositifs accessibles aux aidants.
• Génétique et activité physique adaptée : compréhension des enjeux génétiques et recommandations de santé préventive.
Ces séances seront planifiées de manière synchrone avec les modules des patientes, afin d’optimiser la disponibilité et la cohérence de l’accompagnement.
A l’avenir nous envisageons l’adaptation de ce programme à d’autres prédispositions au cancer, ainsi qu’aux patients asymptomatiques porteurs de prédisposition génétique au cancer.
Amandine BAURAND, Léa PATAY, Juliette SANTENARD, Benoit MAZEL, Manon REDA, Amandine BEAUDOUIN, Théo GAUMET, Hélène SFEIR, Sophie NAMBOT (DIJON)
12:00 - 12:15
#49232 - SS087 Oubli, silence et responsabilité dans la transmission de l’information génétique dans le cercle familial.
SS087 Oubli, silence et responsabilité dans la transmission de l’information génétique dans le cercle familial.
L’annonce d’un diagnostic génétique n’est jamais perçue comme une information simplement médicale en ce qu’elle impacte non seulement la personne qui reçoit le diagnostic – et qui est susceptible de modifier sa vie – mais aussi l’ensemble de ses apparentés. Cette information est reçue différemment selon le contexte familial, relationnel, socio-culturel et le vécu personnel de la personne concernée. L’annonce ne peut être dissociée des moments de vie dans lesquels elle s’inscrit, car les configurations familiales et biographiques singulières influencent la manière dont elle est comprise, transmise — ou tue.
Dans cette communication, nous nous intéresserons à des situations particulières, faisant plus rarement l’objet d’études : celles où le diagnostic génétique survient chez des personnes qui n’ont pas de symptôme, ni de risque ultérieur pour leur propre santé, mais qui découvrent l’existence d’un risque de transmission à leur descendance à l’occasion d’un projet d’enfant, d’un parcours en assistance médicale à la procréation, d’une interruption de grossesse (spontanée ou provoquée), ou de la naissance d’un enfant malade. Ces situations concernent en général les maladies génétiques autosomiques récessives, liées à l’X ou les anomalies chromosomiques équilibrées. Contrairement aux pathologies qui peuvent s’exprimer au cours de la vie ou impliquent une surveillance médicale , transformant les individus qui connaissent leur statut en patients en devenir ; ces maladies ne deviennent saillantes qu’à l’occasion d’événements spécifiques, souvent dans un contexte procréatif.
Des entretiens anthropologiques ont été menés au CHU de Nantes auprès de 26 familles, soit 52 patients, entre 2020 et 2024.
L’analyse portera sur les multiples obstacles à la transmission intrafamiliale de l’information génétique déléguée aux patients par les professionnels: oubli ou non-dits, transmission partielle, réticences liées à la peur de blesser, à la difficulté de renouer des liens distendus, de trouver le, moment opportun, ou à l’incertitude face à ce qu’il convient de dire et à qui . En explorant ces dimensions, cette communication permettra de mieux comprendre les processus par lesquels l’information circule — ou ne circule pas — au sein des familles, de souligner le rôle particulier donné aux femmes et de montrer que le silence ou l’oubli ne relèvent pas d’un défaut individuel mais de dynamiques relationnelles complexes.
Anne-Sophie GIRAUD (Toulouse), Marie VINCENT
12:15 - 12:30
#49031 - SS086 DEFIDIAG-DS : De l’acceptabilité à l’utilité clinique : Quelles conclusions tirer de la plus grande étude française sur la gestion des données additionnelles ?
SS086 DEFIDIAG-DS : De l’acceptabilité à l’utilité clinique : Quelles conclusions tirer de la plus grande étude française sur la gestion des données additionnelles ?
Le séquençage du génome a révolutionné le diagnostic des maladies rares, mais peut révéler des données additionnelles (données incidentes (DI) ou données secondaires (DS)). Depuis la loi de Bioéthique de 2021, les DI peuvent être restituées aux patients, alors que les DS ne sont accessibles que dans le cadre de la recherche. Lors du projet DEFIDIAG (PFMG2025, génome en trio, troubles du développement intellectuel (TDI), N=2500), la recherche de DS selon la liste ACMG (v2.0, 58 gènes) était proposée via une étude ancillaire. Sur les bases de l’étude FIND, DEFIDIAG-DS avait pour objectif principal d’évaluer les attentes et représentations vis-à-vis de la recherche et du rendu des résultats de DS issus de l’analyse de génome chez des parents d’enfants atteints de TDI. En effet, afin d’éviter le rendu de DS chez les mineurs, non conforme aux principes du DPS, la recherche des DS a été proposée aux parents des cas index. Il était également attendu d’enrichir les connaissances autour de la question des DS ACMG à partir d’une large cohorte et autour de la question du choix de non-accès et changements d’avis. Pour cela, une méthodologie mixte, quantitative et qualitative (questionnaires, entretiens), et longitudinale a été déployée.
Dans 82 % des cas, les parents ont exprimé le souhait d’accéder aux DS, avec toutefois une importante hétérogénéité selon les centres (de 64 % à 97 %). Un parent sur 5 a sollicité un délai de réflexion avant de se prononcer (facteur significatif dans la prise de décision). Pour les parents interrogés n’ayant pas souhaité accéder aux DS (N=80), la principale motivation évoquée était la crainte de générer de l’inquiétude (70 %) et la majorité (68/80) a indiqué ne pas avoir été influencée dans leur décision par l’équipe médicale.
Soixante-dix DS ont été identifiée (3%). Trente-quatre parents ont été interrogés au moment du rendu (TR) et 21 un an après (T12). Plus de 90% des participants se disent satisfaits de l’annonce des résultats, perçus comme une « chance pour l’avenir ». Toutefois, 45 % ont exprimé des inquiétudes à TR, un taux qui diminue à 28 % à T12, traduisant une meilleure compréhension du suivi proposé. A un an, 19 parents sur 21 avaient adapté leur parcours de soins en accord avec les recommandations des spécialistes. Par ailleurs, les familles ont bien saisi l’importance de partager cette information avec leurs proches (15/18).
DEFIDIAG-DS confirme que l’accès aux DS est accepté dans les mêmes proportions lorsqu’il est proposé aux parents plutôt qu’au cas-index. Toutefois, sa mise en œuvre concrète demeure complexe et soulève des questions d’équité. L’annonce d’une DS, bien que jamais anodine, n’occasionne pas d’effets indésirables majeurs et est globalement bien vécue, à condition d’un accompagnement en amont comme en aval en cas de besoin. Ces résultats vont contribuer à alimenter la réflexion éthique sur l’intégration des DS dans le cadre d’un test génétique à visée diagnostique et à définir les bonnes pratiques.
Eléonore VIORA-DUPONT (Dijon), Bénédicte GERARD, Nicolas MEUNIER-BEILLARD, Marion BOUCTOT, Marie-Laure ASENSIO, Anne-Sophie BRIFFAUT, Christel THAUVIN, Christophe PHILIPPE, Léa GAUDILLAT, Sylvie ODENT, Chloé FOURNIER, Dominique BONNEAU, Didier LACOMBE, Nawel HAIRECH, Manon LAURENT, Roseline CAUMES, Antoine WYREBSKI, Patrick EDERY, Nicolas CHATRON, Damien SANLAVILLE, Sabine SIGAUDY, Audrey MALLET, Emilie CONSOLINO, David GENEVIEVE, Emmanuelle HAQUET, Bertrand ISIDOR, Laura GUYON, Gael NICOLAS, Pascale SAUGIER-VEBER, Delphine GONDE, Caroline GUEGAN, Julien THEVENON, Marjolaine GAUTHIER, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Anne FAUDET, Salima EL CHEHADEH, Laurine TEMPE, Claire KASTNER, Caroline SCHULTH-BOLARD, Jean-François DELEUZE, Perrine MOULINIE, Consortium DEFIDIAG-DS, Sarah CARVALLO, Marcela GARGIULO, Catherine LEJEUNE, Hélène DOLLFUS, Christelle DELMAS, Françoise ROBERT, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE
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INDD33
ATELIER DEJEUNER ILLUMINA
La multiomique au service des laboratoires de demain
ATELIER DEJEUNER ILLUMINA
La multiomique au service des laboratoires de demain
12:40 - 13:40
Introduction.
Virginie BROS-FACER (Associate Director) (Intervenant, Paris)
12:40 - 13:40
Retour d'experience de la méthylation par NGS aux Hospices Civils de Lyon.
Léa PAYEN-GAY (Professeur) (Intervenant, LYON)
12:40 - 13:40
Les perspectives de l’étude non invasive du génome fœtal.
Juliette NECTOUX (PH) (Intervenant, paris), Damien SANLAVILLE (PUPH) (Intervenant, LYON)
12:40 - 13:40
Constellation: Achieve long-range genomic insights with ease.
Louise FRASER
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INDF33
ATELIER DEJEUNER TWIST BIOSCIENCE
Exploitez tout le potentiel de vos échantillons : Avec le séquençage nouvelle génération de Twist Bioscience
ATELIER DEJEUNER TWIST BIOSCIENCE
Exploitez tout le potentiel de vos échantillons : Avec le séquençage nouvelle génération de Twist Bioscience
12:40 - 13:40
Exploitez tout le potentiel de vos échantillons avec le séquençage nouvelle génération de Twist Bioscience.
Yann MERLET (Intervenant, Toulouse)
12:40 - 13:40
Vers une prise en charge personnalisée après traitement curatif : validité d’un test NGS ctDNA-MRD dans les cancers pulmonaires et colorectal.
Agnès BOURILLON (Ingénieur) (Intervenant, Villejuif)
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Utilisation de l’exome Twist en diagnostic clinique.
Cindy BADOER
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INDG33
ATELIER DEJEUNER RHYTHM PHARMACEUTICALS
Génétique de l’obésité : des innovations pour un diagnostic et une prise en charge précoces
ATELIER DEJEUNER RHYTHM PHARMACEUTICALS
Génétique de l’obésité : des innovations pour un diagnostic et une prise en charge précoces
Modérateurs :
Didier LACOMBE (PU-PH) (Bordeaux), Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg)
12:40 - 13:40
Intérêt d’une prise en charge multidisciplinaire et précoce des enfants avec un déficit en LEPR.
Patricia PIGEON KHERCHICHE (Praticien hospitalier) (Intervenant, SAINT DENIS DE LA REUNION, Réunion)
12:40 - 13:40
L'importance de l'analyse fonctionnelle : exemple cas homozygote LEPR.
Louis LEBRETON (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Bordeaux)
12:40 - 13:40
Cohorte Réunionnaise de patients avec un Syndrome de Bardet-Biedl et effet fondateur.
Fanny FERROUL (Assistante-Spécialiste) (Intervenant, La Réunion)
12:40 - 13:40
Apport de l’IA pour le diagnostic clinique des patients avec un syndrome de Bardet-Biedl.
Medhi EL ALAOUA (Doctorant) (Intervenant, Strasbourg)
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PAUSE CAFE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
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14:00-15:30
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A35
COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES 2
COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES 2
Modérateurs :
Stanislas LYONNET (Directeur) (PARIS), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
14:00 - 14:15
#49235 - PL007 COBT : un burden test pour l’identification de gènes présentant un excès de variants rares dans des études cliniques sans cohorte témoin, à partir de données génétiques publiques.
PL007 COBT : un burden test pour l’identification de gènes présentant un excès de variants rares dans des études cliniques sans cohorte témoin, à partir de données génétiques publiques.
Les quelque 4 000 maladies génétiques rares connues touchent environ 1 personne sur 16. Pourtant, près de 50 % des patients atteints de maladies mendéliennes restent sans diagnostic après séquençage de leur génome. Cette difficulté s’explique par la petite taille des cohortes et par l’hétérogénéité clinique et génétique de ces pathologies, qui compliquent l’association entre un génotype et son phénotype. Les méthodes de type burden test appliquées aux variants rares permettent d’augmenter la puissance statistique des études cas-témoins : plutôt que d’évaluer chaque variant isolément, elles comparent l’accumulation de variants délétères dans un même gène ou une région d’intérêt dans la cohorte de patients par rapport à la cohorte témoin. Cependant, leur application dans les études cliniques sur les maladies rares est souvent limitée par l’absence de cohortes témoins appariées, en particulier dans les études rétrospectives. Pour pallier cette contrainte, des approches d’agrégation de variants en absence de témoins ont récemment été proposées (TRAPD, CoCoRV). Celles-ci utilisent des bases de données publiques comme gnomAD pour estimer la proportion d’individus porteurs de variants délétères dans la population générale et la comparent à celle de la cohorte de patients selon des modèles de transmission dominante ou récessive. Toutefois, ces méthodes ne constituent pas des burden tests au sens strict : ils ne prennent pas en compte les effets additifs de plusieurs variants dans un même gène, les variants hypomorphes (réduisant partiellement la fonction d’une protéine) ou les modes de transmission hétérogènes. Nous avons donc développé COBT (Case-Only Burden Test) qui est un burden test conçu spécifiquement pour les cohortes sans témoins appariés. La méthode prend en compte l’accumulation de variants par patient et par gène et leurs potentiels effets additifs. Elle repose sur un modèle de Poisson et teste l’excès de variants observés dans un gène par rapport au taux de mutation attendu pour ce gène dans la population générale, estimé à partir de bases de données de référence. Les hypothèses et la qualité de l’ajustement du modèle ont été validés sur une cohorte de référence issue du projet 1000 Génomes (individus supposés sains) sur laquelle COBT a montré un faible taux de faux positifs et a surpassé les autres tests case-only. Appliqué à une cohorte hétérogène de 478 patients atteints de diverses ciliopathies, COBT a permis de réidentifier les gènes causaux connus chez une partie des patients et de proposer de nouveaux gènes candidats chez des cas restés non résolus, ouvrant ainsi de nouvelles pistes diagnostiques et de recherche. COBT constitue donc un outil performant pour l’identification de gènes impliqués dans les maladies rares dans les cohortes de patients sans témoins appariés. La méthode est librement téléchargeable sur Github : https://github.com/RausellLab/COBT ; et un preprint est disponible sur medRxiv : https://tinyurl.com/nxc77ew9.
Antoine FAVIER (PARIS), Stefania CHOUNTA, Alejandro GARCIA, Fabienne JABOT-HANIN, Xiaoyi CHEN, Nicolas GARCELON, Anita BURGUN, Manuel HIGUERAS, Agathe GUILLOUX, Alexandre BENMERAH, Yoann MARTIN, Katy BILLOT, Jean-Michel ROZET, Isabelle PERRAULT, Valérie CORMIER-DAIRE, Céline HUBER, Mohamad ZAIDAN, Tania ATTIE-BITACH, Sophie SAUNIER, Antonio RAUSELL
14:15 - 14:30
#49260 - PL008 Variants perte de fonction d'ADAMTS6: nouveau Syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm and Neuro developmental).
PL008 Variants perte de fonction d'ADAMTS6: nouveau Syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm and Neuro developmental).
Objectif :
Le syndrome de Marfan (MS), le syndrome de Loeys-Dietz (LDS) et les anévrismes/dissections héréditaires de l’aorte thoracique (hTAAD) sont des maladies du tissu conjonctif, autosomiques dominantes, présentant des manifestations cliniques qui se chevauchent et une hétérogénéité moléculaire. Bien que de nombreux cas soient liés à des variants pathogènes dans des gènes affectant la structure de la matrice extracellulaire (MEC) ou la voie de signalisation TGFβ, une proportion importante des hTAAD demeure inexpliquée. Cette étude avait pour objectif d’identifier de nouvelles causes génétiques de maladies aortiques syndromiques ou isolées, et d’en caractériser les conséquences moléculaires et cliniques.
Méthodes :
Nous avons réalisé un séquençage d’exome et de génome complets dans une cohorte française de patients atteints de hTAAD syndromiques ou isolés. Des analyses fonctionnelles – incluant l’expression, la sécrétion et l’intégration dans la MEC des protéines étudiées – ont été menées dans des systèmes cellulaires. Des fibroblastes dérivés de patients ainsi que des souris déficientes pour Adamts6 ont été utilisés pour évaluer in vivo les effets des variants candidats. Les perturbations des voies de signalisation en aval ont été étudiées par des tests fonctionnels dédiés.
Résultats :
Des variants délétères rares de ADAMTS6 ont été identifiés chez quatre individus non apparentés présentant une atteinte vasculaire syndromique ou isolée. Ces variants altéraient la sécrétion ou l’activité enzymatique d’ADAMTS6, entraînant un défaut de maturation de la fibrilline-1 (FBN1) et de la fibrilline-2 (FBN2), une accumulation anormale de MEC et une désorganisation des microfibrilles. Un variant faux-sens spécifique, p.(Leu814Arg), perturbait en outre les voies Hippo et TGFβ et affectait l’adhésion cellulaire. Les fibroblastes dérivés des patients ainsi que les souris déficientes pour Adamts6 reproduisaient les principales caractéristiques de la maladie, confirmant le rôle causal de la perte de fonction d’ADAMTS6. Le spectre clinique allait d’une atteinte multisystémique précoce avec atteintes cardiovasculaire, squelettique, craniofaciale et neurodéveloppementale, jusqu’à des formes adultes isolées de hTAAD.
Conclusion :
Nos résultats démontrent que la déficience en ADAMTS6 est responsable d’une nouvelle maladie du tissu conjonctif, que nous proposons de nommer le syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm, and Neurodevelopmental Syndrome). Cette découverte élargit le spectre des maladies liées aux ADAMTS et souligne le rôle essentiel d’ADAMTS6 dans l’intégrité de la MEC et l’homéostasie vasculaire.
Pauline ARNAUD, Julia HUGUET HERRERO, Angelique BIBIMBOU, Deborah SEIFERT, Zakaria MOUGIN, Louise BENARROCH, Caroline MICHOT, Yline CAPRI, Lyse RUAUD, Sophie DUPUIS GIROD, Alexandre GUILHEM, Constance BEYER, Fanny BAJOLLE, Olivier MILLERON, Guillaume JONDEAU, Nadine HANNA, Dieter REINHARDT, Dianna MILLEWICZ, Catherine BOILEAU, Melodie AUBART, Timothy J. MEAD, Carine LE GOFF (PARIS)
14:30 - 14:45
#49594 - PL009 Projet DIVA (Deep Intronic Variant Analysis) : étude rétrospective des variants introniques profonds dans la prédisposition au cancer chez 2 671 patients.
PL009 Projet DIVA (Deep Intronic Variant Analysis) : étude rétrospective des variants introniques profonds dans la prédisposition au cancer chez 2 671 patients.
Le diagnostic des prédispositions aux cancers repose sur le séquençage haut débit des régions codantes et jonctions exon-intron, généralement sans capturer les régions introniques profondes. Notre panel optimisé comble cette lacune incluant les régions introniques accessibles par séquençage short-read des gènes APC, BMPR1A, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4, STK11 et TP53. Le projet DIVA consiste en une analyse rétrospective des données NGS de 2 671 patients négatifs afin d'identifier les VP introniques.
Les fichiers vcf ont été générés par Haplotype Caller et les prédictions d’épissage modélisées par les outils SPiP et SpliceAI (fenêtre de 150 pb). Celles-ci ont été considérées positives devant un delta score SpliceAI >0,2, ou un delta score >0,1 associé à une prédiction positive de SPiP. Nous avons exclu les variants avec une fraction allélique inférieure à 30%, une profondeur de lecture inférieure à 30X, une MAF supérieure à 2 % (popMax gnomAD v2.1.1) et les variants exoniques ou situés dans les régions flanquantes +/- 50 pb.
Dans cette série consécutive de 2671 patients, 47 467 variants rares ont été détectés et annotés permettant d’identifier 340 variants avec prédiction d’effet sur l’épissage (0,7 %). Quarante pour cent sont des variants introniques profonds (DIV) (136/340) ignorés en diagnostic de routine, car situés à plus de 50 pb des jonctions exon-intron. Nous nous sommes focalisés sur ces 136 DIV correspondant à 78 DIV uniques. Nous avons éliminé 14 DIV situés dans POLE et POLD1 car seuls les variants faux-sens du domaine exonucléase sont liés au risque de polypose adénomateuse, 11 DIV à cause d’une fréquence allélique trop élevée (> 0.001) par rapport à la pathologie et 3 DIV jugés bénins ou probablement bénins dans ClinVar. Une sélection des DIV avec les probabilités d’altération les plus élevées, notamment par création d’un pseudo-exon, a défini les 22 candidats à l’analyse ARN. A ce jour, l’analyse par RT-PCR-Sanger avec ou sans RNAseq conclut à l’absence d’effet pour 2 DIV dans les gènes MSH6 et STK11 ; mais confirme la création de 6 pseudo-exons : 2 précédemment décrits dans ClinVar dans les gènes MSH2 et APC, et 4 nouveaux dans les gènes APC, MSH6 et TP53. Ces 6 DIV sont désormais classés pathogènes et utilisés au titre du conseil génétique. De façon remarquable, ils ont tous été identifiés chez des patients présentant des formes typiques de prédisposition au cancer.
DIVA a permis de lever l’errance diagnostique dans 6 familles françaises, avec des perspectives prometteuses pour les porteurs d’un DIV candidat. Cette étude confirme l’importance de l’exploration des régions restées inexplorées dans les gènes majeurs de prédisposition au cancer, dans les présentations cliniques typiques. Dans notre laboratoire, tous les patients bénéficient désormais de l’analyse prospective des DIV via notre panel optimisé et le séquençage long-read en développement pourrait constituer une alternative.
Julie AMIOT (Rouen), Sophie COUTANT, Edwige KASPER, Jacques MAUILLON, Nathalie PARODI, Isabelle TENNEVET, Maud BRANCHAUD, Pascaline BERTHET, Emilie MARTINEAU, Virginie BUBIEN, Marie COUDERT, Antoine DARDENNE, Olivier INGSTER, Clémentine LEGRAND, Marie-Emmanuelle MORIN-MESCHIN, Marc PLANES, Julie TINAT, David TOUGERON, Appoline NABI, Gwendoline LIENARD, Stéphanie VASSEUR, Olivier QUENEZ, Jean-Christophe THERY, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT
14:45 - 15:00
#49740 - PL010 La recombinaison homologue : une voie à la croisée des phénotypes.
PL010 La recombinaison homologue : une voie à la croisée des phénotypes.
Les ovocytes sont particulièrement vulnérables aux dommages de l’ADN. Les cassures double brin (CDB) de l’ADN représentent les lésions les plus délétères, dont la réparation repose entre autres sur la recombinaison homologue (RH). Cette dernière est également essentielle en méiose. La RH méiotique permet ainsi la réparation des CDB programmées générées afin de former les crossing-over, indispensables à une ségrégation correcte des chromosomes homologues et au brassage génétique. Un défaut de RH est responsable d’une incapacité à former ces crossing-over et impacte directement la poursuite de la gamétogénèse.
De nombreux gènes de la RH ont de ce fait été associés à des arrêts méiotiques, responsables d’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) ou d’azoospermie non obstructive (ANO) (e.g. MEIOB, SPATA22). Certains autres gènes n’ont cependant pas encore été impliqués dans la survenue d’une infertilité humaine (e.g. IHO1, MEI4). Dans ce contexte, nous avons identifié SWSAP1 comme nouveau gène responsable d’IOP. Composant du complexe Shu, il participe à la régulation du recrutement de RAD51 et DMC1 lors de la formation du filament nucléoprotéique. Un test fonctionnel de type InterHomolog-Homologous Recombination (IH-HR) permis de valider l’impact délétère sur la RH méiotique d’un variant frameshift homozygote de SWSAP1 mis en évidence chez une patiente présentant une IOP sévère isolée. Ses partenaires ZSWIM7 et SPIDR avaient quant à eux déjà été impliqués dans l’IOP et/ou l’ANO. Le complexe Shu (SWS1-SWSAP1-SPIDR) présente ainsi une spécialisation fonctionnelle dans la méiose, se distinguant d’autres facteurs de la RH.
En effet, certains gènes de la RH, tels que BRCA1, BRCA2, ou RAD51, ne sont pas exclusivement méiotiques. Initialement décrits dans la prédisposition aux cancers notamment du sein et de l’ovaire, ils apparaissent également impliqués dans l’IOP via notamment des variants hypomorphes. Nous rapportons des variants pathogènes ou de signification incertaine observés dans certains de ces gènes de prédisposition, chez des patientes présentant une IOP, sans antécédent de cancer (e.g. BRCA1, BRIP1). La mutualisation de certains tests fonctionnels pourrait permettre d’évaluer à la fois le risque de prédisposition tumorale et l’impact sur la fertilité féminine.
Enfin, des défauts de la RH sont impliqués dans d’autres phénotypes d’infertilité. Certains gènes de la RH entraînent des défauts de maturation ovocytaire, de fécondation ou de développement embryonnaire précoce (OZEMA) (REC114), ou môles hydatiformes récurrentes (MEI1), en cas de variants chez les femmes. Nous rapportons par ailleurs deux variants d’épissage de SYCP3 mis en évidence chez des patientes avec IOP, ce gène étant classiquement associé à la survenue de fausses couches précoces à répétition ou d’ANO.
Ainsi, la RH constitue une voie centrale dans la fertilité féminine et masculine et est impliquée dans un spectre élargi de phénotypes reproductifs.
Anna LOKCHINE (Rennes), Fang ZHANG, Laurence CLUZEAU, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Julie MENJARD, Sarah BOUÉE, Laura MARY, Erika LAUNAY, Clara HOUDAYER, Bénédicte NOUYOU, Annabelle ESVANT, Linda AKLOUL, Christèle DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Solène DUROS, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Sylvie ODENT, Vincent LAVOUÉ, Maria JASIN, Sylvie JAILLARD
15:00 - 15:15
#49744 - PL011 Vingt ans après la création du métier de conseiller en génétique (CG) en France, une enquête dresse un état des lieux de leur exercice en dehors des services de génétique et explore les modalités de cette pratique émergente.
PL011 Vingt ans après la création du métier de conseiller en génétique (CG) en France, une enquête dresse un état des lieux de leur exercice en dehors des services de génétique et explore les modalités de cette pratique émergente.
Suite à la création en 2004 du métier de CG en France, leur nombre n’a cessé d’augmenter comme le nombre d’équipes dans lesquelles ils travaillent.
En juin 2025, un questionnaire a été diffusé auprès de la communauté des CG, des centres de référence pour maladies rares (CRMR), des généticiens biologistes (GB) et des cliniciens (GC), ainsi que des médecins spécialistes d’organes (SO) susceptibles d’être concernés. Les objectifs étaient doubles : i) faire un état des lieux des CG exerçant en dehors d’un service de génétique ii) évaluer la collaboration des CG avec les différentes spécialités médicales et la perception de leurs rôles dans les équipes.
Au total, 146 personnes ont complété le questionnaire : 51% des répondants sont des CG, 15% des SO, 29% des GC, 5% des GB. 73% des répondants ont déclaré travailler en CHU, 6% en CLCC et 11% dans des CRMR. Parmi les répondants, 55% travaillent dans le domaine des maladies rares et 21% en oncogénétique.
Sur les 74 CG ayant répondu au questionnaire, 12 ont déclaré travailler en dehors d’un service de génétique, 7 en CHU, 4 en CRMR, 1 dans un autre établissement public. A titre de comparaison, un seul CG exerçant hors d’un service de génétique médicale était répertorié en 2015.
La pratique professionnelle de ces 12 CG reste sous la supervision d’un médecin généticien pour 8 d’entre eux, et 3 des 11 SO travaillant avec un CG dans leur service ont déclaré le superviser eux-mêmes.
La quasi-totalité des CG exerçant en dehors d’un service de génétique ont déclaré assurer seul l’activité de consultation avec une préparation en amont des dossiers en RCP.
8 GC sur 13 qui supervisent au moins un CG estiment que la validation systématique des compte-rendus est une activité chronophage.
La place des CG en tant qu’intermédiaires entre les services SO et les laboratoires de génétique est évaluée comme facilitant l’interaction prescripteur/laboratoire : gain de temps dans les prescriptions (pour 94% des SO concernés) et amélioration de la qualité des prescriptions émanant des SO (constatée par 75% des GB concernés).
L’accès à une consultation de génétique est évalué comme insuffisant puisque 100% des SO qui ne travaillent pas avec un CG souhaitent augmenter le nombre d’analyses génétiques et 40% déclarent envisager de recruter un CG.
En conclusion, ce travail a permis de mettre en évidence l’augmentation du recours aux CG par les SO pour développer leur activité de génétique. Les généticiens biologistes en charge des analyses prescrites par ces duo SO/CG semblent satisfaits de la qualité des dossiers adressés. Les CG restent très souvent supervisés par un GC dont le rôle ne semble pas toujours bien défini, puisque certains SO déclarent encadrer eux-mêmes leurs collaborateurs CG.
Alexia LANTRÈS (Clichy), Antoine DE PAUW, Solene CHEN, Ali ALLOUCH, Louis DE MESTIER, Marie-Charlotte VILLY, Alexia FOURNIER, Olivier INGSTER, Paul VILQUIN, Agathe HERCENT, Anne-Laure VEDIE
15:15 - 15:30
#49774 - PL012 Rôle d’une isopeptidase de déSUMOylation dans l’étiologie d’un nouveau syndrome de type SLA.
PL012 Rôle d’une isopeptidase de déSUMOylation dans l’étiologie d’un nouveau syndrome de type SLA.
Contexte :
La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative sévère affectant principalement les motoneurones, avec une forte composante génétique. Malgré l’identification de plus de 40 gènes associés à la SLA, de nombreux patients demeurent sans diagnostic moléculaire, soulignant la complexité des mécanismes impliqués et la nécessité d’identifier de nouveaux contributeurs génétiques.
Méthodes et Résultats :
Le séquençage d’exome (WES) réalisé chez des patients atteints d’un syndrome de type SLA sans diagnostic génétique a permis d’identifier six variants récessifs distincts de DESI1 (DeSUMOylating Isopeptidase 1) chez sept patients issus de six familles indépendantes. DESI1 est une désumoylase fonctionnant sous forme de dimère, dotée d’un domaine catalytique PPPDE avec une dyade histidine–cystéine conservée, et possédant un signal d’export nucléaire (NES) essentiel à sa fonction. Les analyses fonctionnelles ont été réalisées à partir de fibroblastes dérivés de patients, de lignées neuronales DESI1-deficientes, ainsi que de constructions mutantes exprimées dans des cellules HEK293T.
Les variants mutants de DESI1 produisent des protéines tronquées, instables et rapidement dégradées, conduisant à une perte de fonction. Les modélisations structurales prédisent une altération de la dimérisation ainsi que la perte du résidu cystéine catalytique. Les expériences de co-immunoprécipitation confirment une interaction défectueuse avec BZEL, unique substrat connu de DESI1, et révèlent une accumulation anormale de conjugats SUMO-BZEL, indiquant un défaut de déSUMOylation. Par ailleurs, les cellules déficientes en DESI1 présentent un défaut d’export nucléaire associé à une accumulation de protéines polyubiquitinylées, marqueur classique de la SLA.
Conclusion : Nos résultats établissent DESI1 variants comme une nouvelle cause génétique de syndrome SLA-like et soulignent l’implication de la désumoylation et de la protéostase dans la pathogenèse. DESI1 doit être considéré comme gène candidat dans les cas de SLA non résolus et constitue une cible prometteuse pour de nouvelles stratégies neuroprotectrices.
Financements : Ce travail est soutenu par TÜBİTAK-ARDEB 1001 (Turquie, NEB) et par une bourse postdoctorale AFM-Téléthon (France, NN).
Nasrinsadat NABAVIZADEH, Seyide Ecesu UYGUR, Şahin AVCI, Hülya KAYSERILI, Piraye OFLAZER, Henry HOULDEN, Reza MAROOFIAN, Nathalie ESCANDE-BEILLARD (Istanbul, Turquie)
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A36
CONFERENCE INVITEE 2
CRISPR
CONFERENCE INVITEE 2
CRISPR
Modérateur :
Frederique MAGDINIER (Directrice) (Marseille)
15:30 - 16:00
Thérapies par CRISPR-Cas9.
Mario AMENDOLA (Directeur de recherche) (Conférencier, evry)
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A39
CONFERENCE INVITEE 3
Paléogénomique
CONFERENCE INVITEE 3
Paléogénomique
Modérateur :
Emmanuelle GENIN (Directrice de Recherches) (BREST)
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Les voyages dans le temps de l'ADN ancien : A la recherche de notre passé moléculaire grâce à l'archéologie génomique.
Ludovic ORLANDO (Conférencier, Toulouse)
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PAUSE-VISITE DES STANDS & EPOSTERS-SESSION4 POSTERS AFFICHES
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KF4
Session 4 - Posters affichés en présence des auteurs
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16:30 - 17:30
#49222 - P004 Rendement diagnostique de l’exome prénatal dans les retards de croissance intra-utérin : Etude rétrospective au CPDPN de Toulouse.
P004 Rendement diagnostique de l’exome prénatal dans les retards de croissance intra-utérin : Etude rétrospective au CPDPN de Toulouse.
Objectif : Le retard de croissance intra-utérin (RCIU) représente un défi de diagnostic et de prise en charge en médecine prénatale. Les définitions et critères du RCIU varient selon les sociétés savantes internationales (SMFM, ISUOG, CNGOF). Les étiologies sont multiples, parmi lesquelles les causes génétiques, infectieuses ou placentaires occupent une place prépondérante. L’objectif de ce travail est de déterminer si un test invasif doit être systématiquement proposé en cas de RCIU.
Méthodes : Nous avons mené une étude descriptive rétrospective sur 2 ans au Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal de Toulouse (CPDPN) pour les années 2022 et 2023. Parmi 2879 dossiers discutés et après application des critères d’exclusion, 159 dossiers de RCIU ont été analysés.
Résultats : Notre étude montre un rendement diagnostique de 17 % pour les syndromes génétiques dans l’ensemble des cas de RCIU, et un rendement de 10 % dans les cas de RCIU isolé avec signes vasculaires. L’âge gestationnel moyen de détection du RCIU était de 23,75 semaines d’aménorrhées. Les données échographiques ont révélé des signes vasculaires dans 57,4 % des cas, ainsi que des anomalies de la quantité de liquide amniotique, avec 11 % d’oligohydramnios. Un prélèvement invasif à visée génétique a été réalisé dans 56,3 % des cas, avec des résultats concluants dans 22,5 %, incluant des diagnostics chromosomiques ou génétiques. Lorsque le RCIU était lié à une cause placentaire, il s’agissait le plus souvent d’une malperfusion vasculaire maternelle chronique (71,6 %). À la naissance, 35,3 % des nouveau-nés présentaient un périmètre crânien inférieur au 3e percentile.
Après réévaluation postnatale, 50 % des cas de RCIU ont été attribués à une cause placentaire, 30 % à une cause génétique (dont 41 % avaient un bilan génétique prénatal négatif, et pour 14,6 % aucun prélèvement n’a été réalisé). Enfin, 13,4 % des cas de RCIU demeurent inexpliqués.
Conclusion : Nos résultats confirment l’intérêt du séquençage de l’exome en cas de RCIU diagnostiqué avant le troisième trimestre, qu’il soit isolé ou non, avec un périmètre crânien inférieur au 3e percentile ou conservé, même en présence d’un profil clinico-biologique vasculaire.
Maud LANGEOIS (TOULOUSE), Charlotte DUBUCS
16:30 - 17:30
#49421 - P008 Quand deux maladies génétiques s’invitent dans un projet parental : bilan des demandes de diagnostic pré-implantatoire au CHU de Montpellier.
P008 Quand deux maladies génétiques s’invitent dans un projet parental : bilan des demandes de diagnostic pré-implantatoire au CHU de Montpellier.
Le diagnostic pré-implantatoire (DPI) s’adresse aux couples ainsi qu’aux femmes seules, à risque de transmettre une affection génétique grave à leur descendance. La majorité des demandes de DPI concerne une seule maladie ; toutefois, dans de rares situations, deux maladies génétiques coexistent chez les personnes sollicitant cette prise en charge. Ces cas exceptionnels représentent des défis à la fois techniques -liés à l’analyse simultanée de 2 gènes distincts-, et cliniques, du fait du faible nombre d’embryons potentiellement transférables et donc de la diminution des chances de grossesse.
Nous rapportons les demandes de DPI pour deux maladies monogéniques adressées au CHU de Montpellier depuis 2002. Au total, 29 demandes ont été enregistrées, représentant environ 1% de l’ensemble des demandes de DPI en génétique moléculaire. Parmi elles, 18 n’ont pas été acceptées pour différents motifs (mauvais bilan de réserve ovarienne, couples perdus de vue ou ayant changé d’avis, et grossesse spontanée entre autres). Les 11 autres couples ont bénéficié d’une étude génétique préalable avant tout DPI et de la mise au point d’un protocole à partir d’une très faible quantité d’ADN. Ces couples étaient porteurs soit de 2 maladies autosomiques récessives, soit de 2 maladies autosomiques dominantes, correspondant à un taux théorique d’embryons transférables de 56% et 25%, respectivement.
L’approche technique toujours majoritairement utilisée en France pour le DPI moléculaire repose sur l’étude combinée des variants pathogènes et de marqueurs microsatellites situés à proximité des gènes d’intérêt, par analyse de fragments. Selon les cas et les contraintes d’amplification, une PCR multiplex a été réalisée soit à partir d’une cellule prélevée sur des embryons au 3ème jour de développement, soit à partir de quelques cellules prélevées sur des embryons de 5 ou 6 jours. Dans certaines situations, le recours à l’amplification totale du génome par la technique MDA (multiple displacement amplification) s’est avéré nécessaire.
Au total, 19 cycles de stimulation ovarienne ont été initiés chez 7 couples, conduisant à 13 transferts embryonnaires. Quatre enfants sont nés à ce jour et une grossesse est en cours.
Pour les couples présentant un risque de transmission de 2 maladies génétiques, le DPI représente une option pertinente, permettant d’éviter des interruptions médicales de grossesse répétées. Néanmoins, sa mise en œuvre demeure complexe sur le plan technique.
Victoria AYRAULT (Montpellier), Stéphanie PLAZA, Sandie MEREUZE, Garance VERRIERE, Claire CHAUVEAU, Emmanuelle HAQUET, Marjolaine WILLEMS, Margaux ANAV, Tal ANAHORY, Aliya ISHMUKHAMETOVA, Anne GIRARDET
16:30 - 17:30
#49606 - P012 Etude rétrospective unicentrique sur le séquençage de génome chez des individus ayant présenté des signes d’appel échographiques en période anténatale.
P012 Etude rétrospective unicentrique sur le séquençage de génome chez des individus ayant présenté des signes d’appel échographiques en période anténatale.
Introduction : Les malformations congénitales concernent 2 à 3 % des grossesses et sont une cause majeure de morbi-mortalité périnatale. L’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) ainsi que le séquençage d’exome (ES) font maintenant partie intégrante des outils diagnostiques des causes génétiques de ces malformations en période anténatale. Cependant, ces deux techniques comportent des limites à la détection de certaines variations. Le séquençage de génome (GS) a la capacité de détecter les variations de structure ainsi que les variations nucléotidiques de l’ensemble du génome. Dans cette étude, nous avons souhaité déterminer le rendement diagnostique du GS chez des individus ayant présenté au moins un signe d’appel échographique (SAE) pendant la grossesse qui a ou aurait pu justifier d’un prélèvement anténatal invasif, établir la plus-value du GS par rapport au ES et discuter des avantages et limites du GS.
Matériels et méthodes : Entre novembre 2020 et mars 2025, 1238 individus ont été inclus par les praticiens strasbourgeois dans l’une des 65 pré-indications « Maladies Rares » du Plan France Médecine Génomique et ont bénéficié d’un GS dans le laboratoire AURAGEN. Nous avons fait une revue de 564 dossiers génétiques et obstétricaux issus de 15 pré-indications dont les pathologies peuvent se manifester en période anténatale. Ainsi, 139 individus ont été inclus dans l’étude du fait de la présence d’un SAE pouvant justifier d’un ES selon le groupe de travail de l’Association Française de Génétique Clinique et dont le résultat du GS était disponible.
Résultats : Le GS est revenu conclusif pour 41 individus soit 29,5 % de la cohorte. Le rendement diagnostique du GS dépend des cadres diagnostiques allant de 0 à 50 % (39 % dans les anomalies cardiaques, 21 % dans les syndromes polymalformatifs et 0% pour les anomalies des membres par exemple. Pour 48 individus, des données cliniques postnatales ou autopsiques ont permis de compléter le phénotype aidant à l’interprétation des données moléculaires. Un ES avait été réalisé chez 26 individus avant celui du génome dont 10 en période anténatale. Le GS a été conclusif pour 5 individus à exome anténatal non conclusif et 3 individus à exome postnatal non conclusif. Les variations non vues en ES étaient des variations du nombre de copies de petites tailles incluant un seul exon, des variations introniques profondes ou encore des variations non présentes dans le design de l’exome et donc non séquencées.
Discussion : Notre étude a permis de montrer l’intérêt du GS en cas de détection d’un SAE avec un rendement diagnostique proche de 30 % et la mise en évidence de variations non détectables par ACPA et ES. Les données cliniques postnatales ainsi que les investigations complémentaires nécessaires sur certaines variations ont été déterminantes pour obtenir ce rendement. Il sera intéressant de comparer ces résultats à une étude prospective employant le GS en première intention devant des malformations fœtales.
Aurélie GOURONC, Consortium AURAGEN, Benjamin DURAND, Salima EL CHEHADEH, Anne-Sophie WEINGERTNER, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Elise SCHAEFER (Strasbourg)
16:30 - 17:30
#49710 - P016 Analyse d’une cohorte française rétrospective de 1000 exomes en prénatal : principales indications, rendements et leçons à retenir.
P016 Analyse d’une cohorte française rétrospective de 1000 exomes en prénatal : principales indications, rendements et leçons à retenir.
Introduction : Une cohorte de 1000 cas d’exomes prénataux consécutifs analysés au laboratoire Eurofins Biomnis entre 2023 et 2024 a été constituée à partir d’un recrutement issu de 15 centres hospitaliers français. Les objectifs de cette cohorte sont 1) d’analyser les pratiques de prescription 2) d’évaluer les rendements par indication 3) de proposer des axes d’amélioration pour sa prescription et sa réalisation.
Méthode : Les prescriptions sont préalablement validées par un CPDPN. L’analyse est réalisée majoritairement en trio, avec double lecture biologique, dans un délai de 3 semaines. Le compte rendu est produit après discussion clinico biologique avec le généticien clinicien. Seuls les variants de classe 4 ou 5 sont mentionnés sur le compte rendu d’exome.
Résultats : Le taux diagnostique observé sur cette cohorte est de 23 % (225 diagnostics). Les variants de classe 3 difficiles d’interprétation (classe 3+) représentent environ 3,5 % des cas et les données incidentes, actionnables ou pour le conseil génétique, communiquées aux parents, représentent 6,3% des dossiers.
Le terme médian au moment de la validation du compte rendu est de 31 semaines d’aménorrhée. Dans 3/4 des cas avec données disponibles, l’ACPA a été réalisée préalablement à l’exome. Dans notre cohorte totale, un CNV pathogène a été observé dans 20 cas dont des délétions de petite taille non détectables par l’ACPA. Une disomie uniparentale a été observée dans 2 cas.
Parmi les 212 diagnostics hors CNV, une pathologie autosomique dominante est retrouvée dans 70% des cas, avec un variant de novo dans 82% ou transmise par un parent dans 18% des cas (par exemple, SOS1, DCC ou ZEB2).
Concernant le rendement diagnostique, les maladies osseuses présentent le taux le plus important (75%) puis les anomalies de la face, du rein et du SNC avec un taux > 40%. Concernant les signes les plus courants (HCN, RCIU, hydramnios, anomalie du corps calleux) le rendement diagnostique est toujours nettement supérieur dans un contexte syndromique : 4%, 11%, 21%, 22% si le signe est isolé versus 22%, 20%, 31%, 31% si le signe est associé à une autre anomalie fœtale.
Conclusion : Le rendement diagnostique de l’exome prénatal est important et justifie la place de cet examen dans la prise en charge des grossesses avec anomalie échographique. Le terme au résultat est aujourd’hui très tardif parfois au-delà de 34 SA. Si ce délai est inhérent à certaines indications (anomalies du SNC), il est important de tendre à le réduire, en optimisant la méthode, l’analyse bioinformatique et l’interprétation (évolution vers une analyse « tout en un ») et en réduisant les prescriptions séquentielles d’ACPA puis d’exome aux seules indications à fort taux diagnostique par ACPA (par exemple, pathologie conotroncale). Enfin, la généralisation de l’utilisation de termes HPO lors de la prescription d’examens en prénatal faciliterait la constitution d’une base de données « OMIM fetal » très utile à la bonne interprétation des variants.
Sebastien MOUTTON, Rodolphe DARD, Denise MOLINA GOMES, Camille COHEN, Thibaud QUIBEL, Fairouz KORAICHI, Elisa MORALES, Jean-Luc ALESSANDRI, Godelieve MOREL, Marta SPODENKIEWICZ, Lyse RUAUD, Benjamin DAURIAT, Valentine MARQUET, Olivier PATAT, Charlotte DUBUCS, Marion AUBERT-MUCCA, Sophie JULIA, Delphine DUPIN-DEGUINE, Maud LANGEOIS, Clémence CARRE, Laetitia MONTEIL, Constance WELLS, Caroline DEILLER, Valentin RUAULT, Camille CENNI, Florence PETIT, Catherine VINCENT-DELORME, Anne DIEUX-COËSLIER, Cindy COLSON, Marie SAUVAGNARGUES, Annie LEVY-MOZZICONACCI, Mario ABAJI, Laurent NASCA, Audrey MALLET, Béatrice LAUDIER, Mathilde BECMEUR-LEFEBVRE, Xavier LE GUILLOU, Tanguy NICLASS, Pascaline LETARD, Gwenael LEGUYADER, Caroline SCHENK, Céline POIRSIER, Clémence JACQUIN, Angéline PRETO, Lucie RUFFIER, Nell DAUSSE, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI, Amandine BOUREAU-WIRTH, Adeline CHABEUF, Mody DIOP, Patrice BOUVAGNET, Christophe CÉLESTIN, Vanna GEROMEL, Nishta THACOOR, Alice BEDOIS, Médéric JEANNE, Sarah SNANOUDJ, Radoslava SARAEVA-LAMRI, Thibaut BENQUEY, Jérémie MORTREUX, Laure RAYMOND, Xavier VANHOYE, Benedicte GERARD (Lyon)
16:30 - 17:30
#49820 - P020 Caractérisation des profils de méthylation de l’ADN fœtal associés aux maladies rares d’expression anténatale : syndromes CHARGE et Kabuki.
P020 Caractérisation des profils de méthylation de l’ADN fœtal associés aux maladies rares d’expression anténatale : syndromes CHARGE et Kabuki.
Les malformations congénitales compliquent 3 à 5 % des grossesses. Malgré l’apport du séquençage d’exome et de génome dans la stratégie d’investigation des malformations congénitales chez le fœtus, un certain nombre de cas demeurent inexpliqués avec pour certains des variations de signification incertaine. En postnatal, l’intégration de techniques post-génomiques, dont l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN via les signatures épigénétiques (épisignatures), a amélioré le rendement diagnostique. Actuellement, ces techniques sont peu utilisées en prénatal. L’étude FOETEPISIGN (NCT06475651) a pour objectif d’étudier les profils de méthylation de l’ADN dans des tissus fœtaux (liquide amniotique, poumon) afin de tester l’applicabilité des épisignatures aux maladies rares de découverte anténatale, notamment les syndromes CHARGE et Kabuki.
Nous avons conduit une étude unicentrique à l’Hôpital Necker-Enfants malades en incluant des patients (enfants et fœtus) pris en charge entre 2000 et 2023 et présentant une variation de classe 4 ou 5 dans les gènes CHD7 et KMT2D. L’ADN étudié était extrait du sang, du liquide amniotique (natif et/ou après culture) et du poumon. Un sous-groupe postnatal (patients et contrôles) a été constitué pour valider les étapes biologiques et bio-informatiques en appliquant l’épisignature postnatale rapportée dans la littérature (Butcher et al., 2017). Pour les contrôles fœtaux, nous avons utilisé des échantillons de liquide amniotique prélevés pour diagnostic prénatal d’infection à CMV (séroconversion maternelle avec PCR négative sur le LA et à la naissance), et des prélèvements de poumon congelé conservé après IMG pour pathologies malformatives sans cause génétique documentée et sans atteinte pulmonaire. L’analyse de méthylation a été réalisée sur puces Infinium Methylation EPICv2, puis traitée via un pipeline bio-informatique visant à identifier des positions et régions différentiellement méthylées (DMP/DMR).
Au total, 102 échantillons issus de 63 individus (47 patients et 16 témoins) ont été inclus. Les résultats préliminaires sur un petit nombre d’échantillons (n=8 par catégorie) montrent que l’épisignature publiée a permis d’identifier correctement les cas postnataux de syndrome CHARGE. En revanche, cette même signature appliquée aux fœtus ne permettait pas de distinguer correctement patients et contrôles, quel que soit le tissu analysé. Ces résultats confirment la nécessité de développer des signatures épigénétiques spécifiques au stade fœtal et adaptées aux tissus étudiés. Les analyses différentielles de méthylation à partir des ADN fœtaux sont en cours afin de définir des épisignatures candidates à chaque pathologie et à chaque tissu.
Nos données montrent l’absence de transposabilité en prénatal, notamment sur le liquide amniotique. Nous espérons que les analyses en cours permettront de proposer une signature épigénétique prénatale, qu’il conviendra de valider dans une cohorte indépendante.
Nicolas BOURGON (PARIS), Amale ACHAIAA, Zoé GUILBERT, Karim LABRECHE, Badreddine MOHAND OUMOUSSA, Ghislaine ROYER, Manon MAUTRET-GODEFROY, Solenne FISSON, Aurore BARDARY, Valérie BOCCIO, Margot TRAGIN, Véronique PINGAULT, Tania ATTIE-BITACH
16:30 - 17:30
#49009 - P024 Variants bi-alléliques de CFAP20 associés à des ciliopathies syndromiques avec dystrophie rétinienne.
P024 Variants bi-alléliques de CFAP20 associés à des ciliopathies syndromiques avec dystrophie rétinienne.
Le gène CFAP20 (Cilia and Flagella Associated Protein 20) est impliqué dans la fonction du cil primaire mobile. Il a été identifié comme un nouveau gène de dystrophie rétinienne isolée de transmission autosomique récessive (Chrystal et al., 2022). Nous rapportons ici trois nouvelles observations issues du séquençage du génome réalisé par le laboratoire AURAGEN, suggérant une atteinte plus large et syndromique.
Deux patients adultes présentent une rétinite pigmentaire sévère associée à des manifestations multiviscérales de type ciliopathie : bronchiectasies, sinusites chroniques, situs inversus et insuffisance rénale. Tous deux sont porteurs de variants bi-alléliques rares et prédits pathogènes de CFAP20. Un troisième cas fœtal, porteur de deux variants en hétérozygotie composite, présente un syndrome polymalformatif, bien que la contribution de CFAP20 reste incertaine.
Ces nouvelles observations indiquent que CFAP20 peut être impliqué dans un phénotype de ciliopathie avec atteintes rétinienne, respiratoire, rénales et anomalie de situs, à la frontière entre le spectre clinique de l’atteinte du cil mobile et du cil non mobile.
Nous réalisons actuellement un phénotypage détaillé, et des études fonctionnelles (sur poisson zèbre) des variations identifiées.
Francis RAMOND (ST ETIENNE), Frederic TRAN MAU THEM, Sophie NAMBOT, Louis JANUEL, Sébastien MOUTTON
16:30 - 17:30
#49090 - P028 Apport du séquençage génomique rapide dans la prise en charge néonatale : cas clinique d’un syndrome polymalformatif lié à un variant pathogène SETD2 à impact diagnostique et éthique.
P028 Apport du séquençage génomique rapide dans la prise en charge néonatale : cas clinique d’un syndrome polymalformatif lié à un variant pathogène SETD2 à impact diagnostique et éthique.
Le séquençage du génome entier (WGS) s’impose progressivement comme un outil diagnostique de première intention dans les contextes pédiatriques critiques, en particulier en période néonatale, face à des tableaux cliniques complexes et non étiquetés. Sa capacité à fournir un diagnostic rapide et précis peut profondément influencer la stratégie de prise en charge médicale.
Nous rapportons le cas d’un nouveau-né de sexe masculin présentant un syndrome polymalformatif sévère, incluant une séquence de Pierre Robin (fente palatine, micrognathie, glossoptose non obstructive), des troubles sévères de l’oralité, et une malformation cérébelleuse de type Dandy-Walker. En raison de la gravité du tableau clinique et de l’incertitude pronostique, un séquençage du génome entier en urgence a été initié via le circuit RAPIDE de la plateforme AURAGEN, réservé aux mineurs hospitalisés en réanimation ou en soins intensifs.
Le séquençage a identifié, en moins de 30 jours, une variation hétérozygote de novo, classée pathogène, dans le gène SETD2, associée à un syndrome de trouble du neurodéveloppement avec anomalies congénitales multiple. Ce diagnostic a représenté un tournant décisif dans la prise en charge : il a permis d’éviter un transfert prévu en unité spécialisée parisienne, d’anticiper une évolution défavorable, et d’engager rapidement des réunions éthiques DELATA (Discussions sur la Limitation ou l’Arrêt des Thérapeutiques Actives). Un accompagnement psychologique a été proposé à la famille.
Pour conclure, ce cas illustre la valeur ajoutée du séquençage génomique en contexte néonatal critique, non seulement pour établir un diagnostic étiologique rapide, mais aussi comme outil d’aide à la décision médicale et éthique. L’enfant est décédé un mois après la naissance, entouré de ses proches, dans un cadre de soins palliatifs adaptés. Le WGS a ici permis une prise en charge adaptée, respectueuse du pronostic et des valeurs familiales, dans un cadre de soins palliatifs précoces.
Kara RANGUIN (GUADELOUPE), Jean Marc ROSENTHAL, Consortium AURAGEN, Marilyn LACKMY
16:30 - 17:30
#49280 - P032 Contribution du modèle poisson-zèbre à l’étude des variants RNU4ATAC responsables de syndromes rares du développement.
P032 Contribution du modèle poisson-zèbre à l’étude des variants RNU4ATAC responsables de syndromes rares du développement.
RNU4ATAC est un gène non-codant transcrit en un petit ARN nucléaire, appelé U4atac, essentiel au bon fonctionnement du spliceosome mineur. Ce spliceosome est chargé de l'épissage d'environ 1% des introns du génome humain, appelés introns mineurs. Des mutations bialléliques de ce gène sont associées à plusieurs maladies autosomiques récessives rares, tels que les syndromes de Taybi-Linder (TALS), de Roifman (RFMN) ou de Lowry-Wood (LWS), regroupées sous le terme de RNU4ATAC-opathies. Ces pathologies se caractérisent généralement par une microcéphalie, un retard de croissance, une déficience intellectuelle, et une immunodéficience, avec un pronostic sévère dans les formes les plus graves du TALS qui conduit souvent à un décès précoce. Cependant, divers variants du gène RNU4ATAC ont été identifiés par séquençage de l’exome ou du génome chez des patients présentant des phénotypes atténués ou atypiques. Enfin, quelques variants identifiés à l’état homozygote chez des individus ne présentant pas d’anomalie sévère du développement sont présents dans les bases de données gnomAD et AllofUs.
Afin de différencier les variants pathogènes des variants bénins, nous avons développé un test fonctionnel utilisant le modèle poisson-zèbre. Pour ce faire, un morpholino (MO) ciblant l'ARN u4atac du poisson, est injecté dans des œufs de poisson-zèbre au stade 1 cellule. Ce MO entraine le blocage de la fonction de u4atac et conduit à des anomalies de développement du poisson-zèbre clairement observables deux jours après fécondation. De manière intéressante, ces anomalies peuvent être "sauvées" par l'injection d'ARN U4atac humain sauvage, mais pas par celui d’ARN humain portant des variants pathogènes. Ce test permet ainsi d’évaluer la pathogénicité des variants RNU4ATAC in vivo en fonction de leur effet sur le développement embryonnaire.
Nos résultats montrent que la plupart des variants RNU4ATAC testés ne permettent pas le sauvetage du phénotype, confirmant leur effet pathogène, tandis que d'autres ont une capacité de sauvetage, au moins partielle, suggérant qu’ils ne le sont pas ou le sont moins. Ce test est prometteur pour aider à la classification des variants pour un diagnostic clinique plus précis et un meilleur conseil génétique.
Anne MEILLER (BRON Cedex), Fanny DESURMONT, Nils BARRIER, Alicia BESSON, Marion DELOUS, Sylvie MAZOYER
16:30 - 17:30
#49436 - P036 Intérêt d’une approche multi-omiques et multi-tissus dans le diagnostic du syndrome de Cornelia de Lange.
P036 Intérêt d’une approche multi-omiques et multi-tissus dans le diagnostic du syndrome de Cornelia de Lange.
Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une maladie génétique caractérisée par une dysmorphie craniofaciale caractéristique, des malformations des membres supérieurs, un retard de croissance sévère pré- et postnatal, ainsi qu’une déficience intellectuelle. À ce tableau s’ajoutent des atteintes multisystémiques fréquentes (digestives, cardiovasculaires, neurologiques, visuelles et auditives).
Le gène NIPBL est impliqué dans environ 80 % des cas. D’autres gènes du complexe cohésine, tels que SMC1A, SMC3, RAD21, HDAC8 et BRD4, ont également été associés au CdLS, qui appartient ainsi au groupe des cohésinopathies. Le mosaïcisme somatique, en particulier des mutations de NIPBL détectées dans la salive mais absentes du sang (10–30 % des cas), justifie l’exploration multi-tissulaire. Par ailleurs, une épisignature spécifique (profil de méthylation de l’ADN) a été décrite pour les mutations de NIPBL, SMC1A, RAD21 et SMC3.
Nous rapportons une série de 224 patients référés à l'hôpital Necker depuis 20 ans pour le diagnostic moléculaire de CdLS. Une mutation a été identifiée chez 155 patients (69 %) par séquençage Sanger ou panel NGS. Parmi eux, 130 (83 %) présentaient une mutation de NIPBL, 10 (6 %) de SMC1A, 5 (3 %) de SMC3 et 3 (2 %) de HDAC8. Des mutations ont également été retrouvées dans des gènes de diagnostic différentiel (ANKRD11, n=5 ; KMT2A, n=3).
Le mosaïcisme NIPBL concernait 13 % des cas mutés, avec des variants détectés dans i) le sang (n=2 : 10 et 20 %)), ii) la salive (n=14 : 7 à 50 %) et absente du sang ou iii) la peau (n=1 : 30 %) et absente du sang et de la salive.
Chez 9 patients sans diagnostic moléculaire mais au phénotype clinique évocateur, nous avons exploré le profil de méthylation de l’ADN dans le sang et la salive. Une épisignature typique de CdLS a été identifié chez 5 d’entre eux. L’exploration en whole genome « multitissus » a ensuite permis d’identifier un variant intronique profond de novo dans NIPBL chez 5 patients avec une épisignature CdLS positive, et chez 1 patient avec une épisignature négative (mosaïque à 20 % dans la salive).
L’étude de l’ARN réalisée chez 5 patients a confirmé une anomalie d’épissage chez 3/5 avec création d’un pseudo-exon et introduction d’un codon stop prématuré.
Ce travail met en évidence la fréquence du mosaïcisme somatique et souligne l’importance de l’analyse multi-omiques (séquençage, méthylation, ARN) et multi-tissulaire pour améliorer le rendement diagnostique du CdLS.
Sophie RONDEAU (Paris), Céline HUBER, Ghislaine ROYER, Anne-Laure TOURRE, Marcia HENRY, Bekim SADIKOVIC, Valerie CORMIER-DAIRE
16:30 - 17:30
#49593 - P040 Le séquençage de l’exome entier dans une large cohorte de patients atteints de néphropathie associée aux ciliopathies a identifié six phénocopies et un gène candidat.
P040 Le séquençage de l’exome entier dans une large cohorte de patients atteints de néphropathie associée aux ciliopathies a identifié six phénocopies et un gène candidat.
La néphronophtise (NPH) est une néphropathie tubulo-interstitielle autosomique récessive et une cause majeure d’insuffisance rénale chronique (IRC) de l’enfant et de l’adulte jeune. Plus de 25 gènes impliqués codent des protéines ciliaires, expliquant l’hétérogénéité phénotypique et les atteintes multiviscérales typiques des ciliopathies (œil, système nerveux central, foie, cœur, squelette). Néanmoins, environ 30 % des familles restent sans diagnostic moléculaire. Le séquençage de l’exome entier (WES), non limité à une liste préétablie, permet d’identifier de nouveaux gènes et des phénocopies.
Nous avons étudié 42 patients atteints d’IRC inexpliquée et présentant des signes extrarénaux évocateurs de ciliopathie, restés sans diagnostic après un panel de gènes ciliopathie-associés. Les critères d’inclusion comprenaient une présentation compatible avec la NPH (reins petits ou normaux, parfois kystiques, atteinte de la concentration urinaire, progression vers l’IRC terminale précoce) ou une IRC non spécifique associée à des anomalies extrarénales telles que polydactylie, anomalies oculaires ou neurologiques.
Le WES a identifié une cause monogénique chez 11 patients (26,2 %). Dans 4 cas, des gènes connus de néphropathies glomérulaires ou tubulo-interstitielles ont été mis en évidence (COQ8B, LAMB2, COL4A3, MUC1), redéfinissant le phénotype initialement considéré comme NPH. Un nourrisson présentait une hyperoxalurie primitive liée à AGXT, expliquant l’IRC précoce et la dystrophie rétinienne. Chez 6 autres patients, des variants pathogènes dans APTX, TUBB3, DHX38, IQCE, CRX et RPGR rendaient compte des atteintes extrarénales (oculaires, neurologiques, squelettiques) mais n’expliquaient pas l’atteinte rénale. Trois patients présentaient des variants de signification inconnue (ADAMTS9, BCORL1, PKD1), et trois autres un seul variant hétérozygote dans un gène récessif connu (NPHP1, WDR34, ORC6). Enfin, l’étude familiale a identifié SSBP1, gène mitochondrial essentiel à la réplication de l’ADNmt, comme candidat pour une néphropathie tubulo-interstitielle avec surdité, suggérant une convergence entre dysfonction mitochondriale et ciliopathies.
Nos résultats montrent que des patients initialement classés comme NPH présentent en réalité des phénocopies, où l’association d’atteintes extrarénales et d’IRC ne reflète pas forcément une ciliopathie. Le WES permet une reclassification diagnostique, affine le conseil génétique et oriente vers des options thérapeutiques ciblées. Malgré ces avancées, 74 % des patients restent sans diagnostic moléculaire, ce qui souligne la nécessité d’intégrer le séquençage du génome entier et des technologies à longues lectures afin d’identifier des variants complexes ou introniques. L’identification de gènes candidats tels que SSBP1 ouvre de nouvelles perspectives sur la physiopathologie des néphropathies tubulo-interstitielles et leur lien avec la ciliogenèse.
Friederike PETZOLD (Cannes), Cécile JEANPIERRE, Xiaoyi CHEN, Vincent MORINIÈRE, Alexandre BENMERAH, Guillaume DORVAL, Hassan SAEI, Laurence HEIDET, Corinne ANTIGNAC, Sophie SAUNIER
16:30 - 17:30
#49067 - P044 Inv dup del 8p familiale associée à un phénotype modéré et variable.
P044 Inv dup del 8p familiale associée à un phénotype modéré et variable.
Introduction et objectifs :
Les syndromes de duplication/délétion inversée du bras court du chromosome 8, ou invdupdel(8p), consistent en une délétion distale de la région 8p23 suivie d'un segment intermédiaire intact, et d'une duplication proximale inversée.
Ce remaniement complexe est classiquement associé à un phénotype associant troubles du neurodéveloppement avec anomalies cérébrales (notamment du corps calleux), ainsi que des anomalies squelettiques et une dysmorphie.
La majorité des cas rapportés sont de novo, de grande taille et associés à un phénotype sévère.
Nous présentons ici une observation familiale illustrant une transmission paternelle d’une invdupdel(8p) associée à un tableau clinique modéré, soulignant la variabilité phénotypique de ce syndrome.
Matériels et méthodes :
Les données phénotypiques ont été recueillies à partir d’examens cliniques et imageries.
Les analyses génétiques ont été réalisées par CGH-array et ont été confirmées par FISH.
Résultats
Ce remaniement familial a été identifié dans le cadre d’explorations anténatales pour cardiopathie. Elle correspond à une délétion terminale 8p de 7,6 Mb ne comprenant pas le gène GATA4, ce qui peut expliquer l’absence de cardiopathie chez la majorité des membres, associée à une duplication interstitielle 8p23.1p22 de 4 Mb, plus petite que celle classiquement décrite, dans laquelle la région critique impliquée dans l’agénésie du corps calleux n’est pas présente.
Transmise par le père, cette variation a été retrouvée chez deux enfants (l’aîné et le cadet).
Le benjamin et le fœtus en cours de grossesse n’ont pas été testés, mais un DPNI élargi (réalisé dans le cadre d’une HT21 à 1/184) suggère la présence de la variation familiale.
Le phénotype est variable au sein de la famille, mais aucun des membres ne présente de phénotype sévère. Ils présentent des troubles des apprentissages et du comportement, additionnés d’une cardiopathie chez le cas index.
Cela contraste avec le tableau sévère classiquement observé pour les invdupdel(8p).
Devant ce phénotype léger et l’absence de cardiopathie chez le fœtus, les parents ont décidé de poursuivre la grossesse en cours.
Conclusion
Cette observation familiale illustre que les invdupdel(8p), habituellement associées à un phénotype sévère, peuvent se manifester de façon nettement plus modérée, en particulier dans un contexte de transmission familiale. Dans ce cas, la duplication identifiée est plus petite que celles décrites jusqu’à présent, ce qui pourrait contribuer à la variabilité phénotypique observée. Ces résultats soulignent l’importance de caractériser la taille des remaniements pour l’interprétation, notamment pour le conseil génétique et le suivi prénatal.
Une évaluation neuropsychologique sera proposée afin de mieux caractériser le profil clinique des sujets porteurs.
Ces résultats ouvrent des perspectives sur la compréhension des mécanismes génotype-phénotype liés aux remaniements complexes du chromosome 8.
Emma KAIRET (Reims), Clémence JACQUIN, Tony YAMMINE, Jean-Paul BORY, Ahmad AKHAVI, Emilie LANDAIS
16:30 - 17:30
#49334 - P048 Etude rétrospective des résultats des analyses chromosomiques sur puce à ADN réalisées en post-natal au laboratoire de génétique de Strasbourg entre 2014 et 2024 devant un retard de croissance.
P048 Etude rétrospective des résultats des analyses chromosomiques sur puce à ADN réalisées en post-natal au laboratoire de génétique de Strasbourg entre 2014 et 2024 devant un retard de croissance.
Introduction et objectifs
Le retard de croissance est défini par une taille ou un poids inférieur à - 2 déviations standards de la norme pour l’âge et le sexe, une taille inférieure à - 1.5 déviations standards de la taille cible parentale ou un infléchissement de la vitesse de croissance. Un bilan endocrinien, métabolique et nutritionnel est recommandé ainsi que la recherche d’une monosomie X chez la fille par caryotype et FISH. En l’absence d’étiologie évidente ou devant une suspicion syndromique, une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est indiquée. Cette cohorte vise à faire le bilan des résultats analyses de cytogénétique moléculaire postnatales réalisées dans le cadre d’un retard de croissance.
Matériels et méthodes
Nous avons conduit de manière rétrospective l’analyse des données cliniques et des résultats des ACPA réalisées chez des patients présentant un retard de croissance en Alsace sur une période de 10 ans. Les CNV identifiés (classe 4 et 5) ont été évalués selon leur lien avec le retard de croissance. Les gènes inclus dans les CNV (classe 3 à 5) ont été comparés à ceux d’un panel de gènes impliqués dans le retard de croissance. Le reclassement des CNV de signification incertaine est en cours. En parallèle de l’analyse des CNV, une disomie uniparentale a pu être recherchée par SNP-array chez certains patients avec un tableau évocateur d’une disomie associée à un retard de croissance.
Résultats, discussion et conclusion
Entre 2014 et 2024, 4898 patients ont bénéficié d’une ACPA post-natale en Alsace. Parmi eux, 13.4% présentait un retard de croissance. L’âge médian au prélèvement est de 4 ans avec une légère majorité de garçons (53%). Au moins un CNV de classe 4 ou 5 a pu être identifié chez 16% des patients, dont la majorité (80%) expliquait le retard de croissance, soit du fait d’une anomalie récurrente soit du fait d’un gène impliqué dans le RC. Les diagnostics récurrents incluent la monosomie X homogène ou en mosaïque, le syndrome de Williams-Beuren, le syndrome de Di George, la délétion récurrente 1q21.1 et la délétion récurrente 15q11.2. Une disomie uniparentale du chromosome 7 et du chromosome 14 ont également pu être diagnostiquées. Un tiers des anomalies aurait pu être détecté au caryotype. Le rendement diagnostique est significativement plus important pour les patients présentant une déficience intellectuelle ou des difficultés scolaires associées.
L’étude de cette cohorte alsacienne nous permet de confirmer l’intérêt de la détection des CNV dans l’exploration d’un retard de croissance. A l’ère du séquençage du génome, l’ACPA reste pertinente en pratique clinique du fait de son accessibilité, son rendement et son interprétation plus aisée. À terme, l’accessibilité au séquençage du génome et l’amélioration des outils bio-informatiques pourront améliorer la détection des variations structurales et redéfinir les stratégies diagnostiques.
Johanne PIOTROWSKI (Strasbourg), Aurélie GOURONC, Nadège CALMELS, Audrey SCHALK, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Benjamin DURAND, Sylvie ROSSIGNOL, Hélène DOLLFUS, Emmanuelle GINGLINGER, Marguerite MIGUET, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sophie SCHEIDECKER
16:30 - 17:30
#49484 - P052 Mosaïcisme pigmentaire dans le syndrome de Silver-Russell par correction incomplète de trisomie.
P052 Mosaïcisme pigmentaire dans le syndrome de Silver-Russell par correction incomplète de trisomie.
Le syndrome de Silver-Russell (SRS) est une maladie rare qui associe un retard de croissance intra-utérin (RCIU), un retard de croissance post-natal, des difficultés alimentaires et des particularités morphologiques. Le diagnostic de cette affectation est établi à l'aide du score clinique de Netchine-Harbison et nécessite la présence de quatre des six critères cliniques caractéristiques. Les manifestations dermatologiques sont rares et principalement marquées par des taches café au lait.
Les analyses moléculaires permettent de confirmer le diagnostic chez environ 60 % des patients. Le mécanisme sous-jacent le plus fréquent est une perte de méthylation de la région 11p15. Une disomie uniparentale maternelle est identifiée chez environ 10 % des patients. D'autres anomalies cytogénétiques du chromosome 7 ont également été rapportées dans des cas sporadiques. Plus rarement, des variations pathogènes des gènes IGF2, CDKN1C, PLAG1 et HMGA2 sont identifiées. Chez quelques patients, l'anomalie génétique se présente à l’état de mosaïque.
Nous rapportons l’observation de deux patients qui présentent un retard de croissance anté- et postnatal évocateur d'un SRS, associé à des anomalies pigmentaires cutanées. Des lésions linéaires hypopigmentées sont retrouvées sur les membres supérieurs des deux patients ainsi que des zones hypo- et hyperpigmentées irrégulières non définies sur les membres inférieurs.
Les analyses génétiques réalisées sur différents tissus (liquide amniotique, prélèvement sanguin et biopsie cutanée en zone hypopigmentée) ont montré une disomie uniparentale maternelle en mosaïque du chromosome 7 (upd(7)mat) chez le premier patient (P1) et du chromosome 20 (upd(20)mat) chez le deuxième individu (P2 ; syndrome SRS-like). Les analyses réalisées en peau atteinte ont révélé une trisomie en mosaïque du chromosome 7 pour le P1 et du chromosome 20 pour le P2 dans les zones d’hypopigmentation. Ces résultats permettent d’une part d’expliquer le mosaïcisme pigmentaire observé chez les deux patients et d’autre part de caractériser le mécanisme de survenue de la disomie uniparentale par correction incomplète de trisomie.
Michaela RENDEK (Besançon), Eric DAHLEN, Sandrine CHANTOT-BASTARAUD, Eve PUZENAT, Brigitte MIGNOT, Aurélie BERGER, Paul KUENTZ, Juliette PIARD
16:30 - 17:30
#49653 - P056 Détection précoce et traitement de l'apnée obstructive du sommeil chez les nourrissons et enfants avec trisomie 21.
P056 Détection précoce et traitement de l'apnée obstructive du sommeil chez les nourrissons et enfants avec trisomie 21.
Introduction :
Les nourrissons atteints d’une trisomie 21 (T21) présentent un risque élevé de syndrome d'apnée obstructive du sommeil (SAOS), associé à un dysfonctionnement neurocognitif et à des problèmes de comportement.
Nous présentons les résultats d’une étude prospective, interventionnelle et non randomisée, dont l’objectif était d'évaluer l'effet d'un dépistage précoce du SAOS chez les nourrissons atteints de trisomie 21, et le cas échéant de son traitement, sur le développement neurocognitif et le comportement.
Patients et méthode : 39 nourrissons avec une T21 ont réalisé une polysomnographie (PSG) tous les 6 mois entre 6 et 36 mois (groupe dépisté) et ont été comparés à un groupe témoin de 40 enfants avec T21, recevant des soins standard et, dans le cadre du protocole, une PSG à l'âge de 36 mois (groupe de soins standard). Le SAOS a été traité lorsqu'il était présent. Le critère d'évaluation principal était le quotient de développement global de l'échelle de développement de l'enfant de Griffiths (Griffiths III) et ses sous-scores à l'âge de 36 mois. Les critères d'évaluation secondaires comprenaient des questionnaires neurocognitifs et comportementaux, dont l’échelle de comportement adaptatif Vineland II (VABS-II), ainsi que les résultats de la PSG.
Les enfants ayant eu un diagnostic et un traitement de SAOS avant la PSG de 36 mois, pour le groupe dépisté, et à 36 mois, pour les autres, ont été revus à 60 mois pour une nouvelle évaluation du sommeil, et neuropsychologique.
Résultats : A l’âge de 36 mois, sur le Griffiths III, le quotient de développement global était significativement plus élevé dans le groupe dépisté que dans le groupe de soins standard (différence : 4,1 ; 95%CI : 1,3 ; 7,6 ; p = 0,009). Les résultats des sous-scores de Griffiths III et de la VABS-II étaient également en faveur de meilleurs résultats neurocognitifs et comportementaux dans le groupe dépisté. En ce qui concerne la PSG à 36 mois, l'indice médian d'apnée-hypopnée était plus élevé dans le groupe de soins standard que dans le groupe dépisté, avec plus de SAOS modéré à sévère .
A l’âge de 60 mois, les résultats des évaluations neuropsychologiques du groupe dépisté restaient meilleurs que ceux du groupe de soins standard.
Conclusion : le diagnostic et le traitement précoces du SAOS chez les nourrissons atteints de DS peuvent contribuer à un meilleur développement neurocognitif et comportemental à l'âge de 36 mois, qui semble se maintenir à l’âge de 5 ans.
Clotilde MIRCHER (Paris), Brigitte FAUROUX, Isabelle MAREY, Vincent COULOIGNER, Hervé WALTI, Romain LUSCAN, Silvia SACCO, Marie-Anne CAILLAUD, Ségolène FALQUERO
16:30 - 17:30
#49234 - P060 Première description d’un variant ponctuel du gène DMRT1 pro-testiculaire chez un patient présentant un 46,XX testicular DSD.
P060 Première description d’un variant ponctuel du gène DMRT1 pro-testiculaire chez un patient présentant un 46,XX testicular DSD.
Le gène DMRT1 joue un rôle essentiel dans le maintien du phénotype masculin en réprimant les gènes pro-ovariens. Les souris XY invalidées pour Dmrt1 se développent entièrement comme des mâles mais présentent une différenciation anormale des cellules de Sertoli. Chez l’humain XY, les délétions ou variants ponctuels perte de fonction de DMRT1 ont été rapportés comme associés à une réversion sexuelle XY ou à des azoospermies isolées.
Quelques gènes (SOX9, SOX3, SOX10 FGF9, NR5A1, et WT1) seulement ont été rapportés comme impliqués dans les variations du développement génital (VDG) 46,XX SRY négatif avec tissu gonadique testiculaire. Un cas récent rapporte une duplication intragénique de DMRT1- en tandem et en phase - chez un garçon 46,XX, SRY-négatif (Bertini et al., 2023). Aucun variant ponctuel du gène n’a jusqu’à présent été rapporté chez des patients présentant un 46,XX testicular DSD (Disorders of Sex Development).
Nous rapportons le cas d’un patient de 15 ans consultant pour retard pubertaire. L’examen clinique montre un statut pubertaire P4 avec deux testicules de volume prépubertaire (grand axe < 25 mm, sensibles à la palpation), et une verge de 6 cm. Le bilan hormonal réalisé montre un hypogonadisme hypergonadotrope avec une testostérone à 2.04 ng/ml, LH 38.8 UI/L, FSH 108.8 UI/L. Le caryotype s’est avéré 46,XX et la FISH SRY négative. L’analyse du panel de gènes impliqués dans les VDG (113 gènes confirmés ou candidats) réalisée à Montpellier a révélé la présence à l’état hétérozygote du variant c.353A>G – p.(Gln118Arg) du gène DMRT1, survenu de novo (critère ACMG PS2). Bien qu’un impact sur l’épissage ne puisse être exclut, du fait de la prédiction d’une réduction de la force du site donneur d’épissage de l’intron 1 (MaxEntScan 8.56 6.14 ; SpliceAI DL 0.10), un mécanisme perte de fonction reste peu probable : les individus 46,XX porteurs d’une délétion distale 9p présentant des organes génitaux externes et internes féminins.
Le variant c.353A>G - p.(Gln118Arg), non rapporté en population générale (données gnomAD v4.1, PM2), affecte le dernier acide aminé du sein du domaine de fixation à l’ADN de ce facteur de transcription pro-testiculaire (PM1). Il pourrait induire un gain de fonction par effet hypermorphe, en renforçant l’interaction de la protéine avec l’ADN (Arg118, chargée positivement, PP3). Autre hypothèse, non exclusive de la précédente, ce variant pourrait perturber l’interaction avec l’Arg111 lors de la dimérisation du facteur de transcription (clash stérique prédit), induisant une fixation aberrante sur l’ADN (PDB :4YJ0).
Nous rapportons ici le premier cas de 46,XX testicular DSD associé à un variant ponctuel faux-sens du gène DMRT1. Ce résultat soulève la nécessité d’intégrer le gène DMRT1 à la liste des gènes clairement impliqués dans ces phénotypes, avec, comme fréquemment dans les VDG, des phénotypes en miroir observés chez les 46,XY et les 46,XX.
Anne BERGOUGNOUX (MONTPELLIER), Luke MANSARD, Nadège SERVANT, David BAUX, François GUERIN, Françoise PARIS
16:30 - 17:30
#49531 - P064 Identification de WDR78 comme un nouveau gène candidat dans les anomalies multiples du flagelle spermatique (MMAF).
P064 Identification de WDR78 comme un nouveau gène candidat dans les anomalies multiples du flagelle spermatique (MMAF).
Le diagnostic génétique s’impose progressivement dans le domaine de l’assistance médicale à la procréation (AMP). Il doit désormais être considéré comme un outil incontournable dans la pratique clinique courante, non seulement pour déterminer les causes sous-jacentes de l’infertilité, mais également pour proposer des stratégies thérapeutiques personnalisées aux couples pris en charge en AMP.
Au cours des deux dernières décennies, d’importants efforts ont été consacrés à l’identification des gènes responsables de l’infertilité non syndromique. Parmi les différents phénotypes décrits, les anomalies morphologiques multiples du flagelle spermatique (MMAF) représentent l’un des modèles les mieux caractérisés sur le plan génétique.
Au CHU de Strasbourg, notre approche diagnostique repose sur le séquençage de l’exome, combiné à une analyse in silico d’un panel génétique élargi. Ce panel comprend 159 gènes associés à l’infertilité masculine, 54 liés à l’infertilité féminine, 26 impliqués dans les deux conditions, ainsi que 26 gènes candidats supplémentaires. En cas de résultats négatifs à l’analyse du panel, notamment dans des contextes de consanguinité, l’analyse est étendue à l’ensemble de l’exome.
L’étude d’une famille consanguine d’Afrique du Nord, comprenant quatre frères atteints de MMAF, nous a permis d’identifier un variant d’épissage à l’état homozygote dans WDR78. Des tests fonctionnels utilisant la technique des minigènes et la transfection de cellules HEK293 ont confirmé l’altération de l’épissage. L’absence du l’exon 15 ne modifie pas le cadre de lecture, mais supprime un des 7 domaines WD40 de WDR78.
Par ailleurs, WDR78 interagit avec plusieurs protéines déjà connues pour être essentielles à la formation du flagelle spermatique et impliquées dans le phénotype MMAF, en particulier les protéines de la famille des DNAH et TCTEX1D2 et WDR63. De plus, un modèle murin knock-out présente un phénotype similaire à celui observé chez nos patients.
Nous rapportons ici la première preuve de l’implication de WDR78 dans l’infertilité masculine. Ces résultats élargissent le spectre des gènes associés aux anomalies de la spermatogenèse et soulignent l’importance des approches fonctionnelles - telles que l’analyse par minigène - pour valider les variants d’épissage identifiés par séquençage d’exome.
Cécile LANG (Strasbourg), Camille CENNI, Audrey SCHALK, Anne-Sophie LEUVREY, Valérie REICHERT, Céline CUNY, Nicolas LE MAY, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Jean MULLER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Stéphane VIVILLE
16:30 - 17:30
#49736 - P068 Génétique des OZEMA, anomalies ovocytaires et infertilités féminines rares.
P068 Génétique des OZEMA, anomalies ovocytaires et infertilités féminines rares.
L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est une pré-indication du PFMG2025 depuis 2019. L’extension de cette pré-indication aux anomalies ovocytaires rares, responsables de défauts de fécondation entre l’ovocyte et le spermatozoïde, a récemment été proposée. Ces situations correspondent aux anomalies ovocytaires associées à des ovocytes géants et/ou à des ovocytes entrant dans le spectre des défauts de maturation ovocytaire et de fécondation, sans diminution du nombre d’ovocytes. Bien que définies par un défaut qualitatif de l’ovocyte, ces anomalies pourraient présenter des causes génétiques communes avec l’IOP.
Afin d’harmoniser ces phénotypes hétérogènes, la Société Européenne de Reproduction Humaine et d’Embryologie (ESHRE) a proposé une classification de ces infertilités sous le terme d’OZEMA (Oocyte, Zygote, Embryo Maturation Arrest), regroupant les défauts de maturation ovocytaire, de fécondation et de développement embryonnaire précoce. Un panel de 37 gènes a été défini dans le cadre de ces troubles de la reproduction.
Nous présentons les résultats du séquençage d’exome réalisé chez 325 patientes présentant une altération de la réserve ovarienne et 31 patientes présentant un spectre OZEMA / fausses-couches à répétition (FCR). Les critères d’inclusion des patientes OZEMA ont été définis lors réunions multidiscplinaires clinico-biologiques avec mise en place d’une ligne d’avis sur la plateforme Omnidoc (https://omnidoc.fr/chu-rennes).
- Des nouveaux variants pathogènes ou probablement pathogènes dans des gènes OZEMA ont été mis en évidence chez deux patientes présentant un phénotype compatible d’arrêt de maturation. Ces variants concernent les gènes CDC20 et PADI6.
- Des variants d’intérêt dans des gènes OZEMA ont par ailleurs été observés chez deux patientes présentant une IOP. Un variant d’épissage hétérozygote de PANX1 validé par minigène et RNAseq a été mis en évidence chez une patiente présentant une histoire familiale d’IOP. Un variant homozygote de TBPL2 a de plus été observé chez une patiente avec aménorrhée primaire. Ces variants illustrent le continuum probable entre les défauts de maturation sévères provoquant une mort ovocytaire et in fine une altération de la réserve ovarienne.
- Nos analyses révèlent en outre de nouveaux gènes candidats. Un variant homozygote de LSM14A, impliqué dans la régulation des ARN ovocytaires, a été identifié chez une patiente avec OZEMA. D’autres gènes font l’objet d’explorations complémentaires (e.g. NR5A2).
- Nous avons enfin inclus une patiente présentant une récurrence de fausses-couches et de triploïdies par digynie. Cette patiente présente un variant rare dans ESPL1, gène dont le défaut pourrait entraîner la formation d’ovocytes non réduits.
Ces résultats montrent la pertinence de proposer des explorations génétiques en cas de phénotype OZEMA afin d’optimiser la prise en charge des patientes et illustrent le chevauchement génétique entre OZEMA, IOP et FCR.
Anna LOKCHINE, Linda AKLOUL, Erika LAUNAY, Laura MARY, Bénédicte NOUYOU, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Solène DUROS (Rennes), Mathilde NIZON, Maud BIDET, Wilfrid CARRÉ, Carine ABEL, Christèle DUBOURG, Houda HAMDI-ROZÉ, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sylvie ODENT, Sophie CHRISTIN-MAITRE, Vincent LAVOUÉ, Sylvie JAILLARD
16:30 - 17:30
#48943 - P072 Caractérisation phénotypique du spectre du trouble neurodéveloppemental lié à DLG3.
P072 Caractérisation phénotypique du spectre du trouble neurodéveloppemental lié à DLG3.
Introduction : DLG3 code pour SAP102, une protéine d’échafaudage membre de la famille des protéines membranaires présentant un domaine guanylate kinase. Fortement exprimée dans les premiers stades du développement cérébral post-natal, SAP102 joue un rôle lors de la synaptogenèse puis dans le fonctionnement synaptique. Les variations génétiques induisant une perte de fonction dans DLG3 sont impliquées dans le trouble du développement intellectuel non-syndromique lié à l’X de type 90 (OMIM #300850), dont le phénotype principal décrit comprend une déficience intellectuelle pouvant être associée à d’autres signes neurodéveloppementaux. Or, les données phénotypiques disponibles dans la littérature sont limitées dans une majorité des cas, rendant difficile l’évaluation de la trajectoire développementale des individus atteints. De plus, l’éventuelle pathogénicité des variations faux-sens dans DLG3 requiert une étude plus précise.
Méthodes : Pour répondre à ces questions, nous avons lancé une collaboration internationale. Dans un second temps, nous avons réalisé une revue des données génomiques et phénotypiques disponibles dans la littérature concernant les familles précédemment décrites et réévalué les faux-sens déjà rapportés en se basant sur les critères de l’ACMG.
Résultats : Sur le plan moléculaire, les 17 individus rapportés dans notre cohorte présentaient 16 variations distinctes dans DLG3 dont 10 variations entraînant une perte de fonction et 6 variations de signification incertaine. Parmi les 37 familles rapportées dans la littérature, 18 présentaient une variation entraînant une perte de fonction, 17 présentaient une variation faux-sens, un cas index était porteur d’une variation intronique profonde et une dernière famille présentait un gain d’une copie du locus Xq13.1 comprenant partiellement DLG3. Par ailleurs, 6 variations de signification incertaine ont pu être reclassées comme probablement bénignes en utilisant les critères de l’ACMG. Sur le plan clinique, les individus de la cohorte avec des variations (probablement) pathogènes dans DLG3 présentaient un retard de développement du langage constant. Les signes associés au trouble du développement intellectuel - particularités morphologiques notamment - étaient plus fréquents que dans les précédentes descriptions, de même pour les autres troubles neurodéveloppementaux et psychiatriques.
Conclusion : Les résultats de cette collaboration internationale nous amènent à proposer une extension phénotypique du « trouble du développement intellectuel non-syndromique lié à l’X de type 90 » actuellement classiquement décrit pour un trouble neurodéveloppemental pouvant être syndromique. Par ailleurs, après revue de la littérature et réanalyse des variations faux-sens DLG3 décrites, les informations disponibles actuellement nous paraissent insuffisantes pour définitivement statuer sur leur éventuelle implication dans ce syndrome.
Marlène MALBOS (Dijon), Thierry GAUTIER, Amelle SHILLINGTON, Estelle COLIN, Xavier LE GUILLOU, Oana CALUSERIU, Bertrand ISIDOR, Benjamin COGNÉ, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, Sacha WEBER, Clémence JACQUIN, Tracy DUDDING, Daniel CALAME, Juliette PIARD, Jonathan LEVY, Xenia LATYPOVA, Alain VERLOES, Tanguy NICLASS, Aurélia JACQUETTE, Lori WHITE, Marie-Pierre MOIZARD, Hélène DOLLFUS, Sébastien MOUTTON, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Quentin THOMAS, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Ange-Line BRUEL, Hana SAFRAOU, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN-ROBINET, Jérôme GOVIN, Antonio VITOBELLO, Laurence FAIVRE
16:30 - 17:30
#49014 - P076 Les variants de RANBP9 sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental.
P076 Les variants de RANBP9 sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental.
Par une collaboration internationale et par séquençage du génome au laboratoire Auragen (Plan France Médecine Génomique 2025), nous avons identifié 8 patients porteurs de variants hétérozygotes du gène RANBP9 (RAN binding protein 9) et atteints de trouble du neurodéveloppement.
Ces variants sont en majorité survenus de novo (6 familles), et plus rarement hérité d’un parent symptomatique (1 famille). Les variants sont de type tronquant (6 variants) ou faux-sens (1 variant).
Le phénotype comporte de manière variable un retard global de développement, une hypotonie précoce, une déficience intellectuelle (plutôt légère), des troubles du comportement notamment un autisme, et une épilepsie. 2 patients présentent une polydactylie.
Nos études fonctionnelles montrent que les variants perte de fonction expriment des protéines tronquées ayant un déficit d’interaction avec leurs partenaires WDR26, TWA1, et ARMC8. Le variant faux-sens présente un défaut de repliement et de stabilité.
RANBP9 (RANBPM) est une protéine adaptatrice multifonctionnelle, participant notamment au complexe E3 Ubiquitin ligase CTLH. Certains de ses partenaires sont déjà impliqués dans des syndromes avec trouble du neurodéveloppement, tels que WRD26 (syndrome de Skraban-Deardorff), FMRP (syndrome de l’X-Fragile), ou encore L1CAM (hydrocéphalie et syndrome MASA). Les souris knock-out pour RANBP9 présentent un défaut sévère de développement cérébral.
En conclusion l’haploinsuffisance du gène RANBP9 est à l’origine d’un nouveau trouble du neurodéveloppement non spécifique et non syndromique, de transmission autosomique dominante.
Francis RAMOND (ST ETIENNE), Pia VAN GEN HASSEND, Hélène DOLLFUS, Laure RAYMOND, Benjamin DAURIAT, Mathilde NIZON, Benjamin COGNE, Katheryn GRAND, Elizabeth BAKER, Christian NETZER, Ada HAMOSH, Hermann SCHINDELIN, Arno ALPI
16:30 - 17:30
#49210 - P080 Syndrome de Coffin-Siris type 12 : élargissement du spectre phénotypique à partir d’une série nationale de huit patients.
P080 Syndrome de Coffin-Siris type 12 : élargissement du spectre phénotypique à partir d’une série nationale de huit patients.
Le syndrome de Coffin-Siris de type 12 (CSS12) est un trouble syndromique du développement intellectuel lié à des mutations du gène BICRA, composant du complexe SWI/SNF. Nous présentons une série nationale de huit nouveaux patients atteints de CSS12, constituant la première description approfondie depuis la publication initiale de Barish et al. en 2020, et élargissant ainsi de manière significative le spectre phénotypique de cette maladie.
Trois cas index présentent des manifestations neuropsychiatriques sans déficit intellectuel, remettant en question les hypothèses précédentes concernant le syndrome. À travers une revue exhaustive de la littérature et l’analyse de patients supplémentaires, nous avons identifié des caractéristiques morphologiques communes, tout en mettant l’accent sur les manifestations neuropsychiatriques. Parmi nos patients, nous avons observé une prévalence accrue des troubles du spectre autistique (TSA) et d’anomalies comportementales, ce qui met en lumière la présentation complexe du CSS12. Nous proposons également un aperçu des données issues de la littérature concernant les études fondamentales et l’implication des variations de BICRA dans les fonctions neurocognitives des modèles animaux.
Ainsi, nous soulignons l’importance de prendre en compte les manifestations neuropsychiatriques dans le diagnostic et la prise en charge du CSS12, en particulier en l’absence de déficit intellectuel. Cela met en évidence la nécessité d’approches multidisciplinaires dans le suivi des patients ainsi que de recherches supplémentaires sur ce syndrome.
Victor MOREL (Marseille), Charlotte TARDY, Cindy COLSON, Roseline CAUMES, Benoit MAZEL, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Ange-Line BRUEL, Pascale SAUGIER-VEBER, Olivier PATAT, Anne-Marie GUERROT, Massimiliano ROSSI, Marjolaine WILLEMS, Sabine SIGAUDY, Chantal MISSIRIAN
16:30 - 17:30
#49245 - P084 Mémoire préservée et réseaux cérébraux résilients dans le syndrome de Coffin-Siris.
P084 Mémoire préservée et réseaux cérébraux résilients dans le syndrome de Coffin-Siris.
Les variants pathogènes d’ARID1B sont la cause la plus fréquente de syndrome de Coffin-Siris, associant retard intellectuel, retard ou absence de langage, troubles du spectre autistique et anomalies viscérales/osseuses (MIM #135900). Les familles rapportent fréquemment des difficultés langagières et motrices mais une bonne mémoire, alors que le fonctionnement cognitif des patients reste peu étudié. Les données d’imagerie rapportées se limitent à des anomalies structurelles (anomalies du corps calleux, kystes de la fosse postérieure) sans étude de perfusion cérébrale ni de connectivité.
Douze patients porteurs de variants pathogènes d’ARID1B (âge : 13,8 ± 4,7 ans ; 7 filles) et 34 témoins (âge : 13,6 ± 4,7 ans ; 20 filles) ont été inclus. Tous ont bénéficié d’une évaluation neuropsychologique standardisée. L’imagerie multimodale comprenait l’arterial spin labelling (ASL) pour mesurer le débit sanguin cérébral (DSC) au repos, la 3DT1 pour analyser la substance grise (SG), et l’imagerie par tenseur de diffusion pour analyser la substance blanche. Une analyse statistique du cerveau entier a comparé le DSC et la densité de SG des patients à celui des témoins, et une analyse basée sur le fixel a permis d’explorer la micro et la macrostructure des fibres de substance blanche des patients comparés aux contrôles.
Les patients présentaient tous des déficits marqués au plan langagier, moteur et social. Cependant, leurs performances mnésiques dépassaient largement leurs autres compétences cognitives (+ 5 DS) avec des scores élevés en mémoire visuelle malgré leurs difficultés intellectuelles. Les analyses statistiques ont montré une augmentation bilatérale significative du DSC dans plusieurs structures du système limbique, incluant les hippocampes et les aires visuelles (gyrus lingual et fusiforme), comparativement aux témoins. Elles ont également révélé une diminution significative de la densité de SG et de densité des fibres dans ces mêmes structures limbiques, ainsi que dans les circuits langagiers, moteurs et sociaux.
Nos résultats révèlent une dissociation frappante entre une bonne mémoire visuelle et des déficits francs du langage, de la motricité et des fonctions sociales chez les patients porteurs de variants pathogènes d’ARID1B. Malgré des anomalies structurelles, l’augmentation du DSC dans les régions limbiques et visuelles suggère l’existence de mécanismes compensatoires chez ces patients. Cette dissociation est retrouvée dans des modèles murins haplo-insuffisants pour ARID1B, présentant également des anomalies hippocampiques marquées à mémoire préservée. À ce jour, cette dissociation n’a pas été rapportée dans les modèles murins d’autres gènes du syndrome de Coffin-Siris et semble être pour l’instant, spécifique à ARID1B. Ces données confortent le recours à des interventions ciblées, visant à tirer parti des capacités mnésiques et visuelles remarquables de ces enfants.
Aurélie FABRE (Paris), Jennifer BOISGONTIER, Khawla ALJABALI, Ludovic FILLON, Ana SAITOVITCH, Sara CABET, Volodia DANGOULOFF-ROS, Lelio GIUDA, Jeanne AMIEL, Marlène RIO, Monica ZILBOVICIUS, Arnold MUNNICH, Valérie CORMIER-DAIRE, Nathalie BODDAERT
16:30 - 17:30
#49281 - P088 Variations bi-alléliques et hétérozygotes du gène OTUD7A : vers un modèle de trouble neurodéveloppemental à pénétrance incomplète et expressivité variable semi-dominant.
P088 Variations bi-alléliques et hétérozygotes du gène OTUD7A : vers un modèle de trouble neurodéveloppemental à pénétrance incomplète et expressivité variable semi-dominant.
Le syndrome microdélétionnel 15q13.3 représente l’une des causes génétiques de susceptibilité aux TND. Il résulte le plus souvent d’une recombinaison récurrente entre les points de cassure 4 et 5 au sein de ce locus. Cette condition est associée à une pénétrance incomplète (pouvant atteindre 80%) et une expressivité variable.
Pendant longtemps, l’identification du gène responsable de la composante neurodéveloppementale du syndrome a fail l’objet de débat, jusqu’à la mise en évidence de variations bi-alléliques ponctuelles du gène OTUD7A, codant une enzyme de dé-ubiquitination, dont la perte de fonction est le mécanisme suspecté. Ces variations sont à l’origine d’un trouble neurodéveloppemental caractérisé par une hypotonie et des convulsions (MIM #620790). Ce syndrome présente des caractéristiques similaires à celles présentes dans les phénotypes les plus graves observés chez les patients porteurs de délétions bi-alléliques 15q13.3. De manière intéressante, les porteurs hétérozygotes de variations pathogènes du gène OTUD7A présentent des manifestations phénotypiques modérées, à pénétrance incomplète et expressivité variable similaires à celles observées dans le syndrome microdélétionnel 15q13.3 associés à des délétions hétérozygotes. Ces données suggèrent un mode de transmission semi-dominant.
Afin d’évaluer cette hypothèse, nous avons identifié une cohorte de 13 patients avec TND et porteurs de variations hétérozygotes de novo ou héritées, dans OTUD7A, ou bi-alléliques incluant des variations entraînant l’apparition d’un codon stop prématuré, des variations d'épissage et des variations faux-sens, grâce au système MatchMaker Exchange ou AuraMatcher. Nous avons ensuite évalué l’impact fonctionnel des variations de signification incertaine de type faux-sens.
Les variations p.(His70Gln), p.(Ile118Phe), p.(Arg230Gln), p.(Thr239Met), p.(Ser283Asn) et p.(Val618Met) ont été introduites par mutagenèse dirigée dans un plasmide d'expression OTUD7A-tGFP, suivi de transfection dans des cellules haploïdes HAP1 OTUD7A knock-out, afin d’évaluer leur activité catalytique résiduelle dans un test de complémentation. Cette activité a été mesurée en détectant les les chaînes d'ubiquitine liées à K48 par Western blot. La variation pathogène récurrente p.(Leu233Phe) et la forme sauvage ont été utilisées comme contrôles.
Cliniquement, les patients identifiés hétérozygotes présentent un retard de développement de sévérité variable, associé à des troubles du comportement incluant des manifestations du spectre autistique, un trouble du déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité, et, dans certains cas, une épilepsie. Sur le plan moléculaire, nos résultats indiquent que les variations pathogènes conduisent à l’accumulation de chaînes d’ubiquitine liées en K48. L’association entre la récurrence de variations de novo et hérités dans OTUD7A chez des patients atteints de TND soutient un modèle de transmission semi-dominant pour les variations ponctuelles de ce gène.
Marie LUCAIN (Dijon), Julien PACCAUD, Loraine MANIA-PARIS, Caroline RACINE, Gaëtan LESCA, Thibaud ARMAND, Perrine CHARLES, Delphine LEHALLE, Dorothee VEER, Luisa AVERDUNK, Valentin RUAULT, Éléonore VIORA-DUPONT, Antonio NOVELLI, Monia GINEVRINO, Ludovico GRAZIANI, Auragen CONSORTIUM, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Hana SAFRAOU, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Quentin THOMAS, Antonio VITOBELLO
16:30 - 17:30
#49333 - P092 Impact du diagnostic précoce sur le neurodéveloppement dans le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK) : apport du séquençage du génome entier et enjeux du dépistage néonatal.
P092 Impact du diagnostic précoce sur le neurodéveloppement dans le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK) : apport du séquençage du génome entier et enjeux du dépistage néonatal.
Introduction :
Le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK, ORPHA #308410, OMIM #614923) est une maladie neurodéveloppementale très rare autosomique récessive, liée à des variants bialléliques du gène BCKDK. Elle se traduit par des taux abaissés d’acides aminés à chaînes ramifiées (AACR : leucine, valine, isoleucine) dans le plasma et le liquide céphalo-rachidien. Le phénotype associe à des degrés variables déficience intellectuelle (DI), troubles du spectre autistique (TSA), microcéphalie progressive et parfois épilepsie. Il s’agit d’une des rares causes de DI/TSA pour laquelle un traitement précoce a montré un bénéfice clinique (Tangeraas T. et al., Brain, 2023).
Matériels et Méthodes :
Nous présentons le parcours diagnostique de deux enfants d’une même fratrie, pour lesquels un séquençage du génome entier (WGS) en quatuor a permis d’établir un diagnostic de déficit en BCKDK.
Résultats :
L’aîné (8 ans) présentait un retard de langage et un TDAH traité par QUASYM, avec apparition d’une microcéphalie dès 4 ans. Il est scolarisé en milieu ordinaire avec accompagnement AESH. L’IRM cérébrale et l’EEG étaient normaux.
Sa sœur (3 ans) a été évaluée pour retard global des acquisitions sans microcéphalie. La chromatographie initiale des acides aminés plasmatiques (CAAp) n’avait pas permis le diagnostic.
Le séquençage du génome entier a révélé chez les deux enfants deux variants hétérozygotes composites : NM_005881.4:c.642+1G>A (maternel) et NM_005881.4:c.442G>A, NP_005872.2:p.(Glu148Lys) (paternel). De nouveaux prélèvements à jeun ont confirmé la diminution des AACR plasmatiques, permettant le reclassement en variants de classe 4 et la confirmation diagnostique. La famille est désormais suivie au centre de référence des maladies métaboliques de l’hôpital Necker qui a mis en place du traitement par régime hyperprotidique et supplémentation en AACR.
Discussion :
L’efficacité du régime hyperprotidique enrichi en AACR dépend de la précocité du traitement, ce qui souligne l’importance d’un diagnostic rapide. Le diagnostic biochimique peut être difficile : la CAAp peut donner des résultats faussement négatifs surtout si elle n’est pas faite dans les conditions adéquates. L’intégration du déficit en BCKDK dans les programmes de dépistage néonatal pourrait améliorer le pronostic. En France, le dépistage actuel par spectrométrie de masse est paramétré pour détecter plusieurs maladies rares du métabolisme dont la leucinose (MSUD) où les AACR sont trop élevés. Des études rétrospectives sur les résultats du dépistage néonatal en Belgique, Allemagne, Espagne et Norvège montrent que le déficit en BCKDK pourrait être dépisté en recherchant à l’inverse une diminution des AACR.
Conclusion :
Ce travail illustre l’apport déterminant du WGS dans le diagnostic de maladies métaboliques rares, surtout lorsqu’une prise en charge diététique précoce peut optimiser le neurodéveloppement. Le dépistage néonatal apparaît comme une piste prometteuse à explorer.
Anitha SATKUNAVEL (Bondy), Jonathan LEVY, Léa JACQUIOT, Eva PIPIRAS, Loïc DE PONTUAL, Juliette BOUCHEREAU, Apolline IMBARD, Andrée DELAHAYE-DURIEZ
16:30 - 17:30
#49495 - P096 Séquençage de génome short-read dans une cohorte monocentrique de 1009 patients atteints de troubles du développement intellectuel.
P096 Séquençage de génome short-read dans une cohorte monocentrique de 1009 patients atteints de troubles du développement intellectuel.
Le trouble du développement intellectuel (TDI) concerne environ 2% de la population et correspond à un groupe de maladies rares extrêmement hétérogènes. Plus de 1700 gènes sont impliqués dans ces pathologies, chacun d’entre eux représentant moins de 1% des cas. Le Plan France Médecine Génomique permet, depuis 2021, la réalisation d’un séquençage de génome (GS) chez les patients ayant un TDI transformant ainsi la prise en charge diagnostique des patients.
Nous rapportons les résultats d’une cohorte de 1009 patients suivis dans le service de médecine génomique des maladies rares de l’hôpital Necker, ayant bénéficié d’un GS au laboratoire SeqOIA entre mai 2021 et août 2025 dans la préindication « déficience intellectuelle ».
Nous avons identifié des variants de classe 4/5 chez 37% des patients (n=376), et des variants de classe 3 (VSI) chez 16% des patients (n=161). L’analyse en trio (n=890) permet un rendement diagnostique (classe 4/5) de 40%, supérieur aux autres situations (solo 25% n=4 ; duo 29% n=56, quatuor 22% n=55, quintet 0% n=4). Parmi les résultats positifs, 88% (n=334) sont des variants nucléotidiques (SNV) et 13% (n=49) sont des variations du nombre de copies (CNV) ou des variants de structure (SV).
Les 334 SNV sont localisés dans 213 gènes différents. La majorité des variants sont survenus de novo (79%). Dix-huit variants sont hérités d’un parent (9 atteints, 9 asymptomatiques dont 3 en mosaïque).
Parmi les CNV/SV, deux réarrangements complexes impliquant 3 chromosomes ont été identifiés ainsi qu’une délétion d’une région promotrice, une inversion séparant les éléments régulateurs d’un gène et un dérivé surnuméraire du chromosome 20.
Huit doubles-diagnostics associant deux SNV ou un SNV et un CNV/SV ont été établis.
Dix-neuf génomes ont été réalisés en urgence en raison d’une grossesse en cours dans la majorité des cas. Ils ont été rendus en 34 jours en moyenne (18 à 86 j), sept variants de novo et un variant sur le chromosome X hérité de la mère ont été identifiés.
Cette cohorte confirme la grande hétérogénéité génétique des TDI, tant par la diversité des gènes impliqués que par les mécanismes moléculaires sous-jacents. Le séquençage du génome constitue une approche “tout-en-un”, capable de détecter simultanément SNV, CNV, SV et expansions de répétitions en tandem, avec une sensibilité supérieure à celle de l’exome associé à l’ACPA. Ces atouts nous ont conduits à l’adopter récemment en première intention. Le rendement diagnostique de 37% est sous-évalué, et devrait augmenter grâce à la prescription de génome en première intention, à la reclassification des VSI, à l’amélioration des outils bioinformatiques, de l’annotation et des logiciels de prédiction des variants non codants, ainsi qu’à l’intégration de données multi-omiques comme le RNAseq.
Sophie RONDEAU (Paris), Thomas COURTIN, Hamza HADJ ABDALLAH, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, Jean-Sérène LALOY, Lamisse MANSOUR HENDILI, Tania ATTIE-BITACH, Stéphanie DUCREUX, Lucile BOUTAUD, Boris KEREN, Ilyas CHALLET, Emma RAIMBAULT, Marine RAJAOBA, Jeanne AMIEL, Geneviève BAUJAT, Maelle CHARPIE, Valérie CORMIER-DAIRE, Anne GUIMIER, Stanislas LYONNET, Pauline MARZIN, Caroline MICHOT, Mevyn NIZARD, Clothilde ORMIÈRES, Alix PAULET, Elise PISAN, Margaux SEREY-GAUT, Giulia BARCIA, Valerie MALAN, Marlène RIO
16:30 - 17:30
#49656 - P100 GenIDA : un registre participatif international pour la caractérisation phénotypique des troubles neurodéveloppementaux monogéniques.
P100 GenIDA : un registre participatif international pour la caractérisation phénotypique des troubles neurodéveloppementaux monogéniques.
L’amélioration des connaissances génétiques dans les troubles du neurodéveloppement (TND) a permis d’identifier les bases moléculaires de nombreux syndromes, mais la description de leur spectre phénotypique, de leurs comorbidités et de leur histoire naturelle reste souvent incomplète. Ces données sont pourtant essentielles pour la prise en charge médicale et le conseil génétique. Afin de répondre à ce besoin, nous avons lancé en 2016 GenIDA (https://genida.eu/home), un registre participatif international permettant aux familles de documenter directement, via un questionnaire structuré en ligne disponible en 10 langues, les manifestations cliniques et la qualité de vie des personnes atteintes. En septembre 2025, plus de 2 300 dossiers complets issus de 40 pays ont été collectés, constituant des cohortes génétiques vivantes mises à jour en continu. Les plus grandes concernent le syndrome de Koolen-de Vries/KANSL1 (n=256), le syndrome de Kleefstra/EHMT1 (n=220) et DDX3X (n=68). Cette approche a permis d’identifier des comorbidités jusque-là sous-estimées, telles que les infections respiratoires et l’asthme dans le syndrome de Koolen-de Vries, de préciser la sévérité perçue des troubles du comportement ou de l’épilepsie, et d’évaluer l’efficacité rapportée de certains traitements. Depuis 2022, dix publications utilisant des données GenIDA ont mis en évidence des aspects inédits, allant de la scoliose (KdVS) aux arythmies (Kleefstra Syndrome) en passant par le langage (DDX3X). Nous présenterons des résultats non publiés concernant les cohortes POGZ (n=40) et RNU4-2 (n=24), le gène majeur le plus récemment identifié dans les déficiences intellectuelles. Ces résultats confirment l’intérêt de GenIDA comme un outil unique pour affiner la description phénotypique de syndromes neurodéveloppementaux rares, révéler des manifestations jusqu’alors négligées (par ex vomissement cycliques et anxiété pour POGZ) et participer à la mise en place de recommandations de prise en charge spécifiques, dans l’objectif d’améliorer la qualité de vie des patients et de leurs familles.
Maria Victoria HINCKELMANN (Illkirch-Graffenstaden), Pauline BURGER, Sarah BAER, Arianne BOUMAN, Roseline CAUMES, Benjamin DURAND, Elana J. FORBES, Lottie D. MORISON, Valentin RUAULT, Dafna SHALEV, Sunil K. VASIREDDI, Ludivine WALTER, Tanja ZDOLSEK DRAKSLER, Romain COUTELLE, Anne DE SAINT MARTIN, David GENEVIEVE, Daphna LANDAU PRAT, Bertrand MOLLEREAU, Angela T. MORGAN, Thomas SMOL, Tjitske KLEEFSTRA, David KOOLEN, Coline CORMIER, Laurence FAIVRE, Caroline NAVA, Christel DEPIENNE, Jean-Louis MANDEL
16:30 - 17:30
#49830 - P104 Contribution du gène MAZ, localisé dans la région 16p11.2, dans les troubles du neurodéveloppement.
P104 Contribution du gène MAZ, localisé dans la région 16p11.2, dans les troubles du neurodéveloppement.
Les réarrangements génomiques de la région proximale 16p11.2 délimités par les points de cassure 4 et 5 (BP4-5), constituent l'une des causes les plus fréquentes de maladies génétiques liées à des variations du nombre de copies (CNV). Initialement décrits comme un facteur de prédisposition aux troubles du spectre autistique, à la déficience intellectuelle ainsi qu'à des effets miroirs sur l'adiposité ou la circonférence crânienne, ces CNVs sont maintenant associés à une multitude de phénotypes à expressivité et pénétrance variables. Les 31 gènes inclus dans cette région agissent par des mécanismes pléiotropiques à la fois directs et indirects. Alors qu'aucun candidat évident n'a été identifié pour expliquer les troubles de la parole et du langage présents chez plus de 75% des porteurs d'une délétion 16p11.2 BP4-5, une étude analysant les données d'exome de 726 enfants atteints/suspectés d'épilepsie ou de trouble du neurodéveloppement (ND), a mis en évidence une association significative (avant correction) entre la perte de fonction du gène MAZ (Myc-Associated Zinc finger), localisé en 16p11.2, et le bégaiement. Pour évaluer l'impact de l'haploinsuffisance de MAZ et de ses variants sur le ND, nous avons établi une cohorte de 10 patients (8 familles) grâce au recueil de données à l'international. Les signes cliniques de la cohorte se chevauchent et incluent des anomalies du ND, des déficits ophtalmologiques et du tonus musculaire ainsi que des troubles du langage et de la parole. Nous avons identifié différents modes de transmission et d'action : 4 individus issus de 2 familles iraniennes porteurs du même variant faux-sens homozygote, 2 patients avec des variants faux-sens hétérozygotes de novo, 3 individus avec des variants hétérozygotes tronquants et 1 patient présentant une expansion d'alanines située dans une région soumise à contrainte évolutive. Les 3 variants faux-sens touchent les domaines à doigts de zinc de MAZ et la modélisation 3D in silico prédit une altération de la liaison à l'ADN. Les poissons-zèbres déplétés de l'orthologue maza par la technique CRISPR/Cas9, mais non pour son paralogue mazb, ont montré des défauts de développement sévères ainsi qu'une vélocité de nage réduite, soulignant le rôle de MAZ dans la neurogenèse. Une létalité importante a été observée chez le modèle murin inactivé pour l'orthologue Maz. Nous évaluons actuellement la pathogénicité des faux-sens identifiés au sein de la cohorte à l'aide d'expériences de complémentation chez le poisson-zèbre. L'étude du transcriptome des lignées cellulaires HAP1 et K562 inactivées pour MAZ, ont révélé une dérégulation des gènes de réparation à l'ADN, des cibles de Myc ou encore des gènes régulant le fuseau mitotique. Nous explorons à présent si les mêmes voies sont altérées dans des lignées isogéniques éditées pour modéliser les faux-sens. Nos résultats étayent un rôle de l'haploinsuffisance de MAZ dans certains des phénotypes associés aux CNVs de la région 16p11.2 BP4-5.
Aymeric MASSON (Lausanne, Suisse), Adrien BURGENER, Giovanna AMBROSINI, Mahsa FADAEE, Erfan HEIDARI, Jacqueline CHRAST, Clara PAILLER-PRADEAU, Pedro AIRES, Jennifer HOWE, Elliot STOLERMAN, Anna LAGROON, Núria MARTÍNEZ GIL, Samantha BAXTER, Erin WADMAN, Emily O'HEIR, Melanie O'LEARY, Raymond CAYLOR, David AMOR, Karen GRIPP, Stephen SCHERER, Nicolas GUEX, Masoud GASHASBI, Alexandre REYMOND
16:30 - 17:30
#49873 - P108 Etude Descriptive du phénotype neuro-cognitif d’une cohorte de 30 patients français porteurs d’un syndrome BBSOAS (gène NR2F1).
P108 Etude Descriptive du phénotype neuro-cognitif d’une cohorte de 30 patients français porteurs d’un syndrome BBSOAS (gène NR2F1).
Introduction
Le syndrome d'atrophie optique de Bosch-Boonstra-Schaaf (BBSOAS), est une maladie autosomique dominante rare causée par des variants pathogènes du gène NR2F1, décrite pour la première fois en 2014. Les patients concernés par ce syndrome présentent des troubles du neurodéveloppement avec des déficits cliniques de différents degrés de sévérité. Au sein du projet « A functional and experimental study of a neurodevelopmental disorder caused by mutations in the NR2F1 gene » financé par la Fondation de France, notre étude ancillaire a pour but d’effectuer une description détaillée du phénotype neuro-cognitif de patients français porteurs de variants NR2F1. Dans un second temps, il s’agira de mettre en lien ces données avec les manifestations neuro-anatomo-fonctionnelles d’un sous-groupe de patients ayant bénéficié d’une IRM cérébrale au sein de l’institut NeuroSpin.
Méthodes
30 patients âgés de 7 à 41 ans (19 enfants et 11 adultes) ont été inclus (soit 56 % des patients répertoriés par la BNDMR). Les évaluations neuropsychologiques et les données cliniques sont issues des dossiers médicaux des patients avec la collaboration de différents centres de génétiques en France du réseau AnDDI-Rares et Défiscience. Une échelle de Vineland a été systématiquement réalisée. L’analyse descriptive porte principalement sur les données et diagnostics cliniques ainsi que sur les résultats à l’échelle d’évaluation du fonctionnement adaptatif (Vineland 2).
Résultats
Les premières analyses confirment l’importante hétérogénéité des profils tant sur le plan cognitif qu’adaptatif. De manière inattendue environ 40% des patients évalués ne sont pas concernés par un TDI. Environ 50 % des patients présente un TSA. Les troubles du langage concernent 50% de la cohorte et un TDA/H est retrouvé chez 30% des patients. La majorité des patients a un point faible au niveau des capacités de discrimination visuelle et de vitesse visuo-graphique, certainement en lien avec les troubles visuels (77%) et praxiques (50%) rapportés. La majorité des profils adaptatifs montre des capacités globalement déficitaires (56% des cas) mais hétérogènes avec un point faible dans le domaine de la socialisation (71% des cas).
Conclusion
Cette étude confirme que les profils neuro-cognitifs des patients porteurs du syndrome BBSOAS sont variés. Le TDI n’est pas systématique. La proportion importante de TSA ainsi que les difficultés retrouvées dans le cadre des habilités sociales et les atteintes visuelles ont un retentissement significatif sur le fonctionnement adaptatif. Dans le cadre de la rédaction du Plan National De Soins (PNDS), ces nouvelles connaissances sont primordiales pour établir de nouvelles recommandations de prévention et de prise en charge précoce afin de limiter l’impact sur le fonctionnement des patients.
Raphaelle MOTTOLESE (Dijon), Claire NICOLAS, David GERMANAUD, Julian DELANNE, Angelique VÉRÉ, Aurélie ESPITALIER, Liubinka MIRAKOVSKA, Alexandra AFENJAR, Françoise DEVILLARD, Camille CENNI, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOU, Benjamin DURAND, Marjolaine WILLEMS, Gäetan LESCA, Chloé QUELIN, Stanislas LYONNET, Fanny LAFFARGUE, Valentin RUAULT, Roseline CAUMES, Camille BERGES, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Dominique BONNEAU, Michèle STUDER, Laurence FAIVRE
16:30 - 17:30
#49986 - P112 Génération et caractérisation de nouveaux modèles murins avec délétion ou duplication de la région 1q21.1.
P112 Génération et caractérisation de nouveaux modèles murins avec délétion ou duplication de la région 1q21.1.
Les variations du nombre de copies (CNV ; délétions ou duplications) sont des lésions génomiques majeures contribuant aux troubles du neurodéveloppement, dont l’autisme. Cependant, passer de la détection d’un CNV à l’identification des gènes responsables reste difficile. Nous avons adopté une approche basée sur deux constats : (1) de nombreux CNV possèdent des phénotypes anatomiques quantitatifs mesurables ; (2) certains CNV présentent des phénotypes réciproques. Le CNV 1q21.1 en est l’exemple : la délétion s’accompagne de microcéphalie et de petite taille, la duplication de macrocéphalie et de grande taille. Une étude clinique menée par notre équipe a également révélé des traits fréquents mais à ce jour méconnus : troubles neuropsychiatriques, altérations cognitives et sociales, niveaux d’activité, force musculaire et crises d’épilepsie.
Pour tester si le CNV 1q21.1 induit des phénotypes similaires chez la souris, nous avons généré, par CRISPR/Cas9, des lignées hétérozygotes pour la délétion (Del/+) ou la duplication (Dup/+). Une cohorte de 125 souris mâles et femelles a été soumise à un protocole ciblant huit domaines cliniquement pertinents : anxiété, mémoire, coordination, motricité, sociabilité, comportements de type autistique et épilepsie. Les données montrent des effets opposés sur l’anxiété, l’activité et la force musculaire entre Del/+ et Dup/+, ainsi que des variations significatives de poids et de taille, en accord avec les observations cliniques.
Pour l’étude neuroanatomique, nous avons utilisé la microscopie épiscopique à haute résolution (HREM) et 3D Slicer pour segmenter 26 régions cérébrales. Les analyses confirment la microcéphalie chez les Del/+ et la macrocéphalie chez les Dup/+. Plus précisément, Del/+ présente une réduction du volume du cortex, du corps calleux, des structures hippocampiques et de l’habenula, tandis que Dup/+ montre une augmentation du cortex, du corps calleux et de la fimbria.
En résumé, ces nouveaux modèles murins CNV 1q21.1 reproduisent les phénotypes comportementaux et neuroanatomiques décrits chez les patients et fournissent une plateforme unique pour étudier les mécanismes génétiques et physiopathologiques liés à ce locus.
Emilia SKUTUNOVA (Dijon), Stephan COLLINS, Binnaz YALCIN
16:30 - 17:30
#48949 - P116 Cohorte Auragen – Pré-indication « malformations cérébrales » : impact de l’expertise neuroradiologique et rendement du séquençage fonction de l’imagerie pré- et post-natale.
P116 Cohorte Auragen – Pré-indication « malformations cérébrales » : impact de l’expertise neuroradiologique et rendement du séquençage fonction de l’imagerie pré- et post-natale.
Introduction
L’inclusion croissante dans la pré-indication «malformations cérébrales» pour un séquençage du génome dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025 soulève nombre de questions relatives à cette opportunité. Quelles malformations représentent des indications pertinentes ? Le phénotypage en imagerie impacte-t-il l’interprétation des données de séquençage ? Comment optimiser le rendement diagnostique par une meilleure corrélation génotype-phénotype radiologique de manière homogène sur le territoire national ?
Objectif
Ce travail a pour objectif d’évaluer l’impact du phénotypage radiologique en IRM encéphalique pré- et post-natale sur l’indication et l’interprétation du séquençage du génome.
Méthodes
Les patients dont le génome a été séquencé au sein du laboratoire de biologie médicale Auragen et pour lesquels l’IRM cérébrale a été fournie par le centre prescripteur du génome ont été inclus de manière prospective. La relecture des IRM a été réalisée par deux radiologues, en aveugle des résultats du séquençage du génome. La concordance avec les termes HPO renseignés lors de la prescription du génome et le compte-rendu d’imagerie initial a été évaluée. Les données de séquençage du génome ont été lues par 3 interpréteurs, en aveugle ou connaissance de la réinterprétation de l’IRM, et l’impact de la réinterprétation de l’imagerie sur le rendu de résultat a été évalué par discussion multidisciplinaire.
Résultats
Les données de séquençage de génome et d’IRM cérébrale pré-natale(n=38) et post-natale(n=100) ont été analysées. Le rendement diagnostique global du séquençage était de 31%, variant de 6 à 42% pour les 4 anomalies cérébrales les plus représentées en imagerie post-natale (anomalie du corps calleux, ventriculomégalie, atrophie et hétérotopie) et de 0 à 45% en pré-natal. Les points d’appel avec le plus haut rendement diagnostique impliquaient la fosse postérieure (dysgénésie du tronc, hypoplasie ponto-cérébelleuse). Parmi les 19 centres prescripteurs, une importante disparité de rendement diagnostique du séquençage – variant de 0 à 60% parmi les quatre premiers centres prescripteurs – a été mise en évidence. Le taux de concordance complète entre les termes HPO relatifs à l’imagerie encéphalique renseignés par le prescripteur et les résultats de la relecture de l’IRM encéphalique était d’environ un tiers (HPO manquant 80%, infirmé 65%, modifié 85%). L’impact de la discordance d’interprétation de l’imagerie sur le résultat de l’interprétation du génome a été estimé à environ 20% sans réanalyse informatique (aide au diagnostic, précision du mécanisme impliqué).
Conclusion
La connaissance de l’imagerie neurodéveloppementale lors de la (re)lecture de l’IRM encéphalique de manière préalable ou orientée par les variations potentiellement pathogènes mises en évidence par séquençage du génome est essentielle. Ce travail souligne l’importance de l’expertise neuroradiologique au cours des différentes étapes d’investigations étiologiques génétiques.
Sara CABET, Louis JANUEL, Nicolas CHATRON, Audrey PUTOUX, Damien SANLAVILLE, Mona MASSOUD, Laurent GUIBAUD, Gaetan LESCA (Lyon)
16:30 - 17:30
#49012 - P120 Mutations de RAB3A : de l’ataxie cérébelleuse à la paraparésie spastique.
P120 Mutations de RAB3A : de l’ataxie cérébelleuse à la paraparésie spastique.
Introduction : Les ataxies cérébelleuses à transmission autosomique dominante sont des maladies neurogénétiques rares avec plus de 40 gènes identifiés. Néanmoins, près de la moitié des patients atteints demeurent sans diagnostique génétique. Récemment, RAB3A a été décrit comme un nouveau gène d’ataxie cérébelleuse autosomique dominante par Hengel et al. (Brain 2025). Dans cette étude, 18 individus issus de 10 familles portaient un variant pathogène (p.Arg83Trp ou p.Ile27Thr) au sein du gène RAB3A, associé à une ataxie cérébelleuse débutant vers l’âge de 25 ans, le plus souvent isolée (N = 15/18). Par ailleurs, trois familles présentaient un trouble du neurodéveloppement, associant déficience intellectuelle, corps calleux fin et spasticité en lien avec d’autres variants RAB3A (p.Tyr91Cys, p.Glu189*, p.Gln210*).
Méthode : Nous avons recherché des variants du gène RAB3A dans notre cohorte de 1235 patients atteints d’ataxie cérébelleuse ou de paraplégie spastique héréditaire, ayant bénéficié d’un exome à l’Institut du Cerveau (Paris).
Résultat : Onze patients issus de cinq familles présentaient un variant pathogène au sein du gène RAB3A, correspondant une prévalence de 1% dans notre cohorte.
Le variant récurrent p.Arg83Trp a été identifié chez huit patients appartenant à trois familles. Le phénotype était dominé par une ataxie cérébelleuse lentement progressive, débutant en moyenne à 25 ans. Les signes associés comprenaient des signes pyramidaux, des troubles cognitifs, et une dystonie laryngée. L’IRM cérébrale montrait systématiquement une atrophie cérébelleuse.
Deux nouveaux variants ont été identifiés :
- le variant p.Arg41Cys, observé chez deux frères présentant une paraparésie spastique débutée vers l’âge d’un an, associé à un retard du développement et une IRM cérébrale normale
- le variant p.Asp181Tyr, retrouvé chez un patient présentant une paraparésie spastique apparue à l’âge de à 35 ans, associé à un syndrome parkinsonien.
Discussion : L’implication de Rab3A dans les paraparésies spastiques et autres mouvements anormaux, tels que la dystonie et le syndrome parkinsonien, pourrait s’expliquée par les interactions de cette protéine avec, d’une part, la spastine – responsable la forme plus fréquente de paraparésie spastique héréditaire (SPG4), et d’autre part, avec des protéines associées à la physiopathologie du syndrome parkinsonien – notamment l’alpha-synucléine et Lrrk2.
En conclusion, RAB3A apparait comme un nouveau gène impliqué dans l’ataxie cérébelleuse autosomique dominante, mais devrait également être considéré dans le cadre des paraparésies spastiques et potentiellement dans d’autres mouvements anormaux, tels que les dystonies et les syndromes parkinsoniens.
Charlotte MOURAUX (Liège, Belgique), Sacha WEBER, Jean-Loup MEREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Léna GUILLOT, Alexis BRICE, Alexandra DURR, Giulia COARELLI
16:30 - 17:30
#49201 - P124 SCA27A (FGF14) : présentation d’une large série de 39 patients et comparaison avec SCA27B.
P124 SCA27A (FGF14) : présentation d’une large série de 39 patients et comparaison avec SCA27B.
Introduction : SCA27A est une ataxie dominante à début souvent précoce liée à des mutations dans FGF14 (1). SCA27B est une ataxie dominante à début tardif liée à une expansion GAA intronique dans le même gène (2)(3). Nous souhaitons mieux caractériser le phénotype de SCA27A, afin de détecter les différences mais aussi les similarités avec SCA27B. Une meilleure définition phénotypique pourrait permettre d’élaborer des hypothèses sur les mécanismes pathogéniques.
Méthodes : SCA27A : étude rétrospective internationale multicentrique (consortium SCANOP et SCA27B). SCA27B : recueil des données phénotypiques à partir des séries récentes publiées (3)(4)(5).
Résultats : 39 patients avec SCA27A (26 familles) avec âge moyenne au début 12.5 +/- 16.38 (médiane 6 ans). Le plus fréquent symptôme initial est l’ataxie cérébelleuse, avec différentes manifestations en fonction de l’âge de début. Si début < 5 ans (n=18) : hypotonie (n=5) ou nystagmus/oscillopsie (n=9) et/ou ataxie de la marche (n=5) ou épisodique (n=2). Si début > 20 ans (n=9) : ataxie de la marche (n=4) avec parfois un tremblement des membres supérieurs ou du chef (n=2); ataxie épisodique (n=2) ; dystonie des membres inférieurs (n=1). Si début entre 5 et 20 ans (n=12) : tremblement des membres supérieurs (n =5), ataxie de la marche (n=4) ou épisodique (n=2) ; oscillopsie (n = 1). Une déficience intellectuelle, souvent légère à modéré, ou des troubles du langage et de l’apprentissage (sans déficience intellectuelle) sont décrit dans 25/39 patients, notamment chez les patients avec un début précoce (17/18). Le déclin cognitif n’est pas rapporté. L’âge moyenne à la dernière visite est 33.7 +/- 23.6 ans ; la durée moyenne de maladie 21 +/- 17.75 ans avec un score SARA moyen à la dernière visite de 10.6 +/- 7.4/40. Au cours de l’évolution, on retrouve une dystonie chronique (n=4) ou paroxystique (n =2) et d’autres symptomes paroxystiques avec ataxie (n=13), oscillopsie (n=3), migraines (n=8), épilepsie (n=4). Le principal facteur déclenchant était la fièvre (n =8). La 4-dyaminopiridine a été essayée dans 5 patients, avec une amélioration dans deux cas. Au niveau génétique nous retrouvons des délétions 13q33.1 incluant FGF14 (n=18), 6 variants non-sens et 2 faux-sens.
Discussion: SCA27A est une ataxie avec phénotype variable mais, comme SCA27B, lentement évolutif ; d’autres similarités sont les symptômes épisodiques et oculomoteurs, parfois prédominants. La réponse à la 4-dyaminopiridine a été rarement testée dans SCA27A. Les principales différences sont l’âge de début (12.5 +/- 16.38 ans pour SCA27A vs 45-60 ans pour SCA27B) et la présence d’une composante développementale dans SCA27A. Dans les deux cas il s’agit de mutations induisant une haploinsuffisance. Cela suggère que pour SCA27A la perte de fonction est là dès le début, alors que pour SCA27B le mécanisme épigénétique d’inhibition de l’expression de la protéine pourrait être plus tardif, préservant la période développementale.
Cecilia MARELLI (Montpellier), Audrey RIQUET, Pablo IRUZUBIETA, Norbert BRUEGGEMANN, Mathilde RENAUD, Salomé PUISIEUX, Eugénie MUTEZ, Chloe ANGELINI, Matthis SYNOFZIK, Felix GSELL, Bart VAN DE WARRENBURG, Teije VAN PROOIJE, Martin VYHNALEK, Simona KARAMAZOVOVA, Alena ZUMROVA, Paul LOCKHART, John DRAGO, Alexander BALCK, Jone BOCOS-PORTILLO, Caroline ESPIL, Solene FRISMAND, Cyril GOIZET, Odile GOZE, Marie-Line JACQUEMONT, Bérénice LECARDONNEL, Meret MOELLER, David PELLERIN, Lydie BURGLEN, Francis RAMOND, Alexandra DURR, Claire GUISSART, Michel KOENIG, Bernard BRAIS, Florence RIANT
16:30 - 17:30
#49250 - P128 Analyse de l'exome d'une cohorte de patients présentant une sclérose latérale amyotrophique.
P128 Analyse de l'exome d'une cohorte de patients présentant une sclérose latérale amyotrophique.
La sclérose latérale amyotrophique (SLA) ou maladie de Charcot est une maladie neurodégénérative caractérisée par une dégénérescence des motoneurones conduisant à une paralysie progressive. Une composante génétique de plus en plus importante est apparue dans cette maladie ces dernières années.
L’objectif de notre travail a été d’étudier par séquençage de l’exome (exons des 22000 gènes du génome) de manière rétrospective une cohorte de patients atteints de SLA pour lesquels l’approche classique de diagnostic génétique a été négative (étude d’un panel de 30 gènes causaux). Cette étude a été réalisée dans le Laboratoire de biologie médicale de référence (LBMR) de la SLA au CHU de Tours. L’analyse bioinformatique des données de séquençage a été réalisée grâce à un pipeline Exome développé récemment en interne au CHU et à la plateforme inter-régionale DIAGHO d’interprétation des données génomiques développée par les Hôpitaux universitaires du grand ouest (HUGO).
Dix patients présentant une SLA, sans variant pathogène identifié par panel ciblé, ont été retenus pour cette étude. Le séquençage et l’analyse diagnostique de leurs exomes ont révélé de nouveaux variants d’intérêt répartis dans des gènes variés. L’étude d’enrichissement fonctionnel des variants rares et prédits délétères a permis de confirmer la pertinence de variants déjà identifiés par des approches classiques ou de mettre en évidence de nouveaux variants d’intérêt. L’étude d’enrichissement fonctionnel des variants rares et délétères, réalisée à l’échelle de la cohorte entière, a mis en avant deux voies biologiques : la modification post traductionnelle des protéines et la réparation de l’ADN.
Ainsi, le séquençage de l’exome apparaît comme un outil stratégique puissant pour élargir le spectre génétique connu de la SLA, affiner le diagnostic des patients, et générer de nouvelles hypothèses physiopathologiques. Le séquençage de l’exome, au-delà de son intérêt dans la SLA, ouvre des perspectives pour améliorer la classification des atteintes du motoneurone, et des pathologies neurodégénératives et ainsi améliorer leur prise en charge.
Elodie RICHARD (Tours), Patrick VOURC'H
16:30 - 17:30
#49290 - P132 Caractérisation du rôle du gène PURA dans le phénotype neurodéveloppemental associé aux duplications 5q31.
P132 Caractérisation du rôle du gène PURA dans le phénotype neurodéveloppemental associé aux duplications 5q31.
La protéine PURA (Purine-rich element binding protein A), codée par le gène PURA (5q31), est un régulateur transcriptionnel majeur qui se lie à l’ADN et à l’ARN et a un rôle essentiel dans le neurodéveloppement et la différenciation neuronale. L’haploinsuffisance de ce gène, bien décrite dans la littérature, est associée à un syndrome neurodéveloppemental sévère, caractérisé par un spectre large de symptômes incluant un retard moteur, un retard global du développement et une déficience intellectuelle. À ce jour, une seule duplication 5q31 de grande taille (3,36 Mb) incluant PURA a été décrite par Rosenfeld et al. en 2011, chez un patient présentant également un retard global du développement. Toutefois, les conséquences d’une duplication de PURA sur le développement neurocognitif n’avaient encore jamais été étudiées. Dans ce projet, après avoir démontré que la duplication est à l’origine d’une augmentation de l’expression de la protéine PURA, nous utilisons des modèles de surexpression de PURA, mimant ainsi la duplication de ce gène.
Dans le cadre d’une collaboration nationale, nous avons identifié quatre duplications hétérozygotes de 5q31 (dont trois de novo) chez quatre patients non apparentés. Bien que moins sévères, ils présentent des symptômes similaires à ceux observés en cas de mutations ponctuelles ou de délétions du gène PURA. Afin d’évaluer l’impact potentiel d’une duplication de PURA sur la morphologie neuronale et d’explorer ses effets au niveau dendritique et synaptique, nous avons mené des études fonctionnelles in vitro sur des neurones primaires d’hippocampe d’embryons de souris. La transfection d’un plasmide PURA-MYC-DDK a permis la surexpression de PURA.
Chez les neurones jeunes, nous avons montré que la surexpression de la protéine PURA induit une diminution significative de la complexité de l’arborisation dendritique proximale ainsi que du nombre de dendrites. Chez les neurones matures surexprimant PURA, la densité des épines dendritiques est significativement diminuée. En revanche, leur maturation n’est pas impactée.
Nos résultats mettent en évidence qu’une surexpression de PURA influence le développement des neurones et pourrait contribuer au phénotype neurodéveloppemental observé chez les porteurs d’une duplication 5q31.
Laurine CHALLEAT (Tours), Solène REMIZE, Chloé BOISSEAU, David LAURENCEAU, Noémie CELTON, Lara KERBELLEC, Céline PEBREL-RICHARD, Matthieu EGLOFF, Caroline NAVARRO, Christine FRANCANNET, Tanguy NICLASS, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandrine VONWILL, Médéric JEANNE, Marie-Laure VUILLAUME-WINTER, Frédéric LAUMONNIER
16:30 - 17:30
#49341 - P136 Ataxies spinocérébelleuses associées au gène STUB1 : les expansions ATXN8OS sont un modificateur de SCA48.
P136 Ataxies spinocérébelleuses associées au gène STUB1 : les expansions ATXN8OS sont un modificateur de SCA48.
Introduction : Le gène STUB1 est impliqué dans deux formes d’ataxies cérébelleuses : les variants monoalléliques sont associés à l’ataxie spinocérébelleuse autosomique dominante de type 48 (SCA48) (Genis 2018), tandis que les variants bialléliques sont liés à l’ataxie spinocérébelleuse récessive de type 16 (SCAR16) (Shi 2013). Dans SCA48, la présence d’un allèle intermédiaire TBP est corrélée à une fréquence accrue de démence et à une réduction de la survie (Barbier 2023). Plus récemment, un début plus précoce a été associé au gène ATXN8OS (Baviera-Muñoz 2024), remettant en question l’existence de SCA48 comme entité clinique distincte.
Méthodes : Nous avons réalisé un séquençage génomique par short-read (WGS) et mesuré par migration capillaire des amplicons les expansions CTG·CAG du gène ATXN8OS chez tous les individus de la cohorte SPATAX/BIOMOV de l’Institut du Cerveau de Paris (ICM) présentant une ataxie et au moins un variant STUB1.
Résultats : Parmi les 46 patients SCA48 (28 familles) ayant bénéficié d’un WGS, un second variant STUB1 a été identifié chez seulement deux individus, établissant un diagnostic de SCAR16. Aucun autre gène causal n’a été identifié parmi 22 WGS analysés en profondeur pour 11 familles présentant un début précoce ou un pedigree suggérant d’une transmission récessive. Une ségrégation dominante a été confirmée dans 13 familles.
L’analyse de l’expansion ATXN8OS chez 62 patients SCA48 a révélé une expansion intermédiaire (entre 50 et 117 répétitions) chez sept d’entre eux. Ces porteurs présentaient un âge de début significativement plus précoce par rapport aux non porteurs ATXN8OS, avec une médiane de 28 ans [26,31.5] contre 44 ans [37,51], respectivement, (p<0.0001), âge comparable à celui des patients SCAR16 (26 ans [20,29]). Cliniquement, ces sept patients présentaient une ataxie avec atrophie cérébelleuse et détérioration cognitive, parfois associées à des mouvements anormaux (dystonie ou parkinsonisme, 4/7), des signes pyramidaux (2/7) et une atrophie du pont (2/5). La présentation restait typique de SCA48 excepté un âge de début plus précoce. En comparaison, les patients SCAR16 (n = 13) présentaient plus fréquemment une spasticité (5/13), un retard de développement (3/10) et une progression plus rapide de la maladie, avec une survie réduite (âge de décès < 50 ans chez 6/13 patients).
Conclusion : Nos résultats confirment que SCA48 constitue une entité clinique distincte, dont le phénotype peut être modulé par une expansion intermédiaire de ATXN8OS, associée à un âge de début plus précoce. Ces patients conservent les caractéristiques cliniques de SCA48 : ataxie, déclin cognitif parfois associés à des signes pyramidaux ou des mouvements anormaux. En comparaison, les patients SCAR16 présentent également un âge de début plus précoce, mais avec une progression plus rapide et des manifestations supplémentaires tel que des troubles du neurodéveloppement et de l’épilepsie.
Charlotte MOURAUX (Liège, Belgique), Jean-Loup MÉREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Léna GUILLOT NOEL, Adem NASRAOUI, Emilien PETIT, Anna HEINZMANN, Claire EWENCZYK, Alexis BRICE, Alexandra DURR, Giulia COARELLI
16:30 - 17:30
#49398 - P140 Identification d’un nouveau variant du gène SPG21 chez un patient présentant une paraparésie spastique complexe évolutive avec survie prolongée.
P140 Identification d’un nouveau variant du gène SPG21 chez un patient présentant une paraparésie spastique complexe évolutive avec survie prolongée.
Le syndrome MAST ou SPG21 (MIM #248900) est une cause rare de paraparésie spastique autosomique récessive. Il a été décrit pour la première fois en 2003 par Simpson et al. chez 14 patients issus d’une famille Amish présentant une clinique de paraparésie spastique puis une atteinte cognitive secondaire, et des anomalies à l’IRM cérébrale. Dans cette famille princeps a été mis en évidence le premier variant pathogène décrit dans SPG21 (anciennement nommé ACP33), à l’état homozygote. Par la suite, 9 nouveaux patients ont été rapportés dans le monde avec un phénotype similaire.
Nous rapportons un individu de 70 ans ayant présenté des troubles de la marche apparus vers l’âge de 35 ans avant une évolution vers une paraparésie spastique complexe associant une atteinte extrapyramidale, cérébelleuse et bulbaire, puis progressivement une perte de la marche à l’âge de 62 ans, et un déclin cognitif avec anarthrie à l’âge de 70 ans.
L’IRM cérébrale (52 ans) montre une atrophie cérébelleuse, un corps calleux fin, une atrophie cortico-sous corticale et des anomalies de la substance blanche périventriculaire.
Une première analyse génétique par panel de gènes impliqué dans les paraparésies spastiques et les ataxies autosomique dominante est revenue négative en 2010, complétée en 2020 par une analyse en exome solo permettant d’identifier un variant faux sens du gène SPG21 à l’état homozygote (NM_016630.7:c.146T>G). Ce variant non décrit dans les bases de données a été classé comme probablement pathogène (classe 4) par le laboratoire.
Il s’agit de l’individu porteur d’un syndrome Mast le plus âgé décrit dans la littérature. Mais son évolution semble plus lente que celle des autres patients précédemment décrits. Une seule autre famille, d’origine japonaise (Ishiura et al., 2014), a été rapportée porteuse d’un variant faux-sens homozygote. Les 2 individus porteurs présentaient une paraparésie spastique pure d’apparition plus tardive que chez les patients présentant des variants tronquants. Cela conforterait l’hypothèse d’une corrélation génotype-phénotype entre les variants faux-sens SPG21 et un phénotype moins sévère ou une progression plus lente de la maladie, par rapport aux cas en lien avec les variants tronquants.
Anaïs COUASNON (Caen), Audrey RIOU, Auriane COSPAIN, Christèle DUBOURG, Paul ROLLIER
16:30 - 17:30
#49578 - P144 Évolution des demandes de test génétique présymptomatique pour la Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale : expérience du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière.
P144 Évolution des demandes de test génétique présymptomatique pour la Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale : expérience du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière.
Les demandes de test génétique présymptomatique (TPS) pour Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale (SLA-DFT), encore anecdotiques dans les années 2000, font désormais partie de l’activité de routine du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière, au même titre que celles pour la maladie de Huntington. Nous avons comparé l’évolution de ces demandes entre 2008 et 2020 et au cours des cinq dernières années.
Entre 2008 et 2020, une moyenne de 11 demandes de TPS par an a été enregistrée (extrêmes : 1–33), contre 56 par an depuis 2021 (42–69). L’âge moyen des demandeurs reste stable (42 vs 43 ans, 18–75 ans), avec une légère prédominance féminine (60 % vs 55 %). La majorité des personnes sont à risque de SLA et de DFT, avec une proportion constante d’individus à risque de portage d’une expansion pathologique dans C9orf72 (64–65 %). Le deuxième gène le plus fréquemment impliqué était GRN (9 %) jusqu’en 2020, dépassé depuis 2021 par SOD1 (12 % vs 6 % au cours de la période 2008-2020), possiblement en lien avec la disponibilité du traitement ciblé par Tofersen.
Les motivations principales demeurent le désir de connaître son statut génétique (47 % vs 52 %) et d’informer ses enfants (16 % vs 15 %), tandis que les projets parentaux semblent moins moteurs au fil du temps (10 % vs 6 %). Depuis 2021, les tests sont moins fréquemment réalisés chez les personnes à risque de 25 % (10 % vs 5 %), possiblement en raison d’une meilleure acceptation du test proposé au préalable chez les ascendants. Le taux d’abandon reste stable (25 % vs 21 %), mais des reprises de démarche, plusieurs années après un premier rendez-vous, sont observées. Enfin, parmi environ 120 porteurs identifiés de variants pathogènes associés à la SLA-DFT, nous avons accompagné huit phénoconversions complètes au cours des dernières années (2 liées à SOD1, 6 à C9orf72).
Ces résultats illustrent l’essor majeur des demandes de TPS pour SLA-DFT, désormais intégrées à la pratique clinique courante. L’expérience acquise avec la maladie de Huntington constitue un support précieux, mais le suivi longitudinal de cette nouvelle population et l’accompagnement du risque de phénoconversion soulèvent des défis inédits. En particulier, la singularité des gènes associées à la SLA-DFT comme C9orf72, associant un risque de progression rapide et de deux pathologies majeures mais différentes, amplifie l’incertitude et confronte les psychologues à de nouveaux enjeux de soutien, tant pour les sujets à risque que pour les familles. Des études prospectives, incluant un volet psychosocial, sont nécessaires pour élaborer des recommandations adaptées.
Maria Del Mar AMADOR (Paris), Stéphanie STARACI, Manon ROBERT, Melanie HEBERT, Elodie SCHAERER, Marie TEMPLE, Fabienne CLOT, Marcela GARGIULO, Alexandra DURR
16:30 - 17:30
#49668 - P148 Du prénatal au postnatal : phénotypage IRM du syndrome ReNU.
P148 Du prénatal au postnatal : phénotypage IRM du syndrome ReNU.
Des variants monoalléliques du gène non codant RNU4-2 (OMIM#620823) ont récemment été identifiés comme responsables du syndrome ReNU, l’un des troubles neurodéveloppementaux syndromiques monogéniques les plus fréquents (0,38–0,68 % des TND). Depuis sa description en 2024, plus de 200 patients ont été rapportés, la plupart présentant des anomalies cérébrales à l’IRM. Les anomalies les plus fréquemment décrites sont une hypoplasie du corps calleux et une ventriculomégalie, tandis que les anomalies de la myélinisation et les malformations corticales sont plus rares. Le but de notre étude est d’identifier des signes IRM récurrents ou spécifiques pour aider au diagnostic du phénotype lié à RNU4-2 et à la classification de variants de ce gène.
Nous avons inclus 45 IRM de patients porteurs d’un variant pathogène de RNU4-2 avec IRM cérébrale disponible, chacune relue indépendamment par deux radiopédiatres expérimentés.
Tous les patients présentaient un trouble du développement intellectuel. Parmi eux, vingt-six portaient le variant récurrent n.64_65insT (NR_003137.3). L’âge médian lors de la première IRM était de 2,1 ans (8 jours–31 ans). L’IRM était pathologique chez la majorité des patients (43/45). Les anomalies les plus fréquentes comprenaient une raréfaction de la substance blanche sus-tentorielle (32/45), prédominant en postérieur, parfois progressive dans la petite enfance, une ventriculomégalie passive (32/45), une hypoplasie des lobes frontaux (26/45), des hypersignaux périventriculaires T2/FLAIR linéaires non progressifs (10/45).
Les anomalies de la ligne médiane observées incluaient un corps calleux fin (22/45), court (7/45) ou dysgénétique (2/45), et des bulbes olfactifs fins (30/45). A l’étage infratentoriel, une dysgénésie du vermis avec une fissure primaire oblique a été observée chez 14/45 patients. Une atrophie cérébelleuse modérée était présente chez 3/45, et un sillon bulbo-protubérantiel profond chez 18/45. Une hypoplasie du pont (2/45), du cervelet (1/45) ou des deux (2/45) a été retenue dans quelques cas. Deux IRM cérébrales fœtales réalisées à 32 et 34 SA montraient également des anomalies, avec une ventriculomégalie légère (11–12 mm) à modérée (14–15 mm).
Notre étude met en évidence le profil radiologique du syndrome ReNU, associant ventriculomégalie passive sur raréfaction de la substance blanche, anomalies du corps calleux mais aussi des signes plus spécifiques comme l’hypoplasie des bulbes olfactifs et la dysgénésie vermienne très particulière chez un tiers des patients. La reconnaissance de ce faisceau de signes, en lien avec les caractéristiques cliniques déjà décrites, constitue un élément d’orientation majeur vers le diagnostic moléculaire de variants pathogènes du gène non codant RNU4-2.
Sarah BAER, Agathe CHAMMAS, Toan NGUYEN, Mri RNU4-2, Laurent GUIBAUD, Delphine HERON, Gaetan LESCA, Nicolas CHATRON, Christel DEPIENNE, Caroline NAVA, Amélie PITON, Nathalie BODDAERT, Eleonore BLONDIAUX, Sara CABET (Lyon)
16:30 - 17:30
#49951 - P152 PTCHD1 régule la neurogenèse humaine dans des modèles dérivés d’iPSC : implications dans les troubles du neurodéveloppement.
P152 PTCHD1 régule la neurogenèse humaine dans des modèles dérivés d’iPSC : implications dans les troubles du neurodéveloppement.
Les troubles du neurodéveloppement (TND) concernent 5 à 15 % de la population générale et ne disposent actuellement d’aucun traitement efficace. Des variants pathogènes du gène lié à l’X PTCHD1 sont associés à la déficience intellectuelle avec ou sans troubles du spectre autistique. Dans un modèle murin knockout, nous avons montré que PTCHD1 régule la signalisation synaptique via PSD95 et SAP102 et le remodelage du cytosquelette via Rac1. Néanmoins, ses fonctions moléculaires et cellulaires restent cependant encore peu caractérisées.
Afin d’explorer le rôle de PTCHD1 dans le développement cérébral humain, nous avons généré des modèles dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) portant soit une invalidation complète (knockout), soit d’un variant faux-sens de PTCHD1 p.(Tyr213Cys) retrouvé chez des patients. Les cellules progénitrices neurales (NPCs) dérivées de ces iPSC sont utilisées pour étudier la prolifération, la différenciation et l’organisation du cytosquelette aux stades précoces de la neurogenèse. En parallèle, des neurones corticaux dérivés d’iPSC nous permettent d’analyser les altérations à la fois de la morphologie neuronale et également de la signalisation et de la maturation synaptique.
Ainsi, ces travaux fournissent un cadre unique pour élucider le rôle de PTCHD1 dans les troubles du neurodéveloppement et ouvrent des perspectives tant pour le diagnostic que pour le développement de stratégies thérapeutiques ciblées, avec un bénéfice potentiel pour les patients et leurs familles.
Devina UNG (Tours), Audrey DANGOUMAU, Sylviane MAROUILLAT, Florence DESPREZ, Frédéric LAUMONNIER
16:30 - 17:30
#49380 - P156 Premières descriptions de femmes atteintes d'albinisme oculaire récessif lié à l'X.
P156 Premières descriptions de femmes atteintes d'albinisme oculaire récessif lié à l'X.
L'albinisme oculaire récessif lié à l’X est une maladie rare, causée par des altérations du gène GPR143. Il représente environ 7 à 8 % de toutes les formes d'albinisme en Europe.
Comme pour toutes les maladies récessives liées au chromosome X, seuls les hommes sont généralement touchés. Ils présentent les caractéristiques oculaires typiques de l'albinisme : nystagmus, hypoplasie fovéale, transillumination irienne, hypopigmentation du fond de l'œil et acuité visuelle basse. La pigmentation de la peau et des cheveux est normale.
Les femmes porteuses hétérozygotes ne sont pas cliniquement affectées, mais présentent une transillumination ponctuée caractéristique de l'iris et un aspect marbré avec des plages d’hypopigmentation en périphérie du fond d’œil en raison de l'inactivation aléatoire du chromosome X.
D’une manière générale, les femmes peuvent exceptionnellement présenter des signes de pathologies récessives liées au chromosome X. Cela peut se produire soit par l’existence de variants pathogènes hérités de la mère et du père (à l'état homozygote ou hétérozygote composite) ; soit par un biais d’inactivation du chromosome X, avec activation préférentielle du chromosome porteur du variant ; soit en présence d'une translocation X-autosome interrompant le gène impliqué dans la pathologie : le chromosome X normal est alors préférentiellement inactivé afin de préserver la fonction des séquences autosomiques présentes sur les chromosomes porteurs de la translocation.
Nous rapportons ici pour la première fois deux cas de patientes présentant des caractéristiques cliniques typiques d’albinisme oculaire : l’une avec un variant homozygote, l’autre avec un biais complet d’inactivation du chromosome X. Nous soulignons l’importance de prendre en compte ces mécanismes lors de l’interprétation chez les femmes de variants situés sur le chromosome X.
Vincent MICHAUD (Bordeaux), Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Marta SPODENKIEWICZ, Carl ARNDT, Marie MASSIER, Cécile COURDIER, Eulalie LASSEAUX-ROBINE, Claudio PLAISANT, Benoit ARVEILER
16:30 - 17:30
#49658 - P160 Variations de l’ADN mitochondrial et surdité isolée.
P160 Variations de l’ADN mitochondrial et surdité isolée.
Les surdités génétiques touchent 1 personne pour 700 à 1000 naissances et peuvent être congénitales ou survenir à tous les âges de la vie. De nombreuses causes génétiques de surdité ont déjà été identifiées, héritées selon tous les modes de transmission actuellement connus. On estime qu’environ 1% des surdités génétiques serait lié à des variations de l’ADN mitochondrial.
Parmi elles, certaines variations mitochondriales sont connues pour augmenter le risque de surdité suite à une exposition à un traitement par les aminosides (comme le variant m.1555A>G du gène MT-RNR1 par exemple) et ont fait l’objet de nombreuses études. Parfois la surdité peut être le premier signe clinique et la surdité peut ensuite évoluer vers une forme syndromique au cours de la vie. Enfin, certains variants restent peu documentés, comme c'est le cas du variant m.1027A>G du gène MT-RNR1.
Après avoir identifié le variant m.1027A>G dans trois familles indépendantes présentant des cas de surdité, nous avons réalisé une revue exhaustive de la littérature. Nous avons recherché d’autres patients porteurs de cette variation via le réseau moléculaire national (filière Sensgene, CRMR Surdité génétique).
Nous avons ensuite exploré l’hypothèse de l’influence de l’haplogroupe pour les différentes familles identifiées. Enfin, la co-existence de maladies auto-immunes ou auto-inflammatoires (MAI) dans plusieurs des familles concernées pourrait augmenter le risque de survenue d’une surdité et expliquer l’existence de phénotypes extrêmement variables au sein d’une même famille.
Pénélope GOUBARD, Laurence JONARD, Ralyath BALOGOUN (PARIS), Isabelle LEMIERE, Margaux SEREY-GAUT, Sandrine MARLIN
16:30 - 17:30
#49963 - P164 Caractérisation clinique et cellulaire d’une patients liée à des variations pathogènes du gène PIK3C2A.
P164 Caractérisation clinique et cellulaire d’une patients liée à des variations pathogènes du gène PIK3C2A.
PIK3C2A est un membre de la famille des phosphatidylinositol-3-kinases (PI3K) de classe II qui catalyse la phosphorylation du phosphatidylinositol (PI) en PI(3)P et du PI(4)P en PI(3,4)P2. Ces lipides seconds messagers régulent un large éventail de voies de signalisation en aval impliquées dans de nombreuses fonctions physiologiques et processus cellulaires, notamment la prolifération, la croissance, la survie, la motilité et le métabolisme des cellules. PIK3C2A est également impliqué dans la régulation de la formation et du maintien des cils primaires et dans la régulation de l'endocytose médiée par les récepteurs à la base du cil. PIK3C2A a récemment été associé à un nouveau syndrome oculo-squeletto-dentaire (OCSKD MIM#618440, ORPHA:557003), associant une petite taille, des traits faciaux grossiers, des anomalies oculaires et squelettiques. Nous décrivons ici la 5ème famille présentant un syndrome lié à PIK3C2A caractérisé par des cataractes pulvérulentes et une surdité. En utilisant le séquençage de l'exome en trio, nous avons identifié deux nouveaux variants hétérozygotes composites dans PIK3C2A, un non sens (NM_002645.4:c.1024C>T, p.(Arg342*))) et un faux-sens (NM_002645.4:c.3695 T>C, p.(Phe1232Ser)) pour lesquels des tests fonctionnels ont été nécessaires pour évaluer leur impact. Les études cellulaires des fibroblastes de peau dérivés de la patiente ont révélé un niveau de protéine PIK3C2A normal mais une enzyme défectueuse. Des études sur le phénotype ciliaire des cellules du patient ont montré une altération de la formation et de la fonction des cils ainsi qu'une capacité de prolifération réduite. Cette étude élargit le spectre clinique et mutationnel du syndrome lié à PIK3C2A.
Adella KARAM, Clarisse DELVALLÉE, Elodie JAVEY, Pascal KESSLER, Valérie PELLETIER, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Nicolas LE MAY, Jean MULLER (Strasbourg), Hélène DOLLFUS
16:30 - 17:30
#49789 - P168 Le spectre mutationnel du gène GALC associé à la maladie de Krabbe au Maroc.
P168 Le spectre mutationnel du gène GALC associé à la maladie de Krabbe au Maroc.
La maladie de Krabbe, ou leucodystrophie à cellules globoïdes, est une maladie lysosomale, caractérisée par une neurodégénérescence dont la sévérité varie en fonction de l'âge d'apparition (infantile, juvénile, ou adulte). Cette maladie génétique rare, de transmission autosomique récessive, est due à la mutation du gène GALC, qui code pour l'enzyme lysosomale galactocérébrosidase. L’objectif de cette étude est de colliger l’ensemble des variants pathogènes du gène GALC et ainsi permettre une corrélation permettre une meilleure corrélation phénotype-génotype.
Nous rapportons les résultats de l’étude clinique et moléculaire de 5 patients non apparentés atteints de la maladie de Krabbe, diagnostiqués entre 2014 et 2025. L’âge moyen du début de la symptomatologie est de 8 mois, et est caractérisée notamment par des épisodes fébriles inexpliqués, des crises myocloniques, la cécité et la régression psychomotrice. L’évolution fut fatale dans les 5 cas rapportés. L’analyse du gène GALC grâce au séquençage d’exome à haut débit a confirmé le diagnostic, par mise en évidence de mutations bi-alléliques du gène. Au total, 7 variants, à type de mutation ponctuelle par substitution en région codante du gène ont été identifiées.
A notre connaissance, il s’agit de la première étude transversale d’une série de cas qui décrit les caractéristiques clinques et moléculaires de la maladie de Krabbe au Maroc, et qui met en évidence une grande hétérogénéité génétique. Devant la fréquence élévée de consanguinité estimée à 15,25%, le conseil génétique, avec dépistage des hétérozygotes porteurs des variants pathogènes du gène GALC, essentiellement dans ces familles est essentielles, le seul traitement actuellement disponible, dans les formes infantiles présymptomatiques et les formes tardives légères, le traitement étant limité à la transplantation des cellules souches hématopoïétiques.
Fatima Zahra OUTTALEB (Casablanca, Maroc), Mohamed EL ALAOUI EL ABEDELLAOUI, Ilham RATBI, Abdelaziz SEFIANI
16:30 - 17:30
#49914 - P172 Modulation de l'hétéroplasmie des cellules immunitaires dans un contexte de maladie mitochondriale.
P172 Modulation de l'hétéroplasmie des cellules immunitaires dans un contexte de maladie mitochondriale.
Les maladies mitochondriales constituent un groupe de troubles génétiques rares, causées par des variants pathogènes dans l’ADN nucléaire (ADNn) ou mitochondrial (ADNmt). La mitochondrie assure la transcription de son propre ADNmt codant strictement pour des protéines mitochondriales. Cliniquement, ce sont des maladies complexes avec une grande hétérogénéité, en termes de tissus affectés ou gravité. Dans le cas particulier de variants dans l’ADNmt, cette variabilité s’explique en partie par la génétique de l’ADNmt. Chaque cellule présente un nombre de copies d’ADNmt variant de quelques dizaines à plusieurs milliers. Les génotypes sauvages et pathogène peuvent coexister, c’est l’hétéroplasmie s’exprimant en pourcentage de copies pathogènes et variant de 5 à 100% chez les patients versus <10% pour les porteurs asymptomatiques. Les pathologies associées sont principalement Leigh syndrome, Pearson syndrome, LHON, MELAS. Les atteintes immunitaires sont largement méconnues chez les patients atteints de maladies mitochondriales. Plus spécifiquement, nous émettons l’hypothèse que le taux d’hétéroplasmie dans les populations des cellules immunitaires conditionne la réponse immunitaire et affecte la qualité de la santé globale des patients.
Le projet repose sur une cohorte de patients recrutés depuis janvier 2022 dans le cadre d'une étude de cohorte observationnelle prospective dans le cadre du suivi clinique via le centre de référence pour les maladies mitochondriales (CARAMMEL).
Le premier objectif du projet vise à décrire et quantifier l’ensemble des populations immunitaires (lymphocytes, monocytes, cellules NK, DC…) dans le sang circulant par le développement et l’application d’un panel de cytométrie spectrale à 30 couleurs.
Dans une deuxième étape, nous développons une nouvelle méthode de séquençage en cellule unique, combinant l’analyse simultanée du transcriptome et du séquençage de l’ADNmt. Ceci permettra de décrire et potentiellement corréler des dysfonctionnements avec le taux d’hétéroplasmie par cellule et donc par populations immunitaires.
Enfin, nous utilisons comme modèle des macrophages dérivés de moelle osseuse de souris pour mettre au point le séquençage long-read du génome mitochondrial avec la société Smartlife et évaluer l’impact d’activation de la réponse immunitaire sur la réplication de l’ADNmt (drogues, pathogènes). Par la suite, nous transposerons l’approche à des cellules issues de patients afin de suivre la variation potentielle du taux d’hétéroplasmie lors de l’activation des cellules immunitaires.
Les principaux obstacles à la compréhension des conséquences immunologiques et de leur impact sur les maladies mitochondriales sont liés à la complexité du système immunitaire. Cette étude constitue une occasion unique de découvrir de nouveaux marqueurs pour le diagnostic clinique et de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques pour les troubles mitochondriaux.
Célia LAMOTHE, Angela SEQUEIRA (bordeaux), Ndeye-Fatou NGOM, Parnika MUKHERJEE, Sophie BRUNETS, Leif-Erik SANDER, Emmanuel SALIBA, Aurélien TRIMOUILLE, Johan GARAUDE
16:30 - 17:30
#48945 - P176 Développement et validation d'une méthode de calcul du score de risque polygénique du cancer du sein PRS313 par séquençage ciblé NGS.
P176 Développement et validation d'une méthode de calcul du score de risque polygénique du cancer du sein PRS313 par séquençage ciblé NGS.
Les scores de risque polygéniques (PRS) sont des outils génétiques qui quantifient la prédisposition d'un individu à certaines maladies en combinant les effets de nombreux variants génétiques. Le PRS313 comprend 313 variants génomiques et a été intégré au modèle de prédiction BOADICEA et au logiciel CanRisk afin d'affiner l'évaluation du risque de cancer du sein. Cependant, sa mise en œuvre actuelle repose sur des puces à ADN SNP, ce qui limite son utilisation dans les laboratoires d’oncogénétique, basés sur le séquençage.
Dans cette étude, nous avons directement comparé la technologie des puces Oncoarray et le séquençage NGS ciblé afin de déterminer le PRS313. Les deux méthodes ont été testées sur 154 patients. Afin de remplacer les SNP du PRS313 présentant une faible couverture de séquençage et/ou situés dans des régions à faible complexité, 27 SNP proxy présentant un déséquilibre de liaison élevé ont été intégrés au panel. Après cette optimisation, le PRS313 dérivé du NGS a montré une forte concordance avec la référence Oncoarray (R² = 0,95), avec une sensibilité et une spécificité atteignant respectivement 96 % et 97 %. De plus, la catégorie de risque clinique, telle que définie par CanRisk, est restée cohérente dans 97 % des cas pour les deux méthodes.
Ces résultats valident l'utilisation du NGS ciblé pour le calcul du PRS313, démontrant sa faisabilité, sa précision et son potentiel d'intégration facile dans les laboratoires d’oncogénétique de routine. En permettant le calcul du PRS à partir des mêmes données de séquençage que celles utilisées pour les recherches de mutations rares, cette approche élimine le besoin de plateformes de génotypage distinctes, offrant une solution rentable et cliniquement pratique pour soutenir la mise en œuvre à plus grande échelle de la prédiction personnalisée du risque de cancer du sein.
Flora PONELLE-CHACHUAT, Mathis LEPAGE (Clermont ferrand), Sandrine VIALA, Edith LE FLOCH, Claire DANDINE-ROULLAND, Delphine BACQ, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Nancy UHRHAMMER, Mathilde GAY-BELILLE, Yannick BIDET, Maud PRIVAT
16:30 - 17:30
#49110 - P180 Syndrome de Birt-Hogg-Dubé: Probabilité d'identifier une mutation FLCN en fonction du tableau clinique.
P180 Syndrome de Birt-Hogg-Dubé: Probabilité d'identifier une mutation FLCN en fonction du tableau clinique.
Le syndrome de Birt-Hogg-Dubé est une maladie autosomomique dominante liée à la présence de mutation dans le gène FLCN. Cliniquement, les patients présentent des atteintes cutanées avec des fibrofolliculomes, des atteintes pulmonaires avec une maladie kystique du poumon et des pneumothorax et des atteintes rénales avec divers sous types de cancers du rein.
La littérature sur la pénétrance et l'expressivité de la maladie chez les porteurs de mutations FLCN est vaste, mais aucune étude n'a encore exploré la probabilité réelle de mettre en évidence une mutation du gène FLCN chez les nombreux cas index adressés pour screening moléculaire, en fonction de leurs signes cliniques.
Notre laboratoire, LBMR dans le diagnostic du syndrome BHD, a collecté les donnée de 1084 cas index adressé pour screening du gènes FLCN et a calculé la probabilité pour un cas index, en fonction de son tableau clinique, d'être porteur d'une mutation du gène FLCN. A titre d'exemple, un patient avec des kystes du poumon isolé, ne sera porteur d'une mutation FLCN que dans 4,8% des cas. A l'inverse, les malades avec fibrofolliculomes multiples isolés seront mutés dans 55% des cas. On atteint 82% de porteurs de mutation FCLN dans le groupe de cas indexs fibrofolliculome + pneumothorax.
Par ailleurs, nous rapportons les données cliniques des 319 cas index mutés et de leur 244 apparentés atteints (plus grande cohorte publiée à ce jour), et proposons une nouvelle estimation de la pénétrance de ce syndrome, probablement tres sur-évaluée dans la littérature qui l'évalue autour de 80% à 60 ans.
Ce travail représente la plus grande cohorte de patient BHD publiée à ce jour et aide les cliniciens à stratifier le risque pour leurs malades d'êtres porteurs d'un syndrome BHD.
Agathe HERCENT (Paris), Ibrahima BA, Jerome LAMORIL, Philippe LAFITTE, Karim DIALLO, Mickael MARY, Malika CHELBI, Farah MESLI, Amira BENATTIA, Stephan RICHARD, Marie-Charlotte VILLY, Marine SROUSSI, Olivier INGSTER, Pauline BATAILLE, Geoffroy HICKMAN, Pascaline BERTHET, Maud BRANCHAUD, Bruno CRESTANI, Raphael BORIE, Caroline KENNENGIESSER, Dimitri TCHERNITCHKO
16:30 - 17:30
#49261 - P184 SDHAF4 : Identification d’un nouveau gène candidat de prédisposition aux paragangliomes.
P184 SDHAF4 : Identification d’un nouveau gène candidat de prédisposition aux paragangliomes.
Contexte
Les paragangliomes (PGL) sont des tumeurs neuroendocrines rares pour lesquels une prédisposition génétique est identifiée dans environ 30% des cas. Près de la moitié des formes héréditaires est liée à l’inactivation d’un des gènes codant pour les sous-unités de la succinate déshydrogénase, SDHA, SDHB, SDHC et SDHD, conjointement appelés gènes SDHx. La perte d’expression de la protéine SDHB en immunohistochimie (IHC) dans un tissu tumoral est un marqueur sensible et spécifique permettant de suspecter une altération d’un gène SDHx, tandis qu’une perte d’expression de la protéine SDHA oriente spécifiquement vers une altération du gène SDHA. Toutefois, certains PGL présentent une perte d’expression de SDHB sans altération identifiable sur les gènes SDHx connus, suggérant l’implication de gènes appartenant à la famille SDHx non établis jusqu’alors comme gènes de susceptibilité aux PGL.
Méthodes
Nous avons étudié quatre patients non apparentés atteints de PGL ORL isolés présentant un profil IHC SDHB–/SDHA+. Aucun variant pathogène ou probablement pathogène, constitutionnel ou somatique, n’a été identifié sur les gènes SDHA, SDHB, SDHC et SDHD, ni sur le gène SDHAF2 (codant un facteur d’assemblage de la SDH). L’hyperméthylation des promoteurs de SDHB, SDHC et SDHD a été exclue. Une analyse du gène SDHAF4 a ensuite été réalisée sur ADN tumoraux et constitutionnels associant séquençage NGS et analyse de méthylation du promoteur. L’étude a été complétée par un séquençage d’ARN tumoral.
Résultats
Des altérations constitutionnelles de SDHAF4 ont été identifiées chez trois patients, systématiquement associées à une hyperméthylation somatique du promoteur, compatible avec un mécanisme d’inactivation biallélique du gène. Pour le quatrième patient, seule une hyperméthylation somatique du promoteur a été retrouvée. L’étude a ensuite été étendue à une cohorte plus large de patients atteints de PGL non expliqués génétiquement : quatre autres patients (deux avec PGL ORL, un avec PGL vésical et un présentant des PGL ORL multiples) portaient des variants constitutionnels rares et potentiellement pathogènes de SDHAF4. Toutefois, la confirmation IHC n’a pas pu être obtenue en raison de l’indisponibilité des tissus tumoraux. Enfin, une analyse transcriptomique de 40 PGL de divers génotypes a montré que les tumeurs présentant une altération SDHAF4 (n=4) clusterisaient avec les autres tumeurs SDHx-dépendantes.
Conclusion
Le gène SDHAF4, codant une protéine essentielle à l’assemblage de la succinate déshydrogénase, apparaît comme un nouveau gène candidat de prédisposition aux PGL. Les résultats obtenus de caractérisation génétique et immunohistochimique suggèrent fortement pour ce gène un rôle suppresseur de tumeur. Ces résultats pourraient avoir des implications importantes pour le diagnostic moléculaire et le conseil génétique, sous réserve de validation de l’implication de SDHAF4 dans des cohortes plus larges de patients et d’études fonctionnelles complémentaires.
Roseline VIBERT, Timothée MOYRET, Mathilde FILSER, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Marguerite HUREAUX, Judith FAVIER, Alexandre BUFFET, Nelly BURNICHON (PARIS)
16:30 - 17:30
#49309 - P188 Etude de COségrégation de VARiants (COVAR) de gènes de prédisposition aux cancers : un outil de classification des variants de signification incertaine.
P188 Etude de COségrégation de VARiants (COVAR) de gènes de prédisposition aux cancers : un outil de classification des variants de signification incertaine.
Les tests de prédisposition aux cancers sont maintenant entrés dans la pratique médicale. Si l’identification d’un Variant pathogène (VP) permet de faire des recommandations de suivi et de prévention ou de retenir un traitement par inhibiteur de PARP (pour BRCA1 ou BRCA2), l’identification d’un Variant de Signification Incertaine (VSI) ne le permet pas. Tout autant de VSI que de VP sont quotidiennement identifiés (8,388 VSI différents contre 5,187 VP pour APC, BRCA1, BRCA2, BMPR1A, CDH1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PALB2, PMS2, POLE, PTEN, RAD51C/D, SMAD4, et TP53, données de la base de données nationale FrOG (frog-db.fr, www.youtube.com/watch?v=tZs6y324GSk, voir communication). L’interprétation des VSI est donc devenue un enjeu médical majeur.
Que ce soit pour un modèle multifactoriel bayésien ou en s’appuyant sur les critères ACMG, un élément essentiel et quantifiable pour la classification des VSI est la coségrégation d’un variant avec la maladie dans les familles présentant le même variant. Le modèle multifactoriel met à profit, notamment pour les syndromes de prédisposition les plus fréquents, le fait qu’un VSI ségrége dans plusieurs familles a priori non apparentées.
L’étude COVAR (COsegregation VARiant) a donc pour objectif la prise en compte des données de co-ségrégation. Elle repose sur le réseau de consultations et de laboratoires du Groupe Génétique et Cancer d’UNICANCER (GGC) et sur la nouvelle base de données nationale de variants FrOG (voir communication). A l’origine, seuls les VSI issus des deux gènes majeurs impliqués dans les cancers héréditaires du sein et/ou de l’ovaire, BRCA1 et BRCA2, permettaient de proposer l’étude clinique au cas index d’une famille ayant alors pour rôle d’inviter ses apparentés à participer. Nous avons montré la pertinence de l’utilisation de la coségrégation avec la classification de 101 VSI de BRCA1 et BRCA2 en (probablement) pathogène ou (probablement) bénin retrouvés chez 1,624 familles (Caputo et al, Am J Hum Genet, 2021)
COVAR est aujourd’hui possible pour les variants des autres gènes diagnostiques de prédisposition aux cancers. La sélection des variants éligibles COVAR est réalisée par les différents groupes de classement/curation du GGC selon plusieurs critères (nombre de familles, impact sur l’ARN, impact prédit au niveau protéique, test fonctionnel …) pour mener les études de co-ségrégation. Les résultats seront utilisés dans des modèles adaptés à la classification des variants. Aujourd’hui, nous sommes à 149 variants classés et nous avons apporté une réponse à 2489 familles.
En septembre 2025, nous avons inclus 6432 patients de 1700 familles pour les gènes APC, BRCA1, BRCA2, CDH1, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, POLE, PTEN, RAD51C/D, SMAD4, et TP53. Les résultats des modèles de classification utilisés sont directement renseignés dans la base FrOG.
Sandrine CAPUTO (Paris), Lisa GOLMARD, Severine ADAMS, Aichetou LEMRABOTT, Noémie BASSET, Nadia BOUTRY-KRYZA, Laurent CASTERA, Céline GARREC, Mathilde GAY-BELLILE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Marie-Pierre BUISINE, Natalie JONES, Albain CHANSAVANG, Edwige KASPER, Fanny LASALLE, Mélanie LEONE, Mathis LEPAGE, Elise PIERRE-NOEL, Maud PRIVAT, Sabine RAAD, Audrey REMENIERAS, Marie-Aude ROBERT-DE-RANCHER, Etienne ROULEAU, Unicancer Genetic Group COVAR, Dominique STOPPA-LYONNET
16:30 - 17:30
#49331 - P192 Nouvelles recommandations européennes concernant le diagnostic, la prise en charge, la surveillance, la qualité de vie et le conseil génétique pour le syndrome CMMRD par l’ERN GENTURIS et le consortium Care for CMMRD.
P192 Nouvelles recommandations européennes concernant le diagnostic, la prise en charge, la surveillance, la qualité de vie et le conseil génétique pour le syndrome CMMRD par l’ERN GENTURIS et le consortium Care for CMMRD.
Le syndrome de déficience constitutionnel du système de réparation des mésappariements de l'ADN (CMMRD), décrit pour la première fois il y a 25 ans, confère un risque extrêmement élevé de développer divers cancers au cours de la vie, notamment hématologiques, cérébraux et gastro-intestinaux. Il est également associé à plusieurs manifestations non tumorales. Notre compréhension de ce syndrome s’est améliorée, et de nouvelles analyses ont été développées pour aider à son diagnostic. Les protocoles de surveillance doivent être adaptés aux études récentes évaluant leur efficacité. La réponse aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire ainsi que l’efficacité et la toxicité d’autres traitements ont été documentées. Une mise à jour et une harmonisation des différentes recommandations existantes pour ce syndrome étaient nécessaires.
Soixante-douze experts du réseau européen de référence GENTURIS et/ou du consortium européen Care for CMMRD, ainsi qu’un représentant des patients, ont élaboré des recommandations portant sur le diagnostic, le conseil génétique, la surveillance, la qualité de vie et la prise en charge clinique des patients atteints de syndrome CMMRD, à partir d’une revue complète de la littérature, suivies d’un processus Delphi.
Les recommandations relatives au diagnostic définissent les critères de test, les stratégies de dépistage et les critères diagnostiques du CMMRD. Celles concernant la surveillance couvrent chaque type de tumeur associée au syndrome, en précisant l’âge de début, la fréquence et les modalités de suivi. Les recommandations cliniques abordent les traitements anticancéreux, la gestion des tumeurs bénignes ou des signes non tumoraux, ainsi que la chimioprévention. D’autres recommandations traitent du conseil génétique et de la qualité de vie.
Sur la base des données disponibles et des guidelines existantes, 82 recommandations sont proposées pour améliorer et harmoniser la prise en charge des patients atteints de CMMRD en Europe. Ces recommandations peuvent être adaptées selon les situations individuelles.
Chrystelle COLAS (PARIS), Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Manon SUERINK, Richard GALLON, Christian P. KRATZ, Éloïse AYUSO, Katharina WIMMER, Laurence BRUGIÈRES
16:30 - 17:30
#49384 - P196 PREDI-LYNCH : Vers une surveillance non invasive des cancers liés au syndrome de Lynch – un essai clinique européen avec un leadership français.
P196 PREDI-LYNCH : Vers une surveillance non invasive des cancers liés au syndrome de Lynch – un essai clinique européen avec un leadership français.
Le syndrome de Lynch (LS) est le syndrome de prédisposition héréditaire au cancer le plus fréquent, touchant environ 1 personne sur 400, soit près de 1,1 million de porteurs en Europe. Il confère un risque élevé de cancer colorectal et de cancer de l’endomètre, ainsi que d’autres cancers. Malgré sa fréquence et sa gravité, le LS reste sous-diagnostiqué et insuffisamment pris en charge, entraînant de fortes inégalités d’accès au dépistage, à la surveillance et aux soins en Europe.
Aujourd’hui, la surveillance repose principalement sur des procédures invasives, coûteuses (coloscopies répétées, endoscopies gynécologiques, biopsies), contraignantes pour les patients, et ayant un impact négatif sur l’adhésion aux programmes de suivi et la qualité de vie.
Le projet européen PREDI-LYNCH propose une approche innovante, multidisciplinaire et basée sur l’analyse de biopsies liquides (sang, urine, selles, prélèvements vaginaux) et des algorithmes d’intelligence artificielle, ayant pour objectif la détection plus précoce des cancers colorectaux et extra-coliques (notamment endométrial et urothélial).
Ce projet impliquant ces tests non invasifs dans un essai clinique randomisé, portant sur 2 000 porteurs du LS, répartis sur 27 centres européens, permettra de comparer la performance diagnostique de ces analyses, leur coût et leur acceptabilité par rapport à la surveillance actuelle, tout en réduisant la charge liée aux examens invasifs.
La France, via le Groupe Génétique et Cancer et Unicancer, assurera un rôle clé dans ce projet, avec au moins 16 centres cliniques participants et 1130 patients inclus, représentant la majorité du recrutement européen.
L’étude intégrera une évaluation des enjeux éthiques, juridiques et sociaux, et s’appuiera sur les infrastructures européennes ELIXIR/GDI pour garantir l’interopérabilité, le partage sécurisé des données et la pérennité scientifique du projet.
PREDI-LYNCH a pour objectif de valider des tests non invasifs de biopsie liquide (sang, urine, selles, prélèvements vaginaux) en visant au moins un test avec une sensibilité et spécificité égales ou supérieures aux standards actuels. Il développera des tests MSI à faible coût sur différents biofluides. Le projet développera des outils de prédiction personnalisés via l’IA, harmonisera les données au sein des infrastructures européennes (ELIXIR/GDI), et intégrera une approche éthique, sociale et réglementaire. Ce projet contribuera au Plan Cancer européen en proposant des stratégies de surveillance innovantes, acceptables et personnalisées, permettant de limiter les examens invasifs. La France, acteur majeur du projet, renforcera sa place dans la recherche translationnelle, l’amélioration des parcours de soins pour les porteurs du LS et dans la médecine de précision dans les cancers héréditaires.
Chrystelle COLAS (PARIS), Toni SEPPÄLÄ, Laure MONARD, Mev DOMINGUEZ VALENTIN
16:30 - 17:30
#49475 - P200 Sécurité du dépistage du cancer gastrique par endoscopie chez les porteurs de variants pathogènes CDH1.
P200 Sécurité du dépistage du cancer gastrique par endoscopie chez les porteurs de variants pathogènes CDH1.
Introduction
Chez les porteurs asymptomatiques de variants pathogènes CDH1, une surveillance endoscopique experte est de plus en plus considérée comme une alternative à la gastrectomie totale prophylactique. Trois raisons expliquent cette évolution: 1. Révision à la baisse du risque cumulé de cancer agressif (6-10%), 2. Evidence croissante pour une nature indolente des foyers de carcinome intramuqueux (pT1a), 3. Performances de la gastroscopie.
Méthodes
Nous avons repris les données des porteurs asymptomatiques CDH1 inscrits au centre de suivi INCa de l’Hôpital Saint-Antoine, APHP Sorbonne Université. Nous décrivons ici les patients n’ayant pas souhaité de gastrectomie, et bénéficiant d’un suivi endoscopique sur le long terme consistant en une gastroscopie annuelle selon le protocole de Cambridge.
Résultats
Notre série comporte 20 porteurs, huit femmes et douze hommes, avec un âge moyen de 42 ans. Des antécédents familiaux de cancer gastrique étaient présents chez 13/20 cas (65%). La durée moyenne de suivi était de 62 mois.
Dix foyers intramuqueux (pT1a) ont été identifiés chez six patients (30 %), neuf sur biopsies aléatoires et un sur biopsie ciblée d’une lésion blanchâtre. Il n’y avait ni atypies cellulaires, ni mitoses. Les patients concernés ont poursuivi la surveillance, avec un contrôle rapproché en cas de biopsie positive.
Aucun cancer agressif (>pT1a) n’a été observé dans notre série, et tous les patients continuent leur suivi à ce jour. Après une biopsie pT1a positive, la durée maximale de suivi atteignait 82 mois (moyenne : 33 mois).
Discussion
La surveillance endoscopique annuelle en centre expert apparaît sûre chez les porteurs asymptomatiques de variants pathogènes CDH1. L’identification de foyers pT1a isolés ne justifie pas une gastrectomie prophylactique. Nous soulignons l’importance d’une prise en charge individualisée et éclairée.
Patrick BENUSIGLIO (Paris), Romain LEENHARDT, Caroline DUROS, Laura SIRMAI, Antoine DARDENNE, Leana PERDRIAU, Metras JULIE, Jean-Marc GORNET, Magali SVRCEK, Xavier DRAY
16:30 - 17:30
#49548 - P204 Syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN révélé par des malformations vasculaires : analyse rétrospective de 28 cas.
P204 Syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN révélé par des malformations vasculaires : analyse rétrospective de 28 cas.
Les malformations vasculaires constituent une manifestation clinique méconnue du syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN (PHTS), entraînant une errance diagnostique fréquente chez les patients concernés. Moins d’une vingtaine de cas de PHTS avec malformations vasculaires ont été décrits de façon précise dans la littérature. Afin de mieux caractériser ce phénotype méconnu et d’en préciser la place parmi les critères diagnostiques du PHTS, nous avons rassemblé la plus grande série de patients PHTS présentant des anomalies vasculaires.
Le but de l’étude est de décrire précisément les caractéristiques cliniques et radiologiques des anomalies vasculaires associées aux variants pathogènes (VP) du gène PTEN, et d’évaluer l’importance des anomalies vasculaires comme signe d’appel diagnostique du PHTS.
Nous avons mené une étude rétrospective de 2018 à 2025 sur 460 patients adressés pour une recherche d’anomalie génétique germinale dans le contexte d’anomalies vasculaires (malformations artério-veineuses, capillaires et veineuses). Le séquençage haut débit par la technique d’enrichissement par capture d’un panel de 135 gènes incluant PTEN a été réalisé chez ces patients. Nous rapportons 28 cas (6,1 %) de patients porteurs d’un VP germinal du gène PTEN (dont 7 variants de novo), constituant ainsi la plus importante cohorte publiée de PHTS avec malformations vasculaires. Parmi eux, on compte 15 hommes et 13 femmes, avec un âge moyen au diagnostic moléculaire de 27 ans (extrêmes : 6-56). La macrocéphalie était présente dans 86% des cas. Aucune corrélation génotype-phénotype vasculaire n’a été observée. Les anomalies vasculaires observées se répartissaient équitablement entre trois groupes phénotypiques précis : malformations artério-veineuses atypiques (malformations à haut débit évoquant des malformations artério-veineuses sans nidus classique), angiomatose des tissus mous (anomalies fibro-adipeuses vasculaires douloureuses avec composante graisseuse et veines profondes), et malformations à flux lent (malformations veineuses, capillaires ou lymphatiques isolées).
En conclusion, cette série inédite souligne l’importance méconnue des malformations vasculaires comme signe révélateur du PHTS et décrit de façon précise ces anomalies au niveau histologique et radiologique. Lorsqu’elles sont associées à une macrocéphalie, ces malformations vasculaires doivent constituer un point d’alerte pour différentes spécialités médicales susceptibles d’orienter ces patients vers une consultation de génétique spécialisée à la recherche d’un VP germinal du gène PTEN. Dans ces cas-là, cela permettrait d’aboutir à un diagnostic plus précoce et de réduire significativement l’errance diagnostique associée à ce syndrome rare.
Jean-Samuel LOGER (Paris), Alexandre PERRIER, Loetitia FAVRE, Lucile ALLAFORT, Anne LEROY, Noémie BASSET, Erell GUILLERM, Cyril MIGNOT, Patrick BENUSIGLIO, Olivia BOCCARA, Annouk BISDORFF, Florence COULET
16:30 - 17:30
#49577 - P208 Premier cas rapporté d’un variant homozygote du gène POLD1 chez un patient atteint de cancers colorectaux synchrones et de polypose.
P208 Premier cas rapporté d’un variant homozygote du gène POLD1 chez un patient atteint de cancers colorectaux synchrones et de polypose.
Nous rapportons le cas d’un patient âgé de 32 ans, présentant deux cancers colorectaux synchrones au niveau du sigmoïde et du rectum, associés à plus de 30 adénomes. Sans antécédents particuliers, il est issu d’une famille consanguine suivie dans notre service, pour plusieurs cas de cancers et de polypose.
Dans cette famille, le variant POLD1:c.1379T>G, p.Leu460Arg, avait été identifiée par séquençage de l’exome entier (WES), à l’état hétérozygote chez deux cousins, présentant respectivement environ 25 et 11 adénomes à 27 et 28 ans, ainsi que chez une cousine de 42 ans atteinte d’un cancer de l’endomètre. Ce variant, de signification incertaine, est situé dans le domaine exonucléase de POLD1 et n’a été décrit que deux fois dans la littérature. En l’absence d’autres variants d’intérêt et compte tenu de l’histoire familiale, il a été considéré comme responsable du phénotype.
Chez le cas index, le séquençage Sanger ciblé a révélé la présence de ce variant POLD1:c.1379T>G à l’état homozygote, confirmé par WES, excluant une délétion ou une erreur d’amplification.
L’analyse immunohistochimique des tumeurs a montré un profil pMMR. Le séquençage du génome tumoral (WGS) a révélé une charge mutationnelle (TMB) élevée et une signature mutationnelle dominée par SBS10c, caractéristiques d’un défaut en POLD1, confirmant la pathogénicité du variant.
À notre connaissance, il s’agit du premier cas rapporté d’un patient homozygote pour un variant de POLD1 associée à un double cancer colorectal précoce et à une polypose, suggérant un mode de transmission autosomique récessif dans cette famille.
Salwa BEN YAHIA (Leiden, Pays-Bas), Carli TOPS, Noah HELDERMAN, Diantha TERLOUW, Alexandra LANGERS, Nandy HOFLAND, Thomas POTJER, Hans MORREAU, Tom VAN WEZEL, Setareh MOGHADASI, Maartje NIELSEN
16:30 - 17:30
#49638 - P212 Nouvelles méthodes, nouvelles pratiques : l’apport de l’étude de l’humeur aqueuse au diagnostic du rétinoblastome.
P212 Nouvelles méthodes, nouvelles pratiques : l’apport de l’étude de l’humeur aqueuse au diagnostic du rétinoblastome.
Le rétinoblastome est le cancer intraoculaire le plus fréquent de l’enfant. Dans environ 45 % des cas, une prédisposition génétique est retrouvée, liée à la présence d’un variant pathogène constitutionnel du gène RB1. L’étude de ces patients a conduit Knudson, en 1971, à formuler son hypothèse des deux hits, définissant ainsi le concept de gène suppresseur de tumeur. Dans la forme héréditaire, un premier évènement pathogène sur le gène RB1 est présent dans toutes les cellules, puis un second variant pathogène survient dans une cellule rétinienne ; dans les formes non héréditaires, les deux variants pathogènes du gène RB1 sont acquis dans la même cellule rétinienne.
Traditionnellement, le diagnostic moléculaire nécessitait l’analyse de l’ADN tumoral obtenu après énucléation, puis la vérification de la présence de ces anomalies dans l’ADN constitutionnel. Cette approche précise la présence ou non d’une prédisposition et permet un conseil génétique adapté. En l’absence d’ADN tumoral, seule l’analyse constitutionnelle est possible, et un résultat négatif ne permet pas d’exclure totalement une prédisposition, ce qui justifie une surveillance ophtalmologique des jeunes apparentés.
L’évolution des traitements conservateurs, notamment la chimiothérapie intravitréenne, a fortement réduit l’accès à l’ADN tumoral, la biopsie étant contre-indiquée. En 2021, nous avons mis au point un panel de séquençage haut débit dédié au rétinoblastome appliqué à l’ADN tumoral circulant dans l’humeur aqueuse (HA). Initialement réalisé chez les patients traités par chimiothérapie intravitréenne et sur l’HA de patients énucléés, cette approche a démontré une bonne sensibilité pour détecter les variants du gène RB1.
Nous avons analysé 21 échantillons d’HA issus de 21 cas de rétinoblastome pour lesquels le statut génétique de la tumeur était inconnu (soit en raison d'une prise en charge conservatrice, soit parce que les analyses du matériel tumoral n'étaient pas contributives), sans variant pathogène constitutionnel identifié. Dans 10 cas, l’HA a permis de déterminer le statut tumoral : 9 cas présentaient deux variants pathogènes de RB1 et 1 cas une amplification du gène MYCN sans altération de RB1. Dans 6 cas, un seul variant pathogène était détecté, et dans 5 cas le résultat était non contributif. Bien qu’une mosaïque constitutionnelle de très faible taux ne puisse être totalement écartée, une prédisposition hétérozygote a pu être exclue chez 9 patients sur 21 (43 %), libérant ainsi la fratrie d’une surveillance ophtalmologique.
Ces résultats ont conduit à une évolution des pratiques : un prélèvement d’HA est désormais proposé dès le diagnostic, afin d’avoir accès à de l’ADN tumoral quelle que soit la stratégie thérapeutique.
En conclusion, l’analyse de l’HA illustre comment une innovation méthodologique en génétique peut modifier la prise en charge de la prédisposition au rétinoblastome, dans le but de comprendre la tumorigenèse et fournir un conseil génétique optimal.
Jessica LE GALL (Paris), Alexandre MATET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Jennifer CARRIÈRE, Nicolas FORT, Dominique STOPPA-LYONNET, Eric PASMANT, François RADVANYI, François DOZ, Lisa GOLMARD
16:30 - 17:30
#49742 - P216 Étude EX²TRICAN : identification de facteurs de prédisposition génétique par séquençage d’exome constitutionnel dans les phénotypes extrêmes de cancer.
P216 Étude EX²TRICAN : identification de facteurs de prédisposition génétique par séquençage d’exome constitutionnel dans les phénotypes extrêmes de cancer.
Introduction
Les prédispositions héréditaires au cancer restent fréquemment inexpliquées, tous cancers confondus, malgré le séquençage de panels de gènes dédiés. EX2TRICAN explore l’intérêt du séquençage d’exome constitutionnel (SEC) pour identifier de nouvelles prédispositions génétiques aux cancers. L’étude se base sur le concept de phénotype extrême, défini par une agrégation (1) familiale ou (2) individuelle inexpliquée de cancers ou (3) un cancer précoce isolé (avant 40 ans, ou avant 30 ans pour le cancer du sein).
Méthodes
Un SEC a été réalisé chez chaque patient, en solo, duo, trio ou quatuor, selon les antécédents familiaux et de la disponibilité des apparentés. Une liste de gènes d’intérêt en oncogénèse a été définie à partir de bases de données telles OncoKB et COSMIC. Les variants ont été analysés selon les recommandations ACMG et CanVIG-UK. La priorisation des candidats a inclus de multiples facteurs (dont : impact prédit et rareté du variant, expression tissulaire (ARN et protéine), rôle de la protéine en oncogénèse, mode de transmission). Lorsque les prélèvements tumoraux étaient disponibles, un séquençage d’exome tumoral (SET) a été réalisée avec analyse des biomarqueurs associés.
Résultats
Depuis 2017, 189 individus ont été inclus dont 97 atteints: 83 cas index et 106 apparentés, symptomatiques (n=14) ou non (n=92). 36 cas-index ont présenté un cancer du sein (43.5%), 11 un cancer de l’ovaire (13%), 16 un cancer colorectal (19%) et 20 un cancer d’une autre origine (24.5%).
Sur les 97 patients atteints, 51% (50/97) étaient porteurs à l’état hétérozygote d’au moins un variant constitutionnel d’intérêt. Une dizaine de variants présentaient des faisceaux d’arguments forts et ont été retenus pour analyses fonctionnelles: forte prédiction de pathogénicité, rareté, spécificité d’expression tissulaire, rôle de la protéine dans l’oncogenèse du tissu concerné, et plus rarement : données génomiques tumorales, récurrence du gène chez plusieurs patients, survenue de novo. Parmi ces gènes d’intérêt figurent notamment DNMT3A, ERCC4 et FANCA pour le cancer du sein et MSH3 et CCBE1 pour le cancer de l’ovaire. Des études complémentaires sont en cours pour plusieurs de ces candidats.
Discussion
Cette étude utilise l’approche des phénotypes extrêmes, peu exploitée à ce jour dans le cancer héréditaire. Elle démontre la valeur ajoutée du SEC dans ce contexte, notamment par l’élargissement des hypothèses : nouveaux gènes candidats, élargissement du spectre, ou du mode de transmission. Les gènes identifiés dans cette étude constituent un socle initial de données pour pouvoir évaluer leur contribution à une prédisposition au cancer. Nos résultats plaident pour un recours plus systématique au SEC lorsqu’une prédisposition héréditaire au cancer est envisagée, après un panel non contributif et pour lesquelles une indication au séquençage de génome n’est pas retenue.
Benoit MAZEL (Dijon), Anaïs FOLLETET, Amandine BEAUDOUIN, Allan LANÇON, Léa PATAY, Amandine BAURAND, Caroline SAWKA, Manon REDA, Juliette SANTENARD, Anthony COMTE, Vincent GOUSSOT, Valentin DERANGERE, Laurence FAIVRE, Sophie NAMBOT, Juliette ALBUISSON
16:30 - 17:30
#49903 - P220 La salpingectomie bilatérale isolée : une procédure à risque chez les femmes porteuses de variant délétère sur les gènes BRCA?
P220 La salpingectomie bilatérale isolée : une procédure à risque chez les femmes porteuses de variant délétère sur les gènes BRCA?
Une partie des cancers de l’ovaire auraient pour origine les trompes de Fallope. Ainsi, certains cancers ovariens pourraient être prévenus par une procédure chirurgicale utilisant la salpingectomie seule sans ablation des ovaires. La méta analyse de Yoon et al en 2019, suggère que la salpingectomie bilatérale permettrait d’obtenir une diminution de 49 % du risque de cancers ovariens dans la population générale. En partant de ce constat, ce type de chirurgie est discutée devant toute femme qui doit bénéficier d’une hystérectomie (pour fibromes, polypes, …). Il en est de même lorsqu’une femme désire une contraception permanente par ligatures de trompes. Après 65 ans, c’est une annexectomie bilatérale qui leur est proposée.
Dans le cas des femmes avec un risque élevé de cancer de l’ovaire car porteuses d’un variant délétère sur les gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, la chirurgie recommandée reste l’annexectomie bilatérale. L’âge auquel est effectuée la chirurgie dépend du gène sur lequel est identifié le variant délétère.
Cas clinique
Madame X est âgée de 35 ans en 2018. Elle consulte car sa mère est décédée d’un cancer de l’ovaire à 45 ans. Une de ses tantes maternelles a développé un cancer de l’ovaire à 48 ans. Une consultation de génétique oncologique est proposée à sa tante qui met en évidence un variant délétère sur BRCA1. L’analyse est proposée à Madame X qui s’avère porteuse de ce variant délétère.
Un programme personnalisé de suivi est établi pour madame X selon les recommandations de l’INCa (2017). Une mastectomie bilatérale est réalisée à 36 ans et une annexectomie bilatérale prophylactique est prévu dès l’âge de 40 ans. Son projet d’enfant est déjà réalisé. Elle est revue en 2025 à 42 ans devant des masses ovariennes bilatérales suspectes. Une salpingectomie bilatérale aurait été réalisée à l’âge de 38 ans. Elle a développé dans l’intervalle un carcinome ovarien bilatéral de type séreux avec tumeur multikystique à droite et kyste rompu à gauche, cytologie péritonéale positive avec des localisations péritonéales isolées sur l’épiploon, la coupole diaphragmatique droite et dans le cul de sac de douglas.
La procédure d’annexectomie bilatérale aurait dû être discutée et avancée chez cette patiente porteuse d’un variant délétère à haut risque de cancer de l’ovaire au vu de son histoire familiale.
Conclusion
Si une patiente à haut risque de cancer de l’ovaire désire une chirurgie dans la sphère gynécologique, le dossier doit être discuté en réunions de recours et d’expertise des programmes régionaux d’accompagnement de suivi avec des experts généticiens et des experts gynécologues La chirurgie de réduction du risque recommandée chez une femme à risque élevé de cancer de l’ovaire reste l’annexectomie bilatérale (âge adapté selon le gène sur lequel le variant délétère est identifié). La procédure chirurgicale pourrait être avancée dans un contexte d’histoire familiale de cancer de l’ovaire.
Morgane BOEDEC, Nicolas TARIS, Elodie HASER, Christine MAUGARD (Strasbourg)
16:30 - 17:30
#49310 - P224 Évaluation du coût des techniques de séquençage à très haut débit sur les laboratoires du Plan France Médecine Génomique 2025.
P224 Évaluation du coût des techniques de séquençage à très haut débit sur les laboratoires du Plan France Médecine Génomique 2025.
Introduction : Depuis 2019, les plateformes du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) mettent à disposition des prescripteurs français, trois techniques de séquençage à très haut débit : le Whole Genome Sequencing (WGS), le Whole Exome Sequencing (WES) et le Whole Transcriptome Sequencing (WTS) pour une liste de 70 pré-indications en cancérologie et pour des maladies rares. En 2024, l’organisation des laboratoires a connu une évolution majeure avec l’introduction de nouveaux séquenceurs et l’internalisation de certaines étapes du processus de production, avec des impacts attendus sur les coûts de production. Dans ce contexte, notre étude vise à estimer et comparer les coûts de production des techniques à très haut débit en 2021 et en 2024 pour chacun des 2 laboratoires.
Méthodes : Pour chaque technique, les coûts de production ont été calculés en utilisant une méthode mixte combinant micro-costing et gross-costing. Les estimations ont été réalisées selon la perspective des laboratoires pour les années 2021 et 2024. L’horizon temporel s’étend de la phase d’extraction des acides nucléiques au compte rendu des résultats de séquençage. Pour chaque technique, les coûts ont été calculés par échantillon (dans un premier temps) et par laboratoire. Des analyses de sensibilité seront réalisées pour identifier les facteurs de variation des coûts.
Résultats : En 2021, pour le circuit cancer, le coûts de production par échantillon variaient entre 1 566 € et 2 990 € selon la technique et le laboratoire. Le séquençage et l’interprétation clinico-biologique étaient les étapes les plus coûteuses. Les consommables représentaient la principale composante du coût d’un WGS. Pour le WES et WTS, il s’agissait du personnel. Pour le circuit maladies rares, le coût d’un WGS par échantillon variait entre 1 817 € et 1 948 €. Le séquençage était l’étape la plus coûteuse et le personnel représentait la principale composante du coût. En 2024, pour le circuit cancer, le coût de production par échantillon variait entre 1 331 € et 3 034 € selon la technique et le laboratoire. Le séquençage restait l’étape la plus coûteuse du circuit de production. Concernant les maladies rares, le coût d’un WGS par échantillon était d’environ 1 650 € pour les deux laboratoires. Comme pour le WGS en cancérologie, l’étape de séquençage est la plus coûteuse du circuit. La baisse des coûts de production au cours du temps est liée à des modifications du circuit de production et à l’augmentation du volume activité 2021 et 2024. Les estimations par patient/dossier et les analyses de sensibilité sont en cours de finalisation.
Conclusion : Ce travail fournit des données préliminaires sur le coût des techniques haut débit dans le cadre du PFMG en 2021 et en 2024. Une fois finalisés, ces résultats seront utiles dans le cadre de travaux futurs sur l’efficience et la tarification.
Farah ERDOGAN (Villejuif), Arnaud BAYLE, Jennifer MARGIER, Julia BONASTRE
16:30 - 17:30
#49476 - P228 Epidirect®, technologie innovante pour l’analyse de la méthylation du promoteur MGMT dans les tumeurs cérébrales : évaluation monocentrique à l’hôpital Pitié-Salpêtrière.
P228 Epidirect®, technologie innovante pour l’analyse de la méthylation du promoteur MGMT dans les tumeurs cérébrales : évaluation monocentrique à l’hôpital Pitié-Salpêtrière.
Contexte
La méthylation du promoteur de MGMT (O6-methylguanine-DNA methyltransferase) est un biomarqueur prédictif de la réponse au Témozolomide, traitement standard des gliomes malins de l’adulte. La perte d’expression de MGMT, consécutive à la méthylation, accroît la sensibilité tumorale à ce traitement. Plusieurs techniques basées sur la PCR spécifique de méthylation (MS-PCR) permettent de déterminer le statut de méthylation de MGMT. Les techniques de références validées cliniquement sont actuellement le pyroséquençage (MS-PSQ) ou la q-PCR (MS-qPCR). Ces techniques nécessitent un prétraitement des ADN au bisulfite, qui convertit les cytosines non méthylées en uraciles. Ce prétraitement est consommateur de temps et peut entrainer des biais dans les résultats (dégradation de l’échantillon, conversion incomplète…).
L’objectif de cette étude est d’évaluer les performances analytiques d’Epidirect®MGMT, une nouvelle technologie de qPCR spécifique de la méthylation ne nécessitant pas de traitement au bisulfite, en comparaison au pyroséquençage.
Méthode
La technologie Epidirect® repose sur la capacité de primers spécifiques, intégrant des Acides Nucléiques Intercalants (INA®), à discriminer les cytosines méthylées et non méthylées. Les performances analytiques d’Epidirect® ont été évaluées sur une cohorte mono-centrique prospective de 104 tissus FFPE (biopsies et pièces opératoires). En MS-PSQ, une tumeur est méthylée lorsque le seuil est strictement > 9%.
Résultats
Un total de 104 ADN, majoritairement des glioblastomes (80), ont été analysés en qPCR Epidirect®MGMT et MS-PSQ, sans échec technique. Le pourcentage moyen de cellules tumorales est de 58% (30-80%). La concentration d’ADN moyenne est de 47,9 ng/µL (0.7 à 281 ng/µL). En MS-PSQ, 47 ADN sont non méthylés (1 à 8% de méthylation) et 57 sont méthylés (9.6 à 73% de méthylation). La concordance est de 93% (97/104). La sensibilité et la spécificité sont de 88% et 100% respectivement ; la valeur prédictive positive et négative est de 1 et 0.87 respectivement. Sept cas discordants, jugés méthylés en pyroséquençage (9,6–22,4 %), étaient non méthylés en Epidirect® (0,8–2,8%). Ces cas présentent des profils de méthylation intermédiaire, nécessitant des investigations complémentaires. La détermination d’un seuil de détection fiable est un défi et comprend une zone grise comme pour les techniques de référence.
Conclusion
La qPCR Epidirect®MGMT est une méthode rapide, fiable et facile à mettre en place en laboratoire, permettant de déterminer le statut de méthylation du promoteur MGMT sans prétraitement au bisulfite. Le marquage CE-IVD de la technologie est un atout pour les aspects réglementaires à venir. Une évaluation multi-centrique serait nécessaire afin de réaliser une validation clinique de ces résultats qui permettrait qu’elle devienne la technique de référence, pour un gain en temps, en fiabilité et pour s’affranchir de l’obsolescence de certains équipements tels que les pyroséquenceurs.
Loëtitia FAVRE (Paris), Franck BIELLE, Karima MOKHTARI, Marjorie JODAR, Eric FERNANDEZ, Sylvain HUGONIN, Mehdi TOUAT, Ahmed ID BAIH, Khe HOANG-XUAN, Marc SANSON, Florence COULET, Erell GUILLERM
16:30 - 17:30
#49709 - P232 Caractérisation intégrative de carcinomes rénaux papillaires primitifs localisés et métastatiques pour l’identification de biomarqueurs pronostiques.
P232 Caractérisation intégrative de carcinomes rénaux papillaires primitifs localisés et métastatiques pour l’identification de biomarqueurs pronostiques.
Contexte :
En 2018, 15 323 nouveaux cas de cancer du rein étaient enregistrés en France, responsables de 5 589 décès. Les cancers rénaux sont le plus souvent des carcinomes à cellules rénales (RCC) et les RCC dits à cellules claires en représentent environ 70 %. Le carcinome rénal papillaire (papRCC) représente environ 15 % des RCC. Le risque de progression métastatique du papRCC est faible, mais le pronostic devient alors très défavorable, soulignant la nécessité d’identifier précocement les patients à risque d’évolution métastatique afin d’optimiser leur prise en charge. Actuellement, la stratification pronostique repose essentiellement sur le stade tumoral et le grade histologique. Aucun biomarqueur pronostique n’a encore été validé pour le papRCC en pratique clinique, en partie en raison du faible nombre de cas métastatiques étudiés.
Objectifs :
Les objectifs de cette étude sont d’affiner la compréhension des mécanismes biologiques associés à la progression, d’identifier des biomarqueurs pronostiques et de déterminer des cibles thérapeutiques. Pour ce faire, nous avons réalisé une caractérisation génétique, transcriptomique et métabolomique des tumeurs primitives de papRCC demeurées localisées ou ayant métastasé.
Méthodes :
Notre étude porte sur une cohorte monocentrique de 237 patients, incluant 310 tumeurs, dont 26 patients ont présenté une forme métastatique de la maladie. Les tumeurs primitives métastatiques ont été comparées à des tumeurs restées localisées au moins 36 mois.
Des mutations tumorales associées au risque métastatique ont été recherchées par panel NGS. Des analyses de transcriptomique spatiale (n=20, Visium 10xGenomics) et de bulk RNAseq (n=31, SMARTer) ont ensuite été menées sur tumeurs localisées versus métastatiques. Enfin, les profils métaboliques associés à la progression ont été étudiés sur 24 tumeurs localisées et métastatiques via la plateforme Metabolon® (panel Discovery de 5400 métabolites).
Résultats :
Les tumeurs métastatiques présentent une fréquence accrue de mutations dans les gènes TERT, NF2, SMARCB1, PBRM1 et VHL. L’analyse de transcriptomique spatiale a révélé des écosystèmes transcriptionnels distincts, associés soit à un pronostic favorable (tels que la présence de certains types de macrophages), soit défavorable (signatures de transition épithélio-mésenchymateuse). L’utilisation d’une immunohistochimie ciblant ces macrophages a démontré leur valeur pronostique favorable dans une cohorte exploratoire (50 tumeurs), qui a été confirmée sur une cohorte de validation (40 tumeurs). Les analyses métabolomiques ont mis en évidence un métabolisme des acides aminés particulièrement perturbé et une reprogrammation du métabolisme du glutathion dans certaines tumeurs métastatiques.
Conclusion :
En étudiant les tumeurs primitives associées aux formes métastatiques de papRCC, cette approche intégrative a permis de mettre en évidence des biomarqueurs candidats à valider dans de futures études multicentriques.
Roseline VIBERT (Paris), Hugo CROIZER, Sophie TAN, Antoine BOUGOUIN, Pauline HAMON, Clarice GROENEVELD, Gadea CABREJAS, Ahmed-Amine ANZALI, Isaias HERNANDEZ, Alexandre BUFFET, Hervé FRIDMAN, Catherine FRIDMAN, Virginie VERKARRE, Aurélien DE REYNIÈS, Nelly BURNICHON, Judith FAVIER
16:30 - 17:30
#49817 - P236 Étude rétrospective multicentrique sur les mutations BRCA1/2 dans le cancer du sein, apport du testing tumoral.
P236 Étude rétrospective multicentrique sur les mutations BRCA1/2 dans le cancer du sein, apport du testing tumoral.
La mise en évidence de mutations sur les gènes BRCA1 et BRCA2 a un impact majeur dans la prise en charge des cancers du sein, à la fois pour des enjeux préventifs et théranostiques. Pour répondre à ces indications, les circuits de génétique ont dû s’adapter en fonction des moyens disponibles. Certaines équipes ont utilisé les analyses tumorales en parallèle des investigations constitutionnelles. Jusqu’ici, l’apport des analyses tumorales avait surtout été évalué chez des patientes sans mutation constitutionnelle. L’étude rétrospective multicentrique BLOSSOM a exploré les caractéristiques cliniques et moléculaires des patientes orientées d’emblée vers l’analyse tumorale et porteuses d’une mutation BRCA1/2, ce qui, à notre connaissance n’avait jamais été rapporté.
Entre 2021 et 2024, les tests somatiques BRCA1/2 réalisés par 4 plateformes de génétique somatique de l’Ouest de la France ont été analysés. Seules les patientes porteuses d’une mutation BRCA1/2 tumorale, exclusive ou non, ont été retenues pour cette étude. Les données cliniques, histologiques et moléculaires ont été recueillies rétrospectivement. Les résultats tumoraux (tBRCA) ont été confrontés aux analyses constitutionnelles (gBRCA) quand celles-ci étaient disponibles. L’étude a également évalué l’organisation des parcours, les modalités de prescription et les flux d’orientation en oncogénétique.
Sur 1 800 patientes testées, 117 présentaient une mutation BRCA1/2 tumorale (6,5 %). Parmi les 79 patientes incluses dans l’étude, 38 % avaient une mutation exclusivement somatique. De façon remarquable, la proportion de mutations somatiques exclusives variait selon les centres, de 36 % à 48 %. Selon nous, cette différence reflète l’impact majeur des circuits de prise en charge : plus les analyses tumorales sont utilisées, plus le nombre de mutations détectées augmente. Ce circuit a aussi permis d’identifier 3 patientes porteuses d’une mutation constitutionnelle (3.7%) qui ne répondaient à aucun critère d’investigation génétique au moment du diagnostic. Enfin, cette étude a montré un intérêt thérapeutique, puisque 50 % des mutations exclusivement somatiques concernaient des tumeurs de haut grade avec une fraction allélique élevée, suggérant un bénéfice potentiel des PARPi dans des situations non couvertes par les critères actuels d’AMM. Comme attendu, l’âge médian au diagnostic différait entre gBRCA et tBRCA, les mutations BRCA1 étaient principalement associées aux tumeurs triple-négatives, tandis que les mutations BRCA2 étaient surreprésentées dans les cancers RH+/HER2-.
L’étude BLOSSOM met en évidence l’intérêt majeur de la combinaison des circuits constitutionnel et tumoral augmentant la détection de mutations tumorales mais également constitutionnelles. Cette prise en charge permet d’améliorer le conseil génétique et la prise en charge oncologique. La mise en évidence de mutations somatiques exclusives semble représenter un enjeu thérapeutique au vu des caractéristiques des cancers étudiés.
Philippe DENIZEAU (Rennes), Alexandra LESPAGNOL, Sophie GAUBERT, Gery BRIVAEL, Marc PLANES, Lorrie LE PAGE, Amandine CHARRETON, Anne TALLET, Arnaud ROMOLI, Celine BORDET, Edouard COTTEREAU, Julie GENOT, Claire VILLALVA, Lucie KARAYAN-TAPON, Stephanie CHIEZE, Alexandre PERANI, Karine DURAND, Clementine PEYRAMAURE, Maroussia VANDAME-HESSER, Laurence VENAT
16:30 - 17:30
#49962 - P240 Étude observationnelle de la détection de la perte du gène MTAP sur biopsie liquide et en IHC dans les CBNPC.
P240 Étude observationnelle de la détection de la perte du gène MTAP sur biopsie liquide et en IHC dans les CBNPC.
Introduction
La délétion homozygote du gène MTAP constitue un biomarqueur émergent dans le cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC) du fait du développement de thérapies ciblées et d’une corrélation à la réponse à l'immunothérapie. Néanmoins, la méthode de détection la plus adaptée reste à définir. L'immunohistochimie (IHC) est de plus en plus utilisée en routine pour déterminer la perte d’expression, ainsi que le séquençage de nouvelle génération (NGS) réalisé sur le tissu tumoral ou la biopsie liquide (BL) pour identifier la délétion de MTAP. L'objectif de cette étude est de décrire les performances de la détection de la perte de MTAP dans le CBNPC par NGS sur BL et par IHC sur tissu tumoral.
Matériels et méthodes
Nous avons analysé la délétion homozygote du gène MTAP sur BL (sanguine) par le panel NGS de 324 gènes FoundationOne Liquid CDx (Foundation Medicine) et la perte d’expression de MTAP sur tissu tumoral par IHC avec le clone 42-T (Santa Cruz). Sur une période de dix mois, 575 patients atteints de CBNPC suivis à Gustave Roussy ont eu une BL, dont 358 contributives (avec une fraction tumorale circulante (FT) > 1 %). Sur la même période, une IHC MTAP a été réalisée sur 190 tissus tumoraux.
Résultats
La délétion de MTAP a été identifiée dans 18 BL (13 sans tissu tumoral et 5 avec tissu tumoral associé) (5,3%) parmi les 358 BL. La FT de ces échantillons variait de 16 à 79 % (moyenne : 34,16 %). L’IHC était contributive dans 156/190 (82,11 %) cas et retrouvait une perte d’expression de MTAP dans 63/156 cas (dont uniquement 12 avec BL contributive) (40,38 %). Vingt-trois patients ont eu à la fois une BL avec FT > 1 % (1,30-72 %) et un tissu tumoral analysé par IHC à moins d’un mois d'intervalle.
Dans cette cohorte de 23 patients, les deux méthodes ont fourni des résultats concordants dans 65% des cas (15/23) : 4 cas de délétion de MTAP en BL et de perte d’expression au niveau tumoral et 11 cas négatifs avec les deux techniques. Dans un cas, la perte de MTAP n'a pas pu être évaluée dans la BL et dans un autre cas, l'IHC était indéterminée alors qu’une perte de MTAP était identifiée par NGS. Dans 6/23 cas de cette cohorte, une perte de MTAP en IHC a été détectée alors que le NGS n'a pas mis en évidence de délétion sur la BL. Dans ces 6 cas, la FT variait de 2,60 à 11 % alors qu’elle était ≥ 16% dans toutes les BL positives. Pour les BL avec une FT > 21%, les résultats étaient tous concordants avec l’IHC.
Conclusion
L'IHC est une technique performante quand le tissu tumoral est disponible. Cependant, le recours à la biopsie liquide reste d’une grande importance pour donner la même chance aux patients d'accéder aux essais cliniques et de bénéficier de thérapies innovantes lorsque le prélèvement tumoral n’est pas disponible ou que l'IHC n'est pas concluante. Le test FoundationOne Liquid CDx pourrait être un bon outil pour détecter les délétions homozygotes du gène MTAP à condition que la FT soit ≥ 16%.
Michaël DEGAUD (Villejuif), Olfa TRABELSI-GRATI, Aldea MIHAELA, Voreak SUYBENG, Etienne ROULEAU, Ludovic LACROIX, Marie MORFOUACE, Edouard TURLOTTE, Roseline TANG, Margot PENRU, Chaymaa HAMMOU, Dorcas HOUNGUE, Victor GONDRAN-TELLIER, Martina GASPARRO, Lodovica ZULLO, Magali LACROIX-TRIKI, Diana N. IONESCU, Maria Rosa GHIGNA
16:30 - 17:30
#48937 - P244 Transmission de l'information d'un diagnostic de prédisposition héréditaire : rôle des liens affectifs et familiaux.
P244 Transmission de l'information d'un diagnostic de prédisposition héréditaire : rôle des liens affectifs et familiaux.
Lorsqu'une altération génétique héréditaire liée au cancer du sein et de l’ovaire est identifiée, la prise en charge des proches dépend de la transmission de l’information. De nombreux facteurs influent cette transmission qui est essentielle à une prévention personnalisée.
L'objectif : analyser cette transmission pour améliorer les pratiques et optimiser la diffusion.
150 patients porteurs d’une altération pathogène des gènes BRCA1, BRCA2 ou PALB2 identifiée à partir d’un panel ou ayant bénéficié d’une analyse ciblée de ces gènes ont répondu à un questionnaire.
Nous avons dans un premier temps observé comment les patients ont reçu l’information de leurs apparentés. 93 % ont reçu l’information en présentiel ou par téléphone. 72 % des patients indiquent ne pas avoir ressenti le besoin d’un document explicatif sur l’anomalie génétique. La transmission orale semble être suffisante dans leur décision de faire le test.
Parmi les patients ayant bénéficié d'une analyse ciblée, 59 % ont été informés par le cas index, dont 74 % sont liés au 1er degré avec ce dernier et 72 % estime avoir un lien affectif fort avec lui.
Parmi les 41 % non informés par le cas index, 78 % sont liés au 1er degré et 69 % estime avoir un lien affectif fort avec la personne qui les a informés.
Parmi ceux qui n’ont pas un lien affectif fort avec le cas index, 72 % ont été informés par un apparenté plus proche affectivement (hors liens équivalents).
La majorité des patients reçoivent donc l'information de la part d'un apparenté proche affectivement ou sur le plan familial.
Dans un second temps, nous avons observé la façon dont nos patients ont transmis l’information à leur famille.
Les interviewés ont partagé l’information avec au moins un proche. Ceux qui ne l'ont pas fait estiment que tout le monde était déjà informé (79 %) ou que leurs enfants étaient trop jeunes (13 %).
Concernant la difficulté de transmission de l'information, 78 % des réponses indiquent que cela a été facile, sans différence observée entre cas index et apparentés.
On remarque peu de différence d’implication dans la diffusion de l'information entre porteurs et non porteurs de l'anomalie.
Parmi les patients ayant diffusé l’information, 67 % n’ont pas informé au-delà du 1er degré et 76 % ont avisé uniquement les apparentés avec qui ils estiment avoir un lien affectif.
Seuls 9 % ont informé des apparentés du 1er degré sans lien affectif.
24 % ont informé des apparentés hors 1er degré avec qui ils avaient un lien affectif.
86 % ont informé exclusivement des apparentés du 1er degré avec qui ils avaient un lien affectif.
Nos données montrent que la circulation de l’information est étroitement liée au lien affectif et familial, elle se diffuse de proche en proche et pas uniquement à partir du cas index. Il est donc essentiel de rappeler à chaque apparenté en consultation l’importance d’informer ses proches. Un appel de suivi pourrait être envisagé pour s'assurer que tous les apparentés concernés ont bien été informés.
Béatrice DE CLERCQ, Axelle BERTHON (NICE), Véronique MARI
16:30 - 17:30
#48976 - P248 Perspectives des parents d’enfants porteurs d’une maladie rare à propos de l’extension du dépistage néonatal avec ou sans outil génétique en France.
P248 Perspectives des parents d’enfants porteurs d’une maladie rare à propos de l’extension du dépistage néonatal avec ou sans outil génétique en France.
Le dépistage néonatal (DNN) vise à détecter précocement des maladies rares (MR), graves, dès la naissance, afin de permettre un traitement ou une prise en charge avant l’apparition des symptômes. Proposé systématiquement à tous les nouveau-nés, le programme national français, mis en place en 1972, inclut actuellement 13 MR, complétées par 3 nouvelles en septembre 2025, ainsi que la surdité congénitale. La France reste en retard par rapport à d’autres pays européens dépistant un plus grand nombre de MR. Pourtant, des avancées concernent les thérapies (environ 700 MR pédiatriques considérées comme traitables) et le séquençage génomique avec une baisse majeure des coûts le rendant de plus en plus accessible. De plus, la loi de bioéthique autorise désormais en France, le recours à des tests génétiques en première intention dans le cadre du DNN.
L’étude SeDeN (Séquençage Dépistage Néonatal) vise à mesurer, auprès de parents, de professionnels et de décideurs, en France, les attentes et les freins à l’extension du DNN, y compris via l’usage de tests génétiques. SeDeN-p3 s’intéresse spécifiquement à l’avis des parents avec des questionnaires auprès de 1 640 parents d’enfants de moins de 3 ans et 55 entretiens semi-directifs auprès de parents d’enfants atteints d’une MR déjà dépistée dans le DNN (POP DNN n=20) ou potentiellement concernée par une extension du programme (POP DIAG n=35).
Les résultats qualitatifs font émerger 4 profils de parents selon leurs positionnements sur l’extension du DNN actuel et l’usage d’un test génétique en première intention :
- les parents favorables à l’extension du DNN actuel et à l’utilisation d’un test génétique, pour favoriser une prise en charge précoce et réduire l’errance diagnostique (n=39, POP DNN=16, POP DIAG=23) ;
- les parents nuancés sur l’extension mais favorables au test génétique, perçu comme plus fiable que d’autres tests pour ces parents (n=7, POP DNN=2, POP DIAG=5) ;
- les parents favorables à l’extension mais réservés sur le test génétique, exprimant des inquiétudes éthiques, notamment autour de l’eugénisme (n=5, POP DNN=2, POP DIAG=3) ;
- les parents ni favorables à l’extension ni au test génétique, en raison de l’incertitude sur la traitabilité ou l’âge de révélation des maladies (n=4, POP DIAG=4).
Les positionnements des parents sur l’extension du DNN sont influencés par leur vécu de la maladie de leur enfant, leur capacité à se projeter au-delà de leur expérience personnelle, et leur profil sociodémographique, notamment leur domaine professionnel (santé, recherche).
Ces résultats éclairent sur les choix parentaux face à une possible extension du DNN intégrant des tests génétiques, et sur l’influence de leur vécu dans ces choix. Ils soulignent la nécessité de prendre en compte la diversité des points de vue parentaux sur le type de maladies à dépister, la manière de le faire, et le souhait (ou non) de connaître le statut génétique de leur enfant, sans compromettre le bénéfice pour l’enfant.
Margot LEMAITRE, Frédéric HUET, Dominique SALVI, Isabelle MARCHETTI, Elisabeth CUDRY, Christel THAUVIN-ROBINET, Chistine BINQUET, Manuella DENIS, Laurence LELIEVRE, Sandra MERCIER, Hervé NABARETTE, Marcela GARGIULO, Sandrine BAUD, Sophie BELIARD, Lionel RIBES, Mathilde NIZON, Estelle COLIN, Magalie BARTH, Brigitte CHABROL, Céline CUDEJKO, Laurent PASQUIER, Candace BEN SIGNOR, Claire DESPLANTES, Anne HOUZEL, Florent NEUMANN, Stéphanie PEREZ-MARTIN, Margot GRISVAL, Bertille BONNIAUD, Raphaelle MAUDINAS, Clémence FOCONNIER-FATUS, Caroline RACINE, Julian DELANNE, Juliette SANTENARD, Marie BOURNEZ, Barbabra MESUREUX, Stéphanie LEMAIRE, Julien MARAVAL, Christine PEYRON, Laurence FAIVRE (DIJON), Camille LEVEL
16:30 - 17:30
#49113 - P252 Retour d’expérience de la gestion génétique des grossesses à risque de syndrome du QT Long : identification des lacunes et explorations de nouvelles stratégies de dépistage.
P252 Retour d’expérience de la gestion génétique des grossesses à risque de syndrome du QT Long : identification des lacunes et explorations de nouvelles stratégies de dépistage.
Introduction
Le syndrome du QT Long (SQTL) est un trouble du rythme cardiaque d’origine génétique, de transmission autosomique dominante, associé à un risque de syncope et de mort subite. La gestion des grossesses à risque est un défi majeur. Lorsqu’un variant pathogène est identifié chez le parent atteint, un test génétique ciblé est recommandé dès la naissance, afin d’orienter précocement la prise en charge cardiologique du nouveau-né. Dans ce contexte, le conseil génétique est essentiel pour informer et accompagner les couples. A ce jour, des questions pratiques subsistent, et les progrès en dépistage anténatal soulèvent de nouvelles interrogations.
Objectif
Cette étude vise à analyser la gestion génétique des grossesses à risque de SQTL pour identifier les axes d’améliorations et explorer de nouvelles stratégies de dépistage anténatal.
Méthode
Nous avons réalisé une étude rétrospective, et descriptive au sein de notre cohorte française de patients atteints de SQTL et génotypés, adressés au centre de référence des maladies cardiaques héréditaires de l’hôpital Bichat sur une période de 10 ans. Nous avons recensé 70 grossesses (74 fœtus) pour lesquelles un variant pathogène ou probablement pathogène dans KCNQ1, KCNH2 ou SCN5A avait été identifié chez au moins un des deux parents avant la grossesse. Certaines grossesses n’ont pas été suivies par le centre.
Résultats
Tous les enfants ont bénéficié d’un test génétique et 47 (63,5 %) étaient porteurs du variant. Dans 27 % des cas, le test génétique était réalisé après la période néonatale (âge médian au diagnostic : 134 [79,5 – 179] jours), plutôt qu’en prénatal, à la naissance ou durant le premier mois de vie. Le test génétique était réalisé plus tardivement lorsque le père était suivi pour le SQTL que lorsque c’était la mère. Aucun DPI n’a été réalisé. 4 DPN ont été effectués : 3 par geste invasif pour des grossesses consanguines à haut risque rythmique et 1 diagnostic prénatal non invasif (DPNI- MM) pour orienter la prise en charge de la grossesse et le suivi néonatal.
Conclusion
Le retard dans le diagnostic génétique peut avoir des conséquences graves chez le nouveau-né. Ce retard était d’autant plus important lorsque le père avait le SQTL. Ceci souligne l’importance d’un conseil génétique anticipé auprès des couples à risque (avec une attention particulière pour les hommes SQTL), ainsi qu’une meilleure formation des professionnels de santé aux bonnes pratiques de prise en charge.
Bien que techniquement réalisables, les demandes de DPN et DPI restent rares : le SQTL pouvant bénéficier d'une prise en charge néonatale précoce et efficace. Les rares DPN réalisés concernaient toujours des situations à haut risque rythmique.
Enfin, l'émergence du DPNI-MM ouvre de nouvelles perspectives pour anticiper la prise en charge fœtale et néonatale, mais soulève des questions éthiques, psychologiques et pratiques nécessitant des discussions entre experts.
Cecile GUERIN (Paris), Alessandra PIA-PORRETTA, Véronique FRESSART, Adrien BLOCH, Fabrice EXTRAMIANA, Isabelle DENJOY
16:30 - 17:30
#49330 - P256 Attitudes et perspectives des professionnels des centres français de DPI concernant le dépistage des aneuploïdies et l’utilisation du NGS en DPI.
P256 Attitudes et perspectives des professionnels des centres français de DPI concernant le dépistage des aneuploïdies et l’utilisation du NGS en DPI.
Introduction : Le diagnostic préimplantatoire pour aneuploïdies (DPI-A) vise à détecter les anomalies chromosomiques embryonnaires avant transfert. Parallèlement, le séquençage à haut débit (NGS) peut être appliqué au DPI, notamment en remplacement de l’analyse par microsatellites pour le diagnostic indirect des maladies monogéniques. En France, le DPI-A, bien que discuté lors des dernières révisions de la loi de bioéthique, n’a pas été retenu et reste interdit. Le NGS n’est pas utilisé en routine. Cette étude, mandatée par la FFGH, explore les connaissances et perceptions des professionnels français du DPI concernant ces techniques.
Méthodologie : Une quarantaine d’entretiens semi-directifs ont été menés auprès des différents professionnels des cinq centres de DPI français. Les entretiens ont été analysés de façon thématique, transversale puis comparative.
Résultats : Les perceptions du DPI-A divergent. Certains y voient un outil d’optimisation de l’assistance médicale à la procréation (AMP), d’autres rappellent des données bibliographiques contradictoires et privilégient sa finalité de prévention des aneuploïdies. S’il était autorisé, la majorité y serait favorable, avec des critères d’inclusion variables : couples déjà en DPI, ou aussi certaines FIV (âge maternel élevé, fausses couches répétées, échecs d’implantation). Aucun n’envisage son usage hors indication d’AMP. Les risques cités concernent l’exclusion d’embryons viables ainsi que l’interprétation complexe des mosaïques.
Le NGS en DPI reste méconnu hormis des généticiens. Ses avantages perçus sont la réduction du temps de mise au point, l’usage d’une méthode unique et l’ouverture à de nouvelles indications. Les inquiétudes portent sur la découverte de données incidentes ou de variants de signification incertaine, la perte de compétences humaines, ainsi que la sélection excessive d’embryons, pouvant réduire les chances de grossesse et soulevant des enjeux éthiques, dont la crainte d’une forme d’ « eugénisme ». Le frein principal est la nécessité d’outils bio-informatiques pour masquer les régions non ciblées.
L’autorisation de ces pratiques nécessiterait des adaptations organisationnelles : passage de la biopsie de J3 à J5 avec congélation systématique, et, pour le DPI-A, hausse probable des demandes impliquant davantage de moyens humains et matériels, ou une centralisation nationale. Des différences inter-centres et interprofessions sont relevées selon les techniques utilisées, avec un sentiment de retard vis-à-vis de l’étranger, et une influence notable des expériences personnelles sur les positions exprimées. L’aspect financier était spontanément peu évoqué.
Conclusion : Cette enquête auprès des professionnels français du DPI révèle attentes et réserves vis-à-vis du DPI-A et du NGS. La majorité se dit favorable à leur introduction, tout en soulignant des freins éthiques, techniques et organisationnels. Une réflexion collective apparaît nécessaire pour encadrer leur éventuelle mise en œuvre.
Johanne PIOTROWSKI (Strasbourg), Ophélie SAUZEAU, Anne-Sophie GIRAUD, Valérie DEPADT, Sixtine PARENT, Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Gaelle MELAYE, Alicia COUDERT, Marjolaine WILLEMS
16:30 - 17:30
#49448 - P260 Mise en place de la téléexpertise au sein des services de génétique en France : retour d’expérience de centres utilisateurs et analyse des pratiques.
P260 Mise en place de la téléexpertise au sein des services de génétique en France : retour d’expérience de centres utilisateurs et analyse des pratiques.
La téléexpertise est définie comme la possibilité pour un professionnel de santé (requérant) de solliciter l’avis écrit d’un médecin expert (requis) sur le cas d’un patient, à partir d’éléments issus de son dossier médical.
Auparavant, les avis étaient donnés par e-mail, téléphone, voire courrier, de manière dispersée, peu formalisée et chronophage.
Depuis quelques années, plusieurs services de génétique et centre de référence, ont commencé à la mettre en place. Chaque service et centre expert, applique sa propre méthodologie concernant le choix du professionnel traitant les avis, les domaines visés et le délai moyen de réponse.
Ce dispositif permet d’éviter les mauvais adressages en consultation, de centraliser les avis, de fluidifier les demandes et d’en assurer la traçabilité, ouvrant la voie à une éventuelle cotation de cette activité.
Ce travail s’inscrit dans une démarche nationale d’analyse des pratiques. Dans un premier temps, nous avons recueilli l’avis de centres déjà engagés dans la téléexpertise en génétique (Rennes, Dijon, Montpellier et Lille). La téléexpertise est mise en place dans ces centres depuis 1 à 3 ans et permet de traiter entre 6 et 55 avis par mois selon les centres. Une réponse est rendue rapidement, entre 24 et 48h. Les avis sont gérés soit par le secrétariat qui s’occupe de répartir aux professionnels adaptés et disponibles soit directement par les professionnels qui se répartissent la semaine sous forme d’astreinte. Le logiciel majoritairement utilisé est Omnidoc. Il permet d’accéder à une discussion sous forme de chat, sans limite maximale. Les requérants majoritaires sont les médecins traitants. Ils rapportent des bénéfices évidents à l’utilisation de la téléexpertise, mais ont noté certaines limites : la mise en place d’un nouveau logiciel et la difficulté à le prendre en main, les professionnels requérants qui ne se saisissent pas de la téléexpertise et qui utilisent toujours d’autres canaux, et la facturation.
Les réponses nous ont permis d’identifier les tendances communes et nous ont permis d’élaborer un second questionnaire plus développé. Ce questionnaire sera envoyé à l’ensemble des services de génétique français, afin d’obtenir un état des lieux des pratiques de téléexpertise. L’objectif sera d’identifier à grande échelle ses bénéfices et ses limites, ainsi que les moyens facilitant sa mise en œuvre, dans une perspective d’harmonisation nationale.
La téléexpertise représente une opportunité majeure pour améliorer l’accès à notre spécialité sur le territoire, optimiser les délais de prise en charge, et fluidifier les échanges entre les professionnels. Elle permet aussi de centraliser et de structurer les demandes pour une cotation et valorisation de cette activité, inhérente à notre métier mais souvent chronophage. Ce projet vise à proposer une trame pour accompagner les services souhaitant mettre en place la téléexpertise, en s’appuyant sur l’expérience des structures l’ayant déjà adoptée.
Lea PATAY (DIJON), Amandine BAURAND, Florence PETIT, Sylvie ODENT, David GENEVIEVE, Linda AKLOUL, Juliette SANTENARD, Caroline RACINE, Benoit MAZEL, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Eléonore VIORA-DUPONT, Laurence FAIVRE, Sophie NAMBOT
16:30 - 17:30
#49535 - P264 Le diagnostic présympto' comme alibi du symptôme chez l'adulte.
P264 Le diagnostic présympto' comme alibi du symptôme chez l'adulte.
Aujourd’hui, le diagnostic présymptomatique est bien connu de la communauté scientifique en génétique médicale. Mis en lumière en premier lieu pour les maladies neurodégénératives dans les années 90, il est aujourd’hui étendu à des maladies non dégénératives. Bien que l’Agence de Biomédecine recommande la réalisation du dépistage au sein d’une équipe pluridisciplinaire, les protocoles demeurent distincts. Alors que certains services mettent en place un protocole associant une consultation d’un expert de la maladie, une consultation de conseil génétique ainsi qu’une consultation psychologique, certains autres évoluent en l’absence de psychologue.
Pourtant, d’un point de vue psychologique, les conséquences potentielles d’un test présymptomatique pour un adulte ou un enfant sont reconnues par la littérature scientifique. Dans le service de génétique du CHU de Caen, nous avons ainsi mis en place un protocole incluant une consultation psychologique systématique à la démarche présymptomatique. Cet entretien a pour objectif de rencontrer un sujet, plutôt qu’une maladie génétique, et de l’accompagner à se projeter sur les conséquences de ce résultat, quel qu’il soit, en insistant sur la possibilité de rester dans l’ignorance, et ses bénéfices.
Mon expérience m’a permis de repérer une conséquence plus insidieuse et difficilement repérable de la démarche présymptomatique. Il s’agit de situations où la démarche est utilisée au service de la problématique psychopathologique du sujet ou de ses proches, de manière inconsciente et donc, à leur insu. Ceci, souvent caché derrière le souhait d’entamer la démarche, et sans inquiétudes. Pour étayer mes propos, je me baserai sur deux études de cas. La première décrit le cas de Monsieur F, qui souhaite réaliser un diagnostic présymptomatique pour rassurer sa femme, celle-ci présentant des angoisses envahissantes depuis la naissance récente de leur fille, en la soumettant à différents examens médicaux. Dans ce cas, peut-on faire l’hypothèse que le diagnostic présymptomatique devient l’outil d’un Syndrome de Münchhausen par procuration ? La seconde présente le cas de Madame J, souhaitant réaliser l’analyse génétique présymptomatique afin de redonner à son corps la discipline dont il (ou elle ?) a besoin. Ici, l’entretien psychologique a permis de mettre en évidence qu’un dépistage qui retrouverait l’anomalie génétique familiale accentuerait l’hypervigilance et le masochisme de Madame J envers son corps.
Finalement, l’objectif de cette intervention est de prévenir des effets de la démarche présymptomatique et de sensibiliser sur l’importance d’une consultation psychologique, y compris pour des maladies non dégénératives. Questionner l’inquiétude du sujet concernant la démarche ne suffit pas et ne doit pas faire l’économie d’un entretien psychologique systématique. Dans le cas contraire, il est alors possible de passer à côté de problématiques psychopathologiques qui pourraient s’accentuer au résultat du test génétique.
Isaure CHAGNEAUD (Caen)
16:30 - 17:30
#49897 - P268 Evaluation des besoins de prise en charge psychologique des conseillers en génétique.
P268 Evaluation des besoins de prise en charge psychologique des conseillers en génétique.
La génétique médicale a connu, au cours des dernières décennies, un essor considérable avec l’amélioration des connaissances scientifiques et le développement de nouvelles technologies de diagnostic. Dans ce contexte, le métier de conseiller en génétique est apparu pour répondre à un besoin croissant d’accompagnement des patients et de leurs familles face à des informations souvent complexes, parfois lourdes de conséquences médicales, psychologiques et éthiques.
Si le soutien psychologique des patients est au cœur de la pratique clinique, celui des conseillers en génétique reste peu développé. En effet, le métier de conseiller en génétique s’accompagne d’une forte charge émotionnelle, souvent sous-estimée. Pourtant, malgré sa reconnaissance implicite, cet impact émotionnel n’avait jamais fait l’objet d’une réelle évaluation.
Dans cette enquête transversale par questionnaire anonyme diffusée par le biais de l’Association française des conseillers en génétiques (AFCG), qui recense 265 conseillers en génétique en poste, et de LinkedIn, nous avons cherché à évaluer les besoins d’accompagnement psychologique des conseillers en génétique et si les dispositifs déjà mis en place répondaient à ces besoins. L'utilisation d’un questionnaire anonyme a pour avantage de nous permettre de recueillir de façon objective les avis des professionnels et de pouvoir interpréter sans biais les conclusions obtenues. À ce jour, nous avons recueilli 95 réponses, dont 80,1% rapportent une charge émotionnelle modérée, importante ou très importante dans leur pratique et 94,4% souhaiteraient bénéficier d’un dispositif de soutien psychologique.
L’ensemble des données obtenues et leur interprétation pourront être utilisés par les professionnels afin de faire valoir l’importance de leur bien-être psychologique dans la qualité de leur travail. Bien qu’ici centrée sur les conseillers en génétique, cette étude pourrait également être étendue à d’autres professions médicales confrontées à des charges émotionnelles importantes. Un soutien psychologique mis en place de manière préventive et adapté aux besoins des professionnels présente un intérêt à la fois personnel, en améliorant le bien-être des conseillers, et professionnel, en favorisant un meilleur environnement de travail et, par conséquent, une prise en charge optimale des patients.
Adeilne CHABEUF, Laura NOWALSKI (ANGERS), Estelle COLIN, Agnès GUICHET, Clara HOUDAYER, Véronique PAQUIS-FLUKLINGER, Murielle RIBEIRO, Cécile ROUZIER, Océane SAUNIER, Emilie CONSOLINO
16:30 - 17:30
#49109 - P272 Les syndromes myélodysplasiques avec délétion 5q : identification d’un gène impliqué dans la réponse thérapeutique.
P272 Les syndromes myélodysplasiques avec délétion 5q : identification d’un gène impliqué dans la réponse thérapeutique.
Les néoplasmes myélodysplasiques (SMD) sont une maladie clonale des cellules de la moelle osseuse, caractérisée par une cytopénie, une dysplasie et une hématopoïèse inefficace. Les SMD présentent un risque accru d'évolution vers une leucémie myéloïde aiguë. La délétion complète du chromosome 5 ou partielle du 5q [del(5q)] est l'anomalie chromosomique la plus fréquente.
Le gène RNA-Binding Motif 22 (RBM22), situé sur le 5q, subit une perte mono-allélique chez 92% des patients atteints de SMD del(5q) dans notre cohorte (n=100). Notre hypothèse est que l'haploinsuffisance de RBM22, due à la del(5q), joue un rôle majeur dans la pathogenèse des SMD del(5q) et dans la réponse au traitement standard, le lénalidomide.
Nous avons travaillé sur des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques humaines (HSPC) normales ou issus de patients SMD del(5q), et sur des lignées cellulaires myéloïdes (MDS-L, HL-60).
Nous démontrons que la déplétion de RBM22 réduit la prolifération en retardant la progression de la phase G1, de la phase S et de la phase G2/M. La déplétion de RBM22 altère la mitose, générant une endomitose, et conduit à une augmentation de la proportion de cellules polyploïdes. Ces altérations imitent le phénotype des blastes MDS del(5q). Nous démontrons que la déplétion de RBM22 altère la différenciation mégacaryocytaire et érythroïde. Nous montrons que, dans les HSPC humaines, l'haploinsuffisance de RBM22 dérégule l'expression des gènes et l'épissage des pré-ARNm, en particulier dans les gènes impliqués dans la réponse à la thérapie standard des SMD del(5q) à faible risque : le lénalidomide. Nous avons démontré que, dans les cellules MDS-L déplétées pour RBM22 et exposées au lénalidomide, la différenciation mégacaryocytaire et l'apoptose sont accentuées. Enfin, nous démontrons que la diminution artificielle de l’expression de RBM22, dans des cellules de patients SMD et de leucémie myéloïde aiguë ne présentant pas de perte du 5q, rend ces cellules plus sensibles au lenalidomide.
Dans l'ensemble, nous avons démontré que l'haploinsuffisance de RBM22 participe au phénotype de cytopénie et de sensibilité au lenalidomide, tels qu’observées dans les syndromes myélodysplasiques (SMD) avec une délétion partielle du chromosome 5 où un allèle de RBM22 est perdu. Nous montrons que dans d’autres néoplasmes myéloïdes non-del5q la modulation de l’expression de RBM22 rend ces cellules sensibles à cette thérapie.
Notre travail démontre ainsi le rôle d’un nouveau gène dans la pathogenèse des SMD del(5q) et leur sensibilité à la thérapie par le lenalidomide, par un mécanisme d’haploinsuffisance lié à l’anomalie chromosomique la plus fréquente des SMD. Notre travail ouvre des perspectives pour les autres néoplasmes myéloïdes non del 5q afin d’accroître leur sensibilté au lenalidomide.
Eloïse LE HIR-REYNAUD, Benoit SOUBISE, Van-Trang DINH, Séverine COMMET, Corinne TOUS, Nadia GUEGANIC, David ROMBAUT, Laurent CORCOS, Michaela FONTENAY, Nathalie DOUET-GUILBERT, Marie-Bérengère TROADEC (BREST)
16:30 - 17:30
#49704 - P276 essai multicentrique en double aveugle de phase II, versus placebo, évaluant l’efficacité et la sécurité de l’alpelisib (BYL719) dans le syndrome MCAP (mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) (SESAM) : résultats préliminaires.
P276 essai multicentrique en double aveugle de phase II, versus placebo, évaluant l’efficacité et la sécurité de l’alpelisib (BYL719) dans le syndrome MCAP (mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) (SESAM) : résultats préliminaires.
L'essai SESAM co-financé par le CHU de Dijon et Novartis, est le premier essai thérapeutique évaluant spécifiquement l'efficacité la sécurité de 24 mois de traitement par alpelisib (BYL719, Novartis®), un inhibiteur alpha spécifique du gène PI3K, chez les patients atteints de syndrome MCAP (mégalencéphalie – malformation capillaire – polymicrogyrie). Il comprend successivement une première période en double aveugle de six mois contrôlée versus placebo suivie d'une 2e période en ouvert uniquement avec alpelisib. Les détails du design sont accessibles dans le protocole publié (Luu et al., BMJ open 2024). Le critère de jugement principal est la réponse au traitement définie comme une amélioration ≥ 4 points sur l’échelle de Vineland-II (VABS), après 24 mois de traitement. Les critères secondaires majeurs sont la comparaison à 6 mois du score VABS des patients traités par alpelisib versus ceux traités par placebo, et l’évaluation à 24 mois de la fonction motrice via l’échelle de Mesure de Fonction Motrice (MFM). Les patients sont inclus puis suivis mensuellement dans le centre local, et ont une visite d'évaluation clinique, biologique et radiologique semestrielle au CHU Dijon où à l'hôpital Necker. Nous présentons les résultats préliminaires d’efficacité et les données de sécurité globale.
Les 18 patients prévus ont été inclus dans 10 centres entre décembre 2022 et juillet 2024, avec un âge moyen de neuf ans (2 – 28 ans) à l’inclusion. Le score moyen VABS à la baseline était de 55,4±27,8 (moy±ET) et le score MFM de 86,0±15,6. Au 01/09/25, sept patients ont complété les 24 mois d’étude, dont 6 répondeurs au traitement, et deux patients ont été sortis prématurément après 18 et 22 mois de traitement, pour respectivement aggravation des troubles du comportement et vomissements persistants, et sont considérés non répondeurs, soit un taux de réponse actuel de 66,7%. Pour les 6 patients répondeurs, le gain moyen sur la VABS à M24 vs. baseline était de +10,2±5.2 points (score VABS à M24=55,2±21,5 vs. 45,0± 21,2 baseline ; p= 0,004), et le score MFM moyen à M24 était également plus élevé (96,7±2,6 à M24 vs. 90,0±13,2 à la baseline ; p=0,028). Les scores moyens de VABS à M6 des patients traités par alpelisib (n=10) vs. Placebo (n=8) ne différaient pas (48,5±30,5 vs. 71,5±19,8 pour les groupes alpelisib et placebo respectivement ; p=0,228). Au 25/08/2025, sur l’ensemble des 18 patients inclus, 39/301 (12,9%) événements indésirables (EI) déclarés ont été jugés reliés au traitement, touchant 13 patients et tous de grade I ou II. Quatre EI graves ont été déclarés, tous non reliés au traitement.
Si ces résultats préliminaires encourageants sont confirmés par l'analyse finale prévue à l'été 2026, cette étude validera l'efficacité sur le plan neurocognitif de l'alpelisib chez les patients MCAP. Les autres examens prévus (IRM, tests cognitifs, questionnaires de qualité de vie, ponction lombaire) complèteront l’évaluation de l’alpelisib dans cette population.
Maxime LUU, Guillaume CANAUD, Julie CHARLIGNY, Aurélie ESPITALIER, Aurore GARDE, Caroline RACINE, Maud CARPENTIER, Adelaide REGA, Romaric LOFFROY, Nawale HADOUIRI, Théo GAUMET, Nathalie BODDAERT, Aurore CURIE, Michaela SEMERARO, Romain BERTHAUD, Alinoe LAVILLAUREIX, Bénédicte DEMEER, Adélaïde BROSSEAU-BEAUVIR, Estelle COLIN, Annabel MARUANI, Florence PETIT, Odile BOUTE, Camille CENNI, Florian CHERIK, Laurent GUIBAUD, Mouna CHEBBI, Paul KUENTZ, Nadia BAHI-BUISSON, Camille FLECK, Amélie CRANSAC, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE (DIJON)
16:30 - 17:30
#48979 - P280 Réévaluation des recommandations concernant l’interprétation des variants ARNt de l’ADN mitochondrial grâce à l’étude sur fibre musculaire unique.
P280 Réévaluation des recommandations concernant l’interprétation des variants ARNt de l’ADN mitochondrial grâce à l’étude sur fibre musculaire unique.
Contexte : en raison de leur grande hétérogénéité clinique et génétique, le diagnostic des maladies mitochondriales est difficile en routine. Dans cette étude, nous avons appliqué le NGS à l’analyse sur fibre musculaire unique pour caractériser cinq variants hétéroplasmiques de l’ADNmt, dont quatre jamais décrits. Nos résultats mettent en évidence les limites des recommandations actuelles concernant la classification des variants de l’ADNmt, qui n’intègrent pas de façon optimale les données fonctionnelles.
Méthode : afin de valider la faisabilité de la technique, nous avons comparé le NGS à PCR-RFLP, technique de référence, pour quantifier le taux d’hétéroplasmie sur fibre unique. Nous l’avons ensuite appliquée à cinq patients présentant des signes cliniques suggérant un dysfonctionnement mitochondrial et des fibres COX-négatives sur biopsie musculaire. Afin de comparer les différentes recommandations, la pathogénicité de chaque variant a été évaluée selon trois approches de classification publiées.
Résultats : aucune différence significative n’a été retrouvée entre PCR-RFLP et NGS, confirmant la fiabilité du NGS pour la quantification du taux d’hétéroplasmie sur fibre unique. Chez les cinq patients, les fibres COX-négatives présentaient des taux d’hétéroplasmie significativement plus élevés que les fibres COX-positives. Cependant, le poids variable accordé aux analyses fonctionnelles dans les recommandations actuelles entraine des divergences de classification pour un même variant. En appliquant de nouveaux critères intégrant davantage ces données, nous avons pu reclasser les quatre variants jamais décrits avant et après analyse fonctionnelle, reflétant plus fidèlement leur pertinence clinique.
Conclusion : cette étude démontre l’apport de l'analyse sur fibres uniques dans l'interprétation des variants et soutient son intégration en pratique diagnostique. Bien que le NGS ait démontré une grande fiabilité, son coût élevé et son évolutivité limitée restent des obstacles à son application large, soulignant la nécessité d’explorer des approches plus accessibles et rentables, tout en conservant des niveaux similaires de précision et de fiabilité.
Nos résultats soulignent également la nécessité de réévaluer les recommandations actuelles concernant l'interprétation des variants de l'ARNt de l'ADNmt, en y intégrant les données fonctionnelles pour obtenir un cadre plus robuste et cliniquement pertinent. Nous proposons ainsi de nouveaux critères accordant une place plus importante à la ségrégation tissulaire et aux analyses fonctionnelles. Toutefois, des travaux supplémentaires sont nécessaires pour établir des critères standardisés permettant d'analyser objectivement les résultats issus de fibres uniques.
Chloé PROSPER (Nice), Annabelle CHAUSSENOT, Elamine ZEREG, Sylvie BANNWARTH, Béatrice LANNES, Nathalie STREICHENBERGER, Elsa KAPHAN, Aleksandra NADAJ-PAKLEZA, Charles DUYCKAERTS, Luisa VILLA, Sabrina SACCONI, Bruno FRANCOU, Samira SAADI AIT-EL-MKADEM, Konstantina FRAGAKI, Veronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Cécile ROUZIER
16:30 - 17:30
#49382 - P284 Extension du dépistage néonatal à 245 pathologies rares traitables : expérience française au sein du projet européen Screen4Care.
P284 Extension du dépistage néonatal à 245 pathologies rares traitables : expérience française au sein du projet européen Screen4Care.
Le projet européen Screen4Care a pour objectif est de réduire le délai diagnostique des maladies rares par le dépistage néonatal génomique (DNNg). Il comprend une étude clinique multicentrique (NCT06549218). Cette étude prévoit l’inclusion de 18 000 nouveau-nés dans huit centres investigateurs en Italie, en Allemagne et en France (Dijon), et potentiellement en République Tchèque, Grèce et Pologne, afin d’évaluer la faisabilité, l’acceptabilité et le rendement diagnostique du DNNg. Une évaluation préliminaire de l’état clinique à 2 ans des enfants positifs et de l’impact psychosocial sur les parents et sur l’organisation des soins est menée à Dijon.
L’analyse d’un panel de 245 gènes, responsables de pathologies traitables (TREAT-panel), à début précoce et dont l’histoire naturelle est bien caractérisée, est proposée aux parents. L’information sur l’étude est délivrée au 3ème trimestre de grossesse ou dans les 48 heures suivant la naissance. A Dijon, l’information s’effectue lors d’un entretien individuel d’environ 20 minutes, par un conseiller en génétique ou un TEC. Seules les variations de classe 4 et 5 sont rendues, après interprétation par le centre de Ferrare pour les patients Dijonnais. Des questionnaires et entretiens explorent les raisons de non-participation et l’impact d’un résultat positif. Un suivi clinique de 2 ans est prévu pour les enfants confirmés positifs.
Entre décembre 2024 et juillet 2025, 3 622 familles ont reçu une information sur l’étude (727 à Dijon) et 2 674 nouveau-nés ont été inclus (546 à Dijon), soit un taux d’acceptabilité préliminaire de 74% (75% à Dijon). L’acceptabilité variait entre 27% et 95% selon les centres sur la période, variabilité nécessitant des investigations complémentaires. Elle était plus élevée lorsque l’information était délivrée en anténatale (80%) qu’en postnatal (72%). Les principaux motifs de refus en maternité ont été : (i) absence d’intérêt pour un DNN élargi, (ii) crainte d’un résultat positif, (iii) croyances personnelles ou religieuses, et (iv) volonté d’éviter un stress additionnel après une grossesse compliquée. Les limitations opérationnelles identifiées ont été : (i) limitation des ressources humaines dédiées à l’information, (ii) barrière linguistique lors de l’information, (iii) difficultés d’obtenir la quantité de sang nécessaire par prélèvement capillaire, (iv) obtention du consentement du 2nd parent, (v) délai de rendu des résultats (6 mois pour les premiers patients), et (vi) divergences d’interprétation des variations identifiées impactant la gestion des résultats. Un retour d’expérience sur la restitution des résultats pourra être présenté lors du congrès.
Les résultats préliminaires de l’étude Screen4Care confirment la faisabilité opérationnelle d’un DNNg par panel de gènes et un haut niveau d’acceptabilité parentale dans plusieurs pays européens. La participation française au projet Screen4Care a permis de préparer PERIGENOMED-CLINICS 1, 1ère étude pilote sur le DNNg en France.
Emeline DAVOINE, Camille LEVEL, Camille LENELLE, Marie-Laure HUMBERT ASENSIO, Margot LEMAITRE, Sandrine DANIEL, Eleonore VIORA-DUPONT, Estelle BARBIN, Alessandra FERLINI, Fernanda FORTUNATO, Leslie MATALONGA, Emanuele AGOLINI, Janbernd KIRSCHNER, Kathryn FREYLER, Gulcin GUMUS, Moshe EINHORN, Sergi BELTRAN, Carole DERANGERE, Adeline MARQUET, Emilie HENRY, Marion BOUCHAMA, Denis SEMAMA, Emmanuel SIMON, Christel THAUVIN-ROBINET, Frederic HUET, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE (DIJON)
16:30 - 17:30
#49770 - P288 Une transmission inattendue de myopathie sévère liée à ACTA1 due à un variant parental en mosaïque somatique hétérozygote dans le sang : un piège pour l’analyse moléculaire.
P288 Une transmission inattendue de myopathie sévère liée à ACTA1 due à un variant parental en mosaïque somatique hétérozygote dans le sang : un piège pour l’analyse moléculaire.
Les myopathies à némaline (NM) sont un groupe hétérogène de myopathies rares allant de forme congénitale sévère à des atteintes musculaires modérées de l’adulte. Les aspects histopathologiques caractéristiques sont la présence, dans les fibres musculaires, de structures en forme de bâtonnets appelées « nemaline rods ». Les NM sont dues à des variants pathogènes dans au moins 14 gènes impliqués dans la structure ou la régulation des filaments fins du sarcomère. ACTA1 qui code l’actine alpha-1 est le 2ème gène le plus fréquemment impliqué après le gène NEB. Les variants pathogènes d’ACTA1 sont principalement de novo et identifiés dans des formes autosomiques dominantes. Des transmissions autosomiques récessives sont plus rares.
Nous rapportons le cas d’une grossesse marquée par une interruption médicale au premier trimestre pour immobilité fœtale. Le séquençage de l’exome réalisé sur l’ADN extrait à partir de villosités choriales a permis d’identifier un variant faux-sens pathogène à l’état hétérozygote du gène ACTA1, déjà rapporté dans la littérature dans une forme anténatale sévère de myopathie.
L’étude de ségrégation parentale par séquençage Sanger sur ADN extrait de sang total a retrouvé le variant ACTA1 à l’état hétérozygote et de novo chez le père. Celui-ci a une paralysie faciale périphérique gauche, une parésie du plexus brachial droit et une paralysie diaphragmatique du côté droit attribuées à un accouchement difficile, sans signes cliniques significatifs de myopathie. Aucun retard de développement psychomoteur ou de suivi médical spécifique ne sont rapportés. Un séquençage Sanger réalisé sur d’autres tissus a confirmé un mosaïcisme somatique du variant allant de 50 % dans la salive à 15 % dans les fibroblastes cutanés et 10 % dans le muscle. Une reverse-phenotyping par examen clinique spécifique et biopsie musculaire a permis de montrer qu’il présente une myopathie de sévérité légère.
Les mosaïques du gène ACTA1 sont rarement rapportées dans la littérature. La transmission d’un variant pathogène ACTA1 détecté à un faible taux de mosaïcisme dans le sang d’un parent cliniquement indemne a été décrite dans au moins 4 familles. Par ailleurs, les quelques patients porteurs d’un variant pathogène ACTA1 en mosaïque tissulaire (sang et muscle) présentent une atteinte musculaire de sévérité variable. Il s’agit donc du premier cas d’un individu pauci-symptomatique sur le plan musculaire porteur d’un variant pathogène ACTA1 à l’état hétérozygote dans le sang.
Ce cas illustre le piège que représente les variants en mosaïque, mais détectés à l’état hétérozygote dans le sang, en l’absence de corrélation évidente avec la clinique. Devant la discordance entre la sévérité du phénotype fœtal et l’absence de symptômes neuromusculaires francs chez le père du fœtus, due à ce mosaïcisme somatique chez lui, la recherche du variant dans d’autres tissus et une réévaluation clinique et histologique ont été nécessaires pour apporter un diagnostic complet à la famille.
Benjamin DURAND (Strasbourg), Aurélie GOURONC, Aleksandra NADAJ-PAKLEZA, Nicolas DONDAINE, Claire FEGER, Maria Cristina ANTAL, Béatrice LANNES, Sophie SCHEIDECKER, Valérie BIANCALANA
16:30 - 17:30
#49437 - P292 Estimation oligogénique de la pénétrance de la maladie d’Alzheimer en fonction de l’âge pour les porteurs de variants rares.
P292 Estimation oligogénique de la pénétrance de la maladie d’Alzheimer en fonction de l’âge pour les porteurs de variants rares.
Les études d'association réalisées à partir de séquençage d'exomes ont mis en évidence de nouveaux facteurs de risque génétiques rares à effets forts de la maladie d’Alzheimer (MA). Estimer la pénétrance de la MA en fonction de l’âge pour ces facteurs de risques rares reste un challenge. En effet, la rareté de ces variants ne permet pas d’estimer les courbes de pénétrance par des études prospectives.
Nous proposons d’utiliser la formule de Bayes dans une approche de type Kaplan-Meier pour estimer ces pénétrances au niveau oligogénique pour tenir compte des facteurs de risque génétiques communs incluant le facteur de risque majeur APOE4 et les variants communs à effets faibles révélés par les études de GWAS et regroupés en score de risque génétique (GRS). Notre méthode combine (i) un risque de base défini par des facteurs communs et dérivé de données prospectives et (ii) un risque relatif additionnel conféré par les facteurs de risque rares estimé dans des données de séquençage cas-témoins. Les intervalles de confiance des courbes de pénétrance sont obtenus par bootstrap.
Nous avons réalisé une étude de simulation afin de tester la robustesse de notre méthode dans divers scénari faisant varier la taille d’échantillon cas-témoins et la fréquence des variants. Nous avons généré 5 millions d'individus dont les génotypes reflètent les fréquences alléliques d’APOE4 et des facteurs de risques rares. Le statut cas/témoins et l’âge de début de la MA sont déterminés en fonction du génotype à partir d’un modèle de survie constant par morceaux et d’une censure aléatoire. Un échantillon cas-témoins est ensuite sélectionné au hasard dans cette population. Cette procédure, exécutée 500 fois par scénario, a montré qu'avec les tailles d'échantillons des données d’exomes issues des consortia européen ADES et américain ADSP (15 800 cas, 16 000 témoins), notre méthode peut estimer de manière robuste les courbes de pénétrance stratifiées pour APOE4 pour des variants rares de fréquence ≥ 0,05 %.
Nous avons combiné les données prospectives de la Rotterdam study et les données de séquençage d’ADES-ADSP afin d’obtenir des courbes de pénétrance en fonction de l’âge pour les porteurs des variants TREM2-p.R47H, TREM2-p.R62H, perte de fonctions d’ABCA7 et ABCA1, stratifiées en fonction d’APOE4 et des tertiles de GRS. Les effets cumulés de TREM2-p.R47H et d'APOE4-4 ont conduit à une pénétrance presque complète à l'âge de 85 ans, bien que TREM2-p.R47H seul et APOE4-4 seul aient conféré moins de 30 % et 50 % de risque à l'âge de 85 ans, respectivement.
Ces résultats montrent la nécessité de prendre en compte la dimensions au moins digénique des facteurs de risque génétiques dans la MA et que l’apport des GRS est négligeable en comparaison des variants rares et d’APOE4. Ces courbes ont pour finalité d’aider les cliniciens lors du conseil génétique aux familles et de guider les critères d'inclusion dans les futurs essais préventifs.
Catherine SCHRAMM (ROUEN), Olivier QUENEZ, Emmanuelle GENIN, Ades / ADSP, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
16:30 - 17:30
#49618 - P296 La pharmacogénomique en France : de la population à la médecine personnalisée.
P296 La pharmacogénomique en France : de la population à la médecine personnalisée.
La pharmacogénomique s’intéresse aux gènes impliqués dans la réponse aux médicaments ainsi qu’aux variations de ces gènes pouvant provoquer des effets indésirables graves, susceptibles d’engager le pronostic vital, ou réduire l’efficacité des traitements. Cette discipline joue un rôle clé dans le développement de la médecine personnalisée, en permettant d’adapter les prescriptions au profil génomique de chaque patient, une approche déjà appliquée en France pour certaines prescriptions.
Pour effectuer un état des lieux de la diversité pharmacogénomique de la population française, dans le cadre du projet GOLD-GENOPHENOMET, nous avons mené une étude sur les données du projet POPGEN: la plus grande base de données génomiques d’individus français. Elle regroupe 9598 individus génotypés, dont 3998 avec un séquençage complet du génome, tous issus de la cohorte Constances. Ces données sont enrichies par les informations relatives aux prescriptions de chaque participant, issues du Système National des Données de Santé (SNDS) grâce à l’appariement dont bénéficie Constances.
Nous avons comparé les performances de différents outils donnant les informations sur les star allèles des pharmacogènes à partir de données de génotypage (±imputation) ou de génomes complets. Cette étude comparative nous permet de choisir l’outil le plus approprié selon le pharmacogène et le type des données disponibles. Comme certains pharmacogènes possèdent des variants structuraux, nous avons mis au point une méthode pour imputer ce type de variants à l’aide d’un nouveau panel de référence intégrant les données de POPGEN, HGDP et 1000 Genomes. Appliqué aux données POPGEN, ces outils nous ont permis de définir les profils des individus pour plusieurs gènes importants. Nous avons observé des phénotypes pharmacogénétiques prédits anormaux chez 90% des individus et des différences entre régions françaises.
Nous avons recherché si ces différences régionales étaient dues à des pressions de sélection. Pour cela, nous avons utilisé des métriques comme le Fst, l’iHS ou le LOEUF et comparé les résultats obtenus sur les pharmacogènes à ceux d’autres gènes de tailles similaires. Nous avons complété cette étude en intégrant des données d’ADN anciens permettant d’identifier des nouveaux signaux, comme VKORC1, déjà connu pour être sous sélection positive, ainsi que de répliquer un signal d’introgression néandertalienne pour CYP2J2.
Enfin, afin de mieux mesurer l’intérêt de la connaissance des profils pharmacogénomiques en relation avec les prises de médicaments, nous travaillons à faire le lien entre les profils pharmacogénomiques des individus de POPGEN et les données du SNDS.
Notre étude constitue un premier état des lieux de la diversité pharmacogénomique en France, révélant l’existence de variants pouvant induire des effets indésirables chez une majorité des individus avec quelques différences régionales montrant bien l’intérêt d’améliorer l’implémentation clinique de la pharmacogénomique.
Marc GROS LA FAIGE (Brest), THE POPGEN STUDY GROUP, FRANCEGENREF CONSORTIUM, GOLD CONSORTIUM, Emmanuelle GÉNIN, Anthony HERZIG
16:30 - 17:30
#49978 - P304 Étude moléculaire du gène HSD17B3 dans le déficit en 17β-HSD type 3 chez des patients tunisiens (46,XY DSD) et analyse fonctionnelle des mutations : expérience du laboratoire de génétique moléculaire humaine, Faculté de Médecine de Sfax.
P304 Étude moléculaire du gène HSD17B3 dans le déficit en 17β-HSD type 3 chez des patients tunisiens (46,XY DSD) et analyse fonctionnelle des mutations : expérience du laboratoire de génétique moléculaire humaine, Faculté de Médecine de Sfax.
Le déficit en 17β-hydroxystéroïde déshydrogénase de type 3 (17β-HSD3) constitue une cause rare de désordres du développement sexuel (DSD) chez les individus 46,XY. L’enzyme 17β-HSD3, exprimée quasi exclusivement dans les testicules, catalyse la conversion de l’androstènedione en testostérone, étape essentielle à la différenciation sexuelle masculine. Les mutations du gène **HSD17B3**, codant cette enzyme, altèrent sa fonction et entraînent des anomalies du développement génital. À ce jour, plus de 70 mutations ont été décrites, mais peu ont été étudiées sur le plan mécanistique. Des travaux récents menés en Tunisie, au Laboratoire de Génétique Moléculaire Humaine de la Faculté de Médecine de Sfax, ont permis d’identifier et de caractériser plusieurs nouvelles mutations.
Un premier patient tunisien a été diagnostiqué avec une mutation homozygote p.C206X dans l’exon 9. Cette anomalie, rapportée pour la première fois dans ce contexte clinique, a confirmé le diagnostic moléculaire et ouvre la voie au dépistage prénatal.
Chez trois autres patients issus de deux familles non apparentées, des mutations composites hétérozygotes ont été mises en évidence : une mutation non-sens p.C206X et une mutation faux-sens p.G133R. L’expression dans des cellules HEK-293 a montré que la protéine tronquée C206X, dépourvue d’une partie du site de liaison du substrat, est totalement inactive malgré une expression résiduelle. Quant au mutant p.G133R, correctement exprimé et localisé, il présente une incapacité quasi complète à catalyser la conversion de l’androstènedione. Le résidu G133, hautement conservé parmi les SDR (Short-Chain Dehydrogenases/Reductases), est en effet crucial pour l’organisation du site de liaison au cofacteur NADPH. Toute substitution par un acide aminé volumineux induit une perte fonctionnelle.
Bochra BEN RHOUMA, Leila KESKES (Sfax, Tunisie), Fatma ABDELHEDI, Neila BELGUITH-MAHFOUDH, Hassen KAMOUN, Sana KMIHA, Mouna MNIF, Thouraya KAMOUN, Alex ODERMATT, Engeli ROGER, Manuel KLEY
16:30 - 17:30
#49712 - P308 Génomes en réseau @Auragen : Une dynamique collaborative dans l'interprétation des dossiers dans le domaine des maladies rares et de l’oncogénétique.
P308 Génomes en réseau @Auragen : Une dynamique collaborative dans l'interprétation des dossiers dans le domaine des maladies rares et de l’oncogénétique.
Le renforcement de la dynamique d’interprétation et de rendu de résultats sur AURAGEN dans le domaine des maladies rares (MR) et de l’oncogénétique (OC) est un enjeu majeur de notre organisation. Il repose notamment sur la coordination des activités de génomique au niveau territorial, vise à harmoniser les pratiques d’interprétation et de validation biologique et à favoriser l’émergence d’initiatives collaboratives autour de l’interprétation des données génomiques au sein du LBM-FMG Auragen.
Plusieurs initiatives structurantes ont été mises en place pour répondre à ces objectifs : l’organisation d’une journée annuelle des biologistes Maladies Rares/Oncogénétique en tant que temps fort de partage scientifique ; l’animation de réunions mensuelles réunissant l’ensemble des biologistes du territoire AURAGEN afin d’échanger sur des avancées scientifiques, les outils et pratiques d’interprétation, les difficultés rencontrées et les pistes d’amélioration du processus post analytique.
Enfin, des Solvathons, inspirés de Solve-RD, ont été déployés dans plusieurs villes pour des préindications Maladies Rares à forte prescription, conçus comme des ateliers collaboratifs, ils permettent une analyse collective des génomes et la mise en commun d’expertises, favorisant un véritable travail d’équipe.
Ces actions ont suscité une forte mobilisation des biologistes MR/OC, renforçant leur participation et leur implication. Elles ont permis d’améliorer la circulation de l’information et la coordination entre les différentes villes afin d’améliorer notre gestion de flux post-analytique, de favoriser une montée en compétence à la fois individuelle et collective.
Les Solvathons, en particulier, se sont imposés comme un outil efficace de renforcement du travail collaboratif, avec un impact direct sur l’augmentation de la production de comptes rendus et le resserrement des liens avec les cliniciens prescripteurs.
Les prochaines étapes consistent à consolider le réseau des biologistes sur le territoire Auragen, à animer ce réseau de compétences et d’expertises, à permettre la transformation de notre communauté de biologistes en faisant de ce réseau un espace de compétences et de pratiques partagées.
L’objectif est de soutenir la formation continue des professionnels impliqués dans l’interprétation du génome, d’élargir la participation sur l’ensemble du territoire AURAGEN et de développer de nouveaux formats collaboratifs favorisant les échanges d’expériences et la co-construction de solutions.
Une attention particulière sera portée à l’évaluation de l’impact de ces actions sur l’augmentation du nombre de comptes rendus émis, la diminution des délais de rendu de résultats, le renforcement de la dynamique territoriale de recherche en génétique des maladies rares.
Eulalie LASSEAUX ROBINE (Bordeaux), Flore MATTHIEU, Julien THEVENON, Anne MCLEER, Auragen CONSORTIUM, Christine VINCIGUERRA
16:30 - 17:30
#49229 - P311b-FL022 Étude Daybreak : résultats préliminaires de la phase 2 en double aveugle, randomisée contrôlée par placebo évaluant setmélanotide chez des patients porteurs de variants sur des gènes spécifiques de la voie leptine-mélanocortines.
P311b-FL022 Étude Daybreak : résultats préliminaires de la phase 2 en double aveugle, randomisée contrôlée par placebo évaluant setmélanotide chez des patients porteurs de variants sur des gènes spécifiques de la voie leptine-mélanocortines.
Objectif : DAYBREAK (NCT04963231) est une étude de phase 2 évaluant setmélanotide, un agoniste du récepteur de type 4 aux mélanocortines, chez des patients porteurs de variants dans un des 31 gènes associés à la voie leptine-mélanocortines. Cette voie joue un rôle clé dans la régulation de l’équilibre énergétique et de la satiété.
Matériel/Patients et Méthodes : Des patients âgés de 6 à 65 ans présentant un indice de masse corporelle (IMC) ≥40 kg/m² (pour les patients ≥18 ans) ou ≥97ᵉ percentile (pour les patients de 6 à <18 ans), une hyperphagie, et porteurs de variants éligibles, ont été inclus.
Les patients ayant atteint les critères de perte de poids liés à l’âge sous setmélanotide à la fin de la phase 1 en ouvert d’une durée de 16 semaines (S1), pouvaient entrer dans la phase 2 (S2), en double aveugle, randomisée et contrôlée par placebo, d’une durée de 24 semaines.
Les patients qui présentaient une augmentation de l’IMC ≥ 5 % par rapport à l’inclusion dans la phase S2 pouvaient réinitier le traitement par setmélanotide en ouvert (soit en rejoignant le bras setmélanotide au cours de S2, soit en entrant précocement vers une phase de relais). Les analyses principales portaient sur S1 ; les analyses de S2, présentées ici, étaient exploratoires ou effectuées de manière ad-hoc.
Résultats: Suite à S1, 49 patients porteurs de variants dans les gènes PHIP, PLXNA(1-4), SEMA3(A-G), SIM1, MAGEL2, TBX3, or RPGRIP1L, ont été randomisés selon un ratio 2:1 pour recevoir soit setmélanotide, soit un placebo ; 39 patients ont terminé S2. Trois patients du groupe placebo sont passés dans le bras setmélanotide durant S2, et 6 patients (n = 4 sous placebo ; n = 2 sous setmélanotide) ont quitté S2 de manière anticipée pour entrer dans la phase de relais.
Une proportion plus élevée de patients dans le bras setmélanotide a atteint ou maintenu une réduction de 5 % de l’IMC entre l’inclusion dans le début de l’étude et la fin de S2 (27/32 sous setmélanotide [84,4 %] vs 5/17 sous placebo [29,4 %] ; P = 0,001).
Les analyses par génotype sont limitées par le faible nombre de patients traités. Entre le début de l’étude et la fin de S2, la variation moyenne (écart type ; intervalle) du pourcentage d’IMC dans le groupe ayant reçu du setmélanotide en continu était de −12,4 % (8,0 % ; 1,2 % - 35,0 %).
Les résultats des analyses par groupe de gènes étaient cohérents avec les tendances observées en S1 ; en particulier, les individus porteurs de variants PHIP, ont continué à perdre du poids.
Setmélanotide a été globalement bien toléré, sans nouveau signal de sécurité.
Conclusion: Les résultats de cette phase randomisée S2 soutiennent l’efficacité de setmélanotide chez les patients porteurs de variants dans les gènes ou familles de gènes impliqués dans la voie leptine-mélanocortines identifiés lors de la première phase en ouvert de l’étude DAYBREAK. Ces résultats suggèrent que ces variants sont susceptibles de répondre à une prise en charge ciblée par setmélanotide.
Gloria ORTIZ, Svetlana TEN, Whitney HERRING, Orit PINHAS HAMIEL, Elif A. ORAL, Nina ROSANO, Dorit KOREN, Lee HAK-MYUNG, Jill C. GARRISON (Boston, Etats-Unis), Olga OHAYON, Patrick SLEIMAN, Martin WABITSCH, Erica VAN DEN AKKER, Jesús ARGENTE, Sadaf FAROOQI
16:30 - 17:30
#48929 - P312 Signatures épigénétiques dans les troubles du neurodéveloppement : peuvent-elles préciser des informations sur le phénotype ?
P312 Signatures épigénétiques dans les troubles du neurodéveloppement : peuvent-elles préciser des informations sur le phénotype ?
Contexte. En raison de l'hétérogénéité et du chevauchement des signes cliniques, le diagnostic des troubles du neurodéveloppement est complexe. De nombreuses épisignatures ont été identifiées pour aider à confirmer les hypothèses diagnostiques ou à interpréter les variants candidats. Cependant, peu d'études ont examiné la corrélation à une échelle plus fine entre la méthylation et le phénotype.
Méthodes. Nous avons constitué une base de données comprenant 501 profils de méthylation issus des puces Illumina Epic, incluant des porteurs de variants pathogènes dans RNU4-2 (n=35), CHD3 (n=30), DNMT3A (n=36), ainsi que 86 témoins normaux appariés selon l’âge. Après des contrôles de qualité standards, une normalisation et une analyse différentielle intégrant un ajustement pour les facteurs confondants (âge, sexe et composition cellulaire), nous avons identifié de nouvelles épisignatures pour CHD3 et RNU4-2. Les profils de méthylation associés à CHD3, RNU4-2 et DNMT3A (signature publiée) ont été comparés à la sévérité du phénotype. Les profils de méthylation de CHD3 ont également été comparés aux signatures publiées de CHD7 (n=29) et CHD8 (n=32).
Résultats. Au-delà de leur capacité à distinguer les patients des témoins, les signatures RNU4-2, CHD3 et DNMT3A ont toutes révélé des profils de méthylation hétérogènes parmi les patients, résultant d’une variabilité biologique plutôt qu’à des artefacts techniques. En particulier, l’intensité des signatures de DNMT3A et RNU4-2 était corrélée à la sévérité de la maladie. L’analyse conjointe des profils de méthylation associés aux gènes CHD a révélé deux composantes sous-jacentes dans la signature de CHD7. La composante la plus extrême reflétait fortement la nouvelle signature de CHD3, à l’image de la façon dont les micro-phénotypes de CHD7 reflètent les macro-phénotypes de CHD3.
Conclusion. Ces résultats soulignent le potentiel des épisignatures pour approfondir la compréhension de l’hétérogénéité phénotypique au sein des syndromes. Décrypter les signatures à un niveau de précision plus fin pourrait aider à anticiper la sévérité des variants et à améliorer la prise en charge médicale des patients. Pour transformer les épisignatures de simples biomarqueurs binaires en outils informatifs enrichis, des tailles d’échantillon plus importants et une collecte rigoureuse des phénotypes sont nécessaires.
Amandine SANTINI (Rouen), Anne-Claire RICHARD, Angèle MAY, Caroline NAVA, Benjamin COGNÉ, Julien THEVENON, Clément CHARENTON, Collaborators ANDDI-RARES, Céline BONNET, Maud DE DIEULEVEULT, Christel DEPIENNE, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
16:30 - 17:30
#49033 - P316 Et si un virus se cachait dans vos BAM ? Un cas d’HSV-1 néonatal révélé par WGS.
P316 Et si un virus se cachait dans vos BAM ? Un cas d’HSV-1 néonatal révélé par WGS.
Contexte
Les décompensations néonatales fulminantes posent un défi diagnostique majeur. Entre maladies génétiques métaboliques rares et infections virales fulgurantes, l’étiologie reste parfois insaisissable malgré les explorations conventionnelles. Le séquençage génomique entier (WGS) s’impose progressivement comme une alternative particulièrement dans les maladies métaboliques, mais son potentiel dépasse peut-être ce que nous imaginons.
Observation
Nous présentons le cas d’un nouveau-né admis à 7 jours de vie pour fièvre et stagnation pondérale. L’examen initial montrait un syndrome inflammatoire et une suspicion d’infection urinaire sur rein en fer à cheval, conduisant à une antibiothérapie probabiliste. Trois jours plus tard, l’évolution fut dramatique : vomissements, distension abdominale, défaillance multiviscérale et décès à 14 jours, malgré une prise en charge en réanimation néonatale.
Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, un WGS trio fut réalisé pour rechercher une cause génétique. Une variant de novo d'intérêt fut identifiée dans le gène NRROS mais jugée non pathogène. L’examen attentif des fichiers BAM à ce locus révéla alors un signal inattendu : une zone entourée de lectures « soft-clipped » présentant une homologie parfaite avec le gène UL47 de l’herpès simplex virus 1 (HSV-1). Des analyses virologiques rétrospectives confirmèrent la présence du virus dans les échantillons sanguins et respiratoires, malgré une PCR-LCR initialement négative lors de la prise en charge initiale du patient.
Discussion
Au-delà de l’identification de maladies rares, ce cas démontre que le WGS peut jouer le rôle d’outil métagénomique incidentel. En intégrant dans un même examen la recherche de variants pathogènes et la détection fortuite de séquences non humaines, il ouvre la voie à un diagnostic « double entrée » : génétique et infectieux. Ce cas illustre l’intérêt du WGS dans les soins intensifs néonataux. À l’interface de la génétique et de la virologie, il nous rappelle que l’interprétation fine des données de séquençage peut révéler l’inattendu et potentiellement amener à un traitement adapté.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Isabelle GARRIGUE, Agathe ARCOURT, Sonia BURREL, Julie GUICHOUX, Aurélien TRIMOUILLE
16:30 - 17:30
#49061 - P320 Détection de mosaïcisme parental de SCN1A dans le sang de parents de patients avec un syndrome de Dravet par modélisation positionnelle du bruit de fond du séquençage haut-débit.
P320 Détection de mosaïcisme parental de SCN1A dans le sang de parents de patients avec un syndrome de Dravet par modélisation positionnelle du bruit de fond du séquençage haut-débit.
Contexte : Le syndrome de Dravet (SD) est une encéphalopathie épileptique et développementale sévère débutant dès les premiers mois de vie, marquée par des crises fébriles prolongées et résistantes ainsi qu’un retard du développement. SCN1A est le gène principalement impliqué dans le SD. Si la plupart des variants sont de novo, le mosaïcisme parental représente un enjeu majeur pour le conseil génétique, avec une incidence estimée entre 5,0 et 8,6 % selon les techniques et les prélèvements étudiés (PMID : 20522430, 26096185, 30368457). Le risque lié à une mosaïque germinale pour un variant qualifié de novo est pourtant généralement annoncé à < 1 %.
Objectif : réévaluer l’incidence du mosaïcisme présent dans le sang parental pour des variants SCN1A rendus de novo en analysant des données de séquençage haut-débit après modélisation du rapport signal/bruit de fond afin d’améliorer la détection de mosaïques à faible fréquence allélique.
Matériel et méthodes : Nous avons analysé rétrospectivement 180 échantillons d’ADN sanguin issus de 90 couples de parents d’enfants atteints de SD par technique de capture des exons codants de SCN1A (SureSelect XT HS, Agilent) et séquençage haut-débit profond (>5000X après suppression des duplicats, NextSeq, Illumina). Les VAF (variant allele fraction) ont été intégrées dans un modèle empirique de bruit de fond, construit position par position par approche leave-one-out et calcul de Z-score. La sensibilité de détection des mosaïques a été déterminée grâce à une gamme étalon de 12 SNVs de SCN1A. Les données de séquençage haut-débit ont également été analysées avec Mutect2 comme référence.
Résultats : Une analyse bio-informatique combinant modélisation du bruit de fond et scores statistiques a permis d’obtenir une sensibilité de détection des mosaïques avec une VAF médiane de 0.08% (0,003 – 0,011%). Cette sensibilité varie surtout en fonction de la position nucléotidique mais aussi de la nature du variant. Sur les 90 couples de parents d’enfants atteints de SD analysés, un variant SCN1A en mosaïque a été détecté chez 6 d’entre eux, dont 5 correspondaient au variant pathogène rendu initialement de novo au prescripteur. Les mosaïques détectées ont une VAF comprise entre 0.5 et 9.0%, et ont fait l’objet d’une vérification par une méthode orthogonale ; elles n’avaient pas été détectées par séquençage Sanger au moment du diagnostic initial. Le caller spécifique de mosaïques Mutect2 n’a identifié que les 2 mosaïques avec une VAF >5%.
Conclusion : Grâce à la modélisation positionnelle du bruit de fond de séquençage haut-débit, la sensibilité de détection des mosaïques faibles est environ 10 fois supérieure à celle du caller de référence Mutect2. L’identification d’une mosaïque parentale sur ADN sanguin dans 5,6 % des couples, malgré un variant initialement rendu comme de novo chez l’enfant, renforce l’importance d’intégrer cette recherche dans les stratégies diagnostiques, compte tenu de son impact majeur pour le conseil génétique.
Clarisse BATTAULT (Angers/Paris), Caroline NAVA, Julie BOGOIN, Quentin BRANDAO, Julien BURATTI, Eric LE GUERN, Lionel ARNAUD
16:30 - 17:30
#49238 - P324 Analyses comparative de l’approche de séquençage à longue lecture ciblé d’Oxford Nanopore Technologie dans les maladies à expansion de triplets.
P324 Analyses comparative de l’approche de séquençage à longue lecture ciblé d’Oxford Nanopore Technologie dans les maladies à expansion de triplets.
Au cours des 30 dernières années, plus de 50 maladies à expansion de triplets ont été identifiées. La découverte exponentielle de ces pathologies a été permise grâce au développement des techniques de séquençage, avec notamment le séquençage à lecture longue qui marque une nouvelle étape importante dans le diagnostic de ces pathologies. Malgré ces avancées majeures, la caractérisation complète des répétitions en tandem dans un contexte pathologique reste difficile, principalement en raison de leurs caractéristiques inhérentes telles que la complexité des motifs, la teneur élevée en GC et la longueur variable de l’expansion.
Dans cette étude, notre objectif était de caractériser de manière approfondie les expansions répétitives dans deux maladies neuromusculaires : la dystrophie myotonique de type 1 (DM1) et la myopathie oculopharyngodistale (OPDM) à l'aide du séquençage à longue lecture ciblé par le système CRISPR/Cas9, développé par Oxford Nanopore Technologies (ONT). Nous avons effectué des analyses précises du locus DM1 (DMPK) et de trois des cinq loci OPDM identifiés (LRP12, GIPC1, NOTCH2NLC). Par cette approche, nous avons déterminé la taille des répétitions, la distribution de leur longueur, l'architecture de leur expansion et la méthylation de l'ADN, en utilisant trois stratégies différentes de basecalling : le logiciel MinKnow (ONT) et deux basecallers en open-source, Dorado et Bonito. Nous avons démontré l'importance de la stratégie de basecalling dans la caractérisation de l'expansion. Nous avons proposé des lignes directrices pour effectuer le séquençage à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9, allant de la préparation de la librairie aux analyses bioinformatiques. Enfin, cette étude nous a permis de montrer, pour la première fois, un mosaïcisme somatique, un changement de l’architecture des expansions et une hyperméthylation du locus LRP12 chez les patients OPDM symptomatiques.
Louise BENARROCH (PARIS), Pierre-Yves BOËLLE, Hélène MADRY, Badreddine MOHAND OUMOUSSA, Nobuyuki EURA, Ichizo NISHINO, Karim LABRÈCHE, Valeriia GORBUNOVA, Guillaume BASSEZ, Tanya STOJKOVIC, Geneviève GOURDON, Gisèle BONNE, Stéphanie TOMÉ
16:30 - 17:30
#49302 - P328 Détection de la maladie résiduelle minimale sans séquençage tumoral préalable: IA à partir de données cfDNA séquencées avec ONT.
P328 Détection de la maladie résiduelle minimale sans séquençage tumoral préalable: IA à partir de données cfDNA séquencées avec ONT.
Introduction
La détection de la maladie résiduelle minimale (MRD) repose sur l’identification de traces d’ADN tumoral circulant (ctDNA) au sein de l’ADN circulant total (cfDNA). C’est un enjeu majeur de l’oncologie de précision. Les approches actuelles s’appuient le plus souvent sur le séquençage de la tumeur initiale afin de cibler dans le ctDNA des altérations somatiques spécifiques. Cette stratégie présente cependant des limites, notamment son inapplicabilité en l’absence d’échantillon tumoral et sa restriction aux seules anomalies détectées. Nous proposons une approche sans séquençage préalable de la tumeur visant à détecter la MRD en identifiant la présence de ctDNA directement à partir du cfDNA, sans recours au profil tumoral initial.
Méthodes
Pour cela, nous développons un modèle d’IA capable d’apprendre à partir de données multi-omiques du cfDNA afin de prédire la présence ou l’absence de ctDNA résiduel. L’entraînement du modèle d’IA s’effectue en deux étapes. Dans un premier temps, un modèle est entraîné sur des données publiques et propriétaires de méthylation afin d’apprendre à distinguer différents tissus tumoraux et non tumoraux, établissant une base de signatures épigénétiques de référence. Dans un second temps, les données de séquençage Oxford Nanopore Technologies sont exploitées afin de calculer trois familles de signaux : statistiques de fragmentation, profils de variations du nombre de copies (CNV) et profils de méthylation.
Résultats
L’analyse d’échantillons d’ADN libre circulant séquencé par ONT révèle des différences entre individus sains et patients atteints de cancer : altération des distributions de fragments d’ADN circulant, apparition de gains et pertes génomiques, et signaux épigénétiques spécifiques. L’intégration de la fragmentation, des CNV et de la méthylation par IA à partir de données issus de séquençage Nanopore renforce la capacité de discrimination, soulignant l’intérêt d’une combinaison séquençage Nanopore et approche multi-omique pour la détection du cancer.
Conclusion
Ces résultats démontrent que les signatures de méthylation, de fragmentation et de CNV de l’ADN circulant permettent de discriminer des patients atteints de cancer de témoins sains, via une approche sans séquençage de la tumeur, à partir de données Oxford Nanopore obtenues en moins de 5 jours.
Michael BLUM (Meylan), Florian PRIVÉ, Arnaud SANDRIN, Boris LIPINSKI, Romain BOIDOT
16:30 - 17:30
#49500 - P336 Décryptage des signatures moléculaires des protéasomopathies neurodéveloppementales : une approche multi-omique.
P336 Décryptage des signatures moléculaires des protéasomopathies neurodéveloppementales : une approche multi-omique.
Les troubles du neurodéveloppement (TND) regroupent un ensemble d’affections altérant précocement la maturation du système nerveux central, en lien avec des facteurs génétiques ou environnementaux. Environ 40 % des TND sont d’origine monogénique, et près de 8 % impliquent des gènes du Système Ubiquitine-Protéasome (UPS), un complexe protéolytique hautement conservé, essentiel à l'homéostasie cellulaire par la dégradation des protéines ubiquitinées.
Parmi ces pathologies monogéniques liées à l’UPS, une nouvelle classe de pathologies rares émerge : les protéasomopathies neurodéveloppementales, causées par des variants dans les gènes codant les sous-unités du protéasome. Malgré des avancées ponctuelles sur certains gènes, les mécanismes physiopathologiques sous-jacents à ces troubles restent largement méconnus, et aucun biomarqueur n’est actuellement disponible pour un diagnostic clinique rapide.
Dans ce contexte, notre objectif est d’identifier des signatures moléculaires communes aux protéasomopathies associées aux gènes PSMC3 et PSMC5. Pour cela, nous exploitons une biocollection dédiée (BioTND-UPS), unique au monde, permettant la génération de lignées lymphocytaires T à partir de 9 patients porteurs de variants PSMC3 et PSMC5 et de 19 contrôles sains. Une approche multi-omique intégrative est mise en œuvre, combinant des analyses transcriptomiques (3’SRP et miRNA-Seq) et épigénomiques (ATAC-Seq et ChIP-Seq), afin de décrypter les mécanismes moléculaires impliqués.
Les premières analyses transcriptomiques (ARNm) révèlent des profils d’expression distincts chez les patients, marqués par une répression des voies liées à la chimiotaxie et au cycle cellulaire, incluant la mitose et la réparation de l’ADN. À l’inverse, les voies de réponse au stress cellulaire, telles que l’autophagie et la signalisation par l’interféron, apparaissent activées, suggérant des mécanismes compensatoires.
Par ailleurs, l’intégration des données transcriptomiques (ARNm) et des microARN met en évidence des relations régulatrices inverses, soulignant un rôle des microARN dans la modulation des signatures transcriptomiques observées. Les analyses épigénomiques en cours devraient compléter ces résultats en apportant des informations sur l’impact du remodelage de la chromatine et l’activité des régions régulatrices.
Ainsi, cette approche intégrative vise à mieux comprendre les mécanismes à l’origine des protéasomopathies neurodéveloppementales et poser les bases pour de futurs biomarqueurs ou cibles thérapeutiques.
Marielle OLOUDE (Nantes), Cynthia FOURGUEUX, Martin BRAUD, Frédéric EBSTEIN, Stéphane BEZIEAU, Sébastien KÜRY, Jérémie POSCHMANN, Léa POIRIER
16:30 - 17:30
#49776 - P340 Approche CRISPR-Cas9 pour une étude fonctionnelle de NEMO.
P340 Approche CRISPR-Cas9 pour une étude fonctionnelle de NEMO.
Les voies de signalisation NF-kappaB (NF-κB) canoniques et alternatives jouent un rôle majeur dans la régulation de processus biologiques essentiels tels que l’inflammation, les réponses immunitaires innées/adaptatives et les morts cellulaires programmées apoptotiques et nécroptotiques. La voie NF-κB canonique fait intervenir un complexe IKK composé de deux sous-unités kinases IKKalpha et IKKbeta et la sous-unité régulatrice NEMO (aussi appelée IKKgamma). Les mutations du gène NEMO sont principalement associées à deux maladies rares : une dermatose appelée incontinentia pigmenti (IP) et des immunodéficiences (ID) avec ou sans dysplasies ectodermiques anhidrotiques (EDA-ID). Il a aussi été récemment démontré que certaines mutations sont impliquées dans une maladie autoinflammatoire, due à une hyperactivation de la voie NF-κB dans certains types cellulaires, appelée NEMO-deleted exon 5 autoinflammatory syndrome (NDAS).
L’objectif de notre projet est d’étudier les fonctions cellulaires et physiologiques de NEMO à l’aide de nouveaux outils d'édition génétique basés sur la technologie CRISPR-Cas9.
Notre approche a consisté à générer une forme endogène fluorescente de NEMO, tout en respectant sa régulation transcriptionnelle et son niveau d'expression protéique. Pour cela, nous avons effectué un knock-in (KI) de la forme endogène de NEMO dans des cellules U2OS en lui insérant un court fragment non fluorescent de la protéine GFP appelé split-GFP (GFP-11). Une fois les cellules U2OS KI générées, nous les avons transfectées avec un plasmide codant pour le fragment polypeptidique complémentaire de la GFP (pcDNA3.1-GFP (1-10)). Puis, nous avons isolé par cytométrie en flux avec tri cellulaire les lignées cellulaires émettant de la fluorescence, et réalisé une expansion clonale des cellules stablement transfectées. Parmi les clones en expansion, 55 ont été utilisés pour générer des culots cellulaires pour une analyse par Western Blot et 51 ont été cryopréservés dans un milieu de congélation.
Ce système nous permettra dans un premier temps d’évaluer la localisation spatiotemporelle et dynamique de NEMO par microscopie à fluorescence à haute résolution. Dans un second temps, il nous permettra également d'étudier le rôle dynamique de NEMO vis à vis de différents compartiments cellulaires, et plus particulièrement celui l'impliquant dans l'autophagie et la protection mitochondriale, à la suite de transfection transitoire avec le fragment complémentaire de GFP (1-10) fusionné à un marqueur spécifique de la compartimentation cellulaire (mitochondrie, lysosome, appareil de Golgi et réticulum endoplasmique).
Malgré le nombre croissant d’études visant à comprendre les fonctions cellulaires de NEMO, plusieurs questions demeurent encore sans réponse. Une meilleure compréhension de ces mécanismes constituera un préalable essentiel au développement de stratégies thérapeutiques efficaces pour des patients atteints d’IP, ID, EDA-ID et NDAS.
Syrine ADHOUM (Paris), Alix BOUCHARLAT, Siham SCHACRE, Yavor YORDANOV, Musa MHLANGA, Fabrice AGOU
16:30 - 17:30
#49906 - P344 Analyse en temps réel du séquençage du génome entier pour une santé de précision intégrant la génomique.
P344 Analyse en temps réel du séquençage du génome entier pour une santé de précision intégrant la génomique.
L’achèvement du Projet Génome Humain et les progrès des technologies de séquençage haut débit ont rendu le séquençage du génome entier (WGS) accessible, avec une intégration attendue à la pratique clinique courante. Le traitement rapide et efficient des vastes quantités de données génomiques générées demeure toutefois un défi. La médecine de précision nécessitera à terme l’intégration des données de séquençage du génome entier aux dossiers médicaux et phénotypes cliniques, soulignant l’importance des outils ou systèmes capables d’une (ré)analyse immédiate en temps réel.
Afin de répondre à ce besoin, nous avons développé Magic Bison, une plateforme d’analyse fondée sur l’intelligence artificielle (IA) permettant une interprétation en temps réel du génome, délivrant les résultats en moins de 10 secondes. Cette capacité rend la plateforme adaptée à l’usage clinique et permet une réanalyse continue de la naissance aux différents âges de la vie en parallèle de l’évolution des bases de données génomiques. Magic Bison propose actuellement sept modules d’analyse : l’analyse diagnostique des maladies génétiques en lien avec un phénotype, l’analyse des variants selon les recommandations du Collège Américain de Génétique Médicale (ACMG), l’analyse du risque constitutionnel pour les maladies complexes fréquentes, l’analyse pharmacogénomique pour la sécurité des traitements, l’analyse proactive des variants pathogènes rapportés, le dépistage des hétérozygotes pour le conseil préconceptionnel, et le typage HLA.
Nous avons également développé Strata Finder, une plateforme de prédiction du risque génomique fondée sur l’IA pour les maladies complexes. Les études préliminaires montrent que les modèles d’IA entraînés et validés sur des pathologies telles que l’asthme, les accidents vasculaires cérébraux, l’infarctus du myocarde ou les thromboses atteignent une précision allant jusqu’à 96 %. Ces résultats suggèrent que la combinaison de données génomiques massives et d’IA avancée peuvent étendre la médecine de précision permettant une prédiction des risques de maladies, une prévention, des sélections thérapeutiques optimisées et des stratégies de soins personnalisées intégrant la génétique et la génomique dans une « santé de précision ».
Dau-Ming NIU, Yun-Ru CHEN, Chuan-Kun LIU, Yao-Te CHIU, Chung Kuei LI, Adam YAO, Dominique P. GERMAIN (Paris)
16:30 - 17:30
#49429 - P352 Diversité phénotypique et génotypique des aggrecanopathies : analyse de 26 nouveaux variants ACAN dans une cohorte de 27 patients présentant une petite taille idiopathique.
P352 Diversité phénotypique et génotypique des aggrecanopathies : analyse de 26 nouveaux variants ACAN dans une cohorte de 27 patients présentant une petite taille idiopathique.
La petite taille est une manifestation clinique fréquente chez les enfants. Bien que certaines étiologies de la petite taille puissent être facilement identifiées par des tests biologiques de routine, les cliniciens peinent à définir la cause pathogène sous-jacente, ce qui conduit souvent à un diagnostic de petite taille idiopathique.
L’aggrécan, codé par le gène ACAN, joue un rôle important dans le fonctionnement du cartilage et la croissance osseuse. L’objectif de notre étude est d’élargir le spectre mutationnel du gène ACAN et de tenter d’établir une corrélation génotype-phénotype dans une cohorte de patients français adressés dans un contexte de maladie osseuse constitutionnelle et/ou petite taille idiopathique.
Le diagnostic moléculaire de routine par NGS à l’aide de notre panel « MOC 82 gènes, nous a permis d’identifier 26 nouveaux variants ACAN pathogènes ou probablement pathogènes. Nous avons ensuite analysé l’implication de ces variants dans le phénotype de 27 cas index et de leurs apparentés. Les 26 variants ACAN rapportés ici sont répartis sur l’ensemble du gène.
Parmi les 27 cas index inclus dans l’étude, deux patients avec des phénotypes cliniques sont porteurs du même variant tronquant. Contrairement au mode de transmission autosomique dominante attendu dans les aggrécanopathies, nous avons observé un cas homozygote pour un variant non-sens. Par ailleurs, les études familiales ont révélé que les variants identifiés étaient hérités dans 22 cas sur 23. Enfin, des anomalies radiologiques squelettiques sont présentes dans 66 % des cas, mais au total la cohorte présente une forte hétérogénéité phénotypique, y compris au sein d’une même famille.
Ces résultats permettent d’élargir le spectre de variants pathogènes ou probablement pathogènes du gène ACAN et d’approfondir la compréhension des phénotypes associés. Toutefois, une approche par séquençage du génome pourrait s’avérer essentielle pour affiner le diagnostic et améliorer la prise en charge de ces patients.
Au final, les aggrecanopathies se révèlent très hétérogènes et particulièrement fréquentes chez les patients avec petite taille idiopathique, même en l'absence de dysplasie squelettique évidente.
Nathalie RUIZ-PALLARES, Melek TRIGUI, David GENEVIEVE, Cyril AMOUROUX, Thomas EDOUARD, Sabine SIGAUDY, Marjolaine WILLEMS, Mouna BARAT-HOUARI (Montpellier)
16:30 - 17:30
#49634 - P356 Syndrome d’Ehlers-Danlos Classique et génome Seqoia_PFMG2025 : élucidation d’un cas par détection d’un remaniement complexe dans COL5A1.
P356 Syndrome d’Ehlers-Danlos Classique et génome Seqoia_PFMG2025 : élucidation d’un cas par détection d’un remaniement complexe dans COL5A1.
Le syndrome d’Ehlers-Danlos Classique (SEDc) fait partie d’un groupe hétérogène du point de vue clinique et génétique, de maladies héréditaires du tissu conjonctif. Il est caractérisé par une hypermobilité articulaire, une hyperélasticité et une fragilité cutanée, des cicatrices cutanées atrophiques et une fragilité générale des tissus. Il implique en majorité les gènes COL5A1 et COL5A2 avec une transmission dominante. Le diagnostic repose sur des critères cliniques et génétiques (antécédents familiaux, panel NGS).
Nous rapportons le cas sporadique d’un patient présentant une suspicion de SEDc avec une hyperlaxité articulaire distale, une hyperélasticité cutanée, une peau veloutée, des cicatrices papyracées aux genoux, des papules piézogéniques et une dilatation modérée de la racine de l’aorte. L’approche par séquençage de l’ADN par panel NGS n’avait pas montré de variant d’intérêt expliquant le phénotype. L’analyse de son génome dans le cadre du laboratoire de biologie médicale LBM-Seqoia du PFMG2025, au sein d’un trio avec ses parents a permis de détecter un remaniement complexe g.134615770_134687952delins134618078_134687074inv de novo localisé en 5’UTR jusqu’à l’intron 1 de COL5A1.
Au vu des connaissances actuelles de COL5A1, une majorité de variants tronquants entrainant une haploinsuffisance ainsi que des variants altérant l’épissage au niveau du domaine de la triple hélice a été rapportée (HGMD-pro, Colman M_Human Mutation 2021). Des variants entrainant un défaut de structure dans la chaine pro alpha1(V) sont également décrits. L’approche par panel NGS permet de déceler des variants ponctuels, petits remaniements nucléotidiques ou variations en nombre de copies exoniques mais montre une limite dans la détection de variants complexes ou introniques profonds. Le dossier présenté montre l’apport essentiel du séquençage du génome entier dans le LBM-Seqoia puisqu’il permet d’élucider ce diagnostic de SEDc et de mettre en place une prise en charge adéquate du patient et de délivrer un conseil génétique à la famille.
Audrey BRIAND-SULEAU, Malika FOY, Karelle BENISTAN, Pascale RICHARD, Corinne METAY (Paris)
16:30 - 17:30
#49836 - P360 11 nouveaux cas de syndromes d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique : spectre phénotypique lié aux mutations des gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13.
P360 11 nouveaux cas de syndromes d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique : spectre phénotypique lié aux mutations des gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13.
Le syndrome d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique (SEDsp, MIM 130070, 615349, 612350) est une pathologie de la matrice extra-cellulaire autosomique récessive, entrainant petite taille, hypotonie, hypermobilité articulaire, contractures et dysplasie spondylo-épi-métaphysaire. Le SEDsp est lié aux mutations de B3GALT6 et B4GALT7 (codant des enzymes de la biosynthèse des protéoglycanes) ou de SLC39A13 (codant un transporteur du zinc), tous impliqués dans la formation des fibrilles de collagène. Le chevauchement entre les tableaux liés aux 3 gènes explique leur regroupement dans la même entité clinique.
Notre étude a pour but de mieux décrire l’histoire naturelle du SEDsp et les éventuelles corrélations génotype-phénotype. Via le CRMR maladies osseuses constitutionnelles, nous avons recruté 11 cas issus de 9 familles : 4 fœtus et 7 patients âgés de 3 à 45 ans. La cohorte comprend 3 individus féminins et 8 masculins d’origines ethniques diverses.
Dans tous les cas, des variants faux-sens ou non-sens ont été identifiés à l’état homozygote ou hétérozygote composite dans B3GALT6 (n=7), B4GALT7 (n=3) ou SLC39A13 (n=1). Aucun individu ne porte de variant non-sens bi-allélique.
En anténatal, un RCIU ou une malposition des pieds étaient présents dans la moitié des cas ; 3 avaient une hyperclarté nucale et 2 des fémurs courts. Tous les patients vivants ont un retard statural (-3 à -9 DS). Quel que soit le génotype, les patients associent une hyperlaxité articulaire contrastant avec des contractures distales (pieds malposés et/ou camptodactylie). En dehors du patient SLC39A13, les patients présentent des instabilités, voire luxations articulaires : dysplasie de hanches (n=5) avec luxations chez 2, genu recurvatum (n=3) et luxations avec limitation des coudes (n=6). Les patients B3GALT6 ont des cyphoscolioses rapidement progressives ; une ostéoporose a été diagnostiquée dans 3 cas (B3GALT6 et SLC39A13).
Radiologiquement, l’élargissement métaphysaire et les cols fémoraux courts sont systématiques. Une platyspondylie est observée chez les patients B3GALT6 et SLC39A13. Une incurvation des fémurs et des segments mésoméliques est présente dans 4 cas, très marquée dans 2 (B3GALT6 et B4GALT7).
Les patients B3GALT6 et B4GALT7 ont une peau normale (lâche chez 1), une amétropie marquée chez 3 et des anomalies viscérales chez 2 (mégauretère bilatéral et hernie inguinale). Le patient SLC39A13 présente une peau fine avec vergetures et varices profuses et l’antécédent de 3 AVC hémorragiques.
Notre étude confirme de nombreux points communs entre les présentations liées aux gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13, justifiant leur regroupement sémiologique. Les éléments potentiellement distinctifs sont : cyphoscoliose majeure pour B3GALT6 et absence d’anomalie des coudes et absence d’instabilités des grosses et moyennes articulations pour SLC39A13. Enfin, notre étude souligne l’importance du dépistage de l’ostéoporose dans le SEDsp et d’un suivi vasculaire étendu pour SLC391A3.
Caroline MICHOT (Paris), Geneviève BAUJAT, Anne GUIMIER, Juliette PIARD, Elise SCHAEFER, Marta SPODENKIEWICZ, Julie STEFFANN, Sophie RONDEAU, Valérie CORMIER-DAIRE
16:30 - 17:30
#49056 - P362 Bilan PFMG2025-SeqOIA pour la pré-indication Hyperlaxité Majeure Syndromique.
P362 Bilan PFMG2025-SeqOIA pour la pré-indication Hyperlaxité Majeure Syndromique.
Contexte : Les syndromes d'Ehlers-Danlos non vasculaires (SED) représentent un groupe hétérogène de maladies génétiques du tissu conjonctif (TC) caractérisé par une hyperlaxité articulaire, une hyperélasticité cutanée et une fragilité des TC. Ils présentent une grande variabilité clinique et génétique, et nécessitent un diagnostic approfondi pour une prise en charge adaptée. Les panels NGS (Next Generation Sequencing) de gènes actuels laissent de nombreux cas sans diagnostic moléculaire précis.
Objectifs : Cette étude vise à identifier les variations génétiques chez des patients présentant une hyperlaxité majeure syndromique, pour lesquels le panel de gènes standard était négatif.
Méthodes : Nous avons interprété les génomes de 31 cas index, en trio ou avec des apparentés atteints et sains, atteints d'hyperlaxité majeure syndromique. L’analyse de génome entier a été réalisée sur la plateforme de séquençage génomique très haut débit SeqOIA, dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025.
Résultats : Parmi les cas étudiés, 20 étaient des cas sporadiques et 11 des cas familiaux. Des variations d’intérêts ont été identifiées chez 10 cas index, dans des gènes connus pour être associés à des troubles du tissu conjonctif : COL5A1, COL5A2, COL6A1, COL6A2, SLC39A13 et TAB2. 40% des patients présentent des variants de novo. Parmi les variations observées chez les 10 cas index, (a) cinq altèrent l’épissage avec trois variants localisés dans des régions introniques profondes et (b) une présente un remaniement structural complexe, toutes non détectables par panel NGS, (c) les six restantes sont des faux-sens. En ce qui concerne les résultats d’interprétation, six génotypes ont été classés comme probablement pathogènes ou pathogènes (classes 4 ou 5) chez sept familles indépendantes. Deux de ces variants, non répertoriés dans la littérature ou les bases de données, ont fait l'objet d'analyse de transcrit confirmant leur pathogénicité. Ainsi, le taux de diagnostic conclusif est de 22%. Cinq variants de signification incertaine présentent de fortes prédictions en faveur de leur pathogénicité. Des études fonctionnelles de séquençage long-read, de transcriptome ou encore de sécrétion du collagène 6 sur fibroblastes de biopsie de peau sont programmées, qui nous permettront de ré-évaluer leur interprétation.
Conclusion : Nous présenterons en détail ce bilan qui met en lumière l'importance de l'analyse génomique approfondie pour le diagnostic des patients avec hyperlaxité majeure syndromique. Nous exposerons également les résultats des tests fonctionnels permettant d’argumenter la pathogénicité des variants. Au final, cette approche pan-génomique permet la détection supplémentaire de variants non décelables lors du panel NGS. Cette identification de variations dans des gènes spécifiques est essentielle pour améliorer la compréhension des mécanismes sous-jacents et guider les stratégies de prise en charge clinique.
Clarisse BILLON (Paris), Malika FOY, Baptiste VIERNE, Audrey BRIAND-SULEAU, Nicolas DERIVE, Jeremy BERTRAND, Jerome BOULIGAND, Mélanie FRADIN, Geneviève BAUJAT, Florence PETIT, Caroline MICHOT, Karelle BENISTAN, Corinne METAY
16:30 - 17:30
#49445 - P364 Diagnostic moléculaire d’un NEMO-NDAS par recombinaison IKBKGP1–IKBKG.
P364 Diagnostic moléculaire d’un NEMO-NDAS par recombinaison IKBKGP1–IKBKG.
Introduction
Les variants pathogènes du gène IKBKG (codant pour la protéine NEMO) sont responsables d’un spectre de syndromes liés à l’X impliquant la voie NF-κB. Ceux-ci incluent l’incontinentia pigmenti et des déficits immunitaires avec dysplasie ectodermique, tous deux associés à une perte de fonction. Depuis 2020, un nouveau syndrome autoinflammatoire lié à une délétion en phase de l’exon 5 avec surexpression d’une protéine NEMO tronquée (NEMO-NDAS pour NEMO Deletion-5 Auto-inflammatory Syndrome) et se manifestant par un syndrome inflammatoire, des arthrites, uvéites, panniculite, et des épisodes de fièvre récurrentes, a été décrit.
La présence du pseudogène IKBKGP1, homologue à 99,9 % avec le gène IKBKG sur la région dupliquée (intron 3–exon 10) et localisé à seulement quelques dizaines de kb en orientation inverse, complique fortement l’identification des variants responsables du NEMO-NDAS. Cette homologie entraîne un risque d’amplification croisée et des difficultés d’alignement en séquençage short read.
Nous rapportons ici le diagnostic génétique d’un NEMO-NDAS de transmission dominante chez une patiente présentant une panniculite fébrile apparue à l’âge de 5 mois, évoquant initialement une maladie de CANDLE. Le variant hérité du père asymptomatique fait suspecter un événement de recombinaison génique entre IKBKG et IKBKGP1, ouvrant de nouvelles perspectives pour la compréhension et le diagnostic des réarrangements complexes dans cette région génomique.
Méthode
Un panel de 300 gènes associés aux maladies autoinflammatoires incluant le gène IKBKG a été séquencé à partir de l’ADN génomique. La présence du transcrit tronqué a été recherchée par RNA-seq ciblé sur l’ADN complémentaire obtenu après RT-PCR double brin. Enfin, un séquençage de la région recombinée a été effectué à l’aide de la technologie Flongle sur la plateforme Oxford Nanopore Technologies, après PCR longue spécifique de chaque locus (gène et pseudogène).
Résultats et Discussion
La présence du variant a été confirmée dans l’ADN génomique du père et de sa fille, sans qu’il soit possible de conclure sur sa localisation dans le gène ou le pseudogène. L’analyse ciblée des transcrits d’IKBKG a permis de confirmer, chez la fille, la présence du transcrit comportant le saut de l’exon 5, tandis qu’il était absent chez son père. Le séquençage long read a permis d’explorer le mécanisme ayant conduit à la recombinaison à partir du pseudogène vers le gène fonctionnel. Ces résultats expliquent le phénotype de la patiente et illustrent la complexité diagnostique dans cette région génomique.
Conclusion
Il s’agit de la première identification rapportée de ce mécanisme de recombinaison entre IKBKG et son pseudogène IKBKGP1 responsable d’un phénotype NEMO-NDAS. Ce cas souligne les limites du séquençage classique dans cette région homologue et montre l’intérêt du RNA-seq et du séquençage long-read pour le diagnostic moléculaire et le conseil génétique des maladies autoinflammatoires rares.
Lucie ROUAUX (Montpellier), Lionel HEISER, Cécile RITTORE, Capucine PICARD, Lyse RUAUD, Léa VEYRUNE, Alexandre BELOT, Vincent GUIGONIS, Jacques PUECHBERTY, Guilaine BOURSIER
16:30 - 17:30
#49689 - P368 NF1: Eclairer les zones d’ombre grâce au génome.
P368 NF1: Eclairer les zones d’ombre grâce au génome.
La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une maladie génétique autosomique dominante dont l’incidence à la naissance est estimée à 1 pour 3000, résultant de variants pathogènes perte de fonction dans le gène NF1 (17q11.2).
Ce gène code la neurofibromine, régulateur négatif de la voie RAS/MAPK.
Le diagnostic repose sur des critères cliniques (taches café-au-lait, lentigines, neurofibromes, nodules de Lisch, gliomes des voies optiques), mais l’expression est extrêmement variable. Les techniques classiques (séquençage ciblé, exome) permettent d’identifier la majorité des anomalies, mais environ 5 à 10 % des patients restent sans diagnostic moléculaire. Une proportion de ces cas est liée à des variants introniques profonds affectant l’épissage, ou bien des remaniements génomiques affectant le gène NF1, inaccessibles au panel ou à l’exome. Le séquençage du génome (GS) permet une exploration exhaustive, incluant les régions introniques et régulatrices de l’expression génique.
Nous présentons ici une cohorte de 92 patients (SeqOIA et AURAGEN) adressés pour suspicion clinique de NF1 ayant eu une analyse de génome.
Les variants identifiés en génome incluent des variants introniques profonds ou de la région promotrice déjà décrits dans la littérature ou confirmées au niveau transcriptomique, des réarrangements génomiques intra-NF1 ou interrompant le gène, ou encore l’insertion d’éléments mobiles.
Les analyses non-conclusives concernent essentiellement des patients ne présentant qu’un seul critère clinique de la maladie, ou bien l’association isolée de taches café-au-lait et de lentigines. Cela suggère l’implication possible de gènes modificateurs, de variants régulateurs ou d’altérations structurales non encore identifiées.
En conclusion, le séquençage du génome, en permettant une analyse exhaustive des régions non codantes de NF1, améliore significativement le diagnostic moléculaire des patients atteints de neurofibromatose. Ces résultats soulignent l’importance d’intégrer l’analyse de génome dans l’algorithme diagnostique, ouvrant la voie à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires à l’origine de la maladie et contribuant à une meilleure prise en charge clinique et thérapeutique des patients.
Les auteurs réunis en "Consortium des Biologistes" remercient l'ensemble des prescripteurs.
Eulalie LASSEAUX ROBINE (Bordeaux), Fanny MORICE-PICARD, Victor MARIN, Paul KUENTZ, Louis LEBRETON, Vincent MICHAUD, Bruno FRANCOU, Isabelle CREVEAUX, Natalie JONES, Virginie BERNARD, Auragen CONSORTIUM, Kevin JOUSSELIN, Béatrice PARFAIT, Fabienne CHARBIT-HENRION, Julie STEFFANN, Smail HADJ-RABIA, Dominique VIDAUD, Laurence PACOT
16:30 - 17:30
#49395 - P372 Investigations génétiques des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et de l’adulte jeune.
P372 Investigations génétiques des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et de l’adulte jeune.
Introduction
Les pneumopathies interstitielles diffuses (PID) sont des maladies respiratoires rares et sévères évoluant vers la fibrose pulmonaire (FP). Chez l’enfant et l’adulte jeune, les anomalies des gènes liés au surfactant pulmonaire représentent les causes génétiques les plus fréquentes. L’objectif de cette étude était de présenter un bilan des études moléculaires réalisées chez des patients présentant une PID, du nouveau-né à l’adulte jeune.
Méthodes
Les ADN de 699 cas index (CI) et 194 apparentés ont été étudiés entre 2018 à 2023. Un panel en séquençage nouvelle génération comprenant les gènes ABCA3, SFTPA1, SFTPA2, SFTPB, SFTPC, NKX2-1, COPA, MARS1, CSF2RA, CSF2RB et GATA2 ainsi que STING1, FARSA, FARSB, FLNA et TBX4 selon les versions du panel a été réalisé pour 666 CI. Les apparentés et autres CI ont bénéficié d’une étude par séquençage Sanger. L’inclusion des CI était basée sur les recommandations françaises (Protocoles Nationaux de Diagnostic et de Soins (PNDS) de l’adulte et de l’enfant) avec un âge de début de la maladie avant 50 ans pour le CI ou au moins un membre de sa famille.
Résultats
Un diagnostic génétique a pu être établi pour 62/699 CI (8,9%) impliquant 12 gènes différents. SFTPA2 était le gène le plus fréquemment impliqué (13/62) suivi d’ABCA3 (12/62) et de SFTPC (10/62). Plusieurs indications étaient associées à un rendement diagnostique élevé avec 57,1% (8/14) de positifs chez les patients avec protéinose alvéolaire pulmonaire; 17.6% (3/17) en cas de PID/FP associée à un cancer pulmonaire et 14,8% des nouveau-nés >34 SA avec détresse respiratoire néonatale (DRNN) (9/61). L’âge de début de la maladie était un critère important montrant 2 pics principaux avec 25% (5/20) de positifs chez les enfants de 1 à 5 ans et 18,3% (15/82) de positifs chez les adultes de 30 à 40 ans. Etonnamment, l’existence d’une histoire familiale de PID/FP isolée n’augmentait pas le rendement diagnostique (5,8% (8/137) contre 8,8% (29/328) en l’absence d’histoire familiale). En revanche, en cas d’antécédent de PID/FP et cancer pulmonaire, le taux de diagnostic positif s’élevait à 28,0% (7/25). Durant la période d’étude, 194 apparentés ont été testés, démontrant l’importance d’établir un diagnostic moléculaire pour proposer un conseil génétique à la famille.
Conclusion
Cette synthèse d’activité diagnostique d’un laboratoire de génétique de référence permet de mettre en évidence des indications précises associées à un rendement diagnostique important ou à l’inverse faible dans le cadre de la pratique clinique. Elle conforte les indications du PNDS chez l’adulte et illustre l’intérêt majeur d’un diagnostic génétique pour les familles.
Camille LOUVRIER (Paris), Nadia NATHAN, Vincent COTTIN, Tifenn DESROZIERS, Valérie NAU, Yohan SOREZE, Florence DASTOT LE MOAL, Philippe REIX, Diane BOUVRY, Caroline THUMERELLE, Martine REYNAUD-GAUBERT, Alice HADCHOUEL, Grégoire PRÉVOT, Effrosyni MANALI, Caroline KANNENGIESSER, Ibrahima BA, Serge AMSELEM, Véronique HOUDOUIN, Raphaël BORIE, Marie LEGENDRE
16:30 - 17:30
#49647 - P376 Devenir des enfants porteurs d’une anomalie du corps calleux isolée avec un séquençage d’exome non conclusif en prénatal.
P376 Devenir des enfants porteurs d’une anomalie du corps calleux isolée avec un séquençage d’exome non conclusif en prénatal.
Introduction
Les anomalies du corps calleux (ACC) sont les malformations cérébrales congénitales les plus fréquentes. Le pronostic est très variable, lié au diagnostic étiologique génétique. Depuis 2018, un séquençage d’exome est proposé en prénatal devant toute anomalie du corps calleux. La majorité des exomes est non conclusif. Il persiste dans ce cas une incertitude pronostique.
Objectifs
Décrire le devenir post-natal des enfants présentant une ACC isolée prénatale avec exome non conclusif, estimer le risque résiduel de trouble du neurodéveloppement et affiner le conseil prénatal.
Méthodes
Étude observationnelle sur 97 enfants nés après diagnostic prénatal d’ACC isolée et séquençage d’exome en trio non conclusif. Les enfants ont été répartis en 2 groupes : ≤3 ans et >3 ans, et évalués sur 4 critères : développement de la marche et du langage, interactions sociales et comportement. Ils ont été ensuite classés en trois groupes : 1) développement psychomoteur normal 2) besoin de soutien paramédical et/ou scolaire 3) déficience intellectuelle avérée.
Résultats
Parmi les 452 fœtus présentant une ACC (isolée ou associée), 318 présentaient un résultat d’exome non conclusif (70.4%). Parmi ceux-ci, 64 couples ont réalisé une interruption médicale de grossesse (20.1%) et 70 sont perdus de vue (22%). Sur les 184 naissances avérées, un suivi est disponible pour 127, dont 97 avec une ACC isolée (76.4%). 42/97 sont âgés de moins de 3 ans (43.3%) et 55 ont plus de 3 ans (56.7%). 40/42 des enfants de moins de 3 ans ont un développement psychomoteur normal, 2 ont un retard moteur nécessitant un soutien rééducatif. Parmi les 55 enfants de plus de 3 ans, 49 (89%) n’ont pas de trouble du neurodéveloppement ni de prise en charge, 4 ont une prise en charge en rééducation et 2 présentent une déficience intellectuelle avérée avec pour l’un une suspicion de syndrome d’Aicardi, et pour l’autre la présence d’un variant dans un nouveau gène de déficience intellectuelle. Dans l’ensemble de la cohorte, 15/97 ont des troubles de type agitation, syndrome anxieux, intolérance à la frustration.
Discussion / Conclusion
Il s’agit de la première étude explorant le devenir des enfants avec ACC prénatale et exome en trio non conclusif. Les résultats montrent un pronostic globalement favorable, même si le groupe des enfants de moins de 3 ans ne permet pas de conclure formellement sur l’absence de TND, et nécessite un suivi prospectif (en cours). Les 2 enfants avec une DI avérée ont un diagnostic génétique rétrospectif, qui ne pouvait être fait en prénatal. Les troubles du comportement observés méritent d’être analysés, et mis en perspective avec l’anxiété majeure générée en cours de grossesse, qui perdure en post-natal. Ces résultats préliminaires offrent des repères concrets pour affiner le conseil génétique, soutenir les décisions parentales et optimiser la prise en charge post-natale. Le travail se poursuit par un suivi prospectif de tous les enfants avec évaluation neuropsychologique.
Lisa FRUGERE (Paris), Susie CLEMENT, Cristina PEDUTO, Capucine ROSSI, Anne FAUDET, Solveig HEIDE, Jade DUCOURNEAU, Myrtille SPENTCHIAN, Boris KEREN, Caroline NAVA, Jean Madeleine DE SAINTE AGATHE, Toan NGUYEN, Eléonore BLONDIAUX, Fouzia BENKERDOU, Laetitia NGUYEN, Daphne LEHALLE, Fanny PHELIPPEAU, Cyril MIGNOT, Sarah GROTTO, Anna-Gabriella GERASIMENKO, Olivier PATAT, Sophie JULIA, Mathilde NIZON, Solene CONRAD, Marie VINCENT, Beatrice DESNOUS, Mathieu MILH, Vincent DESPORTES, Isabelle SABATIER, Laurent GUIBAUD, Stephanie VALENCE, Delphine HERON
16:30 - 17:30
#49191 - P384 La mort subite cardiaque familiale comme facteur prédictif d’arythmies ventriculaires chez les patients atteints de laminopathies.
P384 La mort subite cardiaque familiale comme facteur prédictif d’arythmies ventriculaires chez les patients atteints de laminopathies.
Contexte et objectifs
Les laminopathies s’accompagnent d’un risque élevé de mort subite cardiaque (MSC). Un score prédictif a récemment été développé afin d’estimer le risque à 5 ans de tachyarythmies ventriculaires (VTA) potentiellement létales. Les recommandations européennes (guidelines) de la société européenne de cardiologie en 2022 (ESC2022GL) préconisent l’implantation prophylactique d’un défibrillateur automatique implantable (DAI) chez les patients présentant un phénotype cardiaque et un risque estimé ≥ 10 %. L’objectif de ce travail était d’évaluer la performance des ESC2022GL et d’analyser l’impact de la prise en compte des antécédents familiaux de MSC sur le risque de VTA.
Méthodes
Les données de 165 adultes porteurs de variants pathogènes ou probablement pathogènes de LMNA, pris en charge dans trois centres français, ont été recueillies rétrospectivement. Les VTA incluaient MSC, arythmies ventriculaires hémodynamiquement instables ou thérapies appropriées de DAI. Les antécédents familiaux de MSC étaient définis par une MSC survenue avant 60 ans chez un apparenté au premier degré.
Résultats
Au total, 138 patients (âge moyen 41,5 ans ; 47,8 % d’hommes) ont été inclus. Après un suivi médian de 6,6 ans (33,5–117 mois), 30 patients (21,7 %) ont présenté un épisode de VTA. Les ESC2022GL montraient une sensibilité de 82,4 %, une spécificité de 52,1 %, une valeur prédictive positive de 19,4 % et une valeur prédictive négative de 95,5 % (C-index = 0,78 [0,40–0,95]). Les antécédents familiaux de MSC avant 60 ans au premier degré étaient associés de manière indépendante à la survenue de VTA (p = 0,01). Dans le groupe à risque intermédiaire (7–20 %), l’incidence des VTA était de 2,8 % en l’absence d’antécédents familiaux versus 19 % en leur présence (p = 0,04). Une stratégie alternative proposant un DAI pour les patients à risque > 20 % ou à risque 7–20 % avec phénotype cardiaque et antécédents familiaux de MSC avant 60 ans permettait d’atteindre une sensibilité de 88 %, une spécificité de 64 % et un C-index de 0,90 (0,53–0,98).
Conclusion
Les recommandations ESC 2022 permettent d’identifier la majorité des patients atteints de laminopathie à haut risque d'arythmie ventriculaire, mais leur spécificité reste modérée. L’intégration des antécédents familiaux de MSC améliore la stratification du risque, en particulier chez les patients à risque intermédiaire.
Gauthier GIORDANO, Julie PROUKHNITZKY, Frédéric FER, Adrien BLOCH, Marine THUILLOT, Carole MAUPAIN, Isabelle MAGNIN-POULL, Isabelle JONVEAUX, Aurélien PALMYRE, Agathhe BERTINOTTI, Christian DE CHILLOU, Pascale RICHARD, Estelle GANDJBAKHCH, Philippe CHARRON (PARIS)
16:30 - 17:30
#49282 - P388 Anévrisme de l’aorte ascendante sur valve aortique bicuspide : apport limité du diagnostic génétique.
P388 Anévrisme de l’aorte ascendante sur valve aortique bicuspide : apport limité du diagnostic génétique.
Introduction :
La valve aortique présente habituellement trois feuillets valvulaires, elle est dite tricuspide. La bicuspidie aortique (BAV) est une particularité anatomique de cette valve, présente dans la population générale à une fréquence estimée à 1%. La présence d’une BAV est généralement asymptomatique et n’empêche pas un fonctionnement normal du cœur. En fonction des patients, cette BAV peut entraîner une fuite ou un rétrécissement aortique. Par ailleurs, elle peut également se traduire par la formation d’un anévrisme de l’aorte ascendante qui prédomine en général au niveau de l’aorte tubulaire. Les complications associées à la présence d’une BAV (dont une dissection aortique) sont rares. Il peut exister des formes familiales de BAV, avec l’identification de variations pathogènes dans certains gènes, dont le gène NOTCH1 mais la fréquence de ces cas est difficile à estimer d’après les données de la littérature.
Matériel et méthodes :
Le centre de référence pour le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées reçoit et suit régulièrement des patients présentant un anévrisme de l’aorte associé à une BAV. Une échographie cardiaque est réalisée à chaque consultation avec une mesure des diamètres aortiques, estimation des z-scores, et caractérisation du type de BAV. De façon prospective, un prélèvement sanguin a été adressé au laboratoire de génétique de l’hôpital Bichat pour une analyse moléculaire d’un panel de plus de 40 gènes associés aux aortopathies.
Résultats :
A ce jour, plus de 200 cas index présentant un anévrisme de l’aorte associé à une BAV sans signe squelettique associé, ont été analysés au laboratoire. Il existait une histoire familiale dans environ un tiers de ces cas. La majorité des analyses moléculaires réalisées (environ 90%) n’ont pas permis l’identification d’une variation (probablement) pathogène. Une variation de signification inconnue a été identifiée dans 8% des dossiers avec une demande de poursuite des investigations par l’étude de la ségrégation de la variation dans la famille. Très peu de cas ont pu être associés à la présence d’une variation du gène NOTCH1. Les statistiques vont être approfondies en fonction du type de BAV et de l’importance de l’anévrisme de l’aorte.
Conclusion :
Les analyses moléculaires dans un contexte d’anévrisme de l’aorte ascendante avec BAV sont peu informatives selon l’hypothèse d’une cause monogénique. Les causes précises de BAV sont actuellement mal connues, avec la possibilité d’une combinaison de facteurs environnementaux et génétiques à effet faible. L’expérience du centre de référence nous permet de conclure qu’une analyse génétique dans un contexte de BAV associée ou non à un anévrisme de l’aorte n’est pas indiquée étant donné la complexité de son mode de transmission, l’absence de prise en charge spécifique et la rareté des complications liées à celle-ci. Les cas particuliers peuvent être discutés en réunion de consultation pluridisciplinaire.
Pauline ARNAUD, Olivier MILLERON, Ludivine ELIAHOU, Souraya WADIH, Sabrine JADOUI, Arienne MIRMIRAN, Laurent GOUYA, Catherine BOILEAU, Nadine HANNA (PARIS), Guillaume JONDEAU
16:30 - 17:30
#49569 - P392 Diagnostic génétique des cardiomyopathies hypertrophiques de l’adulte : l’importance de l’analyse des gènes RAS/MAPK au-delà des gènes sarcomériques.
P392 Diagnostic génétique des cardiomyopathies hypertrophiques de l’adulte : l’importance de l’analyse des gènes RAS/MAPK au-delà des gènes sarcomériques.
Introduction:
Les RASopathies, notamment le syndrome de Noonan (SN) ou les formes apparentées, sont classiquement diagnostiquées en pédiatrie devant un phénotype syndromique évocateur associant, à des degrés variables, un retard de croissance, une dysmorphie cranio-faciale caractéristique, une atteinte squelettique et cutanée ainsi qu’une atteinte cardiaque. Cette dernière est retrouvée dans 80% des cas. La cardiomyopathie hypertrophique (CMH) en est une manifestation fréquente chez l’enfant, en particulier en cas de variations des gènes RAF1 ou encore PTPN11. Rarement, les manifestations cliniques, particulièrement les signes dysmorphiques, sont tellement subtils que l’atteinte organique, notamment la CMH peut sembler isolée engendrant ainsi un diagnostic tardif de ces RASopathies.
Case report :
Nous rapportons trois cas d’adultes suivis initialement pour une CMH d’allure sarcomérique isolée, diagnostiquée à plus de 45 ans.
Parmi une cohorte de patients adultes atteints de CMH ayant bénéficié d’un panel génétique ciblant 59 gènes, trois variants pathogènes ont été identifiés dans des gènes du groupe RAS/MAPK. Aucun des 3 patients n’avait jusqu’alors bénéficié d’un diagnostic, clinique ou moléculaire, de syndrome de Noonan ou apparenté. Il s’agissait des variants c.1415C>T p.(Thr472Met) et c.1541A>G p.(Gln514Arg) du gène PTPN11 (NM_001330437.2) et du variant c.797C>A p.(Thr266Lys) du gène SOS1 (NM_005633.4). Ces variants pathogènes ou probablement pathogène sont présents dans des bases de variations comme ClinVar et ont été rapportés à plusieurs reprises dans la littérature chez des patients atteint d’un SN ou d’un SN avec lentigines multiples. Une consultation en génétique clinique a été organisée après le rendu de résultat et a mis en évidence chez deux patients une dysmorphie typique du SN avec des traits épais, des fentes palpébrales obliques en bas, un épicanthus, des oreilles basses implantées en rotation postérieure, des lobes d’oreilles épais, un cou court et large et une implantation basse des cheveux, associée à un allongement du TCA et un déficit auditif pour l’un et des anomalies osseuses pour l’autre. Un pectus excavatum ainsi qu’une cyphoscoliose ont été retrouvés chez la 3ème patiente.
Discussion :
Ces patients mettent en évidence l’importance d’un élargissement du bilan génétique, incluant les gènes impliqués dans les RASopathies, chez l’adulte atteint de CMH apparemment non syndromique. Ils soulignent également la nécessité d’une évaluation pluridisciplinaire, afin d’identifier d’éventuelles manifestations extra-cardiaques pouvant orienter le diagnostic. Ce dernier peut avoir des implications pour la prise en charge, le conseil génétique familial, ainsi que sur la surveillance pluri-organique.
Conclusion :
Les RASopathies ne doivent pas être exclues d’emblée chez les adultes présentant une CMH à priori isolée. Ces observations plaident pour une approche génétique non restreinte aux gènes sarcomériques dans les CMH de l’adulte.
Amal ABD MOULEH (Paris), Soulef GUENDOUZ, Adriana BALAN, Ariane LUNATI-ROZIE, Benoit FUNALOT, Pascaline BERTHOME, Dominique PINEAU, Valentin ADAMUS, Thibaud DAMY, Clarisse BILLON
16:30 - 17:30
#49691 - P398 Variants non codants des régions UTR : Quel impact sur l’expression ? Exemple du gène TP53.
P398 Variants non codants des régions UTR : Quel impact sur l’expression ? Exemple du gène TP53.
En génétique constitutionnelle comme en génétique somatique, il est essentiel de pouvoir détecter et interpréter tous les variants génétiques des gènes impliqués dans la pathologie. L’interprétation biologique des variants reste encore une étape limitante pour poser un diagnostic et assurer une prise en charge médicale optimale des patients. Cette interprétation est d’autant plus difficile lorsque les variants surviennent au niveau de l’ADN non-codant de nos gènes. En particulier, les altérations des séquences régulatrices non codantes, comme les régions transcrites mais non traduites en 5’ ou en 3’ (5’UTR, 3’UTR), sont très peu exploitées lors du diagnostic. Ces altérations peuvent perturber la structure secondaire de l’ARN ou influer sur la capacité de protéines ou d’ARN régulateurs à se fixer sur ces séquences, ce qui peut potentiellement affecter la stabilité du transcrit, sa localisation subcellulaire ou encore l’efficacité de sa traduction en protéine.
Afin de révéler l'effet de tels variants, nous avons développé un essai fonctionnel simple permettant d’étudier l’impact du variant isolé sur l’expression. Nous avons appliqué cet essai au gène TP53, gène majeur dans le processus oncogénique. Nous avons ainsi analysé plus de 60 variants des régions UTR de TP53 détectés chez des patients (variants somatiques ou constitutionnels). Plus d’un variant sur dix testés a un impact fonctionnel. Pour la région 5’UTR, c’est presque 20 % des variants qui ont un impact. Certains de ces variants ont un effet important sur la quantité de protéines produites et pourraient être considérés comme pathogènes. D’autres, associés à des effets plus faibles, pourraient moduler l’expression du gène et expliquer les différences interindividuelles observées en termes de risque individuel de cancer ou de réponse aux traitements (effet aggravant ou protecteur).
Nous mettons également en évidence le fait que l’impact fonctionnel de plusieurs variants passe par la création de cadres de lectures ouverts en amont (uORF), ce qui pourrait représenter un nouveau mécanisme d’inactivation des gènes suppresseurs de tumeurs comme TP53. Nous entreprenons à présent une évaluation des nouveaux outils d’intelligence artificielle pour évaluer la fonctionnalité de ces variants non codants. Nos travaux démontrent la nécessité d’explorer les régions non-codantes 5’ et 3’UTR des gènes impliqués dans la cancérologie au titre du diagnostic.
Marie BEQUIN, Luisa VERGORI, Vincent MILON, Elena SPIRINA-MENAND, Omar SOUKARIEH, Fida KHATER, Jonathan DAUVE, Louise-Marie CHEVALIER, Caroline MEGUERDITCHIAN, David-Alexandre TREGOUET, Yves DELNESTE, Gaëlle BOUGEARD, Alain MOREL, Amandine BILLAUD, Isabelle TOURNIER (ANGERS)
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A37
Sessions Communications Flash 01
Long read, Oncogenetique
Sessions Communications Flash 01
Long read, Oncogenetique
Modérateurs :
Stéphanie BAERT-DESURMONT (Biologiste) (Rouen), Laurent CASTERA (Pharmacien Biologiste) (Caen)
17:30 - 17:38
#49389 - FL001 Séquençage ADN long-read : nouvelles perspectives pour le diagnostic des prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire.
FL001 Séquençage ADN long-read : nouvelles perspectives pour le diagnostic des prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire.
Le diagnostic moléculaire du cancer héréditaire du sein et de l'ovaire (HBOC) repose principalement sur le séquençage short-read (SR) des exons et régions flanquantes de 13 gènes d’un panel. Actuellement, seuls 10% des syndromes HBOC sont résolus par cette méthode, limitée dans l’analyse des introns, des régions de faible complexité, du 5’UTR et 3’UTR des gènes, ainsi que dans la détection de variants structuraux complexes (délétions, duplications, insertions, inversions). Ces limites pourraient être surmontées par le séquençage long-read (LR) de troisième génération, capable d’identifier des variants pathogènes inaccessibles par SR.
Nous avons développé un protocole de séquençage LR appliqué à l’étude de l’ADN de 240 patients présentant une forte probabilité de prédisposition au syndrome HBOC selon des critères phénotypiques individuels et familiaux prédéfinis, restés négatifs au diagnostic initial par SR. L’ADN de haut poids moléculaire, extrait de sang total congelé, a été séquencé sur le PromethION P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies) avec un enrichissement par adaptive sampling, permettant le séquençage complet des loci des gènes ciblés étendus de 15 kb en amont et en aval, ainsi que des régions régulatrices sélectionnées à partir des bases de données publiques.
Nous avons aussi conçu un pipeline bioinformatique, nanoCFB, validé sur 11 ADN contrôles présentant un panel de variations pathogènes complexes. Il assure le contrôle qualité des données de séquençage ainsi que l’appel des variants ponctuels ou structuraux. Plusieurs algorithmes de prédictions ainsi que des bases de données ont été intégrés à nanoCFB pour présumer de l’impact des variants au niveau de la protéine, de l’épissage, du promoteur et des régions régulatrices. Les anomalies des contrôles positifs (duplication inversée dans BRCA1, insertion de séquence Alu dans PALB2) ont tous été détectées, confirmant la sensibilité de la méthode.
Parmi les 240 patients sélectionnés, le séquençage a permis l’identification de 19 variants ponctuels et 11 variants structuraux dans les gènes d’intérêt qui pourraient contribuer au diagnostic, après des analyses de transcrits ou de l’expression du gène. De plus, 32 variants structuraux affectant les régions régulatrices distales des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D ont aussi été identifiés.
Des analyses complémentaires, telles que le RNAseq, le test des promoteurs à la luciférase et des tests fonctionnels pouvant évaluer la recombinaison homologue permettront d’évaluer l’impact fonctionnel de ces variants. Le RNAseq et le test à la luciférase étant déjà accessibles au laboratoire, certaines études sont en cours.
En conclusion, nous avons établi un protocole de séquençage LR robuste et validé, capable de détecter et de caractériser des réarrangements génomiques complexes et des variants dans des régions non codantes ouvrant des perspectives majeures pour le diagnostic du syndrome HBOC.
Crystal RENAUD (Caen), Antoine CHOUTEAU, Camille AUCOUTURIER, Raphaël LEMAN, Alexandre ATKINSON, Thibaut LAVOLE, Agathe SORREDA-RICOU, Flavie BOULOUARD, Nicolas GOARDON, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA
17:38 - 17:46
#49630 - FL002 Séquençage Nanopore en adaptive sampling : apport en oncogénétique pour la caractérisation de variants constitutionnels complexes.
FL002 Séquençage Nanopore en adaptive sampling : apport en oncogénétique pour la caractérisation de variants constitutionnels complexes.
Introduction
Le séquençage longue lecture par Oxford Nanopore Technologies (ONT), couplé à l’adaptive sampling, permet de surmonter les limites du séquençage de nouvelle génération (NGS) classique en courte lecture. Cette approche offre la possibilité de caractériser des variants de structure complexes en identifiant précisément les points de cassure, de résoudre les ambiguïtés d’alignement liées aux pseudogènes et d’établir l’haplotype (phasing). Nous illustrons son intérêt dans le cadre de la prédisposition héréditaire aux cancers à travers quatre situations cliniques représentatives.
Méthodes
Les ADN génomiques extraits du sang de patients adressés en consultation d’oncogénétique pour suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers ont initialement été séquencés par panels NGS classiques (technologie Illumina), mettant en évidence des évènements suspects qui n’ont pu être caractérisés précisément en lecture courte. Un séquençage longue lecture a alors été réalisé sur PromethION P48 (ONT). Les échantillons ont été multiplexés. La stratégie d'adaptive sampling a permis d’enrichir spécifiquement les gènes cibles dont RAD51C, BRCA2, SMARCB1, PMS2 ainsi que leurs régions flanquantes. Les données générées ont été analysées à l’aide du pipeline Epi2me Human Variation workflow.
Résultats
i) Une large délétion/insertion c.-1799_-28delins28 sur le promoteur du gène RAD51C a été caractérisée. Elle n’avait pu être détectée ni par MLPA, en raison de l’absence de sonde couvrante, ni par cartographie génomique optique (Bionano), faute de motif de marquage encadrant précisément la région.
ii) Une délétion récurrente de 201kb emportant complètement le gène BRCA2 a été caractérisée dans plusieurs familles originaires de Tahiti. L’identification précise des points de cassure permet d’envisager l’intégration de sondes spécifiques pour capturer cette délétion dans les panels NGS de routine.
iii) Le caractère « en tandem » d’une duplication des exons 2 à 3 du gène SMARCB1 a été démontré, permettant ainsi de reclasser cette altération comme pathogène.
iv) La mutation pathogène c.2275+1G>A sur l’intron 13 du gène PMS2 a été identifiée en s’affranchissant des ambigüités d’alignement liées à ses pseudogènes. En outre, la réalisation du phasing a également démontré que cette mutation se situait en trans du variant c.695G>T / p.(Gly232Val) dans le cadre d’un syndrome CMMRD, apportant un argument de poids moyen (PM3) pour conduire à classer ce dernier comme probablement pathogène.
Conclusion
Ces quatre cas illustrent l’apport du séquençage longue lecture de Nanopore avec adaptive sampling pour la caractérisation des altérations constitutionnelles complexes en oncogénétique. Cette approche complète ainsi les panels NGS classiques pour améliorer le conseil génétique et la prise en charge des patients et de leurs apparentés, et peut être facilement mise en œuvre dans les laboratoires diagnostiques.
Voryak SUYBENG (Villejuif), Roseline TANG, Odile CABARET, Walid BEN-YEDDER, Alice FIEVET, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Orlane DUBREUIL, Henintsoa RATSIMIALA, Najat AHMED-ECHRIF, Betty LEITE, Maëla FRANCILLETTE, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Delphine LUTRINGER, Veronica GOLDBARG, Nathalie DROIN, Etienne ROULEAU
17:46 - 17:54
#49663 - FL003 Evaluation des performances du séquençage long-read PacBio Revio pour le diagnostic des prédispositions héréditaires aux cancers.
FL003 Evaluation des performances du séquençage long-read PacBio Revio pour le diagnostic des prédispositions héréditaires aux cancers.
Le séquençage à haut débit short-read (Illumina®), par l’analyse de panel de gènes d’intérêt diagnostique validés, a permis des avancées majeures en oncogénétique mais le rendement diagnostique reste insuffisant. Les principales limites de cette approche sont la détection des variants structuraux (SV) complexes, l’exploration de régions génomiques difficiles à capturer et le phasage des variants. Le séquençage long-read suscite un nouvel espoir pour dépasser ces limites.
Le projet ONCOLoR (ONCOgénétique par séquençage Long-Read) vise à comparer les performances diagnostiques du séquençage short-read à celles d’une approche long-read ciblée par capture Twist et séquençage PacBio Revio.
Nous menons une étude rétrospective sur 96 patients adultes analysés dans le cadre du soin au laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Rouen, dont les ADN ont été extraits sans méthode d’extraction spécifique au long-read. Cette étude repose sur deux séries distinctes :
(i) un pool de validation de 48 patients porteurs d’une variation pathogène connue, couvrant un large spectre de variations de détection simple (SNV : Single Nucleotide Variant ; MNV : Multi Nucleotide Variant) à des altérations plus complexes (duplications, délétions, inversions, conversions). Certaines variations s’inscrivent dans des contextes particuliers tels qu’une hétérozygotie composite (pour le phasage), une mosaïque dès 1 % ou une suspicion d’hématopoïèse clonale, afin de tester les limites de détection de la technique.
(ii) un pool exploratoire de 48 autres patients comprenant 7 cas suspectés de syndrome de Li-Fraumeni, 18 de prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire (HBOC), 23 de cancers digestifs et polyposes. Aucun variant pathogène n’avait été identifié par séquençage short-read. L’analyse de ce groupe vise à estimer l’apport du long-read pour la découverte de nouveaux diagnostics.
Sur le plan technique, 2 µg d’ADN ont été fragmentés par Megaruptor à une taille entre 9 et 10 kb. La capture Twist® de 3,5 Mb utilise des sondes positionnées tous les 1 kb. Elle cible 34 gènes diagnostiques (correspondant aux panels digestif et HBOC recommandés par le GGC), en incluant les régions promotrices, et 12 gènes à visée de recherche. Les librairies obtenues présentaient une taille moyenne de 5,2 à 7,8 kb, avec un seul échec technique sur les 96 échantillons.
La comparaison des données de long-read et short-read, ainsi que l’analyse exploratoire des 48 patients négatifs, est en cours. Les retombées attendues incluent : (i) la validation des SV détectés en short-read, (ii) une meilleure couverture des régions historiquement problématiques, (iii) le phasage des variations, (iv) la caractérisation précise des duplications en tandem ou non, et (v) l’exploration de possibles nouvelles variations. Cette étude fournira des données inédites sur la valeur ajoutée du séquençage long-read ciblé, en évaluant son potentiel à améliorer le rendement diagnostique en oncogénétique.
Corentin LEVACHER (ROUEN), Julie AMIOT, Olivier QUENEZ, Sophie COUTANT, Gwendoline LIÉNARD, Stéphanie VASSEUR, Sandrine MANASE, Mathis DELACOUR, Estelle BERNARD, Edwige KASPER, Lecoquierre FRANÇOIS, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Claude HOUDAYER
17:54 - 18:02
#49804 - FL004 Identification des insertions d'éléments mobiles dans les cancers héréditaires : méthodes de détection et validation par séquençage long-read.
FL004 Identification des insertions d'éléments mobiles dans les cancers héréditaires : méthodes de détection et validation par séquençage long-read.
Les cancers héréditaires sont principalement liés à des variants pathogènes dans des gènes de prédisposition connus, mais malgré l’utilisation de panels de séquençage étendus, la majorité des familles à haut risque ne reçoit pas de diagnostic moléculaire. Les insertions d’éléments mobiles (MEI), notamment les insertions de séquences Alu, LINE1 ou SVA, constituent une cause documentée mais rare de maladies génétiques lorsqu’elles s’intègrent à des endroits du génome perturbant la fonction des gènes. Cependant, leur détection demeure complexe avec les approches conventionnelles de séquençage haut débit short-read, en raison de la complexité structurale de ces variants, de la nature répétitive et de la longueur des séquences impliquées, ce qui pourrait entraîner une sous-évaluation de leur rôle dans les prédispositions aux cancers.
Nous avons réalisé une analyse prospective des données de séquençage haut débit ciblé short-read des gènes reconnus d’intérêt clinique en Oncogénétique (n=22) des patients adressés pour suspicion de prédisposition aux cancers entre 2022 et 2024 (n=4416). Ces données, couvrant les régions exoniques et jonctions introns-exons des gènes retenus, ont été analysées à l’aide d’un pipeline spécifique de détection des MEI, reposant notamment sur l’identification de lectures soft-clippées, la reconstruction des séquences insérées et leur annotation par Blast et RepeatMasker. Toutes les anomalies identifiées ont été validées grâce à une méthode innovante de séquençage long-read (technologie Nanopore), complétée par une PCR suivie d’un séquençage Sanger, ainsi que, pour certains patients, par un RNA-seq ciblé afin de caractériser précisément l’insertion et ses effets sur la séquence codante.
Au total, 9 patients (0.2%) présentaient une MEI pathogène ou probablement pathogène. La majorité correspondait à des insertions Alu (n=7) dont 3 cas portant le variant c.156_157insAlu dans l’exon 3 du gène BRCA2 avec effet fondateur portugais, suivies d’une insertion de LINE1 (n=1) et de SVA-rétrotranposon (n=1). La validation par une technique long-read a permis de reconstituer intégralement les séquences des insertions et d’éliminer d’éventuels faux positifs notamment liés aux régions répétées. Par ailleurs, les analyses complémentaires, séquençage Sanger et RNA-seq, ont également confirmé la présence de ces altérations ainsi que leur impact sur la fonction des gènes impliqués.
Nos résultats démontrent que les MEI constituent une source de variants pathogènes jusque-là sous-estimée dans les cancers héréditaires. Leur détection nécessite des approches bioinformatiques spécialisées et bénéficie de la validation par séquençage long-read, qui confirme de façon certaine le diagnostic et permet une caractérisation complète de l’événement. L’intégration de cette stratégie dans les stratégies de routine pourrait augmenter le rendement diagnostique des panels de gènes et améliorer la prise en charge des familles à haut risque.
Alexandre PERRIER (PARIS), Noémie BASSET, Nawel MALOUCHE, Marjorie JODAR, Florence COULET
18:02 - 18:10
#49880 - FL005 Les promesses du RNA-Seq long read pour la caractérisation du transcriptome TP53 endogène et pathogène.
FL005 Les promesses du RNA-Seq long read pour la caractérisation du transcriptome TP53 endogène et pathogène.
Le syndrome de Li-Fraumeni est une prédisposition génétique à un large spectre de cancers, survenant à tout âge avec une variabilité inter- et intrafamiliale. [Bougeard et al. 2015] Il résulte d’une altération hétérozygote du gène TP53. Seule la forme canonique de p53, issue de 11 exons, est utilisée en routine diagnostique. Cependant, ce gène subit un épissage alternatif complexe, comparable à celui de ses homologues TP63 et TP73. Depuis la découverte du 1er transcrit alternatif de TP53, [Flaman et al. 1996] de nombreuses isoformes ont été identifiées. Récemment, notre équipe a décrit un nouvel épissage alternatif endogène (saut exon 11, utilisation exons 12, 14), favorisé en présence d’une altération du site accepteur d’épissage de l’intron 10, substitution dont la pathogénicité a été validée par un test fonctionnel p53 mené directement sur les cellules de la patiente. [Louis, Rolain et al. 2024]
Les technologies de séquençage RNA-Seq short-read présentent des limites techniques : l’assemblage informatique est inadapté à l’interrogation d’un patron complexe d’épissage. Afin de caractériser l’ensemble des conséquences de cette mutation sur le transcriptome de TP53, nous avons utilisé le séquençage de 3ème génération long-read de technologie Oxford Nanopore, à partir d’ARN extrait de lignée lymphoblastoïde non traitée à la puromycine, selon le protocole récemment décrit. [Aucouturier et al. 2024]
Cette approche nous a permis de détecter les transcrits complets TP53. L’utilisation de l’épissage exon 10_exon 12 a été observée dans des transcrits utilisant les exons canoniques depuis l’exon 1, mais pas dans ceux utilisant le promoteur interne (intron 4). Nous avons constaté une complexité des conséquences sur l’épissage plus importante que celle initialement soupçonnée. Cette technologie a aussi permis une comparaison qualitative et quantitative du profil d’expression des jonctions entre porteur et non porteurs de la variation. Toutefois, quelques défis techniques subsistent, notamment en ce qui concerne l’exactitude des lectures, la couverture des extrémités des transcrits, et les difficultés bioinformatiques liées à l’annotation des nouveaux transcrits.
L’importance de cette approche est manifeste lorsque l’on considère les isoformes néoformées, pouvant avoir un impact fonctionnel significatif. Cette méthode devrait s’inscrire dans le processus d’identification et d’interprétation des variants, en permettant aussi une analyse haplotypique, dans l’objectif d’appréhender la variabilité phénotypique. En effet, les isoformes de p53 peuvent avoir des effets antagonistes. Ainsi, cette analyse ouvre la voie à des investigations protéiques sur les isoformes. Le transcrit canonique de TP53 peut produire non seulement la forme complète de p53, mais aussi une forme amino-tronquée Delta-40. Il est crucial de déterminer si l’exon 12 est traduit dans une forme longue et/ou courte, afin de mieux appréhender les rôles physiopathologiques de ces nouvelles protéines.
Camille AUCOUTURIER (Caen), Marion ROLAIN, Sophie COUTANT, Edwige KASPER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Karen BAUDRY, Pascal PUJOL, Corentin LEVACHER, Jeanne LOUIS, Laurent CASTERA, Claude HOUDAYER, Sophie KRIEGER, Raphaël LEMAN, Françoise CHARBONNIER, Gaëlle BOUGEARD
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B37
Sessions Communications Flash 02
Neurodeveloppement, Neurosensoriel
Sessions Communications Flash 02
Neurodeveloppement, Neurosensoriel
Modérateurs :
Delphine DUPIN-DEGUINE (Praticien Hospitalier) (TOULOUSE), Sacha WEBER (PHC) (Paris)
17:30 - 17:38
#48981 - FL006 Caractérisation clinique et génétique du syndrome lié au gène THOC2 : cohorte française de 15 patients.
FL006 Caractérisation clinique et génétique du syndrome lié au gène THOC2 : cohorte française de 15 patients.
Le gène THOC2, localisé en Xq25, code une protéine nucléaire faisant partie du complexe THO, sous-complexe du TREX, impliqué dans l’export des ARNm, la progression mitotique et la stabilité du génome. Hautement conservé parmi les eucaryotes et exprimé de manière ubiquitaire, THOC2 est responsable de syndromes liés à l’X associant un trouble du développement intellectuel (syndrome de Kumar, MIM 300957) ou une arthrogrypose congénitale (MIM 31127).
Nous présentons une série de 15 patients issus de 13 familles, identifiés via la filière ANDDIrare. Les variations observées incluent 10 faux-sens, 2 variants d’épissage, aucun variant tronquants ou CNV. Le mécanisme pathogène décrit actuellement est par perte partielle de fonction, sans corrélation génotype-phénotype évidente. La majorité des patients sont de sexe masculin (11/12), avec toutefois des cas de femmes transmettrices paucisymptomatiques ou asymptomatiques et 1/12 femme symptomatique porteuse d’une variation de novo.
Cliniquement, tous présentent un trouble du neurodéveloppement : 9/10 avec déficience intellectuelle de sévérité variable, de sévère à modérée, fréquemment associée à un retard de langage (3/11) voire à une absence de langage (6/11). Sont également rapportés : hypotonie (4/9), épilepsie (2/11) (résolutive avec traitement anti-épileptique), troubles du comportement (8/11). Des anomalies cérébrales à l’IRM de type agénésie du corps calleux (1/8), dilatation des ventricules ou des espaces périventriculaires sont retrouvées dans 3/8 cas. Sur le plan neurosensoriel, une surdité de perception est observée dans 3/9 cas, ainsi que des atteintes ophtalmologiques (astigmatie ou hypermétropie 4/11). Certaines particularités morphologiques sont présentes sans gestalt récurrent (9/11), et 2/11 patients présentent des anomalies squelettiques ou une hyperlaxité (3/11). Contrairement à certaines observations publiées, aucune tendance nette à l’obésité n’est retrouvée dans cette cohorte.
Cette étude représente la plus large série française de patients porteurs de variations pathogènes de THOC2. Elle élargit le spectre phénotypique et confirme l’hétérogénéité clinique du syndrome, en soulignant l’absence de corrélation génotype-phénotype.
Pauline PLANTÉ-BORDENEUVE (lille), Jean-Luc ALESSANDRI, Simon BOUSSION, Ange-Line BRUEL, Camille CENNI, Benjamin COGNÉ, William DUFOUR, Laurence FAIVRE, Anne-Marie GUERROT, Emma KAIRET, Francois LECOQUIERRE, Marie MASSET, Sandra MERCIER, Florence PETIT, Céline POIRSIER, Mélanie RAMA, Marine TESSARECH, Frédéric TRAN MAU-THEM, Gaelle VIEVILLE, Thomas SMOL
17:38 - 17:46
#49171 - FL007 La taille compte : découverte de variants causaux et de nouveaux gènes candidats de la maladie de Parkinson par séquençage de génome entier en long-fragment dans une cohorte de 125 individus.
FL007 La taille compte : découverte de variants causaux et de nouveaux gènes candidats de la maladie de Parkinson par séquençage de génome entier en long-fragment dans une cohorte de 125 individus.
Environ 20 gènes sont reconnus pour contribuer à la maladie de Parkinson (MP) de manière monogénique. Néanmoins, 90% des formes précoces et familiales de MP restent sans diagnostic génétique après le séquençage de ces gènes. La faible sensibilité et spécificité du séquençage en court-fragment à détecter des variants structuraux et des expansions de répétitions, contrairement au séquençage en long-fragment, serait l’une des explications.
Dans cette étude, nous avons réalisé un séquençage de génome entier en long-fragment en utilisant la technologie Oxford Nanopore chez 62 cas index (125 individus au total) atteints d’une MP isolée précoce (n=21) et/ou familiale (41 familles), sans étiologie génétique identifiée après un séquençage d’exome.
Plusieurs variants causaux et d’intérêts ont été identifiés. Brièvement, deux variants structuraux hétérozygotes composites (délétion exon 3-4 et duplication exon 3) dans le gène PRKN ont été identifiés chez un frère et une sœur présentant une clinique « PRKN-typique ». Le séquençage d’exome avait seulement révélé une délétion de l’exon 4 car le réarrangement de l’exon 3 est équilibré (deux copies au total). Dans une seconde famille comprenant deux sœurs atteintes, nous avons identifié deux variants hétérozygotes composites dans le gène EPG5 (une délétion englobant l’exon 17 et un variant faux-sens p.Lys2129Glu), gène tout récemment décrit dans la MP (2025). Deux familles supplémentaires ont été résolus par l’identification d’un variant faux-sens et d’une recombinaison complexe du gène GBA1, qui possède un pseudogène GBA1LP avec une forte homologie de séquence (96%) avec GBA1, entrainant de nombreux faux-positifs et faux-négatifs en exome. Finalement, nous avons identifié un nouveau gène « candidat » dans deux grandes familles multigénérationnelles : PDE10A. Ce gène est décrit dans les mouvements hyperkinétiques de début précoce dans l’enfance mais pas dans la MP à ce jour. Dans la première famille, une délétion hétérozygote englobant l’exon 3, aboutissant à un décalage du cadre de lecture et donc à une haplo-insuffisance, a d’abord été identifiée chez quatre atteints séquencés. PDE10A est un gène intolérant à la perte de fonction (score pLI : 1). La ségrégation montre que, sur 12 individus porteurs, neuf sont atteints. Dans la seconde famille, sept individus séquencés en long-fragment ont un variant faux-sens situé dans l’exon 1 du transcrit MANE. Ce transcrit a été récemment découvert (2016), et l’exon 1 du transcrit utilisé par la librairie d’Illumina ne contient pas ce variant, raison pour laquelle il n’a pas été détecté en exome.
Au total, nous avons identifiés des variants d’intérêts chez 8 cas index (12.9%), dont cinq (8%) sont considérés comme résolus car présentant des variants dans des gènes connus de MP, et trois potentiellement résolus (gènes candidats). Aucun de ces variants n’était visible en exome, montrant la pertinence du séquençage en long-fragment dans les MP non résolues et sélectionnés.
Guillaume COGAN (Paris), Amel ZIDOUM, Kensuke DAIDA, Kimberley BILINGSLEY, Christelle TESSON, Suzanne LESAGE, Andy SINGLETON, Cornelis BLAUWENDRAAT, Alexis BRICE
17:46 - 17:54
#49324 - FL008 Surdité isolée par mutation du gène MITF : expressivité variable du syndrome de Waardenburg ou corrélation génotype-phénotype ?
FL008 Surdité isolée par mutation du gène MITF : expressivité variable du syndrome de Waardenburg ou corrélation génotype-phénotype ?
Les variants pathogènes de MITF sont responsables de syndrome de Waardenburg de type 2 (WS2) (surdité de sévérité variable et dépigmentations partielles des cheveux, des yeux et de la peau) et du rare syndrome de Tietz (surdité sévère et hypopigmentation globale). La transmission est autosomique dominante avec expressivité variable. Cependant, avec le développement des techniques de génotypage à haut débit (panels de gènes, séquençage d’exome ou de génome) dans de larges cohortes de patients sourds, des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont également été rapportés dans des cas de surdité isolée.
Nous décrivons plusieurs nouveaux cas de formes familiales de surdité isolée associés à un variant pathogène de MITF. Nous avons également fait une revue bibliographique complète de tous les variants MITF publiés, et montrons que cette condition phénotypique peut être due à deux situations distinctes :
1) Les types de mutations « Waardenburg-like » de MITF (beaucoup de variants perte de fonction et des faux-sens majoritairement localisés dans le domaine bHLH) peuvent entrainer une surdité isolée, probablement par pénétrance incomplète des signes de dépigmentation. Il s’agira Le plus souvent soit d’un cas sporadique (plus rarement deux cas, définissant donc une forme familiale), soit de quelques cas de surdité isolée dans une famille de WS2/Tietz.
2) Les variants faux-sens de l’arginine 240 (numéroté selon le transcript MANE plus clinical; également arginine 341 ou 347 selon le transcrit utilisé comme référence dans la bibliographie) donnent spécifiquement une surdité isolée sporadique ou familiale. Ce résidu a une position particulière dans le domaine bHLH de MITF qui pourrait expliquer cette observation. Nous discutons également le mode(s) de transmission associé(s) à ces substitutions.
Albane KARKULOWSKI (Paris), Laurence JONARD, Ralyath BALOGOUN, Judite DE OLIVEIRA SANTOS, Isabelle LEMIERE, Margaux SEREY-GAUT, Pauline MARZIN, Emilie BONANNO, Pierre BLANC, Sandrine MARLIN, Véronique PINGAULT
17:54 - 18:02
#49539 - FL009 Séquençage génomique complet chez 412 familles avec une surdité de début précoce : expérience du centre coordinateur du CRMR Surdités génétiques.
FL009 Séquençage génomique complet chez 412 familles avec une surdité de début précoce : expérience du centre coordinateur du CRMR Surdités génétiques.
Contexte
Jusqu’à récemment, le diagnostic étiologique génétique des surdités de début précoce (SP) reposait sur l’analyse de panels de gènes ciblés, avec un taux de diagnostic d’environ 50 %. Les généticiens cliniciens français ont désormais accès au séquençage génomique complet en trio (WGS) via les plateformes du Plan France Médecine Génomique 2025, pour la majorité des patients présentant une SP.
Méthodes
Les critères d’accès au WGS varient selon les sous-groupes d’indication de la surdité. La stratégie adoptée est un accès direct au génome (genome-first) pour les surdités syndromiques, un WGS pour les surdités associées à une ou plusieurs malformations, et un WGS après résultats normaux pour GJB2/GJB6 et un panel de gènes de surdité pour les formes isolées (avec 50 % de résultats positifs dans ce sous-groupe).
Résultats
Entre 2020 et 2024, 448 patients issus de 412 familles suivis au Centre de Référence français pour les surdités génétiques ont bénéficié d’un séquençage génomique complet sur la plateforme SeqOIA. Le taux de diagnostic moléculaire était de 35 %. Des variants de classe 4 ou 5 ont été identifiés dans 109 gènes différents.
Interprétation
Nous présentons ici les taux de diagnostic selon les sous-groupes phénotypiques(formes isolée/syndromique ; latéralité/sévérité/précocité du déficit auditif …), ainsi que les avantages et limites de notre stratégie actuelle.
Sandrine MARLIN, Margaut SEREY GAUT (Paris), Sophie ACHARD, Natalie LOUNDON, Isabelle ROUILLON, Marine PARODI, Souad GHERBI, Thomas SMOL, Camille PORTERET, Pierre BLANC, Laurence JONARD, Abeke Ralyath BALOGOUN
18:02 - 18:10
#49737 - FL010 Apport du séquençage haut-débit dans le diagnostic moléculaire des malformations oculaires à partir d’une cohorte de 800 patients résolus du centre Cochin/Necker de l’APHP-Université Paris Cité.
FL010 Apport du séquençage haut-débit dans le diagnostic moléculaire des malformations oculaires à partir d’une cohorte de 800 patients résolus du centre Cochin/Necker de l’APHP-Université Paris Cité.
Introduction
Les malformations oculaires congénitales comprennent un large éventail d'entités cliniques hétérogènes et complexes pouvant toucher toutes les structures du globe oculaire. De surcroît, elles sont souvent associées à des atteintes systémiques variées, rendant extrêmement difficile leur classification en sous-types cliniques bien définis. Par conséquent, le répertoire génétique des malformations oculaires syndromiques/non syndromiques reste encore largement incomplet avec de nombreux cas restant sans signature génétique, ce qui entraîne une forte proportion de familles confrontées à une « odyssée » diagnostique. Afin d’optimiser le diagnostic de ces maladies cécitantes, une stratégie moléculaire combinant l’analyse d’un panel de gènes suivi d’un séquençage du génome (GS) dans le cadre PFMG via la porte d’entrée « malformations oculaires » a été mise en place.
Méthodes
Une cohorte d’environ 800 patients pédiatriques et adultes présentant une grande variété de maladies oculaires syndromiques/non syndromiques a été analysée de façon prospective, recrutés au cours de consultations d’ophtalmologie ou de génétique clinique, majoritairement à l’Hôpital Necker-enfants malades et l’Hôpital Cochin. Ainsi ont été analysés des patients avec aniridie congénitale, syndrome d'Axenfeld-Rieger, glaucome congénital, microphtalmie/colobome, hypoplasie fovéale, cataracte congénitale, malformation du vitré et dystrophies cornéennes.
Résultats
Nous présentons le spectre génétique des familles françaises génétiquement résolues. Alors que la majorité des diagnostics sont représentés par des variants de séquences, environ 20% des cas résolus impliquent des variants de structure impliquant différents gènes connus. Pour certains d’entre eux, le GS a permis de mieux caractériser les points de cassure montrant qu’ils impliquaient des régions régulatrices en dehors de la région codante des gènes PAX6, PITX2, FOXL2 et MAF. Pour les réarrangements non-codants de PAX6 et PITX2, des études HiC complémentaires ont permis de confirmer l’effet de position comme mécanisme physiopathologique (cf abstract Dr. Burin des Roziers et al.). Par cette approche, nous avons également élucidé l’origine génétique de diverses malformations oculaires associées à des troubles du neurodéveloppement, permettant de diagnostiquer des familles avec syndromes de micro-Warburg, Lenz, Lowe, Nance-Horan et pathologies du péroxysome. De façon plus inattendue, des variants ont été identifiés dans les gènes PUF60, NAA15, PRR12 et surtout SMARCA2, ARID1B, ARID2, compatibles avec le diagnostic des syndromes de Nicolaides-Baraitser et Coffin-Siris. Ainsi nous décrivons des malformations oculaires non ou peu rapportées dans les pathologies liées au remodelage de la chromatine.
Conclusion
Cette étude souligne l'utilité de l’approche combinée par panel et par séquençage de génome dans le diagnostic de routine des malformations oculaires dont les bases génétiques et moléculaires restent encore mal élucidées.
Hippolyte MENOU (Paris), Cyril BURIN DES ROZIERS, Matthieu ROBERT, Alejandra DARIUCH, Stanislas LYONNET, Rabia BENKORTEBI, Sabine CANIVET, Emmanuelle RONCERAY, Antoine BRÉZIN, Jean-Louis BOURGES, Dominique BRÉMOND-GIGNAC, Sophie VALLEIX
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C37
Sessions Communications Flash 03
Non codant, Bioinformatique et innovations
Sessions Communications Flash 03
Non codant, Bioinformatique et innovations
Modérateurs :
Virginie BERNARD (Ingénieur) (Grenoble), Kévin YAUY (MCU-PH) (Montpellier)
17:30 - 17:38
#48864 - FL011 Priorisation des variants non codants : benchmark de prédicteurs d’effets de variants et développement d’un nouveau méta-score MobiDeep.
FL011 Priorisation des variants non codants : benchmark de prédicteurs d’effets de variants et développement d’un nouveau méta-score MobiDeep.
Contexte et objectif:
L'interprétation des variants non codants (VNC) constitue un goulot d'étranglement majeur dans le diagnostic des maladies rares et prédispositions aux cancers, en raison des performances hétérogènes des prédicteurs d'effets (VEP) et de l'absence de seuils d'interprétation spécifiques par région génomique. Ce travail a un double objectif : premièrement, réaliser un benchmark rigoureux de cinq VEP de référence pour établir leurs performances et définir des seuils de classification (PP3) par région. Deuxièmement, développer et valider MobiDeep, un nouveau méta-score basé sur perceptron multicouches (MLP), conçu pour intégrer les forces de ces outils et améliorer la précision de la priorisation des VNC.
Méthode:
Un jeu de données Gold Standard été constitué, comprenant 448 VNC pathogènes (ClinVar, HGMD) et 38 146 VNC bénins (TraitGym). Les performances de ReMM, CADD, GPN-MSA, Cactus241way et phyloP_Primates ont été évaluées de manière globale et stratifiée par région. Par la suite, MobiDeep a été développé pour intégrer ces cinq scores et a été validé sur un jeu de données de test indépendant pour garantir sa robustesse.
Résultats:
Notre benchmark confirme qu'aucun VEP n'est universellement optimal et que la performance est dépendante du contexte génomique : ReMM excelle pour les introns (AUROC=0,942) et les exons non-codants (AUROC=0,987), tandis que GPN-MSA démontre une supériorité pour les variants 3'UTR (AUROC=0,901). Cette analyse nous a permis d'établir des seuils optimaux spécifiques à chaque région, et de valider des seuils pour l'application du critère PP3 (par exemple, CADD≥10.37 et ReMM≥0.80).
S'appuyant sur ces résultats, notre méta-score MobiDeep a significativement surperformé chaque VEP individuel, atteignant une AUROC de 0,973 et une AUPRC de 0,888 sur le jeu de test indépendant. Dans des simulations de priorisation à grande échelle mimant une analyse WGS, MobiDeep a classé 62 % des variants causaux dans le top 5 et 75 % dans le top 20, réduisant ainsi drastiquement l'espace de recherche analytique.
Conclusion
Ce travail apporte une double contribution : un benchmark complet des VEP existants avec des seuils région-spécifiques pour guider leur utilisation, et MobiDeep, un méta-score open-source validé et plus performant pour la priorisation des VNC dans des données de WGS.
Abdelhakim BOUAZZAOUI (Rennes)
17:38 - 17:46
#49240 - FL012 Définition de seuils de score CADD spécifiques aux différentes régions non-codantes du génome.
FL012 Définition de seuils de score CADD spécifiques aux différentes régions non-codantes du génome.
Avec la généralisation du séquençage complet du génome humain, l’accès aux zones non-codantes, longtemps négligées, ouvre de nouvelles perspectives pour comprendre les maladies rares et cancers rares. Ces régions, qui contiennent près de 99% des millions de variations détectées par génome, représentent un défi majeur d’interprétation. En effet, contrairement aux variations qui peuvent affecter directement la fonction des protéines, les variations non-codantes peuvent exercer un effet délétère en impactant la régulation de l’expression des gènes, rendant leur interprétation complexe. Faute d’outils bioinformatiques adaptés et de tests fonctionnels robustes, prioriser les variations pathogènes dans les régions non-codantes est ardu. La découverte récente de variations dans le petit ARN non codant RNU4-2 comme cause fréquente de troubles neurodéveloppementaux souligne pourtant leur importance clinique.
Le score CADD (Combined Annotation-Dependent Depletion) est un score intégré combinant de multiples sources d'annotation pour prédire l’impact d’une variation génétique. Bien que l’utilisation d’un seuil de score unique soit déconseillé par les développeurs de l’outil, les généticiens utilisent généralement des seuils de >20 ou >25 pour considérer une variation comme potentiellement délétère. Cependant, si ces seuils peuvent être informatifs pour les variations codantes, ils ne sont pas adaptés aux variations non-codantes du génome.
Nous avons ainsi évalué la pertinence de la nouvelle version du score CADD (v1.7) à différencier les variations pathogènes des variations bénignes, en utilisant la base de données ClinVar. ClinVar contient presque 3 millions de variations, dont 39,6% classées bénignes, 9,6% pathogènes et 50,8% de signification incertaine (VSI). Les variations non-codantes ne représentent que 20,5 % de la base. Le pouvoir discriminant du score CADD a été évalué en fonction du type de régions non-codantes: régions 5‘ et 3’ UTR, introniques, sites d’épissage, en amont/aval des gènes, intergéniques, et enfin régions exonique et introniques d’ARN non codants. Cette approche a permis d’identifier des régions génomiques pour lesquelles l’utilisation du score CADD est pertinente et de définir des seuils spécifiques à chacune de ces régions. Ces seuils ont été validés en utilisant une deuxième population de variations présumées bénignes (variations fréquentes dela base de données gnomAD v4.1). Nous avons ensuite pu montrer que l’utilisation de ces seuils permettaient de prioriser facilement, à partir de données de séquençage de génome analysées sans a priori, les variations pathogènes dans le gène RNU4-2.
En proposant des seuils régions spécifiques pour le score CADD, notre travail entend faciliter l’interprétation des variations non-codantes, et ainsi ouvrir la voie à une meilleure exploitation des données issues du séquençage de génome complet en diagnostic clinique et en recherche.
Jude-Félix TENYWA, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Sarah BAER, Samuel NICAISE, Antony LE BÉCHEC, Amélie PITON, Jean MULLER (Strasbourg)
17:46 - 17:54
#49249 - FL013 NCBoost v2: un classificateur pour variants non-codants causant des maladies monogénique.
FL013 NCBoost v2: un classificateur pour variants non-codants causant des maladies monogénique.
Les maladies rares concernent 5 à 8 % de la population mondiale, avec plus de 7 000 troubles distincts décrits. Le séquençage du génome entier (WGS) est devenu un outil de diagnostic de première ligne, capable d’identifier des variants pathogènes dans les régions codantes et non codantes. Pourtant, un diagnostic moléculaire n’est obtenu que dans 30 à 50 % des cas supposés de maladies mendéliennes, en raison notamment de la difficulté d’interprétation des variants non codants, qui représentent 98 % du génome.
Pour répondre à ce problème, nous avons developpé NCBoost v2, une approche d’apprentissage supervisé visant à discriminer les variants pathogènes non-codants des variants bénins pour la version hg38 du génome de référence. NCBoost v2 utilise un ensemble exhaustif de variables indicatrices du degré de conservation génétique calculées à partir de données générées par des consortiums de génomique à grande échelle, tels que gnomAD and Zoonomia, ainsi que des scores de prédiction dédiés aux variants altérant l’épissage.
Le modèle a été entraîné sur le plus grand jeu de variants pathogènes non-codants causant des maladies monogéniques existant à l’heure actuelle, résultant de plusieurs étapes de selection qualitative, incluant 2 336 variants pathogènes de haute qualité, associés à 764 gènes causant des maladies monogéniques, soit un jeu de données largement élargi par rapport à la première version de NCBoost, qui ne comptait que 737 variants non-codants associés à 283 gènes.
En validation croisée, NCBoost v2 atteint une AUROC de 0,93 et une AUPR de 0,77, surpassant nettement deux méthodes alternatives représentatives de l’état de l’art, ReMM et CADD. Ces performances sont confirmées sur des jeux de test et de validation indépendants et restent robustes pour toutes les régions génomiques, avec un pouvoir discriminant particulièrement élevé pour les variants introniques. Dans des génomes de patients simulés, NCBoost v2 classe systématiquement les variants pathogènes au-dessus du 99e percentile, et améliore les prédictions brutes de SpliceAI en les contextualisant avec des signaux évolutifs et géniques.
En conclusion, NCBoost v2 constitue un outil performant et cliniquement pertinent pour la priorisation des variants non-codants causant des maladies génétiques rares. Bien qu’il doive s’intégrer dans des protocoles de diagnostique complets, il représente une avancée importante pour améliorer le rendement du diagnostic génétique.
Les scores précalculés pour la version du génome hg38, ainsi que le logiciel NCBoost v2 implémenté en python 3.10 sont disponibles sous la licence GNU General Public License, version 3 sur github https://github.com/RausellLab/NCBoost-2 , ainsi que sur Zenodo https://doi.org/10.5281/zenodo.16029049.
Barthélémy CARON (Paris), Antonio RAUSELL
17:54 - 18:02
#49449 - FL014 PERIGENOMED - Préparer le dépistage néonatal génomique : défis et innovations bioinformatiques.
FL014 PERIGENOMED - Préparer le dépistage néonatal génomique : défis et innovations bioinformatiques.
Le dépistage néonatal (DNN) constitue une politique de santé publique majeure, permettant d’identifier précocement des maladies graves et traitables afin d’éviter des séquelles irréversibles. Le séquençage du génome (GS) ouvre la perspective d’un dépistage néonatal génomique (DNNg), capable d’élargir considérablement le spectre des affections détectées. Le projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1) constitue la première étape française visant à évaluer la faisabilité de rendre un résultat de DNNg en moins de 4 semaines (2 semaines pour certaines maladies métaboliques) pour 2500 naissances dans 5 CHU. PGC1 analyse in silico 2 listes de gènes (171 maladies précoces et traitables / 218 maladies actionnables) à partir de données de séquençage de génome réalisé dans 2 laboratoires (Dijon, Nantes).
Sur le plan bioinformatique, PGC1 a nécessité à Dijon une série de développements et d’adaptations pour rendre possible l’analyse fiable de données génomiques à l’échelle populationnelle et dans un délai maximal de 24h, adapté au DNNg :
• Automatisation complète des processus bioinformatiques : Système d’auto-launcher conçu pour orchestrer l’ensemble des étapes, depuis le démultiplexage des FASTQ jusqu’au rendu automatisé des variants filtrés, réduisant drastiquement les interventions humaines et sources d’erreurs.
• Accélération matérielle (CPU→GPU) : Passage à des architectures massivement parallèles accélérant l’alignement et l’appel de variants. L’utilisation de GPU réduit le temps d’analyse d’un génome à 30x de plusieurs dizaines d’heures à environ une heure, tout en maintenant une sensibilité >99% pour les SNV.
• Développement de logiciels dédiés : Création d’outils spécifiques, comme Galacs, pour optimiser les étapes critiques de l’analyse, notamment la détection et la normalisation de certaines classes de variantions : CNV&SV.
• Nouvelles méthodes de parallélisation : Chunking du génome en segments distribués dynamiquement aux ressources de calcul pour une montée en charge fluide, avec une allocation adaptative selon l’infrastructure disponible.
• Filtrage et annotation intelligents : Intégration de règles biologiques stringentes (mode de transmission, pénétrance, pertinence clinique pédiatrique) directement dans la chaîne, réduisant le bruit de variants tout en garantissant un haut niveau de spécificité.
Ces développements ont permis d’atteindre un niveau inédit de performance : un GS complet analysé en ~1h à 30x, avec un circuit entièrement automatisé et reproductible. PGC1 a ainsi démontré que des solutions bioinformatiques innovantes et gratuites rendent possible un DNNg en temps comparable à celui du DNN classique, ouvrant la voie à une intégration future dans le programme national de DNN.
Yannis DUFFOURD (Dijon), Anthony AUCLAIR, Valentin VAUTROT, Emilie TISSERANT, Anne-Sophie BRIFFAUT, Serralta THÉO, Martin CHEVARIN, Hana SAFRAOU, Ange-Line BRUEL, Marie-Laure HUMBERT-ASENSIO, Stéphane BEZIEAU, Laurence FAIVRE, Christine BINQUET, Christel THAUVIN
18:02 - 18:10
#49791 - FL015 Des textes cliniques aux profils phénotypiques : extraction et clustering des termes HPO pour faciliter le diagnostic des maladies rares.
FL015 Des textes cliniques aux profils phénotypiques : extraction et clustering des termes HPO pour faciliter le diagnostic des maladies rares.
Identifier la cause moléculaire des maladies rares reste un défi, plus de la moitié des patients ne recevant toujours pas de diagnostic après l'examen initial. Un levier majeur pour améliorer le diagnostic réside dans la réévaluation des signes cliniques, qui permet d'affiner les associations génotype-phénotype. Des approches intégratives ont été développées, combinant des prédictions in silico des causes moléculaires avec des mesures de similarité phénotypique (par exemple, Exomiser, Shepherd, Phen2Gene, etc.). Ces stratégies améliorent non seulement l'identification des variants pathogènes, mais augmentent également de manière significative le rendement diagnostique. Cependant, ces méthodes sont rarement utilisées de manière systématique dans le diagnostic génétique, notamment en raison de la difficulté à recueillir des descriptions phénotypiques complètes des patients.
Dans le cadre du projet HUGO-Rare Disease (RD), un projet pilote du Pôle de données Ouest (décision CNIL DR-2021-332), mené en partenariat avec l'IRT bcom et le CHU de Rennes, différents workflows ont été développés pour extraire les signes cliniques des rapports médicaux en texte libre et générer des profils phénotypiques. D'un point de vue clinique, nous avons appliqué quatre de ces workflows à un corpus de 35 039 documents cliniques pseudonymisés produits par le service de génétique clinique du CHU de Rennes entre 2017 et 2024, concernant 1 815 patients ayant bénéficié d'un séquençage de l'exome, et représentant près d'une décennie de pratique en génétique clinique. Les modèles développés nous ont permis d'extraire et de structurer les informations phénotypiques de manière standardisée. Nous avons ensuite exploré la diversité de ces profils phénotypiques à travers des analyses de clustering et de visualisation des données. Nous avons évalué la performance des méthodes d'extraction et leur contribution au diagnostic, notamment en ce qui concerne la hiérarchisation des gènes chez 901 patients ayant reçu un diagnostic moléculaire concluant.
Parallèlement à ces résultats, nous présenterons également les travaux menés sur les patients qui restent sans diagnostic concluant, en soulignant les défis et les opportunités pour améliorer le rendement diagnostique dans les cas non résolus. En transformant des données cliniques non structurées en informations exploitables, ces méthodes ont le potentiel de réduire l'odyssée diagnostique et d'optimiser la prise en charge des patients atteints de maladies rares.
Axel BONESTEVE (Rennes), Paul ROLLIER, Moussa BADDOUR, Thomas LABBE, Marie DE TAYRAC
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D37
Sessions Communications Flash 04
IA, DPN, Reproduction, Chromosomes, Neurodeveloppement
Sessions Communications Flash 04
IA, DPN, Reproduction, Chromosomes, Neurodeveloppement
Modérateurs :
Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Sylvie JAILLARD (PU-PH) (Rennes)
17:30 - 17:38
#48925 - FL016 IA4GenReport: L’IA générative au service des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique.
FL016 IA4GenReport: L’IA générative au service des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique.
La Cytogénétique, via les analyses chromosomiques (caryotype, FISH) et moléculaires (CGH-array, qPCR), génère des données complexes nécessitant une interprétation experte par les biologistes. Les comptes rendus jouent un rôle central dans le parcours diagnostique et de soins. Leur rédaction, qui requiert technicité et rigueur, est particulièrement chronophage pour les généticiens et cytogénéticiens. L’émergence des grands modèles de langage (LLM) ouvre de nouvelles perspectives pour générer ces rapports automatiquement, toujours sous supervision, dans une optique d’harmonisation, de fiabilisation et de gain de temps des biologistes.
Le projet IA4GenReport à été développé au CHU de Dijon, au sein de notre équipe DIAD (Développement de l’IA au CHU de Dijon), pour explorer l’apport des LLMs dans la rédaction des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique constitutionnelle.
Un premier module, dédié à la cytogénétique conventionnelle, a été implanté dans notre application CytoGenIA qui a pour objectif de générer automatiquement des comptes rendus des caryotypes normaux ou anormaux en respectant la nomenclature ISCN ainsi que les recommandations de l’ACLF. Un prompting spécifique a été réalisé à partir d’un corpus riche de comptes rendus en cytogénétique constitutionnelle, collectés sur plus de 30 ans par le laboratoire de Cytogénétique du CHU de Dijon. Après anonymisation et structuration des documents (résultats, interprétation, synthèse), des tests ont été réalisés avec un LLM.
Le second module, consacré à la cytogénétique moléculaire, a été intégré dans notre plateforme CNV-Hub qui permet l’interprétation automatisée des variations du nombre de copies (CNV), types délétions et duplications à partir de fichiers standardisés (IntervalBasedReport…). Il mobilise plusieurs outils prédictifs (ClassifyCNV, X-CNV, AnnotSV) et des bases de données de référence (ClinGen, Decipher, GnomAD, DGV). En parallèle, nous avons développé une nouvelle interface avec un LLM qui permet de générer un compte rendu automatique et structuré, conforme aux standards français (PIEV, Bénin…) et selon les recommandations du réseau AChroPuce.
L’objectif d’IA4GenReport est double : fiabiliser et harmoniser les comptes rendus de cytogénétique chromosomique et moléculaire, tout en réduisant le temps passé par les généticiens et cytogénéticiens. IA4GenReport marquent ainsi un tournant dans la pratique génétique, en introduisant l’IA générative au cœur du processus diagnostique.
Patrick CALLIER, Davide CALLEGARIN, Melodie OPALE, Tristan MORO, Victor PILLAY, Nathalie MARLE, Maaziz NADA, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON (DIJON)
17:38 - 17:46
#49401 - FL017 Permettre le conseil génétique d’un remaniement chromosomique équilibré identifié en prénatal : apport du séquençage par nanopore.
FL017 Permettre le conseil génétique d’un remaniement chromosomique équilibré identifié en prénatal : apport du séquençage par nanopore.
Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés détectés lors d’un caryotype réalisé en période prénatal ne sont pas caractérisés avec précision, du fait de contraintes temporelles notamment, ce qui restreint le conseil génétique. Bien que cette situation soit rare (<1/500), l'interprétation des variants se limite alors à « VSI - » si le variant est hérité d'un parent sain ou à « VSI + » s'il est de novo. De précédents travaux réalisés en période postnatal ont montré que 40% des remaniements équilibrés de novo portés par des patients symptomatiques pourraient être considérés comme pathogènes après caractérisation des points de cassure.
Notre projet ARPAGON (Analysis of Rearrangements in Prenatal Assessment using Genomic Oxford Nanopore Sequencing) financé par l’ACLF vise à démontrer la faisabilité d'une telle caractérisation dans un délai compatible avec la grossesse avec la technologie de séquençage par nanopore. Cette technologie dispose de la flexibilité nécessaire au diagnostic prénatal/urgent et permet l’étude de tous les types de variants génétiques (SV, CNV, SNV). Deux microgrammes d'ADN extraits de culture cellulaire de liquide amniotique ont été utilisés pour la librairie à l'aide du kit LSK114 ou du kit rapide, et 7 à 50 Gb ont été séquencés sur flowcell R10.4 PromethION (Oxford Nanopore Technologies, Oxford, Royaume-Uni). Dorado v0.6.3 a été utilisé pour le basecalling en mode HAC+5mc_5hmC avant l'alignement sur GRCh38 +/- CHM13-T2T avec Minimap2. SVIM, Sniffles2 et Sawfish ont été utilisés pour l'appel des variants structuraux. Les variants ont été filtrés et triés selon les scores de qualité et les informations du caryotype.
À ce jour, nous avons inclus six fœtus présentant un signe d’appel échographique et porteurs d'une translocation réciproque ou d’une inversion identifiée par le caryotype fœtal équilibrée en ACPA. Les remaniements ont tous été caractérisés avec succès en moins de 8 jours après l’obtention du caryotype, deux semaines supplémentaires étant nécessaires pour la confirmation des points de cassure par PCR afin que le résultat puisse être utilisé en contexte diagnostique. Les différents pipelines SV ont tous identifié les remaniements objectivés sur le caryotype. Pour le patient 2, porteur d'une t(4;11)(q35;q23)dn, un point de cassure a été identifié dans l'intron 1 du gène KMT2A, entrainant l’haploinsuffisance de ce gène responsable du syndrome de Wiedemann-Steiner. Le variant explique le phénotype et a été reclassé pathogène. Pour les autres patients, les caractérisations ont été considérées comme non contributives.
Nos résultats confirment la faisabilité du séquençage long read comme outil de caractérisation de remaniement identifié en période prénatale, ouvrant la porte au séquençage de génome long-read en période prénatale en première intention. Les inclusions sont toujours en cours avant un transfert rapide vers le diagnostic.
Charlotte TARDY (MARSEILLE), Audrey LABALME, Flavie DIGUET, Quentin TESTARD, Claire BARDEL, Sylvie BERNARD-BEUFE, Vincent JAUFFRET, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Mathilde PUJALTE, Nicolas CHATRON
17:46 - 17:54
#49662 - FL018 DPI et don de gamète en France : qu’en est-il en 2026 ?
FL018 DPI et don de gamète en France : qu’en est-il en 2026 ?
INTRODUCTION
Le Diagnostic Préimplantatoire (DPI) permet l’analyse génétique d’embryons obtenus par technique d’Assistance Médicale à la Procréation (AMP), pour un couple à risque de transmettre une maladie particulièrement grave, dans le but de ne transférer que des embryons indemnes de la pathologie concernée (article L2131-4 du Code de la santé publique).
La dernière révision de la loi de bioéthique du 2 août 2021 rend l’AMP accessible aux femmes en couple ou non mariées, leur ouvrant ainsi l’accès au DPI.
Entre 2021 et 2024, les groupes de travail « Génétique et Don », « DPI » et le service juridique de l’Agence de la Biomédecine, en collaboration avec les centres de DPI et les CECOS (Centres d’Etude et de Conservation des Œufs et des Spermatozoïdes humains) se sont concertés, afin de réfléchir à l’organisation de cette activité. Les discussions ont porté sur les différentes problématiques posées par cette nouvelle activité, telles que la nécessité d’information des donneurs pour réaliser des prélèvements en vue d’un DPI, le recueil de leur consentement, le risque de découverte de données fortuites chez le donneur, la création d’une biothèque ou encore la gestion de l’anonymat.
L’Arrêté du 18 juin 2024 relatif aux recommandations de bonnes pratiques en matière de DPI a officialisé la mise en place du parcours associant DPI et don de gamètes. Les centres de DPI avaient alors déjà commencé à instruire les dossiers des patients en attente depuis 2021.
RESULTATS
Les données recueillies en mars 2025 étaient les suivantes : 55 demandes examinées, 18 acceptées, 8 refusées, 9 abandons et 20 dossiers encore en cours d’étude de faisabilité. Les délais de prise en charge variaient de 12 et 28 mois selon les centres et les techniques. Les indications de DPI et les publics concernés étaient variés : 30 demandes portaient sur des maladies monogéniques (autosomiques dominantes ou liées à l’X), 20 sur des anomalies chromosomiques. Concernant le profil des patients, 60% étaient des femmes non mariées, 20% des couples de femmes, et 20% des couples comprenant un homme transgenre. Sept tentatives avaient déjà été réalisées.
Nous souhaitons présenter un état des lieux actualisé, en janvier 2026, de l’activité de DPI avec don de gamètes pour les 5 centres de DPI français et les CECOS partenaires. Nous mettrons également en lumière les difficultés particulières rencontrées par les centres, qu’elles soient d’ordre organisationnel, technique ou éthique.
CONCLUSION
Le DPI avec don de gamètes constitue une activité complexe, nécessitant une étroite collaboration entre les centres de DPI et les CECOS et soulevant des enjeux organisationnels, techniques et éthiques inédits. Le travail de réflexion pluridisciplinaire entre les acteurs sur le terrain et l’Agence de la Biomédecine a permis le déploiement et l’encadrement de cette pratique récemment débutée. Il sera essentiel d’établir un état des lieux des pratiques et des résultats dans les prochaines années.
Julia LAUER ZILLHARDT (STRASBOURG), Caroline BOSSON, Anne GIRARDET, Emmanuelle HAQUET, Sylvianne HENNEBICQ, Anne MAYEUR, Gaëlle MELAYE, Flore MIETTON, Julie ROOS, Charlotte SONIGO
17:54 - 18:02
#49687 - FL019 Étude de corrélation génotype-phénotype dans les délétions 13q : Cohorte multicentrique de 254 patients.
FL019 Étude de corrélation génotype-phénotype dans les délétions 13q : Cohorte multicentrique de 254 patients.
Les délétions du bras long du chromosome 13 (13q) sont des anomalies génétiques rares, associées à une grande hétérogénéité phénotypique, allant de malformations congénitales sévères à des phénotypes discrets. Initialement, la classification proposée par Brown et al. (1995), reposant sur des données de caryotype, permettait une première approche pronostique en distinguant trois groupes selon leur localisation (proximale, intermédiaire, distale). Depuis, les avancées techniques comme l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ont permis de préciser les bornes des régions délétées. Cependant, la littérature sur les délétions 13q reste relativement limitée, avec peu d’études à grande échelle permettant une corrélation génotype-phénotype précise. Notre objectif était de réaliser une analyse approfondie des corrélations génotype-phénotype grâce à une étude collaborative multicentrique internationale. Matériels et Méthodes: Une cohorte de 254 patients présentant des délétions 13q a été constituée à partir de 16 centres de cytogénétique en France, en Tunisie et au Luxembourg ainsi que de la base DECIPHER. Les données génomiques (analyse chromosomique sur puce à ADN) et phénotypiques ont été analysées pour sept sous-régions (13q11q13.3, 13q14, 13q14.3q21.1, 13q21.1q31.1, 13q31.1q32.3, 13q32.3 et 13q33q34). La spécificité des corrélations génotype phénotype a été évaluée par des tests statistiques (Corrélation de Spearman, test exact de Fisher et test Chi-deux). Résultats, Discussion et Conclusion: Notre étude a confirmé les régions critiques précédemment rapportées, notamment l’association de la région 13q14 avec le rétinoblastome. Elle a également identifié de nouveaux loci associés à des traits spécifiques : trouble du spectre autistique pour la sous-région proximale 13q11q13.3, déficience intellectuelle et microcéphalie pour la sous-région terminale 13q33q34, doigts courts pour la sous-région 13q31.1q32.3 et une dysmorphie faciale avec un front haut pour la sous-région 13q14. Une gradation phénotypique a été observée en fonction de la taille de la délétion, avec des phénotypes plus sévères pour les délétions les plus larges. Cette étude, par son approche multicentrique, a permis d’aboutir à une cartographie plus précise des délétions 13q impliquées dans des phénotypes spécifiques. Cette nouvelle classification, sera utile pour l’interprétation des CNVs du chromosome 13 et pour le conseil génétique.
Afef JELLOUL, Tony YAMMINE, Sophie SCHEIDECKER, Lucie TOSCA, Gaëlle VIEVILLE, Charles COUTTON, Virginie ROZE-GUILLAUMEY, Paul KUENTZ, Matthieu EGLOFF, Geoffroy DELPLANCQ, Sophie BRISSET, Sana SKOURI, Vignesh-Guru PILLAY, Patrick CALLIER, Abdelkader HEDDAR, Guillaume JOURET, Laura MARY, Sylvie JAILLARD, Perrine PENNAMEN, Céline DUPONT, Chantal MISSIRIAN, John BOUDJARANE, Ines HARZALLAH, Laïla EL-KHATTABI, Ines CHERIF, Damien SANLAVILLE, Soumaya MOUGOU ZERELLI, Caroline SCHLUTH-BOLARD (STRASBOURG)
18:02 - 18:10
#49768 - FL020 Syndrome de microduplication 9q34.11: trouble du neurodéveloppement et dysmorphies récurrentes.
FL020 Syndrome de microduplication 9q34.11: trouble du neurodéveloppement et dysmorphies récurrentes.
Les variations du nombre de copies (CNV) constituent une cause importante de troubles du neurodéveloppement (p. ex., épilepsie, déficience intellectuelle et comportement autistique).
Un cas d’une fille de 11 ans présentant un retard du langage, une déficience intellectuelle (DI) et un trouble du comportement, porteuse d’une microduplication de novo de 718 Kb en 9q34.11 impliquant les gènes SET et SPTAN1, a conduit à la recherche d’autres cas présentant des microduplications chevauchantes. Comparés aux quelques individus porteurs d’une duplication 9q34 détectée précédemment par les analyses chromosomiques standards, les 14 cas recensés dans cette étude présentent des délétions significativement plus petites et leurs caractéristiques cliniques ont été recueillies et analysées.
Tous les individus présentaient un TND, avec un retard global du développement dans 12/14 cas, une hypotonie dans 5/14, et un retard isolé du langage dans 2/14. La DI était présente dans 11/14. Des crises d’épilepsie ont été observées dans 3/14. Aucune anomalie de croissance n’a été observée. Les traits dysmorphiques comprenaient une hypoplasie médio-faciale (7/14), des lèvres fines (6/14), un long philtrum (4/14), des yeux en amande (4/14), des oreilles basses (3/14) et une micrognathie (3/14) (Figure 1, Table 1).
La position approximative de la plus petite région de chevauchement (SRO) était 128,669,274-128,770,807 dans le génome de référence (NCBI Build 38), correspondant à une taille de 101,54 Kb et contenant l’intégralité des gènes SET, PKN3 et ZDHHC12 ainsi qu’une partie du gène ZER1 (à partir de l’intron 1). Dix cas incluaient SPTAN1 et deux cas une partie de SPTAN1 (Figure 2).
Comparés aux cas de délétion, les individus porteurs de microduplications 9q34.11 semblent présenter des phénotypes neurodéveloppementaux et cliniques qui se chevauchent mais sont distincts. Les individus porteurs de délétions montrent une grande variabilité interindividuelle, mais leur phénotype paraît plus sévère que celui des duplications. Les cas de délétion montrent principalement un TND affectant la fonction cognitive, les capacités motrices, la structure cérébrale et l’épilepsie. Les différences cliniques entre ces syndromes suggèrent des mécanismes pathogéniques distincts, probablement liés à des effets de dosage génique impliquant principalement le gène SET.
En conclusion, la présente étude renforce les preuves que les duplications 9q34.11 contribuent aux TND et suggère que la triplosensibilité du gène SET joue un rôle majeur dans les phénotypes observés. Des études fonctionnelles supplémentaires et des cohortes de patients plus larges seront nécessaires pour clarifier les mécanismes moléculaires sous-jacents à ces conditions.
De Falco ALESSANDRO (Napoli, Italie), Vincent MARIE, Vieville GAËLLE, Gauthier MARJOLAINE, Dieterich KLAUS, Coutton CHARLES, Novelli ANTONIO, Dallapiccola BRUNO, Digilio MARIA CRISTINA, Briuglia SILVANA, Bernardini LAURA, Fontana PAOLO, De Falco LUIGIA, Młynek MARLENA, Madej-Pilarczyk AGNIESZKA, Acquaviva FABIO, De Brasi DANIELE, Faivre LAURENCE, Dauver LUCIE, Alnuaimi NOUF, Callier PATRICK, Trevisan VALENTINA, Onesimo ROBERTA, Leoni CHIARA, Zampino GIUSEPPE, Neri GIOVANNI, Delplancq GEOFFROY, Perrin LAURENCE, White SUE, Guerrini RENZO, Mei DAVIDE, Sani ILARIA, Pantaleo MARILENA, Peron ANGELA, Brunetti-Pierri NICOLA
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E37
Sessions Communications Flash 05
Oncogénétique, Conseil génétique, Rein
Sessions Communications Flash 05
Oncogénétique, Conseil génétique, Rein
Modérateurs :
Yline CAPRI (Praticien Hospitalier) (Paris), Andrée DELAHAYE-DURIEZ (PU-PH) (Paris)
17:30 - 17:38
#48951 - FL021 Enquête auprès des professionnels en cas de découverte d’une donnée incidente génétique en période prénatale : Etude par Expérimentation par Choix Discrets (ECD-Di).
FL021 Enquête auprès des professionnels en cas de découverte d’une donnée incidente génétique en période prénatale : Etude par Expérimentation par Choix Discrets (ECD-Di).
Une donnée incidente génétique prénatale est une anomalie génétique sans relation avec l’indication initiale de l’analyse, découverte fortuitement lors d’une grossesse, généralement après un prélèvement de liquide amniotique et la réalisation d’une analyse génétique pangénomique. Le projet ECD-Di propose de documenter les préférences de professionnels de santé quant aux situations dans lesquelles les données incidentes prénatales doivent être transmises à la femme enceinte. Il est important de rappeler que l’annonce d’une donnée incidente prénatale peut provoquer une demande d’interruption de grossesse de la part de la femme enceinte.
Pour ce faire, les professionnels, sages-femmes, obstétriciens, médecins généticiens et conseillers en génétique accompagnant les femmes enceintes lors de la réalisation d'une analyse génétique, seront sollicités pour répondre à un questionnaire mis au point grâce à l’expérimentation par choix discrets (ECD). L'utilisation de la méthodologie ECD, outil validé en économie de la santé, permet de proposer aux répondants de choisir parmi plusieurs situations, se rapprochant ainsi de la prise de décision en vie réelle.
L'ECD nécessite de déterminer des attributs (caractéristiques) et leurs niveaux à faire varier dans chaque situation, pour ensuite créer des cartes de choix, qui correspondent aux situations qui seront proposées dans le questionnaire. 20 professionnels impliqués en médecine fœtale ont testé ce questionnaire montrant que les cartes de choix ont été globalement bien comprises, avec une homogénéité des choix observée sur chacune d’entre elles et un début hiérarchie des attributs. Par ailleurs, l’intérêt de l’étude est confirmé par les différents retours positifs. Le questionnaire ECD-Di sera diffusé à l’automne 2025 à toute la communauté de professionnels francophones concernés par le diagnostic prénatal en France et au Québec. Une première analyse des résultats sera communiquée au cours des Assises.
Ce projet ECD-Di est original par la méthodologie employée, son caractère multidisciplinaire avec des économistes de la santé, et son ambition de diffusion nationale et internationale, soutenue par l’AFGC, la Fédération des CPDPN et les collègues canadiens.
Le projet ECD-Di ne porte pas sur l’éthique et n’a pas pour ambition d’établir une norme injonctive c’est-à-dire sur ce qu’il conviendrait de faire ou non. L’une des retombées attendues est de collecter des éléments factuels autour de ce qui est fait ou ce qui sera fait probablement par un grand nombre de praticiens et d’identifier les critères de situations médicales conduisant à la transmission d’une information génétique à la mère sur la donnée incidente prénatale qui font l’objet d’un consensus large. Ces résultats seront de nature à éclairer la rédaction de futures recommandations nationales autour de la gestion des données incidentes en période prénatale, suite au décret du 13 novembre 2023 issu de la loi relative à la bioéthique du 2 août 2021.
Jeanne JURY (Nantes), Benoit LE MAUX, Tom DEBEC, Emma BAJEUX, Emmanuelle LECOMMANDEUR, Bertrand ISIDOR, Jean-Michel JOSSELIN, Laurent PASQUIER
17:38 - 17:46
#49162 - P348 Inhibiteurs de la thromboxane synthase: nouvelle perspective dans l’ostéogenèse imparfaite.
P348 Inhibiteurs de la thromboxane synthase: nouvelle perspective dans l’ostéogenèse imparfaite.
Contexte: Les bisphosphonates (BP) sont le traitement de référence chez les enfants atteints d’ostéogenèse imparfaite (OI). Leur action anti-résorptive augmente la densité minérale osseuse chez ces patients, mais sans améliorer la qualité osseuse. Nous avons précédemment identifié des mutations perte de fonction du gène TBXAS1 dans la dysplasie hémato-diaphysaire de Ghosal (GHDD), caractérisée par une densité osseuse accrue. TBXAS1 code l’enzyme thromboxane synthase (TXAS), qui convertit les prostaglandines H2 (PGH2) en thromboxane A2 (TXA2). En raison du rôle du TXA2 dans l’agrégation plaquettaire et la constriction du muscle lisse, plusieurs médicaments ont été développés pour inhiber son action, notamment l’Ozagrel (inhibiteur sélectif de TXAS) et le Picotamide (inhibiteur double de TXAS et TXA2). Cependant, leur efficacité clinique dans ces indications n’ayant pas été démontrée, leur usage a été interrompu. Étant donné que le déficit en TXAS entraîne une augmentation de la densité osseuse chez les patients atteints de GHDD, nous avons émis l’hypothèse que l’inhibition de TXAS, via le repositionnement de médicaments disponibles, pourrait avoir un effet bénéfique sur le remodelage osseux dans l’OI.
Matériel et méthodes: Nous avons évalué la sécurité et l’efficacité du Picotamide et de l’Ozagrel, comparés à l’Alendronate et au contrôle, chez des souris de type sauvage (WT), Col1a2oim/+ et Col1a2oim/oim.
Résultats: Les tests de coagulation étaient normaux et aucun effet indésirable n’a été observé. Grâce à la microtomographie (µ-CT), l’analyse histomorphométrique, le test de flexion en trois points et la spectroscopie Raman, nous avons observé que les inhibiteurs de TXAS augmentaient significativement:
i) la densité minérale osseuse,
ii) la qualité osseuse,
iii) les taux d’apposition minérale et de formation osseuse,
iv) les propriétés biomécaniques et le contenu minéral de l’os.
Nous avons également mis en évidence une augmentation des marqueurs sériques de formation osseuse, sans altération des marqueurs de résorption osseuse.
Conclusion: Le repositionnement thérapeutique des inhibiteurs de TXAS pourrait constituer une nouvelle approche prometteuse pour le traitement des patients atteints d’ostéogenèse imparfaite.
Mathilde DOYARD (Paris), Subash CHAND-VERMA, Johanne DUBAIL, Elsa VENNAT, Nicolas ROUBIER, Mohamed GUERROUACHE, Benjamin CARBONNIER, Agnès OSTERTAG, Martine COHEN-SOLAL, Arnold MUNNICH, Valérie CORMIER-DAIRE
17:46 - 17:54
#49424 - FL023 Identification de variants génétiques rares dans les gènes NUPR2, FZD2, et ZNF697 conférant une susceptibilité aux infections invasives à pneumocoque chez les enfants.
FL023 Identification de variants génétiques rares dans les gènes NUPR2, FZD2, et ZNF697 conférant une susceptibilité aux infections invasives à pneumocoque chez les enfants.
Les infections invasives à pneumocoque (IIP) restent à ce jour des maladies sévères en population pédiatrique. Une meilleure compréhension des facteurs moléculaires impliqués dans le développement des IIP permettrait d’améliorer la prise en charge de ces patients et de mieux prévenir ces infections, afin d’en améliorer le pronostic. Les études précédentes se sont principalement tournées vers des stratégies gène-candidat. L’objectif de notre étude est d’identifier des facteurs génétiques impliqués dans le développement des IIP par séquençage d’exome (whole-exome sequencing, WES) chez des enfants admis en réanimation pédiatrique pour une IIP, sans avoir d’erreur innée de l’immunité préalablement connue. Nous avons inclus 36 patients et 70 contrôles. Notre pipeline d’analyse a été conçu pour identifier les variants génétiques, stocker leur fréquence allélique mineure (MAF) et déterminer leur pathogénicité possible avec 5 outils : GnomAD, VEP, ANNOVAR, InterVar et SnpEff. Nous avons identifié les gènes NUPR2 et ZNF697 comme significativement plus fréquemment mutés chez les cas que chez les contrôles (p=7,2e-13 et p=8,7e-7, respectivement) en appliquant un burden test à partir des variants rares et fréquents combinés (n=300 646). La protéine codée par le gène NUPR2 est impliquée dans la voie de signalisation NFkappaB qui régule de nombreux processus inflammatoires, et la protéine codée par le gène ZNF697 est impliquée dans la régulation de la réponse interféron gamma. Nous avons par la suite ciblé notre analyse sur les variants très rares (MAF < 0.0001) et possiblement causaux de pathologie humaine (n=4400). Nous avons ainsi identifié les gènes NUPR2, ZNF697, et FZD2 comme étant significativement plus fréquemment mutés chez les cas que chez les contrôles (p=6,5e-14, p=2,8e-7, p=1,2e-5, respectivement). La protéine codée par le gène FZD2 fait partie de la voie de signalisation Wnt/beta-caténine qui interagit également avec la voie NFkappaB dans la régulation de processus inflammatoires et immuns.
Nous avons ainsi utilisé une approche non ciblée de WES chez une population pédiatrique de patients avec des phénotypes extrêmes d’infections pneumococciques et avons identifié 3 gènes possiblement associés aux IIP, impliqués dans la régulation de processus inflammatoires et immuns. A notre connaissance, il s’agit de la première étude appliquant une approche de WES chez des patients avec des formes aussi sévères d’infection pneumococcique. Ces résultats particulièrement prometteurs nécessitent néanmoins d’être validés par réplication, séquençage des parents, et analyses fonctionnelles.
Morgane GÉLIN (Nantes), Sophie LIMOU, Claire LEMAN, Sonia BOURGUIBA-HACHEMI, Martin MORIN, Axelle DURAND, Olivia ROUSSEAU, Vincent MAUDUIT, Christèle GRAS-LEGUEN, Fleur LORTON, Julie TOUBIANA, Caroline THOMAS, Jérôme C. MARTIN, Elise LAUNAY, Nicolas VINCE
17:54 - 18:02
#49558 - FL024 PMS2 et phénotype extrême : étude de la corrélation génotype/phénotype.
FL024 PMS2 et phénotype extrême : étude de la corrélation génotype/phénotype.
La prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch est définie par l’identification d’une variation pathogène, à l’état hétérozygote d’un des quatre gènes du système de réparation de l’ADN MisMatch Repair. La prévalence des hétérozygotes en population est estimée à 1/300. Selon le gène concerné, les risques tumoraux associés varient. D’après la littérature, la pénétrance des variants pathogènes (VP) des gènes MLH1 et MSH2 est plus élevée que celle des gènes MSH6 et PMS2. Les VP du gène PMS2 conféreraient un risque limité au cancer colorectal (CRC) et au cancer de l’endomètre, survenant plus tardivement, soit après l’âge de 50 ans. La précocité de présentation est caractérisée par l’apparition de la première tumeur avant l’âge de 50 ans. Une présentation atypique correspond à la survenue d’un cancer autre que le CRC ou de l’endomètre. Enfin les cas sévères sont définis par une agrégation personnelle d’au moins 2 tumeurs du spectre. Or nous avons constaté, en consultation d’oncogénétique, que certains patients porteurs de VP PMS2, présentaient un phénotype extrême (précoce, atypique ou sévère). Dans cette étude, nous rapportons la série de 51 patients porteurs d’un VP de PMS2, incluant phénotype et génotype, complété par l’analyse tumorale pour 4 patients du groupe phénotype extrême. Il s’agit de patients reçus en consultation et analysés dans notre centre.
L’étude de la corrélation génotype-phénotype a été abordée en considérant la nature et la distribution des variants sur la protéine et la recherche de facteurs modifiant le phénotype a été initiée par une étude de la charge mutationnelle. Les analyses constitutionnelles et tumorales ont été réalisées par séquençage haut débit d’un panel de 45 gènes.
Dans notre série de 51 patients porteurs d’un VP de PMS2, dont 37 sont porteurs asymptomatiques et 14 patients sont atteints, 9 cas sur 14 atteints présentent un phénotype extrême, interrogeant l’hypothèse de la plus faible pénétrance des VP PMS2. Pour les patients restants leur phénotype correspond à la présentation classique atténuée (CRC, ou cancer de l’endomètre, après l’âge de 50 ans).
Nous n’identifions ni corrélation génotype-phénotype, ni différence significative de la charge mutationnelle entre les deux groupes phénotypiques (sévères et classiques). Les analyses tumorales confrontées aux analyses constitutionnelles émettent l’hypothèse de facteurs modificateurs du risque pour 2 patients, présentant des co-occurrences (tumorale et constitutionnelle) de VP des gènes MSH3 et MUTYH.
Nous discutons la nécessité d’implanter de nouvelles investigations moléculaires tumorales (signatures tumorales) et constitutionnelles (étude d’un score de risque polygénique) afin de préciser les risques de cancer chez les patients porteurs d’un VP PMS2 présentant un phénotype extrême.
Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Montivilliers), Nathalie PARODI, Edwige KASPER, Jacqueline BOU, Gwendoline LIENARD, Sandrine MANASE, Stéphanie VASSEUR, Aude LAMY, Anna MARGHERITI, Jacques MAUILLON, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT DESURMONT
18:02 - 18:10
#49913 - FL025 Néphropathies chroniques : bilan de la préindication en 2026 (laboratoire Auragen).
FL025 Néphropathies chroniques : bilan de la préindication en 2026 (laboratoire Auragen).
Introduction
Cette communication présente un bilan de la préindication « Néphropathies chroniques » à partir des WGS réalisés dans le cadre du PFMG au laboratoire Auragen, depuis sa mise en place en 2020.
Résultats
En septembre 2025, 328 dossiers ont été rendus sur 391 reçus : glomérulopathies (88), néphropathies indéterminées (65), CAKUT (58), maladies kystiques (54), tubulopathies (28), néphrolithiases/néphrocalcinoses (9), néphropathies tubulo-interstitielles (7) et autres (19).
Soixante-treize dossiers ont été conclusifs, soit un rendement global de 22 %. Plus de la moitié des analyses (54 %) faisaient suite à un panel ou exome. Le rendement atteignait 25 % en « WGS-first » et 20 % en seconde intention.
Les rendements par indication (global ; WGS-first ; après panel/exome) étaient : CAKUT 3 % (5 ; 3), glomérulopathies 32 % (43 ; 20), néphropathies indéterminées 18 % (10 ; 33), maladies kystiques 26 % (25 ; 26), lithiases/néphrocalcinoses 0 %, néphropathies tubulo-interstitielles 14 % (25 ; 0), tubulopathies 36 % (36 ; 35), autres 32 % (50 ; 23). Ces valeurs sont proches de celles rapportées dans une méta-analyse de 2024 (PMID: 38464959).
Les variants pathogènes concernaient 42 gènes, les plus fréquents étant COL4A5 (10), COL4A3 (9), COL4A4 (5), PKD1 (4), PKHD1 (4) et PAX2 (3). Trois doubles diagnostics ont été établis : SLC34A3+ESRRB, IFT140+TUBB2A et PDIA6+HNF4A.
Parmi les cas positifs, 18 (25 % des diagnostics) impliquaient un variant intronique profond ou un remaniement structural indétectable en séquençage exonique, dont six variants introniques de COL4A5. Certains diagnostics concernaient des gènes peu décrits (NOS1AP, PDIA6) ou pouvant être responsables d’atteintes extra-rénales (MEFV).
Des VSI ont été retrouvés dans 7% des cas, notamment dans les gènes COL4A5, PKD1, PKHD1, COL4A3, DACT1 et ROBO1. Leur exploration reste limitée par l’absence de ségrégation familiale et de tests fonctionnels disponibles.
Sept dossiers ont été réalisé avec pour motif la recherche d’un second évènement récessif, confirmé dans 3 cas (CLCNKB, SLC12A1, KCNJ1).
Parmi 14 patients analysés en urgence avant greffe, deux diagnostics ont été posés (CLCN5, COL4A3) et un VSI identifié (ROBO2).
Enfin, les délais de rendu des dossiers non urgents se sont réduits : 15 mois (2020), 13,5 (2021), 15 (2022), 11,5 (2023), 7 (2024) et 3 (2025).
Perspectives
Le WGS apporte une plus-value majeure au diagnostic des néphropathies génétiques, même après panel ou exome. Les rendements sont plus élevés pour les glomérulopathies, les maladies kystiques et les tubulopathies. De plus, un quart des diagnostics reposait sur des anomalies non accessibles au séquençage ciblé. Le WGS pourrait ainsi être proposé en première intention dans ces indications, en raison de sa capacité à analyser les variants introniques, remaniements structuraux et gènes non inclus dans les panels car très rares ou non spécifiques.
Cette recherche a été possible grâce aux données du Plan France Médecine Génomique 2025.
Clément SAUVESTRE, Louis LEBRETON (Bordeaux), Claire GOURSAUD, Olivier GRUNEWALD, Pierre-André MASSARD, Damien SANLAVILLE, Julien THEVENON, Consortium AURAGEN, Louis JANUEL, Marine SERVEAUX-DANCER, Laurence MICHEL
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DINER DES ASSISES DE GENETIQUE
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Louis Lumiere |
Debussy |
Salon Ambassadeurs 2/3 |
Salon Ambassadeurs 1/3 |
Zone 1 - Salle 2 |
Zone 1 - Salle 1 |
Zone 1 - Salle 3 |
Espace débat - hall d'exposition |
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| 08:30 |
08:30-10:30
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A40
CONFERENCE PLENIERE 4
Impact de la Génomique sur la Société
CONFERENCE PLENIERE 4
Impact de la Génomique sur la Société
Modérateurs :
Evan GOUY (Généticien médical - Enseignant - Doctorant) (Lyon), Caroline SCHLUTH-BOLARD (PU-PH) (STRASBOURG)
08:30 - 09:00
Sensibilisation de la population générale aux nouveaux enjeux de la génétique médicale.
Sandra MERCIER (Conférencier, Nantes)
09:00 - 09:30
Dépistage Néonatal.
Laurent SERVAIS (Conférencier, Liege, Belgique)
09:30 - 10:00
DEPISMA.
Vincent LAUGEL (PU-PH) (Conférencier, Strasbourg)
10:00 - 10:30
Génétique et Politique: questions/réponses.
Philippe BERTA (Conférencier, Nimes)
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PAUSE-VISITE DES STANDS & EPOSTERS-SESSION5 POSTERS AFFICHES
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11:30-12:00
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A42
CONFERENCE INVITEE 4
Embryologie
CONFERENCE INVITEE 4
Embryologie
Modérateur :
Charles COUTTON (PUPH) (Grenoble)
11:30 - 12:00
Embryons Synthétiques: une nouvelle voie pour l’étude des syndromes génétiques associés au développement précoce.
Denis DUBOULE (Conférencier, Paris)
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12:00-12:30
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A42bis
CONFERENCE INVITEE 5
Actualités cannoises
CONFERENCE INVITEE 5
Actualités cannoises
Modérateur :
Caroline SCHLUTH-BOLARD (PU-PH) (STRASBOURG)
12:00 - 12:30
Cinéma et maladies génétiques.
Jean Louis MANDEL (professeur émérite) (Conférencier, ILLKIRCH)
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INDD43
ATELIER DEJEUNER: ELEMENT BIOSCIENCES
Redéfinir le séquençage : de la génomique à la multiomique 5D avec AVITI24™
ATELIER DEJEUNER: ELEMENT BIOSCIENCES
Redéfinir le séquençage : de la génomique à la multiomique 5D avec AVITI24™
12:40 - 13:40
Welcome address & Element Platform Introduction.
Eric BAUD (Intervenant, Clermont-Ferrand)
12:40 - 13:40
Utilisation du séquenceur AVITI pour l’analyse de biopsies liquides par panels de gènes à forte profondeur.
Romain BOIDOT (Intervenant, DIJON)
12:40 - 13:40
Implémentation d'un séquençeur AVITI au sein d'une plateforme de diagnostic génomique.
Flavie ADER (MCU-PH) (Intervenant, PARIS), Patricia LEITE (Ingénieur en Biologie Médicale) (Intervenant, Paris)
12:40 - 13:40
Discussion.
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PAUSE ET VISITE DES STANDS
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A45
TABLE RONDE • PNMR4
TABLE RONDE • PNMR4
Modérateur :
David GENEVIEVE (Professeur, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP, responsable PEMR et CRMR) (Montpellier)
14:00 - 15:00
Un an après le lancement du PNMR4 : Avancées et attentes suite aux différents PNMR.
14:00 - 15:00
Les enjeux du PNMR4 en interministériel.
Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (PU-PH) (Conférencier, Nice), Anne-Sophie LAPOINTE (Cheffe de projet de la mission maladies rares (DGOS)) (Conférencier, France)
Anne-Sophie Lapointe (DGOS) | Véronique Paquis-Flucklinger (DGRI)
14:00 - 15:00
Priorités et perspectives en terme d'offre de soins, de recherche et d'innovation.
Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (Conférencier, RENNES)
VP PNMR4
14:00 - 15:00
Attentes des patients.
Jean-Philippe PLANÇON (Président) (Conférencier, La Baule)
Président Alliance Maladies rares
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A46
Sessions simultanées 13
DPN/DPI
Sessions simultanées 13
DPN/DPI
Modérateurs :
Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (NANTES), Aude TESSIER (Médecin génétique) (GOSSELIES, Belgique)
15:10 - 15:25
#49619 - SS091 PRENATOME : Développement d’un DPNI d’exclusion pour 100 maladies monogéniques par une technique standardisée de séquençage haut débit.
SS091 PRENATOME : Développement d’un DPNI d’exclusion pour 100 maladies monogéniques par une technique standardisée de séquençage haut débit.
Introduction
Le diagnostic prénatal non invasif (DPNI) des maladies monogéniques repose actuellement sur la détection de séquences absentes chez la mère mais présentes dans l’ADN fœtal circulant (DPNI d’exclusion). Les techniques conventionnelles (PCR digitale, PCR quantitative…) nécessitent un développement spécifique pour chaque mutation, une étape longue et coûteuse qui ne permet pas d’élargir facilement et rapidement l’accès au DPNI en dehors des mutations récurrentes. Le projet PRENATOME vise à élargir considérablement les indications du DPNI d’exclusion grâce à une approche standardisée de séquençage haut débit (SHD) de l’ADN circulant.
Méthodologie
Étude prospective monocentrique incluant 24 patientes (25 grossesses) ayant bénéficié simultanément d’un DPN invasif (biopsie de trophoblaste ou liquide amniotique) et d’un DPNI (prélèvement sanguin préalable au prélèvement invasif). Le protocole associait la capture de 99 gènes, la préparation automatisée des librairies (Magnis, Agilent), un séquençage MiSeq (Illumina) et une analyse bioinformatique Dragen (Illumina) avec détection des variants à 1% (plateforme de bioinformatique, Institut Imagine).
Résultats
À un terme moyen de 10 SA (8+3 à 12+5 SA), la fraction fœtale moyenne était de 12% et la profondeur de séquençage de 800X. Concernant le variant d’exclusion, la concordance DPNI versus invasif était de 100% : 12 fœtus porteurs du variant d’exclusion (2 maladies autosomiques dominantes, 10 récessives) et 15 non porteurs (4 maladies dominantes, 2 récessives, 9 pour risque de mosaïque germinale).
Le calcul de précision et exactitude (score F1) montre que, pour limiter le bruit de fond, seuls les variants paternels avec un ratio allélique >20%, inclus dans les régions capturées, en dehors de séquences répétées RepeatMasker, et rares en population (gnomAD <1%) doivent être retenus. Dans ces conditions, l’analyse des 4282 variants paternels non portés par la mère (transmis ou non au fœtus) montre une valeur prédictive positive (VPP) de 97,5% et une valeur prédictive négative (VPN) de 85,7%. Sur les 19 plasmas qui avaient une profondeur de séquençage > 100X et une fraction fœtale >5%, la VPP atteignait 100% et la VPN 97.8%. Le risque résiduel de faux négatif peut ainsi être estimé à 2%, justifiant un second prélèvement réalisé à deux semaines d’intervalle.
Conclusion
Le DPNI d’exclusion par SHD apparaît robuste, standardisable et apte à élargir rapidement l’accès au DPNI pour de nombreux couples. Sa généralisation à un SHD exome pourrait réduire de 30 à 40% les prélèvements invasifs dans notre centre.
Financements
Agence de Biomédecine (35 000€), et DMU BioPhygen APHP.Centre (29 400€).
Fabienne CHARBIT-HENRION (Paris), Cécile MASSON, Emmanuelle OLLIVIER, Maria Emilia PUIG LOMBARDI, Roxana BORGHESE, Joana BENGOA, Judite DE OLIVEIRA SANTOS, Nora BRAHIMI, Emilie AZOUGUENE, Julie STEFFANN
15:25 - 15:40
#49633 - SS092 Le diagnostic préimplantatoire des maladies par mutation de l’ADN mitochondrial est-il faisable au stade blastocyste ?
SS092 Le diagnostic préimplantatoire des maladies par mutation de l’ADN mitochondrial est-il faisable au stade blastocyste ?
Les maladies liées à une mutation de l’ADNmt sont des maladies à transmission maternelle, souvent graves. En raison du risque élevé de transmission, les couples concernés sollicitent un diagnostic prénatal ou préimplantatoire (DPI). Dans ce contexte, seuls les embryons présentant un taux faible d’hétéroplasmie sont transférés, afin de limiter le risque de développer la maladie. La faisabilité du DPI suppose que le taux d’hétéroplasmie mesuré sur cellules embryonnaires reflète fidèlement celui de l’embryon, et qu’il demeure stable au cours du développement. Si la stabilité entre blastomères observée au troisième jour (J3) rend possible le DPI, la plupart des équipes privilégient désormais une biopsie de trophectoderme (TE) au stade blastocyste (jour 5/6), moins invasive. Or, la représentativité d’une biopsie de TE reste mal connue.
Pour explorer cette question, nous avons analysé par PCR-digestion 56 cellules isolées à partir de 9 biopsies de TE d’embryons porteurs des mutations m.3243A>G, m.13094T>C ou m.8344A>G, et comparé leurs taux d’hétéroplasmie à ceux obtenus à J3.
Nos résultats montrent que la variabilité intercellulaire au sein d’une même biopsie de TE peut être importante (écart-types compris 2–10 selon l’embryon), indépendamment du variant. Elle semble davantage liée au taux global de mutation, les valeurs intermédiaires étant plus sujettes aux fluctuations que les extrêmes. La comparaison J3-J5/6 révèle que, si un embryon présente une diminution marquée (-23%), les autres montrent une augmentation modérée (+1 à +13%). Il est difficile de déterminer si ces écarts traduisent une évolution réelle de l’hétéroplasmie ou reflètent une limite liée au faible nombre de cellules prélevées (n=3 à 11).
En conclusion, contrairement à la stabilité intercellulaire observée à J3, le stade blastocyste se caractérise par une forte dispersion intercellulaire des taux d’hétéroplasmie, suggérant une ségrégation accrue des molécules d’ADNmt, probablement liée à la réduction du nombre de mitochondries cellulaires au cours des mitoses. Ces résultats invitent donc à une grande prudence dans l’utilisation du DPI sur biopsie de TE pour les mutations de l’ADNmt.
Paula RUBENS (Paris), Anne MAYEUR, Nadine GIGAREL, Brian SPERELAKIS BEEDHAM, Nelly FRYDMAN, Sophie MONNOT, Julie STEFFANN
15:40 - 15:55
#49692 - SS093 Faut-il rendre les Variants de Signification Inconnue (VSI) en exome prénatal ? Exemple des anomalies du corps calleux.
SS093 Faut-il rendre les Variants de Signification Inconnue (VSI) en exome prénatal ? Exemple des anomalies du corps calleux.
Introduction
Les anomalies du corps calleux (ACC) sont des malformations fréquentes, au pronostic incertain, souvent lié à l’étiologie génétique. Depuis 2018, un séquençage d’exome en trio est systématiquement proposé en prénatal. L’identification de variants de signification incertaine (VSI) constitue un défi, et l’ajout d’une incertitude supplémentaire incite à ne pas les restituer aux couples pendant la grossesse.
Objectifs
Évaluer la fréquence des VSI lors d’ACC prénatales, décrire le devenir des enfants et analyser l’évolution de leur classification.
Méthodes
Étude rétrospective monocentrique sur 452 cas d’ACC diagnostiqués en prénatal (2018–2024) avec séquençage d’exome en trio ciblant les gènes impliqués dans les ACC et les troubles du neurodéveloppement (TND). Inclusion des dossiers comportant un VSI ou un gène de signification incertaine (GSI). Données post-natales (développement, suivi médical, prises en charge) recueillies. Tous les variants ont été réévalués.
Résultats
Parmi 319 exomes non conclusifs, 45 comportaient un VSI/GSI (14,1%). Les variants étaient classés incertains car : (i) variants faux-sens sur le chromosome X ou bialléliques non rapportés pathogènes ; (ii) variants perte de fonction dans un gène de TND transmis par un parent asymptomatique ; (iii) variants de novo absents des bases mais phénotype discordant.
Évolution : 13 IMG (28,9%), 26 naissances (57,8%), 6 perdus de vue (13,3%). Suivi disponible pour 23 enfants.
Les gènes les plus fréquents étaient L1CAM (5 cas, faux-sens), KIF4A, CNKSR2, TAF1, PAX3, VPS4A, GDF11, KDM2B, TFE3, CDON. Quatre cas concernaient des GSI (XPO7, ZFHX3, PSMF1, BHLHE22). Transmission : 34 de novo, 8 hérités, 3 homozygotes.
Sur le plan clinique, 20/23 enfants (87%) avaient un développement normal, 1 nécessitait un soutien scolaire. Deux présentaient un TND, rétrospectivement lié à XPO7 et BHLHE22. La majorité des VSI ont été reclassés bénins grâce au suivi clinique, à l’étude familiale, aux nouvelles données et à la mise à jour des logiciels de prédiction.
Discussion/Conclusion
Il s’agit de la première étude systématique sur les VSI en contexte prénatal d’ACC. Le devenir des enfants porteurs de VSI est globalement favorable. Les deux cas de déficience intellectuelle concernaient des variants dans des GSI, désormais considérés impliqués dans les TND. La reclassification régulière clarifie progressivement la signification de ces variants, améliorant le conseil génétique prénatal et réduisant l’incertitude pour les familles. Ces résultats incitent à une attitude prudente en contexte prénatal.
Cristina PEDUTO (Paris), Capucine ROSSI, Lisa FRUGERE, Susie CLEMENT, Anna-Gabriella GERASIMENKO, Jade DUCOURNEAU, Daphné LEHALLE, Sarah GROTTO, Toan NGUYEN, Eléonore BLONDIAUX, Stéphanie VALENCE, Pascale SAUGIER-VEBER, Solveig HEIDE, Jean-Marie JOUANNIC, Boris KEREN, Caroline NAVA, Delphine HERON
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B46
Sessions simultanées 14
Bioinformatique et innovations
Sessions simultanées 14
Bioinformatique et innovations
Modérateurs :
Béatrice TURCQ (Présidente) (Bordeaux), Marie DE TAYRAC (PU-PH) (Rennes)
15:10 - 15:25
#49048 - SS094 DECIPHER : une plateforme d’aide au diagnostic des maladies rares grâce au partage de données génotypique et phénotypique et à l'intégration d’outils permettant la classification des variants génétiques.
SS094 DECIPHER : une plateforme d’aide au diagnostic des maladies rares grâce au partage de données génotypique et phénotypique et à l'intégration d’outils permettant la classification des variants génétiques.
La classification des variants génétiques et leur interprétation clinique sont essentielles pour diagnostiquer rapidement les patients atteints de maladies génétiques rares. DECIPHER (https://www.deciphergenomics.org) est une plateforme mondiale et gratuite qui permet le partage de variants et des phénotypes trouvés associés. DECIPHER offre une interface intuitive permettant aux cliniciens et chercheurs d'interpréter et de classifier leurs variants.
Pour garantir une utilisation optimale et un contenu pertinent, la sélection des outils et leur intégration à la plateforme sont réalisées en collaboration avec un groupe de cliniciens de la NHS en Angleterre (National Health Service). Aujourd’hui, la plateforme collabore avec 328 départements ou équipes situés dans 35 pays à travers le monde (dont 18 en France) utilisant DECIPHER pour déposer et caractériser leurs variants. Cela représente plus de 50 000 patients en accès libre, soit plus de 65 000 variants et 200 000 phénotypes/traits. DECIPHER permet également le partage de données au sein de consortia tels que celui de la NHS en Angleterre qui regroupe 25 départements de génétique. Grâce à DECIPHER, 7 consortia se sont créés et partagent les données de ~90 000 patients au total. Les données de chaque consortium ne sont accessibles qu’aux membres de ce consortium.
DECIPHER permet de résumer et de contextualiser les données génotypiques via, entre autres, un navigateur génomique. Ce navigateur donne par exemple accès à des informations relatives à la position du variant étudié dans le génome, tels que les gènes et les régions régulatrices environnants, ainsi que l'existence d'autres variants dans la région dans DECIPHER, gnomAD et ClinVar. Un navigateur protéique est également disponible, permettant aux utilisateurs de visualiser le variant du patient dans la protéine expérimentale ou prédite par AlphaFold en 2D et en 3D. Des informations sur le gène et les maladies associées ainsi que les mécanismes moléculaires de la maladie sont également disponibles. D’autres données telles que les fréquences alléliques issues de gnomAD, les scores de prédiction de pathogénicité (par exemple, AlphaMissense, CADD) sont également disponibles. Une interface aidant à la classification de la pathogénicité des variants, basée sur les normes internationales, est également mise à la disposition des utilisateurs dépositaires de données.
Avec l'ajout en temps réel de nouveaux patients et des derniers outils pertinents, DECIPHER est une base de données dynamique. L'année dernière, DECIPHER a, entre autres, intégré des données fonctionnelles provenant de MaveDB, les scores UTRannotator qui aident à la classification dans les régions non-codantes et des scores prédictifs de protéines (prédiction du mécanisme moléculaire de la maladie). Depuis sa création, DECIPHER a contribué à plus de 4000 publications, témoignage de l'importance du partage d’informations et de données pour la compréhension et le diagnostic des maladies rares.
Julie LECARPENTIER-GUILLOU-KEREDAN (Cambridge, Royaume-Uni), Julia FOREMAN, Blessing ASHIMI, Yusra HAIDER, Maged ELADAWY, Sarah HUNT, Matthew HURLES, Mallory FREEBERG, Helen FIRTH
15:25 - 15:40
#49296 - SS095 Prédiction de paires de gènes susceptibles de provoquer des maladies digéniques par l’analyse de réseaux biologiques avec des réseaux de neurones à convolution de graphes.
SS095 Prédiction de paires de gènes susceptibles de provoquer des maladies digéniques par l’analyse de réseaux biologiques avec des réseaux de neurones à convolution de graphes.
Bien que plus de 4500 gènes soient liés à des maladies monogéniques, et malgré la généralisation du séquençage du génome entier, près de la moitié des patients atteints de déficience intellectuelle demeurent sans diagnostic moléculaire. Des études chez la Levure et l’Humain suggèrent que le digénisme pourrait expliquer certains cas non résolus par l’approche monogénique : deux variants perte-de-fonction dans des gènes distincts pourrait provoquer une pathologie en perturbant des mécanismes compensatoires, alors qu’isolément ils seraient bénins.
Nous supposons que de telles paires de gènes présenteraient des caractéristiques similaires aux gènes individuels impliqués en pathologie humaine dans le contexte de réseaux biologiques. Pour tester cette hypothèse, nous avons construit des réseaux de connaissances multimodaux pour la Levure et l’Humain en intégrant des informations biologiques diverses comme les interactions protéiques, voies de signalisation, co-expression ainsi que des caractéristiques géniques comme la conservation de séquence. Nous avons entraîné et testé des Graph Neural Networks (GNN) dans différentes situations : gènes-gènes, paires-paires et gènes-paires.
Nous avons d’abord validé l’approche chez la Levure où les double-mutants ont été systématiquement étudiés. Un GNN entraîné sur 1311 gènes essentiels et 5268 gènes non-essentiels a pu distinguer 72884 paires de gènes synthétiques létales de 72884 paires de gènes synthétiques non-létales (AUROC = 0.70). Nous avons modélisé les paires comme des gènes uniques, reliés aux voisins de leurs composants, et adapté le GNN pour que la prédiction ne dépende que de ces voisins.
Chez l’Humain, un GNN entraîné sur 892 gènes essentiels et 7377 gènes non-essentiels a pu distinguer 1567 paires de gènes synthétiques létales de 10422 paires de gènes synthétiques non-létales (AUROC = 0.81). Finalement, un modèle entraîné sur 4541 gènes impliqués en Pathologies Humaines Mendéliennes Monogéniques et 14632 gènes non impliqués a pu discriminer 385 paires de gènes impliquées en pathologie humaine de 208330 paires non impliquées (AUROC=0.79).
Notre travail démontre la possibilité d’extraire des informations sur des gènes individuels à partir de réseaux biologiques et de les extrapoler au digénisme. Cela ouvre la porte à la proposition de paires de gènes candidates pour l’étude des maladies humaines et offre des perspectives prometteuses pour les cas actuellement non-résolus.
Romain NICOLLE (Paris), Barthélémy CARON, Valérie MALAN, Antonio RAUSELL
15:40 - 15:55
#49412 - SS096 La transcriptomique spatiale révèle une signature d’expression génique dans les lésions artérielles de dysplasie fibromusculaire.
SS096 La transcriptomique spatiale révèle une signature d’expression génique dans les lésions artérielles de dysplasie fibromusculaire.
La dysplasie fibromusculaire (DFM) est une maladie artérielle caractérisée par des sténoses et des anévrismes, associée à l’hypertension, à l’accident vasculaire cérébral (AVC) et à la dissection spontanée des artères coronaires (SCAD). Les études génétiques ont montré que la DFM partage de nombreux gènes de prédisposition avec la SCAD, chez qui, environ 50 % des cas présentent également des artériopathies extra-coronaires de type DFM. Cette étude visait à explorer les signatures d’expression génique pour mieux comprendre le remodelage artériel spécifique à la DFM.
Huit échantillons artériels fixés au formol et inclus en paraffine (6 DFM, 2 non-DFM) ont été sélectionnés sur la base des immunomarquages et de la qualité de l’ARN pour un séquençage spatial 10x Visium (Illumina NextSeq™ 500). Les fichiers FASTQ ont été traités avec Space Ranger (v3.0.0). L’analyse d’expression différentielle a été réalisée avec Seurat (v5.0.3) sous R (v4.3.3). Les types cellulaires ont été inférés à partir de données publiques single-cell d’artères humaines. Une analyse de trajectoire pseudotemporelle a été effectuée avec monocle 3 (v1.3.7), des analyses d’enrichissement avec clusterProfiler (v4.10.1), et une analyse de co-expression génique avec hdWGCNA (v0.3.03).
Après contrôle qualité, six échantillons (4 DFM, 2 non-DFM) ont été analysés, avec une moyenne de 2 787 spots par échantillon et un taux de cartographie >97 %. Le clustering a identifié 10 groupes : M1 à M4 dans la média, A1 à A5 dans l’adventice, et un cluster non caractérisé. La couche intima n’a pas été capturée. M1 à M3 étaient enrichis en cellules musculaires lisses (CML) exprimant MYH11 et TAGLN. M3, enrichi en gènes de collagène, était prédominant dans les lésions DFM (7,5 % vs 0,3 %). M4, spécifique à la DFM, présentait une signature proche des macrophages (CD68). L’analyse pseudotemporelle a révélé une progression de M1 vers M4, avec des branches vers M2 et M3. L’expression des gènes liés à la matrice extracellulaire était augmentée dans les lésions DFM, tandis que celle des gènes contractiles était diminuée. L’analyse du réseau de co-expression a identifié cinq modules spatiaux, dont SM1 (M1 et M2), SM2 (spécifique à M4) et SM3/SM4 (M2 et M3).
Ces résultats suggèrent une fibrose accrue et une altération de la fonction contractile des CML dans la DFM, ainsi qu’un possible changement phénotypique entre différents clusters de la média. Une validation histologique est en cours pour approfondir la compréhension du remodelage tissulaire dans la DFM.
Yilong LIN (Paris), Corinne LESAFFRE, Margaux-Alison FUSTIER, Patrick BRUNEVAL, Adrien GEORGES, Nabila BOUATIA-NAJI
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Sandrine MARLIN (Génétique) (PARIS), Francis RAMOND (Praticien Hospitalier) (ST ETIENNE)
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#49228 - SS097 Rôle inédit d’une ARN hélicase associée aux cancers hématologiques dans les dystrophies rétiniennes.
SS097 Rôle inédit d’une ARN hélicase associée aux cancers hématologiques dans les dystrophies rétiniennes.
Les dystrophies rétiniennes sévères à début précoce (DRSP) sont l'une des principales causes de cécité incurable chez les enfants. Cette maladie, génétiquement et phénotypiquement variable, est généralement transmise selon le mode autosomique récessif. Malgré les progrès des analyses moléculaires, environ 13% des cas restent inexpliqués, soulignant la nécessité d’identifier de nouveaux gènes impliqués.
Par séquençage de l’exome entier, nous avons identifié huit variants rares (cinq faux-sens, un silencieux, un non-sens et un tronquant) dans neuf familles indépendantes atteintes de DRSP. Ces variants affectent un gène codant une ARN hélicase, précédemment associée à des mécanismes oncogéniques. Cette ARN hélicase assure des fonctions fondamentales, incluant le métabolisme de l’ARN, l’interaction avec le spliceosome et la régulation des voies immunitaires innées telles que la voie cGAS–STING. Son rôle dans la physiologie rétinienne, en revanche, n’avait encore jamais été décrit. Afin d’explorer ce mécanisme, nous avons analysé des fibroblastes dérivés de patients et généré un modèle murin Knock-In portant la mutation la plus fréquente observée dans notre cohorte.
Dans les fibroblastes des patients, le niveau protéique de l’hélicase ARN était nettement réduit, comme le confirmaient le Western blot et l’immunocytochimie. Les analyses in silico prédisaient une altération de la stabilité et du repliement de la protéine, affectant des domaines essentiels pour la liaison à l’ATP et l’activité hélicase. Un test d’affinité sur colonne héparine a mis en évidence un défaut de liaison. Enfin, le traitement par l’inhibiteur du protéasome MG132 a permis une restauration partielle de l’abondance protéique, suggérant que les formes mutées subissent une dégradation accrue via cette voie.
Chez la souris, l’électrorétinogramme a révélé des anomalies visuelles dès 1 mois, démontrant l’impact pathogène de cette hélicase. L’immunohistochimie a montré sa localisation nucléaire dans tous les types cellulaires rétiniens et aux synapses des photorécepteurs. De façon inattendue, l’analyse transcriptomique a mis en évidence une forte dérégulation des gènes associés aux cellules de Müller (MCs), glies essentielles à la structure, au métabolisme et à l’immunité rétinienne. Les voies affectées concernaient la morphogenèse et la formation de jonctions, suggérant une perturbation architecturale globale. Des études complémentaires ont révélé une désorganisation nucléaire dans les MCs, désignant ces cellules comme un lieu clé de la pathogénèse.
En conclusion, cette étude met en évidence une nouvelle cause génétique de DRSP et révèle un rôle inédit des hélicases dans l’homéostasie rétinienne, notamment dans le maintien de l’intégrité gliale et de l’architecture tissulaire. Ces résultats enrichissent la compréhension des maladies rétiniennes héréditaires et soulignent la nécessité d’élargir les investigations génétiques dans les cas demeurant inexpliqués.
Zoéline MARS (Paris), Andrea ZANETTI, Sebastian FICA, Karolina KAMINSKA, Hélène DOLLFUS, Béatrice BOCQUET, Isabelle MEUNIER, Christina ZEITZ, Isabelle AUDO, Karin WADT, Olivier PATAT, Rui CHEN, Carlo RIVOLTA, Marie SEBERT, Jean-Michel ROZET, Isabelle PERRAULT
15:25 - 15:40
#49670 - SS098 La dystrophie rétinienne du chat abyssin : un nouveau modèle pour les thérapies médicamenteuses de l’amaurose congénitale de Leber.
SS098 La dystrophie rétinienne du chat abyssin : un nouveau modèle pour les thérapies médicamenteuses de l’amaurose congénitale de Leber.
Le segment externe (SE) des photorécepteurs est un cil primaire spécialisé dans la capture de la lumière et la transduction visuelle. CEP290 est essentiel à la formation des cils primaires, incluant le SE. Ses mutations sont responsables d’amaurose congénitale de Leber 10 (~20 % des ACL) et de ciliopathies syndromiques. Dans les organoïdes rétiniens de patients et les modèles murins, la rétine se développe normalement, mais les SE sont rudimentaires à absents. Ces photorécepteurs incomplets persistent pendant des décennies, offrant un potentiel de réactivation thérapeutique.
L’administration systémique de Taprenepag, agoniste du récepteur EP2 aux prostaglandines PGE2, a montré que la stimulation de la synthèse d’AMPc en amont des adénylates cyclases (ACs) favorise la formation des SE dans un modèle murin Cep290 partiellement invalidé, ainsi que celle du cil primaire des fibroblastes ACL10, présentant un défaut analogue mais sans conséquence clinique.
Nous rapportons l’étude du modèle félin spontané rdAc, marqué par une dégénérescence progressive des photorécepteurs due à la mutation CEP290 c.6960+9T>G créant un site d’épissage aberrant, l’insertion de quatre nucléotides, un décalage du cadre de lecture et la production d’une protéine tronquée avec un faible niveau de transcription normale subsistant.
Des fibroblastes ont été dérivés de biopsies cutanées d’animaux sauvage, hétérozygote et homozygote pour cette mutation afin d’évaluer s’ils reproduisent les anomalies de ciliogenèse observées chez l’homme et peuvent servir au criblage de molécules thérapeutiques.
Un Western blot avec deux anticorps de CEP290 marquant spécifiquement sa forme sauvage pour l’un et les deux formes indifféremment pour l’autre ont montré que seule la protéine tronquée est exprimée dans la lignée mutante. L’analyse de la ciliogenèse après privation de sérum et marquages du corps basal et de l’axonème a montré dans les lignées mutantes des cils moins nombreux (64,8% de cellules ciliées au lieu de 91,0%, p<0,00001) et plus courts (2,37µm en moyenne contre 4,60µm en moyenne dans le sauvage, p<0,00001), confirmant leur pertinence comme modèle d’ACL. Le Taprenepag, à la dose efficace sur les fibroblastes humains, n’a pas amélioré la ciliogenèse. Nous avons attribué ce résultat à un défaut d’induction de l’AMPc, dosé dans les cellules après traitement. À l’inverse, la forskoline ciblant directement les ACs induit l’AMPc, mais seule la lignée sauvage a présenté une élongation ciliaire, sans effet dans les mutantes.
Ces résultats, divergents de ceux obtenus dans les fibroblastes humains, pourraient s’expliquer à la fois par la faible expression du récepteur EP2 dans les fibroblastes félins et, concernant l’absence d’amélioration de la ciliogenèse malgré l’augmentation d’AMPc après stimulation par la forskoline, par un effet délétère de la protéine tronquée. Ils soulignent la nécessité de prudence lors du passage d’un modèle à l’autre.
Joseph BERTRAND-HARDY (Paris), France DE MALGLAIVE, Iris BARNY, Jean-Philippe ANNEREAU, Jean-Michel ROZET
15:40 - 15:55
#49760 - SS099 Révision des critères diagnostiques et de la prise en charge du syndrome de Bardet-Biedl : recommandations des Réseaux Européens de Référence.
SS099 Révision des critères diagnostiques et de la prise en charge du syndrome de Bardet-Biedl : recommandations des Réseaux Européens de Référence.
Introduction : Le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) est une ciliopathie autosomique récessive touchant plusieurs organes et se manifestant par une large variété de signes cliniques, observables in utero et évoluant avec l’âge, et dont les critères diagnostiques reposaient jusqu’à présent uniquement sur les critères cliniques. A ce jour l’identification de plus de 26 gènes impliqués ainsi que la mise en évidence d’une forte variabilité phénotypique, ont rendu nécessaire une réévaluation des critères diagnostiques.
Matériels et méthodes : Quatre réseaux européens de référence (ERN) pour les maladies rares (ERKNet, Endo-ERN, ERN-ITHACA et ERN-EYE) se sont associés afin d’établir un consensus sur le diagnostic et les recommandations de prise en charge des patients BBS. Cet effort collaboratif a réuni 24 experts de ces ERNs pour revoir et actualiser les critères diagnostiques et établir un protocole de suivi du BBS, avec une revue systématique de la littérature et un processus de consensus utilisant la méthode Delphi.
Résultats : Ce groupe propose la mise en place de critères diagnostiques qui placent au centre le diagnostic moléculaire tout en s’appuyant sur des critères phénotypiques, redéfinis en critères primaires et secondaires et choisis en fonction de leur pertinence clinique. L’objectif est d’offrir un parcours décisionnel adapté à l’âge du patient et à la disponibilité des résultats moléculaires. Les recommandations de prise en charge ont également été actualisées et couvrent les principaux domaines cliniques avec des focus sur des aspects cliniques réévalués pour les anomalies du développement et les atteintes dégénératives de la rétine. L’obésité précoce et ses complications sont désormais actionnables, bénéficiant d’une meilleure évaluation des troubles du comportement alimentaire et de programmes de mode de vie renforcés afin de considérer les nouvelles options pharmacologiques. Sur le plan néphrologique, l’atteinte rénale et des voies urinaires impose un suivi tout au long de la vie en raison du risque d’insuffisance rénale chronique, dont le pronostic peut être amélioré par une prise en charge précoce.
Conclusion : Ce consensus actualise les critères diagnostiques du syndrome de Bardet-Biedl et propose des recommandations pratiques par spécialité afin d’améliorer le diagnostic précoce et la prise en charge. Il constitue un outil de référence pour les cliniciens généticiens et les autres spécialistes impliqués en apportant des bases solides au conseil génétique, en structurant le suivi tout au long de la vie et en ouvrant la voie à de futurs essais thérapeutiques innovants (PMID : 39085583).
Amelie GAVARD, Marc LILIEN, Pietro MAFFEI, Diana VALVERDE, Giacomo BACCI, Metin CETINER, Monika GRUDZINSKA PECHHACKER, Francesco TESTA, Francesca SIMONELLI, Bart P. LEROY, Hélène DOLLFUS (Strasbourg)
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Cécile ACQUAVIVA (Magistrate) (Aix-en-Provence), Aurélien TRIMOUILLE (MCU-PH) (Bordeaux)
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#49485 - SS100 Syndromes de Leigh génétiques non mitochondriaux.
SS100 Syndromes de Leigh génétiques non mitochondriaux.
Le syndrome de Leigh (SL), également appelé encéphalomyélopathie nécrosante subaiguë, est la maladie mitochondriale la plus fréquemment observée chez l’enfant. Les signes cliniques comprennent un retard ou une régression du développement, une hypotonie et des symptômes extrapyramidaux avant l'âge de 2 ans. À l'origine, le diagnostic est anatomopathologique avec des lésions focales symétriques bilatérales des ganglions de la base et du tronc cérébral, caractérisées par une transformation spongiforme, vacuolisation, gliose, nécrose, prolifération capillaire avec relative préservation des neurones.
Cependant, l’anatomopathologie sur tissu cérébral étant rarement pratiquée, la définition actualisée stipule des antécédents cliniques caractéristiques, notamment un retard ou une régression du développement, avec lésions bilatérales et symétriques, hyperintenses en T2, des ganglions de la base, du thalamus, du mésencéphale et du tronc cérébral à l’IRM cérébrale, ainsi que des preuves biochimiques d'un dysfonctionnement mitochondrial, telles qu'une élévation du taux de lactate ou une activité anormale des enzymes de la phosphorylation oxydative (OXPHOS). Le terme syndrome Leigh-like (LLS) est utilisé lorsqu’on suggère un LS, mais sans critères diagnostiques stricts.
Le spectre du syndrome de Leigh (LSS) englobe le LS et le LLS. Au cours des six dernières décennies, les travaux sur le LSS montrent qu’il compte plus de 100 maladies monogéniques distinctes associées à une grande hétérogénéité clinique et biochimique et à tous les types de mode de transmission. À ce jour, peu de corrélations génotype-phénotype ont été mises en évidence. Les mécanismes physiopathologiques précis restent obscurs, bien que l'insuffisance énergétique, le stress oxydatif, l'accumulation de métabolites toxiques et la toxicité directe de l'oxygène aient tous été impliqués.
Nous présentons l'ensemble de données du registre monocentrique français de l'Hôpital Necker et de l'Institut Imagine, qui comprend 151 patients, et nous nous concentrons sur les données de neuroimagerie. Sept cas sont des patients pédiatriques diagnostiqués avec un LSS dû à des variants génétiques dans de gènes codant des protéines non-mitochondriales ou non directement impliquées dans la chaîne des oxydations phosphorylantes (OXPHOS). Ceux-ci seraient encore sans diagnostic si une approche ciblée exclusivement sur les maladies mitochondriales primaires avait été adoptée, et certains bénéficient de traitements spécifiques. Aucune présentation neuroradiologique spécifique n'a permis de les différencier des maladies mitochondriales primaires. Notre approche vise à faciliter le processus diagnostique pour les patients atteints d'un LSS d'origine génétique, présentant des lésions des ganglions de la base à l'IRM et sans résultat biologique typique tels qu'une hyperlactatémie ou une hyperlactatorachie, un pic de lactate à la spectroscopie ou des activités OXPHOS anormales.
Sylvia ROSE (Paris), Claire-Marine BERAT, Giulia BARCIA, Nathalie BODDAERT, Isabelle DESGUERRE, Agnès ROTIG, Manuel SCHIFF
15:25 - 15:40
#49488 - SS101 Variants bialléliques du gène UQCC1 altérant l’assemblage du complexe III de la chaîne respiratoire mitochondriale : nouvelle cause de maladie mitochondriale à début précoce.
SS101 Variants bialléliques du gène UQCC1 altérant l’assemblage du complexe III de la chaîne respiratoire mitochondriale : nouvelle cause de maladie mitochondriale à début précoce.
Les maladies mitochondriales sont des maladies rares qui peuvent résulter soit d’anomalies du génome mitochondrial, transmis par voie maternelle, soit de variants affectant l’une des ~1150 protéines du mitoprotéome codées par des gènes nucléaires. Elle se manifestent aussi bien chez l’enfant que chez l’adulte, avec une grande hétérogénéité clinique et fréquemment une atteinte multisystémique. Le complexe III (ubiquinol:cytochrome c oxydoréductase) joue un rôle clé dans la chaîne respiratoire mitochondriale en transférant les électrons du coenzyme Q10 réduit (ubiquinol) vers le complexe IV, via le cytochrome c. L’assemblage de ce complexe dépend de l’expression coordonnée des génomes mitochondrial et nucléaire. Le déficit en complexe III constitue une entité clinique sévère, souvent létale, liée à des variants pathogènes dans les gènes codant des sous-unités structurales du complexe III ou des facteurs d’assemblage bien identifiés. Sur le plan clinique, les présentations typiques incluent une acidose lactique néonatale, une hypotonie, un retard staturo-pondéral et un retard du développement psychomoteur. Le gène UQCC1 code un facteur d’assemblage du complexe III mitochondrial, sans qu’aucune association entre ses variations génétiques et une pathologie humaine n’ait été rapportée jusqu’à présent. Nous décrivons ici quatre patients issus de trois familles non apparentées, porteurs de variants bialléliques de UQCC1 avec des présentations hétérogènes de maladie mitochondriale à début précoce et acidose lactique. Nous apportons des arguments fonctionnels soutenant la pathogénicité de tous les variants identifiés de UQCC1, apportant la preuve que ce gène est une cause de déficit du complexe III. Les fibroblastes dérivés de patients montrent une diminution des niveaux de la protéine UQCC1 et de son partenaire d’interaction, UQCC2, conduisant à un défaut d’assemblage du complexe III. Le profilage par spectrométrie de masse (MS-complexome) a confirmé que ce défaut d’assemblage du complexe III affecte la formation des supercomplexes (respirasomes), tandis que les expériences de complémentation lentivirale « Rescue » ont montré la restauration des niveaux de UQCC1 avec une augmentation concomitante de l’activité enzymatique du complexe III dans les fibroblastes testés. Ces résultats montrent la pathogénicité des variants UQCC1 identifiés chez les patients et confirment une nouvelle association gène-maladie mitochondriale.
Samira AIT-EL-MKADEM SAADI (Nice), Sarah J. SMITH, Jamie K. LEIGHTON, Emmanuelle C. GENIN, Lucie S. TAYLOR, Konstantina FRAGAKI, Cécile ROUZIER, Langping HE, Charlotte V.y. HEMINGBROUGH, Alain FOUILHOUX, Annabelle CHAUSSENOT, Gaëlle AUGÉ, Charlotte COCHAUD, Bruno FRANCOU, Taghreed SHUAIB, Essa ALHARBY, Richard CASWELL, Emma L. BLAKELY, Robert MCFARLAND, Andrew A. MORRIS, Monika WINTER, Sylvie BANNWARTH, Hannah ROBINSON, Charlotte L. ALSTON, Naif A. M. ALMONTASHIRI, Ilka WITTIG, Robert W. TAYLOR, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
15:40 - 15:55
#49785 - SS102 Quand la désorganisation des crêtes mitochondriales active la réponse IFN de type I : le cas des maladies mitochondriales.
SS102 Quand la désorganisation des crêtes mitochondriales active la réponse IFN de type I : le cas des maladies mitochondriales.
Introduction : Les maladies mitochondriales sont des maladies extrêmement complexes d’un point de vue génétique et clinique de par l’implication de très nombreux gènes et de par leur expressivité phénotypique extrêmement variées. Des études récentes suggèrent que la réponse interféron (IFN) pourrait participer aux mécanismes physio-pathologiques de ces maladies. En effet, certains stress mitochondriaux mimeraient la présence d’une infection et déclencheraient l’activation des voies de détection virale, conduisant à une réponse IFN inappropriée et chronique. Ainsi, une signalisation IFN élevée a été retrouvée dans les maladies mitochondriales causées par des mutations dans ATAD3A et PNPT1, les reliant à des interféronopathies de type I, maladies Mendéliennes caractérisées par une suractivation de la voie des IFNs de type I. Une évaluation de la réponse IFN dans une cohorte de patients souffrant de cytopathie mitochondriale monogénique suggère que ce phénomène serait plus large. Néanmoins, les mécanismes moléculaires qui relient dysfonctionnements mitochondriaux et immunité innée restent largement méconnus.
Objectif : Identifier les mécanismes moléculaires responsables de l’activation de la réponse IFN dans les maladies mitochondriales pour analyser l’impact de cette réponse sur l’évolution de la pathologie.
Méthodes : Nous avons étudié 3 modèles de maladies mitochondriales dues à des variants pathogènes dans des gènes codants pour des protéines de la membrane interne mitochondriale (ATAD3A, QIL1 et CHCHD10). A partir des fibroblastes primaires des patients, nous avons étudié: la morphologie des crêtes mitochondriales par microscopie électronique, l’assemblage des principaux complexes de la membrane interne mitochondriale par BN-PAGE et la réponse IFN de type I.
Résultats : Nos résultats montrent une forte corrélation entre la perte de certains complexes de la membrane interne mitochondriale, dont MICOS qui est le complexe majeur responsable du maintien des crêtes mitochondriales, et l’activation de la réponse IFN de type I. C’est notamment le cas pour des mutations de ATAD3A, précédemment rapportés pour augmenter la réponse IFN de type I.
Nous observons également que des défauts primaires ou secondaires de MICOS, respectivement associés à des variants pathogènes dans les gènes QIL1 et CHCHD10, peuvent induire une réponse IFN de type I.
Conclusion : Pour la première fois, nous montrons un lien entre des défauts de structure de la membrane interne mitochondriale et l’activation de la réponse IFN de type I. Ces anomalies seraient communes à plusieurs maladies mitochondriales d’origine génétique différente. Ce travail ouvre ainsi de nouvelles perspectives sur des stratégies thérapeutiques ciblant l’amélioration de la structure des crêtes mitochondriales, et/ou la modulation de la réponse de l’immunité innée.
Gaelle AUGE, Anna REQUENA, Megan HAIRABEDIAN, Sandra LACAS-GERVAIS, Alexandre PIERGA, Marie ROZEN, Agnes ROTIG, Manuel SCHIFF, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Alice LEPELLEY, Sylvie BANNWARTH (NICE)
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Evan GOUY (Généticien médical - Enseignant - Doctorant) (Lyon), Sandra MERCIER (Nantes)
15:10 - 15:25
#49200 - SS103 Introduction de l’IA et nouveaux leviers d’accompagnement des étudiants dans l’enseignement hybride en génétique.
SS103 Introduction de l’IA et nouveaux leviers d’accompagnement des étudiants dans l’enseignement hybride en génétique.
Dans le cadre de la réforme du second cycle (R2C), l’enseignement de la génétique médicale a fait l’objet d’une refonte majeure au sein de notre UFR de Médecine, avec la mise en place d’un parcours hybride destiné aux étudiants de DFGSM2/3. Celui-ci combine cours magistraux en e-learning (capsules vidéo, podcasts, liens YouTube) et travaux dirigés en présentiel. Chaque année, de nouvelles innovations sont introduites : en 2024-2025, l’intelligence artificielle a été utilisée via Wooflash (209 flashcards, 188 questions à trous) et, dès 2025-2026, Nolej permettra de générer des cours plus interactifs.
L’objectif est d’identifier les leviers pour mieux accompagner les étudiants dans leur appropriation du dispositif, en analysant leurs usages réels et leurs besoins exprimés. Deux dispositifs d’évaluation ont été mis en place : un questionnaire à la fin de chacun des sept modules et une enquête globale de satisfaction en fin de semestre. En 2024-2025, 540 étudiants ont suivi le parcours, dont 89 % se sont connectés à Moodle. Parmi eux, 84 % des DFGSM2 et 70 % des DFGSM3 ont complété l’ensemble des modules. 420 étudiants (77 %) ont réalisé le test final d’autoévaluation, avec une moyenne de 15,5/20. 319 étudiants (59 %) ont utilisé les outils Wooflash.
Les retours soulignent une forte appréciation du format asynchrone, jugé clair, souple et adapté au rythme individuel. Les 10 podcasts sont particulièrement plébiscités. Les étudiants demandent cependant davantage d’exercices, de supports visuels et de ressources écrites synthétiques, traduisant un besoin de consolidation. Si les contenus sont jugés alignés avec les objectifs pédagogiques (>90 % de réponses positives par module), plusieurs pistes d’amélioration émergent : clarification de concepts complexes (disomies uniparentales, signes HPO), amélioration sonore et sous-titrage des vidéos. Les forums, très peu utilisés (11 questions), révèlent un besoin d’accompagnement plus explicite à l’interaction asynchrone.
Enfin, la comparaison des résultats d’examens entre DFGSM2 et DFGSM3 met en évidence la nécessité de développer plus tôt les compétences en raisonnement clinique, notamment pour les mini-dossiers progressifs. Cette réflexion s’inscrit dans un contexte institutionnel marqué par la migration en 2025 de THEIA vers UNESS Évaluation, afin d’harmoniser nos pratiques avec la majorité des UFR de Médecine françaises déjà engagées dans cette transition.
En conclusion, ces résultats révèlent une appropriation globalement positive du dispositif hybride, mais aussi plusieurs leviers pédagogiques : enrichissement des entraînements, guidage méthodologique, accompagnement au raisonnement clinique et soutien à l’interaction. Ces pistes, conjuguées à l’évolution des outils institutionnels, orienteront l’adaptation continue du dispositif pour mieux soutenir les apprentissages et la professionnalisation des étudiants.
Thomas BOMERSBACH, Angélique BAILLIA, Antoine DUCORNET, Philippe FROSSARD, Anne-Sophie LEBRE (Reims)
15:25 - 15:40
#49439 - SS104 Évaluation formative des compétences interpersonnelles des internes en génétique médicale lors de consultations simulées.
SS104 Évaluation formative des compétences interpersonnelles des internes en génétique médicale lors de consultations simulées.
Contexte : Le développement des compétences interpersonnelles constitue un enjeu majeur pour les généticiens cliniciens. De récentes études suggèrent que ces compétences peuvent être améliorées par la simulation. Depuis 2018, des consultations simulées avec des comédiens professionnels sont organisées en France, à l'échelle nationale, pour les internes en génétique médicale.
Méthodes : Nous avons mené une étude observationnelle longitudinale afin d'évaluer l'efficacité des consultations simulées sur une période de sept ans (2018-2024). Afin d'évaluer la qualité de la relation médecin-patient, un questionnaire standardisé de satisfaction des patients (SPSQ) a été rempli par l’interne et le comédien-patient après chaque consultation. Un score Mindful Attention Awareness Scale (MAAS), permettant d’évaluer le niveau de pleine conscience, a également été calculé pour chaque interne. Le critère d'évaluation principal était l'amélioration significative du score moyen au SPSQ, tel qu'évalué par les comédiens jouant les patients.
Résultats
Cent quatre-vingt neuf internes en génétique ont participé aux consultations simulées, dont 117 ont assisté à au moins deux sessions consécutives et ont obtenu deux scores SPSQ. Les internes ont exprimé un niveau élevé de satisfaction à l'égard de la formation basée sur la simulation. Le score SPSQ moyen, tel qu'évalué par les comédiens, était de 36,32/40, avec une augmentation de 1,62 point après la deuxième session (p = 0,008). Selon l'évaluation des internes, une amélioration significative a également été observée dans les scores SPSQ moyens (p = 0,004) et MAAS (p = 0,003). Le modèle linéaire mixte confirme l'impact de la session et du MAAS sur le score SPSQ.
Conclusions
Les consultations simulées, actuellement intégrées à la formation initiale des internes en génétique médicale en France améliore statistiquement leurs compétences relationnelles avec une meilleur satisfaction des patients. De plus, il reçoivent une évaluation très satisfaisante de la part des participants. Des études de suivi sont nécessaires pour confirmer ces résultats.
Jean-Marie RAVEL, Mathilde RENAUD, Jean-Benoit HARDOUIN, Laurent PASQUIER, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Damien SANLAVILLE, Pierre POTTIER, Sandra MERCIER (Nantes)
15:40 - 15:55
#49511 - SS105 ACMG Academy, un simulateur interactif en ligne pour l’apprentissage de la classification ACMG/AMP des variants génétiques à partir de cas cliniques contextualisés.
SS105 ACMG Academy, un simulateur interactif en ligne pour l’apprentissage de la classification ACMG/AMP des variants génétiques à partir de cas cliniques contextualisés.
L’interprétation des variants génétiques selon les recommandations ACMG/AMP est une compétence clé en génétique médicale, mais demeure difficile d’accès pour les cliniciens et étudiants non spécialistes. Nous présentons un simulateur pédagogique interactif, accessible à tous en ligne, destiné à l’apprentissage de la classification des variants selon l’ACMG. L’outil cible en particulier les étudiants en médecine (externes, internes débutants) et les praticiens d’autres spécialités découvrant la discipline, à l’occasion d’un DIU ou d’un MOOC par exemple.
Le site propose une série de cas cliniques contextualisés (signes cliniques, arbre généalogique…), couvrant les différents types de variants (faux-sens, nonsense, d’épissage…). Chaque cas inclut : un contexte clinique et familial, les caractéristiques du variant (gène, transcrit, localisation, conséquence), ainsi que les données issues des bases de données (gnomAD, ClinVar) et une sélection de scores de prédiction in silico adapté à la nature du variant (CADD, REVEL, SIFT, SpliceAI…) avec des liens vers les différentes sources. Ces ressources sont accompagnées de volets explicatifs didactiques rappelant leur intérêt, leurs seuils d’interprétation et leur lien avec les critères ACMG correspondants.
L’étudiant sélectionne les critères qu’il juge pertinents. Le système génère en temps réel une classification automatique, permettant un feedback immédiat sur le poids et l’impact des critères choisis. Puis après avoir validé la classification qu’il juge optimale, une correction détaillée est fournie : comparaison entre critères attendus et sélectionnés, raisonnement pas-à-pas et mise en évidence des arguments déterminants. Enfin, il est fourni des rappels physiopathologiques adaptés (par exemple le mécanisme Nonsense-Mediated mRNA Decay dans le cas d’un variant tronquant).
L’outil est flexible : les enseignants peuvent préconfigurer leurs propres cas et variants, facilitant une progression graduelle en complexité, une adaptation aux objectifs pédagogiques et aux thématiques enseignées.
Conclusion
Ce simulateur en ligne constitue une innovation pédagogique accessible à tous, combinant interactivité, feedback immédiat et apprentissage guidé de la classification ACMG/AMP.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Cécile COURDIER
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A47
REMISE DES PRIX
REMISE DES PRIX
16:00 - 16:30
ASSISES 2026 - Palme d'or et prix spécial du jury.
Cécile Rouzier (NGS diag) et Emilie Consolino (AFCG)
16:00 - 16:30
SFNG - Prix du poster Neurogénétique.
Alexandra Durr, Gaëtan Lesca
16:00 - 16:30
ACLF - 2 prix posters.
Nicolas Chatron
16:00 - 16:30
AFCG - Prix Poster.
Emilie Consolino
16:00 - 16:30
AFGC - Prix Communication Orale, 2 Prix posters.
David Geneviève
16:00 - 16:30
SFMPP - Prix.
David Geneviève
16:00 - 16:30
ANPGM - Prix.
Jean Muller
16:00 - 16:30
CNEPGM - Prix poster.
Sandra Mercier, Evan Gouy
16:00 - 16:30
FFGH - Prix communications orales plénières.
Damien Sanlaville
16:00 - 16:30
GFCO - Prix poster ou présentation encourageant le développement de la génétique tumorale.
Etienne Rouleau
16:00 - 16:30
NGS Diag.
Cécile Rouzier
16:00 - 16:30
SFDPI.
Céline Moutou
16:00 - 16:30
SFG - Prix poster, Prix communication orale.
Béatrice Turcq, Valérie Prouzet-Mauléon
16:00 - 16:30
SFGH - Prix recherche Josué Feingold & Prix poster.
Emanuelle Bouzigon
16:00 - 16:30
SIGF - 1 prix communication orale, 2 prix posters, 1 prix poster SeqOne.
Margot Comel, Lionel Heiser Andres Valle, Nicolas Philippe
16:00 - 16:30
SOFFOET.
Aude Tessier
16:00 - 16:30
BioinfoDiag - Prix poster.
Charles Van Goethem
16:00 - 16:30
Prix Thierry Frebourg.
Pascaline Berthet
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