Jeudi 29 janvier
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"Jeudi 29 janvier"

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A30
08:00 - 10:00

CONFERENCE PLENIERE 3
Vieillissement

Modérateurs : David GENEVIEVE (Professeur, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP, responsable PEMR et CRMR) (Montpellier), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
08:00 - 08:30 Leçons de longévité : comment un organisme simple éclaire un problème complexe. Florence SOLARI (CR1) (Conférencier, Lyon)
08:30 - 09:00 Explorer les mécanismes du vieillissement prématuré et physiologique à travers le syndrome de Cockayne. Miria RICCHETTI (Team leader) (Conférencier, Paris)
09:00 - 09:30 Vieillissement des adultes avec trouble du développement intellectuel. Stephanie MIOT (MCU-PH) (Conférencier, Montpellier)
09:30 - 10:00 La manière dont le transhumanisme transforme le vieillissement en une maladie dont nous pourrions guérir. Jean-Michel BESNIER
Louis Lumiere
10:00

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KF3
10:00 - 11:00

Session 3 - Posters affichés en présence des auteurs

10:00 - 11:00 #49062 - P003 Validation du DPNI d’exclusion de maladies monogéniques par séquençage haut débit d’un panel de gènes.
P003 Validation du DPNI d’exclusion de maladies monogéniques par séquençage haut débit d’un panel de gènes.

Contexte/Objectifs : Depuis 2022, notre laboratoire propose aux couples à risque de transmission de maladie monogénique la réalisation d’un diagnostic prénatal non invasif (DPNI) d’exclusion par PCR digitale en gouttelettes (ddPCR). Cette technique nécessite une étape de mise au point et de validation préliminaire longue, or les demandes de DPNI sont en augmentation constante (+320% de demandes entre 2022 et 2025 dans notre laboratoire). Afin de réduire ce délai et de répondre à l’afflux d’analyses, nous avons testé la faisabilité et la fiabilité du DPNI d’exclusion par séquençage haut débit (SHD) d’un panel de gènes. Méthode : L’ADN libre circulant (ADNlc) a été extrait à partir de 5 à 10 ml de plasma maternel avec le kit QIAamp MinElute ccfDNA (Qiagen). Les librairies de séquençage ont été réalisées sur l’ADNlc et l’ADN génomique parental par capture d’un panel de 716 gènes avec le kit SureSelect XTHS2 (Agilent technologies), séquencées sur un instrument NextSeq2000 (Illumina) en 2x150pb et analysées avec le logiciel Dragen v3.7.4 Le taux d’erreur de séquençage a été calculé grâce aux SNP homozygotes identiques chez le père et la mère. La mesure de l’absence d’amplification d’allèle, « allele drop-out » (ADO) a été évaluée en recherchant sur l’ADNlc les SNP homozygotes du père et absents chez la mère. La fraction fœtale dans l’ADNlc et le résultat du DPNI ont été comparés avec ceux obtenus par ddPCR dans le cadre du soin. Résultats : La profondeur de séquençage de chaque échantillon d’ADNlc varie de 136X à 382X (médiane : 278X). Le taux d’erreur de séquençage moyen est de 0.12±0.0002% sur l’ADN libre circulant, comparable à celui obtenu sur l’ADN génomique des parents (0.13±0.0002%). Les mesures d’ADO varient entre 0 et 7.7% (moyenne : 5.03% ±2.3%) selon les échantillons. L’analyse au cas par cas montre que la présence d’un ADO est liée à la fraction fœtale, à la profondeur de séquençage et à l’environnement nucléotidique du variant. Les fractions fœtales obtenues par SHD varient de 3.92% à 16.57% et sont parfaitement corrélées à celles obtenues par ddPCR. Les résultats du DPNI par SHD sont tous concordants avec ceux attendus, réalisés précédemment par la technique de ddPCR. Conclusion : Cette étude rétrospective valide la faisabilité du DPNI par SHD d’un panel de gènes pour le DPNI d’exclusion et fixe les seuils d’ADNlc et de fraction fœtale permettant de rester dans un risque d’erreur (faux positifs/négatifs) acceptable dans le cadre d’un diagnostic prénatal. Néanmoins, cette technique ne pourra pas se substituer entièrement à la technique de ddPCR qui, en raison de sa plus grande sensibilité et spécificité, reste la technique de choix en cas de faible fraction fœtale ou d’un environnement nucléotidique du variant défavorable.
Inès DEFER (Paris), Camille ALCAIRE, Yoann VIAL, Arno HOUTMAN, Cédric VIGNAL, Séverine DRUNAT, Nathalie COUQUE
10:00 - 11:00 #49405 - P007 Dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile : difficulté diagnostique liée à un variant ponctuel du gène SMN1.
P007 Dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile : difficulté diagnostique liée à un variant ponctuel du gène SMN1.

Le dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale infantile (Spinal Muscular Atrophy ; SMA) a été déployé en France dans le cadre du projet préfigurateur DEPISMA dans 2 régions françaises depuis décembre 2022 et sa généralisation sur tout le territoire français a débuté le 1er septembre 2025. Cette pathologie neuromusculaire grave, liée à des anomalies du gène SMN1, bénéficie aujourd’hui de traitements innovants (thérapie génique ou modulateurs de l'épissage du gène SMN2) qui ont démontré une efficacité optimale lorsqu’ils sont administrés en phase présymptomatique. Le dépistage néonatal a donc pour objectif d’identifier précocement les enfants atteints afin de leur garantir un accès rapide à une prise en charge adaptée. Nous rapportons le cas d’un nourrisson dépisté dans ce contexte, chez qui une délétion homozygote du gène SMN1 a été détectée par qPCR à l’étape du dépistage. L’examen clinique réalisé immédiatement après ce résultat suggérait une aréflexie ostéotendineuse, compatible avec une suspicion de SMA. Toutefois, le profil ddPCR à l’étape de confirmation apparaissait atypique, avec une double population de gouttelettes, ce qui a conduit à réaliser un séquençage ciblé de l’exon 7 du gène SMN1. Cette analyse a permis d’identifier un variant ponctuel c.842G>C;p.(Arg281Thr) et d’interpréter différemment le génotype : le patient est finalement porteur d’une délétion sur un allèle et du variant ponctuel sur le second allèle du gène SMN1 et de deux copies du gène SMN2. Ce variant ponctuel empêchant l’hybridation de la sonde de qPCR est à l’origine de l’erreur de génotypage lors du dépistage néonatal. Une réévaluation clinique réalisée après identification de ce variant a montré la présence de réflexes ostéotendineux et l’absence d’hypotonie, éléments rassurants. La situation demeure néanmoins incertaine : le variant pourrait être pathogène, conférant un risque élevé de développer une SMA, ou bénin, ce qui correspondrait à un faux positif du dépistage. Dans l’attente de sa reclassification, l’enfant n’a pas reçu la thérapie génique habituellement proposée en période présymptomatique, mais bénéficie d’une surveillance clinique étroite afin de détecter tout signe évocateur de la maladie. Ce cas clinique illustre l’importance de l’étape de confirmation et la difficulté, pour les couples, de détenir une information de signification incertaine. Nous présenterons les résultats des différentes méthodes de confirmation utilisées en France et discuterons de leur fiabilité dans ce type de situation. Parallèlement, des travaux de recherche seront essentiels afin de caractériser l’impact du variant c.842G>C sur la production de transcrit fonctionnel (Full Lengh) et tronqué (Delta-7) afin de préciser sa classification ACMG, dans le but d’adapter au mieux la surveillance, l’administration éventuelle d’une thérapie ainsi que le conseil génétique de la famille.
Marie Pierre REBOUL, Séverine DRUNAT, Marie ADAMO-CROUX, Perrine PENNAMEN, Cécile LAROCHE-RAYNAUD, Caroline ESPIL TARIS, Séverine FEHRENBACH, Nadège CALMELS, Valerie BIANCALANA, Vincent MICHAUD, Cécile ROUZIER, Bruno FRANCOU, Marion WANDZEL, Virginie ROTH, Nathalie ROUX-BUISSON, Renaud TOURAINE, Frédéric BILAN, Julie PLAISANCIE, Anne LEGRAND, Corinne COLLET, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, David CHEILLAN, Didier LACOMBE, Vincent LAUGEL, Claude CANCES, Benoît ARVEILER, Pascale SAUGIER VEBER (Rouen)
10:00 - 11:00 #49561 - P011 Découverte incidente concomitante en anté-natal d’une prédisposition héréditaire au CMMRD et à l’hyperthermie maligne.
P011 Découverte incidente concomitante en anté-natal d’une prédisposition héréditaire au CMMRD et à l’hyperthermie maligne.

Le séquençage d’exome en anténatal est proposé devant des signes échographiques évocateurs de pathologie syndromique ou de particulière gravité. Cette analyse expose à la découverte de données incidentes. Nous rapportons un cas de découverte incidente anté-natale de CMMRD (Constitutionnal Mismatch Repair Deficiency). A 28 SA, 3ème grossesse d’un couple non apparenté, a été identifiée une ventriculomégalie modérée (11,5 mm à gauche) et un pied droit varus. Les échographies (T1 et T2) étaient sans particularité. La réalisation d’une analyse en QF-PCR à la recherche d’aneuploïdie et l’analyse chromosomique par CGH-array étaient sans anomalie. Le séquençage de l’exome pré-natal en trio est non conclusif quant à la venticulomégalie. Cependant des données incidentes ont été identifiées: une première concerne le gène RYR1: un variant pathogène du gène RYR1 a été identifié chez le fœtus, hérité du père, une deuxième concerne le gène PMS2: deux variants pathogènes différents du gène PMS2 ont été identifiés chez le fœtus, chacune héritée d'un des parents, conférant un statut d’hétérozygote composite au fœtus, posant le diagnostic de syndrome CMMRD. Ce syndrome de prédisposition héréditaire au cancer, rare et sévère, est défini par la survenue précoce de tumeurs multiples pouvant concerner le cerveau, le tube digestif et le sang. Dans la cohorte du réseau européen Care For CMMRD et nord-américain IRRDC (environ 300 individus): la majorité des patients ont présenté une tumeur du spectre clinique à l'âge pédiatrique et tous les patients ont présenté au moins une tumeur du spectre à l'âge de 30 ans. Lorsque le gène PMS2 est impliqué, les âges au diagnostic sont plus tardifs mais restent le plus souvent pédiatrique (médiane à 10 ans), les tumeurs digestives sont souvent les premières manifestations. Les recommandations de surveillance sont établies à l’échelle européenne ERN GENTURIS et sont initiées cliniquement dès la naissance, complétées d’imagerie cérébrale tous les 6 mois dès le diagnostic. L'évolution échographique à 32 SA + 5 jours objective une stabilité et une absence d'autre anomalie cérébrale, à l’IRM une absence de signe de tumeur cérébrale, confirmant le caractère incident de ces variants. Le couple a demandé une IMG, autorisée par le CPDPN devant la particulière gravité de ce syndrome. Une étude familiale, des mesures de prise en charge ont été mises en place pour la découverte de la prédisposition à l’hyperthermie maligne liée à RYR1. Un diagnostic présymptomatique pour le CMMRD a été proposé au frère ainé, la prise en charge des deux parents concernant la prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch et une étude familiale. Ce cas pose la question complexe de la découverte de données incidentes dans le contexte anté-natal. Celles-ci peuvent être rendues selon une attitude collégiale définie dans chaque centre de façon multidisciplinaire, en cas de particulière gravité ou d’implication thérapeutique, après information et demande du couple.
Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Montivilliers), Edwige KASPER, Pascal CHAMBON, Stéphanie BAERT DESURMONT, Chrystelle COLAS, Sophie DEGRE, Anna MARGHERITI, Nathalie PARODI, Camille SALDANA, Nathalie DROUOT, Ala ZIADI, Claude HOUDAYER, Jacques MAUILLON, Pascale SAUGIER VEBER, Alice GOLDENBERG
10:00 - 11:00 #49685 - P015 Explorations génétiques prénatales en contexte d’hydramnios isolé : étude rétrospective chez 96 fœtus entre 2016 et 2025.
P015 Explorations génétiques prénatales en contexte d’hydramnios isolé : étude rétrospective chez 96 fœtus entre 2016 et 2025.

Introduction : L’hydramnios correspond à une augmentation anormale du volume de liquide amniotique, définie par un Index de Liquide Amniotique > 24 ou une Plus Grande Citerne > 8 cm. L’hydramnios, qui concerne 1 à 2% des grossesses, est un signe non spécifique pouvant être secondaire à des causes maternelles, placentaires ou fœtales ; parmi elles, diverses causes génétiques de pronostic très variable. Les explorations génétiques devant un hydramnios isolé ne sont pas standardisées. Nous décrivons une série de 96 fœtus avec hydramnios isolé et les explorations étiologiques réalisées. Matériels et Méthodes : Cette étude rétrospective inclut toutes les grossesses pour lesquelles une consultation de génétique a été sollicitée dans notre service entre 2016 et 2025 en raison de la mise en évidence d’un hydramnios, sans anomalie associée à l’échographie, à l’exception de signes mineurs (hyperéchogénicité intestinale, pyélectasie, artère ombilicale unique). Résultats : 96 fœtus présentant un hydramnios isolé, diagnostiqué au deuxième ou troisième trimestre de grossesse ont été inclus. Une recherche ciblée de maladie neuromusculaire (amyotrophie spinale infantile et maladie de Steinert) a été réalisée dans 78 cas. 56 fœtus ont bénéficié d’une recherche de syndrome de Prader Willi. Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) a été réalisée chez 71 fœtus. 12 fœtus ont bénéficié d’un séquençage d’exome (SE) en trio. Un fœtus a bénéficié d'une analyse ciblée du gène SOS1 en raison d'un syndrome de Noonan connu chez son père. Pour 16 fœtus, aucune analyse génétique n’a été initiée. Aucun diagnostic de maladie neuromusculaire ni syndrome de Prader Willi n’a été porté. Un CNV pathogène causal de novo a été identifié à l’ACPA chez 2 fœtus : une délétion 22q11.2 et une délétion 7q11.23. Un CNV incidental et un PIEV ont été identifiés chez 2 autres fœtus. Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié au SE chez 3 fœtus : un variant de novo du gène TAOK1, un variant du gène MAGED2, hérité de la mère et un variant du gène ERF hérité du père. Un variant de signification inconnue a été identifié chez 2 fœtus. Enfin, le variant pathogène de SOS1 a été identifié par l'analyse ciblée en contexte familial. Au total, le taux diagnostique est de 2/71 (2.8%) pour l’ACPA, de 3/12 (25%) pour le SE, de 0/78 pour la recherche ciblée de maladie neuromusculaire et de 0/56 pour la recherche de syndrome de Prader Willi. Conclusion : Cette étude montre l’intérêt de proposer une ACPA et un SE en trio en cas d’hydramnios isolé, afin de préciser le pronostic et/ou d’adapter la prise en charge néonatale. L’absence de spécificité de l’hydramnios rend l’interprétation des variants difficile. De plus l’hydramnios est fréquemment diagnostiqué au troisième trimestre, ce qui expose à des diagnostics en toute fin de grossesse. Il est donc important d’encadrer la prescription des examens pangénomiques afin d’en élaborer les enjeux, dans chaque situation spécifique.
Cécile PRUD'HOMME, Daphné LEHALLE, Jade DUCOURNEAU, Cristina PEDUTO, Solveig HEIDE, Capucine ROSSI, Lisa FRUGERE, Laurence CUISSET, Séverine DRUNAT, Nadège CALMELS, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Geneviève QUENUM MIRAILLET, Boris KEREN, Caroline NAVA, Jean-Marie JOUANNIC, Delphine HERON, Sarah GROTTO (Paris)
10:00 - 11:00 #49782 - P019 La longueur des télomères : nouveau biomarqueur pour les anomalies du développement ?
P019 La longueur des télomères : nouveau biomarqueur pour les anomalies du développement ?

L’EUROCAT estime que la prévalence des malformations congénitales majeures est de 23,9/1000 naissances (Dolk et al, 2010). Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine d’apparitions d’anomalies du développement (AD) embryonnaire et fœtal. Des études ont montré qu’il existait un lien entre le raccourcissement de la longueur des télomères (LT) et la survenue d’AD (Mazumdar J. et al, 2017 ; Derradji H. et al, 2008 ; Aoulad Fares D. et al, 2020 et 2022). Les télomères jouent un rôle crucial au cours du développement embryonnaire précoce et le maintien de la LT durant les premières semaines du développement serait essentiel pour assurer les nombreuses divisions cellulaires indispensables à un bon développement embryonnaire et fœtal (Ozturk S. et al, 2014 ; Arias-Sosa LA., 2019). Dans une 1ère étude (Goumy et al., 2022), nous avons mesuré la LT dans le liquide amniotique (LA) et les villosités choriales (VC) en cas de RCIU et d’AD. Lors d’une 2nd étude (Goumy et al., 2025), la LT a été mesurée sur 204 cordons ombilicaux après perte de grossesse (130 sans AD, 74 avec AD) et comparée à 21 cordons témoins issus de césariennes programmées. Enfin, dans notre dernière étude (Coudrieu et al., 2025), nous avons mesuré la LT fœtale et maternelle pour 75 grossesses évolutives présentant une AD et comparé la LT avec 49 fœtus témoins et 100 femmes témoins. Dans ces trois études, la LT a été mesurée par qPCR. Nos résultats ont montré que la LT fœtale n’était pas influencée par l’âge gestationnel ni par le sexe fœtal. Dans le LA et les VC, nous observons un raccourcissement significatif de la LT en cas de RCIU, de malformation isolée et de polymalformations, corrélé avec la sévérité du phénotype fœtal. Dans le cordon ombilical, la LT est plus courte en présence d’AD; les diminutions les plus marquées concernent les défauts de fermeture du tube neural et les atteintes cérébrales, osseuses, cardiaques et urogénitales et les malformations multiples. La LT est également plus basse en cas d’avortement spontané, mais pas en cas de MFIU sans AD. Dans le sang maternel, la LT sanguine ajustée sur l’âge est plus courte en cas d’AD fœtale. Enfin, les LT fœtale et maternelle sont corrélées, la LT maternelle expliquant 15 à 38 % de la variance de la LT fœtale. La LT mesurée sur des prélèvements fœtaux ou chez la femme enceinte émerge comme un potentiel biomarqueur pour estimer le risque de survenue d’AD en période périconceptionnelle et prénatale. Notre hypothèse est que des facteurs génétiques, maternels et/ou environnementaux pourraient altérer la maintenance des télomères dans les premières semaines du développement et être à l’origine d’AD, par instabilité génomique ou insuffisance de prolifération cellulaire. Des études transcriptomiques sont en cours pour tenter de mettre en évidence une origine génétique pouvant expliquer la présence de télomères courts chez ces fœtus.
Océane COUDRIEU (Clermont-Ferrand), Zangbéwendé Guy OUEDRAOGO, Denis GALLOT, Amélie DELABAERE, Lauren VERONESE, Eléonore EYMARD-PIERRE, Delphine VOISIN, Thérèse SUDY, Nicolas MURER, Rodrigue STAMM, Quentin DOMAS, Kamil HADJAB, Camille DARCHA, Andrei TCHIRKOV, Carole GOUMY
10:00 - 11:00 #49927 - P023 Bilan des analyses cytogénétiques réalisées en Alsace entre 2017 et 2025 dans une situation de mort fœtale in utero.
P023 Bilan des analyses cytogénétiques réalisées en Alsace entre 2017 et 2025 dans une situation de mort fœtale in utero.

Introduction La mort fœtale in utero (MFIU) est définie par l’arrêt spontané de l’activité cardiaque fœtale à partir de 14SA. Avant, le terme utilisé dans le cas de grossesses arrêtée est celui de fausses couches spontanées. Les causes de MFIU sont multiples incluant des anomalies chromosomiques ou géniques. En France, la prévalence de la MFIU après 22SA est comprise entre 3,2 et 4,4/1000 naissances. En 2024, le Collège National des Gynécologues et Obstétriciens Français (CNGOF) recommande la réalisation d’un bilan génétique fœtal en privilégiant l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) au caryotype. L’objectif de cette étude est de faire le bilan des analyses cytogénétiques effectuées en Alsace entre 2017 et 2025 devant une mort fœtale inexpliquée. Matériels et méthodes Nous avons étudié de manière rétrospective l’ensemble des données cliniques et des analyses cytogénétiques (caryotype, FISH, PCR aneuploïdies, ACPA) réalisées dans le cadre d’un arrêt spontané de grossesse, quelque soit le terme, sur la période de janvier 2017 à juin 2025 en Alsace. Résultats Durant cette période, 239 prélèvements fœtaux ont été adressés pour MFIU dans notre laboratoire. Pour 22% des fœtus l’arrêt de la grossesse est survenu avant 14SA, pour 38% des fœtus entre 14 SA et 22 SA et pour 38% après 22SA. Dans la moitié des cas il s’agissait de prélèvements de villosités choriales, dans ¼ du liquide amniotique et dans ¼ du tissu fœtal. Aucune analyse génétique n’a pu être effectuée pour 7 fœtus du fait d’une contamination maternelle majeure du tissu fœtal. Pour 20 demandes, seul un résultat de recherche rapide d’aneuploïdies a pu être rendue, sans analyse complémentaire par ACPA, du fait d’une qualité d’ADN insuffisante. Une aneuploïdie et une polyploïdie a été mise en évidence chez 15,5% des fœtus. Dans 80% des cas ces anomalies sont détectées par les analyses de première intention (FISH et PCR aneuploïdies). Les anomalies majoritaires retrouvées sont les triploïdies (n=7) et les trisomies 18 (n=7). Une variation du nombre de copie (hors anomalie du nombre) a également été mise en évidence par ACPA dans 3% des arrêts spontanés de grossesse. Dans certains cas, le mécanisme chromosomique n’a pas pu être déterminé du fait d’une absence de pousse cellulaire. Dans 65% des cas les analyses réalisées n’ont pas permis de déterminer la cause de la MFIU. Discussion et conclusion Les analyses génétiques devant une MFIU sont des situations régulières de notre activité de laboratoire. Le contexte particulier de ces prélèvements précieux mais souvent de moindre qualité représente un défi pour apporter une réponse aux couples endeuillés. L’étude de cette cohorte alsacienne nous permet de confirmer l’intérêt d’une analyse chromosomique dans cette indication. Il reste néanmoins une part importante de MFIU inexpliquées, parfois récidivantes, pour lesquelles la poursuite des analyses par séquençage à haut débit pourrait être envisagées.
Audrey SCHALK (STRASBOURG), Johanne PIOTROWSKI, Marguerite MIGUET, Mélanie HILD, Nadège CALMELS, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Benjamin DURAND, Anais PHILIPPE, Emmanuelle GINGLINGER, Amandine ZAMPA, Anne-Sophie WEINGERTNER, Zilliox Jamet MARIE, Maria Cristina ANTAL, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sophie SCHEIDECKER
10:00 - 11:00 #49070 - P027 First reported case of associated Wolf–Hirschhorn and Hurler syndromes due to unmasking of an inherited IDUA variant by a de novo 4p16.3 deletion: a case report and literature review.
P027 First reported case of associated Wolf–Hirschhorn and Hurler syndromes due to unmasking of an inherited IDUA variant by a de novo 4p16.3 deletion: a case report and literature review.

Background: Wolf–Hirschhorn syndrome (WHS) is a rare chromosomal microdeletion syndrome caused by a deletion of chromosome 4p16.3, typically de novo, characterized by prenatal-onset growth failure, distinctive “Greek warrior helmet” facies, intellectual disability, hypotonia, and seizures. Mucopolysaccharidosis type I (Hurler syndrome) is an autosomal recessive lysosomal storage disorder caused by α-L-iduronidase deficiency, leading to dermatan and heparan sulfate accumulation and resulting in coarse facial features, organomegaly, skeletal dysplasia, and developmental regression. Their co-occurrence is exceedingly rare and has not been previously reported. Case Presentation: We describe an 18-month-old female with features of both WHS and Hurler syndrome. She exhibited dysmorphic craniofacial features, cleft palate, growth retardation, hypotonia, and seizures consistent with WHS, and later developed a progressive thoracolumbar gibbus deformity, worsening airway obstruction, and skin coarsening suggestive of Hurler syndrome. Chromosomal microarray confirmed a de novo 4p16.3 deletion encompassing the WHS critical region and the IDUA gene. Given the emergence of atypical features, metabolic evaluation revealed deficient α-L-iduronidase activity and elevated urinary glycosaminoglycans. Subsequent sequencing identified a pathogenic IDUA variant (c.1598C>G, p.Pro533Arg), inherited from her father, confirming Hurler syndrome unmasked by the 4p deletion. Conclusion: This case represents the first documented co-occurrence of WHS and Hurler syndromes. It underscores the importance of considering the possibility of dual diagnoses in patients with atypical features and highlights the diagnostic value of sequencing genes within chromosomal deletions to identify recessive disorders.
Ebrahem MANDORAH, Selma DOUMER (Lyon), William DUFOUR, Patrick EDERY
10:00 - 11:00 #49276 - P031 Identification des bases moléculaires des dysplasies frontonasales à partir de données multiomiques.
P031 Identification des bases moléculaires des dysplasies frontonasales à partir de données multiomiques.

Les dysplasies frontonasales (DFN) constituent un groupe de malformations craniofaciales rares résultant d’une anomalie du développement du processus frontonasal. Elles se manifestent cliniquement par une association variable d’une fente faciale médiane, d’un hypertélorisme et d’anomalies nasales. Malgré les avancées en génétique, certaines formes restent sans diagnostic moléculaire établi. Dans la continuité du projet européen Solve-RD (Solving the Unsolved Rare Diseases), notre travail se concentre sur deux syndromes rares dont les bases moléculaires n’ont pas encore été élucidées : le syndrome de Pai et le syndrome oculo-auriculo-fronto-nasal (OAFNS), pour lesquels nous avons pu constituer une biobanque de tissus (AnDDI-SolveRD). Notre approche repose sur l’analyse intégrée de données de séquençage multiomiques (génome « short- » et « long-read », exome à grande profondeur, RNA-seq, et épigénome) obtenues par comparaison de tissus atteints et apparemment sains au sein d'un même individu. Nous explorons plusieurs hypothèses physiopathologiques : - maladie constitutionnelle monogénique : impliquant des variations non détectables par les techniques classiques de séquençage (exome/génome « short-read ») ou nécessitant des analyses complémentaires. - maladie en mosaïque somatique : due à des variations présentes uniquement dans certains tissus et non détectables dans le sang. - maladie oligogénique : suggérant une contribution combinée de plusieurs gènes appartenant à une même voie moléculaire. Pour tester ces hypothèses, nous avons mis en œuvre plusieurs approches. - Analyse intégrée du transcriptome, du protéome et de l’épigénome, ainsi que séquençage « long-read ». - Étude du tissu atteint par exome à grande profondeur, comparée au tissu sain. - Analyse de voies de signalisation cellulaire et tissulaire. Nos premiers résultats ont identifié plusieurs gènes candidats impliqués dans des voies de signalisation clés pour le développement de la face médiane : - La voie Sonic Hedgehog (SHH) semble particulièrement impliquée, soulignant son rôle majeur dans la régulation de la prolifération cellulaire et l’organisation des structures médianes. - La voie TGF-Betta, impliquée à la fois dans la différenciation tissulaire et l’apoptose, est également affectée, certaines altérations pouvant conduire à une activation anormale de cette signalisation. - Des interactions avec la voie MAPK/ERK sont observées, ainsi que des liens fonctionnels avec les voies WNT et FGF, essentielles à la croissance et la morphogenèse crâniofaciale. Ces résultats renforcent l’hypothèse d’une pathogénie oligogénique au sein de réseaux moléculaires interconnectés, et offrent de nouvelles pistes pour le diagnostic ainsi que pour la compréhension des mécanismes à l’origine de ces dysplasies.
Joe MSALLEM (DIJON), Laurence FAIVRE, Lisenka VISSERS, Vicente YEPEZ, Holm GRAESSNER, Machteld OUD, Julien GAGNEUR, German DEMIDOV, Julia SCHULZE-HENTRICH, Laurent GUIBAUD, Geneviève BAUJAT, Damien SANLAVILLE, David GENEVIÈVE, Audrey PUTOUX, Lucile PINSON, Juliette PIARS, Florence RICCARDI, Gwenaël NADEAU, Aude TESSIER, Marie-Line JACQUEMONT, Maria VALENZUELA PALAFOLL, Muriel HOLDER-ESPINASSE, Leslie MATALONGA BORREL, Anne-Sophie BRIFFAUT, Yannis DUFFOURD, Anddi-Solve-Rd CONSORTIUM, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON
10:00 - 11:00 #49413 - P035 Syndromes oro-facio-digitaux : un kaléidoscope clinique et moléculaire.
P035 Syndromes oro-facio-digitaux : un kaléidoscope clinique et moléculaire.

Les syndromes oro-facio-digitaux (OFD) sont une entité clinique très spécifique, caractérisée par une triade clinique affectant la région orale (fentes, freins gingivaux, hamartomes linguaux…), cranio-faciale et digitale (brachydactylie, polydactylie, …). Associés à ces signes majeurs, une diversité d’autres anomalies peuvent être décrites chez les patients : anomalies cérébrales, musculo-squelettiques, cardiaques, rénales… Bien que très spécifiques cliniquement, notre équipe a largement participé à l’identification de leurs causes sous-jacentes au cours des deux dernières décennies, démontrant une très grande hétérogénéité moléculaire avec 32 gènes impliqués à ce jour et conduisant à la description de tout autant de sous-types OFD. L'un des gènes clés identifiés est le gène OFD1, de transmission dominante liée à l’X. Cependant la grande majorité des gènes causaux identifiés sont plus rares (20-30 individus), voire ultra-rares (moins de 5 individus) et transmis sur un mode d’hérédité récessif autosomique (30/32 gènes) ou récessif lié à l’X (1/32 gènes). Ces gènes codent pour des protéines du cil primaire ou des protéines impliquées dans l’initiation de la ciliogénèse : parfois, éléments clés dans une voie de signalisation ou un processus cellulaire crucial, parfois sous-unités indispensables d’un complexe fonctionnel et/ou structural du cil primaire. Les cils primaires sont des structures microscopiques présentes à la surface de nombreuses cellules de l'organisme et jouent un rôle essentiel dans la régulation de divers processus cellulaires, notamment durant le développement. L’absence ou le dysfonctionnement du cil primaire conduit indéniablement à des troubles regroupés sous le terme de ciliopathies. Il existe également un allélisme et/ou un chevauchement clinique marqué entre les syndromes OFD et certaines autres ciliopathies, principalement avec les syndromes de Joubert et de Meckel. Une corrélation génotype-phénotype semble se dessiner bien que peu d’individus soient décrits pour la majorité des gènes identifiés à ce jour, à l’exception des gènes OFD1 et C5orf42, plus fréquemment retrouvés. Plus récemment, l’identification d’un gène non ciliaire (SCNM1) mais impliqué dans la régulation de l’épissage des gènes ciliaires élargit le spectre moléculaire associé aux syndromes OFD et souligne la complexité et l’importance du cil primaire dans le développement. Leur caractérisation clinique et moléculaire reste un enjeu majeur pour tenter une classification en différents sous-types. Nous présenterons une actualisation des corrélations phénotype-génotype et des connaissances physiopathologiques des syndromes OFD. Ces avancées offrent en effet de nouvelles opportunités pour comprendre les mécanismes sous-jacents à ces affections complexes.
Ange-Line BRUEL (DIJON), Emilie TISSERANT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Julien THEVENON, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Alain VERLOES, Laurence PERRIN, Deepti DE SILVA, Tania ATTIE-BITACH, Shuba PHADKE, Laurent PASQUIER, Bérénice DORAY, Didier LACOMBE, Elisabeth STEICHEN, Dominique GAILLARD, Lydie BURGLEN, Geneviève PIERQUIN, Jelena MARTINOVIC, Alice GOLDENBERG, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
10:00 - 11:00 #49481 - P039 Génétique du rhombencéphalosynapsis : à propos d’un cas de syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez.
P039 Génétique du rhombencéphalosynapsis : à propos d’un cas de syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez.

Le rhombencéphalosynapsis (RES) est une malformation rare du cervelet caractérisée par une agénésie du vermis associée à une fusion des hémisphères cérébelleux dans sa forme complète. Les mécanismes embryologiques et génétiques restent mal connus et il n’y a pas de modèle animal. Le RES peut être isolé ou, plus fréquemment, associé à d’autres malformations cérébrales (agénésie du corps calleux, sténose de l’aqueduc de Sylvius, holoprosencéphalie) et/ou extra-cérébrales sans récidive intrafamiliale. Plusieurs CNVs dont aucun n’est récurrent ont été rapportés chez des patients avec RES. A ce jour, le seul syndrome monogénique de cause identifiée est le syndrome MCTT ou CEBALID (MIM 618774) avec des variants hétérozygotes tronquants en C-terminal du gène MN1 (MIM 156100). Le RES est inconstant, mais avec une pénétrance supérieure à 50% chez ces patients, et toujours incomplet. Le syndrome de Gomez-Lopez-Hernandez (GLHS, MIM 601853) est ultra rare, reconnaissable par l’association RES - alopécie temporo-pariétale bilatérale congénitale et reste sans base moléculaire identifiée après étude par CGH-array et séquençage d’exome chez quelques patients. Nous rapportons un nouveau cas non publié qui présente un RES complet de diagnostic anténatal auquel s’associe une dysplasie du corps calleux et une dilatation triventriculaire. La CGH array en anténatal n’a pas identifié de CNV pathogène et le séquençage d’exome en trio n’a pas retenu de variant pathogène en post natal. Elle est née eutrophe à terme et présente une turribrachycéphalie sans craniosténose, des golfes temporaux et une hypoplasie de l’étage moyen. A 10 mois, la croissance reste dans la norme et elle présente un décalage moteur et un strabisme convergent avec apraxie oculomotrice. Nous attendons les résultats du séquençage de génome long read en trio.
Elise PISAN (Paris), Nadia BAHI-BUISSON, Nabila DJAZIRI, Patrick NITSCHKE, Christine BOLE, Chris GORDON, Jeanne AMIEL
10:00 - 11:00 #49864 - P043 Phénotypes associés aux variants intragéniques de TBX1 : description d’une cohorte de 24patients.
P043 Phénotypes associés aux variants intragéniques de TBX1 : description d’une cohorte de 24patients.

Le gène TBX1 (22q11.2) code un facteur de transcription du groupe T-box, exprimé dans de nombreux tissus au cours de l’embryogénèse. Compris dans la délétion récurrente 22q11.2 responsable du syndrome de Di George, il serait impliqué dans la majorité des malformations de ce syndrome. Peu de patients porteurs de variants intragéniques de TBX1 sont décrits dans la littérature, et leurs présentations cliniques sont très variables. Ce travail descriptif a pour but de mieux décrire les phénotypes associés aux variants de TBX1. Les patients ont été recrutés via plusieurs canaux : service de génétique clinique du CHU de Lille, panel de gènes de cardiopathies héréditaires (CHU Amiens), ou d’hypoparathyroïdies (CHU Lille, CHU Caen), appels à collaboration (filière AnDDI-Rares, ERN-Ithaca, filière SensGène). Nous décrivons ici le phénotype clinique et les données moléculaires d’une cohorte de 24 patients porteurs de variants de TBX1 issus de 14 familles. Les cardiopathies congénitales représentent la malformation la plus fréquente (n=8, 33%) et sont variées (tétralogie de Fallot, CIV, tronc artériel commun, anomalies du retour veineux pulmonaire…). L’hypoparathyroïdie est retrouvée chez 7 patients (29%), dont 3 cas d’hypocalcémie néonatale. La surdité est présente chez 7 patients (29%), associée à une dysplasie des pavillons chez 5 cas, et à des anomalies de l’oreille interne pour 1 cas. Trois patients (12.5%) présentent des infections récurrentes et/ou une lymphopénie T, sans agénésie thymique. Dans 25% des cas, une fente palatine sous-muqueuse (n=4) ou une insuffisance vélo-pharyngée (n=2) est présente. Des particularités morphologiques sont décrites chez 9 patients, mais sont non spécifiques (37.5%). Un seul cas de déficience intellectuelle est rapporté. Des variants non-sens, frameshift et faux-sens ont été identifiés, sans hotspot mutationnel ni corrélation génotype-phénotype claire. Notre cohorte internationale de patients porteurs de variants intragéniques de TBX1 est la plus large décrite à ce jour. Ces données vont dans le sens de l’implication de TBX1 dans les malformations décrites dans le syndrome de Di George. Nous soulignons la diversité des présentations cliniques, en termes de sévérité et d’atteinte d’organes, et la diversité des voies pouvant mener au diagnostic étiologique. Il s’agit de la première étude décrivant des surdités et des malformations de l’oreille chez des patients porteurs de variants de TBX1. Ces résultats doivent faire considérer le séquençage de TBX1 pour des patients évocateurs de syndrome de Di George sans microdélétion 22q11.2, par panel ciblé ou séquençage de génome.
Simon BOUSSION (Lille), Lucie COPPIN, Olivier GRUNEWALD, Marie-Françoise ODOU, Christine LEFÈVRE, Laurence BELLENGIER, Guillaume JOURET, Mette BERTELSEN, Nanna DAHL RENDTORFF, Mathilde NIZON, Erika LAUNAY, Marjolaine WILLEMS, Mylène THARREAU, Gabriela VERA, Guillaume JEDRASZAK, Xenia LATYPOVA, Arnaud MOLIN, Thomas SMOL, Clémence VANLERBERGHE
10:00 - 11:00 #49303 - P047 L’impact des CNVs pathogènes rares est amplifié par l’appariement assortatif.
P047 L’impact des CNVs pathogènes rares est amplifié par l’appariement assortatif.

Les porteurs d’un même variant du nombre de copies (CNV) présentent une large variabilité phénotypique, allant de manifestations subtiles à des atteintes sévères. Nous avons examiné dans quelle mesure le score polygénique (PGS) d’un individu pouvait expliquer cette variabilité, en nous concentrant sur 119 associations CNV–trait couvrant 43 phénotypes cliniquement pertinents. Les CNV ont été identifiés au sein de la population britannique blanche de la UK Biobank. En évaluant séparément, conjointement et de manière synergique les contributions des CNVs et des PGS, nous avons mis en évidence un effet additif significatif dans 45 (38 %) des paires CNV–trait, sans toutefois détecter d’interaction. Alors qu’une corrélation négative entre le statut de porteur de CNV et le PGS aurait pu être attendue en raison d’un biais de participation dans la UK Biobank, nous avons observé au contraire une corrélation positive généralisée. Cette dernière ne pouvait être expliquée par un déséquilibre de liaison que dans trois paires CNV–trait. Ayant montré que 64 % des CNVs évalués présentaient une héritabilité non nulle, nous avons exploré le rôle de l’appariement assortatif dans cette corrélation positive entre CNV et PGS. Nos analyses indiquent qu’environ 45 % de cette corrélation (p = 3,9e-7) peuvent être prédits par l’appariement assortatif. Des tendances similaires ont également été observées entre le PGS et la charge génomique en CNVs, ainsi qu’entre le PGS et les variants rares à perte de fonction. Ces résultats suggèrent que le PGS contribue de manière significative à l’expressivité variable des CNVs et des variants rares. Son intégration pourrait permettre un meilleur suivi des porteurs de CNV les plus à risque de développer des comorbidités cliniquement pertinentes. Enfin, nous proposons que l’appariement assortatif généralisé représente un mécanisme clé susceptible d’exacerber les effets combinés des différentes classes mutationnelles.
Maria Caterina CEVALLOS BRENES, Chiara AUWERX, Robin HOFMEISTER, Théo CAVINATO, Tabea SCHOELER, Zoltan KUTALIK, Alexandre REYMOND (Lausanne, Suisse)
10:00 - 11:00 #49419 - P051 Diagnostic prénatal d’une triplication Xq27.1q28 chez un fœtus masculin : caractérisation de ce remaniement complexe par séquençage de génome et cartographie optique de génome.
P051 Diagnostic prénatal d’une triplication Xq27.1q28 chez un fœtus masculin : caractérisation de ce remaniement complexe par séquençage de génome et cartographie optique de génome.

Les triplications de grande taille du chromosome X sont des anomalies chromosomiques rares. Elles entraînent généralement une disomie fonctionnelle (c'est-à-dire une surexpression des gènes liés au chromosome X), à l’origine de troubles du neuro-développement et de malformations congénitales. Nous rapportons ici le cas d’un fœtus masculin présentant des malformations congénitales et porteur d'une triplication Xq27.1q28, survenue de novo, détectée par ACPA en anténatal. Une analyse génétique avait été réalisée à la suite de l’échographie morphologique qui avait révélé un retard de croissance intra-utérin, un corps calleux court et dysplasique, un polyhydramnios, une pyélectasie bilatérale et un œdème préfrontal. Après l'interruption de grossesse à 25 semaines d’aménorrhée, l'examen externe du fœtus a montré une dysmorphie craniofaciale, des anomalies mineures des membres et des organes génitaux. La virtopsie fœtale par IRM a confirmé les anomalies du corps calleux et la pyélectase bilatérale. De plus, nous avons caractérisé ce réarrangement chromosomique complexe par séquençage du génome et cartographie optique du génome afin de déterminer les points de cassure et le mécanisme chromosomique sous-jacent. Ces études complémentaires ont révélé la présence de deux petites duplications flanquant la triplication, tous les points de cassure se situant dans des duplications segmentaires. Ce réarrangement complexe est probablement la conséquence de deux recombinaisons homologues non-alléliques au cours de la méiose I maternelle. Nous rapportons ici la plus grande triplication de l’X détectée chez un fœtus en anténatal. Notre cas souligne l'importance de combiner les techniques génomiques pour mieux caractériser les réarrangements chromosomiques complexes.
Hippolyte MENOU (Paris), Romain NICOLLE, Leya DAHER, Emilie BONANNO, Lucile COURONNÉ, Pascale SONIGO, David GREVENT, Pierre BLANC, Laurence BUSSIÈRES, Nathalie ROUX, Valérie MALAN
10:00 - 11:00 #49643 - P055 Caractérisation fonctionnelle d’une insertion d’ADN alpha-satellite impactant le gène CTSD.
P055 Caractérisation fonctionnelle d’une insertion d’ADN alpha-satellite impactant le gène CTSD.

L’accès au séquençage de génome grâce aux plateformes nationales de séquençage à haut débit (AURAGEN et SeqOIA) offre une perspective nouvelle concernant la variété de variations génomiques détectées mais aussi son lot de challenges dans leur interprétation. Nous rapportons le cas d’un enfant âgé de 4 mois, issu d’un couple apparenté, présentant un trouble du neurodéveloppement précoce incluant une microcéphalie postnatale évolutive et sévère, une absence de tenue de tête et de contact oculaire, des anomalies au fond d’œil ainsi qu’un syndrome pyramidal. L’IRM cérébrale a révélé des hématomes sous-duraux bilatéraux, des anomalies de gyration et de signal de la substance blanche et un corps calleux fin. Le séquençage de génome a mis en évidence une variation homozygote de signification incertaine dans le gène CTSD (11p15.5) codant une enzyme lysosomale, la cathepsine D, impliqué dans la céroïde-lipofuscinose neuronale de type 10 (CLN10) de transmission autosomique récessive, dont les caractéristiques cliniques sont compatibles avec le phénotype du patient. La variation identifiée est une apparente délétion homozygote de 7 nucléotides au niveau du pénultième acide aminé de CTSD pour laquelle chacun des parents est hétérozygote. L’analyse détaillée des split-reads de cette région génomique a laissé suggérer la présence d’un remaniement génomique plus complexe impliquant des séquences alpha-satellites. Le caryotype et l’étude en FISH (sonde NOR) ne retrouvait pas d’anomalie. Un séquençage de génome en long-reads (Oxford Nanopore®) avec alignement sur la référence T2T a révélé l’insertion d’une séquence alpha satellite (ASI) de 246 paires de bases d’un chromosome 13 au niveau du pénultième acide aminé de CTSD. Une étude de l’ARN extrait de fibroblastes du patient a confirmé la présence de cette insertion dans l’ARN messager dont la conséquence serait un allongement de la protéine de 31 acides aminés. Le Western-Blot réalisé sur les fibroblastes du patient a révélé un niveau protéique de la cathepsine D drastiquement réduit (5% de la moyenne des témoins), confirmant la pathogénicité de ce remaniement. Une étude en microscopie électronique a également été initiée en parallèle. Ce cas clinique illustre l’une des limites bien connue du séquençage short-reads ainsi que les difficultés rencontrées liées aux séquences homologues du génome. L’utilisation du séquençage long-reads nous a permis de caractériser ce remaniement comme étant une ASI. A notre connaissance, une unique description d’ASI a été rapportée dans la littérature, sans que celle-ci soit responsable d’un phénotype. Ainsi, cette présentation clinique semble être la première à impliquer ce type de variation de structure en pathologie humaine. De plus, la confirmation de sa pathogénicité a été déterminante puisque, survenant dans un contexte de grossesse évolutive, elle a permis de prodiguer un conseil génétique fiable aux parents et de leur permettre d’accéder à un diagnostic prénatal.
Aurélie GOURONC (STRASBOURG), Salima EL CHEHADEH, Consortium AURAGEN, Marie-Thérèse ABI WARDE, Maria Cristina ANTAL, Lucile BOUTAUD, Nicolas DONDAINE, Marlène GALLET, Julien GRAFF, Virginie HAUSHALTER, Armelle HORNARD, Marguerite MIGUET, Hélène DOLLFUS, Catherine CAILLAUD, Edouard LE GUILLOU, Caroline SCHLUTH-BOLARD
10:00 - 11:00 #49872 - P059 Rétrospective des évaluations externes de la qualité de l’ACLF depuis 20 ans (2005-2025).
P059 Rétrospective des évaluations externes de la qualité de l’ACLF depuis 20 ans (2005-2025).

Depuis 2005, l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française (ACLF) met à disposition des cytogénéticiens un système d’évaluation externe de la qualité (EEQ). Les EEQs ont débuté par des réunions de consensus sur dossiers papier rétrospectifs. Afin de développer une offre d’EEQ prospectives, et une participation anonyme des laboratoires, l’ACLF s’est dotée d’une plateforme sécurisée (financement EPICQUE-ABM(2006)) et d’un progiciel de gestion des EEQs créé en 2007 avec la société Médifirst. La participation payante des laboratoires permet le fonctionnement de la plateforme et la sauvegarde des données. Depuis 2014, un système de management de la qualité selon la norme ISO/IEC 17043 est en place, géré par un COPIL national avec des audits internes et une revue de direction annuels. Les EEQs, programmés par des cytogénéticiens bénévoles habilités, concernent la cytogénétique hématologique (HK) (44 laboratoires) et la cytogénétique constitutionnelle (CST) (54-60 laboratoires). Ils sont proposés en version prospective en HK, en ACPA et pour le DPNI. En CST une EEQ rétrospective complète l’offre prospective. Chaque EEQ est proposée une fois par an sous forme de matrices informatiques ou biologiques en fonction des tissus analysés. Les grilles de notation sont basées sur les référentiels et guide de bonne pratique de l’ACLF et de la SFGH. En cas de désaccord avec l’expertise, les laboratoires peuvent émettre anonymement des droits de réponse (DDR) qui peuvent conduire à une correction de la note par le COPIL (moins de 10% des dossiers concernés). Des notes critiques et seuil sont déterminées pour notifier une mauvaise performance aux laboratoires si non conformité. Une présentation du bilan des EEQ lors d’une réunion des laboratoires participants et une enquête de satisfaction clôturent les campagnes annuelles. Depuis 2005, 108 dossiers prospectifs ont été proposés 20(HK), 28(ACPA), 20(CST PVC prospectif), 20(CST LA prospectif), 20(CST sang prospectif). En parallèle 1455 dossiers rétrospectifs ont été soumis dont 454 (PVC), 487 (LA) et 514 (sang) avec plus de 3 000 images analysées par les experts. Cette activité entièrement bénévole a mobilisé depuis 2005 plus de 131 experts 26(HK), 75(CST), 30 (ACPA) qui ont formé 71 experts juniors 32(CST),24 (HK),15 (ACPA) encadrés par 29 collègues superviseurs: 19 (CST),3 (HK), et 7 (ACPA). L’organisation des EEQ s’est adapté à l’évolution des pratiques en modifiant les dossiers proposés (arrêt des EEQ rétrospectives pour les PVC et LA prospectifs ou rétrospectifs à partir de 2022) et en proposant régulièrement des études pilotes pour les nouvelles techniques (ACPA en 2011, DPNI en 2023, OGM en 2025). Les EEQs ont ainsi permis destructurer et fédérer la communauté autour de la démarche qualité et contribuent à l’obtention de l’accréditation COFRAC des laboratoires. De plus, cette initiative qui fête aujourd’hui ses 20 ans, a favorisé l’harmonisation des pratiques et la formation des cytogénéticiens.
Martine DOCO-FENZY (NANTES), Isabelle LUQUET, Chantal MISSIRIAN, Christine TERRE, François VIALARD, Chrystele BILHOU-NABERA, Marie-Christine COMBRISSON, Francine MUGNERET, Damien SANLAVILLE, Vincent GATINOIS, Vincent JAUFFRET, Elise CHAPIRO, Pascal CHAMBON, Cyril SARRAUSTE DE MENTHIÈRE, Jean-Michel DUPONT
10:00 - 11:00 #49411 - P063 Apport du séquençage de génome long-read dans l’exploration des infertilités d’origine ovarienne.
P063 Apport du séquençage de génome long-read dans l’exploration des infertilités d’origine ovarienne.

L’insuffisance ovarienne (IO) est une cause importante d’infertilité féminine, avec un spectre allant de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) à la diminution de la réserve ovarienne (DRO). La génétique joue un rôle majeur dans la survenue des IO. Une origine génétique est identifiée à ce jour dans plus de 40% des IOP, avec, en particulier, des anomalies chromosomiques présentes chez 10-13% des patientes. Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés (RCAE) peuvent être particulièrement difficiles à caractériser à l’aide des techniques disponibles, en raison de la possibilité de survenue de points de cassure dans des régions répétées du génome notamment. De plus, leur implication dans la physiopathologie des IO reste incertaine et pourrait s’expliquer par des contraintes mécaniques impactant la méiose, une pathologie des points de cassure, un CNV additionnel, une anomalie de la méthylation, une cause monogénique concomitante. Il existe par ailleurs une expressivité clinique variable pour les RCAE compliquant la réalisation du conseil génétique : pour les formes familiales, il n’existe pas d’IO chez toutes les femmes porteuses du RCAE, et pour les formes de novo, il existe une IO de sévérité variable. Nous proposons d’évaluer les techniques de séquençage de génome long-read (LR-GS) pour l’exploration génétique de patientes avec IO et RCAE. Cette technologie permet de surpasser les limites du séquençage de génome short-read (SR-GS) par l’analyse de régions non étudiées par le SR-GS, comme les régions répétées, l’identification précise des variants de structure, notamment complexes, avec la caractérisation détaillée de leurs points de cassure, l’étude de la méthylation et la réalisation d’un haplotypage. Dans notre cohorte de 345 patientes avec IOP/DRO, 20 présentent un RCAE. 11 patientes ont bénéficié d’une analyse des points de cassure par SR-GS et LR-GS. - Le séquençage long-read a été réalisé sur PromethION P2 solo, avec utilisation du pipeline wf-human-variation (epi2me-labs : https://github.com/epi2me-labs/wf-human-variation) pour l’analyse bioinformatique (Oxford Nanopore Technologies). - L’interprétation des données a été réalisée via l’interface DIAGHO développée au CHU de Rennes. Il s’agit d’un portail pour l’analyse de données de séquençage haut-débit, permettant l’annotation, la mise en place de filtres, la priorisation, la visualisation et la création de rapports (www.diagho.com). Plus de 5 millions d’évènements (SV + CNV + SNV) par patiente ont fait l’objet d’une analyse. - Les translocations ont toutes été identifiées par LR-GS (alors que 2 n’étaient pas caractérisées par SR-GS en raison de points de cassure dans une région répétée). Des variations de quelques paires de bases entre SR-GS et LR-GS étaient notées. Un travail d’optimisation des filtres est en cours pour détecter des évènements additionnels au RCAE. Au total, ce projet devrait permettre de préciser l’implication des RCAE dans la survenue du phénotype d’IO.
Eve BESNIER (Rennes), Anna LOKCHINE, Bénédicte NOUYOU, Linda AKLOUL, Erika LAUNAY, Manon GODIN, Florence DEMURGER, Alinoé LAVILLAUREIX, Laura MARY, Amandine ETCHEVERRY, Mélanie FRADIN, Mathieu CHOPELET, Houda HAMDI-ROZE, Sylvie ODENT, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Marie DE TAYRAC, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sylvie JAILLARD
10:00 - 11:00 #49719 - P067 MMAF et dyskinésie ciliaire primitive : Variabilité phénotypique des variants de GAS8 et DRC1.
P067 MMAF et dyskinésie ciliaire primitive : Variabilité phénotypique des variants de GAS8 et DRC1.

Les anomalies multiples des flagelles spermatiques (MMAF) représentent une cause majeure d’asthénozoospermie sévère et d’infertilité masculine. L’essor du séquençage à haut débit a permis d’identifier un nombre croissant de gènes responsables, dont plusieurs codent pour des protéines également impliquées dans la fonction des cils respiratoires, établissant ainsi un lien fort entre infertilité masculine et dyskinésie ciliaire primitive (DCP). Parmi les complexes moléculaires centraux de l’axonème, le Nexin–Dynein Regulatory Complex (N-DRC) joue un rôle clé en assurant la cohésion structurale et la régulation des mouvements microtubulaires. Dans la littérature, des variants bialléliques dans les gènes GAS8 et DRC1, codant pour deux composants essentiels du N-DRC, ont été associés à des formes sévères de DCP. Cependant, la sévérité et la nature des phénotypes observés semblent variables selon les patients. L’objectif de notre étude est d’investiguer le rôle pathogénique de variants identifiés dans GAS8 et DRC1 chez des patients atteints de MMAF isolée, afin de mieux comprendre les déterminants génétiques et cliniques de cette variabilité d’expression. Une cohorte homogène de patients nord-africains présentant un phénotype MMAF a été analysée par séquençage exomique. Des variants bialléliques délétères dans GAS8 et DRC1 ont été identifiés chez 5 individus (1 patients pour GAS8 ; 4 patients DRC1). Contrairement aux observations rapportées, majoritairement chez des patients d’origine asiatique, ceux de notre cohorte présentaient exclusivement une infertilité masculine non-syndromique, sans atteinte respiratoire sévère associée. Les analyses ultrastructurales par microscopie électronique ont confirmé une désorganisation axonémale caractérisée par un détachement des doublets de microtubules, expliquant la perte de motilité des flagelles. Cette hétérogénéité phénotypique suggère l’existence d’une influence du contexte génétique, modulant l’expression clinique des mutations, ainsi qu’une vulnérabilité plus marquée du flagelle spermatique par rapport au cil respiratoire. Ces observations ouvrent la voie à des travaux futurs visant à identifier les modificateurs génétiques impliqués dans la variabilité d’expression de GAS8 et DRC1, et à explorer plus largement les mécanismes de compensation différentiels entre flagelles et cils. Enfin, sur le plan clinique, il est recommandé que les patients consultant pour infertilité et porteurs de mutations dans ces gènes bénéficient d’une évaluation pneumologique complémentaire, afin de dépister précocement une éventuelle DCP infra-clinique et de mieux anticiper son évolution.
Célia TEBBAKH (Grenoble), Anne-Laure BARBOTIN, Guillaume MARTINEZ, Angèle BOURSIER, Zeina WEHBE, Caroline CAZIN, Asma HAMMOUDA, Natalie RIVES, Aurélie FERAILLE, Charles COUTTON, Christophe ARNOULT, Nicolas THIERRY-MIEG, Selima FOURATI BEN MUSTAPHA, Raoudha ZOUARI, Pierre RAY, Zine-Eddine KHERRAF
10:00 - 11:00 #48936 - P071 Les variants bialléliques du gène TM2D3 entraînent un trouble du neurodéveloppement syndromique et sévère associé à des anomalies du réticulum endoplasmique et des mitochondries.
P071 Les variants bialléliques du gène TM2D3 entraînent un trouble du neurodéveloppement syndromique et sévère associé à des anomalies du réticulum endoplasmique et des mitochondries.

Nous avons identifié par séquençage d’exome des variants bi-alléliques hétérozygotes composites dans le gène TM2D3 chez quatre individus issus de familles différentes et présentant un tableau clinique similaire, incluant une microcéphalie, un retard du développement global et sévère avec une absence de langage, des traits autistiques, une malformation cardiaque et une dysmorphie faciale spécifique. TM2D3 code pour une protéine transmembranaire présente dans de nombreux tissus, avec une expression importante dans le système nerveux central, dont la fonction et la localisation cellulaire restent peu connues. En réalisant des expériences de colocalisation par sondes fluorescentes dans le modèle de cellules de glioblastome SNB75, nous montrons que TM2D3 est une protéine du réticulum endoplasmique (RE). Une analyse approfondie réalisée sur cellules SNB75 invalidée/knock-out ? pour TM2D3 ainsi que sur des fibroblastes issus de biopsies cutanées des patients portant un allèle récurrent c.503G>A (p.Gly168Asp) a permis de montrer que TM2D3 a un impact sur la réponse au stress du RE, avec une expression altérée de ATF4, HSPA5 et DDIT3 dans ces modèles en condition basale et sous stress induit par un traitement à la tunicamycine. Par ailleurs, nous avons mis en évidence par microscopie électronique en transmission un gonflement du RE dans ces cellules et, de manière surprenante, des altérations mitochondriales secondaires, incluant une augmentation de la longueur mitochondriale, de la largeur des crêtes, et de la distance RE-mitochondrie. Afin de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués, nous avons procédé au séquençage d’ARN à partir des fibroblastes des trois patients porteurs du variant p.Gly168Asp et des quatre parents à notre disposition, ce qui a permis d’identifier 21 gènes à l’expression différentielle, incluant des gènes codant pour des protéines de la matrice extracellulaire impliquées dans la migration des précurseurs neuronaux. L’ensemble de ces données cliniques et expérimentales montre que ces variants bi-alléliques de TM2D3 entraînent un syndrome neurodéveloppemental sévère, lié à une sensibilité exacerbée au stress du RE, à des modifications mitochondriales secondaires et à une altération de l’expression de gènes de la matrice extracellulaire.
Claudie GABILLARD-LEFORT, Caroline SILVEIRA-MARTINEZ, Naïg GUEGUEN, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Méline WERY, Louis LEGOFF, Anne GUIMIER, Sophie RONDEAU, Giulia BARCIA, Christine BARNERIAS, Benjamin COGNÉ, Thomas BESNARD, Elsa LORINO, Jessica DOUGLAS, Olaf BODAMER, Annalisa VETRO, Renzo GUERRINI, Simona BALESTRINI, Valerio CONTI, Laura SIRI, Arnaud CHEVROLLIER, Céline BRIS, Estelle COLIN, Vincent PROCACCIO, Delphine MIREBEAU-PRUNIER, Guy LENAERS, Salim KHIATI, Mathilde NIZON (Nantes), Olivier BARIS
10:00 - 11:00 #48978 - P075 Les duplications d’ATAD3 : un lien entre les maladies mitochondriales et le syndrome d’Aicardi-Goutières ? Description d’un nouveau phénotype à partir d'une cohorte française de 9 patients.
P075 Les duplications d’ATAD3 : un lien entre les maladies mitochondriales et le syndrome d’Aicardi-Goutières ? Description d’un nouveau phénotype à partir d'une cohorte française de 9 patients.

Une duplication hétérozygote récurrente de 68 kb du locus ATAD3, médiée par un mécanisme de recombinaison homologue non allélique, a été impliquée dans une cytopathie mitochondriale caractérisée par un début prénatal ou néonatal avec une cardiomyopathie, une hyperlactatémie, une cataracte, une encéphalopathie et un décès dans les premiers jours de vie. Nous analysons le spectre clinique, biochimique, radiologique et moléculaire associé aux duplications du locus ATAD3 à travers la description d’une cohorte de 8 patients. Quatre patients présentaient des signes prénataux, incluant un retard de croissance intra-utérin (3/8) et des anomalies cardiaques (2/8). Tous les enfants nés vivants ont présenté une hypotonie néonatale, fréquemment associée à une cardiomyopathie (4/7), à une cataracte ou à des opacités cornéennes (4/7) et à une hyperlactatémie (5/7). Deux patients porteurs de duplications distinctes ont présenté une survie prolongée (>2 ans) avec une atrophie cérébrale majeure et progressive, associée à une encéphalopathie épileptique. L’IRM cérébrale a montré des hyperintensités en T2 de la substance blanche (7/7) ainsi qu’une leucoencéphalopathie kystique temporale (5/7). La spectroscopie par résonance magnétique a montré un pic lactate (5/5), et la tomodensitométrie cérébrale a révélé des calcifications des noyaux gris centraux chez 1/2 patients. Avec la description de cette série de patients, nous élargissons le spectre clinique associé aux duplications de ATAD3, en incluant des formes avec survie prolongée et une atteinte neurologique sévère, avec des caractéristiques neuro-radiologiques évoquant le syndrome d’Aicardi-Goutières et, plus largement, les interféronopathies. Nous suggérons l’existence d’un mécanisme pathogénique commun sous-jacent aux maladies mitochondriales et aux interféronopathies. Ce locus, contenant les gènes ATAD3A, ATAD3B et ATAD3C a une très forte homologie de séquence, par conséquent, la détection des duplications peut être largement sous-estimée par les techniques de séquençages. Devant des signes d’appel cliniques ou échographiques évocateurs, cette duplication doit être recherchée par des algorithme de détection de CNV basés sur la profondeur de séquençage.
Pauline PLANTÉ-BORDENEUVE (lille), Claire-Marine BÉRAT, Sylvain HANEIN, Cyril GITIAUX, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, Zahra ASSOULINE, Marie-Thérèse ABI-WARDE, Rukhshona ABDULLAZODA, Agnès GUICHET, Radka STOEVA, Celine BRIS, Aurélien CAUX, Marlène RIO, Jeremy BERTRAND, Pauline GAIGNARD, Alice LEPELLEY, Manuel SCHIFF, Arnold MUNNICH, Isabelle DESGUERRE, Agnes ROTIG, Julie STEFFANN, Nathalie BODDAERT, Giulia BARCIA
10:00 - 11:00 #49207 - P079 Résoudre l’impasse diagnostique dans les maladies rares à l’aide d’une combinaison de technologies omiques : premiers résultats du projet MultiOmixCare.
P079 Résoudre l’impasse diagnostique dans les maladies rares à l’aide d’une combinaison de technologies omiques : premiers résultats du projet MultiOmixCare.

La résolution des situations d’impasse diagnostique dans les pathologies génétiques représente un enjeu de Santé Publique majeur. Cependant, de nombreux individus affectés par des troubles neurodéveloppementaux (TNDs) demeurent sans diagnostic, et ce malgré les progrès constants du séquençage de 2ème génération. La réanalyse de données génomiques permet de répondre à certaines de ces situations, par l’identification de variations dans des gènes nouvellement impliqués en pathologie humaine, ou grâce à l’optimisation et l’amélioration des technologies utilisées, notamment les pipelines bioinformatiques. Une autre solution peut être apportée par l’utilisation de nouvelles technologies génomiques, transcriptomiques ou épigénomiques qui permettent d’outrepasser certaines limites techniques. Cependant, la place et l’intérêt de ces technologies omiques – en particulier de la cartographie optique et du génome par lectures longues (lrGS) – a encore besoin d’être clarifiée. Il n’existe, par ailleurs, pas de recommandations concernant la stratégie diagnostique à employer pour leur usage dans les TNDs restant non-résolus après séquençage de génome à lectures courtes (srGS) en trio. Nous avons rassemblé une cohorte nationale de 40 individus présentant un TND restant sans diagnostic – ou avec un diagnostic partiel – après srGS, et 5 individus porteurs de variations de structure complexes, sélectionnés à l’aide des filières AnDDI-Rares et Défiscience. Ces individus ont, en complément d’une réanalyse de leurs données génomiques, bénéficié d’une association de technologies comprenant lrGS, cartographie optique et des analyses transcriptomiques. Des analyses transcriptomiques, protéomiques et/ou épigénomiques complémentaires – sur des fibroblastes issus d’individus de la cohorte, des progéniteurs neuronaux et des neurones obtenus par reprogrammation de cellules souches pluripotentes induites – pourront être effectuées au cas par cas, afin d’évaluer l’impact potentiel de certaines variations dans d’autres lignées cellulaires d’intérêt et l’organisation spatiale du génome via la technique de capture de conformation chromosomique. Les premières étapes du projet ont mis en évidence 2 nouveaux diagnostics (insertion ALU dans GRIN2B et variation pathogène dans RNU4-2), ainsi que de nouvelles variations candidates chez 7 individus requérant des explorations ou éléments complémentaires. L’analyse intégrée de données lrGs et de cartographie optique nous a permis de préciser des évènements génomiques rares d’un intérêt particulier – dont une insertion d’ADN mitochondrial dans le chromosome X – illustrant leur potentiel et mettant en évidence leurs limites dans l’analyse des variations de structure complexes. La poursuite de ces analyses actuellement en cours devrait enrichir ces observations et contribuer à définir plus précisément la valeur ajoutée et la complémentarité de ces approches omiques dans la stratégie diagnostique des TNDs.
Marlène MALBOS (Dijon), Edris SHARIFRAHMANI, Laurence FAIVRE, Amélie PITON, Valentin VAUTROT, Jean MULLER, Damien PLASSARD, Quentin TESTARD, Claire JUBIN, Alexandre MATHIEU, Caroline RACINE, Estelle COLIN, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Alinoë LAVILLAUREIX, Marjorie WILLEMS, David GENEVIÈVE, Elise SCHAEFER, Sarah BAER, Imen DORBOZ, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Bertrand ISIDOR, Mélanie FRADIN, Sophie NAMBOT, Marie BOURNEZ, Hana SAFRAOU, Michaela RENDEK, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Martin CHEVARIN, Victor COUTURIER, Valentin BOURGEOIS, Charlotte POË, Claire RISSE, Clarisse DONDON, Robert OLASO, Nicolas CHATRON, Claire BARDEL, Julien BURATTI, Stéphanie MOISAN, Gaël NICOLAS, Alexandra BENCHOUA, Boris KEREN, Sylvia REDON, Damien SANLAVILLE, Jean-François DELEUZE, Christel THAUVIN-ROBINET, Yannis DUFFOURD, Antonio VITOBELLO
10:00 - 11:00 #49244 - P083 Modélisation des effets pathogènes des variants de PTBP1 dans les troubles du neurodéveloppement à l’aide d’organoïdes cérébraux dérivés de cellules souches pluripotentes induites.
P083 Modélisation des effets pathogènes des variants de PTBP1 dans les troubles du neurodéveloppement à l’aide d’organoïdes cérébraux dérivés de cellules souches pluripotentes induites.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) regroupent un large spectre de pathologies qui peuvent inclure de la déficience intellectuelle et des anomalies cérébrales. Ils sont souvent liés à des altérations génétiques affectant des gènes spécifiques du système nerveux central. Parmi les acteurs moléculaires impliqués, les protéines hétérogènes nucléaires ribonucléoprotéiques (hnRNPs) jouent un rôle clé dans le métabolisme de l’ARN, en particulier dans l’épissage alternatif. Des variants pathogènes dans le gène PTBP1 de la famille des hnRNPs ont récemment été identifiés par notre équipe chez des patients présentant un phénotype associant dysmorphie faciale, dysplasie squelettique et TND, avec un effet hypermorphique lié à une rétention cytoplasmique accrue de la protéine. Notre objectif est de caractériser l’impact de ces variants sur (1) la différenciation neuronale et (2) la régulation transcriptionnelle/épissage au cours du développement cérébral. Avec des organoïdes cérébraux générés à partir de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs) de patients et de témoins sains, nous avons réalisé des expériences d’immunohistochimie pour évaluer la prolifération cellulaire, la différenciation des progéniteurs neuronaux et la localisation subcellulaire de PTBP1. Les résultats montrent que les organoïdes porteurs de variants hypermorphiques présentent des rosettes neuroépithéliales désorganisées. En parallèle, des analyses de séquençage des ARN en cellules uniques (scRNA-seq) ont montré des altérations de l’expression de gènes impliqués dans l’engagement vers l’ectomésenchyme, la différentiation ostéochondrale et la spécification mandibulaire dans une population cellulaire présentant une signature moléculaire identifiable de la crête neurale antérieure. Ces données préliminaires, qui sont en cours de confirmation avec des contrôles isogéniques, montrent des altérations corroborant les malformations observées chez les patients, prouvant ainsi la pertinence de notre modèle. D'autre part, elles suggèrent que les variants hypermorphiques de PTBP1 perturbent non seulement la neurogenèse et l'organisation neuronale mais également la spécification des cellules de la crête neurale. Cela établit ainsi un lien inédit entre anomalies du développement cérébral et malformations crânio-faciales, qui ouvre la voie à une compréhension fine des troubles du neurodéveloppement et de nouvelles perspectives pour l’identification de cibles thérapeutiques.
Fatima EL IT (dijon), Claudia SARAIVA, Julien PACCAUD, Yannis DUFFOURD, Carlo MARCELIS, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO, Laurence DUPLOMB
10:00 - 11:00 #49279 - P087 Aneuploïdies gonosomiques et troubles du neurodéveloppement.
P087 Aneuploïdies gonosomiques et troubles du neurodéveloppement.

Les aneuploïdies gonosomiques impliquant un chromosome X surnuméraire sont relativement fréquentes (1 homme/700 et 1 femme/1000) bien que rarement identifiées (seulement 1/3 des hommes XXY et 10% des triples X). Les conséquences cliniques neurologiques en lien avec la présence d’un chromosome X surnuméraire sont très variables et discutées dans la littérature médicale. Des études suggèrent une plus grande fréquence de trouble du neurodéveloppement (TND) et troubles psychiatriques, avec une grande variabilité d’expression. Le mécanisme physiopathologique expliquant ce phénotype neurodéveloppemental n’est pas établi. Plusieurs études suggèrent la surexpression de gènes échappant au mécanisme d’inactivation chez les patients porteurs de chromosomes X surnuméraires dans différents types de tissus. Par exemple, il a été mis en évidence que de nombreux gènes impliqués dans l’immunité sont différentiellement exprimés dans les lymphocytes de patients avec aneuploïdies gonosomiques. En revanche, peu d’études se sont intéressées à l’expression des gènes du neurodéveloppement. Ainsi, notre étude porte sur l’expression des gènes de l’X par analyse RNAseq sur lymphocytes de patients porteurs d’un syndrome triple X ou d’un syndrome de Klinefelter et atteints d’un TND sans autre explication génétique (séquençage du génome négatif). Notre cohorte est toujours en cours de constitution. Poursuivre l’étude RNAseq sur un nombre plus important de patients pourrait permettre d’améliorer la compréhension des TND dans les aneuploïdies gonosomiques.
Laura KAREMBÉ (Nantes), Benjamin COGNÉ, Thomas BESNARD, Stéphane BÉZIEAU, Bertrand ISIDOR
10:00 - 11:00 #49297 - P091 Élargissement du spectre phénotypique et moléculaire de DPH2.
P091 Élargissement du spectre phénotypique et moléculaire de DPH2.

Introduction DPH2 est un facteur impliqué dans la synthèse du diphthamide, une protéine très conservée chez les eucaryotes, responsable de modification post traductionnelles du facteur d’élongation 2. Des variants bi-alléliques perte de fonction du gène DPH2 ont été associés à une forme syndromique de déficience intellectuelle caractérisée par une petite taille, des cheveux clairsemés et cassants, ainsi que des anomalies craniofaciales et des extrémités. À ce jour, seuls quatre enfants ont été rapportés dans la littérature, et le spectre phénotypique et moléculaire reste encore mal défini. Matériel et méthodes Nous avons réuni via Genematcher une cohorte comprenant huit personnes (cinq enfants et trois adultes), âgés de 9 mois à 30 ans. Les variants ont été identifiés par séquençage de l’exome en trio, du génome ou par des panels de gènes. Résultats L’analyse des données de séquençage a permis d’identifier quatre variants homozygotes différents dans le gène DPH2 dont un variant faux sens récurrent, NM_001384.5 : c.1429C>T, p.(Arg477Ter) présent chez 5 individus. Cliniquement, on retrouve des similarités phénotypiques au sein de la cohorte. Tous les individus présentent une petite taille et un trouble du neurodéveloppement de sévérité variable. Des signes cliniques de vieillissement prématuré sont décrits, certains chevauchant avec le diagnostic de syndrome d’Hallermann-Streiff. Les manifestations incluent une alopécie avec canitie précoce, une hypotrichose, des ailes du nez hypoplasiques, une peau fine avec vaisseaux visibles, et des hypoplasies unguéales. Parmi les trois cas adultes, l’une présente une dégradation progressive de l’état général à 30 ans avec amaigrissement et apparition d’une cardiomyopathie dilatée. Conclusion La description phénotypique et moléculaire de cette cohorte DPH2 permet d’élargir le spectre clinique et moléculaire du syndrome, en particulier l’identification de signes de vieillissement prématuré avec dégradation progressive chez les adultes justifiant d’une surveillance cardiologique rapprochée chez ces patients.
Amandine SMAIL (Toulouse), Guillaume BANNEAU, Zhi Min YAP, Amica MUELLER-NEDEBOCK, Nathalie COUQUE, Varun VENKAT, Sarah NICKEL, Conrad PLATZER, Majid MOJARRAD, Eric BIETH, Wen-Hann TAN, Alban ZIEGLER, Marion AUBERT-MUCCA
10:00 - 11:00 #49402 - P095 Les variants de novo de SRRM2 sont associés à l’hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI).
P095 Les variants de novo de SRRM2 sont associés à l’hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI).

Introduction. L'hyperplasie des cellules neuroendocrine du nourrisson (NEHI) est l’une des causes de maladie pulmonaire interstitielle chez l'enfant. Cette maladie pulmonaire très rare (<1/1 000 000) est responsable d'une insuffisance respiratoire débutant typiquement chez le nourrisson de 1-6 mois. Des symptômes non pulmonaires peuvent également être associés, notamment un retard de croissance (45.9%) et un trouble du neurodéveloppement (TND - de 9,3 à 38,1% selon les cohortes). Il n’y a pas de traitement spécifique de cette maladie et sa physiopathologie reste incertaine. Aucune étiologie génétique claire n’a pu être confirmée à ce jour. Afin d'identifier un/plusieurs gènes candidats de NEHI, nous avons réalisé un séquençage de génome et d’exome au sein d’une large cohorte de patients NEHI. Méthodes. Un séquençage de génome en trios (n = 21) a été réalisé afin d'identifier un gène candidat. Les autres patients NEHI de la cohorte (n=50) ont ensuite bénéficié d’un séquençage d’exome afin de cribler le gène candidat identifié. Résultats. Quatre variants de novo hétérozygotes perte de fonction (LoF) au sein du gène SRRM2 (délétion de 318kb emportant SRRM2, c.5644_5645del, p.(Leu1882Aspfs*5), c.1615C>T p.(Arg539*) et c.585_588del p.(Asp195Glufs*191)) ont été identifiés chez 4 des 71 patients NEHI présentant des symptômes pulmonaires typiques. La protéine SRRM2 est impliquée dans l'épissage des ARNm, et des variants LoF du gène SRRM2 ont récemment été rapportés chez des patients présentant un TND. Les quatre patients NEHI identifiés présentaient un TND avec notamment un trouble du développement intellectuel léger, une anxiété, une hypersociabilité et un déficit de l'attention. La prévalence des variants LoF SRRM2 dans notre cohorte (5,6%; IC à 95%: 1,6-13,8%) était 20 à 100 fois plus élevée que chez les patients atteints de TND sans maladie pulmonaire, signifiant que le spectre phénotypique des maladies associées au gène SRRM2 doit être élargi à la NEHI. Conclusion. Cette étude identifie l’haploinsuffisance SRRM2 comme une cause monogénique de NEHI. Ces résultats suggèrent que les patients atteints de NEHI devraient être évalués systématiquement par un neuropédiatre et que le séquençage de SRRM2 devrait être inclus dans chaque bilan diagnostique des patients atteints de NEHI.
Camille LOUVRIER (Paris), Yohan SOREZE, Julie MESINELE, Alix DE BECDELIÈVRE, Tifenn DESROZIERS, Valérie NAU, Florence DASTOT LE MOAL, Romain LEVERGEOIS, Marie LEGENDRE, Irina GIURGEA, Marina KONYUKH, Rola ABOU TAAM, Arnaud BÉCOURT, Laure COSSON, Isabelle GIBERTINI, Raphaël BORIE, Diana RODRIGUEZ, Corinne TROADEC, Aurore COULOMB L’HERMINÉ, Jean-Christophe DUBUS, Nadia NATHAN
10:00 - 11:00 #49603 - P099 Vers une meilleure interprétation des variants faux-sens sur le chromosome X. Exemple du gène HCFC1 : revue de la littérature et constitution d’une cohorte internationale.
P099 Vers une meilleure interprétation des variants faux-sens sur le chromosome X. Exemple du gène HCFC1 : revue de la littérature et constitution d’une cohorte internationale.

Contexte : Le gène HCFC1 (Xq28) code pour un co-régulateur transcriptionnel. Des variants pathogènes ont été rapportés chez des garçons présentant une acidurie méthylmalonique de type CblX, mais également chez des patients avec un trouble du développement intellectuel isolé (TDI) sans anomalie métabolique voire une épilepsie isolée. Une corrélation génotype-phénotype a été décrite dans la littérature notamment concernant les variants localisés dans le domaine Kelch proximal associés aux manifestations métaboliques. Cependant, comme pour d’autres gènes de TDI liés à l’X, l’interprétation des variants faux-sens hérités dans HCFC1 reste délicate, surtout dans les cas de TDI isolés, comme illustré par le nombre important de variants de signification incertaine (VSI) dans ClinVar (300 VSI contre 10 variants pathogènes/probablement pathogènes).  Objectifs : L’identification d’éléments cliniques et biologiques pertinents, incluant l'étude de l’inactivation de l’X (Xi) chez la mère porteuse, est nécessaire afin d’aider à l’interprétation des VSI faux-sens identifiés dans HCFC1 et de faciliter le diagnostic de la forme TDI sans CblX.   Méthodes : Après identification du variant p.(R320C) chez un patient suivi par le service de génétique de Strasbourg pour un TDILX et retrouvé chez une autre fratrie à l’aide de ClinVar, nous avons effectué un appel à collaboration afin de colliger d’autres variants faux-sens dans le gène HCFC1. Nous avons constitué une cohorte de variants pathogènes par le biais d’une revue de la littérature, ainsi qu’une cohorte de variants bénins, afin de comparer différents scores qui pourraient être pertinents dans l’interprétation des variants faux-sens de HCFC1. Résultats : Nous avons colligé 16 variants faux-sens chez 21 patients pour la majorité de sexe masculin et hérités de mères asymptomatiques. 3 ont pu être reclassés en probablement pathogènes à l’aide des scores CADD, EVE, AlphaMissense, de contrainte et de l'Xi. 5 ont été reclassés en probablement bénins et 8 restent de signification incertaine. Nous avons précisé la corrélation phénotype-génotype avec des variants situés en dehors du domaine Kelch proximal pouvant être responsables d’un phénotype métabolique. Nous rapportons certaines particularités phénotypiques chez les patients porteurs d’un variant pathogène dans HCFC1 sans anomalie métabolique notamment des traits faciaux particuliers, des troubles psychiatriques et des anomalies urogénitales.   Conclusion : Les scores CADD, EVE, AlphaMissense, de contrainte ainsi que l’étude de l’Xi sont utiles dans l’interprétation des VSI faux-sens de HCFC1 chez des patients présentant un TDI sans CblX. Nous avons affiné la corrélation génotype-phénotype existante et élargi le spectre des atteintes liées à HCFC1, en particulier des formes de TDI sans anomalie métabolique. La confirmation de ces observations sur un plus grand nombre de patients permettrait potentiellement de résoudre les incertitudes diagnostiques restantes.      
Sarah CLUZEL (Strasbourg), Amélie PITON, Salima EL CHEHADEH
10:00 - 11:00 #49827 - P103 Étude de l'impact des défauts de la voie sonic hedgehog dans les pathologies du neurodéveleppement par des approches d'analyses de réseaux de gènes.
P103 Étude de l'impact des défauts de la voie sonic hedgehog dans les pathologies du neurodéveleppement par des approches d'analyses de réseaux de gènes.

L’holoprosencéphalie (HPE) est une maladie neurodéveloppementale rare induite par une réduction de l’activité de la voie de signalisation Sonic Hedgehog (SHH). Cette pathologie se caractérise par une hétérogénéité importante, tant sur le plan phénotypique que génétique. Bien que SHH soit le principal gène impliqué, dix-huit gènes sont connus pour jouer un rôle dans l’HPE en réduisant l’activité du morphogène SHH. Cette complexité génétique entraîne un faible taux de diagnostic moléculaire (30 %), soulignant ainsi la nécessité de mieux comprendre les processus moléculaires impliquées dans l’HPE. L’inaccessibilité du tissu principalement affecté chez les patients constituant l’un des principaux défis dans l’étude de cette pathologie, nous avons développé un modèle in vitro du neuroectoderme humain en développement, basé sur des cellules souches pluripotentes induites (iPSCs). Nous avons réalisé des analyses transcriptomiques approfondies sur ce modèle afin d’explorer les conséquences moléculaires d’un déficit en SHH et avons identifié plusieurs gènes potentiellement liés à l’activité de SHH. Dans le but de revenir vers des aspects cliniques, nous avons intégré ces données transcriptomiques à des données exomiques provenant d’une cohorte de 199 patients atteints d’HPE. Nous avons ensuite exploré des réseaux de gènes pondérés construits à partir de ces données intégrées en utilisant des approches de marche aléatoire itérative. Via cette approche systématique et patient-spécifique, nous visons à détecter des signatures génétiques distinctes et des paysages phénotypiques qui permettront de mieux comprendre les conséquences d’un défaut de SHH dans le neurodéveloppement et d’améliorer le diagnostic de l’HPE.
Jules GARREAU (Rennes), Veranika PANASENKAVA, Valérie DUPÉ, Marie DE TAYRAC
10:00 - 11:00 #49861 - P107 Conséquences de l’haploinsuffisance d’EIF3B chez 2 patients présentant une trouble du neurodéveloppement et une cardiopathie congénitale.
P107 Conséquences de l’haploinsuffisance d’EIF3B chez 2 patients présentant une trouble du neurodéveloppement et une cardiopathie congénitale.

Le gène EIF3B (7p22.3, MIM#603917) code une des 13 sous-unité du complexe eIF3 impliqué dans l’initiation de la traduction. Les délétions hétérozygotes du locus 7p22.3, emportant notamment EIF3B et SNX8, sont candidates dans les cardiopathies congénitales avec retard de développement psychomoteur. Nous décrivons 2 patients présentant une déficience intellectuelle et une cardiopathie congénitale, porteurs de variants hétérozygotes entrainant une haploinsuffisance d’EIF3B. Nous avons étudié in vitro les conséquences de ces variants sur l’activité transcriptionnelle cellulaire. Chaque patient, reçu en consultation de génétique au CHU de Lille, a bénéficié d’une analyse de génome en trio dans un cadre diagnostique, permettant l’identification de variants candidats. A partir de fibroblastes des patients, nous avons étudié par qPCR l’expression de gènes connus pour influencer le développement ou la transcription de gènes (SNIP1, WNT5B, SMAD1/2) et/ou pour être impliqués dans le stress ou la morphogenèse cellulaire (JUN/FOS, DTX3, DVL3, STK33). Le patient 1 présente une atrésie de l’œsophage de type III, une tétralogie de Fallot, une microcéphalie progressive (-4DS), une hypoplasie du corps calleux et du tronc cérébral à l’IRM, un retard global du développement psychomoteur, un reflux vésico-urétéral grade II gauche. Le séquençage de génome en trio a mis en évidence une délétion hétérozygote de novo de 131kb incluant le gène EIF3B. Le patient 2 présente l’association d’un canal atrio-ventriculaire diagnostiqué en période néonatale, un retard des acquisitions, une microcéphalie à -3DS, des particularités morphotypiques (palais ogival, épicanthus, racine du nez large, canines coniques). Le séquençage du génome en trio a mis en évidence un variant décalage de cadre de lecture de novo d’EIF3B. Les tests d’expression sur fibroblastes chez le patient 1 mettent en évidence une diminution d’expression des gènes EIF3B, JUN, FOS et EGR1 d’environ 50%. Les tests d’expression sont en cours chez le patient 2. Nos résultats sont en faveur d’une perturbation de l’activité transcriptionnelle cellulaire secondairement à une haploinsuffisance d’EIF3B. Ces données pourraient expliquer le phénotype de nos patients, permettant d’étendre le spectre clinique associé à EIF3B et de considérer EIF3B comme un gène candidat de l’organogénèse cardiaque.
Simon BOUSSION (Lille), Jade FAUQUEUX, Allamando TOM, Thuillier CAROLINE, Jamal GHOUMID, Thomas SMOL
10:00 - 11:00 #49985 - P111 Découverte de gènes clés du neurodéveloppement par criblage génomique à grande échelle.
P111 Découverte de gènes clés du neurodéveloppement par criblage génomique à grande échelle.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) résultent de perturbations du développement cérébral, mais les voies biologiques sous-jacentes restent encore mal comprises. Nous avons réalisé un criblage génomique à grande échelle par inactivation de gènes et identifié plus de 300 gènes essentiels à la différenciation neuronale. Bien que ces gènes soient enrichis en gènes déjà connus pour leur implication dans les TND, plus de 80 % d’entre eux sont nouveaux. Les gènes dominants liés aux TND sont enrichis en régulateurs transcriptionnels, tandis que les gènes récessifs sont majoritairement impliqués dans des processus métaboliques. Des modèles murins pour huit gènes (Eml1, Dusp26, Dynlrb2, Mta3, Peds1, Sgms1, Slitrk4 et Vamp3) ont révélé d’importantes anomalies neuroanatomiques, dont une microcéphalie dans la moitié des cas. En nous concentrant sur le gène PEDS1, enzyme clé de la biosynthèse des plasmalogènes, nous avons identifié une variation bi-allélique chez des individus présentant microcéphalie, retard global du développement et cataractes congénitales. Chez la souris, l'inactivation du gène Peds1 entraine une sortie accélérée du cycle cellulaire ainsi qu’une différenciation et une migration neuronales altérées. Ces résultats mettent en évidence des voies essentielles à la différenciation neuronale et fournissent une plateforme génétique pour la découverte et la valiadation de nouveaux gènes associés aux TND.
Binnaz YALCIN (Dijon), Stephan COLINS, Alana AMELAN, Tamar HAREL, Sagiv SHIFMAN
10:00 - 11:00 #48942 - P115 Description du syndrome cognitivo-affectif cérébelleux (CCASS) et de l’atteinte au PET scanner dans l’ataxie spinocérébelleuse SCA27B.
P115 Description du syndrome cognitivo-affectif cérébelleux (CCASS) et de l’atteinte au PET scanner dans l’ataxie spinocérébelleuse SCA27B.

Introduction SCA27B est causée par une expansion ≥ 250 GAA dans l’intron 1 du gène FGF14. Peu d'études ont exploré les troubles cognitifs dans SCA27B. L’impact cognitif des ataxies est déjà décrit à travers le syndrome cognitif cérébelleux affectif (CCAS) caractérisé par une atteinte exécutive, visuospatiale, du langage et de la cognition sociale. Objectif L’objectif principal était d’évaluer la prévalence du CCAS chez les patients SCA27B. Les objectifs secondaires comprenaient la description du profil cognitif global à l’aide d’un bilan neuropsychologique standardisé et l’évaluation de la qualité de vie. L’étude visait aussi à analyser les corrélations entre les troubles cognitifs, le nombre de triplets GAA, la sévérité motrice et l’âge de début des symptômes, et à décrire les anomalies observées en PET-scan. Méthodes Il s’agissait d’une étude prospective monocentrique au CHRU de Nancy sur 17 patients SCA27B. Les données démographiques, cliniques et génétiques ont été recueillies. Tous ont bénéficié d’une évaluation neuropsychologique standardisée incluant la passation de l'échelle CCAS. La qualité de vie a également été évaluée. Un PET-scan au 18-FDG a permis d’évaluer l’hypométabolisme cérébelleux. Les corrélations ont été analysées à l’aide du coefficient de Spearman (p < 0,05). Résultats L’âge moyen de début de l’ataxie était de 58 ± 14,6 ans, avec un nombre moyen de GAA de 407 ± 98. L’atteinte motrice était modérée (SARA : 7 ± 6,2/40). Une présentation épisodique était observée chez 94 % des patients. Un CCAS défini (≥ 3 subtests échoués) était retrouvé chez 7/17 patients, soit une prévalence de 41 %. Le score CCAS était corrélé à la sévérité motrice (p = 0,047) et à un âge plus tardif de début de la maladie (p = 0,043). En revanche, aucune corrélation significative n’a été retrouvée avec le nombre d’expansions GAA. La qualité de vie était altérée, avec un score moyen de 55,5 ± 20,3/100 en santé physique et 52,9 ± 18,9/100 en santé mentale. Enfin, le PET-FDG n’a révélé aucun hypométabolisme cérébelleux chez 88 % des patients évalués (15/17). Discussion Cette étude est un des premières à explorer le fonctionnement cognitif et la qualité de vie des patients SCA27B. Elle met en évidence une fréquence notable du CCAS (41 %), comparable à celle rapportée dans d’autres SCAs. L’absence d’hypométabolisme cérébelleux pourrait s’expliquer par un mécanisme physiopathologique lié à une perte de fonction de la protéine FGF14 altérant les canaux sodiques voltage-dépendants, s’apparentant à une canalopathie. L’atteinte serait donc plus fonctionnelle que dégénérative, ce qui expliquerait l’absence d’hypométabolisme au PET-scan malgré les troubles cognitifs. Conclusion Une fréquence notable du CCAS est retrouvée chez les patients SCA27B, corrélée à la sévérité motrice et à un âge de début tardif. Notre étude souligne l’importance du dépistage dans SCA27B des manifestations non motrices, dont les troubles cognitifs, afin de proposer une remédiation adaptée.
Laurine CROS, Guillemette CLEMENT, Salomé PUISIEUX, Armand HOCQUEL, Antoine VERGER, Solène FRISMAND, Amory JARDEL, Céline DILLIER, Mylène MEYER, Virginie ROTH, Bernard BRAIS, Carine POURIE, Celine BONNET, David PELLERIN, Thomas PALPACUER, Marion WANDZEL, Lucie HOPES, Mathilde RENAUD (NANCY)
10:00 - 11:00 #48968 - P119 La variation p.R272Q de la protéine Miro1 provoque la perte de neurones dopaminergiques dans des organoïdes dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de patients atteints de la maladie de Parkinson et des souris knock-in.
P119 La variation p.R272Q de la protéine Miro1 provoque la perte de neurones dopaminergiques dans des organoïdes dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de patients atteints de la maladie de Parkinson et des souris knock-in.

La maladie de Parkinson (PD) est un trouble neurodégénératif progressif caractérisé par la perte sélective de neurones dopaminergiques dans la voie nigrostriatale. Le dysfonctionnement des mitochondries est une caractéristique bien établie de la PD, contribuant aux formes familiales et idiopathiques de la maladie. Miro1, une GTPase de la membrane externe mitochondriale codée par le gène RHOT1, régule le transport mitochondrial, l'homéostasie du calcium et la mitophagie. Ces dernières années, des mutations hétérozygotes de RHOT1, dont la variation p.R272Q, ont été identifiées chez des patients atteints de PD, suggérant que Miro1 pourrait représenter une voie moléculaire convergente dans la pathogenèse de la PD. Afin d’élucider le rôle physiopathologique de la mutation Miro1 p.R272Q, nous avons utilisé des organoïdes mésencéphaliques dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) d’un patient atteint de PD porteur de la mutation Miro1 p.R272Q, ainsi que des témoins sains et isogéniques. À partir du 30e jour de culture, les organoïdes mutants ont montré une diminution significative du nombre de neurones positifs à la tyrosine hydroxylase, indiquant une perte sélective de neurones dopaminergiques. La mutation Miro1 p.R272Q induit des altérations mitochondriales, notamment une respiration basale réduite, une production d’ATP altérée, un potentiel de membrane mitochondrial diminué et des niveaux accrus de ROS mitochondriaux, malgré une masse mitochondriale comparable. Le séquençage de l’ARN en cellule unique et la modélisation métabolique ont révélé que la mutation Miro1 perturbe la différenciation de la lignée dopaminergique et modifie le couplage métabolique entre neurones et astrocytes. Ainsi, ces perturbations semblent constituer un mécanisme précoce et central de vulnérabilité des neurones dopaminergiques. Des études complémentaires in vivo menées chez des souris knock-in âgées exprimant la mutation orthologue Miro1 p.R285Q ont mis en évidence une accumulation de l’α-synucléine phosphorylée dans le striatum, une perte significative de neurones dopaminergiques dans la substance noire, ainsi que des altérations comportementales, renforçant l’implication de Miro1 mutant dans les phénotypes liés à la PD. Dans l’ensemble, nos résultats démontrent que la mutation Miro1 p.R272Q est suffisante pour induire des dysfonctionnements mitochondriaux et métaboliques menant à une dégénérescence sélective des neurones dopaminergiques dans des modèles humains et murins. L’utilisation d’organoïdes dérivés de patients met en lumière l’utilité de cette technologie pour modéliser la PD et identifier les mécanismes moléculaires précoces de la neurodégénérescence. Nos travaux positionnent Miro1 comme un régulateur clé de la vulnérabilité des neurones dopaminergiques et une cible moléculaire potentielle dans la PD.
Axel CHEMLA, Giuseppe ARENA, Ginevra SACRIPANTI, Kyriaki BARMPA, Alise ZAGARE, Rejko KRÜGER, Jens C. SCHWAMBORN, Claudia SARAIVA (Dijon)
10:00 - 11:00 #49116 - P123 Neuroferritinopathie : description clinique et radiologique de quatre cas, et apport du traitement chélateur.
P123 Neuroferritinopathie : description clinique et radiologique de quatre cas, et apport du traitement chélateur.

La neuroferritinopathie est une maladie neurodégénérative génétique autosomique dominante, liée à des variants pathogènes du gène FTL, codant pour la chaîne légère de la ferritine. Ces variants entraînent une altération de la captation du fer et son accumulation intracérébrale, principalement dans les noyaux gris centraux et la substance grise corticale. Ces dépôts, visibles à l’IRM, induisent un tableau neurologique complexe associant dystonie, syndrome extrapyramidal, chorée, syndrome cérébelleux ainsi que troubles psychiatriques et cognitifs, d’aggravation progressive. L’intérêt d’un traitement par Défériprone, chélateur du fer passant la barrière hématoencéphalique, reste discuté. Nous rapportons quatre cas de deux familles. Une femme âgée de 55 ans (BMV-01-MOV-0956) et son frère de 51 ans (BMV-01-MOV-0957), présentent une forme sévère évoluant depuis plus de 20 ans, avec dystonie laryngée, chorée, syndromes extrapyramidal et cérébelleux. La maladie a été transmise par leur père, décédé à 64 ans. La deuxième famille comprend deux sœurs, âgées de 31 et 25 ans, paucisymptomatiques. La maladie a été transmise par leur père, décédé à 53ans. Elles présentent respectivement un tremblement d’action isolé et une dystonie d’un membre supérieur. L’IRM cérébrale révèle des dépôts de fer (hyposignal T2*/SWI) diffus au niveau cortical et des noyaux gris. La première famille présente des cavitations bipallidales asymétriques, non retrouvées chez les sœurs paucisymptomatiques. Une IRM réalisée chez BMV-01-MOV-0957 avant l’apparition des symptômes montre déjà la présence des dépôts de fer, sans lésion cavitaire. Des cavitations sont cependant observées sur les IRM effectuées après le début des symptômes. Enfin, tous présentent des dépôts symétriques de fer dans les colliculi inférieurs déjà visibles en présymptomatique et non décrits à ce jour. Parmi ces patients, BMV-01-MOV-0956 bénéficie d’un traitement chélateur par Défériprone depuis 22 mois. Les IRM cérébrales réalisées avant et après 20 mois de traitement montrent une stabilité globale de la surcharge en fer et des cavitations bipallidales. La patiente rapporte une stabilité de la symptomatologie ressentie et on note une amélioration du score SARA diminué de 10/40 en 2021 à 7/40 en 2025. Son frère BMV-01-MOV-0957, a également reçu le traitement par Défériprone pendant huit mois, interrompu en raison d’une absence d’efficacité perçue. Enfin, dans la deuxième famille, la sœur cadette est sous traitement depuis huit mois, avec un contrôle IRM prévu après un an de suivi. Aucun effet indésirable n’a été rapporté, et le traitement a été bien toléré par tous les patients. En conclusion, ces quatre nouveaux cas de neuroferritinopathie mettent en évidence la détection de dépôts de fer dans les colliculi inférieurs et l’absence de cavitations dans les formes paucisymptomatiques. Un traitement prolongé par Défériprone semble bien toléré et potentiellement bénéfique chez les patients atteints de neuroferritinopathie.
Manon DEGOUTIN (Bordeaux), Mélanie HEBERT, Giulia COARELLI, Alexandra DURR
10:00 - 11:00 #49239 - P127 Dix ans de diagnostic des neurodégénérescence avec accumulation intracérébrale de fer : retour d’expérience d’un laboratoire de référence français.
P127 Dix ans de diagnostic des neurodégénérescence avec accumulation intracérébrale de fer : retour d’expérience d’un laboratoire de référence français.

Introduction Les neurodégénérescences avec accumulation intracérébrale de fer (NBIA) sont un groupe de maladies héréditaires rares, caractérisées par des dépôts anormaux de fer dans les ganglions de la base, détectables par des séquences spécifiques d’IRM cérébrale. Les NBIA sont génétiquement et cliniquement hétérogènes, avec des présentations cliniques et des âges de début variables. Matériels et méthodes Nous avons analysé les caractéristiques cliniques et radiologiques de 291 patients, adressés au laboratoire de biologie médicale de référence NBIA pour une présentantation évocatrice de NBIA sur la période 2014-2024. Une analyse par NGS des principaux 9 gènes en cause dans les NBIA (ATP13A2, CP, DCAF17, FA2H, FTL, C19orf12, PANK2, PLA2G6, WDR45) a été réalisée pour 264 patients, un séquençage ciblé de type Sanger des gènes PANK2 ou FTL a été réalisé pour 21 patients évocateurs. En fonction des premiers résultats, des analyses complémentaires ont été réalisées : séquençage du génome (3 patients), séquençage de l’exome (2 patients), CGH-custom (1 patient). Résultats Un diagnostic moléculaire de NBIA a été établi chez 80 patients (28%), le gène PANK2 étant le plus fréquemment impliqué (37.5%). Notre étude a permis d’identifier des formes atypiques de NBIA, notamment quatre familles présentant une forme dominante liée à des variants du gène C19orf12. Parmi ces patients, deux cas impliquaient des porteurs mosaïques, les seuls cas de mosaïcisme rapportés à ce jour pour ce gène. De plus, un mosaïcisme post-zygotique a été suspecté chez des jumeaux monozygotes cliniquement discordants pour un variant pathogène dans le gène WDR45. 72 % des patients restent non diagnostiqués à ce jour. Une des caractéristiques est d'avoir un âge d'apparition des symptômes plus élevé que celui des cas moléculairement diagnostiqués. Discussion Notre travail fournit une description détaillée des aspects génétiques, cliniques et radiologiques des NBIA, met en évidence des phénotypes atypiques, et souligne l’intérêt des analyses expertes pour l’interprétation adéquate des données génétiques et l’identification de nouvelles causes génétiques d’accumulation intracérébrale de fer (72% de patients négatifs à ce jour dans notre cohorte).
Valeria GIOIOSA (Bordeaux), Manon DEGOUTIN, Quentin SABBAGH, Isabelle COUPRY, Julie DEFORGES, Patricia FERGELOT-MAURIN, Lasserre JEAN-PAUL, Claudio PLAISANT, Giovanni STEVANIN, Cyril GOIZET, Chloé ANGELINI
10:00 - 11:00 #49288 - P131 Aneuploïdies mosaïques du chromosome 1q sous-tendent les inclusions astrocytaires hyalines dans l’épilepsie focale pédiatrique.
P131 Aneuploïdies mosaïques du chromosome 1q sous-tendent les inclusions astrocytaires hyalines dans l’épilepsie focale pédiatrique.

Contexte : Les mutations somatiques cérébrales sont une cause majeure des malformations corticales focales épileptogènes nécessitant une neurochirurgie pour contrôler les crises. Dans ces tissus cérébraux prélevés, les inclusions astrocytaires hyalines constituent une entité neuropathologique rare. Méthode : Nous avons analysé une cohorte de huit patients opérés pour une épilepsie sévère précoce et présentant des inclusions astrocytaires hyalines à l’examen neuropathologique. Nous avons effectué un séquençage profond de l’exome, des puces SNP à haute résolution et une hybridation in situ en fluorescence pour détecter des anomalies génétiques somatiques dans les tissus cérébraux et déterminer leurs distributions dans différents types cellulaires. Des enregistrements électrophysiologiques par microélectrodes (MEA) ont été effectués sur des coupes corticales d’un patient. Résultats : Des gains mosaïques du nombre de copies du chromosome 1q (chr1q) ont été identifiés dans les tissus cérébraux de tous les patients, avec une tétrasomie du chr1q confirmée dans trois cas. Quatre patients portaient des variants somatiques à haute fréquence allélique sur le chr1q dans les échantillons de cerveau, mais absents dans le sang. L’analyse de ségrégation de ces variants dans les trios patient-parent a révélé que ces variants étaient hérités de la mère, suggérant que le mosaïcisme cérébral résulte d’une correction postzygotic d’une erreur méiotique préexistente. De plus, l’étude de la distribution cellulaire a révélé un enrichissement des gains de 1q spécifiquement dans les astrocytes porteurs d’inclusions hyalines. Les enregistrements MEA ont montré une activité neuronale spontanée, qui n’a pas été corrélée à la présence d’inclusions astrocytaires. Conclusions : Nos résultats soutiennent le concept selon lequel le mosaïcisme cérébral associé à l’épilepsie peut résulter d’une correction postzygotique d’anomalies chromosomiques prézygotes et le rôle émergent des aneuploïdies mosaïques dans les épilepsies focales réfractaires.
Sara BALDASSARI (Paris), Ann-Sofie DE MEULEMEESTER, Lina SAMI, Melina SCOPIN, Marion DOLADILHE, Jeanne COUTURIER, Uriel BENSABATH, Caroline NAVA, Julia-Lauren CARUANA, Rayann CHECRI, Sarah FERRAND-SORBETS, Georg DORFMÜLLER, Homa ADLE-BIASSETTE, Jean-Cristophe PONCER, Mathilde CHIPAUX, Stéphanie BAULAC
10:00 - 11:00 #49318 - P135 Une forme très tardive de la maladie de Niemann-Pick de type C mimant une paralysie supra-nucléaire progressive.
P135 Une forme très tardive de la maladie de Niemann-Pick de type C mimant une paralysie supra-nucléaire progressive.

Nous rapportons le cas d’une patiente de 71 ans aux antécédents de dyslipidémie et rhinite, adressée pour suspicion de paralysie supranucléaire progressive – syndrome de Richardson (PSP-RS). Depuis deux ans, elle présentait un déclin cognitif progressif, des troubles de la marche avec chutes répétées et une perte pondérale de 14 kg. L’examen neurologique retrouvait une paralysie supranucléaire verticale du regard, une instabilité posturale, des freezing et un syndrome pyramidal. Cependant, son examen révélait également la présence d’un tremblement postural myoclonique distal et d’une ataxie cérébelleuse (SARA 12/40), qui dénotaient avec l'hypothèse d'une PSP-RS. L’IRM cérébrale montrait une leucopathie non spécifique, une atrophie cortico-sous-corticale et cérébelleuse. Le bilan infectieux, auto-immun, paranéoplasique et le bilan du cuivre étaient normaux. Devant cette présentation clinique d'ataxie cérébelleuse tardive avec paralysie supranucléaire progressive et syndrome parkinsonien, nous avons réalisé un dosage des oxystérols, révélant des anomalies évocatrices de Maladie de Niemann-Pick de type C (NPC) : cholestanol 3β,5α,6β-triol 91 nmol/L (N<30), 7-cétostérol 285 nmol/L (N<90), lysosphingomyéline totale 2,0 nmol/L (N<1,1), et lysosphingomyéline-509 139 MoM (N<6). Le séquençage ciblé de NPC1 a identifié 2 variants hétérozygotes composites faux-sens pathogènes (c.2819C>T et c.1976C>T), confirmant le diagnostic de NPC. L’instauration du MIGLUSTAT a permis une stabilisation du score SARA et une amélioration de la déglutition avec reprise pondérale après un an de suivi. Les formes adultes de NPC, maladie lysosomale rare de transmission autosomique récessive, peuvent se présenter par des symptômes neurologiques proches de la PSP-RS (démence sous-corticale, paralysie supranucléaire du regard, parkinsonisme). L’âge d’apparition est cependant distinct : jusqu’à 50 ans pour la forme adulte, alors que la PSP-RS débute classiquement vers 65 ans. Dans notre cas, l’âge tardif aurait pu amener à écarter à tort le diagnostic de NPC. La détection de l’ataxie cérébelleuse, critère d’exclusion du diagnostic clinique de PSP-RS mais retrouvé chez 76 % des formes adultes de NPC, a été déterminante pour orienter vers le diagnostic. Cette distinction diagnostique est d'autant plus importante que les traitements existent pour la NPC, pouvant ralentir l'évolution de la maladie. Le diagnostic moléculaire et de plus un préalable nécessaire à un conseil génétique et une prise en charge adéquats au reste de la famille. Nous rapportons ici le cas le plus tardif à notre connaissance de NPC. Ce dossier souligne la nécessité de ne pas exclure ce diagnostic devant une présentation de PSP, même à un âge tardif, et d’attirer l’attention sur ces formes très tardives, probablement sous-diagnostiquées, mais accessibles à un traitement.
Mégane MARTINACHE, Gwendoline DUPONT, Mathilde AIDAN, Christelle BLANC-LABARRE, Cecile PAGAN, Quentin THOMAS (Dijon), Vincent SCHNEIDER
10:00 - 11:00 #49386 - P139 Pathologies liées à l’X associées à RAB39B : un phénotype proche des pathologies liées à FMR1 ?
P139 Pathologies liées à l’X associées à RAB39B : un phénotype proche des pathologies liées à FMR1 ?

Les anomalies du gène RAB39B (chromosome X) causent chez les hommes un trouble du développement intellectuel (TDI ; OMIM #300774) et/ou une maladie de Parkinson précoce (syndrome de Waisman ; OMIM #311510). Deux frères, présentant un TDI et des symptômes parkinsoniens pour l’un, sont présentés ainsi que leur parcours diagnostique. Leur histoire familiale rapporte un oncle et deux grand-oncles maternels atteints de TDI et Maladie de Parkinson pour l’oncle, ainsi qu’une sœur avec insuffisance ovarienne précoce (IOP). Après une petite enfance normale, des difficultés d’apprentissage les ont conduits à une scolarité en IME et un travail en ESAT. Ils ont présenté des crises tonico-cloniques fébriles vers 18 mois et une macrocéphalie (+3 DS). Ils vivent de manière autonome. Les premières analyses génétiques (2010-2011) — caryotype, étude d’ARX et de FMR1 (21 répétitions) — furent normales. En 2023, un séquençage de l’exome en trio (mère et les 2 frères) a révélé un variant de signification inconnue dans NBEA non concordant avec la ségrégation familiale. En 2024, un séquençage du génome en trio (frères et neveu sain) n’a pas permis de conclure. Mais en 2025, une analyse par RNAseq a montré une perte totale d’expression de RAB39B, gène clé dans le trafic synaptique, l’autophagie neuronale et la survie des neurones dopaminergiques. Sa perte de fonction active la voie PI3K-AKT-mTOR, provoquant macrocéphalie, TDI et parkinsonisme précoce (moins de 45 ans) sensible à la lévodopa. Une réinterprétation orientée du génome a permis d’identifier une délétion de la partie 3’UTR de l’exon 2 de RAB39B, probablement due à l’insertion d’un élément mobile, ce qui explique la difficulté de détection par génome. Cette étude souligne l’apport du RNAseq pour détecter des anomalies non identifiées par les méthodes classiques. Elle révèle une continuité phénotypique entre ce TDI lié à l’X et le syndrome de Waisman, tous deux liés à une perte de fonction de RAB39B. Ce syndrome, touchant surtout les garçons, représente des similitudes avec les pathologies associées à FMR1, avec TDI variable, macrocéphalie et risque de parkinsonisme précoce. Une surveillance neurologique est essentielle, notamment pour la sensibilité à la lévodopa.
Auriane COSPAIN (Rennes), Thomas BESNARD, Marie FAOUCHER, Christele DUBOURG, Audrey RIOU, Stephane BEZIEAU, Benjamin COGNE, Sylvie ODENT
10:00 - 11:00 #49427 - P143 Mosaïcisme GLUT1 chez un patient présentant des épisodes de migraine hémiplégique - Conséquences sur le conseil génétique.
P143 Mosaïcisme GLUT1 chez un patient présentant des épisodes de migraine hémiplégique - Conséquences sur le conseil génétique.

Le gène SLC2A1 code pour le transporteur de glucose GLUT1, essentiel au passage du glucose à travers la barrière hémato-encéphalique. Les variants pathogènes de ce gène sont responsables du syndrome de déficit en GLUT1 (ou maladie de Vivo), caractérisé par une encéphalopathie épileptique infantile, un retard global du développement, une microcéphalie progressive et des troubles moteurs, lié à une hypoglycorachie due à l’altération du transporteur du glucose. Des hémiplégies transitoires ont aussi été décrites. Nous rapportons ici le cas d’une patiente qui a présenté depuis l’âge de 14 ans des épisodes d’hémiplégie associée à des céphalées régressant spontanément. L’analyse génétique réalisée n’a pas détecté de variant pathogène dans les gènes de la migraine hémiplégique CACNA1A, ATP1A2, PRRT2 et SCN1A, mais a mis en évidence un variant frameshift en mosaïque à 25% dans le dernier exon du gène SLC2A1. Une analyse fonctionnelle réalisée par le test METAGlut1 (qui permet de mettre en évidence un déficit d’expression du transporteur de glucose Glut1 à la surface des érythrocytes circulants) a montré la présence de deux populations de globules rouges, confirmant le caractère pathogène du variant. Bien qu’on ne puisse pas affirmer que le taux de mosaïque est le même dans le cerveau, il est vraisemblable que la présentation modérée chez notre patiente est liée à la présence de la mosaïque de SLC2A1 au niveau cérébral. Des variants frameshift situés dans le dernier exon ont été rapportés dans les formes sévères de déficit en GLUT1. Le risque transmission du variant SLC2A1 de la patiente à sa descendance est important et il est probable que celui-ci entrainerait la forme classique sévère de la maladie s’il est transmis à la descendance. Le conseil génétique est donc fortement recommandé. En conclusion, la recherche de variants dans le gène SLC2A1 doit faire partie du dépistage génétique de la migraine hémiplégique. Le test METAglut1 est efficace pour confirmer la pathogénicité de variants, même en mosaïque. En cas d’identification d’un variant en mosaïque, le conseil génétique est indispensable pour prévenir la transmission de la forme sévère de la maladie. L'identification d'une telle mutation permet également une meilleure prise en charge des migraines, en évitant l'utilisation de traitements potentiellement délétères tels que les barbituriques ou les méthylxanthines.
Sacha WEBER, Simon SAMAAN, Sandrine VUILLAUMIER-BARROT, Florence RIANT (PARIS)
10:00 - 11:00 #49621 - P147 Clair-obscur génomique dans l’ombre de FGF14 : les angles morts de l'analyse du génome révélés par la méthode de référence pour la détection des expansions bi-alléliques.
P147 Clair-obscur génomique dans l’ombre de FGF14 : les angles morts de l'analyse du génome révélés par la méthode de référence pour la détection des expansions bi-alléliques.

L'ataxie spinocérébelleuse de type 27B (SCA27B) est une forme récemment caractérisée d’ataxie autosomique dominante, causée par des expansions de répétitions GAA dans l’intron 1 du gène FGF14. Ces expansions sont généralement mono-alléliques, mais des cas bi-alléliques ont été rapportés (20 cas dans notre cohorte de 1884 patients, soit environ 1,5% des patients testés et 5% des patients atteints), soulevant des enjeux importants pour le diagnostic génétique. Dans cette étude, nous montrons que l’analyse du génome (couplée à l’outil bioinformatique ExpansionHunter pour la détection des répétitions) ne permet pas de détecter correctement les expansions bi-alléliques de FGF14. Chez deux patients (non apparentés) porteurs d’une expansion bi-allélique, cette approche aurait pu conclure à tort à la présence d’un allèle amplifié et d’un allèle normal. La visualisation manuelle des lectures sur IGV révèle l’absence de lecture traversante (spanning read) pour le petit allèle supposé normal, suggérant qu’il ne s’agit pas d’un allèle normal mais d’une deuxième expansion pathologique. L’analyse bioinformatique entraîne donc une erreur d’interprétation sur la zygotie de l’amplification. À l’inverse, la méthode de référence combinant long-range PCR et RP-PCR bidirectionnelle (5’ et 3’) permet une caractérisation précise des deux allèles, y compris la détection de doubles expansions, ainsi que leur taille respective. Cette méthode a en effet mis en évidence la présence des expansions bi-alléliques chez les deux patients interprétés de manière erronée par analyse du génome (360 / 434 GAA et 220 / 230 GAA). Nos résultats soulignent les limites actuelles des approches de génomique à haut débit pour la détection complète et correcte des expansions pathogènes du gène FGF14, notamment dans le cas des expansions bi-alléliques. Une vigilance particulière s’impose lors de l’interprétation des résultats d’analyse du génome mettant en évidence une expansion au locus FGF14 et le recours à des techniques de référence reste indispensable pour une évaluation précise de la zygotie et de la taille des expansions dans la SCA27B. La caractérisation des expansions bi-alléliques est importante pour le conseil génétique, notamment pour la descendance ainsi que dans le cadre du diagnostic présymptomatique.
Virginie ROTH (Nancy), Gaël NICOLAS, Randa BENARBIA, Virginie PICHON, Christophe VERNY, Perrine CHARLES, Stéphanie CACCIATORE, Florent GIRARDIER, Clément ROBIN, Frédéric WEBER, David PELLERIN, Bernard BRAIS, Mathilde RENAUD, Céline BONNET, Marion WANDZEL
10:00 - 11:00 #49921 - P151 Phénotypage Approfondi en neurogénétique - cohorte Huntington.
P151 Phénotypage Approfondi en neurogénétique - cohorte Huntington.

La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative rare d'origine génétique qui se caractérise par des mouvements choréiques anormaux et un déclin cognitif. Les premiers signes apparaissent généralement après 50 ans. Elle se transmet sur le mode autosomique dominant. La maladie de Huntington est incurable. La phénocopie la plus courante de la MH est la maladie de Huntington de type 2 (HDL2). HDL2 est souvent associée à des patients d'ascendance africaine. HDL2 est également d'origine génétique, à développement tardif et à transmission dominante. Cependant, elle a été décrite récemment et sa physiopathologie est peu documentée. La MH et HDL2 sont respectivement liées aux gènes HTT et JPH3. Le Centre caribéen des maladies neurologiques et neuromusculaires rares (CERCA, Martinique) gère l'une des plus grandes familles de patients atteints de HDL2 en France (données sous presse). Le projet de phénotypage approfondi en neurogénétique, cohorte Huntington, PAN-H a pour objectif de comparer les biomarqueurs détectés chez les patients atteints de la MH avec ceux des patients atteints de la HDL2, de créer une base de données regroupant tous les éléments du phénotype approfondi et de constituer une collection d'échantillons biologiques. Il s'agit d'une étude exploratoire, comparative, étiologique, longitudinale, prospective, observationnelle et monocentrique, basée sur la file active des patients suivis au CERCA. La recherche consistera à recueillir des indicateurs cliniques, paracliniques et biologiques auprès des patients à leur inclusion, à 12 mois et à 24 mois. Des échantillons sanguins seront prélevés afin de constituer des banques d'ADN et de plasma. Des tests de biomarqueurs seront effectués. Les échantillons d'urine prélevés aux différentes étapes de la recherche seront conservés pour une étude ultérieure. De même, des biopsies cutanées seront utilisées pour préserver des cellules destinées à la culture de cellules souches pluripotentes induites. Compte tenu du manque de données sur les marqueurs cliniques permettant de distinguer la MH de HDL2, le phénotypage approfondi de notre cohorte semble constituer un défi majeur pour la recherche et la comparaison des caractéristiques sous-phénotypiques en vue d'améliorer nos connaissances sur la MH. Cette étude est innovante dans le contexte de HDL2 associée au gène JPH3. Pour la première fois, elle décrira les biomarqueurs connus de la MH dans la HDL2. Cette étude observationnelle et descriptive contribuera à enrichir la littérature et à envisager de nouvelles hypothèses physiopathologiques, voire thérapeutiques. Nous souhaitons présenter ce travail aux « Assises de génétique » car il est innovant et nécessite une collaboration dans ce domaine.
Anna-Gaëlle GIGUET-VALARD (Fort-de-France), Abdoulaye TAMEGA, Sophie DUCLOS, Juliette SMITH-RAVIN, Cyril GOIZET, Aïssatou SIGNATE, Nadège BELLANCE
10:00 - 11:00 #49322 - P155 Caractérisation du promoteur du gène OCA2 à visée d’amélioration du diagnostic d’albinisme.
P155 Caractérisation du promoteur du gène OCA2 à visée d’amélioration du diagnostic d’albinisme.

L’albinisme est maladie génétique rare, cliniquement et génétiquement hétérogène, caractérisée par une hypopigmentation variable et des troubles oculaires. Actuellement, 21 gènes connus sont associés aux formes oculaires (AO), oculo-cutanées (AOC) et syndromiques d’albinisme. Le diagnostic moléculaire de la maladie est crucial pour garantir une prise en charge adaptée et le conseil génétique des patients. Cependant, 30 pourcents des patients demeurent sans diagnostic moléculaire établi. Pour améliorer le taux de diagnostic, les variants situés dans les régions génomiques non-codantes sont investigués, en particulier ceux situés dans les éléments régulateurs, tels que les promoteurs. Ces régions demeurent mal connues et doivent être caractérisées soigneusement pour évaluer l’effet de variants trouvés en leur sein. C’est le cas du promoteur du gène OCA2 impliqué chez 30 pourcents des patients. Afin d’identifier les séquences nécessaires pour définir le promoteur fonctionnel, nous étudions des fragments génomiques de ~ 1 à 6kb incluant un nombre croissant d’éléments cis-régulateurs candidats (CRE) annotés par le projet ENCODE (promoteur, enhancers). Ces fragments sont testés via un essai de gène rapporteur dual luciférase dans lequel ils contrôlent l’expression du gène de la nanoluciférase. Les résultats obtenus sont ensuite validés par une approche in vivo, utilisant la technique CRISPR-Cas9 pour induire la délétion des segments correspondant à chacun des fragments testés in vitro. L’expression du gène régulé est ensuite quantifiée par RT-PCRq. Cette approche par deux techniques conjointes a permis de préciser l’étendue du promoteur d’OCA2. Des variants localisés dans ce segment génomique sont en cours d’étude avec le système luciférase, et une approche par CRISPR-Cas9 knock-in est également envisagée afin d’évaluer leur pathogénicité.
Alicia DEFAY-STINAT (Bordeaux), Modibo DIALLO, Victor GINDENSPERGER, Romane DURAND, Aurélien TRIMOUILLE, Benoit ARVEILER
10:00 - 11:00 #49655 - P159 Détection de variations de structure rares du gène ALMS1 par cartographie optique du génome et séquençage du génome chez des patients atteints du syndrome d’Alström.
P159 Détection de variations de structure rares du gène ALMS1 par cartographie optique du génome et séquençage du génome chez des patients atteints du syndrome d’Alström.

Le syndrome d’Alström (ALMS) est une ciliopathie caractérisée par une dystrophie rétinienne (DR), une surdité, une obésité, une résistance à l’insuline, un diabète de type 2, une cardiomyopathie dilatée et une atteinte hépatique et rénale progressive. La DR de type cone-rod est précoce avec une photophobie et un nystagmus, évoluant vers une cécité à l’adolescence. Ce syndrome rare de transmission autosomique récessive est dû à des variations bialléliques, principalement tronquantes, du gène ALMS1. Notre étude décrit les investigations cliniques et moléculaires de 2 familles atteintes de ce syndrome. La famille 1 inclut 2 frères ayant un tableau clinique atypique avec des premiers signes notés vers l’âge de 4 ans par une baisse de l’acuité visuelle mais avec un diagnostic de dystrophie des cônes uniquement établi vers l’âge de 20 ans. L’évolution est stable avec une déficience visuelle moyenne. Une surdité bilatérale, diagnostiquée à l’adolescence, a nécessité un appareillage aux âges de 20 et 29 ans. L’ainé présente également une hypothyroïdie frustre. Le second est suivi pour une cholangite sclérosante primitive. Aucun n’a d’atteinte cardiaque ou rénale, d’obésité ou de résistance à l’insuline lors du dernier bilan. La famille 2 inclut 2 frères issus d’une union consanguine chez lesquels le diagnostic d’ALMS était rapidement suspecté devant l’association de DR, de surdité bilatérale appareillée, de diabète, d’atteinte rénale, d’hypogonadisme et de déficience intellectuelle. L’un d’eux présente également une cardiomyopathie hypertrophique et une atteinte hépatique. Les 2 familles ont bénéficié de premières explorations, dont le séquençage d’un panel de gènes de surdité ou de dystrophie rétinienne, non contributives. Un séquençage du génome (GS) et une cartographie optique du génome (OGM) ont été réalisés systématiquement chez ces patients. Chez les patients de la famille 1, 2 délétions, de 5032 pb de l’exon 3 et de 10 pb de l’exon 8, du gène ALMS1 ont été détectées à l’état hétérozygote composite par GS. La délétion de l’exon 3 est également détectée par OGM. La délétion de 10 pb de l’exon 8 est en revanche sous le seuil de résolution de cette technique. Chez les patients de la famille 2, les 2 techniques ont pu détecter une duplication en tandem de l’exon 11 à l’état homozygote et transmise de chacun des parents. Cette duplication est observée avec l’OGM mais à l’état hétérozygote en première intention. En conclusion, nous décrivons 2 familles avec une clinique différente et chez lesquelles des variations de structure pathogènes d’ALMS1 ont été identifiées et confirmées par qPCR. Les variations de structure sont rarement décrites dans ce syndrome et leur détection est essentielle pour établir un diagnostic pour d’autres patients suspectés d’ALMS. Ces observations illustrent le large spectre phénotypique et génétique décrit dans les ciliopathies et l’intérêt des techniques pangénomiques face aux présentations variables de ces pathologies.
Sophie SCHEIDECKER (STRASBOURG), Benjamin COGNE, Samira SECULA, Gaelle HAYOT, Adella KARAM, Valérie PELLETIER, Anais PHILIPPE, Laura GUYON, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Bertrand ISIDOR, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER
10:00 - 11:00 #49879 - P163 Nouveau phénotype causé par des variants bi-alléliques du gène WDR81: dystrophie maculaire avec ou sans signes neurologiques et sans déficience intellectuelle.
P163 Nouveau phénotype causé par des variants bi-alléliques du gène WDR81: dystrophie maculaire avec ou sans signes neurologiques et sans déficience intellectuelle.

Introduction Le spectre phénotypique associé au gène WDR81 n’a cessé de croître depuis sa première implication en pathologie humaine en 2011. Initialement associé à une déficience intellectuelle avec ataxie cérébelleuse congénitale et marche quadrupède, de transmission autosomique récessive, d’autres descriptions ont permis de faire le lien entre des variants pathogènes de WDR81 et une microcéphalie sévère avec lissencéphalie ou encore des formes sévères d’hydrocéphalie. Nous rapportons dans ce travail un phénotype très différent et beaucoup moins sévère, sous forme de dystrophie maculaire sans atteinte intellectuelle avec ou sans signes neurologiques tardifs. Méthode Une analyse par séquençage du génome entier sur la plateforme Auragen (PFMG 2025) dans les pré-indications dystrophies rétiniennes héréditaires et ataxies héréditaires du sujet jeune a été réalisé pour deux patientes, et a permis d’identifier des variants bi-alléliques du gène WDR81. Après un appel à collaboration via la plateforme GeneMatcher, une troisième patiente a pu être inclue. Un recueil des données cliniques a été fait en rétrospectif. Résultats Les 3 patientes présentent une forme sporadique de dystrophie maculaire sans atteinte intellectuelle. Une ataxie cérébelleuse associée à une atrophie cérébelleuse majeure est notée chez deux patientes dont une avait aussi une atteinte pyramidale. Par ailleurs, on retrouve une petite taille chez l’une des patientes. Nous avons identifié des variants tronquants et faux-sens du gène WDR81 chez chacune de ces patientes. L’étude de ségrégation a confirmé le statut hétérozygote composite dans deux cas et la phase n’a pas pu être établie pour la dernière patiente. Conclusion Le gène WDR81 avait été rapporté antérieurement dans une pathologie neurologique sévère et précoce. Nous rapportons ici un phénotype beaucoup plus atténué chez 3 patientes, comportant une dystrophie maculaire avec ou sans troubles neurologiques tardifs et sans déficience intellectuelle. Nous ne disposons actuellement pas d’argument pour corréler ce génotype à des formes moins sévères que celles décrites antérieurement.
Sana SKOURI (Saint Etienne), Cécile COURDIER, Marine TESSARECH, Dollfus HÉLÈNE, Vincent MICHAUD, Adriana PRUNDEAN, Virginie GUILLET-PICHON, Chloé LAENG, Ambre GOUTTARD, Alban ZIEGLER, Francis RAMOND, Patricia FERGELOT
10:00 - 11:00 #49767 - P167 Suivi au long cours des formes atténuées de MPS IVA : bénéfice de l’enzymothérapie substitutive et apport de l’analyse quantifiée de la marche.
P167 Suivi au long cours des formes atténuées de MPS IVA : bénéfice de l’enzymothérapie substitutive et apport de l’analyse quantifiée de la marche.

La mucopolysaccharidose de type IVA (MPS IVA, ou syndrome de Morquio A) est une maladie rare de surcharge lysosomale liée à des variants pathogènes bialléliques du gène GALNS. Depuis 2014, une enzymothérapie substitutive par élosulfase alfa (VIMIZIM®) a l’AMM en France. L’étude de suivi MOR 005 a montré un gain significatif de +32,0 mètres au test de marche de 6 minutes (TM6) dans la population ITT et +39,9 mètres dans la population per protocole modifiée (Hendriks et al., 2016). L’histoire naturelle des phénotypes atténués, récemment décrits et ultra-rares, ainsi que l’efficacité de l’enzymothérapie dans ces formes, restent peu connues. Nous avons évalué l’évolution clinique de quatre patientes (n=4) présentant une forme atténuée de MPS IVA, traitées par élosulfase alfa et suivies pendant 6 à 11 ans dans notre Centre de Compétences Maladies Rares (CCMR) des maladies osseuses constitutionnelles, à l’aide du programme Morquio A Clinical Assessment Program (MorCAP). La spécificité de l’étude est l’intégration des données de l’analyse quantifiée de la marche (AQM), de l’ostéodensitométrie et de l’IRM cardiaque dans ce suivi. Toutes les patientes (n=4/4) ont présenté une amélioration de la fonction motrice et des paramètres de marche, avec un gain moyen de +79,25 mètres au TM6. L’AQM a apporté des informations déterminantes sur les schémas posturaux au repos et à la marche, révélant des mécanismes de compensation liés à la douleur, en particulier dans les membres inférieurs. Elle a également permis la détection précoce de troubles articulaires et une adaptation rapide de leur prise en charge. Une diminution significative de la douleur a été rapportée, en particulier chez les patientes les plus douloureuses initialement. Le suivi cardiaque n’a pas montré d’accumulation myocardique de GAGs. Chez une patiente, une interruption de l’enzymothérapie pendant 8 mois a entraîné, dès les premiers jours, une aggravation des douleurs et à terme une perte de 215 mètres au test de marche. La reprise du traitement a permis une amélioration progressive de la distance parcourue, de la douleur et des paramètres posturaux, avec un retour quasi complet aux valeurs initiales après deux ans. Ce cas particulier souligne l’importance de la continuité thérapeutique. Ces résultats confirment que l’AQM est un outil pertinent pour le suivi dynamique de la fonction motrice, permettant notamment la détection précoce de troubles articulaires, et qu’elle reflète les bénéfices cliniques de l’enzymothérapie substitutive en conditions réelles. Toutefois, le protocole MorCAP, exhaustif et chronophage, n’a pas pu être appliqué intégralement malgré l’appui d’une infirmière de coordination. Les données issues de cette étude pourraient contribuer à l’élaboration de recommandations individualisées visant à renforcer l’adhésion au traitement et à adapter les stratégies de suivi aux besoins spécifiques des patients atteints de MPS IVA, en particulier des formes atténuées.
Camille PORTERET (BORDEAUX), Manon DEGOUTIN, Claire DELLECI, Elodie BLANCHARD, Steeve BROUSSEAU, Emilie DOAT, Didier GRIFFITHS, Etienne GUILLAUD, Mathilde MAJEAN, Patricia REANT, Christophe RICHEZ, Guilhem SOLE, Nadia MEHSEN-CETRE, Cyril GOIZET, Julien VAN GILS
10:00 - 11:00 #49863 - P171 Le réseau national des laboratoires de référence des maladies mitochondriales MitoDiag : structuration et objectifs.
P171 Le réseau national des laboratoires de référence des maladies mitochondriales MitoDiag : structuration et objectifs.

Contexte et objectifs Les maladies mitochondriales représentent un groupe hétérogène de pathologies rares à la fois sur le plan clinique et génétique, nécessitant une expertise diagnostique multidisciplinaire et coordonnée. Le réseau MitoDiag a pour mission de fédérer les laboratoires impliqués dans le diagnostic moléculaire afin d’améliorer l’homogénéité des pratiques, la qualité des résultats et l’interaction avec la recherche. Méthodes et actions mises en place La structuration du réseau et ses actions sont présentées sur le site MitoDiag (https://www.mitodiag.fr/home) ainsi que sur le site de la filière FILNEMUS. MitoDiag regroupe 11 laboratoires de diagnostic couvrant l’ensemble du territoire national : Angers, Bordeaux, Caen, Grenoble, Lille, Lyon, Nice, Paris (Necker, Bicêtre, Pitié-Salpêtrière) et Reims. Le réseau développe plusieurs projets structurants, parmi lesquels : • Élaboration d’un annuaire des outils fonctionnels disponibles (BN-PAGE, western-blot, RNA-seq, etc.) ; • Mise en place d’un groupe de travail transversal FILNEMUS pour renforcer les liens entre cliniciens et chercheurs ; • Validation des données d’ADN mitochondrial (ADNmt) issues du séquençage génomique complet (WGS) et définition des modalités d’accès via les plateformes LBM-FMG SeqOIA et Auragen ; • Adaptation et implémentation du document “Interprétation des variants NGS DIAG” par des recommandations spécifiques à l’ADNmt ; • Déploiement de la base clinico-biologique MitoMatcher et travail d’interconnexion avec BAMARA et le registre européen ERN-NMD ; • Mise à jour des arbres décisionnels et harmonisation des pratiques entre laboratoires. • Constitution au niveau national de cohortes homogènes de patients atteints de maladies mitochondriales pour des études de corrélation génotype/phénotype, dont une récente sur les patients avec déficit en Thymidine Kinase 2. Résultats attendus Ces initiatives visent à structurer un cadre national cohérent, à optimiser le partage de données et à renforcer la qualité diagnostique des maladies mitochondriales, en synergie avec les réseaux nationaux et européens. Conclusion MitoDiag constitue une dynamique collaborative essentielle pour consolider les pratiques de diagnostic moléculaire, favoriser les synergies avec la recherche, lutter contre l’impasse diagnostique et améliorer la prise en charge des patients atteints de maladies mitochondriales.
Cécile ROUZIER (Nice), Mitodiag RÉSEAU, Vincent PROCACCIO
10:00 - 11:00 #48869 - P175 Exploration de l’analyse tridimensionnelle du génome dans les néoplasmes myélodysplasiques avec délétion 5q.
P175 Exploration de l’analyse tridimensionnelle du génome dans les néoplasmes myélodysplasiques avec délétion 5q.

Les néoplasmes myélodysplasiques (SMD) sont des hémopathies malignes d'origine myéloïde du sujet âgé caractérisées par des cytopénies dues à une hématopoïèse clonale dérégulée. La délétion du bras long du chromosome 5 (del(5q)) constitue l’anomalie cytogénétique la plus fréquente (15–20 %). Isolée, elle définit une entité distincte (SMD-5q), associée à des cytopénies profondes et un faible risque évolutif. Toutefois, associée à un caryotype complexe ou à d’autres anomalies, notamment du chromosome 7, elle perd sa valeur pronostique favorable. Outre l’haploinsuffisance, mécanisme physiopathogène bien décrit, la del(5q) pourrait perturber l’organisation tridimensionnelle (3D) du génome, structurée en domaines topologiquement associants (TADs) qui régulent les interactions entre gènes et éléments cis-régulateurs (CREs). Les anomalies de structure peuvent entraîner la formation de néo-TADs et d’interactions aberrantes entre enhancers et promoteurs, dites « enhancer hijacking ». Nous émettons l’hypothèse que la del(5q) modifie les TADs et perturbe les interactions entre les gènes conservés et leurs CREs, contribuant à l’oncogenèse dans les SMD. Des cellules mononuclées issues de moelle osseuse de 9 patients SMD avec del(5q) et des données de la lignée de leucémie aiguë myéloïde HL60 ont été utilisées. La délétion a été caractérisée par cartographie optique du génome (COG), à l’aide de l’appareil Saphyr (Bionano Genomics, San Diego, USA), et analysée avec le pipeline rare variant (Bionano Access 1.8 / Solve 3.8). L’impact sur l’organisation des TADs a été exploré à partir de données Hi-C publiques (UCSC Genome Bowser/3D Genome). L’intégration des données COG aux matrices Hi-C a permis de prédire 6 TADs récurrents altérés. Quatre d’entre eux hébergent des gènes connus pour leur implication oncogénique - SSBP2, MSH3, RASA1, ITK, EBF1, GABRA6, NPM1, TLX3, ADRB2, GRIA1 - référencés dans la base COSMIC. Leurs CREs candidats (cCREs) ont été prédits par le modèle Activity-by-Contact (ABC). La lignée HL60, del(5q)(111,071,729-136,496,787), présente une réorganisation locale des TADs en regard du point de cassure proximal, en comparaison aux lignées contrôles lors de l’analyse Hi-C, constituant une preuve de concept. Cette étude exploratoire pose les bases méthodologiques d’une cartographie fine de l’impact de la del(5q) sur les interactions chromatiniennes. Les données intégrées des points de cassure obtenus par la COG sur les matrices Hi-C permettent de prédire la formation de néo-TADs dont certains semblent récurrents. L’analyse des gènes NPM1, MSH3, RASA1 et SSBP2 apparaît particulièrement pertinente, ces derniers étant impliqués dans des processus biologiques essentiels — réparation de l’ADN, régulation de la signalisation cellulaire et contrôle transcriptionnel — dont les altérations 3D contribuent potentiellement à la pathogenèse des SMD. Il s’agit de la première étude explorant l’effet de la del(5q) sur l’architecture 3D du génome dans les SMD.
Fanny LEMARIÉ, Séverine COMMET, Corinne TOUS, Eloise LE HIR-REYNAUD, Valentine HOYAU, Clara BLOTAS, Frédéric MOREL, Audrey BASINKO, Steven RICHEBOURG, Marie-Bérengère TROADEC, Nathalie DOUET-GUILBERT (Brest), Stéphanie MOISAN
10:00 - 11:00 #49034 - P179 Comprehensive dissection of the PTEN tumor suppressor locus reveals multi-enhancer hubs regulating gene expression.
P179 Comprehensive dissection of the PTEN tumor suppressor locus reveals multi-enhancer hubs regulating gene expression.

Germline disruption of enhancer-promoter interactions is a recognized cause of human disease, but the regulatory landscape of the PTEN tumor suppressor remains largely unexplored. To address this gap, we mapped 3 Mb surrounding the PTEN topologically-associated domain in 11 human cell lines, including two patient-derived lines, using high-resolution Tiled-C combined with multi-omics data. Our analysis identified seven chromatin contact hubs coordinating eleven enhancers, whose inhibition by CRISPR interference decreased PTEN expression by up to 60%. More than half of these enhancers interact extensively with one another, forming complex regulatory networks, while promoter contact is mediated indirectly through chromatin anchor points. PTEN mutational status modestly modulates these contacts. These findings reveal the first high-resolution functional map of PTEN regulatory hubs, providing mechanistic insights into enhancer cooperation and fine-tuned gene control. They also highlight new candidate regions for understanding PTEN dysregulation in cancer and PTEN Hamartoma Tumor Syndrome, offering potential avenues for future molecular interventions.
Thibaut MATIS (Bordeaux), Elodie DARBO, Jessica BAUD, Noé CALAIS-YAGER, Delfine LAFON, Valérie PROUZET-MAULÉON, Sandrine DABERNAT, Michel LONGY, Nicolas SÉVENET
10:00 - 11:00 #49241 - P183 Étude multicentrique du phénotype méthylateur des îlots CpG et de ses corrélations moléculaires et cliniques dans le cancer colorectal en Tunisie.
P183 Étude multicentrique du phénotype méthylateur des îlots CpG et de ses corrélations moléculaires et cliniques dans le cancer colorectal en Tunisie.

Le phénotype méthylateur des îlots CpG (CIMP) joue un rôle majeur dans l’instabilité épigénétique du cancer colorectal (CCR). Les tumeurs CIMP+ se distinguent par des particularités épidémiologiques, histologiques et moléculaires, suggérant une voie alternative de carcinogenèse. Depuis sa description initiale en 1999, les panels de gènes et les méthodes de détection employés ont considérablement varié, entraînant une hétérogénéité des critères retenus. Nous avons mené une étude prospective multicentrique incluant 91 patients recrutés dans quatre centres hospitaliers du nord tunisien. Le statut CIMP a été évalué par pyroséquençage sur un panel de sept gènes sélectionnés sur la base de leur prévalence : SOCS1, CDKN2A, NEUROG1, RUNX3, MINT1, MLH1 et CACNA1G. L’hypométhylation globale des séquences LINE-1, ainsi que les mutations de KRAS et BRAF, ont également été analysées par pyroséquençage. Le séquençage de l’exome a permis d’estimer la charge mutationnelle tumorale (TMB) chez 41 patients. Un statut CIMP+ a été identifié chez 13,86 % des patients (14/91) ; les gènes SOCS1 (62,63 %), CDKN2A (20,87 %) et RUNX3 (17,58 %) étant les plus fréquemment hyperméthylés. Des associations significatives ont été observées entre les profils de méthylation et les caractéristiques moléculaires : RUNX3 (p = 0,002), CDKN2A (p = 0,037) et MINT1 (p = 0,03) étaient hyperméthylés en présence de mutations KRAS, notamment G12D, tandis que SOCS1 (p = 0,02) et CACNA1G (p = 0,04) étaient moins méthylés dans ces tumeurs. Parmi les 41 patients avec séquençage de l’exome, les tumeurs TMB-high présentaient une baisse de méthylation de CDKN2A (p = 0,03) et de RUNX3 (p = 0,0048), tandis que MLH1 montrait une hyperméthylation significative (p = 0,042). L’analyse clinique, réalisée chez 69 patients disposant de données complètes, a montré une méthylation accrue de SOCS1 dans les tumeurs T3/T4 (p = 0,0048) et de CDKN2A en cas d’envahissement ganglionnaire (p = 0,01) ou de métastases (p = 0,04). NEUROG1 était moins méthylé dans les formes mucineuses (p = 0,029), MLH1 plus méthylé chez les patients métastatiques (p = 0,017), et CACNA1G plus méthylé chez les hommes (p = 0,003) et dans les localisations coliques proximales (p = 0,008). Concernant le statut global, aucune association clinique significative n’a été retrouvée, mais le CIMP+ était corrélé à la mutation KRAS G12D (p = 0,04). L’analyse de la méthylation de LINE-1 a montré une hypométhylation dans 50,66 % des cas, significativement associée à la mutation KRAS G12D (p = 0,025). Cette étude constitue la première caractérisation approfondie du statut CIMP dans le CCR tunisien, combinant un panel étendu et une technique quantitative robuste. Elle met en évidence des associations entre profils de méthylation, mutations somatiques et paramètres cliniques, confirmant la valeur du CIMP comme biomarqueur intégratif et ouvrant la voie à une meilleure stratification pronostique et thérapeutique dans le cancer colorectal.
Nasreddine RAJOUA, Antoine DAUNAY, Wissem TRIKI, Oussema BARAKET, Sami BOUCHOUCHA, Houcine MAGHREBI, Aymen MABROUK, Jean-François DELEUZE, Alexandre HOW-KIT, Maher KHARRAT (Tunis, Tunisie)
10:00 - 11:00 #49292 - P187 Identification d’une prédisposition liée à BAP1 dans une famille de présentation atypique via le plan France Médecine Génomique : vers une extension du spectre tumoral ?
P187 Identification d’une prédisposition liée à BAP1 dans une famille de présentation atypique via le plan France Médecine Génomique : vers une extension du spectre tumoral ?

L’une des pré-indications oncogénétiques du Plan France Médecine Génomique (PFMG) concerne les familles dont l’histoire carcinologique est particulièrement évocatrice de prédisposition. Nous rapportons l’atteinte d’une fratrie : une jeune femme (cas index) atteinte à 18 ans d’un lymphome B malin non Hodgkinien, traité par chimiothérapie exclusive, puis d’un adénocarcinome bronchique primitif infiltrant non mucosécrétant à l'âge de 33 ans, sans facteur de risque, et son frère atteint d’une maladie de Hodgkin à 27 ans. Aucun variant constitutionnel n’avait été identifié par les analyses de routine, en particulier sur les gènes BRCA1, BRCA2 et TP53 chez le cas index. L’analyse génomique constitutionnelle en WGS a été proposée en quatuor avec les parents indemnes de cancer. Le WGS a mis en évidence sur le gène BAP1 (BRCA associated protein-1) le variant c.122+5G>C chez le cas index et son frère, d’hérédité maternelle, dont l’étude de transcrit a démontré l’impact sur l’épissage et confirmé sa pathogénicité. Le syndrome de prédisposition aux cancers lié à BAP1 (BAP1-TPDS-OMIM 614327) est caractérisé par un risque élevé de développer des mélanomes uvéaux et cutanés, des mésothéliomes pleuraux et péritonéaux malins et des carcinome rénaux1. Des lésions cutanées bénignes caractéristiques appelées tumeurs mélanocytaires inactivées par BAP1 (BAPomes) ou unguéales (appelées onychopapillomes), sont également fréquemment observées chez ces patients2-3. L’examen dermatologique orienté a posteriori a retrouvé des BAPomes et de multiples onychopapillomes chez le cas index et sa mère. L’analyse génomique de l’adénocarcinome pulmonaire retrouve une isodisomie du chromosome 3 (perte d’hétérozygotie au locus BAP1) correspondant au second évènement tumoral et démontrant l’implication de BAP1 dans la carcinogénèse de cette tumeur. Bien que rapportées dans la littérature, les tumeurs du parenchyme pulmonaire ne sont, à ce stade, pas considérées comme faisant partie du spectre BAP1. Pour les personnes porteuses du BAP1-TPDS il n’y a actuellement pas de recommandation de surveillance pulmonaire par imagerie, y compris pour les mésothéliomes. Néanmoins, le scanner low-dose ayant récemment été démontré comme prometteur pour la surveillance pulmonaire, nous avons discuté et retenu dans ce contexte, pour les individus porteurs du variant pathogène BAP1 de cette famille, en plus de la surveillance habituelle, (ophtalmologique, dermatologique et rénale), une surveillance pulmonaire par un scanner low dose tous les deux ans. L’identification de ce variant via le PMFG alors que le tableau tumoral n’était pas évocateur d’un BAP1-TPDS donne des arguments pour élargir le spectre tumoral de cette prédisposiiton au-delà des localisations habituelles. Des études d’épidemiogénétiques à grande échelle sont nécessaires pour obtenir des estimations des risques associés aux variants pathogènes du gène BAP1 et ainsi contribuer à améliorer la surveillance des personnes qui en sont porteuses.
Helene DELHOMELLE, Yoann VIAL, Olfa TRABELSI-GRATI, Johan CHANAL, Léa VEYRUNE, Alexandre DE MOURA, Denis MALAISE, Laurence AMAR, Nicolas GIRARD, Alexandre MATET, Lisa GOLMARD, Mélanie PAGES, Chrystelle COLAS (PARIS)
10:00 - 11:00 #49325 - P191 Diagnostic d’une anémie de Fanconi : apport inattendu de la cartographie optique du génome.
P191 Diagnostic d’une anémie de Fanconi : apport inattendu de la cartographie optique du génome.

L’anémie de Fanconi est une maladie cassante de l’ADN de transmission essentiellement autosomique récessive, caractérisée par des malformations congénitales, une insuffisance médullaire progressive et une prédisposition aux hémopathies myéloïdes et aux tumeurs solides et dont le diagnostic continue de constituer un challenge clinico-biologique. Nous rapportons le cas d’une fratrie diagnostiquée lors de l’exploration d’une pancytopénie chez le cadet ayant bénéficié de la technique de Cartographie Optique du Génome (COG). Le patient est initialement adressé à 2 ans en consultation pour retard de croissance et communication interventriculaire (CIV). L’analyse du caryotype sanguin identifie une inv(7)(q11.23q21.2) héritée du père et l’ACPA rapporte 2 déséquilibres (gain Xp11.23 de 30 kb incluant PAGE1 et perte Xq24 de 45 kb sans gène), ces anomalies étant jugées sans lien avec le phénotype. Le bilan clinique à 7 ans rapporte une évolution du phénotype avec une CIV, une surdité de transmission due à une malformation ossiculaire bilatérale, un retard de croissance (-4DS) sur syndrome d’interruption de tige et posthypophyse ectopique, une hypoplasie de la verge et une anomalie du pouce (également présentée par le père et la sœur). La présence d’une pancytopénie conduit à la réalisation d’un caryotype médullaire qui détecte un faible clone (3/30 métaphases) avec gain d’un Y et trisomie 8. Une analyse complémentaire par COG sur ADN sanguin ne révèle pas de cassure dans un gène d’intérêt au niveau du bras long du chromosome 7, mais décèle une délétion de 165 Kb impliquant FANCA sur le chromosome 16 avec une fraction allélique de 48 %. Rétrospectivement, cette délétion était visible sur l’ACPA initiale mais n’avait pas été rapportée en raison du mode de transmission décrit pour l’anémie de Fanconi et de l’absence de lien évident avec le phénotype rapporté. Le bilan complémentaire incluant un test de cassures chromosomiques positif, un western-blot de FANCD2 mettant en évidence l'absence de forme mono-ubiquitinée de FANCD2 (profil FA-Core) et une hypersensibilité des fibroblastes cutanés à la mitomycine C permet de confirmer le diagnostic d’anémie de Fanconi chez le patient. Un séquençage des gènes de prédisposition aux hémopathies malignes réalisé révèle la présence d’altérations pathogènes bi-alléliques de FANCA avec un variant nucléotidique sur un allèle et la délétion complète du gène sur l’autre allèle. Le bilan familial confirme le caractère héréditaire de la délétion FANCA retrouvée également chez le père. La grande sœur, âgée de 10 ans, présente une NFS stable, mais un test de cassures chromosomiques positif, suggérant la présence d’une anomalie de FANCA chez la mère. Ce cas illustre l’apport de la COG dans le diagnostic de l’anémie de Fanconi et sa difficulté diagnostique, qui du fait de son hétérogénéité phénotypique, explique le diagnostic souvent tardif de cette pathologie lors de l’apparition de l’insuffisance médullaire.
Audrey BASINKO, Steven RICHEBOURG, Frédéric MOREL, Nathalie AUGER, Corinne TOUS, Marie PASSET, Yoann VIAL, Sylvia REDON, Caroline BENECH, Johana TOUFFET, Sara CORNEC, Nathalie KERGOAT, Caroline BUORS, Liana CARAUSU, Loïc COULOIGNER, Marc PLANES, Marie-Bérengère TROADEC, Nathalie DOUET-GUILBERT (Brest)
10:00 - 11:00 #49371 - P195 Projet de description des caractéristiques cliniques des patients porteurs d’un variant constitutionnel du gène RECQL4.
P195 Projet de description des caractéristiques cliniques des patients porteurs d’un variant constitutionnel du gène RECQL4.

Le syndrome de Rothmund-Thomson (SRT) se caractérise cliniquement par une éruption précoce photodistribuée évoluant vers une poïkilodermie associée à une petite taille due à un retard de croissance pré- et postnatal, des cheveux clairsemés, des cils et/ou des sourcils épars ou absents, une cataracte juvénile, des anomalies squelettiques en particulier du rayon radial. Sur le plan génétique il est dû à des mutations bialléliques du gène RECQL4. Les patients porteurs de ce syndrome présentent également un risque accru de développer un cancer, en particulier un ostéosarcome avec une toxicité souvent importante liée aux traitements pas chimiothérapie. À ce jour 250 patients atteints du SRT ont été décrits dans la littérature, avec ou sans variant de RECQL4 identifié. La plupart des articles se concentrent sur les aspects osseux et dermatologiques de la maladie. Seulement 12 patients sont rapportés dans la série la plus importante de patients présentant un ostéosarcome dans le contexte de SRT. Des variants de RECQL4 ont par ailleurs été associés à une susceptibilité accrue à l’Epstein-Barr virus (EBV) avec le développement de maladies lymphoprolifératives ou d’activation lymphohistiocytaire Ainsi, le spectre phénotypique et l'incidence des tumeurs malignes des patients avec variants de RECQL4 ne sont pas très clairs. Cette cohorte rétrospective nationale a pour objectif principal de décrire précisément les manifestations cliniques de patients porteurs de syndrome de Rothmund-Thomson et/ou variants bialléliques de RECQL4. Une analyse clinicomoléculaire exhaustive permettra également de rechercher des corrélations génotype-phénotype et de définir des recommandations de prise en charge et de suivi des patients atteints d’un syndrome de SRT. La collecte des données est en cours de constitution et concerne les patients de tout âge porteurs de variants bialléliques constitutionnels de RECQL4 (variant de classe 3, 4 ou 5), quel que soit le phénotype, et les patients atteints d’un SRT typique clinique. Les données de suivi clinique, radiologique, moléculaire et thérapeutique sont colligées dans l’observatoire PREDCAP (Prédisposition aux Cancers Pédiatriques) après signature d’un consentement spécifique pour les patients vivants. Les patients vivants ou leurs familles, s'ils n'ont pas encore accepté l'utilisation des données, seront contactés pour signer un consentement éclairé. Les personnes décédées peuvent être incluses sur la base d’une non opposition déclarée par leur médecin. L’estimation du nombre de patients porteurs d’un variant constitutionnel de RECQL4 au niveau national est d’environ 40-50; l'estimation de 10-15 ayant développé une tumeur maligne doit être confirmée. Nous invitons toutes les équipes de génétique à nous signaler leurs patients porteurs de variants du gène RECQL4 pour étoffer cette cohorte.
Sahra BODO, Pauline HOARAU, Lea GUERRINI-ROUSSEAU, Smail HADJ-RABIA, Fanny MORICE-PICARD, Juliette MAZEREEUW-HAUTIER, Florence PETIT, Valerie CORMIER-DAIRE, Sylvain LATOUR, Genevieve BAUJAT, Franck BOURDEAUT, Sarah WINTER (Paris)
10:00 - 11:00 #49433 - P199 Lésions thyroïdiennes du sujet jeune : le syndrome de Cowden comme diagnostic différentiel du syndrome DICER1.
P199 Lésions thyroïdiennes du sujet jeune : le syndrome de Cowden comme diagnostic différentiel du syndrome DICER1.

Introduction. Cinq à quinze pour cent des cancers de la thyroïde non médullaires (CTNM) surviennent dans un contexte familial suggérant la présence de facteurs de prédisposition génétique. Plusieurs gènes, en particulier PTEN et DICER1 responsables respectivement du syndrome de Cowden (CS) et du syndrome DICER1, sont considérés comme des facteurs de risque majeurs du CTNM et du goitre multinodulaire (GMN). Au laboratoire de l’Institut Curie, entre 2016 et 2023, 199 patients ont bénéficié d’une analyse constitutionnelle du gène DICER1 dans le cadre d’un CTNM ou d’un GMN. Cette analyse a été complétée par celle de PTEN, en raison du chevauchement phénotypique existant dans un contexte d’atteinte thyroïdienne. Nous rapportons les résultats du séquençage des gènes DICER1 et PTEN de cette cohorte. Matériel et Méthodes. Le séquençage haut débit a été réalisé sur ADN génomique leucocytaire par capture d’un panel de gènes de prédisposition aux cancers, avec enrichissement SureSelect QXT (Agilent) et séquençage sur NextSeq 500 (Illumina). Les variants pathogènes (VP) et probablement pathogènes (VPP) ont été confirmés par séquençage Sanger ou MLPA et classés selon les critères ACMG. Résultats. Dans cette cohorte composée de 156 femmes et 43 hommes (F/H 3,4:1), l'âge médian d’apparition des lésions était respectivement de 19 ans [1,9-60] (n = 128) et 14 ans [3-60] (n = 49) pour le CTNM et le GMN. Nous avons identifié 31 (15,6%) VP ou VPP du gène DICER1 et 7 (3,5%) du gène PTEN. Parmi les 31 patients porteurs de VP/VPP du gène DICER1 (F/H 4,2:1), on dénombrait 25 GMN et 8 CTNM, 2 patients présentaient les 2 types de lésion. L’âge médian de survenue était respectivement de 13,5 ans [11-33] (n=22) et 15 ans [1,9-33] (n=7). Il n’y avait pas d’autre critère majeur d’indication d’analyse DICER1 pour 14 (45,2%) patients. Parmi les 7 patients porteurs de VP/VPP du gène PTEN (F/H 6:1), 3 ont présenté un GMN, 3 un CTNM et 1 les deux types de lésion. L’âge médian de survenue était respectivement de 16 ans [15-17] (n=3) et 14 ans [12-29] (n=4) pour le GMN et le CTNM. Pour 4 patients, il n’y avait pas de macrocéphalie dans les limites des informations à disposition. Selon les recommandations NCCN, un seul patient remplissait les critères d’indication d’analyse du gène PTEN, contre trois selon les critères pédiatriques proposés par Tan et al. en 2011. Conclusion. Le taux de VP/VPP de 15,6% du gène DICER1 confirme que les lésions thyroïdiennes sont un signe d’appel important du syndrome DICER1. L’analyse du gène PTEN en parallèle du gène DICER1 dans le contexte de lésion thyroïdienne a permis de poser le diagnostic de CS chez 3,5% des patients, dont la majorité ne répondait pas aux critères de diagnostic clinique du syndrome. Cette approche permet d’améliorer le diagnostic génétique du CS et donc la mise en place d’un suivi adapté chez les patients et les membres de leur famille identifiés comme porteurs.
Elise PIERRE-NOEL (Paris), Christelle BERTHEMIN-CARRIERE, Thomas FOURME, Fatoumata SIMAGA, Patrick BENUSIGLIO, Bruno BUECHER, Marion DHOOGE, Laurence GUIGNAT, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Olivier INGSTER, Marc KLEIN, Hélène ZATTARA-CANNONI, Marion GAUTHIER-VILLARS, Eric PASMANT, Lisa GOLMARD
10:00 - 11:00 #49547 - P203 Etude rétrospective nationale sur l’expérience française de l’IRM corps entier chez les patients porteurs d’un CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).
P203 Etude rétrospective nationale sur l’expérience française de l’IRM corps entier chez les patients porteurs d’un CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency).

Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency) est caractérisé par la présence d’une mutation bi-allélique (homozygote ou hétérozygote composite) dans un des gènes MMR. Les patients porteurs d’un CMMRD sont à très haut risque de survenue de tumeur maligne (tumeurs cérébrales, digestives ou hématologiques) caractérisées par une charge mutationnelle très élevée et qui surviennent dès l’enfance (90% des patients CMMRD font une tumeur avant l’âge de 18 ans). L’efficacité du suivi par IRM cérébrale et endoscopie digestive annuelles est bien établi pour la détection de tumeur asymptomatique à un stade précoce. En 2021, le consortium IRRDC a proposé d’associer à ces examens une IRM corps entier annuelle. Néanmoins, le rationnel pour proposer cet examen reste faible et il n’existe pas de données sur l'intérêt de proposer une IRM corps entier répétée de manière annuelle. Nous avons repris de manière rétrospective, les patients français inclus dans la database C4CMMRD afin d‘évaluer l’intérêt de la surveillance par IRM corps entier annuelle chez les patients porteurs d’un CMMRD. Seize patients ont bénéficié d’un suivi par IRM corps entier depuis 2018, permettant l’analyse de 40 examens au total (1 seul examen pour 6 patients, médiane 2,5 IRM par patient [1-6]). La médiane d’âge à la 1ère IRM corps entier était de 12 ans [3-20]. Seuls 3 patients étaient indemnes de toute pathologie tumorale, les autres étant en cours de traitement ou ayant été traités précédemment. Ces patients étaient également suivis par IRM cérébrale semestrielle +/- coloscopie selon l’âge et la situation clinique du patient. Des malformations osseuses, abdominales (kystes pancréatiques chez 2 patients, kystes rénaux chez 1 patient et angiome hépatique chez 1 patient) ou cérébrales (multiples anomalies veineuses de développement chez tous les patients) ont été décrites. Elles sont restées stables au cours du temps sur les différentes imageries réalisées. Trois tumeurs ont été découvertes lors de la surveillance, sans signe clinique associé : 2 tumeurs cérébrales (également détectées sur l’IRM cérébrale) et un lymphome lymphoblastique T médiastinal. Nous montrons que l’IRM corps entier permet la détection de lésions malformatives extra-cérébrales chez 6 patients et ont justifié des examens plus ciblés. Sur cette petite série, nous n’avons pas d’argument pour recommander de répéter les IRM corps entier chez les patients CMMRD dont la plupart des tumeurs peuvent être dépistées par l’IRM cérébrale (semestrielle dans l’enfance) et le suivi digestif annuel indispensable. Les recommandations de surveillance récemment publiées par le consortium C4CMMRD (PMID: 39420201) se sont appuyées sur ces observations pour proposer une IRM corps entier au moins une fois chez les patients CMMRD pour la détection d’éventuelles malformations. La répétition annuelle est optionnelle et les résultats de ces examens doivent être collectés afin de pouvoir analyser de façon plus précise l’indication.
Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Pauline HOARAU, Carole COZE, Ludovic MANSUY, Hélène SUDOUR, Marion STRULLU, Fatoumata SIMAGA, Laurence BRUGIERES, Chrystelle COLAS
10:00 - 11:00 #49564 - P207 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : revue systématique et méta-analyse – impact de la méthodologie des études.
P207 Risques de cancer chez les porteurs du syndrome de Lynch : revue systématique et méta-analyse – impact de la méthodologie des études.

Le syndrome de Lynch (SL), causé par un variant pathogène (VP) dans un gène MMR (Mismatch Repair) (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2), est associé à un risque accru de cancers, notamment colorectal (CCR) et endométrial (CE). Une surveillance précoce et adaptée est essentielle, mais les recommandations internationales divergent en raison notamment d’estimations de risque imprécises. L’objectif de cette étude était de préciser les estimations des risques de cancer chez les porteurs de VP des gènes MMR, afin de contribuer à l’actualisation des recommandations de suivi. Une recherche a été effectuée dans PubMed le 31 décembre 2024 avec les mots-clés “risk” ET “lynch syndrome”. Les articles originaux estimant les risques cumulatifs de cancer (=pénétrance) à 70 ans chez des porteurs de VP dans les gènes MMR ont été inclus. Conformément aux recommandations MOOSE, des méta-analyses à effets fixes (n = 2 estimations) et aléatoires (n > 2 estimations) ont été réalisées selon les gènes, le sexe, les localisations cancéreuses, le type d’étude (études familiales rétrospectives (RFS), cohortes prospectives (PC) ou études cas-témoins populationnelles (PBCC)) et la méthodologie utilisée (avec ou sans correction des biais de sélection). Deux auteurs ont indépendamment évalué l’éligibilité des études et collecté les données d’intérêt. Parmi les 33 articles retenus, la majorité étaient des RFS (n=31), avec une seule étude PC et une PBCC. Les estimations de pénétrance variaient selon le gène, le type d’étude et la méthodologie. Les méta-analyses des RFS ont montré des risques de CCR plus faibles à 40 ans pour les porteurs de VP MSH6 (0,4 % [0,1–1,3] chez les femmes ; 1,6 % [0,9–2,6] chez les hommes) et PMS2 (0,3 % [0,1–1,3] chez les femmes ; 1,0 % [0,4–2,3] chez les hommes), comparés à MLH1 (3,1 % [1,8–5,3] chez les femmes ; 4,7 % [2,7–8,1] chez les hommes) et MSH2 (4,4 % [2,7–7,0] chez les femmes ; 5,4 % [3,4–8,5] chez les hommes). Pour le CE, les risques à 50 ans étaient de 8,3 % [5,1–13,4], 8,7 % [3,8–18,7], 5,2 % [2,3–11,2] et 3,0 % [1,0–8,0] pour MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 respectivement. Pour le cancer de l’ovaire, les risques à 40 ans étaient de 1,2 % [0,6–2,7] pour MLH1 et 0,9 % [0,5–1,8] pour MSH2. Peu d’études ont évalué les autres localisations du spectre Lynch, soulignant le besoin de données complémentaires. Il s’agit de la première revue systématique et méta-analyse fournissant des estimations de risque de cancer par localisation, gène et en tenant compte du type d’étude. Ces résultats pourraient aider à réviser les recommandations de surveillance des porteurs du SL, telles que le début de la coloscopie à 30–35 ans pour les porteurs de VP MSH6 et PMS2, le report de l’hystérectomie après 50 ans pour les porteurs de VP PMS2, et le report de l’ovariectomie après 45 ans pour tous les porteurs de VP MMR.
Séphora CAMPOY (Lyon), Youenn DROUET, Pauline ROCHEFORT, Valérie BONADONA, Christine LASSET
10:00 - 11:00 #49632 - P211 Gène KEAP1, un nouveau gène de prédisposition au cancer de la thyroïde ? Identification d’une nouvelle famille via le Plan France Médecine Génomique.
P211 Gène KEAP1, un nouveau gène de prédisposition au cancer de la thyroïde ? Identification d’une nouvelle famille via le Plan France Médecine Génomique.

Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, une analyse constitutionnelle de génome entier a été proposée à 1 sœur et 2 frères d’une famille rencontrée à l’Institut Curie dans laquelle on retrouve chez la sœur un carcinome papillaire de la thyroïde à 30 ans et deux cancers du sein droit à 46 (CCI) et 54 ans (CLI). L’un des frères a été atteint d’un goitre nodulaire avec hyperplasie papillaire à 41 ans, d’un adénome micro et macro-vésiculaire du lobe thyroïdien droit à 46 ans avec carcinome papillaire de la thyroïde, associé à un carcinome tubulo-papillaire rénal bilatéral à 46 ans et à un cancer de la prostate à 61 ans. L’autre frère a été atteint d’un cancer de la vessie à 57 ans et a un antécédent de goitre multinodulaire et multikystique à 42 ans. Les études dans la famille des gènes BAP1 et DICER1, mais aussi des gènes du panel HBOC, s’étaient avérées normales. L’analyse pangénomique réalisée sur la plateforme SeqOIA a permis d’identifier le variant pathogène (VP) c.1687C>T p.(Gln563*) du gène KEAP1 retrouvé chez les 3 personnes testées. Les VP constitutionnels de ce gène sont décrits dans la littérature comme associés à l’apparition de goitre mais non à une augmentation du risque tumoral au niveau thyroïdien. Cependant des variants pathogènes du gène KEAP1 ont été rapportés au niveau tumoral dans différents cancers, dont le cancer de la thyroïde, et peuvent conférer une résistance à la chimiothérapie et l’immunothérapie. Le gène KEAP1 est un gène de recherche non actionnable pour le moment, mais pour poursuivre les investigations dans cette famille, il a été proposé une analyse de coségrégation chez la fille du cas index surveillée pour un volumineux nodule thyroïdien depuis l’âge de 33 ans et chez la mère du cas index qui a subi une lobectomie droite à 63 ans pour un nodule macro-vésiculaire de la thyroïde. La fille du cas index a ainsi été identifiée comme porteuse du variant pathogène KEAP1 alors que la mère n’est pas porteuse. Des analyses complémentaires à la recherche d’une perte d’expression de la protéine KEAP1 et d’un second second hit du gène KEAP1 au niveau tumoral et nodulaire sont en cours. En conclusion, nous rapportons avec cet exemple que le séquençage pangénomique dans les familles dont l’histoire est très évocatrice de prédisposition aux cancers conduit à l’identification de variants potentiellement causaux mais non actionnables. Des analyses complémentaires doivent alors être engagées par les équipes d’oncogénétique pour pouvoir avancer vers une interprétation, sans certitude de pouvoir conclure de façon formelle, ce qui complexifie le conseil génétique réalisé lors des consultations de résultat. Pour le gène KEAP1 en particulier, l’identification de nouvelles familles et des études fonctionnelles contribueront à l’évaluation de ce gène dans la prédisposition au cancer de la thyroïde.
Antoine DE PAUW (PARIS), Abderaouf HAMZA, Hélène DELHOMELLE, Christophe GUY, Céline BORDET, Lorrie LE PAGE, Edouard COTTEREAU, Bertrand ISIDOR, Eric PASMANT, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD
10:00 - 11:00 #49686 - P215 Analyse constitutionnelle systématique dans le cancer du pancréas ? Retour sur l’expérience du CHU d’Amiens Picardie entre 2022 et 2025.
P215 Analyse constitutionnelle systématique dans le cancer du pancréas ? Retour sur l’expérience du CHU d’Amiens Picardie entre 2022 et 2025.

Depuis 2019, avec l’arrivée des inhibiteurs de PARP en thérapeutique dans les cancers du pancréas (CP), les recommandations américaines préconisent une analyse constitutionnelle systématique des patients avec CP. La littérature rapporte entre 10-15% de variations constitutionnelles dans les CP. En France, il n’y a actuellement pas de recommandation nationale sur les indications d’analyse oncogénétique dans le CP. Le plus souvent, celles-ci sont restreintes à des critères d’âge, d’histoire personnelle/familiale ou à une indication à visée théranostique. En l’absence de consensus, il nous a paru intéressant d’étudier le rendement de ces deux attitudes et la faisabilité d’un testing universel des CP. Nous avons donc décidé, au CHU d’Amiens, de réaliser une analyse à tout patient avec un CP. Depuis janvier 2022, nous proposons dans le service d’oncogénétique au CHU d’Amiens, une analyse constitutionnelle en panel à tous les patients présentant un adénocarcinome pancréatique, quel que soit leur stade, âge et histoire personnelle/familiale. Le panel de gènes analysés comportait au minimum ATM, BRCA1, BRCA2, MMR, PALB2, CDKN2A, TP53. De manière rétrospective, les données des patients ayant consultés entre le 01/01/2022 et le 30/05/2025 ont été analysées par indications et type de variations retrouvées. Soixante-quinze patients ont été inclus. Les analyses ont mis en évidence : 10 variants de classe 5 (13% ; 3 ATM, 1 BRCA1, 5 BRCA2, 1 TP53) ; 14 variants de signification indéterminée (VSI) dont deux pour un même patient (19% ; 4 ATM, 1 BRCA1, 3 BRCA2, 1 CDKN2A, 2 PALB2, 2 PMS2, 1 MSH6). Selon les critères d’analyse habituellement retenus dans notre service (âge<50 ans, histoire familiale de cancer du pancréas ou personnelle de cancer du sein), 43 patients (57%) n’auraient pas bénéficié d’analyse oncogénétique. Parmi eux, sept sont porteurs de variants de classe 5 (2 ATM, 1 BRCA1, 4 BRCA2) soit 70% des patients porteurs de variants de classe 5. Sept sont porteurs de VSI. En élargissant nos critères d’analyse à tout CP, nous nous attendions à trouver davantage de variants pathogènes. Néanmoins, dans notre étude, la majorité des variants pathogènes, dont la plupart sur des gènes actionnables, ont été retrouvés chez des patients à qui nous n’aurions pas proposé d’analyse. Ce résultat nous incite à poursuivre cette pratique même si cela implique une augmentation raisonnable de l’activité pour notre centre estimée à environ une vingtaine de patients par an. Nous n’avons cependant pas mesuré, ce jour, l’impact de cette attitude dans notre service sur les demandes de diagnostic pré-symptomatique. Il conviendrait d’élargir cette étude à d’autres centres pour évaluer la pertinence et la faisabilité de ce type de démarche diagnostique en France. De ces observations, pourraient alors émerger des recommandations nationales d’analyse oncogénétique dans le CP.
Luana GIOVANNANGELI, Emilie LACOT-LERICHE, Florence AMRAM, Bénédicte BONTE, Etienne ROULEAU, Alexis BILLES, Gilles MORIN, Florence JOBIC, Emma LACHAIER (amiens)
10:00 - 11:00 #49889 - P219 Une insertion pathogène d’un élément rétrotransposon de type SVA dans BRCA1 révélée par WGS.
P219 Une insertion pathogène d’un élément rétrotransposon de type SVA dans BRCA1 révélée par WGS.

Malgré l’analyse systématique de panels de gènes par séquençage à haut débit, des variants pathogènes ne sont identifiés que dans 10–20 % des familles atteintes de cancer du sein et/ou de l’ovaire héréditaire. Parmi les causes encore sous-estimées figurent les insertions d’éléments mobiles (MEI), connues pour être impliquées dans diverses maladies humaines mais dont la détection demeure difficile en raison de leur structure complexe et de la variabilité de leurs sites d’insertion. Dans le cadre du programme PFMG2025, une analyse par séquençage du génome entier (WGS) a été réalisée chez une patiente ayant présenté deux cancers du sein, dont un triple négatif à 24 ans suivi d’une récidive homolatérale à 37 ans. Le pipeline de détection des variants structuraux a initialement suggéré une translocation entre les chromosomes 12 (CCDC63) et 17 (BRCA1). L’examen approfondi des données brutes, associé à un BLAST des séquences chimériques sur la base Dfam, a finalement révélé une insertion de type SVA-F d’environ 2,3 kb dans l’exon 5 de BRCA1 (c.208_209insSVA-F). Ce variant altère la séquence codante et entraîne la production d’une protéine tronquée. Une étude fonctionnelle sur ARN est en cours afin de préciser son impact sur le transcrit de BRCA1. Il s’agit du premier cas rapporté d’une insertion pathogène de type SVA dans l’exon 5 de BRCA1. Cette observation met en évidence les limites des approches classiques de détection des MEI et souligne l’apport du WGS pour améliorer le rendement diagnostic moléculaire dans les cancers héréditaires.
Pierre VANDEPERRE, Ayman AL SAATI, Christine TOULAS, Mélanie LEONE, Nadia BOUTRY-KRYZA, Ahmed BOURAS (Lyon)
10:00 - 11:00 #49304 - P223 Mise en place d’un panel NGS somatique dédié aux mélanomes uvéaux en routine au Centre Antoine Lacassagne.
P223 Mise en place d’un panel NGS somatique dédié aux mélanomes uvéaux en routine au Centre Antoine Lacassagne.

De nombreux patients présentant des tumeurs oculaires sont pris en charge chaque année au Centre Antoine Lacassagne en raison de l’offre de protonthérapie. Parmi ces cancers, le mélanome uvéal est un cancer rare (500 nouveaux cas diagnostiqués par an en France) mais représente la tumeur maligne oculaire la plus fréquente chez l’adulte. Près de la moitié des patients développent une maladie métastatique, notamment hépatique, avec un pronostic sombre. Afin de caractériser moléculairement ces tumeurs en routine, nous avons inclus 10 gènes d’intérêt à notre panel NGS de 124 gènes (panel à façon Agilent, plateforme NextSeq1000 Illumina, bio-informatique SeqONE) : totalité des séquences codantes de GNAQ, GNA11, BAP1, MBD4, EIF1AX, SF3B1, SRSF2, MAPKAPK5 et hotspots de CYSLTR2 (L129Q) et PLCB4 (codon D360). Les mutations de gènes de la voie Gq alpha sont les évènements drivers de ces tumeurs : principalement GNAQ et GNA11 sur le codon Q209, plus rarement sur d’autres codons ou sur les gènes CYSLTR2 et PLCB4. Les mutations BAP1 sont associées à un mauvais pronostic, SF3B1 à un pronostic intermédiaire, et EIF1AX à un pronostic plus favorable. Une cohorte de 28 patients atteints de mélanomes uvéaux principalement métastatiques a été séquencée au laboratoire. La totalité des tumeurs présentaient des mutations GNAQ (43% dont 75% Q209P et 25% Q209L) ou GNA11 (57% dont 88% Q209L et 12% Q209Y) sur le codon Q209. Deux de ces mutations de GNA11 n’ont jamais été décrites dans la littérature : c.624_627delinsATAT p.(Gln209Tyr) et c.625_627delinsTAT p.(Gln209Tyr). Au total, 18 de ces 28 tumeurs (64%) présentaient au moins une altération de BAP1 identifiée en NGS : 16 mutations et deux réarrangements de grande taille (perte de l’exon 5 et perte des exons 15-16). Concernant les 10 autres tumeurs : 4 étaient mutées SF3B1 (75% R625H et 25% R625C), 2 EIF1AX (G9R et G15D) et 4 n’avaient aucune autre mutation que GNAQ ou GNA11. L’analyse complète des 124 gènes du panel a permis d’identifier d’autres altérations moléculaires dans 4 tumeurs mutées BAP1, dont certaines avec un potentiel impact théranostique : KDR c.3193G>A p.(Ala1065Thr), MTOR c.7217T>C p.(Val2406Ala), PTEN c.368A>G p.(His123Arg) et TP53 c.919+1G>C p.?. L’utilisation d’un panel NGS large incluant des gènes spécifiques des mélanomes uvéaux permet la recherche de mutations d’intérêt diagnostic (GNAQ/GNA11/PLCG4/CYSLTR2), pronostic (BAP1/SF3B1/EIF1AX), théranostique et de prédisposition (BAP1/MBD4) dans ce sous-groupe rare de tumeurs dont les options thérapeutiques sont aujourd’hui limitées. L’ajout de ces gènes à notre panel NGS « mélanomes » a également permis de détecter chez un patient présentant une récidive métastatique à 12 ans d’un mélanome du scalp BRAF non muté, les mutations GNA11 c.626A>T p.(Gln209Leu) et SF3B1 c.2218_2220del p.(Gly740del), identifiant chez ce patient un sous-type connu de rares mélanomes non uvéaux présentant un profil moléculaire semblable à ces derniers.
Logan BALDINI, Agnès DUCOULOMBIER, Nathalie EBRAN, Esma SAADA-BOUZID, Francois PETIT (NICE)
10:00 - 11:00 #49377 - P227 Analyse intégrée de l’ADN tumoral circulant dans les sarcomes d’Ewing : une cohorte rétrospective de 226 patients.
P227 Analyse intégrée de l’ADN tumoral circulant dans les sarcomes d’Ewing : une cohorte rétrospective de 226 patients.

Contexte L’essor de la médecine de précision en oncologie pédiatrique, soutenu par des essais tels que MAPPYACTS et MICCHADO, s’accompagne du développement d’approches innovantes de caractérisation moléculaire. Parmi elles, l’analyse de l’ADN tumoral circulant (ctDNA) émerge comme un outil non-invasif prometteur pour le suivi longitudinal des patients. Dans les sarcomes d’Ewing, pathologie rare et agressive survenant principalement chez l’adolescent et le jeune adulte, les besoins en biomarqueurs dynamiques prédictifs et pronostiques restent majeurs. Ces tumeurs sont majoritairement caractérisées par une translocation impliquant EWSR1. Objectifs Cette étude vise à démontrer la valeur ajoutée d’une approche intégrée multi-échantillons (tumeur, sang, constitutionnel) et multi-temporelle (diagnostic, traitement, rechute) du ctDNA dans les sarcomes d’Ewing, pour décrire la dynamique tumorale et identifier des marqueurs précoces de rechute et de réponse. Matériel et méthodes Dans cette cohorte rétrospective d’envergure, 713 prélèvements de biopsies liquides ont été collectés chez 226 patients dans le cadre des protocoles EE2012, CombinaiR3, ReeCur et MICCHADO, complétés par 44 échantillons tumoraux et 70 constitutionnels. Un shallow whole-genome sequencing (génome faible couverture) a été réalisé sur 589 échantillons afin de retrouver le réarrangement structural (gène de fusion) pathognomonique et d’identifier les variations du nombre de copies (CNVs). Un panel ciblé a permis l’analyse fine des gènes de fusion impliquant EWSR1 ainsi que les altérations somatiques associées comme les SNVs et CNVs dans TP53, STAG2 et CDKN2A entre autres. Résultats L’analyse longitudinale du ctDNA révèle des profils évolutifs corrélés aux étapes clés du parcours thérapeutique, notamment aux événements de rechute. La comparaison intégrée tumeur/ctDNA met en évidence des concordances et des évolutions informatives, suggérant l’émergence de sous clones et soulignant une hétérogénéité tumorale initiale. Cette approche ouvre la voie à une potentielle stratification dynamique des patients. Conclusion Cette étude représente une très large série dédiée à l’analyse génomique du ctDNA dans les sarcomes d’Ewing. Elle démontre la faisabilité d’un suivi moléculaire non-invasif à haute résolution, offrant de nouvelles perspectives pour la surveillance minimale résiduelle et la médecine de précision adaptative. Les résultats sont en cours de publication.
Stelly BALLET (Les Ecrennes), Lieke MOUS, Camille BENOIST, Eleonore FROUIN, Victor RENAULT, Didier SURDEZ, Gaelle PIERRON
10:00 - 11:00 #49681 - P231 L’activité cancer au sein du GCS AURAGEN du Plan France Médecine Génomique 2025 : organisation, mise en œuvre et résultats.
P231 L’activité cancer au sein du GCS AURAGEN du Plan France Médecine Génomique 2025 : organisation, mise en œuvre et résultats.

Introduction Le Plan France Médecine Génomique 2025 vise à intégrer le séquençage du génome entier dans la pratique clinique afin d’améliorer la prise en charge des patients tout en offrant un accès équitable à l’innovation. Dans ce cadre, le GCS AURAGEN développe une activité dédiée aux cancers, dont nous présentons ici l’organisation et les premiers résultats. Organisation Le GCS AURAGEN a en charge les patients de la moitié Sud-Est de la France ainsi que des DROM-COM. Son activité en oncologie repose sur les prescriptions issues de 47 établissements et sur une organisation intégrée, associant étroitement cliniciens, assistants de prescription, équipe technique, bioinformaticiens et biologistes. Les préindications d’accès au diagnostic génomique majoritairement retenues lors des RCP concernent les cancers solides de l’adulte et de l’enfant, ainsi que les leucémies aiguës. Les analyses sont réalisées à partir de prélèvements tumoraux, qualifiés sur des plateformes agréées par l'INCa, et d'un échantillon constitutionnel apparié. Les techniques mises en œuvre incluent le séquençage du génome, de l’exome et du transcriptome. Les données produites sont analysées par des pipelines bio-informatiques « maison » automatisés et validés. Les résultats d’interprétation biologique, permettant l’identification d’altérations pertinentes pour le diagnostic, le pronostic ou l’orientation thérapeutique, sont discutés collectivement au cours de réunions hebdomadaires multidisciplinaires. Résultats Les demandes qui ne représentaient que 400 prescriptions en 2022, sont passées à 1005 en 2024 (+150%). Les pré-indications les plus fréquentes concernaient les cancers de l’adulte avancés en échec thérapeutique de première ligne (37%), les cancers rares (24%), ainsi que les cancers pédiatriques (22%) et les leucémies (11%). Le délai médian de rendu du WGS en 2024 était de 4 semaines à réception de l’échantillon. Les analyses réalisées permettent la détection d’un large spectre d’altérations moléculaires (SNV, CNV, SV, fusions de gènes). Un accent particulier a été mis sur l'utilisation de la détection des variants structuraux (SV) en WGS, notamment pour la détection de translocations en hématologie. Grâce au développement de classifiers, les données d'expression génique sont également très employées pour aider au classement des tumeurs, notamment en pédiatrie et en hématologie. Conclusion / Perspectives L’intégration des résultats de ces analyses en RCP moléculaire a fortement contribué à enrichir la discussion multidisciplinaire dans l’objectif d’améliorer la personnalisation des traitements. Les prochaines étapes visent à une exploitation encore plus poussée des données propres au WGS, notamment les SV et les signatures associées aux grands réarrangements chromosomiques. Un travail continu est également mené en vue d'optimiser les délais et d’automatiser au maximum la production du compte-rendu médical.
Anne MC LEER (Lyon), Pascale FLANDRIN-GRESTA, Sandrine BOYAULT, Carole FERRARO-PEYRET, Anthony FERRARI, Anne THOMAS, Brune HENRY, Christine VINCIGUERRA, Pierre SAINTIGNY, Jean-Yves BLAY, Alain VIARI, Consortium AURAGEN
10:00 - 11:00 #49815 - P235 Apports du séquençage NGS pan-tumoral des gènes MMR.
P235 Apports du séquençage NGS pan-tumoral des gènes MMR.

Plusieurs études ont démontré que l’instabilité micro-satellitaire (MSI) issue d’une déficience du système mismatch-repair (MMR) pouvait survenir dans de nombreux types de cancers et était associée à une réponse à l’immunothérapie. La Réunion Transversale de Biologie moléculaire PACA-Est du Centre Antoine Lacassagne permet le screening moléculaire de patients métastatiques afin d’être inclus dans un essai clinique ou de pouvoir bénéficier de thérapies ciblées. La détermination du statut MSI (PCR-pentaplex Promega, SeqStudio, ThermoFisher Scientific) et le séquençage des quatre gènes MMR (MSH2, MSH6, MLH1, PMS2) au sein de notre panel NGS de 124 gènes (panel à façon Agilent, NextSeq1000 Illumina, bio-informatique SeqONE) font partie de ce screening. Une analyse des séquences microsatellitaires de notre panel NGS (SomaMSI, SeqONE) a été réalisée en complément, de manière rétrospective. Au total, près de 430 NGS ont été réalisés entre octobre 2024 et août 2025, pour lesquels 35 variations des gènes MMR ont été retrouvées. Parmi elles, des variations de signification inconnue (VSI) ont été identifiées associées à un statut microsatellitaire stable dans 26 tumeurs. Ces résultats supportent une absence d’effet délétère de ces variations, notamment pour celles identifiées dans des tumeurs du côlon et de l’endomètre. Nous avons retrouvé 8 tumeurs avec une mutation pathogène d’un gène MMR. Deux carcinomes épidermoïdes MSI et mutés MLH1 c.2057_2058delinsA p.(Ile686Asnfs*97) et c.588+1G>C p.? respectivement. Trois carcinomes endométrioïdes MSI avec hyperméthylation MLH1 mutés MSH6 c.3261del p.(Phe1088Serfs*2). Cette délétion est située dans une région monosatellite (homopolymère de 8 cytosine). La détection de cette mutation en tumoral est plus fréquemment la conséquence d’une instabilité microsatellitaire que sa cause et peut orienter à tort vers un syndrome de Lynch. Un quatrième carcinome endométrioïde MSI avec hyperméthylation MLH1 présentait une mutation MSH2 c.697del p.(Ser233Profs*13). Le nucléotide délété est au sein d’une répétition de 4 thymines, cette mutation est probablement la conséquence de l’hypermutation somatique liée au statut MSI. Dans un adénocarcinome prostatique et un carcinome épidermoïde des variations pathogènes sans statut MSI associé ont été détectées, probablement en raison de fréquences alléliques inférieures à 20%. Par ailleurs, l’analyse NGS (MSI et gènes MMR) nous a permis de détecter une instabilité microsatellitaire dans deux cas de carcinomes endométrioïdes MSS sur les marqueurs de Bethesda (avec comparaison au tissu sain) et pMMR. Une de ces tumeurs ne présentait pas d’hyperméthylation MLH1 mais un VSI dans MSH6. Au total l’analyse NGS pan-tumorale du statut MSI et des gènes MMR permet une meilleure compréhension et détection des déficiences du système MMR. Cependant, l’interprétation des variations doit se faire avec précaution et en tenant compte de tous les éléments disponibles comme l’IHC et la méthylation de MLH1.
Logan BALDINI, Esma SAADA-BOUZID, Loïc TRAPANI, Julien BOYER, Nathalie EBRAN, Francois PETIT (NICE)
10:00 - 11:00 #49955 - P239 L’HRD dans les analyses génomiques en cancérologie somatique clinique : Pertinence du score HRD évaluée à partir des analyses génomiques et des données cliniques chez les patients présentés à la RCP moléculaire APHP SeqOIA.
P239 L’HRD dans les analyses génomiques en cancérologie somatique clinique : Pertinence du score HRD évaluée à partir des analyses génomiques et des données cliniques chez les patients présentés à la RCP moléculaire APHP SeqOIA.

L’instabilité génomique est une caractéristique du cancer qui entraine l’accumulation de pertes, gains et de réarrangements de l’ADN. Différentes étiologies ont été identifiées incluant, des erreurs mitotiques, un stress réplicatif ou un défaut de réparation de l'ADN par recombinaison homologue (HRR). La diversité des causes engendre une diversité de conséquences génomiques qui peuvent impacter le phénotype clinique. Le développement des inhibiteurs de PARP (PARPi) dans les cancers séreux de haut grade de l’ovaire (HGSOC) et la corrélation, entre instabilité génomique, déficit HRR (HRD) et réponse au traitement a conduit au développement de scores d’instabilité chromosomique utilisés comme marqueurs indirects de réponse aux PARPi et aux sels de platines. Dans les HGSOC, un score HRD élevé est le plus souvent associé à l’inactivation par mutation ou méthylation de gènes impliqués dans l’HRR, impliquant majoritairement BRCA1, BRCA2 et RAD51C. Le score HRD est calculé à partir de 3 paramètres : Des événements de perte d’hétérozygotie LOH : score LOH ; des événements de déséquilibre allélique télomériques : score Telomeric AI ; et des événements de larges transitions : score LST. Le seuil de positivité dépend de la méthode utilisée, mais, le seuil historiquement validé dans des essais cliniques à 42 par le test MyChoice® CDx Myriad HRD sert de comparateur. Au-delà des HGSOC, ni la corrélation entre ce score et le statut HRD ni sa valeur clinique ne sont validées. L’analyse exhaustive du génome dans le cadre du plan FMG 2020-2025 pour les patients atteints d’un cancer rare ou d’un cancer en échec thérapeutique, permet d’analyser, la fréquence, le type d’instabilité, les associations avec le profil mutationnel et l’impact phénotypique du score d’instabilité génomique au-delà des HGSOC. Nous avons réalisé une étude rétrospective, à partir de la cohorte de la RCP moléculaire SeqOIA AP-HP, comportant plusieurs centaines d’échantillons tumoraux analysés par Séquençage Haut-Débit de Génome entier et de transcriptome de septembre 2020 à novembre 2025, et pour lesquels le score HRD a été calculé. A partir de ces données, nous avons identifié des évènements moléculaires qui peuvent moduler la valeur de ce score, et nous avons analysé la valeur des 3 paramètres LOH, LST, TAI pour chaque score HRD. Nous avons également rétrospectivement analysé les données cliniques de l’ensemble des patients de la cohorte, notamment les réponses thérapeutiques. Cela nous a permis de définir des sous-groupes moléculaires de score HRD corrélés à une bonne réponse et à une survie globale plus longue chez les patients traités par sels de platine ou inhibiteurs de PARP. Le but de cette étude était d’affiner la signification pronostique et thérapeutique du score HRD en pratique courante, par une approche plus globale et plus précise de catégorisation avec un focus par cancer notamment les sarcomes très représentés dans la cohorte et dont 1/3 présentent sont HRD +.
Bernard JONDEAU (Paris), Marie ADOU, Camille TLEMSANI, Jacqueline LEHMANN-CHE, Guillaume BEINSE, Jérôme ALEXANDRE, Karen LEROY, Simon GARINET, Anne JOUINOT, Kariman CHABA, Audrey LUPO MANSUET, Manjula DEVILE, Ivana STANKOVIC, Cécile JOUANNEAUX, Franck BIELLE, Adrien BORGEL, Alexandre BUFFET, Nelly BURNICHON, Albain CHANSAVANG, Erell GUILLERM, Jérôme LAMORIL, Alexandre PERRIER, Marine SROUSSI, Nathalie THÉOU-ANTON, Mélanie TRILLARD, Jeanne NETTER-COTI, Marie-Clémence GORENSTEIN, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Jacques CADRANEL, Pierre LAURENT-PUIG, Hélène BLONS, Laetitia MARISA
10:00 - 11:00 #48852 - P243 Enquête monocentrique sur le dépistage préconceptionnel en assistance médicale à la procréation.
Enquête monocentrique sur le dépistage préconceptionnel en assistance médicale à la procréation.

Cette étude prospective, menée au sein du service d'Assistance Médicale à la Procréation (AMP) de l'hôpital Foch entre janvier 2021 et octobre 2023, explore les opinions des patients vis-à-vis du dépistage génétique préconceptionnel des maladies monogéniques. Un questionnaire anonyme en ligne a été envoyé à 7793 patients ayant consulté dans ce service ; 1206 ont répondu, soit un taux de réponse de 15,5 %. Les résultats révèlent un fort soutien à cette pratique : 90,8 % des répondants considèrent que le dépistage génétique des porteurs constitue une avancée significative dans le domaine de l’AMP. Par ailleurs, 41,9 % estiment que ce dépistage devrait être proposé à tous les couples envisageant une grossesse, tandis que 43,1 % pensent qu’il devrait être accessible à tout adulte souhaitant connaître son statut de porteur sain. Ces données mettent en évidence la pertinence d’initier des études pilotes en France, en impliquant les patients en AMP, une population sensibilisée à ces enjeux. De telles initiatives sont essentielles pour appréhender les enjeux éthiques, économiques et technologiques liés à la mise en œuvre du dépistage génétique préconceptionnel à plus grande échelle. Elles permettront également d’évaluer les modalités optimales d’intégration de ce dépistage dans le parcours de soins, notamment en termes de conseil génétique spécialisé et d’information des patients. En conclusion, le dépistage génétique préconceptionnel suscite un fort intérêt parmi les patients ayant recours à l’AMP dans ce centre. Ce contexte clinique offre une opportunité pour tester, adapter et encadrer cette pratique en vue de garantir des choix reproductifs éclairés et responsables.
Mario ABAJI (Marseille), Arnold MUNNICH, Catherine RACOWSKY, Camille FOSSARD, Jessica VANDAME, Mathilde LABRO, Achraf BENAMMAR, Jean-Marc AYOUBI, Marine POULAIN
10:00 - 11:00 #48972 - P247 Déploiement et intégration des Chargés de Parcours Génomique dans le cadre du PFMG2025 : étude organisationnelle de quatre centres en France.
P247 Déploiement et intégration des Chargés de Parcours Génomique dans le cadre du PFMG2025 : étude organisationnelle de quatre centres en France.

Le Plan France Médecine Génomique 2025 vise à garantir un accès équitable au séquençage du génome sur l’ensemble du territoire français. Pour accompagner les cliniciens face aux évolutions des parcours de soins mis en place dans ce cadre, 51 postes de Chargé de Parcours Génomique (CPG) ont été créés et implantés au sein d’hôpitaux et de centres de lutte contre le cancer. Les CPG, issus de formations diverses (conseil génétique, recherche clinique, biologie), constituent une initiative unique au monde, conçue pour répondre aux enjeux de la médecine génomique. Leurs missions s’articulent autour de quatre grands axes : appui aux prescripteurs, coordination du parcours de soins, interface avec les laboratoires, et optimisation des processus. Cette étude s’intéresse à la manière dont cette fonction émergente a été intégrée dans la pratique courante, ainsi qu’aux facteurs susceptibles de moduler cette intégration. Elle s’appuie sur des observations de terrain et des entretiens menés dans quatre centres de prescription génomique (Paris, Rennes et Lyon), couvrant les domaines du cancer et des maladies rares. Ces 4 centres mobilisent les CPG selon les attentes du PFMG2025, mais leurs missions et leur autonomie varient selon les infrastructures, dynamiques organisationnelles préexistantes, spécialités médicales et profils des CPG. Titulaire d’un diplôme de conseiller en génétique (CG), le CPG joue un rôle plus autonome et cliniquement engagé, notamment dans les maladies rares, où il participe à l’information des patients, au recueil du consentement et à la coordination des apparentés, pouvant aller au-delà des missions initiales pour assurer un accompagnement optimal du patient, de sa famille et du spécialiste. En oncologie, les CPG assurent un suivi longitudinal important des parcours génomiques encore en structuration, couvrant les aspects organisationnels, techniques et logistiques. Leur rôle clinique pourrait toutefois se renforcer avec la consolidation des parcours, notamment pour soutenir les cliniciens moins familiers aux aspects constitutionnels des tests génétiques. Ces résultats soulignent l’importance de l’information au patient dans les fonctions des CPG et suggèrent de repenser la place spécifique du CG dans ce rôle, ainsi que d’adapter les stratégies de recrutement et de formation aux besoins du terrain. Dans un contexte où peu de dispositifs comparables existent à l’échelle internationale, cette étude fournit une base essentielle pour guider la structuration et le développement de ces fonctions au sein des systèmes de santé mondiaux.
Léa GAUDILLAT (Dijon), Léa PATAY, Margot LEMAITRE, Isabelle GUILLOU, Celia DUPAIN, Julie FLAVIUS, Christophe LE TOURNEAU, Faustine MONIN, Benoit YOU, Clara PARIS, Alexandre BELOT, Chloé FOURNIER, Sylvie ODENT, Laurence FAIVRE, Frédérique NOWAK, Christel THAUVIN-ROBINET, Christine PEYRON
10:00 - 11:00 #49299 - P255 Quelle est l’impact pratique de la la co-ségrégation familiale en néphogénomique adulte ?
P255 Quelle est l’impact pratique de la la co-ségrégation familiale en néphogénomique adulte ?

Introduction Le séquençage d’exome ou de génome conduit fréquemment à l’identification de variant de signification inconnue (VUS), qui constituent un frein à l’interprétation diagnostique et le conseil génétique. Dans cette étude, nous développerons le rôle des informations familiales, à travers l’analyse de co-ségrégration, pour la reclassification des VUS, et d’étudier de manière approfondie l’intérêt de cette approche clinico-biologique notamment dans le cadre d’exome et génome faits en néphrogénomique adulte. Méthode Au sein de la consultation de néphrogénomique à Sorbonne Université, les patients peuvent bénéficier d’une analyse par séquençage d’exome, réalisées en collaboration avec le laboratoire Biomnis et Pitié Salpetrière. Des réunions entre cliniciens et biologistes sont réalisées chaque semaine pour discuter des VUS identifiés. Les patients sélectionnés pour une étude de co-ségrégation, sont contactés afin de collecter les données familiales supplémentaires nécessaires à l’interprétation du variant (afin de reclasser en variant de classe 4 ou l’inverse éliminer la responsabilité de la variation suspecte). Une fois que toutes les informations familiales sont disponibles, nous discutons à nouveau avec le laboratoire afin de reclasser le VUS notamment via les critères PP1/PP4 et de nouveaux éléments phénotypiques accessibles. Résultats Entre mai 2024 et mai 2025 sur 799 exomes, 94 cas index ont été contactés pour bénéficier d’une étude de co-ségrégation. Sur cette période, le taux de participation de cas index et d’apparentés est de 43%. Dans 13 % des cas, la co-ségrégation a permis une réinterprétation du variant, finalement reclassé comme bénin ou probablement pathogène. Les 30 % restants sont des familles dont le variant n’a pu être reclasser pour des raisons différentes : des données cliniques d’apparentés insuffisantes, des difficultés d’interprétation liées à la pénétrance incomplète de la maladie, ou un mode de transmission de la maladie non compatible avec les apparentés disponibles Conclusion Ces résultats illustrent à la fois l’intérêt et les limites de l’utilisation de co-ségrégation, et met en évidence l’importance de la participation familiale et de la qualité des données cliniques pour la reclassification des VUS. La co-ségrégation familiale est, dans notre expérience, une méthode utile qui peut apporter des éléments décisifs pour environ 13 % des familles co-ségrégés sur un an en néphrogénomique adulte. Néanmoins, les limites pratiques sont importantes et expliquent une proportion élevée de cas non informatifs ou non exploitables. Ces résultats encouragent à réfléchir à une meilleure sensibilisation à la co-ségrégation au près des patients et des prescripteurs. En comparaison la seule étude disponible qui est l’étude américaine de Tsai et al à 67% de participation, et 61% des variants ont pu être reclassés. Ces différences pourraient être liées à des facteurs culturels, logistiques ou à la structure du système de santé.
Nadia OULD OUALI (paris), Estelle ROMERO, Mélanie EYRIES, Laurent MESNARD
10:00 - 11:00 #49417 - P259 Projet MAG-SUDOE : enquête sur la supervision des professionnels en conseil génétique dans trois pays européens.
P259 Projet MAG-SUDOE : enquête sur la supervision des professionnels en conseil génétique dans trois pays européens.

Le projet MAG-SUDOE (Mentorat/supervision en Conseil Génétique), financé par le programme sud ouest européen Interreg, a pour objectif de promouvoir la supervision des professionnels de la génétique médicale (médecins généticiens et conseillers en génétique). La supervision constitue un dispositif essentiel pour accompagner les professionnels en conseil génétique, tant sur le plan clinique que réflexif. La supervision clinique permet l’analyse et la discussion des situations rencontrées, tandis que la supervision de conseil génétique offre un espace d’exploration des émotions, des dynamiques relationnelles et des dilemmes éthiques. Le projet est financé pour une période de trois ans (de juin 2025 à décembre 2028), il regroupe quatre centres de Génétique en Europe: l’Institut de Recherche et d’Innovation en Santé de l’Université de Porto, Portugal, Navarrabiomed, Pampelune, Espagne, la Fondation Publique Galega, Saint-Jacques de Compostelle, Espagne et le CHU de Toulouse, France. Le projet s’articule autour de trois phases. La première consiste à évaluer les pratiques réflectives actuelles basées sur une étude quantitative et qualitative. Les commentaires des parties prenantes soutiendront l’élaboration de lignes directrices nationales adaptées à chaque système de santé, contribuant ainsi à la création de politiques de santé fondées sur des données probantes. L’objectif de cette enquête est de décrire les pratiques actuelles de supervision des professionnels en conseil génétique en France, d’évaluer leurs attentes et leurs perceptions et de mettre en évidence les besoins en termes de réglementation et de formation des superviseurs. En France, notre méthodologie s'est basée sur un questionnaire en ligne, diffusé par courriel aux adhérents de l’Association Française de Génétique Clinique et de l’Association Française des Conseillers en Génétique. Il distingue : • les professionnels ayant accès à une supervision (analyse des modalités d’exercice, bénéfices attendus, retentissement sur le bien-être personnel et professionnel), • Ceux n’ayant pas accès à une supervision (attentes et bénéfices envisagés). L’enquête intègre également des questions sur la perception des besoins en matière de supervision et de réglementation. Les questionnaires utilisés sont harmonisés avec ceux diffusés dans les autres pays partenaires du projet (Portugal, Espagne). La collecte des données est en cours et elle sera finalisée à l’automne 2025. Les résultats détaillés, incluant le nombre de répondants, l’accès actuel à la supervision, les bénéfices perçus et les attentes exprimées, seront présentés lors du congrès. Les résultats obtenus contribueront à la deuxième phase du projet, qui vise à élaborer un programme de formation destiné aux superviseurs. La troisième phase étant de mettre en place une supervision encadrée sur une population de professionnels volontaires dans les centres partenaires de l’étude et d’en évaluer les bénéfices.
Nelly DEWULF (TOULOUSE), Lidia GUIMARAES, Bérénice HEBRARD, Christelle GARNIER, Emilie CONSOLINO, Jean-Michael MAZZELLA, Emmanuelle HACQUET, Joana BENGOA, Laetitia MONTEIL, Alban ZIEGLER, Sagardia Fernandez ANE MIREN, Maria TUBÍO-FUNGUEIRIÑO, Montserrat FERNANDEZ, Maria RAMOS-ARROYO, Milena PANEQUE, Julie PLAISANCIE
10:00 - 11:00 #49502 - P263 De la procréation médicalement assistée au Togo aux thérapies génétiques en France : quand la migration et le tourisme médical révèlent l'impératif des sciences humaines dans la compréhension des représentations sociales face à l'innovation biomédicale.
P263 De la procréation médicalement assistée au Togo aux thérapies génétiques en France : quand la migration et le tourisme médical révèlent l'impératif des sciences humaines dans la compréhension des représentations sociales face à l'innovation biomédicale.

Cette communication analyse l’impact des représentations sociales sur l’appropriation de la Procréation Médicalement Assistée (PMA) et des thérapies génétiques dans un contexte de mondialisation. L’essor rapide de ces innovations médicales s’accompagne d’une mobilité accrue des patients et des savoirs, où migrations et tourisme médical confrontent des visions culturelles diverses de la maladie, du corps et de la filiation. Une étude menée au Togo sur la FIV en PMA a montré que l’adhésion ou la résistance à la Fécondation In Vitro ne dépendent pas seulement de ses bénéfices médicaux, mais des croyances locales sur la parentalité, la lignée et le destin. En France, les mêmes dynamiques apparaissent avec les thérapies génétiques, dont la réception varie selon les systèmes de valeurs. La théorie des représentations sociales (Moscovici, 1961 ; Jodelet, 1989) permet de comprendre les processus d’« ancrage », qui relient la nouveauté aux catégories préexistantes, et d’« objectivation », qui rendent concrets des concepts abstraits (Doise, 1990). Ainsi, une société occidentale peut concevoir la thérapie génique comme une correction de code, tandis qu’ailleurs elle s’inscrit dans une logique de fatalité ou d’héritage ancestral. Les migrations et le tourisme médical complexifient ces perceptions. Le patient migrant arrive avec des représentations forgées dans son pays d’origine, parfois en tension avec celles du système de soins français. Le tourisme médical, en transformant le soin en produit marchand, soulève aussi des enjeux d’équité et de justice sociale. Plusieurs hypothèses émergent : • Les représentations sociales des thérapies diffèrent entre populations migrantes et locales, influençant adhésion et choix éthiques (Herzlich, 1969) ; • L’échec thérapeutique est interprété diversement, entre destin, insuffisance de la science ou rupture familiale ; • La non-adhésion ne traduit pas seulement un refus médical mais s’ancre dans des visions culturelles de la santé et de la maladie. Ces constats montrent que l’approche biomédicale seule est insuffisante. L’intégration des sciences humaines est nécessaire pour adapter la communication médicale, faciliter la décision partagée et reconnaître la diversité des représentations. En conclusion, les thérapies génétiques ne posent pas seulement des défis techniques mais surtout sociaux et culturels. Dans un monde marqué par la mobilité, l’éthique doit être dynamique et contextuelle, ouverte aux apports des sciences humaines pour construire une génétique réellement au service de l’humanité dans sa pluralité.
Kokoé Essénam KOUEVI (Lyon), Nikos KALAMPALIKIS
10:00 - 11:00 #49611 - P267 Données incidentes issues de l’exome prénatal : état des lieux du CPDPN de l’Océan Indien.
P267 Données incidentes issues de l’exome prénatal : état des lieux du CPDPN de l’Océan Indien.

Introduction : Le séquençage d’exome s’intègre désormais en routine en prénatal. En raison de ses caractéristiques techniques, il peut révéler des variations sans lien avec le signe d’appel échographique (données secondaires ou incidentes). Objectif : Estimer la fréquence des données incidentes (DI) identifiées lors des exomes prénataux prescrits au CPDPN de l’Océan Indien. Méthodologie : Cette étude monocentrique rétrospective a été menée sur l’ensemble des exomes prescrits par le CPDPN de l’Océan Indien entre janvier 2022 et janvier 2024. Les exomes étaient analysés en trio ou en duo au laboratoire BIOMNIS. L’information concernant l’accès aux DI et le recueil du consentement étaient réalisés en consultation de génétique au moment de la prescription de l’exome. Seules les données pouvant avoir un impact sur le suivi clinique ou le conseil génétique ont été rendues, et uniquement si les patients ne s’y étaient pas préalablement opposés. La présence de DI était rapportée chez les parents, sauf si elle était associée à une pathologie avec manifestations pédiatriques, après discussion clinico-biologique entre notre équipe et le laboratoire. Résultats : Un exome a été prescrit chez 100 fœtus sur la période de l’étude. 42 DI dans 17 gènes ont été mises en évidence, dans 32 familles. Parmi ces données, le gène le plus fréquemment impliqué était G6PD (18 individus), puis HBB (4) et BRCA2 (3), CFTR (2), LDLR (2), TTR (2), et enfin ALG8, APC, BGN, CDKN2A, F2, GP1BB, HFE, LHFPL5, LRRK2, PALB2 et PKD2 (1). La variation LRRK2, impliquée dans des formes de maladie de Parkinson à début précoce, retrouvée chez le fœtus et héritée de la mère, n’a pas été rendu en raison de l’absence de prise en charge disponible. Discussion : De façon inattendue, aucune DI n’est mise en évidence dans les gènes de maladies récessives récurrentes de la Réunion, en dehors de la variation LHFPL5, responsable d’une surdité non syndromique, et la variation récurrente réunionnaise de BRCA2. La variation de G6PD reste la DI la plus fréquente. En excluant cette donnée, on retrouve une DI chez 21% des familles. Enfin, si on se limite à la liste des gènes actionnables de l’ACMG, 10% de DI ont été retrouvées dans notre cohorte, versus 3 à 6 % dans la littérature. Aucune de ces données incidentes n’étaient connues dans les familles et l’analyse rétrospective ne montrait pas d’antécédents familiaux évocateurs. Conclusion : La fréquence des DI dans notre cohorte semble être supérieur à celle attendue dans la littérature. Des études complémentaires sont nécessaires afin de comprendre ce chiffre. Nos résultats confirment l’importance d’une information préalable éclairée. Dans la mesure du possible, une consultation spécifique, organisée à distance de celle du rendu de résultats primaire et assurée par un binôme généticien-conseiller en génétique, nous paraît essentielle pour aborder les recommandations de suivi et l’information à la parentèle. Une consultation psychologique nous parait également souhaitable.
Marion ROBERT, Fanny FERROUL, Tiphany LAURENS, Stéphanie BLARD, Pauline BEUVAIN, Mireille IRABE, Godelieve MOREL, Jean Luc ALESSANDRI, Frédérique PAYET, Thomas HUBY, Sarah SNANOUDJ, Radoslava SARAEVA-LAMRI, Coralie DUMONT, Marta SPODENKIEWICZ, Pauline MARZIN (La Réunion)
10:00 - 11:00 #48895 - P271 Les inhibiteurs de tyrosine kinase dans les syndromes de Kosaki et de Penttinen : nouveaux cas, suivi des patients traités et revue de la littérature.
P271 Les inhibiteurs de tyrosine kinase dans les syndromes de Kosaki et de Penttinen : nouveaux cas, suivi des patients traités et revue de la littérature.

Introduction : Les variants activants hétérozygotes du gène PDGFRβ (Platelet-Derived Growth Factor Receptor beta) sont associés à deux syndromes ultra-rares et cliniquement hétérogènes : le syndrome de Kosaki (KOGS) et le syndrome de Penttinen (PS). Les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK), largement utilisés en hématologie et en oncologie, sont désormais explorés comme traitements potentiels pour ces pathologies. Bien que cinq cas publiés aient rapporté des résultats prometteurs, les données disponibles restent insuffisantes pour conclure quant au rapport bénéfice/risque. Le consortium international « Knowing and Treating KOGS/PS » a été mis en place pour évaluer l’efficacité de ces traitements en conditions réelles. Méthodes : Le consortium présente quatre nouveaux cas de patients atteints de KOGS/PS traités par TKI, ainsi qu’une mise à jour de cinq cas antérieurement publiés, issus de six pays. Résultats : Neuf patients ont reçu un traitement d’une durée comprise entre un mois et huit ans (Imatinib n=9/9, Dasatinib n=3/9, Sunitinib n=1/9), avec une durée moyenne de 40,8 mois (écart-type : 30,5). L’âge au début du traitement variait de 6 à 57 ans (six patients ayant débuté le traitement pendant l’enfance, trois à l’âge adulte). Une amélioration clinique a été observée chez 8 patients sur 9, souvent dès les premiers mois, avec des effets secondaires minimes. Néanmoins, une diminution de l’efficacité a été rapportée au cours du temps chez certains patients, nécessitant parfois un changement d'ITK. Conclusion : Ces résultats préliminaires soulignent le potentiel thérapeutique des TKI dans la prise en charge des syndromes KOGS/PS. Des protocoles de suivi standardisés et un eCRF ont été mis en place afin d’améliorer la surveillance et la collecte de données, permettant une comparaison systématique entre patients traités et non traités, malgré la rareté de ces syndromes.
Céline JOST (dijon), Alessandro MUSSA, Jean-Emmanuel KURTZ, Ashmika GOKHUL, Ann NORDGREN, Silvia KALANTARI, Diana CARLI, Andrea GAZZIN, Claudio ISELLA, Enzo MEDICO, Anna CASSISA, Daniela CANTARELLA, Thirona NAICKER, Antoinette CHATEAU, Jean-Baptiste DEMOULIN, Nikolas HEROLD, Yordi-Michaël BOUHATOUS, Liubinka MIRAKOVSKA, Agnès MAURER, Théo GAUMET, Tara WENGER, Helena IZNARDO, Eulalia BASELGA, José Manuel MASCARO, Cécilie BREDRUP, Olav Aga KILDAL, Titas GLADKAUSKAS, Cecilie F RUSTAD, Ingrid VOKTOR SVINVIK, Pond DINEL, Elise SCHAEFER, Maxime LUU, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE
10:00 - 11:00 #49522 - P275 Maladies auto-inflammatoires liées à NLRC4 : Caractérisation fonctionnelle de variants connus et nouvellement décrits.
P275 Maladies auto-inflammatoires liées à NLRC4 : Caractérisation fonctionnelle de variants connus et nouvellement décrits.

Contexte L’inflammasome NLRC4 est un complexe multiprotéique impliqué dans l’activation des voies de l’immunité innée. Les variants de NLRC4 ont été associés à un large spectre clinique de maladies auto-inflammatoires (MAIs). NLRC4 (NLR family CARD domain-containing protein 4) appartient à la famille des NLRCs et possède un domaine CARD, impliqué dans l’activation de la caspase-1, un domaine NACHT nécessaire à l’oligomérisation, ainsi que des motifs LRRs (Leucine-Rich Repeats), qui exercent un rôle d’autoinhibition en l'absence de signal. La formation de l’inflammasome NLRC4 dépend de la reconnaissance de PAMPs (Pathogen-Associated Molecular Patterns) par un récepteur cytosolique de type NAIP (NLR family apoptosis inhibitory protein). L’activation de NAIP induit un changement conformationnel de NLRC4, levant l’autoinhibition des LRRs, ce qui permet son activation, son oligomérisation, puis le recrutement des différentes composantes de l’inflammasome. Objectifs Évaluer l’impact fonctionnel de variants NLRC4 déjà décrits ou nouvellement identifiés chez des patients atteints de MAIs, et corréler ces données aux manifestations cliniques observées. Matériel et Méthodes Dans cette étude, 7 nouveaux variants et 21 variants précédemment rapportés de NLRC4 ont été évalués fonctionnellement dans une lignée stable de cellules HEK293T, exprimant différents composants de l’inflammasome NLRC4. L’activité de la voie NF-κB a été étudiée à l’aide d’un système de gène rapporteur. Pour explorer une éventuelle corrélation génotype/phénotype, les 28 variants ont été cartographiés sur la structure tridimensionnelle du complexe murin Nlrc4-ADP. Résultats Parmi les 28 variants NLRC4 analysés, 13 ont induit une activation significative de la voie NF-κB, suggérant un gain de fonction (GOF). La cartographie structurale a montré que ces variants GOF sont localisés soit à proximité immédiate de la molécule d’ADP, soit dans le domaine LRR, suggérant des altérations possibles de la régulation auto-inhibitrice. Parmi les 13 variants GOF, 5 étaient associés à des symptômes légers à modérés, tandis que 8 variants étaient liés à des formes cliniques plus sévères. En revanche, 15 patients présentant une suspicion de MAI liée à NLRC4 portaient des variants non fonctionnels, remettant en question le lien de causalité entre ces variants et la pathologie. Conclusion Cette étude montre que seulement 13/28 variants considérés comme potentiellement pathogènes présentent un gain de fonction démontré in vitro, soulignant l’importance cruciale de la caractérisation fonctionnelle des variants de NLRC4 identifiés chez les patients suspects de MAI. Ces résultats mettent en évidence la nécessité d’interpréter les données moléculaires à la lumière des données fonctionnelles afin de confirmer le diagnostic et adapter la prise en charge des patients.
Farah DIAB (Paris), Desiree GRANDI, Aphrodite DASKALOPOULOU, Eman ASSRAWI, Camille LOUVRIER, Florence DASTOT, Wiliam PITERBOTH, Sonia Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA
10:00 - 11:00 #49839 - P279 Le syndrome d’Evans à début pédiatrique : comprendre l’étiologie génétique pour adapter l’arsenal thérapeutique.
P279 Le syndrome d’Evans à début pédiatrique : comprendre l’étiologie génétique pour adapter l’arsenal thérapeutique.

Le syndrome d’Evans à début pédiatrique (pSE) est une maladie auto-immune rare (10 à 20 nouveaux cas par an en France). L’évolution est souvent marquée par l’apparition d’une dysimmunité et le besoin prolongé de lourds immunosuppresseurs. Le pronostic reste réservé avec une probabilité de survie à 5 ans de 85 %. En 2019, nous avons montré que 40% de 80 enfants étudiés avaient une anomalie génétique primitive causale. Les enjeux sont d’identifier chez chaque patient une cible thérapeutique argumentée par la physiopathologie pour améliorer le pronostic. Depuis 2004, la cohorte nationale prospective OBS’CEREVANCE inclut les patients présentant une ou plusieurs cytopénies auto-immunes (CAI) avant l’âge de 18 ans (ClinicalTrials NCT05937828). A ce jour, parmi 407 patients inclus pour un pSE, 203 ont été explorés par un séquençage d’un panel de gènes (n=73) ou exome entier (n=130 (Etude ACTION, PRTS ANR-DGOS 2018). Les patients avec un pSE post-greffe (moelle osseuse ou organe) ou compliquant une maladie déjà identifiée ont été exclus. L’objectif est d’actualiser la description des causes génétiques identifiées par l’extension du groupe d’étude et de décrire la prise en charge thérapeutique ciblée proposée. L’étude a permis l’inclusion de 203 patients atteints de pSE, dont 112 garçons, avec un âge médian au diagnostic de la première CAI de 5,9 ans (0,2–17,4). Une consanguinité parentale était retrouvée dans 9 % des cas, et 31 % avaient un apparenté du premier degré atteint d’une dysimmunité. Après un suivi médian de 7,9 ans (0,1–29), 75 % des patients ont développé une dysimmunité et 72 % ont nécessité plus d’un traitement de deuxième ligne. À la dernière évaluation (âge médian 18,5 ans, 1,4–43), 10 patients étaient décédés et 40 présentaient une rémission complète durable de leurs deux CAI. L’analyse génétique a permis d’identifier une anomalie causale chez 33 % des patients (n=67), de mettre en évidence un variant de signification indéterminée nécessitant des explorations fonctionnelles chez 21 % (n=42), et n’a pas retrouvé de variant d’intérêt chez 46 % (n=94). Les diagnostics ayant conduit à un traitement ciblé concernaient les anomalies des voies d’apoptose lymphocytaire médiée par FAS (n=13) ou KRAS (n=2), de la régulation de CTLA4 (CTLA4, n=10 ; LRBA, n=6), des voies JAK-STAT (STAT3, n=10 ; SOCS1, n=3 ; PTPN2, n=4) et de la signalisation PI3K (n=1). Depuis 2019, de nouveaux déficits immunitaires primitifs révélés par un pSE ont été identifiés, impliquant les gènes du syndrome de Kabuki (n=3), SOCS1 (n=3), DOCK11 (n=2), PTPN2 (n=4) et CBL (n=3). En 2025, le pSE révèle un une maladie génétique dans 33 % des cas, avec plus de 20 étiologies génétiques différentes. L’enquête génétique permet de proposer des traitements ciblés et d’améliorer l’équilibre bénéfice-risque et la qualité de vie à l’âge adulte. Pour les autres patients, la recherche d’une cause génétique se poursuit dans le cadre des soins (séquençage de génome, PFMG2025) ou de la recherche.
Mathieu FUSARO (Toulouse), Sebastien HERITIER, Charlotte DURAND-TEYSSIER, Jérémie ROSAIN, Wadih ABOU-CHAHLA, Bénédicte NEVEN, Marlène PASQUET, Nathalie GARNIER, Vincent BARLOGIS, Thierry LEBLANC, Eric JEZIORSKI, Isabelle PELLIER, Anne PAGNIER, Nathalie CHEIKH, Aude MARIE CARDINE, Hélène DEUTSCH, Caroline THOMAS, Claire PLUCHART, Chrystelle DUPRAZ, Julien LEJEUNE, Sophie BAYART, Valérie LI THIAO TE, Catherine PAILLARD, Claire DESPLANTES, Christophe PIGUET, Corinne GUITTON, Etienne MERLIN, Joy BENADIBA, Liana CARAUSU, Helder FERNANDES, Capucine PICARD, Rieux-Laucat FRÉDÉRIC, Nathalie ALADJIDI
10:00 - 11:00 #49286 - P283 WHOLE GENOME SEQUENCING IN MYOPATHIES - INSIGHTS FROM A NATIONAL COHORT.
P283 WHOLE GENOME SEQUENCING IN MYOPATHIES - INSIGHTS FROM A NATIONAL COHORT.

Background. Myopathies represent a very heterogeneous group of disease with multiple underlying causes, challenging for molecular genetic diagnosis. Current diagnostic strategies are mainly based on gene-panel approach, or whole exome sequencing in few facilities, and are limited by technological issues and limited knowledge. Hence, the diagnostic yield is very variable within the different myopathy subtypes. In this study, we evaluated the diagnostic performance of the implementation of a large national-scale Whole Genome Sequencing (WGS) strategy for previously unresolved cases in the context myopathy diagnosis, as piloted by the Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG25). Methods. Patients with clinical presentation of myopathy who beneficiated from a WGS analysis in the context of the PFMG25 between July 2020 and October 2024 were included in this retrospective study. Clinical, paraclinical and genetics data were collected from the two national genome sequencing platform SeqOIa (Paris, France) and AURAGEN (Lyon, France). Results. The diagnostic yield of WGS in this study was of 26%, corresponding to a conclusive and definitive molecular diagnosis identifying ACMG class 4 probably pathogenic or class 5 pathogenic variants for 68/265 families. When considering candidate class 3 variants of unknown significance that constituted a strong diagnostic hypothesis, this yield raised to 44%. For 20.5% of cases with causative or candidate findings, WGS was required to solve the case as other technics would have been non conclusive. In addition, 43 genes that are not included in that national gene panel from FILNEMUS were identified, some were already associated with myopathic features, other raised strong hypothesis for further gene identification in myopathies. Conclusions. This nationwide pilot program for the molecular diagnosis of myopathy showed WGS as a valuable and feasible approach allowing the elucidation of complex variants and the discovery of new pathogenic mechanisms. This is the first whole genome sequencing cohort published for patients with myopathy in a clinical setting. This effort illustrates both the complexity of neuromuscular genetic disorders and the diagnostic potential of WGS in this clinical context.
Anthony MAINO (Grenoble), Camille VEREBI, Filnemus CONSORTIUM, Auragen CONSORTIUM
10:00 - 11:00 #49759 - P287 Analyse de l’ADN mitochondrial sur WGS : bilan et recommandations du réseau national MitoDiag.
P287 Analyse de l’ADN mitochondrial sur WGS : bilan et recommandations du réseau national MitoDiag.

Les maladies mitochondriales sont très hétérogènes cliniquement mais aussi génétiquement. Elles sont dues à des variants portés soit par l’ADN nucléaire, soit par l’ADN mitochondrial (ADNmt). Les données de séquençage de l’ADNmt sont maintenant accessibles par WGS grâce à des pipelines bio-informatiques dédiés. Leur interprétation nécessite de suivre des critères particuliers de classification, différents des critères ACMG habituels utilisés pour les gènes nucléaires. Nous présentons ici la synthèse des recommandations du groupe de McCormick et al. (Human Mutation, 2020) afin d’actualiser le document de référence NGS-Diag. Nous rapportons également les résultats de l’analyse rétrospective de l’ADNmt pour les WGS réalisés sur les deux plateformes françaises. Les particularités de l’ADNmt à distinguer pour l’interprétation sont principalement : - Le taux d’hétéroplasmie, c’est-à-dire le pourcentage de copies d’ADNmt mutées. Un variant délétère n’entraine un déficit que si le taux d’hétéroplasmie atteint un seuil de pathogénicité. Néanmoins, le taux d’hétéroplasmie peut être faible dans le sang mais bien plus élevé dans le muscle ou les cellules urinaires. Il est donc essentiel pour confirmer le diagnostic de tester ensuite ces autres tissus. - Le taux de variation spontanée de l’ADNmt, plus important que celui de l’ADN nucléaire : le seuil pour un variant rare est ainsi de 0,002%. - La transmission exclusivement maternelle (mais les deux sexes peuvent être atteints). - L’absence d’intron et donc de prédictions d’épissage. - La présence de NUMTs, séquences nucléaires d’origine mitochondriale, pouvant entraîner des faux positifs à faible taux d’hétéroplasmie. Le score de classification utilise des bases de données de variants dédiées (MitoMap) et des outils de prédictions spécifiques (APOGEE2 et MitoTIP). Avec les équipes de bio-informatiques de SeqOIA et AURAGEN, nous avons mené une analyse rétrospective sur les variants de l’ADNmt. Un variant pathogène de l’ADNmt a été identifié chez 55 sur 7445 (0,7% des individus) sur SeqOIA et 47 sur 4543 (1% des individus) sur AURAGEN. Les principaux variants retrouvés sont des variants prédisposant à la neuropathie optique de Leber et à la surdité induite aux aminosides, relevant ainsi de données incidentes. Pour 12 dossiers, l’identification d’un variant pathogène était en lien avec l’indication et a permis de progresser dans le diagnostic. En conclusion, l’analyse systématique de l’ADNmt lors de la lecture d’un WGS, toutes indications confondues, peut permettre d’améliorer le rendement diagnostique. Notre synthèse des recommandations constitue une première approche d’aide à la classification par un biologiste non expert. Cependant, l’influence du taux d’hétéroplasmie ainsi que l’apport des études fonctionnelles restent des paramètres difficiles à évaluer, et il est donc fortement recommandé de demander ensuite un avis spécialisé aux biologistes du réseau MitoDiag : https://www.mitodiag.fr/home.
Pierre-Hadrien BECKER, Gaëlle HARDY, Giulia BARCIA, Réseau National MITODIAG, Consortium AURAGEN, Consortium SEQOIA, Jean-Madeleine DE SAINT AGATHE, Pierre MARIJON, Caroline MEGUERDITCHIAN, Virginie BERNARD, Vincent PROCACCIO, Cécile ROUZIER, Pauline GAIGNARD (Le Kremlin-Bicêtre)
10:00 - 11:00 #49264 - P291 Influence des combinaisons génotypiques du complexe majeur d’histocompatibilité sur les associations alléliques dans la sclérose en plaques.
P291 Influence des combinaisons génotypiques du complexe majeur d’histocompatibilité sur les associations alléliques dans la sclérose en plaques.

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie auto-immune du système nerveux central touchant 0,16% de la population Européenne. Au sein du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH), 7 allèles prédisposants et 6 protecteurs contribuent au risque de SEP (HLA-DRB1*03:01/*08:01/*13:03/*15:01 (allèle le plus associé), HLA-DQB1*03:02, HLA-DPB1*03:01, LTA-H51P et HLA-A*02:01, HLA-B*38:01/*44:02/*55:01, HLA-DQA1*01:01, HLA-DQB1*03:01, respectivement). Notre objectif était d’étudier les combinaisons de génotypes de gènes du CMH faisant intervenir les allèles associés à la SEP. Nous avons analysé les données CMH du Wellcome Trust Case Control Consortium GWAS pour 11 376 patients SEP et 18 872 témoins. Nous avons utilisé l'analyse en composantes principales pour sélectionner les individus d’origine européenne. Les allèles HLA ont été imputés à l'aide du package HIBAG de R ou déduits à l'aide de SNP-proxy (rs2229092, rs9273912 et rs9277565), puis recodés pour ne tenir compte que des 13 allèles d’intérêt. Nous avons utilisé 20% des données pour rechercher des combinaisons génotypiques associées à la SEP et 80% pour réaliser le test de réplication. Les combinaisons répliquées ont ensuite été précisées sur 100% des données. Nous avons retenu 9 024 patients SEP et 13 923 témoins d’origine européenne. Dans le groupe de 20%, nous avons observé 776 combinaisons génotypiques, dont 41 étaient potentiellement associées à la SEP (P < 0,05). Dans le groupe de 80%, 22 d’entre elles ont été répliquées (P corrigé <0.05/41). Sur l'échantillon global, les 22 combinaisons se répartissaient en 14 prédisposantes (OR 1,83-6,75) et 8 protectrices (OR 0,30-0,57), représentant respectivement 23,61% et 4,29% des individus atteints de SEP. De manière singulière, 4 allèles (HLA-DRB1*03:01, HLA-DPB1*03:01, HLA-A*02:01 et HLA-DQB1*03:01) sont à la fois présents dans des combinaisons prédisposantes et des combinaisons protectrices. L’analyse des peptides d’autoantigènes potentiels (MBP, MOG et PLP1) présentables par leurs molécules HLA ne suggère aucune hypothèse qui puisse expliquer cette observation. L’allèle HLA-DRB1*15:01 était présent dans toutes les combinaisons prédisposantes, sauf une et aucune des combinaisons protectrices. Curieusement, 4,29% des patients atteints de SEP portaient des combinaisons protectrices. En conclusion, nous avons identifié 22 combinaisons génotypiques du CMH associées à la SEP, 14 prédisposantes and 8 protectrices, présentes chez 27,9% des patients. Le sens d’association d’un allèle à la SEP dépend de la combinaison génotypique à laquelle il appartient. La présence de 8 combinaisons protectrices suggère l’importance d’une contribution génétique hors locus HLA. Ces combinaisons pourraient contribuer à clarifier l'hétérogénéité de la SEP.
Anna SEROVA-ERARD (Clermont-Ferrand), Igor FADDEENKOV, Stanislas DEMUTH, Sonia BOURGUIBA-HACHEMI, Laureline BERTHELOT, Pierre-Antoine GOURRAUD, Nicolas VINCE, François CORNELIS
10:00 - 11:00 #49479 - P295 ATM, radiations ionisantes médicales et risque de cancer du sein chez des femmes à haut risque sans variant pathogène sur BRCA1 et BRCA2.
P295 ATM, radiations ionisantes médicales et risque de cancer du sein chez des femmes à haut risque sans variant pathogène sur BRCA1 et BRCA2.

L’ataxie-télangiectasie (A-T) est une maladie rare due à l’inactivation biallélique du gène ATM. Les patients A-T sont prédisposés aux cancers précoces et présentent une hypersensibilité aux rayonnements ionisants (RI) et aux agents causant des cassures double brin de l'ADN. On estime qu’environ 0,5% de la population générale est hétérozygote pour un variant pathogène (VP) d’ATM. Les études cas-témoins ou de familles évocatrices d’une prédisposition au cancer du sein (CS) et de l'ovaire montrent que ces variants multiplient par 2 à 4 le risque de CS. Le rôle d’ATM dans la prédisposition au CS reste méconnu, notamment chez les femmes exposées aux RI. Si les patients A-T sont hypersensibles aux RI, on ignore l'effet des RI chez les femmes hétérozygotes pour un VP ou pour un autre type de variant d’ATM. Nous avons étudié ici l’effet des variants nucléotidiques fréquents (SNPs, fréquence de l’allèle mineur (FAM)≥1%) au locus ATM et leur interaction avec les expositions médicales thoraciques aux RI (radiographie conventionnelle, fluoroscopie, tomodensitométrie, scintigraphie) dans l’étude cas-témoins GENESIS incluant 1556 femmes atteintes de CS sans VP sur BRCA1 et BRCA2 et 1546 témoins. Nous avons testé, en utilisant des modèles de régression logistique, l’association entre le CS et 447 SNPs génotypés avec la puce iCOGS ou imputés, situés sur ATM (±100 kb) sous des modèles génétiques additif, dominant et récessif. La puissance a priori étant limitée (1-beta≥80% pour FAM≥20% et OR≥1,3), nous avons adopté une stratégie exploratoire avec alpha=5%, puis une correction FDR (false discovery rate). Les expositions médicales thoraciques aux RI étudiées sont : avoir été exposée (oui/non), nombre d’examens (<10 vs ≥10) et âge à la 1ère exposition (<20 ans vs ≥20 ans). Sous le modèle additif, 2 SNPs sont associés au CS dans la population entière. L’allèle mineur de rs17412803 diminue le risque (OR=0,7, IC95%=0,5-1,0) et celui de rs117486562 l’augmente (OR=2,0, IC95%=1,2-3,3). Quatre autres SNPs sont identifiés chez les femmes qui n’ont jamais été exposées aux RI (ORs allant de 1,4 à 5,6) (rs2356518, rs141379009, rs148753515, rs75085583). La prise en compte du nombre d’expositions permet d’identifier 5 autres SNPs (rs636837, rs4987915, rs61915066, rs191634003, rs4987886) et celle de l’âge à la 1ère exposition, 2 autres SNPs (rs34052882, rs4987980). Sous le modèle dominant, 150 SNPs corrélés (déséquilibre de liaison>0,8) sont associés au CS et seulement chez les femmes exposées avant 20 ans ; le top SNP, rs227043, est significatif après correction FDR et l’allèle mineur confère un risque diminué de CS (OR=0,5, IC95%=0,3-0,7). Ces résultats nécessitent d’être confirmés et la potentielle fonctionnalité des SNPs identifiés approfondie. Cependant, ils montrent que la prise en compte des expositions aux RI permet d’identifier de nouveaux SNPs associés au CS. De plus, l'identification de sous-populations plus ou moins sensibles aux RI est cliniquement pertinente.
Barbara FRITSCH-HUMBLET (Paris), Maximiliano RIBEIRO GUERRA, Yue JIAO, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
10:00 - 11:00 #49816 - P299 AURAGEN : un laboratoire multisites dynamique au service des patients.
P299 AURAGEN : un laboratoire multisites dynamique au service des patients.

Le laboratoire de biologie médicale multisites (LBMMS) AURAGEN a été créé en 2017, dans le cadre du PFMG 2025. La prescription informatisée, les activités de séquençage très haut débit, la réalisation des pipelines bioinformatiques et l’interprétation / validation biologique ont été mises en place de novo. Depuis 2019, les activités ont augmenté régulièrement de 30 à 50% chaque année. Pour accompagner cette montée en charge, et rester en phase avec les évolutions scientifiques et technologiques, les stratégies de séquençage et d’analyse bio-informatique ont été adaptées. Le LBMMS a ainsi renforcé son infrastructure avec l’acquisition de 2 séquenceurs NovaSeq X+ et d’un MiSeq i100, permettant d’accroître les capacités de séquençage en optimisant les délais et les coûts. Une équipe bioinformatique dédiée au traitement des datas brutes issues du séquençage a développé ses propres outils, mis à disposition des professionnels du territoire AURAGEN, dont une interface spécifique d’interprétation intégrant les différents types de variants dans une courte liste priorisée, combinée à une application de tri de variants commerciale. La croissance soutenue de l’activité a progressivement dépassé les capacités d’interprétation assurées par les seuls biologistes de la région AURA. Depuis 2021, des conventions sont établies avec les établissements de Santé en dehors de cette région. Pour faire face à un retard important sur l’activité d’interprétation des dossiers de la filière Maladies Rares des mesures concrètes ont été mises en œuvre par le LBMMS, incluant le renforcement des habilitations, le recrutement de biologistes 100% dédiée à l’activité d’interprétation et une animation collaborative du processus post-analytique. D’autre part, l’interprétation des dossiers cancer se fait au fil de l’eau. Des réunions interdisciplinaires avec les cliniciens (RICB) permettent d’assurer une prise en charge concertée et adaptée des dossiers. De nouveaux parcours demandés par le PFMG ont été mis en application par le LBMMS. Par exemple, la gestion des dossiers rapides pour les enfants en réanimation, qui permet un rendu en moins de 15 jours, permettant une prise en charge adaptée. Ce dynamisme repose également sur une démarche qualité structurante, avec l’engagement du LBMMS dans le processus d’accréditation selon la norme ISO 15189. La première visite des auditeurs COFRAC, en mai 2024, a permis d’obtenir l’accréditation initiale, confirmée lors de la deuxième visite en 2025 en validant la transition vers la version 2022 de la norme. Après 6 ans d’activité, le LBMMS AURAGEN a fait la démonstration d’une dynamique à tous les niveaux du parcours pour la réalisation de WGS, alliant rigueur scientifique, adaptation technologique et engagement clinique. Loin d’être figée, cette dynamique se poursuit. L’innovation reste au cœur de notre démarche, portée collectivement par une communauté mobilisée pour faire évoluer les pratiques et anticiper les besoins de demain.
Christine VINCIGUERRA, Sandrine BOYAULT, Anne THOMAS, Julien THEVENON, Virginie BERNARD, Anthony FERRARI, Eulalie LASSEAUX-ROBINE, Anne MCLEER, Carole FERRARO-PEYRET, Anne-Christine WAYMEL, Damien SANLAVILLE, Alain VIARI, Flore MATTHIEU, . CONSORTIUM AURAGEN (LYON)
10:00 - 11:00 #49967 - P303 Lier les régions de contrainte évolutive mesuré à différentes échelles de temps à leur fonction et au risque de maladies.
P303 Lier les régions de contrainte évolutive mesuré à différentes échelles de temps à leur fonction et au risque de maladies.

Identifier les régions de contraintes évolutives à travers le génome nous permet de quantifier leur importance fonctionnelle en déduisant si certaines positions ont changé plus lentement que prévu en raison de la sélection. Des études récentes ont estimé des scores de contrainte chez les mammifères et les primates via des comparaisons inter-espèces, et des scores de contrainte chez les humains par des analyses de diversité génétique, permettant une exploration évolutive à travers différentes échelles de temps. Caractériser les régions définies comme contraintes selon une ou plusieurs définitions peut révéler des processus biologiques sous sélection à différentes profondeurs évolutives, mais aussi aider à interpréter les régions génomiques non codantes et à prioriser les variants impactant le risque de maladies. Ici, nous avons comparé des estimations de contraintes chez les mammifères, les primates et les humains. Malgré une faible corrélation entre les définitions, elles ont montré un enrichissement dans des régions importantes (exons, promoteurs, enhanceurs), démontrant leur rôle fonctionnel. Nous avons ensuite caractérisé les régions définies comme contraintes en utilisant une ou plusieurs définitions. Nous avons observé que la plupart des bases exoniques étaient contraintes en utilisant plusieurs définitions, suggérant une sélection à long terme sur ces régions. Les gènes avec des exons contraints par une seule définition ont tendance à capturer la fonction olfactive (mammifères uniquement), la fonction visuelle (primates) et la fonction immunitaire (humains). En utilisant des données scATAC-seq, nous avons observé que les régions régulatrices candidates des types de cellules fœtales et immunitaires étaient enrichies en contraintes spécifiques aux humains, tandis que celles des types de cellules cérébrales étaient enrichies en contraintes spécifiques aux primates. Ensuite, nous avons évalué la capacité de chaque score à prioriser les variants impactant le risque de maladies. Premièrement, nous avons observé que la contrainte des mammifères classait efficacement les variants rares pathogènes de ClinVar. Deuxièmement, nous avons observé que les variants contraints chez les primates étaient plus enrichis en variants fréquents associés dans les maladies complexes ; nous avons validé que les variants contraints chez les humains étaient plus enrichis en variants associés avec des traits sanguins/immunitaires, et que les variants contraints chez les primates étaient plus enrichis en variants associés avec des traits liés au cerveau. Dans toutes ces analyses, la contrainte humaine était significativement moins informative que la contrainte des mammifères et des primates. Pour conclure, malgré des incohérences entre les définitions, les contraintes évolutives sont efficaces pour identifier les régions fonctionnelles, pour interpréter les pressions évolutives à différentes échelles de temps et pour prioriser les variants impactant le risque de maladies.
Wang JUEHAN, Artem KIM, Steven GAZAL (Los Angeles, Etats-Unis)
10:00 - 11:00 #49566 - P307 AnDDI-Clic : des images pour expliquer la génétique.
P307 AnDDI-Clic : des images pour expliquer la génétique.

On dit qu’une image vaut mille mots : la filière AnDDI-Rares a développé une plateforme mettant à disposition une banque d’images pour expliquer et illustrer des concepts scientifiques, médicaux et biologiques en lien avec la génétique et les maladies rares : AnDDI-Clic. Destinée aux professionnels de santé, aux associations, mais aussi aux enseignants ou à toute autre personne intéressée par la génétique, AnDDI-Clic vise à : · Accompagner les explications des professionnels lors de leurs consultations ; · Faciliter la compréhension des informations relatives à la génétique et aux maladies rares ; · Offrir des ressources visuelles pour illustrer des supports pédagogiques. AnDDI-Clic est le fruit d’un travail collaboratif, coordonné par la filière, impliquant plusieurs experts en génétique (généticiens, conseillers en génétique, biologistes) et des maîtres d’œuvre pour la création des images et le développement web. Cette coopération a permis de réaliser 142 images, classées en 11 thématiques (généralités, modes d’hérédité, prélèvements, diagnostic prénatal, variations génétiques, techniques de diagnostic, stratégies de recherche génomique, anomalies du développement, médecine personnalisée et thérapeutique, organisation des maladies rares, divers). Les infographies sont hébergées sur une plateforme web, accessible depuis un ordinateur, une tablette ou un smartphone, permettant aux utilisateurs de : · Rechercher les images par thème ou par mots clés ; · Visualiser les images sur grand écran ; · Ajouter les images en favoris pour y accéder plus facilement ; · Créer un diaporama pour fluidifier les explications lors des consultations. Le déploiement d’AnDDI-Clic est prévu pour la fin de Septembre 2025, et les retours des relecteurs sont déjà très positifs. Des perspectives d’évolution sont déjà envisagées comme le développement d’une version anglaise, une version sans texte afin de permettre aux utilisateurs d’ajouter des légendes dans d’autres langues, et la création de nouvelles infographies plus spécifiques en sollicitant les réseaux et les associations de la filière.
Nina SOKOLOFF, Sylvie ODENT, Patrick EDERY, Amandine GADIER, Coline POIZAT-AMAR, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Sophie NAMBOT, Julian DELANNE, Baurand AMANDINE, Laurent DEMOUGEOT, Laurence FAIVRE (DIJON)
10:00 - 11:00 #49946 - P311 Valorisation des savoirs expérientiels des patients partenaires dans la formation des étudiants en santé au sein de l’Université Bourgogne Europe (UBE) autour de l’annonce diagnostique, de la place des proches aidants et des maladies rares.
P311 Valorisation des savoirs expérientiels des patients partenaires dans la formation des étudiants en santé au sein de l’Université Bourgogne Europe (UBE) autour de l’annonce diagnostique, de la place des proches aidants et des maladies rares.

Contexte : L’engagement des patients dans le système de santé est de plus en plus reconnu comme un facteur clé d’amélioration des parcours de soins. Le concept de « Patient Partenaire », relativement récent, est aujourd’hui considéré comme la forme la plus aboutie de valorisation du savoir expérientiel, en complément indispensable des savoirs scientifiques et médicaux. Ce concept s’étend également aux proches aidants, dont le savoir est particulièrement pertinent, notamment dans le champ des maladies rares. La rencontre des futurs soignants avec le vécu des patients et de leurs proches apparaît essentielle, car certaines thématiques — comme l’annonce diagnostique, les maladies rares ou l’impact des maladies chroniques sur la vie sociale et familiale — nécessitent une approche spécifique et approfondie. En 2010, l’intégration d’un représentant des patients a été expérimentée au sein de l’Unité d’Enseignement (UE) de Génétique Médicale. Depuis, l’expérience a été reconduite : les interventions des patients, souvent centrées sur le témoignage, se sont enrichies et s’inscrivent aujourd’hui dans une véritable logique de co-construction entre patients et enseignants (séminaire annuel « #AnnonceTonDiag », semaine de sensibilisation au handicap). La montée en compétence a été favorisée par la mise en place, en 2021-2022, d’une formation de « Patients Partenaires Formateurs » (PPF) par l’UBE, en lien avec la filière AnDDI-Rares. Chaque année, 15 patients ou aidants porteurs de maladies chroniques issus de toute la France y sont formés. Méthodes : Pour passer de pratiques ponctuelles à une organisation structurée, et dans le prolongement de récents textes officiels traduisant une attente forte des autorités publiques, un Département des Patients Partenaires dans la Formation (DPPF) a été créé au sein de l’UFR des Sciences de Santé de l’UBE. L’ambition est d’intégrer, dans chaque UE de médecine et de pharmacie, d’ici trois ans, au moins un cours coanimé par un patient partenaire. Le DPPF capitalisera sur les expériences antérieures de partenariat patient et proposera une expertise spécifique sur l’annonce diagnostique, la place des proches aidants et les maladies rares. Les travaux préparatoires menés en 2025 — identification des patients partenaires formateurs et des enseignants motivés — permettent d’anticiper une bonne réception du dispositif et son adéquation aux attentes et besoins des différents publics concernés. Les patients partenaires seront accompagnés dans leur rôle de formateur par l’équipe pédagogique. Perspectives : Selon les financements obtenus et la réussite de l’intégration des patients partenaires dans la formation initiale et continue de médecine et de pharmacie, l’ouverture du dispositif aux formations d’autres professions de santé, y compris paramédicales, sera envisagée.
Amélie CRANSAC, Juliette SONDEY, Sonia GOERGER, Elisabeth CUDRY, Dominique JEANNELLE, Stéphanie VACHEROT, Caroline RACINE, Christine BOCCANFUSO, Juliette LACRONIQUE, Marc MAYNADIÉ, Pablo ORTEGA-DEBALLON, Laurence FAIVRE (DIJON)
10:00 - 11:00 #49008 - P315 liftoverSV : Harmonisation des variations structurales en génétique médicale.
P315 liftoverSV : Harmonisation des variations structurales en génétique médicale.

Les variations structurales (SV) représentent un type de variations génétiques d’intérêt en génétique médicale du fait de leur omniprésence sur le génome et de l’impact qu’elles peuvent avoir sur le développement de maladies. Ainsi, l’identification des SV constitue une des étapes de la démarche diagnostique dans les maladies rares. Leur rôle a également été mis en évidence dans certaines maladies communes. Pour mieux comprendre le rôle de ces SV, il est nécessaire de les annoter en déterminant les régions génomiques qu’elles touchent ainsi que leurs fréquences en population générale. Ces informations sont disponibles dans des bases de données, parfois basées sur des versions du génome de référence différentes de celles utilisées en pratique clinique. Des outils ont été développés pour résoudre ce problème pour les variations ponctuelles (SNV/indel) et permettre de convertir les données d’une version du génome vers une autre mais ils ne sont pas adaptés aux SV stockés au format VCF. Nous présentons ici liftoverSV, un outil en ligne de commande permettant de convertir les coordonnées et les séquences génomiques de SV entre différentes versions de génomes de référence, en prenant en compte les spécificités de leur représentation dans les fichiers VCF. L’intégrité du format VCF est assuré pour tous les types de SV en convertissant systématiquement les coordonnées génomiques dans les champs CHR et POS ainsi que dans les champs INFO et FORMAT, avec des valeurs par défaut cohérentes si la conversion n’est pas réalisable. Les séquences génomiques dans les champs REF et ALT sont également converties. Le champ ID reste quant à lui inchangé afin de garantir la traçabilité des variants d’une version à l’autre et cela même si l’ID est construit sur les coordonnées génomiques de la version initiale (comme par exemple chr22:16848506:DG). liftoverSV fait appel à des outils externes tels que UCSC liftOver pour la conversion des coordonnées et bcftools pour le tri et le formatage du VCF de sortie. L’outil est disponible dans le dépôt GitHub lgmgeo/liftoverSV. L’usage de liftoverSV facilite la conversion des données de SV pour l’annotation, la validation et l’interprétation des variations structurales en pratique clinique. En conservant les identifiants de SV, l’outil garantit la continuité du suivi des variants dans les cohortes de patients ou entre différentes bases de données. De plus l’outil est maintenu avec un suivi des requêtes déposées dans GitHub pour renforcer la pertinence de l’outil dans un contexte médical. Pour conclure, en harmonisant les variations structurales entre différentes références, liftoverSV contribue à améliorer l’interopérabilité des données génétiques et leur utilisation en recherche et en clinique. Cet outil s’inscrit dans la continuité d’AnnotSV, outil de référence pour l’analyse des SV, en apportant une brique complémentaire dédiée aux variations structurales.
Véronique GEOFFROY (Brest), Thomas LUDWIG, David PICARD, Gaëlle LE FOLGOC, Emmanuelle GÉNIN, Gaëlle MARENNE
10:00 - 11:00 #49050 - P319 Séquençage nanopore : vers un génotypage HLA haute résolution en médecine génomique d’urgence pour la transplantation d’organe.
P319 Séquençage nanopore : vers un génotypage HLA haute résolution en médecine génomique d’urgence pour la transplantation d’organe.

Introduction La compatibilité immunologique en transplantation d’organe repose sur la connaissance fine du génotypage HLA du donneur, condition essentielle pour limiter le risque de rejet et optimiser la survie du greffon. Les technologies de séquençage de deuxième génération (NGS, short reads) permettent un typage de haute résolution, mais présentent deux limites majeures dans un contexte d’urgence : un délai analytique long (≈40h) incompatible avec la transplantation d’organe, et des ambiguïtés cis-trans non résolues. Nous avons émis l’hypothèse que la technologie de séquençage de troisième génération (TGS, Nanopore, long reads) pouvait répondre à cette double problématique grâce à un séquençage unitaire, en temps réel, et couvrant de longs fragments. Objectifs L’objectif principal de cette étude était d’évaluer la faisabilité d’un génotypage HLA de haute résolution en moins de 3 heures. L’objectif secondaire portait sur la capacité à lever les ambiguïtés de phasing et à confirmer la présence de nouveaux allèles HLA. Matériel et méthode Vingt-deux échantillons d’ADN déjà génotypés par NGS (Illumina, NG-Mix EFS) ont été analysés par TGS (Nanopore, MinION, kit GenDx). La sélection incluait des allèles fréquents, des situations d’ambiguïtés cis-trans et des suspicions de nouveaux variants. Les résultats montrent une parfaite concordance entre les génotypages NGS et TGS pour les allèles communs, un temps total compatible avec l’urgence de la transplantation (<3h du prélèvement à l’interprétation), la résolution des ambiguïtés cis-trans identifiées par NGS, et la confirmation de plusieurs nouveaux allèles HLA, dont certains porteurs de mutations non synonymes. Certaines limites ont été observées, notamment un bruit de fond plus marqué dans les zones répétées et des difficultés d’alignement dans le cas de SNP ou délétions situées en régions homopolymériques. Ces contraintes relèvent en partie du stade encore « bêta » des réactifs et logiciels d’interprétation. Conclusion En conclusion, cette preuve de concept démontre que le séquençage TGS permet un typage HLA haute résolution fiable et ultra-rapide, ouvrant la voie à la médecine génomique d’urgence en transplantation d’organe. Des études sont en cours, notamment au sein des laboratoires isolés (DROM-COM), afin de confirmer l’applicabilité clinique et organisationnelle de cette stratégie.
Pascal PEDINI (Marseille), Coralie FRASSATI
10:00 - 11:00 #49100 - P323 Conception d'une base de données du gène GJB2 spécifique aux populations de la région MENA : Implication clinique et amélioration des corrélations génotype-phénotype.
P323 Conception d'une base de données du gène GJB2 spécifique aux populations de la région MENA : Implication clinique et amélioration des corrélations génotype-phénotype.

Le gène GJB2 (Gap Junction Beta 2, MIM #121011) code pour la protéine connexine 26 (Cx26), exprimée dans les cellules de soutien et les tissus conjonctifs de la cochlée. La Cx26 joue un rôle clé dans le recyclage des ions potassium et le transfert du triphosphate d'inositol. Les variants pathogènes du gène GJB2 sont responsables de divers phénotypes cliniques, dont près de 50 % des cas de surdité autosomique récessive (AR) non syndromique dans le monde, sont causés par des mutations à perte de fonction de Cx26 (DFNB1A). Les variants à gain de fonction induisent des formes de surdité autosomique dominante (AD), associées ou non à des troubles cutanés syndromiques (DFNA3A). Les populations de la région MENA sont caractérisées par de fort taux de consanguinité (20 à 50% de mariages consanguins) et d’endogamie géographique favorisant une augmentation relative de la prévalence des maladies AR et des formes cliniques rares à ultra-rares. L’absence d'une base de données spécifique au gène GJB2 intégrant les variants et leurs phénotypes associés identifiés dans ces populations constitue un des facteurs freinant le diagnostic précoce et précis. Le projet GJB2ArabDB vise à développer un prototype de base de connaissances dédié au gène GJB2 spécifique aux populations MENA afin d'améliorer la corrélation génotype-phénotype et d’optimiser le diagnostic clinique. Une collecte manuelle des variants du gène GJB2 à partir de bases de données publiques et de la littérature, et une mise à jour de leur classification selon l’ACMG (data curation, data mining) ont été effectuées. Les outils bioinformatiques XAMPP Control Panel et dbForge Studio ont permis de concevoir et gérer une base relationnelle structurée, regroupant les données génétiques, cliniques et bibliographiques dans un format normalisé. La GJB2ArabDB inclue un total de 116 variants décrits dans 17 pays arabes démontrant une forte hétérogénéité mutationnelle et inter-ethnique avec une distribution populationnelle variable (Egypte et Maroc (7.37%, 14 variants), Arabie saoudite (6.84%, 13 variants), Qatar et Tunisie (6.32%, 12 variants)). La majorité des variants GJB2 répertoriés sont localisés dans la région codante (8373-10506) (106, 91.4%) de la Cx26. Une prédominance des mutations missenses (64, 60.4 %), suivies des frameshifts (27, 25.5%) et des mutations nonsenses (8, 7.5 %) est observée. La distribution des variants selon leur pathogénicité montrent : Pathogenic (65, 48.5%), Likely-Pathogenic (24, 17.9%), Begnin (14, 10.4%), VUS (10, 7.5%) et Likely-Begnin (8, 6%). Le variant commun c.35delG est observé dans 17 pays (8.95%), avec une fréquence élevée chez la population marocaine (90,8%). La «GJB2ArabDB» pourrait servir d’outil d’aide à la décision pour le diagnostic de certitude des surdités isolées et syndromiques.
Rim BEN SABER, Cherine CHARFEDDINE (Tunis, Tunisie), Mehrez ESSAFI, Équipe Du Projet Issma ÉQUIPE DU PROJET ISSMA
10:00 - 11:00 #49301 - P327 Apprentissage automatique pour la classification des surdités génétiques : Développement d’un prototype spécifique aux étiologies moléculaires du gène GJB2.
P327 Apprentissage automatique pour la classification des surdités génétiques : Développement d’un prototype spécifique aux étiologies moléculaires du gène GJB2.

La surdité représente le déficit sensoriel le plus fréquent avec des prévisions en 2050, évoquant que 700 millions de personnes nécessiteront une réhabilitation par appareillage ou implantation cochléaire. Les surdités génétiques représentent 60% des cas et sont caractérisées par une forte hétérogénéité étiologique. Le gène GJB2 est responsable de plus de 50% des surdités non syndromique autosomique récessive, et de 15 à 50% des formes congénitales. En Tunisie, la prévalence de la surdité génétique est de 35.6%. Le variant commun c.35delG du gène GJB2 est observé chez 35.8% des cas de surdité non syndromique et constitue 86.5% des allèles pathogènes identifiés. Toutefois, la forte hétérogénéité clinique et génétique et l’accès limité au test génétique en pratique médicale retardent le diagnostic précoce et la prise en charge des individus entraînant souvent de lourdes conséquences socioéconomiques. Notre étude vise à concevoir un prototype de modèle prédictif fondé sur l’apprentissage automatique, afin d’optimiser l’interprétation des phénotypes auditifs comme outil de détection précoce de la surdité génétique. Une étude rétrospective (1992-2025) a permis la collecte des données démographiques, cliniques et audiométriques d’une cohorte sans étiologie moléculaire connue (non étiquetée) (N=44722) (âge variant de 1 à 102). Une cohorte de patients avec une étiologie clinique de surdité associée à GJB2 (N=32) (étiquetée) (âge variant de 2 à 54 ans). Au total 55974 audiogrammes mesurés par conduction aérienne couvrant les seuils auditifs aux fréquences standards de 250 à 8000 Hz et un calcul de la PTA ont été réalisés. Les données générées ont servi pour entraîner un modèle de mélange gaussien, optimisé par l'algorithme Expectation-Maximization pour regrouper des profils audiométriques du génotype GJB2. Les résultats préliminaires montrent que la perte auditive dans la cohorte étiquetée inclut une perte légère (N= 6, 19%), modérée (N=1, 3%), sévère (N=1, 3%), sévère à profonde (N=10, 31%) et profonde (N=12, 38%). Les patients présentaient des mutations GJB2 bialléliques homozygotes (N=28, 88%) incluant le variant c.35delG (N=21, 66%), suivi de c.139G>T; p.(G47X) (N=6, 19%) et un cas porteur de c.109G>A; p.(V37I) (N=1, 3%). Deux cas étaient hétérozygotes composites (c.35delG/c.235delC) et (c.35delG/c.551G>C). Les étiologies moléculaires GJB2 sont associées majoritairement à des profils auditifs de surdité sévère à profonde en concordance avec la littérature. La performance du modèle est de 71,9% (F1-score pondéré). Cependant, les limites observées sur la classe minoritaire, une précision de 30,1%, rappellent l’importance d’analyser des données plus larges et mieux annotées pour améliorer la robustesse du modèle. GeneTUNes représente un prototype initial pour étudier des corrélations génotype-phénotype auditives liées à GJB2 pouvant être extrapolé à d’autres étiologies moléculaires et servir au développement d’outils de prédiction des surdités génétiques.
Farah GHARBI, Cherine CHARFFEDINE (Tunis, Tunisie), Faouzi GHORBEL, Fabrice GIRAUDET
10:00 - 11:00 #49355 - P331 Génération d’hypothèses par intégration d’un modèle d’intelligence artificielle de reconnaissance faciale dans une photothèque hospitalo-universitaire.
P331 Génération d’hypothèses par intégration d’un modèle d’intelligence artificielle de reconnaissance faciale dans une photothèque hospitalo-universitaire.

Le diagnostic des maladies ou syndromes génétiques rares repose souvent sur l’analyse des caractéristiques du visage. Cette expertise reste réservée et nécessite une longue expérience. Cela explique certains cas d’errance diagnostique. L’intelligence artificielle (IA) appliquée à l’analyse faciale constitue une opportunité pour soutenir les généticiens, cliniciens et biologistes, dans leurs démarches. Dans le cadre des projets AIDY (Artificial Intelligence for DYsmophrology) et FaceS-4-Kids de l’IHU Imagine, nous avons développé un modèle permettant de vectoriser des photographies de visage de patients sur 512 dimensions. Pour cela nous avons préentrainé un modèle de reconnaissance faciale open source (Resnet101), à partir d’un corpus de 50 000 photographies de patients à l’hôpital Necker dans les services de génétique et de chirurgie maxillo-faciale. Au total 400 syndromes génétiques sont représentés dans la base d’apprentissage. Ce fine tuning a permis d’optimiser la sensibilité du modèle aux variations morphologiques spécifiques aux maladies rares quel que soit l’âge, le sexe ou l’origine ethnique du patient. Le modèle obtenu a été intégré à la photothèque du service de génétique, via une interface web permettant une recherche en temps réel sur plus de 400 000 photos (faces et profils). De manière instantanée, cela permet: - L’identification des k patients les plus similaires à des photos sélectionnées - La possibilité d’interroger la photothèque avec des images issues de publications scientifiques - L’affichage des diagnostics génétiques et cliniques confirmés des patients les plus similaires, suggérant ainsi une ou plusieurs pistes diagnostiques, avec des scores de vraisemblance Cet outil augmente la photothèque en outil de génération d’hypothèses : il permet de conforter ou de réorienter rapidement une hypothèse clinique, de générer des pistes diagnostiques nouvelles pour des cas complexes, de confronter des options cliniques face aux variants générés par NGS, notamment par reséquencage de génomes complets. Il contribue ainsi à réduire l’errance diagnostique dans le contexte des maladies rares. Plusieurs exemples seront présentés sous forme de cas cliniques, notamment pour les syndromes liés aux ciliopathies, cohésinopathies, et RAS-opathies. L’outil ouvre des perspectives pour la recherche translationnelle. En regroupant des patients similaires par leur caractéristique faciale, il permet d’identifier des rapprochements entre gènes distincts qui appartiendraient à des voies moléculaires communes, pour contribuer à améliorer la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents. L’intégration d’un modèle d’IA spécifiquement affiné chez des patients atteints de maladies génétiques rares dans une photothèque hospitalo-universitaire illustre la faisabilité d’un modèle alliant performance technique, simplicité d’usage et impact direct sur le diagnostic et la génération d’hypothèses.
Olivier LIENHARD, Quentin HENNOCQ, Thomas COURTIN, Ahmed ZAITER, Antoine FERRY, Amandine BAN, Stanislas LYONNET, Roman Hossein KHONSARI, Marlène RIO, Nicolas GARCELON (PARIS)
10:00 - 11:00 #49458 - P335 PERIGENOMED (PERIGENOMED-CLINICS 1) – Mise en place et premiers résultats du séquençage du génome dans l’Ouest pour le dépistage néonatal de 349 maladies génétiques traitables ou actionnables à début précoce.
P335 PERIGENOMED (PERIGENOMED-CLINICS 1) – Mise en place et premiers résultats du séquençage du génome dans l’Ouest pour le dépistage néonatal de 349 maladies génétiques traitables ou actionnables à début précoce.

Les CHU d’Angers, Nantes et Rennes font partie des 5 centres, avec Dijon et Besançon, impliqués dans le projet pilote de dépistage néonatal génomique (DNNg) PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1). Ce projet, piloté par le CHU de Dijon, a pour but d’évaluer l’acceptabilité, la faisabilité, l’impact psychosocial et l’organisation du DNNg pour 2500 naissances, dont 1400 nouveau-nés inclus dans les 3 CHU de l’Ouest. Le séquençage des 2500 génomes est effectué dans deux plateformes (NEOMICS à Dijon et GenoA à Nantes) équipées chacune d’un NovaSeq X Plus (Illumina). Les échantillons sont adressés aux plateformes en fonction du CHU d’origine des inclusions (Dijon pour la partie Est de la France, et Nantes pour l’Ouest). A partir de l’analyse de génome réalisée, les variants pathogènes ou probablement pathogènes sont recherchés en analysant une liste de 400 gènes (171 maladies précoces et traitables) et une liste optionnelle de 407 gènes (218 maladies actionnables). A date, plus de 500 nouveau-nés ont déjà été séquencés à Dijon et les résultats des 1000 premières inclusions seront présentés lors des Assises de Génétique. Dans l’Ouest de la France, les inclusions ont débuté le 8 septembre 2025 et nous souhaitons présenter ici la méthodologie utilisée et les résultats obtenus sur les premiers nouveau-nés testés, estimés entre 300 et 500 nouveaux nés fin décembre 2025. Les équipes des différents sites du projet PGC1 ont travaillé main dans la main pour homogénéiser les pipelines bio-informatiques des deux plateformes de séquençage et les filtres de sélection des variants (probablement pathogènes et pathogènes) en fonction des modes de transmission, afin de faciliter l’interprétation biologique et ne pas créer de biais entre les deux sites de séquençage. Toutefois, des différences existent entre les deux sites en matière de bio-informatique, de mise en œuvre technique et de validation des variants, notamment sur le circuit des prélèvements, les protocoles d’extraction d’ADN et les outils d’interprétation. Ces disparités permettront, dans le cadre de ce projet pilote, d’évaluer plusieurs approches pertinentes pour le développement du DNNg à plus large échelle. Les approches utilisées dans l’Ouest seront détaillées spécifiquement. Par exemple, l’interprétation des génomes repose sur l’utilisation de DIAGHO, un portail génomique développé au CHU de Rennes pour les Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest, permettant aux biologistes interprétateurs des CHU d’Angers, Nantes, et Rennes d’accéder aux données de l’Ouest et de les interpréter. Les statistiques concernant les premiers résultats (positifs, faux négatifs, délais) seront présentées. Les variants et les pathologies concernés par un dépistage positif seront rapportés. Nous discuterons de la faisabilité technique de l’extension du DNN par les outils de la médecine génomique avec ces premiers résultats du projet PERIGENOMED dans l’Ouest.
Virginie GUIBERT, Stéphane BÉZIEAU (Nantes), Mathilde PACAULT, Adèle TIRILLY, Laura DO SOUTO FERREIRA, Céline BRIS, Antoine CIVIT, Christele DUBOURG, Houda HAMDI-ROZÉ, Jérome BUSCAIL, Sébastien RICHARD, Marine CORNEC, Eric CHARPENTIER, Julien BARC, Richard REDON, Martin CHEVARIN, Angeline BRUEL, Yannis DUFFOURD, Amandine CHARRETON, Emmanuelle LECOMMANDEUR, Mathilde NIZON, Paul ROLLIER, Estelle COLIN, Sandra MERCIER, Mathieu CHOPELET, Marie DE TAYRAC, Thauvin CHRISTEL, Laurence FAIVRE, Sylvie ODENT, Sébastien SCHMITT, Laurent PASQUIER
10:00 - 11:00 #49674 - P339 Diagnostic des tumeurs cérébrales par séquençage Oxford Nanopore Technologies : séquençage multimodal, classification en temps réel et utilisation de la stratégie d’adaptive sampling appliquées aux lymphomes cérébraux.
P339 Diagnostic des tumeurs cérébrales par séquençage Oxford Nanopore Technologies : séquençage multimodal, classification en temps réel et utilisation de la stratégie d’adaptive sampling appliquées aux lymphomes cérébraux.

Contexte et objectifs: Le diagnostic des tumeurs cérébrales a connu des avancées majeures au cours de la dernière décennie, d’abord avec l’intégration de critères moléculaires (classification OMS 2016), puis grâce à l’intégration des données épigénétiques (classification OMS 2021). La méthylation de l’ADN dans les tumeurs cérébrales permet de révéler des signatures caractéristiques propres à chaque type tumoral. Le profilage de la méthylation via les puces EPIC de méthylation Illumina, est aujourd’hui considérée comme l’une des méthodes les plus robustes pour établir ces signatures. Au laboratoire de Neuropathologie du GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences, plus de 600 échantillons tumoraux sont, chaque année, analysés par puce EPIC, permettant une classification fiable via des algorithmes disponibles en ligne. Le délai médian de rendu diagnostique reste long (33 jours), et pose problème dans certaines situations cliniques urgentes. Le séquençage Oxford Nanopore Technologies (ONT) représente une alternative innovante plus rapide. Il permet, même avec une couverture faible et non uniforme du génome, d’accéder simultanément au profil de méthylation et aux variations du nombre de copies (CNV). Ces informations, habituellement obtenues par des techniques distinctes et plus longues à acquérir, peuvent ainsi être générées en moins d’une heure. Cette technique permet aussi de détecter les variants ponctuels et les variants structuraux, offrant finalement un profil moléculaire complet. Dans ce contexte, nous avons mis en place une plateforme ONT au sein du laboratoire, avec pour objectif d’intégrer ces données au diagnostic de tumeurs cérébrales. La première application clinique explorée concerne les lymphomes cérébraux primitifs et la détection rapide du variant MYD88 L265P, présent dans environ 80 % des cas. Ce variant est un marqueur déterminant qui confirme le diagnostic de lymphome et conditionne une prise en charge thérapeutique adaptée, cruciale pour le pronostic vital. Méthodologie: Ce projet est rendu possible grâce à un financement institutionnel (GHU) ayant permis l’acquisition d’un PromethION P2Solo et de ressources de calcul associées. Notre stratégie repose sur : 1) un séquençage low pass permettant d’obtenir simultanément les profils de méthylation et de CNV, analysés via l’outil ROBIN en temps réel; 2) l’utilisation de la stratégie d’adaptive sampling ciblant un panel de gènes impliqués dans les lymphomes; 3) le développement de scripts automatisés pour le variant calling en temps réel, incluant la détection du variant MYD88 L265P. Conclusion: L’implémentation du séquençage ONT en routine diagnostique pourrait transformer la prise en charge des tumeurs cérébrales en offrant un accès rapide, intégré et complet à l’information moléculaire. Les premiers résultats sur les lymphomes serviront de preuve de concept pour une extension à d’autres types de tumeurs cérébrales de l’adulte et de l’enfant nécessitant un diagnostic rapide voire extemporanée.
Euphrasie SERVANT (Paris), Alice MÉTAIS, Fadila FETAISSA, Fabrice CHRÉTIEN, Pascale VARLET, Anne-Sophie LEBRE
10:00 - 11:00 #49860 - P343 Apport de l'intelligence artificielle en cytogénétique conventionnelle.
P343 Apport de l'intelligence artificielle en cytogénétique conventionnelle.

Introduction Les anomalies chromosomiques, responsables de nombreuses maladies, sont détectées par le caryotype conventionnel, méthode de référence mais chronophage et limitée. L’intelligence artificielle, notamment l’apprentissage profond appliqué à l’imagerie biomédicale, constitue une alternative prometteuse pour automatiser l’analyse cytogénétique et en améliorer la rapidité et la précision. Objectif Développer un modèle d’apprentissage automatique robuste, capable de classer les chromosomes de manière autonome adaptée aux besoins spécifiques des laboratoires tunisiens. Matériels et méthodes Une étude expérimentale a été menée au Service de Génétique de l’Hôpital Charles Nicolle sur 1 000 images de caryotypes en bandes R (2024). Après annotation et prétraitement, la détection et la classification des chromosomes ont été assurées par YOLOv8, associé à une segmentation fine par SAM. La classification a été optimisée par une stratégie multi-orientation avec vote pondéré. Une validation hybride, combinant Random Forest et règles cytogénétiques a consolidé les prédictions. Un module interactif a permis la visualisation, l’édition et l’export des résultats. Résultats La détection a atteint une précision et un rappel > 95 % (mAP@50 ≈ 1,0 ; mAP@50–95 = 0,7). La classification a obtenu une exactitude > 93 %, avec une faible confusion interclasses, y compris entre chromosomes morphologiquement proches. La stratégie multi-orientation a amélioré la stabilité des prédictions, et la validation hybride a renforcé la robustesse. La reconstruction automatique du caryotype a été correcte dans 93,8 % des cas, avec < 8 % d’interventions manuelles. Toutefois, des limites persistent, notamment l’absence d’un module d’analyse des bandes chromosomiques et la taille restreinte de la base d’apprentissage. Conclusion Ce pipeline hybride, alliant deep learning, validation morphométrique et règles cytogénétiques, assure une reconnaissance fiable, traçable et interprétable des chromosomes. Open source, personnalisable et entraîné sur des données locales, il constitue une alternative accessible et mieux adaptée aux besoins des laboratoires tunisiens.
Rasene GEREISHA (Paris), Lilia KRAOUA, Hela BELIL, Olfa SMATI, Sameh TRABELSI, Lobna YAHYAOUI, Fadhila OUEDRANI, Ridha MRAD, Mediha TRABELSI
10:00 - 11:00 #49153 - P347 Complexité diagnostique de la dentinogenèse imparfaite liée aux variants du gène DSPP.
P347 Complexité diagnostique de la dentinogenèse imparfaite liée aux variants du gène DSPP.

Background Les variants du gène DSPP sont impliqués dans la dysplasie dentinaire de type II (DD-II ; OMIM #125420) et les dentinogenèses imparfaites (DI) de type II (OMIM #125490) et III (OMIM #125500). DSPP code une protéine précurseur clivée en trois protéines de la matrice dentinaire : DSP, DPP et DGP. L’exon 5 contient plus de 200 répétitions en tandem de 9 pb (domaine DSS), rendant son analyse complexe par les méthodes de séquençage classiques. Matériels et Méthodes Nous avons étudié 112 individus (42 cas index et 70 apparentés) présentant des signes cliniques de DI ou de DD. L’ADN salivaire a été analysé à l’aide du panel NGS GenoDENT. Pour les cas non concluants, nous avons eu recours à une PCR long-range et au séquençage long-read Oxford Nanopore Technology (ONT), permettant de surmonter les difficultés liées à la région répétée de DSPP. Résultats Des variants pathogènes ou probablement pathogènes de DSPP ont été identifiés dans 40 familles, incluant 15 variants déjà décrits et 13 nouveaux variants. La majorité des variants ont été retrouvés dans l’exon 5, entraînant des décalages du cadre de lecture et l’apparition de codons stop prématurés. Le séquençage ONT a permis la détection de variants dans des cas où le NGS atteignait ses limites. Plusieurs variants montraient une ségrégation familiale ainsi qu’une expressivité variable entre les individus porteurs. Conclusion Cette étude souligne l’apport déterminant du séquençage long-read pour l’analyse de régions complexes du gène DSPP et élargit le spectre mutationnel connu. L’hétérogénéité phénotypique observée suggère l’existence de facteurs modificateurs, justifiant des études approfondies de corrélation génotype–phénotype. Financements Le projet e-GenoDENT financé par le Fonds d'Intervention Régionale (FIR) de l'Agence Régionale de Santé Grand Est (2019-2022) ; Impulsion recherche Filière TETECOU, 2020 et 2022 ; Fondation Force DIAGNODENT 2023-2026 la MIG F04 dédiée aux centres de référence maladies rares (CRMR), DGOS, Ministère de la Santé et de la prévention.
Gaétan CARAVELLO (Strasbourg), Alexandra JIMENEZ-ARMIJO, Marzena KAWCZYNSKI, Tristan REY, Manuela ANTIN, Alison ROTH, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Aurélie GOURONC, Abdelmalek ALIOUA, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Agnès BLOCH-ZUPAN
10:00 - 11:00 #49414 - P351 Phénocopies de chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique : analyse de 36 cas et comparaison avec 11 patients ayant un variant pathogène identifié dans le gène ARSL.
P351 Phénocopies de chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique : analyse de 36 cas et comparaison avec 11 patients ayant un variant pathogène identifié dans le gène ARSL.

La chondrodysplasie ponctuée brachytéléphalangique ou CDPX1 est définie par l’association d’un syndrome de Binder, de calcifications dans les cartilages des zones articulaires et d’une brachytéléphalangie. Elle est causée par une perte de fonction du gène ARSL, transmise sur un mode récessif lié à l’X. Certains individus présentent les mêmes caractéristiques que les patients CDPX1 mais sans variation pathogène de ARSL. Ces phénocopies peuvent être liées à des facteurs maternels comme la présence d’un hyperemesis gravidarum (HG), d’une maladie auto-immune maternelle (MAI), ou la prise d’anti-vitamine K (AVK). L’objectif de ce travail est d’analyser l’histoire naturelle et le pronostic de ces phénocopies en les comparant aux formes avec variants ARSL identifiés. Les critères d’inclusion ont été un diagnostic clinico-radiologique de CDPX1 ainsi qu’un suivi dans le centre de référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles de l’hôpital Necker Enfants-malades. Les données rétrospectives pré et postnatales de patients comprenant 36 phénocopies CDPX1 et 11 CDPX1 avec un variants dans ARSL, on été analysées. Au sein du groupe des phénocopies, les individus ont été classés en fonction du facteur externe suspecté : hyperemesis gravidarum (n=27), MAI (n=8), prise d’AVK durant la grossesse (n=1). Ils ont été revus en consultation afin de leur proposer un séquençage de génome. Les deux groupes ont ensuite été comparés (Test exact de Fisher, risque α de 5%). Aucune différence significative entre les cohortes « variant dans ARSL » et « phénocopies » n’a été identifiée, hormis i) une fréquence plus importante d’individus de sexe féminin et ii) une augmentation significative d’hydramnios pour le groupe des phénocopies iii) une origine maternelle caucasienne dans le groupe « ARSL ». Le sous-groupe MAI se distingue du sous-groupe HG par la présence en anténatal d’os longs courts, de ponctuations au niveau du rachis cervical et de prématurité. Le séquençage de génome entier réalisé chez 6 patients phénocopies (4 garçons, 2 filles) n’a pas permis d’identifier de variant pathogène pouvant expliquer le phénotype. En conclusion, le pronostic et les caractéristiques des CDPX1 sont comparables que le syndrome soit causé par un variant perte de fonction dans ARSL ou par un facteur maternel. Il apparait donc difficile de prédire l’évolution postnatale lors de la découverte d’un syndrome de Binder associé à des ponctuations. Malgré quelques différences pour le groupe des phénocopies d’origine auto-immune, nous n’avons pas observé de profil caractéristique d’une cause. La prise en charge et le suivi des patients atteints de CDP pourrait être améliorée par le développement d’examens d’imagerie prénatale, la systématisation du suivi en postnatal et la réalisation d’analyse de génome entier pour tous les patients présentant une phénocopie.
Alix PAULET (Paris), Caroline MICHOT, Geneviève BAUJAT, Maëlle CHARPIÉ, Pauline MARZIN, Sophie RONDEAU, Corinne COLLET, Klervie LOISELET, Marie FEIGNA, Michel PANUEL, Valérie CORMIER-DAIRE
10:00 - 11:00 #49519 - P355 Relier les arthrogryposes distales aux maladies osseuses congénitales : Approche par voie de signalisation des fusions congénitales osseuses des membres et du squelette axial.
P355 Relier les arthrogryposes distales aux maladies osseuses congénitales : Approche par voie de signalisation des fusions congénitales osseuses des membres et du squelette axial.

Contexte Les arthrogryposes distales et les syndromes de synostoses multiples sont des pathologies caractérisées par des anomalies squelettiques et en particulier des limitations articulaires congénitales et des fusions osseuses. Parmi les gènes impliqués dans ces deux conditions, NOG, GDF5, MYH3, FLNB, FGF9 et TAB2 sont fréquemment impliqués. Objectif Identifier les voies communes entre les gènes impliqués dans les synostoses multiples et l'arthrogrypose distale et comprendre le spectre phénotypique chevauchant en fonction du mécanisme moléculaire sous-jacent. Sujets et méthodes Nous avons colligé des patients dans le registre pédiatrique et adulte des patients atteints d'arthrogrypose multiplex congénitale PARART et dans la base de données BAMARA du CHU Grenoble Alpes, et avons sélectionné des patients à partir de la revue de littérature. Résultats Nous avons identifié les voies TGF bêta et BMP comme le dénominateur commun qui relie tous les gènes susmentionnés. Les mutations dans les gènes impliqués dans la signalisation TGFβ et BMP sont responsables de nombreux aspects du développement musculaire et squelettique, qui pourrait au moins en partie expliquer le chevauchement phénotypique. Cependant, nous avons observé une variabilité phénotypique pour un gène donné et même l'absence d'une corrélation phénotypique spécifique entre des mutations présumées avoir des conséquences opposées (perte de fonction vs. gain de fonction). La majorité des patients avec des mutations MYH3 et FLNB présentaient des fusions vertébrales alors que le symphalangisme est fréquemment associé à des variants pathogènes de GDF5 et NOG. La synostose des os du carpe était particulièrement liée à FLNB, MYH3 et GDF5, tandis que la synostose des os du tarse était liée à MYH3 et GDF5. Conclusion Les voies de signalisation TGF-β et BMP relient les pathologies osseuses et musculaires par le biais d’une formation articulaire anormale. Les corrélations génotype-phénotype restent un défi et posent la question de la nature primaire ou secondaire adaptative des anomalies squelettiques observées.
Deborah KAGLAN, John RENDU, Stanislas ROCHE, Emeline BOURGEOIS, William DUFOUR, Pauline LE TANNO, Charles COUTTON, Klaus DIETERICH (GRENOBLE)
10:00 - 11:00 #49762 - P359 Les variations du gène SERPINF1 sont à l’origine d’une forme distincte et reconnaissable d’ostéogenèse imparfaite.
P359 Les variations du gène SERPINF1 sont à l’origine d’une forme distincte et reconnaissable d’ostéogenèse imparfaite.

L’ostéogenèse imparfaite (OI) est un groupe de maladies cliniquement et génétiquement hétérogènes, caractérisées par une fragilité osseuse. Bien que 85 à 90 % des cas soient liés à des mutations des gènes COL1A1 et COL1A2, plus de vingt gènes responsables de formes ultra-rares d’OI ont désormais été identifiés. Ces formes se distinguent souvent par des caractéristiques cliniques et radiologiques spécifiques, différentes des formes classiques associées aux variations de COL1. Nous présentons, dans cette étude rétrospective, une cohorte de 16 patients porteurs de variations du gène SERPINF1, responsables d’une forme reconnaissable d’OI avec une évolution particulière et des manifestations cliniques distinctes. Tous les patients étaient issus de grossesses sans complication. Le premier signe d’OI était une fracture des os longs, le plus souvent du fémur, survenant entre 5 et 19 mois. Tous présentaient des fractures récurrentes des os longs et, dans 14 cas sur 16, des fractures vertébrales dès les premières années de vie. L’évolution clinique était marquée par une déformation progressive des os longs, suivie par l’apparition secondaire d’une cyphoscoliose, généralement à la fin de la première décennie. Ces manifestations aboutissaient fréquemment à une perte de la marche autonome (11/16). Des épisodes de douleurs osseuses sans preuve radiologique de fracture (10/16) et une faiblesse musculaire généralisée (5/16) étaient également rapportés. Aucun patient ne présentait de manifestations extra-squelettiques, à l’exception de rares cas de dentinogenèse imparfaite (2/16). Cette cohorte permet également de préciser la variabilité phénotypique intrafamiliale associée aux variations de SERPINF1, avec deux sœurs présentant une forme très atténuée (moins de 10 fractures sans atteinte vertébrale et des déformations osseuses mineures), alors que leur frère présentait une forme sévère avec de nombreuses fractures et des déformations majeures. Sur le plan thérapeutique, 14 des 16 patients ont reçu des perfusions de bisphosphonates, sans efficacité notable sur la réduction du nombre de fractures, bien que la densité osseuse ait souvent été normalisée. Seuls deux patients ont rapporté une amélioration des douleurs.
Maelle CHARPIE (Paris), Pauline LE TANNO, Geneviève BAUJAT, Caroline MICHOT, Bruno LEHEUP, Martine COHEN-SOLAL, Hina SIMONNET, Julia HERROU, Eugenie KOUMAKIS, Graziella PINTO, Corinne COLLET, Zagorka PEJIN, Sophie MONNOT, Valérie CORMIER-DAIRE
10:00 - 11:00 #49390 - P363 Manifestations anévrismales dans le Syndrome d'Ehlers-Danlos Hypermobile : Une étude rétrospective d'imagerie.
P363 Manifestations anévrismales dans le Syndrome d'Ehlers-Danlos Hypermobile : Une étude rétrospective d'imagerie.

Les Syndromes d'Ehlers-Danlos forment un groupe de maladies rares et héréditaires du tissu conjonctif caractérisés par une triade clinique commune : hypermobilité articulaire, hyperélasticité cutanée et fragilité tissulaire. On distingue actuellement 13 types de SED, dont 1 vasculaire et 12 dits non-vasculaires. Les sous-types non vasculaires, bien que généralement exempts de complications vasculaires graves, peuvent néanmoins présenter des anomalies cardio-vasculaires de sévérité variable nécessitant une exploration spécifique. Le SED hypermobile (SEDh), le plus fréquent et d’étiologie moléculaire inconnue, se manifeste par une hypermobilité articulaire généralisée associée à une instabilité articulaire, des douleurs chroniques et des manifestions cutanées. Des anomalies cardiaques ont été rapportées et sont considérées comme des critères cliniques de diagnostic (prolapsus de la valve mitrale et dilatation de la racine de l’aorte). A ce jour, aucune étude ne s'est intéressée aux aspects vasculaires. Cette étude visait à évaluer la prévalence des anévrismes chez les patients atteints de SEDh. Les données d’imagerie thoraco-abdomino-pelvienne et intracrânienne obtenues lors d'un examen de routine ont été analysées par deux radiologues indépendants pour évaluer notamment la prévalence des anévrismes. Dans un second temps, nous avons évalué leur association potentielle avec des facteurs de risque cardiovasculaires. Au total, 55 patients explorés entre 2021 et 2023 à l’hôpital Raymond Poincaré ont été inclus. Tous les patients avaient eu un angioscanner thoraco-abdomino-pelvien et 28 d’entre-eux avaient bénéficié d’un angioscanner des troncs supra-aortiques jusqu’au polygone de Willis. Des tests génétiques par panel de gènes en NGS ont été réalisés afin d'éliminer un diagnostic différentiel. Les analyses n’ont révélé aucune variation d’intérêt dans les gènes impliqués dans les SED ou dans un diagnostic différentiel comme le Syndrome de Marfan. La cohorte de patients comprenait 87% de femmes, l’âge moyen était de 38 ans et l’IMC moyen de 24. En ce qui concerne les facteurs de risque cardiovasculaire, la cohorte était composée de 25 % de fumeurs et 22 % de personnes souffrant d'hypertension artérielle. Des anévrismes ont été identifiés chez quatre des patients (soit 7,3 % de la population). Ceux-ci étaient localisés dans l'aorte thoracique, l'artère splénique et sur le Polygone de Willis. Aucune association significative avec les facteurs de risque cardiovasculaire n'a été mise en évidence (hypertension, tabagisme, âge, surpoids/obésité). Par ailleurs, un seul cas de dilatation de la racine de l’aorte a été relevé. Les résultats de cette étude invitent à la plus grande prudence dans l'interprétation de la prévalence des anévrismes dans le SEDh. D'autres études futures sont nécessaires, avec une méthodologie améliorée, afin de mieux comprendre les anomalies vasculaires dans le SEDh et leur impact clinique
Thomas GEHIN, Malika FOY, Robert CARLIER, Valentin RENAULT, Karelle BENISTAN (Garches)
10:00 - 11:00 #49567 - P367 Etude des mécanismes pigmentaires au cours de l’Epidermolyse bulleuse simple à PIGmentation Mouchetée (EPIGM).
P367 Etude des mécanismes pigmentaires au cours de l’Epidermolyse bulleuse simple à PIGmentation Mouchetée (EPIGM).

Les épidermolyses bulleuses héréditaires (EBH) sont des génodermatoses rares caractérisées par une fragilité cutanée et/ou muqueuse entraînant des bulles, le plus souvent post traumatiques. Les formes simples (EBS), définies par un clivage intra-épidermique, sont majoritairement dues à une mutation des gènes codant pour les kératines 5 ou 14. L’EBS à pigmentation mouchetée (EBS-PM) est caractérisée par une hyperpigmentation mouchetée des extrémités et des grands plis, et est associée à une mutation récurrente (P25L) de la kératine 5 (K5). Les mécanismes sous-jacents à cette hyperpigmentation restent mal élucidés. La K5 étant exprimée dans la peau uniquement par les kératinocytes, nous avons émis les hypothèses que les anomalies pigmentaires observées résultent : 1) d’un dysfonctionnement du transport ou de la dégradation des mélanosomes au sein de des kératinocytes, ou 2) d’une altération du dialogue kératinocyte-mélanocyte. La mutation pourrait affecter l’expression ou le transfert de facteurs sécrétés par les kératinocytes, modifiant la mélanogenèse dans les mélanocytes. Nos modèles expérimentaux comprennent des kératinocytes HaCaT que nous avons immortalisés par transduction virale avec la K5 sauvage (WT) ou mutée, ainsi que des biopsies cutanées prélevées sur une zone hyperpigmentée ou normale d’un patient atteint d’EBS-PM. A partir des HaCaT K5 WT ou P25L, nous avons démontré que la dynéine, responsable du transport des mélanosomes dans les kératinocyes, n’interagit pas avec la K5, et que la mutation P25L n’affecte ni l’expression ni la dégradation par autophagie de cette protéine. En revanche, l’étude des mélanocytes issus de la zone biopsiée hyperpigmentée nous a permis d’observer une surexpression des gènes impliqués dans la mélanogenèse. Ces observations sont corroborées par l’analyse en microscopie électronique des biopsies, révélant une augmentation du nombre de mélanosomes dans les mélanocytes et kératinocytes de la zone hyperpigmentée, ainsi qu’un aspect des mélanosomes semblable à ceux observés dans les peaux à phototype foncé. Ensemble, ces résultats nous permettent de privilégier l’hypothèse d’une altération de la mélanogenèse par des facteurs sécrétés par les kératinocytes, plutôt qu’un mécanisme interne aux kératinocytes. La suite de cette étude vise à identifier les facteurs kératinocytaires impliqués. Pour cela, nous prévoyons d’analyser les sécrétomes des HaCaT WT ou P25L en spectrométrie de masse, ainsi que les miRNA contenus dans les exosomes sécrétés par ces mêmes cellules en RNAseq. Les résultats obtenus in vitro seront ensuite validés sur des modèles 3D d’épidermes pigmentés reconstruits intégrant nos HaCaT transduits.
Marjorie HEIM (NICE), Christine CHIAVERINI, Thierry PASSERON
10:00 - 11:00 #49391 - P371 Comprendre le lien génétique entre l’autisme et les naissances prématurées.
P371 Comprendre le lien génétique entre l’autisme et les naissances prématurées.

L’autisme est un trouble du neurodéveloppement caractérisé par des difficultés de communication sociale, des comportements répétitifs, des intérêts restreints et des particularités sensorielles. Sa prévalence excède 1% de la population, avec une héritabilité supérieure à 80%. Son architecture génétique complexe implique à la fois des variants rares et communs. La naissance prématurée, définie comme un accouchement survenant avant 37 semaines de gestation, concerne environ 10 % des nouveau-nés. Ses causes sont diverses et souvent multifactorielles. En interrompant la maturation fœtale intra-utérine, elle augmente le risque de complications médicales ainsi que de troubles neurodéveloppementaux. Une méta-analyse a montré que les enfants nés prématurément présentent un risque d’autisme environ 30 % plus élevé que ceux nés à terme (Wang et al., 2017). Une autre étude a précisé que la prévalence de l’autisme varie en fonction du degré de prématurité : elle atteint 6,1 % chez les très grands prématurés (22–27 semaines), 2,6 % chez les prématurés modérés (28–33 semaines), 1,9 % chez les prématurés tardifs (34–36 semaines), et 2,1 % pour l’ensemble des naissances prématurées (Crump et al., 2021). Pour explorer ce lien, nous avons analysé la cohorte SPARK (Simons Powering Autism Research). Les résultats confirment une prévalence accrue d’autisme chez les enfants prématurés, associée à une sévérité clinique plus marquée que chez les autistes nés à terme. Sur le plan génétique, nous avons observé un enrichissement de variants de novo dans des gènes impliqués dans des troubles neurodéveloppementaux avec un mode de transmission dominant chez les enfants autistes comparés à leurs frères et sœurs non autistes. Au sein même des individus autistes, la proportion de porteurs est plus élevée chez les nés à terme que chez les nés prématurés. L’étude des variants communs à l’aide de scores polygéniques montre que les individus autistes sur-héritent des variants communs associés à l’autisme, indépendamment de la prématurité. Toutefois, aucune différence significative des scores n’a été observée entre autistes prématurés et autistes nés à terme. L’analyse des corrélations génétiques issues des études d’association pangénomique (GWAS) n’a, quant à elle, pas mis en évidence de lien significatif entre autisme et prématurité, tandis qu’une corrélation génétique a été identifiée entre la prématurité et le trouble du déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH). En conclusion, la prématurité accroît le risque d’autisme et influence sa sévérité clinique, mais les bases génétiques semblent comparables, hormis un enrichissement différentiel en variants de novo. Comprendre ce lien entre développement fœtal et prédispositions génétiques est essentiel pour identifier les origines précoces de l’autisme et orienter des stratégies d’intervention ciblées.
Selin KORKMAZ (Paris), Claire LEBLOND, Thomas BOURGERON, Freddy CLIQUET
10:00 - 11:00 #49526 - P375 Diagnostics fortuits de diabètes monogéniques dus à des variants du gène WFS1.
P375 Diagnostics fortuits de diabètes monogéniques dus à des variants du gène WFS1.

Introduction Les diabètes monogéniques représentent 2-4% de l’ensemble des diabètes et constituent un ensemble hétérogène d’entités génétiques, les diabètes MODY étant les plus fréquents. Le séquençage haut débit a révélé qu’environ 20 % des variants retrouvés chez des patients suspectés de MODY concernent en réalité des gènes responsables de diabètes syndromiques. L’identification fortuite de variants de gènes syndromiques s’explique par l’expressivité variable des atteintes extra-pancréatiques conduisant à un spectre clinique hétérogène. Au sein de notre laboratoire, 3% des cas résolus de MODY (6ème étiologie la plus fréquente) s’avèrent être porteurs de variants du gène WFS1, gène classiquement associé au syndrome de Wolfram (WS) de transmission autosomique récessive. Ce syndrome se caractérise par la présence d'un diabète, un déficit en arginine-vasopressine (diabète insipide), une surdité neurosensorielle, une atrophie optique bilatérale et de divers signes neurologiques. L’objectif de notre étude est la caractérisation clinique et moléculaire des patients WFS1 initialement adressés sur une porte d’entrée « diabète ». Méthodes Cette étude porte sur 29 cas index porteurs de variants du gène WFS1, initialement adressés pour une analyse moléculaire de diabète monogénique entre 2017 et 2025. Ils ont bénéficié de l’étude d’un panel de gènes. Les variants WFS1 ont été classés selon les critères de l'ACMG. Neuf apparentés diabétiques ont secondairement bénéficié d’un génotypage par Sanger. Un examen détaillé des caractéristiques moléculaires et cliniques de ces 38 patients a été réalisé. Résultats La présentation clinique de ces patients est celle d’un diabète insulinorequérant non auto-immun, avec un âge médian de survenue de 8 ans [1-36]. Au moment de la demande d’analyse moléculaire, 45% (13/29) avaient un diabète isolé et 35% (10/29) présentaient au moins une atteinte extra-pancréatique pouvant s’intégrer dans le WS. La moitié des cas index présente des variants WFS1 homozygotes, suggérant une consanguinité importante. L'annonce du résultat moléculaire a été l'occasion de réexaminer le dossier de dix des patients avec diabète isolé. Pour 7 d'entre eux, des éléments cliniques supplémentaires étaient compatibles avec le diagnostic de WS. Les 3 autres patients, d’un âge moyen de 23 ans, n’ont aucune autre atteinte. Les résultats moléculaires ont montré la complexité de l'interprétation des variants WFS1, avec une majorité de formes récessives (93%) mais également l’identification de rares formes dominantes. Interprétation Cette étude met en évidence la pénétrance et l'expressivité variables associées au gène WFS1, justifiant d’intégrer les étiologies syndromiques dans la stratégie diagnostique des diabètes MODY. Ces diagnostics fortuits soulignent la nécessité, lors de la prescription d'une étude moléculaire, d'anticiper un résultat potentiel qui va au-delà du diabète, nécessitant une prise en charge médicale appropriée et un conseil génétique.
Delphine BOUVET (Paris), Marlyse ANGAH, Florence BELLANGER, Séverine CLAUIN, Céline LEMAITRE, Gwendoline LEROY, Philippe PELLET, Cécile SAINT-MARTIN, Christine BELLANNE-CHANTELOT
10:00 - 11:00 #48930 - P379 Étude génétique et fonctionnelle d'une forme familiale de fibrillation ventriculaire idiopathique.
P379 Étude génétique et fonctionnelle d'une forme familiale de fibrillation ventriculaire idiopathique.

Introduction: La fibrillation ventriculaire idiopathique (FVI) est une cause importante de mort subite cardiaque chez les jeunes adultes. Une nouvelle forme de FVI a récemment été décrite, déclenchée par des contractions ventriculaires prématurées (CVP) venant des fibres de Purkinje et caractérisées par un couplage court (i.e. l'intervalle de couplage des CVP est inférieur à 350 ms). Une étude a montré que le premier symptôme de la FVI à couplage court (FVIcc) était la mort subite chez 60% des patients. De plus, près de 15% de ces patients présentent une histoire familiale de mort subite, ce qui pourrait indiquer une cause génétique de la pathologie. En dépit des recherches intensives effectuées au cours des dernières années, les mécanismes moléculaires de la FVIcc sont mal connus à ce jour. De nouvelles études sont donc nécessaires pour améliorer la compréhension de la pathologie et la prise en charge des patients. L'objectif de cette étude est d'identifier les causes génétiques et les mécanismes moléculaires responsables du phénotype de FVIcc dans une petite cohorte de patients affectés par cette pathologie très rare. Méthodes: Nous avons sélectionné 3 patients présentant une forme familiale de FVIcc, dont 2 sœurs. L'ADN des patients a été obtenu à partir d'un échantillon de sang et leur exome a été séquencé sur un séquenceur Magnis NGS Prep System (Agilent Technologies) grâce au kit SureSelect XT-HS (Agilent Technologies). Les séquences ainsi obtenues ont été alignées sur l’exome humain en utilisant BWA-MEM2, puis les polymorphismes nucléotidiques, insertions et délétions ont été détectés grâce à la fonction HaplotypeCaller de GATK4. Les variants ont ensuite été filtrés en fonction de leur fréquence dans la population générale, des résultats des algorithmes de prédiction et de l’expression des gènes affectés dans le cœur et les fibres de Purkinje. Résultats et conclusion: Nous avons identifié des variants d'intérêt communs aux 2 sœurs mais aucun variant commun aux 3 patients. Deux variants, un variant faux-sens et un variant d’épissage, affectant des protéines impliquées dans le transport des ions à travers la membrane plasmique ont été identifiés. L’effet du variant d’épissage a été validé par séquençage de l’ARN extrait de cellules iPS du patient. La caractérisation fonctionnelle de ces variants, par des techniques d'électrophysiologie cellulaire et de cartographie optique, est en cours afin d'évaluer leur pathogénicité dans des cellules cardiaques issues des iPS de patients. Ce projet fournira de nouveaux éléments permettant de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques responsables de la mort subite cardiaque chez les jeunes adultes.
Pauline BELHUMEUR (Paris), Claire PERRET, Laëtitia RIALLAND, Vincent FONTAINE, Delphine DESIGAUD, Guillaume JEDRASZAK, Elodie SURGET, Olivier BERNUS, Fabrice EXTRAMIANA, Michel HAÏSSAGUERRE, Estelle GANDJBAKHCH, Nathalie NEYROUD
10:00 - 11:00 #49111 - P383 Le gène HCN4 : architecture moléculaire et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale.
P383 Le gène HCN4 : architecture moléculaire et corrélation génotype-phénotype dans une large cohorte nationale.

Introduction Le gène HCN4 code pour le canal ionique responsable du courant If de dépolarisation dans les cellules cardiaques pacemaker du nœud sinusal. Des variants délétères dans le gène HCN4 ont été décrits comme impliqués dans les dysfonctions sinusales ainsi que dans certains phénotypes de cardiomyopathies. Ce gène est peu prévalent, ainsi peu de relations phénotype-génotype ont été proposées et l’interprétation des variants reste difficile. Objectifs Cette étude a pour but de recueillir les données phénotypiques de patients présentant un variant d’intérêt dans le gène HCN4, et d’établir leurs relations avec la nature et la localisation de ces variants. Matériel & Méthodes Une étude rétrospective multicentrique nationale (laboratoires de la filière CARDIOGEN) a été menée à partir des patients porteurs d’un variant hétérozygote pathogène ou probablement pathogène du gène HCN4 (ACMG) séquencés pour une indication de maladie cardiaque héréditaire. Ont été exclus les patients sans les données cliniques disponibles, et ceux porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène dans un autre gène pouvant expliquer le phénotype cardiaque. Résultats Sur une cohorte de 355 patients porteurs de variants dans le gène HCN4, 65 ont été sélectionnés. Parmi eux, 56 étaient des cas index (F=19, H=37). L’âge moyen au diagnostic était de 32,8 ans (0-73). Concernant la distribution phénotypique, 38% (n=21) présentent une cardiomyopathie sans troubles du rythme (TR), 32% (n=18) présentent des troubles du rythme (TR) sans cardiomyopathie, et 30% (n=17) présentent une cardiomyopathie associée à un ou des TR. Sur le plan moléculaire, 31 variants différents du gène HCN4 ont pu être identifiés dont 71% (n=22) de variants faux-sens. Le Burden Test montre un enrichissement significatif des variants dans le domaine du pore (n=21) par rapport aux variants présents dans le reste de la protéine (Odds ratio 33,48 ; p-value = 1,92.10-19). Ces variants faux sens sont associés dans 48% des cas à un phénotype de non-compaction du ventricule gauche avec dysfonction sinusale. Un second enrichissement significatif de variants (n=7) a été mis en évidence dans le domaine transmembranaire S4 (Odds ratio 4,37 ; p-value 2,8.10-3), 43% des patients présentent un syndrome du QT long (SQTL). Conclusion Cette cohorte nationale représente une des plus grandes étudiées à ce jour concernant le spectre moléculaire des variants du gène HCN4 et leur association avec des phénotypes cardiaques et rythmiques. Un chevauchement phénotypique entre TR et cardiomyopathie est observé. La corrélation génotype phénotype montre que les variants faux sens localisés dans le pore sont associés à des phénotypes de non-compaction du ventricule gauche et/ou de dysfonction sinusale, et ceux du domaine S4 à des phénotypes de SQTL. Ce travail permet d’accroitre les connaissances sur le gène HCN4, et d’améliorer l’interprétation des variants et ainsi le conseil génétique dans les familles.
Anne-Sophie HONG TUAN HA (Paris), Adrien BLOCH, Gilles MILLAT, Karine NGUYEN, Adeline GOUDAL, Clarisse BILLON, Cécile ROUZIER, Isabelle DENJOY, Pierre-François WINUM, Camille BARTHOD, Basile MOUHAT, Julie POUKHNITZKY, Flavie ADER, Véronique FRESSART, Estelle GANDJBAKHCH, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
10:00 - 11:00 #49277 - P387 Préindication « Syndrome de Marfan et pathologies apparentées » : bilan intermédiaire du séquençage génomique sur la plateforme SeqOIA dans le cadre du PFMG 2025.
P387 Préindication « Syndrome de Marfan et pathologies apparentées » : bilan intermédiaire du séquençage génomique sur la plateforme SeqOIA dans le cadre du PFMG 2025.

Le Plan France Médecine Génomique 2025 a été mis en place pour garantir un accès équitable au séquençage du génome entier (WGS) sur l’ensemble du territoire français. Ce dispositif repose sur deux plateformes nationales, SeqOIA et Auragen, opérant dans un cadre de pré-indications validées par la Haute Autorité de Santé (HAS). La pré-indication « syndrome de Marfan et pathologies apparentées » a été validée fin 2019, avec un démarrage des premières Réunions de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) nationales en juin 2020. Cette pré-indication cible les formes familiales (avec un minimum de trois individus informatifs) ainsi que les formes sporadiques analysées en trio. Elle inclut à la fois des formes syndromiques et des pathologies aortiques isolées, sous réserve d’un panel NGS diagnostique négatif préalable. À ce jour, la plateforme SeqOIA a analysé 50 dossiers dans ce cadre, avec une origine des prescriptions répartie entre RCP nationales (65%) et locales (35%). Parmi ces 50 génomes, 20% ont permis d’obtenir un diagnostic concluant, exclusivement dans des formes syndromiques. Ces résultats positifs ont permis : • Un repositionnement clinique de certains patients dont les signes initiaux n’étaient pas évocateurs ; • La confirmation de l’implication de gènes récemment décrits, absents des panels classiques ; • La mise en évidence de variants introniques profonds dans des gènes connus avec impact sur l’épissage ; • La détection de faux-négatifs liés aux limites des tests diagnostiques standards ; • La découverte de nouveaux gènes candidats, ouvrant des perspectives pour l'amélioration du diagnostic. Ce bilan intermédiaire souligne l’apport majeur des plateformes nationales dans le diagnostic génétique des pathologies aortiques rares, en particulier pour les formes syndromiques. La poursuite de l’analyse des données obtenues permettra d’affiner les critères d’inclusion et d’optimiser le rendement diagnostique de cette pré-indication.
Nadine HANNA (PARIS), Pauline ARNAUD, Souraya WADIH, Sabrine JADOUI, Laurent GOUYA, Luisa MARSILI, Clémence VANLERBERGHE, Bénédicte DEMEER, Sacha WEBER, Pierre BLANC, Catherine BOILEAU, Julie CHASSAGNE, Guillaume JONDEAU
10:00 - 11:00 #49534 - P391 Étude par interférence CRISPR des mécanismes de régulation transcriptionnelle aux loci associés à la dissection spontanée de l’artère coronaire.
P391 Étude par interférence CRISPR des mécanismes de régulation transcriptionnelle aux loci associés à la dissection spontanée de l’artère coronaire.

La dissection spontanée de l’artère coronaire (SCAD) est une pathologie cardiovasculaire touchant en grande majorité les femmes d’âge moyen, qui se manifeste par une obstruction artérielle causée par un hématome de la paroi artérielle pouvant aboutir à un infarctus du myocarde. Une étude d’association pangénomique (GWAS) menée par notre équipe a identifié 16 loci associés à la SCAD, enrichis en variants non codants situés dans des éléments régulateurs actifs dans les cellules musculaires lisses (CML) vasculaires et les fibroblastes. Toutefois, les gènes cibles et les mécanismes par lesquels certains de ces variants modulent l’expression génique restent à élucider. Ce projet vise à établir un système fonctionnel pour explorer les mécanismes de régulation transcriptionnelle au sein de ces loci et identifier leurs gènes cibles, notamment ceux présentant une expression différenciée selon le sexe. Pour ce faire, notre objectif est d’utiliser un système d’interférence CRISPR (CRISPRi) inductible basé sur une Cas9 catalytiquement inactive (dCas9) fusionnée au répresseur KRAB, permettant une inactivation transcriptionnelle réversible et ciblée. Nous avons initialement intégré un système CRISPRi inductible au locus AAVS1 (chromosome 19) d’une lignée de cellules souches pluripotentes induites (iPS) normales. Ce locus a été sélectionné pour maintenir une expression stable après différenciation. Après sélection antibiotique et génotypage, nous avons obtenu deux clones disposant d’une copie unique du système intégrée au locus AAVS1. L’expression inductible de la Cas9 a été confirmée par PCR quantitative et Western Blot. Nous avons différencié ces cellules iPS-CRISPRi en CML vasculaires d’origine mésodermale, prolifératives et synthétiques caractérisées par une génération importante de matrice extracellulaire dont le rôle est clef dans la dissection de la paroi artérielle. Cependant, l’intégration du système CRISPRi dans le locus AAVS1 des iPSC n’a pas permis de maintenir une expression inductible après différenciation, suggérant une inactivation du locus. Nous avons toutefois démontré qu’il est possible d’intégrer de manière directe et fonctionnelle un système CRISPRi inductible dans des CML déjà différenciées en utilisant un vecteur lentiviral. L’expression et l’inductibilité de ce système ont été confirmés dans les CML dérivées d’iPS et des fibroblastes. L’analyse des cibles transcriptionnelles d’éléments régulateurs associés à la SCAD à l’aide de cette approche est en cours, avec un intérêt particulier pour ceux dont l’activité est différente par sexe. Notre étude démontre la faisabilité de l’étude par CRISPRi de cibles transcriptionnelles d’éléments régulateurs dans des CML dérivées d’iPS. L’approche que nous décrivons permettra d’étudier les mécanismes régulateurs sous-jacents à la SCAD et pourra être élargie à d’autres pathologies cardiovasculaires où les CML jouent un rôle clé.
Alberto TEZZA (Paris), London CHARLIE, Nabila BOUATIA-NAJI, Adrien GEORGES
10:00 - 11:00 #49754 - P395 Etat des lieux de la cardiomyopathie dilatée des patients porteurs, à l’état hétérozygote, du variant pathogène c.1961dup (p.T655fsX49) dans le gène LMNA.
P395 Etat des lieux de la cardiomyopathie dilatée des patients porteurs, à l’état hétérozygote, du variant pathogène c.1961dup (p.T655fsX49) dans le gène LMNA.

Contexte : Les variants pathogènes du gène LMNA sont en lien avec les laminopathies, dont l’une des expressions est la lipodystrophie de Dunnigan. Du fait d’un un effet fondateur à La Réunion, la lipodystrophie de Dunnigan liée au variant récurrent c.1961dup est trouvée avec une forte prévalence de 1/8 500 parmi les réunionnais. La cardiomyopathie dilatée (CMD) a déjà été décrite chez les patients homozygotes, cependant, l’atteinte cardiaque chez les patients hétérozygotes est moins bien documentée. Méthode : Nous avons réalisé une étude observationnelle rétrospective en incluant 162 patients porteurs du variant pathogène c.1961dup du gène LMNA et se focalisant sur les 24 patients ayant une cardiomyopathie. Nous avons comparé les données socio-démographiques, génétiques, cardiologiques et métaboliques de 12 patients hétérozygotes et 12 patients homozygotes. Résultats : Nos résultats ont mis en évidence que 8,2% (12/145) des patients hétérozygotes présentaient une cardiomyopathie contre 75% (12/16) des patients homozygotes, avec chez les hétérozygotes un âge moyen au diagnostic de la CMD plus tardif (52,2 ans ± 10,8 contre 40,4 ans ± 7,0 – p-value ≈ 0,003), et un DTDVG plus élevé (60,5 mm ± 6,7 contre 53,6 mm ± 4,8 – p-value ≈ 0,011) par rapport aux patients homozygotes. Cependant, le profil cardiologique de la CMD (dysfonction systolique, troubles conductifs et/ou rythmiques et les indications de dispositifs implantations cardiaques) qu’il présente était le même dans les deux groupes et s’inscrit dans les atteintes cardiologiques décrites dans les laminopathies. Enfin, l’atteinte métabolique (âge d’apparition ou prévalence du diabète et la valeur moyenne des triglycérides) était moins sévère et moins présente chez les patients hétérozygotes par rapport aux patients homozygotes. Conclusion : Nos résultats suggèrent que les patients hétérozygotes présentent un syndrome de Dunnigan au profil métabolique atténué par rapport aux patients homozygotes. La cardiomyopathie semble faire partie du spectre phénotypique de cette lipodystrophie, qui compte tenu des atteintes métaboliques moins sévères n’est pas diagnostiquée lors de la découverte de leur atteinte cardiaque. Ces résultats montrent l’importance de la multidisciplinarité endocrinologique – cardiologique - génétique pour proposer une prise en charge optimale des patients et un conseil génétique approprié aux apparentés porteurs du variant c.1961dup du gène LMNA.
Tiphany LAURENS, Frédérique PAYET, Marta SPODENKIEWICZ, Pierre ROUMEGOU, Floriane AUCLAIR, Maxime CHURET, Olivier GEOFFROY, Anna FLAUS-FURMANIUK, Simon AUVRAY, Pascale RICHARD, Adrien BLOCH, Philippe CHARRON, Mathilde SIMONSON, Pauline MARZIN (La Réunion)
10:00 - 11:00 #49657 - P397 Diagnostic génétique par RNA-seq ciblé sur l’exome : bénéfices démontrés, mise en œuvre encore complexe.
P397 Diagnostic génétique par RNA-seq ciblé sur l’exome : bénéfices démontrés, mise en œuvre encore complexe.

Les laboratoires de génétique sont régulièrement confrontés à la mise en évidence de variations pouvant affecter l’épissage. Alors que l’impact de certaines peut être facilement prédit et déterminé, d’autres posent des difficultés notamment en cas d’échec de validation par une technique de première intention. Le recours au séquençage à haut débit d’ARN (RNAseq) prend alors toute son importance. Nous avons utilisé le RNAseq par capture d’exome sur une cohorte d’individus porteurs de variations affectant l’épissage. Notre cohorte se compose de 16 échantillons postnataux d’individus atteints de pathologies variées pour lesquels une variation de signification incertaine pouvant affecter l’épissage a été identifiée lors du séquençage d’un panel de gènes ou porteurs d’une variation intragénique du nombre de copie. Parmi ces 16 échantillons, 3 sont des contrôles positifs dont la conséquence des variations est connue. Les ARN totaux ont été extraits à partir de sangs ou de fibroblastes cutanés cultivés. Les librairies ont été préparées à l’aide du kit Agilent Sureselect XT-HS2 RNA en utilisant les sondes de capture de l’exome SureSelect (Human All Exon V8+NCV). Les données de séquençage obtenues sur HiSeq4000 ont été analysées à la recherche de variants, de transcrits anormaux et de modification du niveau d’expression avec les outils GATK, DESeq2, rMATS, LeafCutter, LeafCutterMD et DEXSEQ du pipeline de la plateforme GenomEast. L’anomalie chez les 3 contrôles positifs a été retrouvée. Sur les 13 autres variations, le RNAseq a été conclusif pour 10 d’entre elles (9 reclassements en classe 5 et 1 en classe 2). Nous avons eu 1 échec lié à un défaut d’expression du gène dans le tissu testé et 2 analyses sont non conclusives. Les impacts identifiés sont majoritairement des anomalies d’épissage de transcrit avec rétention d’intron, exon cryptique et saut d’exon. Les résultats détaillés pour l’ensemble de la cohorte seront présentés. L’utilisation du RNAseq avec capture de l’exome nous a conduit à reclasser 83 % des variations étudiées, le plus souvent en confirmant leur caractère pathogène, permettant de mettre fin à l’errance diagnostique chez ces patients. Malgré ces résultats probants, nous avons rencontré certaines difficultés techniques et organisationnelles. Outre le possible défaut d’expression du gène d’intérêt dans le tissu étudié, la variabilité d’expression et le faible effectif de nos séries rendent délicates l’interprétation des analyses quantitatives qui nécessitent une normalisation entre de multiples échantillons de même nature. D’autre part, nous manquons de ressources, particulièrement bioinformatiques, pour pouvoir réaliser l’entièreté de l’analyse dans notre laboratoire hospitalier, nécessitant une collaboration avec une plateforme de recherche et la confirmation diagnostique ultérieure des résultats par une seconde technique (RT-PCR par exemple). La mise en place du RNAseq en routine diagnostique reste donc encore complexe mais prometteuse.
Aurélie GOURONC (STRASBOURG), Damien PLASSARD, Manuela ANTIN, Nicolas DONDAINE, Claire FEGER, Consortium AURAGEN, Julien TARABEUX, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Nadège CALMELS
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Sessions simultanées 09
Neurodeveloppement 2

Modérateurs : Veronique DUBOC (CDRI) (Nice), David GENEVIEVE (Professeur, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP, responsable PEMR et CRMR) (Montpellier)
11:00 - 11:15 #49256 - SS061 Profil de méthylation dans le syndrome de Cornelia de Lange : résultats sur 40 patients.
SS061 Profil de méthylation dans le syndrome de Cornelia de Lange : résultats sur 40 patients.

Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une cohésinopathie hétérogène liée à des variants pathogènes dans NIPBL, SMC1A, SMC3, RAD21, HDAC8 ou BRD4, tandis que l’implication de MAU2 reste débattue. En 2020, une épisignature spécifique a été décrite à partir d’ADN sanguin chez les patients porteurs de variants pathogènes, sauf pour HDAC8 (absence d’épisignature, évaluée sur 8 échantillons), MAU2 et BRD4 n’avaient pas été testés. Cette signature présentait toutefois une sensibilité limitée, probablement en lien avec l’hétérogénéité génétique. Un intérêt particulier concerne SMC1A, impliqué à la fois dans le CdLS (OMIM #300590) et dans un syndrome d’encéphalopathie épileptique (OMIM #301044) décrit pour les variants perte de fonction chez les filles. Nous avons étudié le profil de méthylation de 40 individus au CHU de Rouen par puce Infinium MethylationEPIC v2 (Illumina), en utilisant la liste de sondes spécifiques publiée dans la littérature. La cohorte comprenait 29 porteurs d’un variant pathogène (NIPBL n=19, SMC3 n=3, SMC1A n=6, RAD21 n=1), 8 porteurs de variants de signification incertaine (VSI) (NIPBL n=3, MAU2 n=3, SMC3 n=1, SMC1A n=1) et 3 patients sans variant identifié. Tous les cas NIPBL et le patient RAD21 présentaient la signature attendue. Deux patientes, porteuses d'un variant faux sens et in-frame de SMC1A, se regroupaient avec les contrôles négatifs. Elles présentaient une encéphalopathie sévère létale précoce et une épilepsie précoce, respectivement, mais correspondaient cliniquement à un syndrome de CdLS, les patients SMC1A avec phénotype CdLS présentant fréquemment des épilepsies. Parmi les 7 VSI, la signature a permis de reclasser 3 cas comme positifs (MAU2 n=2, NIPBL n=1), tandis que 4 donnaient des profils intermédiaires ininterprétables. Chez les 3 patients sans variant identifié, 2 étaient négatifs et 1 intermédiaire. Ces résultats confirment l’intérêt diagnostique de l’épisignature CdLS, malgré ses limites de sensibilité, et soulignent la nécessité d’élargir les cohortes pour affiner la classification des variants et mieux comprendre les liens entre variations génétiques, signatures épigénétiques et phénotypes cliniques. Concernant SMC1A, l’absence d’épisignature chez certaines patientes suggère soit un effet d’inactivation différentielle de l’X dans le sang, soit l’existence d’un spectre phénotypique élargi, allant du CdLS à une encéphalopathie épileptique sans signes évocateurs de CdLS. Des analyses complémentaires sont en cours, incluant notamment de nouveaux échantillons SMC1A avec phénotype épileptique seul.
Angèle MAY (Rouen), Amandine SANTINI, Anne-Claire RICHARD, Anne-Marie GUERROT, Alice GOLDENBERG, Juliette COURSIMAULT, Gabriella VERA, Jean-Luc ALESSANDRI, Stéphanie ARPIN, Claire BAR, Séverine BACROT, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Odile BOUTE, Varoona BIZAOUI, Roseline CAUMES, Camille CENNI, Nicolas CHATRON, Chloe QUELIN, Cindy COLSON, Geoffroy DELPLANCQ, Bruno DELOBEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Charlotte DUBUCS, Christine FRANCANNET, Fabienne GIULIANO, Sophie JULIA, Marine LEBRUN, Marine LEGENDRE, Gaetan LESCA, Pauline MONIN, Sophie NAUDION, Laurence OLIVIER-FAIVRE, Philippe PARENT, Olivier PATAT, Amélie PITON, Jean-Marc PINARD, Linda PONS, Melanie RAMA, Francis RAMOND, Joëlle ROUME, Lyse RUAUD, Elise SCHAEFER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Sabine SIGAUDY, Thomas SMOL, Renaud TOURAINE, Lionel VAN MALDERGEM, Julien VAN GILS, Laurent VILLARD, Marie-Laure VUILLAUME-WINTER, Alain VERLOES, Kévin CASSINARI, Pascale SAUGIER-VEBER, François LECOQUIERRE, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
11:15 - 11:30 #49388 - SS062 Les organoïdes corticaux humains permettent de décrypter l’impact neurodéveloppemental précoce de variants pathogènes responsables de troubles du développement intellectuel et d’explorer les mécanismes de variabilité phénotypique.
SS062 Les organoïdes corticaux humains permettent de décrypter l’impact neurodéveloppemental précoce de variants pathogènes responsables de troubles du développement intellectuel et d’explorer les mécanismes de variabilité phénotypique.

Introduction: Le diagnostic moléculaire du trouble du développement intellectuel (TDI) s’est considérablement amélioré ces dernières années, permettant l’identification de milliers de gènes impliqués. Cependant, les mécanismes moléculaires par lesquels les variants pathogènes dans ces gènes affectent le neurodéveloppement, en particulier aux stades précoces, restent mal compris. Le développement récent d’approches de culture et différenciation cellulaire permettant la génération d’organoïdes cérébraux qui récapitulent fidèlement les premières étapes du développement cérébral ainsi que l’essor des analyses de cellules uniques, ouvrent des perspectives inédites pour élucider la physiopathologie des TDI et identifier de nouvelles voies d’intervention. Parmi les gènes responsables de TDI, ceux codant pour des sous-unités du complexe Mediator, notamment MED12 et MED13L, faisant partie du module kinase (CKM), représentent une cause bien établie de syndromes neurodéveloppementaux, dont les bases cellulaires et développementaux restent à élucider. Méthodes: Nous avons introduit des variants pathogènes dans les gènes MED12 (NM_005120.3 c.1249-1G>C; c.4465C>G) et MED13L (NM_015335.5 c.2597C>T) dans deux lignées isogéniques de cellules souches pluripotentes humaines mâles, différenciées ensuite en organoïdes corticaux. Ces organoïdes ont été caractérisés de manière intégrative, depuis les stades précoces jusqu’aux phases tardives de maturation neuronale (200 jours). Nous avons évalué l’architecture cellulaire, des marqueurs d’identité cellulaire reflétant différents stades allant des progéniteurs aux lignées neuronale et gliale, ainsi que la distribution et les profils transcriptomiques des populations cellulaires par bulk mRNA, Chromatin associated RNA-seq, et single-cell RNA-seq. Enfin, nous avons étudié l’activité des réseaux neuronaux par des enregistrements électrophysiologiques. Résultats : Nos analyses révèlent des altérations majeures des processus de différenciation neuronale et de synaptogenèse avec un impact sur l’activité neuronale. Les deux variants MED12 induisent des phénotypes significativement distincts, tandis que le variant MED13L présente à la fois des perturbations convergentes, suggérant des mécanismes communs, et des signatures propres reflétant des fonctions différentielles, comparé au variant MED12 associé au phénotype le plus sévère. Ces différences phénotypiques à l’échelle cellulaire sont compatibles avec les différences phénotypiques observées chez les patients porteurs de ces variants. Enfin, l’analyse des trajectoires développementales précoces révèle des voies d’intervention potentielles communes. Conclusion : Cette étude éclaire sur les mécanismes neurodéveloppementaux précoces liés aux variants pathogènes de MED12 et MED13L, identifie des pistes d’intervention potentielles, et démontre la valeur des organoïdes corticaux comme outil puissant pour la caractérisation fonctionnelle de variants génétiques malgré certaines limites.
Johnny BOU-ROUPHAEL (Paris), Francesco CAPUTO, Marie-Florence REVENEAU, Julien PIGEON, Corentine MARIE, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Jamal GHOUMID, Florence PETIT, Delphine HERON, Alexis VERGER, Bassem HASSAN, Laïla EL-KHATTABI
11:30 - 11:45 #49487 - SS063 Expansion du spectre clinique et moléculaire du trouble du neurodéveloppement lié à SETD1A et identification d’une épisignature chez 28 individus non rapportés.
SS063 Expansion du spectre clinique et moléculaire du trouble du neurodéveloppement lié à SETD1A et identification d’une épisignature chez 28 individus non rapportés.

Rationnel Le gène SETD1A code pour une méthyltransférase du complexe COMPASS/trithorax, impliquée dans la di- et triméthylation de H3K4 (H3K4me2/3), essentielle à la régulation transcriptionnelle au cours de l’embryogénèse. Les variants perte de fonction pathogènes de SETD1A sont responsables du NEDSID (Neurodevelopmental Disorder with Speech Impairment and Dysmorphic facies, MIM 619056) caractérisé par un retard des acquisitions prédominant sur le langage oral mais pouvant aller jusqu’au trouble du développement intellectuel, une morphologie crâniofaciale distincte, une épilepsie et des troubles psychiatriques (notamment autisme et schizophrénie). Nous décrivons une série de 28 individus non rapportés à ce jour porteurs d’une variation (probablement) pathogène de SETD1A, ainsi que leur profil de méthylation pangénomique. Méthodes Les données cliniques, neuropsychologiques et génétiques de 28 individus ont été recueillies, dont 12 ayant bénéficié d’une évaluation psychométrique standardisée, puis comparées à celles de 51 individus décrits dans la littérature. Les profils de méthylation pangénomique ont été établis à partir d’ADN génomique extrait de sang périphérique après conversion au bisulfite, et analysés sur puces Illumina Infinium MethylationEPIC (850K) via la plateforme diagnostique EpiSign. Ces données ont été confrontées à celles de témoins sains et à 104 autres épisignatures déjà décrites pour des pathologies constitutionnelles. Résultats L’âge médian d’acquisition de la marche était de 18 mois et des premiers mots de 22 mois. Sur 12 bilans psychométriques, le QIT médian a été estimé à 70, dont 6 individus présentant un trouble du développement intellectuel (i.e. QIT < 70). Des symptômes peu décrits tels que l’anxiété, l’agressivité et le trouble de l’attention ont été observés. Vingt variants distincts de SETD1A non publiés ont été identifiés (13 tronquants, 7 faux-sens). L’analyse différentielle du méthylome a permis d’identifier une signature spécifique basée sur une hypométhylation globale chez les patients porteurs de variants tronquants de SETD1A. Cette même épisignature n’était cependant pas reproductible pour les variants faux-sens. Conclusion Cette étude fournit la description phénotypique et moléculaire la plus complète à ce jour du NEDSID et met en évidence une épisignature spécifique aux variants tronquants de SETD1A. Cette épisignature permettra désormais d’aider à la reclassification des variants de signification incertaine de SETD1A et à l’établissement de nouveaux diagnostics par « rétro-génotypage » chez des individus porteurs d’un variant génomique dont la détection est le plus souvent manquée par séquençage nouvelle génération (e.g., variant de structure, insertion de séquence mobile), soulignant l’intérêt de l’épigénétique comme outil diagnostique robuste dans les troubles neurodéveloppementaux syndromiques.
Lucie ROUAUX (Montpellier), Sadegheh HAGHSHENAS, Quentin SABBAGH, Julian DELANNE, Geoffroy DELPLANCQ, Anne-Sophie DÉNOMMÉ-PICHON, Isabelle MAYSTADT, Olivier MONESTIER, Christèle DUBOURG, Mélanie FRADIN, Amaia LASA ARANZASTI, Valentine MARQUET, Nouf ALNUAIMI, Stefan BARAKAT, Ange-Line BRUEL, Estela CASTILLON, Benjamin COGNÉ, Lucie DAUVER, Benjamin DAURIAT, Erika D’HAENENS, Sourav GHOSH, Mihelaiti GUBERTO, Bertrand ISIDOR, Aurélia JACQUETTE, Karim KARIMI, Jennifer KERKHOF, Boris KEREN, Maria IASCONE, Pedro LOURO, Julien MARAVAL, Sandrine MARLIN, Haley MCCONKEY, Jérémie MORTREUX, Angela PERON, Florence PETIT, Christophe PHILIPPE, Véronique PINGAULT, Céline POIRSIER, Flavien ROUXEL, Jessica RZASA, Thomas SMOL, Simon TAVERNIER, Christèle THAUVIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Olivier VANAKKER, Lisa VAN DEN BERSSELAAR, Daniele VEENMA, Léa VEYRUNE, Nathalie RUIZ-PALLARES, Mouna BARAT, Antonio VITOBELLO, Bekim SADIKOVIC, David GENEVIÈVE
11:45 - 12:00 #49761 - SS064 Nouveaux variants germinaux faux-sens du gène PAK1, premier cas de mosaïcisme et identification d’un hotspot dans le domaine catalytique.
SS064 Nouveaux variants germinaux faux-sens du gène PAK1, premier cas de mosaïcisme et identification d’un hotspot dans le domaine catalytique.

Introduction: La protéine PAK1, composée de deux domaines principaux que sont le domaine d’auto-inhibition et le domaine catalytique à activité sérine/thréonine kinase, est impliquée dans de nombreuses voies de signalisation comme le cytosquelette, l’organisation du faisceau mitotique, … La description de variations altérant la fonction du gène, responsable de pathologies humaines est récente. Chez les onze patients décrits initialement dans la littérature, les variants faux sens du gène PAK1, agissant comme des variants gain de fonction, sont responsables d’un phénotype associant macrocéphalie post-natale, trouble du neurodéveloppement, épilepsie et dans une moindre mesure une ataxie. L’objectif de cette étude est de préciser les caractéristiques cliniques et biologiques à l’aide d’une nouvelle cohorte de patients. Méthodes: Les patients ont été recrutés via un appel à collaboration diffusé par la filière AnDDi-Rares et l’ERN ITHICA. Les données cliniques et biologiques pertinentes ont été recueillies au moyen de questionnaires remplis par les généticiens responsables de chaque cas. Pour certains patients, des photographies ont également été obtenues. En complément de cette description clinico-biologique, nous avons eu recours à des approches de modélisation in silico afin de prédire la localisation des différents variants faux-sens au sein de la protéine PAK1 et d’évaluer leurs effets stériques et énergétiques. Le consentement des représentants légaux a été recueillis pour tous les patients. Résultats: Un ensemble de données, comprenant des informations génotypiques et phénotypiques, a été recueilli chez neuf patients européens (six Français, un Italien, un Néerlandais et un Espagnol) porteurs de variants faux-sens du gène PAK1. Les signes cliniques les plus fréquents sont les troubles du neurodéveloppement (9/9) notamment la déficience intellectuelle et le trouble du spectre autistique, la macrocéphalie post-natale (8/9), l’épilepsie clinique ou anomalies EEG (6/9). Cependant certaines caractéristiques, telles que l’épilepsie, les anomalies à l’IRM cérébrale et l’ataxie, semblent moins fréquentes dans cette cohorte. Un patient est porteur d’un variant mosaïque (11% dans le sang). Cinq patients présentent un variant localisé dans une région de 11 acides aminés formant une hélice alpha du domaine catalytique en contact stérique étroit avec le domaine auto-inhibiteur. Discussion: Cette cohorte représente à ce jour la plus vaste cohorte internationale de patients porteurs de variants faux-sens du gène PAK1. Dans cette étude, nous décrivons la présentation clinique inédite liée à un variant mosaïque ainsi qu’un hotspot mutationnel du domaine catalytique. Ce hotspot mutationnel suggère une perturbation de l’auto-inhibition de la kinase PAK1. Du fait du mécanisme gain de fonction de ces variants, des inhibiteurs spécifiques tels que NVS-PAK1-1 ou les ARN anti-sens permettraient d’améliorer le développement des enfants diagnostiqués précocement.
Lionel HEISER (Lyon), Nicolas CHATRON, Valentin RUAULT, Didier LACOMBE, Vincent MICHAUD, Francis RAMOND, Jamal GHOUMID, Odile BOUTE, Florence PETIT, Nicola BRUNETTI-PIERRI, Julie W. RUTTEN, Mariëtte J.v. HOFFER, Lucía LOPEZ LOPEZ, Berta ALMOGUERA, Lamia BOUSLAMA-OUEGHLANI, William DUFOUR
12:00 - 12:15 #49904 - SS065 Quand l’ADN mitochondrial s’invite dans le noyau : implications cliniques des pseudogènes mitochondriaux ou NUMTs.
SS065 Quand l’ADN mitochondrial s’invite dans le noyau : implications cliniques des pseudogènes mitochondriaux ou NUMTs.

La mitochondrie est responsable de la production énergétique et a la particularité d’être codée par 2 génomes, nucléaire et génome mitochondrial (ADNmt). Selon la théorie endosymbiotique, la majorité des gènes de la mitochondrie primitive a été transférée vers le noyau au cours de l’évolution selon un processus continu et dynamique. Les copies non-fonctionnelles de gènes mitochondriaux sont appelées pseudogènes mitochondriaux ou NUMTS pour « Nuclear mitochondrial DNA fragment ». Chez l’Homme, l’intégralité de la séquence de l’ADNmt est retrouvée dans le génome nucléaire, sous forme de fragments de tailles variables et avec une distribution aléatoire sur tous les chromosomes, localisés essentiellement dans des régions non codantes. Nous rapportons le cas d’une enfant de 3 ans présentant une épilepsie généralisée associée à de multiples tubers corticaux, ainsi que des macules hypochromiques disséminées et des plaques cutanées en peau de chagrin. En accord avec les critères de Northrup, le diagnostic de Sclérose Tubéreuse de Bourneville (STB) avait été posé devant ces arguments cliniques. L’analyse moléculaire des gènes du complexe TSC (TSC1 et TSC2) par chromatographie liquide à haute pression en condition dénaturante puis séquençage Sanger a permis d’identifier une insertion survenue de novo de 134 paires de bases au niveau de l’exon 18 de TSC2 (NM_000548.5) à la position c.1870. Les analyses in silico ont mis en évidence que la séquence insérée correspondait à un fragment du gène mitochondrial MT-ND5 (m.12500_12633) codant pour une des sous-unités du complexe I de la chaîne respiratoire mitochondriale. (OMIM : 516005). En population, les insertions de NUMT de novo seraient observées pour une naissance sur 1000, et résulteraient de l’intégration dans le noyau, au cours de la réparation de cassures doubles brins, de fragments d’ADNmt issus de mitochondries endommagées par des dérivés réactifs de l’oxygène ou issus du processus de la mitophagie. Malgré la forte prévalence des NUMTS, leur implication en maladies rares reste limitée, avec moins de 10 occurrences dans la littérature dont des insertions dans les gènes suivants : F7 (déficit en facteur VII), GLI3 (syndrome de Pallister-Hall), MCOLN1 (mucolipidose IV), USH1C (syndrome d’Usher IC), une translocation t(9;11)(p24;q23) et plus récemment CD40LG (syndrome d’hyper-IgM lié à l’X). Les études publiées montraient que l’insertion du NUMT dans la majorité des cas était responsable d’une anomalie d’épissage, d’un décalage du cadre de lecture ou de la formation d’un codon stop prématuré. Il s’agit, à notre connaissance, du premier cas de STB associé à une insertion de NUMT dans le gène TSC2. De manière plus générale, ce cas illustre l’intérêt de développer des outils permettant de rechercher de manière systématique les insertions de NUMTS, à l’instar de ceux développés pour la détection des éléments mobiles, ceux-ci pouvant permettre de résoudre une part de l’hérédité manquante.
Aksel DURAND (Angers), Marie-Claire MALINGE, Sarah PRESTWICH, Radka STOEVA, Estelle COLIN, Vincent PROCACCIO, Céline BRIS
12:15 - 12:30 #49912 - SS066 La perte de MED13L au cours du développement neuronal précoce entraîne l’activation concurrente de programmes antérieurs.
SS066 La perte de MED13L au cours du développement neuronal précoce entraîne l’activation concurrente de programmes antérieurs.

Le complexe Mediator relie les facteurs de transcription aux promoteurs par l’intermédiaire de boucles chromatiniques, jouant ainsi un rôle central dans l’intégration des signaux régulateurs. Parmi ses sous-unités, MED13L occupe une place particulière. Les variants pathogènes de ce gène représentent l’une des causes génétiques les plus fréquentes de déficience intellectuelle. Pourtant, le rôle précis de MED13L dans le développement neuronal humain reste largement méconnu. Nous avons généré des cellules souches pluripotentes humaines (hiPSC) knockout (KO) pour MED13L par édition CRISPR–Cas9. Ces lignées ont été différenciées en organoïdes cérébraux. Nous avons combiné des approches multi-omiques à haute résolution (single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, CUT&Tag pour H3K27ac/H3K27me3/H3K4me1) afin de caractériser l’impact de la perte de MED13L sur la régulation genique. L’absence de MED13L entraîne une réorganisation chromatinienne avec une activation prématurée d’éléments cis-régulateurs (CREs) associés à des gènes rétiniens (OTX2, SIX6, RAX, VSX2), une diminution des marques répressives H3K27me3 sur des régulateurs du télencéphale (BARHL1, LHX5) et une décorrélation promoteur–enhancer pour des facteurs progéniteurs (SOX2, PAX6). À l’échelle cellulaire, plus 40 % des cellules dans les organoïdes KO adoptent une identité rétinienne ou photo-réceptrice (USH2A⁺), tandis que l’expression de gènes de la neurogenèse corticale (NEUROD2, SOX5, NFIB) est réduite. Nos données identifient MED13L comme un regulateur chromatinien qui empêche l’activation simultanée de programmes antérieurs concurrents, garantissant un engagement exclusif des identités neuronales. Cette étude met en lumière un mécanisme clé reliant la dérégulation cis-régulatrice à la physiopathologie des syndromes liés à MED13L, et illustre la puissance des approches multi-omiques sur organoïdes pour la génétique du développement humain.
Jamal GHOUMID (Lille), Jerome SIGE, Jeromine CARRET, Marie BALERDI, Fiona LEDUC, Anne-Sophie JOURDAIN, Caroline THUILLIER, Frederic FRENOIS, Luc THOMES, Thomas SMOL, Florence PETIT, Nadav AHITUV
Louis Lumiere

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B32
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Sessions simultanées 10
Chromosomes

Modérateurs : Valérie MALAN (PU-PH) (PARIS), Caroline SCHLUTH-BOLARD (PU-PH) (STRASBOURG)
11:00 - 11:15 #49156 - SS067 Recommandations du Réseau Achropuce pour la classification et l’interprétation CNV.
SS067 Recommandations du Réseau Achropuce pour la classification et l’interprétation CNV.

Les variations du nombre de copies (CNV) du génome constituent une cause fréquente de malformations congénitales et de troubles du neurodéveloppement. Si leur interprétation et leur classification ont été largement standardisées par les recommandations internationales de l’ACMG/ClinGen, certains CNV récurrents, classés pathogènes, posent des difficultés de conseil génétique, en raison de leur pénétrance incomplète et/ou de leur expressivité variable. D’autres demeurent également difficiles à classer faute de données épidémiologiques et cliniques suffisantes. Afin d’harmoniser les pratiques entre laboratoires, le réseau français AchroPuce (https://acpa-achropuce.com/) a ajouté une nouvelle catégorie de CNV aux cinq classes de référence : les « CNV PIEV » c’est-à-dire à Pénétrance Incomplète et/ou Expressivité Variable. Cette catégorie spécifique permet de distinguer les CNV récurrents de susceptibilité aux troubles neurodéveloppementaux des CNV pathogènes à pénétrance complète. Le réseau AchroPuce propose également des modalités spécifiques de restitution de ces CNV PIEV adaptées au contexte diagnostique (prénatal ou postnatal). L’introduction de cette nouvelle classe, une proposition de classification des principaux CNV récurrents évalués par le réseau AchroPuce, ainsi qu’un algorithme de classification simplifié, applicable à l’ensemble des CNV, ont récemment été publiés par le réseau (PMID : 40693340). Ces recommandations et la classification des CNV récurrents font l’objet d’une mise à jour annuelle, selon l’évolution des connaissances. Elles visent à harmoniser les pratiques nationales et, par conséquent, à améliorer la qualité du conseil génétique, tout en tenant compte des spécificités éthiques et législatives françaises.
Céline PEBREL-RICHARD (Clermont-Ferrand), Paul KUENTZ, Anne-Claude TABET, Jean-Michel DUPONT, Chantal MISSIRIAN, Serge ROMANA, Detlef TROST, Caroline ROORYCK, Valérie MALAN, Matthieu EGLOFF
11:15 - 11:30 #49224 - SS068 BARACUDA : Un outil de priorisation et visualisation des CNV en mosaïques et des disomies uniparentales dans les maladies rares.
SS068 BARACUDA : Un outil de priorisation et visualisation des CNV en mosaïques et des disomies uniparentales dans les maladies rares.

Introduction et objectifs : AURAGEN est l’un des deux laboratoires de Biologie Médicale du Plan France Médecine Génomique 2025, comprenant un programme de séquençage pangénomique à grande échelle pour les maladies rares. AURAGEN a pour mission en particulier de diminuer l’impasse diagnostique des patients atteints de maladies rares. Les variations du nombre de copies (CNV), les CNV mosaïques et les disomies uniparentales (DUP) jouent un rôle important dans le diagnostic, mais restent difficiles à détecter et à interpréter avec les technologies de séquençage à lectures courtes. Matériels et méthodes : Nous avons développé BARACUDA (B-Allele RAtio Chromosomal Uniparental Disomy and Aneuploidies), un outil conçu pour identifier les CNV en mosaïque et les DUP à partir des données de séquençage pangénomique, en complément des outils classiques d’analyse des CNVs. Il combine 3 approches : 1) détection des DUP selon une approche inspirée des puces SNP en s’appuyant sur les profils des SNV hérités non ambigus chez le patient, 2) identification des CNV en mosaïque par une déviation de la distribution normale des fréquences des allèles alternatives (allèles B) et 3) détection des aneuploïdies par analyse des profondeurs de lecture du patient. Une visualisation originale montrant pour chaque chromosome des histogrammes en miroir des ratios d’allèles B de chaque parent permet une interprétation intuitive des profils hérités. Résultats, discussion et conclusion : Sur 13 273 cas analysés, nous avons confirmé 35 dysgonosomies connue et identifié 29 profils de DUP et 80 profils anormaux (mosaïques, « grands » CNV, monosomies et trisomies complètes). Notamment, une trisomie 8 en faible mosaïque (<10 %) d’origine maternelle a été confirmée à 7% par analyse en FISH, et une isodisomie maternelle du chromosome 14 a été confirmée par analyse de méthylation, expliquant un tableau clinique évoquant un syndrome de Temple. Six dossiers non conclusifs ont été réinterprétés conduisant à un nouveau diagnostic classe 4 ou 5, dont une hétérodisomie du chromosome 16 et une du chromosome 15, non identifiable en SNP-array Six anomalies d’intérêt sont actuellement en cours de vérification. Cette stratégie originale de visualisation améliore significativement la détection de variants traditionnellement difficiles à identifier sur des données pangénomiques obtenues par séquençage short read. BARACUDA pourrait bénéficier à l’ensemble de la communauté des laboratoires de génomique et contribuer à améliorer le rendement diagnostique pour les patients atteints de maladies rares.
Virginie BERNARD, Alexis PRAGA (besançon), Nicolas CHATRON, Charles COUTTON, Cécile PEBREL RICHARD, Francis RAMOND, Auragen CONSORTIUM, Julien THEVENON, Damien SANLAVILLE
11:30 - 11:45 #49226 - SS069 Adapter la SNP array au Diagnostic Préimplantatoire Cytogénétique en France : une stratégie restrictive, conforme à la législation.
SS069 Adapter la SNP array au Diagnostic Préimplantatoire Cytogénétique en France : une stratégie restrictive, conforme à la législation.

Introduction Le diagnostic préimplantatoire (DPI) permet l’analyse génétique d’embryons obtenus par techniques d’assistance médicale à la procréation, dans le but de ne transférer que des embryons indemnes de la pathologie concernée. Les indications incluent les remaniements structuraux, les maladies monogéniques, ou la recherche d’aneuploïdie (DPI-A). En France, le DPI est encadré par l’article L2131-4 du Code de la santé publique, limitant son recours à la recherche d’anomalies génétiques présentes chez les parents ou leurs ascendants immédiats. De ce fait, le DPI cytogénétique repose principalement sur l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) et le DPI-A est interdit. La FISH est associée à de nombreuses contraintes techniques incluant des mises au point spécifiques avec un nombre limité de sondes ainsi que des difficultés d’interprétation. Sur le plan international, les techniques pangénomiques (CGH et SNP array, NGS) sont largement utilisées, permettant ainsi d’outrepasser les limites de la FISH. Notre objectif est d’adapter la SNP array au DPI cytogénétique, tout en respectant la réglementation française, et en évitant les découvertes incidentes. Matériels et Méthodes Nous avons mis au point une stratégie de filtres personnalisés afin de limiter l’interprétation des données pangénomiques aux seules régions d’intérêt diagnostique. Cette approche permet de ne visualiser que partiellement les régions chromosomiques impliquées dans le remaniement concerné et exclut les CNV récurrents rapportés par le réseau AChro-Puce. Ces filtres ont été paramétrés dans les logiciels GenomeStudio et BlueFuse Multi (Illumina) et appliqués sur des données issues de 4 SNP array postnatales et de 30 embryons issus de DPI par FISH, tous de diagnostics connus et variés. Ces embryons considérés comme non transférables avaient été re-biopsiés au stade blastocyste, permettant une amplification des cellules du trophectoderme par MDA (Multiple Displacement Amplification), puis une hybridation sur puce Infinium CytoSNP-850K, Illumina. Résultats L’interprétation des déséquilibres postnataux connus grâce à nos filtres a été concluante pour les 4 cas. La lecture à l’aveugle des 24 profils embryonnaires analysables était concordante avec le résultat initial du DPI pour 23 d’entre eux. Une suspicion de polyploïdie n’a pas été confirmée. Aucune donnée incidente n’a été identifiée. Des mesures d’amélioration de la qualité des résultats sont en cours afin d’optimiser l’interprétation. Conclusion Ce travail démontre la faisabilité de notre stratégie. Parallèlement à la validation de la méthode pour le DPI cytogénétique, nous avons initié l’étude de faisabilité pour le DPI moléculaire. Cette technique commune permettrait de réduire les délais de prise en charge des patients, les coûts liés au développement de tests spécifiques et d’enrichir la liste des indications accessibles au DPI.
Elodie JAVEY (Strasbourg), Gaétan CARAVELLO, Eric DAHLEN, Emmanuelle KIEFFER, Mélanie HILD, Karen LEVESQUEAU, Catherine HAMM, Nathalie GARDES, Sarah DONAT, Jean-Christophe NICOD, Magali BEAUGEY, Chloé SCHAMPER, Marine STREIFF, Louise GONTARD, Jean-Baptiste DURAND, Valérie REICHERT, Hélène RENAUD, Carmen FRUCHART, Romain DIOT, Caroline SCHLUTH BOLARD, Céline MOUTOU, Philippe GOSSET, Sophie SCHEIDECKER, Julia LAUER ZILLHARDT
11:45 - 12:00 #49227 - SS070 Amélioration du diagnostic moléculaire de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) grâce à un modèle poisson Médaka.
SS070 Amélioration du diagnostic moléculaire de l’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) grâce à un modèle poisson Médaka.

L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) correspond à une perte de la fonction ovarienne touchant 1 à 4% des femmes de moins de 40 ans. Parmi les étiologies connues, les causes génétiques incluent des anomalies chromosomiques et des variants géniques. Le développement des techniques de séquençage à haut débit a entraîné une augmentation significative de l’identification de variants pathogènes responsables d’IOP. Ces diagnostics génétiques permettent d’assurer un accompagnement optimal des patientes et de leur famille. En parallèle, le nombre de variants de signification incertaine (VSI : variant incertain dans un gène connu d’IOP) et de gènes de signification incertaine (GSI : variant délétère dans un gène non associé à la survenue d’IOP) n’a cessé de croitre. Afin d’améliorer le rendement diagnostique, il est nécessaire de démontrer la pathogénicité de ces VSI/GSI par des validations fonctionnelles in vitro ou in vivo. Ces approches visent, in fine, à déterminer si un VSI/GSI est à l’origine du phénotype observé, en démontrant l’impact du variant sur la protéine ou le rôle du gène d’intérêt dans le phénotype reproductif. En raison du grand nombre de gènes nécessaires au développement et au fonctionnement normaux de l’ovaire, il est probable que de nombreux gènes causaux restent à mettre évidence, soulignant l’intérêt d’explorer les GSI dans le cadre de l’IOP. Les obstacles rencontrés comprennent la fonction méiotique ou l’expression exclusivement ovarienne de certains gènes, rendant les modèles cellulaires peu adaptés. Dans ce cadre, nous proposons d’utiliser un modèle poisson Médaka afin de démontrer l’implication de GSI dans des processus essentiels à la fertilité féminine, à partir des données d’une cohorte de 325 patientes présentant une altération de la réserve ovarienne. Par rapport aux modèles plus classiques (drosophile, souris), le Médaka présente l’avantage d’être un vertébré avec un déterminisme génétique XX/XY et ayant 75% de gènes en commun avec l’homme. Il permet d’envisager une approche à semi haut débit grâce à une fécondité élevée, un temps de génération court et un développement externe facilitant les approches d’édition de génome. Le projet repose sur : 1) la génération de lignées de poissons modifiées génétiquement via CRISPR/Cas9 ; 2) un phénotypage complet de la dynamique ovarienne grâce à l’imagerie 3D ; 3) une analyse moléculaire approfondie par transcriptomique pour identifier les voies de signalisation dérégulées ; 4) une réinterprétation des données génétiques des patientes pour affiner les diagnostics. Des résultats préliminaires portant sur 5 gènes confirment la pertinence du Médaka comme modèle pour des tests fonctionnels dans le cadre de la reproduction humaine. Ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques de l’IOP, d’enrichir la liste des gènes utilisée en diagnostic, de réduire l’errance diagnostique des patientes et d’optimiser leur prise en charge en matière de fertilité.
Sarah JANATI-IDRISSI, Anna LOKCHINE, Laurence CLUZEAU, Thaovi NGUYEN, Mélanie FRADIN, Vincent LAVOUÉ, Linda AKLOUL, Violette THERMES, Julien BOBE, Sylvie JAILLARD (Rennes)
12:00 - 12:15 #49434 - SS071 Shallow genome sequencing : la nouvelle ACPA pour le diagnostic prénatal?
SS071 Shallow genome sequencing : la nouvelle ACPA pour le diagnostic prénatal?

La détection de variation du nombre de copies par analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est aujourd’hui un test de première intention en cas de signes d’appel échographiques. Si la technique est robuste, maitrisée de longue date, elle nécessite une expertise technique et des équipement spécifiques. Pour faire face à une diversification des analyses réalisées par notre laboratoire et une augmentation d’activité générale à l’ère de la génomique nous avons évalué le séquençage de génome à faible profondeur (shallow genome sequencing sGS) comme alternative technologique à l’ACPA. Le principe du sGS, déjà utilisé pour les tests sur ADN libre circulant de dépistage de la trisomie 21, est de segmenter le génome en bin de quelques kilobases et de comparer la profondeur de séquençage sur cet intervalle par rapport à ce qui est observé dans une population contrôle au même locus. La préparation de librairie d’ADN est réalisée à partir de 300µg d’ADN (comparable à l’ACPA) avec le kit Illumina PCR-free prep avant séquençage 2X35pb en ciblant un minimum de 10 millions de paires de lectures. Le temps technique est réduit à une demi-journée pour un temps de séquençage d’environ 12 heures. La version GRCh38 du génome est utilisée pour l’alignement et WISECONDORX pour l’appel de variants avec une taille de bin à 10kb et un z-score seuil à 9. Les profils sont visualisés avec IGV. Cinquante échantillons avec ACPA normale ont été utilisés pour la référence. Sur 50 autres échantillons d’intérêt testés, sélectionnés de manière rétrospective, 70 CNVs non bénins ont été recherchés : 12 de taille inférieure à 200kb, 26 compris entre 200kb et 1Mb et 32 au-delà d’un mégabase dont 7 anomalies en mosaïque. Soixante-huit des 70 CNVs ont été retrouvés avec un bornage souvent plus fin que ce qui était possible en ACPA. Un gain de l’X en mosaïque à 6% n’a pas été détecté par WISECONDORX mais l’avait été lors de l’inspection visuelle du profil. Le seul CNV non identifié est un gain 22qter de 127kb. Sur une deuxième cohorte de 96 échantillons consécutifs, une moyenne d’1,6 CNV a été identifié dont 0,3 jugé artefactuel visuellement. Pour les CNVs de plus de 100kb connus en ACPA, seul un CNV de classe 2 de 110kb n’a pas été détecté. Le sGS apparait donc comme une technique alternative à l’ACPA prénatale avec des performances équivalentes permettant une optimisation des laboratoires et une acculturation au séquençage de génome pour le diagnostic prénatal. Les aspects logiciels de visualisation, annotation, base de données restent à travailler avant transfert diagnostic.
Audrey LABALME, Mathilde PUJALTE, Genna BEN-HASSEN, Sylvain MARESCHAL, Claire BARDEL, Louis JANUEL, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Nicolas CHATRON (Lyon)
12:15 - 12:22 #49734 - SS072.1 Projet CHROMOREP : utilisation de l’optical genome mapping pour le diagnostic étiologique des fausses couches à répétition, à propos de 60 patients.
SS072.1 Projet CHROMOREP : utilisation de l’optical genome mapping pour le diagnostic étiologique des fausses couches à répétition, à propos de 60 patients.

Une fausse couche (FC) correspond à l’expulsion spontanée du contenu utérin avant 22 semaines d’aménorrhée. Les FC à répétition (FCR) sont définies par au moins deux FC consécutives avec le même partenaire. Elles représentent un enjeu de santé publique majeur en raison de leurs conséquences médicales, psychologiques et sociales. Les aneuploïdies expliquent plus de 50 % des FC, mais leur rôle est moindre dans les FCR. En revanche, les variations de structure (SV) équilibrées sont surreprésentés dans cette population. L’examen de première intention reste le caryotype, mais sa résolution limitée permet uniquement la détection des SV de grande taille. Cette limite laisse supposer l’existence de SV cryptiques dont l’implication dans les FCR reste inconnue. Par ailleurs, le caryotype ne permet pas d’identifier les variations du nombre de copies d’ADN (CNV), susceptibles d’expliquer certains phénotypes embryonnaires ou maternels. L’absence de détection peut conduire à tort à écarter une origine génétique, entraînant des investigations supplémentaires et retardant une prise en charge adaptée. La cartographie optique du génome (OGM) constitue une alternative innovante permettant l’identification conjointe des SV équilibrées et des CNV. L’OGM repose sur l’imagerie fluorescente de longues molécules d’ADN marquées par l’enzyme DLE-1 tous les 5 à 6 kb, générant ainsi un code-barre spécifique. Les profils obtenus permettent d’identifier avec précision les SV/CNV du génome. Le projet CHROMOREP (« Amélioration du diagnostic chromosomique chez les couples présentant des FCR ») initié par le CHU de Rennes a permis de proposer l’OGM chez 30 couples présentant des FCR sans étiologie identifiée, à caryotype normal. Les analyses ont été réalisées sur le système Bionano® Saphyr et traitées via les logiciels Bionano® Solve et Bionano® Access au CHU de Nantes. En parallèle, huit couples ont bénéficié d’un séquençage d’exome en duo ou trio avec le produit de conception (PDC), sept d’une ACPA, et six d’une exploration chromosomique du PDC. La performance de ces approches a pu être comparée notamment pour la détection des déséquilibres génomiques. Nous avons colligé les données des cartes optiques en OGM, établir une base de variants récurrents et enrichir la base existante portant sur 300 patients. Ceci nous a permis d’interpréter les variants observés (40 à 60 par dossier). Nous avons identifié chez une patiente une inversion péricentrique du chromosome 10, non détectée au caryotype et précisé ses points de cassure. Pour une autre patiente, un seul des deux CNV mis en évidence par OGM a été identifié par ACPA et séquençage d’exome. Ce dernier a mis en évidence un CNV homozygote supplémentaire, rétrospectivement vu par l’OGM. Ces résultats préliminaires permettent une réflexion sur la place de l’OGM dans la stratégie diagnostique des FCR, en complément ou en alternative aux outils existants, afin d’optimiser prise en charge des couples.
Anna LOKCHINE (Rennes), Marion MERCIER, Olivier PICHON, Eve BESNIER, Linda AKLOUL, Céline PIMENTEL, Guillaume ACHEN, Camille VATELOT, Kamran MORADKHANI, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Laura MARY, Solène CONRAD, Bénédicte NOUYOU, Anne-Sophie RITEAU, Erika LAUNAY, Chloé QUELIN, Claire EFFRAY, Valentine BARIL, Solène DUROS, Sylvie ODENT, Ludivine DION, Stéphane BÉZIEAU, Nicolas BELHOMME, Vincent LAVOUÉ, Martine DOCO-FENZY, Sylvie JAILLARD
12:22 - 12:29 #49772 - SS072.2 CHROMAPS : Premiers résultats de l’étude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure.
SS072.2 CHROMAPS : Premiers résultats de l’étude nationale prospective évaluant les performances de la cartographie optique et du séquençage long read dans la détection des variations de structure.

Les variations de structure (SV) sont impliquées dans l’évolution des espèces, la variabilité interindividuelle et de nombreuses pathologies constitutionnelles ou acquises. Leur détection, en première intention, repose encore principalement sur le caryotype et l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA). L’émergence de nouvelles approches, telles que la cartographie optique du génome (COG) et le séquençage long read du génome (SGlr), pourrait améliorer la résolution diagnostique, mais leur valeur ajoutée n’a pas encore été évaluée prospectivement en pratique clinique. L’étude multicentrique prospective CHROMAPS (Prospective assessment of optical genome MAPping and long read Sequencing in detecting numerical and structural CHROMosome abnormalities) vise à évaluer les performances de la COG et du SGlr, dans la détection des anomalies chromosomiques et les comparer aux performances des techniques standards en particulier le caryotype et l’ACPA, mais également le séquençage short read du génome lorsque ce dernier a été réalisée. Elle inclut deux populations : (i) patient(e)s avec troubles de la reproduction (TR : insuffisance ovarienne prématurée, azoospermie non obstructive, oligo-asthéno-tératozoospermie, fausses couches à répétition) ayant au moins un caryotype, et (ii) patient(e)s avec troubles du (neuro)développement (TD : déficience intellectuelle et/ou malformations congénitales multiples) ayant au moins une ACPA. Chaque inclusion comporte caryotype et/ou ACPA, COG (Bionano), et pour les cas TD, un SGlr (Nanopore). L’analyse des SV et CNV a été réalisée avec Access (Bionano) et une combinaison d’outils pour Nanopore (Spectre, CNVPytor, Sawfish, Sniffles2, SVIM, Severus). Nous comparons les performances des différentes techniques, ainsi que leur faisabilité dans un contexte diagnostique et les difficultés rencontrées. Entre septembre 2022 et mars 2025, 321 patient(e)s ont été inclus(es) : 198 TR et 123 TD. Le taux d’anomalies chromosomiques par les techniques standards est de 8 % pour TR et 15 % pour TD. La COG montre un taux de concordance de 99 % avec les méthodes classiques, et identifie des variants additionnels pathogènes ou de signification incertaine dans 12 % des cas. Le SGlr a été finalisé récemment ; les analyses bio-informatiques sont en cours après une phase de benchmarking. En conclusion, les résultats préliminaires de CHROMAPS démontrent l’intérêt de la COG, que des centres ont implémenté comme test de première ou deuxième intention selon les indications. Le SGlr présente un potentiel prometteur mais soulève des défis techniques et analytiques. Des données comparatives COG/SGlr pour la détection des SV seront présentées. La comparaison directe de ces deux approches, permettra de préciser leur place respective par rapport aux techniques actuelles de génomique chromosomique dans les pathologies constitutionnelles.
Laïla EL KHATTABI (Paris), Nicolas CHATRON, Céline PEBREL-RICHARD, Vincent GÂTINOIS, Kevin CASSINARI, Quentin TESTARD, Claire BARDEL, Adèle BARBOT, Thomas GUIGNARD, Hayat MOKRANI, Nicolas RIVE LE GOUARD, Mathieu BERNARDELLI, Aurélie WAERNESSYCKLE, Angèle MAY, Grégoire BLAVIER, Geraldine JOLY-HELAS, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Aziza LEBBAR, Laura BROSSEAU, Sylvie JAILLARD, Linda AKLOUL, Sophie CHRISTIN-MAÎTRE, Rahaf HAJ-HAMID, Charlotte DUPONT, Cyril MIGNOT, Delphine HERON, Alexandra AFENJAR, Chantal MISSIRIAN, John BOUDJARANE, Martine DOCO-FENZY, Emilie LANDAIS, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Salima EL CHEHADEH, Jean-Baptiste DURAND, Franck PELLESTOR, Damien SANLAVILLE, Pascal CHAMBON, Jean-Michel DUPONT
Debussy

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C32
11:00 - 12:30

Sessions simultanées 11
Oncogenetique 2

Modérateurs : Véronique MARI (vero.mari@orange.fr) (NICE), Audrey REMENIERAS (biologiste) (marseille)
11:00 - 11:07 #49559 - SS073.1 Réseau de suivi PROCHE : évolution et intégration au parcours patient en Oncogénétique.
SS073.1 Réseau de suivi PROCHE : évolution et intégration au parcours patient en Oncogénétique.

Le réseau PROCHE veille au suivi des patients porteurs d’une prédisposition génétique au cancer dans le Nord et le Pas-de-Calais. Il accompagne à ce jour près de 3 000 patients, en étroite collaboration avec les équipes d’oncogénétique du CHU de Lille et du COL et s’adresse à tous les types de prédisposition génétique. Depuis 2022, le Réseau PROCHE a entrepris une démarche pour adapter l’accompagnement du patient. Cela a conduit à la mise en place d’un modèle structuré en 3 niveaux, déterminant le degré d’autonomie du patient dans l’organisation de son suivi, en fonction de ses besoins, de la complexité et de la spécificité de son plan de surveillance et des ressources disponibles dans son bassin de vie : - Le niveau 1 correspond à un suivi par entretiens téléphoniques ciblés pour s’assurer de la bonne mise en œuvre du suivi. - Le niveau 2 propose en plus, des rappels des examens à réaliser, l’envoi des comptes rendus étant fait par le patient. - Le niveau 3 concerne les suivis complexes et propose une aide à la programmation des examens, des relances actives et l’enregistrement systématique des données du suivi. Depuis, d’autres évolutions ont eu lieu : - la création d’un niveau 0, pour tout patient porteur d’une prédisposition génétique, même en l’absence de Plan Personnalisé de Suivi actif. Chaque patient est contacté par l’infirmière coordinatrice. S’il ne souhaite ou si la situation ne nécessite aucun accompagnement par le réseau, le niveau 0 est maintenu pour une durée déterminée, jusqu’à la prochaine prise de contact. Cela permet de ne perdre de vue aucun patient. - le développement de nouveaux supports informatiques, en s’appuyant sur les systèmes institutionnels du CHU et du COL, pour renforcer la traçabilité du suivi, améliorer la transmission des informations entre les professionnels et gagner en efficacité. Une fiche de liaison Hôpital-médecine de ville est en cours de développement. - La mise en place de la RCP dédiée à la médecine et à la chirurgie préventive. Elle permet d’accompagner les décisions complexes dans des situations à haut risque, elle renforce l’expertise collective et sécurise les décisions thérapeutiques. Le réseau PROCHE fait donc maintenant partie du parcours de soin de tout patient porteur d’une prédisposition génétique. L’utilisation des bases de données institutionnelles a permis de nous amender de la question d’un consentement spécifique. Le nombre de patients suivis augmente chaque année, avec des profils variés et des prédispositions génétiques multiples. L’organisation mise en place permet d’offrir un suivi évolutif, personnalisé et centré sur les besoins de chaque patient. Malgré cette dynamique, des difficultés persistent, notamment la récupération des comptes rendus d’examens et les échanges entre l’hôpital et la médecine de ville.
Julie BOONE (Lille), Cathy VANACKERT, Coralie RUBECK, Solveig MENU-HESPEL, Audrey MAILLIEZ, Sophie LEJEUNE
11:07 - 11:14 #49696 - SS074 Réseau de suivi des femmes à risque de cancers du sein et de l’ovaire : exemple du réseau FAR – Institut Curie.
SS074 Réseau de suivi des femmes à risque de cancers du sein et de l’ovaire : exemple du réseau FAR – Institut Curie.

Depuis 2012, Le Réseau FAR organise à l’institut Curie et à Gustave Roussy, la surveillance des femmes porteuses d’une prédisposition sein/ovaire (BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, RAD51C, RAD51D) ou à très haut risque sans prédisposition identifiée. Nous présentons les données de l’Institut Curie avec un focus sur les patientes porteuses d’un variant pathogène (VP) de BRCA1/2. Au total 4633 patientes sont incluses dans le réseau FAR sur les sites de l’Institut Curie : 1978 porteuses de prédisposition liée à BRCA1/2, 89 à d’autres gènes et 2565 sans prédisposition identifiée. Environ 250 nouvelles patientes sont incluses par an. Le réseau propose soit un suivi alterné entre l’Institut Curie et un médecin de ville (56.3% soit 1580 femmes), soit un suivi exclusivement en ville (43.7% soit 1228 femmes). Lors d’un suivi exclusif en ville, un courriel est envoyé annuellement pour s’assurer de la réalisation des examens et des consultations médicales. Des recours à l’Institut Curie peuvent être organisés si nécessaire (consultations spécialisées, relecture d’imagerie, prise en charge oncologique, avis de RCP …). Grace à cette organisation et ces relances, seulement 682 femmes soit 14.7% sont perdues de vue (pas de nouvelles depuis 1 an après 3 relances par des canaux différents). Cette organisation et le recueil de données nous permet de préciser des éléments importants du suivi et de s’assurer de sa qualité. A ce jour, 241 femmes indemnes porteuses de VP de BRCA1/2 ont réalisé une chirurgie mammaire préventive (241/744), soit un taux de 35.9% dans un contexte BRCA1 (142/395) et 28.4% dans un contexte BRCA2 (99/349). L’âge médian à la réalisation est de 42 ans allant de 23 à 67 ans. Une annexectomie bilatérale prophylactique a été réalisée globalement chez 64% des femmes de plus de 40 ans et 82% des femmes de plus de 50 ans. L’âge médian à la réalisation est 47.2 ans. Ce taux de chirurgies de réduction du risque est similaire aux données internationales disponibles dans la littérature. Nous présentons l’organisation du réseau de suivi de femmes à très haut risque de cancer du sein et/ou de l’ovaire à l’Institut Curie. La possibilité de faire appel à un suivi délégué en ville permet d’accompagner au mieux ces femmes dans un contexte de moyens contraints devant une file active en augmentation constante ; tout en obtenant des données de suivi grâce à un système de relance par courriel. Cette organisation constitue une opportunité d’informer ces femmes et leurs médecins des évolutions des recommandations, et contribue à collecter des données de vraies vie sur lesquelles peuvent d’appuyer des travaux de recherche (qualité de vie, retentissement des chirurgies préventives, perspectives d’amélioration…).
Claire SAULE (paris), Cecile MARGALIDA, Sophie FRANK, Valérie GALLOT, Claude MOODLEY, Aullène TOUSSAINT, Dominique STOPPA-LYONNET, Chrystelle COLAS, Emmanuelle MOURET-FOURME
11:14 - 11:29 #49651 - SS073.2 Contribution du gène BRIP1 aux prédispositions aux cancers : analyse rétrospective des données de 21 309 panels constitutionnels.
SS073.2 Contribution du gène BRIP1 aux prédispositions aux cancers : analyse rétrospective des données de 21 309 panels constitutionnels.

Introduction BRIP1 joue un rôle clé dans le maintien de l’intégrité génomique via la réparation de l’ADN par recombinaison homologue (HR). Les altérations monoalléliques constitutionnelles de BRIP1 seraient associées à un surrisque de cancer, en particulier de l’ovaire. Toutefois, il reste mal évalué et le spectre tumoral mal défini. Ainsi, BRIP1 n’est pas encore inclus dans les panels français de prédispositions aux cancers et les recommandations pour les porteurs restent imprécises. Ce travail vise à préciser l’implication de BRIP1 dans différents cancers et apporter des arguments pour son ajout au panel HBOC français. Méthodes Nous avons réalisé une analyse rétrospective de BRIP1 chez tous les patients ayant bénéficié entre 2018 et 2023, à l’Institut Curie ou l’hôpital Cochin, d’une analyse constitutionnelle par séquençage haut débit d’un panel de gènes dans le cadre d’une suspicion de prédisposition aux cancers du sein, de l’ovaire, de la prostate, digestifs, du pancréas, du mélanome, sarcome et corticosurrénalome. Les variants BRIP1 retenus étaient les variants pathogènes/probablement pathogènes (cVP/VPP) et les variants rares de signification incertaine avec un score CADD ≥20 et une fréquence <0,01% dans gnomAD (cVSI+). Les fréquences observées ont été comparées à celles de la cohorte de référence gnomAD v4.1.0 (test exact de Fisher). Les données cliniques et tumorales ont été collectées. Résultats Au total, 21 309 panels constitutionnels correspondant à 18 548 tumeurs ont été analysés : 11 702 cancers du sein, 1 794 cancers ovariens, 2 771 tumeurs digestives, 750 cancers de la prostate, 702 tumeurs pancréatiques, 258 sarcomes, 50 corticosurrénalomes, 381 cancers de l’endomètre et 140 mélanomes. Un total de 196 variants a été retenu (1.1%) dont 59 cVP/VPP (0.32%). Parmi les patientes avec cancer du sein ou de l’ovaire, respectivement 32 (0.3%) et 14 (0.8%) cVP/VPP ont été identifiés. L’analyse a confirmé une association significative entre cancer de l’ovaire et altération constitutionnelle de BRIP1, avec un odds ratio de 3.8 (p<0.0001). Parmi 14 cas de cancers de l’ovaire avec un cVP/cVPP BRIP1, aucune co-occurrence avec un cVP/VPP sur un gène de prédisposition connu n’a été observée. Les premières données tumorales disponibles retrouvent une inactivation biallélique de BRIP1 et un statut HRD. Un recueil des données cliniques est en cours. Conclusion Ces données soutiennent l’implication de BRIP1 dans la prédisposition au cancer de l’ovaire, arguant pour son intégration au panel HBOC français. Le surrisque observé plaide pour l’élaboration de recommandations pour la prise en charge des patientes porteuses d’un cVP/VPP sur le gène BRIP1. Ces résultats ouvrent également des perspectives thérapeutiques, notamment avec les inhibiteurs de PARP. Nous prévoyons le recueil et l’analyse subséquente d’une cohorte multicentrique de patientes porteuses d’un cVP/VPP et atteintes d’un cancer du sein et/ou de l’ovaire avec données tumorales disponibles.
Mélanie PAGES (Paris), Albain CHANSAVANG, Olivia ROHR, Jean-Stéphane GIRAUD, Céline CALLENS, Emmanuelle MOURET-FOURME, Chrystelle COLAS, Victor RENAULT, Dominique STOPPA-LYONNET, Voreak SUYBENG, Marie-Charlotte VILLY, Nadim HAMZAOUI, Eric PASMANT, Lisa GOLMARD, Camille TLEMSANI
11:29 - 11:44 #49883 - SS075 Modélisation de l'oncogenèse neurale liée au syndrome de Li-Fraumeni par utilisation d'organoïdes cérébraux autologues.
SS075 Modélisation de l'oncogenèse neurale liée au syndrome de Li-Fraumeni par utilisation d'organoïdes cérébraux autologues.

Les tumeurs cérébrales représentent le 2ème type de néoplasies les plus fréquentes et la principale cause de décès par cancer chez les enfants. Au moins 10 à 20% des tumeurs cérébrales pédiatriques s’initient comme le résultat de syndromes de prédisposition au cancer, dus à des mutations germinales spécifiques. La compréhension des mécanismes cellulaires et moléculaires d’oncogenèse liés à ces prédispositions pourrait orienter les choix thérapeutiques pour prévenir ou intercepter l’apparition des cancers et proposer des traitements adaptés. Cependant, ces mécanismes de développement tumoral dans le cerveau demeurent très mal compris, principalement en raison du manque de modèles d’étude pertinents. Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est dû à des mutations germinales ou de novo du gène TP53 et fait partie des prédispositions les plus pénétrants et les plus sévères. Il s’associe à des cancers de survenue précoce, à un large spectre tumoral allant de l’enfance jusqu’à à l’âge adulte, ainsi qu’à une hétérogénéité clinique remarquable. Le spectre des tumeurs pédiatriques inclut les tumeurs du système nerveux central (gliomes, médulloblastomes et carcinomes du plexus choroïde, ou CPC). Nous avons mis en place une stratégie de recherche basée sur la production de cellules pluripotentes induites (iPSC) dérivées de fibroblastes des patients afin de générer des organoïdes cérébraux autologues permettant d’étudier l’organogenèse et l’oncogenèse. Nous utilisons ainsi plusieurs protocoles de différenciation vers des régions cérébrales spécifiques, comme le télencéphale, le plexus choroïde et le cervelet. Cela nous permet d’étudier de manière autologue l'impact des mutations germinales de TP53 retrouvées chez les patients sur le développement des différentes régions cérébrales dans lesquelles les tumeurs s’initient. Nos premiers résultats montrent que la différenciation d'iPSC dérivées des patients atteints de carcinomes (CPC) en organoïdes du plexus choroïde s’associe à une altération mesurable de la maturation de cette structure au cours du temps, comparée aux organoïdes de donneurs sains. Les analyses moléculaires réalisées sur les organoïdes dérivés de patients et de donneurs sains, ainsi que sur les tumeurs primaires, ont montré un remaniement dans l'expression des programmes conduisant à la différenciation épithéliale et épendymaire en présence des mutations germinales de TP53 retrouvées chez les patients. Ces observations inattendues suggèrent que TP53 agit comme un important régulateur de l'organogenèse embryonnaire dans certaines régions cérébrales, et que ce processus est perturbé par les mutations prédisposantes, créant ainsi un environnement favorable à l'initiation tumorale dans ces régions. Nous nous intéressons actuellement aux trajectoires cellulaires altérées au cours du développement afin d’identifier les populations cellulaires d’origine de ces tumeurs, ainsi que les mécanismes moléculaires qui soutiennent l’initiation tumorale dans le cerveau.
Marco BRUSCHI (Villejuif), Elizaveta BOGDAN, Emilie BARRET, Saïma ZILI, Hela SASSI, Antonin BONNOT, Pauline HOARAU, Pascale VARLET, Arnault TAUZIÈDE-ESPARIAT, David CASTEL, Jacques GRILL, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Marie-Anne DEBILY
11:44 - 11:59 #49898 - SS076 L’analyse des grandes délétions du gène STK11 révèlent l’importance de la réparation des cassures de l’ADN médiée par des micro-homologies dans le remodelage du génome humain.
SS076 L’analyse des grandes délétions du gène STK11 révèlent l’importance de la réparation des cassures de l’ADN médiée par des micro-homologies dans le remodelage du génome humain.

Les grandes délétions représentent une source importante de changements du génome et de maladies héréditaires. Elles résultent d’une réparation erronée de cassures double brin de l’ADN (DSB), qui peut être assurée par jonction directe d’extrémités non homologues, ne nécessitant pas la présence d’homologie entre les points de cassure, par différents types de recombinaison homologue (dHJ, SDSA, BIR, SSA) dépendant de la présence de longues séquences homologues et enfin par des mécanismes très mutagènes qui n’ont besoin que de très courtes homologies pour joindre les extrémités de la cassure (FoSTeS/MMBIR, MMEJ/TMEJ). Ces différents mécanismes de réparation des DSB sont associés à des signatures mutationnelles distinctives au niveau des jonctions de cassure dont l’analyse offre une opportunité unique de mieux comprendre les mécanismes mutationnels et évaluer leur contribution relative à la survenue de grandes délétions potentiellement pathogènes. Nous avons combiné séquençage Nanopore enrichi par CRISPR/Cas9 ou par échantillonnage adaptatif et long-range PCR pour analyser les jonctions de réparation de 28 grandes délétions du gène STK11 responsables du syndrome de Peutz-Jeghers, et avons extrait 24 points de cassure supplémentaires issus de la littérature afin d’inférer les mécanismes de délétion. La moitié des cas étaient dus à des délétions médiées par des éléments Alu (AMRD), conduisant à la formation d’Alu chimériques. Ces AMRD ont traditionnellement été attribués à une NAHR ou à une SSA entre éléments Alu. Le faible degré de similarité entre les paires d’Alu impliquées était incompatible avec ces mécanismes. En revanche, des microhomologies (MH) (médiane 14 pb, [5–26]) été observées aux jonctions de réparation de toutes les ARMD. Des MH, généralement plus courtes, étaient également présente dans la grande majorité des cas non médiés par des Alu. Le mécanisme exact de réparation pouvait souvent être inféré de l’examen attentif des séquences présentes autour du point de recombinaison et des insertions, présentes dans un quart des cas. Il s’agissait en général de TMEJ caractérisée par de courtes insertions directes ou inversées copiées des régions entourant la jonction et résultant souvent de cycles répétés où des MH servent d’amorce à la polymérase theta pour copier un court segment d’ADN, ensuite utilisé pour s’attacher à une MH située du côté opposé. Ailleurs, la participation de la MMBIR, autre forme de réparation médiée par les MH était démontrée par la présence de longs inserts copiés dans des régions du génome distantes de plusieurs dizaines de kb du lieu de la cassure. Nous montrons que des mécanismes de réparation utilisant des MH et intrinsèquement sujet à erreur (TMEJ, MMBIR), connus pour générer de petits indels et des translocations chromosomiques dans les cancers, étaient responsable de la majorité des grandes délétions germinales du gène STK11, démontrant un mécanisme potentiellement délétère du remodelage du génome.
Albain CHANSAVANG (PARIS), Aurélie TOUSSAINT, Véronique DUCHOSSOY, Alimha GODIN, Ingrid LAURENDEAU, Audrey BRIAND-SULEAU, Djihad HADJADJ, Patrick BENUSIGLIO, Bruno BUECHER, Chrystelle COLAS, Marion DHOOGE, Eric PASMANT, Nadim HAMZAOUI
11:59 - 12:14 #49907 - SS077 Estimation du risque de cancer du sein chez les femmes porteuses de variants pathogènes ou probablement pathogènes de RAD51C ou RAD51D avec la méthode GRL.
SS077 Estimation du risque de cancer du sein chez les femmes porteuses de variants pathogènes ou probablement pathogènes de RAD51C ou RAD51D avec la méthode GRL.

Introduction : Les gènes RAD51C et RAD51D, impliqués dans la recombinaison homologue (RH), font partie du panel de gènes actionnables analysé en cas de suspicion de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire. Tandis que leur implication dans la prédisposition au cancer de l’ovaire est bien documentée, l’impact des variants pathogènes ou probablement pathogènes (VP/VPP) constitutionnels des gènes RAD51C et RAD51D sur le risque de cancer du sein est encore mal défini. Ainsi, il n’y a pas de recommandations spécifiques de surveillance mammaire en cas d’altération sur ces gènes ; les arbitrages se basent à ce jour sur l’histoire familiale, indépendamment du statut génétique. L’objectif de ce travail est d’estimer le risque de cancer du sein chez ces femmes afin de proposer une stratégie de surveillance mammaire adaptée à leur niveau de risque. Ont également été estimés les risques de cancers de l’ovaire, de la prostate et du pancréas déjà identifiés comme associés aux autres gènes de la RH. Méthode : Nous avons analysé 101 familles porteuses de VP ou VPP sur le gène RAD51C et 35 sur RAD51D, issues de 3 centres franciliens. Les risques relatifs (RR) et cumulés (RC) ont été estimés par la GRL (Genotype Restricted Likelihood), modèle basé sur la vraisemblance rétrospective. Résultats : Nous mettons en évidence pour RAD51C un RR de cancer du sein modéré de l’ordre de 2.2 (IC95% : 1.1-5) à 60 ans, décroissant au-delà de cet âge, et un RC de 17.1% (IC95% : 13.2-32.3) à 80 ans. Ce risque semble augmenter dès 40 ans. Nos résultats suggèrent une tendance similaire mais non significative pour RAD51D, RR de 2.6 (IC95% : 1-7.1) à 60 ans, décroissant au-delà de cet âge et un RC à 80 ans de 19.7% (IC95% : 12.7-45.7). Ces résultats confortent les estimations de risque décrites dans la littérature. Nous mettons également en évidence une sur-représentation de cancers du sein de phénotype triple négatif pour RAD51C et RAD51D, avec un taux de 28% pour chacun de ces gènes contre 11 à 14% en population générale. Notre analyse confirme le sur-risque de cancer de l’ovaire décrit pour ces deux gènes et suggère qu’il pourrait être supérieur pour RAD51C. Nous mettons également en évidence RAD51C un RR de cancer du pancréas de 3.2 (IC95% : 1.1-10.4) à 60 ans. Les données obtenues nous conduisent à envisager une extension de l’étude à une cohorte plus large afin de préciser nos résultats. Il sera intéressant d’estimer spécifiquement l’incidence du cancer du sein triple négatif par la GRL chez les femmes porteuses de VP ou VPP sur RAD51C/D, ainsi que l’implication de ces gènes dans la carcinogénèse des cancers du sein par des analyses tumorales avec recherche de signature HRD et de second évènement aux loci RAD51C ou RAD51D. Conclusion : Au total, nos résultats vont dans le sens d’un sur-risque de cancer du sein modéré avant l’âge de 50 ans ce qui encourage à proposer aux femmes concernées une surveillance mammaire de type « risque élevé » au sens de la HAS.
Sarah CHAMIEH (Paris), Youenn DROUET, Ludivine GUILLET, Paul VILQUIN, Samia MOURAH, Etienne ROULEAU, Olivier CARON, Dominique STOPPA-LYONNET, Lisa GOLMARD, Chrystelle COLAS, Odile COHEN-HAGUENAUER
12:14 - 12:29 #49993 - SS078 ALADIN : apport du séquençage d’exome constitutionnel systématique en trio dans l’identification des syndromes de prédisposition au cancer pédiatrique.
SS078 ALADIN : apport du séquençage d’exome constitutionnel systématique en trio dans l’identification des syndromes de prédisposition au cancer pédiatrique.

Les cancers restent la première cause de décès par maladie dans la population pédiatrique en France. Bien qu’environ 10% de ces cancers soient liés à une prédisposition génétique, l'absence de consensus concernant l'utilisation systématique du séquençage haut débit limite l'identification des syndromes de prédisposition au cancer (SPC) à certaines indications. Cependant, la méconnaissance d’un facteur génétique peut avoir des conséquences importantes en termes d’optimisation des parcours de soins et conduire à des pertes de chance. L’objectif de cette étude est de démontrer que le séquençage d'exome constitutionnel (EC) systématique chez les enfants atteints de cancer permet d'identifier une proportion significative de variants germinaux cliniquement exploitables. L'étude ALADIN a inclus 102 patients pédiatriques atteints de tumeurs solides ou d'hémopathies malignes au CHU de Montpellier. Un séquençage d'EC en trio (enfant-parents) a été réalisé systématiquement. Sur 101 exomes analysés, un diagnostic moléculaire de SPC a été établi d’emblée chez 9 enfants (9,1%), incluant des syndromes de Li-Fraumeni (2), de Gorlin (1), de déficience constitutionnelle des gènes MMR (1) et de neurofibromatose de type 1 (1). Au total, 133 variants de classe 3 chez 64 patients (63,4%) nécessitent une réévaluation ainsi qu’une poursuite des investigations (génomiques, transcriptomiques ou protéiques) afin de préciser leur classification. Un variant de classe 3 ELP1 a été reclassé 4 après réalisation d’un protéome, portant le nombre de diagnostics dans la cohorte à 10 (10,1%). Trente-cinq données incidentes ont été identifiées chez 27 patients (26,7%). Elles concernent majoritairement des gènes de prédisposition à des maladies autosomiques récessives, comme CFTR, HFE, HBB et MUTYH. De manière notable, 22% des prédispositions identifiées (variant pathogène ou probablement pathogène) n'auraient pas été explorées sur la base des seuls critères cliniques et indications de test génétique classiques. Le séquençage d'EC systématique en oncologie pédiatrique permet d'identifier des prédispositions génétiques cliniquement non suspectées. Cette approche contribue à une médecine personnalisée optimisée, justifiant son intégration dans le parcours de soins standard des enfants atteints de cancer.
Margot COMEL (Montpellier), Vanna GEROMEL, Rizk BENNANI, Nishta THACOOR, Alexandre THERON, Pascal PUJOL, Marjolaine WILLEMS
Salon Ambassadeurs 2/3

"Jeudi 29 janvier"

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D32
11:00 - 12:30

Sessions simultanées 12
Neurogénétique / Neuro dégénératif

Modérateurs : Giulia COARELLI (PH) (Paris), Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (Paris)
11:00 - 11:15 #49170 - SS079 Traitement par omaveloxolone dans l’Ataxie de Friedreich : données d’efficacité et de tolérance à un an en vie réelle.
SS079 Traitement par omaveloxolone dans l’Ataxie de Friedreich : données d’efficacité et de tolérance à un an en vie réelle.

Introduction et objectifs L’omaveloxolone, puissant activateur de la voie antioxydante Nrf-2, est le premier traitement approuvé de l’ataxie de Friedreich (AF) chez les patients de plus de 16 ans. Depuis janvier 2024, l’omaveloxone est prescrit dans le cadre d’un accès précoce (AP) en France via les filières maladies rares BRAIN-TEAM et FILNEMUS, et une collecte de données de suivi des patients concernés est effectuée en partenariat avec la BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares) et soutenue par le laboratoire BIOGEN. Elle permet ainsi d’avoir des données d’efficacité et de tolérance dans une population plus large que les études cliniques. Notre objectif est de décrire l’efficacité à 1 an, ainsi que la tolérance de l’omaveloxolone sur 18 mois de prescription dans cette population. Méthodes Les données incluant l’âge, le sexe, la longueur de l’expansion GAA, l’âge du début des symptômes, l’âge au diagnostic, l’âge à l’inclusion dans l’AP, l’échelle d’ataxie SARA (Scale for The Assessment and Rating of Ataxia-et ses sous-items) et l’échelle de qualité de vie SF-12 ont été saisies dans le SDM-T (Set de Données Minimales – Traitement) de la BNDMR. La SARA et la SF-12 ont été réalisées à l’inclusion, à 6 mois et 12 mois. Les données ont été extraites le 29 juillet 2025 et ont été complétées par les données de tolérance issues de la pharmacovigilance nationale. Résultats Au 29 juillet 2025, 411 patients AF ont été inclus dans l’AP (soit 43% des patients avec AF répertoriés à la BNMDR), dont 200 patients traités depuis plus d’un an. Les données d’efficacité et de tolérance seront analysées de façon globale et par sous-groupes d’intérêt. Les résultats issus de cette analyse ne pouvant être communiqués qu’après le 19/09/25, date de remise du second rapport périodique de l’accès précoce auprès de la Haute Autorité de Santé, ils ne peuvent figurer sur cet abstract (soumission avant le 14/9/25) mais seront présentés aux Assises de Génétique sous réserve de son acceptation. Discussion et conclusion Le dynamisme des réseaux BRAIN-TEAM et FILNEMUS a permis une inclusion efficiente des patients dans ce premier programme d’accès précoce dans l’ataxie de Friedreich. Cette étude permettra d’avoir des données plus précises sur les patients français traités par Omaveloxolone, d’avoir des données d’efficacité et de tolérance en vie réelle sur cette population, et ainsi de guider les praticiens dans leur utilisation de cette molécule.
Claire EWENCZYK (Paris), Valeria GIOIOSA, Andra EZARU, Ariane CHOUMERT, Virginie GUILLET-PICHON, Benoit FUNALOT, Fabienne ORY, Eugénie MUTEZ, Thomas OLLIVIER, Cécilia MARELLI, Antoine PEGAT, Cyril GOIZET, Alix DURAND, Anne Sophie PIEGAY, Frédérique FLUCHERE, Mathieu ANHEIM, Quentin THOMAS, Sacha WEBER, Amélie DOS SANTOS, Anna CASTRIOTO, Christine TRANCHANT, Elsa BESSE-PINOT, Karima GHORAB, Pascal CINTAS, Marie-Lorraine MONIN, Chloé ANGELINI, Philippe PETIOT, Sabine SOUCI, Caroline FROMENT TILKETE, Françoise BOUHOUR, Thomas WIRTH, Elisa DE LA CRUZ, Stephane GRIMALDI, Jean-Philippe AZULAY, Clarisse SCHERER GAGOU, Christophe VERNY, Catherine SARRET, Lucie GUYANT-MARECHAL, Gael NICOLAS, Catherine VANHULLE, Antoine BONNEVALLE, Anne-Laure KAMINSKY, Mathilde RENAUD, Elisabeth SARRAZIN, Armelle MAGOT, Audrey RIOU, Matthieu BENOITON, Solange ROUMEGOUS, Béatrice BACIOTTI, Shahram ATTARIAN, Alexandra DURR
11:15 - 11:30 #49435 - SS080 Dépistage génétique des expansions de répétitions dans les maladies neurogénétiques à l'aide du séquençage multiplex à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9.
SS080 Dépistage génétique des expansions de répétitions dans les maladies neurogénétiques à l'aide du séquençage multiplex à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9.

L'expansion anormale des répétitions nucléotidiques a été identifiée pour la première fois il y a 34 ans comme un mécanisme mutationnel unique. Elle est désormais associée à de nombreux troubles neurogénétiques, dont plusieurs n'ont été découverts que récemment. La découverte de nombreuses expansions de ce type a conduit à diverses classifications basées sur la présentation clinique, la nature de la répétition et son emplacement (régions codantes ou non codantes). Le diagnostic précis de ces affections ne peut être confirmé que par des tests moléculaires, actuellement réalisés gène par gène. Leur analyse reste difficile, en particulier lorsqu'il s'agit d'expansions longues. Notre objectif était d'évaluer l'enrichissement médié par CRISPR-Cas9 associé au séquençage à lecture longue d'Oxford Nanopore Technologies (ONT), afin d'accélérer et d'améliorer le diagnostic moléculaire fastidieux des troubles médiés par ces répétitions. Nous avons ciblé neuf loci impliqués dans 10 troubles liés à l'expansion de répétitions nucléotidiques dans un seul panel de capture, comprenant FMR1, HTT, DMPK, DFNB, ATXN2, JPH3, FXN, C9ORF72 et RFC1, couvrant la plupart des types de répétitions, des tailles d'expansion et des besoins diagnostiques. Nous avons comparé nos résultats aux méthodes de routine. Le séquençage ONT sur Flongle a donné des résultats cohérents avec les techniques standard, du moins pour les répétitions non complexes. Cependant, cette étude pilote a mis en évidence différentes réserves limitant l'utilisation systématique du séquençage ONT enrichi par CRISPR-Cas9 sur Flongle, en particulier lié à la variabilité inter-séries nécessitant plusieurs Flongles par échantillon testé.
Patricia FERGELOT, Christophe BOURY, Benjamin PENAUD, Anna GUIGUET-VALARD, Marie-Claire VINCENT, Kevin MOUZAT, Virginie RACLET, Caroline ROORYCK-THAMBO, Benoit ARVEILER, Rémi BELLANCE, Claire GUISSART, Cecilia MARELLI, Olivier LEPAIS, Cyril GOIZET, Giovanni STEVANIN (Bordeaux)
11:30 - 11:45 #49641 - SS081 Troubles psychiatriques de la maladie de Huntington: quel rôle pour les petites expansions et les variants de séquence du gène HTT?
SS081 Troubles psychiatriques de la maladie de Huntington: quel rôle pour les petites expansions et les variants de séquence du gène HTT?

Contexte: La maladie de Huntington est due à une expansion CAG (>35) dans le gène HTT. La taille de l'expansion est le principal déterminant de l’âge de début et de la pénétrance, expliquant environ 60 % de la variabilité. Néanmoins, à la limite du seuil, cette corrélation est moins forte et la variabilité de l’âge de début et du phénotype est particulièrement importante. Les petites expansions (CAG36-39) sont rares (≈2 %), traditionnellement associées à une pénétrance incomplète et à un âge de début tardif (entre 69 et 95 ans), se présentent fréquemment sans mouvements choréiques et risquent d’échapper au diagnostic. La séquence CAG est un modificateur puissant de l’âge de début, de la pénétrance et de la progression de la maladie. Une perte de l'interruption CAA du CAG est une variation connue pour aggraver le phénotype et cette variation est particulièrement fréquente (≈30 %) chez les porteurs symptomatiques de petites expansions. L’âge de début moteur est considérablement plus précoce qui celui prédit par les modèles : jusqu’à dix ans après correction de la sous-estimation de la taille de CAG non interrompu, voire 30 ans lorsqu’on considère uniquement la taille de CAG estimée par les méthodes diagnostic standard. Ces éléments remettent en question le caractère bénin des petites expansions. Les manifestations psychiatriques, fréquentes dans la maladie de Huntington, incluent dépression, apathie, irritabilité, agressivité, anxiété, obsessions et, plus rarement, psychose. Si l’apathie est associée à la progression et à la taille de l’expansion, les liens entre taille du CAG et autres troubles psychiatriques restent incertains, et le rôle des variants de séquence n’a jamais été exploré. Objectifs: Explorer l’impact des variants de séquence dans la région CAG-CCG du gène HTT sur la sévérité et le profil psychiatrique chez les porteurs de petites expansions. Notre hypothèse est qu’ils contribuent à moduler les manifestations psychiatriques chez les porteurs de petites expansions. Méthodes: Nous présentons une cohorte de 94 sujets CAG36–39, symptomatiques et présymptomatiques. Les variants de séquence ont été détectés par séquençage short-read d’amplicons (NextSeq 2000). Nous décrivons les manifestations psychiatriques et l’âge de début. Résultats : Parmi les 67/94 porteurs déjà séquencés, 22 présentent un variant de séquence. L’âge de début est plus précoce chez les porteurs de variant (53±9 ans; n=18) que chez ceux sans variant (64±13 ans, n=24; p<0.01). Les tableaux psychiatriques seront présentés. Conclusion: Une caractérisation précise de la séquence est essentielle pour le diagnostic et le conseil génétique en raison de son impact, d’autant plus que la forte prévalence des petites expansions dans la population générale (1/400–1/600), l’apparition d’expansions de novo à partir d’allèles intermédiaires et l’augmentation de l’espérance de vie devraient conduire à identifier un nombre croissant de porteurs HTT en consultation.
Anna HEINZMANN (Paris), Jean-Loup MÉREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Emilien PETIT, Giulia COARELLI, Sabrina SAYAH, Hortense HURMIC, Marine GUILLAUD BATAILLE, Jérémie PARIENTE, Alexandra DURR
11:45 - 12:00 #49666 - SS082 APPORT DU SEQUENÇAGE DU GENOME DANS LES EPILEPSIES PHARMACO-RESISTANTES A DEBUT PRECOCE : COHORTE NATIONALE FRANÇAISE.
SS082 APPORT DU SEQUENÇAGE DU GENOME DANS LES EPILEPSIES PHARMACO-RESISTANTES A DEBUT PRECOCE : COHORTE NATIONALE FRANÇAISE.

Introduction : Le réseau français EPIGENE coordonne depuis 10 ans le développement du séquençage haut débit dans le cadre du diagnostic et de la recherche. Le panel de gènes des épilepsies monogéniques (PAGEM) est en place depuis 2015 et actualisé régulièrement. Une étude récente du réseau portant sur 2563 patients, montre un rendement du PAGEM de 27%. Environ trois quarts des patients restent sans diagnostic génétique, soulignant les limites de cette approche ciblée. Méthodes Nous avons mené une étude rétrospective des patients ayant bénéficié d’un séquençage du génome en short-read (SG-sr) dans la préindication « épilepsies pharmacoresistantes à début précoce », en 2e ligne après un PAGEM négatif. Le SG-sr était réalisé dans les laboratoires Seqoia et Auragen, dans le cadre du PFMG2025. Résultats Entre janvier 2021 et septembre 2025, 801 résultats ont été rendus aux prescripteurs. Le SG-sr était principalement réalisé en trio (91%). La plupart des patients présentaient un phénotype d’épilepsie sévère associée à un retard du neurodéveloppement. Le SG-sr a apporté un diagnostic chez 25% des patients (n=198). Des variants (probablement) pathogènes étaient identifiés dans 129 gènes distincts. 40% des gènes concernés étaient inclus dans le PAGEM. Les variants identifiés étaient principalement des SNV (87%) et des remaniements de structure (13%). Les variants de novo représentaient 68% des cas et les variants bialléliques 17% des cas. Sept variants introniques profonds étaient retrouvés dans différents gènes dont 4 au niveau de SCN1A, principal gène des épilepsies monogéniques et responsable du syndrome de Dravet. Des études complémentaires par minigène de ces variants de SCN1A ont démontré la création d’un exon poison conduisant à une perte de fonction. 61 dossiers de génomes urgents ont été traités dont 23 (38%) ont permis d’établir un diagnostic de certitude. Ces prescriptions étaient motivées par une aggravation de l’état du patient, ou une grossesse en cours. Suite à l’implication en 2024 des gènes du splicéosome RNU4-2 puis RNU2-2 en pathologie humaine, une réanalyse des génomes était menée sur l’ensemble des données. Parmi les patients ayant un diagnostic positif, sept (3,5%) étaient porteurs de variations du gène RNU2-2. Il s’agit donc d’une des causes les plus fréquentes d’encéphalopathie développementale et épileptique. Trois autres patients (1.5%) étaient porteurs de variations de RNU4-2. Conclusions Nos résultats soulignent l’intérêt majeur du SG-sr chez les patients présentant une épilepsie pharmaco-résistante à début précoce, en complément du PAGEM. Les réanalyses successives des données disponibles permettent d’établir des diagnostics en fonction de l’identification de nouveaux gènes de maladies mendéliennes. Pour les patients demeurant en impasse diagnostique, des études de séquençage du génome en long-read couplé à un séquençage de l’ARN sont proposées.
Myriam ESSID (Lyon), Giulia BARCIA, Dorothée VILLE, Mathieu MILH, Cyril MIGNOT, Jean-Madeleine DE SAINTE AGATHE, Thomas SMOL, Caroline NAVA, Christelle DUBOURG, Lionel ARNAUD, Nicolas CHATRON, Virginie BERNARD, Julien THEVENON, Magalie BARTH, Estelle COLIN, Nicolas GRUCHY, Adeline TRAUFFLER, Thomas COURTIN, Laurence PERRIN-SABOURIN, Olivier PATAT, Sophie JULIA, Valentin RUAULT, Claire BAR, Maxime COLMARD, Kevin JOUSSELIN, Nathalie VILLENEUVE, Chloé ANGELINI, Laetitia LAMBERT, Eleni PANAGIOTAKAKI, Anne DE SAINT-MARTIN, Rima NABBOUT, Laurent VILLARD, Gaetan LESCA, Consortium AURAGEN
12:00 - 12:15 #49831 - SS083 La sclérose latérale amyotrophique sporadique : quel impact du génome mitochondrial ?
SS083 La sclérose latérale amyotrophique sporadique : quel impact du génome mitochondrial ?

Introduction Récemment, l’équipe de Cheng a analysé une cohorte de 40 patients atteints de sclérose latérale amyotrophique (SLA) sporadique et a identifié une délétion « 6692delA » dans l’ADN mitochondrial (ADNmt) chez 20 patients (50%) (1). Cette délétion, localisée dans le gène MT-CO1 qui code pour une sous-unité du complexe IV (CIV) de la chaîne respiratoire mitochondriale, a été retrouvée à un taux d’hétéroplasmie de 1 % dans les prélèvements sanguins de ces patients. Cheng et al. ont également confirmé qu’un défaut mitochondrial peut déclencher une maladie du motoneurone (MMN) en montrant qu’un déficit du CIV dans les motoneurones de rat induit un phénotype de SLA. En 2014, avec l’identification de CHCHD10 (une protéine mitochondriale codée par le génome nucléaire), nous avions été les premiers à fournir la preuve génétique qu’un dysfonctionnement mitochondrial peut entraîner une MMN de type SLA (2). Cependant, le rôle de l’ADNmt dans la SLA n’étant pas clairement établi, nous avons recherché cette délétion, ainsi que les autres variants de l’ADNmt susceptibles d’entraîner un déficit du CIV, dans notre cohorte de patients suspects de maladie mitochondriale. Méthode L’ADNmt de 1914 patients, adressés à notre centre de référence des maladies mitochondriales du CHU de Nice, a été séquencé par séquençage haut débit. Rétrospectivement, nous avons réanalysé l’ensemble de nos données de NGS et plus précisément les variants identifiés dans les gènes MT-CO1, MT-CO2 et MT-CO3. Nous avons également recherché les variants identifiés chez les patients avec MMN. Résultats Nous montrons que la délétion « 6692delA » (m.6698delA, selon la nomenclature) ainsi que les variants pathogènes des gènes de l’ADNmt codant pour les sous-unités du CIV ne sont pas associés à un phénotype de SLA dans notre cohorte de patients suspects de mitochondriopathie. Ces variants sont extrêmement rares dans le muscle et le sang (0,8 %) de nos patients. Ils ne sont pas non plus retrouvés chez les patients présentant une MMN. Conclusions Nos résultats ne confirment pas ceux de l’étude de Cheng et soulèvent donc des questions sur la réelle prévalence et le lien potentiel - et surtout causal – du génome mitochondrial avec les formes sporadiques de SLA. Références : 1. Cheng M, Lu D, Li K et al. Mitochondrial respiratory complex IV deficiency recapitulates amyotrophic lateral sclerosis. Nature Neurosc. 2025 Apr;28(4):748-756 2. Bannwarth S, Ait-El-Mkadem S, Chaussenot A, et al. A mitochondrial origine for frontotemporal dementia and amyotrophic sclerosis through CHCHD10 involvement. Brain 2014 Aug;137(Pt8):2329-45
Sylvie BANNWARTH (NICE), Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
12:15 - 12:30 #49945 - SS084 Identification of new candidate genes involved in autosomal recessive forms of Parkinson’s disease.
SS084 Identification of new candidate genes involved in autosomal recessive forms of Parkinson’s disease.

Parkinson disease (PD) affects 1-2% of the population above 65 years. It is characterized by the triad of symptoms: tremor, rigidity, and bradykinesia. To date, more than 10 validated genes have been identified, associated with either autosomal dominant (AD) or autosomal recessive (AR) forms of PD. However, the identified genes associated with early-onset (EO, <40 years) AR PD only explains 45%, other genes remain to be discovered. The aim of the work is to identify new genes involved in EO AR PD, using consanguineous PD families and applying genotyping on DNA microarrays, homozygosity mapping and NGS technologies. To identify new genes involved in EO-AR PD, we performed whole exome sequencing (WES) on a cohort of 1244 patients (1100 index cases) presenting early onset sporadic PD or AR-PD. At first, we focused on loss of function variants (LoF) identified in the cohort, and/or genes presenting variants in at least 2 unrelated families. This strategy enabled us to identify 25 candidate genes with LoF variants in 27 families, as possibly being involved in PD. Among them, we identified the homozygous p.Asp38Ilefs*7 frameshift variant in CISD1 in a consanguineous family. This variant is absent from the GnomAD database. In silico analysis predicts this variant to induce transcript degradation by the Nonsense Mediated Decay. Interestingly, CISD1 was identified as a major target of PINK1/Parkin complex, moreover the KO mouse model presents a decreased level of dopamine in the striatum and locomotor abnormalities in the rotarod test. Further functional data are needed to strengthen the role of CISD1 as well as that of other genes carrying identified LoF variants associated with EO AR PD. The functional validation will be tested by inactivation of these genes on simple organisms, i.e. drosophila melanogaster and C. elegans, to look for induced-locomotor defects. This strategy has already proven its worth and has already led to the identification of two new genes involved in Parkinson's disease: PSMF1 and PTPA.
Christelle TESSON (Paris), Lisa WELMENT, Guillaume COGAN, Gatepe KODJOVI, Aurélie HONORÉ, Valérie DROUET, Suzanne LESAGE, Alexis BRICE
Salon Ambassadeurs 1/3

"Jeudi 29 janvier"

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E32
11:00 - 12:30

Sessions simultanées 12bis
Conseil génétique SHS

Modérateurs : Amandine BOUREAU (conseillère en génétique) (NICE), Marcela GARGIULO (Psychologue) (PARIS)
11:00 - 11:15 #49853 - SS090 Votre patient est-il lié à un don de gamètes ? Enquête sur les pratiques actuelles et perspectives d'évolution.
SS090 Votre patient est-il lié à un don de gamètes ? Enquête sur les pratiques actuelles et perspectives d'évolution.

En 2025, près d’un enfant sur 500 est né d’un don de gamètes en France. Depuis la création, en 1973, des centres de don en France (CECOS), plus de 70 000 enfants sont nés d’un don de gamètes. Le nombre de donneurs et donneuses est stable et la proportion de personnes ayant fait un don de gamètes ou d’embryon augmente donc chaque année dans notre pays. En parallèle, les avancées technologiques et l’amélioration de nos connaissances nous permettent d’identifier chaque année de plus en plus de variations génétiques responsables de maladies génétiques et héréditaires. Nous sommes donc de plus en plus confrontés à l’identification d’anomalies génétiques constitutionnelles chez des patients qui sont issus d’un don de gamètes ou ayant précédemment donné. D’après l’article R1131-1 du Code la Santé Publique, le prescripteur de l’analyse génétique doit interroger le patient, préalablement à la prescription, sur l’existence éventuelle de sa part d’un don de gamètes ou d’embryon et sur la possibilité qu’il soit issu d’un don. Nous décrivons ici les résultats de deux sondages concernant les pratiques actuelles lors des prescriptions d’analyses génétiques vis-à-vis des dons de gamètes ou d’embryon en France. Le premier, réalisé auprès des conseillers en génétique (109 réponses) et le second (en cours) à l’attention des médecins généticiens. Les résultats du 1er sondage nous relèvent que seulement 25% des conseillers en génétique demandent à leurs patients s’ils ont déjà fait un don de gamètes ou d’embryon. De plus, 20% des conseillers en génétique interrogés ont été déjà été confrontés au moins une fois à un patient porteur ou à risque d’être porteur d’une anomalie génétique et ayant déjà fait un don de gamètes ou d’embryon. Par ailleurs, 25% ont déjà fait face à des patients issus d’un don et porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène. Le même sondage sera envoyé prochainement aux médecins généticiens afin de densifier ces données. Ces résultats mettent en avant un défaut dans l’identification des patients concernés par une maladie génétique et le don de gamètes (donneur ou enfant issu du don). En conséquence, l’information à la parentèle et le conseil génétique chez les apparentés biologiques liés au don ne peuvent avoir lieu. Ce travail a donc pour but de sensibiliser les prescripteurs d’analyses génétiques à cette problématique et de favoriser l’évolution des pratiques. Pour ce faire, nous proposons d’inclure dans le consentement à l’analyse génétique deux nouveaux items. L’un concernant le fait d’avoir déjà donné ou non ses gamètes ou embryons et l’autre celui d’être issu d’un don.
Yann TROADEC (Caen), Marie-Ange CLAROTTI, Camille THEARD
11:15 - 11:30 #49430 - SS088 Expériences parentales de la démarche génétique prénatale en situation d’incertitude : exemple des anomalies du corps calleux.
SS088 Expériences parentales de la démarche génétique prénatale en situation d’incertitude : exemple des anomalies du corps calleux.

Contexte : La découverte d’une anomalie du corps calleux en prénatal confronte les couples à la décision de poursuivre ou d’arrêter la grossesse, du fait du pronostic éminemment variable de cette malformation cérébrale. Les examens génétiques proposés, incluant un séquençage d’exome en trio, permettent de réduire le risque de pronostic défavorable, qui ne peut néanmoins pas être exclu. Afin de préciser les besoins de ces couples et l’accompagnement nécessaire dans leur processus décisionnel face à cette incertitude une recherche en psychologie (ACCED) a été mise en place avec des services hospitaliers de génétique, neuropédiatrie et maternité. Objectifs : Décrire rétrospectivement le processus de décision et renforcer les connaissances sur les besoins spécifiques des couples au moment de la prise de décision dans un contexte d’incertitude pronostique chez leur fœtus/bébé. Méthode : Un entretien semi-directif avec une psychologue chercheure a été proposé (i) à des couples ayant choisi de poursuivre la grossesse et (ii) à des couples ayant choisi de l’interrompre. Les entretiens enregistrés et analysés selon l’analyse phénoménologique interprétative (IPA), permettent d’accéder à la manière dont les couples perçoivent et élaborent leur expérience. Nous présentons ici les résultats relatifs à 12 couples, concernant l’un des axes explorés lors des entretiens : leur perception de l’information génétique dans ce contexte. Résultats : La démarche génétique, dans un contexte d’incertitude prénatale, est vécue comme un moyen d’accéder à l’invisible, de quantifier le risque et d’apporter une forme de rationalité face à l’incertitude. Elle soutient une position active des couples, leur donne le sentiment d’aller « au bout » de ce qui peut être fait et de réduire leur risque subjectif, parfois renforcé par la réassurance perçue des soignants. Toutefois, elle soulève des enjeux de culpabilité liés à l’imaginaire de la transmission, de remise en question de la compatibilité conjugale et questionne les choix reproductifs futurs. Le rapport aux équipes oscille entre partenariat, perception d’une subjectivité médicale, sentiments de solitude et de lutte face à des discours parfois contradictoires. Le temps d’attente allongé est vécu comme une tension où se déploient incertitudes, espoirs et parfois pensées magiques, il participe à séquencer l’investissement parental et peut devenir libérateur après un résultat rassurant. Enfin, la démarche génétique figure comme un espace pour se positionner face à l’incertitude, en tant que futurs parents de ce fœtus/bébé. Au total, la démarche génétique en contexte d’incertitude prénatale apparaît comme une expérience ambivalente : entre ressource pour se positionner et source de vulnérabilité.
Marion DROIN-MOLLARD (Paris), Sylvain MISSONNIER, Ariane HERSON, Stéphanie STARACI, Solveig HEIDE, Stéphanie VALENCE, Anne FAUDET, Jean-Marie JOUANNIC, Anne-Marie DARRAS, Lisa FRUGÈRE, Capucine ROSSI, Jade DUCOURNEAU, Delphine HERON, Marcela GARGIULO
11:30 - 11:45 #48955 - SS085 Conséquences psychosociales du rendu de résultat monogénique ou de facteur de risque génétique chez 700 patients avec maladie d’Alzheimer dans la cohorte prospective nationale ECASCAD.
SS085 Conséquences psychosociales du rendu de résultat monogénique ou de facteur de risque génétique chez 700 patients avec maladie d’Alzheimer dans la cohorte prospective nationale ECASCAD.

La maladie d’Alzheimer (MA) est autosomique dominante dans <1% des cas, 12% pour les cas jeunes (MAJ, début ≤65 ans). Les autres ont une étiologie complexe, avec forte composante génétique. De nombreux facteurs de risque génétiques (FDR) ont été récemment identifiés, et un nombre croissant de familles peut être qualifié d’oligogénique, en présence de ≥2 FDR d’impact modéré à fort. Jusqu’en 2018, le criblage était réservé aux familles très évocatrices de formes dominantes, et sans rendu des FDR. Le statut génétique pourrait pourtant jouer un rôle clé dans la future médecine de précision. Néanmoins, si l’impact psychosocial du rendu d’APOE4, FDR le plus fréquent, a été étudié, ce n’est pas le cas des analyses complètes chez un malade. De 2018 à 2022, l’étude prospective nationale ECASCAD a analysé une liste de gènes de MA monogénique, diagnostics différentiels et FDR certains, classés de modeste à fort par seuils d’odds ratio (faibles non rendus). L’exome était prescrit et rendu par le médecin habituel, le compte rendu comprenait : résultats monogéniques, page FDR, courrier explicatif clinicien, tableau résumé des informations à délivrer, courrier vulgarisé patient. Les patients, seuls ou accompagnés, répondaient aux questionnaires anxiété/dépression (HADS) et affects négatifs/positifs (PANAS) à l’inclusion (V1), au rendu (V2), et au suivi éventuel (V3), et un questionnaire psychosocial (V3). Sur 700 patients inclus (40 centres, 609 MAJ, 91 MA 65-75 ans), 3% avaient une forme monogénique (POS), 69,5% ≥1 FDR modeste (FDR), 27,5% un résultat négatif (NEG). Les questionnaires étaient rendus pour 618 (V1), 315 (V2) et 151 (V3) patients. Les perdus de vue étaient non différents sauf un score de cognition MMSE plus faible à V1. A V1, en multivarié, MMSE bas (p<0.0001), durée de la maladie (p=0.0177), et sexe masculin (p=0.0004) corrélaient avec la dépression ; haut niveau d’éducation (p=0.0154) et MMSE (p<0.0001) augmentaient les affects positifs. Entre V1 et V3, dépression et anxiété augmentaient dans tous les groupes. Les NEG avaient une hausse plus marquée d’anxiété/dépression (p<0.01) et une baisse plus marquée d’affects positifs (p<0.0001) que les POS ou FDR. Par génotype APOE, anxiété/dépression augmentaient davantage chez les APOE4- (p<0.01). Le questionnaire psychosocial montrait une inquiétude sur la transmission aux enfants dans le groupe POS mais pas FDR ou NEG ; les POS étaient aussi plus tristes/contrariés/anxieux vis-à-vis des résultats, 4/4 POS avaient parlé des résultats à leur famille (RF : 89% RF, NEG : 87%), et 4/4 POS ont recherché de l’information. La perception de la gravité restait inchangée chez 2/4 POS, 73% RF, et 75% NEG, 2/4 des POS la jugeaient plus grave. Cette première étude en conditions réelles chez des malades ne montre pas d’augmentation des affects négatifs liée à un facteur génétique. L’arrivée des traitements anti-amyloïdes, contre-indiqués chez les APOE4 homozygotes, pourrait modifier ces conséquences psychosociales.
Gaël NICOLAS (Rouen), Victor WANG, Antoine GIEN-BOULLOT, Cnrmaj COLLABORATEURS, Camille CHARBONNIER, David WALLON
11:45 - 12:00 #49499 - SS089 Programme d’éducation thérapeutique du patient en oncogénétique : retour d’expérience et perspectives.
SS089 Programme d’éducation thérapeutique du patient en oncogénétique : retour d’expérience et perspectives.

L’éducation thérapeutique du patient (ETP) est peu développée en oncogénétique. Pourtant, les personnes porteuses d’une prédisposition génétique au cancer doivent acquérir des compétences spécifiques : gestion d’un risque tumoral chronique, intégration d’une incertitude pronostique et adhésion durable à un protocole de surveillance. En 2024, l’équipe d’oncogénétique du CHU de Dijon et du Centre Georges-François Leclerc a conçu PROGENE (PROgramme d’Éducation Thérapeutique pour les personnes porteuses d’une prédisposition GENEtique au cancer du sein et/ou de l’ovaire), destiné aux patientes avec antécédent de cancer et porteuses d’une variation pathogène ou probablement pathogène des gènes BRCA1, BRCA2 ou PALB2. Le programme validé par l’ARS BFC en octobre 2024 a été mis en œuvre dès novembre 2024. Après réalisation de 11 bilans éducatifs partagés, 8 patientes ont été incluses. Ce programme comprenait six ateliers collectifs suivis d’un entretien individuel d’évaluation : 1. Mes émotions : Prendre conscience de ses émotions et comprendre leur signification pour mieux les gérer. 2. Comprendre la génétique : Acquérir les bases pour mieux saisir le sens et l’importance de la transmission de l’information à la famille. 3. L’intérêt des examens de suivi : Mieux comprendre le suivi ainsi que les modalités des examens. 4. Le choix d’une chirurgie de réduction de risque : S’informer sur les différentes options chirurgicales, leurs bénéfices, limites et impacts sur la qualité de vie. 5. Quelles aides sociales possibles ? : Identifier les démarches et les dispositifs d’aide sociale disponibles. 6. Activité physique… adaptée : Découvrir le rôle protecteur de celle-ci et l’intégrer à son quotidien. L’évaluation a montré : • Un bénéfice pour les patientes sur la compréhension des enjeux médicaux et sociaux. • La pertinence du format collectif pour le partage d’expériences. • La valeur ajoutée de la pluridisciplinarité des intervenants. La première session de PROGENE démontre la faisabilité et la pertinence d’un programme ETP en oncogénétique, tant pour le renforcement des compétences des patientes que pour l’amélioration de leur adhésion au suivi et la réduction de l’anxiété liée au risque tumoral. Un second cycle de PROGENE est prévu dès 2025 avec, en réponse à la demande des patientes, un programme ETP pour les aidants. Il comportera trois séances spécifiques : • Psychologique : analyse des impacts émotionnels et stratégies de soutien au patient. • Aides sociales : clarification des droits et dispositifs accessibles aux aidants. • Génétique et activité physique adaptée : compréhension des enjeux génétiques et recommandations de santé préventive. Ces séances seront planifiées de manière synchrone avec les modules des patientes, afin d’optimiser la disponibilité et la cohérence de l’accompagnement. A l’avenir nous envisageons l’adaptation de ce programme à d’autres prédispositions au cancer, ainsi qu’aux patients asymptomatiques porteurs de prédisposition génétique au cancer.
Amandine BAURAND, Léa PATAY, Juliette SANTENARD, Benoit MAZEL, Manon REDA, Amandine BEAUDOUIN, Théo GAUMET, Hélène SFEIR, Sophie NAMBOT (DIJON)
12:00 - 12:15 #49232 - SS087 Oubli, silence et responsabilité dans la transmission de l’information génétique dans le cercle familial.
SS087 Oubli, silence et responsabilité dans la transmission de l’information génétique dans le cercle familial.

L’annonce d’un diagnostic génétique n’est jamais perçue comme une information simplement médicale en ce qu’elle impacte non seulement la personne qui reçoit le diagnostic – et qui est susceptible de modifier sa vie – mais aussi l’ensemble de ses apparentés. Cette information est reçue différemment selon le contexte familial, relationnel, socio-culturel et le vécu personnel de la personne concernée. L’annonce ne peut être dissociée des moments de vie dans lesquels elle s’inscrit, car les configurations familiales et biographiques singulières influencent la manière dont elle est comprise, transmise — ou tue. Dans cette communication, nous nous intéresserons à des situations particulières, faisant plus rarement l’objet d’études : celles où le diagnostic génétique survient chez des personnes qui n’ont pas de symptôme, ni de risque ultérieur pour leur propre santé, mais qui découvrent l’existence d’un risque de transmission à leur descendance à l’occasion d’un projet d’enfant, d’un parcours en assistance médicale à la procréation, d’une interruption de grossesse (spontanée ou provoquée), ou de la naissance d’un enfant malade. Ces situations concernent en général les maladies génétiques autosomiques récessives, liées à l’X ou les anomalies chromosomiques équilibrées. Contrairement aux pathologies qui peuvent s’exprimer au cours de la vie ou impliquent une surveillance médicale , transformant les individus qui connaissent leur statut en patients en devenir ; ces maladies ne deviennent saillantes qu’à l’occasion d’événements spécifiques, souvent dans un contexte procréatif. Des entretiens anthropologiques ont été menés au CHU de Nantes auprès de 26 familles, soit 52 patients, entre 2020 et 2024. L’analyse portera sur les multiples obstacles à la transmission intrafamiliale de l’information génétique déléguée aux patients par les professionnels: oubli ou non-dits, transmission partielle, réticences liées à la peur de blesser, à la difficulté de renouer des liens distendus, de trouver le, moment opportun, ou à l’incertitude face à ce qu’il convient de dire et à qui . En explorant ces dimensions, cette communication permettra de mieux comprendre les processus par lesquels l’information circule — ou ne circule pas — au sein des familles, de souligner le rôle particulier donné aux femmes et de montrer que le silence ou l’oubli ne relèvent pas d’un défaut individuel mais de dynamiques relationnelles complexes.
Anne-Sophie GIRAUD (Toulouse), Marie VINCENT
12:15 - 12:30 #49031 - SS086 DEFIDIAG-DS : De l’acceptabilité à l’utilité clinique : Quelles conclusions tirer de la plus grande étude française sur la gestion des données additionnelles ?
SS086 DEFIDIAG-DS : De l’acceptabilité à l’utilité clinique : Quelles conclusions tirer de la plus grande étude française sur la gestion des données additionnelles ?

Le séquençage du génome a révolutionné le diagnostic des maladies rares, mais peut révéler des données additionnelles (données incidentes (DI) ou données secondaires (DS)). Depuis la loi de Bioéthique de 2021, les DI peuvent être restituées aux patients, alors que les DS ne sont accessibles que dans le cadre de la recherche. Lors du projet DEFIDIAG (PFMG2025, génome en trio, troubles du développement intellectuel (TDI), N=2500), la recherche de DS selon la liste ACMG (v2.0, 58 gènes) était proposée via une étude ancillaire. Sur les bases de l’étude FIND, DEFIDIAG-DS avait pour objectif principal d’évaluer les attentes et représentations vis-à-vis de la recherche et du rendu des résultats de DS issus de l’analyse de génome chez des parents d’enfants atteints de TDI. En effet, afin d’éviter le rendu de DS chez les mineurs, non conforme aux principes du DPS, la recherche des DS a été proposée aux parents des cas index. Il était également attendu d’enrichir les connaissances autour de la question des DS ACMG à partir d’une large cohorte et autour de la question du choix de non-accès et changements d’avis. Pour cela, une méthodologie mixte, quantitative et qualitative (questionnaires, entretiens), et longitudinale a été déployée. Dans 82 % des cas, les parents ont exprimé le souhait d’accéder aux DS, avec toutefois une importante hétérogénéité selon les centres (de 64 % à 97 %). Un parent sur 5 a sollicité un délai de réflexion avant de se prononcer (facteur significatif dans la prise de décision). Pour les parents interrogés n’ayant pas souhaité accéder aux DS (N=80), la principale motivation évoquée était la crainte de générer de l’inquiétude (70 %) et la majorité (68/80) a indiqué ne pas avoir été influencée dans leur décision par l’équipe médicale. Soixante-dix DS ont été identifiée (3%). Trente-quatre parents ont été interrogés au moment du rendu (TR) et 21 un an après (T12). Plus de 90% des participants se disent satisfaits de l’annonce des résultats, perçus comme une « chance pour l’avenir ». Toutefois, 45 % ont exprimé des inquiétudes à TR, un taux qui diminue à 28 % à T12, traduisant une meilleure compréhension du suivi proposé. A un an, 19 parents sur 21 avaient adapté leur parcours de soins en accord avec les recommandations des spécialistes. Par ailleurs, les familles ont bien saisi l’importance de partager cette information avec leurs proches (15/18). DEFIDIAG-DS confirme que l’accès aux DS est accepté dans les mêmes proportions lorsqu’il est proposé aux parents plutôt qu’au cas-index. Toutefois, sa mise en œuvre concrète demeure complexe et soulève des questions d’équité. L’annonce d’une DS, bien que jamais anodine, n’occasionne pas d’effets indésirables majeurs et est globalement bien vécue, à condition d’un accompagnement en amont comme en aval en cas de besoin. Ces résultats vont contribuer à alimenter la réflexion éthique sur l’intégration des DS dans le cadre d’un test génétique à visée diagnostique et à définir les bonnes pratiques.
Eléonore VIORA-DUPONT (Dijon), Bénédicte GERARD, Nicolas MEUNIER-BEILLARD, Marion BOUCTOT, Marie-Laure ASENSIO, Anne-Sophie BRIFFAUT, Christel THAUVIN, Christophe PHILIPPE, Léa GAUDILLAT, Sylvie ODENT, Chloé FOURNIER, Dominique BONNEAU, Didier LACOMBE, Nawel HAIRECH, Manon LAURENT, Roseline CAUMES, Antoine WYREBSKI, Patrick EDERY, Nicolas CHATRON, Damien SANLAVILLE, Sabine SIGAUDY, Audrey MALLET, Emilie CONSOLINO, David GENEVIEVE, Emmanuelle HAQUET, Bertrand ISIDOR, Laura GUYON, Gael NICOLAS, Pascale SAUGIER-VEBER, Delphine GONDE, Caroline GUEGAN, Julien THEVENON, Marjolaine GAUTHIER, Delphine HÉRON, Boris KEREN, Anne FAUDET, Salima EL CHEHADEH, Laurine TEMPE, Claire KASTNER, Caroline SCHULTH-BOLARD, Jean-François DELEUZE, Perrine MOULINIE, Consortium DEFIDIAG-DS, Sarah CARVALLO, Marcela GARGIULO, Catherine LEJEUNE, Hélène DOLLFUS, Christelle DELMAS, Françoise ROBERT, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE
Zone 1 - Salle 2
12:40

"Jeudi 29 janvier"

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INDD33
12:40 - 13:40

ATELIER DEJEUNER ILLUMINA
La multiomique au service des laboratoires de demain

12:40 - 13:40 Introduction. Virginie BROS-FACER (Associate Director) (Intervenant, Paris)
12:40 - 13:40 Retour d'experience de la méthylation par NGS aux Hospices Civils de Lyon. Léa PAYEN-GAY (Professeur) (Intervenant, LYON)
12:40 - 13:40 Les perspectives de l’étude non invasive du génome fœtal​. Juliette NECTOUX (PH) (Intervenant, paris), Damien SANLAVILLE (PUPH) (Intervenant, LYON)
12:40 - 13:40 Constellation: ​ Achieve long-range genomic insights with ease​. Louise FRASER
Salon Ambassadeurs 1/3

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INDE33
12:40 - 13:40

ATELIER DEJEUNER ROCHE DIAGNOSTICS
Innovation en génomique : le Séquençage par Expansion (SBX) au service de la Génétique Humaine et de l’Oncologie

12:40 - 13:40 Une rupture technologique : le séquençage par expansion (SBX) et la plateforme AXELIOS. Carole DONNE-GOUSSE (Intervenant, ROCHE DIAGNOSTICS)
12:40 - 13:40 Le futur de la génomique : les premières applications en génétique humaine et en oncologie. Oliver GOLDENBERG
Zone 1 - Salle 2

"Jeudi 29 janvier"

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INDF33
12:40 - 13:40

ATELIER DEJEUNER TWIST BIOSCIENCE
Exploitez tout le potentiel de vos échantillons : Avec le séquençage nouvelle génération de Twist Bioscience

12:40 - 13:40 Exploitez tout le potentiel de vos échantillons avec le séquençage nouvelle génération de Twist Bioscience. Yann MERLET (Intervenant, Toulouse)
12:40 - 13:40 Vers une prise en charge personnalisée après traitement curatif : validité d’un test NGS ctDNA-MRD dans les cancers pulmonaires et colorectal. Agnès BOURILLON (Ingénieur) (Intervenant, Villejuif)
12:40 - 13:40 Utilisation de l’exome Twist en diagnostic clinique. Cindy BADOER
Zone 1 - Salle 1

"Jeudi 29 janvier"

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INDG33
12:40 - 13:40

ATELIER DEJEUNER RHYTHM PHARMACEUTICALS
Génétique de l’obésité : des innovations pour un diagnostic et une prise en charge précoces

Modérateurs : Didier LACOMBE (PU-PH) (Bordeaux), Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg)
12:40 - 13:40 Intérêt d’une prise en charge multidisciplinaire et précoce des enfants avec un déficit en LEPR. Patricia PIGEON KHERCHICHE (Praticien hospitalier) (Intervenant, SAINT DENIS DE LA REUNION, Réunion)
12:40 - 13:40 L'importance de l'analyse fonctionnelle : exemple cas homozygote LEPR. Louis LEBRETON (Praticien Hospitalier) (Intervenant, Bordeaux)
12:40 - 13:40 Cohorte Réunionnaise de patients avec un Syndrome de Bardet-Biedl et effet fondateur. Fanny FERROUL (Assistante-Spécialiste) (Intervenant, La Réunion)
12:40 - 13:40 Apport de l’IA pour le diagnostic clinique des patients avec un syndrome de Bardet-Biedl. Medhi EL ALAOUA (Doctorant) (Intervenant, Strasbourg)
Zone 1 - Salle 3
13:45 PAUSE CAFE - VISITE DES STANDS - CONSULTATION DES EPOSTERS
14:00

"Jeudi 29 janvier"

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A35
14:00 - 15:30

COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES 2

Modérateurs : Stanislas LYONNET (Directeur) (PARIS), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
14:00 - 14:15 #49235 - PL007 COBT : un burden test pour l’identification de gènes présentant un excès de variants rares dans des études cliniques sans cohorte témoin, à partir de données génétiques publiques.
PL007 COBT : un burden test pour l’identification de gènes présentant un excès de variants rares dans des études cliniques sans cohorte témoin, à partir de données génétiques publiques.

Les quelque 4 000 maladies génétiques rares connues touchent environ 1 personne sur 16. Pourtant, près de 50 % des patients atteints de maladies mendéliennes restent sans diagnostic après séquençage de leur génome. Cette difficulté s’explique par la petite taille des cohortes et par l’hétérogénéité clinique et génétique de ces pathologies, qui compliquent l’association entre un génotype et son phénotype. Les méthodes de type burden test appliquées aux variants rares permettent d’augmenter la puissance statistique des études cas-témoins : plutôt que d’évaluer chaque variant isolément, elles comparent l’accumulation de variants délétères dans un même gène ou une région d’intérêt dans la cohorte de patients par rapport à la cohorte témoin. Cependant, leur application dans les études cliniques sur les maladies rares est souvent limitée par l’absence de cohortes témoins appariées, en particulier dans les études rétrospectives. Pour pallier cette contrainte, des approches d’agrégation de variants en absence de témoins ont récemment été proposées (TRAPD, CoCoRV). Celles-ci utilisent des bases de données publiques comme gnomAD pour estimer la proportion d’individus porteurs de variants délétères dans la population générale et la comparent à celle de la cohorte de patients selon des modèles de transmission dominante ou récessive. Toutefois, ces méthodes ne constituent pas des burden tests au sens strict : ils ne prennent pas en compte les effets additifs de plusieurs variants dans un même gène, les variants hypomorphes (réduisant partiellement la fonction d’une protéine) ou les modes de transmission hétérogènes. Nous avons donc développé COBT (Case-Only Burden Test) qui est un burden test conçu spécifiquement pour les cohortes sans témoins appariés. La méthode prend en compte l’accumulation de variants par patient et par gène et leurs potentiels effets additifs. Elle repose sur un modèle de Poisson et teste l’excès de variants observés dans un gène par rapport au taux de mutation attendu pour ce gène dans la population générale, estimé à partir de bases de données de référence. Les hypothèses et la qualité de l’ajustement du modèle ont été validés sur une cohorte de référence issue du projet 1000 Génomes (individus supposés sains) sur laquelle COBT a montré un faible taux de faux positifs et a surpassé les autres tests case-only. Appliqué à une cohorte hétérogène de 478 patients atteints de diverses ciliopathies, COBT a permis de réidentifier les gènes causaux connus chez une partie des patients et de proposer de nouveaux gènes candidats chez des cas restés non résolus, ouvrant ainsi de nouvelles pistes diagnostiques et de recherche. COBT constitue donc un outil performant pour l’identification de gènes impliqués dans les maladies rares dans les cohortes de patients sans témoins appariés. La méthode est librement téléchargeable sur Github : https://github.com/RausellLab/COBT ; et un preprint est disponible sur medRxiv : https://tinyurl.com/nxc77ew9.
Antoine FAVIER (PARIS), Stefania CHOUNTA, Alejandro GARCIA, Fabienne JABOT-HANIN, Xiaoyi CHEN, Nicolas GARCELON, Anita BURGUN, Manuel HIGUERAS, Agathe GUILLOUX, Alexandre BENMERAH, Yoann MARTIN, Katy BILLOT, Jean-Michel ROZET, Isabelle PERRAULT, Valérie CORMIER-DAIRE, Céline HUBER, Mohamad ZAIDAN, Tania ATTIE-BITACH, Sophie SAUNIER, Antonio RAUSELL
14:15 - 14:30 #49260 - PL008 Variants perte de fonction d'ADAMTS6: nouveau Syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm and Neuro developmental).
PL008 Variants perte de fonction d'ADAMTS6: nouveau Syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm and Neuro developmental).

Objectif : Le syndrome de Marfan (MS), le syndrome de Loeys-Dietz (LDS) et les anévrismes/dissections héréditaires de l’aorte thoracique (hTAAD) sont des maladies du tissu conjonctif, autosomiques dominantes, présentant des manifestations cliniques qui se chevauchent et une hétérogénéité moléculaire. Bien que de nombreux cas soient liés à des variants pathogènes dans des gènes affectant la structure de la matrice extracellulaire (MEC) ou la voie de signalisation TGFβ, une proportion importante des hTAAD demeure inexpliquée. Cette étude avait pour objectif d’identifier de nouvelles causes génétiques de maladies aortiques syndromiques ou isolées, et d’en caractériser les conséquences moléculaires et cliniques. Méthodes : Nous avons réalisé un séquençage d’exome et de génome complets dans une cohorte française de patients atteints de hTAAD syndromiques ou isolés. Des analyses fonctionnelles – incluant l’expression, la sécrétion et l’intégration dans la MEC des protéines étudiées – ont été menées dans des systèmes cellulaires. Des fibroblastes dérivés de patients ainsi que des souris déficientes pour Adamts6 ont été utilisés pour évaluer in vivo les effets des variants candidats. Les perturbations des voies de signalisation en aval ont été étudiées par des tests fonctionnels dédiés. Résultats : Des variants délétères rares de ADAMTS6 ont été identifiés chez quatre individus non apparentés présentant une atteinte vasculaire syndromique ou isolée. Ces variants altéraient la sécrétion ou l’activité enzymatique d’ADAMTS6, entraînant un défaut de maturation de la fibrilline-1 (FBN1) et de la fibrilline-2 (FBN2), une accumulation anormale de MEC et une désorganisation des microfibrilles. Un variant faux-sens spécifique, p.(Leu814Arg), perturbait en outre les voies Hippo et TGFβ et affectait l’adhésion cellulaire. Les fibroblastes dérivés des patients ainsi que les souris déficientes pour Adamts6 reproduisaient les principales caractéristiques de la maladie, confirmant le rôle causal de la perte de fonction d’ADAMTS6. Le spectre clinique allait d’une atteinte multisystémique précoce avec atteintes cardiovasculaire, squelettique, craniofaciale et neurodéveloppementale, jusqu’à des formes adultes isolées de hTAAD. Conclusion : Nos résultats démontrent que la déficience en ADAMTS6 est responsable d’une nouvelle maladie du tissu conjonctif, que nous proposons de nommer le syndrome CHANS (Connective tissue, Heart defect, thoracic Aortic aneurysm, and Neurodevelopmental Syndrome). Cette découverte élargit le spectre des maladies liées aux ADAMTS et souligne le rôle essentiel d’ADAMTS6 dans l’intégrité de la MEC et l’homéostasie vasculaire.
Pauline ARNAUD, Julia HUGUET HERRERO, Angelique BIBIMBOU, Deborah SEIFERT, Zakaria MOUGIN, Louise BENARROCH, Caroline MICHOT, Yline CAPRI, Lyse RUAUD, Sophie DUPUIS GIROD, Alexandre GUILHEM, Constance BEYER, Fanny BAJOLLE, Olivier MILLERON, Guillaume JONDEAU, Nadine HANNA, Dieter REINHARDT, Dianna MILLEWICZ, Catherine BOILEAU, Melodie AUBART, Timothy J. MEAD, Carine LE GOFF (PARIS)
14:30 - 14:45 #49594 - PL009 Projet DIVA (Deep Intronic Variant Analysis) : étude rétrospective des variants introniques profonds dans la prédisposition au cancer chez 2 671 patients.
PL009 Projet DIVA (Deep Intronic Variant Analysis) : étude rétrospective des variants introniques profonds dans la prédisposition au cancer chez 2 671 patients.

Le diagnostic des prédispositions aux cancers repose sur le séquençage haut débit des régions codantes et jonctions exon-intron, généralement sans capturer les régions introniques profondes. Notre panel optimisé comble cette lacune incluant les régions introniques accessibles par séquençage short-read des gènes APC, BMPR1A, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4, STK11 et TP53. Le projet DIVA consiste en une analyse rétrospective des données NGS de 2 671 patients négatifs afin d'identifier les VP introniques. Les fichiers vcf ont été générés par Haplotype Caller et les prédictions d’épissage modélisées par les outils SPiP et SpliceAI (fenêtre de 150 pb). Celles-ci ont été considérées positives devant un delta score SpliceAI >0,2, ou un delta score >0,1 associé à une prédiction positive de SPiP. Nous avons exclu les variants avec une fraction allélique inférieure à 30%, une profondeur de lecture inférieure à 30X, une MAF supérieure à 2 % (popMax gnomAD v2.1.1) et les variants exoniques ou situés dans les régions flanquantes +/- 50 pb. Dans cette série consécutive de 2671 patients, 47 467 variants rares ont été détectés et annotés permettant d’identifier 340 variants avec prédiction d’effet sur l’épissage (0,7 %). Quarante pour cent sont des variants introniques profonds (DIV) (136/340) ignorés en diagnostic de routine, car situés à plus de 50 pb des jonctions exon-intron. Nous nous sommes focalisés sur ces 136 DIV correspondant à 78 DIV uniques. Nous avons éliminé 14 DIV situés dans POLE et POLD1 car seuls les variants faux-sens du domaine exonucléase sont liés au risque de polypose adénomateuse, 11 DIV à cause d’une fréquence allélique trop élevée (> 0.001) par rapport à la pathologie et 3 DIV jugés bénins ou probablement bénins dans ClinVar. Une sélection des DIV avec les probabilités d’altération les plus élevées, notamment par création d’un pseudo-exon, a défini les 22 candidats à l’analyse ARN. A ce jour, l’analyse par RT-PCR-Sanger avec ou sans RNAseq conclut à l’absence d’effet pour 2 DIV dans les gènes MSH6 et STK11 ; mais confirme la création de 6 pseudo-exons : 2 précédemment décrits dans ClinVar dans les gènes MSH2 et APC, et 4 nouveaux dans les gènes APC, MSH6 et TP53. Ces 6 DIV sont désormais classés pathogènes et utilisés au titre du conseil génétique. De façon remarquable, ils ont tous été identifiés chez des patients présentant des formes typiques de prédisposition au cancer. DIVA a permis de lever l’errance diagnostique dans 6 familles françaises, avec des perspectives prometteuses pour les porteurs d’un DIV candidat. Cette étude confirme l’importance de l’exploration des régions restées inexplorées dans les gènes majeurs de prédisposition au cancer, dans les présentations cliniques typiques. Dans notre laboratoire, tous les patients bénéficient désormais de l’analyse prospective des DIV via notre panel optimisé et le séquençage long-read en développement pourrait constituer une alternative.
Julie AMIOT (Rouen), Sophie COUTANT, Edwige KASPER, Jacques MAUILLON, Nathalie PARODI, Isabelle TENNEVET, Maud BRANCHAUD, Pascaline BERTHET, Emilie MARTINEAU, Virginie BUBIEN, Marie COUDERT, Antoine DARDENNE, Olivier INGSTER, Clémentine LEGRAND, Marie-Emmanuelle MORIN-MESCHIN, Marc PLANES, Julie TINAT, David TOUGERON, Appoline NABI, Gwendoline LIENARD, Stéphanie VASSEUR, Olivier QUENEZ, Jean-Christophe THERY, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT
14:45 - 15:00 #49740 - PL010 La recombinaison homologue : une voie à la croisée des phénotypes.
PL010 La recombinaison homologue : une voie à la croisée des phénotypes.

Les ovocytes sont particulièrement vulnérables aux dommages de l’ADN. Les cassures double brin (CDB) de l’ADN représentent les lésions les plus délétères, dont la réparation repose entre autres sur la recombinaison homologue (RH). Cette dernière est également essentielle en méiose. La RH méiotique permet ainsi la réparation des CDB programmées générées afin de former les crossing-over, indispensables à une ségrégation correcte des chromosomes homologues et au brassage génétique. Un défaut de RH est responsable d’une incapacité à former ces crossing-over et impacte directement la poursuite de la gamétogénèse. De nombreux gènes de la RH ont de ce fait été associés à des arrêts méiotiques, responsables d’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) ou d’azoospermie non obstructive (ANO) (e.g. MEIOB, SPATA22). Certains autres gènes n’ont cependant pas encore été impliqués dans la survenue d’une infertilité humaine (e.g. IHO1, MEI4). Dans ce contexte, nous avons identifié SWSAP1 comme nouveau gène responsable d’IOP. Composant du complexe Shu, il participe à la régulation du recrutement de RAD51 et DMC1 lors de la formation du filament nucléoprotéique. Un test fonctionnel de type InterHomolog-Homologous Recombination (IH-HR) permis de valider l’impact délétère sur la RH méiotique d’un variant frameshift homozygote de SWSAP1 mis en évidence chez une patiente présentant une IOP sévère isolée. Ses partenaires ZSWIM7 et SPIDR avaient quant à eux déjà été impliqués dans l’IOP et/ou l’ANO. Le complexe Shu (SWS1-SWSAP1-SPIDR) présente ainsi une spécialisation fonctionnelle dans la méiose, se distinguant d’autres facteurs de la RH. En effet, certains gènes de la RH, tels que BRCA1, BRCA2, ou RAD51, ne sont pas exclusivement méiotiques. Initialement décrits dans la prédisposition aux cancers notamment du sein et de l’ovaire, ils apparaissent également impliqués dans l’IOP via notamment des variants hypomorphes. Nous rapportons des variants pathogènes ou de signification incertaine observés dans certains de ces gènes de prédisposition, chez des patientes présentant une IOP, sans antécédent de cancer (e.g. BRCA1, BRIP1). La mutualisation de certains tests fonctionnels pourrait permettre d’évaluer à la fois le risque de prédisposition tumorale et l’impact sur la fertilité féminine. Enfin, des défauts de la RH sont impliqués dans d’autres phénotypes d’infertilité. Certains gènes de la RH entraînent des défauts de maturation ovocytaire, de fécondation ou de développement embryonnaire précoce (OZEMA) (REC114), ou môles hydatiformes récurrentes (MEI1), en cas de variants chez les femmes. Nous rapportons par ailleurs deux variants d’épissage de SYCP3 mis en évidence chez des patientes avec IOP, ce gène étant classiquement associé à la survenue de fausses couches précoces à répétition ou d’ANO. Ainsi, la RH constitue une voie centrale dans la fertilité féminine et masculine et est impliquée dans un spectre élargi de phénotypes reproductifs.
Anna LOKCHINE (Rennes), Fang ZHANG, Laurence CLUZEAU, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Julie MENJARD, Sarah BOUÉE, Laura MARY, Erika LAUNAY, Clara HOUDAYER, Bénédicte NOUYOU, Annabelle ESVANT, Linda AKLOUL, Christèle DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Solène DUROS, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Sylvie ODENT, Vincent LAVOUÉ, Maria JASIN, Sylvie JAILLARD
15:00 - 15:15 #49744 - PL011 Vingt ans après la création du métier de conseiller en génétique (CG) en France, une enquête dresse un état des lieux de leur exercice en dehors des services de génétique et explore les modalités de cette pratique émergente.
PL011 Vingt ans après la création du métier de conseiller en génétique (CG) en France, une enquête dresse un état des lieux de leur exercice en dehors des services de génétique et explore les modalités de cette pratique émergente.

Suite à la création en 2004 du métier de CG en France, leur nombre n’a cessé d’augmenter comme le nombre d’équipes dans lesquelles ils travaillent. En juin 2025, un questionnaire a été diffusé auprès de la communauté des CG, des centres de référence pour maladies rares (CRMR), des généticiens biologistes (GB) et des cliniciens (GC), ainsi que des médecins spécialistes d’organes (SO) susceptibles d’être concernés. Les objectifs étaient doubles : i) faire un état des lieux des CG exerçant en dehors d’un service de génétique ii) évaluer la collaboration des CG avec les différentes spécialités médicales et la perception de leurs rôles dans les équipes. Au total, 146 personnes ont complété le questionnaire : 51% des répondants sont des CG, 15% des SO, 29% des GC, 5% des GB. 73% des répondants ont déclaré travailler en CHU, 6% en CLCC et 11% dans des CRMR. Parmi les répondants, 55% travaillent dans le domaine des maladies rares et 21% en oncogénétique. Sur les 74 CG ayant répondu au questionnaire, 12 ont déclaré travailler en dehors d’un service de génétique, 7 en CHU, 4 en CRMR, 1 dans un autre établissement public. A titre de comparaison, un seul CG exerçant hors d’un service de génétique médicale était répertorié en 2015. La pratique professionnelle de ces 12 CG reste sous la supervision d’un médecin généticien pour 8 d’entre eux, et 3 des 11 SO travaillant avec un CG dans leur service ont déclaré le superviser eux-mêmes. La quasi-totalité des CG exerçant en dehors d’un service de génétique ont déclaré assurer seul l’activité de consultation avec une préparation en amont des dossiers en RCP. 8 GC sur 13 qui supervisent au moins un CG estiment que la validation systématique des compte-rendus est une activité chronophage. La place des CG en tant qu’intermédiaires entre les services SO et les laboratoires de génétique est évaluée comme facilitant l’interaction prescripteur/laboratoire : gain de temps dans les prescriptions (pour 94% des SO concernés) et amélioration de la qualité des prescriptions émanant des SO (constatée par 75% des GB concernés). L’accès à une consultation de génétique est évalué comme insuffisant puisque 100% des SO qui ne travaillent pas avec un CG souhaitent augmenter le nombre d’analyses génétiques et 40% déclarent envisager de recruter un CG. En conclusion, ce travail a permis de mettre en évidence l’augmentation du recours aux CG par les SO pour développer leur activité de génétique. Les généticiens biologistes en charge des analyses prescrites par ces duo SO/CG semblent satisfaits de la qualité des dossiers adressés. Les CG restent très souvent supervisés par un GC dont le rôle ne semble pas toujours bien défini, puisque certains SO déclarent encadrer eux-mêmes leurs collaborateurs CG.
Alexia LANTRÈS (Clichy), Antoine DE PAUW, Solene CHEN, Ali ALLOUCH, Louis DE MESTIER, Marie-Charlotte VILLY, Alexia FOURNIER, Olivier INGSTER, Paul VILQUIN, Agathe HERCENT, Anne-Laure VEDIE
15:15 - 15:30 #49774 - PL012 Rôle d’une isopeptidase de déSUMOylation dans l’étiologie d’un nouveau syndrome de type SLA.
PL012 Rôle d’une isopeptidase de déSUMOylation dans l’étiologie d’un nouveau syndrome de type SLA.

Contexte : La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative sévère affectant principalement les motoneurones, avec une forte composante génétique. Malgré l’identification de plus de 40 gènes associés à la SLA, de nombreux patients demeurent sans diagnostic moléculaire, soulignant la complexité des mécanismes impliqués et la nécessité d’identifier de nouveaux contributeurs génétiques. Méthodes et Résultats : Le séquençage d’exome (WES) réalisé chez des patients atteints d’un syndrome de type SLA sans diagnostic génétique a permis d’identifier six variants récessifs distincts de DESI1 (DeSUMOylating Isopeptidase 1) chez sept patients issus de six familles indépendantes. DESI1 est une désumoylase fonctionnant sous forme de dimère, dotée d’un domaine catalytique PPPDE avec une dyade histidine–cystéine conservée, et possédant un signal d’export nucléaire (NES) essentiel à sa fonction. Les analyses fonctionnelles ont été réalisées à partir de fibroblastes dérivés de patients, de lignées neuronales DESI1-deficientes, ainsi que de constructions mutantes exprimées dans des cellules HEK293T. Les variants mutants de DESI1 produisent des protéines tronquées, instables et rapidement dégradées, conduisant à une perte de fonction. Les modélisations structurales prédisent une altération de la dimérisation ainsi que la perte du résidu cystéine catalytique. Les expériences de co-immunoprécipitation confirment une interaction défectueuse avec BZEL, unique substrat connu de DESI1, et révèlent une accumulation anormale de conjugats SUMO-BZEL, indiquant un défaut de déSUMOylation. Par ailleurs, les cellules déficientes en DESI1 présentent un défaut d’export nucléaire associé à une accumulation de protéines polyubiquitinylées, marqueur classique de la SLA. Conclusion : Nos résultats établissent DESI1 variants comme une nouvelle cause génétique de syndrome SLA-like et soulignent l’implication de la désumoylation et de la protéostase dans la pathogenèse. DESI1 doit être considéré comme gène candidat dans les cas de SLA non résolus et constitue une cible prometteuse pour de nouvelles stratégies neuroprotectrices. Financements : Ce travail est soutenu par TÜBİTAK-ARDEB 1001 (Turquie, NEB) et par une bourse postdoctorale AFM-Téléthon (France, NN).
Nasrinsadat NABAVIZADEH, Seyide Ecesu UYGUR, Şahin AVCI, Hülya KAYSERILI, Piraye OFLAZER, Henry HOULDEN, Reza MAROOFIAN, Nathalie ESCANDE-BEILLARD (Istanbul, Turquie)
Louis Lumiere
15:30

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A36
15:30 - 16:00

CONFERENCE INVITEE 2
CRISPR

Modérateur : Frederique MAGDINIER (Directrice) (Marseille)
15:30 - 16:00 Thérapies par CRISPR-Cas9. Mario AMENDOLA (Directeur de recherche) (Conférencier, evry)
Louis Lumiere
16:00

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A39
16:00 - 16:30

CONFERENCE INVITEE 3
Paléogénomique

Modérateur : Emmanuelle GENIN (Directrice de Recherches) (BREST)
16:00 - 16:30 Les voyages dans le temps de l'ADN ancien : A la recherche de notre passé moléculaire grâce à l'archéologie génomique. Ludovic ORLANDO (Conférencier, Toulouse)
Louis Lumiere
16:30

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KF4ter
16:30 - 17:30

ASSEMBLEE GENERALE DU CNEPGM

Zone 1 - Salle 1

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KF4
16:30 - 17:30

Session 4 - Posters affichés en présence des auteurs

16:30 - 17:30 #49222 - P004 Rendement diagnostique de l’exome prénatal dans les retards de croissance intra-utérin : Etude rétrospective au CPDPN de Toulouse.
P004 Rendement diagnostique de l’exome prénatal dans les retards de croissance intra-utérin : Etude rétrospective au CPDPN de Toulouse.

Objectif : Le retard de croissance intra-utérin (RCIU) représente un défi de diagnostic et de prise en charge en médecine prénatale. Les définitions et critères du RCIU varient selon les sociétés savantes internationales (SMFM, ISUOG, CNGOF). Les étiologies sont multiples, parmi lesquelles les causes génétiques, infectieuses ou placentaires occupent une place prépondérante. L’objectif de ce travail est de déterminer si un test invasif doit être systématiquement proposé en cas de RCIU. Méthodes : Nous avons mené une étude descriptive rétrospective sur 2 ans au Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal de Toulouse (CPDPN) pour les années 2022 et 2023. Parmi 2879 dossiers discutés et après application des critères d’exclusion, 159 dossiers de RCIU ont été analysés. Résultats : Notre étude montre un rendement diagnostique de 17 % pour les syndromes génétiques dans l’ensemble des cas de RCIU, et un rendement de 10 % dans les cas de RCIU isolé avec signes vasculaires. L’âge gestationnel moyen de détection du RCIU était de 23,75 semaines d’aménorrhées. Les données échographiques ont révélé des signes vasculaires dans 57,4 % des cas, ainsi que des anomalies de la quantité de liquide amniotique, avec 11 % d’oligohydramnios. Un prélèvement invasif à visée génétique a été réalisé dans 56,3 % des cas, avec des résultats concluants dans 22,5 %, incluant des diagnostics chromosomiques ou génétiques. Lorsque le RCIU était lié à une cause placentaire, il s’agissait le plus souvent d’une malperfusion vasculaire maternelle chronique (71,6 %). À la naissance, 35,3 % des nouveau-nés présentaient un périmètre crânien inférieur au 3e percentile. Après réévaluation postnatale, 50 % des cas de RCIU ont été attribués à une cause placentaire, 30 % à une cause génétique (dont 41 % avaient un bilan génétique prénatal négatif, et pour 14,6 % aucun prélèvement n’a été réalisé). Enfin, 13,4 % des cas de RCIU demeurent inexpliqués. Conclusion : Nos résultats confirment l’intérêt du séquençage de l’exome en cas de RCIU diagnostiqué avant le troisième trimestre, qu’il soit isolé ou non, avec un périmètre crânien inférieur au 3e percentile ou conservé, même en présence d’un profil clinico-biologique vasculaire.
Maud LANGEOIS (TOULOUSE), Charlotte DUBUCS
16:30 - 17:30 #49421 - P008 Quand deux maladies génétiques s’invitent dans un projet parental : bilan des demandes de diagnostic pré-implantatoire au CHU de Montpellier.
P008 Quand deux maladies génétiques s’invitent dans un projet parental : bilan des demandes de diagnostic pré-implantatoire au CHU de Montpellier.

Le diagnostic pré-implantatoire (DPI) s’adresse aux couples ainsi qu’aux femmes seules, à risque de transmettre une affection génétique grave à leur descendance. La majorité des demandes de DPI concerne une seule maladie ; toutefois, dans de rares situations, deux maladies génétiques coexistent chez les personnes sollicitant cette prise en charge. Ces cas exceptionnels représentent des défis à la fois techniques -liés à l’analyse simultanée de 2 gènes distincts-, et cliniques, du fait du faible nombre d’embryons potentiellement transférables et donc de la diminution des chances de grossesse. Nous rapportons les demandes de DPI pour deux maladies monogéniques adressées au CHU de Montpellier depuis 2002. Au total, 29 demandes ont été enregistrées, représentant environ 1% de l’ensemble des demandes de DPI en génétique moléculaire. Parmi elles, 18 n’ont pas été acceptées pour différents motifs (mauvais bilan de réserve ovarienne, couples perdus de vue ou ayant changé d’avis, et grossesse spontanée entre autres). Les 11 autres couples ont bénéficié d’une étude génétique préalable avant tout DPI et de la mise au point d’un protocole à partir d’une très faible quantité d’ADN. Ces couples étaient porteurs soit de 2 maladies autosomiques récessives, soit de 2 maladies autosomiques dominantes, correspondant à un taux théorique d’embryons transférables de 56% et 25%, respectivement. L’approche technique toujours majoritairement utilisée en France pour le DPI moléculaire repose sur l’étude combinée des variants pathogènes et de marqueurs microsatellites situés à proximité des gènes d’intérêt, par analyse de fragments. Selon les cas et les contraintes d’amplification, une PCR multiplex a été réalisée soit à partir d’une cellule prélevée sur des embryons au 3ème jour de développement, soit à partir de quelques cellules prélevées sur des embryons de 5 ou 6 jours. Dans certaines situations, le recours à l’amplification totale du génome par la technique MDA (multiple displacement amplification) s’est avéré nécessaire. Au total, 19 cycles de stimulation ovarienne ont été initiés chez 7 couples, conduisant à 13 transferts embryonnaires. Quatre enfants sont nés à ce jour et une grossesse est en cours. Pour les couples présentant un risque de transmission de 2 maladies génétiques, le DPI représente une option pertinente, permettant d’éviter des interruptions médicales de grossesse répétées. Néanmoins, sa mise en œuvre demeure complexe sur le plan technique.
Victoria AYRAULT (Montpellier), Stéphanie PLAZA, Sandie MEREUZE, Garance VERRIERE, Claire CHAUVEAU, Emmanuelle HAQUET, Marjolaine WILLEMS, Margaux ANAV, Tal ANAHORY, Aliya ISHMUKHAMETOVA, Anne GIRARDET
16:30 - 17:30 #49606 - P012 Etude rétrospective unicentrique sur le séquençage de génome chez des individus ayant présenté des signes d’appel échographiques en période anténatale.
P012 Etude rétrospective unicentrique sur le séquençage de génome chez des individus ayant présenté des signes d’appel échographiques en période anténatale.

Introduction : Les malformations congénitales concernent 2 à 3 % des grossesses et sont une cause majeure de morbi-mortalité périnatale. L’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) ainsi que le séquençage d’exome (ES) font maintenant partie intégrante des outils diagnostiques des causes génétiques de ces malformations en période anténatale. Cependant, ces deux techniques comportent des limites à la détection de certaines variations. Le séquençage de génome (GS) a la capacité de détecter les variations de structure ainsi que les variations nucléotidiques de l’ensemble du génome. Dans cette étude, nous avons souhaité déterminer le rendement diagnostique du GS chez des individus ayant présenté au moins un signe d’appel échographique (SAE) pendant la grossesse qui a ou aurait pu justifier d’un prélèvement anténatal invasif, établir la plus-value du GS par rapport au ES et discuter des avantages et limites du GS. Matériels et méthodes : Entre novembre 2020 et mars 2025, 1238 individus ont été inclus par les praticiens strasbourgeois dans l’une des 65 pré-indications « Maladies Rares » du Plan France Médecine Génomique et ont bénéficié d’un GS dans le laboratoire AURAGEN. Nous avons fait une revue de 564 dossiers génétiques et obstétricaux issus de 15 pré-indications dont les pathologies peuvent se manifester en période anténatale. Ainsi, 139 individus ont été inclus dans l’étude du fait de la présence d’un SAE pouvant justifier d’un ES selon le groupe de travail de l’Association Française de Génétique Clinique et dont le résultat du GS était disponible. Résultats : Le GS est revenu conclusif pour 41 individus soit 29,5 % de la cohorte. Le rendement diagnostique du GS dépend des cadres diagnostiques allant de 0 à 50 % (39 % dans les anomalies cardiaques, 21 % dans les syndromes polymalformatifs et 0% pour les anomalies des membres par exemple. Pour 48 individus, des données cliniques postnatales ou autopsiques ont permis de compléter le phénotype aidant à l’interprétation des données moléculaires. Un ES avait été réalisé chez 26 individus avant celui du génome dont 10 en période anténatale. Le GS a été conclusif pour 5 individus à exome anténatal non conclusif et 3 individus à exome postnatal non conclusif. Les variations non vues en ES étaient des variations du nombre de copies de petites tailles incluant un seul exon, des variations introniques profondes ou encore des variations non présentes dans le design de l’exome et donc non séquencées. Discussion : Notre étude a permis de montrer l’intérêt du GS en cas de détection d’un SAE avec un rendement diagnostique proche de 30 % et la mise en évidence de variations non détectables par ACPA et ES. Les données cliniques postnatales ainsi que les investigations complémentaires nécessaires sur certaines variations ont été déterminantes pour obtenir ce rendement. Il sera intéressant de comparer ces résultats à une étude prospective employant le GS en première intention devant des malformations fœtales.
Aurélie GOURONC, Consortium AURAGEN, Benjamin DURAND, Salima EL CHEHADEH, Anne-Sophie WEINGERTNER, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Elise SCHAEFER (Strasbourg)
16:30 - 17:30 #49710 - P016 Analyse d’une cohorte française rétrospective de 1000 exomes en prénatal : principales indications, rendements et leçons à retenir.
P016 Analyse d’une cohorte française rétrospective de 1000 exomes en prénatal : principales indications, rendements et leçons à retenir.

Introduction : Une cohorte de 1000 cas d’exomes prénataux consécutifs analysés au laboratoire Eurofins Biomnis entre 2023 et 2024 a été constituée à partir d’un recrutement issu de 15 centres hospitaliers français. Les objectifs de cette cohorte sont 1) d’analyser les pratiques de prescription 2) d’évaluer les rendements par indication 3) de proposer des axes d’amélioration pour sa prescription et sa réalisation. Méthode : Les prescriptions sont préalablement validées par un CPDPN. L’analyse est réalisée majoritairement en trio, avec double lecture biologique, dans un délai de 3 semaines. Le compte rendu est produit après discussion clinico biologique avec le généticien clinicien. Seuls les variants de classe 4 ou 5 sont mentionnés sur le compte rendu d’exome. Résultats : Le taux diagnostique observé sur cette cohorte est de 23 % (225 diagnostics). Les variants de classe 3 difficiles d’interprétation (classe 3+) représentent environ 3,5 % des cas et les données incidentes, actionnables ou pour le conseil génétique, communiquées aux parents, représentent 6,3% des dossiers. Le terme médian au moment de la validation du compte rendu est de 31 semaines d’aménorrhée. Dans 3/4 des cas avec données disponibles, l’ACPA a été réalisée préalablement à l’exome. Dans notre cohorte totale, un CNV pathogène a été observé dans 20 cas dont des délétions de petite taille non détectables par l’ACPA. Une disomie uniparentale a été observée dans 2 cas. Parmi les 212 diagnostics hors CNV, une pathologie autosomique dominante est retrouvée dans 70% des cas, avec un variant de novo dans 82% ou transmise par un parent dans 18% des cas (par exemple, SOS1, DCC ou ZEB2). Concernant le rendement diagnostique, les maladies osseuses présentent le taux le plus important (75%) puis les anomalies de la face, du rein et du SNC avec un taux > 40%. Concernant les signes les plus courants (HCN, RCIU, hydramnios, anomalie du corps calleux) le rendement diagnostique est toujours nettement supérieur dans un contexte syndromique : 4%, 11%, 21%, 22% si le signe est isolé versus 22%, 20%, 31%, 31% si le signe est associé à une autre anomalie fœtale. Conclusion : Le rendement diagnostique de l’exome prénatal est important et justifie la place de cet examen dans la prise en charge des grossesses avec anomalie échographique. Le terme au résultat est aujourd’hui très tardif parfois au-delà de 34 SA. Si ce délai est inhérent à certaines indications (anomalies du SNC), il est important de tendre à le réduire, en optimisant la méthode, l’analyse bioinformatique et l’interprétation (évolution vers une analyse « tout en un ») et en réduisant les prescriptions séquentielles d’ACPA puis d’exome aux seules indications à fort taux diagnostique par ACPA (par exemple, pathologie conotroncale). Enfin, la généralisation de l’utilisation de termes HPO lors de la prescription d’examens en prénatal faciliterait la constitution d’une base de données « OMIM fetal » très utile à la bonne interprétation des variants.
Sebastien MOUTTON, Rodolphe DARD, Denise MOLINA GOMES, Camille COHEN, Thibaud QUIBEL, Fairouz KORAICHI, Elisa MORALES, Jean-Luc ALESSANDRI, Godelieve MOREL, Marta SPODENKIEWICZ, Lyse RUAUD, Benjamin DAURIAT, Valentine MARQUET, Olivier PATAT, Charlotte DUBUCS, Marion AUBERT-MUCCA, Sophie JULIA, Delphine DUPIN-DEGUINE, Maud LANGEOIS, Clémence CARRE, Laetitia MONTEIL, Constance WELLS, Caroline DEILLER, Valentin RUAULT, Camille CENNI, Florence PETIT, Catherine VINCENT-DELORME, Anne DIEUX-COËSLIER, Cindy COLSON, Marie SAUVAGNARGUES, Annie LEVY-MOZZICONACCI, Mario ABAJI, Laurent NASCA, Audrey MALLET, Béatrice LAUDIER, Mathilde BECMEUR-LEFEBVRE, Xavier LE GUILLOU, Tanguy NICLASS, Pascaline LETARD, Gwenael LEGUYADER, Caroline SCHENK, Céline POIRSIER, Clémence JACQUIN, Angéline PRETO, Lucie RUFFIER, Nell DAUSSE, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOUI, Amandine BOUREAU-WIRTH, Adeline CHABEUF, Mody DIOP, Patrice BOUVAGNET, Christophe CÉLESTIN, Vanna GEROMEL, Nishta THACOOR, Alice BEDOIS, Médéric JEANNE, Sarah SNANOUDJ, Radoslava SARAEVA-LAMRI, Thibaut BENQUEY, Jérémie MORTREUX, Laure RAYMOND, Xavier VANHOYE, Benedicte GERARD (Lyon)
16:30 - 17:30 #49820 - P020 Caractérisation des profils de méthylation de l’ADN fœtal associés aux maladies rares d’expression anténatale : syndromes CHARGE et Kabuki.
P020 Caractérisation des profils de méthylation de l’ADN fœtal associés aux maladies rares d’expression anténatale : syndromes CHARGE et Kabuki.

Les malformations congénitales compliquent 3 à 5 % des grossesses. Malgré l’apport du séquençage d’exome et de génome dans la stratégie d’investigation des malformations congénitales chez le fœtus, un certain nombre de cas demeurent inexpliqués avec pour certains des variations de signification incertaine. En postnatal, l’intégration de techniques post-génomiques, dont l’analyse pangénomique de la méthylation de l’ADN via les signatures épigénétiques (épisignatures), a amélioré le rendement diagnostique. Actuellement, ces techniques sont peu utilisées en prénatal. L’étude FOETEPISIGN (NCT06475651) a pour objectif d’étudier les profils de méthylation de l’ADN dans des tissus fœtaux (liquide amniotique, poumon) afin de tester l’applicabilité des épisignatures aux maladies rares de découverte anténatale, notamment les syndromes CHARGE et Kabuki. Nous avons conduit une étude unicentrique à l’Hôpital Necker-Enfants malades en incluant des patients (enfants et fœtus) pris en charge entre 2000 et 2023 et présentant une variation de classe 4 ou 5 dans les gènes CHD7 et KMT2D. L’ADN étudié était extrait du sang, du liquide amniotique (natif et/ou après culture) et du poumon. Un sous-groupe postnatal (patients et contrôles) a été constitué pour valider les étapes biologiques et bio-informatiques en appliquant l’épisignature postnatale rapportée dans la littérature (Butcher et al., 2017). Pour les contrôles fœtaux, nous avons utilisé des échantillons de liquide amniotique prélevés pour diagnostic prénatal d’infection à CMV (séroconversion maternelle avec PCR négative sur le LA et à la naissance), et des prélèvements de poumon congelé conservé après IMG pour pathologies malformatives sans cause génétique documentée et sans atteinte pulmonaire. L’analyse de méthylation a été réalisée sur puces Infinium Methylation EPICv2, puis traitée via un pipeline bio-informatique visant à identifier des positions et régions différentiellement méthylées (DMP/DMR). Au total, 102 échantillons issus de 63 individus (47 patients et 16 témoins) ont été inclus. Les résultats préliminaires sur un petit nombre d’échantillons (n=8 par catégorie) montrent que l’épisignature publiée a permis d’identifier correctement les cas postnataux de syndrome CHARGE. En revanche, cette même signature appliquée aux fœtus ne permettait pas de distinguer correctement patients et contrôles, quel que soit le tissu analysé. Ces résultats confirment la nécessité de développer des signatures épigénétiques spécifiques au stade fœtal et adaptées aux tissus étudiés. Les analyses différentielles de méthylation à partir des ADN fœtaux sont en cours afin de définir des épisignatures candidates à chaque pathologie et à chaque tissu. Nos données montrent l’absence de transposabilité en prénatal, notamment sur le liquide amniotique. Nous espérons que les analyses en cours permettront de proposer une signature épigénétique prénatale, qu’il conviendra de valider dans une cohorte indépendante.
Nicolas BOURGON (PARIS), Amale ACHAIAA, Zoé GUILBERT, Karim LABRECHE, Badreddine MOHAND OUMOUSSA, Ghislaine ROYER, Manon MAUTRET-GODEFROY, Solenne FISSON, Aurore BARDARY, Valérie BOCCIO, Margot TRAGIN, Véronique PINGAULT, Tania ATTIE-BITACH
16:30 - 17:30 #49009 - P024 Variants bi-alléliques de CFAP20 associés à des ciliopathies syndromiques avec dystrophie rétinienne.
P024 Variants bi-alléliques de CFAP20 associés à des ciliopathies syndromiques avec dystrophie rétinienne.

Le gène CFAP20 (Cilia and Flagella Associated Protein 20) est impliqué dans la fonction du cil primaire mobile. Il a été identifié comme un nouveau gène de dystrophie rétinienne isolée de transmission autosomique récessive (Chrystal et al., 2022). Nous rapportons ici trois nouvelles observations issues du séquençage du génome réalisé par le laboratoire AURAGEN, suggérant une atteinte plus large et syndromique. Deux patients adultes présentent une rétinite pigmentaire sévère associée à des manifestations multiviscérales de type ciliopathie : bronchiectasies, sinusites chroniques, situs inversus et insuffisance rénale. Tous deux sont porteurs de variants bi-alléliques rares et prédits pathogènes de CFAP20. Un troisième cas fœtal, porteur de deux variants en hétérozygotie composite, présente un syndrome polymalformatif, bien que la contribution de CFAP20 reste incertaine. Ces nouvelles observations indiquent que CFAP20 peut être impliqué dans un phénotype de ciliopathie avec atteintes rétinienne, respiratoire, rénales et anomalie de situs, à la frontière entre le spectre clinique de l’atteinte du cil mobile et du cil non mobile. Nous réalisons actuellement un phénotypage détaillé, et des études fonctionnelles (sur poisson zèbre) des variations identifiées.
Francis RAMOND (ST ETIENNE), Frederic TRAN MAU THEM, Sophie NAMBOT, Louis JANUEL, Sébastien MOUTTON
16:30 - 17:30 #49090 - P028 Apport du séquençage génomique rapide dans la prise en charge néonatale : cas clinique d’un syndrome polymalformatif lié à un variant pathogène SETD2 à impact diagnostique et éthique.
P028 Apport du séquençage génomique rapide dans la prise en charge néonatale : cas clinique d’un syndrome polymalformatif lié à un variant pathogène SETD2 à impact diagnostique et éthique.

Le séquençage du génome entier (WGS) s’impose progressivement comme un outil diagnostique de première intention dans les contextes pédiatriques critiques, en particulier en période néonatale, face à des tableaux cliniques complexes et non étiquetés. Sa capacité à fournir un diagnostic rapide et précis peut profondément influencer la stratégie de prise en charge médicale. Nous rapportons le cas d’un nouveau-né de sexe masculin présentant un syndrome polymalformatif sévère, incluant une séquence de Pierre Robin (fente palatine, micrognathie, glossoptose non obstructive), des troubles sévères de l’oralité, et une malformation cérébelleuse de type Dandy-Walker. En raison de la gravité du tableau clinique et de l’incertitude pronostique, un séquençage du génome entier en urgence a été initié via le circuit RAPIDE de la plateforme AURAGEN, réservé aux mineurs hospitalisés en réanimation ou en soins intensifs. Le séquençage a identifié, en moins de 30 jours, une variation hétérozygote de novo, classée pathogène, dans le gène SETD2, associée à un syndrome de trouble du neurodéveloppement avec anomalies congénitales multiple. Ce diagnostic a représenté un tournant décisif dans la prise en charge : il a permis d’éviter un transfert prévu en unité spécialisée parisienne, d’anticiper une évolution défavorable, et d’engager rapidement des réunions éthiques DELATA (Discussions sur la Limitation ou l’Arrêt des Thérapeutiques Actives). Un accompagnement psychologique a été proposé à la famille. Pour conclure, ce cas illustre la valeur ajoutée du séquençage génomique en contexte néonatal critique, non seulement pour établir un diagnostic étiologique rapide, mais aussi comme outil d’aide à la décision médicale et éthique. L’enfant est décédé un mois après la naissance, entouré de ses proches, dans un cadre de soins palliatifs adaptés. Le WGS a ici permis une prise en charge adaptée, respectueuse du pronostic et des valeurs familiales, dans un cadre de soins palliatifs précoces.
Kara RANGUIN (GUADELOUPE), Jean Marc ROSENTHAL, Consortium AURAGEN, Marilyn LACKMY
16:30 - 17:30 #49280 - P032 Contribution du modèle poisson-zèbre à l’étude des variants RNU4ATAC responsables de syndromes rares du développement.
P032 Contribution du modèle poisson-zèbre à l’étude des variants RNU4ATAC responsables de syndromes rares du développement.

RNU4ATAC est un gène non-codant transcrit en un petit ARN nucléaire, appelé U4atac, essentiel au bon fonctionnement du spliceosome mineur. Ce spliceosome est chargé de l'épissage d'environ 1% des introns du génome humain, appelés introns mineurs. Des mutations bialléliques de ce gène sont associées à plusieurs maladies autosomiques récessives rares, tels que les syndromes de Taybi-Linder (TALS), de Roifman (RFMN) ou de Lowry-Wood (LWS), regroupées sous le terme de RNU4ATAC-opathies. Ces pathologies se caractérisent généralement par une microcéphalie, un retard de croissance, une déficience intellectuelle, et une immunodéficience, avec un pronostic sévère dans les formes les plus graves du TALS qui conduit souvent à un décès précoce. Cependant, divers variants du gène RNU4ATAC ont été identifiés par séquençage de l’exome ou du génome chez des patients présentant des phénotypes atténués ou atypiques. Enfin, quelques variants identifiés à l’état homozygote chez des individus ne présentant pas d’anomalie sévère du développement sont présents dans les bases de données gnomAD et AllofUs. Afin de différencier les variants pathogènes des variants bénins, nous avons développé un test fonctionnel utilisant le modèle poisson-zèbre. Pour ce faire, un morpholino (MO) ciblant l'ARN u4atac du poisson, est injecté dans des œufs de poisson-zèbre au stade 1 cellule. Ce MO entraine le blocage de la fonction de u4atac et conduit à des anomalies de développement du poisson-zèbre clairement observables deux jours après fécondation. De manière intéressante, ces anomalies peuvent être "sauvées" par l'injection d'ARN U4atac humain sauvage, mais pas par celui d’ARN humain portant des variants pathogènes. Ce test permet ainsi d’évaluer la pathogénicité des variants RNU4ATAC in vivo en fonction de leur effet sur le développement embryonnaire. Nos résultats montrent que la plupart des variants RNU4ATAC testés ne permettent pas le sauvetage du phénotype, confirmant leur effet pathogène, tandis que d'autres ont une capacité de sauvetage, au moins partielle, suggérant qu’ils ne le sont pas ou le sont moins. Ce test est prometteur pour aider à la classification des variants pour un diagnostic clinique plus précis et un meilleur conseil génétique.
Anne MEILLER (BRON Cedex), Fanny DESURMONT, Nils BARRIER, Alicia BESSON, Marion DELOUS, Sylvie MAZOYER
16:30 - 17:30 #49436 - P036 Intérêt d’une approche multi-omiques et multi-tissus dans le diagnostic du syndrome de Cornelia de Lange.
P036 Intérêt d’une approche multi-omiques et multi-tissus dans le diagnostic du syndrome de Cornelia de Lange.

Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une maladie génétique caractérisée par une dysmorphie craniofaciale caractéristique, des malformations des membres supérieurs, un retard de croissance sévère pré- et postnatal, ainsi qu’une déficience intellectuelle. À ce tableau s’ajoutent des atteintes multisystémiques fréquentes (digestives, cardiovasculaires, neurologiques, visuelles et auditives). Le gène NIPBL est impliqué dans environ 80 % des cas. D’autres gènes du complexe cohésine, tels que SMC1A, SMC3, RAD21, HDAC8 et BRD4, ont également été associés au CdLS, qui appartient ainsi au groupe des cohésinopathies. Le mosaïcisme somatique, en particulier des mutations de NIPBL détectées dans la salive mais absentes du sang (10–30 % des cas), justifie l’exploration multi-tissulaire. Par ailleurs, une épisignature spécifique (profil de méthylation de l’ADN) a été décrite pour les mutations de NIPBL, SMC1A, RAD21 et SMC3. Nous rapportons une série de 224 patients référés à l'hôpital Necker depuis 20 ans pour le diagnostic moléculaire de CdLS. Une mutation a été identifiée chez 155 patients (69 %) par séquençage Sanger ou panel NGS. Parmi eux, 130 (83 %) présentaient une mutation de NIPBL, 10 (6 %) de SMC1A, 5 (3 %) de SMC3 et 3 (2 %) de HDAC8. Des mutations ont également été retrouvées dans des gènes de diagnostic différentiel (ANKRD11, n=5 ; KMT2A, n=3). Le mosaïcisme NIPBL concernait 13 % des cas mutés, avec des variants détectés dans i) le sang (n=2 : 10 et 20 %)), ii) la salive (n=14 : 7 à 50 %) et absente du sang ou iii) la peau (n=1 : 30 %) et absente du sang et de la salive. Chez 9 patients sans diagnostic moléculaire mais au phénotype clinique évocateur, nous avons exploré le profil de méthylation de l’ADN dans le sang et la salive. Une épisignature typique de CdLS a été identifié chez 5 d’entre eux. L’exploration en whole genome « multitissus » a ensuite permis d’identifier un variant intronique profond de novo dans NIPBL chez 5 patients avec une épisignature CdLS positive, et chez 1 patient avec une épisignature négative (mosaïque à 20 % dans la salive). L’étude de l’ARN réalisée chez 5 patients a confirmé une anomalie d’épissage chez 3/5 avec création d’un pseudo-exon et introduction d’un codon stop prématuré. Ce travail met en évidence la fréquence du mosaïcisme somatique et souligne l’importance de l’analyse multi-omiques (séquençage, méthylation, ARN) et multi-tissulaire pour améliorer le rendement diagnostique du CdLS.
Sophie RONDEAU (Paris), Céline HUBER, Ghislaine ROYER, Anne-Laure TOURRE, Marcia HENRY, Bekim SADIKOVIC, Valerie CORMIER-DAIRE
16:30 - 17:30 #49593 - P040 Le séquençage de l’exome entier dans une large cohorte de patients atteints de néphropathie associée aux ciliopathies a identifié six phénocopies et un gène candidat.
P040 Le séquençage de l’exome entier dans une large cohorte de patients atteints de néphropathie associée aux ciliopathies a identifié six phénocopies et un gène candidat.

La néphronophtise (NPH) est une néphropathie tubulo-interstitielle autosomique récessive et une cause majeure d’insuffisance rénale chronique (IRC) de l’enfant et de l’adulte jeune. Plus de 25 gènes impliqués codent des protéines ciliaires, expliquant l’hétérogénéité phénotypique et les atteintes multiviscérales typiques des ciliopathies (œil, système nerveux central, foie, cœur, squelette). Néanmoins, environ 30 % des familles restent sans diagnostic moléculaire. Le séquençage de l’exome entier (WES), non limité à une liste préétablie, permet d’identifier de nouveaux gènes et des phénocopies. Nous avons étudié 42 patients atteints d’IRC inexpliquée et présentant des signes extrarénaux évocateurs de ciliopathie, restés sans diagnostic après un panel de gènes ciliopathie-associés. Les critères d’inclusion comprenaient une présentation compatible avec la NPH (reins petits ou normaux, parfois kystiques, atteinte de la concentration urinaire, progression vers l’IRC terminale précoce) ou une IRC non spécifique associée à des anomalies extrarénales telles que polydactylie, anomalies oculaires ou neurologiques. Le WES a identifié une cause monogénique chez 11 patients (26,2 %). Dans 4 cas, des gènes connus de néphropathies glomérulaires ou tubulo-interstitielles ont été mis en évidence (COQ8B, LAMB2, COL4A3, MUC1), redéfinissant le phénotype initialement considéré comme NPH. Un nourrisson présentait une hyperoxalurie primitive liée à AGXT, expliquant l’IRC précoce et la dystrophie rétinienne. Chez 6 autres patients, des variants pathogènes dans APTX, TUBB3, DHX38, IQCE, CRX et RPGR rendaient compte des atteintes extrarénales (oculaires, neurologiques, squelettiques) mais n’expliquaient pas l’atteinte rénale. Trois patients présentaient des variants de signification inconnue (ADAMTS9, BCORL1, PKD1), et trois autres un seul variant hétérozygote dans un gène récessif connu (NPHP1, WDR34, ORC6). Enfin, l’étude familiale a identifié SSBP1, gène mitochondrial essentiel à la réplication de l’ADNmt, comme candidat pour une néphropathie tubulo-interstitielle avec surdité, suggérant une convergence entre dysfonction mitochondriale et ciliopathies. Nos résultats montrent que des patients initialement classés comme NPH présentent en réalité des phénocopies, où l’association d’atteintes extrarénales et d’IRC ne reflète pas forcément une ciliopathie. Le WES permet une reclassification diagnostique, affine le conseil génétique et oriente vers des options thérapeutiques ciblées. Malgré ces avancées, 74 % des patients restent sans diagnostic moléculaire, ce qui souligne la nécessité d’intégrer le séquençage du génome entier et des technologies à longues lectures afin d’identifier des variants complexes ou introniques. L’identification de gènes candidats tels que SSBP1 ouvre de nouvelles perspectives sur la physiopathologie des néphropathies tubulo-interstitielles et leur lien avec la ciliogenèse.
Friederike PETZOLD (Cannes), Cécile JEANPIERRE, Xiaoyi CHEN, Vincent MORINIÈRE, Alexandre BENMERAH, Guillaume DORVAL, Hassan SAEI, Laurence HEIDET, Corinne ANTIGNAC, Sophie SAUNIER
16:30 - 17:30 #49067 - P044 Inv dup del 8p familiale associée à un phénotype modéré et variable.
P044 Inv dup del 8p familiale associée à un phénotype modéré et variable.

Introduction et objectifs : Les syndromes de duplication/délétion inversée du bras court du chromosome 8, ou invdupdel(8p), consistent en une délétion distale de la région 8p23 suivie d'un segment intermédiaire intact, et d'une duplication proximale inversée. Ce remaniement complexe est classiquement associé à un phénotype associant troubles du neurodéveloppement avec anomalies cérébrales (notamment du corps calleux), ainsi que des anomalies squelettiques et une dysmorphie. La majorité des cas rapportés sont de novo, de grande taille et associés à un phénotype sévère. Nous présentons ici une observation familiale illustrant une transmission paternelle d’une invdupdel(8p) associée à un tableau clinique modéré, soulignant la variabilité phénotypique de ce syndrome. Matériels et méthodes : Les données phénotypiques ont été recueillies à partir d’examens cliniques et imageries. Les analyses génétiques ont été réalisées par CGH-array et ont été confirmées par FISH. Résultats Ce remaniement familial a été identifié dans le cadre d’explorations anténatales pour cardiopathie. Elle correspond à une délétion terminale 8p de 7,6 Mb ne comprenant pas le gène GATA4, ce qui peut expliquer l’absence de cardiopathie chez la majorité des membres, associée à une duplication interstitielle 8p23.1p22 de 4 Mb, plus petite que celle classiquement décrite, dans laquelle la région critique impliquée dans l’agénésie du corps calleux n’est pas présente. Transmise par le père, cette variation a été retrouvée chez deux enfants (l’aîné et le cadet). Le benjamin et le fœtus en cours de grossesse n’ont pas été testés, mais un DPNI élargi (réalisé dans le cadre d’une HT21 à 1/184) suggère la présence de la variation familiale. Le phénotype est variable au sein de la famille, mais aucun des membres ne présente de phénotype sévère. Ils présentent des troubles des apprentissages et du comportement, additionnés d’une cardiopathie chez le cas index. Cela contraste avec le tableau sévère classiquement observé pour les invdupdel(8p). Devant ce phénotype léger et l’absence de cardiopathie chez le fœtus, les parents ont décidé de poursuivre la grossesse en cours. Conclusion Cette observation familiale illustre que les invdupdel(8p), habituellement associées à un phénotype sévère, peuvent se manifester de façon nettement plus modérée, en particulier dans un contexte de transmission familiale. Dans ce cas, la duplication identifiée est plus petite que celles décrites jusqu’à présent, ce qui pourrait contribuer à la variabilité phénotypique observée. Ces résultats soulignent l’importance de caractériser la taille des remaniements pour l’interprétation, notamment pour le conseil génétique et le suivi prénatal. Une évaluation neuropsychologique sera proposée afin de mieux caractériser le profil clinique des sujets porteurs. Ces résultats ouvrent des perspectives sur la compréhension des mécanismes génotype-phénotype liés aux remaniements complexes du chromosome 8.
Emma KAIRET (Reims), Clémence JACQUIN, Tony YAMMINE, Jean-Paul BORY, Ahmad AKHAVI, Emilie LANDAIS
16:30 - 17:30 #49334 - P048 Etude rétrospective des résultats des analyses chromosomiques sur puce à ADN réalisées en post-natal au laboratoire de génétique de Strasbourg entre 2014 et 2024 devant un retard de croissance.
P048 Etude rétrospective des résultats des analyses chromosomiques sur puce à ADN réalisées en post-natal au laboratoire de génétique de Strasbourg entre 2014 et 2024 devant un retard de croissance.

Introduction et objectifs Le retard de croissance est défini par une taille ou un poids inférieur à - 2 déviations standards de la norme pour l’âge et le sexe, une taille inférieure à - 1.5 déviations standards de la taille cible parentale ou un infléchissement de la vitesse de croissance. Un bilan endocrinien, métabolique et nutritionnel est recommandé ainsi que la recherche d’une monosomie X chez la fille par caryotype et FISH. En l’absence d’étiologie évidente ou devant une suspicion syndromique, une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est indiquée. Cette cohorte vise à faire le bilan des résultats analyses de cytogénétique moléculaire postnatales réalisées dans le cadre d’un retard de croissance. Matériels et méthodes Nous avons conduit de manière rétrospective l’analyse des données cliniques et des résultats des ACPA réalisées chez des patients présentant un retard de croissance en Alsace sur une période de 10 ans. Les CNV identifiés (classe 4 et 5) ont été évalués selon leur lien avec le retard de croissance. Les gènes inclus dans les CNV (classe 3 à 5) ont été comparés à ceux d’un panel de gènes impliqués dans le retard de croissance. Le reclassement des CNV de signification incertaine est en cours. En parallèle de l’analyse des CNV, une disomie uniparentale a pu être recherchée par SNP-array chez certains patients avec un tableau évocateur d’une disomie associée à un retard de croissance. Résultats, discussion et conclusion Entre 2014 et 2024, 4898 patients ont bénéficié d’une ACPA post-natale en Alsace. Parmi eux, 13.4% présentait un retard de croissance. L’âge médian au prélèvement est de 4 ans avec une légère majorité de garçons (53%). Au moins un CNV de classe 4 ou 5 a pu être identifié chez 16% des patients, dont la majorité (80%) expliquait le retard de croissance, soit du fait d’une anomalie récurrente soit du fait d’un gène impliqué dans le RC. Les diagnostics récurrents incluent la monosomie X homogène ou en mosaïque, le syndrome de Williams-Beuren, le syndrome de Di George, la délétion récurrente 1q21.1 et la délétion récurrente 15q11.2. Une disomie uniparentale du chromosome 7 et du chromosome 14 ont également pu être diagnostiquées. Un tiers des anomalies aurait pu être détecté au caryotype. Le rendement diagnostique est significativement plus important pour les patients présentant une déficience intellectuelle ou des difficultés scolaires associées. L’étude de cette cohorte alsacienne nous permet de confirmer l’intérêt de la détection des CNV dans l’exploration d’un retard de croissance. A l’ère du séquençage du génome, l’ACPA reste pertinente en pratique clinique du fait de son accessibilité, son rendement et son interprétation plus aisée. À terme, l’accessibilité au séquençage du génome et l’amélioration des outils bio-informatiques pourront améliorer la détection des variations structurales et redéfinir les stratégies diagnostiques.
Johanne PIOTROWSKI (Strasbourg), Aurélie GOURONC, Nadège CALMELS, Audrey SCHALK, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Benjamin DURAND, Sylvie ROSSIGNOL, Hélène DOLLFUS, Emmanuelle GINGLINGER, Marguerite MIGUET, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Sophie SCHEIDECKER
16:30 - 17:30 #49484 - P052 Mosaïcisme pigmentaire dans le syndrome de Silver-Russell par correction incomplète de trisomie.
P052 Mosaïcisme pigmentaire dans le syndrome de Silver-Russell par correction incomplète de trisomie.

Le syndrome de Silver-Russell (SRS) est une maladie rare qui associe un retard de croissance intra-utérin (RCIU), un retard de croissance post-natal, des difficultés alimentaires et des particularités morphologiques. Le diagnostic de cette affectation est établi à l'aide du score clinique de Netchine-Harbison et nécessite la présence de quatre des six critères cliniques caractéristiques. Les manifestations dermatologiques sont rares et principalement marquées par des taches café au lait. Les analyses moléculaires permettent de confirmer le diagnostic chez environ 60 % des patients. Le mécanisme sous-jacent le plus fréquent est une perte de méthylation de la région 11p15. Une disomie uniparentale maternelle est identifiée chez environ 10 % des patients. D'autres anomalies cytogénétiques du chromosome 7 ont également été rapportées dans des cas sporadiques. Plus rarement, des variations pathogènes des gènes IGF2, CDKN1C, PLAG1 et HMGA2 sont identifiées. Chez quelques patients, l'anomalie génétique se présente à l’état de mosaïque. Nous rapportons l’observation de deux patients qui présentent un retard de croissance anté- et postnatal évocateur d'un SRS, associé à des anomalies pigmentaires cutanées. Des lésions linéaires hypopigmentées sont retrouvées sur les membres supérieurs des deux patients ainsi que des zones hypo- et hyperpigmentées irrégulières non définies sur les membres inférieurs. Les analyses génétiques réalisées sur différents tissus (liquide amniotique, prélèvement sanguin et biopsie cutanée en zone hypopigmentée) ont montré une disomie uniparentale maternelle en mosaïque du chromosome 7 (upd(7)mat) chez le premier patient (P1) et du chromosome 20 (upd(20)mat) chez le deuxième individu (P2 ; syndrome SRS-like). Les analyses réalisées en peau atteinte ont révélé une trisomie en mosaïque du chromosome 7 pour le P1 et du chromosome 20 pour le P2 dans les zones d’hypopigmentation. Ces résultats permettent d’une part d’expliquer le mosaïcisme pigmentaire observé chez les deux patients et d’autre part de caractériser le mécanisme de survenue de la disomie uniparentale par correction incomplète de trisomie.
Michaela RENDEK (Besançon), Eric DAHLEN, Sandrine CHANTOT-BASTARAUD, Eve PUZENAT, Brigitte MIGNOT, Aurélie BERGER, Paul KUENTZ, Juliette PIARD
16:30 - 17:30 #49653 - P056 Détection précoce et traitement de l'apnée obstructive du sommeil chez les nourrissons et enfants avec trisomie 21.
P056 Détection précoce et traitement de l'apnée obstructive du sommeil chez les nourrissons et enfants avec trisomie 21.

Introduction : Les nourrissons atteints d’une trisomie 21 (T21) présentent un risque élevé de syndrome d'apnée obstructive du sommeil (SAOS), associé à un dysfonctionnement neurocognitif et à des problèmes de comportement. Nous présentons les résultats d’une étude prospective, interventionnelle et non randomisée, dont l’objectif était d'évaluer l'effet d'un dépistage précoce du SAOS chez les nourrissons atteints de trisomie 21, et le cas échéant de son traitement, sur le développement neurocognitif et le comportement. Patients et méthode : 39 nourrissons avec une T21 ont réalisé une polysomnographie (PSG) tous les 6 mois entre 6 et 36 mois (groupe dépisté) et ont été comparés à un groupe témoin de 40 enfants avec T21, recevant des soins standard et, dans le cadre du protocole, une PSG à l'âge de 36 mois (groupe de soins standard). Le SAOS a été traité lorsqu'il était présent. Le critère d'évaluation principal était le quotient de développement global de l'échelle de développement de l'enfant de Griffiths (Griffiths III) et ses sous-scores à l'âge de 36 mois. Les critères d'évaluation secondaires comprenaient des questionnaires neurocognitifs et comportementaux, dont l’échelle de comportement adaptatif Vineland II (VABS-II), ainsi que les résultats de la PSG. Les enfants ayant eu un diagnostic et un traitement de SAOS avant la PSG de 36 mois, pour le groupe dépisté, et à 36 mois, pour les autres, ont été revus à 60 mois pour une nouvelle évaluation du sommeil, et neuropsychologique. Résultats : A l’âge de 36 mois, sur le Griffiths III, le quotient de développement global était significativement plus élevé dans le groupe dépisté que dans le groupe de soins standard (différence : 4,1 ; 95%CI : 1,3 ; 7,6 ; p = 0,009). Les résultats des sous-scores de Griffiths III et de la VABS-II étaient également en faveur de meilleurs résultats neurocognitifs et comportementaux dans le groupe dépisté. En ce qui concerne la PSG à 36 mois, l'indice médian d'apnée-hypopnée était plus élevé dans le groupe de soins standard que dans le groupe dépisté, avec plus de SAOS modéré à sévère . A l’âge de 60 mois, les résultats des évaluations neuropsychologiques du groupe dépisté restaient meilleurs que ceux du groupe de soins standard. Conclusion : le diagnostic et le traitement précoces du SAOS chez les nourrissons atteints de DS peuvent contribuer à un meilleur développement neurocognitif et comportemental à l'âge de 36 mois, qui semble se maintenir à l’âge de 5 ans.
Clotilde MIRCHER (Paris), Brigitte FAUROUX, Isabelle MAREY, Vincent COULOIGNER, Hervé WALTI, Romain LUSCAN, Silvia SACCO, Marie-Anne CAILLAUD, Ségolène FALQUERO
16:30 - 17:30 #49234 - P060 Première description d’un variant ponctuel du gène DMRT1 pro-testiculaire chez un patient présentant un 46,XX testicular DSD.
P060 Première description d’un variant ponctuel du gène DMRT1 pro-testiculaire chez un patient présentant un 46,XX testicular DSD.

Le gène DMRT1 joue un rôle essentiel dans le maintien du phénotype masculin en réprimant les gènes pro-ovariens. Les souris XY invalidées pour Dmrt1 se développent entièrement comme des mâles mais présentent une différenciation anormale des cellules de Sertoli. Chez l’humain XY, les délétions ou variants ponctuels perte de fonction de DMRT1 ont été rapportés comme associés à une réversion sexuelle XY ou à des azoospermies isolées. Quelques gènes (SOX9, SOX3, SOX10 FGF9, NR5A1, et WT1) seulement ont été rapportés comme impliqués dans les variations du développement génital (VDG) 46,XX SRY négatif avec tissu gonadique testiculaire. Un cas récent rapporte une duplication intragénique de DMRT1- en tandem et en phase - chez un garçon 46,XX, SRY-négatif (Bertini et al., 2023). Aucun variant ponctuel du gène n’a jusqu’à présent été rapporté chez des patients présentant un 46,XX testicular DSD (Disorders of Sex Development). Nous rapportons le cas d’un patient de 15 ans consultant pour retard pubertaire. L’examen clinique montre un statut pubertaire P4 avec deux testicules de volume prépubertaire (grand axe < 25 mm, sensibles à la palpation), et une verge de 6 cm. Le bilan hormonal réalisé montre un hypogonadisme hypergonadotrope avec une testostérone à 2.04 ng/ml, LH 38.8 UI/L, FSH 108.8 UI/L. Le caryotype s’est avéré 46,XX et la FISH SRY négative. L’analyse du panel de gènes impliqués dans les VDG (113 gènes confirmés ou candidats) réalisée à Montpellier a révélé la présence à l’état hétérozygote du variant c.353A>G – p.(Gln118Arg) du gène DMRT1, survenu de novo (critère ACMG PS2). Bien qu’un impact sur l’épissage ne puisse être exclut, du fait de la prédiction d’une réduction de la force du site donneur d’épissage de l’intron 1 (MaxEntScan 8.56  6.14 ; SpliceAI DL 0.10), un mécanisme perte de fonction reste peu probable : les individus 46,XX porteurs d’une délétion distale 9p présentant des organes génitaux externes et internes féminins. Le variant c.353A>G - p.(Gln118Arg), non rapporté en population générale (données gnomAD v4.1, PM2), affecte le dernier acide aminé du sein du domaine de fixation à l’ADN de ce facteur de transcription pro-testiculaire (PM1). Il pourrait induire un gain de fonction par effet hypermorphe, en renforçant l’interaction de la protéine avec l’ADN (Arg118, chargée positivement, PP3). Autre hypothèse, non exclusive de la précédente, ce variant pourrait perturber l’interaction avec l’Arg111 lors de la dimérisation du facteur de transcription (clash stérique prédit), induisant une fixation aberrante sur l’ADN (PDB :4YJ0). Nous rapportons ici le premier cas de 46,XX testicular DSD associé à un variant ponctuel faux-sens du gène DMRT1. Ce résultat soulève la nécessité d’intégrer le gène DMRT1 à la liste des gènes clairement impliqués dans ces phénotypes, avec, comme fréquemment dans les VDG, des phénotypes en miroir observés chez les 46,XY et les 46,XX.
Anne BERGOUGNOUX (MONTPELLIER), Luke MANSARD, Nadège SERVANT, David BAUX, François GUERIN, Françoise PARIS
16:30 - 17:30 #49531 - P064 Identification de WDR78 comme un nouveau gène candidat dans les anomalies multiples du flagelle spermatique (MMAF).
P064 Identification de WDR78 comme un nouveau gène candidat dans les anomalies multiples du flagelle spermatique (MMAF).

Le diagnostic génétique s’impose progressivement dans le domaine de l’assistance médicale à la procréation (AMP). Il doit désormais être considéré comme un outil incontournable dans la pratique clinique courante, non seulement pour déterminer les causes sous-jacentes de l’infertilité, mais également pour proposer des stratégies thérapeutiques personnalisées aux couples pris en charge en AMP. Au cours des deux dernières décennies, d’importants efforts ont été consacrés à l’identification des gènes responsables de l’infertilité non syndromique. Parmi les différents phénotypes décrits, les anomalies morphologiques multiples du flagelle spermatique (MMAF) représentent l’un des modèles les mieux caractérisés sur le plan génétique. Au CHU de Strasbourg, notre approche diagnostique repose sur le séquençage de l’exome, combiné à une analyse in silico d’un panel génétique élargi. Ce panel comprend 159 gènes associés à l’infertilité masculine, 54 liés à l’infertilité féminine, 26 impliqués dans les deux conditions, ainsi que 26 gènes candidats supplémentaires. En cas de résultats négatifs à l’analyse du panel, notamment dans des contextes de consanguinité, l’analyse est étendue à l’ensemble de l’exome. L’étude d’une famille consanguine d’Afrique du Nord, comprenant quatre frères atteints de MMAF, nous a permis d’identifier un variant d’épissage à l’état homozygote dans WDR78. Des tests fonctionnels utilisant la technique des minigènes et la transfection de cellules HEK293 ont confirmé l’altération de l’épissage. L’absence du l’exon 15 ne modifie pas le cadre de lecture, mais supprime un des 7 domaines WD40 de WDR78. Par ailleurs, WDR78 interagit avec plusieurs protéines déjà connues pour être essentielles à la formation du flagelle spermatique et impliquées dans le phénotype MMAF, en particulier les protéines de la famille des DNAH et TCTEX1D2 et WDR63. De plus, un modèle murin knock-out présente un phénotype similaire à celui observé chez nos patients. Nous rapportons ici la première preuve de l’implication de WDR78 dans l’infertilité masculine. Ces résultats élargissent le spectre des gènes associés aux anomalies de la spermatogenèse et soulignent l’importance des approches fonctionnelles - telles que l’analyse par minigène - pour valider les variants d’épissage identifiés par séquençage d’exome.
Cécile LANG (Strasbourg), Camille CENNI, Audrey SCHALK, Anne-Sophie LEUVREY, Valérie REICHERT, Céline CUNY, Nicolas LE MAY, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Jean MULLER, Caroline SCHLUTH BOLARD, Stéphane VIVILLE
16:30 - 17:30 #49736 - P068 Génétique des OZEMA, anomalies ovocytaires et infertilités féminines rares.
P068 Génétique des OZEMA, anomalies ovocytaires et infertilités féminines rares.

L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est une pré-indication du PFMG2025 depuis 2019. L’extension de cette pré-indication aux anomalies ovocytaires rares, responsables de défauts de fécondation entre l’ovocyte et le spermatozoïde, a récemment été proposée. Ces situations correspondent aux anomalies ovocytaires associées à des ovocytes géants et/ou à des ovocytes entrant dans le spectre des défauts de maturation ovocytaire et de fécondation, sans diminution du nombre d’ovocytes. Bien que définies par un défaut qualitatif de l’ovocyte, ces anomalies pourraient présenter des causes génétiques communes avec l’IOP. Afin d’harmoniser ces phénotypes hétérogènes, la Société Européenne de Reproduction Humaine et d’Embryologie (ESHRE) a proposé une classification de ces infertilités sous le terme d’OZEMA (Oocyte, Zygote, Embryo Maturation Arrest), regroupant les défauts de maturation ovocytaire, de fécondation et de développement embryonnaire précoce. Un panel de 37 gènes a été défini dans le cadre de ces troubles de la reproduction. Nous présentons les résultats du séquençage d’exome réalisé chez 325 patientes présentant une altération de la réserve ovarienne et 31 patientes présentant un spectre OZEMA / fausses-couches à répétition (FCR). Les critères d’inclusion des patientes OZEMA ont été définis lors réunions multidiscplinaires clinico-biologiques avec mise en place d’une ligne d’avis sur la plateforme Omnidoc (https://omnidoc.fr/chu-rennes). - Des nouveaux variants pathogènes ou probablement pathogènes dans des gènes OZEMA ont été mis en évidence chez deux patientes présentant un phénotype compatible d’arrêt de maturation. Ces variants concernent les gènes CDC20 et PADI6. - Des variants d’intérêt dans des gènes OZEMA ont par ailleurs été observés chez deux patientes présentant une IOP. Un variant d’épissage hétérozygote de PANX1 validé par minigène et RNAseq a été mis en évidence chez une patiente présentant une histoire familiale d’IOP. Un variant homozygote de TBPL2 a de plus été observé chez une patiente avec aménorrhée primaire. Ces variants illustrent le continuum probable entre les défauts de maturation sévères provoquant une mort ovocytaire et in fine une altération de la réserve ovarienne. - Nos analyses révèlent en outre de nouveaux gènes candidats. Un variant homozygote de LSM14A, impliqué dans la régulation des ARN ovocytaires, a été identifié chez une patiente avec OZEMA. D’autres gènes font l’objet d’explorations complémentaires (e.g. NR5A2). - Nous avons enfin inclus une patiente présentant une récurrence de fausses-couches et de triploïdies par digynie. Cette patiente présente un variant rare dans ESPL1, gène dont le défaut pourrait entraîner la formation d’ovocytes non réduits. Ces résultats montrent la pertinence de proposer des explorations génétiques en cas de phénotype OZEMA afin d’optimiser la prise en charge des patientes et illustrent le chevauchement génétique entre OZEMA, IOP et FCR.
Anna LOKCHINE, Linda AKLOUL, Erika LAUNAY, Laura MARY, Bénédicte NOUYOU, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Solène DUROS (Rennes), Mathilde NIZON, Maud BIDET, Wilfrid CARRÉ, Carine ABEL, Christèle DUBOURG, Houda HAMDI-ROZÉ, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sylvie ODENT, Sophie CHRISTIN-MAITRE, Vincent LAVOUÉ, Sylvie JAILLARD
16:30 - 17:30 #48943 - P072 Caractérisation phénotypique du spectre du trouble neurodéveloppemental lié à DLG3.
P072 Caractérisation phénotypique du spectre du trouble neurodéveloppemental lié à DLG3.

Introduction : DLG3 code pour SAP102, une protéine d’échafaudage membre de la famille des protéines membranaires présentant un domaine guanylate kinase. Fortement exprimée dans les premiers stades du développement cérébral post-natal, SAP102 joue un rôle lors de la synaptogenèse puis dans le fonctionnement synaptique. Les variations génétiques induisant une perte de fonction dans DLG3 sont impliquées dans le trouble du développement intellectuel non-syndromique lié à l’X de type 90 (OMIM #300850), dont le phénotype principal décrit comprend une déficience intellectuelle pouvant être associée à d’autres signes neurodéveloppementaux. Or, les données phénotypiques disponibles dans la littérature sont limitées dans une majorité des cas, rendant difficile l’évaluation de la trajectoire développementale des individus atteints. De plus, l’éventuelle pathogénicité des variations faux-sens dans DLG3 requiert une étude plus précise. Méthodes : Pour répondre à ces questions, nous avons lancé une collaboration internationale. Dans un second temps, nous avons réalisé une revue des données génomiques et phénotypiques disponibles dans la littérature concernant les familles précédemment décrites et réévalué les faux-sens déjà rapportés en se basant sur les critères de l’ACMG. Résultats : Sur le plan moléculaire, les 17 individus rapportés dans notre cohorte présentaient 16 variations distinctes dans DLG3 dont 10 variations entraînant une perte de fonction et 6 variations de signification incertaine. Parmi les 37 familles rapportées dans la littérature, 18 présentaient une variation entraînant une perte de fonction, 17 présentaient une variation faux-sens, un cas index était porteur d’une variation intronique profonde et une dernière famille présentait un gain d’une copie du locus Xq13.1 comprenant partiellement DLG3. Par ailleurs, 6 variations de signification incertaine ont pu être reclassées comme probablement bénignes en utilisant les critères de l’ACMG. Sur le plan clinique, les individus de la cohorte avec des variations (probablement) pathogènes dans DLG3 présentaient un retard de développement du langage constant. Les signes associés au trouble du développement intellectuel - particularités morphologiques notamment - étaient plus fréquents que dans les précédentes descriptions, de même pour les autres troubles neurodéveloppementaux et psychiatriques. Conclusion : Les résultats de cette collaboration internationale nous amènent à proposer une extension phénotypique du « trouble du développement intellectuel non-syndromique lié à l’X de type 90 » actuellement classiquement décrit pour un trouble neurodéveloppemental pouvant être syndromique. Par ailleurs, après revue de la littérature et réanalyse des variations faux-sens DLG3 décrites, les informations disponibles actuellement nous paraissent insuffisantes pour définitivement statuer sur leur éventuelle implication dans ce syndrome.
Marlène MALBOS (Dijon), Thierry GAUTIER, Amelle SHILLINGTON, Estelle COLIN, Xavier LE GUILLOU, Oana CALUSERIU, Bertrand ISIDOR, Benjamin COGNÉ, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, Sacha WEBER, Clémence JACQUIN, Tracy DUDDING, Daniel CALAME, Juliette PIARD, Jonathan LEVY, Xenia LATYPOVA, Alain VERLOES, Tanguy NICLASS, Aurélia JACQUETTE, Lori WHITE, Marie-Pierre MOIZARD, Hélène DOLLFUS, Sébastien MOUTTON, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Quentin THOMAS, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Ange-Line BRUEL, Hana SAFRAOU, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN-ROBINET, Jérôme GOVIN, Antonio VITOBELLO, Laurence FAIVRE
16:30 - 17:30 #49014 - P076 Les variants de RANBP9 sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental.
P076 Les variants de RANBP9 sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental.

Par une collaboration internationale et par séquençage du génome au laboratoire Auragen (Plan France Médecine Génomique 2025), nous avons identifié 8 patients porteurs de variants hétérozygotes du gène RANBP9 (RAN binding protein 9) et atteints de trouble du neurodéveloppement. Ces variants sont en majorité survenus de novo (6 familles), et plus rarement hérité d’un parent symptomatique (1 famille). Les variants sont de type tronquant (6 variants) ou faux-sens (1 variant). Le phénotype comporte de manière variable un retard global de développement, une hypotonie précoce, une déficience intellectuelle (plutôt légère), des troubles du comportement notamment un autisme, et une épilepsie. 2 patients présentent une polydactylie. Nos études fonctionnelles montrent que les variants perte de fonction expriment des protéines tronquées ayant un déficit d’interaction avec leurs partenaires WDR26, TWA1, et ARMC8. Le variant faux-sens présente un défaut de repliement et de stabilité. RANBP9 (RANBPM) est une protéine adaptatrice multifonctionnelle, participant notamment au complexe E3 Ubiquitin ligase CTLH. Certains de ses partenaires sont déjà impliqués dans des syndromes avec trouble du neurodéveloppement, tels que WRD26 (syndrome de Skraban-Deardorff), FMRP (syndrome de l’X-Fragile), ou encore L1CAM (hydrocéphalie et syndrome MASA). Les souris knock-out pour RANBP9 présentent un défaut sévère de développement cérébral. En conclusion l’haploinsuffisance du gène RANBP9 est à l’origine d’un nouveau trouble du neurodéveloppement non spécifique et non syndromique, de transmission autosomique dominante.
Francis RAMOND (ST ETIENNE), Pia VAN GEN HASSEND, Hélène DOLLFUS, Laure RAYMOND, Benjamin DAURIAT, Mathilde NIZON, Benjamin COGNE, Katheryn GRAND, Elizabeth BAKER, Christian NETZER, Ada HAMOSH, Hermann SCHINDELIN, Arno ALPI
16:30 - 17:30 #49210 - P080 Syndrome de Coffin-Siris type 12 : élargissement du spectre phénotypique à partir d’une série nationale de huit patients.
P080 Syndrome de Coffin-Siris type 12 : élargissement du spectre phénotypique à partir d’une série nationale de huit patients.

Le syndrome de Coffin-Siris de type 12 (CSS12) est un trouble syndromique du développement intellectuel lié à des mutations du gène BICRA, composant du complexe SWI/SNF. Nous présentons une série nationale de huit nouveaux patients atteints de CSS12, constituant la première description approfondie depuis la publication initiale de Barish et al. en 2020, et élargissant ainsi de manière significative le spectre phénotypique de cette maladie. Trois cas index présentent des manifestations neuropsychiatriques sans déficit intellectuel, remettant en question les hypothèses précédentes concernant le syndrome. À travers une revue exhaustive de la littérature et l’analyse de patients supplémentaires, nous avons identifié des caractéristiques morphologiques communes, tout en mettant l’accent sur les manifestations neuropsychiatriques. Parmi nos patients, nous avons observé une prévalence accrue des troubles du spectre autistique (TSA) et d’anomalies comportementales, ce qui met en lumière la présentation complexe du CSS12. Nous proposons également un aperçu des données issues de la littérature concernant les études fondamentales et l’implication des variations de BICRA dans les fonctions neurocognitives des modèles animaux. Ainsi, nous soulignons l’importance de prendre en compte les manifestations neuropsychiatriques dans le diagnostic et la prise en charge du CSS12, en particulier en l’absence de déficit intellectuel. Cela met en évidence la nécessité d’approches multidisciplinaires dans le suivi des patients ainsi que de recherches supplémentaires sur ce syndrome.
Victor MOREL (Marseille), Charlotte TARDY, Cindy COLSON, Roseline CAUMES, Benoit MAZEL, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Ange-Line BRUEL, Pascale SAUGIER-VEBER, Olivier PATAT, Anne-Marie GUERROT, Massimiliano ROSSI, Marjolaine WILLEMS, Sabine SIGAUDY, Chantal MISSIRIAN
16:30 - 17:30 #49245 - P084 Mémoire préservée et réseaux cérébraux résilients dans le syndrome de Coffin-Siris.
P084 Mémoire préservée et réseaux cérébraux résilients dans le syndrome de Coffin-Siris.

Les variants pathogènes d’ARID1B sont la cause la plus fréquente de syndrome de Coffin-Siris, associant retard intellectuel, retard ou absence de langage, troubles du spectre autistique et anomalies viscérales/osseuses (MIM #135900). Les familles rapportent fréquemment des difficultés langagières et motrices mais une bonne mémoire, alors que le fonctionnement cognitif des patients reste peu étudié. Les données d’imagerie rapportées se limitent à des anomalies structurelles (anomalies du corps calleux, kystes de la fosse postérieure) sans étude de perfusion cérébrale ni de connectivité. Douze patients porteurs de variants pathogènes d’ARID1B (âge : 13,8 ± 4,7 ans ; 7 filles) et 34 témoins (âge : 13,6 ± 4,7 ans ; 20 filles) ont été inclus. Tous ont bénéficié d’une évaluation neuropsychologique standardisée. L’imagerie multimodale comprenait l’arterial spin labelling (ASL) pour mesurer le débit sanguin cérébral (DSC) au repos, la 3DT1 pour analyser la substance grise (SG), et l’imagerie par tenseur de diffusion pour analyser la substance blanche. Une analyse statistique du cerveau entier a comparé le DSC et la densité de SG des patients à celui des témoins, et une analyse basée sur le fixel a permis d’explorer la micro et la macrostructure des fibres de substance blanche des patients comparés aux contrôles. Les patients présentaient tous des déficits marqués au plan langagier, moteur et social. Cependant, leurs performances mnésiques dépassaient largement leurs autres compétences cognitives (+ 5 DS) avec des scores élevés en mémoire visuelle malgré leurs difficultés intellectuelles. Les analyses statistiques ont montré une augmentation bilatérale significative du DSC dans plusieurs structures du système limbique, incluant les hippocampes et les aires visuelles (gyrus lingual et fusiforme), comparativement aux témoins. Elles ont également révélé une diminution significative de la densité de SG et de densité des fibres dans ces mêmes structures limbiques, ainsi que dans les circuits langagiers, moteurs et sociaux. Nos résultats révèlent une dissociation frappante entre une bonne mémoire visuelle et des déficits francs du langage, de la motricité et des fonctions sociales chez les patients porteurs de variants pathogènes d’ARID1B. Malgré des anomalies structurelles, l’augmentation du DSC dans les régions limbiques et visuelles suggère l’existence de mécanismes compensatoires chez ces patients. Cette dissociation est retrouvée dans des modèles murins haplo-insuffisants pour ARID1B, présentant également des anomalies hippocampiques marquées à mémoire préservée. À ce jour, cette dissociation n’a pas été rapportée dans les modèles murins d’autres gènes du syndrome de Coffin-Siris et semble être pour l’instant, spécifique à ARID1B. Ces données confortent le recours à des interventions ciblées, visant à tirer parti des capacités mnésiques et visuelles remarquables de ces enfants.
Aurélie FABRE (Paris), Jennifer BOISGONTIER, Khawla ALJABALI, Ludovic FILLON, Ana SAITOVITCH, Sara CABET, Volodia DANGOULOFF-ROS, Lelio GIUDA, Jeanne AMIEL, Marlène RIO, Monica ZILBOVICIUS, Arnold MUNNICH, Valérie CORMIER-DAIRE, Nathalie BODDAERT
16:30 - 17:30 #49281 - P088 Variations bi-alléliques et hétérozygotes du gène OTUD7A : vers un modèle de trouble neurodéveloppemental à pénétrance incomplète et expressivité variable semi-dominant.
P088 Variations bi-alléliques et hétérozygotes du gène OTUD7A : vers un modèle de trouble neurodéveloppemental à pénétrance incomplète et expressivité variable semi-dominant.

Le syndrome microdélétionnel 15q13.3 représente l’une des causes génétiques de susceptibilité aux TND. Il résulte le plus souvent d’une recombinaison récurrente entre les points de cassure 4 et 5 au sein de ce locus. Cette condition est associée à une pénétrance incomplète (pouvant atteindre 80%) et une expressivité variable. Pendant longtemps, l’identification du gène responsable de la composante neurodéveloppementale du syndrome a fail l’objet de débat, jusqu’à la mise en évidence de variations bi-alléliques ponctuelles du gène OTUD7A, codant une enzyme de dé-ubiquitination, dont la perte de fonction est le mécanisme suspecté. Ces variations sont à l’origine d’un trouble neurodéveloppemental caractérisé par une hypotonie et des convulsions (MIM #620790). Ce syndrome présente des caractéristiques similaires à celles présentes dans les phénotypes les plus graves observés chez les patients porteurs de délétions bi-alléliques 15q13.3. De manière intéressante, les porteurs hétérozygotes de variations pathogènes du gène OTUD7A présentent des manifestations phénotypiques modérées, à pénétrance incomplète et expressivité variable similaires à celles observées dans le syndrome microdélétionnel 15q13.3 associés à des délétions hétérozygotes. Ces données suggèrent un mode de transmission semi-dominant. Afin d’évaluer cette hypothèse, nous avons identifié une cohorte de 13 patients avec TND et porteurs de variations hétérozygotes de novo ou héritées, dans OTUD7A, ou bi-alléliques incluant des variations entraînant l’apparition d’un codon stop prématuré, des variations d'épissage et des variations faux-sens, grâce au système MatchMaker Exchange ou AuraMatcher. Nous avons ensuite évalué l’impact fonctionnel des variations de signification incertaine de type faux-sens. Les variations p.(His70Gln), p.(Ile118Phe), p.(Arg230Gln), p.(Thr239Met), p.(Ser283Asn) et p.(Val618Met) ont été introduites par mutagenèse dirigée dans un plasmide d'expression OTUD7A-tGFP, suivi de transfection dans des cellules haploïdes HAP1 OTUD7A knock-out, afin d’évaluer leur activité catalytique résiduelle dans un test de complémentation. Cette activité a été mesurée en détectant les les chaînes d'ubiquitine liées à K48 par Western blot. La variation pathogène récurrente p.(Leu233Phe) et la forme sauvage ont été utilisées comme contrôles. Cliniquement, les patients identifiés hétérozygotes présentent un retard de développement de sévérité variable, associé à des troubles du comportement incluant des manifestations du spectre autistique, un trouble du déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité, et, dans certains cas, une épilepsie. Sur le plan moléculaire, nos résultats indiquent que les variations pathogènes conduisent à l’accumulation de chaînes d’ubiquitine liées en K48. L’association entre la récurrence de variations de novo et hérités dans OTUD7A chez des patients atteints de TND soutient un modèle de transmission semi-dominant pour les variations ponctuelles de ce gène.
Marie LUCAIN (Dijon), Julien PACCAUD, Loraine MANIA-PARIS, Caroline RACINE, Gaëtan LESCA, Thibaud ARMAND, Perrine CHARLES, Delphine LEHALLE, Dorothee VEER, Luisa AVERDUNK, Valentin RUAULT, Éléonore VIORA-DUPONT, Antonio NOVELLI, Monia GINEVRINO, Ludovico GRAZIANI, Auragen CONSORTIUM, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Ange-Line BRUEL, Hana SAFRAOU, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Quentin THOMAS, Antonio VITOBELLO
16:30 - 17:30 #49333 - P092 Impact du diagnostic précoce sur le neurodéveloppement dans le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK) : apport du séquençage du génome entier et enjeux du dépistage néonatal.
P092 Impact du diagnostic précoce sur le neurodéveloppement dans le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK) : apport du séquençage du génome entier et enjeux du dépistage néonatal.

Introduction : Le déficit en kinase déshydrogénase des cétoacides à chaînes ramifiées (BCKDK, ORPHA #308410, OMIM #614923) est une maladie neurodéveloppementale très rare autosomique récessive, liée à des variants bialléliques du gène BCKDK. Elle se traduit par des taux abaissés d’acides aminés à chaînes ramifiées (AACR : leucine, valine, isoleucine) dans le plasma et le liquide céphalo-rachidien. Le phénotype associe à des degrés variables déficience intellectuelle (DI), troubles du spectre autistique (TSA), microcéphalie progressive et parfois épilepsie. Il s’agit d’une des rares causes de DI/TSA pour laquelle un traitement précoce a montré un bénéfice clinique (Tangeraas T. et al., Brain, 2023). Matériels et Méthodes : Nous présentons le parcours diagnostique de deux enfants d’une même fratrie, pour lesquels un séquençage du génome entier (WGS) en quatuor a permis d’établir un diagnostic de déficit en BCKDK. Résultats : L’aîné (8 ans) présentait un retard de langage et un TDAH traité par QUASYM, avec apparition d’une microcéphalie dès 4 ans. Il est scolarisé en milieu ordinaire avec accompagnement AESH. L’IRM cérébrale et l’EEG étaient normaux. Sa sœur (3 ans) a été évaluée pour retard global des acquisitions sans microcéphalie. La chromatographie initiale des acides aminés plasmatiques (CAAp) n’avait pas permis le diagnostic. Le séquençage du génome entier a révélé chez les deux enfants deux variants hétérozygotes composites : NM_005881.4:c.642+1G>A (maternel) et NM_005881.4:c.442G>A, NP_005872.2:p.(Glu148Lys) (paternel). De nouveaux prélèvements à jeun ont confirmé la diminution des AACR plasmatiques, permettant le reclassement en variants de classe 4 et la confirmation diagnostique. La famille est désormais suivie au centre de référence des maladies métaboliques de l’hôpital Necker qui a mis en place du traitement par régime hyperprotidique et supplémentation en AACR. Discussion : L’efficacité du régime hyperprotidique enrichi en AACR dépend de la précocité du traitement, ce qui souligne l’importance d’un diagnostic rapide. Le diagnostic biochimique peut être difficile : la CAAp peut donner des résultats faussement négatifs surtout si elle n’est pas faite dans les conditions adéquates. L’intégration du déficit en BCKDK dans les programmes de dépistage néonatal pourrait améliorer le pronostic. En France, le dépistage actuel par spectrométrie de masse est paramétré pour détecter plusieurs maladies rares du métabolisme dont la leucinose (MSUD) où les AACR sont trop élevés. Des études rétrospectives sur les résultats du dépistage néonatal en Belgique, Allemagne, Espagne et Norvège montrent que le déficit en BCKDK pourrait être dépisté en recherchant à l’inverse une diminution des AACR. Conclusion : Ce travail illustre l’apport déterminant du WGS dans le diagnostic de maladies métaboliques rares, surtout lorsqu’une prise en charge diététique précoce peut optimiser le neurodéveloppement. Le dépistage néonatal apparaît comme une piste prometteuse à explorer.
Anitha SATKUNAVEL (Bondy), Jonathan LEVY, Léa JACQUIOT, Eva PIPIRAS, Loïc DE PONTUAL, Juliette BOUCHEREAU, Apolline IMBARD, Andrée DELAHAYE-DURIEZ
16:30 - 17:30 #49495 - P096 Séquençage de génome short-read dans une cohorte monocentrique de 1009 patients atteints de troubles du développement intellectuel.
P096 Séquençage de génome short-read dans une cohorte monocentrique de 1009 patients atteints de troubles du développement intellectuel.

Le trouble du développement intellectuel (TDI) concerne environ 2% de la population et correspond à un groupe de maladies rares extrêmement hétérogènes. Plus de 1700 gènes sont impliqués dans ces pathologies, chacun d’entre eux représentant moins de 1% des cas. Le Plan France Médecine Génomique permet, depuis 2021, la réalisation d’un séquençage de génome (GS) chez les patients ayant un TDI transformant ainsi la prise en charge diagnostique des patients. Nous rapportons les résultats d’une cohorte de 1009 patients suivis dans le service de médecine génomique des maladies rares de l’hôpital Necker, ayant bénéficié d’un GS au laboratoire SeqOIA entre mai 2021 et août 2025 dans la préindication « déficience intellectuelle ». Nous avons identifié des variants de classe 4/5 chez 37% des patients (n=376), et des variants de classe 3 (VSI) chez 16% des patients (n=161). L’analyse en trio (n=890) permet un rendement diagnostique (classe 4/5) de 40%, supérieur aux autres situations (solo 25% n=4 ; duo 29% n=56, quatuor 22% n=55, quintet 0% n=4). Parmi les résultats positifs, 88% (n=334) sont des variants nucléotidiques (SNV) et 13% (n=49) sont des variations du nombre de copies (CNV) ou des variants de structure (SV). Les 334 SNV sont localisés dans 213 gènes différents. La majorité des variants sont survenus de novo (79%). Dix-huit variants sont hérités d’un parent (9 atteints, 9 asymptomatiques dont 3 en mosaïque). Parmi les CNV/SV, deux réarrangements complexes impliquant 3 chromosomes ont été identifiés ainsi qu’une délétion d’une région promotrice, une inversion séparant les éléments régulateurs d’un gène et un dérivé surnuméraire du chromosome 20. Huit doubles-diagnostics associant deux SNV ou un SNV et un CNV/SV ont été établis. Dix-neuf génomes ont été réalisés en urgence en raison d’une grossesse en cours dans la majorité des cas. Ils ont été rendus en 34 jours en moyenne (18 à 86 j), sept variants de novo et un variant sur le chromosome X hérité de la mère ont été identifiés. Cette cohorte confirme la grande hétérogénéité génétique des TDI, tant par la diversité des gènes impliqués que par les mécanismes moléculaires sous-jacents. Le séquençage du génome constitue une approche “tout-en-un”, capable de détecter simultanément SNV, CNV, SV et expansions de répétitions en tandem, avec une sensibilité supérieure à celle de l’exome associé à l’ACPA. Ces atouts nous ont conduits à l’adopter récemment en première intention. Le rendement diagnostique de 37% est sous-évalué, et devrait augmenter grâce à la prescription de génome en première intention, à la reclassification des VSI, à l’amélioration des outils bioinformatiques, de l’annotation et des logiciels de prédiction des variants non codants, ainsi qu’à l’intégration de données multi-omiques comme le RNAseq.
Sophie RONDEAU (Paris), Thomas COURTIN, Hamza HADJ ABDALLAH, Marion LESIEUR-SEBELLIN, Brian SPERELAKIS-BEEDHAM, Jean-Sérène LALOY, Lamisse MANSOUR HENDILI, Tania ATTIE-BITACH, Stéphanie DUCREUX, Lucile BOUTAUD, Boris KEREN, Ilyas CHALLET, Emma RAIMBAULT, Marine RAJAOBA, Jeanne AMIEL, Geneviève BAUJAT, Maelle CHARPIE, Valérie CORMIER-DAIRE, Anne GUIMIER, Stanislas LYONNET, Pauline MARZIN, Caroline MICHOT, Mevyn NIZARD, Clothilde ORMIÈRES, Alix PAULET, Elise PISAN, Margaux SEREY-GAUT, Giulia BARCIA, Valerie MALAN, Marlène RIO
16:30 - 17:30 #49656 - P100 GenIDA : un registre participatif international pour la caractérisation phénotypique des troubles neurodéveloppementaux monogéniques.
P100 GenIDA : un registre participatif international pour la caractérisation phénotypique des troubles neurodéveloppementaux monogéniques.

L’amélioration des connaissances génétiques dans les troubles du neurodéveloppement (TND) a permis d’identifier les bases moléculaires de nombreux syndromes, mais la description de leur spectre phénotypique, de leurs comorbidités et de leur histoire naturelle reste souvent incomplète. Ces données sont pourtant essentielles pour la prise en charge médicale et le conseil génétique. Afin de répondre à ce besoin, nous avons lancé en 2016 GenIDA (https://genida.eu/home), un registre participatif international permettant aux familles de documenter directement, via un questionnaire structuré en ligne disponible en 10 langues, les manifestations cliniques et la qualité de vie des personnes atteintes. En septembre 2025, plus de 2 300 dossiers complets issus de 40 pays ont été collectés, constituant des cohortes génétiques vivantes mises à jour en continu. Les plus grandes concernent le syndrome de Koolen-de Vries/KANSL1 (n=256), le syndrome de Kleefstra/EHMT1 (n=220) et DDX3X (n=68). Cette approche a permis d’identifier des comorbidités jusque-là sous-estimées, telles que les infections respiratoires et l’asthme dans le syndrome de Koolen-de Vries, de préciser la sévérité perçue des troubles du comportement ou de l’épilepsie, et d’évaluer l’efficacité rapportée de certains traitements. Depuis 2022, dix publications utilisant des données GenIDA ont mis en évidence des aspects inédits, allant de la scoliose (KdVS) aux arythmies (Kleefstra Syndrome) en passant par le langage (DDX3X). Nous présenterons des résultats non publiés concernant les cohortes POGZ (n=40) et RNU4-2 (n=24), le gène majeur le plus récemment identifié dans les déficiences intellectuelles. Ces résultats confirment l’intérêt de GenIDA comme un outil unique pour affiner la description phénotypique de syndromes neurodéveloppementaux rares, révéler des manifestations jusqu’alors négligées (par ex vomissement cycliques et anxiété pour POGZ) et participer à la mise en place de recommandations de prise en charge spécifiques, dans l’objectif d’améliorer la qualité de vie des patients et de leurs familles.
Maria Victoria HINCKELMANN (Illkirch-Graffenstaden), Pauline BURGER, Sarah BAER, Arianne BOUMAN, Roseline CAUMES, Benjamin DURAND, Elana J. FORBES, Lottie D. MORISON, Valentin RUAULT, Dafna SHALEV, Sunil K. VASIREDDI, Ludivine WALTER, Tanja ZDOLSEK DRAKSLER, Romain COUTELLE, Anne DE SAINT MARTIN, David GENEVIEVE, Daphna LANDAU PRAT, Bertrand MOLLEREAU, Angela T. MORGAN, Thomas SMOL, Tjitske KLEEFSTRA, David KOOLEN, Coline CORMIER, Laurence FAIVRE, Caroline NAVA, Christel DEPIENNE, Jean-Louis MANDEL
16:30 - 17:30 #49830 - P104 Contribution du gène MAZ, localisé dans la région 16p11.2, dans les troubles du neurodéveloppement.
P104 Contribution du gène MAZ, localisé dans la région 16p11.2, dans les troubles du neurodéveloppement.

Les réarrangements génomiques de la région proximale 16p11.2 délimités par les points de cassure 4 et 5 (BP4-5), constituent l'une des causes les plus fréquentes de maladies génétiques liées à des variations du nombre de copies (CNV). Initialement décrits comme un facteur de prédisposition aux troubles du spectre autistique, à la déficience intellectuelle ainsi qu'à des effets miroirs sur l'adiposité ou la circonférence crânienne, ces CNVs sont maintenant associés à une multitude de phénotypes à expressivité et pénétrance variables. Les 31 gènes inclus dans cette région agissent par des mécanismes pléiotropiques à la fois directs et indirects. Alors qu'aucun candidat évident n'a été identifié pour expliquer les troubles de la parole et du langage présents chez plus de 75% des porteurs d'une délétion 16p11.2 BP4-5, une étude analysant les données d'exome de 726 enfants atteints/suspectés d'épilepsie ou de trouble du neurodéveloppement (ND), a mis en évidence une association significative (avant correction) entre la perte de fonction du gène MAZ (Myc-Associated Zinc finger), localisé en 16p11.2, et le bégaiement. Pour évaluer l'impact de l'haploinsuffisance de MAZ et de ses variants sur le ND, nous avons établi une cohorte de 10 patients (8 familles) grâce au recueil de données à l'international. Les signes cliniques de la cohorte se chevauchent et incluent des anomalies du ND, des déficits ophtalmologiques et du tonus musculaire ainsi que des troubles du langage et de la parole. Nous avons identifié différents modes de transmission et d'action : 4 individus issus de 2 familles iraniennes porteurs du même variant faux-sens homozygote, 2 patients avec des variants faux-sens hétérozygotes de novo, 3 individus avec des variants hétérozygotes tronquants et 1 patient présentant une expansion d'alanines située dans une région soumise à contrainte évolutive. Les 3 variants faux-sens touchent les domaines à doigts de zinc de MAZ et la modélisation 3D in silico prédit une altération de la liaison à l'ADN. Les poissons-zèbres déplétés de l'orthologue maza par la technique CRISPR/Cas9, mais non pour son paralogue mazb, ont montré des défauts de développement sévères ainsi qu'une vélocité de nage réduite, soulignant le rôle de MAZ dans la neurogenèse. Une létalité importante a été observée chez le modèle murin inactivé pour l'orthologue Maz. Nous évaluons actuellement la pathogénicité des faux-sens identifiés au sein de la cohorte à l'aide d'expériences de complémentation chez le poisson-zèbre. L'étude du transcriptome des lignées cellulaires HAP1 et K562 inactivées pour MAZ, ont révélé une dérégulation des gènes de réparation à l'ADN, des cibles de Myc ou encore des gènes régulant le fuseau mitotique. Nous explorons à présent si les mêmes voies sont altérées dans des lignées isogéniques éditées pour modéliser les faux-sens. Nos résultats étayent un rôle de l'haploinsuffisance de MAZ dans certains des phénotypes associés aux CNVs de la région 16p11.2 BP4-5.
Aymeric MASSON (Lausanne, Suisse), Adrien BURGENER, Giovanna AMBROSINI, Mahsa FADAEE, Erfan HEIDARI, Jacqueline CHRAST, Clara PAILLER-PRADEAU, Pedro AIRES, Jennifer HOWE, Elliot STOLERMAN, Anna LAGROON, Núria MARTÍNEZ GIL, Samantha BAXTER, Erin WADMAN, Emily O'HEIR, Melanie O'LEARY, Raymond CAYLOR, David AMOR, Karen GRIPP, Stephen SCHERER, Nicolas GUEX, Masoud GASHASBI, Alexandre REYMOND
16:30 - 17:30 #49873 - P108 Etude Descriptive du phénotype neuro-cognitif d’une cohorte de 30 patients français porteurs d’un syndrome BBSOAS (gène NR2F1).
P108 Etude Descriptive du phénotype neuro-cognitif d’une cohorte de 30 patients français porteurs d’un syndrome BBSOAS (gène NR2F1).

Introduction Le syndrome d'atrophie optique de Bosch-Boonstra-Schaaf (BBSOAS), est une maladie autosomique dominante rare causée par des variants pathogènes du gène NR2F1, décrite pour la première fois en 2014. Les patients concernés par ce syndrome présentent des troubles du neurodéveloppement avec des déficits cliniques de différents degrés de sévérité. Au sein du projet « A functional and experimental study of a neurodevelopmental disorder caused by mutations in the NR2F1 gene » financé par la Fondation de France, notre étude ancillaire a pour but d’effectuer une description détaillée du phénotype neuro-cognitif de patients français porteurs de variants NR2F1. Dans un second temps, il s’agira de mettre en lien ces données avec les manifestations neuro-anatomo-fonctionnelles d’un sous-groupe de patients ayant bénéficié d’une IRM cérébrale au sein de l’institut NeuroSpin. Méthodes 30 patients âgés de 7 à 41 ans (19 enfants et 11 adultes) ont été inclus (soit 56 % des patients répertoriés par la BNDMR). Les évaluations neuropsychologiques et les données cliniques sont issues des dossiers médicaux des patients avec la collaboration de différents centres de génétiques en France du réseau AnDDI-Rares et Défiscience. Une échelle de Vineland a été systématiquement réalisée. L’analyse descriptive porte principalement sur les données et diagnostics cliniques ainsi que sur les résultats à l’échelle d’évaluation du fonctionnement adaptatif (Vineland 2). Résultats Les premières analyses confirment l’importante hétérogénéité des profils tant sur le plan cognitif qu’adaptatif. De manière inattendue environ 40% des patients évalués ne sont pas concernés par un TDI. Environ 50 % des patients présente un TSA. Les troubles du langage concernent 50% de la cohorte et un TDA/H est retrouvé chez 30% des patients. La majorité des patients a un point faible au niveau des capacités de discrimination visuelle et de vitesse visuo-graphique, certainement en lien avec les troubles visuels (77%) et praxiques (50%) rapportés. La majorité des profils adaptatifs montre des capacités globalement déficitaires (56% des cas) mais hétérogènes avec un point faible dans le domaine de la socialisation (71% des cas). Conclusion Cette étude confirme que les profils neuro-cognitifs des patients porteurs du syndrome BBSOAS sont variés. Le TDI n’est pas systématique. La proportion importante de TSA ainsi que les difficultés retrouvées dans le cadre des habilités sociales et les atteintes visuelles ont un retentissement significatif sur le fonctionnement adaptatif. Dans le cadre de la rédaction du Plan National De Soins (PNDS), ces nouvelles connaissances sont primordiales pour établir de nouvelles recommandations de prévention et de prise en charge précoce afin de limiter l’impact sur le fonctionnement des patients.
Raphaelle MOTTOLESE (Dijon), Claire NICOLAS, David GERMANAUD, Julian DELANNE, Angelique VÉRÉ, Aurélie ESPITALIER, Liubinka MIRAKOVSKA, Alexandra AFENJAR, Françoise DEVILLARD, Camille CENNI, Khaoula ZAAFRANE-KHACHNAOU, Benjamin DURAND, Marjolaine WILLEMS, Gäetan LESCA, Chloé QUELIN, Stanislas LYONNET, Fanny LAFFARGUE, Valentin RUAULT, Roseline CAUMES, Camille BERGES, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Dominique BONNEAU, Michèle STUDER, Laurence FAIVRE
16:30 - 17:30 #49986 - P112 Génération et caractérisation de nouveaux modèles murins avec délétion ou duplication de la région 1q21.1.
P112 Génération et caractérisation de nouveaux modèles murins avec délétion ou duplication de la région 1q21.1.

Les variations du nombre de copies (CNV ; délétions ou duplications) sont des lésions génomiques majeures contribuant aux troubles du neurodéveloppement, dont l’autisme. Cependant, passer de la détection d’un CNV à l’identification des gènes responsables reste difficile. Nous avons adopté une approche basée sur deux constats : (1) de nombreux CNV possèdent des phénotypes anatomiques quantitatifs mesurables ; (2) certains CNV présentent des phénotypes réciproques. Le CNV 1q21.1 en est l’exemple : la délétion s’accompagne de microcéphalie et de petite taille, la duplication de macrocéphalie et de grande taille. Une étude clinique menée par notre équipe a également révélé des traits fréquents mais à ce jour méconnus : troubles neuropsychiatriques, altérations cognitives et sociales, niveaux d’activité, force musculaire et crises d’épilepsie. Pour tester si le CNV 1q21.1 induit des phénotypes similaires chez la souris, nous avons généré, par CRISPR/Cas9, des lignées hétérozygotes pour la délétion (Del/+) ou la duplication (Dup/+). Une cohorte de 125 souris mâles et femelles a été soumise à un protocole ciblant huit domaines cliniquement pertinents : anxiété, mémoire, coordination, motricité, sociabilité, comportements de type autistique et épilepsie. Les données montrent des effets opposés sur l’anxiété, l’activité et la force musculaire entre Del/+ et Dup/+, ainsi que des variations significatives de poids et de taille, en accord avec les observations cliniques. Pour l’étude neuroanatomique, nous avons utilisé la microscopie épiscopique à haute résolution (HREM) et 3D Slicer pour segmenter 26 régions cérébrales. Les analyses confirment la microcéphalie chez les Del/+ et la macrocéphalie chez les Dup/+. Plus précisément, Del/+ présente une réduction du volume du cortex, du corps calleux, des structures hippocampiques et de l’habenula, tandis que Dup/+ montre une augmentation du cortex, du corps calleux et de la fimbria. En résumé, ces nouveaux modèles murins CNV 1q21.1 reproduisent les phénotypes comportementaux et neuroanatomiques décrits chez les patients et fournissent une plateforme unique pour étudier les mécanismes génétiques et physiopathologiques liés à ce locus.
Emilia SKUTUNOVA (Dijon), Stephan COLLINS, Binnaz YALCIN
16:30 - 17:30 #48949 - P116 Cohorte Auragen – Pré-indication « malformations cérébrales » : impact de l’expertise neuroradiologique et rendement du séquençage fonction de l’imagerie pré- et post-natale.
P116 Cohorte Auragen – Pré-indication « malformations cérébrales » : impact de l’expertise neuroradiologique et rendement du séquençage fonction de l’imagerie pré- et post-natale.

Introduction L’inclusion croissante dans la pré-indication «malformations cérébrales» pour un séquençage du génome dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025 soulève nombre de questions relatives à cette opportunité. Quelles malformations représentent des indications pertinentes ? Le phénotypage en imagerie impacte-t-il l’interprétation des données de séquençage ? Comment optimiser le rendement diagnostique par une meilleure corrélation génotype-phénotype radiologique de manière homogène sur le territoire national ? Objectif Ce travail a pour objectif d’évaluer l’impact du phénotypage radiologique en IRM encéphalique pré- et post-natale sur l’indication et l’interprétation du séquençage du génome. Méthodes Les patients dont le génome a été séquencé au sein du laboratoire de biologie médicale Auragen et pour lesquels l’IRM cérébrale a été fournie par le centre prescripteur du génome ont été inclus de manière prospective. La relecture des IRM a été réalisée par deux radiologues, en aveugle des résultats du séquençage du génome. La concordance avec les termes HPO renseignés lors de la prescription du génome et le compte-rendu d’imagerie initial a été évaluée. Les données de séquençage du génome ont été lues par 3 interpréteurs, en aveugle ou connaissance de la réinterprétation de l’IRM, et l’impact de la réinterprétation de l’imagerie sur le rendu de résultat a été évalué par discussion multidisciplinaire. Résultats Les données de séquençage de génome et d’IRM cérébrale pré-natale(n=38) et post-natale(n=100) ont été analysées. Le rendement diagnostique global du séquençage était de 31%, variant de 6 à 42% pour les 4 anomalies cérébrales les plus représentées en imagerie post-natale (anomalie du corps calleux, ventriculomégalie, atrophie et hétérotopie) et de 0 à 45% en pré-natal. Les points d’appel avec le plus haut rendement diagnostique impliquaient la fosse postérieure (dysgénésie du tronc, hypoplasie ponto-cérébelleuse). Parmi les 19 centres prescripteurs, une importante disparité de rendement diagnostique du séquençage – variant de 0 à 60% parmi les quatre premiers centres prescripteurs – a été mise en évidence. Le taux de concordance complète entre les termes HPO relatifs à l’imagerie encéphalique renseignés par le prescripteur et les résultats de la relecture de l’IRM encéphalique était d’environ un tiers (HPO manquant 80%, infirmé 65%, modifié 85%). L’impact de la discordance d’interprétation de l’imagerie sur le résultat de l’interprétation du génome a été estimé à environ 20% sans réanalyse informatique (aide au diagnostic, précision du mécanisme impliqué). Conclusion La connaissance de l’imagerie neurodéveloppementale lors de la (re)lecture de l’IRM encéphalique de manière préalable ou orientée par les variations potentiellement pathogènes mises en évidence par séquençage du génome est essentielle. Ce travail souligne l’importance de l’expertise neuroradiologique au cours des différentes étapes d’investigations étiologiques génétiques.
Sara CABET, Louis JANUEL, Nicolas CHATRON, Audrey PUTOUX, Damien SANLAVILLE, Mona MASSOUD, Laurent GUIBAUD, Gaetan LESCA (Lyon)
16:30 - 17:30 #49012 - P120 Mutations de RAB3A : de l’ataxie cérébelleuse à la paraparésie spastique.
P120 Mutations de RAB3A : de l’ataxie cérébelleuse à la paraparésie spastique.

Introduction : Les ataxies cérébelleuses à transmission autosomique dominante sont des maladies neurogénétiques rares avec plus de 40 gènes identifiés. Néanmoins, près de la moitié des patients atteints demeurent sans diagnostique génétique. Récemment, RAB3A a été décrit comme un nouveau gène d’ataxie cérébelleuse autosomique dominante par Hengel et al. (Brain 2025). Dans cette étude, 18 individus issus de 10 familles portaient un variant pathogène (p.Arg83Trp ou p.Ile27Thr) au sein du gène RAB3A, associé à une ataxie cérébelleuse débutant vers l’âge de 25 ans, le plus souvent isolée (N = 15/18). Par ailleurs, trois familles présentaient un trouble du neurodéveloppement, associant déficience intellectuelle, corps calleux fin et spasticité en lien avec d’autres variants RAB3A (p.Tyr91Cys, p.Glu189*, p.Gln210*). Méthode : Nous avons recherché des variants du gène RAB3A dans notre cohorte de 1235 patients atteints d’ataxie cérébelleuse ou de paraplégie spastique héréditaire, ayant bénéficié d’un exome à l’Institut du Cerveau (Paris). Résultat : Onze patients issus de cinq familles présentaient un variant pathogène au sein du gène RAB3A, correspondant une prévalence de 1% dans notre cohorte. Le variant récurrent p.Arg83Trp a été identifié chez huit patients appartenant à trois familles. Le phénotype était dominé par une ataxie cérébelleuse lentement progressive, débutant en moyenne à 25 ans. Les signes associés comprenaient des signes pyramidaux, des troubles cognitifs, et une dystonie laryngée. L’IRM cérébrale montrait systématiquement une atrophie cérébelleuse. Deux nouveaux variants ont été identifiés : - le variant p.Arg41Cys, observé chez deux frères présentant une paraparésie spastique débutée vers l’âge d’un an, associé à un retard du développement et une IRM cérébrale normale - le variant p.Asp181Tyr, retrouvé chez un patient présentant une paraparésie spastique apparue à l’âge de à 35 ans, associé à un syndrome parkinsonien. Discussion : L’implication de Rab3A dans les paraparésies spastiques et autres mouvements anormaux, tels que la dystonie et le syndrome parkinsonien, pourrait s’expliquée par les interactions de cette protéine avec, d’une part, la spastine – responsable la forme plus fréquente de paraparésie spastique héréditaire (SPG4), et d’autre part, avec des protéines associées à la physiopathologie du syndrome parkinsonien – notamment l’alpha-synucléine et Lrrk2. En conclusion, RAB3A apparait comme un nouveau gène impliqué dans l’ataxie cérébelleuse autosomique dominante, mais devrait également être considéré dans le cadre des paraparésies spastiques et potentiellement dans d’autres mouvements anormaux, tels que les dystonies et les syndromes parkinsoniens.
Charlotte MOURAUX (Liège, Belgique), Sacha WEBER, Jean-Loup MEREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Léna GUILLOT, Alexis BRICE, Alexandra DURR, Giulia COARELLI
16:30 - 17:30 #49201 - P124 SCA27A (FGF14) : présentation d’une large série de 39 patients et comparaison avec SCA27B.
P124 SCA27A (FGF14) : présentation d’une large série de 39 patients et comparaison avec SCA27B.

Introduction : SCA27A est une ataxie dominante à début souvent précoce liée à des mutations dans FGF14 (1). SCA27B est une ataxie dominante à début tardif liée à une expansion GAA intronique dans le même gène (2)(3). Nous souhaitons mieux caractériser le phénotype de SCA27A, afin de détecter les différences mais aussi les similarités avec SCA27B. Une meilleure définition phénotypique pourrait permettre d’élaborer des hypothèses sur les mécanismes pathogéniques. Méthodes : SCA27A : étude rétrospective internationale multicentrique (consortium SCANOP et SCA27B). SCA27B : recueil des données phénotypiques à partir des séries récentes publiées (3)(4)(5). Résultats : 39 patients avec SCA27A (26 familles) avec âge moyenne au début 12.5 +/- 16.38 (médiane 6 ans). Le plus fréquent symptôme initial est l’ataxie cérébelleuse, avec différentes manifestations en fonction de l’âge de début. Si début < 5 ans (n=18) : hypotonie (n=5) ou nystagmus/oscillopsie (n=9) et/ou ataxie de la marche (n=5) ou épisodique (n=2). Si début > 20 ans (n=9) : ataxie de la marche (n=4) avec parfois un tremblement des membres supérieurs ou du chef (n=2); ataxie épisodique (n=2) ; dystonie des membres inférieurs (n=1). Si début entre 5 et 20 ans (n=12) : tremblement des membres supérieurs (n =5), ataxie de la marche (n=4) ou épisodique (n=2) ; oscillopsie (n = 1). Une déficience intellectuelle, souvent légère à modéré, ou des troubles du langage et de l’apprentissage (sans déficience intellectuelle) sont décrit dans 25/39 patients, notamment chez les patients avec un début précoce (17/18). Le déclin cognitif n’est pas rapporté. L’âge moyenne à la dernière visite est 33.7 +/- 23.6 ans ; la durée moyenne de maladie 21 +/- 17.75 ans avec un score SARA moyen à la dernière visite de 10.6 +/- 7.4/40. Au cours de l’évolution, on retrouve une dystonie chronique (n=4) ou paroxystique (n =2) et d’autres symptomes paroxystiques avec ataxie (n=13), oscillopsie (n=3), migraines (n=8), épilepsie (n=4). Le principal facteur déclenchant était la fièvre (n =8). La 4-dyaminopiridine a été essayée dans 5 patients, avec une amélioration dans deux cas. Au niveau génétique nous retrouvons des délétions 13q33.1 incluant FGF14 (n=18), 6 variants non-sens et 2 faux-sens. Discussion: SCA27A est une ataxie avec phénotype variable mais, comme SCA27B, lentement évolutif ; d’autres similarités sont les symptômes épisodiques et oculomoteurs, parfois prédominants. La réponse à la 4-dyaminopiridine a été rarement testée dans SCA27A. Les principales différences sont l’âge de début (12.5 +/- 16.38 ans pour SCA27A vs 45-60 ans pour SCA27B) et la présence d’une composante développementale dans SCA27A. Dans les deux cas il s’agit de mutations induisant une haploinsuffisance. Cela suggère que pour SCA27A la perte de fonction est là dès le début, alors que pour SCA27B le mécanisme épigénétique d’inhibition de l’expression de la protéine pourrait être plus tardif, préservant la période développementale.
Cecilia MARELLI (Montpellier), Audrey RIQUET, Pablo IRUZUBIETA, Norbert BRUEGGEMANN, Mathilde RENAUD, Salomé PUISIEUX, Eugénie MUTEZ, Chloe ANGELINI, Matthis SYNOFZIK, Felix GSELL, Bart VAN DE WARRENBURG, Teije VAN PROOIJE, Martin VYHNALEK, Simona KARAMAZOVOVA, Alena ZUMROVA, Paul LOCKHART, John DRAGO, Alexander BALCK, Jone BOCOS-PORTILLO, Caroline ESPIL, Solene FRISMAND, Cyril GOIZET, Odile GOZE, Marie-Line JACQUEMONT, Bérénice LECARDONNEL, Meret MOELLER, David PELLERIN, Lydie BURGLEN, Francis RAMOND, Alexandra DURR, Claire GUISSART, Michel KOENIG, Bernard BRAIS, Florence RIANT
16:30 - 17:30 #49250 - P128 Analyse de l'exome d'une cohorte de patients présentant une sclérose latérale amyotrophique.
P128 Analyse de l'exome d'une cohorte de patients présentant une sclérose latérale amyotrophique.

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) ou maladie de Charcot est une maladie neurodégénérative caractérisée par une dégénérescence des motoneurones conduisant à une paralysie progressive. Une composante génétique de plus en plus importante est apparue dans cette maladie ces dernières années. L’objectif de notre travail a été d’étudier par séquençage de l’exome (exons des 22000 gènes du génome) de manière rétrospective une cohorte de patients atteints de SLA pour lesquels l’approche classique de diagnostic génétique a été négative (étude d’un panel de 30 gènes causaux). Cette étude a été réalisée dans le Laboratoire de biologie médicale de référence (LBMR) de la SLA au CHU de Tours. L’analyse bioinformatique des données de séquençage a été réalisée grâce à un pipeline Exome développé récemment en interne au CHU et à la plateforme inter-régionale DIAGHO d’interprétation des données génomiques développée par les Hôpitaux universitaires du grand ouest (HUGO). Dix patients présentant une SLA, sans variant pathogène identifié par panel ciblé, ont été retenus pour cette étude. Le séquençage et l’analyse diagnostique de leurs exomes ont révélé de nouveaux variants d’intérêt répartis dans des gènes variés. L’étude d’enrichissement fonctionnel des variants rares et prédits délétères a permis de confirmer la pertinence de variants déjà identifiés par des approches classiques ou de mettre en évidence de nouveaux variants d’intérêt. L’étude d’enrichissement fonctionnel des variants rares et délétères, réalisée à l’échelle de la cohorte entière, a mis en avant deux voies biologiques : la modification post traductionnelle des protéines et la réparation de l’ADN. Ainsi, le séquençage de l’exome apparaît comme un outil stratégique puissant pour élargir le spectre génétique connu de la SLA, affiner le diagnostic des patients, et générer de nouvelles hypothèses physiopathologiques. Le séquençage de l’exome, au-delà de son intérêt dans la SLA, ouvre des perspectives pour améliorer la classification des atteintes du motoneurone, et des pathologies neurodégénératives et ainsi améliorer leur prise en charge.
Elodie RICHARD (Tours), Patrick VOURC'H
16:30 - 17:30 #49290 - P132 Caractérisation du rôle du gène PURA dans le phénotype neurodéveloppemental associé aux duplications 5q31.
P132 Caractérisation du rôle du gène PURA dans le phénotype neurodéveloppemental associé aux duplications 5q31.

La protéine PURA (Purine-rich element binding protein A), codée par le gène PURA (5q31), est un régulateur transcriptionnel majeur qui se lie à l’ADN et à l’ARN et a un rôle essentiel dans le neurodéveloppement et la différenciation neuronale. L’haploinsuffisance de ce gène, bien décrite dans la littérature, est associée à un syndrome neurodéveloppemental sévère, caractérisé par un spectre large de symptômes incluant un retard moteur, un retard global du développement et une déficience intellectuelle. À ce jour, une seule duplication 5q31 de grande taille (3,36 Mb) incluant PURA a été décrite par Rosenfeld et al. en 2011, chez un patient présentant également un retard global du développement. Toutefois, les conséquences d’une duplication de PURA sur le développement neurocognitif n’avaient encore jamais été étudiées. Dans ce projet, après avoir démontré que la duplication est à l’origine d’une augmentation de l’expression de la protéine PURA, nous utilisons des modèles de surexpression de PURA, mimant ainsi la duplication de ce gène. Dans le cadre d’une collaboration nationale, nous avons identifié quatre duplications hétérozygotes de 5q31 (dont trois de novo) chez quatre patients non apparentés. Bien que moins sévères, ils présentent des symptômes similaires à ceux observés en cas de mutations ponctuelles ou de délétions du gène PURA. Afin d’évaluer l’impact potentiel d’une duplication de PURA sur la morphologie neuronale et d’explorer ses effets au niveau dendritique et synaptique, nous avons mené des études fonctionnelles in vitro sur des neurones primaires d’hippocampe d’embryons de souris. La transfection d’un plasmide PURA-MYC-DDK a permis la surexpression de PURA. Chez les neurones jeunes, nous avons montré que la surexpression de la protéine PURA induit une diminution significative de la complexité de l’arborisation dendritique proximale ainsi que du nombre de dendrites. Chez les neurones matures surexprimant PURA, la densité des épines dendritiques est significativement diminuée. En revanche, leur maturation n’est pas impactée. Nos résultats mettent en évidence qu’une surexpression de PURA influence le développement des neurones et pourrait contribuer au phénotype neurodéveloppemental observé chez les porteurs d’une duplication 5q31.
Laurine CHALLEAT (Tours), Solène REMIZE, Chloé BOISSEAU, David LAURENCEAU, Noémie CELTON, Lara KERBELLEC, Céline PEBREL-RICHARD, Matthieu EGLOFF, Caroline NAVARRO, Christine FRANCANNET, Tanguy NICLASS, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandrine VONWILL, Médéric JEANNE, Marie-Laure VUILLAUME-WINTER, Frédéric LAUMONNIER
16:30 - 17:30 #49341 - P136 Ataxies spinocérébelleuses associées au gène STUB1 : les expansions ATXN8OS sont un modificateur de SCA48.
P136 Ataxies spinocérébelleuses associées au gène STUB1 : les expansions ATXN8OS sont un modificateur de SCA48.

Introduction : Le gène STUB1 est impliqué dans deux formes d’ataxies cérébelleuses : les variants monoalléliques sont associés à l’ataxie spinocérébelleuse autosomique dominante de type 48 (SCA48) (Genis 2018), tandis que les variants bialléliques sont liés à l’ataxie spinocérébelleuse récessive de type 16 (SCAR16) (Shi 2013). Dans SCA48, la présence d’un allèle intermédiaire TBP est corrélée à une fréquence accrue de démence et à une réduction de la survie (Barbier 2023). Plus récemment, un début plus précoce a été associé au gène ATXN8OS (Baviera-Muñoz 2024), remettant en question l’existence de SCA48 comme entité clinique distincte. Méthodes : Nous avons réalisé un séquençage génomique par short-read (WGS) et mesuré par migration capillaire des amplicons les expansions CTG·CAG du gène ATXN8OS chez tous les individus de la cohorte SPATAX/BIOMOV de l’Institut du Cerveau de Paris (ICM) présentant une ataxie et au moins un variant STUB1. Résultats : Parmi les 46 patients SCA48 (28 familles) ayant bénéficié d’un WGS, un second variant STUB1 a été identifié chez seulement deux individus, établissant un diagnostic de SCAR16. Aucun autre gène causal n’a été identifié parmi 22 WGS analysés en profondeur pour 11 familles présentant un début précoce ou un pedigree suggérant d’une transmission récessive. Une ségrégation dominante a été confirmée dans 13 familles. L’analyse de l’expansion ATXN8OS chez 62 patients SCA48 a révélé une expansion intermédiaire (entre 50 et 117 répétitions) chez sept d’entre eux. Ces porteurs présentaient un âge de début significativement plus précoce par rapport aux non porteurs ATXN8OS, avec une médiane de 28 ans [26,31.5] contre 44 ans [37,51], respectivement, (p<0.0001), âge comparable à celui des patients SCAR16 (26 ans [20,29]). Cliniquement, ces sept patients présentaient une ataxie avec atrophie cérébelleuse et détérioration cognitive, parfois associées à des mouvements anormaux (dystonie ou parkinsonisme, 4/7), des signes pyramidaux (2/7) et une atrophie du pont (2/5). La présentation restait typique de SCA48 excepté un âge de début plus précoce. En comparaison, les patients SCAR16 (n = 13) présentaient plus fréquemment une spasticité (5/13), un retard de développement (3/10) et une progression plus rapide de la maladie, avec une survie réduite (âge de décès < 50 ans chez 6/13 patients). Conclusion : Nos résultats confirment que SCA48 constitue une entité clinique distincte, dont le phénotype peut être modulé par une expansion intermédiaire de ATXN8OS, associée à un âge de début plus précoce. Ces patients conservent les caractéristiques cliniques de SCA48 : ataxie, déclin cognitif parfois associés à des signes pyramidaux ou des mouvements anormaux. En comparaison, les patients SCAR16 présentent également un âge de début plus précoce, mais avec une progression plus rapide et des manifestations supplémentaires tel que des troubles du neurodéveloppement et de l’épilepsie.
Charlotte MOURAUX (Liège, Belgique), Jean-Loup MÉREAUX, Claire-Sophie DAVOINE, Léna GUILLOT NOEL, Adem NASRAOUI, Emilien PETIT, Anna HEINZMANN, Claire EWENCZYK, Alexis BRICE, Alexandra DURR, Giulia COARELLI
16:30 - 17:30 #49398 - P140 Identification d’un nouveau variant du gène SPG21 chez un patient présentant une paraparésie spastique complexe évolutive avec survie prolongée.
P140 Identification d’un nouveau variant du gène SPG21 chez un patient présentant une paraparésie spastique complexe évolutive avec survie prolongée.

Le syndrome MAST ou SPG21 (MIM #248900) est une cause rare de paraparésie spastique autosomique récessive. Il a été décrit pour la première fois en 2003 par Simpson et al. chez 14 patients issus d’une famille Amish présentant une clinique de paraparésie spastique puis une atteinte cognitive secondaire, et des anomalies à l’IRM cérébrale. Dans cette famille princeps a été mis en évidence le premier variant pathogène décrit dans SPG21 (anciennement nommé ACP33), à l’état homozygote. Par la suite, 9 nouveaux patients ont été rapportés dans le monde avec un phénotype similaire. Nous rapportons un individu de 70 ans ayant présenté des troubles de la marche apparus vers l’âge de 35 ans avant une évolution vers une paraparésie spastique complexe associant une atteinte extrapyramidale, cérébelleuse et bulbaire, puis progressivement une perte de la marche à l’âge de 62 ans, et un déclin cognitif avec anarthrie à l’âge de 70 ans. L’IRM cérébrale (52 ans) montre une atrophie cérébelleuse, un corps calleux fin, une atrophie cortico-sous corticale et des anomalies de la substance blanche périventriculaire. Une première analyse génétique par panel de gènes impliqué dans les paraparésies spastiques et les ataxies autosomique dominante est revenue négative en 2010, complétée en 2020 par une analyse en exome solo permettant d’identifier un variant faux sens du gène SPG21 à l’état homozygote (NM_016630.7:c.146T>G). Ce variant non décrit dans les bases de données a été classé comme probablement pathogène (classe 4) par le laboratoire. Il s’agit de l’individu porteur d’un syndrome Mast le plus âgé décrit dans la littérature. Mais son évolution semble plus lente que celle des autres patients précédemment décrits. Une seule autre famille, d’origine japonaise (Ishiura et al., 2014), a été rapportée porteuse d’un variant faux-sens homozygote. Les 2 individus porteurs présentaient une paraparésie spastique pure d’apparition plus tardive que chez les patients présentant des variants tronquants. Cela conforterait l’hypothèse d’une corrélation génotype-phénotype entre les variants faux-sens SPG21 et un phénotype moins sévère ou une progression plus lente de la maladie, par rapport aux cas en lien avec les variants tronquants.
Anaïs COUASNON (Caen), Audrey RIOU, Auriane COSPAIN, Christèle DUBOURG, Paul ROLLIER
16:30 - 17:30 #49578 - P144 Évolution des demandes de test génétique présymptomatique pour la Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale : expérience du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière.
P144 Évolution des demandes de test génétique présymptomatique pour la Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale : expérience du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière.

Les demandes de test génétique présymptomatique (TPS) pour Sclérose Latérale Amyotrophique – Démence Frontotemporale (SLA-DFT), encore anecdotiques dans les années 2000, font désormais partie de l’activité de routine du service de neurogénétique de la Pitié-Salpêtrière, au même titre que celles pour la maladie de Huntington. Nous avons comparé l’évolution de ces demandes entre 2008 et 2020 et au cours des cinq dernières années. Entre 2008 et 2020, une moyenne de 11 demandes de TPS par an a été enregistrée (extrêmes : 1–33), contre 56 par an depuis 2021 (42–69). L’âge moyen des demandeurs reste stable (42 vs 43 ans, 18–75 ans), avec une légère prédominance féminine (60 % vs 55 %). La majorité des personnes sont à risque de SLA et de DFT, avec une proportion constante d’individus à risque de portage d’une expansion pathologique dans C9orf72 (64–65 %). Le deuxième gène le plus fréquemment impliqué était GRN (9 %) jusqu’en 2020, dépassé depuis 2021 par SOD1 (12 % vs 6 % au cours de la période 2008-2020), possiblement en lien avec la disponibilité du traitement ciblé par Tofersen. Les motivations principales demeurent le désir de connaître son statut génétique (47 % vs 52 %) et d’informer ses enfants (16 % vs 15 %), tandis que les projets parentaux semblent moins moteurs au fil du temps (10 % vs 6 %). Depuis 2021, les tests sont moins fréquemment réalisés chez les personnes à risque de 25 % (10 % vs 5 %), possiblement en raison d’une meilleure acceptation du test proposé au préalable chez les ascendants. Le taux d’abandon reste stable (25 % vs 21 %), mais des reprises de démarche, plusieurs années après un premier rendez-vous, sont observées. Enfin, parmi environ 120 porteurs identifiés de variants pathogènes associés à la SLA-DFT, nous avons accompagné huit phénoconversions complètes au cours des dernières années (2 liées à SOD1, 6 à C9orf72). Ces résultats illustrent l’essor majeur des demandes de TPS pour SLA-DFT, désormais intégrées à la pratique clinique courante. L’expérience acquise avec la maladie de Huntington constitue un support précieux, mais le suivi longitudinal de cette nouvelle population et l’accompagnement du risque de phénoconversion soulèvent des défis inédits. En particulier, la singularité des gènes associées à la SLA-DFT comme C9orf72, associant un risque de progression rapide et de deux pathologies majeures mais différentes, amplifie l’incertitude et confronte les psychologues à de nouveaux enjeux de soutien, tant pour les sujets à risque que pour les familles. Des études prospectives, incluant un volet psychosocial, sont nécessaires pour élaborer des recommandations adaptées.
Maria Del Mar AMADOR (Paris), Stéphanie STARACI, Manon ROBERT, Melanie HEBERT, Elodie SCHAERER, Marie TEMPLE, Fabienne CLOT, Marcela GARGIULO, Alexandra DURR
16:30 - 17:30 #49668 - P148 Du prénatal au postnatal : phénotypage IRM du syndrome ReNU.
P148 Du prénatal au postnatal : phénotypage IRM du syndrome ReNU.

Des variants monoalléliques du gène non codant RNU4-2 (OMIM#620823) ont récemment été identifiés comme responsables du syndrome ReNU, l’un des troubles neurodéveloppementaux syndromiques monogéniques les plus fréquents (0,38–0,68 % des TND). Depuis sa description en 2024, plus de 200 patients ont été rapportés, la plupart présentant des anomalies cérébrales à l’IRM. Les anomalies les plus fréquemment décrites sont une hypoplasie du corps calleux et une ventriculomégalie, tandis que les anomalies de la myélinisation et les malformations corticales sont plus rares. Le but de notre étude est d’identifier des signes IRM récurrents ou spécifiques pour aider au diagnostic du phénotype lié à RNU4-2 et à la classification de variants de ce gène. Nous avons inclus 45 IRM de patients porteurs d’un variant pathogène de RNU4-2 avec IRM cérébrale disponible, chacune relue indépendamment par deux radiopédiatres expérimentés. Tous les patients présentaient un trouble du développement intellectuel. Parmi eux, vingt-six portaient le variant récurrent n.64_65insT (NR_003137.3). L’âge médian lors de la première IRM était de 2,1 ans (8 jours–31 ans). L’IRM était pathologique chez la majorité des patients (43/45). Les anomalies les plus fréquentes comprenaient une raréfaction de la substance blanche sus-tentorielle (32/45), prédominant en postérieur, parfois progressive dans la petite enfance, une ventriculomégalie passive (32/45), une hypoplasie des lobes frontaux (26/45), des hypersignaux périventriculaires T2/FLAIR linéaires non progressifs (10/45). Les anomalies de la ligne médiane observées incluaient un corps calleux fin (22/45), court (7/45) ou dysgénétique (2/45), et des bulbes olfactifs fins (30/45). A l’étage infratentoriel, une dysgénésie du vermis avec une fissure primaire oblique a été observée chez 14/45 patients. Une atrophie cérébelleuse modérée était présente chez 3/45, et un sillon bulbo-protubérantiel profond chez 18/45. Une hypoplasie du pont (2/45), du cervelet (1/45) ou des deux (2/45) a été retenue dans quelques cas. Deux IRM cérébrales fœtales réalisées à 32 et 34 SA montraient également des anomalies, avec une ventriculomégalie légère (11–12 mm) à modérée (14–15 mm). Notre étude met en évidence le profil radiologique du syndrome ReNU, associant ventriculomégalie passive sur raréfaction de la substance blanche, anomalies du corps calleux mais aussi des signes plus spécifiques comme l’hypoplasie des bulbes olfactifs et la dysgénésie vermienne très particulière chez un tiers des patients. La reconnaissance de ce faisceau de signes, en lien avec les caractéristiques cliniques déjà décrites, constitue un élément d’orientation majeur vers le diagnostic moléculaire de variants pathogènes du gène non codant RNU4-2.
Sarah BAER, Agathe CHAMMAS, Toan NGUYEN, Mri RNU4-2, Laurent GUIBAUD, Delphine HERON, Gaetan LESCA, Nicolas CHATRON, Christel DEPIENNE, Caroline NAVA, Amélie PITON, Nathalie BODDAERT, Eleonore BLONDIAUX, Sara CABET (Lyon)
16:30 - 17:30 #49951 - P152 PTCHD1 régule la neurogenèse humaine dans des modèles dérivés d’iPSC : implications dans les troubles du neurodéveloppement.
P152 PTCHD1 régule la neurogenèse humaine dans des modèles dérivés d’iPSC : implications dans les troubles du neurodéveloppement.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) concernent 5 à 15 % de la population générale et ne disposent actuellement d’aucun traitement efficace. Des variants pathogènes du gène lié à l’X PTCHD1 sont associés à la déficience intellectuelle avec ou sans troubles du spectre autistique. Dans un modèle murin knockout, nous avons montré que PTCHD1 régule la signalisation synaptique via PSD95 et SAP102 et le remodelage du cytosquelette via Rac1. Néanmoins, ses fonctions moléculaires et cellulaires restent cependant encore peu caractérisées. Afin d’explorer le rôle de PTCHD1 dans le développement cérébral humain, nous avons généré des modèles dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) portant soit une invalidation complète (knockout), soit d’un variant faux-sens de PTCHD1 p.(Tyr213Cys) retrouvé chez des patients. Les cellules progénitrices neurales (NPCs) dérivées de ces iPSC sont utilisées pour étudier la prolifération, la différenciation et l’organisation du cytosquelette aux stades précoces de la neurogenèse. En parallèle, des neurones corticaux dérivés d’iPSC nous permettent d’analyser les altérations à la fois de la morphologie neuronale et également de la signalisation et de la maturation synaptique. Ainsi, ces travaux fournissent un cadre unique pour élucider le rôle de PTCHD1 dans les troubles du neurodéveloppement et ouvrent des perspectives tant pour le diagnostic que pour le développement de stratégies thérapeutiques ciblées, avec un bénéfice potentiel pour les patients et leurs familles.
Devina UNG (Tours), Audrey DANGOUMAU, Sylviane MAROUILLAT, Florence DESPREZ, Frédéric LAUMONNIER
16:30 - 17:30 #49380 - P156 Premières descriptions de femmes atteintes d'albinisme oculaire récessif lié à l'X.
P156 Premières descriptions de femmes atteintes d'albinisme oculaire récessif lié à l'X.

L'albinisme oculaire récessif lié à l’X est une maladie rare, causée par des altérations du gène GPR143. Il représente environ 7 à 8 % de toutes les formes d'albinisme en Europe. Comme pour toutes les maladies récessives liées au chromosome X, seuls les hommes sont généralement touchés. Ils présentent les caractéristiques oculaires typiques de l'albinisme : nystagmus, hypoplasie fovéale, transillumination irienne, hypopigmentation du fond de l'œil et acuité visuelle basse. La pigmentation de la peau et des cheveux est normale. Les femmes porteuses hétérozygotes ne sont pas cliniquement affectées, mais présentent une transillumination ponctuée caractéristique de l'iris et un aspect marbré avec des plages d’hypopigmentation en périphérie du fond d’œil en raison de l'inactivation aléatoire du chromosome X. D’une manière générale, les femmes peuvent exceptionnellement présenter des signes de pathologies récessives liées au chromosome X. Cela peut se produire soit par l’existence de variants pathogènes hérités de la mère et du père (à l'état homozygote ou hétérozygote composite) ; soit par un biais d’inactivation du chromosome X, avec activation préférentielle du chromosome porteur du variant ; soit en présence d'une translocation X-autosome interrompant le gène impliqué dans la pathologie : le chromosome X normal est alors préférentiellement inactivé afin de préserver la fonction des séquences autosomiques présentes sur les chromosomes porteurs de la translocation. Nous rapportons ici pour la première fois deux cas de patientes présentant des caractéristiques cliniques typiques d’albinisme oculaire : l’une avec un variant homozygote, l’autre avec un biais complet d’inactivation du chromosome X. Nous soulignons l’importance de prendre en compte ces mécanismes lors de l’interprétation chez les femmes de variants situés sur le chromosome X.
Vincent MICHAUD (Bordeaux), Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Marta SPODENKIEWICZ, Carl ARNDT, Marie MASSIER, Cécile COURDIER, Eulalie LASSEAUX-ROBINE, Claudio PLAISANT, Benoit ARVEILER
16:30 - 17:30 #49658 - P160 Variations de l’ADN mitochondrial et surdité isolée.
P160 Variations de l’ADN mitochondrial et surdité isolée.

Les surdités génétiques touchent 1 personne pour 700 à 1000 naissances et peuvent être congénitales ou survenir à tous les âges de la vie. De nombreuses causes génétiques de surdité ont déjà été identifiées, héritées selon tous les modes de transmission actuellement connus. On estime qu’environ 1% des surdités génétiques serait lié à des variations de l’ADN mitochondrial. Parmi elles, certaines variations mitochondriales sont connues pour augmenter le risque de surdité suite à une exposition à un traitement par les aminosides (comme le variant m.1555A>G du gène MT-RNR1 par exemple) et ont fait l’objet de nombreuses études. Parfois la surdité peut être le premier signe clinique et la surdité peut ensuite évoluer vers une forme syndromique au cours de la vie. Enfin, certains variants restent peu documentés, comme c'est le cas du variant m.1027A>G du gène MT-RNR1. Après avoir identifié le variant m.1027A>G dans trois familles indépendantes présentant des cas de surdité, nous avons réalisé une revue exhaustive de la littérature. Nous avons recherché d’autres patients porteurs de cette variation via le réseau moléculaire national (filière Sensgene, CRMR Surdité génétique). Nous avons ensuite exploré l’hypothèse de l’influence de l’haplogroupe pour les différentes familles identifiées. Enfin, la co-existence de maladies auto-immunes ou auto-inflammatoires (MAI) dans plusieurs des familles concernées pourrait augmenter le risque de survenue d’une surdité et expliquer l’existence de phénotypes extrêmement variables au sein d’une même famille.
Pénélope GOUBARD, Laurence JONARD, Ralyath BALOGOUN (PARIS), Isabelle LEMIERE, Margaux SEREY-GAUT, Sandrine MARLIN
16:30 - 17:30 #49963 - P164 Caractérisation clinique et cellulaire d’une patients liée à des variations pathogènes du gène PIK3C2A.
P164 Caractérisation clinique et cellulaire d’une patients liée à des variations pathogènes du gène PIK3C2A.

PIK3C2A est un membre de la famille des phosphatidylinositol-3-kinases (PI3K) de classe II qui catalyse la phosphorylation du phosphatidylinositol (PI) en PI(3)P et du PI(4)P en PI(3,4)P2. Ces lipides seconds messagers régulent un large éventail de voies de signalisation en aval impliquées dans de nombreuses fonctions physiologiques et processus cellulaires, notamment la prolifération, la croissance, la survie, la motilité et le métabolisme des cellules. PIK3C2A est également impliqué dans la régulation de la formation et du maintien des cils primaires et dans la régulation de l'endocytose médiée par les récepteurs à la base du cil. PIK3C2A a récemment été associé à un nouveau syndrome oculo-squeletto-dentaire (OCSKD MIM#618440, ORPHA:557003), associant une petite taille, des traits faciaux grossiers, des anomalies oculaires et squelettiques. Nous décrivons ici la 5ème famille présentant un syndrome lié à PIK3C2A caractérisé par des cataractes pulvérulentes et une surdité. En utilisant le séquençage de l'exome en trio, nous avons identifié deux nouveaux variants hétérozygotes composites dans PIK3C2A, un non sens (NM_002645.4:c.1024C>T, p.(Arg342*))) et un faux-sens (NM_002645.4:c.3695 T>C, p.(Phe1232Ser)) pour lesquels des tests fonctionnels ont été nécessaires pour évaluer leur impact. Les études cellulaires des fibroblastes de peau dérivés de la patiente ont révélé un niveau de protéine PIK3C2A normal mais une enzyme défectueuse. Des études sur le phénotype ciliaire des cellules du patient ont montré une altération de la formation et de la fonction des cils ainsi qu'une capacité de prolifération réduite. Cette étude élargit le spectre clinique et mutationnel du syndrome lié à PIK3C2A.
Adella KARAM, Clarisse DELVALLÉE, Elodie JAVEY, Pascal KESSLER, Valérie PELLETIER, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Nicolas LE MAY, Jean MULLER (Strasbourg), Hélène DOLLFUS
16:30 - 17:30 #49789 - P168 Le spectre mutationnel du gène GALC associé à la maladie de Krabbe au Maroc.
P168 Le spectre mutationnel du gène GALC associé à la maladie de Krabbe au Maroc.

La maladie de Krabbe, ou leucodystrophie à cellules globoïdes, est une maladie lysosomale, caractérisée par une neurodégénérescence dont la sévérité varie en fonction de l'âge d'apparition (infantile, juvénile, ou adulte). Cette maladie génétique rare, de transmission autosomique récessive, est due à la mutation du gène GALC, qui code pour l'enzyme lysosomale galactocérébrosidase. L’objectif de cette étude est de colliger l’ensemble des variants pathogènes du gène GALC et ainsi permettre une corrélation permettre une meilleure corrélation phénotype-génotype. Nous rapportons les résultats de l’étude clinique et moléculaire de 5 patients non apparentés atteints de la maladie de Krabbe, diagnostiqués entre 2014 et 2025. L’âge moyen du début de la symptomatologie est de 8 mois, et est caractérisée notamment par des épisodes fébriles inexpliqués, des crises myocloniques, la cécité et la régression psychomotrice. L’évolution fut fatale dans les 5 cas rapportés. L’analyse du gène GALC grâce au séquençage d’exome à haut débit a confirmé le diagnostic, par mise en évidence de mutations bi-alléliques du gène. Au total, 7 variants, à type de mutation ponctuelle par substitution en région codante du gène ont été identifiées. A notre connaissance, il s’agit de la première étude transversale d’une série de cas qui décrit les caractéristiques clinques et moléculaires de la maladie de Krabbe au Maroc, et qui met en évidence une grande hétérogénéité génétique. Devant la fréquence élévée de consanguinité estimée à 15,25%, le conseil génétique, avec dépistage des hétérozygotes porteurs des variants pathogènes du gène GALC, essentiellement dans ces familles est essentielles, le seul traitement actuellement disponible, dans les formes infantiles présymptomatiques et les formes tardives légères, le traitement étant limité à la transplantation des cellules souches hématopoïétiques.
Fatima Zahra OUTTALEB (Casablanca, Maroc), Mohamed EL ALAOUI EL ABEDELLAOUI, Ilham RATBI, Abdelaziz SEFIANI
16:30 - 17:30 #49914 - P172 Modulation de l'hétéroplasmie des cellules immunitaires dans un contexte de maladie mitochondriale.
P172 Modulation de l'hétéroplasmie des cellules immunitaires dans un contexte de maladie mitochondriale.

Les maladies mitochondriales constituent un groupe de troubles génétiques rares, causées par des variants pathogènes dans l’ADN nucléaire (ADNn) ou mitochondrial (ADNmt). La mitochondrie assure la transcription de son propre ADNmt codant strictement pour des protéines mitochondriales. Cliniquement, ce sont des maladies complexes avec une grande hétérogénéité, en termes de tissus affectés ou gravité. Dans le cas particulier de variants dans l’ADNmt, cette variabilité s’explique en partie par la génétique de l’ADNmt. Chaque cellule présente un nombre de copies d’ADNmt variant de quelques dizaines à plusieurs milliers. Les génotypes sauvages et pathogène peuvent coexister, c’est l’hétéroplasmie s’exprimant en pourcentage de copies pathogènes et variant de 5 à 100% chez les patients versus <10% pour les porteurs asymptomatiques. Les pathologies associées sont principalement Leigh syndrome, Pearson syndrome, LHON, MELAS. Les atteintes immunitaires sont largement méconnues chez les patients atteints de maladies mitochondriales. Plus spécifiquement, nous émettons l’hypothèse que le taux d’hétéroplasmie dans les populations des cellules immunitaires conditionne la réponse immunitaire et affecte la qualité de la santé globale des patients. Le projet repose sur une cohorte de patients recrutés depuis janvier 2022 dans le cadre d'une étude de cohorte observationnelle prospective dans le cadre du suivi clinique via le centre de référence pour les maladies mitochondriales (CARAMMEL). Le premier objectif du projet vise à décrire et quantifier l’ensemble des populations immunitaires (lymphocytes, monocytes, cellules NK, DC…) dans le sang circulant par le développement et l’application d’un panel de cytométrie spectrale à 30 couleurs. Dans une deuxième étape, nous développons une nouvelle méthode de séquençage en cellule unique, combinant l’analyse simultanée du transcriptome et du séquençage de l’ADNmt. Ceci permettra de décrire et potentiellement corréler des dysfonctionnements avec le taux d’hétéroplasmie par cellule et donc par populations immunitaires. Enfin, nous utilisons comme modèle des macrophages dérivés de moelle osseuse de souris pour mettre au point le séquençage long-read du génome mitochondrial avec la société Smartlife et évaluer l’impact d’activation de la réponse immunitaire sur la réplication de l’ADNmt (drogues, pathogènes). Par la suite, nous transposerons l’approche à des cellules issues de patients afin de suivre la variation potentielle du taux d’hétéroplasmie lors de l’activation des cellules immunitaires. Les principaux obstacles à la compréhension des conséquences immunologiques et de leur impact sur les maladies mitochondriales sont liés à la complexité du système immunitaire. Cette étude constitue une occasion unique de découvrir de nouveaux marqueurs pour le diagnostic clinique et de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques pour les troubles mitochondriaux.
Célia LAMOTHE, Angela SEQUEIRA (bordeaux), Ndeye-Fatou NGOM, Parnika MUKHERJEE, Sophie BRUNETS, Leif-Erik SANDER, Emmanuel SALIBA, Aurélien TRIMOUILLE, Johan GARAUDE
16:30 - 17:30 #48945 - P176 Développement et validation d'une méthode de calcul du score de risque polygénique du cancer du sein PRS313 par séquençage ciblé NGS.
P176 Développement et validation d'une méthode de calcul du score de risque polygénique du cancer du sein PRS313 par séquençage ciblé NGS.

Les scores de risque polygéniques (PRS) sont des outils génétiques qui quantifient la prédisposition d'un individu à certaines maladies en combinant les effets de nombreux variants génétiques. Le PRS313 comprend 313 variants génomiques et a été intégré au modèle de prédiction BOADICEA et au logiciel CanRisk afin d'affiner l'évaluation du risque de cancer du sein. Cependant, sa mise en œuvre actuelle repose sur des puces à ADN SNP, ce qui limite son utilisation dans les laboratoires d’oncogénétique, basés sur le séquençage. Dans cette étude, nous avons directement comparé la technologie des puces Oncoarray et le séquençage NGS ciblé afin de déterminer le PRS313. Les deux méthodes ont été testées sur 154 patients. Afin de remplacer les SNP du PRS313 présentant une faible couverture de séquençage et/ou situés dans des régions à faible complexité, 27 SNP proxy présentant un déséquilibre de liaison élevé ont été intégrés au panel. Après cette optimisation, le PRS313 dérivé du NGS a montré une forte concordance avec la référence Oncoarray (R² = 0,95), avec une sensibilité et une spécificité atteignant respectivement 96 % et 97 %. De plus, la catégorie de risque clinique, telle que définie par CanRisk, est restée cohérente dans 97 % des cas pour les deux méthodes. Ces résultats valident l'utilisation du NGS ciblé pour le calcul du PRS313, démontrant sa faisabilité, sa précision et son potentiel d'intégration facile dans les laboratoires d’oncogénétique de routine. En permettant le calcul du PRS à partir des mêmes données de séquençage que celles utilisées pour les recherches de mutations rares, cette approche élimine le besoin de plateformes de génotypage distinctes, offrant une solution rentable et cliniquement pratique pour soutenir la mise en œuvre à plus grande échelle de la prédiction personnalisée du risque de cancer du sein.
Flora PONELLE-CHACHUAT, Mathis LEPAGE (Clermont ferrand), Sandrine VIALA, Edith LE FLOCH, Claire DANDINE-ROULLAND, Delphine BACQ, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Nancy UHRHAMMER, Mathilde GAY-BELILLE, Yannick BIDET, Maud PRIVAT
16:30 - 17:30 #49110 - P180 Syndrome de Birt-Hogg-Dubé: Probabilité d'identifier une mutation FLCN en fonction du tableau clinique.
P180 Syndrome de Birt-Hogg-Dubé: Probabilité d'identifier une mutation FLCN en fonction du tableau clinique.

Le syndrome de Birt-Hogg-Dubé est une maladie autosomomique dominante liée à la présence de mutation dans le gène FLCN. Cliniquement, les patients présentent des atteintes cutanées avec des fibrofolliculomes, des atteintes pulmonaires avec une maladie kystique du poumon et des pneumothorax et des atteintes rénales avec divers sous types de cancers du rein. La littérature sur la pénétrance et l'expressivité de la maladie chez les porteurs de mutations FLCN est vaste, mais aucune étude n'a encore exploré la probabilité réelle de mettre en évidence une mutation du gène FLCN chez les nombreux cas index adressés pour screening moléculaire, en fonction de leurs signes cliniques. Notre laboratoire, LBMR dans le diagnostic du syndrome BHD, a collecté les donnée de 1084 cas index adressé pour screening du gènes FLCN et a calculé la probabilité pour un cas index, en fonction de son tableau clinique, d'être porteur d'une mutation du gène FLCN. A titre d'exemple, un patient avec des kystes du poumon isolé, ne sera porteur d'une mutation FLCN que dans 4,8% des cas. A l'inverse, les malades avec fibrofolliculomes multiples isolés seront mutés dans 55% des cas. On atteint 82% de porteurs de mutation FCLN dans le groupe de cas indexs fibrofolliculome + pneumothorax. Par ailleurs, nous rapportons les données cliniques des 319 cas index mutés et de leur 244 apparentés atteints (plus grande cohorte publiée à ce jour), et proposons une nouvelle estimation de la pénétrance de ce syndrome, probablement tres sur-évaluée dans la littérature qui l'évalue autour de 80% à 60 ans. Ce travail représente la plus grande cohorte de patient BHD publiée à ce jour et aide les cliniciens à stratifier le risque pour leurs malades d'êtres porteurs d'un syndrome BHD.
Agathe HERCENT (Paris), Ibrahima BA, Jerome LAMORIL, Philippe LAFITTE, Karim DIALLO, Mickael MARY, Malika CHELBI, Farah MESLI, Amira BENATTIA, Stephan RICHARD, Marie-Charlotte VILLY, Marine SROUSSI, Olivier INGSTER, Pauline BATAILLE, Geoffroy HICKMAN, Pascaline BERTHET, Maud BRANCHAUD, Bruno CRESTANI, Raphael BORIE, Caroline KENNENGIESSER, Dimitri TCHERNITCHKO
16:30 - 17:30 #49261 - P184 SDHAF4 : Identification d’un nouveau gène candidat de prédisposition aux paragangliomes.
P184 SDHAF4 : Identification d’un nouveau gène candidat de prédisposition aux paragangliomes.

Contexte Les paragangliomes (PGL) sont des tumeurs neuroendocrines rares pour lesquels une prédisposition génétique est identifiée dans environ 30% des cas. Près de la moitié des formes héréditaires est liée à l’inactivation d’un des gènes codant pour les sous-unités de la succinate déshydrogénase, SDHA, SDHB, SDHC et SDHD, conjointement appelés gènes SDHx. La perte d’expression de la protéine SDHB en immunohistochimie (IHC) dans un tissu tumoral est un marqueur sensible et spécifique permettant de suspecter une altération d’un gène SDHx, tandis qu’une perte d’expression de la protéine SDHA oriente spécifiquement vers une altération du gène SDHA. Toutefois, certains PGL présentent une perte d’expression de SDHB sans altération identifiable sur les gènes SDHx connus, suggérant l’implication de gènes appartenant à la famille SDHx non établis jusqu’alors comme gènes de susceptibilité aux PGL. Méthodes Nous avons étudié quatre patients non apparentés atteints de PGL ORL isolés présentant un profil IHC SDHB–/SDHA+. Aucun variant pathogène ou probablement pathogène, constitutionnel ou somatique, n’a été identifié sur les gènes SDHA, SDHB, SDHC et SDHD, ni sur le gène SDHAF2 (codant un facteur d’assemblage de la SDH). L’hyperméthylation des promoteurs de SDHB, SDHC et SDHD a été exclue. Une analyse du gène SDHAF4 a ensuite été réalisée sur ADN tumoraux et constitutionnels associant séquençage NGS et analyse de méthylation du promoteur. L’étude a été complétée par un séquençage d’ARN tumoral. Résultats Des altérations constitutionnelles de SDHAF4 ont été identifiées chez trois patients, systématiquement associées à une hyperméthylation somatique du promoteur, compatible avec un mécanisme d’inactivation biallélique du gène. Pour le quatrième patient, seule une hyperméthylation somatique du promoteur a été retrouvée. L’étude a ensuite été étendue à une cohorte plus large de patients atteints de PGL non expliqués génétiquement : quatre autres patients (deux avec PGL ORL, un avec PGL vésical et un présentant des PGL ORL multiples) portaient des variants constitutionnels rares et potentiellement pathogènes de SDHAF4. Toutefois, la confirmation IHC n’a pas pu être obtenue en raison de l’indisponibilité des tissus tumoraux. Enfin, une analyse transcriptomique de 40 PGL de divers génotypes a montré que les tumeurs présentant une altération SDHAF4 (n=4) clusterisaient avec les autres tumeurs SDHx-dépendantes. Conclusion Le gène SDHAF4, codant une protéine essentielle à l’assemblage de la succinate déshydrogénase, apparaît comme un nouveau gène candidat de prédisposition aux PGL. Les résultats obtenus de caractérisation génétique et immunohistochimique suggèrent fortement pour ce gène un rôle suppresseur de tumeur. Ces résultats pourraient avoir des implications importantes pour le diagnostic moléculaire et le conseil génétique, sous réserve de validation de l’implication de SDHAF4 dans des cohortes plus larges de patients et d’études fonctionnelles complémentaires.
Roseline VIBERT, Timothée MOYRET, Mathilde FILSER, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Marguerite HUREAUX, Judith FAVIER, Alexandre BUFFET, Nelly BURNICHON (PARIS)
16:30 - 17:30 #49309 - P188 Etude de COségrégation de VARiants (COVAR) de gènes de prédisposition aux cancers : un outil de classification des variants de signification incertaine.
P188 Etude de COségrégation de VARiants (COVAR) de gènes de prédisposition aux cancers : un outil de classification des variants de signification incertaine.

Les tests de prédisposition aux cancers sont maintenant entrés dans la pratique médicale. Si l’identification d’un Variant pathogène (VP) permet de faire des recommandations de suivi et de prévention ou de retenir un traitement par inhibiteur de PARP (pour BRCA1 ou BRCA2), l’identification d’un Variant de Signification Incertaine (VSI) ne le permet pas. Tout autant de VSI que de VP sont quotidiennement identifiés (8,388 VSI différents contre 5,187 VP pour APC, BRCA1, BRCA2, BMPR1A, CDH1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PALB2, PMS2, POLE, PTEN, RAD51C/D, SMAD4, et TP53, données de la base de données nationale FrOG (frog-db.fr, www.youtube.com/watch?v=tZs6y324GSk, voir communication). L’interprétation des VSI est donc devenue un enjeu médical majeur. Que ce soit pour un modèle multifactoriel bayésien ou en s’appuyant sur les critères ACMG, un élément essentiel et quantifiable pour la classification des VSI est la coségrégation d’un variant avec la maladie dans les familles présentant le même variant. Le modèle multifactoriel met à profit, notamment pour les syndromes de prédisposition les plus fréquents, le fait qu’un VSI ségrége dans plusieurs familles a priori non apparentées. L’étude COVAR (COsegregation VARiant) a donc pour objectif la prise en compte des données de co-ségrégation. Elle repose sur le réseau de consultations et de laboratoires du Groupe Génétique et Cancer d’UNICANCER (GGC) et sur la nouvelle base de données nationale de variants FrOG (voir communication). A l’origine, seuls les VSI issus des deux gènes majeurs impliqués dans les cancers héréditaires du sein et/ou de l’ovaire, BRCA1 et BRCA2, permettaient de proposer l’étude clinique au cas index d’une famille ayant alors pour rôle d’inviter ses apparentés à participer. Nous avons montré la pertinence de l’utilisation de la coségrégation avec la classification de 101 VSI de BRCA1 et BRCA2 en (probablement) pathogène ou (probablement) bénin retrouvés chez 1,624 familles (Caputo et al, Am J Hum Genet, 2021) COVAR est aujourd’hui possible pour les variants des autres gènes diagnostiques de prédisposition aux cancers. La sélection des variants éligibles COVAR est réalisée par les différents groupes de classement/curation du GGC selon plusieurs critères (nombre de familles, impact sur l’ARN, impact prédit au niveau protéique, test fonctionnel …) pour mener les études de co-ségrégation. Les résultats seront utilisés dans des modèles adaptés à la classification des variants. Aujourd’hui, nous sommes à 149 variants classés et nous avons apporté une réponse à 2489 familles. En septembre 2025, nous avons inclus 6432 patients de 1700 familles pour les gènes APC, BRCA1, BRCA2, CDH1, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, POLE, PTEN, RAD51C/D, SMAD4, et TP53. Les résultats des modèles de classification utilisés sont directement renseignés dans la base FrOG.
Sandrine CAPUTO (Paris), Lisa GOLMARD, Severine ADAMS, Aichetou LEMRABOTT, Noémie BASSET, Nadia BOUTRY-KRYZA, Laurent CASTERA, Céline GARREC, Mathilde GAY-BELLILE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Marie-Pierre BUISINE, Natalie JONES, Albain CHANSAVANG, Edwige KASPER, Fanny LASALLE, Mélanie LEONE, Mathis LEPAGE, Elise PIERRE-NOEL, Maud PRIVAT, Sabine RAAD, Audrey REMENIERAS, Marie-Aude ROBERT-DE-RANCHER, Etienne ROULEAU, Unicancer Genetic Group COVAR, Dominique STOPPA-LYONNET
16:30 - 17:30 #49331 - P192 Nouvelles recommandations européennes concernant le diagnostic, la prise en charge, la surveillance, la qualité de vie et le conseil génétique pour le syndrome CMMRD par l’ERN GENTURIS et le consortium Care for CMMRD.
P192 Nouvelles recommandations européennes concernant le diagnostic, la prise en charge, la surveillance, la qualité de vie et le conseil génétique pour le syndrome CMMRD par l’ERN GENTURIS et le consortium Care for CMMRD.

Le syndrome de déficience constitutionnel du système de réparation des mésappariements de l'ADN (CMMRD), décrit pour la première fois il y a 25 ans, confère un risque extrêmement élevé de développer divers cancers au cours de la vie, notamment hématologiques, cérébraux et gastro-intestinaux. Il est également associé à plusieurs manifestations non tumorales. Notre compréhension de ce syndrome s’est améliorée, et de nouvelles analyses ont été développées pour aider à son diagnostic. Les protocoles de surveillance doivent être adaptés aux études récentes évaluant leur efficacité. La réponse aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire ainsi que l’efficacité et la toxicité d’autres traitements ont été documentées. Une mise à jour et une harmonisation des différentes recommandations existantes pour ce syndrome étaient nécessaires. Soixante-douze experts du réseau européen de référence GENTURIS et/ou du consortium européen Care for CMMRD, ainsi qu’un représentant des patients, ont élaboré des recommandations portant sur le diagnostic, le conseil génétique, la surveillance, la qualité de vie et la prise en charge clinique des patients atteints de syndrome CMMRD, à partir d’une revue complète de la littérature, suivies d’un processus Delphi. Les recommandations relatives au diagnostic définissent les critères de test, les stratégies de dépistage et les critères diagnostiques du CMMRD. Celles concernant la surveillance couvrent chaque type de tumeur associée au syndrome, en précisant l’âge de début, la fréquence et les modalités de suivi. Les recommandations cliniques abordent les traitements anticancéreux, la gestion des tumeurs bénignes ou des signes non tumoraux, ainsi que la chimioprévention. D’autres recommandations traitent du conseil génétique et de la qualité de vie. Sur la base des données disponibles et des guidelines existantes, 82 recommandations sont proposées pour améliorer et harmoniser la prise en charge des patients atteints de CMMRD en Europe. Ces recommandations peuvent être adaptées selon les situations individuelles.
Chrystelle COLAS (PARIS), Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Manon SUERINK, Richard GALLON, Christian P. KRATZ, Éloïse AYUSO, Katharina WIMMER, Laurence BRUGIÈRES
16:30 - 17:30 #49384 - P196 PREDI-LYNCH : Vers une surveillance non invasive des cancers liés au syndrome de Lynch – un essai clinique européen avec un leadership français.
P196 PREDI-LYNCH : Vers une surveillance non invasive des cancers liés au syndrome de Lynch – un essai clinique européen avec un leadership français.

Le syndrome de Lynch (LS) est le syndrome de prédisposition héréditaire au cancer le plus fréquent, touchant environ 1 personne sur 400, soit près de 1,1 million de porteurs en Europe. Il confère un risque élevé de cancer colorectal et de cancer de l’endomètre, ainsi que d’autres cancers. Malgré sa fréquence et sa gravité, le LS reste sous-diagnostiqué et insuffisamment pris en charge, entraînant de fortes inégalités d’accès au dépistage, à la surveillance et aux soins en Europe. Aujourd’hui, la surveillance repose principalement sur des procédures invasives, coûteuses (coloscopies répétées, endoscopies gynécologiques, biopsies), contraignantes pour les patients, et ayant un impact négatif sur l’adhésion aux programmes de suivi et la qualité de vie. Le projet européen PREDI-LYNCH propose une approche innovante, multidisciplinaire et basée sur l’analyse de biopsies liquides (sang, urine, selles, prélèvements vaginaux) et des algorithmes d’intelligence artificielle, ayant pour objectif la détection plus précoce des cancers colorectaux et extra-coliques (notamment endométrial et urothélial). Ce projet impliquant ces tests non invasifs dans un essai clinique randomisé, portant sur 2 000 porteurs du LS, répartis sur 27 centres européens, permettra de comparer la performance diagnostique de ces analyses, leur coût et leur acceptabilité par rapport à la surveillance actuelle, tout en réduisant la charge liée aux examens invasifs. La France, via le Groupe Génétique et Cancer et Unicancer, assurera un rôle clé dans ce projet, avec au moins 16 centres cliniques participants et 1130 patients inclus, représentant la majorité du recrutement européen. L’étude intégrera une évaluation des enjeux éthiques, juridiques et sociaux, et s’appuiera sur les infrastructures européennes ELIXIR/GDI pour garantir l’interopérabilité, le partage sécurisé des données et la pérennité scientifique du projet. PREDI-LYNCH a pour objectif de valider des tests non invasifs de biopsie liquide (sang, urine, selles, prélèvements vaginaux) en visant au moins un test avec une sensibilité et spécificité égales ou supérieures aux standards actuels. Il développera des tests MSI à faible coût sur différents biofluides. Le projet développera des outils de prédiction personnalisés via l’IA, harmonisera les données au sein des infrastructures européennes (ELIXIR/GDI), et intégrera une approche éthique, sociale et réglementaire. Ce projet contribuera au Plan Cancer européen en proposant des stratégies de surveillance innovantes, acceptables et personnalisées, permettant de limiter les examens invasifs. La France, acteur majeur du projet, renforcera sa place dans la recherche translationnelle, l’amélioration des parcours de soins pour les porteurs du LS et dans la médecine de précision dans les cancers héréditaires.
Chrystelle COLAS (PARIS), Toni SEPPÄLÄ, Laure MONARD, Mev DOMINGUEZ VALENTIN
16:30 - 17:30 #49475 - P200 Sécurité du dépistage du cancer gastrique par endoscopie chez les porteurs de variants pathogènes CDH1.
P200 Sécurité du dépistage du cancer gastrique par endoscopie chez les porteurs de variants pathogènes CDH1.

Introduction Chez les porteurs asymptomatiques de variants pathogènes CDH1, une surveillance endoscopique experte est de plus en plus considérée comme une alternative à la gastrectomie totale prophylactique. Trois raisons expliquent cette évolution: 1. Révision à la baisse du risque cumulé de cancer agressif (6-10%), 2. Evidence croissante pour une nature indolente des foyers de carcinome intramuqueux (pT1a), 3. Performances de la gastroscopie. Méthodes Nous avons repris les données des porteurs asymptomatiques CDH1 inscrits au centre de suivi INCa de l’Hôpital Saint-Antoine, APHP Sorbonne Université. Nous décrivons ici les patients n’ayant pas souhaité de gastrectomie, et bénéficiant d’un suivi endoscopique sur le long terme consistant en une gastroscopie annuelle selon le protocole de Cambridge. Résultats Notre série comporte 20 porteurs, huit femmes et douze hommes, avec un âge moyen de 42 ans. Des antécédents familiaux de cancer gastrique étaient présents chez 13/20 cas (65%). La durée moyenne de suivi était de 62 mois. Dix foyers intramuqueux (pT1a) ont été identifiés chez six patients (30 %), neuf sur biopsies aléatoires et un sur biopsie ciblée d’une lésion blanchâtre. Il n’y avait ni atypies cellulaires, ni mitoses. Les patients concernés ont poursuivi la surveillance, avec un contrôle rapproché en cas de biopsie positive. Aucun cancer agressif (>pT1a) n’a été observé dans notre série, et tous les patients continuent leur suivi à ce jour. Après une biopsie pT1a positive, la durée maximale de suivi atteignait 82 mois (moyenne : 33 mois). Discussion La surveillance endoscopique annuelle en centre expert apparaît sûre chez les porteurs asymptomatiques de variants pathogènes CDH1. L’identification de foyers pT1a isolés ne justifie pas une gastrectomie prophylactique. Nous soulignons l’importance d’une prise en charge individualisée et éclairée.
Patrick BENUSIGLIO (Paris), Romain LEENHARDT, Caroline DUROS, Laura SIRMAI, Antoine DARDENNE, Leana PERDRIAU, Metras JULIE, Jean-Marc GORNET, Magali SVRCEK, Xavier DRAY
16:30 - 17:30 #49548 - P204 Syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN révélé par des malformations vasculaires : analyse rétrospective de 28 cas.
P204 Syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN révélé par des malformations vasculaires : analyse rétrospective de 28 cas.

Les malformations vasculaires constituent une manifestation clinique méconnue du syndrome tumoral hamartomateux lié à PTEN (PHTS), entraînant une errance diagnostique fréquente chez les patients concernés. Moins d’une vingtaine de cas de PHTS avec malformations vasculaires ont été décrits de façon précise dans la littérature. Afin de mieux caractériser ce phénotype méconnu et d’en préciser la place parmi les critères diagnostiques du PHTS, nous avons rassemblé la plus grande série de patients PHTS présentant des anomalies vasculaires. Le but de l’étude est de décrire précisément les caractéristiques cliniques et radiologiques des anomalies vasculaires associées aux variants pathogènes (VP) du gène PTEN, et d’évaluer l’importance des anomalies vasculaires comme signe d’appel diagnostique du PHTS. Nous avons mené une étude rétrospective de 2018 à 2025 sur 460 patients adressés pour une recherche d’anomalie génétique germinale dans le contexte d’anomalies vasculaires (malformations artério-veineuses, capillaires et veineuses). Le séquençage haut débit par la technique d’enrichissement par capture d’un panel de 135 gènes incluant PTEN a été réalisé chez ces patients. Nous rapportons 28 cas (6,1 %) de patients porteurs d’un VP germinal du gène PTEN (dont 7 variants de novo), constituant ainsi la plus importante cohorte publiée de PHTS avec malformations vasculaires. Parmi eux, on compte 15 hommes et 13 femmes, avec un âge moyen au diagnostic moléculaire de 27 ans (extrêmes : 6-56). La macrocéphalie était présente dans 86% des cas. Aucune corrélation génotype-phénotype vasculaire n’a été observée. Les anomalies vasculaires observées se répartissaient équitablement entre trois groupes phénotypiques précis : malformations artério-veineuses atypiques (malformations à haut débit évoquant des malformations artério-veineuses sans nidus classique), angiomatose des tissus mous (anomalies fibro-adipeuses vasculaires douloureuses avec composante graisseuse et veines profondes), et malformations à flux lent (malformations veineuses, capillaires ou lymphatiques isolées). En conclusion, cette série inédite souligne l’importance méconnue des malformations vasculaires comme signe révélateur du PHTS et décrit de façon précise ces anomalies au niveau histologique et radiologique. Lorsqu’elles sont associées à une macrocéphalie, ces malformations vasculaires doivent constituer un point d’alerte pour différentes spécialités médicales susceptibles d’orienter ces patients vers une consultation de génétique spécialisée à la recherche d’un VP germinal du gène PTEN. Dans ces cas-là, cela permettrait d’aboutir à un diagnostic plus précoce et de réduire significativement l’errance diagnostique associée à ce syndrome rare.
Jean-Samuel LOGER (Paris), Alexandre PERRIER, Loetitia FAVRE, Lucile ALLAFORT, Anne LEROY, Noémie BASSET, Erell GUILLERM, Cyril MIGNOT, Patrick BENUSIGLIO, Olivia BOCCARA, Annouk BISDORFF, Florence COULET
16:30 - 17:30 #49577 - P208 Premier cas rapporté d’un variant homozygote du gène POLD1 chez un patient atteint de cancers colorectaux synchrones et de polypose.
P208 Premier cas rapporté d’un variant homozygote du gène POLD1 chez un patient atteint de cancers colorectaux synchrones et de polypose.

Nous rapportons le cas d’un patient âgé de 32 ans, présentant deux cancers colorectaux synchrones au niveau du sigmoïde et du rectum, associés à plus de 30 adénomes. Sans antécédents particuliers, il est issu d’une famille consanguine suivie dans notre service, pour plusieurs cas de cancers et de polypose. Dans cette famille, le variant POLD1:c.1379T>G, p.Leu460Arg, avait été identifiée par séquençage de l’exome entier (WES), à l’état hétérozygote chez deux cousins, présentant respectivement environ 25 et 11 adénomes à 27 et 28 ans, ainsi que chez une cousine de 42 ans atteinte d’un cancer de l’endomètre. Ce variant, de signification incertaine, est situé dans le domaine exonucléase de POLD1 et n’a été décrit que deux fois dans la littérature. En l’absence d’autres variants d’intérêt et compte tenu de l’histoire familiale, il a été considéré comme responsable du phénotype. Chez le cas index, le séquençage Sanger ciblé a révélé la présence de ce variant POLD1:c.1379T>G à l’état homozygote, confirmé par WES, excluant une délétion ou une erreur d’amplification. L’analyse immunohistochimique des tumeurs a montré un profil pMMR. Le séquençage du génome tumoral (WGS) a révélé une charge mutationnelle (TMB) élevée et une signature mutationnelle dominée par SBS10c, caractéristiques d’un défaut en POLD1, confirmant la pathogénicité du variant. À notre connaissance, il s’agit du premier cas rapporté d’un patient homozygote pour un variant de POLD1 associée à un double cancer colorectal précoce et à une polypose, suggérant un mode de transmission autosomique récessif dans cette famille.
Salwa BEN YAHIA (Leiden, Pays-Bas), Carli TOPS, Noah HELDERMAN, Diantha TERLOUW, Alexandra LANGERS, Nandy HOFLAND, Thomas POTJER, Hans MORREAU, Tom VAN WEZEL, Setareh MOGHADASI, Maartje NIELSEN
16:30 - 17:30 #49638 - P212 Nouvelles méthodes, nouvelles pratiques : l’apport de l’étude de l’humeur aqueuse au diagnostic du rétinoblastome.
P212 Nouvelles méthodes, nouvelles pratiques : l’apport de l’étude de l’humeur aqueuse au diagnostic du rétinoblastome.

Le rétinoblastome est le cancer intraoculaire le plus fréquent de l’enfant. Dans environ 45 % des cas, une prédisposition génétique est retrouvée, liée à la présence d’un variant pathogène constitutionnel du gène RB1. L’étude de ces patients a conduit Knudson, en 1971, à formuler son hypothèse des deux hits, définissant ainsi le concept de gène suppresseur de tumeur. Dans la forme héréditaire, un premier évènement pathogène sur le gène RB1 est présent dans toutes les cellules, puis un second variant pathogène survient dans une cellule rétinienne ; dans les formes non héréditaires, les deux variants pathogènes du gène RB1 sont acquis dans la même cellule rétinienne. Traditionnellement, le diagnostic moléculaire nécessitait l’analyse de l’ADN tumoral obtenu après énucléation, puis la vérification de la présence de ces anomalies dans l’ADN constitutionnel. Cette approche précise la présence ou non d’une prédisposition et permet un conseil génétique adapté. En l’absence d’ADN tumoral, seule l’analyse constitutionnelle est possible, et un résultat négatif ne permet pas d’exclure totalement une prédisposition, ce qui justifie une surveillance ophtalmologique des jeunes apparentés. L’évolution des traitements conservateurs, notamment la chimiothérapie intravitréenne, a fortement réduit l’accès à l’ADN tumoral, la biopsie étant contre-indiquée. En 2021, nous avons mis au point un panel de séquençage haut débit dédié au rétinoblastome appliqué à l’ADN tumoral circulant dans l’humeur aqueuse (HA). Initialement réalisé chez les patients traités par chimiothérapie intravitréenne et sur l’HA de patients énucléés, cette approche a démontré une bonne sensibilité pour détecter les variants du gène RB1. Nous avons analysé 21 échantillons d’HA issus de 21 cas de rétinoblastome pour lesquels le statut génétique de la tumeur était inconnu (soit en raison d'une prise en charge conservatrice, soit parce que les analyses du matériel tumoral n'étaient pas contributives), sans variant pathogène constitutionnel identifié. Dans 10 cas, l’HA a permis de déterminer le statut tumoral : 9 cas présentaient deux variants pathogènes de RB1 et 1 cas une amplification du gène MYCN sans altération de RB1. Dans 6 cas, un seul variant pathogène était détecté, et dans 5 cas le résultat était non contributif. Bien qu’une mosaïque constitutionnelle de très faible taux ne puisse être totalement écartée, une prédisposition hétérozygote a pu être exclue chez 9 patients sur 21 (43 %), libérant ainsi la fratrie d’une surveillance ophtalmologique. Ces résultats ont conduit à une évolution des pratiques : un prélèvement d’HA est désormais proposé dès le diagnostic, afin d’avoir accès à de l’ADN tumoral quelle que soit la stratégie thérapeutique. En conclusion, l’analyse de l’HA illustre comment une innovation méthodologique en génétique peut modifier la prise en charge de la prédisposition au rétinoblastome, dans le but de comprendre la tumorigenèse et fournir un conseil génétique optimal.
Jessica LE GALL (Paris), Alexandre MATET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Jennifer CARRIÈRE, Nicolas FORT, Dominique STOPPA-LYONNET, Eric PASMANT, François RADVANYI, François DOZ, Lisa GOLMARD
16:30 - 17:30 #49742 - P216 Étude EX²TRICAN : identification de facteurs de prédisposition génétique par séquençage d’exome constitutionnel dans les phénotypes extrêmes de cancer.
P216 Étude EX²TRICAN : identification de facteurs de prédisposition génétique par séquençage d’exome constitutionnel dans les phénotypes extrêmes de cancer.

Introduction Les prédispositions héréditaires au cancer restent fréquemment inexpliquées, tous cancers confondus, malgré le séquençage de panels de gènes dédiés. EX2TRICAN explore l’intérêt du séquençage d’exome constitutionnel (SEC) pour identifier de nouvelles prédispositions génétiques aux cancers. L’étude se base sur le concept de phénotype extrême, défini par une agrégation (1) familiale ou (2) individuelle inexpliquée de cancers ou (3) un cancer précoce isolé (avant 40 ans, ou avant 30 ans pour le cancer du sein). Méthodes Un SEC a été réalisé chez chaque patient, en solo, duo, trio ou quatuor, selon les antécédents familiaux et de la disponibilité des apparentés. Une liste de gènes d’intérêt en oncogénèse a été définie à partir de bases de données telles OncoKB et COSMIC. Les variants ont été analysés selon les recommandations ACMG et CanVIG-UK. La priorisation des candidats a inclus de multiples facteurs (dont : impact prédit et rareté du variant, expression tissulaire (ARN et protéine), rôle de la protéine en oncogénèse, mode de transmission). Lorsque les prélèvements tumoraux étaient disponibles, un séquençage d’exome tumoral (SET) a été réalisée avec analyse des biomarqueurs associés. Résultats Depuis 2017, 189 individus ont été inclus dont 97 atteints: 83 cas index et 106 apparentés, symptomatiques (n=14) ou non (n=92). 36 cas-index ont présenté un cancer du sein (43.5%), 11 un cancer de l’ovaire (13%), 16 un cancer colorectal (19%) et 20 un cancer d’une autre origine (24.5%). Sur les 97 patients atteints, 51% (50/97) étaient porteurs à l’état hétérozygote d’au moins un variant constitutionnel d’intérêt. Une dizaine de variants présentaient des faisceaux d’arguments forts et ont été retenus pour analyses fonctionnelles: forte prédiction de pathogénicité, rareté, spécificité d’expression tissulaire, rôle de la protéine dans l’oncogenèse du tissu concerné, et plus rarement : données génomiques tumorales, récurrence du gène chez plusieurs patients, survenue de novo. Parmi ces gènes d’intérêt figurent notamment DNMT3A, ERCC4 et FANCA pour le cancer du sein et MSH3 et CCBE1 pour le cancer de l’ovaire. Des études complémentaires sont en cours pour plusieurs de ces candidats. Discussion Cette étude utilise l’approche des phénotypes extrêmes, peu exploitée à ce jour dans le cancer héréditaire. Elle démontre la valeur ajoutée du SEC dans ce contexte, notamment par l’élargissement des hypothèses : nouveaux gènes candidats, élargissement du spectre, ou du mode de transmission. Les gènes identifiés dans cette étude constituent un socle initial de données pour pouvoir évaluer leur contribution à une prédisposition au cancer. Nos résultats plaident pour un recours plus systématique au SEC lorsqu’une prédisposition héréditaire au cancer est envisagée, après un panel non contributif et pour lesquelles une indication au séquençage de génome n’est pas retenue.
Benoit MAZEL (Dijon), Anaïs FOLLETET, Amandine BEAUDOUIN, Allan LANÇON, Léa PATAY, Amandine BAURAND, Caroline SAWKA, Manon REDA, Juliette SANTENARD, Anthony COMTE, Vincent GOUSSOT, Valentin DERANGERE, Laurence FAIVRE, Sophie NAMBOT, Juliette ALBUISSON
16:30 - 17:30 #49903 - P220 La salpingectomie bilatérale isolée : une procédure à risque chez les femmes porteuses de variant délétère sur les gènes BRCA?
P220 La salpingectomie bilatérale isolée : une procédure à risque chez les femmes porteuses de variant délétère sur les gènes BRCA?

Une partie des cancers de l’ovaire auraient pour origine les trompes de Fallope. Ainsi, certains cancers ovariens pourraient être prévenus par une procédure chirurgicale utilisant la salpingectomie seule sans ablation des ovaires. La méta analyse de Yoon et al en 2019, suggère que la salpingectomie bilatérale permettrait d’obtenir une diminution de 49 % du risque de cancers ovariens dans la population générale. En partant de ce constat, ce type de chirurgie est discutée devant toute femme qui doit bénéficier d’une hystérectomie (pour fibromes, polypes, …). Il en est de même lorsqu’une femme désire une contraception permanente par ligatures de trompes. Après 65 ans, c’est une annexectomie bilatérale qui leur est proposée. Dans le cas des femmes avec un risque élevé de cancer de l’ovaire car porteuses d’un variant délétère sur les gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, la chirurgie recommandée reste l’annexectomie bilatérale. L’âge auquel est effectuée la chirurgie dépend du gène sur lequel est identifié le variant délétère. Cas clinique Madame X est âgée de 35 ans en 2018. Elle consulte car sa mère est décédée d’un cancer de l’ovaire à 45 ans. Une de ses tantes maternelles a développé un cancer de l’ovaire à 48 ans. Une consultation de génétique oncologique est proposée à sa tante qui met en évidence un variant délétère sur BRCA1. L’analyse est proposée à Madame X qui s’avère porteuse de ce variant délétère. Un programme personnalisé de suivi est établi pour madame X selon les recommandations de l’INCa (2017). Une mastectomie bilatérale est réalisée à 36 ans et une annexectomie bilatérale prophylactique est prévu dès l’âge de 40 ans. Son projet d’enfant est déjà réalisé. Elle est revue en 2025 à 42 ans devant des masses ovariennes bilatérales suspectes. Une salpingectomie bilatérale aurait été réalisée à l’âge de 38 ans. Elle a développé dans l’intervalle un carcinome ovarien bilatéral de type séreux avec tumeur multikystique à droite et kyste rompu à gauche, cytologie péritonéale positive avec des localisations péritonéales isolées sur l’épiploon, la coupole diaphragmatique droite et dans le cul de sac de douglas. La procédure d’annexectomie bilatérale aurait dû être discutée et avancée chez cette patiente porteuse d’un variant délétère à haut risque de cancer de l’ovaire au vu de son histoire familiale. Conclusion Si une patiente à haut risque de cancer de l’ovaire désire une chirurgie dans la sphère gynécologique, le dossier doit être discuté en réunions de recours et d’expertise des programmes régionaux d’accompagnement de suivi avec des experts généticiens et des experts gynécologues La chirurgie de réduction du risque recommandée chez une femme à risque élevé de cancer de l’ovaire reste l’annexectomie bilatérale (âge adapté selon le gène sur lequel le variant délétère est identifié). La procédure chirurgicale pourrait être avancée dans un contexte d’histoire familiale de cancer de l’ovaire.
Morgane BOEDEC, Nicolas TARIS, Elodie HASER, Christine MAUGARD (Strasbourg)
16:30 - 17:30 #49310 - P224 Évaluation du coût des techniques de séquençage à très haut débit sur les laboratoires du Plan France Médecine Génomique 2025.
P224 Évaluation du coût des techniques de séquençage à très haut débit sur les laboratoires du Plan France Médecine Génomique 2025.

Introduction : Depuis 2019, les plateformes du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) mettent à disposition des prescripteurs français, trois techniques de séquençage à très haut débit : le Whole Genome Sequencing (WGS), le Whole Exome Sequencing (WES) et le Whole Transcriptome Sequencing (WTS) pour une liste de 70 pré-indications en cancérologie et pour des maladies rares. En 2024, l’organisation des laboratoires a connu une évolution majeure avec l’introduction de nouveaux séquenceurs et l’internalisation de certaines étapes du processus de production, avec des impacts attendus sur les coûts de production. Dans ce contexte, notre étude vise à estimer et comparer les coûts de production des techniques à très haut débit en 2021 et en 2024 pour chacun des 2 laboratoires. Méthodes : Pour chaque technique, les coûts de production ont été calculés en utilisant une méthode mixte combinant micro-costing et gross-costing. Les estimations ont été réalisées selon la perspective des laboratoires pour les années 2021 et 2024. L’horizon temporel s’étend de la phase d’extraction des acides nucléiques au compte rendu des résultats de séquençage. Pour chaque technique, les coûts ont été calculés par échantillon (dans un premier temps) et par laboratoire. Des analyses de sensibilité seront réalisées pour identifier les facteurs de variation des coûts. Résultats : En 2021, pour le circuit cancer, le coûts de production par échantillon variaient entre 1 566 € et 2 990 € selon la technique et le laboratoire. Le séquençage et l’interprétation clinico-biologique étaient les étapes les plus coûteuses. Les consommables représentaient la principale composante du coût d’un WGS. Pour le WES et WTS, il s’agissait du personnel. Pour le circuit maladies rares, le coût d’un WGS par échantillon variait entre 1 817 € et 1 948 €. Le séquençage était l’étape la plus coûteuse et le personnel représentait la principale composante du coût. En 2024, pour le circuit cancer, le coût de production par échantillon variait entre 1 331 € et 3 034 € selon la technique et le laboratoire. Le séquençage restait l’étape la plus coûteuse du circuit de production. Concernant les maladies rares, le coût d’un WGS par échantillon était d’environ 1 650 € pour les deux laboratoires. Comme pour le WGS en cancérologie, l’étape de séquençage est la plus coûteuse du circuit. La baisse des coûts de production au cours du temps est liée à des modifications du circuit de production et à l’augmentation du volume activité 2021 et 2024. Les estimations par patient/dossier et les analyses de sensibilité sont en cours de finalisation. Conclusion : Ce travail fournit des données préliminaires sur le coût des techniques haut débit dans le cadre du PFMG en 2021 et en 2024. Une fois finalisés, ces résultats seront utiles dans le cadre de travaux futurs sur l’efficience et la tarification.
Farah ERDOGAN (Villejuif), Arnaud BAYLE, Jennifer MARGIER, Julia BONASTRE
16:30 - 17:30 #49476 - P228 Epidirect®, technologie innovante pour l’analyse de la méthylation du promoteur MGMT dans les tumeurs cérébrales : évaluation monocentrique à l’hôpital Pitié-Salpêtrière.
P228 Epidirect®, technologie innovante pour l’analyse de la méthylation du promoteur MGMT dans les tumeurs cérébrales : évaluation monocentrique à l’hôpital Pitié-Salpêtrière.

Contexte La méthylation du promoteur de MGMT (O6-methylguanine-DNA methyltransferase) est un biomarqueur prédictif de la réponse au Témozolomide, traitement standard des gliomes malins de l’adulte. La perte d’expression de MGMT, consécutive à la méthylation, accroît la sensibilité tumorale à ce traitement. Plusieurs techniques basées sur la PCR spécifique de méthylation (MS-PCR) permettent de déterminer le statut de méthylation de MGMT. Les techniques de références validées cliniquement sont actuellement le pyroséquençage (MS-PSQ) ou la q-PCR (MS-qPCR). Ces techniques nécessitent un prétraitement des ADN au bisulfite, qui convertit les cytosines non méthylées en uraciles. Ce prétraitement est consommateur de temps et peut entrainer des biais dans les résultats (dégradation de l’échantillon, conversion incomplète…). L’objectif de cette étude est d’évaluer les performances analytiques d’Epidirect®MGMT, une nouvelle technologie de qPCR spécifique de la méthylation ne nécessitant pas de traitement au bisulfite, en comparaison au pyroséquençage. Méthode La technologie Epidirect® repose sur la capacité de primers spécifiques, intégrant des Acides Nucléiques Intercalants (INA®), à discriminer les cytosines méthylées et non méthylées. Les performances analytiques d’Epidirect® ont été évaluées sur une cohorte mono-centrique prospective de 104 tissus FFPE (biopsies et pièces opératoires). En MS-PSQ, une tumeur est méthylée lorsque le seuil est strictement > 9%. Résultats Un total de 104 ADN, majoritairement des glioblastomes (80), ont été analysés en qPCR Epidirect®MGMT et MS-PSQ, sans échec technique. Le pourcentage moyen de cellules tumorales est de 58% (30-80%). La concentration d’ADN moyenne est de 47,9 ng/µL (0.7 à 281 ng/µL). En MS-PSQ, 47 ADN sont non méthylés (1 à 8% de méthylation) et 57 sont méthylés (9.6 à 73% de méthylation). La concordance est de 93% (97/104). La sensibilité et la spécificité sont de 88% et 100% respectivement ; la valeur prédictive positive et négative est de 1 et 0.87 respectivement. Sept cas discordants, jugés méthylés en pyroséquençage (9,6–22,4 %), étaient non méthylés en Epidirect® (0,8–2,8%). Ces cas présentent des profils de méthylation intermédiaire, nécessitant des investigations complémentaires. La détermination d’un seuil de détection fiable est un défi et comprend une zone grise comme pour les techniques de référence. Conclusion La qPCR Epidirect®MGMT est une méthode rapide, fiable et facile à mettre en place en laboratoire, permettant de déterminer le statut de méthylation du promoteur MGMT sans prétraitement au bisulfite. Le marquage CE-IVD de la technologie est un atout pour les aspects réglementaires à venir. Une évaluation multi-centrique serait nécessaire afin de réaliser une validation clinique de ces résultats qui permettrait qu’elle devienne la technique de référence, pour un gain en temps, en fiabilité et pour s’affranchir de l’obsolescence de certains équipements tels que les pyroséquenceurs.
Loëtitia FAVRE (Paris), Franck BIELLE, Karima MOKHTARI, Marjorie JODAR, Eric FERNANDEZ, Sylvain HUGONIN, Mehdi TOUAT, Ahmed ID BAIH, Khe HOANG-XUAN, Marc SANSON, Florence COULET, Erell GUILLERM
16:30 - 17:30 #49709 - P232 Caractérisation intégrative de carcinomes rénaux papillaires primitifs localisés et métastatiques pour l’identification de biomarqueurs pronostiques.
P232 Caractérisation intégrative de carcinomes rénaux papillaires primitifs localisés et métastatiques pour l’identification de biomarqueurs pronostiques.

Contexte : En 2018, 15 323 nouveaux cas de cancer du rein étaient enregistrés en France, responsables de 5 589 décès. Les cancers rénaux sont le plus souvent des carcinomes à cellules rénales (RCC) et les RCC dits à cellules claires en représentent environ 70 %. Le carcinome rénal papillaire (papRCC) représente environ 15 % des RCC. Le risque de progression métastatique du papRCC est faible, mais le pronostic devient alors très défavorable, soulignant la nécessité d’identifier précocement les patients à risque d’évolution métastatique afin d’optimiser leur prise en charge. Actuellement, la stratification pronostique repose essentiellement sur le stade tumoral et le grade histologique. Aucun biomarqueur pronostique n’a encore été validé pour le papRCC en pratique clinique, en partie en raison du faible nombre de cas métastatiques étudiés. Objectifs : Les objectifs de cette étude sont d’affiner la compréhension des mécanismes biologiques associés à la progression, d’identifier des biomarqueurs pronostiques et de déterminer des cibles thérapeutiques. Pour ce faire, nous avons réalisé une caractérisation génétique, transcriptomique et métabolomique des tumeurs primitives de papRCC demeurées localisées ou ayant métastasé. Méthodes : Notre étude porte sur une cohorte monocentrique de 237 patients, incluant 310 tumeurs, dont 26 patients ont présenté une forme métastatique de la maladie. Les tumeurs primitives métastatiques ont été comparées à des tumeurs restées localisées au moins 36 mois. Des mutations tumorales associées au risque métastatique ont été recherchées par panel NGS. Des analyses de transcriptomique spatiale (n=20, Visium 10xGenomics) et de bulk RNAseq (n=31, SMARTer) ont ensuite été menées sur tumeurs localisées versus métastatiques. Enfin, les profils métaboliques associés à la progression ont été étudiés sur 24 tumeurs localisées et métastatiques via la plateforme Metabolon® (panel Discovery de 5400 métabolites). Résultats : Les tumeurs métastatiques présentent une fréquence accrue de mutations dans les gènes TERT, NF2, SMARCB1, PBRM1 et VHL. L’analyse de transcriptomique spatiale a révélé des écosystèmes transcriptionnels distincts, associés soit à un pronostic favorable (tels que la présence de certains types de macrophages), soit défavorable (signatures de transition épithélio-mésenchymateuse). L’utilisation d’une immunohistochimie ciblant ces macrophages a démontré leur valeur pronostique favorable dans une cohorte exploratoire (50 tumeurs), qui a été confirmée sur une cohorte de validation (40 tumeurs). Les analyses métabolomiques ont mis en évidence un métabolisme des acides aminés particulièrement perturbé et une reprogrammation du métabolisme du glutathion dans certaines tumeurs métastatiques. Conclusion : En étudiant les tumeurs primitives associées aux formes métastatiques de papRCC, cette approche intégrative a permis de mettre en évidence des biomarqueurs candidats à valider dans de futures études multicentriques.
Roseline VIBERT (Paris), Hugo CROIZER, Sophie TAN, Antoine BOUGOUIN, Pauline HAMON, Clarice GROENEVELD, Gadea CABREJAS, Ahmed-Amine ANZALI, Isaias HERNANDEZ, Alexandre BUFFET, Hervé FRIDMAN, Catherine FRIDMAN, Virginie VERKARRE, Aurélien DE REYNIÈS, Nelly BURNICHON, Judith FAVIER
16:30 - 17:30 #49817 - P236 Étude rétrospective multicentrique sur les mutations BRCA1/2 dans le cancer du sein, apport du testing tumoral.
P236 Étude rétrospective multicentrique sur les mutations BRCA1/2 dans le cancer du sein, apport du testing tumoral.

La mise en évidence de mutations sur les gènes BRCA1 et BRCA2 a un impact majeur dans la prise en charge des cancers du sein, à la fois pour des enjeux préventifs et théranostiques. Pour répondre à ces indications, les circuits de génétique ont dû s’adapter en fonction des moyens disponibles. Certaines équipes ont utilisé les analyses tumorales en parallèle des investigations constitutionnelles. Jusqu’ici, l’apport des analyses tumorales avait surtout été évalué chez des patientes sans mutation constitutionnelle. L’étude rétrospective multicentrique BLOSSOM a exploré les caractéristiques cliniques et moléculaires des patientes orientées d’emblée vers l’analyse tumorale et porteuses d’une mutation BRCA1/2, ce qui, à notre connaissance n’avait jamais été rapporté. Entre 2021 et 2024, les tests somatiques BRCA1/2 réalisés par 4 plateformes de génétique somatique de l’Ouest de la France ont été analysés. Seules les patientes porteuses d’une mutation BRCA1/2 tumorale, exclusive ou non, ont été retenues pour cette étude. Les données cliniques, histologiques et moléculaires ont été recueillies rétrospectivement. Les résultats tumoraux (tBRCA) ont été confrontés aux analyses constitutionnelles (gBRCA) quand celles-ci étaient disponibles. L’étude a également évalué l’organisation des parcours, les modalités de prescription et les flux d’orientation en oncogénétique. Sur 1 800 patientes testées, 117 présentaient une mutation BRCA1/2 tumorale (6,5 %). Parmi les 79 patientes incluses dans l’étude, 38 % avaient une mutation exclusivement somatique. De façon remarquable, la proportion de mutations somatiques exclusives variait selon les centres, de 36 % à 48 %. Selon nous, cette différence reflète l’impact majeur des circuits de prise en charge : plus les analyses tumorales sont utilisées, plus le nombre de mutations détectées augmente. Ce circuit a aussi permis d’identifier 3 patientes porteuses d’une mutation constitutionnelle (3.7%) qui ne répondaient à aucun critère d’investigation génétique au moment du diagnostic. Enfin, cette étude a montré un intérêt thérapeutique, puisque 50 % des mutations exclusivement somatiques concernaient des tumeurs de haut grade avec une fraction allélique élevée, suggérant un bénéfice potentiel des PARPi dans des situations non couvertes par les critères actuels d’AMM. Comme attendu, l’âge médian au diagnostic différait entre gBRCA et tBRCA, les mutations BRCA1 étaient principalement associées aux tumeurs triple-négatives, tandis que les mutations BRCA2 étaient surreprésentées dans les cancers RH+/HER2-. L’étude BLOSSOM met en évidence l’intérêt majeur de la combinaison des circuits constitutionnel et tumoral augmentant la détection de mutations tumorales mais également constitutionnelles. Cette prise en charge permet d’améliorer le conseil génétique et la prise en charge oncologique. La mise en évidence de mutations somatiques exclusives semble représenter un enjeu thérapeutique au vu des caractéristiques des cancers étudiés.
Philippe DENIZEAU (Rennes), Alexandra LESPAGNOL, Sophie GAUBERT, Gery BRIVAEL, Marc PLANES, Lorrie LE PAGE, Amandine CHARRETON, Anne TALLET, Arnaud ROMOLI, Celine BORDET, Edouard COTTEREAU, Julie GENOT, Claire VILLALVA, Lucie KARAYAN-TAPON, Stephanie CHIEZE, Alexandre PERANI, Karine DURAND, Clementine PEYRAMAURE, Maroussia VANDAME-HESSER, Laurence VENAT
16:30 - 17:30 #49962 - P240 Étude observationnelle de la détection de la perte du gène MTAP sur biopsie liquide et en IHC dans les CBNPC.
P240 Étude observationnelle de la détection de la perte du gène MTAP sur biopsie liquide et en IHC dans les CBNPC.

Introduction La délétion homozygote du gène MTAP constitue un biomarqueur émergent dans le cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC) du fait du développement de thérapies ciblées et d’une corrélation à la réponse à l'immunothérapie. Néanmoins, la méthode de détection la plus adaptée reste à définir. L'immunohistochimie (IHC) est de plus en plus utilisée en routine pour déterminer la perte d’expression, ainsi que le séquençage de nouvelle génération (NGS) réalisé sur le tissu tumoral ou la biopsie liquide (BL) pour identifier la délétion de MTAP. L'objectif de cette étude est de décrire les performances de la détection de la perte de MTAP dans le CBNPC par NGS sur BL et par IHC sur tissu tumoral. Matériels et méthodes Nous avons analysé la délétion homozygote du gène MTAP sur BL (sanguine) par le panel NGS de 324 gènes FoundationOne Liquid CDx (Foundation Medicine) et la perte d’expression de MTAP sur tissu tumoral par IHC avec le clone 42-T (Santa Cruz). Sur une période de dix mois, 575 patients atteints de CBNPC suivis à Gustave Roussy ont eu une BL, dont 358 contributives (avec une fraction tumorale circulante (FT) > 1 %). Sur la même période, une IHC MTAP a été réalisée sur 190 tissus tumoraux. Résultats La délétion de MTAP a été identifiée dans 18 BL (13 sans tissu tumoral et 5 avec tissu tumoral associé) (5,3%) parmi les 358 BL. La FT de ces échantillons variait de 16 à 79 % (moyenne : 34,16 %). L’IHC était contributive dans 156/190 (82,11 %) cas et retrouvait une perte d’expression de MTAP dans 63/156 cas (dont uniquement 12 avec BL contributive) (40,38 %). Vingt-trois patients ont eu à la fois une BL avec FT > 1 % (1,30-72 %) et un tissu tumoral analysé par IHC à moins d’un mois d'intervalle. Dans cette cohorte de 23 patients, les deux méthodes ont fourni des résultats concordants dans 65% des cas (15/23) : 4 cas de délétion de MTAP en BL et de perte d’expression au niveau tumoral et 11 cas négatifs avec les deux techniques. Dans un cas, la perte de MTAP n'a pas pu être évaluée dans la BL et dans un autre cas, l'IHC était indéterminée alors qu’une perte de MTAP était identifiée par NGS. Dans 6/23 cas de cette cohorte, une perte de MTAP en IHC a été détectée alors que le NGS n'a pas mis en évidence de délétion sur la BL. Dans ces 6 cas, la FT variait de 2,60 à 11 % alors qu’elle était ≥ 16% dans toutes les BL positives. Pour les BL avec une FT > 21%, les résultats étaient tous concordants avec l’IHC. Conclusion L'IHC est une technique performante quand le tissu tumoral est disponible. Cependant, le recours à la biopsie liquide reste d’une grande importance pour donner la même chance aux patients d'accéder aux essais cliniques et de bénéficier de thérapies innovantes lorsque le prélèvement tumoral n’est pas disponible ou que l'IHC n'est pas concluante. Le test FoundationOne Liquid CDx pourrait être un bon outil pour détecter les délétions homozygotes du gène MTAP à condition que la FT soit ≥ 16%.
Michaël DEGAUD (Villejuif), Olfa TRABELSI-GRATI, Aldea MIHAELA, Voreak SUYBENG, Etienne ROULEAU, Ludovic LACROIX, Marie MORFOUACE, Edouard TURLOTTE, Roseline TANG, Margot PENRU, Chaymaa HAMMOU, Dorcas HOUNGUE, Victor GONDRAN-TELLIER, Martina GASPARRO, Lodovica ZULLO, Magali LACROIX-TRIKI, Diana N. IONESCU, Maria Rosa GHIGNA
16:30 - 17:30 #48937 - P244 Transmission de l'information d'un diagnostic de prédisposition héréditaire : rôle des liens affectifs et familiaux.
P244 Transmission de l'information d'un diagnostic de prédisposition héréditaire : rôle des liens affectifs et familiaux.

Lorsqu'une altération génétique héréditaire liée au cancer du sein et de l’ovaire est identifiée, la prise en charge des proches dépend de la transmission de l’information. De nombreux facteurs influent cette transmission qui est essentielle à une prévention personnalisée. L'objectif : analyser cette transmission pour améliorer les pratiques et optimiser la diffusion. 150 patients porteurs d’une altération pathogène des gènes BRCA1, BRCA2 ou PALB2 identifiée à partir d’un panel ou ayant bénéficié d’une analyse ciblée de ces gènes ont répondu à un questionnaire. Nous avons dans un premier temps observé comment les patients ont reçu l’information de leurs apparentés. 93 % ont reçu l’information en présentiel ou par téléphone. 72 % des patients indiquent ne pas avoir ressenti le besoin d’un document explicatif sur l’anomalie génétique. La transmission orale semble être suffisante dans leur décision de faire le test. Parmi les patients ayant bénéficié d'une analyse ciblée, 59 % ont été informés par le cas index, dont 74 % sont liés au 1er degré avec ce dernier et 72 % estime avoir un lien affectif fort avec lui. Parmi les 41 % non informés par le cas index, 78 % sont liés au 1er degré et 69 % estime avoir un lien affectif fort avec la personne qui les a informés. Parmi ceux qui n’ont pas un lien affectif fort avec le cas index, 72 % ont été informés par un apparenté plus proche affectivement (hors liens équivalents). La majorité des patients reçoivent donc l'information de la part d'un apparenté proche affectivement ou sur le plan familial. Dans un second temps, nous avons observé la façon dont nos patients ont transmis l’information à leur famille. Les interviewés ont partagé l’information avec au moins un proche. Ceux qui ne l'ont pas fait estiment que tout le monde était déjà informé (79 %) ou que leurs enfants étaient trop jeunes (13 %). Concernant la difficulté de transmission de l'information, 78 % des réponses indiquent que cela a été facile, sans différence observée entre cas index et apparentés. On remarque peu de différence d’implication dans la diffusion de l'information entre porteurs et non porteurs de l'anomalie. Parmi les patients ayant diffusé l’information, 67 % n’ont pas informé au-delà du 1er degré et 76 % ont avisé uniquement les apparentés avec qui ils estiment avoir un lien affectif. Seuls 9 % ont informé des apparentés du 1er degré sans lien affectif. 24 % ont informé des apparentés hors 1er degré avec qui ils avaient un lien affectif. 86 % ont informé exclusivement des apparentés du 1er degré avec qui ils avaient un lien affectif. Nos données montrent que la circulation de l’information est étroitement liée au lien affectif et familial, elle se diffuse de proche en proche et pas uniquement à partir du cas index. Il est donc essentiel de rappeler à chaque apparenté en consultation l’importance d’informer ses proches. Un appel de suivi pourrait être envisagé pour s'assurer que tous les apparentés concernés ont bien été informés.
Béatrice DE CLERCQ, Axelle BERTHON (NICE), Véronique MARI
16:30 - 17:30 #48976 - P248 Perspectives des parents d’enfants porteurs d’une maladie rare à propos de l’extension du dépistage néonatal avec ou sans outil génétique en France.
P248 Perspectives des parents d’enfants porteurs d’une maladie rare à propos de l’extension du dépistage néonatal avec ou sans outil génétique en France.

Le dépistage néonatal (DNN) vise à détecter précocement des maladies rares (MR), graves, dès la naissance, afin de permettre un traitement ou une prise en charge avant l’apparition des symptômes. Proposé systématiquement à tous les nouveau-nés, le programme national français, mis en place en 1972, inclut actuellement 13 MR, complétées par 3 nouvelles en septembre 2025, ainsi que la surdité congénitale. La France reste en retard par rapport à d’autres pays européens dépistant un plus grand nombre de MR. Pourtant, des avancées concernent les thérapies (environ 700 MR pédiatriques considérées comme traitables) et le séquençage génomique avec une baisse majeure des coûts le rendant de plus en plus accessible. De plus, la loi de bioéthique autorise désormais en France, le recours à des tests génétiques en première intention dans le cadre du DNN. L’étude SeDeN (Séquençage Dépistage Néonatal) vise à mesurer, auprès de parents, de professionnels et de décideurs, en France, les attentes et les freins à l’extension du DNN, y compris via l’usage de tests génétiques. SeDeN-p3 s’intéresse spécifiquement à l’avis des parents avec des questionnaires auprès de 1 640 parents d’enfants de moins de 3 ans et 55 entretiens semi-directifs auprès de parents d’enfants atteints d’une MR déjà dépistée dans le DNN (POP DNN n=20) ou potentiellement concernée par une extension du programme (POP DIAG n=35). Les résultats qualitatifs font émerger 4 profils de parents selon leurs positionnements sur l’extension du DNN actuel et l’usage d’un test génétique en première intention : - les parents favorables à l’extension du DNN actuel et à l’utilisation d’un test génétique, pour favoriser une prise en charge précoce et réduire l’errance diagnostique (n=39, POP DNN=16, POP DIAG=23) ; - les parents nuancés sur l’extension mais favorables au test génétique, perçu comme plus fiable que d’autres tests pour ces parents (n=7, POP DNN=2, POP DIAG=5) ; - les parents favorables à l’extension mais réservés sur le test génétique, exprimant des inquiétudes éthiques, notamment autour de l’eugénisme (n=5, POP DNN=2, POP DIAG=3) ; - les parents ni favorables à l’extension ni au test génétique, en raison de l’incertitude sur la traitabilité ou l’âge de révélation des maladies (n=4, POP DIAG=4). Les positionnements des parents sur l’extension du DNN sont influencés par leur vécu de la maladie de leur enfant, leur capacité à se projeter au-delà de leur expérience personnelle, et leur profil sociodémographique, notamment leur domaine professionnel (santé, recherche). Ces résultats éclairent sur les choix parentaux face à une possible extension du DNN intégrant des tests génétiques, et sur l’influence de leur vécu dans ces choix. Ils soulignent la nécessité de prendre en compte la diversité des points de vue parentaux sur le type de maladies à dépister, la manière de le faire, et le souhait (ou non) de connaître le statut génétique de leur enfant, sans compromettre le bénéfice pour l’enfant.
Margot LEMAITRE, Frédéric HUET, Dominique SALVI, Isabelle MARCHETTI, Elisabeth CUDRY, Christel THAUVIN-ROBINET, Chistine BINQUET, Manuella DENIS, Laurence LELIEVRE, Sandra MERCIER, Hervé NABARETTE, Marcela GARGIULO, Sandrine BAUD, Sophie BELIARD, Lionel RIBES, Mathilde NIZON, Estelle COLIN, Magalie BARTH, Brigitte CHABROL, Céline CUDEJKO, Laurent PASQUIER, Candace BEN SIGNOR, Claire DESPLANTES, Anne HOUZEL, Florent NEUMANN, Stéphanie PEREZ-MARTIN, Margot GRISVAL, Bertille BONNIAUD, Raphaelle MAUDINAS, Clémence FOCONNIER-FATUS, Caroline RACINE, Julian DELANNE, Juliette SANTENARD, Marie BOURNEZ, Barbabra MESUREUX, Stéphanie LEMAIRE, Julien MARAVAL, Christine PEYRON, Laurence FAIVRE (DIJON), Camille LEVEL
16:30 - 17:30 #49113 - P252 Retour d’expérience de la gestion génétique des grossesses à risque de syndrome du QT Long : identification des lacunes et explorations de nouvelles stratégies de dépistage.
P252 Retour d’expérience de la gestion génétique des grossesses à risque de syndrome du QT Long : identification des lacunes et explorations de nouvelles stratégies de dépistage.

Introduction Le syndrome du QT Long (SQTL) est un trouble du rythme cardiaque d’origine génétique, de transmission autosomique dominante, associé à un risque de syncope et de mort subite. La gestion des grossesses à risque est un défi majeur. Lorsqu’un variant pathogène est identifié chez le parent atteint, un test génétique ciblé est recommandé dès la naissance, afin d’orienter précocement la prise en charge cardiologique du nouveau-né. Dans ce contexte, le conseil génétique est essentiel pour informer et accompagner les couples. A ce jour, des questions pratiques subsistent, et les progrès en dépistage anténatal soulèvent de nouvelles interrogations. Objectif Cette étude vise à analyser la gestion génétique des grossesses à risque de SQTL pour identifier les axes d’améliorations et explorer de nouvelles stratégies de dépistage anténatal. Méthode Nous avons réalisé une étude rétrospective, et descriptive au sein de notre cohorte française de patients atteints de SQTL et génotypés, adressés au centre de référence des maladies cardiaques héréditaires de l’hôpital Bichat sur une période de 10 ans. Nous avons recensé 70 grossesses (74 fœtus) pour lesquelles un variant pathogène ou probablement pathogène dans KCNQ1, KCNH2 ou SCN5A avait été identifié chez au moins un des deux parents avant la grossesse. Certaines grossesses n’ont pas été suivies par le centre. Résultats Tous les enfants ont bénéficié d’un test génétique et 47 (63,5 %) étaient porteurs du variant. Dans 27 % des cas, le test génétique était réalisé après la période néonatale (âge médian au diagnostic : 134 [79,5 – 179] jours), plutôt qu’en prénatal, à la naissance ou durant le premier mois de vie. Le test génétique était réalisé plus tardivement lorsque le père était suivi pour le SQTL que lorsque c’était la mère. Aucun DPI n’a été réalisé. 4 DPN ont été effectués : 3 par geste invasif pour des grossesses consanguines à haut risque rythmique et 1 diagnostic prénatal non invasif (DPNI- MM) pour orienter la prise en charge de la grossesse et le suivi néonatal. Conclusion Le retard dans le diagnostic génétique peut avoir des conséquences graves chez le nouveau-né. Ce retard était d’autant plus important lorsque le père avait le SQTL. Ceci souligne l’importance d’un conseil génétique anticipé auprès des couples à risque (avec une attention particulière pour les hommes SQTL), ainsi qu’une meilleure formation des professionnels de santé aux bonnes pratiques de prise en charge. Bien que techniquement réalisables, les demandes de DPN et DPI restent rares : le SQTL pouvant bénéficier d'une prise en charge néonatale précoce et efficace. Les rares DPN réalisés concernaient toujours des situations à haut risque rythmique. Enfin, l'émergence du DPNI-MM ouvre de nouvelles perspectives pour anticiper la prise en charge fœtale et néonatale, mais soulève des questions éthiques, psychologiques et pratiques nécessitant des discussions entre experts.
Cecile GUERIN (Paris), Alessandra PIA-PORRETTA, Véronique FRESSART, Adrien BLOCH, Fabrice EXTRAMIANA, Isabelle DENJOY
16:30 - 17:30 #49330 - P256 Attitudes et perspectives des professionnels des centres français de DPI concernant le dépistage des aneuploïdies et l’utilisation du NGS en DPI.
P256 Attitudes et perspectives des professionnels des centres français de DPI concernant le dépistage des aneuploïdies et l’utilisation du NGS en DPI.

Introduction : Le diagnostic préimplantatoire pour aneuploïdies (DPI-A) vise à détecter les anomalies chromosomiques embryonnaires avant transfert. Parallèlement, le séquençage à haut débit (NGS) peut être appliqué au DPI, notamment en remplacement de l’analyse par microsatellites pour le diagnostic indirect des maladies monogéniques. En France, le DPI-A, bien que discuté lors des dernières révisions de la loi de bioéthique, n’a pas été retenu et reste interdit. Le NGS n’est pas utilisé en routine. Cette étude, mandatée par la FFGH, explore les connaissances et perceptions des professionnels français du DPI concernant ces techniques. Méthodologie : Une quarantaine d’entretiens semi-directifs ont été menés auprès des différents professionnels des cinq centres de DPI français. Les entretiens ont été analysés de façon thématique, transversale puis comparative. Résultats : Les perceptions du DPI-A divergent. Certains y voient un outil d’optimisation de l’assistance médicale à la procréation (AMP), d’autres rappellent des données bibliographiques contradictoires et privilégient sa finalité de prévention des aneuploïdies. S’il était autorisé, la majorité y serait favorable, avec des critères d’inclusion variables : couples déjà en DPI, ou aussi certaines FIV (âge maternel élevé, fausses couches répétées, échecs d’implantation). Aucun n’envisage son usage hors indication d’AMP. Les risques cités concernent l’exclusion d’embryons viables ainsi que l’interprétation complexe des mosaïques. Le NGS en DPI reste méconnu hormis des généticiens. Ses avantages perçus sont la réduction du temps de mise au point, l’usage d’une méthode unique et l’ouverture à de nouvelles indications. Les inquiétudes portent sur la découverte de données incidentes ou de variants de signification incertaine, la perte de compétences humaines, ainsi que la sélection excessive d’embryons, pouvant réduire les chances de grossesse et soulevant des enjeux éthiques, dont la crainte d’une forme d’ « eugénisme ». Le frein principal est la nécessité d’outils bio-informatiques pour masquer les régions non ciblées. L’autorisation de ces pratiques nécessiterait des adaptations organisationnelles : passage de la biopsie de J3 à J5 avec congélation systématique, et, pour le DPI-A, hausse probable des demandes impliquant davantage de moyens humains et matériels, ou une centralisation nationale. Des différences inter-centres et interprofessions sont relevées selon les techniques utilisées, avec un sentiment de retard vis-à-vis de l’étranger, et une influence notable des expériences personnelles sur les positions exprimées. L’aspect financier était spontanément peu évoqué. Conclusion : Cette enquête auprès des professionnels français du DPI révèle attentes et réserves vis-à-vis du DPI-A et du NGS. La majorité se dit favorable à leur introduction, tout en soulignant des freins éthiques, techniques et organisationnels. Une réflexion collective apparaît nécessaire pour encadrer leur éventuelle mise en œuvre.
Johanne PIOTROWSKI (Strasbourg), Ophélie SAUZEAU, Anne-Sophie GIRAUD, Valérie DEPADT, Sixtine PARENT, Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Gaelle MELAYE, Alicia COUDERT, Marjolaine WILLEMS
16:30 - 17:30 #49448 - P260 Mise en place de la téléexpertise au sein des services de génétique en France : retour d’expérience de centres utilisateurs et analyse des pratiques.
P260 Mise en place de la téléexpertise au sein des services de génétique en France : retour d’expérience de centres utilisateurs et analyse des pratiques.

La téléexpertise est définie comme la possibilité pour un professionnel de santé (requérant) de solliciter l’avis écrit d’un médecin expert (requis) sur le cas d’un patient, à partir d’éléments issus de son dossier médical. Auparavant, les avis étaient donnés par e-mail, téléphone, voire courrier, de manière dispersée, peu formalisée et chronophage. Depuis quelques années, plusieurs services de génétique et centre de référence, ont commencé à la mettre en place. Chaque service et centre expert, applique sa propre méthodologie concernant le choix du professionnel traitant les avis, les domaines visés et le délai moyen de réponse. Ce dispositif permet d’éviter les mauvais adressages en consultation, de centraliser les avis, de fluidifier les demandes et d’en assurer la traçabilité, ouvrant la voie à une éventuelle cotation de cette activité. Ce travail s’inscrit dans une démarche nationale d’analyse des pratiques. Dans un premier temps, nous avons recueilli l’avis de centres déjà engagés dans la téléexpertise en génétique (Rennes, Dijon, Montpellier et Lille). La téléexpertise est mise en place dans ces centres depuis 1 à 3 ans et permet de traiter entre 6 et 55 avis par mois selon les centres. Une réponse est rendue rapidement, entre 24 et 48h. Les avis sont gérés soit par le secrétariat qui s’occupe de répartir aux professionnels adaptés et disponibles soit directement par les professionnels qui se répartissent la semaine sous forme d’astreinte. Le logiciel majoritairement utilisé est Omnidoc. Il permet d’accéder à une discussion sous forme de chat, sans limite maximale. Les requérants majoritaires sont les médecins traitants. Ils rapportent des bénéfices évidents à l’utilisation de la téléexpertise, mais ont noté certaines limites : la mise en place d’un nouveau logiciel et la difficulté à le prendre en main, les professionnels requérants qui ne se saisissent pas de la téléexpertise et qui utilisent toujours d’autres canaux, et la facturation. Les réponses nous ont permis d’identifier les tendances communes et nous ont permis d’élaborer un second questionnaire plus développé. Ce questionnaire sera envoyé à l’ensemble des services de génétique français, afin d’obtenir un état des lieux des pratiques de téléexpertise. L’objectif sera d’identifier à grande échelle ses bénéfices et ses limites, ainsi que les moyens facilitant sa mise en œuvre, dans une perspective d’harmonisation nationale. La téléexpertise représente une opportunité majeure pour améliorer l’accès à notre spécialité sur le territoire, optimiser les délais de prise en charge, et fluidifier les échanges entre les professionnels. Elle permet aussi de centraliser et de structurer les demandes pour une cotation et valorisation de cette activité, inhérente à notre métier mais souvent chronophage. Ce projet vise à proposer une trame pour accompagner les services souhaitant mettre en place la téléexpertise, en s’appuyant sur l’expérience des structures l’ayant déjà adoptée.
Lea PATAY (DIJON), Amandine BAURAND, Florence PETIT, Sylvie ODENT, David GENEVIEVE, Linda AKLOUL, Juliette SANTENARD, Caroline RACINE, Benoit MAZEL, Julian DELANNE, Aurore GARDE, Eléonore VIORA-DUPONT, Laurence FAIVRE, Sophie NAMBOT
16:30 - 17:30 #49535 - P264 Le diagnostic présympto' comme alibi du symptôme chez l'adulte.
P264 Le diagnostic présympto' comme alibi du symptôme chez l'adulte.

Aujourd’hui, le diagnostic présymptomatique est bien connu de la communauté scientifique en génétique médicale. Mis en lumière en premier lieu pour les maladies neurodégénératives dans les années 90, il est aujourd’hui étendu à des maladies non dégénératives. Bien que l’Agence de Biomédecine recommande la réalisation du dépistage au sein d’une équipe pluridisciplinaire, les protocoles demeurent distincts. Alors que certains services mettent en place un protocole associant une consultation d’un expert de la maladie, une consultation de conseil génétique ainsi qu’une consultation psychologique, certains autres évoluent en l’absence de psychologue. Pourtant, d’un point de vue psychologique, les conséquences potentielles d’un test présymptomatique pour un adulte ou un enfant sont reconnues par la littérature scientifique. Dans le service de génétique du CHU de Caen, nous avons ainsi mis en place un protocole incluant une consultation psychologique systématique à la démarche présymptomatique. Cet entretien a pour objectif de rencontrer un sujet, plutôt qu’une maladie génétique, et de l’accompagner à se projeter sur les conséquences de ce résultat, quel qu’il soit, en insistant sur la possibilité de rester dans l’ignorance, et ses bénéfices. Mon expérience m’a permis de repérer une conséquence plus insidieuse et difficilement repérable de la démarche présymptomatique. Il s’agit de situations où la démarche est utilisée au service de la problématique psychopathologique du sujet ou de ses proches, de manière inconsciente et donc, à leur insu. Ceci, souvent caché derrière le souhait d’entamer la démarche, et sans inquiétudes. Pour étayer mes propos, je me baserai sur deux études de cas. La première décrit le cas de Monsieur F, qui souhaite réaliser un diagnostic présymptomatique pour rassurer sa femme, celle-ci présentant des angoisses envahissantes depuis la naissance récente de leur fille, en la soumettant à différents examens médicaux. Dans ce cas, peut-on faire l’hypothèse que le diagnostic présymptomatique devient l’outil d’un Syndrome de Münchhausen par procuration ? La seconde présente le cas de Madame J, souhaitant réaliser l’analyse génétique présymptomatique afin de redonner à son corps la discipline dont il (ou elle ?) a besoin. Ici, l’entretien psychologique a permis de mettre en évidence qu’un dépistage qui retrouverait l’anomalie génétique familiale accentuerait l’hypervigilance et le masochisme de Madame J envers son corps. Finalement, l’objectif de cette intervention est de prévenir des effets de la démarche présymptomatique et de sensibiliser sur l’importance d’une consultation psychologique, y compris pour des maladies non dégénératives. Questionner l’inquiétude du sujet concernant la démarche ne suffit pas et ne doit pas faire l’économie d’un entretien psychologique systématique. Dans le cas contraire, il est alors possible de passer à côté de problématiques psychopathologiques qui pourraient s’accentuer au résultat du test génétique.
Isaure CHAGNEAUD (Caen)
16:30 - 17:30 #49897 - P268 Evaluation des besoins de prise en charge psychologique des conseillers en génétique.
P268 Evaluation des besoins de prise en charge psychologique des conseillers en génétique.

La génétique médicale a connu, au cours des dernières décennies, un essor considérable avec l’amélioration des connaissances scientifiques et le développement de nouvelles technologies de diagnostic. Dans ce contexte, le métier de conseiller en génétique est apparu pour répondre à un besoin croissant d’accompagnement des patients et de leurs familles face à des informations souvent complexes, parfois lourdes de conséquences médicales, psychologiques et éthiques. Si le soutien psychologique des patients est au cœur de la pratique clinique, celui des conseillers en génétique reste peu développé. En effet, le métier de conseiller en génétique s’accompagne d’une forte charge émotionnelle, souvent sous-estimée. Pourtant, malgré sa reconnaissance implicite, cet impact émotionnel n’avait jamais fait l’objet d’une réelle évaluation. Dans cette enquête transversale par questionnaire anonyme diffusée par le biais de l’Association française des conseillers en génétiques (AFCG), qui recense 265 conseillers en génétique en poste, et de LinkedIn, nous avons cherché à évaluer les besoins d’accompagnement psychologique des conseillers en génétique et si les dispositifs déjà mis en place répondaient à ces besoins. L'utilisation d’un questionnaire anonyme a pour avantage de nous permettre de recueillir de façon objective les avis des professionnels et de pouvoir interpréter sans biais les conclusions obtenues. À ce jour, nous avons recueilli 95 réponses, dont 80,1% rapportent une charge émotionnelle modérée, importante ou très importante dans leur pratique et 94,4% souhaiteraient bénéficier d’un dispositif de soutien psychologique. L’ensemble des données obtenues et leur interprétation pourront être utilisés par les professionnels afin de faire valoir l’importance de leur bien-être psychologique dans la qualité de leur travail. Bien qu’ici centrée sur les conseillers en génétique, cette étude pourrait également être étendue à d’autres professions médicales confrontées à des charges émotionnelles importantes. Un soutien psychologique mis en place de manière préventive et adapté aux besoins des professionnels présente un intérêt à la fois personnel, en améliorant le bien-être des conseillers, et professionnel, en favorisant un meilleur environnement de travail et, par conséquent, une prise en charge optimale des patients.
Adeilne CHABEUF, Laura NOWALSKI (ANGERS), Estelle COLIN, Agnès GUICHET, Clara HOUDAYER, Véronique PAQUIS-FLUKLINGER, Murielle RIBEIRO, Cécile ROUZIER, Océane SAUNIER, Emilie CONSOLINO
16:30 - 17:30 #49109 - P272 Les syndromes myélodysplasiques avec délétion 5q : identification d’un gène impliqué dans la réponse thérapeutique.
P272 Les syndromes myélodysplasiques avec délétion 5q : identification d’un gène impliqué dans la réponse thérapeutique.

Les néoplasmes myélodysplasiques (SMD) sont une maladie clonale des cellules de la moelle osseuse, caractérisée par une cytopénie, une dysplasie et une hématopoïèse inefficace. Les SMD présentent un risque accru d'évolution vers une leucémie myéloïde aiguë. La délétion complète du chromosome 5 ou partielle du 5q [del(5q)] est l'anomalie chromosomique la plus fréquente. Le gène RNA-Binding Motif 22 (RBM22), situé sur le 5q, subit une perte mono-allélique chez 92% des patients atteints de SMD del(5q) dans notre cohorte (n=100). Notre hypothèse est que l'haploinsuffisance de RBM22, due à la del(5q), joue un rôle majeur dans la pathogenèse des SMD del(5q) et dans la réponse au traitement standard, le lénalidomide. Nous avons travaillé sur des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques humaines (HSPC) normales ou issus de patients SMD del(5q), et sur des lignées cellulaires myéloïdes (MDS-L, HL-60). Nous démontrons que la déplétion de RBM22 réduit la prolifération en retardant la progression de la phase G1, de la phase S et de la phase G2/M. La déplétion de RBM22 altère la mitose, générant une endomitose, et conduit à une augmentation de la proportion de cellules polyploïdes. Ces altérations imitent le phénotype des blastes MDS del(5q). Nous démontrons que la déplétion de RBM22 altère la différenciation mégacaryocytaire et érythroïde. Nous montrons que, dans les HSPC humaines, l'haploinsuffisance de RBM22 dérégule l'expression des gènes et l'épissage des pré-ARNm, en particulier dans les gènes impliqués dans la réponse à la thérapie standard des SMD del(5q) à faible risque : le lénalidomide. Nous avons démontré que, dans les cellules MDS-L déplétées pour RBM22 et exposées au lénalidomide, la différenciation mégacaryocytaire et l'apoptose sont accentuées. Enfin, nous démontrons que la diminution artificielle de l’expression de RBM22, dans des cellules de patients SMD et de leucémie myéloïde aiguë ne présentant pas de perte du 5q, rend ces cellules plus sensibles au lenalidomide. Dans l'ensemble, nous avons démontré que l'haploinsuffisance de RBM22 participe au phénotype de cytopénie et de sensibilité au lenalidomide, tels qu’observées dans les syndromes myélodysplasiques (SMD) avec une délétion partielle du chromosome 5 où un allèle de RBM22 est perdu. Nous montrons que dans d’autres néoplasmes myéloïdes non-del5q la modulation de l’expression de RBM22 rend ces cellules sensibles à cette thérapie. Notre travail démontre ainsi le rôle d’un nouveau gène dans la pathogenèse des SMD del(5q) et leur sensibilité à la thérapie par le lenalidomide, par un mécanisme d’haploinsuffisance lié à l’anomalie chromosomique la plus fréquente des SMD. Notre travail ouvre des perspectives pour les autres néoplasmes myéloïdes non del 5q afin d’accroître leur sensibilté au lenalidomide.
Eloïse LE HIR-REYNAUD, Benoit SOUBISE, Van-Trang DINH, Séverine COMMET, Corinne TOUS, Nadia GUEGANIC, David ROMBAUT, Laurent CORCOS, Michaela FONTENAY, Nathalie DOUET-GUILBERT, Marie-Bérengère TROADEC (BREST)
16:30 - 17:30 #49704 - P276 essai multicentrique en double aveugle de phase II, versus placebo, évaluant l’efficacité et la sécurité de l’alpelisib (BYL719) dans le syndrome MCAP (mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) (SESAM) : résultats préliminaires.
P276 essai multicentrique en double aveugle de phase II, versus placebo, évaluant l’efficacité et la sécurité de l’alpelisib (BYL719) dans le syndrome MCAP (mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) (SESAM) : résultats préliminaires.

L'essai SESAM co-financé par le CHU de Dijon et Novartis, est le premier essai thérapeutique évaluant spécifiquement l'efficacité la sécurité de 24 mois de traitement par alpelisib (BYL719, Novartis®), un inhibiteur alpha spécifique du gène PI3K, chez les patients atteints de syndrome MCAP (mégalencéphalie – malformation capillaire – polymicrogyrie). Il comprend successivement une première période en double aveugle de six mois contrôlée versus placebo suivie d'une 2e période en ouvert uniquement avec alpelisib. Les détails du design sont accessibles dans le protocole publié (Luu et al., BMJ open 2024). Le critère de jugement principal est la réponse au traitement définie comme une amélioration ≥ 4 points sur l’échelle de Vineland-II (VABS), après 24 mois de traitement. Les critères secondaires majeurs sont la comparaison à 6 mois du score VABS des patients traités par alpelisib versus ceux traités par placebo, et l’évaluation à 24 mois de la fonction motrice via l’échelle de Mesure de Fonction Motrice (MFM). Les patients sont inclus puis suivis mensuellement dans le centre local, et ont une visite d'évaluation clinique, biologique et radiologique semestrielle au CHU Dijon où à l'hôpital Necker. Nous présentons les résultats préliminaires d’efficacité et les données de sécurité globale. Les 18 patients prévus ont été inclus dans 10 centres entre décembre 2022 et juillet 2024, avec un âge moyen de neuf ans (2 – 28 ans) à l’inclusion. Le score moyen VABS à la baseline était de 55,4±27,8 (moy±ET) et le score MFM de 86,0±15,6. Au 01/09/25, sept patients ont complété les 24 mois d’étude, dont 6 répondeurs au traitement, et deux patients ont été sortis prématurément après 18 et 22 mois de traitement, pour respectivement aggravation des troubles du comportement et vomissements persistants, et sont considérés non répondeurs, soit un taux de réponse actuel de 66,7%. Pour les 6 patients répondeurs, le gain moyen sur la VABS à M24 vs. baseline était de +10,2±5.2 points (score VABS à M24=55,2±21,5 vs. 45,0± 21,2 baseline ; p= 0,004), et le score MFM moyen à M24 était également plus élevé (96,7±2,6 à M24 vs. 90,0±13,2 à la baseline ; p=0,028). Les scores moyens de VABS à M6 des patients traités par alpelisib (n=10) vs. Placebo (n=8) ne différaient pas (48,5±30,5 vs. 71,5±19,8 pour les groupes alpelisib et placebo respectivement ; p=0,228). Au 25/08/2025, sur l’ensemble des 18 patients inclus, 39/301 (12,9%) événements indésirables (EI) déclarés ont été jugés reliés au traitement, touchant 13 patients et tous de grade I ou II. Quatre EI graves ont été déclarés, tous non reliés au traitement. Si ces résultats préliminaires encourageants sont confirmés par l'analyse finale prévue à l'été 2026, cette étude validera l'efficacité sur le plan neurocognitif de l'alpelisib chez les patients MCAP. Les autres examens prévus (IRM, tests cognitifs, questionnaires de qualité de vie, ponction lombaire) complèteront l’évaluation de l’alpelisib dans cette population.
Maxime LUU, Guillaume CANAUD, Julie CHARLIGNY, Aurélie ESPITALIER, Aurore GARDE, Caroline RACINE, Maud CARPENTIER, Adelaide REGA, Romaric LOFFROY, Nawale HADOUIRI, Théo GAUMET, Nathalie BODDAERT, Aurore CURIE, Michaela SEMERARO, Romain BERTHAUD, Alinoe LAVILLAUREIX, Bénédicte DEMEER, Adélaïde BROSSEAU-BEAUVIR, Estelle COLIN, Annabel MARUANI, Florence PETIT, Odile BOUTE, Camille CENNI, Florian CHERIK, Laurent GUIBAUD, Mouna CHEBBI, Paul KUENTZ, Nadia BAHI-BUISSON, Camille FLECK, Amélie CRANSAC, Marc BARDOU, Laurence FAIVRE (DIJON)
16:30 - 17:30 #48979 - P280 Réévaluation des recommandations concernant l’interprétation des variants ARNt de l’ADN mitochondrial grâce à l’étude sur fibre musculaire unique.
P280 Réévaluation des recommandations concernant l’interprétation des variants ARNt de l’ADN mitochondrial grâce à l’étude sur fibre musculaire unique.

Contexte : en raison de leur grande hétérogénéité clinique et génétique, le diagnostic des maladies mitochondriales est difficile en routine. Dans cette étude, nous avons appliqué le NGS à l’analyse sur fibre musculaire unique pour caractériser cinq variants hétéroplasmiques de l’ADNmt, dont quatre jamais décrits. Nos résultats mettent en évidence les limites des recommandations actuelles concernant la classification des variants de l’ADNmt, qui n’intègrent pas de façon optimale les données fonctionnelles. Méthode : afin de valider la faisabilité de la technique, nous avons comparé le NGS à PCR-RFLP, technique de référence, pour quantifier le taux d’hétéroplasmie sur fibre unique. Nous l’avons ensuite appliquée à cinq patients présentant des signes cliniques suggérant un dysfonctionnement mitochondrial et des fibres COX-négatives sur biopsie musculaire. Afin de comparer les différentes recommandations, la pathogénicité de chaque variant a été évaluée selon trois approches de classification publiées. Résultats : aucune différence significative n’a été retrouvée entre PCR-RFLP et NGS, confirmant la fiabilité du NGS pour la quantification du taux d’hétéroplasmie sur fibre unique. Chez les cinq patients, les fibres COX-négatives présentaient des taux d’hétéroplasmie significativement plus élevés que les fibres COX-positives. Cependant, le poids variable accordé aux analyses fonctionnelles dans les recommandations actuelles entraine des divergences de classification pour un même variant. En appliquant de nouveaux critères intégrant davantage ces données, nous avons pu reclasser les quatre variants jamais décrits avant et après analyse fonctionnelle, reflétant plus fidèlement leur pertinence clinique. Conclusion : cette étude démontre l’apport de l'analyse sur fibres uniques dans l'interprétation des variants et soutient son intégration en pratique diagnostique. Bien que le NGS ait démontré une grande fiabilité, son coût élevé et son évolutivité limitée restent des obstacles à son application large, soulignant la nécessité d’explorer des approches plus accessibles et rentables, tout en conservant des niveaux similaires de précision et de fiabilité. Nos résultats soulignent également la nécessité de réévaluer les recommandations actuelles concernant l'interprétation des variants de l'ARNt de l'ADNmt, en y intégrant les données fonctionnelles pour obtenir un cadre plus robuste et cliniquement pertinent. Nous proposons ainsi de nouveaux critères accordant une place plus importante à la ségrégation tissulaire et aux analyses fonctionnelles. Toutefois, des travaux supplémentaires sont nécessaires pour établir des critères standardisés permettant d'analyser objectivement les résultats issus de fibres uniques.
Chloé PROSPER (Nice), Annabelle CHAUSSENOT, Elamine ZEREG, Sylvie BANNWARTH, Béatrice LANNES, Nathalie STREICHENBERGER, Elsa KAPHAN, Aleksandra NADAJ-PAKLEZA, Charles DUYCKAERTS, Luisa VILLA, Sabrina SACCONI, Bruno FRANCOU, Samira SAADI AIT-EL-MKADEM, Konstantina FRAGAKI, Veronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Cécile ROUZIER
16:30 - 17:30 #49382 - P284 Extension du dépistage néonatal à 245 pathologies rares traitables : expérience française au sein du projet européen Screen4Care.
P284 Extension du dépistage néonatal à 245 pathologies rares traitables : expérience française au sein du projet européen Screen4Care.

Le projet européen Screen4Care a pour objectif est de réduire le délai diagnostique des maladies rares par le dépistage néonatal génomique (DNNg). Il comprend une étude clinique multicentrique (NCT06549218). Cette étude prévoit l’inclusion de 18 000 nouveau-nés dans huit centres investigateurs en Italie, en Allemagne et en France (Dijon), et potentiellement en République Tchèque, Grèce et Pologne, afin d’évaluer la faisabilité, l’acceptabilité et le rendement diagnostique du DNNg. Une évaluation préliminaire de l’état clinique à 2 ans des enfants positifs et de l’impact psychosocial sur les parents et sur l’organisation des soins est menée à Dijon. L’analyse d’un panel de 245 gènes, responsables de pathologies traitables (TREAT-panel), à début précoce et dont l’histoire naturelle est bien caractérisée, est proposée aux parents. L’information sur l’étude est délivrée au 3ème trimestre de grossesse ou dans les 48 heures suivant la naissance. A Dijon, l’information s’effectue lors d’un entretien individuel d’environ 20 minutes, par un conseiller en génétique ou un TEC. Seules les variations de classe 4 et 5 sont rendues, après interprétation par le centre de Ferrare pour les patients Dijonnais. Des questionnaires et entretiens explorent les raisons de non-participation et l’impact d’un résultat positif. Un suivi clinique de 2 ans est prévu pour les enfants confirmés positifs. Entre décembre 2024 et juillet 2025, 3 622 familles ont reçu une information sur l’étude (727 à Dijon) et 2 674 nouveau-nés ont été inclus (546 à Dijon), soit un taux d’acceptabilité préliminaire de 74% (75% à Dijon). L’acceptabilité variait entre 27% et 95% selon les centres sur la période, variabilité nécessitant des investigations complémentaires. Elle était plus élevée lorsque l’information était délivrée en anténatale (80%) qu’en postnatal (72%). Les principaux motifs de refus en maternité ont été : (i) absence d’intérêt pour un DNN élargi, (ii) crainte d’un résultat positif, (iii) croyances personnelles ou religieuses, et (iv) volonté d’éviter un stress additionnel après une grossesse compliquée. Les limitations opérationnelles identifiées ont été : (i) limitation des ressources humaines dédiées à l’information, (ii) barrière linguistique lors de l’information, (iii) difficultés d’obtenir la quantité de sang nécessaire par prélèvement capillaire, (iv) obtention du consentement du 2nd parent, (v) délai de rendu des résultats (6 mois pour les premiers patients), et (vi) divergences d’interprétation des variations identifiées impactant la gestion des résultats. Un retour d’expérience sur la restitution des résultats pourra être présenté lors du congrès. Les résultats préliminaires de l’étude Screen4Care confirment la faisabilité opérationnelle d’un DNNg par panel de gènes et un haut niveau d’acceptabilité parentale dans plusieurs pays européens. La participation française au projet Screen4Care a permis de préparer PERIGENOMED-CLINICS 1, 1ère étude pilote sur le DNNg en France.
Emeline DAVOINE, Camille LEVEL, Camille LENELLE, Marie-Laure HUMBERT ASENSIO, Margot LEMAITRE, Sandrine DANIEL, Eleonore VIORA-DUPONT, Estelle BARBIN, Alessandra FERLINI, Fernanda FORTUNATO, Leslie MATALONGA, Emanuele AGOLINI, Janbernd KIRSCHNER, Kathryn FREYLER, Gulcin GUMUS, Moshe EINHORN, Sergi BELTRAN, Carole DERANGERE, Adeline MARQUET, Emilie HENRY, Marion BOUCHAMA, Denis SEMAMA, Emmanuel SIMON, Christel THAUVIN-ROBINET, Frederic HUET, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE (DIJON)
16:30 - 17:30 #49770 - P288 Une transmission inattendue de myopathie sévère liée à ACTA1 due à un variant parental en mosaïque somatique hétérozygote dans le sang : un piège pour l’analyse moléculaire.
P288 Une transmission inattendue de myopathie sévère liée à ACTA1 due à un variant parental en mosaïque somatique hétérozygote dans le sang : un piège pour l’analyse moléculaire.

Les myopathies à némaline (NM) sont un groupe hétérogène de myopathies rares allant de forme congénitale sévère à des atteintes musculaires modérées de l’adulte. Les aspects histopathologiques caractéristiques sont la présence, dans les fibres musculaires, de structures en forme de bâtonnets appelées « nemaline rods ». Les NM sont dues à des variants pathogènes dans au moins 14 gènes impliqués dans la structure ou la régulation des filaments fins du sarcomère. ACTA1 qui code l’actine alpha-1 est le 2ème gène le plus fréquemment impliqué après le gène NEB. Les variants pathogènes d’ACTA1 sont principalement de novo et identifiés dans des formes autosomiques dominantes. Des transmissions autosomiques récessives sont plus rares. Nous rapportons le cas d’une grossesse marquée par une interruption médicale au premier trimestre pour immobilité fœtale. Le séquençage de l’exome réalisé sur l’ADN extrait à partir de villosités choriales a permis d’identifier un variant faux-sens pathogène à l’état hétérozygote du gène ACTA1, déjà rapporté dans la littérature dans une forme anténatale sévère de myopathie. L’étude de ségrégation parentale par séquençage Sanger sur ADN extrait de sang total a retrouvé le variant ACTA1 à l’état hétérozygote et de novo chez le père. Celui-ci a une paralysie faciale périphérique gauche, une parésie du plexus brachial droit et une paralysie diaphragmatique du côté droit attribuées à un accouchement difficile, sans signes cliniques significatifs de myopathie. Aucun retard de développement psychomoteur ou de suivi médical spécifique ne sont rapportés. Un séquençage Sanger réalisé sur d’autres tissus a confirmé un mosaïcisme somatique du variant allant de 50 % dans la salive à 15 % dans les fibroblastes cutanés et 10 % dans le muscle. Une reverse-phenotyping par examen clinique spécifique et biopsie musculaire a permis de montrer qu’il présente une myopathie de sévérité légère. Les mosaïques du gène ACTA1 sont rarement rapportées dans la littérature. La transmission d’un variant pathogène ACTA1 détecté à un faible taux de mosaïcisme dans le sang d’un parent cliniquement indemne a été décrite dans au moins 4 familles. Par ailleurs, les quelques patients porteurs d’un variant pathogène ACTA1 en mosaïque tissulaire (sang et muscle) présentent une atteinte musculaire de sévérité variable. Il s’agit donc du premier cas d’un individu pauci-symptomatique sur le plan musculaire porteur d’un variant pathogène ACTA1 à l’état hétérozygote dans le sang. Ce cas illustre le piège que représente les variants en mosaïque, mais détectés à l’état hétérozygote dans le sang, en l’absence de corrélation évidente avec la clinique. Devant la discordance entre la sévérité du phénotype fœtal et l’absence de symptômes neuromusculaires francs chez le père du fœtus, due à ce mosaïcisme somatique chez lui, la recherche du variant dans d’autres tissus et une réévaluation clinique et histologique ont été nécessaires pour apporter un diagnostic complet à la famille.
Benjamin DURAND (Strasbourg), Aurélie GOURONC, Aleksandra NADAJ-PAKLEZA, Nicolas DONDAINE, Claire FEGER, Maria Cristina ANTAL, Béatrice LANNES, Sophie SCHEIDECKER, Valérie BIANCALANA
16:30 - 17:30 #49437 - P292 Estimation oligogénique de la pénétrance de la maladie d’Alzheimer en fonction de l’âge pour les porteurs de variants rares.
P292 Estimation oligogénique de la pénétrance de la maladie d’Alzheimer en fonction de l’âge pour les porteurs de variants rares.

Les études d'association réalisées à partir de séquençage d'exomes ont mis en évidence de nouveaux facteurs de risque génétiques rares à effets forts de la maladie d’Alzheimer (MA). Estimer la pénétrance de la MA en fonction de l’âge pour ces facteurs de risques rares reste un challenge. En effet, la rareté de ces variants ne permet pas d’estimer les courbes de pénétrance par des études prospectives. Nous proposons d’utiliser la formule de Bayes dans une approche de type Kaplan-Meier pour estimer ces pénétrances au niveau oligogénique pour tenir compte des facteurs de risque génétiques communs incluant le facteur de risque majeur APOE4 et les variants communs à effets faibles révélés par les études de GWAS et regroupés en score de risque génétique (GRS). Notre méthode combine (i) un risque de base défini par des facteurs communs et dérivé de données prospectives et (ii) un risque relatif additionnel conféré par les facteurs de risque rares estimé dans des données de séquençage cas-témoins. Les intervalles de confiance des courbes de pénétrance sont obtenus par bootstrap. Nous avons réalisé une étude de simulation afin de tester la robustesse de notre méthode dans divers scénari faisant varier la taille d’échantillon cas-témoins et la fréquence des variants. Nous avons généré 5 millions d'individus dont les génotypes reflètent les fréquences alléliques d’APOE4 et des facteurs de risques rares. Le statut cas/témoins et l’âge de début de la MA sont déterminés en fonction du génotype à partir d’un modèle de survie constant par morceaux et d’une censure aléatoire. Un échantillon cas-témoins est ensuite sélectionné au hasard dans cette population. Cette procédure, exécutée 500 fois par scénario, a montré qu'avec les tailles d'échantillons des données d’exomes issues des consortia européen ADES et américain ADSP (15 800 cas, 16 000 témoins), notre méthode peut estimer de manière robuste les courbes de pénétrance stratifiées pour APOE4 pour des variants rares de fréquence ≥ 0,05 %. Nous avons combiné les données prospectives de la Rotterdam study et les données de séquençage d’ADES-ADSP afin d’obtenir des courbes de pénétrance en fonction de l’âge pour les porteurs des variants TREM2-p.R47H, TREM2-p.R62H, perte de fonctions d’ABCA7 et ABCA1, stratifiées en fonction d’APOE4 et des tertiles de GRS. Les effets cumulés de TREM2-p.R47H et d'APOE4-4 ont conduit à une pénétrance presque complète à l'âge de 85 ans, bien que TREM2-p.R47H seul et APOE4-4 seul aient conféré moins de 30 % et 50 % de risque à l'âge de 85 ans, respectivement. Ces résultats montrent la nécessité de prendre en compte la dimensions au moins digénique des facteurs de risque génétiques dans la MA et que l’apport des GRS est négligeable en comparaison des variants rares et d’APOE4. Ces courbes ont pour finalité d’aider les cliniciens lors du conseil génétique aux familles et de guider les critères d'inclusion dans les futurs essais préventifs.
Catherine SCHRAMM (ROUEN), Olivier QUENEZ, Emmanuelle GENIN, Ades / ADSP, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
16:30 - 17:30 #49618 - P296 La pharmacogénomique en France : de la population à la médecine personnalisée.
P296 La pharmacogénomique en France : de la population à la médecine personnalisée.

La pharmacogénomique s’intéresse aux gènes impliqués dans la réponse aux médicaments ainsi qu’aux variations de ces gènes pouvant provoquer des effets indésirables graves, susceptibles d’engager le pronostic vital, ou réduire l’efficacité des traitements. Cette discipline joue un rôle clé dans le développement de la médecine personnalisée, en permettant d’adapter les prescriptions au profil génomique de chaque patient, une approche déjà appliquée en France pour certaines prescriptions. Pour effectuer un état des lieux de la diversité pharmacogénomique de la population française, dans le cadre du projet GOLD-GENOPHENOMET, nous avons mené une étude sur les données du projet POPGEN: la plus grande base de données génomiques d’individus français. Elle regroupe 9598 individus génotypés, dont 3998 avec un séquençage complet du génome, tous issus de la cohorte Constances. Ces données sont enrichies par les informations relatives aux prescriptions de chaque participant, issues du Système National des Données de Santé (SNDS) grâce à l’appariement dont bénéficie Constances. Nous avons comparé les performances de différents outils donnant les informations sur les star allèles des pharmacogènes à partir de données de génotypage (±imputation) ou de génomes complets. Cette étude comparative nous permet de choisir l’outil le plus approprié selon le pharmacogène et le type des données disponibles. Comme certains pharmacogènes possèdent des variants structuraux, nous avons mis au point une méthode pour imputer ce type de variants à l’aide d’un nouveau panel de référence intégrant les données de POPGEN, HGDP et 1000 Genomes. Appliqué aux données POPGEN, ces outils nous ont permis de définir les profils des individus pour plusieurs gènes importants. Nous avons observé des phénotypes pharmacogénétiques prédits anormaux chez 90% des individus et des différences entre régions françaises. Nous avons recherché si ces différences régionales étaient dues à des pressions de sélection. Pour cela, nous avons utilisé des métriques comme le Fst, l’iHS ou le LOEUF et comparé les résultats obtenus sur les pharmacogènes à ceux d’autres gènes de tailles similaires. Nous avons complété cette étude en intégrant des données d’ADN anciens permettant d’identifier des nouveaux signaux, comme VKORC1, déjà connu pour être sous sélection positive, ainsi que de répliquer un signal d’introgression néandertalienne pour CYP2J2. Enfin, afin de mieux mesurer l’intérêt de la connaissance des profils pharmacogénomiques en relation avec les prises de médicaments, nous travaillons à faire le lien entre les profils pharmacogénomiques des individus de POPGEN et les données du SNDS. Notre étude constitue un premier état des lieux de la diversité pharmacogénomique en France, révélant l’existence de variants pouvant induire des effets indésirables chez une majorité des individus avec quelques différences régionales montrant bien l’intérêt d’améliorer l’implémentation clinique de la pharmacogénomique.
Marc GROS LA FAIGE (Brest), THE POPGEN STUDY GROUP, FRANCEGENREF CONSORTIUM, GOLD CONSORTIUM, Emmanuelle GÉNIN, Anthony HERZIG
16:30 - 17:30 #49978 - P304 Étude moléculaire du gène HSD17B3 dans le déficit en 17β-HSD type 3 chez des patients tunisiens (46,XY DSD) et analyse fonctionnelle des mutations : expérience du laboratoire de génétique moléculaire humaine, Faculté de Médecine de Sfax.
P304 Étude moléculaire du gène HSD17B3 dans le déficit en 17β-HSD type 3 chez des patients tunisiens (46,XY DSD) et analyse fonctionnelle des mutations : expérience du laboratoire de génétique moléculaire humaine, Faculté de Médecine de Sfax.

Le déficit en 17β-hydroxystéroïde déshydrogénase de type 3 (17β-HSD3) constitue une cause rare de désordres du développement sexuel (DSD) chez les individus 46,XY. L’enzyme 17β-HSD3, exprimée quasi exclusivement dans les testicules, catalyse la conversion de l’androstènedione en testostérone, étape essentielle à la différenciation sexuelle masculine. Les mutations du gène **HSD17B3**, codant cette enzyme, altèrent sa fonction et entraînent des anomalies du développement génital. À ce jour, plus de 70 mutations ont été décrites, mais peu ont été étudiées sur le plan mécanistique. Des travaux récents menés en Tunisie, au Laboratoire de Génétique Moléculaire Humaine de la Faculté de Médecine de Sfax, ont permis d’identifier et de caractériser plusieurs nouvelles mutations. Un premier patient tunisien a été diagnostiqué avec une mutation homozygote p.C206X dans l’exon 9. Cette anomalie, rapportée pour la première fois dans ce contexte clinique, a confirmé le diagnostic moléculaire et ouvre la voie au dépistage prénatal. Chez trois autres patients issus de deux familles non apparentées, des mutations composites hétérozygotes ont été mises en évidence : une mutation non-sens p.C206X et une mutation faux-sens p.G133R. L’expression dans des cellules HEK-293 a montré que la protéine tronquée C206X, dépourvue d’une partie du site de liaison du substrat, est totalement inactive malgré une expression résiduelle. Quant au mutant p.G133R, correctement exprimé et localisé, il présente une incapacité quasi complète à catalyser la conversion de l’androstènedione. Le résidu G133, hautement conservé parmi les SDR (Short-Chain Dehydrogenases/Reductases), est en effet crucial pour l’organisation du site de liaison au cofacteur NADPH. Toute substitution par un acide aminé volumineux induit une perte fonctionnelle.
Bochra BEN RHOUMA, Leila KESKES (Sfax, Tunisie), Fatma ABDELHEDI, Neila BELGUITH-MAHFOUDH, Hassen KAMOUN, Sana KMIHA, Mouna MNIF, Thouraya KAMOUN, Alex ODERMATT, Engeli ROGER, Manuel KLEY
16:30 - 17:30 #49712 - P308 Génomes en réseau @Auragen : Une dynamique collaborative dans l'interprétation des dossiers dans le domaine des maladies rares et de l’oncogénétique.
P308 Génomes en réseau @Auragen : Une dynamique collaborative dans l'interprétation des dossiers dans le domaine des maladies rares et de l’oncogénétique.

Le renforcement de la dynamique d’interprétation et de rendu de résultats sur AURAGEN dans le domaine des maladies rares (MR) et de l’oncogénétique (OC) est un enjeu majeur de notre organisation. Il repose notamment sur la coordination des activités de génomique au niveau territorial, vise à harmoniser les pratiques d’interprétation et de validation biologique et à favoriser l’émergence d’initiatives collaboratives autour de l’interprétation des données génomiques au sein du LBM-FMG Auragen. Plusieurs initiatives structurantes ont été mises en place pour répondre à ces objectifs : l’organisation d’une journée annuelle des biologistes Maladies Rares/Oncogénétique en tant que temps fort de partage scientifique ; l’animation de réunions mensuelles réunissant l’ensemble des biologistes du territoire AURAGEN afin d’échanger sur des avancées scientifiques, les outils et pratiques d’interprétation, les difficultés rencontrées et les pistes d’amélioration du processus post analytique. Enfin, des Solvathons, inspirés de Solve-RD, ont été déployés dans plusieurs villes pour des préindications Maladies Rares à forte prescription, conçus comme des ateliers collaboratifs, ils permettent une analyse collective des génomes et la mise en commun d’expertises, favorisant un véritable travail d’équipe. Ces actions ont suscité une forte mobilisation des biologistes MR/OC, renforçant leur participation et leur implication. Elles ont permis d’améliorer la circulation de l’information et la coordination entre les différentes villes afin d’améliorer notre gestion de flux post-analytique, de favoriser une montée en compétence à la fois individuelle et collective. Les Solvathons, en particulier, se sont imposés comme un outil efficace de renforcement du travail collaboratif, avec un impact direct sur l’augmentation de la production de comptes rendus et le resserrement des liens avec les cliniciens prescripteurs. Les prochaines étapes consistent à consolider le réseau des biologistes sur le territoire Auragen, à animer ce réseau de compétences et d’expertises, à permettre la transformation de notre communauté de biologistes en faisant de ce réseau un espace de compétences et de pratiques partagées. L’objectif est de soutenir la formation continue des professionnels impliqués dans l’interprétation du génome, d’élargir la participation sur l’ensemble du territoire AURAGEN et de développer de nouveaux formats collaboratifs favorisant les échanges d’expériences et la co-construction de solutions. Une attention particulière sera portée à l’évaluation de l’impact de ces actions sur l’augmentation du nombre de comptes rendus émis, la diminution des délais de rendu de résultats, le renforcement de la dynamique territoriale de recherche en génétique des maladies rares.
Eulalie LASSEAUX ROBINE (Bordeaux), Flore MATTHIEU, Julien THEVENON, Anne MCLEER, Auragen CONSORTIUM, Christine VINCIGUERRA
16:30 - 17:30 #49229 - P311b-FL022 Étude Daybreak : résultats préliminaires de la phase 2 en double aveugle, randomisée contrôlée par placebo évaluant setmélanotide chez des patients porteurs de variants sur des gènes spécifiques de la voie leptine-mélanocortines.
P311b-FL022 Étude Daybreak : résultats préliminaires de la phase 2 en double aveugle, randomisée contrôlée par placebo évaluant setmélanotide chez des patients porteurs de variants sur des gènes spécifiques de la voie leptine-mélanocortines.

Objectif : DAYBREAK (NCT04963231) est une étude de phase 2 évaluant setmélanotide, un agoniste du récepteur de type 4 aux mélanocortines, chez des patients porteurs de variants dans un des 31 gènes associés à la voie leptine-mélanocortines. Cette voie joue un rôle clé dans la régulation de l’équilibre énergétique et de la satiété. Matériel/Patients et Méthodes : Des patients âgés de 6 à 65 ans présentant un indice de masse corporelle (IMC) ≥40 kg/m² (pour les patients ≥18 ans) ou ≥97ᵉ percentile (pour les patients de 6 à <18 ans), une hyperphagie, et porteurs de variants éligibles, ont été inclus. Les patients ayant atteint les critères de perte de poids liés à l’âge sous setmélanotide à la fin de la phase 1 en ouvert d’une durée de 16 semaines (S1), pouvaient entrer dans la phase 2 (S2), en double aveugle, randomisée et contrôlée par placebo, d’une durée de 24 semaines. Les patients qui présentaient une augmentation de l’IMC ≥ 5 % par rapport à l’inclusion dans la phase S2 pouvaient réinitier le traitement par setmélanotide en ouvert (soit en rejoignant le bras setmélanotide au cours de S2, soit en entrant précocement vers une phase de relais). Les analyses principales portaient sur S1 ; les analyses de S2, présentées ici, étaient exploratoires ou effectuées de manière ad-hoc. Résultats: Suite à S1, 49 patients porteurs de variants dans les gènes PHIP, PLXNA(1-4), SEMA3(A-G), SIM1, MAGEL2, TBX3, or RPGRIP1L, ont été randomisés selon un ratio 2:1 pour recevoir soit setmélanotide, soit un placebo ; 39 patients ont terminé S2. Trois patients du groupe placebo sont passés dans le bras setmélanotide durant S2, et 6 patients (n = 4 sous placebo ; n = 2 sous setmélanotide) ont quitté S2 de manière anticipée pour entrer dans la phase de relais. Une proportion plus élevée de patients dans le bras setmélanotide a atteint ou maintenu une réduction de 5 % de l’IMC entre l’inclusion dans le début de l’étude et la fin de S2 (27/32 sous setmélanotide [84,4 %] vs 5/17 sous placebo [29,4 %] ; P = 0,001). Les analyses par génotype sont limitées par le faible nombre de patients traités. Entre le début de l’étude et la fin de S2, la variation moyenne (écart type ; intervalle) du pourcentage d’IMC dans le groupe ayant reçu du setmélanotide en continu était de −12,4 % (8,0 % ; 1,2 % - 35,0 %). Les résultats des analyses par groupe de gènes étaient cohérents avec les tendances observées en S1 ; en particulier, les individus porteurs de variants PHIP, ont continué à perdre du poids. Setmélanotide a été globalement bien toléré, sans nouveau signal de sécurité. Conclusion: Les résultats de cette phase randomisée S2 soutiennent l’efficacité de setmélanotide chez les patients porteurs de variants dans les gènes ou familles de gènes impliqués dans la voie leptine-mélanocortines identifiés lors de la première phase en ouvert de l’étude DAYBREAK. Ces résultats suggèrent que ces variants sont susceptibles de répondre à une prise en charge ciblée par setmélanotide.
Gloria ORTIZ, Svetlana TEN, Whitney HERRING, Orit PINHAS HAMIEL, Elif A. ORAL, Nina ROSANO, Dorit KOREN, Lee HAK-MYUNG, Jill C. GARRISON (Boston, Etats-Unis), Olga OHAYON, Patrick SLEIMAN, Martin WABITSCH, Erica VAN DEN AKKER, Jesús ARGENTE, Sadaf FAROOQI
16:30 - 17:30 #48929 - P312 Signatures épigénétiques dans les troubles du neurodéveloppement : peuvent-elles préciser des informations sur le phénotype ?
P312 Signatures épigénétiques dans les troubles du neurodéveloppement : peuvent-elles préciser des informations sur le phénotype ?

Contexte. En raison de l'hétérogénéité et du chevauchement des signes cliniques, le diagnostic des troubles du neurodéveloppement est complexe. De nombreuses épisignatures ont été identifiées pour aider à confirmer les hypothèses diagnostiques ou à interpréter les variants candidats. Cependant, peu d'études ont examiné la corrélation à une échelle plus fine entre la méthylation et le phénotype. Méthodes. Nous avons constitué une base de données comprenant 501 profils de méthylation issus des puces Illumina Epic, incluant des porteurs de variants pathogènes dans RNU4-2 (n=35), CHD3 (n=30), DNMT3A (n=36), ainsi que 86 témoins normaux appariés selon l’âge. Après des contrôles de qualité standards, une normalisation et une analyse différentielle intégrant un ajustement pour les facteurs confondants (âge, sexe et composition cellulaire), nous avons identifié de nouvelles épisignatures pour CHD3 et RNU4-2. Les profils de méthylation associés à CHD3, RNU4-2 et DNMT3A (signature publiée) ont été comparés à la sévérité du phénotype. Les profils de méthylation de CHD3 ont également été comparés aux signatures publiées de CHD7 (n=29) et CHD8 (n=32). Résultats. Au-delà de leur capacité à distinguer les patients des témoins, les signatures RNU4-2, CHD3 et DNMT3A ont toutes révélé des profils de méthylation hétérogènes parmi les patients, résultant d’une variabilité biologique plutôt qu’à des artefacts techniques. En particulier, l’intensité des signatures de DNMT3A et RNU4-2 était corrélée à la sévérité de la maladie. L’analyse conjointe des profils de méthylation associés aux gènes CHD a révélé deux composantes sous-jacentes dans la signature de CHD7. La composante la plus extrême reflétait fortement la nouvelle signature de CHD3, à l’image de la façon dont les micro-phénotypes de CHD7 reflètent les macro-phénotypes de CHD3. Conclusion. Ces résultats soulignent le potentiel des épisignatures pour approfondir la compréhension de l’hétérogénéité phénotypique au sein des syndromes. Décrypter les signatures à un niveau de précision plus fin pourrait aider à anticiper la sévérité des variants et à améliorer la prise en charge médicale des patients. Pour transformer les épisignatures de simples biomarqueurs binaires en outils informatifs enrichis, des tailles d’échantillon plus importants et une collecte rigoureuse des phénotypes sont nécessaires.
Amandine SANTINI (Rouen), Anne-Claire RICHARD, Angèle MAY, Caroline NAVA, Benjamin COGNÉ, Julien THEVENON, Clément CHARENTON, Collaborators ANDDI-RARES, Céline BONNET, Maud DE DIEULEVEULT, Christel DEPIENNE, Gaël NICOLAS, Camille CHARBONNIER
16:30 - 17:30 #49033 - P316 Et si un virus se cachait dans vos BAM ? Un cas d’HSV-1 néonatal révélé par WGS.
P316 Et si un virus se cachait dans vos BAM ? Un cas d’HSV-1 néonatal révélé par WGS.

Contexte Les décompensations néonatales fulminantes posent un défi diagnostique majeur. Entre maladies génétiques métaboliques rares et infections virales fulgurantes, l’étiologie reste parfois insaisissable malgré les explorations conventionnelles. Le séquençage génomique entier (WGS) s’impose progressivement comme une alternative particulièrement dans les maladies métaboliques, mais son potentiel dépasse peut-être ce que nous imaginons. Observation Nous présentons le cas d’un nouveau-né admis à 7 jours de vie pour fièvre et stagnation pondérale. L’examen initial montrait un syndrome inflammatoire et une suspicion d’infection urinaire sur rein en fer à cheval, conduisant à une antibiothérapie probabiliste. Trois jours plus tard, l’évolution fut dramatique : vomissements, distension abdominale, défaillance multiviscérale et décès à 14 jours, malgré une prise en charge en réanimation néonatale. Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, un WGS trio fut réalisé pour rechercher une cause génétique. Une variant de novo d'intérêt fut identifiée dans le gène NRROS mais jugée non pathogène. L’examen attentif des fichiers BAM à ce locus révéla alors un signal inattendu : une zone entourée de lectures « soft-clipped » présentant une homologie parfaite avec le gène UL47 de l’herpès simplex virus 1 (HSV-1). Des analyses virologiques rétrospectives confirmèrent la présence du virus dans les échantillons sanguins et respiratoires, malgré une PCR-LCR initialement négative lors de la prise en charge initiale du patient. Discussion Au-delà de l’identification de maladies rares, ce cas démontre que le WGS peut jouer le rôle d’outil métagénomique incidentel. En intégrant dans un même examen la recherche de variants pathogènes et la détection fortuite de séquences non humaines, il ouvre la voie à un diagnostic « double entrée » : génétique et infectieux. Ce cas illustre l’intérêt du WGS dans les soins intensifs néonataux. À l’interface de la génétique et de la virologie, il nous rappelle que l’interprétation fine des données de séquençage peut révéler l’inattendu et potentiellement amener à un traitement adapté.
Clément SAUVESTRE (Bordeaux), Isabelle GARRIGUE, Agathe ARCOURT, Sonia BURREL, Julie GUICHOUX, Aurélien TRIMOUILLE
16:30 - 17:30 #49061 - P320 Détection de mosaïcisme parental de SCN1A dans le sang de parents de patients avec un syndrome de Dravet par modélisation positionnelle du bruit de fond du séquençage haut-débit.
P320 Détection de mosaïcisme parental de SCN1A dans le sang de parents de patients avec un syndrome de Dravet par modélisation positionnelle du bruit de fond du séquençage haut-débit.

Contexte : Le syndrome de Dravet (SD) est une encéphalopathie épileptique et développementale sévère débutant dès les premiers mois de vie, marquée par des crises fébriles prolongées et résistantes ainsi qu’un retard du développement. SCN1A est le gène principalement impliqué dans le SD. Si la plupart des variants sont de novo, le mosaïcisme parental représente un enjeu majeur pour le conseil génétique, avec une incidence estimée entre 5,0 et 8,6 % selon les techniques et les prélèvements étudiés (PMID : 20522430, 26096185, 30368457). Le risque lié à une mosaïque germinale pour un variant qualifié de novo est pourtant généralement annoncé à < 1 %. Objectif : réévaluer l’incidence du mosaïcisme présent dans le sang parental pour des variants SCN1A rendus de novo en analysant des données de séquençage haut-débit après modélisation du rapport signal/bruit de fond afin d’améliorer la détection de mosaïques à faible fréquence allélique. Matériel et méthodes : Nous avons analysé rétrospectivement 180 échantillons d’ADN sanguin issus de 90 couples de parents d’enfants atteints de SD par technique de capture des exons codants de SCN1A (SureSelect XT HS, Agilent) et séquençage haut-débit profond (>5000X après suppression des duplicats, NextSeq, Illumina). Les VAF (variant allele fraction) ont été intégrées dans un modèle empirique de bruit de fond, construit position par position par approche leave-one-out et calcul de Z-score. La sensibilité de détection des mosaïques a été déterminée grâce à une gamme étalon de 12 SNVs de SCN1A. Les données de séquençage haut-débit ont également été analysées avec Mutect2 comme référence. Résultats : Une analyse bio-informatique combinant modélisation du bruit de fond et scores statistiques a permis d’obtenir une sensibilité de détection des mosaïques avec une VAF médiane de 0.08% (0,003 – 0,011%). Cette sensibilité varie surtout en fonction de la position nucléotidique mais aussi de la nature du variant. Sur les 90 couples de parents d’enfants atteints de SD analysés, un variant SCN1A en mosaïque a été détecté chez 6 d’entre eux, dont 5 correspondaient au variant pathogène rendu initialement de novo au prescripteur. Les mosaïques détectées ont une VAF comprise entre 0.5 et 9.0%, et ont fait l’objet d’une vérification par une méthode orthogonale ; elles n’avaient pas été détectées par séquençage Sanger au moment du diagnostic initial. Le caller spécifique de mosaïques Mutect2 n’a identifié que les 2 mosaïques avec une VAF >5%. Conclusion : Grâce à la modélisation positionnelle du bruit de fond de séquençage haut-débit, la sensibilité de détection des mosaïques faibles est environ 10 fois supérieure à celle du caller de référence Mutect2. L’identification d’une mosaïque parentale sur ADN sanguin dans 5,6 % des couples, malgré un variant initialement rendu comme de novo chez l’enfant, renforce l’importance d’intégrer cette recherche dans les stratégies diagnostiques, compte tenu de son impact majeur pour le conseil génétique.
Clarisse BATTAULT (Angers/Paris), Caroline NAVA, Julie BOGOIN, Quentin BRANDAO, Julien BURATTI, Eric LE GUERN, Lionel ARNAUD
16:30 - 17:30 #49238 - P324 Analyses comparative de l’approche de séquençage à longue lecture ciblé d’Oxford Nanopore Technologie dans les maladies à expansion de triplets.
P324 Analyses comparative de l’approche de séquençage à longue lecture ciblé d’Oxford Nanopore Technologie dans les maladies à expansion de triplets.

Au cours des 30 dernières années, plus de 50 maladies à expansion de triplets ont été identifiées. La découverte exponentielle de ces pathologies a été permise grâce au développement des techniques de séquençage, avec notamment le séquençage à lecture longue qui marque une nouvelle étape importante dans le diagnostic de ces pathologies. Malgré ces avancées majeures, la caractérisation complète des répétitions en tandem dans un contexte pathologique reste difficile, principalement en raison de leurs caractéristiques inhérentes telles que la complexité des motifs, la teneur élevée en GC et la longueur variable de l’expansion. Dans cette étude, notre objectif était de caractériser de manière approfondie les expansions répétitives dans deux maladies neuromusculaires : la dystrophie myotonique de type 1 (DM1) et la myopathie oculopharyngodistale (OPDM) à l'aide du séquençage à longue lecture ciblé par le système CRISPR/Cas9, développé par Oxford Nanopore Technologies (ONT). Nous avons effectué des analyses précises du locus DM1 (DMPK) et de trois des cinq loci OPDM identifiés (LRP12, GIPC1, NOTCH2NLC). Par cette approche, nous avons déterminé la taille des répétitions, la distribution de leur longueur, l'architecture de leur expansion et la méthylation de l'ADN, en utilisant trois stratégies différentes de basecalling : le logiciel MinKnow (ONT) et deux basecallers en open-source, Dorado et Bonito. Nous avons démontré l'importance de la stratégie de basecalling dans la caractérisation de l'expansion. Nous avons proposé des lignes directrices pour effectuer le séquençage à lecture longue ciblé par CRISPR-Cas9, allant de la préparation de la librairie aux analyses bioinformatiques. Enfin, cette étude nous a permis de montrer, pour la première fois, un mosaïcisme somatique, un changement de l’architecture des expansions et une hyperméthylation du locus LRP12 chez les patients OPDM symptomatiques.
Louise BENARROCH (PARIS), Pierre-Yves BOËLLE, Hélène MADRY, Badreddine MOHAND OUMOUSSA, Nobuyuki EURA, Ichizo NISHINO, Karim LABRÈCHE, Valeriia GORBUNOVA, Guillaume BASSEZ, Tanya STOJKOVIC, Geneviève GOURDON, Gisèle BONNE, Stéphanie TOMÉ
16:30 - 17:30 #49302 - P328 Détection de la maladie résiduelle minimale sans séquençage tumoral préalable: IA à partir de données cfDNA séquencées avec ONT.
P328 Détection de la maladie résiduelle minimale sans séquençage tumoral préalable: IA à partir de données cfDNA séquencées avec ONT.

Introduction La détection de la maladie résiduelle minimale (MRD) repose sur l’identification de traces d’ADN tumoral circulant (ctDNA) au sein de l’ADN circulant total (cfDNA). C’est un enjeu majeur de l’oncologie de précision. Les approches actuelles s’appuient le plus souvent sur le séquençage de la tumeur initiale afin de cibler dans le ctDNA des altérations somatiques spécifiques. Cette stratégie présente cependant des limites, notamment son inapplicabilité en l’absence d’échantillon tumoral et sa restriction aux seules anomalies détectées. Nous proposons une approche sans séquençage préalable de la tumeur visant à détecter la MRD en identifiant la présence de ctDNA directement à partir du cfDNA, sans recours au profil tumoral initial. Méthodes Pour cela, nous développons un modèle d’IA capable d’apprendre à partir de données multi-omiques du cfDNA afin de prédire la présence ou l’absence de ctDNA résiduel. L’entraînement du modèle d’IA s’effectue en deux étapes. Dans un premier temps, un modèle est entraîné sur des données publiques et propriétaires de méthylation afin d’apprendre à distinguer différents tissus tumoraux et non tumoraux, établissant une base de signatures épigénétiques de référence. Dans un second temps, les données de séquençage Oxford Nanopore Technologies sont exploitées afin de calculer trois familles de signaux : statistiques de fragmentation, profils de variations du nombre de copies (CNV) et profils de méthylation. Résultats L’analyse d’échantillons d’ADN libre circulant séquencé par ONT révèle des différences entre individus sains et patients atteints de cancer : altération des distributions de fragments d’ADN circulant, apparition de gains et pertes génomiques, et signaux épigénétiques spécifiques. L’intégration de la fragmentation, des CNV et de la méthylation par IA à partir de données issus de séquençage Nanopore renforce la capacité de discrimination, soulignant l’intérêt d’une combinaison séquençage Nanopore et approche multi-omique pour la détection du cancer. Conclusion Ces résultats démontrent que les signatures de méthylation, de fragmentation et de CNV de l’ADN circulant permettent de discriminer des patients atteints de cancer de témoins sains, via une approche sans séquençage de la tumeur, à partir de données Oxford Nanopore obtenues en moins de 5 jours.
Michael BLUM (Meylan), Florian PRIVÉ, Arnaud SANDRIN, Boris LIPINSKI, Romain BOIDOT
16:30 - 17:30 #49500 - P336 Décryptage des signatures moléculaires des protéasomopathies neurodéveloppementales : une approche multi-omique.
P336 Décryptage des signatures moléculaires des protéasomopathies neurodéveloppementales : une approche multi-omique.

Les troubles du neurodéveloppement (TND) regroupent un ensemble d’affections altérant précocement la maturation du système nerveux central, en lien avec des facteurs génétiques ou environnementaux. Environ 40 % des TND sont d’origine monogénique, et près de 8 % impliquent des gènes du Système Ubiquitine-Protéasome (UPS), un complexe protéolytique hautement conservé, essentiel à l'homéostasie cellulaire par la dégradation des protéines ubiquitinées. Parmi ces pathologies monogéniques liées à l’UPS, une nouvelle classe de pathologies rares émerge : les protéasomopathies neurodéveloppementales, causées par des variants dans les gènes codant les sous-unités du protéasome. Malgré des avancées ponctuelles sur certains gènes, les mécanismes physiopathologiques sous-jacents à ces troubles restent largement méconnus, et aucun biomarqueur n’est actuellement disponible pour un diagnostic clinique rapide. Dans ce contexte, notre objectif est d’identifier des signatures moléculaires communes aux protéasomopathies associées aux gènes PSMC3 et PSMC5. Pour cela, nous exploitons une biocollection dédiée (BioTND-UPS), unique au monde, permettant la génération de lignées lymphocytaires T à partir de 9 patients porteurs de variants PSMC3 et PSMC5 et de 19 contrôles sains. Une approche multi-omique intégrative est mise en œuvre, combinant des analyses transcriptomiques (3’SRP et miRNA-Seq) et épigénomiques (ATAC-Seq et ChIP-Seq), afin de décrypter les mécanismes moléculaires impliqués. Les premières analyses transcriptomiques (ARNm) révèlent des profils d’expression distincts chez les patients, marqués par une répression des voies liées à la chimiotaxie et au cycle cellulaire, incluant la mitose et la réparation de l’ADN. À l’inverse, les voies de réponse au stress cellulaire, telles que l’autophagie et la signalisation par l’interféron, apparaissent activées, suggérant des mécanismes compensatoires. Par ailleurs, l’intégration des données transcriptomiques (ARNm) et des microARN met en évidence des relations régulatrices inverses, soulignant un rôle des microARN dans la modulation des signatures transcriptomiques observées. Les analyses épigénomiques en cours devraient compléter ces résultats en apportant des informations sur l’impact du remodelage de la chromatine et l’activité des régions régulatrices. Ainsi, cette approche intégrative vise à mieux comprendre les mécanismes à l’origine des protéasomopathies neurodéveloppementales et poser les bases pour de futurs biomarqueurs ou cibles thérapeutiques.
Marielle OLOUDE (Nantes), Cynthia FOURGUEUX, Martin BRAUD, Frédéric EBSTEIN, Stéphane BEZIEAU, Sébastien KÜRY, Jérémie POSCHMANN, Léa POIRIER
16:30 - 17:30 #49776 - P340 Approche CRISPR-Cas9 pour une étude fonctionnelle de NEMO.
P340 Approche CRISPR-Cas9 pour une étude fonctionnelle de NEMO.

Les voies de signalisation NF-kappaB (NF-κB) canoniques et alternatives jouent un rôle majeur dans la régulation de processus biologiques essentiels tels que l’inflammation, les réponses immunitaires innées/adaptatives et les morts cellulaires programmées apoptotiques et nécroptotiques. La voie NF-κB canonique fait intervenir un complexe IKK composé de deux sous-unités kinases IKKalpha et IKKbeta et la sous-unité régulatrice NEMO (aussi appelée IKKgamma). Les mutations du gène NEMO sont principalement associées à deux maladies rares : une dermatose appelée incontinentia pigmenti (IP) et des immunodéficiences (ID) avec ou sans dysplasies ectodermiques anhidrotiques (EDA-ID). Il a aussi été récemment démontré que certaines mutations sont impliquées dans une maladie autoinflammatoire, due à une hyperactivation de la voie NF-κB dans certains types cellulaires, appelée NEMO-deleted exon 5 autoinflammatory syndrome (NDAS). L’objectif de notre projet est d’étudier les fonctions cellulaires et physiologiques de NEMO à l’aide de nouveaux outils d'édition génétique basés sur la technologie CRISPR-Cas9. Notre approche a consisté à générer une forme endogène fluorescente de NEMO, tout en respectant sa régulation transcriptionnelle et son niveau d'expression protéique. Pour cela, nous avons effectué un knock-in (KI) de la forme endogène de NEMO dans des cellules U2OS en lui insérant un court fragment non fluorescent de la protéine GFP appelé split-GFP (GFP-11). Une fois les cellules U2OS KI générées, nous les avons transfectées avec un plasmide codant pour le fragment polypeptidique complémentaire de la GFP (pcDNA3.1-GFP (1-10)). Puis, nous avons isolé par cytométrie en flux avec tri cellulaire les lignées cellulaires émettant de la fluorescence, et réalisé une expansion clonale des cellules stablement transfectées. Parmi les clones en expansion, 55 ont été utilisés pour générer des culots cellulaires pour une analyse par Western Blot et 51 ont été cryopréservés dans un milieu de congélation. Ce système nous permettra dans un premier temps d’évaluer la localisation spatiotemporelle et dynamique de NEMO par microscopie à fluorescence à haute résolution. Dans un second temps, il nous permettra également d'étudier le rôle dynamique de NEMO vis à vis de différents compartiments cellulaires, et plus particulièrement celui l'impliquant dans l'autophagie et la protection mitochondriale, à la suite de transfection transitoire avec le fragment complémentaire de GFP (1-10) fusionné à un marqueur spécifique de la compartimentation cellulaire (mitochondrie, lysosome, appareil de Golgi et réticulum endoplasmique). Malgré le nombre croissant d’études visant à comprendre les fonctions cellulaires de NEMO, plusieurs questions demeurent encore sans réponse. Une meilleure compréhension de ces mécanismes constituera un préalable essentiel au développement de stratégies thérapeutiques efficaces pour des patients atteints d’IP, ID, EDA-ID et NDAS.
Syrine ADHOUM (Paris), Alix BOUCHARLAT, Siham SCHACRE, Yavor YORDANOV, Musa MHLANGA, Fabrice AGOU
16:30 - 17:30 #49906 - P344 Analyse en temps réel du séquençage du génome entier pour une santé de précision intégrant la génomique.
P344 Analyse en temps réel du séquençage du génome entier pour une santé de précision intégrant la génomique.

L’achèvement du Projet Génome Humain et les progrès des technologies de séquençage haut débit ont rendu le séquençage du génome entier (WGS) accessible, avec une intégration attendue à la pratique clinique courante. Le traitement rapide et efficient des vastes quantités de données génomiques générées demeure toutefois un défi. La médecine de précision nécessitera à terme l’intégration des données de séquençage du génome entier aux dossiers médicaux et phénotypes cliniques, soulignant l’importance des outils ou systèmes capables d’une (ré)analyse immédiate en temps réel. Afin de répondre à ce besoin, nous avons développé Magic Bison, une plateforme d’analyse fondée sur l’intelligence artificielle (IA) permettant une interprétation en temps réel du génome, délivrant les résultats en moins de 10 secondes. Cette capacité rend la plateforme adaptée à l’usage clinique et permet une réanalyse continue de la naissance aux différents âges de la vie en parallèle de l’évolution des bases de données génomiques. Magic Bison propose actuellement sept modules d’analyse : l’analyse diagnostique des maladies génétiques en lien avec un phénotype, l’analyse des variants selon les recommandations du Collège Américain de Génétique Médicale (ACMG), l’analyse du risque constitutionnel pour les maladies complexes fréquentes, l’analyse pharmacogénomique pour la sécurité des traitements, l’analyse proactive des variants pathogènes rapportés, le dépistage des hétérozygotes pour le conseil préconceptionnel, et le typage HLA. Nous avons également développé Strata Finder, une plateforme de prédiction du risque génomique fondée sur l’IA pour les maladies complexes. Les études préliminaires montrent que les modèles d’IA entraînés et validés sur des pathologies telles que l’asthme, les accidents vasculaires cérébraux, l’infarctus du myocarde ou les thromboses atteignent une précision allant jusqu’à 96 %. Ces résultats suggèrent que la combinaison de données génomiques massives et d’IA avancée peuvent étendre la médecine de précision permettant une prédiction des risques de maladies, une prévention, des sélections thérapeutiques optimisées et des stratégies de soins personnalisées intégrant la génétique et la génomique dans une « santé de précision ».
Dau-Ming NIU, Yun-Ru CHEN, Chuan-Kun LIU, Yao-Te CHIU, Chung Kuei LI, Adam YAO, Dominique P. GERMAIN (Paris)
16:30 - 17:30 #49429 - P352 Diversité phénotypique et génotypique des aggrecanopathies : analyse de 26 nouveaux variants ACAN dans une cohorte de 27 patients présentant une petite taille idiopathique.
P352 Diversité phénotypique et génotypique des aggrecanopathies : analyse de 26 nouveaux variants ACAN dans une cohorte de 27 patients présentant une petite taille idiopathique.

La petite taille est une manifestation clinique fréquente chez les enfants. Bien que certaines étiologies de la petite taille puissent être facilement identifiées par des tests biologiques de routine, les cliniciens peinent à définir la cause pathogène sous-jacente, ce qui conduit souvent à un diagnostic de petite taille idiopathique. L’aggrécan, codé par le gène ACAN, joue un rôle important dans le fonctionnement du cartilage et la croissance osseuse. L’objectif de notre étude est d’élargir le spectre mutationnel du gène ACAN et de tenter d’établir une corrélation génotype-phénotype dans une cohorte de patients français adressés dans un contexte de maladie osseuse constitutionnelle et/ou petite taille idiopathique. Le diagnostic moléculaire de routine par NGS à l’aide de notre panel « MOC 82 gènes, nous a permis d’identifier 26 nouveaux variants ACAN pathogènes ou probablement pathogènes. Nous avons ensuite analysé l’implication de ces variants dans le phénotype de 27 cas index et de leurs apparentés. Les 26 variants ACAN rapportés ici sont répartis sur l’ensemble du gène. Parmi les 27 cas index inclus dans l’étude, deux patients avec des phénotypes cliniques sont porteurs du même variant tronquant. Contrairement au mode de transmission autosomique dominante attendu dans les aggrécanopathies, nous avons observé un cas homozygote pour un variant non-sens. Par ailleurs, les études familiales ont révélé que les variants identifiés étaient hérités dans 22 cas sur 23. Enfin, des anomalies radiologiques squelettiques sont présentes dans 66 % des cas, mais au total la cohorte présente une forte hétérogénéité phénotypique, y compris au sein d’une même famille. Ces résultats permettent d’élargir le spectre de variants pathogènes ou probablement pathogènes du gène ACAN et d’approfondir la compréhension des phénotypes associés. Toutefois, une approche par séquençage du génome pourrait s’avérer essentielle pour affiner le diagnostic et améliorer la prise en charge de ces patients. Au final, les aggrecanopathies se révèlent très hétérogènes et particulièrement fréquentes chez les patients avec petite taille idiopathique, même en l'absence de dysplasie squelettique évidente.
Nathalie RUIZ-PALLARES, Melek TRIGUI, David GENEVIEVE, Cyril AMOUROUX, Thomas EDOUARD, Sabine SIGAUDY, Marjolaine WILLEMS, Mouna BARAT-HOUARI (Montpellier)
16:30 - 17:30 #49634 - P356 Syndrome d’Ehlers-Danlos Classique et génome Seqoia_PFMG2025 : élucidation d’un cas par détection d’un remaniement complexe dans COL5A1.
P356 Syndrome d’Ehlers-Danlos Classique et génome Seqoia_PFMG2025 : élucidation d’un cas par détection d’un remaniement complexe dans COL5A1.

Le syndrome d’Ehlers-Danlos Classique (SEDc) fait partie d’un groupe hétérogène du point de vue clinique et génétique, de maladies héréditaires du tissu conjonctif. Il est caractérisé par une hypermobilité articulaire, une hyperélasticité et une fragilité cutanée, des cicatrices cutanées atrophiques et une fragilité générale des tissus. Il implique en majorité les gènes COL5A1 et COL5A2 avec une transmission dominante. Le diagnostic repose sur des critères cliniques et génétiques (antécédents familiaux, panel NGS). Nous rapportons le cas sporadique d’un patient présentant une suspicion de SEDc avec une hyperlaxité articulaire distale, une hyperélasticité cutanée, une peau veloutée, des cicatrices papyracées aux genoux, des papules piézogéniques et une dilatation modérée de la racine de l’aorte. L’approche par séquençage de l’ADN par panel NGS n’avait pas montré de variant d’intérêt expliquant le phénotype. L’analyse de son génome dans le cadre du laboratoire de biologie médicale LBM-Seqoia du PFMG2025, au sein d’un trio avec ses parents a permis de détecter un remaniement complexe g.134615770_134687952delins134618078_134687074inv de novo localisé en 5’UTR jusqu’à l’intron 1 de COL5A1. Au vu des connaissances actuelles de COL5A1, une majorité de variants tronquants entrainant une haploinsuffisance ainsi que des variants altérant l’épissage au niveau du domaine de la triple hélice a été rapportée (HGMD-pro, Colman M_Human Mutation 2021). Des variants entrainant un défaut de structure dans la chaine pro alpha1(V) sont également décrits. L’approche par panel NGS permet de déceler des variants ponctuels, petits remaniements nucléotidiques ou variations en nombre de copies exoniques mais montre une limite dans la détection de variants complexes ou introniques profonds. Le dossier présenté montre l’apport essentiel du séquençage du génome entier dans le LBM-Seqoia puisqu’il permet d’élucider ce diagnostic de SEDc et de mettre en place une prise en charge adéquate du patient et de délivrer un conseil génétique à la famille.
Audrey BRIAND-SULEAU, Malika FOY, Karelle BENISTAN, Pascale RICHARD, Corinne METAY (Paris)
16:30 - 17:30 #49836 - P360 11 nouveaux cas de syndromes d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique : spectre phénotypique lié aux mutations des gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13.
P360 11 nouveaux cas de syndromes d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique : spectre phénotypique lié aux mutations des gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13.

Le syndrome d’Ehlers-Danlos de type spondylodysplastique (SEDsp, MIM 130070, 615349, 612350) est une pathologie de la matrice extra-cellulaire autosomique récessive, entrainant petite taille, hypotonie, hypermobilité articulaire, contractures et dysplasie spondylo-épi-métaphysaire. Le SEDsp est lié aux mutations de B3GALT6 et B4GALT7 (codant des enzymes de la biosynthèse des protéoglycanes) ou de SLC39A13 (codant un transporteur du zinc), tous impliqués dans la formation des fibrilles de collagène. Le chevauchement entre les tableaux liés aux 3 gènes explique leur regroupement dans la même entité clinique. Notre étude a pour but de mieux décrire l’histoire naturelle du SEDsp et les éventuelles corrélations génotype-phénotype. Via le CRMR maladies osseuses constitutionnelles, nous avons recruté 11 cas issus de 9 familles : 4 fœtus et 7 patients âgés de 3 à 45 ans. La cohorte comprend 3 individus féminins et 8 masculins d’origines ethniques diverses. Dans tous les cas, des variants faux-sens ou non-sens ont été identifiés à l’état homozygote ou hétérozygote composite dans B3GALT6 (n=7), B4GALT7 (n=3) ou SLC39A13 (n=1). Aucun individu ne porte de variant non-sens bi-allélique. En anténatal, un RCIU ou une malposition des pieds étaient présents dans la moitié des cas ; 3 avaient une hyperclarté nucale et 2 des fémurs courts. Tous les patients vivants ont un retard statural (-3 à -9 DS). Quel que soit le génotype, les patients associent une hyperlaxité articulaire contrastant avec des contractures distales (pieds malposés et/ou camptodactylie). En dehors du patient SLC39A13, les patients présentent des instabilités, voire luxations articulaires : dysplasie de hanches (n=5) avec luxations chez 2, genu recurvatum (n=3) et luxations avec limitation des coudes (n=6). Les patients B3GALT6 ont des cyphoscolioses rapidement progressives ; une ostéoporose a été diagnostiquée dans 3 cas (B3GALT6 et SLC39A13). Radiologiquement, l’élargissement métaphysaire et les cols fémoraux courts sont systématiques. Une platyspondylie est observée chez les patients B3GALT6 et SLC39A13. Une incurvation des fémurs et des segments mésoméliques est présente dans 4 cas, très marquée dans 2 (B3GALT6 et B4GALT7). Les patients B3GALT6 et B4GALT7 ont une peau normale (lâche chez 1), une amétropie marquée chez 3 et des anomalies viscérales chez 2 (mégauretère bilatéral et hernie inguinale). Le patient SLC39A13 présente une peau fine avec vergetures et varices profuses et l’antécédent de 3 AVC hémorragiques. Notre étude confirme de nombreux points communs entre les présentations liées aux gènes B3GALT6, B4GALT7 et SLC39A13, justifiant leur regroupement sémiologique. Les éléments potentiellement distinctifs sont : cyphoscoliose majeure pour B3GALT6 et absence d’anomalie des coudes et absence d’instabilités des grosses et moyennes articulations pour SLC39A13. Enfin, notre étude souligne l’importance du dépistage de l’ostéoporose dans le SEDsp et d’un suivi vasculaire étendu pour SLC391A3.
Caroline MICHOT (Paris), Geneviève BAUJAT, Anne GUIMIER, Juliette PIARD, Elise SCHAEFER, Marta SPODENKIEWICZ, Julie STEFFANN, Sophie RONDEAU, Valérie CORMIER-DAIRE
16:30 - 17:30 #49056 - P362 Bilan PFMG2025-SeqOIA pour la pré-indication Hyperlaxité Majeure Syndromique.
P362 Bilan PFMG2025-SeqOIA pour la pré-indication Hyperlaxité Majeure Syndromique.

Contexte : Les syndromes d'Ehlers-Danlos non vasculaires (SED) représentent un groupe hétérogène de maladies génétiques du tissu conjonctif (TC) caractérisé par une hyperlaxité articulaire, une hyperélasticité cutanée et une fragilité des TC. Ils présentent une grande variabilité clinique et génétique, et nécessitent un diagnostic approfondi pour une prise en charge adaptée. Les panels NGS (Next Generation Sequencing) de gènes actuels laissent de nombreux cas sans diagnostic moléculaire précis. Objectifs : Cette étude vise à identifier les variations génétiques chez des patients présentant une hyperlaxité majeure syndromique, pour lesquels le panel de gènes standard était négatif. Méthodes : Nous avons interprété les génomes de 31 cas index, en trio ou avec des apparentés atteints et sains, atteints d'hyperlaxité majeure syndromique. L’analyse de génome entier a été réalisée sur la plateforme de séquençage génomique très haut débit SeqOIA, dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. Résultats : Parmi les cas étudiés, 20 étaient des cas sporadiques et 11 des cas familiaux. Des variations d’intérêts ont été identifiées chez 10 cas index, dans des gènes connus pour être associés à des troubles du tissu conjonctif : COL5A1, COL5A2, COL6A1, COL6A2, SLC39A13 et TAB2. 40% des patients présentent des variants de novo. Parmi les variations observées chez les 10 cas index, (a) cinq altèrent l’épissage avec trois variants localisés dans des régions introniques profondes et (b) une présente un remaniement structural complexe, toutes non détectables par panel NGS, (c) les six restantes sont des faux-sens. En ce qui concerne les résultats d’interprétation, six génotypes ont été classés comme probablement pathogènes ou pathogènes (classes 4 ou 5) chez sept familles indépendantes. Deux de ces variants, non répertoriés dans la littérature ou les bases de données, ont fait l'objet d'analyse de transcrit confirmant leur pathogénicité. Ainsi, le taux de diagnostic conclusif est de 22%. Cinq variants de signification incertaine présentent de fortes prédictions en faveur de leur pathogénicité. Des études fonctionnelles de séquençage long-read, de transcriptome ou encore de sécrétion du collagène 6 sur fibroblastes de biopsie de peau sont programmées, qui nous permettront de ré-évaluer leur interprétation. Conclusion : Nous présenterons en détail ce bilan qui met en lumière l'importance de l'analyse génomique approfondie pour le diagnostic des patients avec hyperlaxité majeure syndromique. Nous exposerons également les résultats des tests fonctionnels permettant d’argumenter la pathogénicité des variants. Au final, cette approche pan-génomique permet la détection supplémentaire de variants non décelables lors du panel NGS. Cette identification de variations dans des gènes spécifiques est essentielle pour améliorer la compréhension des mécanismes sous-jacents et guider les stratégies de prise en charge clinique.
Clarisse BILLON (Paris), Malika FOY, Baptiste VIERNE, Audrey BRIAND-SULEAU, Nicolas DERIVE, Jeremy BERTRAND, Jerome BOULIGAND, Mélanie FRADIN, Geneviève BAUJAT, Florence PETIT, Caroline MICHOT, Karelle BENISTAN, Corinne METAY
16:30 - 17:30 #49445 - P364 Diagnostic moléculaire d’un NEMO-NDAS par recombinaison IKBKGP1–IKBKG.
P364 Diagnostic moléculaire d’un NEMO-NDAS par recombinaison IKBKGP1–IKBKG.

Introduction Les variants pathogènes du gène IKBKG (codant pour la protéine NEMO) sont responsables d’un spectre de syndromes liés à l’X impliquant la voie NF-κB. Ceux-ci incluent l’incontinentia pigmenti et des déficits immunitaires avec dysplasie ectodermique, tous deux associés à une perte de fonction. Depuis 2020, un nouveau syndrome autoinflammatoire lié à une délétion en phase de l’exon 5 avec surexpression d’une protéine NEMO tronquée (NEMO-NDAS pour NEMO Deletion-5 Auto-inflammatory Syndrome) et se manifestant par un syndrome inflammatoire, des arthrites, uvéites, panniculite, et des épisodes de fièvre récurrentes, a été décrit. La présence du pseudogène IKBKGP1, homologue à 99,9 % avec le gène IKBKG sur la région dupliquée (intron 3–exon 10) et localisé à seulement quelques dizaines de kb en orientation inverse, complique fortement l’identification des variants responsables du NEMO-NDAS. Cette homologie entraîne un risque d’amplification croisée et des difficultés d’alignement en séquençage short read. Nous rapportons ici le diagnostic génétique d’un NEMO-NDAS de transmission dominante chez une patiente présentant une panniculite fébrile apparue à l’âge de 5 mois, évoquant initialement une maladie de CANDLE. Le variant hérité du père asymptomatique fait suspecter un événement de recombinaison génique entre IKBKG et IKBKGP1, ouvrant de nouvelles perspectives pour la compréhension et le diagnostic des réarrangements complexes dans cette région génomique. Méthode Un panel de 300 gènes associés aux maladies autoinflammatoires incluant le gène IKBKG a été séquencé à partir de l’ADN génomique. La présence du transcrit tronqué a été recherchée par RNA-seq ciblé sur l’ADN complémentaire obtenu après RT-PCR double brin. Enfin, un séquençage de la région recombinée a été effectué à l’aide de la technologie Flongle sur la plateforme Oxford Nanopore Technologies, après PCR longue spécifique de chaque locus (gène et pseudogène). Résultats et Discussion La présence du variant a été confirmée dans l’ADN génomique du père et de sa fille, sans qu’il soit possible de conclure sur sa localisation dans le gène ou le pseudogène. L’analyse ciblée des transcrits d’IKBKG a permis de confirmer, chez la fille, la présence du transcrit comportant le saut de l’exon 5, tandis qu’il était absent chez son père. Le séquençage long read a permis d’explorer le mécanisme ayant conduit à la recombinaison à partir du pseudogène vers le gène fonctionnel. Ces résultats expliquent le phénotype de la patiente et illustrent la complexité diagnostique dans cette région génomique. Conclusion Il s’agit de la première identification rapportée de ce mécanisme de recombinaison entre IKBKG et son pseudogène IKBKGP1 responsable d’un phénotype NEMO-NDAS. Ce cas souligne les limites du séquençage classique dans cette région homologue et montre l’intérêt du RNA-seq et du séquençage long-read pour le diagnostic moléculaire et le conseil génétique des maladies autoinflammatoires rares.
Lucie ROUAUX (Montpellier), Lionel HEISER, Cécile RITTORE, Capucine PICARD, Lyse RUAUD, Léa VEYRUNE, Alexandre BELOT, Vincent GUIGONIS, Jacques PUECHBERTY, Guilaine BOURSIER
16:30 - 17:30 #49689 - P368 NF1: Eclairer les zones d’ombre grâce au génome.
P368 NF1: Eclairer les zones d’ombre grâce au génome.

La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une maladie génétique autosomique dominante dont l’incidence à la naissance est estimée à 1 pour 3000, résultant de variants pathogènes perte de fonction dans le gène NF1 (17q11.2). Ce gène code la neurofibromine, régulateur négatif de la voie RAS/MAPK. Le diagnostic repose sur des critères cliniques (taches café-au-lait, lentigines, neurofibromes, nodules de Lisch, gliomes des voies optiques), mais l’expression est extrêmement variable. Les techniques classiques (séquençage ciblé, exome) permettent d’identifier la majorité des anomalies, mais environ 5 à 10 % des patients restent sans diagnostic moléculaire. Une proportion de ces cas est liée à des variants introniques profonds affectant l’épissage, ou bien des remaniements génomiques affectant le gène NF1, inaccessibles au panel ou à l’exome. Le séquençage du génome (GS) permet une exploration exhaustive, incluant les régions introniques et régulatrices de l’expression génique. Nous présentons ici une cohorte de 92 patients (SeqOIA et AURAGEN) adressés pour suspicion clinique de NF1 ayant eu une analyse de génome. Les variants identifiés en génome incluent des variants introniques profonds ou de la région promotrice déjà décrits dans la littérature ou confirmées au niveau transcriptomique, des réarrangements génomiques intra-NF1 ou interrompant le gène, ou encore l’insertion d’éléments mobiles. Les analyses non-conclusives concernent essentiellement des patients ne présentant qu’un seul critère clinique de la maladie, ou bien l’association isolée de taches café-au-lait et de lentigines. Cela suggère l’implication possible de gènes modificateurs, de variants régulateurs ou d’altérations structurales non encore identifiées. En conclusion, le séquençage du génome, en permettant une analyse exhaustive des régions non codantes de NF1, améliore significativement le diagnostic moléculaire des patients atteints de neurofibromatose. Ces résultats soulignent l’importance d’intégrer l’analyse de génome dans l’algorithme diagnostique, ouvrant la voie à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires à l’origine de la maladie et contribuant à une meilleure prise en charge clinique et thérapeutique des patients. Les auteurs réunis en "Consortium des Biologistes" remercient l'ensemble des prescripteurs.
Eulalie LASSEAUX ROBINE (Bordeaux), Fanny MORICE-PICARD, Victor MARIN, Paul KUENTZ, Louis LEBRETON, Vincent MICHAUD, Bruno FRANCOU, Isabelle CREVEAUX, Natalie JONES, Virginie BERNARD, Auragen CONSORTIUM, Kevin JOUSSELIN, Béatrice PARFAIT, Fabienne CHARBIT-HENRION, Julie STEFFANN, Smail HADJ-RABIA, Dominique VIDAUD, Laurence PACOT
16:30 - 17:30 #49395 - P372 Investigations génétiques des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et de l’adulte jeune.
P372 Investigations génétiques des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et de l’adulte jeune.

Introduction Les pneumopathies interstitielles diffuses (PID) sont des maladies respiratoires rares et sévères évoluant vers la fibrose pulmonaire (FP). Chez l’enfant et l’adulte jeune, les anomalies des gènes liés au surfactant pulmonaire représentent les causes génétiques les plus fréquentes. L’objectif de cette étude était de présenter un bilan des études moléculaires réalisées chez des patients présentant une PID, du nouveau-né à l’adulte jeune. Méthodes Les ADN de 699 cas index (CI) et 194 apparentés ont été étudiés entre 2018 à 2023. Un panel en séquençage nouvelle génération comprenant les gènes ABCA3, SFTPA1, SFTPA2, SFTPB, SFTPC, NKX2-1, COPA, MARS1, CSF2RA, CSF2RB et GATA2 ainsi que STING1, FARSA, FARSB, FLNA et TBX4 selon les versions du panel a été réalisé pour 666 CI. Les apparentés et autres CI ont bénéficié d’une étude par séquençage Sanger. L’inclusion des CI était basée sur les recommandations françaises (Protocoles Nationaux de Diagnostic et de Soins (PNDS) de l’adulte et de l’enfant) avec un âge de début de la maladie avant 50 ans pour le CI ou au moins un membre de sa famille. Résultats Un diagnostic génétique a pu être établi pour 62/699 CI (8,9%) impliquant 12 gènes différents. SFTPA2 était le gène le plus fréquemment impliqué (13/62) suivi d’ABCA3 (12/62) et de SFTPC (10/62). Plusieurs indications étaient associées à un rendement diagnostique élevé avec 57,1% (8/14) de positifs chez les patients avec protéinose alvéolaire pulmonaire; 17.6% (3/17) en cas de PID/FP associée à un cancer pulmonaire et 14,8% des nouveau-nés >34 SA avec détresse respiratoire néonatale (DRNN) (9/61). L’âge de début de la maladie était un critère important montrant 2 pics principaux avec 25% (5/20) de positifs chez les enfants de 1 à 5 ans et 18,3% (15/82) de positifs chez les adultes de 30 à 40 ans. Etonnamment, l’existence d’une histoire familiale de PID/FP isolée n’augmentait pas le rendement diagnostique (5,8% (8/137) contre 8,8% (29/328) en l’absence d’histoire familiale). En revanche, en cas d’antécédent de PID/FP et cancer pulmonaire, le taux de diagnostic positif s’élevait à 28,0% (7/25). Durant la période d’étude, 194 apparentés ont été testés, démontrant l’importance d’établir un diagnostic moléculaire pour proposer un conseil génétique à la famille. Conclusion Cette synthèse d’activité diagnostique d’un laboratoire de génétique de référence permet de mettre en évidence des indications précises associées à un rendement diagnostique important ou à l’inverse faible dans le cadre de la pratique clinique. Elle conforte les indications du PNDS chez l’adulte et illustre l’intérêt majeur d’un diagnostic génétique pour les familles.
Camille LOUVRIER (Paris), Nadia NATHAN, Vincent COTTIN, Tifenn DESROZIERS, Valérie NAU, Yohan SOREZE, Florence DASTOT LE MOAL, Philippe REIX, Diane BOUVRY, Caroline THUMERELLE, Martine REYNAUD-GAUBERT, Alice HADCHOUEL, Grégoire PRÉVOT, Effrosyni MANALI, Caroline KANNENGIESSER, Ibrahima BA, Serge AMSELEM, Véronique HOUDOUIN, Raphaël BORIE, Marie LEGENDRE
16:30 - 17:30 #49647 - P376 Devenir des enfants porteurs d’une anomalie du corps calleux isolée avec un séquençage d’exome non conclusif en prénatal.
P376 Devenir des enfants porteurs d’une anomalie du corps calleux isolée avec un séquençage d’exome non conclusif en prénatal.

Introduction Les anomalies du corps calleux (ACC) sont les malformations cérébrales congénitales les plus fréquentes. Le pronostic est très variable, lié au diagnostic étiologique génétique. Depuis 2018, un séquençage d’exome est proposé en prénatal devant toute anomalie du corps calleux. La majorité des exomes est non conclusif. Il persiste dans ce cas une incertitude pronostique. Objectifs Décrire le devenir post-natal des enfants présentant une ACC isolée prénatale avec exome non conclusif, estimer le risque résiduel de trouble du neurodéveloppement et affiner le conseil prénatal. Méthodes Étude observationnelle sur 97 enfants nés après diagnostic prénatal d’ACC isolée et séquençage d’exome en trio non conclusif. Les enfants ont été répartis en 2 groupes : ≤3 ans et >3 ans, et évalués sur 4 critères : développement de la marche et du langage, interactions sociales et comportement. Ils ont été ensuite classés en trois groupes : 1) développement psychomoteur normal 2) besoin de soutien paramédical et/ou scolaire 3) déficience intellectuelle avérée. Résultats Parmi les 452 fœtus présentant une ACC (isolée ou associée), 318 présentaient un résultat d’exome non conclusif (70.4%). Parmi ceux-ci, 64 couples ont réalisé une interruption médicale de grossesse (20.1%) et 70 sont perdus de vue (22%). Sur les 184 naissances avérées, un suivi est disponible pour 127, dont 97 avec une ACC isolée (76.4%). 42/97 sont âgés de moins de 3 ans (43.3%) et 55 ont plus de 3 ans (56.7%). 40/42 des enfants de moins de 3 ans ont un développement psychomoteur normal, 2 ont un retard moteur nécessitant un soutien rééducatif. Parmi les 55 enfants de plus de 3 ans, 49 (89%) n’ont pas de trouble du neurodéveloppement ni de prise en charge, 4 ont une prise en charge en rééducation et 2 présentent une déficience intellectuelle avérée avec pour l’un une suspicion de syndrome d’Aicardi, et pour l’autre la présence d’un variant dans un nouveau gène de déficience intellectuelle. Dans l’ensemble de la cohorte, 15/97 ont des troubles de type agitation, syndrome anxieux, intolérance à la frustration. Discussion / Conclusion Il s’agit de la première étude explorant le devenir des enfants avec ACC prénatale et exome en trio non conclusif. Les résultats montrent un pronostic globalement favorable, même si le groupe des enfants de moins de 3 ans ne permet pas de conclure formellement sur l’absence de TND, et nécessite un suivi prospectif (en cours). Les 2 enfants avec une DI avérée ont un diagnostic génétique rétrospectif, qui ne pouvait être fait en prénatal. Les troubles du comportement observés méritent d’être analysés, et mis en perspective avec l’anxiété majeure générée en cours de grossesse, qui perdure en post-natal. Ces résultats préliminaires offrent des repères concrets pour affiner le conseil génétique, soutenir les décisions parentales et optimiser la prise en charge post-natale. Le travail se poursuit par un suivi prospectif de tous les enfants avec évaluation neuropsychologique.
Lisa FRUGERE (Paris), Susie CLEMENT, Cristina PEDUTO, Capucine ROSSI, Anne FAUDET, Solveig HEIDE, Jade DUCOURNEAU, Myrtille SPENTCHIAN, Boris KEREN, Caroline NAVA, Jean Madeleine DE SAINTE AGATHE, Toan NGUYEN, Eléonore BLONDIAUX, Fouzia BENKERDOU, Laetitia NGUYEN, Daphne LEHALLE, Fanny PHELIPPEAU, Cyril MIGNOT, Sarah GROTTO, Anna-Gabriella GERASIMENKO, Olivier PATAT, Sophie JULIA, Mathilde NIZON, Solene CONRAD, Marie VINCENT, Beatrice DESNOUS, Mathieu MILH, Vincent DESPORTES, Isabelle SABATIER, Laurent GUIBAUD, Stephanie VALENCE, Delphine HERON
16:30 - 17:30 #49191 - P384 La mort subite cardiaque familiale comme facteur prédictif d’arythmies ventriculaires chez les patients atteints de laminopathies.
P384 La mort subite cardiaque familiale comme facteur prédictif d’arythmies ventriculaires chez les patients atteints de laminopathies.

Contexte et objectifs Les laminopathies s’accompagnent d’un risque élevé de mort subite cardiaque (MSC). Un score prédictif a récemment été développé afin d’estimer le risque à 5 ans de tachyarythmies ventriculaires (VTA) potentiellement létales. Les recommandations européennes (guidelines) de la société européenne de cardiologie en 2022 (ESC2022GL) préconisent l’implantation prophylactique d’un défibrillateur automatique implantable (DAI) chez les patients présentant un phénotype cardiaque et un risque estimé ≥ 10 %. L’objectif de ce travail était d’évaluer la performance des ESC2022GL et d’analyser l’impact de la prise en compte des antécédents familiaux de MSC sur le risque de VTA. Méthodes Les données de 165 adultes porteurs de variants pathogènes ou probablement pathogènes de LMNA, pris en charge dans trois centres français, ont été recueillies rétrospectivement. Les VTA incluaient MSC, arythmies ventriculaires hémodynamiquement instables ou thérapies appropriées de DAI. Les antécédents familiaux de MSC étaient définis par une MSC survenue avant 60 ans chez un apparenté au premier degré. Résultats Au total, 138 patients (âge moyen 41,5 ans ; 47,8 % d’hommes) ont été inclus. Après un suivi médian de 6,6 ans (33,5–117 mois), 30 patients (21,7 %) ont présenté un épisode de VTA. Les ESC2022GL montraient une sensibilité de 82,4 %, une spécificité de 52,1 %, une valeur prédictive positive de 19,4 % et une valeur prédictive négative de 95,5 % (C-index = 0,78 [0,40–0,95]). Les antécédents familiaux de MSC avant 60 ans au premier degré étaient associés de manière indépendante à la survenue de VTA (p = 0,01). Dans le groupe à risque intermédiaire (7–20 %), l’incidence des VTA était de 2,8 % en l’absence d’antécédents familiaux versus 19 % en leur présence (p = 0,04). Une stratégie alternative proposant un DAI pour les patients à risque > 20 % ou à risque 7–20 % avec phénotype cardiaque et antécédents familiaux de MSC avant 60 ans permettait d’atteindre une sensibilité de 88 %, une spécificité de 64 % et un C-index de 0,90 (0,53–0,98). Conclusion Les recommandations ESC 2022 permettent d’identifier la majorité des patients atteints de laminopathie à haut risque d'arythmie ventriculaire, mais leur spécificité reste modérée. L’intégration des antécédents familiaux de MSC améliore la stratification du risque, en particulier chez les patients à risque intermédiaire.
Gauthier GIORDANO, Julie PROUKHNITZKY, Frédéric FER, Adrien BLOCH, Marine THUILLOT, Carole MAUPAIN, Isabelle MAGNIN-POULL, Isabelle JONVEAUX, Aurélien PALMYRE, Agathhe BERTINOTTI, Christian DE CHILLOU, Pascale RICHARD, Estelle GANDJBAKHCH, Philippe CHARRON (PARIS)
16:30 - 17:30 #49282 - P388 Anévrisme de l’aorte ascendante sur valve aortique bicuspide : apport limité du diagnostic génétique.
P388 Anévrisme de l’aorte ascendante sur valve aortique bicuspide : apport limité du diagnostic génétique.

Introduction : La valve aortique présente habituellement trois feuillets valvulaires, elle est dite tricuspide. La bicuspidie aortique (BAV) est une particularité anatomique de cette valve, présente dans la population générale à une fréquence estimée à 1%. La présence d’une BAV est généralement asymptomatique et n’empêche pas un fonctionnement normal du cœur. En fonction des patients, cette BAV peut entraîner une fuite ou un rétrécissement aortique. Par ailleurs, elle peut également se traduire par la formation d’un anévrisme de l’aorte ascendante qui prédomine en général au niveau de l’aorte tubulaire. Les complications associées à la présence d’une BAV (dont une dissection aortique) sont rares. Il peut exister des formes familiales de BAV, avec l’identification de variations pathogènes dans certains gènes, dont le gène NOTCH1 mais la fréquence de ces cas est difficile à estimer d’après les données de la littérature. Matériel et méthodes : Le centre de référence pour le syndrome de Marfan et les pathologies apparentées reçoit et suit régulièrement des patients présentant un anévrisme de l’aorte associé à une BAV. Une échographie cardiaque est réalisée à chaque consultation avec une mesure des diamètres aortiques, estimation des z-scores, et caractérisation du type de BAV. De façon prospective, un prélèvement sanguin a été adressé au laboratoire de génétique de l’hôpital Bichat pour une analyse moléculaire d’un panel de plus de 40 gènes associés aux aortopathies. Résultats : A ce jour, plus de 200 cas index présentant un anévrisme de l’aorte associé à une BAV sans signe squelettique associé, ont été analysés au laboratoire. Il existait une histoire familiale dans environ un tiers de ces cas. La majorité des analyses moléculaires réalisées (environ 90%) n’ont pas permis l’identification d’une variation (probablement) pathogène. Une variation de signification inconnue a été identifiée dans 8% des dossiers avec une demande de poursuite des investigations par l’étude de la ségrégation de la variation dans la famille. Très peu de cas ont pu être associés à la présence d’une variation du gène NOTCH1. Les statistiques vont être approfondies en fonction du type de BAV et de l’importance de l’anévrisme de l’aorte. Conclusion : Les analyses moléculaires dans un contexte d’anévrisme de l’aorte ascendante avec BAV sont peu informatives selon l’hypothèse d’une cause monogénique. Les causes précises de BAV sont actuellement mal connues, avec la possibilité d’une combinaison de facteurs environnementaux et génétiques à effet faible. L’expérience du centre de référence nous permet de conclure qu’une analyse génétique dans un contexte de BAV associée ou non à un anévrisme de l’aorte n’est pas indiquée étant donné la complexité de son mode de transmission, l’absence de prise en charge spécifique et la rareté des complications liées à celle-ci. Les cas particuliers peuvent être discutés en réunion de consultation pluridisciplinaire.
Pauline ARNAUD, Olivier MILLERON, Ludivine ELIAHOU, Souraya WADIH, Sabrine JADOUI, Arienne MIRMIRAN, Laurent GOUYA, Catherine BOILEAU, Nadine HANNA (PARIS), Guillaume JONDEAU
16:30 - 17:30 #49569 - P392 Diagnostic génétique des cardiomyopathies hypertrophiques de l’adulte : l’importance de l’analyse des gènes RAS/MAPK au-delà des gènes sarcomériques.
P392 Diagnostic génétique des cardiomyopathies hypertrophiques de l’adulte : l’importance de l’analyse des gènes RAS/MAPK au-delà des gènes sarcomériques.

Introduction: Les RASopathies, notamment le syndrome de Noonan (SN) ou les formes apparentées, sont classiquement diagnostiquées en pédiatrie devant un phénotype syndromique évocateur associant, à des degrés variables, un retard de croissance, une dysmorphie cranio-faciale caractéristique, une atteinte squelettique et cutanée ainsi qu’une atteinte cardiaque. Cette dernière est retrouvée dans 80% des cas. La cardiomyopathie hypertrophique (CMH) en est une manifestation fréquente chez l’enfant, en particulier en cas de variations des gènes RAF1 ou encore PTPN11. Rarement, les manifestations cliniques, particulièrement les signes dysmorphiques, sont tellement subtils que l’atteinte organique, notamment la CMH peut sembler isolée engendrant ainsi un diagnostic tardif de ces RASopathies. Case report : Nous rapportons trois cas d’adultes suivis initialement pour une CMH d’allure sarcomérique isolée, diagnostiquée à plus de 45 ans. Parmi une cohorte de patients adultes atteints de CMH ayant bénéficié d’un panel génétique ciblant 59 gènes, trois variants pathogènes ont été identifiés dans des gènes du groupe RAS/MAPK. Aucun des 3 patients n’avait jusqu’alors bénéficié d’un diagnostic, clinique ou moléculaire, de syndrome de Noonan ou apparenté. Il s’agissait des variants c.1415C>T p.(Thr472Met) et c.1541A>G p.(Gln514Arg) du gène PTPN11 (NM_001330437.2) et du variant c.797C>A p.(Thr266Lys) du gène SOS1 (NM_005633.4). Ces variants pathogènes ou probablement pathogène sont présents dans des bases de variations comme ClinVar et ont été rapportés à plusieurs reprises dans la littérature chez des patients atteint d’un SN ou d’un SN avec lentigines multiples. Une consultation en génétique clinique a été organisée après le rendu de résultat et a mis en évidence chez deux patients une dysmorphie typique du SN avec des traits épais, des fentes palpébrales obliques en bas, un épicanthus, des oreilles basses implantées en rotation postérieure, des lobes d’oreilles épais, un cou court et large et une implantation basse des cheveux, associée à un allongement du TCA et un déficit auditif pour l’un et des anomalies osseuses pour l’autre. Un pectus excavatum ainsi qu’une cyphoscoliose ont été retrouvés chez la 3ème patiente. Discussion : Ces patients mettent en évidence l’importance d’un élargissement du bilan génétique, incluant les gènes impliqués dans les RASopathies, chez l’adulte atteint de CMH apparemment non syndromique. Ils soulignent également la nécessité d’une évaluation pluridisciplinaire, afin d’identifier d’éventuelles manifestations extra-cardiaques pouvant orienter le diagnostic. Ce dernier peut avoir des implications pour la prise en charge, le conseil génétique familial, ainsi que sur la surveillance pluri-organique. Conclusion : Les RASopathies ne doivent pas être exclues d’emblée chez les adultes présentant une CMH à priori isolée. Ces observations plaident pour une approche génétique non restreinte aux gènes sarcomériques dans les CMH de l’adulte.
Amal ABD MOULEH (Paris), Soulef GUENDOUZ, Adriana BALAN, Ariane LUNATI-ROZIE, Benoit FUNALOT, Pascaline BERTHOME, Dominique PINEAU, Valentin ADAMUS, Thibaud DAMY, Clarisse BILLON
16:30 - 17:30 #49691 - P398 Variants non codants des régions UTR : Quel impact sur l’expression ? Exemple du gène TP53.
P398 Variants non codants des régions UTR : Quel impact sur l’expression ? Exemple du gène TP53.

En génétique constitutionnelle comme en génétique somatique, il est essentiel de pouvoir détecter et interpréter tous les variants génétiques des gènes impliqués dans la pathologie. L’interprétation biologique des variants reste encore une étape limitante pour poser un diagnostic et assurer une prise en charge médicale optimale des patients. Cette interprétation est d’autant plus difficile lorsque les variants surviennent au niveau de l’ADN non-codant de nos gènes. En particulier, les altérations des séquences régulatrices non codantes, comme les régions transcrites mais non traduites en 5’ ou en 3’ (5’UTR, 3’UTR), sont très peu exploitées lors du diagnostic. Ces altérations peuvent perturber la structure secondaire de l’ARN ou influer sur la capacité de protéines ou d’ARN régulateurs à se fixer sur ces séquences, ce qui peut potentiellement affecter la stabilité du transcrit, sa localisation subcellulaire ou encore l’efficacité de sa traduction en protéine. Afin de révéler l'effet de tels variants, nous avons développé un essai fonctionnel simple permettant d’étudier l’impact du variant isolé sur l’expression. Nous avons appliqué cet essai au gène TP53, gène majeur dans le processus oncogénique. Nous avons ainsi analysé plus de 60 variants des régions UTR de TP53 détectés chez des patients (variants somatiques ou constitutionnels). Plus d’un variant sur dix testés a un impact fonctionnel. Pour la région 5’UTR, c’est presque 20 % des variants qui ont un impact. Certains de ces variants ont un effet important sur la quantité de protéines produites et pourraient être considérés comme pathogènes. D’autres, associés à des effets plus faibles, pourraient moduler l’expression du gène et expliquer les différences interindividuelles observées en termes de risque individuel de cancer ou de réponse aux traitements (effet aggravant ou protecteur). Nous mettons également en évidence le fait que l’impact fonctionnel de plusieurs variants passe par la création de cadres de lectures ouverts en amont (uORF), ce qui pourrait représenter un nouveau mécanisme d’inactivation des gènes suppresseurs de tumeurs comme TP53. Nous entreprenons à présent une évaluation des nouveaux outils d’intelligence artificielle pour évaluer la fonctionnalité de ces variants non codants. Nos travaux démontrent la nécessité d’explorer les régions non-codantes 5’ et 3’UTR des gènes impliqués dans la cancérologie au titre du diagnostic.
Marie BEQUIN, Luisa VERGORI, Vincent MILON, Elena SPIRINA-MENAND, Omar SOUKARIEH, Fida KHATER, Jonathan DAUVE, Louise-Marie CHEVALIER, Caroline MEGUERDITCHIAN, David-Alexandre TREGOUET, Yves DELNESTE, Gaëlle BOUGEARD, Alain MOREL, Amandine BILLAUD, Isabelle TOURNIER (ANGERS)
Espace débat - hall d'exposition
PAUSE-VISITE DES STANDS & EPOSTERS-SESSION4 POSTERS AFFICHES
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A37
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Sessions Communications Flash 01
Long read, Oncogenetique

Modérateurs : Stéphanie BAERT-DESURMONT (Biologiste) (Rouen), Laurent CASTERA (Pharmacien Biologiste) (Caen)
17:30 - 17:38 #49389 - FL001 Séquençage ADN long-read : nouvelles perspectives pour le diagnostic des prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire.
FL001 Séquençage ADN long-read : nouvelles perspectives pour le diagnostic des prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire.

Le diagnostic moléculaire du cancer héréditaire du sein et de l'ovaire (HBOC) repose principalement sur le séquençage short-read (SR) des exons et régions flanquantes de 13 gènes d’un panel. Actuellement, seuls 10% des syndromes HBOC sont résolus par cette méthode, limitée dans l’analyse des introns, des régions de faible complexité, du 5’UTR et 3’UTR des gènes, ainsi que dans la détection de variants structuraux complexes (délétions, duplications, insertions, inversions). Ces limites pourraient être surmontées par le séquençage long-read (LR) de troisième génération, capable d’identifier des variants pathogènes inaccessibles par SR. Nous avons développé un protocole de séquençage LR appliqué à l’étude de l’ADN de 240 patients présentant une forte probabilité de prédisposition au syndrome HBOC selon des critères phénotypiques individuels et familiaux prédéfinis, restés négatifs au diagnostic initial par SR. L’ADN de haut poids moléculaire, extrait de sang total congelé, a été séquencé sur le PromethION P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies) avec un enrichissement par adaptive sampling, permettant le séquençage complet des loci des gènes ciblés étendus de 15 kb en amont et en aval, ainsi que des régions régulatrices sélectionnées à partir des bases de données publiques. Nous avons aussi conçu un pipeline bioinformatique, nanoCFB, validé sur 11 ADN contrôles présentant un panel de variations pathogènes complexes. Il assure le contrôle qualité des données de séquençage ainsi que l’appel des variants ponctuels ou structuraux. Plusieurs algorithmes de prédictions ainsi que des bases de données ont été intégrés à nanoCFB pour présumer de l’impact des variants au niveau de la protéine, de l’épissage, du promoteur et des régions régulatrices. Les anomalies des contrôles positifs (duplication inversée dans BRCA1, insertion de séquence Alu dans PALB2) ont tous été détectées, confirmant la sensibilité de la méthode. Parmi les 240 patients sélectionnés, le séquençage a permis l’identification de 19 variants ponctuels et 11 variants structuraux dans les gènes d’intérêt qui pourraient contribuer au diagnostic, après des analyses de transcrits ou de l’expression du gène. De plus, 32 variants structuraux affectant les régions régulatrices distales des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D ont aussi été identifiés. Des analyses complémentaires, telles que le RNAseq, le test des promoteurs à la luciférase et des tests fonctionnels pouvant évaluer la recombinaison homologue permettront d’évaluer l’impact fonctionnel de ces variants. Le RNAseq et le test à la luciférase étant déjà accessibles au laboratoire, certaines études sont en cours. En conclusion, nous avons établi un protocole de séquençage LR robuste et validé, capable de détecter et de caractériser des réarrangements génomiques complexes et des variants dans des régions non codantes ouvrant des perspectives majeures pour le diagnostic du syndrome HBOC.
Crystal RENAUD (Caen), Antoine CHOUTEAU, Camille AUCOUTURIER, Raphaël LEMAN, Alexandre ATKINSON, Thibaut LAVOLE, Agathe SORREDA-RICOU, Flavie BOULOUARD, Nicolas GOARDON, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA
17:38 - 17:46 #49630 - FL002 Séquençage Nanopore en adaptive sampling : apport en oncogénétique pour la caractérisation de variants constitutionnels complexes.
FL002 Séquençage Nanopore en adaptive sampling : apport en oncogénétique pour la caractérisation de variants constitutionnels complexes.

Introduction Le séquençage longue lecture par Oxford Nanopore Technologies (ONT), couplé à l’adaptive sampling, permet de surmonter les limites du séquençage de nouvelle génération (NGS) classique en courte lecture. Cette approche offre la possibilité de caractériser des variants de structure complexes en identifiant précisément les points de cassure, de résoudre les ambiguïtés d’alignement liées aux pseudogènes et d’établir l’haplotype (phasing). Nous illustrons son intérêt dans le cadre de la prédisposition héréditaire aux cancers à travers quatre situations cliniques représentatives. Méthodes Les ADN génomiques extraits du sang de patients adressés en consultation d’oncogénétique pour suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers ont initialement été séquencés par panels NGS classiques (technologie Illumina), mettant en évidence des évènements suspects qui n’ont pu être caractérisés précisément en lecture courte. Un séquençage longue lecture a alors été réalisé sur PromethION P48 (ONT). Les échantillons ont été multiplexés. La stratégie d'adaptive sampling a permis d’enrichir spécifiquement les gènes cibles dont RAD51C, BRCA2, SMARCB1, PMS2 ainsi que leurs régions flanquantes. Les données générées ont été analysées à l’aide du pipeline Epi2me Human Variation workflow. Résultats i) Une large délétion/insertion c.-1799_-28delins28 sur le promoteur du gène RAD51C a été caractérisée. Elle n’avait pu être détectée ni par MLPA, en raison de l’absence de sonde couvrante, ni par cartographie génomique optique (Bionano), faute de motif de marquage encadrant précisément la région. ii) Une délétion récurrente de 201kb emportant complètement le gène BRCA2 a été caractérisée dans plusieurs familles originaires de Tahiti. L’identification précise des points de cassure permet d’envisager l’intégration de sondes spécifiques pour capturer cette délétion dans les panels NGS de routine. iii) Le caractère « en tandem » d’une duplication des exons 2 à 3 du gène SMARCB1 a été démontré, permettant ainsi de reclasser cette altération comme pathogène. iv) La mutation pathogène c.2275+1G>A sur l’intron 13 du gène PMS2 a été identifiée en s’affranchissant des ambigüités d’alignement liées à ses pseudogènes. En outre, la réalisation du phasing a également démontré que cette mutation se situait en trans du variant c.695G>T / p.(Gly232Val) dans le cadre d’un syndrome CMMRD, apportant un argument de poids moyen (PM3) pour conduire à classer ce dernier comme probablement pathogène. Conclusion Ces quatre cas illustrent l’apport du séquençage longue lecture de Nanopore avec adaptive sampling pour la caractérisation des altérations constitutionnelles complexes en oncogénétique. Cette approche complète ainsi les panels NGS classiques pour améliorer le conseil génétique et la prise en charge des patients et de leurs apparentés, et peut être facilement mise en œuvre dans les laboratoires diagnostiques.
Voryak SUYBENG (Villejuif), Roseline TANG, Odile CABARET, Walid BEN-YEDDER, Alice FIEVET, Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Orlane DUBREUIL, Henintsoa RATSIMIALA, Najat AHMED-ECHRIF, Betty LEITE, Maëla FRANCILLETTE, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Delphine LUTRINGER, Veronica GOLDBARG, Nathalie DROIN, Etienne ROULEAU
17:46 - 17:54 #49663 - FL003 Evaluation des performances du séquençage long-read PacBio Revio pour le diagnostic des prédispositions héréditaires aux cancers.
FL003 Evaluation des performances du séquençage long-read PacBio Revio pour le diagnostic des prédispositions héréditaires aux cancers.

Le séquençage à haut débit short-read (Illumina®), par l’analyse de panel de gènes d’intérêt diagnostique validés, a permis des avancées majeures en oncogénétique mais le rendement diagnostique reste insuffisant. Les principales limites de cette approche sont la détection des variants structuraux (SV) complexes, l’exploration de régions génomiques difficiles à capturer et le phasage des variants. Le séquençage long-read suscite un nouvel espoir pour dépasser ces limites. Le projet ONCOLoR (ONCOgénétique par séquençage Long-Read) vise à comparer les performances diagnostiques du séquençage short-read à celles d’une approche long-read ciblée par capture Twist et séquençage PacBio Revio. Nous menons une étude rétrospective sur 96 patients adultes analysés dans le cadre du soin au laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Rouen, dont les ADN ont été extraits sans méthode d’extraction spécifique au long-read. Cette étude repose sur deux séries distinctes : (i) un pool de validation de 48 patients porteurs d’une variation pathogène connue, couvrant un large spectre de variations de détection simple (SNV : Single Nucleotide Variant ; MNV : Multi Nucleotide Variant) à des altérations plus complexes (duplications, délétions, inversions, conversions). Certaines variations s’inscrivent dans des contextes particuliers tels qu’une hétérozygotie composite (pour le phasage), une mosaïque dès 1 % ou une suspicion d’hématopoïèse clonale, afin de tester les limites de détection de la technique. (ii) un pool exploratoire de 48 autres patients comprenant 7 cas suspectés de syndrome de Li-Fraumeni, 18 de prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire (HBOC), 23 de cancers digestifs et polyposes. Aucun variant pathogène n’avait été identifié par séquençage short-read. L’analyse de ce groupe vise à estimer l’apport du long-read pour la découverte de nouveaux diagnostics. Sur le plan technique, 2 µg d’ADN ont été fragmentés par Megaruptor à une taille entre 9 et 10 kb. La capture Twist® de 3,5 Mb utilise des sondes positionnées tous les 1 kb. Elle cible 34 gènes diagnostiques (correspondant aux panels digestif et HBOC recommandés par le GGC), en incluant les régions promotrices, et 12 gènes à visée de recherche. Les librairies obtenues présentaient une taille moyenne de 5,2 à 7,8 kb, avec un seul échec technique sur les 96 échantillons. La comparaison des données de long-read et short-read, ainsi que l’analyse exploratoire des 48 patients négatifs, est en cours. Les retombées attendues incluent : (i) la validation des SV détectés en short-read, (ii) une meilleure couverture des régions historiquement problématiques, (iii) le phasage des variations, (iv) la caractérisation précise des duplications en tandem ou non, et (v) l’exploration de possibles nouvelles variations. Cette étude fournira des données inédites sur la valeur ajoutée du séquençage long-read ciblé, en évaluant son potentiel à améliorer le rendement diagnostique en oncogénétique.
Corentin LEVACHER (ROUEN), Julie AMIOT, Olivier QUENEZ, Sophie COUTANT, Gwendoline LIÉNARD, Stéphanie VASSEUR, Sandrine MANASE, Mathis DELACOUR, Estelle BERNARD, Edwige KASPER, Lecoquierre FRANÇOIS, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Claude HOUDAYER
17:54 - 18:02 #49804 - FL004 Identification des insertions d'éléments mobiles dans les cancers héréditaires : méthodes de détection et validation par séquençage long-read.
FL004 Identification des insertions d'éléments mobiles dans les cancers héréditaires : méthodes de détection et validation par séquençage long-read.

Les cancers héréditaires sont principalement liés à des variants pathogènes dans des gènes de prédisposition connus, mais malgré l’utilisation de panels de séquençage étendus, la majorité des familles à haut risque ne reçoit pas de diagnostic moléculaire. Les insertions d’éléments mobiles (MEI), notamment les insertions de séquences Alu, LINE1 ou SVA, constituent une cause documentée mais rare de maladies génétiques lorsqu’elles s’intègrent à des endroits du génome perturbant la fonction des gènes. Cependant, leur détection demeure complexe avec les approches conventionnelles de séquençage haut débit short-read, en raison de la complexité structurale de ces variants, de la nature répétitive et de la longueur des séquences impliquées, ce qui pourrait entraîner une sous-évaluation de leur rôle dans les prédispositions aux cancers. Nous avons réalisé une analyse prospective des données de séquençage haut débit ciblé short-read des gènes reconnus d’intérêt clinique en Oncogénétique (n=22) des patients adressés pour suspicion de prédisposition aux cancers entre 2022 et 2024 (n=4416). Ces données, couvrant les régions exoniques et jonctions introns-exons des gènes retenus, ont été analysées à l’aide d’un pipeline spécifique de détection des MEI, reposant notamment sur l’identification de lectures soft-clippées, la reconstruction des séquences insérées et leur annotation par Blast et RepeatMasker. Toutes les anomalies identifiées ont été validées grâce à une méthode innovante de séquençage long-read (technologie Nanopore), complétée par une PCR suivie d’un séquençage Sanger, ainsi que, pour certains patients, par un RNA-seq ciblé afin de caractériser précisément l’insertion et ses effets sur la séquence codante. Au total, 9 patients (0.2%) présentaient une MEI pathogène ou probablement pathogène. La majorité correspondait à des insertions Alu (n=7) dont 3 cas portant le variant c.156_157insAlu dans l’exon 3 du gène BRCA2 avec effet fondateur portugais, suivies d’une insertion de LINE1 (n=1) et de SVA-rétrotranposon (n=1). La validation par une technique long-read a permis de reconstituer intégralement les séquences des insertions et d’éliminer d’éventuels faux positifs notamment liés aux régions répétées. Par ailleurs, les analyses complémentaires, séquençage Sanger et RNA-seq, ont également confirmé la présence de ces altérations ainsi que leur impact sur la fonction des gènes impliqués. Nos résultats démontrent que les MEI constituent une source de variants pathogènes jusque-là sous-estimée dans les cancers héréditaires. Leur détection nécessite des approches bioinformatiques spécialisées et bénéficie de la validation par séquençage long-read, qui confirme de façon certaine le diagnostic et permet une caractérisation complète de l’événement. L’intégration de cette stratégie dans les stratégies de routine pourrait augmenter le rendement diagnostique des panels de gènes et améliorer la prise en charge des familles à haut risque.
Alexandre PERRIER (PARIS), Noémie BASSET, Nawel MALOUCHE, Marjorie JODAR, Florence COULET
18:02 - 18:10 #49880 - FL005 Les promesses du RNA-Seq long read pour la caractérisation du transcriptome TP53 endogène et pathogène.
FL005 Les promesses du RNA-Seq long read pour la caractérisation du transcriptome TP53 endogène et pathogène.

Le syndrome de Li-Fraumeni est une prédisposition génétique à un large spectre de cancers, survenant à tout âge avec une variabilité inter- et intrafamiliale. [Bougeard et al. 2015] Il résulte d’une altération hétérozygote du gène TP53. Seule la forme canonique de p53, issue de 11 exons, est utilisée en routine diagnostique. Cependant, ce gène subit un épissage alternatif complexe, comparable à celui de ses homologues TP63 et TP73. Depuis la découverte du 1er transcrit alternatif de TP53, [Flaman et al. 1996] de nombreuses isoformes ont été identifiées. Récemment, notre équipe a décrit un nouvel épissage alternatif endogène (saut exon 11, utilisation exons 12, 14), favorisé en présence d’une altération du site accepteur d’épissage de l’intron 10, substitution dont la pathogénicité a été validée par un test fonctionnel p53 mené directement sur les cellules de la patiente. [Louis, Rolain et al. 2024] Les technologies de séquençage RNA-Seq short-read présentent des limites techniques : l’assemblage informatique est inadapté à l’interrogation d’un patron complexe d’épissage. Afin de caractériser l’ensemble des conséquences de cette mutation sur le transcriptome de TP53, nous avons utilisé le séquençage de 3ème génération long-read de technologie Oxford Nanopore, à partir d’ARN extrait de lignée lymphoblastoïde non traitée à la puromycine, selon le protocole récemment décrit. [Aucouturier et al. 2024] Cette approche nous a permis de détecter les transcrits complets TP53. L’utilisation de l’épissage exon 10_exon 12 a été observée dans des transcrits utilisant les exons canoniques depuis l’exon 1, mais pas dans ceux utilisant le promoteur interne (intron 4). Nous avons constaté une complexité des conséquences sur l’épissage plus importante que celle initialement soupçonnée. Cette technologie a aussi permis une comparaison qualitative et quantitative du profil d’expression des jonctions entre porteur et non porteurs de la variation. Toutefois, quelques défis techniques subsistent, notamment en ce qui concerne l’exactitude des lectures, la couverture des extrémités des transcrits, et les difficultés bioinformatiques liées à l’annotation des nouveaux transcrits. L’importance de cette approche est manifeste lorsque l’on considère les isoformes néoformées, pouvant avoir un impact fonctionnel significatif. Cette méthode devrait s’inscrire dans le processus d’identification et d’interprétation des variants, en permettant aussi une analyse haplotypique, dans l’objectif d’appréhender la variabilité phénotypique. En effet, les isoformes de p53 peuvent avoir des effets antagonistes. Ainsi, cette analyse ouvre la voie à des investigations protéiques sur les isoformes. Le transcrit canonique de TP53 peut produire non seulement la forme complète de p53, mais aussi une forme amino-tronquée Delta-40. Il est crucial de déterminer si l’exon 12 est traduit dans une forme longue et/ou courte, afin de mieux appréhender les rôles physiopathologiques de ces nouvelles protéines.
Camille AUCOUTURIER (Caen), Marion ROLAIN, Sophie COUTANT, Edwige KASPER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Karen BAUDRY, Pascal PUJOL, Corentin LEVACHER, Jeanne LOUIS, Laurent CASTERA, Claude HOUDAYER, Sophie KRIEGER, Raphaël LEMAN, Françoise CHARBONNIER, Gaëlle BOUGEARD
Louis Lumiere

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B37
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Sessions Communications Flash 02
Neurodeveloppement, Neurosensoriel

Modérateurs : Delphine DUPIN-DEGUINE (Praticien Hospitalier) (TOULOUSE), Sacha WEBER (PHC) (Paris)
17:30 - 17:38 #48981 - FL006 Caractérisation clinique et génétique du syndrome lié au gène THOC2 : cohorte française de 15 patients.
FL006 Caractérisation clinique et génétique du syndrome lié au gène THOC2 : cohorte française de 15 patients.

Le gène THOC2, localisé en Xq25, code une protéine nucléaire faisant partie du complexe THO, sous-complexe du TREX, impliqué dans l’export des ARNm, la progression mitotique et la stabilité du génome. Hautement conservé parmi les eucaryotes et exprimé de manière ubiquitaire, THOC2 est responsable de syndromes liés à l’X associant un trouble du développement intellectuel (syndrome de Kumar, MIM 300957) ou une arthrogrypose congénitale (MIM 31127). Nous présentons une série de 15 patients issus de 13 familles, identifiés via la filière ANDDIrare. Les variations observées incluent 10 faux-sens, 2 variants d’épissage, aucun variant tronquants ou CNV. Le mécanisme pathogène décrit actuellement est par perte partielle de fonction, sans corrélation génotype-phénotype évidente. La majorité des patients sont de sexe masculin (11/12), avec toutefois des cas de femmes transmettrices paucisymptomatiques ou asymptomatiques et 1/12 femme symptomatique porteuse d’une variation de novo. Cliniquement, tous présentent un trouble du neurodéveloppement : 9/10 avec déficience intellectuelle de sévérité variable, de sévère à modérée, fréquemment associée à un retard de langage (3/11) voire à une absence de langage (6/11). Sont également rapportés : hypotonie (4/9), épilepsie (2/11) (résolutive avec traitement anti-épileptique), troubles du comportement (8/11). Des anomalies cérébrales à l’IRM de type agénésie du corps calleux (1/8), dilatation des ventricules ou des espaces périventriculaires sont retrouvées dans 3/8 cas. Sur le plan neurosensoriel, une surdité de perception est observée dans 3/9 cas, ainsi que des atteintes ophtalmologiques (astigmatie ou hypermétropie 4/11). Certaines particularités morphologiques sont présentes sans gestalt récurrent (9/11), et 2/11 patients présentent des anomalies squelettiques ou une hyperlaxité (3/11). Contrairement à certaines observations publiées, aucune tendance nette à l’obésité n’est retrouvée dans cette cohorte. Cette étude représente la plus large série française de patients porteurs de variations pathogènes de THOC2. Elle élargit le spectre phénotypique et confirme l’hétérogénéité clinique du syndrome, en soulignant l’absence de corrélation génotype-phénotype.
Pauline PLANTÉ-BORDENEUVE (lille), Jean-Luc ALESSANDRI, Simon BOUSSION, Ange-Line BRUEL, Camille CENNI, Benjamin COGNÉ, William DUFOUR, Laurence FAIVRE, Anne-Marie GUERROT, Emma KAIRET, Francois LECOQUIERRE, Marie MASSET, Sandra MERCIER, Florence PETIT, Céline POIRSIER, Mélanie RAMA, Marine TESSARECH, Frédéric TRAN MAU-THEM, Gaelle VIEVILLE, Thomas SMOL
17:38 - 17:46 #49171 - FL007 La taille compte : découverte de variants causaux et de nouveaux gènes candidats de la maladie de Parkinson par séquençage de génome entier en long-fragment dans une cohorte de 125 individus.
FL007 La taille compte : découverte de variants causaux et de nouveaux gènes candidats de la maladie de Parkinson par séquençage de génome entier en long-fragment dans une cohorte de 125 individus.

Environ 20 gènes sont reconnus pour contribuer à la maladie de Parkinson (MP) de manière monogénique. Néanmoins, 90% des formes précoces et familiales de MP restent sans diagnostic génétique après le séquençage de ces gènes. La faible sensibilité et spécificité du séquençage en court-fragment à détecter des variants structuraux et des expansions de répétitions, contrairement au séquençage en long-fragment, serait l’une des explications. Dans cette étude, nous avons réalisé un séquençage de génome entier en long-fragment en utilisant la technologie Oxford Nanopore chez 62 cas index (125 individus au total) atteints d’une MP isolée précoce (n=21) et/ou familiale (41 familles), sans étiologie génétique identifiée après un séquençage d’exome. Plusieurs variants causaux et d’intérêts ont été identifiés. Brièvement, deux variants structuraux hétérozygotes composites (délétion exon 3-4 et duplication exon 3) dans le gène PRKN ont été identifiés chez un frère et une sœur présentant une clinique « PRKN-typique ». Le séquençage d’exome avait seulement révélé une délétion de l’exon 4 car le réarrangement de l’exon 3 est équilibré (deux copies au total). Dans une seconde famille comprenant deux sœurs atteintes, nous avons identifié deux variants hétérozygotes composites dans le gène EPG5 (une délétion englobant l’exon 17 et un variant faux-sens p.Lys2129Glu), gène tout récemment décrit dans la MP (2025). Deux familles supplémentaires ont été résolus par l’identification d’un variant faux-sens et d’une recombinaison complexe du gène GBA1, qui possède un pseudogène GBA1LP avec une forte homologie de séquence (96%) avec GBA1, entrainant de nombreux faux-positifs et faux-négatifs en exome. Finalement, nous avons identifié un nouveau gène « candidat » dans deux grandes familles multigénérationnelles : PDE10A. Ce gène est décrit dans les mouvements hyperkinétiques de début précoce dans l’enfance mais pas dans la MP à ce jour. Dans la première famille, une délétion hétérozygote englobant l’exon 3, aboutissant à un décalage du cadre de lecture et donc à une haplo-insuffisance, a d’abord été identifiée chez quatre atteints séquencés. PDE10A est un gène intolérant à la perte de fonction (score pLI : 1). La ségrégation montre que, sur 12 individus porteurs, neuf sont atteints. Dans la seconde famille, sept individus séquencés en long-fragment ont un variant faux-sens situé dans l’exon 1 du transcrit MANE. Ce transcrit a été récemment découvert (2016), et l’exon 1 du transcrit utilisé par la librairie d’Illumina ne contient pas ce variant, raison pour laquelle il n’a pas été détecté en exome. Au total, nous avons identifiés des variants d’intérêts chez 8 cas index (12.9%), dont cinq (8%) sont considérés comme résolus car présentant des variants dans des gènes connus de MP, et trois potentiellement résolus (gènes candidats). Aucun de ces variants n’était visible en exome, montrant la pertinence du séquençage en long-fragment dans les MP non résolues et sélectionnés.
Guillaume COGAN (Paris), Amel ZIDOUM, Kensuke DAIDA, Kimberley BILINGSLEY, Christelle TESSON, Suzanne LESAGE, Andy SINGLETON, Cornelis BLAUWENDRAAT, Alexis BRICE
17:46 - 17:54 #49324 - FL008 Surdité isolée par mutation du gène MITF : expressivité variable du syndrome de Waardenburg ou corrélation génotype-phénotype ?
FL008 Surdité isolée par mutation du gène MITF : expressivité variable du syndrome de Waardenburg ou corrélation génotype-phénotype ?

Les variants pathogènes de MITF sont responsables de syndrome de Waardenburg de type 2 (WS2) (surdité de sévérité variable et dépigmentations partielles des cheveux, des yeux et de la peau) et du rare syndrome de Tietz (surdité sévère et hypopigmentation globale). La transmission est autosomique dominante avec expressivité variable. Cependant, avec le développement des techniques de génotypage à haut débit (panels de gènes, séquençage d’exome ou de génome) dans de larges cohortes de patients sourds, des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont également été rapportés dans des cas de surdité isolée. Nous décrivons plusieurs nouveaux cas de formes familiales de surdité isolée associés à un variant pathogène de MITF. Nous avons également fait une revue bibliographique complète de tous les variants MITF publiés, et montrons que cette condition phénotypique peut être due à deux situations distinctes : 1) Les types de mutations « Waardenburg-like » de MITF (beaucoup de variants perte de fonction et des faux-sens majoritairement localisés dans le domaine bHLH) peuvent entrainer une surdité isolée, probablement par pénétrance incomplète des signes de dépigmentation. Il s’agira Le plus souvent soit d’un cas sporadique (plus rarement deux cas, définissant donc une forme familiale), soit de quelques cas de surdité isolée dans une famille de WS2/Tietz. 2) Les variants faux-sens de l’arginine 240 (numéroté selon le transcript MANE plus clinical; également arginine 341 ou 347 selon le transcrit utilisé comme référence dans la bibliographie) donnent spécifiquement une surdité isolée sporadique ou familiale. Ce résidu a une position particulière dans le domaine bHLH de MITF qui pourrait expliquer cette observation. Nous discutons également le mode(s) de transmission associé(s) à ces substitutions.
Albane KARKULOWSKI (Paris), Laurence JONARD, Ralyath BALOGOUN, Judite DE OLIVEIRA SANTOS, Isabelle LEMIERE, Margaux SEREY-GAUT, Pauline MARZIN, Emilie BONANNO, Pierre BLANC, Sandrine MARLIN, Véronique PINGAULT
17:54 - 18:02 #49539 - FL009 Séquençage génomique complet chez 412 familles avec une surdité de début précoce : expérience du centre coordinateur du CRMR Surdités génétiques.
FL009 Séquençage génomique complet chez 412 familles avec une surdité de début précoce : expérience du centre coordinateur du CRMR Surdités génétiques.

Contexte Jusqu’à récemment, le diagnostic étiologique génétique des surdités de début précoce (SP) reposait sur l’analyse de panels de gènes ciblés, avec un taux de diagnostic d’environ 50 %. Les généticiens cliniciens français ont désormais accès au séquençage génomique complet en trio (WGS) via les plateformes du Plan France Médecine Génomique 2025, pour la majorité des patients présentant une SP. Méthodes Les critères d’accès au WGS varient selon les sous-groupes d’indication de la surdité. La stratégie adoptée est un accès direct au génome (genome-first) pour les surdités syndromiques, un WGS pour les surdités associées à une ou plusieurs malformations, et un WGS après résultats normaux pour GJB2/GJB6 et un panel de gènes de surdité pour les formes isolées (avec 50 % de résultats positifs dans ce sous-groupe). Résultats Entre 2020 et 2024, 448 patients issus de 412 familles suivis au Centre de Référence français pour les surdités génétiques ont bénéficié d’un séquençage génomique complet sur la plateforme SeqOIA. Le taux de diagnostic moléculaire était de 35 %. Des variants de classe 4 ou 5 ont été identifiés dans 109 gènes différents. Interprétation Nous présentons ici les taux de diagnostic selon les sous-groupes phénotypiques(formes isolée/syndromique ; latéralité/sévérité/précocité du déficit auditif …), ainsi que les avantages et limites de notre stratégie actuelle.
Sandrine MARLIN, Margaut SEREY GAUT (Paris), Sophie ACHARD, Natalie LOUNDON, Isabelle ROUILLON, Marine PARODI, Souad GHERBI, Thomas SMOL, Camille PORTERET, Pierre BLANC, Laurence JONARD, Abeke Ralyath BALOGOUN
18:02 - 18:10 #49737 - FL010 Apport du séquençage haut-débit dans le diagnostic moléculaire des malformations oculaires à partir d’une cohorte de 800 patients résolus du centre Cochin/Necker de l’APHP-Université Paris Cité.
FL010 Apport du séquençage haut-débit dans le diagnostic moléculaire des malformations oculaires à partir d’une cohorte de 800 patients résolus du centre Cochin/Necker de l’APHP-Université Paris Cité.

Introduction Les malformations oculaires congénitales comprennent un large éventail d'entités cliniques hétérogènes et complexes pouvant toucher toutes les structures du globe oculaire. De surcroît, elles sont souvent associées à des atteintes systémiques variées, rendant extrêmement difficile leur classification en sous-types cliniques bien définis. Par conséquent, le répertoire génétique des malformations oculaires syndromiques/non syndromiques reste encore largement incomplet avec de nombreux cas restant sans signature génétique, ce qui entraîne une forte proportion de familles confrontées à une « odyssée » diagnostique. Afin d’optimiser le diagnostic de ces maladies cécitantes, une stratégie moléculaire combinant l’analyse d’un panel de gènes suivi d’un séquençage du génome (GS) dans le cadre PFMG via la porte d’entrée « malformations oculaires » a été mise en place. Méthodes Une cohorte d’environ 800 patients pédiatriques et adultes présentant une grande variété de maladies oculaires syndromiques/non syndromiques a été analysée de façon prospective, recrutés au cours de consultations d’ophtalmologie ou de génétique clinique, majoritairement à l’Hôpital Necker-enfants malades et l’Hôpital Cochin. Ainsi ont été analysés des patients avec aniridie congénitale, syndrome d'Axenfeld-Rieger, glaucome congénital, microphtalmie/colobome, hypoplasie fovéale, cataracte congénitale, malformation du vitré et dystrophies cornéennes. Résultats Nous présentons le spectre génétique des familles françaises génétiquement résolues. Alors que la majorité des diagnostics sont représentés par des variants de séquences, environ 20% des cas résolus impliquent des variants de structure impliquant différents gènes connus. Pour certains d’entre eux, le GS a permis de mieux caractériser les points de cassure montrant qu’ils impliquaient des régions régulatrices en dehors de la région codante des gènes PAX6, PITX2, FOXL2 et MAF. Pour les réarrangements non-codants de PAX6 et PITX2, des études HiC complémentaires ont permis de confirmer l’effet de position comme mécanisme physiopathologique (cf abstract Dr. Burin des Roziers et al.). Par cette approche, nous avons également élucidé l’origine génétique de diverses malformations oculaires associées à des troubles du neurodéveloppement, permettant de diagnostiquer des familles avec syndromes de micro-Warburg, Lenz, Lowe, Nance-Horan et pathologies du péroxysome. De façon plus inattendue, des variants ont été identifiés dans les gènes PUF60, NAA15, PRR12 et surtout SMARCA2, ARID1B, ARID2, compatibles avec le diagnostic des syndromes de Nicolaides-Baraitser et Coffin-Siris. Ainsi nous décrivons des malformations oculaires non ou peu rapportées dans les pathologies liées au remodelage de la chromatine. Conclusion Cette étude souligne l'utilité de l’approche combinée par panel et par séquençage de génome dans le diagnostic de routine des malformations oculaires dont les bases génétiques et moléculaires restent encore mal élucidées.
Hippolyte MENOU (Paris), Cyril BURIN DES ROZIERS, Matthieu ROBERT, Alejandra DARIUCH, Stanislas LYONNET, Rabia BENKORTEBI, Sabine CANIVET, Emmanuelle RONCERAY, Antoine BRÉZIN, Jean-Louis BOURGES, Dominique BRÉMOND-GIGNAC, Sophie VALLEIX
Debussy

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C37
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Sessions Communications Flash 03
Non codant, Bioinformatique et innovations

Modérateurs : Virginie BERNARD (Ingénieur) (Grenoble), Kévin YAUY (MCU-PH) (Montpellier)
17:30 - 17:38 #48864 - FL011 Priorisation des variants non codants : benchmark de prédicteurs d’effets de variants et développement d’un nouveau méta-score MobiDeep.
FL011 Priorisation des variants non codants : benchmark de prédicteurs d’effets de variants et développement d’un nouveau méta-score MobiDeep.

Contexte et objectif: L'interprétation des variants non codants (VNC) constitue un goulot d'étranglement majeur dans le diagnostic des maladies rares et prédispositions aux cancers, en raison des performances hétérogènes des prédicteurs d'effets (VEP) et de l'absence de seuils d'interprétation spécifiques par région génomique. Ce travail a un double objectif : premièrement, réaliser un benchmark rigoureux de cinq VEP de référence pour établir leurs performances et définir des seuils de classification (PP3) par région. Deuxièmement, développer et valider MobiDeep, un nouveau méta-score basé sur perceptron multicouches (MLP), conçu pour intégrer les forces de ces outils et améliorer la précision de la priorisation des VNC. Méthode: Un jeu de données Gold Standard été constitué, comprenant 448 VNC pathogènes (ClinVar, HGMD) et 38 146 VNC bénins (TraitGym). Les performances de ReMM, CADD, GPN-MSA, Cactus241way et phyloP_Primates ont été évaluées de manière globale et stratifiée par région. Par la suite, MobiDeep a été développé pour intégrer ces cinq scores et a été validé sur un jeu de données de test indépendant pour garantir sa robustesse. Résultats: Notre benchmark confirme qu'aucun VEP n'est universellement optimal et que la performance est dépendante du contexte génomique : ReMM excelle pour les introns (AUROC=0,942) et les exons non-codants (AUROC=0,987), tandis que GPN-MSA démontre une supériorité pour les variants 3'UTR (AUROC=0,901). Cette analyse nous a permis d'établir des seuils optimaux spécifiques à chaque région, et de valider des seuils pour l'application du critère PP3 (par exemple, CADD≥10.37 et ReMM≥0.80). S'appuyant sur ces résultats, notre méta-score MobiDeep a significativement surperformé chaque VEP individuel, atteignant une AUROC de 0,973 et une AUPRC de 0,888 sur le jeu de test indépendant. Dans des simulations de priorisation à grande échelle mimant une analyse WGS, MobiDeep a classé 62 % des variants causaux dans le top 5 et 75 % dans le top 20, réduisant ainsi drastiquement l'espace de recherche analytique. Conclusion Ce travail apporte une double contribution : un benchmark complet des VEP existants avec des seuils région-spécifiques pour guider leur utilisation, et MobiDeep, un méta-score open-source validé et plus performant pour la priorisation des VNC dans des données de WGS.
Abdelhakim BOUAZZAOUI (Rennes)
17:38 - 17:46 #49240 - FL012 Définition de seuils de score CADD spécifiques aux différentes régions non-codantes du génome.
FL012 Définition de seuils de score CADD spécifiques aux différentes régions non-codantes du génome.

Avec la généralisation du séquençage complet du génome humain, l’accès aux zones non-codantes, longtemps négligées, ouvre de nouvelles perspectives pour comprendre les maladies rares et cancers rares. Ces régions, qui contiennent près de 99% des millions de variations détectées par génome, représentent un défi majeur d’interprétation. En effet, contrairement aux variations qui peuvent affecter directement la fonction des protéines, les variations non-codantes peuvent exercer un effet délétère en impactant la régulation de l’expression des gènes, rendant leur interprétation complexe. Faute d’outils bioinformatiques adaptés et de tests fonctionnels robustes, prioriser les variations pathogènes dans les régions non-codantes est ardu. La découverte récente de variations dans le petit ARN non codant RNU4-2 comme cause fréquente de troubles neurodéveloppementaux souligne pourtant leur importance clinique. Le score CADD (Combined Annotation-Dependent Depletion) est un score intégré combinant de multiples sources d'annotation pour prédire l’impact d’une variation génétique. Bien que l’utilisation d’un seuil de score unique soit déconseillé par les développeurs de l’outil, les généticiens utilisent généralement des seuils de >20 ou >25 pour considérer une variation comme potentiellement délétère. Cependant, si ces seuils peuvent être informatifs pour les variations codantes, ils ne sont pas adaptés aux variations non-codantes du génome. Nous avons ainsi évalué la pertinence de la nouvelle version du score CADD (v1.7) à différencier les variations pathogènes des variations bénignes, en utilisant la base de données ClinVar. ClinVar contient presque 3 millions de variations, dont 39,6% classées bénignes, 9,6% pathogènes et 50,8% de signification incertaine (VSI). Les variations non-codantes ne représentent que 20,5 % de la base. Le pouvoir discriminant du score CADD a été évalué en fonction du type de régions non-codantes: régions 5‘ et 3’ UTR, introniques, sites d’épissage, en amont/aval des gènes, intergéniques, et enfin régions exonique et introniques d’ARN non codants. Cette approche a permis d’identifier des régions génomiques pour lesquelles l’utilisation du score CADD est pertinente et de définir des seuils spécifiques à chacune de ces régions. Ces seuils ont été validés en utilisant une deuxième population de variations présumées bénignes (variations fréquentes dela base de données gnomAD v4.1). Nous avons ensuite pu montrer que l’utilisation de ces seuils permettaient de prioriser facilement, à partir de données de séquençage de génome analysées sans a priori, les variations pathogènes dans le gène RNU4-2. En proposant des seuils régions spécifiques pour le score CADD, notre travail entend faciliter l’interprétation des variations non-codantes, et ainsi ouvrir la voie à une meilleure exploitation des données issues du séquençage de génome complet en diagnostic clinique et en recherche.
Jude-Félix TENYWA, Jean-Baptiste LAMOUCHE, Sarah BAER, Samuel NICAISE, Antony LE BÉCHEC, Amélie PITON, Jean MULLER (Strasbourg)
17:46 - 17:54 #49249 - FL013 NCBoost v2: un classificateur pour variants non-codants causant des maladies monogénique.
FL013 NCBoost v2: un classificateur pour variants non-codants causant des maladies monogénique.

Les maladies rares concernent 5 à 8 % de la population mondiale, avec plus de 7 000 troubles distincts décrits. Le séquençage du génome entier (WGS) est devenu un outil de diagnostic de première ligne, capable d’identifier des variants pathogènes dans les régions codantes et non codantes. Pourtant, un diagnostic moléculaire n’est obtenu que dans 30 à 50 % des cas supposés de maladies mendéliennes, en raison notamment de la difficulté d’interprétation des variants non codants, qui représentent 98 % du génome. Pour répondre à ce problème, nous avons developpé NCBoost v2, une approche d’apprentissage supervisé visant à discriminer les variants pathogènes non-codants des variants bénins pour la version hg38 du génome de référence. NCBoost v2 utilise un ensemble exhaustif de variables indicatrices du degré de conservation génétique calculées à partir de données générées par des consortiums de génomique à grande échelle, tels que gnomAD and Zoonomia, ainsi que des scores de prédiction dédiés aux variants altérant l’épissage. Le modèle a été entraîné sur le plus grand jeu de variants pathogènes non-codants causant des maladies monogéniques existant à l’heure actuelle, résultant de plusieurs étapes de selection qualitative, incluant 2 336 variants pathogènes de haute qualité, associés à 764 gènes causant des maladies monogéniques, soit un jeu de données largement élargi par rapport à la première version de NCBoost, qui ne comptait que 737 variants non-codants associés à 283 gènes. En validation croisée, NCBoost v2 atteint une AUROC de 0,93 et une AUPR de 0,77, surpassant nettement deux méthodes alternatives représentatives de l’état de l’art, ReMM et CADD. Ces performances sont confirmées sur des jeux de test et de validation indépendants et restent robustes pour toutes les régions génomiques, avec un pouvoir discriminant particulièrement élevé pour les variants introniques. Dans des génomes de patients simulés, NCBoost v2 classe systématiquement les variants pathogènes au-dessus du 99e percentile, et améliore les prédictions brutes de SpliceAI en les contextualisant avec des signaux évolutifs et géniques. En conclusion, NCBoost v2 constitue un outil performant et cliniquement pertinent pour la priorisation des variants non-codants causant des maladies génétiques rares. Bien qu’il doive s’intégrer dans des protocoles de diagnostique complets, il représente une avancée importante pour améliorer le rendement du diagnostic génétique. Les scores précalculés pour la version du génome hg38, ainsi que le logiciel NCBoost v2 implémenté en python 3.10 sont disponibles sous la licence GNU General Public License, version 3 sur github https://github.com/RausellLab/NCBoost-2 , ainsi que sur Zenodo https://doi.org/10.5281/zenodo.16029049.
Barthélémy CARON (Paris), Antonio RAUSELL
17:54 - 18:02 #49449 - FL014 PERIGENOMED - Préparer le dépistage néonatal génomique : défis et innovations bioinformatiques.
FL014 PERIGENOMED - Préparer le dépistage néonatal génomique : défis et innovations bioinformatiques.

Le dépistage néonatal (DNN) constitue une politique de santé publique majeure, permettant d’identifier précocement des maladies graves et traitables afin d’éviter des séquelles irréversibles. Le séquençage du génome (GS) ouvre la perspective d’un dépistage néonatal génomique (DNNg), capable d’élargir considérablement le spectre des affections détectées. Le projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 (PGC1) constitue la première étape française visant à évaluer la faisabilité de rendre un résultat de DNNg en moins de 4 semaines (2 semaines pour certaines maladies métaboliques) pour 2500 naissances dans 5 CHU. PGC1 analyse in silico 2 listes de gènes (171 maladies précoces et traitables / 218 maladies actionnables) à partir de données de séquençage de génome réalisé dans 2 laboratoires (Dijon, Nantes). Sur le plan bioinformatique, PGC1 a nécessité à Dijon une série de développements et d’adaptations pour rendre possible l’analyse fiable de données génomiques à l’échelle populationnelle et dans un délai maximal de 24h, adapté au DNNg : • Automatisation complète des processus bioinformatiques : Système d’auto-launcher conçu pour orchestrer l’ensemble des étapes, depuis le démultiplexage des FASTQ jusqu’au rendu automatisé des variants filtrés, réduisant drastiquement les interventions humaines et sources d’erreurs. • Accélération matérielle (CPU→GPU) : Passage à des architectures massivement parallèles accélérant l’alignement et l’appel de variants. L’utilisation de GPU réduit le temps d’analyse d’un génome à 30x de plusieurs dizaines d’heures à environ une heure, tout en maintenant une sensibilité >99% pour les SNV. • Développement de logiciels dédiés : Création d’outils spécifiques, comme Galacs, pour optimiser les étapes critiques de l’analyse, notamment la détection et la normalisation de certaines classes de variantions : CNV&SV. • Nouvelles méthodes de parallélisation : Chunking du génome en segments distribués dynamiquement aux ressources de calcul pour une montée en charge fluide, avec une allocation adaptative selon l’infrastructure disponible. • Filtrage et annotation intelligents : Intégration de règles biologiques stringentes (mode de transmission, pénétrance, pertinence clinique pédiatrique) directement dans la chaîne, réduisant le bruit de variants tout en garantissant un haut niveau de spécificité. Ces développements ont permis d’atteindre un niveau inédit de performance : un GS complet analysé en ~1h à 30x, avec un circuit entièrement automatisé et reproductible. PGC1 a ainsi démontré que des solutions bioinformatiques innovantes et gratuites rendent possible un DNNg en temps comparable à celui du DNN classique, ouvrant la voie à une intégration future dans le programme national de DNN.
Yannis DUFFOURD (Dijon), Anthony AUCLAIR, Valentin VAUTROT, Emilie TISSERANT, Anne-Sophie BRIFFAUT, Serralta THÉO, Martin CHEVARIN, Hana SAFRAOU, Ange-Line BRUEL, Marie-Laure HUMBERT-ASENSIO, Stéphane BEZIEAU, Laurence FAIVRE, Christine BINQUET, Christel THAUVIN
18:02 - 18:10 #49791 - FL015 Des textes cliniques aux profils phénotypiques : extraction et clustering des termes HPO pour faciliter le diagnostic des maladies rares.
FL015 Des textes cliniques aux profils phénotypiques : extraction et clustering des termes HPO pour faciliter le diagnostic des maladies rares.

Identifier la cause moléculaire des maladies rares reste un défi, plus de la moitié des patients ne recevant toujours pas de diagnostic après l'examen initial. Un levier majeur pour améliorer le diagnostic réside dans la réévaluation des signes cliniques, qui permet d'affiner les associations génotype-phénotype. Des approches intégratives ont été développées, combinant des prédictions in silico des causes moléculaires avec des mesures de similarité phénotypique (par exemple, Exomiser, Shepherd, Phen2Gene, etc.). Ces stratégies améliorent non seulement l'identification des variants pathogènes, mais augmentent également de manière significative le rendement diagnostique. Cependant, ces méthodes sont rarement utilisées de manière systématique dans le diagnostic génétique, notamment en raison de la difficulté à recueillir des descriptions phénotypiques complètes des patients. Dans le cadre du projet HUGO-Rare Disease (RD), un projet pilote du Pôle de données Ouest (décision CNIL DR-2021-332), mené en partenariat avec l'IRT bcom et le CHU de Rennes, différents workflows ont été développés pour extraire les signes cliniques des rapports médicaux en texte libre et générer des profils phénotypiques. D'un point de vue clinique, nous avons appliqué quatre de ces workflows à un corpus de 35 039 documents cliniques pseudonymisés produits par le service de génétique clinique du CHU de Rennes entre 2017 et 2024, concernant 1 815 patients ayant bénéficié d'un séquençage de l'exome, et représentant près d'une décennie de pratique en génétique clinique. Les modèles développés nous ont permis d'extraire et de structurer les informations phénotypiques de manière standardisée. Nous avons ensuite exploré la diversité de ces profils phénotypiques à travers des analyses de clustering et de visualisation des données. Nous avons évalué la performance des méthodes d'extraction et leur contribution au diagnostic, notamment en ce qui concerne la hiérarchisation des gènes chez 901 patients ayant reçu un diagnostic moléculaire concluant.  Parallèlement à ces résultats, nous présenterons également les travaux menés sur les patients qui restent sans diagnostic concluant, en soulignant les défis et les opportunités pour améliorer le rendement diagnostique dans les cas non résolus. En transformant des données cliniques non structurées en informations exploitables, ces méthodes ont le potentiel de réduire l'odyssée diagnostique et d'optimiser la prise en charge des patients atteints de maladies rares.
Axel BONESTEVE (Rennes), Paul ROLLIER, Moussa BADDOUR, Thomas LABBE, Marie DE TAYRAC
Salon Ambassadeurs 2/3

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D37
17:30 - 18:15

Sessions Communications Flash 04
IA, DPN, Reproduction, Chromosomes, Neurodeveloppement

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Sylvie JAILLARD (PU-PH) (Rennes)
17:30 - 17:38 #48925 - FL016 IA4GenReport: L’IA générative au service des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique.
FL016 IA4GenReport: L’IA générative au service des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique.

La Cytogénétique, via les analyses chromosomiques (caryotype, FISH) et moléculaires (CGH-array, qPCR), génère des données complexes nécessitant une interprétation experte par les biologistes. Les comptes rendus jouent un rôle central dans le parcours diagnostique et de soins. Leur rédaction, qui requiert technicité et rigueur, est particulièrement chronophage pour les généticiens et cytogénéticiens. L’émergence des grands modèles de langage (LLM) ouvre de nouvelles perspectives pour générer ces rapports automatiquement, toujours sous supervision, dans une optique d’harmonisation, de fiabilisation et de gain de temps des biologistes. Le projet IA4GenReport à été développé au CHU de Dijon, au sein de notre équipe DIAD (Développement de l’IA au CHU de Dijon), pour explorer l’apport des LLMs dans la rédaction des comptes rendus en cytogénétique moléculaire et chromosomique constitutionnelle. Un premier module, dédié à la cytogénétique conventionnelle, a été implanté dans notre application CytoGenIA qui a pour objectif de générer automatiquement des comptes rendus des caryotypes normaux ou anormaux en respectant la nomenclature ISCN ainsi que les recommandations de l’ACLF. Un prompting spécifique a été réalisé à partir d’un corpus riche de comptes rendus en cytogénétique constitutionnelle, collectés sur plus de 30 ans par le laboratoire de Cytogénétique du CHU de Dijon. Après anonymisation et structuration des documents (résultats, interprétation, synthèse), des tests ont été réalisés avec un LLM. Le second module, consacré à la cytogénétique moléculaire, a été intégré dans notre plateforme CNV-Hub qui permet l’interprétation automatisée des variations du nombre de copies (CNV), types délétions et duplications à partir de fichiers standardisés (IntervalBasedReport…). Il mobilise plusieurs outils prédictifs (ClassifyCNV, X-CNV, AnnotSV) et des bases de données de référence (ClinGen, Decipher, GnomAD, DGV). En parallèle, nous avons développé une nouvelle interface avec un LLM qui permet de générer un compte rendu automatique et structuré, conforme aux standards français (PIEV, Bénin…) et selon les recommandations du réseau AChroPuce. L’objectif d’IA4GenReport est double : fiabiliser et harmoniser les comptes rendus de cytogénétique chromosomique et moléculaire, tout en réduisant le temps passé par les généticiens et cytogénéticiens. IA4GenReport marquent ainsi un tournant dans la pratique génétique, en introduisant l’IA générative au cœur du processus diagnostique.
Patrick CALLIER, Davide CALLEGARIN, Melodie OPALE, Tristan MORO, Victor PILLAY, Nathalie MARLE, Maaziz NADA, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON (DIJON)
17:38 - 17:46 #49401 - FL017 Permettre le conseil génétique d’un remaniement chromosomique équilibré identifié en prénatal : apport du séquençage par nanopore.
FL017 Permettre le conseil génétique d’un remaniement chromosomique équilibré identifié en prénatal : apport du séquençage par nanopore.

Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés détectés lors d’un caryotype réalisé en période prénatal ne sont pas caractérisés avec précision, du fait de contraintes temporelles notamment, ce qui restreint le conseil génétique. Bien que cette situation soit rare (<1/500), l'interprétation des variants se limite alors à « VSI - » si le variant est hérité d'un parent sain ou à « VSI + » s'il est de novo. De précédents travaux réalisés en période postnatal ont montré que 40% des remaniements équilibrés de novo portés par des patients symptomatiques pourraient être considérés comme pathogènes après caractérisation des points de cassure. Notre projet ARPAGON (Analysis of Rearrangements in Prenatal Assessment using Genomic Oxford Nanopore Sequencing) financé par l’ACLF vise à démontrer la faisabilité d'une telle caractérisation dans un délai compatible avec la grossesse avec la technologie de séquençage par nanopore. Cette technologie dispose de la flexibilité nécessaire au diagnostic prénatal/urgent et permet l’étude de tous les types de variants génétiques (SV, CNV, SNV). Deux microgrammes d'ADN extraits de culture cellulaire de liquide amniotique ont été utilisés pour la librairie à l'aide du kit LSK114 ou du kit rapide, et 7 à 50 Gb ont été séquencés sur flowcell R10.4 PromethION (Oxford Nanopore Technologies, Oxford, Royaume-Uni). Dorado v0.6.3 a été utilisé pour le basecalling en mode HAC+5mc_5hmC avant l'alignement sur GRCh38 +/- CHM13-T2T avec Minimap2. SVIM, Sniffles2 et Sawfish ont été utilisés pour l'appel des variants structuraux. Les variants ont été filtrés et triés selon les scores de qualité et les informations du caryotype. À ce jour, nous avons inclus six fœtus présentant un signe d’appel échographique et porteurs d'une translocation réciproque ou d’une inversion identifiée par le caryotype fœtal équilibrée en ACPA. Les remaniements ont tous été caractérisés avec succès en moins de 8 jours après l’obtention du caryotype, deux semaines supplémentaires étant nécessaires pour la confirmation des points de cassure par PCR afin que le résultat puisse être utilisé en contexte diagnostique. Les différents pipelines SV ont tous identifié les remaniements objectivés sur le caryotype. Pour le patient 2, porteur d'une t(4;11)(q35;q23)dn, un point de cassure a été identifié dans l'intron 1 du gène KMT2A, entrainant l’haploinsuffisance de ce gène responsable du syndrome de Wiedemann-Steiner. Le variant explique le phénotype et a été reclassé pathogène. Pour les autres patients, les caractérisations ont été considérées comme non contributives. Nos résultats confirment la faisabilité du séquençage long read comme outil de caractérisation de remaniement identifié en période prénatale, ouvrant la porte au séquençage de génome long-read en période prénatale en première intention. Les inclusions sont toujours en cours avant un transfert rapide vers le diagnostic.
Charlotte TARDY (MARSEILLE), Audrey LABALME, Flavie DIGUET, Quentin TESTARD, Claire BARDEL, Sylvie BERNARD-BEUFE, Vincent JAUFFRET, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Mathilde PUJALTE, Nicolas CHATRON
17:46 - 17:54 #49662 - FL018 DPI et don de gamète en France : qu’en est-il en 2026 ?
FL018 DPI et don de gamète en France : qu’en est-il en 2026 ?

INTRODUCTION Le Diagnostic Préimplantatoire (DPI) permet l’analyse génétique d’embryons obtenus par technique d’Assistance Médicale à la Procréation (AMP), pour un couple à risque de transmettre une maladie particulièrement grave, dans le but de ne transférer que des embryons indemnes de la pathologie concernée (article L2131-4 du Code de la santé publique). La dernière révision de la loi de bioéthique du 2 août 2021 rend l’AMP accessible aux femmes en couple ou non mariées, leur ouvrant ainsi l’accès au DPI. Entre 2021 et 2024, les groupes de travail « Génétique et Don », « DPI » et le service juridique de l’Agence de la Biomédecine, en collaboration avec les centres de DPI et les CECOS (Centres d’Etude et de Conservation des Œufs et des Spermatozoïdes humains) se sont concertés, afin de réfléchir à l’organisation de cette activité. Les discussions ont porté sur les différentes problématiques posées par cette nouvelle activité, telles que la nécessité d’information des donneurs pour réaliser des prélèvements en vue d’un DPI, le recueil de leur consentement, le risque de découverte de données fortuites chez le donneur, la création d’une biothèque ou encore la gestion de l’anonymat. L’Arrêté du 18 juin 2024 relatif aux recommandations de bonnes pratiques en matière de DPI a officialisé la mise en place du parcours associant DPI et don de gamètes. Les centres de DPI avaient alors déjà commencé à instruire les dossiers des patients en attente depuis 2021. RESULTATS Les données recueillies en mars 2025 étaient les suivantes : 55 demandes examinées, 18 acceptées, 8 refusées, 9 abandons et 20 dossiers encore en cours d’étude de faisabilité. Les délais de prise en charge variaient de 12 et 28 mois selon les centres et les techniques. Les indications de DPI et les publics concernés étaient variés : 30 demandes portaient sur des maladies monogéniques (autosomiques dominantes ou liées à l’X), 20 sur des anomalies chromosomiques. Concernant le profil des patients, 60% étaient des femmes non mariées, 20% des couples de femmes, et 20% des couples comprenant un homme transgenre. Sept tentatives avaient déjà été réalisées. Nous souhaitons présenter un état des lieux actualisé, en janvier 2026, de l’activité de DPI avec don de gamètes pour les 5 centres de DPI français et les CECOS partenaires. Nous mettrons également en lumière les difficultés particulières rencontrées par les centres, qu’elles soient d’ordre organisationnel, technique ou éthique. CONCLUSION Le DPI avec don de gamètes constitue une activité complexe, nécessitant une étroite collaboration entre les centres de DPI et les CECOS et soulevant des enjeux organisationnels, techniques et éthiques inédits. Le travail de réflexion pluridisciplinaire entre les acteurs sur le terrain et l’Agence de la Biomédecine a permis le déploiement et l’encadrement de cette pratique récemment débutée. Il sera essentiel d’établir un état des lieux des pratiques et des résultats dans les prochaines années.
Julia LAUER ZILLHARDT (STRASBOURG), Caroline BOSSON, Anne GIRARDET, Emmanuelle HAQUET, Sylvianne HENNEBICQ, Anne MAYEUR, Gaëlle MELAYE, Flore MIETTON, Julie ROOS, Charlotte SONIGO
17:54 - 18:02 #49687 - FL019 Étude de corrélation génotype-phénotype dans les délétions 13q : Cohorte multicentrique de 254 patients.
FL019 Étude de corrélation génotype-phénotype dans les délétions 13q : Cohorte multicentrique de 254 patients.

Les délétions du bras long du chromosome 13 (13q) sont des anomalies génétiques rares, associées à une grande hétérogénéité phénotypique, allant de malformations congénitales sévères à des phénotypes discrets. Initialement, la classification proposée par Brown et al. (1995), reposant sur des données de caryotype, permettait une première approche pronostique en distinguant trois groupes selon leur localisation (proximale, intermédiaire, distale). Depuis, les avancées techniques comme l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ont permis de préciser les bornes des régions délétées. Cependant, la littérature sur les délétions 13q reste relativement limitée, avec peu d’études à grande échelle permettant une corrélation génotype-phénotype précise. Notre objectif était de réaliser une analyse approfondie des corrélations génotype-phénotype grâce à une étude collaborative multicentrique internationale. Matériels et Méthodes: Une cohorte de 254 patients présentant des délétions 13q a été constituée à partir de 16 centres de cytogénétique en France, en Tunisie et au Luxembourg ainsi que de la base DECIPHER. Les données génomiques (analyse chromosomique sur puce à ADN) et phénotypiques ont été analysées pour sept sous-régions (13q11q13.3, 13q14, 13q14.3q21.1, 13q21.1q31.1, 13q31.1q32.3, 13q32.3 et 13q33q34). La spécificité des corrélations génotype phénotype a été évaluée par des tests statistiques (Corrélation de Spearman, test exact de Fisher et test Chi-deux). Résultats, Discussion et Conclusion: Notre étude a confirmé les régions critiques précédemment rapportées, notamment l’association de la région 13q14 avec le rétinoblastome. Elle a également identifié de nouveaux loci associés à des traits spécifiques : trouble du spectre autistique pour la sous-région proximale 13q11q13.3, déficience intellectuelle et microcéphalie pour la sous-région terminale 13q33q34, doigts courts pour la sous-région 13q31.1q32.3 et une dysmorphie faciale avec un front haut pour la sous-région 13q14. Une gradation phénotypique a été observée en fonction de la taille de la délétion, avec des phénotypes plus sévères pour les délétions les plus larges. Cette étude, par son approche multicentrique, a permis d’aboutir à une cartographie plus précise des délétions 13q impliquées dans des phénotypes spécifiques. Cette nouvelle classification, sera utile pour l’interprétation des CNVs du chromosome 13 et pour le conseil génétique.
Afef JELLOUL, Tony YAMMINE, Sophie SCHEIDECKER, Lucie TOSCA, Gaëlle VIEVILLE, Charles COUTTON, Virginie ROZE-GUILLAUMEY, Paul KUENTZ, Matthieu EGLOFF, Geoffroy DELPLANCQ, Sophie BRISSET, Sana SKOURI, Vignesh-Guru PILLAY, Patrick CALLIER, Abdelkader HEDDAR, Guillaume JOURET, Laura MARY, Sylvie JAILLARD, Perrine PENNAMEN, Céline DUPONT, Chantal MISSIRIAN, John BOUDJARANE, Ines HARZALLAH, Laïla EL-KHATTABI, Ines CHERIF, Damien SANLAVILLE, Soumaya MOUGOU ZERELLI, Caroline SCHLUTH-BOLARD (STRASBOURG)
18:02 - 18:10 #49768 - FL020 Syndrome de microduplication 9q34.11: trouble du neurodéveloppement et dysmorphies récurrentes.
FL020 Syndrome de microduplication 9q34.11: trouble du neurodéveloppement et dysmorphies récurrentes.

Les variations du nombre de copies (CNV) constituent une cause importante de troubles du neurodéveloppement (p. ex., épilepsie, déficience intellectuelle et comportement autistique). Un cas d’une fille de 11 ans présentant un retard du langage, une déficience intellectuelle (DI) et un trouble du comportement, porteuse d’une microduplication de novo de 718 Kb en 9q34.11 impliquant les gènes SET et SPTAN1, a conduit à la recherche d’autres cas présentant des microduplications chevauchantes. Comparés aux quelques individus porteurs d’une duplication 9q34 détectée précédemment par les analyses chromosomiques standards, les 14 cas recensés dans cette étude présentent des délétions significativement plus petites et leurs caractéristiques cliniques ont été recueillies et analysées. Tous les individus présentaient un TND, avec un retard global du développement dans 12/14 cas, une hypotonie dans 5/14, et un retard isolé du langage dans 2/14. La DI était présente dans 11/14. Des crises d’épilepsie ont été observées dans 3/14. Aucune anomalie de croissance n’a été observée. Les traits dysmorphiques comprenaient une hypoplasie médio-faciale (7/14), des lèvres fines (6/14), un long philtrum (4/14), des yeux en amande (4/14), des oreilles basses (3/14) et une micrognathie (3/14) (Figure 1, Table 1). La position approximative de la plus petite région de chevauchement (SRO) était 128,669,274-128,770,807 dans le génome de référence (NCBI Build 38), correspondant à une taille de 101,54 Kb et contenant l’intégralité des gènes SET, PKN3 et ZDHHC12 ainsi qu’une partie du gène ZER1 (à partir de l’intron 1). Dix cas incluaient SPTAN1 et deux cas une partie de SPTAN1 (Figure 2). Comparés aux cas de délétion, les individus porteurs de microduplications 9q34.11 semblent présenter des phénotypes neurodéveloppementaux et cliniques qui se chevauchent mais sont distincts. Les individus porteurs de délétions montrent une grande variabilité interindividuelle, mais leur phénotype paraît plus sévère que celui des duplications. Les cas de délétion montrent principalement un TND affectant la fonction cognitive, les capacités motrices, la structure cérébrale et l’épilepsie. Les différences cliniques entre ces syndromes suggèrent des mécanismes pathogéniques distincts, probablement liés à des effets de dosage génique impliquant principalement le gène SET. En conclusion, la présente étude renforce les preuves que les duplications 9q34.11 contribuent aux TND et suggère que la triplosensibilité du gène SET joue un rôle majeur dans les phénotypes observés. Des études fonctionnelles supplémentaires et des cohortes de patients plus larges seront nécessaires pour clarifier les mécanismes moléculaires sous-jacents à ces conditions.
De Falco ALESSANDRO (Napoli, Italie), Vincent MARIE, Vieville GAËLLE, Gauthier MARJOLAINE, Dieterich KLAUS, Coutton CHARLES, Novelli ANTONIO, Dallapiccola BRUNO, Digilio MARIA CRISTINA, Briuglia SILVANA, Bernardini LAURA, Fontana PAOLO, De Falco LUIGIA, Młynek MARLENA, Madej-Pilarczyk AGNIESZKA, Acquaviva FABIO, De Brasi DANIELE, Faivre LAURENCE, Dauver LUCIE, Alnuaimi NOUF, Callier PATRICK, Trevisan VALENTINA, Onesimo ROBERTA, Leoni CHIARA, Zampino GIUSEPPE, Neri GIOVANNI, Delplancq GEOFFROY, Perrin LAURENCE, White SUE, Guerrini RENZO, Mei DAVIDE, Sani ILARIA, Pantaleo MARILENA, Peron ANGELA, Brunetti-Pierri NICOLA
Salon Ambassadeurs 1/3

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E37
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Sessions Communications Flash 05
Oncogénétique, Conseil génétique, Rein

Modérateurs : Yline CAPRI (Praticien Hospitalier) (Paris), Andrée DELAHAYE-DURIEZ (PU-PH) (Paris)
17:30 - 17:38 #48951 - FL021 Enquête auprès des professionnels en cas de découverte d’une donnée incidente génétique en période prénatale : Etude par Expérimentation par Choix Discrets (ECD-Di).
FL021 Enquête auprès des professionnels en cas de découverte d’une donnée incidente génétique en période prénatale : Etude par Expérimentation par Choix Discrets (ECD-Di).

Une donnée incidente génétique prénatale est une anomalie génétique sans relation avec l’indication initiale de l’analyse, découverte fortuitement lors d’une grossesse, généralement après un prélèvement de liquide amniotique et la réalisation d’une analyse génétique pangénomique. Le projet ECD-Di propose de documenter les préférences de professionnels de santé quant aux situations dans lesquelles les données incidentes prénatales doivent être transmises à la femme enceinte. Il est important de rappeler que l’annonce d’une donnée incidente prénatale peut provoquer une demande d’interruption de grossesse de la part de la femme enceinte. Pour ce faire, les professionnels, sages-femmes, obstétriciens, médecins généticiens et conseillers en génétique accompagnant les femmes enceintes lors de la réalisation d'une analyse génétique, seront sollicités pour répondre à un questionnaire mis au point grâce à l’expérimentation par choix discrets (ECD). L'utilisation de la méthodologie ECD, outil validé en économie de la santé, permet de proposer aux répondants de choisir parmi plusieurs situations, se rapprochant ainsi de la prise de décision en vie réelle. L'ECD nécessite de déterminer des attributs (caractéristiques) et leurs niveaux à faire varier dans chaque situation, pour ensuite créer des cartes de choix, qui correspondent aux situations qui seront proposées dans le questionnaire. 20 professionnels impliqués en médecine fœtale ont testé ce questionnaire montrant que les cartes de choix ont été globalement bien comprises, avec une homogénéité des choix observée sur chacune d’entre elles et un début hiérarchie des attributs. Par ailleurs, l’intérêt de l’étude est confirmé par les différents retours positifs. Le questionnaire ECD-Di sera diffusé à l’automne 2025 à toute la communauté de professionnels francophones concernés par le diagnostic prénatal en France et au Québec. Une première analyse des résultats sera communiquée au cours des Assises. Ce projet ECD-Di est original par la méthodologie employée, son caractère multidisciplinaire avec des économistes de la santé, et son ambition de diffusion nationale et internationale, soutenue par l’AFGC, la Fédération des CPDPN et les collègues canadiens. Le projet ECD-Di ne porte pas sur l’éthique et n’a pas pour ambition d’établir une norme injonctive c’est-à-dire sur ce qu’il conviendrait de faire ou non. L’une des retombées attendues est de collecter des éléments factuels autour de ce qui est fait ou ce qui sera fait probablement par un grand nombre de praticiens et d’identifier les critères de situations médicales conduisant à la transmission d’une information génétique à la mère sur la donnée incidente prénatale qui font l’objet d’un consensus large. Ces résultats seront de nature à éclairer la rédaction de futures recommandations nationales autour de la gestion des données incidentes en période prénatale, suite au décret du 13 novembre 2023 issu de la loi relative à la bioéthique du 2 août 2021.
Jeanne JURY (Nantes), Benoit LE MAUX, Tom DEBEC, Emma BAJEUX, Emmanuelle LECOMMANDEUR, Bertrand ISIDOR, Jean-Michel JOSSELIN, Laurent PASQUIER
17:38 - 17:46 #49162 - P348 Inhibiteurs de la thromboxane synthase: nouvelle perspective dans l’ostéogenèse imparfaite.
P348 Inhibiteurs de la thromboxane synthase: nouvelle perspective dans l’ostéogenèse imparfaite.

Contexte: Les bisphosphonates (BP) sont le traitement de référence chez les enfants atteints d’ostéogenèse imparfaite (OI). Leur action anti-résorptive augmente la densité minérale osseuse chez ces patients, mais sans améliorer la qualité osseuse. Nous avons précédemment identifié des mutations perte de fonction du gène TBXAS1 dans la dysplasie hémato-diaphysaire de Ghosal (GHDD), caractérisée par une densité osseuse accrue. TBXAS1 code l’enzyme thromboxane synthase (TXAS), qui convertit les prostaglandines H2 (PGH2) en thromboxane A2 (TXA2). En raison du rôle du TXA2 dans l’agrégation plaquettaire et la constriction du muscle lisse, plusieurs médicaments ont été développés pour inhiber son action, notamment l’Ozagrel (inhibiteur sélectif de TXAS) et le Picotamide (inhibiteur double de TXAS et TXA2). Cependant, leur efficacité clinique dans ces indications n’ayant pas été démontrée, leur usage a été interrompu. Étant donné que le déficit en TXAS entraîne une augmentation de la densité osseuse chez les patients atteints de GHDD, nous avons émis l’hypothèse que l’inhibition de TXAS, via le repositionnement de médicaments disponibles, pourrait avoir un effet bénéfique sur le remodelage osseux dans l’OI. Matériel et méthodes: Nous avons évalué la sécurité et l’efficacité du Picotamide et de l’Ozagrel, comparés à l’Alendronate et au contrôle, chez des souris de type sauvage (WT), Col1a2oim/+ et Col1a2oim/oim. Résultats: Les tests de coagulation étaient normaux et aucun effet indésirable n’a été observé. Grâce à la microtomographie (µ-CT), l’analyse histomorphométrique, le test de flexion en trois points et la spectroscopie Raman, nous avons observé que les inhibiteurs de TXAS augmentaient significativement: i) la densité minérale osseuse, ii) la qualité osseuse, iii) les taux d’apposition minérale et de formation osseuse, iv) les propriétés biomécaniques et le contenu minéral de l’os. Nous avons également mis en évidence une augmentation des marqueurs sériques de formation osseuse, sans altération des marqueurs de résorption osseuse. Conclusion: Le repositionnement thérapeutique des inhibiteurs de TXAS pourrait constituer une nouvelle approche prometteuse pour le traitement des patients atteints d’ostéogenèse imparfaite.
Mathilde DOYARD (Paris), Subash CHAND-VERMA, Johanne DUBAIL, Elsa VENNAT, Nicolas ROUBIER, Mohamed GUERROUACHE, Benjamin CARBONNIER, Agnès OSTERTAG, Martine COHEN-SOLAL, Arnold MUNNICH, Valérie CORMIER-DAIRE
17:46 - 17:54 #49424 - FL023 Identification de variants génétiques rares dans les gènes NUPR2, FZD2, et ZNF697 conférant une susceptibilité aux infections invasives à pneumocoque chez les enfants.
FL023 Identification de variants génétiques rares dans les gènes NUPR2, FZD2, et ZNF697 conférant une susceptibilité aux infections invasives à pneumocoque chez les enfants.

Les infections invasives à pneumocoque (IIP) restent à ce jour des maladies sévères en population pédiatrique. Une meilleure compréhension des facteurs moléculaires impliqués dans le développement des IIP permettrait d’améliorer la prise en charge de ces patients et de mieux prévenir ces infections, afin d’en améliorer le pronostic. Les études précédentes se sont principalement tournées vers des stratégies gène-candidat. L’objectif de notre étude est d’identifier des facteurs génétiques impliqués dans le développement des IIP par séquençage d’exome (whole-exome sequencing, WES) chez des enfants admis en réanimation pédiatrique pour une IIP, sans avoir d’erreur innée de l’immunité préalablement connue. Nous avons inclus 36 patients et 70 contrôles. Notre pipeline d’analyse a été conçu pour identifier les variants génétiques, stocker leur fréquence allélique mineure (MAF) et déterminer leur pathogénicité possible avec 5 outils : GnomAD, VEP, ANNOVAR, InterVar et SnpEff. Nous avons identifié les gènes NUPR2 et ZNF697 comme significativement plus fréquemment mutés chez les cas que chez les contrôles (p=7,2e-13 et p=8,7e-7, respectivement) en appliquant un burden test à partir des variants rares et fréquents combinés (n=300 646). La protéine codée par le gène NUPR2 est impliquée dans la voie de signalisation NFkappaB qui régule de nombreux processus inflammatoires, et la protéine codée par le gène ZNF697 est impliquée dans la régulation de la réponse interféron gamma. Nous avons par la suite ciblé notre analyse sur les variants très rares (MAF < 0.0001) et possiblement causaux de pathologie humaine (n=4400). Nous avons ainsi identifié les gènes NUPR2, ZNF697, et FZD2 comme étant significativement plus fréquemment mutés chez les cas que chez les contrôles (p=6,5e-14, p=2,8e-7, p=1,2e-5, respectivement). La protéine codée par le gène FZD2 fait partie de la voie de signalisation Wnt/beta-caténine qui interagit également avec la voie NFkappaB dans la régulation de processus inflammatoires et immuns. Nous avons ainsi utilisé une approche non ciblée de WES chez une population pédiatrique de patients avec des phénotypes extrêmes d’infections pneumococciques et avons identifié 3 gènes possiblement associés aux IIP, impliqués dans la régulation de processus inflammatoires et immuns. A notre connaissance, il s’agit de la première étude appliquant une approche de WES chez des patients avec des formes aussi sévères d’infection pneumococcique. Ces résultats particulièrement prometteurs nécessitent néanmoins d’être validés par réplication, séquençage des parents, et analyses fonctionnelles.
Morgane GÉLIN (Nantes), Sophie LIMOU, Claire LEMAN, Sonia BOURGUIBA-HACHEMI, Martin MORIN, Axelle DURAND, Olivia ROUSSEAU, Vincent MAUDUIT, Christèle GRAS-LEGUEN, Fleur LORTON, Julie TOUBIANA, Caroline THOMAS, Jérôme C. MARTIN, Elise LAUNAY, Nicolas VINCE
17:54 - 18:02 #49558 - FL024 PMS2 et phénotype extrême : étude de la corrélation génotype/phénotype.
FL024 PMS2 et phénotype extrême : étude de la corrélation génotype/phénotype.

La prédisposition héréditaire au syndrome de Lynch est définie par l’identification d’une variation pathogène, à l’état hétérozygote d’un des quatre gènes du système de réparation de l’ADN MisMatch Repair. La prévalence des hétérozygotes en population est estimée à 1/300. Selon le gène concerné, les risques tumoraux associés varient. D’après la littérature, la pénétrance des variants pathogènes (VP) des gènes MLH1 et MSH2 est plus élevée que celle des gènes MSH6 et PMS2. Les VP du gène PMS2 conféreraient un risque limité au cancer colorectal (CRC) et au cancer de l’endomètre, survenant plus tardivement, soit après l’âge de 50 ans. La précocité de présentation est caractérisée par l’apparition de la première tumeur avant l’âge de 50 ans. Une présentation atypique correspond à la survenue d’un cancer autre que le CRC ou de l’endomètre. Enfin les cas sévères sont définis par une agrégation personnelle d’au moins 2 tumeurs du spectre. Or nous avons constaté, en consultation d’oncogénétique, que certains patients porteurs de VP PMS2, présentaient un phénotype extrême (précoce, atypique ou sévère). Dans cette étude, nous rapportons la série de 51 patients porteurs d’un VP de PMS2, incluant phénotype et génotype, complété par l’analyse tumorale pour 4 patients du groupe phénotype extrême. Il s’agit de patients reçus en consultation et analysés dans notre centre. L’étude de la corrélation génotype-phénotype a été abordée en considérant la nature et la distribution des variants sur la protéine et la recherche de facteurs modifiant le phénotype a été initiée par une étude de la charge mutationnelle. Les analyses constitutionnelles et tumorales ont été réalisées par séquençage haut débit d’un panel de 45 gènes. Dans notre série de 51 patients porteurs d’un VP de PMS2, dont 37 sont porteurs asymptomatiques et 14 patients sont atteints, 9 cas sur 14 atteints présentent un phénotype extrême, interrogeant l’hypothèse de la plus faible pénétrance des VP PMS2. Pour les patients restants leur phénotype correspond à la présentation classique atténuée (CRC, ou cancer de l’endomètre, après l’âge de 50 ans). Nous n’identifions ni corrélation génotype-phénotype, ni différence significative de la charge mutationnelle entre les deux groupes phénotypiques (sévères et classiques). Les analyses tumorales confrontées aux analyses constitutionnelles émettent l’hypothèse de facteurs modificateurs du risque pour 2 patients, présentant des co-occurrences (tumorale et constitutionnelle) de VP des gènes MSH3 et MUTYH. Nous discutons la nécessité d’implanter de nouvelles investigations moléculaires tumorales (signatures tumorales) et constitutionnelles (étude d’un score de risque polygénique) afin de préciser les risques de cancer chez les patients porteurs d’un VP PMS2 présentant un phénotype extrême.
Margaux CLEMENT LE CHOISMIER (Montivilliers), Nathalie PARODI, Edwige KASPER, Jacqueline BOU, Gwendoline LIENARD, Sandrine MANASE, Stéphanie VASSEUR, Aude LAMY, Anna MARGHERITI, Jacques MAUILLON, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT DESURMONT
18:02 - 18:10 #49913 - FL025 Néphropathies chroniques : bilan de la préindication en 2026 (laboratoire Auragen).
FL025 Néphropathies chroniques : bilan de la préindication en 2026 (laboratoire Auragen).

Introduction Cette communication présente un bilan de la préindication « Néphropathies chroniques » à partir des WGS réalisés dans le cadre du PFMG au laboratoire Auragen, depuis sa mise en place en 2020. Résultats En septembre 2025, 328 dossiers ont été rendus sur 391 reçus : glomérulopathies (88), néphropathies indéterminées (65), CAKUT (58), maladies kystiques (54), tubulopathies (28), néphrolithiases/néphrocalcinoses (9), néphropathies tubulo-interstitielles (7) et autres (19). Soixante-treize dossiers ont été conclusifs, soit un rendement global de 22 %. Plus de la moitié des analyses (54 %) faisaient suite à un panel ou exome. Le rendement atteignait 25 % en « WGS-first » et 20 % en seconde intention. Les rendements par indication (global ; WGS-first ; après panel/exome) étaient : CAKUT 3 % (5 ; 3), glomérulopathies 32 % (43 ; 20), néphropathies indéterminées 18 % (10 ; 33), maladies kystiques 26 % (25 ; 26), lithiases/néphrocalcinoses 0 %, néphropathies tubulo-interstitielles 14 % (25 ; 0), tubulopathies 36 % (36 ; 35), autres 32 % (50 ; 23). Ces valeurs sont proches de celles rapportées dans une méta-analyse de 2024 (PMID: 38464959). Les variants pathogènes concernaient 42 gènes, les plus fréquents étant COL4A5 (10), COL4A3 (9), COL4A4 (5), PKD1 (4), PKHD1 (4) et PAX2 (3). Trois doubles diagnostics ont été établis : SLC34A3+ESRRB, IFT140+TUBB2A et PDIA6+HNF4A. Parmi les cas positifs, 18 (25 % des diagnostics) impliquaient un variant intronique profond ou un remaniement structural indétectable en séquençage exonique, dont six variants introniques de COL4A5. Certains diagnostics concernaient des gènes peu décrits (NOS1AP, PDIA6) ou pouvant être responsables d’atteintes extra-rénales (MEFV). Des VSI ont été retrouvés dans 7% des cas, notamment dans les gènes COL4A5, PKD1, PKHD1, COL4A3, DACT1 et ROBO1. Leur exploration reste limitée par l’absence de ségrégation familiale et de tests fonctionnels disponibles. Sept dossiers ont été réalisé avec pour motif la recherche d’un second évènement récessif, confirmé dans 3 cas (CLCNKB, SLC12A1, KCNJ1). Parmi 14 patients analysés en urgence avant greffe, deux diagnostics ont été posés (CLCN5, COL4A3) et un VSI identifié (ROBO2). Enfin, les délais de rendu des dossiers non urgents se sont réduits : 15 mois (2020), 13,5 (2021), 15 (2022), 11,5 (2023), 7 (2024) et 3 (2025). Perspectives Le WGS apporte une plus-value majeure au diagnostic des néphropathies génétiques, même après panel ou exome. Les rendements sont plus élevés pour les glomérulopathies, les maladies kystiques et les tubulopathies. De plus, un quart des diagnostics reposait sur des anomalies non accessibles au séquençage ciblé. Le WGS pourrait ainsi être proposé en première intention dans ces indications, en raison de sa capacité à analyser les variants introniques, remaniements structuraux et gènes non inclus dans les panels car très rares ou non spécifiques. Cette recherche a été possible grâce aux données du Plan France Médecine Génomique 2025.
Clément SAUVESTRE, Louis LEBRETON (Bordeaux), Claire GOURSAUD, Olivier GRUNEWALD, Pierre-André MASSARD, Damien SANLAVILLE, Julien THEVENON, Consortium AURAGEN, Louis JANUEL, Marine SERVEAUX-DANCER, Laurence MICHEL
Zone 1 - Salle 2
18:15

"Jeudi 29 janvier"

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C39
18:15 - 18:45

ASSEMBLEE GENERALE DE LA FFGH

Louis Lumiere
20:00 DINER DES ASSISES DE GENETIQUE