Présentes chez environ 1 % des nouveau-nés, les cardiopathies congénitales (CC) représentent la malformation la plus fréquemment détectée en anténatal. Bien que souvent isolées et multifactorielles, on identifie une cause génétique dans environ 40 % des cas incluant des aneuploïdies, des variations du nombre de copies (CNV) ou des anomalies monogéniques. Certaines de ces anomalies seront à l’origine d’une atteinte multi-systémique et/ou développementale. L’identification d’une étiologie génétique en prénatal est donc essentielle pour clarifier le pronostic, orienter la prise en charge postnatale et préciser le conseil génétique. Ce projet, mené au CHU Sainte-Justine, visait à évaluer la performance réelle des tests génétiques prénataux basés sur le phénotype pour identifier les cas où une étiologie syndromique est en cause ainsi qu’à comparer le phénotype pré et post-natal en vue d’optimiser au besoin les tests proposés et le conseil en prénatal. Une analyse rétrospective de 200 dossiers de patientes référées entre 2017 et 2018 pour une suspicion de CC fœtale a été réalisée. Après exclusion des cas avec échocardiographie normale ou anomalies mineures non pertinentes, 152 dossiers ont été inclus dans l’étude. Tous les cas ont bénéficié d’une évaluation génétique avec proposition de tests incluant QF-PCR ou FISH, CGH et, dans un tiers des cas, des analyses moléculaires ciblées. Le taux de diagnostic global était de 10 % d’aneuploïdies (3,9% isolées (CCI) et 17,7% non isolées (CCNI)), 5 % de CNV (2,6% CCI et 8% CCNI), et 3,6 % de causes monogéniques (0% CCI et 8% CCNI). À la révision des données post-natales, 23 % des enfants avaient une atteinte neurodéveloppementale significative, dont 17,5 % parmi ceux considérés comme isolés en prénatal. De plus, 39 % des cas jugés isolés en prénatal se sont révélés syndromiques en post-natal et 19 % présentaient une atteinte extra-cardiaque sévère non détectée à l’échographie (incluant un retard développemental modéré-sévère). Ces résultats soulignent les limites du phénotypage anténatal et la nécessité d’un conseil prénatal nuancé, même en présence d’une CC isolée. Ils mettent également en évidence la nécessité d’un suivi des nouveau-nés avec CC vu le risque d’autres anomalies associées, notamment du neurodéveloppement pouvant être secondaire à la CC elle-même ou indicatrice d’un syndrome génétique sous-jacent. Enfin, le rendement diagnostique global de 3,6 % des tests moléculaires dans notre étude est inférieur à celui rapporté dans la littérature (10–35 % par exome), possiblement en raison d’un échantillon trop petit, ou d’un sous-diagnostic lié à un défaut référence en génétique en post-natal ou à des tests moléculaires trop ciblés. Toutefois, aucun diagnostic n’a été posé en post-natal qui aurait été manqué en prénatal. Cette étude est pertinente dans un contexte de système de soins avec des ressources limitées où un exome prénatal pour toute anomalie fœtale majeure isolée n’est pas réaliste.

Contexte. Les maladies cardiaques héréditaires, qu’il s’agisse de cardiomyopathies ou de troubles isolés du rythme ou de la conduction, exposent à un risque de mort subite et/ou d’insuffisance cardiaque. Leur transmission génétique, très majoritairement autosomique dominante, confronte les couples porteurs à des choix complexes en matière de projet parental. Le diagnostic prénatal (DPN) et le diagnostic pré-implantatoire (DPI) constituent deux options médicales permettant de prévenir la transmission de ces pathologies. Néanmoins, leur recours dans le cadre des maladies cardiaques isolées (non-syndromiques), reste peu documenté en France. Méthode. Une analyse rétrospective des données nationales collectées par l’Agence de la biomédecine a été réalisée. Les données étudiées s’étendent de 2009 à 2023 pour le DPN et de 2013 à 2023 pour le DPI. Les évolutions temporelles du recours à ces techniques ont été analysées par un modèle de régression de Poisson. L’évolution de la proportion des techniques réalisées dans le cadre de maladies cardiaques isolées parmi l’ensemble des indications cardiologiques (isolées et syndromiques) a également été analysée. Résultats. Entre 2009 et 2023, 59 DPN ont été réalisés pour une maladie cardiaque isolée (moyenne 3,9/an), dont 39 % ont révélé que le fœtus était porteur. Toutes les grossesses avec un fœtus porteur identifié ont été suivies d’une interruption médicale de grossesse jusqu’en 2018, dernière année à laquelle cette donnée a été rapportée. Une augmentation moyenne de 19,5 % par an du recours au DPN a été observée (p < 0,000001). Concernant le DPI, 91 demandes ont été déposées entre 2013 et 2023, dont 58 acceptées (moyenne 5,3/an, taux d’acceptation ~68%). L’analyse statistique révèle une augmentation annuelle moyenne de 11,8 % des demandes acceptées (p=0,010). La part des DPN et DPI réalisés dans un contexte de maladie cardiaque isolée parmi l’ensemble des indications comprenant une atteinte cardiaque a montré une légère tendance à l’augmentation au cours du temps. Conclusion. Cette étude constitue la plus large évaluation nationale du recours au DPN et au DPI dans le cadre des maladies cardiaques héréditaires isolées. Les résultats montrent des nombres absolus faibles au regard de la prévalence élevée des maladies cardiaques héréditaires, mais une augmentation significative de leur pratique au cours des dernières années. Ces résultats illustrent la complexité des décisions médicales et éthiques dans ce contexte, ainsi que la nécessité de poursuivre les recherches pour mieux comprendre les déterminants du recours à ces techniques et mieux accompagner les couples concernés.

Introduction Le diagnostic préimplantatoire (DPI) est autorisé en France depuis 1994. Le centre de DPI de Strasbourg a été l’un des premiers à débuter cette activité en 1999. Aujourd’hui, 5 centres sont autorisés par l’agence de la biomédecine. La loi française réglemente strictement le DPI qui ne peut rechercher que l’anomalie héritée des parents, ou d’un ascendant immédiat, qu’elle soit moléculaire ou cytogénétique. Ceci limite l’utilisation de technologies pangénomiques et interdit la recherche des aneuploïdies (DPI-A). Au cours des années, nous avons dû nous adapter à de nombreux changements et défis techniques et légaux. L’organisation et l’activité de DPI ont pu progresser grâce aux évolutions scientifiques en embryologie et en génétique. Nous souhaitons présenter les étapes et chiffres clés des 25 années d’expérience dans le centre de DPI de Strasbourg. Résultats Nous avons validé plus de 400 tests PCR (polymerase chain reaction) spécifiques pour 176 maladies monogéniques différentes et plus de 300 tests FISH (fluorescence in situ hybridization) pour des réarrangements chromosomiques variés ou sexage (pour les maladies liées à l’X). Entre octobre 1999 et octobre 2024, 2909 dossiers ont été ouverts (67% pour les indications moléculaires, 32% pour les indications chromosomiques et 1% pour indications mixtes), 3424 cycles ont débuté aboutissants à 3210 ponctions d’ovocytes (38 000 ovocytes ponctionnés) et 2740 biopsies (14 312 embryons). Sur 2822 transferts (52% frais, 48% congelés), il y a eu 917 grossesses évolutives (32%/TE) et 872 bébés sont nés.

Le dépistage biochimique de la trisomie 21 (T21) repose sur le dosage, dans le sang maternel, de la PAPP-A et l’hCG au premier trimestre (T1) et de l’alpha-foetoprotéine (AFP), l’estriol non conjugué (uE3) et l’hCG sérique au deuxième trimestre (T2). Aujourd’hui, les marqueurs sériques maternels (MSM) sont utilisés en première intention dans de nombreux pays pour le dépistage des anomalies chromosomiques fœtales. Une évaluation de la valeur prédictive positive (VPP) vise à réduire les faux positifs, limiter l’anxiété maternelle et prévenir les complications iatrogènes liées à l’amniocentèse (taux de perte fœtale estimé à 1/100 procédures). Nous avons conduit une étude rétrospective portant sur 90 patientes ayant consulté au service de génétique de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis pour des MSM pathologiques entre Janvier 2025 et Avril 2025. Toutes les patientes ont eu un prélèvement de liquide amniotique avec étude de caryotype fœtal. L’étude par FISH a été réalisée dans certains cas. Les 90 patientes âgées de 23 à 45 ans [moyenne=39ans] sont adressées pour amniocentèse. 47 avaient bénéficié d’un dépistage T1 (11SA+2j–13SA+6j) et 43 d’un dépistage T2 (14SA+2j–19SA+1j). Nous avons réparti nos patientes sur 3 groupes selon la valeur estimée du risque de T21 au MSM : groupe 1 avec un risque >1/50 fait de 35 patientes, groupe 2 avec un risque entre 1/51 et 1/250 fait de 52 patients et groupe 3 avec un risque entre 1/251-1/1000 fait de 3 patientes. En plus du caryotype fœtal, 11 études par FISH ont été réalisées devant un risque T21=1 (1cas), un DPNI positif pour la T21 (1cas), un risque >1/50 pour les trois aneuploïdies 13,18 et 21 en même temps (3 cas), les six autres avaient un terme avancé. Six cas de T21 ont été confirmés : 5/35 dans le groupe 1 et 1/52 dans le groupe 2, dont 3 confirmés par FISH avant le caryotype. Nous rapportons notamment une anomalie de structure, une microdélétion 3q22.33q24 (10,8 Mb) découverte devant un risque biochimique T1=1/118 et combiné à 1/684 avec une PAPP-A basse (0,33 MoM). Un DPNI a permis de suspecter cette anomalie avant l’étude du caryotype. Ces résultats suggéraient les performances suivantes: • VPP seuil >1/50 : 14,3 % (5/35) • VPP seuil entre 1/51 et 1/250 : 6,9 % (6/87) • Aucune anomalie n’a été rapportée pour le groupe ayant un seuil entre 1/251 et 1/1000. Le taux global de faux positifs atteignait 93,3 %. Un cas d’avortement post-amniocentèse avec caryotype normal a été observé (1/90). En Tunisie, l’absence d’un accès large au DPNI impose l’optimisation des seuils de risque des MSM pour l’indication de l’étude du caryotype fœtal et l’insistance sur l’approche combinée (échographie + MSM). Par ailleurs, des MSM anormaux avec caryotype normal doivent alerter sur la possibilité d’autres anomalies. L’interprétation clinique élargie est nécessaire pour améliorer la prise en charge materno-fœtale.

Contexte : En France, il est recommandé de proposer de proposer un prélèvement invasif aux femmes ayant un risque combiné au 1er trimestre supérieur à 1/50 pour la trisomie 21. Toutefois, avec l'émergence des tests non invasifs reposant sur l’analyse de l'ADN libre circulant du génome entier, la place des examens invasifs dans cette population à haut risque est désormais discutée. Notre étude vise à étudier une cohorte de femme ayant un haut risque de trisomie 21 isolé, qui ont bénéficié d’un prélèvement invasif avec une analyse par CGH array. Méthode : Il s’agit d’une étude rétrospective comprenant 163 femmes ayant un dépistage combiné de la trisomie 21 au 1er trimestre à un haut risque (>1/50) sans hyper clarté nucale ni anomalie échographique au 1er trimestre, et qui ont bénéficié d’un prélèvement invasif avec une CGH array à la maternité de Necker Enfants Malades entre 2017 et 2023. L’étude a consisté dans un premier temps à répertorier les anomalies chromosomiques identifiées par CGH array dans cette population, puis à analyser les facteurs biologiques et échographiques associées à un déséquilibre génomique par un test de Wilcoxon. Enfin, chaque anomalie chromosomique identifiée par CGH array a été analysée rétrospectivement afin de déterminer si le dépistage non invasif par ADN libre circulant du génome entier aurait pu les dépister. Résultats : Des anomalies chromosomiques ont été identifiées dans 23 % des cas (38/163) : 27 trisomies 21, 6 autres aneuploïdies (2 trisomies 18, 2 trisomies 16 et 1 trisomie 22 en mosaïque, 1 monosomie X en mosaïque), 2 aneuploïdies placentaires confinées au placenta (1 trisomie 13 et 1 trisomie 22), 2 CNV de classe 2 (probablement bénin) et 1 CNV de classe 5 (pathogène). Toutes les anomalies de mauvais pronostic sur le plan neuro-développemental auraient pu théoriquement être détectées par le test non invasif. Un faible taux de PAPPA était significativement associé à une CGH array avec déséquilibre (p < 0,001). Discussion - Conclusion : Les anomalies chromosomiques, autres que la trisomie 21, détectées par ACPA chez les femmes ayant un risque élevé isolé au dépistage non invasif sont rares et hétérogènes. Bien qu'elles ne soient pas toutes détectables par l'ADN libre circulant génome entier, toutes les anomalies de mauvais pronostic sur le plan neurodéveloppemental auraient été théoriquement dépistées selon les résultats de notre étude. De ce fait, les tests d'ADN libre circulant génome entier pourraient être une alternative à l'analyse par ACPA chez les femmes dont les grossesses sont à haut risque isolé de T21. Cependant, en cas de PAPPA basse au 1er trimestre, une analyse par ACPA à partir d’un prélèvement invasif serait préférable car elle permet d’obtenir un diagnostic rapide et d’éviter le délai supplémentaire de prise en charge inhérent au test de dépistage non invasif.

Le syndrome blépharochéilodonte (BCDS) est une maladie rare et multisystémique, caractérisée par une fente labiale et/ou palatine (CLP), des anomalies des paupières et dentaires. Il est lié à des variants pathogènes hétérozygotes identifiés dans deux gènes : CDH1, codant pour l’E-cadhérine, protéine clé de l’adhésion épithéliale, et CTNND1, codant pour la p120-caténine, régulateur jonctionnel. Ces protéines interviennent dans la cohésion, la polarité et la morphogenèse épithéliale. Une collaboration européenne a permis de rassembler 25 cas, dont 13 porteurs d’un variant de CDH1 et 12 de CTNND1. L’analyse de ces données a permis de mieux définir le phénotype prénatal et postnatal. Des anomalies prénatales ont été observées dans 58 % des cas, le plus souvent des CLP. Le BCDS lié à CDH1 se caractérisait plus souvent par des anomalies craniofaciales, parfois associées à une hypothyroïdie congénitale et une imperforation anale. Un cas de cancer gastrique diffus est décrit chez une patiente. Le BCDS lié à CTNND1 se présentait plus fréquemment sous forme de syndrome polymalformatif avec des anomalies extracraniofaciales, sans cas de cancer rapporté dans notre cohorte. Une pénétrance incomplète et une expressivité variable ont été observées, sans corrélation génotype- phénotype identifiée. Les formes de BCDS liées à CDH1 et CTNND1 représentent des syndromes proches mais distincts. Nos résultats soutiennent la réalisation d’un exome prénatal en cas de CLP. Ils recommandent un dépistage systématique d’un trouble thyroïdien à la naissance, associé à un bilan cardiaque, une échographie abdominale et un examen clinique pelvien approfondi. Enfin, ils soulignent la nécessité d’une prise en charge multidisciplinaire au long cours et d’une gestion coordonnée du risque tumoral.

Le syndrome Nail-Patella (NPS) est une maladie rare causée par l'haploinsuffisance ou la perte de fonction du gène LMX1B, caractérisée principalement par des anomalies squelettiques, une atteinte rénale et ophtalmologique, avec une expressivité variable. Le pronostic fonctionnel est principalement lié à l’importance de l’hypoplasie/aplasie de la patella, tandis que le développement d’une atteinte glomérulaire chez 20-50% des patients peut conduire à l’insuffisance rénale. Des recommandations de surveillance multidisciplinaire régulière ont été publiées en 2020 dans le cadre du Protocole National de Diagnostic et de Soins. Nous rapportons quatre familles atteintes de NPS en lien avec des anomalies du génome non codant identifiées par séquençage haut-débit, et confirmées par des techniques de cytogénétique ou biologie moléculaires conventionnelles. Nous décrivons les éléments cis-régulateurs (CRE) tissu-spécifiques et diverses anomalies moléculaires au locus de LMX1B : une délétion de CRE, deux variations structurales perturbant l'interaction CRE-promoteur et un variant du 5'UTR responsable d'une diminution de l'expression due à un cadre de lecture ouvert (ORF) en amont. Ces données associées à la revue de la littérature récente montrent que les mécanismes moléculaires concernant le génome non codant peuvent avoir un impact tissu-spécifique sur l’expression du gène, à l’origine de formes incomplètes du syndrome, mais également modifier son mode héréditaire classique. Alors qu'environ 95 % des individus atteints de NPS sont porteurs de variants pathogènes hétérozygotes dans les régions codantes du gène LMX1B, des altérations non codantes expliquent l’impasse diagnostique dans les autres cas. Ce travail illustre l'importance du diagnostic génomique (altération de l’ORF versus altération des CRE) pour la médecine de précision et le conseil génétique dans les maladies rares.

En 2011, des variants pathogènes bi-alléliques de RNU4ATAC, ont été identifiés chez des patients atteints de nanisme microcéphalique ostéodysplasique primordial de type 1 (MOPD1), ou syndrome de Taybi-Linder (TALS). Par la suite, des mutations de ce gène ont également été associées aux syndromes de Roifman (RFMN) et de Lowry-Wood (LWS), ainsi qu’à une forme chevauchante avec une ciliopathie, le syndrome de Joubert. Ces pathologies rares se caractérisent, à des degrés variables, par une microcéphalie, une déficience intellectuelle, un retard de croissance, une dysplasie osseuse, des anomalies oculaires et une immunodéficience. Les formes les plus sévères du TALS entraînent un décès précoce. Le gène RNU4ATAC est transcrit en un petit ARN nucléaire, U4atac, composant du splicéosome mineur, responsable de l’épissage d’environ 1% des introns du génome humain, appelés introns mineurs. Des analyses short-read bulk RNA-seq réalisées en particulier par notre équipe sur différents modèles, notamment des cellules de patients atteints de TALS ou de RFMN, ont montré que la rétention d’intron mineurs est la principale conséquence des mutations de RNU4ATAC. Grâce à un appel à collaboration national (AnDDI-Rares) et européen (ERN-ITHACA), nous avons identifié 67 nouveaux patients et 17 nouveaux variants. Certains patients présentent des phénotypes atténués ou atypiques, parfois associés à de nouveaux variants. Afin d’étudier les niveaux de rétention d’introns mineurs et de confirmer la pathogénicité de ces variants, une analyse short-read bulk RNA-seq a été réalisée à partir de lignées lymphoblastoïdes dérivées de 9 de ces nouveaux patients, dont 7 présentent une forme atténuée ou atypique, ainsi que de leurs contrôles appariés. Nos résultats montrent des rétentions d’introns mineurs massives spécifiques chez tous les patients analysés, validant le fait que ces formes atténuées ou atypiques sont bien des RNU4ATAC-opathies

Le gène PORCN est responsable du syndrome de Goltz ou Hypoplasie dermique en aires (MIM 305600). Ce syndrome rare se caractérise par un spectre d’anomalies du développement associant une atteinte cutanée caractéristique, des anomalies oculaires, squelettiques, dentaires et des extrémités ainsi qu’une asymétrie. De transmission autosomique dominante liée à l’X, le syndrome de Goltz est considéré comme létal in utero chez les hommes, sauf très rarement en présence d’un variant de novo en mosaïque. Seuls quatre enfants de sexe masculin (issus de deux familles) porteurs d’un variant hémizygote du gène PORCN ont été rapportés dans la littérature. Tous sont décédés dans l’enfance. Nous rapportons ici la première observation d’un homme adulte porteur d’un variant pathogène hémizygote homogène du gène PORCN. Une analyse génomique en solo sur la plateforme SeqOIA a été réalisée chez un homme de 35 ans sans domicile fixe adressé en consultation pour l’association de difficultés d’apprentissage et d’un colobome unilatéral. L’examen retrouvait un strabisme, une hypoplasie des clavicules, une syndactylie 2-3 des orteils ainsi qu’une calvitie précoce, une papillomatose cutanée et une asymétrie faciale et thoracique. L’analyse génomique a identifié le variant c.525C>G du gène PORCN (NM_203475.3) à l’état hémizygote (fréquence allélique 100%), prédit in silico pour affecter l’épissage : SpliceAI prédit un affaiblissement du site donneur canonique de l’exon 5 (Donor Loss : 0.33) et la création d’un nouveau site cryptique donneur d’épissage (Donor Gain : 0.99), situé 31 bases en amont du site canonique. Ceci entrainerait la perte hors-phase des 31 dernières bases de l’exon 5. Malgré le fait que le variant soit à l’état hémizygote, l’analyse du transcrit du gène PORCN par RNAseq retrouve à la fois des transcrits porteurs de l’anomalie d’épissage prédite et des transcrits wild-type. Ceci confirme l’effet partiel du variant. Le variant a été recherché et retrouvé dans d’autres tissus (ongles et urines), confirmant son caractère homogène. Nous rapportons donc le premier cas adulte masculin atteint du syndrome de Goltz en lien avec un variant pathogène du gène PORCN à l’état hémizygote homogène. L’hypothèse évoquée est celle d’un effet partiel du variant sur l’épissage, à l’origine de la présence à la fois de transcrit anormal mais également de transcrit wild-type, expliquant ainsi le phénotype modéré du syndrome de Goltz chez ce patient et sa survie à l’âge adulte.

La néphropathie tubulo-interstitielle autosomique dominante (NTIAD) est une maladie monogénique génétiquement hétérogène, conduisant à l’insuffisance rénale terminale à l’âge adulte en raison de lésions rénales à type de fibrose interstitielle non inflammatoire avec atrophie tubulaire. Elle est causée par des variations mono-alléliques pathogènes dans les gènes UMOD, MUC1, REN, HNF1B ou SEC61A1. Cependant, dans 25 à 50% des cas, aucune cause n’est identifiée. Nous rapportons une cohorte de 203 familles présentant un phénotype de NTIAD, testées dans le service de médecine génomique des maladies rares de l’hôpital Necker entre 2017 et 2024. Un variant pathogène UMOD a été identifié dans 77 familles (37.9%), MUC1 dans 54 familles (26.6%), HNF1B dans 4 familles, SEC61A1 dans 2 familles, REN dans 3 familles. Dans 28 familles un variant pathogène a été identifié dans un gène impliqué dans un autre type de néphropathie autosomique dominante (« phénocopies») : 12 DNAJB11, 6 IFT140, 2 SALL1, 1 PAX2, 1 OCRL, 3 COL4A5, 1 COL4A3, 1ALG5, et 1 PBX1. Nous avons identifié un variant pathogène hétérozygote dans le gène JAG1 (habituellement associé au syndrome d’Alagille) dans 3 grandes familles de NTIAD dans lesquelles de nombreux individus se présentaient avec une maladie rénale isolée. Dans ces familles les variants JAG1 ségrégeaient avec la maladie. Dans deux familles, un enfant de la quatrième ou cinquième génération a présenté un phénotype de syndrome d’Alagille, alors qu’aucun des 23 patients adultes atteints n’avait d’atteinte extra-rénale, même après « rétrophénotypage » détaillé. Les études d’expression par RNAseq ciblé et par western blot, et l’analyse de lignées de cellules épithéliales rénales d’origine urinaire suggèrent que la physiopathologie de la maladie rénale n’implique pas le stress du réticulum endoplasmique (contrairement aux autres causes de NTIA), et serait plutôt liée à une haplo-insuffisance de JAG1. Ces résultats compliquent le conseil génétique dans ces familles. Les mécanismes conduisant les variants pathogènes JAG1 à une pathologie rénale isolée, distincte des atteintes rénales classiquement décrites dans le syndrome d’Alagille, restent à déterminer.

The aim of the present study was to determine the frequency and nature of chromosomal abnormalities involved in patients with the clinical spectrum of ambiguous genitalia (AG), amenorrhea, and Turner phenotype, in order to compare them with those reported elsewhere. The study was conducted in the Cytogenetic Department of Pasteur Institute of Morocco, and it reports on the patients who were recruited between 1996 and 2016. Cytogenetic analysis was performed according to the standard method. Among 1,415 patients, chromosomal abnormalities were identified in 7.13% (48/673) of patients with AG, 17.39% (28/161) of patients with primary amenorrhea (PA), 4% (1/25) of patients with secondary amenorrhea, and 23.20% (129/556) of patients with Turner phenotype. However, Turner syndrome was diagnosed in 0.89% (6/673) of patients with AG, 10.56% (17/161) of patients with PA, and 19.78% (110/556) of patients with Turner phenotype. In addition, Klinefelter syndrome and mixed gonadal dysgenesis were confirmed in 2.97% and 1.93% of patients, respectively, with AG, while, chimerism, trisomy 8, and trisomy 13 were confirmed only in 0.15% each. Trisomy 21 was confirmed in patients with AG and Turner phenotype (0.15% and 0.36%, respectively). Moreover, 5.60% (9/161) of patients with PA have been diagnosed as having sex reversal. Thus, the frequency of chromosomal abnormalities observed in Moroccan patients with PA is comparable to that reported in Tunisia, Turkey, Iran, and Hong Kong. However, the frequency is significantly less than that identified in India, Malaysia, Italy, and Romania.

Introduction et Objectifs L’Observatoire du Diagnostic, coordonné par la filière AnDDI-Rares, a proposé 3 sous-études (Work Package 1, 2 et 3) visant à réduire les situations d’impasse diagnostique des patients atteints d’anomalies du développement (AD), associés ou non à un trouble du développement intellectuel (TDI). Le Work Package 2, réalisé en partenariat avec le réseau AChroPuce et l’ACLF, a visé à identifier l’ensemble des variations du nombre de copies (CNV) de signification incertaine (VSI) de plus de 1 Mb de novo identifiées depuis le début des analyses en ACPA dans les laboratoires partenaires en France. Une première étape de réanalyse de ces CNVs a permis d’évaluer l’intérêt de la réinterprétation périodique des données VSI et l’apport de l’évolution des connaissances scientifiques dans la reclassification. Les patients restés en impasse diagnostique suite à cette reclassification, porteurs de CNVs restés VSI ou reclassés en probablement bénin ou bénin, ont été invités à une réévaluation en consultation de génétique. Une reprise des investigations leur a été proposée, notamment par en leur proposant un séquençage de génome dans le cadre des préindications du Plan France Médecine Génomique 2025. Matériels et Méthodes Etude multicentrique, avec une partie rétrospective et une partie prospective, proposée à l’ensemble des laboratoires du réseau AChroPuce et l’ensemble des CRMR/CCMR de la filière AnDDI-Rares, avec une période de recrutement de juillet 2022 à mars 2025. Résultats, Discussion et Conclusion Suites aux réponses de 30 laboratoires à l’appel à collaboration, un total de 208 patients porteurs de 211 CNVs remplissant les critères d’éligibilité ont été inclus dans l’étude. La date de la première analyse de CNV s’étend de 2007 à 2023. 46% des CNV sont des gains de copie (n=97), 54 % des délétions (n=114). 51% ont une taille de 1 à 2 Mb (n=107), 22% de 2 à 3Mb (n=45), 10% de 3 à 4 Mb (n=21), 4% de 4 à 5 Mb (n=9), et 13% de plus de plus de 5Mb (n=27). A noter la présence 12 CNV récurrents, dont 7 PIEV, et 7 cas de remaniements chromosomiques complexes et de mosaïques. La réinterprétation des CNV a permis un taux de reclassification de 17% (36/211), ce taux s’élève à 23% (13/57) pour les CNV >3Mb. 5 CNV ont été reclassés en bénin ou probablement bénin, 25 en pathogène ou probablement pathogène, 6 en variants à pénétrance incomplète et expressivité variable (PIEV). Le taux de réinterprétation est de l’ordre de 20% en moyenne par an dès la deuxième année après le rendu du résultat initial. La collecte et l’interprétation des données des génomes réalisées est en cours (c. n=40). Le taux de reclassification ainsi que la question de la contribution ou non du CNV de >1Mb à l’éventuel diagnostic posé seront étudiés.

Introduction : Les maladies cassantes ou syndromes d’instabilité chromosomique constituent des syndromes rares de prédisposition au cancer, liés à des anomalies dans les systèmes de réparation de l’ADN. certaines nécessitent un examen cytogénétique spécialisé. Matériel et méthodes : Nous avons analysé l’activité de notre laboratoire sur la période de plus de 10 ans. Les techniques incluent la mise en culture avec agents clastogènes pour la recherche d’anémie de Fanconi et l’étude des échanges de chromatides sœurs pour le syndrome de Bloom. Les recherches plus ponctuelles d’ataxie-télangiectasie ou d’autres syndromes cassants ont également été considérées. Résultats : Anémie de Fanconi : du 01/01/2020 au 30/06/2025, 303 prélèvements reçus ; 18 diagnostics confirmés. Il y aune bonne corrélation avec les tests fonctionnels et c'est FANC A qui est principalement muté. L’âge au diagnostic variait de 2 mois à 47 ans. Les indications les plus fréquentes concernaient des anomalies hématologiques (cytopénies, aplasies, leucémies) ou un syndrome malformatif évocateur et les enquêtes familiales. De nouvelles indications émergent : exploration de variants identifiés en génotypage, cancers solides du sujet jeune, insuffisance ovarienne précoce. Syndrome de Bloom : depuis 2016, 27 prélèvements reçus ; 6 cas confirmés, chez des patients âgés de 7 mois à 53 ans. Les indications principales étaient un retard de croissance associé à des hémopathies ou cancers, ou la découverte de mutations (sujet ou parents) par génotypage. Ataxie-télangiectasie : les demandes deviennent rares, les mutations d’ATM étant désormais aisément identifiées par NGS. Quelques cas persistent pour étude de clones sanguins. Par ailleurs, certains réarrangements évocateurs d’AT ont été observés lors d’analyses pour Fanconi. Autres syndromes : 6 suspicions encore plus rares ont été adressées comme des Nijmegen ou des ICF syndromes. Discussion – Conclusion : En France, le circuit diagnostique débute généralement par un test cytogénétique sur sang, suivi de tests fonctionnels (notamment à Saint-Louis pour Fanconi) et d’analyses moléculaires (Institut Curie pour la recherche de mutations). L’expérience acquise montre la diversité des indications et l’élargissement progressif des motifs de prescription au-delà des tableaux classiques. La cytogénétique conventionnelle demeure une étape clé pour confirmer ou orienter le diagnostic de ces syndromes rares de prédisposition au cancer.

Le séquençage de génome short-read fait à présent partie des explorations de routine pour le diagnostic des maladies rares. Bien que très performant pour la détection des variations nucléotidiques (SNV), le diagnostic des variations de structure équilibrées (SV) ou déséquilibrées (CNV) est soumis à plus de limites. L’identification de variations de structure pathogènes peut devenir encore plus difficile quand celles-ci sont héritées d’un ou des deux parents, symptomatiques ou non. Nous allons l’illustrer avec quatre situations. Cas n°1 : Une patiente adressée pour agénésies dentaires est porteuse d’une inversion équilibrée de 2,2Mb d’un chromosome 4, héritée de sa mère. Aucun gène morbide n’est annoté aux points de cassure. Cependant, un effet de position sur le gène MSX1, localisé à 67kb du point de cassure distal est probablement responsable du phénotype. Cas n°2 : Un CNV complexe sur les bras longs d’un chromosome 7, annoté de novo, associant une délétion de 5,2Mb en 7q35q36.1 emportant le gène EZH2 et un gain de 5,3Mb en 7q36.2q36.3 est identifié chez un patient avec une déficience intellectuelle syndromique compatible avec un syndrome de Weaver. L’analyse des SVs signale un évènement de 15Mb entre les bandes 7q35 et 7q36.3, hérité du père. Le père est en fait porteur d’une inversion paracentrique équilibrée. Une recombinaison homologue non allélique, liée à la présence de duplications segmentaires, est très probablement à l'origine de la transmission déséquilibrée à son fils. Cas n°3 : Chez un nourrisson présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) sévère, l’analyse des SNVs met en évidence une délétion homozygote de 7 nucléotides au niveau du pénultième acide aminé du gène CTSD (11p15.5) (céroïde lipofuscinose neuronale de type 10), héritée de chacun des parents hétérozygotes. Aucun variant de structure n’est signalé dans cette région du chromosome 11. La mauvaise qualité d’alignement des reads a motivé un examen attentif des split-reads sur IGV qui a révélé l’insertion d’une séquence alphasatellite dérivée d’un chromosome 13, secondairement confirmée par séquençage long-read. Cas n°4 : La réanalyse du génome chez une patiente présentant un TND syndromique a montré un SV, complexe, hérité du père sur le chromosome 10 interrompant le gène FRA10AC1, responsable de TND de transmission autosomique récessive. Aucun autre SNV, CNV ou SV n’est annoté comme impliquant ce gène. L’analyse des reads sur IGV montre la présence d’une délétion homozygote de la région promotrice de ce gène chez la patiente. La mère est également porteuse d’un SV complexe intéressant le premier exon du gène FRA10AC1. Ainsi, la difficulté de confirmer le caractère pathogène de variants de structure hérités peut être liée à l’appel de variants, à l’annotation ou à l’interprétation. Les points de vigilance sont le lien entre SNV, CNV et SV, la recherche d’un gène d’intérêt à distance du point de cassure, un examen plus large que pour rechercher un remaniement complexe.

L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est une cause d’infertilité féminine touchant 1 à 4% des femmes avant 40 ans. Elle se définit par l’existence de troubles du cycle associés à un taux sérique de FSH élevé (> 25 UI/L). Les étiologies peuvent être auto-immunes, iatrogènes, virales ou génétiques. A ce jour, l'IOP reste idiopathique dans 50 à 60% des cas. Le bilan génétique des IOP a rapidement évolué ces dernières années. En plus du bilan génétique initial comprenant le caryotype et l’étude du gène FMR1, il est à présent possible de proposer des analyses par séquençage haut débit (SHD). L’IOP a ainsi été retenue comme préindication au niveau du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025. Le séquençage du génome peut être réalisé par un des deux laboratoires de séquençage à très haut débit (SeqOIA ou AURAGEN), après validation par une RCP nationale mensuelle (filière FIRENDO). Un bilan clinico-biologique, un arbre généalogique et le séquençage d’un panel de gènes ou de l’exome sont requis pour accéder au séquençage du génome. A ce jour, les prélèvements ont été réalisés principalement par 4 centres, avec un total de 124 dossiers analysés ou en cours d’analyse. Les prélèvements sont majoritairement des trios parents-fille. Un résultat concluant, avec un variant expliquant tout ou partie du phénotype, a été observé dans 12% des cas (e.g. MGME1, MCM8, FIGLA, BRCA2) . Par ailleurs, des variants de signification incertaine ont été identifiés dans environ 20% des cas (e.g. TUFM, MFN1, PNMA1). Leur validation fonctionnelle et l’étude de la ségrégation familiale sont en cours pour préciser leur implication dans l’IOP. La réalisation des analyses par SHD nécessite une étroite collaboration multidisciplinaire en raison des possibilités d’identification de variants dans des gènes impliqués dans la survenue d’un spectre phénotypique plus large (IOP initialement considérée comme isolée avec variant responsable d’une pathologie syndromique, variant dans un gène prédisposant à la survenue de cancer). Ainsi, le développement du SHD a permis d’améliorer considérablement le diagnostic génétique de l’IOP, avec la description à ce jour de plus de cent gènes associés. Ces gènes sont impliqués dans différents processus comme le développement gonadique, la méiose et la réparation de l’ADN, la folliculogenèse, la fonction hormonale, l’apoptose, la régulation immunitaire, la fonction mitochondriale, le métabolisme et la cytoprotection. L'identification d'une cause génétique constitue un enjeu majeur, car elle permet d'adapter plus précisément la prise en charge des patientes atteintes d’IOP et d'orienter le conseil génétique auprès de leur entourage familial.

Parmi les infertilités masculines, les anomalies du chromosome Y (aneuploïdies, remaniements et microdélétions AZF) expliquent 8–12% des azoospermies, 3–7% des oligozoospermies sévères, soit 1–3% des causes d’infertilité masculine. Cette propension aux recombinaisons intrachromosomiques et aux délétions au cours de la spermatogenèse s’explique par la forte densité du chromosome Y en séquences répétées et par une structure hautement ampliconique et palindromique. Cette structure rend cependant l’exploration des anomalies du chromosome Y particulièrement difficile. Ainsi, en 2026, la stratégie d’exploration de ces anomalies repose toujours sur la recherche de microdélétions du locus AZF soit par analyse de marqueurs microsatellites, soit par technique FISH, en association avec l’analyse du caryotype. Le développement des approches longues molécules, et tout particulièrement de cartographie optique du génome (Optical Genome Mapping, OGM) laisse espérer une meilleure exploration de ce chromosome. Hélas, les pipelines standards écartent de l’analyse la majeure partie du chromosome Y en raison de ces régions complexes. En s’appuyant sur des remaniements connus du chromosome Y, nous avons déterminé les modifications de pipeline, de filtres et de choix d’interface informatique nécessaires à la détection et à une meilleure caractérisation de ces anomalies par OGM. Initialement non ou mal détectés, les 7 remaniements ou aneuploïdies différents du chromosome Y ont pu être observés et caractérisés. Il s’agit de la première étude évaluant l’OGM pour l’analyse du chromosome Y. Si le nombre limité de patients incite à poursuivre ce travail sur une cohorte plus large, la qualité des données est prometteuse et permet de proposer l’OGM en association à un caryotype a minima dans la détection et la caractérisation d’anomalies du chromosome Y. L’OGM permettrait ainsi d’améliorer non seulement le rendement diagnostique, mais aussi d’accéder à une caractérisation à haute résolution des anomalies du chromosome Y dans l’infertilité masculine. Ce travail ouvre également la possibilité d’une amélioration des performances de l’OGM au niveau des autres régions complexes du génome et permettra de poser des bases solides pour l’exploration de ces anomalies par séquençage long read.

Les dyskinésies ciliaires primitives (DCP) sont des maladies respiratoires rares d’origine génétique dont la prévalence atteinte 1/16000, liées à des dysfonctions des cils moteurs, et responsables d’atteintes respiratoires, ORL, de défauts de latéralisation et d’infertilité. Le syndrome de Kartagener, décrit au début du XXe siècle, associe situs inversus, bronchectasies et sinusite chronique, et concerne près de 50 % des DCP. Les signes cliniques peuvent être plus discrets, rendant la démarche diagnostique complexe, notamment chez l’enfant. Après exclusion des diagnostics différentiels (mucoviscidose, déficits immunitaires), il est recommandé en France de réaliser une analyse ciliaire : mesure indirecte du NO nasal ou observation directe du battement ciliaire en microscopie optique après brossage épithélial. Le diagnostic est confirmé par l’étude ultrastructurale en microscopie électronique (ME) sur biopsie nasale ou bronchique, avant toute analyse moléculaire. Cette stratégie nécessite des explorations parfois difficiles, voire impossibles chez le jeune enfant, et non disponibles dans tous les centres (notamment la ME). L’externalisation engendre coûts, contraintes logistiques et risque de non-interprétabilité lié aux conditions de transport et conservation. Certains pays privilégient désormais la biologie moléculaire en première intention si la présomption clinique est forte. L’American Thoracic Society recommande depuis 2018 un panel élargi de gènes impliqués dans les DCP avant la ME. L’intérêt du séquençage d’exome a été évalué avec des résultats variables : le rendement peut atteindre 90 % lorsqu’il confirme une DCP déjà établie, mais varie entre 17 et 70 % lorsqu’il repose sur la clinique seule. Il apparaît donc essentiel de définir un cadre clinique précis pour optimiser l’usage du NGS en première intention, surtout lorsque les méthodes diagnostiques classiques sont peu accessibles. Le score PICADAR a notamment été développé pour estimer la probabilité de DCP chez un patient présentant une toux grasse quotidienne. Ce score a été utilisé, en association avec la mesure du No nasal, pour effectuer une analyse rétrospective du rendement du séquençage d’exome en première intention en cas de suspicion de DCP à Bordeaux. Cette analyse, réalisée sur 94 patients, a permis de montrer que l’utilisation de l’exome pour le diagnostic des DCP chez des patients avec un score PICADAR >4 et/ou un No nasal abaissé et/ou une microscopie électronique positive permettrait d’atteindre un rendement diagnostique de 62,8%. En cas de score PICADAR >4 seul, sans valeur de No nasal ni d’analyse en ME, le rendement atteint 66,7%. A l’inverse, 100% des patients ne rentrant dans aucun de ces 3 critères étaient négatifs en exome. Ceci a permis de recibler les prescriptions en cas de suspicion clinique de DCP tout en continuant à proposer une stratégie diagnostique alternative en cas d’impossibilité à suivre la démarche habituelle.

Les maladies génétiques représentant jusqu’à 10% des admissions en réanimation/soins intensifs néonatal/pédiatrique, une analyse pangénomique accélérée dans ce contexte d’urgence peut s’avérer un atout majeur pour la prise en charge des enfants. Néanmoins, nous manquons de données de suivi à long terme de ces enfants, limitant notre connaissance de leur évolution clinique et des éventuels diagnostics génétiques qui auraient pu être manqués lors de l’analyse initiale. Dans ce contexte, la réanalyse des données pangénomiques peut présenter un intérêt certain. De décembre 2018 à octobre 2021, 92 nouveau-nés et nourrissons (NN) de 12 CHU ont bénéficié d’un séquençage de génome (GS) en trio en circuit accéléré. En janvier 2025, chez les 39 enfants présentant un résultat négatif, non concluant ou positif partiel, les données de GS ont été réanalysées avec une mise à jour des données de suivi clinique et du pipeline bioinformatique. En circuit accéléré, le taux diagnostic initial du GS était de 50% (46/92), atteignant 57% (52/92) après reclassification de variations de signification incertaine (VSI). Pour l’impact de ces résultats initiaux (excluant les 11 enfants décédés avant le rendu des résultats), un diagnostic a pu être établi chez 40/81 (49%) enfants, parmi lesquels 16/40 (40%) ont pu bénéficier d’une prise en charge adaptée ou d’un traitement spécifique, et 7/40 (17,5%) ont pu être orientés vers une prise en charge d’accompagnement palliatif suite au diagnostic. Parmi les 6 enfants pour lesquels des VSI ont été reclassées comme causales au cours du suivi avant réanalyse finale, 4 ont bénéficié d’une prise en charge adaptée au diagnostic. Les 5 diagnostics non posés par GS l’ont été par l’imagerie cérébrale (2/5) ou d’autres analyses génétiques (3/5). Le suivi a diagnostiqué un déficit en CblC, non identifié initialement mais qui aurait pu être retrouvé par la réanalyse des données de GS avec un pipeline bioinformatique actualisé. Par ailleurs, la réanalyse finale a permis d’identifier 2 nouveaux diagnostics partiels parmi les 39 enfants (5,1%) dans 2 gènes non OMIM morbides lors de l’analyse initiale. Celle-ci a également permis de mettre en évidence de nouvelles variations candidates chez 7 enfants sans diagnostic, dont 4 chez lesquels des analyses ou informations cliniques complémentaires sont en attente. La réanalyse à moyen et long terme de données pangénomiques indique que le rendement diagnostique du GS en circuit accéléré semble similaire à celui du GS classique, avec un risque limité de manquer un diagnostic génétique causal malgré le délai contraint de cette analyse. Malgré les défis liés à une organisation multicentrique dans un tel contexte, le GS accéléré s’avère une stratégie performante pour les NN hospitalisés en réanimation/soins intensifs. Ces résultats témoignent également de l’intérêt de la poursuite de la démarche diagnostique à moyen et long terme par réanalyse des données de GS avec actualisation du pipeline bioinformatique.

Le syndrome d’Allan-Herndon-Dudley Syndrome (AHDS), ou déficit en MCT8, est un syndrome rare de trouble du développement intellectuel lié à l’X secondaires à des variations pathogènes du gène SLC16A2 (Xq13.2). Cette pathologie affecte le transport des hormones thyroïdiennes, notamment la triiodothyronine (T3), jusqu’au cerveau, entrainant un lourd handicap moteur et intellectuel chez les hommes atteins. Les essais cliniques concernant l’acide triiodothyroacetique (tiratricol) semblent pointer vers une amélioration des symptômes périphériques, avec plus de réserve concernant les fonctions neurocognitives. Ce traitement était jusque-là disponible en France selon une procédure d'accès compassionnel. Le manque d’information concernant l’histoire naturelle, le bénéfice supposé d’une intervention précoce et l’absence de données longitudinales sont autant d’obstacles à la prise en charge de ces patients. Si environ 300 patients masculins d’une centaine de familles ont été rapportés dans la littérature, la prévalence exacte reste inconnue. La Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR) est en France un outil unique, qui recueille depuis plus de quinze ans les données de patients atteints de maladies rares suivis dans les CRMR et CCMR. De par son exhaustivité et sa structuration, elle offre une ressource inestimable pour la réalisation d’études épidémiologiques à grande échelle en permettant l’identification des centres impliqués dans le suivi d’un patient et la sollicitation de ces équipes. Cette étude vise à exploiter les données de la BNDMR pour réaliser une étude épidémiologique et d’histoire naturelle du AHDS. Les informations tirées de la BNDMR incluent la prévalence, l’âge, la survie et le taux de mortalité. Afin de rassembler les données cliniques et biologiques nécessaires à la description précise de cette pathologie, un eCRF a été développé en collaboration avec les cliniciens experts et les laboratoires de référence. Les analyses s’attacheront à rechercher d’éventuelles différences dans la trajectoire des patients traités et non-traités, Selon les données de la BNDMR, 52 patients porteurs de variations pathogènes dans SLC16A2 sont suivis dans les centres de référence français. La prévalence estimée est donc < 1 pour un million en France. L’âge médian est 13 ans (IC 9 – 20). Dix patients sont décédés, avec un âge médian de décès de 13 ans. Treize patients sont actuellement traités par tiratricol. L’eCRF est opérationnel depuis juin 2025 et les premiers patients ont été inclus. Cette étude nationale tire profit de l’effort collectif impulsé dans la BNDMR pour affiner l’épidémiologie du AHDS. Elle fournira des informations précieuses en collectant et comparant les données en vie réelle de patients traités et non-traités en complément des essais thérapeutiques en cours. A terme, elle aidera à décrire le suivi au long terme, optimiser les soins et guider les futures stratégies thérapeutiques pour cette pathologie.

Dans cette étude, nous décrivons le phénotype de 3 patients présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) syndromique avec des caractéristiques communes : une dysmorphie faciale reconnaissable avec une morphologie favorisant un syndrome d'apnées obstructives du sommeil (SAOS), un retard psychomoteur global avec déficience intellectuelle, des difficultés d’alimentation dans la petite enfance, un retard de croissance et un reflux vésico-urétéral. L’analyse du génome a révélé chez les 3 patients des variants de novo dans la région 3’ UTR avec un effet prédit sur l’épissage du gène CREBZF, non décrit en pathologie à ce jour. Les variants impactent le site donneur d’épissage en +1, +2 et +3 de l’exon 2, seul l’exon 1 étant codant. L’analyse par RNA-Seq capture d’exome chez l’un des patients a mis en évidence une surexpression du gène CREBZF associée à une modification de la répartition des différents transcrits. La présence d’une séquence 3’UTR de plus grande taille semble entrainer une surexpression dont le mécanisme précis reste à élucider. Sur le plan physiopathologique, le gène CREBZF est situé sur le bras q14.1 du chromosome 11 et code pour un facteur de transcription ubiquitaire aux rôles non complétement élucidés. La protéine CREBZF est décrite comme co-régulatrice de nombreux facteurs nucléaires dont ATF4 (CREB2), CREB3, le récepteur à l'oestrogène, suggérant un rôle dans la reproduction, de suppresseur de tumeur, ou encore dans la pathogenèse de maladies métaboliques hépatiques. Il y a cependant peu de données sur son rôle dans le neurodéveloppement. Ainsi, notre étude a identifié une nouvelle entité clinique de TND se caractérisant notamment par une dysmorphie faciale reconnaissable. Sur le plan moléculaire, les variants situés en 3’UTR du gène CREBZF soulèvent la question d’un mécanisme original à expliciter. Si l’étude du génome dans les anomalies du développement permet l’analyse des régions non codantes des gènes, le RNA-Seq se place comme un outil complémentaire indispensable pour caractériser l’impact des variants dans ces régions et rapporter de nouveaux mécanismes physiopathologiques.

Le syndrome de Prader-Willi (PWS) est une maladie génétique rare causée par une anomalie de la région 15q11-13, le plus souvent une microdélétion paternelle ou une disomie uniparentale maternelle. Il est responsable d’un ensemble de manifestations cliniques évocatrices, telles qu’hypotonie néonatale, déficience intellectuelle modérée, polyphagie, surpoids, troubles de la coordination motrice et du spectre de l’autisme (TSA) (OMIM176270). Au plan du système visuel, il est rapporté une prévalence accrue de strabisme, d’anomalies réfractives et d’amblyopie (Hered et al., 1998), des difficultés d’intégration visuomotrice et des anomalies de traitement des voies visuelles dorsale et ventrale (Lo et al., 2015 ; Woodcock et al., 2009). Toutefois, ces travaux demeurent fragmentaires et centrés sur des aspects spécifiques du système visuel. À ce jour, aucune étude n’a évalué de manière intégrative l’ensemble des processus du système visuel dans le PWS. Cette étude rétrospective a pour objet de caractériser les atypies du système visuel dans le syndrome de PWS et de les corréler avec le type d’anomalie moléculaire observé. Onze patients ont été inclus (4 filles et 7 garçons, âge : 14,18  6 ans). Un bilan ophtalmologique et orthoptique a été recueilli, complété pour cinq d’entre eux, par une évaluation neurovisuelle approfondie explorant les capacités visuoperceptives, visuospatiales, visuo-constructives, visuomotrices et attentionnelles. Sur le plan ophtalmologique (n=6), tous les patients présentent une hypermétropie et une astigmatie. Aucun ne présente de myopie. Au niveau orthoptique (n=11), 7/11 présentent un strabisme et des troubles oculomoteurs (fixation, poursuite). Au plan neurovisuel (n=5), tous présentaient un trouble visuospatial d’attention sélective visuelle, 4/5 un trouble de la reconnaissance visuelle (dont 3 avec une simultagnosie), des difficultés de visuoconstruction et/ou de coordination visuomotrice. Concernant les mutations génétiques responsables du PWS, 8/11 patients présentent une disomie uniparentale maternelle et 3/11 une microdélétion paternelle. Cette étude adopte pour la première fois une approche intégrative et montre que les patients PWS ayant un strabisme présentent également des troubles oculomoteurs, visuospatiaux et d’attention visuelle. Elle souligne l’intérêt de poursuivre cette étude avec un échantillon plus large, et d’évaluer systématiquement la fonction visuelle dans son ensemble, dans le PWS, afin d’optimiser la prise en charge, mais également d’apprécier les différences potentielles en fonction du mécanisme moléculaire à l’origine du PWS.

En 2018, nous avons décrit le syndrome d’Alkuraya Kučinskas, une pathologie liée à des variants bialléliques du gène BLTP1 (anciennement KIAA1109). Cette maladie est caractérisée par une mortalité périnatale élevée. Les patients présentent typiquement une agénésie du corps calleux, une ventriculomégalie, des anomalies du cervelet et une arthrogrypose. L’extinction biallélique de l’orthologue Bltp1 chez la souris entraîne également une létalité précoce, reflétant ainsi la sévérité du phénotype chez l’être humain. Nous rapportons ici douze nouveaux cas. Si la majorité des patients présentent les traits classiques du syndrome, nous observons aussi des individus présentant exclusivement des caractéristiques autistiques et un retard de développement, en l’absence de malformations cérébrales visibles. Pour modéliser ce syndrome, nous avons généré des knockouts conditionnels (cKO) ciblant la suppression de l’expression de Bltp1 dans les neurones du cortex et de l’hippocampe. À l’instar des knockouts constitutifs, ces cKO restreints sont létaux, suggérant que l’expression de BLTP1 dans ces populations neuronales est vitale. Les souris homozygotes présentent une agénésie complète du corps calleux, une réduction de la commissure antérieure, des malformations hippocampiques et un amincissement notable de la plaque corticale. Le cortex est dépourvu de lamination, et l’immunomarquage avec les anticorps anti Pax6, anti Tbr2 et anti Tbr1 révèle une absence de neurones matures ainsi que de progéniteurs gliaux et neuronaux. La similarité structurelle entre BLTP1 et les protéines VPS13A D, établie grâce aux prédictions d’AlphaFold, suggère que BLTP1 forme un tunnel hydrophobe facilitant le transport de lipides. Nous avons donc comparé les profils lipidomiques des cortex de souris cKO à ceux des témoins. Les cortex des souris transgéniques sont significativement appauvris en phosphatidyléthanolamines, notamment les formes à liaison éther, ainsi qu’en triglycérides, tandis que des accumulations de sphingomyélines et hexosylcéramides sont observées. Nos observations concordent avec la description récente de BLTP1 en tant que protéine tubulaire impliquée dans le transport lipidique entre le réticulum endoplasmique et la membrane plasmique. Nos données suggèrent que le transport lipidique non vésiculaire est essentiel à la lamination néocorticale et cérébelleuse, et que son altération aboutit à des défaillances neurodéveloppementales majeures.

Background: Rubinstein-Taybi syndrome (RTS; MIM 180849 & 613684) is a rare autosomal dominant neurodevelopmental disorder caused by heterozygous loss-of-function variants in CREBBP or EP300, encoding histone acetyltransferases (HAT) critical for chromatin regulation. RTS features global developmental delay, postnatal growth restriction, characteristic facial gestalt, broad, angulated thumbs and halluces, and usually arises de novo. Familial transmission remains exceptionally rare, with only five constitutionally inherited forms reported to date. Yet, in over half of these, either the phenotype of parent-offspring pair is incompletely characterized, or molecular confirmation is lacking, thereby limiting interpretability and hindering deeper insights into familial RTS. Methods: Through a national effort, we collected extensive clinical and molecular data from five RTS families, comprising 13 affected individuals (five transmitting parents, eight offspring). Findings were compared with previously published familial RTS reports. Peripheral blood DNA methylation profiling was additionally performed to compare RTS-associated methylation patterns in parent–child pairs. Results: Four families carried CREBBP variants—a terminal exon stop-gain, a bromodomain missense, and a recurrent HAT domain missense. One family carried an EP300 frameshift in exon 8/31. Transmitting parents exhibited milder phenotypes, with cognitive abilities ranging from normal to mild intellectual disability. CREBBP parents showed classical facial traits; the EP300 carrier’s gestalt was less pronounced. Limb malformations were subtler in parents than in offspring, who additionally exhibited classical RTS facial features and global developmental delay. Finally, DNA methylation profiling confirmed the RTS episignature in all 13 individuals, supporting variant pathogenicity. Discussion: This is the first series-based analysis of familial RTS and the first to examine DNA methylation episignatures in affected parent–child pairs. Our findings indicate that CREBBP and EP300 pathogenic variants may cause attenuated phenotypes in transmitting parents, consistent with partial loss-of-function. Missense variants in CREBBP could act as hypomorphic alleles, whereas terminal exon stop-gain variants likely escape nonsense-mediated decay (NMD), supporting a milder functional impact. CREBBP splice-disrupting synonymous variant reported in the literature likely allows production of residual full-length transcripts. EP300 exon 8/31 frameshift we describe likely triggers NMD but preserves part of the KIX domain, essential for transcription factor binding. Additionally, CNS-specific compensation via a short alternative EP300 isoform including exons 6–7 and 9–11 (ENST00000634690.1) remains plausible. Overall, this study expands our understanding of RTS inheritance, while highlighting the importance of recognizing mildly affected transmitting parents to ensure tailored genetic counseling.

Le RhoGEF TRIO est essentiel au neurodéveloppement en contrôlant le remodelage du cytosquelette d'actine via la GTPase RAC1. Des variants rares de novo du gène TRIO ont été identifiés chez une centaine de personnes atteintes de troubles du neurodéveloppement, majoritairement de déficience intellectuelle. Nous avons précédemment établi une corrélation phénotype/génotype frappante entre les caractéristiques cliniques des individus porteurs de mutations TRIO ciblant différents domaines de la protéine et la modulation opposée de l'activité de TRIO sur RAC1. Nous nous sommes focalisés sur un variant gain-de-fonction (GoF) induisant une hyperactivation de RAC1 et retrouvé de façon récurrente chez les patients présentant une déficience intellectuelle sévère et une macrocéphalie. Nous avons généré un modèle de souris knock-in (KI) pour ce variant GoF de TRIO. Ces souris présentent un phénotype rappelant le tableau clinique des patients, notamment un retard de croissance général, une macrocéphalie et une dysmorphie cérébrale, ainsi que de l'hyperactivité et des déficits de mémoire et d'interaction sociale. Au niveau moléculaire, nous montrons que le variant GoF induit une hyperactivation de RAC1 dans le cerveau in vivo et impacte la morphogenèse neuronale et notamment la synaptogenèse. Ce nouveau modèle de souris KI représente donc un outil pertinent pour mieux comprendre les conséquences d'un variant rare de TRIO dans les troubles du neurodéveloppement. A long terme, l'identification des voies de signalisation perturbées par ce variant nous permettra de développer une approche pharmacologique comme potentielle stratégie thérapeutique pour ces maladies complexes.

Introduction La protéine ADGRL1 (Adhesion G protein-coupled receptor L1) est impliquée dans le développement, la maturation et l’activité synaptiques. L’haploinsuffisance d’ADGRL1 a récemment été rapportée pour la première fois en pathologie humaine (Vitobello et al., 2022), avec dix patients hétérozygotes présentant un trouble neurodéveloppemental variable incluant déficience intellectuelle (DI), retard développemental (DD), troubles du spectre de l’autisme (TSA), trouble déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH) et/ou épilepsie. Des données fonctionnelles chez la souris ont confirmé l’impact de ces variants. Depuis, seule une nouvelle famille a été rapportée dans la littérature. Nous présentons ici une deuxième cohorte de 14 patients non encore publiés, porteurs de variants hétérozygotes d’ADGRL1 avec un phénotype similaire, confirmant l’implication de ce gène dans un trouble neurodéveloppemental chez l’homme (MIM #620065). Méthodes Les données cliniques et moléculaires de 14 nouveaux patients ont été recueillies via le réseau de l’ERN-ITHACA, les filières AnDDI-Rares et DéfiScience, et la plateforme GeneMatcher. Les variants identifiés ont été classés selon les critères de l’ACMG. Une comparaison descriptive a été faite avec la cohorte initiale de Vitobello et al. Résultats Parmi les 14 patients identifiés (âge médian : 11 ans [4–44]), 12 présentaient un retard des acquisitions motrices (âge médian de la marche : 20 mois [12–24]) et/ou du langage (âge médian des premiers mots : 18 mois [12–36]). Une déficience intellectuelle légère à modérée était rapportée chez 6 patients. 7 patients présentaient un TSA, 5 un TDAH et 5 une épilepsie (crises focales, absences ou crises tonicocloniques généralisées). 6 patients présentaient une dysmorphie non spécifique, sans profil commun identifié. Une macrocéphalie était observée chez 7 patients et une obésité chez 5. Les IRM cérébrales, réalisées chez 9 patients, étaient normales dans la majorité des cas. Nous avons identifié 7 faux-sens, 4 frameshifts, une délétion des exons 3 à 24 et un variant d’épissage partagé par un patient et sa mère. A l’exception du variant p.(Tyr346Cys) déjà rapporté chez deux patients, aucun de ces variants n’avait été décrit jusqu’ici. 6 variants étaient de novo, 4 hérités d’un parent présentant au moins des difficultés d’apprentissage et la ségrégation parentale n’a pas pu être réalisée dans 4 cas. La majorité des variants était située dans les domaines transmembranaire ou cytosolique de la protéine. Discussion Les données observées sont concordantes avec celles précédemment rapportées, confirmant que les variants hétérozygotes d’ADGRL1 sont associés à un spectre neurodéveloppemental incluant DD/DI, TSA, TDAH et épilepsie. La récurrence du variant p.(Tyr346Cys), déjà décrit chez deux patients, suggère un hotspot mutationnel. Cette cohorte indépendante confirme le rôle d’ADGRL1 dans la pathogénie d’un trouble neurodéveloppemental d’expressivité variable.

Les troubles du développement intellectuel (TDI) concernent 1 à 3 % de la population et représentent la première cause de consultation en génétique pédiatrique. Le séquençage du génome a nettement amélioré le rendement diagnostique (près de 50 %), mais de nombreux cas restent inexpliqués en raison de l’hétérogénéité phénotypique et des difficultés d’interprétation des données génomiques. Le projet InDiCE (Intellectual Disability Clustering and Exploration), porté par le programme ACCES de l’AP-HP, préfigure l’offre de service Génomique de l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP, en intégrant des données génomiques à forte valeur ajoutée. Le TDI a été choisi comme cas d’usage pilote. L’objectif est double : i) mieux caractériser les patients grâce à l’analyse combinée de variants génomiques et de phénotypes, et ii) améliorer la prédiction génomique en exploitant les données cliniques non structurées par des approches d’intelligence artificielle (IA), notamment le traitement automatique du langage naturel (TALN). Deux cohortes de patients atteints de TDI suivis à l’AP-HP seront constituées. La première (WGS-CLIN-DI) correspond aux patients ayant bénéficié d’un séquençage de génome et regroupera environ 15 000 individus (~5 000 cas index). Ces patients index atteints de TDI ou de troubles neurodéveloppementaux apparentés seront identifiés via MOABI. Les données de l’EDS AP-HP associées à ces patients viendront enrichir ces données génomiques. La deuxième cohorte (CLIN-DI) est constituée de patients n’ayant pas bénéficié de ce séquençage de génome mais ayant uniquement des données de l’EDS AP-HP. Cette cohorte est estimée à 50 000 patients. Les données exploitées inclueront : 1) Les données de séquençage du génome 2) Les données phénotypiques et génétiques structurées et non structurées de l’EDS AP-HP, nécessitant le développement d’outils TALN. Les premiers résultats sont attendus pour novembre 2025. InDiCE permettra de comparer l’apport respectif des données structurées et non structurées pour le phénotypage et la caractérisation génomique du TDI en identifiant notamment de nouvelles causes génétiques de TDI. L’utilisation de modèles IA/TALN réduira la dépendance aux extractions manuelles chronophages et favorisera l’identification automatisée d’entités phénotypiques dans les dossiers médicaux. Au-delà du TDI, InDiCE préfigure une offre de service Génomique de l’EDS AP-HP, généralisable à toutes les pathologies. Il contribuera à optimiser l’exploitation des ressources existantes (dossier patient, MOABI, BaMaRa), à fluidifier l’accès au diagnostic génétique et à développer de nouveaux outils de présélection pour les essais cliniques. Enfin, il illustre la capacité de l’AP-HP et de ses partenaires à structurer un écosystème innovant, associant experts cliniques, data scientists et infrastructures nationales, dans une dynamique de montée en maturité de l’EDS AP-HP au service de la santé numérique.

Le gène ATP2B2 code pour la pompe à calcium PMCA2, exprimée principalement dans les cellules sensorielles de l’oreille et certains neurones spécifiques et permettant la régulation de l’homéostasie calcique intracellulaire. Les variations de ce gène sont associées à un phénotype de surdités isolées d’apparition progressive (OMIM#619804). Récemment deux publications rapportent des cohortes de patients porteurs de variations faux-sens et tronquantes de ATP2B2 présentant des troubles neurologiques complexes. En 2023, Poggio et al. identifient 7 individus porteurs de variations hétérozygotes rares d’ATP2B2, dont 6 variations de novo et 1 sans ségrégation possible. Ces patients présentent un spectre de symptômes incluant ataxie, dystonie, déficience intellectuelle, troubles du spectre de l’autisme, épilepsie, et parfois une atrophie cérébelleuse, contrastant avec les cas antérieurs de surdité isolée. Les analyses fonctionnelles ont révélé des perturbations significatives de la régulation du calcium intracellulaire, avec des effets tant de perte que de gain de fonction. En 2024, Stehr et al. confirment ces observations en décrivant 5 nouvelles familles porteuses de variations pathogènes, 4 faux-sens de novo et 1 variation tronquante héritée. Les phénotypes incluent un retard de développement, une déficience intellectuelle, une épilepsie, des troubles du spectre de l’autisme, et des troubles moteurs, avec une atrophie cérébelleuse marquée chez un patient. L’analyse de génome sur la plateforme Auragen a permis l’identification de 8 nouvelles variations chez 15 patients : 5 faux sens, 1 variant d’épissage et 2 tronquants. Parmi elles 2 variations sont de novo, 1 sans ségrégation disponible et 5 sont héritées d’un parent symptomatique et ségrégant dans la famille. Cette cohorte rassemble 8 familles présentant l’ensemble des spectres phénotypiques rapportés dans la littérature : une surdité isolée pour 2 d’entre elles, un trouble du neurodéveloppement de sévérité modérée incluant des troubles du spectre de l’autisme, un retard des acquisitions et/ou une déficience intellectuelle chez 4 familles et un trouble du neurodéveloppement plus sévère avec une épilepsie au premier plan pour les 2 dernières. Ce travail permet d’étayer les corrélations génotype-phénotype suspectées dans les précédentes publications et de renforcer l’implication d’ATP2B2 dans les troubles du neurodéveloppement, dessinant les contours de trois phénotypes distincts : une surdité isolée et un trouble du neurodéveloppement avec et sans épilepsie.

Les calcifications cérébrales primaires (CCP) sont une maladie neurologique rare, caractérisée par des calcifications dans les noyaux gris centraux et d'autres régions cérébrales. Quatre gènes de transmission autosomique dominante, SLC20A2, PDGFB, PDGFRB et XPR1, et trois de transmission autosomique récessive, MYORG, JAM2 et NAA60 ont été identifiés. Pourtant, environ 50% des patients restent sans diagnostic moléculaire. Nous avons mené une étude visant à explorer les cas non résolus de CCP à l'aide du séquençage du génome (WGS), afin d’identifier de nouveaux variants et mieux comprendre la physiopathologie sous-jacente. Le WGS a été réalisé au CNRGH (CEA, Evry) chez 25 individus issus de 17 familles non apparentées présentant des calcifications cérébrales inexpliquées malgré un exome négatif. Les analyses bioinformatiques ont consisté en l’alignement sur le génome de référence GRCh38, la détection de variants nucléotidiques par DeepVariant, de variants structuraux (SV) via CANVAS et MANTA, ainsi que l’annotation par SnpEff, AnnotSV et des scripts développés au laboratoire pour les régions non codantes. L’analyse a débuté par l’exploration ciblée de variants dans une liste de gènes d’intérêt. Des analyses ont été menées selon le mode de transmission supposé, mais également des analyses de récurrence, puis ces résultats ont été répliqués dans une base interne d’exomes de patients atteints. Nous avons également interrogé les bases nationales du plan France Médecine Génomique via Auramatcher et GleavesAD. Des analyses de ségrégation familiale ont été effectuées par séquençage Sanger. Des variants probablement pathogènes ont été identifiés dans le gène NOTCH1 chez trois familles, associés à un phénotype nouvellement décrit combinant une leucoencéphalopathie cérébrale et des calcifications pontiques. Il a également été mis en évidence cinq variants de signification incertaine. La majorité des variants localisés dans le domaine de régulation négative sont supposés induire un gain de fonction, contrairement aux variants décrits dans les phénotypes déjà connus associés au gène NOTCH1 tel que le syndrome d’Adams-Oliver. Par ailleurs, des variants candidats ont été identifiés dans deux gènes jusqu’ici non associés aux calcifications cérébrales : Trois variants faux-sens dans KIDINS220, un modulateur de l’exportateur de phosphate XPR1, et deux variants faux-sens dans SLC8A3, codant pour un échangeur Na⁺/Ca²⁺ co-exprimé avec des transporteurs de phosphate. Aucun variant non codant ni SV jugé pertinent n’a été retrouvé dans les gènes associés aux CCP. Ce travail soutient l’implication de variants gain de fonction de NOTCH1 dans un sous-groupe de calcifications cérébrales de l’adulte, associées à une leucoencéphalopathie, une atteinte du pont, et des troubles cognitifs. Des variants rares dans KIDINS220 et SLC8A3 ont été identifiés, gènes jusqu’ici non associés aux CCP, mais présentant une pertinence biologique justifiant des investigations complémentaires.

La maladie d’Alzheimer (MA) est autosomique dominante (variants pathogènes d’APP, PSEN1 ou PSEN2) dans <1% des cas, 12% parmi les MA jeunes (MAJ, début ≤65 ans). Les autres ont probablement une forme complexe à forte composante génétique, surtout dans la MAJ. De nombreux facteurs de risque (FDR) génétiques ont été identifiés, de l’allèle E4 d’APOE, fréquent (9-23% de porteurs) et à effet modéré à fort, aux résultats des études pangénomiques sur puces ou variants rares en exome. A ce jour, identifier un FDR n’a pas d’impact direct sur la prise en soins. Pourtant, le rendu médical s’avère utile pour 1) contribuer à comprendre la maladie, 2) identifier des arguments en faveur d’un oligogénisme et 3) préparer les essais thérapeutiques. Néanmoins, aucune recommandation ne propose de classification clinique des FDR, à l’instar de l’ACMG-AMP pour les maladies Mendéliennes. Nous avons mis au point un algorithme de classification des FDR dans la MA basé sur 1) le niveau de preuve d’association du gène, 2) l’interprétation au niveau du variant (ex. association significative à l’échelle du génome, perte de fonction (LOF) dans un gène dont le burden de LOF est significativement associé, effet fonctionnel démontré sur ≥2 tests) et 3) le niveau de l’association, divisé en tranches d’odds ratio (OR<1.5 faible, non rendu ; 1.55 fort). Nous avons appliqué cet algorithme à une série prospective de 2083 cas index non apparentés séquencés en exome, 700 de l’étude ECASCAD puis 1383 consécutifs (1969 MAJ, 114 début 65-75 ans), diagnostic de MA soutenu par biomarqueurs chez 99.7%. Nous avons identifié 71 variants pathogènes dans APP, PSEN1 ou PSEN2 (3,5% des MAJ, nouvelles familles), 19 autres copathologies monogéniques démentielles ou diagnostics différentiels. Chez les 1993 restants, 1326 (66%) portaient ≥1 FDR modeste, modéré ou fort (MMF), dont 269 (13.5%) ≥1 FDR rare, 173 (8.7%) ≥ 2 FDR et 21 (1%) ≥3 FDR, suggérant une hérédité oligogénique. Par ailleurs, 1227 (61,5%) portaient ≥1 FDR rare modéré ou fort, dont 175 (8,8%) au moins un rare. Parmi les MAJ avec antécédent familial de MAJ sur une autre génération, compatible avec un trait dominant, 11,6% avaient une forme monogénique et 86%, ≥1 FDR MMF. Dans notre algorithme, les variants faux sens non significativement associés sont de signification incertaine (VSI) et non rendus. Nous avons extrait 92 VSI du gène FDR majeur SORL1, dont les tronquants ont un OR>27, et réalisé des études multiples in vitro (surexpression, édition CRISPR/Cas9, Aβ binding assays) et mesuré la protéine SORL1 soluble dans le LCR de 151 individus. En exigeant ≥2 tests concordants pour considérer un effet LOF, 20/92 variants (21.7%) ont été reclassés en FDR probable. L’utilisation de notre algorithme est faisable et les résultats sont rendus en prospectif depuis 2018, distinctement des gènes Mendélien, avec courrier explicatif. L’impact psychosocial a été étudié et est présenté dans un autre abstract.

Introduction : La leucodystrophie métachromatique (LDM) est une maladie de surcharge lysosomale rare, neurodégénérative de transmission autosomique récessive, le plus souvent en lien avec des mutations du gène ARSA. Sur l’île de La Réunion, l’ensemble des patients sont porteurs de la même mutations récurrente soit à l’état homozygote soit à l’état hétérozygote composite, suggérant un possible effet fondateur. L’histoire naturelle de la maladie semble en corrélation avec le génotype. Objectif : Mettre en évidence l’existence d’une mutation récurrente dans la population réunionnaise avec un possible effet fondateur. Description de l’histoire naturelle de la maladie et établir une corrélation génotype phénotype. Méthodes : Étude rétrospective descriptive incluant tous les cas de LDM diagnostiqués entre 1994 et 2025 sur l’île de la Réunion. Résultats : Sur 15 patients, 10 présentaient la même mutation homozygote dans ARSA, p.Arg246His (c.737G>A), et 2 à l’état hétérozygote composite. Ils sont tous originaires de l’île de La Réunion. On observe, en l’absence de traitement, une histoire naturelle superposable, avec une entrée dans la maladie prédominant sur l’atteinte motrice avec des chutes à répétition. L’évolution vers la grabatisation est rapide et le décès se fait généralement avant l’âge de 10 ans. La ségrégation familiale a permis le diagnostic précoce à la phase pré symptomatique d’un jeune frère ayant pu bénéficier d’une thérapie génique. Conclusion : Cette étude suggère la présence d’un effet fondateur à La Réunion en lien avec la variation dans ARSA p.Arg246His (c.737G>A). L’histoire naturelle de la maladie est à cheval entre la forme infantile tardive, pour sa rapidité d’évolution, et la forme juvénile précoce, pour son mode d’entrée dans la maladie. Avec l’émergence de nouveaux traitements, notamment la thérapie génique, il est primordial que ses enfants soient diagnostiqués en pré symptomatique ou early symptomatique. La LDM pourrait être éligible au programme de dépistage néonatal national.

Introduction : Le syndrome de CANVAS est une maladie neurologique génétique de transmission autosomique récessive. Elle est caractérisée par une triade clinique constituée d’une neuropathie sensitive, une ataxie cérébelleuse et une aréflexie vestibulaire. Le diagnostic moléculaire est majoritairement lié à l’expansion biallélique de la répétition (AAGGG)n dans l’intron 2 du gène RFC1. Objectif : Nous rapportons une étude rétrospective réalisée sur 4 ans sur une cohorte de patients suspects de CANVAS adressés au laboratoire de génétique moléculaire au CHU de la Timone à Marseille. Patients et méthode : 1019 patients suspects de CANVAS ont été inclus. Trois analyses moléculaires successives ont été réalisées : Short Range PCR, Repeat-Primed PCR puis Long Range PCR. Dans certains cas, un séquençage Sanger a été effectué. Résultats : L’étude a inclus 1006 cas index et 13 apparentés (10 familles) avec 563 hommes (55%) et 456 femmes (45%). L’âge des patients variait de 17 à 94 ans, avec une médiane à 70 ans. Le rendement diagnostic est de 19% (193 patients). Parmi eux 191 patients (99%) sont homozygotes (AAGGG)n/(AAGGG)n et 2 patients (1%) portent des motifs atypiques : un patient tahitien présentant un génotype (AAAGG)₁₀₋₂₅ + (AAGGG)n, et un patient originaire de la région Asie-Pacifique avec un motif (AAGGG)n/(ACAGG)n. Sur les 193 patients homozygotes identifiés, les données cliniques étaient disponibles pour 98 cas. Parmi eux, 49 patients (50%) avaient une neuropathie associée à une ataxie, 33 patients (34%) présentaient une neuropathie isolée, 22 patients (22%) présentaient la triade clinique caractéristique, 9 patients (9%) présentaient une neuropathie associée à une aréflexie et 5 patients (5%) présentaient uniquement une ataxie cérébelleuse. Par ailleurs, 139 patients (14%) sont hétérozygotes pour l’expansion pathologique. Parmi lesquels 128 cas (92%) ont présenté le génotype (AAAAG)n/(AAGGG)n et 11 cas (8%) ont présenté le génotype (AAAGG)n/(AAGGG)n. Un séquençage Sanger a été réalisé pour certains patients hétérozygotes et n’a pas identifié d’anomalie moléculaire. Discussion et conclusion : Cette étude montre que le syndrome de CANVAS est la plus fréquente des neuropathies sensitives. En effet, le rendement diagnostic des HSAN est d’environ 1% alors que ce syndrome a un rendement diagnostic de 19% d’après cette étude. Il existe des motifs atypiques mais également des patients porteurs de mutations non-sens dans le gène RFC1 qui nous laisse à penser que d’autres défauts moléculaires restent à identifier. Le séquençage long read représente ainsi la technique d’avenir pour le diagnostic moléculaire de cette maladie.

Objectif : Le facteur de transcription ‘Single-minded homolog 1’ (SIM1) est exprimé par la majorité des neurones du noyau paraventriculaire de l’hypothalamus. Parmi ces neurones, ceux exprimant le récepteur de type-4 aux mélanocortines (MC4R) jouent un rôle central dans la régulation de la satiété et du poids. Des variants rares de perte de fonction (LOF) de SIM1 sont associés à une obésité sévère précoce et à une hyperphagie. Parmi environ 50 000 individus atteints d’obésité sévère ayant bénéficié d’un séquençage, 243 variants faux-sens de SIM1 ont été identifiés chez 594 patients (1,3%). Parmi eux, 20 patients, porteurs de 17 variants uniques, ont été inclus dans l’essai clinique DAYBREAK. Dans cette analyse rétrospective, nous avons évalué si l’impact fonctionnel de ces variants sur SIM1 pouvaient prédire la réponse au setmélanotide sur la perte de poids. Matériel/Patients et Méthodes : L’impact fonctionnel de 213 variants faux-sens du gène SIM1 a été évalué en utilisant un gène rapporteur de la luciférase. La réponse clinique a été définie comme une variation de l’indice de masse corporelle (IMC) ≥5 % entre l’inclusion dans l’étude et la 16ème semaine. Résultats: Vingt patients porteurs de l’un des 17 variants rares du gène SIM1 ont été inclus dans l’essai DAYBREAK (15 variants de signification incertaine [VSI] et 2 probablement pathogènes selon les critères de l’ACMG). Au total, 5 des 20 patients ont obtenu une réduction de l’IMC ≥5 % à 16 semaines (25 %). Une analyse post hoc a été réalisée afin de déterminer si les résultats des tests fonctionnels in vitro permettaient de prédire l’issue du traitement. Les données étaient disponibles pour 13 variants portés par 16 patients. Sept des 13 variants étaient prédits comme conservant une activité de type sauvage (TS), tandis que 6 étaient associés à une perte de fonction (LOF). Les 7 patients porteurs des 7 variants TS ont soit interrompu l’essai, soit n’ont pas perdu de poids. Parmi les 9 patients porteurs d’un variant LOF, 4 (44 %) ont répondu au traitement. Le variant p.Asp707His, connu pour avoir un effet modérément délétère et une pénétrance variable, a été retrouvé chez 3 patients, avec une évolution variable de leur IMC à 16 semaines (−15,1 %, −3,3 % et +1,1 %). Des résultats comparables ont été observés chez les 16 patients ayant terminé les 16 semaines de traitement : 5 (31 %) ont présenté une réduction de l’IMC ≥5 %. Dix variants ont été analysés fonctionnellement. En excluant les variants TS et ceux non caractérisés, 8 patients étaient porteurs de variants LOF, et 4 d’entre eux ont répondu au traitement (50 %). Parmi les 4 non-répondeurs porteurs de variants LOF, 2 étaient porteurs du variant p.Asp707His. Conclusion: Ces données montrent l'importance de la caractérisation fonctionnelle des VSI de SIM1 pour interpréter leur signification clinique et évaluer leur intérêt potentiel dans le cadre d’un traitement par setmélanotide.

Les maladies des petites artères cérébrales (MPAC) représentent une cause majeure d’accidents vasculaires cérébraux (AVC) et de démence vasculaire, mais leurs mécanismes demeurent encore peu élucidés. Alors que les variants de type glycine ou perte de fonction de COL4A1 et COL4A2 sont des causes monogéniques de MPAC maintenant bien établies, le rôle des gains de copies (duplications/triplications) de ces gènes n’a été reconnu que très récemment, et les cas rapportés à ce jour dans la littérature demeurent très limités. Nous rapportons ici la plus grande cohorte décrite à ce jour de patients adultes porteurs d’une duplication ou triplication de COL4A1 et COL4A2 (7 cas index et 1 apparenté). L’identification des réarrangements s’est faite par une approche combinée associant séquençage ciblé à haut débit, PCR semi-quantitative, puces à ADN et, dans certains cas, hybridation in situ en fluorescence (FISH). Ces analyses ont confirmé, chez tous les patients, la présence de réarrangements de taille variable dans la région 13q33q34. Sur le plan clinique et radiologique, ces anomalies génétiques induisent un phénotype cérébral homogène mais d’expression variable, caractérisé par des AVC ischémiques ou hémorragiques précoces, des infarctus pontiques, des hypersignaux de la substance blanche et des microhémorragies. Des anomalies artérielles intracrâniennes (anévrismes, dolichoectasies) ont également été observées chez plusieurs patients, suggérant une atteinte diffuse des petits et grands vaisseaux. Contrairement aux variants glycine ou pertes de fonction, associés à un tableau pléiotropique multisystémique, les duplications/triplications de COL4A1/2 entraînent un phénotype strictement cérébral, débutant à l’âge adulte et proche de la microangiopathie pontine autosomique dominante (PADMAL). Les caractéristiques à l’IRM (lacunes notamment au niveau du pont, hypersignaux confluents de la substance blanche, présence de microhémorragies) renforcent l’hypothèse d’une microangiopathie diffuse liée à la surexpression de COL4A1/2. La variabilité clinique observée reflète probablement l’hétérogénéité des duplications/triplications et l’influence de facteurs environnementaux. L’absence fréquente d’histoire familiale souligne l’importance d’un dépistage génétique même dans les formes sporadiques. Enfin, la surexpression démontrée dans les fibroblastes confirme le caractère pathogène de ces anomalies et ouvre la voie à des stratégies thérapeutiques visant à réduire, plutôt qu’abolir, l’expression de COL4A1/2.

Contexte : Les microangiopathies cérébrales (MPAC) constituent un groupe hétérogène de maladies touchant les petits vaisseaux cérébraux, à l’origine d’accidents vasculaires, de troubles cognitifs ou moteurs. Si certaines formes monogéniques sont bien décrites, notamment celles liées à NOTCH3, COL4A1/A2 ou HTRA1, de nombreux cas restent sans cause génétique identifiée. Des travaux récents de notre équipe ont montré le rôle d’autres gènes du matrisome, codant pour des protéines de la matrice extracellulaire (MEC), comme LAMB1 dans une forme monogénique. Une association avec des variants de LAMC1 (laminine gamma-1) a par ailleurs été décrite dans les formes polygéniques de MPAC. Les laminines, éléments majeurs de la MEC, sont des hétérotrimères αβγ, jouant un rôle essentiel dans la cohésion vasculaire et la signalisation cellulaire. Le gène LAMC1, code la sous-unité γ1 qui interagit notamment avec COL4A1/2 et NID2, renforçant l’hypothèse de son implication dans l’intégrité vasculaire cérébrale. Objectif : L’objectif de cette étude visait à explorer l’implication de variants rares du gène LAMC1 dans les MPAC. Matériel et méthodes : Une cohorte de 6987 patients consécutifs, orientés vers notre laboratoire entre 2018 et 2025 pour suspicion d’une MPAC d’origine génétique, a fait l’objet d’un séquençage NGS incluant le gène LAMC1. La fréquence des variants rares et prédits pathogènes détectés dans cette cohorte a été comparée à la cohorte contrôle GnomAD. Résultats : Dans la cohorte, 447 variants distincts du gène LAMC1 ont été identifiés. Ces variants, présents avec des fréquences variables, concernaient environ 5930 patients, certains variants étant uniques (singleton), d’autres retrouvés chez plusieurs individus. Après filtrage sur la fréquence <1/10 000 (gnomAD v4) et la pathogénicité prédite par 2 outils in silico (Alpha missense et REVEL), un total de 13 variants distincts chez 14 patients index a été retenu. Aucune différence statistiquement significative n’a été observée pour ce qui est des variants faux-sens pris dans leur globalité. Par contre, une fréquence significativement plus élevée de variants pLoF (perte de fonction) a été observée dans la cohorte MPAC (p=0.0025). Conclusion et perspectives : Nous avons mis en évidence une association significative entre MPAC et variants perte de fonction de LAMC1. Une étude de la ségrégation familiale des variants pLoF avec le phénotype MPAC est en cours chez les apparentés des index mutés. Elle sera suivie d’une analyse phénotypique détaillée, clinique et IRM, de tous les patients identifiés. Une analyse in silico 3D sera par ailleurs réalisée pour ceux des variants faux-sens identifiés qui sont absents de la base de données GnomAD.

Contexte : Les ataxies cérébelleuses autosomiques dominantes (SCA) sont des maladies neurodégénératives affectant les voies spino-cérébelleuses. Les expansions de motifs répétés représentent 60% de leurs causes connues. La taille seuil de ces répétitions définit leur pathogénicité, tandis que la présence d’interruptions dans la séquence répétée peut modifier l’expression clinique. Méthodes : Nous avons analysé, par séquençage short-read d’amplicons, la séquence répétée des principales formes d’ataxies autosomiques dominantes causées par expansion codante CAG dans les gènes ATXN1, ATXN2, ATXN3 et ATXN7, chez 993 individus porteurs d’une expansion CAG. Résultats : Des interruptions CAA au sein des expansions CAG ont été identifiées dans ATXN2 chez 5 patients sur 214 cas (2,3%). Les expansions CAG dans ATXN1 (n=208), ATXN3 (n=461) et ATXN7 (n=110) étaient pures sans interruption. En fonction de la taille de l’expansion CAG, les interruptions CAA dans ATXN2 modifient le phénotype de SCA2 : pour les petites expansions, les interruptions CAA sont associées à un syndrome parkinsonien et pour les grandes expansions, à un âge de début de l’ataxie plus tardif de 30 ans pour le cas concerné. L’instabilité somatique habituelle des expansions était absente dans les expansions interrompues. Le séquençage short-read a permis d’obtenir à la fois la taille et la séquence de l’expansion CAG, dans les limites actuelles de la taille du read, jusqu’à 600 bases. Conclusion : Le séquençage short-read permet de caractériser la taille et la composition des expansions CAG de taille habituelle. Cette approche met en évidence le rôle des interruptions CAA dans ATXN2, qui modifient le phénotype clinique de SCA2, d’une ataxie en un syndrome parkinsonien. Ce résultat permet une meilleure stratification génétique et clinique de SCA2. La variabilité de l'âge de début des symptômes, au-delà de la taille de l’expansion CAG, suggère l’existence de modificateurs génétiques encore à identifier.

Introduction Les expansions complètes (> 49 CAG) dans TBP sont responsables de l’ataxie spinocérébelleuse de type 17 (SCA17), caractérisée par un phénotype Huntington-like. Une zone pathologique à pénétrance incomplète entre 41 et 48 triplets est rapportée. Les variations de STUB1 sont associées à une ataxie autosomique récessive (SCAR16) et à une SCA autosomique dominante (SCA48) avec ataxie cérébelleuse tardive et troubles cognitifs. Une association TBP41-48/STUB1 a été initialement décrite par Magri et al. en 2022, alors que d’autres séries de patients avec STUB1 (Barbier et al., 2023 ; Palombo et al., 2024 ; Van Projie et al., 2024 ; De Winter et al., 2025) suggèrent que STUB1 est une maladie monogénique et que TBP intermédiaire aurait un effet modificateur menant à une ataxie cérébelleuse avec troubles cognitifs majorés et progression plus rapide. Cas cliniques Nous rapportons 3 cas issus de 3 familles distinctes avec ataxie cérébelleuse, troubles cognitifs dysexécutifs, syndrome pyramidal avec un début moyen à 38 ans (28-48 ans). D’autres atteintes pouvaient être présentes selon les cas : mouvements choréiques, dystonie, troubles psycho-comportementaux de type désinhibition, agressivité, irritabilité. Une maladie de Huntington avait été évoquée devant le tableau clinique de chaque patient puis infirmée par l’analyse moléculaire. Selon les recommandations, SCA17 avait été évoqué, toutefois un allèle TBP intermédiaire avait été retrouvé. Les IRM cérébrales montraient une atrophie cérébelleuse. Pour une famille, un diagnostic prénatal pour SCA17 avait été demandé. Analyses moléculaires Le séquençage complet des exons du gène STUB1 par Sanger a mis en évidence une association TBP41-48/STUB1 : - 43 triplets +/- 1 dans TBP et variation non-sens c.544C>T p.(Arg182*) au niveau de l’exon 4 de gène STUB1 (classe 4). - 41 +/- 1 triplets dans le gène TBP et variation faux-sens c.194A>G p.(Asn65Ser) au niveau de l’exon 2 du gène STUB1 (classe 4). - 43 triplets +/- 1 dans TBP et variation faux-sens c.728C>T p.(Pro243Leu) au niveau de l’exon 6 du gène STUB1 (classe 4). Duplication interstitielle hétérozygote en 2p11.2 (variant de signification inconnue) à l’analyse chromosomique sur puce à ADN. Ce patient avait eu des troubles de l’apprentissage dans l’enfance. Discussion et conclusion Dans les 3 cas, l’imputabilité des allèles intermédiaires TBP41-48 paraissait insuffisante devant un tableau neurologique complexe et sévère. L’analyse supplémentaire de STUB1 a permis de mettre en évidence une association STUB1/ TBP41-48 expliquant le phénotype. Nos cas illustrent la pertinence d’une recherche systématique de variation de STUB1 concomitante à des allèles TBP41-48 en cas de phénotype Huntington-like. Cette association rend le conseil génétique complexe. En cas de demande de diagnostic présymptomatique, il parait indispensable de connaître le statut du cas index pour les deux gènes pour informer au mieux de la pénétrance et de la sévérité du phénotype attendu.

INTRODUCTION Les épilepsies représentent un défi majeur de santé publique en raison de la complexité de leur prise en charge. Les progrès du séquençage à haut débit, en particulier le séquençage de l'exome (SE), ont permis d'identifier un nombre croissant de gènes impliqués, mettant en évidence une importante hétérogénéité génétique. Notre objectif est de décrire le profil clinique et génétique d’une série de patients tunisiens épileptiques explorés par SE. METHODES Étude descriptive et rétrospective portant sur une série de patients tunisiens présentant une épilepsie syndromique, suivis au service de génétique de l’hôpital Mongi Slim de la Marsa sur une période de 11 ans (2012-2023), avec au moins un cas index par famille ayant bénéficié d’un SE. Le SE a été réalisé avec la technologie short read d’Illumina, avec la recherche concomitante de variations du nombre de copies (CNV). RESULTAS Nous avons colligé 37 patients issus de 34 familles différentes. Une consanguinité a été retrouvée dans 35% des cas et des antécédents familiaux d’épilepsie étaient notés chez 38% des familles. Un retard de développement global a été observé chez 94 % des patients. Une dysmorphie faciale a été retrouvée dans 68% des cas et 86% des patients avaient des malformations congénitales associées. L’âge moyen au début des crises épileptiques était de 10 mois, avec 89% de cas à début infantile et 22% à début néonatal. L'épilepsie généralisée était la plus fréquente (54%), suivie de l'épilepsie focale et généralisée combinée (30%) et de l'épilepsie focale (16%). L’épilepsie était associée à d’autres manifestations neurologiques dans 73% des cas. Elle était pharmaco-résistante dans 47% des patients. Des anomalies cérébrales ont été observées chez 64% des patients. Un tracé EEG pathologique était noté dans 87% des cas. Le SE, réalisé en première intention ou après un caryotype sanguin normal chez 74% des patients, a identifié 35 variations différentes, dont 32 variations nucléotidiques au niveau de 30 gènes différents et trois CNV. Un diagnostic génétique a été établi chez 81% des patients. Sept patients étaient porteurs de variants de signification incertaine. Six patients avaient des variants de novo et 15 des variations héritées. Parmi les variations causales, 30% étaient situées sur des gènes actionnables. CONCLUSIONS À travers ce travail, nous avons pu obtenir un aperçu du spectre génétique des épilepsies syndromiques dans la population tunisienne. L'identification de variants délétères dans des gènes actionnables a influencé la prise en charge des crises épileptiques, selon le gène et/ou le variant impliqué. L'établissement d'un diagnostic génétique a permis de mettre fin à l'errance diagnostique, d'orienter le dépistage des comorbidités extra-neurologiques, d'instaurer une prise en charge multidisciplinaire adaptée et de fournir un conseil génétique chez 81% de nos patients.

Les expansions GAA dans l'intron 1 du gène FGF14 sont une cause fréquente d'ataxie cérébelleuse héréditaire de transmission autosomique dominante (ataxie GAA-FGF14 ; ataxie spinocérébelleuse 27B, SCA27B), en particulier en cas d’ataxie tardive (Late Onset Cerebellar Ataxia : LOCA). SCA27B se caractérise classiquement par un syndrome cérébelleux lentement progressif, à début épisodique dans plus de 2/3 des cas, au-delà de 40 ans. Une stratégie de diagnostic moléculaire en trois étapes a été développée au laboratoire de Génétique de Nancy : une LR-PCR fluorescente pour déterminer la taille des allèles, une triplet-primed PCR (TP-PCR) bidirectionnelle pour vérifier la présence et la nature de l’expansion (profil dentelé si le motif est GAA), et enfin une électrophorèse sur gel des produits de LR-PCR et/ou un séquençage de Sanger selon le profil observé en TP-PCR. Une seconde LR-PCR peut être réalisée afin d’amplifier spécifiquement les allèles supérieurs à 30 GAA et faciliter la lecture du séquençage Sanger si besoin. Les haplotypes des allèles FGF14 peuvent être déterminés grâce à un panel de marqueurs microsatellites, ce qui permet de préciser leur transmission intrafamiliale. Cette stratégie a été validée en la comparant au séquençage long-read Nanopore sur 22 patients canadiens-français SCA27B et par la suite sur une cohorte de 53 patients nancéiens atteints de LOCA non résolue. A ce jour, nous avons étudié une cohorte de 1895 patients avec LOCA indéterminée, recrutés au niveau européen. Au total, nous avons identifié 401 patients (29,4 %) porteurs d’expansions FGF14 (GAA) ≥ 250, dont 74 (3,9 %) avec des expansions entre 250 et 300 GAA (allèles intermédiaires à pénétrance incomplète) et 87 (4,5 %) avec des expansions entre 200 et 250 GAA (allèles en zone grise). Des indices croissants suggèrent la possible pathogénicité des allèles en zone grise, ce qui pourrait conduire à abaisser le seuil. Des études internationales seront nécessaires afin d’affiner leur interprétation. De même, des expansions non-GAA-pures et des interruptions GAA, non considérées pathogènes à ce jour, ont également été identifiées. Nous avons récemment mis en place le diagnostic présymptomatique des apparentés, ce qui permettra d’affiner la description de la transmission intrafamiliale. L’étude des haplotypes a déjà élucidé la transmission des expansions dans deux familles, avec mise en évidence d’une expansion en méiose maternelle et d’une contraction en méiose paternelle. Avec cette stratégie diagnostique, nous confirmons que SCA27B est une cause fréquente de LOCA, et nous poursuivons sa caractérisation phénotypique sur une large cohorte, afin de mieux définir le phénotype des patients — notamment ceux présentant des allèles intermédiaires ou en zone grise.

Sur la période de juillet 2020 à juillet 2025, un total de 82 dossiers du CHU de Toulouse pour la pré-indication surdités précoces ont été envoyés sur la plateforme AURAGEN pour le séquençage de génome. Un ensemble de 102 dossiers ont été validés en réunion pluridisciplinaire surdité nationale, via la plateforme Skemeet. 16 dossiers sont en attente de prescription et 8 parcours ont été annulés. Le séquençage de génome a été prescrit comme examen de seconde intention, après l’analyse du panel de gènes impliqués dans les surdités et pour les formes syndromiques, avec en plus une ACPA revenue normale. Concernant les données du panel de gènes impliqués dans les surdités réalisé au CHRU de Lille, sur une période de janvier 2023 à août 2025, ont été rendus 375 résultats pour des patients cas index toulousains, dont 117 ont un rendu de résultat conclusif (soit un rendement diagnostic de 31%). Quant aux résultats du séquençage du génome pour la pré-indication surdités, nous avons obtenu des résultats pour 54 dossiers, les 24 autres étant toujours en attente. Le délai moyen pour l’obtention des résultats est de 11 mois (1 mois pour le délai le plus rapide, ce dossier avait été orienté sur un parcours prioritaire et 24 mois pour le délai le plus long). 39 dossiers soit près de 72 % étaient prescrits dans le cadre d’une surdité isolée et 15 dossiers présentaient une surdité syndromique. Sur les résultats obtenus, nous avons eu 11 diagnostics conclusifs. Nous comptons également 12 dossiers avec l’identification d'un variant de signification inconnue et pour 4 d’entre eux, des analyses complémentaires sont en cours. Parmi les diagnostics rendus nous détaillerons quelques cas cliniques d’intérêt : un jeune patient porteur d’un variant pathogène FDXR, un diagnostic de syndrome KBG (ANKRD11), de brachyolmie (PRPV4) de novo et une forme familiale de surdité neurosensorielle associée à une thrombopénie macrocytaire avec l’identification d’un variant pathogène dans DIAPH1. Pour 6 dossiers, le séquençage de génome avait pour but d’identifier un deuxième variant pathogène d’un gène responsable d’une pathologie de transmission autosomique récessive, dans une région non couverte par le panel initialement réalisé. Nous pouvons notamment citer la suspicion d’anomalies du gène SLC26A4 pour des patients avec large aqueduc vestibulaire bilatéral. Effectivement pour 2 d’entre eux, cela a été le cas, dont un diagnostic sur le locus DFNB1 hétérozygote composite GJB2 et GJB6 non identifié en panel. En conclusion, le rendement diagnostic du génome après l’analyse d’un panel est de 20%, peut être plus, grâce à la future reclassification du nombre non négligeable de variants de signification inconnus identifiés (22%).

Caractériser les variants hétérozygotes pathogènes du gène COCH dans une cohorte française de patients atteints de surdité neurosensorielle non syndromique (SNNS) et explorer les corrélations génotype-phénotype. Étude observationnelle rétrospective portant sur 58 individus issus de 16 familles non apparentées diagnostiquées avec une surdité neurosensorielle autosomique dominante (DFNA9) entre 2005 et 2025. Tous les patients ont bénéficié d’une évaluation clinique et audiologique ainsi que d’une analyse génétique par séquençage ciblé (Sanger du gène COCH) ou par panels de gènes utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS). Les variants ont été classés selon les recommandations de l’ACMG. Les audiogrammes et données vestibulaires ont été analysés afin d’identifier des profils phénotypiques associés aux variants et aux domaines protéiques impliqués. Nous avons identifié six variants hétérozygotes pathogènes déjà rapportés dans huit familles, ainsi que sept nouveaux variants probablement pathogènes dans sept familles. Les variants localisés dans les domaines vWFA étaient majoritairement associés à une surdité bilatérale symétrique, progressive et d’apparition précoce. Trois variants (p.Gln410Arg, p.Ile450Val, p.Cys542Arg) étaient associés à une surdité congénitale ou prélinguale, une présentation atypique du DFNA9. En revanche, les variants situés dans le domaine LCCL étaient plus fréquemment associés à une surdité d’apparition tardive et à une prévalence accrue de troubles vestibulaires. Les explorations vestibulaires, lorsqu’elles étaient disponibles, mettaient en évidence une atteinte plus fréquente dans les cas d’apparition tardive que dans les formes précoces. La surdité liée au gène COCH constitue une cause rare de SNNS autosomique dominante, avec seulement 16 familles identifiées en 20 ans dans le réseau français. Notre étude élargit le spectre mutationnel du gène COCH en rapportant sept nouveaux variants et suggère l’existence d’une corrélation génotype-phénotype selon la localisation du variant dans les domaines protéiques. Ces résultats contribuent à affiner le diagnostic clinique et le conseil génétique des patients atteints d’une surdité DFNA9.

Les microARN (miARN) apparaissent comme des régulateurs clés dans la physiopathologie du diabète de type 2 (DT2) et de ses complications. Ils offrent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à cette pathologie et ouvrent la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques. Cette étude met en évidence le rôle potentiel des miARN en tant que biomarqueurs diagnostiques et pronostiques du DT2. De nombreuses recherches ont rapporté des modifications de l’expression des miARN circulants chez les patients diabétiques. Par exemple, Zampetaki et al. ont identifié une signature plasmatique de 13 miARN chez des sujets atteints de DT2. Un panel composé des cinq miARN les plus significatifs — miRNA-15a, miRNA-28-3p, miRNA-126, miRNA-223 et miRNA-320 — a permis de classer correctement 70 % des cas et 92 % des témoins. Ce panel a également permis de prédire l’apparition du diabète chez des sujets normoglycémiques, renforçant ainsi l’intérêt des miARN comme biomarqueurs prédictifs. De manière similaire, Karolina et al. ont identifié une altération de l’expression de plusieurs miARN circulants chez des patients diabétiques. Ces miARN sont impliqués dans des voies biologiques majeures : la biosynthèse de l’insuline (ex. : miRNA-30d), sa sécrétion (miRNA-9, miRNA-124a, miRNA-375), ainsi que la signalisation insulinique dans les tissus cibles (miRNA-27a, miRNA-29a, miRNA-144, miRNA-146a, miRNA-150, miRNA-182, miRNA-192 et miRNA-320), notamment via la translocation du transporteur de glucose GLUT4. D’autres miARN, tels que miR-15a, miR-23a et miR-766-3p, ont montré une forte capacité à distinguer les patients atteints de DT2 de ceux ayant une tolérance normale au glucose, ce qui confirme leur potentiel en tant qu’outils diagnostiques. Malgré ces résultats prometteurs, les données actuelles demeurent partielles, en raison de limites méthodologiques, de la variabilité des populations étudiées, et d’un manque de standardisation dans les techniques de détection des miARN. Des études plus robustes, à grande échelle, sont nécessaires pour valider l’utilisation clinique de ces miARN en tant que biomarqueurs fiables.

Introduction. Les maladies mitochondriales primaires sont les plus fréquentes des pathologies métaboliques, avec une prévalence estimée à 1/4300. Leur hétérogénéité clinique est considérable et s'explique en partie par leur hétérogénéité génétique du fait de leur dépendance à leur propre ADN mitochondrial (ADNmt) et au génome nucléaire . Leur diagnostic est complexe et repose sur un faisceau d’arguments : la clinique, les examens paracliniques, la génétique et des analyses fonctionnelles pour permettre l’interprétation des nombreux variants de signification incertaine (VSI). Récemment, les analyses multiomiques ont montré leur capacité à améliorer les rendements diagnostiques pour les maladies mitochondriales. Cependant, une de leurs limites est la nécessité d'étudier les tissus affectés nécessitant de procéder à des prélèvements invasifs. Objectif de l’étude. L’objectif de ce travail était de développer la culture primaire des cellules du sédiment urinaire afin de proposer une alternative non-invasive pour la réalisation d’études multiomiques, les urines étant déjà largement utilisées pour le diagnostic génétique. Matériels et Méthodes. Huit cultures primaires ont été obtenues à partir d’échantillons mictionnels provenant de six individus sains et de deux individus porteurs d’un variant pathogène de l'ADNmt. Différentes analyses fonctionnelles couramment utilisées pour la caractérisation des dysfonctions mitochondriales sur biopsie de muscle ou de fibroblastes ont été : histochimie COX/SDH, activités enzymatiques des complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale, western blot OXPHOS, microscopie et séquençage de l’ARN (RNAseq). Résultats et discussion. Les analyses réalisées ont mis en évidence que les cellules issues de la culture du sédiment urinaire étaient riches en mitochondries, permettant ainsi l’identification de dysfonctions mitochondriales concordantes avec les données de la littérature : un déficit isolé du complexe I identifié chez le patient 1 (m.13513G>A MT-ND5) et un déficit combiné chez le patient 2 (m.3242A>G MT-TL1). L’analyse du RNAseq a montré que les cellules exprimaient fortement les gènes mitochondriaux et présentaient un transcriptome intermédiaire entre les fibroblastes et les cellules du tractus urinaire. Nous n’avons pas mis en évidence de grande variabilité du transcriptome entre les individus sains, même après plusieurs passages cellulaires. Les cellules dérivées des patients ont montré des variations de leur transcriptome, notamment une diminution significative des gènes du système immunitaire, corroborant les observations cliniques selon lesquelles les patients atteints de maladies mitochondriales seraient plus sensibles aux infections. Conclusion. Ces résultats confirment que les cultures primaires dérivées du sédiment urinaire constituent un outil prometteur pour l’étude du transcriptome et la validation fonctionnelle des VSI de l’ADNmt ou nucléaires, limitant ainsi le recours à des échantillons invasifs.

Le gène ALG14 code une sous-unité du complexe glycosyltransférase intervenant dans les premières étapes de la N-glycosylation. Les variations bialléliques pathogènes (faux-sens et un non-sens récurrent) d’ALG14 sont associées à 3 phénotypes : un syndrome myasthénique congénital chez 2 sujets adultes (#616227), un phénotype sévère d’encéphalopathie épileptique néonatale létale avec myopathie chez 5 sujets (#619031) et un phénotype plus modéré de déficience intellectuelle avec épilepsie chez 2 adultes (#619036). Chaque phénotype a fait l’objet d’une unique publication sans réplication. Nous rapportons le cas d’un fœtus dont l’échographie de 22 SA a révélé un corps calleux court et épais isolé. L’examen fœtopathologique a mis en évidence une anasarque, des contractures des quatre membres et une brachycéphalie. Une analyse prénatale de l’exome en trio (fœtus et parents) a révélé deux variations non-sens hétérozygotes composites dans ALG14 : l’une en 5’ prédite échapper au NMD, l’autre précédemment publiée dans le syndrome myasthénique congénital. Le séquençage de Sanger sur l’ARN sanguin montre l’expression des deux allèles mutés, suggérant une absence de dégradation des ARNm non-sens (NMD). Ce résultat est confirmé par l’immunofluorescence réalisée sur lymphocytes fœtaux transformés EBV traités ou non par puromycine (pour évaluer l’impact d’une inhibition de NMD) qui montre la présence d’ALG14 de façon similaire entre le fœtus et le témoin, indépendamment de l’ajout de puromycine. Des expériences de knockdown d’alg14 et de rescue par l’introduction d’ARNm synthétisé (muté et sauvage) réalisées chez le Xénope montrent que l’expression des deux variations non-sens n’améliore pas de façon significative la motilité embryonnaire et les crises épileptiques, par opposition à l’allèle sauvage, confirmant l’effet pathogène de ces deux variations. Ce premier cas prénatal illustre la forme la plus sévère des pathologies associées à ALG14 liée à deux variations non-sens. Le modèle de Xénope reproduit le phénotype, confirmant l’incapacité des protéines tronquées à assurer la fonction enzymatique et constituant la première preuve in vivo liant ALG14 à une pathologie neurométabolique. L’identification d’une variation déjà rapportée dans la littérature dans une autre entité phénotypique suggère le fait que les maladies liées aux variations à effet perte de fonction dans ALG14 ne constituent pas des entités phénotypiques distinctes, mais plutôt les différentes expressions cliniques d’un même spectre. Nous proposons de regrouper les trois entités sous le terme de pathologies liées à ALG14. Une cohorte plus large est en cours de constitution. Une étude de la fonction de la protéine dans son rôle de glycosylation nous permettrait de renommer la pathologie désordre congénital de glycosylation associé à ALG14 (ALG14-CDG).

Contexte : La NF1 est un syndrome de prédisposition tumorale héréditaire à transmission autosomique dominante, touchant environ 1 personne sur 3 000. Des petites séries de CS chez des patientes atteintes de NF1 ont rapporté des caractéristiques pathologiques agressives : grade III, RE négatif, Her2 positif. Un impact pronostique négatif sur la survie globale spécifique du CS était associé. Nous présentons ici les résultats d’une vaste série française multicentrique. Méthodes : Les caractéristiques cliniques et anatomopathologiques des CS ont été recueillies chez des patientes atteintes de NF1 dans 4 centres de cancérologie français (Institut Curie, hôpital Henri Mondor, Centre Léon Bérard, Gustave Roussy). Chaque cas a été apparié à environ 2 témoins atteints de CS selon l’âge au diagnostic et la décennie de traitement (< 1990, 1991-2000, 2001-2010, > 2010), à partir d’une base de données locale de l’Institut Curie. Les facteurs associés aux patientes atteintes de NF1 ont été étudiés par régression logistique. Les risques cumulés de CS controlatéral ont été estimés en tenant compte du décès comme risque compétitif, et comparés par le test de Gray. La survie globale spécifique du CS a été évaluée à l’aide de courbes de Kaplan-Meier, comparées à des tests du logrank et à des modèles multivariés de Cox. Résultats : Une série de 140 femmes atteintes de NF1 et d’un CS diagnostiqué entre 1978 et 2023 a été comparée à 261 témoins, avec un suivi médian de 11,7 ans. L’âge médian au diagnostic du CS dans la NF1 était de 48 ans, soit plus jeune que celui rapporté dans la population générale (63 ans) en France. Les caractéristiques du CS étaient significativement plus agressives chez les patientes atteintes de NF1 que chez les témoins : plus d’atteintes ganglionnaires cliniques N2/3 (OR 6,23 ; IC95% 1,96-23,6 ; p = 0,003), plus de grade 3 (OR 2,59 ; IC95% 1,27-5,58 ; p = 0,012), plus de cancers Her2 positifs (OR 2,44 ; IC95% 1,13-5,18 ; p = 0,023). Au cours du suivi, les récidives controlatérales étaient plus fréquentes chez les patientes atteintes de NF1 que chez les témoins : 15% contre 5,1% ; HR 4,27 (IC95% 2,11-8,64 ; p < 0,001). Le risque cumulé de cancer du sein controlatéral à 10 et 20 ans était de 2,8% et 9,3% chez les témoins, contre 9,2% et 23% chez les patientes atteintes de NF1, ce qui est similaire aux risques rapportés chez les patientes porteuses d’altération BRCA1/2. Malgré les caractéristiques agressives du CS chez les patientes atteintes de NF1, la survie globale spécifique du CS n'a pas été significativement impactée (HR = 0,98 ; IC95% 0,56-1,74 ; p = 0,96), ce qui pourrait s'expliquer par l'efficacité des traitements. Conclusion : Les femmes atteintes de cancer du sein et de NF1 présentent des caractéristiques plus agressives que les témoins, avec un risque accru de cancer du sein controlatéral, sans impact sur la survie globale spécifique ; justifiant une attention particulière à leur traitement ainsi qu'à leur suivi.

Dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025), les plateformes SeqOIA et AURAGEN proposent des séquençages très haut débit du génome (WGS), dans la pratique clinique, pour des indications médicales sélectionnées. Deux d’entre elles, portées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer (GGC), concernent l’oncogénétique constitutionnelle et s’adressent soit aux patients atteints de cancers avec des antécédents familiaux très évocateurs d’une prédisposition soit aux patients sans antécédent familial mais ayant un cancer à un âge très précoce et/ou des cancers multiples et/ou associés à un contexte syndromique. Nous rapportons le bilan de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) nationale GGC PFMG2025 créée en 2019 avec deux objectifs : en amont, sélectionner les patients éligibles à l’analyse ; en aval, discuter des résultats du séquençage du génome et de leurs conséquences en terme de prise en charge ou d’explorations secondaires. C’est aussi une RCP de recours pour d’autres préindications lors de la découverte de données incidentes constitutionnelles sur les gènes de prédisposition aux cancers. En 6 ans, 1066 familles, présentées par 53 équipes de génétique, ont été discutées en RCP d’amont. Un WGS a été retenu pour 792 d’entre elles (74%) et récusé pour 199 (19%). Pour 75 familles, il a été demandé des explorations ou des renseignements complémentaires préalables au WGS. A ce jour, 458 dossiers complets ont été reçus sur les plateformes (170 pour AURAGEN/288 pour SeqOIA). Les résultats de 388 familles (217 cas isolés/171 cas familiaux) ont été discutés en RCP d’aval. Pour 15 patients (4%), un variant pathogène ou très suspect d’être en lien avec le phénotype a été identifié. Seize données incidentes ont aussi été mises en évidence. Pour les autres patients, l’analyse s'est avérée semi-conclusive ou non conclusive mais des explorations complémentaires (étude ARN, analyse tumorale...) ont été suggérées pour 77 d’entre eux afin de préciser l’impact des variants identifiés. En conclusion, la RCP nationale GGC PFMG2025 remplit sa mission de sélection et de discussion des dossiers en assurant un accès au WGS sur tout le territoire pour les pré-indications de génétique oncologique constitutionnelle. Le faible nombre de résultats concluants s’explique en partie par notre capacité encore insuffisante à exploiter totalement les données du WGS et par le caractère multi-factoriel de la maladie cancéreuse. L’analyse des tumeurs congelées, mise en place pour cette pré-indication en avril 2025, et l’amélioration des pipelines pour la détection de certains évènements comme les éléments mobiles ou les variants structuraux vont nous permettre de ré-analyser certains dossiers. Il est aussi primordial de développer d’autres outils (méthylome, séquençage long-read, Polygenic Risk Scores…) pour mieux expliquer l’histoire carcinologique personnelle et/ou familiale des patients, et ainsi délivrer un conseil génétique approprié.

Contexte : À l’échelle européenne, aucune étude médico-économique d’envergure n’a encore évalué de manière comparative les stratégies de prise en charge préventive (enquête génétique, surveillance clinique, détection précoce) face aux approches curatives initiées à l’apparition des premières manifestations tumorales, chez les patients à haut risque tumoral. Objectif : Le projet européen PREVENTABLE (2023–2026) vise à évaluer l’impact clinique, économique et psychosocial de stratégies de surveillance préventive comparées à une prise en charge curative, chez des patients atteints de huit syndromes rares à risque tumoral élevé (RTRS), dont le syndrome de Li-Fraumeni (LFS). Ce dernier, dû à des variants pathogènes (VP) du gène TP53, représente une des prédispositions héréditaires majeure aux cancers en raison d’un spectre tumoral très large, d’une survenue précoce des tumeurs, et d’un risque élevé de cancers multiples tout au long de la vie. Méthodes : L’un des axes centraux du projet consiste à développer un modèle économique robuste fondé sur des données cliniques réelles. Sur la base d’une expertise multidisciplinaire, une matrice structurée de différents parcours de soins a été élaborée selon six modules : (1) diagnostic génétique, (2) prévention/réduction des risques, (3) surveillance clinique, (4) traitement du cancer à un stade précoce, (5) traitement à un stade avancé, (6) suivi post-thérapeutique. Cette matrice a été validée à partir de données cliniques rétrospectives recueillies auprès de neuf centres européens du réseau ERN GENTURIS, incluant patients porteurs symptomatiques, asymptomatiques et non-porteurs. Les coûts associés aux différentes interventions ont été estimés à partir des tarifs hospitaliers français (GHS), permettant une standardisation des analyses. Un outil numérique, respectant le RGPD, a été développé pour la collecte systématique des données. Résultats : À ce jour, 505 individus porteurs de VP de TP53 ont été recrutés dans l’étude, ainsi que 367 non-porteurs apparentés à des fins de comparaison. La soumission complète et centralisée des données cliniques sera finalisée dans les semaines à venir. Ces données permettront de cartographier les trajectoires individuelles et, par la suite, la cartographie des coûts sera intégrée aux modèles économiques de santé. L’objectif est de comparer les dépenses liées aux stratégies de dépistage et de surveillance avec les coûts des traitements à un stade précoce ou avancé du cancer. Conclusion : L’évaluation du rapport coût-efficacité des stratégies de surveillance intensive chez les patients atteints d’un syndrome de Li-Fraumeni représente un enjeu central du projet PREVENTABLE. Dans un contexte de déploiement de la médecine de précision, ces résultats visent à fournir des données robustes pour orienter les décisions de santé publique, et favoriser l’harmonisation des parcours de soins à l’échelle européenne.

L'évaluation de la pathogénicité des variants génétiques est la pierre angulaire du conseil génétique. Les gains de copies d'exons sont difficiles à évaluer, car la pathogénicité dépend de la localisation des exons supplémentaires. Huit patients issus de six familles présentaient des gains de copies des exons 8 à 20 du gène BRCA1. Afin de les caractériser de manière appropriée, un séquençage long-read aligné sur trois assemblages distincts du génome de référence (hg19, hg38 et T2T), une cartographie génomique optique, ainsi qu'un séquençage d'ARN short-read et long-read ont été réalisés. Tous les patients partageaient le même variant structurel pathogène, impliquant un large segment situé en aval dans le génome. Un point de rupture s'est produit dans une région incorrectement annotée dans GRCh37/hg19 et GRCh38/hg38. L'alignement sur le récent assemblage T2T-CHM13/hs1 était donc nécessaire pour une caractérisation précise et a permis de comprendre l’événement complexe. Ce réarrangement identifié chez les patients a provoqué diverses anomalies transcriptomiques du gène BRCA1 : épissage inverse, transcription du brin génomique avant par insertion d'un promoteur ectopique, transcrits de fusion avec le gène « Next to BRCA1 » 1 (NBR1). Nos résultats soulignent la nécessité de combiner des technologies de pointe avec les dernières références génomiques afin de résoudre des réarrangements complexes ayant des implications médicales importantes.

Nous rapportons le cas d’une patiente de 19 ans, aînée d’une fratrie de six enfants [5-19 ans], issus d’une union consanguine, atteinte du syndrome de Tatton-Brown-Rahman (TBR) lié à un variant pathogène de novo du gène DNMT3A et prise en charge pour une AT/RT (atypical teratoid/rhabdoid tumor), diagnostic exceptionnel à cet âge. La prise en charge oncologique a été marquée par une chimiotoxicité majeure inexpliquée (hémato/cardiotoxicité) ayant motivé la réalisation d’une analyse constitutionnelle des gènes impliqués dans la maladie de Fanconi. Un variant d’épissage, inconnu des bases de données, à l’état homozygote, a été identifié sur le gène FANCE : c.248+2dup. Les tests fonctionnels sur fibroblastes ont mis en évidence un profil FA-core avec hypersensibilité à la mitomycine C (MMC). Malgré l’absence d’autre élément phénotypique de maladie de Fanconi, possiblement masqué par le syndrome de TBR, ce diagnostic a été proposé et des tests génétiques ont été réalisés dans la fratrie. Statistiquement inattendu, toute la fratrie s’est révélée porteuse à l’état homozygote du variant. Aucun membre de la fratrie ne présentait de signe clinique évocateur de maladie de Fanconi. La recherche du variant chez chacun des parents a finalement montré qu’ils étaient également porteurs à l’état homozygote. Ces résultats surprenants questionnant le diagnostic de maladie de Fanconi initialement proposé, des explorations complémentaires ont été réalisées chez chaque membre de la famille. Tous avaient une numération-formule sanguine normale. Deux enfants présentaient une élévation de l’alphafoetoprotéine (FP) sérique. Les tests fonctionnels sur sang chez chacun des membres de la famille ont montré un profil FA-core avec ubiquitination résiduelle faible de FANCD2. Des biopsies cutanées, réalisées chez le père et un des enfants ayant une élévation de l’FP, ont confirmé la présence d’un profil FA-core et d’une hypersensibilité des fibroblastes à la MMC. Afin de confirmer l’impact du variant sur l’épissage, une étude de transcrits a été réalisée (sur culture de fibroblastes du cas index et lignée lymphoblastoïde d’un frère) et a montré un effet total avec utilisation d’un site cryptique, entraînant une rétention intronique en phase conduisant à l’ajout de dix acides aminés. Un effet hypomorphe du variant est fortement suspecté, expliquant le phénotype frustre et l’ubiquitination résiduelle de FANCD2. Cette observation rapporte une situation inédite où tous les individus d’une famille répondent à une définition biologique et moléculaire de la maladie de Fanconi mais dont la seule expression clinique est une chimiotoxicité chez le cas index. Elle illustre les subtilités entre les concepts de pathogénicité et d’hypomorphie d’un variant et la complexité à les appréhender du point de vue du suivi clinique et du conseil génétique. Par ailleurs, ce cas rappelle l’importance de considérer le diagnostic de maladie de Fanconi devant une toxicité inattendue à la chimiothérapie.

Depuis Septembre 2021, une réunion mensuelle nationale de concertation pluridisciplinaire d’oncogénétique pédiatrique (RCPOP), organisée par visioconférence, permet des discussions collégiales autour de prédispositions génétiques au cancer de l’enfant. Grâce à un quorum multidisciplinaire (oncologues, généticiens-cliniciens, généticiens-biologistes) et des experts spécifiquement sollicités, les aspects suivants sont abordés : (i) indication à réaliser de nouvelles analyses chez un enfant atteint de cancer en l’absence de facteur génétique causal détectable selon les recommandations actuelles de test mais dont l’histoire médicale ou familiale incite à poursuivre les investigations ; (ii) définition des modalités de surveillance du patient ou de ses apparentés en l’absence de recommandations publiées; (iii) discussion sur la prise en charge de syndromes de prédisposition héréditaire au cancer découverts par des investigations pan-génomiques. Au total, 227 discussions (pour 211 patients) ont eu lieu au cours de 40 RCPOP (5 à 6 dossiers/séance), auxquelles étaient connectés 25 participants en moyenne. Le nombre de dossiers discutés par an était globalement stable sur les dernières années avec une diversité croissante du nombre de participants nationaux et même quelques dossiers internationaux présentés. L’objet des discussions a porté dans 44% des cas sur les modalités de surveillance des patients, 34% des cas concernait l’interprétation des résultats d’analyses pangénomiques (21% issues de pré-indications cancer et 13% issues de pré-indications autour d’anomalies du développement) et 22% des discussions portaient sur les analyses génétiques complémentaires à proposer aux patients/familles. On note une augmentation croissante des dossiers issus des pré-indications des anomalies du développement pré et post-natales ce qui interrogent le risque oncologique associé à ces syndromes malformatifs. Les questionnements autour du conseil génétique lié à des variations des gènes DICER1 ; SMARCA4 ; PTEN ; NF1 ; BRCA2 ; LZTR1 ; POLE ; RECQL4 ; WT1 ; PMS2 ; SMARCB1 sont les plus représentés. Le partage de ces observations permet l’homogénéisation des surveillances au niveau national quand il n’y a pas de recommandations publiées et illustre le besoin de travaux de recherche sur ces syndromes rares. A ce jour, trois études ont été initiées suite à ces discussions : risque tumoral et pénétrance des variants de SMARCA4; RECQL4 et risque tumoral; exostoses post-cancer. L’intérêt de la RCPOP est consensuellement retenu. Cette RCPOP favorise le recensement des patients porteurs d’une prédisposition au sein de l’observatoire PREDCAP. La RCPOP permet une discussion clinico-biologique de qualité, des prises en charge adaptées abordant les aspects éthiques et psychologiques, et ce grâce à la mobilisation nationale des experts travaillant dans les domaines spécifiques de la génétique des anomalies du développement et de l’oncogénétique pédiatrique.

Au centre de référence des neurofibromatoses de Lyon, dont l’activité multidisciplinaire a débuté en 2001, nous assurons la prise en charge de patients atteints de neurofibromatose de type 1 (NF1), de schwannomatose liée à NF2 (NF2) et de schwannomatoses familiales associées à LZTR1 ou SMARCB1 (NF3). Ces pathologies constituent un groupe de maladies génétiques caractérisées par une grande hétérogénéité clinique et moléculaire. Le diagnostic repose principalement sur des critères cliniques. Dans les situations complexes (formes mosaïques, diagnostic pédiatrique ou tardif), l’identification précise du variant pathogène est indispensable pour confirmer l’atteinte, orienter le conseil génétique et adapter la surveillance. Cette complexité est renforcée par la diversité des variants responsables (substitutions ponctuelles, anomalies d’épissage, mosaïques, variations du nombre de copies, réarrangements structuraux complexes) ainsi que par la variété des prélèvements nécessaires en cas de suspicion de mosaïque germinale (sang, tissus tumoral, cutané et muqueux). Le séquençage à courtes lectures (NGS short-read) a permis une amélioration majeure de la sensibilité et de l’efficacité diagnostique. L’analyse complémentaire de tumeurs par NGS short-read a également permis de confirmer le diagnostic de mosaïque germinale chez certains patients. Toutefois, cette méthode ne permet pas toujours d’identifier le variant causal, y compris dans des familles dont le diagnostic clinique est certain. Afin de pallier ces limites, deux approches de seconde intention ont été mises en place : • RNAseq, qui renforce l’interprétation des variants en révélant des anomalies d’épissage et en détectant des variants introniques profonds responsables de pseudo-exons • NGS long-read, qui permet la détection et la caractérisation de réarrangements complexes par un ciblage spécifique de régions de grande taille (méthode Adaptive Sampling, Oxford Nanopore). L’expérience acquise au laboratoire montre que la combinaison du NGS short-read, du RNAseq et du long-read sequencing constitue une stratégie intégrée et hautement complémentaire. Cette approche est particulièrement adaptée aux neurofibromatoses et aux schwannomatoses, dont le diagnostic clinique est bien défini. Elle a permis d’augmenter les taux de détection des variants délétères chez les familles suivies et d’apporter une aide déterminante à l’interprétation de variants initialement classés comme de signification incertaine. Elle autorise en outre une caractérisation précise des grands réarrangements et de leurs points de cassure, améliorant ainsi le diagnostic moléculaire et la prise en charge des patients.

Un syndrome de prédisposition au cancer (SPC) est identifié chez 7 à 10 % des enfants et adolescents atteints de cancer. La généralisation des analyses somatiques et constitutionnelles augmente le nombre de variants identifiés, connus pour être associés à un SPC. Néanmoins, en raison de la rareté ou de l’identification récente de certains SPC, le risque de cancer (spectre, pénétrance …) associé à ces syndromes reste mal connu et le conseil génétique est difficile en particulier chez les enfants. Pour ces raisons, les membres du comité Oncogénétique de la Société Française des Cancers et leucémies de l’Enfant et de l’adolescent (SFCE) ont créé en 2021, un consortium et l’observatoire sur les syndromes de prédisposition génétique (PREDCAP), dans le but de collecter de manière nationale et structurée les données cliniques, biologiques et familiales de ces patients. PREDCAP est ouvert dans 33 centres d’oncologie en France, 470 patients ont été enregistrés (110 gènes) et leurs données sont collectées dans un eCRF Redcap. Au-delà de faciliter la réalisation des projets scientifiques déjà bien identifiés, PREDCAP a aussi pour finalité de faciliter la recherche à venir en simplifiant l’accès aux données via un cadre réglementaire pérenne, large et conforme aux contraintes actuelles. PREDCAP permet d’identifier les patients et familles porteurs d’un SPC avec une veille annuelle des données, afin entre autres objectifs d’améliorer nos prises en charge sur les points suivants : (i) établir une corrélation phénotype-génotype et déterminer le risque tumoral, particulièrement pour les altérations génétiques récemment identifiées, (ii) aider à la classification des variants de signification incertaine (VSI) dans les SPC connus, (iii) évaluer la pertinence et la compliance des patients aux recommandations de suivi, (iv) établir des recommandations de traitement et suivi pour les SPC qui n’en n’ont pas. Les fiches de recueil PREDCAP peuvent être modulées par de nouveaux porteurs de projets pour répondre spécifiquement à chaque question scientifique. Il est ouvert à tous les investigateurs français qui le souhaitent, après validation du comité de pilotage. À ce jour, des projets sont déjà initiés : thèse sur la description des familles porteuses d’un variant de SMARCA4, centralisation nationale des patients porteurs d’un mélanome pédiatrique ou d’un Xeroderma pigmentosum, Tumeur et développement (relai des enregistrements), travail national sur les IRM corps entier chez les patients Li-Fraumeni, etc … PREDCAP est une infrastructure opérationnelle qui nous permettra d’établir des collaborations internationales. Les résultats des premiers travaux seront disponibles dans les prochains mois. Des financements complémentaires permettent d’assurer son fonctionnement dans les années à venir. Tout projet de recherche prospectif ou toute cohorte de SPC existante sont les bienvenus afin d’améliorer nos connaissances et la prise en charge des patients et familles avec un SPC.

Les variants pathogènes du domaine exonucléase de l’ADN polymérase epsilon (POLE) sont responsables d’un phénotype tumoral ultramuté associé à une réponse aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire. Si cette sensibilité est généralement attribuée à une charge mutationnelle accrue et à la génération de néoantigènes, peu d’études ont caractérisé de manière intégrée les répercussions de ce profil ultramuté, aux niveaux génomique, transcriptomique et protéomique. Au sein d'une cohorte incluant (i) des tumeurs mutées POLE, (ii) des tumeurs présentant une instabilité des microsatellite (MSI) et (iii) des tumeurs issues de patients avec variants constitutionnels de POLE, nous avons mis en œuvre une approche protéogénomique combinant séquençage d’exome et de transcriptome, protéome trypsique et prédiction bioinformatique de néoantigènes. Les tumeurs POLE se distinguent par une charge mutationnelle (TMB) extrêmement élevée, associée à une prévalence accrue de variants faux-sens et réduite de variants frameshift en comparaison aux tumeurs MSI. Ce TMB corrèle de manière linéaire au nombre de néoépitopes potentiels dérivés de ces variants, confirmant un lien entre hypermutabilité et densité antigénique potentielle. La prédiction de ces néoépitopes en néoantigènes montrait que les tumeurs mutées POLE et les tumeurs MSI présentaient un nombre plus important de néoantigènes en comparaison aux tumeurs avec variant constitutionnel de POLE. L’intégration du typage HLA a mis en évidence l’importance du contexte génétique de "l'hôte" de la tumeur dans la traduction du TMB en charge néoantigénique présentée, soulignant les limites d’une approche reposant uniquement sur le nombre brut de variants non-synonymes. Par une approche protéomique au sein des tumeurs mutées POLE, nous avons identifié plusieurs peptides issus de variants somatiques prédits comme générant des néoantigènes. Nous montrons une expression protéique détectable pour une fraction des néoantigènes prédits à partir des données génomiques. Nos observations confortent ainsi le modèle liant l’hypermutabilité aux réponses cliniques à l'immunothérapie. Nos résultats montrent que les tumeurs mutées POLE produisent des néoantigènes au potentiel immunogénique prédit et confirment les variants pathogènes de POLE comme biomarqueurs de réponse aux inhibiteurs de points de contrôle. Au-delà du TMB, l’intégration de paramètres tels que le contexte HLA et la validation protéomique des néoantigènes exprimés apparaît comme une stratégie prometteuse pour affiner la prédiction de la sensibilité à l’immunothérapie. Ces approches pourraient également nourrir le développement de stratégies thérapeutiques personnalisées, telles que des vaccins ou des thérapies cellulaires ciblant des néoantigènes spécifiques.

Les résultats des essais cliniques évaluant les inhibiteurs de PARP (PARPi) ont permis d’améliorer le traitement de personnes atteintes d’un cancer présentant un déficit de la recombinaison homologue des cassures double brin de l’ADN (HRD). L’étude Olympia (2021) a conduit à retenir l’indication d’un PARPi chez des femmes atteintes d’un cancer du sein présentant certains critères de gravité devant un variant pathogène (VP) constitutionnel de BRCA1 ou BRCA2. Cette indication limitée à la présence d’un VP constitutionnel BRCA1 ou BRCA2 a conduit les équipes d’oncologie et de génétique à réfléchir aux circuits à mettre en place. A l’Institut Curie, deux circuits ont été instaurés : un circuit urgent « germline first » pour les patientes présentant les « critères oncogénétique » (histoire familiale, âge jeune au diagnostic, …) et un circuit « tumoral first » pour les patientes ne les présentant pas avec une analyse constitutionnelle secondaire en cas d’identification d’un VP tumoral. Nous présentons les résultats des analyses réalisées dans le cadre du circuit « tumoral first », notamment le taux de VP tumoraux des gènes BRCA1 et BRCA2 identifiés de l’ordre de 1% attendu pour ces femmes ne présentant pas les critères oncogénétique et l’origine du VP (constitutionnel ou somatique). Une présentation des familles concernées par un VP constitutionnel illustrera la limite des critères individuels et familiaux pour proposer des analyses constitutionnelles en routine. Les résultats obtenus nous permettent de conclure au bon fonctionnement du circuit mis en place puisque nous avons pu confirmer que toutes les femmes présentant un VP tumoral de BRCA1 ou BRCA2 avait bien été rencontrées secondairement et dans les meilleurs délais en consultation de génétique pour une analyse constitutionnelle. En conclusion, l’approche « tumoral first » a permis aux patientes porteuses d’une prédisposition génétique liée à BRCA1 et BRCA2 qui ne présentaient pas les « critères oncogénétiques » de pouvoir bénéficier d’une thérapie ciblée lorsque cela a été nécessaire. Nous sommes aujourd’hui confortés dans le choix de cette organisation d’une part parce que ce circuit a permis d’éviter de saturer la consultation d’oncogénétique et d’autre part parce qu’il a permis de ne pas induire l’inquiétude et l’anxiété possiblement générées par une consultation d’oncogénétique, consultation qui aurait été inutile pour la quasi-totalité des femmes ne présentant pas les « critères oncogénétiques ».

Le Syndrome de Lynch (SL) est une prédisposition héréditaire au cancer, liée à des variants pathogènes (VP) d’un gène MMR (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). La pénétrance du syndrome (risque cumulé de cancer par organe) varie selon le gène impliqué. Pour cela, les recommandations internationales (NCCN, EHTG) proposent des stratégies de dépistage différenciées. Les recommandations françaises actuelles (INCa, 2009) sont anciennes et ne prennent pas en compte ces différences de pénétrance ce qui pourrait conduire à une prise en charge inadaptée (excessive ou insuffisante) selon le profil de risque. Le Groupe Génétique et Cancer (GGC) d’UNICANCER a entrepris une révision des recommandations françaises en lien avec l’INCa. Ce travail s’appuie sur trois principes : i) l’estimation des risques tumoraux chez les personnes porteuses d’un VP MMR pour décider de la nécessité d’une prise en charge préventive et de son âge de début ; ii) l’état des connaissances sur les méthodes de dépistage utilisées et, iii) l’expérience des professionnels du domaine. Les données sur les niveaux de risques tumoraux proviennent de deux ressources principales et deux indicateurs • Une méta-analyse des données internationales estimant les risques de cancer selon le gène impliqué en cours de publication (S. Campoy et al.). • Les données issues du registre national français OFELy comptant plus de 2300 familles porteuses d’un SL. • La pénétrance et le risque relatif de cancer dans une tranche d’âge donnée L’état des connaissances et le savoir expérientiel sont pris en compte par une méthode Delphi afin d’établir un consensus d’experts. Un comité de pilotage (COPIL) de 6 experts du SL ou méthodologistes et un groupe de travail (GT) de 20 participants issus du GGC ont été constitués début 2025 pour un délivrable fin 2025. Fin juin, 2 réunions du GT ont eu lieu permettant de présenter la démarche et les données de risque, de définir des sous-groupes de travail thématiques (Carcinogénèse colique et données de suivi colique dans le SL, dépistage du grêle, pronostic des cancers pelviens et intérêt de la surveillance pelvienne, dépistage urologique) et de réaliser la restitution de leurs travaux. Suite à cette phase, le COPIL a élaboré un e-questionnaire proposant différentes prises en charge spécifiques à chaque VP MMR concernant l’âge de début, le rythme et les modalités de prise en charge pour les cancers suivants : colorectaux, endomètre, ovaire, intestin grêle, pancréas, estomac, voies urinaires, vessie, voies biliaires, sein et prostate. En fonction des réponses au questionnaire initial envoyé début septembre un deuxième tour sera organisé précédant une étape de validation externe au GT sollicitant les sociétés savantes et associations de patients concernées pour aboutir d’ici décembre à la publication d’un référentiel du SL actualisé basé sur un consensus d’experts. L’ensemble des travaux du GT et le nouveau référentiel seront présentés aux Assises de Génétique 2026.

Objectif : Cette étude visait à déterminer la prévalence des variants constitutionnels associés aux tumeurs neuroendocrines duodéno-pancréatiques (TNE-dp) héréditaires afin d’identifier le panel génétique le plus efficient selon l'anamnèse et l’examen clinique des patients. Type d'étude : Nous avons mené une analyse rétrospective de 410 patients adressés au département de biologie moléculaire GEnOPé de Marseille pour un dépistage génétique lié aux TNE-dp. Méthode : Nous avons analysé les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) de ces 410 cas, recherchant des variants (probablement) pathogènes dans le panel le plus efficient contenant les gènes MEN1, NF1, VHL, CDKN1B, TSC1 et TSC2. Les gènes NF1, CDKN1B, TSC1 et TSC2 ne faisaient pas partie des recommandations actuelles pour l’analyse par panel des TNE-dp. Nous avons ensuite combiné ces résultats génétiques avec les caractéristiques des patients et des tumeurs pour déterminer la stratégie d'analyse de panel optimale. La présentation clinique était catégorisée comme « syndromique » en cas d’association d’une TNED et d’au moins un symptôme d’une des maladies syndromiques associées, ou d’« isolé » quand ce n'était pas le cas. Nous avons ensuite sous catégorisé en « familial » ou « sporadique » dans le cas inverse. Résultats : Nous avons identifié 36 patients porteurs de variants (probablement) pathogènes. MEN1 était le plus fréquemment détecté (27 cas), suivi de NF1 (6 cas) et VHL (3 cas). Aucun variant (probablement) pathogène de TSC1, TSC2 ou CDKN1B n'a été trouvé. Les TNE-dp « syndromiques sporadique » et « syndromiques familiales » présentaient des taux de détection significativement plus élevés de variants (probablement) pathogènes (respectivement 20% et 63%) comparés aux TNE-dp « isolées sporadiques » (<2%). Les TNE-dp « isolées sporadiques » représentaient 71% des échantillons analysés au laboratoire alors que TNE-dp « syndromiques sporadique » et « syndromiques familiales » en représentaient seulement 22 et 4 %. Conclusions : Pour les patients avec TNE-dp, l'anamnèse et l’examen clinique devrait rechercher les lésions liées aux néoplasies endocrines multiples de type 1 et 4, à la maladie de Von Hippel-Lindau, à la sclérose tubéreuse et à la neurofibromatose de type 1, ceci afin d’orienter au mieux l’analyse des gènes du panel utilisé, et éviter d’analyser les patients pour lesquels un diagnostic génétique d’une de ces pathologies est déjà existant. D’autre part pour améliorer l'efficacité du panel, nous recommandons de limiter les tests génétiques dans les cas « isolés sporadiques » aux patients de moins de 40 ans ou à ceux présentant des lésions multiples quel que soit l'âge.

Introduction: Le circuit Speedendoc est dédié aux cancers endocriniens graves. Il a pour mission d’optimiser et d’accélérer le diagnostic des patients présentant des pathologies endocriniennes sévères en intégrant une prise en charge multidisciplinaire. Pour les tumeurs thyroïdiennes suspectées de forte agressivité, notamment les carcinomes anaplasiques, les délais diagnostiques conditionnent directement l’accès au traitement et, par extension, la survie. Ce travail décrit la mise en place d’un circuit d’urgence dédié avec des tests moléculaires rapides afin de réduire les délais diagnostiques et orienter précocement la stratégie thérapeutique. Méthodes: Une analyse moléculaire rapide a été réalisée chez des patients présentant des signes cliniques évocateurs (masse cervicale évolutive, volumineuses adénopathies métastatiques). Les prélèvements réalisés par ponction cervicale sont extraits sur Maxwell (Promega), puis analysés par ddPCR (QX200, Biorad) ciblant spécifiquement les mutations BRAFV600E, TERTC228T/C250T (kits ID-BRAF/ID-TERT, ID-Solution). Parallèlement, chaque échantillon bénéficie d’un panel NGS ADN/ARN (AmpliSeq FOCUS, Illumina) afin d’élargir la recherche d’altérations génomiques et de documenter la concordance des résultats. Résultats: De Septembre 2023 à Aout 2025, 41 patients (23 femmes, 18 hommes) ont été inclus. 39 analyses de ddPCR ont été contributives avec un rendu < 48h. Sur 20 échantillons, au moins une des mutations BRAFV600E et/ou TERT a pu être identifiées (9 BRAFV600E + TERTC228T, 4 BRAFV600E seul, 7 TERT seul). La concordance entre ddPCR et NGS pour la détection de BRAFV600E est de 100%. Le NGS a permis d’identifier, en complément, 4 mutations NRASQ61R, deux fusions RET, 2 mutations PIK3CA, ainsi que d’autres altérations ponctuelles impliquant différents oncogènes. Le diagnostic final retenu a été de 21 cancers thyroïdiens ( 9 anaplasiques, 2 peu différenciés et 1 thyroblastome), 6 lymphomes, 5 métastases d’un autre cancer, 3 lésions bénignes et 4 indéterminés (perdu de vue ou décès). Parmi les 13 patients porteurs d’une mutation BRAFV600E, 6 ont pu bénéficier d’une thérapie ciblée anti-BRAF/MEK, avec un délai médian de seulement 11 jours entre la première consultation et l’initiation du traitement et 3 autres patients ont été opérés rapidement. Conclusion: Ce travail démontre la faisabilité et la pertinence d’un parcours structuré intégrant des analyses moléculaires ciblées et rapides dans la prise en charge oncologique d’urgence. L’association ddPCR puis NGS permet d’identifier précocement les altérations actionnables, de réduire les délais critiques entre suspicion clinique et décision thérapeutique, et d’augmenter l’accès à des traitements ciblés ou chirurgicaux dans un contexte de cancers thyroïdiens particulièrement agressifs.

Actuellement, le traitement du cancer de l’endomètre est largement déterminé par la « classification moléculaire », qui inclut la recherche de mutations au niveau des exons 9 à 14 du gène POLE codant pour la région exonucléasique de l’ADN polymérase. Ces mutations sont nombreuses mais ne sont pas toutes pathogènes. Notre étude a porté sur la recherche de mutations du gène POLE chez 80 patientes tunisiennes atteintes de cancers de l’endomètre. L’ADN tumoral a été extrait à partir de tissus paraffinés, puis les exons 9 à 14 ont été séquencés par la méthode Sanger. L’évaluation de la pathogénicité des nouvelles mutations trouvées s’est basée sur des outils in silico et la plateforme d’intelligence artificielle CancerVar. L’analyse des séquences a permis d’identifier trois mutations jamais rapportées auparavant : W410G, C407R et M444R, chez deux jeunes patientes âgées de 27 et 31 ans. L’évaluation bio-informatique suggère que les mutations c.1228T>G (W410G) et c.1219T>C (C407R), présentes chez la même patiente, sont potentiellement délétères, avec un effet synergique aggravant le dysfonctionnement de l’ADN polymérase. La mutation c.1331T>G(M444R), affectant un codon déjà connu pour une mutation pathogène (M444K), pourrait également compromettre la fonction enzymatique. En conclusion, cette étude rapporte trois nouvelles mutations présumées pathogènes du gène POLE, identifiées chez deux jeunes patientes atteintes de cancer de l’endomètre. Le jeune âge de survenue du cancer plaide également en faveur du caractère pathogène de ces altérations, soulignant l’importance du profilage moléculaire dans la prise en charge précoce de cette pathologie. Pour une meilleure évaluation du caractère pathogène de ces mutations, une combinaison des analyses bio-informatiques et cliniques aux données fonctionnelles (charge mutationnelle tumorale) et de conservation évolutive serait nécessaire.

Contexte : Le cancer de l’ovaire est l’un des cancers gynécologiques les plus létaux. Les mutations du gène BRCA1 augmentent considérablement le risque tumoral. L’hypothèse des ARN endogènes compétitifs (ceRNA) met en lumière l’importance des interactions lncRNA–miRNA–mRNA dans la régulation post-transcriptionnelle. L’objectif de cette étude était d’analyser la structure d’un réseau ceRNA et d’évaluer son impact pronostique chez des patientes BRCA1 mutées issues de la cohorte TCGA-OV. Méthodes : Un réseau ceRNA a été construit à partir des fichiers ceRNA_network_edges.csv et ceRNA_hubs.csv. Les nœuds ont été classés (lncRNA, mRNA, miRNA), et les gènes hubs identifiés. En parallèle, une analyse différentielle d’expression (DESeq2) et des analyses de survie (Cox, Kaplan–Meier) ont été réalisées. Résultats : Le réseau comprenait 45 737 nœuds et 23 017 arêtes, dont 44 727 lncRNA. Le hub majeur était PCED1B-AS1 (379 connexions). L’analyse de survie a révélé que TRBV6-1 avait un effet protecteur (HR = 0,5 ; p = 0,00058), tandis que KRT16 était associé à un pronostic défavorable (HR = 1,32 ; p = 3,9e-05). De plus, une expression élevée de ENSG00000162654.9 et TRGC1 corrélait avec une survie prolongée. Conclusion : Nos résultats montrent que certains lncRNA, en particulier les hubs comme PCED1B-AS1, pourraient jouer un rôle central dans la biologie tumorale. Les gènes associés à la survie constituent des biomarqueurs potentiels et des cibles thérapeutiques prometteuses. L’intégration des réseaux ceRNA et des données cliniques ouvre la voie à des approches de médecine personnalisée dans le cancer de l’ovaire BRCA1 muté.

Avec la participation du copil Sovad Introduction L’interprétation des variants somatiques rares demeure un défi majeur en cancérologie moléculaire. Les bases de données internationales sont incomplètes, les recommandations hétérogènes, et les bases locales sont difficile à partager. Sous l’impulsion de l’INCa, une première version de la base SoVaD (Somatic Variant Database) a été développée dès 2019. Elle rassemblait initialement 85 gènes, 477 variants pathogènes rapportés et 1739 variants de signification inconnue (1460 variants uniques). Un premier exercice de curation avait permis de reclasser environ un tiers des variants revus, illustrant l’intérêt de croiser les expériences de plusieurs laboratoires.Toutefois, ses fonctionnalités restaient limitées et l’accès restreint à cause de la structuration des données. Avec le financement du GFCO, SoVaD 2.0 a été développé afin de proposer cette expérience à un plus grand nombre de laboratoire. Elle a été mise en production en septembre 2025. Application SoVaD 2.0 comprend plusieurs changements majeurs : l’anonymisation totale des variants rares, la possibilité d’un accès visiteurs et l’hébergement dans un HDS. SoVaD 2.0 repose toujours sur une architecture modulaire permettant l’importation standardisée de variants au format Excel ou TSV. Chaque variant est automatiquement annoté à partir des principales bases de données internationales, notamment ClinVar, COSMIC, OncoKB et CIViC. Des prédicteurs fonctionnels tels que SIFT, PolyPhen-2 ou CADD évaluent l’impact potentiel des mutations, tandis que des annotations contextuelles précisent la localisation protéique et les effets sur l’épissage. Les données sont restituées sous forme de fiches dynamiques intégrant les classifications proposées par les utilisateurs,. La plateforme est interopérable avec les systèmes hospitaliers via les standards HL7 et FHIR facilitant la possibilité de son intégration dans les flux de routine. Enfin, il offre toujours un accès à un classement ACMG dédié pour le classement des variants somatiques. Depuis sa mise en production, SoVaD a été adoptée par plusieurs centres ce qui a permis d’augmenter significativement la déclaration des variants rares. La plateforme a démontré sa capacité à accélérer le passage d’un statut VUS à une interprétation consensuelle, tout en assurant la traçabilité complète des décisions. Conclusion SoVaD 2.0 constitue aujourd’hui une ressource nationale unique pour l’interprétation collaborative des variants somatiques rares. En associant automatisation des annotations, visualisation interactive et suivi collaboratif, elle favorise l’harmonisation des pratiques, limite l’hétérogénéité des classements sur des panels de plus en plus larges et optimise la prise en charge des patients. Au-delà d’une simple base de données, SoVaD s’affirme comme un outil de médecine de précision, garantissant que chaque patient puisse bénéficier d’une expertise homogène.

Introduction Le néphroblastome, est une tumeur maligne qui se développe à partir du tissu rénal embryonnaire. C’est un problème de santé publique notoire car dans le monde, environs 160.000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. En République du Congo, le néphroblastome occupe le premier rang des cancers chez l’enfant congolais et le gène WT1 n’est pas analysé. L’objectif de l’étude était de décrire les caractéristiques épidémiologiques du néphroblastome en République du Congo et d’identifier l’expression du gène WT1. Matériel et méthodes : Il s’agissait d’une étude transversale descriptive qui s’est déroulée sur une période de 19 ans (2005 à 2024). Elle a porté sur trente-quatre cas de néphroblastomes recutés dans les hôpitaux de Brazzaville, Pointe-noire et Oyo. La méthodologie avait reposé sur une approche progressive qui avait inclue: une enquête épidémiologique, clinique, microscopique suivi d’une analyse immunohistochimique du gène WT1. Résultats : L’étude a permis de définir une prévalence du néphroblastome à 26% par rapport à l’ensemble des cancers pédiatriques. L’âge moyen des patients était de 5 ans avec une prédominance du sexe féminin. Sur le plan clinique, une masse abdominale était retrouvée dans 53% des cas associée à des douleurs abdominales. La microscopie avait retrouvé les trois types histologiques du néphroblastome. On notait une absence d’expression de la protéine WT1 en faveur d’une mutation du gène WT1 dans 58,82% des cas. Conclusion: Le présent travail avait mis en évidence une prévalence du néphroblastome qui le plaçait au premier rang des cancers rénaux et des tumeurs malignes de l’enfant. La microscopie avait identifié les trois types histologiques du néphroblastome qui avaient signés son caractère embryonnaire. L’analyse inumnohistochimique avait indexé le gène WT1 impliqué dans la carcinogénèse de la majorité néphroblastome.

Introduction Les tests génétiques peuvent faciliter le diagnostic d’une personne dans de nombreuses maladies rares mais être aussi utiles pour ses apparentés. Bien que possiblement réalisable par le médecin, cette démarche d’information génétique de la parentèle (IGP), encadrée par la loi depuis 2004, repose en France essentiellement sur le patient. Cependant, comme en témoignent les associations de malades, elle génère parfois des difficultés liées à la transmission d’informations complexes, pouvant impacter les relations intrafamiliales. En 2020, nous avons initié la recherche collaborative IGPrare (pour Information Génétique de la Parentèle dans les maladies rares) grâce à un financement de l’Agence de la Biomédecine. L’objectif d’IGPrare est de comprendre les mécanismes en jeu lors de l’IGP et d’identifier des pistes d’améliorations concrètes pour sa réalisation. Matériels et méthodes IGPrare est une recherche collaborative reposant sur une approche multidisciplinaire, mobilisant patients, professionnels de santé et chercheurs en SHS. Un questionnaire, co-construit par ces acteurs, a été diffusé auprès d’une soixantaine d’associations, de l’Alliance Maladies Rares et des filières. Sa méthodologie d’analyse repose sur une Analyse des Correspondances Multiples suivie d’une classification hiérarchique permettant, sans a priori sur les mécanismes en cause, de mettre en évidence des situations prototypiques d’IGP susceptibles d’être améliorées. Résultats Au total, 685 IGP ont été rapportées, issues d’une centaine de maladies rares. L’analyse statistique a permis, de mettre en lumières 3 groupes d’IGP, distincts à la fois i) dans le contenu de l’information transmise, ii) dans la survenue d’effets délétères individuels et relationnels, et iii) dans l’engagement à réaliser cette mission. Les facteurs associés à une IGP délétère comprennent notamment des problèmes préexistants dans les relations familiales et le manque de connaissance de l'information à transmettre, souvent dû à une mauvaise communication lors du diagnostic initial. D'autres facteurs de risque précédemment suggérés, tels que certaines caractéristiques des maladies et le type de professionnel de santé impliqué dans le processus, jouent peu dans la typologie. Conclusions Ces résultats, parfois contre-intuitifs, soulignent la valeur de l'approche collaborative adoptée pour cette recherche. Cette stratégie et nos résultats fournissent une base factuelle de pistes d’améliorations de l’accompagnement des personnes dans cette tâche délicate d’information des apparentés.

Introduction Les hémoglobinopathies sont les maladies monogéniques les plus fréquentes. Leur identification précoce peut modifier la prise en charge et conduire à des conseils génétiques, avec, le cas échéant, un recours au diagnostic prénatal. Examen de routine le plus prescrit en France, l’hémogramme fournit des paramètres érythrocytaires susceptibles d’orienter un dépistage ciblé à large échelle à coût marginal. Méthodes Nous avons analysé de façon rétrospective et exhaustive 996 864 hémogrammes réalisés sur un an dans un laboratoire de métropole. Les données des explorations martiales (ferritine + marqueur inflammatoire et/ou coefficient de saturation de la transferrine) ont été récupérées. À partir des hémogrammes d’intérêt, quatre indices parmi les plus référencés dans la littérature permettant d’identifier les patients porteurs d’une hémoglobinopathie ont été employés : Mentzer, Jayabose, Green & King, England & Fraser (E&F). Les données de la base nationale OpenBio ont été exploitées comme connaitre la proportion de Français bénéficiant d’au moins un hémogramme annuel. Résultats Parmi 996 864 hémogrammes étudiés, 25 918 présentaient une microcytose marquée et 5 890 d’entre eux n’avaient pas d’argument biologique de carence en fer. L’application des indices a identifié une forte suspicion d’hémoglobinopathie chez 3 164 (avec l’indice E&F) à 5 007 patients (avec l’indice Jayabose), avec une valeur prédictive positive d’hémoglobinopathie de 72 à 93%. Rapporté à l’échelle nationale, un tiers de la population française bénéficiant d’un hémogramme chaque année, les projections réalisées permettent d’estimer à 120 000 personnes le volume de patients potentiellement éligibles à une exploration ciblée, avec une forte proportion d’anomalies constitutionnelles de l’hémoglobine. Conclusion Le dépistage opportuniste des hémoglobinopathies à partir des paramètres de l’hémogramme, renforcé par des indices discriminants simples, permet d’identifier une grande majorité de sujets à risque, souvent sous-diagnostiqués. L’approche est peu coûteuse, scalable et porteuse d’un impact direct en santé publique : amélioration de la prise en charge des patients, orientation vers une consultation de génétique, dépistage familial en cascade, optimisation du suivi préconceptionnel et prénatal. ). Cette stratégie s’intègre sans modification du parcours de soins, mobilise des données déjà disponibles et peut être automatisée dans les logiciels métiers.

Les surdités permanentes néonatales, dont 80 % sont d’origine génétique, constituent le handicap sensoriel le plus fréquent. La systématisation du dépistage néonatal de la surdité depuis 2012 a considérablement amélioré le Processus Diagnostique (PD) de la surdité permettant une prise en charge précoce. Néanmoins, ce PD n’est pas sans conséquences sur le vécu émotionnel, notamment sur le niveau de Stress Parental (SP) : plus de 90 % des parents sont entendants et confrontés pour la première fois au diagnostic de surdité pour lequel ils n’ont pas de connaissances. L’étude menée par le CRMR “Surdités Génétiques” du CHU de Lille et l’Université de Picardie, en collaboration avec d'autres centres hospitaliers français, visait à identifier de manière différenciée le vécu émotionnel et les besoins de pères et de mères normoentendants à différents temps du PD (allant du dépistage jusqu’à sa confirmation diagnostique puis son diagnostic génétique) et à analyser l’influence de facteurs susceptibles d’agir sur le SP. Deux études ont été menées. La première repose sur une analyse qualitative d’entretiens semi-directifs menés auprès de chaque membre de 35 couples (mère et père) visant à explorer leur vécu et leurs besoins ayant émergé au décours du PD de surdité de leur enfant. La seconde étude quantitative concerne 21 dyades ayant rempli des questionnaires évaluant le niveau de SP, les besoins parentaux, ainsi que le degré d’implication parentale et le sentiment d’auto-efficacité. L’analyse des entretiens met en évidence un vécu émotionnel (inquiétudes, détresse, culpabilité...) évoluant au cours du PD, avec une expression plus importante chez les mères. Les deux parents expriment également des besoins en termes d'informations, de soutien psychologique, de contact avec d’autres parents ainsi que le souhait de s’inscrire dans un parcours de soin davantage coordonné. Néanmoins, certains besoins sont spécifiques, comme le besoin d’informations plus présent chez les pères et le besoin d’avoir du temps pour soi chez les mères. L’analyse dyadique des questionnaires identifie les liens existants chez les deux parents entre le SP et le niveau d’implication parentale, le sentiment d’auto-efficacité et les besoins en soutien social. Ces liens sont plus marqués chez les mères. Toutefois, lorsque l’on envisage les relations entre chacun de ces facteurs au sein du couple, les effets du fonctionnement de l’un des partenaires sur le fonctionnement de l’autre ne sont pas identiques. Par exemple, une moindre implication paternelle est associée à un niveau de stress maternel plus élevé. Notre étude démontre des vécus émotionnels, des besoins et des fonctionnements en termes de SP différenciés chez les pères et mères confrontés au diagnostic de surdité de leur enfant. Ces résultats appellent à favoriser l’implication des deux parents dans le parcours de soins afin de les accompagner de manière personnalisée face à ces bouleversements en s’appuyant sur des leviers pertinents.

Grâce à ses progrès techniques et scientifiques, la génétique n’est plus une discipline isolée ou réservée aux cas rares. Elle est désormais pleinement intégrée aux parcours de soins et ce, dans de nombreuses spécialités médicales telles que la pédiatrie, l’oncologie… En conséquence, on constate une augmentation des besoins en compétences génétiques dans les services cliniques de spécialités non génétiques. Le Centre Hospitalier Universitaire de Rouen a intégré en 2024, dans son service de Biologie de la Reproduction-CECOS (BDR-CECOS), un conseiller en génétique (CG) afin de répondre à la hausse des demandes de recours à l’Assistance Médicale à la Procréation (AMP) liées à la révision de la loi de bioéthique de 2021. Les missions du CG dans ce cadre sont variées et adaptées à ses compétences. Une partie de ses missions est réalisée sous la responsabilité d’un médecin du service BDR-CECOS : enquête familiale pour des donneurs et receveurs de gamètes, explication des analyses génétiques prescrites et recueil du consentement écrit. La seconde partie de ses missions est réalisée dans le service de génétique sous la responsabilité du médecin qualifié en génétique (MQG) comprenant des consultations de conseil génétique avec prescription et rendu de résultat supervisés par le MQG, des consultations conjointes avec un MQG, de la formation continue en participant aux staffs de génétique. Pour faciliter le bon déroulement de l’ensemble de ces missions, un routage hebdomadaire avec le MQG a été mis en place permettant la centralisation des avis sur dossier émanant de manière générale du centre d’AMP du CHU de Rouen dans le cadre de l’AMP intraconjugale pour demande de conseil génétique. En 10 mois de prise de fonction, 205 consultations ont été réalisées dans le service BDR-CECOS par le CG, 142 consultations dans le service de génétique dont 21 consultations conjointes avec le MQG. La présence du CG renforce la collaboration entre les services, réduit les délais pour les patients et diffuse l’information génétique en libérant du temps médical. Ce modèle, mis en place dans le cadre de l’AMP, est parfaitement transposable à d’autres spécialités médicales. L’intégration des CG dans les services de spécialités non génétiques représente un modèle organisationnel innovant, structurant pour l’avenir de la médecine génomique sous condition d’un encadrement médical de qualité grâce au lien permanent avec un MQG. Aujourd’hui, on compte 400 CG en France, on estime que 3% d’entre eux travaillent dans des services de spécialités non génétiques. Ce modèle expérimenté à Rouen rend les analyses génétiques accessibles, compréhensibles et intégrées à la médecine de la reproduction. Cette évolution nécessite le maintien d’un lien hiérarchique et légal de prescription entre le CG délocalisé et le MQG. Un complément à la formation initiale dans la spécialité médicale considérée permettrait aux CG d’acquérir des compétences spécifiques nécessaires à l’évolution de leur pratique.

Le dépistage néonatal (DNN) est un outil approprié pour détecter précocement des maladies rares (MR), afin d’instaurer des mesures permettant d'atténuer, voire d’éviter, leurs effets délétères. Depuis plusieurs années, des innovations thérapeutiques majeures se développent dans les MR, ouvrant de nouvelles perspectives pour les patients. De plus, les récentes modifications des lois de bioéthique autorisent désormais les tests génétiques en tant que procédure de DNN de 1ère intention. En parallèle, la baisse du coût du séquençage du génome (GS) ouvre la voie à un élargissement de son utilisation. Enfin, les résultats de l’étude SeDeN visant à étudier l’acceptabilité sociale de l’extension du DNN par l’utilisation des technologies de GS ont montré un fort soutien des professionnels de santé et des parents de jeunes enfants, concernés ou non par les MR, en faveur d'un élargissement du DNN. Ces éléments nous ont conduit à lancer le projet PERIGENOMED afin d'évaluer la faisabilité et la pertinence de l'extension du DNN sur la base d'une analyse ciblée du GS (DNNg) en France. La 1ère partie de ce projet (PGC1), dont les résultats préliminaires sont soumis dans un autre résumé, a déjà montré la faisabilité technique et l’acceptabilité du DNNg dans le contexte de plusieurs CHU. La 2ème phase (PGC2) vise à évaluer la mise en œuvre et les conditions permettant le déploiement national d’un DNNg intégré dans le circuit du DNN classique et réalisé en parallèle de celui-ci. En effet, si la faisabilité technique parait bien démontrée, la performance du DNNg, et notamment le pourcentage de faux négatifs d’un tel programme reste encore peu évalué. De même, son impact en vie réelle sur la santé des enfants et surl’état psychologique des parents, les conditions de son organisation à l’échelle d’un territoire, sa soutenabilité économique et environnementale ainsi que les conditions juridiques et réglementaires de son déploiement doivent être étudiés. Afin de répondre à ces différentes questions, nous nous sommes inspirés du cadre d’évaluation RE-AIM (Reach, Effectiveness, Adoption, Implementation and Maintenance), pour l’appliquer au déploiement du DNNg dans 5 départements couverts par le Centre Régional du Dépistage Néonatal de Bourgogne-Franche-Comté, et caractérisés par leur diversité socio-économique et d’accès aux soins. La présentation proposée permettra de détailler les méthodes longitudinales qualitatives et quantitatives mobilisées pour répondre aux différentes dimensions du cadre RE-AIM et les populations étudiées (nouveau-nés, parents et professionnels). Elle abordera également les méthodes participatives engagées pour améliorer les modalités d’information des couples, en tenant compte de leur niveau de littératie et de leur langue de préférence. Enfin, la présentation envisagera les modalités d’implication et de formation des professionnels impliqués dans le suivi des parents, afin de soutenir leur appropriation et leur adhésion au programme.

Contexte : Les initiatives internationales de dépistage néonatal génomique (DNNg) se sont multipliées grâce aux progrès thérapeutiques et à l’évolution des technologies génétiques devenues plus accessibles. En France, le projet PERIGENOMED comporte deux phases, la 1ère (PGC1) étant une étude de faisabilité et d’acceptabilité portant sur 2 500 nouveau-nés issus de 5 CHU des FHU TRANSLAD et GenOMedS. Méthodes : La France bénéficie d’une organisation unique dans le domaine des maladies rares, regroupant l’ensemble des experts clinico-biologiques au sein de 23 Filières de Santé Maladies Rares (FSMR). Pour définir la liste des gènes et maladies de PGC1, une base de données consolidée a été transmise à ces filières pour expertise, indiquant le nombre d’occurrences de chaque dyade gène/maladie issues de 10 projets pilotes internationaux de DDNg, ainsi que des métadonnées sur leurs caractéristiques. Les FSMR ont été sollicitées pour décider de l’inclusion des dyades de leur champ d’expertise en liste 1 (maladies pédiatriques traitables, définies comme disposant d’un traitement modifiant l’histoire naturelle de la maladie et permettant de limiter fortement ou d’éviter l’apparition de symptômes chez la majorité des patients) ou en liste 2 (actionnables, proposées de manière optionnelle aux parents, définies lorsqu’une action entreprise durant l’enfance modifie son évolution et/ou améliore la qualité de vie de l’enfant, même si la prise en charge n’a qu’un effet partiel, limité à une minorité de patients, avec une efficacité restreinte, ou si des essais thérapeutiques sont attendus à court terme). Une enquête déployée au décours de ce travail, achevé fin 2024, évalue les organisations mises en place au sein des FSMR et les difficultés rencontrées. Résultats : 1 794 dyades (1 525 gènes) figuraient dans au moins un des 10 projets. Seules 41 dyades étaient présentes dans les 10 projets et 180 dans > 6 projets. Parmi les 182 dyades en List1_Work, 147 ont été maintenues en liste 1, 21 ont été rétrogradées en liste 2 et 18 exclues. Parmi les 758 dyades en List2_Work, 220 ont été reclassées en liste 1, 242 maintenues en liste 2 et 37 exclues. 35 dyades absentes de toutes les listes ont été ajoutées en liste 1 et 79 en liste 2. La liste finale 1 comprend 400 gènes et 171 maladies/groupes de maladies ; la liste finale 2 regroupe 407 gènes et 218 maladies/groupes de maladies. L’enquête a soulevé la question de l’expressivité variable des pathologies et de l’interprétation hétérogène des définitions traitables/actionnables. Perspectives : Cette approche garantit l’adhésion de la communauté. Pour la 2ème phase préfiguratrice (PGC2), les FSMR seront sollicitées afin d’élaborer une liste unique de maladies traitables, respectant des critères élaborés par la commission scientifique de prospectives du dépistage néonatal. La définition de la liste de gènes demeure une question centrale, ce qui a justifié la participation au groupe de travail mis en place au sein d’ICoNS.

Objectif : La voie leptine-mélanocortines au niveau hypothalamique est un régulateur clé de la prise alimentaire et de l’équilibre énergétique. L’altération de la signalisation de cette voie chez les patients atteints d’un BBS peut entrainer une hyperphagie (pathologique, faim insatiable) et une obésité sévère. Setmélanotide, un agoniste du récepteur de type-4 aux mélanocortines, a démontré des réductions significatives de la faim et du poids chez ces patients Ce travail rapporte les trajectoires pondérales stratifiées par catégorie de corpulence des patients atteints d’un BBS après un an de traitement. Matériel/Patients et Méthodes : Les patients atteints de BBS ≥ 2 ans issus de 2 études pivotales évaluant l’efficacité de setmélanotide ont été inclus. Les modifications de l'indice de masse corporelle (IMC) pour les patients adultes ≥ 18 ans et du pourcentage du 95ème percentile de l'IMC (%IMC95) pour les patients pédiatriques < 18 ans entre l’initiation et 1 an ont été évaluées et stratifiées par catégories de corpulence (poids normal, surpoids, obésité de classe I, obésité de classe II, obésité sévère de classe III). L'évolution de la faim a également été évaluée. Résultats : Sur 31 patients analysés, 67,7 % présentaient une obésité sévère à l’initiation. Après 1 an de traitement, 14 patients avaient une amélioration de ≥ 1 catégorie de corpulence (45,2 %), dont 2 une amélioration de 2 catégories. Deux patients (6,4%) sont passés d’une obésité / un surpoids à un poids normal. Des améliorations significatives de l’IMC ont été observées chez les patients adultes (intervalle, -8,3% à -9,5%) et des améliorations du z-score de l’IMC ont été observées chez tous les patients pédiatriques (intervalle, -0,16 à -2,32), ainsi que chez les patients âgés de 2 à <6 ans (intervalle -0,16 à -2,32). Au total, vingt-huit patients (90,3 %) ont obtenu une amélioration significative de l’IMC ou du %IMC95. Parmi les 28 patients pour lesquels des données sur la faim étaient disponibles, 25 (89,3 %) ont constaté une réduction de la faim. Conclusion : Chez les patients adultes et pédiatriques souffrant d'hyperphagie et d’obésité associées à un BBS, setmélanotide a diminué l'IMC, amélioré la corpulence et réduit la sensation de faim. L'amélioration de la catégorie de corpulence a été associée à une amélioration de la qualité de vie et une réduction de l'incidence des comorbidités. Ces données chez les patients pédiatriques et adultes viennent renforcer les preuves existantes en faveur de l'utilisation du setmélanotide comme traitement ciblé chez les patients ≥ 2 ans souffrant d'obésité liée au BBS, et soutiennent une initiation précoce chez les patients pédiatriques.

Depuis le 1er septembre 2025, l’amyotrophie spinale (SMA), maladie neuromusculaire grave affectant les motoneurones de la moelle épinière et entraînant une faiblesse musculaire progressive, fait partie des 16 pathologies dépistées à la naissance sur l’ensemble du territoire français. Un diagnostic précoce de cette pathologie améliore en effet l'efficacité des traitements. Nous présenterons le bilan de l’étude DEPISMA, programme préfigurateur du dépistage néonatal de la SMA dans les régions Grand Est et Nouvelle Aquitaine, mené de décembre 2022 à aout 2025. Plus de deux cent cinq mille nouveaux nés ont bénéficié de ce dépistage basé sur la détection de la délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1 par PCR quantitative. L’ensemble des 81 maternités des deux régions a participé au projet. L’exhaustivité du dépistage a atteint 94,4%, dépassant l'objectif initial de 80%. Les refus de participation étaient faibles, mesurés à moins de 2% lors de l’analyse intermédiaire à 1 an. Les résultats du dépistage étaient disponibles en moyenne à 7,4 jours de vie. Au total, 19 cas positifs ont été identifiés. Treize enfants ont bénéficié d’un traitement par thérapie génique, administré à 21,2 jours de vie en moyenne. Huit étaient porteurs de 2 copies du gènes SMN2 et 5 étaient porteurs de 3 copies du gène SMN2. Parmi les 13 enfants traités, 3 étaient symptomatiques avant le traitement, témoignant de l’urgence de la prise en charge. Cinq patients non traités étaient porteurs de 4 ou 5 copies SMN2 : ils bénéficient d’un suivi clinique et électromyographique régulier. Enfin, un patient symptomatique, porteur de 2 copies SMN2, a été accompagné en soins palliatifs. L’évolution clinique de ces patients sera présentée. Une étude ancillaire au projet DEPISMA est en cours portant sur l’évaluation psychologique de l’expérience parentale du dépistage de la SMA (étude PSYSMA). Aucun faux positif n'a été signalé, et un seul faux négatif a été identifié chez un nourrisson porteur hétérozygote composite d’une délétion et d’un variant ponctuel du gène SMN1, une limite connue de la technique utilisée. Par ailleurs, une situation demeure non résolue chez un nouveau-né dépisté positif : le test de confirmation diagnostique a révélé une délétion hétérozygote associée à un variant ponctuel de signification incertaine. Des analyses fonctionnelles sont actuellement menées et un suivi rapproché de l’enfant a été instauré. En conclusion, l’étude DEPISMA a démontré l’acceptabilité de ce dépistage moléculaire (le 1er réalisé en France en première intention), ses bonnes performances ainsi que l’efficacité de la prise en charge clinique précoce des enfants atteints. Les chiffres consolidés de l’étude DEPISMA seront disponibles en janvier 2026, ainsi que les premiers retours concernant la généralisation de ce test à l’ensemble du territoire.

Objectif : Les neuropathies héréditaires représentent un défi diagnostique majeur en raison de leur grande hétérogénéité clinique et génétique. Le programme national Plan France Médecine Génomique 2025 permet désormais le recours au séquençage du génome entier ou whole genome sequencing (WGS) dans le cadre des soins cliniques, en s’appuyant sur deux plateformes nationales, SeqOIA et AuRaGen. Notre étude vise à évaluer l’apport du WGS dans le diagnostic des neuropathies héréditaires débutant avant l’âge de 50 ans et à explorer son impact dans l’identification de nouveaux gènes impliqués. Méthodes : De février 2023 à juillet 2025, 238 prescriptions de séquençage de génome entier ont été reçues pour des cas index présentant une suspicion de neuropathie héréditaire. Les critères d’inclusion des dossiers étaient d’avoir été discutés en réunion plurisdisciplinaire d’experts (RCP) et d’avoir eu une analyse des principaux gènes de neuropathie négative (panel de gènes). Les cas index étaient séquencés majoritairement en trio. 121 dossiers ont été soumis au pipeline de séquençage du génome Auragen et 117 au pipeline SeqOIA. Parmi ceux-ci, 185 analyses ont été réalisées, 26 sont en cours et 27 sont en attente de démarrage. Résultats : Parmi les 185 demandes analysées, 64 (34 %) ont abouti à un diagnostic génétique concluant, identifiant des variants pathogènes dans des gènes connus associés à des troubles neuromusculaires. Sept cas (4 %) ont révélé des variants de signification incertaine nécessitant une validation supplémentaire. Cent quatorze cas (62 %) n'ont pas été concluants, soulignant la complexité de l'architecture génétique des neuropathies héréditaires. Le WGS a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats et, dans certains cas, de réviser le diagnostic initial et de proposer une prise en charge appropriée. Conclusions : Cette étude souligne la valeur ajoutée du séquençage du génome pour raccourcir l’« odyssée diagnostique » des patients atteints de neuropathie héréditaire, avec un taux de rendement diagnostique élevé (34 %) malgré des panels de gènes préalablement négatifs. Le WGS se révèle également essentiel pour la découverte de nouveaux gènes, soutenant son intégration dans le parcours diagnostique des neuropathies héréditaires, en particulier chez les patients jeunes.

L’intégration de la médecine génomique dans le dépistage néonatal (DNNg) révolutionne la médecine préventive en pédiatrie en permettant la détection précoce de pathologies génétiques. Sa mise en œuvre exige toutefois une validation rigoureuse et rapide, depuis l’échantillonnage jusqu’à l’analyse bioinformatique et l’interprétation, en particulier en l’absence de données cliniques et de recommandations internationales spécifiques au DNNg (équivalentes aux critères de l’ACMG pour le diagnostic). Le projet pilote PERIGENOMED-CLINICS 1 vise à évaluer la faisabilité du DNNg en France à partir de 2500 naissances dans 5 CHU, en analysant une liste de 400 gènes (171 maladies précoces et traitables) et une liste optionnelle de 407 gènes (218 maladies actionnables). L'analyse in silico de ces gènes est faite à partir de données de séquençage de génome réalisé dans 2 laboratoires (Dijon, Nantes). Les échantillons d’ADN sont séquencés à partir de sang de buvards de nouveau-nés (NN) en parallèle du DNN classique. Le pipeline bioinformatique comprend contrôle qualité, alignement, appel, annotation et filtrage des variations. Une priorisation automatisée a été définie selon les modes de transmission et des critères stricts : pathogénicité reconnue (ClinVar, listes de laboratoires experts), variations dites « nulles » dans des gènes à perte de fonction connue (LOEUF <0,6 et fréquence dans gnomAD <0,01), et critères spécifiques pour les CNV (taille, rareté, qualité des données). Une interprétation biologique manuelle est requise en cas de variations retenues, de discordance sexe phénotype/génotype ou d’anomalies SMN1/SMN2 ; à défaut, le résultat est automatiquement rendu négatif par e-mail aux parents. Seules les variations génétiques classées pathogènes ou probablement pathogènes sont rendues au clinicien. Depuis mai 2025, 603 NN ont été inclus et 547 échantillons séquencés (0.7% reséquençage) à Dijon. Parmi les 158 (29%) nécessitant une interprétation manuelle, 17 (3%) ont été discutés en RCP avec 7 (1.3%) demandes d’avis d’expert. Au total, 8 résultats positifs ont été rendus : TSC2 (sclérose tubéreuse de Bourneville), GJB2 (surdité congénitale), LDLR*2 (hypercholestérolémie familiale), G6PD*3 (anémie hémolytique) et KCNQ1 (QT long). Un résultat faux-positif a été observé (variation appelée homozygote mais hétérozygote par séquençage Sanger avant rendu du résultat) et un faux-négatif retrouvé après ajustement des critères. Au total, le délai médian du prélèvement du buvard au rendu de résultat aux parents était de 15,7 jours pour les 539 résultats négatifs et au clinicien de 21,85 jours pour les 8 résultats positifs. Cette première expérience démontre la faisabilité de l’extension du DNNg par la médecine génomique. Pour un passage à grande échelle, il apparaît nécessaire d’améliorer l’automatisation de l’interprétation des variations et d’établir des recommandations adaptées au DNNg afin de faciliter et d’harmoniser l’interprétation des variations issues du DNNg.

Contexte : L’arthrogrypose multiple congénitale (AMC) est définie comme la présence de limitations articulaires congénitales touchant au moins deux niveaux articulaires. La diminution des mouvements fœtaux est le mécanisme commun. Plus de 400 gènes sont actuellement associés à l’AMC. Le diagnostic prénatal repose sur l’échographie avec une sensibilité très limitée (30% de diagnostic positif). La classification actuelle identifie trois groupes 1) l'Amyoplasie, 2) les arthrogryposes distales et 3) le troisième groupe ou divers. Alors que le pronostic intellectuel est toujours normal dans les deux premiers groupes, et les malformations ou anomalies fonctionnelles d’organe exceptionnelles, le pronostic global est plus variable dans le troisième groupe. Le conseil prénatal reste donc difficile, même lorsqu'une cause génétique est identifiée. Objectif : L’objectif de notre étude est d’évaluer le taux de détection prénatale des limitations articulaires dans l'AMC, comparer la fréquence des signes échographiques entre les groupes et décrire la fréquence des diagnostics génétiques. Matériel et méthodes : Notre étude s’est appuyée sur le registre « Pediatric and adult registry for arthrogryposis » (PARART, NCT05673265, n = 260 patients) du CHUGA. Les données cliniques, maternelles, prénatales, périnatales et génétiques ont été analysées. Résultats : La cohorte comprenait 118 patients avec Amyoplasie (45 %), 73 avec arthrogrypose distale (28 %), et 69 du troisième groupe (27 %). Un test génétique a été réalisé chez 79 % des patients (56 % des Amyoplasies, 99 % des arthrogryposes distales, 97 % du troisième groupe). Un diagnostic moléculaire a été établi dans 48 % des cas testés dont 3 % des Amyoplasies (formes atypiques), 86 % des arthrogryposes distales, 51 % du troisième groupe. Les cinq gènes les plus fréquemment identifiés étaient PIEZO2, MYH3, ECEL1, ZC4H2 et TPM2. L’échographie prénatale a mis en évidence une anomalie de position articulaire dans 30 % des cas dont 41 % des Amyoplasies, 19 % des arthrogryposes distales et 25 % du troisième groupe. La distribution des anomalies articulaires détectées en prénatal ne différait pas significativement entre les groupes. Les malpositions les plus fréquentes étaient les pieds bots (n = 42) et les mains botes (n = 32). Conclusion : Nos résultats soulignent les limites des approches actuelles pour aboutir à un diagnostic précis en anténatal. Aucun signe échographique n’est spécifique d’un groupe d’AMC. D’autres approches comme l'IRM et l’échographie musculaire fœtale doivent être développées afin de mieux anticiper les besoins périnataux, préparer les familles et améliorer la prise en charge globale des patients.

Depuis 1998, une équipe mobile propose des consultations de génétique sur site dans 40 hôpitaux de jour et instituts médicoéducatifs de la région Ile de France accueillant des enfants et jeunes adultes atteints de troubles du neurodéveloppement (TND) et du spectre autistique (TSA) associés ou non à une déficience intellectuelle. L’équipe est constituée de médecins pédiatres généticiens, d’une conseillère génétique, de deux neuropsychologues et de deux coordinatrices. Les consultations ont lieu en présence des soignants de l’institution. L’unité mobile opère sous l’égide de la Fondation Elan Retrouvé dans le cadre d’une convention avec l’hôpital Necker. Ce nouveau mode d’exercice a permis de recenser des données anamnestiques et environnementales de près d’un millier de patients. Le séquençage de nouvelle génération a considérablement amélioré le rendement diagnostique des TND d'origine génétique, avec en moyenne 45 % de diagnostics génétiques dans la littérature. Dans notre cohorte, les anomalies cytogénétiques représentent 8,2% (dont la moitié de novo) et les causes monogéniques 31,2% (75% de novo). Tous les patients diagnostiqués présentaient un TSA atypique, syndromique et/ou déficitaire. La question de savoir si les cas non diagnostiqués résultent de facteurs environnementaux inconnus ou de causes génétiques méconnues reste ouverte. Les variants pathogènes non codants, les modifications épigénétiques et le mosaïsme somatique postzygotique sont autant de causes génétiques méconnues possibles. Les questionnaires anamnestiques de routine remplis lors des consultations mobiles ont permis de détecter des signaux faibles indiquant de possibles facteurs environnementaux dans la population étudiée1. L’accès au Système National des Données de Santé (SNDS) a permis de montrer que les enfants exposés au VIH et aux antirétroviraux in utero présentaient un risque plus élevé de TND d'origine multifactorielle2. Parmi d'autres signaux faibles détectés, figure la procréation médicalement assistée (PMA). Sur 601 patients atteints de TND suivis dans cette cohorte entre 2019 et 2025, 4,83% étaient issus d'une PMA contre 2,7% dans la population générale (INSEE 2020). Le SNDS devrait permettre de tester la pertinence de certains facteurs environnementaux à l’occasion de la détection de signaux faibles dans la population étudiée. La cohorte rétrospective du SNDS couvre 98,9 % de la population française. L’impact du niveau et de la durée d'exposition à ces facteurs environnementaux pourrait être évalué et ultérieurement testé in vitro. 1. Munnich, A. et al. Impact of on-site clinical genetics consultations on diagnostic rate in children and young adults with autism spectrum disorder. Mol. Autism 10, 33 (2019). 2. Collier, M. et al. Risk of Neurodevelopmental Disorders in Children Exposed to HIV and Antiretrovirals In Utero: A National Cohort Study in France. Clin. Infect. Dis. Off. Publ. Infect. Dis. Soc. Am. 81, 92–100 (2025).

L’avènement du séquençage haut débit de génome a permis un recul significatif de l’impasse diagnostique dans les maladies rares. Malgré tout, près de la moitié des patients reste à ce jour sans diagnostic, notamment du fait de liens gènes-pathologie encore inconnus. Améliorer notre connaissance du génome humain et de ses variations en population générale est primordial pour faire reculer encore l’impasse diagnostique. C’est dans ce cadre que le projet POPGEN a vu le jour, qui consiste en la caractérisation génétique de plusieurs milliers d’individus de la population française issus de la cohorte Constances, avec entre autres le séquençage du génome pour 3 998 d’entre eux. Ces données vont permettre de mettre en place un catalogue de variations génétiques, allant des substitutions nucléotidiques aux variants structuraux, mais aussi les microsatellites. Les microsatellites, ou STRs (Short Tandem Repeat) sont des séquences répétées de 1 à 9 nucléotides et représentent 3% de notre génome. Certaines de ces expansions de nucléotides peuvent être responsables de pathologies. A ce jour plus de 60 pathologies concernées par ce phénomène ont été décrites, la plupart grâce au séquençage haut débit, et d’autres pathologies restent à découvrir. La démocratisation d’outils de recherche d’expansions de nucléotides à partir de données de séquençage courts et longs fragments permet aujourd’hui la détection de nouvelles expansions potentiellement impliquées dans des maladies rares. Le challenge est de les interpréter et pour ce faire, il faut pouvoir les comparer avec des données en population générale pour discriminer les simples polymorphismes des situations pathologiques. Grâce à l’utilisation combinée de deux outils, ExpansionHunter et GangSTR, nous avons pu génotyper près de 800 000 microsatellites sur les individus POPGEN. Ces données nous permettent de dresser un catalogue qui sera rendu disponible pour la communauté afin de mieux interpréter les variations identifiées chez les patients, mais également de mieux comprendre l’architecture génomique de ces séquences répétées, dans le but d’identifier des loci susceptibles d’être instables et de cibler la recherche de nouvelles bases moléculaires de maladies rares. Enfin, ce travail permettra de mieux caractériser la variabilité génétique des individus à l’échelle de la population française, et de pouvoir la comparer aux données issues d’autres projets européens de séquençage en population générale.

Introduction. Plus de 80% des enfants atteints de cancer guérissent, mais souvent au prix de séquelles ou complications tardives retentissant sur la qualité de vie et cause de mortalité prématurée. Les analyses épidémiologiques menées dans les grandes cohortes de survivants à long terme de cancers pédiatriques telles que la cohorte française FCCSS ont permis d’estimer le rôle des traitements anticancéreux reçus dans la survenue de ces effets tardifs. D’’’autres facteurs, en particulier génétiques, sont susceptibles d’interagir avec les traitements et d’être associés à ces effets tardifs. Matériel et méthodes. La cohorte GenEFCCSS comprend 2673 survivants à 5 ans de cancer pédiatrique, disposant d’échantillons sanguins ou salivaires séquencés en génome complet avec la plateforme NovaSeq X+ Illumina, avec une profondeur moyenne de 30X. La cohorte présente un sex-ratio M/F de 1:1, un âge médian au diagnostic de 6 ans (IQR 2–12) et une durée médiane de suivi de 28 ans (IQR 19–36). Les tumeurs pédiatriques les plus fréquentes sont les tumeurs rénales (15 %), le neuroblastome (12 %) et le lymphome hodgkinien (8 %). 1 518 ont reçu une radiothérapie et 2 130 une chimiothérapie. 384 patients ont développé une seconde tumeur. Les fichiers bruts FASTQ ont été soumis à un prétraitement de qualité avec Fastp. Les analyses ont été réalisées via le pipeline nf-core/sarek pour la détection de variants constitutionnels. L’alignement a été effectué avec BWA-MEM2, le marquage des duplicats avec GATK MarkDuplicates, et l’appel de variants avec HaplotypeCaller, suivi d’un joint calling pour générer un fichier VCF de population final. L’annotation des variants a été réalisée à l’aide de la base ClinVar afin d’identifier les variants pathogènes et probablement pathogènes (P/LP) de 129 gènes de prédisposition au cancer. Résultats. 177 variants P/LP ont été identifiés dans les 129 gènes de prédisposition au cancer testés chez 253/2673 patients (9.5%), dont 105 dans des gènes à transmission dominante (n=125) et 72 dans des gènes à transmission récessive sans aucun cas homozygote (n=138). Chez les patients atteints d’un second cancer, une prédisposition génétique a été identifiée chez 30/131 cas diagnostiqués avant l’âge de 25 ans (23%), chez 17/188 cas diagnostiqués entre 25 et 45 ans (9%), et chez 10/36 cas diagnostiqués après 45 ans (27%). Conclusion La cohorte GenEFCCSS est une ressource essentielle pour étudier la susceptibilité génétique aux effets tardifs après traitement d’un cancer pendant l’enfance, et notamment à la survenue des seconds. Les premières analyses retrouvent un enrichissement en variants délétères dans des gènes prédisposant au cancer chez les patients ayant développé un premier cancer avant l’âge de 25 ans. Les analyses suivantes testeront les interactions entre la présence de ces variants et les traitements reçus pendant l’enfance sur le risque de développer un second cancer.

À moins de trois ans de la fin de la période transitoire du règlement IVDR, l’heure est à l’action : les laboratoires doivent se préparer à une refonte réglementaire qui bouleversera durablement le paysage du diagnostic génétique. La mise en application du Règlement (UE) 2017/746 relatif aux dispositifs médicaux de diagnostic in vitro (IVDR), en vigueur depuis le 26 mai 2022, marque une évolution réglementaire majeure dans le domaine du diagnostic biologique. Remplaçant la directive 98/79/CE (IVDD), il vise à renforcer la sécurité des patients, la fiabilité des résultats et la transparence des dispositifs utilisés en laboratoire. Il impose des exigences accrues en matière de documentation technique, de validation clinique, de traçabilité et de surveillance post-commercialisation. L’article 5.5 du règlement IVDR encadre spécifiquement l’utilisation des tests développés en interne (Laboratory Developed Tests – LDT), en imposant aux laboratoires de biologie médicale (LBM) de justifier leur usage par rapport aux dispositifs commerciaux disponibles, tout en assurant une documentation rigoureuse et une gestion qualité conforme. La phase transitoire, s’étendant jusqu’en 2028 selon la classe de risque du dispositif (A à D), ne doit pas être interprétée comme une période de latence, mais comme une opportunité d’anticipation stratégique. En anticipation, le laboratoire Ouilab-Biosphère, membre actif du groupe des biologistes indépendants (LBI), a initié une démarche proactive en développant un workflow de séquençage pangénomique short-read (exome) humain conforme IVDR, applicable à toute indication clinique. L’objectif est de démontrer la faisabilité d’une mise en conformité réglementaire ainsi que de partager le retour d’expérience pour les autres acteurs du domaine. Le workflow mis en place couvre l’ensemble du processus, de l’échantillon d’ADN à l’interprétation biologique et au rendu du compte-rendu au prescripteur. L’outil Platomics, conforme aux recommandations du Medical Device Coordination Group (MDCG), notamment les guides MDCG 2022-8 et MDCG 2022-15, a été utilisé pour générer les documents nécessaires à la constitution du dossier technique IVDR. Ce support numérique facilite la traçabilité, la gestion des risques et la conformité documentaire, tout en s’intégrant dans une démarche qualité globale. L’approche retenue repose sur un workflow unique pour toutes les indications, avec une différenciation opérée au niveau de l’interprétation biologique. Cette stratégie permet une mutualisation des ressources, une simplification des processus qualité et une meilleure reproductibilité des analyses. Elle répond également aux exigences de l’article 10 du règlement IVDR concernant la démonstration de la performance clinique et analytique. Ce retour d’expérience vise à sensibiliser la communauté génétique française à l’urgence d’anticiper les obligations réglementaires en proposant une approche valide pour les analyses pangénomiques.

Les dystrophies myotoniques de type 1 (DM1) et 2 (DM2) sont des maladies génétiques complexes, caractérisées par une grande hétérogénéité clinique. La DM1 est causée par une expansion instable de triplets CTG pouvant atteindre jusqu’à 4000 répétitions. Bien qu’une corrélation entre la taille de l’expansion et la sévérité des symptômes soit observée, cette relation reste insuffisante pour expliquer à elle seule la variabilité phénotypique. D’une part, il est difficile de mesurer précisément les longues expansions par les méthodes classiques. D’autre part, plusieurs facteurs modulateurs contribuent également à cette variabilité, tels que la présence d’interruptions de type CCG et la mosaïque somatique. La DM2 est liée à une expansion instable de répétitions CCTG pouvant aller jusqu’à 11 000 répétitions. Cette expansion s’inscrit dans un motif complexe (TG)x(TCTG)y(CCTG)n, dont la composition varie d’un individu à l’autre. Comme pour la DM1, la caractérisation fine du locus DM2 reste difficile avec les outils diagnostiques actuels. Pour dépasser ces obstacles, nous avons appliqué des technologies de séquençage longue lecture sans amplification (PacBio et Oxford Nanopore) à l’ADN de patients DMs. La méthode PacBio, particulièrement robuste, permet de séquencer avec précision des expansions de plus de 1 000 répétitions, d’analyser leur composition nucléotidique, la mosaïque somatique ainsi que la méthylation des loci pathologiques. Nos premières analyses ont permis d’identifier une famille DM1 présentant une expansion composée à plus de 90 % de CCG, associée à une forme clinique atténuée. Ces interruptions CCG sont fortement méthylées, de même que les séquences flanquantes. Chez les patients DM2, nous avons mis en évidence une forte hétérogénéité génétique et la présence de TCTG de tailles variables en 5’ des CCTG. Ces travaux démontrent l’apport crucial du séquençage longue lecture pour affiner le diagnostic moléculaire, établir de nouvelles corrélations génotype-phénotype, et mieux comprendre les mécanismes responsables de la variabilité clinique interindividuelle.

Introduction La quantification du chimérisme est essentielle après greffe allogénique et pour le suivi de la maladie résiduelle. Actuellement basée sur l’analyse des STR ou la qPCR, elle évolue grâce à l’émergence de technologies comme la digital PCR (dPCR) et le séquençage nouvelle génération (NGS). La dPCR offre une réponse rapide, mais reste peu adaptée aux séries, tandis que le NGS, compatible avec une organisation automatisée, ne convient pas aux situations urgentes. Objectif Cette étude évalue la première solution commerciale de quantification du chimérisme par séquençage de troisième génération (TGS, Nanopore) : la technologie ONtrack (EurobioGendx®), qui ambitionne d’unifier l’approche en série et en urgence avec un même panel de marqueurs. Matériel et méthode Quinze échantillons de contrôle qualité externe (EEQ) et 12 échantillons cliniques (sang total, moelle osseuse, tri cellulaire) de 4 patients greffés ont été analysés. Les quantifications de référence avaient été réalisées par qPCR, dPCR et NGS (LBMR chimérisme, EFS Marseille). La technologie ONtrack a été utilisée selon les recommandations du fabricant. Résultats Les résultats montrent une excellente corrélation avec les méthodes de référence. Un résultat unitaire est obtenu après 2 heures de séquençage, via un logiciel sécurisé permettant un import automatisé des données. Des tests de reproductibilité et de répétabilité mettent en évidence des coefficients de variation satisfaisants, confirmant la robustesse et la fiabilité de la méthode. La sensibilité analytique a été confirmée à 0,5 %, permettant la détection de faibles niveaux de chimérisme. Conclusion / Discussion En conclusion, ONtrack offre des performances analytiques comparables aux méthodes actuelles, avec un atout majeur : la possibilité de couvrir à la fois les situations d’urgence et les analyses en série avec un seul outil, adaptable aux laboratoires à forte ou faible activité.

Introduction La forme classique de déficit en 21-hydroxylase (FC-D21), maladie autosomique récessive, se définit par un déficit en cortisol +/- aldostérone et un excès d’androgènes induisant une virilisation des organes génitaux externes (OGE) des individus 46,XX. Le diagnostic est confirmé par génotypage du gène CYP21A2 habituellement analysé par séquençage Sanger (recherche de variants ponctuels) et MLPA (recherche d’anomalie du nombre de copies). Observation Nous rapportons le cas d’un enfant 46,XX qui présentait une virilisation des OGE à la naissance et un bilan hormonal réalisé à H3 de vie (17OH-Progesterone augmentée à 14.6 ng/ml, ACTH augmentée à 215 pg/ml, delta4-androstènedione augmentée à 15.1 ng/ml, testostérone augmentée à 4.6 ng/ml) permettant de suspecter une FC-D21. Seul un variant pathogène hétérozygote (hérité de la mère) a été retrouvé par les techniques habituelles d’analyses moléculaires (prélèvement paternel non disponible). Une analyse complémentaire par technique NGS short-read (NextSeq500, Illumina) n’a initialement pas identifié de deuxième variant pathogène. Quelques années plus tard, l’analyse du prélèvement paternel a pu être réalisée. Celle-ci retrouvait une discrète séquence chevauchante en Sanger, pouvant être prise à tort pour du bruit de fond, et des pertes d’alignement de lectures en NGS short-read faisant suspecter un réarrangement au niveau de l’intron 2. Une étude par TOPO cloning, technique permettant d’isoler l’allèle portant le réarrangement afin d’en déterminer la séquence précise après séquençage Sanger, a permis d’identifier une séquence insérée de 289 pb. Le BLAST de cette séquence a montré qu’il s’agissait d’un élément transposable de la sous-famille AluYb8. La ré-interrogation des données NGS short-read de l’enfant retrouvait bien des pertes d’alignement de lectures dans la même région. Une PCR long range suivie du séquençage long-read (LRS) (MinION) réalisé a posteriori chez l’enfant a permis de visualiser directement la séquence insérée provenant du père sur un allèle et le variant pathogène provenant de la mère sur l’autre allèle. Un impact de l’insertion d’Alu sur l’épissage est prédit in silico et est en cours d’étude par minigène. Discussion Le phénotype évocateur d’une FC-D21 a permis d’approfondir les investigations moléculaires et d’identifier pour la première fois une insertion d’Alu dans le gène CYP21A2 comme responsable de déficit en 21-hydroxylase. La caractérisation précise de cet évènement est primordiale pour poser le diagnostic chez l’enfant mais aussi pour pouvoir proposer un conseil génétique dans la famille ainsi qu’un diagnostic prénatal au couple en cas de nouvelle grossesse. Le LRS apparaît être un outil essentiel pour repérer plus facilement ce type d’évènement difficilement visible par séquençage Sanger, tout en phasant les variants sans la nécessité d’étudier les parents. Le LRS améliore ainsi le rendement diagnostique et la rapidité de l’étude moléculaire du gène CYP21A2.

L’inactivation bi-allélique constitutionnelle du gène ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated) est responsable de l’ataxie-télangiectasie (A-T). Les patients souffrant de cette maladie ont un risque accru de cancer et sont particulièrement radiosensibles. Au niveau cellulaire, la déficience d’ATM est associée à une forte instabilité génomique. On estime que 0,5 à 1% de la population est hétérozygote pour un variant pathogène (VP) d’ATM. Les porteuses hétérozygotes d’un VP d’ATM ont un risque accru de développer un cancer, notamment un cancer du sein, le plus souvent luminal (RO+) sans aucune caractéristique histologique ne permettant de les distinguer des tumeurs survenant dans un contexte sporadique. Notre objectif était d’évaluer si l’analyse des lames histologiques digitalisées (LHD) de carcinome mammaire par une approche d’apprentissage profond permet de prédire le statut ATM des patientes et d’identifier leurs caractéristiques histologiques. La série de découverte est composée de LHD de cancers luminaux de deux patients A-T, de 44 porteuses hétérozygotes pour un VP d’ATM (N=58 LHD), et de 51 non porteuses (N=129 LHD) inclus dans les études épidémiologiques françaises GENESIS et CoF-AT2. Les résultats ont été répliqués dans une série de tumeurs de patientes incluses dans d’autres études menées par nos collaborateurs du consortium international ENIGMA (19 porteuses d’un VP d’ATM et 22 non porteuses). Le modèle utilisé est celui développé par Lazard et coll. (Cell Rep Med. 2022) pour prédire la signature HRD (Homologous recombination deficiency) des cancers du sein luminaux de porteuses d’un VP de BRCA1 ou BRCA2 à partir des lames de coupes histologiques de leur tumeur. Dans la série de découverte, le modèle entraîné prédit le statut ATM avec une aire sous la courbe (AUC) de 0,90 [IC95% : 0,85-0,95] et une précision équilibrée de 0,80 [IC95% : 0,72-0,88]. Dans la série de réplication, l’AUC est de 0,85 [IC95% : 0,70-1,00] et la précision de 0,67 [IC95% : 0,51-0,83]. Notre approche a également permis de mettre en évidence des caractéristiques histologiques prédictives des tumeurs de porteurs d’un VP ATM : ces tumeurs présentent souvent des cellules carcinomateuses non cohésives, comme observées dans les carcinomes lobulaires infiltrants, et une infiltration dense de lymphocytes, reflétant un micro-environnement enrichi en cellules immunitaires. Ainsi, l’analyse par apprentissage profond de LHD permet de prédire le statut ATM des patientes et d’identifier des caractéristiques histologiques de ces tumeurs. Comprendre le lien biologique entre le phénotype observé et l’inactivation d’ATM est en cours. Identifier ces tumeurs ATM au moment du diagnostic est une première étape vers une médecine de précision personnalisée pour les femmes concernées et pourrait permettre d’adapter le suivi clinique des membres de leur famille si des recommandations de prise en charge spécifiques pour les porteurs d’un VP d’ATM sont définies.

Dans le cadre des pathologies rares, la difficulté à identifier un gène responsable pour établir un diagnostique définitif reste une problématique majeure, malgré les avancées réalisées dans l'étude et les applications de la génomique humaine à visée diagnostique. Pour pallier à cela, certaines approches de machine learning reposant sur des algorithmes de classification ont été mises en œuvre avec succès. Ces méthodes permettent d’orienter le diagnostic d’un patient parmi plusieurs pathologies rares, en s’appuyant notamment sur des signatures spécifiques issues de données "omiques", comme la méthylation de l’ADN (Aref-Eshghi et al., 2018; Sadikovic et al., 2021). Dans cette optique, nous proposons une approche bioinformatique similaire, fondée sur l’analyse de profils d’expression génique obtenus par RNAseq. L’objectif est d’entraîner des algorithmes à partir d’échantillons provenant de patients dont le diagnostic est connu. Il s’agit de créer un modèle capable d’associer un profil d’expression à une pathologie spécifique, plus précisément à la diminution ou l'absence d'expression d'un gène. Une fois entraîné, l’algorithme est capable de proposer, pour un échantillon dont l’origine pathologique est incertaine, une orientation diagnostique fondée sur une score de similarité transcriptomique avec des cas déjà caractérisés auxquels il a été confronté. Ainsi, cette méthode pourrait significativement accélérer et affiner le processus diagnostique, en particulier dans les situations où les données cliniques ou génétiques classiques s’avèrent insuffisantes pour établir un diagnostic définitif. À titre de preuve de concept, nous avons utilisé des données brutes de RNAseq dans lesquelles l’expression du facteur de transcription TCF4 est altérée ou supprimée, mimant le déficit observé dans le syndrome de Pitt-Hopkins, ou encore celle des cofacteurs CBP et EP300, impliqués dans le syndrome de Rubinstein-Taybi. Après traitement et normalisation, nous avons testé plusieurs types d’algorithmes avec ces données. Les meilleurs résultats ont permis une classification des échantillons dont l'expression de TCF4 est altérée ou CBP/EP300 avec une précision et un score de "recall" médians supérieurs à 0.8 pour les 2 cibles. Nous prévoyons également d’évaluer les performances de cette approche sur d’autres pathologies rares liés à une déficience d'expression d'un gène. Il sera notamment nécessaire de tester cette approche avec des données supplémentaires pour évaluer plus précisément les capacités du modèle en conditions réelles. Cependant, l'un des principaux défis réside dans la disponibilité limitée de données transcriptomiques, inhérente à la rareté des pathologies étudiées, et limitant l'entraînement et la validation robuste des modèles prédictifs. Malgré cela, l’approche algorithmique développée dans cette étude constitue un outil prometteur pour l’aide au diagnostic dans le contexte des maladies rares.

Background: TANGO2 deficiency disorder (TDD, MIM 616878) is a rare autosomal recessive condition with early-childhood onset, caused by biallelic pathogenic variants in TANGO2. TDD presents with global neurodevelopmental delay, seizures, dystonia, and hypothyroidism. Affected individuals may also undergo life-threatening episodic metabolic crises marked by acute neurological deterioration, rhabdomyolysis, and ventricular arrhythmias. Recurrent TANGO2 deletions account for the majority of TDD cases (58.2%), with the most common deletions involving exons 3-9 (49.3%) and exons 4-6 (5.5%). Although NGS remains a cornerstone of rare disease diagnosis, its standard pipelines may fail to detect certain SVs, particularly within highly repetitive sequences. This study reports the identification of TDD in two unrelated families using long-read HiFi genome sequencing (GS), which uncovered homozygous deletions missed by standard-of-care short-read exome sequencing. Methods: Long-read HiFi GS was performed on blood-derived genomic DNA using the SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 (Pacific Biosciences). Samples were sequenced on the Revio system (30X coverage), aligned to GRCh38 assembly, and analyzed with Via™ software (Bionano Genomics) for SNVs and structural variants (SVs). Results: Homozygous deletions spanning exons 3-9 in Family 1 (~33.82 kb) and exons 4-6 in Family 2 (~9.40 kb) were identified. These recurrent deletions resulted from genomic recombination between an Alu element and distinct retrotransposon subclasses: ERV1 in Family 1 and L1MB8 in Family 2. The lack of extended homology at breakpoint junctions, deletion sizes, and the dense repetitive genomic context support a replication-based rearrangement mechanism, most consistent with fork stalling and template switching or microhomology-mediated break-induced repair (FoSTeS/MMBIR). The divergent ancestries of reported families, the repetitive architecture of TANGO2, and previously documented deletions exhibiting non-identical breakpoints, further supports independent events rather than a founder effect. Conclusion: This study highlights the diagnostic value of long-read HiFi GS for detecting SVs in repetitive regions overlooked by standard NGS and enabling base-pair level breakpoint characterization. It provides the first evidence of Alu-mediated recombination causing recurrent TANGO2 deletions. These results suggest that TDD prevalence may be underestimated due to undetected SVs. Therefore, visual inspection of the TANGO2 locus should be considered in individuals presenting with the characteristic combination of neurodevelopmental delay or epilepsy, hypothyroidism and episodes of acute metabolic decompensation when standard NGS remains inconclusive, to detect false-negative results. These results echo findings from the SOLVE-RD initiative, in which long-read HiFi GS provided a genetic diagnosis in 11.8% of previously unsolved families and revealed additional candidate SVs in 5.4%.

Le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) est une maladie rare à transmission autosomique récessive. Classée parmi les ciliopathies, elle se caractérise par une atteinte multisystémique touchant de façon variable de nombreux organes (l’œil, le tissu adipeux, les membres, le rein, le cerveau…). À ce jour, plus de 26 gènes BBS expliquent environ 80-90 % des cas diagnostiqués. Le processus diagnostique chez les patients atteints de maladies rares est souvent marqué par une errance diagnostique au niveau clinique en raison de la complexité des chevauchements phénotypiques ou au niveau moléculaire avec la difficulté de classer les variants. L'application de l'intelligence artificielle (IA) en santé est en pleine évolution pour analyser des ensembles de données complexes. L'objectif est d'améliorer la prise de décision et à terme d'automatiser des processus complexes qui nécessitent pour l'instant l'expertise humaine. Dans ce contexte, les grands modèles de langage (LLM), basés sur l'architecture Transformer, traitent les données textuelles à l'aide d'un mécanisme d'attention en les pondérant et en intégrant des dépendances à longue portée. Grâce au calcul de vecteurs sous forme de matrices et aux puissances des cartes graphiques, les textes sont traités en entiers simultanément permettant une compréhension efficace et plus naturelle. Nous avons étudié la capacité d'interprétation et de raisonnement des LLM. Deux agents utilisant le modèle français Mistral8x7B ont été développés en Python 3 et exécutés dans l’environnement CUDA dans un Docker dédié sur un système Linux. L'agent clinique propose des diagnostics différentiels basés sur les signes cliniques, et l'agent génétique évalue la pathogénicité des variants génétiques. Dans le respect des données de santé, ces modèles ont été exécutés sur une machine isolée disposant d’un processeur graphique puissant (Nvidia RTX A6000). Sur une cohorte de 846 patients suspectés d’un BBS, dont les signes cliniques sont recueillis sur un formulaire standardisé et codés informatiquement via une ontologie (HPO), un diagnostic différentiel (5 hypothèses hiérarchisées) pour chacun des patients est automatiquement effectué par l’IA. Les différentes versions de Mistral8x7B ont été évaluées sur deux méthodes de prompts (zero-shot et chain-of-thought). Parmi ces 846 patients, certains ont un diagnostic moléculaire de certitude BBS (428 vrais positifs) ou un autre gène (118 vrais négatifs) et d’autres n’ont pas encore de diagnostic établis. L’évaluation du meilleur modèle indique 92% de sensibilité pour le Top 1 des propositions et une précision de 85%. Les résultats montrent que les LLM sont des solutions d’aide au diagnostic intéressantes et efficaces (90 secondes par patient). Un entrainement spécifique (fine tuning) devrait permettre d’améliorer encore les résultats. Les performances seront comparées aux modèles plus classiques telles que la régression logistique multivariée ou les méthodes random forest.

Introduction: AURAGEN, laboratoire de Biologie Médicale issu du Plan France Médecine Génomique 2025 a une activité dédiée au séquençage très haut débit pour les patients atteints de maladies rares et de cancers. Cette activité, nouvelle dans le domaine de la médecine génomique, a nécessité le développement de nouveaux outils et protocoles, notamment dans le suivi de l’activité, la mise en place de contrôles et d’indicateurs. Méthodes / Organisation: Un suivi des performances du laboratoire a été établi, avec les EEQ, CIL et CIQ, mais aussi run par run, à partir des séquençages des patients. Les métriques de qualité les plus pertinentes ont été recensées, de l’extraction des acides nucléiques au post-alignement. Les outils statistiques permettant d’analyser la variabilité des métriques, ont été mis en place, en tenant compte des conditions environnementales, matériels et humaines. Un outil interne de suivi du contrôle qualité a été développé afin de centraliser et d’automatiser l’évaluation des performances au laboratoire. Des modules interactifs de visualisation permettent d’explorer des statistiques descriptives, des tendances temporelles et des modélisations par splines. Ces modules permettent non seulement de détecter des dérives de performances mais également une comparaison intra séquenceurs/robots. Un système de gestion des alertes a été ajouté pour mettre en évidence les anomalies et faciliter la mise en place d’actions correctives. Résultats Des plans de contrôles internes et un dashboard ont été établis concernant les métriques de qualité à suivre; ils permettent un suivi longitudinal de ces dernières. Seize critères ont été retenus en MR,9 pour le WGS et le WES KC, 7 pour le RNAseq en KC. Selon les métriques, le suivi a été planifié pour des ADN ou ARN de référence ou pour l’ensemble des dossiers séquencés au laboratoire. Les métriques de qualité sont décrites à l’aide de statistiques usuelles (moyennes, médianes, quartiles…) et représentées par des graphiques standards. Les tendances temporelles sont modélisées par des splines, permettant de détecter dérives et valeurs extrêmes. La périodicité du suivi, les seuils d’alerte et des seuils critiques ont été définis, ainsi que 3 niveaux de contrôles: métriques critiques avec des seuils d’alerte ; métriques dont la variation est surveillée et métrique utilisée pour expliquer un dysfonctionnement observé. Le système de suivi et de management des erreurs a ensuite été éprouvé à l’aide de données des 2 dernières années. Conclusion, Perspectives: L’intégration des analyses génomiques et transcriptomiques à très haut débit dans l’activité d’un laboratoire de Biologie médicale nécessite de mettre en place des nouveaux outils de suivi de qualité, et de suivi des dérives et écarts. Cette expérience du laboratoire AURAGEN illustre la faisabilité et les évolutions technologiques et organisationnelles nécessaires pour implémenter les analyses à très haut débit en oncologie et dans les maladies rares.

Introduction : Les néphropathies tubulo-interstitielles autosomiques dominantes associées à MUC1 sont caractérisées par des variations situées dans une région de répétitions en tandem à nombre variable (VNTR), rendant leur détection difficile via les méthodes classiques de séquençage en short reads. L’utilisation d’outils bioinformatiques dédiés (comme VNTyper, SharkVNTyper) permet de dépister la présence du variant 27dupC, variant le plus fréquemment décrit. Cependant, une méthode confirmatoire (Snapshot PCR ciblée) est nécessaire et la performance de détection des autres variants n'a pas été évaluée. . Le but de ce travail est d’évaluer l’utilisation du séquençage long read Nanopore, dans la détection des variants situés au sein du VNTR de MUC1. Méthodes : Nous avons testé deux méthodes de séquençage long read via Nanopore : une reposant sur une analyse ciblée par long range PCR, et une par adaptive sampling utilisant un panel in silico de 404 gènes décrits comme étant associé à une néphropathie ou le génome entier. Par LR-PCR, l’intégralité du gène MUC1 est amplifié. Les lectures sont alignées sur un fichier de référence de séquences de MUC1 de différentes tailles, permettant de dégager deux groupes de lectures correspondant aux deux allèles. En adaptive sampling, les lectures de séquençage correspondant à la région de MUC1 sont haplotaggées et une séquence consensus par haplotype est réalisée. Ces séquences sont alignées sur génome de référence T2T. Résultats : Par PCR, parmi 36 patients analysés, les résultats sont concordants avec les résultats de Snapshot PCR 27dupC pour 35 patients. Pour le dernier patient, le variant 28dupA a été mis en évidence par PCR ; ce variant n’est pas recherché par Snapshot . En adaptive sampling, le variant 27dupC présent chez 4/4 individus contrôle positif a bien été retrouvé. Le variant a également été retrouvé chez une patiente avec forte suspicion clinique mais avec Snapshot PCR négative. La négativité de la Snapshot PCR est probablement liée à la présence d'un autre variant entrainant un allèle drop out. De plus, l’utilisation de séquençage long read permet de déterminer le nombre de VNTR pour chaque allèle et de localiser la position du variant au sein du VNTR, ce qui était impossible par les méthodes utilisées jusqu’à présent. Conclusion : Le séquençage long read permet la détection de variants pathogènes au sein du VNTR de MUC1, impliqués dans la néphropathie tubulo-interstitielle autosomique dominante, avec une sensibilité qui semble meilleure que par la technique de référence en France jusqu’à présent. De plus, cette méthode permet d’obtenir des informations complémentaires (taille du VNTR, localisation du variant frameshift, méthylation), pour lesquelles la corrélation génotype/phénotype est à effectuer.

Introduction Le diagnostic de chondrodysplasie létale est établi sur signes d’appel échographiques dans 99% des cas. L’évaluation clinique ou fœtopathologique et l’analyse génétique affinent le diagnostic nosologique. Parmi les chondrodysplasies létales, le groupe hétérogène des dysplasies spondylodysplastiques sévères (SSDD) associe micromélie, thorax étroit et platyspondylie. Nous rapportons le cas d’un fœtus atteint d’une SSDD extrêmement rare, porteur homozygote d’un nouveau variant faux-sens pathogène du gène SLC35D1. Cas clinique Il s’agit de la première grossesse d’un couple apparenté. L’échographie du 1er trimestre révèle un œdème diffus, une micromélie et un thorax étroit, évoquant une chondrodysplasie létale et motivant une trophocentèse à visée génétique. Les analyses par PCR aneuploïdies, FISH du chromosome X, caryotype et CGH-array sont normales. L’évolution montre une macrocrânie, une absence de cavité septale et des intestins hyperéchogènes, orientant le couple vers une interruption médicale de grossesse réalisée au terme de 16 SA. Les radiographies post-mortem mettent en évidence des os longs très courts, des métaphyses larges, une platyspondylie sévère et des os iliaques hypoplasiques avec une projection médiane en forme d’escargot. L’examen fœtopathologique confirme les signes échographiques, décrit une dysmorphie faciale et une fente médiane du palais postérieur. Le diagnostic de dysplasie de Schneckenbecken (SBD) est évoqué. L'aspect histologique fémoral complète l'examen et retrouve des anomalies cartilagineuses très en faveur du diagnostic. Le séquençage de l’exome sur culture de villosités identifie le variant SLC35D1 NM_015139.3:c.972C>G p.(Ser324Arg) à l’état homozygote, hérité des deux parents. Ce variant est absent des bases de données d’individus contrôles et de sujets atteints. Il affecte un résidu très conservé et est prédit pathogène par l’ensemble des logiciels (CADD=26,9). Ces éléments, associés au caractère très évocateur des radiographies, nous ont permis de classer ce variant comme probablement pathogène. Discussion La SBD est une dysplasie ostéochondrale létale et très rare, de transmission autosomique récessive. Elle peut être suspectée en anténatal devant des os longs courts, un thorax étroit, une fente palatine et un œdème sous-cutané. L’aspect radiographique en escargot des ailes iliaques lui donne son nom. La SBD est liée à la présence de variations bi-alléliques majoritairement tronquantes dans le gène SLC35D1, qui code un transporteur de sucres nucléotidiques essentiel à la synthèse des protéoglycanes de la matrice cartilagineuse. À ce jour, une dizaine de variants seulement ont été rapportés dans la SBD, dont quatre variants faux-sens, associés aussi bien à des formes létales classiques qu’à des formes viables de type “SBD-like”. Notre observation enrichit la description moléculaire de la SBD et confirme à ce jour l’absence de corrélation entre la nature ou la localisation du variant et le phénotype.

Les dysplasies épiphysaires multiples (DEM) constituent un groupe hétérogène de pathologies osseuses caractérisées par un retard d’ossification des épiphyses, des douleurs articulaires précoces, une arthrose prématurée et une petite taille modérée. Les principaux gènes impliqués concernent le développement du cartilage et de l’os (COMP, MATN3, COL9A1-3, CANT1, SLC26A2). L’implication de FGFR1 dans les DEM a été proposée en 2020, avec la description d’un variant frameshift de novo localisé dans l’exon terminal. Nous rapportons ici une cohorte internationale de 13 patients porteurs de variants frameshift C-terminaux de FGFR1, issus de deux familles (3 cas et 9 cas respectivement) ainsi que le patient précédemment publié. Tous présentent une DEM sans atteinte vertébrale, avec un début des symptômes entre 3 et 13 ans et une pénétrance complète. Le genu valgum est quasi constant, et la majorité des patients ont subi plusieurs interventions chirurgicales. Une petite taille modérée est retrouvée en majorité, et un hypogonadisme hypogonadotrope est retrouvé dans environ la moitié des cas. Dans les trois familles, les variants entraînent la même élongation C-terminale de 164 acides aminés, générant une néostructure sans homologie connue mais suggérant un possible effet antimorphe. Ces résultats confirment FGFR1 comme nouveau gène de DEM et précisent le spectre clinique associé, ouvrant la voie à des perspectives fonctionnelles et diagnostiques nouvelles.

La maladie des exostoses multiples, caractérisée par la présence d’ostéochondromes, est une cause fréquente de consultation de génétique. Il s’agit d’une ostéochondrodysplasie d’origine génétique, de transmission autosomique dominante, en rapport avec des variants mono-alléliques des gènes EXT1 # 133700 ou EXT2 # 133701. Une analyse moléculaire est fréquemment proposée afin de confirmer le diagnostic qui est clinico-radiologique. 30 patients sont analysés par an dans cette indication sur notre panel dédié aux atteintes lytiques / condensantes / proliférations anarchiques du tissu osseux, par séquençage haut débit (NextSEq-500 Illumina). Une cause moléculaire est identifiée dans plus de 95% des cas. Nos résultats sont discutés en réunion clinico-biologique afin de confronter le résultat moléculaire au phénotype. Lorsque qu’aucun variant pathogène ou probablement pathogène n’est identifié chez un patient présentant un phénotype typique, une étude par séquençage de génome entier est proposée dans le laboratoire SeqOIA, via le PFMG 2025. Cette étude a permis d’identifier la cause moléculaire pour 3 patients: - Le 1er patient (46 ans) présente une forme sévère de la maladie avec de nombreuses exostoses ayant un retentissement douloureux et fonctionnel. Plusieurs exostoses ont bénéficié d’une exérèse chirurgicale. Une inversion de novo du chromosome 8 avec un point de cassure dans l’intron 1 du gène EXT1 a été identifiée. - Le 2eme patient (20 ans) présente une forme modérée de la pathologie caractérisée par la présence de plusieurs exostoses sur le fémur et le tibia gauche, dont une a nécessité une intervention chirurgicale. L’étude moléculaire a montré une insertion de 4 nucléotides de novo en mosaïque (VAF dans le sang à 9%, 5 reads variants/58) dans l'exon 1/11 du gène EXT1. Cette variation c.427_430dup, p.(Tyr144PhefsTer46), est prédite pour être responsable d’un décalage du cadre de lecture avec apparition d’un codon stop prématuré. - La 3eme patiente (15 ans) présente plusieurs exostoses ayant nécessité une intervention chirurgicale (exérèse d’exostoses au niveau des 2 avant-bras, du membre inférieur droit, des côtes et d’une vertèbre cervicale), en raison de conséquences douloureuses et fonctionnelles. Elle est porteuse d’une insertion dans l'exon 1 du gène EXT1. Cette insertion est survenue de novo et correspond à l'insertion d'une séquence Alu (probablement AluYb8) d’environ 300 pb au sein de l'exon 1 de EXT1, ayant pour conséquence possible la synthèse d'une protéine EXT1 anormale ou l'absence de synthèse de cette protéine. Ces observations soulignent l’importance de la discussion clinico-biologique pour les patients dont l’analyse moléculaire est non conclusive afin d’évaluer la pertinence de la poursuite des investigations. Le séquençage du génome est souvent réalisé dans ces situations et permet de mettre en évidence des variants non détectables par panel.

Introduction : Le syndrome de Bruck est une maladie ultra-rare (<50 cas décrits), caractérisée par l’association dès la naissance d’une fragilité osseuse et de rétractions articulaires, classiquement associé à FKBP10 (BRKS1, MIM 259450) ou PLOD2 (BRKS2, 609220). Nous rapportons les données de 12 patients, permettant d’étendre le spectre clinico-moléculaire et rechercher des corrélations génotype-phénotype, en incluant notamment des variations pathogènes inédites de COL1A1 et COL1A2. Méthodes : Nous avons inclus des patients présentant l’association d’une fragilité osseuse et de rétractions articulaires congénitale, suivis dans le CRMR MOC. Ils ont tous bénéficié du panel NGS fragilité osseuse et/ou un séquençage génomique complet (plateformes de génétique moléculaire de Necker et du laboratoire SeqOIA). Résultats : La cohorte comprend 12 patients (11 garçons et seulement 1 fille), avec 7 cas familiaux et 5 cas isolés. Le diagnostic moléculaire a été confirmé à 20 mois en moyenne. Dix ont eu au moins une fracture (dont 50 % néonatale), touchant surtout tibias, côtes, fémurs et humérus. Les contractures touchent principalement pieds, hanches et genoux. Quatre patients (1/3) ont des complications cervicales sévères avec impression basilaire. Des complications respiratoires sont retrouvées chez 4 patients (1/3) et deux patients (16%) sont toujours trachéotomisés à l’âge de 18 ans. Aucun n’est autonome à la marche mais tous ont un développement cognitif parfait. Les signes associés à l’ostéogenèse imparfaite (dentinogenèse imparfaite, sclérotiques bleutées et surdité) sont présents chez 2 patients. Les radiographies montrent une cyphoscoliose progressive (66 %) et une protrusion acétabulaire sévère (42 %). Nous avons identifié des variants bialléliques dans PLOD2 (17 %) et FKBP10 (50 %), ainsi que, pour la première fois, des variants monoalléliques dans COL1A1 et COL1A2 (33 %). Les patients COL1A1/A2 présentent tous : dentinogenèse imparfaite, sclérotiques bleutées et surdité, signes absents chez les patients FKBP10 et PLOD2 ; ils avaient également plus de fractures (moyenne 16,5). Les patients PLOD2 montraient une fragilité sévère, avec complications respiratoires précoces et impression basilaire marquée. Les patients FKBP10 avaient moins de fractures mais une allodynie et des déformations progressives sévères. Un patient COL1A1 a une atteinte respiratoire sévère, sans cause moléculaire associée identifiée en génome. Conclusion : Nous rapportons la plus grandes série de syndrome de Bruck et mettons en évidence l’implication inédite de COL1A1 et COL1A2. La majorité des patients présentent une forme sévère, progressivement déformante, avec complications respiratoires et douleurs quotidiennes invalidantes. Un dépistage cervical précoce et une prise en charge orthopédique, respiratoire et fonctionnelle (appareillage, kinésithérapie, CPAP) sont essentiels. Malgré leur atteinte motrice, ces enfants présentent un développement cognitif et social préservé.

Les Epidermolyses Bulleuses Héréditaires (EBH) sont un groupe de maladies rares caractérisées par une fragilité de la peau conduisant à la formation de bulles et d’érosions cutanées (parfois muqueuses) par désunion entre l’épiderme et le derme. Elles touchent environ 1 nouveau-né sur 20 000. Leur gravité est très variable, allant d’une gêne mineure à des formes rapidement incompatibles avec la vie en passant par des affections chroniques responsables de handicaps sévères par leurs complications infectieuses, nutritionnelles, cicatricielles, fonctionnelles voire viscérales. On distingue trois groupes d'EBH selon le niveau de clivage dans la peau. Au sein de chacun de ces trois groupes il existe plusieurs formes cliniques d’EBH distinguées par leur symptomatologie et leur mode de transmission héréditaire. Des RCP mensuelles du Centre de Référence Maladies Rares (cliniciens et infirmières) permettent l’orientation du diagnostic clinique ainsi que des avis et recommandations pour la prise en charge des patients. Lorsqu’une biopsie cutanée est possible, la détermination du niveau de clivage par immunofluorescence est la première étape du diagnostic. Le niveau de clivage est apprécié de façon rapide et précise par l’utilisation d’anticorps dirigés contre différents constituants de la jonction dermo-épidermique. Cette étape permet une orientation de l’analyse moléculaire mais également une réponse rapide dans l’urgence de la prise en charge néonatale (pronostic vital, évolution). Des marquages spécifiques permettent parfois la validation fonctionnelle des variants de signification incertaine (VSI) identifiés lors de l’étude génétique. L’identification des variants pathogènes responsables de la maladie permet un conseil génétique aux familles et la réalisation d’un diagnostic prénatal. Si un sous-type est diagnostiqué cliniquement et/ou histologiquement, un séquençage Sanger est réalisé. En deuxième intention ou en l’absence d’orientation, un panel de 34 gènes impliqués dans les EBH et Fragilités cutanées est analysé par séquençage haut débit. Résultats : Sur la période janvier 2022- août 2025, 132 cas index ont été reçus par le centre de référence. L’analyse histologique sur 28 biopsies cutanées reçues en bon état a permis d’établir un diagnostic différent de l’orientation clinique initiale dans 68% des cas, 90% ont été ensuite confirmés lors de l’analyse moléculaire. De son côté, l’analyse moléculaire des 132 cas index a permis un taux d’élucidation de 85%, dont environ 45% de résultats obtenus par NGS. Cette démarche réduit l’errance diagnostique à 3 mois en moyenne. En cas d’impasse diagnostique (15%), une demande d’analyse du génome par les laboratoires du Plan France Médecine Génomique (PFMG) est réalisée dans la préindication Génodermatose. L’extension des études génétiques aux diagnostics différentiels des EBH et le recours à des méthodes de validations fonctionnelles des VSI permettront de réduire les impasses diagnostiques des fragilités cutanées.

Contexte et objectifs L’activité de néphrogénomique adulte contribue à mieux comprendre les maladies rénales d’origine génétique de l’adulte afin de poser des diagnostics plus précis, adapter les prises en charge médicales et orienter les décisions thérapeutiques ou de transplantation. Sur le GHU Sorbonne Université, près de 800 exomes (WES) en néphrologie sont externalisés chaque année dans le cadre de l’activité du CRMR MARHEA GHU Sorbonne. Ce projet décrit la structuration d’une plateforme de néphrogénomique adulte : constitution des équipes, choix technologiques (wet-lab, pipeline bioinformatique), accès à un séquenceur à haut débit, logistique des données (intégration d’un e-CRF, paramétrage du Système de Gestion de Laboratoire) et premiers résultats cliniques. Mise œuvre Le projet a débuté avec l’attribution de 20 % d’un ETP médical et l’accès à un séquenceur NovaSeqX (Illumina) via une convention avec l’ICM. L’objectif était de ré-internaliser progressivement les WES en s’appuyant sur une stratégie d’autofinancement via un séquençage à coût optimisé par échantillon. Un wet-lab a été choisi pour la préparation des échantillons et des librairies (Roche). L’analyse bioinformatique repose sur l’association du pipeline de SeqOne et d’un pipeline maison. Le dépistage du variant 27dupC de MUC1 a été rendue possible du fait de la profondeur moyenne à 100X obtenue en WES. Le recueil des données cliniques est réalisé via l’e-CRF RedCap du Département de néphrologie de Tenon et l’ensemble du flux est intégré dans le SGL Genno. Sur le plan humain, un technicien a été recruté suite à son stage de DUT. Par la suite, un biologiste à temps plein a été recruté pour superviser les activités. Résultats Au 1er juillet 2025, 278 cas index adultes ont été analysés par WES, principalement en solo. Un diagnostic moléculaire a été établi dans 55/278 cas (19,7 %), avec 27 gènes différents impliqués. Les gènes COL4A3/4/5 (syndrome d’Alport) et PKD1 (polykystose autosomique dominante) représentent 26/55 diagnostics (47%). Par ailleurs, un génotype à risque APOL1 a été identifié chez 25 patients. Cette activité est en pleine progression avec un objectif de 300 WES/an et est complétée par une lecture de génome (pré-indication Néphropathie chronique) pratiquée sur la plateforme nationale Seqoia (116 dossiers analysés). En parallèle, une activité de séquençage Oxford Nanopore Technologies® a été développée en partenariat avec le département de néphrologie du GHU Sorbonne et le CNR-MAT, pour orienter rapidement la prise en charge des syndromes hémolytiques et urémiques atypiques (42 patients rendus). Conclusion Cette organisation permet aujourd’hui au GHU Sorbonne Université de disposer d’une plateforme intégrée, autonome et innovante de néphrogénomique adulte. La mise en place progressive, soutenue par une stratégie collaborative, garantit la pérennité du dispositif, tout en assurant un équilibre économique durable au sein du département de Génétique médicale.

Introduction Le diagnostic génétique des maladies respiratoires rares reste complexe en raison de leur forte hétérogénéité clinique et moléculaire. Si le séquençage haut débit a transformé la prise en charge des maladies constitutionnelles, de nombreux patients demeurent sans étiologie identifiée malgré des panels de gènes ciblés orientés par le phénotype. Actuellement, une cause génétique est retrouvée chez environ 90 % des hypoventilations centrales (HC) et 70% des dyskinésies ciliaires primitives (DCP), mais beaucoup plus rarement (< 20%) dans les formes isolées d’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP), les pneumopathies interstitielles diffuses (PID), les anomalies syndromiques du développement pulmonaire (ADP) ou les bronchectasies idiopathiques (DDB). L’ouverture de la pré-indication « Maladies respiratoires rares » (IMR0029) en mars 2020 a permis aux patients en impasse diagnostique d’accéder au séquençage génomique complet (WGS), après validation en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP). Nous présentons ici les résultats combinés des plateformes nationales de séquençage très haut débit SeqOIA et AuRAgen pour cette pré-indication. Résultats Sur 5 ans, 98 prescriptions ont été effectuées, 59 (60%) sur SeqOIA et 39 (40%) sur AuRAgen. A ce jour, 63 dossiers ont été interprétés : 6 dossiers (9%) étaient concluants et 49 dossiers non conclusifs. Les 6 cas formellement diagnostiqués présentaient des symptômes de DCP (n=1, ARMC4), HTAP (n=1, TBX4), HC (n=2, HMBS, SOS1), PID avec déficit immunitaire (n=1, NFkBX) et DDB (n=1, CFTR). Huit dossiers, rendus non conclusifs, présentaient des variants de signification incertaine nécessitant des investigations complémentaires (études de ségrégation élargies ou tests fonctionnels) pour statuer : PID (n=4), HTAP (n=3), DCP (n=2). Les rendements diagnostics les plus élevés sont observés pour des phénotypes très spécifiques avec des tests diagnostiques bien établis de type DCP, HC ou HTAP, avec des gènes bien caractérisés. Le taux diagnostic est plus bas pour les pathologies plus hétérogènes comme les PID de l’enfant ou de l’adulte, les DDB et les ADP. Conclusion Le WGS a permis d’établir un diagnostic chez plus de 9 % des patients de la pré-indication IMR0029, avec des performances variables selon le phénotype. Ce rendement diagnostic devrait augmenter dans les prochaines années avec l’évolution des connaissances. La pénétrance incomplète, le caractère possiblement polygénique de certaines pathologies, l’influence environnementale, l’âge variable de début des symptômes et la complexité syndromique compliquent l’interprétation. Ces résultats soulignent l’importance d’une expertise multidisciplinaire et de stratégies d’analyse évolutives pour optimiser le diagnostic génétique dans ce contexte.

Le dépistage néonatal (DNN) de la mucoviscidose permet un diagnostic et une prise en charge précoces qui ont contribué à améliorer le pronostic des patients. En France, il est basé, depuis sa généralisation en 2002, sur un test de la trypsine immunoréactive (TIR) à 3 jours de vie et la recherche de variants du gène CFTR, puis d’un test de la sueur. La technique de biologie moléculaire (BM) actuellement utilisée permet la détection de 29 variants fréquents associés à la mucoviscidose à partir de la même tache de sang sur buvard. Cette technique, bien que robuste, ne sera plus commercialisée en 2028, du fait des contraintes de la future règlementation européenne IDVR. Afin d’assurer la continuité du dépistage par BM, les laboratoires de génétique des CHU de Brest et Montpellier ont évalué les performances de deux trousses commerciales 4bases CFTR panel (Adgenix) et Devyser CFTR-NGS et d’un panel communautaire Ampliseq® CFTR (Thermo Fisher), pour l’analyse du gène CFTR à partir d’ADN extraits de buvards. Les librairies sont obtenues par une approche amplicon pour les trois solutions. Les ADN témoins ont été extraits par trois méthodes différentes et le séquençage a été réalisé sur MiSeq et MiniSeq (Illumina). Les critères de comparaison étaient les flux de travail (étapes, durée), la qualité des données brutes de séquençage et les performances de détection des variants ponctuels (SNV) et les petites insertions et délétions. Nous avons séquencé respectivement 24, 16 et 45 échantillons par les techniques Ampliseq® CFTR, 4bases CFTR panel et Devyser CFTR-NGS. Les concentrations d’ADN de départ étaient faibles : de 0,06 à 5,45 ng/microlitre. Le protocole du panel Ampliseq® CFTR a permis d’obtenir des données brutes de très bonne qualité et de détecter tous les variants testés (n=27), mais il n’est par certifié CE-IVD. Il est plus long et complexe que celui des trousses commerciales, qui peut être réalisé sur une journée. La trousse CFTR panel n’a pas permis d’obtenir des données brutes de qualité suffisante et l’un des variants CFTR n’a pas été détecté (sensibilité de 93,33%). La trousse Devyser CFTR-NGS a permis d’obtenir des données brutes de bonne qualité. La solution d’analyse Amplicon Suite fournie avec cette trousse a détecté tous les variants testés avec une sensibilité de 100% (n=88 allèles mutés), dont deux variations du nombre de copies (CNV) sur les deux plateformes de séquençage. En conclusion, la trousse Devyser CFTR-NGS est applicable au DNN de la mucoviscidose, de par sa rapidité et ses performances à partir de très faibles quantités d’ADN, quelle que soit la plateforme de séquençage utilisée. Amplicon Suite permet également de créer des filtres in silico pour détecter en premier lieu un nombre restreint de variants fréquents, puis d’élargir l’analyse chez les enfants porteurs d’un seul variant fréquent et présentant un test de la sueur positif, afin de poser leur diagnostic plus rapidement et sans nécessiter un deuxième prélèvement.

Introduction : Le gène MYL2 code pour une chaîne légère régulatrice de la myosine, essentielle à la stabilisation de l’interaction actine-myosine au sein du sarcomère. Selon les consensus d’experts, des variants délétères du gène MYL2 sont formellement impliqués dans les cardiomyopathies hypertrophiques (CMH) de transmission autosomique dominante, tandis que leur rôle dans les cardiomyopathies dilatées (CMD) reste incertain. En raison de la faible prévalence des variants de ce gène, les corrélations génotype-phénotype sont limitées, rendant l’interprétation des variants difficile. Objectifs : Cette étude a pour but de recueillir les données phénotypiques de patients présentant un variant d’intérêt unique dans le gène MYL2, et d’établir leurs relations avec la nature et la localisation de ces variants. Matériel et Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective multicentrique nationale (laboratoires de la filière CARDIOGEN) incluant les patients porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène (classification ACMG) identifié dans le gène MYL2 lors d’un séquençage pour suspicion de cardiopathie héréditaire. Les patients porteurs d’un autre variant pathogène/probablement pathogène pouvant expliquer le phénotype ont été exclus. Résultats : Sur une cohorte initiale de 118 cas index porteurs d’un variant du gène MYL2, 106 ont été retenus. Parmi eux, 46% étaient des femmes et 54% des hommes. L’âge moyen au diagnostic était de 42 ans (0-74). La distribution phénotypique montrait que 74% (n = 78) présentaient une CMH avec une mesure de septum interventriculaire moyenne de 20.5 +/- 5.3mm, 19 % (n = 20) une CMD avec une fraction d’éjection du ventricule gauche moyenne de 28.3 +/- 12%, et 7% (n = 8) une autre forme de cardiomyopathie, incluant cardiomyopathie restrictive, non-compaction du ventricule gauche ou mort subite. L’analyse moléculaire a permis d’identifier 64 variants distincts de MYL2, dont 83 % (n = 53) étaient des variants faux-sens. De plus, l’étude de la répartition des variants au sein de la protéine a mis en évidence un enrichissement significatif dans le domaine de liaison au calcium EF-hand 1 (OR = 2,096 ; p = 0,0082). Le Burden test comparant les patients atteints de CMD à la population contrôle GnomAD v4.0.1 a montré une association significative entre les variants de MYL2 et la CMD (OR = 3,577 ; p = 0,00045). Enfin, dans la région N-terminale, les variants sont plus fréquemment associés à une CMD qu’à une CMH (OR = 9,18 ; p = 0,015). Conclusion : Cette cohorte nationale, la plus importante à ce jour pour le gène MYL2, apporte des éléments de preuve allant dans le sens de l’implication de ce gène dans la CMD. Nous montrons aussi un enrichissement significatif des variants dans le domaine de liaison au calcium EF-hand 1, et une association des variants N-terminaux avec la CMD. Ce travail permet d’accroitre les connaissances sur le gène MYL2, et d’améliorer l’interprétation des variants ainsi que le conseil génétique dans les familles.

Les maladies fréquentes ont une architecture génétique complexe et sont le résultat cumulé de plusieurs facteurs génétiques en interaction avec des facteurs environnementaux. Les études pangénomiques (GWAS : Genome-Wide Association Studies) sont adaptées pour l'étude de ces maladies, cas elles permettent une couverture génétique optimale pour identifier les loci génétiques contribuant à leurs risques. Cependant, ces loci se situent dans des régions non codantes, ce qui complique leur analyse fonctionnelle. L'annotation génomique des variants, comme le permet le profilage de l'accessibilité de la chromatine (snATAC-seq), permet de fournir des pistes tissus-spécifiques sur les mécanismes biologiques mis en jeu. Le but de cette étude était de réaliser une annotation génomique des variants associés à deux maladies vasculaires, la dissection spontanée de l'artère coronaire (SCAD) et l'anévrysme intracrânien (IA) qui ont la particularité de toucher particulièrement les femmes en âge moyen. Nous avons combiné des données de profilage de la chromatine ouverte en cellule unique (snATAC-seq) issus de plusieurs artères humaines de la base de données CATlas, et des données résumées de GWAS chez ~1900 patients SCAD, et 10K témoins d’une part, et 10,754 cas IA et 306,882 témoins d’autre part. Les analyses ont été réalisées à l’aide des suites dplyr (v.1.1.4), et corcoverage (v.1.2.0) du langage R (v. 4.4.2). L’outil GREGOR (v.1.4.0) a permis de réaliser l’analyse d’enrichissement des variants. Nous avons démontré pour la première fois un enrichissement significatif pour les loci IA dans les cellules musculaires lisses (CML). Un enrichissement significatif a été également observés dans les astrocytes. L’analyse d’enrichissement comparative a montré que les 2 maladies présentent également des enrichissements significatifs dans des régions potentiellement régulatrices des péricytes, dont le rôle est important pour l'angiogenèse et la fonction contractile des capillaires. Ainsi, cette étude a montré un enrichissement des variants de l’IA et la SCAD dans des types cellulaires communs, qui sont les CML et les péricytes. D’autres types cellulaires sont plus spécifique à chaque maladie, tel que les astrocytes pour l’IA et les fibroblastes pour la SCAD.

Objectif : Évaluer l’évolution des événements aortiques et de la mortalité chez les patients atteints du syndrome de Marfan porteurs d’un variant pathogène du gène FBN1, sur une période de 30 ans. Méthodes : Étude rétrospective portant sur 1898 patients porteurs d’un variant pathogène de FBN1, vus dans notre centre de référence entre 1995 et 2023, tous inclus dans un registre prospectif avec un suivi tous les 3 ans. Les dissections aortiques (type A et B), les chirurgies prophylactiques et la mortalité ont été analysées selon trois périodes (1995–2004, 2005–2014, 2015–2023). Résultats : Au cours des 30 dernières années, la prise en charge du syndrome de Marfan s’est nettement améliorée. La population référée n’a pas beaucoup changé en termes d’âge et de sexe, mais la prise en charge a évolué. Le diagnostic de syndrome de Marfan après chirurgie de la racine aortique est resté stable au cours des périodes étudiées (1995–2004 : 7,4 % ; 2005–2014 : 8,5 % ; 2015–2023 : 8,6 %), avec une augmentation des chirurgies conservatrices de la valve au détriment des procédures de type Bentall. En revanche, le diagnostic après dissection aortique a significativement diminué (7,8 % vs 6,1 % vs 4,8 %, p<0,01), notamment pour les dissections de type A (6,0 % vs 4,7 % vs 2,7 %), tandis que celles de type B sont restées stables. Après la première visite, 52 % des dissections de type B et 13 % des dissections de type A sont survenues, suggérant une prévention limitée des dissections de type B après le diagnostic. La survie globale des patients s’est significativement améliorée entre les trois périodes (p<0,001). Conclusion : Les progrès médicaux et chirurgicaux ont significativement amélioré l’espérance de vie des patients atteints du syndrome de Marfan, en particulier chez les jeunes pris en charge précocement La prise en charge a permis une réduction marquée des dissections aortiques de type A et une meilleure survie. Toutefois, la prévention des dissections de type B reste un défi. De nouvelles stratégies de suivi et de traitement sont nécessaires pour mieux anticiper ces événements.

Contexte : Les lymphœdèmes primaires, généralement isolés mais parfois syndromiques ou familiaux, sont liés à des anomalies constitutionnelles du système lymphatique. Plus de 40 gènes impliqués dans cette pathologie ont été identifiés, certains associés à des atteintes extra-lymphatiques encore peu recherchées mais dont la connaissance peu améliorer la prise en charge des patients. Malgré les avancées, de nombreux cas restent sans cause moléculaire connue. Cette étude évalue l’apport du séquençage d’exome dans une cohorte de patients afin de préciser la performance diagnostique et d’explorer de nouvelles pistes génétiques. Méthode : • Etude monocentrique conduite de février 2024 à juillet 2025 incluant 51 patients atteints de lymphœdème primaire, suivis au Centre de référence des Lymphœdèmes primaires de l’hôpital Cognacq-Jay, Paris. • Séquençage d’exome (Exome Twistv2, séquençage NovaSeq), analyse bioinformatique (pipeline interne et plateforme SeqONE) et interprétation selon les critères ACMG. Résultats : Cinquante et un patients (31 femmes, 20 hommes) ont été inclus, avec un âge médian de début du lymphœdème de 17 ans (Q1–Q3 : 11,1–33,6) ; 7 présentaient une forme congénitale. On dénombrait 17 formes isolées, 18 familiales et 16 syndromiques (maladie de Waldmann, épanchements des séreuses, syndrome des ongles jaunes). Concernant la localisation du lymphœdème : 28 patients (55 %) présentaient une atteinte isolée des membres inférieurs, 14 (27 %) une atteinte combinée des membres inférieurs et supérieurs, 8 (16 %) une atteinte des membres inférieurs associée aux organes génitaux et 1 patient (2 %) une atteinte isolée des membres supérieurs. Un diagnostic moléculaire a été obtenu chez 9 patients (18 %), avec des variations pathogènes identifiées dans : FOXC2 (n=3), FLT4 (n=2), PTPN11 et RIT1 ((n = 1 chacun) en lien avec des formes isolées ou syndromiques. Des variations pathogènes dans PKD1 (n = 1) et FAM83H (n = 1) ont également été identifiées, associées respectivement à une polykystose rénale et à une amélogénèse imparfaite, en plus du lymphœdème. Enfin, des variations de signification incertaine (VUS) ont été identifiées chez 4 patients (7.8 %) dans les gènes EPHB4 (n=2), PIEZO1 (n=1) et ARAP3 (n=1). La ré-évaluation de l’impact de ces variations par des explorations complémentaires est en cours Conclusion : Cette étude montre l’intérêt du séquençage d’exome, permettant d’identifier une cause génétique chez 18 % des patients atteints de lymphœdème primaire. FOXC2 et FLT4 restent les principaux gènes impliqués, tandis que l’identification de variants dans PTPN11 et RIT1 associés à des formes syndromiques, souligne l’importance d’un bilan clinique élargi. L’émergence de variants dans des gènes moins connus (EPHB4, ARAP3) suggère un spectre génétique plus large et ouvre la voie à de nouvelles perspectives diagnostiques et thérapeutiques.

La filière FAVA-Multi est dédiée aux maladies vasculaires rares avec atteinte multi-systémique. Elle regroupe notamment le syndrome de Marfan, le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire, la maladie de Rendu-Osler-Weber, les anomalies vasculaires superficielles, les anomalies vasculaires neurologiques et cérébro-médullaires, les lymphœdèmes primaires. Avec l’essor des technologies de séquençage, un nombre croissant de variants de signification incertaine (VSI), y compris introniques, sont identifiés. Ces variants peuvent perturber l’épissage de l’ARN ou modifier l’expression de certains gènes. Le RNA-seq ciblé s’impose comme une première approche de validation fonctionnelle, facilitant la reclassification des VSI dans les laboratoires de génétique. Bien que cette technique soit déjà utilisée dans plusieurs centres de la filière, des disparités existaient dans les étapes techniques (extraction d’ARN, préparation des librairies, sélection des régions d’intérêt, analyse bio-informatique) et la validation des stratégies restait laborieuse. Afin d’harmoniser les pratiques et d’en améliorer la performance, un ingénieur a été recruté pour coordonner ces études fonctionnelles. Plusieurs réunions inter-laboratoires ont permis de cibler trois axes d’optimisation : 1. Optimisation qualitative et quantitative de l’ARN issu du prélèvement L’expression des transcrits étant tissu-dépendante, certains gènes sont peu, voire non exprimés dans le sang. De nouveaux tubes de prélèvement (S-Monovette® RNA Exact, SARSTEDT) ont été testés. Comparés aux tubes PAXgene™, ils permettent une extraction plus rapide, une meilleure intégrité de l’ARN (score moyen 7,35 vs 6,7) et une quantité plus élevée (2997 vs 1370 ng/ml de sang). 2. Amélioration de la capture des gènes faiblement exprimés Le panel de sondes (Twist Bioscience) sélectionné cible les exons des gènes d’intérêt (n=42) dans les pathologies de la filière FAVA-Multi. Ce panel "exon-aware" a permis d’augmenter significativement la couverture des gènes peu exprimés. Par exemple, le nombre de lectures couvrant le gène FBN1 a été multiplié par 7 (médiane 80668 VS 10709 reads) 3. Évaluation des outils bio-informatiques Une comparaison inter-laboratoires des pipelines d’analyse est en cours, afin d’optimiser les traitements bio-informatiques et de standardiser les interprétations des résultats RNA-seq. Les avancées techniques et méthodologiques issues de ce travail collaboratif seront partagées avec l’ensemble des laboratoires de la filière. Cette dynamique collective et collaborative vise à renforcer la robustesse et la valeur diagnostique du RNA-seq ciblé, à accélérer sa mise en place dans le cadre de la lutte contre l’errance diagnostique de ces maladies rares, tout en harmonisant et optimisant les pratiques au sein de la filière FAVA-Multi.

L'objectif de cette étude était de rapporter la découverte fortuite d'une mosaïque somatique maternelle lors du développement d'un diagnostic prénatal non invasif (DPNNI) par exclusion pour les maladies monogéniques, initialement indiqué pour des variants pathogènes ou probablement pathogènes (P/PP) a priori de novo. Un DPNNI par exclusion, basé sur la PCR digitale en gouttelettes (ddPCR), a été développé pour quatre couples, chacun ayant eu une grossesse antérieure marquée par un fœtus porteur d’une pathologie autosomique dominante ou liée à l'X, due à un variant P/PP de novo. Les tests ont été conçus pour détecter les variants fœtaux spécifiques dans le plasma maternel, avec validation sur les échantillons parentaux et du cas index. Dans 4 cas sur 70 DPNNI personnalisés (5,7%), une mosaïque somatique maternelle (entre 3 et 9% de mosaïcisme) a été identifiée lors de la validation du test, rendant le DPNNI non réalisable en raison d'interférences avec les allèles maternels. Chaque couple a été informé du risque de récurrence élevé. Selon leurs préférences, un diagnostic prénatal invasif ou un suivi échographique intensif a été entrepris. L'analyse rétrospective des données de séquençage maternel a confirmé une mosaïque faible, filtrée lors de l'analyse de routine du fait de la faible fréquence allélique du variant. Ces cas soulignent une limitation majeure du DPNNI par exclusion en présence d'une mosaïque maternelle. Son identification est essentielle pour une estimation précise du risque de récurrence et un conseil génétique approprié. Des méthodes de détection sensibles, une évaluation pré-test rigoureuse et une communication transparente sont cruciales pour garantir une prise de décision reproductive éclairée.

L’anencéphalie est une anomalie rare du tube neural, caractérisée par l’absence de voûte crânienne et de structures cérébrales, généralement considérée comme d’origine multifactorielle. Les investigations génétiques se limitent souvent à un caryotype moléculaire, accompagné de recommandations de supplémentation en acide folique pour les grossesses ultérieures. Nous rapportons le cas d’un couple consanguin ayant présenté une récurrence de malformations cérébrales sévères chez cinq fœtus, allant d’une anencéphalie détectée au premier trimestre à une hydrocéphalie majeure diagnostiquée au second trimestre lors de l’échographie morphologique. L’analyse de l’exome effectué sur l’ADN disponible de trois fœtus atteints a révélé un variant probablement pathogène au niveau du gène POMT1 (NM_007171.4:c.(427+1G>A) ; p.(?)) à l’état homozygote. Ce variant, localisé sur le site donneur d’épissage de l’exon 5, est prédit comme altérant le mécanisme d’épissage (scores delta SpliceAI : perte du site donneur de l’exon 5 [−1 bp] : 0,71 ; perte du site accepteur de l’exon 5 [−147 bp] : 0,69). Des variants pathogènes bialléliques dans le gène POMT1 sont connus pour être responsables du syndrome de Walker-Warburg, une dystrophie musculaire congénitale associée à des anomalies cérébrales et oculaires. Ce syndrome peut entraîner des malformations cérébrales majeures telles qu’une lissencéphalie de type 2, une agyrie, une hydrocéphalie, ou encore des défauts de fermeture du tube neural. L’anencéphalie ou l’acranie, bien que rarement rapportées dans ce syndrome, peuvent représenter une expression extrême de ces défauts. Ce cas met en lumière la nécessité d’évoquer le syndrome de Walker-Warburg dans le cadre d’une récurrence d’anomalies cérébrales sévères, notamment d’anencéphalie, au sein d’une même fratrie, en particulier en contexte de consanguinité.

Les anomalies du corps calleux (ACC) sont les malformations cérébrales les plus fréquentes, dont le diagnostic est généralement fait en cours de grossesse par échographie. L’enjeu majeur est de préciser le pronostic neurodéveloppemental, variable selon la cause. Les étiologies connues sont essentiellement génétiques, identifiées par séquençage d’exome. Parmi les gènes impliqués, la majorité sont associés à un mauvais pronostic. Récemment, DCC, connu responsable de mouvements en miroir (MM), a été associée à l’ACC isolée, de bon pronostic. Néanmoins, la littérature reste limitée et la plus grande série compte 19 patients. Nous rapportons 53 nouveaux patients de 26 familles chez qui un variant pathogène (VP) dans DCC a été identifié. Les cas-index (n=26) étaient (i) des fœtus porteurs d’ACC (14/26), (ii) des patients suivis pour ACC de diagnostic anténatal (10/26) et (iii) deux patients explorés pour déficience intellectuelle (DI). Vingt-sept apparentés porteurs du VP familial de DCC ont également été inclus (21 parents ; 5 fratries, 1 nièce). Le patient le plus âgé a 64 ans. Une interruption médicale de grossesse a été réalisée en raison d’un diagnostic concomitant de VP dans CHD3. L’identification des VP reposait sur le séquençage pangénomique (20 exomes et 1 génome), plus rarement sur l’ACPA (n=4) ou sur un panel de gènes (n=2). La moitié des VP étaient tronquants (n=13), un quart étaient des faux-sens (n=6), plus rarement des délétions intragéniques (n=4), ou des variants d’épissage (n=3). La pénétrance de l’ACC était de 77% (36/47) pour l’ensemble de la série (femmes 78%, hommes 80%), mais de 47% (10/21) pour le groupe des apparentés. Le plus souvent, l’ACC était une agénésie totale (58%), ou partielle (32%), voire un corps calleux (CC) court (n=2). Un seul patient avait un CC dysgénésique (n=1). L’examen clinique révélait des MM chez 45% (14/31), plus fréquemment avec les VP faux-sens qu’avec les délétions ou VP tronquants (86% vs 35%, p = 0.02), avec une tendance à une pénétrance plus élevée chez les hommes (64% vs 35%). Parmi les patients >6 ans examinés (n=30), tous avaient une intelligence normale, sauf les 2 patients explorés pour une DI, chez lesquels le variant DCC est finalement considéré comme diagnostic partiel, responsable de l’ACC mais n’expliquant pas la DI. Cette cohorte est la plus vaste rapportée à ce jour, et confirme le bon pronostic neurodéveloppemental associé à DCC, ce qui est cohérent avec les premières publications. Un handicap intellectuel doit inciter à rechercher une autre cause. L’ACC et les MM sont présents chez la moitié des patients seulement. Le type d’ACC est principalement une agénésie, partielle ou totale. Nous n’avons pas retrouvé de corrélation entre sexe et phénotype, contrairement à de précédentes publications. La présence de MM semble dépendre du type de variant. Les études se poursuivent pour l’identification de nouveaux gènes d’ACC associés à un bon pronostic, permettant un conseil prénatal rassurant.

Le séquençage de l’exome en contexte prénatal améliore le rendement diagnostique dans les cas d’anomalies fœtales détectées à l’imagerie. Toutefois, il peut révéler des données incidentes (non liées au phénotype fœtal mais d’impact potentiel) ou des variants de signification inconnue (VSI), soulevant des enjeux éthiques, cliniques et légaux, notamment quant à leur restitution aux familles. L’objectif de cette étude est de caractériser la fréquence, la nature et l’impact clinique de ces variants dans une cohorte d’exomes prénataux. Cette étude rétrospective porte sur 185 exomes prénatals en trio réalisés entre 2022 et 2025. Les variants identifiés ont été classés selon les recommandations ACMG. Un consentement spécifique a été obtenu pour le rendu éventuel de certaines données incidentes pouvant avoir un impact sur la prise en charge prénatale et/ou néonatale, tandis que les VSI d’intérêt ont été évalués par une approche pluridisciplinaire et discutés en réunion de concertation pour un éventuel rendu prénatal après reclassification. Résultats : • Un diagnostic moléculaire en lien avec le phénotype fœtal a été établi dans 19,6 % des cas (36/185). • 5 données incidentes (2.7 %) ont été identifiées (gènes : KCNQ1(2), HBA1, CFTR, IRF2BP2), certaines restituées après consentement spécifique. • 9 VSI d’intérêt (4,9 %) ont été relevés, dont un dans TUBA1A hérité du père, reclassé probablement pathogène (classe 4) et restitué avant l’accouchement. • Le suivi clinique des 14 grossesses concernées a permis d’évaluer l’impact de ces données sur les décisions médicales. Discussion: Conformément à la littérature, la fréquence des données incidentes dans notre cohorte reste faible, mais la discussion autour de leur restitution reste délicate et nécessite un cadre éthique, légal et clinique clairement défini notamment en ce qui concerne les gènes liés à des pathologies entrant dans le cadre de la loi sur l’IMG (Interruption Médicale de Grossesse). Les VSI posent également un défi majeur, notamment lorsqu’ils concernent des gènes compatibles avec le phénotype fœtal mais sans preuve formelle de pathogénicité. Dans cette cohorte, l’analyse au cas par cas a mis en évidence la nécessité d’une veille génomique continue et d’une concertation pluridisciplinaire pour guider les décisions de restitution. Conclusion: Avec l’arrivée prochaine du séquençage du génome entier en diagnostic prénatal, il devient essentiel de mieux caractériser et harmoniser les pratiques autour du rendu des données incidentes et des VSI d’intérêt. Une collecte systématique multicentrique de ces variants est indispensable pour faire évoluer les recommandations en génomique prénatale.

Introduction : La prise en charge prénatale des malformations congénitales (3 % des grossesses) repose sur l’obtention rapide d’un diagnostic causal. En France, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et le séquençage d’exome (ES) présentent un délai de rendu de résultat de 2 à 6 semaines selon les centres. Leur utilisation, le plus souvent de façon séquentielle, s’avère contraignante pour les couples et les professionnels. Le séquençage du génome (GS), capable d’identifier simultanément des variations nucléotidiques (SNV), des variations du nombre de copies (CNV) et des réarrangements structuraux (SV), pourrait constituer un test de première intention pertinent en diagnostic prénatal (DPN), à condition de disposer d’un délai de rendu de résultats compatible avec la grossesse. L’étude pilote PRENATOME-ULTRA évalue la faisabilité et le rendement diagnostique du GS en première ligne avec un délai de rendu de résultats ≤ 7 jours ouvrés. Méthodes : Un GS court fragment en trio ultra-rapide a été réalisé parallèlement à la combinaison ACPA(solo)+ES(trio) pour 90 grossesses (8 centres) présentant soit deux anomalies échographiques, soit une anomalie unique fortement évocatrice d’une cause génétique. Seules les variations de classe 4 et 5 (critères ACMG) ont été considérées comme diagnostic positif. Résultats : Les inclusions ont été réalisées de mars 2024 à avril 2025. Le taux diagnostique est de 25,6% (23/90). Les diagnostics positifs concernent principalement des SNV (14/23, dont 2 causes récessives autosomiques), 6 CNV incluant 2 trisomies (13 et 18), et 5 SV, confirmant la capacité du GS court fragments à détecter les aneuploïdies. La seule discordance est une délétion en Xp22.33 emportant le gène SHOX (MIM312865) détectée par ACPA et ES, mais non par GS, ce qui a conduit à l’adaptation du pipeline bio-informatique. Le délai cible est respecté pour 62/90 GS (70%). La médiane de rendu est de 8 jours et 3 heures (jours calendaires, incluant week-ends et jours fériés), avec 71/90 (79%) résultats rendus en moins de 10 jours, et un minimum de 3 jours et demi. Seuls 3 dossiers sont rendus en plus de 15 jours (2 vérifications Sanger et 1 erreur de transmission des données brutes). En comparaison, la médiane de rendu de résultats est de 12 jours pour l’ACPA et de 21 jours pour l’ES. Conclusions : Alors que très peu de publications sont actuellement disponibles sur l’utilisation du GS en DPN, cette première étude pilote française multicentrique démontre la faisabilité du GS ultra-rapide en contexte prénatal, avec un délai compatible avec la prise en charge des grossesses, et plus court que la combinaison ACPA+ES. Le rendement diagnostique est comparable, tout en permettant la détection simultanée de SNV, CNV et aneuploïdies évitant une stratégie séquentielle d’ACPA puis ES. Ces résultats soutiennent la pertinence du GS ultra-rapide comme test de première intention en DPN, sous réserve d’une organisation adaptée et d’une validation à plus grande échelle.

Les malformations vasculaires superficielles sont des anomalies complexes caractérisées par une croissance vasculaire anormale. Des progrès récents en séquençage à haut débit ont permis d’identifier des variants génétiques somatiques impliqués dans ces lésions, ouvrant la voie à des approches thérapeutiques ciblées. Toutefois, l’analyse génétique repose habituellement sur des biopsies tissulaires, procédures souvent invasives et parfois difficiles à réaliser, en particulier dans le cas des malformations artérioveineuses (MAV) en raison des risques hémorragiques. La biopsie liquide, qui repose sur l’analyse d’ADN circulant libre (cfADN) constitue une alternative non invasive prometteuse. L’objectif de ce travail était d’évaluer la faisabilité d’une telle approche pour la caractérisation moléculaire des malformations vasculaires superficielles et de déterminer si certains sites de prélèvement pouvaient améliorer la sensibilité de détection des variants pathogènes, notamment dans les MAV. Au total, 88 patients ont été inclus, dont 55 atteints de MAV et 33 de malformations lymphatiques. Chez les patients présentant une MAV, des échantillons de cfADN ont été recueillis dans le sang périphérique, la veines efférente, l’artère afférente et le nidus. Chez les patients avec malformations lymphatiques, le liquide lymphatique a été prélevé par ponction direct lors de procédure diagnostique. L’analyse moléculaire a été réalisée à l’aide d’un panel de gènes ciblant des altérations somatiques connues dans les tumeurs solides. Les variants pathogènes identifiés dans les malformations lymphatiques ont été confirmés par PCR digitale. Des variants pathogènes ont été détectés chez 23,6 % des patients atteints de MAV, principalement dans les gènes MAP2K1 et KRAS, avec une sensibilité accrue à proximité du nidus. Dans les malformations lymphatiques, 27,3 % des patients présentaient un variant pathogène, exclusivement dans le gène PIK3CA. Bien que la sensibilité de la biopsie liquide soit inférieure à celle d’une analyse tissulaire, ces résultats soulignent son utilité, notamment lorsque la biopsie directe est contre-indiquée ou techniquement impossible. Cette étude démontre la faisabilité d’une approche par biopsie liquide pour le génotypage des malformations vasculaires superficielles. Si la biopsie tissulaire reste la référence en raison de sa sensibilité supérieure, la biopsie liquide représente une alternative non invasive pertinente, utilisable en première intention ou lorsque le prélèvement direct est irréalisable. La détection des variants apparaît particulièrement optimisée par un prélèvement au niveau du nidus dans les MAV, ce qui constitue une piste méthodologique pour de futurs travaux. Des recherches complémentaires sont nécessaires pour améliorer la sensibilité de cette technique et en évaluer l’applicabilité à d’autres localisations, notamment aux MAV cérébrales, où la biopsie tissulaire comporte un risque hémorragique élevé.

Depuis 2011, des variants bialléliques dans le gène RNU4ATAC, transcrit en un petit ARN non codant essentiel du spliceosome mineur, ont été identifiés successivement dans quatre pathologies : le nanisme microcéphalique ostéodysplasique primordial de type 1 (MOPD1, ou syndrome de Taybi-Linder, TALS), le syndrome de Roifman (RFMN), le syndrome de Lowry-Wood (LWS) et un syndrome Joubert-like. Ces pathologies très rares (109 patients publiés à ce jour, diagnostiqués principalement par séquençage ciblé dans le cadre d’une suspicion clinique de RNU4ATAC-opathie) se caractérisent par une microcéphalie, une déficience intellectuelle, un retard de croissance, une dysplasie osseuse, une dystrophie rétinienne et une immunodéficience, à des degrés variables. Le TALS, premier syndrome associé à RNU4ATAC, est la forme la plus fréquemment rapportée dans la littérature et la plus sévère, caractérisée par un nanisme microcéphalique primordial et un décès précoce dans la majorité des cas. Afin d’affiner le spectre phénotypique des pathologies liées à RNU4ATAC, nous avons lancé un appel à collaboration national (AnDDI-Rares) et européen (ERN-ITHACA). Nous présentons ici les données cliniques et moléculaires de 69 patients dont 67 jamais publiés, majoritairement hétérozygotes composites, avec 17 nouveaux variants de RNU4ATAC. La plupart des patients ont bénéficié d'une analyse pangénomique par séquençage de l'exome ou du génome (58%). Au-delà des patients avec présentation classique de syndromes TALS et RFMN, nous observons un spectre phénotypique plus large et plus variable que ce qui était connu, de nouveaux symptômes non décrits auparavant et une prédominance de présentations atténuées, atypiques, avec une grande diversité de points d’appel cliniques. Nous rapportons en particulier un large spectre de nouvelles manifestations inflammatoires et auto-immunes, affectant près de la moitié des patients. Nous montrons grâce à une analyse morphologique faciale informatisée (GestaltMatcher) qu’il existe une dysmorphie spécifique associée aux variants de RNU4ATAC et distincte entre les patients TALS et RFMN. Nous décrivons des patients avec un phénotype chevauchant entre TALS et RFMN, notamment des patients TALS avec survie prolongée et atteinte dysimmunitaire. Nous proposons une nouvelle classification permettant de prendre en compte tous les phénotypes, basée sur les signes cliniques. De plus, notre étude affine la corrélation génotype-phénotype connue, bien que moins franche que précédemment décrite. Nous montrons que le nanisme microcéphalique, les malformations cérébrales et la létalité sont fortement associés aux variants de la 5'SL, tandis que les manifestations dysimmunitaires sont associées aux variants de la stem-II. Enfin, le fait que 36/130 nucléotides de cette courte séquence soient affectés par des variants pathogènes ou probablement pathogènes suggère qu'aucun variant de RNU4ATAC ne doit être négligé.

Les synostoses huméro-radiales (SHR) sont des malformations rares des membres, caractérisées par la fusion de l’humérus et du radius, entraînant un défaut fonctionnel de l'articulation du coude. Les SHR peuvent survenir dans un contexte familial ou sporadique et être observées de manière isolée ou syndromique. L’objectif de ce travail était d’actualiser la classification étiologique des SHR, à partir d’une revue de la littérature et de notre expérience du Centre de Référence Maladies Rares (CRMR)-Anomalie des membres du CHU de Lille. A partir de la revue de la littérature, nous proposons une classification basée sur les voies moléculaires des gènes impliqués : chondrogenèse et ostéogenèse ; développement et déterminisme des membres ; régulation génique. Les pathologies appartenant à la même catégorie présentent des phénotypes cliniques chevauchants, facilitant l’orientation diagnostique. La catégorie « chondrogenèse et ostéogénèse », regroupant notamment le syndrome des synostoses multiples et le syndrome d’Antley-Bixler, est caractérisée par la présence de synostoses multiples (ancienne classe II « joint maldevelopment », McIntyre, et al. 2002). Les catégories « développement et déterminisme des membres » et « régulation génique » ont en commun l’hypoplasie des os longs (ancienne classe I « long-bone hypoplasia » McIntyre, et al. 2002). La catégorie « régulation génique » se distingue par un caractère plus volontiers syndromique (extra-squelettique), et comprend notamment le syndrome de Roberts (microcéphalie, fente palatine, atteinte ophtalmologique). A titre d’exemple concernant la catégorie « développement et déterminisme des membres », le syndrome de Cousin associe en particulier dysmorphie et dysplasie pelvi-scapulaire. Au sein de notre CRMR, 24 patients avec SHR, majoritairement sporadiques, ont été identifiés. Cinq diagnostics moléculaires ont pu être établis incluant le syndrome TAR (thrombocytopénie-aplasie radiale) (N=2), le syndrome de Cousin (N=1) et le syndrome des synostoses multiples (N=1). A noter que, parmi les patients sans diagnostic moléculaire, seuls 3 avaient bénéficié d’un séquençage de l’ensemble des gènes associés aux pathologies retenues dans la classification. En pratique clinique, devant une SHR isolée, nous proposons une étude ciblée des gènes impliqués dans la classification. En contexte syndromique, une analyse chromosomique sur puce à ADN devra être considérée. En l’absence de diagnostic moléculaire, une analyse pangénomique (exome, génome) peut permettre d’identifier de nouvelles formes monogéniques. Au total, les synostoses huméro-radiales sont rares et restent souvent inexpliquées. Des études génétiques et épidémiologiques de plus large envergure sont nécessaires pour évaluer le rendement diagnostique des analyses génétiques, notamment pangénomiques, ainsi que l’éventuelle contribution des facteurs environnementaux dans la physiopathologie des SHR.

Le complexe cohésine est une structure multiprotéique essentielle à l’intégrité du génome et à la régulation de l’expression génique. De forme annulaire, il est constitué de quatre sous-unités principales : SMC1, SMC3, RAD21 et l’isoforme STAG1 ou STAG2. En pathologie humaine, les altérations des différentes protéines de ce complexe et de ses partenaires (notamment NIPBL, HDAC8, BRD4) sont regroupées sous le terme « cohésinopathies ». Le gène STAG2, en position Xq25, a récemment été associé à une cohésinopathie liée à l’X, responsable d’anomalies congénitales multiples (MCA) et de troubles du neurodéveloppement (TND) (OMIM #301022). Dans la littérature, le nombre de cas décrits reste limité (n= 32). Les deux sexes peuvent être atteints, avec une expressivité clinique variable. Chez les femmes, des variants tronquants, d’épissage ou faux-sens ont été rapportés, sans profil clair d’inactivation du chromosome X. Chez les hommes, seuls des variants faux-sens de novo ou hérités de la mère ont été décrits, confortant l’hypothèse d’une létalité embryonnaire associée aux allèles perte de fonction. L’objectif de ce travail est d’élargir le spectre phénotypique et moléculaire en lien avec des altérations du gène STAG2 par un appel à collaboration nationale via la filière AnDDI-Rares. Nous rapportons douze nouveaux cas porteurs de variants ponctuels pathogènes ou probablement pathogènes, du gène STAG2, incluant quatre fœtus de sexe féminin, six filles et deux garçons, correspondant à la plus importante cohorte décrite à ce jour dans la littérature. Notre série met en évidence, pour la première fois, un phénotype sévère chez deux fœtus présentant des variants hérités (faux-sens et d’épissage) transmis par des mères paucisymptomatiques. Nous décrivons également la première observation d’une ectrodactylie/oligodactylie chez un fœtus et documentons une forte prévalence d’anomalies oculaires au sein de notre cohorte. En intégrant la description clinique, les données moléculaires avec le profil d’inactivation du chromosome X et les analyses transcriptomiques (RNA-seq) pour certains cas, ainsi qu’une revue exhaustive de la littérature, nous élargissons le spectre phénotypique et moléculaire de la cohésinopathie liée au gène STAG2. Ces données sont déterminantes pour améliorer les connaissances en termes d’évolution naturelle de la maladie, de suivi médical spécifique et affiner les informations délivrées dans le cadre du conseil génétique, notamment dans le contexte du diagnostic prénatal devant un syndrome polymalformatif à l’heure des investigations pangénomiques anténatales.

Le syndrome lié à l’haploinsuffisance de TAB2 associe principalement anomalies cardiaques, retard statural et hyperlaxité, mais les données cliniques demeurent imprécises. Nous avons réalisé une revue systématique de la littérature incluant 145 patients porteurs d’un variant pathogène ou probablement pathogène. Les atteintes cardiaques étaient présentes dans 88% des cas, surtout valvulaires, associées fréquemment à des particularités morphologiques, un retard statural et une hyperlaxité. Des corrélations génotype-phénotype émergent : les variants de structure sont liés à un retard de croissance et psychomoteur plus marqué, tandis que les variants ponctuels s’associent davantage à l’hyperlaxité. Cette étude, la plus large à ce jour, confirme les atteintes cardinales, élargit le spectre phénotypique et fournit des bases pour des recommandations diagnostiques et de suivi dans le cadre d’un PNDS.

Le syndrome de Turner touche 1/2500 nouveaux-nés de sexe féminin. Il est secondaire à une monosomie X (45,X) ou anomalie de structure du chromosome X, homogène ou en mosaïque. La clinique est caractérisée par une petite taille, une dysgénésie gonadique et des anomalies osseuses. L’évolution peut être compliquée par la dégénérescence des reliquats gonadiques en gonadoblastome. Le risque de gonadoblastome est majoré par la présence de matériel issu du chromosome Y. La recherche celui-ci est habituellement effectuée par technique de cytogénétique conventionnelle sur cellules sanguines (caryotype, hybridation in situ en fluorescence (FISH)). Cependant, ce matériel peut être difficile à détecter du fait de sa présence en mosaïque, à des taux variables en fonction des tissus, et de sa présence à l’état cryptique, non visible au caryotype. Nous avons mis au point un test basé sur l’étude de l’ADN libre circulant (ADNlc) afin de rechercher des séquences du chromosome Y en faible mosaïque chez les patientes atteintes du syndrome de Turner. Ce test repose sur des réactions de PCR en temps réel de type Taqman ciblant trois loci différents du chromosome Y (SRY, RBMY1F, DYS14), réalisées en duplicat. Dans un premier temps, des dilutions de plasma témoin XY dans un plasma témoin XX ( 20%, 10%, 5%, 2,5%, 1% et 0%) a montré que le seuil de détection du test correspond à une mosaïque de 1%. Ensuite, 50 patientes atteintes du syndrome de Turner ont été recrutées dans les centres des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg et des Hospices Civils de Lyon. Le test ADNlc a été réalisé en parallèle avec une étude en FISH interphasique (sonde centromérique X et Y) sur frottis sanguin. L’étude en FISH a retrouvé la présence de chromosome Y pour 2/50 patientes. Le test ADNlc était positif pour le chromosome Y pour ces deux mêmes patientes, ainsi que pour une troisième patiente dont la FISH ne retrouvait pas de chromosome Y (3/50). Cette étude montre la faisabilité de l’approche par ADNlc pour la recherche de chromosome Y chez les patientes atteintes de syndrome de Turner ainsi que son intérêt par rapport à la technique FISH. Des études ultérieures seront nécessaires pour évaluer la pertinence de cette approche dans la prise en charge des patientes.

Introduction : La cartographie optique du génome (OGM) est une technologie innovante basée sur l’analyse optique par fluorescence automatisée de molécules d’ADN de très haut poids moléculaires. Cette approche « génome entier » permet une analyse rapide et fiable des variants de structure (SV) et leur organisation spatiale en cytogénomique constitutionnelle. Méthode : 85 échantillons de patients d’une 1ere cohorte, dont 80 échantillons de sang et 5 liquides amniotiques, ont été collectés entre 2022 et 2024 et analysés par OGM au CHU de Nantes. Parmi eux, 35 cas ont été étudiés pour caractériser des SV identifiés par d’autres techniques de routine (caryotype, ACPA, séquençage du génome) et pour vérifier l’absence d’autres SVs. De plus 44 patients, atteints de troubles du neurodéveloppement (TND) en impasse diagnostique, ont été analysés par OGM. Dans un second temps, 55 échantillons de patients de notre FHU, atteints de TND, ont été analysés par OGM au sein du service. Les analyses ont été réalisées majoritairement en solo. En parallèle, 60 échantillons de patients témoins ont été analysés pour des fausses couches à répétitions. Résultats : Dans notre 1ère cohorte, l'OGM a montré une concordance de 97,1% avec les résultats obtenus par d’autres méthodes pour les SV préalablement identifiés. L’analyse par OGM a permis une meilleure compréhension spatiale des anomalies chromosomiques dans 65% des cas et la découverte de 13 nouveaux SV candidats. Chez les patients en impasse diagnostique, 15 SVs candidats ont été identifiés, dont 8 patients présentant au moins un SV de classe IV-V. Au total, le % de nouveaux SVs candidats est de 32,9% (28/85). Dans l’ensemble, nous avons analysé un large spectre d'anomalies chromosomiques telles que aneuploïdies, délétions, duplications, inversions et insertions, triplications, dérivés de translocations, chromosomes en anneau et marqueurs, inversions-duplications-délétions et les réarrangements complexes. Enfin 29 dossiers sont rendus sans anomalies pathogène ou probablement pathogène. Simultanément, nous avons constitué une base de données locale de SV provenant des 60 « patients sains » facilitant l'interprétation des SV observés par OGM. De plus 55 dossiers de patients atteints de TND ont été analysés dont les résultats sont en cours d’interprétation (service de cytogénétique,CHU Nantes). Conclusion : L’analyse de ces différents échantillons de patients nous a permis de maitriser la technique et l'interprétation des données issues de l’OGM. Nous avons validé la méthode après comparaison des résultats aux techniques de routine. Nous avons créé une base de données de variants permettant une analyse plus rapide des échantillons de patients atteints de TND. Ce travail a ainsi enrichi nos connaissances sur l’application de l'OGM en cytogénétique constitutionnelle, d’approfondir notre compréhension de l’organisation spatiale de certains SV et de mieux appréhender les avantages et limites de cette approche innovante

Les analyses de génétique chromosomiques sont complémentaires, avec un apport indéniable des nouvelles techniques de biologie moléculaire. Le caryotype et la FISH sont, cependant, encore, le Gold Standard des techniques de confirmation et restent indispensables, notamment en cas de mosaïcisme ou de remaniement complexe. Une analyse par CGH array a été demandée chez une patiente, pour qui un caryotype, réalisé en 2000, montrait une monosomie X en mosaïque, avec une population présentant un isochromosome X et une population avec deux X apparemment normaux. Son phénotype était jugé atypique pour un syndrome de Turner ce qui justifiait cet examen. La CGH array confirme le mosaïcisme de monosomie X avec présence d’au moins un X anormal mais l’aspect de l’hybridation du X ne semblait pas compatible avec la présence d’une population avec deux X normaux, sans pouvoir résoudre la structure exacte du ou des deuxièmes X. Chez cette patiente, un nouveau caryotype et des FISH métaphasiques ont été cruciaux pour déterminer les populations cellulaires en présence et notamment la mise en évidence d’au moins 5 populations différentes. Une magnifique peinture partielle chromosome X, a permis de déceler, outre la population 45,X, majoritaire, et la population avec un chromosome X isodicentrique (idic(X)), une population inédite avec un chromosome X présentant une délétion terminale du bras court du chromosome X (Xp) et duplication terminale du bras long du chromosome X (Xq), insérée en Xp (der(X)). De plus, de manière inattendue, sont vues de rares cellules avec deux idic(X) et des cellules avec deux der(X). Deux cellules avec 4 idic(X) sont également détectées. Plus de 400 images ont été nécessaires pour parvenir à cette conclusion. Ce dossier illustre une nouvelle fois la nécessité de maintenir les techniques conventionnelles qui permettent encore d’affiner et de compléter les résultats des nouvelles technologies.

Introduction. Le syndrome MED13L (MIM #616789) est associé à des variants ponctuels pathogènes hétérozygotes dans MED13L conduisant le plus souvent à une haploinsuffisance. De rares descriptions rapportent également des gains de copies identifiées en CGH-array. Si l’interprétation des duplications intragéniques causant un décalage de cadre de lecture est assez évident, l’analyse des duplications associées à une incertitude sur la localisation des points de cassures est plus complexe. Dans ce contexte, le séquençage long-read (LRS) présente un intérêt majeur avec une cartographie précise des points de cassure permettant d’améliorer leur classification et interprétation clinique. Méthodes. Nous avons étudié trois patients porteurs de gains de copies partiels de MED13L détectés par CGH-Array. Ces anomalies ont été identifiées chez des patients présentant des troubles du neurodéveloppement non évocateur de syndrome MED13L. Nous avons réalisé un séquençage long-reads (LRS) sur plateforme Oxford Nanopore Technologies PromethION, à partir de l’ADN génomique sanguin des trois patients, ainsi qu’un séquençage sur cDNA pour l’un d’entre eux. Les lectures ont été alignées sur le génome de référence GRCh38 à l’aide de minimap2. Enfin, la reconstruction fine des anomalies a été effectuée grâce aux outils de visualisation JBrowse et IGV. Résultats. Le LRS a permis de caractériser entièrement les trois variants structuraux, montrant que les trois gains de copies correspondaient à des duplications en tandem. Pour trois patients, les bornes fournies par la CGH-array restaient trop larges pour conclure, tandis que le LRS a précisé les points de cassure et démontré l’absence d’impact sur le transcrit sauvage ainsi que l’absence de transcrit aberrant. Dans l’ensemble, cette approche met en évidence la capacité du LRS à reconstruire finement l’organisation des remaniements et à faciliter leur reclassification. Conclusions. Nos données soulignent la valeur ajoutée du LRS pour la résolution fine des variants structuraux, en particulier lorsque les points de cassures sont situés dans des régions d’incertitude liées à la distribution des sondes. Cette analyse structurale précise a permis de reclasser les anomalies en variants bénins.

Le syndrome de Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser (MRKH) ou aplasie utéro-vaginale est une malformation congénitale rare comportant l’absence ou l’hypoplasie sévère de l’utérus et des 2/3 supérieurs du vagin (anomalies des dérivés Müllériens), avec des caractères sexuels secondaires normaux. Le MRKH peut être classé en forme typique « type I » (forme génitale isolée) ou forme atypique « type II » (présence de signes extra-génitaux tels que surdité, anomalies rénales, squelettiques et/ou cardiaques). Ce syndrome est découvert dans 80% des cas à l’adolescence devant une aménorrhée primaire chez une femme présentant un développement pubertaire par ailleurs normal. Des avancées significatives récentes sur le syndrome MRKH concernent le développement de la transplantation utérine et la mise en évidence d’une étiologie génétique. De nombreuses investigations tentent depuis longtemps de déchiffrer l’origine génétique du syndrome MRKH. L’introduction du séquençage haut débit (SHD) a eu un impact majeur sur le diagnostic étiologique des infertilités féminines d’origine utérine, avec la description de plusieurs gènes pouvant être associés au phénotype. Notre étude vise à décrire le phénotype génital et extra-génital et à évaluer le taux de diagnostic génétique chez des individus présentant un syndrome MRKH, incluant majoritairement des patientes suivies pour leur malformation génitale ainsi que quelques cas fœtaux. - Nous décrivons cliniquement une cohorte de 85 femmes. 23,5 % des patientes présentent une aplasie utéro-vaginale isolée mais 38,5 % n’ont pas bénéficié d’une évaluation complète des malformations associées. Par ailleurs, près de 20 % des patientes testées présentent un taux bas d’AMH, indiquant une altération prématurée de la réserve ovarienne. - Pour la description génétique, la cohorte inclut 91 individus (88 femmes et 3 fœtus) ayant bénéficié d’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et de séquençage d’exome. Les ACPA montrent l’identification de 6 CNV d’intérêt dont la microdélétion récurrente 17q12 chez trois patientes. Concernant le SHD, notre étude confirme le rôle prépondérant des variants pathogènes de GREB1L, avec un spectre phénotypique incluant de façon variable MRKH et/ou agénésie rénale. Nous mettons par ailleurs en évidence l’implication de variants pathogènes dans les gènes PAX8, GATA3 et EP300. Des variants pathogènes n’expliquant pas les anomalies génitales mais responsables du reste du tableau clinique observé ont été identifiés chez trois patientes. Enfin, le corollaire du SHD est l’identification de variants de signification incertaine (VSI) nécessitant des explorations complémentaires afin de comprendre leur potentielle implication dans le phénotype. Au total, ces données confirment la possibilité d’une origine mendélienne du syndrome MRKH. La découverte d’une étiologie génétique permet d’apporter un conseil génétique précis aux patientes et à leur famille.

Les anomalies multiples des flagelles spermatiques (MMAF) représentent une forme rare et sévère d’asthénozoospermie. Elles se caractérisent par une forte proportion de spermatozoïdes présentant des défauts du flagelle (absents, courts, irréguliers, angulés ou enroulés), entraînant une mobilité fortement réduite et une infertilité. L’analyse ultrastructurale révèle le plus souvent une désorganisation profonde de l’axonème et des structures péri-axonémales, suggérant l’implication de gènes liés à l’assemblage et la stabilité du flagelle. Grâce au séquençage haut débit et à des approches fonctionnelles, une carte génétique des MMAF a été établie, identifiant un nombre croissant de gènes. Certains sont également impliqués dans la dyskinésie ciliaire primitive (DCP), maladie rare des cils mobiles caractérisée par des infections respiratoires chroniques, un situs inversus et une infertilité. A ce jour, 344 prélèvements de patients MMAF non syndromiques provenant de 9 centres français (n=74), d’un centre tunisien (n=218) et d’un centre iranien (n=52) ont été analysés au CHU Grenoble Alpes par séquençage exomique. Les patients avec des variants homozygotes ou hémizygotes tronquants ou jugés délétères par une majorité des outils de prédiction in silico (faux-sens : SIFT, Polyphen, CADD, MutationTaster, REVEL, MetaRNN, AlphaMissense ; épissage : SpliceAI, CADD-Splice, dbscSNV-ada et rf) sur des gènes MMAF décrits, ont été considérés comme diagnostiqués. Au total, un diagnostic a été obtenu pour 174 patients (50,5%) concernant les 38 gènes suivants : CFAP251 (n=21), DNAH1 (20), CFAP44 (18), CFAP43 (16), FSIP2 (12), QRICH2 (8), CFAP91 (8), ARMC2 (6), TTC29 (6), CFAP65 (5), DNHD1 (4), DRC1 (4), SPEF2 (4), TTC21A (4), ZMYND12 (4), AK7 (3), IFT74 (3), CCDC146 (2), CCDC65 (2), CFAP69 (2), CFAP70 (2), DNAH10 (2), GAS8 (2), SUN5 (2), AKAP3 (1), CCDC34 (1), CFAP206 (1), CFAP61 (1), DNAI1 (1), DNAH2 (1), DNAH7 (1), DNAH17 (1), DNAH8 (1), MYCBPAP (1), SLC26A8 (1), SPAG1 (1), TDRD6 (1), SPAG17 (1). Onze des gènes décrits ont aussi été identifiés dans des DCP tels que AK7, IFT74 montrant une variabilité phénotypique importante. Deux patients portent une mutation du gène SUN5 rapporté comme essentiel au maintien de la jonction tête/flagelle et associé à des spermatozoïdes acéphaliques. La classification MMAF de ces patients pourrait être due à une variabilité phénotypique, une mauvaise catégorisation ou un spermogramme non représentatif. De plus, des anomalies de la jonction tête–flagelle sont fréquemment associées au phénotype MMAF. Enfin, l’identification de nouveaux gènes permettrait d’élargir le spectre moléculaire des MMAF. Parallèlement, l’impact du génotype sur la sévérité phénotypique et sur les résultats d’ICSI constitue une question encore ouverte et fait actuellement l’objet d’évaluations systématiques. À terme, ces avancées sont appelées à affiner le conseil génétique, ouvrant ainsi la voie à une prise en charge plus personnalisée des patients infertiles.

Introduction : Les troubles du neurodéveloppement (TND) constituent un ensemble vaste et hétérogène de pathologies liées à une altération du développement cérébral, sous l’influence combinée du génome et de l’environnement. La régulation dynamique de la chromatine est essentielle au cours du développement cortical, et les remodeleurs de chromatine jouent un rôle central dans ce processus. De nombreuses données récentes impliquent des gènes codant des remodeleurs de chromatine dans les TND. En modifiant l’état épigénétique des gènes, les mutations de ces facteurs perturbent la régulation spatiotemporelle de l’expression génique, avec des conséquences développementales parfois majeures. Le gène RSF1 (Remodeling and Spacing Factor 1) code une protéine nucléaire ubiquitaire impliquée dans le remodelage de la chromatine, indispensable à la transcription, la réplication et la réparation de l’ADN. Méthodes : Nous avons identifié 11 individus non apparentés porteurs de variants hétérozygotes de novo ou hérités d’un parent symptomatique dans RSF1, grâce à une stratégie de partage de données (genematch) (n=7) et à une revue de la littérature (n=4). Résultats : Tous les individus présentaient un TND, incluant une déficience intellectuelle, un trouble du spectre de l’autisme ou un retard global de développement. Parmi les 7 cas avec description clinique détaillée, on observe des signes associés inconstants et non spécifiques, affectant notamment la morphologie cranio-faciale, les systèmes musculo-squelettique, digestif, visuel, le tonus musculaire, ainsi que des crises d’épilepsie et des anomalies à l’IRM cérébrale. Discussion : Nos données renforcent l’hypothèse que RSF1 joue un rôle crucial dans le développement cérébral et constitue un nouveau gène candidat dans les TND syndromiques.