Mardi 23 janvier
Heure Grand Auditorium Auditorium 450 Salle 300 Salle 200 Salle 150 Salle GH
13:30
13:30-15:30
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C11
Workshop des plateformes d'analyse BRCA Tumorale

Workshop des plateformes d'analyse BRCA Tumorale

Modérateurs : Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
Objectifs : Organiser un partage d'expérience entre plateformes dites « expertes» et plateformes souhaitant implémenter le testing BRCA somatique.
Aborder les différentes dimensions de la pratique : circuit de testing, techniques (qualité, échecs, seuils, couverture …), compétences, interprétation, VSI, ressources, besoins en formation, analyses constitutionnelles et/ou somatiques.
Créer une communauté de partage d'expérience et un réseau d'échanges d'informations.
Produire des recommandations de bonnes pratiques.
13:30 - 13:35 Présentation des objectifs du workshop. Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND)
13:35 - 13:50 les recommandations de l’INCa et perspectives d’évolution des plateformes d’analyse somatique. Julien BLIN (Chef de projets) (Paris)
13:50 - 14:05 Retour d’expérience des programmes d’évaluation externe de la qualité Gen&tiss/GFCO. Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (Paris)
14:05 - 14:20 Synthèse des retours des questionnaires sur le testing BRCA constitutionnel et somatique. Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
14:20 - 15:25 Table ronde.
Quels sont les besoins actuels pour améliorer le circuit de testing, les techniques (qualité, échecs, seuils, couverture …), l’interprétation ?
- Comment gérer les VSI, évaluer les LOH, le BRCAness ?
- Quelles sont les attentes des cliniciens ?
- Comment optimiser et valoriser la complémentarité somatique/constitutionnelle ?
15:25 - 15:30 Conclusions : constitution d’un groupe de travail pour aboutir à des recommandations ? Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)

13:30-15:30
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E11
Réseau Déficience intellectuelle

Réseau Déficience intellectuelle

14:00-16:00
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F11
Réunion Réseau National Maladies Mitochondriales

Réunion Réseau National Maladies Mitochondriales

16:00
16:00-19:00
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C12
Symposium anomalies d'épissage et diagnostic

Symposium anomalies d'épissage et diagnostic

Modérateurs : Betty GARDIE (Nantes), Claude HOUDAYER (PARIS)
16:05 - 16:15 #13287 - EP001 Mutations introniques profondes conduisant à l’inclusion de pseudoexons dans les epidermolyses bulleuses : défi diagnostique, identification du mécanisme mutationnel et stratégies de modulation d’épissage.
EP001 Mutations introniques profondes conduisant à l’inclusion de pseudoexons dans les epidermolyses bulleuses : défi diagnostique, identification du mécanisme mutationnel et stratégies de modulation d’épissage.

Les épidermolyses bulleuses (EB) sont un groupe de maladies génétiques caractérisées par une fragilité de la peau et des muqueuses présentant une grande hétérogénéité clinique et génétique. Trois groupes majeurs sont reconnus : les EB simples (EBS), les EB jonctionnelles (EBJ) et les EB dystrophiques (EBD). Elles sont transmises sur un mode autosomique dominant ou récessif en fonction de la forme clinique et du gène impliqué. Dans cette étude, nous rapportons un cas d’EBS récessive dû à des mutations du gène KRT5 et un cas d’EBD récessive causée par des mutations de COL7A1. Le premier cas est une enfant de 14 mois issue d’une union non consanguine présentant des décollements bulleux sévères et étendus à la naissance avec une amélioration partielle durant l’enfance. Le séquençage direct du gène KRT5 à partir d’ADN de sang périphérique de la patiente et de ses parents a révélé la présence d’une délétion de 2pb dans l’exon 3 héritée de la mère. La seconde mutation, héritée du père est une transition T>C située profondément dans l’intron 2, qui n’a pu être mise en évidence qu’après étude des transcrits issus des kératinocytes mis en culture. Cette mutation altère l’épissage de l’ARN pré-messager de KRT5 et provoque l’inclusion d’un pseudoexon de 41 pb, suite au déséquilibre de fixation des facteurs d’épissage SRp40 et hnRNPA1. Les analyses par western-blot des protéines extraites des kératinocytes de la patiente ont démontré un niveau fortement diminué de kératine 5 de taille normale indiquant que la mutation d’épissage est fuyante, permettant la synthèse d’une quantité limitée de protéine sauvage. Le second cas est un homme de 40 ans souffrant d’une forme modérée d’EBD récessive. Le séquençage direct a révélé une mutation non-sens héritée de la mère dans l’exon 85 de COL7A1 (p.Gln2241*). La deuxième mutation, héritée du père, est située profondément dans l’intron 104 (IVS104-97C>G). Elle a été identifiée après séquençage des transcrits. Elle provoque l’inclusion d’un pseudoexon de 96 pb et la présence d’un codon stop prématuré. La présence en western blot d’une faible quantité de collagène VII de taille normale, suggère que la mutation d’épissage est fuyante. Dans les deux cas, la modulation de l’épissage de KRT5 ou de COL7A1 à l’aide d’oligoribonucléotides antisens ciblant les mutations introniques a permis de restaurer l’expression des ARNm de KRT5 et de COL7A1 et la synthèse de kératine 5 et de collagène VII in vitro. Cette étude souligne l’importance de l’étude des transcrits pour l’identification de mutations profondes des introns, impossibles à mettre en évidence par séquençage direct de l’ADN même par les méthodes de NGS les plus courantes (séquençage d’exome ou re-séquençage ciblé). La généralisation du Whole Genome Sequencing pourrait résoudre ces difficultés, mais la prédiction in silico des conséquences sur l’épissage de ces variants introniques, et donc de leur caractère délétère est encore difficile.

Matthias TITEUX (PARIS), Nathalie PIRONON, Alain HOVNANIAN
16:15 - 16:25 #13036 - EP002 Identification, prédiction et validation d’un variant intronique profond : exemple de prise en charge diagnostique d’un patient atteint du syndrome de Cockayne.
EP002 Identification, prédiction et validation d’un variant intronique profond : exemple de prise en charge diagnostique d’un patient atteint du syndrome de Cockayne.

Le système de réparation de l’ADN par excision de nucléotides (NER) est un processus à plusieurs étapes permettant d’éliminer les nombreuses lésions déformant la double hélice d’ADN. Les défauts génétiques dans la voie NER conduisent à un large spectre clinique, avec des symptômes parfois chevauchants. Le syndrome de Cockayne (CS) (OMIM 216400 et 133540), qui appartient à ce groupe de pathologies, est une maladie multi systémique autosomique récessive, caractérisée par une déficience intellectuelle, une microcéphalie, un retard sévère de croissance, des déficits sensoriels, une neuropathie périphérique et une photosensibilité cutanée. Plusieurs degrés de sévérité ont été définis en fonction de l’âge de diagnostic et de la survie du patient (CS de type I à III), bien qu’aucune corrélation génotype-phénotype ne soit clairement décrite. Cette maladie rare, d’une prévalence de 2,7 par million de naissances, est principalement causée par des défauts génétiques dans les gènes ERCC6 (CSB) et ERCC8 (CSA). Le CS est suspecté devant l’association d’une présentation clinique caractéristique et d’un défaut de réparation de l’ADN testée sur les fibroblastes des patients. La confirmation moléculaire est aujourd’hui réalisée par séquençage ciblé d’un panel de gènes sur ADN génomique. L’étude de l’ADN complémentaire ou des protéines par Western blot sont également utilisées.

Nous rapportons l’observation d’une famille consanguine dont deux des quatre enfants sont atteints d’un CS sévère mais avec une survie prolongée. Chacun des deux patients présentait un déficit de la réparation de l’ADN au test cellulaire. Aucun variant n’a été retrouvé lors du séquençage ciblé sur ADN génomique des gènes ERCC8 et ERCC6. Cependant, l’étude des protéines ERCC6 et ERCC8 par Western blot a montré une absence complète de la protéine ERCC8. L’étude de l’ADN complémentaire du gène ERCC8 a révélé la présence d’un transcrit majoritaire de taille anormale, incluant une région intronique dont l’insertion conduit à l’apparition d’un codon stop prématuré. Nous avons finalement identifié chez les patients 2 variants introniques profonds à l’état homozygote dans ERCC8 et qui co-ségrègent avec le phénotype dans la famille. Une étude par minigène a permis de discriminer l’effet de chacun des variants. Nous avons pu valider l’effet délétère sur l’épissage du variant NM_000082.3, c.173+1119G>C, responsable de l’insertion d’un exon cryptique par la modification d’élément régulateur intronique.

Nous discutons la possible corrélation entre le mécanisme moléculaire mis en évidence et le phénotype particulier des patients, sans réellement pouvoir expliquer la lente progressivité de la maladie chez eux. La présentation de ce cas est également l’occasion d’illustrer les difficultés rencontrées pour l’identification, la prédiction et la validation technique de ces variants d’épissage dans un laboratoire de diagnostic génétique.

Audrey SCHALK (STRASBOURG), Géraldine GREFF, Nathalie DROUOT, Cathy OBRINGER, Hélène DOLLFUS, Vincent LAUGEL, Jamel CHELLY, Nadège CALMELS
16:25 - 16:35 #13068 - EP003 Mise en cause de la classification clinique de mutations d’épissage : l’exemple de BRCA1 c.[594-2A>C; 641A>G].
EP003 Mise en cause de la classification clinique de mutations d’épissage : l’exemple de BRCA1 c.[594-2A>C; 641A>G].

Omar Soukarieh1 et Alexandra Martins1, en collaboration avec le consortium ENIGMA.

 

1Inserm U1245, UNIROUEN, Normandie Univ, Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée

 

Actuellement, des variations d’ADN identifiées au niveau des positions les plus conservées des sites d’épissage (i.e. positions introniques ±1 ou ±2 par rapport à un exon d’intérêt) sont généralement interprétées comme étant à l’origine de défauts majeurs d’épissage souvent conduisant à un saut total de l’exon. Il est donc courant, en diagnostic moléculaire, que ces variations soient présumées pathogènes même en absence de données expérimentales sur l’ARN et/ou de données de ségrégation. Ici, nous décrivons une étude collaborative effectuée au sein du consortium ENIGMA visant à éclaircir l’impact biologique et clinique de la variation BRCA1 c.594-2A > C, jusqu’à récemment classée pathogène, identifiée chez des patientes atteintes de cancer du sein.

Curieusement, c.594-2A > C a été systématiquement retrouvée en cis avec c.641A > C, une variation faux-sens située à proximité, dans l’exon 10 de BRCA1 et initialement classée comme de signification inconnue. Nos analyses sur l’ARN du sang de 8 patientes porteuses de BRCA1 c.[594-2A > C; 641A > G] ont permis de confirmer l’exclusion totale de l’exon 10. Toutefois, nos essais fonctionnels basés sur l’utilisation de minigènes ont démontré que ce défaut n’est pas dû à c.594-2A > C mais à la variation exonique c.641A > G. De façon également inattendue, l’ensemble des données génétiques, cliniques, tumorales et familiales, ainsi que les résultats issus d'études cas-témoin, ont mis en cause le caractère pathogène de BRCA1 c.[594-2A > C; 641A > G], ce qui a récemment conduit à la reclassification de cette variation comme neutre. Nous émettons maintenant l’hypothèse que les transcrits alternatifs BRCA1 Δ9-10, qui ne sont pas altérés par c.[594-2A > C; 641A > G], pourraient coder pour des protéines BRCA1 suffisamment fonctionnelles permettant de compenser la perte de transcrits pleine-longueur exprimés par l’allèle muté.

Nos données appellent donc : (i) à la prudence dans l’interprétation des substitutions identifiées en positions ±1 ou ±2 des sites d’épissage, en particulier quand il s’agit d’exons sujets à épissage alternatif et codant pour des domaines protéiques sans fonction connue, (ii) à ne pas négliger des variations retrouvées en cis, et (iii) à poursuivre la caractérisation de toutes les variations actuellement classées comme pathogènes dans les exons 9 et 10 de BRCA1, y compris des mutations non-sens et frameshift. Enfin, ces travaux soulignent l’importance d’associer différents types d’analyses expérimentales, cliniques et génétiques dans l’interprétation de variations susceptibles d’altérer l’épissage de l’ARN, et illustrent l’intérêt d’établir des collaborations internationales pour des études exhaustives sur des variations rares.

Omar SOUKARIEH, Alexandra MARTINS (ROUEN CEDEX)
16:35 - 16:45 #13299 - EP004 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.
EP004 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.

Intellectual disability (ID) is a common neurodevelopmental disorder, characterized by a high genetic heterogeneity, with more than 700 genes described to be involved in monogenic forms. We performed a whole exome sequencing on a patient affected by intellectual disability, growth retardation, microcephaly, epilepsy, subcortical atrophy and traits of pyramidal syndrome as main features. We identified a de novo frameshift variant in NOVA2, a gene which has never been implicated in ID before and is highly intolerant to LoF variants (from ExAC data). NOVA2 is a neuron specific RNA-binding protein that regulates alternative-splicing events during brain development. Previous studies on knockout mice for this gene revealed that Nova2 specifically controls the formation of alternative transcripts of known axon-guidance genes (Saito et al. 2016).

To prove the pathological effect of this variant, we overexpressed wild-type and mutated human NOVA2 cDNA in HeLa cells and checked the splicing of genes previously reported as regulated by Nova2 in mouse. Preliminary results show that overexpression of wild-type NOVA2 regulates the alternative-splicing of some of these genes (NEO and APLP2) in human HeLa cells and that this regulation was altered when mutant NOVA2 was overexpressed. In parallel, we downregulated NOVA2 expression in human precursor neuronal cells using specific siRNA and observed that it also affects the splicing of these target genes.

Through data exchange we have been able to identify three additional patients with a de novo LoF mutation in NOVA2 presenting with similar phenotype. Overall, the four patients carry frameshift variants that lead to truncated proteins missing the last KH domain, which is known to be involved in the RNA recognition and binding.

Overall, our study shows for the first time that LoF mutations in NOVA2 cause a syndromic form of ID with Angelman-like features, highlighting the importance of alternative-splicing regulation during brain development.

Francesca MATTIOLI (ILLKIRCH CEDEX), Bertrand ISIDOR, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sophie NAMBOT, Jean NOLWEEN, Aida TELEGRAPHI, Alicia BOUGHTON, Candace GAMBLE, Megan CHO, Zohra SHAD, Elizabeth KAPLAN, Richard DINEEN, Jean-Louis MANDEL, Amelie PITON
16:45 - 16:55 #13113 - EP005 Analysis of the impact of known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability in a full-length gene assay.
EP005 Analysis of the impact of known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability in a full-length gene assay.

Recently, it was reported that that up to 10% of known disease-associated missense variants alter pre-mRNA splicing (Soemedi et al. Nat Genet 2017;49:848). In addition, missense variant-containing transcripts may also be less stable as compared to wild-type, if for example the variants facilitate the formation of alternative mRNA secondary structures. SPINK1 (encoding pancreatic secretory trypsin inhibitor) is one of the most studied genes predisposing to chronic pancreatitis. We have recently provided both in vitro and in silico evidence (Wu et al. Gut 2017;doi:10.1136/gutjnl-2017-313948) against a significant effect of the SPINK1 c.194G>A variant on pre-mRNA splicing, contrary to previous claims by Beer and Sahin-Tóth (Gut 2014;63:860). The key difference between these studies was that the former used a full-length gene assay to assess pre-mRNA splicing whereas the latter used a minigene assay; full-length gene assays are generally superior to minigene assays because pre-mRNA splicing is highly dependent upon the genomic context. We were thus able to conclude that the pathogenic effect of the c.194G>A missense variant (p.Arg65Gln) was exerted exclusively via its impact on protein secretion, as previously reported, rather than through an influence on pre-mRNA splicing. Prompted, however, by the aforementioned publication of Soemedi et al. (Nat Genet 2017;49:848), we sought to analyze the effect of all currently known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability by means of our previously established full-length gene assay (Wu et al. Gut 2017;doi:10.1136/gutjnl-2017-313948). We demonstrated that four (17%) of 24 variants tested significantly reduced pre-mRNA splicing and/or stability as compared with the wild-type. However, since the strongest effect observed was a 23% reduction from normal, the contribution of SPINK1 missense variants to the clinical phenotype through an impact on mRNA processing alone may be relatively minor compared with their effects in relation to protein structure/function. To the best of our knowledge, this study is the first to comprehensively analyze the consequences of all known missense mutations in a given gene on mRNA expression/stability in the context of a full-length gene assay. It remains to be seen if comparable results will be obtained for missense variants associated with other diseases.

Hao WU, Arnaud BOULLING , David COOPER, Zhao-Shen LI , Zhuan LIAO , Claude FÉREC, Jian-Min CHEN (BREST)
16:55 - 17:05 EP006 Nouvelle approche de caractérisation des variants d’épissage : application à BRCA1. Virginie MONCOUTIER (Paris)
Virginie Caux-Moncoutier, Khadija Abidallah, Elodie Girard, Choumouss Kamoun, Philippe Lafitte, Najah Mighri, Elsa Bernard, Jean-Philippe Vert, Claude Houdayer
17:05 - 17:25 Table ronde discussion avec les orateurs.
17:30 - 17:40 EP007 Evaluation des outils de prédiction des sites d’épissage cryptiques et de novo par analyse comparative in silico/in vitro de données de séquençage à haut débit des transcrits des gènes impliqués dans la prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire. Raphaël LEMAN (Etudiant en thèse) (CAEN CEDEX 5)
Raphaël LEMAN, Grégoire DAVY, Antoine ROUSSELIN, Alexandra MARTINS2, Jean-Philippe VERT, Chandran KA5, Gérald Le GAC5, Sophie KRIEGER UGG, splice French group and ENIGMA
17:40 - 17:50 #13512 - EP008 Caractérisation fonctionnelle de variants exoniques identifiés dans les CFTR-opathies : vers une meilleure compréhension de l’impact physiopathologique.
EP008 Caractérisation fonctionnelle de variants exoniques identifiés dans les CFTR-opathies : vers une meilleure compréhension de l’impact physiopathologique.

La base de données CFTR-France a été créée en 2009 grâce à la collaboration de 9 laboratoires du réseau GenMucoFrance, spécialisés dans l’analyse du gène CFTR, et du Registre Français de la Mucoviscidose, avec le soutien de l’Association Vaincre la Mucoviscidose. Elle regroupe les données génétiques et cliniques de plus de 4 600 individus (patients atteints de mucoviscidose ou de formes mono-symptomatiques modérées, sujets asymptomatiques porteurs de 2 variations en trans). Parmi les 736 variations différentes répertoriées, 38% sont de signification clinique inconnue (VSCI), avec une large majorité de faux-sens (74%) pour lesquels il est difficile de déterminer a priori l’implication dans la pathologie. Ceci complique considérablement l’interprétation des analyses et le message donné aux patients et à leurs familles.

Dans ce contexte, les analyses in silico des variants classés a priori « faux-sens » dans CFTR-France, dont 214 annotés comme VSCI, nous ont permis de cibler 19 variants susceptibles d'entraîner une anomalie de l’épissage du gène CFTR. Six laboratoires ont ainsi mis leurs compétences en commun afin d’évaluer leur impact sur l’épissage (minigènes), la stabilité des transcrits (PCR quantitative), la synthèse et la maturation de la protéine CFTR (western blot) ou sa localisation cellulaire (immunofluorescence).

Parmi des 19 variants étudiés, six avaient un impact majeur sur l’épissage de CFTR, induisant une perte de séquence exonique « en phase » (n=4) ou prédite pour entraîner un décalage du cadre de lecture (n=3). Les altérations d’épissage en phase ont été reproduites dans le vecteur d’expression pTracer-CFTR, afin d’en évaluer l’impact sur la protéine parallèlement aux constructions contenant les 19 substitutions nucléotidiques. Ces analyses approfondies nous ont permis de proposer une reclassification de 12 des 19 variants en quatre groupes : (1) les variants d’épissage (n=2) dont la pathogénicité était clairement due à l’épissage aberrant ; (2) les variants dont la pathogénicité pourrait associer une altération partielle de l’épissage et un défaut lié à la modification de la séquence protéique (n=4) ; (3) les variants faux-sens délétères (n=4), qui ont un impact majeur sur la synthèse, la maturation ou la localisation membranaire de la protéine CFTR, alors qu’aucune anomalie d’épissage n’a été observée ; (4) les variants pour lesquels aucune conséquence sur les différents processus testés n’a été observée (n=2).

Nous envisageons désormais de poursuivre cette étude par des expériences de mesure de l’activité de transport des ions chlorures de CFTR, afin de caractériser le plus précisément possible le défaut moléculaire causé par ces variants. En effet, à l’heure des thérapies ciblant certains défauts de la protéine (défaut de synthèse/trafic ou d’activité), les patients porteurs de ces variants rares se verraient offrir de nouvelles perspectives thérapeutiques qui ne leur étaient jusqu’alors pas accessibles.

Anne BERGOUGNOUX, Corinne BAREIL, Corinne THEZE, Souphatta SASORITH, Marie-Pierre AUDREZET, Claude FEREC, Emmanuelle GIRODON, Thierry BIENVENU, Marion HELLER, Pascale FANEN, Chadia MEKKI, Eric BIETH, Véronique GASTON, Patricia FERGELOT, Marie-Pierre REBOUL, Marie-Laure WINTER, Alain KITZIS, Vincent THOREAU, Guy LALAU, Adrien PAGIN, Mare-Claire MALINGE, Lydie LEMONNIER, Michel KOENIG, Mireille CLAUSTRES, Caroline RAYNAL (MONTPELLIER CEDEX 5)
17:50 - 18:00 EP009 Etude épidémiologique des variants de l'ARNsn U4atac responsables du syndrome de Taybi-Linder et du syndrome de Roifman. Clara BENOIT-PILVEN (BRON)
Clara Benoit-Pilven, Alicia Besson, Audric Cologne, Claire Benetollo, Audrey Putoux, Vincent Lacroix, Sylvie Mazoyer, Anne-Louise Leutenegger, Patrick Edery
18:00 - 18:10 EP010 Intérêt des analyses combinées sur l'ARN et la protéine pour l'interprétation des variations exoniques : le paradigme du gène MLH1. Omar SOUKARIEH (Ingénieur de recherche) (ROUEN)
Omar Soukarieh, Lucie Grodecká, Paul Ferrand, Nicole Köger, Thierry Frébourg, Guido Plotz, Alexandra Martins
18:10 - 18:20 EP011 Exclusion spontanée d'exon permettant d'échapper à un arrêt prématuré de la traduction de CEP290 chez deux individus atteints d'une dystrophie rétinienne inhabituelle modérée. Iris BARNY (Génétique) (PARIS)
Iris Barny, Isabelle Perrault, Sophie Thomas, Tania Attie-Bitach, Christian Hamel, Helene Dollfus, Josseline Kaplan, Jean-Michel Rozet, Xavier Gerard
18:20 - 18:30 #12914 - EP012 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.
EP012 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.

Les mutations dans le gène codant la dysferline (DYSF, Chr. 2p13; 55 exons, mRNA 6,2kb) causent différents phénotypes, principalement la dystrophie musculaire des ceintures de type 2B (Limb Girdle Muscular Dystrophy type 2B, LGMD2B) et la myopathie de Miyoshi (MM), de transmission autosomique récessive. Ces deux myopathies ont en commun un début chez l’adulte jeune, une évolution lente de la maladie, mais pouvant évoluer vers une perte de la marche, et une élévation importante du taux de CPK. Des phénotypes intermédiaires ont été décrits sous le terme de distal limb girdle dystrophy, avec un déficit à la fois proximal et distal. La dysferline (2080 acides aminés, 237 kDa) comporte 7 domaines C2, impliqués dans la liaison Ca2+ et un domaine transmembranaire C-terminal. A ce jour, la prise en charge des patients est uniquement symptomatique puisqu’il n’existe aucune approche thérapeutique spécifique. Souvent dans les maladies génétiques récessives avec une perte de fonction de la protéine, la protéine est absente, or les mutations faux-sens n’entrainent pas forcément une perte de la protéine. Des anomalies d’épissage peuvent entrainer des insertions ou des délétions qui peuvent décaler le cadre de lecture et provoquer l’apparition de codons stop prématurés, avec pour conséquence une absence de protéine. En effet, tous types de mutations (exoniques et introniques) peuvent altérer l’épissage et ainsi modifier les ARN messagers. Les effets sur l’épissage de mutations exoniques localisées hors des sites d’épissages, ainsi que les mutations introniques profondes sont particulièrement difficiles à prédire. Nos travaux montrent que des mutations introniques et exoniques avaient un effet délétère sur l’épissage. Toutes les mutations sur DYSF testées localisées dans les sites 5’ et 3’ d’épissage entrainent un épissage aberrant. Nous avons aussi montré que 20% des mutations faux-sens entrainent un épissage aberrant, par abolition ou création de nouveaux sites d’épissages (5’ ou 3’) et/ou abolition de séquences régulatrices. En corrélation avec nos résultats, l’effet délétère sur l’épissage causé par des mutations faux-sens est à prendre en considération et devrait être systématiquement recherché dans le cas de maladies génétiques avec une perte de fonction de la protéine. Cette caractérisation des anomalies d’épissages nous permet de développer des thérapies ciblées. Les progrès dans l’ARN interférence rendent possible l’utilisation d’oligonucléotides antisens qui vont masquer les sites d’épissages créés par ces mutations et restaurer l’épissage normal. C'est ce que nous avons réalisé en ciblant l'exon 32 de la dysferline. Cet exon avait été démontré comme étant dispensable pour la fonction de la dysferline. Actuellement, nous développons une stratégie de saut d’exon au niveau non pas de l’ARN pré-messager mais directement au niveau génomique en utilisant la technologie CRISPR. Les derniers développements seront présentés. 

Marc BARTOLI (MARSEILLE CEDEX 5), Aurélia DEFOUR, Sébastien COURRIER, Florian BARTHÉLÉMY, Virginie KERGOURLAY, Nicolas LÉVY, Martin KRAHN
18:30 - 18:40 EP013 Biomarqueurs théranostiques en oncologie : place des tests in vitro dans l'évaluation des variants somatiques identifiés au voisinage de l'exon 14 du proto-oncogène MET chez des patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules. Gerald LE GAC (BREST)
Gerald Le Gac, Sandrine Autret, Chandran Ka, Isabelle Gourlaouen, Odile Raguenes, Brigitte Fercot, Pierre Alemany, Isabelle Quintin-Roue, Paul Gueguen, Claude Ferec
18:40 - 19:00 Table ronde discussion avec les orateurs.

Mercredi 24 janvier
Heure Grand Auditorium Auditorium 450 Salle 300 Salle 200 Salle 150 Salle GH
08:00
08:00-08:30
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A20
Ouverture du congrès

Ouverture du congrès

08:00 - 08:30 Comité d'Organisation. Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes)
08:00 - 08:30 Comité Scientifique. Cedric LE CAIGNEC (PU-PH) (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention de Madame l'adjointe au Maire en charge de la santé. Marie-Annick BENATRE (adjointe municipale déléguée à la santé) (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention du Président de l'Université de Nantes. Olivier LABOUX (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention du Président de la Commission Médicale d'Etablissement du CHU de Nantes. Antoine MAGNAN (Président de la CME du CHU de Nantes) (Nantes)

08:30
08:30-10:30
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A21
Conférence Plénière 1
Modèles animaux

Conférence Plénière 1
Modèles animaux

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes), Cedric LE CAIGNEC (PU-PH) (Nantes)
08:30 - 10:30 Using fruit flies as a tool in human genetics. Matias SIMONS (Paris)
08:30 - 10:30 Modeling pediatric genetic disease in zebrafish. Erica DAVIS (Durham, ETATS-UNIS)
08:30 - 10:30 Le chien, modèle spontané de cancers et de maladies génétiques rares. Catherine ANDRE (Responsable d'équipe) (Rennes)
08:30 - 10:30 Revisiting the process of de novo mutations in the bovine germline. Michel GEORGES (GIGA-Research director) (Liege, BELGIQUE)

10:30
10:30-11:30
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A22
Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

10:30-11:30
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B22
Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Pause - Visite des stands et posters
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Communications Orales Sélectionnées 1

Communications Orales Sélectionnées 1

Modérateurs : Sylvie MANOUVRIER-HANU (LILLE), Vincent PROCACCIO (PU-PH) (Angers)
11:30 - 11:45 #12607 - CO001 Identification d’une forme inhabituelle d’amaurose congénitale de Leber avec surdité de perception précoce et sévère et identification du gène en cause.
CO001 Identification d’une forme inhabituelle d’amaurose congénitale de Leber avec surdité de perception précoce et sévère et identification du gène en cause.

Introduction : Les dystrophies rétiniennes sévères et précoces (DRSP) sont la première cause de cécité incurable de l’enfant. Elles sont homogènes dans leur présentation clinique initiale, mais variables dans leur évolution et peuvent s’accompagner d’atteintes extra-oculaires touchant principalement le système nerveux, le rein et le squelette. Ces affections sont très majoritairement récessives autosomiques, et de très nombreux gènes sont reconnus. Les formes isolées relèvent de mutations affectant diverses fonctions rétiniennes, incluant le trafic le long du cil connecteur des photorécepteurs tandis que les atteintes syndromiques relèvent toujours de dysfonctions ciliaires pluri-systémiques. Bien que très nombreux, les gènes reconnus à ce jour ne couvrent que 70% des cas de la maladie. L’objectif des travaux présentés ici étaient l’identification du ou des gènes responsables d’une forme syndromique non encore rapportée d’ACL avec surdité de perception précoce.

 

Familles et méthodes : Trois cas sporadiques et un cas familial de surdicécité avec transmission mère-fils et surdité tardive isolée chez la grand-mère maternelle, ont été inclus. L’étude présentée a consisté en un séquençage de l’exome en trio à la recherche de variants dominants ou récessifs ultra-rares potentiellement délétères, une analyse haut débit ciblée de la séquence du gène le plus candidat et d’études fonctionnelles dans un modèle cellulaire COS7 et des fibroblastes des patients.

 

Résultats : Deux mutations monoalléiques faux-sens touchant un acide aminé unique ont été identifiées dans un gène non encore lié à une maladie et sans rapport avec les fonctions ciliaires. Dans le cas familial, la mutation présente dans l’ADN de la mère et de son fils, était également retrouvée en mosaique chez la grand-mère maternelle sourde (29%). De même, dans l’un des trois cas sporadiques, la mutation du cas index était retrouvée en mosaïque dans l’ADN maternel (13%). Les examens audio-ophtalmologiques étaient sans particularité chez cette femme. Dans les deux derniers cas sporadiques, la mutation n’a pas été retrouvée dans l’ADN parental, suggérant une survenue de novo. La surexpression des protéines mutantes et sauvage dans un modèle cellulaire, de même que l’analyse des fibroblastes de patients, ont démontré l’effet délétère des mutations sur la fonction du gène et confirmé l’absence d’anomalie de la ciliogenèse et du trafficking intra-flagellaire.

 

Conclusion : Nous rapportons ici une nouvelle forme d’ACL syndromique et l’identification du gène responsable. Cette maladie contraste avec les autres formes syndromiques par sa présentation clinique purement neurosensorielle, un mode de transmission dominant et l’implication d’une fonction sans rapport avec le métabolisme ciliaire. Cette étude démontre que malgré trois décennies de recherches intenses sur l’ACL, cette maladie est loin d’avoir livré tous ses secrets.

 

Sabrina MÉCHAUSSIER , Romain LUSCAN, Antoine PAUL, Guoling TIAN, Xavier GERARD, Natalie LOUNDON, Sabine DEFOORT-DHELLEMMES, Isabelle AUDO, Julien DUMONT, Nicolas GOUDIN, Meriem GARFA TRAORÉ, Marc BRAS, Aurore POULIET, Nathalie BODDAERT, Stanislas LYONNET, Josseline KAPLAN, Nicholas COWAN, Jean-Michel ROZET, Sandrine MARLIN, Isabelle PERRAULT (Paris)
11:45 - 12:00 #12612 - CO002 Etude d’éléments cis-régulateurs du gène PKD2 impliqué dans la polykystose rénale autosomique dominante.
CO002 Etude d’éléments cis-régulateurs du gène PKD2 impliqué dans la polykystose rénale autosomique dominante.

Les maladies génétiques sont souvent associées à des variations dans des séquences codantes. Pourtant, de nombreuses pathologies sont dues à une expression anormale d’un gène, suite à l’altération d’un de ses éléments de régulation. Ainsi, il a été mis en lumière l’implication d’anomalies de régions régulatrices à distance d’un gène dans plusieurs maladies génétiques. Il a été proposé le terme de ‘cis-ruption disorder ’ pour décrire les pathologies dont l’origine provient d’un dysfonctionnement d’un élément cis-régulateur. Ces nouvelles données dévoilent l’importance de la compréhension des éléments de régulation du génome pour prédire leurs potentiels rôles pathogéniques.

Notre laboratoire travaille depuis 20 ans sur les gènes responsables de la  polykystose autosomique dominante (PKAD). La PKAD est la plus fréquente des maladies génétiques rénales avec une incidence de 1/400 à 1/2000. Dans 75 à 80% des cas, la mutation est située sur le gène PKD1 (Polycystic Kidney Disease 1) et dans 10 à 15% des cas sur PKD2. Malgré l’identification de plus de 1400 mutations (ADPKD Mutation Database, http://pkdb.mayo.edu/), les mutations de 5 à 10% de patients n’ont pas été décrites. Il existe également une variabilité phénotypique importante de la pathologie entre les patients, même au sein de famille.  

C’est pourquoi dernièrement, notre équipe s’est intéressée à l’impact de régulation à distance sur le gène PKD2. L’organisation spatiale d’une région d’environ 670 kb recouvrant le gène PKD2, a été analysée dans des cultures primaires de cellules épithéliales rénales par la technique de Copie Conforme de 3C (5C). Les interactions entre les régions de ce locus et le promoteur PKD2 ont été étudiées par séquençage nouvelle génération sur Ion PGM™.

Cette étude a permis d’identifier plusieurs régions interagissant fortement avec le promoteur PKD2. Grace à des tests d’activité d’expression, nous avons pu démontrer le rôle enhancer de trois de ces régions et décrivons ainsi pour la première fois l’implication de régulation à distance et l’importance de l’organisation chromatinienne d’un gène lié aux PKAD.

Des variations dans ces éléments de régulation, pourraient élucider des cas de patients chez qui la mutation causale n’a pas été identifiée et expliquer des phénotypes atypiques. 

Stéphanie MOISAN (BREST), Stéphanie LEVON, Emilie CORNEC-LE GALL, Yannick LE MEUR, Marie-Pierre AUDREZET, Josée DOSTIE, Claude FEREC
12:00 - 12:15 #12839 - CO003 L'adaptateur de signalisation immunitaire LAT contribue au phénotype neuroanatomique des CNVs de la région 16p11.2 BP2-BP3.
CO003 L'adaptateur de signalisation immunitaire LAT contribue au phénotype neuroanatomique des CNVs de la région 16p11.2 BP2-BP3.

La variation du nombre de copies (en anglais, Copy Number Variation, CNV) est un des contributeurs principaux à la pathogenèse des syndromes génétiques rares, mais aussi des maladies multifactorielles fréquentes. Sur le bras court du chromosome 16, les CNVs de la région distale BP2-BP3 de longueur 220 Kb conduisent à un effet miroir entre sous-poids et obésité sévère, et micro/macrocéphalies, et ils sont aussi associés avec l'autisme et la schizophrénie. Des phénotypes similaires ont été précédemment observés sur la même bande chromosomique (16p11.2) pour des délétions et duplications proximales dans la région BP4-BP5 (600 Kb). Les régions BP2-BP3 et BP4-BP5 présentent des contacts chromatiniens réciproques, confirmés avec succès par différentes techniques (4C-seq, FISH, co-régulation dans l’expression des gènes, et des données Hi-C), indiquant une relation fonctionnelle entre les gènes de ces régions qui pourraient être pertinentes pour le pathomécanisme. La modélisation de la duplication de la région BP2-BP3 dans le poisson-zèbre a révélé que la surexpression du gène LAT (en anglais, Linker for Activation of T-cells) diminue la prolifération des cellules dans le cerveau et des neurones post-mitotiques dans le cerveau antérieur ainsi que le nombre des axones entre les tecta optiques, au début du développement embryonaire. Dans les stades suivants du développement, nous observons une microcéphalie chez les larves de poissons zèbre au stade 5 jours. La modélisation de la délétion par suppression de l'orthologue de LAT dans le poisson zèbre par CRISPR/Cas9 induit une augmentation de cette prolifération et la macrocéphalie. Ces phénotypes ne sont pas uniques au poisson zèbre; les souris knock-out pour le gène Lat montrent aussi des changements volumétriques cérébraux. Conformément à l'hypothèse selon laquelle le dosage de LAT est important pour la pathologie du CNV, nous avons observé des effets similaires sur les progéniteurs neuronaux avec la surexpression des gènes CD247 et ZAP70, qui sont deux membres du même signalosome dont LAT fait partie. KCTD13, MVP et MAPK3 sont situés dans la région BP4-BP5 et, sont, respectivement, un gène majeur et deux gènes modificateurs des anomalies de la taille de la tête liées à cette région. Nous avons ensuite réalisé des expériences d’interaction génique et nous avons observés que la surexpression combinée de ces trois gènes et LAT augmente, de manière additive, la sévérité de la microcéphalie ; cette sévérité accrue a pu être observée chez des individus avec un grand réarrangement de 1,7 Mb de la région BP1-BP5, incluant les deux CNVs (BP2-BP3 et BP4-BP5). L’ensemble de ces données soutiennent notre hypothèse d'une interaction physique et fonctionnelle entre les gènes majeurs de ces deux CNVs et indiquent que LAT, en plus de sa fonction reconnue dans le développement des lymphocytes T, est le gène majeur des phénotypes neuro-développementaux associés aux délétions et duplications de la région 16p11.2 BP2-BP3.

Maria Nicla LOVIGLIO (Illkirch-Graffenstaden), Thomas ARBOGAST, Aia Elise JØNCH, Stephan C. COLLINS, Konstantin POPADIN, Camille S. BONNET, Giuliana GIANNUZZI, Anne M. MAILLARD, Sébastien JACQUEMONT, Binnaz YALCIN, Nicholas KATSANIS, Alexandre REYMOND, Christelle GOLZIO
12:15 - 12:30 #12977 - CO004 Evaluation de l’intérêt de l’IRM corps entier pour la détection précoce des cancers chez les sujets porteurs de mutation constitutionnelle de TP53 dans le cadre d’un syndrome de Li-Fraumeni : résultats de l'étude LIFSCREEN.
CO004 Evaluation de l’intérêt de l’IRM corps entier pour la détection précoce des cancers chez les sujets porteurs de mutation constitutionnelle de TP53 dans le cadre d’un syndrome de Li-Fraumeni : résultats de l'étude LIFSCREEN.

Le très large spectre tumoral du syndrome de Li Fraumeni (LFS), prédisposition au cancer causée par une mutation du gène TP53, rend complexe la prise en charge des porteurs. Le protocole multicentrique national LIFSCREEN avait pour objectif principal de comparer les performances diagnostiques de 2 schémas pour le dépistage de cancers dans cette population.

Méthodes : Etait éligible tout porteur de mutation délétère de TP53, > 5 et < 75 ans, avec ou sans antécédent de cancer. Un tirage au sort déterminait le bras de surveillance standard (SS) (examen clinique, échographie abdominopelvienne, IRM cérébrale, NFS, IRM mammaire et échographie mammaire pour les femmes dès 20 ans) ou « IRM CE » (SS + IRM corps entier de diffusion). Les examens étaient répétés annuellement pendant au moins 3 ans (M0, M12, M24). A chaque étape, l’acceptabilité et le retentissement psychologique étaient évalués (auto-questionnaires, entretiens).

Résultats : 105 participants (pts) (moyenne d’âge 33 ans [5-66]) ont été randomisés. Jusqu’au 31/12/2016, 11pts ont réalisé 1 seule étape, 14pts 2, 35pts 3, 20pts 4, 18pts 5. Au total, 25pts ont présenté 36 évènements carcinologiques (13 prévalents): 31 nouveaux primitifs (6 cancers du sein (CS), 5 du poumon, 4 tumeurs du système nerveux central, 3 sarcomes, 3 leucémies aigues, 3 carcinomes basocellulaires, 1 voies urinaires, 1 corticosurrénalome, 1 carcinome rénal, 1 pancréas, 1 myélome, 1 colon bifocal, 1 choriocarcinome) et 5 récidives (3 CS, 1 sarcome, 1 basocellulaire). 20 primitifs ont été détectés dans le bras SS et 11 dans le bras IRM CE. 27 biopsies ont été réalisées dans le bras SS et 20 dans le bras IRM CE. La relecture centralisée de 141 IRM CE a montré 44 discordances. Il n’y avait pas de différence en survie globale entre les 2 bras (logrank p=0.90). Sur les 24 pts avec nouveau cancer, 8 sont décédés dans un délai médian de 13 mois (4 dans chaque bras). Seuls 10 sont sortis volontairement de l’étude. Le volet psychologique a noté un ajustement adapté des pts, sans différence notable entre les 2 bras.

Discussion : LIFSCREEN  est la seule étude randomisée dans le domaine, avec l’un des effectifs de patients LFS le plus important rapporté à ce jour. Elle montre que le suivi régulier est faisable et acceptable. Le spectre tumoral est inattendu (peu de sarcomes, nombreux cancers du poumon). L’IRM CE était  bien tolérée. Elle a généré  peu de biopsies inutiles. Bien que son usage n’apportait pas de bénéfice en survie globale et que son interprétation pouvait être difficile, l’IRM CE pourrait être ajoutée au schéma de surveillance des familles LFS, notamment pour la surveillance pulmonaire. Nos résultats suggèrent que le protocole lourd, préconisé par certaines équipes nord-américaines, doit être considéré avec précaution. En outre, malgré le dépistage, la survie à court terme après le diagnostic de cancer était mauvaise. Une optimisation des moyens de prévention et des traitements est nécessaire.

Olivier CARON (Villejuif Cedex), Thierry FRÉBOURG, Patrick BENUSIGLIO, Laurence FAIVRE, Valérie BONADONA, Capucine DELNATTE, Catherine NOGUES, Christine LASSET, Chrystelle COLAS, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Pascal PUJOL, Carole COZE, Caroline ABADIE, François EISINGER, Emmanuelle BAROUK-SIMONET, Véronique MARI, Pascaline BERTHET, Yves-Jean BIGNON, Emmanuelle BOURBOULOUX, Nathalie CHABBERT-BUFFET, Bruno BUECHER, Viviane FEILLEL, Olivier INGSTER, Emmanuelle FOURME, Elizabeth LUPORSI, Jean CHIESA, Hélène DREYFUS, Paul GESTA, Sophie LEJEUNE, Julie TINAT, Sophie JULIA, Coupier ISABELLE, Christine MAUGARD, Agnès LAPLANCHE, Claire GUILLEMEAU, Alejandra CANO, Sandra CANALE, Julia ARFI-ROUCHE, Corinne BALLEYGUIER, Cedric PARLAVECCHIO, Léonor FASSE, Katty MALEKZADEH, Eleni KARAMOUZA, Stéphanie FOULON, Laurence BRUGIÈRES
12:30 - 12:45 #13105 - CO005 Étude de facteurs génétiques modificateurs dans le syndrome de Marfan.
CO005 Étude de facteurs génétiques modificateurs dans le syndrome de Marfan.

Le syndrome de Marfan (MFS) est une maladie génétique rare (1/5000 sujets), à transmission autosomique dominante, principalement dû à des mutations dans le gène codant pour la fibrilline 1 (FBN1), situé sur le chromosome 15. L’atteinte est plurisystémique touchant, entre autre, le système cardio-vasculaire (anévrisme de l’aorte thoracique ascendante avec risque de dissection aortique). Ce syndrome est caractérisé par une très grande variabilité clinique, inter- et intrafamiliale, concernant aussi bien l’âge d’apparition des symptômes que l’évolution, la gravité ou le nombre de systèmes atteints. A ce jour, aucun facteur modificateur ni aucune relation génotype/phénotype (en dehors de mutations faux-sens dans les exons 24 à 32 à l’origine des formes rares de MFS néonatal) ne peuvent expliquer de cette variabilité.

De plus, des résultats antérieurs ont montré, qu’en plus de cette variabilité phénotypique, il existe une variabilité d’expression du gène FBN1  d’un facteur 4 observée aussi bien chez des contrôles que chez  des sujets MFS porteurs d’une mutation tronquante dans le gène FBN1.

Pour identifier les facteurs génétiques modificateurs sous-jacents de la variabilité phénotypique, plusieurs études pangénomiques ont été réalisées chez 1070 patients MFS porteurs d’une mutation dans le gène FBN1. A partir de cette cohorte, une analyse eQTL (expression Quantitative Trait Loci) chez 80 sujets MFS porteurs d’une mutation tronquante dans le gène FBN1 a été réalisée. Cette analyse a permis d’identifier un locus statistiquement associé à l'expression de FBN1 (p-valeur = 6.10-8), situé sur le chromosome 11. Une étude portant sur les gènes situés au plus proche de ce locus n’a pas permis de mettre en évidence de corrélation entre l’expression de ces gènes et la régulation de l’expression du gène FBN1.

En revanche, le croisement de ces résultats avec ceux d’autres études génomiques sur la variabilité a permis d’élargir la région d’étude de ce locus et de mettre en évidence un cluster de métalloprotéinases (MMP), situé à proximité du trans-eQTL. Le rôle des MMPs dans l’équilibre de la matrice extracellulaire mais également l’implication de certains MMPs dans la physiopathologie des anévrismes de l’aorte thoracique font de ces gènes de bons candidats comme facteurs génétiques modificateurs. Des études quantitatives de corrélation (dosages sériques, quantification allèlique) ont permis de mettre en évidence des mécanismes de régulations impliquant certaines MMPs. Ces résultats et la compréhension de mécanismes sous-jacent pourraient nous permettre d’identifier les facteurs à l’origine de la variabilité phénotypique.

Louise BENARROCH (Paris), Mélodie AUBART, Marie-Sylvie GROSS, Pauline ARNAUD, Steven GAZAL, Jean-Francois DELEUZE, Jacob MARIE-PAULE, Nadine HANNA, Guillaume JONDEAU, Catherine BOILEAU
12:45 - 13:00 #13369 - CO006 iPSCs as a promising tool for modelling developmental and early onset neurodegenerative defects of the cerebellum.
CO006 iPSCs as a promising tool for modelling developmental and early onset neurodegenerative defects of the cerebellum.

Cerebellar atrophy and hypoplasia are two frequently observed neurological features in various pathological conditions such as Congenital Disorders of Glycosylation (CDG) and Pontocerebellar hypoplasia (PCH). The former is mainly associated with defects in protein N-glycosylation pathway, suggesting the importance of this modification in cerebellar development. Among various CDG cases, patients with SRD5A3 mutations are frequently affected with a severe atrophic and/or hypoplastic cerebellar phenotype. PCH is characterized by the incomplete development of brain stem and cerebellum with the implication of various pathways, mainly involved in RNA maturation.

Recent advances in induced pluripotent stem cells (iPSCs) technology, has opened up new avenues in disease modeling, allowing access to an unlimited supply of disease relevant cell types. Particularly, iPSCs become an attractive source for neurological disorders, as it offers the possibility to generate otherwise inaccessible human brain cells. 

To better understand the role of protein N-glycosylation in cerebellar development, we previously developed a cerebellum-specific Srd5a3 conditional KO (cKO) mouse. Consistent with the human phenotype, our mouse model showed cerebellar hypoplasia with abnormal N-glycosylation patterns and impaired cerebellar functioning. Using a glycoprotemic approach, we could identify the immunoglobulin superfamily cell adhesion molecules (IgSF-CAMs) as being specifically sensitive to the defect. Then, using in vitro live cell imaging analysis we could identify a clear defect in neural extension resulting from a significant decrease in IgSF-CAM-dependent cell adhesion. In order to extend our conclusions to a human cell model, we undertook an iPSC-based approach, where we generated SRD5A3 KO hiPSC lines using genome editing. We further differentiate them into neural progenitor cells (NPCs) and mature neurons. The characterization of these NPCs  allowed us to recapitulate the mouse neuron-specific N-glycosylation defect.

We are also developing an iPSC-based modeling strategy in order to identify new potential molecular defects related to cerebellar atrophy and hypoplasia in the context of PCH disorders. We previously identified a consanguineous family with a unique type of PCH suggesting a new underlying molecular defect. For this project, we are using PCH patient-derived iPSCs lines to assess the proliferation and differentiation capacity of the induced neurons. We will study neurite dynamics and cell survival rate during the course of differentiation.

In conclusion, our attempts in modeling neurodevelopmental cerebellar defects with human iPSCs already allowed us to validate some previous biochemical mouse findings, in the context of CDG. It provides a promising strategy to extend some previous observations to human cells and to unravel new molecular mechanisms implicated in hypoplasia and childhood-onset atrophy of the cerebellum.

Ekin UCUNCU (Paris), Daniel MEDINA-CANO, Laurence COLLEAUX, Vincent CANTAGREL

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A24
Assemblée Générale de la CNEPGM

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B24
ATELIER DEJEUNER - PACIFIC BIOSCIENCES
Découverte de nouveaux variants et isoformes impliqués dans les maladies génétiques avec le séquençage Single Molecule Real-Time (SMRT)

ATELIER DEJEUNER - PACIFIC BIOSCIENCES
Découverte de nouveaux variants et isoformes impliqués dans les maladies génétiques avec le séquençage Single Molecule Real-Time (SMRT)

13:15 - 14:00 Un point sur les applications PacBio et perspectives, Deborah Moine (Pacific Biosciences, Suisse).
13:15 - 14:00 Utilisation des longues séquences PacBio dans la détermination des séquences répétées flanquant les CNVs et la connectivité exon-exon des transcrits. Alexandre REYMOND (Lausanne, SUISSE)

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C24
ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME

ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME

13:15 - 14:15 Actualités et évolution du dépistage néonatal. Didier LACOMBE (BORDEAUX)
13:15 - 14:15 Inactivation du chromosome X et maladie de Fabry : un critère de décision thérapeutique ? Dominique P. GERMAIN (PU-PH) (GARCHES)

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D24
ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS

ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS

13:15 - 14:15 NEBNext Direct Custom Ready Gene Panels: Shifting the Paradigm for Targeted Sequencing. Andrew Barry (New England Biolabs USA).
13:15 - 14:15 Toxicological and molecular effects of high energy materials as 3,4,5-trinitropyrazole (TNP) and structurally related pyrazol molecules. Léa Payen (Lyon).
13:15 - 14:15 Fragmentation enzymatique et librairies WGS : de l’ADNg à la librairie et au séquençage Illumina par capture. Alexis Proust (Paris).

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E24
ATELIER DEJEUNER - FDNA FACE2GENE
Next Generation Phenotyping: using automated facial recognition in the clinic and laboratory.

ATELIER DEJEUNER - FDNA FACE2GENE
Next Generation Phenotyping: using automated facial recognition in the clinic and laboratory.

Workshop speakers: David Geneviève (Montpellier), Peter Krawitz (Berlin, Allemagne) - Pour mieux participer à l’atelier, vous aurez besoin d’un ordinateur, une tablette ou un téléphone portable

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F24
ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER

ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER

13:15 - 14:15 Nouvelle solution entièrement automatisée pour l’extraction d’acides nucléiques, la normalisation et le PCR set-up. Exemple d’intégration dans un contexte de diagnostic (chemagic Prime® 4). Alix Joseph (PerkinElmer).
13:15 - 14:15 Analyse automatisée des acides nucléiques en microfluidique : plus d’utilisation de gel (LabChip® GX Touch). Alix Joseph (PerkinElmer).
13:15 - 14:15 Solution globale de workflow NGS : automatisation et kits pour la préparation des librairies. Julien Rouzade (PerkinElmer).

14:30
14:30-15:30
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A25
Conférence invité 1

Conférence invité 1

14:30 - 15:30 Structural variation of the human genome: Order and disorder. Dario LUPIANEZ (Berlin, ALLEMAGNE)

15:30
15:30-16:30
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A26
Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

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Assemblée Générale de la SFGH

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A27
Sessions Simultanées 01
Déficience intellectuelle et épilepsie

Sessions Simultanées 01
Déficience intellectuelle et épilepsie

Modérateurs : Brigitte GILBERT DUSSARDIER (PU-Ph Génétique Médicale) (POITIERS), Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (PARIS)
16:30 - 16:45 #13039 - CO007 Evaluation de l’apport du séquençage haut débit d’exome dans le diagnostic des erreurs innées du métabolisme dans une série de 550 patients atteints de déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement embryonnaire.
CO007 Evaluation de l’apport du séquençage haut débit d’exome dans le diagnostic des erreurs innées du métabolisme dans une série de 550 patients atteints de déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement embryonnaire.

Les erreurs innées du métabolisme (EIM) constituent un groupe de maladies génétiques dont l’origine est un déficit d’une voie biochimique. Elles se caractérisent par une grande hétérogénéité clinique. Les explorations biochimiques (dosages des métabolites, activités enzymatiques…) demeurent la technique de référence pour le diagnostic de ces maladies. L’analyse moléculaire n’intervient le plus souvent que dans un second temps en fonction de l’orientation clinico-biochimique pour l’identification des mutations causales, indispensable à la confirmation diagnostique et le conseil génétique. Néanmoins, le rendement diagnostique de ces techniques standards reste faible (0.8 à 14% selon la présentation clinique). Dans cette étude, nous évaluons l’apport du séquençage d’exome dans le diagnostic des EIM dans une série de 550 patients après un premier bilan étiologique non contributif. Ces patients étaient adressés pour avis diagnostique devant une présentation aspécifique d’encéphalopathie, de déficience intellectuelle, d’atteinte neurosensorielle et/ou de malformations congénitales. Un diagnostic moléculaire a été possible chez 177 patients. 11% des diagnostics étaient des EIM, identifiées chez 20 cas index, dont un nouveau phénotype lié au gène SLC13A5. Les patients étaient de tous âges, dont deux fœtus atteints de Niemann Pick C et de déficit en ALDH18A1 respectivement. On rapporte 2 cas de CLN1 et deux autres de CLN3 dont un adulte suivi pour rétinite pigmentaire sans épilepsie. Deux diagnostics ont permis la mise en place de thérapeutiques ciblées : les déficits en GLUT1 et en Sepiapterine réductase. Deux diagnostics précoces de mannosidose ont été possibles devant une surdité modérée et des difficultés d’apprentissage sans signe évident de surcharge. D’autres déficits du métabolisme des molécules complexes ont été identifiés, dont un déficit en GM3 synthétase, une gangliosidose à GM2, des déficits de synthèse du GPI-anchor et de la déglycosylation des protéines. Enfin, on note deux cas de déficits mitochondriaux (en co-enzyme Q10 et de la fission mitochondriale). Ces différents diagnostics n’avaient pas été évoqués spécifiquement lors du bilan initial principalement à cause de l’atypie ou de l’aspécificité des symptômes ou à une présentation plus modérée. A noter que parmi ces 20 patients, 11 se présentaient avec une déficience intellectuelle et une épilepsie de sévérité variable, phénotype fréquent chez les patients porteurs d’EIM dans cette série. De plus, dans au moins 9 maladies, aucun biomarqueur spécifique sanguin ou urinaire n’était disponible rendant impossible le diagnostic biochimique par simple screening métabolique. Au total, cette étude souligne l’intérêt de l’exome dans le diagnostic des EIM avec un rendement de 3.6% et ce malgré l’absence d’élément clinico-biologique évocateur d’EIM et des phénotypes aspécifiques. En effet,  le rendement rapporté de la stratégie standard n’était que de 0.8% dans ces mêmes indications

Nada HOUCINAT (DIJON), Sébastien MOUTTON, Angeline BRUEL, Paul KUENTZ, Julien THEVENON, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Nolwenn JEAN, Anne-Laure MOSCA, Frederic TRAN MAUTHEM, Daphné LEHALLE, Salima EL-CHEHADEH, Christine FRANCANNET, Marine LEBRUN, Laetitia LAMBERT, Marie-Line JACQUEMONT, Marion GERARD-BLANLUET, Jean-Luc ALESSANDRI, Marjolaine WILLEMS, François FEILLET, Tony O'GRADY, Christel THAUVIN, Laurence OLIVIER-FAIVRE
16:45 - 17:00 #12925 - CO008 Etude des gènes d’épilepsie monogénique chez 700 patients ayant une encéphalopathie épileptique : 28% de diagnostics, dont 4% de CNV et 3,5% d’anomalies en mosaïque.
CO008 Etude des gènes d’épilepsie monogénique chez 700 patients ayant une encéphalopathie épileptique : 28% de diagnostics, dont 4% de CNV et 3,5% d’anomalies en mosaïque.

L’épilepsie est un ensemble de pathologies neurologiques qui touche 0,7% de la population mondiale. Les encéphalopathies épileptiques constituent un groupe hétérogène de pathologies sévères, débutant généralement dans la petite enfance et dont l’évolution est souvent défavorable. Dans ce contexte, un diagnostic génétique précoce peut être important pour la prise en charge, le pronostic et le conseil génétique.

Méthode : Une collaboration entre les équipes de Lyon et de Paris (La Pitié-Salpêtrière), a permis la mise au point d’un panel de 90 gènes dont les mutations sont responsables d’épilepsies monogéniques. L’analyse a été réalisée avec la technologie  de capture SeqCapEZ de Roche®. Le séquençage a été réalisé sur une flow-cell « mid output » (Illumina®) sur un Miseq ou un Nextseq (Illumina®) en multiplexant les échantillons par 24. La profondeur moyenne de lecture était de 300X et plus de 99% des bases étaient couvertes à plus de 30X. Patients : L’ADN de 700 patients évalués au préalable par des neuropédiatres et des généticiens a été analysé.

Résultats : Des variants pathogènes ont été identifiés chez 196/700 patients (28% des cas), il s’agissait de mutations autosomiques dominantes, principalement de novo, dans 142 cas (72%), de mutations récessives dans 18 cas (10%) et de mutations sur le chromosome X dans 36 cas (18%).

Les gènes les plus fréquemment mutés étaient SCN1A (n=31), KCNQ2 (n=22), SCN2A (n=13), SCN8A (n=11), KCNT1 (n=9), CDKL5 (n=9), ATP1A3 (n=8), PCDH19 (n=7), SYNGAP1 (n=6), GRIN2A (n=6), STXBP1 (n=6) et WWOX (n=6). Le taux de diagnostic était beaucoup plus élevé en cas de début néonatal (45% de diagnostic en cas de début avant 1 mois) ou de début précoce (40% de diagnostic en cas de début entre 1 et 3 mois) ou chez les patients présentant un syndrome de Dravet ou une épilepsie sensible à la fièvre (47% de diagnostic). Au contraire, le taux de diagnostics était faible chez les patients ayant un syndrome de West (14% de diagnostic) ou une épilepsie débutant après 2 ans (14% de diagnostic).

Par ailleurs, le Séquençage à haut débit, dans nos conditions expérimentales qui assuraient une bonne couverture des régions d’intérêt, a permis la mise en évidence de délétions ou duplications d’exons dans 8 cas et de variants pathogènes en mosaïque chez 7 patients, dont certains présentaient un phénotype atténué.

Conclusion : L’analyse des gènes de ce panel permet d’augmenter le taux diagnostique des épilepsies monogéniques (28% de diagnostic), notamment lorsque les crises débutent au cours des premiers mois. L’identification de la mutation responsable de l’épilepsie permet d’améliorer le conseil génétique et, dans certains cas, la prise en charge thérapeutique. L’identification d’une mutation homozygote dans le gène PNPO chez une patiente ayant une épilepsie néonatale pharmacorésistante a permis d’adapter le traitement (Phosphate de Pyridoxal), ce qui a entrainé un contrôle satisfaisant de l’épilepsie et une reprise du développement psychomoteur.

Caroline NAVA (Paris), Audrey LABALME , Cyril MIGNOT , Nicolas CHATRON , Lies VAN DE VELDE BOERMANS , Vincent DES PORTES , Julie BOGOIN , Dorothée VILLE , Julitta DE BELLESCIZE, Marie-Christine NOUGUES, Diane DOUMMAR, Alexandra AFENJAR , Anne-Lise POULAT , Bénédicte HÉRON , Boris KEREN, Cécile FREIHUBER , Eleni PANAGIOTAKAKI , Stéphanie VALENCE , Alexis ARZIMANOGLOU, Delphine HÉRON , Christel DEPIENNE , Damien SANLAVILLE , Eric LEGUERN , Gaetan LESCA
17:00 - 17:07 #13168 - CO009a Diagnostic de la déficience intellectuelle : leçons apprises et nouveaux enjeux.
CO009a Diagnostic de la déficience intellectuelle : leçons apprises et nouveaux enjeux.

Les données cumulées issues de l’analyse de nos panels ciblés de gènes de déficience intellectuelle (DI)(275, 450 puis 520 gènes) sur les 1028 diagnostics rendus à Strasbourg permettent de dresser une cartographie des causes moléculaires de DI sans orientation clinique évidente et d’envisager les prochaines étapes pour améliorer la qualité du diagnostic et de la prise en charge de ces familles en France. Le diagnostic moléculaire a été établi avec certitude dans 24% des cas de notre cohorte: 246 variations de classe 4 et 5 ont été rendues par notre laboratoire. Des mutations de classe 3 ont également été identifiées dans 9% des cas, 8 d’entre elles sont en cours de reclassification car fortement suspects de pathogénicité. Ce taux de diagnostic est significativement plus important chez les filles (31%), en cas de DI avec troubles du sommeil (30%) ou en cas de DI avec un retard de croissance postnatale (31%). Il est moins important pour les garçons (21%) et les DI légères (16%). Le taux ne semble pas être modifié par les éléments suivants : épilepsie, micro ou macrocéphalie, retard de langage, TSA, troubles de l’attention,  hypotonie, RCIU, ou IRM normal ou anormale.

Le Top 10 des gènes les plus fréquemment mutés dans notre cohorte regroupe TCF4, GRIN2B, SHANK3, KMT2A, DDX3X, KAT6B, ANKRD11, ARID1B, DYRK1A, MECP2. De nouveaux gènes ont rejoint le groupe des gènes de DI confirmés  (BPRF1, MYT1L, POGZ, AUTS2) et d’autres sont en cours de caractérisation (AGO1). On observe une transmission AD dans 66 % des cas et liée à l’X dans 25 % des cas. Très peu de mutations dans des gènes à transmission AR ont été identifiés (ST3GAL5, TRAPCC9, MED23). Le taux de double diagnostic est également faible (1 seul cas avéré) ainsi que les découvertes incidentes (5 cas). Des variations dans des gènes à pénétrance incomplète commencent à émerger (ANKRD11, KANSL1, DYNC1H1, KAT6A, MBD5). Le taux de néomutation reste très élevé (70%). L’analyse par trio (en simplex ou en pool) semble donc particulièrement efficiente vu le débit attendu de l’analyse (performance d’identification du variant, vérification du trio, délai de rendu). Pour ces familles, un DPN est fréquemment réalisé malgré le faible risque de récurrence. Une approche universelle, non invasive, basée sur une capture de l’ADN plasmatique maternel est en cours de mise en place pour éviter ces ponctions fœtales sur faible risque.

Ces avancées permettent d’améliorer le diagnostic des patients atteints de DI sans orientation clinique : d’un taux initial de 15-20 % (ACPA + analyse ciblée de gènes), le taux cumulé atteint 40-45 % avec notre panel. Si l’analyse de l’exome en trio permet de gagner clairement encore 10-15 % supplémentaire, l’évaluation de l’approche génome entier semble constituer la prochaine étape pouvant permettre de faire un gain significatif dans le cadre de ce diagnostic de par sa capacité à identifier d’autres mécanismes chromosomiques inaccessibles à des techniques basées sur une capture préalable.

Amelie PITON, Laura MARY, Claire FEGER, Celine CUNY, Marguerite MIGUET, Elsa NOURISSON, Jean MULLER, Frederic TRAN MAU THEM, Aurelien CHARNOT, Eric DAHLEN, Audrey SHALK, Imene BOUJELBENE, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND-AUGE, Jamel CHELLY, Jean Louis MANDEL, Bénédicte GERARD (STRASBOURG)
17:07 - 17:15 #13523 - CO009b Déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistiques : quelle stratégie pour le diagnostic moléculaire ?
CO009b Déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistiques : quelle stratégie pour le diagnostic moléculaire ?

Introduction : Les déficiences intellectuelles (DI) et les troubles du spectre autistique (TSA) sont des pathologies génétiquement et cliniquement hétérogènes, souvent associées car 60% des patients avec TSA présente aussi une DI. Ces pathologies  représentent le premier motif de consultation au sein du service de Génétique Clinique de l’Hôpital Necker (environ 400 patients par an). Les stratégies de WES/WGS ont montré leur efficacité pour l’identification des causes génétiques des DI et des TSA. Elles sont cependant couteuses, et entrainent la détection de variants incidents ou non sollicités. Pour ces raisons, la question de la pertinenece de leur application dans le contexte de diagnostic génétique hospitalier se pose.
Méthodes: Nous avons séquencé par NGS ciblé sur 253 gènes associés aux DI, 413 patients présentant une DI et/ou un TSA (379 singleton et 34 trios patient-parents, 246 garçons et 167 filles, âge moyen 12 ans).
Résultats: Pour tous les individus, la couverture des régions ciblées était > 99.8%. Nous avons identifié des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez 22% des patients avec une majorité de variants survenus de novo (18%). Des variants de signification inconnue ont été mis en évidence chez 9% des patients. Le rendement diagnostique était plus élevé chez les patients avec DI syndromique (30%) et atteints d’épilepsie (32%) ; il était plus faible pour les patients issus de couples consanguins (9%). Cette approche a permis l’identification de délétions exoniques et de variants présents en taux faible de mosaïque.
Conclusions: Avec un rendement diagnostic de 22% dans une cohorte de 413 patient étudiés sur la période 2015-2017, la stratégie de NGS ciblé optimise le screening moléculaire des DI et des TSA. Cette approche « ciblé » réduit les côuts et le nombre de résultats incertains ou fortuits par rapport au WES et est préferable chez les patients avec DI/TSA syndromique. Une stratégie par WES pourrait par contre être plus pertinente chez les patients atteints de DI/TSA non syndromiques.


Giulia BARCIA (Paris), Marlène RIO, Sophie RONDEAU, Ghislaine ROYER, Adrienne ELMORJANI, Mathieu BERNARDELLI, Sylvain HANEIN, Cécile FOURRAGE, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKE, Sandrine MARLIN, Anne PHILIPPE, Laurence ROBEL, Genevieve BAUJAT, Stanislas LYONNET, Desguerre ISABELLE, Valerie CORMIER-DAIRE, Jeanne AMIEL, Arnold MUNNICH, Laurence COLLEAUX, Julie STEFFANN, Jean-Paul BONNEFONT
17:15 - 17:30 #12631 - CO010 2 ans d’expérience de l’exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle au CHU de Rennes.
CO010 2 ans d’expérience de l’exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle au CHU de Rennes.

La déficience intellectuelle (DI) touche 1 à 3% de la population générale. Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont considérablement amélioré son diagnostic, notamment avec la mise en œuvre de séquençage de panels de gènes ciblés (panels DI44, DI275, DI459) et de séquençage d’exome entier (WES). Au CHU de Rennes, nous avons choisi une approche intermédiaire : l’exome médical, qui consiste à séquencer les exons de 5500 gènes OMIM à l’aide d’un kit de capture (Focused Exome Agilent).

Nous rapportons ici les résultats issus de l’analyse de 140 familles sur la période 2015-2017. Le modèle d’étude privilégié était le trio (enfant et parents).

Grâce à cette approche, nous avons mis en évidence 31% de variants de classes 5 et 4 (délétères et probablement délétères), 22% de classe 3 (VUS ou variants de signification clinique inconnue) et 47% de classes 2 et 1 (probables polymorphismes et polymorphismes reconnus).

Le panel ciblé DI44 n’aurait permis d’identifier que 14% de variants de classes 5 et 4, l’exome médical nous a donc permis de doubler le rendement diagnostique.

Les gènes impliqués sont très variés. Hormis les gènes du panel DI44, ADNP et POGZ sont ceux où le maximum de récurrence est observé même si celle-ci est faible.

L’implication définitive de certains variants peut requérir la mise en œuvre de tests fonctionnels :

1/ quand il s’agit de variants faux-sens dans un gène dont les variants reconnus délétères sont des variants non-sens ou frameshift (par exemple MEF2C),

2/ quand il s’agit de variants prédits délétères dans des gènes non formellement reconnus comme étant impliqués dans la DI à ce jour (par exemple KMT5B).

L’utilisation de l’exome médical dans le diagnostic étiologique de la DI constitue un bon compromis entre les panels ciblés et le WES : avec une nécessité de stockage informatique moins importante que le WES, une interprétation moins délicate (en évitant des variants dans des gènes totalement inconnus) et un prix plus abordable, il offre un rendement diagnostique très satisfaisant actuellement.

Christèle DUBOURG (Rennes), Wilfrid CARRE, Mélanie FRADIN, Chloé QUELIN, Paul ROLLIER, Mailys RUPIN, Florence DEMURGER, Hubert JOURNEL, Sylvie ODENT, Laurent PASQUIER, Véronique DAVID
17:30 - 17:45 #13077 - CO011 Whole exome vs grand panel dans la déficience intellectuelle : un taux d’élucidation diagnostique multiplié par 2.
CO011 Whole exome vs grand panel dans la déficience intellectuelle : un taux d’élucidation diagnostique multiplié par 2.

Plus de 1000 gènes sont connus dans la déficience intellectuelle (DI) et de nouveaux sont découverts très régulièrement. En raison de cette grande hétérogénéité génétique, les méthodes diagnostiques ciblées ont un intérêt souvent limité tandis que le Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) a apporté un bénéfice considérable.

L’objectif de notre étude était d’évaluer le taux de diagnostic réalisé grâce au WES en trio dans la DI et de le comparer à celui obtenu avec un grand panel utilisé précédemment au laboratoire.

 

Patients et méthodes:

600 cas index, atteints de DI, ont été recrutés via la consultation de génétique. Tous avaient eu précédemment un bilan négatif incluant une ACPA et un X-fragile ainsi que pour certains des études ciblées. 263 patients, ont été initialement séquencés avec le panel TruSightOne (TS1) d’Illumina, commercialisé en 2015, comprenant les 4813 gènes impliqués en pathologie référencés dans OMIM. Pour les 373 patients suivants, nous avons réalisé un  WES avec le kit MedExome de Roche. 36 patients ont été analysés successivement avec les 2 techniques. Les analyses ont été réalisées en trio ou en quatuor dans 348 cas et en duo (lorsque l’ADN d’un parent n’était pas disponible) dans 25 cas.

 

Résultats:

Notre taux diagnostique (variants classe 4 et 5) est de 21% (55/263) avec le TS1 et de 43% (159/373) avec le WES. 55% des diagnostics réalisés en WES concernent des gènes absents du TS1 car décrits depuis moins de 3 ans dans la DI. Chez les patients négatifs en TS1 puis analysés en WES, notre taux diagnostique est de 30% (11/36). De plus, 21 variants probablement pathogènes ont été identifiés en WES dans des gènes non encore publiés et qui font actuellement l’objet de collaborations internationales.

Lorsque l’analyse des parents n’était pas possible, notre taux diagnostique tombe à 20% (5/25) contre 44% (154/348) lorsque nous avons pu faire les analyses en trio.

Les 159 diagnostics en WES ont été faits dans 117 gènes différents, dont seulement 26 sont mutés chez au moins 2 cas index, témoignant de la grande hétérogénéité génétique de la DI. Les gènes les plus fréquemment mutés dans notre série sont DDX3X, ADNP, KCNA2 et TCF20 (n=4 pour chaque gène). Tous les variants pathogènes ont été validés lors de réunions de concertation pluridisciplinaire clinico-biologique.

Conclusion:

Plus de la moitié de nos diagnostics en WES n’auraient pas été réalisés avec le TS1, qui comprenait pourtant en théorie tous les gènes connus de DI lors de sa commercialisation. Cela s’explique par la découverte très rapide de nouveaux gènes dans la DI durant ces 3 dernières années, ce qui rend vite obsolète un panel de gènes, même exhaustif au moment de son design. C’est également probablement la raison de notre taux diagnostique légèrement supérieur à ceux de la littérature (30-40%). Cela donne un intérêt particulier au WES dans la DI qui, sans besoin de nouveau design, reste toujours à jour et voit son taux diagnostique augmenter avec les avancées scientifiques.

Caroline NAVA, Cyril MIGNOT , Julien BURATTI, Claude ESTRADE, Sabina KARAGIC, Aurélie LAFITTE, Elodie LEJEUNE, Corinne MACH, Valérie OLIN, Alinoe LAVILLAUREIX, Alexandra AFENJAR , Diane DOUMMAR, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Marie-Christine NOUGUES, Stéphanie VALENCE , Bénédicte HÉRON , Rodriguez-Levi DIANA , Lydie BURGLEN, Sandra WHALEN, Damien HAYE, Solveig HEIDE, Perrine CHARLES, Isabelle MAREY, Christel DEPIENNE , Boris KEREN (PARIS), Delphine HÉRON
17:45 - 18:00 #13239 - CO012 De l’exome au génome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.
CO012 De l’exome au génome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.

La déficience intellectuelle (DI) a une prévalence estimée à 1% de la population. Aujourd’hui, plus de 1500 gènes ont été décrits comme responsables de DI. Dans un cadre diagnostic, certains gènes étant plus fréquemment mutés, la stratégie française prédominante consiste actuellement à analyser des panels composés de quelques dizaines à plusieurs centaines de gènes. Le séquençage de l’exome est une autre stratégie qui, au-delà de répondre à la problématique de l’hétérogénéité génétique, permet une analyse mise à jour régulièrement et un amincissement de la frontière avec la recherche. Au CHU de Nantes, nous avons fait le choix du séquençage de l’exome en solo dans le diagnostic de la DI, pour un nombre limité de patients, en sélectionnant les patients les plus sévères et les familles en demande d’un conseil génétique. Depuis fin 2015, nous avons analysé 164 cas index et avons établi un diagnostic certain ou probable pour 75 cas (45,7%). Certains patients ont pu être intégrés dans une cohorte décrivant un nouveau gène responsable de DI (OTUD6B, EBF3), et certains présentent des mutations de novo dans des gènes candidats (KMT2C, SPTBN1, TENM2, DSCAM, PPP3CB). Parallèlement à l’exome, le plan « France médecine génomique » promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la fondation maladies rares permettant le séquençage du génome en trio de 7 patients, recrutés après un exome trio négatif (projet HUGODIMS, recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les premiers résultats ont montré (1) une translocation équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques dont la pathogénicité reste incertaine, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) deux patients avec des mutations de novo dans le gène H3F3A, dans un exon non couvert par exome, pour lequel une cohorte est en cours de publication et (4) une mutation de novo dans le gène TFE3, pour lequel une publication est également en cours. Au total, un diagnostic certain a pu être établi chez 4 patients. En conclusion, bien que l’exome apporte un rendement diagnostic déjà important, l’accès aux variants structuraux et la couverture plus homogène de la grande majorité des gènes de DI font certainement du séquençage du génome entier la future méthode de choix pour le diagnostic de la DI.

Benjamin COGNÉ (NANTES), Sébastien SCHMITT, Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Delphine QUINQUIS, Wallid DEB, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Marie-Laure VUILLAUME, Annick TOUTAIN, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Philippe PARENT, Pierre BOISSEAU, Claire BENETEAU, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU

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Syndromes malformatifs

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Syndromes malformatifs

Modérateurs : Annie LAQUERRIERE (ROUEN), Mathilde NIZON (NANTES)
16:30 - 16:45 #12823 - CO013 Syndrome Kabuki et manifestations immunitaires: à partir d’une cohorte de 154 patients.
CO013 Syndrome Kabuki et manifestations immunitaires: à partir d’une cohorte de 154 patients.

INTRODUCTION: Le syndrome Kabuki (SK OMIM 147920 et 300128) est un syndrome poly-malformatif rare associant un aspect reconnaissable du visage, une déficience intellectuelle variable de modérée à sévère, et des malformations d'organes variées (squelettiques, cardiaques, uro-génitales). Deux gènes, KMT2D et KDM6A, sont aujourd’hui impliqués dans ce syndrome. Une prévalence accrue des manifestations immunologiques est également observée chez ces patients. Il s’agit avec l’atteinte cardiaque de l’une des atteintes qui peut grever un pronostic bon par ailleurs. Pourtant c’est aussi l’un des aspects les moins étudiés dans la littérature. L'objectif de ce travail est d'obtenir une estimation de l'incidence des manifestations immunologiques dans le SK, et de les décrire, afin de détecter les particularités de présentation, d'association phénotypique et de prise en charge thérapeutique sur une large cohorte française. METHODOLOGIE: Les 154 cas actuellement colligés de notre cohorte ont une clinique compatible ainsi qu’un diagnostic moléculaire (KDM6A ou KMT2D) qui établissent le diagnostic de SK. Nous avons demandé aux 32 centres ayant participé au PHRC Kabuki de remplir un questionnaire de façon rétrospective. Nous avons ainsi évalué la survenue d’un purpura thrombopénique idiopathique (PTI), d’une anémie hémolytique auto-immune (AHAI), d’une autre maladie auto-immune (MAI) ou d’un déficit immunitaire commun variable (DICV) chez les patients. RESULTATS: On retrouve chez 7.79% des patients un PTI, dont une moitié est chronique ( > 12 mois). 3.25% ont eu une AHAI, dont un patient décédé d’hémolyse aigüe. Des infections à répétions sont présentes chez 36.59 % des SK, principalement ORL durant la petite enfance. D’autres infections plus graves à type d’atteinte pulmonaire, digestive, d’abcès cérébraux ou d’ostéomyélite sont également observées. Un DICV est observé chez 32.14% des patients : une hypogammaglobulinemie, associée à des sérologies vaccinales non-protectrices et une lymphopénie. 11.38 % des patients ont une MAI, le plus souvent des manifestations dermatologiques bénignes telles qu'un psoriasis ou un vitiligo. Des cas de thyroïdite auto-immune et un cas de diabète type 1 sont également retrouvés dans notre cohorte. Des complications immunologiques sont responsables du décès de 2 patients de notre cohorte. CONCLUSION: Notre étude montre une incidence élevée des manifestations immunitaires chez les patients SK de notre cohorte française. Cette surreprésentation pourrait s'expliquer car le complexe formé par KMT2D à un rôle central dans la maturation des lymphocytes T helper type 2. A noter le nombre important de données biologiques manquantes dans notre étude, qui indique que le phénotype dysimmunitaire du SK est peut-être sous-estimé. Notre étude montre pourtant que l’atteinte immunitaire est fréquente et potentiellement sévère.

Henri MARGOT (Bordeaux), Vincent GATINOIS, Guilaine BOURSIER, Helder FERNANDES, Elodie SANCHEZ, Agnes GUICHET, Margaux SEREY, Philippe PARENT, Sacha WEBER, Virginie MAGRY, Mathilde LEFEVBRE, Klaus DIETERICH, Marie-Line JACQUEMONT, Odile BOUTE, Thibaud ARMAND, Elisabeth SARRAZIN, Julie ROBBE, Godelieve MOREL, Mélanie FRADIN, Alice GOLDENBERG, Sarah BAER, Sophie JULIA, Annick TOUTAIN, Stanislas LYONNET, Yves PEREL, Didier LACOMBE, Nathalie ALADJIDI, David GENEVIEVE
16:45 - 17:00 #12959 - CO014 GREB1L, un nouveau gène d’agénésie rénale bilatérale chez l’homme et la souris.
CO014 GREB1L, un nouveau gène d’agénésie rénale bilatérale chez l’homme et la souris.

Les anomalies congénitales des reins et des voies urinaires (CAKUT) regroupent un spectre d’anomalies du développement rénal incluant agénésies, hypoplasies et dysplasies. Elles constituent une cause majeure d’insuffisance rénale chez l’enfant, et d’interruption médicale de grossesse pour les formes les plus graves. Des mutations dans plus de 50 gènes ont été rapportées dans des formes de CAKUT isolées ou syndromiques. Cependant, les causes génétiques des agénésies rénales bilatérales restent largement méconnues.

Par séquençage d’exome total ou ciblé de 183 cas non apparentés de formes familiales et/ou sévères de CAKUT, nous avons identifié 16 variants hétérozygotes dans le gène GREB1L (Growth Regulation By Estrogen In Breast Cancer 1-Like). Ces variants étaient soit absents dans la base de données GnomAD (4 mutations perte-de-fonction et 10 faux-sens), soit présents avec des fréquences très faibles (2 faux-sens). Douze d’entre eux étaient présents chez des fœtus avec agénésie rénale bilatérale, associée à une agénésie utérine chez les fœtus de sexe féminin. Parmi les autres anomalies extrarénales, deux fœtus présentaient des anomalies cardiaques. Dans 11 des 12 familles pour lesquelles l’ADN parental était disponible, nous avons montré que la mutation venait de la mère, présentant ou non un phénotype CAKUT et/ou une anomalie utérine de faible gravité.

GREB1L est un gène de fonction inconnue, décrit comme cible de l’acide rétinoïque, une voie de signalisation cruciale pour le développement. Nous avons montré par hybridation in situ que ce gène est exprimé lors des stades précoces de la néphrogenèse. Nous avons généré un modèle de souris invalidé pour Greb1l par CRISPR-Cas9. Les souris homozygotes meurent in utero. Les embryons Greb1l-/- prélevés à E13.5 présentent tous une taille réduite et une exencephalie. L’analyse par immunofluorescence et transparisation nous a permis de montrer l’absence de reins ainsi que des canaux de Wolff et de Müller chez tous les embryons Greb1l-/- males et femelles (marquage Pax2), ainsi qu’une anomalie de la formation des testicules (marquage Sox9). Ce dernier résultat suggère que l’absence de transmission paternelle dans les familles puisse s’expliquer par une diminution de la fertilité masculine. Nous avons également montré que les embryos Greb1l-/- présentent tous une anomalie cardiaque de type "topsy-turvy". En parallèle, nous avons généré un modèle de cellules rénales de souris mIMCD3 invalidé pour Greb1l et montré des anomalies d’épithélialisation en culture 3D. Ce modèle est actuellement utilisé pour valider l’effet des mutations faux-sens identifiées.

Cette étude démontre que GREB1L joue un rôle majeur au cours du développement urogénital précoce et met en évidence une nouvelle cause génétique pour les agénésies rénales bilatérales. Des études sont maintenant nécessaires pour caractériser les voies de signalisation régulées par GREB1L lors du développement urogénital.

Lara DE TOMASI (Paris), Pierre DAVID, Camille HUMBERT, Flora SILBERMANN, Christelle ARRONDEL, Frédéric TORES, Stéphane FOUQUET, Audrey DESGRANGE, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Joëlle ROUME, Marie-Pierre CORDIER, Christine PIETREMENT, Bertrand ISIDOR, Philippe KHAU VAN KIEN, Marie GONZALES, Marie-Hélène SAINT-FRISON, Jelena MARTINOVIC, Robert NOVO, Juliette PIARD, Christelle CABROL, Hubert JOURNEL, Jacqueline AZIZA, Laurent GAVARD, Marie-Hélène SAID-MENTHON, Laurence HEIDET, Sophie SAUNIER, Cécile JEANPIERRE
17:00 - 17:15 #13042 - CO015 Un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle et malformation craniofaciale par mutation tronquante, de novo de MN1 et probable effet gain de fonction ou dominant négatif.
CO015 Un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle et malformation craniofaciale par mutation tronquante, de novo de MN1 et probable effet gain de fonction ou dominant négatif.

Le gène meningioma 1 (MN1) code pour un co-régulateur transcriptionel sans homologie avec d'autres protéines. Un gène de fusion de MN1 avec ETV6 par translocation somatique a été rapporté dans la leucémie myéloïde aiguë. Chez la souris, Mn1 est nécessaire au développement du palais et de l’ossification endomembraneuse du crâne. Nous avons identifié plusieurs mutations tronquantes de novo de MN1, dont une récurrente, chez 13 individus présentant une dysmorphie faciale reconnaissable avec hypoplasie de l’étage moyen de la face et dysplasie du pavillon des oreilles, et une déficience intellectuelle moyenne à sévère. MN1 est composé de deux exons. Toutes les mutations, y compris le variant récurrent p.Arg1295* observé chez 7/13 individus, se situent dans le deuxième exon ou dans la région 3' de l'exon 1. Leurs positions prédisent un échappement au mécanisme de « nonsense-mediated mRNA decay », et ceci a pu être confirmé sur fibroblastes chez un individu. Des études antérieures ont décrit de grandes délétions incluant MN1 chez des individus présentant des anomalies neurodéveloppementales de sévérité variable et une dysmorphie faciale non spécifique et différente de celle que présentent les patients décrit ici. Nous proposons que le syndrome défini ici ne soit pas la conséquence d’une perte de fonction par haploinsufisance de MN1, mais celle d’une protéine MN1 tronquée de sa partie C-terminale avec pour conséquence un effet dominant négatif ou gain de fonction. Les 20 acides aminés de la région C-terminale sont hautement conservés et n’ont pas d’homologie à un domaine connu. Nos résultats renforcent l’intérêt de l’étude du rôle de MN1 et de son domaine C-terminale en particulier dans le développement des structures craniofaciales et du système nerveux central.

Chris MAK, Angela LIN, Amanda BARONE, Megan CHO, Valérie CORMIER-DAIRE, Geraldine VIOT, Francesca FILIPPINI, Karen GRIPP, Trevor HOFFMAN, Shelagh JOSS, Sarina KANT, Davor LESSEL, Chumei LI, Thierry BIENVENU, Stanislas LYONNET, Michael PARKER, Joan STOLER, David VISKOCHIL, James WEISFELD-ADAMS, Jeanne AMIEL, Brian CHUNG, Chris GORDON (Paris)
17:15 - 17:30 #13098 - CO016 Apport du séquençage haut débit d’exome dans les syndromes polymalformatifs fœtaux en pratique diagnostique.
CO016 Apport du séquençage haut débit d’exome dans les syndromes polymalformatifs fœtaux en pratique diagnostique.

Les syndromes polymalformatifs sont définis par l’association de deux malformations ou plus. Dans ces syndromes, les causes génétiques sont fréquentes, avec un risque éventuel de récidive pour les familles, à l’origine d’une très forte demande de conseil génétique. La stratégie diagnostique actuelle (examen foetopathologique, cytogénétique et examens ciblés de biologie moléculaire) ne permet un diagnostic étiologique que dans environ 1/3 des familles concernées par un syndrome polymalformatif de révélation anténatale. La majorité des couples reste donc sans possibilité de conseil génétique précis, ni de diagnostic anténatal génétique  lors de futures grossesses. L’objectif de notre étude est donc d’étudier l’apport du séquençage haut débit d’exome (SHD-E) dans le diagnostic étiologique de 100 fœtus atteints de syndromes polymalformatifs non étiquetés après un examen fœtopathologique et radiologique complet, de même qu’une ACPA normale (étude FOETEX).

Nous avons réalisé un SHD-E en solo chez 100 fœtus polymalformés provenant de 10 centres de diagnostic prénatal en France. L’analyse a été ciblée initialement sur les gènes OMIM puis secondairement étendue à l’ensemble des gènes. La confirmation des variations et la ségrégation familiale ont été réalisées par séquençage  Sanger.

Les 100 fœtus présentaient une dysmorphie faciale (50%), des troubles de croissance (39%) et des malformations cérébrales (46%), cardiaques (38%), osseuses (33%), urogénitales (27%), digestives (23%), de l’appareil respiratoire (21%) et des extrémités (15%). Le SHD-E a permis d’identifier une/des variation(s) causale(s) chez 20% des fœtus, des variations de signification inconnue chez 5% des fœtus et des variations dans des gènes candidats chez 5% des fœtus. Parmi les variations causales, la majorité était de transmission autosomique récessive (56%). Ce taux diagnostique (20%) s’avère nettement inférieur au rendement du SHD-E dans les cohortes post-natales (30-35%), probablement lié aux phénotypes extrêmes, atypiques ou aspécifiques identifiés en fœtopathologie, à l’absence des données neurodévelopementales dans cette population et aux peu d’études réalisées sur des cohortes foetales. Un net excès de variations récessives a été identifié dans cette étude (56% vs 28% dans d’autres études). Le fort taux de récidive dans notre cohorte (10%) et le taux de consanguinité connue (4%) ne permettent pas à eux seul d’expliquer cet excès.

En conclusion, l’efficacité diagnostique du SHD-E en solo chez les fœtus apparait inferieure à la période post-natale car les corrélations génotypes-phénotypes, majeures pour une étude en solo, s’avèrent plus difficiles en fœtopathologie. Une relecture en trio (après SHD-E secondaire des parents) des SHD-E fœtaux initialement négatifs en solo permettra sans doute d’augmenter ce rendement diagnostique et d’identifier de nouveaux gènes candidats.

Mathilde LEFEBVRE (Paris), Yannis DUFFOURD, Ange-Line BRUEL, Mirna ASSOUM, Paul KUENTZ, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Cristina ANTAL, Valérie KREMER, Françoise GIRARD-LEMAITRE, Jean-Louis MANDEL, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Nada HOUCINAT, Sébastien MOUTTON, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO, Frederic TRAN-MAU-THEM, Nathalie MARLE, Laetitia LAMBERT, Philippe JONVEAUX, Jean-Francois DELEUZE, Céline BONNET, Robert OLASO, Anne BOLAND, Foliguet BERNARD, Jean-Pierre MAZUTTI, Emmanuelle GINGLINGER, Eric JEANDIDIER, Dominique GAILLARD, Elisabeth ALANIO, Celine POIRISIER, Anne-Sophie LEBRE, Francine ARBEZ-GINDRE, Sylvie ODENT, Chloé QUELIN, Melanie FRADIN, Marjolaine WILLEMS, David GENEVIEVE, Nicole BIGI, Marie-Josée PEREZ, Philippe LOGET, Sophie BLESSON, Christine FRANCANNET, Anne-Marie BEAUFRERE, Sophie PATRIER, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Nicole LAURENT, Julien THEVENON, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
17:30 - 17:45 #13295 - CO017 Description d’un nouveau syndrome autosomique récessif nommé Ostéo-Oto-Hépato-Entérique (O2HE) secondaire à des mutations perte de fonction du gène UNC45A.
CO017 Description d’un nouveau syndrome autosomique récessif nommé Ostéo-Oto-Hépato-Entérique (O2HE) secondaire à des mutations perte de fonction du gène UNC45A.

L'association de la diarrhée congénitale et de la cholestase héréditaire est rare chez l’enfant, et les bases moléculaires de nombreux patients restent inconnues. Récemment, certains gènes identifiés dans les cholestases héréditaires ont été identifiés dans des familles avec diarrhée congénitale et inversement. À titre d'exemple, des variants hétérozygotes composites ou homozygotes MYO5B ont été initialement identifiées comme une cause de diarrhée congénitale avec atrophie microvillositaire, puis plus tard de cholestases congénitales isolées ou associées, expliqué par le rôle de ce gène dans la polarisation des hépatocytes et des entérocytes. La même démonstration a ensuite été faite pour les gènes ABCB11, TTC37 et SKIV2L.

Nous avons étudié par séquençage de l’exome quatre filles issus de 3 familles différentes, âgés de 4 à 23 ans, présentant une constellation phénotypique comprenant cholestase, diarrhée congénitale, déficience auditive et fragilité osseuse, ne rentrant dans aucun des cadres diagnostiques connus. Aucun des patients ne présentait l’ensemble des signes cliniques, et le mode d’entrée était la diarrhée congénitale sévère avec atrophie microvillositaire pour 2 des patients, nécessitant toujours une nutrition parentérale après plusieurs années de vie, et la cholestase chez les 2 autres. Des variants homozygotes dans la famille consanguine, et hétérozygotes composites dans les autres familles, de type tronquants ou faux sens, du gène Unc-45 Myosin Chaperone A (UNC45A) ont été mis en évidence dans les 3 familles, et ont permis de rapprocher ces patients dont la présentation clinique était initialement très différente. UNC45A appartient à la famille de protéines UCS et n'a pas été précédemment rattaché à une pathologie humaine. Des travaux réalisés sur l'orthologue C. elegans UNC-45 avait montré l’implication de ce gène dans les troubles de la motilité. Des études fonctionnelles in vitro et in vivo, et à l’aide d’un modèle zebrafish, a permis de confirmer l’implication de UNC45A, en particulier dans les manifestations digestives. Ces résultats montrent l’apport du séquençage nouvelle génération dans l’identification de nouveaux gènes responsables de présentations cliniques hétérogènes, et l’importance du partage de données et des projets collaboratifs pour aboutir à des conclusions.

Laurence FAIVRE (DIJON), Clothilde ESTEVE, Ludmila FRANCESCATTO, Perciliz L TAN, Aurélie BOURCHANY, Cécile DELAFOULHOUZE, Evelyne MARINIER, Patrice BOURGEOIS, Angeline BRUEL, Yannis DUFFOURD, Olivier GOULET, Emmanuel GONZALES, Frédéric HUET, Caroline LACOSTE, Raphaëlle MAUDINAS, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Bertrand ROQUELAURE, Jacques SARLES, Sabine SAIGAUDY, Elodie SAVAJOL, Christel THAUVIN-ROBINET, Julien THEVENON, Nicolas LEVY, Catherine BADENS, Jean-Pierre HUGOT, Nicholas KATSANIS, Alexandre FABRE
17:45 - 18:00 #13422 - CO018 Haploinsuffisance de BMP2 : Mécanisme responsable d’un nouveau syndrome malformatif associant une dysmorphie, une fente palatine et des anomalies squelettique et cardiaques.
CO018 Haploinsuffisance de BMP2 : Mécanisme responsable d’un nouveau syndrome malformatif associant une dysmorphie, une fente palatine et des anomalies squelettique et cardiaques.

La protéine morphogénétique osseuse 2 (BMP2) située sur le chromosome 20p12 appartient à une superfamille de gènes codant pour des peptides de signalisation TGF-beta impliqués dans le développement des os et du cartilage. Les délétions hétérozygotes du chromosome 20p12 ont été associées de manière variable à des fentes palatines, une petite taille et à un retard de développement. Nous rapportons ici un phénotype cranio-squelettique particulier dû à des mutations tronquantes, à l’état hétérozygote, chez 12 individus de 8 familles non apparentées qui partagent comme caractéristiques : une petite taille, une dysmorphie reconnaissable, des anomalies squelettiques et une maladie cardiaque congénitale. Dans toutes les familles décrites, dont un cas de mosaïque paternelle chez deux sœurs atteintes qui ont hérité d'une mutation d’épissage dans le gène BMP2, l’apparition de mutations survenues de novo et d’une hérédité autosomique dominante nous permettent d’impliquer l’haploinsuffisance de BMP2 comme le mécanisme responsable du phénotype rapportée dans la microdélétion 20p12. De plus, nous reproduisons le phénotype observé chez nos patients comme la petite taille et les anomalies squelettiques, grâce à un modèle de souris knock-out hétérozygote Bmp2, confirmant que l’haploinsuffisance de BMP2 est le principal déterminant du phénotype des individus porteurs de mutations tronquantes et de microdélétions comprenant ce gène. Ces résultats démontrent le rôle important joué par la protéine BMP2 dans le développement cranio-facial, squelettique et cardiaque humain, associant un phénotype cohérent caractérisé par une petite taille, une fente palatine, des anomalies squelettiques et cardiaques, sans déficit neurologique.

Gwenaël LE GUYADER (Poitiers), Tiong Yang TAN, Fanny PELLUARD, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Fréderic BILAN

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C27
Sessions Simultanées 03
Oncogénétique

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Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Capucine DELNATTE (NANTES)
16:30 - 16:45 #12732 - CO019 Recherche de nouveaux biomarqueurs indicateurs de la présence d’une altération constitutionnelle des gènes suppresseurs de tumeurs TP53 et BRCA par approche multi-omique.
CO019 Recherche de nouveaux biomarqueurs indicateurs de la présence d’une altération constitutionnelle des gènes suppresseurs de tumeurs TP53 et BRCA par approche multi-omique.

L’identification des mutations constitutionnelles à l’origine d’une prédisposition génétique au cancer est essentielle à la prise en charge médicale des patients et de leurs familles. Depuis l’implémentation des technologies de séquençage à haut-débit dans les laboratoires diagnostiques, le principal défi n’est plus la détection des variations génétiques mais leur interprétation et leur classification. La question de l’interprétation de la variation est particulièrement cruciale lorsqu’elle conditionne la stratégie thérapeutique. Il est essentiel de disposer de tests simples adaptables en routine diagnostique pour faciliter l’interprétation des variations génétiques. Le but de notre projet est, dans ce contexte, l’identification par approche multi-omique, combinant l’analyse à haut-débit du transcriptome et l’analyse du métabolome, de nouveaux biomarqueurs capables de discriminer des cellules sans mutation de cellules avec mutation délétère. Nous avons appliqué cette approche aux variations de TP53 à l’origine du syndrome de Li-Fraumeni ainsi qu’aux variations détectées dans les gènes BRCA impliqués dans la prédisposition génétique aux cancers du sein et de l’ovaire. Si l’apparition de tumeurs chez ces patients nécessite le plus souvent un deuxième événement somatique, l’impact biologique d’une mutation constitutionnelle hétérozygote est probablement suffisant pour entrainer un endophénotype détectable à l’aide d’outils moléculaires spécifiques. En exposant les cellules à des drogues génotoxiques, nous avons exacerbé les différences existant entre les lymphocytes de sujets témoins et les lymphocytes de patients porteurs d’une mutation délétère hétérozygote pour pouvoir mettre en évidence une réponse différentielle aux lésions de l’ADN. Nous avons réalisé des expériences de RNA-seq global permettant d’évaluer les différences d’expression des transcrits codants, mais également des ARN non codants dont l’implication dans la réponse aux lésions de l’ADN est de plus en plus évidente. Cette analyse a révélé une liste de gènes différentiellement exprimés entre les cellules sauvages et mutées. Ces transcrits constituent de nouveaux biomarqueurs qui pourront être inclus dans des tests fonctionnels simples. En parallèle de ces analyses, nous effectuons des analyses de métabolomique non ciblées. Cette approche omique émergente en génétique humaine permet d’évaluer l’impact des influences génétiques et environnementales sur les cellules. La stratégie analytique choisie repose sur la spectrométrie de masse à haute résolution, la chromatographie liquide et la mobilité ionique (UHPLC-IM-MS). Nous procéderons ensuite à l’intégration des données issues de ces deux technologies omiques afin de cibler plus précisément les voies et les acteurs biologiques impliqués dans ces réponses cellulaires. L’identification de biomarqueurs identifiés par cette approche multi-omique devrait permettre de développer des tests simples ciblés adaptés à la routine diagnostique.

Sabine RAAD (Rouen), Abdellah TEBANI, Raphaël LANOS , Edwige KASPER, Céline DERAMBURE, Sophie COUTANT, Carlos AFONSO, Gaëlle BOUGEARD, Soumeya BEKRI, Thierry FRÉBOURG, Isabelle TOURNIER
16:45 - 17:00 #12740 - CO020 Les gènes de la réparation de l’ADN dans la prédisposition aux cancers du sein : quelles implications pour les tests génétiques ?
CO020 Les gènes de la réparation de l’ADN dans la prédisposition aux cancers du sein : quelles implications pour les tests génétiques ?

Des altérations constitutionnelles des gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2 expliquent environ 10% des familles suspectées de prédisposition héréditaire au cancer du sein (CS) ou de l’ovaire. L’introduction du séquençage haut débit dans les laboratoires diagnostics permet le séquençage simultané d’autres gènes impliqués dans la prédisposition au cancer. Les risques de cancer associés aux altérations de ces gènes sont mal estimés et leur utilité en médecine préventive reste à démontrer. Nous avons séquencé 113 gènes impliqués dans différents mécanismes de la réparation de l’ADN chez 1207 cas sans mutation de BRCA1 et BRCA2 et ayant une sœur atteinte de CS et chez 1199 témoins participant à l’étude GENESIS. Le panel de gènes comprend 36 gènes connus et 77 gènes candidats identifiés dans l’analyse de l’exome de 100 femmes à très haut risque de CS. Nous avons développé un pipeline bioinformatique pour automatiser l’analyse des données de séquençage, l’annotation et le tri des variants et formater les données pour l’analyse cas-témoin. Au total, 3930 variants distincts altérant la séquence protéique et présents dans moins de 0,5% des témoins ont été identifiés, dont 264 variants tronquants (155 porteurs chez les cas, 132 porteurs chez les témoins) et 1994 variants faux-sens distincts prédits comme délétères avec l’outil CADD (1213 porteurs chez les cas, 1103 porteurs chez les témoins). Lorsqu’on ne considère que les variants tronquants, ATM (OR=17,1 ; IC95% 2,3-129), CHEK2 (OR=5,9 ; IC95% 2,0-17) et PALB2 (OR=3,8 IC95% 1,0-14) sont significativement associés au risque de CS. L’analyse des variants faux-sens prédits comme délétères montre qu’ATM (OR=1,6 ; IC95% 1,0-2,4), CHEK2 (OR=2,5 ; IC95% 1,4-4,1), PALB2 (OR=3,5 ; IC95% 1,4-8,6) et MAST1 (OR=2,5 ; IC95% 1,0-6,0) sont associés à une augmentation du risque de CS et que les variants de POLH (OR=0,3 ; IC95% 0,1-0,9), RTEL1 (OR=0,4 ; IC95% 0,2-0,9) et FANCI (OR=0,4 ; IC95% 0,2-1,0) sont associés à une diminution de ce risque. Seuls 78 des 2258 variants rares (tronquants ou faux-sens) identifiés dans les 113 gènes sont rapportés dans ClinVar comme étant « pathogènes » ou « probablement pathogènes ». Ces variants ne sont présents que dans 30 des 113 gènes retenus et leur analyse donne des résultats similaires pour ATM et CHEK2. Des variants de ClinVar sont identifiés dans les gènes PALB2 (4 cas, 1 témoin), TP53 (4 cas), CDH1 (1 cas), RAD51C (1 cas), RAD51D (2 témoins), MLH1 (1 témoin), MSH2 (3 témoins) et PMS2 (3 cas, 3 témoins) pour lesquels des recommandations spécifiques de prise en charge ont été définies ; ces derniers gènes sont d’ailleurs souvent inclus dans les tests multi-gènes commerciaux. Ainsi, notre stratégie d’analyse a permis d’identifier de nouveaux gènes associés au CS (MAST1, POLH, RTEL1 et FANCI) et montre l’intérêt de prendre en compte dans l’analyse tous les types de variants. D’autres gènes identifiés dans l’analyse de l’exome et non impliqués dans la réparation de l’ADN sont à l’étude.

Elodie GIRARD, Séverine EON-MARCHAIS, Robert OLASO, Francesca DAMIOLA, Marie-Gabrielle DONDON, Laure BARJHOUX, Didier GOIDIN, Vincent MEYER, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Noura MEBIROUK, Morgane MARCOU, Eve CAVACIUTI, Anne-Laure RENAULT, Juliette COIGNARD, Odile COHEN-HAGUENAUER, Dominique LEROUX, Clotilde PENET, Sandra FERT-FERRER, Chrystelle COLAS, Thierry FREBOURG, François EISINGER, Annie CHEVRIER, Claude ADENIS, Anne FAJAC, Laurence GLADIEFF, Julie TINAT, Anne FLOQUET, Jean CHIESA, Sophie GIRAUD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Florent SOUBRIER, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Jean-Marc LIMACHER, Christine LASSET, Sophie LEJEUNE-DUMOULIN, Hélène DREYFUS, Yves-Jean BIGNON, Michel LONGY, Pascal PUJOL, Laurence VENAT-BOUVET, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Elisabeth LUPORSI, Christine M MAUGARD, Catherine NOGUÈS, Capucine DELNATTE, Jean-Pierre FRICKER, Paul GESTA, Laurence FAIVRE, Alain LORTHOLARY, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Marion GAUTHIER-VILLARS, Isabelle COUPIER, Nicolas SERVANT, Anne BOLAND, Sylvie MAZOYER, Jean-François DELEUZE, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR (PARIS CEDEX 5)
17:00 - 17:15 #12802 - CO021 Estimation des risques de cancer à partir de l’analyse des variants pathogènes d’un panel de 34 gènes identifiés chez 5131 cas index présentant une prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.
CO021 Estimation des risques de cancer à partir de l’analyse des variants pathogènes d’un panel de 34 gènes identifiés chez 5131 cas index présentant une prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Le diagnostic des prédispositions au cancer du sein et de l’ovaire est réalisé aujourd’hui par séquençage à haut débit (NGS). L’exploration de panels de gènes en clinique impose une évaluation et une connaissance fine des risques associés aux variants génétiques de chaque gène. Dans l’objectif d’estimer ces niveaux de risques nous avons analysé une grande série de patients séquencés dans le cadre du diagnostic,  en nous basant sur les données des consortium ExAC et 1000 Genomes. Les données individuelles du French Exome Project (FREX) ont également été utilisées en tant que contrôles. Le séquençage de 5131 cas index a été réalisé après enrichissement par capture de 34 gènes et celui de 571 individus « FREX » après enrichissement de l’exome. Les analyses ont reposé sur l’utilisation des logiciels CASAVA et BWA suivi d’HaplotypeCaller (GATK). Après contrôle de la qualité de séquençage et restriction des données aux régions génomiques comparables, les biais de stratification ont été contrôlés par analyse de correspondances multiples en utilisant les données 1000Genomes et FREX. Les variants pathogènes et probablement pathogènes ont été sélectionnés selon des critères dérivés des recommandations de l’ACMG. La probabilité qu’un individu ExAC soit lui-même porteur d’un variant pathogène a été simulée et comparée à la fréquence estimée dans la population prédisposée au cancer du sein et de l’ovaire afin de tester des effets d’association. Des burden tests ont été réalisés en utilisant les individus FREX comme témoins. Les odds-ratio associés aux variants pathogènes de BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, ATM, BRIP1, CHEK2 et MSH6 ont été estimés respectivement à 13.22[10.01-17.22], 8.61[6.78-10.82], 8.22[4.91-13.05], 4.54[2.55-7.48], 5.23[1.46-13.17], 3.20[2.14-4.53], 2.49[1.42-3.97], 1.67[1.18-2.27] et 2.50[1.12-4.67]. Les variants de RAD51C, RAD51D, et BRIP1 se sont révélés associés à une histoire familiale de cancer de l’ovaire (OR = 11.36[5.78-19.59], 12.44[2.94-33.30] et 3.82[1.66-7.11]). Nous avons détecté une association entre les variants PALB2 et les cancers du sein bilatéraux (OR=16.17[5.48-34.10]) et entre les variants de BARD1 et les cancers « triples négatifs» (OR=11.27[3.37-25.01]).  Les burden tests réalisés avec la population de patients et la population FREX confirment l’association des variants pathogènes de BRCA1, BRCA2, PALB2 et RAD51C avec le cancer du sein et de l’ovaire héréditaire. Notre étude valide l’intégration de PALB2, RAD51C, RAD51D au diagnostic des prédispositions héréditaires de cancer du sein et/ou de l’ovaire et justifie une prise en charge médicale appropriée chez les porteuses de variants pathogènes. En revanche, pour les autres gènes, nos données suggèrent leur contribution dans un modèle oligogénique, ce qui doit inciter à la prudence dans leur utilisation diagnostique.

Laurent CASTÉRA (Caen), Valentin HARTER, Etienne MULLER, Sophie KRIEGER, Nicolas GOARDON, Agathe RICOU, Antoine ROUSSELIN, Germain PAIMPARAY, Angélina LEGROS, Olivia BRUET, Céline QUESNELLE, Florian DOMIN, Chankannira SAN, Baptiste BRAULT, Robin FOUILLET, Caroline ABADIE, Pascaline BERTHET, Odile BÉRA, Project FRENCH EXOME, Thierry FRÉBOURG, Dominique VAUR
17:15 - 17:30 #12883 - CO022 Les mutations constitutionnelles du gène codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutarate/malate (SLC25A11) prédisposent aux paragangliomes métastatiques.
CO022 Les mutations constitutionnelles du gène codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutarate/malate (SLC25A11) prédisposent aux paragangliomes métastatiques.

Les paragangliomes (PGL) et phéochromocytomes (PH) sont des tumeurs neuroendocrines rares, génétiquement déterminées dans 40 % des cas. Les études de génomique intégratives ont démontré que les mutations constitutionnelles de deux gènes codant pour des protéines mitochondriales, SDHB et à un moindre dégré FH sont les causes majeures de paragangliomes métastatiques. Toutefois il reste de nombreux patients avec des formes malignes de PGL sans explication à ce jour.

Nous avons réalisé un séquençage d’exome sur l’ADN constitutionnel et tumoral d’un patient dont le PGL se classait avec les tumeurs SDHx dans les différentes omics, alors qu’aucune mutation constitutionnelle ou tumorale dans un des gènes SDHx ou FH n’avait été identifiée. Nous avons mis en évidence une mutation constitutionnelle dans le gène SLC25A11, codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutatarate-malate. Six patients porteurs d’une mutation de  SLC25A11, ont été identifiés grâce au séquençage Sanger de l’ADN constitutionnel d’une cohorte de 639 patients avec PGL. Parmi ces 6 patients, 5 avaient un PGL métastatique. Toutes ces mutations été associées à une perte d’hétérozygotie tumorale ainsi qu’à une perte d’expression de la protéine codée par SLC25A11 (nommée OGC) en immunohistochimie. Un phénotype pseudo-hypoxique et une hyperméthylation globale de l’ADN ont été observés dans les tumeurs SLC25A11-dependantes ainsi que dans des cellules murines chromaffines invalidées pour le gène Slc25a11, générées par la technologie CRISPR-Cas9.

Ces éléments permettent de conclure que SLC25A11 est un nouveau gène suppresseur de tumeur, dont les mutations constitutionnelles prédisposent aux PGL métastatiques. Ces mutations peuvent être prédites ou validées par l’immunohistochimie anti-OGC. Les patients porteurs d’un PGL métastatique doivent bénéficier de l’analyse moléculaire de ce gène et un dépistage pré-symptomatique pourra être proposé aux apparentés, qui si ils sont porteurs pourront avoir un suivi adapté au risque métastatique. L’identification de ce gène étend le champ des dysfonctions mitochondriales dans la tumorigenèse et dans la cancérogénèse des PGL.

Alexandre BUFFET (Paris), Aurélie MORIN, Luis Jaime CASTRO-VEGA, Florence HABAROU, Charlotte LUSSEY, Eric LETOUZÉ, Hervé LEFEBVRE, Isabelle GUILHEM, Magalie HAISSAGUERRE, Isabelle RAINGEARD, Mathilde PADILLA-GIROLA, Thi TRAN, Jerome BERTHERAT, Laurence AMAR, Chris OTTOLENGHI, Nelly BURNICHON, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Judith FAVIER
17:30 - 17:45 #13203 - CO023 Génétique du syndrome DICER1 : étude rétrospective de 204 analyses.
CO023 Génétique du syndrome DICER1 : étude rétrospective de 204 analyses.

Introduction. Le syndrome DICER1, de transmission autosomique dominante, est associé à un large spectre de tumeurs bénignes et malignes dont le pleuropneumoblastome (PPB), le néphrome kystique (NK), les tumeurs ovariennes de type Sertoli-Leydig (OSLCT) et le goitre multinodulaire (GMN) ou cancer de la thyroïde. Le diagnostic génétique consiste en l’identification d’un variant délétère inactivant le gène DICER1 au niveau constitutionnel. Afin d’améliorer la connaissance des caractéristiques cliniques et génétiques de ce syndrome de découverte récente, nous avons réalisé une étude rétrospective d’analyses du gène DICER1 chez des patients atteints de lésions évocatrices du syndrome DICER1.

Méthodes. Cette étude a porté sur une cohorte de 204 sujets : 101 cas index et 103 apparentés, de 2012 à 2016. Les consultations de génétique ont eu lieu dans différents centres de lutte contre le cancer et hôpitaux français. L’indication d’analyse a été retenue pour tout type de tumeur associé au syndrome DICER1. L’analyse du gène DICER1 a été réalisée à l’Institut Curie, Paris, par séquençage Sanger ou haut débit.

Résultats. Des variants délétères inactivant le gène DICER1 au niveau constitutionnel ont été identifiés chez 43 cas index (n=43/101) et 45 apparentés (n=45/103). La majorité des variants délétères a été identifiée chez des patients atteints de PPB (n=27/35), NK (n=7/12) et OSLCT (n=10/19). Ces variants délétères sont des mutations ponctuelles inactivatrices localisées dans la séquence codante ou les jonctions exon-intron du gène DICER1, excepté deux réarrangements de grande taille et une mutation intronique profonde. Sept variants délétères sont des mutations de novo, dont une à l’état mosaïque. Parmi les 45 apparentés porteurs du variant délétère DICER1 identifié dans la famille, 15 sujets ont une lésion associée au spectre tumoral de DICER1 : 11 GMN de la thyroïde, 2 PPB, 2 NK et 1 tumeur ovarienne de la granulosa juvénile, soit 16 lésions au total en raison du diagnostic de GMN de la thyroïde et NK chez un même sujet.

Conclusion. Cette étude d’une grande cohorte a permis de confirmer que 77% des PPB et 53% des OSLCT sont associés à des variants délétères du gène DICER1 au niveau constitutionnel. La présence de variants uniquement au niveau tumoral pourrait expliquer certains cas sporadiques. Par ailleurs, la fréquence élevée de GMN de la thyroïde chez les apparentés porteurs d’un variant délétère du gène DICER1 suggère de le retenir comme critère d’indication dans les présentations familiales. Des études supplémentaires sur différents types de tumeur sont nécessaires afin de préciser le spectre tumoral du syndrome DICER1.

Lisa GOLMARD (Paris), Florian VERRIER, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Caroline ABADIE, Pascaline BERTHET, Laurence BLANC, Valérie BONADONA, Laurence BRUGIÈRES, Léa GUERRINI, Virginie BUBIEN, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Isabelle COUPIER, Olivier INGSTER, Bertrand ISIDOR, Sophie LEJEUNE, Ludovic MANSUY, Dominique MARTIN-COIGNARD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Isabelle OLIVER-PETIT, Franck BOURDEAUT, Daniel ORBACH, Antoine DE PAUW, Bruno BUECHER, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Claude HOUDAYER
17:45 - 18:00 #13374 - CO024 Diagnostic différentiel de la neurofibromatose de Type 2, la schwannomatose et la méningiomatose : apport du séquençage nouvelle génération.
CO024 Diagnostic différentiel de la neurofibromatose de Type 2, la schwannomatose et la méningiomatose : apport du séquençage nouvelle génération.

La Neurofibromatose de type 2 (NF2) se caractérise par le développement de schwannomes vestibulaires bilatéraux mais également de schwannomes au niveau des autres nerfs crâniens ou périphériques, des méningiomes, des épendymomes ainsi que de lésions cutanées et ophtalmologiques. Cette maladie de transmission autosomique dominante est due à la perte de fonction du gène NF2. Plus de la moitié des patients présentent une forme sporadique de la maladie avec des mosaïques décrites dans environ 30% des cas. Il existe un recouvrement phénotypique entre la NF2, la schwannomatose (SWN) et la méningiomatose (MNG) et l’expressivité variable de ces syndromes de prédisposition héréditaire au développement de tumeurs rend le diagnostic clinique parfois difficile en particulier chez les patients jeunes. Le diagnostic moléculaire constitue donc un élément clé dans le diagnostic différentiel de ces syndromes.

Nous avons développé l’analyse simultanée par NGS des gènes NF2, SMARCB1, LZTR1, SMARCE1 et SUFU impliqués dans ces syndromes et présentons les résultats de leur étude dans l’ADN leucocytaire de 196 patients chez qui le diagnostic de NF2 (N=83), de SWN (N=40) et de MNG (N=12) a été posé ainsi que des patients dont le diagnostic n’était pas clairement établi (N=61). Lorsque cela était possible, l’ADN tumoral a été étudié en parallèle de l’ADN leucocytaire des patients. L’étude a également été réalisée rétrospectivement chez 47 patients atteints de SWN et 27 patients atteints de MNG chez qui aucune anomalie de la séquence codante des gènes NF2 et SMARCB1 n’avait été mise en évidence par séquençage Sanger.

Des altérations du gène NF2 ont été identifiées dans le sang de 42/83 patients atteints de NF2 (50%). Pour 10/42 (24%) patients, la mutation est présente à l’état de mosaïque avec une fréquence allélique comprise entre 1,5 et 25%. L’étude de l’ADN tumoral nous a permis d’identifier des mosaïques non détectées dans le sang chez 4/83 patients et de montrer que l’inactivation complète de NF2 est couplée à une haploinsuffisance de LZTR1 et SMARCB1 dans 2/3 des tumeurs. Une anomalie de SMARCB1 et LZTR1 a été identifiée respectivement chez 12,5% et 33% des patients atteints de SWN et 8% des patients atteints de MNG présentent une anomalie de SMARCE1 uniquement Enfin, un variant potentiellement pathogène a été identifié chez 10/61 (16%) patients pour lesquels le diagnostic clinique n’était pas clairement établi.

Nos résultats montrent l’importance de l’analyse simultanée des gènes NF2, SMARCB1, LZTR1, et SMARCE1 dans le diagnostic différentiel de la NF2, la SWN et la MNG nécessaire pour adapter la prise en charge et le conseil génétique des patients. Notre stratégie est adaptée à la détection des mosaïques, même présentes à une très faible fréquence allélique et nous soulignons l’utilité de l’étude des tumeurs pour identifier les mosaïques non détectables dans le sang.

Camille LOUVRIER, Eric PASMANT, Audrey BRIAND-SULEAU, Joëlle COHEN, Patrick NITSCHKE, Juliette NECTOUX, Lucie ORHANT, Cécile ZORDAN, Cyril GOIZET, Stéphane GOUTAGNY, Dominique LALLEMAND, Michel VIDAUD, Dominique VIDAUD, Michel KALAMARIDES, Béatrice PARFAIT (PARIS)

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D27
Sessions Simultanées 04
Génétique chromosomique

Sessions Simultanées 04
Génétique chromosomique

Modérateurs : Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (REIMS), Jean-Michel DUPONT (Paris)
16:30 - 16:45 #12546 - CO025 Inversion paracentrique parentale et double boucle d’inversion méiotique à l’origine de réarrangements chromosomiques atypiques : à propos de trois cas.
CO025 Inversion paracentrique parentale et double boucle d’inversion méiotique à l’origine de réarrangements chromosomiques atypiques : à propos de trois cas.

Nous rapportons trois patients présentant une déficience intellectuelle syndromique, pour lesquels l’analyse chromosomique sur puce à ADN a permis d’identifier des remaniements comparables, caractérisés par des duplications-déficiences proximales par rapport aux points de cassure d’une inversion paracentrique identifiée chez l’un des parents. L’étude des génotypes en SNP array a montré chez les trois patients que : (1) les duplications et délétions étaient survenues chez le parent porteur de l’inversion paracentrique ; (2) il y avait trois haplotypes différents dans les duplications, avec présence d’une copie issue de chaque chromosome homologue du parent porteur de l’inversion ; (3) il y avait une région avec un nombre de copies normal, comprise entre la duplication et la délétion, avec présence aux bornes de duplications segmentaires responsables d’inversions cryptiques. Nous avons ainsi émis l’hypothèse de la présence d’une deuxième inversion paracentrique chez le même parent, cryptique, soit sur le chromosome portant la grande inversion paracentrique, soit sur le chromosome homologue. Dans les deux cas, le mécanisme que nous proposons implique un crossing-over au niveau de la petite boucle d’inversion au sein d’une double boucle d’inversion. Les inversions paracentriques sont connues pour être à l’origine d’une aneusomie de recombinaison avec des duplications-déficiences distales par rapport aux points de cassures de l’inversion, avec formation de dérivés dicentrique et acentrique instables entraînant une faible viabilité embryonnaire. Ainsi, le risque de déséquilibre chromosomique chez les porteurs d’une inversion paracentrique est considéré comme étant le même que celui de la population générale ; et par conséquent il ne paraît pas nécessaire de proposer un diagnostic prénatal de manière systématique. Les observations que nous rapportons vont plutôt à l’encontre de ce dogme et pourraient être le point de départ de nouvelles recommandations pour le conseil génétique.

Paul KUENTZ (Besançon), Boris KEREN, Damien SANLAVILLE, Alice MASUREL, Anne-Laure MOSCA, Nathalie MARLE, Muriel PAYET, Clémence RAGON, Marlène POULEAU, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Patrick CALLIER
16:45 - 17:00 #12655 - CO026 La caractérisation des remaniements chromosomiques apparemment équilibrés par séquençage génome entier révèle la diversité de leurs origines et de leurs conséquences fonctionnelles : résultats du projet ANI.
CO026 La caractérisation des remaniements chromosomiques apparemment équilibrés par séquençage génome entier révèle la diversité de leurs origines et de leurs conséquences fonctionnelles : résultats du projet ANI.

Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés (RCAE) associés à un phénotype anormal sont rares mais posent un réel problème de conseil génétique. Le phénotype peut être secondaire à un déséquilibre génomique cryptique, détectable par analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), mais aussi à une interruption de gène ou un effet de position. Récemment, le séquençage génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) s’est révélé être un outil efficace, permettant la caractérisation rapide des RCAE au niveau moléculaire.

Le projet ANI est une étude française collaborative qui a pour objectif de caractériser par WGS les RCAE chez des patients atteints de déficience intellectuelle et/ou de malformations congénitales.

Nous avons inclus 55 patients (41 translocations réciproques, 4 inversions, 2 insertions, 8 remaniements chromosomiques complexes, RCC). Aucun déséquilibre génomique pathogène n’a été détecté par ACPA. Les points de cassure ont été caractérisés par WGS paired-end (Illumina, 10-15X) et validés par séquençage Sanger. L’expression des gènes interrompus et des gènes adjacents aux points de cassure a été étudiée par RT-qPCR à partir d’ARN sanguins.

Le WGS a permis d’identifier les points de cassure parmi 49 des 55 patients étudiés (89%). Les remaniements ont révélé un degré de complexité supérieur à celui attendu puisque 209 points de cassure ont été identifiés en WGS contre 119 sur le caryotype. Six remaniements de type chromoanagenesis ont été identifiés. Quarante-six pour cent des points de cassure interrompent un gène. Un diagnostic a pu être fermement posé chez 18/49 patients (37%), soit par interruption de gène (13), soit par effet de position (5). L’étude des signatures moléculaires au point de cassure a montré que le mécanisme majoritaire de survenue des RCAE est la réparation par non-homologous end-joining (NHEJ) (59%). Enfin, les études d’expression ont mis en évidence l’impact fonctionnel des points de cassure sur les gènes interrompus, mais aussi certains gènes adjacents.

En conclusion, ce travail montre l’intérêt de l’étude des remaniements de structure chromosomiques en WGS dans le diagnostic des déficiences intellectuelles/malformations congénitales. Il suggère également l’importance de l’architecture génomique dans les pathologies du développement.

Caroline SCHLUTH-BOLARD, Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Alexandra AFENJAR, Florence AMBLARD, Jeanne AMIEL, Joris ANDRIEUX, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Brigitte BENZACKEN, Sophie BLESSON, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Patrick CALLIER, Yline CAPRI, Nicolas CHATRON, Emilie CHOPIN, Patrick COLLIGNON, Marie-Pierre CORDIER, Bénédicte DEMEER, Annabelle CHAUSSENOT , Florence DEMURGER, Françoise DEVILLARD, Martine DOCO-FENZY, Céline DUPONT, Jean-Michel DUPONT, Sophie DUPUIS-GIROD, Laurence FAIVRE, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Anne-Marie GUERROT, Marine HOULIER, Bertrand ISIDOR, Eric JEANDIDIER, Sylvie JAILLARD, Boris KEREN, Valérie KREMER, Didier LACOMBE, Cédric LE CAIGNEC, Aziza LEBBAR, Marine LEBRUN, Gaétan LESCA, James LESPINASSE, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Julie MASSON, Alice MASUREL-PAULET, Cyril MIGNOT, Chantal MISSIRIAN, Anne MONCLA, Sébastien MOUTTON, Fanny MORICE-PICARD, Gwenaël NADEAU, Céline PÉBREL-RICHARD, Sylvie ODENT, Véronique PAQUIS, Laurent PASQUIER, Nicole PHILIP, Morgane PLUTINO, Linda PONS, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Jacques PUECHBERTY, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Caroline ROORYKC-THAMBO, Massimiliano ROSSI, Isabelle ROUVET, Catherine SARRET, Véronique SATRE, Jean-Pierre SIFFROI, Anne-Claude TABET, Marianne TILL, Renaud TOURAINE, Annick TOUTAIN, Stépahnie VALENCE, Michel VEKEMANS, Alain VERLOES, Sandra WHALEN, Patrick EDERY, Damien SANLAVILLE (Bron Cedex)
17:00 - 17:15 #13078 - CO027 Correction d’un remaniement chromosomique déséquilibré familial d’origine paternelle par isodisomie uniparentale segmentaire maternelle du bras long du chromosome 11.
CO027 Correction d’un remaniement chromosomique déséquilibré familial d’origine paternelle par isodisomie uniparentale segmentaire maternelle du bras long du chromosome 11.

La translocation réciproque est le réarrangement chromosomique équilibré le plus fréquemment détecté chez l’Homme. La transmission de la translocation à l’état déséquilibré par malségrégation chromosomique est pré-zygotique et la translocation déséquilibrée est alors attendue à l’état homogène dans la descendance. Nous rapportons le cas d’un frère et d’une sœur, issus de parents non apparentés, porteurs d’un même remaniement chromosomique déséquilibré (chromosome 11 remanié par malségrégation d’une translocation paternelle t(2;11)(q35;q25)) et observé de façon inattendue en mosaïque chez chacun d’eux. Le patient, âgé de 53 ans, présente une déficience intellectuelle, une cyphoscoliose, une dysmorphie et une hypoacousie. Le caryotype et les analyses par FISH, réalisés sur sang périphérique, ont révélé une mosaïque constituée d’une population cellulaire majoritaire déséquilibrée à environ 85% avec chromosome 11 paternel remanié et d’une population minoritaire normale. Une analyse de l’ADN lymphocytaire en SNP-array (HumanOmniExpress24, 715K, Illumina®) a confirmé l’existence d’une trisomie partielle 2q de 26,4 Mb associée à une monosomie partielle 11q de petite taille (1,16 Mb) en forte mosaïque. Le profil d’hybridation du chromosome 11 était en faveur d’une isodisomie segmentaire en mosaïque faible à environ 10% intéressant les ¾ du bras long du chromosome 11 sur 55 Mb. L’analyse en SNP-array de l’ADN maternel confirme qu’il s’agit d’une isodisomie uniparentale maternelle. L’analyse cytogénétique du sang périphérique de la sœur de ce patient, âgée de 56 ans et dont le phénotype est similaire, révèle, de façon inattendue, que celle-ci est porteuse du même déséquilibre en mosaïque que son frère par malségrégation de la translocation paternelle. L’analyse en SNP-array montre qu’une isodisomie uniparentale maternelle segmentaire de taille similaire à celle présentée par le frère est également à l’origine de la correction du déséquilibre dans environ 10% des cellules examinées. La survenue de deux événements, méiotique puis mitotique, pourrait expliquer la formation d’un tel déséquilibre en mosaïque avec malségrégation de la translocation paternelle dans un premier temps puis recombinaison mitotique post-zygotique dans un second temps, avec avantage sélectif de la lignée cellulaire porteuse de la disomie uniparentale maternelle segmentaire. La répétition du mécanisme de correction de ce déséquilibre chromosomique dans cette fratrie et les données de la bibliographie suggèrent une forte pression de sélection à l’encontre des cellules porteuses d’une monosomie 11q partielle. Les mosaïques de réarrangements de structure déséquilibrés sont peu décrites et différentes hypothèses ont été formulées afin d’expliquer leur mode de survenue. Nous décrivons ici un mécanisme rare de correction de déséquilibre chromosomique familial en mosaïque par disomie uniparentale segmentaire mis en évidence en SNP-array.

Maud BLANLUET (ROUEN), Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Gaël NICOLAS, Alice GOLDENBERG, Boris KEREN, Pascal CHAMBON, Didier HANNEQUIN, Jean-Pierre SIFFROI, Thierry FREBOURG, Bertrand MACÉ, Géraldine JOLY-HÉLAS
17:15 - 17:30 #13115 - CO028 Microdélétion 1p36 évolution du diagnostic à propos d’une cohorte de 69 patients diagnostiqués en France.
CO028 Microdélétion 1p36 évolution du diagnostic à propos d’une cohorte de 69 patients diagnostiqués en France.

Le but de notre étude était de faire le point sur la prévalence de la délétion 1p36 en comparaison avec le même travail déjà réalisé pour la délétion 22q11 avec 700 patients. La délétion 1p36 a une incidence décrite de 1/5,000 à 1/10,000 naissances vivantes. La délétion 1p36 est aussi  une affection fréquente au sein des microdélétions et potentiellement la plus fréquente après la délétion 22q11 tout âge confondu.

Suite à une enquête nationale menée au sein de l’ACLF auprès de 15 centres, nous rapportons une cohorte de 69 patients nés vivants et porteurs d’une microdélétion 1p36. Le diagnostic a été porté entre 2004 et 2017. Au moins 30 patients sont des filles et 20 sont des garçons.  L’âge des patients au diagnostic est de 2 jours à 31 ans. Le diagnostic a été possible dans les premières années par la technique de FISH ciblée ou sur la MLPA puis grâce à l’ACPA en priorité. Il s’agit d’une délétion interstitielle dans la majorité des cas, d’un dérivé d’une translocation dans un cas et d’une délétion avec duplication dans un cas  avec un cas de mosaïque. La taille de la délétion a pu être évaluée dans la plupart des cas et allait de 4100pb à 11,47Mb. Deux groupes se sont révélés avec une délétion distale ou une délétion plus proximale. Pour les apparentés testés plus de 28 cas sont survenu de novo. Les patients présentaient des signes cliniques cohérents avec ceux déjà décrits dans la littérature. Ils  présentaient différents symptômes avec par ordre de croissance : une hypotonie et/ou un retard des acquisitions et/ou une déficience intellectuelle (51/66 réponses), un RCIU et/ou un retard croissance (32/32 réponses), une dysmorphie faciale (53/56 réponses), des malformations cardiaques ou des gros vaisseaux ( > 33/53 réponses), une épilepsie (29/36 réponses), des anomalies cérébrales (30/43 réponses), des troubles du comportement (15/16 réponses). Des enfants étaient trop jeunes pour avoir développé certains  signes.

Cette étude préliminaire nous permet d’approcher le nombre relatif d’enfants dépistés avec une délétion 1p36 dans nos laboratoires. Cette étude n’est pas exhaustive et demande à être complétée mais elle soulève la nécessité de créer des registres permettant de mieux connaitre la prévalence de ces microdélétions pour une meilleure prise en charge. Ce type d’étude devrait être menée sur d’autres CNV qui sont peut-être plus fréquents à la lueur des résultats de l’ACPA.

 

 

Clémence JACQUIN (REIMS), Margot DESCHARMES, Patrick CALLIER, Damien SANLAVILLE, Chantal MISSIRIAN, Paul KUENTZ, Pauline JAEGER, Abdelkader HEDDAR, Cedric LECAIGNEC, Emilie LANDAIS, Dominique MARTIN, Céline RICHARD, Anne-Claude TABET, Sylvia REDON, Nicolas GRUCHY, Céline POIRSIER, Serge ROMANA, François VIALARD, Martine DOCO-FENZY
17:30 - 17:45 #13357 - CO029 Y-a-t-il un intérêt à rechercher une disomie uniparentale des chromosomes 14 et/ou 15 dans le cadre d’une translocation Robertsonienne parentale ? Etude rétrospective sur 10 ans des centres Français.
CO029 Y-a-t-il un intérêt à rechercher une disomie uniparentale des chromosomes 14 et/ou 15 dans le cadre d’une translocation Robertsonienne parentale ? Etude rétrospective sur 10 ans des centres Français.

Le concept de disomie uniparentale (DUP) a été introduit pour la première fois par E. Engel en 1980 puis les premiers patients présentant un syndrome de Prader-Willi ou Angelman sans microdélétion 15q11q13 ont été décrits par R.D. Nicholls (1989) et S. Malcolm (1990). Entre 1990 et 2010 plus de 1000 cas de DUP ont été rapportés dont deux tiers présentaient un phénotype pathologique. Ces derniers concernent les chromosomes 6, 7, 11, 14 et 15 avec une prédominance de DUP du chromosome 15 (DUP15) (T Liehr 2010). Depuis une vingtaine d’année la recherche de DUP est proposée en anténatal si un des parents est porteur d’une translocation Robertsonienne équilibrée impliquant les chromosomes 14 et/ou 15. Dans ce cas, le risque de DUP chez le fœtus avait été estimé à 0.6% par L.G. Shaffer (2006). Le laboratoire du CHU de Nantes fait cette recherche depuis 15 ans sans jamais avoir identifié de DUP15 dans un contexte de translocation parentale.

L’objectif de cette étude est de réévaluer l’intérêt de rechercher une DUP en période prénatale dans un contexte de translocation parentale impliquant les chromosomes 14 et/ou 15 à partir des données de différents laboratoires français sous l’égide de l’ACLF.

Vingt‑et‑un laboratoires Français (21/49) ont répondu à notre demande. Sur 1625 analyses génétiques effectuées à la recherche d’une DUP14 ou 15 (968 tests de DUP14 et 657 tests de DUP15), un seul cas de DUP14 maternelle associée à une translocation Robertsonienne (13;14)mat a été diagnostiqué chez un fœtus. Les données provenant de ces 21 laboratoires de génétique montrent la rareté de ce mécanisme à l’origine de DUP14 et 15 (0.61‰). Ce risque est inférieur à celui de perte fœtale induite par un prélèvement fœtal invasif.

Nous discutons de l’intérêt de poursuivre la recherche d’une DUP en période anténatale lorsqu’un des parents est porteur d’une translocation Robertsonienne impliquant les chromosomes 14 et/ou 15.

Nous finissons de colliger les données d’autres centres Français afin de définir des recommandations nationales.

Kamran MORADKHANI (NANTES CEDEX 1), Laurence CUISSET, Pierre BOISSEAU, Marine LEBRUN, Houda HAMDI-ROZÉ, Marie-Laure MAURIN, Nicolas GRUCHY, Perrine MALZAC, Marie-Christine MANCA-PELLISSIER, Frédéric BILAN, Marie-Pierre AUDREZET, Anne-Laure FAURET, Chantal MISSIRIAN, Gregory EGEA, Agnès GUICHET, Marianne TILL, Caroline JANEL, Isabelle CREVEAUX, Laetitia HESTERS, Séverine DRUNAT, Sophie RONDEAU, Renaud TOURAINE, Claire BÉNÉTEAU, Valérie MALAN, Sébastien SCHMITT, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Nicole JOYÉ, Olivier PICHON, Jean-Pierre SIFFROI, Jean-Paul BNONNEFONT , Jean-Michel DUPONT, Philippe JONVEAUX, Martine DOCO-FENZY, Damien SANLAVILLE, Cédric LE CAIGNEC
17:45 - 18:00 #13201 - CO030 Détection des CNV en mosaïque (mCNV) par séquençage d’exome dans les mosaïques cutanées pigmentaires grâce XHMM et à l’étude des SNP exoniques.
CO030 Détection des CNV en mosaïque (mCNV) par séquençage d’exome dans les mosaïques cutanées pigmentaires grâce XHMM et à l’étude des SNP exoniques.

Le séquençage d’exome (whole exome sequencing, WES) a récemment été utilisé pour l’analyse des variations du nombre de copies (copy number variants, CNV). L’hypomélanose d’Ito et l’hypermélanose naevoïde font partie des troubles pigmentaires cutanés qui orientent vers un mosaïcisme sous-jacent. Dans diverses anomalies cutanées du développement en mosaïque, le WES permet de détecter des mutations post-zygotiques (mosaic SNV, mSNV) même lorsqu’elles ne sont présentes que dans un faible taux de cellules. Toutefois, la détection de CNV en mosaïque (mCNV) repose toujours sur l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ou le caryotype. Nous avons entrepris d’étendre les applications diagnostiques du WES dans les anomalies cutanées du développement en mosaïque à la détection des mCNV.

Nous avons analysé par WES 57 patients porteurs d’anomalies du développement avec diverses atteintes cutanées en mosaïque, dont 19 patients avec une hypomélanose d’Ito. Tous ces patients avaient déjà eu des caryotypes sur sang ou sur fibroblastes cutanés, ou une ACPA, qui étaient demeurés négatifs. Pour cela nous avons comparé l’ADN de peau atteinte d’un patient à l’ADN sanguin de ses parents, et nous avons utilisé l’algorithme XHMM pour la détection des CNV et mCNV, ainsi qu’une approche ad hoc fondée sur l’analyse des SNP exoniques.

Nous avons détecté des mCNV chez 6 patients (11,5% sur l’ensemble de la cohorte), tous figurant parmi les 19 patients avec une hypomélanose d’Ito (32%). Trois avaient une trisomie complète du chromosome 7, 12 ou 15, avec un taux de mosaïcisme de 46%, 22% et 14%, respectivement. Trois étaient porteurs de mCNV de plus petite taille (gains de 34Mb en 3q26.1-q29 et de 20Mb en 6p22.3-p25, délétion  de 18Mb en 13q12.11-q13.3). Tous les mCNV détectés par WES ont néanmoins été confirmés en ACPA, SNP-array et/ou FISH sur une biopsie de peau fraiche. Nous avons identifié des SNV pathogènes par WES chez 22 patients (38.5%). De plus, dans les 3 cas de trisomie en mosaïque, l’étude des SNP exoniques (transmission parentale et b allele frequency) a permis de déterminer l’origine parentale du chromosome surnuméraire et le mécanisme sous-jacent (non disjonction en méiose I, en méiose II ou en mitose).

Cette approche a permis d’améliorer notre rendement diagnostique de 32%. Nous avons confirmé par une méthode originale et sensible la fréquence des remaniements chromosomiques en mosaïque associés au mosaïcisme pigmentaire cutané (6 cas sur 19, soit 32%). Toutefois, leur rôle pathogène et le mécanisme des troubles pigmentaires demeurent inconnus. Notre méthode de recherche de mCNV ne nécessite qu’une biopsie de peau non cultivée, ce qui permet d’éviter l’élimination éventuelle du clone muté en cas de désavantage sélectif. Le WES à visée diagnostique dans les anomalies du développement en mosaïque permet ainsi non seulement la détection des SNV et mSNV, mais aussi des CNV et mCNV en une seule technique, améliorant significativement le rendement diagnostique.

Arthur SORLIN (Dijon), Émilie TISSERANT, Julien THEVENON, Yannis DUFFOURD, Paul KUENTZ, Virginie CARMIGNAC, Smail HADJ RABIA , Valérie CORMIER-DAIRE, Caroline MICHOT, Valérie MALAN, Marie-Paule BEAUJARD, Fanny MORICE-PICARD, Sophie NAUDION, Caroline ROORYCK-THAMBO, Catherine VINCENT-DELORME, Thomas SMOL, Élise BOUDRY-LABIS, Alice PHAN, Marie-Pierre CORDIER, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Judith SAINT-ONGE, Anne-Laure MOSCA BOIDRON, Robert OLASO, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Christel THAUVIN-ROBINET, Boris KEREN, Laurence FAIVRE, Jean-Baptiste RIVIERE, Pierre VABRES, Patrick CALLIER

18:15
18:15-19:30
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A28
Cocktail d'accueil dans le hall d'exposition.

Cocktail d'accueil dans le hall d'exposition.

Jeudi 25 janvier
Heure Grand Auditorium Auditorium 450 Salle 300 Salle 200 Salle 150 Salle GH
08:00
08:00-10:00
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A31
Conférence Plénière 2 - Session DPC
Génétique cœur et vaisseaux

Conférence Plénière 2 - Session DPC
Génétique cœur et vaisseaux

Modérateurs : Catherine BOILEAU (Chef de Service) (Paris), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
08:00 - 10:00 De l'hypercholestérolémie à l'hypobétalipoprotéinémie familiale : apport de la génétique pour l'identification de nouvelle cibles thérapeutiques. Bertrand CARIOU (NANTES)
08:00 - 10:00 Génétique du syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire. Xavier JEUNEMAITRE (PARIS)
08:00 - 10:00 Génétique des anomalies des petites artères. Elisabeth TOURNIER-LASSERVE (Paris)
08:00 - 10:00 Génétique de la mort subite cardiaque. Jean-Jacques SCHOTT (Nantes)

10:00
10:00-11:00
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A32
Pause - Visite des stands et session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

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B32
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Présence des auteurs en D - Zone verte

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C32
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D32
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E32
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F32
Assemblée Générale de l'AFCG

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11:00
11:00-12:30
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A33
Sessions Simultanées 05
Neurogénétique

Sessions Simultanées 05
Neurogénétique

Modérateurs : Dominique BONNEAU (ANGERS), Anne-Sophie LEBRE (PU-PH) (Reims)
11:00 - 11:15 #12670 - CO031 Rare Coding Variants in GAIA-1 and Familial Forms of Intracranial Aneurysm.
CO031 Rare Coding Variants in GAIA-1 and Familial Forms of Intracranial Aneurysm.

Intracranial aneurysms (IA) are acquired cerebrovascular abnormalities characterized by a localized dilation and wall thinning in intracranial arteries. The main IA complication is the rupture, resulting in subarachnoid haemorrhage and possibly leading to severe outcome. IA pathogenesis is still largely unknown, with no reliable risk marker available so far. Here we have identified one rare nonsense variant (1617A>T) in the last exon of the GAIA-1 gene, shared by the 4 tested affected members from a large pedigree with multiple IA carriers. We have showed a 50% reduction of GAIA-1 serum concentration in heterozygous 1617A>T careers compared to their non-carrier relatives, and found that this reduction results from the inability of the truncated protein (K460*-GAIA-1) produced by the transcripts carrying the 1617A>T variant to be secreted. By extending our genetic screen, we then identified other rare missense or frameshift variants in GAIA-1, carried by 5 out of 94 additional index cases with familial IA. We observed a significant enrichment (p=0.0004) in rare coding variants within this gene in our population of 95 index cases with familial IA, compared to a reference population of 63,339 NFE individuals. In total, among the 6 families, 11 out of 12 (92%) family members carrying IA also carry such variants in GAIA-1, versus only 14 out of 41 (34%) unaffected ones (p=0.0048). We also noticed a higher rate of individuals with a history of high blood pressure among affected versus healthy carriers of GAIA-1 variants, suggesting that GAIA-1 could trigger lesions in the cerebral arterial wall when challenged by risk factors such as hypertension. Altogether, our results indicate that rare coding variants in GAIA-1 are causally related to familial forms of IA.

Romain BOURCIER (nantes), Solena LE SCOUARNEC, Matilde KARAKACHOFF, Jean-Jacques SCHOTT, Romain SIMONET, Pierre LINDENBAUM, Bertrand ISIDOR, Christian DINA, Stéphanie CHATEL, Stéphanie BONNAUD, Hervé LE MAREC, Hubert DESAL, Gervaise LOIRAND, Richard REDON
11:15 - 11:30 #12790 - CO032 Les données secondaires issues du séquençage à haut débit : enjeux éthiques et psychologiques.
CO032 Les données secondaires issues du séquençage à haut débit : enjeux éthiques et psychologiques.

Dans le cadre des enjeux éthiques et psychologiques liées aux données secondaires (DS) issues du séquençage à haut débit (SHD), nous présentons les résultats de deux études distinctes. La première nommée SEQUAPRE avait comme objectif d’étudier les préférences et représentations des parents d’enfants atteints d’anomalies du développement vis-à-vis du SHD. Après un temps d’information dédié à la notion de résultats incertains et fortuits, 513 questionnaires basés sur des scénarios hypothétiques dans le cadre de la méthode des choix discrets (DCE) ont été recueillis. Ils ont montré que les parents valorisent globalement positivement la communication des résultats incertains et secondaires, ce qui est concordant avec les résultats de la littérature médicale sur le sujet.

La seconde étude, nommée PADAP, a convié des parents et des patients à une réflexion ouverte sur l’opportunité technologique d’accéder à des DS actionnables identifiées par SHD. Après une matinée d’information médicale sur le SHD et la liste des gènes actionnables proposée par l’ACMG, les participants ont été répartis dans 5 focus groupes animés par des psychologues cliniciens. L’objectif était de recueillir leurs avis concernant l’accès aux DS par analyse qualitative des verbatim. Le groupe 1 de parents d’enfants sans diagnostic a révélé une forte quête d’informations médicales exhaustives incluant la révélation de DS. Les 4 autres groupes de sujets concernés par l’annonce d’une prédisposition ont été constitués par type de pathologies : groupe 2 en oncogénétique,  groupe 3 en cardiogénétique, groupe 4 pour des maladies métaboliques et groupe 5 pour des sujets porteurs hétérozygotes d’une pathologie rare autosomique récessive. Les préférences ont été beaucoup plus ambivalentes que dans le groupe 1. Les arguments contre la recherche des DS concernaient le caractère anxiogène des surveillances médicales régulières et du statut de porteur asymptomatique, ainsi qu’un vécu traumatique de diagnostic en oncogénétique et cardiogénétique notamment. La notion d’utilité médicale a fait débat au regard de l’impact psychologique de tels diagnostics, de même que l’annonce de DS aux mineurs. Néanmoins, ont fait consensus : le fait de laisser le choix aux patients ; l’importance de ne pas retreindre l’information aux seuls aspects médicaux ; la pertinence d’un délai de réflexion; la nécessité d’un accompagnement psychologique ; et la prise en compte du moment auquel survient l’annonce au cours de la vie. Il est aussi apparu important de préciser la notion de gène actionnable dont l’impact psychique diffère suivant qu’il s’agit de l’annonce d’un risque, d’une prédisposition, de l’accès à de la prévention ou à des traitements.

En conclusion, les attentes et les représentations des personnes diffèrent selon qu’on se trouve en amont d’une annonce diagnostique ou dans l’après-coup, mettant en avant le caractère singulier de chaque situation tant du point de vue médical que du vécu psycho affectif.

Françoise HOUDAYER (Bron), Olivier PUTOIS, Stéphanie STARACI, Marylise BABONNEAU, Hélène CHAUMET, Elodie CRETIN, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Claire Cécile MICHON, Anne Sophie LAPOINTE, Aurore PELLISIER, Christine PEYRON, Aline CHASSAGNE, Elodie GAUTIER, Julian DELANNE, Damien SANLAVILLE, Christel THAUVIN, Patrick EDERY, Laurence FAIVRE
11:30 - 11:45 #12717 - CO033 Un nouveau modèle murin humanisé pour la duplication de 24pb d’ARX récapitule les caractéristiques cliniques et les altérations motrices fines retrouvées chez les patients.
CO033 Un nouveau modèle murin humanisé pour la duplication de 24pb d’ARX récapitule les caractéristiques cliniques et les altérations motrices fines retrouvées chez les patients.

The Aristaless-related homeobox (ARX) transcription factor is involved in the development of GABAergic and cholinergic neurons in the forebrain. ARX mutations have been associated with a wide spectrum of neurodevelopmental disorders in humans, among which the most frequent, a 24bp duplication in the protein polyalanine tract 2 (c.428_451dup24), gives rise to intellectual disability, fine motor defects with or without epilepsy.

To understand the functional consequences of this mutation, we generated a partially humanized mouse model carrying the c.428_451dup24 duplication (Arxdup24/0) that we characterized at the behavior, neurological and molecular level. Arxdup24/0 males presented with hyperactivity, enhanced stereotypies and altered contextual fear memory. In addition Arxdup24/0 males had fine motor defects with alteration of reaching and grasping abilities, reminiscent of the very specific upper limb distal motor apraxia associated with a pathognomonic hand-grip observed in ARXdup24 patients. Transcriptome analysis of Arxdup24/0 forebrains at E15.5 showed a down-regulation of genes specifically expressed in interneurons associated with an up-regulation of genes normally silenced in interneurons, suggesting abnormal interneuron development. Accordingly, interneuron migration was altered in the cortex and striatum between E15.5 and P0 with consequences in adults, illustrated by the defect in the inhibitory/excitatory balance in Arxdup24/0 basolateral amygdala. Altogether, we showed that the c.428_451dup24 mutation disrupts Arx function with a direct consequence on interneuron development, leading to hyperactivity and defects in precise motor movement control and associative memory. Interestingly, we highlighted striking similarities between the mouse phenotype and a cohort of 33 male patients with ARX c.428_451dup24, suggesting that this new mutant mouse line is a good model for understanding the pathophysiology of this mutation and evaluation of treatment.

Aline DUBOS, Hamid MEZIANE, Giovanni IACONO, Aurore CURIE, Fabrice RIET, Christelle MARTIN, Nadège LOAËC, Marie-Christine BIRLING, Mohammed SELLOUM, Elisabeth NORMAND, Guillaume PAVLOVIC, Tania SORG, Henk G. STUNNENBERG, Jamel CHELLY, Yann HUMEAU, Yann HÉRAULT, Gaëlle FRIOCOURT (BREST)
11:45 - 12:00 #13282 - CO034 Analyse d’Exome de 20 familles consanguines d’ataxie congénitale : nouveaux gènes et extension phénotypique pour des gènes d’encéphalopathies épileptiques précoces.
CO034 Analyse d’Exome de 20 familles consanguines d’ataxie congénitale : nouveaux gènes et extension phénotypique pour des gènes d’encéphalopathies épileptiques précoces.

Introduction : Les ataxies congénitales (AC) sont définies cliniquement par des symptômes cérébelleux précoces dès les premiers mois de vie. Il s’agit habituellement d’une pathologie non progressive mais il est parfois difficile de distinguer ces AC des ataxies très lentement progressives à début très précoce (APDP). Cette entité clinique, comportant fréquemment une déficience intellectuelle et parfois d’autres signes neurologiques, épilepsie, syndrome pyramidal, neuropathie, correspond à un groupe hétérogène également sur le plan physiopathologique et génétique. En dehors du syndrome de Joubert, qui est une forme particulière d’AC, plus de 30 gènes impliquant des voies physiopathologiques variées ont été identifiés et mais de nombreux patients restent sans diagnostic génétique.

Objectif, patients et méthodes : Afin d’identifier de nouveaux gènes candidats, nous avons réalisé une analyse d’exome en solo chez 20 patients atteints d’AC issus d’union consanguine, ayant bénéficié d’une IRM, d’une SNP array et d’explorations initiales ne conduisant pas à un diagnostic syndromique, sélectionnés parmi 200 patients de notre cohorte. Les variants ont été filtrés en fonction de leur fréquence dans les bases de données, leur pathogénicité et la nature du gène candidat, en privilégiant d’une part les variants homozygotes, et d’autre part, les  variants situés dans l’un des gènes de notre liste de gènes connus (dominants et récessifs) impliqués dans les AC et les APDP. La cohorte de réplication a été utilisée pour rechercher une récurrence de variants pathogènes dans les  gènes nécessitant validation (nouveau phénotype, nouveau gène).

Résultats : Nous avons identifié des variants causals ou très probablement causals chez 15/20 des patients (75%) : chez 5 patients, il s’agit de variants pathogènes dans 4 gènes connus d’AC (3) et d’APDP (1); chez 8 patients, de variants pathogènes dans 5 gènes impliqués dans d’autres phénotypes neurologiques, dont 3 gènes responsables d’un tableau d’encéphalopathie épileptique précoce (STXBP1, CACNA2D2, BRAT1); chez 2 patients, de variants dans 2 nouveaux gènes candidats. Chez 3/15 patients, malgré la consanguinité, une mutation dominante de novo a été identifiée (gènes ITPR1, STXBP1). La cohorte de réplication a permis d’observer une récurrence pour 4 des 5 gènes nécessitant validation.

Conclusion : cette étude a permis l’identification du gène responsable de l’AC chez 75% de nos patients. Elle confirme la part non négligeable des mutations de novo dans les AC comme dans d’autres pathologies neurodéveloppementales, même en cas de consanguinité. Enfin, elle illustre l’importante hétérogénéité génétique des AC et permet d’établir un lien physiopathologique certain entre celles-ci et certaines formes d’encéphalopathies épileptiques.

Stéphanie VALENCE (paris), Catherine GAREL, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Alexandra AFENJAR, Damien HAYE, Diana RODRIGUEZ, Lydie BURGLEN
12:00 - 12:15 #12781 - CO035 Estimation de la contribution des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 au risque de la maladie d’Alzheimer : analyse des exomes et génomes de 1779 cas et 1273 contrôles.
CO035 Estimation de la contribution des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 au risque de la maladie d’Alzheimer : analyse des exomes et génomes de 1779 cas et 1273 contrôles.

La maladie d’Alzheimer (MA) est une maladie complexe avec une composante génétique importante. Des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 ont été récemment associés au risque de MA. Néanmoins, les analyses étaient restreintes en termes de variants, de catégories d’âge de début, ou de tailles d’échantillons.

Afin d’évaluer l’effet des variants rares de ces gènes sur le risque de MA, nous avons généré et analysé les données d’exomes (n=2106) et de génomes (n=955) d’ADES-FR, une étude collaborative comprenant les effectifs parmi les plus importants de cas (1779) – contrôles (1273) dans la MA. Les cas sont répartis selon l’âge de début précoce ( < 66 ans, n=852) et tardif (n=907). Nous avons réalisé une détection multi-échantillons des variants et des contrôles qualité extensifs, suivis d’une analyse d’association au niveau du gène par tests de charge (burden test) et de variance (SKAT), focalisée sur les gènes TREM2, SORL1 et ABCA7, et 3 gènes dont une association avec la MA a récemment été décrite mais reste controversée : PLD3, AKAP9 et UNC5C.

L’aggrégation des variants rares (MAF < 1%) disruptifs (non-sens, sites canoniques d’épissage, ou décalant le cadre de lecture) et faux sens prédits délétères par les 3 outils utilisés (strictement délétères, SD), a permis d’identifier une association significative à l’échelle de l’exome (p < 2,5e-6) entre le risque de MA précoce et TREM2 (OR (odds ratio)=6.3, 95% IC=[2.9-13.9], p=2.3e-7), SORL1 (OR=3.4 [2.1-5.6], p=1.6e-7) et ABCA7 (OR=2.5 [1.7-3.8], p=9.3e-7). L’association avec TREM2 était robuste à l’exclusion du variant p.R47H, rapporté comme associé avec le risque de MA. Aucun signal ne passait le seuil de significativité requis concernant les patients avec une MA à début tardif et une significativité de l’ordre de 10-6 était observée pour l’ensemble des patients pour les variants disruptifs et SD (DSD) de TREM2 (OR=4.8 [2.3-10.1], p=6.2e-6). Aucune association n’a été identifiée avec les variants rares de PLD3, UNC5C et AKAP9.

Avec une MAF cumulée de 0.63% parmi les contrôles et un OR de 6.3, les variants rares DSD de TREM2 expliquaient 1.17% de l’héritabilité de la MA précoce, ceux de SORL1 en expliquaient 1.42% (OR=3.4, MAF cumulée de 1.89%), et pour ABCA7, 1.33% (OR=2.5, MAF cumulée de 3.22%). En comparaison, 9.12% de l’héritabilité de la MA précoce était attribuable au facteur de risque commun à effet fort APOE4.

Notre étude confirme et élargit les résultats d’association au niveau du gène concernant TREM2, SORL1 et ABCA7, et précise les catégories de variants et de patients. Avec des échelles d’effets différentes (TREM2 > SORL1 > ABCA7) et des MAF cumulées inversement corrélées, les variants rares DSD des 3 gènes contribuent de manière similaire à l’héritabilité de la MA précoce. Ces résultats constituent une première étape vers un calcul de risque personnalisé permettant potentiellement une médecine génomique préventive dans la MA précoce, en plus des très rares formes autosomiques dominantes.

Gaël NICOLAS (ROUEN CEDEX), Céline BELLENGUEZ, Camille CHARBONNIER, Benjamin GRENIER-BOLEY, Olivier QUENEZ, Kilan LE GUENNEC, Ganesh CHAUHAN, David WALLON, Stéphane ROUSSEAU, Anne-Claire RICHARD, Anne BOLAND, Guillaume BOURQUE, Hans Markus MUNTER, Robert OLASO, Vincent MEYER, Adeline ROLLIN-SILLAIRE, Florence PASQUIER, Luc LETENNEUR, Richard REDON, Jean-François DARTIGUES, Christophe TZOURIO, Thierry FREBOURG, Mark LATHROP, Jean-François DELEUZE, Didier HANNEQUIN, Emmanuelle GÉNIN, Philippe AMOUYEL, Stéphanie DEBETTE, Jean-Charles LAMBERT, Dominique CAMPION
12:15 - 12:30 #13266 - CO036 L’implication du gène KIF1A/SPG30 dans le diagnostic moléculaire des paraplégies spastiques héréditaires : un gène majeur.
CO036 L’implication du gène KIF1A/SPG30 dans le diagnostic moléculaire des paraplégies spastiques héréditaires : un gène majeur.

Les paraplégies spastiques héréditaires sont des maladies neurologiques rares, phénotypiquement et génétiquement très hétérogène, avec une prévalence estimée à 5/100 000 hab. en Europe. Ces pathologies se caractérisent principalement par la présence d’un syndrome pyramidal progressif et d’une spasticité des membres inférieurs dans les formes « pures », les formes « complexes » étant associées de façon variable à un ou plusieurs signes neurologiques ou extraneurologiques.. En plus d’une grande hétérogénéité clinique, ces pathologies sont également caractérisées par une diversité des modes de transmission (autosomique dominant ou récessif, lié à l’X, mitochondrial) et des gènes impliqués. A ce jour, des mutations ont été décrites dans plus d’une soixantaine de gènes. Nous avons récemment développé une stratégie de séquençage ciblé moyen débit permettant l’étude simultanée de 65 gènes. Depuis son utilisation en routine, plus de 800 patients ont pu être explorés dans le cadre d’un diagnostic moléculaire de paraplégie spastique. Pour 28% des patients explorés, il a été possible d’identifier le gène responsable de la pathologie, et pour 10% des cas, des études de ségrégation de variant(s) dans la famille sont encore nécessaires pour statuer définitivement. Si comme attendu le panel a permis d’identifier des mutations dans des gènes fréquemment mutés dans les paraplégies spastiques (ATL1/SPG3A, SPAST/SPG4, SPG7 et SPG11) il a également permis d’observer de nombreux cas de patients portant une mutation du gène KIF1A/SPG30. Le gène KIF1A avait initialement été décrit comme responsable de paraplégie spastique de forme complexe et de transmission autosomique récessive, mais plusieurs publications ont depuis montré son implication chez des patients présentant des paraplégies spastiques de transmission autosomique dominante avec des formes pures ou complexes. Notre grande série de patients présentant une mutation du gène KIF1A (plus de 30 patients) démontre[A1]  que ce gène est le 2nd gène le plus fréquemment impliqué dans cette pathologie (après le gène SPAST/SPG4) et qu’il est très majoritairement associé à des formes dominantes ou de novo. Les mutations observées sont quasi exclusivement du type faux-sens et localisées dans le domaine moteur de la protéine qui appartient à la famille des kinésines. Une situation similaire est retrouvée pour le gène KIF5A qui code également pour une protéine de cette famille. .Ces observations tendent à soutenir l’hypothèse déjà développée que les mutations de ces 2 gènes seraient des mutations de type dominant négatif.

Guillaume BANNEAU (PARIS), Laurène TISSIER, Bophara KOL, Estelle FEDIRKO , Isabelle DAVID , Laure RAYMOND, Giovanni STEVANIN , Alexandra DURR , Caroline NAVA , Fabienne CLOT , Cécile CAZENEUVE, Eric LEGUERN

11:00-12:30
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B33
Sessions Simultanées 06
Diagnostic prénatal, dépistage prénatal non invasif, troubles de la reproduction

Sessions Simultanées 06
Diagnostic prénatal, dépistage prénatal non invasif, troubles de la reproduction

Modérateurs : Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU (PU-PH) (RENNES), Charles COUTTON (PHU) (Grenoble)
11:00 - 11:15 #12675 - CO037 Intérêt du séquençage exomique dans l’infertilité masculine : identification de 3 nouveaux gènes responsables d’anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde (MMAF).
CO037 Intérêt du séquençage exomique dans l’infertilité masculine : identification de 3 nouveaux gènes responsables d’anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde (MMAF).

L’infertilité masculine représente un enjeu de santé publique de ces dernières décennies. Bien que multifactorielle, l’infertilité masculine a une composante génétique importante. Dans le cadre de notre projet ANR «MAS FLAGELLA» nous avons constitué une cohorte de 78 patients présentant une infertilité primaire liée à par des anomalies morphologiques multiples des flagelles (MMAF). Précédemment, nous avons pu mettre en évidence des mutations dans 3 gènes codant pour des protéines axonémales du flagelle du spermatozoïde DNAH1, CFAP43 et CFAP44 chez environ 30% des patients MMAF. Ces résultats suggèrent qu’environ 70% des patients restant sont porteurs de mutations dans d’autres gènes.

Un séquençage exomique complet (WES) de notre cohorte a été réalisé. Après mise en place d’un pipeline bio-informatique spécifique, nous avons pu identifier 1 mutation stop et 1 mutation d’épissage dans le gène FLAG69 chez 2 patients non apparentés. Ces 2 mutations ont été confirmées en Sanger et n’ont jamais été décrite dans les bases de bases de données publiques de polymorphismes (dbSNP, gnomAD). Le gène FLAG69 code pour une protéine de la famille des protéines à domaine Armadillo dont la fonction est encore peu connue. Cependant, des analyses de protéomiques ont montré que cette protéine était enrichie dans les flagelles d’espèce comme Chlamydomonas et nos données de RT-qPCR montrent que son expression est prédominante au niveau du testicule.

Les analyses par immunofluorescence avec un anticorps anti-FLAG69 sur les spermatozoïdes de nos 2 patients mutés montrent une disparition complète du signal. Ces données corroborent les analyses de RT-PCR effectuées à partir d’ARN lymphocytaire chez le patient avec la mutation d’épissage montrant l’absence total de transcrit. Le marquage FLAG69 se localise uniquement au niveau de la pièce intermédiaire des spermatozoïdes contrôles. Pour valider l’implication de ce gène dans le phénotype, des souris inactivées pour le gène Flag69 ont été produites par CRISPR/Cas9 en collaboration avec l’université Johns-Hopkins (Baltimore, USA, Pr Zhao). Les souris males Flag69-/- sont infertiles et présentent des spermatozoïdes avec des anomalies similaires à celles observées chez nos deux patients MMAF mutés. Les analyses par microscopie électronique de ces spermatozoïdes ont mis en évidence une désorganisation très sévère de l’axonème ainsi que des pièces péri-axonémales (mitochondries, gaine, fibres denses) du flagelle.

Au final, nous avons pu mettre en évidence pour la première fois des mutations pathogènes dans le gène FLAG69 chez 2 patients MMAF et confirmer l’implication de ce gène dans le phénotype par un modèle murin CRISPR/Cas9. La localisation de la protéine FLAG69 restreinte à la pièce intermédiaire ouvre des hypothèses intéressantes pour la fonction de la protéine qui pourrait avoir un rôle dans la transduction du signal impliqué dans la biogénèse du flagelle du spermatozoïde.

Guillaume MARTINEZ (La Tronche), Frédérique DONG, Amir AMIRI-YEKTA, Julie TEK, Pauline LE TANNO, Raoudha ZOUARI, Thomas KARAOUZÈNE, Véronique SATRE, Patrick LORES, Christophe ARNOULT, Aminata TOURÉ, Haiqing ZHAO, Pierre RAY, Charles COUTTON
11:15 - 11:30 #13229 - CO038 Analyse du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes présentant une diminution de la réserve ovarienne et prises en charge en don d’ovocyte.
CO038 Analyse du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes présentant une diminution de la réserve ovarienne et prises en charge en don d’ovocyte.

Le nombre de follicules / ovocytes disponibles au sein des ovaires correspond à la réserve ovarienne (RO), qui peut être évaluée par des dosages hormonaux tels que celui de la FSH ou de l’AMH ou par le compte des follicules antraux (CFA). Une RO basse, dont la conséquence est une diminution de la fertilité, est définie par une AMH<1.1 ng/ml ou un CFA<5. Cette situation est le plus souvent liée à l’âge mais elle peut survenir de façon prématurée avant 40 ans. L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est caractérisée par la survenue de troubles des menstruations, notamment aménorrhée,  associés à une élévation du taux sanguin de la FSH et une baisse du taux de l’œstradiol. L’IOP a souvent une cause génétique, chromosomique ou génique. Les gènes identifiés sont impliqués dans différents processus comme le développement gonadique, la méiose, la folliculogenèse, l’apoptose, le fonctionnement mitochondrial et la stéroidogenèse. Parmi les gènes associés à l’IOP, le gène NR5A1 est impliqué dans cette dernière fonction et plus de 160 variants différents sont actuellement rapportés dans la base de données Human Gene Variant Database. Ils ont principalement été décrits chez des patients présentant un trouble du développement sexuel 46,XY DSD mais ont également été observés chez des patientes 46,XX présentant une IOP et correspondant souvent aux apparentées des patients 46,XY DSD. Nous rapportons les résultats du séquençage du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes âgées de moins de 40 ans, présentant une diminution de la RO et prises en charge en don d'ovocytes (AMH<0.4 ng/ml et échec de FIV/ICSI).  Les variants observés correspondent à huit variants introniques non situés au niveau d’un site consensus d’épissage et à neuf variants d’exons. Parmi ces derniers, concernant majoritairement le domaine Hinge de la protéine, quatre sont des variants synonymes répertoriés dans les bases de données de population et cinq sont des variants faux-sens. Un de ces derniers est décrit comme polymorphisme dans la littérature. Trois des variants faux-sens ont été rapportés dans la littérature comme pathogéniques, observés en cas de DSD 46,XY pour un et d’IOP ou échec de la spermatogenèse pour deux. Enfin, une patiente présente un variant faux-sens observé peu fréquemment dans la population générale, qui n’a pas encore été décrit en pathologie et pour laquelle des études fonctionnelles vont être réalisées pour évaluer le niveau d’activité de la protéine mutée (évaluation de l’activité trans-activationnelle par le système Dual-Luciferase Reporter Assay). Au total, 3% des patientes présentent un variant pouvant être impliqué dans le phénotype. Outre la description d’un nouveau variant en pathologie, cette étude confirme la grande variabilité phénotypique pouvant être rencontrée en cas de variant du gène NR5A1, avec pour les patientes 46,XX la possibilité de réversion sexuelle, d’IOP mais également de diminution de la RO précédant une IOP.

Sylvie JAILLARD, Christele DUBOURG, Gorjana ROBEVSKA, Marion BEAUMONT, Linda AKLOUL, Jean-Maxime GIRARD, Celine PIMENTEL, Sylvie ODENT, Katie AYERS, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Célia RAVEL (RENNES)
11:30 - 11:45 #13250 - CO039 Absence bilatérale des canaux déférents : épidémiologie des mutations du gène ADGRG2 et premières explorations sur un lien fonctionnel putatif avec CFTR.
CO039 Absence bilatérale des canaux déférents : épidémiologie des mutations du gène ADGRG2 et premières explorations sur un lien fonctionnel putatif avec CFTR.

Une absence bilatérale des canaux déférents (ABCD) est diagnostiquée chez plus de 25% des hommes présentant une azoospermie obstructive. Dans 80% des cas, l’analyse du gène CFTR, également impliqué dans la mucoviscidose, permet d’identifier au moins une altération faisant suspecter un «CFTR-related disorder». Nous avons récemment identifié la présence de mutations perte de fonction du gène ADGRG2 (Xp22.13) chez des patients présentant une ABCD bien caractérisée, sans mutation du gène CFTR (Patat et al, 2016 AJHG). ADGRG2 code pour un récepteur transmembranaire couplé aux protéines G, exprimé spécifiquement au niveau de l’épididyme et des canaux efférents, dont la fonction est mal connue.

Le fait que le phénotype d’ABCD des patients mutés ADGRG2 soit indistinguable de celui des patients mutés CFTR soulève la question d’un éventuel lien fonctionnel entre les 2 gènes. Une étude rétrospective au sein du réseau GENMUCOFRANCE a été initiée afin de préciser la fréquence des mutations du gène ADGRG2 chez des patients avec 0 ou 1 mutation CFTR identifiée. En parallèle, des analyses d’immunohistochimie ont été réalisées sur des tissus épididymaires de patients porteurs de mutations CFTR ou ADGRG2.

55 nouveaux patients ont pu être recrutés dans cinq centres dont 29 (53%) hétérozygotes pour une mutation du gène CFTR.

5 nouvelles mutations perte de fonction ont été identifiées chez 6 patients. La fréquence des mutations ADGRG2 est similaire en présence d’une mutation CFTR (3/29=10.3%) et en l’absence de mutation CFTR (3/26=11.5%). Aucun variant faux-sens potentiellement délétère n’a été identifié. Ainsi, la perte de fonction du récepteur ADGRG2 peut suffire à expliquer les 6 cas d’ABCD et il n’y a pas d’argument suggérant, chez les 3 patients également porteurs d’une mutation CFTR, un mécanisme physiopathologique impliquant une action combinée des deux gènes.

Néanmoins, les résultats des analyses immunohistochimiques montrent une colocalisation du récepteur ADGRG2 et du canal CFTR au niveau du pole apical des cellules épithéliales des canaux efférents, alors que sur l’épididyme ADGRG2 apparait plus exprimé que CFTR. Chez le patient muté ADGRG2 le marquage ADGRG2 C-terminal disparait tandis que le marquage CFTR est conservé et amplifié au niveau de l’épididyme. Inversement, chez le patient porteur de deux mutations du gène CFTR le marquage CFTR est altéré tandis que le marquage ADGRG2 est conservé.

Au total, cette étude multicentrique a permis de confirmer l’implication du gène ADGRG2 dans environ 5% des cas d’ABCD et d’en préciser le spectre mutationnel. L’absence de protéine ADGRG2 ne semble pas impacter significativement l’expression et l’adressage de CFTR au pôle apical des cellules, et inversement. D’autres investigations seront nécessaires afin d’élucider le mécanisme par lequel les mutations ADGRG2 altèrent la réabsorption des fluides au niveau des canaux efférents et sont à l’origine d’un phénotype similaire à celui lié aux mutations CFTR.

Adrien PAGIN (LILLE), Aurore SIEGFRIED, Christelle WILLOQUAUX, Anne BERGOUGNOUX, Caroline RAYNAL, Emmanuelle GIRODON, Thierry BIENVENU, Marie-Pierre REBOUL, Patricia FERGELOT, Guy LALAU, Monique COURTADE-SAÏDI, Eric BIETH
11:45 - 12:00 #12794 - CO040 Test ADN fœtal circulant versus dépistage combiné pour la trisomie 21 foetale chez les patientes avec ou sans AMP; étude prospective interventionnelle.
CO040 Test ADN fœtal circulant versus dépistage combiné pour la trisomie 21 foetale chez les patientes avec ou sans AMP; étude prospective interventionnelle.

Background

For several years, primary screening testing for Trisomy 21 using cell-free DNA (cfDNA) has been proposed, yet only few studies have assessed this method in a prospective manner. The issue is of particular relevance in women undergoing assisted reproduction technology (ART) for whom maternal serum screening (MSS) shows lower performance than for spontaneous pregnancies (SP), in addition to conflicting results as to the performance of cfDNA.

 

Methods and findings

A prospective, multicenter, interventional study was designed to address the real-life performance and impact of cfDNA compared to MSS in the first trimester, in singleton pregnancies achieved with or without ART. Each patient was offered both MSS and cfDNA testing during the first trimester, and pregnancy outcomes were recorded. The primary analysis cohort included 789 patients with spontaneous pregnancy (SP) (n=469) or ART-based pregnancy (n=320). The false positive rate and positive predictive value were 6.6% (95% confidence interval (CI), 5 to 8.6) and 8.8% (95% CI, 2.9 to 19.3) for MSS versus 0% (95% CI, 0 to 0.47) and 100% (95%CI, 59 to100%) for cfDNA, respectively. While no difference in cfDNA performance was observed between the SP and ART groups, MSS false positive rates and positive predictive values were less favorable in the ART (11.7% (95% CI, 8.4 to 15.7) and 2.6% (95% CI, 0.07 to 13.8) versus SP (3.2% (95% CI, 1.8 to 5.3) and 21.1% (6.1 to 45.6) group.

 

Conclusions

First line cfDNA shows better performance than MSS for both SP and ART, thus decreasing the number of invasive procedures. Our findings suggest that cfDNA should be considered the primary screening option, especially in ART-based pregnancies. (Funded by AP-HP, Laboratoire Cerba, Agence de la Biomédecine, Mutuelle Interiale. ClinicalTrials.gov number, NCT02424474)

Jean-Marc COSTA (Saint Ouen l'Aumône), Alexandra LETOURNEAU, Romain FAVRE, Laurent BIDAT, Joelle BELAISCH-ALLART, Jean-Marie JOUANNIC, Edwin QUARELLO, Marie-Victoire SENAT, Bernard BROUSSIN, Vassilis TSATSARIS, Adele DEMAIN, Pascale KLEINFINGER, Laurence LOHMANN, Helene AGOSTINI, Jean BOUYER, Alexandra BENACHI
12:00 - 12:15 #12877 - CO041 Aspect phénotypiques et génotypiques d’une cohorte de 453 fœtus atteints de ciliopathies : 20 ans d’étude.
CO041 Aspect phénotypiques et génotypiques d’une cohorte de 453 fœtus atteints de ciliopathies : 20 ans d’étude.

Des mutations dans les gènes codants pour les protéines assurant la structure et le fonctionnement du cil primaire sont responsables d’un groupe de pathologies appelé « ciliopathie » dont certaines s’expriment en anténatal.

L’analyse moléculaire des gènes responsables de ciliopathies a successivement été réalisée par séquençage Sanger, puis séquençage de panels de gènes (« ciliome ») ou de l’exome chez des fœtus ou nouveau-nés décédés en période néonatale ayant un phénotype évoquant une ciliopathie. Le phénotype de 453 fœtus issus de 338 familles différentes a été recueilli grâce au compte-rendu clinique et/ou fœtopathologique.

Parmi les fœtus ayant eu une analyse moléculaire (393 cas), 298 ont un diagnostic moléculaire établi (75%). La majorité des fœtus sont atteints de syndrome de Meckel (MKS, n=307).  Les autres ciliopathies fréquentes dans cette cohorte sont le syndrome de Bardet-Biedl (n=35), les ciliopathies squelettiques (n=29) ou non classées (n=26). Les gènes les plus fréquemment mutés dans cette cohorte sont CEP290 (n=60), CCD2A2 (n=44), TMEM67 (n=40), TMEM231 (n=17) et MKS1 (n=14) responsables de syndrome de Meckel. Des corrélations phénotypes-génotypes se dégagent de cette étude. Les fœtus atteint de syndrome de Meckel mutés dans les gènes MKS1, RPGRIP1L, TMEM216 ont les phénotypes les plus graves avec une moyenne d’âge gestationnel à l’IMG plus précoce (MKS1 : 15,43SA et RPGRIP1L : 17,89SA). Les fœtus mutés CEP290 et TMEM67 ont moins d’anomalie de fermeture du tube neural (environ 65% des cas) et la polydactylie est beaucoup plus rare chez ces fœtus (présente dans respectivement 34,85% et 8,10%) par rapport aux fœtus mutés dans les autres gènes de MKS. Différentes versions du panel ciliome ont été successivement utilisées. Le rendement global est de 56%, plus élevé pour le panel diagnostique (66%) où l’analyse NGS est réalisée en première intention.

En conclusion, le séquençage du panel ciliome permet un diagnostic moléculaire dans la majorité des cas fœtaux, et est particulièrement intéressant dans les ciliopathies qui ont un chevauchement phénotypique important et une grande hétérogénéité génétique.

Constance WELLS (Montpellier), Lucile BOUTAUD, Nadia EL KHARTOURFI, Valérie CORMIER-DAIRE, Joelle ROUME, Amale ICHKOU, Michel VEKEMANS, Sophie SAUNIER, Féréchté RAZAVI, Sophie THOMAS, Tania ATTIÉ-BITACH
12:15 - 12:30 #13482 - CO042 Diagnostic prénatal chromosomique versus dépistage non invasif de la trisomie 21 : une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national.
CO042 Diagnostic prénatal chromosomique versus dépistage non invasif de la trisomie 21 : une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national.

Introduction

L’arrivée des tests ADN libre circulant de la trisomie 21 (ADNlcT21) a bouleversé la stratégie de dépistage des aneuploïdies en anténatal. Récemment, l’HAS a préconisé que ces tests soient proposés à toutes les femmes enceintes dont le niveau de risque de trisomie 21 fœtale est compris entre 1/1000 et 1/51 à l’issue du dépistage par le dosage des marqueurs sériques (dépistage combiné du 1er trimestre et plus rarement du deuxième trimestre). L’objectif principal est de limiter, outre l’anxiété maternelle, le nombre de gestes invasifs qui sont à l’origine d’un risque de perte fœtal estimé à environ 0.5-1%. Cependant, l’impact de cette stratégie n’a jamais été formellement évalué depuis sa mise en place.

Matériel et Méthodes

Il s’agit d’une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national. Les patientes dont le risque estimé de trisomie 21 à l’issue du dépistage était compris entre 1/5 et 1/250 ont été sollicitées pour être randomisées en 2 bras : le groupe «dépistage non invasif de la trisomie 21 » (DPNI) a bénéficié d’un test ADNlcT21 et le groupe « diagnostic prénatal » (DPN) a bénéficié d’un prélèvement invasif (amniocentèse ou biopsie de trophoblaste). Le critère principal de jugement était le nombre de fausses couches avant 24 semaines d’aménorrhée. Ont été également évalués le taux de pertes fœtales (fausses couches et morts fœtales in utero), le nombre d’anomalies chromosomiques dans les deux groupes et la performance du test qui a été utilisé.

Résultats

2592 femmes étaient éligibles et 2111 ont été randomisées : 1034 patientes dans le groupe DPNI et 1017 dans le groupe DPN.  Le taux de fausses couches était similaire dans les deux groupes : (8(0.8%) vs 8(0.8%), p= 0.47) ainsi que le taux de perte fœtales (17(1.7%) vs 17(1.7%), p= 0.46). Toutes les trisomies 21 ont été détectées par les deux méthodes (taux : 100% [87.2; 100]. Cependant, le nombre d’anomalies chromosomiques était significativement plus élevé dans le groupe DPN que dans le groupe DPNI (49(5%) vs 28(2.8%), p=0.01).

Discussion / Conclusion

La réalisation d’un geste invasif chez les femmes appartenant au groupe à risque accrue de trisomie 21 à l’issue du dépistage combiné du 1er trimestre n’engendre pas de sur-risque de perte fœtale. Par ailleurs, des anomalies chromosomiques autres que la trisomie 21 peuvent être détectées chez les patientes qui bénéficient d’un diagnostic prénatal chromosomique.

Valérie MALAN (Paris), Laurence BUSSIÈRES, Norbert WINER, Jean-Philippe JAIS, Amandine BAPTISTE, Marc LE LORC'H, Caroline ELIE, Neil O’GORMAN, Nicolas FRIES, Véronique HOUFFLIN-DEBARGE, Loic SENTILHES, Study Group SAFE 21, Michel VEKEMANS, Yves VILLE, Laurent J SALOMON

11:00-12:30
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C33
Sessions Simultanées 07
Génétique tumorale et oncogénétique

Sessions Simultanées 07
Génétique tumorale et oncogénétique

Modérateurs : Caroline ABADIE (Oncogénétique) (Saint-Herblain), Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (Paris)
11:00 - 11:15 #12669 - CO043 Détection de l’instabilité microsatellitaire tumorale par NGS.
CO043 Détection de l’instabilité microsatellitaire tumorale par NGS.

L’instabilité microsatellitaire tumorale évoque une déficience du système MMR (MisMatch Repair) et représente un élément d’orientation à la recherche d’une prédisposition génétique au syndrome de Lynch. Elle peut également constituer un facteur prédictif de réponse à la chimiothérapie et un facteur pronostique. Le statut MSI (MicroSatellite Instability) est classiquement déterminé par biologie moléculaire et associé à l’immunohistochimie dans la mise en évidence des défauts de réparation de l’ADN par la voie MMR. Les techniques de séquençage à haut débit étant désormais largement utilisées au sein des laboratoires de biologie moléculaire, nous avons validé la détection de l’instabilité microsatellitaire par NGS (Next-Generation Sequencing).

 

Nous avons analysé une série de plus de 1000 échantillons d’ADN extraits de tissus tumoraux colorectaux ou ovariens fixés et inclus en paraffine, dans un contexte théranostique. Après séquençage d’un panel de gènes par capture, l’instabilité a été étudiée par l’outil MSIsensor, évaluant le nombre de répétitions nucléotidiques. Ce dernier permet d’utiliser comme référence un ensemble d’échantillons tumoraux stables, afin de s’affranchir du tissu non tumoral, souvent indisponible. Pour valider cette approche, nous avons comparé certains résultats à ceux de l’analyse par PCR multiplexe de microsatellites et à ceux de l’étude immunohistochimique des protéines MLH1, MSH2, MSH6, PMS2.

 

L’analyse de notre panel détecte jusqu’à 36 loci microsatellitaires. Nous observons une excellente sensibilité et spécificité puisqu’elles sont supérieures à 95%. Cet outil s’avère donc très performant pour les tumeurs colorectales et ovariennes.

 

Nous avons donc validé ce test pour le diagnostic moléculaire qui, réalisé à partir de données NGS d’un panel de gènes, a l’avantage de permettre le pré-criblage des tumeurs instables simultanément à la recherche de mutation d’une tumeur. Or, le statut MSI représente un biomarqueur potentiel permettant de distinguer les patients susceptibles de répondre aux inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (anti-PD1/PDL1…). Devant l’essor de l’immunothérapie avec l’élargissement des indications du test MSI à usage théranostique, cette analyse s’intègre pleinement dans le contexte de médecine de précision et pourrait devenir un élément commun du typage des tumeurs.

Agathe RICOU (Caen), Antoine ROUSSELIN, Aurore TRANCHANT, Virginie SAGUET, Cécile BLANC-FOURNIER, Florian DOMIN, Olivia FEREC, Raphael LEMAN, David PHO, Nicolas GOARDON, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA, Dominique VAUR
11:15 - 11:30 #12810 - CO044 Mise en évidence de mutations de novo à l’état de mosaïque chez des patients atteints de Syndrome de Lynch-like avec transmission à la descendance.
CO044 Mise en évidence de mutations de novo à l’état de mosaïque chez des patients atteints de Syndrome de Lynch-like avec transmission à la descendance.

Le syndrome de Lynch-like est défini par la présence chez un patient de tumeurs colorectales MSI sans mutation constitutionnelle identifiée dans les gènes MMR, ni méthylation somatique du promoteur du gène MLH1. Il s’agit de situations hétérogènes avec des mécanismes moléculaires sous-jacents multiples. L'identification du type de mécanisme responsable de ces tumeurs pour chacun des patients est cruciale pour guider la prise en charge du patient lui-même et de ses proches. En effet, l’absence de mutation identifiée rend impossible la réalisation d’un test génétique ciblé chez les apparentés et tous sont donc surveillés selon les recommandations établies pour le syndrome de Lynch. La présence de doubles mutations acquises au niveau tumoral est l’explication la plus fréquemment retrouvée. Il s’agit alors de tumeurs sporadiques et la surveillance pour le patient et sa famille peut être allégée.

Nous avons étudié les tumeurs de 28 patients atteints de syndrome de Lynch-like. L'analyse moléculaire des gènes MMR dans leur tumeur a révélé 8 événements somatiques bialléliques. Quatorze tumeurs n'avaient qu'un seul événement somatique détecté et 6 n'en avaient aucun. Toutes les mutations somatiques ont été recherchées dans des tissus adjacents normaux et/ou chez les enfants lorsqu'ils étaient accessibles. Nous avons identifié deux cas de mutation en mosaïque de MSH2 avec transmission aux enfants. Pour le premier cas, la patiente avait développé deux tumeurs du spectre de Lynch (colon et endomètre) et la mutation trouvée dans la tumeur était visible dans l’ADN lymphocytaire mais à un taux de 9%, en dessous du seuil de détection du logiciel d’analyse. Pour le second cas, la mutation trouvée dans la tumeur n’était pas visible en séquençage Sanger dans l’ADN lymphocytaire alors qu’elle a été transmise au fils de la patiente.

Pour les patients Lynch-like encore inexpliqués, d'autres analyses doivent être discutées (analyses ARN, étude d’autres gènes…).

Cette étude confirme que les mutations de novo à l'état mosaïque existent dans le syndrome de Lynch et peuvent expliquer certains syndromes de Lynch-like. La possibilité de transmission de cette mutation aux enfants modifie fortement le conseil génétique et permet de recommander une prise en charge appropriée dans ces familles. En effet, une surveillance intensive doit être maintenue pour le patient et les enfants portant la mutation. L'absence de mutation chez les autres enfants permet d'arrêter la surveillance, ainsi que pour les frères et sœurs qui ne sont pas à risque.

Nous proposons un algorithme pour l’exploration des patients Lynch-like qui intègre l’analyse tumorale et permet de détecter les mosaïques. L'analyse NGS en forte profondeur permettra de détecter des mutations faiblement représentées (fréquence allélique faible (<10%). D'autres études sont nécessaires pour déterminer la fréquence de ce type d'événements et leur implication éventuelle dans d’autres prédispositions au cancer.

Erell GUILLERM, Hélène DELHOMELLE, Mathilde WARCOIN, Mélanie CORMIER, Aurélien PALMYRE, Isabelle SOURROUILLE, Magali SVRCEK, Armelle BARDIER, Nicolas JANIN, Mélanie EYRIES, Veronica CUSIN, Florent SOUBRIER, Florence COULET, Chrystelle COLAS (Paris)
11:30 - 11:45 #12858 - CO045 Contribution des mutations de novo et en mosaïque du gène TP53 au syndrome de Li-Fraumeni.
CO045 Contribution des mutations de novo et en mosaïque du gène TP53 au syndrome de Li-Fraumeni.

Le développement de certaines tumeurs, telles que les corticosurrénalomes (ACC), les tumeurs des plexus choroïdes (CPT), les cancers du sein de la femme de moins de 31 ans ou encore les cancers primitifs multiples appartenant au spectre du syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est, indépendamment du contexte familial, un élément fortement évocateur d’une altération constitutionnelle du gène suppresseur de tumeurs TP53, suggérant la contribution significative de mutations de novo au LFS. L’objectif de la présente étude était donc de déterminer la contribution des mutations de novo et des mutations en mosaïque au LFS. Au sein de la série LFS française incluant 328 cas index non apparentés porteurs d’une altération constitutionnelle de TP53, identifiée par séquençage Sanger ou QMPSF, nous avons dans un premier temps déterminé que cette altération est survenue de novo dans 40 cas. Nous n’avons détecté aucun effet de l’âge parental. Grâce à la lecture attentive des électrophérogrammes, le séquençage Sanger a révélé 2 mutations en mosaïque : (i) chez un enfant ayant développé un ACC à 4 mois et (ii) chez le père, asymptomatique, d’une enfant ayant développé un médulloblastome à 3 ans. La reprise systématique des analyses de TP53, chez 108 patients évocateurs d’un LFS sans mutation détectable par Sanger et QMPSF, réalisée par NGS à forte profondeur ( > 500X) après capture ciblée, à partir de l’ADN génomique sanguin, nous a permis d’identifier 6 cas supplémentaires de mutations de TP53 en mosaïque : chez 2/49 enfants avec un ACC (à 8 mois et 1 an), 2/21 enfants avec un CPT (à 6 mois et 2 ans), 1/31 femmes avec cancer du sein avant 31 ans (cancer du sein bilatéral à 27 et 34 ans) et chez une patiente ayant développé 3 tumeurs (un ostéosarcome à 12 ans, un carcinome mammaire et un sarcome mammaire controlatéral à 35 ans). Cette étude, réalisée sur une grande série de porteurs de mutation de TP53, permet d’estimer aujourd’hui la contribution des mutations de novo à au moins 14 % (48/336) et suggère qu’approximativement 1/5 de ces mutations de novo seraient apparues au cours du développement embryonnaire. L'identification de ces mutations en mosaïque est essentielle, à la fois pour les patients qui doivent bénéficier d’un suivi selon les recommandations de prise en charge des patients LFS, mais aussi pour le conseil génétique, en rassurant parents et fratrie. La présence d’une mutation en mosaïque de TP53 doit donc être envisagée dans les cancers sporadiques très évocateurs, tels que les ACC, les CPT, les cancers du sein de la femme de moins de 31 ans, ou encore les cancers primitifs multiples appartenant au spectre du LFS et les laboratoires en charge de l’analyse moléculaire de TP53 doivent assurer la détection des mosaïques.

Gaëlle BOUGEARD (ROUEN), Mariette RENAUX-PETEL, Françoise CHARBONNIER, Jean-Christophe THERY, Pierre FERMEY, Gwendoline LIENARD, Jacqueline BOU, Sophie COUTANT, Myriam VEZAIN, Edwige KASPER, Steeve FOURNEAUX, Sandrine MANASE, Maud BLANLUET, Bruno LEHEUP, Ludovic MANSUY, Jacqueline CHAMPIGNEULLE, Céline CHAPPE, Michel LONGY, Nicolas SEVENET, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Laurence BRUGIERES, Olivier CARON, Jean-Christophe SABOURIN, Isabelle TOURNIER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Thierry FREBOURG
11:45 - 12:00 #12956 - CO046 Caractéristiques morphologiques et génomiques des tumeurs du sein chez les porteurs d’une mutation dans le gène ATM.
CO046 Caractéristiques morphologiques et génomiques des tumeurs du sein chez les porteurs d’une mutation dans le gène ATM.

Des altérations bialléliques inactivatrices dans le gène Ataxia Telangiectasia Mutated (ATM) sont responsables de l’ataxie-télangiectasie (A-T), une maladie génétique récessive rare de l’enfant caractérisée par un syndrome neurodégénératif, un déficit immunitaire et des télangiectasies oculo-cutanées. Les sujets atteints d’A-T ont également une radiosensibilité accrue et un risque élevé de développer des cancers. Les femmes apparentées à un enfant atteint d'A-T et porteuses d’une seule copie mutée d’ATM (HetAT) ont un risque 2 à 3 fois plus élevé de cancer du sein que les femmes de la population générale. De plus, des variants entrainant la perte de fonction d’ATM sont mis en évidence dans environ 3% des familles à haut risque de cancer du sein vues en consultation d’oncogénétique. L’estimation des risques absolus de cancer pour les sujets HetAT étant encore imprécise, des recommandations claires concernant le suivi de ces patients et de leur famille n’ont pas pu être établies. Les caractéristiques morphologiques et moléculaires des tumeurs du sein des sujets HetAT ont été très peu décrites dans la littérature. Nous avons émis l’hypothèse que la présence d’une signature tumorale spécifique des sujets HetAT pourrait permettre d’identifier parmi les cas dits « sporadiques » des porteurs d’un variant délétère d’ATM et pourrait avoir des implications importantes pour le suivi et le traitement de ces patients.

Nous avons comparé les caractéristiques morphologiques de 41 tumeurs du sein de porteurs d’une ou deux copies mutées d’ATM à celles d’une série tumeurs du sein de 599 patients suivis à l’Institut Curie. La distribution des sous-types moléculaires dans la série de tumeurs ATM a également été comparée à celle des tumeurs du sein du Cancer Genome Atlas de sujets non-porteurs d’une mutation dans les gènes BRCA1, BRCA2 et ATM. Au niveau moléculaire, nous avons analysé les variations du nombre de copies (CNVs) sur l’ensemble du génome pour 23 de ces tumeurs à partir des données obtenues avec la puce OncoScan (Affymetrix).

Nos résultats montrent que les tumeurs du sein ATM sont majoritairement de sous-type moléculaire luminal B, sont tétraploïdes et présentent dans 67% des cas une perte d’hétérozygotie (LOH) au niveau du locus 11q22-23 contenant le gène ATM. De plus, 70% des tumeurs ATM présentent des CNVs spécifiques de type perte/LOH au niveau des loci 13q14.11-q14.3, 21p11.2-p11.1 et 22q11.23. Les tumeurs ATM ne ressemblent donc pas aux tumeurs développées par les porteurs d’une mutation dans le gène BRCA1 qui sont majoritairement des tumeurs n’exprimant pas les récepteurs hormonaux. Au niveau moléculaire, les tumeurs ATM ne présentent pas de pertes de fragments chromosomiques de grande taille caractéristiques des tumeurs BRCA1 ; chez les sujets HetAT, la sensibilité des tumeurs aux molécules majorant l’anomalie de réparation des cassures double-brin de l’ADN par recombinaison homologue (inhibiteurs PARP, agents alkylants) restent donc à démontrer.

Anne-Laure RENAULT (PARIS CEDEX 5), Noura MEBIROUK, Laetitia FUHRMANN, Guillaume BATAILLON, Eve CAVACIUTI, Dorothée LE GAL, Elodie GIRARD, Tatiana POPOVA, Philippe LA ROSA, Juana BEAUVALLET, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Anthony LAUGÉ, Walid CHEMLALI, Martine LABBÉ, Ivan BIÈCHE, Sylvain BAULANDE, Jacques-Olivier BAY, Pascaline BERTHET, Olivier CARON, Bruno BUECHER, Laurence FAIVRE, Marc FRESNAY, Marion GAUTHIER-VILLARS, Paul GESTA, Nicolas JANIN, Sophie LEJEUNE, Christine MAUGARD M., Sébastien MOUTTON, Laurence VENAT-BOUVET, Hélène ZATTARA, Jean-Pierre FRICKER, Laurence GLADIEFF, Isabelle COUPIER, . COF-AT, . GENESIS, . KCONFAB, Georgia CHENEVIX-TRENCH, Janet HALL, Anne VINCENT-SALOMON, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
12:00 - 12:15 #13066 - CO047 Analyse pan-génomique en SNP-array sur échantillons fixés au formol et inclus en paraffine pour l’identification de marqueurs pronostiques dans le lymphome à cellules du manteau, un résultat du projet LyMA-génomique conduit par le LYSA.
CO047 Analyse pan-génomique en SNP-array sur échantillons fixés au formol et inclus en paraffine pour l’identification de marqueurs pronostiques dans le lymphome à cellules du manteau, un résultat du projet LyMA-génomique conduit par le LYSA.

Introduction

Des marqueurs pronostiques disponibles au diagnostic sont nécessaires pour distinguer les patients présentant un lymphome à cellules du manteau (LCM) de haut risque (HR) ou de faible risque (FR). Ce travail rapporte les résultats d’une évaluation pan-génomique de haute résolution des anomalies du nombre de copies (ANC) et leur impact sur la réponse au traitement dans le cadre de l’essai clinique LyMa.

Patients, matériels et méthodes

L’étude a été réalisée chez 96 patients traités dans l’essai LyMa évaluant l’impact du rituximab en maintenance après chimiothérapie de type DHAP (dexaméthasone, aracytine, sel de platine) puis autogreffe de cellules souches hématopoïétiques. La cohorte incluait 9 patients de HR avec une maladie réfractaire ou en rechute dans l’année suivant le diagnostic et 87 patients encore en réponse à 1 an du diagnostic dont 64 patients de FR toujours en rémission plus de 30 mois après le diagnostic. Le profil pan-génomique des ANC et les mutations les plus fréquentes de TP53 ont été analysées sur 50ng d’ADN FFPE avec la technique de SNP array Oncoscan® FFPE. Les données ont été analysées avec l’algorithme TuScan et les régions minimales récurrentes ont été identifiées avec l’algorithme Gistic.

Résultats

Soixante-huit régions altérées de façon récurrente ont été retrouvées et concernaient 98% des patients. Les délétions étaient plus fréquentes que les amplifications avec une médiane par patient de 9 (0-28) vs 3 (0-37) (p < 0,001) respectivement. Les ANC récurrentes incluaient des pertes en 1p21, 11q22 (ATM), 13q14, 9p21 (CDKN2A/CDKN2B), 13q14 (RB1), 9q22-31, 13q33-34, 8p11, 17p13 (TP53) et des gains en 3q26-27, 3q21, 11q13 (CCND1), 13q31, 7p22, 10p12 (BMI1), 8q24 (MYC) et 12q13 (CDK4).

Des mutations TP53 ont été détectées chez 5 patients incluant deux cas avec une délétion 17p13, avec un enrichissement chez les patients de HR. Les délétions de TP53 (44% vs 14%; p=0.04), CDKN2A (55% vs 22%; p=0.004) et 8p11 (44% vs 15%; p=0.004) étaient significativement plus fréquentes chez les patients HR. Le locus du gène CDK4 (22% vs 6%; p=0.1) et la région 13q31 (33% vs 9%; p=0.06) incluant le locus miR-17-92 étaient plus fréquemment amplifiés chez les patients HR. A l’inverse, l’amplification du locus 7p, incluant notamment le gène CARD11, était associée aux patients de FR (16% vs 0%; p=0.03).

Conclusion

Ce travail confirme le mauvais pronostic des patients atteints de LCM présentant une délétion ou une mutation de TP53 et/ou une délétion des gènes CDKN2A et CDKN2B. Elle montre aussi l’impact de mauvais pronostic de nouvelles ANC telles que les délétions en 8p et les amplifications du locus mir 17-92. A l’inverse, les amplifications 7p semblent associées à un bon pronostic. Ces données fournissent de nouveaux éléments pronostiques et théranostiques pour le choix des thérapies futures dans le LCM.

Yannick LE BRIS (NANTES), Florence MAGRANGEAS, Olivier HERMINE, David CHIRON, Danielle CANIONI, Anne MOREAU, Marie C BÉNÉ, Loïc CAMPION, Stéphane MINVIELLE, Steven LE GOUILL
12:15 - 12:30 #13126 - CO048 Caractérisation moléculaire et fonctionnelle des mutations somatiques du gène NF1 dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules.
CO048 Caractérisation moléculaire et fonctionnelle des mutations somatiques du gène NF1 dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules.

La neurofibromine, produit du gène NF1 agit comme un inhibiteur de la voie RAS-MAPK (Mitogen-activated protein kinases), voie majeure de la cancérogénèse. Le gène NF1 est donc un gène suppresseur de tumeurs. Des mutations constitutionnelles de NF1 causent la neurofibromatose de type 1 (NF1 ; MIM#162200). Cette maladie rare héréditaire prédispose notamment au développement de tumeurs des gaines nerveuses. Des mutations somatiques de NF1 ont par ailleurs été décrites dans des cancers sporadiques, hors contexte de maladie héréditaire. L’implication de la voie RAS-MAPK dans les cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) est bien caractérisée avec la mise en évidence de mutations somatiques activatrices spécifiques de la voie, notamment des oncogènes EGFR, KRAS et BRAF. Cependant, l’implication du gène NF1 a été peu étudiée dans les CBNPC.

Nous avons confirmé l’implication de NF1 dans le développement des CBNPC par une approche ciblée de NGS (Next Generation Sequencing) sur une cohorte de 138 échantillons tumoraux : 36 altérations somatiques (26%) de NF1 ont été retrouvées dont 25 mutations ponctuelles (parmi lesquelles 4 homozygotes) et 11 délétions. Ces altérations étaient majoritairement exclusives de mutations affectant d’autres effecteurs de la voie RAS-MAPK. Il était retrouvé un nombre plus important d’altérations de NF1 dans les échantillons de patients ayant reçu une chimiothérapie. Une corrélation génotype-phénotype a pu être établie : il s’agissait en majorité d’hommes (72%), fumeurs (75%) avec une survie sans progression et une survie globale significativement meilleures que les patients KRAS mutés.

Afin de déterminer les conséquences fonctionnelles des altérations de NF1, nous avons établi des modèles cellulaires mutés NF1 grâce au système d’édition du génome CRISPR/CAS9. Trois lignées ont été sélectionnées : deux lignées de CBNPC (A549 et NCI H-1703) et une lignée immortalisée de cellules bronchiques épithéliales diploïdes (HBE4-E6/E7-C1). Nous avons évalué les conséquences de l'inactivation mono- ou bi-allélique (par CRISPR/CAS9 et Nickase) de NF1. Un western blot a confirmé la perte d’expression partielle ou complète de la neurofibromine en cas respectivement de mutations mono- ou bi-alléliques du gène NF1. Les conséquences fonctionnelles seront évaluées par analyse des transcriptomes différentiels. Des approches pharmacologiques permettront de tester le caractère prédictif de sensibilité aux inhibiteurs de MEK des mutations du gène NF1 au sein de nos modèles cellulaires isogéniques.

Notre étude montre que les CBNPC présentant des altérations somatiques de NF1 constituent une entité clinique et pronostique distincte. L’étude de nos modèles cellulaires permettra (1) d’évaluer l’influence du caractère mono- ou bi-allélique des altérations de NF1 sur les conséquences fonctionnelles et (2) de tester de nouvelles perspectives thérapeutiques qu’il conviendra de confirmer in vivo sur des modèles pré-cliniques.

Camille TLEMSANI (Paris), Nicolas PÉCUCHET, Aurelia GRUBER, Audrey MANSUET-LUPO, Diane DAMOTTE, Marco ALIFANO, Jennifer VARIN, Ingrid LAURENDEAU, Armelle LUSCAN, Béatrice PARFAIT, Ivan BIÈCHE, Audrey BRIAND, Benoit TERRIS, Helene BLONS, Karen LEROY, Dominique VIDAUD, Michel VIDAUD, Pierre LAURENT-PUIG, Eric PASMANT

11:00-12:30
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D33
Sessions Simultanées 08
Epidémiogénétique

Sessions Simultanées 08
Epidémiogénétique

Modérateurs : Emmanuelle GENIN (BREST), Pierre-Antoine GOURRAUD (PU-PH) (Nantes)
11:00 - 11:15 #12763 - CO049 Nouvelles recommandations pour la prédiction des variants d’épissage à partir d’études combinées in silico/in vitro de 395 variants : un effort collaboratif international.
CO049 Nouvelles recommandations pour la prédiction des variants d’épissage à partir d’études combinées in silico/in vitro de 395 variants : un effort collaboratif international.

L’interprétation des variants nucléotidiques est désormais l’enjeu majeur en Génétique. Les variants d’épissage en sont le paradigme. En effet chaque variant nucléotidique peut être pathogène par la création/rupture de séquences consensus d’épissage. Etant donné qu’il est impossible de réaliser une étude de transcrits pour chaque variant, les prédictions in silico de l’impact potentiel des variants sur l’épissage sont d’un intérêt majeur. Grâce à un effort collaboratif international du groupe français UNICANCER Genetic Group (UGG), de l’UMR1078 et du consortium ENIGMA (https://enigmaconsortium.org/) , les données in silico et in vitro de l’impact sur l’épissage de 395 variants BRCA1, BRCA2, CFTR et RHD situés dans les régions consensus 5’ et 3’ (respectivement définies par les 11 et 14 bases entourant la jonction intron/exon) ont été collectées afin de créer un nouvel outil de prédiction des anomalies d’épissage surpassant les précédentes recommandations de l'UGG [Hum Mutat 33:1228-38, 2012].

Parmi les 305 variants BRCA1 et BRCA2, 142 (dont 39 non publiés), ont été utilisés pour entraîner ce nouvel outil prédictif nommé SPiCE (Splicing Prediction in Consensus Element). Brièvement, SPiCE est un outil basé sur la régression logistique qui utilise les prédictions in silico des algorithmes MaxEntScan, SpliceSiteFinder-like et calcule, pour un variant donné, la probabilité d’altération de l’épissage et les seuils décisionnels optimaux.

Après cette étape d’entraînement, SPiCE a été évalué sur un ensemble de 163 variants supplémentaires de BRCA1 et BRCA2 précédemment publiés et sur 90 variants non publiés, principalement dans CFTR et RHD. Nous avons observé une sensibilité de 99,5 % (207/208) et une spécificité de 95,6 % (43/45). En d’autres termes, l’impact sur l’épissage a été correctement prédit pour 250/253 variants (98,8 %).

Nous proposons donc SPiCE comme un nouveau standard de prédiction des anomalies de l’épissage dans les séquences consensus. De nouveaux développements sont en cours afin de l’utiliser hors de ces séquences consensus. SPiCE peut être facilement implémenté dans un laboratoire de diagnostic ou de recherche comme outil décisionnel de routine afin d’aider biologistes et généticiens face au déluge de nouveaux variants à l’ère du séquençage à haut débit.

Sophie KRIEGER, Raphaël LEMAN (CAEN CEDEX 5), Pascaline GAILDRAT, Gérald LE GAC, Chadran KA, Yann FICHOU, Marie-Pierre AUDREZET, Virgiginie CAUX-MONCOUTIER, Sandrine CAPUTO, Nadia BOUTRY-KRYZA, Sylvie MAZOYER, Mélanie LEONE, Françoise BONNET-DORION, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Nicolas SEVENET, Barbara WAPPENSHMIDT, Thomas VAN OVEREEM HANSEN, Danielle MULLER , Violaine BOURDON, Françoise REVILLON, Michael T. PARSONS, Emma TUDINI, Antoine ROUSSELIN, Grégoire DAVY, Gaia CASTELAIN, Laurent CASTERA, Joanna SOKOLOWSKA, Florence COULET, Capucine DELNATTE, Claude FEREC, Amanda SPURDLE, Alexandra MARTINS, Claude HOUDAYER
11:15 - 11:30 #12785 - CO050 La structure génétique de la Bretagne : frontières physiques et culturelles.
CO050 La structure génétique de la Bretagne : frontières physiques et culturelles.

Contexte

La structure génétique des populations humaines varie à l’échelle mondiale, en fonction de migrations historiques, de mélanges de populations, de la sélection naturelle et du phénomène de dérive génétique. La caractérisation de cette structure et des variations génétiques qui la sous-tendent permet à la fois de reconstruire l’histoire démographique d’une population et de développer des tests d’association adéquats, et ce particulièrement pour les variations génétiques rares.

La Bretagne ayant constitué une unité administrative distincte sur une grande période, sa population présente encore aujourd’hui une architecture génétique particulière, caractérisée par une proximité génétique avec la population Irlandaise (Karakachoff et al. Eur J Hum Genet, 2015). Dans la présente étude, nous explorons à une échelle très fine la structure génétique des populations sédentaires de Bretagne et des régions voisines d’Anjou, Maine et Poitou.

 

Méthodes et résultats

Nous avons interrogé environ 800 000 marqueurs de type SNP/indel sur puces Affymetrix  Axiom PMRA chez 1005 individus du Nord-Ouest de la France, dont les 4 grands-parents sont nés à proximité immédiate en Bretagne ou Pays de la Loire. Une analyse en composantes principales met en évidence une très forte corrélation entre le lieu de naissance et la valeur des composantes issues des marqueurs génétiques (p-value < 2e-16). La visualisation des valeurs de la 1ere composante (0.16% de la variance) sur une carte permet de différencier un sous-groupe d’individus nés au Sud de la Loire, et deux sous-groupes d’individus nés au nord de la Loire et répartis de part et d’autre d’une frontière assimilable à celle de la Bretagne historique. L’existence de telles barrières génétiques est confirmée formellement par un test partiel de Mantel. Les indices estimés Fst entre les trois groupes indique un effet plus important de la barrière de la Loire (Fst 6.10-4) par rapport à la barrière historique (Fst 3.10-4).

 

Conclusion

Nous avons mis en évidence une corrélation entre génétique et géographie à l’échelle régionale en Bretagne et Pays de la Loire. Cette structure présente en premier lieu une composante d’isolement par la distance. Simultanément, nous avons mis en évidence des barrières génétiques correspondant à une barrière géographique importante - la Loire - et à des barrières historiques/culturelles déterminées par les frontières du Duché de Bretagne. Ces résultats renforcent l’importance d’utiliser des groupes de témoins bien appariés lors d’analyses d’association  génétique, et de constituer un panel de génomes de référence d’ascendance française.

Christian DINA, Joanna GIEMZA (Nantes), Matilde KARAKACHOFF, Eric CHARPENTIER, Karen ROUAULT, Aude SAINT-PIERRE, Floriane SIMONET, Simon LECOINTE, Pierre LINDENBAUM, Claude FÉREC, Hervé LE MAREC, Stéphanie CHATEL, Jean-Jacques SCHOTT, Emmanuelle GÉNIN, Richard REDON
11:30 - 11:45 #12880 - CO051 L'architecture fonctionelle des variants à faible fréquence dans les traits et maladies complexes.
CO051 L'architecture fonctionelle des variants à faible fréquence dans les traits et maladies complexes.

Large-scale genome-wide association studies (GWAS) have highlighted that heritability explained by common variants is concentrated into non-coding functional annotations that are often cell-type or tissue-specific. However, little is known about non-coding variant effects in low-frequency architectures, or connecting functional enrichments to gene-set discovery strategies. To investigate these issues, we partitioned the heritability of both common and low-frequency (0.5% ≤ MAF < 5%) variants across a broad set of functional annotations in 27 independent diseases and complex traits from UK Biobank (average N=355K; BOLT-LMM, Loh et al. 2017 biorxiv). We accomplished this by extending stratified LD score regression (Finucane et al. 2015 Nat Genet, Gazal et al. 2017 Nat Genet) to low-frequency imputed variants, incorporating estimates of imputation accuracy and a UK10K reference panel (UK10K Consortium 2015 Nature).

We determined that non-synonymous variants explain 18% of low-frequency variant heritability (hlf2), compared to 2% of common variant heritability (hc2) (P = 7.8 x 10-45 for difference), with analogous differences for coding and UTRs variants (27% of hlf2 vs. 9% of hc2; P = 4.4 x 10-17) and regions conserved in primates (46% of hlf2 vs. 21% of hc2; P = 8.5 x 10-18). At the trait level, we also observed that Roadmap tissue-specific annotations (Kundaje et al. 2015 Nature) extremely enriched in hc2 tend to be similarly enriched in hlf2. These results highlight that low-frequency variant architectures are dominated by both non-synonymous and non-coding tissue-specific variants. Next, we performed forward simulations using SLiM2 (Haller and Messer 2017 MBE) to link these results to the action of negative selection, and to predict the distribution of rare (MAF < 0.5%) variant effect sizes.  We showed that the hc2 enrichment of an annotation primarily depends on its proportion of sites under selection, whereas its hlf2 enrichment depends of the strength of selection.

Finally, we defined a strategy to create disease-informative gene set annotations, which restricts genes to their coding and regulatory elements (connected through Hi-C data) and uses conserved elements and transcription factor binding sites to make these elements more precise. We illustrate the benefits of this strategy on ExAC genes depleted for loss-of-function variants (Lek et al. 2016 Nature), for which gene bodies cover 12% of the genome and explain 24% of hlf2, whereas our corresponding disease-informative gene set annotation (which includes nearby regulatory regions) covers only 1.4% of the genome but explains 27% of hlf2.

In conclusion, our work provides a deeper understanding of the functional architecture of human complex traits, and guidelines to integrate non-coding variants in whole genome sequencing studies.

Steven GAZAL (Boston, Etats-Unis), Po-Ru LOH, Armin SCHOECH, Bryce VAN DE GEIJN, Shamil SUNYAEV, Alexander GUSEV, Ben NEALE, Hilary FINUCANE, Alkes PRICE
11:45 - 12:00 #12969 - CO052 Étude de la stratification de la population française à une échelle fine.
CO052 Étude de la stratification de la population française à une échelle fine.

Dans le cadre des études d'association pangénomiques (Genome Wide Association Study, GWAS), les résultats des tests statistiques d'association peuvent être biaisés si la population étudiée n’est pas homogène. On parle du problème de stratification de population. La structure génétique de nombreux pays Européens a été largement étudiée, mais peu d’études se sont intéressées à la population française. En effet, en dehors du travail de Karakachoff et al (2015) qui s'est concentré sur la partie occidentale de la France, aucune étude n'a donné un regard complet sur le paysage génétique français. Nous décrivons ici la structure génétique de la population française à une échelle fine en utilisant des données génétiques d’individus nés en France et provenant de deux cohortes différentes : la cohorte de l’Etude des 3 Cités (3C) et la cohorte SU.VI.MAX. Dans l’étude 3C, 9294 personnes âgées de plus de 65 ans ont été recrutées dans les villes de Bordeaux, Dijon et Montpellier. Un sous-groupe de 4433 individus ont été génotypés sur une puce de SNPs et ont été utilisés comme témoins dans plusieurs études GWAS. La cohorte SU.VI.MAX. a été lancée en 1994 dans le but de recueillir des informations sur la consommation alimentaire et l'état de santé des français. Parmi les volontaires SUVIMAX, nous avons utilisé les données génétiques de 2834 individus. Nous disposons de plus sur les deux cohortes des lieux de naissance des individus (communes pour 3C et départements pour SUVIMAX).

L’approche classique permettant de détecter de la stratification de population est l'analyse en composantes principales. Une autre approche consiste à utiliser une information plus précise provenant des données haplotypiques. Les méthodes implémentées dans la suite CHROMOPAINTER (Hellenthal et al, 2014) et fineSTRUCTURE (Lawson et al, 2012) nous ont permis de classifier les individus en groupes homogènes. Bien que l’information géographique ne soit pas utilisée, ces méthodes appliquées sur les deux cohortes, ont révélé une forte corrélation entre l’origine géographique des individus et les axes de variation. Pour chacun des groupes identifiés, nous avons utilisé CHROMOPAINTER pour estimer un «profil d'ascendance». Ce profil permet d’estimer les contributions d’une population de référence au groupe étudié. Nous avons utilisé le panel des données européennes de 1000G. Nos résultats montrent un gradient nord-sud dans les profils d'ascendance. La contribution de l'Espagne est la plus forte pour les individus originaires du sud de la France alors que la contribution de la Grande-Bretagne est la plus forte pour les individus du nord de la France.

En conclusion, nous montrons qu'il existe un pattern de stratification génétique à l’échelle de la France fortement corrélé avec la géographie, et cela sur deux cohortes indépendantes. La connaissance de ces patterns de stratification permettra de concevoir des études d'association robustes face aux biais potentiels résultant de la stratification.

Aude SAINT PIERRE (BREST CEDEX 3), Joanna GIEMZA, Matilde KARAKACHOFF, Céline BELLENGUEZ, Luc LETENNEUR, Claudine BERR, Carole DUFOUIL, Philippe AMOUYEL, Serge HERCBERG, Pilar GALAN, Richard REDON, Emmanuelle GÉNIN, Christian DINA
12:00 - 12:15 #12992 - CO053 Analyses trans-populations avec des données génétiques densément imputées : découverte de nouveaux locus pour des traits glycémiques.
CO053 Analyses trans-populations avec des données génétiques densément imputées : découverte de nouveaux locus pour des traits glycémiques.

Les études d'association pan-génomiques ont identifié plus de 120 locus associés aux mesures glycémiques, principalement sur des populations européennes. Nous présentons ici la première analyse trans-populations à grande échelle de quatre mesures glycémiques : glycémie à jeun (GJ), insuline à jeun (IJ), hémoglobine glyquée (HbA1c) et glycémie à 2 heures (G2h). Notre but était d’identifier de nouveaux locus associés aux mesures glycémiques, de comparer les signaux entre populations et d’utiliser les différences de déséquilibre de liaison entre populations entre pour affiner les régions génétiques autour des signaux d’association. 

Cet effort a combiné des données génétiques, imputées avec le projet 1000 Genomes, de 281 416 personnes non-diabétiques de cinq populations (71% d'Europe, 13% d'Asie de l'Est, 7% d'Amérique du sud, 6% d'Afro-Américains et 3% d'Asie du Sud). Les analyses d'association par cohorte étaient basées sur un modèle additif ajusté sur l'indice de masse corporelle (IMC) pour GJ, IJ et G2h. Des méta-analyses à effets fixes ont été réalisées par population, puis combinées dans des méta-analyses trans-populations avec MANTRA, autorisant une hétérogénéité entre populations. Les signaux HbA1c ont été classés comme érythrocytaires ou glycémiques. Enfin, GARFIELD et DEPICT ont été utilisés pour effectuer des analyses d'enrichissement fonctionnel, tissulaire et de voies métaboliques.

Nous avons identifié 102 signaux trans-populations associés à GJ (dont 51 nouveaux). Les nouveaux signaux GJ les plus significatifs et non décrits pour le diabète se trouvent dans les gènes NFX1 et ZBTB38. Pour IJ, HbA1c et G2h, nous avons identifié respectivement 62, 130 et 21 signaux trans-populations (43, 61 et 10 nouveaux). Les nouveaux signaux les plus significatifs pour IJ, HbA1c et G2h, et non décrits pour le diabète se situent dans les gènes BCL2, LRRC16A et CLEC14A. BCL2 a été associé au rapport taille-hanche et à l’IMC, LRRC16A a été associé dans le nombre et le volume des plaquettes. Cette approche trans-populationnelle a permis de découvrir de nouveaux variants génétiques moins fréquents, ou à effet plus modeste, ainsi que des signaux spécifiques de population. Les signaux HbA1c ont été principalement classés comme érythrocytaires (~ 70%), ce qui est cohérent avec les résultats des analyses d'enrichissement ayant identifié les systèmes immunitaire et sanguin, ainsi que les voies métaboliques de l'anémie. Les analyses d'enrichissement ont identifié le foie pour tous les traits glycémiques ; le pancréas pour HbA1c et GJ; les tissus adipeux et gras, les glandes surrénales et le cortex pour l’IJ.

Cet effort international à grande échelle a permis d’identifier plus d'une centaine de nouveaux locus associés aux traits glycémiques, posant ainsi de nouvelles hypothèses sur la biologie et l'architecture génétique des traits liés au glucose et à l'insuline.

Gaelle MARENNE (BREST), CONSORTIUM MAGIC
12:15 - 12:30 #13273 - CO054 Etude d’association épigénome-entier (EWAS) avec l’infection VIH.
CO054 Etude d’association épigénome-entier (EWAS) avec l’infection VIH.

Background. For nearly 25 years, extensive genetic and genomic association studies have revealed essential host factors for HIV control and disease progression, which notably led to the development of a new class of antiretroviral inhibitors (CCR5 antagonists). Overall, the identified associations account for ~20% of the phenotypic variance suggesting that other factors are yet to be discovered. Epigenetic mechanisms are critical to control HIV integration into host genome and latency, but epigenetic modifications of host genome after HIV infection have not been fully characterized. Here, we explore whether HIV-1 infection modifies the host epigenome DNA methylation patterns to identify host factors associated to HIV-infection.

Methods. We recruited 19 untreated HIV-infected individuals from the DC Gay cohort with longitudinal follow-up and PBMC samples available from pre-infection, early post-infection (<12 months), post-infection during clinical latency and post-infection at or near the inflection point. Following DNA and RNA extraction from these 80 PBMC samples, DNA was bisulfite-converted and genotyped with the Illumina Infinium HumanMethylation450 arrays, covering over 485,000 methylation sites across the genome. After normalizing the data, we compared the DNA methylation profiles of pre-infection (n=23) vs. post-infection (n=57) samples adjusting for batch effect, age, cell composition, and population stratification.

Results. Our analysis revealed that host genome DNA methylation profile is impacted by HIV-1 infection and highlighted several significantly differentially methylated sites (P<10-7). These differentially methylated sites are located within genes previously known to exhibit an immune-related function or to interact with HIV-1 proteins (PARP9, MX1, HLA and CCR genes in the top 5 hits).

Conclusions. We established a unique collection of samples representing pre-infection and post-infection timepoints, which allows for detection of DNA methylation changes within an individual and between individuals following HIV infection and during the HIV-1 infection course. This epigenome-wide association study conducted in HIV-infected subjects has identified targets of epigenetic modifications by HIV. Our report indicates that the exploration of host epigenetic mechanisms opens a new promising avenue for discovery of critical host factors interacting with the virus that might be leveraged for translation to drug or vaccine development.

Kevin HOANG, George NELSON, Nicolas VINCE, Pierre-Antoine GOURRAUD, Cheryl WINKLER, Sophie LIMOU (Nantes Cedex)

11:00-12:30
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F33
Assemblée Générale de la FAVA

Assemblée Générale de la FAVA

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A34
Assemblée Générale de la FFGH

Assemblée Générale de la FFGH

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B34
ATELIER DEJEUNER - BIOMNIS EUROFINS
Expériences en NGS en laboratoire de biologie médicale

ATELIER DEJEUNER - BIOMNIS EUROFINS
Expériences en NGS en laboratoire de biologie médicale

12:45 - 13:45 Retour d’expérience sur le dépistage prénatal non invasif des trisomies 13, 18 et 21. Laure Raymond (Eurofins Biomnis).
12:45 - 13:45 Indicateurs qualité dans l’exome clinique. Jean-François Taly (Eurofins Biomnis).
12:45 - 13:45 Cas cliniques autour de l’exome. Exemple de collaboration multicentrique. Julien THEVENON (Grenoble)
12:45 - 13:45 Le séquençage d’exome comme approche diagnostique des maladies héréditaires au Maroc. Abdelaziz SEFIANI

12:45-13:45
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C34
ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
NGS, approches innovantes en oncologie et maladies complexes

ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
NGS, approches innovantes en oncologie et maladies complexes

12:45 - 13:45 Illumina, les nouveautés 2018, Eric Baud (Illumina France).
12:45 - 13:45 Séquençage d’exomes et génomes dans les maladies complexes: Exemple de la maladie d’Alzheimer. Gael NICOLAS (MCUPH) (ROUEN)
12:45 - 13:45 Biopsies liquide et NGS, implémentation en oncologie, Jean Yves Pierga (Paris).

12:45-13:45
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D34
ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Solutions expertes pour l’interprétation des données NGS à usage clinique

ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Solutions expertes pour l’interprétation des données NGS à usage clinique

12:45 - 13:45 L'exome à 100% de couverture va t-il différer le génome ? Emmanuel Martin (Integragen).
12:45 - 13:45 Sirius - Changez d’échelle pour l’analyse de vos données d’exome. Céline Capéra (IntegraGen).
12:45 - 13:45 Analyse d’exome au CHU d’Angers : Sirius en pratique. Estelle COLIN (Médecin) (ANGERS)
12:45 - 13:45 Une nouvelle ère pour l'analyse de vos données d'exome et transcriptome en oncologie clinique. Emmanuel Martin (IntegraGen).

12:45-13:45
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E34
ATELIER DEJEUNER - PTC THERAPEUTICS
Les outils d'évaluation dans le traitement de la DMD

ATELIER DEJEUNER - PTC THERAPEUTICS
Les outils d'évaluation dans le traitement de la DMD

12:45 - 13:45 Tests fonctionnels. Isabelle DESGUERRE (PARIS)
12:45 - 13:45 IRM Musculaire. Robert CARLIER (GARCHES)
12:45 - 13:45 Qualité de vie. Yann PEREON (Nantes Cedex 1)

12:45-13:45
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F34
ATELIER DEJEUNER - AGILENT TECHNOLOGIES
Analyse NGS en oncogénétique 

ATELIER DEJEUNER - AGILENT TECHNOLOGIES
Analyse NGS en oncogénétique 

12:45 - 13:45 Diagnostic des prédispositions au cancer du sein et de l’ovaire : stratification des analyses et bioinformatique. Florence COULET (MCU-PH) (PARIS)

14:00
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A35
Communications orales sélectionnées 2

Communications orales sélectionnées 2

Modérateurs : Thierry FREBOURG (ROUEN), Claude HOUDAYER (PARIS)
14:00 - 14:15 #12698 - CO055 Une approche familiale pour identifier de nouveaux gènes modificateurs dans les démences lobaires frontotemporales.
CO055 Une approche familiale pour identifier de nouveaux gènes modificateurs dans les démences lobaires frontotemporales.

Les démences lobaires frontotemporales (DLFT), bien que considérées comme des maladies rares, représentent la seconde cause de démences dégénératives précoces après la maladie d’Alzheimer. Les DLFT sont caractérisées par des troubles du comportement ou une atteinte du langage. Une sclérose latérale amyotrophique liée à une atteinte des motoneurones est associée chez près de 15% des cas (DLFT-SLA).

Les formes familiales représentent près de 40% des DLFT. Les mutations de C9ORF72, GRN et MAPT expliquent la majorité de ces formes. En revanche il y a très peu de connaissances pour expliquer la variabilité de l’âge de début des symptômes. Ces derniers peuvent apparaitre durant la trentaine pour les formes les plus précoces jusqu’à des cas de pénétrances incomplètes chez des sujets âgés, en particulier dans les formes avec mutations C9ORF72 et GRN. Le but de ce travail est de caractériser les variations génétiques pouvant influencer l'âge de début des symptômes.

Notre étude est basée sur les données cliniques, généalogiques et génétiques d’une cohorte de 504 patients issus de 223 familles C9ORF72 (n=133) et GRN (n=90). L’objectif était de : 1) évaluer l’héritabilité de l’âge de début des symptômes; 2) analyser les profils de corrélations phénotypiques intrafamiliales; 3) identifier les loci responsables dans ces deux formes génétiques.

L’analyse des familles DLFT C9ORF72 nous a permis d’estimer à 42% (P = 1.10e-4) et 62% (P = 8.10e-5) l’héritabilité de l’âge de début des symptômes selon le mode début de la maladie considéré (DLFT et/ou SLA ou DLFT pure). L’analyse approfondie des profils particuliers de corrélations phénotypiques intrafamiliales a également permis de suggérer un lien entre de possibles modificateurs et le chromosome X. L’étude des familles DLFT GRN a révélé une estimation d’héritabilité moindre ainsi que de plus faibles niveaux de corrélations phénotypiques intrafamiliales.

Les analyses familiales de liaison et d’association entre paires d’apparentés avec des phénotypes concordants et discordants et mutés pour C9ORF72 ou GRN ont, entre autre, mis en évidence deux nouveaux loci candidats avec des scores suggestifs de liaison et d’association. Un des deux loci se situe sur le chromosome X incluant cinq gènes d’intérêt majeur. Des investigations supplémentaires sont en cours pour augmenter la taille de notre cohorte et mettre en évidence les variations impliquées.

L’ensemble de ce travail illustre l’intérêt d’utiliser des approches familiales dans une maladie rare pour mettre en évidence de nouveaux modificateurs génétiques. Malgré une cohorte de taille restreinte, cette méthodologie couplée à des données phénotypiques précises nous a permis d'émettre des hypothèses quant à la présence et la localisation d’éventuels modificateurs génétiques et de mettre en évidence des nouveaux loci qui n’auraient pas été obligatoirement détectés par des approches méthodologiques différentes de type cas-contrôles.

Mathieu BARBIER (Paris), Agnès CAMUZAT, Marion HOUOT, Fabienne CLOT, Paola CAROPPO, Clémence FOURNIER, Daisy RINALDI, Florence PASQUIER, Didier HANNEQUIN, Jérémie PARIENTE, Kathy LARCHER, Alexis BRICE, Emmanuelle GÉNIN, Audrey SABBAGH, Isabelle LE BER
14:15 - 14:30 #12945 - CO056 Le réseau AChroPuce : 10 ans après, quelles perspectives ?
CO056 Le réseau AChroPuce : 10 ans après, quelles perspectives ?

Soutenue par la Direction de l’Hospitalisation et de l’Organisation des Soins (DHOS), la technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) a été implantée dans les laboratoires de diagnostic dès 2007. Douze centres coordonnateurs, en relation avec 44 CHU ont été retenus permettant de couvrir l’ensemble du territoire national. Le réseau AChroPuce a été constitué en 2008 aux Assises de génétique à Lille avec pour objectifs principaux d’harmoniser les pratiques, rédiger un guide de bonnes pratiques, mettre en place un EEQ et favoriser les études collaboratives. En 10 ans, ces objectifs ont été atteints et même dépassés avec en plus le transfert en diagnostic de l’ACPA en période prénatale, un travail sur l’accréditation de l’ACPA, le partage de sondes pour les vérifications FISH, une réflexion éthique sur les données secondaires, une négociation des tarifs commerciaux au niveau national, l’organisation d’une base de données nationale de variations du nombre de copies (CNV) et plus de 100 publications scientifiques en collaboration.

Le nombre d’ACPA réalisé par an est passé de 500 à environ 21 000 en 10 ans. Dix ans plus tard et avec l’arrivée de la technique de Whole Genome Sequencing (WGS), dont le transfert en diagnostic pour les maladies rares et le cancer est prévu dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025 et qui se concrétisera par la mise en place d’ici fin 2018 des deux plateformes pilotes de séquençage à très haut débit, se pose la question des perspectives de ce réseau. En effet, les algorithmes d’analyse de variations du nombre de copies vont s’améliorer ainsi que ceux pour la détection de variations structurales équilibrées. De ce fait, dans 5 ans la technique de WGS sera capable de détecter des CNV de façon aussi fiable que l’ACPA. Néanmoins, les compétences pour analyser les CNV perdureront et devront même être renforcées puisque des CNV de plus petite taille pourront également être détectées. A l’avenir, la séparation entre génétique moléculaire et cytogénétique sera amenée à disparaître d’un point de vue technologique. Deux grandes options sont alors envisageables : soit former des spécialistes des variants structuraux équilibrés et déséquilibrés (SV) et des spécialistes des variants nucléotidiques (SNV) qui travailleront en synergie, soit former des spécialistes d’une thématique (déficience intellectuelle, infertilité...) qui analyseront aussi bien les CNV que les SNV. De toute manière, il sera indispensable de poursuivre la formation à la physiopathologie chromosomique, nécessaire au conseil génétique des réarrangements génomiques. Seront discutées les perspectives du réseau et les objectifs à atteindre eu égard i) à la question fondamentale de l’organisation future des laboratoires de génomique et ii) à la mise en place du réseau NGS-Diag, avec en perspective le Plan National Maladies Rares 3 et des liens avec le plan France Médecine Génomique 2025.

Serge Pierrick ROMANA (Paris), Benoit ARVEILER, Elise BOUDRY-LABISMA , Joris ANDRIEUX, Marc-Antoine BELAUD ROTUREAU , Brigitte BENZACKEN, Frédéric BILAN, Sophie BRISSET, Cédric LE CAIGNEC, Laurence CAINE, Patrick CALLIER, Sandra CHANTOT, Nicolas CHATRON, Véronique DAVID, Martine DOCO-FENZY, Severine DRUNAT, Jean Michel DUPONT, Delphine FAUVERT, Manon GIRARD, Agnès GUICHET, Guignard THOMAS, Houda KARMOUS-BENAILLY , Boris KEREN, Valérie MALAN, Jean MULLER, Chantal MISSIRIAN, Anne MONCLA, Philippe JONVEAUX, Jacques PUECHBERTY , Caroline ROORYCK-THAMBO , Véronique SATRE, Jean-Pierre SIFFROI, Anne-Claude TABET, François VIALARD, Lucie TOSCA, Gérard TACHDJIAN, Philippe VAGO, Damien SANLAVILLE
14:30 - 14:45 #12999 - CO057 Les approches de génomique intégrative identifient un réseau de gènes pour le développement de médicaments anti-épileptiques.
CO057 Les approches de génomique intégrative identifient un réseau de gènes pour le développement de médicaments anti-épileptiques.

L’épilepsie est une maladie neurologique grave qui se caractérise par une récurrence non provoquée de crises convulsives. La biologie des systèmes et les analyses de réseaux de gènes constituent des approches puissantes pour étudier les voies moléculaires impliquées dans l’épilepsie. Elles ont aussi déjà permis de pointer de nouvelles cibles thérapeutiques.

Des données en accès libre issues de plusieurs types d’études ont été ré-analysées en utilisant des approches de génomique intégrative basées sur l’analyse des réseaux de gènes et de protéines. La nouvelle exploitation de ces données a permis l’identification du réseau M30. Le réseau M30 se compose de 320 gènes largement exprimés dans le cerveau humain sous un contrôle étroit pendant le développement. Ces gènes codent principalement pour des protéines qui interagissent entre elles et qui sont impliquées dans des processus synaptiques. L’altération fonctionnelle de M30 par des variations génétiques rares ou communes, et la diminution de son expression semblent constituer un mécanisme convergent influençant la susceptibilité à l’épilepsie et aux crises d’épilepsie en général.

En tirant profit des changements d’expression induits par des médicaments rapportés dans la base de données “Connectivity map” (CMap) pour 1,300 composés thérapeutiques, nous avons pu sélectionner les médicaments dont l’effet sur l’expression de M30 est d’inverser la diminution d’expression observée dans les cerveaux épileptiques. Les meilleurs résultats ont été obtenus pour l’acide valproïque (anti-épileptique plus connu sous le nom commercial de Depakine), apportant une nouvelle preuve de concept au paradigme de réversion de la signature transcriptionnelle comme stratégie thérapeutique. Le dépistage systématique de médicaments en fonction de leur effet mesuré sur l'expression des gènes a également prédit que la withaferine A (WFA) inverse les changements d'expression de M30 associés à l'épilepsie.

Au total, nos résultats suggèrent qu’en ciblant le réseau M30 on pourrait identifier de nouvelles molécules anti-épileptiques et développer de nouvelles stratégies thérapeutiques contre l’épilepsie (Genome Biology 2016, doi: https://doi.org/10.1186/s13059-016-1097-7).

Andrée DELAHAYE-DURIEZ (PARIS), Prashant SRIVASTAVA, Kirill SHKURA, Sarah LANGLEY, Liisi LAANISTE, Aida MORENO-MORAL, Benedicte DANIS, Manuela MAZZUFERI, Patrik FOERCH, Elena GAZINA, Kay RICHARDS, Steven PETROU, Rafal KAMINSKI, Enrico PETRETTO, Michael JOHNSON
14:45 - 15:00 #13183 - CO058 Recommandation française du Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse en panel de gènes dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein ou de l’ovaire – Quels gènes analyser ? Pour quelle utilité clinique?
CO058 Recommandation française du Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse en panel de gènes dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein ou de l’ovaire – Quels gènes analyser ? Pour quelle utilité clinique?

Contexte

Les mutations des gènes BRCA1/2 et PALB2, recherchées en routine dans les contextes évocateurs de prédisposition aux cancers du sein ou de l‘ovaire, expliquent moins de 10% des histoires familiales. Or ces dernières années l’apport des technologies de séquençage haut débit a permis de rendre possible l’analyse simultanée d’un grand nombre de gènes (analyse en panel de gènes) pour lesquels un lien avec une augmentation des risques de ces cancers a été rapporté.

En France, en l’absence de référentiel, les pratiques diffèrent aussi bien pour la sélection des nouveaux gènes analysés en panel que pour la prise en charge des personnes chez qui une mutation germinale a été identifiée.

Ainsi le Groupe Génétique et Cancer GGC (UNICANCER) a constaté que l’utilité clinique de la recherche de mutation de ces nouveaux gènes était à préciser. Ceci a incité les acteurs du GGC à conduire un travail visant à définir le panel de gènes à analyser dans la prédisposition au cancer du sein ou de l’ovaire, et à établir des recommandations spécifiques à chaque gène expertisé pour la prise en charge clinique des familles.

Méthodologie

Une analyse critique de la littérature par un groupe de travail composé de membres du GGC a permis de retenir les données permettant des estimations de risque sans biais. Les gènes ont été reconnus d’utilité clinique lorsque le sur-risque de cancer du sein (ou de l’ovaire) était au moins 4 fois supérieur au risque en population générale (différentiel de risque permettant de proposer dans une famille des tests génétiques pré symptomatiques : Easton et al, N Engl J Med 2015 Gene-panel sequencing and the prediction of breast-cancer risk).

Résultats

En pratique, parmi les 18 gènes d’intérêt (en plus de BRCA1 et BRCA2) expertisés, le GGC retient un panel de 13 gènes d’utilité clinique confirmée qu’il recommande d’analyser devant tout contexte évocateur d’une prédisposition aux cancers du sein ou de l’ovaire : BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, CDH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM. Il dresse également l’argumentaire ayant conduit à ne pas retenir les 7 autres gènes (CHEK2, ATM, BARD1, BRIP1, NBN, RAD51B, STK11). De plus, grâce à ce travail, le groupe présente pour chaque gène expertisé les préconisations de dépistage, de prévention et de conseil génétique dans les familles, que les données scientifiques actuelles et les référentiels autorisent.

Perspectives

Les laboratoires d’oncogénétique s'organisent pour appliquer ce nouveau panel avec les critères de qualité et les réseaux d'expertises associés. De plus un protocole de recherche (TUMOSPEC), promu par UNICANCER, est actuellement mis en place pour estimer plus précisément les risques de cancer en relation avec un ensemble de gènes notamment ceux non retenus dans le panel actuel. Compte tenu de la rapidité d'évolution des connaissances, une mise à jour annuelle des données est prévue par le groupe de travail, avec une attention particulière pour les gènes ATM, CHEK2 et STK11.

Jessica MORETTA SERRA (MARSEILLE), Christine LASSET, Pascaline BERTHET, Valérie BONADONA, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Chrystelle COLAS, Carole CORSINI, Veronica CUSIN, Antoine DE PAUW, Capucine DELNATTE, Sophie DUSSART, Michel LONGY, Elisabeth LUPORSI, Christine MAUGARD, Tan Dat NGUYEN, Pascal PUJOL, Dominique VAUR, Nadine ANDRIEU, Catherine NOGUES
15:00 - 15:15 #13301 - CO059 De l’urine de patients à une stratégie de modélisation des dyslipidémies génétiques en 3D par le biais de cellules hiPS différenciées en hépatocytes.
CO059 De l’urine de patients à une stratégie de modélisation des dyslipidémies génétiques en 3D par le biais de cellules hiPS différenciées en hépatocytes.

La proprotéine convertase subtilisin kexin de stype 9 (PCSK9) est un régulateur majeur de l’homéostasie du cholestérol, en contrôlant l’expression du récepteur aux LDL (LDLR) au niveau du foie. Alors que les mutations gain de fonction (GOF) de PCSK9 sont associées à l’hypercholestérolémie autosomale dominante (ADH) et à une athérosclérose précoce, les mutations perte de fonction (LOF) ont un effet cardioprotecteur et peuvent conduire dans certain cas au développement d’une hypobétalipoprotéinémie familiale (FHBL). Bien que des traitements contre l’ADH ciblant PCSK9 sont disponibles, les modèles cellulaires actuels permettant de mieux comprendre les fonctions de PCSK9 sont limités.

Notre objectif a été de valider le modèle de cellules souches pluripotentes induites humaines (hiPS) générées à partir de cellules urinaires pour la modélisation de l’ADH et de la FHBL liées aux mutations de PCSK9.

Pour atteindre notre objectif, nous avons utilisé des échantillons d’urines de patients porteurs de différentes mutations de PCSK9, ou de sujets sains, comme source de cellules somatiques pour obtenir des cellules hiPS après reprogrammation via des vecteurs épisomaux. Les cellules hiPS ont ensuite été différenciées en hépatocytes afin d’en étudier le phénotype.

Comparés aux cellules contrôles, les hépatocytes portant la mutation GOF S127R secrètent moins de PCSK9 et montrent une diminution de 71% de l’internalisation des LDL, alors que les hépatocytes portant la double mutation hétérozygote LOF R104C/V114A présentent une forte décroissance de la sécrétion de PCSK9 et une augmentation de 106% de l’internalisation des LDL. Un traitement par statine (pravastatine) stimule l’expression génique du LDLR et de PCSK9, ainsi que la sécrétion de PCSK9 et l’internalisation des LDL à la fois dans les cellules contrôles et les cellules de patients hypercholestérolémiques portant la mutation GOF S127R. De plus, l’augmentation de l’internalisation du LDL de 2,19 ± 0,77 par les hépatocytes S127R traités par la pravastatine (versus 1,38 ± 0,49 pour les hépatocytes contrôles) reflète la bonne réponse clinique aux statines (-60,4% ; n=5) des patients portant cette même mutation.

En conclusion, les échantillons d’urines sont une source remarquable de cellules somatiques pouvant être reprogrammées en cellules hiPS et différenciées en hépatocytes pour l’étude de maladies métaboliques. Ce modèle va nous permettre de mieux comprendre les fonctions de PCSK9 dans la régulation du métabolisme les lipoprotéines telles que l’apolipoprotéine B ou l’énigmatique Lp(a). Enfin, nous entreprenons une différentiation des cellules hiPS en 3 dimensions dans un format 96 puits pour optimiser la fonctionnalité des hépatocytes et adapter leur utilisation en analyse en haut débit (high content screening) et plus largement en pharmacogénomique en collaboration avec l’entreprise HCS Pharma.

Karim SI-TAYEB (Nantes), Méryl ROUDAUT, Amandine CAILLAUD, Aurélie THÉDREZ, Wienecke DIJK, Aurore GIRARDEAU, Matthieu PICHELIN, Lucie ARNAUD, Cédric LE MAY, Nathalie MAUBON, Bertrand CARIOU
15:15 - 15:30 #13376 - CO060 Thérapie cellulaire de l’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive par injection intradermique de cellules stromales mésenchymateuses dans un modèle de xénogreffe murin.
CO060 Thérapie cellulaire de l’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive par injection intradermique de cellules stromales mésenchymateuses dans un modèle de xénogreffe murin.

L’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive (EBDR) est l’une des maladies génétiques cutanées les plus graves de l’enfant et de l’adulte jeune. L’EBDR est due à des mutations du gène COL7A1 entraînant une perte de fonction du collagène VII (C7). C7 est secrété localement par les kératinocytes épidermiques et les fibroblastes dermiques. Il est le composant principal des fibrilles d’ancrage, structures essentielles pour l'adhésion de l’épiderme au derme sous-jacent. Les sujets atteints d’EBDR présentent des bulles et des décollements cutanéo-muqueux secondaires à des traumatismes minimes, responsables de plaies chroniques et de nombreuses complications locales (pseudosyndactylies, contraction et fibrose cutanée, sténose oesophagienne) et systémiques (inflammation, dénutrition, anémie). La survenue de carcinomes épidermoïdes cutanés agressifs sur les plaies chroniques reste la première cause de décès de ces jeunes patients. Il n’existe pas à ce jour de traitement spécifique.

Les injections locales et systémiques de cellules stromales mésenchymateuses (CSM) allogéniques dérivées de la moelle osseuse ont montré leur potentiel pour réduire l'inflammation cutanée et améliorer la cicatrisation des plaies chez les patients EBDR. Ces améliorations cliniques sont cependant transitoires. Les mécanismes d'action des CSM dans l’EBDR et leur durée de vie après injection sont mal connus. Les CSM pourraient agir via leurs propriétés anti-inflammatoires, l'expression de C7 endogène par un effet paracrine et/ou l'expression de C7 par les CSM injectées. Dans cette étude, nous avons étudié l'expression de C7 par les CSM injectées par voie intradermique dans un modèle murin de xénogreffe EBDR. Ce modèle consiste en la greffe d’une peau reconstruite à partir de cellules de patients EBDR homozygotes pour une mutation nulle de COL7A1 sur des souris immunotolérantes. La persistance des cellules injectées et la durée d’expression de C7 ont été analysées.

Les CSM utilisées pour l’injection locale expriment in vitro une quantité d’ARNm de COL7A1 et de C7 comparable aux fibroblastes dermiques sains. L'injection intradermique d'une dose unique de CSM dans la peau EBDR reconstruite a permis de restaurer une expression de C7 humain normal produit par les cellules injectées. Le dépôt de C7 à la jonction dermo-épidermique est comparable au contrôle et persiste jusqu'à 6 mois après l'injection. La présence des CSM dans la peau reconstruite a été analysée par FISH et montre une persistance de celles-ci jusqu'à 4 mois après l'injection. Ces données montrent que les CSM injectées par voie intradermique ont le potentiel de restaurer l’expression de C7 normal in vivo de façon prolongée et d'améliorer l'adhésion dermo-épidermique de la peau EBDR.

Clarisse GANIER (Paris), Matthias TITEUX, Sonia GAUCHER, Marc LE LORCH, Juliette PELTZER, Jean-Jacques LATAILLADE, Alain HOVNANIAN

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E35
CONSEIL D'ADMINISTRATION DE L' ANPGM

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A36
Session Communications Flash 1
Bases génétiques, bioinfo, DPNI

Session Communications Flash 1
Bases génétiques, bioinfo, DPNI

Modérateurs : Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg), Richard REDON (NANTES)
15:30 - 16:30 #13314 - CO061 Performances du Dépistage Prénatal Non Invasif de la Trisomie 21 en cas de grossesse gémellaire.
CO061 Performances du Dépistage Prénatal Non Invasif de la Trisomie 21 en cas de grossesse gémellaire.

Le nombre de grossesses gémellaires n’a cessé d’augmenter en France depuis plus de 25 ans pour atteindre 1,74% des naissances en 2014 (INED). Les algorithmes utilisés dans le calcul du risque de trisomie 21 dans le cadre du dépistage anténatal ne sont pas validés en cas de grossesse multiple. Face à l’absence d’un test de dépistage de la trisomie 21 fiable dans cette situation, l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française préconise la réalisation d’un test de dépistage prénatal non invasif de la trisomie 21.

Les laboratoires Biomnis et du CHU de Lyon réalisent ce test dans cette indication respectivement depuis décembre 2014 et avril 2016. Tous deux utilisent une approche de séquençage génome entier à faible profondeur. Le laboratoire Biomnis utilise une technologie Illumina (Verinata puis VeriSeq) alors que le CHU de Lyon utilise un séquenceur semiconducteur Proton (Life Technologies) et analyse des données avec le logiciel WISECONDOR (protocole Consortium H+). Le CHU de Lyon ne réalise pas d’estimation de la fraction fœtale.

Sur un total de 20107 tests réalisés, 1697 l’ont été pour des grossesses gémellaires (8.4%). L’âge moyen au prélèvement était de 34,1 ans contre 35,7 ans pour les grossesses simples. Le terme moyen de grossesse était de 15,9 semaines d’aménorrhée (SA) contre 16,8 SA en cas de grossesse simple. Sur 1695 résultats rendus, 13 étaient en faveur d’une trisomie 21 (0.77%), 1682 étaient négatifs pour la trisomie 21. Lors de la confirmation par caryotype sur ponction de liquide amniotique, 9 patientes étaient effectivement porteuses d’un fœtus trisomique 21 (grossesses bichoriales biamniotiques) dont un cas de trisomie 21 libre en mosaïque à 12%. Deux patientes ayant reçu un résultat positif sont perdue de vue ou en cours d’étude. L’un des deux cas de résultat faussement positif est une grossesse gémellaire pour laquelle l’un des fœtus est décédé pendant la réalisation du test sans qu’une étude cytogénétique n’ait pu être menée. Par ailleurs, nous avons identifié 2 résultats faux négatifs (naissance d’un enfant trisomique 21) dont un pour lequel le résultat avait été rendu douteux sur un premier prélèvement. En ne considérant que les prélèvements pour lesquels l’issue de grossesse est connue ce jour (n=862) on peut établir sur notre série des valeurs prédictives positive et négative du test de 81.8% et 99.7 % respectivement. Il est à noter que 9 tests ont été réalisés pour des grossesses triples. Les résultats étaient tous négatifs.

Si l’ensemble des issues de grossesse n’est pas encore connu, nos résultats montrent les bonnes performances du test de dépistage prénatal non invasif de la trisomie 21 en cas de grossesses gémellaires. Ces performances sont en accord avec les rares données de la littérature et doivent faire l’objet d’une collaboration de plus grande ampleur.

Jessica MICHEL (Lyon), Nicolas CHATRON, Pascal MOUTY, Mohamed TAOUDI, Sylvie VONO, Marie LUINO, Eudeline ALIX, Audrey LABALME, Carine ABEL, Jocelyne ATTIA, Cyril HUISSOUD, Jérôme MASSARDIER, Mona MASSOUD, Grégory EGEA, Marianne TILL, Marc NOUCHY, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Laure RAYMOND, Damien SANLAVILLE, Marc NOUCHY
15:30 - 16:30 #12752 - CO062 BANCCO : Banque Nationale des CNVs Constitutionnels.
CO062 BANCCO : Banque Nationale des CNVs Constitutionnels.

Les techniques de cytogénétique moléculaire, comme l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) permettent la détection de grands réarrangements, pertes ou gains de matériel génétique de plus de 1kb, nommés CNV (Copy Number Variation).

Ces CNVs sont souvent identifiés et associés à des maladies génétiques comme les déficiences intellectuelles. Plus de 100 000 analyses ACPA ont été réalisées à ce jour dans les laboratoires de diagnostic du réseau AchroPuce, et cette activité est évaluée à environ 20 000 analyses par an en France. Les technologies de séquençage à haut débit (NGS) permettent également de détecter les CNVs. L’un des enjeux majeurs de ces analyses (ACPA et NGS) est l’interprétation permettant de classer un CNV en pathogène ou bénin. Malheureusement de nombreux CNVs sont encore classés comme "VOUS" (Variant Of Unknown Significance) rendant le conseil génétique difficile. Connaître leur fréquence, dépendante de l’origine ethnique des patients, permettrait d’aider à leur interprétation. Afin de colliger les données de CNVs au niveau national et permettre le partage des informations facilitant leur interprétation, nous avons développé BANCCO (https://bancco.fr).

BANCCO est un système sécurisé permettant le stockage des données génomiques et phénotypiques grâce à une base de données PostgreSQL. BANCCO propose une interface web sécurisée conviviale développée en HMTL5, PHP et JavaScript et a obtenu l’accord CNIL (2071658v1).

Les utilisateurs ont accès à différents modules de saisie des données phénotypiques, d’import des CNVs (avec système de conversion automatique des coordonnées génomiques entre les 3 dernières versions du génome), de recherche de patients ou de CNVs selon différents critères et un Genome Browser permettant une visualisation simplifiée de l’ensemble des informations de BANCCO.

La description phénotypique des patients se fait à l’aide de l’ontologie HPO (Human Phenotype Ontology) recommandée par l’IRDiRC. Une fiche CNV présente le nombre d’observations, le mode de transmission, la liste des gènes, l’ensemble des CNVs issus de base de données publiques (dbVar, DGV et Clingen), les patients porteurs du même CNV avec un lien vers le centre de référence associé afin de faciliter les échanges et les collaborations, et l’ensemble des CNVs de BANCCO chevauchant ce CNV avec le pourcentage de couverture commune.

Dans le but de faciliter l’interprétation de ces mutations, BANCCO est lié à la base RDVD (Rare Disease Variant Database – https://rdvd.fr) contenant des SNVs (Single Nucleotide Variation) couplés également à des données phénotypiques.

Plusieurs formats d’import ont été implémentés afin de centraliser les données précédemment collectées par l’ensemble des centres. A ce jour BANCCO rassemble 34 157 CNVs identifiés chez 18 849 patients issus de 12 centres du réseau AChroPuce. Le phénotype est décrit à l’aide de 2 267 termes HPO permettant ainsi de faciliter l’interprétation des CNVs et le Match Making.

Jean-Pierre DESVIGNES (Marseille), David SALGADO, Frédéric BILAN, Quentin RICHE-PIOTAIX, Damien SANLAVILLE, Christophe BÉROUD
15:30 - 16:30 #12803 - CO063 CanDiD : solution de stockage et interface de filtration, de hiérarchisation et d’interprétation des variants génétiques identifiés par séquençage haut débit pour le diagnostic moléculaire en génétique constitutionnelle et somatique.
CO063 CanDiD : solution de stockage et interface de filtration, de hiérarchisation et d’interprétation des variants génétiques identifiés par séquençage haut débit pour le diagnostic moléculaire en génétique constitutionnelle et somatique.

Depuis l’implémentation  des séquenceurs haut débit (NGS) dans les laboratoires diagnostiques de génétique moléculaire et dans le contexte du plan National Médecine Génomique 2025, une des priorités est la maîtrise, standardisation et automatisation des pipelines bioinformatiques. L’INCa a initié le projet national « Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie». Dans ce cadre, notre équipe a développé des pipelines validés et automatiques ainsi qu’un outil interfacé de stockage et de manipulation de variants annotés. Cet outil répond à l’absence de solution gratuite suffisamment robuste et qualifiée pour le diagnostic. Actuellement, CanDiD est utilisé par les équipes partenaires et a permis de réaliser le diagnostic chez plus de 11000 patients en oncogénétique, en neurogénétique et en génétique des maladies métaboliques. CanDiD est en validation pour des applications en génétique somatique des cancers et en transfert vers d’autres centres de génétique.

CanDiD peut intégrer dans sa base de données (BDD) l’ensemble des variations et annotations issues des pipelines de NGS. Son système évolutif de type « clef-valeur » permet l’insertion dans la BDD de tout type de donnéesquel que soit le logiciel de « variant-calling » ou d’annotation utilisé. Après configuration de l’«application programming interface » (API) selon les besoins de chaque plateforme et type de diagnostic, les données sont mises à disposition, de manière sécurisée et standardisée, dans une interface graphique «utilisateur». Cette interface, en lien avec l’API, permet à l’utilisateur d’analyser les patients par série de validation personnalisable avec ses propres critères de filtration des variants. Il est possible (i) d’écrire des scenarii de validation linéaire afin de standardiser les analyses, optionnellement avec la création de sous jeux de données (augmentation des performances d’accès) et (ii) d’explorer à façon l’ensemble du jeu de données en accès complet avec la BDD via un moteur de requête graphique. CanDiD permet le calcul de la fréquence des variants et d’enregistrer des annotations privées de variants directement dans l’interface. L’utilisateur peut créer et organiser les annotations privées, notamment la classification en cinq classes selon les recommandations de l’ACMG, afin de conserver la mémoire de ces annotations et de garantir l’homogénéité d’interprétation des variants au fil du temps. Enfin, la gestion des droits permet, une fois le travail du généticien moléculaire terminé, de verrouiller en modification la série et d’exporter les données sous forme de rapport. Des liens contextuels vers les logiciels de navigation sur le génome sont paramétrés et les interfaces vers un système de gestion de laboratoire possibles. Les sources informatiques sont rendues librement disponibles sur un dépôt public localisé en France. https://gitlab.normandy-genomic-medicine.fr/

Raphaël LANOS (ROUEN CEDEX), Germain PAIMPARAY, Baptiste BRAULT, Sophie COUTANT, Antoine ROUSSELIN, Pascale SAUGIER-VEBER, Gaël NICOLAS, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Sophie KRIEGER, Agathe RICOU, André BLAVIER, Thierry LECROQ, Thierry FRÉBOURG, Dominique VAUR, Laurent CASTÉRA
15:30 - 16:30 #13402 - CO064 Identification à partir de 33 patients d’un nouveau syndrome lié à des variants de novo du gène CHD3.
CO064 Identification à partir de 33 patients d’un nouveau syndrome lié à des variants de novo du gène CHD3.

La famille des protéines de liaison au chromodomaine hélicase de l’ADN (CHD) est essentielle  au remodelage de la chromatine et utilise l’énergie issue de l’hydrolyse de l’ATP pour réguler la structure de la chromatine, modulant ainsi l’expression des gènes. Plusieurs gènes codant pour des protéines de cette famille ont été impliqués en pathologie humaine (CHD2, CHD7, CHD8) mais jamais CHD3  jusqu’à présent. Nous rapportons ici une série internationale de 33 patients, constituée grâce à GeneMatcher, porteurs de variants de novo dans CHD3, identifiés par NGS. Tous  les patients ont un retard de développement avec une hypotonie fréquente, une déficience intellectuelle légère à sévère et une atteinte marquée du langage. Les troubles du comportement sont fréquents. La plupart sont macrocéphales  avec une dysmorphie reconnaissable avec un front haut et large, un hypertélorisme, un épicanthus, un œdème sus orbitaire, des fentes palpébrales étroites et un menton pointu.  La plupart des variants sont des faux-sens et se situent dans le domaine ATPase/helicase ou à proximité. L’étude de l’impact fonctionnel de plusieurs de ces variants à l’aide de modèles cellulaires montre pour certains un impact sur l’activité ATPase. En conclusion, les variants du gène CHD3 sont responsables d’un nouveau syndrome neuro-développemental reconnaissable.

Alexandra AFENJAR (PARIS), Lot SNIJDERS BLOK, Boris KEREN, Caroline NAVA, Julien BURATTI, Claude ESTRADE, Corinne MACH, Aurélie LAFITTE, Mirna ASSOUM, Ana COHEN, Sophie EHRESMANN, Laurence FAIVRE, Elise FIALA, William GIBSON, Arnaud ISAPOF, Tjitske KLEEFSTRA, Ruth NEWBURY-ECOB, Robert M. PETROVICH, Jennifer PROPST, Julia RANKIN, André REIS, John D. ROBERTS, Diana RODRIGUEZ, Justine ROUSSEAU, Lawrence SHRIBERG, Motoki TAKAKU, Julien THEVENON, Paul A. WADE, Hannah WARREN, Marcia WILLING, Saskia B. WORTMANN, Philippe M. CAMPEAU
15:30 - 16:30 #12593 - CO065 Les mutations tronquantes de novo du gène HNRNPR sont responsables d’un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle, microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.
CO065 Les mutations tronquantes de novo du gène HNRNPR sont responsables d’un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle, microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.

La déficience intellectuelle (DI) touche 1 enfant sur 250, de causes génétiques, acquises et/ou environnementales. Alors que les formes sévères sont le plus souvent d’origine monogénique, les formes moyennes et modérées sont souvent liées à une conjonction de facteurs génétiques et environnementaux. Les causes génétiques en sont multiples avec un vaste ensemble de maladies rares ou exceptionnelles. Plus de 500 gènes OMIM sont associés à des DI isolées et près de 2000 gènes à des DI syndromiques. Au cours de ces dernières années, les nouvelles technologies de séquençage haut-débit pan-génomique ont largement prouvé leur efficacité à identifier les bases moléculaires des pathologies rares avec une grande hétérogénéité clinique et génétique. Cependant, de nombreux résultats demeurent non-concluants car les corrélations génotype-phénotype sont limitées par la rareté de la récurrence de la maladie. La mise en place d’un réseau de partage des données internationales a permis d’augmenter les chances d’identifier d’autres patients avec un phénotype similaire et de mettre en évidence de nouveaux syndromes.

Dans cette étude, nous rapportons le cas d’une patiente présentant une DI associée à une microcéphalie, une dysmorphie faciale, une brachydactylie, des pieds courts, ainsi qu’une hypoplasie du corps calleux. Un séquençage haut débit d’exome en trio a permis de mettre en évidence une mutation tronquante de novo, dans le gène HNRNPR. Trois patients additionnels ont été identifiés à la suite du partage des données par le réseau GeneMatcher. L’étude phénotypique a permis de retrouver des caractéristiques communes chez ces patients présentant tous une mutation tronquante sporadique du gène HNRNPR.

HNRNPR code pour une protéine de la superfamille des ribonucleo-protéines nucléaires (hnRNP) impliquées dans le métabolisme des acides nucléiques incluant le processus d’épissage, la stabilisation des ARNm ainsi que dans la régulation de la transcription et de la traduction. HNRNPR semble interagir spécifiquement avec les ARNm et impliqué dans des processus post-traductionnels. Le métabolisme des ARNm est particulièrement important pour le bon fonctionnement et la formation des synapses, ce qui explique que de nombreux gènes impliqués dans ce métabolisme sont associés à la DI. Les études fonctionnelles en cours sur les lignées cellulaires des patients permettront de mieux caractériser la fonction de la protéine HNRNPR et d’analyser l’impact des mutations tronquantes du gène HNRNPR dans le métabolisme des ARNm.

En conclusion, nous avons identifié un nouveau gène impliqué dans le métabolisme des ARNm, responsable de DI syndromique avec microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.

Ange-Line BRUEL (DIJON CEDEX), W. Alyson MACLNNES, Sébastien MOUTTON, Frédéric TRAN MAU-THEM, Floor Am DUIJUKERS, Megan CHO, Roger L. LADDA, Zoe POWIS, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
15:30 - 16:30 #13178 - CO066 Les mutation de novo gain de fonction du régulateur épigénétique SMCHD1 abrogent le développement nasal dans le syndrome d’arhinie-microphtalmie de Bosma.
CO066 Les mutation de novo gain de fonction du régulateur épigénétique SMCHD1 abrogent le développement nasal dans le syndrome d’arhinie-microphtalmie de Bosma.

L’arhinie-microphtalmie (syndrome de Bosma, BAMS) est une anomalie de développement extrêmement rare et frappante caractérisée par l’absence complète de nez avec ou sans  anomalie ophtalmologique.  Nous rapportons ici des mutations faux-sens du gène SMCHD1 (Structural Maintenance of Chromosomes flexible Hinge Domain containing 1) dans la totalité de 14 cas sporadiques d’arhinie-microphtalmie recrutés dans 6 pays. De manière remarquable, ces mutations sont confinées aux exons de SMCHD1 codant pour le domaine ATP-ase élargi de ce régulateur épigénétique aux rôles pléiotropiques : inactivation du chromosome X, mécanismes d’empreinte génomique et réparation de cassures d’ADN double brin. Sans exception ces mutations sont survenues de novo chaque fois que les ADNs parentaux ont pu être testés.

Des analyses biochimiques et des tests dans le modèle d’embryons de Xénope suggèrent fortement que les mutations BAMS se comportent comme des allèles gain de fonction. Elles s’opposent ainsi à d’autres mutations SMCHD1 identifiées dans la myopathie facio-scapulo-humérale de type 2 (FSHD2) faisant de cette situation un cas d’expansion phénotypique assez extrême (CT Gordon et al. Nat Genet 2017).

Nos résultats permettent d’établir que SMCHD1 est un acteur majeur du développement de la pyramide nasale et ont un impact sur la recherche de ses gènes cibles essentiels dans la régulation de la formation cranio-faciale, malgré la très petite fenêtre développementale de la placode nasale et de la vésicule optique. Par le biais de la pathologie moléculaire, ils contribuent aussi à une meilleure connaissance de cette protéine, notamment de sa fonction GHKL-ATPase, et des propriétés enzymatiques qui pourraient être, à rebours, exploitées dans le développement de traitements innovants de la myopathie facio-scapulo-humérale de type 2. 

Jeanne AMIEL, Chris GORDON, Shifeng XUE, Gökhan YGIT, Hicham FILLALI, Kelan CHEN, Sabine SIGAUDY, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Hülya KAYSERILI, Haziz SEFIANI, James MURPHY, Frédérique MAGDINIER, Nicolas LÉVY, Alex HILLMER, Duangrurdee WATTANASIRICHAIGOON, Stanislas LYONNET (Paris), Asif JAVED, Marnie BLEWITT, Bernd WOLLNIK , Bruno REVERSADE
15:30 - 16:30 #13238 - CO067 L’activation de FGFR3 perturbe la ciliogenèse et le transport d’IFT20 dans des modèles cellulaires humain et murin d’achondroplasie.
CO067 L’activation de FGFR3 perturbe la ciliogenèse et le transport d’IFT20 dans des modèles cellulaires humain et murin d’achondroplasie.

Des mutations gain-de-fonction de FGFR3 (fibroblast growth factor receptor 3) sont responsables de plusieurs formes de nanisme telles que l'achondroplasie, forme la plus fréquente; ainsi que la forme létale, le nanisme thanatophore. L'activation constitutive de FGFR3 perturbe le processus normal de croissance des os du squelette. Dans les ciliopathies squelettiques, caractérisées par des anomalies des protéines ciliaires, on retrouve également des anomalies de la croissance osseuse. L'impact des mutations gain-de–fonction FGFR3 sur le cil primaire dans les chondrocytes de la plaque de croissance est inconnu dans l’achondroplasie et le nanisme thanatophore.

Nous avons étudié le cil primaire dans des chondrocytes humain et murin porteurs de mutations FGFR3. Nous démontrons que dans les chondrocytes de la plaque de croissance dans l’achondroplasie, le nanisme thanatophore et les souris Fgfr3Y367C/+, la longueur du cil primaire était réduite et que la protéine IFT20 était anormalement localisée à la base du cil lorsque FGFR3 était activé. Nous montrons que l'inhibition de FGFR3 avec un inhibiteur des récepteurs tyrosine kinase (PD173074) rétablissait la longueur du cil primaire et la localisation de IFT20 au niveau de l’axonème du cil. Nous avons également étudié l'impact de la rapamycine, un inhibiteur de la voie mTOR, sur le cil primaire. L'inhibition de mTOR corrige positivement la longueur du cil primaire et la localisation intraciliaire d’IFT20. L’ensemble de ces résultats suggère que la désorganisation de la plaque de croissance observée dans l’achondroplasie et le nanisme thanatophore due au FGFR3 activé pourrait potentiellement être attribuée au cil primaire. En conclusion, les chondrodysplasies liées à des mutations FGFR3 semblent être une nouvelle forme de pathologie squelettique avec une ciliogenèse défectueuse.

 

Ludovic MARTIN (PARIS), Nabil KACI, Valentin ESTIBALS, Nicolas GOUDIN, Meriem GARFA-TRAORÉ, Catherine BENOIST-LASSELIN, Emilie DAMBROISE, Laurence LEGEAI-MALLET
15:30 - 16:30 #13436 - CO068 Les RASopathies : étude clinique et génétique de 27 patients tunisiens.
CO068 Les RASopathies : étude clinique et génétique de 27 patients tunisiens.

Les RASopathies est un groupe de pathologies autosomiques dominantes dues à des mutations des gènes de la voie RAS/MAPK. Ce mécanisme moléculaire commun est à l’origine d’une continuité phénotypique entre les RASopathies. Le syndrome de Noonan (SN) est la RASopathie la plus fréquente (1/1000 à 1/2500). Le syndrome cardio-facio-cutané (CFC) et le syndrome de Costello (SC) sont des RASopathies moins fréquentes mais plus sévères.

En Tunisie, les caractéristiques cliniques et génétiques des RASopathies sont peu étudiées.

L’objectif de notre travail était d’analyser le profil clinique et génétique des RASopathies chez une série de patients tunisiens et d’établir une corrélation génotype-phénotype.

Nous avons mené une étude descriptive rétrospective des patients suivis pour SN, syndrome CFC et SC au service des Maladies Congénitales et Héréditaires de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis sur une période de 10 ans (2006 à 2016). Les critères d’inclusion étaient cliniques basés sur des scores objectifs. L’étude moléculaire a été réalisée par séquençage de type Sanger et par séquençage de nouvelle génération (NGS) des gènes impliqués dans les RASopathies.

Vingt-sept patients atteints de Rasopathies ont été inclus dans notre étude dont 25 cas sporadiques et un cas familial. La majorité des patients (21/27) avaient un SN. 5/27 patients avaient un syndrome CFC et 1/27 patient avait un SC. L’âge moyen des patients au moment du diagnostic était de 10 ans. Tous les signes cardinaux des Rasopathies ont été retrouvés à savoir : le retard statural postnatal (85%), la dysmorphie faciale typique (85%), la cardiopathie (81%) avec une prédominance de la sténose pulmonaire valvulaire, les atteintes cutanées (85%), les malformations typiques du sternum (48%) et le retard psychomoteur (63%). Des signes moins fréquents ont été retrouvés à savoir : la cryptorchidie (5/10 des patients de sexe masculin), le retard pubertaire (4/7 adultes), la scoliose (4/27), le strabisme (4/27), la myopie (5/27) et la surdité (1/27). Aucun patient n’a développé de tumeur maligne ni bénigne.

L’étude moléculaire a confirmé le diagnostic chez 17/21 patients testés : 13/17 cas de SN dont un cas de syndrome de Noonan avec lentigines multiples, 3/3 cas de CFC, 1/1 cas de SC. Les gènes mutés étaient par ordre de fréquence : PTPN11 (6/17), SOS1 (3/17), RIT1 (2/17), MEK1 (2/17), RAF1 (1/17), BRAF (1/17), NRAS (1/17) et HRAS (1/17).

Chez 2/21 patients testés des mutations nouvelles ont été identifiées dans des gènes récemment décrits dans le SN : LZTR1 et KAT6B. Dans les 2 cas restants, aucune mutation n’a été identifiée.

Le spectre clinique et génétique des RASopathies dans notre population sont similaires à ceux des autres populations. Une meilleure connaissance de ces pathologies et l’application des techniques de NGS dans le diagnostic de routine permettront un diagnostic rapide des RASopathies, une prise en charge adaptée et un conseil génétique adéquat.

Hana SAFRAOU, Lilia KRAOUA, Nahla GHDIRA, Ines OUERTANI, Rym MEDDEB, Madiha TRABELSI , Faouzi MAAZOUL, Ridha M'RAD (tunis, Tunisie)

16:30-17:00
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A37
Conférence: Les projets AURAGEN & SEQOiA

Conférence: Les projets AURAGEN & SEQOiA

16:30 - 17:00 AURAGEN (plateforme génomique Auvergne Rhônes-Alpes). Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
16:30 - 17:00 SeqOIA (plateforme génomique île de France). Xavier JEUNEMAITRE (PARIS)

15:30-16:30
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B36
Session Communications Flash 2
Conseil Génétique, éthique et psychologique

Session Communications Flash 2
Conseil Génétique, éthique et psychologique

Modérateurs : Antoine DE PAUW (Conseiller en Génétique) (PARIS), Bertrand ISIDOR (Nantes)
15:30 - 16:30 #12815 - CO069 Informer et consentir à une consultation de génétique et aux résultats des prélèvements réalisés : quels outils pour les patients avec une déficience intellectuelle ?
CO069 Informer et consentir à une consultation de génétique et aux résultats des prélèvements réalisés : quels outils pour les patients avec une déficience intellectuelle ?

Six centres de référence répartis sur 24 sites et 17 centres de compétences sont actuellement labellisés anomalies du développement et syndromes malformatifs en France. Ils assurent, au sein de services de génétique clinique, l’expertise diagnostique, le suivi et la coordination des prises en charge multidisciplinaires, le conseil génétique familial et le DPN. Ce vaste champ clinique regroupe des enfants et des adultes qui présentent des syndromes dysmorphiques et polymalformatifs avec ou sans déficience intellectuelle.

Les consultations d’expertise diagnostique sont souvent longues, très informatives et font référence à des notions complexes et abstraites pour des non spécialistes (chromosomes, gènes, mutation…). Ces informations sont déjà difficiles d’accès pour les parents des patients, mais bien plus encore pour les très jeunes enfants ou les patients avec déficience intellectuelle. Il est pourtant essentiel d’essayer dans la mesure du possible d’associer les patients mineurs ou majeurs protégés à ces processus d’information et de prise de décision. C’est tout d’abord fondamental d’un point de vue éthique. De plus, les textes nous l’imposent : la loi du 11 février 2005 place la personne en situation de handicap au cœur du dispositif d’accompagnement et les articles 9 et 25 de la Convention des Nations Unies relative aux droits des personnes handicapées rappellent l’importance de rendre la communication et les informations accessibles pour les personnes qui présentent un handicap intellectuel.

Dans le contexte des anomalies du développement, et en partenariat avec des associations de malades (l’Unapéi, l’AFRT, Valentin-Apac, l’Association Française du syndrome Phelan-McDermid, Génération 22), nous avons réfléchi à la création de documents adaptés à destination des patients présentant une déficience intellectuelle légère. Nous proposons deux fiches en langage Facile A Lire et à Comprendre (FALC) en référence à l’édition des règles européennes portées par l’Unapéi (Union nationale des Associations de parents, de personnes handicapées mentales et de leurs amis). Basées sur la présentation imagée et donc concrète de pictogrammes, l’une d’elle présente le déroulé d’une consultation de génétique et l’autre l’annonce d’un résultat positif. Elles sont actuellement en cours d’expérimentation sur Lyon et Rouen. De plus en plus utilisée dans le milieu médico-social auprès de personnes avec déficience intellectuelle, la communication améliorée et alternative – CAA – (associant gestes, pictogrammes, synthèse vocale, …) nous est apparue comme plutôt innovante dans le milieu hospitalier. Mieux informé, mieux préparé, le patient sera potentiellement moins angoissé, plus coopérant et plus à même d’être en capacité de faire un choix pour aller vers une décision médicale partagée. L’enjeu éthique pour les équipes pluridisciplinaires des centres de référence de la filière AnDDI-Rares est de rendre accessible le maximum d’information à tous les patients.

Françoise HOUDAYER (Bron), Anne Sophie LAPOINTE, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Jacqueline LONDON, Frédéric MEUNIER, Isabelle MARCHETTI-WATERNAUX, Sandrine DAUGY, Laurence FAIVRE, Damien SANLAVILLE, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Bruno LE MAIRE
15:30 - 16:30 #12895 - CO070 Evaluation des pratiques professionnelles (EPP): Perception de l’entretien psychologique systématique dans le cadre du diagnostic présymptomatique (DPS) du point de vue des patients.
CO070 Evaluation des pratiques professionnelles (EPP): Perception de l’entretien psychologique systématique dans le cadre du diagnostic présymptomatique (DPS) du point de vue des patients.

L’identification croissante des bases moléculaires de prédispositions génétiques aux cancers, aux maladies cardiaques héréditaires, neuromusculaires à révélation tardive, et autres groupes de pathologies répondant à un mode d’hérédité autosomique dominant, et pour lesquels des mesures de surveillance ou de prévention sont envisageables, conduit à une augmentation des demandes de DPS. La démarche de DPS doit être conduite selon le cadre légal au sein d’une équipe pluridisciplinaire de génétique, et chaque équipe a défini un protocole. Un ou plusieurs entretiens psychologiques ou psychiatriques sont obligatoires dans la prise en charge des DPS des maladies à révélation tardive, mais optionnels dans les autres groupes de pathologies. Le centre de Génétique de Dijon a fait le choix d’inclure systématiquement un entretien psychologique à ce protocole, proposé le plus souvent entre la consultation d’information auprès du généticien ou du conseiller en génétique, et celle d’annonce du résultat. Néanmoins, l’augmentation du nombre des DPS et les interrogations de certains patients sur le caractère systématique de cet entretien, nous ont mené à évaluer la perception de cet entretien psychologique systématique de la part des patients dans le cadre d’une EPP. Dans ce but, de 02/2014 à 05/2016, 2 questionnaires anonymisés ont été remplis par les patients majeurs, le 1er à l’issue de la consultation d’information, et le 2nd rempli à domicile après l’entretien psychologique. 126 patients ont participés, avec une forte proportion de patients adressés pour DPS suite à l’identification d’une mutation BRCA dans la famille (50%), expliquant une grande majorité de femmes répondantes (69%). Les autres pathologies concernées étaient d’autres prédispositions génétiques au cancer (32%), des pathologies neurogénétiques (9%) ou cardiogénétiques (9%). Dans 46% des cas, le patient avait été informé par sa famille sur  la démarche de DPS comprenant un entretien psychologique, avant la consultation du déroulé. Dans 20% des cas, l’entretien psychologique a été discuté ou refusé d’emblée par le patient. Avant l’entretien psychologique, 30% des répondants jugent cet entretien indispensable, 53% utile, 17% sans intérêt. Toutes les personnes qui jugeaient cet entretien indispensable avant la consultation mentionnent le même avis après l’entretien. Par contre, 52% des personnes qui n’estimaient pas cet entretien utile pour eux avant l’entretien l’ont jugé utile après en avoir bénéficié. L’intérêt principal mentionné était de parler de la maladie, de la démarche du test et l’anticipation des résultats. Certains patients ont mentionné que cet entretien pourrait être plus utile systématiquement après la consultation de rendu des résultats. Compte tenu du nombre significatif de patients jugeant l’entretien psychologique utile alors qu’ils ne l’avaient pas anticipé, cette étude renforce l’intérêt du caractère systématique d’un entretien psychologique dans le cadre des démarches de DPS.

Caroline JACQUOT-SAWKA (), Amandine BAURAND, Lorraine JOLY, Elodie GAUTIER, Geoffrey BERTELONE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #12898 - CO071 L’évolution du métier de conseiller en génétique avec l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage en génétique.
CO071 L’évolution du métier de conseiller en génétique avec l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage en génétique.

Les progrès de la technologie dans le domaine de la génétique et notamment l’arrivée des nouvelles plateformes de séquençage à très haut débit promettent de fournir des données génomiques à large échelle et à faible coût. À l'avenir, les tests génomiques dans le cadre de la médecine générale pourraient permettre une prédiction plus large et plus efficace du risque, de la gestion des maladies et de la personnalisation du traitement pour les cas fréquents comme pour les cas les plus rares. Le développement de ces nouvelles technologies va entraîner une augmentation massive de la demande des tests génétiques mais également du délai de prise en charge globale du patient comprenant entre autre le recueil des données, l’information et le consentement, le prélèvement, la bioinformatique, l'interprétation, le rendu de résultat et la gestion clinique post-test et post-résultat des patients. L’arrivée des plateformes de médecine génomique présente donc, en plus d’une réflexion éthique majeure, un défi important nécessitant très probablement une restructuration de l’organisation des traditionnels et historiques services de génétique. Il est notamment prévu que les tests génomiques soient de plus en plus utiles dans un large éventail de spécialités médicales. Il se posera notamment la question, afin de ne pas engorger les services de génétique et donc d’augmenter de façon acceptable les délais de consultations, qu’ils soient éventuellement prescrits par les médecins spécialistes non généticiens. Ces tests de médecine génomique entraînent pourtant de nouvelles difficultés et notamment de nombreuses connaissances techniques spécifiques à la génétique mais également une formation concernant la transmission des informations aux patients rendant donc très discutable la banalisation de la prescription de ces tests. La mise en place de ce nouveau service exigera donc une réorganisation des professionnels impliqués dans le domaine de la génétique notamment les conseillers en génétique qui y ont depuis plusieurs années une place importante. Les rôles et activités du conseiller en génétique seront donc également bousculés par ces nouvelles technologies et l’évolution de ce métier est incontestable. Il sera présenté les premiers éléments de réflexions, issus d’une enquête auprès des généticiens et des conseillers en génétique, ainsi que d’une revue de la littérature des pays déjà engagés dans la médecine génomique. Il est important que ces bases permettent une démarche nationale d’anticipation de ce futur finalement proche.

Amandine BAURAND (dijon), Caroline SAWKA, Geoffrey BERTOLONE, Marion ROBERT, Amandine CADENES, Myrtille SPENTCHIAN, Francoise HOUDAYER, Damien SANLAVILLE , David GENEVIEVE, Nicole PHILIP, Marie-Antoinette VOELCKEL, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #13161 - CO072 En quoi une approche multidisciplinaire est-elle pertinente pour étudier les pratiques médicales lors d’une prescription d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne ?
CO072 En quoi une approche multidisciplinaire est-elle pertinente pour étudier les pratiques médicales lors d’une prescription d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne ?

Dans un contexte d’augmentation constante du nombre d’examens des caractéristiques génétiques d’une personne (ECGP) dans toutes les disciplines médicales, le développement de la médecine génomique vient d’être renforcé par un soutien ministériel avec la désignation des deux premières plateformes de séquençage haut-débit (Plan France Médecine Génomique [PFMG] 2025).

Pourtant, la pratique de la médecine génomique est caractérisée par un décalage important entre l’essor technologique de la connaissance du génome et les applications concrètes dans la pratique médicale, pour le diagnostic, les soins, et la prévention. Par ailleurs, la génétique médicale et l’ECGP, de par leurs spécificités en termes d’informations aux apparentés (risque héréditaire) ou de possibilités d’examens prédictifs (risque discriminatoire), sont également caractérisés par un encadrement juridique contraignant (loi du 7 juillet 2011 relative à la bioéthique et ses décrets d’application) ainsi que de recommandations de bonnes pratiques.

Selon une étude préliminaire auprès de médecins généticiens et non généticiens, nous montrons l’intérêt d’une approche multidisciplinaire (médecin, juriste, sociologue, représentant d’une association de patient) pour décrypter les enjeux multiples liés à la mise en œuvre d’un ECGP. Ainsi, nous avons identifié des enjeux médicaux, sociologiques et juridiques. S’ils ne sont pas appréhendés par le médecin prescripteur, ces enjeux pourraient devenir sources de tensions entre médecins ou dans le trio médecin-patient-famille.

Nous avons débuté une étude inter-régionale (ORGAGENE), financée par l’Agence de la Biomédecine, afin d’explorer ces pratiques auprès de médecins non généticiens qui vont devenir des acteurs importants de cette prescription. Il est également essentiel d’étudier auprès des patients, la façon dont ils perçoivent la proposition de la réalisation d’un ECGP.

 Cette analyse croisée entre pratiques des professionnels et attentes des patients, doit permettre de mieux comprendre les conditions d’usage de l’ECGP pour, à terme :

- Identifier les facteurs qui permettraient d’adapter les outils de formation initiale et continue vers l’ensemble des médecins prescripteurs de tests génétiques pour une optimisation de cet acte médical particulier,

- Répondre à une préconisation du PFMG visant à mener une analyse fine des vécus de tous les acteurs concernés dans un objectif d’évolution des bonnes pratiques.

Laurent PASQUIER (RENNES CEDEX 2), Guy MINGUET, Pascal JARNO, Anne-Sophie LAPOINTE, Ginette VOLF, Anne PRESTEL, Sylvie MOISDON-CHATAIGNER, Philippe DENIZEAU, Sylvie ODENT, Grégoire MOUTEL
15:30 - 16:30 #12987 - CO073 Evaluation sur 1012 patients de l’intérêt médico-économique des entretiens téléphoniques de préparation avant la consultation en oncogénétique.
CO073 Evaluation sur 1012 patients de l’intérêt médico-économique des entretiens téléphoniques de préparation avant la consultation en oncogénétique.

L’un des principaux défis en oncogénétique est de répondre à la demande exponentielle de consultations, particulièrement dans le cadre des cancers du sein et de l’ovaire, compte tenu de l’impact majeur de l’identification d’une mutation en termes de stratégie thérapeutique et de conseil génétique. Nous avions présenté en 2016 la mise en place d’une nouvelle procédure, dont nous présentons l’évaluation médico-économique réalisée sur 1012 patients. Cette nouvelle stratégie est basée sur des entretiens téléphoniques de préparation de consultation (ET) suivis d’un “routage” des pré-dossiers: (1) J1, demande de RDV auprès du secrétariat qui collecte les informations minimum et fixe un RDV d’ET de 20 min, dans les 14 jours; (2) J7-14, ET réalisé par un conseiller en génétique, permettant de compléter un pré-dossier, via un questionnaire structuré; (3) J10-17, routage basé sur l’analyse des pré-dossiers par un oncogénéticien avec 3 conclusions possibles : (i) consultation prioritaire par un oncogénéticien car impact thérapeutique (mastectomie partielle/totale, radiothérapie, traitement par inhibiteur de PARP) ou contexte psychologique difficile; (ii) consultation justifiée mais non prioritaire, effectuée par un conseiller en génétique (la consultation de résultat étant faite par un médecin); ou (iii) pas d'indication retenue de consultation et/ou existence d’un cas index plus approprié dans la famille. Dans le cadre du cancer du sein et/ou de l’ovaire, 1012 patients ont bénéficié de cette procédure dans notre centre. Après routage, nous avons considéré que la consultation et l’analyse génétique étaient non justifiées chez 396 patients (39,1%), en raison de l’absence d’antécédents personnels et/ou familiaux évocateurs pour 304 patients (30%) ou en raison de l’existence d’un cas index plus approprié dans les familles de 92 patients (9,1%). Parmi les 616 patients restants, 85 (8,4%) ont bénéficié d’une consultation prioritaire fixée dans les 8 semaines et 531 (52,5%) d’une consultation prioritaire dont le délai moyen a été maintenu à 18 semaines. Les ressources humaines nécessaires pour 1012 patients ont été estimées à 0.12 ETP de secrétaires, 0.62 ETP de conseillers en génétique et 0.08 ETP d’oncogénéticiens. L’économie réalisée grâce à cette procédure sur environ 1000 patients a été évaluée à 30506 €, à 18480 € et à 3892 €, par rapport à des consultations réalisées respectivement par des oncogénéticiens uniquement, par des oncogénéticiens et/ou des conseillers en génétique, ou par des conseillers en génétique uniquement. Cette nouvelle procédure permet de supprimer plus de 1/3 des consultations, tout en assurant une expertise médicale pour l’ensemble des dossiers et une consultation individuelle avant l’analyse génétique, garantit une prise en charge prioritaire des consultations ayant un impact thérapeutique et optimise les interactions et la répartition des tâches entre conseillers en génétique et oncogénéticiens.

Gaelle COLLET (LYON), Nathalie PARODI, Kevin CASSINARI, Zoe NEVIERE, Fanny COHEN, Celine GASNIER, Francois LECOQUIERRE, Afane BRAHIMI, Jean-Christophe THERY, Isabelle TENNEVET, Elodie LACAZE, Pascaline BERTHET, Thierry FREBOURG
15:30 - 16:30 #12989 - CO074 Echange inter laboratoire de fichiers .vcf : un premier pas vers l’harmonisation des étapes de filtration et de l’interprétation biologique des données de séquence haut débit.
CO074 Echange inter laboratoire de fichiers .vcf : un premier pas vers l’harmonisation des étapes de filtration et de l’interprétation biologique des données de séquence haut débit.

Sous l’impulsion de l’ANPGM et avec le soutien des filières de soins maladies rares AnDDi-Rares et DéfiScience, se tiennent plusieurs fois par an des visioconférences nationales visant à l’échange des connaissances et des bonnes pratiques sur l’analyse de données de séquençage haut débit dans le diagnostic étiologique de la déficience intellectuelle (DI). Dans un souci d’amélioration et d’harmonisation des pratiques selon la norme ISO15189, il est apparu pertinent de mettre en place des échanges inter-laboratoire (CIL) sur ces données de séquençage haut débit. Deux types de données peuvent être ainsi échangés : les données de fastq, permettant de vérifier la qualité du pipeline bioinformatique, et des données .vcf, permettant de contrôler les étapes d’analyse et d’interprétation des données par les biologistes. Dans le travail rapporté, le CIL mis en place concerne les données .vcf.

Les stratégies diagnostiques pour la DI en France sont diverses : 10 laboratoires utilisent le petit panel DI-44 correspondant à la liste minimale de 44 gènes de DI analysée dans chacun des laboratoires, 5 analysent de grands panels de plus de 200 gènes et 3 ont choisi de séquencer l’exome au titre du diagnostic. Six dossiers, tous conclus avec au moins un variant de classe 4 ou 5, ont été sélectionnés : 2 analyses en simplex de panel DI-44, 2 analyses en simplex de panel DI-450 et 2 analyses d’exome clinique en trio. Le set des 6 analyses a d’abord été validé par deux laboratoires indépendamment afin de vérifier la concordance des résultats obtenus. Un résumé des données cliniques ayant motivé la demande de l’analyse et un fichier .vcf non annoté ont été mis à disposition pour les laboratoires souhaitant participer à cet échange interlaboratoire. Un formulaire de réponse en ligne est complété par chaque laboratoire participant.

Ce CIL est donc localisé en aval du pipeline bioinformatique : son objectif principal est de tester l’efficacité de la stratégie d’analyse des variants mise en place par les participants dans leur laboratoire (sources d’annotation des variants, critères de filtration, critères d’interprétation). L’objectif secondaire de ce CIL est d’évaluer la faisabilité de l’analyse de .vcf produits par d’autres laboratoires, ce qui va devenir une pratique courante avec le déploiement du Plan France Médecine Génomique 2025. Les résultats, attendus pour novembre 2017, seront présentés lors du congrès.

Ce travail permet de comparer l’efficacité des stratégies employées par les laboratoires français pour détecter les variants de classe 4 et 5 et ainsi aboutir au diagnostic moléculaire dans le cadre de la DI. Il constitue un point d’étape en vue de l’harmonisation des pratiques nécessaires à une prise en charge homogène des patients. Il s’inscrit dans l’objectif de rédaction de recommandations françaises d’analyse et interprétation des données NGS en amont du Plan France Médecine Génomique 2025.

Nicolas CHATRON (Bron), Amélie PITON, Wilfrid CARRE, Christèle DUBOURG, Bénédicte GERARD, Pascale SAUGIER-VEBER
15:30 - 16:30 #13220 - CO075 Méthodologie d’élaboration des parcours de soin maladies rares pour la plateforme AURAGEN.
CO075 Méthodologie d’élaboration des parcours de soin maladies rares pour la plateforme AURAGEN.

Dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025, la plateforme AURAGEN proposera dès la fin de l’année 2018 des examens de séquençage pan-génomique pour le diagnostic de maladies rares. L’organisation de cette plateforme représente un processus multi-étapes. En particulier, les définitions des indications et du rendu de résultat des interprétations d’examens sont floues. Dans l’attente de la mise en place du support d’institutions nationales, nous proposons une méthodologie de définition de ces deux points critiques du fonctionnement de la plateforme AURAGEN, synergique des filières de santé maladies rares.

Concernant les indications, nous demandons aux différentes filières de santé maladies rares de nous fournir des arbres décisionnels validés comprenant le positionnement du séquençage d’exomes et de génomes ainsi que les modalités de réalisation (cas-index, trio…). En lien avec l’UNESS, un questionnaire d’informations et une session de formation continue seront proposés à chaque nouveau prescripteur. L’inscription du dossier du patient dans une RCP d’interprétation sera demandée dès la prescription.

            Concernant le périmètre de l’interprétation, la plateforme AURAGEN rendra des résultats biologiques validés sous la forme d’une courte liste de variations d’intérêt médical. Nous proposons un support à l’interprétation par le cumul d’une curation bioinformatique et par l’avis de généticiens expérimentés proposant une classification des variations sélectionnées. L’interprétation finale et la validation diagnostique seront réservées à l’équipe du centre prescripteur. Dans les nombreuses situations où l’interprétation de variations seront complexes, le centre prescripteur pourra avoir recours à une RCP d’interprétation mise en place par la filière de santé maladies rares prenant en charge le groupe de maladies étudié.

            Nous présenterons une mise en pratique de l’interface web de formation, de prescription, le formulaire de saisie d’informations cliniques et le format de rendu des résultats aux prescripteurs.

Consortium AURAGEN, Julien THEVENON (La Tronche), Damien SANLAVILLE
15:30 - 16:30 #13257 - CO076 Listes de gènes nationales consensuelles pour le diagnostic génétique de myopathies par NGS établies par la filière FILNEMUS.
CO076 Listes de gènes nationales consensuelles pour le diagnostic génétique de myopathies par NGS établies par la filière FILNEMUS.

Plus de 200 gènes ont été impliqués à ce jour dans des myopathies monogéniques. Comme pour les autres champs de la génétique, l’implémentation du séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné le diagnostic génétique dans le domaine des myopathies, notamment par la transition des analyses classiques par séquençage Sanger vers des approches NGS majoritairement de type « panel de gènes ». Ceci a permis une augmentation du rendement diagnostique, mais généré sur le plan international et national une disparité importante des stratégies diagnostiques en raison d’une grande diversité de panels de gènes de myopathies utilisés, complexifiant la visibilité pour les cliniciens prescripteurs (« Quelle prescription d’analyses génétiques pour quelle indication, et où puis-je envoyer l’échantillon de mon patient atteint de myopathie ? »).

Nous avons abordé cette problématique sur le plan national depuis 2016 dans le cadre du Sous-groupe Génétique Moléculaire / Commission Outils diagnostiques, de notre Filière de Santé des Maladies Rares Neuromusculaires FILNEMUS.

Une concertation des neufs laboratoires hospitaliers impliqués dans cette thématique en France a permis de retenir des points clés essentiels pour une homogénéisation nationale du diagnostic génétique de myopathies par NGS. Une stratégie diagnostique consensuelle a été définie sur la base de 14 portes d’entrée cliniques, associées respectivement à la détermination soit de « listes de gènes uniques », ou de « listes de gènes principaux (Core genes) » associées à des « listes de gènes exhaustives ». Cette stratégie a été validée par un groupe d’expert cliniciens, et est actuellement en cours de mise en place par les laboratoires hospitaliers impliqués, qui déclareront les listes analysées sur le site www.filnemus.fr afin de clarifier l’offre diagnostique et d’expertise nationale. Cette homogénéisation permettra par ailleurs un échange de données inter-laboratoires, notamment pour une classification consensuelle de variants. Une actualisation annuelle des listes de gènes est prévue, ainsi qu’une intégration dans des arbres décisionnels actuellement en cours de réalisation dans la filière FILNEMUS. Par ailleurs, un lien étroit a été établi entre les actions spécifiques de FILNEMUS en faveur de l’homogénéisation nationale du diagnostic génétique de myopathies par NGS, et des actions transversales menées par l’ANPGM et le Réseau NGS-DIAG.

Martin KRAHN (Marseille), Valérie BIANCALANA, Laurence MICHEL-CALEMARD, Juliette NECTOUX, France LETURCQ, Céline BOUCHET-SÉRAPHIN, Cécile BOURDAIN-ACQUAVIVA, Mathieu CERINO, Emmanuelle CAMPANA-SALORT, Annamaria MOLON, Jon Andoni URTIZBEREA, Jean POUGET, Roseline FROISSART, John RENDU, François PETIT, Corinne METAY, Nathalie SETA, Damien STERNBERG, Julien FAURÉ, Mireille COSSÉE

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C36
Session Communications Flash 3
Oncogénétique, cœur, CNV

Session Communications Flash 3
Oncogénétique, cœur, CNV

Modérateurs : Cédric LE MARECHAL (BREST), Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
15:30 - 16:30 #13410 - CO077 Recommandations européennes pour la prise en charge de la mort subite cardiaque.
CO077 Recommandations européennes pour la prise en charge de la mort subite cardiaque.

En novembre 2016, le PPPC de l’ESHG a organisé un workshop interdisciplinaire à la Fondation Brocher sur les aspects éthiques, juridiques et pratiques (y compris économiques) de l'analyse génétique post mortem dans les cas de mort subite d’origine cardiaque chez les jeunes adultes, réunissant des membres du PPPC et 12 experts en médecine forensique, en cardiologie, en génétique et en droit d'Europe et du Canada.

Les tests génétiques post-mortem peuvent être pertinents pour des raisons médicales (par exemple, identifier les causes de décès, recommander des stratégies de prévention pour les parents survivants), ainsi que pour des raisons de santé publique ou de recherche. Bien que les procédures d'autopsie soient disponibles, celles-ci intègrent mal les tests génétiques post-mortem. L'objectif de l'atelier était de remédier au manque de coordination entre le domaine judiciaire et médical et les réglementations respectives en rédigeant des recommandations.

Cette présentation abordera les défis des tests génétiques post-mortem et l'utilisation des résultats à des fins médicales.

Une liste de recommandations sera présentée pour améliorer la communication et l'harmonisation entre les professionnels impliqués dans ces analyses post-mortem, afin d'améliorer l'adhésion aux directives existantes chaque fois que cela est disponible, tout en suggérant des conseils supplémentaires en absence de procédures.

Contributeurs: C Basso, Padua, Italy ; S Boers, Utrecht, The Netherlands ; P Charron, Paris, France; A Clarke, Cardiff, UK; M Cornel, Amsterdam, The Netherlands; E Delmarre, Angers, France; AM Duguet, Toulouse, France ; C van El, Amsterdam, The Netherlands; F Fellmann, Lausanne, Switzerland; F Forzano, London, UK; H Howard, Uppsala, Sweden; S Kauferstein, Frankfurt, Germany; K Michaud, Lausanne, Switzerland; H Kayserili, Istanbul, Turkey; A Lucassen, Southampton, UK; A Mendes, Porto, Portugal; C Patch, London, UK; D Radojkovic, Belgrade, Serbia; E Rial-Sebbag, Toulouse, France; A Sajantila, Helsinki, Finland; M Sheppard, London, UK; AM Tassé, Canada; S Temel, Turkey; A Wilde, Amsterdam, the Netherlands; C Yakicier, Istanbul,Turkey

Florence FELLMANN (Dudelange, Luxembourg)
15:30 - 16:30 #13354 - CO078 Une mutation du gène CALM3 responsable de syndrome du QT long congénital dans une famille française.
CO078 Une mutation du gène CALM3 responsable de syndrome du QT long congénital dans une famille française.

Introduction La calmoduline, codée par les gènes CALM1-3, est une protéine multifonctionnelle qui régule entre autres l’activité de plusieurs canaux ioniques cardiaques. Récemment, des mutations hétérozygotes dans ces 3 gènes, codant la même protéine, ont été identifiées comme responsables de formes rares de syndrome du QT long (SQTL) et de tachycardie ventriculaire catécholaminergique (TVC), le plus souvent sévères, incluant des mutations de novo. Nous avons identifié une nouvelle mutation dans une grande famille de SQTL, dont l’origine de la maladie est restée longtemps inconnue.

Méthodes Les exomes de 3 sujets atteints et 2 sujets sains ont été séquencés par Integragen. Des cellules HEK293 ont été co-transfectées avec des plasmides sauvages (h-CALM3-WT) ou mutés (N138K and D130G) de la calmoduline humaine et avec les 3 sous-unités du canal calcique cardiaque Cav1.2 pour analyser le courant calcique par la technique de patch-clamp en cellule entière. Des protéines CALM-WT et mutées ont été purifiées et leur affinité pour les domaines N- et C-terminales de liaison au calcium a été étudiée.

Résultats : Après avoir exclu tous les gènes connus comme impliqués dans le SQTL, nous avons identifié un nouveau variant faux sens, p.N138K, dans le gène CALM3, coségrégeant avec le phénotype atteint SQTL. Ce variant affecte une asparagine très conservée localisée dans le 4ème site de fixation au calcium de la calmoduline. Deux enfants sont décédés de mort subite et les 9 autres porteurs de la famille sont asymptomatiques mais ont, pour la plupart, été traités par un béta-bloquant. La longueur moyenne de l’intervalle QTc est de 494 +/-21 ms. Les enregistrements des courants calciques dans les cellules exprimant N138K-CALM ont montré une inactivation significativement perturbée comparée au WT, néanmoins moins lente que pour le variant D130G qui a été associé à des phénotypes très sévères. L’affinité du domaine C-terminale pour le calcium est 10 fois plus faible pour le N138K-CALM que pour le WT-CALM, alors que l’affinité du domaine N-terminale reste inchangée.

Conclusion : La nouvelle mutation identifiée dans CALM3, p.N138K, dans une grande famille de SQTL modifie l’affinité de la calmoduline pour le calcium et l’inactivation du canal calcique cardiaque en accord avec le phénotype moins sévère dans cette famille comparée à d’autres variants de la calmoduline publiés récemment. Les gènes codant la calmoduline, CALM1, CALM2 et CALM3 doivent être séquencés chez tous les patients atteints de SQTL, de TVC, ou de mort subite cardiaque inexpliquée chez les sujets jeunes.

Koichi KATO (Paris), Holly M. ISBELL , Véronique FRESSART, Amal DEBBICHE, Isabelle DENJOY, Alain COULOMBE, Alfred L. GEORGE, Hideki ITOH, Madeline A. SHEA, Pascale GUICHENEY
15:30 - 16:30 #13097 - CO079 Variations du nombre de copies (CNV) et pathologies autosomiques récessives.
CO079 Variations du nombre de copies (CNV) et pathologies autosomiques récessives.

Les variations du nombre de copies (CNV) participent à la variabilité génétique au même titre que les variations nucléotidiques (SNV). Leur impact dans le spectre mutationnel de nombreuses maladies génétiques a été rapporté à plusieurs reprises. Néanmoins, leur contribution dans la pathogénicité des maladies récessives a probablement été sous-estimée jusqu’à présent. Nous rapportons 19 observations recrutées par une étude collaborative nationale au travers du réseau AChroPuce illustrant les différentes situations impliquant des CNV dans la pathogénicité de diverses maladies autosomiques récessives. Il s’agit (1) de CNV homozygotes dans un contexte de consanguinité ; (2) d’hétérozygotie composite avec soit deux CNV de tailles différentes, soit un CNV associé à un variant pathogène sur l’autre allèle identifié par séquençage. Malgré leur potentielle implication en pathologie, certains CNV sont rapportés dans la base de données Database of Genomic Variants (DGV), soulignant l'importance du contexte clinique pour l'interprétation d'analyses chromosomiques sur puce à ADN (ACPA) en diagnostic. Trois patients ont été étudiés par séquençage complet du génome (WGS) dans le cadre du projet pilote WGS (filières de santé DéfiScience et AnDDi-Rares et le CNG), confirmant que cette technologie permet de détecter simultanément CNV et/ou SNV. Le WGS permet également une meilleure couverture des gènes et une meilleure résolution pour la détection des CNV. Nous proposons une stratégie pour l’identification de ce type d’hétérozygoties composites impliquant un CNV en exploitant les données de séquençage haut-débit et d’ACPA actuellement disponibles.

Jérémie MORTREUX (MARSEILLE), Khaoula KHACHNAOUI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Nicolas CHATRON, Roseline FROISSART, David GENEVIÈVE, Delphine HÉRON, Boris KEREN, James LESPINASSE, Cyril MIGNOT, Gwenaël NADEAU, Sylvie ODENT, Céline PEBREL-RICHARD, Jacques PUECHBERTY, Massimiliano ROSSI, Damien SANLAVILLE, Mathias SCHWARTZ, Damien STERNBERG, Marianne TILL, Philippe VAGO, Sandra WHALEN, Nicole PHILIP, Chantal MISSIRIAN
15:30 - 16:30 #12787 - CO080 Recherche des bases moléculaires de phénotypes extrêmes de cancer par séquençage d'exome.
CO080 Recherche des bases moléculaires de phénotypes extrêmes de cancer par séquençage d'exome.

En cancérologie, un phénotype extrême peut être défini par un âge de survenue particulièrement précoce pour l’organe concerné, le développement de plusieurs tumeurs primaires chez le même patient et/ou l’agrégation de nombreux cas de cancers du même spectre dans une branche familiale. Dans ces situations, une prédisposition génétique est fortement suspectée. Lorsque les analyses par panel diagnostic sont négatives, la poursuite des investigations peut être proposée dans une démarche de recherche, en mettant à profit le séquençage de l’exome. Différentes stratégies peuvent être employées : une analyse en trio permet d’identifier des mutations « de novo » pour les cas sporadiques selon le modèle puissant dont l’efficacité a été démontrée dans le domaine des maladies rares ; ou une analyse à partir de 2 apparentés les plus éloignés dans le cas d’une forme familiale permet d'identifier des mutations communes. Pour cela, des patients avec cancer du colon avant 35 ans, cancers de l’ovaire avant 40 ans, et cancers du sein dans les familles avec plusieurs cas de cancer du sein masculin (CSM) sont recrutés de façon prospective. Cette approche a permis d’identifier plusieurs gènes candidats. L’exemple de l’identification du gène ATR comme un gène candidat de prédisposition au cancer du sein chez l’homme sera présenté.

ATR est un acteur majeur du contrôle du cycle cellulaire et de la réparation de l’ADN. Une mutation tronquante a été identifiée chez un patient recruté en raison de l’existence de plus d’un CSM dans sa famille. Elle est absente des bases de données ExAC et gnomAD. Le séquençage ciblé de ce gène sur une cohorte de réplication composée majoritairement de CSM et de patientes à très haut risque de cancer du sein a permit d’identifier une seconde mutation chez un autre cas de CSM dans le site accepteur d'épissage du dernier exon d’ATR, ainsi que 7 variants de signification inconnue. L’étude fonctionnelle de l’impact du premier variant d’ATR montre une diminution de son expression et une diminution de la phosphorylation de CHEK1, principal effecteur de la réparation de l’ADN médiée par ATR. Il n'a pas été identifié d'expression de transcrit tronqué, ni de perte d'hétérozygotie dans la tumeur du patient. Ces données, en accord avec la littérature indiquant que les cellules et les souris totalement déficientes en ATR ne sont pas viables, permettent d'émettre l'hypothèse que l'haploinsuffisance d'ATR engendre une instabilité génomique modérée mais suffisante pour aboutir à la transformation tumorale.

Martin CHEVARIN (Dijon), Nicolas BOURGON, Yannis DUFFOURD, Amandine BAURAND, Caroline JACQUOT, Geoffrey BERTOLONE, Jeremy SKRZYPSKI, Sophie NAMBOT, Christophe PHILIPPE, Romain BOIDOT, François GHIRINGHELLI, Mark O’DRISCOLL, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #12620 - CO081 Patients atteints d’un médulloblastome avec mutation constitutionnelle du gène SUFU: caractéristiques cliniques, risque tumoral et pronostic.
CO081 Patients atteints d’un médulloblastome avec mutation constitutionnelle du gène SUFU: caractéristiques cliniques, risque tumoral et pronostic.

Background: Germline SUFU mutations predispose to SHH-medulloblastoma in the first years of life. Little is known about the magnitude of this risk. The clinical spectrum of this cancer predisposition syndrome has not yet been clearly described, even though germline SUFU mutations have been reported in nevoid basal cell carcinoma syndrome (NBCCS).

Patients and methods: We performed in France a retrospective review of all medulloblastoma patients in whom a germline SUFU mutation had been diagnosed.

Results: Twenty-two patients from 17 families were identified with a medulloblastoma and a germline SUFU mutation (median age at diagnosis 16.5 months). A macrocrania was present in 20 patients but only 5 met the diagnosis criteria for NBCCS. Despite a treatment combining surgery and chemotherapy, aiming at radiotherapy avoidance in all patients except one, the outcome was worse than expected in SHH-medulloblastoma due to a high incidence of local relapses (8/22 patients) and second malignancies (n= 6, 4/22 patients). The 5 year-PFS and OS were 42 and 66%. Mutations were inherited in 79% patients. Overall, 56 SUFU mutations carriers were identified. Penetrance of medulloblastoma was incomplete but higher than in PTCH1 mutation carriers. In addition to medulloblastoma, 19 others tumors have been reported in SUFU mutation carriers included, basal cell carcinomas (BCC) in 2 patients and meningioma in 3.

Conclusion: Germline SUFU mutations strongly predispose to medulloblastoma in the first years of life, with a worse prognosis than usually observed in SHH-medulloblastoma. The clinical spectrum differs between SUFU and PTCH1 mutation carriers and the incidence of BCC is much lower in SUFU. Optimal treatment for SUFU associated medulloblastoma still has to be defined.

Léa GUERRINI-ROUSSEAU (VILLEJUIF CEDEX), Christelle DUFOUR, Pascale VARLET, Julien MASLIAH-PLANCHON, Franck BOURDEAUT, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Anne Isabelle BERTOZZI, Fanny FOUYSSAC, Sophie HUYBRECHTS, Stéphanie PUGET, Brigitte BRESSAC - DE PAILLERETS, Olivier CARON, Nicolas SEVENET, Marina DIMARIA, Sophie VILLEBASSE, Olivier DELATTRE, Dominique VALTEAU-COUANET, Jacques GRILL, Laurence BRUGIERES
15:30 - 16:30 #12756 - CO082 Mise en place d'une base de données internationale des variants du gène SDHB prédisposant aux paragangliomes et phéochromocytomes héréditaires.
CO082 Mise en place d'une base de données internationale des variants du gène SDHB prédisposant aux paragangliomes et phéochromocytomes héréditaires.

Contexte

Les paragangliomes et phéochromocytomes (PPGL) sont des tumeurs endocrines rares, génétiquement déterminées dans environ 40% des cas. Les mutations constitutionnelles du gène suppresseur de tumeur SDHB représentent à elles seules 8 à 10% des mutations identifiées faisant de lui un gène majeur de susceptibilité aux PPGL. Le projet de  mise en place d’une database des variants du gène SDHB est né d'un consortium international d’experts à l'initiative de la France. L’objectif est de référencer les variations identifiées à travers le monde puis de proposer un algorithme décisionnel robuste afin d’harmoniser la classification de ces variants en bénin (classe 1), probablement non-pathogène (classe 2), de signification indéterminée (classe 3), probablement pathogène (classe 4) ou pathogène (classe 5). Pour chaque variant, ont été recensés les données cliniques des patients porteurs, les résultats des éventuelles analyses fonctionnelles menées, les analyses in silico et les données de fréquences rapportées dans les databases ou les publications. Deux types de critères, adaptés de publications récentes, ont été comparés pour la classification des variants.

Données

694 variants du gène SDHB ont été soumis (376 par le réseau français TENGEN, 70 par l'Espagne, 20 par l'Italie, 215 par le Royaume-Uni et 13 par l'Australie) comprenant 218 variants différents dont 122 rapportés une seule fois. Les 218 variants comprenaient 4 variants dans la région 5' UTR, 2 sur le codon d'initiation, 14 introniques, 7 synonymes, 16 grands réarrangements, 37 indels, 3 délétions en phase, 20 non-sens, 21 sur un site d'épissage et 94 faux-sens.

Résultats

Le grand nombre de données collectées nous a permis de sélectionner des critères de classification et de les pondérer. Nous avons ainsi retenu des critères très forts tels que le type de variation et les données fonctionnelles notamment les résultats d’analyses immunohistochimiques et des critères plus modérés comme la fréquence dans les bases de données ou les prédictions in silico. Selon les critères retenus, les 218 variants se répartissent ainsi : 2 classe 1 (0,94%), 16 classe 2 (7,51%), 82 classe 3 (38,5%), 75 classe 4 (35,21%) et 38 classe 5 (17,84%). Les 82 variants de classe 3 se caractérisent en majorité par l'absence de données fonctionnelles disponibles.

Conclusion

Grace aux critères retenus, la pathogénicité ou non de 61,5% des variants du gène SDHB inclus dans la database a pu être évaluée (classes 1, 2, 4 ou 5). L'apport de données fonctionnelles est indispensable pour la classification des 38,5% des variants demeurant de signification indéterminée et un effort de collaboration internationale est en cours afin d’y parvenir. Les 218 variants (dont 93 sont à ce jour non répertoriés) et leur interprétation validée par un comité d'experts seront prochainement inclus dans la database publique Leiden Open Variation (LOVD). Une mise à jour et une réévaluation de la classification des variants sont prévues régulièrement.

Laurène BEN AÏM (PARIS), Anne BARLIER, Sophie GIRAUD, Pascal PIGNY, Delphine PRUNIER, Amira MOHAMED, Alberto CASCON, Tonino ERCOLINO, Eamonn MAHER, Diana BENN, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Nelly BURNICHON
15:30 - 16:30 #13019 - CO083 Les modèles murins de syndrome de Li-Fraumeni confirment la contribution des traitements anticancéreux génotoxiques au développement des tumeurs primitives multiples chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53.
CO083 Les modèles murins de syndrome de Li-Fraumeni confirment la contribution des traitements anticancéreux génotoxiques au développement des tumeurs primitives multiples chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53.

Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS), dû à des mutations constitutionnelles du gène TP53, est l'une des prédispositions au cancer les plus sévères, caractérisée par un âge d'apparition précoce et un large spectre tumoral. Nous avons rapporté récemment, chez les patients LFS, une incidence très élevée de cancers primitifs multiples (CPM) ( > 40%), comprenant, en particulier, des tumeurs secondaires développées dans le champ d’irradiation. Ces observations et le rôle clef de la protéine p53 dans la réponse aux génotoxiques cliniques nous ont conduits à envisager un lien entre ces traitements et le développement de CPM chez les patients LFS. Nos précédents travaux, basés sur un test de génotoxicité évaluant la réponse transcriptionnelle de p53 aux lésions de l'ADN dans des lymphocytes humains, ont montré que les chimiothérapies classiques, exceptés les poisons du fuseau, et la radiothérapie étaient génotoxiques. Ces données ont été confirmées ex vivo et in vivo, chez la souris. Dans cette étude, nous avons évalué l’impact in vivo des traitements génotoxiques sur le développement tumoral grâce à un modèle murin du LFS. Au total, 208 souris ont été analysées dans cette étude qui a duré 2 ans. Des souris Trp53 KO -/-, wt/- et wt/wt ont été exposées aux rayons X ou à deux classes de chimiothérapie, un poison du fuseau (docétaxel), non génotoxique selon notre test cellulaire, et un inhibiteur de topoisomérase (etoposide), génotoxique. Le NaCl a été utilisé comme contrôle négatif. Le développement des tumeurs a été suivi par IRM corps entier mensuelle, et une analyse histopathologique a permis de confirmer la présence de tumeurs à la mort des animaux. A l’issue de cette étude, nos résultats démontrent clairement que les rayons X et l’etoposide accélèrent le développement tumoral chez les souris Trp53 -/- et wt/- (OR=4,6 IC 95 % [2,3-9,0], p=1,2.10-5*** et OR=4,3 IC 95 % [2,2-8,6], p=2,1.10-5***, respectivement), contrairement au docétaxel dépourvu d'effet sur la cinétique du développement tumoral chez les souris modèles du LFS (OR=1,6 IC 95 % [0,8-3,2], p=0,22). Cette étude apporte donc la preuve formelle que les chimiothérapies génotoxiques et la radiothérapie contribuent au développement de CPM chez les patients LFS. Par conséquent, chez les patients porteurs de mutations constitutionnelles de TP53, la radiothérapie doit être, lorsque cela est possible, évitée et la prise en charge chirurgicale priorisée. Chez des patients dont la présentation est très évocatrice d’une mutation de TP53, comme les patientes atteintes d’un cancer du sein précoce avant 31 ans, il est essentiel d’assurer dans le parcours de soin une analyse du gène TP53 en urgence avant la radiothérapie et le choix de l’option chirurgicale. Nos résultats doivent inciter à considérer l’utilisation de traitements non génotoxiques, telles que les thérapies ciblées ou l’immunothérapie chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53 afin de réduire le risque de CPM.

Edwige KASPER (ROUEN CEDEX), Emilie ANGOT, Elodie COLASSE, Lionel NICOL, Jean-Christophe SABOURIN, Sahil ADRIOUCH, Camille LE CLÉZIO, Yann LACOUME, Sabine RAAD, Yasmine ZERDOUMI, Thierry FREBOURG, Jean-Michel FLAMAN, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE
15:30 - 16:30 #13130 - CO084 Caractérisation d’un rétrogène au locus RB1.
CO084 Caractérisation d’un rétrogène au locus RB1.

La moitié de notre génome provient d’éléments mobiles, rétrotransposons pour la plupart. Dans ce cas, la mobilité résulte de la transcription de l’ADN en ARNm mature, lequel est retrotranscrit en un ADNc qui est ensuite réintégré dans le génome à une position aléatoire. Cette mobilité par rétrotransposition est fréquente, estimée entre 1sur 20 et 1 sur 900 méioses suivant le type de rétrotransposon. De ce fait, des rétrotranspositions pathogéniques ont été décrites, résultant par exemple d’une insertion dans un exon ou un élément régulateur avec perte d’expression du gène concerné. En revanche, les phénomènes de rétrotransposition résultant en un gène actif (ou rétrogène) sont exceptionnels.

C’est ce type d’évènement de rétrogène actif que nous décrivons ici dans le cadre d’une forme familiale de rétinoblastome. Le rétinoblastome est une tumeur embryonnaire maligne de la rétine. Il s’agit d’une prédisposition héréditaire au cancer, monogénique car liée exclusivement aux mutations du gène RB1 et transmise sur un mode autosomique dominant.

L’histoire familiale décrit un enfant, cas index, atteint d’un rétinoblatome bilatéral à 8 mois et son père, atteint d’un rétinoblatome unilatéral à 3 ans et d’un léïomyosarcome à 43 ans. La recherche des altérations ponctuelles et de grande taille sur l’ensemble de la séquence codante et des jonctions intron/exon n’ayant pas identifié de mutation, une étude de transcrits RB1complète a été réalisée. Elle a permis de caractériser une insertion de 114 nucléotides entre les exons 17 et 18 du gène RB1 qui correspond à la séquence, en anti-sens, d’une partie des exons 2 et 3 du gène HPF1. La recherche de l’anomalie génomique causale, basée sur des PCR Long Range chevauchantes, a mis en évidence au sein de l’intron 17 de RB1 l’intégralité de la séquence codante du gène HPF1, avec sa queue polyA.

Ainsi, l’ARNm mature du gène HPF1 (localisé sur le chromosome 4) s’est rétrotranscrit et s’est inséré dans l’intron 17 de RB1 (localisé sur le chromosome 13). Suite à cette rétrotransposition, une partie des exons 2 et 3 de HPF1 se retrouve incluse dans le transcrit mature de RB1 par utilisation de nouveaux sites accepteurs et donneurs d’épissage, l’ensemble donnant un transcrit de fusion original RB1-HPF1-RB1. L’anomalie identifiée, en phase, est cependant très vraisemblablement responsable du rétinoblastome car elle rompt un domaine fonctionnel important de la protéine pRb, la rendant probablement non fonctionnelle. De manière attendue, les deux sujets atteints sont porteurs. Les grands-parents paternels du cas index étant indemnes, on peut supposer que cette rétrotransposition est très récente, survenue par exemple dans les gamètes d’un des grands-parents.

Nous expliquons donc l’histoire de rétinoblastome dans cette famille mais décrivons surtout un phénomène de rétrogène récent particulièrement rare, l’émergence de rétrogène chez les primates étant estimée à 1 évènement par million d’années [Marques et al. PLoS Biology 2005].

Claude HOUDAYER, Catherine DEHAINAULT (Paris cedex 05), Matteo BOUTTE, Lisa GOLMARD, Alice FIEVET, Livia LUMBROSO LE ROUIC, Helene PACQUEMENT, Marion GAUTHIER VILLARS

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D36
Session Communications Flash 4
Bases génétiques, thérapies

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Bases génétiques, thérapies

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (PARIS), Annick TOUTAIN (PU-PH) (Tours)
15:30 - 16:30 #13112 - CO085 Diagnostic de l’hémochromatose chez des patients traités par phlébotomies : mauvaise interprétation des génotypes identifiés au locus HFE et sous estimations des causes secondaires d’hyperferritinémie.
CO085 Diagnostic de l’hémochromatose chez des patients traités par phlébotomies : mauvaise interprétation des génotypes identifiés au locus HFE et sous estimations des causes secondaires d’hyperferritinémie.

Introduction : Le diagnostic de l’hémochromatose (HC) liée au gène HFE associe une surcharge tissulaire en fer, ciblant principalement le parenchyme hépatique, et le génotype p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr]. L’association du génotype hétérozygote composite p.[Cys282Tyr];[His63Asp] avec la maladie demeure ambiguë. Ce génotype est considéré comme un facteur de risque par la plupart des sociétés savantes compte-tenu de sa plus grande fréquence en population générale et de l’observation d’une ou plusieurs causes secondaires de surcharge en fer chez une majorité de patients. De fait, le génotypage systématique de la variation p.His63Asp chez des sujets présentant des formes modérées de surcharge en fer n’est plus recommandé dans un certain nombre de pays européens.

Objectif : Nous avons posé la question de l’interprétation des génotypes observés au locus HFE chez des patients traités par phlébotomies en raison d’un diagnostic d’HC.

Matériel et Méthodes : 488 patients considérés comme atteints d’HC ont été recrutés dans 25 centres  de santé de l’Etablissement Français du Sang entre janvier 2012 et décembre 2015. Tous avaient une élévation de la ferritine sérique (≥300 µg/L chez les hommes; ≥200 µg/L chez les femmes non ménopausées). Les typages des variations p.Cys282Tyr et p.His63Asp ont été réalisés de manière exhaustive par PCR en temps réel. Un questionnaire médical a permis de recenser des données sociodémographiques, biologiques, cliniques et thérapeutiques et de proposer de manière rétrospective un diagnostic différentiel de l’hyperferritinémie. Le diagnostic d’HC était posé par les médecins prescripteurs des saignées (généralistes ou spécialistes).

Résultats : Les génotypes p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr] et p.[Cys282Tyr];[His63Asp] ont été observés chez 258 (54%) et 112 (23%) patients, respectivement. Près de 25% des patients (n=118) présentaient un génotype incompatible avec le diagnostic d’une HC. Les quantités de fer plasmatique (saturation de la transferrine) et de fer soustrait par phlébotomies étaient significativement inférieures dans ce troisième groupe de patients. Un syndrome métabolique (SM) était diagnostiqué chez 48,3% alors que 11,9% déclaraient une consommation excessive d’alcool. Le SM apparaissait être la cause majoritaire d’hyperferritinémie secondaire chez les patients p.[Cys282Tyr];[His63Asp] (56,3%), alors que l’association d’un SM et du génotype p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr] était observée chez un nombre significativement plus faible de patients (28,3%; p < 0,0001).

Conclusions : Notre étude démontre que l’HC liée au gène HFE est évoquée par erreur chez un nombre conséquent de patients traités par phlébotomies. Cela pose clairement la question de la formation médicale, en particulier chez les médecins généralistes. Elle confirme également que des recommandations hygiéno-diététiques pourraient bénéficier à une majorité de sujets p.[Cys282Tyr];[His63Asp] chez lesquels le SM semble sous-diagnostiqué.

Gerald LE GAC (BREST), Virginie SCOTET, Isabelle GOURLAOUEN, Carine L'HOSTIS, Marie-Christine MEROUR, Suzanne ASSARI, Claude FEREC
15:30 - 16:30 #12673 - CO086 La thérapie génique médiée par un virus associé à l’adénovirus (AAV9) restaure l’activité enzymatique dans un modèle murin pour une maladie de surcharge lysosomale, l’aspartylglucosaminurie.
CO086 La thérapie génique médiée par un virus associé à l’adénovirus (AAV9) restaure l’activité enzymatique dans un modèle murin pour une maladie de surcharge lysosomale, l’aspartylglucosaminurie.

Aspartylglucosaminuria (AGU) is an autosomal recessively inherited lysosomal storage disease. It is caused by the absence of functional lysosomal enzyme aspartylglucosaminidase (AGA), resulting in the accumulation of AGA substrate, aspartylglucosamine (GlcNAc-Asn) in different body fluids and tissues. In humans, AGU is a progressive disorder characterized by intellectual disability, skeletal abnormalities, and early mortality. Currently, there is no cure for AGU. Previous adenovirus-mediated gene therapy was demonstrated to be effective in locally reducing lysosomal storage in the brain (intraparenchymal route) and fully correcting it in liver (intravenous route, IV) of AGU mice. Over the past decade, adeno-associated virus (AAV) gene therapy has progressed rapidly and AAV9 vectors have been shown to confer a dramatic therapeutic improvement to neurological disorders. Therefore, we hypothesized that AAV9-based gene therapy may impart a therapeutic benefit to AGU mice. A const