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00:00 - 00:00 #12548 - P002 Le polymorphisme C677T de la MTHFR et schizophrénie.
P002 Le polymorphisme C677T de la MTHFR et schizophrénie.

Introduction

La schizophrénie est une maladie cérébrale chronique qui touche environ 1% de la population mondiale. Les progrès de la biologie moléculaire ont permis progressivement d’identifier l’interaction entre les facteurs bio-environnementaux. Ainsi, de nombreuses études ont  montré que la schizophrénie, comme toutes les maladies psychiatriques, est notamment due aux effets de plusieurs gènes, chacun jouant un rôle relativement faible, et interagissant avec ces facteurs, Parmi ces gènes « le gène de la MTHFR ».

Objectifs 

Nous avons voulu par ce travail, rechercher une éventuelle relation entre le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR et la schizophrénie dans une population de l’Est algérien.

Patients et méthodes 

Nous avons recruté 56 sujets schizophrènes et 58 témoins présumés sains. Pour chaque sujet nous avons collecté des données cliniques par le biais d’un interrogatoire et de la consultation du dossier médical; et réalisé des prélèvements  sanguins pour le dosage des paramètres biologiques (homocystéine, Vit B12 et folates) et pour une étude génétique du polymorphisme C677T de la MTHFR.

Résultats 

Nos résultats montrent une association positive entre le sexe masculin (82.14%), le chômage (74.47% chez les malades  versus 20.75%  chez les témoins), le tabac à chiquer (48.78% vs 7.14%) le tabagisme (69.77% vs 46.55%), la prise du cannabis (39.95% vs 00%), la morbidité familiale (56.86% vs7.41%) et le taux plasmatiques d’acide folique. Cependant les taux de Vitamine B12 et d’ homocystéine ne montrent  aucune corrélation  avec la schizophrénie.

Notre étude  retrouve également une fréquence significativement élevée du génotype homozygote muté TT du gène de la MTHFR chez les malades (57.14 % vs 5.36 %). Ce polymorphisme est  fortement corrélé  avec la schizophrénie avec des Odds ratios des genotypes TT vs CC=30.87 IC (7.21-153.23) p < 0.00001 et TT+CT vs CC=9.16IC(3.47-24.78) p < 0.00001.

Conclusion

Cette étude nous a permis de déterminer la prévalence de certains facteurs contribuant au développement et à l’évolution de la schizophrénie mais surtout de mettre en évidence la corrélation fortement positive entre le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR et la schizophrénie dans notre population.


Sabah HANACHI (Constantine, Algérie), Karima SIFI, Fatima Zohra MADOUI, Khalida BOUDAOUD, Salima ZEKRI, Karima BENMEBAREK, Noredine ABADI
00:00 - 00:00 #12594 - P003 Haploinsufficiency for the autism-associated ARID1B gene causes a specific developmental pattern from corpus callosum anomalies to visuo-spatial deficits.
P003 Haploinsufficiency for the autism-associated ARID1B gene causes a specific developmental pattern from corpus callosum anomalies to visuo-spatial deficits.

ARID1B mutations is a frequent cause of intellectual disability (ID, 0,5-1%), with  various degrees of autism spectrum Disorder (ASD)  and agenesis of the corpus callosum (ACC, 10%)1..

On the other hand the neuropsychological consequences of ACCC  reportedly include impairment of visuo-spatial and social cognition.  Many atypical findings in ACC overlap with those observed in ASD. Patients with ARID1B mutations provide therefore an unique opportunity to investigate the role of CC in visual and social cognition. Recently,  heterozygous ARID1B mutant mice showed social behavior impairment, altered vocalization, motor abnormalities, anxiety-like behavior and neuroanatomical anomalies including ACC4. Despite an abundant literature, little is known regarding the cognitive and behavioral  consequences of ARID1B mutations in  humans and no link has been made between CC anomalies and cognitive dysfunctions.

We have investigated the visuo-spatial perceptions, social cognition and psychiatric phenotype in 8 patients with ARID1B mutations. A paramedian sagittal section of the brain MRI was selected, and CC was measured in the following four regions: Anteroposterior length (LC), Genu width (WG), Trunk width (WT) and Splenium width (WS).

 Spearman’s rank order coefficients were used to explore correlations between  visuo-spatial and social cognitive variables and dimensions of the CC.

Behavioral anomalies observed in all cases, included social withdrawal, hyperactivity with attention deficit and anxiety. Three patients fulfilled ASD criteria. A significant correlation between CC size (LC and GW) and visual cognition was observed. Interestingly, CC anomalies may change in the course of the disease, with progressive enlargement of retro-cerebellar cysts associated with ACC or thick CC.

Here we show that CC anomalies caused by ARID1B mutations are progressive and predictive of the cognitive phenotype including visuo-spatial anomalies.

1 - Mignot C et al. Brain 2016 ; In Press

 2 - Santen et al. Am J Med Genet C Semin Med Genet 2014 ; 166C : 276-289.

 3 - Lombardo et al. Mol Autism 2012 ; 21 : 3  DOI: 10.1186.

 4 - Celen et al. Elife 2017 ; 11  : 6 DOI: 10.7554.


Caroline DEMILY (LYON), Charlyne DUWIME, Alice POISSON, Cherhazad HEMINOU, Nathalie BODDAERT, Charlotte DENIER, Matthieu ROBERT, Marie-Noëlle BABINET, Nicolas FRANCK, Claude BESMOND, Giulia BARCIA, Massimiliano ROSSI, Laurence VAIVRE-DOURET, Arnold MUNNICH
00:00 - 00:00 #12595 - P004 Marqueurs neurocognitifs des troubles psychotiques dans la microdélétion 22q11.2 : une étude comportementale et électrophysiologique chez des jumeaux homozygotes.
P004 Marqueurs neurocognitifs des troubles psychotiques dans la microdélétion 22q11.2 : une étude comportementale et électrophysiologique chez des jumeaux homozygotes.

Introduction : La microdélétion 22q11.2 représente la cause génétique de schizophrénie la plus fréquente. Réciproquement, les troubles psychotiques affectent près de 50% des patients porteurs de cette microdélétion. Leur émergence est corrélée aux troubles de la  reconnaissance des expressions faciales émotionnelles qui pourraient être eux-mêmes sous tendus par des troubles de la cognition visuelle (Debbané et al. 2006 ; Leleu et al. 2016). Afin de tester cette hypothèse en s’affranchissant des facteurs de régulation autre sur le génome, nous comparons au plan comportemental et électrophysiologique deux jumeaux monozygotes discordants pour les troubles psychotiques. 

Méthode : Les deux jumeaux ont réalisé une batterie complète de tests neuropsychologiques permettant de déterminer leur profil cognitif. Ensuite, au cours d’un enregistrement électroencéphalographique, ils ont visionné des visages expressifs d’intensité variable présentés à fréquence constante parmi des visages neutres. La mesure de potentiels évoqués visuels stationnaires a permis de quantifier leur capacité à détecter un changement d’expression faciale émotionnelle en fonction de l’intensité.

Résultats : le profil neurocognitif des deux patients varie sur deux points. Chez le jumeau qui présente des troubles psychotiques, les troubles visuo-spatiaux sont plus étendus.  Des anomalies comportementales et électrophysiologiques sont également retrouvées témoignant de difficultés pour détecter et catégoriser  des expressions faciales émotionnelles d’intensité variable.

Conclusion : Les résultats obtenus étayent donc l’hypothèse d’un lien entre dysfonctionnement de la cognition visuelle, perturbation de la perception des expressions faciales, et survenue de symptômes psychotiques dans la microdélétion 22q11.2. L’origine de l’hétérogénéité du phénotype psychiatrique reste à préciser.


Emilie FAVRE (Lyon), Arnaud LELEU, Caroline DEMILY
00:00 - 00:00 #12599 - P005 Les variations tronquantes du gène IRF2BPL sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental avec régression.
P005 Les variations tronquantes du gène IRF2BPL sont responsables d’un nouveau syndrome neurodéveloppemental avec régression.

Le retard de développement (RD) et la déficience intellectuelle (DI) sont des troubles fréquents, affectant environ 3% de la population générale, divisés en formes isolées ou syndromiques (associés à des signes cliniques supplémentaires). La régression neurologique, définie par la perte de compétences acquises antérieurement, peut survenir chez des patients présentant un développement normal, tels que dans les erreurs innées du métabolisme, mais également aggraver des patients atteints de RD/DI comme dans le syndrome de Rett. Les RD/DI syndromiques présentent ainsi une large hétérogénéité clinique et génétique avec approximativement plus de 800 gènes causaux décrits. Le déploiement du séquençage à haut débit d’exome (WES) au cours des dernières années s’est avéré un outil puissant puisqu’il a conduit à identifier de nombreux nouveaux gènes responsables de RD/DI grâce notamment au partage de données. Cependant, environ 60% d’individus restent sans explication moléculaire après un WES diagnostique.

Grâce à la combinaison du WES et d’un partage de données international, nous rapportons onze individus avec des variations tronquantes hétérozygotes sporadiques du gène IRFP2L (Interferon Regulatory Factor 2 Binding Protein-Like). Tous présentaient un RD/DI et une régression neurologique (âge moyen d’apparition à 3.8 ans), associés à une épilepsie clinique chez plus de la moitié des individus avec des anomalies à l’électroencéphalogramme (9/11) indépendamment des crises. Ils présentaient également une hypotonie axiale (8/11), une ataxie (6/11) et une dystonie (4/11). Trois avaient des anomalies à l'IRM cérébrale et/ou à la biopsie musculaire. Les analyses d’expression transcriptionnelle et protéique montraient une diminution de moitié de la quantité de protéine sauvage, associée à une augmentation de la transcription d'IRF2BPL.

IRF2BPL code pour un modulateur transcriptionnel nucléaire de type doigt de zinc avec une activité prédite d'ubiquitine ligase grâce à un domaine RING-finger localisé en C-terminal. IRF2BPL possède également une région poly-glutamine en N-terminal. IRF2BPL semble être très intolérant aux variations pertes de fonction (pLI = 0,97) et l’identification de 11 cas porteurs de variations tronquantes de novo dans le gène IRF2BPL ne peut pas être due au hasard (p < 0,05).  IRF2BPL a précédemment été identifiée comme régulateur transcriptionnel des réseaux neuronaux impliqués dans l'axe hormonal reproducteur féminin des rongeurs et primates supérieurs. Cependant la fonction en pathologie humaine est actuellement inconnue. Des études fonctionnelles supplémentaires sont en cours pour mieux caractériser l'implication d’IRF2BPL dans ce syndrome neurodéveloppemental.

Le phénotype neurodéveloppemental semblable dans une cohorte de 11 individus porteurs d’une variation tronquante sporadique dans le même gène IRF2BPL permet de conclure à l’implication de cette protéine dans un nouveau trouble neurodéveloppemental avec régression.


Frédéric TRAN (Dijon), Antonio VITOBELLO, Laurence DUPLOMB, Kristin LINDSTROM, Isabelle MAREY, Rebecca SPILLMANN, Marie-Jose VAN DEN BOOGAARD, Renske OEGEMA, Boris KEREN, Nicholas STONG, Alice MASUREL, Caroline NAVA, Thibaud JOUAN, Floor JANSEN, Yannis DUFFOURD, Anais BEGEMANN, Markus ZWEIER, Anita RAUCH, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Jill Anne MOKRY, Mary Kay KOENIG, Elena INFANTE, Damara ORTIZ, Koen VAN GASSEN, Kacie RILEY, Jenniffer FRIEDMANN, Loren PENA, Christel THAUVIN
00:00 - 00:00 #12609 - P006 A propos d’une nouvelle mutation familiale dans le gène NFIA: confirmation et expansion du phénotype.
P006 A propos d’une nouvelle mutation familiale dans le gène NFIA: confirmation et expansion du phénotype.

Le gène NFIA appartient à une famille de gènes (NFI) codant pour des facteurs de transcription. Les anomalies du gène NFIA ont à ce jour été rapportées chez une dizaine de patients dans la littérature, essentiellement par délétions 1p31-p32 emportant notamment NFIA ou par translocations interrompant NFIA. En 2014, Rao et al. ont ensuite identifié un patient avec délétion de novo hétérozygote intragénique de NFIA. Enfin deux patients avec mutations de novo hétérozygotes dans NFIA ont été rapportés indépendamment par Negishi et al. et Bayat et al.  Le tableau phénotypique de ces patients se caractérise essentiellement par l’association d’une macrocéphalie avec ventriculomégalie voire hydrocéphalie, d’anomalies du corps calleux, d’un retard modéré de développement psychomoteur et d’anomalies des voies urinaires.

Nous rapportons une famille avec père et fils porteurs d’une nouvelle mutation ponctuelle hétérozygote dans le gène NFIA. Le père présente l’association d’une macrocrânie avec probable hydrocéphalie et épanchements sous-duraux bilatéraux (avec à l’IRM un défaut d’operculisation des vallées sylviennes et un corps calleux un peu court), de difficultés scolaires sans nette déficience intellectuelle, d’une fente palatine opérée et d’un méga-uretère primitif droit d’évolution favorable. Au cours de la première grossesse de sa conjointe, des carrefours ventriculaires limites ont été notés chez le fœtus dès 22 SA avec à l’IRM cérébrale foetale une dilatation ventriculaire symétrique avec mauvaise fermeture antérieure des vallées sylviennes. L’enfant est né à terme avec une macrocrânie, une luette bifide et une syndactylie cutanée entre les 4ème et 5ème orteils du pied gauche. Son évolution a été marquée par une légère hypotonie axiale initiale, quelques difficultés sur le plan moteur sans nette difficultés d’apprentissage à l’âge de 5 ans et une scaphocéphalie. Son IRM montre une dilatation tri-ventriculaire, un corps calleux fin, deux hétérotopies péri-ventriculaires et un aspect anormal des vallées sylviennes. Son échographie rénale était normale.  Sur le plan génétique, le caryotype était normal chez le père, ainsi que l’ACPA. Une analyse de type « exome médical » (Focused Exome Agilent) a permis d’identifier une nouvelle mutation frameshift à l’état hétérozygote (c.1040del, (p.gly347Glufs*22)) dans le gène NFIA, confirmée en Sanger, chez le père et le fils.

La description de ces nouveaux patients avec mutation dans le gène NFIA confirme le spectre phénotypique précédemment décrit et montre que certains signes cliniques peuvent s’observer dès la période anténatale. Cela confirme de plus l’existence de malformations moins fréquentes telles que les craniosténoses, les anomalies de gyration et/ou hétérotopies neuronales ou encore les anomalies des extrémités. Enfin, cette nouvelle famille permet d’inclure les anomalies du palais (fente palatine/luette bifide) dans le spectre phénotypique des mutations NFIA.


Chloé QUÉLIN (Rennes), Sylvie ODENT, Laurent PASQUIER, Florence DÉMURGER, Mélanie FRADIN, Lorraine MAHEUT, Wilfrid CARRÉ, Mathilde FERRY, Maia PROISY, Servane LE LEZ SOQUET, Christèle DUBOURG
00:00 - 00:00 #12617 - P007 Criblage des gènes de la dynamique mitochondriale dans une cohorte de 600 patients atteints de neuropathies optiques héréditaires.
P007 Criblage des gènes de la dynamique mitochondriale dans une cohorte de 600 patients atteints de neuropathies optiques héréditaires.

Les Neuropathies Optiques Héréditaires (NOH) sont des maladies rares cécitantes affectant spécifiquement les cellules ganglionnaires de la rétine, dont les axones forment le nerf optique et transduisent l’information visuelle de la rétine au cerveau. Selon le mode de transmission, on distingue l’Atrophie Optique Dominante (AOD) ou maladie de Kjer, causée principalement par des mutations dans le gène OPA1 et plus rarement dans les gènes  OPA3, SPG7 et AFG3L2. Les formes récessives (AOR) sont moins fréquentes et associées à des mutations dans les gènes TMEM126A, ACO2 et RTN4IP1. Enfin, il existe des formes à transmission maternelle, dans le cas de la NOH de Leber, associées à des variants pathogènes du génome mitochondrial.

Les gènes d’AOD codent des protéines mitochondriales impliquées directement (OPA1, MFN2) ou indirectement (OPA3, AFG3L2 et SPG7) dans la dynamique mitochondriale, alors que les gènes d’AOR codent pour des protéines mitochondriales non impliquées dans la dynamique mitochondriale.

Le séquençage d’un panel de 23 gènes nucléaires dont des gènes de la dynamique mitochondriale a été réalisé dans une cohorte de 600 patients présentant une AOD. Nous avons identifié des variants pathogènes hétérozygotes dans les gènes OPA1 (42 familles), MFN2 (10 familles), AFG3L2 (7 familles) et SPG7 (3 familles). En complément, le séquençage d’exome, nous a permis d’identifier deux nouveaux variants pathogènes dans le gène DNM1L dans trois grandes familles présentant une AOD. Les fibroblastes de ces patients ont montré un réseau mitochondrial hyper-filamenté, sans aucune atteinte des peroxysomes, ni de la respiration mitochondriale et de l’activité enzymatique des complexes de la chaine respiratoire. Paradoxalement, DNM1L code une protéine dont la fonction de fission mitochondriale est diamétralement opposée à celle d’OPA1. Ces résultats démontrent le rôle particulièrement critique de l’équilibre fusion-fission pour la physiologie des cellules ganglionnaires de la rétine.


Majida CHARIF (OUJDA, Maroc), Patrizia AMATI-BONNEAU, Céline BRIS, David GOUDENÈGE, Vincent PROCACCIO, Dominique BONNEAU, Pascal REYNIER, Guy LENAERS
00:00 - 00:00 #12639 - P008 Intérêt d’un parcours de soins personnalisé dans le diagnostic étiologique des troubles du spectre autistique.
P008 Intérêt d’un parcours de soins personnalisé dans le diagnostic étiologique des troubles du spectre autistique.

Les troubles du spectre autistique sont un trouble du développement apparaissant dans l’enfance et se manifestant par des difficultés d’interaction sociale, de communication, et de comportement.

Depuis quelques années, ils constituent un motif croissant de consultation en neuropédiatrie et en génétique qui tentent de répondre à la question du diagnostic étiologique. Cet afflux de patients n’est probablement pas sans lien avec les recommandations publiées par la HAS en 2010 qui préconise un examen neuropédiatrique complet et une consultation auprès d’un généticien avec réalisation d’un caryotype et recherche d’un syndrome de l’X fragile pour tout enfant autiste.

La prise en charge des patients avec trouble du spectre autistique est délicate : Les difficultés de compréhension et d’expression, les particularités sensorielles de ces patients nécessitent une prise en charge adaptée et personnalisée.

Ainsi, l’institut Imagine et l’hôpital Necker ont créé un parcours de soins spécifique pour ces patients, avec consultation unique regroupant neuropédiatre et généticien, mais aussi un infirmier coordinateur. Nous présentons ce parcours de soins mis en place en 2016 et qui a pu être proposé à 167 patients. Ce parcours de soins se déroule en ambulatoire (consultation puis prélèvement) et non sur une hospitalisation, inadaptée aux difficultés comportementales des enfants. Une attention particulière a été portée à la réalisation des prélèvements nécessaires au diagnostic étiologique..

Pour effectuer ce prélèvement, source d’angoisse non seulement pour les enfants mais également pour leurs parents, il a fallu s’adapter.

Il apparait en effet que le temps est un facteur primordial. Ce n’est pas le prélèvement en lui-même qui est long, mais la mise en confiance de l’enfant et des parents, avec une moyenne de 30 min par patient (de 20 à 45 min) contre environ 10 pour le reste de la population pédiatrique. Il faut donc anticiper cela et ne pas avoir d’autre patient en charge. L’une des premières initiatives fut donc de créer un parcours parallèle pour ces patients afin de les sortir du flux classique des prélèvements toutes disciplines confondues. La douleur est un des points qu’il ne faut surtout pas négliger, afin que non seulement le soin se passe le mieux possible, mais aussi renforcer la confiance du patient et son entourage dans la prise en charge. Emla®, Meopa® sont prescrits systématiquement,  tablette, smartphone, jouet, …tous les moyens sont mis à disposition pour distraire l’enfant. Le visuel est certainement l’un des points à approfondir car il s’est avéré que dans la moitié des cas la tablette est aussi efficace que le Meopa

Grâce à ce parcours de soins, les échecs de prélèvements sont rares puisque 164/167 enfants ont pu être prélevés à ce jour.


Jerome JEANNETTE (PARIS), Isabelle DESGUERRE, Laurence ROBEL, Arnold MUNNICH, Stanislas LYONNET, Valerie CORMIER DAIRE, Marlene RIO
00:00 - 00:00 #12640 - P009 Caractérisation phénotypique de sept femmes porteuses d’une mutation hétérozygote du gène KDM5C.
P009 Caractérisation phénotypique de sept femmes porteuses d’une mutation hétérozygote du gène KDM5C.

La déficience intellectuelle liée à l’X (DILX) se caractérise par une hétérogénéité clinique et génétique extrême avec des formes syndromiques et non syndromiques impliquant plus d’une centaine de gènes. À ce jour, 28 mutations ont été reportées dans le gène de la déméthylase 5C lysine spécifique (KDM5C), qui code pour une histone déméthylase. KDM5C est associé au retard mental syndromique lié à l’X type Claes-Jensen (OMIM #300534) et apparaît comme l'une des causes principales de DILX chez les hommes. Les individus atteints présentent une déficience intellectuelle (DI) modérée à sévère, des troubles du comportement, une épilepsie, une petite taille et une dysmorphie faciale, associées à des anomalies squelettiques et génito-urinaires. Dans la littérature, la plupart des mutations identifiées chez les hommes ségrègent chez leurs mères et leurs sœurs. Celles-ci peuvent être asymptomatiques, présenter des difficultés d'apprentissage mais rarement une véritable DI, qui s’avère à priori plus modérée que celle observée chez les hommes. Néanmoins, les descriptions phénotypiques de ces femmes atteintes sont rares et peu détaillées.          

               Notre objectif est de décrire de manière approfondie les caractéristiques cliniques et moléculaires des femmes porteuses de variations hétérozygotes du gène KDM5C.

               Nous avons identifié par séquençage haut débit d’exome deux patientes porteuses de variants hétérozygotes dans le gène KDM5C dans une série de patients atteints de DI et/ou d’anomalies du développement. Grâce à un appel à collaboration national et international, nous avons recruté cinq autres patientes non apparentées porteuses de variants hétérozygotes du gène KDM5C. Au total, nous reportons 7 nouveaux variants (3 tronquants et 4 faux-sens), 3 de novo, 3 hérités et 1 de transmission non déterminé, chez sept femmes âgées de 5 à 36 ans. Toutes présentaient une DI légère à modérée, des troubles du comportement, et des troubles endocriniens incluant retard de croissance, obésité, hypertrichose, aménorrhée et troubles thyroïdiens. 4 patientes sur 7 présentaient une dysmorphie faciale hétérogène. Seulement 2/7 avaient un retard de croissance et 1/7 une épilepsie. Un trouble du langage spécifique prédominant sur l’expression contrastant avec une compréhension correcte pour l'âge cognitif est le trait phénotypique le plus constant et le plus discriminant.

               En conclusion, cette étude étend le nombre de mutations KDM5C reportées chez des femmes symptomatiques et supportent le rôle de ce gène dans la DI chez les femmes. Elle met en évidence l'implication croissante dans les cas féminins sporadiques de gènes précédemment connus pour être responsables de DILX chez les hommes.


Virginie CARMIGNAC (DIJON), Sophie NAMBOT, Jamal GHOUMID, Thomas SMOL, Caroline THUILLIER, Cécile ZORDAN, Thierry BIENVENU, Renaud TOURAINE, Daphné LEHALLE, Patrick CALLIER, Thibaud JOUAN, Julien THEVENON, Christophe PHILIPPE, Frederic TRAN MAU THEM, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN ROBINET
00:00 - 00:00 #12646 - P010 Origines historiques de la mutation G2019S dans la population Nord Africaine.
P010 Origines historiques de la mutation G2019S dans la population Nord Africaine.

Introduction : La mutation G2019S du gène leucine-richrepeat kinase 2 (LRRK2) est la cause la plus fréquente des formes monogéniques de la maladie de Parkinson dans la population Nord-africaine, représentant plus de 40% des cas parkinsoniens.

Cette mutation est portée  sur trois haplotypes différents dont le plus fréquent (haplotype1) est apparu il y a 4000 ans, probablement du Moyen-Orient. Étant donné que cette région contient différentes ethnies; essentiellement des Arabes et des Berbères; nous avons recherché l'origine ethnique de 128 patients nord-africains, porteurs de la mutation G2019S.

Patients et méthodes : L’ADN de 72 patients hommes porteurs de la mutation G2019S ont été génotypés pour un premier lieu pour l’haplotype le plus fréquent porteur de la mutation G2019S (haplotype 1) puis ont été criblés pour différents marqueurs du chromosome Y pour la recherche des 4 haplo-groupes: E (YAP, PN2, PN1, M215, M35, M81, M78, M123); R (M207, M173, M343, M17, M335); Q (M242) et J (DYS11-12f2, M304, M267, M172).

Résultats : L’haplotype 1, dont l’effet fondateur a eu lieu au Moyen-Orient et daté y a 4000 ans, a été identifié chez 100% des 72 patients hommes porteurs de la mutation G2019S. Chez ces patients, le sous-haplo-groupe représentatif de l’origine berbère E1B1B1B (YAP/PN2/M215/M35/M81) a été identifié chez 51.4% des patients hommes porteurs de la mutation (p-value = 0.0002). L’ensemble des deux sous- haplo-groupes représentatifs de l’origine Arabe :J1-M267 (DYS11-12f2/M304/M276)et J2-M172 (DYS11-12f2/M304/M172) ont été retrouvés chez 36.1% des patients hommes porteurs de la mutation G2019S.Le troisième sous-haplo-groupe, R1B1A (M207/M173/M343/V88) représentatif de l’origine Afrique subsaharienne a été retrouvé chez 12,5% des patients porteurs.

Ces résultats suggèrent que la mutation G2019S a une origine Berbère plutôt que Arabe. 


Sawssan BEN ROMDHAN, Suzanne LESAGE, Chokri MHIRI, Sawssan BEN ROMDHAN (PARIS)
00:00 - 00:00 #12653 - P011 Un variant stop de novo de ZSWIM6 et récurrent chez 7 patients présentant une déficience intellectuelle sévère sans malformations craniofaciale et/ou des membres.
P011 Un variant stop de novo de ZSWIM6 et récurrent chez 7 patients présentant une déficience intellectuelle sévère sans malformations craniofaciale et/ou des membres.

Un variant récurrent, faux sens (p.Arg1163Trp) et de novo du domaine Sin3-like en C-terminal du gène ZSWIM6 (MIM 615951) a été identifié dans le syndrome de dysostose frontonasale-acromélie (DFNA, MIM 603671) associant une dysplasie frontonasale sévère, une hypoplasie du tibia, une polydactylie preaxiale des pieds, des malformations cérébrales et une déficience intellectuelle sévère. Un effet gain de fonction est suspecté. Les protéines ZSWIM appartiennent à la famille comportant un domaine ‘SWIM’ en doigt de zinc finger comme c’est le cas des protéines SWI2/SNF2 et MuDR. Elles peuvent lier l’ADN et des protéines mais leurs cibles ne sont pas connues.

Nous rapportons 7 patients non apparentés et présentant une déficience intellectuelle sévère avec troubles de la relation et stéréotypies, porteurs d’un variant dans l’avant dernier exon du gène et responsable d’un codon stop prématuré (NM_020928, c. 2737C > T, p.Arg913Ter) identifié par séquençage d’exome en trio. Aucun patient ne présente de malformations craniofaciale et/ou des membres. Un patient a développé une neuropathie progressive axonale et myélinique avec perte de la marche autonome à l’âge adulte. Une RT-PCR, sur lignée lymphoblastoïde d’un des patients et sur extraction directe d’ARN de sang total chez un autre, montre que l’allèle muté échappe au nonsense-mediated decay (NMD). La protéine attendue est tronquée du domaine Sin3-like en C-terminal et pourrait avoir un effet dominant négatif et ce d’autant plus qu’un variant entrainant une probable perte de fonction n’a pas de conséquence phénotypique. Ceci illustre le risque de négliger un variant prédit responsable d’une perte de fonction comme possiblement responsable d’un phénotype. Enfin, ces résultats confortent le rôle direct de ZSWIM6 dans le développement du système nerveux central et en dehors de malformations craniofaciales sévères. C’est un exemple de gène tolérant à la perte de fonction dont 2 variants (et chacun récurrent) ont des conséquences différentes sur le développement par effet gain de fonction et/ou dominant négatif probable.


Christopher T GORDON, Elizabeth E PALMER, Raman KUMAR, Marie SHAW, Laurence HUBERT, Renee CAROLL, Marlene RIO, Lucinda MURRAY, Seema LALANI, Francesca FILIPPINI, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Alexandra GARRIGUE, Genevieve DE SAINT BASILE, Arnold MUNNICH, William NEWMAN, Claude BESMOND, Jill ROSENFELD, Michael FIELD, Jeanne AMIEL (PARIS)
00:00 - 00:00 #12666 - P012 Altérations rétiniennes et dys-sensibilité visuelle dans le syndrome de l’X-fragile.
P012 Altérations rétiniennes et dys-sensibilité visuelle dans le syndrome de l’X-fragile.

Le syndrome de l’X-fragile (FXS), déficience intellectuelle (DI) la plus fréquente chez l’homme (1/3000 naissances), a pour origine l'absence d'expression de la protéine FMRP. La perte de cette protéine régulatrice de la traduction protéique neuronale et gliale engendre des anomalies structurelles et fonctionnelles des synapses nommées immaturités neuronales. Ce phénotype cellulaire est considéré comme l’origine du phénotype clinique du FXS. Ce dernier se compose d’une DI, d’anomalie du comportement ainsi que de  troubles sensoriels. Parmi ces troubles sensoriels,  les altérations de la fonction visuelle se caractérisent par une diminution de la sensibilité aux contrastes, aux textures et aux mouvements. Ces troubles visuels sont classiquement considérés comme uniquement d’origine centrale, liée à l'immaturité neuronale.

Récemment nous avons montré chez la souris que la protéine Fmrp est exprimée dans la rétine, le tissu nerveux périphérique responsable de la capture des stimuli lumineux, et à l’origine de la perception visuelle. Chez le modèle murin du FXS, (souris Fmr1-/y), la fonction rétinienne mesurée par électrorétinogramme (ERG) est fortement altérée et est caractérisée par une réduction des ondes issues des photorécepteurs et de la rétine interne. Ces résultats peuvent expliquer une diminution des capacités de perception des contrastes et des textures. Ce phénotype électrophysiologique est associé à des dérégulations protéiques mais surtout à une immaturité des neurones rétiniens. Ainsi, l’absence de la protéine Fmrp dans la rétine engendre des altérations moléculaires et cellulaires similaires à celles observées au niveau cérébral. De plus, par des tests comportementaux impliquant majoritairement la perception de stimuli visuels (acuité visuelle), nous avons montré que les souris Fmr1-/y présentent une réponse comportementale diminuée, en adéquation avec les anomalies de l'ERG.

Par conséquent, nos travaux démontrent que le phénotype sensoriel visuel du FXS résulte très probablement de l’addition des effets d’anomalies rétiniennes et cérébrales.

Ainsi, comprendre la part du phénotype de perception rétinienne dans le phénotype sensorielle visuelle du FXS pourrait permettre de mieux appréhender la physiopathologie du FXS et ainsi, à terme, améliorer les conditions de vie de patients.


Chloé FELGEROLLE (Orléans), Arnaud PÂRIS, Maryvonne ARDOUREL, Audrey BAZINET, Rafaëlle ROSSIGNOL, Géraldine DILHET, Arnaud MENUET, Jacques PICHON, Isabelle RANCHON-COLE, Sylvain BRIAULT, Olivier PERCHE
00:00 - 00:00 #12677 - P013 L'exome clinique appliqué aux anomalies du tube neural confirme le rôle primordial des gènes de la polarité planaire cellulaire.
P013 L'exome clinique appliqué aux anomalies du tube neural confirme le rôle primordial des gènes de la polarité planaire cellulaire.

Le spina bifida est une anomalie congénitale de fermeture du tube neural ayant pour conséquence de graves malformations allant de l’anencéphalie au myéloméningocèle ou spina bifida. Il est reconnu depuis longtemps que l’étiologie de cette pathologie est à la fois génétique et environnementale. Toutefois, un nombre limité de gènes a été impliqué dans l’apparition de cette malformation congénitale et aucun centre ne propose actuellement l’étude de ces gènes en raison de la lourdeur de la technique de séquençage classique. Le développement des technologies de séquençage à haut débit de nouvelle génération (NGS), ouvre la possibilité d’étudier un large panel de gènes ou d’étendre systématiquement cette recherche à l’ensemble des séquences codantes du génome (exome). Dans cette étude nous avons choisi une solution intermédiaire qui consiste à séquencer les exons des gènes OMIM (exome clinique).

Cette approche a été utilisée pour étudier une cohorte de 50 patients non apparentés et 36 parents, incluant 14 familles avec un ou deux cas recrutées dans les Services cliniques des CHU de Rennes et de Vannes, 9 fœtus issus d’une interruption médicale de grossesse ainsi que 25 adultes isolés recrutés lors de consultations de génétique au Centre de Référence Spina Bifida de Rennes.

Cette série de 50 patients complète et renforce les données de la littérature sur la génétique des anomalies du tube neural, puisqu’aucun variant dans la voie du métabolisme des folates n’a été identifié. En revanche, ces résultats soulignent l’implication majeure des gènes de la voie de polarité planaire cellulaire puisque nous avons identifié une mutation de novo dans PTK7 dans un trio et obtenu une fréquence élevée de variants rares dans CELSR1 et PTK7. Les variants du gène FREM2 sont aussi surreprésentés dans cette étude, impliquant ainsi dans les anomalies du tube neural  la voie FRAS/FREM connue pour être importante pour le développement précoce. Enfin, ces résultats démontrent une possible transmission oligogénique, maintenant reconnue dans d’autres anomalies du développement.

Cette étude sur 50 patients confirme la grande hétérogénéité génétique des anomalies du tube neural mais renforce l’implication de la voie de la polarité planaire cellulaire.


Marie BEAUMONT, Wilfrid CARRE, Linda AKLOUL, Hubert JOURNEL, Laurent PASQUIER, Mélanie FRADIN, Chloé QUELIN, Houda HAMDI-ROZE, Christèle DUBOURG, Valérie DUPE, Sylvie ODENT, Véronique DAVID (RENNES)
00:00 - 00:00 #12693 - P014 Influence de la taille de l’expansion GGGGCC du gène C9orf72 dans différentes régions cérébrales sur les phénotypes des patients avec démence frontotemporale et/ou sclérose latérale amyotrophique.
P014 Influence de la taille de l’expansion GGGGCC du gène C9orf72 dans différentes régions cérébrales sur les phénotypes des patients avec démence frontotemporale et/ou sclérose latérale amyotrophique.

Les démences frontotemporales (DFT) représentent la deuxième cause de démences dégénératives du sujet jeune après la maladie d’Alzheimer. Elles se manifestent par des troubles comportementaux et du langage d’évolution progressive. Dans 15% des cas environ elles sont associées à une Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) responsable d’un déficit moteur progressif. Une expansion hexanucléotidique GGGCC dans le premier intron du gène C9orf72 est la principale cause de forme autosomique dominante de DFT, associée ou non à la SLA. Le seuil pathologique est établi à > 23 GGGGCC, mais les expansions sont souvent de très grande taille, allant de quelques centaines à plusieurs milliers de répétitions GGGGCC. À ce jour, la relation entre la longueur de l'expansion d’une part, et les caractéristiques cliniques ou moléculaires d’autre part, n'est pas clairement établie. Plusieurs études évaluant l’influence de la longueur de l’expansion sur différentes données cliniques ont mené à des résultats contradictoires.

Cette étude a été menée afin d’obtenir une information claire et fiable quant à une corrélation entre la taille de l’expansion et l’âge de début des symptômes ou le phénotype clinique (DFT vs SLA). La taille de l’expansion GGGGCC a été déterminée par southern-blot sur l'ADN extrait des cortex frontaux issus de prélèvements post-mortem de 46 patients porteurs de mutation C9orf72, incluant 23 patients DFT, 6 patients SLA, 17 patients avec DFT-SLA. La taille de l’expansion a également été évaluée dans d’autres régions du système nerveux central (cortex occipital, cortex moteur primaire et moelle épinière) et dans les lymphocytes d’un sous-groupe de patients de cette cohorte pour lesquels ces prélèvements étaient disponibles.

Nos résultats montrent que la taille de l’expansion dans le cortex frontal n’est pas significativement différente dans les trois groupes phénotypiques étudiés (DFT et / ou SLA). La taille de l’expansion varie selon les régions cérébrales étudiées et dans les lymphocytes chez un même patient. De façon notable, l’expansion détectée dans les lymphocytes n’est pas corrélée à celle observée dans le tissu pathologique. L’âge au début de la maladie est corrélé positivement avec le nombre de répétitions GGGGCC dans le cortex frontal.

Avec cette étude, nous montrons qu’il existe un mosaïcisme de la taille des expansions et que le nombre de répétitions d'hexanucléotide du gène C9orf72 dans le cortex frontal a un impact sur l’âge de début de la maladie. L’absence de corrélation entre la taille de l’expansion dans les lymphocytes et celle dans le cortex frontal rend difficile la prédiction de l’âge de début à partir de l’analyse effectuée sur sang périphérique.


Clemence FOURNIER, Mathieu BARBIER (Paris), Vincent ANQUETIL, Agnès CAMUZAT, Véronique SAZDOVITCH, Marion HOUOT, Vincent DERAMECOURT, Daisy RINALDI, Alexis BRICE, Ellen GELPI, Charles DUYCKAERTS, Isabelle LE BER
00:00 - 00:00 #12694 - P015 Etude du gène TARDBP et de l’agrégation de la protéine TDP-43 dans la Sclérose Latérale Amyotrophique : un rôle pour la SUMOylation.
P015 Etude du gène TARDBP et de l’agrégation de la protéine TDP-43 dans la Sclérose Latérale Amyotrophique : un rôle pour la SUMOylation.

            La Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative caractérisée par la présence d’agrégats protéiques dans le cytoplasme des motoneurones en dégénérescence. Une trentaine de gènes sont impliqués dans les formes familiales de la SLA. Les plus fréquemment mutés étant les gènes C9ORF72, SOD1 et TARDBP.

            Nous avons tout d’abord étudié par séquençage NGS ces 30 gènes dans une cohorte de patients SLA. Nous avons mis en évidence, pour la première fois, la présence d’une nouvelle mutation hétérozygote p.N259S dans le domaine RRM2 (RNA recognition domain 2) de la protéine TDP43 codée par le gène TARDPB chez un patient présentant une forme rapide de SLA. L’expression de cette forme mutée de TDP-43 dans une lignée motoneuronale de souris (NSC34) et dans des motoneurones de moelle épinière d’embryons de souris était associée à la formation d’agrégats cytoplasmiques riches en protéine TDP-43. De tels agrégats constituent une des caractéristiques de la maladie [1].

            Les mécanismes conduisant à la formation d’agrégats riche en protéines TDP-43 sont encore très mal compris. Nous avons récemment montré l’implication du mécanisme post-traductionnel de SUMOylation dans la formation d’agrégats riches en protéines SOD1 mutée. Nous nous sommes donc intéressés au rôle de ce mécanisme de SUMOylation dans la formation des agrégats riches en TDP-43 présents chez plus de 90% des patients SLA, qu’ils soient porteurs ou non d’une mutation dans le gène TARDBP qui la code. Nous avons surexprimé des protéines GFP-TDP43 sauvage (WT) ou GFP-TDP43K136R mutée pour son unique site de SUMOylation, dans des mêmes modèles cellulaires. Les cellules exprimant GFP-TDP43WT présentaient, comme attendu, des agrégats protéiques dans le cytoplasme. De manière très intéressante, nous avons observé que les cellules GFP-TDP43K136R présentaient au contraire des agrégats nucléaires. La surexpression de cette forme mutée était également associée à la présence de neurites de plus longue taille et à une réduction de toxicité, en comparaison à la condition GFP-TDP43WT. Ces résultats suggèrent un rôle important de la voie de la SUMOylation dans la régulation du transport nucléo-cytoplasmique de TDP-43 et confortent l’idée de l’implication de cette voie dans la formation des agrégats protéiques cytoplasmiques dans la SLA.

            Ces découvertes de la 1ère mutation du domaine RRM2 de TDP-43 et d’un changement de localisation nucléo-cytoplasmique des agrégats riches en TDP-43 suite à la mutation de son unique site de SUMOylation, renforcent les liens entre cette protéine de liaison aux ARN et les perturbations du métabolisme des ARN et de l’homéostasie des protéines qui sont de plus en plus documentés dans la maladie.

 1. Maurel C, et al (2017) Mutation in the RRM2 domain of TDP-43 in Amyotrophic Lateral Sclerosis with rapid progression associated with ubiquitin positive aggregates in cultured motor neurons. Amyotroph Lateral Scler Front Degener 1–3. 


Cindy MAUREL (Tours), Anna CHAMI, Rose-Anne THÉPAULT, Sylviane MAROUILLAT, Céline BRULARD, Hélène BLASCO, Philippe CORCIA, Christian ANDRÈS, Patrick VOURC'H
00:00 - 00:00 #12697 - P016 Homozygous METTL23 gene mutations causes mild autosomal recessive intellectual disability with dysmorphic features: A new clinical entity.
P016 Homozygous METTL23 gene mutations causes mild autosomal recessive intellectual disability with dysmorphic features: A new clinical entity.

Abstract:

Intellectual disability is a neurodevelopmental disorder that affects 1 to 3% of the population worldwide. About 85% of them fall into the non severe category, receiving the diagnosis of Mild Intellectual Disability and about 25 to 50% are thought to have a genetic cause.  This impairement can be grouped into isolated (non-syndromic) or syndromic intellectual disability where patients present with other clinical features in addition to intellectual impairement. However, it is difficult to identify additional subtle clinical signs in the absence of similar cases with the same genetic etiology.

We describe here the case of 2 Moroccan siblings presenting mild intellectual disability with dysmorphic features in which the whole exome sequencing revealed homozygous mutation in the METTL23 gene. Mutations in this gene have been reported to cause mild intellectual disability but the association with dysmorphic features remains controversial.

 By comparing our two cases with those reported previously in the literature, we try to describe a new clinical entity associating a mild intellectual deficiency with characteristic dysmorphic features suggesting to take into consideration the dysmorphy of patients presenting with intellectual disability.


Siham CHAFAI ELALAOUI, Wiam SMAILI, Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Laure RAYMOND, Egéa GRÉGORY, Mohamed TAOUDI, Said EL MOUATASSIM, Abdelaziz SEFIANI ()
00:00 - 00:00 #12700 - P017 L'utilisation d’un promoteur alternatif du gène MAPT génère de nouveaux transcrits plus courts dans le cerveau de patient atteints de maladie d'Alzheimer et de paralysie supranucléaire progressive.
P017 L'utilisation d’un promoteur alternatif du gène MAPT génère de nouveaux transcrits plus courts dans le cerveau de patient atteints de maladie d'Alzheimer et de paralysie supranucléaire progressive.

L'utilisation de promoteurs alternatifs est un mécanisme important pour la diversité du transcriptome et la régulation de l'expression des gènes. En effet, cette utilisation de différents promoteurs pour un seul et même gène peut moduler l’expression avec une spécificité tissulaire ou subcellulaire des transcrits et influer l’épissage alternatif. De plus, ces promoteurs alternatifs peuvent aboutir à l’expression d’isoformes protéiques présentant une structure primaire N-terminale différente, ce qui peut modifier la fonction et la localisation subcellulaire de ces protéines. Les tauopathies sont un groupe de maladies neurodégénératives qui comprennent près de 25 entités différentes correspondant à des maladies fréquentes comme la maladie d’Alzheimer, la plus fréquente de tauopathies, mais aussi à d’autres maladies rares comme la paralysie supranucléaire progressive. Ces maladies sont très différentes sur le plan clinique, biologique ou anatomopathologique. Ce qui va donc caractériser et définir ce groupe hétérogène de maladies est l’agrégation cérébrale de protéines tau anormalement phosphorylées. Les protéines tau sont codées par le gène microtubule-associated protein tau (MAPT) localisé sur le chromosome 17. L'existence d'un promoteur alternatif pour le gène MAPT a été évoquée depuis la fin des années 1990 pour expliquer la spécificité tissulaire de certaines isoformes protéiques et la réponse différentielle aux facteurs de transcription des ARNm. L'utilisation d’un promoteur alternatif pourrait aussi expliquer l’expression et l’agrégation de différentes isoformes de protéines de tau selon les tauopathies. Nous rapportons l’existence d'un promoteur alternatif du gène MAPT, situé en 5’ du deuxième exon du gène (exon 1). En analysant les bases de données et les tissus cérébraux de témoins et de patients atteints de la maladie d'Alzheimer ou de la paralysie supranucléaire progressive, nous avons identifié de nouveaux transcrits plus courts dérivés de ce promoteur alternatif. Nous avons cloné ces nouveaux transcrits par 5’RACE. Enfin, nous observons grâce à des analyse de qPCR et de 5’RACE-PCR que l’expression de ces transcrits courts est augmentée dans le cerveau de patients atteints de la maladie d'Alzheimer ou de la paralysie supranucléaire progressive. La majorité de ces transcrits courts respectent le cadre de lecture et nous suggérons qu’ils puissent être traduits en de nouvelles isoformes de protéines tau tronquées dans leur région N-terminale. L'activation du promoteur alternatif de MAPT dans des conditions pathologiques entraînant la production de protéines tronquées aux fonctions et localisations encore inconnues constitue ainsi un nouveau mécanisme pour expliquer la neurodégénérescence dans les tauopathies.

Huin V, Buée L, Sablonnière B, Dhaenens CM. Alternative promoter usage generates novel shorter MAPT mRNA transcripts in Alzheimer’s disease and progressive supranuclear palsy AD and PSP brains. Scientific Reports, sous presse.


Vincent HUIN (Paris), Luc BUÉE, Hélène BEHAL, Julien LABREUCHE, Bernard SABLONNIÈRE, Claire-Marie DHAENENS
00:00 - 00:00 #12704 - P018 Nouveau phénotype dans l’ataxie spinocérébelleuse de type 19/22 : association avec un parkinsonisme, une déficience cognitive et une épilepsie.
P018 Nouveau phénotype dans l’ataxie spinocérébelleuse de type 19/22 : association avec un parkinsonisme, une déficience cognitive et une épilepsie.

Les ataxies spinocerébelleuses de type 19 et 22 (SCA19 / 22) sont deux maladies génétiques rares correspondant très probablement à la même entité et qui se présentent chez les patients sous la forme d’une atteinte cérébelleuse relativement isolée, parfois associée à des troubles cognitifs. La SCA19 / 22 est causée par des mutations du gène KCND3 (potassium voltage-gated channel subfamily D member 3). Le gène KCND3 code pour le canal potassium voltage-dépendant Kv4.3, qui a un rôle important pour la repolarisation du potentiel d'action dans les cellules excitables. Dans SCA19 / 22, les mutations modifient l'emplacement et/ou la fonction de la protéine Kv4.3 aboutissant à sa perte de fonction, ce qui modifie l'excitabilité des neurones de Purkinje dans le cervelet et conduit à leur neurodégénérescence. Deux familles françaises non apparentées présentant une ataxie avec un pattern de transmission autosomique dominante ont été examinées dans le service de neurologie du CHU de Lille. Au total, 16 individus affectés ont été examinés sur le plan clinique et 12 individus ont accepté la réalisation d’un examen neuropsychologique. Onze patients (68,8% des porteurs) ont développé un phénotype classique de SCA19 / 22, avec une ataxie cérébelleuse lentement progressive. Cependant un parkinsonisme léger caractérisé par un syndrome akineto-rigide parfois associé à un tremblement a été observé chez huit patients (50% des porteurs). Le phénotype était dominé par l'épilepsie chez cinq patients plus jeunes (31,3%) avec un âge moyen à l'apparition de l'épilepsie de 5,3 ans, alors que l'ataxie était légère, retardée ou non objectivée. En plus de ces caractéristiques cliniques, nous avons observé un large éventail de troubles cognitifs incluant notamment des troubles visuo-spatiaux et nous fournissons les détails sur le profil cognitif dans deux nouvelles familles de SCA19 / 22. L’analyse génétique par TP-PCR et par NGS des gènes connus comme responsables d’ataxie spinocérébelleuse a permis de mettre en évidence chez les deux familles, la mutation c.679_681delTTC, p.F227del du gène KCND3, précédemment rapportée comme pathogénique. Nos résultats élargissent le spectre phénotypique de la SCA19 / 22 et suggèrent que le gène KCND3 devrait être inclus dans la liste des gènes candidats pour l'épilepsie, le parkinsonisme et la déficience intellectuelle lorsque celle-ci est associée à une atteinte cérébelleuse.

Huin V, Strubi-Vuillaume I, Dujardin K, Brion M, Delliaux M, Dellacherie D, et al. Expanding the phenotype of SCA19/22: Parkinsonism, cognitive impairment and epilepsy. Parkinsonism Relat Disord. sous presse.


Vincent HUIN (Paris), Isabelle STRUBI-VUILLAUME, Kathy DUJARDIN, Marine BRION, Marie DELLIAUX, Delphine DELLACHERIE, Jean-Christophe CUVELLIER, Jean-Marie CUISSET, Audrey RIQUET, Caroline MOREAU, Luc DEFEBVRE, Bernard SABLONNIÈRE, David DEVOS
00:00 - 00:00 #12734 - P019 Validation d’une grille de dépistage des anomalies chromosomiques cryptiques dans une population de sujets schizophrènes : données préliminaires.
P019 Validation d’une grille de dépistage des anomalies chromosomiques cryptiques dans une population de sujets schizophrènes : données préliminaires.

La schizophrénie est l’une des pathologies psychiatriques les plus invalidantes. D’une prévalence d’environ 1%, elle est largement répandue dans la population générale. L’espérance de vie des personnes schizophrènes est diminuée d’au moins quinze ans par rapport à la population générale. En général, la schizophrénie évolue de manière isolée. Plus rarement elle peut être la manifestation d’une anomalie génétique sous-jacente, comme par exemple une microdélétion 22q11.2. Le terme de « schizophrénie syndromique » est alors utilisé. A ce jour, aucune recommandation n’a encore été publiée sur la conduite à tenir en termes d’investigations génétiques dans la schizophrénie.

Afin de déterminer la nature des ‘drapeaux rouges’ cliniques devant faire suspecter une schizophrénie syndromique liée à un remaniement chromosomique cryptique, nous avons réalisé une étude nommée SCZ-CGH.

Cette étude prévoit l’inclusion de 150 personnes de plus de 15 ans avec un diagnostic de schizophrénie posé selon les critères du DSM V. Pour chacune d’entre elles une grille reprenant les principaux critères d’atypicité de la schizophrénie est remplie à l’issue d’un examen clinique. Les critères d’atypicité évalués sont les suivants : déficience intellectuelle , scolarité spécialisée, trouble du spectre autistique, début précoce, résistance au traitement, confusion, régression, catatonie, hallucinations visuelles, anomalie neurologique, dysmorphie faciale, retard de croissance, antécédent de malformation musculo-squelettique, cardiaque, ORL, autre.

Une CGH array est réalisée pour chaque personne. Si une variation du nombre de copie (pathogène ou de signification clinique inconnue, VOUS) est identifiée une vérification (caryotype standard et/ou FISH et/ou qPCR) est effectuée et les parents sont prélevés.

A ce jour 59 patients ont été inclus (36 hommes, 23 femmes, âge moyen 32 ans). La CGH array a permis d’identifier une anomalie chromosomique déséquilibrée chez 5 personnes :

-          Micro délétion 22q11.2 d’environ 3 Mb de novo (microdélétion récurrente entre les LCR A et D).

-          Dysgonosomie : 48, XXYY.

-          Duplication de novo de 7 Mb dans la région 16qp13.1p12.3 incluant le gène NDE1.

-          Gain de 1.7 Mb en 3p12.3 interprété comme un VOUS en attendant la ségrégation familiale.

-          Gain de 247 kb hérité de la maman en 2q32.3 de signification indéterminée (VOUS).

Trois des cinq anomalies expliquent ou participent au phénotype du patient. Chacun des 5 patients présentait au moins un critères d’atypicité, notamment : antécédent de scolarité spécialisée avec ou sans déficience intellectuelle, précocité des troubles (avant 14 ans) et résistance au traitement.

Ces résultats préliminaires confirment d’une part la nécessité d’une évaluation clinique fine dans la schizophrénie et l’intérêt d’un avis génétique en cas de « drapeau rouge ». La pertinence de ces derniers reste à être confirmée sur le reste de la cohorte  puis à être répliquée sur une population plus vaste.


Alice POISSON (Lyon), Caroline DEMILY, Nicolas FRANCK, Marianne TILL, Emilie FAVRE, Damien SANLAVILLE
00:00 - 00:00 #12743 - P020 Etude protéique des myopathies autosomiques récessives dans la population tunisienne.
P020 Etude protéique des myopathies autosomiques récessives dans la population tunisienne.

Introduction : Les myopathies autosomiques récessives (MAR) sont un groupe d’affections musculaire rares. Ils ont en commun un déficit moteur des deux ceintures, un aspect dystrophique à la biopsie musculaire. L’hétérogénéité clinique rend le diagnostic génétique difficile. A ce jour, 31 localisations génétiques ont été identifiés. L’identification de la déficience protéique peut orienter l’étude génétique. L’objectif de notre étude est de déterminer les différents types des myopathies autosomiques récessives (LGMD2) dans la population tunisienne basée sur l’étude protéique par Immunohistochimie (IHC) et Western blot Multiplex (WB) en insistant sur les difficultés de l’orientation génétique devant une MAR.

Méthodes : Nous avons mené une étude rétrospective concernant les patients suivis pour LGMD2 durant la période de 1992-2017. Nous avons inclus les patients présentant un phénotype clinique LGMD2, des valeurs de créatine phosphokinases élevés et une biopsie musculaire en faveur d’une atteinte dystrophique. Nous avons recueilli sur une fiche préétablie les données cliniques et l’examen neurologique détaillé ainsi que l’arbre généalogique. Une étude immunohistochimique a été faite pour 30 patients. Un western Blot multiplex a été fait pour 39 patients.

 Résultats : Nous avons colligé 48 patients appartenant à 26 familles. Un déficit protéique touchant la dysferline et la Sarcoglycane gamma a été détecté, respectivement, chez 10 et 11 patients par IHC et WB. L’étude en IHC a montré l’absence de la sarcoglycane alpha chez 6 patients et la sarcoglycane béta chez 3 patients. L’examen par WB a montré l’absence des bandes spécifique de la calpaine 3 chez 12 patients. Cependant, il a révélé une déficience en un ou plusieurs protéines chez 6 patients. En effet, 2 patients ont des déficiences protéiques en Sarcoglycane alpha et gamma, 2 patients en Sarcoglycane alpha et beta et 2 patients en Sarcoglycane beta, gamma et delta. En se basant sur ces examens, 12 patients avaient un phénotype LGMD2A, 10 patients avaient un phénotype LGMD2B, 11 patients un phénotype LGMD2C, 6 patients avaient un phénotype LGMD2D et 3 patients avaient un phénotype LGMD2E. Le phénotype clinique était indéterminé chez six patients puisqu’ils présentaient une déficience en plusieurs protéines.

Conclusion : Cette étude nous a montré que les sarcoglycanopathies sont les formes les plus fréquentes dans la population tunisienne rejoignant les données de la littérature. Sur le plan clinique on peut différencier les différents sous types de MAR. L’analyse immunologique a permis une orientation diagnostique. Un déficit protéique en immunomarquage ou en WB ne signe pas toujours la responsabilité de la protéine. L’analyse génétique est obligatoire pour la certitude diagnostique.


Sabrine REKIK (Sfax, Tunisie), Salma SAKKA, Chokri MHIRI
00:00 - 00:00 #12744 - P021 Un nouveau cas de micro-duplication du gène FMR1 illustrant l’effet dose dépendant de ce gène dans la fonction neurocognitive.
P021 Un nouveau cas de micro-duplication du gène FMR1 illustrant l’effet dose dépendant de ce gène dans la fonction neurocognitive.

Nous rapportons le cas d’un garçon âgé de 7 ans adressé pour troubles du comportement, chez lequel une micro-duplication de 835 Kb en position Xq27.3q28 impliquant le gène FMR1 ainsi que l’exon 1 du gène AFF2 a été identifiée par ACPA. L’analyse du triplet CGG localisé dans la région 5’UTR du gène FMR1 (locus FRAXA) par PCR fluorescente a permis de mettre en évidence la présence de deux allèles avec respectivement 20+/-1 et 22+/-1 répétitions de CGG confirmant la duplication. Une analyse par ACPA ainsi qu’une analyse des triplets CGG chez la mère sont en cours de réalisation.

 En contraste avec le nombre important de publications sur la  perte de fonction du gène FMR1, à ce jour, il n’y a que très peu de cas rapportés de gain de copies du gène FMR1. Deux publications rapportent trois cas de micro-duplications FMR1 de novo : l’une de 86 Kb chez un garçon  avec retard mental, troubles du comportement, retard de  langage et discret retard moteur (Vengoechea et al, Eur J of  Human Genet (2012), 20,1197-1200), les deux autres cas de filles avec retard mental léger, troubles du comportement, retard de langage et discret retard moteur (Nagamani SC et al, Neurogenetics. 2012 Nov;13(4):333-9) présentant des micro-duplications de 363 Kb et 348 Kb respectivement.

 Notre cas vient étayer le fait que le gène FMR1 semble être un gène dose dépendant nécessaire à la fonction neurocognitive cérébrale.   


Laurence LOHMANN (ST OUEN L AUMONE), Aicha BOUGHALEM, Pascale KLEINFINGER, Detlef TROST, Wendy TIMBRIA, Jeanne FOURNIER, Charlène HERVET, Roxana CONDOR, Jean Marc COSTA
00:00 - 00:00 #12754 - P022 La caractérisation moléculaire et fonctionnelle d’une translocation réciproque identifie les gènes CDH12 et BACH2 comme candidats de polymicrogyrie syndromique.
P022 La caractérisation moléculaire et fonctionnelle d’une translocation réciproque identifie les gènes CDH12 et BACH2 comme candidats de polymicrogyrie syndromique.

Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés concernent 1.54‰ des naissances vivantes, parmi lesquels 6 à 9% sont associés à des anomalies phénotypiques. Nous rapportons le cas d'un fœtus de sexe masculin interrompu à 22 SA dans un contexte de syndrome polymalformatif associant un retard de croissance intra-utérin, une arthrogrypose généralisée, une micro-crânie, un micro-rétrognathisme, une hypoplasie surrénalienne bilatérale, ainsi qu’une polymicrogyrie fronto-pariéto-occipitale et une hétérotopie nodulaire périventriculaire. Le caryotype standard a mis en évidence une translocation réciproque apparemment  équilibrée entre les chromosomes 5 et 6 : 46,XY,t(5;6)(p14.3;q21). Cette translocation est survenue de novo et l’ACPA (puce oligonucléotides 4x180K, Agilent) n'a pas retrouvé de déséquilibre pathogène. Le séquençage d’exome (SeqCap EZ MedExome, Roche) n’a pas mis en évidence de variants pathogènes. Le séquençage génome entier paired-end a permis d'identifier les points de cassure, interrompant 2 gènes : CDH12 en 5p14.3, codant pour une neurocadhérine impliquée dans la synaptogénèse au cours du développement cérébral et BACH2 en 6p15, codant pour un facteur de transcription régulant la prolifération et la différenciation des lymphocytes B.

Des études d'expression de CDH12 et BACH2 ont été réalisées par RT-qPCR, sur tissus du patient (poumon, thymus) et de fœtus contrôles (cerveau, poumon, thymus, foie) à divers âges gestationnels, de façon à définir leur expression spatio-temporelle au cours de la période fœtale, et leur rôle potentiel dans la polymicrogyrie.

Les résultats ont mis en évidence une expression des 2 gènes candidats dans le cerveau fœtal au deuxième trimestre. BACH2 est le plus fortement exprimé dans le thymus au deuxième trimestre, modérément dans le thymus au troisième trimestre, et faiblement dans le foie et le poumon au cours du développement fœtal. CDH12 est le plus fortement exprimé dans le cerveau au deuxième trimestre, à l'exclusion duquel il n'a été retrouvé qu'une faible expression pulmonaire.

Les analyses ont démontré une diminution de 50% de l'expression de BACH2 dans le thymus du patient par rapport aux contrôles. L'expression pulmonaire n'a pas retrouvé de différence significative d'expression entre patient et contrôles pour l'un ou l'autre des 2 gènes, mais à un très faible niveau d'expression tissulaire.

Il s’agit de la première étude définissant l'expression anténatale de CDH12 et BACH2 au cours du développement humain, décrivant leur relative spécificité tissulaire pendant la période fœtale, et associant ces deux gènes à un cas clinique de polymicrogyrie.


Elisabeth VISSEAUX (Lyon), Marie GONZALES, Eudeline ALIX, Audrey LABALME, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
00:00 - 00:00 #12758 - P023 Description phénotypique et profil mutationnel d’une série de patients marocains avec syndrome de Rubinstein Taybi.
P023 Description phénotypique et profil mutationnel d’une série de patients marocains avec syndrome de Rubinstein Taybi.

Le syndrome de Rubinstein-Taybi (RTS) est un syndrome génétique rare, caractérisé par une microcéphalie, des pouces et hallux larges, retard de croissance, et un déficit intellectuel. La dysmorphie faciale est caractéristique avec des sourcils en accent circonflexe, de longs cils, des fentes palpébrales obliques, un nez crochu, un palais ogival et une micrognathie. D'autres caractéristiques peuvent inclure une hypermobilité articulaire, des anomalies oculaires (obstruction des canaux lacrymo-nasaux, glaucome congénital, erreurs de réfraction), cardiaques et/ou cutanées (formations cheloïdes notamment). La constipation est souvent présente tout au cours de la vie et les patients peuvent développer un surpoids à la fin de l'enfance ou au début de la puberté. Les enfants présentent une aptitude marquée à établir d'excellents contacts sociaux. Le RTS est dû majoritairement à des mutations ou microdélétion du gène CREBBP et plus rarement du gène EP300, survenant de novo et transmises sur un mode dominant.

Nous rapportons dans ce travail, les données cliniques et moléculaires d’une série de  six patients marocains avec un phénotype de RTS. L’étude moléculaire du gène CREBBP a mis en évidence des mutations ponctuelles chez cinq patients. Pour le sixième patient, l’analyse par ACPA a mis en évidence une microdélétion emportant le gène CREBBP.

A travers ce travail, nous insistons sur l’importance de l’expertise clinique dans le diagnostic, prise en charge et conseil génétique dans le syndrome de Rubinstein Taybi.


Siham CHAFAI ELALAOUI, Wiam SMAILI, Patricia FERGELOT, Ilham RATBI, Mariam TAJIR, Benoit ARVEILER, Didier LACOMBE, Abdelaziz SEFIANI ()
00:00 - 00:00 #12764 - P024 Résultats des cas brestois des analyses d'exomes en trio du projet hugodims.
P024 Résultats des cas brestois des analyses d'exomes en trio du projet hugodims.

Nous avons analysé et confirmé les résultats des onze trios brestois inclus dans un projet interrégional du Grand Ouest appelé HUGODIMS, coordonné par le CHU de Nantes. Ce consortium regroupe les services de Génétique Médicale des Centres Hospitaliers et Universitaires d’Angers, Brest, Nantes, Poitiers, Rennes et Tours et à pour but de rechercher des causes moléculaires de déficience intellectuelle sévère isolée ou syndromique par analyse d’exomes. Les données ont été produites par une plateforme unique et chaque centre avait ensuite pour mission de valider les variants par séquençage Sanger. L’analyse des données bioinformatiques a été effectuée par deux stratégies indépendantes. L’une par le laboratoire nantais porteur du projet et la seconde par notre ressource informatique brestoise afin de confronter et d’élargir les résultats. Le premier filtre a été de rechercher les mutations apparues de novo chez les cas index. Les autres filtres ont été successivement de rechercher les mutations transmises selon un mode récessif, puis récessif avec une mutation de novo pour finir par une composante hétérozygote composite.

Une mutation apparue de novo a été retrouvée, chez 45 à 60% des cas (2 cas en cours de validation), classée de VOUS à Likely pathogenic. Parmi elles, des mutations dans les gènes SATB2 (c.1174-1C>T), ARID1B (c.5025+1G>A) , SOX11 (c.269T>C), GRIN2B (c.2069G>T), KCNQ2 (c.1075A>G), CHD4 (c.3290A>G) et USP7 (c.2297T>C) ont été retrouvées, associées à des pathologies dominantes avec une mutation apparue de novo chez l’enfant. Dans la plupart des cas, les descriptions phénotypiques des enfants s’intègrent dans les syndromes associés aux gènes. Pour les mutations des gènes SOX11 et ARID1B, les patients n’ont pas le phénotype classique du syndrome de Coffin-Siris. Pour autant, les données de la littéraure pour ces gènes rapportent des patients porteurs de caractéristiques phénotypiques « compatibles » ou « subtiles » avec un Coffin-Siris mais sans tableau phénotypique « classique » (Hempel et al., 2016), en accord avec nos résultats. Les analyses bioinformatiques et bibliographiques produites avec les filtres « récessif », « récessif avec une mutation de novo » et  « hétérozygote composite » n’ont, par ailleurs, pas donné de résultat significatif sur les échantillons négatifs.

Sur l’ensemble du projet, ce sont environ 50% de diagnostics certains qui ont été posés et 17 % de diagnostics probables avec la mise en évidence de nouveaux gènes de fort intérêt dans les déficiences intellectuelles.  


Sylvia REDON (Brest), Thomas LUDWIG, Caroline BENECH, Pauline LE BERRE, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Philippe PARENT, Emmanuelle GENIN, Claude FEREC
00:00 - 00:00 #12780 - P025 Recherche d’inhibiteurs pharmacologiques et de suppresseurs génétiques de CBS (Cystathionine Beta-Synthase), une enzyme dont la surexpression participe au dysfonctionnement intellectuel dans la trisomie 21.
P025 Recherche d’inhibiteurs pharmacologiques et de suppresseurs génétiques de CBS (Cystathionine Beta-Synthase), une enzyme dont la surexpression participe au dysfonctionnement intellectuel dans la trisomie 21.

L’enzyme Cystathionine Beta-Synthase (CBS), dont le gène est situé sur le chromosome 21, est surexprimée chez les patients atteints de trisomie 21. Des études réalisées chez des souris transgéniques montrent que la diminution ou l’augmentation du dosage du gène Cbs induisent des modifications de la capacité d’apprentissage et de mémorisation. Ces observations confortent l’hypothèse selon laquelle le niveau d’expression de ce gène serait crucial pour le fonctionnement cognitif et que sa surexpression pourrait contribuer à la déficience intellectuelle observée chez les patients atteints de trisomie 21. Des molécules capables d’inhiber l’activité de CBS constitueraient donc des candidats médicaments très intéressants pour améliorer, au moins en partie, les fonctions cognitives des patients. La recherche de ces inhibiteurs pharmacologiques a jusqu’à présent été limitée à des approches in vitro qui n’ont pas permis l’identification de composés actifs in vivo.

Nous avons donc développé un modèle de levure S. cerevisiae surexprimant l’homologue du gène CBS. Grâce à une méthode de criblage en deux étapes basée sur les connaissances accumulées sur les voies métaboliques dans lesquelles CBS joue un rôle central, seules des molécules inhibant spécifiquement l’activité de CBS sont ainsi sélectionnées. Nous avons criblé deux chimiothèques commerciales Prestwick® et BIOMOL’s FDA Approved Drug Library (qui représentent à elles deux environ 2000 molécules déjà en clinique pour des applications très diverses) et avons identifié 4 molécules actuellement sur le marché en tant que médicaments, dont 3 ayant des propriétés chimiques communes. L’une de ces molécules a été testée chez des souris surexprimant Cbs et donne des résultats très encourageants en supprimant l’effet délétère de la surexpression de Cbs sur le fonctionnement cognitif des souris, ouvrant la possibilité de développement de stratégies de repositionnement thérapeutique.

En parallèle, nous avons entrepris d’utiliser notre modèle levure pour rechercher des suppresseurs génétiques de l’effet de la surexpression de CBS. Les gènes identifiés suggèrent un nouveau rôle de CBS dans le trafic vésiculaire.

En conclusion, ces deux approches nous permettront d’une part de mieux comprendre l’impact physiopathologique d’une surexpression de CBS et d’autre part le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour réduire la déficience intellectuelle associée à la trisomie 21.


Alice LÉON, Damien MARÉCHAL, Arnaud DUCHON, Véronique BRAULT, Nadège LOAËC, Marc BLONDEL, Yann HÉRAULT, Gaëlle FRIOCOURT (Brest)
00:00 - 00:00 #12793 - P026 Explorer les dimensions phénotypiques et thérapeutiques des syndromes 16p11.2 grâce aux modèles rongeurs.
P026 Explorer les dimensions phénotypiques et thérapeutiques des syndromes 16p11.2 grâce aux modèles rongeurs.

Les syndromes de délétion et de duplication de la région 16p11.2 font partie de ces syndromes avec variation du nombre de copies (CNV) affectant dans ce cas un ensemble de 29 gènes, réparti sur 600kb. La prévalence dans la population a été évaluée à environ 1/2000 en fonction des résultats cliniques sévères. Les symptômes indiquent que les deux CNV 16p11.2 induisent des effets opposés sur la morphologie, le métabolisme et la fonction cérébrale avec la suppression associée au trouble du spectre autistique (ASD), alors que la duplication a été associée à l'autisme ainsi qu'à la schizophrénie.

Nous avons généré de nouveaux modèles de souris pour la suppression et la duplication de la région homologue 16p11.2, que nous avons caractérisée par une analyse exhaustive combinant tests comportements et métaboliques. Dans l'ensemble, la dose génétique de la région 16p11 induit une conséquence similaire chez la souris et chez les humains avec des altérations d'activité et de mémoire, mais nous avons constaté que les défauts métaboliques étaient opposés dans les deux espèces.

Ensemble, ces données indiquent que le déséquilibre de dose du locus 16p11.2 perturbe l'expression de modificateurs à l'extérieur de la région qui peut moduler la pénétrance, l'expressivité et la direction des effets chez les humains et les souris. Maintenant, nous étudions de nouveaux modèles obtenus chez la souris pour chercher des gènes candidats et des pistes thérapeutique et chez le rat pour chacun des 2 CNVs. Les analyses chez la souris pointent sur plusieurs gènes impliqués dans le déclin cognitif alors que les travaux sur les modèles rat confirment l’intérêt ce cette espèce pour révéler les altérations du comportement social associé à l’ASD.

Nous présenterons ici des évidences sur l’utilité des deux espèces modèles, pour la compréhension du syndrome, la recherche de gènes candidats et la validation d'approches thérapeutiques.

Financement: Union européenne (FP7 Gencodys, subvention 241995), Subventions de l'Agence Nationale de Recherche (ANR-15-CE16-0015-01) et Gouvernement français pour les investissements pour l'avenir IDEX02 et labex INRT (ANR -10-IDEX-0002-02; ANR-10-LABX-0030-INRT) et l'infrastructure nationale pour la biologie et la santé PHENOMIN (ANR-10-INBS-07) et "Fondation Maladies Rares" à YH.


Sandra MARTIN LORENZO (Strasbourg), Valerie NALESSO, Claire CHEVALIER, Thomas ARBOGAST, Yann HERAULT
00:00 - 00:00 #12797 - P027 RASopathies et profil de personnalité.
P027 RASopathies et profil de personnalité.

La personnalité est un trait complexe, et cependant partiellement héritable. Certaines maladies mendéliennes ont déjà été associées à des profils de personnalité spécifiques, comme le syndrome de Williams-Beuren, et pourtant peu d’études sont encore parvenues à établir un lien entre un gène donné ou une voie de signalisation, et la personnalité d’un individu. Les syndromes résultant d’anomalies dans la voie Ras/MAPK sont des maladies monogéniques, résultant majoritairement de gains de fonction, connues pour influencer le comportement et les aptitudes sociales. Les RASopathies pourraient donc nous fournir d’importantes informations sur les bases génétiques de la personnalité.
Nous avons comparé 80 patients atteints de neurofibromatose de type I, du syndrome de Costello, du syndrome cardio-facio-cutané, ou du syndrome de Noonan à 55 frères ou sœurs non atteints, à l’aide d’un hétéro-questionnaire rempli par les parents. Ce questionnaire (BFQ-C : Big Five Questionnaire for Children) évaluait les dimensions de la personnalité décrite par le modèle à 5 facteurs: agréabilité, extraversion, conscienciosité, ouverture et névrosisme. Nous y avons ajouté un court questionnaire spécifique au sens de l’humour. Nous avons d’abord comparé les scores des individus atteints de RASopathies et ceux du groupe contrôle dans chaque composante de la personnalité, avant d’effectuer une comparaison plus globale de leurs profils de personnalité multidimensionnels. Enfin, nous nous sommes intéressés aux résultats de chaque question du questionnaire, individuellement. Nous avons pour cela utilisé des tests de Student, des analyses de
variance, et des analyses en composantes principales.
Les individus atteints de RASopathies ont obtenu des scores en moyenne plus faibles que ceux du groupe contrôle pour l’agréabilité, l’extraversion, la conscienciosité, l’ouverture et le sens de l’humour, et des scores similaires au groupe contrôle pour le névrosisme. En comparant les profils multidimensionnels de personnalité entre les groupes, nous avons observé une différence significative entre le profil des individus atteints et de leurs apparentés non atteints, mais aucune différence n’a été retrouvée entre les différentes RASopathies, mettant ainsi en évidence l’existence d’un profil commun aux syndromes de la voie Ras/MAPK. Nous avons pu cependant remarquer certaines particularités au niveau des scores de chaque RASopathie prise séparément, sans pour autant pouvoir distinguer leurs profils multidimensionnels des autres RASopathies.
Nous décrivons pour la première fois une association entre une voie de signalisation unique et un profil de personnalité spécifique, qui nous mènera sans doute vers une meilleure compréhension du développement de la personnalité et des mécanismes génétiques sous-jacents, et vers de nouveaux outils pour l’éducation et la prise en charge des personnes atteintes de RASopathies.

Varoona BIZAOUI (Paris), Jessica GAGE, Rita BRAR, Katherine A RAUEN, Lauren WEISS
00:00 - 00:00 #12805 - P028 HTRA1 stop codon mutations are pathogenic and lead to an adult onset vascular leukoencephalopathy.
P028 HTRA1 stop codon mutations are pathogenic and lead to an adult onset vascular leukoencephalopathy.

Background

Hereditary vascular leukoencephalopathies (HVL) are a heterogeneous group of diseases affecting cerebral small vessels. Bi-allelic loss of function mutations of HTRA1 lead to CARASIL, a very rare, early onset and severe autosomal recessive disease described in Japan. Our team showed recently that heterozygous HTRA1 missense mutations cause a dominant, late onset cerebral small vessel disease in 5% of patients referred for molecular diagnostic of a HVL. HTRA1 encodes a serine protease homotrimer. A dominant negative effect of heterozygous missense mutations causing an alteration of the homotrimer formation or the activation cascade is strongly suspected to cause the disease in these heterozygous missense mutation carriers. So far, only one patient with a mutation leading to a premature stop codon has been reported and the pathogenicity of this type of heterozygous mutations is unknown, precluding any diagnostic and genetic counseling. 

Aim of the study

The aim of the present study was to investigate the pathogenicity of this type of mutations in a large series of consecutive HVL patients and characterize the phenotype of these patients.

Patients and methods

A consecutive series of 575 unrelated adult patients referred in 2016 to the neurovascular genetics laboratory of the Lariboisière hospital for suspected inherited HVL was investigated. Mean age of this cohort at referral was 57 (SD=13.4) and sex ratio was 0.8. We performed targeted NGS screening of all HVL known genes, including NOTCH3, COL4A1, COL4A2, HTRA1, TREX1 and APP genes. Clinical and magnetic resonance imaging (MRI) characteristics of mutated patients were determined.

Results

Among these 575 patients, 42 had a bona fide CADASIL mutation in NOTCH3, 11 had a deleterious mutation in COL4A1 or COL4A2 mutations and 13 heterozygous HTRA1 missense mutations. In addition, four patients had a premature stop codon mutation within HTRA1, including, 3 nonsense mutations (C112X, Y169X, and R302X) and 1 frameshift (T100NfsX69). The comparison of the frequency of these stop codon mutations in our consecutive series and control samples from polymorphism databases showed a highly significant difference with ExAC database  (p= 2.4x10-6) and 1000 Genomes projects (p=0.045). Clinical and MRI features of these four consecutive patients and an additional recently identified patient were very similar to those observed in heterozygous missense mutation carriers.

Conclusion and perspectives

This study establishes the pathogenicity of HTRA1 stop codons and HTRA1 haploinsufficiency in HVL and suggests that the phenotype of these patients is similar to the ones of heterozygous missense carriers. Additional work on a larger series of HVL unrelated probands, including the search for CNV, as well as a detailed investigation of relatives of clinically affected probands is ongoing.


Thibault COSTE (Paris), Dominique HERVE, Elisabeth TOURNIER LASSERVE, Amer AL NAJJAR CARPENTIER, Aude JAFFRE, Julien COGEZ, Valérie LAYET, Fatoumata BA
00:00 - 00:00 #12813 - P029 Les mutations bi-alléliques du gène UBA5 et l’altération de la voie d’ufmylation sont responsables d’une encéphalopathie à début précoce.
P029 Les mutations bi-alléliques du gène UBA5 et l’altération de la voie d’ufmylation sont responsables d’une encéphalopathie à début précoce.

Par le biais du séquençage exomique, nous avons identifié des variants bi-alléliques rares dans le gène UBA5 chez cinq enfants, de quatre familles non apparentées, porteurs d’une déficience intellectuelle sévère, d’une microcéphalie, de mouvements anormaux et / ou d'une épilepsie pharmacorésistante précoce. UBA5 code pour l'enzyme UBA5 qui est l’enzyme activatrice de la protéine UFM1 (ubiquitin-fold modifier 1), une protéine ubiquitine-like récemment identifiée et qui est impliquée dans le processus d’ufmylation. Les études biochimiques des protéines UBA5 mutantes et sur les fibroblastes provenant d'individus atteints, ont révélé que les mutations dans le gène UBA5 diminuent le processus d'ufmylation, et qu’il en résulte une structure anormale du réticulum endoplasmique. Chez Caenorhabditis elegans, les modèles ko du gène uba-5 et des gènes orthologues humains impliqués dans la cascade d'ufmylation altèrent la neurotransmission cholinergique mais pas glutamatergique. De plus, chez le poisson zèbre où des morpholinos ciblant uba5 ont été utilisés, il a été observé une diminution de la motilité ainsi que des mouvements anormaux de type convulsions-like. Ces résultats cliniques, biochimiques et expérimentaux confirment l’implication physiopathologique des variants bi-alléliques d’UBA5 dans les encéphalopathies à début précoce du fait d’une altération du processus d’ufmylation.


Estelle COLIN (ANGERS), Jens DANIEL, Alban ZIEGLER, Jamal WAKIM, Aurora SCRIVO, Tobias B. HAACK, Salim KHIATI, Anne-Sophie DENOMMÉ, Patrizia AMATI-BONNEAU, Majida CHARIF, Vincent PROCACCIO, Pascal REYNIER, Kyrieckos A. ALECK, Lorenzo D. BOTTO, Claudia Lena HERPER, Charlotte Sophia KAISER, Rima NABBOUT, Sylvie N’GUYEN, José Antonio MORA-LORCA, Birgit ASSMANN, Stine CHRIST, Thomas MEITINGER, Tim M. STROM, Holger PROKISCH, Antonio MIRANDA-VIZUETE, Georg F. HOFFMANN, Guy LENAERS, Pascale BOMONT, Eva LIEBAU, Dominique BONNEAU
00:00 - 00:00 #12824 - P030 Etude d’association entre quelques variants du gène ABCA7 et du gène APOE et la maladie d’Alzheimer dans une population Tunisienne.
P030 Etude d’association entre quelques variants du gène ABCA7 et du gène APOE et la maladie d’Alzheimer dans une population Tunisienne.

La maladie d’Alzheimer (MA) est une pathologie neurodégénérative associant deux lésions neuropathologiques, les plaques amyloïdes et les dégénérescences neurofibrillaires. C’est une pathologie complexe et très hétérogène qui se présente sous deux formes: la forme familiale et la forme sporadique. La génétique de la forme sporadique est complexe en raison de l’inexistence d’un processus héréditaire clair. Elle résulte d’une interaction entre des facteurs de risque environnementaux et une prédisposition génétique. De nombreuses études d’association génétique réalisées dans le cadre du génome (Genome-Wide Association Studies, GWAS) ont permis d’identifier plusieurs variants susceptibles d’augmenter le risque de développer la MA. L'allèle ε4 constitue le facteur de risque majeur de la MA, et le gène ABCA7 a été identifié comme un locus de susceptibilité pour la forme tardive de la MA  pour la 1ère fois en 2011 par GWAS. Notre étude a porté sur quelques variants du gène ABCA7 et l’allèle E4 du gène APOE et la MA chez une population Tunisienne. 121 participants composés de 59 MA et 62 témoins sains âgés ont été recrutés, des échantillons de sang périphériques ont été recueillis et les variants génétiques des gènes APOE et ABCA7 (rs115550680 et rs142076058) ont été analysés en utilisant la technique PCR-RFLP et le séquençage d'ADN. Les fréquences alléliques et génotypiques du gène APOE ont une différence significative entre patients et témoins, l'allèle APOE4 est un facteur de risque dans notre population (OR = 17.602, IC 95% = 2.284-135.655). Cependant, aucune association n’a été observée entre les variants du gène ABCA7 (rs115550680 et rs142076058) et la maladie d'Alzheimer dans notre population. 


Afef ACHOURI-RASSAS (Tunis, Tunisie), Wafa NEFZI, Saloua FRAY, Sondes HADJ-FREDJ, Taieb MESSAOUD, Samir BELAL
00:00 - 00:00 #12828 - P031 DDX3X : un nouveau gène de déficience intellectuelle prédisposant aux tumeurs ?
P031 DDX3X : un nouveau gène de déficience intellectuelle prédisposant aux tumeurs ?

Des mutations responsables de déficit intellectuel lié à l’X ont été identifiées dans plus de 100 gènes. Les mutations de novo dans le gène DDX3X sont rares, affectant le plus souvent des individus de sexe féminin. Elles ont été rapportées chez 38 patientes porteuses d’un déficit intellectuel léger à sévère associé à une hypotonie dans 75 % des cas, une épilepsie chez environ 20% des patientes, une spasticité dans 40% des cas, des troubles du comportement chez 20% des patientes. L’IRM cérébrale met en évidence une hypoplasie du corps calleux dans 35% des cas et une malformation corticale chez 10% des patientes.

Nous rapportons 2 nouvelles patientes avec mutations de DDX3X identifiées par séquençage d’exome. La patiente 1 est âgée de 6 ans, la patiente 2 de 19 ans. Toutes deux présentent un déficit intellectuel modéré, une hypotonie axiale et des éléments de spasticité périphérique. Il n’existe pas d’autres cas de déficit intellectuel dans leurs familles respectives. L’une comme l’autre ne sont pas épileptiques. La patiente 1 est porteuse d’éléments morphologiques mineurs. Les 2 patientes ont un comportement sociable mais la patiente 2 a des stéréotypies et une tendance à l’automutilation. L’IRM cérébrale de la patiente 1 est interprétée normale alors que celle de la patiente 2 révèle une hypoplasie du corps calleux. Enfin, la patiente 2 a été prise en charge durant les six premiers mois de vie par chirurgie et chimiothérapie pour un neuroblastome.

DDX3X code pour une hélicase impliquée dans divers processus cellulaires incluant transcription, épissage et traduction. Il a été associé à de nombreux processus cellulaires tels le contrôle du cycle cellulaire, l’apoptose et la tumorigenèse. C’est un régulateur clé de la voie Wnt/bêta-caténine.

Les mutations de DDX3X sont considérées causales de déficit intellectuel et ont des conséquences sur la voie de signalisation Wnt différentes selon le sexe.

Récemment, le séquençage de l’exome de neuroblastomes a mis en évidence l’implication de plusieurs voies de signalisation dont Wnt. Si de nombreuses mutations somatiques tumorales de DDX3X sont déjà décrites, la revue de la littérature concernant la survenue de pathologies tumorales chez les patients porteurs de mutations constitutionnelles de DDX3X ne retrouve pas pour l’instant de précédent. L’antécédent de neuroblastome chez la patiente 2 pose la question de l’existence d’une prédisposition tumorale chez les patients présentant une mutation de DDX3X.


Christine COUBES, Christine COUBES (MONTPELLIER), Marjolaine WILLEMS, Yannis DUFFOURD, David GENEVIÈVE, Laurence FAIVRE, Julien THEVENON, Paul KUENTZ
00:00 - 00:00 #12838 - P032 P03 RNA éditing : implication au cours du développement de la crête neurale chez la souris.
P03 RNA éditing : implication au cours du développement de la crête neurale chez la souris.

Les cellules de la crête neurale se caractérisent par leur capacité de migration dans l’embryon et la variété des types cellulaires qu’elles sont capables de générer (dont les mélanocytes, le système nerveux entérique et périphérique). Chez l’homme, plusieurs maladies congénitales affectant des organes et tissus divers ont pour origine une anomalie de migration, survie, prolifération et/ou différenciation de ces cellules. L’étude des bases moléculaires de ces pathologies ainsi que l’analyse de différents modèles animaux ont conduit à l'identification de plusieurs gènes considérés comme des acteurs majeurs au cours du développement de la crête neurale. Le rôle des modifications épigénétiques et post-transcriptionnelles a aussi été récemment mis en évidence, mais leurs contributions aux troubles associés chez l’homme et chez la souris sont encore limitées. Nous avons étudié le rôle d’une des modifications post-transcriptionnelles les plus répandues : la modification d’adénosine en Inosine au niveau des ARNs, au cours du développement de la crête neurale. Médiée par les enzymes de la famille ADAR (adenosine deaminase acting on RNA), cette modification peut, en fonction de la localisation des séquences concernées, entraîner des substitutions d’acide aminés, moduler l'épissage, provoquer la dégradation des ARNs, induire une dérégulation de la transcription ou encore une rétention des ARNs dans le noyau et moduler le processing des miRNA. Des mutations d’ADAR1 sont responsables d’un certain nombre de cas de syndrome d’Aicardi-Goutières et de dyschromatose symétrique héréditaire. Afin de tester le rôle de cette modification post-transcriptionelle au cours du développement des cellules de la crête neurale, nous avons généré un modèle murin dans lequel Adar1 a été spécifiquement invalidé dans les cellules d’intérêt grâce à l’utilisation du système Cre/loxP et les lignées Wnt1/HtPA – cre.

Les mutants Adar1 issus de ces croisements présentent une mortalité post-natale précoce accompagnée d’anomalies de myélinisation majeures du nerf sciatique et une quasi-absence de pigmentation. La réalisation de qRT-PCR et immunomarquages nous a permis de mettre en évidence un défaut de différenciation des mélanocytes et des cellules de Schwann (traduit par une absence de nombreux marqueurs de différenciation plus ou moins tardifs). Une combinaison de techniques incluant immunohistochimie et analyse transcriptomique, est en cours afin de déterminer le timing et l’origine moléculaire de ces anomalies ainsi que les conséquences sur le développement d’autres dérivés de la crête neurale.

A terme, l’observation des conséquences d’une dérégulation de ce mécanisme aidera à comprendre son rôle au cours du développement des cellules de la crête neurale en condition normale et pathologique, bénéficiant ainsi à la recherche fondamentale et à la recherche médicale.


Nadjet GACEM (Paris), Anthula KAVO, Laurence RICHARD, Véronique PINGAULT, Jean Michel VALLAT, Nadège BONDURAND
00:00 - 00:00 #12847 - P033 Atteintes neurologiques centrales et périphériques inhabituelles associées à des mutations faux-sens de SOX10: évaluation clinique et conséquences fonctionnelles.
P033 Atteintes neurologiques centrales et périphériques inhabituelles associées à des mutations faux-sens de SOX10: évaluation clinique et conséquences fonctionnelles.

Le syndrome de Waardenburg (WS) est une neurocristopathie rare caractérisée par l’association d’anomalies pigmentaires (peau, iris, cheveux) et d’une surdité. Quatre types sont décrits sur des bases cliniques, et sept gènes impliqués à l’heure actuelle. Des mutations de SOX10 ont été décrites dans les types 2 et 4 (i.e., sans ou avec maladie de Hirschsprung), ainsi que dans des formes complexes à composante neurologique (PCWH ou PCW). Ce spectre phénotypique est largement expliqué par le rôle central de SOX10 au cours du développement de trois lignages dérivés de la crête neurale (mélanocytes, système nerveux entérique et cellules de Schwann) et des oligodendrocytes. Excepté pour les formes neurologiques de la maladie liées à des mutations non-sens, aucune corrélation génotype-phénotype n’est établie.

Nous avons mis en évidence différentes mutations faux-sens affectant le codon 175 de SOX10 chez 6 patients (2 cas sporadiques et une forme familiale) présentant, en plus des signes classiques du WS2, une atteinte neurologique inhabituelle, sévère et progressive.

Les 6 patients présentent une neuropathie périphérique avec une perte progressive de la marche et des anomalies de la substance blanche objectivées à l’IRM cérébrale. Pour l’une d’entre eux, l’atteinte neurologique est survenue à l’âge adulte avec une atteinte des nerfs auditifs, une ataxie, une perte rapide de l’autonomie et une démence avec atrophie cérébrale. Trois patients présentent des troubles du comportement importants ou une pathologie psychiatrique.

Afin de comprendre l’effet délétère de ces mutations, leurs conséquences ont été évaluées in vitro et à l’aide du système iPS. In vitro, la surexpression de chacune d’entre elles induit une relocalisation des protéines résultantes dans des structures subnucléaires contenant d’autres protéines dont p54NRB, marqueur connu des paraspeckles et cofacteur de SOX10. Lorsque la protéine sauvage est co-transfectée avec chacun des mutants un effet dominant négatif a été observé, qui pourraient être à l’origine du phénotype particulier observé chez les patients concernés. La dérivation de clones iPS pour l’un de ces patients et leur différenciation en cellules dérivées de la crête neurale et en neurones est en cours et devrait permettre de comprendre les conséquences de cette mutation sur les processus de différenciation.

L’ensemble de nos données cliniques et cellulaires sont donc en faveur d’une relation génotype/phénotype de certaines mutations faux-sens de SOX10, améliorant les connaissances physiopathologiques, le suivi des patients et le conseil génétique.


Sandrine MARLIN (PARIS), Manoubia SAIDANI, Nadjet GACEM, Nathalie LOUNDON, Florence PETIT, Nathalie BODAERT, Isabelle AUDO, Nathalie LEFORT, Stanislas LYONNET, Christine BALDESCHI, Veronique PINGAULT, Nadege BONDURAND
00:00 - 00:00 #12867 - P034 Caractérisation clinique et moléculaire de 15 nouveaux patients et revue de la littérature soutenant le rôle du gène TBR1 dans les troubles du spectre autistique.
P034 Caractérisation clinique et moléculaire de 15 nouveaux patients et revue de la littérature soutenant le rôle du gène TBR1 dans les troubles du spectre autistique.

Le gène TBR1 code pour un facteur de transcription de la famille T-box et est principalement exprimé dans le cortex cérébral. Il joue un rôle essentiel dans la différenciation des neurones néocorticaux, la migration neuronale et la projection axonale au cours du développement embryonnaire. TBR1 régule plusieurs gènes candidats dans les troubles du spectre autistique (TSA), tels que GRIN2B, CASK, AUTS2 et RELN. Le séquençage d'exome et la méthode des sondes moléculaires inversées (MIPs) ont identifié 9 variations pathogènes dans le gène TBR1 chez 9 patients non apparentés issus d’une large cohorte de 3577 patients avec TSA. Dans la littérature, seul un patient porteur d’une délétion 2q24.2 comprenant uniquement TBR1, a été décrit de manière détaillée sur le plan clinique. Il présentait une déficience intellectuelle (DI), des troubles du comportement, un retard de croissance, une dysmorphie faciale légère, un pectus excavatum et des mains longues. TBR1 a donc été rapporté comme un gène fort de susceptibilité à la DI et aux TSA. Cependant, des descriptions phénotypiques fines manquent et TBR1 n'est toujours pas considéré comme un gène responsable de pathologie humaine dans la base de données OMIM.

Dans cette étude, nous rapportons la caractérisation clinique de 15 patients (9 garçons / 6 filles) non apparentés, porteurs de variants de novo du gène TBR1, recrutés grâce à une forte collaboration nationale et au partage international de données (PhenomeCentral/GeneMatcher). Les résultats cliniques et moléculaires ont été confrontés à une revue de la littérature. Au total, parmi les 29 patients, âgés de 3 à 29 ans, 27 présentaient une DI modérée à sévère, associée à des traits autistiques pour 20 d’entre eux. 24/29 patients avaient un retard de langage modéré à profond et 19/29 présentaient des troubles du comportement. Les signes neurologiques incluaient une hypotonie (12/29), des mouvements anormaux à type de dystonie, chorée et tremblements (6/29) et des crises convulsives (3/29). La moitié des patients présentaient des traits dysmorphiques (15/29) sans qu’un phénotype spécifique puisse être identifié. Un peu moins de la moitié des patients présentaient des anomalies squelettiques hétérogènes (14/29) et une petite taille (12/29). Des difficultés alimentaires sévères et une constipation modérée à sévère ont été rapportées chez 7 cas sur 29. Les variations pathogènes du gène TBR1 incluaient 13 tronquants et 7 faux-sens, toutes situées dans des domaines protéiques fonctionnels, ainsi que 8 délétions allant de 122kb à 12.3Mb.

Grâce au partage de données et au phénotypage inverse, nous présentons içi une description phénotypique détaillée de 15 patients porteurs de variations TBR1 de novo, confrontée aux données de la littérature. Ce travail confirme l’implication de ce gène dans la DI et les TSA syndromiques, qui devrait être considéré comme un gène de pathologie humaine et décrit comme tel dans la base de données OMIM.


Sophie NAMBOT (DIJON), Alice MASUREL-PAULET, Julien THEVENON, Ange-Line BRUEL, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Cyril MIGNOT, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Julia METREAU, Thierry BIENVENU, Massimiliano ROSSI, Amélie PITON, Florence PETIT, Nathalie LEMEUR, Valerie LAYET, Daniel AMRAM, Elizabeth BHOJ, Dong LI, Megan CHO, Elise FIALA, Dorothy GRANGE, Wendy MESCHINO, Susan HIATT, Hilde OLIVIER, Thibaud JOUAN, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #12868 - P035 Intérêt majeur d’une ré-analyse annuelle prospective des données brutes de séquençage haut débit d’exome pour le diagnostic des maladies rares avec anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle.
P035 Intérêt majeur d’une ré-analyse annuelle prospective des données brutes de séquençage haut débit d’exome pour le diagnostic des maladies rares avec anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle.

Les anomalies du développement et la déficience intellectuelle (AD/DI) constituent un défi diagnostique majeur en génétique médicale. La démarche diagnostique traditionnelle n’aboutit à l’identification d’une cause génétique que chez 50% des patients. Contrairement aux approches ciblées, le séquençage haut débit d’exome (WES) permet une analyse diagnostique non restreinte aux hypothèses cliniques et une ré-analyse séquentielle des données.

Afin d’améliorer le diagnostic moléculaire des patients atteints d’AD/DI, nous avons implanté dès 2013 le WES dans notre pratique clinique (interprétation restreinte aux gènes responsables de pathologie humaine dans la base OMIM). De juin 2013 à juin 2016, le WES a ainsi été effectué en solo chez 416 patients avec AD/DI, posant un diagnostic positif d’emblée chez 104 patients (25%). Parmi les 312 patients sans diagnostic (résultats négatif ou incertain), les données brutes de 282 patients ont été ré-analysées et réinterprétées annuellement. Ces ré-analyses étaient effectuées après mise à jour du pipeline bioinformatique et à la lumière des nouvelles données dans la base OMIM. Nous avons obtenu 8,5% de diagnostics supplémentaires (24 patients) : 15 liés au référencement du gène causal dans la base OMIM au cours des 12 mois précédant la ré-analyse, 5 VOUS reclassés, 2 variants OMIM déjà connus lors de l’analyse initiale, et 2 CNV détectés après extension récente du pipeline à l’identification de CNV. A ce jour, le taux diagnostique positif global est de 31%, alors qu’il était de 22% à l’issue de l’analyse initiale en 2014. Cette augmentation est à mettre en relation avec la croissance exponentielle du nombre de gènes identifiés comme responsables d’AD/DI ces dernières années. Si une analyse recherche des données étendue aux gènes non OMIM est associée à la ré-analyse diagnostique stricte, le taux global de résultats positifs atteint 36,3%. Cette ré-analyse recherche nécessite un partage international de données intensif pour la validation de gènes candidats.

Ces résultats confirment la faisabilité et l’intérêt du WES en solo pour le diagnostic moléculaire des AD/DI. Ils démontrent tout particulièrement l'efficacité d’une ré-analyse bioinformatique et d’une ré-interprétation annuelle des données brutes issues du WES. Cependant, bien que cette démarche n’entraîne pas de surcoût de séquençage, elle s’avère coûteuse en temps humain. En l’absence d’une valorisation spécifique de cette ré-analyse pour les laboratoires de diagnostic, il apparaît difficile de la rendre systématique. Cependant, la possibilité d’une ré-analyse devrait être proposée à chaque rendu de résultat diagnostique négatif et réalisée à la demande des patients (ou du prescripteur). De même, une analyse en trio devrait être réalisée avant d’envisager d’autres approches « omics », tel qu’un séquençage haut débit de génome, afin de poursuivre l’exploration des régions codantes, qui ont encore beaucoup de secrets à livrer. 


Sophie NAMBOT (DIJON), Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Ange-Line BRUEL, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Alice MASUREL-PAULET, Daphne LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Mathilde LEFEBVRE, Pierre VABRES, Salima EL CHEHADEH-DJEBBAR, Judith ST-ONGE, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Charlotte POÉ, Virginie CARMIGNAC, Jean-Baptiste RIVIERE, Patrick CALLIER, Antonio VITOBELLO, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #12869 - P036 Les variants tronquants du gène DLG4 sont responsables de déficience intellectuelle associé à un habitus marfanoïde et des troubles visuels.
P036 Les variants tronquants du gène DLG4 sont responsables de déficience intellectuelle associé à un habitus marfanoïde et des troubles visuels.

L’association d’un syndrome marfanoïde et d’une déficience intellectuelle (DI) représente un groupe hétérogène de maladies génétiques chevauchantes. Dans à peine 20% des cas, le diagnostic moléculaire est posé grâce à l’identification de microremaniements chromosomiques par CGH array et/ou d’une mutation dans un gène connu pour causer le syndrome de Marfan. Différents gènes connus pour être associés à la DI ont été occasionnellement impliqués chez des patients présentant un habitus marfanoïde. Afin d’approfondir les bases moléculaires responsables de cette présentation clinique, nous avons recruté 64 patients dont 33 ont bénéficié d’un séquençage d’exome en trio et 31 ont été explorés par exome solo. Dans environ la moitié des cas, un diagnostic moléculaire a pu être obtenu dans un gène connu de DI.

En partant du principe qu’un grand nombre de gènes impliqués dans la DI sont intolérants aux variants perte de fonction, des filtres bioinformatiques additionnels ont été appliqués pour sélectionner des gènes dont la pLI est supérieure à 0.9 et pour lesquels un variant tronquant a été identifié chez au moins 2 patients de la cohorte. Cinq gènes ont été filtrés. Le gène DLG4 a été retenu du fait des données bibliographiques et bioinformatiques très en faveur de son implication dans le phénotype exploré. En effet, 3 patients ont été identifiés comme porteurs de variants tronquants de novo absents des bases de données (2 frameshifts et un situé au niveau d'un site consensus d’épissage). Les patients avaient entre 23 et 35 ans et présentaient une DI légère à modérée, des signes marfanoïdes dont un visage long, un palais ogival, une dolichosténomélie, des doigts longs et fins, un pectus excavatum et une scoliose. Un patient présentait un nystagmus et les 2 autres un strabisme. Les études des ARN sur sang total ont montré une haploinsuffisance pour les frameshifts et un épissage aberrant conduisant à un codon stop prématuré pour le variant d’épissage.

Le gene DLG4 code pour la protéine PSD-95, exprimée dans différents tissus dont le cerveau. Au niveau des neurones, PSD-95 est localisée à la densité post-synaptique associée à la signalisation des récepteurs NMDA. Cette protéine pourrait également participer dans la maturation synaptique glutamatergique. La déplétion en protéine DLG4 changerait le ratio excitation/inhibition des synapses hippocampiques. Des variants tronquants du gène DLG4 ont été trouvés enrichis dans une cohorte de 820 exomes trio de patients atteints de DI et/ou troubles neurodéveloppementaux en comparaison à des contrôles; deux patients présentaient un déficit visuel.

Au total, nous décrivons 3 nouveaux patients porteurs de variants tronquants du gène DLG4, ce qui permet de confirmer son implication dans la DI et très probablement l’habitus marfanoide, compte tenu de la représentation très élevée de ce gène dans notre cohorte.


Sébastien MOUTTON, Ange-Line BRUEL (DIJON), Mirna ASSOUM, Martin CHEVARIN, Elisabeth SARRAZIN, Cyril GOIZET, Anne-Marie GUERROT, Aude CHAROLLAIS, Perrine CHARLES, Delphine HÉRON, Jean-François DELEUZE, Nada HOUCINAT, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Yannis DUFFOURD, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12876 - P037 Des mutations de KIAA1109 sont responsables d’un nouveau syndrome associant une arthrogrypose avec des anomalies du développement du cerveau.
P037 Des mutations de KIAA1109 sont responsables d’un nouveau syndrome associant une arthrogrypose avec des anomalies du développement du cerveau.

Nous décrivons un nouveau syndrome à transmission autosomique récessive et associant des anomalies cérébrales à de multiples rétractions tendineuses.

Nous avons identifié des mutations sur les deux allèles du gène KIAA1109 chez 13 individus appartenant à 11 familles non apparentées et présentant des symptômes similaires. Ils montrent d’importantes anomalies cérébrales, notamment un sous développement du parenchyme cérébral, une ventriculomégalie sévère à modérée et une hypoplasie cérébelleuse, ainsi que des pieds bots et une arthrogrypose généralisée. Les autres symptômes fréquemment rencontrés incluent la microphtalmie, la cataracte et des anomalies cardiaques. Les cas les plus sévères ne sont pas viables et portent des variants perte-de-fonction, alors que les individus modérément atteints ont des mutations faux-sens. Ces derniers patients présentent un retard de développement sévère, une syndactylie des 2ème et 3ème doigts et une importante hypotonie musculaire résultant en une incapacité à se tenir debout sans support.

La protéine KIAA1109, longue de 5005 acides amines, a été conservée au cours de l’évolution et elle interagit avec d’autres protéines associées au retard mental ou impliquées dans la régulation du cycle cellulaire. Le knock-down de l’orthologue de KIAA1109 chez le zebrafish produit des embryons présentant une hydrocéphalie et une courbure anormale ce qui est cohérent avec un rôle causal des mutations hypomorphes du gène KIAA1109 dans ce nouveau syndrome. De manière analogue, les knockouts des orthologues de KIAA1109 de la drosophile et de la souris résultent en des létalités embryonnaires réminiscentes de celle observée chez les patients portant des mutations perte-de-fonction. Nous suggérons d’appeler ce nouveau syndrome ‘Alkuraya-Kučinskas syndrome’ puisque ces deux cliniciens sont les premiers à avoir décrit des patients des deux extrêmes du spectre phénotypique de cette pathologie.


Lucie GUENEAU (Lausanne, Suisse), Richard FISH, Hanan E SHAMSELDIN, Norine VOISIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Egle PREIKSAITIENE, Glen R MONROE, Angeline LAI, Audrey PUTOUX, Qamariya AMBOSAIDI, Laima AMBROZAITYTE, Nicolas GUEX, Mais HASHEM, Wesam KURDI, Sylvain PRADERVAND, Bernd ROECHERT, Peter M. VAN HASSELT, Michael WIEDERKEHR, Caroline F. WRIGHT, Ioannis XENARIOS, Gijs W. VAN HAAFTEN, Charles SHAW-SMITH, Erica M. SCHINDEWOLF, Marguerite NEERMAN-ARBEZ, Damien SANLAVILLE, Gaetan LESCA, Bruno REVERSADE, Jamel CHELLY, Laurent GUIBAUD, Vaidutis KUCINSKAS, Fowzan S ALKURAYA, Alexandre REYMOND
00:00 - 00:00 #12888 - P038 Implication du gène TLE1 dans un cas de microcéphalie postnatale progressive associée à atrophie corticale.
P038 Implication du gène TLE1 dans un cas de microcéphalie postnatale progressive associée à atrophie corticale.

La microcéphalie postnatale est caractérisée par une décélération de la croissance postnatale du périmètre crânien supérieure à 3 écarts types (SD) au-dessous de la moyenne. Parmi les rares causes de microcéphalie postnatale, les mutations dans FOXG1 sont responsables de microcéphalie sévère associées à un syndrome particulier, comportant une dysgénésie du corps calleux, une dystonie généralisées et des stéréotypies.

Dans le cadre de notre programme de recherche sur les anomalies du développement cérébral, nous avons séquencé l’exome complet en trio d'une patiente issue d’une famille consanguine qui présentait une microcéphalie postnatale progressive extrême (-6SD) associée à une encéphalopathie non épileptique sévère. À la dernière évaluation clinique, à l’âge de 3 ans, l’enfant montrait un retard du développement  sévère : pas de tenue de la tête ni acquisition de la position assise, pas de fixation du regard, pas d'utilisation fonctionnelle des mains et pas de langage. Les IRM ont montré une atrophie corticale évolutive, avec une leucoencéphalopathie progressive et une hypoplasie du corps calleux.

L'analyse des données d’exome a permis l'identification d'une substitution conduisant à une variation homozygote du gène TLE1 (p.Asp551Asn) jamais décrite en pathologie humaine. Les prédictions bioinformatiques suggèrent que cet acide aminé muté est fortement conservé à travers les différentes espèces et que la variation provoque un changement de la protéine conduisant à un changement de structure. Des études fonctionnelles sur les fibroblastes de la patiente montrent une diminution significative de l’index de prolifération et mitotique qui sont compatibles avec la microcéphalie extrême de la patiente.

TLE1 est un co-represseur transcriptionnel très fortement exprimé dans Le cerveau en développement, au cours duquel, il participe à la régulation de la survie neuronale post-mitotique. TLE1 dépend de manière critique de son interaction avec FoxG1, connu pour son implication dans la balance prolifération -différenciation neuronale. Nos données préliminaires suggèrent un rôle crucial du gène TLE1 dans le développement du cerveau d'une patiente présentant un syndrome avec des signes très fréquents chez les patients atteints du syndrome FOXG1.

Nous rapportons donc le premier cas de mutation TLE1 dans un syndrome  « FOXG1-like » associé à un défaut de prolifération au niveau des fibroblastes, ce  qui suggère que le phénotype observé est en lien avec un défaut de prolifération des progéniteurs. Des études supplémentaires sont en cours pour mieux définir l’implication de TLE1 dans la maladie.


Camille MAILLARD (PARIS), Mara CAVALLIN, Marion PHILBERT, Marie HULLY, Nathalie BODDAERT, Patrick NITSCHKÉ, Nadia BAHI-BUISSON
00:00 - 00:00 #12890 - P039 Anorexie mentale et variants génétiques rares.
P039 Anorexie mentale et variants génétiques rares.

L’anorexie mentale (AN) est un trouble multifactoriel sévère du comportement alimentaire. L’AN apparaît dès l’adolescence et affecte essentiellement les jeunes femmes. Sa prévalence vie entière est estimée à 0,5%. Il n’y a pas de traitement médicamenteux efficace contre l’AN et seulement un tiers des patients évoluent vers la rémission avec une prise en charge sur plusieurs années. Le taux de mortalité chez les patients et de 10%, essentiellement dû à la dénutrition ou au suicide (taux le plus élevé de tous les troubles psychiatriques). L’AN présente une forte composante génétique avec une héritabilité autour de 0,7 et une forme familiale à transmission dominante. Les gènes codant les récepteurs impliqués dans la faim et la satiété ainsi que la voie œstrogénique sont impliqués dans la régulation de la prise alimentaire et les comportements alimentaires. Plusieurs études génétiques dans l’AN suggèrent des associations génétiques avec des variants de ces gènes.

Dans notre étude, nous recherchons à identifier par séquençage des variants, mutations et de nouveaux polymorphismes (Single Nucleotide Variants SNVs ou polymorphisms SNPs) spécifiquement associés à l’AN dans ces gènes candidats.

Notre méthodologie a été de réaliser le séquençage à haut débit, dans les 2 sens avec une profondeur de lecture x70, des exons caractérisés des gènes des récepteurs à la ghréline (GHSR) et aux œstrogènes ESR1 et ESR2, chez 300 patients AN et 600 contrôles.

Nos résultats de séquençage nous ont permis d’identifier plusieurs SNP et SNV. Leur spécificité et leur impact pathogénique dans l’AN sont en cours de validation, notamment par la caractérisation de mutations de novo et la ségrégation de ces polymorphismes dans nos familles de patientes AN.


Julia CLARKE, Philip GORWOOD, Nicolas RAMOZ (PARIS)
00:00 - 00:00 #12906 - P040 TANC2 : un nouveau gène responsable de troubles neuro développementaux ?
P040 TANC2 : un nouveau gène responsable de troubles neuro développementaux ?

Des études d’exome de larges cohortes de patients avec phénotype caractérisé ont fortement contribué à l'identification de gènes candidats dans les troubles neuro développementaux (TND) et à la caractérisation de nouveaux syndromes avec déficience intellectuelle (DI). Plusieurs de ces gènes codent pour des protéines d’échaffaudage jouant un rôle critique dans la neurotransmission glutamatérgique, organisant la composition post-synaptique des complexes de récepteur glutamate et jouant un rôle clé au niveau des synapses ainsi que sur la plasticité neuronale. Parmi ceux-ci, le gène TANC2 (Tetratricopeptide repeat-, Ankyrin repeat-, and coiled-coil-containing protein 2, OMIM 615047) est un possible gène candidat de TND avec des variations faux sens identifiées dans le spectre phénotypique des TND à savoir DI isolée, trouble du spectre autistique et schizophrénie. Récemment, l'analyse in silico de la famille de protéines TANC a conduit à préciser leurs interactions et à comprendre les conséquences neurobiologiques possibles de leur perturbation. Nous rapportons un frère et une sœur présentant tous les deux un syndrome de Rett atypique et porteurs de la même délétion intragénique de TANC2, identifiée par CGHarray, non retrouvées chez les parents asymptomatiques. Par ailleurs, l'étude moléculaire des gènes impliqués dans les encéphalopathies épileptiques est négatives dans la limite des techniques utilisées. Cette observation évoque un mosaïscisme germinal parental et la possible implication de TANC2 dans le phénotype observé. L’analyse des transcrits dans le sang périphérique chez les deux patients comparés aux parents a permis d’identifier un transcrit mutant emportant les exons 2 à 7 de TANC2, avec des études in silico indiquant une protéine tronquée de 290 acides aminés sans décalage du cadre de lecture. D’autre part, l’étude d’expression du transcrit TANC2 indique une double expression avec contribution non altérée du transcrit sauvage chez ces 2 patients. Le mécanisme suggéré est une perte de fonction par effet dominant négatif. L’ensemble de ces éléments est en faveur de l’implication du gène TANC2 dans les TND.


Cindy COLSON (Lille), Manon GODIN, Mathhieu DECAMP, Arnaud MOLIN, Joris ANDRIEUX, Herve MITRE, Bernard GUILLOIS, Marion GÉRARD, Nicolas RICHARD
00:00 - 00:00 #12907 - P041 Les mutations bialléliques du gène MPDZ entrainent une hydrocéphalie congénitale avec malformations épendymaires multiples.
P041 Les mutations bialléliques du gène MPDZ entrainent une hydrocéphalie congénitale avec malformations épendymaires multiples.

Les hydrocéphalies congénitales qui affectent un nouveau-né sur 2000 environ, ont une cause développementale dans près de la moitié des cas. On distingue les hydrocéphalies syndromiques des hydrocéphalies non syndromiques, sans anomalie extra-cérébrale associée. Dans ce dernier groupe, seuls trois gènes ont été impliqués à ce jour,  L1CAM, MPDZ et CCDC88C. Les mutations du gène L1CAM qui sont responsables de l’hydrocéphalie avec sténose de l’aqueduc de Sylvius, transmise sur le mode récessif liée à l’X, représentent l'étiologie la plus fréquente. Plus récemment, des mutations bialléliques des gènes CCDC88C et MPDZ ont été identifiées dans des formes d’hydrocéphalie avec déficience intellectuelle ségrégant selon un mode de transmission autosomique récessif. La nature des lésions et le mécanisme de l’hydrocéphalie restent à préciser.

Nous décrivons 3 nouvelles variations homozygotes tronquantes du gène MPDZ chez 5 fœtus appartenant à 3 familles. Après l’identification d’une 1ère variation homozygote par panel NGS hydrocéphalie et analyse du phénotype correspondant, nous avons criblé le gène MPDZ dans une série de 10 fœtus présentant une hydrocéphalie avec atrésie de l’aqueduc de Sylvius, conduisant à l’identification de 2 autres variations homozygotes. L'examen neuropathologique de ces 5 fœtus a révélé un phénotype homogène caractérisé par (i) une dilatation des ventricules latéraux avec atrésie des 3ème et 4ème ventricules, (ii) une agénésie de l’organe sous commissural, (iii) des défauts épendymaires avec dénudation et (iv) des lésions péri-épendymaires étagées avec rosettes et amas de cellules ayant un immunophénotype de cellules épendymaires non différenciées (Nestine positives ; GFAP et CD56 négatives).

Le système ventriculaire est tapissé de cellules épendymaires qui dérivent des cellules gliales radiaires. Ces cellules épendymaires sont des cellules polarisées reliées entre elles par des jonctions serrées (tight junctions ; TJ) qui forment une barrière entre le parenchyme et les ventricules. La protéine MPDZ est fortement exprimée dans le cerveau dès le stade embryonnaire, notamment au niveau de l’épendyme et des plexus choroïdes impliqués dans la sécrétion du liquide céphalorachidien. Elle joue un rôle dans la structure des TJ. Plusieurs modèles murins de protéines de jonction intercellulaire présentent une dénudation de l’épendyme. De plus, la souris Mpdz-/- présente une dénudation précoce de l’épendyme et une astrogliose responsable de l’obstruction de l’aqueduc de Sylvius. Ainsi, les variations du gène MPDZ sont responsables d’un phénotype spécifique, caractérisé par des lésions épendymaires étagées tout le long du système ventriculaire. L’altération des TJ conduit à une désorganisation de l’épendyme avec formation de rosettes, à la dénudation de l’épendyme avec hypoplasie de l’organe sous-commissural et à la présence d’amas de cellules épendymaires non différenciées dans le parenchyme. 


Francois LECOQUIERRE (Rouen), Pascale SAUGIER-VEBER, Florent MARGUET, Homa ADLE-BIASSETTE, Fabien GUIMIOT, Sara CIPRIANI, Sophie PATRIER, Marie BRASSEUR-DAUDRUY, Alice GOLDENBERG, Valérie LAYET, Yline CAPRI, Thierry FRÉBOURG, Annie LAQUERRIÈRE
00:00 - 00:00 #12924 - P042 Etude fonctionnelle du CNV 4p16.1 associé à des défauts cranio-faciaux et neuro-anatomiques.
P042 Etude fonctionnelle du CNV 4p16.1 associé à des défauts cranio-faciaux et neuro-anatomiques.

Les Variations du Nombre de Copies (copy number variants ou CNVs) sont des lésions fréquentes impliquées, à la fois, dans des maladies rares et complexes. Nous avons précédemment montré que la modélisation de phénotypes anatomiques chez l’embryon de poisson-zèbre permet d’identifier les gènes majeurs responsables des phénotypes associés aux CNVs.

Nous avons réalisé une analyse fonctionnelle des cinq gènes présents dans un CNV sur la bande chromosomique 4p16.1. Grâce à la présence de données cliniques d’individus portant ce CNV dans les bases de données Decipher et AChro-Puce, nous avons déterminé que la délétion est associée à une micrognathie (réduction de la taille de la mâchoire) et à une microcéphalie tandis que la duplication est associée avec une macrocéphalie et des anomalies faciales. Nous avons donc utilisé l’embryon de poisson zèbre comme modèle animal pour déterminer la contribution de chacun de ces gènes au développement de la face et du cerveau.

Afin de modéliser la duplication, nous avons surexprimé chacun des cinq transcrits humains dans des embryons de poisson-zèbre. Nous avons identifié plusieurs gènes majeurs pour les deux phénotypes testés. D’une part, la surexpression de SLC2A9 ou de ZNF518B est suffisante pour provoquer une macrocéphalie mais n’induit pas de défauts cranio-faciaux. D’autre part, la surexpression de CLNK et WDR1 induit une macrognathie et une malformation du cartilage de Meckel respectivement. Nous avons ensuite modélisé la délétion en introduisant des délétions dans les gènes orthologues de WDR1 et CLNK grâce à la technologie CRISPR/Cas9. Nous avons pu exclure le gène clnk car seule la suppression de Wdr1 induit une micrognathie, phénotype attendu d’après les données cliniques des individus porteur de la délétion 4p16.1. Ces données fonctionnelles suggèrent que le gène WDR1 est impliqué dans les phénotypes cranio-faciaux pour ce CNV. Pour les défauts neuro-anatomiques, des expériences complémentaires sont en cours pour déterminer si la suppression de SLC2A9 et/ou ZNF518B induit une microcéphalie et s’il existe des interactions géniques entre les gènes majeurs, WDR1, SLC2A9 et ZNF518B.


Gaëlle HAYOT (STRASBOURG), Camille BONNET, Nicholas KATSANIS, Christelle GOLZIO
00:00 - 00:00 #12927 - P043 Déficience intellectuelle causée par des mutations de novo des gènes de protéines kinases CAMK2A et CAMK2B.
P043 Déficience intellectuelle causée par des mutations de novo des gènes de protéines kinases CAMK2A et CAMK2B.

Les isoformes alpha et beta de la protéine kinase II calcium-calmoduline dépendante (CAMK2) jouent un rôle clé dans la fonction neuronale. Bien que CAMK2 ait été l'une des premières protéines dont la fonction essentielle à l'apprentissage normal et à la plasticité synaptique a été révélée chez la souris, son importance dans le développement du cerveau humain n’a pas encore été bien démontrée. Grâce à une étude collaborative multicentrique basée sur le séquençage d’exomes complets, nous avons identifié 19 variants de novo CAMK2A et CAMK2B rarissimes chez 24 individus non apparentés ayant une déficience intellectuelle. En évaluant l'effet de ces variants sur la fonction kinase de CAMK2 et sur la migration neuronale, nous avons montré qu’ils diminuaient ou augmentaient le phénomène d’auto-phosphorylation du site Thr286/Thr287 de CAMK2. Nous avons également constaté que toutes les mutations affectant l'auto-phosphorylation perturbaient également la migration neuronale, soulignant par là même l'importance de l’auto-phosphorylation finement régulée de CAMK2 dans la fonction neuronale et le développement neurologique. Nos données établissent l'importance de CAMK2A et CAMK2B et de leur auto-phosphorylation dans la fonction cérébrale humaine. Elles élargissent le spectre phénotypique des troubles causés par des variants d’acteurs principaux de la voie de signalisation glutamatergique.


Sébastien KÜRY (NANTES), Geeske M. VAN WOERDEN, Thomas BESNARD, Megan T. CHO, Stephan SANDERS, Holly A. F. STESSMAN, Elizabeth A. SELLARS, Jonathan BERG, Jeff .l. WAUGH, Laurie. A. ROBAK, Jonathan A. BERNSTEIN, Matthew DEARDORFF, George E. HOGANSON, Diana S. JOHNSON, Tabib DABIR, Ajoy SARKAR, Gaëtan LESCA, Paulien A. TERHAL, Trine E. PRESCOTT, Dorothy K. GRANGE, Arie VAN HAERINGEN, Martin GRANZOW, Nienke E. VERBEEK, Wen-Hann TAN, Ute MOOG, Christina LAM, Ghayda MIRZAA, Katherine L. HELBIG, Jill A. ROSENFELD, Pankaj B. AGRAWAL, - CAMK2A/B CONSORTIUM, Sylvie ODENT, Ype ELGERSMA, Stéphane BEZIEAU, Sandra MERCIER
00:00 - 00:00 #12928 - P044 Etude d’une cohorte de 18 fœtus microcéphales : identification d’un nouveau gène candidat, FAF1.
P044 Etude d’une cohorte de 18 fœtus microcéphales : identification d’un nouveau gène candidat, FAF1.

Les malformations congénitales touchent environ 2.5% des naissances vivantes. Parmi celles-ci, la microcéphalie est la 3ème anomalie cérébrale congénitale la plus fréquente. Les étiologies génétiques des microcéphalies sont de plus en plus décrites aussi bien au niveau moléculaire (SNV) que cytogénétique (CNV).

Dans le cadre d’un PHRC national sur l’étude par ACPA de fœtus porteur d’une malformation cérébrale dans un cadre syndromique, nous avons identifié un fœtus présentant une duplication 1p32.2 de 494 kb tronquant l’extrémité C-terminale du gène FAF1 et incluant le gène CDKN2C. L’examen neuro-foeto-pathologique de ce fœtus interrompu à 27 semaines d’aménorrhée a identifié une microcéphalie avec retard de la giration, des anomalies des circonvolutions hippocampiques, une agénésie du corps calleux et une dysmorphie faciale.

Le gène CDKN2C code pour un inhibiteur des kinases cyclines-dépendantes p18-INK4C. L’expression de cette protéine dans le cortex cérébral fœtal n’est pas spécifiquement rapportée. En revanche, la protéine FAF1 est un enhancer de l’apoptose indispensable au développement embryonnaire et dont une expression forte et précoce a été démontrée au cours du développement des hémisphères télencéphaliques chez la souris. Nous avons émis l’hypothèse que la duplication partielle du gène FAF1 chez le fœtus aboutissait à l’expression d’une protéine FAF1 plus courte responsable de l’apparition d’une microcéphalie par augmentation de la stimulation de l’apoptose au niveau de la zone périventriculaire du cortex cérébral en développement.

Nous avons pu montrer pour ce foetus : i) la position des points de cassure au nucléotide près par une approche de Whole Genome Sequencing ii) une augmentation, dans le thymus par RT-qPCR, de l’expression de la partie N-terminale de l’ARNm du fœtus en comparaison aux foetus contrôles et en comparaison de l'expression de l’extrémité C-terminale chez le fœtus  et les contrôles et, iii) la présence par western-blot d’une protéine FAF1 de plus petit poids moléculaire (61kDa au lieu de 74 kDa) dont l’extrémité C-terminale normale est absente. Cette étude a été complétée par l’analyse par immunohistochimie de l’expression de la protéine FAF1 normale au cours du développement cérébral. Afin de comprendre le mécanisme permettant au gène FAF1 tronqué dans la région 3’ de conserver les séquences nucléotidiques nécessaires aux mécanismes de transcription et de traduction, nous avons réalisé une analyse in silico de l’extrémité 3’ du gène tronqué ainsi que le séquençage Sanger de l’extrémité 3’ de l’ARNm.

Cette étude permet d’une part de s’intéresser à un mécanisme génétique peu étudié de pathogénicité à savoir les duplications tronquantes d'un gène et d’autre part d’étudier l’expression d’un très probable nouveau gène responsable de microcéphalie. L’analyse d’une cohorte de fœtus ou de patients microcéphales à la recherche de duplication ou de variant gain de fonction du gène FAF1 permettrait de valider ce travail.


Eudeline ALIX, Jessica MICHEL, Flavie DIGUET, Rita MENASSA, Muriel FABRIES, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Annie BUENERD, Nicolas CHATRON, Audrey LABALME, Marianne TILL, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Catherine FALLET-BIANCO, Jelena MARTINOVIC-BOURIEL, Damien SANLAVILLE (LYON)
00:00 - 00:00 #12931 - P045 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte de 77 patients présentant une encéphalopathie épileptique précoce avec « burst-suppression ».
P045 Caractérisation clinique et moléculaire d’une cohorte de 77 patients présentant une encéphalopathie épileptique précoce avec « burst-suppression ».

Les encéphalopathies épileptiques précoces (EEP) sont des pathologies rares et sévères du neuro-développement. Elles sont caractérisées par la survenue de crises motrices dans les premiers mois de vie et par un EEG anormal. L’EEG « burst-suppression » est défini par une alternance de bouffées d’onde rapide et de périodes de dépression majeure de l’activité cérébrale. Il est caractéristique et facilement reconnaissable par l’ensemble des cliniciens. Historiquement, le syndrome d’Ohtahara et l’Encéphalopathie Myoclonique Précoce ont été décrits comme deux entités cliniques distinctes. L’objectif de cette étude est de décrire les gènes responsables d’EEP avec « burst-suppression » et de corréler le génotype au phénotype des patients. Dans le cadre du diagnostic et de la recherche, les données clinique et génétique de 400 patients atteints d’EEP ont été collectées. Les patients inclus dans cette cohorte présentent tous un début des crises d’épilepsie avant l’âge de 3 mois et un décalage des acquisitions psychomotrices. L’imagerie cérébrale (IRM) et le bilan métabolique n’ont pas mis en évidence d’anomalie spécifique. Nous avons sélectionné 77 patients présentant un EEG « burst-suppression». Les explorations génétiques ont été réalisées dans le laboratoire de diagnostic (pour les anomalies génétiques connues) puis au sein du laboratoire de recherche. Une analyse d’exomes en trio a été réalisée pour 17 patients. Les données cliniques et moléculaires ont été discutées avec un neuropédiatre. Nous avons identifié des variations pathogènes chez 49 patients (63.6%). La majorité des variations sont de type faux-sens et de novo. Notre étude souligne l’implication de 2 gènes KCNQ2 et STXBP1, qui sont les plus fréquemment mutés (respectivement 26% et 14%). Six gènes, déjà connus dans les EEP, sont pour la première fois associés à un EEG « burst-suppression » : SCN1A, GABRB3, GNAO1, GABRG2, ALG11 et PIGO. De nouvelles variations prédites pathogènes dans des gènes récemment décrits (GABRB3 et UBA5) et dans des gènes candidats ont été identifiées. Alors que le tableau clinique initial (dans les 3 premiers mois de vie) est homogène, nous avons observé une importante hétérogénéité concernant le devenir des patients, allant du décès précoce à la déficience intellectuelle modérée. Ce travail présente la répartition et la diversité des anomalies génétiques impliquées dans les EEP avec «burst-suppression ». Chaque variation pathogène semble être à l’origine d’un tableau clinique unique. La réalisation d’études fonctionnelles est indispensable pour l’interprétation des variations faux-sens et pour comprendre leur rôle dans la genèse de l’épilepsie. L’identification d’un diagnostic moléculaire constitue une étape clef pour améliorer notre compréhension de l’épilepsie et envisager le développement de thérapies ciblées.


Florence RICCARDI (Marseille), Pierre CACCIAGLI, Caroline LACOSTE, Cécile RAVIX, Majdi NAGARA, Alexandra AFENJAR, Cécilia ALTUZARRA, Stéphane AUVIN, Magalie BARTH, Sébastien CABASSON, Claude CANCES, Pierre CASTELNAU, Maryline CARNEIRO, Emmanuel CHEURET, Estelle COLIN, Benjamin COGNE, Florence DEMURGER, Vincent DES PORTES, Anne DIEUX-COESLIER, Diane DOUMMAR, Fabienne GIULIANO, Alice GOLDENBERG, Jamal GHOUMID, Anne-Marie GUERROT, Damien HAYE, Bertrand ISIDOR, Sophie JULIA, Emmanuelle LAGRUE, Anne-Sophie LEBRE, Jérémie LEFRANC, Anne LEPINE, Gaëtan LESCA, Hélène MAUREY, Julia METREAU, Cyril MIGNOT, Sophie NAUDION, Jean-Claude NETTER, Laurent PASQUIER, Jean-Michel PEDESPAN, Julie PERRIER, Anne-Lise POULAT, Chloé QUELIN, Christian RICHELME, Agathe ROUBERTIE, Elise SCHAEFER, Annick TOUTAIN, Nathalie VILLENEUVE, Laurent VILLARD, Mathieu MILH
00:00 - 00:00 #12940 - P046 Les mutations dominantes de RORA sont responsables d’un déficit intellectuel associé à une épilepsie, des troubles du spectre autistique et/ou une ataxie cérébelleuse.
P046 Les mutations dominantes de RORA sont responsables d’un déficit intellectuel associé à une épilepsie, des troubles du spectre autistique et/ou une ataxie cérébelleuse.

Le récepteur nucléaire ROR-alpha est une protéine essentielle pour le développement du cervelet. Bien que le modèle murin staggerer, correspondant à une délétion spontanée intragénique du gène orthologue Rora soit connu depuis deux décennies pour son phénotype cérébelleux, l’effet des mutations de RORA chez l’homme est resté inconnu jusqu’à ce jour.

Grâce à une collaboration internationale, nous avons identifié une série de 14 patients issus de 11 familles non apparentées présentant des mutations de RORA dont 3 délétions (deux de novo, une dominante), une duplication de novo et 7 mutations ponctuelles de novo (3 tronquantes et 4 faux-sens). Les patients sont atteints d’un syndrome associant un déficit intellectuel (13/14), une épilepsie (10/14), des troubles du spectre autistique (4/14) et une ataxie (4/14). Les signes cliniques observés chez les individus avec les mutations tronquantes sont cohérents avec les phénotypes précédemment décrits associés à une microdélétion sur le chromosome 15q22.2, pour lesquels la région minimale de chevauchement comprend RORA et le gène du récepteur NMDA de type 2 (NARG2).

Quatre des cinq patients avec les mutations altérant le domaine de liaison au ligand présentent des troubles du comportement (hyperactivité ou autisme) tandis que les deux patients avec les variants faux-sens altérant le domaine de liaison à l'ADN de ROR-alpha présentent une ataxie et une atrophie cérébelleuse. Nos résultats suggèrent que les mutations faux-sens du domaine de liaison à l'ADN ont un effet dominant négatif en empêchant l'accès de la protéine sauvage ROR-alpha à ses sites cibles naturels, conduisant ainsi à un phénotype comparable au modèle homozygote staggerer. Nous avons invalidé le gène Rora du poisson zèbre D. rerio et montrons que ceci induit une hypoplasie sévère du cervelet, confirmant ainsi le rôle essentiel de RORA dans le développement du système nerveux des vertébrés. Nous confirmons également dans ce modèle in vivo que les faux-sens du domaine de liaison à l’ADN ont un effet dominant négatif ou gain de fonction.

En conclusion, notre étude démontre que les mutations de RORA chez l’homme sont responsables d’une cause fréquente de déficience intellectuelle associée à des signes neurologiques d’expression variable incluant une épilepsie, des troubles du spectre autistique et/ou des troubles cérébelleux.


Claire GUISSART (NIMES), Xenia LATYPOVA, Paul ROLLIER, Tahir N KHAN, Hannah STAMBERGER, Kirsty MCWALTER, Megan CHO, Susanne KJAERGAARD, Sarah WECKHUYSEN, Gaetan LESCA, Katrin ÕUNAP, Lynn SCHEMA, Andreas G CHIOCCHETTI, Peter DE JONGHE, Shannon SATTLER, Isabelle THIFFAULT, Christine FREITAG, Christèle DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Monica H WOJCIK, François RIVIER, Nicolas LEBOUCQ, Souphatta SASORITH, Sylvie ODENT, Nicholas KATSANIS, Stéphane BÉZIEAU, Michel KOENIG, Erica E DAVIS, Laurent PASQUIER, Sébastien KÜRY
00:00 - 00:00 #12961 - P047 Détection de 3 variants structuraux du gène NIPBL par analyse des reads chimériques après séquençage NGS d’un panel Cornelia de Lange.
P047 Détection de 3 variants structuraux du gène NIPBL par analyse des reads chimériques après séquençage NGS d’un panel Cornelia de Lange.

Le syndrome de Cornelia de Lange (CdLS) est une déficience intellectuelle syndromique cliniquement caractéristique qui résulte d’altérations dans cinq gènes, NIPBL, SMC1A, SMC3, RAD21 et HDAC8. Les réarrangements de grande taille sont retrouvés chez moins de 5% des patients atteints de CdLS. Les reads chimériques (ou Split Read, SR) correspondent à des reads pour lesquels chacune des deux extrémités présente une séquence s’alignant sur deux zones du génome distantes l’une de l’autre. Ces reads signent l’existence de variants structuraux (SVs), qu’il s’agisse de délétions, de duplications, d’insertions ou d’inversions.

Nous rapportons l’identification, grâce à l’analyse des reads chimériques effectuée après séquençage haut débit (NGS) d’un panel de gènes (capture SureSelect QXT des régions exoniques et introniques puis séquençage Illumina sur MiSeq ou NextSeq), de 3 SVs chez des patients atteints de CdLS. Le premier cas est celui d’un CdLS typique chez un fœtus.  Dans un premier temps, le séquençage NGS de ce panel n’a pas permis d’identifier de variant pathogène. L’analyse des reads chimériques a conduit à l’identification d’une délétion s’étendant de l’intron 6 du gène NIPBL à l’exon 52 du gène adjacent, le gène C5orf42. Les points de cassure suggérés par l’analyse des SR ont été confirmés par PCR suivie d’un séquençage Sanger. Dans le second cas de CdLS, l’outil CANOES a détecté initialement une délétion de l’exon 11 du gène NIPBL. Cependant, les bornes de la délétion identifiée par l’outil CANOES ne correspondant pas parfaitement aux bornes de la délétion confirmée par QMPSF, nous avons poursuivi les investigations par l’analyse des reads chimériques. Nous avons alors mis en évidence un réarrangement complexe avec non seulement une délétion des exons 11 et 12 mais également une seconde délétion des exons 13 à 17, une insertion de 10 pb et une inversion de l’exon 12. Malgré la présentation clinique typique, aucun SNV ni CNV n’avait pu être détecté dans le troisième cas de CdLS. C’est l’analyse systématique des reads chimériques qui a permis de détecter une délétion partielle de l’exon 9 du gène NIPBL. Cette délétion de 444 pb a été confirmée par PCR Sanger autorisant la réalisation d’un diagnostic prénatal.

Si l’analyse des reads chimériques sur les données de séquençage de génome entier s’est généralisée, en revanche,  elle n’est pas courante sur les données de séquençage NGS de petits panels. La fréquence des SVs détectés sur petits panels NGS nous incite à déployer systématiquement une analyse des reads chimériques.  La stratégie de capture incluant les introns des gènes majeurs impliqués dans ces pathologies conditionne la détection et la caractérisation de ces SVs. Dans ces conditions, le panel présente une supériorité notable sur l’exome : la meilleure couverture et la meilleure profondeur de couverture améliorent la détection des variations ponctuelles, des CNV et des SV et ainsi augmentent le rendement diagnostique.


Sophie COUTANT, Alice GOLDENBERG, Kevin CASSINARI, François LECOQUIERRE, Gabriella VERA, Nathalie DROUOT, Françoise CHARBONNIER, Myriam VEZAIN, Isabelle TOURNIER, Raphaël LANOS, Olivier QUENEZ, Gaël NICOLAS, Anne-Marie GUERROT, Salima EL CHEHADEH, Françoise GIRARD, Juliette PIARD, Christelle CABROL, Thierry FRÉBOURG, Pascale SAUGIER-VEBER (Rouen)
00:00 - 00:00 #12976 - P048 Etude clinique et moléculaire de 4 familles Algériennes avec microcéphalie autosomique récessive.
P048 Etude clinique et moléculaire de 4 familles Algériennes avec microcéphalie autosomique récessive.

La microcéphalie primaire autosomique  récessive (MCPH- MIM 251200) précédemment appelée "microcephalia vera" est un trouble du développement neurologique d'origine génétique hétérogène rare caractérisé par une réduction congénitale du périmètre cranien inférieur à 2 déviations standards à la naissance ,un déficit  intellectuel non progressif de gravité variable sans troubles neurologiques significatifs. Des études récentes ont permis d'identifier une douzaine de locus (MCPH 1-12) et d'élargir le phénotype clinique. La majorité des patients MCPH ont une structure cérébrale normale mais parfois l'IRM montre un motif gyral simplifié et des anomalies de la migration neuronale.

Nous rapportons l'étude clinique et génétique de 17 patients appartenant à 4 familles consanguines présentant une microcéphalie congénitale (PC entre -2 et - 6DS),un déficit intellectuel de gravité variable de léger à sévére,une petite taille chez 7 patients ,des crises d'épilepsie chez 5 patients,paraparésie et hyperreflexie (4 patients),des signes dysmorphiques non spécifiques et des troubles du comportement avec agressivité ,hyperactivité et stéréotypies .Les anomalies à l'IRM cérébrale à type de simplification diffuse du gyrus cortical,pachygyrie et hypoplasie cérébelleuse ont été observés chez 7 patients.

La cartographie par autozygotie et le séquençage à haut débit ont permis l'identification de 3 mutations homozygotes des gènes CASC5 (c.6123G > A;p.Met2041Ile) ,WDR62 (c.1901T > C;p.Met634Thr) , (c.2908C > T;p.Q970*) et  2 mutations hétérozygotes composites du gène ASPM (c.2389C > T;p.Arg 797X) , (c.7781_7782delAG;Gln2594fsX6).

Les MCPH sont cliniquement et génétiquement hétérogènes avec 12 gènes identifiés dans différentes populations ethniques. Le phénotype associe la microcéphalie et la déficience intellectuelle à d'autres signes  tels que : paraparésie spastique ,crise d'épilepsie, petite taille ,dysmorphie faciale ,cataracte,surdité. Il convient de noter que les mutations dans les gènes  ASPM et WDR62 sont responsables de 55% - 60% des cas de MCPH.Les anomalies de la migration neuronale sont souvent associées à des mutations du gène WDR62. Alors que CASC5 est l'un des gènes les plus récemment décrit chez seulement 11 patients appartenant à 4 familles maghrébines.


Abdelkrim SAADI, Guntram BORCK, Lamia ALI PACHA, Belaid AIT ABDELKADER (Alger, Algérie), Laurence COLLEAUX, Myriam ABADA-BENDIB
00:00 - 00:00 #12978 - P049 Syndrome de Lamb-Shaffer : premier cas par duplication intra-génique du gène SOX5.
P049 Syndrome de Lamb-Shaffer : premier cas par duplication intra-génique du gène SOX5.

Le syndrome de Lamb-Shaffer (OMIM 616803) est une maladie génétique rare, récemment décrite (2012), de transmission autosomique dominante, ayant pour conséquence une déficience intellectuelle syndromique. Il apparait secondairement à des mutations perte de fonction du gène SOX5, aboutissant à une haplo-insuffisance (délétions, mutations non-sens). Le gène SOX5 appartient aux gènes de la famille SOX (SRY-related HMG-box) qui codent pour des facteurs de transcription essentiels dans le développement du système nerveux. Ils sont également impliqués dans la différenciation et la migration des oligodendrocytes, la croissance cartilagineuse et osseuse.

Nous rapportons le cas d’une patiente de 16 ans, cadette d’une fratrie de trois (un frère et une sœur en bonne santé), présentant une déficience intellectuelle syndromique. Elle est née eutrophe à 39 SA après une grossesse sans particularités. A l’âge de 4 ans, elle a consulté en génétique pour retard sévère des acquisitions psychomotrices et du langage (marche acquise à 27 mois, quelques mots seulement à 4 ans). L’examen clinique notait une myopie et un strabisme, une arachnodactylie, des pieds plats et une dysmorphie faciale associant un nez bulbeux, une columelle basse, un philtrum court, un prognathisme et des dents chevauchantes. L’IRM cérébrale réalisée à 4 ans montrait un retard de myélinisation sans malformation associée. Par la suite, l’évolution était marquée par la persistance d’un retard important des acquisitions (absence de langage à 16 ans), l’apparition de troubles du spectre autistique et d’une épilepsie. L’ACPA (lame 180K - Agilent Technologies) mettait en évidence une duplication 12p12.1 hétérozygote de 162 kb, comprenant les exons 4 à 8 du gène SOX5. Une analyse en QFM-PCR permettait de confirmer l’implication de ces exons et l’absence d’anomalies des exons adjacents. L’enquête familiale éliminait la présence de cette duplication dans la fratrie et chez la mère, le père n’ayant malheureusement pas pu être testé.

A ce jour, seulement une dizaine de patients présentant un syndrome de Lamb-Shaffer ont été rapportés dans la littérature. Ils présentent un phénotype comparable à notre patiente, avec l’association d’un retard psychomoteur, d’une déficience intellectuelle, d’une dysmorphie faciale, et de façon plus variable des anomalies oculaires, squelettiques et des troubles du spectre autistique. La duplication intra-génique mise en évidence ici, avec des points de cassure localisés dans les régions introniques, pourrait être un équivalent de mutation perte de fonction par modification de la structure de la protéine secondaire à la présence d’exons surnuméraires. Ce résultat est à la fois un argument en faveur de la pathogénicité de cette duplication et une confirmation de la récurrence du phénotype en cas d’anomalie du gène SOX5. Il s’agit du premier cas rapporté de duplication intra-génique du gène SOX5 responsable du syndrome de Lamb-Shaffer.


Noémie CELTON, Charlotte FLORIN, Marlène GALLET, Gilles MORIN, Florence JOBIC, Henri COPIN, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Guillaume JEDRASZAK (Amiens)
00:00 - 00:00 #12988 - P050 Déficience intellectuelle et système ubiquitine-protéasome : l’exemple de CUL4B.
P050 Déficience intellectuelle et système ubiquitine-protéasome : l’exemple de CUL4B.

Les variants pathogènes dans le gène CUL4B sont responsables d’une déficience intellectuelle lié à l’X, le syndrome de Cabezas (MIM #300354). Le phénotype commun à l’ensemble des patients associe une déficience intellectuelle à un retard psycho-moteur. Dans la majorité des cas, on observe également des anomalies des extrémités, une petite taille, des tremblements, des convulsions, un hypogonadisme, une obésité, des troubles de la démarches, ou encore une agressivité.

 

CUL4B code pour une protéine d’échafaudage, la culline-4B, qui participe à la formation du complexe Cullin4B-RING ubiquitine ligase (E3). Ce complexe joue un rôle essentiel dans la reconnaissance des protéines et l’ubiquitination qui précèdent leur dégradation cellulaire par le protéasome 26S.

Grâce à une collaboration multicentrique internationale, nous avons recensé à ce jour 12 patients de sexe masculin dont les mutations de CUL4B, identifiées par séquençage d’exome, n’ont pas encore été rapportées. Nous dénombrons 5 insertions-délétions avec décalage de la phase de lecture; 4 mutations non-sens ; 1 insertion-délétion sans décalage de la phase de lecture et 1 mutation faux-sens.

Des analyses sur cellules mononuclées du sang périphérique (PBMC) de patients ont permis de montrer que le système ubiquitine-protéasome UbPr était affecté par les altérations de CUL4B. En effet, les analyses protéiques par SDS-PAGE et western-blot mettent en évidence une augmentation significative des taux de la sous-unité Rpn5 (PSMD12) de la particule régulatrice 19S du protéasome 26S chez les individus présentant une mutation de CUL4B. Une analyse plus fine des extraits cellulaires des PBMC de patients sur gels non-dénaturants (native-PAGE) indique que l’excès de Rpn5 s’accompagne d’une activité chymotryptique accrue des complexes protéasomaux 26S ainsi que d’une diminution du pool intracellulaire de protéines ubiquitinylées.

Nos résultats suggèrent une implication directe de CUL4B dans la fonction régulatrice des sous-unités 19S du protéasome 26S. CUL4B participerait donc indirectement au maintien de l’homéostasie protéique cellulaire. Les mécanismes par lesquels s’exercent ces interactions ainsi que leurs conséquences, notamment dans le contexte pathologique de la déficience intellectuelle, restent toutefois à éclaircir.


Thomas BESNARD (Nantes), Frédéric EBSTEIN, Mathilde LEFEBVRE, Benjamin COGNÉ, Delphine QUINQUIS, Sophie NAMBOT, Maja HEMPEL, Davor LESSEL, Dong LI, Frédéric TRAN MAU-THEM, Karen W. GRIPP, Elena INFANTE, Marianne MCGUIRE, Thomas SMOL, Jamal GHOUMID, Timothy MAARUP, Elise CALONICO, Ladonna IMMKEN, Dominique MARTIN-COIGNARD, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU, Sébastien KÜRY
00:00 - 00:00 #12996 - P051 Syndrome de Primrose: comparaison phénotypique de patients avec SNVs de ZBTB20 versus microdélétions 3q13.31 incluants ZBTB20.
P051 Syndrome de Primrose: comparaison phénotypique de patients avec SNVs de ZBTB20 versus microdélétions 3q13.31 incluants ZBTB20.

Le syndrome de Primrose est caractérisé par une déficience intellectuelle variable, des troubles du comportement, une dysmorphie faciale avec macrocéphalie. Le phénotype est progressif avec survenue de faiblesse musculaire, contractures, troubles du métabolisme du glucose, perte auditive et calcifications ectopiques des pavillons. Des variants faux sens de novo de ZBTB20 ont été identifiés en 2014 comme responsables de ce syndrome. ZBTB20 joue un rôle important dans la cognition, la mémoire et l’apprentissage et a une action de répression de la transcription sur de nombreux gènes impliqués dans des troubles du développement. Un phénotype plus sévère et progressif est discuté parmi les patients porteurs de SNV par rapport à ceux ayant des larges délétions, par un mécanisme dominant négatif versus haploinsuffisance pour les délétions. Cependant, les patients présentant des délétions sont habituellement diagnostiqués plus jeunes par une approche pangénomique. Une étude de corrélation phénotype-génotype était attendue. Nous rapportons ici les données cliniques et moléculaires de 12 patients recrutés grâce à une collaboration nationale, 7 patients porteurs de SNV de ZBTB20 et 5 porteurs de délétion 3q13.31 impliquant ZBTB20, et avons compilé ces données aux 33 patients de la littérature. Tous les patients présentaient une DI et un retard psychomoteur léger à sévère. La dysmorphie était similaire mais la macrocéphalie était plus fréquente chez les patients avec SNV (p=0.031), la perte auditive (p=0.015), les calcifications du pavillon de l’oreille, l’atrophie musculaire progressive et les contractures articulaires n’étaient observées que chez les patients avec SNV. Toutefois l’âge médian était de 9.1 ans chez les patients avec délétions contre 17.1 ans chez les patients avec SNVs. Afin d’améliorer l’information donnée aux familles, un suivi serait nécessaire pour conclure si le phénotype des patients avec délétion 3q13.31 est moins progressif que les patients avec SNV.


Aurélien JUVEN (Dijon), Sophie NAMBOT, Christel THAUVIN-ROBINET, Patrick CALLIER, Arnold MUNNICH, Tania ATTIE BITACH, Laurence COLLEAUX, Marlène RIO, Sophie RONDEAU, Julie STEFFANN, Amélie PITON, Salima EL CHEHADEH, Didier LACOMBE, Sonia BOUQUILLON, Fanny LAFFARGUE, Sophie BLESSON, Dominique MARTIN, Hubert JOURNEL, Olivier PICHON, Bertrand ISIDOR, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13000 - P052 Identification de nouveaux gènes impliqués dans les formes autosomiques dominantes de la maladie de Parkinson.
P052 Identification de nouveaux gènes impliqués dans les formes autosomiques dominantes de la maladie de Parkinson.

Background and objectives

Parkinson disease (PD) is the second most frequent neurodegenerative disorder, affecting 1% of the population above 65 years. It is characterized by the triad of symptoms: tremor, rigidity, and bradykinesia. To date, more than 10 validated genes have been identified, associated either with autosomal dominant (AD) or recessive (AR) forms of PD. However, the identified genes associated with AD PD only explain 10-15%, so many genes remain to be discovered. The aim of the work is to identify new genes involved in AD PD, using the largest multiplex PD families and applying the NGS technologies.

Methods and patients

We selected 20 largest multiplex families that fulfilled the following criteria:

  • At least one affected with an age at onset ≤50 years

  • At least 3 affected relatives on two generations

  • Excluded for mutations in known AD PD associated-genes (LRRK2, SNCA, VPS35).

Following these criteria, we selected 73 affected relatives from 20 multiplex AD PD families for exome sequencing. We looked for rare heterozygous variants, predicted to be pathogenic using CADD and M-CAP scores, shared by all affected relatives within the family. Replication studies were done using the available exome data from ~1,500 PD cases and 560 controls from the IPDGC consortium. Pathway analyses were realized using the R package Clusterprofiler and the web interface ConsensuspathDB.

Results

For each family, we obtain a list of candidate genes that need to be refined (2 to 30). To prioritize candidate genes, we applied some filtering criteria which in order were 1) expression in brain; 2) replication of these possible candidate genes in additional families; 3) sharing common physiopathological pathways. None of the identified candidate genes was replicated, using home and IPDGC consortium exome databases. On the other hand, using Clusterprofiler we found that some of our candidates genes identified were enriched in a common pathway: regulation of dendrite morphogenesis. Most of these genes can be grouped in the same biological process, which is actin metabolism. Furthermore, using ConsensuspathDB we highlighted that some of these candidates’ genes were able to interact with genes involved in PD like VPS35.

Conclusion

Although we identified a substantial number of multiplex families with AD PD, none of these families was explained by possible shared candidate genes, highlighting the genetic heterogeneity of PD. However, these genes were enriched in a common regulating pathway and some possibly interact with VPS35. Indeed we identified good candidate genes for Parkinson disease but further functional data were needed to strengthen the genetic data.


Christelle TESSON (Paris), Christel CONDROYER, Lyse RUAUD, Valérie DROUET, Suzanne LESAGE, Alexis BRICE
00:00 - 00:00 #13002 - P053 Les mutations de MYT1L sont associées à une déficience intellectuelle et une obésité.
P053 Les mutations de MYT1L sont associées à une déficience intellectuelle et une obésité.

Introduction

Parmi les variations de nombre de copies associées à une déficience intellectuelle (DI), de rares cas de remaniements de la région 2p25.3 ont été rapportés. Le syndrome de délétion (ou de duplication) 2p25.3 (MRD39, MIM#616521) est caractérisé par un retard de développement, un retard de langage, une obésité et /ou des troubles de comportement. Plus rarement, des malformations du système nerveux central ou une épilepsie ont été rapportées. L’haploinsuffisance du gène MYT1L (Myelin Transcription Factor 1-Like, MIM#613084), contenu dans la région minimale critique en 2p25.3, code pour un facteur de transcription spécifique des neurones et serait responsable de la majorité de signes cliniques. Pour mieux définir le spectre phénotypique associé à ce gène, nous rapportons des observations de DI liée à des mutations intragéniques de MYT1L.

Patients et méthodes

Etude clinique et génétique de sept patients suivis pour DI. Ils ont été explorés par séquençage en haut débit d’un panel de gènes (275, 456 ou 520 gènes). La capture des régions codantes a été réalisée par hybridation (kit SureSelect QXT, Agilent) et le séquençage par le séquenceur NextSeq 500 ou Hiseq2500 (Illumina). L’analyse bio-informatique primaire a été réalisée par les logiciels BWA GATK WGS apps et Variant Studio (Illumina). L’analyse de ces gènes a montré que plus de 95 % des séquences codantes sont couverts avec une profondeur supérieure à 30X.

Résultats

Quatre garçons et trois filles, d’âge moyen de 10 ans 8 mois, étaient suivis pour une DI légère à sévère. L’interrogatoire a révélé une hypotonie néonatale (3/7), un retard des acquisitions motrices avec un âge moyen à la marche supérieur à deux ans (7/7) et un retard ou une absence du langage (6/6). Des troubles de comportement à type de traits autistiques (4/7), troubles de l’attention et de la concentration (4/7), hyperactivité (2/7), troubles du sommeil (2/7) et /ou accès de colère (2/7) ont été notés chez quatre patients. Cinq patients avaient une obésité avec un poids supérieur à 97 percentiles et deux avaient une épilepsie à type d’absences ou de convulsions fébriles généralisées. L’examen a montré des discrets traits dysmorphiques ou un strabisme chez quatre patients. L’IRM cérébrale a objectivé une anomalie non spécifique chez trois patients parmi cinq. Le séquençage haut débit a objectivé sept mutations différentes de MYT1L (3 faux-sens, 1 non-sens et 3 délétions avec décalage du cadre de lecture) parmi lesquelles une mutation a été déjà rapportée. Le caractère de novo a été confirmé par analyse des pools parentaux et génotypage de 5 SNPs d'identitovigilance chez cinq patients ou par séquençage Sanger avec vérification de la filiation chez les deux patients restants.

Conclusion

L’identification de ces mutations pathogènes nous a permis d’une part de confirmer le rôle critique de MYT1L dans remaniements de la région 2p25.3 et d’autre part, de mieux préciser le spectre clinique associé à les mutations MYT1L.

 


Imène BOUJELBENE (Strasbourg), Amèlie PITON, Patricia BLANCHET, Claire FEGER, Nadine KEMPF, Céline CUNY, Nadège CALMELS, Valérie BIANCALANA, Jean MULLER, Sinthuja PACHCHEK, Bénédicte DUBAN BEDU, Christine FRANCANNET, Sandrine PASSEMARD, Bertrand ISIDOR, Yves ALEMBIK, Jameleddine CHELLY, Jean-Louis MANDEL, Bénédicte GERARD
00:00 - 00:00 #13008 - P054 Des mutations du gène WDR81 sont responsables de Microcéphalie et Microlissencéphalie par un mécanisme phisiopathologique conduisant à des anomalies de progression du cycle cellulaire.
P054 Des mutations du gène WDR81 sont responsables de Microcéphalie et Microlissencéphalie par un mécanisme phisiopathologique conduisant à des anomalies de progression du cycle cellulaire.

Les malformations du développement cortical cérébral (MCD) représentent une cause majeure de déficience intellectuelle et d’épilepsie. Parmi celles-ci, la microlissencéphalie (MLIS) associe une microcéphalie congénitale (MIC) à une anomalie sévère de gyration corticale, la lissencéphalie. Les mécanismes physiopathologiques de cette MCD complexe restent à définir mais l’implication d’anomalies de la neurogenèse et/ou de la migration neuronale sont largement suspectés.

Malgré la récente identification de 6 nouveaux gènes responsables de MLIS, la majorité des cas demeure sans cause génétique identifiée à ce jour. Par une stratégie de séquençage haut débit d’exome chez cinq familles non consanguines avec 7 cas atteints de MIC ou MLIS, nous avons identifier 8 mutations hétérozygotes composites dans WDR81. Ce gène avait été précédemment impliqué dans un syndrome associant une ataxie cérébelleuse, une déficience intellectuelle et la marche à quatre pattes, le syndrome CAMARQ2. Le spectre phénotypique de nos 7 cas s’étend d’une MIC avec atrophie cérébelleuse (1 cas), une MLIS sans atteinte de la fosse postérieure (4 cas) à une MLIS avec hypoplasie cérébelleuse (1 cas). Des corrélations génotype-phénotype ont pu être établies, où les mutations non-sens sont associées aux phénotypes les plus sévères et entraînent une dégradation du transcrit (Nonsense-mediated mRNA decay ou NMD) suggérant un mécanisme de type perte de fonction. De plus, l’analyse du cycle cellulaire par immunocytochimie sur fibroblastes issus de patients, nous a permis de démontrer une augmentation de l’index mitotique secondaire à une augmentation significative des cellules en prométaphase et métaphase. Parallèlement, des études in vivo d’invalidation de l’orthologue de WDR81 chez Drosophila Melanogaster, nous ont permis de démontrer une augmentation significative de l'index mitotique des cellules souches neurales cérébrales associé à un retard de progression du cycle cellulaire dû à un blocage des cellules souches neurales en prométaphase.

Cette étude a permis de mettre en évidence l’implication de WDR81 dans un spectre phénotypique de MCD complexes incluant la microcéphalie avec anomalies de gyration corticale allant de modéré à extrêmement réduite avec ou sans anomalie cérébelleuse. Nos résultats suggèrent un rôle clé de WDR81 dans la régulation du cycle cellulaire qui est très conservé au cours de l’évolution.


Mara CAVALLIN (PARIS), M. Alexandra RUJANO, Nathalie BEDNAREK, Daniel MEDINA-CANO, Antoinette BERNABE-GELOT, Severine DRUNAT, Camille MAILLARD, Meriem GARFA-TRAORE, Christine BOLE, Patrick NITSCHKÉ, Claire BENETEAU, Thomas BESNARD, Benjamin COGNÉ, Marion EVEILLARD, Alice KUSTER, Karine POIRIER, Alain VERLOES, Jelena MARTINOVIC, Laurent BIDAT, Marlène RIO, Stanislas LYONNET, M. Louise REILLY, Nathalie BODDAERT, Mélanie JENNESON-LYVER, Jacques MOTTE, Martine DOCO-FENZY, Jamel CHELLY, Tania ATTIÉ-BITTACH, Matias SIMONS, Vincent CANTAGREL, Sandrine PASSEMARD, Alexandre BAFFET, Sophie THOMAS, Nadia BAHI-BUISSON
00:00 - 00:00 #13009 - P055 Analyse moléculaire d'un cas de patient suspecté de PWS.
P055 Analyse moléculaire d'un cas de patient suspecté de PWS.

La majorité des signes cliniques dans le syndrome Prader-Willi (PWS, MIM# 176270) sont liés à un défaut d’expression d’origine paternelle des SNORD116. L’expression de ces petits ARN nucléolaires (snoRNA) est sous le contrôle du promoteur du SNRPN et ils sont générés suite à l’excision des introns. Le PWS était évoqué chez un enfant de 11 ans présentant des difficultés d’apprentissage, des troubles de comportement obsessionnels compulsifs associés à une obésité évoluant depuis la petite enfance. L’étude de méthylation spécifique par MS-PCR de la région 15q11.13 est revenue normale alors que l’ACPA a objectivé un gain d’une copie de la région 15q12q13.1 de 2,6 Mb : arr[hg19] :15q12q13.1(25,917,966-28,536,634)x3. Une analyse des marqueurs microsatellites a montré que ce gain  était d’origine paternelle. Le caractère hérité ou de novo de la duplication n’a pas pu être étudié. Bien que la présentation clinique ne soit pas typique du PWS, notamment l’absence de l’hypotonie néonatale, des difficultés alimentaires et de l’hypogonadisme, la mise en évidence d’un CNV rare en aval de la région critique PWACR était intrigante.

Nos objectifs étaient de rechercher dans un premier temps une anomalie de méthylation en mosaïque de la région 15q11.13  par MS-MLPA et d’apprécier dans un deuxième temps une éventuelle interaction entre la région dupliquée et les gènes soumis à empreinte impliqués dans le PWS localisés en cis, en étudiant l’expression de SNRPN et SNORD116 par RT-qPCR sur une culture de fibroblastes.

Le profil de méthylation par MS-MLPA est revenu normal et n’a pas révélé d’anomalies de méthylation en mosaïque pouvant expliquer les symptômes Prader-Willi like. L’étude quantitative n’a pas objectivé d’anomalies de nombre de copies des gènes soumis à empreinte dans PWACR et elle a confirmé le gain d’une copie des gènes ATP10A et GABRB3 inclus dans la région 15q12q13.1. L’étude quantitative des transcrits de SNRPN et de SNORD116 par RT-qPCR n’a pas révélé de différence significative d’expression d’aucun de ces gènes entre le patient et deux témoins normaux. Le CNV identifié chez le cas étudié est d’origine paternelle et n’inclut pas la PWACR. Cette région en gain contient notamment le gène ATP10A et les gènes GABRB3, GABRG3 et GABRA5 codant pour des sous unités du récepteur GABA. Une revue de la littérature nous a permis de proposer qu’une surexpression de ATP10A d’origine paternelle pourrait expliquer l’obésité observée dans le cas étudié. De même une dysrégulation de l’expression des gènes du récepteur GABA dans le cerveau pourrait expliquer, au moins en partie, les troubles du comportement observés dans les duplications 15q11q13. L'interprétation de ce CNV, en thème de pathogénicité, demeure encore difficile, notamment devant l’impossibilité de déterminer son caractère transmis ou de novo.


Imène BOUJELBENE (Strasbourg), Eric DAHLEN, Magali AVILA, Nadine KEMPF, Laura MARY, Marguerite MIGUET, Christel DEPIENNE, Lionel VAN MALDERGEM, Bénédicte GERARD
00:00 - 00:00 #13010 - P056 Syndrome d’Aicardi : une nouvelle stratégie d’identification des bases génétiques.
P056 Syndrome d’Aicardi : une nouvelle stratégie d’identification des bases génétiques.

Le syndrome d’Aicardi (AIS) est caractérisé par l’association de lacunes chorio-rétiniennes, de spasmes infantiles et d’une agénésie du corps calleux (ACC) associée à un spectre de malformations corticales complexes. Décrit exclusivement chez les filles, ce syndrome est considéré comme lié au chromosome X même si les bases génétiques demeurent inconnues à ce jour.

Dans le cadre d’une étude multicentrique, une large cohorte de 25 patientes AIS a été explorée par CGH-Array à haute résolution (60kb) et séquençage haut débit d’exome (WES) en trio. L’exploration par CGH-array n’a mis en évidence aucun remaniement sur le chromosome X. Cependant, 3 patientes présentaient des duplications et délétions autosomales. En parallèle, l’analyse des données de WES d’abord focalisée sur le chromosome X n’a pas permis d’identifier un gène candidat. De plus, l’inactivation du chromosome X a été vérifiée aléatoire sur l’ensemble de la cohorte. Nous avons alors élargi notre recherche aux régions codantes autosomales en testant les autres modes de transmission (de novo ou recessif). Aucun gène candidat n’a pu être mis en évidence suggérant la potentielle implication de variants touchants des régions non codantes. Afin de tester cette hypothèse nous avons choisi une stratégie combinant séquençage du génome entier (WGS) et étude transcriptomique par RNA-Seq sur ARN extraits de fibroblastes des patients. En première intention, nous avons débuté l’analyse bioinformatique de tous les variants non codants du chromosome X, avec une attention particulière sur des gènes appartenant aux mêmes clusters fonctionnels. La pathogénicité de ces variants est testée in silico grâce au  logiciel NCBoost basé sur leur niveau de conservation intra et inter-espèces. Enfin, afin de tester l’hypothèse d’une potentielle variabilité génétique, nous avons parallèlement débuté une analyse des données de WGS sur l’ensemble des régions non codantes autosomales pouvant réguler des cluters fonctionnels de gènes du chromosome X.

Afin de progresser dans l’identification des bases génétiques du syndrome d’Aicardi, nous proposons de tester l’hypothèse de l’implication de variants non codants régulant des clusters fonctionnels de gènes localisés ou non sur le chromosome X.


Mara CAVALLIN (PARIS), Patrick NITSCHKÉ, Barthélémy CARON, Antonio RAUSELL, Francesca DARRA, Elena FIORINI, Sebastien LEBON, Pier Angelo VEGGIOTTI, Federico VIGEVANO, Svetlana GATAULLINA, Marie BOURGEOIS, Alexis ARZIMANOGLOU, Nino EPITASHVILI, Isabelle DESGUERRE, Olivier DULAC, Bernardo DALLA BERNARDINA, Nadia BAHI-BUISSON
00:00 - 00:00 #13011 - P057 Extension phénotypique de l’encéphalopathie épileptique infantile précoce dû à de nouvelles mutations du gène SCL25A22.
P057 Extension phénotypique de l’encéphalopathie épileptique infantile précoce dû à de nouvelles mutations du gène SCL25A22.

Introduction : L’encéphalopathie épileptique infantile précoce (EEIE) est un groupe hétérogène de maladies caractérisées par une épilepsie néonatale sévère, principalement myoclonique, débutant dans les premières semaines ou les premiers mois de vie. L’électroencéphalogramme (EEG) intercritique montre habituellement un aspect caractéristique de « suppression burst ». Le pronostic est généralement sévère quelque soit le type d’EEIE et les enfants décèdent durant les deux premières années de vie ou survivent dans un état végétatif. Les différents types d’EEIE se distinguent par le gène impliqué. L’EEIE de type 3 (OMIM #609304) est due à des mutations du gène SLC25A22 codant pour un transporteur glutamate/H+ mitochondrial, majoritairement exprimé dans le cerveau. A l’heure actuelle, 2 mutations faux-sens à l’état homozygote ont été décrites : p.Pro206Leu et la p.Gly236Trp (7 patients de 3 familles consanguines). Nous rapportons ici une famille présentant un phénotype moins sévère d’EEIE de type 3 pour laquelle nous avons identifié deux variants à l’état hétérozygotes dans le gène SLC25A22. Des études fonctionnelles ont été réalisées.

Patients : Les 3 patients (une sœur, son frère et une cousine germaine) présentent un phénotype semblable : épilepsie myoclonique débutant dans les premiers jours ou semaines de vie, hypotonie axiale et périphérique, retard de développement global sévère avec quelques acquisitions et PC normal. L’EEG intercritique ne montre pas de « suppression burst ».

Méthodes : Un séquençage par whole-exome a été réalisé chez un patient et un parent de chaque famille.

Résultats : Nous avons identifié deux variants hétérozygotes dans le gène SLC25A22, jamais rapportés dans les bases de données et présents chez les 3 enfants : c.813_814delTG, p.Ala272Glnfs*144, hérité des mères (qui sont sœurs) et c.818G > A, p.Arg273Lys, hérité des pères, révélant un lien de parenté éloigné entre eux. Des études fonctionnelles ont montré que l’oxydation du glutamate était significativement altérée dans les cultures de fibroblastes d’une des patientes.

Discussion : Les patients décrits ici présentent un phénotype de l’EEIE de type 3 plus modéré que les patients précédemment rapportés dans la littérature, caractérisé par l’absence de « suppression burst ». Ils présentent quelques acquisitions et surtout sont toujours en vie après l’âge d’un an (8 ans pour la plus âgée). Le diagnostic moléculaire a pu être posé grâce à l’exome. Ce sont les premiers enfants rapportés de parents non apparentés et présentant des mutations hétérozygotes composites. Les analyses fonctionnelles ont permis de confirmer l’implication du gène SLC25A22 dans ce phénotype atypique.


Camille LEMATTRE (Nimes), Marion IMBERT-BOUTEILLE, David GENEVIEVE, Patricia BLANCHET
00:00 - 00:00 #13013 - P058 Déficience intellectuelle, hypotonie et épisodes d’hyperthermie inexpliquée : pensez COG7.
P058 Déficience intellectuelle, hypotonie et épisodes d’hyperthermie inexpliquée : pensez COG7.

Les déficits congénitaux de la glycosylation (CDG syndromes) sont un groupe de pathologies causées par un défaut de synthèse des glycoprotéines. COG7 est un gène codant pour une des sous unités du complexe oligomérique du Golgi (COG), impliqué dans le trafic intracellulaire et la modification des glycoprotéines. Les variants pathogènes de COG7, entraînent un CDG syndrome de type IIe, ayant pour conséquences des anomalies de la voie de la N- et de la 0-glycosylation. Jusqu’à présent, seuls huit cas ont été rapportés dans la littérature.

Nous décrivons deux sœurs issues d’un couple consanguin d’origine marocaine et faisons une revue de la littérature. Ces deux sœurs présentent un phénotype associant une déficience intellectuelle modérée à sévère avec des anomalies à l’imagerie cérébrale, des épisodes de fièvre inexpliqués avec tableau de syndrome d’activation macrophagique-like, une hépatomégalie et un retard de croissance staturo-pondérale. Elles présentent également une insensibilité à la douleur au niveau des extrémités qui n‘a jamais été décrite auparavant.

Par l’association des techniques d’homozygoty mapping et de séquençage exomique en quartet, nous avons mis en évidence un variant intronique homozygote c.170-7A>G dans le gène COG7, précédemment rapporté dans une famille consanguine marocaine, faisant évoquer un effet fondateur de ce variant. Sur le plan biochimique, l’électrophorèse de la transferrine sur papier guthrie était normale et seule l’analyse 2D des isoformes de la transferrine et de l’apoC3 a permis de confirmer le diagnostic de CDG syndrome de type IIe.

Cette observation d’une famille consanguine permet l’identification de deux nouveaux cas de syndromes CDG de type IIe avec un variant c.170-7A>G, dans le gène COG7. Nous étendons le phénotype des CDG syndromes causés par COG7 et montrons l’importance de l’analyse de la transferrine et de l’ApoC3 en électrophorèse 2D pour l’orientation diagnostique des CDG syndromes.


Marine TESSARECH (LILLE), Agnès GUICHET, Magalie BARTH, Sandrine VUILLAUMIER, Julien DURIGNEUX, Isabelle PELLIER, Thierry DUPRÉ, Arnaud BRUNEEL, Patrick VAN BOGAERT, Nathalie SETA, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN
00:00 - 00:00 #13017 - P059 Identification d'une nouvelle mutation homozygote du gène ADAT3 liée à un déficit intellectuel, retard de croissance et strabisme.
P059 Identification d'une nouvelle mutation homozygote du gène ADAT3 liée à un déficit intellectuel, retard de croissance et strabisme.

La déficience intellectuelle représente un problème de santé publique. C'est l'handicap majeur le plus fréquent chez l'enfant avec une prévalence allant de 1 à 3%. Les déficits intellectuels autosomiques récessifs sont estimés à 25% des causes génétiques. Cependant, dans une analyse récente des données de la littérature Vissers et al retrouvent 416 gènes dont 90% sont liés à une déficience intellectuelle. Néanmoins le nombre total de gènes impliqués dans les DIAR est estimé à un millier et les formes non syndromiques sont peu nombreuses.

Nous rapportons l'étude clinique et génétique de 3 patients (2 garçons ,une fille) agés entre 23 et 34 ans ,nés de parents apparentés avec des mensurations normales qui présentent un déficit intellectuel sévère,des troubles autistiques ,un strabisme chez les 2 garçons, une petite taille chez les 2/3 et des signes dysmorphiques non spécifiques de la face et des extrémités. Aucun patient ne présente de crises d'épilepsie ni d'anomalies à l'IRM cérébrale. Le séquençage de l'exome entier (WES) a permis l'identification d'un variant (c.970C>G,p.His324Asp) homozygote du gène ADAT3 chez les 3 patients et hétérozygote chez les parents,considéré comme délétère par plusieurs logiciels de prédiction. Le gène ADAT3 est impliqué dans la régulation de la traduction des protéines.

A ce jour ,une seule mutation (c.382G>A ,V128M) du gène ADAT3 a été rapportée par Alazami et al chez 39 patients appartenant à 19 familles saoudiennes qui présentent un déficit intellectuel associé souvent à un strabisme et un retard de croissance. D'autres caractéristiques comme la microcéphalie ,l'hypotonie, la spasticité ,l'épilepsie et de discrètes anomalies cérébrales telles que l'atrophie cérébrale,corps calleux fin,  retard de myélinisation n'ont pas été retrouvés chez nos patients.

Finalement ,la nouvelle mutation homozygote faux sens (c.970C>G;p.H324A) ADAT3 est à l'origine d'un déficit intellectuel sévère,des troubles autistiques et du comportement durant l'enfance ,une petite taille ,un strabisme et quelques signes dysmorphiques non spécifiques de la face et des extrémités.


Abdelkrim SAADI, Lamia ALI PACHA, Belaid AIT ABDELKADER (Alger, Algérie), Wahiba AMER ELKHOUDOUD, Laurence COLLEAUX, Myriam ABADA-BENDIB
00:00 - 00:00 #13020 - P060 Variabilité et chevauchement clinique des phénotypes liés aux mutations des gènes de la voie mTOR : à propos de 6 cas du CHU de Rennes.
P060 Variabilité et chevauchement clinique des phénotypes liés aux mutations des gènes de la voie mTOR : à propos de 6 cas du CHU de Rennes.

Introduction :

La voie PI3K/AKT/MTOR est une voie majeure de signalisation intracellulaire. Cette dernière a déjà été explorée en oncologie mais est également impliquée dans un certain nombre de pathologies développementales. Selon le gène muté et le niveau de dysrégulation correspondant sur la voie, on distingue différents syndromes, qui partagent pour autant un certain nombre de traits phénotypiques communs. La description de six patients suivis au sein du service de génétique du CHU de Rennes permet d’illustrer cette dualité entre variabilité et chevauchement clinique des pathologies de la voie MTOR.

 

Cas cliniques :

Les patients 1 et 2, respectivement un cas fœtal et un cas adulte, présentent un syndrome mégalencéphalie-anomalies capillaires (MCAP) lié à des mutations en mosaïque du gène PIK3CA.

Le patient 3 présente quant à lui un syndrome polyhydramnios, mégalencéphalie et épilepsie symptomatique (PMSE) lié à une mutation homozygote dans le gène STRADA.

Les patients 4, 5 et 6 présentent des mutations du gène MTOR, le premier à l’état constitutionnel, les deux derniers en mosaïque, responsable d’un syndrome de Smith-Kingsmore (associant macrocéphalie, déficience intellectuelle et épilepsie).

 

Discussion :

La voie PI3KT/AKT/ MTOR joue un rôle majeur dans la régulation de la prolifération, la croissance et la survie cellulaire. Les mutations pathogènes des gènes codant pour les protéines s’intégrant dans cette voie sont responsables d’une hyperactivation de cette voie et par conséquence d’une hyperprolifération cellulaire au sein des tissus atteints. Les syndromes illustrés par nos cas sont à mettre en regard avec les nombreux autres syndromes de la voie, notamment le Bannayan-Riley-Ruvalcaba (PTEN), le Protée (AKT1), la sclérose tubéreuse de Bourneville (TSC1, TSC2), le Peutz-Jeghers (STK11). Ces syndromes sont tous la conséquence de l’hyperprolifération cellulaire qui selon les tissus dans lesquels elle s’exprime, est responsable de la variabilité phénotypique du spectre clinique.  La rapamycine et ses dérivés ont déjà montré leur efficacité dans le traitement des cancers pour leur action anti-proliférative et anti-angiogénique par inhibition de la voie MTOR. Leur bénéfice a également été démontré plus récemment dans le traitement des manifestations de la sclérose tubéreuse de Bourneville. L’intérêt serait de pouvoir extrapoler l’efficacité de ces thérapeutiques utilisées dans la sclérose tubéreuse de Bourneville aux autres pathologies de la voie MTOR, puisque qu’elles partagent toutes le même mécanisme physiopathologique.

Conclusion :

Un patient présentant un phénotype compatible avec une hyperprolifération tissulaire doit faire penser au spectre des pathologies de la voie MTOR.

L’enjeu de leur diagnostic, outre le conseil génétique, réside dans la possibilité de perspectives thérapeutiques au décours, via des inhibiteurs de la voie mTOR. 


Paul ROLLIER, Louise GOUJON (PARIS), Chloé QUELIN, Philippe LOGET, Pierre VABRES, Christèle DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Christophe PHILIPPE, Paul KUENTZ, Jean-Baptiste RIVIERE, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Nicolas SEVENET, Michel LONGY, Laurent PASQUIER, Virginie CARMIGNAC, Sylvie ODENT
00:00 - 00:00 #13021 - P061 Etude des variations génétiques rares et fréquentes dans des familles multiplexes de troubles bipolaires.
P061 Etude des variations génétiques rares et fréquentes dans des familles multiplexes de troubles bipolaires.

Avec une prévalence de 1% dans la population générale, les troubles bipolaires (TB) constituent un problème majeur de santé publique, dont l’un des principaux défis est de comprendre l’étiologie. Bien que les études familiales et de jumeaux permettent d’estimer une héritabilité supérieure à 60% dans les TB, les études génétiques récentes peinent encore à clairement identifier les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la maladie. Un modèle génétique complexe et hétérogène semble néanmoins émerger aujourd’hui, combinant l’effet de variations génétiques fréquentes à faible effet et de variations plus rares avec une pénétrance plus élevée. Afin de limiter cette hétérogénéité et d’identifier des mécanismes moléculaires pouvant jouer un rôle dans l’apparition des troubles, nous avons effectué un séquençage d’exomes de 32 individus provenant de 7 familles multiplexes. Nous avons ainsi étudié la ségrégation entre des variations génétiques prédites pour avoir des conséquences fonctionnelles et la pathologie dans chaque famille. Par ailleurs, nous avons déterminé si ces variations génétiques affectaient des voies biologiques particulières et si celles-ci avaient également été identifiées par des études d’association sur l’ensemble du génome (GWAS) ou dans d’autres troubles psychiatriques, comme la schizophrénie et les troubles dépressifs majeurs qui partagent une part d’héritabilité avec les TB.  En parallèle, nous avons génotypé les membres de ces familles pour plus de 900 000 polymorphismes et estimé un score polygénique de vulnérabilité pour chaque individu afin de déterminer la contribution des variations génétiques rares et des variations fréquentes. L’ensemble de ces résultats devrait nous permettre d’identifier les voies biologiques plus fréquemment altérées chez les personnes avec des TB et ainsi proposer des stratégies thérapeutiques adaptées à chaque famille.


Elisa COURTOIS (Créteil), Annabelle HENRION, Caroline BARAU, Bruno ETAIN, Philippe LE CORVOISIER, Marion LEBOYER, Stéphane JAMAIN
00:00 - 00:00 #13022 - P062 Chorée bénigne héréditaire familiale sans anomalie de NKX2-1 : Mise en évidence d’une région régulatrice de NKX2-1 ou identification d’un nouveau gène de chorée héréditaire ?
P062 Chorée bénigne héréditaire familiale sans anomalie de NKX2-1 : Mise en évidence d’une région régulatrice de NKX2-1 ou identification d’un nouveau gène de chorée héréditaire ?

La chorée bénigne héréditaire ou familiale (OMIM 118700) est un trouble du mouvement hyperkinétique rare, débutant précocement dans la petite enfance mais peu progressif à l’âge adulte. C’est une maladie à transmission autosomique dominante, en rapport avec des mutations ou délétions du gène NKX2-1. Elle fait également partie du syndrome cerveau-poumon-thyroïde (OMIM 610978) dans lequel des atteintes respiratoires et thyroïdiennes sont observées.

Une centaine de cas de délétions de tailles variables ont été rapportés à ce jour. L’analyse en SNP array d’une famille multiplexe de Chorée Héréditaire Bénigne nous a permis de mettre en évidence une microdélétion 14q13.33 de 140kb à environ 200kb en 3’de NKX2-1, ségrégant chez les membres symptomatiques de la famille et contenant un seul gène : MBIP, non rapporté à ce jour en pathologie humaine.

Dans cette famille, le cas index est une jeune femme de 22 ans, hypotonique durant les premiers mois de vie et ayant développé dès l’âge d’un an une chorée affectant le tronc et les membres associée à des myoclonies et à une dystonie touchant principalement les membres inférieurs. Les difficultés à la marche ont nécessité l’utilisation d’un fauteuil roulant. Il n’existait pas de pathologie pulmonaire ou thyroïdienne associée. Son grand-père maternel, sa mère ainsi que quatre de ses oncles et tantes présentaient eux aussi un phénotype neurologique pur.

Des délétions responsables d’un syndrome cerveau-poumon-thyroïde et comprenant plusieurs gènes dont MBIP ont déjà été rapportées dans la littérature. La délétion identifiée chez notre patiente est la plus petite décrite à ce jour. Elle n’intéresse que le gène MBIP et permet ainsi de réduire la région minimale critique impliquée dans le phénotype. La co-expression au niveau embryonnaire de ces deux gènes, nkx2-1 et mbip, a été démontrée chez la souris au niveau thyroïdien, pulmonaire et cérébral. L’implication du gène MBIP ou de sa région adjacente non codante dans la régulation du gène NKX2-1 n’a pas été démontrée à ce jour. En effet l’expression de NKX2-1 est tissu spécifique (expression thyroïdienne, pulmonaire et cérébrale), et NKX2-1 n’est pas exprimé dans le tissu sanguin circulant. L’absence de tissu accessible rend ainsi les études fonctionnelles difficiles. La mise au point d’une PCR en temps réel, tissu spécifique, devrait permettre d’étudier l’expression de NKX2-1 chez tous les membres de la famille porteurs de la délétion comprenant MBIP et d’appréhender ainsi son mécanisme d’action.


Adeline BONNARD (PARIS), Myriam RACHID, Malek LOUHA, Benoît FUNALOT, Diana RODRIGUEZ, Anne-Catherine BACHOUD-LEVI, Françoise LANGLET, Valérie OLIN, Boris KEREN, Jean-Pierre SIFFROI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Diane DOUMMAR
00:00 - 00:00 #13029 - P063 La régulation de SHH par la voie Notch, ou comment expliquer l’hétérogénéité phénotypique de l’holoprosencéphalie.
P063 La régulation de SHH par la voie Notch, ou comment expliquer l’hétérogénéité phénotypique de l’holoprosencéphalie.

L'holoprosencéphalie (HPE) est une anomalie du développement cérébral accompagnée d’anomalies faciales. Elle est causée par un défaut de clivage du prosencéphale et se caractérise par un large spectre phénotypique en fonction du degré de séparation des hémisphères cérébraux (formes lobaire, semilobaire ou alobaire). Des formes moins sévères ont également été décrites, appelées microformes : comme des microcéphalies ou des troubles faciaux modérés sans malformation cérébrale typique, comme l’hypotélorisme ou une incisive médiane unique. Les patients affectés peuvent présenter une déficience intellectuelle et un retard psychomoteur, une épilepsie, un trouble de régulation thermique, et des anomalies endocrines, digestives et respiratoires.

Cette hétérogénéité phénotypique s’accompagne d’une hétérogénéité génotypique. En effet, 15 gènes ont été impliqués jusqu'à présent dans l’apparition de l’HPE, qui sont tous engagés dans la régulation de l'activité de Sonic Hedgehog  (SHH). Le gène SHH code pour une molécule ventralisante sécrétée très précocement au cours du développement cérébral et conduisant, dans la partie ventrale antérieure du tube neural, à la différentiation de la ligne médiane.  Un dysfonctionnement dans la signalisation Shh entraîne un phénotype HPE. Les études menées sur les modèles animaux montrent que la perturbation temporelle de la signalisation Shh est en corrélation avec la gravité des phénotypes holoprosencéphaliques : plus l’altération se produit tôt au cours du développement céphalique, plus le phénotype est sévère.

La voie de signalisation Notch a été associée à l’HPE, mais les mécanismes moléculaires impliquant Notch au cours du développement précoce du cerveau restent inconnus. Notre étude a été menée sur des modèles animaux inhibés pour la voie Notch. Des hybridations in situ sur des embryons knock out de souris pour l’effecteur de la voie Notch, RBPJ, ont permis de montrer qu'elle régulait l'expression de SHH dans la ligne médiane antérieure. Une inhibition chimique de la voie Notch chez le modèle poulet nous a permis d’affiner la fenêtre d’action pendant laquelle Notch régulait Shh dans la partie ventrale antérieure du tube neural, et de comprendre les mécanismes moléculaires mis en jeu dans cette régulation. Nous montrons que la régulation de Shh par Notch est tardive et qu'un défaut dans la signalisation de Notch conduit à un phénotype de type HPE modéré.

Ces résultats nous permettent de définir les mécanismes impliqués dans la variabilité phénotypique  observée chez les patients HPE. En effet, la sévérité du phénotype de l'HPE dépend non seulement d'une diminution de la concentration de SHH mais également du stade embryonnaire auquel se met en place cette diminution. 


Houda HAMDI-ROZE (Rennes), Aurélie RIZZO, Maïlys RUPIN, Michelle WARE, Hélène GUYODO, Véronique DAVID, Valérie DUPE
00:00 - 00:00 #13048 - P064 Inhibition de la voie de l’acide arachidonique par des mutations de CYP2U1 dans la paraplégie spastique SPG56.
P064 Inhibition de la voie de l’acide arachidonique par des mutations de CYP2U1 dans la paraplégie spastique SPG56.

Hereditary Spastic Paraplegias (HSPs) are a group of rare inherited disorders characterized by gradual spasticity and weakness of the lower limbs. These defects are the consequence of the retrograde degeneration of the cortico-spinal tracts. The pyramidal syndrome can occur alone in pure forms of HSP or associated with other neurological or extra neurological signs in complex forms. HSPs are transmitted according to all modes of inheritance and more than 70 genes have been identified.

SPG56 is a rare autosomal recessive early onset complicated form of HSP caused by mutation in CYP2U1 gene. CYP2U1 is a cytochrome P450 family 2 member which plays an important role in modulating the arachidonic acid (AA) signaling pathway and in the metabolism of long chain fatty acids. CYP2U1 metabolizes AA into two bioactive metabolites 19- and 20-HETE.

We identified several patients carrying either homozygous truncating mutation (p.L21Wfs*191), and missense variations (p.D316V1; p.E380G1 and p.C490Y2), or compound heterozygous (p.C262R associated to p.R488W and c.1288+1G>A associated to p.G115S and p.R384I2).

We developed an in vitro biochemical assay to determine the pathogenicity of missense variants of uncertain clinical significance (VUS class<5). To this end, wild type and 7 different mutated transcripts of CYP2U1 were transiently overexpressed in HEK293 cells. We then compared spectroscopic, enzymatic and structural (from a 3D model) characteristics of the over expressed wild type or mutated transcripts. The CYP2U1 dependent metabolism of arachidonic acid was measured by incubating protein extracts from transfected cells with arachidonic acid and analyzed by LC-MS. Five amino-acid substitutions, 4 VUS class4 and one VUS class3 (p.G115S, p.C490Y, p.D316V, p.R488W and p.C262R) led to a complete loss-of-function of CYP2U1 enzymatic activity towards AA hydroxylation. Moreover, the corresponding proteins did not behave as cytochromes P450, as they failed to exhibit a 450nm peak in UV-vis difference spectroscopy. Molecular modelling studies indicated that the p.Cys262Arg, p.Arg488Trp, and p.Cys490Tyr variants’ inability to exist as cytochromes P450 would result from a lack of proper heme binding in the active site whereas in the case of the p.Gly115Ser and p.Asp316Val variants, it would result from the instability of the proteins. Variations p.R384I and p.E380G (VUS class 3) displayed an activity similar to that of CYP2U1WT and did not significantly modify the protein stability and its ability to correctly bind heme. They should be considered as benign (i.e VUS Class1).

In conclusion, by combining several approaches, we have set up, for the first time, an in vitro enzymatic assay allowing to validate the in silico suggested pathogenic status of 5 CYP2U1 missense VUS and to move down 2 others. Our in vitro test could be used to explore the functional significance and corroborate pathogenicity of future variants identified in CYP2U1.


Christelle, M DURAND (Bordeaux), Laura DHERS, Christelle TESSON, Alessandra TESSA, Laetitia FOUILLEN, Stéphanie JACQUERE, Laure RAYMOND, Isabelle COUPRY, Giovanni BENARD, Frédéric DARIOS, Khalid H EL-HACHIMI, Guja ASTREA, Claire PUJOL, Didier LACOMBE, Alexandra DURR, Patrick J BABIN, Filippo M SANTORELLI, Nicolas PIETRANCOSTA, Jean-Luc BOUCHER, Daniel MANSUY, Giovanni STEVANIN, Cyril GOIZET
00:00 - 00:00 #13049 - P065 Bilan Lyonnais de 28 mois d’utilisation d’un panel de 450 gènes impliqués dans la déficience intellectuelle.
P065 Bilan Lyonnais de 28 mois d’utilisation d’un panel de 450 gènes impliqués dans la déficience intellectuelle.

La Déficience intellectuelle (DI) décrite comme la capacité réduite de comprendre une information nouvelle ou complexe, et d’apprendre et d’appliquer de nouvelles compétences touche 1 à 3% de la population. Les causes sont multiples. Elles peuvent être acquises (toxiques, traumatiques, infectieuses…) ou génétiques. Du point de vue génétique, les causes de DI sont soit d’origine chromosomique (10 à 15% des cas) soit d’origine génique (15 à 25% des cas). Plus de 800 gènes ont déjà été impliqués dans la DI.

Récemment encore, chaque gène et chaque patient devait être étudié indépendamment. L’avènement du séquençage haut débit a permis l’analyse simultanée de plusieurs gènes et patients en parallèle augmentant considérablement le rendement diagnostique.

Nous présentons ici le bilan de 28 mois d’expérience de notre panel comprenant 450 gènes impliqués dans la DI. Le séquençage de ces gènes a été effectué sur un séquenceur Nextseq500 (Illumina®) en poolant les patients par 24. L’analyse  bioinformatique a été réalisée par notre pipeline « maison » : Papillyon, basé sur les recommandations du Broad Institute. La profondeur moyenne obtenue est d’environ 150X.

328 patients ont été séquencés, 267 résultats ont été rendus parmi lesquels 70 variants de classe 4 ou 5 (probablement pathogènes ou pathogènes) correspondant à un taux diagnostique de 26.2%.

Les variants pathogènes les plus fréquents ont été identifiés dans les gènes : SYNGAP1 (4), IQSEC2 (3), KMT2D (3), SCN2A (3), ADNP (2), ARID1B (2), CHD2 (2), KDM5C (2), NSD1 (2), SETD5 (2), TRIP12 (2), et UBE3A (2).

Seulement 9 variants de signification inconnue (3,4%) ont été mis en évidence : 3 variants de novo pour lesquels le phénotype du patient ne correspond pas à la pathologie décrite pour le gène, 2 sur le chromosome X, hérités de mères bien portantes, 1 variant faux-sens survenu de novo dans le dernier exon du gène SHANK3, 1 variant pour lequel l’étude parentale ne pourra pas être réalisée, et 1 variant hérité dans un gène à pénétrance incomplète et pour lequel les éléments cliniques ne sont pas discriminants.

Les résultats obtenus confirment l’efficacité diagnostique de ce panel. Dans la mesure où les nouvelles techniques de séquençage haut débit permettent d’identifier régulièrement de nouveaux gènes impliqués dans la DI, nous avons choisi, à l’avenir, plutôt que de redessiner notre panel de passer à l’étude de l’exome en diagnostic.

 


Audrey LABALME (LYON), Marie FAOUCHER, Jessica MICHEL, Pierre Antoine ROLLAT-FARNIER, Sylvain PICARD, Thomas SIMONET, Claire BARDEL, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Alice POISSON, Lynda PONS, Audrey PUTOUX, Marianne TILL, Vincent DES PORTES, Nicolas CHATRON, Damien SANLAVILLE, Gaëtan LESCA
00:00 - 00:00 #13053 - P066 HIRA, un gène candidat au phénotype neurodéveloppemental du syndrome de microdélétion 22q11.
P066 HIRA, un gène candidat au phénotype neurodéveloppemental du syndrome de microdélétion 22q11.

Le syndrome de microdélétion 22q11 (SD22q11) autrement appelé syndrome de DiGeorge dans sa forme complète est le syndrome microdélétionnel le plus fréquent, touchant jusqu’à 1/2000 naissances. Les signes cliniques sont variables et associent entre autres, des malformations cardiaques, une hypoplasie du thymus et des parathyroïdes, un retard de développement psychomoteur, une déficience intellectuelle et des troubles psychiatriques. Aucun des 90 gènes de la région communément délétée de 3 mégabases n’explique entièrement le tableau clinique. En particulier, l’origine des anomalies neurodéveloppementales reste aujourd’hui spéculative. Nous proposons que le gène HIRA situé dans la région communément délétée, est responsable du phénotype neurodéveloppemental.

L’observation d’une fillette présentant une déficience intellectuelle et des particularités morphologiques faciales très évocatrices de SD22q11 associées à une délétion intragénique de novo d’HIRA, nous a conduits à étudier ce gène. HIRA intervient dans la régulation épigénétique de l’expression génique en contrôlant le dépôt d’histone H3.3 dans les nucléosomes. Il a été récemment mis en évidence qu’HIRA régule la neurogénèse chez la souris. Nous avons étudié par RT-qPCR, l’expression d’HIRA durant le développement cérébral, in vitro sur des cultures primaires de neurones de souris et in vivo sur des extraits de cerveau de souris à différentes étapes du développement cérébral. Ainsi, nous avons démontré qu’HIRA est fortement exprimé pendant la neuritogénèse. Afin d’évaluer l’impact de l’haploinsuffisance d’HIRA, nous avons utilisé une méthode de répression de l’expression par shRNA dans des cultures primaires de neurones de souris. Nous avons mis en évidence qu’une diminution d’expression de 56% d’HIRA entraine une altération majeure de la différenciation neuronale, en particulier au niveau  de l’arborisation dendritique. Par ailleurs, nous avons étudié l’expression de deux gènes situés dans la région délétée et en dehors (MRPL40 et MYH9 respectivement) chez plusieurs témoins sains, chez plusieurs patients avec une délétion 22q11 classique et chez la patiente avec une délétion intragénique d’HIRA. Nous avons mis en évidence une dérégulation d’expression de ces deux gènes chez la patiente avec une délétion intragénique.

Nos données suggèrent fortement que le gène HIRA est responsable du phénotype neurodéveloppemental du SD22q11 et pourrait induire une dérégulation de l’expression génique participant à la variabilité d’expression.


Médéric JEANNE (TOURS), Marie-Laure VUILLAUME, Dévina UNG, Sandrine VONWILL, Damien HAYE, Nora CHELLOUG, Marie-Pierre MOIZARD, Sylviane MAROUILLAT, Frédéric LAUMONNIER, Annick TOUTAIN
00:00 - 00:00 #13071 - P067 Confirmation de l’implication d’ATP8A2 dans les ataxies cérébelleuses récessives.
P067 Confirmation de l’implication d’ATP8A2 dans les ataxies cérébelleuses récessives.

Introduction:

Les mutations du gène ATP8A2 sont responsables d’affections neurodégénératives de transmission autosomique récessive. Les signes neurologiques se caractérisent par une encéphalopathie avec ou sans hypotonie, associée à un retard psychomoteur, des mouvements anormaux, une chorée, des tremblements, une déficience intellectuelle, une atrophie optique et une atrophie cérébelleuse. Jusqu’à présent, seules 4 familles ont été décrites. Le premier cas porte une translocation équilibrée des chromosomes 10 et 13 de novo qui interrompt la séquence codante d’ATP8A2. Les trois autres familles ont des mutations faux-sens à l’état homozygote ou hétérozygote composite. Ces mutations sont situées dans le domaine catalytique cytoplasmique (acides aminés 364 à 877) adjacent au segment transmembranaire VI de ATP8A2. ATP8A2 est une ATPase transmembranaire de 1188 acides aminés transportant les phospholipides IB, et qui est impliquée dans la maintenance de la distribution asymétrique des phospholipides dans différentes membranes.

Méthode et Résultats :

Nous rapportons ici l’identification par séquençage d’exome de nouvelles mutations à l’état homozygote dans ATP8A2 (NM_016529) dans deux familles consanguines. Ces deux mutations, situées dans l’exon 20 entraînent l’apparition de variations faux-sens (p.Gly585Val et p.Arg588Trp) prédites pathogènes. Les acides-aminés glycine585 et arginine588 sont conservés de l’homme à la levure.

La première fratrie originaire de Turquie porte la mutation p.Gly585Val à l’état homozygote; ils présentaient à l’âge d’un an une titubation, une démarche ataxique et des tremblements.  Les deux enfants avaient des capacités intellectuelles limitées (QI: 70-80).

Dans la seconde famille originaire d’Algérie, la fille portant la mutation p.Arg588Trp présentait un retard d’acquisition de la marche, un déséquilibre, une hypotonie sévère, une dysmétrie, un nystagmus, une surdité moyenne et une atrophie cérébelleuse.

Ces trois patients étaient encore ambulants, avec aide unilatérale, entre 8 et 11 ans.

Conclusion:

Nous rapportons deux familles avec mutations du gène ATP8A2 et présentant une forme moins sévère caractérisée par une ataxie cérébelleuse sans encéphalopathie. ATP8A2 doit par conséquent être inclus dans les panels de criblage d’ataxie syndromique héréditaire. Il apparaît que toutes les mutations récessives identifiées à ce jour dans le gène ATP8A2 sont des mutations faux-sens situées dans le domaine central de la protéine, ce qui suggère un mécanisme pathologique par perte de fonction partielle, indépendamment de la sévérité.


Lise LARRIEU, Claire GUISSART (NIMES), Ibrahim ONCEL, Haluk TOPALOGLU, Patrick CALVAS, Michel KOENIG
00:00 - 00:00 #13072 - P068 Importance des variations du nombre de copies (CNV) dans les pathologies autosomiques récessives rares : le modèle de la déficience intellectuelle associée aux variations pathogènes du gène TRAPPC9.
P068 Importance des variations du nombre de copies (CNV) dans les pathologies autosomiques récessives rares : le modèle de la déficience intellectuelle associée aux variations pathogènes du gène TRAPPC9.

Ces dernières années, de nombreux gènes responsables de formes autosomiques récessives de déficience intellectuelle ont été identifiés à l'aide du séquençage d'exome ou de génome dans des familles consanguines. Des mutations dans le gène TRAPPC9 ont été rapportées dans huit familles consanguines provenant de différentes origines géographiques, permettant la caractérisation d'un phénotype associé. Les patients atteints présentent une DI sévère, des troubles du langage, une microcéphalie, une obésité, un développement moteur normal et des anomalies cérébrales. Nous rapportons six nouveaux patients recrutés au travers d'un réseau national collaboratif. Pour deux patients hétérozygotes pour une variation du nombre de copie (CNV), le phénotype était concordant avec les données de la littérature et a conduit à la recherche et à l'identification d'une mutation sur l'autre allèle. Le troisième patient était homozygote pour un CNV intragénique dans le gène TRAPPC9. Le phénotype des patients était concordant avec la littérature. Des publications récentes ont souligné le rôle des CNV dans l'étiologie de maladies récessives. Cette étude montre que les CNV contribuent significativement au spectre mutationnel du gène TRAPPC9 et confirme l’intérêt de combiner l'exome à l'analyse des CNV pour réaliser un diagnostic moléculaire chez des patients avec des maladies mendéliennes rares.


Jérémie MORTREUX (LYON), Tiffany BUSA, Dominique P. GERMAIN, Gwenaël NADEAU, Jacques PUECHBERTY, Christine COUBES, Vincent GATINOIS, Pierre CACCIAGLI, Yannis DUFFOURD, Fairouz KORAICHI, Hélène TEVISSEN, Laurent VILLARD, Damien SANLAVILLE, Nicole PHILIP, Chantal MISSIRIAN
00:00 - 00:00 #13073 - P069 Anomalies cérébrales spécifiques dans le syndrome Kabuki par IRM anatomique et fonctionnelle.
P069 Anomalies cérébrales spécifiques dans le syndrome Kabuki par IRM anatomique et fonctionnelle.

Le syndrome Kabuki (SK OMIM 147920 et OMIM 300867) est une maladie génétique rare (1/32 000) défini par cinq critères : variations morphologiques faciales permettant d’évoquer le diagnostic, anomalies dermatoglyphiques et squelettiques, déficience intellectuelle légère à modérée et retard de croissance post natal. En dehors de ces 5 manifestations, de nombreux autres symptômes peuvent être observés tels malformations cardiovasculaires, rénales et vertébrales, sensibilité aux infections et/ou autoimmunité, anomalies visuels ou auditives, épilepsie, etc (Niikawa et al., 1981). À ce jour, 2 gènes majeurs sont responsables du SK. KMT2D, est muté dans 34% à 76% de patients avec SK alors que KDM6A, a été rapportée chez moins de 6% des patients (Bögershausen et al., 2016).

À l'exception de la description d’un patient avec atrophie du cerveau et du cervelet (Yano et al., 1997), et d’un autre patient avec dysplasie corticale perisylvienne (Takano et al., 2010), il existe très peu d'informations disponibles concernant l'imagerie cérébrale dans le SK.

En utilisant des techniques d’IRM multimodale, nous avons effectué une étude anatomique et fonctionnelle complète du cerveau chez 6 patients avec SK et mutation KMT2D, en les comparants avec 30 témoins appareillés en âge et en sexe. Les anomalies anatomiques ont été évaluées par morphométrie basée sur les voxels (VBM) afin de comparer les différences de matière grise et blanche (MG et MB) entre patients SK et sujets sains. Nous avons ensuite étudié d’éventuelles anomalies fonctionnelles par méthode ASL (arterial spin labelling) en recherchant des différences de flux sanguin cérébral (FSC) au repos entre les patients avec SK et les témoins. Nous avons mis en évidence une diminution de la MG dans le cortex prémoteur droit (Aire de Brodmann AB-6, région critique responsable de l'orientation sensorielle, de l'initiation des mouvements) et une diminution du FSC dans le cortex préfrontal dorsolateral gauche (AB-9, région motrice, impliquée dans l'organisation, la planification et la régulation du mouvement) pouvant expliquer les difficultés de motricité fine et l’atténuation/disparition des plis de flexion des inter phalangiennes des plis des doigts (Michot et al, 2013). Nous avons également mis en évidence une diminution statistique de la taille des hippocampes chez les patients avec syndrome Kabuki comme observé dans le modèle murin (Kmt2d +/βGeo; Bjornsson et al., 2014). Néanmoins, les résultats des bilans psychomoteurs des 6 enfants avec syndromes Kabuki ne sont pas en faveur d’un trouble de la mémoire (meilleurs performances en mémoire de travail et compréhension verbale; Lehman et al, 2016). Des investigations plus poussées sur la mémoire chez les patients avec SK doivent donc être menées afin de comprendre cette discordance entre l’imagerie et les tests psychométriques et peut-être dévoiler de nouveaux éléments de la physiopathologie de la mémoire chez l’homme.

Remerciement à l’Association Syndrome Kabuki


Jennifer BOISGONTIER, Natacha LEHMAN, Jean-Marc TACCHELLA, Elise SCHAEFER, Laurence FAIVRE, Odile BOUTE, Marlène RIO, Vincent GATINOIS, Guilaine BOURSIER, Elodie SANCHEZ, Geneviève BAUJAT, Kim-Hanh LE QUAN SANG, Damien SANLAVILLE, Stanislas LYONNET, Hervé LEMAITRE, Ana Riva BAGGIO SAITOVITCH, Monica ZILBOVICIUS, Nathalie BODDAERT, David GENEVIÈVE (Montpellier)
00:00 - 00:00 #13089 - P070 Implication du récepteur GABAB dans la déficience intellectuelle : identification d'une nouvelle mutation de novo dans le gène GABBR2 par Whole Exome Sequencing.
P070 Implication du récepteur GABAB dans la déficience intellectuelle : identification d'une nouvelle mutation de novo dans le gène GABBR2 par Whole Exome Sequencing.

L’acide γ-aminobutyrique, GABA, est le principal neurotransmetteur inhibiteur du système nerveux central, chez l’homme, à l’âge adulte. Ce neurotransmetteur active les récepteurs ionotropes, GABAA, et métabotropes, GABAB. Le récepteur GABAB est formé de deux sous-unités GABAB1 et GABAB2 qui s’hétérodimérisent. En conditions normales, la liaison du neurotransmetteur GABA au domaine extracellulaire « Venus fly trap » de la sous-unité GABAB1 entraîne un changement de conformation du récepteur puis le recrutement et l’activation des protéines G et des voies de signalisation en aval responsables de l’inhibition neuronale. Certains modulateurs allostériques synthétiques peuvent également se lier au domaine transmembranaire de la sous-unité GABAB2 et potentialiser l’effet du neurotransmetteur GABA augmentant ainsi l’inhibition neuronale. Jusqu’à présent, la majorité des anomalies génétiques du système GABAergique ont été retrouvées au niveau du récepteur ionotrope GABAA. Récemment, trois mutations faux-sens, de novo, ont été identifiées dans le récepteur GABAB au niveau de la sous-unité GABAB2 codée par le gène GABBR2. Deux de ces mutations, situées au niveau du 6ème domaine transmembranaire de la sous-unité GABAB2, ont été rapportées chez deux enfants présentant une encéphalopathie épileptique. Une mutation récurrente localisée au niveau du 3ème domaine transmembranaire a également été rapportée chez 5 patients présentant un phénotype de type Rett sans épilepsie. Certains auteurs ont suggéré que la sévérité du phénotype serait corrélée à l’activité du récepteur et à la position de la mutation. Néanmoins, nous avons identifié, par séquençage de l’exome, une nouvelle mutation faux-sens, de novo, dans le gène GABBR2, qui, bien que située dans le 6ème domaine transmembranaire de la sous-unité GABAB2 est retrouvée chez une patiente présentant plutôt un phénotype de type Rett avec une déficience intellectuelle sévère sans épilepsie. Cette mutation, c.2119G > A, p.(Ala707Thr), absente dans les bases de données contrôles (Gnomad, Exac, dbSNP), affecte un nucléotide et un acide aminé très conservés et est prédite pathogène par les logiciels de prédiction in silico (SIFT, Mutation Taster, Polyphen 2). Du fait de sa localisation, elle pourrait perturber la liaison du récepteur aux modulateurs allostériques et entraîner un défaut de signalisation en aval du récepteur. Afin d’élucider son mécanisme d’action et son impact sur l’activité du récepteur, nous conduisons actuellement des expériences in vitro en mesurant l’activité du récepteur via des effecteurs secondaires après co-transfection des sous-unités GABAB1 et GABAB2 sauvage et mutées dans des cellules HEK-293. Ces résultats élargissent le spectre mutationnel de GABBR2 et renforcent l’implication du récepteur GABAB dans la déficience intellectuelle sévère. Ils démontrent également l’importance des tests fonctionnels pour établir des corrélations génotype/phénotype précises.


Marie-Laure VUILLAUME (Tours), Médéric JEANNE, Sophie BLESSON, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Lie XUE, Servane ALIROL, Céline BRULARD, Estelle COLIN, Bertrand ISIDOR, Brigitte DUSSARDIER, Sylvie ODENT, Philippe PARENT, Audrey DONNART, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Philippe RONDARD, Frédéric LAUMONNIER, Annick TOUTAIN
00:00 - 00:00 #13091 - P071 Variabilité phénotypique liée aux délétions en mosaïque du gène TCF4 impliqué dans le syndrome de Pitt-Hopkins.
P071 Variabilité phénotypique liée aux délétions en mosaïque du gène TCF4 impliqué dans le syndrome de Pitt-Hopkins.

Le syndrome de Pitt-Hopkins (PTHS) associe une déficience intellectuelle sévère, des troubles de la ventilation, des stéréotypies et un faciès particulier. Le gène responsable, TCF4 (Transcription Factor 4), code un facteur de transcription à domaine bHLH (basic helix-loop-helix) appartenant à la famille des E-protéines. Les patients atteints de PTHS portent à l’état hétérozygote, des délétions emportant tout ou une partie du gène TCF4, des mutations tronquantes ou des mutations faux-sens localisées dans le domaine bHLH, le plus souvent survenues de novo. A travers des études en FISH et en CGHa nous et d’autres équipes avons déjà rapporté quatre cas de délétions en mosaïque de grande taille (> 7.5 Mb) emportant TCF4 mais également de nombreux autres gènes de la région 18q21. Aujourd’hui, le séquençage de nouvelle génération nous permet d’identifier des délétions en mosaïque de petite taille, intragéniques. Nous rapportons ici quatre nouveaux individus indépendants porteurs de quatre délétions distinctes en mosaïque de TCF4 identifiées dans le sang périphérique, validées par deux techniques différentes. Le taux de mosaïcisme varie d’un individu à un autre et a été évalué entre 10 et 30%. La taille des délétions est également différente, emportant seulement quelques exons de TCF4 chez deux patients (40 Kb et 246 Kb) ou la totalité du gène chez les deux autres (6 Mb et 8.6 Mb). L’individu porteur de la plus petite délétion (40 kb, 2 exons) avec un mosaïcisme estimé à environ 20% est asymptomatique, mais il est père de deux enfants atteints de PTHS. Le second patient dont la délétion est estimée à environ 30%, emportant la région 5’ et les trois premiers exons du gène, a un phénotype évocateur de PTHS. Les deux autres patients portant des délétions de grande taille (6 Mb et 8.6 Mb) avec un mosaïcisme estimé à 10% et 20% présentent une déficience intellectuelle sévère et certains signes cliniques de PTHS. Afin d’explorer les relations entre génotype et phénotype, nous avons évalué les données suivantes chez les quatre individus de cette étude et chez les patients rapportés dans la littérature porteurs d’une anomalie moléculaire en mosaïque de TCF4: le degré de mosaïsme, la taille et la localisation de la délétion, et la sévérité de la déficience intellectuelle et des critères cliniques de PTHS.

En conclusion, nous rapportons quatre nouvelles délétions en mosaïque de TCF4 et discutons les données moléculaires, le spectre phénotypique, et les techniques de détection et de validation des anomalies moléculaires en mosaïque.


Delphine HÉRON, Stephanie ARPIN, Damien HAYE, Dominique MARTIN-COIGNARD, Nicolas GRUCHY, Camille LOUVRIER, Nora CHELLOUG, Shara GROTTO, Nathalie LE DU, Thierry GAILLON, Bruno COPIN, Valérie NAU, Boris KEREN, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA (PARIS)
00:00 - 00:00 #13096 - P072 Identification d’une microdélétion emportant FLI1 et ETS1 en 11q24.3 dans une famille présentant un tableau proche du syndrome de Jacobsen sans déficience intellectuelle.
P072 Identification d’une microdélétion emportant FLI1 et ETS1 en 11q24.3 dans une famille présentant un tableau proche du syndrome de Jacobsen sans déficience intellectuelle.

Le syndrome de Jacobsen est associé à une délétion de la partie distale du bras long du chromosome 11. La taille de la délétion est variable, habituellement comprise entre 7 et 20Mb. Ce syndrome est défini par l’association d’une déficience intellectuelle, d’une dysmorphie faciale évocatrice et d’anomalies hématologiques (syndrome de Paris-Trousseau). Des malformations diverses peuvent y être associées (cardiaques, rénales, digestives, membres), ainsi qu’un retard de croissance pré-et post-natal.

Nous décrivons ici une patiente adressée en consultation de génétique à l’âge de 6 semaines pour une malformation du pied gauche (hypoplasie des orteils) associée à une communication inter-ventriculaire (CIV). Elle présente une dysmorphie faciale évocatrice du syndrome de Jacobsen avec un front haut, un hypertélorisme, un télécanthus, un ptosis, une racine du nez plate avec pointe bulbeuse et des oreilles petites et mal ourlées. Sur le plan hématologique, on note une thrombopénie et une lymphopénie modérées. Le développement psychomoteur est normal. Dans ses antécédents, on note que son grand-père maternel présente une thrombopénie et que sa mère présente une thrombopénie, une CIV et un ptosis congénital unilatéral avec strabisme.

L’analyse chromosomique par la technique de CGH-array a mis en évidence une délétion interstitielle de 700kb en 11q24.3, héritée de sa mère. Cette délétion emporte les gènes FLI1 et ETS1, candidats pour être respectivement responsables du syndrome de Paris-Trousseau (thrombopathie avec thrombopénie) pour FLI1 et de malformations cardiaques pour ETS1. Un modèle murin précédemment décrit, double hétérozygote pour Fli1 et Ets1, a reproduit certaines anomalies du syndrome de Jacobsen dont une thrombopénie, des anomalies cardiaques et des modifications du massif facial.

Nous présentons donc la plus petite délétion connue chez l’homme dans la région du syndrome de Jacobsen, emportant uniquement deux gènes FLI1 et ETS1, et associée aux anomalies morphologiques, hématologiques et cardiaques décrites dans le syndrome de Jacobsen. Ce résultat permet de confirmer l’implication majeure de ces deux gènes dans le phénotype associé au syndrome de Jacobsen. Il est également utile pour le conseil génétique notamment en cas de découverte prénatale, étant donné le pronostic rassurant sur le plan du développement intellectuel. Il permet également d’exclure la responsabilité de ces deux gènes concernant la déficience intellectuelle dans le syndrome de Jacobsen.


Solène CONRAD (Nantes), Kamran MORADKHANI, Olivier PICHON, Cédric LE CAIGNEC, Cécile PASCAL, Caroline THOMAS, Mathilde NIZON
00:00 - 00:00 #13109 - P073 Analyse du gène PRRT2 : bilan de 4 ans d’expérience d’analyse chez des patients avec suspicion de dyskinésies paroxystiques, d’ataxies épisodiques ou de migraine hémiplégique.
P073 Analyse du gène PRRT2 : bilan de 4 ans d’expérience d’analyse chez des patients avec suspicion de dyskinésies paroxystiques, d’ataxies épisodiques ou de migraine hémiplégique.

Introduction : Depuis la mise en évidence d’altérations du gène PRRT2 dans les dyskinésies paroxystiques en 2012, l’implication de ce gène n’a cessé de prendre de l’importance : des mutations de PRRT2 sont responsables de dyskinésies paroxystiques kinésigéniques (PKD), d’épilepsie infantile bénigne familiale (BFIE), de convulsions infantiles et choréo-athétose (ICCA), de migraine hémiplégique (MH), de torticolis paroxystique bénin (TPB) et d’ataxie épisodique (EA). Nous rapportons l’expérience du laboratoire de Génétique Moléculaire de l’Hôpital Lariboisière dans le criblage de patients envoyés pour analyse moléculaire dans le cadre du diagnostic de mouvements anormaux paroxystiques (ataxies épisodiques ou dyskinésies paroxystiques) ou de migraine hémiplégique depuis 4 ans.

Patients : 305 patients envoyés pour suspicion d’EA, 83 patients envoyés pour suspicion de PKD, 23 patients envoyés dans le cadre d’épisodes de dystonie et 571 patients envoyés pour suspicion MH et ont été testés pour PRRT2 entre 2014 et 2017 (séquençage et QMPSF).

Mutations : Une mutation du gène PRRT2 a été identifiée chez 50 patients index : 32 avec suspicion de PKD (dont 1 avec association MH), 10 pour diagnostic de MH, 5 avec suspicion d’ataxie épisodique et 2 pour épisodes de dystonie. 48 patients avaient une mutation de PRRT2 hétérozygote (33 mutations stop, 6 mutations faux-sens et 3 délétions complètes) et 2 patients avaient 2 allèles PRRT2 mutés (mutation stop homozygote chez l’un et association d’une mutation stop avec délétion complète de l’autre allèle chez l’autre).

 

Particularités cliniques des patients non PKD

Les patients envoyés pour suspicion de MH ne présentaient pas de particularité notable par rapport aux patients mutés dans les autres gènes de MH (CACNA1A, ATP1A2, SCN1A).

Chez les patients envoyés pour suspicion d’EA : un enfant présentait un retard de développement, une épilepsie et une ataxie (mutation hétéro composite), un homme de 42 ans présentant une épilepsie et des épisodes d’instabilité, une femme de 31 ans présentant des épisodes d’ataxie longs (son frère avait des mouvements anormaux), un enfant de 7 mois présentait des convulsions fébriles (notion d’ataxie chez sa sœur), un patient présentait des épisodes de torticolis et de dystonie du MSD.

Chez les patients envoyés pour épisodes de dystonie : un enfant présentait des troubles des apprentissages et un retard de langage (délétion complète) et un enfant présentait une dyskinésie paroxystique, une épilepsie et un retard psychomoteur (mutation homozygote).

 

Conclusion

Le type de mutation ne présage pas de l’expression (MH, EA ou PKD) mais les grandes délétions sont associées à des troubles des apprentissages dans notre série.

Les mutations homozygotes ou hétérozygotes composites entrainent des présentations sévères.

Il est important de rechercher les délétions complètes du gène PRRT2.

La connaissance des manifestations cliniques chez les apparentés aide pour l’orientation de la demande diagnostique.


Florence RIANT (PARIS), Jessica HADJHADJ, Agathe ROUBERTIE, Christian DENIER, Giovani CASTELNOVO, Jean Christophe CUVELLIER, Anne ROLLAND, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE
00:00 - 00:00 #13129 - P074 Séquençage Sanger des régions introniques et des régions non traduites (5’UTR et 3’UTR) du gène GRN chez 4 patients atteints de dégénérescence lobaire fronto-temporale avec une progranulinémie abaissée.
P074 Séquençage Sanger des régions introniques et des régions non traduites (5’UTR et 3’UTR) du gène GRN chez 4 patients atteints de dégénérescence lobaire fronto-temporale avec une progranulinémie abaissée.

L'Unité Fonctionnelle de Neurogénétique Moléculaire et Cellulaire propose le diagnostic moléculaire des Dégénerescences Lobaires Fronto-Temporales (DLFT). Les DLFT sont des maladies neurodégénératives rares, qui affectent les lobes frontaux et temporaux du cortex cérébral, entraînant des troubles du comportement et du langage. Des mutations du gène de la progranuline (GRN) sont responsables d'une forme autosomique dominante de DLFT. Les patients porteurs des mutations GRN sont caractérisés par une baisse du taux de leur progranuline plasmatique. Actuellement, l'analyse moléculaire du gène GRN est réalisée par séquençage SANGER des 13 exons du gène, ainsi que de leurs régions flanquantes, chez un patient atteint de DLFT si son taux plasmatique de progranuline est ≤ 80 ng/ml. Si aucune mutation ponctuelle n'est identifiée, la recherche de grands réarrangements est réalisée par MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) ou QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short Fluorescent Fragments). Dans notre cohorte de patients atteints de DLFT avec un taux abaissé de progranuline plasmatique, nous avons identifié 4 patients qui ne sont ni porteurs de mutation ponctuelle, ni porteurs de grand réarrangement. Afin de rechercher d’éventuelles mutations qui pourraient altérer un site d’épissage, affecter la régulation de la transcription ou la stabilité de l’ARNm, nous avons séquencé chez ces 4 patients, les parties non-codantes du gène GRN : 5’UTR (639pb), 3’UTR (443 pb) et tous les introns du gène.

Parmi les variants identifiés, seul un variant présente un intérêt. Il s’agit du variant c.1179+86G > A dans l’intron 10 du gène GRN. Ce variant n’est pas répertorié dans les bases de données du polymorphisme humain et les logiciels de prédiction indiquent une forte augmentation des scores d’un site cryptique donneur de l’intron 10.

En accord avec le patient porteur du variant c.1179+86 G > A de l’intron 10, un prélèvement de biopsie de peau sera réalisé afin d’étudier le transcrit du gène dans les fibroblastes après culture. En effet, si le site cryptique donneur est préférentiellement utilisé à celui du site donneur constitutif, une rétention de l’intron 10 pourrait survenir, entrainant un transcrit anormal et une absence de synthèse de la protéine, expliquant la progranulinémie abaissée chez ce patient.

Concernant les 3 autres patients non porteurs de variants pathogènes, les régions 5’ et 3’ UTR et l’intron 1 du gène GRN n’ayant pu être séquencés dans leur totalité, on ne peut pas exclure l’existence d’une mutation dans ces parties non explorées du gène. L’étude du transcrit du gène dans les fibroblastes devra donc être réalisée chez ces 3 patients afin de rechercher la présence d’un transcrit anormal.

La recherche de mutations dans les introns profonds du gène GRN pourra être proposée en seconde intention chez les patients atteints de DLFT avec une progranulinémie abaissée et non porteurs de mutation ponctuelle ou de grand réarrangement du gène GRN.


Isabelle DAVID, Seif-Maximilien SAIM, Foudil LAMARI, Guillaume BANNEAU, Cécile CAZENEUVE, Eric LEGUERN, Isabelle LE BER, Fabienne CLOT (PARIS)
00:00 - 00:00 #13132 - P075 Diagnostic moléculaire par séquençage haut débit de patients atteints de rétinite pigmentaire autosomique récessive.
P075 Diagnostic moléculaire par séquençage haut débit de patients atteints de rétinite pigmentaire autosomique récessive.

Propos : Le diagnostic moléculaire des Rétinites Pigmentaires (RP) autosomiques récessives (ar) est à l'heure actuelle un challenge en raison de la grande hétérogénéité moléculaire de cette forme génétique : 61 gènes ont déjà été identifiés, expliquant environ 60 % des cas d'arRP. Deux gènes majeurs, USH2A and EYS, sont ensemble responsables de 13 à 19 % des cas. Grâce au Consortium Européen de Recherche sur les Dystrophies Rétiniennes (ERDC) nous avons évalué la prévalence des gènes connus dans les arRPs.

Méthodes : Les exons de 110 gènes décrits dans la base de données RetNet (https://sph.uth.edu/retnet/) ont été séquencés par NGS après enrichissement par MIP chez 188 cas probants de familles arRP ou de cas simplex. Les variants obtenus après filtre bioinformatique ont été recherchés dans les bases de données publiques HGMD, dbSNP, LOVD ou EXAC et la pathogénicité des changements d'acides aminés testée grâce aux logiciels PolyPhen-2, SIFT, Mutation taster et aGVGD. Les mutations d'épissage ont été testées grâce au logiciel SpliceSiteFinder. Les mutations sont ensuite vérifiées par séquençage Sanger et une analyse familiale est effectuée le cas échéant.

Résultats : Sur les 188 patients testés, 137 (73%) présentent une ou plusieurs mutations dans les gènes connus. Sur ces 137 patients, 3 hommes présentent une mutation déjà décrite dans des gènes de RP liée à l'X. De la même façon, 13 patients portent des mutations hétérozygotes de gènes responsables de RP dominantes autosomiques (CRX, SNRNP200, PRPF31…). Sur les 172 patients restants ayant donc une arRP présumée, 74% ont des mutations de gènes connus pour les arRPs dont 18% dans les gènes USH2A (13%) et EYS (5%) et 9% dans des gènes responsables de formes sévères (LCA5, RDH12, AIPL1).

Conclusion: Les gènes actuellement connus répondent dans notre cohorte française à 74% des arRPs. Nous confirmons la très forte prévalence des deux gènes USH2A et EYS. De plus, 6,9 % des patients de la cohorte initiale sont des formes dominantes autosomiques avec pénétrance variable ou liées à l’X, ce qui doit inciter à la plus grande prudence pour le conseil génétique des formes sporadiques qui représentent 45% des RPs. Les patients n'ayant qu'une seule ou aucune mutation causale bénéficieront prochainement d'une analyse des CopyNumberVariations. Les patients négatifs seront finalement analysés par Whole Exome Sequencing. 


Béatrice BOCQUET (MONTPELLIER), Corinne BAUDOIN, Thibault FESQUET, Lola SAGOT, Joévin BARRIER, Charline AUBRY, Gaël MANES, Isabelle MEUNIER
00:00 - 00:00 #13138 - P076 Coexistence d’une schwannomatose et d’un glioblastome dans deux familles non apparentées.
P076 Coexistence d’une schwannomatose et d’un glioblastome dans deux familles non apparentées.

La schwannomatose est une affection génétique rare prédisposant au développement de tumeurs neurologiques périphériques multiples, les schwannomes. Environ un tiers des patients atteints de schwannomatose portent une mutation constitutionnelle du gène LZTR1 (Leucin Zipper Transcription Regulator 1). La tumorigenèse dans la schwannomatose suit un modèle mutationnel somatique en 5-hit/3-step entrainant une perte de fonction de LZTR1 et des gènes contigus du locus 22q11.2q12.2 : SMARCB1, également impliqué dans la schwannomatose et NF2, responsable de la neurofibromatose de type 2. Le mécanisme en 5-hit/3-step implique une mutation constitutionnelle perte de fonction du premier allèle de LZTR1, suivie de deux événements somatiques : la perte d’hétérozygotie du locus 22q11.2q12.2 avec la délétion emportant LZTR1, SMARCB1 et NF2, et une mutation acquise de NF2 sur le premier allèle. Au niveau somatique, les mutations de LZTR1 sont impliquées, avec une fréquence significative, dans le développement de glioblastomes. via  une perte de fonction biallélique de LZTR1.

Nous rapportons ici deux familles dans lesquelles ségrégent à la fois des schwannomes multiples et un glioblastome. Dans chaque famille, un cas index avec une schwannomatose liée à une mutation de LZTR1 a un apparenté du premier degré décédé d’un glioblastome apparemment isolé. L’analyse moléculaire ciblée du gène LZTR1 du glioblastome chez les apparentés des deux familles a montré la présence de la mutation familiale. Ces observations suggèrent donc un lien potentiel entre schwannomatose et risque de glioblastome.


Caroline DEILLER (Montpellier), Béatrice PARFAIT, Julie TINAT, Hugues LOISEAU, Julien VAN-GILS, Thierry FABRE, Claire DELLECI, Joëlle COHEN, Michel VIDAUD, Cyril GOIZET, Cécile ZORDAN
00:00 - 00:00 #13140 - P077 Intérêt du Séquençage à haut débit dans une cohorte de patients déficients intellectuels adultes.
P077 Intérêt du Séquençage à haut débit dans une cohorte de patients déficients intellectuels adultes.

La déficience intellectuelle (DI) est une pathologie fréquente (environ 2% de la population générale). L’expression et les étiologies sont extrêmement variables et d’une très grande hétérogénéité. Dans le cadre du centre de référence « déficiences intellectuelles de causes rares », une consultation  multidisciplinaire (généticien, neurologue et assistante sociale) dédiée aux adultes atteints de déficience intellectuelle a été mise en place depuis novembre 2005, dont les objectifs sont multiples: le diagnostic étiologique, le conseil génétique, la prise en charge, le suivi, la caractérisation phénotypique de patients et le profil évolutif de ces affections.

La prise en charge, sans diagnostic étiologique établi, est plus incertaine, pour ces patients en l’absence de données sur l’évolution et pour les apparentés faute de conseil génétique fiable.

L’arrivée des techniques de séquençage à haut débit a permis d’augmenter le rendement diagnostique de façon très importante dans la déficience intellectuelle avec une répercussion directe pour le conseil génétique. Nous avons sélectionné les patients adultes, âgés de plus de 15 ans 3 mois, présentant une déficience intellectuelle, sans diagnostic étiologique. Ils sont adressés de différents services : de pédiatrie pour 40%, de neurologie pour 20%, de psychiatrie pour 10%, et d’autres services (Endocrinologie, Médecine Physique, gynécologie…), ou par leur médecin traitant pour 30 %.

Ces patients ont bénéficié d’une étude en séquençage à haut débit en trio soit par Trusight one (TS1) de 2014 à 2016 soit par séquençage d’Exome à partir de 2015.

Au total, 123 patients ont été séquencés, 51 en trusight one (Illumina) et 72 en exome. Un diagnostic étiologique a été fait dans 37% des cas, (21,6% en TS1 et 47,2% en exome). 36 /45 (80%) sont des mutations de novo (7/11 en TS1 et 29/34 en exome), 7/45 (16%) sont des formes récessives (2/11 en TS1 et 5/34 en exome) et 2/45 (4%) sont des anomalies liées au chromosome X (2/11 en TS1 et aucune en exome) transmise par des mères.

A total, 11/123 (9%) de variants de significations inconnues ont été identifiés ou expliquant une partie seulement des symptômes versus (4/51 en TS1 et 7/72 en exome). Pour 6 patients sur 72 (8%), des gènes candidats ont pu être identifiés et sont en cours de validation. Dans les étiologies retrouvées, peu de gènes sont récurrents.

 

Ces résultats montrent l’importance du diagnostic génétique dans la déficience intellectuelle même chez un patient adulte avec des répercussions directes pour le conseil génétique des apparentés, un soulagement des parents après des années d’errance diagnostique, une description de l’évolution naturelle de ces maladies à l’âge adulte, une information sur le profil évolutif.


Isabelle MAREY, Caroline NAVA, Solveig HEIDE (PARIS), Cyril MIGNOT, Sandra WHALEN, Damien HAYE, Alexandra AFENJAR, Julien BURATTI, Valerie OLIN, Elodie LEJEUNE, Sabina KARAGIC, Delphine HERON, Boris KEREN
00:00 - 00:00 #13145 - P078 Utilisation d’un panel NGS de 74 gènes pour le diagnostic de paraplégies spastiques héréditaires : comparaison des résultats de recherche et de diagnostic.
P078 Utilisation d’un panel NGS de 74 gènes pour le diagnostic de paraplégies spastiques héréditaires : comparaison des résultats de recherche et de diagnostic.

Les paraplégies spastiques (PS) héréditaires constituent un groupe de pathologies neurodégénératives principalement caractérisées par une dégénérescence du faisceau pyramidal. Cliniquement, la maladie se manifeste par des formes pures avec une spasticité progressive des membres inférieurs et des formes complexes y associant des troubles neurologiques et extra-neurologiques. La forte hétérogénéité phénotypique et génétique (plus de 70 gènes déjà décrits) de cette pathologie rend les tests moléculaires par séquençage Sanger longs et fastidieux.

L’avènement des technologies de nouvelle génération de séquençage (NGS) permet d’envisager de nouvelles stratégies d’analyse parmi lesquels le criblage à grande échelle de zones spécifiques du génome. Nous avons ainsi développé un kit à façon basé sur la technologie NimbleGen (Roche) afin de réaliser le séquençage haut-débit systématique des régions codantes de 74 gènes ayant été décrits dans la littérature comme responsables de paraplégies spastiques héréditaires. Les captures ont été préparées avec le kit SeqCap Ez Library (Roche) et séquencées sur un MiSeq (Illumina). L’alignement et la détection des variants ont été respectivement effectués par bwa et GATK etla recherche de réarrangements a été faite par analyse de couverture chez les cas sans variants évidents pour la série de recherche. Un pipeline dédié de la société GenoDiag a été utilisé pour la série de diagnostic.

Une série de 412 patients issus de la cohorte SPATAX et de collaborations a été explorée à l’aide de ce kit (série dite de recherche). Une série de réplication de 400 cas soumis pour un diagnostic moléculaire à l’UF de Neurogénétique a également été analysée avec la même technique (série dite de diagnostic). Après filtrage et priorisation, les variants ont été vérifiés par séquençage Sanger et lorsque cela était possible, les études de ségrégation ont été réalisées dans les familles.

Pour la série de recherche, le gène responsable du phénotype a pu être identifié dans 35,2% des cas. 44,4% ne présentent aucun variant d’intérêt et 20,4% présentent un ou plusieurs variants de signification inconnue. Dans ce dernier cas, les connaissances actuelles sur les gènes impliqués n’ont pas permis de conclure quant à leur implication dans la maladie. Des résultats comparables ont été obtenus dans la cohorte diagnostique, avec notamment l’identification du gène responsable de la pathologie dans 28% de cas.

A ce jour, plus de 60% des patients n’ont pas d’explication moléculaire à leur maladie. Une hypothèse serait la présence de mutations dans des gènes actuellement non rapportés comme liés aux paraplégies spastiques. L’extension de ce kit donne lieu à l’utilisation d’un nouveau test génétique basé sur le séquençage haut-débit des régions codantes de 3500 gènes dont 2500 sont responsables de syndromes génétiques reconnus avec une atteinte cérébrale et 1000 sont des gènes candidats sur la base de leur fonction ou de leur expression cérébrale préférentielle.


Mélanie PAPIN (Paris), Guillaume BANNEAU, Mathilde MAIREY, Liena ELSAYED, Ashraf MOHAMED OSMAN, Kol BOPHARA, Laurène TISSIER, Sara MORAIS, Yannick MARIE, Laure RAYMOND, Livia PARODI, Eric LE GUERN, Alexandra DURR, Giovanni STEVANIN
00:00 - 00:00 #13148 - P079 Criblage des gènes npc1 et npc2 parmi 200 patients atteints de la maladie de Parkinson à un âge précoce.
P079 Criblage des gènes npc1 et npc2 parmi 200 patients atteints de la maladie de Parkinson à un âge précoce.

Criblage des gènes npc1 et npc2 parmi 200 patients atteints de la maladie de Parkinson à un âge précoce

Screening of NPC1 and NPC2 genes in 200 patients with early onset Parkinson’s disease

 

Authors: Hélène Bertrand1, Sabine Prud’hon1, Fabrice Danjou1, Christelle Tesson1, Yann Nadjar2, Foudil Lamari3, Suzanne Lesage1, JC Corvol1

1- INSERM U1127, CNRS UMR 7225, UPMC Université Paris 06 UMR S1127, Sorbonne Université Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM F-75013, Paris, France.

2- Département des Maladies du Système Nerveux Central, Uf Neurométabolique - Hôpital Pitié Salpêtrière - Paris – France

3- Biochimie Métabolique, Uf Neurométabolique - Hôpital Pitié Salpêtrière - Paris - France

 

Introduction Neurological symptoms of Niemann-Pick’s disease type C in the adult onset form can mimic several neurodegenerative disorders. There is growing evidence of an overlap between Parkinson’s disease (PD) and lysosomal storage disorders, such as Gaucher’s and Niemann-Pick’s diseases.

Aim To evaluate the frequency of mutations in two Niemann-Pick’s disease-associated genes, NPC1 and NPC2 in a French population of patients with early onset PD.

Methods and patients: Using a series of 200 PD patients with an age at onset ≤ 50 years (100 males and 100 females) and excluded for the common LRRK2 G2019S mutation, we investigated two candidate genes, NPC1 and NPC2, in an effort to identify possible causal variants, using multiplexed PCR based on Fluidigm Access-Array technology followed by barcoding and next generation resequencing on an Illumina MiSeq platform. Sanger DNA sequencing was further conducted for single-mutation confirmation.

Results Nine PD patients carried heterozygous variants in NPC1 and one patient was homozygote for a novel NPC1 variant predicted to be benign. Of them, four patients carried the same recurrent variant, N222S known to be causative in homozygous state in Niemann-Pick’s disease, accounting for a frequency of 2.5% in our PD population tested. Two other patients carried the NPC1 P237S variant known to be benign in Niemann-Pick’s disease. The remaining NPC1 variants were not known to be associated yet to Niemann-Pick’s disease. A splice site variant of unknown significance and a missense variant, both in heterozygous state were identified in NPC2, each in one PD patient. In addition, one of the two patients harbored an additional N222S variant in NPC1, suggesting a digenism occurrence. Patients with NPC1 and NPC2 variants exhibited classical PD.

Conclusion Heterozygous mutations in the two Niemann-Pick’s disease-associated genes NPC1 and rarely NPC2 could be risk factors for PD. Additional studies are warranted to confirm the role of NPC genes in PD.

 


Hélène BERTRAND (Aulnay Sous Bois), Sabine PRUD’HON, Suzanne LESAGE, Christelle TESSON, Fabrice DANJOU, Yann NADJAR, Farid LAMARI, Jean Christophe CORVOL
00:00 - 00:00 #13156 - P080 Rôle de miR-146a dans la différenciation et la détermination de l’identité des cellules souches neurales : pertinence pour les désordres neurodéveloppementaux.
P080 Rôle de miR-146a dans la différenciation et la détermination de l’identité des cellules souches neurales : pertinence pour les désordres neurodéveloppementaux.

Les troubles du spectre autistique sont un groupe de désordres neurodéveloppementaux causés par l’interaction entre des facteurs génétique, épigénétique et environnementaux. Parmi les facteurs épigénétiques, les microARNs (miARNs) ont un rôle clé dans le développement neuronal et la formation des synapses. Plusieurs groupes dont le nôtre ont récemment identifié la surexpression de miR-146a comme une anomalie moléculaire commune à divers types cellulaires provenant de patients autistes. Nous avons également montré par RT-qPCR que miR-146a était surexprimé spécifiquement dans le lobe temporal de jeunes sujets autistes (de 4 à 10 ans) mais pas chez les adolescents ou les adultes. Par ailleurs, l'augmentation de l'expression de miR-146a a également été observée dans les cellules de patients atteints de déficiences intellectuelles et dans le sérum de patients épileptiques, suggérant un mécanisme physiopathologique commun médié par miR-146a pour ces différentes maladies du neurodéveloppement.

Afin de comprendre son rôle dans le développement précoce du cerveau, nous avons combiné des approches in vitro et in vivo. Dans des cellules souches neurales humaines (H9), la surexpression de miR-146a accroit la croissance et le nombre de branchements des neurites et favorise la différenciation en cellules de type neuronal exprimant TUBIII. Des études d’expression montrent que dix pour cents du transcriptome sont dérégulés (1039 gènes, P < 0,05, ratio > 1,5), et que les gènes différentiellement exprimés s’organisent en deux modules critiques pour le contrôle du cycle cellulaire et la différenciation neuronale. De plus, quarante pour cents (13/32) des marqueurs d’identité neuronale sont dérégulés, suggérant que miR-146a joue également un rôle dans la détermination de l’identité neurale. Dans la souris constitutivement inactivée pour miR-146a, les études transcriptomiques à E14.5 (néocortex), P30 et P60 (cortex sensorimoteur, hippocampe et amygdale) montrent un effet région- et stade-spécifique de l’absence de miR-146a. Les neurones pyramidaux et les interneurones sont les types cellulaires les plus sévèrement affectés et les voies de signalisation dérégulées sont impliquées dans les différentes étapes de la différentiation neuronale et de la maturation synaptique. Ces résultats, qui sont à rapprocher des anomalies structurelles observées au niveau des couches corticales des cerveaux de patients autistes, fournissent de nouvelles pistes pour mieux comprendre le rôle de miR-146a dans le développement cérébral et l’étiologie des maladies neurodéveloppementales.


Lam Son NGUYEN (PARIS), Julien FREGEAC, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKE, Anand IYER, Jasper ANINK, Eleonora ARONICA, Olivier ALIBEU, Nicolas CAGNARD, Laurence COLLEAUX
00:00 - 00:00 #13164 - P081 Phénotype clinico-radiologique d'une série d'enfants atteints de mutations CACNA1A - Résultats du PHRC de Montpellier sur l’étude phénotypique des syndromes épisodiques de l’enfant.
P081 Phénotype clinico-radiologique d'une série d'enfants atteints de mutations CACNA1A - Résultats du PHRC de Montpellier sur l’étude phénotypique des syndromes épisodiques de l’enfant.

Objectif: les mutations du gène CACNA1A sont associées à des épisodes de migraine hémiplégique et  d’ataxie épisodique, mais aussi plus rarement à d’autres types de manifestations cliniques telles que la déviation tonique du regard vers le haut, le torticolis paroxystique bénin, les vertiges paroxystiques bénins, des manifestations épileptiques ou une ataxie permanente. Cette étude décrit le phénotype clinico-radiologique d'une série d'enfants porteurs d’une mutation CACNA1A.


Méthode: Des enfants de 3 à 18 ans ayant une mutation du gène CACNA1A ont été recrutés pour cette étude. L'examen clinique à l'inclusion a été effectué et les données concernant le développement psychomoteur, les troubles d'apprentissage, la gestion de l'éducation et l'imagerie cérébrale ont été recueillies. L'évaluation cognitive a été effectuée à l'aide d'échelles standardisées en fonction de l'âge.


Résultats: 18 patients de 14 familles (âge moyen 12,25 ans) ont été inclus, 16 ont bénéficié d’une évaluation cognitive standardisée. Les événements épisodiques suivants ont été rapportés chez ces patients : déviation tonique du regard vers le haut (tonic upgaze) (nombre de patients = 4), torticolis paroxystique bénin (n = 3), vertige paroxystique bénin (n = 1), migraine hémiplégique (n = 5), ataxie épisodique (n = 11), migraine non hémiplégique (n = 5), crises épileptiques (n = 2), myoclonus (n = 1). Onze patients ont présenté une combinaison de différents événements épisodiques. La moitié des patients avaient un examen neurologique anormal à l'inclusion. Une atrophie cérébelleuse sur l'IRM cérébrale a été observée chez 5/18 patients.
Un retard de développement psychomoteur était présent chez la moitié des patients, des troubles d'apprentissage ont été rapportés chez 15/18 patients (83%); 9/18 (50%) des patients ont été admis dans un établissement spécialisé pour enfants handicapés. Une déficience mentale a été identifiée dans 7 cas (44%), alors que seulement 2 patients avaient un quotient intellectuel normal. Enfin, 14/18 patients (78%) ont été considérés comme ayant un fonctionnement cognitif anormal.
Le dysfonctionnement cognitif a été corrélé avec l'apparition d'une ataxie épisodique; l'atrophie cérébelleuse sur l'IRM a été corrélée avec un retard moteur, une fonction cognitive anormale et avec la présence d’une mutation stop


Conclusion: nos résultats montrent que les troubles cognitifs sont communément associés aux mutations CACNA1A. Le large spectre phénotypique associé à des mutations de CACNA1A est souligné, incluant des manifestations paroxystiques non épileptiques, des manifestations paroxystiques épileptiques, des symptômes neurologiques permanents et des difficultés cognitives. Les mutations de CACNA1A peuvent avoir un retentissement fonctionnel moteur et cognitif de début précoce, parfois sévère, et nous proposons que le phénotype associé aux mutations de CACNA1A soit considéré comme un trouble neurodéveloppemental.


Agathe ROUBERTIE, Florence RIANT (PARIS), Elisabeth TOURNIER-LASSERVE, Benjamin KRAMS, Véronique HUMBERTCLAUDE, Erika NOGUE, Nicolas NAGOT, Bernard ECHENNE, Diane DOUMMAR, Fanny DUBOIS, Sylvia NAPURI, Laurence LION-FRANCOIS, Stéphane CHABRIER, Chrystelle BONNEMAINS, Nicolas LEBOUCQ, Stéphanie SANCHEZ, Elodie LANG, François RIVIER, Pierre MEYER, Daniel ANNEQUIN
00:00 - 00:00 #13167 - P082 BRAT1, un gène de dystrophie rétinienne syndromique.
P082 BRAT1, un gène de dystrophie rétinienne syndromique.

L’intégrité du génome et par conséquent les mécanismes de réparation de l’ADN sont essentiels à l’homéostasie neuronale. BRAT1 est l’un des acteurs de la réparation de l’ADN en lien avec le développement neurologique. Il code une protéine interagissant directement avec le gène suppresseur de tumeur BRCA1 ainsi qu’avec ATM1, une kinase impliquée dans la réponse cellulaire aux dommages de l’ADN. Les mutations de BRAT1 sont responsables d’un spectre large d’atteintes neurologiques allant d’une pathologie létale associant rigidité et épilepsie néonatale à un phénotype beaucoup plus modéré avec déficience intellectuelle et atrophie cérébelleuse.

Ici nous rapportons l’existence d’une neurodégénérescence des cellules photoréceptrices de la rétine associée à une atteinte neurologique chez deux patients non apparentés porteurs de mutations bi-alléliques de BRAT1.

L’atteinte neurologique, superposable chez les deux individus, se caractérise par une hypotonie néonatale, un retard des acquisitions et une atrophie cérébelleuse progressive.

Sur le plan ophtalmologique, les deux individus sont atteints de dystrophie rétinienne précoce. L’analyse par exome en trio a identifié des variants supposément délétères (SIFT, PolyPhen 2 et Mutation Taster) du gène BRAT1 à l’état hétérozygote composite pour l’un des patients (c.637_638insA, p.Val214Gly*189 / c.1564G>A, p.Glu522Lys) et homozygote (c.359G>A, p.Arg120His) pour le second.

Ces données associées à la publication récente d’un cas au phénotype neurologique et rétinien similaire en rapport avec des mutations du gène BRAT1, démontrent de façon formelle l’implication de ce gène dans l’intégrité des photorécepteurs. Ceci élargit le spectre des atteintes neuronales associées à ce gène, et suggère la nécessité d’un examen ophtalmologique, incluant un électrorétinogramme devant un tableau neurologique associant un retard du développement psychomoteur et une atrophie cérébelleuse. L’existence d’une rétinite pigmentaire chez un patient atteint d’une atrophie cérébelleuse doit faire évoquer l’implication du gène BRAT1.


Thomas COURTIN (Paris), Laurence DERIEUX, Dominique BREMOND-GIGNAC, Jean-Michel ROZET, Sylvie GERBER, Marlène RIO
00:00 - 00:00 #13169 - P083 AGO1 : un nouveau gène impliqué dans la déficience intellectuelle.
P083 AGO1 : un nouveau gène impliqué dans la déficience intellectuelle.

Les données cumulées issues de l’analyse de nos panels ciblés de gènes de déficience intellectuelle (DI)(275, 450 puis 520 gènes) sur les 1028 diagnostics rendus à Strasbourg ont permis de confirmer l’implication de nombreux gènes dans la DI (BPRF1, MYT1L, POGZ, AUTS2 …). Nous avons récemment identifié dans notre cohorte deux familles présentant des variations faux sens de novo dans le gène AGO1, prédit très intolérant à ces variations (ExAC, Z score de 6,53). Un appel à collaboration internationale via GeneMatcher a permis de réunir au total 8 familles de patients avec variations faux sens de novo dans ce gène, au total 9 cas atteints car une variation est présente chez deux jumelles monozygotes. Les variations (L190P, E195L, G199S, D216V, R253H, V254I, V254I, H751L) touchent des acides aminés très conservés et sont localisées dans des domaines fonctionnels putatifs différents (NH2 terminal, PAZ et PIWI). La clinique de ces patients montre la présence d’une DI légère ou sévère (6/6), une épilepsie (3/5), un retard de langage (6/6), des troubles du spectre autistique (5/6), des troubles du comportement (anxiété, automutilation) ou psychiatriques (troubles psychotiques), des troubles du sommeil (4/5), un retard du développement moteur (4/5). Un mamelon supplémentaire, une anomalie rénale, une camptodactylie ou bradymétacarpie ont été rapportées mais sans récurrence. Il n’existe pas de dysmorphie faciale évidente.

L’identification de variations de novo dans différents domaines de la protéine AGO1 constitue une opportunité unique pour caractériser la fonction de la protéine AGO1 dans les cellules humaines, et préciser sa fonction dans les cellules du SNC. Ce gène fait partie de la famille des protéines argonautes, impliquées dans le métabolisme des siRNA et microARN et dans l’inhibition de la transcription de certains gènes. Si la fonction du gène AGO2 est bien caractérisée, le gène AGO1 est lui bien moins connu chez l’Homme. La protéine AGO1, d’expression ubiquitaire, ne semble pas avoir d’activité de clivage de l’ARN ciblé par le microARN contrairement à AGO2. La protéine AGO1 semble être impliquée dans la régulation globale de la transcription, soit par interaction directe avec l’ARN polymérase II (phase d’initiation de la transcription), soit au niveau de l’épissage de certains ARNm (présence d’enhancer intragénique d’épissage). La mise au point d’un test fonctionnel, basé sur l’analyse des ARNm est en cours sur les fibroblastes des patients. Cette analyse cherchera à montrer 1) l’impact de la protéine AGO1 sur l’expression globale des ARNm (RNA-Seq) 2) l’impact d’AGO1 sur des enhancers intragéniques d’épissage (analyse de l’épissage des gènes cibles suivants : CCDC125, PIP5KIA, CAP2) 3) l’analyse du profil d’expression des microRNA. Une perturbation du profil a en effet été rapportée en cas d’inactivation du gène AGO1.


Amelie PITON, Frederic TRAN MAU THEM, Yves ALEMBIK, Fadi HAMDAN, Margot COUSIN, Hubert JOURNEL, Sandrine PASSEMARD, Caroline NAVA, Boris KEREN, Cyril MIGNOT, Jean Louis MANDEL, Jamel CHELLY, Bénédicte GERARD (STRASBOURG)
00:00 - 00:00 #13174 - P084 Mutation TUBA1A mimant un phénotype d’hydrocéphalie par sténose de l’aqueduc de Sylvius.
P084 Mutation TUBA1A mimant un phénotype d’hydrocéphalie par sténose de l’aqueduc de Sylvius.

Les « tubulinopathies » appartiennent à un groupe de pathologies caractérisées par des anomalies de gyration, liées à des anomalies de migration neuronale par dysfonctionnement du cytosquelette des microtubules. Elles constituent un large spectre de sévérité variable, allant d’une gyration simplifiée à une microlissencéphalie, associées à d’autres anomalies cérébrales. Des retards de développement sévères y sont associés. A ce jour, 7 gènes ont été identifiés, dont le gène le plus souvent muté est TUBA1A, de transmission autosomique dominante. Des études neurofœtopathologiques effectuées à partir d’interruptions médicales de grossesse, impliquant ce gène, ont montré que les anomalies de développement cérébral concernaient habituellement la gyration cérébrale, le corps calleux, les hypocampes, le cervelet et le tronc cérébral.

Nous rapportons le diagnostic d’un fœtus de sexe féminin dont la découverte à l’échographie morphologique de 24 semaines d’aménorrhée (SA) d’une dilatation triventriculaire majeure avec macrocrânie, d’un parenchyme cérébral laminé, d’une rupture septale, d’une agénésie du corps calleux et d’un immobilisme fœtal a conduit à une interruption médicale de grossesse à 26 SA.

L’étude neurofœtopathologique a confirmé les éléments retrouvés en imagerie, et a également mis en évidence une microlissencéphalie, une hypoplasie de la capsule interne, du tronc cérébral et des olives bulbaires, un cervelet dysmorphique ainsi qu’une sténose de l’aqueduc de Sylvius. Le séquençage du panel NGS a révélé une mutation encore non décrite à l’état hétérozygote p.Ile93Thr dans le gène TUBA1A.

La sténose de l’aqueduc de Sylvius est une présentation inhabituelle des tubulinopathies, probablement à l’origine de l’hydrocéphalie majeure présentée par le fœtus. La dilatation ventriculaire est un des signes classiquement retrouvés dans ce type de pathologie, mais elle est liée à l’anomalie de développement du cortex cérébral.

La sténose de l’aqueduc est plus souvent associée à des mutations dans les gènes tels L1CAM de transmission liée à l’X, MPDZ et CCDC88C de transmission autosomique récessive. D’autres lésions cérébrales peuvent également y être associées, telles qu’une gyration effacée, une agénésie ou une hypoplasie du corps calleux et du cervelet.

Cette nouvelle association, tubulinopathie et sténose de l’aqueduc de Sylvius, n’a encore jamais été rapportée à notre connaissance et constitue une extension du phénotype lié à des mutations de TUBA1A.


Adeline BONNARD (PARIS), Homa ADLE-BIASSETTE, Suonavy KHUNG, Yline CAPRI, Rémi PINEAU, Atieh RICHET, Nadia BAHI-BUISSON, Fabien GUIMIOT
00:00 - 00:00 #13182 - P085 DAB1 et troubles du spectre autistique, quelle relation? : A propos d’un cas de microdélétion 1p31p32.
P085 DAB1 et troubles du spectre autistique, quelle relation? : A propos d’un cas de microdélétion 1p31p32.

Introduction :

Le trouble du spectre autistique est un groupe génétiquement hétérogène. Plusieurs gènes ont été proposés comme candidats dont DAB1. DAB1 est un gène codant pour une protéine adaptatrice de la voie de signalisation Reelin. Cette voie est  nécessaire pour la migration neuronale corticale au cours du développement embryonnaire. Des études d’associations l’ont proposé comme facteur de susceptibilité génique à l’autisme. Cette hypothèse a été fortement appuyée par les modèles murins.Nous discutons ici le rôle pathogénique de l’haploinsuffisance de DAB1 à travers un cas de microdélétion 1p31p32.

Patient et méthodes

Nous rapportons ici le cas d’un nourrisson de 23 mois adressé au service de Cytogénétique et de Biologie de la Reproduction du CHU Farhat Hachad Sousse pour exploration génétique de troubles neurodéveloppementaux associés à une agénésie du corps calleux(ACC) et une dysmorphie craniofaciale. L’évaluation du patient était faite par un neuropédiatre, un généticien et un pédopsychiatre. Un caryotype conventionnel suivi d’une hybridation génomique comparative (CGH-array) de 44kb étaient réalisés.

Résultat :

Le caryotype conventionnel n’avait pas montré d’anomalies. La CGH-array a révélé une microdélétion en 1p31.3p32.3(hg19:54,198,562-61,819,078) de 7,9Mbp . Une analyse par FISH utilisant les BACs  RP11-714D6 et RP11-1114C4: incluant le gène NFIA  était faite pour l’enfant et ses parents confirmant  l’haploinsuffisance du NFIA et son caractère de-novo.

Discussion :

Le syndrome de microdélétion 1p31p32 est un syndrome de délétion de gènes contigus. Le gène NFIA était désigné comme le gène principal responsable des malformations rénales et cérébrales. D’autres gènes contribueront aux aspects phénotypiques dont DAB1. Il aurait un rôle essentiel dans la migration et la plasticité neuronale par le biais de la voie de signalisation Reelin, une hypothèse appuyée par les modèles murins haploinsuffisants à ce gène et montrant des troubles de l’apprentissage associatif.  Les polymorphismes de DAB1 étaient associés aux TSA  dans une série chinoise. Il serait donc un candidat potentiel de susceptibilité aux TSA et contribuerait à l’ACC. Mais aucune mutation ponctuelle n’était rapportée pour soutenir cette hypothèse.Dans le cas présent, l’évaluation spécialisée a conclu plutôt à un déficit intellectuel. Donc le gène pourrait être responsable d’un large spectre de troubles neurodéveloppementaux.Et le déficit intellectuel pourrait etre un épiphénomène de l’ACC. D’où l’intérêt des études comparatives et fonctionnelles portant sur ce gène, ainsi que l’évaluation phénotypique exhaustive des patients pour mieux élucider les liens entre DAB1 et autisme.


Hamza HADJ ABDALLAH, Ali SAAD (SOUSSE, Tunisie), Afef JELLOUL, Amel TEJ, Sarra BOUSLAH, Naoufel GADDOUR, Lamia BOUGHAMOURA, Soumaya MOUGOU-ZRELLI
00:00 - 00:00 #13188 - P086 Recherche de gènes candidats dans le Syndrome d'Aicardi (SA).
P086 Recherche de gènes candidats dans le Syndrome d'Aicardi (SA).

Grâce à l’association française AAL et au réseau francophone de généticiens et neuropédiatres, nous avons constitué une cohorte de  30 patientes atteinte d’un SA.

 

Nous avons réalisé une étude de l’inactivation du chromosome X chez ces 30 patientes. Nous avons remarqué que la prévalence d'un profil d'inactivation biaisé et extrêmement biaisé (33% et 7,5% de notre cohorte) est significativement plus élevée dans la cohorte de patientes que dans la population générale adulte (n= 415 avec respectivement 14,2 % et 1,7%) (Amos-Landgraf et al., 2006). Cette prévalence est en faveur d'une mutation sur une région du chr X soumise à inactivation. Elbe et al., 2009 avait obtenu des résultats similaires.

 

Après avoir recherché des CNV par CGH-array ciblée sur le chr X (Yilmaz et al., 2007) puis par CGH-array pangénomique (Agilent 244K) comme l’ont fait Wang et al., 2009 sans pouvoir identifier de CNV causal (nous avons identifié une délétion 1p36 chez une patiente, il s’agissait d’une phénocopie : Bursztejn et al. 2009), nous avons plus récemment confirmé ces résultats par CGH-array à un million d’oligonucléotides sur le chr X (Agilent custom array).

 

Nous avons réalisé un séquençage haut débit de l’exome de cinq trios (patiente - parents) et de huit patientes en simplex ; nous n’avons pas identifié de gène candidat pour le SA. Schrauwen et al., 2015 ont identifié récemment des mutations de novo dans deux gènes autosomiques (TEAD1 et OCEL1), ce qui suggèrerait une hétérogénéité génétique ; toutefois ces résultats n’ont pas été reproduit sur une cohorte de 38 patientes (Wong et al., 2017) laissant penser qu’il s’agit de causes extrêmement rares ou de découvertes fortuites. Lund et al., 2016 ont réalisé récemment le séquençage de l’exome de 11 patientes sans pouvoir identifier de mutation causale. Nous allons compléter l’analyse d’exomes dans les autres familles dans l’hypothèse d’une hétérogénéité génétique.

 

Schrauwen et al., 2015 ont réalisé des études transcriptomiques chez 9 patientes sur de l’ARN total extrait de sang périphérique. Ils ont mis en évidence une expression altérée de gènes impliqués dans la plasticité synaptique, le développement neuronal et rétinien et le contrôle du cycle cellulaire. Nous avons réalisé des biopsies cutanées pour trois patientes à l’occasion d’interventions chirurgicales. Nous avons mis en culture et conservé les fibroblates. L’ARN total a été extrait et une étude du transcriptome a été réalisée en comparaison à trois témoins. Les résultats sont actuellement en cours d’analyse.  Nous allons aussi établir des cultures clonales de ces fibroblastes afin de comparer le profil transcriptionnel des clones inactivant un des deux chr X avec un même fond génétique.

 

Enfin, nous avons constaté des temps de culture plus longs pour les cellules des patientes que des témoins. Nous avons réalisé des études du cycle cellulaire par cytométrie en flux sans pouvoir mettre en évidence d’anomalie du cycle cellulaire chez les patientes.


Céline BONNET, Aurélie BECKER, Myriam BRONNER, Minh TUAN HUYNH, Asma Ali KHAN, Gabriel TONE, Pierre PERNY, Marie-Dominique DEVIGNES, Emmanuel BRESSO, Frédéric MASSIN, Véronique LATGER-CANNARD, Rémi HOULGATTE, Philippe JONVEAUX (SAINT DENIS LA PLAINE)
00:00 - 00:00 #13196 - P087 Identification par séquençage haut débit d'une nouvelle mutation du gène de la Péricentrine chez une patiente présentant un syndrome de Seckel.
P087 Identification par séquençage haut débit d'une nouvelle mutation du gène de la Péricentrine chez une patiente présentant un syndrome de Seckel.

Le syndrome de Seckel est le plus fréquent des nanismes Ostéodysplasiques avec microcéphalie. Il est caractérisé par un nanisme harmonieux à début anténatal, une microcéphalie et une dysmorphie faciale dite en tête d’oiseau, associés ou non à des anomalies hématologiques et chromosomiques. Le diagnostic différentiel se pose essentiellement avec le nanisme Osteodysplastique avec Microcephalie de type II. Le syndrome de Seckel est transmis sur un mode autosomique récessif et est hétérogène sur le plan génétique. Durant les dernières années le séquençage haut débit a démontré une particulière efficacité devant les cas d’hétérogénéité génétique.

Nous rapportons le cas d’une fillette marocaine âgée de 3 ans chez qui nous avons évoqué le syndrome de Seckel devant l’association d’un retard de croissance harmonieux pré- et post-natale, une microcéphalie et la dysmorphie faciale avec un nez en bec sans front fuyant. L’examen clinique a été sans particularité. La radiographie squelettique n’a révélé aucune anomalie.

L’analyse moléculaire par séquençage haut débit a identifié une nouvelle délétion avec la création d’un codon stop prématuré dans le gène PCNT.

Nos résultats élargissent le spectre de mutation du gène PCNT et enrichissent la corrélation phénotype-génotype du syndrome de Seckel. Ce rapport confirme encore une fois l'utilité du diagnostic par séquençage haut débit dans les maladies hétérogènes.


Jaber LYAHYAI (Rabat, Maroc), Saadia AMASDL, Abdelali ZRHIDRI, Laure RAYMOND, Siham ELALAOUI, Said EL MOUATASSIM, Grégory EGEA, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13197 - P088 Prurit isolé de transmission autosomique dominante du à une neuropathie à petites fibres?
P088 Prurit isolé de transmission autosomique dominante du à une neuropathie à petites fibres?

Introduction

Le prurit se définit comme une sensation désagréable conduisant au besoin de se gratter. Les causes les plus fréquentes sont les lésions dermatologiques ou la cholestase. Plus rarement, le prurit peut être un symptôme des neuropathies à petites fibres. Les mutations du gène SCN9A sont la seule cause connue de neuropathie à petites fibres. Cependant, les mutations de ce gène sont toujours associées à des douleurs neuropathiques au premier plan de la symptomatologie. Des signes dysautonomiques sont aussi fréquemment retrouvés chez ces personnes.

 Nous rapportons une large famille présentant une neuropathie à petites fibres entrainant un prurit sans douleur ni signe dysautonomique.

Patients

Le prurit est documenté chez 11 membres (6 hommes et 5 femmes) sur 5 générations avec transmission père-fils dans cette famille d’origine caucasienne.

L’examen dermatologique des sujets atteints a éliminé une origine dermatologique au prurit. Les biopsies cutanées réalisées chez trois sujets atteints montrent une diminution significative de la densité des petites fibres confirmant la composante neurogène du prurit. Toutefois, les patients ne présentent pas de signe dysautonomique ni de douleur.

Méthodes

Le séquençage Sanger du gène SCN9A chez le proposant n’a pas mis en évidence de mutation. La SNP-array et le séquençage de l’exome chez les 3 personnes ayant eu une biopsie cutanée n’ont pas permis d’identifier de gène candidat.

Discussion

Il s’agit de la première description d’un cas familial de neuropathie des petites fibres responsable d’un prurit isolé. Les investigations moléculaires sont pour l’instant négatives.  L’identification d’autres familles avec une atteinte similaire permettrait de poursuivre la recherche de gènes candidats.


Alban ZIEGLER (Angers), Philippe CODRON, Julien CASSEREAU, Franck LETOURNEL, Christophe VERNY, Ludovic MARTIN, Dominique BONNEAU
00:00 - 00:00 #13213 - P089 Evolution de la structuration de l’offre de soins en génétique moléculaire dans le cadre de la déficience intellectuelle.
P089 Evolution de la structuration de l’offre de soins en génétique moléculaire dans le cadre de la déficience intellectuelle.

Les laboratoires impliqués dans le diagnostic moléculaire des anomalies du développement, de la DI et des troubles du spectre autistique se positionnent comme des acteurs importants dans l'organisation de l'offre de soin en proposant une stratégie d'analyse par séquençage nouvelle génération. Certains laboratoires produisent des données d'exomes, complets ou bien cliniques, d'autres ont fait le choix de panels, dépassant 400 gènes ou plus restreints, dont le panel DI 44 gènes. Le développement de ces tests sur tout le territoire, malgré l’hétérogénéité des approches, a permis d’améliorer grandement l’offre de diagnostic pour la DI. Depuis 2015 s'est constitué un réseau de laboratoires au sein de l'ANPGM afin de structurer l’offre de NGS sur l'ensemble du territoire, avec le soutien des filières DéfiScience et AnDDI-Rares. Nous présentons ici la démarche entreprise par ce réseau pour intégrer les données de fréquence de mutations des gènes de DI et faire évoluer les panels dédiés à la DI non syndromique. Notre objectif est d’affiner, à la lumière des connaissances actuelles, le core panel commun de gènes proposé initialement (DI44 gènes), qui assure un rendement diagnostic minimal ( > 10%). Ceci permettra d’optimiser l’approche NGS ciblée et de tendre vers une équité d’accès au test sur le territoire national.

La 1ère étape a consisté à dessiner l'architecture génétique de la DI en se basant sur l'expérience des centres français et les données internationales déjà publiées, qui proviennent majoritairement du projet anglais Deciphering Developmental Disorders (DDD, plus de 4,000 enfants) et de cohortes d’exomes publiés (plus de 10,000 analyses).

Les données issues des centres français travaillant sur l’exome ou de grands panels ciblés confirment l’importance de la core liste DI 44 dont les gènes atteignent 40% des diagnostics effectués. Les 10 gènes les plus fréquemment mutés sont KMT2A, DDX3X, ANKRD11, MED13L, TCF4, SHANK3, ARID1B, MECP2, GRIN2B et POGZ, représentant 19,2% des diagnostics. Cette liste est très proche de celle issue de la méta-analyse des cohortes publiées. Le rendement diagnostique sur la cohorte française est de 32%, contre 26,4% sur les données publiées. Par ailleurs, sur les 2000 gènes associés à un phénotype comportant une DI, 10% (n=195)  représentent plus de 50% des diagnostics.

La 2ème étape a permis de dresser 2 listes de gènes en tenant compte des contraintes techniques et médico-économiques de chaque laboratoire participant et du cadre financier défini par la DGOS, limitant la cotation RIHN aux panels < 500 Kb : une liste de 75 gènes approchant 500 kb et une liste de 195 gènes (2ème échelon de capture < 1,5 Mb), avec respectivement un rendement attendu de 16% et 24%.

Ces 2 listes sont proposées comme base commune aux laboratoires impliqués dans le diagnostic de la déficience intellectuelle. Cette stratégie sera évaluée par le réseau dans le cadre des RCP nationales et par un rapport d'activité annuel.


Thomas SMOL (LILLE), Amélie PITON, Stéphane BEZIEAU, Ange-Line BRUEL, Nicolas CHATRON, Christèle DUBOURG, Benedicte GERARD, Boris KEREN, Audrey LABALME, Gaetan LESCA, Caroline NAVA, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Anne-Sophie LEBRE, Patricia FERGELOT
00:00 - 00:00 #13216 - P090 Les délétions du gène NR4A2 en 2q24.1 sont associées à des troubles neurodéveloppementaux.
P090 Les délétions du gène NR4A2 en 2q24.1 sont associées à des troubles neurodéveloppementaux.

Les microdélétions 2q24.1 sont très rares. Elles ont été rapportées chez quelques patients présentant une déficience intellectuelle, un retard de langage ou des troubles du spectre autistique. NR4A2 a été très récemment suggéré comme gène candidat bien qu’à ce jour, un seul cas de microdélétion n’emportant que le gène NR4A2 a été publié. Nous rapportons l’observation de deux nouveaux patients porteurs d’une microdélétion en 2q24.1 n’incluant que le gène NR4A2. Le premier patient a été exploré en génétique à l’âge de 17 ans pour une déficience intellectuelle légère à modérée, associée à un trouble envahissant du développement, sans dysmorphie ni malformation majeure associée. L'analyse par SNP array (Illumina, OmniExpress 700K) a mis en évidence une délétion d’environ 122 kb de novo emportant la totalité du gène NR4A2. Le deuxième patient a été exploré en génétique à l’âge de 5 ans pour un retard de développement prédominant sur le langage, sans élément syndromique associé. Ce phénotype est également associé à une délétion d’environ 75 kb impliquant la totalité du gène NR4A2. Le gène NR4A2 code une protéine membre de la superfamille des récepteurs nucléaires des hormones thyroïdiennes-stéroïdiennes et des rétinoïdes qui agit comme facteur de transcription et fortement exprimée dans le système nerveux central humain et dans le cerveau fœtal humain. Les délétions emportant le gène NR4A2 ne sont pas rapportées comme polymorphisme dans les bases de données DGV et les mutations perte de fonction sont extrêmement rares dans ExAC. Le gène NR4A2 (*601828) possède un score élevé d'haploinsuffisance et n'est pas référencé en pathologie humaine. Des études ont suggéré l’association de polymorphismes du gène NR4A2 à la maladie de Parkinson. Notre étude confirme que l'haploinsuffisance du gène NR4A2 est responsable de troubles neurodéveloppementaux, caractérisés par un retard de langage, une déficience intellectuelle légère à modérée et des troubles du spectre autistique, sans élément syndromique associé. Nous suggérons d’inclure le gène NR4A2 dans les panels de déficience intellectuelle.


Sarah GROTTO (Paris), Anne-Claude TABET, Damien HAYE, Alain VERLOES, Jonathan LEVY
00:00 - 00:00 #13219 - P091 Evaluation de la médecine génomique des épilepsies.
P091 Evaluation de la médecine génomique des épilepsies.

Les épilepsies concernent environ 0.8 à 1% de la population, avec une incidence plus importante dans l’enfance. L’implication de la génétique est majeure dans de nombreuses formes d’épilepsies. Le diagnostic étiologique d’une épilepsie débutée dans l’enfance est une information critique pour la famille et les praticiens impliqués dans la prise en charge. Les bilans étiologiques sont répétés (imagerie, EEG, examens métaboliques, examens génétiques) et comprennent des examens invasifs (biopsies, ponctions), des consultations auprès de multiples spécialistes de différents centres hospitaliers. Il existe à l’heure actuelle plus d’une centaine de gènes impliqués dans des épilepsies mendéliennes. Dans les épilepsies, maladies chroniques fortement médicalisées, le développement de traitements personnalisés est un enjeu majeur.

En France, c’est le plus souvent une approche par le séquençage de 90-100 gènes qui a été choisie en première intention, ou deuxième intention après une CGH-array. A Lyon, le panel PAGEM a été appliqué sur les prélèvements d’environ 400 patients et a permis un diagnostic dans 28% des cas. Une approche de séquençage pan-génomique devrait permettre un diagnostic pour 40-45% des patients. L’exemple du diagnostic génétique des l’épilepsies peut être considéré comme un bon reflet de l’organisation actuelle de l’organisation de l’offre diagnostic en France. Nous proposons une organisation pilote visant à rendre homogène l’accès au soin, tout en mesurant l’impact médico-économique de ce changement organisationnel.

Dans une partie rétrospective de l’étude appliquée aux patients ayant reçu un résultat de panel PAGEM, nous modéliserons les parcours de soins des patients avec ou sans diagnostic, puis appliquerons un séquençage pan-génomique afin de quantifier son impact. Dans une partie prospective de deux ans, nous mesurerons la portée diagnostique de l’examen, les possibilités de recours à des thérapeutiques personnalisées ou d’inclusion dans des essais cliniques de molécules innovantes. Une attention particulière sera donnée aux résultats pharmacogénétiques concernant les thérapeutiques anti-épileptiques.


Consortium AURAGEN, Gaetan LESCA, Julien THEVENON (Grenoble)
00:00 - 00:00 #13222 - P092 Coexistence d'un syndrome de KBG et d'un syndrome de Kabuki lié à l'X chez un même patient.
P092 Coexistence d'un syndrome de KBG et d'un syndrome de Kabuki lié à l'X chez un même patient.

Avec l'avènement du séquençage de nouvelle génération (NGS), il est de plus en plus fréquent d’identifier chez un même individu deux variants génétiques affectant des gènes différents. Nous rapportons le cas d'un patient présentant un tableau clinique atypique lié à la présence de deux variants pathogènes dans les gènes  KDM6A et ANKRD11. Les mutations du gène ANKRD11 (Ankyrin Repeat Domain-Containing Protein 11) sont responsables du syndrome KBG, syndrome génétique rare. Le syndrome de Kabuki est dû à une mutation ou une délétion dans le gène KMT2D (Histone-Lysine N-Methyltransferase 2D) en 12q13.12 dans 80% des cas, ou dans le gène KDM6A (Lysine-Specific Demethylase 6A) en Xp11.2 chez 5 à 8% des patients.e patient présentait une déficience intellectuelle (DI) sévère avec marche à 6 ans et absence de langage, des troubles majeurs du comportement avec automutilation, un syndrome dysmorphique avec brachycéphalie, visage triangulaire, oreilles proéminentes, fentes palpébrales larges, lèvre inférieure éversée, brachymésophalangie des 5ème doigts. L’histoire familiale révélait l’existence d’un oncle maternel présentant une DI modérée dans un contexte dysmorphique, ce qui avait fait évoquer une hérédité liée au chromosome X. On retrouvait aussi chez le père et le frère du cas-index des difficultés d’apprentissage et des traits dysmorphiques communs. Le séquençage d'un panel de gènes responsables de DI a permis d’identifier deux variants pathogènes, non décrits dans la littérature: une délétion hétérozygote du gène ANKRD11, c.6210delG (p.K2070fs) héritée du père et présente chez le frère et une mutation hémizygote du  gène KDM6A, c.2903C > A (p.T968K) héritée de la mère. Cet enfant présentait donc deux pathologies distinctes : un syndrome KBG de transmission autosomique dominante du côté paternel et un syndrome de Kabuki lié au chromosome X de transmission maternelle. L’analyse dysmorphologique du patient a permis d’identifier rétrospectivement des signes cliniques caractéristiques de chaque syndrome. Cependant, le tableau clinique neurologique de cet enfant apparaissait  beaucoup plus sévère que celui associé à chacun des deux syndromes. ANKRD11 et KDM6A sont deux gènes qui codent pour des enzymes jouant un rôle dans le remodelage de la chromatine. Bien qu’il n’existe pas d’interaction directe entre les deux protéines codées par ces gènes, des interactions multiples par l’intermédiaire des complexes histones désacétylases, HDAC 3, 4 et 5 ont été décrites. Ceci peut suggérer un mécanisme de potentialisation des effets de ces deux mutations, expliquant un tableau clinique plus sévère que ne le voudrait la coexistence des deux syndromes.


Pierre-Yves MAILLARD (Paris), Caroline LACOSTE, Tiffany BUSA, Brigitte CHABROL, Catherine BADENS, Nicole PHILIP
00:00 - 00:00 #13234 - P093 Rôle de la phosphorylation de la serine 421 de l’huntingtine dans la physiopathologie du syndrome de Rett.
P093 Rôle de la phosphorylation de la serine 421 de l’huntingtine dans la physiopathologie du syndrome de Rett.

Le fonctionnement normal du cerveau repose sur la régulation fine de mécanismes transcriptionnels et épigénétiques. MECP2 est un gène clé permettant de coupler ces deux mécanismes et sa dérégulation affecte sévèrement les fonctions neurologiques.

En effets, des mutations dans le gène MECP2  sont à l’origine de maladies neurologiques dont la principale est le Syndrome de Rett  (Amir et al. 1999). C’est une maladie neurologique progressive, apparaissant dans les premières années de vie, causée par des mutations dans le gène MECP2. Il représente la deuxième cause de déficience intellectuelle d'origine génétique chez la femme. Parmi les gènes régulés par MECP2, le BDNF est une neurotrophine qui joue un rôle essentiel dans la maturation eat la connectivité neuronale. Les  taux de BDNF sont réduits dans les cerveaux des filles RTT et des souris modèle de RTT Par ailleurs, la surexpression de BDNF dans des cerveaux de souris modèle (RTT) permet le rétablissement partiel de la morphologie des neurones, de leur activité spontanée et de la survie des souris (Chang et al, 2006). La compensation des déficits en BDNF apparaît donc comme une voie thérapeutique majeure. Notre équipe a montré précédemment chez la souris RTT qu'une absence de Mecp2 entraine une altération du transport axonal des vésicules de BDNF dépendant de l'huntingtine (HTT) (Roux et al., 2012). Par ailleurs, la phosphorylation de l'HTT (à la position Serine 421) augmente la vitesse de transport antérograde des vésicules de BDNF dans les neurones (Colin et al, 2008).

Dans cette étude, nous avons utilisé deux approches (l'une génétique, l'autre pharmacologique) visant à stimuler la phosphorylation de l'HTT dans le but d’augmenter la biodisponibilité du BDNF à la synapse. Dans un premier temps, les deux approches ont été validées in vitro dans des neurones corticaux en étudiant le transport des vésicules de BDNF par videomicroscopie. Dans la première approche, nous avons croisé des souris knock in ayant une HTT constitutivement phosphorylée avec des souris modèle de RTT. Pour la seconde approche, nous avons traité des souris modèle de RTT avec le FK506, une molécule qui empêche la déphosphorylation de HTT. Le phénotypage in vivo (fonctions cognitives, activité motrice, respiratoire et survie) a été réalisé afin d'étudier l'effet de ces deux approches.

Nous montrons que la phosphorylation de HTT en position serine 421 corrige le déficit de transport axonal du BDNF in vitro. Elle permet d'améliorer la survie et certaines fonctions motrices et autonomes chez des souris modèles de RTT. Cette phosphorylation représente une stratégie prometteuse et sa stimulation pharmacologique apparait ainsi comme une piste thérapeutique intéressante afin de corriger certains déficits dans le syndrome de Rett.

 


Yann EHINGER (MARSEILLE), Julie BRUYÈRE, Saidi LYDIA, Valerie MATAGNE, Laurent VILLARD, Frederic SAUDOU, Jean-Christophe ROUX
00:00 - 00:00 #13253 - P094 Séquençage du gène ATP1A3 chez les patients présentant une hémiplégie alternante de l’enfant ou des troubles neurologiques apparentés.
P094 Séquençage du gène ATP1A3 chez les patients présentant une hémiplégie alternante de l’enfant ou des troubles neurologiques apparentés.

Contexte :

L'hémiplégie alternante de l'enfant (AHC) est une maladie neurologique rare caractérisé par des épisodes transitoires d'hémiplégie/hémiparésie alternante, des accès dystoniques, des mouvements oculaires paroxystiques anormaux, des crises épileptiques et une dysautonomie, débutant habituellement au cours de la première année de vie. En 2012, des mutations du gène ATP1A3, codant pour la sous-unité α3 de la pompe Na+/K+-ATPase ont été identifiées comme cause principale d’AHC. Les mutations de ce gène provoquent également d'autres troubles neurologiques cliniquement liés à l’AHC: la dystonie parkinsonienne à début précoce (RDP); le syndrome de CAPOS (syndrome d'ataxie cérébelleuse-aréflexie-pieds creux-atrophie optique-surdité neurosensorielle); RECA (encéphalopathie récidivante avec ataxie cérébelleuse) et des encéphalopathies épileptiques précoces. Nous rapportons les résultats génétiques de 5 ans de diagnostic génétique chez des patients français atteints d'AHC ou de troubles apparentés.

Matériel et méthodes:

Entre 2012 et mi-2017, nous avons analysé l'ADN de 190 patients pour une recherche de mutation dans le gène ATP1A3 par séquençage de Sanger. Depuis Octobre 2016, les patients présentant une AHC ou tout autre trouble apparenté sont orientés vers le panel PAGEM (en dehors des syndromes CAPOS).

Résultats:

Nous avons identifié une mutation pathogène ou potentiellement pathogène dans le gène ATP1A3 chez 72 patients (38 %). Chez les patients présentant les critères cliniques d’AHC, un variant pathogène du gène ATP1A3 est retrouvé dans environ 90% des cas. Les deux « hot spots » ont été retrouvés chez 7 patients pour le variant p.Glu815Lys et chez 15 patients pour le variant p.Asp801Asn.

La mutation p.Glu818Lys a été trouvée dans deux familles avec un diagnostic clinique de CAPOS (9 patients au total). Le p.Arg756Cys a été trouvée chez 3 patients avec un diagnostic clinique de RECA. La mutation p.Arg756His a été trouvée chez 3 patients atteint de RDP dont un variant hérité, mais aucune mutation n'a été identifiée chez les patients présentant une dystonie isolée et à début précoce.

Conclusion:

Cette étude confirme que les mutations du gène ATP1A3 sont responsables de la plupart des cas d'AHC, de CAPOS ou de RECA. L'analyse des dossiers cliniques a permis d'identifier une dizaine de patients avec un diagnostic clinique évocateur d'AHC sans mutations dans ATP1A3. Ces patients ont été inclus dans une étude génétique internationale visant à identifier d'autres gènes responsables d'AHC.


Jessica MICHEL, Gaetan LESCA (Lyon), Alexis ARZIMANOGLOU, Diane DOUMMAR, Hélène GUILBERT, Cyril MIGNOT, Sophie NICOLE, Eleni PANAGIOTAKAKI, Emmanuel ROZE, Pascal SABOURAUD, Damien SANLAVILLE
00:00 - 00:00 #13270 - P095 Spectre phénotypique du syndrome FOXG1.
P095 Spectre phénotypique du syndrome FOXG1.

La nouvelle génération de séquençage d’ADN contribue à l’amélioration des connaissances du phénotype clinique lié aux mutations FOXG1, initialement considéré comme une forme congénitale du syndrome de RETT. Le syndrome FOXG1 est caractérisé par une encéphalopathie sévère avec une microcéphalie congénitale et une dystonie généralisée. Les malformations cérébrales permettant de suspecter le syndrome FOXG1 sont encore mal définies. A ce jour, la description de ce syndrome se limite à l’étude de petites cohortes de patients. L’objectif de notre étude est de définir le spectre du phénotype clinico-radiologique du syndrome FOXG1 à partir d’une large cohorte de patients.

32 patients, âgés de 19 mois à 42 ans, porteurs de mutations hétérozygotes du gène FOXG1, 12 faux sens, 15 frameshifts, 2 non-sens et 3 larges délétions, ont été inclus. Parmi ces mutations, deux sont récurrentes p.Glu154Glyfs*301 (n=4) et p.Gln86Profs*35 (n=2). Ces patients sont issus de 10 différents services de Pédiatrie et de Génétique français, suisses et israëliens. L’étude du phénotype clinique a porté sur les évènements pré et périnataux, le développement psychomoteur, l’examen clinique et neurologique et les critères du syndrome de RETT et de sa forme congénitale. Les analyses IRM ont porté sur l’étude du volume de la substance blanche (SB), du corps calleux (CC), et du niveau de myélinisation.

Nos observations montrent qu’une microcéphalie prénatale ou post-natale sévère précoce est systématique, avec un retard de développement et une limitation de la préhension. Les signes cliniques associés les plus marquants sont les mouvements anormaux (athétose, dystonie, myoclonie, stéréotypies, hyperkinésie, dyskinésie), présents chez tous les patients, avec une prédominance pour les dyskinésies oro-faciales (11/37), et une épilepsie (28/37). Les seuls critères mineurs de la forme congénitale du syndrome de RETT retrouvés sont : les troubles du sommeil (21/35), le bruxisme (12/26) et le retard de croissance (22/34). Aucun patient ne présente un syndrome de RETT typique. Les résultats préliminaires des IRM cérébrales montrent une simplification gyrale modérée (8/16), une réduction du volume de la SB (12/16) et une hypoplasie du CC (12/16).

Pour conclure, nos résultats préliminaires montrent une distinction claire entre le syndrome FOXG1 et la forme congénitale du syndrome de RETT. Les critères clinico-radiologiques pouvant faire suspecter un syndrome FOXG1 sont : les mouvements anormaux dont les dyskinésies oro-faciales, une microcéphalie pré ou post-natale précoce, un retard sévère du développement psychomoteur, une simplification gyrale modérée, un retard de myélinisation et une hypoplasie du CC. Enfin, les mutations p.Gln86Profs*35 (protéine tronquée en N-terminal) sont associées à un même phénotype sévère tandis que les mutations p.Glu154Glyfs*301 (protéine tronquée en C-terminal, avec conservation des domaines fonctionnels de FOXG1) semblent liées à un retard psychomoteur moins sévère.


Nancy VEGAS (Paris), Mara CAVALLIN, Camille MAILLARD, Nathalie BODDAERT, Hervé LEMAITRE, Tally LERMAN-SAGIE, Dorit LEV, Delphine HÉRON, Mathieu MILH, Marie HULLY, Cyril MIGNOT, Alice MASUREL, Alexandre DATTA, Sylvie ODENT, Leïla LAZARO, Elise SCHAEFER, Sébastient MOUTTON, Anne Marie GUERROT, Magalie BARTH, Stéphanie ARPIN, Jean Michel PEDESPAN, Isabelle CAUBEL, Thierry BIENVENU, Nadia BAHI-BUISSON
00:00 - 00:00 #13280 - P096 NEW RNA polymerase III related leukodystrophy.
P096 NEW RNA polymerase III related leukodystrophy.

RNA polymerase III (POLR3)-related leukodystrophy is an autosomal recessive hypomyelinating leukodystrophy characterized by a progressive cerebellar spastic syndrome with variable age of onset and associated hypo/oligodontia and hypogonadotropic hypogonadism. This disorder is caused by mutations in POLR3A, POLR3B and POLR1C. Here we report two cases of patients with mutation in a gene coding for another POLR3 subunit. The affected individuals from consanguineous Algerian parents present with a Pelizaeus Merzbacher like disease with a sitting position acquired with aid (form 1) in one patient and walking with aid (Form 3) for the other before 24 months of age. A progressive degradation was observed after 5 years of age leading to bedridden patients with severe spasticity and dystonia at respectively 6 and 16 years of age. Despite gastrostomy, severe growth impairment was observed in both cases with hypogonadism in the oldest one and severe anorexia and hypodontia in the youngest one. Brain MRI showed a diffuse hypomyelinating leukodystrophy with cerebellum and subcortical /cortical atrophy at 4 y of age.

Exome sequencing combined to homozygosity mapping revealed a homozygous mutation. This variant was predicted to be deleterious, located in a highly conserved region and not detected in 492 ethnically matched control chromosomes. In silico structural and functional analysis predicted that this mutation create conformational changes in the POLR3 subunit complex. Functional studies in the patients’ fibroblasts revealed an abnormal expression in ribosomal RNAs. This study confirm the role of the polymerase III in the nervous system and particularly in the white matter


Imen DORBOZ (Paris), Hélène DUMAY-ODELOT, Karima BOUSSAID, Yosra BOUYACOUB, Simon SAMAAN, Haifa JMEL, Claude CANCES, Céline BAR, Christophe ROUSSELLE, Noel PERETTI, Florence RENALDO, Monique ELMALEH, Martin TEICHMANN, Odile BOESPFLUG-TANGUY
00:00 - 00:00 #13294 - P097 De novo mutations in childhood-onset cerebellar atrophy: Insight from mutations in the calcium channel CACNA1G.
P097 De novo mutations in childhood-onset cerebellar atrophy: Insight from mutations in the calcium channel CACNA1G.

Childhood onset cerebellar atrophy is a key neuroradiological finding usually associated with cerebellar ataxia and defect in cognitive development. Unlike the adult forms, early onset cerebellar atrophies are often described as mainly autosomal recessive conditions. However, recent studies pinpoint the high prevalence of pathogenic de novo mutations in developmental disorders such as intellectual disability, autism spectrum disorders and epilepsy. Investigation of a cohort of 37 index patients with early onset cerebellar atrophy using a custom targeted next generation sequencing gene panel as well as whole exome sequencing suggests that de novo mutations are as prevalent as recessive conditions for this phenotype. Understanding if these de novo events act through a loss or gain of function effects can be critical for treatment considerations. We focused on a gene never associated with the early-onset form and identified 4 patients with de novo variants in CACNA1G. These patients have severe motor and cognitive impairment and variable features such as facial dysmorphisms, digital anomalies, microcephaly and epilepsy. Three subjects share a recurrent c.2881G > A/p.Ala961Thr variant and the other variant is c.4591A > G/p.Met1531Val. The CACNA1G gene encodes the α-1A subunit of the neuronal T-type voltage-gated calcium channel (Cav3.1) that is highly expressed in Purkinje cells and deep cerebellum nuclei. The mutations identified in this study showed drastically impaired channel inactivation and wider window current resulting in channels that remain open longer. The resulting increase in intracellular Ca2+ is the likely cause of Purkinje cell degeneration.

This work highlights the prevalence of de novo mutations in early-onset CBA and the critical control of Cav3.1 channel activation during CNS development. It also describes a gain of function mechanism mediating neurodegeneration and sensitive to a blocker drug suggesting that this condition is amenable to treatment. 


Vincent CANTAGREL (Paris)
00:00 - 00:00 #13296 - P098 Etude génétique des troubles du spectre autistique et de la déficience intellectuelle chez la population marocaine.
P098 Etude génétique des troubles du spectre autistique et de la déficience intellectuelle chez la population marocaine.

L’autisme est associé à des anomalies de développement du SNC, anomalies qui apparaissent donc au cours du développement fœtal, principalement au niveau des synapses. Aujourd’hui on ne parle plus d’autisme mais de troubles du spectre autistique, à cause d’une part de la variabilité des symptômes et de l’âge de leur apparition, et d’autre part de l’association avec d’autres troubles tels que le retard du développement intellectuel etc.

Ma thèse  rentre dans le cadre d’un projet collaboratif entre les Instituts Pasteur de Paris, de Tunis et du Maroc, intitulé Mediteranean Autism Project (MAP).

Nous avons rassemblé une quarantaine de familles atteintes de différentes régions du royaume. On procède à un séquençage automatique pour les cas d’autisme syndromique, tandis que pour les cas isolés un génotypage sur puces à ADN (analyse des SNPs et de novoCNVs) est réalisé en France suivi d’un exom sequencing.

Actuellement nous avons trouvé un CNV hérité de la mère chez un patient marocain représenté par une délétion du gène de la Microcéphalin (MCPH1) et qui se traduirait par un retard mental chez le patient.

Nous sommes aussi entrain de désigner les anomalies chromosomiques les plus susceptibles de provoquer un retard mental chez la population marocaine en se basant sur une étude cytogénétique rétrospective qui s'étend sur les 20 dernières années.


Boutaina BELKADY (Casablanca, Maroc), Rachida CADI, Abdelhamid BARAKAT
00:00 - 00:00 #13297 - P099 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.
P099 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.

Intellectual disability (ID) is a common neurodevelopmental disorder, characterized by a high genetic heterogeneity, with more than 700 genes described to be involved in monogenic forms. We performed a whole exome sequencing on a patient affected by intellectual disability, growth retardation, microcephaly, epilepsy, subcortical atrophy and traits of pyramidal syndrome as main features. We identified a de novo frameshift variant in NOVA2, a gene which has never been implicated in ID before and is highly intolerant to LoF variants (from ExAC data). NOVA2 is a neuron specific RNA-binding protein that regulates alternative-splicing events during brain development. Previous studies on knockout mice for this gene revealed that Nova2 specifically controls the formation of alternative transcripts of known axon-guidance genes (Saito et al. 2016).

To prove the pathological effect of this variant, we overexpressed wild-type and mutated human NOVA2 cDNA in HeLa cells and checked the splicing of genes previously reported as regulated by Nova2 in mouse. Preliminary results show that overexpression of wild-type NOVA2 regulates the alternative-splicing of some of these genes (NEO and APLP2) in human HeLa cells and that this regulation was altered when mutant NOVA2 was overexpressed. In parallel, we downregulated NOVA2 expression in human precursor neuronal cells using specific siRNA and observed that it also affects the splicing of these target genes.

Through data exchange we have been able to identify three additional patients with a de novo LoF mutation in NOVA2 presenting with similar phenotype. Overall, the four patients carry frameshift variants that lead to truncated proteins missing the last KH domain, which is known to be involved in the RNA recognition and binding.

Overall, our study shows for the first time that LoF mutations in NOVA2 cause a syndromic form of ID with Angelman-like features, highlighting the importance of alternative-splicing regulation during brain development.


Francesca MATTIOLI (ILLKIRCH), Bertrand ISIDOR, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sophie NAMBOT, Jean NOLWEEN, Aida TELEGRAPHI, Alicia BOUGHTON, Candace GAMBLE, Megan CHO, Zohra SHAD, Elizabeth KAPLAN, Richard DINEEN, Jean-Louis MANDEL, Amelie PITON
00:00 - 00:00 #13303 - P100 Biallelic mutations in the homeodomain of NKX6-2 underlie a severe hypomyelinating leukodystrophy.
P100 Biallelic mutations in the homeodomain of NKX6-2 underlie a severe hypomyelinating leukodystrophy.

Hypomyelinating leukodystrophies are genetically heterogeneous disorders with overlapping clinical and neuroimaging features reflecting variable abnormalities in myelin formation. We report on the identification of biallelic inactivating mutations in NKX6-2, a gene encoding a transcription factor regulating multiple developmental processes with a main role in oligodendrocyte differentiation and regulation of myelin-specific gene expression, as the cause underlying a previously unrecognized severe variant of hypomyelinating leukodystrophy. Five affected subjects (three unrelated families) were documented to share biallelic inactivating mutations affecting the NKX6-2 homeobox domain. A trio-based whole exome sequencing analysis in the first family detected a homozygous frameshift change [c.606delinsTA; p.(Lys202Asnfs*?)]. In the second family, homozygosity mapping coupled to whole exome sequencing identified a homozygous nucleotide substitution (c.565G > T) introducing a premature stop codon (p.Glu189*). In the third family, whole exome sequencing established compound heterozygosity for a non-conservative missense change affecting a key residue participating in DNA binding (c.599G > A; p.Arg200Gln) and a nonsense substitution (c.589C > T; p.Gln197*), in both affected siblings. The clinical presentation was homogeneous, with four subjects having severe motor delays, nystagmus and absent head control, and one individual showing gross motor delay at the age of 6 months. All exhibited neuroimaging that was consistent with hypomyelination. These findings define a novel, severe form of leukodystrophy caused by impaired NKX6-2 function.


Imen DORBOZ (Paris), Chiara AIELLO, Cas SIMONS, Robert Thompson STONE, Marcello NICETA, Monique ELMALEH, Mohammad ABUAWAD, Diane DOUMMAR, Alessandro BRUSELLES, Nicole WOLF, Lorena TRAVAGLINI, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Marco TARTAGLIA, Adeline VANDERVER, Diana RODRIGUEZ, Enrico BERTINI
00:00 - 00:00 #13304 - P101 GENIDA, une étude de cohortes participative sur les formes génétiques de déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistique : les syndromes KdVS (KANSL1/17q21.31del), Kleefstra (EHMT1/9q43.3del), duplication MECP2 (Xq28dup) et KBG(ANKRD11).
P101 GENIDA, une étude de cohortes participative sur les formes génétiques de déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistique : les syndromes KdVS (KANSL1/17q21.31del), Kleefstra (EHMT1/9q43.3del), duplication MECP2 (Xq28dup) et KBG(ANKRD11).

Many recurrent CNVs and more than 600 genes are implicated in genetic forms of intellectual disability (ID) or autism spectrum disorders (ASD), but often with limited information on the clinical spectrum and natural history. These data are essential for improving medical care and genetic counseling. 

We initiated cohorts study for specific genetic causes of ID and ASD, called GENIDA (https://genida.unistra.fr), whereby clinical information is entered and updated by the family of the affected individual based on a structured clinical questionnaire (41 multiple choice questions and 92 sub-questions, 5 open text qualitative questions) that is currently available in 5 languages (English, Dutch, French, German, Portuguese). We have used Koolen-deVries syndrome (KdVS, 17q21.31del or KANSL1 mutation, 207 participants) as a test case for this approach and previously confirmed that the data collected were coherent with professional’s knowledge but also identified comorbidities of potential interest. We have now expanded our curation and analyses processes to other specific conditions including Kleefstra syndrome (9q34.3 del or EHMT1 mutations, 90 participants), MECP2 duplication (Xq28dup, 46 participants) and KBG syndrome (ANKRD11 mutations, 45 participants) that we will address more particularly here.

With now 748 registered accounts on the GENIDA website, we have at least partial data on 478 patients and an average of 48 answers (equivalent to a full completion of the questionnaire) for our best 300 families (min 25 answers – max 109 answers). The recruitment is open and international (top5: 37% from the US, 25% from France, 12% from the UK, 7% from the Netherlands and 5.5% from Australia), and now includes 55 different genes defects and 34 different CNVs. It is already possible for professionals to create accounts on the GENIDA website, an effort that will soon allow them to get an access to our overall analyses, although limited to the cohorts with more than 10 participative families.

This project shows the willingness of parents to participate in studies dealing with rare diseases affecting their child. Direct comparison with data collected by clinicians allowed us to evaluate the quality of the data entered by families and search for novel and/or more penetrant comorbidities. We are actively curating the natural history analyses for the KdVS, Kleefstra, MECP2dup and KBG syndromes in collaborations with clinicians-experts for these conditions and we will present the results obtained so far.

We wish to extend this effort to all monogenic forms of neurodevelopmental disorders and are thus looking for the collaboration of clinicians in contact with families of patients with defined genetic forms of ID, ASD and/or epilepsy, willing to encourage them to register and fill the GENIDA questionnaire.

With the financial support of USIAS and Fondation de l’Université de Strasbourg.

Legal: CNIL, n°1907912v0 - 11/27/2015; Ethics: CEEI of INSERM, n°16-338 - 15/11/2016


Florent COLIN (ILLKIRCH GRAFFENSTADEN), Timothée MAZZUCOTELLI, David A. KOOLEN, Tjitske KLEEFSTRA, Hilde VAN ESCH, Charlotte W. OCKELOEN, Pierre PARREND, Jean-Louis MANDEL
00:00 - 00:00 #13307 - P102 Elargissement du spectre phénotypique dans les pathologies neurologiques dues à des mutations du gène KARS (Lysine-tRNA synthétase) par l’identification de nouvelles mutations.
P102 Elargissement du spectre phénotypique dans les pathologies neurologiques dues à des mutations du gène KARS (Lysine-tRNA synthétase) par l’identification de nouvelles mutations.

Des mutations de gènes codant pour des protéines ARSs (aminoacyl-tRNA synthetases), famille d’enzyme indispensable pour la synthèse protéique, ont été rapportées dans plusieurs pathologies neurologiques. Des mutations du gène KARS, codant pour la lysyl-tRNA synthétase, ont été décrites plus récemment dans des pathologies neurologiques et neurosensorielles. Les ARSs peuvent être divisés en 3 groupes selon la localisation cellulaire de l’aminoacylation : cytoplasmique, mitochondriale ou les deux. KARS est l’une des 3 aminoacyl-tRNA synthétase ayant un rôle bifonctionnel et sa fraction cytosolique fait partie d’un complexe multisynthétasique, le complexe MARS.

Nous rapportons une patiente présentant une atteinte neurologique et neurosensorielle sévère et porteuse de deux mutations du gène KARS identifiées par séquençage haut-débit de type exome.

Cette patiente a présenté un retard des acquisitions motrices et une ataxie cérébelleuse. Une surdité neurosensorielle bilatérale a été diagnostiquée au début de sa scolarité. Ses symptômes neurologiques se sont majorés avec des difficultés à la marche, un tremblement intermittent, une polyneuropathie sensitive, un syndrome pyramidal et une dystonie. L’examen ophtalmologique réalisé en raison d’une diminution progressive de l’acuité visuelle a mis en évidence une atrophie optique. Le bilan métabolique a mis en évidence une hyperlactatémie et l’IRM cérébrale réalisée à l’âge de 28 ans des anomalies de signal de la substance blanche. Ce tableau clinique s’est aggravé progressivement et la patiente est décédée à l’âge de 33 ans.

En l’absence de diagnostic moléculaire, un séquençage d’exome a été réalisé en trio et nous a permis d’identifier deux variants hétérozygotes composites du gène KARS. Une des mutations n’a pas été rapportée précédemment.

Des mutations bialléliques du gène KARS ont été décrites dans un large spectre phénotypique allant de la surdité non syndromique à des atteintes plus complexes pouvant associer en plus d’une surdité, une neuropathie périphérique, des anomalies de signal de la substance blanche et une cardiopathie. Notre patiente présentait en plus des atteintes déjà décrites, une neuropathie optique et une ataxie cérébelleuse qui n’avaient pas été rapportées.

Pour valider l’impact des mutations identifiées, nous avons réalisé une étude d’interaction en double hybride et avons montré un défaut d’interaction entre les deux formes mutantes de la protéine KARS et la protéine p38, qui sert d’ancre cytoplasmique à KARS pour la retenir dans le complexe MARS. Nous avons également observé une diminution significative du taux de protéines KARS dans les fibroblastes de la patiente, par rapport à un contrôle.

En conclusion, nous rapportons une patiente porteuse de mutations du gène KARS dont l’une n’avait pas été rapportée et présentant en plus d’une surdité sensorielle et d’autres atteintes neurologiques déjà décrites, une ataxie cérébelleuse et une neuropathie optique.


Sophie SCHEIDECKER (STRASBOURG), Séverine BÄR, Corinne STOETZEL, Véronique GEOFFROY, Béatrice LANNES, Bruno RINALDI, Stéphane KREMER, Marc MIRANDE, Christine TRANCHANT, Jean MULLER, Sylvie FRIANT, Hélène DOLLFUS
00:00 - 00:00 #13311 - P103 Stratégie d’analyse du panel de 44 gènes impliqués dans la déficience intellectuelle au CHU de Bordeaux.
P103 Stratégie d’analyse du panel de 44 gènes impliqués dans la déficience intellectuelle au CHU de Bordeaux.

La déficience intellectuelle (DI) constitue le handicap sévère le plus fréquent de l’enfance, et touche environ 1 million d’individus dans la population française. Diagnostiquée le plus souvent avant l’âge de 18 ans, la déficience intellectuelle se traduit, selon les termes de l’Organisation mondiale de la Santé, par une « capacité sensiblement réduite de comprendre une information nouvelle ou complexe et d’apprendre à appliquer de nouvelles compétences ». Les formes génétiques représentent 45% des cas. Tous  les modes  de  transmission  génétique  peuvent être  observés : lié à l’X, autosomique récessif,  autosomique dominant ou dominant de novo. Le diagnostic  moléculaire  est alors indispensable  pour  établir  avec  certitude  le  risque  de récurrence au sein d’une famille.

Depuis 2015, en  cas  de  déficience intellectuelle  isolée  (avec  ou  sans  épilepsie  ou  troubles du spectre autistique) avec ACPA  normale, il  peut  être proposé de séquencer en parallèle les 44 gènes considérés comme les plus fréquemment impliqués dans la DI. Le rendement diagnostique de ce panel de gènes, appelé panel DI44, a été estimé à environ 10 à 12%.

Nous rapportons ici l’expérience du CHU de Bordeaux, sur la mise en place de ce panel avec la technologie Ion Torrent (ThermoFisher Scientific) et l’analyse bioinformatique sur la plateforme SOPHiA DDM®. Le séquençage couvrant 182 Kb est effectué à partir de librairies de 1112 amplicons, multiplexés en 2 pools d’amorces. Entre août 2016 et août 2017, le séquençage de ce panel a été réalisé chez 126 patients, adressés par le service de Génétique du CHU de Bordeaux, centre de référence de la filière AnDDIRares et centre de compétence de la filière DefiScience. Les données ont été analysées en parallèle par la Torrent Suite et par un logiciel développé par SOPHIA Genetics, disponible sur la plateforme SOPHiA DDM® dédiée à la génomique clinique.  SOPHiA DDM® intègre des fonctionnalités d’analyses secondaire et tertiaire facilitant la visualisation et l'interprétation des variations nucléotidiques tout en assurant la protection des données génomiques cliniques. Les variations ont été vérifiées par séquençage Sanger et leur statut de novo recherché. Tous les types de mutations ont été retrouvés avec  5 non-sens, 4 delins, 2 variants d’épissage (+1) et 6 faux-sens dans 12 gènes différents dont 2 fois dans ARID1B, GRIN2B, KMT2A, MED13L et SATB2. Au total, ce sont 17 variations avec probable impact fonctionnel (ACMG : likely pathogenic ou pathogenic) qui ont été validées, dont 2 trouvées par séquençage Sanger dans une région insuffisamment couverte du gène ARID1B. Un diagnostic moléculaire a ainsi pu être rendu pour 17 patients, soit un rendement diagnostic de 13.5 %.

Ce panel de 44 gènes permet d’établir un diagnostic pour la déficience intellectuelle de cause génétique chez les personnes touchées, dont un taux élevé, jusqu’à 60% des cas, ne bénéficient pas d’un diagnostic étiologique de leur pathologie.


Virginie RACLET (Bordeaux), Catherine VANICATTE, Vincent MICHAUD, Caroline DEILLER, Audrey MELEU, Aurélien TRIMOUILLE, Perrine PENNAMEN, Cyril GOIZET, Marine LEGENDRE, Julien VAN-GILS, Sophie NAUDION, Laetitia GASTON, Eulalie LASSEAUX, Didier LACOMBE, Benoit ARVEILER, Patricia FERGELOT
00:00 - 00:00 #13323 - P104 Anomalie fonctionnelle de UBA5 dans un cas d'encéphalopathie myoclonique précoce.
P104 Anomalie fonctionnelle de UBA5 dans un cas d'encéphalopathie myoclonique précoce.

Récemment, des variations pathogéniques récessives du gène UBA5 ont été décrites chez 13 individus présentant une encéphalopathie épileptique précoce (Muona et al. 2016, Colin et al. 2016, Arnadottir et al. 2017). Il s’agit toujours de l’association en trans de la variation faux-sens p.Ala371Thr (hypomorphe) et d’une variation de type perte de fonction. Le gène UBA5 code pour une enzyme activatrice qui intervient dans la modification post-traductionnelle des protéines appelée « ufmylation ».

Nous avons assemblé une cohorte de 77 patients avec une encéphalopathie épileptique précoce associée à un profil EEG de type « burst-suppression ». Le séquençage d'exome en trio pour une de ces familles a révélé un variant faux-sens homozygote p.Tyr53Phe dans le gène UBA5 chez un patient ayant présenté un tableau très sévère d’encéphalopathie myoclonique précoce. Il s’agit d’un enfant issu de parents cousins germain. La grossesse s’est déroulée normalement. Le patient est né à terme avec des paramètres de naissance dans la norme (PC au 25e percentile). D’emblée, une mauvaise adaptation néonatale (score d’Apgar à 8 à la cinquième minute de vie) et une hypotonie globale sévère ont été observés. Les premières manifestations épileptiques ont débuté à la troisième heure de vie par des mouvements cloniques des membres supérieurs et de la mâchoire. Le patient a été transféré en réanimation néonatale pour prise en charge d’un état de mal convulsif résistant aux traitements antiépileptiques. Les enregistrements EEG ont permis d’observer un tracé très pauvre et discontinu, de type « burst-suppression ». Certaines bouffées d'activité étaient accompagnées de myoclonies parcellaires ou massives. Le bilan métabolique et l’IRM cérébrale n'ont pas mis en évidence d’anomalie spécifique. Le patient est décédé à 16 jours de vie.

Selon les critères du Collège Américain de Génétique Médicale et de Génomique (Richards et al. 2015), le variant p.Tyr53Phe est classé comme de signification inconnue. Nous avons décidé d’étudier les conséquences fonctionnelles de ce variant sur la protéine UBA5. Nous mettons en évidence une réduction de plus de 90% de l’activité enzymatique in vitro. L’impact fonctionnel est beaucoup plus marqué que celui observé pour les variants faux-sens p.Ala371Thr et p.Met57Val précédemment étudiés. L’importance de l’atteinte fonctionnelle peut être corrélée à la sévérité du phénotype clinique. Nous décrivons le premier variant faux-sens homozygote du gène UBA5 à l’origine d’un phénotype très sévère d’encéphalopathie myoclonique précoce avec « burst-suppression ». Des études approfondies de la voie de l’ufmylation sont nécessaires pour permettre de comprendre comment cette variation pathogène dans le gène UBA5 est à l’origine d’une épilepsie aussi sévère.


Cécile RAVIX (MARSEILLE), Charlotte Sophia KAISER, Mathieu MILH, Florence RICCARDI, Pierre CACCIAGLI, Tiffany BUSA, Majdi NAGARA, Eva LIEBAU, Laurent VILLARD
00:00 - 00:00 #13330 - P105 Diagnostic génétique des encephalopathies épileptiques : l’apport du séquençage à hait débit.
P105 Diagnostic génétique des encephalopathies épileptiques : l’apport du séquençage à hait débit.

Introduction : Les encéphalopathies épileptiques (EE) constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes, où l’activité épileptique (répétition des crises épileptiques et/ou anomalies électro-encéphalographiques) est responsable d’une atteinte cognitive, sensorielle et motrice (Berg et al., 2010). L’identification des bases génétiques et physiopathologiques des EE a significativement évolué lors des dernières années grâce à d’introduction du séquençage à haut débit. Nous avons transféré cette stratégie au laboratoire de diagnostic.
Méthodes : Un panel de séquençage à haut débit ciblé de 151 gènes impliqués dans les épilepsies de l’enfant a été appliqué à 162 patients (82 filles, 80 garçons) atteints de syndromes épileptiques classifiés chez 61% des patients et d’épilepsies non classifiées chez 39%. L’âge moyen au début des crises était de 9 mois (range :1 jour-7 ans). Des malformations cérébrales, des causes acquises et des maladies métaboliques ont été exclues chez tous les patients étudiés.
Résultats : Nous avons identifié des variants pathogènes/probablement pathogènes chez 60/162 patients (37%) avec une majorité de variants de novo. La technique de NGS ciblé a permis la détection de délétions et duplications exoniques, ainsi que l’identification d’un variant présent en mosaïque à taux faible (8%) et d’un variant qui n’avait pas été détecté par séquençage Sanger. Les phénotypes électro-cliniques pour lesquels le rendement diagnostique  est le plus élevé sont l’épilepsie avec crises focales migrantes du nourrisson, les EE néonatales avec « suppression-bursts » et les EE néonatales non classifiées avec des variants causales identifiés respectivement chez 83%, 57% et 48% des patients.
Conclusions : Avec un rendement global de 37%, le NGS ciblé est une stratégie efficace pour le diagnostic moléculaire des épilepsies de l’enfant et, spécialement, des EE néonatales. Cette approche permet l’identification de délétions et duplications exoniques ainsi que de variants présents en mosaïque à taux faible. Un phénotypage électroclinique précis est indispensable afin d’identifier les groupes des patients chez lesquels le rendement diagnostique est meilleur et afin d’orienter l’analyse moléculaire selon le suspicion clinique. Le choix d'une analyse par WES ou NGS ciblé doit être envisagée dans les situations où le phénotypage est peu contributif. Chez les patients atteints d’EE, un diagnostic moléculaire peut permettre une orientation du traitement pharmacologique. Les résultats obtenus dans cette cohorte ont également permis la réalisation d’un diagnostic prénatal chez 6 familles.


Gobin STÉPHANIE, Giulia BARCIA (paris), Emilie AZOUGUENE, Nicole CHEMALY, Cécile FOURRAGE, Sylvain HANEIN, Marie HULLY, Mélodie AUBART, Laura ROUTIER, Christine BARNERIAS, Nadia BAHI-BUISSON, Isabelle DESGUERRE, Jean-Paul BONNEFONT, Anna KAMINSKA, Julie STEFFANN, Rima NABBOUT
00:00 - 00:00 #13339 - P106 Analyse d’exomes de 26 familles présentant une paraplégie spastique héréditaire ou une ataxie cérébelleuse.
P106 Analyse d’exomes de 26 familles présentant une paraplégie spastique héréditaire ou une ataxie cérébelleuse.

Les paraplégies spastiques héréditaires (PSH) et les ataxies cérébelleuses héréditaires sont des maladies neurodégénératives hétérogènes cliniquement et génétiquement, mais présentant des signes cliniques et des gènes causaux chevauchants.

Le tableau clinique des paraplégies spastiques héréditaires se caractérise par une spasticité des membres inférieurs s’aggravant progressivement avec l’apparition secondaire d’un déficit moteur. Il existe deux catégories de PSH: les formes pures limitées à l’atteinte pyramidale des membres inférieurs et les formes complexes caractérisées par la présence d’autres symptômes neurologiques ou extra neurologiques. Des mutations ont été décrites dans plus de 70 gènes, mais ne correspondant qu’à respectivement 62% et 47% des patients atteints de forme autosomique dominante et récessive.

A l’autre bout du spectre clinique, les ataxies cérébelleuses héréditaires présentent un syndrome cérébelleux associé à d’autres atteintes variables telles qu’un syndrome pyramidal ou des signes extrapyramidaux. Elles se transmettent selon tous les modes héréditaires mendéliens. Les formes dominantes les plus fréquentes sont causées par des expansions de polyglutamines dans plusieurs protéines. Viennent ensuite des expansions nucléotidiques introniques, puis des mutations classiques. Dans les formes récessives, mis à part l’expansion GAA intronique du gène FRDA, la plupart des mutations sont conventionnelles. Au total, plus de 100 gènes ou loci sont décrits, mais, chez 40% des patients, aucune mutation causale n’est identifiée.

 Afin d’identifier de nouveaux gènes responsables de ces pathologies ou de déterminer les gènes connus impliqués dans les familles de notre banque, nous avons étudié 64 patients issus de la cohorte SPATAX. Il s’agit de 24 patients atteints de PSH (10 familles), 24 patients atteints d’ataxies cérébelleuses de forme autosomique dominante (ADCA) (8 familles) et 16 patients atteints d’ataxies cérébelleuses de forme autosomique récessive (ARCA) (8 familles).

 Ces 64 patients ont été sélectionnés car ils font partie de grandes familles, dans lesquelles les principaux gènes causaux avaient été exclus, et pour certains une analyse de liaison génétique du génome entier réalisée par puce SNP était disponible. L’exome de ces patients a été séquencé et aligné à la version hg19 du génome. Après une analyse bio-informatique, les variants ont été filtrés et priorisés, puis vérifiés par séquençage Sanger chez les patients et leurs apparentés disponibles afin d’établir la ségrégation du variant.

 L’interprétation de ces données est en cours, mais à l’heure actuelle, des mutations de 8 gènes connus ont été retrouvées dans nos familles et 45 gènes candidats sont en cours d’investigation dont au moins 3 sont des mutations uniques ségregeant dans leurs familles respectives et représentent donc de nouveaux gènes causaux. Ainsi 11 des 26 familles sont expliquées à ce jour.


Claire-Sophie DAVOINE (Paris), Marie COUTELIER, Victorine WATTERLOT, Ganapathivarma SARIPELLA, David TREGOUET, Jean-François DELEUZE, Livia PARODI, Christelle TESSON, Elodie PETIT, Alexis BRICE, Alexandra DURR, Giovanni STEVANIN
00:00 - 00:00 #13344 - P107 Ataxie congénitale révélant une « KIF1Apathie ». A propos de 10 patients.
P107 Ataxie congénitale révélant une « KIF1Apathie ». A propos de 10 patients.

Le gène KIF1A code pour une Kinésine, protéine motrice impliquée dans le transport des vésicules synaptiques le long des axones. Des mutations de ce gène ont initialement été rapportées à l’origine de paraplégie spastique héréditaire (SPG30) et de neuropathie sensitive (HSAN2)  de transmission autosomique récessive. A partir de 2014, plusieurs auteurs rapportent des mutations hétérozygotes de novo de KIF1A comme responsables d’une pathologie neurodégénérative  associant retard de développement précoce puis atrophie optique, spasticité et atrophie cérébelleuse. Nous rapportons ici 10 nouveaux patients dont la présentation initiale a été une  ataxie congénitale. L’étude par NGS  chez ces patients a permis l’identification d’un variant hétérozygote de KIF1A, situé pour tous dans le domaine moteur, inconnu de la base GnomAD et prédit pathogène par plusieurs logiciels de prédiction. Pour 6 patients le variant est survenu de novo. Dans 2 familles (4 patients), le variant a été retrouvé chez l’un des parents, asymptomatique, à l’état de mosaïque. Nous décrirons le tableau clinique et radiologique de nos patients comparés à ceux de la littérature afin de préciser le spectre phénotypique  associé aux mutations de ce gène et surtout les symptômes initiaux  qui permettent de l’évoquer.


Alexandra AFENJAR (PARIS), Damien HAYE, Magalie BARTH, Thierry BILLETTE, Catherine GAREL, Fabienne GIULIANO, Agnès GUËT, Boris KEREN, Cyril MIGNOT, Gaële PITELET, Christelle ROUGEOT-JUNG, Pascal SABOURAUD, Stéphanie VALENCE, Diana RODRIGUEZ, Lydie BURGLEN
00:00 - 00:00 #13346 - P108 Des mutations du gène NARS causent à la fois une forme dominante (de novo) et récessive de déficience intellectuelle avec microcéphalie.
P108 Des mutations du gène NARS causent à la fois une forme dominante (de novo) et récessive de déficience intellectuelle avec microcéphalie.

We are using a custom gene panel (now 475 genes) for molecular diagnosis of ID and have completed analysis of 1000 patients (including our published 106 patients using a 220 genes panel, Redin et al. 2014, Piton et al. unpublished). For some patients with no convincing causal variant, we perform exome trio analysis. This has allowed identification of novel ID genes (BRPF1, Mattioli et al. 2017, NOVA2 and others, in preparation).

Using this strategy, we detected in a patient with severe ID, a de novo loss of function variant (R534X) in the NARS gene encoding a necessary enzyme for translation (asparagine tRNA synthetase). However, looking in ExAC or GnomAD databases, many LoF variants have been identified all along the NARS coding sequence, including the very close R522X found 5 times in GnomAD. NARS pLI score of 0.00 would exclude a priori involvement in a dominant by haploinsufficiency form of severe ID. The R534X variant was thus considered as likely non-pathogenic, but was nevertheless submitted to GeneMatcher. This was successful as we learned that the same de novo variant had been observed in 3 patients by D. Koolen and col. in Nijmegen. The phenotype (severe ID, microcephaly, ataxia and/or spasticity, seizures) was very consistent in the 4 patients. Furthermore we learned that A. Manole and H. Houlden had identified several recessive cases with homozygous or compound heterozygous mutations in NARS, and further recessive cases were uncovered by GeneMatcher and contacts with GeneDx and other colleagues. Currently, we are aware of 5 cases with the de novo R534X mutation, 11 cases in 4 families homozygotes for a R545C missense, indicating a founder effect, and 7 other recessive cases. Interestingly, two of the NARS missenses found in compound heterozygotes have allele frequencies in Europeans or in Ashkenazy jews that would seem to exclude them as pathogenic recessive alleles for a very rare condition. We discuss hypotheses for these peculiar features (pLI, frequent recessive alleles). Functional studies are performed by A. Manole and by H. Becker’s lab in Strasbourg.


Jean-Louis MANDEL (ILLKIRCH), David KOOLEN, Andreea MANOLE, Francesca MATTIOLI, Amelie PITON, Megan CHO, John VINCENT, Muhammad AYUB, Muhammad ANSAR
00:00 - 00:00 #13364 - P109 Rare RNF213 variants located in the c‐term region encompassing the RING domain are associated with Moyamoya in Caucasians.
P109 Rare RNF213 variants located in the c‐term region encompassing the RING domain are associated with Moyamoya in Caucasians.

Background and Aims
Moyamoya angiopathy (MMA) is in East Asian countries strongly associated with the R4810K variant
in RNF213 gene . This variant has never been detected in Caucasian patients. We aim to investigate if
rare RNF213 variants are significantly associated with Moyamoya in Caucasian patients.
Method
73 European Caucasian MMA patients and 577 controls from the French EXome project were
included. Whole exome sequencing was performed in all subjects. A principal component analysis
was performed with > 16,000 SNP to ensure that patients and controls were ethnically matched.
Association was tested using the fixed threshold collapsing method. Only functional variants with a
minor allele frequency < 0.01 were considered. The likelihood ratio (LR) statistics proposed by
Ionita‐laza et al. was used to test the presence of a region within RNF213 that would be significantly
enriched in rare coding variants
Results
We showed a significant association between rare missense RNF213 variants and MMA in Caucasian
patients (OR)=2.23, 95% confidence interval (CI)=[1.18‐4.08], p=0.01). Probands variants had
significantly higher pathogenicity scores and preferentially clustered in a c‐terminal hotspot
encompassing RNF213 RING domain (p<10‐3).This association was even stronger in childhood‐onset
and familial cases (OR=3.76, 95% CI=[1.46‐9.29], p=0.003).
Conclusion
We provided significant evidence for the role of rare, non‐R4810K, variants in the development of
MMA in Caucasian patients, especially when located in the c‐terminal part of the protein. Elucidation
of the functional consequences of these rare missense variants upon the binding of RNF213 to its so
far unknown substrates would be of major importance for the understanding of MMA mechanisms.


Stéphanie GUEY, Markus KRAEMER, Dominique HERVÉ, Thomas LUDWIG, Manoelle KOSSOROTOFF, Françoise BERGAMETTI (Paris), Jan Claudius SCHWITALLA, Simone CHOI, Lucile BROSEUS, Isabelle CALLEBAUT, Emmanuelle GENIN, Consortium FREX, Elisabeth TOURNIER-LASSERVE
00:00 - 00:00 #13365 - P110 Hétérogénéité génétique de l’épilepsie avec crises focales migrantes du nourrisson : étude d’une large cohorte Française.
P110 Hétérogénéité génétique de l’épilepsie avec crises focales migrantes du nourrisson : étude d’une large cohorte Française.

Introduction : L’épilepsie avec crises focales migrantes du nourrisson (EMFSI) est un syndrome épileptique rare caractérisé par des crises i) qui débutent dans les premiers mois de vie, ii) à départ de régions corticales différentes (« migrantes »), iii) pharmacorésistantes et iv) associées à un retard cognitif profond. Des mutations dans le gène KCNT1 sont identifiées chez environ 50% des patients atteints d’EMFSI. Plus rarement, des mutations dans les gènes SCN8A, SCN2A, SCN1A, TBCD124D, SLC25A22, SLC12A5, QARS ont été décrites.
Méthodes : Nous rapportons 27 nouveaux patients atteints d’EMFSI chez lesquels une étude par séquençage Sanger du gène KCNT1 ou par séquençage NGS ciblé a été réalisée. Nous décrivons les caractéristiques génétiques et cliniques de cette cohorte.
Résultats : Des variants pathogènes dans le gène KCNT1 ont été identifiées chez 14/27 patients (52%). La majorité des variants détéctés dans cette cohorte ont déjà été décrits dans la littérature et associées à un gain de fonction du canal KCNT1, confirmant la présence de différents « hotspots » dans ce gène.  Tous les variants identifié sont survenus de novo à exception du variant p.R398G identifié chez un patient atteint d’EMFSI, chez son père atteint d’épilepsie avec crises frontales nocturnes (ADNFLE), et chez son oncle ayant présenté une seule crise généralisée. Chez les patients pour lesquels l’analyse de KCNT1 s’est avérée négative, une étude par NGS ciblé des gènes impliqués dans les épilepsies de l’enfant a permis d’identifier des mutations dans les gènes PIGA (2 patients), SCN8A (1 patient), ALDH7A1 (1 patient).
Conclusions : Des mutations dans le gène KCNT1 sont impliquées dans la majorité des cas d’EMFSI dans cette série où nous confirmons la présence de plusieurs mutations récurrentes. Nous décrivons une expressivité variable au sein d’une même famille où plusieurs individus atteints de phénotypes différents portent la même mutation du gène KCNT1. Nous décrivons pour la première fois l’implication dans l’EMFSI des gènes PIGA, préalablement associé aux l’encéphalopathies épileptiques avec « suppression-burst », et ALDH7A1, associé au épilepsies pyridoxine-dépendantes.


Giulia BARCIA (paris), Mathieu KUCHENBUCH, Nicole CHEMALY, Gobin STÉPHANIE, Marie HULLY, Laetitia LAMBERT, Viorica CIORNA, Jean-Paul BONNEFONT, Anna KAMINSKA, Stephane AUVIN, Matthieu MILH, Rima NABBOUT
00:00 - 00:00 #13367 - P111 Identification d’une mutation régulatrice du gène GDNF dans une neuropathie sensitive chez le chien et recherche de variants chez l’Homme.
P111 Identification d’une mutation régulatrice du gène GDNF dans une neuropathie sensitive chez le chien et recherche de variants chez l’Homme.

Chez l’Homme, il existe de nombreuses formes de neuropathies sensitives, associées ou non à une perte de sensibilité à la douleur et accompagnées parfois d’automutilation. Bien qu’à ce jour 13 gènes aient déjà été impliqués dans cette maladie, ils n’expliquent pas les causes génétiques de l’ensemble des patients. Des neuropathies similaires existent chez le chien où plusieurs races sont prédisposées à certaines formes. Cette prédisposition génétique est due à la consanguinité et à l’utilisation massive de chiens champions pour la reproduction. Une neuropathie a été décrite chez le chien de chasse, les signes cliniques se traduisant par une insensibilité à la douleur observée uniquement au niveau des pattes et accompagnée la plupart du temps de mutilations. L’étude de pedigrees a permis d’identifier un mode de transmission autosomique récessif. Des prélèvements sanguins de chiens de chasse indemnes et atteints ont été collectés par la biobanque cani-DNA (dog-genetics.genouest.org). Des études génétiques (GWAS et séquençage) ont permis l’identification d’un locus, puis d’une mutation 90kb en amont du gène GDNF qui code un facteur neurotrophique impliqué, entre autres, dans la survie des neurones dopaminergiques. Cette mutation régulatrice ségrège comme attendu chez 300 chiens de chasse de statut clinique connu et est absent du génome de 900 chiens d’autres races non prédisposées. Des expériences fonctionnelles ont montré que la mutation entraine une diminution du taux d’expression de GDNF dans les ganglions dorsaux et que la mutation diminue l’affinité d’un complexe régulateur pour la séquence d’ADN à laquelle il se fixe (Plassais et al., 2016). Ce gène n’ayant pas encore été impliqué dans des formes de neuropathies sensitives chez l’Homme, il s’avère un bon candidat. Grâce aux centres de références, nous avons collecté 111 ADNs de patients atteints de différentes formes de neuropathies sensitives et avons séquencé les exons de GDNF ainsi que deux régions prédites comme régulatrices, orthologues à la région régulatrice mutée chez le chien.

23 variants ont été identifiés et classés:

(i) Nouveaux variants (non répertoriés dans les bases de données humaines).

(ii) Variants rares (répertoriés dans les bases de données avec une fréquence inférieure à 1%).

Malheureusement, aucun nouveau variant n’a été mis en évidence dans les parties codantes du gène. Cependant, 6 nouveaux variants ont été identifiés dans les UTR et les régions régulatrices en amont de GDNF et 17 variants rares ont aussi été répertoriés. Tous ces variants sont en cours d’analyse. En conclusion, le modèle chien a permis d’identifier un nouveau gène pour les neuropathies sensitives canines et potentiellement humaines. Ce gène sera inclus dans les futurs panels de diagnostic des neuropathies humaines.

 

Plassais et al. 2016. A point mutation in a lincRNA upstream of GDNF is associated to a canine insensitivity to pain: a spontaneous model for human sensory neuropathies. Plos Genetics 2016 


Solenne CORREARD (Rennes), Jocelyn PLASSAIS, Laëtitia LAGOUTTE, Manon PARADIS, Nadine BOTHEREL, Benoit HEDAN, Eric GUAGUÈRE, Ines MADEMAN, Agnes MEREAU, Anne-Sophie LIA, Christophe HITTE, Nathalie BONELLO-PALOT, Pascale QUIGNON, Sylvie ODENT, Yline CAPRI, Julien CASSEREAU, Vincent TIMMERMAN, Valerie DELAGUE, Emmanuelle BOURRAT, Dominique BONNEAU, Jean-Michel VALLAT, Eric LEGUERN, Thomas DERRIEN, Catherine ANDRÉ
00:00 - 00:00 #13370 - P112 Description phénotypique du syndrome de duplication du gène MECP2 chez 59 patients français : focus sur les caractéristiques morphologiques et neurologiques.
P112 Description phénotypique du syndrome de duplication du gène MECP2 chez 59 patients français : focus sur les caractéristiques morphologiques et neurologiques.

 

Le syndrome de duplication de la région Xq28 impliquant le gène MECP2 (dupMECP2) a été essentiellement décrit chez des patients de sexe masculin souffrant d'une déficience intellectuelle (DI) sévère associée à une épilepsie, des mouvements stéréotypés et des infections récurrentes. Jusqu’à aujourd’hui peu de grandes séries ont été publiées sur le sujet. Le travail présenté résulte d’une étude collaborative nationale ayant permis de colliger les données biologiques d’une série française de 86 patients (garçons) porteurs d’un syndrome de dupMECP2 (duplications interstitielles) ainsi que les données cliniques de 59 d’entre eux, dans le but de mieux décrire l’histoire naturelle et le phénotype de cette affection rare, avec un focus sur les caractéristiques morphologiques et neurologiques. Nous avons constaté que les patients partageaient des éléments de dysmorphie faciale similaires et évoluant avec l’âge, incluant une hypoplasie médiofaciale, une arête nasale fine et proéminente, une bouche petite, ouverte à la lèvre inférieure épaisse, une persistance des dents lactéales, des oreilles larges et des cheveux épais. Nous décrivons également plusieurs signes morphologiques peu rapportés à ce jour, telles qu’un livedo des membres, des mains aux doigts effilés et des pieds petits avec de fréquents troubles vaso-moteurs. Un retard de développement était constant avec une marche non-acquise chez 21% des patients. Chez les patients ayant acquis la marche, la spasticité et l’hypotonie menaient à un habitus particulier avec flexion des genoux et du tronc et élargissement du polygone de sustentation conduisant à une démarche pseudo-ataxique qui, en association avec les troubles vasomoteurs, la constipation chronique (78%) et la diminution de la sensibilité à la douleur (78%), pourrait faire évoquer l’existence d’une anomalie de développement des voies nociceptives et proprioceptives chez ces patients. Une scoliose était fréquente (53%), tout comme un strabisme divergent (76%) et une hypermétropie (54%), des mouvements stéréotypés (89%), sans retrait social évident, et une épilepsie (59%), souvent pharmaco-résistante (62%), avec un âge moyen de début de 7,4 ans. Seuls 35% prononçaient quelques mots. D'autres problèmes médicaux étaient fréquents tels que des infections récurrentes (89%), principalement pulmonaires. Par ailleurs, une hypertension artérielle pulmonaire était présente chez plusieurs patients, responsable de décès précoces, nous faisant préconiser son dépistage dès les premiers mois de vie, puis régulièrement. Nous ne sommes pas parvenus à identifier de corrélation génotype-phénotype, notamment entre la taille des duplications et le degré de sévérité de la DI ou de l’épilepsie. Des recherches restent à approfondir dans ce sens afin de mieux comprendre la physiopathologie de cette affection sévère et d’aider à la mise en évidence de futures pistes thérapeutiques.


Marguerite MIGUET (Mulhouse), Laurence FAIVRE, Jeanne AMIEL, Mathilde NIZON, Renaud TOURAINE, Fabienne PRIEUR, Laurent PASQUIER, Mathilde LEFEBVRE, Julien THEVENON, Christèle DUBOURG, Sophie JULIA, Catherine SARRET, Ganaelle REMERAND, Christine FRANCANNET, Fanny LAFFARGUE, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Albert DAVID, Bertrand ISIDOR, Jacqueline VIGNERON, Bruno LEHEUP, Laetitia LAMBERT, Christophe PHILIPPE, Mylène BERI-DEXHEIMER, Jean Marie CUISSET, Joris ANDRIEUX, Ghislaine PLESSIS, Annick TOUTAIN, Laurent GUIBAUD, Valérie CORMIER-DAIRE, Marlène RIO, Jean Paul BONNEFONT, Bernard ECHENNE, Hubert JOURNEL, Lydie BURGLEN, Sandrine CHANTOT-BASTARAUD, Thierry BIENVENU, Clarisse BAUMANN, Laurence PERRIN, Séverine DRUNAT, Pierre Simon JOUK, Klaus DIETERICH, Francoise DEVILLARD, Didier LACOMBE, Nicole PHILIP, Sabine SIGAUDY, Anne MONCLA, Chantal MISSIRIAN, Catherine BADENS, Nathalie PERRETON, Christel THAUVIN-ROBINET, Réseau D’Analyse Chromosomique Sur Puces À Adn RÉSEAU ACHRO-PUCE, Jean Michel PEDESPAN, Caroline ROORYCK, Cyril GOIZET, Catherine VINCENT-DELORME, Bénédicte DUBAN-BEDU, Nadia BAHI-BUISSON, Alexandra AFENJAR, Kim MAINCENT, Delphine HERON, Jean Luc ALESSANDRI, Dominique MARTIN COIGNARD, Gaetan LESCA, Massimiliano ROSSI, Martine RAYNAUD, Patrick CALLIER, Anne Laure MOSCA-BOIDRON, Nathalie MARLE, Charles COUTTON, Véronique SATRE, Cédric LE CAIGNEC, Valérie MALAN, Serge ROMANA, Boris KEREN, Anne Claude TABET, Valérie KREMER, Sophie SCHEIDECKER, Adeline VIGOUROUX, Marilyn LACKMY-PORT-LIS, Damien SANLAVILLE, Marianne TILL, Maryline CARNEIRO, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Marjolaine WILLEMS, Hilde VAN ESCH, Vincent DES PORTES, Salima EL CHEHADEH
00:00 - 00:00 #13372 - P113 Encéphalopathie due au déficit en GM3 synthase (gène ST3GAL5) chez 8 nouveaux patients et description d’un effet fondateur à La Réunion.
P113 Encéphalopathie due au déficit en GM3 synthase (gène ST3GAL5) chez 8 nouveaux patients et description d’un effet fondateur à La Réunion.

Les mutations récessives du gène ST3GAL5 sont responsables d’un déficit en GM3 synthase se manifestant par une encéphalopathie syndromique rare (MIM 609056) qui n’a été décrite que dans 4 pedigrees avec un effet fondateur pour la mutation homozygote c.694C > T, p.Arg288* dans la population Amish.

Nous rapportons 8 nouveaux patients issus de 5 familles différentes, porteurs d’une mutation homozygote ou de mutations hétérozygotes composites dans le gène ST3GAL5. Les mutations ont été identifiées par séquençage d’exome (n=2), panel de gènes d’encéphalopathie épileptique ou de déficience intellectuelle (n=4) ou recherche ciblée du variant réunionnais (n=2).

Le phénotype est globalement comparable à celui qui a été rapporté sous le nom d’« encéphalopathie des Amish » et de « salt-and-pepper syndrome ». Tous les patients (n=8/8), âgés de 3 à 7 ans, présentaient une déficience intellectuelle sévère à profonde (absence de tenue assise chez 6 patients et absence de langage chez 6) et 5/8 une microcéphalie. Des mouvements anormaux (dyskinésies, chorée) étaient décrits chez 5 patients et une épilepsie chez 5.

Parmi les signes extra-neurologiques : 1) l’atteinte cutanée d’apparition tardive était rapportée chez 2 patients âgés de 5 et 6 ans, 2) une atrophie optique était présente chez 3 patients, 3) une surdité endocochléaire était documentée chez 2 patients.

Au sein de cette cohorte, 6 individus issus de 4 familles originaires de La Réunion sont porteurs de la même mutation faux-sens (c.740G > A, p.Gly247Asp), dont 5 individus à l’état homozygote, et un individu à l’état hétérozygote composite (présence d’une seconde mutation c.1063G > A, p.Glu355Lys). Cette mutation récurrente est liée à un effet fondateur à La Réunion, confirmé par la généalogie qui a permis de faire le lien entre ces 4 familles.

La pathogénicité des mutations identifiées a été confirmée par dosage du GM3 plasmatique, parfois fibroblastique, qui a permis de mettre en évidence un effondrement du GM3 chez tous les patients.


Cyril MIGNOT (Paris), Michel RENOUIL
00:00 - 00:00 #13373 - P114 Mutation du gène SMARCE1 et méningiomatose familiale avec expressivité variable.
P114 Mutation du gène SMARCE1 et méningiomatose familiale avec expressivité variable.

Les mutations germinales hétérozygotes du gène SMARCE1 ont récemment été impliquées dans les prédispositions familiales au développement des méningiomes. En effet, ce gène a été mis en évidence chez des patients présentant des méningiomes multiples à cellules claires cérébraux et spinaux, se développant principalement dans l’enfance et au début de l’âge adulte. L’analyse immunohistochimique de ces tumeurs a montré une perte d’expression de la protéine SMARCE1. Il existe une expressivité variable au niveau intra- et inter-familiale et la pénétrance est décrite incomplète avec,  dans deux familles, un apparenté adulte porteur d'un variant pathogène du gène SMARCE1 ne présentant pas de méningiome au moment de l'étude.

Nous décrivons ici une nouvelle famille dans laquelle l’expressivité est très variable. En effet, le cas index, dont l’histoire familiale n’est pas informative, a présenté de nombreux méningiomes nécessitant 15 opérations chirurgicales avant l’âge de 30 ans. L’analyse moléculaire du gène SMARCE1 réalisée à partir d’un prélèvement de sang périphérique a permis d’identifier une mutation tronquante germinale à l’état hétérozygote (c.197del, p.(pro66Glnfs*5)). Cette mutation a été retrouvée dans l’ADN tumoral extrait de deux méningiomes opérés, lombaire et intracrânien, respectivement associée soit à une perte d’hétérozygotie par isodisomie soit à une deuxième mutation tronquante en trans. L’analyse parentale a montré que cette mutation était héritée de sa mère, cliniquement asymptomatique à l’âge de 56 ans. Cette observation montre une nouvelle fois la grande variabilité d’expression clinique au sein d’une même famille dans laquelle ségrége une mutation du gène SMARCE1 et soulève la question de l’indication du diagnostic prénatal dans la ménigiomatose familiale liée au gène.


Audrey MÉLEU (Montréal, Canada), Cecile ZORDAN, Bernard GEORGE, Arnault TAUZIÈDE-ESPARIAT, Joelle COHEN, Michel VIDAUD, Béatrice PARFAIT, Cyril GOIZET
00:00 - 00:00 #13386 - P115 Identification par exome de 3 mutations ponctuelles du gène TBL1XR1 chez des patients atteints d’une déficience intellectuelle ou d’un trouble des apprentissages.
P115 Identification par exome de 3 mutations ponctuelles du gène TBL1XR1 chez des patients atteints d’une déficience intellectuelle ou d’un trouble des apprentissages.

Le syndrome de Pierpont est un syndrome rare associant une dysmorphie caractéristique, une surdité, une petite taille et un retard de développement avec déficience intellectuelle. A ce jour, seule la mutation hétérozygote c.1337A > C (p.Tyr446Cys) du gène TBL1XR1 responsable de ce syndrome a été rapportée. D’autres mutations de ce gène ont cependant  été décrites à partir de patients atteints d’une déficience intellectuelle non syndromique ou d’un trouble du spectre autistique. Nous rapportons ici le suivi de 3 patients porteurs d’une mutation de novo du gène TBL1XR1.

Le patient 1a un retard pyschomoteur, un trouble d’apprentissage scolaire, une légère dysmorphie et un syndrome de Gilles de la Tourette. La mutation de novo c.1331C > T (p.Pro444Leu) est située proche de la mutation spécifique du syndrome de pierpont, cependant le patient 1 n’a pas la dysmorphie caractéristique de ce syndrome. Par ailleurs, tous les patients atteints d’un syndrome de Pierpont ont une déficience intellectuelle. L’évaluation neuropsychologique (WISCIV) du patient 1a montré une intelligence normale.

Le patient 2 a un retard psychomoteur, une déficience intellectuelle, une épilepsie, un trouble obsessionnel et compulsif, une petite taille et une légère dysmorphie avec brachymétatarsie. Il a été mis en évidence la mutation de novo c.734A > G (p.Tyr245Cys) à l’état hétérozygote dèjà décrite par Armour et ses collaborateurs chez un patient atteint d’un phénotype semblable : spasticité progressive, petite taille, syndrome de Gilles de la Tourette,  brachymétatarsie et retard mental modéré.

Le patient 3 a une légère dysmorphie, un  retard psychomoteur avec une déficience intellectuelle légère. La mutation de novo c.205-15A > G mise en évidence chez ce patient est située proche d’un site d’épissage. Une RT-PCR est cependant nécessaire pour confirmer  un saut d’exon.

La comparaison des données cliniques de ces 3 patients aux observations de la littérature contribue à élargir le spectre phénotypique de patients porteurs d’une mutation du gène TBL1XR1.


Damien HAYE, Boris KEREN (Paris), Caroline NAVA, Alexandra AFENJAR, Isabelle MAREY, Perrine CHARLES, Aurélia JACQUETTE, Diane DOUMMAR, Cyril MIGNOT
00:00 - 00:00 #13388 - P116 Diagnostic de tubulinopathie chez 5 nouveaux patients déficients intellectuels avec IRM cérébrale non spécifique.
P116 Diagnostic de tubulinopathie chez 5 nouveaux patients déficients intellectuels avec IRM cérébrale non spécifique.

Les mutations dans les gènes de tubulines (TUBA1A, TUBB2A, TUBB2B, TUBB3, TUBB5 et TUBG1) sont responsables d’un large spectre de malformations corticales regroupées sous le terme de tubulinopathies incluant lissencéphalie, pachygyrie et polymicrogyrie. Les caractéristiques cliniques de ces patients incluent déficience intellectuelle (DI), épilepsie et microcéphalie. Le diagnostic de tubulinopahtie est évoqué en premier lieu sur l’IRM cérébrale devant des anomalies de la gyration corticale souvent associées à d’autres anomalies (agénésie du corps calleux [ACC] ou corps calleux dysplasique [CCdys], hypoplasie ou dysplasie cérébelleuse, anomalies du faisceau pyramidal).

Nous rapportons 5 patients avec DI porteurs d’une mutation pathogène dans un gène de tubuline (TUBA1A [n=2], TUBB2A [n=1], TUBB3 [n=2]). et une IRM cérébrale n’évoquant pas une tubulinopathie. Un patient avait une IRM cérébrale normale et 3 une IRM montrant des anomalies non spécifiques (de la substance blanche [n=1], ACC complète isolée [n=1), CCdys [n=1], atrophie cérébelleuse [n=1]). Les mutations ont été identifiées par séquençage d’exome (n=2), panel de gènes d’ACC (n=1) ou de déficience intellectuelle (n=1).

La patiente avec une nouvelle mutation de novo dans TUBB2A (c.533C > T, p.Thr178Met) avait les hypersignaux isolés et aspécifiques de la substance blanche et une DI modérée, une microcéphalie, une épilepsie. Seuls 3 patients porteurs d’une mutation dans TUBB2A ont été rapportés à ce jour (Cushion 2014, Rodan 2016), dont un avec un CCdys isolé.

Les deux patients avec une mutation de novo dans TUBA1A avaient : 1) un CCdys sans autre malformation cérébrale ou extra-cérébrale, associée à une DI légère, 2) une IRM normale, un retard psychomoteur et une microcéphalie. Les mutations identifiées sont : c.862G > A, p.Val288Ile chez le premier patient et c.962G > A, p.Gly321Asp chez le second. Les mutations de TUBA1A sont fréquentes dans de larges cohortes de patients avec malformation corticale (Bahi Buisson 2014). Seuls 11 patients ont été rapportés sans malformation corticale, tous avec hypoplasie ou dysplasie cérébrelleuse (Kumar 2010, De Ligt 2012, Oegema 2015).

Les 2 patients avec mutation de novo dans le gène TUBB3 étaient porteurs de la même mutation (c.785G > A; p.Arg262His) et présentaient un phénotype similaire incluant DI, paralysie faciale, neuropathie périphérique. Un montrant une atrophie cérébelleuse, tandis que l’autre présentait une ACC. Les mutations du gène TUBB3 sont responsables d’un large spectre phénotypique neurologique et extra-neurologique mais les malformations corticales ne sont pas constantes chez les patients rapportés (Tischfield 2010).

Ainsi, nous confirmons l’importance de considérer les variants dans les gènes de tubulines comme potentiellement pathogènes chez des patients avec DI et IRM cérébrales non spécifiques, y compris en l’absence de malformation corticale et nous confirmons le large spectre clinique et radiologique associé aux tubulinopathies.


Solveig HEIDE (PARIS), Cyril MIGNOT, Audrey PUTOUX, Gaetan LESCA, Christel THAUVIN, Sébastien MOUTTON, Laurence FAIVRE, Perrine CHARLES, Isabelle MAREY, Agnès RASTETTER, Christel DEPIENNE, Tania ATTIE-BITACH, Lucile BOUTAUD, Boris KEREN, Caroline NAVA, Delphine HERON
00:00 - 00:00 #13389 - P117 A propos de 3 cas de déficience intellectuelle liés au gène DYNC1H1.
P117 A propos de 3 cas de déficience intellectuelle liés au gène DYNC1H1.

La déficience intellectuelle (DI) est un groupe hétérogène de maladies sur le plan clinique et moléculaire regroupant des pathologies syndromiques ou non. A ce jour plus de 500 gènes ont été identifiés comme étant responsables d’une DI d’origine génétique. Le gène DYNC1H1 (OMIM #600112), code pour une sous-unité essentielle du complexe moteur Dynéine, et a été rapporté dans les amyotrophies spinales avec prédominance aux membres inférieurs (SMA-LED), les neuropathies sensorielles et motrices (Charcot-Marie Tooth), et des anomalies de migration neuronale. Nous rapportons ici l’observation de 3 cas atteints de DI, sans malformation corticale rapportée, avec identification d’une variation de classe 4 dans le gène DYNC1H1 : dans 2 cas, la mutation est héritée d’un parent et dans un cas, il s’agit d’une mutation de novo.

 

L’analyse des propositus adressée au laboratoire pour recherche d’une cause moléculaire pour une DI sans orientation clinique particulière, a été réalisée par séquençage haut débit sur un panel ciblé de gènes impliqués dans la déficience intellectuelle mise en place à Strasbourg (450 gènes).  

 

La première famille présente un faux-sens dans le gène DYNC1H1 (NM_001376) c.11309T > C,  p.Leu3770Pro situé dans le domaine moteur AAA5. Le propositus, âgé de 9 ans présentait une DI légère avec retard de langage associé à une épilepsie. Il présente des troubles de l’attention et du sommeil avec des terreurs nocturnes. Aucune anomalie n’a été rapportée sur son scanner cérébral. Cette mutation est présente à l’état hétérozygote chez son père, qui présente également une DI légère. Cette mutation n’est pas présente chez ses grands-parents paternels.

La deuxième famille présente un faux-sens dans DYNC1H1 (NM_001376) c.6995G > A, p.Arg2332His situé dans le domaine moteur AAA2. Le propositus âgé de 18 ans présentait une DI modérée associée à une épilepsie, l’EEG montre des pointes ondes bifrontales. Aucune anomalie n’a été rapportée à l’examen de l’IRM cérébrale. La mutation est héritée de sa mère et elle est présente à l’état mosaïque chez elle (10 %).

La troisième famille présente un faux-sens de novo c.2900A > G, p.Gln967Arg. Cette mutation, localisée dans le domaine STEM, a été retrouvée chez un garçon de 25 ans, présentant une DI moyenne, des troubles de l’attention, une épilepsie, une atrophie musculaire modérée au niveau des quadriceps et des jambiers, une neuropathie périphérique avec des mains et pieds creux. L’IRM est, elle, normale.

 

En conclusion nous rapportons trois cas de variants délétères dans le gène DYNC1H1 chez des patients présentant une DI sans anomalie du développement cortical rapporté associé à une épilepsie (réévaluation clinique en cours). Le gène DYNC1H1 semble être une cause probable de DI familiale : sur cette hypothèse, une réanalyse de 9 variants de classe 3, hérités d’un parent a priori asymptomatique, est en cours dans notre laboratoire.


Audrey SCHALK (STRASBOURG), Sarah BAER, Amélie PITON, Céline CUNY, Claire FEGER, Elsa NOURRISSON, Saméa SAMIMI, Jean MULLER, Christine FRANCANNET, Andrée DELAHAYE-DURIEZ, Jamel CHELLY, Bénédicte GÉRARD
00:00 - 00:00 #13392 - P118 Caractérisation des conséquences fonctionnelles de trois mutations de perte de fonction affectant les isoformes longues et courtes de AUTS2.
P118 Caractérisation des conséquences fonctionnelles de trois mutations de perte de fonction affectant les isoformes longues et courtes de AUTS2.

Intellectual disability (ID) is a common neurodevelopmental disorder, characterized by a high genetic heterogeneity, with more than 700 genes described to be associated with Mendelian forms of ID, among which the “AUTS2 syndrome”. Despite his name, the Autism Susceptibility candidate 2 (AUTS2) gene does not strictly correlate with autism and patients with a variable global developmental delay and ID, with or without autism and microcephaly have been reported with genomic rearrangements, intra- and inter-genic deletions. Recently, it has been discovered a shorter isoform of AUTS2 located in the highly conserved 3’region, which is expressed in the human brain and it is mainly localized in the nucleus. The location of the deletion/point mutation tends to have different effect if they affect the long isoforms only or both isoforms. However, the short isoform is not well characterized in term of transcription and translation initiation sites. It is therefore difficult to predict the potential effect of deletions/point mutations occurring in this gene. By performing RNA sequencing in human fibroblasts and neural precursors, we intended to better characterize the short AUTS2 isoform, identifying at least two novel exons. By using a targeted and whole exome sequencing strategies we have identified five loss-of-functions (LoF) variants and collected additional cases by collaboration with our molecular and clinical geneticist colleagues. Our data enlarged the characterization of ID associated to a disruption of AUTS2 by adding a total of 12 new patients, showing that mutations in AUTS2 are a relatively frequent cause of ID (3/314 in TS and 1/36 in WES) and that the phenotype can vary even in the same family.  We carried out functional studies on available patient’s fibroblasts to investigate the consequences of these mutations and showed that short and long transcripts carrying the mutations at least partially escape to NMD. Moreover, we performed RNA-sequencing to identify genes differentially expressed (DE) in patients carrying a LoF in AUTS2 vs control individuals. Around 500 DE genes were identified, with a significant enrichment of related terms such as cell cycle, mitosis, cell division, kinetochore among the down-regulated genes. We particularly observed an important reduction of the RNAs encoding centromere proteins, among which WDR62, ASM and STIL that are known to be essential for the centrosome assembly and have been reported in patients with primary microcephaly. In addition, there is also a significant decrease of transcripts encoding proteins associated with microtubules, such as kinesin and other proteins involved in the microtubules-kinetochore attachment.

Overall, our data enlarge the knowledge about the clinical symptoms associated to mutation in AUTS2 and suggest an important role of AUTS2 in the expression regulation of genes involved in centrosome and microtubule assembly.


Francesca MATTIOLI (ILLKIRCH), Elise SCHAEFER, Bertrand ISIDOR, Albert DAVID, Mathilde NIZON, Sandra MERCIER, Alexandra AFENJAR, Caroline NAVA, Boris KEREN, Estelle COLIN, Bonneau DOMINIQUE, Christiane ZWEIER, André REIS, Gilbert-Dussardier BRIGITTE, Romain COUTELLE, Bérénice DORAY, Bénédicte GERARD, Jean-Louis MANDEL, Amelie PITON
00:00 - 00:00 #13418 - P119 Identification du gène PACS2 responsable d’épilepsie infantile précoce et de déficience intellectuelle à partir d’une cohorte internationale de 13 patients porteurs d’une mutation faux-sens récurrente de novo.
P119 Identification du gène PACS2 responsable d’épilepsie infantile précoce et de déficience intellectuelle à partir d’une cohorte internationale de 13 patients porteurs d’une mutation faux-sens récurrente de novo.

L’épilepsie touche approximativement 7 enfants sur 10 000 avant l’âge de 2 ans et s’associe fréquemment à des troubles neurodéveloppementaux. Elle peut alors être secondaire à une lésion cérébrale acquise, une malformation cérébrale congénitale ou une cause génétique telle que des maladies métaboliques, des anomalies chromosomiques ou des mutations géniques. Un grand nombre de gènes responsables d’épilepsie ont déjà été identifiés, codant pour des canaux ioniques ou des protéines impliquées dans diverses voies cellulaires comme le remodelage de la chromatine, la régulation de la transcription et la régulation de mTOR. L’identification de nouveaux gènes est un enjeu crucial pour la confirmation diagnostique, le conseil génétique et parfois l’adaptation thérapeutique.

Nous avons initialement identifié par séquençage haut débit d’exome la même variation faux-sens (p.Glu209Lys) de novo du gène PACS2 chez 2 patients atteints d’épilepsie néonatale et de déficience intellectuelle (DI) modérée. Une collaboration nationale et un partage de données international a permis de collecter 11 autres patients porteurs de la même variation de novo. Les 13 patients, âgés de 16 mois à 16 ans, présentaient tous une épilepsie infantile débutant dès les 1ers jours ou les 1ères semaines de vie et un retard global de développement ou une DI. L’épilepsie était focale chez 5/12 patients ou généralisée d’emblée ou secondairement chez 7/12 patients. Les patients présentaient également des troubles du spectre autistiques ou des troubles du comportement (7/13 patients) et une dysplasie cérébelleuse (5/13 patients).

Le gène PACS2 code pour une protéine qui participe aux échanges entre le réticulum endoplasmique (RE) et la mitochondrie. PACS2 joue un rôle d’effecteur proapoptotique menant à la perméabilisation de la membrane mitochondriale et à l’activation des caspases mais est également un régulateur de l’axe SIRT1-p53-p21. Son invalidation aboutit ainsi à une dissociation du RE et une fragmentation des mitochondries ainsi qu’une perturbation de l’apoptose médiée par tBid. Les études préliminaires fonctionnelles démontrent que les protéines chaperonnes incluant les histones déacétylases SIRT1 and HDAC1 ainsi que les canaux ioniques TrpV1 interagissent préférentiellement avec la protéine PACS2 Glu209Lys plutôt qu’avec la protéine de type sauvage.

Par ailleurs, PACS2 présente une homologie de 54% avec le gène PACS1 préalablement rapporté chez des patients atteints de DI, de particularités morphologiques faciales et/ou d’épilepsie.

En conclusion, l’ensemble de ces résultats permettent de confirmer l’implication du gène PACS2 dans une forme d’épilepsie infantile précoce évoluant vers un retard global de développement et/ou une DI. 


Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Heather OLSON, Delphine HERON, Kate TATTON-BROWN, P.a. VAN DER ZWAAG, E.k. BIJLSMA, Bryan L KROCK, E. BACKER, E.j. KAMSTEEG, M. SINNEMA, M. REINDERS, D. BEARDEN, Megan CHO, Lacey SMITH, Beth SHEIDLEY, C. SKRABAN, A. NESBITT, De FRANSEN VAN DE PUTTE, C.a. RUIVENKAMP, P. RUMP, R.j. LUNSING, Lydie BURGLEN, Gaetan LESCA, Isabelle SABATIER, J. DE BELLESCIZE, David SWEETSER, Klaas J. WIERENGA, Ddd Study DECIPHERING DEVELOPMENTAL DISORDERS STUDY, Jean DONADIEU, Research Group C4RCD, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Al. BRUEL, Yannis DUFFOURD, L. THOMAS, S. LELIEVELD, H. BRUNNER, Boris KEREN, Julien THEVENON, Laurence FAIVRE, Gary THOMAS, Christel THAUVIN (DIJON)
00:00 - 00:00 #13429 - P120 Syndrome d’Hypomyeliniasation avec cataracte congénitale à propos d’un cas.
P120 Syndrome d’Hypomyeliniasation avec cataracte congénitale à propos d’un cas.

INTRODUCTION:Le Syndrome d'hypomyelinisation -cataracte congénitale est une maladie trés rare,de transmission autosomale recessive ,liée à un déficit en Hyccine qui est une proteine membranaire codée par le géne FM126A ,sur le chromosome 7p21.3-p15.3(OMIM*610531).Il se manifeste par une cataracte congénitale ,un développement psychomoteur normal la premiére année de vie,des manifestations neurologiques telles que une ataxie ,une spasticité ,un retard mental moderé et une neuropathie péripherique associés à une hypomyelinisation diffuse du systeme nerveux centrale.

OBSERVATION:Enfant Algerien ,agé de 3 ans ,issu d'un mariage consanguin qui présente une catracte congénitale bilatérale ,un retard du développement psychomoteur ,une tétraparesie  spastique et une macrocranie ,une hypomyelinisation diffuse de la substance blanche sus tentorielle  à l'IRM cérébrale ,et une neuropathie péripherique à l'ENMG .L'analyse génétique a objectivé une mutation homozygote c.414+1 G > T de l,exon 5 du géne FM126A.Cette mutation a été déjà rapportée chez le premier patient scicilien.

DISCUSSION:La présence de la triade :cataracte congénitale ,neuropathie péripherique ,et hypomyelinisation de la substance blanche centrale a permis d'évoquer le diagnostique .Cette association nous a inciter à réaliser l'étude génétique du géne FM126A .

La présence d'une macrocranie (+ 4DS) chez notre patient n'a pas été rapporté dans la litteratue ce qui peut nous amener à considérer la macrocranie comme un nouveau symptome dans ce syndrome trés rare .

Conclusion:Le syndrome d'Hypomyelinisation-cataracte congénitale est une maladie trés rare .sa particularité clinique et radiologique permet d'évoquer le diagnostique et d'orienter l'analyse génétique .


Saadia LOUGANI, Lamine MOUSSA, Farida FERRAT, Amina BENHADADDI, Hassina HADJOU, Abdelkrim SAADI, Siham HELLAL (Alger, Algérie), Elisabetta GAZERRO, Wahiba AMER EL KHEDOUD, Myriem ABADA-BENDIB
00:00 - 00:00 #13445 - P121 Etude génétique d’une cohorte française de patients atteints de Sclérose Latérale Amyotrophique Sporadique.
P121 Etude génétique d’une cohorte française de patients atteints de Sclérose Latérale Amyotrophique Sporadique.

INTRODUCTION. La Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative de l’adulte caractérisée par la mort progressive des neurones moteurs. 5 à 10% des cas de SLA sont familiaux (SLAF), et l’étude de ces familles a conduit à l’implication de plus d’une trentaine de gènes. La part génétique dans l’étiologie des formes sporadiques de SLA (SLAS) reste à préciser.

OBJECTIFS. Notre objectif était d’étudier 31 gènes identifiés dans la SLAF dans une population de 650 patients français atteints de SLAS. Les diagnostics ont été réalisés dans de plusieurs Centres SLA membres du réseau FILSLAN (Filière de Santé Maladies Rares Sclérose Latérale Amyotrophique et Maladies du motoneurone).

METHODES. L’Expansion de répétitions d’hexanucléotides (HRE) dans le gène C9ORF72 a été étudiée par PCR-repeat/Genescan. Les 30 autres gènes de la SLA ont été analysés par séquençage Sanger (3130xl Applied) et Séquençage haut débit (NGS, MiSeq Illumina).  Une approche par capture a été utilisée pour le NGS. Les librairies générées, par capture des exons et régions de jonction exon-intron (panel à façon Haloplex, Agilent), ont été qualifiées et quantifiées, séquencées sur MiSeq et analysées par un pipeline informatique développées à Tours (INSERM U930-Centre SLA du CHRU de Tours).

RESULTATS. La cohorte de patients SLAS était constituée à 56% d’hommes et 44% de femmes. L’âge moyen d’apparition des premiers symptômes était de 59 ans. L’étude génétique de cette cohorte a mis en évidence la présence d’une 15aine de mutations hétérozygotes dans plusieurs gènes. Le gène C9ORF72 était muté chez 4,5% des patients ; 20 % d’entre eux rapportaient la présence de troubles comportementaux (démence fronto-temporale, Alzheimer) dans leurs familles. Les gènes SOD1 (1,2%), TARDBP (0,8%) et FUS (0,5%) étaient les autres gènes les plus fréquemment mutés. Plusieurs variations de séquence de fréquences alléliques inférieure à 1% (bases 1000 genomes et ExAC) ont aussi été observées. Leur pathogénicité est en cours d’analyse. De nouvelles mutations non décrites à ce jour ont été identifiée, comme par exemple la mutation p.Y526C du gène FUS chez une femme de 25 ans. Cette mutation dans le dernier codon de la séquence codante était associée à une SLA à début bulbaire et à évolution rapide (Corcia et al., 2017). Nous avons par ailleurs observé chez des patients plusieurs variations de séquence, certains suggérant un mécanisme bi-génique.

DISCUSSION-CONCLUSION. Les diagnostics moléculaires de la SLA portent majoritairement sur l’étude des cas familiaux. Nous nous sommes intéressés aux formes sporadiques de la maladie. Les informations rapportées ici (fréquences de mutations, etc) dans la SLAS sont importantes dans le cadre des réflexions au sein de la filière de soin FILSLAN. Nous avons par ailleurs décrit de nouvelles mutations, certaines intéressantes pour des études structure-fonction, et avons montré l’intérêt croissant du NGS dans le diagnostic moléculaire de la SLA.


Sylviane MAROUILLAT (TOURS), Céline BRULARD, Catherine ANTAR, Rose-Anne THÉPAULT, Cindy MAUREL, Hélène BLASCO, Stéphane BELTRAN, Philippe COURATIER, Christian ANDRES, Philippe CORCIA, Patrick VOURC'H
00:00 - 00:00 #13447 - P122 Hétérogénéité clinique et génétique chez des patients tunisiens atteints de cockayne syndrome: à propos de 7 cas.
P122 Hétérogénéité clinique et génétique chez des patients tunisiens atteints de cockayne syndrome: à propos de 7 cas.

Le syndrome de Cockayne (CS) est une maladie rare, autosomique récessive, caractérisée par un vieillissement prématuré. Le patient CS présente une microcéphalie, un retard de croissance, des atteintes neurologiques et musculaires et une hypersensibilité aux UVs. L'espérance de vie des patients CS est estimée à 12 ans. Depuis sa découverte, le CS est classé comme maladie de réparation de l’ADN étant donné que les mutations identifiées, sont dans les gènes CSA (ERCC8)  et CSB (ERCC6) du système NER. Cependant, des mutations dans ces gènes ont été identifiées aussi chez des patients atteints du UVSS (UV-sensitive syndrome). Il s’agit d’une maladie de réparation de l’ADN qui ne prédispose à aucune atteinte neuro-dégénérative. En Tunisie, le CS est sous-diagnostiqué, vu l’absence de centre de référence pour le diagnostic de la maladie.

Dans ce travail, nous avons fait une investigation clinique et génétique pour des patients atypiques chez qui on suspecte la maladie de CS.

Une collecte de données cliniques et de matériel biologique a été faite après l’obtention d’un consentement éclairé chez 7 patients issus de 5 familles tunisiennes. L’investigation génétique a été faite en collaboration avec le laboratoire de diagnostic génétique du CHU de Strasbourg.

Cette étude décrit 7 cas issus de 5 familles différentes. Il s’agit de la plus grande cohorte décrivant une hétérogénéité clinique qui s’est confirmé par l’analyse génétique. En effet, chez 5 patients ayant le même tableau clinique, une mutation dans le gène ERCC8 de l’exon7 c.598_600 delins AA (p. Tyr200LysfsX12) a été trouvée. Cette mutation engendre un décalage du cadre de lecture conduisant à l'émergence d'un codon stop. Cette mutation a été précédemment rapportée chez quelques patients Tunisiens et Libyens par l’équipe de Vincent Laugel. Par ailleurs, l'un de ces patients provient d'un mariage non consanguin avec des ancêtres parentaux d’origine algérienne ce qui confirme que cette mutation est spécifique à la population Nord Africaine avec un effet fondateur. Quant aux patients ne présentant pas la mutation récurrente (une fratrie), ils présentaient des signes cliniques plus sévères que les autres CS, mais sans photosensibilité aux UVs. Un séquençage ciblé a été fait. Une nouvelle mutation a été trouvée touchant le site d’épissage au niveau du gène ERCC8 c.843+1G > C. Cette mutation engendre l’abolition du site consensus d’épissage au niveau de l’intron9 ce qui induit la délétion complète de l’exon9. D’autres tests sont en cours pour confirmer l’effet de la mutation.

Cette étude confirme l’intérêt d’utiliser le séquençage ciblé pour le diagnostic de maladies rares. De plus, on montre qu’il y a une mutation récurrente spécifique à la population Nord Africaine, et qu’il semble y avoir un mécanisme distinct du système de réparation de l’ADN, qui serait en cause de la maladie de CS et responsable du processus de vieillissement. 


Asma CHIKHAOUI, Ichraf KRAWA, Sami BOUCHOUCHA, Nadège CALMELS, Sonia ABDELHAK, Ilhem TURKI, Houda YACOUB-YOUSSEF (tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13453 - P123 Encéphalopathie épileptique liée aux mutations de BRAT1: sept nouveaux patients.
P123 Encéphalopathie épileptique liée aux mutations de BRAT1: sept nouveaux patients.

L’encéphalopathie épileptique décrite en 2012 par Puffenberger  dans la communauté Amish est caractérisée par une rigidité sévère, une épilepsie multifocale et un décès précoce. Il s’agit d’une affection récessive autosomique liée aux mutations de BRAT1 (BRCA-associated ATM activator 1 gene ; MIM*614506),  Elle a été confirmée chez 25 autres patients depuis. 16 mutations faux-sens et non-sens ont été rapportées à ce jour, en homozygotie ou en hétérozygotie composite, déterminant troncation de la protéine ou faux-sens. De manière intéressante, les patients dont la survie est prolongée jusqu’ à l’âge de 10 ans sont hétérozygotes composites pour deux mutations faux-sens. Nous rapportons ici 7 observations supplémentaires correspondant à deux familles  multiplex originaires d’Afrique du nord et deux cas de survenue sporadique. L’hypertonie alterne avec une  hypotonie.  Le tableau neurologique est très sévère, souvent létal et l’épilepsie reste résistante aux traitements. L’IRM cérébrale  peut retrouver un défaut de myélinisation, une atrophie progressive et un corps calleux fin mais reste cependant normale dans plusieurs cas. Chez un de nos patients, une hypoplasie vermienne est observée. La neuropathologie pour l’un d’entre eux indique la disparition de la couche des cellules granulaires du cervelet. Les origines géographiques, l’âge de décès et les bases moléculaires sont les suivants [hg19] :

 

- deux frères d’origine algérienne, issus d’un couple consanguin, décédés à 3 et 6 semaines de vie: homozygotie c.2068G > T(p.Glu690*).

- deux frères et une sœur d’origine germanique issus de parents non apparentés, décédés à 3 et 4 mois de vie: hétérozygotie composite c.228insA(p.Leu77Thrfs*114) et c.638insA(p.Val214Glyfs*189).

- une patiente française  décédée à 14 mois: hétérozygotie  composite c.458A > C(p.Gln153Pro) et c.294dupA(p.Leu99fs).

- une patiente française  décédée à 1 mois: hétérozygotie composite c.294dupA(p.Leu99fs) et c.2125_2128del(p.Phe709fs).

Le tableau clinique de ces patients est remarquablement similaire : encéphalopathie néonatale,  myoclonies associées à des crises convulsives multifocales pharmaco-résistantes, hypertonie globale et décès précoce. L’EEG retrouve un aspect de suppression-burst. Une microcéphalie est parfois associée. Une dysplasie corticale est observée à l’autopsie chez une patiente. L’imagerie cérébrale est tantôt normale, tantôt indique atrophie corticale ou gracilité calleuse. Il s’agit certainement d’un des premiers diagnostics à évoquer en cas d’encéphalopathie épileptique néonatale sévère avec rigidité.


Juliette PIARD (BESANCON), Deborah MORRIS-ROSENDAHL, Audrey PUTOUX, Geoffroy DELPLANCQ, Christelle CABROL, Joanna BELLEVILLE-GOFFENEY, Laurent PASQUIER, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Bernd WOLLNIK, Gökhan YIGIT, Beate ALBRECHT, Gaetan LESCA, Laurent VILLARD, Patrick EDERY, Damien SANLAVILLE, Nathalie STREICHENBERGER, Cécilia ALTUZARRA, Kerstin KUTSCHE, Frederike Leonie HARMS, Lionel VAN MALDERGEM
00:00 - 00:00 #13454 - P124 Étude HUGODIMS : identification des causes moléculaires de déficiences intellectuelles par séquençage d’exomes en trio.
P124 Étude HUGODIMS : identification des causes moléculaires de déficiences intellectuelles par séquençage d’exomes en trio.

Contexte – La déficience intellectuelle (DI) modérée ou sévère, touchant environ un enfant sur 250, correspond à un ensemble hétérogène de maladies monogéniques rares. Les techniques chromosomiques et moléculaires traditionnelles ne permettent d’établir un diagnostic étiologique que dans 40 % des cas environ. La DI sévère peut être expliquée dans 60 % des cas par la survenue de mutations de novo dans les régions codantes. L’étude HUGODIMS avait pour objectif d’identifier les causes moléculaires de DI modérées ou sévères chez 75 patients par séquençage de l’exome en trio (enfants / parents).

Méthodologie – Des patients présentant une DI modérée ou sévère, isolée ou syndromique inexpliquée, sans antécédents familiaux, ont été inclus par les généticiens du centre de référence du CLAD Ouest. Après avoir écarté le syndrome de l’X fragile et en l’absence d’anomalie révélée par hybridation génomique comparative, les exomes de 75 trios ont été séquencés. Les variants candidats retenus ont été confrontés à l’expertise clinico-biologique des généticiens du CLAD Ouest.

Conclusions – L’analyse des mutations ponctuelles, des petites indels et des CNV a conduit à un diagnostic de certitude dans 30 % des cas. Si l’on considère l’ensemble des variants candidats, un diagnostic moléculaire a été établi chez plus de 50 % des patients et de nouveaux gènes de DI ont été identifiés chez près de 20 % des patients, dont certains sont déjà publiés (CHAMP1, PSMD12, GNB1, TRIP12, CAMK2A, CAMK2B). Nos résultats confirment l’efficacité du séquençage exomique par trio chez des patients atteints de DI modérée ou sévère. Ils soulignent l’importance du dialogue entre cliniciens et biologistes lors de l’analyse des variants pour l’établissement d’un diagnostic étiologique, pour la compréhension génétique et moléculaire des mécanismes des DI et pour l’identification de nouveaux gènes et voies moléculaires impliqués dans la DI.

Le projet se poursuit par le séquençage en trio de 75 nouveaux exomes et de 20 génomes de patients négatifs issus d’HUGODIMS.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Sébastien KÜRY, Benjamin COGNÉ, Alban ZIEGLER, Sébastien SCHMITT, Xenia LATYPOVA, Christian DINA, Audrey DONNART, Pierre LINDENBAUM, Éric CHARPENTIER, Bertrand ISIDOR, Laurent PASQUIER, Sandra MERCIER, Claude FEREC, Philippe PARENT, Frédéric BILAN, Estelle COLIN, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sylvie ODENT, Annick TOUTAIN, Richard REDON, Dominique BONNEAU, Stéphane BÉZIEAU
00:00 - 00:00 #13458 - P125 Case report: premier cas de rétraction en mosaïque d’un allèle prémuté sans mutation complète dans le gène FMR1 chez un fœtus masculin.
P125 Case report: premier cas de rétraction en mosaïque d’un allèle prémuté sans mutation complète dans le gène FMR1 chez un fœtus masculin.

Le syndrome de l’X fragile (FXS) associe une déficience intellectuelle légère à sévère à des troubles du comportement et à des signes physiques caractéristiques. C’est une maladie génétique liée à l’X par amplification de triplets. Elle est due à l’inhibition de la transcription du gène FMR1 (Xq27.3), causée par l’expansion de la répétition de triplets CGG dans sa région 5' non traduite.

On distingue 4 classes d’allèles en fonction du nombre de répétitions CGG au locus FMR1. Les allèles normaux ( < 45 CGG) sont stables lors de la transmission. Les allèles intermédiaires, ou allèles de la zone grise (GZ), (45 à 54 CGG) ne sont pas associés à la maladie de l’X fragile, mais sont parfois sujets à une faible instabilité et peuvent conduire à un allèle de taille supérieure lors de la transmission. Les prémutations (PM) (55 à 200 CGG) sont instables et peuvent subir une expansion pendant la transmission maternelle, conduisant à une mutation complète (FM) sur le chromosome X de la génération suivante, avec plus de 200 CGG.

Les mosaïques de taille dans le FXS sont présentes chez environ 15 % à 40 % des patients avec, le plus souvent, une FM associée à une PM, conduisant à des phénotypes qui peuvent être plus modérés.

Bien que l’instabilité de la répétition de trinucléotides entraîne presque toujours une expansion du nombre de CGG lors d’une transmission maternelle, une rétraction de l’allèle peut survenir lors de la transmission à la génération suivante, par exemple par le passage d’une PM chez un individu à un GZ chez sa descendance. Les rétractions de répétitions CGG surviendraient dans moins de 1 % des cas.

Des cas de FXS associant mosaïque et rétraction ont déjà été décrits. Il s’agit de FM, issues d’amplification de PM chez les ascendants, associées en mosaïque à des rétractions en GZ ou en allèle normal.

Nous souhaitons décrire le premier cas à notre connaissance de mosaïque avec rétraction sans amplification associée, avec rétraction d’une prémutation en allèle intermédiaire et conservation de la prémutation dans le gène FMR1, soit un génotype PM/GZ en mosaïque. Il s’agit d’un fœtus masculin, ayant bénéficié d’un dépistage prénatal en raison de la présence d’une PM chez sa mère. Nous discuterons également les mécanismes possibles de cet événement.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Virginie ROTH, Gauthier GIORDANO, Sandrine PÉRÉ, Frédéric WEBER, Philippe JONVEAUX
00:00 - 00:00 #13459 - P126 Mutation de novo du gène TUBB responsable d’une lissencéphalie et de plis cutanés circonférentiels : une nouvelle entité dans le spectre des tubulinopathies.
P126 Mutation de novo du gène TUBB responsable d’une lissencéphalie et de plis cutanés circonférentiels : une nouvelle entité dans le spectre des tubulinopathies.

Les mutations des gènes codant pour les tubulines définissent un groupe de conditions caractérisées essentiellement par des malformations cérébrales rarement associées à des traits dysmorphiques. Le spectre phénotypique associé aux tubulinopathies reste incomplètement défini. Des mutations du gène TUBB ont, en effet,récemment été décrites chez 6 enfants présentant une maladie rare caractérisée par des plis cutanés circonférentiels congénitaux décrits sous le nom de "Bébés Michelin" associés à une dysmorphie faciale avec microcéphalie, déficience intellectuelle et inconstantes anomalies calleuses.

Nous rapportons un foetus chez lequel a été réalisée une interruption médicale de grossesse à 28 semaines, après identification échographique, puis par IRM prénatale, d'une microcéphalie précoce avec agénésie calleuse et hypoplasie cérébelleuse. Le caryotype était normal et un séquençage de l'exome du foetus et de ses parents a été réalisé.

L'examen post-mortem de ce foetus de sexe masculin révélait une dysmorphie faciale majeure avec microcéphalie ainsi que la présence de plis cutanés circonférentiels du cou, du dos et des membres supérieurs. L'étude neuropathologique confirmait les anomalies cérébrales identifiées en imagerie prénatale et montrait un aspect dysmorphique des noyaux gris centraux. L'éude histologique révélait, en outre, une cytoarchitecture anormale du néocortex avec présence de structures glomérulaires, des hippocampes malformés, des hétérotopies neuronales et un développement anormal des olives bulbaires et noyaux dentelés du cervelet suggérant un trouble de la migration neuronale. Des anomalies du tractus corticospinal associées à l'agénésie calleuse suggéraient une anomalie de la guidance axonale. Enfin, les zones germinales montraient un volume anormalement élevé, très inhabituel dans ce contexte de microlissencéphalie. L'association de ces éléments, particulièrement la présence de structures glomérulaires et de volumineuses zones germinales était très évocatrice d'une tubulinopathie. Le séquençage de l'exome a révélé la présence d'une mutation de novo dans le gène TUBB (NM_001293212;c.C920T:p.P307L). Cette mutation n'a pas été identifiée dans ExAC et est prédite potentiellement dommageable par une série d'outils bioinformatiques (Sift:0;Polyphen:0.558;CADD:11.86). Le séquençage Sanger a confirmé la présence de la mutation chez le foetus et son absence chez les parents.

Le phénotype neuropathologique de ce foetus est identique à celui observé dans d'autres tubulinopathies, bien que les mutations de ce gène TUBB n'aient pas encore été rapportées dans des malformations cérébrales isolées. L'association, chez ce foetus, de plis cutanés circonférentiels congénitaux, d'une dysmophie faciale et de malformations cérébrales caractéristiques, résultant d'une mutation du gène TUBB représente une forme particulièrement sévère qui élargit le spectre des Tubulinopathies.


Jacques L. MICHAUD, Françoise RYPENS, Sarah BOISSEL, Marie-Ange DELRUE, Catherine FALLET-BIANCO (Montréal, Canada)
00:00 - 00:00 #13466 - P127 Mieux comprendre et mieux diagnostiquer la déficience intellectuelle causée par des mutations du gène DYRK1A.
P127 Mieux comprendre et mieux diagnostiquer la déficience intellectuelle causée par des mutations du gène DYRK1A.

Heterozygous de novo loss-of-function mutations in DYRK1A cause a syndromic form of Intellectual disability (ID) associated with growth retardation including microcephaly, specific dysmorphy, stereotypy, ataxia and other variable clinical features (Mental Retardation, autosomal dominant 7, MRD7). MRD7 is a frequent cause of ID as loss-of-function mutations are found in around 0.5% of ID patients. DYRK1A encodes a protein serine/threonine kinase expressed throughout life, involved in many cellular processes, among them the regulation of gene expression or splicing. We have investigated the consequensis of the different mutations identified, and particularly of the missense variants, on DYRK1A function. We have performed transcriptomic studies to identify alterations of gene expression or splicing occuring in patient’s fibroblasts and neural precursor cells inactivated for DYRK1A. We also showed that DYRK1A inactivation in neural precursor cells decrease their proliferation. In parallel, we have undertaken to better define the clinical manifestations associated to DYRK1A mutations in French patients. The better delineation of the clinical spectrum of MRD7 and the development of functional tests for missense variants will be useful to improve diagnosis of patients affected by this frequent form of ID.


Jérémie COURRAUD, Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Marie VINCENT, Cyril MIGNOT, Salima EL CHEHADEH, Michèle MATHIEU-DRAMARD6, Vincent LAUGEL, Nadège CALMELS, Mathilde NIZON, Bruno DELOBEL, David GENEVIEVE, Laurence FAIVRE, Jamel CHELLY, Bénédicte GERARD, Jean-Louis MANDEL, Amélie PITON
00:00 - 00:00 #13467 - P128 Le syndrome de Cockayne : à propos d’une série tunisienne de 19 cas.
P128 Le syndrome de Cockayne : à propos d’une série tunisienne de 19 cas.

Le syndrome de Cockayne (SC) est une maladie multi systémique qui se caractérise par une dysmorphie faciale évocatrice, un retard staturo-pondéral,  une photosensibilité et un retard mental. Elle fait partie du groupe des maladies dues à une anomalie de réparation de l’ADN par excision de nucléotides. Il s’agit d’une maladie à transmission autosomique récessive, due à la mutation de deux gènes majeurs  ERCC6 et ERCC8. Le diagnostic positif est établi sur des critères cliniques et il est confirmé par un test de réparation de l’ADN sur fibroblastes ou par étude moléculaire.

But :

Présenter les particularités cliniques d’une série tunisienne de patients atteints de SC.

Matériel et méthode :

Analyse des observations clinique de 19 patients atteints de CS suivis au service de Maladies Congénitales et Héréditaires de l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis.

Résultats :

Il s’agit de 11 cas sporadiques et 8 cas familiaux. Le sexe ratio  était 1,3. L’âge moyen à la première consultation était de 3ans et 11 mois. Le diagnostic était clinique chez 18 patients et moléculaire chez un patient.

Tous les patients présentaient les critères majeurs du SC: un retard de croissance avec microcéphalie et retard mental. Les anomalies notées à l’imagerie cérébrale étaient : des dilatations ventriculaires (4/19 cas), une atrophie cortico-sous corticale (6/19 cas), une atrophie cérébelleuse (3/19 cas), des calcifications intracrâniennes (3/19 cas), une atrophie du corps calleux (2/19 cas) et une leucomalacie (1/19 cas). Parmi les critères mineurs, on a retrouvé dans notre cohorte : la photosensibilité cutanée (13/19 cas), une neuropathie axonale (2/19 cas), une rétinopathie pigmentaire (1/19 cas), une cataracte (7/19 cas), une surdité (5/19 cas) des anomalies dentaires (5/19 cas) et une énophtalmie chez (18/19 cas). Par ailleurs, d’autres atteintes ont été observées : une épilepsie (4/19 cas), une microphtalmie (7/19 cas), un nystagmus horizontal (3/19 cas), une cyphoscoliose (10/19 cas), des anomalies génitales (5/19 cas). Nous avons également retrouvé un syndrome hémolytique urémique chez un patient et un néphroblastome chez un autre.

Les patients de notre série ont été classés selon l’âge d’installation des signes cliniques en  14/19 cas  atteints de SC type I et 6/19 cas de type II. Pour les trois formes familiales, la sévérité du tableau clinique était la même au sein d’une même fratrie.  

Dans notre série l’âge moyen des patients encore vivants est de 15 ans pour le type I et de 12 ans pour le type II.

Conclusion :

Le CS est une maladie neurodégénérative rare et sévère avec un large spectre clinique. La distinction clinique et génétique entre les différents groupes de sévérité est souvent difficile à faire d’autant plus que la corrélation génotype-phénotype n’est pas parfaitement établie.


Sana SKOURI, Rim MEDDEB, Faouzi MAAZOUL, Lilia KRAOUA, Ines OUERTANI, Mediha TRABELSI, Ridha MRAD (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13497 - P129 L’apport du séquençage de génome entier dans l’identification de facteurs génétiques modificateurs du syndrome de Phelan-McDermid.
P129 L’apport du séquençage de génome entier dans l’identification de facteurs génétiques modificateurs du syndrome de Phelan-McDermid.

Le syndrome de Phelan-McDermid (SPM) est une pathologie neurodéveloppementale résultant d’un remaniement 22q13 impliquant le plus souvent SHANK3, gène majeur du syndrome. La variabilité clinique est en partie liée à la taille du déséquilibre 22q13 mais les facteurs capables de moduler le phénotype restent mal connus.

Dans une étude préliminaire française regroupant les données clinique et génétique de 85 patients nous montrons que tous les patients ont une déficience intellectuelle et un trouble du langage allant pour la moitié d’entre eux jusqu’à l’absence totale de langage,  50% présentent un trouble du spectre autistique (TSA) mais six seulement ont eu des tests standardisés. Les anomalies  du corps calleux concernent 28% des 35 patients ayant eu une IRM cérébrale.

Le diagnostic biologique des patients reposait sur une analyse par puce à ADN. L’analyse multivariée des données a montré i) que les patients avec TSA portent de petites  délétions alors que ceux souffrant d’un trouble sévère du langage ont des délétions de grande taille, ii) la présence d’un second locus associé aux troubles sévères du langage, iii) l’existence chez plusieurs patients, de variations génomiques additionnelles impliquées dans des pathologies neurodéveloppementales (microdélétion, microduplication  16p11.2 ou 15q11.2), capables de moduler la sévérité du phénotype. Enfin, nous avons identifié pour la première fois, une délétion familiale de SHANK3 transmise d’une mère asymptomatique à ses enfants atteints, rapportant le premier cas de patient « résilient » SHANK3 capable de compenser une mutation délétère.  Les limites de notre étude sont l’absence de données clinique standardisées, l’hétérogénéité des données génétique (utilisation de plateformes de puce à ADN variées) et l’échantillon de petite taille. 

Afin de palier à ces limites, confirmer nos hypothèses et identifier la présence de gènes ou de voies biologiques enrichies en mutations qui moduleraient la sévérité des symptômes cliniques, nous avons initié un projet Européen qui regroupera plus de 200 patients. 

L’objectif est d’obtenir des données cliniques rigoureuses à l’aide de tests standardisés d’évaluation du neurodéveloppement, préciser la clinique et les données de neuroimagerie. Le génome complet des patients et des apparentés sera séquencé afin (1) de cartographier les remaniements 22q13 (caractérisation des points de cassure, identification de mutations sur l’allèle controlatéral), et (2) d’identifier et caractériser les variations génomiques additionnelles. Nous utiliserons également les réseaux d’interactions protéines-protéines ou de co-expression pour rechercher des mutations dans les partenaires protéiques de SHANK3 ou dans les gènes co-exprimés dans le cerveau.

Nous présenterons notre étude et les premiers résultats du séquençage du génome complet des neuf individus de la famille multiplex dans laquelle ségrège la délétion de SHANK3  transmise d’une mère asymptomatique à ses filles atteintes.


Anne-Claude TABET (Paris), Thomas ROLLAND, Claire LEBLOND-MANRY, Freddy CLIQUET, Alexandre MATHIEU, Nathalie LEMIÈRE, Brigitte BENZACKEN, Yline CAPRI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Christele DUBOURG, Celine DUPONT, Laurence FAIVRE, Marion GERARD, Brigitte GILBERT DUSSARDIER, Damien HAYE, Boris KEREN, Cedric LE CAIGNEC, Jonathan LÉVY, Cyril MIGNOT, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Laurence PERRIN, Eva PIPIRAS, Chloe QUELIN, Caroline ROORYCK, Myriam RACHID, Damien SANLAVILLE, Philippe VAGO, Gaelle VIEVILLE, Catherine YARDIN, Alban ZIEGLER, Frederique AMSELLEM, Anna MARUANI, Richard DELORME, Thomas BOURGERON
00:00 - 00:00 #13503 - P130 Une nouvelle DEAD-Box ARN Helicase, DDX6, est impliquée dans la déficience intellectuelle.
P130 Une nouvelle DEAD-Box ARN Helicase, DDX6, est impliquée dans la déficience intellectuelle.

Après différentes investigations génétiques négatives (CGH, X-fragile, séquençage ciblé de 456 gènes, séquençage d’exome en simplex), un séquençage de génome (WGS pour whole Exome Sequençing) en trio a mis en évidence, chez un patient présentant une déficience intellectuelle avec microcéphalie, un variant faux-sens p.(Cys390Arg) de novo dans le gène DDX6. Via le partage de données, un autre variant faux-sens de novo p.(Arg373Gln) affectant un acide aminé situé à proximité a pu être identifié chez un patient avec phénotype similaire. Le gène DDX6 code une protéine ARN hélicase ATP-dépendante de la famille des protéines DEAD box qui joue un rôle central dans la régulation des ARN, dont la formation des P-bodies, la dégradation des ARNm et la répression de leur traduction. Nous avons pu montrer que les variants faux-sens identifiés affectaient la formation des P-bodies (expériences de surexpression dans cellules HeLa et fibroblastes de patients) et qu’il existait une corrélation entre les gènes surexprimés chez le patient, ceux augmentés après inactivation de DDX6 par shRNA et ceux précédemment identifiés comme liés par DDX6. C’est le deuxième gène de la famille des ARN hélicases ATP-dépendante à être impliqué dans la déficience intellectuelle, après DDX3X. De plus en plus de gènes codant des protéines jouant un rôle dans la régulation des ARN (épissage, transport, dégradation et traduction) sont impliqués dans la déficience intellectuelle. En particulier certains nouveaux gènes de DI tels que CNOT3, AGO1, codant des protéines localisées elles-aussi dans les P-bodies et interagissant avec DDX6.


Chris BALAK, Veronique GEOFFROY, Maité COUREL, Jean MULLER, Jean-Francois DELEUZE, Anne BOLAND, Hélène DOLLFUS, Jamel CHELLY, Michèle ERNOULT-LANGE, Jean-Louis MANDEL, Keri RAMSEY, Dominique WEIL, Amélie PITON (Strasbourg)
00:00 - 00:00 #13504 - P131 L'hypoplasie vermienne sévère: une clé diagnostique de l'hypoplasie pontocérébelleuse de type 8.
P131 L'hypoplasie vermienne sévère: une clé diagnostique de l'hypoplasie pontocérébelleuse de type 8.

L'hypoplasie pontocérébelleuse de type 8 (HPC8) est une maladie récessive rare due à des mutations du gène CHMP1A qui code pour une protéine qui semble jouer un rôle dans la prolifération de cellules progénitrices du sytème nerveux central. Nous rapportons l’observation d’un patient atteint d’HPC8.

Il s’agit d’un patient âgé  de 14 mois qui a un tableau clinique associant un retard de croissance, une microcéphalie sévère, un retard de développement, un corps calleux fin et une hypoplasia du vermis et des hémisphères cérébelleux. Le séquençage ciblé par méthode Sanger a permis l’identification à l’état homozygoye d’une mutation non-sens c.427C>T (p.Gln143*) de l’exon 6 du gène CHMP1A.

Les patients atteints d’HPC8 ont un retard pyschomoteur, une microcéphalie, des mouvements anormaux, une hypotonie, une spasticité, des contractures articulaires. L’imagerie cérébrale est caractéristique et montre une diminution de la substance blanche, un corps calleux et un tronc cérébral fins et une hypoplasia vermienne sévère avec une préservation relative des folium. Cette imagerie cérébrale doit faire évoquer deux diagnostics différentiels : l’hypoplasie ponto-cérébelleuse associée à des mutations du gène VLDLR et les formes sévères d’hypoplasie ponto-cérébelleuse associées à des mutations du gène CASK. Des particularités à l’IRM cérébrale permettent cependant de différencier ces entités.

L’aspect de l’imagerie cérébrale d’un patient atteint d’HPC8  est  donc caractéristique et conduit au séquençage ciblé du gène CHMP1A.

 


Damien HAYE (paris), Laurence PERRIN, Stéphanie VALENCE, Diana RODRIGUEZ, Lydie BURGLEN
00:00 - 00:00 #13506 - P132 Apport de la Méthyl-PCR dans le diagnostic du syndrome de Prader Willi / Angelman.
P132 Apport de la Méthyl-PCR dans le diagnostic du syndrome de Prader Willi / Angelman.

Les syndromes de Prader Willi et d’Angelman sont des pathologies d’origine génétiques, responsable de déficience intellectuelle modérée à sévère chez l’enfant. Le syndrome de PW est caractérisé par une hyperphagie entrainant une obésité constante, un microgénitalisme, et des troubles endocriniens sont fréquemment décrits. Le syndrome d’angelman associe une microcéphalie et des rires inappropriés.

Les deux gènes incriminés SNRPN et UBE3A, situés sur le chromosome 15, sont sous les deux soumis à empreinte parentale. Ils sont dus dans la majorité des cas à une micro-délétion, ou à une disomie uniparentale.

La mise au point de la technique de Méthyl-PCR, mettant à profit le statut de méthylation au niveau de la région incriminée, en procédant  à un traitement préalable de l’ADN au bisulfite suivie d’une amplification spécifique nous a permis depuis 2010 de diagnostiquer  18 cas de Prader Willi, et  25 cas d’angelman.

Nous traitant annuellement  une centaines de demandes, émanant des différents services de neurologie et de pédiatrie du territoire nationale.

Cette technique présente l’avantage d’être rapide, fiable, et relativement peu couteuse. Son seul défaut est la possibilité de fragmentation d’ADN lors du traitement au bisulfite.


Siham HALLAL (Alger, Algérie), Lyès YARGUI
00:00 - 00:00 #13507 - P133 Les mutations perte de fonction ou l'haploinsuffisance du gène ZC4H2 lié au chromosome X sont responsables d'une forme sévère d'arthrogrypose multiple congénitale avec atteinte nerveuse centrale et périphérique.
P133 Les mutations perte de fonction ou l'haploinsuffisance du gène ZC4H2 lié au chromosome X sont responsables d'une forme sévère d'arthrogrypose multiple congénitale avec atteinte nerveuse centrale et périphérique.

Background: Arthrogryposis multiplex congenita (AMC) is characterized by congenital contractures of multiple joints with constant limb involvement that are always secondary to diminished fetal movement. Missense and splicing mutations, genomic rearrangements and deletions involving the zinc-finger gene ZC4H2 on chromosome Xq11.2 have been identified in boys presenting with AMC, severe psychomotor retardation, and distal muscle weakness. Female carriers were asymptomatic or presented with mild intellectual disability (60%; 15/24), congenital joint contractures (55%, 13/23), and rarely distal muscle weakness (25%; 6/23).

Objective: Our aim was to present clinical and muscle MRI phenotypes of five female patients diagnosed with arthrogryposis multiplex congenita and severe psychomotor retardation linked to not previously described loss of function mutations or haploinsufficiency of ZC4H2.

Results: All five female patients had congenital arthrogryposis involving multiple joints, severe motor and intellectual retardation. Muscle weakness and ptosis were inconstant features (2/5) pointing to an associated involvement of the peripheral nervous system. Myoimaging performed in two patients showed severe muscle atrophy predominant at the lower limbs (thigh, calf), but adductor longus and adductor brevis were preserved, further highlighting a peripheral nervous system involvement. Sanger sequencing of ZC4H2 gene revealed two nonsense mutations, one splicing mutation and two deletions in these patients. We could not identify a biased X chromosome inactivation on whole blood extracted DNA samples.

Conclusion: Loss of function mutations or haploinsufficiency of the X linked ZC4H2 gene are associated in females with a syndromic form of AMC with severe involvement of the central and peripheral nervous systems. 


Danisa MERIC (Paris), Sandra WHALEN, Nicole REVENCU, Sébastien LEBON, Chantal DURAND, Pierre-Simon JOUK, Julien FAURÉ, Klaus DIETERICH
00:00 - 00:00 #13508 - P134 Duplication du gène PLP1 dans la forme classique de la maladie De Pelizaeus Merzbacher : à propos d’une famille.
P134 Duplication du gène PLP1 dans la forme classique de la maladie De Pelizaeus Merzbacher : à propos d’une famille.

 

La maladie de Pelizaeus Merzbacher est une leucodystrophie liée à l’X entraînant retard de développement, nystagmus, hypotonie, spasticité et déficit intellectuel variable. Ces signes sont en rapport avec une mutation du gène PLP1 localisé dans la région Xq22 et qui code pour la protéine protéolopide PLP1 qui est une des composantes des protéines de la myéline. Il existe deux principales formes : la forme néonatale et la forme classique. La forme néonatale est de mauvais pronostic avec une progression rapide et un décès précoce, quant aux patients atteints de la forme classique ils peuvent survivre jusqu’à l’âge adulte.

 Les mutations les plus fréquemment retrouvées peuvent être liées à des réarrangements types multiplication (essentiellement des duplications) ou à des mutations ponctuelles du gène PLP1.

Nous rapportons le cas d’une grande famille dont quatre de ses membres, de sexe masculin, sont atteints de la forme classique de la maladie, les signes cliniques ont commencé dès les premiers mois de vie et l’évolution a été marquée par l’installation d’une spasticité et par un retard du développement psychomoteur. L’étude moléculaire a retrouvé la mutation familiale, il s’agit d’une duplication de tous les exons du gène PLP1.

L’intérêt de ce travail est de décrire les différents aspects cliniques et moléculaires de la maladie de pelizaeus Merzbacher.


Oussama KETTANI (Fès, Maroc), Mohamed AHAKOUD, Leila QEBIBO, Meriam ABBASSI, Ihsan EL OTMANI, Said TRHANINT, Hanane SAYEL, Sanae CHAOUKI, Laila BOUGUENOUCH, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13516 - P135 Anomalie de la décussation du tractus pyramidal chez des patients Kallmann présentant des mouvements en miroir.
P135 Anomalie de la décussation du tractus pyramidal chez des patients Kallmann présentant des mouvements en miroir.

Les mouvements en miroir (MM) sont fréquemment associés au syndrome de Kallmann (KS). Ils sont principalement observés chez les patients présentant des mutations ANOS1 (KAL1). Les MM n'ont jamais été décrits chez les femmes mutées pour ANOS1. Un défaut de l'inhibition controlatérale du tractus pyramidal a été proposé comme mécanisme des MM dans le KS, mais jamais encore démontré.

Nous rapportons une famille présentant une nouvelle mutation ANOS1 dont les individus masculins présentent tous un KS et des MM et les individus féminins seulement des MM. Nous présentons également l’analyse par tractographie du tenseur de diffusion, du tractus pyramidal chez un individu masculin ainsi que l’analyse neuropathologique d’un fœtus muté pour ANOS1 et médicalement interrompu pour agénésie rénale bilatérale et fente labio-palatine.

Un réarrangement complexe dans ANOS1 a été retrouvé chez certains membres masculins et féminins de la famille (C2067_2070AGGA> TCCT; p.Glu642Alafs21), une mutation non-sens chez un autre individu (c.773G> A; pTrp258X) et une mutation chez le fœtus (c.769C> T; p.Arg257X). L’analyse par tractographie chez un individu de la famille a montré une absence de décussation des voies pyramidales. L'examen neuropathologique du fœtus a également révélé l'existence d'une hypo-dysplasie du tractus cortico-spinal au niveau du pont et de la moelle. L’analyse par immunohistochimie avec un anticorps monoclonal anti-ANOS1 d’un embryon humain de 8 semaines de développement montre l’expression d’ANOS1 au niveau des fibres de la moelle épinière ainsi que des cellules des ganglions de la racine dorsale.

L’ANOSMIN a été impliquée dans le guidage axonale et le développement des neurones olfactifs par un mécanisme chimiotactile. Nous proposons un mécanisme similaire à l’origine de la décussation des faisceaux pyramidaux, qui serait déficient en cas de mutation d’ANOS1


Fabien GUIMIOT (Paris), Laura GONZÁLEZ-BRICEÑO, Emmanuel SONNET, Annie LAQUERRIÈRE, Véronique KERLAN, Douraied BEN SALEM, Peter GUNCZLER, Nicolas DE ROUX
00:00 - 00:00 #13520 - P136 Diagnostic Moléculaire du syndrome de Rett et Etude ‘‘in silico’’ des trois mutations identifiées dans une région hotspot du gène MECP2.
P136 Diagnostic Moléculaire du syndrome de Rett et Etude ‘‘in silico’’ des trois mutations identifiées dans une région hotspot du gène MECP2.

Le syndrome de Rett est une atteinte neurologique. Elle affecte presque exclusivement les filles avec une prévalence d’environ 1/10 000 à 1/15 000. Cette maladie apparaît entre l’âge de 6 à 18 mois de la fille. Les signes les plus distinctifs sont la déficience intellectuelle avec l’apparition des mouvements stéréotypés des mains. Cette maladie est causée par des anomalies dans le gène MECP2 (Methyl-CpG-Binding Protein 2) codant pour la protéine MeCP2 ayant un rôle dans la méthylation.

L’objectif de cette recherche est l’exploration de la cause génétique du syndrome de Rett par l’étude moléculaire du gène MECP2 chez 3 patientes, réalisée par le séquençage direct des 4 exons du gène et des séquences introniques flanquantes et l’étude ‘‘in silico’’ des mutations identifiées.

Grâce au séquençage automatique du gène MECP2, nous avons réussi à identifier  trois mutations ponctuelles qui sont (c.1065 C > A ; p.S355R), (c.1030 C > G ; p.R344G) et (c.996 C > T ; p.S332S), localisées dans l’exon 4 du gène MECP2.

En effet, la mutation (c.1065 C > A ; p.S355R) est une transversion qui substitue le résidu Sérine hautement conservé par un résidu Arginine à la position 355 de la séquence protéique. En outre, la mutation (c.1030 C > G ; p.R344G) est une transversion qui substitue le résidu Arginine hautement conservé par un résidu Glycine à la position 344 de la protéine. De plus, nous avons identifié la mutation synonyme  (c.996 C > T ; p.S332S).  Ces trois mutations n’ont pas été détectées dans 100 chromosomes de contrôle. Aussi, l’étude ‘‘in silico’’ des  trois mutations identifiées a montré qu’elles sont localisées dans la région C-terminale de la protéine et qui peuvent affecter la structure et la fonction de la protéine MeCP2 d’ou sa capacité de réprimer la transcription.

En conclusion, cette étude a permis d’identifier trois mutations ponctuelles dont une est synonyme localisées au niveau de la région C-terminale de la protéine MeCP2 chez trois patientes atteintes du syndrome de Rett.

 


Rania GHORBEL (Sfax, Tunisie), Raouia GHORBEL, Neila BELGUITH, Aida ROUISSI, Leila AMMAR-KESKES, Naziha GOUIDER-KHOUJA, Faiza FAKHFAKH
00:00 - 00:00 #13524 - P137 Identification d'une nouvelle mutation du gène PLP1 par NGS chez une famille marocaine atteinte de la forme néonatale de la maladie Pelizaeus-Merzbacher.
P137 Identification d'une nouvelle mutation du gène PLP1 par NGS chez une famille marocaine atteinte de la forme néonatale de la maladie Pelizaeus-Merzbacher.

Epilepsy regroups a common and diverse set of chronic neurological disorders that are characterized by spontaneous, unprovoked, and recurrent epileptic seizures. Epilepsies have a highly heterogeneous background with a strong genetic contribution and various mode of inheritance. X-linked epilepsy usually manifests as part of a syndrome or epileptic encephalopathy. The variability of clinical manifestations of X-linked epilepsy may be attributed to several factors including the causal genetic mutation, making diagnosis, genetic counseling and treatment decisions difficult. We report the description of a Moroccan family referred to our genetic department with X-linked epileptic seizures as the only initial diagnosis. Knowing the new contribution of Next-Generation Sequencing (NGS) for clinical investigation, and given the heterogeneity of this group of disorders we performed a Whole-Exome Sequencing (WES) analysis and co-segregation study in several members of this large family. We detected a novel pathogenic PLP1 missense mutation c.251C>T (p.Ala84Asp) allowing us to make a diagnosis of Pelizaeus-Merzbacher Disease for this family. This report extends the spectrum of PLP1 mutations and highlights the diagnostic utility of NGS to investigate this group of heterogeneous disorders.


Jaber LYAHYAI (Rabat, Maroc), Bouchra OULED AMAR BENCHEIKH, Siham ELALAOUI, Maria MANSOURI, Lamiae BOUALLA, Alexendre DIONNE-LAPORTE, Dan SPIEGELMAN, Patrick DION, Patrick COSSETTE, Guy ROULEAU, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13525 - P138 NGS révèle une mutation du gène ATM chez un patient marocain présentant une dystonie généralisée sans signes classiques d'ataxie-télangiectasie.
P138 NGS révèle une mutation du gène ATM chez un patient marocain présentant une dystonie généralisée sans signes classiques d'ataxie-télangiectasie.

BACKGROUND
Primary Torsion Dystonia (PTD) is a movement disorder characterized by repetitive twisting muscle contractions and postures. We present here a Moroccan family with 4 affected members with PTD inherited in autosomal recessive mode.
METHODS:
Mutational screening had ruled out DYT1, DYT2, DYT6 or DYT17 as the cause of the disorder. Exome sequencing was performed to attempt to identify the genetic cause of the disease in this family.
RESULTS:
After filtering of the variants, exome sequencing revealed 2 genes harboring potentially pathogenic homozygous variants. Of these, the ATM variant p.Leu2068Ser segregated perfectly with the PTD. This mutation has been predicted to be pathogenic.
CONCLUSIONS:
This result with other literature, questions the exclusivity of ATM mutations with Ataxia Telangiectasia. We propose that alpha-fetoprotein should be first screened in patients with recessive PTD, even in the absence of atxia or telangiectasia.


Jaber LYAHYAI (Rabat, Maroc), Maria MANSOURI, Siham ELALAOUI, Bouchra OULED AMAR BENCHEIKH, Rachid MOSSEDDAQ, Alexendre DIONNE-LAPORTE, Dan SPIEGELMAN, Patrick DION, Abdelaziz SEFIANI, Guy ROULEAU

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00:00 - 00:00 #12508 - P139 Mise en place des modalités de réunions de concertation pluridisciplinaire pour la prise en charge des patientes prédisposées héréditairement au cancer du sein. Une étude française.
P139 Mise en place des modalités de réunions de concertation pluridisciplinaire pour la prise en charge des patientes prédisposées héréditairement au cancer du sein. Une étude française.

Bull Cancer 2016; 103: 571–583

Introduction > En France, 126 sites de consultation d'oncogénétique sont dédiés aux personnes dont les antécédents médicaux personnels et/ou familiaux sont évocateurs d'une prédisposition héréditaire aux cancers. Depuis 2012, l'INCa soutient 17 projets visant à accompagner le suivi et la prise en charge de ces personnes. Quatre missions leur ont été confiées dont celle d'assurer une activité de recours et d'expertise pour les cas les plus difficiles.

Méthodes > Nous avons réalisé une enquête auprès des médecins en oncogénétique afin d'évaluer les réponses apportées à cette 4e mission. L'étude concernait les modalités de mise en place des réunions de concertation pluridisciplinaire (RCP) pour la prise en charge des patientes prédisposées héréditairement au cancer du sein.

Résultats > Quatorze personnes issues de 12 régions françaises différentes, et de 10 projets sur les 17 soutenus, ont participé. Onze répondants ont déclaré présenter leur dossier en RCP d'onco-génétique (79 %), 5 en RCP de sénologie (36 %), 5 en RCP dédiée aux patientes à haut risque de cancer du sein (36 %) et 2 en RCP de réseau (14 %). Certaines structures présentent leurs dossiers dans plusieurs RCP.

Conclusion > Ces RCP aident à la prise de décision sans retarder en règle générale la mise en traitement ou les opérations planifiées. Il existe, cependant, des difficultés pour fédérer les intervenants, ainsi qu'un manque de moyen pour leur mise en place. Cette étude suggère donc la nécessité d'une standardisation du processus de ces RCP en tenant compte des spécificités de la problématique en oncogénétique, particulièrement la dimension familiale.


Fanchon GILLMANN (strasbourg), Christophe CORDIER, Nicolas TARIS, Carole MATHELIN, Christine MAUGARD
00:00 - 00:00 #12523 - P140 Risque d'anomalie chromosomique limitée au placenta après assistance médicale à la procréation (FIV/ICSI/IIU): résultats d’une étude monocentrique cas-témoins.
P140 Risque d'anomalie chromosomique limitée au placenta après assistance médicale à la procréation (FIV/ICSI/IIU): résultats d’une étude monocentrique cas-témoins.

Introduction : En comparaison avec les grossesses spontanées, un taux plus élevé d’aneuploïdie est observé chez les embryons obtenus après assistance médicale à la procréation (AMP), et les grossesses obtenues après AMP connaissent en outre des issues plus défavorables. Par ailleurs, les anomalies chromosomiques limitées au placenta ont été décrites comme présentes dans environ 1% du diagnostic prénatal réalisé après choriocentèse, et environ 10% de ces anomalies chromosomiques limitées au placenta seraient associées à des issues de grossesses défavorables (retard de croissance intra-utérin, mort fœtale in utero..). Ainsi, il est apparu intéressant de rechercher une association entre les grossesses obtenues après AMP et le risque de survenue d’une anomalie chromosomique limitée au placenta. Précédemment, trois études observationnelles de cohorte ont rapportées des résultats contradictoires sur ce sujet. Nous avons souhaité réévaluer l’association entre AMP et risque d’anomalie chromosomique limitée au placenta à partir d’une étude observationnelle monocentrique cas-témoins. Méthodologie : Entre 1997 et 2015, 19321 biopsies de trophoblaste ont été réalisées au Centre de Médecine Fœtale du CHU de Bordeaux. Le caryotype après culture des villosités choriales a systématiquement été réalisé. En cas de suspicion d’une anomalie chromosomique limitée au placenta, l’examen direct des villosités a été effectué, permettant de caractériser les anomalies de type 2 (a priori d’origine mitotique) et les anomalies de type 3 (a priori d’origine méiotique). Les cas observés ont ensuite été appariés à un nombre égal de témoins randomisés, chez lesquels le caryotype après culture était strictement normal. Résultats : Quatre-vingt-treize anomalies chromosomiques limitées au placenta (« cas ») ont été mises en évidence (93/19321=0,48%), composées de 50 anomalies de type 2 et de 43 anomalies de type 3. Parmi ces 93 cas, 4 grossesses avaient été obtenues après AMP (4/93=4,30%) ; chez les témoins, 5 grossesses avaient été obtenues après AMP (5/93=5,37%) (p=1, test exact de Fischer). Chez les patientes présentant une anomalie chromosomique limitée au placenta et ayant eu recours à l’AMP, 2 anomalies chromosomiques étaient de type 2 (a priori d’origine mitotique) et 2 anomalies chromosomiques étaient de type 3 (a priori d’origine méiotique) (p=1, test exact de Fischer). Conclusion : Les résultats de notre étude observationnelle cas-témoins confirmaient les résultats des études observationnelles de cohorte qui n’avaient pas mis en évidence d’association entre grossesse obtenue après AMP et risque accru d’anomalie chromosomique limitée au placenta. L’absence de biais entre le nombre d’anomalies placentaires a priori d’origine mitotique et méiotique chez nos patientes ayant eu recours à l’AMP représentait un argument supplémentaire pour une absence d’association entre AMP et risque d’anomalie chromosomique limitée au placenta.


Henri MARGOT (BORDEAUX), Lucie CHANSEL-DEBORDEAUX, Perrine PENNAMEN, Aline PAPAXANTHOS, Jérome TOUTAIN
00:00 - 00:00 #12526 - P141 L’exploration moléculaire des formes très rares d’infertilité masculine liée à des tératozoospermies monomorphes.
P141 L’exploration moléculaire des formes très rares d’infertilité masculine liée à des tératozoospermies monomorphes.

Objectifs : L’infertilité masculine est une pathologie relativement fréquente dans notre pays.

cette étude a pour but de réaliser l’exploration moléculaire des formes très rares d’infertilité masculine liée à des tératozoospermies monomorphes (macrocéphalie et globozoospermie) en déterminant des mutations nouvellement décrites au niveau des gènes AURORA KINASE C et DPY19L2 respectivement et en déterminant pour la première fois la fréquence de ces anomalies rares au sein d’une population d’origine Algérienne.

Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive portant sur les 404 patients orientés par leur médecin traitant pour diagnostic d’infertilité et destinés pour faire une PMA. Les paramètres épidémiologiques, cliniques et paracliniques ont été enregistrés pour chaque patient. 19 patients ayant des OAT avec des anomalies morphologiques sévères très rares (globozoospermie, macrocéphalie) ont été sélectionnés pour analyse génétique. Les 7 exons

du gène AURKC ont été amplifiés à la recherche d’une mutation au niveau d’un de ces exons

et la technique d’MLPA a été réalisée à la recherche d’une délétion du gène DPY19L2.

Résultats : Onze hommes avec macrocéphalie avaient une mutation homozygote AURKC (79%) ce qui indique que des mutations d’AURKC ont été identifiées dans 2,7% des patients avec un spermogramme anormal. Tous les hommes analysés avec globozoospermie (n = 5) ont présenté une délétion homozygote DPY19L2, ou 1,2% des hommes infertiles. Cette étude a confirmé le caractère récurrent des deux mutations AURKC et de la délétion DPY19L2 chez les hommes infertiles de l’Algérie. Nous avons observé que la macrocéphalie est 2-3 fois plus fréquente que la globozoospermie.

Conclusion : Nos résultats confirment que l'ICSI ne peut pas être efficace pour les patients atteints d'une mutation homozygote AURKC. Cela souligne l'importance du diagnostic moléculaire AURKC pour limiter les tentatives d'ICSI inutiles.

 


Leyla OUNIS (CONSTANTINE, Algérie), Abdelali ZOGHMAR, Ray PIERRE, Leila ROUABAH
00:00 - 00:00 #12567 - P142 Etude comparative entre les kits de marquage d’ADN CYTAG®CGH et CYTAG®superCGH dans la détection des CNVs à partir de faibles quantité d’ADN.
P142 Etude comparative entre les kits de marquage d’ADN CYTAG®CGH et CYTAG®superCGH dans la détection des CNVs à partir de faibles quantité d’ADN.

L'hybridation génomique comparative (CGH-array) est un puissant outil de diagnostic pour détecter les variations de nombre de copies d'ADN (CNV) au sein du génome. La détection de ces CNVs  dépend de la qualité et de la quantité d’ADN notamment pour les échantillons de prénatal et d’Onco-Hématologie. Selon les recommandations de plusieurs fabricants, l’utilisation de la CGH-array en diagnostic se fait à partir d’une quantité d’ADN supérieure ou égale à 1µg. Le principe de la CGH-array est basé sur une comparaison quantitative, entre un ADN test et un ADN de référence, qui dépend de la qualité du marquage de l’ADN. Nous présentons ici un nouveau kit de marquage (CYTAG®SuperCGH labeling kit Enzo) qui permet de détecter les CNVs avec une faible quantité d’ADN inférieure à 100ng  et nous le comparons avec le kit habituellement utilisé dans notre laboratoire (CYTAG®CGH Labeling kit Enzo).
La validation de la procédure de marquage a été faite en comparant ce nouveau kit avec l’ancien kit sur 7 échantillons: un cas en postnatal avec 3 quantités d’ADN différentes (90ng, 50ng and 30ng), un cas en prénatal de 90ng et trois cas de gliomes (96ng, 32ng and 8ng). L’analyse des CNVs ainsi que les contrôles qualités obtenus pour chaque échantillon ont été comparés entre les 2 kits. Les 2 kits ont permis la détection des mêmes CNVs pathogènes mais les échantillons marqués par le nouveau kit  ont une meilleure DLRS et un bruit de fond plus faible. En postnatal, les DLRS obtenues sont pour 90ng: 0.14 vs 0.12; pour 50ng: 0.17 vs 0.13 et pour 30ng: 0.21 vs 0.14 avec l’ancien et le nouveau kit respectivement. En prénatal pour une quantité de 90ng la DRLS est de 0.21 vs 0.16 et avec les gliomes pour 96ng: 0.43 vs 0.34 avec 32ng: 0.26 vs 0.21. L’échantillon de 8ng a obtenu une DLRS de 0.19 avec le nouveau kit mais la comparaison n’a pas été possible avec l’ancien kit par manque d’ADN. 
Les exigences de validation ont été obtenues avec succès et l’étude comparative a permis de montrer que l’efficacité du nouveau kit de marquage (CYTAG®SuperCGH labeling kit Enzo) est supérieure à l’ancien kit. Cette étude montre que ce kit est efficace pour les CGH-array réalisées en prénatal, en  postnatal ainsi que sur des tumeurs. De plus nous avons montré que la détection des CNVs sur gliome était possible à partir de 8ng d’ADN. Cette technologie est donc particulièrement utile en diagnostic lorsque les échantillons sont pauvres et précieux.


Anne-Laure MOSCA-BOIDRON (DIJON), Nathalie MARLE, Muriel PAYET, Clémence RAGON, Justine SZCZEPANIAK, Marlène POULLEAU, Patrick CALLIER
00:00 - 00:00 #12590 - P143 Le polymorphisme C677T de la MTHFR dans les cancers digestifs et du poumon.
P143 Le polymorphisme C677T de la MTHFR dans les cancers digestifs et du poumon.

Introduction

La méthylène tétrahydrofolate réductase (MTHFR) est l'une des enzymes les plus importantes du métabolisme des folates. Elle catalyse de façon irréversible la conversion du 5,10 méthylène tétrahydrofolate en 5 méthyl tétrahydrofolate, un substrat clé donneur de carbone, pour la reméthylation de l’homocystéine. Le polymorphisme C677T de la MTHFR qui crée une enzyme thermolabile, possédant une activité réduite, semble interférer avec les phénomènes de la carcinogenèse en diminuant le taux de méthylation de l’ADN le rendant instable et en contrôlant la synthèse de l’ADN et de l’ARN. Ce polymorphisme est celui qui a fait l’objet du grand nombre d’étude dans le cadre de pathologies diverses dont le cancer.

Les objectifs de notre travail étaient de:                                                                                                                                

-Déterminer les fréquences alléliques et génotypiques du polymorphisme C677T de la MTHFR chez des patients présentant des cancers digestifs (gastrique et colorectal) et du poumon ainsi que chez des témoins.

-Evaluer l’effet de ce polymorphisme sur le risque de survenue de ces cancers .

Patients et méthodes

30 patients ayant présenté un cancer gastrique (CG), 52 patients ayant un cancer colorectal (CCR) , 31 patientes atteints d’un cancer du poumon (CP) et 101 témoins ont été génotypés pour le polymorphisme C677T de la MTHFR par PCR/RFLP après un consentement éclairé.

Résultats :

Les fréquences des allèles 677T et 677C de la MTHFR étaient de 34 ,92% et 65,07%, respectivement, dans le groupe des témoins, de 43,75% et 56,25%, respectivement, pour les patients présentant un CCR , de 25 % et 75%, respectivement chez les patients présentant un CG   et de 37,1% et 62.9%, respectivement, pour les patients présentant un CP.

Des odds ratio avec un intervalle de confiance à 95% ont été calculés afin de déterminer un lien possible entre le polymorphisme C677T de la MTHFR et la survenue des CCR, CG et CP.

Les odds ratios pour les génotypes 677T/T vs 677 C/C et 677 C/T vs 677 C/C étaient 9.82 (0.9-19.54) (p < 0.05) et 1.4 (0.9-2.3) (p < 0.05) respectivement dans le CCR et de 1,23 (p= 0,55) et 0, 62 (p= 0, 20) respectivement dans le CG et de 1.95  avec p= 0.69 non significatif, et 1.0819   avec  p= 0.94 non significatif  respectivement pour le CP.

Conclusion

Nos résultats concordent avec certaines données de la littérature.

 


Karima SIFI (Constantine, Algérie), Sabah HANACHI, Khadidja BOUDAOUD, Yasmina Chafika AMRANE, Salima ZEKRI, Taha FILALAI, Karima BENMEBAREK, Noredine ABADI
00:00 - 00:00 #12592 - P144 Cancer du sein et/ou de l’ovaire familial : Evaluation du risque et test génétique BRCA.
P144 Cancer du sein et/ou de l’ovaire familial : Evaluation du risque et test génétique BRCA.

 Cancer du sein et/ou de l’ovaire familial : Evaluation du risque et test génétique BRCA

Introduction

Les familles dans lesquelles de nombreuses personnes sont atteintes de cancers du sein, d’ovaire ou d’autres cancers pourraient porter une mutation génétique qui prédispose les femmes aux cancers précoces.

Actuellement, on estime qu’au moins 10% des cancers du sein sont héréditaires et que deux gènes majeurs BRCA1 et BRCA2 sont impliqués dans cette prédisposition.

Objectif

Le but de notre étude est d’identifier les personnes pour lesquelles un test génétique BRCA est recommandé après une enquête familiale minutieuse et une évaluation du risque et de rechercher chez ces personnes la présence de mutation sur les gènes BRCA1 et BRCA2.

Matériels et méthode

254 patients ont été adressés à la consultation d’oncogénétique du Centre Pierre et Marie Curie Alger.

Nous avons réalisé pour chaque famille :

Un arbre généalogique détaillé, permettant le dépistage des facteurs familiaux, est réalisé sur 3 générations.

Ces critères n’étant pas totalement spécifiques nous les avons associés à une évaluation du risque selon le modèle Tyrer Cuzick qui associe les antécédents familiaux avec les antécédents de reproduction, la prise d’hormone, l’âge, IMC.

L’utilisation du score d’Evans qui permet d’orienter la recherche de mutation soit sur BRCA1, soit BRCA2.

Résultats

Les familles ont été classées en 3 groupes :

1er groupe : présence d’au moins 4 antécédents familiaux de cancer (sein et/ou ovaire) : 52 familles.

2éme groupe : présence d’au moins 2 antécédents familiaux : 147 familles.

3éme groupe : présence d’un seul cancer du sein et/ou ovaire : 55 familles.

La recherche de mutation BRCA1/BRCA2  a été réalisée chez tous les sujets du groupe1 et 9 du groupe2.

Le taux de mutation retrouve chez les 61 patients est de 49,2 % : 80% sur BRCA1 et 20% sur BRCA2.

Il faut souligner que pour les 30 patients dont une mutation BRCA a été mise en évidence, 29 appartiennent au groupe1.

Conclusion

L’identification des gènes BRCA1 et BRCA2 a été une avancée majeure dans l’estimation des risques de cancer du sein. Néanmoins, si les tests génétiques commencent à entrer dans la pratique médicale, ils ne permettent pas d’identifier toutes les femmes qui ont un risque élevé, car d’autres facteurs génétiques jouent un rôle dans le développement d’une tumeur mammaire et ne sont pas identifiés à l’heure actuelle. Le test génétique BRCA permet au clinicien, de rassurer les non porteurs de la mutation familiale et de proposer une prise en charge préventive aux familles à risque de développer un cancer du sein et/ou de l’ovaire, par des examens radiologiques (mammographie et IRM) voir chirurgicaux (mastectomie ou ovariectomie prophylactique).

 

 


Nawal HABAK, Malika AIT ABDALLAH (, ), Ammar CHIKOUCHE, Belaid AIT ABDELKADER, Lakhdar GRIENE
00:00 - 00:00 #12602 - P145 Array-CGH characterization of a de novo 15q26.1q26.3 in a Moroccan girl.
P145 Array-CGH characterization of a de novo 15q26.1q26.3 in a Moroccan girl.

15q26 deletion is a relatively rare chromosomal disorder described only in few cases. Clinically, this condition is characterized by microcephaly, pre- and postnatal growth retardation, developmental delay, intellectual disability, dysmorphic features, epilepsy and various congenital malformations. We report here a girl, 4 years old, of consanguineous parents, with a de novo 15q26 deletion. Clinical manifestations included failure to thrive, microcephaly, dysmorphic features with broad forehead, hypertelorism, narrowed eyelid slits, protruding columelle, downturned corners of the mouth. The patient has also skeletal abnormalities, especially clinodactyly of the 5th finger, right foot varus equine, left club foot. Otherwise, she has teething delay and divergent strabismus. Paraclinical investigations showed right-to-left atrial shunting, and enlarged right heart. Conventional cytogenetics displayed a derivative 15 chromosome with an abnormally short q arm. Array comparative genomic hybridization disclosed a 9.15 Mb deletion detected in 15q26.1q26.3 band. Here we report a further case of 15q26 deletion, and we highlight the importance of array-CGH to better delineate such chromosomal abnormalities.


Saadia AMASDL (Rabat, Maroc), Abdelhafid NATIQ, Yahya BENBOUCHTA, Aziza SBITI, Nicole DE LEEUW, Dominique SMEETS, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12603 - P146 Impact of BRCA1 BRCT variants on cancer risk: a robust and easily implementable experimental approach.
P146 Impact of BRCA1 BRCT variants on cancer risk: a robust and easily implementable experimental approach.

BRCA1 mutations have been identified that increase the risk of developing hereditary breast/ovarian cancers. Genetic screening is now offered to patients with a family history of cancer, in order to adapt their treatment and the management of their relatives. However, a large number of BRCA1 variants of uncertain significance (VUS) are detected. In this study we present one of the first high-throughput structural and functional analyses of a large set of BRCA1 VUS. Information on both cellular localization and DNA-repair capacity was obtained for 78 BRCT missense variants of the French UMD-BRCA1 database and measurement of the structural stability and phosphopeptide-binding capacities was performed on 42 mutated BRCT-domains. These extensive and focused analyses revealed that most causal variants affect BRCT-domain solubility in bacteria and BRCA1 homology-directed-DNA-repair (HR) activity in cells. Moreover all characterized causal variants showed phosphopeptide-binding defects. From the analysis of causal, neutral variants as well as VUS, we could estimate the impact of the BRCT variants on cancer risk. We propose that VUS with phosphopeptide-binding defects should be systematically handled as causal variants. Moreover, phosphopeptide-binding properties of HR deficient VUS with BRCT-domains that are insoluble in bacteria should be systematically characterized, in order to further highlight the impact of these VUS on cancer risk. 


Ambre PETITALOT, Elodie DARDILLAC, Eric JACQUET, Naima NHIRI, Josée GUIROUILH-BARBAT, Patrick JULIEN, Isslam BOUAZZAOUI, Dorine BONTE, Jean FEUNTEUN, Jeff SCHNELL, Ugc SOUS-GROUPE DES LABORATOIRES DU GROUPE GÉNÉTIQUE E, Catherine NOGUES, Etienne ROULEAU, Rosette LIDEREAU, Bernard LOPEZ, Sophie ZINN-JUSTIN, Sandrine CAPUTO (PARIS)
00:00 - 00:00 #12604 - P147 Etude de COségrégation familiale des VARiants nucléotidiques (COVAR) dans les gènes BRCA1/2 pour valider leur utilisation en conseil génétique.
P147 Etude de COségrégation familiale des VARiants nucléotidiques (COVAR) dans les gènes BRCA1/2 pour valider leur utilisation en conseil génétique.

Les gènes BRCA1 et BRCA2 sont les deux gènes majeurs de prédisposition aux cancers du sein et/ou de l’ovaire. Les mutations constitutionnelles affectant ces gènes sont des mutations inactivatrices qui augmentent de façon significative le risque de développer un cancer. La mise en évidence d’un variant pathogène à partir d’un cas index (patient atteint d’un cancer le plus susceptible d’être porteur d’une mutation familiale et qui fait l’objet d’une analyse complète des deux gènes) permet au généticien de proposer une prise en charge adaptée à tous les membres de la famille selon que les apparentés sont porteurs ou non de la mutation causale. En 2015, un variant pathogène, utilisable pour le conseil génétique est mis en évidence dans ~ 11% des cas index testés (chiffres INCa). Des Variants nucléotidiques de Signification Inconnue (VSI) sont mis en évidence chez plus de 20% des patients testés. Pour ces familles, des tests génétiques ne peuvent pas être proposés aux apparentés et le conseil génétique est orienté par l’histoire familiale

La base de données nationale de mutations UMD-BRCA1/2, labellisée par l’INCa, permet le recueil anonyme des résultats des tests cas index des 16 laboratoires français réalisant ces tests. En juin 2017, UMD-BRCA1/2 (BRCAshare) regroupe ~11000 familles pour BRCA1 et ~13450 familles pour BRCA2 avec 1356 VSI différents pour BRCA1 dans 2294 familles et 2181 VSI différents pour BRCA2 dans 4278 familles. Un des arguments essentiel et quantifiable pour le classement des VSI est leur co-ségrégation familiale avec la maladie (apparentés atteints de cancer du sein ou de l’ovaire, porteurs du VSI et apparentés indemnes de cancer non porteurs du VSI). Outre les données de co-ségrégation du VSI avec la maladie, sont pris en compte l’histoire familiale, les caractéristiques tumorales et la co-occurrence rapportée ou non du VSI avec une mutation causale du même gène. Les estimations de probabilité que le VSI soit causal sont calculées à partir des arbres généalogiques en utilisant un modèle statistique selon Thompson

Le but du protocole de recherche COVAR est d’organiser des études de co-ségrégation pour les VSI de la base UMD-BRCA1/2, sélectionnés selon plusieurs critères. Actuellement, nous avons sélectionné 306 VSI pour l’étude COVAR. Depuis le début de l’étude, nous avons inclus plus de 900 individus appartenant à 339 familles à travers la France. A l’aide des informations de co-ségrégation, nous avons pu classer des variants. Par conséquent, les familles présentant ces VSI ont pu être prises en charge à la suite de ce classement

En parallèle de ce protocole, le groupe de travail de classification revoit les variants de la base de données avec les connaissances actuelles. Dans ce cadre, 490 variants ont été classés en neutre/probablement neutre ou causal sur des données de la littérature, des fréquences de population ou encore de récents résultats d’épissage.


Sandrine CAPUTO (PARIS), Francesca DAMIOLA, Mélanie LEONE, Audrey REMENIERAS, Françoise REVILLION, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU, Lisa GOLMARD, Violaine BOURDON, Nadia BOUTRY-KRYZA, Ugc SOUS-GROUPE DES LABORATOIRES DU GROUPE GÉNÉTIQUE E, Christine LASSET, Olivier CARON, Olga SININILKOVA, Rosette LIDEREAU, Dominique STOPPA-LYONNET
00:00 - 00:00 #12605 - P148 La spermFISH est-elle encore d’intérêt pour les porteurs de translocations Robertsoniennes ? Analyse méiotique de 22 patients et revue de la littérature.
P148 La spermFISH est-elle encore d’intérêt pour les porteurs de translocations Robertsoniennes ? Analyse méiotique de 22 patients et revue de la littérature.

Intro

Les translocations Robertsoniennes (RobT) sont des anomalies chromosomiques de structure caractérisées par la fusion de deux chromosomes acrocentriques (13, 14, 15, 21 ou 22). Avec une incidence de 1.23/1000 naissances, les porteurs présentent souvent des problèmes de fertilité, de fausses couches répétées ou de descendance avec déséquilibre chromosomique malgré une majorité de gamètes équilibrés issus du mode de ségrégation alterne. Nous avons étudié la variabilité de la ségrégation méiotique des chromosomes de 175 patients porteurs de RobT, ayant bénéficié de spermFISH et recherché des facteurs influençant les taux de ségrégation.

M&M

Etude rétrospective sur une cohorte de 22 patients analysés dans notre centre entre 2003 et 2016 et comparés aux données des 153 patients recensés dans la littérature entre 1995 et 2016.

Résultats

Conformément aux données de la littérature (p > 0.05 pour chaque type de translocation), le mode de ségrégation alterne est prédominant chez nos 22 patients avec une moyenne par patient de 74.03% ±7.83SE de spermatozoïdes équilibrés (min 50.92%; max 89,99%). Les taux observés pour chaque type de RobT ne sont pas différents les uns des autres (p > 0.05) à l’exception de la translocation rob(13;15) qui présente un taux plus faible de gamètes équilibrés (p=0,01 vs rob(13;14) et rob(14;21)). Les patients normozoospermiques présentent des taux significativement plus élevé (p < 0.01) de spermatozoïdes équilibrés que les patients présentant une anomalie du spermogramme, quel que soit le défaut observé.

Conclusion

La spermFISH nous fournit des informations sur la proportion de gamètes équilibrés chez les porteurs de RobT. Nos données confirment sur une grande série, que ces patients présentent des taux similaires et élevés de ségrégation équilibrée, hormis pour la translocation (13 ;15). Par ailleurs les anomalies du spermogramme sont des facteurs péjoratifs pour la ségrégation méiotique normale. Il reste donc important que l’effort global de collecte de données de ségrégation méiotique se poursuive, particulièrement pour les RobT rares et les patients à spermogramme altéré, afin d’optimiser la prise en charge et le conseil génétique de ces patients.


Guillaume MARTINEZ, Anna LAMOTTE, Françoise DEVILLARD (GRENOBLE), Jean-Pascal HOGRAINDLEUR, Véronique SATRE, Charles COUTTON, Julien BESSONNAT, James LESPINASSE, Mehdi BENCHAIB, Sophie BROUILLET, Sylviane HENNEBICQ
00:00 - 00:00 #12608 - P149 L’exploration de formes familiales de cancer du sein par une double approche, tumorale par puces SNP et constitutionnelle par séquençage d’exome, confirme l’implication du gène ATM dans la cancérogénèse mammaire.
P149 L’exploration de formes familiales de cancer du sein par une double approche, tumorale par puces SNP et constitutionnelle par séquençage d’exome, confirme l’implication du gène ATM dans la cancérogénèse mammaire.

Introduction. 10 à 20% des cas de cancers du sein diagnostiqués sont des formes familiales mais seulement 20% d’entre elles sont expliquées par une altération constitutionnelle d’un gène de prédisposition connu tels que les gènes BRCA1 et BRCA2. L’importante hétérogénéité génétique qui caractérise les familles BRCAx rend difficile la réalisation d’études familiales groupées et ne permet pas l’identification de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein selon les méthodes classiques de liaison génétique ou d’association. Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) à l’échelle de l’exome ou du génome entier, autorisent en revanche l’étude de familles individuelles à la recherche de mutations constitutionnelles privées mais le nombre considérable de variants génétiques identifiés impose leur tri sur des critères de pathogénicité ou de récurrence. Un autre critère de tri peut être représenté par l’identification de régions candidates définies en fonction de réarrangements génomiques tumoraux communs à plusieurs tumeurs au sein d’une même famille. Le génotypage tumoral par puces SNP (pour single nucleotide polymorphism) permet en effet la détection d’haplotypes conservés dans des régions récurrentes de LOH (pour loss of heterozygosity) communes à plusieurs tumeurs familiales et donc l’identification de régions candidates suspectes d’abriter des mutations germinales dans des gènes de prédisposition au cancer.

Méthodes. La combinaison de ces deux approches, génotypage tumoral puis NGS, a été appliquée à une série de 17 familles avec agrégation de cancers du sein pour lesquelles au moins deux échantillons tumoraux étaient disponibles. Aucun nouveau gène de prédisposition au cancer du sein n’a été identifié mais une mutation délétère constitutionnelle du gène ATM a ainsi été retrouvée, associée à une perte de l’allèle sauvage dans les tumeurs d’une famille BRCAx.

Résultats. L’analyse de 17 tumeurs du sein supplémentaires provenant de 10 familles avec agrégation de cancers du sein et mutation constitutionnelle du gène ATM identifiée chez le cas index, a révélé que l’allèle sauvage d’ATM était fréquemment perdu dans ces tumeurs (>80% contre 20% attendu en situation sporadique ; p<0.001).

Conclusion. Ce résultat plaide fortement en faveur de l’implication d’ATM dans la carcinogénèse de ces cancers du sein tel un gène suppresseur de tumeur et confirme que les mutations constitutionnelles d’ATM sont impliquées dans des formes familiales de cancer du sein.


Virginie BUBIEN (Bordeaux), Françoise BONNET, Jennifer DUPIOT-CHIRON, Emmanuelle BAROUK-SIMONET, Natalie JONES, Aurélien DE REYNIES, Gaëtan MACGROGAN, Nicolas SEVENET, Eric LETOUZE, Michel LONGY
00:00 - 00:00 #12610 - P150 Découverte par Exome ciblé d’une nouvelle mutation homozygote de MCM8 chez des femmes avec insuffisance ovarienne prématurée membres d'une famille consanguine. Caractérisation fonctionnelle.
P150 Découverte par Exome ciblé d’une nouvelle mutation homozygote de MCM8 chez des femmes avec insuffisance ovarienne prématurée membres d'une famille consanguine. Caractérisation fonctionnelle.

L'insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est une déplétion folliculaire précoce survenant avant l'âge de 40 ans. L'IOP reste idiopathique dans plus de 50% des cas mais la génétique joue un rôle déterminant au plan étiologique.
Nous avons utilisé le séquençage nouvelle génération (NGS) type Exome ciblé (panel de 35 gènes) afin d'identifier le gène reponsable chez 4 sœurs avec IOP issues d'une grande famille tunisienne fortement consanguine.
Les données NGS ont révélé une nouvelle mutation faux sens dans le gène MCM8 (c.482A > C; p.His161Pro) qui coségrègeait avec la maladie. Les 4 sœurs atteintes étaient homozygotes et les deux parents indemnes étaient hétérozygotes pour cette mutation. Cette mutation touche un acide-aminé hautement conservé du domaine de liaison à l'ADN, côté N-terminal.
L’hélicase codé par MCM8 joue un rôle important dans le déroulement des crossing-over pendant la méiose et dans la réparation par recombinaison homologue de l’ADN. Pour démontrer son caractère délétère nous avons évalué l'effet de la mutation p.His161Pro sur la capacité de réparation de l'ADN sur les lymphocytes du sang périphérique de patients mutés à l'état homozygote ou hétérozygote et exposés à une concentration croissante de mitomycine C.
Nous avons observé une augmentation de l’instabilité chromosomique et un défaut significatif de réparation chromosomique dans les cellules provenant des individus homozygotes affectés par rapport à un contrôle sain.
La coségrégation et la perte de fonction de MCM8 démontrent le rôle causal de cette mutation dans le phénotype IOP de cette famille et le rôle important de MCM8 dans la physiopathologie de l'IOP.


Nouha BOUALI, Bruno FRANCOU, Jérôme BOULIGAND, Dilek IMANCI, Sarra DIMASSI, Lucie TOSCA, Monia ZAOUALI, Soumaya MOUGOU, Jacques YOUNG, Ali SAAD, Anne GUIOCHON-MANTEL (Le Kremlin-Bicêtre)
00:00 - 00:00 #12622 - P151 Taches café au lait chez des patients atteints de tumeurs cérébrales : NF1 ou CMMRD?
P151 Taches café au lait chez des patients atteints de tumeurs cérébrales : NF1 ou CMMRD?

Background: Cafe-au-lait macules (CAL) are one of the major criteria for the diagnosis of Neurofibromatosis 1 (NF1) and Constitutional Mismatch Repair Deficiency (CMMRD) both associated with a predisposition to pediatric brain tumor. Because of overlapping phenotypes, differential diagnosis between the two syndromes may be difficult.

Patients and methods: We performed a retrospective review of all patients with a brain tumor and multiples CAL macules treated in Gustave Roussy pediatric department between 1998 and 2016. The aim of this study is to describe the clinical features of these patients. Diagnosis of NF1 was based on classical clinical criteria (NIH consensus development conference, 1987). Diagnosis of CMMRD suspected according to Wimmer’s criteria led to an immunostainning (IHC) of tissue samples for MMR protein followed by guided MMR gene molecular analysis.

Results: 71 children met the inclusion criteria. Population was classified in 2 groups according to the diagnosis NF1 (n = 60) and CMMRD (n = 11).

NF1 related tumors were mostly low grade gliomas (LGG) in the optic pathway (n=54), brainstem (n=3), supra tentorial (n=3). Four high grade gliomas (HGG) were reported: 2 primary HGG and 2 secondary HGG after first LGG. For HGG, IHC of tissu samples for MMR protein was performed for 3 patients. No protein extinction was found for 2 and a loss in MSH2 protein was observed in the third one. Germline screening for MSH2 is ongoing for this patient who has a germline NF1 mutation too. Screening for NF1 germline mutation was not routinely performed. A NF1 germline mutation was identified in 18/26 (69%) patients for whom result of molecular analysis is available. In 8 patients with no identified mutation, a mosaicism may have been involved.

Diagnosis of CMMRD was suspected on the basis of Wimmer’s criteria for 11 patients, mostly prospectively and retrospectively in 1 patient previously diagnosed as NF1 before 2011. A loss of expression of MMR protein was identified by IHC for all patients. The germline molecular diagnosis identified a bi-allelic mutation of PMS2 (9 patients) and MSH6 (2 patients). All the 11 CMMRD patients had 13 malignant brain tumors with a median age of 11years at diagnosis of the first brain tumor.  Eight others malignancies were reported in 4 of them : hematologic malignancies (n=4), colorectal cancers (n=2) and sarcomas (n=2).

Death occurred in 9/60 (15%) of patients with NF1 and in 8/11 (73%) of patients with CMMRD. Median time between the first tumor and death was 7 and 0.8 years respectively.

Conclusion: Despite some overlapping in clinical features, CMMRD and NF1 are very different in term of tumor spectrum, incidence of malignant tumors and outcome. Diagnosis of CMMRD has clinical implications for therapy, genetic counseling and tumor screening in the patients and their relatives. Furthers studies are needed to understand the underlying cause for NF1 features in CMMRD patients.


Léa GUERRINI-ROUSSEAU (Villejuif), Noémie LAVOINE, Yoan DITCHI, Dominique VIDAUD, Felipe ANDREIUOLO, Pascale VARLET, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Stéphanie PUGET, Christelle DUFOUR, Jacques GRILL, Brigitte BRESSAC - DE PAILLERETS, Dominique VALTEAU-COUANET, Laurence BRUGIERES
00:00 - 00:00 #12628 - P152 Metalloprotéinases et cancer du nasopharynx.
P152 Metalloprotéinases et cancer du nasopharynx.

Le cancer du nasopharynx (CNp) se distingue des cancers des voies aériennes supérieures par sa répartition géographique singulière et sa constante liaison au virus d'Epstien Barr. Par ailleurs, les facteurs environnementaux et la composante génétique jouent un rôle additif dans l'apparition de ce cancer. En Tunisie, la majorité des patients présente un cancer de type indifférencié (UCNT) dont le tirersprésente des récidives et/ou métastases. Or, l'invasion tumorale, les métastsases et l'angiogenèse résultent d'une forte dégradation de la matrice extracellalulaire en corrélation avec l'augmentation de l'expression des métalloprotéinases (MMPs). Ces MMPs constituent une famille d'enzymes protéolytiques qui assurent collectivement la dégradation de toutes les molécules de la matrice extracellulaire (MEC) et de la membrane basale, jouant un rôle important dans le catabolisme et le remodelage de la MEC à l'état normal et pathologique.

Au cours de ce travail, nous avons ciblé les principaux polymorphismes génétiques fonctionnels de différents types de métalloprotéinases et leurs inhibiteurs, à savoir la MMP-7 (-181 A/G), MMP-1 (-1607 1G2G), MMP-2 (-1575 G/A, -1306 C/T,et -790 T/G) et TIMP-1 (rs 2070584 G/T), TIMP-2 (rs 2009195 G/C) chez des patients présentant un UCNT du cavum, comparés à des sujets sains pris comme témoins.

L'étude molécualire, après extraction de l'ADN génomique à partir de sang total, a été réalisée par les techniques de PCR-RFLP et PCR en temps réel par méthodologie Taqman chez 267 patients et 286 témoins. Le dosage des enzymes MMP-2, TIMP-1 et TIMP-2 a été effectué chez 40 patients, réprésentatifs de notre groupe de patients, par la technique ELISA type "sandwich". Les calculs statistiques ont été réalisés à l'aide du logiciel SPSS 15.0. Nos résultats ont montré que la présence des génotypes -181GG MMP-7, -1607 2G2G  MMP-1 et du variant -1575 A MMP-2 constitueraient un facteur de risque dans la survenue du cancer du nasopharynx (respectivement: OR=2.5 p < 10-6 ; OR= 2.18 p < 10-6 et OR= 1.62 p=0.004). De plus, les patients génotypés -1607 2G2G MMP-1 présenteraient un risque de récidives et/ou métastases à distance (p=0.007). L'analyse multivariée de ces résultats a souligné que les facteurs de risque trouvés constitueraient des marqueurs prédictifs indépendants dans le risque de survenue du cancer du nasopharynx, le génotype -181 GG MMP-7 réprésentant le marqueur le plus décisif (OR=11.963, IC 95% [4.303-33.256] p < 0.0001).

Par ailleurs, nous avons trouvé une corrélation positive entre le polymorphisme -1575 G/A MMP-2 et les taux d'expression des inhibiteurs TIMP-1 et TIMP-2: le variant -1575A étant associé à une élévation des taux de TIMP-1 et TIMP-2 (p=0.025); de même le taux d'expression de MMP-2 est quasiment doublé en présence du génotype homozygote muté CC de TIMP-2 (603.55 ng/ml à 1172.45 ng/ml, p=0.016). L'expression de MMP-2 a été associée à la taille tumorale (p=0.012) et le nombre de ganglions envahis (p=0.005).


Tesnim MAMOGHLI, Hayet DOUIK (Tunis, Tunisie), Abir ARFAOUI, Arij BEN CHAABEN, Latifa HARZALLAH, Sonia ALOUI, Monia ELASMI, Fethi GUEMIRA
00:00 - 00:00 #12635 - P153 L’apport de la cytogénétique constitutionnelle et moléculaire dans le diagnostic du syndrome de Di-George 2 chez un nouveau-né présentant une dysmorphie faciale, une ambiguïté sexuelle et une cardiopathie congénitale.
P153 L’apport de la cytogénétique constitutionnelle et moléculaire dans le diagnostic du syndrome de Di-George 2 chez un nouveau-né présentant une dysmorphie faciale, une ambiguïté sexuelle et une cardiopathie congénitale.

Le syndrome de Di-George (DGS) est associé typiquement à une cardiopathie congénitale de type conotroncale, des malformations palatines, une hypocalcémie secondaire à l’agénésie ou l’hypoplasie des parathyroïdes, une agénésie thymique entrainant un déficit immunitaire et une uropathie malformative. La délétion de la région 22q11.2, cause majeure de ce syndrome, est détectable chez 85% des patients présentant le diagnostic clinique du DGS.

La délétion du chromsome10p terminale est une anomalie chromosomique rare (approximativement 50 cas rapportés). Le phénotype correspondant à cette anomalie est dans certains cas associé à celui du syndrome de Di George. Les signes cliniques incluent une  cardiopathie congénitale, une  déficience immunitaire des cellules T, une hyperparathyroïdie  dont l’hypocalcémie, une  dysmorphie faciale, un retard du développement psychomoteur, une surdité et des anomalies génitourinaires.

 

Dans ce travail, nous rapportons le cas d’un nouveau-né présentant un syndrome de Di- George 2 (DGS 2).  Il s’agit d’un nouveau-né, de sexe féminin, issu d’un mariage consanguin.  Le nouveau-né de 5 jours, a présenté  un retard de croissance intra utérin, une dysmorphie faciale avec un front plat, des petites fentes palpébrales, une petite bouche avec des lèvres minces, un palais ogival et des petites oreilles mal ourlées et bas implantées.  Une agénésie du pouce droit, une hypertrophie du clitoris et une malformation ano-rectale ont été notés. Une CIV non restrictive avec une petite CIA et un petit canal artériel ont été objectivées. Le bilan biologique et les échographies rénale et transfontanellaires sont sans anomalies.

Le caryotype de cette patiente a montré une délétion interstitielle en 10p14 survenue de novo. La FISH avec la sonde spécifique du locus DGS2 a confirmé la délétion.

 

Les malformations cardiaques dans le DGS2 ont été  rapportées dans 47% des cas.  Sur le plan cytogénétique des délétions dans la région 22q11.2  lui ont été fréquemment associées. Un complément par CGH array est prévu afin de caractériser la délétion 10p14 et de détecter d’éventuels réarrangements cryptiques additionnels. Dans le présent cas la délétion interstitielle 10p14 est de novo, néanmoins la forme familiale secondaire à une translocation (10p ; 14q) a été décrite dans la littérature.

La FISH reste le moyen de routine le plus rapide et efficace pour le diagnostic  positif, cependant la CGH array de première intention permet une cartographie des réarrangements complet et donc un conseil génétique conséquent  plus précis   .


Fatma TURKI, Hedia AYECHE, Afef JELLOUL, Sonia NOURI, Hsan SIBOUI, Ali SAAD, Soumaya MOUGOU ZERELLI (Sousse)
00:00 - 00:00 #12641 - P154 La mutation germinale p.N363K de POLE semble associée à un risque majoré de cancer colorectal et de glioblastome à cellules géantes.
P154 La mutation germinale p.N363K de POLE semble associée à un risque majoré de cancer colorectal et de glioblastome à cellules géantes.

Prérequis : Les mutations du domaine exonucléase (fonction de correction sur épreuve, « proofreading ») de deux ADN-polymérase (POLE et POLD1) ont été impliquées dans un syndrome associant polypose adénomateuse et survenue précoce de cancer colorectal et de cancer de l’endomètre (PPAPS). Ces mutations prédisposent possiblement à des tumeurs d’autres organes ; dans ce cadre le risque d’atteinte tumorale cérébrale n’a pas été clairement décrit.

Description des patients : Nous rapportons une famille dont les membres présentent un PPAPS en lien avec une mutation POLE c.1089C > A; p.Asn363Lys dans le domaine exonucléase correcteur d’erreur, posant le problème d’une surincidence de glioblastomes. 10 patients ayant une histoire de cancer colorectal et 3 patients présentant une polypose sont recensés dans cette famille. Trois patients mutés (deux de la même fratrie et leur cousine éloignée) et un patient de statut POLE indéterminé (mais dont le père était porteur connu de la mutation) ont présenté un glioblastome à 45, 52, 30 et 37 ans respectivement. Ces 4 cas présentaient une histologie similaire de glioblastome à cellules géantes (forme rarement décrite dans les cas sporadiques de glioblastomes).

Conclusion: Il s’agit de la deuxième famille décrite pour la mutation p.N363K de POLE. Dans la première (famille suédoise), un cas de glioblastome était rapporté et dans notre famille trois cas de glioblastomes sont décrits parmi des patients porteurs de la mutation familiale (et un cas chez un patient de statut génétique non déterminé).

Ainsi la mutation constitutionnelle c.1089C > A de POLE, contrairement aux autres mutations POLE plus fréquemment identifiées dans le PPAPS, pourrait être responsable d’un risque majoré de tumeurs cérébrales (incidence de 20% (4/20) parmi les patients mutés en combinant les deux familles). Des cas supplémentaires semblent nécessaires afin de valider cette hypothèse et le mécanisme impliquant la mutation de POLE dans la survenue de tumeurs cérébrale reste à préciser.

Dans l’attente, on pourrait proposer 1) une information appropriée aux familles et l’évaluation d’un  dépistage et/ou suivi neurologique spécifique (en plus du dépistage digestif et gynécologique). 2) La recherche d’arguments en faveur d’un PAPPS devant tout glioblastome à cellules géantes, et 3) la discussion de l’accès précoce à un traitement par immunothérapie pour les patients atteints de glioblastome dans le cadre de ce syndrome  compte tenu du caractère prédictif de réponse des tumeurs « POLE muté » (phénotype immunogène) et du peu d’efficacité des thérapeutiques actuelles.


Pierre VANDE PERRE (Toulouse), Aurore SIEGFRIED, Carole CORSINI, Delphine BONNET, Christine TOULAS, Thomas FILLERON, Julia GILHODES, Nadim HAMZAOUI, Janick SELVES, Edith CHIPOULET, Jean-Sébastien HOFFMANN, Emmanuelle URO -COSTE, Rosine GUIMBAUD
00:00 - 00:00 #12652 - P155 Dualité cancer du sein et grossesse : place de la consultation d’oncogénétique.
P155 Dualité cancer du sein et grossesse : place de la consultation d’oncogénétique.

Le diagnostic de cancer du sein durant  la grossesse et jusqu’à un an après l’accouchement est un évènement rare et traumatisant. En France, de 10 à 39 femmes sur 100 000 naissances développent un cancer du sein pendant leur grossesse ou jusqu’à un an après leur accouchement.

A partir d’une étude rétrospective, descriptive, multicentrique sur 10 ans entre 2006 à 2016, nous nous sommes interrogés sur la place de la consultation d’oncogénétique dans ce contexte : L’indication de la consultation d’oncogénétique est-t-elle systématiquement abordée ? Est-elle réalisée pendant ou après le traitement ? Avant ou après l’accouchement ?

Notre étude a porté sur neuf patientes dont huit ont développé un cancer du sein durant la grossesse et une dans une période d’un an après l’accouchement.

Pour l’ensemble des patientes, il s’agit de grossesses obtenues spontanément. Toutes sont multipares (gestité de 3.2 (2-5) et parité de 2.4 (1-5)). Au moment du diagnostic, l’âge moyen est de 35.2 ans (31-42 ans) et l’âge gestationnel moyen est de 22SA + 5j (11-32 SA). Trois patientes soit 33.3% présentait un antécédent de cancer du sein lié au 1er degré. La consultation d’oncogénétique a été proposée à huit patientes sur neuf, sur ces huit, six ont accepté de réaliser une consultation d’oncogénétique et ont réalisé l’analyse.

Sur ces six patientes, trois sont venues chercher leur résultat elles-mêmes, une femme est porteuse d’une mutation du gène BRCA1 et deux femmes ne sont pas porteuse de mutation délétère des gènes BRCA1 et BRCA2. Une femme est décédée, son conjoint est venu chercher son résultat sur lequel une mutation délétère du gène BRCA1 a été identifiée. Une patiente n’est pas venue chercher ses résultats et pour la dernière patiente, l’analyse est en cours.

En moyenne, le délai entre la date du diagnostic du cancer du sein et la date de la première consultation d’oncogénétique est de 2 ans et 4 mois [6 mois - 5 ans et 6 mois].

Il est satisfaisant de constater que la consultation d’oncogénétique est proposée quasi-systématiquement chez ces jeunes patientes. La majorité d’entre elles accepte l’analyse génétique. La consultation d’oncogénétique est le plus souvent réalisée à distance de la fin des traitements.  Cette dualité, grossesse et cancer du sein, reste une situation rare qui nécessite une attention particulière ainsi qu’une prise en charge pluridisciplinaire.


Tatiana KOGUT-KUBIAK, Marion ALVAREZ, Sophie BRINGER - DEUTSCH, Séverine GUIU, Pascal PUJOL, Isabelle COUPIER (MONTPELLIER)
00:00 - 00:00 #12664 - P156 Les duplications génomiques du gène ZNF331 soumis à empreinte maternelle comme nouvelle cause génétique de retard de croissance intra-utérin (RCIU) sévère ?
P156 Les duplications génomiques du gène ZNF331 soumis à empreinte maternelle comme nouvelle cause génétique de retard de croissance intra-utérin (RCIU) sévère ?

Le retard de croissance intra-utérin (RCIU) est un signe d’appel échographique observé dans environ 3 % des grossesses et ses étiologies sont multiples. Une origine génétique est retrouvée dans environ 1/3 des cas. Nous rapportons le cas d’une patiente de 41 ans dont la première grossesse est marquée par la découverte à l’échographie de 22 SA d’un RCIU. Le RCT1 est à 1/170 avec une hCG à 4,59 MoM et une PAPP-A à 4,4 MoM. Le contrôle à 25 SA retrouve un RCIU inférieur au 3ème centile avec des dopplers utérins normaux et ombilical à +2DS. Il existe une redistribution avec inversion du rapport cérébro-placentaire. La quantité de liquide amniotique est modérée. Il existe une hyperéchogénicité intestinale de grade 2 et de nombreux lacs sanguins sous-choriaux faisant évoquer une cause placentaire à ce RCIU. La sérologie CMV est négative. Les contrôles échographiques réalisés à 26 SA et 28 SA retrouvent un infléchissement de la cinétique de croissance avec tous les paramètres biométriques très inférieurs au 3ème percentile. A 29 SA on observe une MFIU. A l’examen fœto-pathologique, le fœtus pèse 460 g (<5èmep) pour une taille de 30 cm (<5èmep) et un périmètre crânien de 19 cm (5èmep). Il n’est pas noté de variant morphologique, ni de malformations internes ou externes. L’examen anatomopathologique montre un placenta multi-fragmenté, siège de multiples infarctus anciens.

L’ACPA est réalisée à partir d’une ponction de liquide amniotique et met en évidence une duplication de 1,06 Mb en 19q13.42 héritée du père. Elle contient 27 gènes OMIM et un cluster de micro-ARNs. Parmi ces gènes, on retrouve le gène ZNF331 soumis à empreinte maternelle. Lambertini et al. ont démontré que le niveau d’expression de ZNF331 au niveau placentaire est inversement corrélé aux paramètres biométriques du fœtus.

Dans ce travail, nous montrons que l’expression de ZNF331 est majoritairement placentaire. L’étude de la méthylation du promoteur du gène ZNF331 par MS-MLPA chez le fœtus et son père sain met en évidence que l’allèle paternel dupliqué chez le fœtus n’est pas méthylé et exprime donc les deux copies du gène ZNF331. Inversement, cet allèle dupliqué est méthylé au locus ZNF331 chez le père sain. Enfin, l’immunohistochimie anti-ZNF331 réalisée sur les coupes de placenta confirme au niveau protéique la forte expression placentaire de ZNF331 chez notre patiente comparativement à des placentas contrôles (n=3, 29-30 SA, absence de RCIU).

En conclusion, nous rapportons pour la première fois dans la littérature le cas d’un RCIU sévère causé par la sur-expression du gène ZNF331 due à une duplication génomique 19q13.42 d’origine paternelle. Cette observation souligne l’intérêt de l’ACPA dans les RCIU sévères isolés et confirme l’importance cruciale des gènes soumis à empreinte dans le développement placentaire et fœtal.


Marie BIDART, Graciane PETRE, Brice POREAU (Grenoble), Françoise DEVILLARD, Gaelle VIEVILLE, Hervé SARTELET, François BERGER, Pierre-Simon JOUK, Florence AMBLARD, Véronique SATRE, Charles COUTTON
00:00 - 00:00 #12676 - P157 Les mutations du gène GF2 codant pour une protéine de la gaine fibreuse du spermatozoïde sont une cause récurrente d’anomalies flagellaires multiples (syndrome MMAF).
P157 Les mutations du gène GF2 codant pour une protéine de la gaine fibreuse du spermatozoïde sont une cause récurrente d’anomalies flagellaires multiples (syndrome MMAF).

L’infertilité masculine concerne plus de 20 millions d’hommes à travers le monde et représente un véritable enjeu de santé publique. Bien que multifactorielle, l’infertilité masculine a une composante génétique importante. Dans le cadre de notre projet ANR «MAS FLAGELLA» nous avons constitué une cohorte de 78 patients présentant une infertilité primaire liée à par des anomalies morphologiques multiples des flagelles (MMAF). Précédemment, nous avons pu mettre en évidence des mutations dans 3 gènes codant pour des protéines axonémales du flagelle du spermatozoïde DNAH1, CFAP43 et CFAP44 chez environ 30% des patients MMAF. Ces résultats suggèrent qu’environ 70% des patients restant sont porteurs de mutations dans d’autres gènes.

Un séquençage exomique complet (WES) de notre cohorte a été réalisé. Après mise en place d’un pipeline bio-informatique spécifique, nous avons pu identifier 4 patients non apparentés (5,1%) avec une mutation tronquante (ins/del) homozygote dans le gène GF2. Toutes ces mutations ont été confirmées en Sanger et n’ont jamais été décrite dans les bases de bases de données publiques de polymorphismes (dbSNP, gnomAD). Le gène GF2 code pour une protéine de la gaine fibreuse des flagelles du spermatozoïde et nos données de RT-qPCR montrent que son expression est spécifique au testicule.

Au sein de la gaine fibreuse du flagelle, qui correspond à une structure riche en protéines enveloppant l’axonème et les fibres denses uniquement au niveau de la pièce principale du flagelle, la protéine GF2 interagit directement avec la protéine AKAP4 (Kinase Anchoring Protein). Les analyses par immunofluorescence avec un anti-AKAP4 sur des spermatozoïdes de nos 4 patients mutés dans GF2 montrent une disparition complète du signal. Inversement, le marquage AKAP4 persiste dans le flagelle des spermatozoïdes des patients mutés dans les gènes DNAH1, CFAP43 et CFAP44. Ces données démontrent que les mutations dans le gène GF2 entrainent spécifiquement la perte de protéines partenaires de la gaine fibreuse comme AKAP4. La protéine AKAP4 représente la protéine le plus abondante de la gaine fibreuse et est impliquée dans le processus d’assemblage de la gaine. Il a été démontré que les souris KO pour le gène Akap4 présentent des anomalies morphologiques sévères du flagelle du spermatozoïde semblables à celles observées chez nos patients. Des analyses de microscopie électronique ont pu être réalisées chez un nos patients mutés dans GF2 et montrent une désorganisation générale et sévère de la gaine fibreuse mais aussi de l’axonème.

Au final, nous avons pu mettre en évidence pour la première fois des mutations pathogènes dans un gène codant pour une protéine de la gaine fibreuse chez des patients MMAF. Ces données démontrent que les mutations dans GF2 entrainent la perte de la protéine AKAP4. Ce travail confirme le rôle structural essentiel des protéines de la gaine fibreuse comme GF2 ou AKPA4 dans la biogénèse du flagelle du spermatozoïde.


Charles COUTTON (Grenoble), Guillaume MARTINEZ, Jean-Pascal HOGRAINDLEUR, Pauline LE TANNO, Karine PERNET-GALLAY, Raoudha ZOUARI, Thomas KARAOUZÈNE, Véronique SATRE, Christophe ARNOULT, Pierre RAY
00:00 - 00:00 #12681 - P158 le syndrome à12 cas de prader willi diagnostiqués dans le laboratoire du cytogénétique du cpmc alger.
P158 le syndrome à12 cas de prader willi diagnostiqués dans le laboratoire du cytogénétique du cpmc alger.

Le syndrome de Prader-Willi (SPW) est une maladie génétique rare, qui se caractérise par un dysfonctionnement hypothalamohypophysaire associé à une hypotonie majeure pendant la période néonatale et les deux premières années de vie ; puis de l'enfance à l'âge adulte, les problèmes principaux sont l'apparition d'une hyperphagie avec le risque d'obésité morbide, des difficultés d'apprentissage et des troubles du comportement, voire des troubles psychiatriques majeurs. Il est dû à une anomalie du chromosome 15 et concerne un cas sur 25 000 naissances. À la naissance, ces enfants présentent une hypotonie particulièrement sévère qui s'améliore partiellement. Elle explique les troubles de la succion déglutition et le décalage des acquisitions. Il existe également un syndrome dysmorphique discret mais constant, au niveau de la face associé à des extrémités petites. Dès l'âge de deux ans, il y a un risque d'installation d'une obésité sévère, due à une absence de satiété avec une hyperphagie qui s'aggrave rapidement et qui explique une grande partie de la morbidité et de la mortalité de ces patients. On observe des anomalies hypothalamohypophysaires, associant un retard statural dû à un déficit en hormone de croissance et un développement pubertaire incomplet. Le déficit intellectuel est rarement majeur et est extrêmement variable d'un enfant à l'autre. Il est associé à des difficultés d'apprentissage et d'expression orale majorées par les troubles psychologiques et comportementaux quand ils sont présents. Il s'agit d'une affection très hétérogène sur le plan clinique et génétique. Il y a aujourd'hui un consensus parmi les experts sur le fait que la suspicion diagnostique de la maladie est clinique (critères d'Holm et al. de 1993, revus en 2001) et sa confirmation génétique. Ces anomalies génétiques sont souvent accidentelles et sporadiques et les cas familiaux sont très rares, ce qu'il faut expliquer aux couples concernés, au cours d'une consultation de génétique. Il est nécessaire de mettre en place une prise en charge globale et multidisciplinaire. douzes patients presentant un syndrome de prader willi ont été diagnostiques au niveaux de notre laboratoire par des technique de cytogénétique moléculaire et des techniques de biologie moléculaire .


Belaid AIT ABDELKADER, Meriem Amina GHOUALI (alger, Algérie), Ammar CHIKOUCHE
00:00 - 00:00 #12682 - P159 tétrasomie 18p à propos de cinq cas diagnostiques au niveau du laboratoire cytogénétique du CPMC Alger.
P159 tétrasomie 18p à propos de cinq cas diagnostiques au niveau du laboratoire cytogénétique du CPMC Alger.

La tétrasomie 18p est une anomalie chromosomique structurale caractérisée par un déficit intellectuel modéré à sévère, un retard de croissance pré et postnatal, des signes pyramidaux, une dysmorphie crânienne particulière et des malformations rénales. La prévalence dans la population générale d'Europe a été estimée à 1 sur 180 000. L'anomalie chromosomique consiste en un isochromosome 18p supplémentaire résultant de la duplication du bras court de l'un des chromosomes 18 (i(18p)). Le diagnostic repose sur le caryotype des lymphocytes sanguins de cinq  enfants présentant des signes cliniques évocateurs d'une anomalie chromosomique.. Les techniques classiques de marquage en bandes révèlent un chromosome métacentrique supplémentaire, avec deux bras identiques. Les signaux d'hybridation du chromosome 18 en utilisant la sonde centomerique du chromosome 18 montres l’existance de trois signaux confirmant ainsi que le chromosome surnuméraire est bien un chromosome 18, puis nous avons utilisé la sonde telomerique du bras cours du chromosome 18  et nous avons retouvé quatres signaux , ce qui nous a conduit à poser le diagnostique de tétrasomie 18p chez les cinq patients .

 


Ouidad FADEL, Belaid AIT ABDELKADER (ALGER, Algérie)
00:00 - 00:00 #12708 - P160 une translocation inhabituelle t(9;22)(p23~21.3;q11) chez un patient Marocain avec suspicion de leucémie myéloide chronique.
P160 une translocation inhabituelle t(9;22)(p23~21.3;q11) chez un patient Marocain avec suspicion de leucémie myéloide chronique.

The diagnosis of typical chronic myeloid leukemia (CML) is defined mainly by the presence of BCR-Abl1 rearrangement encoding a chimeric protein with a very high tyrosine kinase activity responsible of white blood cell proliferation. The hematologic karyotype is the first genetic analysis realized in patient with suspected CML to confirm the diagnosis by the presence of the Philadelphia chromosome resulting from a reciprocal translocation between the long arms of the chromosomes 9 and the 22. Variants of the Philadelphia translocation and complex translocations involving BCR have been reported in myeloproliferative disorders. A rare translocation, t(9;22)(p24;q11.2), resulting in a novel BCR-JAK2 fusion has been reported in a handful of cases of CML and acute myelogenous leukemia (AML)

Hereby, we present a case with suspicion of chronic myeloid leukemia based on clinical and biological findings. The medullar karyotype revealed an unusual translocation t(9;22) involving the p arm of chromosome 9 and the q arm of chromosome 22. The presence of BCR-Abl rearrangement was completely excluded by interphase fluorescence-in-situ hybridization revealing the absence of Bcr-Abl fusion signal and by RT-PCR with none of the transcripts (M,m and u) have been found. To better characterize the translocation, we complete the molecular cytogenetic study and the breakpoints seemed to be at band p23~ 21.3 on the chromosome 9 and the at band q12 on the chromosome 22 and the BCR-Jak2 rearrangement was excluded.

More molecular investigations are needed to better characterize the genes implicated in the rearrangement described in order to define the molecular pathway responsible of the biological phenotype in our patient.


Yassamine DOUBAJ, Maryem SAHLI (Rabat, Maroc), Maria ZERKAOUI, Majdouline BOUAOUAD, Zoubida MZELEK TAZI, Abdelhafid NATIQ, Aziza SBITI, Thomas LIEHR, Othman MONEEB, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12715 - P161 CALR gene mutational profile in myeloproliferative neoplasms with non-mutated JAK2 in Moroccan patients: A case series and germline in-frame deletion.
P161 CALR gene mutational profile in myeloproliferative neoplasms with non-mutated JAK2 in Moroccan patients: A case series and germline in-frame deletion.

BACKGROUND:

The discovery of somatic mutations within the gene encoding calreticulin (CALR) in 2013 represented a major milestone in the molecular diagnosis of BCR-ABL negative myeloproliferative neoplasms (MPN). In fact, exome sequencing revealed that most patients with essential thrombocythemia (ET) or primary myelofibrosis (PMF) lacking JAK2 or MPL mutations, harbor somatic insertion and/or deletion in exon 9 of CALR gene. In this study, we identified the first CALR gene mutational landscape in Moroccan patients with MPN nonmutated for the JAK2 gene.

METHODS:

We performed Sanger sequencing of exon 9 of CALR gene in blood samples obtained from 33 Moroccan patients with ET or PMF non-mutated for JAK2.

RESULTS:

Of the 33 patients analyzed, we detected eight distinct variants in 15 patients (45.4%); six indel mutations, five with type 1 recurrent 52bp deletion, four with type 2 recurrent 5bp insertion and one in frame deletion which was found to be a germline variant suggesting a very rare condition in MPN.

CONCLUSION:

This is the first cohort reported in CALR gene mutation analysis in Morocco. Our results were concordant with studies reported up to date and very encouraging in promoting the molecular diagnosis of myeloproliferative neoplasms in Moroccan patients. Moreover, the presence of a germline in frame deletion in a symptomatic patient should undermine the effectiveness of sizing assays without DNA sequencing in the diagnosis of CALR mutations.


Fatima Zahra LAARABI (Rabat, Maroc), Wiam SMAILI, Yassamine DOUBAJ, Jaber LYAHYAI, Malika KERBOUT, Mohamed MIKDAME, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12718 - P162 Etude de l’implication de mutations activatrices du gène GCM2 dans les hyperparathyroïdies primaires familiales.
P162 Etude de l’implication de mutations activatrices du gène GCM2 dans les hyperparathyroïdies primaires familiales.

L’hyperparathyroïdie primaire est une affection fréquente causée par une hypersécrétion des glandes parathyroïdiennes. Dans 5 à 15% des cas, elle peut être héréditaire et  se présenter sous forme isolée ou associée à d’autres atteintes syndromiques. Ainsi elle peut être liée à des mutations constitutionnelles de gènes tels que MEN1 (NM_130799),  CDC73 = HRPT2 (NM_024529), RET (NM_020975), CDKN1B (NM_004064) mais également CASR (NM_00388), GNA11 (NM_002067) et AP2S1(NM_004069). Malgré l’étude de ces différents gènes, certaines situations familiales restent négatives, laissant suppposer entre autres l’implication d’autres gènes. En 2016, Agarwal et coll. ont réalisé une analyse d’exomes chez 40 familles non apparentées atteintes d’hyperparathyroidie primaire familiale isolée (FIHP) pour identifier de nouveaux gènes potentiellement associés à la FIHP. Le gène GCM2 (NM_004752) est apparu comme un candidat potentiel, avec 10 variants identifiés dont certains ont été caractérisés sur le plan fonctionnel comme étant transactivateurs. D’un point de vue fonctionnel, GCM2 est un facteur de transcription presque exclusivement exprimé dans les glandes parathyroïdiennes ; c’est un régulateur important du développement des parathyroïdes et des mutations germinales inactivatrices du gène GCM2 sont connues comme responsables d’hypoparathyroïdies familiales. Le panel Haloplex° « tumeurs endocrines » développé au laboratoire pour l’analyse des tumeurs endocrines d’origine génétique et analysé sur séquenceur Miseq Illumina° comporte 21 gènes parmi lesquels les gènes précedemment cités impliqués dans les hyperparathyroïdies primaires familiales ainsi que le gène GCM2.  Nous avons donc effectué une analyse rétrospective des variants du gène GCM2 pour l’ensemble des patients analysés par notre panel, soit environ 600 patients. 412 variants de GCM2 ont ainsi été répertoriés dont des variants situés en région 3’UTR et des variants sans doute artéfactuels non confirmés en séquençage Sanger. 18 variants ont finalement  été retenus et classés en fonction des critères proposés par Richards et al. (recommandations de l’American College of Medical Genetics) : 11 ont été classés comme bénins ou probablement bénins, 5 comme variants de signification inconnue et 2 comme probablement pathogènes. L’un des deux variants classé comme probablement pathogène a été retrouvé chez 22 patients, considéré comme pouvant contribuer à l’hyperparthyroïdie primaire, sans forcément être le seul élément responsable. Ce travail confirme l’intérêt de l’analyse du gène GCM2 en complément des autres gènes impliqués dans les hyperparathyroïdies primaires familiales et souligne la notion d’origine multi-factorielle possible de l’hyperparathyroïdie primaire famililale . Le développement de tests fonctionnels apparait comme un élément important pour interprêter l’impact de ces variants et identifier des régions directement impliquées dans le rôle de transactivation de ce facteur.   

 


Lucie COPPIN, Margaux DUFOSSE, Emilie AIT YAHYA, Julie LECLERC, Catherine CARDOT BAUTERS, Nicole PORCHET, Marie-Françoise ODOU (LILLE)
00:00 - 00:00 #12737 - P163 Caractérisation moléculaire des sous-types rares de tumeurs rénales et recherche de prédisposition génétique.
P163 Caractérisation moléculaire des sous-types rares de tumeurs rénales et recherche de prédisposition génétique.

Introduction

Le cancer du rein est le 7e cancer le plus fréquent en France avec environ 5% de formes héréditaires. Il regroupe plusieurs entités de nature et d’évolution différentes, dont de nombreux sous-types histologiques rares, mal caractérisés sur le plan génétique. Nous avons développé un panel NGS ciblé innovant, permettant un génotypage constitutionnel et tumoral sans a priori et rapide. Les objectifs étaient d'évaluer, pour chaque sous-type, la prévalence réelle des mutations de l’ensemble des gènes prédisposant au cancer du rein et d'identifier de nouveaux biomarqueurs diagnostiques  et pronostiques.

 

Matériel et méthodes

Nous avons conçu et mis au point un panel de type TruSeq Custom Amplicon Low Input sur séquenceur MiSeq (Illumina) permettant le génotypage de 28 gènes majeurs impliqués dans la tumorigenèse rénale, utilisable sur ADN constitutionnel et tumoral, y compris extrait à partir de tissu inclus en paraffine (FFPE).

Nous avons extrait les ADNs de 36 tumeurs opérées à l’hôpital européen Georges Pompidou et à l’hôpital Necker (Paris), issues de 33 patients vus en consultation d’oncogénétique pour une forme rare de tumeurs rénales et/ou une forme clinique susceptible d’être génétiquement déterminée.

Parmi les tumeurs analysées, nous comptions 11 carcinomes à cellules claires, 8 carcinomes chromophobes, 3 oncocytomes, 6 carcinomes tubulo-papillaires type 1, 5 carcinomes tubulo-papillaires non type 1, 2 angiomyolipomes et un carcinome rénal éosinophile solide et kystique. Le suivi médian des patients était de 20,6 mois [0-196]. Pour chaque patient, l’ADN leucocytaire était analysé en parallèle sur le même panel.

 

Résultats

Au niveau tumoral, nous avons identifié 19 mutations et 17 variations de signification indéterminée (VSI). Les mutations ont été retrouvées le plus fréquemment sur les gènes VHL (n=8) et le promoteur de TERT (n=3) puis sur les gènes TSC2, BAP1, FLCN, TP53, PBRM1, SDHA et TSC1. Parmi ces 36 variations, 7 ont été retrouvées au niveau constitutionnel, situées sur les gènes SDHA, FLCN, PBRM1, SMARCB1,TSC2 et VHL. Les analyses immunohistochimiques qui permettront de confirmer leur causalité sont en cours.

 

Conclusion

Nous avons développé et validé en routine un outil NGS capable d'analyser les 28 gènes les plus fréquemment impliqués dans la tumorigénèse rénale, aussi bien sur ADNs leucocytaires que tumoraux. Cette étude confirme le rôle majeur des mutations du gène VHL, notamment dans les ccRCC du sujet jeune mais également dans d’autres sous-types. Les mutations du promoteur TERT, facteurs de mauvais pronostic, suggèrent l’importance d’un suivi accru des patients concernés. La fonctionnalité des variations constitutionnelles identifiées devra être définie, et le conseil génétique adapté en conséquence. L’étude d’une plus grande cohorte permettra de préciser les profils mutationnels des sous-types rares et d'identifier de potentiels biomarqueurs ainsi que l’incidence des formes héréditaires de la maladie.


Déborah JAKUBOWICZ, Annabelle VENISSE, Virginie VERKARRE, Thomas DENIZE, Lauriane CHAMBOLLE, Laurène BEN AÏM, Karine AURIBAULT, Ivana STANKOVIC, Cécile BADOUAL, Arnaud MÉJEAN, Marc-Olivier TIMSIT, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Nelly BURNICHON (PARIS)
00:00 - 00:00 #12742 - P164 Recherche des mutations BRCA1/2 par séquençage nouvelle génération : à propos de 40 patientes marocaines.
P164 Recherche des mutations BRCA1/2 par séquençage nouvelle génération : à propos de 40 patientes marocaines.

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme. Il est dans la majorité des cas sporadique, mais dans de rares cas il existe une prédisposition héréditaire du cancer du sein et/ou de l’ovaire. Les mutations germinales  des gènes BRCA1 ou BRCA2 sont à l’origine de cette prédisposition héréditaire. Ces gènes sont  grande taille et ne représentent pas de hotspot particulier, ci qui rend leur analyse lourde et onéreuse.

L’évolution des technologies de séquençage haut débit permet désormais de passer d’une stratégie d’analyse «exon par exon» à l’analyse simultanée d’un panel de gènes pour chaque patient.

Nous rapportons dans ce travail, notre série de 40 patientes ayant un cancer du sein et/ou de l’ovaire familial, l’analyse par panel, avec le système Ion PGM, en utilisant l’Oncomine BRCA1/2 research Panel de Ion AmpliSeq) a été effectué. Des mutations ont été identifiées chez 10 patientes sur 40. Cinq mutations au niveau du gène BRCA1 et cinq mutations au niveau du gène BRCA2.

A travers ce travail, nous insistons sur l’importance de la recherche des mutations BRCA1 et BRCA2 par NGS. Ce diagnostic permettra aux patientes une prise en charge et suivi plus adaptés et un diagnostic pré-symptomatique chez leurs apparentés. 


Siham CHAFAI ELALAOUI, Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Fatima Zohra LAARABI, Najlae ADDADI, Abdelaziz SEFIANI ()
00:00 - 00:00 #12745 - P165 Gestion des demandes de consultation : retour d’expérience rennaise au Centre Eugène Marquis (CEM).
P165 Gestion des demandes de consultation : retour d’expérience rennaise au Centre Eugène Marquis (CEM).

Les services d’oncogénétique doivent faire face à une demande croissante de consultations tout en assurant des délais rapides pour des indications théragnostiques. Ces évolutions incitent les consultants, aux profils divers, à adapter leur pratique.

Devant cette problématique, pour toute demande de consultation concernant un patient ou une famille qui n’a jamais bénéficié d’une consultation d’oncogénétique, nous demandons au médecin (généraliste ou spécialiste) de nous adresser une demande écrite. Ces demandes sont systématiquement étudiées en équipe, permettant de dissocier les patients à voir (avec ou sans urgence) des patients dont l’histoire personnelle et familiale n’est pas évocatrice d’une prédisposition héréditaire au cancer (PHAC).

Nous faisons aujourd’hui le point sur 7 mois d’utilisation de ce procédé. Sur cette période, nous avons reçu 503 demandes au CEM:

-339 patients ont été convoqués d’emblée (67,4%),

-98 demandes relevaient d’histoire personnelle et/ou familiale non évocatrice d’une PHAC et ont donné suite à un avis (19,4%),

-66 demandes étaient discutables (13,1%). Dans ce cas, un questionnaire a été adressé au patient afin de préciser sa structure familiale et ses antécédents.

Sur ces 66 questionnaires, nous avons obtenu un retour de 35 familles (soit 53%).

Parmi ces 35 dossiers, nous avons après réévalutation:

-9 familles pour lesquelles les antécédents sont évocateurs de PHAC (4 familles pour lesquelles le meilleur cas index est la personne pour laquelle un avis avait été initialement demandé, 5 pour lesquelles le meilleur cas index est un apparenté),

-17 familles dont l’histoire n’est pas évocatrice d’une PHAC,

-7 familles pour lesquelles nous attendons des compléments d’information avant de statuer.

Au total, ce procédé a permis de maintenir un délai de consultation raisonnable. En effet, sur une période de 7 mois, nous avons évité 115 consultations de nouvelle famille (23% des demandes), soit un gain d’environ 2 mois en termes de délai de consultation de ce type. Nos délais de consultation, or circuit rapide, sont actuellement <2 mois pour les PHAC digestifs, <3 mois pour les syndromes rares et <5 mois pour les PHAC du spectre sein/ovaire au CEM.

Néanmoins, cette organisation est assez chronophage (environ 1h par dossier pour lequel un questionnaire est envoyé) et mène à de nombreux avis écrits. Or, cette activité n’est pas valorisée en termes de cotation.

De plus, nous observons un retour assez mitigé. Seuls 53% des questionnaires nous sont retournés. Nous avons pour le moment décidé de ne pas relancer les familles qui ne nous ont pas répondu.

En conclusion, cette organisation de service permet une répartition cohérente et fluide des consultations. Nous avons répondu à notre problématique de départ qui était d’assurer un circuit rapide pour les demandes urgentes et d’orienter les patients vers le bon interlocuteur. Néanmoins, nous devons probablement perfectionner ce procédé afin d’obtenir un meilleur retour de la part des patients.


Vanessa COLOMBERT (RENNES), Louise CRIVELLI, Brivael GERY, Philippe DENIZEAU, Samuel LE SOURD
00:00 - 00:00 #12757 - P166 Statut her2-equivoque dans les carcinomes canalaires infiltrants: entre nouvelles recommandations et stratégies d’analyse.
P166 Statut her2-equivoque dans les carcinomes canalaires infiltrants: entre nouvelles recommandations et stratégies d’analyse.

HER2 (Récepteur 2 du facteur de croissance épidermique humain) est un oncogène dont le gain de fonction est un mécanisme majeur d’oncogenèse. Il peut être déterminé au niveau protéique en évaluant la surexpression de la protéine (IHC), au niveau génique en recherchant une amplification du locus contenant HER2 (FISH), ou au niveau génomique (CGHa).

Chez les femmes présentant un carcinome canalaire infiltrant du sein (CCI), le statut amplifié ou non, d’HER2 est associé à la qualité de la réponse à la thérapie anti-HER2 et détermine donc l’éligibilité de ces patientes à cette thérapie ciblée.

Actuellement à l’Institut Curie, la stratégie analytique est basée sur l’immuno-histochimie (IHC) en première intention. Les tumeurs sont classées en fonction de l’intensité de leur marquage par l’anticorps anti-Her2 (0 négatif ; 1+ faible ; 2+ intermédiaire ; 3+ fort) seuls les cas 3+ sont éligibles d’emblée. Lorsque le score est 2+, une FISH est réalisée en 2ème intention et permet d’identifier 3 catégories : non amplifiée, amplifiée et «HER2-équivoque». Pour ce dernier groupe, dont les résultats de FISH ne permettent pas de conclure sur le caractère amplifié ou non du locus HER2, une CGHa est réalisée en 3ème intention.

Dans ce contexte, nous avons cherché à évaluer les nouvelles recommandations internationales sur le statut du gène HER2 dans les cancers du sein établies par l’ASCO/CAP. Une analyse a été menée sur une cohorte rétrospective (2008 à 2014) de 1972 CCI présentant un score 2+ en IHC. La détermination par FISH de leur statut HER2 avait été réalisée selon les recommandations de 2007 et a été  réévaluée.  Pour 74 cas présentant un statut FISH «HER2 équivoque» de la tumeur congelée était disponible et a permis de réaliser une CGHa.

1937 cas de cette cohorte ont eu une FISH HER2 interprétable. Ainsi, 143 cas parmi les 1937 cas analysés par FISH ont changé de statut HER2. Parmi ces 143 cas, nous avons identifié 121 nouveaux cas HER2 équivoques, qui  correspond à une augmentation de 0,8% à 6%. L’analyse par CGHa montre que ce statut équivoque est associé pour 33 cas (45%) à un gain large du chromosome 17, pour 15 cas (20%) à un gain segmentaire contenant HER2, pour 16 cas (22%) il n’y avait pas d’altération du nombre de copies au niveau du locus HER2, 1 cas (1%) avec une perte totale du chromosome 17 contenant donc HER2, et que seuls 9 cas (12%) présentent une réelle amplification de HER2.

Les nouvelles recommandations (ASCO 2013) augmentent le nombre de résultats équivoques. Au niveau génomique, ces cas correspondent en majorité à une polysomie du chromosome 17 et/ou à un gain segmentaire contenant HER2. La CGHa a donc permis à la fois de reclasser les cas HER2-équivoque en statut non amplifié et de confirmer les réelles amplifications focales. Compléter la stratégie d’évaluation du statut d’HER2 par une technique pan-génomique globale, comme la CGHa, permet donc d’optimiser les étapes de sélection des patientes éligibles à une thérapie ciblée anti-HER2.


Fatoumata SIMAGA (Paris), Carine NGO, Edith BORCOMAN, Laetitia FUHRMANN, Odette MARIANI, Emmanuelle JEANNOT, Marick LAÉ, Jean-Yves PIERGA, Anne VINCENT-SALOMON, Gaelle PIERRON
00:00 - 00:00 #12761 - P167 Remaniement complexe ou chromoanagenesis ? A propos de la caractérisation moléculaire d’une délétion du bras court du chromosome 2.
P167 Remaniement complexe ou chromoanagenesis ? A propos de la caractérisation moléculaire d’une délétion du bras court du chromosome 2.

Les remaniements chromosomiques complexes sont des anomalies de structure initialement définies par la présence d’au moins 3 points de cassures, sur au moins 2 chromosomes. Plus récemment ont été décrits les chromoanagenesis : des remaniements d’une particulière complexité, qui apparaissent comme l’éclatement suivi de la reconstitution d’un chromosome, pouvant atteindre une centaine de points de cassure.

Nous présentons le cas d’un enfant adressé à l’âge de 15 mois et demi pour une déficience intellectuelle associant un retard psychomoteur global, un retard de langage, une hypertonie segmentaire, des troubles du comportement (colères, réveils nocturnes) et une dysmorphie faciale discrète.  

Une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA, 180K, Agilent) a mis en évidence la présence de deux délétions sur le chromosome 2 : une délétion de 950 kb en 2p13.2 emportant 3 gènes impliqués en pathologie humaine dont le gène EXOC6B (déficience intellectuelle syndromique avec troubles du comportement et épilepsie) ; et une deuxième délétion d’environ 11 Mb en 2p12p11.2. Cette deuxième délétion correspond plus précisément à 3 délétions étagées, séparées par 2 régions normales de 400 kb et 1 Mb respectivement. Elle emporte de nombreux gènes dont les gènes REEP1, LRRTM1 et CTNNA2, et a déjà été retrouvée chez des patients avec déficience intellectuelle, retard psychomoteur et retard de langage. Ces délétions contribuent toutes deux au phénotype du patient.

Le caryotype constitutionnel a confirmé la présence, d’une délétion sur les bras courts d’un chromosome 2 survenue de novo : 46,XY,del(2)(p11.2p12)dn. L’étude en FISH a ensuite révélé la présence d’un remaniement de structure complexe, comprenant : les 4 délétions étagées sur les bras courts d’un chromosome 2 dans la région 2p13.2p11.2 ; et l’insertion des 2 petits segments des bras courts du chromosome 2 en 2p12 (vus comme normaux en ACPA) dans la région péri-centromérique des bras longs d’un chromosome 3 (3q12).

Une analyse par séquençage génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) a donc été réalisée afin de mieux caractériser les points de cassures à l’échelle de la base nucléotidique. Elle a permis de confirmer l’implication à la fois d’un chromosome 2 et d’un chromosome 3 et la présence de 7 points de cassures chromosomiques au total.

Ainsi, la présence de plus de 3 CNVs non polymorphes sur le même chromosome doit faire évoquer la présence d’un remaniement plus complexe. Cette observation i) confirme que le WGS est une technique performante pour caractériser les remaniements chromosomiques complexes, ii) aide à la compréhension des mécanismes de survenue du réarrangement, iii) souligne la frontière floue entre remaniement complexe et chromoanagenesis.


Pauline MONIN (LYON), Flavie DIGUET, Marie-Pierre CORDIER, Linda PONS, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Nicolas CHATRON, Patrick EDERY, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
00:00 - 00:00 #12773 - P168 Leucémie aiguë myéloïde avec une translocation réciproque t(11;22)(q23;q11) associé a une tétraploïdie : a propos d'un cas et revue de la littérature.
P168 Leucémie aiguë myéloïde avec une translocation réciproque t(11;22)(q23;q11) associé a une tétraploïdie : a propos d'un cas et revue de la littérature.

The diagnosis of acute myeloid leukemia (AML) is based on cytomorphology, immunophenotyping. According to the WHO update 2016 for the classification of leukemia, the genetics fundings allow to better define AML subtypes and to identify distinct biological entities with an impact on prognosis and treatment of the AML.

A complex karyotype is seen in 10–12% of patients with acute myeloid leukemia (AML) and it’s associated with a poor prognosis.

We report here, a man aged 65 years old who present a pancytopenia and 62% of blastes on hemogram. The myelogram showed an aspect of acute myeloid leukemia without identifying any subtype and the immunophenotyping was normal. The hematological karyotype revealed the presence of two clones: one stemline with reciprocal translocation t(11;22) in 25% of cells ; and a second clone derived from the first with tetraploidy in 75% of cells .

To the best of our knowledge, this rearrangment has been reported as the sole cytogenetic abnormality in only 4 patients in the literature. Structural abnormalities involving the chromosome band 11q23 are among the most common cytogenetic aberrations in both lymphoblastic and myeloid acute leukemia with a very poor prognosis.

In our patient, the medullary karyotype allowed a classification of this acute leukemia despite an inconclusive myelogram and immunophenotyping .Through this work, we have been able to demonstrate the interest of the hematological cytogenetic in the confirmation , classification and the management of a patient with acute myeloid leukemia .


Maryem SAHLI (Rabat, Maroc), Imad BOUALAOUI, Youssef EL KADIRI, Wafa AMMOURI, Grégory EGÉA
00:00 - 00:00 #12774 - P169 Nouvelle mutation récurrente du gène BRCA1 au Maroc.
P169 Nouvelle mutation récurrente du gène BRCA1 au Maroc.

Le cancer du sein représente un problème majeur  de santé publique au monde. Dans 5 à 10 % des cas, il est dû à une mutation germinale  des gènes BRCA1ou BRCA2, à l’origine de la prédisposition héréditaire du cancer du sein et/ou ovaire. Des centaines de mutations ont été rapportées dans ces 2 gènes. Au Maroc, quelques mutations ont été décrites comme récurrentes.

Nous rapportons dans ce travail, les observations de 4 patientes non apparentés ayant un cancer  du sein familial. Les gènes BRCA1/2 ont été analysés par Séquençage de Nouvelle Génération (NGS). Ces 4 patientes étaient jeunes âgées entre 21 ans et 37 ans avec un cancer du sein triple négatif. L’analyse moléculaire a montré la présence de la mutation c.2125_2126 insA au niveau du gène BRCA1.

En plus de cette mutation identifiée chez 4 patientes, d’autres  mutations récurrentes  spécifiques de la population marocaine. Les mutations du gène BRCA1 : c.798_799delTT (spécifique du Nord-Afrique) et c.5309G > T(Nord du Maroc), et les mutations du gène BRCA2 : c.1310_1313delAAGA (Nord-Est) et la c.7235insG_7463insG  (Sud du Maroc).

La mutation récurrente c.2125_2126insA du gène BRCA1, que nous rapportons dans ce travail comme récurrente, a déjà été rapportée chez quelque familles canadiennes, et chez trois familles algériennes avec également un cancer du sein triple négatif. L’intérêt de ce travail, est d’étudier le profil génétique du cancer du sein de la population marocaine et de  permettre aux patientes avec cancer du sein héréditaire d’établir un diagnostic de première intention.


Mouna OUHENACH (rabat, Maroc), Abdelali ZRHIDRI, Siham CHAFAI ELALAOUI, Jaber LYAHYAI, Fatima Zahra LAARABI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12778 - P170 Thrombocythémie essentielle avec la mutation JAK2V617F sur une leucémie myéloide chronique chez un patient marocain avec réponse moléculaire complète.
P170 Thrombocythémie essentielle avec la mutation JAK2V617F sur une leucémie myéloide chronique chez un patient marocain avec réponse moléculaire complète.

Myeloproliferative neoplasms (MPNs) include phenotypically diverse groups of clonal disorders, characterized by proliferation of 1 or more components of the myeloid lineage.

MPN are classified into two major categories; MPN phi (+) with translocation between chromosome 9 and 22 (BCR-Abl1 gene fusion) and phi (-) MPN including essential thrombocytosis (ET), polycythemia vera (PV), and primary myelofibrosis (PMF).

At the molecular level, the JAK2V617F mutation was found in 96%, 65% and 55% in patients with PV, PMF and ET respectively. Recently, some authors have reported that this mutation can precede, co-occur with and also succeed the BCR-ABL fusion transcript.

Here we present a case of a 57-year old male; initially diagnosed with a CML, the patient underwent treatment with imatinib changed to dasatinib. Three years after achieving major molecular response, he developed a thrombocytosis for which a molecular study of the Jak2 gene was realized and revealed the presence of a heterozygous V617F mutation.

We report the first case to our knowledge of ET by JAK2V617F mutation occur in patient treated for CML phi +.


Maryem SAHLI (Rabat, Maroc), Abdelaziz SEFIANI, Imane CHERKAOUI JAOUAD, Stéphan KEMENY
00:00 - 00:00 #12786 - P171 Etude pilote sur la qualité de vie après annexectomie bilatérale prophylactique chez les femmes porteuses d’une mutation de BRCA1/2 du programme GENECAL (Alsace-Lorraine).
P171 Etude pilote sur la qualité de vie après annexectomie bilatérale prophylactique chez les femmes porteuses d’une mutation de BRCA1/2 du programme GENECAL (Alsace-Lorraine).

Les femmes porteuses d’une mutation constitutionnelle sur BRCA1/2 présentent un risque très élevé de développer un cancer du sein, des ovaires ou des trompes (Kuchenbaecker et al, JAMA, 2017). L’Institut National du Cancer recommande de recourir à l’annexectomie bilatérale prophylactique à partir de l’âge de 40 ans lorsqu’une mutation sur BRCA1 a été identifiée et de 45 ans s’il s’agit d’une mutation sur BRCA2. Cette intervention diminue de façon considérable le risque de cancer des ovaires et des trompes (Finch et al., J Clin Oncol, 2014). Mais, elle a pour conséquence l’apparition brutale d’une ménopause chirurgicale.

Les objectifs de notre étude sont (i) d’évaluer la gravité des symptômes de la ménopause présents chez ces femmes et (ii) d’évaluer les pratiques des équipes médicales qui les prennent en charge avant et après le recours à cette intervention.

Cent-sept femmes recrutées dans les services d’oncogénétique alsaciens et lorrains, participant au programme GENECAL d’accompagnement de suivi ont été invitées à participer à cette étude. Les critères d’inclusion étaient : être porteuses d’une mutation sur l’un des gènes BRCA, avoir eu recours à une annexectomie bilatérale prophylactique quel que soit l’âge de sa réalisation, absence d’antécédent personnel de cancer des annexes avant ce geste chirurgical.

Un questionnaire anonyme leur a été adressé mi-août 2017. Il portait sur leurs caractéristiques sociodémographiques, leur histoire personnelle et familiale de cancer, leur statut génétique, leur âge au moment du test, ainsi que leur histoire de chirurgie prophylactique et les critères ayant motivé leur décision de réaliser cette intervention. Les effets de la ménopause associée ont été mesurés grâce à une échelle adaptée, « menopause rating scale ». L’évaluation des pratiques médicales associées à ce geste a porté sur l’information reçue sur les conséquences de l’annexectomie prophylactique, la prescription d’un éventuel traitement pour pallier aux effets de la ménopause et son efficacité, le recours éventuel à un accompagnement psychologique, enfin le suivi gynécologique effectué après ce geste chirurgical. Nous avons également demandé aux participantes quelles étaient leurs suggestions concernant l’amélioration de l’accompagnement des personnes ayant recours à l’annexectomie prophylactique et/ou ayant une prédisposition héréditaire aux cancers.

Nous avons déjà reçu en retour 71 (66%) questionnaires. Les données recueillies vont être analysées afin d’évaluer la tolérance de l’annexectomie bilatérale prophylactique chez les participantes. Le score obtenu au menopause rating scale (femmes pré- vs post-ménopausée lors de l’annexectomie) sera comparé à celui de la population de référence européenne. L’impact de cette intervention prophylactique sur la qualité de vie des participantes sera évalué, ainsi que les modalités de prise en charge. Les résultats ainsi que les suggestions d’amélioration de suivi seront présentés lors des assises.


Elodie HASER (STRASBOURG), François SEVERAC, Sophie LAURENT, Fanchon GILLMANN, Amandine CADENES, Hélène DE ROMÉMONT, Elisabeth LUPORSI, Philippe JONVEAUX, Jean-Marc LIMACHER, Jean-Pierre FRICKER, Maugard CHRISTINE M
00:00 - 00:00 #12788 - P172 Identification par séquençage exomique d’un CNV homozygote entrainant une infertilité masculine chez 10% des patients présentant un phénotype d’anomalies morphologiques multiples du flagelle spermatique.
P172 Identification par séquençage exomique d’un CNV homozygote entrainant une infertilité masculine chez 10% des patients présentant un phénotype d’anomalies morphologiques multiples du flagelle spermatique.

L’infertilité masculine est un trouble reproductif fréquent et la génétique contribue à sa pathogénie. Le syndrome MMAF (multiple morphological abnormalities of the sperm flagella) caractérisé par une asthénoteratozoospermie est un phénotype rare et sévère d’infertilité masculine avec une forte composante génétique.

Dans le cadre de notre projet ANR « MAS FLAGELLA » nous avons recruté 78 patients présentant une infertilité primaire caractérisée par ce phénotype. Le séquençage exomique de ces patients nous a permis d’identifier la présence de variants bi-alléliques délétères chez 30% des patients analysés dans les gènes DNAH1, CFAP43 et CFAP44 décrits précédemment dans ce phénotype. L’analyse des CNVs identifiés par le logiciel ExomeDepth nous a permis d’identifier une délétion homozygote de deux exons (exons 20 et 21 sur 22 exons au total) du gène WDRA chez 7 patients non apparentés d’origine nord-africaine.

Grâce à une stratégie de PCR walking nous avons caractérisé l’étendue de la délétion et séquencé les points de cassure. Dix patients supplémentaires ont été testés et cette même mutation a été retrouvée chez deux patients. Nous avons observé que tous les patients présentaient exactement la même délétion de 7731 pb et présentaient le même haplotype au niveau de cette région indiquant un effet fondateur. L’analyse bio-informatique du breakpoint et des séquences flanquantes montre que cet évènement est la résultante d’une recombinaison complexe entre des rétrotransposons de type SINE-VNTR-Alus (SVA) localisés dans WDRA et dans le gène CLI distant de 400Mb du locus délété. Aucune anomalie génétique n’a été détectée dans ce locus chez les patients.

Nous avons confirmé par RT-qPCR à partir d’un panel de tissus humains que WDRA est spécifiquement exprimé dans le testicule. Ce gène code pour une protéine appartenant à la famille des « WD-repeat proteins » qui sont impliquées dans des processus cellulaires variées. Il a été montré précédemment que FapA, l’orthologue de WDRA chez Chlamydomonas code pour une protéine localisée dans l’axonème ciliaire au niveau du CSC (calmodulin and spoke-associated complex) qui est situé dans la base du radial-spoke, RS3 en contact avec la dynéine. Il a également été montré que l’inactivation de FapA chez Tetrahymena cause une baisse significative de la mobilité ciliaire et une destructuration voir une perte des RS3. Nous avons par ailleurs confirmé que l’inactivation par RNAi des orthologues de nos deux gènes chez le trypanosome entrainait une réduction importante de la croissance cellulaire. La division cellulaire étant dépendante du flagelle chez le trypanosome, ce phénotype confirme l’importance de ces gènes dans la structure flagellaire.

Ce travail démontre que les altérations de WDRA sont responsables d’environ 10% du phénotype MMAF chez les patients Nord Africains et suggère que la protéine WDRA joue un rôle déterminant dans le maintien de l’intégrité de l’axonème et de la mobilité du flagelle spermatique.


Kherraf ZINE-EDDINE, Amir AMIRI-YEKTA (Tehran, Iran), Thomas KARAOUZÈNE, Charles COUTTON, Pauline LE TANNO, Marie CHRISTOU-KENT, Guillaume Martinez MARTINEZ, Raoudha ZOUARI, Mélanie BONHIVERS, Christophe ARNOULT, Pierre RAY
00:00 - 00:00 #12807 - P173 Etude rétrospective sur les anomalies chromosomiques identifiées chez des patients marocains atteints d'une anomalie de développement sexuel.
P173 Etude rétrospective sur les anomalies chromosomiques identifiées chez des patients marocains atteints d'une anomalie de développement sexuel.

Les Anomalies du Développement Sexuel (DSD) regroupe un grand nombre de pathologies différentes qui ont en commun un développement anormal des organes génitaux externes et/ou internes. L’objectif de cette étude est de déterminer la forme de DSD la plus fréquente ainsi que la fréquence des anomalies chromosomiques identifiés chez 860 patients ayant une anomalie de développement sexuel et qui ont été recruté par le laboratoire de cytogénétique de l’institut pasteur du Maroc entre 1996 et 2016. Notre étude montre que l’ambigüité sexuelle est la forme de DSD la plus fréquente au Maroc avec une fréquence de (30.47%), suivie par l’ectopie testiculaire (23.37%), l’aménorrhée primaire (18.72%), l’hypospadias (17.21%), le micropenis (5.47%), l’aménorrhée Secondaire (2.91%), et le syndrome de Klinefelter (1.86%). En se basant sur la classification des anomalies de développement selon le consensus de Chicago de 2005, 46,XY DSD est la forme de DSD la plus fréquente (62.32%), suivie par 46, XX DSD (29.65%) et les anomalies chromosomiques DSD (8.02%). La fréquence des anomalies chromosomiques identifiés chez les patients suspecté d’avoir le syndrome de klinefelter est (43.75%), suivie par l’aménorrhée primaire (17.39%), l’hypospadias (12.84%), l’ambigüité sexuelle (8.02%), le micropenis, (6.38%), l’aménorrhée Secondaire (4%) et l’ectopie testiculaire (1.99%).Les anomalies chromosomiques de nombre sont les anomalies chromosomiques les plus fréquentes (3.60%), suivie par la forme mosaïque (2.79%) et enfin les anomalies chromosomiques de Structure (1.63%). Nos résultats montrent l'importance de l'analyse cytogénétique comme une première approche dans le diagnostic des patients ayant une anomalie de développement sexuel.


Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Abderraouf HILALI, Boubker NASSER, Sanaa NASSEREDDINE, Abdelhamid BARAKAT, Hassan ROUBA
00:00 - 00:00 #12811 - P174 Le syndrome DICER1 : à propos d'une grande famille française.
P174 Le syndrome DICER1 : à propos d'une grande famille française.

Le gène DICER1 code pour une endoribonucléase impliquée dans la maturation des micro-ARN, intervenant dans la régulation de l’expression génique. Les mutations hétérozygotes constitutionnelles de DICER1 sont rares et peuvent prédisposer à différents types de tumeurs, survenant principalement pendant l’enfance ou l’adolescence. Les plus rapportées sont les pleuropneumoblastomes, les lésions thyroïdiennes (goitres multinodulaires ou carcinomes de la thyroïde), les tumeurs ovariennes à cellules de Leydig et de Sertoli, et les néphromes kystiques.

Le phénotype de la famille B. est marqué par plusieurs cas de tumeurs déjà rapportés dans la littérature ainsi que d’autres pathologies plus rares, jamais recensées. Le cas index de cette famille a présenté une tumeur à cellules de Leydig et de Sertoli de l'ovaire à l'âge de 15 ans, une thyroïdectomie partielle à 16 ans puis un adénosarcome du col de l'utérus à 31 ans. Son père a bénéficié d’une thyroïdectomie à 52 ans pour un goitre. Ses deux tantes, un de ses deux oncles et ses cousins paternels ont aussi présenté des lésions thyroïdiennes. Parmi ses cousins paternels, il existe aussi trois cas de tumeur pinéale (un pinéaloblastome et deux pinéalomes), un oligoastrocytome, un papillome fibro-élastique de la valve tricuspide et un cholangiocarcinome.

L’analyse du gène DICER1 chez le cas index a permis d’identifier le variant c.4206+1G > A, retenu comme délétère car il abolit le site donneur d’épissage de l’intron 22.

A ce jour, 11 analyses d’apparentés ont été effectuées dans cette famille, 8 apparentés sont porteurs, 3 non porteurs. 3 apparentés sont porteurs obligatoires. 9 des 11 apparentés porteurs ou porteurs obligatoires ont présenté au minium un des signes cliniques du spectre de ce syndrome. Les âges les plus précoces d’atteinte sont de 12 ans pour les lésions cérébrales et thyroïdiennes, et de 15 ans pour la tumeur ovarienne. La pénétrance est de 81,8% ou de 36,3% selon que l'atteinte thyroïdienne soit prise en compte ou non. A noter qu'un des apparentés non porteurs a présenté des lésions thyroïdiennes.

L’analyse somatique du gène DICER1 dans l’oligoastrocytome, n’a pas identifié de second événement mutationnel. La mutation constitutionnelle de DICER1 ne serait donc pas impliquée dans le développement de cette tumeur.

Il existe donc dans cette famille des tumeurs atypiques (le cholangiocarcinome et la tumeur fibro-élastique de la valve tricuspide) dont le lien avec la mutation germinale de DICER1 n’est pas établi. Par ailleurs, contrairement à ce qui a été rapporté dans la littérature, le taux de pénétrance y parait élevé. La poursuite des analyses somatiques du gène DICER1 ainsi que des tests fonctionnels pourraient permettre d’avancer dans la compréhension du phénotype familial.

De manière plus globale, des études de cohortes prospectives permettraient d’établir le taux de pénétrance lié à ce syndrome, les risques tumoraux et de codifier la prise en charge préventive des apparentés.


Zoe NEVIERE (Caen), Lisa GOLMARD, Florence POLYCARPE, Fanny COHEN, Céline HEUDE, Julie TINAT, Louise CRIVELLI, Samuel LE SOURD, Vanessa COLOMBERT, Philippe DENIZEAU, Brivael GERY, Marion GAUTHIER VILLARS, Pascaline BERTHET
00:00 - 00:00 #12819 - P175 Risque de tumeurs rénales chez les patients ayant un syndrome de Smith-Magenis : rôle du gène FLCN.
P175 Risque de tumeurs rénales chez les patients ayant un syndrome de Smith-Magenis : rôle du gène FLCN.

Le syndrome de Smith-Magenis syndrome (SMS) est un syndrome des gènes contigus dû, le plus souvent, à une délétion récurrente du chromosome 17p11.2.

Nous rapportons le cas d’un patient âgé de 57 ans, ayant un SMS, qui présente des tumeurs rénales multiples bilatérales, de découverte fortuite.

La survenue de tumeurs rénales chez ce patient serait liée à l’haploinsuffisance du gène FLCN : un gène suppresseur de tumeurs, localisé dans la région 17p11.2 délétée. En effet, la mutation germinale de ce gène est responsable du syndrome de Birt-Hogg-Dubé (BHDS), une génodermatose autosomique dominante caractérisée par des lésions cutanées bénignes, des tumeurs rénales de type histologique inhabituel et des kystes pulmonaires pouvant se compliquer de pneumothorax.

Nous voulons, à travers cette observation,  mettre l’accent sur l’intérêt de rechercher des éventuelles manifestations du BHDS lors du suivi des patients ayant un syndrome de Smith-Magenis. 


Leïla DARDOUR (Sousse, Tunisie), Pieter VERLEYEN, Karl LESAGE, Maureen HOLVOET, Koen DEVRIENDT
00:00 - 00:00 #12843 - P176 Optimisation du diagnostic moléculaire du cancer colorectal par l’analyse NGS d’un panel de gènes après capture des séquences exoniques et introniques.
P176 Optimisation du diagnostic moléculaire du cancer colorectal par l’analyse NGS d’un panel de gènes après capture des séquences exoniques et introniques.

Nous avons développé et validé une stratégie de séquençage massif en parallèle d’un panel de dix gènes impliqués dans les formes mendéliennes de prédisposition au cancer colorectal (CCR) (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, APC, MUTYH, STK11, SMAD4, BMPR1A et PTEN), récemment élargi aux gènes plus rarement impliqués (POLE, POLD, NTHL1 et MSH3). Cette stratégie combine un enrichissement par capture en phase liquide (SureSelect, Agilent) des exons et introns, un séquençage haut-débit sur une plate-forme Illumina (MiSeq et NextSeq) et un double pipeline bioinformatique, CASAVA et BWA-GATK (Broad Institute), pour sécuriser la détection des variations, qui sont annotées par Alamut Batch (Interactive BioSoftware). L’identification des réarrangements génomiques est assurée par l’algorithme CANOES. Les patients analysés dans cette étude ont été reçus en consultation d’oncogénétique dans le cadre d’une suspicion de prédisposition héréditaire au CCR. Nous avons détecté chez ces 1808 patients un total de 357 variations de classes 4 et 5, correspondant à un rendement mutationnel de 19 % : variations non-sens ou décalant le cadre de lecture (46 %), variations faux-sens ou insertions-délétions en phase rapportées délétères (27 %), mutations d’épissage (14 %), et réarrangements de grande taille (13 %). Le taux de détection d’altération d’un gène MMR chez les patients avec tumeur évocatrice d’un syndrome de Lynch était supérieur à 30 %. Cette stratégie permet d’explorer les phénotypes chevauchants (mutations bialléliques de MUTYH entrainant une inactivation somatique d’un gène MMR, mimant un syndrome de Lynch), de déceler les mutations en mosaïque notamment du gène APC, et de réduire les délais d’analyse. Au-delà de ces avantages, la capture des exons et des introns permet de mettre en évidence des variants structuraux (SVs), difficilement détectables par les techniques conventionnelles, et à l’origine d’errance diagnostique. Nous avons, en particulier, identifié (i) un remaniement génomique emportant les derniers exons du gène BMPR1A et l’intégralité du gène adjacent PTEN chez une jeune femme présentant à 21 ans une polypose mixte; (ii) une insertion d’un élément Alu dans l’exon 8 du gène MSH2 chez un patient présentant un syndrome de Lynch ; (iii) une délétion de 16 kb, en mosaïque, emportant les exons 3 à 10 du gène STK11 et s’étendant en aval jusqu’à l’exon 4 du gène adjacent CBARP, chez une patiente présentant une forme particulièrement sévère de syndrome de Peutz-Jeghers et qui a pu bénéficier d’un DPN. Ce dernier événement complexe a été finement caractérisé grâce à l’analyse des reads chimériques, récemment développée au laboratoire. Cette stratégie, qui permet un taux de détection mutationnel élevé, une réduction des délais d’analyse et, en un seul temps, l’identification de différents types d’altération génique dont les SVs, en les caractérisant précisément, représente une optimisation significative du diagnostic moléculaire des formes héréditaires de CCR.


Stéphanie BAERT-DESURMONT (Rouen), Sophie COUTANT, François LECOQUIERRE, Mathias SCHWARTZ, Maud BLANLUET, Françoise CHARBONNIER, Myriam VEZAIN, Raphaël LANOS, Marion GERARD, Jacqueline BOU, Emilie BOUVIGNIES, Steeve FOURNEAUX, Gwendoline LIENARD, Sandrine MANASE, Stéphanie VASSEUR, Gaëlle BOUGEARD, Isabelle TOURNIER, Thierry FREBOURG
00:00 - 00:00 #12846 - P177 Un an d’expérience des panels de gènes dans le contexte de prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire: un retour de pratique.
P177 Un an d’expérience des panels de gènes dans le contexte de prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire: un retour de pratique.

Initialement, seuls les gènes BRCA1 et BRCA2, étaient analysés dans le cadre de recherche de prédisposition héréditaire au cancer du sein et de l’ovaire (HBOC). Les mutations identifiées sur ces gènes expliquaient ~10% des cas index sélectionnés sur critères familiaux. Grâce aux techniques de NGS, la recherche de mutations sur d’autres gènes d’intérêt, conférant des risques plus ou moins élevés, a été implémentée dans le cadre du diagnostic de routine. Dans ce travail, nous décrivons une année d’expérience sur l’utilisation de panels de gènes dans le contexte HBOC.

Nous avons utilisé la génération de librairies par la technologie multiplex amplicon (BRCA Hereditary Cancer MASTRTM plus) avec analyse sur le séquenceur MiSeq. Nous présentons les résultats sur une cohorte de 1394 patients ayant une indication HBOC. L’analyse de variants (SNV et CNV) est réalisée par le logiciel SeqPilot SeqNext 4.3.1. et a permis la validation d’un pipeline bio-informatique local. Les variants de classe 4 (probablement causal) et 5 (causal) sont confirmés en Séquençage Sanger ou en MLPA. Les résultats diagnostiques sont rendus sur 22 gènes, soit 12 gènes d’utilité clinique dans le contexte HBOC (BRCA1-BRCA2-PALB2-CDH1-TP53-RAD51C-RAD51D-MLH1-MSH2-MSH6-PTEN) et 10 gènes « de recherche clinique » (ATM-BARD1-BRIP1-STK11-MRE11A-RAD50-NBN-MUTYH-CHEK2-BLM-XRCC2) selon GGC-Unicancer (juin 2017).

Concernant les SNV, au moins une mutation pathogène a été identifiée chez 199/1394  patients (14,3%). Chez 123/1394 patients (8.8%) la mutation concernait un gène d’utilité clinique : 23.1% BRCA1, 23.6% BRCA2, 6% PALB2, 1.5% RAD51C, 1.5% RAD51D, 1% TP53, 0.5% CDH1, 0.5% MSH2, 1% MSH6. Nous rapportons également l’identification de doubles mutations pathogènes (BRCA1+PALB2 ; BRCA2+MSH2). Chez 76/1394 patients (5.5%) la mutation concernait un gène « de recherche clinique » (majoritairement ATM et CHEK2). Malgré la technologie multiplex amplicons, les nouveaux algorithmes bioinformatiques (SeqPilot 4.3.1; MASTR reporter) ont permis la détection de CNV de façon fiable. Les réarrangements détectés portent sur les gènes BRCA1 (n=14) BRCA2 (n=1) RAD51C (n=1) CDH1 (n=1) et STK11 (n=1).

L’utilisation en routine diagnostique des panels de gènes dans le contexte HBOC permet l’élucidation de cas familiaux supplémentaires ramenant le taux de détection historique de 10% (gènes BRCA1,2) à 15%. Les gènes majoritairement mutés restent BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D. Les panels de gènes permettent de révéler des mutations hors des contextes cliniques connus jusqu’alors pour les gènes comme MSH6, CDH1 et TP53 et pour lesquels le conseil génétique devra évoluer. Enfin malgré plus de gènes testés, le taux d’élucidation reste faible dans le contexte HBOC laissant la possibilité de mutations de l’ADN non codant sur les gènes majeurs et aux gènes de susceptibilité dont les effets combinés pourront être précisés par de grandes études d’épidémiologie génétique.


Samuel LANDMAN, Noémie BASSET, Murielle RENARD, Elodie PARIS, Filipe PIRES, Mélanie CORMIER, Pauline LUCCA, Julien BURATTI, Melanie EYRIES, Mathilde WARCOIN, Veronica CUSIN, Chrystelle COLAS, Florent SOUBRIER, Florence COULET (PARIS)
00:00 - 00:00 #12850 - P178 Première identification du profil moléculaire des tumeurs du côlon par technique de séquençage haut débit au Maroc : à propos d’une série de cas.
P178 Première identification du profil moléculaire des tumeurs du côlon par technique de séquençage haut débit au Maroc : à propos d’une série de cas.

Le cancer colorectal (CCR) est le deuxième cancer le plus fréquent chez les femmes et le troisième chez les hommes dans le monde. L'évaluation de la recherche des mutations génétiques grâce à l’avènement de technologies de séquençage nouvelle génération a révolutionné l’approche diagnostique et thérapeutique de ces maladies. Ainsi, la compréhension de certaines de ces mutations et de leur potentiel prédictif et pronostique a initié l'ère du traitement personnalisé du cancer et une meilleure prise en charge des patients

Nous avons identifié par technique de séquençage haut débit, au moyen d’un appareil PGM ion torrent et du panel Ion AmpliSeqTM cancer hotspot v2, le profil moléculaire des tumeurs colorectales sporadiques chez une série de 16 patients marocains. Outre les mutations au niveau des gènes les plus communément fréquents dans les CCR (KRAS, NRAS, BRAF, TP53, APC et PIK3CA) nous avons pu identifier d’autres mutations beaucoup moins fréquentes (CTNNB1, SMAD4).

Cette étude représente une introduction au Maroc de l’approche d’analyse du profil moléculaire des cancers par séquençage de nouvelle génération. Cette méthode plus exhaustive et relativement moins coûteuse vu la demande croissante, permettra une  prise en charge personnalisée plus bénéfique aux patients, aidera à mieux définir le profil moléculaire des tumeurs  et explorer la perspective d’établir une corrélation des anomalies moléculaires avec des caractéristiques clinico-pathologiques chez une plus grande cohorte.


Wiam SMAILI, Abdelali ZRHIDRI, Imane CHERKAOUI JAOUAD, Jaber LYAHYAI, Mouna OUHENACH (rabat, Maroc), Sanae SEFIANI, Saad EL BAROUDI, Nawal AHBEDDOU EL OUAZZANI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12853 - P179 Quand une analyse somatique de type Lynch-like est associée à une polypose adénomateuse confirmée. A propos d’un cas.
P179 Quand une analyse somatique de type Lynch-like est associée à une polypose adénomateuse confirmée. A propos d’un cas.

L’observation d’une instabilité des microsatellites avec perte d’expression de MLH1 et PMS2 a pu être associée à une mutation germinale sur l’un des deux gènes codant pour ces protéines ou à un mécanisme épigénétique avec méthylation du promoteur de MLH1. Nous rapportons un cas où ce phénotype tumoral a été observé chez une porteuse de mutation sur APC.

En 2014, Mme X, 37 ans, est hospitalisée aux Hôpitaux Universitaires de Strasbourg avec un cancer à point de départ digestif en phase terminale. Une consultation d’oncogénétique est demandée, Mme X étant inquiète d’un risque de transmission à son fils de 10 ans. La patiente n’a plus aucun contact avec sa famille. Elle évoque la notion de polypes chez ses sœurs âgées respectivement de 49 et 25 ans. Sa mère serait décédée à 50 ans d’un cancer colique.  Madame X donne son consentement pour procéder à une analyse des gènes de prédisposition aux cancers. Elle décèdera quelques jours plus tard. La consultation de son dossier médical nous apprend qu’elle a été diagnostiquée avec une tumeur de l’angle colique droit en 2011, adénocarcinome colloïde à point de départ intestinal avec envahissement par contiguité du segment VI hépatique et du bloc duodénopancréatique. Une dizaine de polypes étaient disséminés au niveau du colon transverse et du colon gauche. Une hémicolectomie D avec duodénopancréatectomie céphalique et segmentectomie du VI a été réalisée en 2012.

Une analyse somatique est réalisée sur la tumeur colique, la métastase hépatique et un des nodules mésentérique prélevés. Elle met en évidence une perte d’expression des protéines MLH1 et PMS2 avec instabilité des microsatellites (phénotype MSI-H) sur les 3 prélèvements analysés faisant évoquer un syndrome de Lynch. La mutation BRAFV600E est absente. Aucune mutation n’est détectée sur les codons 12 et 13 de KRAS. L’analyse constitutionnelle ne retrouve aucune mutation délétère sur MLH1, MSH2, MSH6 en séquençage Sanger ni de grands réarrangements sur MLH1, MSH2 et EPCAM en technique MLPA. L’analyse par séquençage haut débit réalisée en 2016 ne détecte aucune mutation délétère ni de grand réarrangements sur les gènes de la famille MMR incluant PMS2. En revanche, une mutation germinale va être identifiée sur APC. La nièce de Mme X, vient consulter pour un diagnostic prénatal, Elle est porteuse de la même mutation sur APC confirmant le diagnostic de polypose adénomateuse familiale. L’hypothèse d’une méthylation du promoteur de MLH1 est évoquée pour expliquer le phénotype MSI-H. L’étude en pyroséquençage de la méthylation du promoteur de MLH1 confirme l’absence de méthylation sur les trois prélèvements.

L’histoire de Mme X met en évidence, d’une part l’intérêt des analyses en panel de gènes, l’analyse somatique de sa tumeur ayant pu faire errer le diagnostic, mais pose, d’autre part, la question du profil génomique de sa tumeur avec un phénotype MSI-H associé à une mutation germinale sur APC. Les investigations vont se poursuivre pour tenter d’y répondre.


Laurène REBATTU, Jorel SALOMON, Sylvie FONTEIX, Nicolas TARIS, Christophe CORDIER, Cécile BRIGAND, Philippe BACHELLIER, Ludovic GLADY, Marie-Pierre CHENARD, Anne SCHNEIDER, Christine MAUGARD (Strasbourg)
00:00 - 00:00 #12854 - P180 Désorganisation de la structure chromatinienne et association de plusieurs facteurs de susceptibilité : des hypothèses pour expliquer l’expressivité variable des délétions 16p11.2. A propos d’un cas.
P180 Désorganisation de la structure chromatinienne et association de plusieurs facteurs de susceptibilité : des hypothèses pour expliquer l’expressivité variable des délétions 16p11.2. A propos d’un cas.

Les délétions proximales BP4-BP5 de la région 16p11.2 sont des remaniements chromosomiques récurrents dont la prévalence est de 1 à 5/10 000. Comme les délétions BP2-BP3 distales, elles sont médiées par un système de Non-AllelicHomologousRecombination (NAHR) dans une région riche en Low Copy Repeat (LCR). Le phénotype classique comprend, de façon inconstante, un retard du développement, associé à des troubles de la parole, des troubles du spectre autistique, une dysmorphie non spécifique, une obésité, des anomalies vertébrales, une macrocéphalie et une surdité. Nous rapportons le cas d’un enfant de 2 mois, issu de parents non apparentés, sans antécédent particulier. Les échographies anténatales avaient révélé la présence d’un kyste de la fosse postérieure et d’une agénésie rénale droite. Le caryotype était normal et les parents n’avaient pas souhaité la réalisation d’une CGH-array pendant la grossesse. Le bilan radiologique postnatal a confirmé l’agénésie rénale droite et a mis en évidence des hémi-vertèbres T5 et T8, ainsi qu’une anomalie de la charnière lombo-sacrée. Le reste du développement neurologique de l’enfant était normal pour l’âge. La CGH-array a mis en évidence une délétion du bras court de chromosome 16, de 545 Kb correspondant à la délétion classique BP4-BP5 en 16p11.2. L’étude parentale n’a pas pu être réalisée.  La faible fréquence des anomalies vertébrales observée dans la délétion 16p11.2 suggère que cette délétion ne peut pas être seule causale. Le gène TBX6 situé dans cette région intervient dans le développement vertébral. En 2015, Wu et al.,ont émis l’hypothèse qu’un haplotype particulier situé sur le second allèle de TBX6 constituerait un second facteur de risque à la survenue de troubles vertébraux. Il est possible que le patient soit porteur d’un tel haplotype majorant l’impact de la délétion 16p11.2 sur son développement vertébral. Par ailleurs, bien que décrites dans les délétions 16p11.2 distales ou dans les délétions plus grandes impliquant la région proximale et la région distale, les agénésies rénales n’ont jamais été rapportées dans les délétions 16p11.2 proximales. Le gène SH2B1, situé dans la région distale, est considéré comme candidat pour ce phénotype rénal. Des études de la conformation chromatinienne par 4-C, ont mis en évidence des interactions fortes entre les régions BP2-BP3 et BP4-BP5 qui correspondent à deux domaines topologiques (TopologicallyAssociatedDomain, TAD) adjacents. Par une dérégulation de la structure chromatinienne, un remaniement de cette région pourrait modifier l’expression des gènes proches tels que SH2B1 responsable d’agénésies rénales. Ainsi, la variabilité d’expression clinique de la délétion 16p11.2 proximale pourrait être liée à une combinaison de mécanismes génétiques et épigénétiques différents et à l’effet à distance de la délétion sur l’expression de gènes structurellement intacts.

 


Kévin CASSINARI (Rouen), Anne-Marie GUERROT, Géraldine JOLY-HELAS, Pascal CHAMBON, Agnès LIARD, Nathalie DEMARQUE, Stéphane MARRET, Bertrand MACE, Thierry FREBOURG, Nathalie LE MEUR
00:00 - 00:00 #12855 - P181 A propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array.
P181 A propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array.

L’aniridie est une malformation oculaire congénitale rare caractérisée par une hypoplasie ou une agénésie de l’iris et de la fovea. Cette malformation peut être isolée ou syndromique et a une prévalence estimée entre 1/64000 et 1/96000 (Landsend et al., 2017). Son origine est le plus souvent génétique, à fortiori dans le cadre d’aniridies bilatérales. La plupart des aniridies, avec une cause génétique retrouvée (90%), sont associées à des mutations ponctuelles ou des réarrangements provoquant l’haploinsuffisance du gène régulateur du développement PAX6, localisé en 11p13. Les délétions de PAX6, peuvent s’étendre au gène WT1 et sont alors à l’origine d’une prédisposition aux tumeurs de Wilms s’intégrant au syndrome WARG. Nous rapportons le cas d’une enfant de 3 mois, née à terme, eutrophe, après une grossesse normale, de deux parents non apparentés, sans antécédents personnels et familiaux notables. Une aniridie bilatérale a été évoquée à l’examen du 3ème jour puis confirmé par un examen ophtalmologique, qui a également retrouvé une cataracte congénitale légère. Le reste de l’examen néonatal était sans particularité. Dans ce contexte, une microdélétion au locus du gène PAX6 a été évoquée, mais non retrouvée par technique de FISH ciblée. En revanche, la recherche de microremaniement par CGH-array (Agilent 180K) a mis en évidence une délétion 11p13 de 654 Kb, confirmée par technique de FISH et survenue de novo, impliquant 4 gènes dont les 9 premiers exons et une partie du 9ème intron du gène ELP4. Ce remaniement situé 100 Kb en amont du gène PAX6 n’affecte pas la frontière du domaine de régulation de la chromatine (TAD) d’après le navigateur Hi-C browser, mais emporte la région SIMO située dans l’intron 9 du gène EPL4 et correspondant à une région régulatrice très conservée de 800 pb impliquée dans la régulation de l’expression du gène PAX6.  Une variation ponctuelle faux-sens de la région SIMO avait été préalablement  décrite comme affectant l’expression de PAX6 chez un patient avec un phénotype d’aniridie (Bathia et al., 2013). Une série très récente de patients avec aniridie (Franzoni et al., 2017) rapporte par ailleurs 6 délétions à distance du gène PAX6 et dont la région minimale commune correspond à cette séquence SIMO. Ces données nous ont donc permis de conclure au caractère causal de cette délétion 11p13. Il faut également noter que des variations de nombre de copie (CNV) polymorphiques ont été décrites au voisinage immédiat de SIMO dans la base de données de CNV de sujets contrôles (Database of Genomic Variants, DGV). Il convient donc d’être vigilant dans l’interprétation de CNVs à proximité du gène PAX6.  En conclusion, cette observation conduit à souligner que, chez des patients avec aniridie sans altération détectable du gène PAX6, la recherche d’une cause génétique doit s’élargir à la recherche de variations n’impliquant potentiellement que la région SIMO.


Kévin CASSINARI (Rouen), Géraldine JOLY-HELAS, Laetitia TRESTARD, Brigitte LEDUC, Bertrand MACE, Thierry FREBOURG, Pascal CHAMBON
00:00 - 00:00 #12860 - P182 Le risque très élevé de cancer du sein associé au gène CDH1 justifie l’inclusion de ce gène dans les panels de gènes réalisés devant des antécédents personnels et/ou familiaux de cancers du sein et/ou des ovaires.
P182 Le risque très élevé de cancer du sein associé au gène CDH1 justifie l’inclusion de ce gène dans les panels de gènes réalisés devant des antécédents personnels et/ou familiaux de cancers du sein et/ou des ovaires.

Introduction : A l’ère du Séquençage Haut Débit, des panels de gènes se sont développés en France et à l’International pour, entre autres, les analyses génétiques de patientes présentant des antécédents personnels et/ou familiaux de cancers du sein et/ou des ovaires (critères HBOC (Hereditary Breast and Ovarian Cancer syndrome)).

Un groupe de travail au sein du Groupe Génétique et Cancer (GGC), a été créé et soutenue par Unicancer, pour l’expertise des gènes des panels sein-ovaire (=HBOC) en vue d’établir des recommandations visant à harmoniser les pratiques. Ce groupe s’est, entre autres, intéressé au gène CDH1, connu pour favoriser la survenue de cancer gastrique diffus et de cancer du sein.

Matériel et méthodes : Deux personnes de deux disciplines différentes (conseiller en génétique et médecin) ont réalisés une étude bibliographique exhaustive du gène CDH1, avec une grille bibliographique pour chaque article, afin d’estimer les risques tumoraux  de cancers du sein, de cancers des ovaires et de cancers gastriques diffus chez les individus porteurs d’un variant délétère de ce gène.  Les résultats, le niveau de risque et le référentiel de prise en charge clinique ont été présentés au groupe expert puis discutés lors d’une réunion GGC praticiens puis en plénière.

Résultats : Trois cohortes descriptives ont été retenues avec une méthodologie adaptée et de puissance suffisante pour considérer le niveau de risque rapporté comme informatif. Pharoah rapporte en 2001 un  Risque Cumulé (RC) de cancer du sein à 80 ans de 39% [12 - 84] (RC à 70 ans : 29% [9-71], RC à 60 ans: 19% [5-53], RC à 50 ans: 10% [3-31], RC à 40 ans: 3% [1-9] et RC à 30 ans: 0% [0-1]) avec un Risque Relatif (RR) entre 22 ans et 79 ans de 6,6. Kaurah rapporte en 2007 un RC de cancer du sein à 75 ans de 52 % [29 - 94]. Et plus récemment, en 2015, Hansford rapporte un RC de cancer du sein à 80 ans de 42% [23 - 68] avec un RR entre 10 et 49 ans de 7,7 et un RR>50 ans de 7,4.  Dans la littérature, 42 variants pathogènes du gène CDH1 ont été identifiés sur 60857 panels réalisés chez des patientes répondant aux critères HBOC (fréquence de 0,069%). En France, seules 3 patientes sur 6313 cas index analysés dans 5 laboratoires français ayant inclus le gène CDH1 dans leur panel étaient porteuses d’une altération délétère de ce gène (fréquence de 0,048%).

Conclusion : En raison d’une utilité clinique reconnue dans un contexte HBOC, le gène CDH1 est inclus dans le panel de gènes HBOC. Le risque de cancer du sein chez les femmes porteuses d’une altération délétère du gène CDH1 étant considéré comme très élevé, la prise en charge mammaire de ces femmes doit suivre les préconisations du référentiel HAS 2014. Cependant une altération délétère du gène CDH1 ne sera probablement identifiée que très rarement dans les nouveaux panels HBOC. 


Carole CORSINI (MONTPELLIER), Antoine DE PAUX, Christine LASSET, Valérie BONADONA, Sophie DUSSART, Dominique VAUR, Pascaline BERTHET, Pascal PUJOL, Nadine ANDRIEU, Chrystelle COLAS, Véronica CUSIN, Odile COHEN-HAGUENAUER, Tan Dat N GUYEN, Elisabeth LUPORSI, Christine MAUGARD, Olivier CARON, Michel LONGY, Capucine DELNATTE, Christophe JAMAIN, Jessica MORETTA-SERRA, Catherine NOGUES
00:00 - 00:00 #12873 - P183 Caractéristiques cliniques et génétiques des phéochromocytomes et paragangliomes chez l’enfant .
P183 Caractéristiques cliniques et génétiques des phéochromocytomes et paragangliomes chez l’enfant .

Purpose: The objectives of our multicentric retrospective study were to assess the outcome of pediatric patients with pheochromocytoma and paraganglioma (PPGL), managed in French oncological pediatric centers, and the impact of PPGL predisposition syndromes on the disease.

Methods: All patients less than 18 years of age diagnosed with PPGL  in France between 2000 et 2017 were eligible. They were identified through the National Register of Solid Tumors of the Child (RNTSE). In addition, all centers of the French Society of Pediatric Oncology were contacted, as well as the French registry of SDH-related hereditary paraganglioma (PGL.R), to search for cases that might have not been registered in the RNTSE.

Results: 147 patients were eligible and 79, for whom data could be collected, were enrolled. 38 patients had a pheochromocytoma, and 41 a paraganglioma at first diagnosis. Median age at diagnosis was 13 years. Nine patients suffered from a metastatic PPGL at diagnosis and 70 had unique tumor. The median follow-up was 46 months. Twenty-two patients experienced a new event during follow-up.  Five developed a second PPGL, and 17 recurred on site of the first surgery. 13 patients with localized PPGL at initial staging developed local recurrence (9 patients) or metastases (4 patients). 7 patients had 2 or more metastatic relapses.  Four patients died from their metastatic disease.  Overall survival was assessed to 94% [88%-99%] at 5 years, and event-free survival was respectively 79% [69%-89%] at 3 years and 64% [52%-79%] at 5 years after first diagnosis. A genetic variation in one PPGL susceptibility gene was identified in 48 (73%) out of the 65 patients who underwent genetic testing. A pathogenic mutation (21 on SDHB gene, 12 on VHL, 2 on RET, 2 on HIF2A and 1 on NF1) has been diagnosed in 38  patients and a variant of unknown significance reported in 10. Eight patients (50%) among the 16 with a metastatic PPGL carried a mutation, 5 (62%) on SDHB. Incidence of new events in patients with SDHB mutation (8/21, p:0.05) was significantly higher to those in patients carrying mutations in a non-SDHB gene (4/27).

Conclusion: Pheochromocytoma and paraganglioma in children are strongly associated with a genetic predisposition. Genetic testing at initial diagnosis should be encouraged because the knowledge of genetic status, especially SDHB one, will be important for management and long-term follow-up of affected children.

 

 


Marie DE TERSANT (Paris), Laurence BRUGIÈRES, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Brigitte LACOUR, Louise GALMICHE, Sabine SARNACKI, Daniel ORBACH, Claire FREYÇON, Lucile GÉNÉRÉ, Nadège CORRADINI, Ludovic MANUSY, Sophie VILLEBASSE, Yves PÉREL, Stéphanie GORDE GROSJEAN, Anne-Sophie DEFACHELLES, Virginie GANDEMER, Odile MINCKES, Sophie DUMOUCEL, Natacha ENTZ-WERLE, Claire BERGER, Nicolas SIRVENT
00:00 - 00:00 #12874 - P184 Syndrome de CLOVES : élargissement du spectre phénotypique.
P184 Syndrome de CLOVES : élargissement du spectre phénotypique.

Le syndrome de CLOVES (Congenital Lipomatous Overgrowth, Vascular malformations, and Epidermal nevi Syndrome) est un syndrome malformatif sporadique causé par des mutations en mosaïque du gène PIK3CA et caractérisé par une hypertrophie somatique asymétrique, des lipomes, des malformations vasculaires et des naevi épidermiques.

Cas clinique : une jeune patiente de 13 ans fut admise dans notre service de réanimation pédiatrique à la suite d’une chirurgie pour scoliose sévère d’étiologie inconnue. Depuis l’âge de 3 mois elle présentait des masses lipomateuses de la région thoracique droite postérieure, la région lombaire droite et la région fessière droite ainsi qu’une scoliose progressive s'aggravant depuis l’âge de 6 mois et une insuffisance respiratoire obstructive et restrictive. Un conseil génétique fut demandé par la famille.

Résultats : l’examen clinique montra plusieurs masses lipomateuses hémicorporelles, des malformations vasculaires et des naevi épidermiques en faveur du diagnostic de syndrome de CLOVES. Deux biopsies de peau pratiquées en peau lésée furent cultivées à confluence. Le génotypage du gène PIK3CA fut réalisé sur l’ADN extrait des cultures cellulaires confluentes et révéla une mutation faux sens dans l’exon 10 du gène (p.Glu542Lys). La mutation fut considérée pathogène au vu des données de la littérature et des analyses in silico. La mutation fut retrouvée dans respectivement 30% et 39% de l’ADN extrait de deux cultures cellulaires.

Discussion: Notre observation confirme et élargit le spectre phénotypique du syndrome de CLOVES en rapportant outre les lipomes, les malforations vascularies, les naevi épidermques, une moelle attachée, une syringomyélie et une scoliose sévère et une insuffisance respiratoire obstructive et restrictive qui ne fut que partiellement améliorée par la chirurgie de la scoliose. PIK3CA est une kinase essentielle pour la croissance et le métabolisme cellulaire. S’il n’a pas à ce stade été rapporté d’augmentation de la fréquence des tumeurs malignes associées, il est intéressant de noter que notre patiente était porteuse de très nombreux naevi naevocellulaires. Une meilleure connaissance de l’histoire naturelle des syndromes hypertrophiques liés à PIK3CA permettra une évaluation rigoureuse de l’efficacité des essais thérapeutiques.


Fairouz KORAICHI (Boulogne), Pierre VABRES, Virginie CARMIGNAC, Paul KUENTZ, Isabelle HAEGY, Antoine PINTON, Robert CARLIER, Laurence FAIVRE, Dominique P. GERMAIN
00:00 - 00:00 #12881 - P185 Nouvelle interface pour le calcul du risque de prédisposition et du risque tumoral mammaire basé sur l’histoire familiale.
P185 Nouvelle interface pour le calcul du risque de prédisposition et du risque tumoral mammaire basé sur l’histoire familiale.

Introduction. La prise en charge d’une femme présentant une histoire personnelle et/ou familiale de cancer du sein et/ou de l’ovaire débute par la reconstitution de son arbre généalogique sur lequel sont rapportés les cas de cancer, les âges aux diagnostics, les localisations tumorales mais aussi les personnes indemnes de la famille (Family History — FH). C’est le plus souvent sur la base de cette FH que la décision de proposer une analyse génétique est prise et que des recommandations de surveillance pour le cas index et ses apparentés sont établies. À l’Institut Curie, la sévérité de l’histoire familiale est évaluée depuis plus de 20 ans sur la base d’un calcul de risque de prédisposition en utilisant le modèle de Claus-Easton (Claus et al., 1991, Easton et al., 1993). Ce modèle est mendélien et fait l’hypothèse d’une transmission autosomique dominante d’un allèle pathogène rare et très pénétrant. Il est implémenté sous la forme d’un jeu de paramètres pour le logiciel LINKAGE (programme DOS). L’utilisateur simplifie la FH en éliminant les individus considérés non informatifs, puis la saisie manuellement dans un fichier pedigré (.ped). Enfin, un programme DOS interactif (options à choisir) permet d’obtenir le calcul de risque de prédisposition pour un individu d’intérêt. La procédure complète requiert en moyenne 15min de travail par famille.

Méthodes. Nous présentons une nouvelle interface clinique implémentant le modèle de Claus-Easton qui permet d’obtenir les mêmes résultats dans des temps beaucoup plus courts. De plus, notre nouvel outil propose de nombreuses innovations: 1) saisie et modification de la FH à travers une interface web (HTML/Javascript) interactive; 2) génération d’un rapport contenant une représentation graphique du pédigrée et les résultats des calculs sous forme de diagrammes en bâtons et de tableaux; 3) implémentation de la version la plus récente de l’algorithme d’Elston-Stewart (Totir et al., 2009) qui permet le calcul simultané des risques de prédisposition pour l’ensemble des individus de la famille; 4) calcul du risque tumoral mammaire en tenant compte ou non du risque compétitif avec la mort (Nuel et al. 2017).

Résultats. Le nouvel outil est validé sur un ensemble de familles de référence et reproduit exactement les résultats de l’ancienne implémentation. Dans la pratique quotidienne, la nouvelle interface montre de légères différences avec l’approche usuelle en raison de l’élagage de la FH qui était communément pratiquée et qui n’a désormais plus lieu d’être. Les conseillers en génétique qui utilisent cet outils pointent également un gain de temps réel.

Conclusion. Les perspectives de ce travail incluent le calcul de risques complexes (prédisposition pour un groupe, risque familial, modèles multi-états, etc.) ainsi que l’implémentation de nouveaux modèles (BOADICEA, BRCApro, Claus-Easton continu) et l’extension à d’autres localisations (cancer colorectal et syndrome de Lynch, CMMRD, gliomes et P53, etc.).


Alexandra LEFEBVRE (Paris), Antoine DE PAUW, Marine MARINE LE MENTEC, Anaïs DUPRÉ, Olivier BOUAZIZ, Dominique STOPPA-LYONNET, Grégory NUEL
00:00 - 00:00 #12887 - P186 Epimutation SDHC : un nouveau mécanisme mutationnel à l’origine des paragangliomes et tumeurs gastrointestinales stromales SDHx-dépendants.
P186 Epimutation SDHC : un nouveau mécanisme mutationnel à l’origine des paragangliomes et tumeurs gastrointestinales stromales SDHx-dépendants.

L’immunohistochimie anti-SDHB (IHC SDHB) est un outil robuste pour orienter vers une mutation sur l’un des gènes SDHx (SDHA, SDHB, SDHC, SDHD) dans les paragangliomes (PGL) ou les tumeurs gastrointestinales stromales (GIST)1.  Néanmoins chez certains patients aucune mutation constitutionnelle ou somatique SDHx n’est mise en évidence, même en utilisant les nouvelles techniques de séquençage à haut débit (NGS) permettant d’explorer l’ensemble des gènes de prédisposition et en particulier les gènes SDHx, alors que l’IHC SDHB est négative dans leur tumeur. Une analyse de méthylome a révélé des épimutations (hyperméthylation du promoteur) du gène SDHC chez des patients avec GIST et/ou PGL2. Notre objectif était de développer une méthode permettant de détecter une épimutation SDHC en routine diagnostique puis de valider l’implication de ce nouveau mécanisme mutationnel en clinique

Nous avons mis au point l’analyse par pyroséquençage de 7 îlots CpG du promoteur du gène SDHC puis étudié l’ADN tumoral préalablement traité au bisulfite de 17 tumeurs de patients différents (13 PGL isolés, 1 GIST isolé, 2 dyades de Carney Stratakis associant  PGL et GIST et une triade de Carney associant GIST, PGL et chondrome pulmonaire), qui avaient un test génétique du PGL par NGS + MLPA négatif3 et une tumeur SDHB immuno-négative et SDHA positive, et de 15 tumeurs contrôles.  Nous avons détecté une épimutation SDHC dans le GIST isolé, les deux dyades PGL + GIST et la triade, dont une à l’état de mosaïque constitutionnelle. Nous avons aussi confirmé l’inactivation bi-allélique de SDHC dans 3 cas sur 4. Ainsi, la recherche d’une épimutation du gène SDHC par pyroséquençage est indiquée après un test génétique par NGS négatif et une immunohistochimie tumorale SDHB négative.

 

1. Papathomas TG. Mod Pathol 2015;28:807

2. Killian JK. Cancer Discov 2013;3:648

3. Toledo RA, Burnichon N. Nat Rev Endocrinol 2017;13:233


Alexandre BUFFET (Paris), Nelly BURNICHON, Laurène BEN AIM, Isabelle BOURDEAU, Delphine BONNET, Laurence BRUGIÈRES, Judith FAVIER, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO
00:00 - 00:00 #12892 - P187 Contribution majeure du gène ZMYND11 dans le phénotype d’un patient avec translocation cryptique constitutionnelle (46,XY, der(10)t(10;17)(p15.3;q25.3) de novo.
P187 Contribution majeure du gène ZMYND11 dans le phénotype d’un patient avec translocation cryptique constitutionnelle (46,XY, der(10)t(10;17)(p15.3;q25.3) de novo.

La délétion 10p15.3 et la duplication 17q25.3 sont responsables de déficit intellectuel (DI) syndromique. Jusqu'à présent, vingt-trois microdélétions en 10p15.3 et seulement cinq microduplications en 17q25.3 isolées ont été décrites. La région 10p15.3 contient le gène ZMYND11. Huit patients avec variants pathogènes entrainant une perte de fonction de ZMYND11 ont été rapportés avec DI, épilepsie, trouble du spectre autistique, hypotonie et dysmorphie faciale. Une étude cytogénétique de routine a détecté une nouvelle translocation constitutionnelle cryptique déséquilibrée (46,XY,der(10)t(10;17)(p15.3;q25.3)) chez un garçon avec retard psychomoteur, malformation cardiovasculaire et dysmorphie. Ce case report confirme l'implication du gène ZMYND11 en déficience intellectuelle syndromique et laisse suggérer qu’il est le principal gène candidat du syndrome microdélétionnel 10p15.3. Les délétions complètes de ZMYND11 paraitraient moins sévères que les variants de perte de fonction de ce gène.


Cindy COLSON, Sacha WEBER (Caen), Nicolas GRUCHY, Herve MITRE, Joseph TOULOUSE, Peggy DUPONT-CHAUVET
00:00 - 00:00 #12899 - P188 Un nouveau gène de prédisposition au mélanome situé sur le locus 1p36.
P188 Un nouveau gène de prédisposition au mélanome situé sur le locus 1p36.

Introduction:

Le mélanome (MM) est une tumeur de pronostic redoutable en cas de diagnostic tardif, son incidence double environ tous les 10 ans dans les pays occidentaux. Il existe des facteurs de risques cliniques, environnementaux et génétiques. Les facteurs génétiques restant en majorité inconnus, nous avons réalisé deux séries d’exomes chez des patients à haut risque de MM afin d’expliquer l’héritabilité manquante dans le MM.

Matériel et Méthodes:

Une première série de séquençage d’exomes (Agilent V5, profondeur moyenne de 50X) a été réalisée sur l’ADN constitutionnel de 32 patients atteints de MM : 13 MM familiaux (ii) 6 MM multiples sporadiques. Une étude de replication a été ensuite réalisée sur une série d’exomes de 28 patients (11 MM familiaux et 8 MM multiples), et nous n’avons retenu que les gènes mutés dans les 2 séries. Le filtrage des variants, réalisé sur la plateforme Polyweb a porté en priorité sur les variants non-sens, décalant le cadre de lecture, d’épissage, et non-synonymes dont la fréquence allélique était inférieure à 1%. Une étude de réplication des gènes sélectionnés a été conduite chez 536 patients atteints de MM (346 MMs familiaux et 190 MMs multiples) et 767 contrôles caucasiens. L’analyse statistique comparait le nombre de variant présent dans les 2 groupes.

Résultats:

Les deux séries d’exomes ont permis l’identification de deux variants sur le gène APITD1 : une mutation frameshift (p.Gln142Pro.fs*29) ségrégeant dans une famille, et un variant rare faux-sens (p.E137K) présent chez 3 patients atteints de MM. Le séquençage de l’ensemble du gène APITD1 montrait la présence de 2 mutations frameshifts chez 5 patients, et deux variants faux sens, p.E137K présent chez 9 patients (6 familiaux et 3 multiples) et 3 contrôles, et p.R87M présent chez 2 patients . Les variants tronquants d’APITD1 étaient fortement associés au risque de MM (OR 20.14 (3.48-149.78), de même les variants faux sens (OR 4.22(1.98-8.90). Une perte d’hétérozygotie d’APITD1 avec délétion d’un allèle a été constatée chez un patient portant le variant faux-sens (p.E317K).

 

Discussion:

Le gène APITD1 (apoptosis-inducing, TAF9-like domain 1) est localisé en 1p36.22, locus identifié comme associé à la prédisposition au MM. La protéine APITD1 est liée physiquement au complexe de Fanconi (Fa core) impliqué dans la réparation des dommages de l’ADN et le maintien de l’intégrité du génome. Elle intervient également dans l’assemblage du kinetochore, la progression mitotique et la ségrégation des chromosomes. APITD1 est connue aussi pour son rôle de suppresseur de tumeur dans les neuroblastomes où elle est exprimée à des niveaux très faibles.

Conclusion:

Ce travail nous a permis de démontrer qu’APITD1 est un nouveau gène de prédisposition au mélanome, des études de réplications dans d’autres populations sont en cours de réalisation, ainsi que des études fonctionnelles.


Benfodda MERIEM (Paris), Steven GAZAL, Vincent DESCAMPS, Nicole BASSET-SEGUIN, Martine BAGOT, Lydia DESCHAMPS, Luc THOMAS, Roberto ZANETTI, Lidia SACCHETTO, Bernard GRANDCHAMP, Armand BENSUSSAN, Nadem SOUFIR
00:00 - 00:00 #12902 - P189 Implication du polymorphisme C667T du gène MTHFR dans les thromboses des patients JAK2-V617F-négatif.
P189 Implication du polymorphisme C667T du gène MTHFR dans les thromboses des patients JAK2-V617F-négatif.

Les syndromes myéloprolifératifs désignent un groupe d’hémopathies malignes, caractérisées par une prolifération clonale des cellules myéloïdes. La polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocytémie essentielle (TE) et la myélofibrose primitive (MF), constituent les principales pathologies de ce groupe, et la mutation JAK2-V617F, récemment découverte en 2005, en est un important marqueur de diagnostic. Cette mutation est présente dans 95% de polyglobulie de Vaquez, 50-70% de thrombocytémie essentielle et environ 50% de myélofibrose primitive.

Dans le but de pouvoir expliquer l’épisode thrombotique chez 40 patients diagnostiqués JAK2-V617F-négative, nous avons exploré l’éventuelle existence de la mutation du polymorphisme C667T du gène MTHFR, par la technique PCR-RFLP.

Il s’agit d’un travail regroupant une étude pro- et rétrospective, réalisée sur une période de trois années, allant de 2014 à 2016. Les données ont été colligées à partir des registres du Laboratoire de Génétique et Pathologie Cellulaire et Médicale de la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Casablanca.

Nos résultats ont montré que les fréquences des génotypes homozygote sauvage (CC), hétérozygote muté (CT), et homozygote muté (TT) du polymorphisme C667T du gène MTHFR étaient respectivement de 42.5%, 47.5% et 10%; l’allèle C, étant plus fréquent, (66.25%) par rapport à l’allèle T (33.75%).

Retrouvé chez 57.5 % des patients de l’échantillon étudié, le polymorphisme C667T du gène MTHFR semble être associé aux événements thrombotiques observés chez ces patients.


Hind DEHBI (casablanca, Maroc), Walaa MANSOURY, Kaltoum AIT BOUJMIA, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12909 - P190 Etude de la mutation G20210A du gène de la prothrombine dans les Syndromes myéloprolifératifs JAK2-V617F-négatif.
P190 Etude de la mutation G20210A du gène de la prothrombine dans les Syndromes myéloprolifératifs JAK2-V617F-négatif.

Les Syndromes myéloprolifératifs (SMP) sont une prolifération clonale dérégulée des cellules souches hématopoïétiques. L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) y a regroupé en 2008 la leucémie myéloïdes chroniques (LMC), La polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocytémie essentielle (TE) et la myélofibrose primitive (MFP). Les SMP ont plusieurs étiologies comme l’exposition à des substances toxiques, une chimiothérapie anticancéreuse, certaines origines virales ou un dérèglement génétique tel que la mutation JAK2V617F au niveau du gène codant pour la protéine Jakus Kinase 2 (JAK2). Dans le présent travail, nous avons étudié l’implication de la mutation G20210A du gène de la prothrombine (Facteur II) dans la genèse des thromboses dans les SMP sans la mutation JAK2V617F chez 40 patients de la population Marocaine par la technique PCR-RFLP. Il s’agit d’une étude pro- et rétrospective, réalisée sur une période de trois années, allant de 2014 à 2016. Les données ont été colligées à partir des registres du Laboratoire de Pathologie Cellulaire et moléculaire de la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Casablanca.

Nos résultats montrent que la fréquence des génotypes sauvage G/G, hétérozygote G/A, et muté A/A était respectivement de 63,33%, 20% et 16,66%.  La fréquence de l’allèle muté 20210A était de 26,66% chez la population d’étude, contre 73,33% pour l’allèle sauvage 20210G et une prédominance féminine de l’allèle muté.

Une étude avec un échantillon plus large est nécessaire pour confirmer ces résultats préliminaires.


Hind DEHBI (casablanca, Maroc), Yassine OUJJIR, Kaltoum AIT BOUJMIA, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12911 - P191 Nanostring, CGH-array, FISH : quelle est la meilleure technique pour détecter les anomalies chromosomiques de nombre dans le myélome ? Etude pilote de 24 patients.
P191 Nanostring, CGH-array, FISH : quelle est la meilleure technique pour détecter les anomalies chromosomiques de nombre dans le myélome ? Etude pilote de 24 patients.

Objectif : Le myélome représente une hémopathie maligne dans laquelle les anomalies chromosomiques de nombre sont pronostiques (chromosomes 1, 13, 17) et qu’il convient donc d’identifier afin d’optimiser la prise en charge thérapeutique des patients. Ces anomalies sont habituellement détectées par une technique d'hybridation in situ fluorescente (FISH). Cependant, cette technique comporte des limites (caractère ciblé, quantité de matériel nécessaire (plasmocytes triés), coût des réactifs, temps d'analyse), qui rendent nécessaires l’utilisation de techniques cytogénétiques alternatives. Le caryotype conventionnel étant souvent pris en défaut du fait des difficultés de culture des plasmocytes, les techniques de Comparative Genomic Hydrization (CGH)-array et de Nanostring® semblent donc intéressantes dans cette indication.

Matériel et méthodes : Une série de plasmocytes triés provenant de 24 patients a été analysée pour rechercher des anomalies chromosomiques de nombre par CGH-array (puces Agilent® 60K), par Nanostring® (29 loci répartis sur l’ensemble des chromosomes et repérés par 3 sondes chacun) ainsi qu’en FISH ciblant le chromosome 17 (sonde Metasystems® NF1/TP53 [17q11.2/17p13.1]). Le diagnostic de myélome a été confirmé sur l’analyse morphologique et les populations médullaires ont été triées (tri positif CD138 par séparation immunomagnétique - RoboSep Stemcell®). Une analyse médico-économique a été effectuée, comparant pour chaque technique les performances (multiplexage, délai de rendu) et les coûts (réactifs et temps technique technicien et biologiste).

Résultats : Concernant les aneuploïdies du chromosome 17, les résultats obtenus en CGH-array sont concordants avec ceux obtenus en FISH (technique de référence à l’heure actuelle) pour 20 patients/24. Les discordances observées sont expliquées par la présence de populations sous-clonales non détectables par la technique de CGH-array compte tenu de leur trop faible taille (<10%). Les résultats obtenus avec la technique Nanostring® sont actuellement en cours d’évaluation. La comparaison des performances des différentes approches sera présentée lors des Assises de Génétique.

Discussion : La CGH-array représente une technique « whole genome » sensible, même si son temps technique et son coût restent importants (2,5 fois supérieur à la technique Nanostring® en coût réactifs). De plus, l’identification de sous-populations clonales de faible pourcentage semble difficile. La FISH permet une détection très sensible des aneuploïdies, mais reste une technique ciblée. Actuellement, les recommandations des sociétés savantes demandent de rechercher un nombre croissant d’aneuploïdies, ce qui représente une contrainte non négligeable en termes de coûts techniques (réactifs/personnel).

Conclusion : L’objectif de notre étude est de comparer les différentes techniques actuellement disponibles (de référence et aussi innovantes) dans l’identification des anomalies chromosomiques de nombre pronostiques du myélome.


Béatrice GRANGE (Lyon), Michael DEGAUD, Eudeline ALIX, Jonathan LOPEZ, Damien SANLAVILLE, Evelyne CALLET-BAUCHU, Pierre SUJOBERT
00:00 - 00:00 #12912 - P192 Focus sur le suivi des patients porteurs d’une mutation délétère VHL.
P192 Focus sur le suivi des patients porteurs d’une mutation délétère VHL.

Les mutations délétères du gène VHL prédisposent au syndrome de Von Hippel-Lindau (VHL). Ce syndrome favorise : le risque de cancer du rien à cellules claires, les hémangioblastomes du cervelet, de la rétine et de la moelle épinière, les phéochromocytomes, ainsi que les tumeurs et kystes du pancréas. Il s’agit d’une maladie rare (1/36000 naissances), pour laquelle l’INCa a labellisé le centre PREDIR [Réseau National de Référence pour Cancers Rares de l'Adulte PREDIR (PREDIspositions aux tumeurs du Rein)]. Le réseau PREDIR comporte un Centre Expert National et six Centres Experts Interrégionaux. Etant centre interrégional, nous nous sommes proposés de faire un état des lieux dans notre centre sur le suivi des patients porteurs d’une mutation VHL

Le suivi des patients est bien standardisé et comprend :

  • Chez l’enfant à partir de l’âge de 5 ans, annuellement : une échographie abdominale, un examen du fond d’œil dilaté ainsi qu’un dosage des métanéphrines urinaires ou plasmatiques.

  • A partir de l’âge de 15 ans, ajout d’une première IRM de l’encéphale et de la moelle à renouveler tous les 2 ans.

  • A partir de l’âge de 18 ans, ajout d’une première IRM abdominale, puis alternance annuelle avec une échographie abdominale.

Notre file active de patients porteurs d’une mutation VHL sur le CHU de Montpellier est de 25 adultes et 7 enfants (soit 32 patients).

Afin d’établir l’état des lieux du suivi de ces patients, nous leur avons adressé un questionnaire par courrier. Ce questionnaire interrogeait sur les types d’examens de surveillance, la fréquence et le prescripteur de ces examens. Nous envisagions d’organiser une journée d’échange en octobre 2017 entre les patients leurs proches et les professionnels.  Nous leur avons donc également proposé d’être contactés selon leur souhait, par courriel, téléphone et leur avons proposé une nouvelle consultation s’ils le souhaitaient.

Le taux de retour des questionnaires est de 56%.  Pour la majorité des patients, la surveillance est conforme aux recommandations de suivi pour l’ensemble des organes à l’exception de la surveillance de la moelle et du cervelet.

Seize patients sur dix-huit ont souhaité être recontacté. Sur ces seize patients, dix ont souhaité une nouvelle consultation. Ces consultations sont actuellement en cours. Cela témoigne de la place importante de la consultation pour le suivi des patients.

La majorité des patients (10/18) souhaite que les examens de surveillance soient regroupés une fois par an. Nous avons mis en place cette organisation, dans la mesure du possible, en collaboration avec le service d’endocrinologie. Ainsi, le médecin référent programme pour les patients adultes trois jours d’hospitalisation. La prise en charge du suivi des enfants est organisée en hôpital de jour de génétique.

Nous présenterons les conclusions de la journée d’échange entre patients et professionnels et proposerons d’ajuster les modalités de suivi des patients (enfants et adultes) porteurs d’une mutation VHL.


Tatiana KOGUT-KUBIAK, Isabelle RAINGEARD, Jean RIBSTEIN, Claire JEANDEL, Luc BAUCHET, Claudie ELIAOU MALRIEU, Pascal PUJOL, Stéphane RICHARD, Isabelle COUPIER (MONTPELLIER)
00:00 - 00:00 #12915 - P193 Prudence dans l’interprétation des mutations non-sens : le modèle de l’exon 12 du gène BRCA2.
P193 Prudence dans l’interprétation des mutations non-sens : le modèle de l’exon 12 du gène BRCA2.

L’interprétation des variations génétiques dans le cadre du diagnostic est un des principaux défis de la génétique médicale moderne et cette question est essentiellement focalisée sur les variations faux-sens. Or d’autres types de variations, telles les mutations non-sens a priori délétères, peuvent se révéler non pathogènes parce qu’elles touchent le dernier exon ou une isoforme spécifique. Une autre possibilité est que ces variations ne soient pas délétères parce qu’elles modifient l’épissage et conduisent à un saut d’exon respectant la phase. Afin de tester cette hypothèse, nous avons utilisé comme modèle d’étude l’exon 12 de BRCA2, gène majeur de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire. En effet, des travaux récents suggèrent que la délétion en phase de cet exon n’altère pas la fonction de la protéine BRCA2. Dans un premier temps, nous avons sélectionné, à partir de bases de données française et internationales, toutes les variations dans et autour l’exon 12 de BRCA2 responsables a priori de l’apparition d’un codon stop prématuré ainsi que celles localisées au niveau des séquences les plus conservées des sites d’épissage et celles susceptibles d’induire un saut d’exon d’après les prédictions bioinformatiques. Dans un second temps, l’effet sur l’épissage des 40 variations ainsi sélectionnées a été étudié dans un test fonctionnel basé sur l’utilisation de minigènes. Nos travaux révèlent que certaines de ces variations, y compris des mutations de type non-sens, sont à l’origine d’un saut de l’exon 12 en phase. Pour une des mutations de type non-sens, ces données ont pu être confirmées à partir d’une lignée lymphoblastoïde de patiente. Ces résultats préliminaires suggèrent l’existence possible d’un mécanisme de correction, par l’intermédiaire du saut d’exon en phase, de certaines mutations initialement classées pathogènes dans BRCA2. Des analyses complémentaires, basées notamment sur la collecte des données génétiques, cliniques, tumorales et familiales des patientes porteuses, sont actuellement en cours afin de réévaluer le caractère pathogène de ce type de variations. Nos travaux soulignent l’importance de l’expertise de l’interprétation pour assurer un diagnostic moléculaire fiable.


Laëtitia MEULEMANS, Sandrine M. CAPUTO, Hélène TUBEUF, Sophie KRIEGER, Aurélie DROUET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Virgine CAUX-MONCOUTIER, Mélanie LÉONE, Nadia BOUTRY-KRYZA, Joanna SOKOLOWSKA, Françoise BONNET-DORION, Françoise RÉVILLION, Capucine DELNATTE, Virginie GUIBERT, Florence ROUSSELET, Sarab LIZARD, Maud PRIVAT, Paul VILQUIN, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG, Alexandra MARTINS, Pascaline GAILDRAT (Rouen)
00:00 - 00:00 #12918 - P194 Les mutations de splice du gène Myo7A retrouvées chez des familles algériennes.
P194 Les mutations de splice du gène Myo7A retrouvées chez des familles algériennes.

Le syndrome de Usher de type 1 se caractérise par une surdité neurosensorielle profonde et une retinite pigmentaire qui apparait dans la premiere décade de la vie

Une etude moleculaire est faite sur l'ADN de patients appartenant à des familles algeriennes atteintes de syndrome de usher de type 1. Parmi plusieurs mutations retrouvées, deux mutations de splice ont été retrouvées chez 2 familles algeriennes consanguines.Il s'agit de la mutation c.2283-1G > T  retrouvée  chez 3 familles consanguines et la mutation c.470+1G > A. retrouvée chez 3 membres d'une  meme famille.

Le diagnostic genetique du syndrome de Usher est essentiel pour une prise en charge précoce du double handicap sensoriel.Pour cela une coopération entre cliniciens et biologistes est indispensable pour  aider cette catégorie de patients


Samia ABDI, Mohamed MAKRELOUF (Alger, Algérie), Crystel BONNET, Asma BEHLOULI, Yahia ROUS, Zahida MERAD, Christine PETIT, Akila ZENATI
00:00 - 00:00 #12943 - P195 PALB2 : Nouveau gène majeur de prédisposition du cancer du sein.
P195 PALB2 : Nouveau gène majeur de prédisposition du cancer du sein.

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme et représente aussi sa première cause de décès.

C’est une maladie génétique qui dans la majorité des cas est acquise par des altérations très variées du génome. Cependant, certaines mutations sont présentes dès la conception et expliquent les prédispositions génétiques aux cancers.

A côté des gènes BRCA1/BRCA2, Le gène PALB2 a été identifié en 2007 comme gène de prédisposition au cancer du sein, et il a été placé avec un niveau de risque similaire au gène BRCA2 ayant un risque cumulé de cancer du sein de 14% à 50 ans et 35%  à 70 ans.

L’objectif de ce travail est d’exposer les nouveautés génétiques et les dernières recommandations du Groupe Génétique du Cancer sur la prédisposition du gène PALB2 au cancer du sein, qui revêt ainsi un aspect diagnostique, pronostique et aussi théranostique.

 


Ghizlane JABRANE (Casablanca, Maroc), Nadia SERBATI, Hind DEHBI, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12947 - P196 GI(P)3SI : Gestion Intégrée des Prescriptions, Prélèvements et Projets Scientifiques Innovants à l’Unité de génétique somatique de l’Institut Curie.
P196 GI(P)3SI : Gestion Intégrée des Prescriptions, Prélèvements et Projets Scientifiques Innovants à l’Unité de génétique somatique de l’Institut Curie.

L’Unité de Génétique Somatique de l’Institut Curie participe au diagnostic moléculaire et aide à la classification de certains types tumoraux favorisant une meilleure prise en charge du patient (600 dossiers/an en moyenne) tout en s’inscrivant dans une démarche active de recherche translationnelle et clinique innovantes. La spécificité de l’Unité repose sur l’expertise acquise dans la caractérisation des altérations de sarcomes et tumeurs pédiatriques rares, et implique une centralisation des prélèvements, un circuit clair des échantillons et des réunions de concertation pluridisciplinaires associant des acteurs rompus à ce type d’analyses.

Centre de référence national (80% de prélèvements externes), l’Unité a pu constituer en près de 20 ans une tumorothèque recensant près de 15000 spécimens tumoraux issus de plus de 14000 patients et 9700 échantillons constitutionnels. Faire vivre cette collection unique de prélèvements repose sur une activité de gestion de ressources biologiques soutenue et de grande qualité réalisée par du personnel dédié ( > 70000 produits dérivés annotés et qualifiés ADN, ARN, ctDNA, PDX…).

Dans ce contexte, le pôle GI(P)3SI, pour Gestion Intégrée des Prescriptions, Prélèvements et Projets Scientifiques Innovants, a été créé afin d’optimiser les circuits, la centralisation, les étapes pré-analytiques (prétraitements, recueil du % de cellules tumorales, extraction, dosage et qualification d’acides nucléiques…), mais aussi l’annotation clinico-biologique et l’archivage des prélèvements à visée diagnostique, pronostique, théranostique ou dédiés à des essais cliniques ou de recherche translationnelle.

Garant de la conformité, de la traçabilité et de la qualité de ses activités au regard des cadres règlementaires et juridiques (Démarche Qualité ISO15189 COFRAC, Consentement Institutionnel, Déclaration CNIL des collections…), le pôle GI(P)3SI s’est doté d’outils originaux nécessaires à son fonctionnement. Qu’ils soient informatiques comme les Bases GAIA (Génétique Analyses Interprétations Annotations) et la prescription électronique Thésée, ou biologiques avec des outils optimisés en matière d’identito-vigilance (STR, ou panel de SNPs (MAF~0.5) et qui sont réalisés comme contrôle de filiation entre individus parents-enfants, mais aussi inter-échantillons (constitutionnel-tumoral ; tumeur-métastase…).

Des arbres décisionnels et des stratégies analytiques ont été mis en place pour optimiser l’équation entre type de prélèvement + marqueurs + pathologies. Enfin, le pôle est aussi au cœur de nombreuses études rétrospectives diagnostiques et favorise la participation institutionnelle et/ou internationale à des projets de recherche (+30% de projets/an).

Ainsi, le modèle GI(P)3SI permet, via une gestion centralisée et structurée, une coordination et une articulation fluide et efficiente de ces activités afin d’en valoriser les ressources à l’interface entre le diagnostic et la recherche.


Laetitia TRAMARD (Paris), Laura LE ROUX, Virginie MARY, Stelly BALLET, Stéphanie REYNAUD, Delphine LEQUIN, Khadija AIT RAIS, Christine BOURNEIX, Mégane BOUVET, Delphine GUILLEMOT, Laetitia MAILLOT, Fatoumata SIMAGA, Olivier DELATTRE, Eve LAPOUBLE, Gaelle PIERRON
00:00 - 00:00 #12954 - P197 La microduplication 7q36.1q36.3 : à propos d’une observation.
P197 La microduplication 7q36.1q36.3 : à propos d’une observation.

Plusieurs cas de trisomies partielles 7q terminales ont été décrits au caryotype standard. Ces duplications sont associées à  diverses anomalies phénotypiques comprenant une dysmorphie faciale, des anomalies des extrémités, des malformations cérébrales et un retard du développement. Le développement de la technique de CGH array a permis de mettre en évidence plusieurs microduplications dans cette région et de mieux caractériser les phénotypes qui leur sont associés.

Nous rapportons l’observation d’une patiente âgée d’un an, issue d’un mariage entre cousins germains et adressée pour hypotonie et dysmorphie faciale.

A l’examen, elle présentait  une hypotrophie, une dysmorphie faciale (front large, bosses frontales, saillie de la suture métopique, yeux globuleux, sclérotiques bleutées, cils longs, oreilles décollées,  pits auriculaires), une fontanelle antérieure large, une hypotonie, et un retard des acquisitions psychomotrices.  Le bilan thyroïdien et  l’EMG étaient normaux.  L’exploration cérébrale est en cours.

L’exploration cytogénétique a comporté un caryotype standard fait en premier lieu qui a retrouvé un chromosome 15 remanié, comportant du matériel chromosomique additionnel sur son bras court. Nous avons pratiqué une CGH array qui  a mis en évidence une microduplication en 7q36.1q36.3 de 7.2Mb: arr[GRCh37] 7q36.1q36.3(151,711,773_158,909,738)x 3. Cette anomalie a été confirmée par FISH avec la sonde 7qter, montrant la présence d’une troisième copie 7qter insérée sur un chromosome acrocentrique.

Plusieurs cas de microduplications dans cette région chromosomique ont été rapportés dans la littérature. Le phénotype était très hétérogène chez ces patients, avec notamment des anomalies des extrémités (polysyndactylies des mains et des pieds de degré variable, pouce triphalangique), une  hypertrophie musculaire congénitale, une agénésie du corps calleux, et une dysmorphie faciale caractéristique (bosses frontales, occiput saillant, hypertélorisme, petit nez, microrétrognathisme). Nous retrouvons ces mêmes signes dysmorphiques chez notre patiente, qui ne présentait pas en revanche d’anomalie importante des extrémités en dehors d’un chevauchement des orteils. La région 7q36.1q36.3 dupliquée comprend plusieurs gènes morbides dont SHH, LMBR1 et WDR60 dont les mutations sont responsables d’anomalies squelettiques, DNAJB6 responsable du développement musculaire et DPP6  qui serait un gène candidat dans la déficience intellectuelle avec microcéphalie. L’altération du dosage génique de ces gènes pourrait expliquer le retard du développement chez notre patiente.

La technique de CGH nous a permis de caractériser l’anomalie chromosomique associée au tableau clinique de notre patiente. Une recherche d’un remaniement chromosomique équilibré ou non, impliquant les chromosomes 7 et 15 est indiquée chez les parents, afin de déterminer le caractère hérité ou de novo de cette anomalie et de proposer un conseil génétique adéquat.


Molka SEBAI, Meriem CHAOUCH, Syrine HIZEM, Yasmina ELARIBI, Imen REJEB, Houweyda JILANI, Ahlem ACHOUR, Bouthaina BOURAOUI, Manel LAJIMI, Nadia SIALA, Ahmed MAHERZI, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12966 - P198 Séquençage de l'ADN tumoral et circulant de méningiomes : vers de nouveaux marqueurs moléculaires pronostiques et thérapeutiques.
P198 Séquençage de l'ADN tumoral et circulant de méningiomes : vers de nouveaux marqueurs moléculaires pronostiques et thérapeutiques.

Les méningiomes constituent les tumeurs intracrâniennes les plus fréquentes chez l’adulte. Le traitement repose sur la résection neurochirurgicale. Bien que ces tumeurs soient le plus souvent bénignes, 10% d’entre elles aboutisse à une impasse thérapeutique suite à une agressivité particulière de la tumeur et malgré la radiothérapie. Il n’existe aucun traitement pharmacologique efficace à ce jour pour ces tumeurs.

Notre objectif était de rechercher de nouveaux marqueurs moléculaires pronostiques et thérapeutiques dans le but de préciser l’agressivité ou la récidive pour une prise en charge plus adaptée ainsi que d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Matériel et Méthode : Nous avons analysé une série de méningiomes (n=38) par séquençage à haut débit en utilisant une librairie QIAseq Targeted DNA Panel comprenant un panel de 13 gènes décrits comme étant impliqués dans la tumorigénèse de ces tumeurs. Cette librairie  comporte des codes-barres moléculaires pour rechercher les mutations ponctuelles même à de faibles fréquences. Les variations du nombre de copies du gène NF2 ont été réalisées par PCR en temps réel.

De plus, nous avons également étudié l’ADN circulant (ADNccf) dans les liquides biologiques afin d’étudier la faisabilité de la biopsie liquide pour ces patients dans l’optique de leur proposer un suivi clinique peu invasif.

Résultats : Nous avons relevé des altérations somatiques dans 79 % des cas. 39 % des tumeurs présentent une altération du nombre de copie du gène NF2 (associé dans 53 % des cas à une mutation du gène NF2) et 60.5 % des tumeurs présentent une mutation pathogène ponctuelle. L’ADN circulant a été extrait du plasma de  ces patients en pré- et post-opératoire. En utilisant la même procédure expérimentale que celle utilisée pour analyser la tumeur, nous n’avons pas identifié de mutation sur cet ADN circulant.

Conclusion : Ce travail ouvre des perspectives prometteuses mais doit être poursuivi sur une plus large série de tumeurs pour rechercher des corrélations génotype-phénotype. Le système de code barre moléculaire nous a permis de mettre en évidence des variations génomique faibles sur la tumeur mais pas sur l’ADNccf. Nous poursuivons notre analyse sur l’ADNccf  de patients porteurs de méningiomes particulièrement agressifs et invasifs afin de conclure sur la faisabilité de la biopsie liquide dans le cas de patients porteurs de méningiomes.


Catherine ROCHE (marseille), Noemie BASSET, Amira MOHAMED, Thomas GRAILLON, Anne BARLIER
00:00 - 00:00 #12971 - P199 Le syndrome 48, XXYY chez un enfant béninois.
P199 Le syndrome 48, XXYY chez un enfant béninois.

ABSTRAT

Le syndrome XXYY est une anomalie des chromosomes sexuels ( Dysgonosomie) rapporté pour la première fois par Muldal et Ockey en 1965. Son incidence varie entre 1/18 000 à 1/40 000.  Ce syndrome est souvent comparé au syndrome de Klinefelter ( 47,XXY)  à cause de son phénotype incluant la grande taille et un hypogonodisme hypergonadotrope. Nous rapportons un cas de syndrome 48 XXYY chez un nourrisson de 15 mois admis en consultation de génétique pour retard de développement psychomoteur . Cet enfant présentait un syndrome dysmorphique à type de d’hypertélorisme avec fentes palpébrales obliques en haut et en dehors, les narines antéversées, une microstomie et une nuque plate. Le caryotype standard a révélé une garniture chromosomique de type 48, XXYY. Cette anomalie a été confirmé par une hybridation in situ (FISH) avec les sondes adéquates.  


Simon AZONBAKIN (COTONOU, Bénin), Jules Maroufou ALAO, Marius ADJAGBA, Flore GANGBO, Raphael DARBOUX, Anatole LALEYE
00:00 - 00:00 #12982 - P200 Omics et théranostique dans les cancers pédiatriques : une analyse intégrant exomes et RNAseq pour optimiser la prise en charge des patients.
P200 Omics et théranostique dans les cancers pédiatriques : une analyse intégrant exomes et RNAseq pour optimiser la prise en charge des patients.

Les cancers pédiatriques sont rares mais ils représentent, en France, la première cause de décès par maladie chez les enfants. Malheureusement, les essais cliniques menés par les industriels du médicament sont aussi rares. Identifier des tumeurs potentiellement sensibles à une molécule thérapeutique existante quel que soit le type de cancer permettrait d’optimiser la prise en charge des enfants et adolescents en situation d'échec thérapeutique.

Dans cette optique, et grâce au développement du séquençage à très haut débit (NGS) qui rend possible le classement des tumeurs selon de nombreux marqueurs biologiques, nous avons proposé une approche intégrée combinant analyse d’Exomes (Constitutionnel et Tumoral) et de RNAseq. Les analyses moléculaires réalisées ont permis d’établir des profils individuels, d’identifier des cibles thérapeutiques mais aussi d’approfondir la connaissance sur les voies de signalisation impliquées dans les différents cancers pédiatriques.

Ces analyses ont été réalisées par les équipes de l’Institut Curie et de Gustave Roussy dans le cadre du projet MAPPYACTS qui prévoyait 300 inclusions sur 3 ans (19 centres ouverts en France). Aujourd’hui, 16 mois après le début du projet, 305 patients ont été inclus sur les deux sites. A l’Institut Curie, 145 patients ont déjà bénéficié de ce programme et 113 analyses complètes ont été effectuées.  

L’ensemble des altérations pertinentes sont intégrées et reportées pour discussion lors du MTB (Molecular tumor board) pluridisciplinaire hebdomadaire visant à évaluer et à hierachiser les éventuelles cibles thérapeutiques au regard des protocoles disponibles (E-SMART – European Proof-of-concept Therapeutic Stratification Trial of Molecular Anomalies in Relapsed of Refractory Tumors in children).    Actuellement 101 patients ont bénéficié d’une analyse contributive représentant près d’une vingtaine de pathologies distinctes  parmi lesquelles : 13 sarcomes d’Ewing, 11 neuroblastomes, 9 ostéosarcomes, 11 RMS, 28 tumeurs cérébrales (6 astrocytomes, 6 ependymomes, 4 glioblastomes, 5 gliomes, 5 médulloblastomes…) mais aussi 4 néphroblastomes, et 2 leucémies (B-ALL)…  De très nombreuses altérations ont pu être identifiées : 24 cas présentaient des transcrits de fusion spécifiques (impliquant par exemple EWSR1-FLI1 (-> Inhibiteurs de PARP ou les récepteurs NRTK LOXO1), 25 avec une anomalie de TP53 (associée à une LOH ou une isodisomie -> inhibiteurs Wee1), 23 avaient une inactivation bi-allélique de CDKN2A/B (délétion homozygote focale, ou mutation homozygote -> inhibiteurs de CDK4/6), 6 touchaient des gènes du remodellage de la chromatine (Complexe SWI/SNF -> inhibiteurs d’EZH2), 8 présentaient des amplifciations focales ou mutations activatrices de N- ou CMYC, et bien d’autres encore affectaient les voies PIK/AKT/mTOR ou les voies de la réparation des cassures double brins.  Ainsi, 216 marqueurs d’intérêt comme cible moléculaire ont pu conduire à une orientation thérapeutique.


Mégane BOUVET (Paris), Stelly BALLET, Delphine LEQUIN, Camille BENOIST, Virginie BERNARD, Eve LAPOUBLE, Nathalie CLEMENT, Tiphaine ADAM-DE-BEAUMAIS, Gudrun SCHLEIERMACHER, Birgit GEOERGER, Gaelle PIERRON
00:00 - 00:00 #12984 - P201 Haut risque de cancer, surveillance et chirurgie de réduction de risque : quelle réalité dans le groupe PHARE GRAND OUEST ?
P201 Haut risque de cancer, surveillance et chirurgie de réduction de risque : quelle réalité dans le groupe PHARE GRAND OUEST ?

Le groupe Phare Grand Ouest (PGO), financé par l’INCa depuis 2009 (expérience pilote) et pérennisé en 2012 (déploiement national), regroupe 8 équipes d’oncogénétique de 4 régions : Bretagne, Centre, Pays de la Loire, Poitou-Charentes et une équipe de coordination inter-régionale. Son objectif est de coordonner et améliorer la prise en charge multidisciplinaire des personnes prédisposées au cancer du sein ou des ovaires (mutation constitutionnelle délétère (MCD) des gènes BRCA1, BRCA2 ou risque cumulé de cancer du sein > 20% selon le logiciel BOADICEA) ou aux cancers digestifs (syndrome de Lynch). Après recueil du consentement écrit, la validation par l’oncogénéticien d’un programme personnalisé de suivi (PPS) repose sur un enregistrement par application du référentiel correspondant ou la discussion du dossier en RCP, obligatoire en cas de chirurgie prophylactique. Un système d’information développé spécifiquement et déclaré auprès de la CNIL permet un rappel par courrier des rendez-vous d’examens de suivi programmés selon la périodicité définie dans le PPS et des relances en cas de non-retour des compte-rendus.

Au 22/09/2017, 2857 personnes ont signé un consentement : 1599 ont un dossier complet avec PPS validé et présentent une MCD du gène BRCA1 (557), BRCA2 (410), un haut risque sans mutation identifiée (315) ou un syndrome de Lynch (317). Parmi les 1277 femmes à haut risque mammaire, la moitié a eu au moins 3 bilans d’imagerie annuelle, le nombre de suivis annuels allant de 1 à 8. Au cours du suivi PGO, 280 femmes (22%) ont eu au moins une IRM classée ACR3 et 146 (11%) au moins une IRM de contrôle supplémentaire. La classification ACR n’était pas renseignée pour 204 femmes (16%). A l’inclusion, 79% (315/400) des femmes de plus de 40 ans mutées BRCA1 et 83% (213/257) des plus de 45 ans mutées BRCA2 avaient bénéficié d’une chirurgie annexielle de réduction de risque. Au cours du suivi, cette chirurgie a été réalisée chez 47% (39/83) et 55% (24/44) de ces femmes, respectivement. Une chirurgie mammaire de réduction de risque a été faite par 8% (106/1277) et 7% (82/1158) des femmes, respectivement à l’inclusion et au cours du suivi. Ce dernier chiffre ne tient pas compte des carcinomes in situ de découverte pré-opératoire nécessitant in fine un reclassement en chirurgie curative pour le sein traité (données à venir). Concernant les femmes de plus de 45 ans suivies pour un syndrome de Lynch, une chirurgie prophylactique pelvienne a été réalisée à l’inclusion chez 43% (37/87) et au cours du suivi chez 38% (18/48) des femmes. Par ailleurs, un cancer a été détecté au cours du suivi chez 85 femmes à haut risque mammaire et 9 personnes avec syndrome de Lynch.

Ainsi, nous rapportons les résultats de la première cohorte française de suivi à notre connaissance. La plus-value d’un tel programme est renforcée par la possibilité d’informer les personnes concernées et leurs médecins de la validation de nouvelles recommandations afin d’optimiser leur suivi.


Charlotte HUET (RENNES), Anne-Cécile EGAULT, Estelle POUPELIN, Angela BABIN, Marion BELLEGUIC, Sébastien BIGOT, Nathalie BLANCHARD, Marie BOISSELIER, Florence CAPLIEZ, Anne CAROFF, Alice YVARD, Caroline ABADIE
00:00 - 00:00 #12986 - P202 Divers modes de ségrégation d’une t(11;15)(q25;q11.2) : Conséquences et Intérêt d’une enquête familiale.
P202 Divers modes de ségrégation d’une t(11;15)(q25;q11.2) : Conséquences et Intérêt d’une enquête familiale.

Nous présentons le cas d’une translocation réciproque t(11;15) découverte chez un couple venu consulter pour infertilité secondaire depuis 3 ans. Le bilan de cette infertilité a mis en évidence une translocation réciproque apparemment équilibrée t(11;15)(q25;q11.2) chez le conjoint, jusque-là jamais suspectée en raison de la naissance d’un 1er enfant bien portant et sans difficulté, chez un couple n’ayant jamais eu de fausses-couches.

La poursuite des explorations génétiques a mis en évidence un déséquilibre important de la ségrégation meiotique spermatique lors de la réalisation de la FISH sur sperme spécifique, conduisant le couple vers une prise en charge en Diagnostic pré-implantatoire.

L’enquête familiale a révélé que la sœur du patient est elle-même porteuse d’une anomalie chromosomique de type marqueur surnuméraire dérivé du chromosome 15, sans translocation t(11 ;15) associée. Elle a eu 3 enfants avec deux conjoints différents, sans aucune difficulté, sans fausses-couches, et ils sont tous biens portants.

L’enquête familiale se poursuit au sein de la famille du patient.

Nous analyserons les différents modes de ségrégation de cette translocation réciproque apparemment équilibrée au sein d’une même famille et discuterons des différentes conséquences pour chacun des cas de figure observé dans cette fratrie.

 


Valérie KOUBI (Neuilly-sur-Seine), Marie-France PORTNOI, Elise ALABRE, Alexandre BEAUGRAND, Rachel GENTIL, Dominique LALET, Christelle LAMON
00:00 - 00:00 #12994 - P203 Suivi de la maladie résiduelle au cours des Leucémies Myéloïdes Chroniques par RQ-PCR : à propos d’une série marocaine.
P203 Suivi de la maladie résiduelle au cours des Leucémies Myéloïdes Chroniques par RQ-PCR : à propos d’une série marocaine.

La leucémie myéloïde chronique est une néoplasie myéloproliférative caractérisée par la présence d’un marqueur cytogénétique qui est le chromosome Philadelphie. Ce chromosome 22 raccourci résulte d’une translocation réciproque t(9;22)(q34;q11) qui aboutit à la formation d’un gène de fusion BCR-ABL codant pour une protéine à activité tyrosine kinase anormale.

La mise en évidence de la translocation t(9;22) repose essentiellement sur le caryotype médullaire et l’hybridation in situ fluorescente. Le suivi des patients sous traitements est une étape cruciale de la prise en charge  vu le taux de rechutes et d’échecs thérapeutiques très élevé.  La quantification  du transcrit bcr-abl reste le meilleur moyen pour évaluer la maladie résiduelle dans une LMC.

Dans ce travail, nous rapportons l’intérêt de la quantification par RQ-PCR du transcrit p120 Mbcr-abl

Chez une série de patients marocains. Cette étude révèle également  l’intérêt de l’automatisation de cette technique a travers l’utilisation du Genexpert comme moyen de détection de la translocation t(9,22). 


Nadia SERBATI (CASABLANCA, Maroc), Meryem QACHOUH, Meryem DAKKOUNE, Sellama NADIFI, Asmaa QUESSAR
00:00 - 00:00 #13001 - P204 Inhibiteurs de CDK4 et CDK6 : des candidats au traitements des carcinomes adrénocorticaux.
P204 Inhibiteurs de CDK4 et CDK6 : des candidats au traitements des carcinomes adrénocorticaux.

High proliferation rate and high mutation density are both indicators of poor prognosis in adrenocortical carcinomas. We performed a hypothesis-driven association study between clinical features in adrenocortical cacinomas and the expression levels of 136 genes involved in DNA metabolism and G1/S phase transition. In 79 samples downloaded from The Cancer Genome Atlas portal, high Cyclin Dependent Kinase 6 (CDK6) mRNA levels gave the most significant association with shorter time to relapse and poorer survival of patients. A hierarchical clustering approach assembled most tumors with high levels of CDK6 mRNA into one group. These tumors tend to cumulate mutations activating the Wnt/b-catenin pathway and show reduced MIR506 expression. Actually, the level of MIR506 RNA is inversely correlated with the levels of both CDK6 and CTNNB1 (encoding b-catenin). Together these results indicate that high CDK6 expression is found in aggressive tumors with activated Wnt/ b-catenin pathway. Thus we tested the impact of Food and Drug Administration-approved CDK4 and CDK6 inhibitors, namely palbociclib and ribociclib, on SW-13 and NCI-H295R cells. While both drugs reduced viability and induced senescence in SW-13 cells, only palbociclib was effective on the retinoblastoma protein (pRB)-negative NCI-H295R cells, by inducing apoptosis. In NCI-H295R cells, palbociclib induced an increase of the active form of Glycogen Synthase Kinase 3b (GSK3b )responsible for the reduced amount of active b-catenin, and altered the amount of AXIN2 mRNA. Taken together, these data underline the impact of CDK4 and CDK6 inhibitors in treating adrenocortical carcinomas.


Djihad HADJADJ, Su-Jung KIM, Thomas DENECKER, Laura BEN DRISS, Jean-Charles CADORET, Chrystelle MARIC, Giuseppe BALDACCI, Fabien FAUCHEREAU (PARIS)
00:00 - 00:00 #13015 - P205 700 cas consécutifs d’analyse oncogénétique par capture quantitative des régions d’intérêt : validation des réarrangements de grande taille et spectre des mutations ‘incidents’.
P205 700 cas consécutifs d’analyse oncogénétique par capture quantitative des régions d’intérêt : validation des réarrangements de grande taille et spectre des mutations ‘incidents’.

Dans l’évolution technique vers une analyse génomique toujours plus puissant et plus rapide, les examens progressivement plus complets peuvent être proposés aux patients. Nous avons mise en place un panel de 39 gènes pour usage en routine pour évaluer le risque héréditaire de cancer. Plus de 700 patients ont déjà été analysés avec ce panel.

Recrutement : Lors des consultations en oncogénétique, le panel est présenté avant prescription, soit d’un examen en panel, soit d’un examen « orienté » de certains gènes spécifiquement impliqués dans la pathologie personnelle ou familiale du patient, selon le souhait du patient. Le patient donne son consentement éclairé par écrit, avec son accord (ou non) de participer aux projets de recherche.

Analyse : l’ADN extrait d’un prélèvement sanguin est fragmenté, taggué par un indice unique, et sujet à une étape d’enrichissement des séquences d’intérêt par capture en phase liquide (SureSelect). 23 patients plus un témoin négatif sont poolés et séquencés ensemble sur un MiSeq. Les anomalies pathogène ou probablement pathogènes sont vérifiées sur un deuxième prélèvement, par séquençage Sanger pour les anomalies ponctuelles, ou QMPSF pour les anomalies de nombre de copies (CNV). Exceptionnellement, la détection des séquences chimères permet la vérification de certains réarrangements de grande taille par PCR spécifique. 

Le laboratoire a développé un pipeline informatique pour la détection et annotation de plusieurs types d’anomalies. La détection des anomalies ponctuelles, des CNV, et les séquences chimères indicative des réarrangements, était validé sur des nombreux échantillons porteurs de mutation connue au laboratoire. Ce pipeline permet de masquer les données non-demandées en cas demande d’examen orienté.

Résultats : Entre 80 et 90% de nos patients acceptent l’analyse en panel de 39 gènes, ce qui nous permet d’accumuler rapidement une large base de données des variations observés ‘hors-indication’. Environ 17 % des cas présente une mutation pathogène ou probablement pathogène. 12 CNV étaient observés, dans 6 gènes différents, dont 10 délétions et 2 duplications. Pour 4 délétions, les bornes de délétions étaient observées et confirmés par PCR.

Pour les mutations classe 4 et 5, environ 2% étaient observées dans les gènes qui n’auront pas été analysé dans un examen limité aux gènes directement impliqués dans la pathologie familiale. Ce chiffre est de 1% si on ne considère que des mutations des gènes dominants.

Conclusion : Le panel de 39 gènes s’est montré très efficace pour la détection des anomalies. Ce panel est bien accepté par les patients, malgré la possibilité de découvert d’un risque héréditaire inattendue par rapport au tableau clinique familial. Dans notre expérience, ces mutations  « incidentes » sont très rares. Une analyse des mutations retrouvées, par rapport aux phénotypes familiales des patients, sera présentée.


Nancy UHRHAMMER (Clermont-Ferrand), Maud PRIVAT, Mathilde GAY-BELLILE, Flora PONELLE, Yannick BIDET, Yves-Jean BIGNON
00:00 - 00:00 #13016 - P206 Les RCP moléculaires : une expertise multidisciplinaire pour optimiser la décision thérapeutique. Expérience de l’Institut Curie.
P206 Les RCP moléculaires : une expertise multidisciplinaire pour optimiser la décision thérapeutique. Expérience de l’Institut Curie.

La progression tumorale s’accompagne d’une accumulation d’altérations génomiques quantitatives (amplifications, gains, pertes, délétions homozygotes) ou qualitatives avec des anomalies de structure des chromosomes (translocations) ou de la séquence nucléotidique (variations ponctuelles, indels). Ces évènements somatiques aboutissent respectivement au gain ou à la perte de fonction d’oncogènes, ou de gènes suppresseurs de tumeurs clés. La caractérisation fine de ces altérations sur le plan moléculaire et leur intégration avec l’histoire clinique et le type du cancer représentent un enjeu majeur pour la prise en charge optimale des patients avec l’indication de thérapies ciblées éventuelles.

Le nombre croissant d’essais cliniques « nouvelles générations », nécessite l’optimisation d’une organisation facilitant l’analyse intégrée des marqueurs / tests compagnons avec l’ensemble de l’histoire clinique des patients.

Les Réunions de Concertation Pluridisciplinaires (RCP) sont donc une étape essentielle de l’organisation des soins en cancérologie. A l’Institut Curie, les RCP moléculaires ont été mises en place depuis octobre 2014 dans le sillon du succès de l’essai SHIVA01. Tous les patients atteints d’un cancer métastatique, en récidive ou atteint d’un cancer rare (adulte ou pédiatrique) peuvent être inscrits à la RCP moléculaire par l’oncologue médical qui les suit. Cette réunion vise à définir le type le plus pertinent d’analyse à réaliser pour rechercher des altérations moléculaires pouvant être ciblées par une thérapie chez chaque patient présenté. Les RCP moléculaires ont lieu de façon hebdomadaire et regroupent de nombreux experts de compétences complémentaires incluant les oncologues, les radiologues, les pathologistes, et les biologistes médicaux. Les résultats des analyses moléculaires sont discutés et interprétés à la lumière de l’histoire clinique du patient.

Entre octobre 2014 et mai 2017, 786 patients ont été présentés en RCP moléculaire. Parmi ces 786 patients, 64% ont eu un criblage moléculaire comportant des analyses en immunohistochimie, du séquençage ciblé haut débit (Panel NGS) et/ou des analyses pan génomiques par CGHarray. L’intégration de ces données a permis d’identifier, pour 258 patients, des mutations, amplifications et ou délétions homozygotes de gènes majeurs de l’oncogenèse.

Les principaux types de cancers pour lesquels les analyses moléculaires ont été réalisées sont : les cancers du sein (16,1%), de l’ovaire (10,1%), de la tête et du cou (10%), du poumon (7,6%), du cerveau (7,6%), du colon (6,2%), du col de l’utérus (5,1%), de la prostate (4,7%), de l’utérus (3,9%), du pancréas (3,8%), de l’os (3,8%), des tissus mous (3,5%), du foie (1,9%) et du rectum (1,9%).

Ainsi la mise en place d’une RCP incluant la caractérisation moléculaire tumorale a permis d'orienter précisément 16% des patients vers l'essai thérapeutique le mieux adapté et ce dans un délai compatible avec la pratique clinique.


Coralie FRANCK (Paris), Claire MOREL, Samia MELAABI, Delphine LEQUIN, Odette MARIANI, Guillaume BATAILLON, Virginie BERNARD, Vincent SERVOIS, Mohamed Gabriel ZIZI, Julien MASLIAH PLANCHON, Céline CALLENS, Anne VINCENT-SALOMON, Ivan BIECHE, Christophe LE TOURNEAU, Maud KAMAL, Gaëlle PIERRON
00:00 - 00:00 #13030 - P207 Etude génétique du gène APC responsable de la polypose colique chez des familles tunisiennes et importance du conseil génétique.
P207 Etude génétique du gène APC responsable de la polypose colique chez des familles tunisiennes et importance du conseil génétique.

Le cancer colorectal est le 3ème cancer dans le Monde, il représente la 4ème cause de décès par cancer.

Le CCR se présente sous 2 formes : familiale et sporadique dont les caractéristiques moléculaires et cliniques se chevauchent. Pour notre étude on s’est intéressé uniquement à la forme familiale héréditaire polyposique (PAF) qui est responsable de 1% des cancers colorectaux. La PAF est une maladie génétique à transmission autosomique dominante qui se manifeste par la formation de plusieurs centaines de polypes dans le côlon, dès l’adolescence.

Dans ce travail, nous avons recruté 69 patients durant la période allant de 2007 à 2016. Tous ces patients nous ont été adressés dans un contexte de polypose colique familiale. Nous avons criblé le premier gène impliqué dans cette pathologie (APC) chez des familles à risque dans cette pathologie.

L’analyse du gène APC impliqué dans la FAP, a permis de détecter 12 mutations délétère chez 23 patients. Plusieurs mutations touchant le gène APC ont été reportées pour la 1ere fois.

Les mutations touchant le gène APC sont fréquentes et localisées dans une partie de l’exon 16 (Mutation Cluster Region)

La caractérisation des mutations causales nous a permis d’adapter la prise en charge médicale des patients, de formuler un conseil génétique adéquat et d’offrir un diagnostic présymptomatique aux apparentés à risque qui le souhaitaient.


Ameni KDISSA, Klaus BRUSGAARD, Rihab BEN SEGHAIER, Wiem MANOUBI, Olfa HALLARA, Hamouda SAFFAR, Mahdi KSIAA, Lamia GOLLI, Fahmi HMILA, Ali SAAD, Moez GRIBAA (Sousse, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13037 - P208 Microdélétions du chromosome Y et infertilité masculine : Etude clinico-biologique et moléculaire (A propos de 163 cas).
P208 Microdélétions du chromosome Y et infertilité masculine : Etude clinico-biologique et moléculaire (A propos de 163 cas).

La stérilité est un problème de santé publique qui intéresse environ 15% des couples. Dans la moitié des cas son origine est masculine mais dont les causes ne sont pas élucidées chez 90% des patients et pouvant être d’ordre environnemental ou génétique. 

Le but de ce travail était de chercher les microdélétions du chromosome Y chez 163 hommes consultant pour infertilité masculine, pour la majorité venant du centre tunisien et présentant au spermogramme une azoospermie ou une oligozoospermie d’origine sécrétoire périphérique ou mixte. Cette recherche a été faite par deux réactions de PCR multiplex. Dans le multiplex A, nous avons amplifié les marqueurs STSs : Sy82 (AZFa), Sy134 (AZFb), Sy254 (AZFc) et dans le multiplex B nous avons amplifié les marqueurs STSs : Sy81 (AZFa), Sy127 (AZFb), Sy255(AZFc).

La  microdélétion AZF a été trouvée chez 14 patients (8,58%) conformément aux données de la littérature. Cette microdélétion touche la zone AZFc dans 9 cas, la zone AZFa dans un cas, les zones AZFb+c dans deux cas et les zones AZFa+b+c dans deux cas. Une obstruction épididymaire a été associée chez trois patients micodélétés. Les données de la biopsie testiculaire montrent que le phénotype testiculaire peut être le même avec des délétions à des niveaux différents d’AZF.

Ces microdélétions s’héritent du père au fils lorsqu’une ICSI est possible ce qui justifie pleinement une consultation de conseil génétique pour ces patients et leurs conjointes afin de discuter avec eux le risque principal qui est celui de la stérilité en cas de descendance masculine


Ghada SAAD, Ameni KDISSA, Amel HAJ KHELIL, Samir HIDAR, Monia ZAOUALI, Soumaya MOUGOU-ZRELLI, Samira IBALA, Koussay ACH, Moez GRIBAA, Ali SAAD (SOUSSE, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13038 - P209 Chromothripsis ? Chromoanasynthesis ? Chromoanagenesis ? Par Toutatis !
P209 Chromothripsis ? Chromoanasynthesis ? Chromoanagenesis ? Par Toutatis !

Les remaniements chromosomiques sont dits complexes (RCC) lorsqu’ils impliquent au moins deux chromosomes et trois points de cassure ou plus. Les techniques d’analyse chromosomique sur puce à ADN et de séquençage à haut débit ont permis la mise en évidence de réarrangements extrêmement complexes concentrés sur un chromosome qui dépassent cette première définition. Aujourd’hui regroupés sous le vocable chromoanagenesis les mécanismes à l’origine de ces remaniements restent mal compris et leur définition peu précise.

Suite à une collaboration nationale portant sur des cas de remaniements déséquilibrés avec présence d’au moins 4 variations du nombre de copies (CNV) sur un chromosome d’une part puis via l’utilisation du séquençage génome entier dans la caractérisation des remaniements chromosomiques apparemment équilibrés chez les patients à phénotype anormal (projet ANI) d’autre part nous avons pu colliger 15 observations de chromoanagenesis constitutionnels.

Tous les patients présentent un remaniement chromosomique plus complexe qu’initialement suspecté avec 314 points de cassures identifiés pour 106 attendus. Le remaniement le plus complexe est constitué de 74 points de cassure réunis en 4 clusters avec 14 CNVs sur le bras long du chromosome 11.

L’analyse des points de cassure a été faite au regard de i) l’interruption d’un gène, ii) de l’interruption d’un domaine topologiquement associé et de son contenu génique, iii) l’interruption d’un domaine de liaison à la lamine, iv) la position du point de cassure par rapport au site CTCF, v) la possible formation d’un transcrit de fusion.

Nous avons également recherché la présence de microhomologie, d’insertions… au niveau des points de cassure afin de mieux comprendre les mécanismes de réparation. La présence de clusters de points de cassure, déjà décrite dans les chromoanagenesis est retrouvée chez 6 patients. L’étude des fragments de jonction démontre chez ces patients que plusieurs mécanismes de réparation ont été nécessaires. Ceci va à l’encontre de l’idée qu’un seul mécanisme de réparation puisse être utilisé dans ce contexte. Les hypothèses à l’origine de ces remaniements seront discutées.

La comparaison entre les caractéristiques observées pour ces points de cassure de remaniement complexe et celles observées dans les cas plus simples devrait permettre de valider ou d’invalider l’hypothèse d’un continuum mécanistique entre les remaniements simples et complexes. De plus, compte tenu du nombre très important de points de cassure observés au total, nous espérons pouvoir établir des critères d’aide à la classification de pathogénicité d’un variant structural sur le modèle de ce qui existe pour les variants nucléotidiques ou les variants du nombre de copies et ainsi aider à la corrélation génotype/phénotype. Il s’agit là d’un challenge cytogénétique majeur au moment de la mise en place du Plan France Médecine Génomique 2025.


Nicolas CHATRON (Lyon), Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Julia LAUER ZILLHARDT, Arthur SORLIN, Joris ANDRIEUX, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Patrick CALLIER, Marie-Pierre CORDIER, Christèle DUBOURG, Françoise GIRARD, Sylvie JAILLARD, Boris KEREN, James LESPINASSE, Nathalie MARLE, Alice MASUREL, Michèle MATHIEU, Corinne METAY, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Marlène RIO, Jean-Pierre SIFFROI, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Damien SANLAVILLE
00:00 - 00:00 #13041 - P210 Prévalence des dysgonosomies chez les couples avec avortement spontané récurrent.
P210 Prévalence des dysgonosomies chez les couples avec avortement spontané récurrent.

L’avortement spontanée récurrent (ASR), définie par la survenue de deux ou plus de pertes fœtales à un âge gestationnel inférieur à 24 SA, est une entité pathologique qui affecte plus 2 5 % des couples en age de procréation. Les réarrangements chromosomiques parentaux représentent une cause majeure de ces pertes fœtales, parmi lesquels les dysgonosomies sont souvent rapportées.

L’objectif de cette étude est d’évaluer la contribution des dysgonosomies dans la récurrence des avortements, d’autant plus, de déterminer les caractéristiques cliniques des patients Tunisiens, ayant ces anomalies chromosomiques.

L’étude cytogénétique a été colligée chez 155 couples ayant au moins 2 avortements spontanés, et consultants pour un bilan étiologique de leur pathologie abortive ainsi que pour un conseil génétique éclairé.  Le caryotype a été réalisé en bande RHG, et une PCR multiplex pour la confirmation de microdeletion du chromosome Y.

Les aneuploïdies des chromosomes sexuels représentent 25% des anomalies chromosomiques retrouvées chez les couples avec ASR. La dysgonosomie du chromosome X a été retrouvé chez 3 patients (soit une fréquence de 1.9%) : un syndrome de Klinefelter (46, XY/47, XXY) un syndrome de Turner (45, X/46, XX), et un triple X (47, XXX).

Cette étude souligne l’impact des dysgonosomies du chromosome X surtout en mosaïque dans la survenue des ASR. Par ailleurs, des études plus larges sont souhaitables afin de clarifier les caractéristiques cliniques chez  des patients avec telle anomalie chromosomique.

 


Rim FRIKHA, Nourhène GHARBI (Sfax, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13052 - P211 Evaluation de l’impact d’un test génétique positif sur l’évolution clinique des patients atteints de paragangliome et/ou de phéochromocytome.
P211 Evaluation de l’impact d’un test génétique positif sur l’évolution clinique des patients atteints de paragangliome et/ou de phéochromocytome.

Contexte

Les paragangliomes et les phéochromocytomes (PPGL) sont des tumeurs neuroendocrines ayant un fort déterminisme génétique. Environ 40 % des patients atteints sont porteurs d’une mutation constitutionnelle sur un gène de prédisposition. Le test génétique est indiqué car l’identification d’une mutation est un facteur de risque pour le sujet porteur de développer des formes multiples, malignes, ou syndromiques. Toutefois, mis à part l’intérêt du dépistage familial, il n’a pas été prouvé que l’identification d’une mutation sur un gène de prédisposition au PPGL modifiait la prise en charge et l’évolution clinique du cas index. L’objectif principal de cette étude était d’évaluer l’impact d’un test génétique positif sur la prise en charge des cas index atteints de PPGL.

Patients et méthodes

Etude cas/témoins observationnelle rétrospective multicentrique nationale. Les données initiales et de suivi de 271 cas index atteints de PPGL, porteurs d’une mutation constitutionnelle dans l’un des 4 gènes majeurs de prédisposition (SDHB, SDHD, SDHC, VHL)  ont été reprises. Cette cohorte contient 131 patients chez qui le diagnostic génétique avait été fait plus de deux ans après le premier diagnostic de PPGL (cohorte historique) et 140 patients chez qui le diagnostic génétique avait été fait dans les deux ans suivant le diagnostic initial (cohorte témoin).

Résultats

Le nombre de formes sécrétantes, multiples, malignes ou syndromiques est équivalent dans les deux cohortes. Les patients de la cohorte historique sont significativement plus âgés que ceux de la cohorte témoin au diagnostic de PPGL (38 ans versus 32 ans). On observe plus de mutations SDHD parmi la cohorte historique (36,6 % versus 20,7 %). Rapporté au nombre d’années de suivi,  le nombre de nouvelles localisations ou de métastases est équivalent dans les deux groupes. Cependant, les patients de la cohorte historique ont été plus souvent perdus de vue (61,8 versus 10,7%), et ont présenté des PGL et des métastases de plus grande taille ou une dissémination métastatique plus étendue. Ils ont aussi développé plus de complications secondaires à l’hypersécrétion catécholaminergique ou à une compression des organes de voisinage. Enfin, 183 apparentés du premier degré ont été dépistés porteurs de la mutation familiale et au moins un PPGL a été diagnostiqué chez 73 (40%) d’entre eux.

Conclusions

Ces résultats suggèrent que la connaissance du statut génétique dans la période du diagnostic initial du PPGL est bénéfique pour le patient à risque en permettant de mettre en place un suivi rapproché, d’intervenir plus tôt dans la maladie et d’en limiter ses complications. Cette étude renforce les recommandations internationales, qui jusqu’à présent, reposaient sur  un faible niveau de preuves (avis d’experts)1,2, de l’indication d’un test génétique pour chaque patient atteint de PPGL dès le diagnostic initial.

 

1. Lenders J Clin Endocrinol Metab 2014; 99: 1915

2. Plouin Eur J Endocrinol 2016; 174 :G1


Alexandre BUFFET (Paris), Laurène BEN AIM, Sophie LEBOULLEUX, Delphine DRUI, Delphine VEZZOSI, Rossella LIBÉ, Christiane AJZENBERG, Danièle BERNARDESCHI, Bertrand CARIOU, Frédéric CHABOLLE, Olivier CHABRE, Vincent DARROUZET, Brigitte DELEMER, Rachel DESAILLOUD, Bernard GOICHOT, Annabelle ESVANT, Philippe HERMAN, Sandrine LABOUREAU, Hervé LEFEBVRE, Peggy PIERRE, Isabelle RAINGEARD, Yves REZNIK, Jean-Louis SADOUL, Martin SCHLUMBERGER, Antoine TABARIN, Igor TAUVERON, Delphine ZENATY, Jerome BERTHERAT, Eric BAUDIN, Laurence AMAR, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO
00:00 - 00:00 #13063 - P212 Intérêt des analyses combinées sur l’ARN et la protéine pour l’interprétation des variations exoniques : le paradigme du gène MLH1.
P212 Intérêt des analyses combinées sur l’ARN et la protéine pour l’interprétation des variations exoniques : le paradigme du gène MLH1.

Le défi actuel en Génétique Médicale n’est plus la détection des variations d’ADN mais l’interprétation de celles de signification inconnue (VSI). Une fraction non-négligeable de ces VSI pourrait avoir un impact au niveau de l’ARN et/ou de la protéine et être potentiellement délétère. Récemment, nous avons démontré que le nombre de variations exoniques qui affectent l’épissage de l’ARN est plus important que celui initialement estimé et qu’elles peuvent maintenant être prédites in silico. Dans cette étude, nous avons utilisé à nouveau l’exon 10 de MLH1, gène impliqué dans le syndrome de Lynch, comme modèle d’étude pour évaluer l’intérêt d’utiliser de méthodes complémentaires d’interprétation de VSI, notamment des méthodes in silico et expérimentales, axées à la fois sur l’épissage de l’ARN et sur la protéine.  Dans un premier temps, 6 nouvelles variations identifiées dans l’exon 10 de MLH1 ont été analysées pour leur effet sur des éléments exoniques régulateurs d’épissage (ESR) à l’aide d’approches in silico et de tests fonctionnels basés sur l’utilisation de minigènes. Ensuite, toutes les variations faux-sens détectées dans cet exon, mais pas encore bien caractérisées au niveau protéique (n=11), ont été analysées en utilisant des algorithmes axés sur les polypeptides et en effectuant des analyses expérimentales permettant d’évaluer les niveaux d’expression et d’activité des protéines MLH1 mutées. Enfin, les données in silico obtenues pour la totalité des variations de l’exon 10 de MLH1 (n=28) ont été comparées avec les résultats expérimentaux obtenus ici et avec ceux déjà publiés. A notre connaissance, il s’agit de l’étude la plus extensive menée à ce jour sur un exon d’intérêt d’un gène impliqué dans une prédisposition mendélienne au cancer. Nous avons observé que les outils in silico dédiés aux ESR prédisent avec précision l’effet sur l’épissage des 6 nouvelles variations de l’exon 10, avec 2 variations induisant le saut de l’exon et 4 l’augmentation de son inclusion, ce qui est en accord avec nos travaux précédents. De façon intéressante, parmi les 8 algorithmes dédiés aux protéines évalués ici, 3 semblent prometteurs pour distinguer les variations faux-sens délétères de celles non-délétères. Nous avons validé cette conclusion par une analyse bioinformatique de 103 autres variations faux-sens du gène MLH1. Nos résultats démontrent qu’il est maintenant possible, en utilisant des méthodes in silico, de stratifier les variations exoniques pour des analyses expérimentales axées sur l’ARN ou sur la protéine. De plus, cette étude souligne l’importance de combiner des données fonctionnelles sur l’ARN et la protéine afin de mieux interpréter les variations génétiques. Enfin, les résultats expérimentaux de ces travaux ont des retombées directes pour le diagnostic moléculaire du syndrome de Lynch et apportent des pistes applicables à l’interprétation de toute variation identifiée par séquençage d’exome.


Omar SOUKARIEH (Bordeaux), Lucie GRODECKÁ, Paul FERRAND, Nicole KÖGER, Thierry FRÉBOURG, Guido PLOTZ, Alexandra MARTINS
00:00 - 00:00 #13065 - P213 Association d’une délétion au locus 22q11 et d’une duplication 22q11 sur l'allèle contro-latéral.
P213 Association d’une délétion au locus 22q11 et d’une duplication 22q11 sur l'allèle contro-latéral.

 La région proximale du locus 22q11.2 contient 4 répétitions segmentaires (appelées LCR22-A à LCR22-D) favorisant l’apparition de remaniements chromosomiques par un mécanisme de recombinaison homologue non  allélique, pouvant induire des duplications ou des délétions de ce locus.

 Nous rapportons 4 membres d’une famille, tous porteurs d’un remaniement de cette région :

-          Le cas index est un fœtus référéé au Centre Pluridiscplinaire de Diagnostic Prénatal pour hygroma avec une microcéphalie et un pied gauche en varus. L’ACPA fœtale a identifié une délétion du locus 22q11.2 entre les LCR22-A et LCR22-B d’une taille d’environ 1,5 Mb, confirmé par MLPA.

-          La mère a eu des difficultés scolaires mais a obtenu un CAP, elle a une surdité, certaines particularités morphologiques et une voix nasonnée. Elle est porteuse de la délétion du locus 22q11.2 entre les LCR22-A et LCR22-B (taille d’environ 1,5 Mb), diagnostiquée par MLPA à l’occasion de l’enquête parentale;

-          Le père a une surdité bilatérale et a été scolarisé en SEGPA ; il est porteur d’une duplication du locus 22q11 entre les LCR22-A et LCR22-D (taille d’environ 3 Mb) diagnostiquée par MLPA à l’occasion de l’enquête parentale;

-          Ce couple avait déjà une fille, âgée de 18 mois, suivie pour un retard de croissance avec fente palatine et communication inter-auriculaire. Les analyses génétiques réalisées chez elle ont montré qu’elle est porteuse de la délétion entre les LCR22-A et LCR22-B sur un allèle et de la duplication entre les LCR22-A et LCR22-D sur l’autre allèle, diagnostiquée par FISH.

 Nous discuterons des conséquences de ces remaniements, et tout particuliètement de l’association de la délétion 22q11.2 (LCR22-A et LCR22-B) et de la duplication 22q11.2 de plus grande taille (LCR22-A et LCR22-D) chez la petite fille, ainsi que de l’interet des différentes techniques cytogénétiques utilisées.


Céline POIRSIER (REIMS), Jean-Paul BORY, Elisabeth ALANIO, Anne CHARBONNEAU, Audrey LANNOY, Emilie LANDAIS, Martine DOCO FENZY
00:00 - 00:00 #13075 - P214 P21 Etude de l’association de variations génétiques rares aux formes précoces de cancer colorectal.
P21 Etude de l’association de variations génétiques rares aux formes précoces de cancer colorectal.

Malgré certains syndromes génétiques connus et caractérisés (Syndrome de Lynch, polyposes adénomateuses et hamartomateuses), une fraction importante des cas cliniquement évocateurs d’un déterminisme génétique majeur du Cancer ColoRectal (CCR), tels qu’une agrégation familiale, une survenue précoce et/ou le développement de tumeurs primitives multiples, reste inexpliquée. L’identification de la variation causale est essentielle pour permettre une détection précoce du CCR, basée sur la chromocoloscopie, chez le patient et sa famille. L’avènement du Next-Generation Sequencing (NGS) et les études par Whole Exome Sequencing (WES) ont révélé l’étendue de la variabilité du génome humain, et en particulier le grand nombre de variations génétiques rares présents dans chaque exome. Une des hypothèses qui pourrait expliquer une partie de l’héritabilité manquante du CCR est la contribution de variants rares, dont l’association à la pathologie ne pouvait pas être détectée par les études Genome Wide Association Study (GWAS), antérieures au NGS. Afin d’étudier l’implication des variants rares dans le déterminisme génétique du CCR, nous avons séquencé par NGS un panel de 201 gènes impliqués dans le cancer chez 84 patients rigoureusement sélectionnés. Tous les patients inclus dans cette étude ont développé un CCR avant l’âge de 31 ans, et les diagnostics de syndrome de Lynch, de polypose adénomateuse et de polypose hamartomateuse ont été exclus. Nous avons tout d’abord filtré les variations rares (Fréquence de l’allèle mineur < 1%) prédites responsables d’une perte de fonction ou prédites délétères par les différents algorithmes. Cette stratégie nous a permis de réaliser un sauvetage diagnostique de polypose associée aux polymérases par l’identification d’une variation de classe 4 dans le gène POLE. Par ailleurs, nous avons détecté chez plusieurs patients la cooccurrence de différentes variations de classe 4 ou 3 localisées dans des gènes impliqués dans la réparation de l’ADN (BRCA2, FANCL, MLH1 et MUTYH; FANCD2 et MSH2; XCCR2 et MUTYH). Dans un second temps, nous avons réalisé une étude d’association cas-témoins chez 76 patients et 552 témoins issus du French Exome Project (FREX), reposant sur l’utilisation de Burden tests après application rigoureuse de filtres de qualité et agrégation des variants par gène et par voie biologique (voies de réparation de l’ADN et autres). Les top hits par gène identifiés sont les gènes SBDS et WT1, dont les p-values n’atteignent cependant pas le seuil de significativité lorsque celui-ci est ajusté à l’exome. Bien que responsables d’autres maladies mendéliennes, l’implication de certains variants de ces gènes dans le déterminisme du CCR ne peut être exclue. En conclusion, les résultats préliminaires de ce projet, actuellement poursuivi par l’analyse de panels in silico extraits d’exomes, posent la question de la contribution de l’oligogénisme, impliquant en particulier des gènes de réparation de l’ADN, au CCR.


Maud BLANLUET (LA REUNION), Françoise CHARBONNIER, Camille LE CLÉZIO, Sophie COUTANT, Pierre FERMEY, Théry JEAN-CHRISTOPHE, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Isabelle TOURNIER, Thierry FREBOURG
00:00 - 00:00 #13079 - P215 Recherche de facteurs prédictifs de dysplasie/cancer dans la polypose juvénile.
P215 Recherche de facteurs prédictifs de dysplasie/cancer dans la polypose juvénile.

Introduction : La polypose juvénile est une forme rare de polypose hamartomateuse du sujet jeune, à transmission autosomique dominante, caractérisée par la présence de multiples polypes juvéniles dans le tractus gastro-intestinal. Elle est associée à une mutation des gènes SMAD4 ou BMPR1A, impliqués dans la voie de signalisation TGFβ. Il existe un risque élevé de dysplasie et de cancer digestif, nécessitant une surveillance endoscopique précoce et régulière et parfois un traitement chirurgical lourd. Peu de facteurs prédictifs de survenue de dysplasie/cancer ont été retrouvés dans la littérature.

Objectif : Rechercher les facteurs prédictifs de survenue de dysplasie/cancer chez des patients atteints de polypose juvénile. 

Matériels et méthodes : Cette étude pronostique rétrospective multicentrique a inclus 101 patients, essentiellement issus de réseaux spécialisés dans les polyposes digestives. L’analyse de la dysplasie a fait l’objet d’une double-lecture selon les critères de la classification de Vienne modifiée. Une analyse comparative a été réalisée entre les groupes « sans dysplasie/cancer » et « avec dysplasie/cancer » puis  entre les groupes « sans dysplasie/cancer » et « avec dysplasie/cancer sur polype juvénile ».


Résultats : L’âge moyen de la population totale était de 42.7 ans, avec une légère prédominance masculine. Des antécédents personnels de dysplasie et de cancer étaient retrouvés dans respectivement 69.1% et 15.6% des cas. 6.4% des patients étaient décédés à un âge moyen de 49.7 ans. Une mutation génétique était diagnostiquée dans 78.2% des cas, intéressant le plus souvent le gène SMAD4 (53.1% des patients, contre 23.5% pour BMPR1A). La taille maximum des polypes était plus élevée dans le groupe « avec dysplasie/cancer » (4.3 cm contre 2.7 cm, p = 0.007). L’aspect endoscopique polylobé (37.2% contre 13%, p = 0.04) et l’architecture festonnée (91.5% contre 73.1%, p = 0.005) étaient plus souvent observés dans le groupe « avec dysplasie/cancer sur polype juvénile ». Il n'était pas observé de différence entre les groupes comparés pour les paramètres « présence d'une mutation génétique » et « type de mutation génétique ».

Discussion : Notre étude, qui représente une des plus importantes séries mondiales de polypose juvénile, a permis de montrer que la taille maximum des polypes, l’aspect endoscopique polylobé et l’architecture festonnée correspondent à des facteurs prédictifs de survenue de dysplasie/cancer dans la polypose juvénile. Ils pourraient être utilisés pour évaluer le risque de dysplasie et comme aide à la décision de prise en charge thérapeutique. Ces résultats seront à confirmer dans de nouvelles études. Nous recommandons par ailleurs une évaluation de la dysplasie dans la polypose juvénile par une double-lecture avec un pathologiste expérimenté en pathologie digestive, à partir du grading de la classification de Vienne modifiée.


Maxime HAMON (BOULOGNE-BILLANCOURT), Chrystelle COLAS, Jean-François FLEJOU, Jeanne RAMOS
00:00 - 00:00 #13087 - P216 Trouble du spectre autistique avec délétion 10q26 de novo.
P216 Trouble du spectre autistique avec délétion 10q26 de novo.

Autism is characterised by deficits in reciprocal social interaction,disrupted verbal and non-verbal communication,and restricted interests and repetitive behaviours,and is known to have a strong genetic component.The introduction of high resolution chromosome studies has greatly increased the yield of positive findings in children with autism.

Genetic linkage and chromosome aberration studies are converging to highlight significant autism loci and their candidate genes,promoting consideration of genetic screening that could recognize autism susceptibility when therapy can be most effective.

  Here we describe a3year-old  boy with high functioning autism , developmental delay and mental retardation, his facial appearance does not show the common dysmorphic features. Brain MRI studies were normal.Routine karyotyping revealed46,XY.

In the CGH array Agilent44K a de novo10q26deletion was detected with7.9Mb in size and contained 60RefSeq genes.The deletion was confirmed byFISH.

The presence of deletion10q26 in the patient but not in her parents correlates with other studies linking that chromosome region with mental disability and autistic behaviors.The phenotypic effects of terminal10q deletion become more specific as the amount of missing material becomes less;Patients with small or submicroscopic 10q deletions associate minimal dysmorphology,intellectual disability and autism.

The study case and others with10q26 deletions add another autism-susceptibility region;Plausible candidate genes affecting neurogenesis and pattern formation,synaptic channels,neurotransmitter paths,or adhesion and miscellaneous functions are present in these regions.Similar candidates in the 10q26 region include protein tyrosine phosphatase(PTPRE),transforming acidic coiled-coil containing protein2(TACC2),a Gprotein-coupled-receptor26(GPR26)and 2homolog-homeotic-gene(EMX2);all are expressed in brain and the latter gene was mutated in a form of schizencephaly.

Multifactorial determination predicts interaction among genes on10q with other genes involved in signal transduction pathways that coordinate neurogenesis and synaptic function.The severity and extent of clinical characteristics associated with10q26 deletions may depend on the varying locations and sizes of these deletions and the number of haploinsufficient genes in deleted regions.


Afef JELLOUL (Sousse, Tunisie), Sarra BOUSLAH, Ali SAAD, Soumaya MOUGOU ZERELLI
00:00 - 00:00 #13116 - P217 Recherche de mutations du gène EGFR par immunohistochimie ciblée de biopsies de cancers bronchiques non à petites cellules à faible pourcentage tumoral.
P217 Recherche de mutations du gène EGFR par immunohistochimie ciblée de biopsies de cancers bronchiques non à petites cellules à faible pourcentage tumoral.

La recherche des mutations du gène EGFR sur les prélèvements de cancers bronchiques non à petites cellules devient incontournable pour la prise en charge thérapeutique des patients. L’estimation du pourcentage des cellules tumorales est une donnée importante pour l’interprétation des résultats de biologie moléculaire en fonction de la sensibilité de la technique utilisée. Elle correspond au nombre de cellules tumorales par rapport au nombre total de toutes les cellules confondues présentes au niveau de la zone sélectionnée. Jusqu’à récemment, la tendance était de fixer un seuil ( > 20) pour réaliser des analyses moléculaires. Pour ceux n’atteignant pas ce seuil, on était amené à demander un autre prélèvement pour le patient. Il était également établi que si aucune mutation n’était décelée au seuil indiqué, le test moléculaire était déclaré non contributif et le prélèvement histologique devait être renouvelé. Par contre, si une mutation était identifiée, l’analyse était contributive et validée, quel que soit le pourcentage de cellules tumorales. Il faut cependant noter que l’estimation du pourcentage de cellules tumorales est discordante d’un observateur à un autre d’où l’importance d’une standardisation du calcul.

Nous rapportons les résultats de 7 cas de biopsies incluses en paraffine, renfermant entre 1 à 10% de cellules tumorales, analysés par immunohistochimie ciblée avec les anticorps EGFR E746-A750 del (exon 19 et L858R (exon 21). Nous avons retrouvé des mutations de l’exon 21 dans 5 cas, 3 ayant une cellularité tumorale de 10% et 2 à 5%. Une relecture des coupes a confirmé le faible pourcentage de cellules tumorales et l’analyse moléculaire par séquençage a corroboré l’existence de la substitution Leu858Arg qui est retrouvé dans environ 45 % des cancers bronchiques non à petites cellules.

La faible teneur en cellules tumorales d'un échantillon et le seuil usuel de 20 % largement utilisé dans les publications rapportées dans la littérature ne devraient pas être un frein à l’étude moléculaire notamment pour les biopsies pulmonaires qui sont majoritairement de petite taille, critère ayant d’ailleurs été à l’origine de la dernière classification des cancers du poumon par l’OMS en 2015.

Les recommandations de l’association française d’assurance qualité en anatomie et cytologie pathologiques qui a présenté, début 2017, une méthodologie simplifiée du rendu de l’estimation du pourcentage de cellules tumorales ( <  5%, 5-15%, 15-25%, 25-50% et > 50%) étayent nos résultats. Cette estimation correspondrait mieux à une pratique des tests moléculaires dont la sensibilité analytique est variable et remplace actuellement la répartition usuelle des échantillons en cellularité faible/moyenne ( < 30 %) et forte (≥ 30%) selon les tranches successives  : <  1%, 1-4%, 5-9%, 10-14%, 15-19%, 20-24% et 25-29% et 30%, 50%, 80% et 100% respectivement.


Zohra MRAIHI, Jihen BEN AMAR, Hend BOUACHA, Soumaya RAMMEH, Lamia HILA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13117 - P218 Etude de la radiosensibilité dans la neurofibromatose de type 1.
P218 Etude de la radiosensibilité dans la neurofibromatose de type 1.

Choix du type de présentation: Communication orale

Introduction: La NF1 est une génodermatose autosomique dominante causée par une mutation du gène NF1 (chromosome 17) qui entraine une altération fonctionnelle de la neurofibromine. Cette protéine a une fonction régulatrice de la voie RAS. Dans la NF1, sa perte d’hétérozygotie est associée avec les proliférations tumorales témoignant d’un état cellulaire instable et soulève la question des risques des radiations ionisantes.

Nous rapportons les résultats d’un travail original testant la radiosensibilité de ces patients.

Matériel et Méthodes: Tout patient de plus de 18 ans (à l’exception des femmes enceintes), présentant une NF1 selon les critères de NIH et ayant donné leur consentement écrit, ont bénéficié d'une recherche moléculaire constitutionnelle du gène NF1 et d'une biopsie de 3 mm en peau saine pour mise en culture.

Les cellules en cultures sont irradiées à 2 Gy puis la technique d'immunofluorescence est appliquée avec les marqueurs de protéines de cassures de l’ADN : γH2AX, pATM et MRE11, 10 min, 1h, 4h puis 24 h après irradiation.

Le nombre de foci nucléaires formés par les sites de cassure double-brin (CDB) est quantifié. Les cinétiques d'apparition/disparition des foci renseignent sur le rythme de reconnaissance et de réparation des CDB. La vitesse de transit cytonucléaire d'ATM (ataxia telangiectasia mutated proteine) détermine la radiosensibilité du patient.

Résultats: 40 patients ont été inclus et tous présentent à des degrés divers un défaut de réparation de leur ADN. Une analyse phénotype/génotype n’a pas détecté un profil particulier selon le degré de radiosensibilité. Au sein d’une même famille, on trouve également une hétérogénéité de radiosensibilité.

Discussion: Il s’agit du premier travail démontrant que les patients atteints de NF1 ont une mauvaise réparation de leur ADN après irradiation.  Cela permet de classer la NF1 dans le groupe 2 à risque de réaction secondaire aigue après irradiation et de  risque de cancer radio induit (radiosusceptibilité) au même titre que le Li Fraumeni et le Xeroderma Pigmentosum.

La mutation de la neurofibromine serait responsable d’un retard du transit cytonucléaire d’ATM après irradiation aboutissant à des taux anormalement élevées de CDB non  ou mal réparées, source de cicatrice mutationnelle de l’ADN. Cependant l’hétérogénéité de sensibilité chez nos 40 patients  y compris au sein d’une même famille pourrait s’expliquer par des  phénomènes épigénétiques. Ces résultats doivent inciter à la prudence lors de la prescription d’examens irradiants surtout répétitifs de patients NF1 en particulier chez l’enfant.

Conclusion: Ce travail permet d’envisager des thérapeutiques préventives de ce risque (intérêt des statines par exemple) et ouvre la perspective - en cas d’irradiation thérapeutique - de pouvoir personnaliser les doses émises en fonction de la radiosensibilité du patient et de la tumeur.

 


Stéphane PINSON (LYON), Patrick COMBEMALE, Nicolas FORAY
00:00 - 00:00 #13118 - P219 Faut-il rechercher les mutations constitutionnelles de TP53 chez les femmes ayant présenté un choriocarcinome gestationnel ?
P219 Faut-il rechercher les mutations constitutionnelles de TP53 chez les femmes ayant présenté un choriocarcinome gestationnel ?

Le choriocarcinome est une tumeur très agressive qui résulte de la prolifération maligne de cellules trophoblastiques. Cette tumeur est, soit de nature gestationnelle, secondaire à une grossesse môlaire ou non môlaire, soit de nature germinale non gestationnelle. La distinction entre ces deux entités est essentielle à la prise en charge car leur pronostic et leur thérapeutique diffèrent. Le choriocarcinome gestationnel est une tumeur exceptionnelle survenant lors d’une grossesse sur 50 000 et remarquable dans son oncogenèse puisqu’elle contient du matériel génétique provenant du géniteur et son diagnostic repose sur la mise en évidence des allèles des 2 parents. Ses bases génétiques ne sont pas connues, mais nous avons rapporté récemment plusieurs cas suggérant l’implication de mutations constitutionnelles de TP53, à l’origine du syndrome Li-Fraumeni (LFS). La première observation est la survenue d’un choriocarcinome gestationnel broncho-pulmonaire comme première tumeur chez une patiente âgée de 30 ans porteuse d’une mutation constitutionnelle de TP53, issue d’une famille atteint d’un LFS. Cette patiente a guéri de son choriocarcinome mais a développé, 10 mois plus tard, un carcinome mammaire infiltrant. La deuxième observation, plus spectaculaire, est celle d’un choriocarcinome gestationnel métastatique diagnostiqué 13 mois après une grossesse normale, chez la conjointe, âgée de 35 ans, d’un homme porteur d’une mutation constitutionnelle de TP53. L’analyse du choriocarcinome a révélé la présence, dans la tumeur, de la mutation paternelleTP53, mutation transmise au nouveau-né décédé à 11 mois du même choriocarcinome. Nous avons estimé que le choriocarcinome gestationnel survenait dans environ 1/100 des grossesses issues de conjoints porteurs d’une mutation de TP53, sachant que les données n’ont pas été recueillies de façon systématique, ce qui représenterait un risque relatif de 500x. Le rôle des mutations constitutionnelles de TP53 pourrait s’expliquer par leur effet permissif lors de la survenue d’un stress oncogénique, telle une maladie trophoblastique. Dans le contexte actuel de la mise en place de protocoles de surveillance chez les porteurs de mutations de TP53, ces observations nous incitent à proposer systématiquement devant tout cas de choriocarcinome, dont la nature gestationnelle a été démontrée, une consultation de génétique pour rechercher une mutation constitutionnelle non seulement chez la patiente mais aussi chez son conjoint. L’objectif est de confirmer la contribution des mutations constitutionnelles de TP53 dans la genèse des choriocarcinomes gestationnels, ce qui conduirait à proposer à toute femme enceinte porteuse d’une mutation constitutionnelle de TP53 ou dont le conjoint est porteur d’une mutation, un suivi régulier de son taux de hCG après la grossesse et, en cas de choriocarcinomes gestationnels, de favoriser l’approche chirurgicale en évitant la chimiothérapie, exposant au risque de tumeurs secondaires.


Anne-Claire BRÉHIN (ROUEN), Sophie PATRIER-SALLEBERT, Gaelle BOUGEARD-DENOYELLE, Gwendoline SIDE-PFENNIG, Jérome MASSARDIER, Touria HAJRI, Sylvie ODENT, Jean-Christophe SABOURIN, Francois GOLFIER, Laurence BRUGIÈRES, Thierry FREBOURG
00:00 - 00:00 #13121 - P220 Association Syndrome de Klinefelter et anémie de Fanconi : Est-ce vraiment fortuit ?
P220 Association Syndrome de Klinefelter et anémie de Fanconi : Est-ce vraiment fortuit ?

Le syndrome de Klinefelter (SK) est défini par la présence d’un ou plusieurs chromosomes X surnuméraires chez un sujet de phénotype masculin. Asymptomatique au début, il se manifeste à la puberté par un hypogonadisme et une gynécomastie.

L’anémie de Fanconi (AF) est une maladie héréditaire rare caractérisée par une hétérogénéité clinique et génétique découverte le plus souvent à la suite de manifestations hématologiques.

Nous rapportons l’observation d’un garçon qui présente à la fois un SK et une AF.

HS est un garçon issu d’un mariage endogame qui nous est adressé du Service d’Hématologie Clinique pour aplasie médullaire et des signes évocateurs d’une AF. 

Le test d’instabilité chromosomique en présence de Mitomycine C retrouve une instabilité chromosomique très franche confirmant le diagnostic d’anémie de Fanconi. Par ailleurs, une formule à 47,XXY est retrouvée sur les métaphases marquées en bandes RHG.

A travers cette observation et une revue de la littérature, nous rappelons les caractéristiques cliniques de ces deux syndromes et nous insistons sur la nécessité de la réalisation de marquages chromosomiques lors de la réalisation du test d’instabilité.


Abir BEL HADJ ALI, Wiem AYED, Yasmine EL AYEB, Héla BELLIL, Hend CHAKER, Sondes HDIJI-MSEDDI, Ahlem AMOURI (Tunis Belvedere, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13123 - P221 Cancer du poumon non à petites cellules : analyse moléculaire d’une série tunisienne.
P221 Cancer du poumon non à petites cellules : analyse moléculaire d’une série tunisienne.

La prise en charge du cancer de poumon non à petites cellules a connu  de très importantes avancées thérapeutiques notamment pour les stades avancés grâce à la découverte de nouvelles cibles permettant la mise en place d’un arsenal thérapeutique plus efficace.

Le récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) et le gène Kirsten rat sarcoma viral oncogene (KRAS) sont reconnus pour être impliqué dans le cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC). Les études sont principalement axées sur la détection du gène EGFR pour le CBNPC à un stade avancé car la réponse au traitement dépendra du profil mutationnel de chaque patient. Nous avons réalisé l’analyse moléculaire à la recherche des mutations les plus fréquentes des gènes EGFR et KRAS pour une série de patients tunisiens présentant un CBNPC par immunohistochimie ciblée et séquençage direct, à partir de tissus fixés et inclus en paraffine. Le type histologique le plus fréquent retrouvé a été l'adénocarcinome. Il s’agissait majoritairement de patients masculins tous fumeurs. Les résultats de l'analyse moléculaire seront discutés et corrélés aux données cliniques et aux résultats anatomopathologiques. Cette étude a été réalisée dans le but d’évaluer la pertinence de la mise en place d’une thérapie ciblée sachant que la résection chirurgicale et/ou l’association radiothérapie/chimiothérapie sont les  deux options curatives généralement utilisées en Tunisie.


Zohra MRAIHI, Mouna TRABELSI, Jihen BEN AMAR, Hend BOUACHA, Soumaya RAMMEH, Faten FARAH, Lamia HILA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13146 - P222 Faible risque de cancer embryonnaire dans le spectre hypertrophique lié aux mutations PIK3CA en mosaïque.
P222 Faible risque de cancer embryonnaire dans le spectre hypertrophique lié aux mutations PIK3CA en mosaïque.

Introduction : Le spectre des hypertrophies liées à PIK3CA (PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum ou PROS) englobe les conséquences cliniques des mutations activatrices de PIK3CA en mosaïque (syndromes de Klippel-Trenaunay, CLOVES, MCAP). Des mutations somatiques de PIK3CA sont impliquées dans divers cancers. Il existe dans d’autres syndromes hypertrophiques tels que le syndrome de Beckwith-Wiedemann un risque accru de néphroblastome qui motive un dépistage. Dans le PROS, même si le risque de cancer est mal connu, des échographies de dépistage répétées ont été recommandées. Nous avons évalué le risque de cancer dans une cohorte de patients PROS afin d’apprécier la pertinence de ces recommandations.

Matériel et méthodes : Les données de 131 patients porteurs d’une mutation post-zygotique PIK3CA en tissu atteint ont été analysées grâce à un questionnaire rétrospectif centré sur les modalités de surveillance et la survenue de cancers.

Résultats : Les donnée cliniques ont pu être recueillies chez 110 patients (85,5%). Parmi eux, 101 (92%) ont eu un suivi clinique itératif. L’âge médian à la dernière visite était de 7 ans et 9 mois (1 - 52 ans). Une recherche systématique initiale de cancer par imagerie abdominale (échographie : 37 patients, scanner ou IRM : 18) a été effectuée chez 44 patients (40,0%). La surveillance ultérieure a comporté un examen clinique plus d’ 1 fois par an chez 43 patients, une fois par an ou moins chez 58 patients (57.4%). Une surveillance ultérieure par imagerie itérative a été effectuée chez 35 patients (34,6%), dont 15 (14.8%) ont eu un suivi échographique abdominal tous les 6 mois ou plus souvent. Chez 54 patients (53,5%), aucune imagerie systématique de suivi n’a été réalisée. Seules deux patientes ont développé un cancer (1.8%) : un adénocarcinome gastrique à 52 ans dans les suites d’une gastrite chronique atrophiante, et un néphroblastome du rein gauche, diagnostiqué à 9 ans par surveillance échographique annuelle depuis la naissance. A l’âge de 3 ans, une masse de 2 cm de diamètre avait été identifiée et avait disparu à l’âge de 6 ans. Cette patiente présentait une hypertrophie avec malformation vasculaire étendue du membre inférieur droit et de l’abdomen.

Discussion : A ce jour, seuls 6 cas de néphroblastomes ou de reliquats néphrogéniques ont été rapportés chez 431 patients mutés PIK3CA (en incluant notre cohorte de 110 patients - la plus grande à ce jour). Une mutation p.His1047Leu/Arg, fortement oncogénique, était présente chez tous les patients sauf un. Une revue systématique de la littérature n’avait pas retrouvé d’augmentation du risque de néphroblastome dans les syndromes de Klippel-Trenaunay et MCAP. Le risque de cancer dans le PROS apparaît donc inférieur à celui des autres syndromes hypertrophiques. Il pourrait dépendre de l’étendue du mosaïcisme tissulaire. Il n’existe pas suffisamment d’éléments pour recommander une surveillance systématique.


Jean-Charles CRÉPIN, Virginie CARMIGNAC (DIJON), Caroline ABADIE, Annabel MARUANI, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Paul KUENTZ, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Laurence FAIVRE, Pierre VABRES
00:00 - 00:00 #13153 - P223 Variabilité phénotypique intrafamiliale d’une délétion terminale 4q34.1-q35.2.
P223 Variabilité phénotypique intrafamiliale d’une délétion terminale 4q34.1-q35.2.

Les délétions terminales du bras long du chromosome 4 sont des évènements rares dont l’incidence approximative est estimée à 1/100 000. Elles sont associées à un large spectre phénotypique incluant un retard de croissance, un déficit intellectuel (DI), des anomalies cranio-faciales, palatines, squelettiques, des anomalies du 5ème doigt, ainsi que des malformations urogénitales et cardiovasculaires. La variabilité phénotypique dépend notamment de la taille de la délétion et des régions chromosomiques impliquées. Les délétions impliquant la région 4q34-qter peuvent être responsables de tableaux cliniques modérés avec notamment un DI léger à modéré, et des caractéristiques dysmorphiques discrètes et dans certains cas, elles sont associées à un phénotype de syndrome de délétion 22q11.2.  

Nous rapportons les cas de 2 jumeaux, un garçon et une fille pour lesquels un avis génétique est demandé dès la naissance dans le cadre d’un bilan pour RCIU  inexpliqué chez J1 (le garçon) et ‘’dysmorphie’’. La grossesse a été marquée par une HTA gravidique à 33SA puis une pré-éclampsie à 35SA+1j, ayant conduit à une naissance par césarienne en urgence à 35SA+4 jours. Lors de la consultation de suivi de génétique, à 6 mois de vie, le garçon présentait une dysmorphie faciale, un retard du développement, des anomalies modérées des orteils et des ongles. Sa sœur, présentait une dysmorphie faciale avec une protrusion de la langue, et les mêmes caractéristiques des pieds et des ongles  que son frère en moins prononcées. A l’issue de la consultation, une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) a été prescrite.

L’ACPA a mis en évidence un gain d'environ 283 Kb au niveau de la région 4p16.3 du bras court d'un chromosome 4, associé à une perte d'environ 16Mb du segment 4q34.1-q35.2 du bras long d'un chromosome 4. Ces CNV ont été vérifiés par l’établissement du caryotype et par FISH avec des sondes des régions d’intérêt qui ont permis de mettre en évidence la présence d’un chromosome 4 à type de  der(4)(pter-- > q34.1::p16.3-- > pter). L’analyse chromosomique des parents a été réalisée montrant que le père était porteur du même der(4) que ses 2 enfants. Par la suite, les enfants et le père ont été revus en consultation de génétique permettant ainsi d’affiner la description phénotypique de chacun.

Les phénotypes des enfants et du père seront présentés, ainsi que les analyses chromosomiques ; et enfin une revue de la littérature des délétions 4q34-qter sera réalisée afin de tenter de mieux caractériser la présentation phénotypique des patients porteurs d’une délétion 4q34qter.

 

 


Houda KARMOUS-BENAILLY (nice), Véronique DUBOC, Morgane PLUTINO, Gwenn-Marie VERZAT, Alice VIEIRA, Céline AIMÉ, Amandine BILLIAUX-PATY, Fabienne GIULIANO
00:00 - 00:00 #13154 - P224 Une nouvelle perspective sur l’origine génétique des présentations cliniques du syndrome d'alpha-thalassémie-déficience intellectuelle associé au chromosome 16.
P224 Une nouvelle perspective sur l’origine génétique des présentations cliniques du syndrome d'alpha-thalassémie-déficience intellectuelle associé au chromosome 16.

Le syndrome d'alpha-thalassémie - déficit intellectuel associé au chromosome 16 (syndrome ATR-16), un syndrome de délétion de gènes contiguës, est une forme d'alpha-thalassémie caractérisée par une microcytose, une hypochromie, un taux d'hémoglobine normal ou une légère anémie, et des anomalies de développement incluant une déficience intellectuelle variable, des particularités anatomiques (dysmorphie variable, microcéphalie, petite taille, anomalies des extrémités) et dans certains cas de l’épilepsie. Seule une vingtaine de cas ont été reportés à l’heure actuelle. Si les causes génétiques de l’alpha-thalassémie sont relativement bien décrites et sont dues, en particulier, à la délétion télomérique du cluster de gènes de l’alpha-globine, la contribution de l’haplo-insuffisance des autres gènes compris dans ces délétions à l’émergence de la déficience intellectuelle, la dysmorphie et autres signes cliniques associés reste à déterminer. Nous rapportons ici le cas d’une jeune fille de douze ans, porteuse d’une délétion interstitielle du bras court d’un chromosome 16 en 16p13.3. Cette délétion de novo mise en évidence par CGH-array d’une taille d’environ 170Kb est adjacente au cluster de gènes d’alpha-globine. La fillette présente un retard des acquisitions avec une compréhension verbale chutée. Elle présente également, une microcéphalie (-2DS), une petite taille (-1DS) et un faible poids (inf. au 3ème percentile). On note également une crise épileptique inaugurale ainsi que des particularités au niveau du visage et des extrémités. La délétion impacte notamment les gènes CACNA1H codant pour un canal calcique impliqué dans l’épilepsie idiopathique généralisée, et le gène GNPTG (UDP-N-acetylglucosamine:lysosomal-enzyme N-acetylglucosamine-1-phosphotransferase) impliqué dans la mucolipidose de type 3 gamma. L’impact probable de la délétion de ces gènes dans la genèse du phénotype chez notre patiente permet plus largement de clarifier les bases moléculaires du syndrome ATR-16.


Véronique DUBOC (Nice), Morgane PLUTINO, Christel BARTH, Christophe MASSOL, Amandine BILLIAUX-PATY, Houda KARMOUS-BENAILLY, Fabienne GIULIANO
00:00 - 00:00 #13157 - P225 Caractérisation par ACPA d’une duplication de 9,3 Mb en Xp11.22p11.3 associée à une déficience intellectuelle chez une petite fille.
P225 Caractérisation par ACPA d’une duplication de 9,3 Mb en Xp11.22p11.3 associée à une déficience intellectuelle chez une petite fille.

Nous rapportons l’observation d’une fillette de 4 ans atteinte d’un retard global de développement d’intensité modérée, associé à des troubles du comportement, à une dysmorphie faciale, à une microcéphalie mineure postnatale évolutive à -3.6 DS (dans un contexte de microcéphalie paternelle à -3.5 DS) et à des troubles de l’architectonie cérébrale (corps calleux épais). L’étude cytogénétique (caryotype en haute résolution, FISH, inactivation de l’X) a mis en évidence une duplication du bras court d’un chromosome X en Xp11.22p11.4 et un biais d’inactivation en faveur du chromosome X dupliqué. Ce remaniement a été caractérisé par Analyse Chromosomique sur puce à ADN (ACPA) qui a permis de préciser les points de cassure (Xp11.3p11.22) et la taille du gain (environ 9,3 Mb). La duplication détectée inclut le syndrome de microduplication Xp11.22p11.23 récurrent de 4,5 Mb dont l’ensemble des signes cliniques sont présents chez la patiente. Afin d’établir une corrélation génotype-phénotype, nous avons réalisé une étude familiale partielle et effectué une recherche bibliographique nous permettant d’émettre une hypothèse sur le rôle pathogène de ce CNV (publications rapportant des patients porteurs d’une duplication similaire ou chevauchante ; étude des gènes englobés dans le CNV décrit, en précisant qu’au moins 16 d’entre eux sont impliqués dans la DI syndromique ou non syndromique).


Ellen HAMMOUCHE (METZ), Sandrine VONWILL, Sophie BLESSON, Anne Charlotte D'HARDIVILLIERS, Annick TOUTAIN, Nora CHELLOUG
00:00 - 00:00 #13158 - P226 ETUDE TUMOSPEC : détermination du spectre tumoral, de la pénétrance et de l’utilité clinique des mutations constitutionnelles dans les nouveaux gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire.
P226 ETUDE TUMOSPEC : détermination du spectre tumoral, de la pénétrance et de l’utilité clinique des mutations constitutionnelles dans les nouveaux gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire.

L’analyse des gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2 chez les personnes dont l’histoire personnelle et familiale est évocatrice de prédisposition au cancer du sein ou de l’ovaire permet des recommandations personnalisées de prise en charge aux porteurs d’une mutation et à leurs apparentés. Lorsque le test génétique est négatif, un risque élevé de cancer ne peut être exclu et les conseils de prise en charge en sont compliqués. L’utilisation du séquençage à haut débit permet aujourd’hui aux laboratoires de diagnostic d’analyser en parallèle d’autres gènes de prédisposition au cancer, cependant le bénéfice clinique de l’analyse de la plupart de ces gènes reste à évaluer.

TUMOSPEC est une étude familiale nationale dont le but est d’estimer le risque absolu de cancer pour les porteurs de variants prédits comme délétères dans l’un de ces autres gènes et de décrire le spectre d’expression de ces variants. Les gènes analysés sont impliqués dans la réparation de l’ADN et/ou dans la prédisposition au cancer à d’autres organes. Le panel TUMOSPEC est composé de 14 gènes mis en évidence dans des études familiales ou de type cas-témoins (ATM, BAP1, BARD1, BRIP1, CHEK2, FANCM, FAM175A, MRE11A, NBN, RAD50, RAD51B, STK11, RINT1 et XRCC2) et de 10 gènes « actionnables » pour lesquels des recommandations spécifiques de prise en charge ont été définies (PALB2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, CDH1, PTEN, RAD51C, RAD51D et TP53). Sont inclus dans l’étude des cas index auxquels une analyse de BRCA1/2 et PALB2 est proposée dans le cadre du soin, reçus consécutivement dans l’un des centres du Groupe Génétique et Cancer (GGC Unicancer). Si un variant délétère dans l’un des gènes « non actionnables » du panel est identifié, la plateforme d’investigation en génétique et épidémiologie (PIGE) invite les apparentés de 1er et 2nd degré, atteints ou non de cancer. Si le variant se trouve dans un gène « actionnable », les apparentés sont invités lors de la consultation d’oncogénétique prévue dans le cadre du soin. Pour chaque apparenté, une analyse ciblée sur le variant familial est réalisée sur un prélèvement d’ADN salivaire. Chaque participant répond à un questionnaire épidémiologique sur ses antécédents médicaux et son exposition à divers facteurs de risque. L’ensemble des données, familiales, médicales, épidémiologiques et génétiques, est centralisé par la PIGE. Pour chaque gène, la fréquence et la pénétrance des variants seront estimées. A terme, les résultats de TUMOSPEC contribueront à la rédaction des recommandations de prise en charge et ainsi au transfert de l’analyse de ces gènes, de la recherche au soin.

TUMOSPEC est promue par UNICANCER et implique aujourd’hui 45 consultations d’oncogénétique et 14 laboratoires de diagnostic du GGC. L’ANSM et le CPP ont rendu un avis favorable les 17/10/2016 et 13/03/2017. L’étude pilote pour tester la faisabilité du projet sur 150 familles a débuté en septembre 2017 et est soutenue par l’Institut National du Cancer et le ministère de la Santé (PRT-K15).


Séverine EON-MARCHAIS, Fabienne LESUEUR, Charly KENGNE KUETCHE (Paris), Florence COULET, Chrystelle COLAS, Capucine DELNATTE, Claude HOUDAYER, Christine LASSET, Michel LONGY, Dominique VAUR, Jérôme LEMONNIER, Dominique STOPPA-LYONNET, Catherine NOGUES, Olivier CARON, Nadine ANDRIEU, . GGC
00:00 - 00:00 #13159 - P227 Recherche par criblage génétique de vulnérabilités liées à la perte de fonction du PRC2 dans les MPNST associés à la NF1.
P227 Recherche par criblage génétique de vulnérabilités liées à la perte de fonction du PRC2 dans les MPNST associés à la NF1.

La neurofibromatose de type 1 (NF1) est l’une des maladies héréditaires autosomiques dominantes parmi les plus fréquentes chez l’homme. Ce syndrome de prédisposition tumorale résulte de mutations constitutionnelles hétérozygotes de type perte de fonction du gène NF1 codant la neurofibromine. Une des caractéristiques cliniques majeures de la NF1 est la présence de tumeurs bénignes des gaines nerveuses périphériques dénommées neurofibromes. Les neurofibromes plexiformes peuvent se transformer en tumeurs malignes des gaines nerveuses (MPNST), première cause de mortalité des patients. Dans le cadre d’une étude collaborative internationale, nous avons identifié des altérations perte de fonction des gènes SUZ12 et EED dans la majorité des MPNST (De Raedt et al. 2014). SUZ12 et EED codent deux membres du PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2), complexe modificateur de la chromatine, responsable de la di- et tri-méthylation de la lysine 27 de l’histone 3, associée au maintien de la répression transcriptionnelle. Des vulnérabilités associées à la perte de fonction du PRC2 dans les cellules de Schwann NF1-/- pourraient constituer de nouvelles cibles thérapeutiques des MPNST. Grâce à des approches d’édition du génome de type CRISPR/CAS9, nous avons inactivé le PRC2 au sein de cellules de Schwann immortalisées dérivées d’un neurofibrome de patient atteint de neurofibromatose de type 1. Nous avons ensuite utilisé ces cellules isogéniques sauvages et mutantes (SUZ12-/-) pour identifier les gènes dont l’inactivation serait synthétique léthale avec perte du PRC2. Nous avons mis en œuvre un crible génétique de léthalité synthétique lentivirus CRISPR/CAS9 génome entier suivi d’un crible secondaire incluant les 500 meilleurs candidats. Cette approche nous a permis d’identifier une dizaine de cibles potentielles, essentielles à la croissance des cellules PRC2 mutées. Nous avons ensuite répété le crible secondaire in vitro et in vivo sur un modèle de PDX de MPNST PRC2 muté afin de valider la pertinence des candidats choisis. Nous confirmons maintenant ces gènes un à un, grâce à des lentivirus CRISPR/CAS9 fluorescents in vitro et in vivo permettant de suivre la contre-sélection des gènes nécessaires. Finalement, nous évaluons des approches pharmacologiques pour les candidats susceptibles d’être ciblés. Ce projet devrait permettre l’identification et la validation pré-clinique de candidats pertinents pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques des MPNST.


Eric PASMANT (PARIS), Michel WASSEF, Armelle LUSCAN, Aude BATTISTELLA, Sophie RICHON, Camille TLEMSANI, Ingrid LAURENDEAU, Virginie DANGLES-MARIE, Didier SURDEZ, Olivier DELATTRE, Michel VIDAUD, Raphaël MARGUERON
00:00 - 00:00 #13165 - P228 Cancer de l’ovaire : vers un traitement personnalisé par évaluation des mutations constitutionnelles et tumorales des gènes BRCA1 et BRCA2.
P228 Cancer de l’ovaire : vers un traitement personnalisé par évaluation des mutations constitutionnelles et tumorales des gènes BRCA1 et BRCA2.

Introduction : Le traitement d’entretien de patientes atteintes d’un cancer de l’ovaire séreux de haut grade, par un anti-PARP tel que l’Olaparib augmente de façon significative la survie sans progression des femmes porteuses d’une mutation dans l’un des gènes de prédisposition BRCA1 ou BRCA2. Déterminer le statut BRCA tumoral de patientes avec cancer de l’ovaire est une activité introduite dans la routine des laboratoires de diagnostic de la prédisposition au cancer du sein et/ou des ovaires dans une perspective de traitements personnalisés. Méthodes : L’analyse des gènes BRCA1/2 est réalisée, sur les tumeurs de l’ovaire de type séreux de haut grade ayant montré une sensibilité à la chimiothérapie par sels de platine, et en rechute, par séquençage NGS sur séquenceur MiSeq (Illumina) de librairies préparées à l’aide du kit BRCA MASTR plus DX (Multiplicom). La méthode a été validée sur 31 tumeurs dont le statut BRCA au niveau constitutionnel est connu et a consisté à évaluer l’extraction et la qualification de l’ADN, et le seuil de sensibilité. Trois  partenaires sont impliqués : l’anatomo-pathologiste qualifiant le tissu tumoral et 2 laboratoires de biologie moléculaire pour respectivement, l’extraction de l’ADN et la préparation de librairies de type amplicons suivi du séquençage en paired-end de 200pb. L’analyse des données est réalisée par un pipeline bioinformatique « in house ». Dans le flux de la routine, 67 tumeurs de patientes adressées par les oncologues ou les oncogénéticiens ont été analysées. Dans 86% des cas, le tissu normal adjacent a été analysé en parallèle. Résultats : 4,5% des tumeurs et 14% des tissus normaux ne sont pas exploitables. Une comparaison de 2 types de qualification de l’ADN sera présentée. Le séquençage d’un pool de 12 librairies génère 0,6Gb de données de bonne qualité. Les séquences codantes des 2 gènes sont couvertes avec en moyenne 95.5% des bases ayant un score de qualité supérieur à Q30, et 95% des reads alignés. La profondeur de lecture moyenne est de l’ordre de 1500x ; s’étendant selon l’amplicon entre 300x et 5000x. Parmi les 31 tumeurs analysées dans le cadre de la validation, toutes les mutations  ou polymorphismes détectés antérieurement par séquençage Sanger ont été retrouvés. Une mutation délétère uniquement tumorale a été détectée chez une patiente ne portant  pas de mutation constitutionnelle. Parmi les 64 tumeurs analysables, une mutation délétère a été détectée dans 3 cas tant au niveau tumoral qu’au niveau constitutionnel ; trois autres mutations délétères ont été détectées uniquement dans la tumeur. Conclusion : Au total, 8% des tumeurs de l’ovaire présentent une mutation délétère dans l’un des gènes BRCA1 ou BRCA2. Près de 50% de ces mutations sont exclusivement tumorales. Le dispositif mis en place intègre un circuit rapide destiné aux patientes atteintes de cancer de l’ovaire pouvant bénéficier d’un traitement d’entretien par inhibiteurs de PARP après une chimiothérapie à base de platine


Ines SCHULTZ, Antony LE BECHEC, Héléne SCHUSTER, Gerlinde AVEROUS, Eric GUERIN, Jean Pierre FRICKER, Danièle MULLER (STRASBOURG)
00:00 - 00:00 #13166 - P229 Etude d'association génome entier dans la neurofibromatose de type 1 : vers l'identification des modificateurs génétiques de l'expression clinique de la maladie.
P229 Etude d'association génome entier dans la neurofibromatose de type 1 : vers l'identification des modificateurs génétiques de l'expression clinique de la maladie.

La neurofibromatose de type 1 (NF1) soit une maladie mendélienne à pénétrance complète. Son expression est extrêmement variable y compris au sein d’une même famille, allant de formes mineures à des phénotypes sévères. Le rôle mineur du gène NF1 lui-même a été confirmé par l’absence de corrélation génotype-phénotype, en dehors des délétions récurrentes de l’ensemble du locus, associées à un phénotype plus sévère. La preuve de l'implication de modificateurs génétiques dans la variabilité d'expression de la NF1 a été apportée par les modèles animaux et les corrélations entre apparentés. Nous présentons ici les résultats de la première étude d'association génome entier (GWAS) réalisée sur les phénotypes cliniques de la NF1. Une cohorte française constituée de 2002 à 2013 a inclus plus de 1500 patients atteints de NF1 selon les critères diagnostiques du NIH et a été génotypée avec la puce Illumina OmniExpressExome qui inclut ~700 000 tag SNPs capturant une grande portion de la variation commune du génome humain ainsi que > 260 000 variants exoniques fonctionnels. Après contrôle qualité des données génétiques et phénotypiques, un total de 1355 patients ont été inclus dans la GWAS. Les tests d'association avec 14 traits cliniques de la NF1 ont été réalisés avec un modèle à effets mixtes, en considérant l'âge, le sexe et la nature héritée ou de novo de la mutation NF1 comme effets fixes et en intégrant la matrice génomique d'apparentement pour corriger les biais dus à la présence d'une structure de population. Les résultats de nos analyses ont permis (1) de démontrer la forte héritabilité de la plupart des traits cliniques étudiés (allant de 0,24 pour les gliomes des voies optiques à 0,63 pour les nodules de Lisch), (2) de confirmer l'implication du grand ARN non codant ANRIL dans l'apparition des neurofibromes plexiformes et (3) d'identifier de nouveaux loci significativement associés à la variabilité d'expression de la maladie. Les résultats de cette étude contribuent à une meilleure compréhension de la base génétique de la variabilité d'expression de la NF1 et de ses mécanismes physiopathologiques sous-jacents. Elle doit être complétée par l’identification précise des nouveaux gènes impliqués et leurs études fonctionnelles dans des modèles cellulaires ad hoc par des approches de genome editing.


Eric PASMANT (PARIS), Audrey SABBAGH, Béatrice PARFAIT, Anne BOLAND-AUGE, Delphine BACQ-DAIAN, Ingrid LAURENDEAU, Salah FERKAL, Laurence ALLANORE, Jean-François DELEUZE, Michel VIDAUD, Dominique VIDAUD, Pierre WOLKENSTEIN
00:00 - 00:00 #13170 - P230 Impact de la surveillance mammaire annuelle par IRM, mammographie et échographie des femmes porteuses d’un variant délétère du gène BRCA1/BRCA2, sur les caractéristiques tumorales et les traitements.
P230 Impact de la surveillance mammaire annuelle par IRM, mammographie et échographie des femmes porteuses d’un variant délétère du gène BRCA1/BRCA2, sur les caractéristiques tumorales et les traitements.

Introduction : Les femmes porteuses d’un variant délétère du gène BRCA1 ou BRCA2 présentent un risque très élevé de développer un cancer du sein au cours de la vie, ce qui a conduit à l’élaboration de recommandations de surveillances mammaires annuelles associant examen clinique, IRM mammaire, mammographie et échographie mammaire.

Objectif : Evaluer l’impact du suivi spécifique des femmes à risque (suivi FAR), sur les caractéristiques histo-pronostiques du cancer identifié, sur la prise en charge thérapeutique des femmes BRCA1/2 et l’apport des différents examens radiologiques dans ce suivi.

Patientes et méthodes : Nous avons analysé 927 cancers du sein survenus chez 812 femmes porteuses d’un variant délétère de BRCA1/BRCA2 suivies à l’Institut Curie. 758 de ces cancers ont été identifiés hors suivi FAR (statut génétique non connu au moment du diagnostic initial) et 169 de ces cancers ont été identifiés dans le cadre du suivi FAR conformément aux recommandations INCa de 2009. En fonction du type de suivi (FAR ou suivi classique), les caractéristiques des cancers du sein ont été comparées selon les critères suivants : TNM, type histologique, phénotype moléculaire, grade, état ganglionnaire axillaire, chirurgie mammaire et axillaire, traitements systémiques, radiothérapie et sensibilité des examens radiologiques.  

Résultats: Les formes infra-cliniques sont significativement plus fréquentes dans le cadre du suivi FAR  (61.8% vs 18.8% sans suivi spécifique, p < 0.001) et  sans extension ganglionnaire (85,5% vs 70,1%, p=0.002). Concernant l’histologie, on observe significativement plus de carcinomes canalaires in situ (CCIS) au cours du suivi FAR (17% pour les femmes BRCA1+ et 33,8% pour les femmes BRCA2+) que dans le groupe sans suivi spécifique (3,1% versus 20,1% dans le cadre de  BRCA1+ et BRCA2+ respectivement) (p < 0.001). Parmi les 169 cancers diagnostiqués au cours du suivi FAR, 84,3%  étaient visualisables à l’IRM, 60,2% à la mammographie et 76% à l’échographie mammaire. Concernant la prise en charge thérapeutique, on observe un recours plus important à la mastectomie totale (66,3% vs 37,6%, p < 0,001) et un geste axillaire moins invasif : plus de ganglion sentinelle (GS) au dépend du curage axillaire (CA) (26,8% vs 66,4%, p < 0,001) dans le groupe FAR par rapport au groupe non FAR. Pour les traitements adjuvants, la chimiothérapie néo-adjuvante (9% vs 25%, p < 0,001), ainsi que la chimiothérapie adjuvante (50,3% vs 62,9%, p=0,03) et la radiothérapie (65,2% vs 89%, p < 0,001) sont moins souvent retenues pour prendre en charge les cancers du sein du groupe FAR que ceux du groupe non FAR.

Conclusion : Le suivi FAR rend possible le diagnostic de tumeurs mammaires de plus petite taille avec moins d’envahissement ganglionnaire, permettant une réduction des traitements associés (chimiothérapie néoadjuvante ou adjuvante, GS vs CA) et ainsi limiter les morbidités associées. L’impact sur le pronostic à long terme semble probable mais reste à démontrer. 


Solveig MENU HESPEL (LILLE), Claire SAULE, Emmanuelle MOURET-FOURME, Matthieu CARTON, Dominique STOPPA-LYONNET
00:00 - 00:00 #13171 - P231 Formule chromosomique unique: présence de 2 dérivés d‘une translocation réciproque équilibrée en mosaique.
P231 Formule chromosomique unique: présence de 2 dérivés d‘une translocation réciproque équilibrée en mosaique.

Une mosaique est définie par la présence de 2 lignées cellulaires différentes  provenant d’un même zygote chez un individu. Les mosaïques sont bien connues pour les aneuploidies  ou pour des anomalies de structure comme par exemple un marqueur ou un anneau mais très rarement pour une translocation réciproque déséquilibrée. Dans ce dernier cas, la mosaïque implique une lignée cellulaire normale et une seconde lignées cellulaire avec un dérivé de la translocation réciproque équilibrée (Pater et al 2003,Gijsbers 2011Robberecht 2012).

Un enfant nous est adressé à l’âge de 1 an en consultation de génétique pour une déficience intellectuelle isolée. Il s’agit de la troisième enfant né de d’un couple non apparenté et sans antécédents familiaux particuliers. La SNP array réalisée en premier intention met en évidence une duplication  terminale en  5p13 d’une taille de 34Mb et une délétion terminale en mosaïque de l’ordre de 90% de la région 8p23.2 : arr[hg19] 5p15.33p13.2(0-34,455,165)x3,8p23.3p23.2(0-2,403,261)1~2

 Le caryotype réalisé pour confirmer ces résultats montre une mosaïque avec 2 populations cellulaires à 46 chromosomes :

-une majoritaire avec un dérivé d’un chromosome 8

-et une très faible seconde population cellulaire avec seulement une mitose parmi 25 avec un dérivé d’un chromosome 5

L’hybridation in situ sur mitoses confirme la  mosaïque de ces 2 populations cellulaires avec 5% de der(5) .

Ainsi le caryotype de notre patient est :46,XX,der(5)t(5;8)(p13.2;p23.2)[1],der(8) t(5;8)(p13.2;p23.2)[25]dn.

Les caryotypes des parents sont normaux .

Nous discutons les mécanismes chromosomiques pouvant expliquer ce caryotype extrêmement  rare ainsi qu’une revue de la littérature. Notre observation  semble unique par la présence de 2 dérivés issus d’une translocation  réciproque équilibrée initiale e l’absence d’une lignée cellulaire normale.


Marine TESSARECH (LILLE), Agnes GUICHET, Estelle COLIN, Magali GORCE, Dominique BONNEAU, Magalie BARTH
00:00 - 00:00 #13172 - P232 Cooccurrence d’un Chromosome Marqueur Surnuméraire (CMS) et d’une délétion 4p chez un homme infertile.
P232 Cooccurrence d’un Chromosome Marqueur Surnuméraire (CMS) et d’une délétion 4p chez un homme infertile.

Les  CMS sont trouvés dans 0.044% des naissances vivantes et sont plus fréquents chez les sujets hypofertiles avec une fréquence de 0.125%. La présence des CMS est le plus souvent rapportée chez les hommes infertiles avec oligospermie ou azoospermie. Dans ce cadre nous présentons une analyse cytogénétique d’un CMS détecté en postnatal chez un homme âgé de 42 ans souffrant d’une infertilité.

Le caryotype conventionnel en bande R fait systématiquement dans notre laboratoire a permis de mettre en évidence la présence d’un petit chromosome surnuméraire en mosaïque dans 30% des mitoses analysées. L’analyse par hybridation In Situ Fluorescente (FISH) avec les sondes spécifiques des chromosomes sexuels ainsi que les chromosomes 15, 22 et 18 est revenue sans anomalies. Cent-FISH n’a pas pu également l’identifier. Le recours à la microdissection chromosomique a permis de caractériser cette anomalie comme un  anneau dérivé du 4 accompagné d’une délétion 4pter contenant la région critique de WHS. La formule chromosomique est alors  47,XY,del(4)(p14p16.1),+r(4)(p14p16.1)[3]/46,XY,del(4)(p14p16.1)[14]

La délétion 4p14 est responsable du syndrome de Wolf-Hirschhorn qui se caractérise par une dysmorphie faciale typique et une déficience intellectuelle sévère accompagnées d’un retard de croissance. Malgré la présence de la délétion dans 100% des mitoses analysées, notre patient n’a présenté aucun de ces signes en consultation et il avait uniquement une oligoasthénozoospermie. Cependant, dans presque 18% des mitoses la délétion est compensée par la présence d’un anneau composé de la même région perdue allant de 4p14 à 4p16.

Chez les patients ayant une hypofertilité, la présence du MCS, même entièrement composé par l’hétérochromatine, perturberait le processus de la gamétogenèse lors de la méiose I essentiellement au cours de la spermatogénèse en augmentant le taux de non-disjonctions méiotiques qui pourrait résulter en un effet inter-chromosomique dans certains cas.


Wafa SLIMANI, Afef JELLOUL, Mohammed BIBI, Thomas LIEHR, Ali SAAD, Soumaya MOUGOU-ZERELLI (Sousse)
00:00 - 00:00 #13184 - P233 Evaluation de la plateforme IdyllaTM de PCR multiplex en temps réel pour la détection rapide des principales mutations somatiques: intérêt pour les urgences théranostiques et l’identitovigilance.
P233 Evaluation de la plateforme IdyllaTM de PCR multiplex en temps réel pour la détection rapide des principales mutations somatiques: intérêt pour les urgences théranostiques et l’identitovigilance.

L’identification d’altérations génétiques au sein des tumeurs solides a de multiples applications théranostiques, diagnostiques ou pronostiques. Actuellement, les résultats sont demandés en plus grand nombre et dans des délais de plus en plus courts. Pour faire face à cette demande, les laboratoires doivent s’adapter et mettre en place de nouvelles solutions technologiques. Dans cette étude, notre laboratoire a évalué la plateforme IdyllaTM (Biocartis), une technologie utilisant la PCR multiplex en temps réel (CEIVD) permettant un délai de rendu de résultat de moins de 3h. Dans une cartouche unique, l’ADN est extrait à partir d’une coupe de tissu FFPE de 10 μm ; puis, par canaux microfluidiques, il est mis en contact avec les réactifs permettant une PCR allèle-spécifique dans 5 chambres indépendantes avec détection en temps réel des valeurs de fluorescence correspondant à 6 cibles différentes (au total 30 amplifications/échantillon incluant le contrôle interne d’amplification). Nous avons évalué 4 kits permettant respectivement l’identification de 6 mutations sur le codon 600 du gène BRAF, 16 mutations sur les codons 12,13,59,61,117 et 146 du gène NRAS, 18 mutations sur les codons 12,13,59,61,117 et 146 du gène KRAS et les principales mutations sur les exons 18, 19, 20 et 21 du gène EGFR. Notre évaluation a consisté à rechercher avec la plateforme IdyllaTM, 24 mutations précédemment identifiées par séquençage à haut débit (Oncomine-PGM) avec des fréquences alléliques comprises entre 4% à 73%. Tous les échantillons mutés ont été identifiés par la plateforme IdyllaTM. Un variant a été incorrectement assigné. Malgré le développement important du séquençage à haut débit et des panels de gènes, la technologie très ciblée de PCR multiplex en temps réel IdyllaTM reste compétitive du fait de la fiabilité, de la simplicité de la technique et surtout du délai très court de rendu de résultat. Dans notre laboratoire, nous proposons d’utiliser cette technologie dans trois applications particulières : 1) la recherche de mutation EGFR dans un contexte d’urgence (avec poursuite en NGS pour les résultats négatifs) ; 2) la recherche de mutation BRAF V600E dans plusieurs cadres : rôle théranostique dans le mélanome, aide au diagnostic des leucémies à tricholeucocytes, valeur pronostique péjorative dans les carcinomes papillaires de la thyroïde, ou conseil génétique des tumeurs avec perte d’expression MLH1 et/ou PMS2 ; 3) la confirmation de mutation KRAS  pour des patients mutés dans les séries de NGS à des fins d’identitovigilance. En conclusion, cette plateforme pourrait être d’une aide précieuse par sa sensibilité, rapidité et simplicité d’utilisation. Toutefois, elle présente l’inconvénient classique de la PCR en temps réel en ne permettant de détecter qu’un nombre limité de mutations. Le positionnement de cette technologie reste à affiner, avec l’évaluation d’autres applications en développement, en particulier sur l’ADN tumoral circulant.


Jérôme Alexandre DENIS, Noémie BASSET, Elodie PARIS, Gaëlle LEGRAND, Salim BAKAS, Armelle BARDIER-DUPAS, Isabelle BROCHERIOU, Frédéric DAVI, Jean-Marc LACORTE, Florence COULET (PARIS)
00:00 - 00:00 #13185 - P234 Contribution des mutations des gènes SFTPA1 et SFTPA2 aux pneumopathies interstitielles diffuses et cancers pulmonaires.
P234 Contribution des mutations des gènes SFTPA1 et SFTPA2 aux pneumopathies interstitielles diffuses et cancers pulmonaires.

Introduction

Les pneumopathies interstitielles diffuses (PID) sont un groupe hétérogène de pathologies pulmonaires rares et sévères. Parmi elles, une cause génétique est retrouvée chez environ 2% des formes sporadiques et jusqu’à 20% des formes familiales. Les gènes le plus souvent en cause sont ceux du complexe des télomérases, suivis des gènes du système du surfactant alvéolaire. Les mutations des gènes du surfactant SFTPA1 et SFTPA2 qui codent pour les protéines du surfactant (SP)-A (SP-A1 et SP-A2) ont été impliqués dans de rares formes familiales de PID associées à des cancers pulmonaires. Le but de cette étude était d’évaluer la contribution des mutations des gènes SFTPA1 et SFTPA2 dans une large cohorte de patients adultes présentant une PID.

 

Matériel et méthodes

Les patients ont été recrutés et inclus de façon prospective au sein de la filière de soins pour les maladies respiratoires rares RespiFIL. Les patients présentant une mutation dans un gène du complexe des télomérases et/ou une mutation dans l’un des autres gènes du système du surfactant (SFTPB, SFTPC, ABCA3, NKX2-1) ont été exclus. Les exons et les régions introniques flanquantes de SFTPA1 et SFTPA2 ont été analysés. Les variations retrouvées dans ces gènes ont été étudiées in silico et des tests fonctionnels incluant la production et la sécrétion des protéines SP-A dans des modèles cellulaires adaptés sont en cours.

 

Résultats

Au total, 175 patients indépendants ont été inclus. Onze variations hétérozygotes, ont été identifiées : 2 dans SFTPA1 et 9 dans SFTPA2. Les données in silico sont en faveur de leur caractère pathogène. Dix des 11 variations impliquent des acides aminés conservés localisés dans le domaine de reconnaissance des carbohydrates de SP-A, domaine fonctionnel très conservé au cours de l’évolution. Ces mutations ont été identifiées chez 13 (7,4%) patients, 9 hommes et 4 femmes. Ces patients avaient un âge moyen au début des symptômes de 51 ans [29-69]. Pour 77% des patients, la PID était familiale, et un antécédent personnel ou familial de cancer pulmonaire était présent chez 54% des patients. Les patients présentant une mutation d’un de ces gènes présentaient un risque majoré de cancer pulmonaire : OR=8,34 [2,54-27,32], p=0,0005. Dans cette population d’étude, la probabilité de retrouver une mutation de SFTPA1 ou SFTPA2 chez un patient présentant une PID associée à un antécédent personnel ou familial de cancer pulmonaire, et/ou une forme familiale de PID était significativement plus importante.

 

Discussion et conclusion

Une expression altérée de SP-A pourrait contribuer à la physiopathologie des PID. Les données rapportées dans cette étude suggèrent que les patients présentant une forme familiale de PID et/ou une association à un cancer pulmonaire ont un risque majoré d’être porteur de mutations des gènes SFTPA1 ou SFTPA2. Ces anomalies génétiques soulèvent des questions délicates quant au conseil génétique et au suivi à long terme de ces patients.


Nadia NATHAN (Paris), Marie LEGENDRE, Caroline KANNENGIESSER, Juliette ALBUISSON, Keren BORENSZTAJN, Raphaël BORIE, Diane BOUVRY, Bruno COPIN, Bruno CRESTANI, Jean-Charles DALPHIN, Florence DASTOT LE MOAL, Paul DE VUYST, Philippe DUQUESNOY, Emilie FILHOL BLIN, Afifaa BUTT, Violaine GIRAUD, Carine GOMEZ, Laurent GOUYA, Xavier JEUNEMAÎTRE, Valérie NAU, Hilario NUNES, Clément PICARD, Grégoire PRÉVOT, Martine REYNAUD-GAUBERT, Annick CLEMENT, Serge AMSELEM
00:00 - 00:00 #13191 - P235 Etude des ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 dans le syndrome de Lynch.
P235 Etude des ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 dans le syndrome de Lynch.

Introduction. Le syndrome de Lynch, de transmission autosomique dominante, se caractérise par une prédisposition à différents cancers : colôn, rectum, endomètre, intestin grêle, voies urinaires, ovaire, voies biliaires et estomac. Il est causé par la présence d’un variant délétère sur un des quatre gènes impliqués dans le système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR, mismatch repair) : MLH1, MSH2, MSH6 ou PMS2. Le diagnostic génétique du syndrome de Lynch consiste en l’analyse de la séquence codante et des jonctions exon-intron des gènes MMR, permettant l’identification de mutations ponctuelles ou réarrangements de grande taille (RGT) dans ces régions ; la recherche des RGT comprend également la délétion du gène EPCAM situé en amont du gène MSH2 et réprimant son expression. Les éventuels variants présents dans les régions régulatrices ou mutations introniques profondes ne sont donc pas détectés. Dans cette étude, les ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 ont été analysés chez des patients présentant un syndrome de Lynch sans variant délétère identifié.

Méthodes. Cette étude a porté sur 28 patients avec forte suspicion clinico-biologique de syndrome de Lynch en raison de la présence de ces trois critères : diagnostic de cancer appartenant au spectre tumoral de ce syndrome, phénotype tumoral d’instabilité des microsatellites et perte d’expression d’au moins une des quatre protéines MMR. L’ARN total a été extrait à partir de sang prélevé sur tube PAXgene et/ou de lignée lymphoblastoïde selon les patients. Les analyses ont été réalisées par RT-PCR de fragments chevauchants et séquençage Sanger sur les ARNm des gènes MLH1, MSH2 et MSH6 pour 13, 14 et 1 cas, respectivement.

Résultats. Deux anomalies ont été détectées sur le gène MSH2 : un saut hors phase de l’exon 11 et une perte de la fin de l’exon 3 et du début de l’exon 4. Aucune anomalie n’a été détectée sur les gènes MLH1 et MSH6. Le saut de l’exon 11 du gène MSH2 est présent chez un patient atteint d’un cancer du côlon à 28 ans avec des antécédents de polypes coliques chez sa mère à partir de 40 ans et cancer du côlon chez sa grand-mère maternelle à 50 ans. La perte partielle des exons 3 et 4 du gène MSH2 est présente chez un patient atteint d’un cancer du côlon à 46 ans avec antécédent de cancer du côlon à moins de 50 ans chez sa grand-mère maternelle.

Conclusion. Cette étude des ARNm de gènes MMR a permis d’identifier des anomalies responsables du syndrome de Lynch dans deux cas non expliqués lors de l’analyse génomique. Des analyses supplémentaires sont nécessaires, en particulier le séquençage des introns, afin d’identifier le variant génétique causal au niveau de l’ADN, permettant de réaliser des tests génétiques ciblés dans les familles et d’organiser la surveillance des apparentés porteurs. Cette meilleure sensibilité suggère l’implémentation d’une analyse combinée ADN-ARN dans le cadre diagnostique pour les cas fortement évocateurs.


Lisa GOLMARD (PARIS), Yoël DAGAN, Khadija ABIDALLAH, Virginie MONCOUTIER, Chrystelle COLAS, Marion DHOOGE, Florence COULET, Béatrice PARFAIT, Mathilde WARCOIN, Hélène DELHOMELLE, Philippe LAFITTE, Antoine DE PAUW, Dominique STOPPA-LYONNET, Claude HOUDAYER, Bruno BUECHER
00:00 - 00:00 #13204 - P236 Analyses chromosomiques des couples ayant subi des avortements spontanés récurrents.
P236 Analyses chromosomiques des couples ayant subi des avortements spontanés récurrents.

Les aberrations chromosomiques constitutionnelles contribuent à l'infertilité et aux fausses couches répétées menant à l'échec de la reproduction chez les couples. Ces aberrations ne montrent pas de manifestations cliniques évidentes et ne sont pas détectées à travers plusieurs générations. Cependant, l'infertilité ou la perte spontanée récurrente de grossesse, et / ou les aberrations génotypiques / phénotypiques peuvent se manifester dans la descendance pendant la gamétogenèse.

Dans cette étude rétrospective, on a évalué les résultats des caryotypes de 628 couples ayant des antécédents d'avortement spontané récurrent et qui ont été recruté par le laboratoire de cytogénétique de l’institut pasteur du Maroc entre 1996 et 2016. Les lymphocytes du sang périphérique ont été cultivés pour l'étude des chromosomes en utilisant la méthode standard. Des aberrations chromosomiques ont été détectées chez 70 couples (11.15 % de tous les couples).

Les anomalies chromosomiques les plus courantes sont les anomalies chromosomiques structurelles, qui ont été trouvées chez 57 cas (9,08%) (20 hommes et 37 femmes). En effet, 27 cas (4,30%) ont une inversion (9 hommes et 18 femmes), 21 cas (3,34%) ont une translocation réciproque (7 hommes et 14 femmes), 5 cas (0,80%) ont une translocation Robertsoniennes (3 hommes et 2 femmes) , 2 cas (0,32%) ont une insertion (2 femmes) et 2 cas (0,32%) ont une délétion (1 homme et 1 femme). Les caryotypes en mosaïque ont été observés chez quatre femmes (0,64%), les variants polymorphiques ont été identifiés chez 8 cas (1,28%) (3 hommes et 5 femmes) et une aneuploïdie numérique a été observés chez un homme (0,16%).

Les résultats de l'étude ont montré que les aberrations structurelles, en particulier les inversions, étaient le type d'aberration le plus fréquent observé chez les couples ayant subi un avortement spontané récurrent.


Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Abderraouf HILALI, Boubker NASSER, Sanaa NASSEREDDINE, Abdelhamid BARAKAT, Hassan ROUBA
00:00 - 00:00 #13207 - P237 Profil cytogénétique des patients marocains atteints d’hypospadias.
P237 Profil cytogénétique des patients marocains atteints d’hypospadias.

L’hypospadias est une affection des voies urogénitales la plus fréquente du pénis. Son incidence est d’environ 3/100 enfants de sexe masculin. C’est une anomalie de la fermeture de la gouttière urogénitale à la face inférieure du pénis au lieu de son extrémité. Il apparaît sous forme des abouchements anormaux de l’urètre sur la face ventrale de la verge ou au niveau du scrotum, voire du périnée. Son origine est souvent multifactorielle (génétique, endocrinienne et environnementale). L’objectif de notre étude est de déterminer la fréquence des anomalies chromosomiques identifiés chez 148 patients marocains atteints d’un hypospadias et qui ont été recruté par le laboratoire de cytogénétique de l’institut pasteur du Maroc entre 1996 et 2016. L’analyse cytogénétique a révélé que 125 patients (84,46%) ont un caryotype 46,XY, 14 patients (9,46%) one une anomalie chromosomique et 9 patients (6,08 %) ont une inversion de sexe 46,XX. Les anomalies chromosomiques les plus courantes sont les anomalies chromosomiques de nombre, qui ont été trouvées chez 6 patients (4.05%) suivie par la forme mosaïque qui a été identifié chez 5 patients (3.38%) et les anomalies chromosomiques structurelle qui a été observé chez 3 patients (2.03%). Nos résultats montrent que les anomalies chromosomiques de nombre sont les anomalies chromosomiques le plus fréquentes identifiés chez les patients marocains atteints d'hypospadias.


Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Abderraouf HILALI, Boubker NASSER, Sanaa NASSEREDDINE, Abdelhamid BARAKAT, Hassan ROUBA
00:00 - 00:00 #13208 - P238 Types et fréquences des anomalies chromosomiques identifiés chez des filles marocaines atteintes d’une aménorrhée primaire.
P238 Types et fréquences des anomalies chromosomiques identifiés chez des filles marocaines atteintes d’une aménorrhée primaire.

L'aménorrhée caractérise l'absence de règles chez la femme en âge de procréer. L'aménorrhée se rencontre en situation normale pendant la grossesse mais peut aussi se produire de manière pathologique au cours de la période de fécondité, signe le plus souvent d'une maladie sous-jacente. Il existe deux types d'aménorrhée, l'aménorrhée primaire, c’est la non apparition des premières règles avant l'âge de seize ans et l'aménorrhée secondaire ou absence de règles de plus de trois mois chez une femme déjà réglée. L’objectif de notre étude est de déterminer les types et les fréquences des anomalies chromosomiques identifiés chez 161 filles marocaines atteintes d’une Aménorrhée primaire et qui ont été recrutée par le laboratoire de cytogénétique de l’institut pasteur du Maroc entre 1996 et 2016. L’analyse cytogénétique a révélé que 133 filles (82,61%) ont un caryotype 46,XX, 19 filles (11,80 %) one une anomalie chromosomique et 9 filles (5,59 %) ont une inversion de sexe 46,XY. Les anomalies chromosomiques les plus courantes sont les anomalies en mosaïque, elles ont été identifiées chez 8 filles (4,97 %), suivie par les anomalies chromosomiques de nombre trouvées chez 6 filles (3,73 %) et les anomalies chromosomiques structurelle qui a été observé chez 5 filles (3,11%). Nos résultats montrent que les anomalies chromosomiques en mosaïque sont les anomalies chromosomiques le plus fréquentes identifiés chez les filles marocaines atteints d'une aménorrhée primaire.


Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Abderraouf HILALI, Boubker NASSER, Sanaa NASSEREDDINE, Abdelhamid BARAKAT, Hassan ROUBA
00:00 - 00:00 #13209 - P239 Inversion ou insertion? De l’importance de la mécanique chromosomique pour le conseil génétique.
P239 Inversion ou insertion? De l’importance de la mécanique chromosomique pour le conseil génétique.

Les insertions intrachromosomiques sont des remaniements chromosomiques rares, difficilement identifiables par les techniques de cytogénétique conventionnelle, pouvant être interprétées à tort comme des inversions paracentriques.

Nous rapportons l’observation d’une patiente âgée de 5 ans, issue d’une grossesse obtenue par ICSI de parents non apparentés, présentant une déficience intellectuelle syndromique (DIS) associant une hypotonie néonatale, un retard psychomoteur, un retard de langage, un retard de croissance à -2DS et une dysmorphie faciale sans  malformation cardiaque ou digestive associées.

L’interprétation initiale du caryotype du cas index concluait à la présence d’un double remaniement chromosomique apparemment équilibré hérité du père associant une inversion péricentrique et une inversion paracentrique du chromosome 11  (46,XX,inv(11)(p15q12)pat,inv(11)(q14q24.1)pat).

En raison du contexte clinique, une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) a été réalisée pour vérifier le caractère équilibré de ces deux remaniements. Une variation de nombre de copies à type de duplication interstitielle en 11q22.3-q24.1 d’environ 19.8 Mb du bras long d’un chromosome 11 a été mise en évidence et considérée comme pathogène rendant compte du tableau clinique. Au vu de l’association inhabituelle d’une inversion paracentrique et d’une duplication, le caryotype a été réinterprété et des études complémentaires par hybridation fluorescente in situ (FISH) ont été réalisées afin de comprendre le mécanisme sous-jacent. Nous avons finalement conclu que la patiente est porteuse d’une inversion péricentrique apparemment équilibrée du chromosome 11, associée à une insertion intrachromosomique directe sur le même chromosome :ins(11)(q12q22.3q24.1), toutes deux héritées du père. Ainsi, la duplication interstitielle identifiée à l’ACPA correspond au segment inséré 11q22.3-q24.1, déséquilibre secondaire à un évènement de recombinaison méiotique survenu dans la boucle du segment non inséré.

Cette observation illustre l’importance de la compréhension de la mécanique chromosomique pour le conseil génétique. En effet, le risque de déséquilibre dans les inversions paracentriques est relativement faible, alors qu’il varie de 15% à 50% dans le cas des insertions intrachromosomiques.


Khaoula KHACHNAOUI, Lilia KRAOUA, Jérémie MORTREUX (LYON), Chantal MISSIRIAN, Ridha M'RAD
00:00 - 00:00 #13211 - P240 Démarche d’accréditation du centre de Biologie Médiale de l’Institut Pasteur du Maroc selon l’ISO 15189.
P240 Démarche d’accréditation du centre de Biologie Médiale de l’Institut Pasteur du Maroc selon l’ISO 15189.

La biologie médicale est une activité médicale qui se déroule en 3 phases : pré-analytique, analytique et post-analytique. Elle a pour objectif d’analyser et d’interpréter les résultats d’examens effectués sur des matières biologiques produits par l’organisme en vue de connaître l’origine physiopathologique d’une maladie. En France, une ordonnance d'application est parue le 13 janvier 2010 pour obliger les Laboratoires d’analyses médicales à être accrédités en ISO 15189 sur au moins 50 % des examens avant 2016 (80 % en 2018 et 100% en 2020). Au Maroc l’accréditation des laboratoires de Biologie Médicales n’est pas encore rendue obligatoire et malgré ça la direction de l’institut pasteur du Maroc s’est engagé dans cette démarche d’accréditation afin de garantir à ses patients et aux cliniciens la fiabilité de ses examens réalisés et la qualité de sa prestation médicale offerte. Ce travail présente la méthodologie suivie par le centre de biologie médicale afin de maitriser la phase pré-analytique et répondre aux exigences de la norme iso 15189.


Zouhair ELKARHAT (BK269110, Maroc), Kaouter AIT HAMID, Latifa ZAROUF, Lunda RAZOKI, Jamila ABOULFARAJ, Sanaa NASSEREDDINE
00:00 - 00:00 #13215 - P241 Microdélétions de TMEM164 et AMMECR1 en Xq22.3q23 : rapport de deux cas confirmant un phénotype reconnaissable.
P241 Microdélétions de TMEM164 et AMMECR1 en Xq22.3q23 : rapport de deux cas confirmant un phénotype reconnaissable.

The AMME syndrome defined as the combination of Alport syndrome, intellectual disability, midface hypoplasia, and elliptocytosis (AMME, OMIM 300194) is known to be a contiguous gene syndrome associated with microdeletions in the region Xq22.3q23 [Robson et al., 1994; Jonsson et al., 1998; Bhat et al., 2006; Rodriguez et al., 2010; Gazou et al., 2013]. These microdeletions involve up to eight OMIM genes and in particular the disease associated genes GUCY2F, KCNE1L, COL4A5, ACSL4 and AMMECR1. GUCY2F and KCNE1L are associated with X-linked retinitis pigmentosa (Yang et al, 1996) and Jervell and Lange-Nielsen syndrome 2 (OMIM 612347) and Long QT syndrome 5 (OMIM 613695) respectively. However, no retinal or cardiac features have been reported so far with Xq22.3q23 deletions. COL4A5 point mutations and intragenic deletions or duplications are known to cause Alport syndrome [Savige, 2014]. Recently, using exome sequencing, missense mutations in AMMECR1 have been associated with intellectual disability, mid-face hypoplasia and elliptocytosis [Andreoletti et al., 2016; Basel-Vanagaite et al., 2017]. In these cases, hematuria and proteinuria were absent. Therefore, AMMECR1 gene appears to be responsible for most of the clinical features of the AMME syndrome except for Alport syndrome. In this article, we present two unrelated male patients with short stature, mild intellectual disability or neurodevelopmental delay, sensorineural hearing loss and elliptocytosis harboring small microdeletions identified by array-CGH involving only two genes TMEM164 and AMMECR1, inherited from their mothers. These original cases further confirm that most specific AMME features are ascribed to AMMECR1 haploinsufficiency. In addition we want to emphasize some specific symptoms that permit to better characterize a new syndrome of Developmental delay, Midface hypoplasia, Midline defect, Deafness and Short stature (DMMDS) 


Brice POREAU, Francis RAMOND (ST ETIENNE), Charles COUTTON, Radu HARBUZ, Véronique SATRE, Claire BARRO, Claire VETTIER, Véronique ADOUARD, Julien THEVENON, Pierre-Simon JOUK, Renaud TOURAINE, Klaus DIETERICH
00:00 - 00:00 #13218 - P242 Le syndrome 49, XXXXY: à propos d’une observation et revue de la littérature.
P242 Le syndrome 49, XXXXY: à propos d’une observation et revue de la littérature.

Introduction : Le syndrome 49,XXXXY représente une anomalie chromosomique à type d'aneuploïdie caractérisée par la présence de trois chromosomes X supplémentaires chez un garçon.                      L’incidence annuelle est comprise entre 1/85 000 et 1 /100 000 naissances vivantes mâles. Le syndrome 49,XXXXY se traduit cliniquement par un retard de croissance, un retard mental sévère, un hypogonadisme, une dysmorphie faciale et des malformations cardiaques et squelettiques. Le diagnostic positif est posé par le caryotype, qui montre une formule chromosomique à 49,XXXXY.

Observation : Nous rapportons l’observation d’un jeune homme âgé de 17 ans, adressé en consultation de génétique médicale pour syndrome dysmorphique et cardiopathie. A L’examen, il présente un retard mental modéré, un morphotype longiligne avec un pectus excavatus, un visage long et des yeux en orientation mongoloïde. Devant ce tableau clinique, nous avons réalisé un caryotype standard en Bandes R.                                                                                                            

Résultat : Le caryotype a montré la présence de 3 chromosomes X surnuméraires sur toutes les mitoses observées, confirmant le diagnostic du syndrome 49,XXXXY.

Discussion : Le syndrome 49,XXXXY est fait d’un déficit intellectuel d’aggravation progressive, un retard de croissance, un hypogonadisme sévère et des malformations multiples. Le tableau clinique de notre patient comporte un retard mental modéré, un syndrome dysmorphique et une cardiopathie congénitale.

 Conclusion : Nous illustrons, à travers cette observation, le rôle du généticien dans la prise en charge du syndrome 49,XXXXY en confirmant le diagnostic par  caryotype et en proposant un conseil génétique adéquat à la famille. 


Wafaa JDIOUI, Lamiae BOUALLA (Rabat, Maroc), Siham CHAFAI ELALAOUI, Ilham RATBI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13224 - P243 Syndromes microdeletionnels( syndrome de Williams-beuren et syndrome de Prader-Willi (SPW)).
P243 Syndromes microdeletionnels( syndrome de Williams-beuren et syndrome de Prader-Willi (SPW)).

Introduction : Les syndromes microdélétionnels sont définis par la présence d’une anomalie chromosomique de taille mineure (inférieure à 5 mégabases) ou aneusomie segmentaire, décelable par cytogénétique moléculaire (FISH : Fluorescent in Situ Hybridization). Les syndromes microdélétionnels représentent des syndromes cliniques avec des phénotypes suffisamment caractéristiques pour être reconnus cliniquement. Actuellement la FISH est la technique de choix pour rechercher ces syndromes. Plusieurs syndromes microdélétionnels peuvent être confirmés aisément, les plus recherchés sont Le syndrome de Williams (microdélétion en 7q11.23) et le syndrome de la délétion 15q11.2-q13 (microdélétion en 22q11.2). Le syndrome de Williams est caractérisé par une anomalie du développement qui associe un retard psycho-moteur, une dysmorphie du visage évocatrice et un profil cognitif et comportemental spécifique, une sténose aortique supravalvulaire -SASV- le plus souvent. Le syndrome de Prader-Willi (SPW) est une maladie génétique rare, qui se caractérise par un dysfonctionnement hypothalamohypophysaire associé à une hypotonie majeure pendant la période néonatale et les deux premières années de vie. De l'enfance à l'âge adulte, les problèmes principaux sont l'apparition d'une hyperphagie avec le risque d'obésité morbide, des difficultés d'apprentissage et des troubles du comportement, voire des troubles psychiatriques majeurs. 

Méthodes :Cette microdélétion est décelable uniquement par l′utilisation des techniques de haute résolution ou de cytogénétique moléculaire dont la plus utilisée en pratique médicale est l’Hybridation in situ fluorescente FISH (Fluorescent in Situ Hybridization), qui repère une séquence spécifique par une sonde complémentaire d’ADN marqué en fluorescence.

Résultats : Nous rapportons nos premières observations au laboratoire national de référence (LNR) de l’Hôpital Cheikh Khalifa de Casablanca confirmées par FISH : Syndrome dePrader-Willi (délétion 15q11.2-q13) et un syndrome de Williams-Beuren (7q11.23).

Conclusion : L’apport de la cytogénétique moléculaire (FISH) est capital pour l’exploration des syndromes microdélétionnels ayant pour but la confirmation diagnostic, le conseil génétique et la prise en charge qui est le plus souvent multidisciplinaire.


Hasna HAMDAOUI (tanger, Maroc), Aziza BELKHAYAT, Houda BENRAHMA, Fatima CHEGDANI, Hossain MOSSAFA, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13225 - P244 Fausses couches et anomalies chromosomiques équilibrées parentales.
P244 Fausses couches et anomalies chromosomiques équilibrées parentales.

Le nombre de grossesses qui n’aboutissent pas à terme est estimé à 15%  et à 1% la proportion de couples qui consultent en gynécologie  pour au moins trois fausses couches, répondant ainsi à la définition de maladie abortive.

Les anomalies chromosomiques équilibrées constituent une des causes  des fausses couches précoces et répétées. Les translocations chromosomiques robertsoniennes ou réciproques, sont les anomalies les plus observées, car elles prédisposent à la production de gamètes génétiquement non équilibrés et par conséquent à des fœtus non viables. 

Nous rapportons 2 observations de couples ayant des fausses couches  répétées secondaires à des translocations équilibrées chez  l’un des parents.

Le caryotype  été réalisé chez  des couples avec au moins trois fausses couches. Nous avons identifié 2 anomalies chromosomiques : deux translocations réciproques : t(1;7) ; t(3;18) .

Une étude complémentaire  a été faite  par la technique de FISH et qui a confirmé ces translocations sans l’implication d’une autre paire dans ces remaniements.

Le conseil génétique vise à expliquer aux couples le mécanisme responsable de l’échec de la reproduction, leur faire comprendre l’inefficacité des thérapeutiques hormonales et la possibilité théorique de mener des grossesses à terme. Il  permet également d’estimer le risque de donner naissance à un enfant malformé et de proposer aux parents les différents moyens de suivi de ces grossesses très désirées. 


Hasna HAMDAOUI (tanger, Maroc), Hasna TERFOUS, Fatima CHEGDANI, Hossain MOSSAFA, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13237 - P245 Apport du NGS pour le diagnostic génétique des patients atteints de phéochromocytome et paragangliome.
P245 Apport du NGS pour le diagnostic génétique des patients atteints de phéochromocytome et paragangliome.

Contexte

Les paragangliomes et phéochromocytomes (PPGL) sont des tumeurs neuroendocrines rares, ayant la particularité de présenter un fort déterminisme génétique. A ce jour, plus de 15 gènes de susceptibilité ont été identifiés. Il est actuellement admis qu'une mutation constitutionnelle ou somatique sur l'un de ces gènes de prédisposition est retrouvée dans près de 60% des cas.  En raison de cette forte prévalence de mutations et de l'identification d'une mutation constitutionnelle dans plus de 10% des cas de présentation apparemment sporadique, les recommandations internationales préconisent qu'un test génétique doit être proposé à tout patient atteint de PPGL.

Dans ce contexte, l'utilisation du séquençage nouvelle génération (NGS) permettant l'analyse simultanée de tous les gènes impliqués dans la tumorigenèse des PPGL s'avère tout à fait pertinente.

 

Matériel

Une cohorte rétrospective comprenant 202 ADN tumoraux préalablement analysés par séquençage Sanger partiel a été utilisée afin de valider le protocole NGS. Depuis le transfert en routine diagnostique, 550 ADN leucocytaires et 58 ADN tumoraux (dont 33 issus de tissus inclus en paraffine - FFPE) ont été analysés en panel NGS.

 

Méthodes

Nous avons développé et optimisé un panel NGS ciblé "à façon" basé sur une technologie amplicon (kit SDH-MASTRPlus v2, Multiplicom) analysé sur séquenceur MiSeq (Illumina). Le panel comprend 17 gènes d'intérêt, incluant 182 exons, couverts par 451 amplicons de taille compatible avec une analyse des ADNs FFPE. Les données ont été analysées à l'aide du logiciel SeqNext (JSI) et de l'interface PolyDiag (Université Paris Descartes). La pathogénicité des variants identifiés a été évaluée par immunohistochimie chaque fois que possible.

 

Résultats

Toutes les mutations précédemment identifiées par méthode Sanger ont été confirmées par NGS (n = 131). Des mutations non connues au préalable ont été identifiées dans 19 tumeurs de la cohorte rétrospective. Dans l'étude prospective, 94 variants d'intérêt (classe 3 à 5) constitutionnels et 16 somatiques ont été identifiés. En particulier, une mutation du gène SDHB présente à l'état de mosaïque constitutionnelle a pu être mise en évidence.

 

Conclusion

L'utilisation en routine du panel NGS ciblé "SDH-MASTRPlus v2" pour l'analyse des patients atteints de PPGL a permis d'améliorer la détection des mutations responsables, en particulier des mutations somatiques et mosaïques. De plus, l'analyse des échantillons tumoraux grâce à ce panel permet d'évaluer l'implication réelle des différents gènes de prédisposition dans le développement des PPGL sporadiques.


Nelly BURNICHON (PARIS), Laurene BEN AIM, Mathilde PADILLA, Michel CREPIN, Caroline TRAVERS, Nelly LE POTTIER, Valentin ADAMUS, Lucie COPPIN, Mathieu MADELAINE, Alexandre BUFFET, Judith FAVIER, Pascal PIGNY, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO
00:00 - 00:00 #13258 - P246 Leucémie myéloide chronique : Anomalies cytogénétiques additionnelles et résistance au traitement.
P246 Leucémie myéloide chronique : Anomalies cytogénétiques additionnelles et résistance au traitement.

La leucémie myéloïde chronique (LMC) est une hémopathie myéloproliférative caractérisée par la prolifération incontrôlée de progéniteurs hématopoïétiques. Dans 5% des LMC au diagnostic, on détecte des anomalies cytogénétiques additionnelles (ACA) dans les mitoses présentant la t(9;22). La classification de l'Organisation Mondiale de la Santé suggère que les patients présentant des ACA émergeant pendant le traitement devraient être considérés comme des phases accélérées.

Les inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) ont révolutionné le pronostic de la maladie. Sous traitement, la maladie peut être contrôlée et maintenue à un très faible niveau résiduel. Cet état de quiescence de la leucémie peut persister pendant plusieurs années. Cependant, des altérations génomiques et/ou génétiques additionnelles à l’acquisition de la t (9;22)(q34;q11) peuvent survenir et être associées à une rechute clinique et/ou à une résistance au traitement.

Nous présentons ici les résultats d’une étude rétrospective qui a colligé 306 cas de LMC diagnostiqués ou suivis au laboratoire d’Histologie et de Cytogénétique de l’Institut Pasteur entre Janvier 2013 et Septembre 2017.

L’analyse cytogénétique a été effectuée sur moelle osseuse et l’interprétation du caryotype a été faite selon la nomenclature ISCN (International System for Cytogenetic Nomenclature 2013). Au moins 20 métaphases ont été analysées.

Les patients avaient un âge moyen de 46 ans.16 % présentaient des ACA au niveau du caryotype.

35 % de ces patients ont développé ces ACA au cours du traitement par un ITK de 1ère ou de 2ème génération. Les chromosomes les plus incriminées étaient les chromosomes 8,13 ,17 et  22. Les anomalies de nombre étaient majoritaires et les anomalies structurales variaient entre délétions, additions ainsi que des translocations équilibrées et déséquilibrées.

Un patient a présenté une disparition du chromosome philadelphie au cours du traitement avec persistance de l’anomalie additionnelle (Trisomie 8). Un autre caryotype a été caractérisé par la disparition d’une ACA et l’apparition d’une autre avec persistance du chromosome Ph au cours du traitement.

Les mécanismes de résistance aux ITK sont variables. Certains sont BCR-ABL dépendants. D’autres sont induits par une évolution clonale (ACA) qui met en jeu d’autres oncogènes que BCR-ABL. Notre étude a pour but de caractériser les ACA qui pourraient coopérer avec la fusion BCR-ABL dans la progression de la LMC et être impliqués dans la résistance au traitement de la LMC en phase avancée. La caractérisation des événements génétiques associés à la transformation blastique de la LMC est essentielle pour l’investigation des voies moléculaires impliquées dans cette phase de la maladie. Investiguer la résistance au traitement de ces patients pourrait aussi contribuer à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans cette leucémie.


Hela BELLIL, Hend CHAKER, Yasmine EL AYEB, Wiem AYED, Lamia AISSAOUI, Manel BCHIR, Hela BEN ABID, Raihane BEN LAKHAL, Hend BEN NEJI, Neila BEN ROMDHAN, Balkis MEDDEB, Ahlem AMOURI (Tunis Belvedere, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13264 - P248 NBR1, un nouveau gène de prédisposition au cancer du rein familial ?
P248 NBR1, un nouveau gène de prédisposition au cancer du rein familial ?

Le cancer du rein représente le sixième cancer le plus fréquent chez l’adulte en France, avec 11.000 nouveaux patients diagnostiqués chaque année. Près de 30% des patients ont des métastases lors du diagnostic et le cancer du rein est responsable de 4.000 décès par an en France. La majorité des cancers du rein est d’origine sporadique. Le tabac, l’obésité, l’hypertension artérielle et certaines expositions professionnelles représentent les principaux facteurs de risque connus. Les prédispositions héréditaires sont estimées à 5% de l’ensemble des cancers du rein mais sont d’un intérêt capital tant au plan clinique que fondamental.

Les formes familiales des cancers rénaux se transmettent selon le mode autosomique dominant. A ce jour, il existe une dizaine de gènes de prédisposition au cancer du rein parmi lesquels VHL (responsable de la maladie de von Hippel-Lindau), FLCN (syndrome de Birt-Hogg-Dubé), FH (léiomyomatose héréditaire) et MET (carcinome papillaire de type 1 héréditaire). Globalement, les protéines codées par ces 4 gènes majeurs interviennent dans la voie de réponse à l’hypoxie via le facteur de transcription HIF, jouant un rôle central dans la carcinogenèse par son implication dans de nombreux processus cellulaires, et la voie de prolifération mTOR.

Une soixantaine de familles en France avec cancer rénal sans mutation germinale identifiée sont recensées dans la base de données du Réseau National pour Cancers Rares de l’adulte PREDIR. Afin de rechercher de nouveaux gènes de prédisposition aux cancers du rein, nous avons sélectionné 13 familles pour lesquelles un séquençage d’exome a été réalisé (Plateforme de Gustave Roussy). Après analyses bioinformatiques, nous nous sommes focalisés sur certains gènes candidats.

Parmi ces familles, l’une comprenant 3 cas atteints de tumeurs du rein de types histologiques différents (un carcinome papillaire de type 1, un carcinome à cellules claires, et un angiomyolipome) présente une mutation germinale de type perte de fonction dans le gène NBR1 (Neighbor Of BRCA1 Gene 1). Il s’agit d’un récepteur de l’autophagie permettant l’attachement de protéines et organelles endommagées aux autophagosomes pour qu’elles y soient dégradées. Il a été montré que NBR1 est nécessaire au maintien de l’homéostasie et des fonctions biologiques cellulaires, notamment via son implication dans la pexophagie, et le renouvellement des protéines d’adhérence focale lors de la migration cellulaire. Enfin, la dérégulation de l’autophagie est impliquée dans de multiples maladies, dont les cancers, et particulièrement dans les cancers rénaux avec la surexpression des voies mTOR et HIF, régulateurs majeurs de l’autophagie.

Des expériences de génétique fonctionnelle sont en cours afin d’évaluer le caractère délétère de cette mutation de NBR1 et mieux comprendre la physiopathologie des cancers du rein familiaux.


Florine ADOLPHE (Villejuif), Sophie FERLICOT, Virginie VERKARRE, Michaël BAYARAM, Sophie DEVEAUX, Sophie COUVÉ, Betty GARDIE, Nathalie DROIN, Guillaume MEURICE, Sophie GIRAUD, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Stéphane RICHARD, Sophie GAD
00:00 - 00:00 #13265 - P249 Dérégulation d’un gène : quand les TAD s’en mêlent ?
P249 Dérégulation d’un gène : quand les TAD s’en mêlent ?

Nous rapportons le cas d’une petite fille présentant une déficience intellectuelle associée à des troubles relationnels, un retard précoce de développement, des troubles du langage, une dissociation automatico-volontaire et des variations morphologiques mineures.

 

Les techniques de cytogénétique classique et moléculaire montrent une formule chromosomique à 46 chromosomes correspondant à un sexe féminin associée à une translocation réciproque apparemment équilibrée de novo :

46,XX,t(3;5)(p26;q13.3)dn.ish t(3;5)(wcp5+,wcp3+;wcp5+,wcp3+).

Lors de l’analyse chromosomique sur puce à ADN, aucun déséquilibre n’a été retenu pour expliquer le phénotype de cette enfant. Dans ce contexte, nous avons cherché à identifier les points de cassure de cette translocation afin de trouver des gènes pouvant être interrompus et être considérés comme responsables du phénotype.

Pour cela, nous avons mis en œuvre la technique d’« Array-Painting » suivie d’un séquençage par méthode Sanger. Le point de cassure sur le chromosome 5 a été localisé en 5q14.3 à 228 kb en amont de l’ATG du gène MEF2C. Aucun gène intéressant au niveau ou proche du point de cassure sur le chromosome 3 n’a été mis en évidence.

Le gène MEF2C est connu pour être responsable du Syndrome « Mental Retardation, Autosomal Dominant 20 » (OMIM #613443) et les observations rapportées dans la littérature suggèrent qu'une haplo-insuffisance de ce gène serait responsable d’un phénotype particulier. L’étude de l’expression de MEF2C dans les lignées lymphoblastoïdes de cette enfant montre une augmentation. Si la pathogénicité de MEF2C en haplo-insuffisance n'est plus à prouver, l'inverse est peu décrit dans la littérature. Le principal signe clinique de cette duplication est une déficience intellectuelle et nous suggérons que cette surexpression serait responsable du phénotype. Le mécanisme suspecté serait une réorganisation des TAD (Topologically Associating Domain) du fait de la translocation t(3;5). En effet, les TAD représentent une nouvelle voie d’approche pour expliquer l’expression phénotypique d’un remaniement chromosomique en l’absence d’identification d’un gène interrompu au niveau d’un point de cassure chromosomique.

Afin de vérifier cette hypothèse, des techniques de FISH 2D ont été réalisées pour visualiser in situ ces phénomènes de contact entre différents domaines génomiques et donc de confirmer une nouvelle réorganisation locale des TAD.


Anouck SCHNEIDER (MONTPELLIER), Kévin YAUY, Satish SATI, Vincent GATINOIS, Jacques PUECHBERTY, Jean-Baptiste GAILLARD, Thomas GUIGNARD, Pauline BOURET, Bee Ling NG, Christine COUBES, Franck PELLESTOR
00:00 - 00:00 #13269 - P250 COMPARAISON DE LA SOLUTION ACCEL AMPLICON™ 56G ET TUMOR HOT SPOT MASTR.
P250 COMPARAISON DE LA SOLUTION ACCEL AMPLICON™ 56G ET TUMOR HOT SPOT MASTR.

Introduction et objectifs

Lors de la mise en place d’une approche NGS par panel de gènes pour  l’analyse de tumeurs solides, nous avons été amenés à comparer deux solutions commerciales sur une série de douze échantillons.  La performance du panel Accel Amplicon™ 56G de Sophia Genetics et du panel Tumor HotSpot MASTR de Agilent-Multiplicom à été réalisée sur une sélection de 24 gènes. La comparaison a permis de choisir la solution la mieux adaptée à notre routine par rapport  à l’organisation de la plateforme de séquençage, à notre recrutement et au délai de rendu de résultat.

Matériels et Méthodologie

12 échantillons d’ADN dont 5 ADN control de qualité (2 ADN Horizon et 3 contrôles de qualité externe) et 7 ADN tumoral de patient. L’ADN à été extrait à partir de coupes tissulaire FFPE à 10 µm avec le kit  Qiagen DNeasy Blood and Tissue. Les dosages des ADN ont été réalisés au Qubit.

Pour la réalisation des amplifications, des banques et du séquençage, les protocoles respectifs du Accel Amplicon™ 56G et THS MASTR  ont étés suivis et réalisés par la même personne.

Les données FASTQ en sortie du séquençage ont été analysées en collaboration avec Sophia Genetics et leur pipeline bioinformatique. L’analyse a porté non seulement sur la capacité à détecter les variants attendus mais aussi sur le nombre de reads, leurs mapping, l’uniformité de la profondeur. La quantité de matériel de départ, le multiplexage possible et la durée de la technique ont été aussi comparés.

Résultats et discussion

Du point de vu technique pour réaliser les librairies et les doser, le panel THS requiert deux jours et demi de manipulation contre deux jours pour le panel 56G. Le dosage des banques est réalisé par nanodrop avec  le THS et est donc rapide alors que pour le 56G, une qPCR est préconisée et requiert environ une journée de travail. Au niveau du séquençage, l’utilisation d’une flowcell V3  permet dans le cas du THS le séquençage d’une série de 11-12 échantillons contre 15-16 pour le 56G. L’analyse de la performance à montré une bonne qualité de chaque run, une profondeur moyenne respectivement de 5759 pour le 56G et de 8315 pour le THS, un nombre de variant similaire a été retrouvé, aucun faux négatif n’à été mis en évidence. Ce qui parait en revanche évident est que  la préparation des banques dans le cas du panel 56G n’est pas dépendante de la qualité des échantillons, ce qui permet d’une part d’utiliser une quantité moindre d’échantillon, entre 20 et 30 ng et d’autre part d’obtenir un taux de couverture plus homogène.

Conclusion

Une quantité de matériel de départ plus faible, un temps de technique plus court, un multiplexage plus important sur la Flow Cell, ainsi qu’une sensibilité moins importante vis-à-vis de la qualité de l’échantillon sur couverture et la profondeur nous ont amené à choisir  le panel Accel 56G de Sophia Genetics pour notre routine.


Fabienne BARBET, Benoit QUILICHINI, Saeed OMIDI, Vanna GEROMEL (Lyon)
00:00 - 00:00 #13278 - P251 La maladie de Von Hippel-Lindau : A propos de deux familles Tunisiennes.
P251 La maladie de Von Hippel-Lindau : A propos de deux familles Tunisiennes.

La maladie de Von Hippel-Lindau est un syndrome de prédisposition aux cancers qui associe essentiellement des hémangioblastomes rétiniens, cérébelleux et de la moelle épinière, un carcinome rénal à cellules claires, des phéochromocytomes et des kystes rénaux et pancréatiques. Ce syndrome est de transmission autosomique dominante avec une forte pénétrance et il est dû à des mutations du gène VHL.

Objectif : Présenter les particularités cliniques de deux familles tunisiennes chez qui on a confirmé la maladie VHL et établir une corrélation génotype phénotype.

Matériels et Méthodes : Nous disposons d’un cas index de chaque famille. Les deux patients ont été adressés à notre consultation pour suspicion de la maladie VHL. Une extraction d’ADN à partir d’un prélèvement de sang périphérique et un séquençage des régions codantes et des jonctions intron-exon du gène VHL ont été réalisés.

Résultats : Le cas index de la famille 1 a développé un cancer du rein gauche à 33 ans pour lequel il a eu une néphrectomie gauche avec à l’examen anatomopathologique un carcinome à cellules rénales claires. A l’âge de 44 ans, le patient a fait une récidive sur le rein controlatéral. L’enquête génétique ne retrouve pas d’antécédents familiaux particuliers et le bilan paraclinique de la maladie VHLne retrouve aucune autre anomalie. L’étude moléculaire du gène VHL réalisée chez le cas index a retrouvé une mutation faux sens c.233A>G (p.Asn78Ser). Pour la famille 2, le cas index, âgé de 32 ans, nous a été adressé devant des antécédents personnels et familiaux de tumeurs évoquant la maladie VHL. Le patient a bénéficié à l’âge de 26 ans d’une IRM cérébrale de dépistage qui a mis en évidence une lésion tumorale du cervelet. Cette lésion est devenue par la suite symptomatique et a nécessité une exérèse chirurgicale. Le patient a également développé une tumeur du rein gauche de type carcinome à cellules claires. L’enquête génétique a révélé la notion d’un hémangioblastome du cerveletchez le frère etla sœur à 30 et 28 ans respectivement. Le séquençage du gène VHL a mis en évidence une mutation au niveau de l’exon 2 c.407T>C (Phe136Ser).

Discussion : l’âge de survenue du cancer du rein, la forme bilatérale et le type histologique constituent des arguments d’appui pour suspecter une forme syndromique chez le cas index de la famille 1 et justifier l’étude du gène VHL. Les deux mutations identifiées chez les deux familles ont été décrites auparavant dans la littérature.La mutation N78S a été corrélée au développement d’hémangioblastomes et de phéochromocytomes ce qui n’a pas été retrouvé chez la première famille. La mutation Phe136Serest associée aux hemangioblastomes et au cancer du rein ce qui est en corrélation avec le phénotype de la famille2.

Conclusion : la maladie VHL se caractérise par une variabilité clinique intra et interfamiliale. L’étude moléculaire permet de confirmation la prédisposition dans la famille et orienter la surveillance des personnes à haut risque.


Rym MEDDEB, Asma LANOUAR, Imen CHELLY, Mediha TRABELSI, Ridha MRAD (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13285 - P252 Étude des caryotypes sanguins au niveau du service de cytogénétique de l’Institut Pasteur Du Maroc.
P252 Étude des caryotypes sanguins au niveau du service de cytogénétique de l’Institut Pasteur Du Maroc.

Les anomalies chromosomiques peuvent être à l’origine d’un grand nombre d’avortements spontanés, de syndromes dysmorphiques, de syndromes polymalformatifs, de déficience intellectuelle et d’infertilité.

L’étude cytogénétique est une étape incontournable permettant de poser le diagnostic d’une grande variété de syndrome issue d’anomalie chromosomique.

        Les objectifs de notre étude sont :

*Identifier les différentes anomalies chromosomiques rencontrées chez les patients adressés pour étude cytogénétique postnatale et de déterminer leur prévalence pour chaque tranche d’âge.

*Réaliser une corrélation entre les  indications cliniques  et les résultats  cytogénétique afin de connaitre le degré de  satisfaction des besoins des cliniciens.

Il s’agit d’une étude rétrospective sur un échantillon de 1106 patients référés au service de cytogénétique au sein de l’institut pasteur du Maroc Casablanca pour étude cytogénétique constitutionnelle post-natale. La période de notre étude s’étale sur un an et demi depuis janvier 2016 à mai 2017.

     L’analyse des données a objectivé les résultats suivants : 77.8 % des patients référés ont un caryotype normal et 22.2 % ont un caryotype anormal. Et sur le plan chromosomique on trouve : 82.9 % ont une anomalie des autosomes, 16.3 % ont une anomalie des gonosomes dont deux cas soit présentent une inversion sexuel. Tandis que 0.81% révélé une coexistence d’anomalie autosomique gonosomique.

     La trisomie 21 représente à la fois le motif de référence le plus fréquent (67.65 %) et en même temps  l’anomalie chromosomique la plus courante. Les données de notre étude ont aussi montré que la majorité des patients ayant des anomalies chromosomiques sont de sexe masculin.

Ces résultats sont majoritairement en accord avec les données de la littérature. Ils montrent une variabilité des anomalies chromosomiques parmi les patients porteurs de caryotype anormal dans notre étude.


Siham AIT MOULAY ABDELLAH, Jamila ABOUELFARAJ, Lunda RAZOUKI, Latifa ZAROUF, Zouhair ELKARHAT, Sanaa NASSEREDDINE (CASABLANCA, Maroc)
00:00 - 00:00 #13315 - P253 Insertion réciproque 14;22 à l’origine de fausses couches à répétition.
P253 Insertion réciproque 14;22 à l’origine de fausses couches à répétition.

Les insertions réciproques interchromosomiques sont des réarrangements très rares. Ils  consistent en un échange de segment interstitiel entre deux chromosomes et nécessitent donc la présence de quatre points de cassure. Seul 12 cas ont été publiés [Bernardini et al., 2008 ; Harbuz et al., 2013 ; Kang et al., 2010 ; Manolakos et al., 2011].

Nous rapportons le cas d’un homme de 28 ans adressé dans le service de Génétique Médicale suite à la survenue de 3 fausses couches spontanées (FCS) chez sa compagne. L’histoire familiale retrouve également la notion de 6 fausses couches spontanées chez sa mère. Le caryotype du patient (bandes GTG et RHG ; résolution : 400-550) met en évidence la présence d’un chromosome 14 atypique avec une bande sombre dans la région 14q11 en bandes R. La FISH de peinture du chromosome 14 montre une absence de marquage sous le centromère d’un des deux chromosome 14 ainsi que la présence de deux signaux sous les centromères des chromosomes 22 correspondant à l’hybridation croisée des séquences alpha-satellites péricentromériques. Une FISH à l’aide des sondes LSI DiGeorge N25 (22q11) et LSI TRA/D break-appart (14q11.2) a permis de confirmer la présence de l’insertion réciproque interchromosomique entre les régions chromosomiques 14q11.2 et 22q11.2. L’enquête familiale a montré que cette inversion était héritée du père du patient. L’étude par Sperm FISH (LSI N25 ; TRA/D break appart) a révélé que plus de 40 % des gamètes du patient étaient déséquilibrés malgré des paramètres normaux au spermogramme (normes WHO 2010).

À notre connaissance, il s'agit de la première étude de la ségrégation méiotique par sperm FISH chez un patient présentant une insertion réciproque interchromosomique. Les déséquilibres de la région 22q11.2 sont bien connus et ne semblent pas être à l’origine des FCS. La région du chromosome 14 impliquée dans le réarrangement est comprise entre le  gène RPGRIP1 (marqué par la sonde 3’TRA/D) et le centromère. Les microdélétions de la région 14q11.2 emportant les gènes SUPT16H et CDH8 sont rares et associées à un retard du développement, une déficience intellectuelle, des troubles du spectre autistique et une macrocéphalie (Drabova et al., 2015). L’haploinsuffisance des gènes APEX1 et PARP2, impliqués dans la réparation de l’ADN, ainsi que de plusieurs gènes de la famille des RNase A pourrait être impliquée dans la survenue des FCS. En effet, une étude réalisée à partir de la base de donnée DAVID a montré l’association entre les délétions de l’allèle paternel du gène RNase 3 et la survenue de FCS (Bagheri et al., 2015).

La description de cas supplémentaire serait nécessaire pour préciser l’implication des déséquilibres de la région 14q11.2 dans la survenue de fausses couches à répétition.


Gaëlle SALAUN (CLERMONT FERRAND), Celine PEBREL-RICHARD, Christine FRANCANNET, Baptiste TROUDE, Florence BRUGNON, Hanae PONS, Laetitia GOUAS, Eleonore EYMARD-PIERRE, Andrei TCHIRKOV, Philippe VAGO, Carole GOUMY
00:00 - 00:00 #13317 - P254 Contribution des variants délétères du gène PALB2 dans le syndrome « sein/ovaire », caractéristiques génétiques et cliniques des sujets porteurs de variants délétères.
P254 Contribution des variants délétères du gène PALB2 dans le syndrome « sein/ovaire », caractéristiques génétiques et cliniques des sujets porteurs de variants délétères.

Introduction. Depuis 2015 en France, le gène PALB2 est analysé dans le cadre du diagnostic génétique de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire, en plus des gènes BRCA1 et BRCA2. Cette étude a pour objectif d’améliorer les connaissances sur les caractéristiques génétiques et cliniques des sujets porteurs de variants délétères du gène PALB2.

Méthodes. L’étude des gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2 a été réalisée chez 3390 patients présentant une histoire personnelle évocatrice d’une prédisposition (cancer du sein avant 36 ans, cancer du sein triple négatif avant 51 ans, cancer de l’ovaire séreux de haut grade, cancer du sein masculin) ou une histoire familiale avec plusieurs cas de cancer du sein et/ou de l’ovaire. Les analyses moléculaires ont été réalisées en séquençage haut débit, par capture SureSelect QXT (Agilent) et séquençage sur NextSeq 500  (Illumina).

Résultats. Un variant pathogène du gène BRCA1 a été identifié dans 5,3% (179/3390) des cas, un variant pathogène du gène BRCA2 dans 4,9% (167) des cas et un variant pathogène du gène PALB2 dans 0,7% (24) des cas. Il est à noter qu’un nombre important de variants de signification inconnue (VSI) de PALB2 a été identifié (147), comparable au nombre de VSI de BRCA1 et BRCA2 (105 et 218 respectivement). Dans ce travail, nous avons par ailleurs caractérisé le type des variants pathogènes du gène PALB2 identifiés, leur position dans le gène, mais également les histoires individuelles et familiales concernées et les caractéristiques tumorales des personnes atteintes d’un cancer du sein. Aux 24 cas index porteurs d’un variant délétère de PALB2, nous avons ajouté l’analyse des histoires personnelles et familiales de 34 sujets porteurs supplémentaires, correspondant à des apparentés ou des cas index étudiés avant 2015 par séquençage Sanger.

Conclusion. Cette étude montre qu’avec les critères d’indication actuels, le taux de détection de variants délétères de PALB2 est 14 fois moins important que le taux de détection de variants délétères de BRCA1/2. En revanche le nombre de VSI est comparable et l’ajout de ce gène dans l’étude COVAR paraît donc nécessaire. La caractérisation du type de variants délétères, des phénotypes familiaux et tumoraux à partir d’une cohorte de 58 personnes porteuses de variants délétères de PALB2 est utile pour définir plus précisément la population concernée par cette prédisposition, identifier des corrélations génotypes/phénotypes et permettre de mieux cibler les cas index à analyser.


Antoine DE PAUW (PARIS), Fabienne LESUEUR, Anthony LAUGE, Marion GAUTHIER-VILLARS, Bruno BUECHER, Emmanuelle MOURET-FOURME, Claire SAULE, Marine LE MENTEC, Anaïs DUPRE, Ophélie BERTRAND, Anne-Marie BIROT, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Virginie MONCOUTIER, Henrique TENREIRO, Khadija ABIDALLAH, Christophe GUY, Jennifer CARRIERE, Nicolas VIELLARD, Christelle BERTHEMIN, Catherine DEHAINAULT, Camille TOUSSAINT, Alice FIEVET, Claude HOUDAYER, Dominique STOPPA-LYONNET, Lisa GOLMARD
00:00 - 00:00 #13318 - P255 Le syndrome d’haploinsuffisance du gène MED13L: à propos d’un cas.
P255 Le syndrome d’haploinsuffisance du gène MED13L: à propos d’un cas.

Le spectre phénotypique associé à une haplo insuffisance du gène MED13L est très  large allant d’une malformation cardiaque isolée (transposition des gros vaisseaux) à un tableau de déficience intellectuelle syndromique incluant une dysmorphie faciale, des malformations cardiaques, des malformations neurologiques, une obésité et des traits autistiques.  Une série de 26 cas d’haplo insuffisance du gène MED13L ont été décrits jusqu’à présent, la majorité sont des mutations ponctuelles mais des réarrangements  chromosomiques emportant tout le gène ont été aussi rapportés dans de très rare cas.

Nous rapportons, dans ce travail, un nouveau cas d’haplo insuffisance du gène MED13L secondaire à une délétion de 1,7 Mb de la région 12q24.21-24.22  emportant tout le gène MED13L. Il s’agit d’un patient  âgé de 21 ans, issu de parents consanguins et dans ces antécédents familiaux, on note la présence d’une déficience intellectuelle chez 3 cousins germains paternels et d’une cardiopathie isolée à type de communication inter-ventriculaire (CIV) chez un frère. A l’examen, il présente quelques traits dysmorphiques, une obésité tronculaire, une hypoacousie et des trais de spectre autistiques.

La délétion 12q24.21-24.22,  détectée par CGH-Array, a été confirmée par FISH. Nous envisageons de compléter notre exploration génétique par l’étude des parents afin de déterminer l’origine parentale de ce CNV et de discuter  la possibilité de son implication dans le phénotype que présentaient les apparentés de notre patient.  

A travers ce travail, nous soulignons l’importance d’une corrélation génotype- phénotype devant ce CNV afin de mieux comprendre la variabilité d’expression de l’haplo insuffisance du gène MED13L, dont notre compréhension de la physiopathologie reste insuffisante à ce jour.


Manel GUIRAT, Ikhlas BENAYED, Nourhène GHARBI, Souhir GUIDARA, Fatma ABDELHEDI (Paris), Imen BOUJELBEN, Amal BOUZID, Carlos BACINO, Neila BELGUITH, Hassen KAMMOUN
00:00 - 00:00 #13319 - P256 Regression cognitive chez des jeunes patients avec trisomie 21.
P256 Regression cognitive chez des jeunes patients avec trisomie 21.

Les adolescents et les jeunes adultes avec une trisomie 21 peuvent présenter une régression cognitive rapide avec perte de l'autonomie. Les causes de cette régression ne sont pas connues et le traitement est la plupart du temps symptomatique.

Nous présentons l’étude rétrospective d'une cohorte de patients trisomiques 21 ayant eu une régression cognitive : ces patients nés  entre 1959 et 2000 ont été suivis de 1984 à aujourd'hui  à l’Institut Jérôme Lejeune. Nous avons trouvé 30 patients trisomiques 21 âgé de 11 à 30 ans avec une histoire de régression, chez des patients présentant un niveau intellectuel variable (bas, moyen ou haut). Tous les patients présentaient des symptômes psychiatriques (catatonie, dépression, hallucinations, stéréotypie, etc.), une perte partielle ou totale de l'autonomie dans le soin personnel (habillage, toilette, repas et continence), une régression du langage (mutisme, voix chuchotée, etc.) et une perte des acquis scolaires.

Pour tous les patients, on retrouvait une cause de stress aigu avant la régression, pouvant être considérée comme l'événement déclenchant. Dans notre cohorte, les filles étaient majoritaires (64%). Une récupération partielle ou totale a été observée chez la moitié d'entre eux environ.

Les hypothèses neurobiologiques sont discutées ainsi que le traitement et la prévention. Une étude prospective collaborative est nécessaire  pour mieux comprendre les bases génétiques et neurobiologiques de cette complication et mieux prendre en charge ces patients.


Clotilde MIRCHER (PARIS), Cécile CIEUTA-WALTI, Isabelle MAREY, Anne-Sophie REBILLAT, Laura CRETU, Eliane MILENKO, Martine CONTE, Marie-Odile RETHORE, Franck STURTZ, Aimé RAVEL
00:00 - 00:00 #13321 - P257 Panel de gènes de prédisposition aux cancers : retour d’expérience de l’Institut Curie, intérêt de la prise en compte de l’ensemble de l’histoire familiale.
P257 Panel de gènes de prédisposition aux cancers : retour d’expérience de l’Institut Curie, intérêt de la prise en compte de l’ensemble de l’histoire familiale.

Introduction. Le laboratoire de génétique constitutionnelle de l’Institut Curie (IC) analyse pour tous les cas index un panel de 61 gènes comprenant des gènes de prédisposition aux cancers (sein, ovaire, colon-rectum, autres cancers rares) étudiés dans un cadre diagnostique et des gènes dédiés à la recherche. L’analyse bioinformatique permet une lecture en panels de gènes spécifiques selon les indications. En concertation avec les cliniciens de l’IC, les résultats ne sont rendus que pour les gènes jugés pertinents pour le conseil génétique : variants délétères et de signification inconnue pour les gènes correspondant à l’indication, et variants délétères pour les gènes dits « actionnables », c’est-à-dire aboutissant à des recommandations de prise en charge spécifique chez les sujets porteurs de variants délétères.

Méthodes.  Cette étude rétrospective porte sur 4296 patients, avec des analyses en panel de gènes réalisées entre avril 2015 et septembre 2017. Les patients ont été vus en consultation de génétique principalement à l’IC, plus rarement dans d’autres centres de luttes contre le cancer et hôpitaux français. Ces analyses ont pour indication principale une suspicion de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire (79%) et aux cancers colorectaux (11%). L’analyse est réalisée par enrichissement en capture SureSelect QXT (Agilent) et séquençage sur NextGene 500 (Illumina).

Résultats. Parmi les 3390 analyses dans un contexte sein/ovaire, des variants délétères ont été identifiés sur les gènes BRCA1 (n=179 ; 5,3%), BRCA2 (n=167 ; 4,9%) et PALB2 (n=24 ; 0,7%). Parmi les 453 analyses dans un contexte de cancer du côlon, des variants délétères ont été identifiés sur les gènes MLH1 (n=5 ; 1,1%), MSH2 (n=15 ; 3,3%) et MSH6 (n=13 ; 2,9%). Dans le cadre des analyses de gènes actionnables ne correspondant pas à l’indication (2990 analyses « élargies »), 8 variants délétères « pseudo-incidents » ont été identifiés : 3 variants délétères des gènes BRCA1/2 dans une indication de prédisposition au cancer colorectal, mais des antécédents familiaux de cancer du sein ont été rapportés dans 2 cas sur 3 ; 4 variants délétères des gènes MMR dans une indication de prédisposition sein/ovaire, mais des antécédents personnels ou familiaux de cancer appartenant au spectre du syndrome de Lynch sont présents dans tous les cas. De plus, un variant délétère du gène MSH6 a été identifié dans une indication de polypose.

Conclusion. La présentation clinique des cas pseudo-incidents suggère un élargissement des indications d’analyse, avec une prise en compte de l’ensemble de l’histoire familiale. Ce changement de pratiques, possible puisque la plupart des laboratoires travaillent aujourd’hui en analyse de panels, permettrait de poser l’indication « élargie » dès la première consultation et d’identifier des variants délétères chez des patients ne souhaitant pas d’analyse de tous les gènes actionnables mais seulement des gènes liés à leur prédisposition.

 


Antoine DE PAUW (PARIS), Bruno BUECHER, Anthony LAUGE, Marion GAUTHIER-VILLARS, Emmanuelle MOURET-FOURME, Claire SAULE, Marine LE MENTEC, Anaïs DUPRE, Anne-Marie BIROT, Ophélie BERTRAND, Virginie MONCOUTIER, Henrique TENREIRO, Khadija ABIDALLAH, Christophe GUY, Jennifer CARRIERE, Nicolas VIELLARD, Christelle BERTHEMIN, Catherine DEHAINAULT, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Camille TOUSSAINT, Alice FIEVET, Claude HOUDAYER, Dominique STOPPA-LYONNET, Lisa GOLMARD
00:00 - 00:00 #13328 - P258 Diagnostic génotypique inattendu chez une jeune patiente symptomatique appartenant à une famille atteinte de syndrome de Lynch.
P258 Diagnostic génotypique inattendu chez une jeune patiente symptomatique appartenant à une famille atteinte de syndrome de Lynch.

Nous rapportons le cas d’une patiente appartenant à une famille atteinte de syndrome Lynch liée à une mutation constitutionnelle du gène MSH2 (NM_000251.2 : c.1022T > C, p.Leu341Pro). La patiente a présenté un cancer du caecum à l’âge de 35 ans. Le phénotype tumoral était MSI-H avec perte d’expression des protéines MSH2 et MSH6. Devant l’âge jeune de survenue du cancer et le phénotype tumoral, la patiente était considérée a priori comme porteuse de la mutation familiale. Contre toutes attentes, l’analyse ciblée du gène MSH2 a révélé que la patiente n’était pas porteuse de la mutation familiale (résultat confirmé sur deux prélèvements indépendants). Ce résultat inattendu nous a amené à réaliser une analyse complète des gènes MSH2 et MSH6 par séquençage de deuxième génération (technologie AmpliSeq, ThermoFisher Scientific) et une recherche de grands réarrangements par MLPA (Multiplex Ligation-dependant Probe Amplification, MRC Holland), qui n’a pas mis en évidence d’anomalie délétère. Nous avons donc poursuivi les investigations par la recherche de mutations somatiques des gènes MMR sur l’ADN extrait d’un bloc paraffiné de la pièce opératoire de la patiente (séquençage de deuxième génération (technologie AmpliSeq, ThermoFisher Scientific)), et par la recherche de perte d’hétérozygotie. Nos analyses ont permis d’identifier deux événements pouvant expliquer l’inactivation biallélique du gène MSH2 dans la tumeur et donc le résultat du phénotype tumoral : une mutation délétère du gène MSH2 (c.2356G > T, p.(Glu786*)) et une perte d’hétérozygotie des gènes MSH2 et MSH6. La recherche de la mutation c.2356G > T par séquençage haut débit dans l’ADN extrait du prélèvement sanguin de la patiente n’a pas retrouvé cette mutation à un taux significatif (p < 0.001), ce qui était en défaveur de l’existence d’une mosaïque.

En résumé, l’ensemble de ces résultats est en faveur d’une tumeur colorectale sporadique chez une patiente de 35 ans avec phénotype tumoral évocateur d’un syndrome de Lynch et permet de souligner l’apport des analyses somatiques pour l’aide au diagnostic et pour l’orientation du conseil génétique.


Catherine VERMAUT (LILLE), Afane BRAHIMI, Sophie LEJEUNE, Denis BOIDIN, Lauriane BRIOIS, Nora BOUCETTA, Caroline MOZEJKO, Marie-Pierre BUISINE, Julie LECLERC
00:00 - 00:00 #13333 - P259 Mise en évidence de mutations incidentes spécifiques de la présentation familiale par reséquençage ciblé en panel de gènes dans le syndrome sein-ovaire héréditaire.
P259 Mise en évidence de mutations incidentes spécifiques de la présentation familiale par reséquençage ciblé en panel de gènes dans le syndrome sein-ovaire héréditaire.

INTRODUCTION Dans les agrégations familiales de cancers du sein et de l’ovaire, une mutation des gènes majeurs de prédisposition héréditaire BRCA est retrouvée dans environ 15 % des cas. La technique NGS en panel de gènes a conduit à étudier dans une même indication un plus grand nombre de gènes de prédisposition aux tumeurs dont certains non impliqués a priori dans l’indication recherchée. Au décours du diagnostic moléculaire, plusieurs variants incidents peuvent être caractérisés. Le but de cette étude est de déterminer si la détection de ces variants est corrélée avec l’indication du criblage d’une part et le phénotype familial, évalué par le score de Manchester, d’autre part.

MATÉRIELS ET MÉTHODES Étude rétrospective de 2013 à 2015 sur 1296 patients consécutivement criblés à L’Institut Bergonié pour suspicion de cancer héréditaire du sein et/ou de l’ovaire. Les patients criblés pour une autre indication servaient de contrôle. Le panel de gènes criblés comprenait 25 gènes capturés (Sureselect XT Agilent) et séquencés (MiSeq(Illumina™) : APC, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, MLH1, MRE11A, MSH2/EPCAM, MSH6, MUTYH, PALB2, PIK3CA, PMS2, PTCH1, PTCH2, PTEN, RAD50, RAD51C, STK11, SUFU et TP53. Toute mutation délétère était confirmée par séquençage Sanger. Le phénotype a pu être décrit chez 917 patients au moyen du score de Manchester.

RÉSULTATS Au total, des mutations délétères de BRCA1/2 ont été caractérisées dans 14,4% des cas, soit 187 mutations et une mutation incidente dans 6,3%, soit 81 mutations. La fréquence des mutations délétères d’ATM et de PALB2 est significativement plus importante dans le groupe étudié que dans le groupe témoin, respectivement de 1,9 vs 0,4% (p=0,02) et de 1,2 vs 0,0% (p=0,01). L’odds ratio pour ATM est de 4,92  (IC95% = [1,16 ; 20,89]). Les mutations d’ATM et de PALB2 ne sont pas strictement exclusives des mutations BRCA1/2 puisque 4 patients mutés BRCA présentent une mutation d’ATM et 1 patient muté BRCA de PALB2. Concernant les phénotypes familiaux, un score de Manchester élevé est corrélé à une détection augmentée du taux de mutations de BRCA mais pas d’ATM ni de PALB2. Une association significative entre les mutations incidentes d’ATM et une histoire familiale de cancers du pancréas a pu être mise en évidence.

CONCLUSION Ces résultats sont cohérents avec les données publiées. Ils valident la contribution d’ATM et de PALB2 dans les cancers héréditaires du sein et de l’ovaire. Il conviendrait de mener une étude sur une plus large population de cas et de contrôles afin d’obtenir une puissance accrue pour mettre en évidence une association statistiquement significative pour d’autres gènes, comme CHEK2 ainsi que pour obtenir d’autres odds ratios afin d’évaluer les risques tumoraux de ces mutations, pour, in fine, envisager de rendre les mutations incidentes de ces gènes dans les résultats d’analyses de recherches premières.


Pierre MACQUERE (Bordeaux), Françoise BONNET, Delfine LAFON, Jennifer CHIRON, Bernadette GASTALDELLO, Gaelle GENESTE, Jeremy DOCHE, Natalie JONES, Emmanuelle BAROUK-SIMONET, Virginie BUBIEN, Michel LONGY, Nicolas SEVENET
00:00 - 00:00 #13336 - P260 Identification d’une triplication 2p24.3, incluant le gène MYCN, chez un enfant présentant une tumeur rénale et une agénésie rénale unilatérale.
P260 Identification d’une triplication 2p24.3, incluant le gène MYCN, chez un enfant présentant une tumeur rénale et une agénésie rénale unilatérale.

Près d’une centaine de patients porteurs d’une trisomie partielle 2p a été rapportée à ce jour dans la littérature. Le tableau phénotypique qui semble varier selon la taille du segment dupliqué, associe néanmoins dans la plupart des cas : retard psychomoteur, dysmorphie faciale, malformation cardiaque congénitale.

Nous rapportons le cas d’un enfant de 3 ans présentant une macrocéphalie, un strabisme et un antécédent d’hernie inguinale gauche, adressé aux urgences pédiatriques pour une hématurie macroscopique. L’échographie abdominale retrouve un rein unique latéralisé à droite présentant une tumeur encapsulée évocatrice d’un néphroblastome. L’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) 60K Agilent® révèle une amplification interstitielle de novo d'environ 850kb en 2p24.3 (15,338,465-16,185,337 [Hg19]). Les logs ratios de fluorescence obtenus sont compatibles avec la présence de cette région en quatre exemplaires. Cette triplication est confirmée par la suite par QMF-PCR.

La région amplifiée comporte 4 gènes référencés OMIM : NBAS, DDX1, MYCNOS et MYCN. MYCN est un membre de la famille des proto-oncogènes MYC, jouant un rôle clé dans la prolifération et la différenciation cellulaires et donc dans l’organogenèse au cours du développement embryonnaire, en particulier des reins et du système nerveux [Dang et al, 2012]. Des dérégulations de MYCN ont ainsi été rapportées dans de nombreux processus tumoraux incluant : neuroblastomes [Brodeur et al., 1984 and Seeger et al., 1985], médulloblastomes [Aldosari et al., 2002], rhabdomyosarcomes [Williamson et al., 2005] et tumeurs de Wilms [Schaub et al., 2007, Williams et al., 2010, Williams et al., 2011 and Fievet et al., 2013]. Parallèlement, l’identification d’un risque accru de neuroblastome ou de tumeur de Wilms chez les patients porteurs de microduplications 2p23-p24, ont conduit plusieurs auteurs à soutenir l’hypothèse que toute anomalie cytogénétique constitutionnelle à l'origine d'une surexpression de MYCN était susceptible d'augmenter le risque tumoral des patients [Micale et al EJMG, 2016 ; Fievet et al, 2013].

La combinaison de ces variations constitutionnelles à d’autres facteurs, comme un deuxième évènement moléculaire (double-hit), pourrait expliquer leur forte pénétrance au sein d’une même famille mais aussi le développement tumoral aléatoire chez les patients porteurs de trisomie partielle 2p. Dans tous les cas, Micale et al rappellent la nécessité de mettre en place une surveillance adaptée des patients porteurs de ces microduplications. Rappelons qu'ici, les ratios de fluorescence obtenus à l'ACPA et les résultats obtenus par QMF-PCR sont en faveur d'une triplication de la région d’intérêt, jamais rapportée à ce jour dans la littérature et qui pourrait renforcer le caractère délétère de cette variation et donc le risque tumoral. La description de cas supplémentaires permettrait probablement d’étayer cette hypothèse.


Gaëlle SALAUN (CLERMONT FERRAND), Eric DORE, Eleonore EYMARD-PIERRE, Anca MAFTEI, Laetitia GOUAS, Florentina ISFAN, Fanny LAFFARGUE, Carole GOUMY, Christine FRANCANNET, Philippe VAGO, Celine PEBREL-RICHARD
00:00 - 00:00 #13345 - P261 Caractérisation d’une anomalie chromosomique rare : 45,X chez un homme.
P261 Caractérisation d’une anomalie chromosomique rare : 45,X chez un homme.

Nous rapportons le cas d’un homme de 30 ans, 1,62m, ayant une azoospermie contrôlée sur plusieurs prélèvements. Les bilans hormonaux et l’échographie des testicules sont normaux. L’analyse du caryotype met en évidence 45 chromosomes avec un chromosome X, pas de chromosome Y, et un chromosome 14 ayant un bras court de grande taille mais dans la limite des variations polymorphes des bras courts des chromosomes acrocentriques. Par hybridation in situ il est mis en évidence un chromosome pseudodicentrique remplaçant un chromosome Y et un chromosome 14. Il est composé du bras court du chromosome Y(SHOX et SRY présents), de la région centromérique du Y apparemment inactive selon l’aspect morphologique, de la région 14p12 (NOR positif), de la région centromérique du 14 apparemment active selon l’aspect morphologique et du bras long d’un chromosome 14. Les locus testés pour les sous-régions AZFa (DDX3Y), AZFb (HSFY), AZFc (DAZ1) et la région subtélomérique du chromosome Y (SYBL1) sont absentes. Ce résultat est confirmé par biologie moléculaire (AZFa : marqueurs sY84 et sY86 absents, AZFb : marqueurs sY127 et sY134 absents, AZFc : marqueurs sY254 et sY255 absents, Marqueurs contrôles : ZFY et SRY présents). La délétion des régions AZFa, b et c est associée au syndrome SCOS (Sertoli Cell only type I) avec absence totale de cellules germinales, d'où un risque élevé de ne pas retrouver de spermatozoïdes après biopsie testiculaire, y compris par micro-TESE. Nous discutons l’intérêt d’une biopsie testiculaire dans ce cas et portons une réflexion sur les modalités de recherche de matériel du chromosome Y lorsque le résultat d’un caryotype est 45,X.


Luc DRUART, Sophie BOURRIQUET, Hélène DESSUANT (PARIS), Laure RAYMOND, Sylvie TAPIA
00:00 - 00:00 #13351 - P262 Classification des inversions du chromosome Y.
P262 Classification des inversions du chromosome Y.

Les inversions péricentriques du chromosome Y sont assez fréquentes et concernent 0.6 à 1 homme sur 1000. Ces inversions sont souvent familiales. Elles sont le plus souvent découvertes lors de bilan d’infertilité. Une classification de ces inversions a été proposée par Knebel et al en 2011 en quatre types. Seuls les types I, II, et III correspondent aux inversions du chromosome Y classiquement considérées comme n’étant pas associées à un risque reproductif particulier. Le type IV est plus rare et pourrait, selon les cas, avoir un risque reproductif différent. L’analyse morphologique seule ne permet pas toujours de différencier le type IV des autres types I, II ou III. Après avoir mis au point un panel de sondes différent de celui de l’étude faite par Knebel et al mais permettant la même classification, nous proposons une série de 15 cas d’inversions du chromosome Y, caractérisées par hybridation in situ. L’objectif initial était de définir la fréquence relative de chacun des types d’inversion du chromosome Y. Nous envisageons une étude collaborative afin de poursuivre cette étude et aider à mieux identifier les rares cas susceptibles d’être liés à un risque reproductif.


Luc DRUART, Sophie BOURRIQUET, Hélène DESSUANT (PARIS), Sylvie TAPIA
00:00 - 00:00 #13358 - P263 Cancer gastrique diffus héréditaire et mutation constitutionnelle du gène CDH1 : à propos d’une grande famille avec d’autres tumeurs associées.
P263 Cancer gastrique diffus héréditaire et mutation constitutionnelle du gène CDH1 : à propos d’une grande famille avec d’autres tumeurs associées.

Résumé :

Madame D. est adressée en consultation de génétique en raison de ses antécédents personnels et familiaux de cancer du sein et de l’estomac. Elle a développé un carcinome lobulaire infiltrant (CLI) du sein à l’âge de 46 ans, ainsi qu’une de ses sœurs à l’âge de 45 ans. Une autre de ses sœurs est décédée des suites d’un cancer diffus de l’estomac (linite gastrique, CGD) à l’âge de 38 ans. Sa mère est décédée à 75 ans d’une linite gastrique, ainsi qu’une de ses petites-cousines.

 

Génétique :

Devant cette histoire familiale de cancer du sein et de CGD, une analyse génétique du gène CDH1 a été proposée à la consultante. Une mutation délétère (c.49-1G>A), présente à l’état hétérozygote, a été caractérisée et confirme sur des bases moléculaires l’existence d’un cancer gastrique diffus héréditaire dans cette famille.

 

Discussion :

La mutation délétère de ce gène explique donc l’histoire familiale de cancer de l’estomac  et du sein.

L’identification de cette mutation a permis de proposer un test génétique pré-symptomatique pour les apparentés à risque, afin d’adapter la surveillance des personnes concernées.

A ce jour, 36 tests génétiques ciblés ont été réalisés. La mutation familiale a été mise en évidence chez 17 personnes (47%), dont 11 asymptomatiques âgés entre 20 et 64 ans. Trois des hommes porteurs ont développé un cancer de la prostate entre 55 et 68 ans, et une femme porteuse a développé un CLI à 45 ans. Deux femmes porteuses obligatoires mais qui n’ont pas pu réaliser l’analyse sont décédées d’un cancer gastrique à 38 et 75 ans. Un homme porteur obligatoire mais qui n’a pas pu réaliser l’analyse est décédé d’un cancer du côlon à 48 ans. Le troisième cas de cancer gastrique de cette famille n’est pas documenté sur le plan génétique. Deux femmes porteuses obligatoires mais qui n’ont pas réalisé l’analyse sont asymptomatiques à 82 et 70 ans.

Compte-tenu de la mortalité importante liée au CGD invasif, une chirurgie gastrique prophylactique est recommandée à partir de l’âge de 20 ans pour les personnes concernées.

Parmi les apparentés porteurs de la mutation délétère familiale, 10 (58%) ont réalisé cette chirurgie. Elle a révélé dans 1 cas (10%) 2 foyers d’adénocarcinome infiltrant à cellules indépendantes, et dans 5 cas (50%) un carcinome intra-muqueux.

 

L’information à la parentèle a d’abord été très difficile dans cette grande famille. La caractérisation de cette mutation a eu un retentissement psychologique très lourd. Par ailleurs, la plupart des cousins avaient été perdus de vue, mais par le biais des réseaux sociaux, les « jeunes » ont été des acteurs essentiels dans la transmission de cette information.

De plus, il est intéressant de noter les cas de cancer de la prostate et du colon chez des personnes concernées par la  mutation. Si le lien entre cancer du côlon et mutation du gène CDH1 a été document, le risque n’est pas précisé. Aucun lien n’a été montré à ce jour avec le cancer de la prostate.


Fanny COHEN (Caen), Manuella GEORGES, Céline GASNIER, Florence POLYCARPE, Zoé NEVIÈRE, Caroline ABADIE, Philippe DENIZEAU, Louise CRIVELLI, Samuel LE SOURD, Vanessa COLOMBERT, Brivael GERY, Marie BEAUMONT, Martine BLAYAU, Alice YVARD, Alain LORTHOLARY, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Pascaline BERTHET
00:00 - 00:00 #13363 - P264 Maladie de Von-Hippel-Lindau et phéochromocytome : données cliniques et moléculaires de cinq cas marocains.
P264 Maladie de Von-Hippel-Lindau et phéochromocytome : données cliniques et moléculaires de cinq cas marocains.

      La maladie de Von Hippel-Lindau (VHL) est un syndrome de prédisposition  aux cancers, associant   une variété de néoplasmes malins et bénins notamment le phéochromocytome. Il s’agit d’une maladie rare, secondaire à des mutations au niveau du gène VHL.

     Nous rapportons ici des données cliniques et moléculaires de 5  cas marocains non apparentés avec syndrome de VHL, dont deux familles avec phéochromocytome isolé ,  chez qui nous avons pu identifier 4 mutations différentes au niveau du gène VHL.

      La maladie de Von Hippel-Lindau (VHL) se transmet selon un mode autosomique dominant, avec pénétrance élevée, elle  se manifeste  par des  kystes viscéraux, des  masses bénignes avec un potentiel de transformation  maligne dans  des organes multiples du système .Elle est classée en 5 sous types selon l’association des différentes lésions.

      La prise en charge de ce syndrome reste difficile aussi bien que la surveillance des sujets à risque. Cependant il existe une forte corrélation phénotype génotype  d’où l’intérêt du diagnostic moléculaire et le conseil génétique  dans cette maladie.


Mouna OUHENACH (rabat, Maroc), Imane CHERKAOUI JAOUAD, Fatima Zahra LAARABI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13382 - P265 Impact de l’automatisation de la prise en charge centralisée des examens de cytogénétique conventionnelle et moléculaire (FISH) des patients avec une hémopathie maligne, expérience du LNR au Maroc à propos de 350 patients.
P265 Impact de l’automatisation de la prise en charge centralisée des examens de cytogénétique conventionnelle et moléculaire (FISH) des patients avec une hémopathie maligne, expérience du LNR au Maroc à propos de 350 patients.

Introduction : La recherche d’anomalie cytogénétique conventionnelle et la FISH (hybridation in situ fluorescente) font partie intégrante de la prise en charge médicale des patients avec une hémopathie acquise. La mise en évidence des anomalies chromosomiques stéréotypées permet de déterminer des facteurs diagnostique et de pronostique indépendants des autres facteurs de risque classiques. La FISH est une technique complémentaire très sensible et applicable en interphase et en métaphases, permet en outre de confirmer des anomalies suspectées par le caryotype et de préciser les points de cassure chromosomiques, de déterminer l’origine des marqueurs, dm, hsr, de détecter des aneuploïdies, de confirmer les micro-délétions et des duplications.

Patients et Méthodes : Depuis Juin 2016, le Laboratoire National de Référence (LNR) s’est équipé par un système automatisé de la technique jusqu’à l’analyse d’image approuvés FDA (USA). Ces installations ont permis au LNR de prendre en charge uniquement par une seule personne en technique 595 dossiers des patients au diagnostic, caryotype et FISH. Les pathologies qui ont été pris en charges sont LMC (60 cas), LAM (105 cas), LAL (80 cas), LLC (48 cas), Myélome multiple avec un tri des plasmocytes CD138+ et le contrôle de la pureté de tri (110 cas), SMD (73 cas), LNH (29 cas) et Myélome (90 cas).

Résultats : Un taux de succès de 99% a été obtenu pour la cytogénétique conventionnelle, et de 100% pour la FISH avec un taux de détection d’anomalies chromosomiques de toute pathologie confondue, 67% en cytogénétique conventionnelle et de 80%.pour la FISH. Les délais moyens de rendu des résultats des caryotypes d’hémopathie myéloïde est de 3,7 jours et pour les hémopathies lymphoïde est de 5 jours.  Les délais de rendu de FISH est de 48h toutes indication confondu.

Discussion : La mise en place de cette plateforme full automatisée pour la première fois au Maroc a permis aux patients marocain ; avec un coût optimal : de réaliser leur analyses cytogénétique et FISH sur place. De plus le rendu rapide des résultats a permis aux cliniciens au Maroc de prendre leur décision thérapeutique dans un délai très court avec un impact positif considérable pour la gestion thérapeutique et l’hospitalisation des patients. Cette plateforme a une capacité de 10.000 examens de cytogénétique et 20.000 FISH par an cela permet de répondre à l’ensemble des besoins du caryotype et de la FISH au Maroc.

Conclusion : L’automatisation accompagnée par une formation adéquate de l’équipe technique permet d’optimiser et de fiabiliser à moins le coût des différentes étapes techniques et de lecture en cytogénétique et en FISH. Le rendu rapide des résultats facilite la prise des décisions thérapeutiques adaptées dans un minimum du temps par les cliniciens.


Hasna HAMDAOUI (tanger, Maroc), Aziza BELKHAYAT, Faiza CHBEL, Meriem AHNACHE, Fatima CHEGDANI, Karim OULDIM, Hossain MOSSAFA
00:00 - 00:00 #13384 - P266 Identification d’une mutation BRCA2 dans une famille mutée BRCA1 d’origine marocaine.
P266 Identification d’une mutation BRCA2 dans une famille mutée BRCA1 d’origine marocaine.

Les mutations des gènes BRCA sont identifiées dans 5 à 10% des formes familiales de cancer du sein et de l’ovaire. Lorsqu’une mutation est retrouvée, la démarche consiste à rechercher la mutation familiale chez les apparentés symptomatiques et asymptomatiques. Les apparentés symptomatiques qui ne sont pas porteurs de la mutation familiale sont dit présenter une phénocopie et les analyses génétiques ne sont pas poursuivies dans la majorité des cas. Nous rapportons le cas d’une patiente ayant présenté, à l’âge de 39 ans, un carcinome canalaire infiltrant de grade 2, RH+, HER2- du sein gauche. Elle est issue d’une fratrie de 7 (5 filles et 2 garçons). Une de ses sœurs a présenté un cancer du sein à 46 ans avec mutation BRCA1 p.(Asp1151Glufs*4) identifiée au Maroc. Leur père, décédé, avait présenté un cancer du sein à 70 ans, sans autre antécédent dans cette branche. Leur mère, décédée, avait présenté un cancer du sein à 40 ans ainsi qu’une de ses sœurs et une nièce à 38-40 ans. Un test prédictif à la recherche de la mutation familiale a été réalisé chez notre patiente et n’a pas retrouvé la mutation de BRCA1 identifiée chez sa sœur. En raison de l’histoire familiale et de l’absence du témoin positif familial au laboratoire, nous avons décidé de réaliser un séquençage complet des gènes BRCA. Une mutation délétère de BRCA2 p.(Ser2143*) a été identifiée et confirmée sur deux prélèvements. L’enquête familiale est en cours pour identifier l’origine parentale de chaque mutation et établir la ségrégation familiale. Ce cas clinique montre l’intérêt de poursuivre les analyses dans les gènes de prédisposition au cancer du sein même en l’absence d’identification de la mutation familiale quand l’histoire clinique est évocatrice.


Lyse RUAUD (PARIS), Alexandre DAMETTE, Céline POPULAIRE-VENTRON, Nadia BOUTRY-KRYZA, Adrien BUISSON, Fatima LAARABI, Loïc CHAIGNEAU, Marie-Agnès COLLONGE-RAME
00:00 - 00:00 #13387 - P267 Analyse NGS en panel de gènes pour la prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire : panorama des résultats originaux et leur conséquence sur la prescription des tests génétiques constitutionnels.
P267 Analyse NGS en panel de gènes pour la prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire : panorama des résultats originaux et leur conséquence sur la prescription des tests génétiques constitutionnels.

Contexte : l’oncogénétique a pour objectif de caractériser une sous-population à haut risque de cancers à un âge précoce afin de préconiser les recommandations pour un parcours optimisé de suivi. S’agissant de la prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire (HBOC), des critères ont été retenus pour proposer un test génétique constitutionnel (www.ecancer.fr). La recherche de mutation sur les gènes BRCA1/2 aboutit à l’identification d’une mutation délétère causale dans moins de 10% des cas. Les progrès du séquençage à haut débit permettent de rechercher des mutations sur plusieurs gènes susceptibles d’intervenir dans le syndrome HBOC. Les résultats originaux ont été analysés, afin d’évaluer l’impact de ces nouveaux gènes.

Méthodologie : l’ensemble des données des études originales publiées jusqu’en juillet 2017, portant sur les tests constitutionnels en panel multigènes dans les familles HBOC ont été rassemblées et analysées, en tenant compte du gène testé et de la méthodologie mise en oeuvre. Dans une minorité de cas, des études de co-ségrégation et/ou calculs de risque ont été réalisés.

Résultats : parmi les 121945 personnes testées, 9716  mutations délétères ont été identifiées soit 8% au total et sur chacun des gènes suivants : BRCA1 (2489 ; 2%), BRCA2 (2093 ; 1,7%), ATM (968 ; 0,8%), CHEK2 (2574 ; 2,1%), PALB2 (916 ; 0,7%) ; avec une fréquence moindre pour : APC (25 ; 0,02%), BARD1 (200 ; 0,16%), BRIP1 (289 ; 0,24%), CDH1 (69 ; 0,05%), NF1 (61 ; 0,05%), PTEN (85 ; 0,07%), RAD50 (111 ; 0,09%), RAD51C (145 ; 0,12%), RAD51D (63 ; 0,05%), TP53 (240 ; 0,2%) ; les gènes MMR (Lynch Sd) sont régulièrement retrouvés : MLH1 (99 ; 0,085%), MSH2 (113 ; 0,09%), MSH6 (195 ; 0,17%), PMS2 (186 ; 0,16%). En dehors de BRCA1/2, un sur-risque de cancer du sein est démontré pour le gène PALB2, avec un niveau comparable à BRCA2. Chez les cas index de familles HBOC, la fréquence des mutations retrouvées est de 8,5% (511/5966) ; et de 6,3% (279/4393) dans la sous-population déjà négative pour les gènes BRCA.

Perspectives : les données rassemblées représentent un panorama des mutations délétères identifiées sur un large effectif, supérieur à 100000 personnes, cependant hétérogènes. La première conclusion concerne la fréquence des mutations qui n’est pas sensiblement différente, selon que l’on prenne ou pas l’histoire familiale en considération. Cette observation est susceptible d’avoir un impact sur l’indication des tests génétiques constitutionnels chez les personnes affectées par un cancer du sein. Cette analyse a constitué un préalable aux recommandations du Groupe Génétique et Cancers, rapportées par Moretta-Serra et al (ibid). Au fur et à mesure des progrès de nos connaissances (projet TUMOSPEC), les dispositions de prise en charge seront modulées selon le gène muté. Enfin, selon les recommandations de la HAS 2014, en l’absence de mutation identifiée, le risque de cancer du sein est évalué sur la base de l’histoire familiale, qui prévaut.


Rabia BENKORTEBI, Caroline DUROS, Odile COHEN-HAGUENAUER (PARIS)
00:00 - 00:00 #13390 - P268 Dépistage sanguin des marqueurs moléculaires compagnons par séquençage ciblé haut débit pour l’amélioration de la prise en charge et du suivi du CBPNC avancé, une analyse retrospective.
P268 Dépistage sanguin des marqueurs moléculaires compagnons par séquençage ciblé haut débit pour l’amélioration de la prise en charge et du suivi du CBPNC avancé, une analyse retrospective.

Le cancer du poumon non à petites cellules (CBPNC) est devenu la principale cause de décès lié au cancer dans les pays occidentaux. L’analyse moléculaire de ces cancers, nous permet aujourd’hui de mieux les prendre en charge. Ainsi, pour 10 à 15% des patients porteurs d’une mutation du gène EGFR, des inhibiteurs de 1ere, 2eme et 3eme génération ciblant le domaine tyrosine kinase de l'EGFR (EGFR-TKI) sont maintenant disponibles. La survie sans progression est alors augmentée à 12 mois et la survie globale atteint 24 à 27 mois. Malgré une réponse initiale au traitement par EGFR-TKI, l'efficacité clinique de ces inhibiteurs de l'EGFR est de courte durée en raison d’une résistance secondaire acquise. Environ 60% des cas de résistance acquise aux EGFR-TKI de 1ere et 2eme génération, résulte de l'apparition de modifications secondaires et en particulier de l’acquisition d'une seconde mutation, la mutation T790M sur le gène EGFR. Un des mécanismes de résistance aux EGFR-TKI de 3eme génération, est l’acquisition d’une troisième mutation, la mutation C797S. Ces avancées nécessitent d’adapter le schéma thérapeutique à l’évolution moléculaire de la tumeur. Mais ce suivi implique la disponibilité d’échantillons tumoraux tout au long de la prise en charge du patient et n’est possible que si l’état du patient le permet. Actuellement, les prélèvements tumoraux utilisés pour le diagnostic moléculaire sont obtenus de façon invasive, engendrant un risque de complications non négligeable telles que saignement, pneumothorax et douleur. Dans ce contexte, proposer des alternatives non-invasives pour le suivi moléculaire des patients devient donc incontournable. Afin d'améliorer les stratégies thérapeutiques des EGFR-TKI et de permettre la surveillance moléculaire longitudinale des CBPNC, nous avons développé une stratégie de séquençage haut débit (NGS) basée sur l'amplification et adapté pour l’analyse moléculaire des biopsies solides mais également des biopsies liquides. Un panel custom de 150 amplicons couvrant 20kb de séquence et couvrant les régions de 30 gènes impliqués dans l’oncogenèse et les mécanismes de résistances aux thérapies ciblées, a été développé par le laboratoire. Afin d’évaluer la performance de notre test, nous avons réalisé une analyse moléculaire comparative des biopsies solides et des biopsies liquides au diagnostic initial de la maladie et un suivi sur biopsies liquides sur plusieurs prélèvements. Nous avons observé une très bonne concordance entre la biopsie solide et la biopsie liquide (sensibilité : 0,93, spécificité : 1) et nous avons pu évaluer la valeur pronostique de la quantité d’ADN circulant extraite à partir des biopsies liquides et l’évolution de la maladie. Le test mis en place au laboratoire permet aujourd’hui une analyse moléculaire non-invasive pour nos patients et adapté à l’évolution moléculaire de la tumeur, le NGS permettant d’analyser en parallèle plusieurs mécanismes de résistance sur le même échantillon.


Alexandra LESPAGNOL (Rennes), Amyra ALIOUAT, Florent DENOUAL, Diane DUROUX, Guillaume BOUZILLE, Helena GOURDET, Frederique GUENOT, Gaelle MORON, Solenne DAUBRESSE, Sylvie HUET, Valérie LEROUGE, Nathalie LOINSARD, Melanie PRIGENT, Ange-Marie ROBERT, Karen ROUSSEAU, Agnes GAZZOLA, Jean MOSSER, Romain CORRE, Hervé LENA, Marie DE TAYRAC
00:00 - 00:00 #13391 - P269 Les mélanomes chez le chien comme modèles spontanés pour la génétique et la thérapie des mélanomes humains non UV-dépendants.
P269 Les mélanomes chez le chien comme modèles spontanés pour la génétique et la thérapie des mélanomes humains non UV-dépendants.

Le chien développe spontanément des mélanomes buccaux, cutanés, unguéaux et oculaires, avec de fortes spécificités raciales, et constitue un modèle naturel qui permet d’explorer les bases génétiques et d’envisager des essais cliniques chez le chien, pour la médecine humaine et vétérinaire. Une première analyse épidémiologique de 2350 tumeurs mélanocytaires canines a permis de définir les correspondances histologiques entre les sous-types de mélanomes chez le chien et l’homme et d’identifier des premières mutations somatiques dans les mélanomes muqueux (Gillard et al. 2014). Plus récemment, nous avons analysé 402 cas de mélanomes canins (avec 3 ans de suivi) sur les plans épidémiologique et histopathologique en regard de leur survie, proposant ainsi une valeur pronostique et une grille de lecture d’histopathologie comparable à celle utilisée chez l’Homme. Des analyses par séquençage de 70 exomes de mélanomes muqueux appariés (tumeur/sang) et de 10 CGH de mélanomes cutanés, muqueux et uvéal ont été réalisés sur 3 races les plus à risque pour les mélanomes muqueux et cutanés. Ce travail a permis de montrer, par le séquençage d’exome de 70 cas de mélanomes muqueux, une signature mutationnelle non UV dépendante, un taux global de mutations équivalent à l’Homme et une cinquantaine de gènes mutés. Parmi ces gènes, on trouve des gènes suppresseurs de tumeur, comme TP53 et PTEN, et des oncogènes comme NRAS, ainsi que de nouveaux gènes candidats. Nous identifions les mêmes hot spots de mutations que chez l’Homme pour NRAS et des mutations mutuellement exclusives des gènes NRAS, NF1, TP53 qui permettent de proposer une classification moléculaire, à l’instar de celle proposée chez l’Homme. Nous n’avons pas mis en évidence de mutation de BRAF, ce qui est en accord avec le caractère non lié aux UV des mélanomes buccaux canins. En complément, des analyses CGH d’une partie des échantillons ont permis d’identifier des altérations chromosomiques importantes sur les chromosomes 30 et 10 canins (gains, pertes), pointant des gènes connus pour être impliqués dans les mélanomes humains. Nous avons mené en parallèle une étude spécifique sur les mélanomes uvéaux et avons collecté en rétrospectif et prospectif 100 cas en FFPE ainsi que 20 cas en RNAlater et sang ; et 7 cas ont pu être mis en culture. Nous avons dans un premier temps réalisé aune analyse comparative Homme-chien de ces mélanomes sur les plans clinique, épidémiologique et histologique. 7 cas pour lesquels nous disposons du sang, de tumeur et de la lignée cellulaire sont en cours de séquençage (exome). Ces résultats obtenus, ou en cours, permettent d’identifier des cibles thérapeutiques pour les 3 types de mélanomes muqueux, cutanés et uvéaux, ciblant des voies oncogéniques pertinentes chez l’Homme afin de cribler ou tester de nouvelles molécules in vitro dans les lignées cellulaires et in vivo, lors d’essais cliniques «First in dogs» chez le chien, pour un bénéfice mutuel en médecine humaine et vétérinaire.


Aline PRIMOT, Christophe HITTE, Edouard CADIEU, Clotilde DE BRITO, Jessica ALFOLDI, Jérôme ABADIE, Marc GILLARD, Béatrice VERGIER, Thomas DERRIEN, Patrick DEVAUCHELLE, Benoit HEDAN, Frédérique DEGORCE-RUBIALES, Laëtitia LAGOUTTE, Marie-Annick LAGADIC, Elodie BOUREAUX, Jegou JEAN-PIERRE, Nadine BOTHEREL, Marie-Dominique GALIBERT, Kerstin LINDBLAD-TOH, Catherine ANDRÉ (Rennes)
00:00 - 00:00 #13398 - P270 Biomarqueurs théranostiques en oncologie : place des tests in vitro dans l’évaluation des variants somatiques identifiés au voisinage de l’exon 14 du proto-oncogène MET chez des patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules.
P270 Biomarqueurs théranostiques en oncologie : place des tests in vitro dans l’évaluation des variants somatiques identifiés au voisinage de l’exon 14 du proto-oncogène MET chez des patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules.

Introduction : Des variations génétiques susceptibles de provoquer l’exclusion de l’exon 14 de l’ARNm du gène MET sont rapportées dans les tissus tumoraux de 3 à 6% des patients diagnostiqués avec un cancer du poumon non à petites cellules. La perte de l’exon 14 provoque la production d’une forme plus stable du récepteur membranaire MET. Cet isoforme exerce une fonction majeure dans les processus de prolifération tumoral, d’invasion et d’angiogenèse. Il fait l’objet d’une thérapie ciblée qui repose sur l’utilisation de molécules inhibitrices de l’activité tyrosine kinase. En France, le crizotinib est actuellement proposé dans le cadre du programme AcSé (Accès Sécurisé à des thérapies ciblées innovantes) porté par l'INCa et l'ANSM. L’inclusion des patients qui présentent un variant dont le caractère activateur ou la sensibilité au crizotinib ne sont pas clairement établis dépend d’analyses in silico. Les algorithmes employés permettent une évaluation relativement fiable des variants situés à l’intérieur des sites accepteurs et donneurs d’épissage. L’interprétation est plus difficile, voire impossible, pour des variants localisés en dehors des sites consensus.

 

Objectif : Nous avons posé la question de la fiabilité des prédictions informatiques face à l’utilisation de deux tests in vitro : RT-PCR fluorescente à partir des ARNm extraits de tissus tumoraux inclus en paraffine et/ou mini-gène.  

 

Résultats : Notre évaluation a porté sur 5 variants de la jonction intron 13/exon 14, 5 de la jonction exon 14/intron 14 et trois délétions de l’intron 13 (intervalle : c.2942-46_2942-16). Sur 10 tissus tumoraux disponibles, 8 ont permis d’extraire suffisamment d’ARN pour permettre la détection de fragments de PCR allants jusqu’à 215 bp (exon 14 inclus ; 71 bp en cas d’exclusion). Le mini-gène a permis de confirmer l’exclusion de l’exon 14 de MET dans tous les cas. Le résultat était conforme aux observations réalisées à partir de biopsies pour les 5 variants pour lesquels une évaluation était possible avec les deux techniques. Ces 5 variants étaient tous localisés aux jonctions intron/exon. Le mini-gène a permis de vérifier l’impact des trois délétions de l’intron 13. Les effets de ces trois délétions ne pouvaient être déterminés in silico (en dehors d’une hypothétique évaluation des points de branchement) car elles étaient toutes localisées en dehors de la séquence du site accepteur d’épissage de l’intron 13 (délimité par les positions c.2942-12 et c.2944).

Conclusions : Nous confirmons l’effet fonctionnel des 13 variants testés. Nous montrons cependant que le recours à des analyses in vitro à partir des tissus tumoraux de patients atteints d’un cancer du poumon et, le cas échéant, à partir d’un mini-gène est envisageable et qu’il peut s’inscrire dans un délai compatible avec une prise de décision thérapeutique (15 jours). Ces tests in vitro devraient plus particulièrement s’imposer pour l’analyse des nombreuses délétions décrites dans l’intron 13 de MET.


Gerald LE GAC (BREST), Sandrine AUTRET, Chandran KA, Isabelle GOURLAOUEN, Odile RAGUENES, Brigitte FERCOT, Pierre ALEMANY, Isabelle QUINTIN-ROUE, Paul GUEGUEN, Claude FEREC
00:00 - 00:00 #13400 - P271 Caractérisation génétique des lymphomes canins et intérêt pour la thérapie ciblée des lymphomes humains.
P271 Caractérisation génétique des lymphomes canins et intérêt pour la thérapie ciblée des lymphomes humains.

Les lymphomes sont parmi les cancers les plus fréquents chez l’homme et le chien et présentent dans ces 2 espèces de fortes homologies cliniques, histologiques et de réponses aux traitements. L’objectif de notre étude est de déterminer les bases génétiques de ces cancers spontanés chez le chien afin de transposer en médecine humaine les connaissances acquises chez le chien.

Nous avons découvert des altérations somatiques communes à l’homme et au chien, dont des mutations et des translocations chromosomiques impliquées dans la lymphomagenèse chez l'homme. En effet, grâce à la Biobanque Nationale Cani-DNA, crée au laboratoire (dog-genetics.genouest.org) et par différentes approches NGS (RNA-Seq et séquençage ciblé) réalisées chez 28 chiens atteints de lymphomes, nous avons identifié 246 variations du nombre de copies (CNV) et 24 mutations somatiques, parmi lesquelles TP53, POT1 et PTEN. Ces résultats ont mis en évidence des mutations majeures (62%) partagées entre les lymphomes de l’homme et du chien. De plus, nous avons identifié et caractérisé des fusions de gènes entre des gènes d’immunoglobulines et de cyclines D. Nous montrons que ces fusions impliquent les mêmes gènes, les mêmes points de cassure et ont les mêmes conséquences sur la surexpression des cyclines D que chez l’homme. Ces évènements étant associés chez l’homme à des lymphomes agressifs ou résistants aux traitements, ces modèles de  chiens spontanément atteints représentent un intérêt majeur pour envisager le criblage et le développement de nouvelles thérapies ciblées en amont de l’homme. Pour se faire, nous avons mis en place des cultures primaires de lymphomes canins et des lignées caractérisées par NGS pour réaliser des essais de molécules in vitro. Nous avons exploré l'effet des inhibiteurs de cycline D et avons montré une excellente concordance entre la sensibilité au médicament et l'état de réarrangement de l'IG-cycline D des lignées cellulaires analysées.

Cette étape préliminaire permet d’envisager des essais cliniques vétérinaires avec des chiens de propriétaire, atteints de lymphomes. Cette démarche s’intègre dans le concept « One Health » dont l’objectif est de faire bénéficier ces recherches à la médecine humaine et vétérinaire.


Ronan ULVÉ, Valentin WUCHER, Mélanie RAULT, Mathieu BAHIN, Laëtitia LAGOUTTE, Jérôme ABADIE, Frédérique NGUYEN, Clotilde DE BRITO, Nadine BOTHEREL, Edouard CADIEU, Catherine THIEBLEMONT, Christophe HITTE, Laurence CORNEVIN, Florian CABILLIC, Thierry GUILLAUDEUX, Arnaud LE GOFF, Thomas DERRIEN, Benoit HEDAN (Rennes), Catherine ANDRÉ
00:00 - 00:00 #13404 - P272 Modèle spontané de sarcome histiocytaire chez le chien: mise en évidence de mutations somatiques, cible thérapeutique pour les sarcomes histiocytaires humains.
P272 Modèle spontané de sarcome histiocytaire chez le chien: mise en évidence de mutations somatiques, cible thérapeutique pour les sarcomes histiocytaires humains.

Avec plus de 400 races de chiens sélectionnées par l'Homme, l’espèce canine offre autant d’isolats génétiques dans lesquels ségrégent, avec de fortes fréquences, des maladies spécifiques pour la plupart homologues aux maladies humaines.

Le Chien développant les mêmes cancers que l’Homme, avec des prédispositions raciales étonnantes et vivant dans le même environnement, constitue un modèle naturel exceptionnel pour étudier ces cancers sur les plans moléculaire et thérapeutique. Ainsi, le bouvier bernois, avec sa forte prédisposition pour le sarcome histiocytaire (Abadie, Hédan et al. 2009), est un modèle de choix pour identifier les mécanismes génétiques et tester des médicaments pour ce cancer rare chez l’Homme et de ce fait peu étudié. Nous avons collecté 2200 prélèvements de sang et 900 prélèvements de tissus ainsi que les informations généalogiques de Bouviers Bernois atteints grâce à la Biobanque Nationale Cani-DNA, crée au laboratoire (dog-genetics.genouest.org).

En parallèle de la recherche de locus de prédisposition au sarcome histiocytaire, l’analyse du transcriptome par RNAseq a permis d’identifier des mutations somatiques récurrentes et exclusives, dans plusieurs gènes de la voie des MAPkinases. Nous avons montré que l’un de ces gènes présente des mutations somatiques dans 50% des chiens atteints (analyse sur 100 chiens atteints), aux mêmes hotspots de mutation que ceux répertoriés dans des cancers hématopoïétiques humains et nous avons démontré le caractère activateur de ces mutations. Pour en explorer l’implication fonctionnelle et tester des médicaments ciblant la voie oncogénique, nous avons développé 8 lignées de SH canines. Ces lignées, toutes mutées pour ce gène présentent bien une surexpression de la voie RAS, et ont donc été utilisées pour tester des molécules inhibitrices de la voie MAPkinase, utilisées en oncologie humaine.

Grâce au registre national des histiocytoses, nous avons pu rechercher ces mutations somatiques dans 24 cas humains et identifier 4 patients présentant une mutation orthologue à celle observée dans le sarcome histiocytaire canin. Ces résultats permettent de transposer les données canines à la médecine humaine et, nous l’espérons, de proposer des essais thérapeutiques chez des chiens atteints de sarcomes histiocytaires en amont d’essais chez les patients, pour sélectionner la thérapie la plus adaptée pour ce cancer rare mais agressif, ceci au bénéfice de la médecine humaine et vétérinaire.


Benoit HEDAN (Rennes), Mélanie RAULT, Ronan ULVÉ, Edouard CADIEU, Clotilde DE BRITO, Anne-Sophie GUILLORY, Jean-François EMILE, Patrick DEVAUCHELLE, Jérôme ABADIE, Olivier ALBARIC, Laëtitia LAGOUTTE, Nadine BOTHEREL, Thomas DERRIEN, Christophe HITTE, Laura BACHELOT, David GILLOT, Jean DONADIEU, Catherine ANDRÉ
00:00 - 00:00 #13407 - P273 Apport du NGS à l’analyse moléculaire des tumeurs endocrines et rénales.
P273 Apport du NGS à l’analyse moléculaire des tumeurs endocrines et rénales.

Objectif: le nombre de gènes de prédisposition aux tumeurs endocrines et aux tumeurs rénales est en constante augmentation avec un over lap des gènes impliqués entre ces différentes pathologies. Avec l’apport du NGS (Next generation Sequencing) nous avons donc souhaité développer un panel commun pour l’analyse génétique constitutionnelle des tumeurs rénales, des néoplasies endocriniennes multiples et des paragangliomes.

Méthodes: nous avons designé les séquences cibles concernant toutes les régions exoniques et les régions introniques adjacentes de 33 gènes impliqués dans ces différentes pathologies avec le logiciel Sure design (Agilent technologies). En ce qui concerne le cancer du rein nous avons choisi 5 gènes définis par le groupe PREDIR comme des gènes à utiliser pour le diagnostic et 15 gènes dits « de recherche » pour évaluer la fréquence de leur implication. Nous avons utilisé le procédé d’enrichissement SureSelectQXT for Illumina Multiplexed et utilisé un séquenceur NextSeq 500. Nous avons analysé nos données à l’aide de deux logiciels NextGENe (SoftGenetics) et Papillyon développé par l’institution. Nous avons d’abord testé notre méthode en analysant 35 ADN porteurs de variants déjà identifiés puis analysés 339 patients: 60 pour un paragangliome, 9 pour une NEM2, 128 pour une suspicion de NEM1, et 142 pour une prédisposition au cancer du rein. Les variants retrouvés ont été vérifiés par séquençage Sanger. Nous avons systématiquement recherché des grands réarrangements des gènes MEN1, CDC73, AIP, CDKN1B, VHL, SDHB, SDHC et SDHD par MLPA.

Résultats: tous les 35 variants connus ont bien été reconnus par cette nouvelle technique, y compris 6 grands réarrangements. Nous avons pu identifier 50 patients présentant un variant de classe 3 à 5 dans les gènes analysés: 12 variants chez des patients avec un paragangliome, 21 variants chez les patients avec une tumeur endocrine et 17 chez les patients suspects d’une prédisposition au cancer du rein dont 8 dans les gènes « diagnostic » et 9 dans des gènes « de recherche ». A noter que trois patients sont porteurs d’un réarrangement détecté par NGS et MLPA.

Conclusions: le NGS s’avère être une méthode sensible et rapide pour le diagnostic génétique des tumeurs endocrines et rénales, que ce soit pour la détection de mutation ponctuelle ou de grand réarrangement. Il nous a permis d’intégrer facilement l’analyse de nouveaux gènes, de mutualiser les analyses, de rendre un résultat d’emblée plus complet pour ces pathologies et après une année de mise au point de commencer à diminuer nos délais de rendu. La poursuite du travail sur le cancer du rein devrait nous amenez à préciser les indications d’analyse.

L’interprétation des nombreux variants identifiés reste un problème majeur, nécessitant des travaux collaboratifs entre laboratoires et cliniciens et le développement d’outils d’étude fonctionnelle.


Sophie GIRAUD (BORDEAUX), Céline AUBOIROUX, Béatrice CHAMBE, Stéphanie DUPASQUIER, Caroline ABADIE, Laurence FAIVRE-OLIVIER, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Sophie LEJEUNE, Stéphane RICHARD, Claire BARDEL-DANJEAN, Alain CALENDER
00:00 - 00:00 #13409 - P274 Etude prospective de l'incidence du cancer du sein et de l'ovaire chez les femmes porteuses de mutations des gènes BRCA1 ou BRCA2 en Auvergne.
P274 Etude prospective de l'incidence du cancer du sein et de l'ovaire chez les femmes porteuses de mutations des gènes BRCA1 ou BRCA2 en Auvergne.

Introduction  

L’optimisation de la mise en place de mesures préventives chez des femmes porteuses d’une mutation du gène BRCA1 ou BRCA2 au sein d’une population, nécessite une estimation précise du risque de survenue d’un cancer du sein ou de l’ovaire dans cette population.

 

Objectif

Le but de ce travail était d’estimer le risque de cancer du sein et de l’ovaire chez des femmes porteuses de mutations BRCA1 ou BRCA2 en Auvergne, sur une cohorte prospective.

 

Matériel et Méthodes

Sur la période 1988-2015, les femmes porteuses de mutation BRCA1/2 indemnes de cancer du sein ou de l’ovaire au moment de leur diagnostic génétique au Centre Jean-Perrin à Clermont-Ferrand ont été suivies. Les cas incidents de cancer du sein et de l’ovaire ont été recensés. Les risques cumulés à 80 ans de cancer du sein et de l’ovaire ont été estimés par l’analyse de survie. La prise en compte des antécédents familiaux a été menée avec le package Coxme.

 

Résultats

Respectivement pour BRCA1 et BRCA2, 124 et 94 femmes porteuses d’une mutation BRCA1 et BRCA2 de 83 et 63 familles, d’âge médian de 33 et 36 ans ont été suivies pour un total de 1042 et 804 personnes-années. Le risque cumulé de cancer du sein à 80 ans a été estimé à 0,58 (IC95% = [0,35 – 0,73]) pour les porteuses d’une mutation BRCA1 et à 0,38 (IC95% = [0,15 – 0,55]) pour les porteuses d’une mutation BRCA2. Pour le cancer de l’ovaire, le risque cumulé à 80 ans a été estimé à 0,16 (IC95% = [0 – 0,32]) pour BRCA1 et à 0,08 (IC95% = [0 – 0,23]) pour BRCA2. Les antécédents familiaux de cancer du sein on montré un accroissement de 22% et 6% par cas de cancer familial, non significatif.

 

Discussion et Conclusion

Ces résultats d’une étude prospective précisent les risques des femmes porteuses de mutations BRCA1 ou BRCA2 en Auvergne au cours de la période 1988-2015. Ces chiffres sont inférieurs à ceux obtenus dans une grande étude internationale publiée récemment, étudiant 17 à 18 fois plus de femmes, sans différence significative entre les pays, la France étant représentée avec des effectifs 6 à 8 fois supérieurs (Kuchenbaecker et al, JAMA 2017, 317 :2402-16). Respectivement pour BRCA1 et BRCA2, le risque de cancer du sein à 80 ans était de 0,72 et 0,69 ; le risque de cancer de l’ovaire à 80 ans était de 0,44 et 0,17. Les intervalles de confiance de ces risques étaient disjoints avec ceux de notre étude pour le cancer du sein / BRCA2 et le cancer de l’ovaire / BRCA1, suggérant que l’environnement et/ou le fond génétique en Auvergne puissent être protecteurs, sous réserve de l’absence de biais. La présence d’au moins 2 apparentées atteintes de cancer du sein dans les 2 premiers degrés de parenté, versus l’absence, était significativement associée à une augmentation du risque dans Kuchenbaecker et al.


Hadrien ROMIGUIER, Nancy UHRHAMMER, Mathilde GAY-BELLILE, Jérôme FAYOLLE, Yves-Jean BIGNON, François CORNÉLIS (CLERMONT FERRAND), Lemlih OUCHCHANE
00:00 - 00:00 #13413 - P275 Mutation constitutionnelle brésilienne du gène TP53 : données d’une famille française.
P275 Mutation constitutionnelle brésilienne du gène TP53 : données d’une famille française.

En 2014, la petite L, âgée de 7 mois, a présenté un corticosurrénalome sécrétant. Dans ses antécédents familiaux, sa grand-mère maternelle a développé un sarcome de la cuisse à 49 ans et un cancer du sein (CCI grade II RH+) à 50 ans. Un frère de cette grand-mère a développé un cancer de l’estomac à 38 ans.

En parallèle du traitement chirurgical par surrénalectomie droite, une analyse génétique sur le gène TP53 a identifié une mutation délétère (c.1010G > A, P.Arg337His). Cette mutation est rapportée principalement au sud du Brésil, où sa fréquence est de 0.3%. Sa pénétrance est moyenne et ses effets modérés.

Par la suite, en 2015, un des petits cousins maternels de L, descendant de son grand-oncle ayant présenté un cancer de l’estomac précoce, a développé un carcinome des plexus choroïdes à 5 ans. L’information familiale avait été tansmise sans que d’analyse ait été réalisée chez lui.

A ce jour, dans cette famille, 13 analyses ont été effectuées. 5 personnes de 4, 7, 25, 28 et 30 ans sont porteuses indemnes. 2 personnes sont porteuses obligatoires sans confirmation moléculaire et ont développé un cancer du sein et un sarcome pour l’une et un cancer de l’estomac à 38 ans pour l’autre.

Il a été mis en place une surveillance renforcée avec IRM mammaire pour les femmes porteuses et la possibilité de mastectomie considérée. Pour les enfants, une surveillance par échographie abdominale et bilans biologique et urinaire est recommandée pour la surveillance des corticosurrénales.

Cette mutation du gène TP53 explique l’histoire familiale de cancer pédiatrique et leur histologie.

Le corticosurrénalome, première tumeur décrite associée à cette mutation, le sarcome des tissus mous, la tumeur des plexus choroïde et le cancer du sein sont retrouvés fréquemment dans le spectre du syndrome de Li Fraumeni. En revanche, le cancer l’estomac est peu représenté. Dans la littérature, 1 seul cas de cancer de l’estomac lié à cette mutation est connu : 1 garçon de 12 ans au Brésil. Il n’y a pas de lien établi entre la présence de cette mutation et le risque de cancer à ce niveau.

La pénétrance par génération dans cette famille est très hétérogène : les 3 personnes porteuses de la génération des parents de L. sont asymptomatiques alors qu’à la génération précédente, au moins 2 personnes porteuses étaient symptomatiques.

En 2015, il n’y avait que 2 familles non brésiliennes pour lesquelles cette mutation a été rapportée: une famille française d’origine portugaise où le cas index était une petite fille de 8 ans et une famille allemande où le cas index était une femme de 71 ans. Toutes les 2 avaient développé un corticosurrénalome.

Au vu de cette histoire familiale particulière, avec une génération trentenaire qui compte plusieurs personnes porteuses indemnes et dans la mesure où la pénétrance parait faible mais avec un spectre élargi, nous aborderons la question du conseil génétique et des recommandations de surveillance.


Céline HEUDE (Caen), Thierry FREBOURG, Gaëlle BOUGEARD DENOYELLE, Stéphanie BAERT DESURMONT, Florence POLYCARPE, Fanny COHEN, Zoe NEVIERE, Pascaline BERTHET
00:00 - 00:00 #13414 - P276 Détection des anomalies chromosomiques de structure en faible mosaïque par l’utilisation des puces SNP et de la fréquence allélique.
P276 Détection des anomalies chromosomiques de structure en faible mosaïque par l’utilisation des puces SNP et de la fréquence allélique.

L'avènement d'outils génomiques à haute résolution, tels que les puces de polymorphisme à un seul nucléotide (SNP array), a surmonté de nombreuses limites des techniques cytogénétiques traditionnelles, permettant d’identifier simultanément la variation du nombre de copies (CNV), le polymorphisme à un seul nucléotide (SNP), le génotypage, les régions d’homozygotie ainsi que la détection de petits réarrangements affectant un faible pourcentage de cellules.

Ces techniques utilisent le log R ratio (LRR) qui correspond à l’intensité du signal par rapport à la référence interne et la fréquence allélique qui correspond à la fréquence de l’allèle A et de l’allèle B pour chaque sonde, dont on peut déduire le génotype SNP. En cas de mosaïcisme à faible taux (délétion ou duplication), l’interprétation du log R Ratio seul (LRR) est insuffisante car sa valeur est proche de 0 comparée aux délétions ou aux duplications homogènes. Dans ce cas, les mosaïques peuvent être mises en évidence notamment par l'évaluation des valeurs de fréquence allélique intermédiaires.

Nous rapportons 6 cas de mosaïques à faible taux (≤10%) afin d’illustrer l’intérêt de la fréquence allélique dans la détection d’une anomalie de structure chromosomique non homogène. Les résultats obtenus ont tous été vérifiés par une analyse FISH (Hybridation In situ par Fluorescence).

Ces résultats montrent l’intérêt de la différence allélique en SNParray pour détecter des mosaïques à faible taux difficilement identifiables avec le Log R Ratio (LRR).


Aïcha BOUGHALEM (Saint-Ouen), Laurence LOHMANN, Mylène VALDUGA, Pascale KLEINFINGER, Detlef TROST
00:00 - 00:00 #13424 - P277 Dépistage familiale d’une mutation constitutionnelle du gène SMARCA4.
P277 Dépistage familiale d’une mutation constitutionnelle du gène SMARCA4.

Les tumeurs de l’ovaire à petite cellule de type hypercalcémiant sont des cancers rares de haut grade. Ce sont les entités les plus fréquentes chez les jeunes femmes de moins de 40 ans. Récemment, il a été démontré que des mutations constitutionnelles du gène SMARCA4 étaient responsables d'un sur-risque de ce type de tumeur. Le spectre comprend également des tumeurs de type rhabdoïde, particulièrement au niveau pulmonaire. Peu de famille sont décrites et il n’existe pas à notre connaissance de description de prise en charge des apparentés porteurs sains.

Nous reportons ici l'expérience d'une famille au sein de laquelle un dépistage ciblé présymptomatique a pu être proposé. Le diagnostic de carcinome ovarien à petite cellule de type hypercalcémiant a été porté chez une femme au très jeune âge de 24 ans. L’analyse constitutionnelle du gène SMARCA4 a permis la mise en évidence d’une mutation délétère frameshift. Son unique sœur était indemne au moment du diagnostic. Il n’existait pas d’antécédent dans sa branche maternelle. Son père était décédé des suites d’un adénocarcinome de siège primitif inconnu très peu différencié avec la présence de deux lésions cutanées non documentées à l’époque. L’une des deux tantes paternelles du cas index était décédée à l’âge de 24 ans des suites d’une tumeur ovarienne étiquetée en 1991 de tumeur de la granulosa de type juvénile. Deux de ses quatre oncles paternels était suivi pour une tumeur bronchique dans un contexte tabagique.

Devant la suspicion de forme familiale, un dépistage ciblé pré symptomatique a été proposé à la sœur et la mère du cas index. La sœur âgée de 35 ans au moment du dépistage était indemne. Après plusieurs entretiens médicaux et psychologiques faisant état de la limite des connaissances actuelles et des possibilités de prise en charge, l’analyse ciblée de la mutation familiale a été réalisée. La patiente s’est révélée porteuse de la variation familiale. Cette dernière n’ayant pas d’enfant mais un projet parental établis, une prise en charge en aide la procréation lui a été proposée. Après discussion multidisciplinaire, une annexectomie prophylactique avec cryoconservation du parenchyme ovarien a été réalisée rendant possible une futur grossesse. Cette prise en charge a été validée devant la demande de la patiente, les difficultés anticipées d’un suivi ovarien et ceux malgré l’absence d’évaluation possible de la pénétrance de ce syndrome.

La mère n’était pas porteuse de la variation familiale et l’origine paternelle a été confirmée dans un second temps. Une consultation a été proposée à l’ensemble des apparentés dans leurs lieu de résidence respectif.


Philippe DENIZEAU (Rennes), Brivael GERY, Vanessa COLOMBERT, Louise CRIVELLI, Sylvie ODENT
00:00 - 00:00 #13428 - P278 Place de la cytogénétique et de la biologie moléculaire dans les troubles de la différenciation sexuelle.
P278 Place de la cytogénétique et de la biologie moléculaire dans les troubles de la différenciation sexuelle.

Place de la cytogénétique et de la biologie moléculaire dans les troubles de la différenciation sexuelle

TRHANINT S1, OTMANI I1, AHAKOUD M1,  KETTANI O1, MODY D. 1, SAYEL H.1, ABBASSI M.1, ABOURAZZAK S2,3, HIDA M2,3, OULDIM K.1,3, BOUGUENOUCH L.1,3

 

: Unité de Génétique Médicale et d'oncogénétique, Laboratoire centrale d'analyses Médicales, CHU Hassan II, Fès Maroc.

2 : Service de pédiatrie, hôpital Mère-Enfant, CHU Hassan II, Fès, Maroc.

3 : Faculté de Médecine et de Pharmacie Fès 

 

 

 

INTRODUCTION

Les troubles de la différenciation sexuelle sont à l’origine d’une discordance entre le sexe proprement dit (phénotypique) et le sexe génétique (génotypique) ce qui pose un problème de détermination du sexe.

Le but de ce travail, est de mettre en évidence la place de la cytogénétique et de la biologie moléculaire dans les troubles de différentiations sexuelle.

Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive menée au niveau du laboratoire de génétique médicale et d'oncogénétique durant une période comprise entre septembre 2009 et septembre 2017.

 

MATERIEL ET METHODES

75  patients porteurs de trouble de différentiation sexuelle ont été inclus dans ce travail.

Les préparations chromosomiques ont été obtenues à partir de la culture des lymphocytes sanguins selon la technique classique avec étalement sur des lames. Un caryotype constitutionnel métaphasique en Bandes R, et une FISH sur préparations chromosomiques ont été effectués. Une étude du gène SRY par PCR séquençage a été réalisée chez certains cas.

 

RESULTATS

L’âge moyen de diagnostic des troubles de différentiations sexuelles est 14,3 ans. Le retard staturopondéral est le signe le plus fréquent, il est retrouvé dans 32,25 % des cas. L'aménorrhée, la stérilité, la dysmorphie et le micropénis viennent en second plan. 72,58 % des cas étudiés présentent des troubles de différentiation sexuelle d’origine chromosomique dont le syndrome de Turner est le plus fréquent. On a pu déduire à travers notre étude que le résultat de la cytogénétique et de la biologie moléculaire ne peut être utile en absence de constatations cliniques, biologique et radiologiques bien illustrées, et que la recherche d'étiologie nécessite l'exploration d'autres gènes aussi importants que le gène du déterminisme sexuel

 

CONCLUSION
On conclut finalement, que la cytogénétique et la biologie moléculaire, aussi spécifique et fiable qu'elle soit, ne permettent pas de prendre en charge les troubles de différenciation sexuelle sans contribution des autres disciplines. Ainsi, une prise en charge multidisciplinaire est recommandée.

 

 

Mots-clés : Ambigüité sexuelle, différenciation sexuelle, cytogénétique, biologie moléculaire 


Said TRHANINT, Said TRHANINT (FES, Maroc)
00:00 - 00:00 #13430 - P279 L’apport de la consultation d’oncogénétique à travers le séquençage haut débit des gènes BRCA1 et BRCA2, A propos de neuf familles marocaines.
P279 L’apport de la consultation d’oncogénétique à travers le séquençage haut débit des gènes BRCA1 et BRCA2, A propos de neuf familles marocaines.

Le cancer du sein est le cancer plus fréquent chez les femmes, avec plus d'un million de nouveaux cas chaque année dans le monde. Au Maroc, le cancer touche environ 30000 personnes chaque année. Parmi les femmes atteintes du cancer, 34,7% ont un cancer du sein, ce qui représente environ 7.000 nouveaux cas de cancer du sein par an.

Ils s’agit d’une maladie très hétérogène, les patientes présentant les mêmes caractéristiques cliniques peuvent évoluer différemment, ce qui impose l’utilisation de nouveaux outils diagnostiques pour mieux prendre en charges les patientes à risques.

Cinq à 10% des cancers du sein sont dus à une prédisposition héréditaire. L'identification des gènes BRCA1 et  BRCA2, qui confèrent un risque élevé de développer un cancer du sein et/ou de l'ovaire, a permis une meilleure compréhension des formes familiales du cancer du sein.

La recherche des mutations au niveau de ces deux gènes, ainsi que d’autre gènes de prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire par les nouvelles techniques de séquençage haut débit offre l’avantage  d’améliorer  la prise en charge des personnes à risque et  de celles non porteuses des mutations.

Dans ce travail, nous rapportant l’expérience du Laboratoire National de Référence dans la mise en place de la consultation d’oncogénétique pour les patientes présentant un cancer du sein et/ou de l’ovaire. Pour ces patientes une analyse génétique par séquençage haut débit des gènesBRCA1 et BRCA2a été effectué  chez 9 cas familiaux du cancer de sein dont deux patientes non atteintes mais avec des antécédents familiaux. Parmi ces cas familiaux une patiente présente un cancer du sein et de l’ovaire pour laquelle en plus BRCA1 et BRCA1 panel, un séquençage du panel «Breast ovarain cancer panel» a été réaliser.

Chez 2 patientes, nous avons identifié deux mutations à l’état hétérozygote : c.798_799delTT p.(Ser267Lysfs*19) et c.4180del p.(Thr1394Leufs*11). Pour les autres patientes nous sommes en cours d’explorations un autre panel incluant les gènes suivants :  TP53, PTEN , STK11 , CDH1, ATM , CHEK2 , PALB2, NBN , BRIP1 , BARD1 etRAD51C), à la recherche de d’autres mutations délétères.

A travers ce travail nous mettons en valeur l’apport de la consultation d’oncogénétique dans la prise en charge et le conseil génétique du cancer du sein et/ou de l’ovaire dans la population marocaine 


Benrahma HOUDA, Benrahma HOUDA, Faiza CHBEL (paris, Maroc), Hasna HAMDAOUI, Hanane TERFOUS, Karim OULDIM, Hossein MOSSAFA
00:00 - 00:00 #13435 - P280 Léiomyomes utérins multiples et familiaux : à la recherche de nouveaux gènes de prédisposition ?
P280 Léiomyomes utérins multiples et familiaux : à la recherche de nouveaux gènes de prédisposition ?

Le fibrome utérin, également appelé léiomyome, est la tumeur bénigne de la femme en âge de procréer la plus fréquente. L’un des facteurs de risque connu est l’histoire familiale. Le syndrome de léiomyomatose avec cancer rénal (HLRCC), dû à des mutations dans le gène FH, associe des léiomyomes utérins multiples, des léiomyomes cutanés et une prédisposition au cancer rénal estimée à 10%.

A Nantes, au cours de consultations de génétique, 9 femmes présentant des fibromes multiples, précoces, sévères avec une histoire familiale associée ont été vues. La recherche de mutation dans le gène FH a été réalisée chez l’ensemble d’entre elles, et était positive chez une patiente. Une hétérogénéité génétique est donc probable. L’identification d’autres facteurs génétiques de prédisposition permettrait une meilleure compréhension de la génèse de ces fibromes utérins.


Jessica LE GALL (Paris), Bertrand ISIDOR, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS
00:00 - 00:00 #13438 - P281 Le syndrome délétion 1p36: 1ère observation marocaine.
P281 Le syndrome délétion 1p36: 1ère observation marocaine.

Introduction: Le syndrome de délétion 1p36 (OMIM : 607872) est une anomalie chromosomique caractérisée par une dysmorphie faciale caractéristique, un retard de croissance intra-utérin, une hypotonie, un retard de développement, un déficit intellectuel, une épilepsie, des malformations cardiaques et une détérioration de l'ouïe. C’est le syndrome délétionnel le plus répandu, avec une incidence de 1/5000 à 1/10000 naissances vivantes. Il est dû à une délétion hétérozygote partielle subtélomérique du bras court du chromosome 1, avec des points de rupture allant de 1p36.13 à 1p36.33. Environ 50% des cas sont dus à une délétion terminale de novo en 1p36, environ 29% à une délétion interstitielle, et le reste des cas à des réarrangements chromosomiques plus complexes.

Matériels et méthodes: Nous rapportons la première observation marocaine de délétion 1p36  adressée à la  consultation de génétique  médicale du CHU Mohammed VI de Marrakech pour un syndrome dysmorphique, des convulsions, un retard staturo-pondéral, une hypothyroidie et une hypotonie. Ce tableau clinique nous a fait évoqué une délétion 1p36. Par conséquent, une FISH locus spécifique Probe Set [LSI p58(1p36) Spectrum Orange /TelVysion 1p Spectrum Green  /LSI 1q25 Spectrum Aqua ]  a été réalisée.

Résultats:La FISH ciblée a confirmé la présence d’une microdélétion hétérozygote en 1p36: ish del (1) (p36p36) (p58-/tel 1p-)

Conclusion: A travers ce travail, nous soulignons le rôle du généticien  dans le diagnostic de la microdélétion 1p36 ainsi que la prise en charge clinique, et l’élaboration d’un conseil génétique adéquat. 


Kenza DAFIR, Fatimazzahra BOUZID, Maria MANSOURI, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13443 - P282 Syndrome d’Angelman héréditaire. A propos d'un cas.
P282 Syndrome d’Angelman héréditaire. A propos d'un cas.

Introduction

Syndrome d'Angelman(AS) est un trouble du développement neurologique caractérisé par un certain nombre de problèmes neurologiques, comprenant le retard de développement, les troubles du mouvement et des crises d’épilepsie. A la naissance les enfants atteints ont une apparence normale,on observe une hypotonie à partir de 6 mois suivis d’un retard du développement entre 6 mois et 2 ans . A partir de 1 an  la symptomatologie typique se développe. Les signes caractéristiques évoluent avec l'âge, avec l'épaississement des traits du visage et l'apparition d'une scoliose et de troubles locomoteurs. Les crises épileptiques persistent à l'âge adulte alors que l'hyperactivité, les troubles de l'attention et les problèmes de sommeil s'améliorent. On distingue plusieurs mécanismes génétiques à l’origine de la maladie  tels qu'une délétion de la région critique 15q11.2-q13 (60 à 75 % des cas), une disomie uni parentale paternelle (2 à 5 % des cas), un défaut d'empreinte (2 à 5 %) et une mutation du gène UBE3A (10 % des cas). Moins de 1% des cas avec le syndrome d'Angelman(SA) sont causés par des réarrangements chromosomiques.

Méthodologie

Nous rapportons ici l'observation d'un garçon âgé de 16 ans avec des signes cliniques en faveur du syndrome d’Angelman (épilepsie, retard psychomoteur, dysmorphie faciale, hypotonie, et trouble du langage) ; avec une sœur présentant la même symptomatologie.

Apres prélèvement sur tube héparine culture de 72 heures et préparation des cellules métaphasiques,nous avons procédé à l'hybridation in situ en utilisant la  sonde « Viysis praderwilli /Angelman region probe –LSI GABRB3 Spectrum orange/CEP 15(D15Z1) Spectrum green ».


Mody DIOP, Mody DIOP (CAYENNE)
00:00 - 00:00 #13444 - P283 Diagnostic des syndromes microdeletionnels au chu hassan II fès.
P283 Diagnostic des syndromes microdeletionnels au chu hassan II fès.

Introduction

Les syndromes microdélétionnels constituent un ensemble de pathologies caractérisées par une perte de matériel chromosomique inferieur à 5 Mb indétectable au caryotype standard décelable par cytogénétique moléculaire (FISH) ou une aneusomie segmentaire. De nos jours  plusieurs syndromes ont été décrits et  peuvent être confirmés aisément, les plus recherchés sont Le syndrome de Williams (microdélétion en 7q11.23), le syndrome de la délétion 22q11 (microdélétion en 22q11.2), le syndrome d’Angelman/Prader Willi (15)(q11q13),le syndrome de Smith Magenis del (17p11.2), et le Sd de Miller Dieker:del 17p13.3. Nous rapportons des  observations au CHU Hassan II confirmées par FISH :Syndrome de la délétion 22q11 (n:1) et un syndrome de Williams(n=3) ;le syndrome d’Angelman(n=1). Le but est la mise en valeur du rôle de la cytogénétique moléculaire dans le diagnostic et le conseil génétique des syndromes microdélétionnels.

Observation

Nous rapportons notre série de syndromes microdélétionnels confirmés par FISH : Syndrome de la délétion 22q11 (1cas) ,  syndrome de Williams(3 cas) ; et syndrome d’Angelman(1cas). Le but est la mise en valeur du rôle de la cytogénétique moléculaire dans le diagnostic et le conseil génétique de ces  syndromes.

Méthodologie

Les préparations chromosomiques sont obtenues à partir de la culture des lymphocytes sanguins selon la technique classique avec étalement sur des lames. Un caryotype constitutionnel métaphasique en Bandes R, à la recherche d’éventuelles translocations ;et une FISH sur préparations chromosomiques ont été effectués. Les sondes utilisées sont : « Viysis praderwilli /Angelman region probe –LSI GABRB3 Spectrum orange/CEP 15(D15Z1) Spectrum green », Vysis DiGeorge Region Probe- LSI TUPLE 1 SpectrumOrange 22q11.2 /LSI ARSA SpectrumGreen 22q13;  et Vysis Williams Region Probe - LSI ELN SpectrumOrange/LSI D7S486, D7S522 SpectrumGreen.

Résultats

Nous avons confirmé par FISH le diagnostic du Syndrome d’Angelman pour le proposant 1 par la mise en évidence de la délétion de la région critique 15q11.2-q13 ; le Syndrome de la délétion 22q11 pour le proposant 2(microdélétion hémizygote en position 22q11.2) et le  Syndrome de Williams pour les proposants 3 ;4 ;et 5( micro délétion chromosomique hémi zygote en position 7q11.23).

Conclusion

L´apparition des techniques de haute résolution chromosomique dans les années 1980 a permis de mettre en évidence des microremaniements dans des syndromes individualisés dans les années 60. Les insuffisances de ces techniques ont été comblées par la  cytogénétique moléculaire (FISH)  qui donne des résultats plus précis. Cette technique est capitale dans l’exploration des syndromes microdélétionnels ayant pour but la confirmation diagnostic, le conseil génétique et la prise en charge qui est le plus souvent multidisciplinaire. L’intérêt de ce travail est d’illustrer pour les praticiens le rôle de la cytogénétique moléculaire dans la prise en charge des syndromes microdélétionnels.


Mody DIOP (CAYENNE)
00:00 - 00:00 #13448 - P284 Ni un syndrome de Langer-Giedion, ni un syndrome de Cornelia de Lange : Un cas atypique de microdélétion 8q23.3q24.12.
P284 Ni un syndrome de Langer-Giedion, ni un syndrome de Cornelia de Lange : Un cas atypique de microdélétion 8q23.3q24.12.

Le syndrome de Langer-Giedion ou syndrome tricho-rhino-phalangien type 2 (TRPS2) est un syndrome rare, de transmission autosomique dominante. Ce syndrome associe une déficience intellectuelle et des exostoses à une petite taille, une microcéphalie et une dysmorphie faciale. Il est dû à une microdélétion de gènes contigus de taille variable, la région critique comporte notamment TRPS1 et EXT1 en 8q24.1-q24.13. Deardorff et al. (2012) a identifié une association critique entre le syndrome de Cornelia de Lange (CDLS) de type 4 et des remaniements au niveau de RAD21, également localisé au niveau du locus 8q24.11. Ces 2 syndromes partagent certaines particularités : certains patients atteints du TRPS2 avec des délétions emportant RAD21, mais pas TRPS1, présentent une dysmorphie faciale typique : sourcils épais, philtrum long et plat, lèvre supérieure fine. Les individus porteurs d’une délétion ou d’un variant pathogène à l’état hétérozygote dans RAD21 ont un phénotype ressemblant à celui de CDLS. Les conséquences phénotypiques de l’interruption de RAD21 semblent être sous-estimées chez ces patients mais très peu de cas sont décrits dans la littérature. Nous présentons ici le cas d’une fille porteuse d’une microdélétion de 1,8Mb emportant EXT1 et RAD21 mais pas TRPS1 avec un phénotype atypique. La grossesse, bien que gémellaire, et l’accouchement se sont déroulés sans particularité. Notre patiente s’est développée avec un retard de croissance staturo-pondéral post-natal, un retard psychomoteur modéré, une exostose cartilagineuse. De plus, elle présente des caractéristiques inhabituelles : une incisive centrale unique et une sténose des orifices pyriformes. Son phénotype ne correspond ni à TRPS2 ni à un CDLS de type 4. Nous discuterons le rôle de cette microdélétion interstitielle dans l’apparition du phénotype de notre patiente en confrontant les données de la littérature actuelle.


Morgane PLUTINO (Nice), Véronique DUBOC, Gaele PITELET, Stéphanie MANCEAU, Agnès ANGELOZZI, Fabienne GIULIANO, Houda KARMOUS-BENAILLY
00:00 - 00:00 #13469 - P285 La mutation JAK2V617F dans les syndromes myéloprolifératifs Philadelphie négatif : Première série du service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech.
P285 La mutation JAK2V617F dans les syndromes myéloprolifératifs Philadelphie négatif : Première série du service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech.

La mutation JAK2 V617F de l’exon 14 du gène JAK2  est une anomalie moléculaire ponctuelle du gène codant pour la protéine kinase JAK 2. Il s’agit de l’anomalie génétique la plus fréquente dans les syndromes myéloprolifératifs Philadelphie négatif (SMP Ph-), qui constituent un groupe de maladies caractérisées par une prolifération anormale des cellules de la lignée myéloïde. Ils regroupent la polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocytémie essentielle (TE) et la myélofibrose primitive (MFP).

Dans ce travail, nous rapportons les résultats de l’étude moléculaire par PCR  allèle spécifique (PCR-AS), chez 25 patients adressés au service de génétique  du CHU Mohammed VI de Marrakech pour une suspicion de SMP Ph-.

Dans notre travail nous avons détecté la mutation chez 13 patients (soit 52%), dont 7 (soit 53,8 %) sont atteints de la Polyglobulie de Vaquez, et 5 (soit 38,4%)  sont atteints de la Thrombocytémie Essentielle . Par ailleurs, la mutation a été détectée chez une patiente adressée pour SMP Ph-.

Le présent travail souligne l’intérêt de la recherche de JAK2 chez les malades atteints  de syndromes myéloprolifératifs Philadelphie négatifs


Meriem ELQABLI, Hassan AKALLAKH, Maria MANSOURI, Fatimazzahra BOUZID, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13470 - P286 Somatic mosaicism PIK3CA Mutation in a Patient with PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum.
P286 Somatic mosaicism PIK3CA Mutation in a Patient with PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum.

Abstract:

The phosphatidylinositol-3-kinase (PI3K)/AKT/mTOR signaling pathway plays an essential role in regulation of normal cell growth, metabolism, and survival. Somatic activating mutations in the PI3K/AKT/mTOR pathway are among the most common mutations identified in cancer, and have been shown to cause a spectrum of overgrowth syndromes including PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum, Proteus syndrome, and brain overgrowth conditions. Clinical findings in these disorders may be isolated or multiple, including sporadic or mosaic overgrowth (adipose, skeletal, muscle, brain, vascular, or lymphatic), and skin abnormalities (including epidermal nevi, hyper-, and hypopigmented lesions), and have the potential risk of tumorigenesis.

we report the case of a 15-month-old infant with left brain hemihypertrophy, macrodactyly, multiple-angioma type skin lesions, with cerebral MRI hemihypertrophy of the cerebral hemisphere and absence of pathological encephalic vascular lesions.The molecular diagnosis was carried out by the sequencing of  PIK3CA gene on lesional and leukocyte DNA.

The aim of this study is to update our clinical and genetic aspects  knowledge of PIK3CA-Related Overgrowth Spectrum. through this observation we illustrate the role of multidisciplinary treatment of the patients to avoid any secondary complications, some of which may be fatal.


Mohamed AHAKOUD (Fez, Maroc), Oussama KETTANI, Said TRHANINT, Ihsane EL OTMANI, Hanane SAYEL, Meriame ABBASSI, Mody DIOP, Hanane BAYBAY, Fatima Zahra MERNISSI, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13473 - P287 Prise en charge du Syndrome de Turner avec présence du gène SRY.
P287 Prise en charge du Syndrome de Turner avec présence du gène SRY.

Introduction:

Le syndrome de Turner (ST) est une maladie chromosomique liée à l'absence complète ou partielle d'un chromosome X. Sa prévalence est estimée à 1/5000 (soit 1/2500 naissances chez la fille). Le tableau clinique est très hétérogène et la dysmorphie souvent modérée, voire absente. Dans tous les cas, il existe un retard statural. Une insuffisance ovarienne à début variable en fonction de l'anomalie chromosomique est fréquente. Les autres pathologies (anomalies osseuses, lymphoedème, surdité, anomalies cardiovasculaires, thyroïdiennes et digestives) sont moins fréquentes nécessitant un dépistage lors du diagnostic, puis une surveillance à l'âge adulte.Le gène SRY est détecté dans 7 % des cas, ce qui expose au risque d’une néoplasie gonadique à long terme, imposant ainsi une prise en charge prudente.

Matériels et méthodes:

Nous rapportant une série de quatre patientes qui consultent pour un retard staturo-pondéral. chez qui un caryotype et une étude moléculaire par PCR a été réalisé.

Résultats:

L'étude cytogénétique (caryotype) a mis en évidence trois cas de syndrome de turner en mosaïque avec la formule chromosomique 45,X/46,XY. et un cas avec une translocation t(Y;13) en mosaïque dont la formule chromosomique est 45,X/45,X,t(Y,13). la présence du gène SRY a été confirmée par PCR chez toutes les patientes.

Discussion:

La recherche du gène SRY n’est pas systématique dans le Syndrome de Turner mais la hantise serait de le négliger et d’augmenter ainsi le risque de dégénérescence gonadique. Une analyse par HIS et par PCR est indiquée s’il y a des signes de virilisation ou une anomalie au caryotype. Une exploration cœlioscopique est nécessaire pour une gonadectomie prophylactique.


Mohamed AHAKOUD (Fez, Maroc), Hanane SAYEL, Meriame ABBASSI, Said TRHANINT, Ihsane EL OTMANI, Mody DIOP, Oussama KETTANI, Sana ABOURAZZAK, Moustapha HIDA, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13477 - P288 Le statut mutationnel du gène RAS dans le cancer du rectum.
P288 Le statut mutationnel du gène RAS dans le cancer du rectum.

Introduction :
La prise en charge actuelle du cancer du rectum localement avancé implique une excision mésorectale totale, qui peut être précédée d'une radiochimiothérapie néo-adjuvante. La réponse individuelle au traitement néoadjuvant est variable d’où la nécessité d’identifier des biomarqueurs de prédiction de la réponse thérapeutique. Le rôle de l'oncogène KRAS dans le cancer rectal reste équivoque.Matériel et méthodes : Il s’agit d’une étude rétro et prospective, intéressant 50 patients présentant un adénocarcinome rectal. L'ADN tumoral de chaque patient a été extrait a partir des coupes de biopsies avant traitement néoadjuvant. Objectif : L’objectif de cette étude  et de déterminer le statut mutationnel du  RAS du cancer rectal et de corréler ce statut avec la survie des patients et de la réponse histologique.  Conclusion : 

Le statut mutationnel du  RAS du cancer rectal pourrait constituer un biomarqueur prédictif la réponse au traitement  néoadjuvant dans le cancer rectal, afin de sélectionner les candidats à un traitement chirurgical.


Ihsane EL OTMANI (Fès, Maroc), Fatima EL AGY, Mohammed ABKARI, Khalid MAAZAZ, Oussaden ABDELMALEK, Naoufal MELLAS, Zineb BENBRAHIM, Abderrahman ELMAZGHI, Sanae BENNIS, Laila CHBANI
00:00 - 00:00 #13480 - P289 Syndrome de Turner en mosaïque avec présence et duplication du locus SRY:à propos d’une observation.
P289 Syndrome de Turner en mosaïque avec présence et duplication du locus SRY:à propos d’une observation.

Introduction:

Le syndrome de Turner (ST) est une maladie chromosomique liée à l'absence complète ou partielle d'un chromosome X. Sa prévalence est estimée à 1/5000 (soit 1/2500 naissances chez la fille). Le tableau clinique est très hétérogène et la dysmorphie souvent modérée, voire absente. Dans tous les cas, il existe un retard statural. Une insuffisance ovarienne à début variable en fonction de l'anomalie chromosomique est fréquente. Les autres pathologies (anomalies osseuses, lymphoedème, surdité, anomalies cardiovasculaires, thyroïdiennes et digestives) sont moins fréquentes nécessitant un dépistage lors du diagnostic, puis une surveillance à l'âge adulte.

Bien que spécifiquement masculin, le chromosome Y peut s’observer chez des sujets de sexe féminin et plus particulièrement chez des femmes présentant des signes de syndrome de Turner. Il peut s’agir de chromosomes Y ayant perdu le gène de déterminisme testiculaire SRY ou porteurs d’un gène SRY muté, entraînant une dysgénésie gonadique isolée chez des femmes dont la taille sera par ailleurs normale.

Matériels et méthodes:

Nous  rapportons  une  observation  d’une fille de 17 ans, issue d’un mariage consanguin, qui consulte pour un retard staturo-pondéral, retard pubertaire et aménorrhée primaire. un caryotype et une HIS a été réalisé chez la patiente.

Résultats:

La  cytogénétique moléculaire  chez  notre  patiente a  mis  en  évidence  la présence d’un syndrome de turner en mosaïque avec présence et duplication du locus SRY.

Discussion:

A travers cette observation nous mettons en valeur le rôle de la cytogénétique dans le diagnostic des dysgonosomies, car un diagnostic précis permet une meilleure prise en charge multidisciplinaire du patient, un conseil génétique adéquat et une économie de santé en évitant des investigations inutiles et des hospitalisations longues et coûteuses.


Mohamed AHAKOUD (Fez, Maroc), Mody DIOP, Ihsane EL OTMANI, Said TRHANINT, Oussama KETTANI, Meriame ABBASSI, Hanane SAYEL, Sana ABOURAZZAK, Moustapha HIDA, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13487 - P290 Recherche de la mutation V617F dans les syndromes myéloprolifératifs chroniques non LMC: à propos de 158 cas.
P290 Recherche de la mutation V617F dans les syndromes myéloprolifératifs chroniques non LMC: à propos de 158 cas.

Introduction:

Les syndromes myéloprolifératifs constituent un groupe de pathologie de la cellule souche hématopoïétique caractérisés par la prolifération clonale et maligne d’une ou de plusieurs cellule de la lignée myéloïde. Les principales formes cliniques sont la leucémie myéloïde chronique (LMC), la polyglobulie de Vaquez, thrombocytémie essentielle et la myélofibrose primitive. Les trois dernières formes sont très souvent associées à la mutation V617F de la protéine(JAK2).

A travers cette étude nous souhaitons partager notre expérience et mettre en évidence l’intérêt de la biologie moléculaire dans la prise en charge des  syndromes myéloprolifératifs chroniques non LMC

Matériels et méthodes:

Étude rétrospective allant de 2012 et 2017 portant sur 158 patients suspectés d’un syndrome myéloprolifératif chronique non LMC adressés pour  recherche de la mutation V617F JAK2.

Prélèvement de sang périphérique sur tube EDTA.  

Extraction d’ADN par sel puis PCR allèle spécifique et électrophorèse du produit amplifié.

Résultats:

La mutation V617F du gène codant  la protéine JAK2 a été retrouvée chez 27% des patients.

Discussion:

Retrouvée dans près de 90% des polyglobulies de Vaquez et dans 50 à 60% des thrombocytémie essentielle et dans 40à 50% des myélofibrose primitive la mutation V617F du gène JAK2 constitue un élément essentiel dans le diagnostic des syndromes myéloprolifératifs chroniques non LMC. La protéine JAK2 est une protéine à fonction tyrosine Kinase de la sous famille des protéines JAK une transversion  G –T du gène JAK2 au niveau du nucléotide 1849 entraîne la substitution de la valine en position 617 par une phénylalanine (V6117F). En absence de cette mutation un séquençage complet de l’exon 12 du gène JAK2 est nécessaire dans les trois formes  et la recherche de mutation sur l’exon 9 du gène CALR de la calréticuline dans thrombocytémie essentiel et la myélofibrose primitive.

Conclusion:

La découverte de la mutation JAK2 V617F confère un marqueur moléculaire à la polyglobulie de Vaquez et la recherche de cette mutation à intérêt un diagnostic même si elle n’est pas retrouvée chez tous les patients.


Mohamed AHAKOUD (Fez, Maroc), Hanane SAYEL, Meriame ABBASSI, Said TRHANINT, Ihsane EL OTMANI, Mody DIOP, Oussama KETTANI, Mohammed EL ABKARI, Sidi Adil IBRAHIMI, Laila BOUGUENOUCH, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13488 - P291 MELAPRED : premier test de susceptibilité au mélanome sporadique en pratique dermatologique quotidienne.
P291 MELAPRED : premier test de susceptibilité au mélanome sporadique en pratique dermatologique quotidienne.

Introduction

Melanoma has a dramatically poor prognosis in case of late diagnosis, emphasizing the critical role of early detection and prevention. We have developed a predictive algorithm able to calculate an individualized melanoma risk by combining clinical and genetic factors (test MELAPRED). We evaluated the acceptability of this test in a pilot study of patients seen in dermatology at hospital or in liberal exercise.

Patients and methods

The MELAPRED test allows the custom calculation of a personalized melanoma risk score using an algorithm incorporating clinical risk factors and genetic melanoma risk factors that has been patented. From April to October 2014, 261 patients were proposed to have the Melapred test, and results were given during a second clinical consultation, with explanations provided on the impact of the test result on clinical management and behavior to wards UV exposure. A questionnaire was given to the patients, evaluating the service and potential impact of MELAPRED result. A questionnaire to physicians was also performed evaluating the usefulness of MELAPRED for high-risk melanoma patients in their daily exercise. An agreement of the local ethic committee has been obtained. Clinical data were collected on datasheet, and salivary DNA was obtained by Oragene kit after information, signature and informed consent.

 Results:

The MELAPRED test classified 64% of patients at high risk (which 30% were clinically not at risk), 26% of patients at intermediate risk and 10% at low risk. The survey for the first 163 patients showed a positive evaluation with perception of its usefulness (90%), a clear desire to follow the recommendations of the physicians and to adapt their UV exposition to their melanoma score, a lack of anxiety generated by pending the result of the test. The physicians also had a very good evaluation of the test in terms of easy logistic, and help to survey and monitoring their patients.

Therefore, the MELAPRED test is very well received and considered useful by patients and physicians, and is not cause of concern. Furthermore, the result of the test is likely to influence the photoprotection and screening and increases adherence to physician’s recommendations. The MELAPRED test is CE marked and has the authorization of the ANSM (Agence National du Sécurité du Médicament).

 

Conclusion:

MELAPRED test is well accepted and perceived by patients and physicians. Indications are the identification of high-risk patients and improved screening. MELAPRED is commercialized sinceJuly2015 (www.genepredict.fr) under demagogical or general practitioner prescription. Thanks to MELAPRED test which help us to determinate people at high risk of melanoma, we identified a melanoma at an early stage in a patient who was at high risk.


Meriem BENFODDA (Paris), Steven GAZAL, Vincent DESCAMPS, Hui-Han HU, Nika MADJLESSI, Céleste LEBBE, Nicole BASSET-SEGUIN, Alain ARCHIMBAUD, Michel BACCARD, Kristina OPLETALOVA, Valérie VUONG, Anne GRANGE, Caroline NICAISE-BERGERE, Frédéric RENARD, Sandrine MASSART-MANILE, Bruno MACHUEL, Philippe SAIAG, Nicola DUPIN, Pierre WOLKENSTEIN, Celia LEVY-SITBON, Marie-Christine LAMI, Elisabeth ARNOULT-COUDOUX, Juliette JEGOU, Michel COLOMB, Martine BAGOT, Armand BENSUSSAN, Eduardo NAGORE, Rajiv KUMAR, Florent GRANGE, Nadem SOUFIR
00:00 - 00:00 #13490 - P292 La polypose associée à MUTYH. A propos d’une famille marocaine.
P292 La polypose associée à MUTYH. A propos d’une famille marocaine.

La polypose associée à MUTYH « MAP », de description récente, est une affection à transmission autosomique récessive liée à une mutation germinale du gène MUTYH. L’expression clinique des mutations bi-alléliques de MUTYH est décrite le plus souvent comme une polypose adénomateuse atténuée se révélant à l’âge adulte.

Les mutations Les plus fréquemment décrites dans la population caucasienne  sont la Y165C(c.494G > A ; p.Tyr165Cys)  et la G382D(c.1145G>A ; p.Gly382Asp)  qui représentent à elles seules 90 % des mutations,  alors que la mutation c.1185_l 186dup a été rapportée chez deux patients maghrébins. D’autres mutations délétères ont été rapportées mais leur fréquence est mal évaluée et généralement sous-estimée du fait des stratégies d’analyse moléculaire utilisées.

L'objectif de notre travail est d'estimer, par Des méthodes d'épidémiologie moléculaire, la prévalence de la MAP liée à ces trois mutations dans la population marocaine.

Observation

A propos d’une famille marocaine qui consulte pour cancer du colon familial polyposique.

Résultats :

L’analyse génétique à la recherche des mutations récurrentes  du gène MUTYH a été faite. La mutation c.1185_1186dup (p.Glu396GlyfsX43) à l’état homozygote sur l’exon 13 a été identifiée chez un des membres de la famille atteint d’un cancer du colon. Suite à la demande d’un sujet sain de la même famille, un diagnostic présymptomatique a été effectué revenant positif. A travers notre observation nous illustrons le rôle de l’oncogénétique dans la prise en charge des patients cancéreux et de leurs familles.

Conclusion

Nous projetons  d'étendre cette étude à d'autres mutations afin d'estimer la prévalence réelle de ce type de cancer, par la détermination de la fréquence relative de ces trois mutations chez les patients marocains atteint de forme typique de la MAP. En parallèle avec ces études épidémiologiques, la mise en place  dans notre laboratoire du diagnostic moléculaire de la MAP, nous permet  aujourd'hui une meilleure prise en charge des patients et de leur prodiguer  ainsi qu'à leurs apparentés un conseil génétique adapté.


Meriame ABBASSI (fès, Maroc), Hanane SAYEL, Mohammed AHAKOUD, Oussama KETTANI, Mody DIOP, Said TRANINT, Ihssane EL OTMANI, Mohammed EL ABKARI, Sidi Adil IBRAHIMI, El Bachir BENJELLOUN, Laila BOUGUENOUCH, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13502 - P293 Les anomalies chromosomiques à l'origine de fausses couches spontanées chez le couple.
P293 Les anomalies chromosomiques à l'origine de fausses couches spontanées chez le couple.

Introduction

Les anomalies chromosomiques entrent pour une part non négligeable dans les problèmes de fertilité. L’origine de ces anomalies peut être un problème héréditaire.
D'où après plusieurs FCS, la perte d'enfant in utero, la naissance d'enfant handicapé ou encore la difficulté à concevoir, l'importance et la nécessité de faire divers examens pour en découvrir la cause.
Parmi eux, le bilan du couple d'un point de vue génétique est fait par l'étude du caryotype, afin d'établir si l'un des conjoints est porteur ou non d'une anomalie chromosomique, comme par exemple une translocation, une insertion, une inversion.

Matériels et méthodes

Nous rapportons les résultats de 264 caryotypes réalisés, au niveau du laboratoire de génétique médicale et d’oncogénétique du CHU HASSAN II de Fès, depuis septembre 2009, intéressant 132 couples adressés en consultation pour des fausses couches à répétition, d’un antécédent de nouveau né polymalformé, de maladies abortives, ou d’une stérilité.

Résultats

Les résultats trouvés montrent que 71 % (n=5) des anomalies sont représentées par des translocations (46,XY,t(4 ;8), 46,XY,t(4 ;12), 46,XX,t(13 ;14), 46,XX,t(11 ;12), 46,XX,t(4 ;12 ;14)) et 29% (n=2) sont représentées par le syndrome de turner en mosaïque(45,X[4] /46,XY[12], 45,X[7] /46,XX[22]). 57,14% de ces anomalies sont d’origine féminine.

Conclusion

Les fausses-couches précoces répétées,  dont la définition varie selon les auteurs, concernent approximativement 1 % des couples désirant un enfant. Leur prise en charge est beaucoup moins codifiée que celle de la stérilité. Des anomalies du caryotype sont retrouvées chez 4,7 à 6 % des couples ayant fait au moins deux FCP contre moins de 0,5 % dans la population générale essentiellemnt des remaniements équilibrés ou des anomalies concernant les chromosomes sexuels. Le caryotype du couple est systématiquement réalisés devant deux fausses couches successives permettant ainsi de prodiguer au couple un conseil génétique adéquat. 


Ihsane EL OTMANI (Fès, Maroc), S. TRHANINT, M. AHAKOUD, D. MODY, O. KETTANI, H. SAYEL, M. ABBASSI, H. CHAARA, Ma. MELHOUF, K. OULDIM, L. BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13505 - P294 Les anomalies chromosomiques les plus communes dans les défauts de la migration neuronale.
P294 Les anomalies chromosomiques les plus communes dans les défauts de la migration neuronale.

Le développement cortical est le résultat de différents processus qui sont la neurogenèse, la migration et la différentiation neuronale. La perturbation de l’un de ces processus entraine des troubles de migration neuronale qui peuvent être l’une des manifestations d’un syndrome ou peuvent s’intégrer dans un tableau d’aberrations chromosomiques. En effet, un large nombre de régions chromosomiques et de gènes ont été rapportées.

Notre étude a porté sur 6 cas présentant des troubles de migration neuronale et qui ont des caractéristiques en commun incluant une épilepsie et une dysmorphie faciale associant  un large spectre de troubles y compris une lissencéphalie et une polymicrogyrie. Tous les patients ont été explorés par un caryotype conventionnel,  une hybridation in situ fluorescente (FISH) et hybridation comparative sur puces à ADN (CGH array).

5 anomalies chromosomiques de type microdélétion ont été mises en évidence par FISH dont 1 en 22q11.2 englobant le gène TUPLE1, 1 en Xq23 englobant le gène DCX et 3 en 17p13.3 englobant le gène LIS1. Une de ces 3 délétions 17p13.3 est secondaire à une mal ségrégation adjacent 1 d’une translocation réciproque maternelle (3p26.2 ; 17p13.3). Alors que les 2 autres délétions 17p13.3 sont de novo. Pour une meilleure caractérisation de la délétion 17p13.3 héritée, la CGH array a permis de déterminer une délétion de 2,9 Mb entre les positions génomiques 48539pb et 2976723pb. D’un autre coté la CGH a été indiquée dans un cas syndromique de lissencéphalie et qui a mis en évidence une délétion de seulement 11Kb  en 17p13.3 englobant LIS1. Cependant, le séquençage haut débit couplé à une capture ciblée a confirmé cette délétion qui s’étend de l’exon 3 jusqu’à l’exon 11 du gène LIS1.

Les individus présentant des troubles de la migration neuronale sont caractérisés par une variabilité clinique, vraisemblablement dû à la variabilité et la sévérité des causes génétiques identifiées dans environ 50% des cas. Cependant, les différents types de ces troubles sont parfois intriqués et chevauchantes cliniquement et génétiquement. Il est important de noter qu’une délétion 17p13.3 englobant le gène LIS1 et une délétion Xq23 englobant le gène DCX sont les anomalies chromosomiques les plus communes dans ces troubles. Ces 2 gènes codent pour des protéines de régulation du cytosquelette des microtubules. Mais, avec les dernières avancées technologiques, il serait possible qu’une grande hétérogénéité de ces troubles s’associe à des mutations dans un même gène. Alors que la pathogénie de la polymicrogyrie secondaire à la délétion 22q11.2 est inconnue. Mais, il est très probable que cette délétion soit causée par l’haplo-insuffisance du gène TBX1 qui participe dans divers processus de développement, particulièrement le développement des vaisseaux et donc un impact sur le développement des vaisseaux cérébraux. Cependant, ces données seraient propices pour une bonne corrélation génotype-phénotype.


Meriam HADJ AMOR (Monastir, Tunisie), Sarra DIMASSI, Hela BEN KHLIFA, Nejla SOYAH, Adnene MLIKA, Jamel CHELLY, Ali SAAD, Soumaya MOUGOU-ZERELLI
00:00 - 00:00 #13515 - P295 Le syndrome de thrombopénie avec agénésie radiale (TAR) : à propos d’un cas associant une délétion 1q21.1 à un SNP du gène RBM8A.
P295 Le syndrome de thrombopénie avec agénésie radiale (TAR) : à propos d’un cas associant une délétion 1q21.1 à un SNP du gène RBM8A.

Le syndrome TAR ou thrombopénie avec agénésie radiale associe une thrombopénie et une absence bilatérale de radius sans atteinte du pouce. Récemment, le syndrome TAR a été décrit de cause autosomique récessive associant un allèle nul à un SNP non codant du gène RBM8A.

Nous rapportant le cas d’un nourrisson de 6 mois, adréssé au Service de Cytogénétique et de Biologie de la Reproduction du CHU Farhat Hached de Sousse, présentant une double agénésie radiale avec préservation des pouces et une thrombopénie. Le caryotype standard en bandes R était revenu normal. L’hybridation comparative sur puce à ADN (CGH array, 40Kb) a montré une microdélétion de 2,5Mb en 1q21.1 allant de 143639135 à 146201635pb (hg18) contenant le gène RBM8A. Le séquençage Sanger a montré une transversion en 5’UTR (c.-21G > A) au niveau du gène RBM8A, hérité du père.

La microdéléltion 1q21.1 est une condition nécessaire mais non suffisante dans l’étiopathogénie du syndrome TAR. En effet, le syndrome TAR associe un allèle nul du gène RBM8A (délétion, mutation avec décalage du cadre de lecture, mutation stop)  à un des SNP  rares et non codants (rs139428292 G > A au niveau de la région 5’UTR;  ou rs201779890 G > C localisé au niveau du premier exon du gène). Le gène RBM8A code pour la protéine Y14, sous unité du complexe de jonction exonique et joue un rôle crucial dans le développement embryonnaire. L’association de l’allèle nul et du SNP du gène RBM8A réduit l’expression de Y14 au niveau plaquettaire mais n’explique pas les anomalies squelettiques et les autres composantes du syndrome. D’autres gènes au niveau de la région 1q21.1 peuvent influencer l’expression phénotypique du syndrome TAR. 


Sarra DIMASSI (Sousse, Tunisie), Hela BEN KHLIFA, Jessica MICHEL, Eudeline ALIX, Fatma TURKI, Gaetan LESCA, Mohamed BEJAOUI, Soumaya MOUGOU, Damien SANLAVILLE, Ali SAAD
00:00 - 00:00 #13517 - P296 L’Inversion péricentrique du chromosome 9, du polymorphisme cytogénétique à la pathologie : à propos de 4 cas et revue de la littérature.
P296 L’Inversion péricentrique du chromosome 9, du polymorphisme cytogénétique à la pathologie : à propos de 4 cas et revue de la littérature.

Introduction :   

L’inversion péricentrique du chromosome 9 représente une des variants chromosomiques les plus communs. Son incidence varie selon les séries entre 1-3 % dans la population générale. Considérée comme un variant chromosomique « bénin »,elle a été néanmoins décrite associée à des troubles de la fertilité, aux avortements à répétitions, et à des syndromes polymalformatifs.

Matériel :                                                            

Nous rapportons dans ce travail,4 patients adressés au service de Cytogénétique et de Biologie de la Reproduction du CHU Farhat Hached de Sousse entre les années 2016 et 2017 pour exploration cytogénétique postnatale d’un cas de retard statural, d’un deuxième cas d’avortements à répétition et d’un troisième cas d’autisme. Le quatrième cas nous a été adressé pour exploration cytogénétique prénatale d’un risque combiné accru de trisomie 21 (1/63).

 

Méthode :

Le caryotype standard en bande R a été effectué sur  culture lymphocytaire  pour les 3 cas explorés en postnatal et sur culture de liquide amniotique pour le cas de prénatal.

Résultats :

Une  inversion péricentrique du chromosome 9 entre les bandes p11 et q12 a été mise en évidence chez les quatre patients. L’inversion retrouvée sur le caryotype prénatal a été mise en évidence chez la mère attestant de son caractère hérité. Les deux autres cas étaient de-novo, le troisième est en cours d’exploration.

Discussion :

Les polymorphismes chromosomiques représentent des variations chromosomiques « bénignes » sans traduction phénotypique. L’inversion péricentrique du chromosome 9 a été considérée par certains comme un polymorphisme cytogénétique. Les phénotypes des patients ayant une inversion péricentrique du chromosome 9 varient du phénotype normal aux syndromes polymarformatifs plus ou moins sévères. Ces inversions ont été associées de façon significative aux avortements à répétitions avec une incidence allant jusqu’à 30.6 %. L’association aux infertilités masculines a été suggérée par certaines études sans qu’il y ait une association statistiquement significative. Ces inversions seraient  à l’origine de perturbations de la spermatogenèse avec une probabilité allant de 1-10% selon les séries. Le risque d’aneuploidies (Trisomie 21) dans la descendance des sujets porteurs de l’inversion a été constatée .Une association aux retards de croissance intra-utérin et postnataux a récemment été décrite. Plusieurs séries ont montré l’association des inversions péricentriques du chromosome 9 aux polydactylies, malformations cardiaques et digestives. Les deux points de cassures 9p11 et 9q12 ont également été rapporté dans l’autisme. L’implication de cette inversion dans les phénotypes pathologiques reste incertaine d’où la difficulté de son interprétation en prénatal. L’étude cytogénétique et moléculaire des points de cassures de cette inversion chromosomique et le rôle de l’hétérochromatine seraient certainement d’un grand apport dans la corrélation génotype-phénotype. 


Hamza HADJ ABDALLAH, Ali SAAD (SOUSSE, Tunisie), Sarra DIMASSI, Afef JELLOUL, Samah KHAMMERI, Latifa LASSOUED, Faouzi KAROUI, Naoufel GADDOUR, Hedi KHAIRI, Khaled BEN HLEL, Soumaya MOUGOU-ZRELLI
00:00 - 00:00 #13522 - P297 Prévalence des mutations délétères dans une série de 2800 patients de la région PACA – Corse et caractéristiques des cancers du sein associés.
P297 Prévalence des mutations délétères dans une série de 2800 patients de la région PACA – Corse et caractéristiques des cancers du sein associés.

Les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle perte de fonction dans un gène majeur de prédisposition tel que BRCA1, BRCA2 ou PALB2 ont un risque très élevé de développer un cancer du sein ou de l’ovaire. Les mutations du gène PALB2 sont beaucoup plus rares que celles des gènes BRCA1/2 et l’épidémiologie génétique ainsi que les caractéristiques des tumeurs associées sont encore mal définies.

L’étude porte sur une série de 2800 patients, cas index non porteurs d’une mutation BRCA1/2, dont l’analyse moléculaire du gène PALB2 a été réalisée entre 2010 – 2017 au Laboratoire d’Oncogénétique Moléculaire de l’Institut Paoli-Calmettes. Les patients ont bénéficié d’une consultation d’oncogénétique dans la région PACA-Corse.

L’analyse du gène PALB2 a été réalisée soit en séquentiel, par la technique Sanger, soit comme analyse initiale par la technique NGS sur panel de gènes. 26 patients porteurs d’une mutation perte de fonction ont été identifiés (environ 1% des patients analysés) : 23 patients (81,5%) porteurs d’une mutation ponctuelle et 3 (11,5%) porteurs d’un réarrangement de grande taille. Aucun de ces patients n’est porteur d’une mutation dans les gènes BRCA1/2. 24 patientes ont présenté un cancer du sein entre 29 et 60 ans, une patiente a été diagnostiquée avec cancer de l’ovaire à 70 ans et un cancer de la prostate à 60 ans. Parmi les patientes avec cancer du sein 42% ont eu un deuxième cancer (controlatéral ou ipsilatéral), contrairement à environ 15% pour la cohorte entière.

L’âge moyen au diagnostic pour le cancer du sein dans ce groupe est de 45,3 ans, avec une médiane de 43 ans. Bien que les variations de l’âge minimum ou maximum au diagnostic ne soient pas significatives entre les sous-groupes avec cancer unique et avec un deuxième cancer du sein (30 – 60 ans versus 29 – 59 ans), l’âge au diagnostic est plus précoce chez les patientes ayant deux cancers du sein comparé à l’âge aux patientes avec cancer unique (moyenne de 42,9 ans contre 47,1 ans et médiane de 41,5 ans contre 46,5 ans).

Les caractéristiques anatomopathologiques des tumeurs des patientes avec mutation PALB2 sont proches des caractéristiques observées dans les cancers du sein post-ménopausiques : carcinomes canalaires infiltrants de grade intermédiaire, exprimant les récepteurs hormonaux, sans surexpression de HER2. Toutefois, chez certaines patientes des tumeurs de grade 3 ou des tumeurs triples négatives peuvent être identifiées.

En conclusion, dans notre cohorte une mutation du gène PALB2 est retrouvée chez 1% des patientes. Les caractéristiques des tumeurs sont proches de celles décrites pour les mutations BRCA2. La proportion importante de patientes avec un deuxième cancer du sein retrouvée dans notre cohorte pourrait s’expliquer par un biais de recrutement.


Cornel POPOVICI, Catherine NOGUES (Marseille), François EISINGER, Jessica MORETTA-SERRA, Pauline RIES-GUYE, Hélène DREYFUS, Véronique MARI, Xavier TCHIKNAVORIAN, Hélène ZATTARA, Doriane LIVON, Baptiste ANTUNES, Julie MARTINEZ, Catherine GENSOLLEN-THIRIEZ, Ghislain BIDAUT, Quentin DA COSTA, Béatrice DE CLERCQ, Violaine BOURDON-HUGUENIN VIRCHAUX, Tetsuro BOGUCHI, Audrey REMENIERAS, Hagay SOBOL

"Mardi 23 janvier"

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00:00 - 00:00 #12606 - P298 Profil cognitif dans le syndrome de Silver-Russell : une première étude française chez les adultes.
P298 Profil cognitif dans le syndrome de Silver-Russell : une première étude française chez les adultes.

Le syndrome de Silver-Russell (SSR, OMIM #180860) est une maladie rare qui associe un retard de croissance intra-utérin et post-natal, un périmètre crânien relativement préservé à la naissance, un front proéminent pendant l’enfance, une asymétrie corporelle et des difficultés d’alimentation (Wakeling et al., 2017). Un défaut de méthylation au niveau du locus IGF2/H19 dans la région 11p15 est présent dans environ 50% des cas (Netchine et al., 2007 ; Wakeling et al., 2017). Le SSR est de phénotype variable en fonction de l’étiologie moléculaire et de la sévérité du syndrome. Les études conduites jusqu’à présent se sont principalement concentrées sur les particularités génétiques et physiques, mais peu sur les caractéristiques cognitives. Pourtant le devenir cognitif des enfants SSR à l’adolescence et l’âge adulte représente une préoccupation considérable pour les familles. À notre connaissance, seules trois études ont documenté le développement cognitif des enfants SSR, mais il s’agit d’études anciennes dans lesquelles les patients étaient diagnostiqués uniquement selon des critères cliniques non standardisés (Lai et al., 1994 ; Noeker & Wollmann, 2004 ; Sieńko et al., 2010). Aucune étude n’est publiée concernant l’évaluation du fonctionnement intellectuel des adultes.

Objectif : investiguer l’efficience intellectuelle des adultes SSR à l’aide d’un outil standardisé.

Méthode : 6 adultes SSR (présentant une épimutation de la région 11p15), âgés de 20 à 23 ans, ont été inclus. Chaque patient a complété l’échelle d'intelligence de Wechsler pour adultes (WAIS-IV, Weschler, 2011). Le Quotient Intellectuel Total (QIT) a été calculé et les indices (Compréhension Verbale ICV, Raisonnement Perceptif IRP, Mémoire de Travail IMT et Vitesse de Traitement IVT) ont été comparés deux à deux. Pour déterminer les différences significatives entre les indices, nous nous sommes référés au manuel de la WAIS-IV, au seuil de significativité p < 0.05.

Résultats : Tous étaient titulaires d’un baccalauréat et 67% poursuivaient des études dans l’enseignement supérieur. 50% ont bénéficié d’un traitement par hormone de croissance et 83% ont bénéficié de prises en charge rééducatives et/ou psychologiques. Le QIT moyen était de 93.83 (ET= 13.31) : l’efficience intellectuelle s’étendait de la normalité à la zone limite chez une personne. L’ICV était en moyenne supérieur aux autres indices (M= 108.66 ; ET= 19.79).

Conclusion : les adultes SSR présentaient globalement une efficience intellectuelle normale ainsi que des parcours de vie positifs. Si un plus grand nombre de patients à étudier est nécessaire pour objectiver ces résultats, ces derniers permettent d’améliorer les connaissances sur le SSR et soulignent l’importance d’une prise en charge précoce et multidisciplinaire de l’enfance à l’âge adulte dans le syndrome de Silver-Russell.


Mélissa BURGEVIN (Rennes), Agnes LACROIX, Annick TOUTAIN, Dominique MARTIN-COIGNARD, Marie VINCENT, Caroline CROSNIER-SCHOEDEL, Virginie COUTINHO, Irène NETCHINE, Sylvie ODENT
00:00 - 00:00 #12615 - P299 Consultation génétique, famille et grands-parents : perturbations dans les filiations.
P299 Consultation génétique, famille et grands-parents : perturbations dans les filiations.

La consultation génétique fait violence à la famille, aux filiations, à la filiation du sujet, construite ou en cours d’élaboration. Les réalités génétiques viennent perturber l’équilibre de la filiation subjective (souvent précaire) procédant de la combinaison psychique des représentants des facteurs biologiques, narcissiques et symboliques. A partir de situations souvent dramatiques, le dispositif de la consultation appréhende le présent, interroge le passé, pour un avenir qu’il voudrait toujours meilleur. À la lumière de consultations génétiques familiales, où généticien et psychanalyste reçoivent en binôme les jeunes consultants et leurs familles, on tentera de comprendre le retentissement d’une maladie génétique et la façon dont le sujet ou le patient pédiatrique devra, dans un moment de crise identitaire et de menace de rupture, réaménager les contours de sa propre filiation. La maladie des enfants et le désir de savoir révèlant ainsi une inquiétude qui ne tarde pas à se porter sur les ascendants, premiers grands Autres interrogés et parfois attaqués, au titre de parents ou de grands-parents qu’ils sont devenus ou qu’ils deviendront. 


Béatrice CHILDS (PARIS)
00:00 - 00:00 #12618 - P300 Les données secondaires issues d’un séquençage haut débit d’exome et de génome.
P300 Les données secondaires issues d’un séquençage haut débit d’exome et de génome.

Lors de l’utilisation du séquençage haut débit d’exome (WES) et de génome (WGS), il existe un risque  d'être confronté à des données secondaires (DS), qui correspondent à des résultats génétiques sans rapport avec la question du bilan diagnostique d'un individu mais qui présentent un intérêt médical potentiel immédiat ou à distance pour le patient ou pour sa famille.

Le besoin d’un film pour faire comprendre ces données issues d’un WES/WGS est né de la difficulté des médecins à les expliquer facilement sans support dédié, alors que ces technologies sont en phase de révolutionner le diagnostic génétique des maladies rares. Avec la généralisation attendue de ces nouvelles technologies dans le cadre de la mise en place du Plan France Médecine Génomique 2025, il est important de mettre en place des outils pour faciliter la compréhension des patients et de leur famille, en particulier pour  qu’un patient (ou sa famille) puisse faire un choix le plus éclairé possible concernant l’accès ou non à ses DS.

On retrouve ici le même personnage (Bobby) que dans le film d’animation « Diagnostic des maladies rares : l’apport du  séquençage nouvelle génération » (https://www.youtube.com/watch?v=fZQfpE67pcI). A partir d’une consultation médicale dans laquelle il s’engouffre, le personnage nous conduit avec lui dans sa soif de comprendre. Il observe alors un séquenceur à partir duquel on comprend qu’il existe deux catégories de données possibles dans le cadre d’une analyse de WES/WGS: les données primaires, raison pour laquelle un séquençage a été demandé ; et les DS - résultat auquel le patient aura choisi d’accéder - qui sont des facteurs de risques génétiques pour certaines maladies qui seront susceptibles de se développer plus tard au cours de la vie, sans rapport avec la maladie initiale.

Au travers d’un focus sur les DS, le personnage va nous apprendre que seuls les résultats concernant des maladies accessibles à des mesures de surveillance, de prévention ou de traitement peuvent être rendues. On appelle ces résultats des données actionnables, et avoir une variation dans l’un des gènes étudiés concerne environ 2% des patients.

Le film se termine par une consultation auprès d’un généticien qui reprend les avantages et les inconvénients d’accéder à ces DS et insiste sur le fait que le patient (ou ses parents, le cas échéant) prend lui-même la décision d’accéder à ses données secondaires.

Ce film a été financé par la Société Française de Médecine Prédictive (SFMPP), co-produit par la Fédération Hospitalo-Universitaire TRANSLAD et la Filière de Santé maladies rares Anomalies du Développement et Déficience Intellectuelle de causes Rares (AnDDI-Rares), et réalisé par Agrosup Dijon - Eduter Signes. Ce film est téléchargeable à partir de la cinémathèque du site de la filière AnDDI-Rares : http://www.anddi-rares.org.


Elodie GAUTIER (DIJON), Laurent DEMOUGEOT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sébastien MOUTTON, Nada HOUCINAT, Maxime PERRIN, Philippe MAYADE, David GENEVIEVE, Pascal PUJOL, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12626 - P301 Identification de nouveaux SNPs associés au risque de cancer du sein chez les porteuses d’une mutation sur les gènes BRCA1 ou BRCA2 : intérêt de l’analyse de l’effet joint des SNPs et des mutations BRCA1/2.
P301 Identification de nouveaux SNPs associés au risque de cancer du sein chez les porteuses d’une mutation sur les gènes BRCA1 ou BRCA2 : intérêt de l’analyse de l’effet joint des SNPs et des mutations BRCA1/2.

Les antécédents familiaux de cancer du sein (CS) sont un facteur de risque majeur de cette maladie et environ 20% du risque familial est attribué à une mutation fortement pénétrante dans les gènes BRCA1 ou BRCA2. Il a été montré que le risque de développer un CS varie de 30 à 80% pour les porteuses d’une mutation de BRCA1 et de 9 à 84% pour les porteuses d’une mutation de BRCA2. Ces variations dans l'estimation du risque absolu peuvent être dues à des facteurs environnementaux et/ou génétiques modifiant le risque de cancer. À ce jour, plus de 270 polymorphismes fréquents, ou « SNPs » (Single Nucleotide Polymorphisms), ont été associés au risque de CS dans la population générale. Seule une cinquantaine ont été mis en évidence spécifiquement chez les porteuses d’une mutation BRCA1/2 et ces SNPs n’expliquent qu’une petite fraction de la composante familiale résiduelle.
Ce projet a pour but d’identifier de nouveaux SNPs associés au risque de CS chez les porteuses d’une mutation BRCA1/2 et d’évaluer l’effet des SNPs trouvés associés au CS dans la population générale chez ces dernières. Afin d’augmenter significativement la puissance de cette recherche, nous avons mis en place une stratégie d’analyse « case-only » qui compare la fréquence des SNPs chez les cas porteurs d’une mutation BRCA1/2 à celle de cas de la population générale. Au total, 12000 femmes porteuses d’une mutation BRCA1/2 du consortium CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2) et plus de 58000 femmes de la population générale du consortium BCAC (Breast Cancer Association Consortium), toutes atteintes de CS, ont été incluses. Le génotypage a été réalisé avec les puces iCOGS et Oncoarray (ciblant respectivement ~200K et ~530K SNPs) et l’imputation d’environ 11 millions de SNPs a été effectuée en utilisant la base de données 1000Génome comme panel de référence. Les analyses sont effectuées de façon indépendante pour les porteuses BRCA1 et BRCA2.
Cette approche nous a permis d’identifier un nouveau locus en 2p14 comme un potentiel modificateur du risque de CS chez les porteuses BRCA2. Ce locus contient un variant faux-sens dans le gène ETAA1 impliqué dans la réparation de l’ADN. Trois nouveaux loci potentiels ont aussi été mis en évidence (en 6q16.3, 16q22.1 et 17q21.31) chez les porteuses BRCA2. Contrairement aux tumeurs BRCA2 et aux tumeurs « sporadiques » qui expriment majoritairement les récepteurs aux œstrogènes (RO+), 75% des tumeurs BRCA1 sont RO-. C’est pourquoi nous prenons en compte le statut RO dans les analyses en cours. En parallèle, nous poursuivons l’étude de l’effet des SNPs identifiés dans la population générale chez les porteuses d’une mutation BRCA1/2.
Une meilleure caractérisation des SNPs associés au risque de CS chez les femmes porteuses d’une mutation sur BRCA1 ou BRCA2 permettra d’améliorer la prise en charge et le suivi de ces femmes avec, entre autre, le développement d’un score de risque polygénique spécifique à cette population à haut risque.


Juliette COIGNARD (SOISY SUR SEINE), Joe DENNIS, Michael LUSH, Jacques SIMARD, Georgia CHENEVIX-TRENCH, Douglas EASTON, Nadine ANDRIEU, Antonis ANTONIOU
00:00 - 00:00 #12637 - P302 Présentation anténatale du syndrome d’Aicardi-Goutières : Existe-t-il des caractéristiques phénotypiques accessibles au diagnostic prénatal ?
P302 Présentation anténatale du syndrome d’Aicardi-Goutières : Existe-t-il des caractéristiques phénotypiques accessibles au diagnostic prénatal ?

La découverte d’anomalies morphologiques cérébrales et extra-cérébrales (associées ou isolées) au cours de la période anténatale doit faire suspecter une infection fœtale congénitale (notamment à CMV). Cependant, en l’absence d’infection et en cas de récurrence dans la fratrie et/ou de consanguinité, certaines pathologies monogéniques doivent-être recherchées : syndrome d’Aicardi-Goutières (AGS), syndrome pseudo-TORCH, et phénotypes secondaires aux variants de PCDH12 ou de JAM3. La présentation anténatale d’AGS est rarement rapportée dans la littérature. Après avoir identifié un variant pathogène homozygote du gène TREX1 par séquençage haut débit d’exome (WES) chez un fœtus présentant un phénotype mimant une infection congénitale, nous avons colligé l’ensemble des cas anténataux d’AGS publiés.

Au total, parmi les 5 fœtus, 3 présentaient à l’échographie un syndrome polymalformatif associant des anomalies cérébrales et extra-cérébrales et 2 des anomalies cérébrales isolées. Les anomalies cérébrales étaient : des calcifications périventriculaires ou des noyaux gris centraux (3/5), une ventriculomégalie (2/5), une microcéphalie (2/5). Les anomalies digestives regroupaient une ascite (2/5), une hépatosplénomégalie (2/5), un intestin hyperéchogène (2/5). L’absence de signes biologiques d’infection congénitale et l’élévation de l’aIFN dans le sang foetal ont conduit à évoquer le syndrome d’AGS chez 3/5 fœtus (dont un sans antécédent dans la fratrie) en période anténatale, à l’origine de 2 interruptions médicales de grossesse et 1 mort fœtale in-utero. L’examen foetopathologique a permis d’identifier, en plus des données échographiques, une  hépatosplénomegalie (1/3) et une microcéphalie congénitale associée à une lissencéphalie et des calcifications cérébrales (1/3). Pour les deux grossesses menées à terme, l’encéphalopathie a débuté en période néonatale immédiate pour le premier enfant et à 6 mois de vie pour le second. L’imagerie cérébrale postnatale a permis d’identifier chez ces deux enfants une microcéphalie et des calcifications cérébrales. Quatre variants pathogènes homozygotes ont été identifiés (2 variants tronquants de TREX1, 1 variant faux-sens de RNASEH2A et 1 variant faux-sens de RNASEH2B), tous hérités de parents hétérozygotes.

Nous avons comparés ces données aux formes anténatales rapportées de syndrome pseudo-TORCH et de phénotypes secondaires aux variants de PCDH12. L’hétérogénéité clinique et le chevauchement phénotypique importants ne permettent pas d’identifier de signes morphologiques au cours de la période anténatale pour orienter la démarche diagnostique. En cas de phénotype anténatal mimant une infection congénitale, avec un bilan infectieux normal, la question de réaliser un panel de gènes comprenant l’ensemble des gènes responsables du syndrome d’AGS et de ces diagnostics différentiels, voire un WES, doit donc se poser d’autant plus en cas de récidive dans une même fratrie.


Nicolas BOURGON (DIJON), Mathilde LEFEBVRE, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Charlotte POE, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Thierry ROUSSEAU, Nicole LAURENT, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #12643 - P303 Troubles de la cognition sociale dans le syndrome de Williams : trouble du jugement de confiance en Eye-Tracking et EEG et présentation du programme de remédiation cognitive RC KID.
P303 Troubles de la cognition sociale dans le syndrome de Williams : trouble du jugement de confiance en Eye-Tracking et EEG et présentation du programme de remédiation cognitive RC KID.

Les patients porteurs du syndrome de Williams (WS) présentent une personnalité marquée par une appétence sociale non sélective et un langage particulièrement expressif. Paradoxalement, ils présentent des difficultés dans la réciprocité sociale similaire à celles des enfants avec troubles du psectre autistique. Des troubles spécifiques de la perception sociale pourraient jouer un rôle dans cette facilité d’approche d’autrui (avec une préférence pour l’adulte) mais il est important de souligner que les profils cognitifs et les habilités sociales dans le WS sont plutôt hétérogènes. Les patients présentent une attirance exacerbée pour les visages, notamment le regard, avec une reconnaissance des expressions faciales qui est altérée.

Une des composantes fondamentales dans le traitement de l’information sociale est le jugement de confiance. Il faut en moyenne à un individu 30 millisecondes pour déterminer le degré de confiance qu’inspire un visage, il s’agit du jugement de « première intention ». Les trois études qui seront présentées vise la caractérisation en Eye Tracking et en EEG (haute résolution par localisation de sources spécifiques-128 électrodes) du jugement de confiance dans le WS (en condition implicite -spontanée- et explicite -avec consignes-).

Des troubles du jugement de confiance (exploration atypique en Eye-Tracking) sont documentés de manière généralisés chez les enfants WS dans les trois études. Ce déficit est sous tendu par une activité spécifique du sillon temporal supérieur (en EEG haute resolution avec localisation de source), région déjà impliquée dans les troubles du spectre autistique.

L’analyse de ces résultats a permis l’élaboration d’un nouveau programme de remediation cognitive utilisant pour la première fois l’Eye Tracker comme outil de soin.  Le programme RC KID vise la rééducation de la cognition sociale (reconnaissance des émotions faciales, jugement de confiance et théorie de l’esprit). Il s’agit du premier programme développé pour l’ensemble des troubles de la cognition sociale chez l’enfant. Il pourrait donc trouver sa place dans l’arsenal thérapeutique du syndrome de Williams mais aussi des troubles du spectre autistique et plus généralement pour la prise en charge des troubles du neurodéveloppement avec atteinte de l’ajustement social.


Caroline DEMILY (LYON), Alice GOMEZ, Manuela COSTA, Emilie FAVRE, Aurore MOREL, Guillaume LIO, Alice POISSON, Aurélia BERTHOLET-THOMAS, Massimiliano ROSSI, Angela SIRIGU
00:00 - 00:00 #12690 - P304 Le savoir doit-il s'imposer ? Un enjeu majeur de la génétique haut débit.
P304 Le savoir doit-il s'imposer ? Un enjeu majeur de la génétique haut débit.

Longtemps réservée au domaine des maladies rares, la génétique médicale du XXIe siècle devrait s’étendre aux maladies communes et apporter la promesse d’une médecine personnalisée, plus préventive et prédictive. Avec la diffusion rapide et récente des techniques de séquençage haut-débit, devenues techniquement et économiquement accessibles dans le domaine des maladies rares, le plan « Médecine France génomique 2025 » prévoit l’application de ces techniques permettant le séquençage complet du génome humain ou de l'exome à des milliers de patients par an dès 2018. Alors que les indications et modalités de prescription de ce type d’analyses ne sont pas encore définies, un débat concernant la conduite à tenir suite à l’identification de « données secondaires », apparaît plus que nécessaire. Les discussions actuelles portent principalement sur les modalités d’informations ayant trait à ces données. Se pose toutefois la question du bénéfice pour le patient, sans preuve scientifique établie, de connaître de telles informations. Il nous paraît indispensable de prendre le temps de la réflexion et d’opter pour des choix raisonnables pour la restitution de ces données issues du séquençage haut débit, avant de proposer un séquençage du génome de la population française.
Nous souhaitons exposer ici les arguments à l’encontre de la recherche systématique de ces données secondaires.


Bertrand ISIDOR (Nantes), Sophie JULIA, Pascale SAUGIER-VEBER, Stéphane BEZIEAU, Eric BIETH, Jean Paul BONNEFONT, Patrick CALVAS, Nicolas CHASSAING, Benjamin COGNE, Delphine DUPIN-DEGUINE, Damien HAYE, Delphine HÉRON, Sylvie MANOUVRIER, Cyril MIGNOT, Julie PLAISANCIE, Laurent PASQUIER, Mathilde NIZON, Marie VINCENT
00:00 - 00:00 #12695 - P305 Vécu des femmes suivies en anténatal pour hyperclarté nucale avec bilan fœtal négatif.
P305 Vécu des femmes suivies en anténatal pour hyperclarté nucale avec bilan fœtal négatif.

Introduction : L’hyperclarté nucale (HCN) est un signe d’appel pour des anomalies chromosomiques, génétiques ou malformatives fœtales, sa découverte lors de l’échographie du premier trimestre débouche sur la proposition d’examens complémentaires précocement dans la grossesse. Même en l’absence de pathologie fœtale identifiée, cette situation est susceptible de bouleverser le processus psychique d’investissement de la grossesse.

Objectif : Evaluer les conséquences sur le vécu de la grossesse des investigations complémentaires réalisées en anténatal

Matériel et méthode : Nous avons réalisé une étude qualitative prospective, unicentrique, observationnelle et non interventionnelle basée sur 20 entretiens semi-directifs (13 prénataux et 7 postnataux) dans une maternité de type III disposant d’un CPDPN. Les femmes étudiées avaient été prises en charge au diagnostic anténatal pour une mesure de la clarté nucale supérieure ou égale à 3,5mm. Elles avaient toutes bénéficié d’un bilan comportant un caryotype fœtal, une ACPA à la résolution moyenne d’1,5Mb, une échographie morphologique ainsi qu’une échographie cardiaque fœtale. Pour l’ensemble de ces femmes, le bilan n’a mis en évidence aucune anomalie et une information pronostique rassurante sur le risque résiduel de pathologie fœtale identique à celui retrouvé dans la population générale leur a été délivrée, en accord avec les données de la littérature.

Résultat : L’analyse des entretiens montre que l’attitude de l’échographiste au moment de l’annonce semble être adaptée mais les informations délivrées étaient perçues comme trop imprécises et abstraites par la moitié des couples interrogés. Bien que l'incertitude pronostique entraine chez un couple sur deux un désinvestissement immédiat de la grossesse, il permet de laisser une perspective de réassurance même si le temps est en suspens. L’annonce des résultats rassurants permet à 11 femmes sur 13 de s’investir de nouveau dans leur grossesse et à l’incertitude initiale de s’estomper. Ainsi, elles intègrent véritablement les enjeux d’un signe d’appel échographique et notamment qu’il ne s’agissait pas d’un diagnostic mais de l’identification d’un risque. Malgré le sentiment d’avoir vécu une grossesse particulière, aucune n'a développé de trouble psychique dans le post-partum.

Conclusion : Les couples réalisant des examens complémentaires en anténatal devraient pouvoir bénéficier d'un suivi pluridisciplinaire adapté à leur singularité, disposer d'informations claires et homogènes, afin de devenir des acteurs à part entière et participer aux prises de décision. Notre étude a mis en évidence l'importance du respect de la temporalité tout au long des investigations, notamment en donnant des informations spécifiques de l'HCN dans un temps et un lieu différent, ainsi que par un autre professionnel que l’échographiste.


Laura LONGLET, Camille DEPUT RAMPON, Olivia ANSELEM, Clemence JAUNY (PARIS), Genevieve PAGES, Sylvie DUQUENOIS, Vassilis TSATSARIS
00:00 - 00:00 #12696 - P306 Impact d’une structure de population à fine échelle géographique sur les tests d’association pour variants génétiques rares.
P306 Impact d’une structure de population à fine échelle géographique sur les tests d’association pour variants génétiques rares.

Les études d’association de variants génétiques rares sont accessibles grâce à l’avancée des technologies de séquençage, et visent à identifier de nouveaux gènes de susceptibilité pour des maladies complexes. En raison de la faible puissance de détecter une association en testant individuellement les variants rares, ceux-ci sont généralement testés par groupes. De nombreuses méthodes ont été proposées durant la dernière décennie pour appréhender au mieux la complexité de tester un groupe de variants.

La stratification de population est connue pour être un facteur de confusion dans les études d’association génome-entier dans le cadre des variants fréquents. Différentes études ont montré que c’est également le cas pour les variants rares. Cependant les conséquences ont surtout été évaluées pour des structures de population à l’échelle mondiale ou continentale. Nous nous intéressons ici à des structures de population avec une échelle géographique plus fine, telle qu’à l’échelle d’un pays comme la France. Les variants rares sont supposés être apparus plus récemment et ainsi être plus géographiquement localisés, on peut supposer qu’un déséquilibre d’origine entre cas et témoins pourrait avoir un effet très fort. De plus Karakachoff et al. (2015) ont montré qu’il existe une structure génétique fine dans l’ouest de la France.

Nous avons étudié les conséquences d’une structure de population à fine échelle géographique sur les tests d’association pour variants rares, en termes d’erreurs de type I, à partir de simulations selon un modèle de coalescence implémenté par le logiciel COSI (Schaffner et al., 2005). Nous avons considéré dans le modèle démographique, deux sous-populations européennes avec une proximité géographique variant avec le taux de migration. Nous avons aussi fait varier la proportion de témoins provenant d’une population différente de celle des cas. Nous avons ensuite appliqué différents tests d’association, afin d’étudier l’impact selon les principales stratégies statistiques.

L’une des méthodes de correction les plus courantes est l’incorporation de covariables dans la statistique pour les tests se basant sur un modèle de régression logistique. Ces covariables correspondent généralement aux premières composantes principales de l’ACP sur les profils génétiques. L’efficacité de cette méthode de correction dans le cadre des variants rares n’est pas clairement démontrée dans les études précédentes. Nous avons évalué son efficacité dans le cadre de structures de population à échelle très fine.

D’après nos résultats, nous observons que la stratification de population entraine un biais pour les études d’association de variants rares même en présence d’une structure de population fine. L’impact n’est pas le même selon le test statistique employé. Enfin la méthode de correction par intégration de composantes principales dans le modèle de régression logistique est globalement efficace sauf dans le cadre de structures génétiques très fines.


Elodie PERSYN (Nantes), Richard REDON, Lise BELLANGER, Christian DINA
00:00 - 00:00 #12702 - P307 Développement d'un outil de caractérisation des anasarques d'origine métabolique par séquençage haut débit.
P307 Développement d'un outil de caractérisation des anasarques d'origine métabolique par séquençage haut débit.

L’anasarque fœto-placentaire non immune complique une grossesse sur 3000. Parmi les nombreuses étiologies possibles, les maladies héréditaires du métabolisme représentent 1 à 5% des cas selon la littérature. Trois groupes de pathologies sont principalement impliqués : les maladies de surcharge lysosomale, les anomalies de glycosylation des protéines (ou CDG syndromes) et les anomalies de synthèse des stérols. Leur incidence est probablement sous-estimée du fait de l’absence de stratégie diagnostique exhaustive de ces pathologies en prénatal et de l’importante proportion (20%) de cas d’anasarque pour lesquels le diagnostic étiologique ne peut être déterminé. L’objectif de ce travail est de développer un outil diagnostique des anasarques d’origine métabolique par séquençage haut débit. L’étude d’un panel de 77 gènes sur NextSeqMD 500 (Illumina) a été réalisée sur 47 ADN extraits de prélèvements fœtaux, adressés au laboratoire pour recherche de maladie métabolique. Le diagnostic avait été établi par les études fonctionnelles et moléculaires pour 13 grossesses (mucopolysaccharidose de type VII (n=2), de type IVA (n=1), maladie de Gaucher (n=1), mucolipidose de type II (n=1), maladie de surcharge en acide sialique libre (n=1), galactosialidose (n=1), gangliosidose à GM1 (n=1), glycogénose de type IV (n=1), PMM2-CDG (n=1), ALG3-CDG (n=1), et syndrome de Smith-Lemli-Opitz (n=2)), alors que 34 cas d’anasarques avaient été classés idiopathiques en l’absence de diagnostic identifié.

Après traitement bio-informatique via le pipeline HCL Papillyon, les 13 diagnostics connus ont pu être mis en évidence grâce à notre technique. En ce qui concerne les anasarques idiopathiques, 26 variants identifiés chez 16 fœtus dans les gènes GBA, GLB1, GNPTAB, CTSA, NPC1, MAGT1, SLC35A2, STT3B, MAN1B1, POR et TALDO1 ont été considérés comme bénins après évaluation in silico (Alamut®Visual) de leur pathogénicité. Aucun nouveau diagnostic n’a pu être établi. Deux variants nécessitant la réalisation d’études complémentaires ont été identifiés chez 2 fœtus : un variant intronique homozygote du gène NPC1, c.1947+10G > C, dont l’effet n’est pas prédictible, justifiant la réalisation d’un test à la filipine pour exclure une éventuelle pathogénicité, et un variant hémizygote du gène SLC35A2, c.432A > G, pour lequel une altération de l’épissage est prédite. L’étude de la glycosylation de la vimentine, glycoprotéine fortement exprimée dans les amniocytes cultivés, est en cours de mise au point pour permettre la caractérisation fonctionnelle de ce variant.

Ce nouvel outil diagnostique a démontré une bonne sensibilité en ce qui concerne les pathologies métaboliques impliquées dans les anasarques fœto-placentaires, ce qui devrait permettre de réduire le nombre de cas classés idiopathiques au terme des investigations  et d’offrir ainsi un conseil génétique adapté aux familles concernées.


Pauline BLATEAU, Roseline FROISSART, Cécile PAGAN (LYON), Sophie VASSEUR, Jérôme MASSARDIER, Isabelle ROUVET, David CHEILLAN
00:00 - 00:00 #12711 - P309 Comment tirer plus d’informations du dépistage prénatal par séquençage massif ? Une méthode de détection et de quantification de l’ADN viral circulant dans le plasma maternel.
P309 Comment tirer plus d’informations du dépistage prénatal par séquençage massif ? Une méthode de détection et de quantification de l’ADN viral circulant dans le plasma maternel.

Le cytomegalovirus humain (CMV) est un virus à ADN de la famille des beta-herpevirus. Les infections maternelles par le CMV sont critiques au cours de la grossesse car elles peuvent entrainer une infection congénitale du fœtus qui peut avoir de grave répercussion chez l’enfant à la naissance. Avec entre 10 et 100 millions de fragments par millilitres de plasma, l’ADN circulant est la source de nombreuses applications dans le diagnostic génétique prénatal. Par exemple, le séquençage de génome entier (WGS) de l’ADN plasmatique circulant est classiquement utilisé pour la détection des aneuploïdies fœtales au cours de la grossesse. L’objectif de cette étude est de proposer une nouvelle méthode de détection et de quantification absolue de l’ADN viral durant la grossesse, en se basant sur les résultats de séquençage obtenus lors de la détection des aneuploïdies au cours du dépistage prénatal. En effet, il existe encore peu de méthodes capables de détecter et de quantifier la charge virale du CMV et d’autres virus dans le sang.

Notre approche consiste à se concentrer sur les séquences exogènes, c’est-à-dire non attribuable à l’humain. Nous identifions alors lesquelles correspondent spécifiquement à des virus d’intérêt ce qui permet ensuite de calculer la charge virale de l’échantillon. Nous vérifions la qualité des séquences et leur alignement uniforme sur les génomes viraux pour garantir une bonne spécificité. Nous avons conçu des échantillons de calibration pour valider les détections virales avec une sensibilité de 100% [88%-100] et une spécificité de 100% [94%-100%]. En plus de la détection, nous pouvons réaliser une quantification de la charge virale des échantillons grâce aux résultats obtenus lors de l’étape de calibration.

Nous avons appliqué notre méthode de détection et de quantification sur une cohorte de 538 femmes au cours de la grossesse. Dans cette cohorte de validation nous avons observé 2 échantillons positifs pour le CMV présentant une faible charge virale. Le statut sérologique de ces 2 échantillons a permis de montrer que ces femmes étaient immunisées contre le CMV au début de leur grossesse suggérant une possible réactivation virale ou une infection secondaire. Dans la même cohorte, nous avons également observé 3 échantillons de plasma présentant de l’ADN spécifique du virus de l’hépatite B (HBV). Pour 2 de ces patientes, le statut sérologique était connu et indiquait une infection HBV active au moment du prélèvement confirmant la capacité de notre méthode à détecter de manière spécifique différentes espèces virales dans un échantillon de plasma.

En résumé, notre étude démontre le potentiel du WGS dans le suivi des femmes au cours de la grossesse en proposant un test unique de dépistage prénatal permettant la mise en évidence de différents facteurs de risques pour le fœtus. Ce test pourrait permettre d’identifier rapidement grâce à un unique test non-invasif les grossesses nécessitant une prise en charge particulière.


Virginie CHESNAIS (PARIS), Alban OTT, Emmanuel CHAPLAIS, Samuel GABILLARD, Christelle VAULOUP-FELLOUS, Alexandra BENACHI, Jean-Marc COSTA, Eric GINOUX
00:00 - 00:00 #12714 - P310 Effet position sur le gène BCL11B responsable d’anomalie du neurodéveloppement et du développement immunitaire chez deux patients porteurs de translocation réciproque.
P310 Effet position sur le gène BCL11B responsable d’anomalie du neurodéveloppement et du développement immunitaire chez deux patients porteurs de translocation réciproque.

Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés peuvent avoir des conséquences sur l’expression des gènes adjacents au point de cassure par effet de position. Ce diagnostic reste difficile à établir en absence de caractérisation précise des points de cassure. Nous rapportons ici deux patients pour lesquels la caractérisation d’une translocation réciproque apparemment équilibrée par séquençage génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) a permis de mettre en évidence un tel effet de position.

Le premier patient (P1) est un garçon âgé de 11 ans, ayant présenté une hypotonie néonatale, puis un retard de langage, des troubles du comportement de type autistiques avec des crises d’anxiété, une dysmorphie faciale discrète (lèvres fines) et des allergies multiples. Le caryotype a montré la formule suivante : 46,XY,t(4;14)(p15;q32.1)dn. Le second patient (P2) est un jeune homme de 29 ans. Il a présenté un léger retard de langage et des difficultés scolaires à partir du collège. Il souffre de troubles dans les interactions sociales, présente une légère dysmorphie faciale (lèvres fines) et a été hospitalisé pour deux épisodes de décompensations psychiatriques aiguës Le caryotype a mis en évidence la formule suivante 46,XY,t(4;14)(q31.1;q32.2)dn.

Pour ces deux patients, le remaniement chromosomique a été caractérisé en ACPA puis par WGS (Illumina, 10-15X). Aucun déséquilibre pathogène n’a été identifié par ACPA. Le WGS a permis d’identifier tous les points de cassure, qui ont été validés en séquençage Sanger. Pour P1, les points de cassure sont localisés aux positions suivantes : chr4:24332309_24332315 (GCRh37) et chr14: 98758657_98758653 (GCRh37). Pour P2, les points de cassure ont été localisés  aux positions suivantes : chr4:148252852_148252854 (GCRh37) et chr14:99097976_99097980 (GCRh37). Aucun gène n’était interrompu. Néanmoins, les points de cassure sur le chromosome 14 étaient localisés respectivement à 877 kb et 538 kb du gène BCL11B, séparant le gène d’un élément enhancer lymphocytaire T spécifique. Des études d’expression (RT-qPCR) sur ARN extrait de cellules sanguines ont montré une diminution d’expression du gène BCL11B par rapport aux contrôles, en faveur d’un effet de position sur ce gène.

Récemment, des mutations perte de fonction intéressant le gène BCL11B ont été rapportées chez des patients présentant une déficience intellectuelle, un retard de langage et une anomalie de développement des lymphocytes T. L’immunophénotypage lymphocytaire réalisé chez P1 montrait un profil identique aux patients déjà décrits, confortant le diagnostic. L’exemple de ces deux patients illustrent qu’une diminution d’expression par effet de position peut également contribuer à ce nouveau syndrome et rappelle l’importance de l’architecture génomique en pathologie humaine.


Caroline SCHLUTH-BOLARD, Davor LESSEL, Bénédicte DEMEER, Marine LEBRUN, Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Nicolas CHATRON, Damien SANLAVILLE (LYON)
00:00 - 00:00 #12725 - P311 GEMO, une ressource nationale pour rechercher des gènes modificateurs des risques tumoraux chez les sujets portant une mutation de BRCA1 ou BRCA2.
P311 GEMO, une ressource nationale pour rechercher des gènes modificateurs des risques tumoraux chez les sujets portant une mutation de BRCA1 ou BRCA2.

Les femmes portant une mutation sur les gènes BRCA1 et BRCA2 ont un risque accru de développer un cancer du sein (CS) ou un cancer de l’ovaire (CO) qui varie, selon le type de familles étudiées entre 40 et 85%. Les corrélations génotype-phénotype chez les porteuses BRCA1/2 ne permettent pas d’expliquer l’ensemble des variations des risques tumoraux observées, notamment au sein de la même famille. Ces différences dans l’estimation du risque tumoral peuvent être dues à d’autres facteurs de risque génétiques et environnementaux. Afin de comprendre les causes de la grande variabilité, inter- et intra-familiale, de l’âge au diagnostic et du type de cancer développé, l’étude GEMO a été initiée en 1999 par Dominique Stoppa-Lyonnet (Institut Curie) et Olga Sinilnikova (CLB).  Les participants porteurs d’une mutation BRCA1/2, atteints et non-atteints de cancer sont invités lors de la consultation d’oncogénétique. Aujourd’hui, 34 centres et 16 laboratoires diagnostics contribuent à GEMO. En septembre 2017, les données phénotypiques et l’ADN constitutionnel de 4514 femmes (2674 porteuses BRCA1 et 1840 porteuses BRCA2) et 344 hommes (173 porteurs BRCA1 et 171 porteurs BRCA2) ont été collectées par le centre coordonnateur. Parmi les participantes, 2667 ont développé un CS (1521 BRCA1 et 1146 BRCA2) et 676 ont développé un CO (491 BRCA1 et 185 BRCA2). Dix-sept des hommes porteurs d’une mutation de BRCA2 ont développé un CS et 15 ont développé un cancer de la prostate. Au total, 519 mutations de BRCA1 et 534 mutations de BRCA2 distinctes sont décrites dans la base GEMO. GEMO est un membre fondateur du consortium CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2) formé en 2005 qui rassemble 70 groupes des cinq continents. Cette initiative internationale a permis de colliger les données phénotypiques de 46 000 porteurs BRCA1/2, les échantillons d’ADN de 38 000 d’entre eux et d’identifier, grâce à des études pangénomiques (GWAS), plus d’une centaine de variants nucléotidiques (SNPs) modifiant le risque de cancer des porteurs. Dans ces projets, 3132 participants de GEMO ont été génotypés avec les puces iCOGS et/ou OncoArray. Les projets en cours visent i. à identifier les variants causaux modifiant le risque de cancer chez les porteurs de mutation BRCA1/2 et ii. évaluer l’intérêt clinique d’incorporer un score de risque polygénique (PRS) dans les modèles de prédiction. Grâce au projet CANSOP rendant les bases GEMO et GENEPSO (cohorte prospective de femmes porteuses d’une mutation BRCA1/2) inter-opérables, le groupe français contribue également aux études visant à évaluer les interactions entre les SNPs et les autres facteurs de risque de CS et le rôle des SNPs dans la survie et la réponse aux traitements. Ces travaux permettront d’aider à une meilleure compréhension de la diversité des manifestations cliniques associées aux mutations BRCA1/2, une meilleure évaluation du risque de cancer et par-là d’améliorer la prise en charge des femmes à risque.


Fabienne LESUEUR (PARIS), Noura MEBIROUK, Laure BARJHOUX, Maïté LAURENT, Francesca DAMIOLA, Muriel BELOTTI, Virginie MONCOUTIER, Sandrine M CAPUTO, Claude HOUDAYER, Nadine ANDRIEU, Sylvie MAZOYER, Olga SINILNIKOVA, Dominique STOPPA-LYONNET, Groupe GEMO
00:00 - 00:00 #12730 - P312 Développement d'un pipeline bioinformatique pour le dosage relatif d'haplotype appliqué au DPNI de la mucoviscidose.
P312 Développement d'un pipeline bioinformatique pour le dosage relatif d'haplotype appliqué au DPNI de la mucoviscidose.

Contexte _ L'analyse NGS de l'ADN fœtal libre circulant est aujourd’hui une réalité pour le diagnostic prénatal non invasif (DPNI) des aneuploidies. Des preuves de concepts récemment publiées de DPNI NGS pour la β-thalassémie, l'atrophie musculaire spinale (Saba et al 2017, Parks et al 2017) montrent que cette technologie est très prometteuse pour le DPNI des maladies monogéniques. Dans cette étude, nous avons développé un test NGS précis et abordable pour le DPNI de la mucoviscidose (CF) facilement applicable en pratique clinique.

Patients et Méthode _ Nous décrivons la première application du NGS MiSeq Illumina® au DPNI CF de 16 couples à risque. Les échantillons ont été obtenus auprès de femmes enceintes entre 9 et 32 SA. Les librairies ont été préparées à l'aide d’une capture « custom » SeqCap EZ (NimbleGen, Roche) et du kit de quantification de librairie KAPA (Biosystems). Les données NGS ont été analysées par un pipeline bio-informatique spécifique. L’algorithme de calcul, développé au laboratoire, permet le dosage relatif d'haplotype (RHDO) selon une stratégie de trio. Cet outil calcule la fraction fœtale dans l'échantillon de plasma grâce à 2 méthodes indépendantes et détermine l'allèle hérité du père et de la mère par le fœtus en fonction des données de séquençage du plasma maternel et de l'haplotype des parents. Une interface Web, type « interface utilisateur graphique » (GUI), fournit la conversion BAM en gVCF et l’édition d’un rapport de résultat individuel pour chaque patiente.

Résultats _ L’analyse RHDO a été concluante pour les données de séquençage obtenues à partir de 11 des 16 familles étudiées (3 fœtus homozygotes sains, 5 hétérozygotes et 3 atteints). Pour les 11 familles analysables, les résultats montrent une spécificité et une sensibilité de 100%. Ils sont en accord avec ceux obtenus par les méthodes classiques de diagnostic prénatal. Le pipeline n'a pas été en mesure de procéder au traitement des données des 5 autres échantillons en raison du manque de SNP paternels informatifs nécessaires pour calculer la fraction fœtale.

Conclusions _ Ces premiers résultats prometteurs prouvent la faisabilité de notre approche et son application en pratique clinique. Le pipeline bio-informatique spécifique, développé au laboratoire, est facile d’utilisation grâce à son interface « GUI ». Il permet une interprétation rapide du test DPNI CF par automatisation de l’analyse des data. Il ne nécessite aucune connaissance en ligne de commande. Toutefois il s’avère nécessaire de modifier le set de capture SeqCap EZ de manière à augmenter le nombre de SNP lus afin de limiter les tests non concluants liés à un défaut d’informativité des SNP parentaux.


Charly MATHIEU, Vanessa DEBANT, Cécile ROUZIER, Amandine BOUREAU-WIRTH, Emmanuelle HAQUET, Jacques PUECHBERTY, Delphine DUPIN DEGUINE, Philippe KHAU VAN KIEN, Caroline TOGA, Marie Antoinette VOECKEL, Mireille CLAUSTRES, Michel KOENIG, Claire GUISSART, Marie Claire VINCENT (Montpellier)
00:00 - 00:00 #12731 - P313 Premier cas de diagnostic génétique prénatal pour une mutation du gène RASA1 responsable du syndrome de malformation capillaire & malformation artério-veineuse.
P313 Premier cas de diagnostic génétique prénatal pour une mutation du gène RASA1 responsable du syndrome de malformation capillaire & malformation artério-veineuse.

RASA1-related disease is a rare autosomal dominant disease characterized by capillary malformations, arteriovenous malformations (AVMs) and/or arteriovenous fistulas (AFVs). Penetrance is nearly complete and vascular malformations may cause serious complications such as organ injury due to oxygenation disorder, brain abscess, hemorrhage and stroke. Early diagnosis is useful in order to discuss optimal management, including AVMs/AVFs embolization or surgical procedures, and try to prevent some of the complications. In this context, molecular testing of RASA1 gene mutation in relatives may help to better manage the family. All arteriovenous malformations are however not accessible to such procedures. In addition, these therapeutic procedures may result in potential side effects and complications.

A couple was referred to our genetics unit and asked us for prenatal genetic testing about a RASA1 mutation. The pregnant woman was 25 years old, had no known medical condition and was not related to her husband who carried a heterozygous RASA1 mutation. The husband presented with cutaneous hemangiomas, but without AVMs. His brother, who was the index case, developed a cerebral AVM, diagnosed at the age of 12 months, was treated by several endovascular neuroradiological interventions, however with significant sequelae (severe hemiparesis and mental retardation) because of delayed diagnosis and management.

Here we discuss about arguments that led our team to accept prenatal genetic testing. To the best of our knowledge, no molecular prenatal diagnosis was reported until now in RASA1-related diseases. This first report of prenatal diagnosis in RASA1-related diseases may also offer perspectives for a more general discussion in the field of inherited arteriovenous malformations.


Aurélien PALMYRE (Paris), Mélanie EYRIES, Marie-Victoire SENAT, Augustin OZANNE, Céline BORDET, Stéphanie STARACI, Philippe DUFOUR, Thierry CHINET, Pascal LACOMBE, Florent SOUBRIER, Philippe CHARRON
00:00 - 00:00 #12735 - P314 Etude de la transmission de l'information génétique aux apparentés dans le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire.
P314 Etude de la transmission de l'information génétique aux apparentés dans le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire.

Le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire (SEDv) est une maladie héréditaire prédisposant à la survenue de complications artérielles, digestives et utérines. Outre la possibilité pour les patients de bénéficier d'une prise en charge adaptée et de mesures de prévention diminuant le risque de complications, l'identification d'une mutation du gène COL3A1 permet également de réaliser un dépistage familial de la maladie, à condition que les apparentés aient été préalablement informés. Le décret n°2013-527, paru le 20 juin 2013 fixe les modalités d'information à la parentèle. Il existe peu de données dans la littérature sur le SEDv concernant l'évaluation de la transmission de l'information aux apparentés.

Les objectifs de cette étude sont d'évaluer : i) la transmission effective de l'information génétique aux apparentés ; ii) l'impact de l'annonce diagnostique et le vécu du SEDv. Nous émettons l'hypothèse qu'il pourrait exister un lien entre le vécu de la maladie et la capacité à transmettre aisément l'information à la parentèle.

Un autoquestionnaire a été remis à n=31 cas index majeurs atteints de SEDv, suivis dans le Centre de Référence des Maladies Vasculaires Rares après recueil de leur consentement. La première partie évalue la transmission de l'information aux apparentés, l'intégralité des questions a été élaboré en ce sens. Elle est considérée comme effective si le patient a informé certains ou tous ses apparentés, et aisément réalisée s'il a indiqué ne pas avoir eu de difficulté à informer rapidement l'ensemble de ses apparentés. La seconde partie traite des aspects personnels et familiaux du patient vis-à-vis du vécu de sa maladie.

La transmission effective de l'information aux apparentés est estimée à 96,8%. Les frères et sœurs sont les personnes le plus souvent informées (80,6%). Par ailleurs si cette démarche d'information semble simple à réaliser (60,0%) elle reste cependant inquiétante pour 43,3% des patients. Concernant le vécu de la maladie, i) près de la moitié des patients (48,4%) ont ressenti "beaucoup" ou "énormément" d'anxiété au moment de l'annonce du diagnostic génétique et plus de la moitié d'entre eux ont éprouvé un sentiment de fatalité (54,8%) et de malchance (58,1%) ; ii) 83,9% des cas index estiment que ce diagnostic offre la possibilité de débuter un suivi ; iii) plus de la moitié des cas index ayant des enfants ou en âge d'en avoir éprouvent un sentiment de culpabilité à l'idée de transmettre le SEDv à leur descendance (53,3% et 58,3% respectivement) ; iv) la plupart des cas index interrogés considèrent le SEDv comme une maladie "relativement sévère" (74,2%). Toutefois à l'heure actuelle ces résultats ne permettent pas de confirmer l'hypothèse proposant un lien entre le vécu de la maladie et la capacité à transmettre facilement l'information à la parentèle puisqu'il n'existe pas de différence significative probante entre les réponses des n=10 patients ayant correctement informé leurs apparentés et les n=21 autres patients.


Jean-Michaël MAZZELLA (PARIS), Salma ADHAM, Michael FRANK, Xavier JEUNEMAITRE, Khadija LAHLOU-LAFORET
00:00 - 00:00 #12741 - P315 Evaluation d’un groupe de parole et d’échange dans le dispositif de suivi des consultations de génétique oncologique pour les femmes porteuses d’une mutation identifiée dans l’un des deux gènes BRCA1 ou BRCA2.
P315 Evaluation d’un groupe de parole et d’échange dans le dispositif de suivi des consultations de génétique oncologique pour les femmes porteuses d’une mutation identifiée dans l’un des deux gènes BRCA1 ou BRCA2.

A titre d’étude pilote, dans les suites de la consultation d’oncogénétique du Centre Paul Strauss de Strasbourg, nous avons proposé à des femmes porteuses d’une mutation identifiée dans l’un des deux gènes BRCA1 et BRCA2, (indemnes ou atteintes de cancer) de participer à un groupe de parole et d’échange.

 L’objectif était d’inviter ces femmes à échanger, en dehors du cadre formel de la consultation de résultat et à distance de celle-ci, sur les nombreuses questions inhérentes à la notion de prédisposition génétique. Les rencontres du groupe sont organisées tous les deux à trois mois depuis novembre 2014, co-animés par une psychologue et un conseiller en génétique.

 Au total, 35 femmes y ont participé. D’abord organisé sur deux créneaux possibles, le mercredi et le samedi, seul le créneau du samedi a été conservé après avril 2016 afin d’assurer un nombre suffisant de participantes. Le nombre moyen de participantes le samedi est de 8 personnes. Onze d’entre elles (31%) ne sont venues qu’à une reprise. Quinze (43%) ont participé à 3 rencontres ou plus, quatre enfin (11%) ont assisté à la quasi-totalité.

 Après presque trois années de fonctionnement, nous avons souhaité évaluer l’intérêt de cette pratique au travers d’un questionnaire, envoyé en septembre 2017 à l’ensemble des 35 femmes ayant participé, ne serait-ce qu’une fois, à ces rencontres.

 Ce questionnaire est organisé en 3 volets. Les deux premières parties sont respectivement consacrées aux données socio-démographiques et aux antécédents médicaux carcinologiques éventuels. La troisième partie vise à évaluer directement la pratique du groupe, l’ensemble du questionnaire étant composé d’un total de 20 questions.

Nous présentons les premiers résultats de cette évaluation par retour de questionnaire afin discuter de l’intérêt et des limites d’un tel dispositif et de porter une réflexion plus globale sur les modèles d’accompagnement et de communication dans le suivi des consultations de génétique oncologique.

 


Nicolas TARIS (STRASBOURG), Sophie LAURENT, Hélène SCHUSTER, Jean-Pierre FRICKER
00:00 - 00:00 #12753 - P316 Signature sanguine des microARNs et risque de vasospasme post-hémorragie sous archnoidienne.
P316 Signature sanguine des microARNs et risque de vasospasme post-hémorragie sous archnoidienne.

L'hémorragie sous arachnoidienne (HSA) est une pathologie sévère qui représente 5% de tous les accidents vasculaires cérébraux. Le taux de mortalité avoisine 40% et, dans 50% des cas, les survivants restent handicapés du fait des séquelles neurologiques provoquées par le saignement et/ou ses nombreuses complications. La principale complication de l'HSA est le vasospasme. Cette contraction prolongée d'une artère cérébrale se produit entre le 4ème et le 12ème jour post HSA et provoque une réduction de la perfusion sanguine entrainant des séquelles neurologiques graves. Il n'existe aucun marqueur avéré et utilisé en clinique pour prédire la survenue de cette complication. Nous décrivons ici les résultats d'une étude visant à identifier des microARNs (miARNs) circulants associés au risque de vasospasme à partir d'échantillons sanguins de patients HSA. Pour cela, 32 patients HSA ont été recrutés dans le service de neuro-anesthésie de l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière parmi lesquels 16 ont développé un vasospasme (cas) et 16 n'ont eu aucune complication (témoins). Les cas et les témoins ont été rétrospectivement appariés sur l'âge, le sexe et la sévérité de l'hémorragie. Pour chaque patient, des échantillons de sang ont été prélevés le jour de l'admission des patients pour leur HSA (D0) ainsi que 3 jours avant le diagnostique du vasospasme (D3) (ou le jour correspondant pour le contrôle apparié) et les ARNtotaux contenant les microARNs ainsi que les ARNms ont été isolés à partir de ces échantillons. Le séquençage des miARNs a été réalisé sur un NextSeq500 d'Illumina en préparant les librairies avec le kit «NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina». L'étude du transcriptome a été réalisée par hybridation des ARNms sur puce Illumina Human ref-8v4.0. Le séquençage a permis d'identifier 442 miARNs matures connus et exprimés chez plus de 10 sujets. Une analyse différentielle a été menée au moyen d'un modèle linéaire mixte afin de détecter les miARNs présentant des niveaux d'expression significativement différents selon le statut vasospasme des patients. Au seuil de Bonferroni de 1x10-4, nous avons identifié un miRNA différentiellement exprimé entre les cas et les témoins (p=5.9x10-5). Que ce soit à D0 ou à D3, ce miARN est retrouvé avec des taux plus élevés chez les cas que chez les témoins (6.20 ± 0.36 vs 5.89 ± 0.50 et 6.18 ± 0.55 vs 5.41 ± 0.62, resp.), association validée par qPCR (p=0.04). L'utilisation de différents outils bioinformatiques révèle que ce miARN n'est exprimé que dans le cerveau et le cervelet, et a permis d’identifier plusieurs gènes cibles potentiels. Dans nos données transcriptomiques, parmi ces cibles, 7 présentent des taux sanguins significativement plus bas chez les cas (0,006<p<0,02), associations cohérentes avec un mécanisme de régulation impliquant ce miARN. En conclusion, ce travail identifie un miARN candidat pour le risque de vasospasme chez les patients HSA et suggère de nouvelles voies physiopathologiques d'intérêt.


Anne-Sophie PULCRANO-NICOLAS (Paris), Carole PROUST, Claire PERRET, Maguelonne ROUX, Florian THIBORD, Vincent DEGOS, Sophie GARNIER, David-Alexandre TRÉGOUËT
00:00 - 00:00 #12768 - P317 La recherche de prédispositions génétiques aux pathologies malignes de l’enfant : les dilemmes éthiques posés dans la pratique professionnelle.
P317 La recherche de prédispositions génétiques aux pathologies malignes de l’enfant : les dilemmes éthiques posés dans la pratique professionnelle.

Les techniques de séquençage de nouvelles générations remettent en cause l’estimation traditionnelle de la part des prédispositions génétiques dans les cancers de l’enfant ; en effet, d’une part ces techniques ont permis de découvrir de nouveaux syndromes de prédisposition, puis de démontrer que les gènes ainsi identifiés sont en cause plus largement dans des formes en apparence sporadique ; d’autre part divers programmes de séquençages massifs « tous azimuts » chez des enfants atteints de cancers en apparence sporadique ont pu commencer à révéler une fréquence inattendue de variant rares dans des gènes déjà impliqués dans des syndromes de prédisposition au cancer.

Ces pratiques à l’interface entre clinique et recherche, se développent beaucoup chez l’adulte tout en posant de nombreuses questions éthiques, psychologiques et légales. Le contexte pédiatrique interroge ces mêmes questions en les rendant encore plus prégnante de part la question de la vulnérabilité du patient et de sa famille liée au contexte de la maladie, de l’âge, de l’éventuelle implication familiale, du cadre juridique encore imparfait, et du manque d’outils adaptés pour communiquer et informer famille et enfant dans ce contexte.

Nous proposons de présenter ici l’état des réflexions et des recommandations nationales et internationales sur l’utilisation des techniques de NGS dans un contexte pédiatrique et de réfléchir en quoi elles sont transférables intégralement ou non au contexte onco-pédiatrique. Nous présenterons les résultats d’une enquête exploratoire menée auprès de professionnels par entretien pour recenser les questions éthiques rencontré dans leur pratique et de décrire à partir d’exemple des cas de dilemmes éthiques.  

Comment penser le parcours et le role des acteurs impliqués dans la proposition de recherche de predisposition génétique d’un enfant en onco-pédiatrie ? Comment proposer une information pertinente dans un contexte de vulnérabilité ? Comment mener des projets de recherches rétrospectifs sur des échantillons biologiques d’enfants décédés, quelle communication avec les parents dans quel cadre légal ? Nous pourrons ainsi élaborer une analyse des enjeux éthiques de ces différents cas de figure.


Sandrine DE MONTGOLFIER (PARIS)
00:00 - 00:00 #12782 - P318 Les consultations d'oncogénétique en pédiatrie: quelle place donner à l'enfant? Quelle communication avec lui et avec ses parents?
P318 Les consultations d'oncogénétique en pédiatrie: quelle place donner à l'enfant? Quelle communication avec lui et avec ses parents?

Contexte : La consultation d'oncogénétique en pédiatrie de Gustave Roussy est actuellement réalisée  par un médecin généticien, accompagné d’une psychologue clinicienne et d’une conseillère en génétique. La transdisciplinarité, présente d’emblée, soutient la pratique quotidienne d’accompagnement des enfants et de leurs familles, et le propos de cette communication.

Problématique : Travaillant comme psychologue au sein de ces consultations, après un temps d'observation, j'ai pu questionner avec l'équipe le caractère adapté ou non de la présence des enfants dans la première partie de la consultation, réservée à la réalisation d'un arbre généalogique recensant les antécédents médicaux, principalement de cancer, dans la famille de l'enfant. En effet, certaines histoires familiales peuvent être particulièrement lourdes, et l'arbre généalogique devenir alors un véritable "arbre de mort". Dans quelle mesure les enfants sont-ils au courant de cette histoire? Les parents sont-ils alors en situation de choisir ce dont ils veulent leur parler? Peuvent-ils, à ce moment précis, se montrer contenants si nécessaire ? Comment les enfants vivent ils cette somme d'informations concentrées, brutes, et parfois totalement inédites? Qu’en est-il de leurs parents, disposant de peu de temps de réflexion pour répondre aux questions posées par le corps médical?

Action : Après avoir échangé en équipe, nous avons choisi de scinder dans la mesure du possible ces consultations en deux temps, afin d'évoquer l'histoire familiale et les recherches génétiques pouvant être proposées avec les parents seuls, puis d'accueillir l'enfant et de lui expliquer avec des mots adaptés à son âge la démarche pouvant être initiée.

Discussion : D'autres questions sont alors apparues : quels doivent être les objectifs de chaque temps de consultation, tant sur le plan médical que psychologique ? Jusqu'à quel âge faire ces consultations en deux temps? L'âge peut-il représenter le seul critère pour en décider? Comment intégrer dans cette décision la spécificité propre à chaque famille, comprenant leur histoire familiale, le mode et la qualité de la communication dans la famille autour de la maladie et de l'histoire familiale, le positionnement des parents à ce sujet?

L’objectif de cette communication est de retracer le cheminement de notre équipe depuis deux ans, en reprenant brièvement dans la revue de la littérature des questionnements en lien avec le "juste dire" à l'enfant (en évitant le "non dit" comme le "trop dire"), le risque de "transparence" de l'enfant[1], la façon dont les annonces médicales en pédiatrie ont pu être pensées et questionnées, et la place faite aux parents dans ce contexte. Des vignettes cliniques étayeront le propos.


[1] Gargiulo M,Herson A, Angeard N (2014) Annoncer une maladie génétique à l'enfant. Désir de savoir, besoin de comprendre.Mt pédiatrie, 7(1):8-14


Béatrice CLARET (Villejuif)
00:00 - 00:00 #12825 - P319 Application des techniques de séquençage haut débit dans les projets de mariages consanguins : A propos du cas d’une famille avec cystinose.
P319 Application des techniques de séquençage haut débit dans les projets de mariages consanguins : A propos du cas d’une famille avec cystinose.

Au Maroc, l'incidence des maladies monogéniques, en particulier celles à transmission autosomique récessive, est élevée, en raison du haut taux de consanguinité estimé à 15,25%. L'identification des mutations des gènes associés à une maladie génétique autosomique récessive rare est un problème majeur en génétique médicale en raison de la gravité et de la prévalence de ces maladies.

Il y a quelques année la survenue des technologies de séquençage haut débit ont permis de révolutionner la prise en charge des familles à risque de maladies mendéliennes et plus précisément dans le contexte marocain, des maladies autosomiques récessives vu la fréquence des mariages consanguins.

        Nous avons reçu en consultation de génétique médicale, un couple de cousins germain ayant un projet de mariage, dont la descendance serait à risque de cystinose ; une maladie lysosomale à transmission autosomique récessive causée par des mutations du gène CTNS(17p13) pouvant évoluer vers une insuffisance rénale terminale , diagnostiquée cliniquement chez la sœur du patient.

Le diagnostic moléculaire par séquençage haut-débit au moyen d’un appareil PGM ion torrent et du panel Ion AmpliSeqTM Inherited Disease comprenant le gène CTNS  a permis d’identifier la mutation causale de la maladie qui est la délétion de deux exons (4 et 5) à l’état homozygote chez la malade. Cette délétion a été mise en évidence par PCR sur gel après extraction d’ARN. Chez le couple nous avons pu mettre en évidence la délétion à l’état hétérozygote chez le frère sain et son absence chez la cousine.

Nous rapportons dans cette étude, une des applications majeures du séquençage nouvelle génération. Ces tests devenus plus accessibles et  plus  rapides seraient d’un meilleur rapport coût bénéfice pour les patients et leurs familles ; vu qu’ils ont permis non seulement de faire un diagnostic moléculaire précis pour la patiente malade mais également d’identifier le profil moléculaire du couple consanguin, afin de leur prodiguer un conseil génétique adéquat et les rassurer par rapport au risque pour la descendance.


Wiam SMAILI (PARIS), Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12827 - P320 Prise en charge médico-sociale et socio-éducative des patients porteurs de trisomie 21 en âge d'être scolarisés, à partir de l’étude CNSA des centres de références anomalies du développement et syndromes malformatifs.
P320 Prise en charge médico-sociale et socio-éducative des patients porteurs de trisomie 21 en âge d'être scolarisés, à partir de l’étude CNSA des centres de références anomalies du développement et syndromes malformatifs.

La trisomie 21 constitue l’une des anomalies chromosomiques les plus fréquentes à la naissance. La prévalence est estimée à environ 1 cas pour 2 000 naissances vivantes dans la population française. Les profils de ces enfants peuvent varier fortement selon le niveau de déficience, les comorbidités associés mais également de l’environnement dans lequel ils évoluent. Dans tous les cas, les enfants atteints nécessitent une prise en charge pluridisciplinaire. L’objectif de ce travail était de décrire quantitativement et qualitativement les ressources mobilisées pour la prise en charge médico-rééducative et socio-éducative des patients porteurs de trisomie 21 en âge d’être scolarisés, et de corréler ces données aux évaluations psychométriques systématiques réalisées pour tous les patients. Une étude mixte a été réalisée. L’analyse quantitative a reposé sur les données de l’étude CNSA des centres de références Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs incluant des patients âgés de 4 à 20 ans et porteurs d’anomalies chromosomiques. Les patients avaient été recrutés de septembre 2011 à décembre 2012. Cette étude a été complétée par des entretiens semi-directifs. Les résultats des deux études ont été analysés de manière conjointe. Quatre-vingt quinze patients porteurs de trisomie 21 ont été inclus avec un âge moyen de 10,9 ans. Le sex ratio H/F était de 1,3. Cinq pour cent avaient une déficience intellectuelle profonde, 20% une déficience intellectuelle sévère, 69% une déficience intellectuelle moyenne, 5% une déficience intellectuelle légère et 1% avaient des troubles cognitifs sans déficience intellectuelle. Sur le plan de la scolarisation, 94% des enfants âgés de 4 à 6 ans étaient scolarisés en milieu ordinaire alors que 75% des enfants âgés de 15 à 20 ans étaient en établissements spécialisés. En ce qui concerne la rééducation, l’orthophoniste était le plus sollicité et suivait 93% de la population d’étude. En revanche, ils étaient seulement 23% à avoir un suivi par un kinésithérapeute. Les principales difficultés évoquées par les professionnels de terrain étaient le manque de places et les longues listes d’attente des structures que ce soit pour la scolarisation ou la rééducation. Sur le plan médical, le suivi semblait être régulier. En conclusion, la loi de 2005 sur l’égalité des chance et des droits des personnes handicapés a permis d’importantes améliorations notamment sur l’accès à la scolarisation ordinaire des enfants handicapées. Cependant des progrès restent à faire en particulier sur l’accès aux structures et la poursuite des soins à l’âge adulte.


Pierre-Henri ROUX-LEVY (Dijon), Christine BINQUET, Sophie CHANCENOTTE, Isabelle GUENEAU, Alice MASUREL, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Flavie PIEGELIN, Christel THAUVIN, Patrick EDERY, Didier LACOMBE, Sylvie ODENT, Sylvie MANOUVRIER, David GENEVIÈVE, Nicole PHILIP, Alain VERLOES, Laurence FAIVRE, Catherine LEJEUNE
00:00 - 00:00 #12831 - P321 Diagnostic prénatal non invasif de l’achondroplasie : stratégie optimale combinant échographie et analyse de l’ADN fœtal libre circulant.
P321 Diagnostic prénatal non invasif de l’achondroplasie : stratégie optimale combinant échographie et analyse de l’ADN fœtal libre circulant.

Objective: To assess the performance of non-invasive prenatal testing of achondroplasia using high-resolution melting (HRM) analysis. To propose an optimal  diagnosis strategy combining ultrasound scan and cell-free fetal DNA (cfDNA) analysis.

 

Methods: Prospective multicenter study. CfDNA was extracted from maternal blood from women at risk for fetal achondroplasia (paternal achondroplasia, previous affected child or suspected rhizomelic shortening). The presence of one of the two main FGFR3 mutations was determined by HRM combined with a confirmation by SNaPshot minisequencing. Results were compared with phenotypes obtained by 3D computed tomography, post-natal examination and/or molecular diagnosis by an invasive procedure. Fetal biometry was also analyzed (head circumference and femur length) in order to offer cfDNA for achondroplasia to select fœtus and avoid to many false negative results.

 

Results: Eighty-six blood samples from women at risk were collected (and sixty-five from control women). The overall sensitivity and specificity of the test were respectively 1.00 (95% CI [0.87-1.00]) and 1.00 (95% CI [0.96-1.00]). Critical reduction of femur length for affected fetuses can be observed from 26 weeks of gestation

 

Conclusion: HRM combined with SNaPshot minisequencing represents a reliable assay for noninvasive prenatal testing of achondroplasia. Its implementation in routine clinical care combined with ultrasonography offers an efficient strategy for non-invasive diagnosis of achondroplasia.


Alexandre VIVANTI (Clamart), Jean-Marc COSTA, Audrey ROSEFORT, Pascale KLEINFINGER, Laurence LOHMANN, Anne-Gael CORDIER, Alexandra BENACHI
00:00 - 00:00 #12835 - P322 Interprétation d'études d'association à grande échelle.
P322 Interprétation d'études d'association à grande échelle.

Les études d'association sur génome entier (GWAS) sont conçues pour identifier les gènes sous-jacents aux traits complexes. Dans son contexte initial, cette conception était purement statistique.

Au cours de la dernière décénie, les études d'association sur génome entier ont permis d'identifier des centaines de variants génétiques statistiquement associés à des maladies complexes.

Dans l'ère post-GWAS, le plus grand défi est de combiner les résultats de GWAS avec des données moléculaires et génomiques suplémentaires (carte des caractéristiques épigénétiques, association avec l'expression des gènes – eQTLs, réseaux d'interaction protéine-protéine) afin de caractériser fonctionnellement les associations.

 

Nous avons utilisé un score de fonctionnalité (FUN-V-LDA). Cette méthode est basée sur un modèle d'allocation de Dirichlet latent pour prédire les effets fonctionnels des variants génétiques non codants dans un type cellulaire et un tissu spécifique en intégrant diverses annotations épigénétiques à partir de projets épigénomiques à grande échelle (ENCODE et Roadmap Epigenomics). Les résultats des tests biochimiques dans 127 epigenomes (tissus et lignées cellulaires)  ont été utilisés afin d'évaluer la fonctionnalité de chaque position du génome. Toutefois, cette méthode peut être étendue à n'importe quel algorithme d'annotation (par exemple GenoSklyne, chromHMM). FUN-V-LDA peut signaler une probabilité d'être fonctionnel par locus ainsi qu'une étiquette (enhancer, super-enhancer, promoteur).
En faisant l’intersection des régions d'association et des régions potentiellement fonctionnelles à travers les tissus, nous avons pu identifier l'enrichissement des régions d'association dans des tissus spécifiques.

Trouver des gènes candidats dans un locus d'association implique de définir la portée dans laquelle un SNP peut moduler l'expression d'un gène. La stratégie habituelle est soit de pointer vers le gène le plus proche, soit de définir une région de taille arbitraire et d'accepter tout gène dans cette région en tant que candidat. Nous proposons ici une approche s'appuyant sur les domaines associés topologiques.

Nous avons utilisé les permutations des régions d'association sur le génome afin d'évaluer une p-valeur pour l'association et l'enrichissement. Le processus de permutation identifie les régions qui sont similaires en MAF et en taille aux régions observées afin de permettre un processus apparié.
Ces méthodes ont été appliquées aux études d'association GWAS publiquement disponibles pour divers phénotypes.

 


Lea BELLENGER, Sidwell RIGADE (Nantes Cedex 1), Pierre-François BUSSON, Jean-Jacques SCHOTT, Raluca TEUSAN, Audrey BIHOUÉE, Christian DINA
00:00 - 00:00 #12841 - P323 L’implication des variants rares dans les maladies complexes du développement : exemple de l’holoprosencéphalie.
P323 L’implication des variants rares dans les maladies complexes du développement : exemple de l’holoprosencéphalie.

L’holoprosencéphalie (HPE) est une pathologie du développement cérébral caractérisée par une grande hétérogénéité, à la fois phénotypique et génétique. Quinze gènes sont actuellement impliqués dans l’HPE mais 70% des cas restent inexpliqués. Afin de préciser les bases génétiques de l’HPE, des modes de transmission complexes doivent être considérés. Ainsi, l’HPE a été redéfinie récemment comme une maladie multigénique nécessitant l’accumulation de plusieurs évènements mutationnels touchant des gènes impliqués dans les voies du développement cérébral. Ces évènements mutationnels peuvent correspondre à des variants rares agissant de manière hypomorphe.

 

L’objectif de notre étude a été d’explorer l’origine multigénique de l’HPE et de proposer des nouvelles approches bio-informatiques pour améliorer le diagnostic des maladies génétiques complexes. Trente-six familles atteintes d’HPE pour lesquelles aucun diagnostic moléculaire n’avait pu être établi, ont été sélectionnées pour un séquençage d’exome. Afin d’identifier les variants causaux parmi le grand nombre de variations non-pathogènes détectées par analyse d’exome, une nouvelle approche intégrative a été développée. Cette approche combine l’analyse classique par filtration des données d’exome avec deux stratégies complémentaires : l’une basée sur les connaissances acquises des associations gène-phénotype (bases de données et ontologies); et de l’analyse de transcriptomes et particulièrement l’étude des profils d’expression des gènes au cours du développement cérébral.

 

Cette approche intégrative a permis d’identifier de nouveaux gènes de l’HPE associés à des phénotypes cliniques ou ayant un profil d’expression très similaire aux gènes connus de cette maladie. Plus précisément, en moyenne 11 variants candidats ont été identifiés par famille, la plupart hérités de parents asymptomatiques. L’analyse fine de ces candidats a permis de mettre en évidence l’implication probable de plusieurs variants par patient ayant une association forte avec la maladie. Une récurrence a été révélée pour 5 nouveaux gènes présentant des mutations prédites délétères dans plusieurs familles. Ainsi, nos résultats posent des arguments forts en faveur d’une origine multigénique de l’HPE.

 

Ces travaux nous ont permis de développer une nouvelle approche bio-informatique améliorant l’analyse de données d’exome dans les cas des maladies complexes.  Appliquée à l’étude de l’HPE, elle a révélé l’existence de combinaisons de variants rares et délétères impliquées dans la maladie. Cette méthode a permis l’identification de nouveaux gènes candidats forts pour l’HPE et pourrait à terme constituer un outil essentiel pour le diagnostic. Au-delà de l'identification de nouveaux gènes candidats pour l’HPE, nous contribuons à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans le développement du cerveau antérieur.


Artem KIM (Rennes, Etats-Unis), Clara SAVARY, Christèle DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Charlotte MOUDEN, Houda HAMDI-ROZE, Valérie DUPÉ, Sylvie ODENT, Marie DE TAYRAC, Véronique DAVID
00:00 - 00:00 #12845 - P324 Découvertes fortuites de l’ACPA en prénatal : quand le fœtus permet le diagnostic parental. Questionnements éthiques à l’aube de l’exome prénatal, jusqu’où devons nous aller ?
P324 Découvertes fortuites de l’ACPA en prénatal : quand le fœtus permet le diagnostic parental. Questionnements éthiques à l’aube de l’exome prénatal, jusqu’où devons nous aller ?

La réalisation de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) en diagonstic prénatal sur prélèvement invasif est une pratique qui tend à se généraliser dans les centres multidisciplinaires de diagnostic prénatal. Son indication s’élargit progressivement à l’ensemble des prélèvements fœtaux quelle que soit l’indication. Inéluctablement, cette pratique s’accompagne de découvertes fortuites de pathologies ne concernant pas directement le fœtus (donc sans bénéfice direct attendu) mais possiblement le futur adolescent ou adulte, et souvent l’un des parents et sa famille.

Ces découvertes inattendues sont source de questionnement d’ordre  déontologique et éthique, exacerbé en période prénatale. En l’absence de recommandations et législation claires sur le sujet, le médecin généticien est souvent confronté à une évaluation au cas par cas de la conduite à adopter. Si ces situations restent aujourd’hui anecdotiques, il y a tout à penser qu’elles risquent de devenir quotidiennes avec l’avènement du WGS. Il est d’autant plus important d’y réfléchir dès aujourd’hui pour anticiper nos pratiques futures.

Nous rapportons ici les cas de 2 familles pour lesquelles un prélèvement foetal invasif a été réalisé, respectivement pour hyperclarté nucale et antécédent d’amyotrophie spinale. Pour ces deux fœtus, le caryotype, l’ACPA et pour l’un la recherche d’amyotrophie spinale, n’ont pas mis en évidence de pathologie fœtale et n’ont pas remis en question la grossesse et son pronostic. En revanche, il a été mis en évidence dans la première famille la duplication PMP22 responsable de la maladie de Charcot-Marie-Tooth de type 1A, et dans la seconde une délétion du gène de la Plakophiline-2 (PKP2), responsable de dysplasie arythmogène du ventricule droit (DAVD).

Ces CNVs d’une taille inférieure à 1500 kb ne sont pas nécessairement rendus aux patients (recommandations françaises).  Compte tenu du bénéfice possible en cas d’atteinte parentale si le variant était transmis, il a été décidé de rendre ce résultat aux couples, et de réaliser l’étude parentale.

Ainsi, la duplication de PMP22 a été retrouvée héritée du père,  permettant le diagnostic clinique d’un conjoint pauci-symptomatique et ignorant sa pathologie, qui a pu intégrer de manière précoce des projets de recherche clinique. De la même manière la délétion PKP2 dont les sujets atteints de DAVD sont à risque de mort subite à l’âge adulte, a été retrouvée héritée du père, qui présentait déjà des palpitations mais dont les explorations cardiaques étaient revenues négatives, et dont une sœur venait d’être appareillée par pacemaker avec défibrillateur implantable sans base génétique retrouvée à sa cardiopathie.

Pour ces deux cas de découverte fortuite, il y a eu un bénéfice immédiat de l’étude parentale. Toutefois, bien conscients que ces variants auraient pu être de novo, ou concerner des pathologies sans aucune prise en charge possible, cela soulève la nécessité d’une réflexion commune à l’aube du NGS prénatal.


Rodolphe DARD, Bérénice HERVE (Paris), Delphine FAUVERT, Séverine MOUILLÈRE, Thibaud QUIBEL, Joëlle ROUME, Denise MOLINA-GOMES, François VIALLARD
00:00 - 00:00 #12852 - P325 Non-rendus du dépistage prénatal non invasif sur sang maternel (cfDNA): rôle de l’ héparine de bas poids moléculaire.
P325 Non-rendus du dépistage prénatal non invasif sur sang maternel (cfDNA): rôle de l’ héparine de bas poids moléculaire.

Introduction: Dans 1 à 4% des cas de dépistage prénatal non invasif sur sang maternel (cfDNA), il n’est pas possible de rendre un résultat à la patiente. De récentes études posent la question du rôle d’un traitement par héparine de bas poids moléculaire (HBPM) dans ces échecs. L’objectif de notre étude est d’évaluer le lien entre traitement par HBPM chez la mère et résultats du cfDNA.

Méthodes: Les analyses du cfDNA ont été réalisées sur des échantillons tests avant et après administration d’héparine, en faisant varier les doses afin de simuler plusieurs situations cliniques. L’étude du cfDNA a été faite par séquençage à haut débit. Par ailleurs, nous analysons les caractéristiques et les résultats de patientes traitées par héparine ayant eu un non-rendu au premier prélèvement du cfDNA au sein du laboratoire CERBA. Le projet a été accepté par le comité local d’éthique.

Résultats: Au sein de tous les échantillons testés, aucune différence concernant le nombre de lectures ou la fraction fœtale n’a été retrouvée, avant et après administration HBPM. Parmi l’ensemble des échantillons analysés entre 2013 et 2016, il n’a pas été possible de rendre un résultat après le premier essai pour 86 d’entre eux. 52,9% des échecs peuvent être imputés à une faible fraction fœtale. Dix sept des 86 patientes (19,8%) étaient traitées par héparine au moment du prélèvement sanguin et environ la moitié pour une maladie auto-immune (lupus érythémateux disséminé, syndrome des anticorps antiphospholipides). Deux patientes ont accouché d’enfants présentant des malformations complexes. Sept patientes (41,2%) ont eu un deuxième échec de la technique.

Conclusion: Nos analyses in vitro tout comme l’analyse de notre cohorte permettent d’exclure l’héparine comme cause associée aux non rendus du cfDNA. L’hypothèse la plus probable à ce jour serait plutôt celle d’un échec causé par la pathologie indiquant le traitement et notamment les maladies auto-immunes.


Yohann DABI (Paris), Sarah GUTERMAN, Alexandra LETOURNEAU, Jean-Marc COSTA, Alexandra BENACHI
00:00 - 00:00 #12859 - P326 Apport de l’analyse chromosomique sur puces à ADN dans la compréhension des mécanismes à l’origine des cardiopathies conotroncales dépistées en anténatal : bilan d’une étude multicentrique nationale incluant 235 fœtus.
P326 Apport de l’analyse chromosomique sur puces à ADN dans la compréhension des mécanismes à l’origine des cardiopathies conotroncales dépistées en anténatal : bilan d’une étude multicentrique nationale incluant 235 fœtus.

Introduction : Les cardiopathies congénitales sont une des premières causes de décès néonataux dans les pays développés avec une incidence entre 0,5 et 1% des naissances. Elles peuvent être isolées (CCI) ou associées à d’autres malformations congénitales avec, dans le dernier cas, un pronostic plus sévère. Dans environ 20% des cas, une anomalie chromosomique, comme la trisomie 21, le syndrome de Turner, la trisomie 18 ou le syndrome de Di Georges, peut être identifiée, justifiant ainsi la réalisation d’un geste invasif durant la période prénatale. Plusieurs études ont montré, en diagnostic pré et post-natal, l’utilité de la réalisation d’une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) en plus d’un caryotype avec l’identification, en fonction de la présence ou non de signes d’appel échographiques, de 4 à 10% d’anomalies supplémentaires. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’apport de l’ACPA dans la prise en charge des CC isolées (CCI) diagnostiquées en anténatal en routine diagnostique.

Matériel et méthode : Un appel à collaboration national a été réalisé afin de colliger l’ensemble des résultats obtenus par ACPA en cas de CCI pour les centres réalisant cette analyse de façon systématique. Seuls les fœtus ayant une CCI, diagnostiquée en 2015, sans anomalie identifiée au caryotype conventionnel ont été inclus dans cette étude. Ont été exclus de cette étude les cardiomyopathies, les situs inversus ainsi que les transpositions des gros vaisseaux isolées dont l’étiologie est reconnue comme n’étant pas chromosomique. Tous les types de prélèvements ont été inclus, ainsi que tous les types de résolution d’ACPA.

Résultats : Au total, 17 laboratoires français de Cytogénétique ont répondu à cet appel, et 235 fœtus ont été inclus dans cette série. La CCI était dans 16% une anomalie septale, 5,4% une obstruction du VD, 20% une obstruction du VG, 25% une pathologie conotroncale, 21% une anomalie complexe et dans 12% une autre malformation congénitale.

33 CNVs ont été rapportés par les laboratoires, 19 ont été considérées comme pathogènes, dont 16 avec un CNV connu, 6 comme un VOUS et 8 comme un variant. Le taux d’anomalie est donc 14,0%, variant de 0 à 16,7% (anomalie conotroncale). Parmi les CNVs connus, la délétion 22q11.2 a été rapportée 10 fois, la duplication 22q11.2 et la délétion 8p23, 2 fois chacun.

Discussion : En ne considérant que les CNVs pathogènes, le taux d’anomalies surajouté en réalisant une ACPA en plus d’un caryotype est de 8,1%, un taux comparable à celui de la littérature entre 3 et 16% (Méta-analyse de Jansen et al, 2015 : 6,4%). Ce taux est de 3,1% en excluant les anomalies de la région 22q11.2, soit un taux proche des 3,4% rapportées par Jansen et al. Ceci démontre donc l’utilité de cette technique en cas de CCI, et démontre que les anomalies de la région 22q11.2 ne sont pas les seules anomalies à rechercher dans cette indication en diagnostic prénatal.


Marguerite HUREAUX, Sarah GUTERMAN, Bérénice HERVE, Marianne TILL, Sylvie JAILLARD, Sylvia REDON, Mylene VALDUGA, Charles COUTTON, Chantal MISSIRIAN, Fabienne PRIEUR, Brigitte SIMON-BOUY, Claire BÉNÉTEAU, Paul KUENTZ, Caroline ROORYCK-THAMBO, Nicolas GRUCHY, Nathalie MARLE, Morgane PLUTINO, Céline DUPONT, Jacques PUECHBERTY, Caroline SHLUTH-BOLARD, Laurent SALOMON, Damien SANLAVILLE, Valerie MALAN, François VIALARD (Poissy)
00:00 - 00:00 #12863 - P327 UHRF1 (« ubiquitin-like with PHD and ring finger domains 1 ») coordonne l’extinction épigénétique de MIR137HG, un gène suppresseur de tumeur réprimé dans différents types de tumeurs solides.
P327 UHRF1 (« ubiquitin-like with PHD and ring finger domains 1 ») coordonne l’extinction épigénétique de MIR137HG, un gène suppresseur de tumeur réprimé dans différents types de tumeurs solides.

Introduction : Les micro-ARNs (miRs) modulent de manière physiologique l’expression de nombreux gènes humains. Ils participent ainsi à des fonctions essentielles de l’organisme, telles que la régulation du cycle cellulaire. La répression de plusieurs dizaines de miRs est observée de manière récurrente et précoce dans différents types de tumeurs. Ici, nous nous sommes intéressés au gène MIR137HG qui code le miR-137 et qui est épigénétiquement réprimé au niveau de tumeurs colorectales bénignes et malignes ainsi que dans diverses autres tumeurs solides. La restauration de l’expression du miR-137 dans des lignées cancéreuses humaines engendre une diminution de la prolifération et un arrêt du cycle cellulaire au stade G0/G1. Ces observations suggèrent que MIR137HG est un gène suppresseur de tumeur.

Objectifs : Le mécanisme épigénétique qui conduit à la répression du gène MIR137HG demeure inconnu. Cette étude avait pour objectifs : i) de vérifier l’extinction précoce du gène MIR137HG dans des tissus tumoraux colorectaux, ii) de confirmer ses propriétés anti-tumorales, et iii) d’identifier certaines des protéines et enzymes qui contribuent à sa répression.

Résultats : L’immunoprecipitation de la chromatine de cellules HCT116 a révélé la présence d’UHRF1, DNMT3B (et non DNMT1 et DNMT3a) et des répresseurs transcriptionnels HDAC1 et G9a sur le promoteur du gène MIR137HG. Ces mêmes acteurs protéiques de la répression génique ont été retrouvés au niveau du gène PPARG, un gène suppresseur de tumeur bien connu. Par des expériences de pyroséquençage à partir d’ADN traité au bisulfite et de Western Blot sur un panel de tumeurs colorectales, nous avons révélé une corrélation entre la surexpression de la protéine UHRF1 et l’hyperméthylation du gène MIR137HG. Un résultat opposé a été obtenu pour les tissus sains colorectaux appariés. Nous avons également démontré que le miR-137 régulait négativement Cdk6 (cyclin dependent kinase 6) et Cdc42 (cell division cycle 42). Cdk6 est une kinase importante pour la progression de la phase G1 et la transition G1/S du cycle cellulaire. Cdc42 est un membre connu de la famille des Rho GTPases, qui régule différentes voies de signalisation contrôlant diverses fonctions cellulaires telles que la morphologie cellulaire, la migration, l’endocytose et la progression du cycle cellulaire. De plus, l’expression ectopique du miR-137 inhibe la prolifération et entraine la senescence des cellules HCT116.

Conclusion : Nous apportons ici l’évidence que la protéine UHRF1 coordonne la mise sous silence épigénétique du gène MIR137HG. La surexpression de la protéine UHRF1 pourrait également être impliquée dans l’inhibition génique d’autres miRs gènes suppresseurs de tumeurs, mécanisme qui constituerait un évènement précoce de la cancérogenèse. Actuellement, nous étudions d’autres miRs possédant des propriétés anti-cancéreuses reconnues ainsi que d’autres types de tumeurs solides afin de vérifier cette hypothèse.


Marlène LE TERTRE (Brest), Chandran KA, Maxime LECOURT, Laurent CORCOS, Claude FEREC, Gérald LE GAC
00:00 - 00:00 #12865 - P328 Le séquençage haut débit : Préférences et expériences des parents d'enfants atteints de maladies rares. Une recherche mixte interdisciplinaire.
P328 Le séquençage haut débit : Préférences et expériences des parents d'enfants atteints de maladies rares. Une recherche mixte interdisciplinaire.

Le séquençage à haut débit (SHD) est en voie de transformer considérablement le domaine des pathologies du développement, et le diagnostic en génétique médicale de manière plus générale. Avant le transfert en pratique quotidienne du SHD d'exome, en particulier pour l’expertise diagnostique, il est nécessaire de pouvoir anticiper l’information à communiquer aux patients au regard des différentes catégories de résultats possibles (variants inconnus, incertains, données secondaires) pour obtenir leur consentement éclairé pour la réalisation de l’examen. L’un des principaux défis est de délivrer une information de qualité en adéquation avec les attentes et les besoins des patients au cours de leur trajectoire de soin.

Pour étudier ces enjeux éthiques, sociaux et économiques, une méthodologie mixte - basée sur une approche quantitative menée en amont du SHD et une approche qualitative déployée en aval du SHD - a été mise en œuvre par un groupe pluridisciplinaire composé de chercheurs en sciences humaines et sociales et d'associations de patients dans deux centres d'expertise pour les maladies rares en France.

528 parents d'enfants atteints de pathologies du développement, qui étaient des candidats potentiels pour le séquençage d’exome (WES), ont rempli des questionnaires qui visent à révéler leurs préférences concernant la nature des résultats à fournir et leur annonce. Nous avons pu montrer que les parents souhaitaient disposer d'une information complète, y compris vis-à-vis des résultats incertains et des résultats secondaires, et qu’ils étaient aussi favorables à une réanalyse annuelle automatique. L'étude a souligné l'importance d'apprendre aux parents à mieux comprendre l'information génétique.

Dans le cadre de l'étude qualitative, 57 parents ont été interviewés juste après l'annonce des résultats de SHD afin de comprendre de manière approfondie l’expérience des familles. L’attente principale était de donner un nom, de trouver « la cause ». Les parents rencontrés évoquaient leur besoin de pouvoir anticiper l’avenir au mieux pour leur enfant, et de pouvoir s’identifier à un groupe. Quel que soit le type résultat (positif, incertain ou négatif), le SHD a été considéré comme une étape importante et non comme une fin en soi et a donné naissance à des sentiments ambivalents allant de la satisfaction aux inquiétudes.

L’un des apports de notre analyse mixte et interdisciplinaire fut de saisir toute la diversité des préférences, des attentes et des vécus des parents, mais aussi de pouvoir dégager des points saillants pour améliorer leur accompagnement. Par exemple, l’accès au « monde » de la génétique et à son langage nécessiterait de dédier une consultation à l’explication des résultats possibles suite au SHD, en amont du consentement. Ensuite, l’engagement et le soutien proposé par les équipes dont les parents soulignent les bienfaits doit s’étendre à différents moments du suivi, notamment lors de la période d’attente des résultats, et après leur annonce.

 


Aline CHASSAGNE, Aurore PELISSIER, Françoise HOUDAYER, Elodie GAUTIER, Elodie CRETIN, Christel THAUVIN-ROBINET, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Anne-Sophie LAPOINTE, Christine PEYRON, Laurence FAIVRE (DIJON)
00:00 - 00:00 #12875 - P329 Présentation du phénotype foetal du syndrome de Treacher Collins, à propos d’une série de 10 fœtus.
P329 Présentation du phénotype foetal du syndrome de Treacher Collins, à propos d’une série de 10 fœtus.

Le syndrome de Treacher-Collins/Franceschetti (STC, MIM 154500) appartient au groupe hétérogène des dysostoses mandibulo-faciales. Les signes classiques majeurs du STC sont l’hypoplasie mandibulaire et malaire, les fentes palpébrales orientées en bas et en dehors ainsi qu’une microtie. Trois gènes sont connus pour être responsables de STC : TCOF1 (MIM 606847), POLR1D (MIM 613715) et POLR1C (MIM 610060). Ces 3 gènes expliquent plus de 90% des causes de STC de forme classique. A cette hétérogénéité génétique s’associe une variabilité phénotypique, sans corrélation génotype-phénotype connue. Lorsque la ou les mutations familiales sont connues, le diagnostic prénatal ne se limite pas à l’analyse moléculaire, car les mutations ne présagent pas de la gravité du phénotype. Le diagnostic échographique est possible, mais peut être faussement rassurant dans les formes frustres. Lorsque le STC est évoqué en prénatal, le pronostic est principalement lié à la sévérité du phénotype. Il y a peu de cas fœtaux ayant eu un examen foetopathologique décrits dans la littérature.

Cette étude rétrospective multicentrique est issue d’un travail collaboratif avec les membres de la Société Française de Fœtopathologie (SOFFOET). Les données échographiques et de l’examen fœtopathologique ont été recueillies pour chaque cas. Le diagnostic de STC reposait sur la présentation clinique du fœtus. L’ensemble des données a été comparé aux cas prénataux précédemment publiés et aux études cliniques post-natales. Les échelles post-natales publiées ont été appliquées à ces cas prénataux pour évaluer leur pertinence clinique en anténatal.

Nous avons rassemblé 10 fœtus : huit issus d’une interruption médicale de grossesse, un fœtus mort in utero et un nouveau-né décédé en période néonatale précoce. Le diagnostic avait été évoqué à l’échographie pour 9 des 10 fœtus. L’examen fœtopathologique a retrouvé les éléments phénotypiques ayant fait suspecter échographiquement le STC chez ces 9 fœtus et a permis d’évoquer ce diagnostic chez le dernier fœtus. Six fœtus ont bénéficié d’une analyse moléculaire, trois étaient mutés dans TCOF1 et un fœtus était muté dans EFTUD2. Pour quatre fœtus, l’ADN était indisponible ou en quantité et qualité insuffisantes pour confirmer moléculairement le diagnostic de STC. Cinq cas avaient des signes rares du STC tels que des malformations cardiaques, rénales, rachidiennes ou des organes génitaux externes. Huit des dix fœtus avaient des scores de gravité sévères. Nous proposons un score adapté à l’anténatal, au vu de l’absence de certains signes en prénatal. 

Les fœtus ayant un phénotype de STC diagnostiqués en anténatal ont un phénotype sévère, confirmés par l’examen fœtopathologique. Les scores de gravité utilisant les signes détectables à l’échographie peuvent être utilisés en prénatal. Ils peuvent venir en complément du diagnostic moléculaire lorsque celui-ci est fait en prénatal.


Constance WELLS (Montpellier), Marion IMBERT BOUTEILLE, Tania ATTIÉ-BITACH, Nicole BIGI, Maryse BONNIÈRE, Bettina BESSIÈRES, Sophie BLESSON, Laurence LOEUILLET, Philippe LOGET, Dominique MARTIN COIGNARD, Joelle ROUME, Stanislas LYONNET, Philippe KHAU VAN KIEN, Christine COUBES, Patricia BLANCHET, Collet CORINNE, David GENEVIÈVE, Marie Josée PEREZ
00:00 - 00:00 #12882 - P330 Etude de la survie des patients atteints de mucoviscidose en France : importance de la prise en compte des données génétiques.
P330 Etude de la survie des patients atteints de mucoviscidose en France : importance de la prise en compte des données génétiques.

Introduction : La mucoviscidose est une maladie autosomale récessive causée par des mutations dans le gène CFTR, qui présente une forte hétérogénéité allélique. L’impact clinique de certains variants reste difficile à évaluer à ce jour, or les patients portant de tels variants sont souvent inclus dans les registres de mucoviscidose et donc dans les études de survie qui en découlent. L'objectif de cette étude était d’étudier, par deux méthodes développées récemment, la survie des patients atteints de mucoviscidose en France, de manière globale mais également en se limitant aux formes classiques de la maladie.

Méthodes : La survie a été estimée à partir des données du Registre Français de Mucoviscidose en appliquant : 1) Une méthode transversale, basée sur un modèle de Cox à entrée retardée, permettant, à partir de l’observation de la structure de la population atteinte à un moment donné, d’obtenir une médiane de survie prédite [Sykes et al. J Clin Epidemiol 2016]. 2) Une méthode longitudinale, basée sur la méthode de Kaplan-Meier, permettant, à partir du suivi d’une cohorte de naissance, de tracer une courbe de survie et d’obtenir la médiane de survie réelle lorsque 50 % des patients de la cohorte sont décédés. La médiane de survie ne pouvant être estimée pour les cohortes de courte durée de suivi, un modèle de Weibull a été appliqué pour projeter la courbe de survie au-delà de la période de suivi et ainsi prédire la médiane de survie [Jackson et al. Thorax 2011]. Les analyses de survie ont été menées globalement, par sexe, puis ont été restreintes aux patients présentant des formes classiques de mucoviscidose (patients portant deux mutations causales (« CF-causing ») ou deux exemplaires de la mutation majoritaire p.Phe508del).

Résultats : La méthode transversale a été appliquée sur la période 2011-2015, durant laquelle 7199 patients ont été enregistrés dans le Registre et 281 décès sont survenus. La médiane de survie prédite était de 57,6 ans (IC à 95 %: [52,2-67,1]). La méthode longitudinale a, elle, pu être appliquée sur la première cohorte de naissance formée depuis la création du Registre (cohorte 1992-1996). Cette cohorte comprenait 971 patients parmi lesquels 91 sont décédés, et la médiane de survie était prédite à 49,3 ans (IC à 95 %: [40,7-59,6]). Les estimations obtenues par les deux méthodes étaient de quatre à huit ans plus faibles chez les patients portant deux mutations causales (53,2 et 41,8 ans respectivement) et encore plus faibles chez les patients homozygotes pour la mutation p.Phe508del (52,2 et 38,6 ans). Les indicateurs de survie étaient systématiquement plus faibles chez les femmes.

Discussion : Cette étude montre qu’il est important de bien spécifier la méthode d’analyse de survie utilisée et de définir la population étudiée. En raison de l’hétérogénéité des patients inclus dans les registres, les études de survie restreintes aux formes classiques de mucoviscidose devraient faciliter les comparaisons internationales.


Carine L’HOSTIS, Clémence DEHILLOTTE, Lydie LEMONNIER, Gil BELLIS, Gilles RAULT, Sophie RAMEL, Pierre-Régis BURGEL, Claude FÉREC, Virginie SCOTET (Brest)
00:00 - 00:00 #12884 - P331 Malformation cardiaque congénitale isolée en période prénatale : résultats d’une étude prospective par ACPA systématique sur une cohorte de 70 patientes.
P331 Malformation cardiaque congénitale isolée en période prénatale : résultats d’une étude prospective par ACPA systématique sur une cohorte de 70 patientes.

Les malformations cardiaques congénitales (MCC) figurent parmi les malformations les plus fréquentes et sont estimées à 1% des naissances vivantes soit environ 5000 enfants par an.

Pour ces enfants et leurs familles, les enjeux liés à la morbi-mortalité cardiaque elle-même sont majeurs. D’autres enjeux pronostiques, dont un trouble du neuro-développement, sont parfois identifiés notamment lorsque ces MCC sont liées à une origine chromosomique. De nombreux loci chromosomiques ont ainsi été rapportés dans la littérature médicale : 22q11, 4q35, 7q11, 11q23, 1p36, 8p23…. Il est donc particulièrement important de distinguer les situations où les MCC sont idiopathiques et isolées des situations où elles sont en rapport avec une anomalie chromosomique, notamment dans le cadre du diagnostic prénatal.

Actuellement, selon le guide de bonnes pratiques de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) en période prénatale, la réalisation d’une ACPA en cas de syndrome polymalformatif fœtal est indiquée et largement mise en œuvre. Par contre, l’indication d’une ACPA après le diagnostic d’une MCC d’allure isolée reste discutée, au cas par cas au sein des centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal (CPDP) qui peuvent avoir des attitudes assez variables. Les conditions de réalisation d’une ACPA dans le cadre d’une malformation isolée restent imprécises (gravité, expérience personnelle, possibilités techniques ou financières ?) et non encore fondées sur une argumentation médicale et scientifique.

Notre étude prospective rapporte les résultats de la réalisation systématique d’une ACPA à partir d’un prélèvement de liquide amniotique sur une cohorte de 70 femmes enceintes, après information et consentement adaptés, pendant une période de 3 ans dans les CPDP de Rennes et Saint-Brieuc, pour lesquelles une malformation cardiaque congénitale fœtale isolée a été confirmée.

Nous avons également comparé les taux d’anomalies identifiées par caryotype + FISH 22q11 versus ACPA ; les données échographiques cardiaques pré et postnatales ou avec les données fœtopathologiques (si IMG); et la nature des déséquilibres chromosomiques avec le type de MCC.

Nous discutons de la nouvelle stratégie prénatale, de l’attitude médicale à anticiper lors de la découverte de VOUS en période prénatale et des limites de cette étude liée à la taille de la cohorte.


Flora ROBLOT (Rennes), Sylvie JAILLARD, Gwenaelle LE BOUAR, Claire COMBESCURE, Chloé QUELIN, Mélanie FRADIN, Florence DEMURGER, Marion BEAUMONT, Erika LAUNAY, Adeline BASQUIN, Anne-Sophie LEBORGNE, Josette LUCAS, Sylvie ODENT, Emmanuel OGER, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Laurent PASQUIER
00:00 - 00:00 #12885 - P332 Duplication de 377 kb en 18q23 héritée du père chez un fœtus de sexe masculin avec atrésie pulmonaire à septum ouvert et rein pelvien unique.
P332 Duplication de 377 kb en 18q23 héritée du père chez un fœtus de sexe masculin avec atrésie pulmonaire à septum ouvert et rein pelvien unique.

En contexte prénatal, l’interprétation des CNV mis en évidence en analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA) peut s’avérer particulièrement difficile, notamment pour les petites duplications de moins d’1 Mb.

Nous rapportons un fœtus de sexe masculin chez qui ont été identifiés à l’échographie du 2ème trimestre une atrésie pulmonaire à septum ouvert (APSO) avec dilatation de l’aorte ascendante et valve aortique sténosante, et un rein unique pelvien droit. Les deux parents présentent une déficience intellectuelle, associée chez la mère à une sténose valvulaire pulmonaire modérée et une scoliose dorso-lombaire. L’ACPA réalisée à partir du liquide amniotique a révélé une duplication de 377 kb en 18q23 héritée du père et impliquant 5 gènes dont 2 gènes répertoriés dans la base de données OMIM : CTDP1 et TXNL4A.

Les parents ont demandé une interruption médicale de grossesse. L’examen fœtopathologique a révélé un fœtus de sexe masculin eutrophe, confirmé l‘existence d’une APSO avec dysplasie de la valve aortique et CIV bourgeonnante, et retrouvé une dysmorphie (hypertélorisme, nez large, philtrum long et plat, lèvre supérieure fine et palais ogival), une brachymésophalangie des 5èmes doigts, un pied droit varus, une fossette sacrée borgne, des poumons bilobés, un rein en fer à cheval et une cryptorchidie.

Un fœtus porteur d’une duplication de 450 kb en 18q23 impliquant les mêmes gènes a été rapporté dans la littérature (Isidor B, Winer N, Joubert M, Boisseau P, Le Caignec C, Bocéno M, Fallet C, David A, Rival JM. Inherited 18q23 duplication in a fetus with multiple congenital anomalies. Eur J Med Genet. 2008 May-Jun;51(3):231-8.) Il présentait des malformations cardiaques similaires (CIV, arche aortique hypoplasique) des malformations cérébrales (agénésie du corps calleux, hypoplasie cérébelleuse, agénésie postérieure du vermis, hétérotopie nodulaire, hypoplasie des noyaux gris sous-corticaux et lissencéphalie), pulmonaires, digestives et squelettiques, associées à une dysmorphie cranio-faciale.

Nous rapportons donc le deuxième fœtus avec syndrome polymalformatif associé à une duplication en 18q23 impliquant les gènes CTDP1 et TXNL4A, et hérité d’un père sans malformation. Plusieurs éléments phénotypiques communs à ces deux fœtus sont en faveur de la pathogénicité de ce CNV.


Valentine MARQUET (Limoges), Sylvie BOURTHOUMIEU, Sophie MARTIN, Jean-Luc EYRAUD, Catherine YARDIN
00:00 - 00:00 #12886 - P333 Prise en charge des couples avec un lien de parenté en diagnostic pré-implantatoire (DPI).
P333 Prise en charge des couples avec un lien de parenté en diagnostic pré-implantatoire (DPI).

En France, le DPI des maladies monogéniques repose principalement sur la technique de PCR multiplex permettant de réaliser simultanément, sur 1 seule cellule embryonnaire,  une analyse génétique indirecte via l’étude de plusieurs marqueurs microsatellites et d’une analyse directe de la/des mutation(s) causale(s).

 

A ce jour, dans le centre de DPI de Montpellier, l’étude de faisabilité génétique pré-DPI a été réalisée pour 189 couples à risque de transmettre une maladie autosomique récessive. Parmi ces familles, 17 couples (9%) présentaient un lien de parenté (cousins germains le plus souvent). L’étude génétique a montré que douze de ces couples présentaient le même haplotype associé à la mutation causale, pouvant être à l’origine de difficultés d’interprétation des résultats lors des DPI, parmi lesquelles :

- un embryon atteint (ayant hérité des 2 haplotypes liés au gène muté des deux membres du couple) est indiscernable d’un embryon « anormal » comprenant un seul haplotype. Ce premier cas relève seulement d’une difficulté de génotypage sans conséquence pour le couple, puisque ces embryons ne sont, de toute façon, pas transférables.

- un embryon hétérozygote (porteur d’un haplotype lié au gène muté hérité de l’un des 2 parents, et d’un haplotype lié au gène sain de l’autre parent) est indiscernable d’un embryon présentant 2 haplotypes hérités d’un parent et 1 haplotype de l’autre, ou d’1 embryon présentant une contamination par de l’ADN maternel.

Ces situations sont loin d’être exceptionnelles dans le cadre du DPI et peuvent conduire, chez ces couples, au transfert d’embryons interprétés comme « sains » alors qu’ils pourraient être « anormaux » (risque de ne non-implantation), voire atteints.

 

Depuis 2015, afin de déterminer précisément le nombre d’haplotypes transmis par chacun des parents dans les embryons (et/ou observer une éventuelle contamination maternelle), nous recherchons des marqueurs sur le chromosome d’intérêt, pour lesquels le couple présente 4 allèles de taille différente.

Lorsque le gène d’intérêt est situé sur un chromosome pour lequel des gènes ont déjà fait l’objet de mises au point lors de demandes de DPI antérieures dans notre centre, nous utilisons les protocoles de PCR multiplex déjà développés, ce qui permet le plus souvent de trouver au moins un marqueur totalement informatif.

Dans le cas contraire, nous recherchons dans les banques de données des marqueurs éloignés du gène d’intérêt et les testons pour identifier au moins 1 marqueur informatif.

Le ou les marqueurs identifiés sont alors intégrés dans la PCR multiplex.

 

Nous avons appliqué cette stratégie à des couples présentant des mutations dans les gènes CFL2, CFTR, ERCC2, HBB, MAN2B1, NPHS1 et TCIRG1.

A ce jour, ces mises au point ont été utilisées lors de 3 cycles de DPI pour 2 couples. Une grossesse est actuellement en cours pour un couple présentant une double indication drépanocytose et myopathie à némaline.


Victoria VIART (Montpellier), Florielle SAGUET, Aliya ISHMUKHAMETOVA, Stéphanie PLAZA, Garance VERRIÈRE, Michel KOENIG, Mireille CLAUSTRES, Anne GIRARDET
00:00 - 00:00 #12893 - P334 2002-2016 : 15 ans d’expérience de Diagnostic préimplantatoire (DPI) des maladies monogéniques au CHU de Montpellier.
P334 2002-2016 : 15 ans d’expérience de Diagnostic préimplantatoire (DPI) des maladies monogéniques au CHU de Montpellier.

Depuis 2002, le CHU de Montpellier est autorisé à pratiquer le diagnostic préimplantatoire (DPI). Nous rapportons ici le bilan de 15 ans d’expérience de DPI des maladies monogéniques au centre de Montpellier de 2002 à 2016.

            Au début de l’activité, nous avons commencé à développer des DPI pour les maladies monogéniques les plus fréquentes (mucoviscidose, dystrophie musculaire de Duchenne, maladie de Huntington, etc…), puis l’activité s’est élargie aux indications très rares avec des diagnostics mis au point pour un seul couple.

            Pour chaque maladie, une PCR multiplex basée sur l’étude de marqueurs microsatellites localisés dans ou à proximité du gène d’intérêt est mise au point. Lorsque la/les mutation(s) familiale(s) causale(s) sont étudiables à l’échelle unicellulaire, leur détection est combinée à l’analyse indirecte. Fin 2016, des protocoles de DPI avaient été mis au point pour 74 maladies.

            Dans notre centre, 1372 couples ont fait une demande de DPI pour 244 indications différentes : 50,4% pour une maladie de transmission autosomique dominante, 29,2% pour une maladie autosomique récessive et 20,3% pour une maladie liée à l’X. La mucovicidose (170 couples), la dystrophie myotonique de type 1 (149 couples), la maladie de Huntington (134 couples), le syndrome de l’X Fragile (95 couples) et l’amyotrophie spinale infantile (89 couples) représentent les demandes les plus fréquentes. Sur les 1372 demandes initiales, 1249 couples ont débuté les tests préalables à tout DPI (bilans bio-cliniques, caryotypes, sérologies…), 428 couples n’étaient pas éligibles pour diverses raisons (réserve ovarienne altérée, indication refusée par le CPDPN, diagnostic non disponible dans notre centre au moment de la demande…), 821 étaient a priori éligibles pour un DPI, et une étude de faisabilité génétique pré-DPI a été réalisée pour 571 couples. Un total de 1057 cycles de DPI a été initié pour 447 couples parmi lesquels 183 ont été annulés en cours de stimulation ovarienne (hypo/hyper-réponse). Sur les 4735 embryons biopsiés à J3, 4278 ont été diagnostiqués (43% sains, 35% atteints et 22% non transférables car présentant des anomalies du nombre d’haplotypes), 1144 embryons ont été transférés et 247 bébés sont nés vivants (45 après DPI pour la maladie de Huntington, 45 pour la mucoviscidose, 23 pour la dystrophie myotonique de type 1, 21 pour l’amyotrophie spinale infantile, et 113 pour 33 autres indications).

            De 2002 à 20016, nous avons fait évoluer nos protocoles afin d’accepter désormais la majeure partie des demandes de DPI (mutations de novo par exemple). Au fil du temps, nous avons réduit les délais de mise au point pour les « nouvelles indications » de manière à prendre en charge plus rapidement les couples demandeurs d’un DPI.


Aliya ISHMUKHAMETOVA, Stéphanie PLAZA (MONTPELLIER), Victoria VIART, Garance VERRIERE, Florielle SAGUET, Samir HAMAMAH, Isabelle COUPIER, Emmanuelle HAQUET, Carole CORSINI, Tal ANAHORY, Marjolaine WILLEMS, Mireille CLAUSTRES, Anne GIRARDET
00:00 - 00:00 #12894 - P335 Coblance : objectif 2000 patients en 2018.
P335 Coblance : objectif 2000 patients en 2018.

Le cancer de la vessie représente la 6ème cause de cancer en Europe et la 2ème cause de cancer de l’appareil urinaire. Ce cancer s’accompagne de longues périodes de suivi, de taux élevés de récidives, d’interventions chirurgicales multiples et de surveillance invasive qui en font un des cancers les plus coûteux. Actuellement, il n’existe aucun traitement ciblé efficace ni de marqueur prédictif de récidive ou de progression de la maladie.

COBLAnCE (COhorte for BLAdder canCEr) est une cohorte prospective de 2000 patients nouvellement diagnostiqués pour un cancer de vessie et suivis pendant 6 ans. Des données cliniques, environnementales, économiques, et de qualité de vie sont collectées à l’inclusion et durant le suivi. Ces questionnaires sont complétés au cours d’un entretien en face à face avec le patient, d’autoquestionnaires envoyés par courrier postal, et du dossier médical. Des échantillons biologiques (sang, urine, ongle et tissu tumoral) sont également collectés et permettent de réaliser des extractions moléculaires (ADN, ARN et protéines).

COBLAnCE compte 14 centres de soins actifs (publics et privés). A ce jour,q1610 patients ont été recrutés. Ce sont majoritairement des hommes (84%), l’âge moyen au diagnostic est de 68 ans (SD : 11ans) et 64% des patients présentaient à l’inclusion une tumeur n’envahissant pas le muscle vésical. Chez ces patients, 24% ont développé au moins une récidive et/ou progression de la maladie. Chez les patients atteints d’une tumeur invasive, 25% ont présenté une progression de la maladie. Le nombre de visites de suivi médical réalisées ainsi que le taux de retour des autoquestionnaires de qualité de vie sont satisfaisants (respectivement 69% des visites attendues et 64% des retours attendus). Les acides nucléiques et les protéines extraits des échantillons biologiques sont de très bonne qualité et leur quantité permet d’envisager des analyses moléculaires mettant en œuvre les nouvelles technologies. L’organisation développée pour coordonner COBLAnCE a conduit à l’obtention de la certification ISO9001-2015 des banques biologiques et des données associées en Mars 2017.

COBLAnCE permettra essentiellement : 1) d’étudier les mécanismes physiopathologiques de la maladie pouvant être modulés par le profil génétique des sujets et leur exposition à des carcinogènes environnementaux. , 2) d'étudier plusieurs tumeurs consécutives chez un même patient, pour mieux comprendre les étapes de l'oncogenèse, 3) de transférer les résultats de l'étude vers la pratique clinique, 4) d'évaluer l'utilisation des ressources de soins dans les pratiques actuelles et comment elle peut évoluer en intégrant des biomarqueurs potentiels.

Financements : Investissements d’Avenir, Inserm, Ligue Nationale Contre le Cancer


Karine GROUSSARD (Villejuif), Yves ALLORY, Julia BONASTRE, Thierry LEBRET, François RADVANYI, Simone BENHAMOU
00:00 - 00:00 #12908 - P336 Etude du polymorphisme IVS8 TGmTn chez une population Tunisienne asthmatique.
P336 Etude du polymorphisme IVS8 TGmTn chez une population Tunisienne asthmatique.

L’asthme est une maladie multifactorielle d’origine génétique, dont l’expression est largement fonction de facteurs acquis, souvent liés à l’environnement. Elle a été définie comme étant une affection inflammatoire chronique des voies aériennes. L’asthme est la maladie la plus commune associée au gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmenbrane Conductance regulator). Elle est classée parmi les formes atypiques de la mucoviscidose.

Le présent travail consiste à étudier, pour la première fois en Tunisie, la répartition génotypique et allélique du motif répété IVS8 TGmTn localisé au niveau de l’intron 8 du gène CFTR au sein d’une population  asthmatique.

L’analyse des nombre de répétition des motifs TGm et Tn a été effectuée par la technique de séquençage chez 101 sujets asthmatiques et 103 témoins.

Les résultats ont montré la prédominance de l’allèle T7 aussi bien chez les patients que chez les témoins. De même pour l’allèle TG11 qui représente l’allèle majeur des deux groupes étudiés. Toutefois, il est à noter que l’allèle T7 est plus exprimé chez les patients par rapport au groupe témoin (80.69% vs 68.44% respectivement, P= 0.0049), de même pour le génotype T7/T7 (63.34%, p < 0.0001). Nos résultats ont également montré une différence significative dans la distribution de l’allèle TG12 au sein des deux groupes. En effet, chez les patients nous avons trouvé un pourcentage de 24.25% versus 6.79% pour les témoins (P < 0.0001). De plus, cette étude a permis de décrire pour la première fois chez un patient asthmatique la présence de l’allèle TG9. Par ailleurs, l’étude des haplotypes a été mené et a montré la prédominance de l’haplotype TG11T7 dans les deux groupes ce qui est en accord avec les données de la littérature.

Notre travail, portant sur l’étude  du polymorphisme IVS8 TGmTn du gène CFTR, constitue l’un des premiers travaux effectués dans la population asthmatique tunisienne. Les résultats obtenus permettront de mieux comprendre les bases moléculaires de cette pathologie multifactorielle.


Imen WAHABI, Sondess HADJ FREDJ, Rym DABBOUBI, Fatma KHALSI, Khedija BOUSSETTA, Taieb MESSAOUD (tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12910 - P337 Premier cas de syndrome d'Ellis Van Creveld secondaire à une délétion hétérozygote composite en 4p16.2 impliquant le gène EVC.
P337 Premier cas de syndrome d'Ellis Van Creveld secondaire à une délétion hétérozygote composite en 4p16.2 impliquant le gène EVC.

Le syndrome d’Ellis Van Creveld (EVCs) (OMIM 225500) ou dysplasie chondro-ectodermique est une pathologie autosomique récessive très rare dont la fréquence est évaluée à 1/244.000 naissances, avec une prédominance dans la population Amish. Il est caractérisé par une tétrade clinique : chondrodysplasie, polydactylie post axiale, dysplasie ectodermale et malformation cardiaque.

Cette pathologie est principalement secondaire à des mutations impliquant les gènes EVC et EVC2 situés en 4p16.2 et dont les sens de lecture sont opposés. Des mutations causales ont été décelées au niveau des 21 exons du gène EVC, ainsi qu’au niveau du gène EVC2. A notre connaissance, un seul cas familial de délétion homozygote a été rapporté, il était de grande taille (520Kb) et emportait les gènes EVC, EVC2 et STK32B.

Nous rapportons le cas d’un nouveau-né décédé à 4 jours de vie, adressé pour des signes caractéristiques  du EVCs, à savoir : un retard de croissance avec des membres courts, une dysmorphie faciale associant un philtrum effacé, un palais ogival, des oreilles bas implantées et un cou court ; un thorax étroit ; une dysplasie unguéale des doigts et des orteils  et une hexadactylie post axiale. Il s’agissait du premier enfant du couple.

L’analyse chromosomique par puces à ADN (ACPA) réalisée à partir d’une puce Agilent 180K a décelé une délétion hétérozygote composite en 4p16.2 de 46Kb/70Kb, emportant 10 exons du gène EVC (5730952-5776842) (Hg19/GRCh37). Elle est héritée des parents dont l’étude familiale par ACPA a révélé une délétion à l’état hétérozygote chez chacun d’eux : de 46Kb chez le père et de 70Kb chez la mère. Ce couple non consanguin, sans antécédent familial particulier est d’origine tunisienne.

Il s’agit du premier cas décrit de syndrome d’Ellis Van Crevel, secondaire à une délétion hétérozygote composite dont la région commune est de petite taille (46 Kb), emportant les 10 premiers exons du gène EVC.

Ce résultat souligne l’intérêt de l’analyse en CGHarray avec une résolution non limitée pour le diagnostic de certaines pathologies. Il permet d’orienter le conseil génétique en proposant notamment pour le cas présent, un diagnostic pré-implantatoire (DPI).


Aline RECEVEUR (CLAMART), Tarik AIT MOUHOUB, Judith MELKI, Minh Tuan HUYNH, Sophie BRISSET, Virginie BENOIT, Dominique PINEAU, Loïc DREVILLON, Lucie TOSCA, Gérard TACHDJIAN
00:00 - 00:00 #12913 - P338 Etude du polymorphisme du DNMT3A chez un échantillon de la population marocaine.
P338 Etude du polymorphisme du DNMT3A chez un échantillon de la population marocaine.

La méthylation de l'ADN correspond à l'ajout d'un groupement méthyl-CH3 sur le carbone 5 des résidus cytosines de l'ADN. Cette modification chimique est assurée par les enzymes appelées ADN méthyltransférase DNMT. On distingue trois familles, les DNMT1, DNMT2 et DNMT3. La DNMT1 est responsable de la méthylation de maintenance durant la division cellulaire. La DNMT2 est catalytiquement inactive mais peut se lier à l'ADN. La DNMT3 (DNMT3a et DNMT3b) est responsable de la méthylation de novo. Le polymorphisme 448 A>G (Rs 1550117), objet de ce travail, est localisé dans la partie promotrice du gène DNMT3A. Ce polymorphisme est caractérisé par la substitution d’une alanine en guanine en position 448. Pour la détection de cette mutation, nous avons réalisé une étude pro- et rétrospective allant de janvier 2012 à mai 2017 afin d’estimer les fréquences génotypiques et alléliques chez 46 sujets casablancais sains appariés en âge et sexe. Nous avons utilisé la technique PCR-RFLP.

Les résultats montrent que les fréquences génotypiques du polymorphisme 448 A>G, dans la population étudiée, sont de 54.35% pour GG, 34.78% pour GA et 10.87 % pour AA. Par ailleurs, les fréquences alléliques sont de 71.74% pour l’allèle sauvage (G) et de 28.26% pour l’allèle muté (A).


Hind DEHBI (casablanca, Maroc), Houssam HILAL ELIDRISSI, Kaltoum AIT BOUJMIA, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12919 - P339 Etude des trois marqueurs microsatellites (IVS3 poly A, IVS10 CA et IVS6aGATT): à propos de 60 malades mucoviscidosiques.
P339 Etude des trois marqueurs microsatellites (IVS3 poly A, IVS10 CA et IVS6aGATT): à propos de 60 malades mucoviscidosiques.

La mucoviscidose est la plus fréquente des maladies génétiques graves. Le gène CFTR responsable de cette pathologie comporte plusieurs motifs répétés dont le rôle reste encore non déterminé. L’objectif de ce travail est d’étudier la répartition des marqueurs microsatellites intragéniques (IVS3 poly A, IVS10 CA et IVS 6aGATT) dans une population Tunisienne mucoviscidosique ainsi que d’établir leurs associations avec la mutation la plus commune F508del. Notre étude a porté sur 60 enfants mucoviscidosiques et 70 sujets sains. L’étude des trois variants a été réalisée par l’analyse des fragments sur séquenceur automatique (ABI Prism 310).  L’étude statistique a été menée d’une part par le logiciel SPSS (version 20.0) pour le calcul des fréquences génotypiques et alléliques et d’autre part par le logiciel Thesias  pour la construction des haplotypes .L’analyse de la distribution génotypique des variants microsatellites montre une différence significative entre le groupe de contrôle et le groupe des patients ce qui montre l’association de ces marqueurs avec la mucoviscidose. En ce qui concerne la construction des haplotypes des microsatellites analysés en association avec la mutation F508del, nous avons noté la prédominance de l’haplotype F508del-19 polyA-16 CA-6 GATT (60.86%).

Notre travail, portant sur l’intérêt des haplotypes des microsatellites  IVS3 poly A, IVS10 CA et IVS6aGATT du gène CFTR confirme l’utilité de ces marqueurs dans l’étude de l’origine  du locus CFTR. Une  meilleure  complétude  des  bases  de  données  sur  les  marqueurs  génétiques sont  des  facteurs  essentiels  pour l’étude de la composante génétique de la mucoviscidose.


Chaima SAHLI (rennes, Tunisie), Sondess HADJ FREDJ, Dabboubi RYM, Ouali FAIDA, Taieb MESSAOUD
00:00 - 00:00 #12920 - P340 Diagnostic préimplantatoire d’exclusion pour maladie de Huntington, à propos d’un cas : possible ou impossible ?
P340 Diagnostic préimplantatoire d’exclusion pour maladie de Huntington, à propos d’un cas : possible ou impossible ?

Le diagnostic préimplantatoire (DPI) d’exclusion, légitime en France depuis 2004, soit 10 ans après la loi de Bioéthique autorisant le DPI, permet à des personnes ayant un ascendant direct atteint de la maladie de Huntington (MH) d’éviter la transmission à sa descendance tout en ignorant son propre statut.
A Strasbourg, 255 demandes de DPI pour MH ont été recensées, constituant l’indication monogénique majoritaire dans notre centre. Plus de la moitié sont des demandes de DPI d’exclusion. Environ 150 couples ont pu bénéficier d’un DPI avec plus de 350 cycles de stimulations réalisés à ce jour.
Un jeune couple nous a sollicités pour un DPI d’exclusion pour MH en raison des nombreux antécédents de formes juvéniles particulièrement précoces et sévères dans la fratrie de Madame : un frère décédé à l’âge de 7 ans (allèle pathologique : 210 à 250 CAG), une sœur décédée à 9 ans (175 à 200 CAG) et une sœur âgée de 7 ans en fin de vie (120 à 150 CAG). Le père de Madame présente une expansion à 43 +/-1 CAG, avec une MH confirmée sur le plan clinique. La patiente a encore un frère et une sœur asymptomatiques.
Madame, âgée de 26 ans, n’a jamais réalisé le test moléculaire malgré plusieurs démarches pour un diagnostic présymptomatique. Elle ne connait donc pas son statut.
L’examen des résultats d’analyses moléculaires de la famille révèle que la mère de Madame est porteuse de 35+/-1 CAG, ce qui est considéré comme un « grand allèle normal », à la frontière avec les « allèles pathologiques à pénétrance réduite ». Ce même allèle intermédiaire est retrouvé chez deux de ses trois enfants ayant développé la maladie.
Le risque d’une transmission de MH par la mère de la proposante est envisagé même si les instabilités sont plus fréquemment décrites pour des transmissions paternelles. Il est donc possible que la patiente ait hérité de deux allèles pathologiques ou intermédiaires, même si la clinique est plutôt rassurante devant le contexte familial observé.
Dans ce cas précis, le diagnostic d’exclusion, basé sur le transfert d’embryons ayant hérité d’un allèle commun avec le grand-parent non porteur, n’est pas réalisable. La proposante a été encouragée à reprendre la démarche de diagnostic présymptomatique. Cette démarche reste la seule possibilité pour, soit rassurer la patiente si des allèles normaux étaient retrouvés, soit lui permettre l’accès au diagnostic prénatal ou au DPI si un allèle pathologique ou intermédiaire était hérité du père ou de la mère de Madame.


Claire KASTNER (STRASBOURG), Alice GOLDENBERG, Julia LAUER ZILLHARDT, Emmanuelle KIEFFER, Lucie GUYANT-MARECHAL, Nicolas GAËL, Didier DEVYS, Philippe GOSSET, Céline MOUTOU
00:00 - 00:00 #12930 - P341 Microdélétion Xq24 incluant le gène UBE2A : première observation de découverte prénatale.
P341 Microdélétion Xq24 incluant le gène UBE2A : première observation de découverte prénatale.

Microdélétion Xq24 incluant le gène UBE2A : première observation de découverte prénatale

E. Consolino, J. Boudjarane, G. Gorincour, H. Heckenroth, S. Sigaudy, C. Missirian.

 

L’haploinsuffisance du gène UBE2A est responsable de la déficience intellectuelle syndromique liée à l’X de type Nascimento (OMIM 300860). Elle se traduit chez le garçon par une déficience intellectuelle modérée à sévère associée à une épilepsie, une dysmorphie craniofaciale caractéristique, des anomalies des phanères, et des malformations congénitales.

Jusque-là, les variations impliquant le gène UBE2A sont de description postnatale, rapportées chez des garçons présentant à la naissance de multiples malformations.

Nous rapportons la première observation de microdélétion Xq24 incluant le gène UBE2A de découverte anténatale.

La patiente est adressée en consultation suite à la découverte à l’échographie  du second trimestre d’une ambigüité sexuelle. Le contrôle échographique confirme les malformations génitales chez un fœtus de sexe masculin, auxquelles s’associent une hyperéchogénécité intestinale et une longueur fémorale au 3eme percentile. Ces signes d’appel échographiques conduisent à proposer une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN sur liquide amniotique. Celle-ci identifie une variation du nombre de copies à type de perte au niveau de la région chromosomique Xq24 de 252kb contenant le gène UBE2A expliquant les malformations congénitales. Cette microdélétion interstitielle est héritée de la mère asymptomatique : l’étude du profil de l’inactivation du chromosome X montrant un biais total comme cela a pu être décrit dans la littérature.

Cette patiente est la 9ème d’une fratrie de 10 (6 filles et 4 garçons), sans antécédent de déficience intellectuelle syndromique connu. Dans le cadre du conseil génétique, l’enquête familiale est actuellement en cours chez 3 de ses sœurs vivant en France.


Emilie CONSOLINO (MARSEILLE), John BOUDJARANE, Guillaume GORINCOUR, Helene HECKENROTH, Sabine SIGAUDY, Chantal MISSIRIAN
00:00 - 00:00 #12932 - P342 Profil épidémiologique de la Beta-thalassémie en Tunisie.
P342 Profil épidémiologique de la Beta-thalassémie en Tunisie.

 La β-thalassémie, anémie hémolytique chronique, est une maladie monogénique à transmission autosomique récessive, due à un déficit partiel ou total de synthèse de chaînes β-globine. Sur le plan moléculaire, cette pathologie est caractérisée par un spectre mutationnel hétérogène. On compte actuellement plus de 200 mutations responsables de  Beta-thalassémie, dont 28 mutations identifiées en Tunisie. Dans le présent travail, nous nous sommes intéressés  d’établir  le profil épidémiologique  des mutations beta thalassémiques en Tunisie.

Notre étude a porté sur 214 patients (50 cas de beta thalassémie majeure, 6 cas de drépano- thalassémique et 158 cas de thalassémique mineure) adressés à notre laboratoire de Biochimie et de Biologie moléculaire entre Janvier 2015 et Décembre 2016 pour électrophorèse de l’hémoglobine. La technique PCR-ARMS  a été utilisée pour l’identification des mutations les plus fréquentes Cd39 C/T et IVS1-110 G/A. Pour le reste des mutations, nous avons eu recours à la technique de  séquençage direct du gène beta-globine.

L’étude moléculaire nous a permis d’identifier 16 mutations différentes. Les deux défauts moléculaires les plus fréquents demeurent la mutation non sens Cd39 C/T et la mutation IVS1-110 G/A avec des pourcentages respectifs de 41.35% et 9.57% . Par ailleurs,  10 autres mutations rares ont  également été identifiées avec un pourcentage ne dépassant pas 1%. Ces résultats concordent à ceux retrouvés dans des études antérieures élaborées chez la population Tunisienne.

Notre travail a permis  l’enrichissement des données épidémiologiques de la Beta-thalassémie dans notre pays pour une prise en charge précoce des malades hémoglobinopathes.


Rym OTHMANI, Rym DABBOUBI, Hajer SIALA, Sondess HADJ FREDJ, Faida OUALI, Taieb MESSAOUD (tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12936 - P343 Enjeux de l’accompagnement des personnes sans diagnostic et solutions apportées pour rompre leur isolement.
P343 Enjeux de l’accompagnement des personnes sans diagnostic et solutions apportées pour rompre leur isolement.

La filière AnDDI-Rares recense dans sa file active près de la moitié de patients sans diagnostic, soit environ 100 000 personnes (source : BNDMR). Ces personnes souffrent d’isolement, d’un manque de reconnaissance sociale et administrative de leur handicap et rencontrent des difficultés pour bénéficier de réseaux de soutien.

Afin de répondre à ce besoin d’accompagnement, un partenariat entre l’Association Sans Diagnostic et Unique, Maladies Rares Info Services et la filière AnDDI-Rares a été initié en 2016.

Cette collaboration a permis de mieux connaître la réalité des personnes sans diagnostic. Elle a aussi rendu plus visibles les ressources existantes grâce notamment à leur mise en réseau, à une vidéo, à des articles de presse, à des plaquettes d’information, à la création de forums dédiés sur le site de Maladies Rares Info Services, et la cartographie des laboratoires proposant l'accès au séquençage de l'exome. Pour mieux informer les familles et les malades, une première journée nationale pour les personnes sans diagnostic et unique a été organisée en septembre 2017.

Les personnes en errance de diagnostique ne sont plus seules et voient leurs problématiques portées à une échelle internationale avec la mobilisation du réseau SWAN (Syndrome Without A Name) Europe et l’élaboration de recommandations pour les « sans diagnostic ». Ce partenariat s’inscrit dans les actions préconisées par le plan France Médecine Génomique 2025 en soutenant l’accès  au diagnostic génétique. 


Anne-Sophie LAPOINTE (Paris), Gwendoline GIOT, Magali PADRE, Thomas HEUYER, Christine VICARD, Virginie BROS-FACER, Laurent DEMOUGEOT, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12938 - P344 Une trisomie peut en cacher une autre.
P344 Une trisomie peut en cacher une autre.

Le diagnostic prénatal chromosomique repose sur l’utilisation de méthodes de génétique moléculaire avec  analyse quantitative de l’ADN. De nombreuses études ont montré l’intérêt de ces techniques en diagnostic prénatal en dépit de leur interprétation parfois difficile notamment sur biopsie de trophoblaste.

Nous rapportons le cas d’une patiente adressée au CPDPN pour hyperclarté nucale et  hernie diaphragmatique fœtale. Une biopsie de trophoblaste a été réalisée.  Le diagnostic rapide a été réalisé sur ADN natif par la technique des Prenatal BoBs. Le résultat a montré l’absence de trisomie 13,18 et 21 et des syndromes microdélétionnels testés, mais identifiait un décalage d’une des billes contrôles située sur le chromosome 14. Une puce type CGH-array a mis en évidence une trisomie 14 concordante avec le décalage observé sur les BoBS.  Cependant, de façon inattendue, le caryotype fœtal réalisé après culture a montré l’existence d’une trisomie 21 libre et quasi homogène.

Afin de comprendre le mécanisme de ces résultats discordants, plusieurs examens ont été effectués :

-          Une ré-analyse de l’ACPA et une étude par microsatellites réalisées sur ADN natif a confirmé  la présence de la trisomie 21, en mosaïque très faible associée à la trisomie 14. Une FISH sur apposition de villosités choriales a montré la présence de 95% de cellules 47,XX,+14 et 5% de cellules 47,XX,+21.

-          A l’inverse, une FISH métaphasique réalisée sur les deux sources de culture cellulaire a montré la présence majoritaire d’une population 47,XX,+21 (70 et 90% respectivement sur les deux sources) associée à une population 47,XX,+14 minoritaire.

-          Une puce SNP réalisée sur ADN natif et une sur ADN issu de la culture confirme la trisomie 21 majoritaire dans la culture alors qu’elle est minoritaire dans l’ADN natif au dépend de la trisomie 14. Ce type de puce montre de façon plus claire les faibles mosaïques.

Le mécanisme le plus probable ayant donné lieu à ce type de double aneuploïdie en mosaïque discordante sur le direct et la culture est celui d’une double erreur mitotique survenue au moment de la différenciation des feuillets embryonnaires. En effet, l’analyse chromosomique sur prélèvement natif est essentiellement réalisée sur syncytio et cytotrophoblaste (reflet placentaire) alors que la culture cellulaire sélectionne les cellules de l’axe mésenchymateux issues du bouton embryonnaire (reflet embryonnaire). Le placenta avait donc probablement une trisomie 14 et le fœtus une trisomie 21. Une IMG a été réalisée au terme de 18 SA. Une analyse de la mosaïque sur différents tissus  est en cours.

Ce cas illustre les difficultés d’interprétation de l’analyse chromosomique rapide sur biopsie de trophoblaste. Il montre également l’intérêt et l’apport des méthodes cytogénétiques morphologiques comme la FISH associées à ces techniques moléculaires purement quantitatives. Par ailleurs, notre observation illustre l’intérêt de l’ACPA de type SNP en diagnostic prénatal.


Céline DUPONT (PARIS), Jonathan LEVY, Jonathan ROSENBLATT, Aurélie MARC, Myriam RACHID, Sandra BHATTACHARJEE, Cécile LE LONG, Adeline THALY, Séverine DRUNAT, Anne-Laure FAURET, Suonavy KHUNG-SAVATOVSKY, Jean-François OURY, Anne-Claude TABET
00:00 - 00:00 #12942 - P345 Impact des variants -429 T/C et -374 T/ du gène AGER sur la sévérité de l’expression clinique de la mucoviscidose.
P345 Impact des variants -429 T/C et -374 T/ du gène AGER sur la sévérité de l’expression clinique de la mucoviscidose.

La mucoviscidose est une maladie héréditaire de transmission autosomique récessive. Elle est  caractérisée par une extrême hétérogénéité génotypique et clinique mettant en jeu des facteurs environnementaux et génétiques en dehors du locus CFTR. Dans ce présent travail, nous nous sommes intéressés à l’étude de l’implication du gène AGER (advanced glycosylation end product-specific receptor) dans la variabilité et la sévérité de l’expression clinique de la mucoviscidose.

 Notre étude à porté sur 66 malades mucoviscidosiques et 80 témoins. Le diagnostic biochimique a été mené par le test de la sueur par iontophorèse à la pilocarpine. Une étude moléculaire du gène AGER  a été réalisée par la technique PCR-RFLP pour l’analyse des deux polymorphismes -429 T/C (rs1800625) et -374 T/A (rs1800624) situés au niveau de la région promotrice. L’analyse  statistique a été effectuée à l’aide de la version 20.0  du logiciel informatique  SPSS.

L’analyse statistique a montré une différence significative dans la distribution génotypique et allélique des deux polymorphismes analysés entre les malades et les témoins. L’étude de corrélations a montré une association entre les  polymorphismes -429T/C et -374T/A et d’une part l’âge du diagnostic et d’autre  part l’infection pulmonaire par Pseudomonas aeruginosa. La colonisation bronchique par ce germe, a une valeur pronostique péjorative, elle est associée à un déclin plus prononcé de la fonction respiratoire et marque un stade évolutif de l’atteinte pulmonaire.

Les résultats obtenus suggèrent l’implication des polymorphismes -429T/C et -374T/A du gène AGER dans la sévérité de l’expression clinique de la mucoviscidose. L'identification des gènes modificateurs  doit permettre de repérer les patients à risque de développer une forme sévère de la pathologie et de moduler en conséquence leur prise en charge thérapeutique afin de ralentir la progression de la maladie.


Sondess HADJ FREDJ (Tunis, Tunisie), Insaf BEN MOUSSA, Fadoua BEN RACHED, Chaima SAHLI, Rym DABBOUBI, Hajer ALOULOU, Samia HAMOUDA, Hajer SIALA, Khedija BOUSSETTA, Taieb MESSAOUD
00:00 - 00:00 #12944 - P346 Quelle place pour le Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) de l’Achondroplasie ?
P346 Quelle place pour le Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) de l’Achondroplasie ?

L’achondroplasie (ACH) est une des maladies osseuses constitutionnelles les plus fréquentes, avec une prévalence de 1/25000. C’est une pathologie autosomique dominante et la majorité des cas survient de novo, par mutation c.138G>A (p.Gly380Arg) du gène FGFR3 dans >98% des cas. Les signes échographiques d’ACH sont le plus souvent tardifs et peu spécifiques. Ils nécessitent une confirmation diagnostique par des techniques d’imagerie (scanner) et/ou génétique (amniocentèse). Ces techniques non dénuées de risque iatrogènes sont aujourd’hui challengées par le développement de procédures de diagnostic prénatal non-invasif (DPNI) basées sur l’analyse de l’ADN fœtal circulant.

Le but de ce travail était de préciser la place et l’utilité du DPNI de l’achondroplasie en analysant 35 cas d’ACH consécutifs pris en charge dans de service de Génétique de l’hôpital Necker depuis 2008. Parallèlement nous avons développé une technique simple pour le DPNI de l’ACH basée sur une PCR fluorescente semi quantitative -digestion par enzyme de restriction, permettant de détecter jusqu’à 0.8% d’ADN muté.

Le terme moyen au diagnostic de notre cohorte était de 30+4 SA. L’échographie du 2ème trimestre était normale dans 80% des cas. L’échographie du 3ème trimestre montrait des signes d’appel caractéristiques : fémur court (100%), PC>90e percentile (>80%), et anomalies multiples évocatrices (ensellure nasale marquée, front proéminent, élargissement des diaphyses, hydramnios) confirmant le caractère souvent tardif des signes échographiques d’ACH. La suspicion échographique a été confirmée par un scanner du squelette fœtal (53% des cas) et/ou étude génétique sur liquide amniotique (43%). Par DPNI nous avons confirmé la présence de la mutation chez un fœtus à 34 SA devant des signes d’appel échographiques, et nous avons éliminé ce diagnostic chez deux fœtus, dans le cadre d’une grossesse gémellaire, dont le père était ACH. Si le DPNI de l’ACH est faisable, préciser sa place est difficile. Il permet un diagnostic plus précoce et non invasif pour les  couples ayant eu un premier enfant atteint d’achondroplasie (risque de mosaïque germinale), ou lorsque le père est atteint d’ACH mais pas la mère (50 % de risque de transmission). Devant des signes d’appel échographique, il parait indiqué si le couple est conservateur de la grossesse en cas d’ACH, pour éviter les risques liés à l’irradiation et/ou au prélèvement invasif.


Roxana BORGHESE, Séverine BACROT, Nora BRAHIMI, Valérie CORMIER DAIRE, Genevieve BAUJAT, Sophie RONDEAU (Paris), Caroline MICHOT, Joana BENGOA, Arnold MUNNICH, Jean-Pierre BERNARD, Cergika VELUPPILLAI, Julien STIRNEMANN, Jean-Paul BONNEFONT, Julie STEFFANN
00:00 - 00:00 #12948 - P347 Diagnostic anténatal de reins fœtaux hyperéchogènes par séquençage haut débit d’un panel de gènes.
P347 Diagnostic anténatal de reins fœtaux hyperéchogènes par séquençage haut débit d’un panel de gènes.

Parmi les anomalies de l’appareil urinaire qui compliquent environ 1% des grossesses, l’hyperéchogénicité rénale fœtale reste une entité rare caractérisée par une forte morbi-mortalité périnatale et dont le diagnostic étiologique est complexe. Quatre syndromes sont principalement impliqués : la polykystose rénale autosomique récessive (ARPKD), la polykystose rénale autosomique dominante (ADPKD), le syndrome kystes rénaux-diabète (RCAD) lié au gène HNF1B et le syndrome de Bardet Biedl (BBS).

Le développement du séquençage haut débit dans notre laboratoire depuis 2014 permet la réalisation de diagnostic moléculaire en anténatal des cas adressés sur signes d’appel échographiques. Auparavant nous proposions en urgence pour ces cas la recherche d’anomalies du gène HNF1B (MLPA pour les grands réarrangements puis séquençage Sanger des 9 exons) et le séquençage Sanger des 9 exons du gène PKHD1 dans lesquels sont retrouvées les mutations les plus fréquentes responsables d’ARPKD.

Notre premier panel AmpliseqTM ciblant 25 gènes impliqués dans les néphropathies permettait l’étude de 16 patients une fois par mois. Depuis mars 2017, l’élaboration d’un nouveau panel par capture SeqcapEZ (Roche) incluant 59 gènes impliqués en pathologie rénale autorise l’analyse avec une meilleure couverture des gènes ciblés sur l’indication « reins hyperéchogènes anténataux »: PKHD1, HNF1B, PKD1, PKD2, BBS1, BBS2, BBS4, BBS5, MKKS, BBS7, TTC8, BBS10, BBS12, NPHP1, INVS et NPHP3. L’étude de ces gènes sur Nextseq500 (Illumina) est désormais réalisée dans notre laboratoire chez huit patients tous les quinze jours.

Au total, 21 cas nous ont été adressés sur l’indication de reins hyperéchogènes anténataux :

5 fœtus ont été étudiés uniquement par MLPA et séquençage Sanger, parmi lesquels seuls deux ont reçu un diagnostic (un ARPKD et un RCAD).

Les 16 autres ont été passés en séquençage haut débit. Le diagnostic moléculaire a pu être établi pour 11 fœtus : 4 cas d’ARPKD, 2 cas de RCAD  et 5 cas de BBS. Depuis la mise en place du panel Roche sur Illumina, sur quatre cas de reins hyperéchogènes anténataux adressés, trois diagnostics moléculaires ont été posés dans un délai inférieur à un mois : un cas d’ARPKD pour lequel une interruption médicale de grossesse (IMG) a été pratiquée avant le rendu du résultat et deux cas de BBS qui ont permis  de proposer aux couples une IMG. L’évolution échographique du cas sans diagnostic a finalement été rassurante.

Une fréquence plus importante de l’analyse avec une meilleure couverture nous a ainsi permis de gagner en efficience. L’analyse de prélèvements fœtaux  sur un panel de gènes ciblés sur l’indication « reins hyperéchogènes anténataux » rend alors possible un diagnostic moléculaire rapide, pouvant être essentiel à la prise en charge par les CPDPN des familles concernées.


Claire GOURSAUD (Lyon), Florence ROUCHER-BOULEZ, Delphine MALLET-MOTAK, Linda PONS, Audrey PUTOUX, Dominique BOGGIO, Jocelyne ATTIA, Salima EL CHEHADEH, Elise SCHAEFER, Romain FAVRE, Francannet CHRISTINE, Philippe KHAU VAN KIEN, Justine BACCHETTA, Pierre COCHAT, Véronique TARDY-GUIDOLLET, Laurence MICHEL-CALEMARD
00:00 - 00:00 #12951 - P348 De la génétique à l’accompagnement médico-social : mieux se connaitre pour mieux coopérer.
P348 De la génétique à l’accompagnement médico-social : mieux se connaitre pour mieux coopérer.

Depuis leur création en 2014, les filières de santé maladies rares ont un rôle majeur à jouer dans l’amélioration du parcours de vie des personnes malades. Du fait de l’hétérogénéité des handicaps générés par les anomalies rares du développement, la filière AnDDI-Rares est particulièrement concernée par cette composante médico-sociale.

La coopération pluridisciplinaire est un enjeu majeur pour une prise en charge fluide et cordonnée. L’intervention conjointe de professionnels médicaux, paramédicaux, médico-sociaux, sociaux et associatifs est bien souvent essentielle mais implique que chacun d’eux connaisse les ressources existantes et identifie clairement les interlocuteurs qu’il peut solliciter.

Ainsi, dès 2015, la filière AnDDI-Rares a mis en place des rencontres locales sur le thème de l'accompagnement médico-social des personnes atteintes de maladies rares et leurs proches afin de renforcer la coopération de ces acteurs.

Entre 2015 et 2017, dans le cadre d’un tour de France, huit réunions locales ont été organisées. Elles ont associé : des représentants pluridisciplinaires des centres experts maladies rares (médecins-généticiens, neuropsychologues, psychologues, travailleurs sociaux), des associations de personnes malades, des représentants institutionnels (MDPH, ARS), des représentants d’Équipes Relais Handicaps Rares, des Centres Nationaux de Ressources Handicaps Rares, d’établissements médico-sociaux et/ou du secteur éducatif. Pour l’heure, une centaine d’acteurs y ont déjà participé.

Ces rencontres ont permis d’intensifier le maillage partenarial inter-régional ou local, de mieux appréhender les ressources du territoire et les missions et compétences de chaque acteur, de définir les modalités d’articulation entre chaque intervenant et de favoriser la coordination des ressources autour de situations concrètes.

Au vu de ces constats, la filière AnDDI-Rares souhaite poursuivre la mise en œuvre de ces rencontres pluridisciplinaires qui s’intègrent directement dans les objectifs de l’axe 1 du Plan National Maladies Rares 3 : Un parcours de santé efficace et lisible. Un focus particulier autour de l’accompagnement des personnes sans diagnostic pourrait émerger.

En 2017, la filière AnDDI-Rares s’est également inscrite dans le cadre de rencontres inter-filières régionales et pluridisciplinaires pour poursuivre cette dynamique.


Gwendoline GIOT (Angers), Gwendoline GIOT, Anne-Sophie LAPOINTE, Martine DOCO-FENZY, Patrick EDERY, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Sylvie ODENT, Nicole PHILIP, Alain VERLOES, Laurent DEMOUGEOT, Laurence FAIVRE, Dominique BONNEAU
00:00 - 00:00 #12957 - P349 Analyse de la répartition spatiale des patients porteurs d’un cancer de la thyroïde en Loire-Atlantique-Vendée : une approche spatiale pour la recherche de variations génétiques rares.
P349 Analyse de la répartition spatiale des patients porteurs d’un cancer de la thyroïde en Loire-Atlantique-Vendée : une approche spatiale pour la recherche de variations génétiques rares.

La recherche de zones à forte concentration d’une pathologie permet d’émettre des hypothèses sur les facteurs de risque environnementaux ou génétiques. En génétique, l’hypothèse de l’importance de variants rares à effet pathogène fort, dont la fréquence serait plus élevée seulement dans certaines populations, a émergé ces dernières années. Le recrutement des malades autour des zones à forte concentration de la maladie pourrait aider dans la recherche de ces variants rares lors des études d'association génétique. L’objectif principal de ce travail était d’étudier la distribution spatiale des patients porteurs d’un cancer différencié de la thyroïde en Loire-Atlantique et en Vendée afin d’identifier des agrégats spatiaux.

3 325 CDT diagnostiqués entre 1998 et 2012 enregistrés par le registre des tumeurs de Loire-Atlantique-Vendée ont été inclus. L’analyse spatiale a été effectuée selon la commune de résidence des individus, à travers la méthode de Kulldorff. La taille et l’histologie des tumeurs ont été prise en compte afin de s’affranchir de l’influence des pratiques médicales.

L’analyse spatiale a montré la présence de deux zones à forte concentration en Vendée. Ces résultats étaient similaires lorsque l’analyse était restreinte aux carcinomes papillaires de moins de 10 mm. Concernant les carcinomes papillaires de plus de 10 mm, les analyses spatiales n’ont pas permis d’isoler significativement d’agrégat.

Deux hypothèses différentes ont été avancées pour expliquer ces résultats. D’une part, un véritable phénomène de sur-diagnostic lié aux pratiques médico-chirurgicales. D’autre part, la présence de facteurs de risque environnementaux et/ou génétiques localisés difficiles à mettre en évidence par manque de puissance.


Matilde KARAKACHOFF (NANTES), Solenne DELACOUR-BILLON, Delphine DRUI, Bernadette LUCAS-POULIQUEN, Matthieu PICHELIN, Bertrand CARIOU, Christian DINA, Florence MOLINIÉ
00:00 - 00:00 #12960 - P350 Influence de la génétique mitochondriale dans le glaucome à angle ouvert : importance de la stratification par genre.
P350 Influence de la génétique mitochondriale dans le glaucome à angle ouvert : importance de la stratification par genre.

Introduction

Le glaucome primaire à angle ouvert (GPAO) est une maladie dégénérative en lien avec le vieillissement, caractérisée par la perte progressive des cellules ganglionnaires de la rétine (RGCs) à l’origine d’une diminution du champ visuel. Des dysfonctions mitochondriales ont été identifiées chez les patients présentant un GPAO, telles qu’un déficit du complexe I, une surproduction de radicaux libres oxygénés (ROS) ou des défauts dans la dynamique mitochondriale, suggérant une influence mitochondriale dans sa physiopathologie. L’objectif de notre étude était d’évaluer l’influence de la génétique mitochondriale via la détermination des haplogroupes mitochondriaux sur la survenue et la sévérité du GPAO dans une population européenne.

Patients et méthodes

Nous avons séquencé par NGS la totalité de l’ADNmt pour268 patients avec un GPAO de sévérité variable (89 minimes, 59 modérés et 120 sévères), et 258 contrôles. Les haplogroupes ont été déterminés à l’aide du logiciel Phy-Mer. Nous avons comparé la distribution des haplogroupes entre les GPAO et les contrôles, et au sein du groupe GPAO en fonction de la sévérité, avec et sans stratification par genre.

Résultats et discussion

En l’absence de stratification par genre, aucune association entre les haplogroupes, la survenue ou la sévérité du GPAO n’a été identifiée. En revanche, chez les femmes, on observe une sous-représentation de l’haplogroupe T (p= 0.04 ; OR : 0,35 ; IC 95% : 0.13-0.99) dans le groupe GPAO (4.2%) comparé au groupe contrôle (11%). Le rôle protecteur de l’haplogroupe T a déjà été suggéré pour d’autres pathologies neurodégénératives et résulterait d’une plus faible production de ROS. Par ailleurs, nous avons observé que l’haplogroupe H était associé à une moindre sévérité chez les femmes (p=0.0035). Celui-ci a déjà été identifié comme facteur protecteur dans la dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA), une pathologie également caractérisée par la perte de RGCs. Des études fonctionnelles in vitro ont montré que cet haplogroupe était associé à une réponse inflammatoire plus modérée. Or la réponse neuro-inflammatoire semble participer à la perte de RGCs dans le GPAO et la DMLA. Ainsi, ces résultats suggèrent que l’haplogroupe H est à l’origine d’une moindre sévérité du GPAO par une réponse inflammatoire locale limitée.

Conclusion

De précédentes études ont montré que l’influence de la génétique mitochondriale dans les maladies neurodégénératives pouvait être conditionnée par le genre, comme dans la maladie d’Alzheimer. Nous confirmons pour la première fois l’influence de la génétique mitochondriale uniquement chez les femmes dans le GPAO. Ces résultats confirment l’influence du dimorphisme sexuel sur les fonctions mitochondriales et soulignent l’importance de la stratification par genre dans les études d’association pour une meilleure identification de l’implication des mitochondries dans la physiopathologie des maladies neurodégénératives.


Céline BRIS (Angers), Stéphanie LERUEZ, David GOUDENEGE, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Dóra NAGY, Alexandre MARILL, Patrizia AMATI-BONNEAU, Thomas BRESSON, Dominique BONNEAU, Philippe GOHIER, Dan MILEA, Guy LENAERS, Pascal REYNIER, Vincent PROCACCIO
00:00 - 00:00 #12970 - P351 Rôle des polymorphismes génétiques des gènes impliqués dans la modulation de la sensation douloureuse chez des patients tunisiens atteints de cancer.
P351 Rôle des polymorphismes génétiques des gènes impliqués dans la modulation de la sensation douloureuse chez des patients tunisiens atteints de cancer.

La douleur est un problème clinique qui nécessite une prise en charge adéquate. Les opioïdes occupent une place primordiale dans le traitement de la douleur et la morphine reste la molécule de choix pour les douleurs cancéreuses. Cependant, la modulation de la douleur par les opioïdes est très variable d’un individu à un autre suggérant des causes génétiques sous-jacentes.

L’objectif de ce travail est d’étudier l’association entre l’efficacité du traitement par des morphiniques et des polymorphismes (SNP) au niveau des gènes des récepteurs opioïdes mu (OPRM1), Kappa (OPRK1) et de l’enzyme (COMT) chez des patients tunisiens souffrants de douleurs liées au cancer.

Nous avons effectué le génotypage de 129 patients traités par différentes doses de morphine pour 7 polymorphismes : une INDEL (rs35566036) et 6 SNP dont trois au niveau de l’OPRM1 (rs17174629, rs1799972 et rs1799971), deux au niveau de l’OPRK1 (rs1051659 et rs1051660) et un au niveau du COMT (rs4680). Les associations entre la dose (en continu), l’augmentation de la dose (oui/non) et les SNPs ou haplotypes ont été étudiées par le logiciel R.

Aucune association significative n’a été observée entre les polymorphismes dépistés et la dose de morphine nécessaire pour soulager la douleur, ce qui peut être expliqué par l’importante hétérogénéité de notre population tunisienne. Mais, notre étude a révélée l’association du rs1051660 au niveau de l’exon 2 de l’OPRK1 à la non tolérance de la douleur qui accompagne les métastases osseuses (p=0,02783).


Imen CHATTI, Jean Baptiste WOILLARD, Isabelle CREVEAUX, Sarah LANGLAIS, Leila BENFATMA, Jihene FEKI, Ali SAAD, Frédéric LIBERT, Moez GRIBAA (Sousse, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12972 - P352 Facteurs psychologiques impactant la communication familiale et la réalisation des tests dans les familles BRCA1/2 et HNPCC : L’étude PSI-Com.
P352 Facteurs psychologiques impactant la communication familiale et la réalisation des tests dans les familles BRCA1/2 et HNPCC : L’étude PSI-Com.

Contexte. La découverte d’une prédisposition génétique au cancer a des implications médicales pour le cas-index et pour ses apparentés, qui peuvent bénéficier de tests génétiques et de stratégies de prévention ou de dépistages recommandées. Le cas-index endosse le plus souvent ce rôle de « messager » dont plusieurs publications ont souligné la complexité (EL Cheung, 2010). Différentes études montrent également que l’information familiale et la réalisation des tests ne se fait pas de manière optimale (P Pujol et al, 2013).

Objectifs et méthodes. PSI-Com est une étude multicentrique prospective dont l’objectif était d’identifier chez les cas-index les facteurs psychologiques, sociodémographiques et médicaux susceptibles d’impacter l’information familiale et la réalisation de tests génétiques ciblés. Un objectif secondaire était de comparer les populations BRCA1/2 et HNPCC au regard de ces différents facteurs. Des entretiens directifs ont été réalisés pour renseigner les données sociodémographiques et médicales. Des questionnaires psychologiques aux qualités psychométriques validées ont été proposés dans des conditions standardisées pour mesurer l’anxiété « trait » (STAI), les traits dépressifs (BDI), l’alexithymie (TAS-20), le niveau de conscience émotionnelle (LEAS), l’optimisme dispositionnel (LOT-R), les stratégies de coping (WCC),  la perception du risque de cancer et de transmission héréditaire, le vécu de la tâche de messager (échelles EVA) et les relations familiales (FRI).

Résultats. 103 cas-index porteurs d’une mutation dans les gènes BRCA1/2 (n=81) ou HNPCC (n=22) ont été inclus. Parmi les apparentés qui pouvaient bénéficier d’un test ciblé, 68% en avaient été informés. L’information était inversement corrélée à l’éloignement générationnel (P < 0.0001). 37% des apparentés informés avaient réalisé un test ciblé. Après analyse multivariée, les facteurs impactant positivement l’information familiale étaient l’ancienneté du diagnostic génétique du cas index (P < 0.01) et la cohésion au sein de la famille (FRI, P=0.01). Les facteurs positivement associés à la réalisation de tests ciblés étaient la présence de traits dépressifs (P=0.02) et un coping centré sur l’émotion chez le cas-index (P=0.09) ainsi que la lourdeur des antécédents familiaux (P=0.10). Les facteurs négativement associés étaient une haute perception du risque de cancer chez le cas index (P=0.03) et un vécu difficile de sa tâche de messager  (P=0.07). Aucune différence entre les populations BRCA1/2 et HNPCC n’a été retrouvée sauf concernant le score « difficulté à décrire ses émotions » plus élevé chez les patients HNPCC (TAS-20, P=0.03).

Conclusion. Cette étude permet de mieux comprendre les déterminants cliniques et les processus psychologiques et relationnels qui impactent la qualité de l’information et la réalisation des tests. Une information et un accompagnement personnalisés du cas-index pourraient améliorer l’accès aux tests dans les familles BRCA1/2 ou HNPCC.


Nathalie ALEGRE (MONTPELLIER), Yves-Jean BIGNON, Jean CHIESA, Solange CARTON, Aude MICHEL, Virginie GALIBERT, Ornellia MOPHAWÉ, Isabelle COUPIER, Carole CORSINI, Laura MATHIEU, Lydie BERNHARD, Pascal PUJOL
00:00 - 00:00 #12973 - P353 Rôle de la Lp(a) dans le risque de récidive familiale d'un AVC périnatal : lorsque le risque génétique individuel diffère du risque collectif.
P353 Rôle de la Lp(a) dans le risque de récidive familiale d'un AVC périnatal : lorsque le risque génétique individuel diffère du risque collectif.

INTRODUCTION

Les AVC ischémiques périnataux sont une cause majeure de lésion cérébrale néonatale et de handicap. Il est habituellement rapporté qu'il n'existe pas de risque de récurrence intra-familiale. Certaines études ont décrit que les enfants avec AVC ischémique périnatal et leur mère présentaient un dosage élevé de lipoproteine (a) (Lp(a)).

METHODES OU OBSERVATIONS

Dans une famille, 2 des 3 enfants du couple ont été diagnostiqués avec un AVC périnatal. Le premier présentait une un AVC ischémique veineux présumé périnatal; le second un AVC ischémique sylvien néonatal. Aucun facteur de risque thrombotique classique n'a été retrouvé. Les 3 enfants et leurs 2 grand-parents maternels présentaient des taux élevés de Lp(a) sanguin (0,43 à 0,94g/L), leur mère un taux très élevé (1,3g/L) alors que le père avait un dosage normal (0,11g/L). Les antécédents médicaux de l'ensemble de la famille étaient nuls.

Des variants rares ayant été rapportés récemment dans le gène SCARB1 chez des individus présentant un taux élevé de HDL-cholestérol et de Lp(a), les 13 exons de SCARB1 ont été séquencés chez les 7 membres de la famille et un variant rare a été retrouvé (c.470T>C, p.Leu157Pro). Ce variant était prédit pathogène par l'ensemble des algorithmes de prédiction. Les 3 enfants, leur mère et leur grand-mère maternelle étaient porteurs à l'état hétérozygote.

Un second facteur décrit comme influençant le taux de Lp(a) sanguin est le nombre de répétition d'un domaine de la Lp(a), le kringgle IV-2 (KIV-2), dans un rapport inversement proportionnel. Une nouvelle fois, les 3 enfants, leur mère et les 2 grand-parents maternels étaient porteurs d'un nombre de KIV-2 moyen <10 soit d'une seconde prédisposition génétique à un taux élevé de Lp(a). L'ensemble des autres éléments du profil lipidique de ces patients était normal.

Enfin, l'étude des paramètres de coagulation et fibrinolyse retrouvaient des vitesses de fibrinolyse basses chez la mère et les 2 grand-parents, alors que les enfants avaient des résultats dans les normes.

DISCUSSION

La récurrence d'un AVC périnatal dans une fratrie est un évènement extrêmement rare. L'existence dans cette famille d'un facteur de risque déjà évoqué comme l'élévation de la Lp(a) nous a conduit à rechercher et identifier 2 prédispositions génétiques d'élévation de la Lp(a) chez la mère et ses enfants.

CONCLUSION

Ce diagnostic pose la question du risque de récurrence (notamment par prédisposition génétique) à l'échelle individuelle d'une pathologie rapportée comme sans risque de récurrence à l'échelle d'une population.


Mélodie AUBART (PARIS), Mathilde VARRET, Manoelle KOSSOROTOFF, Randy BITTAR, Stéphane LOYAU, Isabelle DESGUERRE, Catherine BOILEAU
00:00 - 00:00 #12981 - P354 Etude moléculaire de l’atransferrinemie congénitale : 1er cas en Tunisie.
P354 Etude moléculaire de l’atransferrinemie congénitale : 1er cas en Tunisie.

L’atransferrinémie est une maladie très rare due à un défaut de synthèse de la transferrine (TF). Elle est caractérisée par une anémie microcytaire associée à une surcharge en fer tissulaire. A nos jours, 14 patients appartenant à 12 familles ont été rapportés. Cependant, l’étude moléculaire des atransferrinémies congénitales a été menée uniquement dans 6 cas. Nous décrivons dans le présent travail, un cas d’atransferrinémie congénitale rapporté pour la première fois chez un patient Tunisien.

Notre étude a porté sur une patiente âgée de 2 ans originaire du sud de la Tunisie (Gafsa) ayant un taux de transferrine sérique indétectable. L’analyse moléculaire a été réalisée par le séquençage direct des 17 exons et des jonctions introns exons du gène TF.

L’étude génotypique nous a permis d’identifier trois variations de séquence du gène TF décrites pour la première fois dans le monde : La mutation délétionnelle 1624-64 (-T) localisée au niveau de l’intron 13, le polymorphisme p.R609R localisé au niveau de l’exon 15 et la variation intronique 691-61(G˃C) localisée au niveau de l’intron 6.

Nous avons pu également identifier la mutation au niveau de l’exon 12 A1342G (rs 2692696) décrite dans des travaux antérieurs.

Par ailleurs, le phénotype sévère observé chez notre patient soufrant d’une anémie hypochrome microcytaire sévère accompagnée d’une concentration de fer sérique basse et d’une surcharge en fer massive, nous incite à prouver par étude fonctionnelle que les mutations retrouvées chez notre patiente étaient en effet la cause des anomalies cliniques.

Les résultats de l’étude moléculaire, sont venus enrichir le spectre mutationnel du gène TF où peu d’études se sont intéressées à l’investiguer.

En effet, notre étude vient d’être ajouté aux études antérieures qui ont montré que l’atransferrinemie est une maladie hétérogène étant donné que les mutations identifiées se situent sur des différents exons avec une distribution aléatoire


Rym DABBOUBI, Chaïma ABDELHAFIDH SAHLI, Sondes HADJ FREJ, Amina BIBI, Salem YAHYAOUI, Taieb MESSAOUD (tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12990 - P355 Découverte fortuite d’une large duplication exonique de signification inconnue du gène de la dystyrophine en anténatal : illustration d’une situation complexe de conseil génétique.
P355 Découverte fortuite d’une large duplication exonique de signification inconnue du gène de la dystyrophine en anténatal : illustration d’une situation complexe de conseil génétique.

Les dystrophies musculaires de Duchenne (DMD) et Becker (DMB) sont des pathologies musculaires dues à des mutations du gène DMD, codant pour la dystrophine, localisé en Xp21.2 et comprenant 79 exons. Soixante à 70% des DMD et DMB résultent d’une délétion de un ou plusieurs exons du gène, 5% à 10% d’une duplication exoniques, le restant étant des mutations ponctuelles. Lors des premières années de la maladie, les garçons atteints de DMD ont des CPK supérieures à 10 fois la normale et une dystrophine indétectable sur la biopsie musculaire en western blot et immunohistochimie alors que ceux atteints de DMB ont des CPK supérieures à 5 fois la normale et une quantité de dystrophine réduite dans le muscle.

Nous rapportons la découverte anténatale fortuite par CGH-array d’une duplication de 271kb en Xp21 incluant une partie du gène DMD chez un fœtus de sexe masculin, dans un contexte de pied varus équin découvert à l’échographie du 3ème trimestre. La patiente, informée à 36 SA d’une probable dystrophinopathie chez son fœtus, a souhaité poursuivre la grossesse. Ce résultat a été confirmé en postnatal à 3 mois de vie chez l’enfant et chez sa mère, conductrice, par séquençage nouvelle génération et QF-PCR avec la mise en évidence d’une duplication des exons 63 à 79 du gène  DMD dont la position du point de cassure à l’extrémité 3’ (au-delà l’exon 79 du gène) n’a pu être déterminée. Cette duplication n’a jamais été décrite mais les duplications situées dans la même région sont presque exclusivement responsables de DMD.  

En raison d’une nouvelle grossesse, la patiente a été vue en consultation de conseil génétique deux ans plus tard. Il s’agissait d’un fœtus masculin. Son fils porteur de la duplication du gène DMD était alors âgé de 2 ans et 4 mois. Son examen clinique était normal sans argument clinique en faveur d’une maladie musculaire. Le dosage des CPK s’est aussi avéré normal. Dans le contexte de la grossesse, la localisation de la duplication et la gravité des pathologies suspectées, il a été convenu de poursuivre les investigations chez l’enfant avec une biopsie musculaire qui n’a montré aucune anomalie en quantité et en taille de la dystrophine ou des autres protéines membranaires, tant en western-blot qu’en immunohistochimie. Ces résultats laissent supposer que cette duplication, qui va au-delà de l’extrémité 3’ du gène, n’affecte pas sa transcription. Ils ont permis d’exclure un diagnostic de DMD/DMB chez l’enfant, et d’être rassurant pour la grossesse en cours pour laquelle il n’y a pas eu d’examen complémentaire proposé.

Avec l’utilisation généralisée de techniques pangénomiques haut-débit (CGH-array, exome…), cette observation illustre la prudence dont nous devons faire preuve, particulièrement en anténatal, face à la découverte fortuite de variant génétique de signification inconnue.


Cécile ZORDAN (BORDEAUX), Caroline ESPIL-TARIS, Marie-Laure MARTIN NEGRIER, Eva TOUSSAINT, Frédéric VILLEGA, Sophie NAUDION, Rabah BEN YAOU, Brigitte SIMON-BOUY, Nathalie DEBURGRAVE, France LETURCQ, Cyril GOIZET
00:00 - 00:00 #12998 - P356 Recherche de variants récessifs rares impliqués dans la thrombose veineuse.
P356 Recherche de variants récessifs rares impliqués dans la thrombose veineuse.

La thrombose veineuse (TV) correspond à la formation anormale d’un caillot sanguin dans une veine. Elle survient en général au niveau des veines profondes des membres inférieurs et bloque partiellement ou totalement la circulation sanguine. Il arrive que le caillot se déplace jusqu’aux poumons et conduise à une embolie pulmonaire. Il s'agit de la seconde pathologie cardiovasculaire la plus fréquente en Europe et la troisième en termes de mortalité. C’est une maladie multifactorielle déterminée par plusieurs facteurs génétiques et environnementaux. L’étude de la composante génétique des maladies humaines peut-être facilitée en se focalisant sur des individus consanguins dans les grandes populations. Nous avons développé des méthodes pour exploiter la présence de consanguinité non documentée à partir de données génome entier (HBD-GWAS, Génin et al, 2012) ainsi qu’une suite logicielle FSuite les implémentant (Gazal et al, 2014). Notre stratégie est d’identifier les patients qui sont consanguins, puis de rechercher les régions du génome homozygotes par descendance (HBD) partagées par ceux-ci. Ces régions HBD pourraient abriter des variants rares causaux à effet récessif. C’est une approche similaire à une analyse de liaison par cartographie des régions homozygotes (Homozygosity mapping) qui s’affranchit de la connaissance de la généalogie. C’est aussi une approche haplotypique qui permet d’accéder aux variants rares à partir de puce de génotypage.

Dans ce projet, nous recherchons l'existence de variants récessifs rares potentiellement impliqués dans la survenue de la TV par l’approche HBD-GWAS. Les patients sont issus de l’étude MARseille THrombosis Association (MARTHA) comprenant plus de 2700 cas de TV : une phase 1 où 1589 cas ont été génotypés sur la puce Illumina Human 610-Quad/660W-Quad, puis une phase 2 où l’ensemble des patients a été génotypé sur une puce Illumina Exome (Germain et al, 2015 ; Suchon et al. 2017). Une première analyse sur les données de la phase 1 restreinte aux individus consanguins d’origine non européenne suggère l'existence de variants à effet récessif sur le chromosome 10. Dans la phase 2 avec la même stratégie nous avons cherché à confirmer, voire à amplifier, ce résultat tout en comparant ces 2 puces de nature très différente.

Nous avons ainsi montré qu’avec les 2 puces nous retrouvons des coefficients de consanguinité très proches pour les individus communs aux 2 phases de l’étude mais que la puce Exome ne permet pas de détecter les faibles niveaux de consanguinité. Nous confirmons l'association suggérée sur le chromosome 10 sans toutefois augmenter sa puissance statistique malgré un panel élargi en phase 2. Ce résultat peut être expliqué par la nature de la puce Exome et par les caractéristiques des individus supplémentaires, surtout d’origine européenne.


Mourad SAHBATOU (PARIS), Marie-Claude BABRON, Lucas PLOUVIER, Julie GUIBON, Jean-François DELEUZE, Pierre-Emmanuel MORANGE, David-Alexandre TREGOUËT, Anne-Louise LEUTENEGGER
00:00 - 00:00 #13003 - P357 Nouvelles Estimations de la pénétrance dans les Neuropathies Amyloïdes Familiales à Transthyrétine (NAF-TTR).
P357 Nouvelles Estimations de la pénétrance dans les Neuropathies Amyloïdes Familiales à Transthyrétine (NAF-TTR).

Dans les maladies génétiques à âge de début variable, une estimation précise de la fonction de pénétrance est cruciale pour la prise en charge des porteurs de mutations pathogènes, asymptomatiques. Les NAF-TTR sont des maladies génétiques rares, à transmission autosomique dominante causées par une mutation du gène de la TTR, dont l’expression est majoritairement hépatique. La transplantation hépatique était le premier traitement permettant de stabiliser ou ralentir les symptômes. Récemment, de nouvelles thérapeutiques ont été développées comme les stabilisateurs de TTR et deux thérapies géniques (ARN antisens et ARN interférent) ciblant les hépatocytes pour supprimer l’ARNm de TTR. Pour ces dernières les résultats d’essais cliniques de phase 3 sont très encourageants. Pour une plus grande  efficacité, l’administration des nouveaux traitements doit intervenir dès les premiers symptômes. L’estimation de la pénétrance est donc une étape essentielle pour favoriser un diagnostic très précoce de cette affection.

Nous avons développé une méthode non paramétrique permettant l’estimation de la fonction de pénétrance à partir de données familiales et testé cette approche dans un large échantillon de NAF-TTR. Les données généalogiques de 135 familles de NAF-TTR ont été recensées, dont 71 familles d’origine française et 64 d’origine portugaise. Dans les familles françaises il y a une hétérogénéité des mutations pathogènes tandis qu’un seul variant, le plus fréquent Val30Met, est présent dans l’échantillon portugais. L’influence de  facteurs tels que l’origine géographique, le type de variant ou encore le sexe du parent transmetteur sur la fonction de pénétrance sont autant d’informations permettant une meilleure connaissance de l’expression de la maladie. La méthode développée permet la prise en compte de ces covariables, soit de manière paramétrique, par un modèle de Cox, soit de manière non paramétrique, par stratification.

Les résultats montrent une différence significative de pénétrance entre les familles NAF-TTR Val30Met Françaises et Portugaises. Dans les familles portugaises le risque de développer la maladie est significativement plus élevé que dans les familles françaises (p < 0.01). Dans les familles françaises, il existe une différence significative selon le variant de la TTR (p < 0.05). Selon le sexe du parent transmetteur une différence de pénétrance est mise en évidence dans l‘échantillon des familles portugaises avec un risque plus élevé lorsque la mutation est transmise par la mère (p < 10-6). En revanche, cette différence n’est pas observée dans les familles françaises.

Cette étude a montré des différences de pénétrance dans les 2 populations de NAF-TTR analysées. Cette nouvelle méthode aidera à connaître le plus précisément possible les risques de développer la maladie dans les différentes populations de NAF-TTR pour optimiser la prise en charge.


Farida GORRAM (CRETEIL), Flora ALARCON, Violaine PLANTE-BORDENEUVE
00:00 - 00:00 #13007 - P358 Aspects périnataux du syndrome de Prader-Willi.
P358 Aspects périnataux du syndrome de Prader-Willi.

Introduction: Le syndrome de Prader Willi (PWS) est une maladie soumise à empreinte caractérisée en phase néonatale par une hypotonie, des difficultés alimentaires, un retard de croissance. Le diagnostic anténatal de ce syndrome est rare. L’objectif de l’étude était de déterminer des signes cliniques et échographiques pouvant faire suspecter ce syndrome en anténatal.   

Méthode: Nous avons étudié l’ensemble des PWS suivi par les services de génétique de Rennes et Saint Brieuc entre 2005 et 2015. Nous avons comparé les données cliniques et échographiques anténatales avec la population générale. Les comparaisons aux valeurs de la population générale étaient réalisées avec le test des rangs signés de Wilcoxon pour les variables quantitatives et le test binomial exact pour les variables qualitatives.

Résultats: Nous avons recensés 19 patients sur la période d’étude. Nous avons observé que les patients PWS avait un plus petit poids pour l’âge gestationnel avec une croissance dysharmonieuse, plus de baisse des mouvements actifs foetaux, d’hydramnios et de présentation non céphalique que dans la population générale. Parmi ces signes, 50 % des patients PWS ont présenté deux signes d’alerte anténataux , 25% moins de deux signes et 25% plus de 2 signes anténataux.

Conclusion:Notre étude a permis de confirmer l’existence d’un phénotype anténatal du syndrome de Prader et Willi. La faible association et la faible spécificité de l’ensemble des signes rend impossible la possibilité de diagnostiquer l’ensemble des PWS en anténatal.


Arnaud MANET, Mélanie FRADIN (Rennes), Chloé QUÉLIN, Laurent PASQUIER, Celine ROZEL, Gwenaelle LE BOUAR, Sylvie NIVOT-ADAMAIAK, Sylvie ODENT
00:00 - 00:00 #13018 - P359 Signature transcriptomique de la réponse au traitement chez des patients avec un premier épisode psychotique.
P359 Signature transcriptomique de la réponse au traitement chez des patients avec un premier épisode psychotique.

L’un des problèmes majeurs dans le traitement de la schizophrénie repose sur le fait qu’il n’existe aucun critère objectif pour prédire qui répondra au traitement ni quand changer le traitement en cas d’absence d’amélioration des symptômes. L’identification de biomarqueurs de la réponse au traitement permettrait aux cliniciens d’utiliser ces tests pour choisir le meilleur traitement antipsychotique à prescrire. Dans le cadre d’un consortium européen (OPTiMiSE), notre équipe a réalisé une analyse de transcriptome sur 186 sujets avec un premier épisode psychotique tous traités 4 semaines par amisulpride. Des prélèvements sanguins ont été collectés avant et après traitement et l’ADN et l’ARN ont été extraits. Les profils de transcription ont été analysés par séquençage haut-débit (RNA-Seq) et comparés pour chaque individu avant et après traitement ainsi qu’en fonction de la réponse au traitement. Dans le but de caractériser une signature biologique de la réponse au traitement, les gènes dont l’expression variait avec le traitement ont été identifiés en utilisant le package DESeq2 et analysés en fonction des voies biologiques et de l’amélioration des symptômes. L’ensemble des patients a également été génotypé pour plus de 900 000 polymorphismes pour nous permettre d’identifier si des variations génétiques étaient responsables des variations d’expression génique observées. A partir des 10 683 gènes exprimés dans le sang, nous avons identifié des gènes différentiellement exprimés après 4 semaines de traitement par amisulpride. Pour certains de ces gènes, les modifications d’expression étaient significativement corrélées à l’amélioration des symptômes cliniques. Nous avons également identifié un sous-groupe de gènes dont le niveau d’expression était significativement différent avant traitement entre les patients dont les symptômes diminueront après 4 semaines comparé à ceux pour lesquels aucune amélioration ne sera constatée, suggérant que ces gènes pourraient être utilisés pour prédire la réponse au traitement. Par ailleurs, nous avons identifié des variations génétiques associées aux modifications d’expression ainsi qu’à la réponse au traitement. Nous avons ainsi pu montrer que l’amisulpride affectait l’expression des gènes dans le sang périphérique et que certaines modifications d’expression semblaient corréler à l’amélioration des symptômes. La réplication de ces résultats sur une cohorte indépendante est cependant nécessaire pour confirmer les mécanismes moléculaires associés à la réponse au traitement et devrait permettre l’identification d’une signature biologique de l’amisulpride qui aidera à définir quels patients sont en mesure de répondre au traitement.


Réjane TROUDET (Créteil), Wafa BEL HAJ ALI, Caroline BARAU, Anne BOLAND-AUGE, Jean-François DELEUZE, Marion LEBOYER, Stéphane JAMAIN, Consortium OPTIMISE
00:00 - 00:00 #13026 - P360 Les entretiens psychologiques téléphoniques au sein d’une consultation d’oncogénétique : expérience, état des lieux et perspectives.
P360 Les entretiens psychologiques téléphoniques au sein d’une consultation d’oncogénétique : expérience, état des lieux et perspectives.

La consultation d’oncogénétique de l’hôpital Saint Antoine à Paris propose un entretien psychologique systématique aux patients effectuant un test génétique pré-symptomatique. Un entretien psychologique est également proposé aux patients atteints qui sont vus en consultation en tant que cas index. Ces entretiens peuvent déboucher sur des suivis psychothérapeutiques lorsque le patient en éprouve le besoin. Depuis septembre 2015, nous proposons à ces patients la possibilité d’un suivi psychothérapeutique téléphonique.

Après 24 mois, nous avons souhaité nous interroger sur cette pratique. De septembre 2015 à aout 2017, 567entretiens psychologiques ont été réalisés pour 354 patients dont 60 entretiens par téléphone (11%) qui correspondent au suivi de 9 patients. Si l’on ne s’intéresse qu’aux consultations de suivi ces entretiens correspondent à 45% des suivis (9 patients sur 20). Sur les 9 patients, 6 ont eu une première consultation inaugurale physique avant la mise en place du suivi téléphonique et ont bénéficié d’entretiens physique et téléphonique de façon alternée. Cependant pour des raisons d’éloignement géographique et/ou de santé cette rencontre physique n’a pas été possible pour 3 patients. La durée de suivi pour ces patients a été plus courte que pour les autres (1 mois). En moyenne, les suivis durent plus longtemps lorsque le téléphone est impliqué (11 mois contre 7 en suivi physique).

Cette pratique reste minoritaire par rapport aux entretiens « physiques » mais certains patients s’en saisissent pour mettre en place un suivi.  En effet, la démarche de suivi régulier peut-être entravée par deux principaux facteurs qui sont soulignés par les patients : la distance géographique et la double pénibilité du déplacement physique et psychique au sein d’un hôpital. Ainsi, la consultation téléphonique apparaît comme un véritable support à la mise en place parfois délicate d’un suivi psychothérapeutique. Elle est même (pour 8 patients sur 9) la condition sine qua non pour la mise-en-place ou la poursuite du suivi. Une rencontre inaugurale apparaît cependant souhaitable afin qu’une relation transférentielle, bien que naissante, puisse s’instaurer, mais aussi pour aborder pleinement la possibilité d’une alliance thérapeutique entre le patient et la psychologue. Il serait intéressant de mener une étude clinique sur le long terme afin de comprendre les enjeux du virtuel et de la distance dans le transfert entre le patient et son psychothérapeute. Les bénéfices psychiques sont encore à démontrer afin de comprendre s’il s’agit d’un simple accompagnement psychologique ou d’un véritable travail de psychothérapie comme celui qui est mené, parfois difficilement, au sein d’un cadre hospitalier porteur de biais et d’obstacles à la relation transférentielle idéalisée.


Roxanne POIRSON, Hélène DELHOMELLE, Chrystelle COLAS (PARIS)
00:00 - 00:00 #13032 - P361 Génotype/phénotype corrélations dans la polykystose autosomale dominante de l’adulte .
P361 Génotype/phénotype corrélations dans la polykystose autosomale dominante de l’adulte .

La polykystose autosomale dominante de l’adulte (ADPKD) est la plus fréquente des maladies génétiques de transmission dominante de l’adulte  .Deux gènes principaux ont été identifiés à ce jour , PKD1  rend compte de 70 à 80% des formes classiques de la maladie, et 15 à 20% des polykystoses sont associés à PKD2  .Un troisième gène GANAB (Porath et al AJHG,2016) est rare et associé à une phénotype particulier de polykystose hépato /rénale associée à des reins de taille normale .

Nous avons réalisé au fil des années une étude complète de la région codante de PKD1, PKD2 et de GANAB tout d’abord par la technique de Sanger d et plus récemment par une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) sur Illumina après capture des différentes régions codantes.

Cette analyse  moléculaire a été réalisée sur plus de 4500 patients ,2500 d’entre eux provenant d’une cohorte du grand ouest la cohorte Genkyst impliquant 18 centres de néphrologie et par ailleurs 2000 patients provenant des différents services de néphrologie du territoire . Nous avons déterminé le spectre mutationnel de cette cohorte en identifiant une mutation dans l’un de ces trois gènes dans un peu plus de 90% des formes classiques de la maladie et décrit plus de  50 mutations nouvelles (http://pkdb.mayo.edu).

Ceci nous a permis de  réaliser une étude fine de corrélations génotype/phénotype ,l’entrée en insuffisance rénale terminale (IRT )étant un marqueur  précis de l’évolution clinique de la maladie. Nous avons  montré  que le type de mutation ,ie la présence d’une mutation troncante dans PKD1 était associée à une forme plus sévère de polykystose avec une entrée en IRT à 55 ans très significativement différente des formes associées à une mutation non troncante ou l’entrée en IRT est en moyenne de 67 ans (P < 0.0001).Nous avons confirmé que les formes de polykystose associées à PKD2 sont à 90%  des mutations perte de fonction  associée à un phénotype moins sévère avec une entrée en IRT à 79 ans (Audrezet et al ,Hum Mut ,2012;Cornec-Le Gall et al, JASN ,2013).Nous avons pu proposer d’intégrer des données cliniques ( HTA avant 35 ans, manifestations urologiques avant 35 ans )  aux données génétiques pour définir un score(le proPKD score) plus fin permettant de classer les patients en fonction de leur risque d’évolution vers l’IRT(Cornec-Le Gall et al, JASN,2015).

Une collaboration  nationale portant sur les formes de diagnostic  dépistées  in utéro nous a permis de montrer qu’il existait un excès  d’allèles hypomorphes du gène PKD1 chez ces fœtus (Audrezet et al, JASN ,2015). l’étude moléculaire de ces patients a  permis de montrer deux effets fondateurs l’un impliquant une délétion de PKD2 impliquant des patients dans la  région de Vannes et l’autre situé dans l’ile de la réunion .

 La connaissance des données génotypiques est importante dans la polykystose non seulement pour identifier le gène responsable mais pour  classer les malades qui vont pouvoir bénéficier des thérapies spécifiques .


Marie-Pierre AUDREZET, Claude FEREC (BREST)
00:00 - 00:00 #13035 - P362 Les données secondaires issues du séquençage haut débit d’exome : un challenge dans l’implémentation de la médecine génomique.
P362 Les données secondaires issues du séquençage haut débit d’exome : un challenge dans l’implémentation de la médecine génomique.

L'Institut National Human Genome Research a défini la médecine génomique comme « une discipline médicale émergente qui consiste à utiliser l'information génomique d’un individu dans le cadre de ses soins cliniques ». Grâce au séquençage haut débit, au-delà d’identifier la cause de la pathologie ayant justifiée la prescription du test, d’autres informations ayant un intérêt potentiel pour les patients et leurs familles peuvent être exploitées, nommées données secondaires. Elles peuvent être rendues aux patients, s’ils donnent leur consentement écrit, particulièrement lorsqu’elles permettent une amélioration de la prise en charge curative ou préventive du patient. Le rendu de ces données secondaires continue à causer de nombreux débats parmi les professionnels de santé, les patients et les éthiciens. Le but de cette étude est de faire une synthèse exhaustive de toutes les études sur la perception des DS dans des journaux scientifiques référencés, afin de déterminer les attentes principales des patients et des professionnels de santé vis-à-vis des perspectives offertes par leur exploitation, ainsi que les principales problématiques posées par la gestion de ces données.

Une revue de la littérature a été conduite sur tous les articles de Pubmed rapportant des études centrées sur les données secondaires ayant des méthodologies qualitatives, quantitatives ou mixtes et interrogeant des professionnels de santé, des patients ou plus largement la société. Leurs méthodologies ont été analysées de manière rigoureuse en insistant sur particulièrement sur la différence entre données secondaires actionnables et non-actionnables.

Entre 2010 et 2016, 32 articles ont été compilés, parmi eux 27 étaient Nord-Américains, 3 Australiens et 2 Européens. Un total de 11 604 personnes ont été interrogé dans ces études (1096 patients, 3003 professionnels de santé et 7505 personnes représentant la société). Lorsque données secondaires actionnables et non-actionnables ont été analysées séparément (76% des articles), 93% des répondants estimaient que le rendu des données secondaires actionnables devait être proposé aux patients (96% lorsque l’on interroge les patients, 86% les professionnels et 97% la société), contre 71% si elles étaient non-actionnables (85% lorsque l’on interroge les patients, 61% les professionnels et 74% la société). La différence entre une indication de test chez les mineurs et les majeurs parait indispensable, bien que la différence ne soit pas significative parmi les enquêtes réalisées. En effet, 92% des personnes interrogées pensent qu’il faut rendre des DS actionnables aux parents de mineurs bénéficiant d’un séquençage haut débit, et 69% pour les DS non-actionnables.

Cette revue de la littérature montre la nécessité de réaliser des travaux de recherche en France pour déterminer des référentiels nationaux. Un PREPS (FIND) a débuté sur les centres de référence de Dijon, Lyon, et la Pitié Salpétrière sur le sujet.


Julian DELANNE (Dijon), Sophie NAMBOT, Aline CHASSAGNE, Francoise HOUDAYER, Olivier PUTOIS, Elodie CRETIN, Christine PEYRON, Elodie GAUTHIER, Julien THEVENON, Angeline BRUEL, Jérémy SKRZYPSKI, François GHIRINGHELLI, Romain BOIDOT, Frédéric TRAN-MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO, Laurent DEMOUGEOT, Anne Sophie LAPOINTE, Marc BARDOU, Emilie TISSERANT, Maxime LUU, Christine BINQUET, Catherine LEJEUNE, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Yanis DUFFOURD, Damien SANLAVILLE, Pascal PUJOL, David GENEVIEVE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13044 - P363 Perception du rôle et des besoins en information de médecins généralistes québécois du Bas-Saint-Laurent, dans le contexte de la susceptibilité génétique aux cancers du sein et de l’ovaire.
P363 Perception du rôle et des besoins en information de médecins généralistes québécois du Bas-Saint-Laurent, dans le contexte de la susceptibilité génétique aux cancers du sein et de l’ovaire.

Plusieurs tests génétiques permettent d’identifier les personnes susceptibles de développer un cancer du sein ou de l’ovaire et d'estimer leurs risques d’en présenter un. Ils permettent aux médecins de proposer des approches préventives pouvant réduire significativement le taux de mortalité chez les personnes à risques. Toutefois,  certaines mesures, comme la mastectomie prophylactique, ne font pas l’unanimité à cause de leurs répercussions psychologiques et physiologiques majeures. Peu importe les positions, il y a consensus sur le fait que l’identification d’une mutation dans un gène associé au cancer du sein et de l’ovaire doit être accompagnée de l’information nécessaire pour que les patient(e)s prennent des décisions éclairées et que les médecins assurent une prise en charge médicale adéquate et équitable.

Pourtant, la littérature indique de nombreuses lacunes concernant : a) l’organisation et la prestation des services; b) les niveaux de connaissances et de formation des professionnel(le)s de santé; c) leurs besoins en information sur les tests génétiques et la prise en charge clinique en cas de risque augmenté. Finalement, la littérature montre que la prise en charge des patient(e)s porteur(euse)s d’une mutation BRCA1/BRCA2 est loin d’être optimale et qu’elle peut même rendre inéquitable l’accès aux interventions préventives.

QUESTIONS DE RECHERCHE : Nous nous sommes alors demandé(e)s : (1) qu’elles étaient les perceptions des médecins généralistes québécois concernant le rôle qu’ils et qu’elles estiment devoir jouer dans le suivi des patient(e)s porteur(euse)s d’une mutation BRCA1/BRCA2 ?  (2) Quels étaient leurs besoins en soutien, ressources et formation sur les tests génétiques et la prise en charge des patient(e)s ? 

MÉTHODOLOGIE : Une approche qualitative exploratoire, a permis de générer des données approfondies sur un sujet peu exploré, auprès des personnes directement concernées. Pour la phase I du projet, nous avons mené des entrevues dirigées auprès de 13 médecins de famille du Bas-Saint-Laurent (BSL), une des régions du Québec avec les plus hauts taux de cancers du sein liés à des mutations des gènes BRCA1/BRCA2. (Analyse des données inductive thématique).

RÉSULTATS : Les participant(e)s pensent qu’ils n’ont pas assez de formation en génétique pour assurer un suivi adéquat de leurs patient(e)s. Les médecins qui désirent s’impliquer davantage ont des besoins et formations et en soutien différents des médecins qui préfèrent laisser ce suivi aux spécialistes. Certain(e)s rapportent que la génétique est un service difficilement accessible pour les régions éloignées des grands centres.

CONCLUSION : Les besoins des médecins varient en fonction du rôle qu’ils veulent jouer. Les stratégies de formation et de soutien doivent s’adapter à ces besoins qui évoluent aussi avec l’arrivée de nouveaux tests et « panels » de gènes.


Marjorie BEZEAU (non, Canada), Drouin RÉGEN, Chantal BOUFFARD
00:00 - 00:00 #13051 - P364 Le choix du diagnostic préimplantatoire: attracteur de l'ambivalence du désir d'enfant dans les maladies génétiques à révélation tardive.
P364 Le choix du diagnostic préimplantatoire: attracteur de l'ambivalence du désir d'enfant dans les maladies génétiques à révélation tardive.

A partir de notre expérience clinique de psychologues, conseillère en génétique et généticienne, notre propos abordera la question du choix du DPI pour des couples concernés par des maladies génétiques à révélation tardive telle que la maladie de Huntington. La demande de DPI peut constituer un attracteur de l'ambivalence du désir d'enfant dans le sens où elle peut signifier tout autant un droit d'accès à la parentalité, qu'un empêchement de par la longeur du parcours médical et le faible taux de grossesse dans le DPI. Pour les futurs parents, le DPI permet de travailler le désir d'enfant, d'affirmer une position vis à vis de leur famille, de construire un projet d'enfant, ce qui leur permet de restaurer les ressources narcissique pour devenir parents. La demande de DPI peut être entendue dans bien des cas comme une réponse à la blessure d'appartenir à une famille à risque. Elle peut également être comprise comme le désir de réparation de cette lignée. Il y a dans la demande de DPI une rupture dans la répétition et l'agencement unique des déterminants préexistants. En ce sens, cette demande se veut un avènement.


Stephanie STARACI, Elodie SCHAERER, Alexandra DURR, Marcela GARGUILO (paris)
00:00 - 00:00 #13055 - P365 La qualité des ARN un challenge pour les études à haut débit: l'exemple de collections du CRB du CEPH.
P365 La qualité des ARN un challenge pour les études à haut débit: l'exemple de collections du CRB du CEPH.

La qualité et la traçabilité des échantillons biologiques sont des éléments clés dans la réussite des études génomiques. Lorsqu’un programme est multicentrique, l’organisation spécifique de chaque centre, le contexte particulier à la pathologie, le nombre élevé de prélèvements et un financement limité rendent parfois difficile voire impossible l’établissement d’une collection dans les conditions optimales définies par la littérature. Par ailleurs, le manque de reproductibilité des mesures et/ou des contrôles de qualité réalisés dans les laboratoires reste un challenge et engendre des coûts inutiles lorsque les échantillons doivent être traités sur des plates-formes à haut débit.

Dans le cadre de sa démarche qualité, le CRB du CEPH a entrepris une étude sur les éléments influençant la qualité des ARN circulants prélevés dans le cadre de deux collections multicentriques mises en place depuis 2012. En parallèle, nous avons travaillé avec le CNRGH pour mettre en place une procédure de contrôle de qualité des ARN robuste et reproductible entre les deux centres.

La première analyse a été réalisée sur près de 2000 prélèvements sanguins prélevés sur tubes PAXgene et inclus dans deux collections. Ces prélèvements ont été réalisés dans 17 hôpitaux français publics ou privés. Les kits de prélèvements fournis par le CEPH ont permis de faciliter l’inclusion des patients, le renvoi des prélèvements et d’assurer une traçabilité optimale de ces derniers. Les tubes PAXgene ont ensuite été transférés à température ambiante au CEPH au mieux entre 1 et 19 jours après le prélèvement. A leur arrivée au CEPH, ils ont été congelés immédiatement à -20 °C pendant 1 à 3 jours puis ont été transférés à -80 °C pour un stockage à moyen terme en attente d’extraction. Les ARN ont été extraits sur un Qiacube (Qiagen) avec le kit PAXgene Blood miRNA de Qiagen, quantifiés sur Nanodrop et contrôlés sur Bioanalyzer (Agilent). Les variables suivantes ont été analysées : délai entre le prélèvement et la réception des échantillons, effet du mois de collecte et du centre, délai entre la date de congélation et la date d’extraction.

Cette analyse a confirmé l’importance i) du délai écoulé entre le prélèvement et la congélation de l’échantillon, ii) de la température lors du transport du sang. L’analyse des autres paramètres est en cours.

La seconde analyse a porté sur 80 ARN extraits de tissus envoyés pour un contrôle de qualité au CNRGH en vue de l’analyse ultérieure du transcriptome. La comparaison des résultats a montré que les quantifications sur Nanodrop étaient fiables mais que la prise en compte uniquement de la valeur du RIN pour déterminer la qualité d’un ARN n’était pas suffisante. La mise en place d’une nouvelle procédure de contrôle conjointe a permis sur plus de 220 ARN testés en parallèle dans les deux centres de passer de 13,8 % à 0,1 % de conclusions discordantes. La qualité des ARN ainsi sélectionnés a ensuite été validée par l’analyse des données du transcriptome.


Jean-Christophe BEAUDOIN, Laetitia GRESSIN, Valérie MOREL, Marie-Claude BABRON, Robert OLASO, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Hélène BLANCHÉ (Paris)
00:00 - 00:00 #13057 - P366 Identito-vigilance et qualité des ADN dans un CRB : peut-on utiliser un panel de SNP ?
P366 Identito-vigilance et qualité des ADN dans un CRB : peut-on utiliser un panel de SNP ?

La traçabilité des prélèvements, la robustesse du circuit de collecte des données, la qualité des matériels biologiques transformés et leur traçabilité sont à la base de toute étude génétique ultérieure réussie. En effet, les erreurs d’identification des échantillons dans les études génétiques sont souvent non détectables, génèrent des coûts inutiles et diminuent la puissance statistique des analyses ultérieures voire peuvent conduire à des résultats erronés.

Le Centre de Ressources Biologiques (CRB) du CEPH réalise en routine sur les ADNs un contrôle de leur intégrité, une vérification du genre et une empreinte génétique basée sur 10 marqueurs microsatellites de type tétranucléotides sélectionnés parmi les marqueurs des panels CODIS (Combined DNA Index System) et ESS (European Standard Set).

Pour à la fois remplacer ces contrôles et identifier des mélanges éventuels d’ADN, nous avons testé le SNPtrace™ panel de Fluidigm qui comprend 96 SNPs. Ces derniers ont été sélectionnés pour leur informativité quelle que soit l’origine géographique des individus et leur capacité à amplifier l’ADN dans des régions difficiles du génome en vue de définir un indice de qualité de l’ADN. Des marqueurs sur les chromosomes X et Y ont également été sélectionnés pour identifier le genre des ADN. Les tests du panel ont été réalisés sur 94 ADN sélectionnés pour refléter :

-        L’origine diverse des ADN (sang, lignée lymphoblastoïde, salive).

-        Différentes méthodes d’extraction (précipitation au sel manuelle ou automatisée, phénol-chloroforme).

-        Des mélanges d’ADN avec ou sans liens familiaux.

-        Des ADN d’origine géographiques très variées (ADN du panel Human Genome Diversity Panel-CEPH).

-        Des individus des familles de référence du CEPH pour valider la ségrégation des marqueurs dans des familles.

-        Des ADN d’intégrité diverse allant du haut poids moléculaire à l’ADN dégradé.

-        Des ADN en échec inexpliqué en séquençage du génome ou de l’exome.

-        Des ADN extraits dans quatre CRB français.

Les résultats montrent que les SNP du panel Fluidigm sont tout à fait adaptés pour faire une empreinte génétique, identifier un mélange d’ADN, contrôler le genre et la ségrégation des marqueurs dans des familles. Bien que nous ne l’ayons pas testé, le panel est probablement adapté à la comparaison entre deux tissus prélevés. Par contre, l’établissement d’un score de qualité des ADN avec des SNP ne semble pas plus résolutif que l’évaluation de l’intégrité de l’ADN pour anticiper des échecs en séquençage du génome ou de l’exome.

Bien que la partie manipulation soit facile pour un CRB à moyen ou haut débit et ne requiert pas de mise au point, l’analyse des données faite manuellement est très longue et fastidieuse. La mise en place d’un logiciel d’analyse serait indispensable pour l’utilisation en production du panel dans un CRB.


Laetitia GRESSIN, Jean-Christophe BEAUDOIN, Valérie MOREL, Sylvie FORLANI, Stanie GAETE, Vanina JODON, Jean-François DELEUZE, Hélène BLANCHÉ (Paris)
00:00 - 00:00 #13061 - P367 Les données pharmacogénétiques dans le séquençage haut débit d’exome : difficultés d’identifications, limites et rareté des phénotypes extrêmes.
P367 Les données pharmacogénétiques dans le séquençage haut débit d’exome : difficultés d’identifications, limites et rareté des phénotypes extrêmes.

La médecine connaît actuellement une véritable révolution technologique avec l’avènement des technologies de séquençage haut débit (SHD) pangénomique dans la pratique clinique, laissant entrevoir le développement de la médecine génomique personnalisée. La prescription d’un séquençage pangénomique chez des patients atteints de maladies rares ou de cancers, souvent fortement médicalisés, amène à poser la question de l’analyse systématique des variations pharmacogénétiques sur les données de SHD, afin de mieux orienter la thérapeutique.

Afin d’évaluer sa faisabilité, nous avons rétrospectivement recherché les variants pharmacogénétiques actionnables de catégories IA et IB définies par PharmGKB (64 indications), à partir des données de SHD d’exome (WES) de 700 patients atteints d’anomalies du développement ou de déficience intellectuelle.

Comme attendue, l’analyse bioinformatique réalisée avec les pipelines habituellement utilisés pour le diagnostic de ces maladies rares s’est heurtée à plusieurs difficultés : la fréquence élevée de certains allèles, éliminés par le filtre ne conservant que les variations rares ; la localisation non-exonique d’un certain nombre d’allèles ; le caractère multiallélique de certains allèles incluant un allèle non-exonique. Malgré une adaptation du pipeline, le WES n’a détecté les variations pharmacogénétiques que dans 35/64 indications chez 653/700 patients. Compte tenu de la population d’étude, un focus a été réalisé sur les variations impliquant les gènes CYP2C9, CYP2C19 et CYP2D6, impliqués dans le métabolisme de médicaments pouvant être prescrits dans les pathologies neurodéveloppementales (anti-épileptiques, psychotropes…) et leurs phénotypes extrêmes. Le risque de toxicité médicamenteuse, en déterminant les métaboliseurs lents pour ces gènes, pourrait ainsi être prévenu chez 35/700 patients pour le CYP2C9 et 24/700 patients pour le CYP2C19. En revanche, les données de WES ne permettent pas d’avoir une prédiction suffisante pour le gène CYP2D6, ni les risques de résistance au traitement pour CYP2C9 et CYP2C19.

Cette étude montre que la recherche des variations pharmacogénétiques sur les données de WES nécessite d’adapter le pipeline utilisé dans les maladies rares et ne permet pas de conclure pour environ la moitié des indications définies par PharmGKB (catégories 1A et 1B). Par ailleurs, parce qu’au moins un de ces variants a été identifié dans la large majorité des patients (93 %), il semble difficile de les analyser systématiquement. En revanche, ces données pourraient être recherchées au cas par cas en fonction de la situation clinique qui pourrait justifier de traitements particuliers, et les analyses pourraient être ciblées sur les allèles responsables de phénotypes extrêmes qui sont actuellement les seules situations qui entraîneraient la révision de la prescription médicamenteuse. Les liens entre généticiens et pharmacogénéticiens devront se renforcer pour optimiser le service rendu aux patients.


Christel THAUVIN-ROBINET (DIJON), Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Julien THEVENON, Sophie NAMBOT, Angeline BRUEL, Patrick CALLIER, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Philippine GARRET, Charlotte POÉ, Thibaut JOUAN, Martin CHEVARIN, Robert OLASO, Anne BOLAND, Frédéric TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Maxime LUU, Christine BINQUET, Jean-François DELEUZE, Céline VERSTUYFT, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13064 - P368 Interaction entre des gènes liés à l’ATPase et l’exposition passive au tabac pendant la petite enfance dans l’hyperréactivité bronchique dans des familles asthmatiques.
P368 Interaction entre des gènes liés à l’ATPase et l’exposition passive au tabac pendant la petite enfance dans l’hyperréactivité bronchique dans des familles asthmatiques.

A positional cloning study in the 17p11 region of bronchial hyperresponsiveness (BHR) in the French Epidemiological study on the Genetics and Environment of Asthma (EGEA) families showed significant interaction between DNAH9 genetic variants and early life environmental tobacco smoke (ETS) exposure.

Our objective was to identify other genetic variants interacting with ETS on BHR by investigating genes involved in “ATP-binding” and “ATPase activity” pathways, which both include DNAH9, are targets of cigarette smoke and are implicated in the movement of respiratory cilia.

Family-based interaction test between ETS exposed versus unexposed BHR siblings were conducted in 388 EGEA families. Among 20 SNPs showing interaction signals (P≤5x10-3), one SNP reached the significant threshold (P=2x10-5) after correcting for multiple testing. This latter result was not replicated at nominal level in the 253 Saguenay–Lac-Saint-Jean (SLSJ) families (P=0.13) but was improved in the combined analysis of the two samples (P=1x10-5). Another SNP replicated in SLSJ families (P=0.003), showed suggestive interaction by meta-analysis (P=6x10-5). These results were confirmed using a robust log-linear interaction test.

The SNPs showing interaction with ETS belong to the ATP8A1 and ABCA1 genes, which play a role in the maintenance of asymmetry and homeostasis of lung membrane lipids, and interact with key regulatory factors affected by smoking.


Marie-Hélène DIZIER (PARIS), Patricia MARGARITTE-JEANNIN, Lucile PAIN, Chloé SARNOWSKI, Myriam BROSSARD, Hamida MOHAMDI, Nolwenn LAVIELLE, Marie-Claude BABRON, Jocelyne JUST, Mark LATHROP, Catherine LAPRISE, Emmanuelle BOUZIGON, Florence DEMENAIS, Rachel NADIF
00:00 - 00:00 #13074 - P369 Diagnostic moléculaire de la dyskinésie ciliaire primitive dans une cohorte tunisienne: identification d'un allèle majeur.
P369 Diagnostic moléculaire de la dyskinésie ciliaire primitive dans une cohorte tunisienne: identification d'un allèle majeur.

La dyskinésie ciliaire primitive (DCP) est une maladie héréditaire récessive des cils mobiles de prévalence 1/15000. Le diagnostic  est souvent retardé et repose sur des examens hautement spécialisés (analyse du battement ciliaire en vidéo-microscopie et de l’ultrastructure ciliaire par microscopie électronique en transmission (ME)). En raison de l’hétérogénéité génétique (37 gènes impliqués, plus de 600 exons), les techniques de séquençage de nouvelles générations  (NGS) ouvrent de nouvelles perspectives de diagnostic.

Les objectifs de ce travail étaient : 1/ confirmer le diagnostic de DCP chez 40 patients tunisiens (35 familles), 2/ décrire le spectre mutationnel et 3/ proposer une approche de diagnostic moléculaire au sein de cette population en absence de NGS.

Les 40 patients ont été recrutés au sein de 6 services de pédiatrie (Sousse, Monastir, Mahdia, Tunis, Nabeul et Sfax). Ils présentaient une forte suspicion de DCP basée sur un syndrome sino-pulmonaire associé à un situs inversus et/ou une détresse respiratoire néonatale et/ou un taux de NO nasal effondré et/ou une anomalie ciliaire identifiée par ME.

Chez 22 patients indépendants, le criblage par SSCP des 5 exons considérés comme hot spot de DNAH5, principal gène de DCP, n’a identifié aucune mutation. Dans le cadre d’une collaboration avec le laboratoire de génétique moléculaire à l’hôpital Trousseau  à Paris, le séquençage  de l’ADN de ces 22 patients par panel NGS a identifié une cause moléculaire chez 17 patients (17/22, 77%). Treize autres patients indépendants sont en cours d’analyse.

Parmi ces 17 patients, des mutations ont été identifiées dans 5 gènes : CCDC39 (n=9, 53%), DNAH5 (n=4, 23.5%), HYDIN (n=2, 11.7%), DNAI1 (n=1, 5.8%) et DRC1 (n=1, 5.8%). La mutation c.2190del, p.(Glu731Asnfs*31) de l’exon 16 de CCDC39 a été retrouvée chez 41% des patients (5 homozygotes et 2 hétérozygotes composites). Cette mutation déjà décrite à l’état homozygote chez 4 patients nord-africains résulte probablement d’un effet fondateur.

Au total, le séquençage des hots spots de DNAH5 ne semble pas adapté à cette population. En revanche, le criblage de l’exon 16 de CCDC39 permettrait de caractériser au moins un des allèles mutés chez 41% des patients. Chez les patients nord-africains présentant une forte suspicion clinique de DCP, nous proposons une stratégie séquentielle comportant : 1/ séquençage Sanger de l’exon 16 de CCDC39, 2/ séquençage Sanger des 19 autres exons en cas de mutation hétérozygote de CCDC39  et 3/ panel NGS. Chez les 5/22 patients pour lesquels aucune mutation n’a été caractérisée par étude de panel NGS, une étude d’exome est envisagée afin de rechercher de nouvelles étiologies de DCP. Une étude d’haplotype comprenant des patients marocains, algériens et tunisiens chez lesquels la mutation c.2190del a été identifiée au laboratoire sera réalisée afin de confirmer l’effet fondateur de cette mutation au sein de ces populations.


Rahma MANI (Paris), Imed MABROUK, Bruno COPIN, Florence DASTOT, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Jihen BOUGUILA, Lamia BOUGHAMOURA, Salma BEN AMEUR, Mongia HACHICHA, Khadija BOUSSETTA, Raoudha BOUSSOFFARA, Samia HAMOUDA, Abir BEDOUI, Habib BESBES, Seif MEDDEB, Estelle ESCUDIER, Serge AMSELEM, Zohra SOUA, Marie LEGENDRE
00:00 - 00:00 #13082 - P370 Equipe mobile médico-sociale pour les maladies et handicaps rares en pays de la loire.
P370 Equipe mobile médico-sociale pour les maladies et handicaps rares en pays de la loire.

La Plateforme Régionale pour l’Information et l’Orientation pour les maladies Rares (PRIOR) est une structure régionale mise en place en 2009 dans les Pays de la Loire pour d’améliorer le parcours de vie des personnes atteintes de maladies rares.

En 2015, PRIOR a été choisi par l’ARS PDL pour structurer l’Equipe Relais « Handicaps Rares » prévu par le 2nd schéma national pour les handicaps rares 2014-2018.

 

Pour répondre à cet appel d’offre, PRIOR a établi une collaboration avec 22 partenaires comprenant entre autres des institutions médico-sociales spécialisées et des associations de patients. Ce projet est porté par la Mutualité Anjou Mayenne et par le CHU d’Angers. Ses buts sont :

 

1. D’accompagner et de soutenir les projets de vie des personnes ayant une maladie rare et/ou un handicap rare afin qu’elles puissent bénéficier d’une réponse globale, adaptée et suivie dans le temps.

2. D’instaurer une collaboration entre les différents partenaires du projet afin de développer une logique commune d’accompagnement.

3. De structurer l’offre pour des parcours de vie individualisés en s’appuyant sur les ressources et les compétences de proximité.

 

En outre, PRIOR-Equipe Relais Handicaps Rares travaille en étroite collaboration avec les filières de santé maladies rares récemment mises en place de façon à augmenter les synergies entre les différents acteurs impliqués dans les maladies et handicaps rares.


Isabelle BAZANTE (ANGERS), Mathieu FERTE, Berengere THIBAULT, Murielle RIBEIRO, Caroline YAMEOGO, Alexandra COSTES, Melanie KASSEGNE, Sonia GIRARD, Catherine PATERON, Rozenn CARRASCO, Yann PEREON, Dominique BONNEAU
00:00 - 00:00 #13101 - P371 Les données secondaires actionnables et non actionnables : avis des professionnels de service de génétique.
P371 Les données secondaires actionnables et non actionnables : avis des professionnels de service de génétique.

Les nouvelles techniques de séquençage à très haut débit, aussi appelées NGS (Next Generation Sequencing), révolutionnent la médecine génomique et s’accompagnent d’enjeux éthiques majeurs. Le séquençage du génome génère une quantité de données très importante dont l’interprétation est complexe. L’analyse des données peut révéler des informations génétiques sans liens avec la pathologie à l’origine du test, appelées données secondaires (DS). L’American College of Medical Genetics and Genomic (ACMG) fut le premier à publier des recommandations sur le rendu des DS. Actuellement la gestion de ces données fait toujours débat au niveau international.

Une session de Développement Personnel Continu (DPC) a été organisée lors du 31ème Séminaire de Génétique Clinique et de Conseil Génétique (février 2017) afin de réaliser un état des lieux, en France, sur le positionnement et les pratiques actuelles des professionnels des services de génétique vis à vis des DS. Les professionnels inscrits au DPC ont répondu à une série de questions axée sur leur expérience vis à vis des données secondaires, leur positionnement quant à la gestion de ces données, une mise en situation via trois cas théoriques et les recommandations de l’ACMG. Le panel de 82 professionnels se compose de généticiens (cliniciens, moléculaires, cytogénéticiens), d’internes et  de professionnels non médicaux.

Les professionnels ayant participé au DPC ont déjà été confrontés au rendu de données secondaires, le plus souvent suite à la prescription d’une CGH-array (60%) et/ou plus rarement des tests de type NGS (13%). Ils souhaitent majoritairement rendre ce type de données, particulièrement si elles confèrent un bénéfice thérapeutique et/ou préventif pour le patient et sa famille ( > 80%). La question sur l’adéquation du consentement a divisé le panel avec seulement 44% des professionnels qui estiment que celui est adapté. Interrogés sur la liste des 56 gènes actionnables préconisée par l’ACMG, 21 % des professionnels semblent considérer que celle-ci est trop restrictive. En pratique, face à la mise en évidence de DS actionnables faisant partie de la liste minimale de l'ACMG (BRCA1), ou des DS ayant plutôt des conséquences en termes de conseil génétique (DMD et CFTR), la majorité des professionnels rendrait ces informations aux patients ( > 70%). Après avoir participé aux séminaires, il s’avère que les professionnels sont toujours prêts à rendre les DS aux patients, et souhaitent davantage exclure les gènes actionnables de l’analyse pour les tests prénataux.

La session de DPC a permis d’identifier les positionnements, des généticiens français ayant participé, face aux problématiques des données secondaires identifiées suite à un test génétique (ACPA/NGS). Des questions essentielles n’ont pas été abordées, telles que la recherche active des gènes actionnables. Or avec le déploiement du plan France Médecine Génomique 2025, une harmonisation des pratiques sur le plan national est un enjeu majeur.


Céline DAMPFHOFFER (Lyon), Lilia BEN SLAMA, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Pascal PUJOL, Sylvie ODENT, Christel THAUVIN, Crmr Et Ccmr FILIÈRE DE SANTÉ ANDDI-RARES, Damien SANLAVILLE, Laurence FAIVRE, David GENEVIEVE
00:00 - 00:00 #13104 - P372 La mucoviscidose révélée en période anténatale par la non-visualisation isolée de la vésicule biliaire : les cas ne sont pas rares.
P372 La mucoviscidose révélée en période anténatale par la non-visualisation isolée de la vésicule biliaire : les cas ne sont pas rares.

Le diagnostic de mucoviscidose peut être révélé pendant la vie fœtale devant des anomalies digestives aux échographies des 2e et 3e trimestres, principalement une hyperéchogénicité intestinale ou des images de dilatation digestives. Devant de tels signes, les recommandations nationales et internationales (Dequeker 2009) préconisent la recherche de mutations fréquentes du gène CFTR dans un premier temps, puis de mutations rares en cas d’identification d’une mutation fréquente chez un parent ou le fœtus. La non visualisation de la vésicule biliaire (NVVB) a été décrite occasionnellement chez les fœtus atteints de mucoviscidose, le plus souvent en association d'autres signes digestifs (de Becdelièvre 2011, Duguépéroux 2012), mais très rarement de façon isolée. La NVVB isolée a ainsi une très faible valeur prédictive positive pour la mucoviscidose (de Becdelièvre 2011).

Dans une série rétrospective multicentrique de 2011 à 2017 portant sur 1125 cas d’anomalies digestives fœtales, nous décrivons 38 cas de mucoviscidose dont cinq présentaient une NVVB isolée (13,2%), confirmée sur au moins deux échographies successives. Ce signe était observé dès 22-23 semaines d’aménorrhée (SA) pour trois fœtus, à partir de 26 SA pour un fœtus et à partir de 33 SA pour le dernier cas. Parmi ces cinq cas, trois étaient homozygotes pour la mutation c.1521_1523del (F508del) et deux étaient hétérozygotes composites pour une autre mutation fréquente et une mutation rare associée à la mucoviscidose.

Un échantillonnage réalisé en 2015 sur 146 cas d’anomalies digestives fœtales a permis d’identifier 20 cas d’anomalies isolées de la VB (soit 13,7% des cas d’anomalies digestives fœtales) dont 8 étaient une non visualisation. L’un de ces 8 cas était atteint de mucoviscidose (1/8 NVVB isolée, 12,5%).

L’ensemble de ces résultats montre l’importance à accorder à la NVVB, même lorsque ce signe est observé de façon isolée, que cela soit au 2e ou 3e trimestre de la grossesse. Ces données pourraient faire rediscuter les référentiels concernant les échographies de dépistage dès lors que l'examen de la vésicule biliaire ne fait pas partie des items à renseigner pour chaque examen. En cas de NVVB, une étude du gène CFTR impliqué dans la mucoviscidose devrait être considérée.


Anne BERGOUGNOUX, Thierry BIENVENU, Jean-Marie JOUANNIC, Alix DE BECDELIEVRE, Fanny VERNEAU, Natacha GAITCH, Michel KOENIG, Caroline RAYNAL, Emmanuelle GIRODON (Paris)
00:00 - 00:00 #13122 - P373 Identification de variants au niveau de séquences cis-régulatrices du gène CFTR.
P373 Identification de variants au niveau de séquences cis-régulatrices du gène CFTR.

Le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) a été identifié en 1989. Bien que plus de 2000 mutations aient été découvertes, des patients atteints de mucoviscidose ou de formes frontières présentent un génotype incomplet ou des phénotypes extrêmes. Les éléments de régulation, décrits au sein du promoteur, ne peuvent, à eux seuls, expliquer la complexe régulation tissu-spécifique de ce gène. Ces dernières années grâce au développement des techniques d’étude de la conformation chromatinienne, plusieurs éléments de régulation à distance ont été identifiés comme impliqués dans ce contrôle d’expression (Moisan et al. 2016).

Cette étude a pour but d’étudier l’implication de ‘cis-ruption’, c'est-à-dire de dysfonctionnement d’un élément cis-régulateur, dans la mucoviscidose et dans une de ses formes frontières, la Congenital Bilateral Absence of the Vas Deferens (CBAVD) chez des patients présentant des phénotypes extrêmes (colonisation précoce ou tardive à Pseudomonas aeruginosa) ou un génotype incomplet.

17 séquences cis-régulatrices du gène CFTR ont été séquencées par une approche à haut débit (Fluidigm) chez une centaine de patients. Cette étude a permis l’identification de variants, certains étant décrits dans la base de données GnomAD. Plusieurs variants dans nos groupes d’études sont significativement plus retrouvés que dans la population générale (p<10-5). Ces variants plus fréquents pourraient donc être associés à des cas de mucoviscidose ou de CBAVD. Certains, localisés dans des sites de fixation d’éléments de régulation, corréleraient bien avec des variants régulateurs en étant impliqués dans l’organisation chromatinienne et sur l’expression du gène CFTR


Mégane COLLOBERT (Brest), Stéphanie MOISAN, Geneviève HERY-ARNAUD, Marie-Pierre AUDREZET, Claude FEREC
00:00 - 00:00 #13124 - P374 Evaluer et favoriser l’autonomie du patient face aux données secondaires.
P374 Evaluer et favoriser l’autonomie du patient face aux données secondaires.

L’accessibilité au séquençage haut débit, en particulier au séquençage d’exome voire du génome, pose la question d’informer ou non le patient des données secondaires qui pourraient être générées par ce type d’analyses.   

Une première objection fait appel à l’une des finalités  traditionnelles de la médecine : « primum non nocere ». En effet, de telles informations ne sont-elles pas néfastes pour le patient et ses apparentés en ce qu’elles risquent de déclencher des troubles de l’anxiété, une dépression, des prises de décisions irrationnelles, etc. : un ensemble d’effets qui s’ajouterait au vécu souvent difficile de la pathologie génétique initiale et serait délétère sur son état de santé en général ?

La seconde objection porte en particulier sur les capacités de compréhension et de raisonnement du patient : ce dernier est-il bien capable de comprendre et d’apprécier la complexité d’une information relative à une donnée génétique avec l’incertitude en termes de pénétrance et de pronostic qu’elle peut contenir ? Est-il en mesure d’appréhender toutes les conséquences pour lui et sa famille ?   

La réponse à ces objections et finalement à la question du dévoilement ou non des données secondaires au patient repose sur l’évaluation de l’autonomie psychique de ce dernier : quelles sont les capacités de ce patient à recevoir de telles informations ? Comment, en tant que médecin, apprécier et favoriser cette autonomie en délivrant une information claire et adéquate (et non pas complète) ? Et comment recueillir un consentement ou un refus libre et « véritablement » éclairé concernant la recherche délibérée de variants pathogènes?

Il nous paraît pertinent de dissocier la recherche des données secondaires des données primaires et de proposer au patient qui le souhaiterait, une recherche de données secondaires après un accompagnement médico-psychologique tel qu’il est pratiqué actuellement pour le diagnostic présymptomatique.

Nous défendons une « stratégie de l’échelle variable » inspirée de Drane (1985) et Appelbaum (2007) pour adapter cet accompagnement : plus les données secondaires sont incertaines et les mesures de soin ou de prévention restreintes, plus les degrés de l’autonomie psychique qui doivent être promus et recherchés par le médecin lors de la consultation doivent être élevés. La question serait donc d’aider les patients qui le souhaiteraient à accéder à de telles informations en évaluant et en favorisant, au cas par cas, les capacités de chacun à recevoir celles-ci.

Enfin, si l’on considère que la recherche de données secondaires peut être bénéfique à certains patients, dans une mesure d’équité, il devrait être possible de la proposer en population générale ce qui pose la question de l'intérêt et de la faisabilité de telles pratiques en termes de santé publique.

Appelbaum P., N Engl J Med, 2007; 357 : 1834-40

Drane J. F., Hastings Cent Rep. 1985 Apr;15(2):17-21.


Sandra MERCIER (NANTES), Guillaume DURAND
00:00 - 00:00 #13127 - P375 L'invalidation partielle de l'expression de UPF1 stabilise les messagers nonsens d'un gène beta0 thalassémique.
P375 L'invalidation partielle de l'expression de UPF1 stabilise les messagers nonsens d'un gène beta0 thalassémique.

Introduction : La cellule élabore des mécanismes de surveillance afin d’assurer la fidélité de l’expression génique. L'apparition d'un codon de terminaison prématuré (PTC) sur l'ARNm suite à une anomalie d'épissage ou celle d'une mutation génomique, condamne la molécule d'ARN à une dégradation rapide par le mécanisme de surveillance NMD (Nonsense-Mediated mRNA Decay). Ce mécanisme fait intervenir un complexe protéique, dont UPF1 est composant cytoplasmique clé.

Nos travaux antérieurs ont permis de mettre en évidence la présence in vivo, en quantité faible, de plusieurs isoformes d’épissage issus du variant d'épissage du gène beta-globine IVSI+2T->G (Haj Khelil et al, 2008, FEBS J 275: 1150-1162). L’objectif de notre travail consiste à apporter un argument direct de l'implication du mécanisme NMD dans la très faible expression du messager beta-globine muté.

Matériel et méthodes : Nous nous sommes focalisés sur l’extinction partielle du gène UPF1, et ce par la méthode des ARN interférents. La méthode d’extinction choisie est celle des shRNA inductibles en présence de Tet répresseur induit par la Doxycycline. Tout d’abord, une co-transfection des minigènes UPF1 et Tet répresseur dans des conditions induites par la doxycycline est réalisée suivie d’une transfection par le minigène beta-globine à l’état sauvage et muté (contenant la mutation IVSI+2T->G). L'efficacité d'expression des shRNAs et des minigènes beta-globine est testée par Western blot (anti-UPF1) et RT-PCR semi-quantitative (beta-globine).

Résultats : Le Western blot a montré une diminution de la protéine UPF1 par rapport au témoin non traité par les shRNA et par rapport au témoin traité par un shRNA non spécifique. La RT PCR semi quantitative a montré que les ARNm anormalement épissés dans les cellules contenant le gène beta-globine muté étaient plus abondants lorsque UPF1 est diminuée. Ces résultats ont permis d’appuyer l’hypothèse de la dégradation par NMD des ARNm anormalement épissés.

Conclusion : Ce travail constitue un essai pour approfondir l’analyse des ARNm du gène beta-globine dans le cas normal et pathologique. D’autre part, nous avons montré que la technique des ARN interférents est une approche efficace pour les applications thérapeutiques par extinction de gènes.


Amel HAJ KHELIL SAAD, Mireille DEGUILLIEN, Madeleine MORINIERE, Ali SAAD (SOUSSE, Tunisie), Jemni BEN CHIBANI, Faouzi BAKLOUTI
00:00 - 00:00 #13131 - P376 Grossesse interrompue après diagnostic préimplantatoire liée à la présence de plusieurs maladies récessives chez un couple consanguin.
P376 Grossesse interrompue après diagnostic préimplantatoire liée à la présence de plusieurs maladies récessives chez un couple consanguin.

La consanguinité augmente le risque de transmission de maladies génétiques autosomiques récessives. Dans le cadre du Diagnostic Préimplantatoire (DPI), nous recevons des demandes de couples consanguins pour des pathologies variées. Nous vous rapportons ici le cas d’un couple de cousins germains d’origine turque à risque de transmettre la mucoviscidose. Le frère de la dame est atteint de la maladie, le diagnostic moléculaire a été fait en 2008 et la mutation c.2051_2052delAAinsG (anciennement 2183AA>G) est retrouvée à l’état homozygote dans le gène CFTR. La patiente est dépistée en janvier 2012 alors qu’elle est enceinte (première grossesse). Elle est porteuse de la mutation familiale. Son conjoint est, lui aussi, hétérozygote pour cette mutation. Le couple réalise un Diagnostic Prénatal (DPN), le fœtus est hétérozygote. Lors de la seconde grossesse en 2013, le DPN est, cette fois, défavorable et une interruption médicale de grossesse est réalisée. En 2014, le couple dépose une demande de DPI dans notre centre et la première tentative de DPI est réalisée en mai 2015. Trois embryons sont analysés à J3, deux sont atteints et le troisième est transféré frais à J5. La grossesse est évolutive mais l’échographie de 28SA met en évidence un anamnios, des reins hyperéchogènes et une absence de vessie faisant évoquer une dysplasie tubulaire rénale. La grossesse est interrompue à 6 mois et l’analyse moléculaire révèle, en août 2016, la présence d’une mutation homozygote (c.1369del) dans le gène ACE. Cette mutation est présente à l’état hétérozygote chez les deux parents. Le couple nous a donc sollicités pour réaliser un DPI pour une double indication moléculaire (mucoviscidose et dysplasie tubulaire rénale) en novembre 2016. Nous avons accepté leur demande en mars 2017 et  élaboré un protocole composé de 18 couples d’amorces afin d’obtenir une informativité suffisante autour des deux loci (7q31.2 et  17q23.3). Le protocole a été validé en septembre 2017 mais lors de l’organisation de la consultation pluridisciplinaire, le couple nous a informés qu’une grossesse spontanée avait démarré pour laquelle le double DPN est en cours.


Gaëlle THIERRY (NANTES), Sophie PEDRONNO, Amélie ROCHER-MONNIER, Sébastien RICHARD, Brigitte MENANTEAU, Ingrid WIGNIOLLE, Sébastien SCHMITT, Stéphane BEZIEAU, Florence LEPERLIER, Paul BARRIERE, Thomas FREOUR, Cédric LE CAIGNEC
00:00 - 00:00 #13142 - P377 Une étude d’association basée sur le séquençage de génomes entiers confirme l’importance majeure du locus SCN5A dans la susceptibilité génétique au syndrome de Brugada.
P377 Une étude d’association basée sur le séquençage de génomes entiers confirme l’importance majeure du locus SCN5A dans la susceptibilité génétique au syndrome de Brugada.

Le syndrome de Brugada (BrS) est un trouble héréditaire du rythme cardiaque. Selon la littérature, entre 20% et 30% de patients atteints de BrS sont porteurs de variations génétiques rares du gène SCN5A (codant pour la principale sous-unité du canal sodique cardiaque). Bien qu’une vingtaine d’autres gènes ont été décrits comme facteurs de prédisposition génétique au BrS, les bases génétiques de la pathologie restent encore inconnues dans la majorité des cas. Deux études ont précédemment permis de confirmer l’implication du SCN5A comme gène de susceptibilité du BrS. La première, une étude d'association sur génome entier portant sur 312 patients atteints de BrS, a conduit à l’identification de 3 haplotypes communs prédisposant à la maladie, dont deux au locus SCN5A-SCN10A. La seconde, qui consistait à tester 45 gènes de susceptibilité aux arythmies cardiaques héréditaires par séquençage ciblé, sur un échantillon de 167 cas de BrS et 167 contrôles, a permis d’identifier un enrichissement significatif en variants rares (MAF inférieure à 0,1%) parmi les cas, pour le seul gène SCN5A.

Nous avons ici évalué si les tests d'association basés sur une approche par séquençage du génome entier permettent la détection simultanée d'allèles rares et fréquents associés à la pathologie. Pour cela nous avons séquencé, sur station Illumina HiSeq X Five (profondeur moyenne minimale de 30X), les génomes entiers de 328 cas index français atteints de BrS et 404 sujets d’origine française inclus comme population de référence. En appliquant à la fois une analyse d'association classique et une analyse par gène de type « burden » sur les génotypes obtenus (méthode /multi-calling/g-vcf/, bonnes pratiques du Broad/GATK), nous sommes parvenus à reproduire à la fois les signaux d'association précédemment obtenus sur le locus SCN5A-SCN10A et l'enrichissement en variants rares sur le gène SCN5A.

Ces résultats démontrent la pertinence du séquençage du génome entier pour interroger le spectre complet de la variation génétique, des variants rares aux haplotypes communs, associée à la susceptibilité aux pathologies complexes. Nous explorons actuellement si notre approche de séquençage génomique permet l'identification de nouveaux variants - structuraux ou ayant une MAF entre 1% et 5% - potentiellement impliqués dans la pathologie.


Matilde KARAKACHOFF (NANTES), Pierre LINDENBAUM, Joanna GIEMZA, Julien BARC, Solena LE SCOUARNEC, Floriane SIMONET, Anne BOLAND, Delphine BACQ, Vincent MEYER, Jean-Baptiste GOURRAUD, Antoine LEENHARDT, Pascale Guicheney GUICHENEY, Emmanuelle GÉNIN, Vincent PROBST, Christian DINA, Jean-François DELEUZE, Jean-Jacques SCHOTT, Richard REDON
00:00 - 00:00 #13152 - P378 Diagnostic anténatal de mégavessie : apport de l’examen foetopathologique.
P378 Diagnostic anténatal de mégavessie : apport de l’examen foetopathologique.

La vessie peut-être visualisée dès 10 semaines d’aménorrhée en échographie lorsque la production d’urine est fonctionnelle. Ainsi le diagnostic de mégavessie peut-être posé à l’échographie du 1er trimestre. Le pronostic dépend notemment de la taille de la vessie, de l’évolution de celle-ci, du retentissement sur le système urinaire haut, de la quantité de liquide amniotique, des anomalies caryotypiques. La prévalence de mégavessie au 1er trimestre varie entre 1/330 à 1/1670 selon les publications. Nous avons réalisé une étude rétrospective dans 3 centres de diagnostic prénataux et 5 laboratoires effectuant des examens foetopathologiques. 59 autopsies fœtales avec mégavessie ont été incluses dont 5 cas de mort fœtale in utéro. Parmi ces fœtus plus de 80% présentaient des anomalies associées à celles du système urinaire. Les plus représentées avec plus de la moitié des cas, étaient les anomalies digestives, parmi lesquelles 16 cas d’imperforation anale non diagnostiquées en anténatal. Une cardiopathie et un retard de croissance intra-utérin étaient retrouvés chacun dans environ 15% des autopsies et avaient été décrits en anténatal dans un peu moins de la moitié des cas. Trois fœtus présentaient des malformations du système nerveux central diagnostiquées en anténatal. L’examen foetopathologique a permis de poser les diagnostics de Rubinstein Taybi, d’association VATER et VACTERL, de troubles du développement sexuels, et de confirmer ou d’infirmer des obstructions du tractus urinaire inférieur ainsi que des syndromes de Prune Belly diagnostiqués en anténatal. Des analyses génétiques ont été réalisées dans 55 cas par caryotype avec une ACPA complémentaire pour 8 d’entre eux. Des anomalies chromosomiques ont été mises en évidence dans 6 cas dont une variation du nombre de copies à l’ACPA. Cette étude portant sur 59 autopsies fœtales met l’accent sur les anomalies associées au diagnostic de mégavessie susceptibles d’être recherchées grâce aux progrès réalisés en imagerie fœtale.


Maude GRELET (Toulon), Radia FRITIH, Anne Laure CHESNAIS, Catherine JARNET, Julia TORRENTS, Fanny PELLUARD, Nicole PHILIP, Sabine SIGAUDY
00:00 - 00:00 #13175 - P379 P38 Etat des lieux de la spécialité de Génétique Médicale en France.
P38 Etat des lieux de la spécialité de Génétique Médicale en France.

La spécialité de Génétique Médicale (GM) a été créée en 1995. Elle permet aux étudiants en médecine, éligibles après le concours de l’internat (Epreuves Classantes Nationales ou ECN), d’acquérir une formation de pointe, clinique et biologique, en génétique. La formation se déroule sur 4 ans et peut être prolongée par une année de Master 2 Recherche. Deux semaines d’enseignement national sont organisées par le Collège National des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale (CNEPGM) chaque année. Notre objectif est de faire un état des lieux de la spécialité de GM en 2018. Nous avons réalisé une enquête au sein de chaque centre hospitalo-universitaire afin de recueillir les données relatives aux parcours des anciens internes. Nous avons diffusé un questionnaire, par voie électronique, à l’ensemble des internes et anciens internes, membres de la Société des Internes en Génétique de France (SIGF).

Depuis 1995, près de 90 internes ont été formés et exercent actuellement le métier de généticien en France. Depuis 2010, une forte augmentation du nombre d’internes a été observée. En 2018, nous recensons 86 internes en cours de formation (promotions ECN 2013 à 2017) avec une répartition sur l’ensemble du territoire. Actuellement, la majorité des internes complètent leur formation en s’inscrivant à un voire deux Diplômes Inter-Universitaires (DIU) et à un Master 2 Recherche au cours de leur internat. Parmi les médecins généticiens ayant validé le Diplôme d’Etudes Spécialisées (DES) de GM, 56% sont des généticiens cliniciens, 23% exercent en laboratoire (dont 14% en cytogénétique et 9% en génétique moléculaire), 14% sont onco-généticiens et seulement 7% ont une pratique mixte. Concernant les aspirations professionnelles des internes en 2018, on note que la majorité d’entre eux souhaiterait avoir une pratique mixte à la fin de l’internat.

Bien qu’encore peu connue des étudiants en médecine et du grand public, la spécialité de GM est une entité unique au sein des spécialités médicales. Grâce à un réel engagement du CNEPGM et de la SIGF, la formation nationale s’est développée et structurée pour répondre aux besoins de formation des internes. Avec la réforme du troisième cycle des études médicales, la formation ne cesse de s’améliorer et de nombreux projets innovants vont voir le jour en 2018: consultations simulées avec des acteurs, séances d'enseignement présentiel intéractif, e-carnet... La SIGF a permis la création d’un réseau national de jeunes généticiens permettant d’améliorer la communication et l’échange d’informations sur la spécialité. Même si des inquiétudes existent concernant l’orientation professionnelle en post-internat, l’attractivité de la spécialité de GM augmente chaque année. Une réflexion sur la répartition et l’organisation de la formation à l’échelon local en adéquation avec les politiques territoriales de santé et les besoins de la population est indispensable.


Florence RICCARDI (Marseille), Perrine BRUNELLE, Aude TESSIER, Arthur SORLIN, Kevin CASSINARI, Sandra MERCIER, Damien SANLAVILLE
00:00 - 00:00 #13186 - P380 Place de l’analyse des gènes du surfactant dans la démarche diagnostique des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et l’adulte.
P380 Place de l’analyse des gènes du surfactant dans la démarche diagnostique des pneumopathies interstitielles diffuses de l’enfant et l’adulte.

Introduction

Les pneumopathies interstitielles diffuses (PID) de l’enfant et l’adulte regroupent des pathologies hétérogènes et sévères. Une cause génétique est identifiée pour 2 à 20% des patients. Les gènes le plus souvent en cause sont ceux du complexe des télomérases, suivis des gènes du système du surfactant alvéolaire, qui sont communément associées à des formes pédiatriques de PID. Cette étude a pour but de rechercher des mutations des gènes du surfactant, sans a priori d’âge, dans une large cohorte prospective de PID.

 

Matériel et méthodes

Les patients ont été recrutés et inclus de façon prospective au sein de la filière de soins pour les maladies respiratoires rares RespiFIL. Les patients présentant des mutations des gènes du complexe des télomérases ont été exclus. Les exons et les régions introniques flanquantes des gènes SFTPA1, SFTPA2, SFTPB, SFTPC, ABCA3, NKX2-1 ont été séquencés. Les mutations retrouvées dans ces gènes ont été étudiées in silico et des tests fonctionnels sont en cours. Parallèlement, les données cliniques des patients ont été recueillies à l’aide d’une fiche standardisée.

 

Résultats

En 4 ans, 477 patients indépendants ont été inclus (190 enfants et 287 adultes). L’âge moyen au diagnostic de PID était de 33 ans (0-100), et le sexe ratio (hommes/femmes) de 1,47. La PID était familiale pour 22% des patients, et un antécédent personnel ou familial de cancer pulmonaire était retrouvé chez 44 patients. Une mutation dans l’un des gènes du système du surfactant a été identifiée chez 63 (13%) patients, dont 31 (16%) enfants et 32 (11%) adultes. Excepté les 2 mutations qui ont été identifiées dans SFTPB et retrouvées seulement chez l’adulte, tous les gènes étudiés ont été impliqués chez des adultes et des enfants.

 

Discussion et conclusion

Contrairement aux idées reçues, les gènes du surfactant pulmonaire sont impliqués dans les PID à tout âge. Leur analyse semble donc indispensable à la démarche étiologique des PID, et ce sans a priori d’âge. La recherche systématique de mutations dans ces gènes, associée à une description précise du phénotype, permettra de progresser dans la description de ces maladies rares.


Nadia NATHAN (Paris), Marie LEGENDRE, Raphaël BORIE, Diane BOUVRY, Mickaël AFANETTI, Juliette ALBUISSON, Carole BAILLY, Keren BORENSZTAJN, Afifaa BUTT, Bruno COPIN, Aurore COULOMB L'HERMINE, Bruno CRESTANI, Jean-Charles DALPHIN, Marie-Laure DALPHIN, Florence DASTOT LE MOAL, Christophe DELACOURT, Bertrand DELAISI, Antoine DESCHILDRE, Paul DE VUYST, Bruno DIOT, Claire DROMER, Jean-Christophe DUBUS, Philippe DUQUESNOY, Emilie FILHOL BLIN, Lisa GIOVANNINI-CHAMI, Violaine GIRAUD, Carine GOMEZ, Anne GONDOUIN, Laurent GOUYA, Alice HADCHOUEL, Véronique HOUDOUIN, Caroline KANNENGIESSER, Claire LEFEVRE, Sylvain MARCHAND ADAM, Jean-Marc NACCACHE, Valérie NAU, Hilario NUNES, Clément PICARD, Grégoire PRÉVOT, Philippe REIX, Martine REYNAUD-GAUBERT, Elisabeth RIVAUD, Elise SCHAEFER, Aurélie TATOPOULOS, Caroline THUMERELLE, Dominique VALEYRE, Vincent COTTIN, Annick CLEMENT, Serge AMSELEM
00:00 - 00:00 #13192 - P381 Génétique quantitative dans le syndrome de Marfan classique.
P381 Génétique quantitative dans le syndrome de Marfan classique.

Le syndrome de Marfan est une pathologie dominante autosomique, associée à des anomalies du tissu conjonctif et touche principalement les systèmes cardiovasculaire (risque de dissection aortique et de décès), squelettique, cutané, pulmonaire et oculaire (ectopie du cristallin notamment). Il existe une grande variabilité dans l’expression clinique et dans la sévérité du syndrome, variabilité à la fois inter-familiale et intra-familiale. L’importance des facteurs modificateurs hérités n’a pas été évaluée dans cette population. Etant donné la précocité de l’apparition des signes, il s’agit d’un bon modèle pour apprécier l’importance des facteurs génétiques plus qu’environnementaux.

Nous avons d’abord étudié la distribution de 21 signes cliniques dans différents appareils (cardiovasculaire, squelette, peau, poumons, œil) dans une cohorte de 1306 patients porteurs d’une mutation dans le gène FBN1. Tous étaient phénotypés de façon exhaustive et standardisée. Nous avons retrouvé des fortes corrélations (significativité < 3.10-4, correction selon Bonferroni) entre la présence/gravité des différentes atteintes d’un même système, ce qui suggère des déterminants communs. A l’inverse, les signes de différents systèmes étaient peu corrélés. La classification hierarchique des signes cliniques confortait ces observations.

Nous avons ensuite adapté un modèle classique de génétique quantitative pour estimer l’héritabilité de chacun des signes cliniques à partir des corrélations entre parents. L’agrégation familiale est marquée pour la plupart des signes cliniques ainsi que leur héritabilité (8 signes cliniques avec héritabilité >50%).

Nous avons évalué l’influence du locus FBN1 par une nouvelle stratégie, et avons trouvé que ce locus avait un rôle déterminant dans la variance pour l’ectopie du cristallin (notamment R=45% de corrélation entre cousin pour la chirurgie de l'ectopie du cristallin.

Enfin, du fait de la prévalence significativement plus élevée des évènements aortiques (chirurgie ou dissection) chez les hommes que chez les femmes, nous avons recherché un effet Carter, confirmé par l'augmentation du risque aortique chez les cas avec transmission maternelle de la mutation. Ceci 1) renforce l’hypothèse polygénique dans la détermination de la variabilité du phénotype cardiovasculaire et 2) indique un sur-risque chez les enfants de mère ayant présenté un évènement aortique.

Ensemble, nos résultats indiquent qu’une partie importante de la variabilité phénotypique observée dans la population des patients Marfan avec mutation dans le gène FBN1 est en rapport avec des facteurs héritables. Ces facteurs semblent communs entre différentes manifestations à l’intérieur d’un même système, mais diffèrent entre signes de différents systèmes. Ceci souligne l’importance de la recherche des facteurs modificateurs impliqués dans la sévérité du syndrome de Marfan.


Thomas GRANGE (paris), Louise BENARROCH, Melodie AUBART, Laurent GOUYA, Pauline ARNAUD, Marie Sylvie GROSS, Nadine HANNA, Catherine BOILEAU, Guillaume JONDEAU
00:00 - 00:00 #13202 - P382 L’évolution du métier de généticien clinicien avec l’arrivée des nouvelles technologies : l’avis des généticiens cliniciens, généticiens biologistes, spécialistes et patients, et regard de l’organisation européenne.
P382 L’évolution du métier de généticien clinicien avec l’arrivée des nouvelles technologies : l’avis des généticiens cliniciens, généticiens biologistes, spécialistes et patients, et regard de l’organisation européenne.

Depuis des décennies, les généticiens se sont toujours adaptés aux différentes évolutions technologiques et médicales. La France se prépare à l’arrivée massive des tests génétiques de nouvelle génération dans le soin, en particulier pour les maladies rares et le cancer. Il s’avère donc indispensable que les généticiens cliniciens (GC) réfléchissent à leurs rôles et activités dans une future organisation de médecine génomique personnalisée, comme l’on fait d’autres pays précurseurs.

Sur le modèle du Royaume Uni, une enquête a été déployée en septembre 2017 auprès de 5 publics concernés : les GC, les généticiens biologistes, les médecins spécialistes et les patients d’une part, pour connaitre les points de vue et attentes de chacun des groupes ; et les responsables de l’ERN ITHACA d’autre part, pour connaitre les réflexions et organisations mise en place dans les autres pays européens. Ces 5 questionnaires ont été développés via google form et transmis par mail aux publics respectifs par le biais des sociétés savantes et filières de santé.

126  questionnaires ont été reçus pour les GC, 130 pour les biologistes, 172 pour les médecins spécialistes, et 404 pour les patients. Avec la généralisation de l’accès aux technologies de SHD, les GC estiment que les patients devront être orientés en consultation de génétique le plus tôt possible, dès la suspicion de la maladie génétique, ou au moins après un premier bilan classique négatif. 60% des cliniciens estiment que la prescription d’un examen de SHD doit être strictement réservée aux généticiens cliniciens, et 100% pour la prescription d’exome ou de génome. Néanmoins, 80% des GC estiment qu’un spécialiste ayant acquis des compétences en génétique pourrait prescrire une analyse par panel de gènes. Les principales limites qu’ils soulèvent sont : le temps limité dédié aux implications et conséquences des tests ; la question des données secondaires ; la gestion des variants de signification inconnue ; le conseil génétique de la famille. A noter néanmoins que les GC voient ce rôle de première intention essentiellement dans le domaine des syndromes polymalformatifs (75%) mais de façon moins systématique dans la déficience intellectuelle non syndromique (44%), les pathologies génétiques mono-organe de l’adulte comme les rétinites pigmentaires (24%) ou le diabète MODY (6%). Avec l’arrivée de la médecine génomique, les GC sont plutôt inquiets de l’augmentation du nombre de consultations, et du risque de diminution de la qualité de l’information au patient si les tests sont de plus en plus prescrits par des non généticiens. Ils pensent majoritairement qu’il faudra impliquer plus largement les conseillers en génétique et augmenter leurs nombres de postes (83%). Ces résultats seront confrontés à ceux des 4 autres enquêtes, ainsi que celle concernant les conseillers en génétique, en cours de déploiement, dans le but de définir des pistes vers une nouvelle organisation, si celle-ci s’avère nécessaire.


Laurent DEMOUGEOT, Elodie GAUTIER, Geneviève BAUJAT, Anne-Sophie LAPOINTE, Elise SCHAEFER, Alice GOLDENBERG, Bertrand ISIDOR, Alain VERLOES, Estelle COLIN, Damien HAYE, Valérie LAGARDE, Isabelle MAYSTADT, Emmanuelle RANZA, Sandrine MARLIN, Alinoe LAVILLAUREIX, ANDDI-RARES, BRAINTEAM, CARDIOGEN, DEFISCIENCE, FAI²R, FAVA-MULTI, FILFOIE, FILNEMUS, FILSLAN, FIMARAD, FIMATHO, FIRENDO, G2M, MARIH, MCGRE, MHEMO, MUCO CFTR, NEUROSPHYNX, ORKID, OSCAR, RESPIFIL, SENSGENE, TETECOU, ACLF, AFGC, ANPGM, FECLAD, RÉSEAU ACHRO-PUCE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE (DIJON)
00:00 - 00:00 #13210 - P383 Une étude d'association multicentrique identifie 12 nouveau allèle à risque pour le syndrome de Brugada : implications cliniques et étiologiques.
P383 Une étude d'association multicentrique identifie 12 nouveau allèle à risque pour le syndrome de Brugada : implications cliniques et étiologiques.

Objectif

Le syndrome de Brugada (SBr) est un trouble du rythme cardiaque rare présentant une transmission autosomale dominante. SBr est associé à une augmentation de risque de morts subite cardiaque et est caractérisé par une élévation du segment ST.

Initialement cette maladie était considérée comme Mendélienne, et  principalement due à des mutations rares dans le gène SCN5A. Toutefois, une première analyse d’association génome entier (GWAS1), incluant 312 patients et 1115 témoins, a mis en évidence l’effet de variants génétiques fréquents, au niveau des gènes SCN5A, SCN10A mais également au niveau du gène HEY2, probablement impliqué dans la croissance cardiaque. L’odds-ratio pour les porteurs de tous les allèles à risque, aux trois loci, était de 21. Ces résultats nous ont amenés à étendre cette première étude d’association afin d’identifier de nouvelles voies biologiques impliquées dans cette pathologie et d’estimer la part d’héritabilité de ce désordre arythmique associée à des allèles à risque fréquents en population.

 

Méthodes

Nous avons inclus 2112 patients (SBr) à partir de 6 populations Européennes et 6731 témoins extraits de populations qui étaient génétiquement les plus proches des cas: (GoNL (Hollandais), KORA (Allemands), UK10K (Britanniques), DESIR and PREGO (Français)).

Ces deux groupes ont été génotypés sur puce Affymetrix CEU (874patients /2820 témoins), PMRA (502/1001) ou Illumina GSA (736/2910). Les génotypes de 40 millions de SNP ont été imputés à partir du panel Haplotype Reference Consortium, comprenant 64 000 individus. Les données ont été combinées en une méta-analyse combinant les Zscores de chaque étude (inverse normale).

 

Resultats

Nous retrouvons les trois loci identifiés dans la GWAS originale : SCN10A (rs10428132, p=3.9x10-61), Hey2 (rs3799708, p=3.3x10-15) et SCN5A (rs9833086, p=3.9x10-12). Au sein du llocus SCN5A/SCN10A, nous mettons en évidence 6 nouvelles associations indépendantes (r2 < 0.2). De plus, nous avons identifié 4 nouveaux signaux significatifs sur le chromosome 8 (p=6.10-10), le chromosome 16 (p=1.05.10-10), le chromosome 12 (p=1.2.10-10), et le chromosome 11  (p=4.10-8). Enfin, nous avons détecté 6 signaux suggestifs d’association à 7 différents loci, qui sont en cours de réplication au sein de la population japonaise.

 

Conclusions

Nos résultats confirment l’importance des variants fréquents dans le risque du syndrome de Brugada mais également le rôle prépondérant de la région SCN5A/SCNA10A. En effet, nous mettons en évidence un complexe de risque génétique dans cette région du chromosome 3p, avec au moins 8 marqueurs indépendants du risque de cette pathologie. Enfin, les nouveaux loci identifiés vont permettre de mieux caractériser l’étiologie de ce trouble du rythme à risque de mort subite cardiaque, de créer un score de risque génétique de l’effet cumulé des allèles à risque, et de tester l’intérêt potentiel de ce score pour la prise en charge clinique


Christian DINA (Nantes), Julien BARC, Jean-Baptiste GOURRAUD, Floriane SIMONET, Rafik TADROS, Federico MANEVY, INTERNATIONAL RESEARCH NETWORK ON THE GENETICS OF, Artur WILDE, Vincent PROBST, Jean-Jacques SCHOTT, Connie BEZZINA, Richard REDON
00:00 - 00:00 #13212 - P384 Syndrome Nail-Patella : une maladie peu investiguée mais aux conséquences identitaires, interpersonnelles et émotionnelles difficiles.
P384 Syndrome Nail-Patella : une maladie peu investiguée mais aux conséquences identitaires, interpersonnelles et émotionnelles difficiles.

Le syndrome Nail-Patella est une pathologie génétique affectant 1 naissance sur 50 000 environ, causée par une mutation LMX1B et qui se caractérise par des malformations du squelette (ongles, genoux et coudes). Peu de recherches se sont interessées aux conséquences de ces anomalies pourtant visibles touchqnt les individues depuis leur plus jeune age.

L'objectif de la présente recherche était de comprendre en profondeur l'expérience subjective des patients atteints de ce syndrome et les conséquences des symptômes sur la construction de l'identité personnelle. De cette façon, les résultats permettront de proposer des pistes d'interventions ou de "bonnes pratiques" afin d'améliorer l'expérience des patients et de résoudre ces difficultés potentielles dans le cadre du conseil génétique. 9 patients (sur 18 contactés) ont accepté de prendre part à des entretiens semi-dirigés qui ont ensuite été analysés selon la méthode d'analyse phénoménologique interprétative (IPA).

Les résultats ont permis de mettre en lumière une enfance caractérisée par des incapacités physiques affectant les activités sociales et scolaires. Les participants ont développé leur identité en se considérant comme différent des autres; une différence qui sous-tend une sensibilité exarcébée au regard souvent critique des autres avec pour corrolaire des difficultés d'auto-acceptation, des difficultés interpersonnelles et un retrait social. Tout au long de leur développement , les patients ont appris à mettre en œuvre certaines stratégies d'adaptation afin de limiter les conséquences interpersonnelles. À l'âge adulte, les participants montrent une pseudo acceptation de leurs symptômes physiques, mais les souffrances physiques et psychologiques persistent au fil du temps.

Discussion: La recherche a souligné l'inadaptation des activités scolaires et un besoin d'aide pour améliorer l'insertion sociale de ces enfants à l'école afin de limiter les conséquences dévelopementales surtout identitaires. En outre, un accompagnement psychologique spécifique pourrait être proposé à tous les membres des familles touchées par le syndrome de Nail-patella, compte tenu de l'influence importante des difficultés d'auto-acceptation et du retrait social sur le développement des enfants.


Carole FANTINI-HAUWEL (bruxelles, Belgique), Laura GEERTS, Elodie BRUGALLE, Sylvier MANOUVRIER-HANU, Pascal ANTOINE
00:00 - 00:00 #13231 - P385 Epidémiologie des fentes oro-faciales : expérience du registre de malformations congénitales de l’Ile de La Réunion entre 2004 et 2013.
P385 Epidémiologie des fentes oro-faciales : expérience du registre de malformations congénitales de l’Ile de La Réunion entre 2004 et 2013.

Objectifs : Analyse des données cliniques et épidémiologiques des fentes oro-faciales et évaluation du diagnostic prénatal.

Matériel et Méthodes : Etude rétrospective réalisée à partir des données du Registre de Malformations Congénitales de La Réunion entre 2004 et 2013.

Résultats : 195 fentes sont collectées (prévalence globale de 13,3/10 000 naissances, dont 129 fentes labiales et labio-palatines (FL±P) et 66 fentes palatines (FP). Le sexe-ratio des FL±P est de 1,6 tandis que celui des FP est de 1. Les FL±P sont labiales dans 22% des cas, labio-alvéolaires dans 7% et labio-palatines dans 71% des cas. Elles sont unilatérales dans 78% des cas (à prédominance gauche dans 49%), bilatérales dans 19% et médianes dans 3% des cas. Les 66 FP sont divisées en 55% de fentes totales et 45% de fentes postérieures ; 24% s’intègrent dans une séquence de Pierre Robin. 33% des FL±P (42/129) sont associées à d’autres malformations congénitales, avec identification d’un syndrome chromosomique dans 11 cas (dont 6 trisomies 18 et 3 trisomies 13), d’un syndrome génique dans 9 cas (dont 2 syndromes CHARGE, 2 syndrome de Fryns de La Réunion, 2 ostéochondrodysplasies, 1 syndrome EEC, 1 syndrome de Treacher Collins, 1 syndrome de Kabuki), d’un syndrome tératogène (2 cas de syndrome d’alcoolisation fœtale, 2 cas de diabète) ou d’une association dans 4 cas (3 associations SCHISIS, 1 association MURCS). 44% des FP (29/66) sont associées à d’autres malformations congénitales, d’autant plus fréquentes que la FP s’intègre dans une séquence de Pierre Robin (75% versus 34%) : il s’agit d’un syndrome chromosomique dans 9 cas (dont 2 microdélétions 22q11.2), de 4 syndromes géniques (dont 2 syndromes de Stickler, 1 syndrome d’Apert et 1 syndrome de Treacher-Collins) et 6 syndromes tératogènes (3 cas de SAF, 2 embryopathies au valproate et 1 cas de de diabète).

Parmi les 129 cas de FL±P, 100 (78%) sont diagnostiquées par l’échographie anténatale. Le taux de diagnostic prénatal de ces fentes progresse avec le temps. Par contre, au cours des dix années, aucun cas de fente palatine n’est diagnostiqué en prénatal.

Conclusion : La prévalence globale des fentes oro-faciales est intermédiaire pour les FL±P (8,8 /10 000), faible pour les FP (4,5 / 10 000) par rapport aux autres pays du globe. L’association fréquente à d’autres anomalies congénitales impose la réalisation d’un bilan malformatif et génétique systématique. Le diagnostic prénatal devient satisfaisant pour les FL±P, encore très insuffisant pour les FP. Enfin, cette étude conforte les différences épidémiologiques, embryologiques et génétiques des FL±P d’une part, des FP d’autre part.


Bérénice DORAY (SAINT-DENIS DE LA REUNION, Réunion), Caroline CHANE FANE, Jennyfer CHEN KANG CHEE, Bénédicte BERTAUT-NATIVEL, Hanitra RANDRIANAIVO
00:00 - 00:00 #13235 - P386 Apport de l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN dans la prise en charge des malformations cérébrales isolées en période prénatale : étude d’une cohorte de 219 fœtus.
P386 Apport de l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN dans la prise en charge des malformations cérébrales isolées en période prénatale : étude d’une cohorte de 219 fœtus.

Les malformations congénitales touchent environ 2,5 % des naissances vivantes. Elles constituent un ensemble hétérogène, souvent de nature sporadique et pour lesquelles les anomalies cérébrales sont au premier plan. L’identification en période prénatale de malformations cérébrales conduit fréquemment à une IMG.

Le travail présenté est le résultat d’une étude collaborative rétrospective proposée par l’ACLF sur l’année 2015 à laquelle ont participé les laboratoires de l’ACLF et du réseau AChroPuce. Cette étude a pour objectif d’évaluer le nombre et le type de variation du nombre de copies (CNV) mis en évidence par Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) lors du diagnostic prénatal chez des fœtus porteurs d’anomalies cérébrales isolées.

La cohorte est constituée de 219 fœtus issus de 12 centres français et réunis en 6 groupes. Cinq groupes concernent des anomalies cérébrales isolées : i) du corps calleux (60 cas), ii) de la fosse postérieure (10), iii) de fermeture du tube neural (42), iv) de microcéphalie (1) et, v) d’holoproencéphalies (4). Les autres types d’anomalies cérébrales isolées ou les anomalies cérébrales multiples sont réunis dans un sixième groupe (102 cas). Des CNVs non polymorphiques ont été rapportés dans 9.6% des cas (21 sur 219). Parmi ceux-ci, l’ACPA a permis la mise en évidence de CNVs non détectés au caryotype chez 62 % des fœtus (13/21).

Pour chaque groupe, nous étudierons les CNVs en fonction : i) de leur localisation, ii) de leur contenu en gènes connus ou non dans ces pathologies et, iii) de leur statut hérité ou de novo, afin de discuter leur classement en CNV pathogènes ou en CNV de signification indéterminée (VOUS). Pour l’ensemble de la cohorte, un parallèle sera effectué entre le type d’anomalie cérébrale, la présence ou non de CNV et la suite de la grossesse. Ce travail confirme l’intérêt de l’ACPA en période prénatale et précise le taux d’anomalies en fonction de l’anomalie cérébrale dépistée.


Eudeline ALIX, Morgane PLUTINO, Claire BENETEAU, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sophie BRISSET, Patrick CALLIER, Charles COUTTON, Céline DUPONT, Delphine FAUVERT, Sarah GUTERMAN, Sylvie JAILLARD, Philippe JONVEAUX, Houda KARMOUS-BENAILLY, Cédric LE CAIGNEC, Nathalie MARLE, Christine MUTI, Jacques PUECHBERTY, Véronique SATRE, Brigitte SIMON-BOUY, Anne-Claude TABET, Gérard TACHDJIAN, Marianne TILL, Lucie TOSCA, Gaëlle VIEVILLE, Valérie MALAN, François VIALARD, Damien SANLAVILLE (Lyon)
00:00 - 00:00 #13243 - P387 Dépistage des anomalies chromosomiques fœtales par les tests ADNlc : recommandations françaises et internationales.
P387 Dépistage des anomalies chromosomiques fœtales par les tests ADNlc : recommandations françaises et internationales.

Après la publication des premières  preuves de concept en 2008 par les équipes de Stephen Quake et de Dennis Lo, l’analyse de l’ADN fœtal circulant (ADNlc) en vue du dépistage de la trisomie 21 fœtale est rapidement sortie des laboratoires de recherche pour être transfèrée en diagnostique. Ainsi, dès 2011 cette nouvelle approche est proposée aux USA pour une utilisation en pratique clinique, avant de se propager rapidement en Europe en 2012 puis enfin apparaître en France fin 2013. Le nombre de laboratoires qui proposent des tests ADNlc n’a cessé de croître sur notre territoire depuis cette période et la volonté d’encadrer par des bonnes pratiques cette nouvelle activité est rapidement apparue.

En 2015, l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française (ACLF) publie la version 1 de son guide de bonnes pratiques. Ces recommandations sont approuvées par le Collège des Gynécologues et Obstétriciens Français dans un communiqué en juin 2016 alors que et la Haute Autorité de Santé émet un premier avis favorable à l’inscription sur la liste des tests sur ADNlc et prestations du code de la sécurité sociale.

Il faudra néanmoins attendre avril 2017 pour que l’HAS émette des recommandations sur la place des tests ADNlc dans le sang maternel dans le cadre du dépistage de la trisomie 21 fœtale après qu’elle en ait évalué et validé les performances (volet 1 septembre 2015). Le décret du 5 mai 2017 vient enfin officialiser l’utilisation de ces tests comme partie intégrante du parcours de soin et son introduction dans la liste des examens de diagnostic prénatal.

Les récentes  recommandations de l’HAS émises à la suite d’une analyse médico-économique ne répondent cependant que partiellement aux questions qui se posent aujourd’hui puisqu’elles ne concernent que la question du dépistage de la seule trisomie 21 pour les seules grossesses singleton. La question du dépistage des autres anomalies chromosomiques et des indications autres que celles des patientes à risque après le dépistage combiné, ne sont donc pas abordées. C’est la raison pour laquelle l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française (ACLF) a souhaité ré-actualiser et compléter ses recommandations, hors contexte médico-économique et au vu des évolutions technologiques et réglementaires. Ce document a pour vocation d’être amendé et approuvé par les autres professionnels de santé impliqué dans ce dépistage (cytogénéticien et généticiens moléculaires , gynécologues-obstétriciens et sages-femmes, généticiens médicaux et conseillers en génétique) ce qui constitue un exemple unique au monde.

Un état des lieux et l’analyse comparative de ces recommandations  avec celles produites aux USA et dans les autres pays Européens seront exposés. La question des découvertes fortuites qui se pose différemment selon les approches utilisées sera également abordée.


Pascale KLEINFINGER, Pascal CHAMBON, Jean-Marc COSTA, Charles COUTTON, John BOUDJARANE, Tangui-Martin DENAVIT, Jean-Michel DUPONT, Grégory EGEA, Vincent GATINOIS, Paul GUEGEN, Vincent JAUFFRET, Laurence LOHMAN, Valérie MALAN, Arnaud MOLIN, Véronique PETIT, Haissam RAHIL, Gilles RENOM, Damien SANLAVILLE, Philippe VAGO, François VIALARD, Martine DOCO-FENZY (NANTES)
00:00 - 00:00 #13247 - P388 La microdélétion 1p36 en prénatal : existe-t-il un signe d’appel particulier, est-elle fréquemment identifiée ?
P388 La microdélétion 1p36 en prénatal : existe-t-il un signe d’appel particulier, est-elle fréquemment identifiée ?

La microdélétion 1p36 est considérée comme la microdélétion la plus fréquente dans la population générale après la microdélétion 22q11.2. Cette fréquence a été estimée entre 1/5000 à 1/10000. Cette microdélétion est classiquement associée à des anomalies de développement de type cardiaque, cérébrale, faciale, etc… L’objectif de cette étude collaborative, en diagnostic prénatal, est de colliger l’ensemble des microdélétions 1p36 identifiées en France, et ceci du fait de l’implémentation en routine prénatale de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) qui devrait nous permettre d’identifier les microdélétions, en particulier récurrentes comme la microdélétion 1p36. Un appel à collaboration national a donc été réalisé au sein de l’ACLF auprès de l’ensemble des laboratoires de cytogénétique réalisant l’ACPA en diagnostic prénatal.

Sur l’ensemble des laboratoires de Cytogénétique Français, 6 ont répondu à cet appel. Ceci a permis de colliger au niveau national 8 cas. Le terme moyen du geste invasif était de 19SA+4 (13 à 27SA). La taille de l’anomalie varie entre 2 et 16.5 Mb. Aucune anomalie n’a été identifiée sur caryotype constitutionnel standard. Sur les 6 délétions isolées, une seule est terminale. L’anomalie est associée à une duplication en 17pter (issue d’une translocation réciproque déséquilibrée) pour un cas, à un remaniement complexe du bras court d’un chromosome 1 pour un second.

Le prélèvement invasif a toujours été réalisé suite à l’identification d’un ou plusieurs signe(s) d’appel échographique (SAE). Celui-ci était dans 3 cas une hyperclarté nucale (HCN sup à 3.5mm) associée soit un œdème généralisé soit une cardiopathie soit à une absence de vessie et un rétrognatisme. Ce dernier signe a également été identifié comme isolé ou dans le cadre d’une séquence de Pierre Robin. Une cardiopathie complexe est rapportée dans 2 cas, toujours associée à un autre SAE. Une anomalie cérébrale a été décrite dans 3 cas, isolée uniquement dans un seul cas. Une interruption médicale de la grossesse a été réalisée dans 7 cas sur 8, et le détail de l’autopsie a été obtenu dans 4 cas sur 5, confirmant les SAE.

Au niveau national, peu de cas ont été identifiés de microdélétion 1p36 en anténatal et ceux-ci ont été réalisés dans 6 cas sur 8 après 2014 et l’implémentation en routine de l’ACPA. Même si le nombre de cas rapporté reste faible, cette microdélétion récurrente doit être recherchée de façon systématique en cas de SAE, et ceci confirme le gain important de la réalisation d’une ACPA en anténatal. Si les SAE sont en rapport avec les symptômes identifiés en postnatal à savoir les anomalies cardiaques et cérébrales, et s’il ne semble pas y avoir de signe spécifique de cette microdélétion en période prénatale, dans 5 cas sur 8, il a été identifiée la présence d’une HCN et/ou d’un retrognatisme.


Sarah GUTERMAN, Claire BÉNÉTEAU (BORDEAUX CEDEX), Sylvia REDON, Céline DUPONT, Chantal MISSIRIAN, Pauline JAEGER, Bérénice HERVE, Nathalie DOUET-GUILBERT, Marianne TILL, Anne Claude TABET, Cédric LE CAIGNEC, Martine DOCO FENZY, François VIALARD
00:00 - 00:00 #13256 - P389 Effet de l’âge parental sur la survenue de mutations de novo.
P389 Effet de l’âge parental sur la survenue de mutations de novo.

Les pathologies du développement concernent 2 à 5 % des naissances. Les mutations de novo représentent une cause importante de ces pathologies. L’âge parental avancé est associé à un risque augmenté de mutation de novo, plus particulièrement pour l’âge paternel. L’âge parental au moment de la naissance en France est en augmentation depuis plusieurs décades. Nous avons mené une étude chez les patients consultant au sein du service de Génétique Médicale du CHU de Nantes entre 2014 et 2017 pour lesquels une mutation de novo a été identifiée. Nous avons recueilli l’âge des deux parents à la naissance chez 194 patients et avons comparé ces informations aux données démographiques disponibles depuis 1901 en Loire-Atlantique. L’âge parental moyen à la naissance des patients porteurs de mutation de novo est de 30,76 ans (IC 95 % 30,06‑31,45) pour la mère et 34,51 ans (IC 95 % 33,48‑35,60) pour le père. Nous discutons du retentissement de l’évolution de ces paramètres sur l’information préconceptionnelle concernant le risque de mutation de novo lié à un âge parental avancé et des mesures sociétales facilitant la maternité pour les couples jeunes.


Xenia LATYPOVA (Paris), Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Matilde KARAKACHOFF, Christian DINA, Stéphane BÉZIEAU, Bertrand ISIDOR
00:00 - 00:00 #13262 - P390 Dépistage des trisomies 21, 13 et 18 par analyse de l’ADN fœtal circulant dans le sang maternel en cas de grossesse gémellaire.
P390 Dépistage des trisomies 21, 13 et 18 par analyse de l’ADN fœtal circulant dans le sang maternel en cas de grossesse gémellaire.

Objectives. To evaluate the utility of noninvasive prenatal testing using cell-free circulating fetal DNA (cfDNA) in screening for the three main autosomal fetal trisomies in twin pregnancies.

Methods. CfDNA testing was offered to 492 patients with twin pregnancies without ultrasound anomalies as a first-line screening test or after serum screening in clinical practice. Data were collected prospectively and a retrospective analysis was performed. CfDNA analysis was performed by massively parallel sequencing. The fetal fraction threshold for test evaluation was 8%. Regression analysis was performed to investigate the effect on the test failure rate of various variables. Performance of the test is also reported. 

Results.  The test was performed first line (after first-trimester scan) in 377 patients and following serum screening in 115. 78.8% of pregnancies were dichorionic-diamniotic. The test failed at the first attempt in 12 (2.9%) of 420 pregnancies with available outcomes, and regression analysis demonstrated that only maternal weight was a significant independent predictor of test failure. After redraw, a result was achieved in 10 cases. CfDNA identified all 3 cases of trisomy 21, and the only case of trisomy 18. For trisomy 21, the specificity was 99.8% (95% CI [98.7% - 100.0%]). When considering the spontaneous or ART origin of pregnancies, there were no significant differences in terms of maternal weight or of no-result rate for cfDNA screening in the two groups.

Conclusions. In twin pregnancies without fetal ultrasound abnormalities, cfDNA had a high success rate and performance. Therefore, in routine practice, cfDNA could be considered as a first- or second-line screening test.  


Grégoire LE CONTE, Alexandra LETOURNEAU (Clamart), Jacques JANI, Pascale KLEINFINGER, Laurence LOHMANN, Jean-Marc COSTA, Alexandra BENACHI
00:00 - 00:00 #13263 - P391 Screening pré-thérapeutique de la toxicité au 5-FU : retour d’expérience après deux ans de routine.
P391 Screening pré-thérapeutique de la toxicité au 5-FU : retour d’expérience après deux ans de routine.

Introduction

Le 5-FU est une fluoropirymidine très utilisée dans le traitement des tumeurs solides. Il est connu pour induire des toxicités sévères chez environ 20% à 30% des patients et des toxicités létales chez environ 0,3-2% des patients.

L’enzyme dihydropyrimidine déshydrogenase (DPD) catabolise le 5-FU et est caractérisée par une activité interindividuelle extrêmement variable qui peut s’expliquer en partie par des facteurs génétiques. L’enzyme DPD est codée par le gène DPYD. Une multitude de variants ont été identifiés mais peu nombreux sont ceux pour lesquels un effet délétère a été démontré. En particulier quatre variants sont corrélés avec une toxicité due à des chimiothérapies : DPYD*7 (c.295_298delTCAT) dans l’exon 4, DPYD*13 (I560S, c.1679T > G) dans l’exon 13, DPYD*2A (IVS14+1G > A) dans l’intron 14 and D949V (c.2846A > T) dans l’exon 22.

Méthodologie et résultats

Nous avons  réalisé le screening pré-thérapeutique du déficit en DPD en septembre 2015 avec une approche multiparamétrique. Le génotypage du gène DPYD est réalisé par PCR en temps réel à l’aide de la trousse DPYDODPM Tox™ (ODPM) : les variants cités précédemment sont recherchés. Le catabolisme du 5-FU (rapport UH2/U) est déterminé en quantifiant le dihydrouracile (DHU) et l’uracile (U) dans le plasma du patient par une méthode « maison » en HPLC.

Les résultats du catabolisme du 5-FU, du génotypage et des données cliniques et thérapeutiques tels que l’âge, le sexe, le poids du patient, le protocole de chimiothérapie sont rentrés dans le logiciel SEu ODPM Tox v3.3.1.5. Les données sont traitées pour donner l’estimation du risque de toxicité ainsi que la dose adaptée pour le patient. Un suivi du catabolisme du 5-FU pour les patients avec un risque de toxicité avéré peut aussi être réalisé.

Pendant ces deux ans d’activité nous avons  analysé plus de 2400 échantillons provenant en particulier de patients atteints de cancer du côlon (40,5%), de cancers rectal (15,3%) ou  pancréatique (13,5%). Dans plus de 90% des cas la demande nous est parvenue avant le traitement par 5-FU et dans les 9% restant après une première cure de chimiothérapie suivie d'une toxicité. Dans 10% des cas un risque de toxicité a été calculé. Les variants identifiés le plus fréquemment ont été DPYD*2A and D949V et quasi exclusivement à l’état hétérozygote. Le variant DPYD*7 n’a jamais été retrouvé.

Commentaires et conclusions

La méthode utilisée a permis de mettre en évidence un risque  toxique pour des patients porteurs d'un défaut enzymatique lié à un variant du gène DPYD et pour des individus  présentant un déficit enzymatique uniquement phénotypique. Ces résultats montrent bien l’intérêt de prendre en compte dans la recherche d’une toxicité au 5-FU non seulement le génotype mais aussi le phénotype de la DPD.

Au vu de nos résultats génotypiques et de la littérature, il est envisageable d’ajouter à notre recherche d’autres variants et de revoir l’utilité de la recherche du DPYD*7.


Vanna GEROMEL (Lyon), Laure RAYMOND, Nicole COUPRIE
00:00 - 00:00 #13271 - P392 CFTR et Afrique subsaharienne : la nouvelle mutation p.Cys1410* responsable de mucoviscidose néonatale sévère.
P392 CFTR et Afrique subsaharienne : la nouvelle mutation p.Cys1410* responsable de mucoviscidose néonatale sévère.

Les kits de recherche de mutations fréquentes du gène CFTR sont de plus en plus performants pour le diagnostic de la mucoviscidose, mais restent néanmoins ciblés sur des mutations retrouvées dans les populations caucasiennes, laissant des territoires tels que l’Afrique subsaharienne assez démunis. L’Afrique subsaharienne fait partie des régions avec le taux de mortalité infantile parmi les plus élevés, et la mucoviscidose y est rarement diagnostiquée. Les mutations CFTR à rechercher sont peu connues, rendant le diagnostic parfois difficile, particulièrement lorsque la présentation clinique est atypique ou que le test de la sueur ne peut être réalisé. C’est le cas notamment pour les suspicions anténatales de mucoviscidose devant des signes d’appel échographiques

Nous rapportons le cas d’un couple d’origine sénégalaise, consanguin. Leur 1er enfant était décédé le 1er jour de vie dans un contexte de péritonite méconiale. Malgré une analyse fœtopathologique montrant une atteinte digestive compatible avec la mucoviscidose, aucune analyse génétique n’avait été réalisée. Quinze ans plus tard, après 2 grossesses normales, l’échographie du 2ème trimestre de la 4ème grossesse montrait chez le fœtus l’association d’une hyperéchogénicité intestinale, d’une dilatation modérée des anses et d’une absence de visualisation de la vésicule biliaire. L’analyse moléculaire alors réalisée a mis en évidence chez les 2 parents une nouvelle mutation non-sens, c.4230C>A, p.(Cys1410*), à l’état hétérozygote. L’ARNm portant cette mutation échapperait à la dégradation via le nonsense-mediated mRNA decay (NMD), et entrainerait la troncation des 70 acides aminés en C-terminal, supprimant ainsi le domaine PDZ de la protéine CFTR, et affectant la maturation de la protéine. Les parents décidèrent de ne pas recourir au diagnostic prénatal. Né avec un iléus méconial, le diagnostic clinique et moléculaire de mucoviscidose a été confirmé après la naissance chez l’enfant, homozygote pour la mutation.

Cette observation (i) illustre la nécessité de réaliser une étude génétique extensive devant la triade échographique (intestin hyperéchogène, dilatation des anses et non visualisation de la vésicule biliaire), (ii) rappelle que le diagnostic de la mucoviscidose doit être considéré chez les patients originaires d’Afrique sub-saharienne et (iii) montre l’importance de la discussion clinico-biologique et du conseil génétique.


Alix DE BECDELIÈVRE, Chadia MEKKI, Véronique MIRLESSE, Annick LE FLOCH, Elsa ECHE, Aline RIDEAU, Thierry BIENVENU, Emmanuelle GIRODON, Michèle GÉRARDIN, Pascale FANEN (CRETEIL)
00:00 - 00:00 #13274 - P393 FMR1 : Mutations complètes chez des hommes asymptomatiques.
P393 FMR1 : Mutations complètes chez des hommes asymptomatiques.

Le syndrome de l’X fragile (FXS) est lié à une expansion dynamique de triplets CGG dans la région 5’ non codante du gène FMR1 localisé sur le chromosome X. Les garçons porteurs d’une mutation complète présentent une déficience intellectuelle et des troubles du comportement. Chez les filles, le phénotype est très variable. Nous rapportons ici l’étude de trois grandes familles suivies dans le service de génétique clinique du CHU de Nantes dans lesquelles des hommes avec mutations complètes sont parfaitement asymptomatiques. Cette absence de signes cliniques s’explique par l’hypométhylation du promoteur du gène, contrairement aux garçons atteints pour lesquels cette région est hyperméthylée. L’existence de ces hommes porteurs de mutations complètes passe inaperçu dans ces familles tant que l’analyse génétique n’est pas réalisée chez eux. En effet, on retrouve chez leurs filles des prémutations ou des mosaïques prémutations/mutations complètes. Ce phénomène concerne seulement quelques familles mais pourrait être sous-estimé du fait de l’absence d’analyses génétiques systématiques chez ces hommes asymptomatiques. Néanmoins, à ce jour, aucune étude n’a permis de conclure sur le mécanisme moléculaire permettant d’expliquer cette absence d’hyperméthylation chez les hommes porteurs de plus de 200 triplets CGG. Dans tous les cas, la connaissance de ce mécanisme moléculaire est importante pour le conseil génétique de ces familles. Son identification pourrait également conduire à des avancées thérapeutiques.


Laura GUYON (Nantes)
00:00 - 00:00 #13275 - P394 P40 Etude de l'errance diagnostique et du parcours médical des patients atteints du Syndrome d’Ehlers Danlos vasculaire (étude REPERE).
P40 Etude de l'errance diagnostique et du parcours médical des patients atteints du Syndrome d’Ehlers Danlos vasculaire (étude REPERE).

 Le syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire (SEDv) est une maladie héréditaire rare et sévère, pouvant entrainer une complication vasculaire ou digestive grave, souvent inaugurale, chez les patients généralement avant 30 ans. Le Centre de Référence des Maladies Vasculaires Rares (CRMVR) de l’HEGP et les 16 Centres de Compétence associés ont diagnostiqué et pris en charge environ 350 patients SEDv au cours des 10 dernières années en France. REPERE est une étude transversale et observationnelle visant à caractériser des facteurs peu connus tels que (i) l’errance diagnostique; (ii) l’impact psychologique du diagnostic et de la maladie sur les patients, (iii) leur parcours scolaire et  professionnel, afin de mieux évaluer les difficultés de vie des patients SEDv et d'améliorer leur prise en charge et leur accompagnement en réponse à ces difficultés. Cette étude interdisciplinaire est basée sur l’utilisation d’un questionnaire anonyme de 200 questions via un accès spécifique à notre site internet (www.maladies-vasculaires-rares.fr).

De janvier à  septembre 2017, 97 patients ont participé à l'étude, 2/3 de cas-index (n=65) et 1/3 d'apparentés (n=30). La durée médiane d'errance diagnostique est de 6 ans, tous cas confondus, compris entre l'âge médian de la première complication (30 ±14 ans) et du diagnostic définitif (36 ±14 ans). Les patients ont consulté de 1 à 10 médecins spécialistes (moyenne 3.28, médiane 2), et ont recouru 1 à 8 fois à des soins d'urgence pour la moitié d'entre eux (n=47).  Des dépenses personnelles ont été engagées chez 17% (n=16), évaluées entre 100 et 300 euros. Selon les patients, ce retard diagnostique a induit des séquelles physiques ou psychologiques dans 1/3 des cas (n=34), une perte de confiance dans la médecine (17%, n=16), ou encore un comportement inadapté de l'entourage (11%, n=10). Chez ¼ d'entre eux (n=25), des diagnostics différentiels ont été proposés (n > 10, dont la maltraitance 16% (n=4), la maladie de Willebrand 12% (n=3),  une maladie psychiatrique, d'autres types de SED, …) induisant des traitements médicaux, chirurgicaux et/ou psychiatriques chez 2/3 de ces patients. Dans 15% des cas, le diagnostic définitif a été suggéré en dehors du dépistage familial et de tout contexte médical (média, proche, autre patient).

L'analyse du parcours médical met en lumière les difficultés d'accès des patients au diagnostic définitif, particulièrement les cas-index, y compris lorsque des soins d'urgence sont prodigués. L'errance diagnostique impacte, entre autres, les décisions thérapeutiques, la charge financière supportée par le patient, et constitue une perte de chance sur le plan médical. Ces données suggèrent la nécessité de renforcer l'information et la formation auprès des services d'urgence, de chirurgie viscérale, de pédiatrie, d'hématologie. La prise en charge globale des patients et de leurs proches lors du diagnostic définitif, doit être renforcée du fait d'une perte de confiance liée à ces difficultés de parcours.


Juliette ALBUISSON (PARIS), Jean-Michael MAZZELLA, Salma ADHAM, Michael FRANK, Khadija LAHLOU-LAFORET, Xavier JEUNEMAITRE
00:00 - 00:00 #13279 - P395 Evaluation du rôle des gènes SAA1, SAA2 et SAA4 dans la survenue d’une amylose AA.
P395 Evaluation du rôle des gènes SAA1, SAA2 et SAA4 dans la survenue d’une amylose AA.

Contexte : L’amylose AA est une des complications possibles de l’inflammation chronique secondaire à différentes affections, également rencontrée chez le sujet obèse. Cette affection multifactorielle est caractérisée par le dépôt d’agrégats de protéines amyloïdes A (AA) au sein des organes atteints. Les cas d’amyloses AA sans étiologie identifiée sont rares. Les protéines AA sont issues du clivage des protéines serum amyloid A (SAA1, SAA2, SAA4) codées par les gènes correspondants. Notre équipe a identifié SAA1 comme un gène modificateur du phénotype de la fièvre méditerranéenne familiale (FMF) qui est une des plus fréquentes maladies auto-inflammatoires : un génotype particulier au locus SAA1 (homozygote pour l’haplotype SAA1.1) est en effet associé à un risque élevé de développer une amylose rénale chez les patients FMF (OR=7 dans la population arménienne de patients). Par ailleurs, un autre génotype (SAA1.3/SAA1.3) en déséquilibre de liaison avec le variant c.-184-13C > T du gène SAA1 a été associé à un risque élevé de survenue d’amylose AA, initialement chez des patients japonais atteints de polyarthrite rhumatoïde.

Objectifs : i) Rechercher des variations des gènes SAA1, SAA2 ou SAA4 pouvant être à l’origine d’une amylose AA. ii) Déterminer la distribution génotypique des différents haplotypes au locus SAA1 chez 3 groupes de patients : patients avec amylose AA isolée, ou associée à une obésité ou à une goutte.

Méthodes : SAA1, SAA2 et SAA4 ont été étudiés par séquençage Sanger et l’haplotype au locus SAA1 a été déterminé chez 37 individus indépendants : 14 patients avec amylose AA isolée, 13 patients avec amylose AA associée à une obésité (patients d’origine européenne ou maghrébine) et 10 patients avec amylose AA associée à une goutte (originaires de Mélanésie ou de Polynésie).

Résultats : Deux variants hétérozygotes rares des gènes SAA ont été identifiés chez 2 patients avec amylose AA isolée: p.(Ala79Val) (SAA2) et p.(Asp34Val) (SAA4). Parmi les 14 patients avec amylose AA isolée, 12 sont porteurs du génotype SAA1.1/SAA1.1. Parmi les 13 patients obèses, 10 présentent le génotype SAA1.1/SAA1.1. Enfin, 5 des patients atteints d’amylose AA associée à une goutte présentent le génotype SAA1.3/SAA1.3 associé au variant c.-184-13C > T à l’état homozygote.

Conclusion : Les 2 variations faux-sens identifiées dans les gènes SAA2 et SAA4 concernent des acides aminés conservés ; des études fonctionnelles sont en cours pour statuer sur leur caractère bénin ou pathogène. Les résultats de l’analyse des haplotypes au locus SAA1 sont en faveur du rôle important du génotype SAA1.1/SAA1.1 dans la survenue d’une amylose AA isolée ou associée à une obésité chez les patients d’origine européenne ou maghrébine. Une extension de la cohorte de patients atteints d’amylose AA est en cours afin de confirmer ces résultats et d’évaluer le rôle des gènes SAA dans la survenue d’une amylose AA secondaire à une goutte chez les patients originaires de Mélanésie/Polynésie.


Claire JUMEAU, Camille LOUVRIER, Eman ASSRAWI, Fawaz AWAD (Paris), Laetitia COBRET, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Cécile CAZORLA, Philippe DUQUESNOY, Jean-Simon RECH, William PITERBOTH, Florence DASTOT-LE MOAL, Bruno COPIN, David BUOB, Gilles GRATEAU, Jean-François BERNAUDIN, Marie LEGENDRE, Sonia-Athina KARABINA, Irina GIURGEA, Serge AMSELEM
00:00 - 00:00 #13283 - P396 L’apport du peignage moléculaire pour révéler la variabilité génétique et la complexité du diagnostic moléculaire dans la dystrophie Facio-Scapulo Humérale.
P396 L’apport du peignage moléculaire pour révéler la variabilité génétique et la complexité du diagnostic moléculaire dans la dystrophie Facio-Scapulo Humérale.

La dystrophie Facio Scapulo Humérale (FSHD) est la troisième dystrophie neuromusculaire par ordre de fréquence. Cette maladie autosomale dominante est liée au locus subtélomérique 4q35 et est associée à différents variants génétiques de régions non codantes. Dans 95% des cas, une réduction du nombre d’unités du macrosatellite D4Z4 sur un allèle de type qA a été associé à la FSHD. La perte de ces éléments d’ADN répété est associée à une baisse de la méthylation de l’ADN. Pour 5% des patients, la réduction du nombre de D4Z4 n’est pas observée (FSHD2). Une large proportion de patients FSHD2 présente cependant une baisse de la méthylation de D4Z4 associée dans certains cas à une mutation du gène SMCHD1.

Dans la plupart des laboratoires, le diagnostic moléculaire est réalisé par la technique de Southern blot qui permet de déterminer le nombre d’unités répétées D4Z4. Toutefois, cette technique ne permet pas toujours de conclure, soit en raison de limitations techniques soit raison de l’existence de variants complexes. Afin de contourner cette difficulté, nous avons développé une approche diagnostique alternative basée sur la technique de peignage moléculaire (Nguyen et al., 2010). Grâce à cette méthodologie hautement résolutive, nous avons exploré 895 individus pour diagnostic de confirmation ou d’exclusion de la FSH. Dans 9% des cas, nous avons identifié l’existence de nouveaux remaniements complexes de la région 4q35 liée à la maladie ou de la région 10q26 homologue à 98%. Chez ces patients, nous avons systématiquement analysé les variants génomiques associés par la FSHD (allèles subtélomériques qA ou qB), la méthylation de l’ADN de D4Z4 et recherché des mutations du gène SMCHD1. Nos résultats qu’il n’y a pas de corrélation systématique entre variation de SMCHD1, hypométhylation de D4Z4 et présence des signes cliniques de la maladie et chez certains patients, ces remaniements complexes sont les seules anomalies associées à la pathologie. L’ensemble de ces résultats soulève donc de nombreuses questions sur le diagnostic moléculaire et le conseil génétique en particulier dans le cadre de la FSHD2.


Karine NGUYEN (MARSEILLE), Natacha BROUCQSAULT, Stéphane ROCHE, Francesca PUPPO, Charlene CHAIX, Catherine VOVAN, Camille DION, Emmanuelle SALORT CAMPANA, Shahram ATTARIAN, Marc BARTOLI, Rafaelle BERNARD, Nicolas LEVY, Frederique MAGDINIER
00:00 - 00:00 #13288 - P397 Etude épidémiologique des variants de l’ARNsn U4atac responsables du syndrome de Taybi-Linder et du syndrome de Roifman.
P397 Etude épidémiologique des variants de l’ARNsn U4atac responsables du syndrome de Taybi-Linder et du syndrome de Roifman.

L’épissage est réalisé dans le noyau par le splicéosome, un complexe ribonucléoprotéique constitué de cinq petits ARN nucléaires (appelés ARNsn pour « small nuclear RNA ») et d’une centaine de protéines. Chez certains eucaryotes, dont l'Homme, deux types de splicéosomes co-existent: le splicéosome majeur comprend les ARNsn U1, U2, U4, U5 et U6 et épisse plus de 99 % des introns du génome (dits U2) et le splicéosome mineur comprend les ARNsn U11, U12, U4atac, U5 et U6atac et épisse environ 850 introns (dits U12).

En 2011, nous avons montré que des variants pathogènes bialléliques de RNU4ATAC sont responsables du nanisme primordial ostéodysplasique microcéphalique ou syndrome de Taybi-Linder (TALS), démontrant pour la première fois le rôle de l’ARNsn U4atac et de l’épissage mineur dans le développement embryonnaire précoce et la survie post-natale. En 2015, un déficit immunitaire primaire rare, moins sévère, le syndrome de Roifman (RFMN), a été associé à des variants hétérozygotes composites de RNU4ATAC. Les variants identifiés chez la soixantaine de patients TALS ou RFMN rapportés à ce jour dans le monde se concentrent dans des domaines particuliers d’U4atac, différents selon le syndrome.

Dans ce travail, nous avons d’abord répertorié un total de 273 variants de RNU4ATAC (230 substitutions, 19 insertions, 7 délétions et 17 duplications) dans la base de données Genome Aggregation Database (GnomAD) parmi 15 000 séquençages d’exomes ou de génomes entiers. Cent vingt des 131 nucléotides d’U4atac sont touchés par au moins une substitution. Seuls 5 variants ont une fréquence allélique > 0,1%, la fréquence la plus élevée étant 0,28%.

Nous avons ensuite établi un modèle de prédiction de la pathogénicité des variants de RNU4ATAC en combinant un modèle cellulaire mesurant l’efficacité d’épissage en présence de versions mutées vs sauvages de RNU4ATAC et une approche bioinformatique multiparamètres. Notre approche bioinformatique permet d’établir un score de prédiction de pathogénicité d’après (i) la conformation bidimensionnelle de la bimolécule U4atac/U6atac, dont certaines régions sont importantes pour la fixation de facteurs protéiques critiques pour l’épissage (RNAstructure), (ii) l’importance fonctionnelle de la région considérée ainsi que (iii) la conservation nucléotidique. Parallèlement, notre modèle cellulaire a permis de montrer une réduction d’efficacité d’épissage pour tous les variants de RNU4ATAC testés associés au TALS/RFMN (n = 5). Nous allons maintenant tester des variants prédits comme pathogènes par l’approche bioinformatique seulement afin de confirmer, d’après l’équilibre de Hardi-Weinberg, que certains variants pathogènes de RNU4ATAC de fréquence allélique comparable à celle de la mutation récurrente g.51G > A (n = 4) sont vraisemblablement associés à des pathologies non encore reconnues à ce jour.


Clara BENOIT-PILVEN (BRON), Alicia BESSON, Audric COLOGNE, Claire BENETOLLO, Audrey PUTOUX, Vincent LACROIX, Sylvie MAZOYER, Anne-Louise LEUTENEGGER, Patrick EDERY
00:00 - 00:00 #13310 - P398 Utilisation de l’ACPA de type SNP hautement résolutive en diagnostic prénatal : Une série de 238 fœtus.
P398 Utilisation de l’ACPA de type SNP hautement résolutive en diagnostic prénatal : Une série de 238 fœtus.

L’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) est largement utilisée en diagnostic prénatal en France. Cependant il n’existe pas de consensus concernant les indications de sa réalisation, le type de puce utilisée, le degré de résolution, le type de CNVs (Copy Number Variations) à rapporter et leurs interprétations.

Nous avons débuté l’ACPA en juillet 2013 et avons fait le choix d’utiliser des puces résolutives identiques à celles utilisées en diagnostic postnatal (résolution théorique voisine de 50 kb) : CytoSNP12 (Illumina®) (SNP-Array) et Agilent 180K (CGH-array) jusqu’en juillet 2015, puis uniquement des SNP-array, (OmniExpress24 (Illumina®) et Cytoscan 750K (Affymetrix®), en réalisant une technique en trio (fœtus-parents) et en ne rapportant pas les CNVs hérités et les CNVs correspondant à des régions de susceptibilité (liste prédéfinie). Ces puces SNP permettent la détection de variations de nombre de copie comme la CGH array mais également la détection des déséquilibres alléliques autorisant ainsi l’identification de triploïdie, de mosaïque faible, de régions d’homozygotie indicatrices soit d’une consanguinité soit d’une Disomie UniParentale (DUP). Cette technique permet ainsi d’identifier les contaminations maternelles. L’évaluation de l’apport de l’ACPA dans la prise en charge de patientes suivies dans le Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal de l’Est Parisien, et dont le fœtus présente des anomalies échographiques de pronostic incertain, est rapportée dans un autre travail complémentaire à celui que nous présentons ici. (Poster Myrtille Spentchian).

Une SNP-array a été réalisée chez 231 fœtus présentant des signes d’appel échographiques pour lesquels le caryotype fœtal était réalisé dans le même temps. Nous avons identifié ou caractérisé 8 CNVs pathologiques (3,4%), 3 DUP maternelles homogènes (DUP2, DUP16, DUP15)( 1.2 %), 2 trisomies en mosaïque faible associée à une DUP maternelle (DUP8 et DUP22) (0.9%). De plus, 7 fœtus ont bénéficié d’une analyse en SNP-array à la recherche d’une DUP dans un contexte d’anomalie chromosomique parentale ou fœtale favorisant leur survenue (2.9 % des indications). Cette recherche s’est avérée négative pour chacun d’eux. Nous confirmons que l’utilisation de la SNP-array en trio en diagnostic prénatal permet d’étendre le champ diagnostic chez les fœtus présentant des anomalies échographiques sans augmenter la détection du nombre de VOUS (Variant of unknown significance) et autorise un meilleur conseil génétique auprès des familles.


Leila QEBIBO (Paris), Solveig HEIDE, Myrtille SPENTCHIAN, Elodie SCHAERER, Céline BORDET, Cécile PRUDHOMME, Isabelle MAREY, Sandra WHALEN, Aurélia JACQUETTE, Damien HAYE, Marie-Lorraine MONIN, Marie-Amélie ROCCHISANI, Nicole JOYE, Danièle VAUTHIER-BROUZES, Marc DOMMERGUES, Odile PHILIPPON, Jean-Marie JOUANNIC, Anne-Marie DARRAS, Carole CACHEUX, Marie LE MEUR, Claude VIBERT-GUIGUE, Frédéric RICHARD, Jacky NIZARD, Isabelle MELONIO, Stéphanie FRISZER, Sophie DELAHAYE, Anne-Florence ALIX, Sophie HOURRIER, Julie AKLE, Julie GREVOULFESQUET, Fatiha GUENNAS, Anaïs BEKMEZIAN, Thierry HARVEY, Ferdinand DHOMBRES, Emeline MAISONNEUVE, Aurore TRABBIA, Samia SOLTANE, Catherine ALLOUCHE, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Catherine GAREL, Françoise LANGLET, Fabienne RAJHONSON, Isabelle PINSON, Corinne MACH, Aurélie LAFFITTE, Elodie LEJEUNE, Boris KEREN, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Delphine HERON, Jean-Pierre SIFFROI, Capucine HYON
00:00 - 00:00 #13316 - P399 Maladies rares et projet parental à 1, à 2 ou à 3 parent(e)s ? Les révolutions coperniciennes induites par les progrès techniques en génétique.
P399 Maladies rares et projet parental à 1, à 2 ou à 3 parent(e)s ? Les révolutions coperniciennes induites par les progrès techniques en génétique.

L’argument techniciste, devient le levier permettant la ré-interprétation d’un projet parental provoqué par la  dissociation sexualité/procréation, la révision du droit à la filiation (définition de la notion de couple : hétérosexuel établi depuis 2 ans, homosexuelle féminin ou d’une femme seule, la reconnaissance par adoption d’un enfant conçu par GPA), la refonte des lois bioéthiques.

Dans son avis sur les demandes sociétales de recours à l’aide médicale à la procréation, le CCNE ouvre la technique de la PMA aux couples de femmes et aux femmes seules souhaitant procréer sans partenaire masculin (intentionnalité) grâce au don de sperme (moyen), s’inscrivant dans l’application du mariage pour tous (reconnaissance de couples homosexuels féminins) et dans l’externalisation assumée de l’acte de reproduction sexuelle via le recours à un père tiers anonyme en vue de la réalisation d’un projet parental (finalité). Cet avis du CCNE impactera aussi les patients avec maladies rares et leur famille.  L’intervention du tiers, acteur technique (généticien) ou donneur (don de sperme, d’ovocyte et de cytoplasme/mitochondries) est primordial car acteur de régulation de dysfonctionnement pathologique prévisible et mortel sur un embryon ou de maintien de la jeunesse du patrimoine ovocytaire féminin.

Le débat sociétal pose en filigranes des questions de genre et de parité, mais aussi de droits relatifs aux droits et à l’intérêt de l’enfant, des risques de dérives sur le marché du travail pour les femmes, des tensions entre les désirs individuels et les contraintes du collectif.

La femme dispose de son corps en ce sens où elle est libre d’assumer ou pas le choix de la maternité (finalité), d’être l’investigatrice du projet parental (autonomie totale sur sa fonction biologique), à nuancer avec l’argument financier (coût de l’accès aux dons de gamètes et d’ovocytes pour la femme ou la société civile ?).  Des progrès génétiques comme le système CRISPR/Cas9 rend possible de réparer ou d’introduire des séquences exogènes d’ADN en tout point du génome avec une précision parfaite réinterrogeant nos cadres éthiques. Appliqués aux cellules germinales ou embryonnaires pour certaines maladies rares ils pourraient permettre dans le futur, de modifier le génome de façon transmissible aux générations suivantes, d’éviter l’implantation d’un embryon atteint d’une pathologie incurable. Serait à (re) définir en parallèle les droits de l’embryon représentés par la mère ayant un recours possible à cette technique, les droits du fœtus (sujet d’un projet parental  de personnes bien portantes ou d’un couple dont l’un des deux est porteur d’une maladie rare). Si bien que l’on peut se demander si la définition de la Personne Potentiellement Humaine du CCNE de 1991 est toujours d’actualité ?


Karine BREHAUX (reims)
00:00 - 00:00 #13320 - P400 Diagnostic prénatal d’hémimégaencéphalie sur Sclérose Tubéreuse de Bourneville.
P400 Diagnostic prénatal d’hémimégaencéphalie sur Sclérose Tubéreuse de Bourneville.

Tuberous sclerosis complex (TSC) is an autosomal dominant syndrome characterized by the development of hamartias and hamartomas, frequently involving the central nervous system. Genetic testing for mutations of the two genes TSC1 or TSC2 confirm the diagnosis in 85% of cases.

Hemimegalencephaly (HME) is a rare developmental brain malformation characterized by hamartomatous enlargement of a cerebral hemisphere. It can occur isolated or in association with neurocutaneous syndromes like TSC. In some cases, HME can be caused by a somatic mutation within the PI3K-AKT-MTOR pathway

We describe the first pregnancy of a healthy and non-consanguineous couple. There were no other cases of TSC in the family. Ultrasound (US) at 23 weeks of gestation found signs of brain anomaly with macrosomic features, cranial deformity as well as an enlarged unilateral left cerebral hemisphere with abnormal gyration, abnormal operculization of the sylvian fissure and left ventriculomegaly consistent with hemimegaencephaly. The US also found a cardiac septal hyperechogenic nodule resembling a rhabdomyosarcoma as well as polyhydramnios.

Amniocentesis was performed at 23 weeks of gestation. Karyotype was 46, XY and did not reveal any anomaly. Array CGH did not detect any anomaly. We performed NGS sequencing of two genes TSC1 and TSC2 and found a heterozygous mutation in the TSC2 gene on the 9th exon: c.935_936delTC (p.L312QfsX25) consistent with tuberous sclerosis. This mutation was found to be de novo as both parents do not carry the mutation.

Intra uterine MRI was performed at the age of 25 weeks showing marked enlargement of the left cerebral hemisphere, abnormal signal intensity of the left hemisphere, pachygyria (thick cortex, broad gyri and shallow sulci), poor gray-white differentiation and displacement of the midline structures toward the normal right hemisphere. Left ventricle was dysmorphic but not dilated. Calvarial asymmetry was noted.

No sign of cortical tuber or subependymal nodule was identified in the right hemisphere.

 

Medical termination of pregnancy was performed at 27 weeks.

An autopsy was performed and revealed a hypertelorism, dolichocephalic skull and hypoplasia of the posterior fossa. A macroscopic study of the brain revealed left hemimegaencephaly with a lissencephaly aspect. The cardiac tissue did not reveal the presence of cardiac rhabdomyoma. Skin tissue did not show any signs of cutaneous lesions and kidneys did not show any abnormalities.

 

The association between TSC and HME has been reported in eleven cases, all postnatal. To our knowledge, we report the first case in literature of a diagnosis of HME with STC in utero. Our patient only presented one key clinical criteria for TSC diagnostic, cardiac rhabdomyoma. Our finding suggests that HME should be considered as clinical diagnosis criteria for TSC to enable early diagnosis and provide optimal parental counseling.


Shaam BRUET, Marie BIARD, Carole GOUMY, Hélène LAURICHESSE, Renaud TOURAINE, Christine FRANCANNET (CLERMONT-FD)
00:00 - 00:00 #13329 - P401 RASopathie et morts fœtales/périnatales : projet RASofoet.
P401 RASopathie et morts fœtales/périnatales : projet RASofoet.

En France le taux de mortalité périnatale est de 11,4 enfants pour 1000 naissances vivantes et comprend la mortinatalité (enfant né sans vie, mort fœtal in utero (MFIU) et interruptions médicales de grossesse (IMG) après 22SA)(8,9/1000) et la mortalité néonatale (enfants nés vivants et décédés avant J28) (2,5/1000). Un grand nombre de décès périnataux restent sans diagnostic mais dans certains cas, la présence d’une ou plusieurs malformations (clarté nucale pathologique, chylothorax, anasarque, cardiopathie/cardiomyopathie, dysmorphie…) peut orienter vers une RASopathie.

Les RASopathies (Syndrome de Noonan et apparentés) sont des pathologies du développement causées par la mutation d’un acteur de la voie de signalisation RAS-MAPK. Certains patients présentent une forme sévère conduisant à une MFIU, une IMG ou un décès néonatal. L’étude RASofoet a été lancée afin de déterminer l’impact des RASopathies dans la mort fœtale/périnatale afin de mieux comprendre les causes du décès précoce des sujets atteints. Nous présentons les résultats à 18 mois de son ouverture.

Deux groupes de patients ont été étudiés 1) l’ensemble des cas de MFIU/IMG ou décès néonataux reçus pour diagnostic de RASopathie entre janvier 2013 et juillet 2017 et 2) les cas inclus dans l’étude RASofoet entre janvier 2016 et juillet 2017 visant à recruter de façon systématique dans les 6 centres de l'APHP les sujets (fœtus/enfants décédés) présentant au moins un signe évocateur sus-cité.

La région codante complète des 18 gènes impliqués dans les RASopathies a été séquencée par NGS chez chaque sujet.

Dans le groupe 1, 52 sujets ont été adressés pour suspicion de RASopathie devant des signes échographiques, des données d’autopsie ou des signes cliniques évocateurs et 33 (63,5%) s’avèrent porteurs d’une mutation pathogène (20 PTPN11, 5 RAF1, 5 RIT1, 1 HRAS, 1 SOS1 et 1 NF1). Ce taux de mutation élevé révèle la bonne reconnaissance des symptômes précoces de RASopathie par les cliniciens. Dans le groupe 2, 29 sujets ont été inclus et 4 (14,3%) mutations ont été identifiés (PTPN11, RAF1, RIT1 et BRAF).

Parmi les 37 sujets ayant une mutation de l’un des gènes de RASopathies, la cause du décès est connue chez 8/11 enfants (3 anasarques, 2 pneumothorax compressifs, 3 atteintes cardiologiques létales) et 3/8 MFIU (3 anasarques). Parmi les 18 IMG, 12 présentaient une clarté nucale pathologique, 7 une cardiopathie/cardiomyopathie et 5 des épanchements des séreuses (ces signes pouvant être associés entre eux et à d’autres malformations). 9/37 sujets portaient une mutation héritée de l’un des parents (4 enfants, 3 IMG et 2 MFIU) suggérant que la mutation n’explique pas à elle seule la gravité du tableau clinique.

L’inclusion d’un nombre supérieur de cas nous permettra d’établir des relations phénotype/génotype et de déterminer dans quelle mesure l’épidémiologie moléculaire de ces cas particulièrement sévères se distingue de celle de la population d’enfants atteints d’une forme classique de RASopathie.


Yline CAPRI (Paris), Fabien GUIMIOT, Cédric VIGNAL, Suonavy SAVATOVSKY-KHUNG, Tania ATTIE-BITACH, Bettina BESSIERES, Maryse BONNIERE, Jelena MARTINOVIC, Martine BUCOURT, Pascaline LETARD, Laurence LOEUILLET, Marie GONZALES, Camille AUPIAIS, Nathalie POUVREAU, Alain VERLOES, Hélène CAVE
00:00 - 00:00 #13335 - P402 Deciphering Mediator’s function and structure in mammalian cells.
P402 Deciphering Mediator’s function and structure in mammalian cells.

Mediator is a large multi-subunit complex that is organized into four modules (head, middle, tail and kinase module). Previous work showed that this complex is involved in several steps of class II gene transcription (PolII recruitment, pausing, elongation and splicing) and enhancer-promoter (E-P) interactions via DNA looping. Mutations in this important complex are associated with cancer and developmental diseases. However, Mediator’s function and structure have been mainly studied in yeast. Few is known about the mammalian Mediator complex, but earlier studies suggest significant differences in its composition and structure, especially for the tail module. The chromatin architecture between yeast and mammalian cells is different, particularly E-P interactions, which is why a comprehensive study of mammalian Mediator is required.

We screened for non-essential Mediator subunits (SU), in the murine B-lymphoma cell line CH12, using CRISPR-Cas9 technology, and generated knockout clones (KO) whenever possible. Furthermore, we Flag-tagged Med19 to perform cryo-EM studies of the complex after pull down. We analyzed the impact of these KOs on gene expression, PolII and Mediator recruitment at promoter and regulatory elements and on chromatin structure. We show that depletion of non-essential SUs induced transcriptional changes only in a subset of genes. Deletions of the five tail SUs are all viable, but destabilize the tail structure and affect the expression of a common set of genes. We also generated a viable tailless clone that lacks all five tail SUs in order to investigate the role of the tail module in the modulation of PolII mediated transcription and E-P interactions. On the other hand, using a SMASh-tag technique, we created a conditional KO of the essential backbone SU Med14 and show that depletion in Med14 results in global transcriptional down-regulation associated with a decrease in PolII recruitment.

Our study provides new insights into mammalian Mediator structure and a comprehensive view on how Mediator and the tail module are involved in transcription. This data is essential for a better understanding of transcriptional regulation and mediator related diseases.


Laïla ALLACH EL KHATTABI, Laïla EL KHATTABI (PARIS), Jens KALCHSCHMIDT, Philippe KIEFFER-KWON, Jordan KREBS, Seol Kyoung JUNG, Natalie YOUNG, Kyong-Rim KIEFFER-KWON, Daniel CHAUSS, Subash TRIPASHI, Nathanael PRUETT, Francisco ASTURIAS, Rafael CASELLAS
00:00 - 00:00 #13341 - P403 Trois retours d’expérience de DPNI pour maladies monogéniques.
P403 Trois retours d’expérience de DPNI pour maladies monogéniques.

L’étude d’ADN fœtal circulant à partir de sang maternel est actuellement largement prescrite pour le dépistage de la trisomie 21 chez la femme enceinte, permettant ainsi de limiter les prélèvements invasifs et le risque associé de fausse-couche.

De façon plus large, le diagnostic prénatal non invasif (DPNI) est utilisé depuis longtemps pour la détermination du sexe fœtal via la détection de séquences issues du chromosome Y dans le cas de maladie génétique liée au chromosome X ou pour le génotypage du Rhésus D fœtal afin de prévenir le risque d’allo-immunisation materno-fœtale. Après évaluation par la Haute Autorité de Santé française, ces techniques sont maintenant proposées en routine dans les laboratoires agréés, et sont prises en charge par la Caisse Nationale d’Assurance Maladie.

Depuis peu, de nouvelles indications de DPNI voient le jour, tel que le diagnostic d’exclusion de la mutation paternelle dans le cas des maladies monogéniques. Nous n’y trouvons que peu d’inconvénient mais restons conscients des enjeux éthiques et de l’importance d’encadrer les prescriptions des précautions réglementaires habituelles et de l’information adaptée et complète comprenant la nature et les limites de ces examens.

Nous rapportons ici trois situations de mise en œuvre d’un DPNI par PCR digitale (deux cas pour un risque de 25 % de mucoviscidose et un cas pour un risque de 50 % de Neurofibromatose de type 1) pour lesquels le résultat s’est avéré rassurant conduisant à annuler le prélèvement fœtal invasif à type de biopsie de villosités choriales. Nous présentons le parcours de chaque couple conduisant à ce DPNI ainsi que leurs réflexions personnelles et leur vécu. Nous nous questionnons sur les enjeux éthiques et psychologiques spécifiques à la mise en œuvre d’un DPNI dans ces situations particulières de maladies monogéniques mais nous constatons aussi des similitudes avec le parcours de diagnostic prénatal « classique ».


Laetitia MONTEIL (TOULOUSE), Juliette NECTOUX, Mathilde PACAULT, Christelle GARNIER
00:00 - 00:00 #13343 - P404 Implication des régions chromosomiques 5q13, 12q24 et 18q21 dans la susceptibilité aux maladies auto immune thyroïdiennes au sein d’une famille multiplexe d’origine Tunisienne.
P404 Implication des régions chromosomiques 5q13, 12q24 et 18q21 dans la susceptibilité aux maladies auto immune thyroïdiennes au sein d’une famille multiplexe d’origine Tunisienne.

Les maladies auto-immunes thyroïdiennes (MAIT) incluent la maladie de Basedow (MB) et la thyroïdite de Hashimoto (TH). La présence d’infiltrat lymphocytaire intra thyroïdien et d’auto anticorps circulants spécifiques caractérise ces maladies. L’émergence des MAIT dépend d’une prédisposition génétique, de facteurs environnementaux et d’un dysfonctionnement immunitaire.

Pour rechercher les facteurs génétiques de susceptibilité aux MAIT dans la population Tunisienne, nous avons réalisé un criblage de génome sur une famille informative de 12 membres appartenant à un isolat à haute prévalence de MAIT (MB et TH) utilisant 495 marqueurs microsatellites de type (AC)n et séparé de 10 cM en moyenne. Le logiciel « MERLIN » et la méthode des « lod-scores » ont été utilisés pour l’analyse de liaison.

Nos résultats ont permis de caractériser trois régions chromosomiques 5q13, 12q24 et 18q21 liées aux MAIT, particulièrement le marqueur D12S79 qui montre la liaison la plus forte (NPL=3,68, p=0,0001). Les résultats du typage de 20 marqueurs microsatellites à proximité de ce marqueur, supportent l’hypothèse de liaison génétique (NPL > 2 ; p=0,02) pour les marqueurs (D12S1341, D12S354, D12S1718, D12S1612, D12S340, D12S1639 et D12S1675).

En conclusion, nos résultats suggèrent que les régions 5q13, 12q21-24, 18q21 pourraient augmenter le risque de développer les MAIT dans la population Tunisienne. En perspectives la région chromosomique 12q21-24 fera l’objet d’une investigation plus poussée visant l’identification de nouveaux gènes positionnels responsables de la liaison génétique rapportée.


Ghazi CHABCHOUB (TUNISIE, Tunisie), Ahmed REBAI, Mouna MNIF, Mohamed ABID, Hammadi AYADI, Leila KESKES, Abdellatif MAALEJ
00:00 - 00:00 #13353 - P405 A propos de 3 cas de contraction d’une prémutation maternelle du gène FMR1 à son fœtus.
P405 A propos de 3 cas de contraction d’une prémutation maternelle du gène FMR1 à son fœtus.

Les prémutations du gène FMR1 sont instables : cette instabilité dépend de plusieurs facteurs dont le sexe du parent transmetteur, le nombre de répétitions CGG  et la présence ou non d’interruptions de type AGG. Dans l’immense majorité des cas, la prémutation augmente de taille : elle peut augmenter de quelques répétitions ou bien passer à un nombre très important de répétitions, avec acquisition d’une méthylation anormale (mutation complète). Cependant, de rares évènements de contraction ont été observés (Affaro et al, AJMG 2013).

Nous rapportons ici la description de 3 cas de contractions d’expansions CGG du gène FMR1 découvertes dans le contexte d’un diagnostic prénatal. Dans ces trois cas, le fœtus était de sexe masculin. Pour la 1ère situation, la mère, âgée de 32 ans, était porteuse d’une prémutation de 87 +/-3 CGG et l’analyse sur liquide amniotique direct avait montré la présence d’un allèle prémuté de 58 +/-2 CGG. Le second cas concerne une mère de 34 ans, porteuse d’une prémutation de 100 CGG. L’analyse sur villosités choriales avait montré la présence d’une contraction à 72 CGG chez un fœtus de sexe masculin. Pour cette même patiente il y avait eu un précédent diagnostic prénatal sur villosités choriales aboutissant à une interruption médicale de la grossesse pour un fœtus féminin porteur d’une mutation complète. Le dernier cas concerne une mère de 27 ans, porteuse d’une prémutation de 130 +/-5 CGG. D’après l’analyse des villosités choriales, l’allèle transmis au fœtus était de taille normale comprenant 30 CGG avec une interruption AGG comme l’allèle maternel normal alors que l’analyse de marqueurs juxta-géniques avait montré que c’est bien l’allèle lié à la prémutation qui a été transmis. Dans les deux premiers cas, il s’agit vraisemblablement d’une rétraction vraie du nombre de CGG et dans le dernier cas, l’hypothèse d’une « conversion génique » a été retenue, plutôt que celle d’une double recombinaison, peu probable sur une région peu étendue. Dans ces trois cas, le séquençage avait démontré que le codon ATG d’initiation, proche de la répétition CGG, était bien conservé.

Dans le contexte du conseil génétique anténatal, le diagnostic prénatal est indiqué quelle que soit la taille de la prémutation maternelle compte tenu du risque plus ou moins élevé de transmission du syndrome de l’X Fragile. Néanmoins, nous adaptons notre information et l’organisation en pratique du prélèvement fœtal (biopsie de villosités choriales et/ou  amniocentèse) en fonction de la taille de la prémutation, du risque de mosaïque de taille d’expansions, des limites d’interprétation de la méthylation sur villosités choriales et de l’histoire familiale. Les 3 situations rapportées ici nous encouragent à considérer les rares cas de contraction dans notre conseil génétique anténatal.


Bénédicte GERARD, Eric BIETH (TOULOUSE), Véronique GASTON, Claire VIGIER, Martine RAYNAUD, Laetitia MONTEIL
00:00 - 00:00 #13360 - P406 Probabilités bayesiennes multiples et tableaux de contingence pour un meilleur calcul du risque génétique.
P406 Probabilités bayesiennes multiples et tableaux de contingence pour un meilleur calcul du risque génétique.

Le calcul du risque génétique est souvent une tâche relativement compliquée pour les personnels de santé qui doivent traduire en termes mathématiques des éléments génétiques, cliniques ou biologiques. De plus, ces dernières années, le calcul du risque génétique s'est enrichi de nombreuses informations (dosages, recherche de mutations,...). Les probabilités bayesiennes qui tiennent compte d'informations pour préciser le risque sont utilisées mais sont souvent, elles aussi, très difficiles à utiliser dans la pratique car la formule classique n'est pas d'usage intuitif et l'usage de probabilités bayesiennes avec de multiples éléments d'information n'est pas courant.

Nous pensons que les tableaux de contingence présentent plusieurs avantages notables :

-        ils permettent d'établir, de façon assez simple pour des personnels de santé, les hypothèses et leurs probabilités,

-        ils permettent de vérifier les calculs beaucoup plus facilement qu'avec la formule de Bayes,

-        surtout, ils permettent d'utiliser plusieurs informations pertinentes dans un même calcul, à condition que celles-ci soient indépendantes,

-        enfin, ils remplacent avantageusement la formule de Bayes généralisée à plusieurs événements, d'une utilisation assez ardue.

Plusieurs exemples de cette utilisation de probabilités bayesiennes multiples et de ces tableaux de contingence ont été publiés dans un ouvrage ("Calcul du risque génétique : Méthodes et cas cliniques corrigés") par les mêmes auteurs que cet abstract. Editions Doin. ISBN : 978-2-7040-1418-7.


Franck STURTZ (Limoges), Benoît FUNALOT, Bérénice HÉBRARD, Anne-Sophie LIA
00:00 - 00:00 #13361 - P407 Détection prénatale du syndrome de Nager, par puce à ADN, chez un fœtus présentant une hypoplasie de la mandibule à 12 semaines d’aménorrhée.
P407 Détection prénatale du syndrome de Nager, par puce à ADN, chez un fœtus présentant une hypoplasie de la mandibule à 12 semaines d’aménorrhée.

Le syndrome de Nager appartient au groupe des dysostoses acrofaciales. Il est caractérisé par une micrognathie, une hypoplasie de l’étage moyen de la face, et des anomalies des membres, en particulier les extrémités des membres supérieurs. L’expressivité est variable, certains patients pouvant présenter une simple hypoplasie des pouces. Les fonctions cognitives ne sont pas affectées. La transmission est autosomique dominante, liée à des mutations perte de fonction du gène SF3B4 : environ 50 mutations ont été rapportées à ce jour, exclusivement des mutations ponctuelles ou insertions/délétions, à l’exception d’une délétion de 400 kilobases. Moins de 5 cas ont été diagnostiqués en prénatal et publiés, dont un seulement au premier trimestre de la grossesse.

Nous présentons ici le cas d’un fœtus pour lequel un micro-rétromandibulisme a été suspecté à l’échographie de 12 semaines d’aménorrhée (SA) et confirmé à 14SA. Le caryotype fœtal sur biopsie de trophobaste n’a pas montré d’anomalie, sur un fœtus de sexe masculin, et l’analyse sur puce à ADN (Illumina CytoSNP12 300K, 30kb de résolution médiane) a mis en évidence une délétion hétérozygote de 330 kilobases en 1q21.2, de formule chromosomique arr[GRCh37] 1q21.2(149815079_150142121)x1 dn. Sa présence a été confirmée en qPCR. L’étude des parents a révélé que cette délétion est survenue probablement de novo. A 22SA, le contrôle échographique retrouve un ensemble polymalformatif avec micro-rétromandibulisme, micromélie mésomélique des membres supérieurs, présence de seulement 4 rayons métacarpiens aux deux mains avec impression de pouces rudimentaires. A 36SA est survenue une mort fœtale in utero, le poids fœtal était de 1530g, le placenta était hypoxique. Une radiographie du squelette fœtal a montré une absence complète d’ossification de la mandibule.

La délétion détectée chez ce fœtus a été classée probablement pathogène et explique le phénotype fœtal : la région n’est pas polymorphe (DGV) et contient 9 gènes OMIM dont VPS45A, impliqué dans les neutropénies congénitales sévères autosomiques récessives, et SF3B4, impliqué dans le syndrome de Nager autosomique dominant. Une délétion chevauchante, plus large de ~100 kilobases (arr[GRCh37] 1q21.2(149852674_150257430)x1), a été rapportée dans la littérature (Lund et al, EJMG, 2016) chez un fœtus de 12 semaines avec micrognathie, hyperclarté nucale, et os longs courts. Nous avons donc conclu à un syndrome de Nager pour ce foetus.

Nous rapportons ici le second cas de syndrome de Nager détecté au premier trimestre de la grossesse, et nous soulignons que les deux cas sont liés à des délétions du gène SF3B4 et de sa région,  alors qu’aucun autre cas de délétion équivalente n’a été décrit à notre connaissance.


Jean-Luc DHERBEY, Isabelle REBEYRAT-PICHON, Marie-Hélène PANELLA, Véronique GB, Gregory EGEA, Marc NOUCHY, Alain LIQUIER, Delphine ROUSEE, Pierre ARNOULD, Laure RAYMOND (LYON)
00:00 - 00:00 #13362 - P408 Populations humaines isolées: les enjeux du phasage et de l’imputation.
P408 Populations humaines isolées: les enjeux du phasage et de l’imputation.

Les études d’association pangénomique (GWAS) ont permis de progresser considérablement dans la compréhension de la composante génétique des traits complexes. Cependant, l’ensemble des variants identifiés par GWAS, le plus souvent fréquents, ne suffit pas à expliquer la totalité de l’héritabilité génétique de la plupart des traits. Par conséquent, l’attention s’est tournée vers d’autres causes génétiques possibles, notamment les variations rares. Etudier ces variants nécessitent cependant d’avoir accès à de très larges échantillons, séquencés pour l’exome ou le génome entier. Une telle approche étant financièrement inaccessible dans la plupart des cas, une solution plus économique a été proposée : imputer les variants rares chez des individus génotypés sur des puces de variants fréquents grâce à des panels publics de données séquencées (par exemple, le 1000 Genomes Project ou le Haplotype Reference Consortium) ou même un panel spécifique à la population étudiée.

L’étude des variants rares dans les populations isolées est une stratégie qui peut se révéler particulièrement intéressante. Tout d’abord, ces populations ont plusieurs caractéristiques inhérentes bénéfiques pour l’étude des traits complexes (homogénéité génétique et environnementale). De plus, dans chaque population isolée, certains variants rares en population générale peuvent être retrouvés avec une fréquence relativement élevée du fait de l’événement fondateur de l’isolat et de la dérive génétique. Grâce à ces deux caractéristiques, on s’attend à une puissance fortement augmentée pour étudier de tels variants en population isolée. Cette approche a par exemple conduit à la découverte d’une association entre le gène TREM2 et la maladie d’Alzheimer dans la population islandaise, également identifiée en population européenne générale.

Les outils d’analyses actuels peuvent ne pas être bien adaptés pour les caractéristiques typiques des populations isolées ou ne pas profiter pleinement de la structure particulière de telles données. Nous proposons d’explorer la palette de méthodes qui pourraient être employées dans les populations isolées en nous concentrant en particulier sur le phasage haplotypique – étape préalable à l’imputation - et sur l’imputation génotypique. Notre étude est basée sur les données génétiques et la généalogie de la population isolée du Campora (Sud de l’Italie), à partir desquels nous créons un vaste ensemble de données simulées typiques de la population isolée afin de tester chaque logiciel et stratégie considérés. Notre étude permet d’évaluer l’impact sur le phasage et l’imputation des caractéristiques des populations isolées et nous permet de fournir des recommandations à la communauté scientifique.


Anthony Francis HERZIG (Brest), Teresa NUTILE, Marie-Claude BABRON, Marina CIULLO, Céline BELLENGUEZ, Anne-Louise LEUTENEGGER
00:00 - 00:00 #13377 - P409 Maladie de Hirschsprung: approche génomique par séquençage nouvelle génération pour l’identification de nouveaux variants rares impliqués dans un modèle oligogénique.
P409 Maladie de Hirschsprung: approche génomique par séquençage nouvelle génération pour l’identification de nouveaux variants rares impliqués dans un modèle oligogénique.

La maladie de Hirschsprung (MH) est une neurocristopathie caractérisée par une absence des ganglions entériques. Les voies de signalisation de RET, EDNRB et SOX10 ont été impliquées dans la MH. De plus, des variants non–codants, notamment un variant fréquent dans l’intron 1 de RET (IVS1- rs2435357- C>T), sont des facteurs de prédisposition à la MH. Récemment, le rôle potentiel de neuregulin 1 (NRG1) et de certaines semaphorin 3 (SEMA3) dans l’origine de la MH a été proposé grâce aux études d’associations pangénomiques (GWAS). Cependant, seule une partie de l’héritabilité de la MH a été expliquée. Notre projet vise à rechercher des variants rares chez 384 patients caucasiens et asiatiques par une approche ciblée de gènes candidats et de régions régulatrices en utilisant la technique du Séquençage de Nouvelle Génération. Au total 199 nouvelles variations ont été identifiées dans 57 gènes, RET et EDNRB étant les plus fréquemment mutés. Une mutation non-sens de novo et deux substitutions faux sens d’acides aminés conservés ont été trouvées dans NRG1. Des études de transfection cellulaire n’ont montré aucune différence de  localisation sub-cellulaire entre la protéine NRG1 wildtype et les protéines NRG1 portant les variations faux sens. Des études fonctionnelles de la mutation non-sens de NRG1 sont en cours. Par ailleurs chez plusieurs patients, des variants rares ont également été identifiés dans des régions régulatrices de SOX10. Ils co-ségrègent avec l’allèle IVS1 prédisposant de RET. Ces résultats préliminaires suggèrent une potentielle interaction de variants rares contribuant à la MH à l’appui du modèle oligogénique et hétérogène de cette malformation.


Thuy-Linh LE (PARIS), Anna PELET, Olivier ALIBEU, Christine BOLE-FEYSOT, Cécile FOURRAGE, Patrick NITSCHKE, Jeanne AMIEL, Stanislas LYONNET, Maladie De Hirschsprung CONSORTIUM INTERNATIONAL
00:00 - 00:00 #13378 - P410 Délétion 3p22.1 avec haploinsuffisance de CTNNB1, syndrome de déficience intellectuelle de description récente : un cas de présentation anténatale révélée par une microcéphalie.
P410 Délétion 3p22.1 avec haploinsuffisance de CTNNB1, syndrome de déficience intellectuelle de description récente : un cas de présentation anténatale révélée par une microcéphalie.

Introduction

L’utilisation récente en diagnostic prénatal de l’analyse chromosomique sur puce à ADN permet de détecter des anomalies de petite taille (inférieure à 5Mb), non visibles en technique classique. La nosologie syndromique de ces délétions et duplications est en constante évolution. Le gène CTNNB1, localisé en 3p22.1, code pour la béta-catenine. Cette protéine est impliquée dans la voie de signalisation Wnt et le développement postnatal des dendrites neuronaux. Son haploinsuffisance est décrite récemment dans un syndrome associant déficience intellectuelle avec microcéphalie d’apparition postnatale, ataxie progressive et spasticité.

Nous rapportons un cas de présentation anténatale marqué par une microcéphalie, dans un contexte de délétion de 2,05 Mb en région 3p22.1 détectée par CGH-array.

 Cas clinique

Il s’agit de la 2e grossesse d’un couple non apparenté, après FIV-ICSI, en raison d’une infertilité mixte. Dès 22SA est observée une microcéphalie isolée modérée, s’aggravant progressivement. Le PC évolue vers -3DS à 30SA, pour des biométries globales au centile 25. Un bilan génétique est réalisé. Une IRM cérébrale fœtale confirme une microcéphalie, sans anomalie morphologique ou de giration. Le couple informé des résultats des explorations génétiques décide une interruption médicale de grossesse, après consultation de conseil génétique et avis du CPDPN.

 Résultats

Le caryotype fœtal, en technique conventionnelle, est sans anomalie identifiée : 46,XX. L’analyse chromosomique par SNP-array met en évidence une perte de copie d’environ 2,05 Mb en région 3p22.1 : arr[GRCh37]3p22.1(40595426_42652674)x1. Cette délétion inclut le gène CTNNB1.

 Discussion

Le syndrome de déficience intellectuelle avec haploinsuffisance de CTNNB1 est de description récente. Il associe variablement déficience intellectuelle, ataxie, spasticité, anomalies cutanéo-phanériennes et microcéphalie. Les cas rapportés sont peu nombreux et leur description souvent incomplète. La microcéphalie est décrite d’apparition postnatale. Aucune description anténatale n’est disponible, à notre connaissance, dans la littérature. Les anomalies génétiques associées sont soit des mutations ponctuelles soit des délétions de taille variable impliquant ce gène. La béta-catenine apparait impliquée dans l’ancrage membranaire de protéines d’adhésion participant aux connexions synaptiques. Les conséquences de ces altérations s’observent dans le développement intellectuel et les troubles du spectre autistique.

 Conclusion

A notre connaissance, il s’agit du premier cas anténatal de délétion de CTNNB1. L’intérêt de cette observation est de souligner l’apparition anténatale possible de la microcéphalie associée à l’haploinsuffisance de CTNNB1.


Alain LIQUIER (LYON), Grégory EGÉA, Anne DELELIS, Marianne YVERT, Leila LAZARO, Marc NOUCHY, Fanny SAUVESTRE, Laure RAYMOND
00:00 - 00:00 #13380 - P411 Anomalies de structure et de nombre de l’X en mosaïque placentaire ou fœtale.
P411 Anomalies de structure et de nombre de l’X en mosaïque placentaire ou fœtale.

Introduction

En période prénatale, une discordance fœto-placentaire au caryotype est observée  dans environ 2% des cas (Malvestiti et al, 2015). La discordance peut correspondre à une mosaïque confinée au placenta (CPM) ou au fœtus (TFM). Le prélèvement ultérieur de liquide amniotique (PLA), certes invasif, reste nécessaire pour déterminer le type d’anomalie et sa répartition au sein des tissus étudiés et préciser les risques pour la grossesse (Toutain et al, 2010). Parmi les anomalies chromosomiques identifiées les cas rapportés d’anomalies de structure/nombre des gonosomes et plus particulièrement du chromosome X confinées au placenta ou au fœtus sont rares.

Matériel/méthodes

Prélèvements/analyses cytogénétiques : les biopsies de trophoblaste (BT) et/ou amniocentèses ont été effectuées par deux gynécologues-obstétriciens expérimentés sous contrôle échographique. L’indication de prélèvement s’est faite selon les recommandations en vigueur de la Haute Autorité de Santé.

Résultats

Chez la première patiente une CPM de type 1 pour un variant structural rare du chromosome X a été mise en évidence. La BT réalisée pour une clarté nucale augmentée montrait un caryotype normal au direct 46,XY et 46,XX après culture, interprété comme contamination maternelle. Cependant, le caryotype lymphocytaire à la naissance réalisé devant une discordance de sexe confirme la formule 46,XX. Une analyse par FISH utilisant les sondes CEPX/SRY sur cytotrophoblaste montre bien deux signaux du chromosome X dont un sur le  chromosome identifié comme Y initialement. Pour la seconde patiente  la cytogénétique est en faveur d’une CPM type 3 pour un marqueur chromosomique surnuméraire de l’X avec XIST présent. La BT réalisée (dépistage de la T21 la plaçant dans un groupe à haut risque) montrait cette formule : 46,XX/47,XX,+mar(X); 70%/30%. A l’analyse des amniocytes le marqueur était présent à l’examen direct mais non à la culture. Dans le troisième cas, la BT était indiquée pour une clarté nucale à 7 mm à 10 SA. Le caryotype direct 46,XX n’a pas pu être confronté à celui de la culture (échec). Devant la persistance de l’hyperclarté nucale, une CGH-array a été effectuée sur une PLA à 23SA.  Une monosomie X homogène a été mise en évidence chez le fœtus, et donc sans corrélation avec la BT (malgré l’absence de culture). Ce cas de TFM pour une monosomie X s’est révélé par une clarté nucale très élevée comme souvent dans le syndrome de Turner, mais avec caryotype initial normal.

Discussion

Nous rapportons ces rares cas de mosaïque placentaire ou fœtale pour des anomalies de nombre ou de structure de l’X. Cela confirme la nécessité du second prélèvement en cas de résultats discordants à la BT. Dans le second cas la présence du marqueur XIST, comme montré par Le Caignec et al., 2003 ; et son association à un phénotype moins sévère qu’un fœtus présentant une disomie fonctionnelle de l’X (par perte de XIST) a pu orienter la consultation et apporter des informations plus rassurantes au couple.


Wallid DEB (Nantes), Mathilde PACAULT, Claire BENETEAU, Sébastien SCHMITT, Claudine LE VAILLANT, Norbert WINER, Michel PASCO, Olivier PICHON, Stéphane BÉZIEAU, Cédric LE CAIGNEC, Kamran MORADKHANI
00:00 - 00:00 #13393 - P412 Identification de 9 loci modificateurs du phénotype dans le syndrome de Marfan.
P412 Identification de 9 loci modificateurs du phénotype dans le syndrome de Marfan.

La variabilité clinique est observée dans de nombreuses maladies mendéliennes entrainant des phénotypes différents y compris parmi les individus porteurs d'une même mutation. L'identification de ces gènes modificateurs reste rare et difficile malgré l'accessibilité d'outils de séquençage génomique puissants.

Le syndrome de Marfan (MFS) est une maladie rare de transmission autosomique dominante, très majoritairement liée à des mutations dans le gène codant pour la fibrilline-1 (FBN1). Son atteinte est plurisystémique avec notament des anévrismes de l'aorte ascendante à risque de dissection mettant en jeu le pronostic vital des patients. Il est caractérisé par une grande variabilité clinique aussi bien dans l'âge de survenue et la gravité des symptômes que dans les systèmes atteints. A ce jour, il n'existe aucun facteur modificateur du phénotype connu en dehors de mutations dans les exons 24 à 32 prédominantes dans les formes sévères néonatales.

Pour contourner la problématique du nombre de sujets disponibles pour l'étude de la variabilité dans cette maladie rare et promouvoir les informations apportées par les études intra-familiale, nous avons réalisé une étude génomique croisée d'une étude d'association (génotypage et exome) sur phénotypes aortiques extrêmes (102 individus), d'une étude de liaison dans des fratries de phénotype identique ou opposé (14 fratries) et d'une étude eQTL sur l'expression de FBN, marqueur de la variabilité du phénotype (80 sujets). L'étude eQTL est la seule à avoir retrouvé un marqueur d'emblée associé significativement à l'expression de FBN1 (cf abstract spécifique). Etant donné la limite du nombre d'individus disponibles, les résultats dépassant le seuil de réplicativité dans les différentes études ont été croisés et ont permis de mettre en évidence 9 loci retrouvés dans au moins 2 études, dont 2 retrouvés dans 3 études dont le locus majeur de l'eQTL. Enfin, un locus retrouvé dans l'étude des fratries (lodscore 2,7) et l'étude eQTL (6,10-6) encadrait le gène PRKG1, gène chez lequel des mutations sont connues comme causant un anévrisme de l'aorte ascendante. Aucune mutation exonique de PRKG1 n'était présente dans notre population. Par ailleurs, l'étude d'exome chez des sujets porteurs d'un phénotype particulièrement sévère a retrouvé un deuxième épisode mutationnel dans un autre gène chez 3 d'entre eux dans des gènes connus pour être impliqués dans les anévrismes de l'aorte ascendante.

Cette étude montre la complexité de l'architecture sous-jacente de la variabilité phénotypique dans le syndrome de Marfan avec l'intrication probable de variants rares à effets forts et de variants plus fréquents. Par ailleurs, elle identifie PRKG1, impliqué dans la contractilité de la cellule musculaire lisse, comme acteur majeur du phénotype aortique. Enfin elle montre que les études génomiques croisées intégrant les études familiales peuvent être une solution à l'étude de la variabilité du phénotype dans les maladies rares.


Mélodie AUBART (PARIS), Steven GAZAL, Pauline ARNAUD, Louise BENARROCH, Marie-Sylvie GROSS, Julien BURATTI, Anne BOLAND, Vincent MEYER, Nadine HANNA, Olivier MILLERON, Chantal STHENEUR, Thomas BOURGERON, Isabelle DESGUERRE, Marie-Paule JACOB, Laurent GOUYA, Emmanuelle GENIN, Jean-François DELEUZE, Guillaume JONDEAU, Catherine BOILEAU
00:00 - 00:00 #13395 - P413 Cani-DNA : une biobanque française pour la collecte et la distribution d’échantillons d’ADN de chiens, modèles spontanés de maladies génétiques humaines.
P413 Cani-DNA : une biobanque française pour la collecte et la distribution d’échantillons d’ADN de chiens, modèles spontanés de maladies génétiques humaines.

Récemment, la communauté scientifique s'est intéressée au chien comme modèle spontané pour analyser les composantes génétiques de maladies homologues humaines rares et/ou complexes. Ces quinze dernières années, notre équipe s’est investie dans le développement d’outils en bioinformatique et génétique moléculaire dédiés au génome du chien. En parallèle, nous avons mis en place une biobanque de prélèvements canins, Cani-DNA, permettant ainsi la collecte de prélèvements d’individus atteints et de témoins indemnes. Cette ressource, développée au CNRS de Rennes depuis 2003, s’est appuyée sur un réseau vétérinaire national, incluant les praticiens, les laboratoires d’histopathologie vétérinaire et d’analyses, les cliniques et hôpitaux spécialisés, les centres de cancérologie et d’imagerie. Depuis 2012, une convention cadre établie par le CNRS de Rennes, avec les 4 Ecoles Nationales Vétérinaires (ENV : Alfort, Nantes, Lyon, Toulouse) et la société de génétique animale Antagene (Lyon) donne une dimension nationale à cette bio-banque. De plus, Cani-DNA fait partie intégrante du projet CRB-Anim, débuté en 2012 : projet français, financé dans le cadre des «Projets Investissements d’avenir» PIA1, ayant pour objectif de rassembler des biobanques animales.

Cani-DNA contient des prélèvements de sang et de tissus de chiens de toutes races, accompagnés de leurs données généalogiques, phénotypiques et cliniques. L'objectif principal est d'extraire les ADN et ARN à partir de ces prélèvements et de stocker les échantillons correspondants, pour les distribuer, après contrôles qualités.

À ce jour, Cani-DNA contient 21 000 échantillons d'ADN extraits à partir de sang dont 13 000 ADN stockés sur le site rennais, 6000 à Antagene et 2000 dans les ENV. Plus de 1500 échantillons de tissus (paires de tissus tumoraux/tissus sains) sont disponibles pour les projets de cancérologie comparée. Cette ressource représente environ 300 races de chiens, et plus d’une centaine de maladies génétiques homologues humaines, (nombreux cancers, comme des mélanomes, sarcomes, lymphomes, gliomes...) ainsi que de nombreuses maladies rares humaines. Les prélèvements correspondants à ces maladies souvent rares chez l’Homme, mais fréquentes dans une race canine donnée, constituent une ressource originale de modèles spontanés de maladies humaines, comme par exemple les génodermatoses, neuropathies, épilepsies, rétinopathies, ou diverses anomalies du développement. La base de données constitue également une ressource épidémiologique pour toutes ces maladies canines.

Cette biobanque, unique en France, est disponible à la communauté scientifique pour la recherche biomédicale en génétique humaine et vétérinaire et est actuellement utilisée et distribuée dans le cadre de projets collaboratifs français, européens et américains.

Les échantillons sont disponibles sur demande sur le site http://dog-genetics.genouest.org et à l’adresse : cani-dna@univ-rennes1.fr.


Laëtitia LAGOUTTE, Nadine BOTHEREL, Amaury VAYSSE, Gilles CHAUDIEU, Florent ROLLIN, Philippe PILORGE, Benoit HEDAN, Patrick DEVAUCHELLE, Clotilde DE BRITO, Eric GUAGUERE, Anne-Sophie GUILLORY, Jérôme ABADIE, Stéphanie ROBIN, Anne THOMAS, Catherine ANDRÉ (Rennes)
00:00 - 00:00 #13399 - P414 Démembrement des maladies complexes arthrite juvénile idiopathique et polyarthrite rhumatoïde par exome sequencing chez 54 cas index et leurs apparentés.
P414 Démembrement des maladies complexes arthrite juvénile idiopathique et polyarthrite rhumatoïde par exome sequencing chez 54 cas index et leurs apparentés.

L’arthrite est un caractérisée par une atteinte inflammatoire de l’articulation. L’arthrite peut être observée une seule fois et ne pas récidiver ou être ou chronique. Les causes de l’arthrite sont multiples, infectieuse, traumatiques, auto-inflammatoires et/ou auto-immunes.

Il existe 2 entités principales d’arthrite chronique selon l’âge de la personne atteinte. L’arthrite non infectieuse en période pédiatrique est classée arthrite juvénile infantile (AJI) dont l’incidence est 1/5000 enfant alors que l’arthrite chronique la plus fréquente de l’adulte est classée polyarthrite rhumatoïde (PR) avec une incidence de

L’AJI et la PR sont toutes les deux très hétérogène cliniquement. Sue le plan étiologie, elles sont classées dans les maladies multifactorielles, c’est-à-dire due à la combinaison de facteurs génétique ne pouvant à eux seuls être responsable de la maladie et de facteurs environnementaux. Les études pan-génomiques type GWAS n’ont pas réussi à expliquer toute l’héritabilité de ces 2 formes d’arthrite. L’hypothèse actuelle est un rôle de l’épigénétique dans l’étiologie multifactorielle.

Nous avons réalisé l’analyse par exome de 48 cas index avec AJI, dont 14 AJI FR+, CCP+ (formes pédiatriques de PR) et 6 cas index PR. Les formes familiales ont été en particulier sélectionnées.

Nous avons pu identifier des variants très rares ou jamais rapportés dans les bases de données dans plusieurs gènes déjà connus (SLC29A3, ADA2, IFIH1, NFKB2) ou dans de nouveaux gènes (MZB1, mutation de NLRP1 dans le syndrome NAIAD). Ces résultats confirment l'existence de maladies mendéliennes dans l'AJI et font suspecter également l'existence de maladies mendéliennes dans la PR. Des études fonctionnelles sont en cours pour plusieurs gènes candidats par leurs fonctions (Différentiation des lymphocytes T ou des B, etc…).

De façon intéressante, les gènes déjà connus dans la littérature sont impliqués dans des maladies complexes dont l’arthrite fait partie. L’auto-immunité peut être inconstante dans ces maladies.

Ces résultats suggèrent que l’arthrite même dans sa forme AJI ou PR peut être un symptôme d’une maladie rare plus complexe. Certaines de ces gènes sont aussi impliquées dans l’immunité innée (IFIH1, ADA2, NFKB2) soulignant le lien important entre immunité innée et maladies auto-immunes. La recherche et l’identification d’un diagnostic de précision en considérant l’arthrite comme un symptôme et non une maladie peut conduire à la prévention de symptômes de la maladie génétique et à la mise en place d'une thérapie ciblée comme chez le patient muté dans le gène ADA2.

Financements: PHRC-I GenesinJIA, Fondation Arthritis Courtins


David GENEVIÈVE (Montpellier), Elodie SANCHEZ, Frédéric TRAN MAU THEM, Eric JEZIORSKI, Sylvie JEAN, Bertrand ISIDOR, Isabelle TOUITOU, Thomas GUIGNARD, Maïlys CREN, Pascal PILLET, Sylviane POIGNANT, Soizic TIRIAU, Pascale PLENCE, Florence APPARAILLY
00:00 - 00:00 #13401 - P415 Diabète juvénile et cataracte congénitale: mutations à deux gènes simulant une présentation de diabète syndromique.
P415 Diabète juvénile et cataracte congénitale: mutations à deux gènes simulant une présentation de diabète syndromique.

Les diabètes monogéniques représentent environ 1 à 5% des cas de diabète et peuvent se manifester dans des contextes de présentation syndromique. Nous avons étudié le cas d’une fille atteinte de diabète juvénile insulino-dépendant diagnostiqué à l’âge de 6 ans, associé à une cataracte congénitale. Les parents étaient consanguins et ni les parents ni les quatre frères et sœurs ne présentaient de diabète ni de cataracte, suggérant un syndrome récessif. Par séquençage d’exome du cas index, nous avons identifié une première mutation hétérozygote dans le gène ABCC8, p.R825Q, affectant exactement le même acide aminé qu’une mutation ABCC8 récurrente, p.R825W, et par conséquent probablement responsable du diabète. Nous avons également identifié une seconde mutation homozygote, p.G71S, dans le gène CRYBB1, connu pour être responsable de cataracte congénitale. Les deux mutations sont prédites pour être délétères par plusieurs programmes informatiques et sont absentes ou extrêmement rares dans les bases de données publiques. De façon remarquable, la mère était également homozygote pour la mutation du gène CRYBB1, tandis que la mère et un frère sain étaient hétérozygotes pour la mutation du gène ABCC8, suggérant une pénétrance incomplète des deux mutations. La pénétrance incomplète de mutations ABCC8 est bien documentée, associée à une expressivité variable, en particulier pour la mutation p.R825W qui peut entraîner à l’état hétérozygote un diabète néonatal permanent, transitoire ou transitoire avec rechute ultérieure, un diabète de type 2 à l’âge adulte ou pas de diabète. Par contre, c’est à notre connaissance la première description d’une pénétrance incomplète pour une mutation du gène CRYBB1, montrant une variabilité entre individus porteurs de la mutation homozygote (mère non atteinte vs. enfant atteint) et dans une certaine mesure chez la patiente elle-même, dont la cataracte était de gravité très différente entre les deux yeux. Notre étude illustre l’importance d’études familiales pour révéler l’existence de facteurs confondants. Ici, la combinaison de mutations de deux gènes distincts associées à des pénétrances incomplètes imite une présentation de syndrome monogénique récessif, que la structure familiale consanguine suggérait en première hypothèse.


Caroline LENFANT, Patrick BAZ, Anne DEGAVRE, Anne PHILIPPI (PARIS), Valérie SENÉE, Claire VANDIEDONCK, Céline DERBOIS, Marc NICOLINO, Pierre ZALLOUA, Cécile JULIER
00:00 - 00:00 #13406 - P416 Apport de l’Analyse Chromosomique par Puces à ADN (ACPA) en prénatal devant des anomalies échographiques à pronostic incertain.
P416 Apport de l’Analyse Chromosomique par Puces à ADN (ACPA) en prénatal devant des anomalies échographiques à pronostic incertain.

L’Analyse Chromosomique par Puces à ADN (ACPA) est un outil diagnostique largement utilisé en prénatal. Nous présentons les résultats d’une série de 286 femmes enceintes à qui cet examen a été proposé devant un ou plusieurs signe(s) d’appel(s) échographique(s), afin d’évaluer leur adhésion, la nature des diagnostics posés, et l’impact du résultat sur la décision de poursuivre ou non la grossesse lorsque le pronostic est incertain.

Population et méthode : Entre juillet 2013 et septembre 2017, 286 ACPA (SNP-array, résolution entre 30 et 100kb, identique à celle utilisée en post-natal) ont été proposées en cours de grossesse pour des fœtus présentant des anomalies échographiques, au sein du CPDPN de l’Est Parisien, après  consultation de génétique. Les indications étaient: malformation isolée (n=90), multiples (n=77), hyperclarté nucale/hygroma (n=53), anomalie de croissance isolée (n=55), hydramnios (n=11).

Résultats :

63 patientes (22%) n’ont pas souhaité réaliser l’ACPA. 6/223 (2,7%) ACPA n’ont pas pu être réalisées (échec technique).

11/217 (5%) réarrangements chromosomiques pathogènes ont été identifiés, pour (i) anomalie de croissance isolée (n=6/11), (ii) malformation isolée (n=2/11), (iii) association de 2 signes d’appel échographique (n=3/11).

Parmi les 11 diagnostics, 7 ont eu un impact direct sur la décision du couple pour la suite de la grossesse : 2 ont souhaité poursuivre la grossesse devant un pronostic neuro-développemental plutôt favorable (disomie uniparentale du 16 et disomie du chromosome 8 révélant une trisomie 8 en mosaïque faible), et 5 ont souhaité réaliser une IMG en raison du mauvais pronostic lié à l’anomalie génétique (délétion 15q26, large duplication 22q11, trisomie 22 en mosaïque, délétion 10q26, dérivé (22) surnuméraire d’une translocation t 11 ;22). Pour les 4 autres couples, le diagnostic d’un réarrangement chromosomique n’a pas impacté leur décision, déjà prise avant la réalisation de l’examen. Par ailleurs, 4 variants de signification inconnue (VOUS) ont été identifiés, dont 2 ont nécessité une étude de la ségrégation familiale, et seulement 1/223 « incidental findings » (IF) (délétion Xp22.31 responsable d’ichtyose chez un fœtus masculin).

Discussion : Nos résultats d’ACPA en prénatal sont concordants avec ceux de la littérature. Dans notre étude, la majorité des anomalies concerne le groupe des anomalies de croissance isolées (14%). Lorsque le pronostic lié au signe d’appel échographique est incertain, l’ACPA a permis d’aider à la prise de décision de poursuivre ou non la grossesse dans 63% des cas. En particulier, la technique de SNP-array a permis de mettre en évidence 2 disomies uniparentales de pronostic plutôt favorable, et la très bonne résolution des puces de mettre en évidence une délétion de quelques exons dans un gène du développement cérébral, de mauvais pronostic. L’information génétique préalable à l’examen permet d’en préciser les enjeux, en particulier concernant le risque de VOUS et d’IF.


Myrtille SPENTCHIAN (paris), Capucine HYON, Celine BORDET, Elodie SCHAERER, Cecile PRUDHOMME, Solveig HEIDE, Damien HAYE, Sandra WHALEN, Aurelia JACQUETTE, Marie-Lorraine MONIN, Marc DOMMERGUES, Danièle VAUTHIER BROUZES, Marie BAILLEUX, Elsa CESARIO, Odile PHILIPPON, Nicole JOYE, Jean Pierre SIFFROI, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Stéphanie VALENCE, Catherine GAREL, Catherine ALLOUCHE, Anne-Marie DARRAS, Carole CACHEUX, Marie LE MEUR, Claude VIBERT GUIGUE, Frederic RICHARD, Frederic PACHY, Stéphanie FRISZER, Sophie DELAHAYE, Ferdinand DHOMBRES, Anne-Florence ALIX, Lucie GUILBAUD, Anais BEKMEZIAN, Emeline MAISONNEUVE, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Jean-Marie JOUANNIC, Delphine HERON
00:00 - 00:00 #13408 - P417 Estimations de l’héritabilité au sens large dans une population isolée.
P417 Estimations de l’héritabilité au sens large dans une population isolée.

L'héritabilité est la proportion de variance d’un phénotype quantitatif expliquée par des facteurs génétiques ; on distingue l’héritabilité au sens étroit, qui ne prend pas en compte les effets de dominance, de l’héritabilité au sens large, qui inclut une composante de dominance. Si au siècle dernier, les estimations de l’héritabilité reposaient exclusivement sur des études familiales (en particulier sur des études de jumeaux), on a vu récemment apparaître des méthodes pour évaluer l’héritabilité à partir des génotypes de grands échantillons d’individus non apparentés. 

La plupart de ces études basées sur les génotypes se sont concentrées sur l’héritabilité au sens étroit; celles qui ont également évalué la composante de dominance ont obtenu des résultats contradictoires avec les études plus anciennes, notamment les études basées sur de grandes généalogies extraites de populations isolées. L’intérêt des populations isolées pour l’estimation de la composante de dominance est qu’elles présentent plus de paires d’individus ayant deux ancêtres communs ou plus, qui y sont nécessaires. En outre, les deux méthodes, la méthode classique, basée sur la généalogie des individus exclusivement, et la méthode moderne, basée sur les génotypes, y sont applicables.

Nous nous sommes proposé d’essayer de comprendre l’origine des différences mentionnées plus haut. Ce travail repose sur des phénotypes et des génotypes obtenus dans la population isolée du Cilento (région de Campanie, Italie), ainsi que sur des données simulées qui reproduisent la structure de cette population. À partir de ces données, nous comparons les performances des deux méthodes.


Anthony Francis HERZIG (Brest), Teresa NUTILE, Marina CIULLO, Hervé PERDRY, Anne-Louise LEUTENEGGER
00:00 - 00:00 #13412 - P418 Génétique épidémiologique des maladies auto-immunes en France dans les familles atteintes de la plus fréquente d’entre elles, la polyarthrite rhumatoïde.
P418 Génétique épidémiologique des maladies auto-immunes en France dans les familles atteintes de la plus fréquente d’entre elles, la polyarthrite rhumatoïde.

Introduction

Les maladies auto-immunes (MAI) touchent environ 4% de la population générale, 3 à 8 fois plus les femmes que les hommes selon les maladies, les plus fréquentes étant la polyarthrite rhumatoïde

(PR)(prévalence de 0,4%, incidence de 0,1/1000 personnes/an) et les maladies thyroïdiennes (Hashimoto (HAS) et Basedow (BAS), prévalence de 0,2% chacune). Les MAI résultent de facteurs génétiques et environnementaux, sans qu’aucun mécanisme physiopathogénique n’ait encore été identifié.

 

Objectif

Le but de cette étude était de préciser le risque de ces MAI chez les femmes apparentées aux personnes atteintes de PR, qui partagent avec la personne atteinte une partie de ses facteurs génétiques et environnementaux.

 

Patientes et méthodes

389 familles françaises caucasiennes atteintes de PR suivies depuis 1995 ont été contactées par téléphone pour recenser les cas incidents de MAI depuis l’inclusion chez 1146 femmes apparentées au 1er degré et 1899 apparentées au 2d degré, avec confirmation diagnostique médicale. L’incidence a été mesurée pour 1000 années d’observation-personnes (AOP) pour les tranches d’âge entre 30 et 59 ans (30-59) ainsi que de 60 à 79 ans (60-79), chez les femmes indemnes à l’inclusion.

 

Résultats

L’analyse de 24 421 AOP chez 3 045 femmes a révélé 53 cas incidents de ces MAI. Les incidences  pour 1000 AOP étaient dans la tranche d’âge 30-59 ans :

-       au 1er degré : 2,17 (PR), 1,79 (HAS), 0,38 (BAS).

-       au 2d degré : 0,68 (PR), 0,27(HAS), 0 (BAS).

Les incidences dans la tranche d’âge 60-79 ans étaient :

-       au 1er degré : 1,55 (PR), 0 (HAS), 0 (BAS).

-       au 2d degré : 0,74 (PR), 0,25(HAS), 0 (BAS).

 

Discussion

Le risque de PR est élevé au 1er degré, particulièrement de 30 à 59 ans, et chute entre 1er et 2d degré d’un facteur supérieur à 2 (2,1 à 3,2 selon les tranches d’âge), en concordance avec un mode d’hérédité multi-génique en interaction. Le risque de HAS également élevé suggére un déterminisme multifactoriel partageant une partie de ses facteurs avec la PR. Le risque de HAS est beaucoup plus élevé que celui de BAS (x4,7 au 1er degré), suggérant un partage de facteurs moindre entre PR et BAS qu’entre PR et HAS. Ces données sont à préciser par une augmentation des effectifs, notamment pour le sexe masculin. Ces observations devront être prises en compte dans les hypothèses physiopathogénqiues faisant intervenir facteurs génétiques et environnementaux pour ces maladies.

 

Conclusion

Cette étude apporte une estimation d’incidence de la polyarthrite rhumatoïde (PR) et des maladies thyroïdiennes auto-immunes dans l’environnement actuel pour les familles françaises caucasiennes atteintes de PR, avec un risque élevé de PR et de maladie de Hashimoto entre 30 et 59 ans chez les femmes de ces familles apparentées au premier degré des cas index. L’analyse épidémio-génétique est en faveur de l’intervention de multiples facteurs en interaction, en partie partagés entre PR et maladie de Hashimoto.


Anna SEROVA-ERARD (Clermont-Ferrand), Hadrien ROMIGUIER, Jocelyn QUISTREBERT, Marie-Camille BASSOT, Juliette CRISOLOGO, Aude GATINOT, Hermance DE MULDER, Maxime RIGAULT, Jean-Jacques DUBOST, Thomas BARDIN, Elisabeth PETIT-TEIXEIRA, Isabelle CREVEAUX, Igor TAUVERON, Laurent GERBAUD, François CORNÉLIS
00:00 - 00:00 #13421 - P419 Etude d’une série de 43 fœtus présentant un rétrognathisme isolé ou syndromique : prise en charge, issue de grossesse, pronostic.
P419 Etude d’une série de 43 fœtus présentant un rétrognathisme isolé ou syndromique : prise en charge, issue de grossesse, pronostic.

Introduction : Le rétrognathisme fœtal est un signe d’appel échographique majeur qui peut se manifester dès le premier trimestre de la grossesse. Il existe différentes étiologies possibles : anomalies d’origine génétique, infectieuse, mécanique ou toxique.

Objectif : L’objectif de cette étude était de réaliser une série récente de fœtus présentant un rétrognathisme afin d’étudier les diagnostics étiologiques, d’améliorer la prise en charge et le conseil génétique en prénatal.

Matériels et méthodes : Nous avons constitué une série de 43 fœtus référés au CPDPN de Nice et Marseille entre 2006 et 2016 pour un rétrognathisme isolé ou syndromique de diagnostic anténatal.

Résultat : 34 prélèvements fœtaux par amniocentèse ont été réalisés avec analyse de 33 caryotypes et 9 ACPA. Une anomalie chromosomique a été mise en évidence dans 10 cas dont 7 anomalies de nombre et 3 duplication ou délétion révélés par l’ACPA. Chez 4 fœtus un diagnostic syndromique a été porté 3 fois en situation de récurrence et une fois en raison de la survenue d’un syndrome de Treacher Collins en l’absence d’antécédent familial. Une IRM cérébrale fœtale a été réalisée chez 13/43 fœtus et a permis d’identifier chez 3 fœtus des anomalies cérébrales non visibles sur l’échographie. Après la naissance 2 nouveau-nés présentaient une anomalie chromosomique (1er cas : anomalie non visible sur le caryotype en anténatal et ACPA non disponible en 2006; 2ème cas : refus d’investigation par les parents) et 7 une pathologie mendélienne. 25 grossesses sur 43 ont été poursuivies avec 58% d’enfants vivants à l’âge de 1 an. Dans 18 cas sur 43 (42%) soit les grossesses ont été interrompues soit les nouveau-nés sont décédés en peripartum. Sur les 16/25 dossiers accessibles en postnatal, 6 enfants présentent un retard psychomoteur ou une déficience intellectuelle.

Conclusion : Cette série de 43 patients confirme les données de la littérature en ce qui concerne les étiologies du rétrognathisme fœtal. En particulier, il souligne la place importante des anomalies chromosomiques de nombre mais aussi l’implication de microremaniements chromosomiques, les autres causes étant les maladies osseuses constitutionnelles, les dysostoses mandibulo-faciales, les pathologies avec atteinte neurologique. Nous insistons sur la nécessité d’une prise en charge pluridisciplinaire prénatale comportant une analyse par ACPA après réalisation d’une FISH 18/13/X/Y normale, une IRM fœtale cérébrale systématique et une consultation avec un généticien clinicien pour un interrogatoire approfondi et un examen clinique des parents afin d’identifier d’éventuelles causes géniques présentes chez l’un d’eux.


Linda MOUTHON (NICE), Fabienne GIULIANO, Tiffany BUSA, Nicole PHILIP, Cynthia TRASTOUR, Julia TORRENTS, Nathalie DEGARDIN, Sonanda BAILLEUX, Florence BRETELLE, Véronique PAQUIS, Sigaudy SABINE
00:00 - 00:00 #13433 - P420 Description anténatale du syndrome de Koolen De Vries lié à la délétion 17q21.31 à partir de 4 fœtus et revue de la littérature.
P420 Description anténatale du syndrome de Koolen De Vries lié à la délétion 17q21.31 à partir de 4 fœtus et revue de la littérature.

Introduction: Le syndrome de Koolen De Vries décrit pour la première fois en 2006 est défini par une micro-délétion en 17q21.31 ou par une anomalie du gène KANSL-1. Les caractéristiques phénotypiques sont essentiellement fonctionnelles (retard mental, hypotonie, retard du développement comportement amicale) associées à une dysmorphie faciale et des malformations diverses. Suite à la découverte d’un fœtus porteur de l’anomalie, nous avons essayer de déterminer un phénotype anténatal.
Méthode: Nous avons réalisé un appel à collaboration sur la France métropolitaine associé à une revue la littérature.
Résultat: Nous avons inclus quatre fœtus de sexe masculin qui présentaient une délétion en 17q21.31 de taille variable. Leur point commun était une anomalie cérébrale: anomalie du corps calleux. Les autres malformations étaient variables (anomalie cardiaques, fentes palatines, anomalie uro-génitales…). La dysmorphie faciale était très discrète. 
Discussion: Quatre fœtus sont actuellement connus porteur du syndrome de Koolen De Vries. L’anomalie du corps calleux, qui est leur seul point commun, est une anomalie qui n’est décrite que dans 27% des formes post-natales, et renvoye à de nombreux diagnostics différentiels. Les autres caractéristiques principales du syndrome ne sont pas accessibles à cette étape de la vie et la dysmorphie faciale n’est pas encore bien définie. 
Conclusion:  Actuellement, rien ne peut orienter spécifiquement vers le syndrome de Koolen De Vries. Il reste un diagnostic différentiel devant toute malformation cérébrale, cardiaque, urogénitale et fente labiale.


Marie FLORES (Poitiers), Fanny PELLUARD, Fanny SAUVESTRE, Tania ATTIE-BITACH, Arnaud MOLIN, Valérie MALAN
00:00 - 00:00 #13437 - P421 Le mariage endogame au Maroc: de la théorie à la pratique.
P421 Le mariage endogame au Maroc: de la théorie à la pratique.

Pour une meilleure connaissance des modèles de mariage qui président l’organisation de la circulation des gènes de la population marocaine, une étude prospective a été réalisée auprès de 810 couples échantillonnés au hasard. L’objectif de l'étude est de déterminer le niveau de l’endogamie géographique, comme étant un des facteurs renforçant l’immobilité sociale et, par conséquent l’isolement génétique des populations.

Les résultats obtenus dévoilent le cadre assez restreint dans lequel le choix du futur conjoint peut s’effectuer et indiquent clairement la tendance des couples à l’endogamie. Cette tendance est très forte chez les couples de la génération des parents.

Les comparaisons intergénérationnelles permettent de conclure à une diminution significative de l’endogamie géographique pour la génération des couples étudiés par rapport à celle de leurs parents (p<0,001), alors que cette tendance est pratiquement la même pour l’ensemble des parents (les parents des maris et ceux des femmes) (p>0,05).

La méthode de l’index d’homogamie confirme cette diminution. Cependant, les valeurs trouvées n’excluent pas l’importance de ce comportement matrimonial chez la jeune génération (66,3%, selon l’origine géographique des conjoints).


Hinde HAMI (Kénitra, Maroc), Fatima-Zahra AZZAOUI, Houria HARDOUZ, Abdelrhani MOKHTARI, Abdelmajid SOULAYMANI
00:00 - 00:00 #13440 - P422 Dépistage de la trisomie 21 par analyse de l’ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel : Retour d’expérience sur l’utilisation de la technique Illumina VeriSeqCE.
P422 Dépistage de la trisomie 21 par analyse de l’ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel : Retour d’expérience sur l’utilisation de la technique Illumina VeriSeqCE.

Depuis quelques années, le dépistage de la trisomie 21 fœtale peut se faire par analyse de l’ADN libre circulant dans le sang maternel. Cette stratégie a montré de très bonnes performances, d’où une augmentation importante des demandes et le projet d’un passage prochain à la nomenclature.

Après avoir analysé près de 13 000 échantillons par la technique Illumina VeriSeq 16plex manuelle, nous avons choisi d’évoluer vers la technique automatisée Illumina VeriSeq 48plexCE. Nous présentons ici notre retour d’expérience sur l’utilisation de cette méthode, sur plus de 5 000 grossesses.  

 

Comparaison 16plex/48plex : 139 prélèvements, dont 21 anomalies, testés en 16plex et dont les issues de grossesse étaient connues, ont été réévalués en 48plex. Pour 133, un résultat identique a été obtenu, 4 échantillons étaient invalides, une trisomie 18 en 16plex est apparue normale en 48plex (caryotype normal), un résultat normal 16plex est sorti « trisomie 21 » en 48plex avec une FF à 2% (caryotype normal). Les deux techniques semblent donc comparables.

Taux d’échec : Le taux d’échec technique était de 0.6% sur un premier prélèvement, et devenait inférieur à 0.2% après un deuxième prélèvement. Ces échecs sur deux prélèvements indépendants correspondaient pour la majorité à des échecs de normalisation interchromosomique, une analyse pangénomique a donc été réalisée, une trisomie 16 a par exemple été détectée.

Fraction fœtale (FF) faible : Illumina annonce que le résultat obtenu avec la technologie 48plex est fiable quelle que soit la FF. Nous avons réévalué ce point : 2.5% des dossiers présentaient une FF < 3%. Un nouveau prélèvement a alors été demandé, un délai moyen de 3 semaines a été respecté. Sur les nouveaux prélèvements, 90% ont permis d’obtenir une FF > 3%. Aucune discordance de résultat n’a été observée entre les deux prélèvements. Des tests de dilution sont en cours pour fixer un seuil.

Cas positifs : Nous avons observé 31 trisomies 21, 19 ont été confirmées au caryotype, dont un cas de grossesse gémellaire sur laquelle un seul jumeau était atteint (mosaïque 12% sur PLA). Aucun cas de faux positif ne nous a été rapporté à ce jour, sachant que pour 11 patientes le résultat du caryotype sur geste invasif n’a pas encore pu être récupéré, et une patiente a refusé l’amniocentèse.

Cas négatifs : Aucun faux négatif ne nous a été rapporté, néanmoins la majorité des grossesses sont en cours.

 

La méthode VeriSeq 48plexCE a prouvé ses performances analytiques, lesquelles semblent se confirmer sur les fractions fœtales faibles. Nous projetons de continuer à analyser les données sur les fractions fœtales faibles, afin d’éviter au maximum la réalisation d’un second prélèvement dans un délai de 3 semaines, ce qui retarde la prise en charge de la patiente et est générateur d’angoisse.

L’utilisation des données générées pour établir un caryotype moléculaire est à évaluer.


Pascal MOUTY, Mohamed TAOUDI, Gregory EGEA, Alain LIQUIER, Jean-François TALY, Francis ROUSSEAU, Barbara ADDE, Marc NOUCHY, Laure RAYMOND (LYON)
00:00 - 00:00 #13446 - P423 Apport de l'ACPA chez les fœtus sans signe d'appel échographique : étude rétrospective incluant 307 fœtus.
P423 Apport de l'ACPA chez les fœtus sans signe d'appel échographique : étude rétrospective incluant 307 fœtus.

Au cours de ces dernières années, la faisabilité et les avantages de l’application de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) en prénatal ont été largement démontrés. En effet, cette technique permet la détection d’environ 6% de CNVs pathogènes cryptiques chez les fœtus présentant des malformations congénitales. Ainsi, la réalisation d’une ACPA pangénomique chez les fœtus présentant une ou des anomalie(s) morphologique(s) est une stratégie diagnostique qui a été adoptée dans de nombreux pays et notamment en France (recommandations ACLF). Par ailleurs, des études récentes ont montré qu’environ 0,6-1,7% de CNVs pathogènes sont également mis en évidence chez les fœtus sans signe d’appel échographique (signe d’appel biologique, anxiété maternelle ou antécédent d’anomalie chromosomique). Cependant, l’impact clinique d’une anomalie identifiée par ACPA peut être parfois difficile à déterminer, constituant un frein majeur à l’application de cette technique dans ces situations.

 

L’objectif principal de notre étude est de déterminer la fréquence et la nature des CNVs identifiés par ACPA sur une cohorte de fœtus ayant bénéficié d’un diagnostic prénatal chromosomique en raison d’un signe d’appel biologique ou d’une anxiété maternelle. Il s’agit d’une étude rétrospective, réalisée à l’Hôpital Necker-Enfants Malades, entre novembre 2015 et juin 2017. Ainsi, 317 fœtus ont été inclus.

 

Sur les 317 prélèvements effectués, 9 aneuploïdies (7 cas de trisomie 21 et 2 cas de trisomie 18) et une translocation t(Y;18p) complexe ont été mis en évidence. Ainsi, 307 prélèvements sans anomalie après l’examen direct ou la technique d’AneuVysion ont été analysés par ACPA. Chez ces 307 fœtus, 2 anomalies cryptiques pathogènes ont été détectées. Ces anomalies correspondent à une duplication 22q11.2 au locus du syndrome de DiGeorge/Vélo cardiofacial et une duplication 7q11.23 au locus du syndrome de Williams. Ainsi, 0,65 % d’anomalie a été mis en évidence.

 

Dans notre étude, le taux de CNVs cryptiques pathogènes chez les fœtus « à bas risque d’anomalie chromosomique » est similaire à celui rapporté dans la littérature. Avec les nouvelles recommandations de l’HAS concernant les indications des tests ADN libre circulant, 3 anomalies pathogènes soit 1% (2 anomalies cryptiques et la translocation Y;18) n’auraient pas été détectées. Par ailleurs, d’après les dernières données de la littérature, le risque de fausse-couche après amniocentèse ou biopsie de trophoblaste, qui a été longtemps estimé aux alentours de 1 %, serait en fait environ de 0,11-0,22 %. Certains auteurs concluent même à une absence de sur-risque lié à une procédure invasive.

 

Ainsi, au vu de ces données, il pourrait être envisagé de laisser le choix à la patiente appartenant au groupe « à risque » à l’issue du dépistage, de bénéficier d’un test ADNlc ou d’une ACPA. Cependant, les nouvelles recommandations de la HAS ne précisent pas si la patiente pourra choisir la stratégie dont elle souhaite bénéficier.


Antoine POLI (Paris), Matthieu EGLOFF, Marie-Paule BEAUJARD, Marie-Laure MAURIN, Yves VILLE, Serge ROMANA, Laurent J SALOMON, Valérie MALAN
00:00 - 00:00 #13452 - P424 Pathologies liées au gène PIEZO1 et implications en médecine fœtale.
P424 Pathologies liées au gène PIEZO1 et implications en médecine fœtale.

Les pathologies liées au gène PIEZO1 sont de découverte récente et peu connues en pathologie fœtale.

Le gène PIEZO1 est tout d’abord impliqué dans sa forme autosomique dominante dans la stomatocytose héréditaire à cellules deshydratées (DHS) ou xérocytose (OMIM# 194380). La présentation clinique classique est celle d’une anémie congénitale macrocytaire bien compensée, avec des lithiases biliaires et une surcharge en fer qui apparaissent de manière plus ou moins précoce et marquée.  Cette forme classique, hématologique, peut parfois être pléiotrope et s’accompagner d’œdèmes fœtaux (ascite fœtale, épanchements pleuraux, voire anasarque). Ces œdèmes en général s’amendent en période périnatale et ne laissent pas de séquelles. Mais du fait de leur abondance, ces épanchements peuvent parfois mettre en jeu le pronostic vital fœtal et/ou entraîner des interruptions médicales de grossesse quand la DHS n’est pas connue. Des mutations faux-sens à l’état hétérozygote dans PIEZO1 ont été rapportées dans des anasarques fœtales liées à la DHS. Nous avons suivi dans ce cadre deux familles avec une évolution favorable (Beneteau, 2013) et une famille pour laquelle la grossesse a été interrompue.

La pathogénicité du gène PIEZO1 a été récemment rapportée dans sa forme autosomique récessive dans le lymphœdème héréditaire de type III (OMIM# 616843). Celui-ci peut se manifester en anténatal par une anasarque fœtale non immune, puis dans l’enfance par un lymphœdème de la face et des 4 membres (Fotiou, 2015). Nous rapportons dans ce cadre une famille dont la grossesse a été marquée par des épanchements prénataux (chylothorax et hydramnios) et dont l’enfant est décédé vers 1 mois. Une analyse par exome a mis en évidence une mutation homozygote non-sens dans PIEZO1. Les parents ont pu bénéficier récemment d’un diagnostic prénatal lors d’une nouvelle grossesse. Les patients hétérozygotes d’une mutation non-sens dans PIEZO1 sont asymptomatiques, ne présentent pas ou peu de particularité hématologique et n’ont pas de DHS. Nous suivi aussi une famille asymptomatique qui présente une délétion complète du gène PIEZO1. Il semble qu’il s’agisse dans ce cadre de mutations perte de fonction.

Des pathologies fœtales liées au gène PIEZO1 sont donc impliqués en médecine fœtale et peuvent se manifester en anténatal par des œdèmes, épanchements prénataux et des anasarques fœtales non immunes. Leur reconnaissance permet d’améliorer le pronostic fœtal et le conseil génétique.


Claire BENETEAU (BORDEAUX CEDEX), Sophie BLESSON, Gilles MORIN, Claudine LE VAILLANT, Madeleine JOUBERT, Henri SEVESTRE, Benjamin COGNE, Gaelle THIERRY, Marie VINCENT, Sandra MERCIER, Veronique PICARD, Lydie DA COSTA, Marie-Christine BENE, Stephane BEZIEAU, Norbert WINER, Marion EVEILLARD, Cedric LE CAIGNEC
00:00 - 00:00 #13455 - P425 Evolution de la sensibilité et de l’impact du dépistage prénatal de la trisomie 21 en Auvergne entre 2000 et 2016. Evaluation coût-efficacité de l’apport du Test Génétique Non Invasif (TGNI) depuis 2016.
P425 Evolution de la sensibilité et de l’impact du dépistage prénatal de la trisomie 21 en Auvergne entre 2000 et 2016. Evaluation coût-efficacité de l’apport du Test Génétique Non Invasif (TGNI) depuis 2016.

Différentes stratégies de dépistage prénatal de la trisomie 21 se sont succédées depuis 2000, pour cibler au mieux les femmes enceintes à qui proposer un caryotype fœtal par amniocentèse ou biopsie de trophoblaste. Du fait du risque de perte fœtale ces prélèvements invasifs ont toujours été réservés aux femmes dont le risque apparaissait élevé : âge d’au moins 38 ans (1980),  signes d’appels échographiques ou dosage de marqueurs sériques du deuxième trimestre (1997), marqueurs sériques du premier trimestre et calcul de risque combinant âge, clarté nucale et marqueurs sériques (arrêté du 23 juin 2009). En avril 2017, la HAS a publié des recommandations concernant « la place des tests ADN libre circulant dans le sang maternel dans le dépistage de la trisomie 21 fœtale » Elle préconise en conclusion du rapport que soit organisé un suivi en vie réelle du TGNI (utilisation, performances, impact) et une réévaluation à courte échéance notamment médico-économique.

Ce travail résulte d’une collaboration entre le Centre d’Etude des Malformations Congénitales en Auvergne (CEMC-Auvergne, registre labellisé par le Comité d’Evaluation des Registres) et le laboratoire de cytogénétique du CHU de Clermont-Ferrand, qui a mis au point techniquement le TGNI dès 2015 et le propose en routine depuis février 2016.

L’objectif est d’étudier l’évolution de la sensibilité et de l’impact du dépistage prénatal de la trisomie 21 en Auvergne entre 2000 et 2016 (étude populationnelle rétrospective à partir du CEMC-Auvergne), puis de réaliser une première évaluation en population de l’apport du TGNI au niveau de la sensibilité du dépistage et au niveau médico-économique. Les données concernant l’ensemble des TGNI réalisés et le nombre de prélèvements invasifs sont issues des rapports d’activité annuels du laboratoire de cytogénétique. Les coûts et tarification sont fournis par le laboratoire de cytogénétique et complétés à partir des données de la CCAM et de la TNB.

Résultats préliminaires : 560 cas de trisomie 21 ont été répertoriés entre 2000 et 2016 (taux d’incidence de 24,7 pour 10 000). Le taux de dépistage global est de 81.1% (80,6% en 2000, 83,9% en 2015) On constate une baisse de ses performances en 2009-2010 (autour de 66%) au moment de la généralisation du dépistage combiné du premier trimestre. L’amélioration du dépistage est plus importante chez les mères de moins de 38 ans qui sont majoritaires (61,5 %) Les faux négatifs du dépistage seront distingués des situations de refus de dépistage. Les prélèvements invasifs à visée diagnostique sont maintenant majoritairement des biopsies de trophoblaste (73% des cas en 2015, 20% en 2009, 4% en 2000). Une IMG est désormais réalisée vers 16,5 SA contre 21 SA en 2000.

Les résultats sur l’évaluation du TGNI sont en cours d’analyse : étude du nombre de cas supplémentaire dépisté par an (2 cas en 18 mois non dépistés par les stratégies habituelles), impact sur le nombre de prélèvements invasifs en population, étude coût-efficacité.


Rémi VERGARA, Emilie DUBOTS, Eleonore EYMARD-PIERRE, Christine FRANCANNET, Florence GAUMET, Laurent GERBAUD, Laetitia GOUAS, Carole GOUMY, Hélène LAURICHESSE, Philippe VAGO, Isabelle PERTHUS (Clermont-Ferrand)
00:00 - 00:00 #13461 - P426 Anomalies épigénétiques et Troubles Causés par l'Alcoolisation Foetale : Où en sommes-nous en 2018 ?
P426 Anomalies épigénétiques et Troubles Causés par l'Alcoolisation Foetale : Où en sommes-nous en 2018 ?

Suspectées de longue date, les conséquences de la consommation d’alcool pendant la grossesse n’ont été reconnues que tardivement, à la fin du 20ème siècle, avec la description du syndrome d’alcoolisation fœtale (SAF), forme la plus sévère et visible des troubles causés par l’alcoolisation fœtale (TCAF). L’ensemble des Troubles Causés par l’Alcoolisation Fœtale (ETCAF) constitue un enjeu majeur de santé publique. Concernant une naissance sur 100, il s’agit de la cause la plus fréquente de troubles neurocognitifs et d’inadaptation sociale. L’alcoolisation fœtale peut rendre compte d’un déficit cognitif, mais également de troubles d’apprentissage dans un contexte dysexécutif et de troubles comportementaux rendant les parcours scolaire puis professionnel et socio-familial chaotiques.

L’exposition prénatale à l’alcool peut induire une reprogrammation des systèmes neurobiologiques et une modification des voies de développement, notamment via des mécanismes épigénétiques à l’origine d’anomalies de l’expression des gènes impliqués sans modification de leur séquence d’ADN sous-jacente. L’exposition à l’alcool préconceptionnelle est susceptible de provoquer des modifications épigénétiques aussi bien dans le génome maternel que paternel, modifications transmises à la descendances et responsables en particulier de troubles de croissance et d’anomalies cérébrales. La période de l’implantation de l’œuf est également à risque avec anomalie de la méthylation de sites soumis à empreinte impliqués dans la croissance embryonnaire. La période la plus sensible aux effets néfastes de l’alcool reste celle de la gastrulation avec hyperméthylation significative du promoteur de nombreux gènes impliqués dans le cycle cellulaire, la croissance cellulaire, l’apoptose et la spécificité neuronale. Anomalies de méthylation, anomalies de la chromatine et altération de l’expression de miARNs sont trois mécanismes épigénétiques rapporté après exposition à l’alcool. Ces anomalies épigénétiques sont stables chez l’individu, retrouvées chez l’adolescent et chez l’adulte également et peuvent expliquer les effets neuro-comportementaux rencontrés.

Ces résultats impliquent de modifier notre message de prévention : « zéro alcool pendant la grossesse » doit devenir « zéro alcool pendant la grossesse et dès le projet de grossesse chez la future mère et chez le futur père ».

Enfin, l’étude de ces marques épigénétiques anormales constitue un espoir de diagnostic, l’identification de tels biomarqueurs pourraient aider au diagnostic et au suivi précoce d’enfants à risque et peut-être même avoir une valeur pronostique.


Bérénice DORAY (SAINT-DENIS DE LA REUNION, Réunion)
00:00 - 00:00 #13462 - P427 Etude moléculaire du gène SFTPC chez une population Tunisienne asthmatique.
P427 Etude moléculaire du gène SFTPC chez une population Tunisienne asthmatique.

Les pathologies respiratoires associées à une anomalie du métabolisme du surfactant constituent un groupe hétérogène de maladies respiratoires. L’étude moléculaire des gènes SFTPA, SFTPB, SFTPC et SFTPD codant pour des protéines du surfactant pulmonaire A, B, C et D contribuent à une meilleure compréhension de ces maladies.

Notre travail consiste à l’étude du gène SFTPC chez une population asthmatique dans le but d’établir le spectre de mutations en Tunisie.

Notre étude a porté sur 100 patients asthmatiques dont l’âge varie entre 20 mois et 19 ans avec une moyenne ± DS de 9 ± 4 ans. L’étude moléculaire a été menée par la technique de séquençage.

L’analyse génotypique du gène SFTPC chez notre population étudiée a permis d’identifier 25 variations de séquences différentes. Deux mutations faux-sens ont été rapportées, la mutation c.413C > A (T138N) au niveau de l’exon 4 et la mutation c.557G > A (S186N) au niveau de l’exon 5 avec des pourcentages respectifs de 16.4% et 17.5%. Ces deux mutations rapportées comme variations bénignes se localisent au niveau du domaine BRICHOS du gène SFTPC qui modifie la capacité de la pro-protéine SP-C (proSP-C) à se replier correctement, causant la formation d'aggresome et le dysfonctionnement cellulaire. Ces mutations peuvent également générer un défaut d’épissage de l’ARN pré-messager.

Bien que l'asthme est un trouble chronique des voies aériennes se caractérisant pathologiquement par l’inflammation des voies aériennes et le remodelage structurel des tissus. Les études portées sur la maladie d’asthme ont permis de rapporter que 60 à 80% de l’expression de la maladie est due aux facteurs génétiques contre 20 à 40% aux facteurs environnementaux.

Le présent travail  constitue l’un des premiers travaux qui s’est intéressé à l’implication  du gène SFTPC dans la maladie d’asthme. Les résultats obtenus  pourraient contribuer à mieux comprendre les bases moléculaires de  cette pathologie multifactorielle.


Malek NEFZI, Sondess HADJ FREDJ, Rym DABBOUBI, Fatma KHALSI, Hajer SIALA, Khedija BOUSSETTA, Pascale FANEN, Taieb MESSAOUD (tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13463 - P428 Les services reprogénétiques transfrontaliers au Canada.
P428 Les services reprogénétiques transfrontaliers au Canada.

Introduction : Forme de tourisme médical, les services reprogénétiques transfrontaliers (SRT) incluent les activités de diagnostic génétique préimplantatoire (DGP), de preimplantation genetic screening et de leurs variantes (typage HLA, sexage, etc.). D’après les données disponibles, les SRT compteraient pour 1 à 7% de l’ensemble de la procréation médicalement assistée (PMA) transfrontalière (Couture et coll., 2015). Ils se distinguent toutefois des autres formes de déplacements transfrontaliers pour de la PMA, en raison de leurs particularités techniques. À partir de données issues d’un projet de recherche sur la PMA transfrontalière au Canada, cette communication présente les résultats liés à la question suivante: comment se structurent les SRT canadiens aux niveaux clinique, juridique et éthique?

Méthodes : Approche ethnographique, qualitative et exploratoire, basée sur trois techniques d’enquêtes : (a) une revue de la littérature sur les SRT ; (b) observation participante (8 mois dans 2 cliniques de PMA canadiennes et dans des sites connexes) ; (c) entrevues semi-dirigées auprès de 45 acteurs de la PMA (patients, personnel médical, intermédiaires). Analyse inductive thématique, assistée de NVivo 11.

Résultats : Niveau clinique : Le système de santé canadien se veut public et universel, mais l’organisation et la couverture financière des soins demeurent de juridiction provinciale. Dans ce contexte, les SRT sont surtout offerts dans des cliniques privées et ils ne sont généralement pas couverts par les systèmes de santé provinciaux. Lors de cette recherche, seulement quatre centres canadiens pouvaient réaliser la biopsie et l’analyse cytogénétique ou moléculaire des cellules embryonnaires sur place. La majorité des autres cliniques envoyaient les cellules biopsiées vers ces centres ou des centres américains. Cette étude montre l’importance, au Canada, des SRT par envoi de cellules embryonnaires et comment ils représentent un élément souvent incontournable de la prestation de service.

Niveau juridique : La Loi sur la PMA encadre la prestation de services de reprogénétique pour l’ensemble du pays, en interdisant essentiellement le sexage pour des raisons sociales. Ce type de DGP serait une des causes importantes de déplacement des Canadiens aux États-Unis.

Niveau éthique : Le déplacement de cellules embryonnaires n’est pas une source d’inquiétude pour les participants, contrairement aux usages sociaux du DGP. Dans le contexte canadien actuel, plusieurs reconnaissent l’impossibilité de limiter l’autonomie des usagers en matière de déplacement à l’étranger, même s’ils considèrent que ce n’est qu’une minorité privilégiée qui a accès aux SRT. Nos résultats pointent principalement vers des problèmes d’accessibilité aux services.

Conclusions : La situation canadienne en matière de SRT se caractérise par un manque de ressources et de services, un encadrement juridique et règlementaire insuffisant et un problème d’équité dans l’accès aux services.


Vincent COUTURE, Régen DROUIN (Québec, Canada), Jean-Marie MOUTQUIN, Chantal BOUFFARD
00:00 - 00:00 #13468 - P429 Etude du gène SMN à propos d'une série de 103 cas d'origine marocaine.
P429 Etude du gène SMN à propos d'une série de 103 cas d'origine marocaine.

Introduction

Les amyotrophies spinales infantiles sont des maladies neuromusculaires héréditaires à transmission autosomique récessive caractérisées par la faiblesse et l’atrophie des muscles. Elle s’attaque aux cellules nerveuses qui stimulent et commandent les muscles volontaires et entraîne leur destruction. Les grands muscles les plus proches du squelette, comme ceux des hanches et des épaules, peuvent être plus touchés que les petits muscles des mains et des pieds et les muscles des jambes sont généralement plus affaiblis que ceux des bras. L’analyse moléculaire de l'ADN à partir d’une simple prise de sang permet de  confirmer le diagnostic par la mise en évidence d’une mutation sur le gène SMN localisé sur le bras long du  chromosome 5et d’éviter la biopsie musculaire et  de proposer un conseil génétique ce qui rend possible le diagnostic prénatal.

Matériels et méthodes

Il s’agit d’une étude portant sur 103 enfants  chez qui nous avions réalisé un PCR-RFLP sur l’exon 7 du gène SMN .

Résultats

Sur les 103 PCR nous avons retrouvé une délétion de l’exon 7 du gène SMN  chez 26 patients soit 25.2%.

Conclusion

 Il n’existe à l’heure actuelle aucun traitement étiologique de la maladie. Cependant une prise en charge précoce personnalisée, continue et régulière dans un cadre pluridisciplinaire permet de prévenir les complications articulaires, thoraciques, pulmonaires et nutritionnelles et aussi d’entrevoir une espérance de vie proche de la normale.


Hanane SAYEL (Fès, Maroc), Meriame ABASSI, Mohamed AHAKOUD, Oussama KETTANI, Diope MODY, Said TRHANINT, Ihssane ELOTMANI, Sanae CHAOUKI, Laila BOUGUENOUCH, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13471 - P430 Etude de l'endogamie géographique au Maroc: le cas de la région de Tanger-Tétouan.
P430 Etude de l'endogamie géographique au Maroc: le cas de la région de Tanger-Tétouan.

L’ampleur et l’évolution des phénomènes d’endogamie et d’exogamie au sein d’une population ont des conséquences directes sur la répartition, la structure et l’hétérogénéité du patrimoine génétique de la population. L’objectif de cette étude est de déterminer le niveau de l’endogamie géographique chez la population de Tanger-Tétouan au Maroc, comme étant un des facteurs renforçant l’immobilité sociale et par conséquent l’isolement génétique des différentes populations.

Une enquête a été réalisée en 2014 auprès de 385 étudiants universitaires échantillonnés au hasard. En effet, à partir des données de l’enquête, le choix du conjoint est traité selon le lieu de naissance des conjoints et leur lieu de résidence juste avant le mariage chez les parents des étudiants et les couples de grands-parents maternels et paternels.

Les résultats montrent que dans la majorité des cas, les mariages s’établissaient entre personnes qui sont nées dans la même région (85% chez les parents des étudiants contre 90% chez les couples de grands-parents). D'après les données collectées, suivant le lieu de résidence prénuptial des conjoints, le taux d'endogamie est de 96.7% chez les couples de parents et 98.8% chez les couples de grands-parents.

Les comparaisons intergénérationnelles témoignent de la diminution significative de l’endogamie de la génération des grands-parents des étudiants à la génération des parents (p<0,001), alors que cette différence est statistiquement non significative pour l’ensemble des grands-parents maternels et paternels (p>0,05).

Le facteur géographique semble revêtir une importance particulière dans les échanges des conjoints. En effet, dans la région étudiée, le choix du partenaire est circonscrit par des limites géographiques relativement rapprochées.


Houria HARDOUZ (Kénitra, Maroc), Hinde HAMI, Layla SBII, Abdelrhani MOKHTARI, Abdelmajid SOULAYMANI, Ali QUYOU
00:00 - 00:00 #13478 - P431 Fièvre méditerranéenne familiale. A propos d’une famille.
P431 Fièvre méditerranéenne familiale. A propos d’une famille.

Introduction

La fièvre méditerranéenne familiale (FMF) est une maladie auto-inflammatoire d’origine génétique, touchant les populations du pourtour méditerranéen caractérisée par des accès de fièvres, des douleurs intermittentes à l’abdomen, au thorax, les articulations et éventuellement  une  amyloses rénale. Elle est de transmission autosomique récessive  secondaire à une des 5 mutations les plus fréquemment retrouvées sur le gène MEFV  dont 4 sur l’exon 10 et une sur l’exon 2, en outre plus d’une quarantaine de mutation ont été décrites .Le gène MEFV est localisé sur le bras court du chromosome 16.La colchicine est le traitement de fond de référence visant à maîtriser les accès inflammatoires et à prévenir l’amylose qui est la complication la plus grave de la FMF, une surveillance rénale est indiquée chez les individus homozygotes.

Observation

Nous allons illustrer à travers une observation concernant une famille marocaine atteinte de fièvre méditerranéenne familiale le rôle de la biologie moléculaire dans le diagnostic pré symptomatique de la FMF.

 

Résultats

Les mutations c.442G > C (E148Q) et C.2080A > G (M694V) à l’état hétérozygote sur l’exon 2 et l’exon 10 ont été identifiées chez une patiente atteinte d’amylose rénale. L’enquête familiale a permis de trouver les mêmes mutations chezquatre  membres asymptomatiques de la famille.

 

Conclusion

La connaissance du statut génétique des individus appartenant à une famille à risque  est indispensable pour le conseil génétique. Un diagnostic précoce permet une économie de souffrance et d’adopter une démarche therapeutique adéquate et un cout de santé moindre.


Hanane SAYEL (Fès, Maroc), Meriame ABASSI, Oussama KETTANI, Mohamed AHAKOUD, Diope MODY, Said TRHANINT, Ihssane ELOTMANI, Tarik SQUALLI HOUSSAINI, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13479 - P432 DIAGNOSTIC MOLECULAIR DU GENE PTPN11 CHEZ UNE POPULATION MAROCAINE ATTEINTES DU SYNDROME DE NOONAN : A PROPOS DE 9 CAS.
P432 DIAGNOSTIC MOLECULAIR DU GENE PTPN11 CHEZ UNE POPULATION MAROCAINE ATTEINTES DU SYNDROME DE NOONAN : A PROPOS DE 9 CAS.

Introduction: le syndrome de NOONAN compte parmi les maladies autosomiques dominantes les plus communes avec une prévalence de 1/1 000 à 1/2 500 naissances. Il est  caractérisé par un retard statural, une dysmorphie faciale typique et des cardiopathies congénitales. Son diagnostic est confirmé par la recherche de mutation sur le gène PTPN11 localisé sur les chromosomes 12  résultants d’un gain de fonction de la phosphotyrosine phosphatase SHP-2 (protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11).

 

Objectifs: Mise en place d’un test de diagnostic permettant la détection des mutations de PTPN11 et l'exploration de ce gène chez les patients NOONAN. Ceci permettra pour la première fois de compléter le diagnostic du syndrome de NOONAN qui se limitait jusque là à l’observation clinique. Il permettra également d’identifier le spectre de mutations présent dans la population Marocaine atteinte du syndrome de NOONAN.

 

Méthodologie : l’étude a porté sur les 9 patients NOONAN recrutés au CHU HASSAN II de Fès. Le protocole PCR-Séquençage, des principaux exons touchés par les mutations, a été mis au point, et l’ADN extrait des différents patients  a servi pour réaliser la PCR puis le  séquençage des différents exons. Les séquences obtenues ont subis une analyse bioinformatique.

 

Résultats: Sur les 9 patients étudiés, quatre mutations décrites (Glu110Lys dans l’exon 3, Glu139Asp dans l’exon 4 et Met504Val, Gln510Arg dans l’exon 13) ont été confirmées chez quatre patients (44%). Ces quatre patients partagent les traits faciaux caractéristiques du syndrome de NOONAN. Trois parmi eux souffrent de sténose pulmonaire. Pourtant, le profil clinique reste assez diversifié, ce qui coïncide avec les études précédentes.

 

Conclusion: L’étude présente a permis de confirmer le diagnostic du Syndrome de NOONAN chez nos  patients concernés, et de leur accorder une prise en charge multidisciplinaire adaptée et un conseil génétique adéquat. Cette étude nous a permis également d’avoir une idée sur le profil génétique de la population marocaine atteinte du syndrome de NOONAN.

 


Meriame ABBASSI (fès, Maroc), Hanane SAYEL, Mohammed AHAKOUD, Oussama KETTANI, Mody DIOP, Said TRANINT, Ihssane EL OTMANI, Samir ATMANI, Mustapha HIDA, Laila BOUGUENOUCH, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13486 - P433 Diagnostic prénatal d’une prémutation du gène FMR1 : quels enjeux ? quelles réponses?
P433 Diagnostic prénatal d’une prémutation du gène FMR1 : quels enjeux ? quelles réponses?

Les mutations du gène FMR1 sont à l’origine de pathologies différentes : les mutations complètes sont responsables du syndrome de l’X Fragile, affection neuro-développementale à pénétrance variable selon le sexe, alors que les prémutations sont responsables d’une insuffisance ovarienne précoce (IOP) chez certaines femmes et du «Fragile X Tremor Ataxia Syndrome» (FXTAS), affection neuro-dégénérative avec une pénétrance liée à l’âge et au sexe, plus fréquente chez les hommes. Si les demandes de diagnostic prénatal (DPN) pour une mutation complète sont largement établies en raison du risque important de déficience intellectuelle ; elles semblent exceptionnelles et sont controversées pour une prémutation,  dans la mesure où la maladie est incertaine et tardive.  Pourtant, nous sommes régulièrement confrontés à l’identification d’une prémutation du gène FMR1 liée à une IOP, ou à un syndrome FXTAS, dans des familles sans cas de syndrome de l'X Fragile.  Ainsi, les repères familiaux pour définir l’atteinte clinique liée à une expansion pathologique du gène FMR1 ne sont pas ceux de la déficience intellectuelle chez un jeune enfant. Pour autant, un diagnostic prénatal reste indiqué pour les femmes dépistées porteuses d’une prémutation afin d’éviter la naissance d’un enfant atteint du syndrome de l’X Fragile. Dans ces situations, la représentation de la maladie est bien celle liée à la prémutation, c'est à dire une affection neuro-dégénérative tardive, et incertaine lorsqu'il s'agit du syndrome FXTAS.

Nous rapportons ici la première demande, dans notre service, de diagnostic prénatal pour une prémutation du gène FMR1 de la part d’un couple dont la femme est conductrice obligatoire d’une prémutation transmise par son père atteint  d’un syndrome FXTAS. Nous détaillons le parcours de ce couple depuis leur demande initiale pré-conceptionnelle en 2014, refusée par notre Comité Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN), jusqu’à leur première grossesse actuelle en passant par plusieurs tentatives sans succès de diagnostic préimplantatoire (DPI).

Les questions éthiques soulevées par cette demande sont multiples. D’une part, comme pour certaines autres maladies neuro-dégénératives de révélation tardive, les demandes de diagnostic prénatal viennent questionner la prise en compte des progrès thérapeutiques futurs. Dans le cas du syndrome FXTAS, l’argument principal au refus du CPDPN reste la pénétrance variable de l’affection. Des études familiales complémentaires seraient nécessaires pour avancer dans la compréhension de cette variabilité de pénétrance et de fréquence selon les familles. D’autre part, notre exemple nous rappelle que certaines limites techniques d’analyse embryonnaire en DPI, connues pour les affections à expansion de triplets comme le syndrome de l’X Fragile, peuvent représenter une solution dans une situation de refus du CPDPN, alors que les indications du DPI devraient être, selon la loi française, les mêmes que celles du DPN.


Laetitia MONTEIL (TOULOUSE), Christelle GARNIER, Delphine HERON, Perrine CHARLES, Eric BIETH, Christophe VAYSSIERE
00:00 - 00:00 #13489 - P434 Diagnostic moléculaire du gène RET chez une population marocaine atteintes de syndrome de néoplasie endocrinienne multiple de type 2 (NEM2).
P434 Diagnostic moléculaire du gène RET chez une population marocaine atteintes de syndrome de néoplasie endocrinienne multiple de type 2 (NEM2).

Diagnostic moléculaire du gène RET chez  une population marocaine atteintes de syndrome de néoplasie endocrinienne multiple de type 2 (NEM2)

SAYEL H.1  ABBASSI M.1, AHAKOUD M1.,KETTANI O1, MODY D.1, TRANINT S1, OTMANI I1, OUAHABBI H2,3, OULDIM K.1,3, BOUGUENOUCH L.1.3

 

(1) Unité de Génétique Médicale et d’oncogénétique, CHU Hassan II, Fès.

(2) Service d’Endocrinologie, CHU Hassan II, Fès, Maroc.

(3) Faculté de Médecine et Pharmacie, Université Moulay Abdellah, Fès, Maroc

Introduction

Lanéoplasie endocrinienne multiple de type 2 (NEM2) est un syndrome néoplasique multiglandulaire caractérisé par la survenue d'un cancer médullaire de la thyroïde (CMT), d'un phéochromocytome (PHEO) et, dans une variante, d'une hyperparathyroïdie primitive (HPTP)dont la prévalence est estimée à 1/35000. La NEM2 est une affection héréditaire de transmission autosomique dominante à pénétrance complète liée à des mutations germinales du proto-oncogène gène RET.Le gène RET, (60 kilobases, 21 exons), situé sur la région péricentromérique du chromosome 10(10q11.2) code pour un récepteur membranaire à activité tyrosine kinase. Les mutations de RET associées aux NEM2 entraînent une auto activation constitutive du domaine tyrosine kinase et une activité transformante oncogénique, démontrée in vitro sur des lignées cellulaires et in vivo dans des modèles de souris transgéniques.

 L’analyse moléculaire du gène RET permettra alors de confirmer le diagnostic en identifiant la mutation germinale du gène.L’absence de mutation fait le diagnostic de CMT sporadique non transmissible.

A travers cette étude nous allons illustrer les corrélations entre la NEM2 et les mutations du gène RET.

Méthodes

L’étude a porté sur 27 patients atteints deNEM2. La recherche des mutations les plus fréquentessur les exons 10 et 11 a été réalisée par la technique de PCR-séquençage.

Résultats

Sur les 27 patients, nous avons retrouvé sept patients présentant la mutation c.1900 T > C (C634R) dans l’exon 11 à l’état hétérozygote.

Conclusion

Devant tout CMT, l’enquête familiale doit être la règle. Cependant, ni la négativité de l’enquêtefamiliale, ni l’absence d’association lésionnelle ne permettent d’exclure un cas index de NEM2 porteur d’une mutation de novo dont la prévalence est estimée entre 5–16 % .Le diagnostic de certitude repose sur l’analyse moléculaire du gène RET avec la mise en évidence d’une mutation germinale, cette analyse doit être réalisée à titre systématique et fait maintenant partie de la prise en charge de tout CMT.

Mots-clés : néoplasie endocrinienne multiple de type 2, gène RET, PCR séquençage.


Hanane SAYEL (Fès, Maroc), Meriame ABASSI, Mohamed AHAKOUD, Oussama KETTANI, Diope MODY, Said TRHANINT, Ihssane ELOTMANI, Hanane OUAHABBI, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13494 - P435 Difficulté du diagnostic prénatal dans une famille tunisienne présentant une comorbidité de tyrosinémie type 1 et xeroderma pigmentosum type A.
P435 Difficulté du diagnostic prénatal dans une famille tunisienne présentant une comorbidité de tyrosinémie type 1 et xeroderma pigmentosum type A.

Le  xeroderma pigmentosum type A (XP-A) et la tyrosinémie type 1 (TT1) sont deux maladies à transmission autosomique récessive dont l’origine génétique est différente. Le XP-A appartient au groupe des XP, génodermatoses causées par des mutations de gènes impliqués dans la réparation de l’ADN alors que la TT1 est une maladie métabolique hépato-rénale due à un déficit en fumarylacétoacétase, enzyme clef dans la voie de dégradation de la tyrosine. Les gènes responsables de l’XPA et de la TT1 sont situés respectivement au niveau des loci 9q22.33 et 15q25.1.

Nous rapportons dans ce travail une famille tunisienne présentant une comorbidité pour les deux pathologies avec les difficultés du diagnostic prénatal (DPN) qui peuvent en découler. 

Il s’agit de trois sœurs (S1, S2 et S3) originaires du centre tunisien, mariées à des cousins germains et suivies dans notre service depuis 2001.

Le premier membre de cette famille qui a consulté est S1. Elle avait comme antécédents, lors de sa première consultation, 2 filles décédées par TT1. Elle a eu 3 DPN de TT1 (entre 2001 et 2009) par dosage du succinylacétone dans le liquide amniotique. Deux fœtus étaient sains. Pour le troisième qui était atteint, le couple a choisi d’interrompre la grossesse.

Sa sœur S2 a été initialement adressée pour DPN XP-A devant l’antécédent d’une fille et d’une nièce atteintes. En poussant l’enquête génétique, nous avons retrouvé le lien de parenté avec S1. En effet, la nièce atteinte était issue de l’un des DPN de S1 réalisé pour TT1. Ainsi donc, nous avons pratiqué le DPN de S2 pour les deux pathologies par deux techniques différentes et sur deux tissus différents (Etude moléculaire du gène XP-A sur ADN fœtal extrait de villosités choriales et dosage du succinylacétone dans le liquide amniotique). Le fœtus était indemne pour la TT1 mais atteint pour le XPA. La patiente a eu une interruption médicale de cette grossesse.

La troisième sœur S3 avait une fille décédée par TT1. Elle a bénéficié en 2015 d’un DPN pour les 2 pathologies qui est revenu normal.

La co-occurrence de deux maladies génétiques dans une même famille est un fait rare mais non exceptionnel. Il s’agit de la première observation rapportant la co-occurrence de la  TT1 et XP-A. A travers ce travail, nous insistons sur l’importance d’une enquête génétique rigoureuse, la nécessité d’un conseil génétique adéquat et la prise en considération de toute pathologie dans son contexte géographique. 


Faten HSOUMI (Tunis, Tunisie), Ines OUERTANI, Rym MEDDEB, Madiha TRABELSI, Awatef JELASSI, Olfa MESSAOUD, Sameh HAJ TAIEB, Sonia ABDELHAK, Ridha MRAD
00:00 - 00:00 #13498 - P436 Diagnostic prénatal des principales aneuploïdies par FISH, Première expérience du CHU Hassan II Fès.
P436 Diagnostic prénatal des principales aneuploïdies par FISH, Première expérience du CHU Hassan II Fès.

Introduction

Les anomalies chromosomiques surviennent le plus souvent accidentellement. Le DPN chromosomique est donc essentiellement réalisé chez des couples sans antécédents particuliers mais pour lesquels les moyens de dépistage, échographies, les marqueurs sériques maternels du premier ou deuxième trimestre et l'épaisseur de la nuque mesurée au premier trimestre ont défini un risque particulier d'anomalies chromosomiques. La réalisation du caryotype permet néanmoins de rassurer ce couple ayant déjà vécu une situation difficile.

Matériels et méthodes

Nous rapportons notre expérience, dans le  dépistage  des principales aneuploïdies (trisomie 21 ; 13 ; 18) et du sexe fœtal (CEPX /SRY, grace à  des techniques d'hybridation in situ en fluorescence (FISH) par  l'utilisation de la sonde CEP X , Y, 18 et LSI 13 et 21. L'étude a été réalisée chez 6 femmes après ponction du liquide amniotique réalisée à  16 semaines d'aménorrhée.  

Résultats

Nous avons pu diagnostiqué 3  cas positifs, un cas de trisomie 21, un cas de trisomie 13 et un dernier cas  de turner avec monosmie de l’X. Le but de cette étude était de présenter les premiers résultats de diagnostic anténatal de la trisomie 21 par la technique d'hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans notre laboratoire et de discuter son intérêt dans le diagnostic rapide de cette aneuploïdie.

Conclusion

La technique FISH permet un diagnostic anténatal rapide, des principales aneuploidies sur une faible quantité de liquide amniotique. Elle offre aux couples l'avantage de prendre, dans des délais raisonnables, la décision qui leur convient concernant la poursuite ou non de la grossesse. Elle permet souvent, avec un résultat normal, de rassurer rapidement les femmes enceintes trop angoissées.


Ihsane EL OTMANI (Fès, Maroc), S. TRHANINT, M. AHAKOUD, D. MODY, O. KETTANI, H. SAYEL, H. CHAARA, Ma. MELHOUF, K. OULDIM, L. BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13501 - P437 Épidémiologie clinique des maladies génétique dans un des gouvernorats de la Tunisie: Bizerte.
P437 Épidémiologie clinique des maladies génétique dans un des gouvernorats de la Tunisie: Bizerte.

INTRODUCTION: 

La Tunisie est un pays maghrébin qui est peuplé par 12 millions habitons.Depuis toujours, elle a été et reste sillonnées par de nombreuses populations. Elle présente un taux élevé de consanguinité de 32%. Cela explique pourquoi les maladies ne sont pas si rares, mais sont plutôt orphelines. 

Le gouvernorat de Bizerte est l'un des 24 gouvernorats de la Tunisie.  Il est situé dans le nord du pays et couvre 2.25% de la superficie du pays. L'objectif de notre travail est d'établir la répartition géographiques des maladies héréditaires et congénitales dans ce gouvernorat et de déterminer les différentes étiologies de déficience intelectuelle.

METHODES:

Nous avons réalisé une étude descreptive, rétrospective, transversale sur une période de 5 ans (début mai 2010, fin avril 2015), à partir de la consultation de génétique médicale, au sein de service de pédiatrie à l'Hôpital Habib Bougatfa, Bizerte. Nous sommes partis d'un nombre initial de 740 patients et après consultation des dossiers nous avons retenus 568 malades.

RESULTATS: 

Dans notre étude, on a une prédominance masuline avec 337 garçons et 231 filles parmi les cas index, avec un sexe ratio de 1.46. L taux de consanguinité est de 27.64%.

Le retard global de développement associé à une déficience intelectuelle a constitué le motif le plus fréquent de consultation de génétique (=40%). Les anomalies chromosomiques ont représenté 45% des étiologies de ce retard mental (essentiellement la trisomie 21). Les anomalies congénitales étaient observées dans 22% des cas. Les hémoglobinopathies étaient retrouvées dans 10.4%, les syndromes mono ou multigéniques étaient observées dans 8.1% des cas. Le reste des groupes de pathologies étaient faiblement retrouvé dans notre étude. 

Des formes familiales étaient observées dans 46 cas et la comorbidité dans 12 cas.

CONCLUSION:

Il existe une sous estimation de ce groupe de maladies par insuffisance de diagnostic en rapport avec l'inaccessibilité aux soins pour les patients qui ne peuvent pas se déplacer d'une part et la non disponibilité deressources matériellees pour compléter les investigations d'autre part. Il existe aussi des difficulté dans la réhabilitation et dans la prise en charge de ces enfants souffrant d'handicap. D'où la nécessité d'élaborer une stratégie dynamique de la prévention d'handicap et de sa prise en charge.   


Imen CHELLY (Tunis, Tunisie), Rim MEDDEB, Lilia KRAOUA, Ridha M'RAD
00:00 - 00:00 #13514 - P438 Choix du conjoint et homogamie sociale au Maroc: l’exemple de la population de Tanger-Tétouan.
P438 Choix du conjoint et homogamie sociale au Maroc: l’exemple de la population de Tanger-Tétouan.

La problématique d’une éventuelle hétérogamie ou homogamie sociale entre les conjoints nécessite de considérer le parcours professionnel des deux conjoints, leurs niveaux d’étude et également la position sociale des parents. L'objectif de la présente étude est de déterminer le niveau de l’homogamie sociale, peu étudiée jusqu’à présent au Maroc et étudier ses différentes caractéristiques dans la région de Tanger-Tétouan (nord-ouest du Maroc).

Une enquête a été réalisée en 2014 auprès de 385 étudiants universitaires échantillonnés au hasard. Le choix du conjoint est étudié chez les parents des étudiants et les couples de grands-parents.

D'après les données de l'étude, les conjoints se sont choisis de même niveau d’étude à 35,3%. Cependant, l’inégalité des chances de s’instruire entre les hommes et les femmes, toujours en faveur des hommes, a ouvert la voie à une certaine hétérogamie, de préférence entre catégories voisines. En effet, trois épouses sur cinq (56%) sont moins instruites que leur mari (Hypergamie).

La comparaison des catégories socio-professionnelles des conjoints montre que chez les femmes qui ont déclaré travailler, l’homogamie concerne un couple sur dix (11,7%). Les femmes choisissent des maris qui ont la même origine sociale que la leur. En outre, elles s’unissent à des hommes qui socialement ressemblent à leurs pères. En effet, près de la moitié des enfants des agriculteurs et des artisans se sont mariés entre eux et près de deux tiers des filles des agriculteurs (62,5%) ont épousé des agriculteurs.

En somme, on sait que la société contemporaine est marquée par une série de transformations qui laissent croire que la conséquence de mobilité sociale pourrait enfin se réaliser. Cependant, de nos jours, le choix du conjoint qui apparaît à chacun comme le résultat d’une décision strictement individuelle est en réalité soumis à des influences sociales inconscientes. 


Houria HARDOUZ (Kénitra, Maroc), Hinde HAMI, Layla SBII, Abdelrhani MOKHTARI, Abdelmajid SOULAYMANI, Ali QUYOU
00:00 - 00:00 #13518 - P439 Association of the taqI polymorphism of the vitamin D receptor gene with diabetes and obesity.
P439 Association of the taqI polymorphism of the vitamin D receptor gene with diabetes and obesity.

Vitamin D deficiency is a common worldwide problem. Low levels of serum 25-hydroxy vitamin D [25(OH)D], as a marker of vitamin D deficiency, have been linked to a wide field of health problems including metabolic diseases such as  type 2 diabetes mellitus ( T2DM ) , maturity onset diabetes of the young (MODY diabetes) and obesity.

 Relationship between vitamin D receptor (VDR) gene polymorphism and susceptibility to diabetes and several other physiopathological situations is still conflicting.

The aim of the present study was to analyse the relationship between VDR  gene TaqI polymorphism and the T2DM, MODY diabetes and obesity in a Tunisian population.

Materials and Methods : 80 clinically diagnosed patients : 40 T2DM, 40 MODY, 40 obese subjects and 40 healthy controls from the Tunisian population were recruited. VDR  rs731236( TaqI T > C) polymorphism was assayed by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms ( PCR-RFLP). Vitamin D was quantified using  an electrochimiluminescence assay on  cobas e411-Roche analyzer.

Results: The TaqI polymorphism was significantly associated with MODY and T2DM groups (p=0.0001 , p=0.040 respectively). Subjects with TaqI polymorphism were 28 times more likely to have diabetes 2 (p <0.0001). The risk of having MODY diabetes was multiplied by 3 (p = 0.040). This polymorphism was also  significantly associated with thigher cholesterol level (p=0.011).

Conclusion: the TaqI polymorphism of the VDR may be associated with different mechanisms that predispose to diabetes and enhance or aggravate the plasma lipid profil in these patients.


Amal GUESMI, Radhouane DOGGUI, Manel ZOUAOUI, Sabrine BEN MBAREK, Mariem SINENE, Houyem AMARA, Imen TOUNSI, Rahma MAHJOUB, Amina BIBI (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13519 - P440 Association entre le polymorphisme Fok1 du gène de récepteur de la vitamine D et l’obésité, le diabète de type 2 et le diabète MODY dans la population Tunisienne.
P440 Association entre le polymorphisme Fok1 du gène de récepteur de la vitamine D et l’obésité, le diabète de type 2 et le diabète MODY dans la population Tunisienne.

Association entre le polymorphisme Fok1 du gène de récepteur de la vitamine D et l’obésité, le diabète de type 2 et le diabète MODY dans la population Tunisienne

M. Zouaoui, R. Doggui, A. Guesmi, S. Ben M’barek, M. Dabboussi, M. Sinen, H. Amara, I. Tounsi, R. Mahjoub, A. Bibi

 

 

La vitamine D est classée parmi les vitamines liposolubles ayant des propriétés à la fois vitaminiques et hormonales. C’est une substance organique indispensable à la croissance et au fonctionnement de l’organisme.

La 1,25 (OH)2D la 1,25-dihydroxyvitamine D ou Calcitriol est le métabolite actif de vitamine D ; elle agit directement ou  via un récepteur cytosolique, le VDR (vitamin D receptor).

L'expression et l'activation nucléaire du VDR sont nécessaires pour les effets de la vitamine D. Plusieurs variations génétiques ont été identifiées dans le VDR. Ces variations de séquence d'ADN appelées polymorphismes ont été associées à diverses situations physiopathologiques dont le diabète et l’obésité.

 

L’objectif de notre travail était de rechercher une association entre le polymorphisme FokI du gène VDR et l’obésité, le diabète de type 2 et le diabète de type MODY.

Un total de 160 échantillons sanguins répartis sur quatre groupes (40 sujets obèses, 40 sujets diabétiques de type 2, 40 diabétiques de type MODY et 40 sujets sains) a été colligé entre le 1er février 2017 et le 30 Mai 2017.

Le dosage de la vitamine D a été réalisé par chimiluminescence sur automate Cobas e411-Roche. L’étude moléculaire du polymorphisme FokI du gène VDR a été réalisée par PCR-RFLP.

 La distribution allélique a révélé une différence significative entre les témoins et les sujets diabétiques pour le polymorphisme FokI. Selon le modèle de régression logistique, il a été noté que le polymorphisme FokI multiplie significativement le risque d’avoir le diabète de type 2 (OR=3,7 ; p=0,017) ainsi que le MODY (OR=3.9 ; p=0.030). Concernant les sujet obèses, nous n'avons pas noté de différence significative par rapport au groupe témoin pour ce polymorphisme (p =0.08).

Le polymorphisme FokI du gène VDR est associé au diabète type 2 ainsi qu’au MODY dans la population tunisienne. 


Manel ZOUAOUI, Radhouan DOUGGUI, Amal GUESMI, Sabrine BEN M'BAREK, Malek DABOUSSI (Tunis (Tunis, Tunisia), Tunisie)
00:00 - 00:00 #13521 - P441 Besoins et points de vue de femmes enceintes dans le cadre de la génomique prénatale.
P441 Besoins et points de vue de femmes enceintes dans le cadre de la génomique prénatale.

Les avancées de la génétique et de la génomique qui accompagnent l’avènement des tests prénataux non-invasifs donneront un accès sans précédent aux génomes des fœtus. Coincée entre les bénéfices et les dangers d’un tel développement, la communauté scientifique et médicale s’inquiète des conséquences cliniques, sociales et éthiques de l’intégration de ces nouvelles technologies en prénatale.

Dans ce contexte, nous nous sommes intéressé(e)s aux enjeux soulevés par la capacité des femmes enceintes à comprendre les implications de tels tests sur elle-même, leurs conjoint(e)s, leurs familles, le fœtus et l’enfant à naître et nous avons voulu connaître leurs points de vues concernant :

  1. ce dont elles souhaitent être informées sur le génome fœtal;
  2. les tests qui devraient être offerts par un système public de santé;
  3. les informations dont elles ont besoin pour prendre des décisions éclairées;
  4. les responsabilités qu’elles considèrent devoir prendre.

MÉTHODE : Les résultats sont tirés de 15 entrevues semi-dirigées réalisées auprès de femmes enceintes de l’Estrie (Québec), sans risque particulier ou accru de donner naissance à un enfant atteint d’une maladie génétique ou d’une anomalie chromosomique. Les données ont fait l’objet d’une analyse inductive thématique.

RÉSULTATS : Les participantes souhaitent principalement être informées des trisomies et des handicaps intellectuels. Peu veulent connaître les maladies à apparition tardive ou les informations de signification clinique incertaine. L’intégralité de leurs besoins en aide à la décision vise l’accès à des informations adéquates, expliquées de façon à favoriser une réflexion et une décision éclairées. Pour ces femmes, il revient aux professionnel(le)s de santé d’être proactif en matière d’information et ces informations sont la base du respect de leur autonomie décisionnelle et reproductive. Pour les tests prénataux (offerts ou en voie de l’être) devant faire partie du panier des services, les participantes apprécient un test sécuritaire, à large portée, leur permettant d’accéder à davantage d’informations que ce qui est offert actuellement. Elles craignent les impacts des tests sans objet médical et faits en dehors de ce cadre. Les participantes se sentent responsables de ce qu’elles peuvent contrôler. Elles se considèrent responsables d’adopter des comportements bénéfiques pour le fœtus et de participer aux soins de santé prénataux. Toutefois, cette décision demeure dans la sphère du privé. Elles rejettent toutes formes de responsabilité sociale ou médicale liées à l’état de santé de l’enfant à naître. 

CONCLUSION : Les participantes sont loin du désir de l’enfant parfait, mais apprécient d’en savoir davantage sur la santé du foetus. Elles considèrent que les développements technologiques prénataux sont favorables, mais souhaitent être accompagnées adéquatement. Elles en appellent à des balises claires pour éviter les dérives individuelles, médicales et sociales.


Gabrielle LAPOINTE, Chantal BOUFFARD (Sherbrooke, Canada), Régen DROUIN

"Mardi 23 janvier"

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00:00 - 00:00 #13528 - P442 P45 MicroRNAs: key factors in autophagy inhibition and senescence induction in Hutchinson-Gilford Progeria syndrome.
P45 MicroRNAs: key factors in autophagy inhibition and senescence induction in Hutchinson-Gilford Progeria syndrome.

The Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome (HGPS) is a rare genetic disease characterized by a premature aging. In the typical form, the accumulation of a toxic protein called progerin leads to cellular dysfunctions and premature senescence. Moreover, autophagy seems to be a major factor of progerin clearance into cells. We previously identified 15 upregulated microRNAs (miRNAs) in dermal fibroblasts of HGPS patients using a miRNome approach. Several of them had already been described to be involved in the regulation of cell cycle, proliferation, senescence and/or autophagy. Transfection of a combination of antagomiRs targeting 3 of these miRNAs demonstrated their role in the negative regulation of autophagy in HGPS fibroblasts, using flow cytometry and western blot. We also confirmed a link between the expression level of these miRNAs and progerin clearance. Thus, our data suggest that overexpression of these 3 miRNAs is implicated in the dysfunction of autophagy increasing progerin accumulation in HGPS cells. Furthermore, the transfection of control fibroblasts with one of the 15 upregulated miRNAs identified in our miRnome study significantly decreased proliferation and replication, associated with an increased percentage of cells in G1/S phase and senescent cells. Same results were obtained with another miRNA, except for cell proliferation. Interestingly, one of these upregulated miRNAs could be a key factor in the pathophysiology of HGPS, as it is involved in both autophagy dysfunction and senescence induction. Altogether, these data highlight the major role of miRNAs on the deregulation of important pathways in HGPS.


Diane FRANKEL (Marseille), Valérie DELECOURT, Elise KASPI, Sophie PERRIN, Annachiara DE SANDRE-GIOVANNOLI, Nicolas LÉVY, Pierre CAU, Patrice ROLL
00:00 - 00:00 #12479 - P443 The association study of the Il-1B C+3954T polymorphism with periodontitis in the Algerian population.
P443 The association study of the Il-1B C+3954T polymorphism with periodontitis in the Algerian population.

Background: Chronic periodontitis (PC) and aggressive periodontitis (PA) are oral infectious diseases having a complex and multifactorial etiology. Inflammatory destruction of the supporting structure of the tooth causing periodontitis results from the interaction between the microbial and the immunogenetic factors. It has been reported that genes affect the immunoinflammator response of the host with a pro-inflammatory cytokine overproduction, such as interleukin-1. This molecule is involved in regulating the immune response of the host and bone resorption.

 Methods: The aim of this study was to genotyped the genetic variants IL-1B (C + 3954T) among Algerian population by means of a case / control study including 188 subjects (128 healthy controls and 151 cases including 91 with chronic form and 60 subjects with aggressive). Genotyping was performed by TaqMan allelic discrimination to seek a possible association between these polymorphisms and the occurrence of periodontitis in the Algerian population.

 Results: The results showed only a significant distribution of the frequency of the minor allele and genotype carrying this allele in subjects with cases of PA   (p = 0.01). The result is consistent with studies of several populations, such as the Turkish population and the Chilean population; however, we observed no association between the polymorphism and PA studied on other Caucasian populations. Conclusion: The polymorphism C+3954T (rs1143634T) of the IL-1B gene seems to be a genetic predisposition factor to PA but not for PC in the Algerian population.


Kawther Nourelhouda BOUKORTT (ORAN, Algérie), Nadjia SAIDI-OUAHRANI, Abdallah BOUDJEMA
00:00 - 00:00 #12534 - P444 Apport diagnostique et physiopathologique de l'IRM musculaire dans une cohorte d'enfants et d'adultes atteints d'amyoplasie.
P444 Apport diagnostique et physiopathologique de l'IRM musculaire dans une cohorte d'enfants et d'adultes atteints d'amyoplasie.

Objectives: Amyoplasia is the most common form of Arthrogryposis multiplex congenita (AMC). However, information about the pattern of muscle involvement in amyoplasia is limited. The aim of this study was to determine if there are specific patterns of muscle involvement in amyoplasia and to find out if there is a fibro-adipose infiltration of the muscles with age. Methods: Between 2008 and 2017, we examined 65 patients affected by amyoplasia (33 children and 32 adults), at the Centre Hospitalo-Universitaire Grenoble Alpes. 14 patients had atypical clinical findings. MRI was performed with T1-weighted turbo spin echo (T1W-TSE) sequences. We analyzed the fibro-adipose infiltration and “grelot” sign of the muscles of the neck, the shoulder and pelvic girdle, trunk, upper and lower limbs. Results: Compared with atypical patients, the absence of the biceps brachii, brachialis, tibialis anterior, gracilis, and sartorius was significantly more frequent in typical patients. Mercuri scores were higher in adult patients in tensor fasciae latae, semimembranosus and vastus lateralis muscles. The adductor longus and brevis were selectively preserved. Conclusions: Our data provide evidence that muscle MRI can identify a specific pattern of muscle involvement in amyoplasia patients and constitutes a diagnostic biomarker with a high positive predictive value. Increasing fibro-adipose infiltration with age was observed in some muscles in a subset of patients. However further evidence is needed to determine if this reflects disease progression. The “grelot” sign gives further arguments for the congenital neurogenic origin of amyoplasia.


Hoai Thu NGUYEN, Chantal DURAND, Frédérique NUGUES, Caroline DUBOIS, Gipsy BILLY, Pierre-Simon JOUK, Klaus DIETERICH (GRENOBLE)
00:00 - 00:00 #12535 - P445 Le handicap de patients adultes avec arthrogrypose multiple congénitale est sévère, multiple et partiellement invisible.
P445 Le handicap de patients adultes avec arthrogrypose multiple congénitale est sévère, multiple et partiellement invisible.

OBJECTIVE. There is a recent interest to understand the handicap of adults with Arthrogryposis Multiplex Congenita (AMC), a rare disease spectrum characterized by at least two joint contractures at birth. This study is the first to describe disability patterns of a cohort of adults with AMC, in relation with their genotypes. METHODS. Retrospective analysis of the data of 43 unselected persons with AMC referred to the French Center for adults with AMC from 2010 to 2016. All patients underwent a pluri-professional systematic and comprehensive investigation of the deficits, the activity limitation, and the participation restriction (ICF), and genetic analysis when indicated. Mean age was 33.2 (13.4) years and sex ratio 27F/16M; 28 were affected by amyoplasia and 15 by other types. RESULTS. Beyond joint stiffness and deformities and muscle weakness, the well-known core symptoms quantified in the study, this study revealed that other less visible disorders contribute to severe participation restriction. These were particularly pain and psychological suffering including anxiety, fatigue, difficulty in sexual life, altered self-esteem, and feeling of solitude. Severe respiratory disorders are not frequent and linked to a specific genotype, as well as swallowing and speech disorders. Respiratory impairment did not explain gait disorders. Functional independence was worse in patients with amyoplasia than in patients with other types of AMC. CONCLUSION. This study reveals that the handicap of adults with AMC is influenced by genotypes, and that the invisible part of this handicap is important. 


Klaus DIETERICH (GRENOBLE), Louis DAI, Marie JAEGER, Bernard WUYAM, Gipsy BILLY, Emmanuelle DUPRAZ, Agnès GASCOUIN, Emmanuelle CLARAC, Pierre-Simon JOUK, Dominique PERENNOU
00:00 - 00:00 #12550 - P446 - DPC Corrélation entre le polymorphisme C677T du gène MTHFR et le taux d’homocystéine et le polymorphisme-455G/A du gène β du fibrinogène et le taux de fibrinogène Chez les sujets atteints d’artériopathie.
P446 - DPC Corrélation entre le polymorphisme C677T du gène MTHFR et le taux d’homocystéine et le polymorphisme-455G/A du gène β du fibrinogène et le taux de fibrinogène Chez les sujets atteints d’artériopathie.

Introduction

L’artériopathie oblitérante des membres inférieurs est une pathologie athéroscléreuse fréquente, souvent asymptomatique et grave. C’est une maladie multifactorielle. Une bonne prise en charge de ces facteurs  de risque permettra certainement d'améliorer le pronostic vasculaire et vital des artéritiques.

L’objectif de notre travail est de déterminer la corrélation entre la mutation C677T du gène MTHFR et les taux d’homocystéine d'une part et  le polymorphisme-455G/A du gène β du fibrinogène et les taux de fibrinogène d’autre part.

Patients et méthodes

Nous avons recruté 112 sujets ayant une AOMI et 190 témoinsprésumés sains . Des prélèvements  sanguins ont été réalisés pour le dosage des paramètres biologiques et l’étude génétique du polymorphisme C677T de la MTHFR et le polymorphisme -455G/A du gène beta du fibrinogène.

Résultats

Nos résultats montrent une association positive entre l’âge avancé (92% des malades ont plus de 50 ans), le sexe masculin (72.3%), le tabac (71% des malades  versus 44% des témoins), le diabète (89.09 %) et l’obésité abdominale (cm) (hommes malades 98.01± 10.78  VS 90.59± 10.81hommes témoins ; femmes malades 95.84 ±12.85 VS 91.4 ±11.06femmes témoins) et l’AOMI. Cependant, l’activité physique (14.41% des malades actifs contre 39.13% témoins) et l’IMC important (11.42% malades obèses versus  22.67% témoins) semble avoir un effet protecteur.

Notre étude  retrouve également que le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR (20.7% vs 13.7%)  et le polymorphisme -455G/A du gène bêta du fibrinogène (14.6% VS 2.9%)  sont corrélés positivement  avec l’AOMI  d’une part, et avec l’élévation des taux plasmatique du fibrinogène pour le polymorphisme -455G/A du gène bêta du fibrinogène et l’hyperhomocystéinémie pour le polymorphisme C677T du gène de la MTHFR d’autre part.

 

Conclusion

Cette étude nous a permis de déterminer  la prévalence des différents facteurs de risques et  d’avoir une idée sur le statut génétique des artéritiques dans notre population jusque-là méconnus.

 

 


Sabah HANACHI (Constantine, Algérie), Karima SIFI, Nacera KEROUAZ, Salima ZEKRI, Khalida BOUDAOUD, Daoud ROULA, Karima BENMEBAREK, Noredine ABADI
00:00 - 00:00 #12555 - P447 Diagnostic Moléculaire des Neuropathies Périphériques Héréditaires par Séquençage haut débit : A propos d’une cohorte marseillaise.
P447 Diagnostic Moléculaire des Neuropathies Périphériques Héréditaires par Séquençage haut débit : A propos d’une cohorte marseillaise.

Les Neuropathies Périphériques Héréditaires (NPH) sont caractérisées par une grande hétérogénéité phénotypique et génotypique avec, à ce jour, plus de 80 gènes associés. Devant cette hétérogénéité génétique, la stratégie de diagnostic moléculaire par séquençage de dernière génération semble être la plus adaptée à cette maladie.

Nous avons réalisé un séquençage haut débit (NGS) à partir d’un panel de 81 gènes impliqués dans les NPH dans une cohorte de 123 patients non apparentés. 23% patients présentaient une CMT1, 53% une CMT2, 8% une CMT spinale, 7% une HSAN, 6.5% une CMT intermédiaire.

Nous avons trouvé un ou plusieurs variants potentiellement pathogènes chez 60 patients soit 49% de diagnostic moléculaire établi toute forme de neuropathies confondues. 27 (34%) de ces variants étaient rapportés dans la littérature en lien avec un diagnostic de NPH. Les gènes les plus fréquemment mutés dans notre cohorte sont par ordre de fréquence: MFN2, NEFL, GAN, SH3TC2 et GDAP1. 21% des cas sporadiques ont pu obtenir un diagnostic moléculaire par NGS contre 69% des cas familiaux autosomiques dominants. Nous avons complété cette étude par la recherche de CNV à l’aide d’un logiciel ExomeDepth. Nous avons identifié 3 duplications dans notre panel de 81 gènes chez 3 patients et ainsi augmenter le pourcentage de rendu diagnostic à 50%. Dans cette étude, le diagnostic moléculaire par séquençage haut débit nous a permis de rendre un diagnostic dans 3 fois plus de cas que par séquençage direct (Odds ratio = 3.15, p=0.0017, IC[1.542-6.434]) en comparant avec une série de 56 patients analysés dans notre laboratoire par stratégie de gène en cascade par méthode sanger. Nous avons augmenté notre taux de diagnostic moléculaire à 43% pour les CMT1 et 11% pour les CMT2.

La stratégie diagnostic par NGS permet l’identification de mutation causale dans un délai plus court et de façon moins couteuse. Actuellement, le NGS, dans ce type de maladie, est un outil indispensable dont l’inconvénient est la génération d’un nombre important de variants dont la pathogénicité n’est parfois pas clairement établie. Cet outil utilisé en routine nécessite donc une étroite collaboration entre biologistes, cliniciens et chercheurs afin de potentialiser les résultats qui en découlent.


Juliette BACQUET (AP-HM Marseille), Valérie DELAGUE, Shahram ATTARIAN, Frédérique AUDIC, Brigitte CHABROL, Nicolas LEVY, Emilien DELMONT, Emmanuelle SALORT-CAMPANA, Amandine BOYER, Nathalie MARTINI, Tanya STOJKOVIC, Annabelle CHAUSSENOT, Nathalie BONELLO-PALOT
00:00 - 00:00 #12591 - P448 L’intérêt de la recherche du polymorphisme -590C/T du gène de l’interleukine 4 et du dosage de l’IgE totale dans le cadre de l’asthme allergique.
P448 L’intérêt de la recherche du polymorphisme -590C/T du gène de l’interleukine 4 et du dosage de l’IgE totale dans le cadre de l’asthme allergique.

Introduction

L’asthme est une maladie complexe résultant de l'interaction de multiples facteurs génétiques et  environnementaux. De nombreuses études ont montré une association entre le polymorphisme

-590C/T du gène de l'IL- 4, les taux  sériques de l’IgE totale et le risque d'asthme allergique. Qu’en est -il de cette association dans la population Algérienne ?

Les objectifs de notre étude étaient de :

-déterminer les fréquences alléliques et génotypiques du polymorphisme -590C/T de l’IL4 et les taux sériques de l’IgE totale chez des témoins et des patients présentant un asthme allergique.

-déterminer l’influence de ce polymorphisme et des taux sériques de l’IgE totale sur la survenu de l’asthme allergique.

Patients et méthodes

Notre étude a porté sur 80 témoins et 80 asthmatiques. Le dosage sérique de l’IgE totale a été déterminé par une technique immuno-enzymatique et la recherche du polymorphisme -590C/T de l’IL-4 a été réalisée par PCR /Digestion par l’enzyme de restriction BsmF1.Un consentement éclairé a été obtenu de tous les patients et témoins.

Résultats

Notre étude a porté sur 80 témoins et 80 asthmatiques des deux sexes. L’âge des témoins était 25.94 ± 16.32 ans et celui des patients de 33.60 ± 18.77 ans.  Les taux des IgE totales étaient de (26,48±8.90) UI/ml chez les témoins et (578,64±216,30) UI/ml chez les patients avec une p-value à 0.0000**. Afin de déterminer un lien possible entre le polymorphisme -590C/T de l’IL-4 , les taux de l’IgE totale et le risque d’asthme allergique ,des odds ratio avec un intervalle de confiance ont été calculés. Les odds ratios pour les génotypes -590T/T vs - 590C/C de l’IL-4  et -590T/T vs - 590C/T de l’IL-4 étaient de 3.63(1.16-11.63) et 2.48 (0.91-6.95)  avec des p-value de 0.01 et 0.05 respectivement. Chez les patients, les génotype -590 C/T de l’IL-4 , -590T/T de l’IL-4  étaient associés à des taux d’IgE totales de (631.35±187.35) UI/ml et  ( > 1000) UI/ml respectivement , donc  plus élevés que dans le génotype sauvage -590 C/C de l’IL-4 avec une P-value égale à 0.0000**.

Conclusion

Nos résultats nous ont permis d’affirmer l’existence d’une association positive entre les génotypes TT et CT du polymorphisme -590 C/T de l’IL4 et la surproduction de l’IgE totale sérique un des marqueurs biologiques de l’inflammation chez l’asthmatique. Cette association a été rapportée précédemment par plusieurs études.


Karima SIFI (Constantine, Algérie), Sabah HANACHI, Iness DAHMANI, Mohamed BOUGRIDA, Karima BENMEBAREK, Noredine ABADI
00:00 - 00:00 #12596 - P449 - DPC Implication des mutations tronquantes FLNC et BAG3 chez des patients avec cardiomyopathie dilatée.
P449 - DPC Implication des mutations tronquantes FLNC et BAG3 chez des patients avec cardiomyopathie dilatée.

Les cardiomyopathies héréditaires sont des atteintes primitives dans lesquelles le muscle cardiaque est structurellement et fonctionnellement anormal. Elles sont généralement subdivisées en 5 sous-groupes: cardiomyopathie hypertrophique (CMH), cardiomyopathie dilatée (CMD), cardiomyopathie restrictive (CMR), cardiomyopathie ventriculaire droite arythmogène (CVDA) et non-compaction du ventricule gauche (NCVG).

La CMD est une maladie du muscle cardiaque, caractérisée le plus souvent par une dilatation du ventricule gauche et une altération de sa contractilité, globale ou segmentaire. Les patients peuvent souffrir d’insuffisance cardiaque ou d’arythmies. Le risque de mort subite par troubles du rythme ventriculaire est élevé. La cardiomyopathie dilatée familiale représenterait de 30 à 50% des cardiomyopathies dilatées. A ce jour, plus de 40 gènes morbides (codant principalement des protéines du sarcomère, du cytoquelette ou de l’enveloppe nucléaire) sont impliqués dans cette pathologie. Parmi ceux-ci, les gènes décrits dans la littérature comme étant les plus prévalents sont les gènes TTN (variants tronquants, 15%), LMNA (6%), MYH7 et TNNT2.

Notre étude était axée sur une cohorte de 222 patients porteurs de CMD. Cette cohorte a été analysée par séquençage NGS (NextSeq500, Illumina) à partir d’un panel constitué de 48 gènes impliqués dans les cardiomyopathies (Roche NimbleGen). L’analyse bio-informatique a été effectuée en utilisant un pipeline développé par Sophia Genetics.

Les résultats obtenus montrent une couverture parfaite des régions ciblées (séquences codantes + 30 bp) avec une profondeur minimale pour chaque nucléotide supérieure à 30X. Parmi les variations pathogènes ou probablement pathogènes identifiées, de nombreuses variations tronquantes ont pu être détectées (63 patients; 28,4% de la cohorte). La plupart d'entre elles ont été identifiées, comme attendu, sur le gène TTN (29 cas index; 13,1%). De façon plus surprenante, 17 variants tronquants ont été aussi identifiés sur des gènes habituellement mutés dans des cas de myopathies myofibrillaires: 10 variations  FLNC (4,5% de la cohorte) et 7 variations BAG3 (3,2%  de la cohorte). Ces résultats confirment les récents travaux de l’équipe d’Ortiz-Genga et al. (J Am Coll Cardiol. 2016 68:2440-2451).

Cette étude confirme que les variants troquants affectant les gènes FLNC et BAG3 sont fréquemment associées à des cas de CMD et suggère que ces 2 gènes peuvent être considérés parmi les gènes les plus prévalents chez des patients porteurs de CMD. L’utilisation de ce panel NGS de 48 gènes, intégrant de façon systématique ces 2 gènes mais également bien évidemment le gène TTN, permet d’augmenter de façon très significative la sensiblité du diagnostic moléculaire. L’identification de ces nouveaux variants responsables de CMD est cruciale pour mieux appréhender la physiopathologie de cette maladie, mais également pour permettre la mise en place d’un conseil génétique adapté pour les différents apparentés.


Alexandre JANIN (LYON), Karine NGUYEN, Gilbert HABIB, Claire DAUPHIN, Valérie CHANAVAT, Patrice BOUVAGNET, Romain ESCHALIER, Nathalie STREICHENBERGER, Philippe CHEVALIER, Gilles MILLAT
00:00 - 00:00 #12597 - P450 - DPC Implication du gène KCND3 dans le syndrome de repolarisation précoce.
P450 - DPC Implication du gène KCND3 dans le syndrome de repolarisation précoce.

La repolarisation précoce est une anomalie électrocardiographique définie sur l’ECG standard par une élévation ≥ 0,1 mV (1 mm) de la jonction QRS-ST (point J) par rapport à la ligne iso-électrique avec une encoche ou un empâtement dans au moins deux dérivations contiguës inférieures ou latérales. Cette anomalie a longtemps été considérée comme une entité bénigne, mais est maintenant reconnue comme étant associée à des arythmies ventriculaires malignes et à la mort subite. Des formes familiales existent et les premières anomalies génétiques ont été identifiées essentiellement au sein des gènes codant des canaux ioniques: KCNJ8, CACNA1C, CACNB2, CACNA2D1, et SCN5A.

Une exploration moléculaire a été effectuée chez un patient sain de sexe masculin, âgé de 26 ans, sans antécendents familaux de mort subite, et qui a subit un arrêt cardiaque récupéré quelques heures après avoir joué au tennis. Lors de son admission aux urgences, l’ECG a montré un profil intermittent de repolarisation précoce. Des examens complémentaires ont permis d’exclure l’hypothèse d’une cardiomyopathie. L’ADN génomique de ce patient a été analysé par séquençage NGS (NextSeq500, Illumina) réalisées à partir d’un panel custom constitué de 48 gènes impliqués dans les arythmies cardiaques (Roche NimbleGen). L’analyse bio-informatique a été effectuée en utilisant un pipeline développé par Sophia Genetics.

Cette analyse moléculaire a uniquement permis de mettre en évidence une duplication de 1,23 Mb (chr 1: 111,772,409_113,005,539 bp (hg19)). Cette région contient 12 gènes codant des protéines référencés dans la base de données OMIM. Parmi ces 12 gènes, seule la duplication du gène KCND3 semblait cliniquement pertinente étant donné que des mutations gain de fonction affectant ce gène avaient précédemment rapportées chez des patients ayant une arythmie cardiaque de type syndrome de Brugada. Une étude de ségrégation a été faite permettant de montrer qu’aucun des 2 parents n’était porteur de cette duplication. Parmi les apparentés testés, seule la fille du patient a été retrouvée comme porteuse de ce CNV. L’ECG de cette dernière a également montré un profil intermittent de repolarisation précoce.

Cette étude suggère que des mutations de type gain-de-fonction affectant le gène KCND3 peuvent causées un syndrome de repolarisation précoce. Ceci sera à confirmer par l’exploration moléculaire d’autres patients présentant un phénotype ECG similaire. Cette étude met également en évidence le bénéfice médical apporté par l’utilisation de panels NGS qui peuvent détecter, avec un même pipeline bio-informatique, des mutations ponctuelles, des indels, et des CNV. L’identification de nouveaux gènes ou de nouveaux variants responsables d’arythmies cardiaques est cruciale pour mieux appréhender la physiopathologie de ces affections, les stratégies thérapeutiques à mettre en place mais également pour permettre la mise en place d’un conseil génétique adapté.


Alexandre JANIN (LYON), Samuel CHAUVEAU, Marianne TILL, Elodie MOREL, Philippe CHEVALIER, Gilles MILLAT
00:00 - 00:00 #12600 - P451 Les apports du NGS dans le diagnostic moléculaire des alpha-dystroglycanopthies.
P451 Les apports du NGS dans le diagnostic moléculaire des alpha-dystroglycanopthies.

Introduction : Les alpha-dystroglycanopathies (a-DGpathies), anomalies de O-mannosylation de l’a-DG impliquant à ce jour 18 gènes (Bouchet-Seraphin et al. 2016) sont des maladies autosomiques récessives, rares, caractérisées par un spectre clinique très large ; formes fœtales de  lissencéphalie de type II ou LIS II, Walker Warburg syndrome, dystrophies musculaires congénitales (DMC) ou maladies des ceintures (LGMD), sans corrélation génotype/phénotype apparente. L’arrivée du NGS, via l’étude d’un panel de gènes ciblés « glycosylation » a complètement modifié l’étude moléculaire de ces pathologies.

Matériels et méthodes : Le panel « glycosylation », technique Haloplex, utilisé comprend les 18 gènes des a-DGpathies, 27 gènes impliqués dans les Congenital Disorders of Glycosylation (CDG) et 4 gènes impliqués dans des formes cliniques proche de celles des a-DGpathies. Les données bio-informatiques sont analysées par 2 pipelines informatiques (CLCbio et Polydiag). Toutes les mutations identifiées en NGS sont confirmées par séquençage SANGER au laboratoire de Bichat ou dans des laboratoires référents. Entre 2015 et 2017, la recherche de mutations a été réalisée chez 107 patients « a-DGpathies » provenant de l’ensemble du territoire français.

Résultats : Un diagnostic moléculaire a été posé chez  47 (44%) de ces patients, concernant 16 gènes différents : 12 des 18 gènes connus dans les a-DGpathies (POMT1 (n=14), POMT2 et FKRP (n=5), B3GALNT2 (n=4), ISPD et POMGNT1 (n=3), POMGNT2, GMPPB et DPM3 (n=2), DAG1, TMEM5 et POMK (n=1) ; 1 gène des CDG (SLC35A2, n=1) ; et 3 gènes des pathologies avec recoupement clinique (ANO5, COL4A1, GRP56 (n=1)).

Le diagnostic moléculaire a pu être porté chez 77% des Lis II fœtales (n=21/27), et 32% des DMC et LGMD (n=26/80). Les 2 patients, bien que non apparentés, porteurs de mutations sur DPM3 partagent la même association de mutations, une mutation faux-sens associée à une délétion du gène, décelée via l’analyse des CNV (copy nombre variant) par NGS.

Discussion : L’étude simultanée d’un ensemble de gènes de glycosylation, par la technique NGS, permet un gain de temps considérable dans le diagnostic moléculaire des patients avec des temps de rendu pour des patients positifs inférieurs à 3 mois contre plusieurs années auparavant. Un diagnostic prénatal peut ainsi être proposé rapidement aux familles, en particulier pour celles avec une antériorité de Lis II fœtale. L’utilisation d’un panel « glycosylation » associant les gènes impliqués dans plusieurs types d’anomalies de glycosylation prend tout son sens, puisque, après DPM2 et DPM3, le gène SLC35A2 est impliqué chez un patient, renforçant la notion de passerelle entre CDG et a-DGpathies. Enfin, l’ajout sur le panel de quelques gènes de pathologies avec recoupement clinique peut permettre de re-orienter le diagnostic pour ces familles. L’arrivée des NGS a permis des avancées indéniables dans la pratique quotidienne mais nécessite des échanges clinico-biologiques renforcés.


Céline BOUCHET SERAPHIN (PARIS), Malika CHELBI, Sylvie ALGLAVE, Marion REOCREUX, Sandrine VUILLAUMIER BARROT, Catherine BOILEAU, Nathalie SETA
00:00 - 00:00 #12633 - P452 Implication du gène FLNC dans les myopathies à corps réducteurs.
P452 Implication du gène FLNC dans les myopathies à corps réducteurs.

We reported the case of an 8 year-old girl who was born at 37SA to Moroccan parents who are first cousins, with 3 older sisters and brothers in good health and no familial medical history. She developed at 10 months a psychomotor retardation with short and stiff neck, a progressive malignant scoliosis with axial and proximal muscle weakness, pelvic stiffness and shoulder girdles. She presents sleep apnea. An asymmetric hypertrophic cardiomyopathy is highlighted. No intellectual impairment is detected.

For the paraclinical examination, CK were slithly elevated (473 UI/L, N<170). Brain MRI was normal.

Muscle biopsy showed fascicular hypertrophic type I and II fibers with reducing bodies, and a predominancy of type I fibers and numerous type II atrophic fibers. Electronic microscopy revealed some intrafibrillar aggregates but no mitochondrial abnormality. Immunohistochemical and western blot studies of usual proteins involved in muscular dystrophies were normal. Collagen 6 expression in muscle tissue and cutaneous fibroblasts was normal. Study of glycogenolysis and glycolysis showed no abnormality. She had a normal karyotype and molecular analysis of FHL1, LMNA, RYR1 and genes encoded for selenoprotein revealed no mutation.

To provide a molecular explanation to the muscular phenotype of the proband, genomic DNA sample was analyzed using a Next Generation Sequencing approach based on a panel of 48 cardiomyopathy-causing genes involved in cardiac and muscular diseases. A missense variation (NM_1458.4:c.3503G>A, p.Gly1168Asp) affecting FLNC, encoding filamin-C also known as actin-binding-like protein (ABPL) or filamin-2 (FLN2) was identified. This variation affects a highly conserved amino-acid located in the 10th repetitive immunoglobulin-like domain (R10) of the protein. The variation is not yet reported in molecular databases such as dbSNP, Exome Variant Server or ExAC. All tested softwares to predict the effect of the variation (GVGD, Mutation Taster, PolyPhen2, SIFT and UMD Predictor) suggest that this variation is likely pathogen. Proband’s parents were tested for this variation and neither of whom carries the variation suggesting a de novo mutation.

To further investigate the potential pathogenic role of this variant of uncertain significance (VUS), an immunolabelling of filamin C was performed on muscular cross sections of the proband. This assay reveals large filamin C aggregates in muscular fibers, suggesting a pathogenic role of this variation.

Reducing body myopathies are usually observed in FHL1 mutations. The first case of filamin C mutation revealed by reducing body myopathy is here reported.


Alexandre JANIN (LYON), Véronique MANEL, Gilles MILLAT, Nathalie STREICHENBERGER
00:00 - 00:00 #12636 - P453 Une anomalie de la glycosylation peut cacher une autre pathologie : expérience d’analyse d’exomes chez des patients suspects de CDG I.
P453 Une anomalie de la glycosylation peut cacher une autre pathologie : expérience d’analyse d’exomes chez des patients suspects de CDG I.

Les anomalies congénitales de la glycosylation (CDG) représentent un groupe de maladies principalement autosomiques récessives lié à un défaut de N- (CDG I) ou de N- et O-glycosylation simultanément (CDG II). Des mutations sur plus de 50 gènes ont été décrites. Les manifestations cliniques sont dominées par des atteintes du système nerveux central associé ou non à des atteintes viscérales. Elles présentent une très grande variabilité aussi bien en termes de type d’atteinte que de sévérité. Le diagnostic débute normalement par un test de dépistage permettant de mettre en évidence un défaut de glycosylation de glycoprotéines sériques données. Dans un deuxième temps une étude moléculaire permet d’identifier le gène causal. Le nombre important de gènes et la mauvaise relation génotype/phénotype rendait jusqu’à peu le diagnostic moléculaire complexe et chronophage.

Un séquençage haut débit a été mis en place pour identifier le gène en cause. Dans un premier temps, un panel ciblé de 35 gènes de CDG (Nimbelgen) est réalisé sur Miseq. En absence d’identification de mutations sur ces gènes, un séquençage d’exome est alors réalisé. Depuis 2014,  les patients ayant un dépistage positif de CDG ont bénéficié de cette nouvelle stratégie. Le panel « glycosylation » a permis de poser le diagnostic moléculaire pour 2/3 des patients. Le délai moyen de rendu du résultat pour ces patients a été de 5 mois.

Sur l’ensemble de la cohorte de CDG I (n=193), un exome a été réalisé pour 23 patients : 3 (13%) ont été non contributifs à ce jour ; 13 (56%) ont permis d’identifier des mutations causales sur des gènes de CDG ou apparentés dont 1 cas de fructosémie congénitale ALDOB, 1 cas PIGY et 2 patients en cours d’étude présentant des mutations sur des gènes reliés à la glycosylation mais non encore décrits dans cette pathologie (SSR2 et MLEC); 7 (30%) ont permis d’identifier des gènes non reliés au CDG mais pouvant expliquer la pathologie :

- 1 patient adulte présentant une ataxie et hypo-albuminémie sévère imputable à APTX,

- 2 patients présentant une encéphalopathie sévère progressive avec des maladies mitochondriales par déplétion de l’ADNmt liées à POLG et Twinkle,

- 1 patient présentant une acidose métabolique néonatale attribuable à PDHX,

- 3 patients présentant une épilepsie comme symptôme majeur, avec une mutation de novo sur 3 gènes d’épilepsie de transmission autosomique dominante: SCN2A, GABRA1 et KANSL1.

Si la positivité du test de dépistage du cas adulte peut être expliquée par une consommation chronique d’alcool, elle reste inexpliquée pour les 6 autres cas pédiatriques.

Nos résultats montrent qu’une anomalie biochimique de glycosylation identifiée ne doit pas exclure la recherche d’autres pathologies possibles : maladie mitochondriale si phénotype sévère et évolutif, recherche ciblée de gènes responsables d’ataxie, d’épilepsie ou exome en trio permettant l’identification de pathologies à transmission dominante de novo.


Sandrine VUILLAUMIER BARROT (PARIS), Thierry DUPRÉ, Arnaud BRUNEEL, Sylvie ALGLAVE, Malika CHELBI, Marion REOCREUX, Céline BOUCHET-SERAPHIN, Isabelle CHANTRET, Stuart MOORE, Pascale DE LONLAY, Nathalie SETA
00:00 - 00:00 #12647 - P454 - DPC Premier diagnostic moléculaire au Maroc d’une cardiomyopathie hypertrophique par séquençage haut débit.
P454 - DPC Premier diagnostic moléculaire au Maroc d’une cardiomyopathie hypertrophique par séquençage haut débit.

La Cardiomyopathie hypertrophique (CMH) est définie comme une hypertrophie ventriculaire gauche (HVG) asymétrique (à prédominance septale), d'origine génétique, s'accompagnant inconstamment d'une obstruction à l'éjection. Sa prévalence a été estimée entre 0,02 et 0,2 % de la population générale. La CMH est la principale cause de mort subite chez le sportif de moins de 35 ans. Elle est de transmission autosomique dominante, et caractérisée par une grande hétérogénéité génétique avec, au moins, 16 gènes en cause. Nous rapportons l’observation d’une famille marocaine atteinte de CMH qui a bénéficié  pour la première fois au Maroc d’un diagnostic moléculaire par séquençage à haut débit.

La patiente est âgée de 47 ans, suivie pour une CMH depuis 25 ans avec plusieurs cas dans sa famille de CMH et de morts subites. Une analyse moléculaire par panel avec le système ION PGM de chez ION TORRENT, mis en place au sein du laboratoire de Département de Génétique Médicale de l’Institut National d’Hygiène depuis 2016 a été réalisé. Le panel utilisé comprend 8 gènes (KCNQ1, KCNH2, SCN5A, RYR2, MYBPC3, MYH7, LMNA, MYH6), impliqués dans  qui représentent 80% des CMH. La mutation délétère c.2334C>G (p.Asp778Glu) du gène MYH7 a été identifiée chez la patiente à l’état hétérozygote. Ce diagnostic moléculaire nous a permis d’offrir un conseil génétique adéquat et de proposer un diagnostic moléculaire de certitude aux apparentés  symptomatiques et  un diagnostic présymptomatique aux apparentés sains à risque qui le souhaitent.


Najlae ADADI, Abdelali ZRHIDRI, Ibtissam FELLAT, Fatima Zahra LAARABI, Jaber LYAHYAI, Ilham RATBI (Rabat, Maroc)
00:00 - 00:00 #12654 - P455 Identification par séquençage ciblé à haut débit d’une nouvelle mutation d’un site d’épissage du gène SERAC1 responsable d’un syndrome MEGDEL (3-methylglutaconic aciduria with deafness, encephalopathy and Leigh-like).
P455 Identification par séquençage ciblé à haut débit d’une nouvelle mutation d’un site d’épissage du gène SERAC1 responsable d’un syndrome MEGDEL (3-methylglutaconic aciduria with deafness, encephalopathy and Leigh-like).

Introduction 3-methylglutaconic aciduria is a rare but discriminative feature in inborn errors of metabolism disorders(1). Among those disorders, MEGDEL is an autosomal recessive syndrome defined as 3-MEthylGlutaconic aciduria with Deafness, Encephalopathy and Leigh-like syndrome on magnetic resonance imaging (MRI), due to mutations in the SERAC1 gene(2). So far, only about 34 patients and 27 mutations have been reported in the literature.

Patient and methods We studied a patient who presented with convulsive encephalopathy, 3-methylglutaconic aciduria, deafness, bilateral T2 hypersignals of the putamen and the thalami, and brain atrophy on brain MRI, psychomotor retardation, neurological regression, dystonia, failure to thrive, microcephaly, and optic atrophy. This multi-system defect pointed towards a mitochondrial disorder, but with no OXPHOS deficiency detected in fibroblasts. The patient passed away at 8 years of age with no molecular diagnosis. We analyzed nuclear genes involved in mitochondrial function using an AmpliSeq™ panel on an Ion PGM™ sequencer. 

Results Two mutations were identified in the SERAC1 gene in the same region but on different amplicons: a pathogenic nonsense substitution in exon 4, c.202C > T, resulting in a premature stop codon (p.Arg68*), and a novel mutation at a canonical splicing site upstream exon 4 (c.129-1G > C). mRNAs sequencing showed that the splice site mutation resulted in exon 3 skipping. Immunocytochemical experiments performed showed a major decrease of SERAC1 expression in the fibroblasts of the patient compared to controls.

Conclusion Here, we report a patient in which we identified two mutations in trans in the SERAC1 gene using a targeted NGS nuclear gene panel for mitochondrial diseases. Retrospectively, all the features presented by the patient were described in other individuals affected with MEGDEL, including 3-methylglutaconic aciduria, deafness, encephalopathy, and images compatible with a Leigh-like syndrome on MRI. Our study identified a novel splice site mutation in SERAC1 gene, and highlights the value of phenotype-oriented gene sequencing.

 

(1) Wortmann, S. et al. 3-Methylglutaconic aciduria--lessons from 50 genes and 977 patients. J Inherit Metab Dis. 36, 913-21 (2013).

(2) Wortmann, S. et al. Mutations in the phospholipid remodeling gene SERAC1 impair mitochondrial function and intracellular cholesterol trafficking and cause dystonia and deafness. Nat. Genet. 44, 797–802 (2012).


Sarah SNANOUDJ-VERBER (Rouen), Patrick MORDEL, Cécile SCHANEN, Quentin DUPAS, Mikael JOKIC, Alina ARION, Marion GÉRARD, Marie-Hélène READ, Stéphane ALLOUCHE
00:00 - 00:00 #12656 - P456 Etude rétrospective de 73 patients avec anomalies de la segmentation vertébrale : démarche diagnostique et investigations génétiques.
P456 Etude rétrospective de 73 patients avec anomalies de la segmentation vertébrale : démarche diagnostique et investigations génétiques.

Des anomalies de segmentation vertébrales (ASV) sont régulièrement identifiées lors de l’exploration de syndromes malformatifs. La détection d’ASV multiples (ASV-M) représente une entité clinique plus rare et fait fréquemment évoquer le cadre des dysostoses spondylo-constales (DSC). Les bases moléculaires des ASV-M sont mal définies et cela est en partie lié à des difficultés de classification nosologique. Les gènes actuellement identifiés appartiennent principalement à la voie Notch qui est fondamentale lors de la somitogénèse. Nous décrivons les corrélations génotype-phénotypes identifiées lors du séquençage des gènes connus dans les ASV-M et rapportons les variations identifiées dans une cohorte de patients présentant des ASV –M afin d’établir un arbre décisionnel destiné aux cliniciens.

                Les données cliniques et moléculaires de 74 patients présentant tous des ASV-M associées ou non à des anomalies viscérales ont été étudiées.  Un séquençage ciblé des 5 gènes connus de DSC (DLL3, MESP2, LFNG, HES7 et TBX6) a été réalisé systématiquement chez les 48 premiers patients et  un séquençage d’exome (SHD-E) chez 28 patients.

                Des diagnostics ont pu être réalisés chez 13 patients comprenant des variations autosomiques récessives dans les 5 gènes de DSC identifiées par séquençage ciblé pour 11 patients (5 patients présentaient des variations bialléliques de TBX6, 2 de LFNG et 2 de DLL3, 1 de MESP2 et 1 de HES7). Parmi les 5 patients présentant des variations bialléliques de TBX6, nous avons pu identifier un spectre phénotypique allant de la scoliose congénitale aux DSC, les formes les plus modérées étant retrouvées chez les patients présentant une délétion 16p11.2 (comprenant TBX6) associée à un haplotype fréquent récemment décrit et les formes les plus sévères à des mutations faux-sens au sein du site actif de TBX6. Le SHD-E a permis 2 diagnostics différentiels de maladies autosomiques récessives : un syndrome des synostoses spondylo-carpo-tarsiennes (FLNB) et un syndrome de Klippel-Feil (MEOX1). Le rendement du panel de gènes comprenant les 5 gènes de DSC était de 11/74 (14.5%) dans la cohorte globale mais de 8/10 (80%) dans le sous-groupe répondant strictement aux critères diagnostiques des DSC.

                Le bilan étiologique des patients présentant des ASV-M doit être guidé par leur description clinique. Du fait de la complexité génétique de ces entités, nous proposons la réalisation du panel des 5 gènes responsables de DSC uniquement chez les patients répondant strictement  aux critères des DSC. Dans les autres cas, une CGH-array à la recherche d’une délétion 16p11.2 devrait être réalisée en premier lieu suivie d’un séquençage complet de TBX6 en cas de délétion. Dans le sous-groupe des patients présentant des ASV-M thoraciques et asymétriques, aucune variation causale n’a été identifiée. Les bases moléculaires des ASV-M restent mal déterminées et des architectures génétiques complexes doivent être envisagées.


Mathilde LEFEBVRE (Paris), Anne DIEUX-COSELIER, Genevieve BAUJAT, Elise SCHAEFER, Judith SAINT ONGE, Christine FRANCANNET, Anne BAZIN, Lucile PINSON, Tania ATTIE-BITTACH, Clarisse BAUMANN, Melanie FRADIN, Genevieve PIERQUIN, Sophie JULIA, Chloé QUELIN, Berenice DORAY, Sylvie BERG, Catherine VINCENT-DELORME, Laetitia LAMBERT, Didier LACOMBES, Bertrand ISIDOR, Nicole LAURENT, Roume JOELLE, Patricia BLANCHET, Sylvie ODENT, Nathalie LEPORRIER, Carine ABEL, Karine SEGERS, Fabienne GIULIANO, Emmanuelle GINGLINGER, Angelo SELICORNI, Alice GOLDENBERG, Salima EL CHEHADEH, Benedicte DEMEER, Christel THAUVIN-ROBINET, Alain VERLOES, Valérie CORMIER-DAIRE, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Laurence FAIVRE, Julien THEVENON
00:00 - 00:00 #12665 - P457 Quarante-cinq ans de maladie de Pompe en France : aspects moléculaires, épidémiologiques et corrélations génotype-phénotype à partir des données du registre national.
P457 Quarante-cinq ans de maladie de Pompe en France : aspects moléculaires, épidémiologiques et corrélations génotype-phénotype à partir des données du registre national.

La maladie de Pompe ou glycogénose de type 2 est une maladie lysosomale à transmission autosomique récessive causée par des mutations du gène GAA entrainant un déficit en α-glucosidase acide (GAA). Le spectre clinique de la maladie s'étend de la forme infantile précoce (dite classique) caractérisée par une atteinte multisystémique rapidement fatale jusqu’à la forme adulte d’apparition tardive à type de myopathie des ceintures. Le but de ce travail était d'identifier tous les patients avec une forme non classique de maladie de Pompe diagnostiqués en France depuis 1970 afin de décrire les caractéristiques cliniques et moléculaires de cette large cohorte nationale. Ceci a été réalisé grâce au recueil des données des deux principaux laboratoires français réalisant le diagnostic biochimique et moléculaire de cette pathologie (Paris et Lyon), mais aussi grâce au registre français de la maladie de Pompe créé en 2004 et visant à répertorier tous les patients avec maladie de Pompe suivis et pris en charge en France.

246 patients (130 femmes et 116 hommes) avec un âge moyen au diagnostic de 43,1 ans ont été inclus. 83 variants pathogènes ont été identifiés sur le gène GAA dont 28 nouvelles mutations. Ces variants étaient répartis sur l’ensemble du gène et comprenaient des mutations faux-sens (n=41) et non-sens (n=8), des mutations altérant l’épissage (n=14), des mutations frameshift (n=15), des délétions sans décalage du cadre de lecture (n=4) et une mutation du codon d’initiation. La mutation commune  c.-32-13T > G a été détectée chez 151 des 170 cas index, soit une fréquence allélique de 48,1%. Les autres mutations récurrentes incluaient la délétion de l’exon 18  (7,5%), les mutations faux-sens c.1927G > A/p.Gly643Arg (3,7%) et c.655G > A/p.Gly219Arg (2,8%), ainsi que la délétion c.525del/p.Glu176fs*15 (2,5%).

D’après nos données, l'incidence de la maladie de Pompe dans sa forme non classique en France peut être estimée à environ 1/80 000. Concernant les corrélations génotype-phénotype dans les formes non classiques, il n’existe pas de corrélation franche entre le phénotype clinique et les mutations causales. Nous avons constaté que les patients porteurs de la mutation commune c.-32-13T > G (n=131) avait un âge de début de la maladie plus tardif que les 18 patients dépourvus de cette mutation (36,2 ans ± 13,9 vs 24,7 ans ± 14,8 ; p < 0,01). Cependant, les premiers symptômes de la maladie apparaissaient à des âges parfois très différents au sein de groupes de patients ayant un génotype identique.

Au final, nous rapportons ici les données moléculaires et épidémiologiques de la plus grande cohorte de patients avec une forme non classique de maladie de Pompe, à travers une étude nationale sur plus de 40 ans. Malgré la grande prévalence de la mutation commune, la variabilité clinique et moléculaire et les difficultés à établir des corrélations génotype-phénotype suggèrent la nécessité d’autres études afin d’identifier de potentiels facteurs modificateurs.


Claudio SEMPLICINI, Pascaline LÉTARD (PARIS), Marie DE ANTONIO, Françoise BOUHOUR, Andoni ECHANIZ-LAGUNA, David ORLIKOWSKI, Sabrina SACCONI, Emmanuelle SALORT-CAMPANA, Guilhem SOLÉ, Fabien ZAGNOLI, Nadjib TAOUAGH, Barbara PERNICONI, Dalil HAMROUN, Roseline FROISSART, Catherine CAILLAUD, Pascal LAFORÊT
00:00 - 00:00 #12678 - P458 A propos de 24 cas de syndromes d'Hermansky-Pudlak types 3, 5 et 6 ; une forme modérée liée à des mutations du même complexe protéique BLOC-2.
P458 A propos de 24 cas de syndromes d'Hermansky-Pudlak types 3, 5 et 6 ; une forme modérée liée à des mutations du même complexe protéique BLOC-2.

Le syndrome d’Hermansky-Pudlak (HPS) décrit pour la première fois en 1959 associe albinisme oculocutané, diathèse hémorragique et pour certaines formes, fibrose pulmonaire et colite granulomateuse. Dix gènes sont connus comme étant impliqués dans cette pathologie et ont tous un rôle dans le transport et l’adressage de protéines des organelles associées aux lysosomes (LRO), notamment dans les mélanosomes et les granules denses plaquettaires. Le complexe protéique BLOC-2 est formé des trois protéines HPS3, HPS5 et HPS6 et intervient dans la biogénèse des LRO.

Les HPS de type 3, 5 et 6 sont décrits comme étant des formes plus modérées par rapport aux types 1 et 4 dans lesquels une surmortalité, liée aux complications pulmonaires, est observée. Nous rapportons ici 2 cas d’HPS-3, 10 cas d’HPS-5 et 12 cas d’HPS-6. Les 24 patients ont été analysés par séquençage nouvelle génération sur un panel comprenant 19 gènes d’albinisme syndromique et non syndromique. Dans cette série comprenant 15 enfants et 9 adultes avec un sex ratio de 1, une consanguinité est retrouvée dans 69% des cas (11/16). L’hypopigmentation est généralement modérée avec des cheveux bruns dans 61% des cas (11/18), une peau blanche à brune avec tendance à pigmenter et la majorité d’iris couleur brune. L’atteinte ophtalmologique est, en revanche, très constante. Seulement 5 patients présentent des ecchymoses ou saignements faciles mais sans conséquence majeure. Pour un patient, une anomalie de l’agrégation plaquettaire est notée sans détail plus précis. Aucun signe pulmonaire ni d’anomalie de développement n’est rapporté et seulement 2 patients présentent des troubles digestifs de type colopathie fonctionnelle.

L’analyse moléculaire a permis de trouver 25 nouvelles mutations dont 3 grandes délétions. Seulement 7 mutations sont rapportées dans la base de données gnomAD, à une fréquence inférieure à 0,01% et sans homozygote rapporté. On retrouve 17 mutations tronquantes, 10 mutations faux-sens, 2 mutations d’épissage et 3 délétions. La ségrégation a pu être établie pour 14 patients et était concordante.

La description phénotypique de cette série est en accord avec les cas déjà publiés à savoir une forme modérée de la pathologie sans complication. La synthèse de tous ces cas permet de mieux définir le phénotype lié aux mutations d’HPS3, HPS5 ou d’HPS6. Il ressort ici que l’atteinte des protéines d’un même bloc protéique entraine un phénotype similaire.

Il semble donc essentiel de réaliser l’analyse moléculaire de patients présentant des symptômes compatibles avec un HPS afin de mieux renseigner le patient sur son pronostic et d’adapter sa prise en charge. Il convient aussi d’envisager cette hypothèse diagnostique de formes modérées d’HPS dans le cas d’albinisme oculaire sans hypopigmentation franche.


Vincent MICHAUD (Bordeaux), Eulalie LASSEAUX, Claudio PLAISANT, Pennamen PERRINE, Fanny MORICE-PICARD, Benoit ARVEILER
00:00 - 00:00 #12685 - P459 - DPC Primary carnitine deficiency presenting as familial hypertrophic cardiomyopathy and sudden cardiac death: a treatable disorder identified through exome sequencing.
P459 - DPC Primary carnitine deficiency presenting as familial hypertrophic cardiomyopathy and sudden cardiac death: a treatable disorder identified through exome sequencing.

Pediatric cardiomyopathy is a rare but severe disease with high morbidity and mortality. In children, cardiomyopathy is poorly understood and only in one third of pediatric cases a cause can be established. Recent developments in sequencing technology, specifically next-generation sequencing (NGS), now make it possible to screen large proportions of the human genome and are a valuable tool for the detection of genetic causes of cardiomyopathy. This is particularly important given the large clinical variability and the large number of genes (>100) in which mutations can occur that cause pediatric cardiomyopathy. We here present a consanguineous family with multiple siblings affected by hypertrophic cardiomyopathy (HCM) and sudden cardiac death in whom we performed whole-exome sequencing. We identified a homozygous stop mutation in the SLC22A5 gene which is associated with primary carnitine deficiency (PCD). Targeted carnitine tandem mass spectrometry analysis in the patient revealed complete absence of plasma free carnitine and trace levels of total carnitine.  L-carnitine supplementation in the sole surviving affected patient resulted in a rapid and dramatic clinical improvement. This case illustrates the use of exome sequencing as an unbiased diagnostic tool in pediatric cases of HCM, providing a starting point for successful treatment of the affected patients and preventing further deterioration and premature death.


Najlae ADADI, Najim LAHROUCHI, L.m LODDER, Maria MANSOURI, Leila ZNIBER, Rafik TADROS, Sb CLUR, Ky VAN SPAENDONCK-ZWARTS, Av POSTMA, Abdelaziz SEFIANI, Ilham RATBI (Rabat, Maroc), Connie BEZZINA
00:00 - 00:00 #12691 - P460 Histoire naturelle de la pycnodysostose : Recommandations à partir de 20 familles françaises et d'une revue de la littérature.
P460 Histoire naturelle de la pycnodysostose : Recommandations à partir de 20 familles françaises et d'une revue de la littérature.

La pycnodysostose est une dysplasie squelettique lysosomale qui se transmet sur le mode autosomique récessif. Elle se caractérise par une ostéosclérose, une petite taille, une acro-ostéolyse, une dysmorphie faciale caractéristique, et une fragilité osseuse avec une augmentation du risque fracturaire. De par la faible prévalence de la maladie et son hétérogénéité clinique, il est encore difficile d’établir un pronostic précis, et de proposer aux patients des soins spécifiques et adaptés.  

Nous avons établi un questionnaire que nous avons soumis à tous les médecins du réseau construit autour de la filière OSCAR (Os-Calcium-Cartilage). Une base de données établie à partir de ces résultats collige les données clinico-biologiques de 28 patients atteints de pycnodysostose issus de 20 familles. Une consanguinité a été retrouvée dans 84% des familles. Les radiographies montraient une augmentation de la densité osseuse pour 100% des patients. L’ostéodensitométrie n’était jamais nécessaire à l’établissement du diagnostic. La petite taille était constante (-3.4 DS) et plus sévère chez les femmes (p = 0.006). Le taux de fracture moyen était modéré (0.2 par an), avec un total de 4 fractures, entre 11 et 19 ans en moyenne. 75% ont nécessité au moins une prise en charge chirurgicale, avec une moyenne de 2 interventions par patient. 50% ont bénéficié d’une ventilation non-invasive dans l’enfance en réponse à un syndrome d’apnées du sommeil (67%). 29% présentaient des difficultés psychomotrices et 33% ont nécessité une scolarisation adaptée ou accompagnée. La prescription d’hormone de croissance améliorait la croissance staturale dans 40% des cas.  

Dans le cadre de cette étude, nous avons créé une importante base de données de patients français atteints de pycnodysostose, qui nous donne d’ores-et-déjà de précieux résultats concernant l’évolution clinique de ces patients, et du suivi dont ils ont besoin. 

Nous proposons ici plusieurs pistes d’amélioration de la prise en charge de cette maladie, comme le dépistage systématique des malformations de Chiari par IRM cérébrale, ou encore la mise en place d’un suivi psychologique. 


Varoona BIZAOUI (Paris), Caroline MICHOT, Genevève BAUJAT, Cyril AMOUROUX, Yline CAPRI, Martine COHEN-SOLAL, Corinne COLLET, Anne DIEUX, David GENEVIÈVE, Bertrand ISIDOR, Massimiliano ROSSI, Anya ROTHENBUHLER, Elise SCHAEFER, Valérie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #12692 - P461 - DPC ARCHITECTURE GENETIQUE DE L’HYPERTENSION PULMONAIRE REVISITEE PAR LES PANELS NGS.
P461 - DPC ARCHITECTURE GENETIQUE DE L’HYPERTENSION PULMONAIRE REVISITEE PAR LES PANELS NGS.

Contexte

L'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) est une maladie rare et grave, de transmission autosomique dominante, définie par l'augmentation des résistances artérielles pulmonaires, résultant de l’oblitération progressive des artères pulmonaires de petit calibre par une prolifération des cellules vasculaires et évoluant vers l'insuffisance cardiaque droite. Depuis la découverte de mutations dans le gène BMPR2 en 2000, des mutations sur plusieurs autres gènes, liés ou non à la signalisation BMPR2, ont été découvertes faisant de l’HTAP une maladie génétique hétérogène. La maladie veino-occlusive pulmonaire (MVO) est une forme rare d’hypertension pulmonaire cliniquement proche de l’HTAP, de transmission autosomique récessive, pour laquelle EIF2AK4 a été identifié comme gène causal principal.

Objectifs

Etudier la prévalence des mutations des gènes impliqués dans l’HTAP et la MVO grâce à une approche de NGS ciblé.

Méthodes

Analyse de 176 cas index : 117 HTAP idiopathiques (HTAPi), 8 HTAP familiales (HTAPf), 8 HTAP induites par médicament ou toxine et 43 MVO.  Screening moléculaire par un panel de capture ciblé comprenant les gènes ACVRL1, ENG, GDF2, BMPR2, CAV1, KCNK3, EIF2AK4, SMAD9 et TBX4. Tout variant potentiellement pathogène a été vérifié par séquençage Sanger ou analyse MLPA.

Résultats

Une mutation a été identifiée chez 31 des 176 sujets analysés: 22 chez les HTAPi (19% d'HTAPi), 5 chez les HTAPf (62.5% d’HTAPf) et 4 chez les MVO (9.3% des MVO). Aucune mutation n'a été identifiée chez les patients avec HTAP induite par médicament ou toxine.

Nous avons identifié 18 mutations de BMPR2 (13 HTAPi ; 5 HTAPf), 2 de ACVRL1 (2 HTAPi), 5 de TBX4 (4 HTAPi), 1 de GDF2 (1 HTAPi), 1 de SMAD9 (1 HTAPi) et 5 mutations bialléliques de EIF2AK4 (1 HTAPi et 4 MVO). Aucune mutation pathogène n'a été identifiée dans KCNK3 ou CAV1. Cependant, un variant de signification inconnue possiblement pathogène a été identifié dans chacun de ces gènes.

Conclusions

L’approche de NGS ciblé est un outil efficace pour améliorer la connaissance de l'architecture génétique de l'HTAP. Dans notre cohorte, le gène majeur reste BMPR2, suivi de TBX4, et les mutations de plusieurs autres gènes impliqués dans l’HTAP ont été détectées dans un petit nombre de cas. L'identification de ces mutations permet de confirmer l'implication de ces gènes dans l’HTAP, car seuls quelques rares cas ont été rapportés dans la littérature. Cela permet également de proposer un conseil génétique à ces patients et à leur famille. En outre, l'identification de mutations bialléliques du gène EIF2AK4 peut confirmer un diagnostic de MVO initialement suspecté ou non.


Mélanie EYRIES (PARIS), Anne LEROY, Barbara GIRERD, David MONTANI, Marilyne LEVY, Damien BONNET, Florence COULET, Anaud BOURDIN, Romain TRESORIER, Ari CHAOUAT, Vincent COTTIN, Céline SANFIORENZO, Grégoire PREVOT, Martine REYNAUD-GAUBERT, Claire DROMER, Ali HOUEIJEH, Karine NGUYEN, Marc HUMBERT, Florent SOUBRIER
00:00 - 00:00 #12723 - P462 La digital droplet PCR : un outil moléculaire ultrasensible pour le diagnostic précoce du syndrome de McCune Albright.
P462 La digital droplet PCR : un outil moléculaire ultrasensible pour le diagnostic précoce du syndrome de McCune Albright.

Contexte : Le syndrome de McCune Albright (SMA) est une maladie génétique non héréditaire de révélation généralement pédiatrique caractérisée par une triade clique associant une dysplasie fibreuse des os (DFO), des tâches cutanées café-au-lait (TCC) et une puberté précoce périphérique (PPP) pouvant être associée à des atteintes système endocrine comme une hyperthyroïdie ou un adénome hypophysaire. Le SMA est du à des mutations activatrices récurrentes du gène GNAS. La survenue post-zygotique de ces mutations est responsable d’une distribution en mosaïque, les rendant généralement indétectables dans le sang périphérique. En conséquence, en l’absence de prélèvement invasif, le diagnostic est souvent tardif, basé sur l’apparition d’au moins 2 des 3 signes cliniques de la triade.

Objectif : Le développement d’un test sensible et non invasif est un enjeu majeur pour l’amélioration de la précocité du diagnostic et de la prise en charge des patients.

 Méthodologie : Nous avons développé la recherche des mutations R201C et R201H du gène GNAS par digital droplet PCR (ddPCR). Après une phase de validation technique et de comparaison de méthode sur 37 échantillons variés d’ADN de 18 patients précédemment analysés par Nested-PCR par l’équipe du laboratoire d’hormonologie du CHRU de Montpellier, nous avons analysé l’ADN extrait à partir du sang total de patients présentant 1 à 3 signes du SMA, et également des échantillons d’ADN somatique ou d’ADN circulant plasmatique chez les mêmes patients.

 Résultats : 16 patients, âgés de 1 à 71 ans, ont été inclus. Une mutation  de GNAS a été détecté chez 50% dans l’ADN extrait du sang total quelque soit le nombre de signes cliniques. Ce taux de détection de mutation a été augmenté jusqu’à 62% (10/16) des patients en combinant l’analyse sur sang total avec une analyse de l’ADN circulant plasmatique.

Conclusion/discussion : Nous démontrons ici l’intérêt de la  technique de ddPCR pour le dépistage ciblé des mutations de GNAS chez les patients dés l'apparition d'une lésion typique du SMA, avec un bénéfice considérable en terme de sensibilité, d’acceptabilité et de coût. La combinaison de cette technologie innovante avec une analyse sur ADN circulant augmente drastiquement le taux de détection de mutation (62%) au delà des taux retrouvés pour un prélèvement non invasif analysé par des techniques de PCR avec enrichissement : Nested-PCR, MEMO-PCR ou PNA clamping dans la littérature (respectivement 37%, 29% et 35%).


Pauline ROMANET (MARSEILLE), Pascal PHILIBERT, Frédéric FINA, Thomas CUNY, L'houcine OUAFIK, Alain ENJALBERT, Françoise PARIS, Rachel REYNAUD, Anne BARLIER
00:00 - 00:00 #12724 - P463 - DPC Une mutation du gene RRAD conduit à l’apparition de perturbations électriques et structurales cellulaires cardiaques dans une famille atteinte du syndrome de Brugada.
P463 - DPC Une mutation du gene RRAD conduit à l’apparition de perturbations électriques et structurales cellulaires cardiaques dans une famille atteinte du syndrome de Brugada.

Le syndrome de Brugada (BrS) est une maladie rare associée à un risque élevé de tachycardies ventriculaires pouvant mener à la mort subite cardiaque chez les patients atteints. A ce jour, seulement 30% des cas de BrS ont été liés à des causes génétiques connues et sont généralement associées à des mutations du gène SCN5A codant pour le canal sodique cardiaque Nav1.5. Par une approche basée sur le séquençage d’exomes complets, nous avons identifié un variant rare non synonyme (p.R211H) sur le gène RRAD partagé par les cinq membres atteints au sein d’une grande famille avec histoire de BrS.

RRAD code pour la protéine G monomérique Rad, précédemment impliquée dans des modèles expérimentaux de pathologies cardiaques, telles que l'hypertrophie. [RR1]  Afin de déterminer l’implication du variant p.R211H dans cette forme familiale de BrS, nous avons réalisé une étude fonctionnelle combinant trois modèles expérimentaux : (1) des cardiomyocytes dérivés des cellules souches pluripotentes induites (CM-iPSC) reprogrammées à partir des membres de la famille ; (2)  des cardiomyocytes isolés de souris nouveau-nées (CNN) dans lesquels Rad-WT et Rad-p.R211H ont été surexprimé ; (3) un modèle knock-in de souris portant le variant Rad R210H.

Les CM-iPSC issus du patient BrS présentent une diminution de la dV/dTmax du potentiel d’action (PA) liée à une diminution des courants dépolarisants INa et ICaL, une augmentation de la durée du PA associée à une augmentation du courant sodique persistant INaP et une incidence élevée de post-dépolarisation précoces (EAD). Ce phénotype électrique s’associe à une désorganisation du cytosquelette d’actine engendrant une perturbation de l’organisation sarcomérique au sein de ces cardiomyocytes ainsi qu’une réduction des points focaux d’adhésion (FAd). Des résultats similaires ont été obtenus sur les CNN surexprimants Rad-WT et Rad-p.R211H qui montrent une diminution des courant INa et ICaL ainsi qu’une corticalisation du cytosquelette d’actine et une diminution du nombre de FAd. Les résultats préliminaires obtenus sur la souris KI Rad R210H, montrent une perturbation de l’ECG enregistrés sous Ajmaline à l’âge de 15 semaines ainsi qu’une augmentation de la fibrose interstitielle dans le ventricule droit. La protéine Rad a été retrouvée 4 fois plus exprimée au sein de la chambre de chasse du ventricule droit que dans les autres compartiments cardiaques des souris KI et WT.

Notre étude démontre l’implication de Rad dans le syndrome de Brugada, le phénotype observé en présence du variant p.R211H associant les perturbations électriques classiquement liées à la pathologie à des troubles du cytosquelette.


Nadjet BELBACHIR (Nantes), Vincent PORTERO, Jean-Baptiste GOURRAUD, Laurence JESEL, Nathalie GABORIT, Christophe GUILLUY, Aurore GIRARDEAU, Stéphanie BONNAUD, Floriane SIMONET, Matilde KARAKACHOFF, Sabine PATTIER, Carol SCOTT, Sophie BUREL, Celine MARIONNEAU, Caroline CHARRIAU, Anne GAIGNERIE, Emmanuelle GENIN, Jean-François DELEUZE, Christian DINA, Jean-Jacques SCHOTT, Vincent PROBST, Richard REDON, Flavien CHARPENTIER, Solena LE SCOUARNEC
00:00 - 00:00 #12733 - P464 Analyse génétique en WHOLE EXOME SEQUENCING de 6 familles prédisposées à la sarcoïdose : une grande hétérogénéité génétique mais une focalisation fonctionnelle autour des voies de signalisation de l’autophagie.
P464 Analyse génétique en WHOLE EXOME SEQUENCING de 6 familles prédisposées à la sarcoïdose : une grande hétérogénéité génétique mais une focalisation fonctionnelle autour des voies de signalisation de l’autophagie.

La sarcoïdose reste une maladie d’étiologie méconnue. Les approches explicatives sont actuellement environnementales et/ou génétiques. Les hypothèses fonctionnelles et biochimiques ont abordé les voies de signalisation suivantes: NFkB, STAT1, Galphai, RIP2, IRAK et plus récemment mTOR. L’étude nationale SARCFAM (Familial vs. sporadic sarcoidosis: BTNL2 polymorphisms, clinical presentations, and outcome in a French cohort (GSF). Orphanet J. Rare Dis.  2016; 11: 165-73) a permis de collecter plus de 150 familles présentant une prédisposition à la maladie. Au sein de cette cohorte, six familles réunissant au moins deux ou trois sujets malades et un ou deux témoins sains ont pu bénéficier d’une étude en Whole Exome Sequencing (WES). Le séquençage a été réalisé sur Illumina HiSEQ 2500 en coopération avec INTEGRAGEN (C) et les données sources ont été analysées par un pipeline informatique développé au sein de l'équipe suivant les recommandations du Broad Institute :(https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/best-practices).

Tous les cas et témoins ont été séquencés deux fois dans des protocoles indépendants et seuls les résultats reproductibles ont été retenus.  Une sélection  de variants géniques ont été confirmés par séquençage SANGER.

 Les résultats montrent :

1) que cette maladie présente une très forte hétérogénéité génétique,

2) que des variations génotypiques entre patients d’une même famille sont susceptibles d’expliquer une expressivité variable de la maladie,

3) qu’il existe une forte concentration de mutations dans la sphère immunologique,

4) que ces mutations intéressent les voies de signalisation et de régulation de l’autophagie autour des hubs fonctionnels Rac1 et de la voie mTor,

5) qu’il existe une concentration par famille de variants pathogènes in silico dans ces voies fonctionnelles , 3 à 8 pour Rac1, 2 à 6 pour mTOR et l’autophagie, suggérant une complémentation des effets pathogènes à l’origine de la prédisposition.

Ces observations s’inscrivent dans le cadre des progrès récents sur le rôle d’une dérégulation de la voie mTOR dans la genèse du granulome, en particulier dans le contexte de la sarcoïdose. Elles conduisent à des hypothèses séduisantes sur un dysfonctionnement du processus d’autophagie rendant les malades plus vulnérables à divers facteurs pathogènes de l’environnement . Il s’agit de la première étude à l’échelon mondial sur les formes familiales de sarcoïdose. Les résultats préliminaires de tests fonctionnels sur un des gènes codant un régulateur de Rac1 seront présentés. Les données génotypiques obtenues, étendues à l’ensemble de la cohorte nationale SARCFAM et à des formes pédiatriques (1), seront utiles pour la définition des groupes phénotypiques de la maladie, des formes bénignes aux évolutions les plus sévères avec fibrose, et à terme envisager une meilleure adaptation thérapeutique. 

(1) CALENDER A. et coll., soumis le 7.09.2017, BMC Medical Genomics


Alain CALENDER (BRON), Pierre ROLLAT FARNIER, Anne BLANGY, Adrien BUISSON, Abderazzaq BENTAHER, Gilles DEVOUASSOUX, Vincent COTTIN, Valérie BESNARD, Carole PLANES, Dominique ISRAEL BIET, Claire BARDEL, Pascal ROY, Dominique VALEYRE, Yves PACHECO, Gsf GROUPE SARCOÏDOSE FRANCE
00:00 - 00:00 #12746 - P465 Amplification de TP53 dans un cas de LAM.
P465 Amplification de TP53 dans un cas de LAM.

La recherche d’anomalies de TP53 n’est pas une démarche classique dans le contexte des leucémies aiguës myéloblastiques (LAM). Nous rapportons le cas d’un patient, actuellement traité depuis 3 mois par azacytidine, chez qui des anomalies inhabituelles de ce gène ont été observées.

Il s’agit d’un patient de 81 ans sans antécédent particulier, chez qui est découverte, au cours d’un bilan systématique, une anémie à 7,1g/dL bien tolérée. L’examen clinique ne présente pas de particularité. Le bilan biologique retrouve à l’hémogramme une anémie macrocytaire à 6,9 g/dL associée à une thrombopénie à 106 G/L. Un myélogramme est réalisé, qui met en évidence des signes de dysplasie sur les 3 lignées, mais surtout 32% de blastes à chromatine fine, la présence de rares corps d’Auer et une expression de la myeloperoxydase aboutissant au diagnostic de LAM2. La cytométrie en flux retrouve sur un prélèvement sanguin 6% de blastes myéloïdes CD34+, CD13+, CD33+, CD117+. Le caryotype médullaire met en évidence 2 clones complexes indiquant un pronostic cytogénétique défavorable. Il existe notamment sur ces deux clones du matériel chromosomique additionnel sur le bras court d’un chromosome 17 en 17p13, faisant suspecter une délétion de TP53. Il existe par ailleurs plusieurs marqueurs chromosomiques (deux dans un clone, trois dans le second).

Une analyse FISH est réalisée à la recherche d’une délétion TP53 avec la sonde TP53 et la sonde centromérique témoin D17Z1 (Cytocell-LPH 017) qui met en évidence, non pas une délétion, mais une amplification avec présence de 6 à plus de 10 signaux 17p13-TP53 pour effectivement seulement 2 signaux témoins D17Z1 dans 90% des noyaux observés. Les métaphases présentes sur l’échantillon examiné en FISH permettent de retrouver des signaux TP53 avec une intensité augmentée sur le matériel chromosomique additionnel en 17p13. Ces signaux augmentés sont également présents sur les marqueurs chromosomiques.

Le gène TP53 étant un gène suppresseur de tumeur, il est surprenant de le retrouver amplifié dans une LAM ce qui laisse supposer une mutation rendant la protéine non fonctionnelle. L’analyse en biologie moléculaire par séquençage direct (technique Sanger) sur un prélèvement sanguin retrouve effectivement une mutation de TP53 de type p.V143M. Si les délétions et les mutations de TP53 sont très largement décrites, aucun cas d’amplification de TP53 n’est rapporté à notre connaissance dans les LAM. Cette amplification d’un gène muté, probablement non fonctionnel, peut se rapprocher des hyperexpressions détectées en immunohistochimie de la protéine P53, décrites dans de nombreuses pathologies tumorales.


Olivier THEISEN (Nantes), Eric DRESCO, Marion EVEILLARD, Marie-Christine BENE, Catherine GODON, Yannick LE BRIS
00:00 - 00:00 #12749 - P466 Amplification inhabituelle d’EVI1 dans une leucémie aiguë myéloblastique.
P466 Amplification inhabituelle d’EVI1 dans une leucémie aiguë myéloblastique.

Le gène EVI1 code pour un facteur de transcription constitué d’une protéine en doigt de zinc qui joue un rôle dans le développement et l’oncogénèse. Une expression inappropriée d’EVI1 est rapportée dans 1 à 3% des leucémies aiguës myéloblastiques, associée à un pronostic péjoratif. Ceci résulte le plus souvent d’une activation constitutive du gène, par inv(3)(q21q26) ou t(3;3)(q21;q26) impliquant le gène RPN1 en 3q21, mais il existe de nombreux autres gènes partenaires. Par contre, l’association d’une leucémie aiguë myéloblastique et d’une amplification d’EVI1 n’a été que très rarement décrite.

Le patient concerné était un homme âgé de 69 ans au moment de l’observation rapportée. Il présentait des antécédents de cancer de la prostate, 11 ans auparavant, et un diagnostic de myélome multiple IgG-lambda avait été porté un an plus tôt, traité de façon efficace par melphalan, prednisone et bortezomib. Il est hospitalisé fin 2012 dans un contexte de thrombose du membre inférieur et l’hémogramme met en évidence une pancytopénie et la présence de blastes circulants. Un myélogramme retrouve 40% de blastes majoritairement non différenciés, 10% de plasmocytes et des signes de dysplasie multilignée. Un diagnostic de LAM secondaire à la chimiothérapie est posé. Le caryotype, complexe, est caractérisé par une délétion du bras long du chromosome 7, la perte d’un chromosome 3 et la présence de matériel additionnel sur le chromosome 14, associées à la présence d’un anneau chromosomique. La FISH confirme la del(7q) dans 50% des noyaux. Le matériel chromosomique additionnel situé en 14 p est un segment chromosomique du chromosome 3 et l’anneau chromosomique n’est constitué que de chromosome 3. Ces anomalies suggèrent l’implication du gène EVI1 et l’utilisation d’une sonde triple couleur montre une amplification majeure d’EVI1 dans la moitié des cellules également.

Les anomalies du chromosome 3 sont de très mauvais pronostic dans les LAM. Ces dernières sont le plus souvent des LAM secondaires, associées à un caryotype complexe comprenant une monosomie 7 et une dysplasie multilignée comme chez ce patient. On y observe également des micromégacaryocytes en cluster . Dans ce cas très particulier de LAM secondaire, la perte d’un chromosome 3 et la présence d’un chromosome en anneau ne préjugeaient pas de la présence d’une anomalie de ce gène. L’identification en FISH a permis de constater que l’anneau chromosomique était entièrement constitué de matériel génomique du chromosome 3, ce qui a permis de guider l’identification de cette amplification majeure d’EVI1 représentant la quasi-totalité de l’anneau chromosomique. Les chromosomes en anneau, qui résultent de la circularisation d’un chromosome suite à des délétions sur les deux bras, sont des formes instables qui peuvent subir au cours des divisions cellulaires des duplications successives. C’est ce qui s’est passé au niveau du locus d’EVI1 chez ce patient.


Olivier THEISEN (Nantes), Pascal GODMER, Catherine GODON, Marie-Christine BENE, Marion EVEILLARD
00:00 - 00:00 #12762 - P467 UMD-SLC40A1 : une base de données dédiée à l’étude et à l’interprétation clinique des variants rares du gène associé à l’hémochromatose de type 4, ou maladie de la ferroportine.
P467 UMD-SLC40A1 : une base de données dédiée à l’étude et à l’interprétation clinique des variants rares du gène associé à l’hémochromatose de type 4, ou maladie de la ferroportine.

Introduction : L’hémochromatose (HC) de type 4 est une maladie innée du métabolisme du fer, de transmission autosomique dominante et quasi-exclusivement associée à des mutations faux-sens du gène SLC40A1. Ce gène code un transporteur de fer intracellulaire unique chez les mammifères : la ferroportine 1. Sur le plan clinique, on distingue les mutations gain-de-fonction, entraînant une surcharge en fer systémique progressive comparable à celle observée dans l’HC liée au gène HFE (HC de type 4B), des mutations perte-de-fonction, occasionnant une surcharge en fer macrophagique marquée par une hyperferritinémie contrastant avec un coefficient de saturation de la transferrine normal ou légèrement augmenté (HC de type 4A). Cette seconde entité clinique qui prédomine dans la littérature est souvent appelée « maladie de la ferroportine ». Après la description de « familles historiques », on assiste aujourd’hui à la publication d’un nombre grandissant de variants très rares, voire privés, dont l’association avec une forme primitive de surcharge en fer est discutable. Le problème est d’autant plus important que le diagnostic d’HC de type 4 est souvent proposé sur des bases biologiques et que de nombreuses phénocopies existent.

Méthodes : Une analyse bibliographique exhaustive a permis de recenser 54 variants du gène SLC40A1 décrits chez 289 patients dont 53 familles. Les données moléculaires, biologiques, histologiques, cliniques et thérapeutiques disponibles pour chaque patient ont été renseignées dans une base de type UMD (« Universal Mutation Database »). Chaque variant a ensuite été classé selon les recommandations de l’« American College of Medical Genetics and Genomics » et à l’aide de l’outil InterVar. L’interprétation fonctionnelle des variants s’est basée sur les résultats de tests fonctionnels in vitro (1,2), complétés par des prédictions in silico.

Résultats : Les 54 variants ont été classés en 5 catégories : pathogéniques (n=16), probablement pathogéniques (n=22), probablement bénins (n=5), bénins (n=3), et de signification inconnue (n=8). Sur les 38 variants associés à l’HC de type 4, 20 ont été associés à une perte de fonction et 15 à un gain de fonction. L’analyse des données biologiques et cliniques a permis de mettre en évidence une nette disparité entre les variants pathogéniques et les variants bénins ou probablement bénins. Ces derniers sont associés à des valeurs de ferritine sérique plus modérées, susceptibles d’être expliquées par des causes secondaires (syndrome métabolique, alcool).

Conclusion : Notre base de données, inédite, permet d’apprécier le spectre mutationnel du gène SLC40A1 en faisant converger un ensemble d’informations indispensables à l’interprétation clinique de variants rares. Au delà de son intérêt pour le diagnostic et le conseil génétique, elle permet d’améliorer les connaissances sur l’HC de type 4 qui reste probablement sous-diagnostiquée.

1. Le Gac et al, Hum. Mut., 2013.

2. Callebaut el al, Hum. Mol. Genet, 2014.


Kévin UGUEN (Brest), Julie GUELLEC, Chandran KA, Isabelle GOURLAOUEN, David SALGADO, Christophe BEROUD, Claude FEREC, Gérald LE GAC
00:00 - 00:00 #12766 - P468 Mutations post-zygotiques de BRAF dans des formes de phacomatose pigmentokératosique et de syringocystadénome papillifère congénital syndromique avec atteinte vasculaire : extension du spectre de BRAF dans les RASopathies en mosaïque.
P468 Mutations post-zygotiques de BRAF dans des formes de phacomatose pigmentokératosique et de syringocystadénome papillifère congénital syndromique avec atteinte vasculaire : extension du spectre de BRAF dans les RASopathies en mosaïque.

La phacomatose pigmentokératosique (PPK) est définie par l’association, chez un même patient, d’un naevus épidermique et d’un naevus spilus. Le syringocystadénome papillifère (SCAP) est une lésion cutanée bénigne et sporadique qui suit fréquemment les lignes de Blashko. Des mutations des gènes HRAS et BRAF ont été identifiées dans ces deux affections. Nous rapportons deux patientes avec des présentations cliniques associées à des mutations postzygotiques de BRAF, identifiées par séquençage de nouvelle génération dans l’ADN d’une biopsie cutanée prélevée en zone atteinte : (1) le deuxième cas de PPK associé à la variation p.(Gly596Arg) encore non rapportée ; (2) le troisième cas de SCAP congénital causé par la variation p.(Val600Glu), mais avec une présentation non linéaire et associée à des anomalies vasculaires et oculaires. Des mutations germinales activatrices de BRAF sont identifiées dans les RASopathies germinales, notamment le syndrome cardiofaciocutané (CFC), mais aussi les syndromes de Noonan et LEOPARD. Dans ces affections peuvent être présentes des lésions cutanées pigmentaires telles que lentigines et tâches café-au-lait. Ainsi, il existe un chevauchement entre la PPK et les RASopathies germinales secondaires à une mutation de BRAF. L’identification d’une mutation germinale p.(Gly596Val) au niveau du même codon 596 dans un syndrome CFC est un argument supplémentaire de ce chevauchement à la fois clinique et génétique. Notre cas de SCAP congénital syndromique est tout à fait comparable à un autre cas récemment rapporté, bien que notre patiente présente un anévrysme de la terminaison de la carotide droite à la place d’un astrocytome anaplasique. Des variations post-zygotiques de BRAF ont été identifiées dans des granulomes pyogéniques, qui sont des lésions cutanées vasculaires bénignes apparaissant soit de manière sporadique, soit sur des angiomes préexistants. Nos résultats confortent l’hypothèse d’un rôle des mutations de BRAF dans la survenue de lésions vasculaires bénignes, non restreintes à la classique mutation p.(Val600Glu). L’identification de variations post-zygotiques de BRAF dans des présentations de PPK et de SCAP congénital syndromique confirme l’association récente de mutations de ce gène dans ces RASopathies en mosaïque.


Paul KUENTZ (Besançon), Virginie CARMIGNAC, Athur SORLIN, Jeanne AMIEL, Olivia BOCCARA, Sylvie FRAITAG, Annabel MARUANI, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Judith ST-ONGE, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Pierre VABRES
00:00 - 00:00 #12775 - P469 Caractérisation d’une cohorte de patients avec neuropathie optique héréditaire.
P469 Caractérisation d’une cohorte de patients avec neuropathie optique héréditaire.

Introduction. Les neuropathies optiques génétiques sont caractérisées par un dysfonctionnement mitochondrial secondaire à différentes mutations impliquant le génome mitochondrial ou nucléaire. Le diagnostic étiologique de ces neuropathies optiques héréditaires reste parfois difficile. L'objectif de ce travail est la recherche de corrélations génotype-phénotype dans les neuropathies optiques isolées, la neuropathie optique de Leber (NOHL) et l’atrophie optique dominante (AOD).

Patients et méthodes.  Les patients avec neuropathie optique à caractère héréditaire suivis et prélevés au CHU de Reims entre 1997 et 2017 ont été inclus dans notre étude. Ils ont bénéficié d’une étude exhaustive par NGS de l’ADN mitochondrial ainsi que des gènes nucléaires OPA1, OPA3, AFG3L2, MFN2 et SPG7. Cette étude rétrospective a permis l’inclusion de 30 cas-index atteints d’une neuropathie optique à caractère héréditaire. Ces patients ont tous bénéficié d'une consultation de génétique au CHU de Reims. Les dossiers médicaux ont été étudiés afin de relever les données démographiques, cliniques, biologiques, ainsi que les résultats des examens complémentaires.

Résultats. Un diagnostic de certitude a été posé chez 40% (12/30) des patients. 5 patients (16,7%) présentaient une mutation de l’ADN mitochondrial (patients NOHL), 6 patients (20%) portaient une mutation du gène OPA1, et un patient portait une mutation du gène MFN2. La baisse d'acuité visuelle est significativement plus sévère chez les patients NOHL  que chez les patients OPA1. Aucune différence significative n’a été mise en  évidence entre les deux groupes en ce qui concerne l’épaisseur de la couche des fibres nerveuses rétiniennes (RNFL). L’étude des facteurs de risque, toxiques et carentiels, a permis d’identifier un facteur de risque, toxique et/ou carentiel chez 50% des patients LHON ; et une carence en vitamine B3 et en carnitine chez les patients NOHL et OPA1.

Discussion et perspectives. A ce jour, les thérapeutiques proposées dans les neuropathies optiques génétiques ont une efficacité controversée. Néanmoins, différents facteurs de risque de toxicité mitochondriale ont été identifiés pouvant favoriser le déclanchement de la neuropathie optique, et plus particulièrement chez les patients NOHL. L’obtention d’un diagnostic de certitude, la recherche systématique de facteurs de risques, l’enquête familiale, le conseil génétique et la prise en charge hygiéno-diététique adaptée du cas- index et des apparentés porteurs asymptomatiques sont indispensables. La rédaction d’un protocole national de diagnostic et de soins serait utile afin d’harmoniser les pratiques.


Marie-Aude ROBERT DE RANCHER, Anne-Sophie LEBRE (Reims), Virginie GRYBEK, Dominique GAILLARD
00:00 - 00:00 #12783 - P470 - DPC Cardiomyopathies pédiatriques : Spectre moléculaire et relations génotype-phénotype.
P470 - DPC Cardiomyopathies pédiatriques : Spectre moléculaire et relations génotype-phénotype.

Introduction : Les cardiomyopathies (CM) sont des maladies du muscle cardiaque d’origine génétique dans 50-60% des cas et de transmission souvent autosomique dominante.  La prévalence varie de 1/500 à 1/5000 pour les entités les plus fréquentes, et le diagnostic est généralement posé chez l’adulte jeune. Les formes pédiatriques dont l’origine reste mal connue, à l’exception des phénotypes syndromiques, métaboliques ou infectieux, semblent présenter une évolution d’emblée sévère.  L’objectif du travail est de déterminer les causes génétiques de cardiomyopathies pédiatriques dans une cohorte de 57 enfants.

 

Matériel et méthodes : Cinquante-sept enfants âgés de moins de 15 ans et présentant une cardiomyopathie ont été analysés par séquençage haut débit sur un panel à façon de 52 gènes connus dans les CM et incluant quelques formes syndromiques tels que les syndromes de Barth, Pompe, Danon …

Résultats : Cette cohorte de 57 patients contient 26 filles et 31 garçons. Le rendement mutationnel global est de 61%. L’analyse par groupe phénotypique montre que dans le groupe des CM hypertrophiques (24 patients), l’âge moyen du diagnostic est de 7 ± 5 ans et le taux de mutations de 54% (13/24) incluant 3 enfants porteurs de 2 variants pathogènes (23%). Dans le groupe des CM dilatées (20 patients), l’âge moyen du diagnostic est de 4 ± 3.5 ans, le taux de mutations est de 70% (14/20) incluant 5 patients porteurs de 2 variants pathogènes (35%). Dans le groupe des autres CM (13 patients), l’âge moyen du diagnostic est de 3 ± 3.5 ans et le taux de mutations de 62% (8/13) dont 5 patients porteurs de 2 variants pathogènes.Parmi les 13 enfants présentant un génotype complexe, 9/13 sont porteurs de mutations dans deux gènes différents.

Les patients avec une cardiopathie dilatée, ou autre CM ont un âge de début significativement inférieur  (p=0,02) par rapport à ceux qui ont une CMH.

Le spectre des gènes et des mutations en cause retrouve 21 gènes mutés dont une majorité de gènes sarcomériques (13).  

En conclusion, l’analyse d’une cohorte pédiatrique par panel de gènes a permis d’identifier des causes moléculaires aux CM pédiatriques chez 61 % des patients. Les gènes du sarcomère sont prédominants et de façon intéressante, la plupart des mutations identifiées le sont pour la première fois dans notre expérience. Les patients avec CMH ont un âge de début plus tardif que les autres.

Les gènes identifiés et le taux similaire d’identification de mutation permettent de soutenir l’hypothèse d’une origine génétique commune entre les CM de l’adulte et celles de l’enfant. La sévérité du phénotype pourrait s’expliquer par un taux plus élevé de patients porteurs de deux mutations et par la nature des variants identifiés. L’identification de l’origine génétique des CM pédiatriques rend possible la proposition d’une analyse moléculaire dans les familles. Ces résultats permettent de proposer un meilleur conseil génétique aux familles notamment dans le cadre du diagnostic prénatal.  


Flavie ADER (PARIS), Diala KRHAICHE, Caroline ROORYCK-THAMBO, Alice KUSTER, Yann TROADEC, Caroline RAMBAUD, Nadir BENDRIK, Céline BORDET, Damien BONNET, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
00:00 - 00:00 #12789 - P471 - DPC Syndrome de Calcifications Artérielles Généralisées Infantiles : à propos de 2 cas.
P471 - DPC Syndrome de Calcifications Artérielles Généralisées Infantiles : à propos de 2 cas.

Introduction : Le syndrome GACI ou Calcifications Artérielles Généralisées Infantiles (ORPHA #51608) est une maladie génétique rare de pronostic sévère et de transmission autosomique récessive. Il se caractérise par la présence de calcifications artérielles disséminées, calcifications extravasculaires et anomalies cutanées et ophtalmologiques similaires à celles observées dans le Pseudo-Xanthome Elastique (PXE). Le syndrome GACI et le PXE se présentent comme étant deux pathologies appartenant à un même spectre clinique lié à des mutations dans les gènes ENPP1 et ABCC6.

Patients : Nous rapportons ici deux cas de fœtus présentant un phénotype GACI avec confirmation moléculaire. Concernant le fœtus 1, un état d’anasarque, un hydramnios et une hyperéchogénicité de l’aorte, des artères pulmonaires et des valves cardiaques ont été mis en évidence lors de l’échographie du second trimestre. Une mort fœtale in utéro a été constatée à 28 SA + 2 jours. L’examen foetopathologique macroscopique a confirmé l’anasarque et la présence d’une cardiomégalie associée à des anomalies valvulaires. Des calcifications vasculaires étendues et disséminées des artères de gros, moyens et petits calibres ont été mises en évidence à l’analyse histologique, tout comme des calcifications périarticulaires et périmusculaires sur les radiographies. Pour le fœtus 2, les anomalies anténatales mises en évidence étaient  à type d’hyperéchogénicité des parois artérielles et d’épanchement péricardique. Il est décédé in utéro au terme de 27 SA. L’examen macroscopique, histologique et radiologique a confirmé la présence d’épanchement des séreuses et de calcifications artérielles et abdominales.

Résultats et discussion : L’étude par NGS des gènes ENPP1 et ABCC6 a permis d’identifier chez chacun des fœtus deux variants à l’état hétérozygote composite dans les gènes ENPP1 et ABCC6, respectivement. L’implication d’un 3e variant dans le gène ABCC6 présent chez le fœtus avec mutations ENPP1 est discutée. Les études moléculaires par panel NGS des deux gènes impliqués dans le GACI ont été mises en place en 2016 au CHU de Reims afin de répondre à un besoin diagnostique à l’échelle nationale. Après étude parentale, ce diagnostic moléculaire permet de proposer un conseil génétique adapté aux familles ainsi qu’un diagnostic prénatal dans le cadre d’une future grossesse. 


Clémence JACQUIN, Virginie GRYBEK, Anais GRANGIER, Fabien GUIMIOT, Michèle JASMIN, Sophie MARTIN, Laurence PERRIN, Marie-Hélène SAINT-FRISON, Emilie LANDAIS, Christelle MANGEONJEAN, Anne Sophie LEBRE (Reims)
00:00 - 00:00 #12806 - P472 Une implication mitochondriale chez un patient atteint d'ataxie avec déficience en vitamine E.
P472 Une implication mitochondriale chez un patient atteint d'ataxie avec déficience en vitamine E.

 

 

Introduction : L’ataxie de Friedrich et l’ataxie avec un déficit en vitamine E sont deux maladies neurodégénératives, phénotypiquement très similaires. Les patients présentent généralement  une ataxie cérébelleuse progressive avec réflexes tendineux absents, une neuropathie sensorielle profonde, des signes de Babinski et dysarthrie. L'anomalie génique responsable de l'AVED a été localisée en 1993 sur le bras long du chromosome 8 (8Q13.1-q13.3) qui est le gène TTPA codant la protéine de transfert de l’Alpha tocophérol. Une anamalie au niveau de gène conduit à un déficit de vitamine E

Patients  et méthodes : Nous présentons un patient qui a été d'abord diagnostiqué avec une ataxie de Friedreich. Cependant le dépistage du gène de la Frataxine : candidat de l’ataxie de Friedreich a révélé l'absence d'expansion de GAA dans l'état homozygote ou hétérozygote dans le gène FXN. Ceci nous a incités à mesurer le taux sérique de la vitamine E et ensuite d’étudier  le gène  TTPA ainsi que quelques gènes mitochondriaux au moyen du séquençage automatique

Résultats : D’une part, l’analyse biochimique chez nos patients a montré une diminution de la concentration de vitamine E <1,4 mg / l par rapport à la normale (7-15mg / l) chez le patient. D’autre part, le résultat du séquençage du gène TTPA a révélé la présence de la mutation homozygote c.744delA au niveau de l’exon5, qui entraine l’apparition d’un codon stop prématuré à la position 248 (p.E248fx).En outre, l’étude moléculaire de quelques gène mitochondriaux  chez ce patient a révélé  la présence de la mutation m.10044 A>G à l’état homoplasmique dans gène de l’ARNt Glycine.  Cette mutation est impliquée dans des défauts de maturation de l’ARNt.

En conclusion, la présence d’une mutation mitochondriale m.10044A>G  pourrait être impliquée dans les dommages des différentes parties du système nerveux résultant les signes cliniques observés chez le patient AVED via la génération du stress oxydatif causé par le déficit d'antioxydant vitamine E.


Marwa MAALEJ (SFAX, Tunisie), Fatma KAMMOUN, Emna REBAI-MKAOUAR, Leila KESKES, Chanez TRIKI, Faiza FAKHFAKH
00:00 - 00:00 #12809 - P473 Phénotype avec craniosténose et fragilité osseuse causé par une mutation unique du gène B3GAT3.
P473 Phénotype avec craniosténose et fragilité osseuse causé par une mutation unique du gène B3GAT3.

Objectif: Orienté par la combinaison de synostoses radioulnaires et d'une forme particulière du crâne suggérant une craniosténose, nous décrivons 6 patients de 4 familles consanguines pour lequel le syndrome d'Antley-Bixler (SAB) était suspecté pendant la période prénatale, sans mutation retrouvée dans les gènes connus du SAB.

Méthodes: Le diagnostic moléculaire a impliqué une stratégie de séquençage de l’exome et de panel de gènes.

Résultats: Tous les patients sequencés présentent une unique mutation homozygote c.667G > A, p.Gly223Ser (NM_012200) dans le gène de la bêta-1,3-glucuronyltransférase 3 (B3GAT3), impliqué dans les linkeropathies. Les linkeropathies correspondent à un groupe récemment identifié de syndromes génétiques hétérogènes présentant un spectre d’anomalies osseuses et du tissu conjonctif. Nos patients présentaient principalement une craniosynostose, une hypoplasie de l’étage moyen de la face, une synostose radioulnaire bilatérale, des fractures néonatales multiples, des articulations luxées, une contracture articulaire, des doigts longs, une déformation du pied et des anomalies cardiovasculaires. Tous sont morts avant l'âge de 1 an.

Conclusion: Nous avons identifié un nouveau phénotype lié à B3GAT3 avec craniosynostose et fragilité osseuse, causée par une unique mutation homozygote dans le gène B3GAT3. Ce syndrome devrait être évoqué en période prénatale devant la sévérité du phénotype et en tant que diagnostic différentiel du syndrome d’Antley-Bixler ou du syndrome de Shprintzen-Goldberg.


Kevin YAUY (Montpellier), Frederic TRAN MAU THEM, Marjolaine WILLEMS, Christine COUBES, Patricia BLANCHET, Christian HERLIN, Ikram TALEB ARRADA, Elodie SANCHEZ, Jean-Michel FAURE, Marie-Pascale LE GAC, Olivier PRODHOMME, Anne BOLAND, Vincent MEYER, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Yannis DUFFOURD, Jean-François DELEUZE, Thomas GUIGNARD, Guillaume CAPTIER, Mouna BARAT-HOUARI, David GENEVIEVE
00:00 - 00:00 #12812 - P474 Apport du séquençage de nouvelle génération pour la caractérisation moléculaire de patients Algériens présentant un diagnostic clique de dystrophies musculaires des ceintures de type 2 (LGMD2).
P474 Apport du séquençage de nouvelle génération pour la caractérisation moléculaire de patients Algériens présentant un diagnostic clique de dystrophies musculaires des ceintures de type 2 (LGMD2).

Les dystrophies musculaires des ceintures de type 2 (LGMD2) représentent un large groupe de pathologies musculaires héréditaires d’une grande hétérogénéité phénotypique et génétique. Malgré une évaluation clinique critique et une analyse de la biopsie musculaire du patient, le diagnostic de ces pathologies reste difficile. En effet, une faible spécificité en biomarqueurs, l’hétérogénéité phénotypique et génétique les caractérisant, la grande taille des gènes incriminés, ainsi que les gènes inconnus à ce jour sont des éléments qui compliquent considérablement leur diagnostic moléculaire.

Afin de remédier à cette contrainte et complexité diagnostique, l’analyse de 306 gènes associés aux maladies neuromusculaires par séquençage de nouvelle génération ciblé a été effectuée. Ce travail a été réalisé pour 18 patients provenant de 5 familles présentant un phénotype LGMD2. Les variants pathogéniques sélectionnés ont été confirmés par séquençage Sanger.

L’analyse des données issues du séquençage à haut débit réalisé pour les cinq familles nous a permis de mettre en évidence le variant pathogène responsable du phénotype décrit pour chacune des familles. En effet, 6 mutations à l’état homozygote ont pu être sélectionnées : 3 dans le gène DYSF (c.5509G > A_p.Asp1837Asn, c.2643+1G > A et c.1834C > T_ p.Q612X), 1 dans le gène LAMA2 (c.8244+1G > A), 1 dans le gène GMPPB (c.458c > T_p.Thr153Ile) et 1 dans le gène CPT2 (c.338C > T_p.Ser113Leu). Tous les variants identifiés étaient en corrélation avec les caractéristiques cliniques décrites.

Grâce à une approche de séquençage à haut débit, nous avons pu caractériser sur un plan moléculaire des patients présentant une étiquette clinique de dystrophie musculaire des ceintures, ambigüe pour certains. Les résultats que nous avons obtenus montrent donc la puissance et l’efficacité du séquençage à haut débit pour le diagnostic des pathologies génétiquement hétérogènes. Cette approche s’est également révélée très utile dans l’analyse de gènes difficilement soupçonnables suite à un examen clinique classique.


Amira CHERRALLAH (Alger, Algérie), Sonia NOUIOUA, Tarik HAMADOUCHE, Mathieu CERINO, Meriem TAZIR, Martin KRAHN, Marc BARTOLI, Traki BENHASSINE
00:00 - 00:00 #12817 - P475 Le syndrome de Troyer : à propos de trois cas avec nouvelle mutation du gène SPG20.
P475 Le syndrome de Troyer : à propos de trois cas avec nouvelle mutation du gène SPG20.

Le syndrome de Troyer (MIM#275900) représente une forme autosomique récessive des paraplégies héréditaires spastiques complexes : un groupe hétérogène autant sur le plan clinique que génétique. Ce syndrome est caractérisé par une spasticité progressive des membres inférieurs ainsi qu’une faiblesse musculaire, une dysarthrie, une amyotrophie distale, un retard psychomoteur, une petite taille ainsi que des anomalies squelettiques mineures. 

La cause de ce syndrome  a été identifiée pour la première fois en 2002 chez la population Amish. Il s’agit de mutations délétères du gène SPG20  localisé sur le chromosome 13q13, qui code pour la Spartine : protéine dont la perte de fonction serait le mécanisme physiopathologique responsable de la maladie.   A ce jour, seulement  six familles ont été rapportées dans la littérature. Nous décrivons une septième famille Marocaine consanguine, avec trois frères atteints, présentant tous une paraplégie spastique, une petite taille, un retard psychomoteur, ainsi qu’un déficit intellectuel sévère.

La capture et le séquençage ciblés des exons a permis de mettre en évidence une mutation non-sens du gène SPG20 à l’état homozygote, c.1369C > T (p.Arg457∗), chez les trois frères. Cette mutation a été également confirmée chez les deux parents à l’état hétérozygote.


Leïla DARDOUR (Sousse, Tunisie), Filip ROELENS, Valerie RACE, Maureen HOLVOET, Koen DEVRIENDT
00:00 - 00:00 #12818 - P476 Le syndrome de dysplasie ectodermique-syndactylie cutanée (EDSS1): à propos d’un cas avec nouvelle mutation du gène PVRL4.
P476 Le syndrome de dysplasie ectodermique-syndactylie cutanée (EDSS1): à propos d’un cas avec nouvelle mutation du gène PVRL4.

Le syndrome de dysplasie ectodermique-syndactylie cutanée (EDSS1,  OMIM#613573) est une forme rare, autosomique récessive, de dysplasie ectodermique : un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes caractérisées par une altération d’au moins deux dérivés ectodermiques incluant les cheveux, les ongles, les dents et les glandes sudoripares. 

L’EDSS1 est due à des mutations du gène PVRL4 qui code pour la nectin-4.  Cinq mutations différentes dont 3 mutations faux-sens ont été décrites.  

Nous décrivons ici, une patiente Turque, issue d’une famille consanguine qui présente cliniquement une EDSS1 et chez qui une nouvelle mutation faux-sens du gène PVRL4 a été mise en évidence (c.247C>T, p.His83Tyr).


Leïla DARDOUR (Sousse, Tunisie), Katrien COSYNS, Koen DEVRIENDT
00:00 - 00:00 #12820 - P477 - DPC Séquençage haut débit et meilleure compréhension du spectre étiologique de la cardiomyopathie hypertrophique.
P477 - DPC Séquençage haut débit et meilleure compréhension du spectre étiologique de la cardiomyopathie hypertrophique.

Background and objective:

Hypertrophic Cardiomyopathy (HCM) is one of the leading causes of sudden cardiac death in young adults, with a prevalence of 1/500 in the general population. HCM is a genetic disease usually related to a sarcomeric gene mutation. Despite advances in knowledge, elucidation of the genetic cause is reached in only 30-60% of cases with conventional Sanger sequencing and analysis of a limited number of genes (usually the five major sarcomeric genes). We hypothesized that high-throughput sequencing of a large panel of genes will allow a more comprehensive evaluation of the etiologic spectrum of HCM.

Methods and Results:

We used high-throughput sequencing technology, with a panel of 107 genes (all the various cardiomyopathies and arrhythmia genes) that we recently developed (Nimblegen capture then Illumina MiSeqsequencing), in a cohort of 97 unrelated patients with HCM. We detected 2740 variants including 99 variants that we classified as pathogenic using restrictive criteria. A pathogenic mutation was identified (i) in 31 patients (32% of cohort of patients) in the group of 5 conventional sarcomeric genes (MYBPC3, MYH7, TNNT2, MYL2, TNNI3) including patients with multiple mutations, (ii) in 8 patients (8%) with a mutation in the group of additional sarcomeric genes (such as MYH6), (iii) in 4 patients (4%) with a mutation in the group of non-sarcomeric genes previously associated to HCM (such as GLA responsible for Fabry disease) and (iv) in additional patients with a mutation in new genes not yet reported in HCM (such as AKAP9).

Conclusion:

High-throughput sequencing of a large panel of genes associated with hereditary heart diseases allowed us to determine the large genetic spectrum of HCM. We confirmed the prominent role of sarcomeric genes, highlighted the role of non-sarcomeric causes (some with specific therapeutics), and identified mutations in potential new genes responsible for the disease.


Sophie MALLET, Maguelonne ROUX, Flavie ADER, Erwan DONAL, Pascal DEGROOTE, Laurence FAIVRE, Caroline ROORYCK-THAMBO, Annick TOUTAIN, Nicolas MANSENCAL, Karine NGUYEN, David TREGOUET, Pascale RICHARD, Philippe CHARRON (PARIS)
00:00 - 00:00 #12821 - P478 - DPC Histoire naturelle et stratification du risque d’arythmie et d’insuffisance cardiaque dans les laminopathies : analyse d’une cohorte monocentrique de 101 patients.
P478 - DPC Histoire naturelle et stratification du risque d’arythmie et d’insuffisance cardiaque dans les laminopathies : analyse d’une cohorte monocentrique de 101 patients.

Contexte Les manifestations cardiaques des porteurs de mutation du gène LMNA codant les lamines A/C, ou « laminopathies », peuvent associer des troubles du rythme (atriaux et ventriculaires), des troubles conductifs (bloc atrio-ventriculaire, dysfonction sinusale) et/ou  une cardiomyopathie dilatée (CMD). L’histoire naturelle et l’évolution rythmique et non rythmique des laminopathies sont mal connues.

Objectifs Décrire l’histoire naturelle du phénotype cardiaquedes porteurs d’une mutation du gène LMNA et identifier des facteurs de risque pronostiques de décès cardiovasculaire, d’événement rythmique et d’insuffisance cardiaque.

Méthodes Dans cette cohorte monocentrique de 101 patients porteursd’une mutation du gène LMNA, nous avons recueilli de manière rétrospective les caractéristiques initiales des patients au diagnostic et les évènements cardio-vasculaires lors d’un suivi actualisé. Les facteurs prédictifs de décès cardiovasculaire, d’arythmie ventriculaire grave et d’insuffisance cardiaque ont été évalués par une analyse de régression de Cox multivariée.

Résultats Deux patients ont été perdus de vue. Parmi les 99 autres patients (55.5% femmes, âge moyen 42+/-13 ans), et après un suivi moyen de 4 ans, 16 (16.1%) sont décédés de cause cardio-vasculaire et principalement d’insuffisance cardiaque (81%).Concernant les évènements composites de morbi-mortalité, 23.2% des patients ont présenté un événement combiné « insuffisance cardiaque »,  dont 65 % en relation avec une transplantation cardiaque, et 17.2% patients ont présenté un événement combiné « arythmie ventriculaire grave », alors que 47,4% étaient porteurs d’un défibrillateur automatique implantable durant le suivi. Le stade NYHA ≥ 2 et la présence d’une arythmie ventriculaire grave au diagnostic étaient associés aux décès cardio-vasculaires et à la survenue d’une « insuffisance cardiaque ». Les facteurs de risque indépendants « d’arythmie ventriculaire grave » étaient le sexe masculin, le stade NYHA ≥ 2  et l’antécédent familial de mort subite au premier degré.

Conclusion L’histoire naturelle des laminopathies est associée à une forte incidence d’événements cardiovasculaire graves. L’analyse d’une large cohorte monocentrique a permis d’identifier diversfacteurs prédictifs d’événements cardiovasculaires, novateurs concernant la prédiction d’insuffisance cardiaque et distincts des données de la littérature concernant la prédiction d’arythmie ventriculaire. Ces facteurs prédictifs nécessitent une confirmation dans une population indépendante en cours de recrutement.


Carole MAUPAIN (Paris), Marine THUILLOT, Estelle GANDJBAKHCH, Xavier WAINTRAUB, Francoise HIDDEN-LUCET, Richard ISNARD, Eric VILLARD, Flavie ADER, Pascale RICHARD, Philippe CHARRON
00:00 - 00:00 #12822 - P479 Analyses structure-fonction : une aide précieuse pour l’interprétation de variants rares du gène SLC40A1 et la compréhension des bases moléculaires de l’hémochromatose de type 4.
P479 Analyses structure-fonction : une aide précieuse pour l’interprétation de variants rares du gène SLC40A1 et la compréhension des bases moléculaires de l’hémochromatose de type 4.

Introduction : L’hémochromatose (HC) de type 4, ou maladie de la ferroportine, est une maladie rare du métabolisme du fer causée par des mutations ponctuelles du gène SLC40A1 et transmise selon le mode autosomique dominant. La protéine SLC40A1 est la seule protéine capable d’exporter le fer vers le compartiment sanguin. Son expression membranaire est régulée par l’hepcidine, un peptide d’origine hépatique qui joue un rôle clé dans le maintien de l’homéostasie du fer. Les mutations du gène SLC40A1 se divisent en deux catégories fonctionnelles (perte et gain-de-fonction) et permettent d’expliquer deux phénotypes distincts (HC de types 4A et 4B). Plus de 50 variations faux-sens ont été associées à des phénotypes plus ou moins sévères de surcharge en fer. En raison de la multiplication de cas isolés dans la littérature et de l’existence de nombreuses causes de surcharges en fer secondaires, la pathogénicité de certains variants reste cependant discutable.

Objectif : L’exploitation d’un premier modèle tridimensionnel de SLC40A1 nous avait permis de réaliser l’étude structure/fonction de 18 variations faux-sens identifiées chez 44 patients suspects d’hémochromatose (1). Ce modèle avait été construit par homologie avec la structure expérimentale de la protéine bactérienne EmrD (2). La publication récente de structures cristallographiques d’un homologue bactérien de SLC40A1 (3) nous permet de prendre en compte l’ensemble du mécanisme d’export du fer à travers la bicouche lipidique (alternance entre deux conformations extrêmes : «inward» et «outward») et de proposer de nouveaux mécanismes physiopathologiques.

Résultats : Des tests fonctionnels in vitro ont permis de déterminer le niveau d’expression membranaire (cytométrie en flux), la capacité à exporter le fer (dosages de 55Fe) et le niveau d’ubiquitination en présence d’hepcidine de 38 protéines SLC40A1 porteuses d’une ou deux substitutions. Le choix des mutations était guidé par : i) une analyse fine des modèles « inward » et « outward » de la protéine humaine, ii) la probabilité d’une interaction directe entre les résidus testés et le fer ou l’hepcidine, iii) l’identification de liaisons stabilisant un état conformationnel donné de SLC40A1, et iv) le besoin de caractériser de nouveaux variants de signification inconnue (n=20).

Conclusions : Nous établissons les bases d’un nouveau mécanisme moléculaire du type perte de fonction. Ce mécanisme permet de rendre compte de l’effet de mutations qui abolissent des interactions essentielles à la stabilisation de conformères du cycle de transport de SLC40A1. Nous parvenons également à une meilleure définition du site de liaison du fer et des mécanismes de résistance à l’hepcidine. Globalement, nous démontrons la puissance de la stratégie employée pour l’interprétation fonctionnelle de variants de signification inconnue au regard de prédictions in silico.

(1) Callebaut et al, Hum Mol Genet (2014)

(2) Le Gac et al, Hum mut (2013)

(3) Taniguchi et al, Nature (2015)


Julie GUELLEC, Chandran KA, Kévin UGUEN, Marlène LE TERTRE, Isabelle GOURLAOUEN, Claude FÉREC, Isabelle CALLEBAUT, Gérald LE GAC (BREST)
00:00 - 00:00 #12832 - P480 Identification par séquençage à haut débit de deux mutations du gène GNPTG chez une famille Marocaine avec sclerodermie.
P480 Identification par séquençage à haut débit de deux mutations du gène GNPTG chez une famille Marocaine avec sclerodermie.

Introduction: Scleroderma is a multisystem disease, characterized by fibrosis of skin and internal organs, immune dysregulation, and vasculopathy. The etiology of the disease remains unknown, but it is likely multifactorial. However, the genetic basis for this condition is defined by multiple genes that have only modest effect on disease susceptibility.

Material and Methods: Three Moroccan siblings, born from non-consanguineous Moroccan healthy parents were referred for genetic evaluation of familial scleroderma. Whole Exome Sequencing was performed in the proband and his parents, in addition to Sanger sequencing that was carried out to confirm the results obtained.

Results: Mutation analysis showed two compound heterozygous mutations c.196C > T in exon 4 and c.635_636delTT in exon 9 of GNPTG gene. Sanger sequencing confirmed these mutations in the affected patient and demonstrated that their parents are heterozygous carriers.

Conclusion: Our findings expand the mutation spectrum of the GNPTG gene and extend the knowledge of the phenotype–genotype correlation of Mucolipidosis Type III gamma. This report also highlights the diagnostic utility of Next Generation Sequencing particularly when the clinical presentation did not point to specific genes.


Abdelali ZRHIDRI (Clermont Ferrand), Saadia AMASDL, Jaber LYAHYAI, Hanane ELOUARDI, Bouchra CHKIRATE, Laure RAYMOND, Grégory EGÉA, Mohamed TAOUDI, Said EL MOUATASSIM, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12834 - P481 Syndrome de Stormorken et York platelet syndrome partagent la même mutation de STIM1 et les même anomalies plaquettaires en microscopie électronique.
P481 Syndrome de Stormorken et York platelet syndrome partagent la même mutation de STIM1 et les même anomalies plaquettaires en microscopie électronique.

En 1985, Stormorken et coll décrivaient un nouveau phénotype particulièrement complexe associant une thrombopathie avec thrombopénie, une fatigue musculaire, une asplénie, un myosis, une migraine, une dyslexie et une ichtyose. Cette pathologie était observée dans une famille norvégienne chez une mère et son fils, suggérant une origine génétique et une transmission autosomique dominante. En 2000, Mizobuchi et coll observèrent cette entité chez une mère et sa fille dans une famille japonaise, mettant en évidence la présence d’agrégats tubulaires sur leur biopsie musculaire. En 2014, trois groupes dont le nôtre (Morin et coll, Nesin et coll, Misceo et coll) découvrirent que le « syndrome de Stormorken » (OMIM 185070) était dû à une mutation gain-de-fonction spécifique [c.910C > T ; p.(Arg304Trp)] du gène STIM1. Ce gène code un détecteur intracellulaire de calcium qui active physiologiquement l’ouverture du canal calcique ORAI1, permettant aux réserves intracellulaires de calcium de se reconstituer lorsque celles-ci baissent. La mutation, située juste à côté de l’hélice inhibitrice de STIM1, semble activer anormalement l’ouverture d’ORAI1, ce qui favorise l’entrée intracellulaire de calcium, même lorsque les réserves sont pleines.

Indépendamment White et coll rapportèrent en 2003 une pathologie plaquettaire autosomique dominante se caractérisant en microscopie électronique par la présence de deux types d’organelles plaquettaires anormales qu’ils appelèrent corps denses et corps en cible. Ces organelles se différenciaient des anomalies observées dans toutes les autres maladies plaquettaires héréditaires connues. Ils nommèrent cette pathologie « York platelet syndrome » et la décrivirent dans plusieurs autres familles. En 2015, ce même groupe (Markello et coll, 2015) découvrit que cette entité était, comme le syndrome de Stormorken, consécutif à la mutation c.910C > T [p.(Arg304Trp)] du gène STIM1. Les patients atteints de York platelet syndrome partageaient avec les patients atteints de syndrome de Stormorken l’existence d’une thrombopathie souvent associée à une thrombopénie, d’une faiblesse musculaire avec à la biopsie la présence de vacuoles bordée (rimmed vacuoles) ressemblant fortement à des agrégats tubulaires. Certains patients atteints de York platelet syndrome avaient aussi un myosis ou une hypoplasie splénique.

Etant donné que ces deux syndromes étaient secondaires à la même mutation du gène STIM1 et que les patients partageaient une ressemblance phénotypique indéniable, nous avons formulé l’hypothèse qu’ils devaient constituer une seule et même entité, même si probablement ils avaient été investigués par des procédures différentes. Dans ce travail, nous montrons pour la première fois que les anomalies plaquettaires observées en microscopie électronique dans le York platelet syndrome sont aussi présentes dans les plaquettes d’un patient atteint de syndrome de Stormorken, ce qui plaident en faveur d’une seule et même pathologie.


Gilles MORIN (AMIENS), Valérie LI THIAO TE, Guillaume JEDRASZAK, Florence JOBIC, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Bertrand ROUSSEL, Jean-Claude BORDET, Jacques ROCHETTE
00:00 - 00:00 #12836 - P482 Enamel-renal syndrome : deux nouvelles familles non consanguines confirmées par l’identification de mutations dans le gène FAM20A.
P482 Enamel-renal syndrome : deux nouvelles familles non consanguines confirmées par l’identification de mutations dans le gène FAM20A.

L’amélogénèse imparfaite est un ensemble de pathologies ayant pour conséquence l’apparition d’anomalies sévères touchant les deux dentitions : dents lactéales de petite taille et jaunâtres par défaut de l’émail, rétentions, agénésies dentaires, racines courtes et anomalies pulpaires des dents définitives. Elle peut être isolée ou syndromique, justifiant chez le patient un examen clinique complet et des explorations complémentaires. Associée à une néphrocalcinose et/ou une hypertrophie gingivale, l’amélogénèse imparfaite est maintenant désignée par le terme d’ « enamel-renal syndrome » ou d’ « amélogénèse imparfaite de type IG » (OMIM 204690). Cette entité est consécutive à la présence de mutations bialléliques du gène FAM20A, codant une protéine impliquée dans la fabrication et la maturation de l’émail, ce qui explique le phénotype dentaire. En revanche le rôle de cette protéine dans l’apparition de l’atteinte rénale reste incertain. L’enamel renal syndrome est une pathologie extrêmement rare, de transmission autosomique récessive, qui s’exprime le plus souvent au sein de familles consanguines.

Nous rapportons l’observation de deux nouveaux patients appartenant à deux familles différentes et non consanguines. Le premier patient, âgé de 14 ans, présentait une amélogénèse imparfaite associée à une néphrocalcinose dont la découverte a été fortuite vers l’âge de 6 ans, dans un contexte de douleurs abdominales. Cette néphrocalcinose ne semblait pas avoir de conséquence sur sa fonction rénale. Son examen clinique, notamment neurologique, et sa croissance staturo-pondérale étaient sans particularité. L’analyse moléculaire de FAM20A permettait d’identifier chez lui deux mutations à l’état hétérozygote : c.1192G > T [p.(Asp398Tyr)] et c.1228_1229del [p.(Asp410Profs*5)]. Le second patient, âgé de 6 ans, nous était adressé pour une amélogénèse imparfaite a priori non syndromique. Son examen clinique était, en dehors de l’atteinte dentaire, sans particularité et son échographie rénale ne montrait pas d’élément en faveur d’une néphrocalcinose. L’étude moléculaire de FAM20A permettait d’identifier trois mutations a l’état hétérozygote, deux non-sens et une faux-sens : c.826C > T [p.(Arg276*)], c.1369A > T [p.(Lys457*)] et c.1517T > A [p.(Leu506Gln)].

Ces deux observations confirment que l’émergence de maladies très rares de transmission autosomique récessive est également possible au sein de familles non consanguines. L’absence de néphrocalcinose chez le second patient ne remet pas en cause le diagnostic d’enamel renal syndrome et souligne que des mutations de FAM20A doivent aussi être recherchées lorsqu’une amélogénèse imparfaite parait isolée. En effet, cette atteinte est inconstante, silencieuse et le plus souvent observée plus tardivement dans la vie. Cette progressivité, ainsi que la possibilité de répercussions sur la fonction rénale justifient l’organisation d’une surveillance néphrologique rigoureuse chez ces patients.


Michèle MATHIEU-DRAMARD (AMIENS), Rosa VARGAS-POUSSOU, Lydia LICHTENBERGER, Florence JOBIC, Guillaume JEDRASZAK, Sophie DE BROCA, Gilles MORIN
00:00 - 00:00 #12848 - P483 A 2 bp deletion in the mitochondrial ATP 6 gene responsible for the NARP (Neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa) syndrome.
P483 A 2 bp deletion in the mitochondrial ATP 6 gene responsible for the NARP (Neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa) syndrome.

Mitochondrial (mt) DNA-associated NARP (neurogenic muscle weakness, ataxia, and retinitis pigmentosa) syndrome is due to mutation in the MT-ATP6 gene.
We report the case of a 18-year-old man who presented with deafness, a myoclonic epilepsy, muscle weakness since the age of 10 and further developed a retinitis pigmentosa and ataxia. The whole mtDNA analysis by next-generation sequencing revealed the presence of the 2 bp microdeletion m.9127-9128 del AT in the ATP6 gene at 82% heteroplasmy in muscle and to a lower load in blood (10-20%) and fibroblasts (50%). Using the patient’s fibroblasts, we demonstrated a 60% reduction of the oligomycin-sensitive ATPase hydrolytic activity, a 40% decrease in the ATP synthesis and determination of the mitochondrial membrane potential using the fluorescent probe tetramethylrhodamine, ethyl ester indicated a significant reduction in oligomycin sensitivity.
In conclusion, we demonstrated that this novel AT deletion in the ATP6 gene pathogenic and responsible for the NARP syndrome.


Patrick MORDEL, Stéphane SCHAEFFER, Quentin DUPAS, Marie-Alice LAVILLE, Marion GÉRARD, Françoise CHAPON, Stéphane ALLOUCHE (CAEN)
00:00 - 00:00 #12862 - P484 Le déficit en protéine D bi-fonctionnelle peroxysomale: à propos d’un cas.
P484 Le déficit en protéine D bi-fonctionnelle peroxysomale: à propos d’un cas.

Introduction:

Le déficit en protéine D bi-fonctionnelle peroxysomale est une maladie métabolique rare due à une mutation du gène HSD17B4 qui code pour une enzyme de la béta oxydation. Son déficit donne un tableau neurologique néonatal grave associant hypotonie et convulsions. Le pronostic est sombre avec un décès avant l’âge de 2 ans.

Objectif:

Apport de l'étude génétique dans le diagnostic d'une maladie très rare.

Patiente et méthode:

Il s’agit d’un nourrisson de sexe féminin âgé de 1 mois, issu d’un mariage consanguin. Ses parents et ses deux sœurs sont bien portants. L’enquête génétique est négative. A la naissance, elle avait une hypotonie sévère, des convulsions et des fontanelles larges.

A l’examen, elle avait une dysmorphie faciale avec un faciès triangulaire, deux bosses frontales, une rétraction bitemporale, un nystagmus et une hypotonie axiale. Par ailleurs, le développement psychomoteur était retardé. La patiente est décédée à l’âge de 14 mois dans un tableau de détresse neurologique.

Résultats:

Le caryotype était normal. Devant l’hypotonie néonatale, le syndrome de Prader-Willi a été évoqué mais éliminé par l’étude de la méthylation du chromosome 15. L’IRM cérébrale a montré une hypoplasie du corps calleux et une dysplasie polymicrogyrique bi-operculaire. Le bilan radiologique a montré une scoliose. L’échographie abdominale était normale.

Devant le tableau neurologique, l’aspect radiologique et le décès précoce, le syndrome de Zellweger a été suspecté. La confirmation enzymatique n’a pu être faite à cause du décès de la patiente. Un panel de gènes des maladies peroxysomales a mis en évidence une mutation homozygote du gène HSD17B4 confirmant le diagnostic de déficit en protéine D bi-fonctionnelle peroxysomale. L’étude des parents a retrouvé la mutation à l’état hétérozygote.

Conclusion:

Le déficit en protéine D bi-fonctionnelle peroxysomale est une entité cliniquement similaire au syndrome de Zellweger dont la cause génétique est différente. Le diagnostic doit être évoqué devant une  hypotonie et des convulsions néonatales associées à une dysmorphie faciale caractéristique. Une connaissance de la mutation en cause est très importante afin d’orienter le conseil génétique dans la famille.


Faten HSOUMI (Tunis, Tunisie), Houweyda JILANI, Imen REJEB, Mariem CHEOUCH, Yasmina ELARIBI, Syrine HIZEM, David CHEILLAN, Sonia HALIOUI, Lamia BEN JEMAA
00:00 - 00:00 #12872 - P485 Prise en charge étiologique d'une oroticurie : établir une démarche diagnostique à partir d'une cohorte d'enfants présentant une excrétion urinaire d'acide orotique.
P485 Prise en charge étiologique d'une oroticurie : établir une démarche diagnostique à partir d'une cohorte d'enfants présentant une excrétion urinaire d'acide orotique.

CONTEXTE

L’orotate est un métabolite intermédiaire de la synthèse des pyrimidines. Son excrétion excessive urinaire est associée à des troubles métaboliques accessibles aux thérapeutiques, soit du cycle de l’urée, soit du métabolisme des pyrimidines. Etablir un diagnostic correct et opportun chez un patient atteint d’acidurie orotique est indispensable à la mise en place d’un traitement efficace et adapté, avant la survenue des complications liées à chaque étiologie. L’objectif de cette étude était d’établir un pas à pas diagnostique à partir des explorations métaboliques et génétiques de patients présentant une oroticurie.

METHODES

Nous avons conduit une étude prospective monocentrique au centre hospitalier universitaire de Nantes, en incluant, de mai 2015 à septembre 2017, les enfants présentant une élévation de l’excrétion urinaire d’orotate. Nous avons collecté les données cliniques, radiologiques, biochimiques et génétiques de ces patients.

RESULTATS

Huit patients âgés de 8 jours à 5 ans au diagnostic d’oroticurie ont été suivis dans cette étude. Nous avons retrouvé une élévation de l’excrétion urinaire d’orotate chez quatre des mères de ces enfants. Les explorations biochimiques ont permis d’isoler 2 patients dont le profil était en faveur d’un déficit en OTC avec hyperammoniémie et excrétion d’uracile. Les analyses génétiques ont permis d’isoler chez un de ces patient un variant du gène OTC dans la région 5’UTR : c.-147_-146insTCTCTTC. Par ailleurs nous avons mis en évidence chez trois autres patients un variant muté hétérozygote dans l’exon 3 du gène UMPS : c.768delA (p.Ser257Leufs*13), c.802C>T (p.Gln268*) et c.515C>T (p.Ser172Leu).

CONCLUSION

Notre étude a permis de montrer la diversité des phénotypes associés à l’élévation de l’excrétion urinaire d’orotate. Cette étude illustre l’intérêt de la complémentarité des analyses biochimiques et génétiques. Les différentes explorations métaboliques effectuées au cours de notre étude nous ont permis de développer un arbre diagnostique pouvant aider à la prise en charge étiologique et thérapeutique devant une oroticurie.


Magali REYNOLD DE SERESIN (Nantes), Johannes A. MAYR, Diana BALLHAUSEN, Helena SANTOS, Damien MASSON, Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN, Alice KUSTER
00:00 - 00:00 #12916 - P486 SATB2 et ostéoporose : analyses biologiques et radiologiques de 20 patients.
P486 SATB2 et ostéoporose : analyses biologiques et radiologiques de 20 patients.

Les altérations du gène SATB2 sont responsables d’une déficience intellectuelle syndromique cliniquement reconnaissable. Les signes caractéristiques sont une déficience intellectuelle prédominant sur le langage, une dysmorphie faciale, une fente palatine et/ou un palais étroit, des anomalies dentaires, en particulier une macrodontie.

A ce jour, une cinquantaine de  patients a été rapportée dans la littérature. Des observations cliniques récentes et isolées retrouvent des anomalies squelettiques telles que l'incurvation tibiale, une fragilité osseuse ou de l'ostéoporose. 

Le rôle de SATB2 dans la régulation du développement squelettique a été récemment démontré. En effet, SATB2 est un régulateur du promoteur Osx, lui-même à l’origine de la différenciation des cellules mésenchymateuses en ostéoblastes. SATB2 est un facteur de transcription de différenciation des ostéoblastes. A ce jour, la prise en charge des patients portant une mutation SATB2 n’est pas encore harmonisée et formalisée par des recommandations officielles.

Dans ce contexte, nous avons décidé d’effectuer une recherche non interventionnelle, multicentrique visant à comprendre les mécanismes qui conduisent à une ostéopénie voire une ostéoporose chez les patients porteurs d’une mutation du gène SATB2.

Pour cela, nous avons réalisé chez les patients un bilan phosphocalcique exhaustif comprenant des marqueurs d’ostéoformation et d’ostéorésorption. Nous avons également revu les radiographies de squelette et l’ostéodensitométrie.

Nous rapportons les caractéristiques phénotypiques de 20 individus âgés de 4 à 24 ans, non apparentés,  porteurs d’une mutation du gène SATB2 survenue de novo. Les premières analyses objectivent une déminéralisation osseuse précoce mais également des variations biologiques communes et des particularités radiologiques paraissant spécifiques.

 

Nous espérons que ces résultats permettront la mise en place de bonnes pratiques sur la prise en charge.


Marion MOUILLE (Paris), Marlene RIO, Sylvain BRETON, Alexandra AFENJAR, Jeanne AMIEL, Yline CAPRI, Marine FOUILLET DESJONQUERES, Alice GOLDENBERG, Caroline MICHOT, Cyril MIGNOT, Laurence PERRIN, Audrey PUTOUX, Chloe QUELIN, Julien VAN GILLS, Giulia BARCIA, Véronique PINGAULT, Jean-Claude SOUBERBIELLE, Valerie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #12923 - P487 Etude des variations géniques entre le diagnostic et la rechute dans les LAL pédiatriques.
P487 Etude des variations géniques entre le diagnostic et la rechute dans les LAL pédiatriques.

Introduction

Les LAL pédiatriques sont le plus fréquent des cancers de l’enfant mais l’avènement de thérapeutiques intensives permet d’obtenir une guérison dans plus de 90% des cas.

Cependant, 1/5 de ces enfants va rechuter. Pour identifier des marqueurs prédictifs de rechute ou de mauvais pronostic, nous avons comparé les caractéristiques biologiques d’échantillons appariés diagnostic /rechute de 7 patients atteints de LAL pédiatrique.

Méthodes 

La cohorte comportait 3 garçons et 4 filles, âgés de 6 mois à 19 ans (4 ans d'âge médian) Les échantillons ont été comparés en cytométrie en flux, en cytogénétique (caryotype et FISH) et en biologie moléculaire (recherche des mutations TP53 par technique Sanger).

Une étude plus approfondie du génome des échantillons appariés a été réalisée par SNP array (Affymetrix) à la recherche d'altérations du nombres de copies (CNA) et de pertes d’hétérozygotie (LOH). 

Résultats 

La stratification des risques pronostiques cytogénétiques au diagnostic était : bon pour 3 patients, intermédiaire pour 2 et mauvais pour 2. La technique de SNP-array montre en moyenne 10 CNA et 3 LOH par prélèvement avec 4 variations entre le diagnostic et la rechute. On retrouve des hots spots de réarrangements : la région 9p (gènes CDKN2A/2B, PAX5 et JAK2) pour 5 patients et la région 12p (gène ETV6) pour 3 patients. Présence de réarrangements impactant la voie : JAK/STAT : CNA impactant JAK2 pour 2 patients au diagnostic et à la rechute ; et la voie RAS/MAPk avec LOH impactant le gène NRAS pour 1 patient au diagnostic et à la rechute.

La classification des risques génétiques des LAL pédiatriques proposée par Moorman[TO1] et al qui étudie le statut d’un set de 8 gènes (IKZF1,CDKN2A/2B, PAR, BTG1, EBF1, PAX5, ETV6 et RB1) aurait donné avec l’étude de ce panel de gènes pour les 7 prélèvements diagnostics : 3 bon risque génétique et 4 mauvais risque génétique, permettant de reclasser 2 patients de risque cytogénétique intermédiaire, à caryotype normal, dans le groupe de mauvais pronostic ; ils auraient pu bénéficier d’un traitement plus intensif telle qu’une allogreffe. 

Par ailleurs, 2 patients ont acquis une délétion d’IKZF1, déjà décrite comme étant de mauvais pronostic. Aucune altération de TP53 n’a été observée, ni au diagnostic ni à la rechute.

Conclusion

L’analyse par SNP array a permis d'identifier des anomalies non visibles au caryotype chez tous les enfants testés avec modification de la valeur pronostique des anomalies du diagnostic.

En outre, l'identification d’anomalies dans la voie JAK / STAT permettrait un traitement par les inhibiteurs de la tyrosine kinase. 

Cette technologie combinée aux analyses classiques du diagnostic pourrait modifier les options thérapeutiques dans les LAL de l'enfance, en particulier dans le sous-groupe avec un caryotype normal

 – [TO1]Réf : Moorman et al  : A novel integrated cytogenetic and genomic classification refines risk stratification in pediatric acute lymphoblastic leukemia, Blood 124(9) 1434-1443, 2014


Olivier THEISEN (Nantes), Catherine GODON, Rialland FANNY, Caroline THOMAS, Audrey GRAIN, Yannick LE BRIS, Marie-Christine BENE, Marion EVEILLARD
00:00 - 00:00 #12929 - P488 Apport du séquençage nouvelle génération dans l’étiologie des lithiases intrahépatiques : expérience du réseau national « Hereditary Cholestasis and choleLithiasis».
P488 Apport du séquençage nouvelle génération dans l’étiologie des lithiases intrahépatiques : expérience du réseau national « Hereditary Cholestasis and choleLithiasis».

 

Contexte : Le réseau a rapporté en 2010, les variations de séquence du gène ABCB4 impliqué dans la sécrétion des phospholipides de la bile dans les cholélithiases intra- hépatiques (LIH), en particulier le « Low- Phospholipid- Associated Cholelithiasis » ou LPAC syndrome. Le développement du séquençage nouvelle génération (NGS) a permis de révéler des altérations génétiques que la technique de Sanger occultait, comme les « Copy Number Variation » (CNV). L’objectif de cette étude a été de montrer l’apport du NGS dans les cholélithiases intrahépatiques (LIH) et les syndromes LPAC du réseau sur a) la nature des variants du gène ABCB4 (SNV, INDEL), b) la mise en évidence des CNV du gène ABCB4 c) la nature des variants « pathogènes » des gènes du panel, autres que le gène ABCB4. Matériels et Méthodes : Les patients (n=385), pour lesquels un NGS a été fait, ont été adressés dans les laboratoires respectifs pour une LIH (n=134) ou un syndrome LPAC (n= 251). Sur 251 LPAC et 134 LIH, 63,7% et 36,3% (NS), respectivement, sont des femmes. Près de 88% des patients ont moins de 40 ans dans les 2 diagnostics attribués (NS). Le panel commun au réseau est constitué de 10 gènes : ABCB4, ABCB11, ATP8B1, ABCG5, ABCG8, NR1H4, ABCC2, SLC4A2, AQP8, GPBAR1. A partir de l’ADN génomique, diverses stratégies de préparation des librairies et de ciblage (capture par des sondes d’hybridation pour 10 à 70 gènes impliqués dans ces pathologies), ont été développées. Les captures ont été effectuées sur un pool de 12 à 24 échantillons. Une amplification solide en pont des « pools » de capture sur une puce, a été réalisée avant le séquençage des clusters de la puce dans le séquenceur moyen débit, MiSeq. Des algorithmes développés en interne ou le logiciel Sophia DDM ont été utilisés pour analyser les données brutes FastQ. Une base anonyme 4D a été constituée comme support à la création de la base nationale. Résultats : En 2016, les données préliminaires du NGS par ciblage du panel de 10 gènes ont montré une meilleure résolution des altérations génétiques dans les cholélithiases et cholestases intrahépatiques héréditaires. Dans les LPAC, 53% versus 43,7 % des LIH présentaient au moins un variant significatif hétérozygote parmi les 10 gènes communs des panels du réseau.  Un variant pathogène du gène ABCB4 hétérozygote a été observé chez 28,2% des LPAC et 17,2% des LIH, (p < 0,014). Trois CNVs (grandes délétions d’exons du gène ABCB4 hétérozygotes) ont été trouvés dans des syndromes LPAC. Un haplotype de variants polymorphes des gènes ABCBG5_ ABCG8 (p.Arg50Cys_ p.Asp19His), a été trouvé comme facteur de risque élevé de faire une lithiase biliaire dans 30,8 % des LPAC et 19,9 % des LIH (p < 0,018). En conclusion, le NGS a permis de préciser la nature des altérations d’un panel de 10 gènes communs au réseau, dont le gène ABCB4, dans les syndromes LPAC et les cholélithiases intrahépatiques. La détection de CNV du gène ABCB4 a montré la contribution majeure du NGS à leur diagnostic.


Anne SPRAUL-DAVIT, Yves CHRÉTIEN, Franck BROLY, Chantal GENDROT, Christian ANDRES, Béatrice PARFAIT, Minh-Tuan HUYNH, Olivier LASCOLS, Isabelle JÉRU, Véronique BARBU (PARIS), Filfoie FILIÈRE
00:00 - 00:00 #12934 - P489 - DPC PRÉDOMINANCE DES MUTATIONS RASA1 DANS UNE COHORTE PEDIATRIQUE DE MALFORMATION ARTERIOVEINEUSES CEPHALO-RACHIDIENNES.
P489 - DPC PRÉDOMINANCE DES MUTATIONS RASA1 DANS UNE COHORTE PEDIATRIQUE DE MALFORMATION ARTERIOVEINEUSES CEPHALO-RACHIDIENNES.

Contexte

Les fistules artérioveineuses cérébrales ou de la moelle épinière (AVF) sont des malformations vasculaires rares retrouvées particulièrement chez les enfants. Elles peuvent être associées à deux types de maladies vasculaires héréditaires: la maladie de Rendu-Osler (HHT) avec comme principaux facteurs génétiques connus les gènes ENG et ACVRL1 ou le syndrome de malformation capillaire-malformation artério-veineuse(CM-AVM) due à des mutations dans le gène RASA1. Récemment une deuxième forme de CM-AVM a été décrite (CM-AVM2) et est due à des mutations du gène EphB4.

Objectifs 

Etudier la prévalence des mutations des principaux gènes impliqués dans HHT et CM-AVM dans une cohorte d'enfants présentant au moins une fistule piale cérébrale ou médullaire et caractériser les relations génotype-phénotype.

Méthodes 

Etude prospective de 43 enfants atteints de malformations artérioveineuses céphalo-rachidiennes. Analyse par séquençage Sanger des gènes ACVRL1, ENG, RASA1 et EphB4 et recherche de grands réarrangements par MLPA pour les gènes ACVRL1, ENG et RASA1.

Résultats 

Une mutation a été identifiée chez 23 des 43 probands (53.4%) : 8 sur ENG (34.8%), 1 sur ACVRL1 (4.3%) conduisant au diagnostic moléculaire d’HHT et 14 sur RASA1 (60,8%) conduisant au diagnostic moléculaire de CM-AVM. Aucune anomalie n’a été identifiée sur le gène EphB4.

Au diagnostic, les porteurs de mutations HHT sont caractérisés par un taux élevé d'hémorragie (44% contre 7% chez les porteurs de mutations RASA1 et 15% chez les non porteurs) alors que les porteurs de mutations RASA1 présentent majoritairement des hémangiomes capillaires de la peau (86% contre 11% chez les porteurs de mutations HHT et 0% chez les non porteurs). La localisation des AVF est principalement cérébrale chez les porteurs de mutations RASA1 et chez les non porteurs alors qu’une répartition égale entre AVF cérébrale et spinale est observée chez les porteurs de mutations HHT. Aucun patient porteur de mutations HHT n'a d'insuffisance cardiaque alors que près de 50% des patients présentent ce symptôme chez les porteurs de mutations RASA1 et chez les non porteurs.

Conclusion :

Nos résultats mettent en évidence l'importance des tests génétiques chez les enfants présentant des fistules artérioveineuses cérébrales ou de la moelle épinière en raison de la fréquence élevée de mutations identifiées et de l’impact de ce diagnostic. Dans notre cohorte, nous observons une prédominance des mutations RASA1 dans les AVF cérébro-rachidiennes pédiatriques.

 


Guillaume SALIOU, Mélanie EYRIES (PARIS), Marie-Christine WAILL, Florence COULET, Augustin OZANNE, Florent SOUBRIER
00:00 - 00:00 #12935 - P490 Identification d’une nouvelle mutation dans le gène DNAJB2 dans une grande famille Libanaise atteinte d’une forme axonale récessive de la maladie de Charcot-Marie-Tooth (AR-CMT2).
P490 Identification d’une nouvelle mutation dans le gène DNAJB2 dans une grande famille Libanaise atteinte d’une forme axonale récessive de la maladie de Charcot-Marie-Tooth (AR-CMT2).

Les Neuropathies Périphériques Héréditaires (IPN) constituent l’une des causes les plus fréquentes de maladies neurologiques héréditaires, et se distinguent par une dégénération progressive, longueur-dépendante, du système nerveux périphérique (SNP) et une forte hétérogénéité génétique et phénotypique . Parmi elles, les Neuropathies Sensitivo-motrices (HMSN), également connues sous le nom de maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT), constituent le groupe plus large. A l’heure actuelle, près de 120 gènes sont impliqués, parmi lesquels 80 sont responsables de CMT.

Dans cette étude, nous avons réalisé l’analyse génétique d’une grande famille consanguine d’origine libanaise, au sein de laquelle 3 patients présentent une forme axonale, lentement progressive, de CMT à transmission autosomique récessive.  Les analyses génétiques réalisées dans cette famille, incluant un tour de génome par microsatellites et le séquençage à haut-débit des exomes (WES) d’un quatuor, ont permis d’incriminer le gène DNAJB2 dans leur pathologie. En effet, nous avons identifié, chez tous les patients, une nouvelle mutation homozygote dans le gène DNAJB2: il s’agit de la mutation d’épissage c.65+1G>C. A l’heure actuelle, seules 4 mutations sont décrites dans ce gène, chez des patients atteints d’une forme motrice de CMT, DSMA5/dHMN5 (MIM 614881) ou de CMT axonal. Nous discutons les pièges de l’analyse génétique par homozygotie par descendance dans les grandes familles consanguines et l’apport du WES dans l’identification de cette nouvelle mutation dans DNAJB2 dans cette famille. La mutation que nous rapportons est la cinquième décrite dans ce gène.


Zahraa HAIDAR (marseille), Christel CASTRO, Nathalie ROECKEL-TREVISIOL, Alexandre ATKINSON, Jean-Pierre DESVIGNES, Eliane CHOUERY-KHOURY, Andre MEGARBANE, Rosette JABBOUR, Valérie DELAGUE
00:00 - 00:00 #12941 - P491 Apport du séquençage nouvelle génération par capture ciblée dans le diagnostic étiologique des cholestases chez l’enfant.
P491 Apport du séquençage nouvelle génération par capture ciblée dans le diagnostic étiologique des cholestases chez l’enfant.

Introduction : Les causes de cholestase chronique de l’enfant sont nombreuses. Dans 50% des cas, la cholestase est d’origine génétique. Le séquençage Sanger ne permet qu’une étude ciblée, gène par gène, des gènes les mieux identifiés dans les cholestases de l’enfant (syndrome d’Alagille, cholestases intrahépatiques fibrogènes familiales, déficit de synthèse des acides biliaires) et nécessite de longs délais (6 à 12 mois) pour confirmer un diagnostic.

Matériel et Méthodes : Nous rapportons l’expérience de 20 mois d’utilisation du séquençage nouvelle génération (NGS) par capture ciblée d’un panel de 70 gènes pour le diagnostic étiologique de cholestase de l’enfant.  251 enfants atteints de cholestase ont été étudiés, dont 65 patients sans diagnostic moléculaire malgré une étude préalable par séquençage Sanger de 1 à 3 gènes cibles. Les variants pathogènes identifiés ont été vérifiés par séquençage Sanger ou PCR quantitative (délétions).

Résultats : Cette analyse a permis d’établir un diagnostic moléculaire chez 22 des 65 patients sans étiologie identifiée par Sanger : parmi les 37 patients atteints de cholestase à GGT normales, 17 déficits ont été identifiés (46%) sur les gènes TJP2 (n=6), MYO5B (n=5), VPS33B (n=2), CYP27A1 (n=1), AKR1D1 (n=1), NR1H4 (n=1), ABCC2 (n=1) et parmi les 28 patients atteints de cholestase à GGT élevées, 5 déficits (18%) ont été identifiés sur les gènes DCDC2 (n=2), JAG1 (n=1), ABCB4 (n=1), ATP7B (n=1). Chez les 193 nouveaux patients, l’analyse simultanée des gènes du panel a permis de réduire les délais de rendu de résultat (3 mois) et d’établir un diagnostic moléculaire certain chez 39 patients (21%) : 22 patients avec cholestase à GGT normales (ABCB11 (n=11), ATP8B1 (n=1), MYO5B (n=2), CYP27A1 (n=1), MPV17 (n=1), ABCC2 (n=3)) et 17 patients avec cholestase à GGT élevées (ABCB4 (n=3), DCDC2 (n=1), JAG1 (n=10), NOTCH2 (n=3)). Des variants pathogènes ont également été identifiés sur les gènes ABCB4 et ABCB11 mais uniquement à l’état hétérozygote. Ce statut doit être confronté au phénotype clinique (cholestase néonatale transitoire ou forme de cholestase fibrogène d’apparition tardive). Enfin, des variants de signification inconnue ont été identifiés sur un ou plusieurs gènes : ces variants pourraient expliquer des phénotypes plus complexes.

Conclusion : Le séquençage d’un panel de gènes par NGS est un outil utile dans le diagnostic étiologique des cholestases de l’enfant. Il a permis de faire un diagnostic chez un tiers des patients sans diagnostic et initialement étudiés pour quelques gènes en Sanger. Utilisé en première intention, il permet d’établir un diagnostic étiologique chez 20 % des patients et de réduire le délai de rendu des résultats.


Anne SPRAUL (Le Kremlin Bicêtre), Bruno FRANCOU, Emmanuel GONZALES, Christophe OLIVEIRA, Alexis PROUST, Isabelle BOUCLY, Christophe HABIB, Emmanuel JACQUEMIN
00:00 - 00:00 #12950 - P492 - DPC Apport des méthodes de séquençage à haut débit dans le diagnostic moléculaire des cardiomyopathies hypertrophiques: à propos d’un cas Tunisien.
P492 - DPC Apport des méthodes de séquençage à haut débit dans le diagnostic moléculaire des cardiomyopathies hypertrophiques: à propos d’un cas Tunisien.

a cardiomyopathie hypertrophique(CMH) est la cardiomyopathie héréditaire la plus fréquente. Son incidence dans le monde est estimée à 0.2%.Elle représente la première cause génétique de mort subite d’origine cardiaque chez le sujet jeune. Environ 60 % des CMH sont des formes familiales avec une transmission autosomique dominante et une pénétrance incomplète. Les formes autosomiques récessives et liées à l’X ont été observées mais demeurent rares.

Plus de 25 gènes impliqués dans la CMH ont été rapportés (MYH7, MYBPC3, TNNI3, TNNT2…). Les gènes  MYH7 et MYBPC3 sont incriminés dans la moitié des cas des formes familiales de CMH.  Le gène FHL1 localisé en Xq26 codant pour les protéines du sarcomère du muscle strié et du muscle cardiaque et impliqué dans les myopathies a été récemment rapporté dans la CMH isolée.

Le but de ce travail est d’analyser l’apport des méthodes de séquençage à haut débit dans le diagnostic des CMH à travers l’observation d’un patient Tunisien qui présente une cardiomyopathie hypertrophique confirmée par Whole Exome Sequencing.

Il s’agit d’un patient âgé de 30 ans issu d’un mariage non consanguin, au 7ème rang d’une fratrie de neuf. L’enquête génétique a révélé les antécédents de deux frères suivis en cardiologie pour CMH dépistée par échographie cardiaque et quatre sœurs en bonne santé (échographies cardiaques normales).

Devant l’atteinte exclusive des sujets de sexe masculin, la conduite à tenir initiale était de réaliser le séquençage du gène FHL1 qui n’a pas révélé de mutation pathogène. L’étude moléculaire par Exome sequencing a permis d’identifier une mutation au niveau l’intron 21 du gène MYBPC3. Cette mutation a déjà été décrite pour la première fois dans la littérature chez des patients japonais avec CMH. La confirmation par séquençage Sanger est en cours.

Cette observation nous a permis de confirmer l’intérêt de l’analyse par les méthodes de séquençage à haut débit dans le diagnostic des pathologies hétérogènes sur plan génétique à savoir la CMH. En effet l’identification des mutations permet d’apporter un diagnostic rapide chez les patients et de donner un meilleur conseil génétique aux familles.


Ahlem ACHOUR, Molka SEBAI, Imen REJEB, Houweyda JILANI, Yasmina ELARIBI, Syrine HIZEM, Meriem CHAOUCH, Mayssa IDOUDI, Wafa FEHRI, Habib HAOUALA, Jamel CHELLY, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12958 - P493 Des mutations de FAM46A sont responsables d’une forme sévère d’Ostéogénèse Imparfaite autosomique récessive.
P493 Des mutations de FAM46A sont responsables d’une forme sévère d’Ostéogénèse Imparfaite autosomique récessive.

Le Syndrome de Stüve-Wiedemann (SWS) est une dysplasie squelettique sévère autosomique récessive (AR) caractérisée par une incurvation congénitale des os longs. Une détresse respiratoire et des épisodes d’hyperthermie sont fréquemment responsables d’un décès précoce. L’évolution est marquée par une scoliose progressive et des fractures spontanées. Nous avons identifié des mutations de LIFR dans la majorité des cas de SWS. L’absence de mutation LIFR chez 5 patients SWS nous a conduits à réaliser une analyse d’exome et à identifier une mutation homozygote de FAM46A chez un patient (p.Ser205Tyrfs*13) issu de parents apparentés italiens. Il existe un chevauchement entre le SWS et l’Ostéogénèse imparfaite (OI) et le suivi de ce cas a conduit finalement à  un diagnostic d’OI devant les sclérotiques bleues et des tassements vertébraux.

Nous avons alors séquencé FAM46A chez 25 patients OI sans mutation connue. Un variant délétère homozygote de FAM46A a été identifié chez un frère et une sœur atteints d’une forme typique d’OI (p.His127Arg). Un autre variant homozygote classé délétère (p.Asp231Gly) a été détecté chez un  patient atteint d’OI issu de parents consanguins égyptiens, dans une  série de patients OI explorée à Madrid.

FAM46A appartient à la superfamille des protéines nucléotidyltransférases fold. Sa fonction exacte est inconnue mais elle semble avoir un rôle primordial dans le développement osseux. Nous avons détecté l’expression spécifique de FAM46A dans des ostéoblastes humains par RT-PCR. Par ailleurs, une mutation non-sens homozygote de fam46a a été récemment identifiée chez un modèle murin ENU-dérivé présentant des anomalies squelettiques sévères, notamment une petite taille, des déformations des membres, des côtes, du pelvis et du crâne, et une diminution d’épaisseur de la corticale des os longs.

En conclusion, nous rapportons chez trois patients présentant une forme sévère d’OI avec incurvation congénitale des membres inférieurs, des mutations homozygotes de FAM46A et suggérons l’analyse de ce gène dans les formes inexpliquées d’OI.


Séverine BACROT (Paris), Mathilde DOYARD, Céline HUBER, Alice GOLDENBERG, Maja DI ROCCO, Mona S. AGLAN, Perrine BRUNELLE, Caroline MICHOT, Ghada A. OTAIFY, Coralie HAUDRY, Mireille CASTANET, Julien LEROUX, Jean-Paul BONNEFONT, Arnold MUNNICH, Genevieve BAUJAT, Sophie MONNOT, Ruiz-Perez VICTOR L., Valérie CORMIER DAIRE
00:00 - 00:00 #12963 - P494 Deux nouveaux cas de myopathie mitochondriale avec intolérance à l’effort, hyper lactacidémie et cardiomyopathie dus à des mutations récessives de SLC25A4.
P494 Deux nouveaux cas de myopathie mitochondriale avec intolérance à l’effort, hyper lactacidémie et cardiomyopathie dus à des mutations récessives de SLC25A4.

Le transporteur mitochondrial de l’adénosine (ANT1) est une abondante protéine de la membrane interne de la mitochondrie, exprimée de façon prépondérante dans le muscle et le cœur. Il joue un rôle essentiel dans le fonctionnement de la chaîne des OXPHOS en participant à l’échange ADP/ATP entre les compartiments mitochondriaux. Des mutations dominantes du gène SLC25A4 codant pour ANT1 ont été décrites dans les ophtalmoplégies externes progressives. Plus rarement, des mutations récessives ont été rapportées chez des patients atteints de cardiomyopathie hypertrophique, intolérance à l’effort et acidose lactique. Nous présentons ici 2 nouveaux cas de patients non apparentés avec mutations récessives de SLC25A4.

P1 est une femme de 26 ans, d’origine tunisienne, née à terme de parents consanguins sans histoire familiale d’atteinte neuromusculaire. A 11 ans, elle développe une dyspnée d’effort et une intolérance à l’exercice associée à une fatigabilité. A 20 ans apparait un ptosis gauche progressif aggravé par la fatigue. P2 est une femme de 52 ans, d’origine française, née à terme de parents non consanguins. Dès la jeune enfance, les activités physiques sont difficiles avec intolérance à l’effort, dyspnée, fatigabilité musculaire ; à 11 ans apparait une faiblesse musculaire permanente avec difficultés à la marche et à la montée d’escaliers ; il existe également une dysphagie aux solides. L’examen neurologique à 50 ans montre une faiblesse axiale et proximale des 4 membres.

Aucune des patientes ne rapporte d’épisodes de rhabdomyolyse ; elles ont toutes les deux un EMG et des CK normaux et une hyperlactatémie de base (3,1 mmol/L pour P1 et 6.7mmol/L pour P2). Les 2 patientes ont une hypertrophie ventriculaire gauche mais un rythme cardiaque normal. Leurs biopsies musculaires présentent des agrégats sous sarcolemnaux et une surcharge en lipides sans déficit en cytochrome c oxydase. L’analyse de la chaîne des OXPHOS montre des activités augmentées des différents complexes et de la citrate synthase, traduisant la prolifération mitochondriale. Les études de génétique moléculaire de l’ADNmt musculaire montre l’absence de délétion unique de grande taille et de mutation pathogène mais mettent en évidence par PCR longue des délétions multiples évoquant un défaut de maintenance de l’ADNmt. L’étude d’un panel Mitocapture de 170 gènes nucléaires met en évidence des mutations du gène SLC25A4 chez les 2 patientes : c.423G > C (p.Leu141Phe) à l’état homozygote pour P1 et 2 mutations hétérozygotes c.290del (p.130Leufs*41) et c.386C > T (p.Ala123Asp) pour P2.

Ces données comparées à celles de la littérature permettent de conforter un phénotype clinique homogène (intolérance à l’effort dès l’enfance, cardiomyopathie hypertrophique et hyperlactatémie) chez les patients porteurs de mutations récessives de SLC25A4. Ce phénotype est très différent de l’ophtalmoplégie externe progressive qui est la règle chez les patients porteurs d’une mutation dominante du même gène.


Claude JARDEL (PARIS), Anouk TOSSERAMS, Costantinos PAPADOPOULOS, Sandrine FILAUT, Isabelle LEMIERE, Pascale DE LONLAY, Karim WAHBI, Norma B ROMERO, Nicol VOERMANS, Jean Yves HOGREL, Pascal LAFORET
00:00 - 00:00 #12964 - P495 Efficacité diagnostique du séquençage haut débit d’un panel large de gènes chez des enfants atteints de myopathies et dystrophies musculaires.
P495 Efficacité diagnostique du séquençage haut débit d’un panel large de gènes chez des enfants atteints de myopathies et dystrophies musculaires.

 En collaboration avec le Centre de référence des maladies neuromusculaires du Grand Sud-Ouest, nous avons développé une stratégie diagnostique de séquençage haut débit (NGS) basée sur un panel large de gènes impliqués dans les myopathies et dystrophies musculaires (M-DM). Ce panel large inclut également des gènes impliqués dans d’autres phénotypes neuromusculaires dans le but de détecter de potentiels cas atypiques. L'analyse d’une cohorte de 55 enfants (principalement des cas sporadiques) sans diagnostic établi a permis d’identifier le gène responsable de la pathologie dans 55% des cas. Les gènes les plus fréquemment impliqués sont Ryanodine receptor I (RYR1), Nebulin (NEB) et Titin (TTN). Du fait de leur très grande taille, seuls quelques laboratoires en Europe séquençaient ces trois gènes avant la mise en place du NGS et la recherche de mutations était principalement restreinte aux régions « hot spot » de mutations. Par ailleurs, l’analyse moléculaire du gène TTN était seulement demandée pour des tableaux cliniques spécifiques alors que le spectre clinique est très large. Cette stratégie NGS basée sur un panel large de gènes a permis d'identifier l'étiologie génétique dans des tableaux cliniques et histologiques atypiques ou incomplets. Elle présente un intérêt majeur chez les patients avec hypotonie congénitale (n=25), puisque la biopsie musculaire n'a permis d'objectiver des anomalies spécifiques que dans 14% des cas. D'autre part, la ségrégation familiale est d'un intérêt majeur, particulièrement dans les situations où des variants candidats sont détectés dans plusieurs gènes.

L'identification de l'étiologie génétique permet la mise en place d'une prise en charge et d'un conseil génétique adaptés. Toutefois, le conseil génétique peut être complexe en cas d'identification de variants dans deux gènes distincts chez le cas index.  Nous rapportons un cas de diagnostic prénatal réalisé simultanément pour les deux gènes FKRP et RYR1 (gènes proches sur le Chr 19) dans une famille consanguine. La mutation homozygote du gène FKRP était clairement responsable de la pathologie chez le cas index mais une participation du gène RYR1 dans le phénotype ne pouvait pas être exclue. L'utilisation systématique du NGS pour le diagnostic devrait identifier de plus en plus de cas de possible digénisme avec les difficultés qui en découlent pour le conseil génétique.  


Corinne THEZE (Montpellier), Delphine LACOURT, Kevin YAUY, Raul JUNTAS-MORALES, Ulrike WALTHER-LOUVIER, Claude CANCES, Caroline ESPIL, Emmanuelle URO-COSTE, Marie-Laure MARTIN NEGRIER, Valérie RIGAU, John RENDU, Julien FAURE, Valérie BIANCALANA, Céline BOUCHET-SERAPHIN, Nathalie SETA, Lucile PINSON, Eric BIETH, Cyril GOIZET, François RIVIER, Michel KOENIG, Mireille COSSEE
00:00 - 00:00 #12975 - P496 Profil cytogénétique et devenir des syndromes myélodysplasiques en pays émergent.
P496 Profil cytogénétique et devenir des syndromes myélodysplasiques en pays émergent.

Introduction : Les syndromes myélodysplasiques (MDS) sont des affections hétérogènes clonales impliquant des cellules souches hématopoïétiques avec risque élevé de transformation leucémique.Les études cytogénétiques montrent des groupes pronostiques indicatifs des traitements. Nous avons mené la première étude par caryotype  et hybridation fluorescente in situ (FISH) pour valuer les résultats des MDS par les classifications IPSS et IPSS-R dans un pays émergent.
Malades et méthodes: Entre 1/2012 et 12/2016, 101 patients (pts) MDS ont été diagnostiqués consécutivement. Les anomalies génétiques sont révélées par le caryotype en bande R et par FISH  métaphasique et interphasique par six sondes (5q-,7q,20q,del(17p13),MLL,Inv(3) t(3; 3). Les pts ont été stratifiés selon les scores IPSS et IPSS-R; les probabilités de survie ont été estimées selon la méthode de Kaplan-Meier.
Résultats: Parmi ces 101 pts, 58 étaient des hommes , sex ratio = 1, 35;âge  moyen=61,6 ans (18-94). Hémoglobine moyenne=80 g/L (29-150);le taux absolu de neutrophiles=3 G/L (0,060-13,5) et le taux de plaquettes =144 G/L (5-659). Le taux de blastes médullaires=4% (0-18). Les cas ont été classés par cytomorphologie FAB comme AR(N=45), AREB(n=34),RARS (n=16), autre (n=6). La classification par l'OMS 2008 comprenait la RCUD (n=31 dont RA: 18, RT:10, RN: 3), RCMD(n=16), RAEB-1 (n=22), RAEB-2 (n=13), RARS (n=15), Isolé 5q-(n=4). Parmi les 101 pts, on a découvert des anomalies cytogénétiques par caryotype en bande R (n=84) et FISH (n=101) dans 41 cas (41%):anomalie unique (n=19), double anomalie (n=5) et complexe (n=17). Les principales anomalies cytogénétiques observées ont été isolées, la del 5q (n=4), la délétion isolée de 7q (n=2), la délétion 20q isolée (n=6), la trisomie 8 isolée (n=2), la délétion 17p13 (n=6) - Y (n=1), les aberrations (ab) complexes ≥ 3 (n=6), les ab complexes ≥ 5 (n=6), les ab complexes ≥7 (n=5), autres (n =3). L'IPSS chez 84 pats: 27% (faible risque), 44% (intermédiaire 1), 24% (intermédiaire 2), 5% (risque élevé). L'IPSS-R : 84 pats (18% très faible risque, 30% faible risque, 22,5% intermédiaire, 15,5% Risque élevé, 14% très élevé). Transformation en LAM chez 33% des pats dans un délai médian de 12 mois. Selon l'IPSS, la médiane de survie globale (OS)  n'est pas atteinte pour le groupe à faible risque ; elle est de 41 mois (m) pour le risque Intermédiaire 1, de 11 m pour le risque Intermédiaire 2 et 4 m pour le risque élevé. Selon l'IPSS-R, la médiane de survie globale n'est pas atteinte pour un risque très faible, 43 m pour un risque faible, 24 m pour le risque intermédiaire, 18 m pour le risque élevé et 4 m pour un risque très élevé.
Conclusion: Nos résultats sont en accord avec ceux précédemment publiés concernant les caractéristiques démographiques, la distribution d'anomalies cytogénétiques récurrentes et la prédiction de la survie. L'application des nouveaux outils pour classer les MDS revêt une importance majeure afin de mieux cibler les traitements.


Souad TAOUSSI (Nantes, Algérie), Yamina BOUCHAKOUR MOUSSA, Mohand Tayeb ABAD, Mohamed BRADAI
00:00 - 00:00 #12979 - P497 Des mutations bi-alléliques de MRPS34 conduisent à une instabilité de la petite sous-unité du mitoribosome associé à un syndrome de Leigh.
P497 Des mutations bi-alléliques de MRPS34 conduisent à une instabilité de la petite sous-unité du mitoribosome associé à un syndrome de Leigh.

The synthesis of all 13 mitochondrial DNA (mtDNA)-encoded protein subunits of the human oxidative phosphorylation (OXPHOS) system is carried out by mitochondrial ribosomes (mitoribosomes). Defects in the stability of mitoribosomal proteins or mitoribosome assembly impair mitochondrial protein translation, causing combined OXPHOS enzyme deficiency and clinical disease. Here we report four autosomal-recessive pathogenic mutations in the gene encoding the small mitoribosomal subunit protein, MRPS34, in six subjects from four unrelated families with Leigh syndrome and combined OXPHOS defects. Whole-exome sequencing was used to independently identify all variants. Two splice-site mutations were identified, including homozygous c.321þ1G>T in a subject of Italian ancestry and homozygous c.322[1]10G>A in affected sibling pairs from two unrelated families of Puerto Rican descent. In addition, compound heterozygous MRPS34 mutations were identified in a proband of French ancestry; a missense (c.37G>A [p.Glu13Lys]) and a nonsense (c.94C>T [p.Gln32*]) variant. We demonstrated that these mutations reduce MRPS34 protein levels and the synthesis of OXPHOS subunits encoded by mtDNA. Examination of the mitoribosome profile and quantitative proteomics showed that the mitochondrial translation defect was caused by destabilization of the small mitoribosomal subunit and impaired monosome assembly. Lentiviral-mediated expression of wild-type MRPS34 rescued the defect in mitochondrial translation observed in skin fibroblasts from affected subjects, confirming the pathogenicity of MRPS34 mutations. Our data establish that MRPS34 is required for normal function of the mitoribosome in humans and furthermore demonstrate the power of quantitative proteomic analysis to identify signatures of defects in specific cellular pathways in fibroblasts from subjects with inherited disease.


Nicole J. LAKE, Bryn D. WEBB, David A. STROUD, Tara R. RICHMAN, Benedetta RUZZENENTE, Alison G. COMPTON, Hayley S. MOUNTFORD, Juliette PULMAN (Paris), Coralie ZANGARELLI, Marlene RIO, Nathalie BODAERT, Zahra ASSOULINE, Mingma D. SHERPA, Eric E. SCHADT, Sander M. HOUTEN, James BYRNES, Elizabeth M. MCCORMICK, Zarazuela ZOLKIPLI-CUNNINGHAM, Katrina HAUDE, Zhancheng ZHANG, Kyle RETTERER, Renkui BAI, Sarah E. CALVO, Vamsi K. MOOTHA, John CHRISTODOULOU, Agnes RÖTIG, Aleksandra FILIPOVSKA, Ingrid CRISTIAN, Marni J. FALK, Metodi D. METODIEV, David R. THORBURN
00:00 - 00:00 #12980 - P498 Maladie de Charcot-Marie-Tooth liée à l’X : identification d’une mutation intronique du gène GJB1.
P498 Maladie de Charcot-Marie-Tooth liée à l’X : identification d’une mutation intronique du gène GJB1.

La maladie de Charcot-Marie-Tooth est une neuropathie périphérique sensitivo-motrice héréditaire qui peut être transmise selon différents modes. La forme liée à l’X est dûe dans la majorité des cas à des mutations dans le gène GJB1 codant pour la connexine 32. Cette neuropathie est caractérisée par une atteinte distale des nerfs sensitifs et moteurs au niveau des membres inférieurs et également des membres supérieurs, notamment des mains. L’évolution est généralement lente. Plus de 400 mutations ont été décrites dans les régions codantes du gène GJB1 alors que seulement une dizaine dans des régions introniques. Nous rapportons une famille atteinte d’une CMT1 liée à l’X porteuse d’une mutation (c.1-372C > T) située en 5’UTR du gène GJB1. Cette mutation a été identifiée grâce au séquençage de la région promotrice de ce gène en plus de celle de l’exon 2. Elle était présente chez notre cas index et son oncle tous deux atteints de la maladie.  Nous avons réalisé des études transcriptionnelles afin d’argumenter le caractère pathogène de cette mutation. Nous avons réalisé une RT-PCR à partir de l’ARN extrait des leucocytes du sang périphérique. Ces analyses ont permis de montrer l’absence du transcrit GJB1 chez le cas index. Ce qui constitue un argument fort de pathogénicité pour cette mutation et nous a permis de rendre un diagnostic moléculaire pour cette famille. Actuellement, le diagnostic des neuropathies périphériques héréditaires est réalisé par séquençage haut débit. Ce cas illustre l’importance de séquencer les régions non codantes du gène GJB1 et donc de les intégrer dans les panels diagnostiques, particulièrement dans les formes liée à l’X. 

 


Maude GRELET (Toulon), Nathalie MARTINI, Brigitte LE GOANVIC, Sabrina SACCONI, Caroline LACOSTE, Nicolas LEVY, Nathalie BONELLO-PALOT
00:00 - 00:00 #12985 - P499 Spectre clinique associé à des mutations du gène PNPT1.
P499 Spectre clinique associé à des mutations du gène PNPT1.

Mitochondrial disorders are characterized by a large clinical and genetic heterogeneity and the same mutant gene can lead to different phenotypes. We report here four patients with new PNPT1 mutations and various clinical presentations.

A boy presenting with cataract, deafness, RP and psychomotor retardation. Abnormal putamen and basal ganglia and lactate peak were detected in brain. Respiratory chain (RC) defect was found in muscle and fibroblasts. Exome sequencing detected a homozygous c.407G>A mutation (p.Arg136His).

A 18-year-old male presenting poor growth, sensorineural hearing loss, diabetes mellitus and lactic acidosis. Fibroblasts display RC enzyme defect but normal assembly. He carries two PNPT1 variations: c.1495G>C (p.Val509Ile) and c.1592C>G (p.Thr531Arg). Decreased amount of PNPase was detected in fibroblasts.

A girl presenting hypotonia, dystonia, moderate deafness and optic atrophy and delayed myelinisation. Lactatemia and lactatorachia were normal. RC activities and assembly were normal in muscle and fibroblasts. Two PNPT1 mutations were identified (c.1495G>C, p.Gly499Arg and c.1519G>T, p.Ala507Ser) resulting in a decreased amount of PNPase.

A girl with failure to thrive, microcephaly, severe psychomotor impairment with trunk hypotonia, spastic tetraperesis and dystonic movements has bilateral cystic lesions in temporal regions, white matter abnormalities but no obvious abnormalities of brain stem, basal ganglia or thalami. Normal metabolic work-up was found in blood, urine and CSF. A homozygous c.1399C>T (p.Pro467Ser) PNPT1 mutation results in a decreased amount of PNPase in fibroblasts. Functional validation of these mutations is currently in progress.

A boy with trunk hypotonia, failure to thrive, dystonia and deafness presenting a mild myelinisation delay but no obvious abnormalities in basal ganglia. Fibroblasts display an assembly defect of complex IV. He carries two heterozygous variations c.208T>C (p.Ser70Pro)  and c.2137G>T (p.Asp713Tyr).

This study expands the phenotypic spectrum of PNPT1 mutations. Moreover, it shows that clinical presentation associated with PNPT1 mutations are not always suggestive of mitochondrial disease as two of our patients do not show hyperlactatemia, hyperlactatorachia or RC defect.


Christelle TAMBY (PARIS), Zahra ASSOULINE, Lucas BIANCHI, Laurence HUBERT, Claude BESMOND, Shawn E. MCCANDLESS, Marco HENNEKE, Gärtner JUTTA, Valérie SERRE, Manuel SCHIFF, Marlène RIO, Arnold MUNNICH, Metodi METODIEV, Agnès RÖTIG
00:00 - 00:00 #12991 - P500 Diagnostic de déficit en transporteur de la thiamine de type 2 par séquençage d’exome dans une famille atteinte du syndrome de Leigh.
P500 Diagnostic de déficit en transporteur de la thiamine de type 2 par séquençage d’exome dans une famille atteinte du syndrome de Leigh.

Objectif : Rapporter les caractéristiques cliniques et génétiques d’une fratrie atteinte de déficit en transporteur de la thiamine de type 2 se présentant comme un syndrome de Leigh.

Méthode : Analyse par séquençage d’exome de 2 patients atteints d’une même famille et étude de ségrégation familiale par séquençage Sanger.

Résultats : Nous rapportons 3 membres d’une fratrie d’une famille consanguine d’origine algérienne. Le frère ainé a présenté, à l’âge de 3 ans, deux épisodes aigus de nécrose bilatérale des noyaux gris centraux secondairement responsable d’un handicap psychomoteur et d’une épilepsie pharmaco-résistante conduisant au décès à l’âge de 15 ans. Les sœurs cadettes, jumelles monozygotes, ont présenté des épisodes de décompensations neurologiques répétés et survenant souvent de manière simultanées, déclenchés par la fièvre ou les écarts alimentaires (alimentation sucrée), avec récupération quasi-complète entre les épisodes. Ces décompensations étaient caractérisées par l’association variable d’une ataxie cérébelleuse, d’une paralysie faciale, d’un coma et de dystonies ou  de crises épileptiques. La sévérité des épisodes a diminué avec l’âge, permettant une insertion socio-professionnelle, malgré des séquelles neurologiques, notamment dystoniques. Les signes cliniques et radiologiques étaient compatibles avec un syndrome de Leigh bien que les bilans métaboliques et la biopsie musculaire n’aient pas confirmé ce diagnostic (cytopathie mitochondriale, déficit en PDH). Néanmoins, un traitement par régime cétogène et une supplémentation en vitamine B1 et B6 a été instauré à l’âge de 2 ans et a permis une récupération rapide lors des épisodes aigus. Chez les sœurs, l’IRM cérébrale montraient, entre les crises, des lésions bilatérales des noyaux gris centraux. Au cours des accès aigues, l’IRM montrait une majoration de ces lésions associée à des hypersignaux étendus prédominant dans le cortex temporo-occipital, régressant de façon concomitante aux signes cliniques. Le séquençage d’exome a permis l’identification du variant c.1264A>G/p.Thr422Ala à l’état homozygote dans le gène SLC19A3, confirmant le diagnostic de déficit du transporteur de la thiamine de type 2 répondant à la biotine. Le diagnostic moléculaire a permis une adaptation thérapeutique avec une majoration des doses de vitamine B1 et l’introduction de fortes doses de biotine.

Conclusion : Ce variant a déjà été rapporté dans des familles originaires d’Arabie Saoudite et sa récurrence est probablement liée à un effet fondateur. Dans cette famille, le séquençage d’exome a permis de porter un diagnostic d’encéphalopathie liée au déficit du transporteur de la thiamine de type 2 chez des patients présentant un phénotype de syndrome de Leigh non confirmé sur le plan biologique. Un diagnostic précoce de cette pathologie permettrait l’introduction rapide de la supplémentation vitaminique, ce qui réduirait fortement les accès aigues et préviendrait des complications neurologiques définitives.


Marie FAOUCHER (Rennes), Audrey LABALME, Nicolas CHATRON, Christophe ROUSSELLE, Pierre-Marie GONNAUD, Perrine DEVIC, Patrick EDERY, Damien SANLAVILLE, Gaëtan LESCA
00:00 - 00:00 #12995 - P501 Identification de la mutation arabe c.2254C>T du gène DDR2 chez une patiente Marocaine atteinte d'une dysplasie spondyloépimétaphysaire-anomalies de calcification.
P501 Identification de la mutation arabe c.2254C>T du gène DDR2 chez une patiente Marocaine atteinte d'une dysplasie spondyloépimétaphysaire-anomalies de calcification.

La dysplasie spondyloépimétaphysaire avec anomalies de calcification (SEMD-anomalies de calcification) est une maladie osseuse constitutionnelle très rare, à transmission autosomique récessive. Sa prévalence est mal connue avec seulement 27 cas décrits dans la littérature. Cette maladie est caractérisée sur le plan clinique par un nanisme, des membres courts, des mains courtes et une brachydactylie avec une dysmorphie faciale particulière et une hypotonie musculaire. Le diagnostic est radiologique avec des signes de dysplasie spondyloépimétaphysaire: irrégularités métaphyso-épiphysaires, anomalies vertébrales, côtes courtes, thorax étroit et phalanges distales triangulaires associés à des calcifications osseuses et des os longs courts et larges. SEMD-anomalies de calcification est dûe à des mutations du gène DDR2 localisé en 1q23.3, avec 7 mutations décrites ( 5 faux-sens, une petite délétion et une mutation d’épissage) et un hotspot au niveau de l’exon 17.

Nous rapportons l’observation d’un nourrisson marocain de sexe féminin, âgé de 2ans et demi, consanguin de premier degré, unique de sa famille, présentant un retard staturo-pondéral à -4DS, une dysmorphie faciale, une hypotonie musculaire et des membres courts. Le tableau radiologique est évocateur d’une SEMD.

Un séquençage ciblé de la mutation récurrente arabe c.2254 C > T (R752C) du gène DDR2 a été réalisé. Cette mutation a été objectivée à l’état homozygote chez notre malade et à l’état hétérozygote chez les parents.

Ce test moléculaire nous a permis la confirmation du diagnostic de SEMD-anomalies de calcifications chez notre malade, de proposer une prise en charge adaptée et de prodiguer un conseil génétique à la famille.


Hanane MERHNI, Wafaa JDIOUI, Maria MANSOURI, Abdelaziz CHEMLAL, Abdelaziz SEFIANI, Hanane MERHNI (Rabat, Maroc)
00:00 - 00:00 #13006 - P502 La lipomatose de Launois-Bensaude due aux mutations de MFN2 : spectre clinique et impact sur le tissu adipeux.
P502 La lipomatose de Launois-Bensaude due aux mutations de MFN2 : spectre clinique et impact sur le tissu adipeux.

Introduction. Le syndrome de Launois-Bensaude (LB) est une maladie du tissu adipeux caractérisée par la présence de lipomes. Elle est souvent consécutive à un alcoolisme, mais de rares formes génétiques ont été décrites. Parmi celles-ci, quelques très rares mutations du gène MFN2 ont récemment été impliquées dans des formes autosomiques récessives de la maladie, associée ou non à un Charcot-Marie-Tooth de type 2A. MFN2 code la mitofusine 2, une protéine clé de la fusion mitochondriale.

Objectifs. Ce travail a pour but de mieux décrire le spectre clinique et biologique ainsi que la physiopathologie des formes de LB liées à MFN2, dans la plus large cohorte rapportée à ce jour.

Méthodes. 6 patients provenant de 5 familles indépendantes ont été inclus. Des études ont été menées à la fois in vivo et in vitro : investigations cliniques et biologiques, imagerie, histologie du tissu adipeux, microscopie électronique, études transcriptionelle et protéique sur biopsie et cellules souches adipocytaires.

Résultats. Tous les patients présentent des lipomes et des signes de lipoatrophie généralisée (perte de tissu adipeux sous-cutané, effondrement de la leptine – biomarqueur de la masse grasse), avec des conséquences métaboliques systémiques (hypertriglycéridémie, insulinorésistance). Les signes neurologiques, qui sont majeurs chez certains patients, peuvent passer inaperçus chez d’autres individus. Tous les patients sont porteurs du même génotype p.Arg707Trp (c.2119C > T) homozygote, cette mutation récurrente étant située sur un point chaud de mutation. Ce génotype conduit à de nombreuses anomalies mitochondriales (augmentation très marquée de leur taille et de leur nombre, désorganisation des crêtes mitochondriales, mitophagie). L’étude histologique et l’analyse des profils d’expression transcriptionnel, protéique et sécrétoire a révélé que les lipomes présentent une morphologie et de nombreuses caractéristiques du tissu adipeux blanc (responsable du stockage et de la mobilisation des triglycérides), mais également des marqueurs de tissu adipeux beige (assurant une fonction thermogénique). Ce dernier résultat est conforté par la mise en évidence au TEP-scan d’une incorporation importante de glucose par ce tissu adipeux, témoignant de son activité métabolique.

Conclusion. Le syndrome de LB lié à MFN2 est une maladie mitochondriale associée à un tableau clinique et biologique sévère affectant de nombreux organes. Tous les patients décrits à ce jour sont porteurs d’une même mutation (p.Arg707Trp) à l’état homozygote ou hétérozygote composite. Ce génotype conduit à une altération majeure des propriétés mitochondriales et à une prolifération bénigne de cellules adipocytaires ayant des caractéristiques particulières. Enfin, le syndrome de LB nécessite une prise en charge multidisciplinaire, ainsi que la recherche de signes métaboliques et neurologiques infra-cliniques, de manière à retarder ou prévenir la survenue des complications de la maladie.


Emilie CAPEL, Camille VATIER, Pascale CERVERA, Martine AUCLAIR, Martine LAVILLE, Tanya STOJKOVIC, Florence TENENBAUM, Brigitte DELEMER, Pierre GOURDY, Emmanuel DISSE, Marie-Christine VERPONT, Anne-Ségolène COTTEREAU, Anne MIQUEL, Amélie BONNEFOND, Philippe FROGUEL, Olivier LASCOLS, Corinne VIGOUROUX, Isabelle JÉRU (Paris)
00:00 - 00:00 #13014 - P503 Efficience des panels NGS ciblés: expérience dans les dysplasies squelettiques sur 401 patients.
P503 Efficience des panels NGS ciblés: expérience dans les dysplasies squelettiques sur 401 patients.

Le retard statural est un motif fréquent de consultations pédiatriques. Des radiographies de squelette anormales orientent vers le groupe hétérogène des dysplasies squelettiques. Le séquençage par Next Generation Sequencing (NGS) a fortement amélioré la possibilité de tests génétiques pour ces pathologies hétérogènes. Les panels NGS ciblés permettent une optimisation de la couverture des gènes cibles, une imputation facilitée de la causalité des variants et une limitation de la découverte de données incidentales. Nous rapportons l'analyse par panel NGS ciblé de 401 patients ayant un retard statural avec anomalies squelettiques.

Le panel a été conçu sur la base de la nosologie des dysplasies squelettiques, cible 107 gènes et inclut 7 sous-panels: dysplasies acro(méso)méliques, rhizoméliques, épiphysaires ou métaphysaires, ainsi que dislocations multiples, nanismes platyspondyliques et causes syndromiques. Les amplicons sont séquencés sur HiSeq (Illumina) après capture par kit Sure-Select personnalisé (Agilent). L'annotation et l'analyse des variants sont réalisées par une interface informatique maison (PolyWeb). Les résultats sont discutés à la lumière des données clinico-radiologiques avec le Centre de Référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles.

Des mutations ont été identifiées chez 156 patients (39%) et des variants de signification inconnue (VUS) chez 47 patients (11%), impliquant 54 gènes différents.

Il existe une disparité de résultats selon l’indication du test. Seulement 13% des cas avec retard statural et anomalies squelettiques mineures ou cadre syndromique (groupe 1, n = 148) ont une mutation identifiée. A l’opposé, 54% des cas avec dysplasies squelettiques marquées (dysplasies acro(méso)méliques, rhizoméliques, épiphysaires ou métaphysaires, dislocations multiples et nanismes platyspondyliques) (groupe 2, n = 253) ont un diagnostic moléculaire.

Les VUS sont plus fréquents dans le groupe 1 (18%) que dans le groupe 2 (7%). Pour les retards staturaux avec anomalies mineures, les VUS concernent quelques gènes récurrents, dont FGFR3 (n=3) et IHH (n=6).

Pour les dysplasies squelettiques marquées, les gènes les plus fréquemment mutés sont: TRPS1 et NPR2 (dysplasies acro(méso)méliques), FGFR3 ( dysplasies rhizoméliques), COL2A1, COMP, COL11A1 et TRAPPC2 (dysplasies épiphysaires) et COL10A1 et TRPV4 ( dysplasies métaphysaires). Pour les dislocations multiples et les nanismes platyspondyliques, des mutations ont été identifiées respectivement chez 14/34 et 7/12 patients, sans genes prépondérants.

Le panel NGS ciblé permet l'élucidation moléculaire dans 54% des cas de dysplasie squelettique, avec un résultat moins probant pour les retards staturaux avec anomalies mineures ou syndromiques. Notre expérience souligne l'importance de l'analyse des résultats moléculaires en combinaison avec le phénotype détaillé. Nous confirmons aussi l’hétérogénéité génétique de ces pathologies et l’utilité d’une analyse par panel NGS régulièrement mis à jour.


Caroline MICHOT (PARIS), Sophie MONNOT, Caroline ALBY, Sylvain HANEIN, Coralie HAUDRY, Anne-Laure TOURRE, Geneviève BAUJAT, Arnold MUNNICH, Jean-Paul BONNEFONT, Valérie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #13025 - P504 Identification d’une nouvelle mutation du gène SMARCAL1 chez une patiente marocaine atteinte de La dysplasie immuno-osseuse de Schimke avec revue de la littérature.
P504 Identification d’une nouvelle mutation du gène SMARCAL1 chez une patiente marocaine atteinte de La dysplasie immuno-osseuse de Schimke avec revue de la littérature.

La dysplasie immuno-osseuse de Schimke (SIOD) est une maladie multisystémique caractérisée par une dysplasie spondyloépiphysaire associée à un retard statural, une dysmorphie faciale, un déficit immunitaire à cellules T et une glomérulonéphrite avec un syndrome néphrotique. C’est une maladie panethnique avec une  prévalence mal connue. La SIOD représente  un large  spectre qui varie d'une forme infantile ou sévère de début précoce avec un risque de décès  à une forme juvénile plus tardive avec survie jusqu'à l'âge adulte à condition que l’atteinte  rénale soit jugulée de manière appropriée.

Le diagnostic fait appel à des critères cliniques, radiologiques, biochimiques et immunologiques bien codifiés. La SIOD est due à des mutations du gène SMARCAL1, localisé en 2q35, comportant 18 exons et codant pour la protéine remodelant la chromatine hHARP.

Nous rapportons dans ce travail l’observation d’un enfant de 5ans, née de parents consanguins qui nous a été adressée devant un syndrome néphrotique cortico-résistant avec un retard de croissance intra-utérin, un retard staturo-pondéral et une discrète dysmorphie faciale. L’association avec des anomalies squelettiques, des tâches cutanées café au lait et une lymphopénie à cellules T était très suggestive du syndrome de Schimke.

Le séquençage de la totalité de la séquence codante du gène SMARCAL1 (exons 3-18) et des régions introniques flanquantes chez notre propositus a mis en évidence la mutation c.2427+5G>C au niveau de l’intron 15 à l’état homozygote. Il s’agit d’une nouvelle mutation affectant le site donneur d’épissage de l’exon 15, n’ayant jamais été rapportée au niveau des bases de données.

L’étude moléculaire permet d’abord de confirmer le diagnostic de SIOD, de proposer la transplantation combinée de la moelle osseuse et rénale comme une approche chez les personnes ayant une fonction rénale et immunitaire en déclin avant d’arriver au stade final et de prodiguer un conseil génétique à la famille.


Wafaa JDIOUI, Hanane MERHNI (Rabat, Maroc), Naima SADIQ, Abdelaziz SEFIANI, Wafaa JDIOUI
00:00 - 00:00 #13027 - P505 Révélation tardive de la maladie de Gaucher de type 1: à propos d’un cas.
P505 Révélation tardive de la maladie de Gaucher de type 1: à propos d’un cas.

Introduction

La maladie de Gaucher est une maladie métabolique rare due à une mutation du gène GBA qui code pour une enzyme lysosomale, la béta-glucocérébrosidase. Son déficit entraîne l’accumulation du glucosylcéramide dans les cellules du système réticulo-endothélial. Il existe trois formes de la maladie. Le type 1 est la forme chronique et la plus fréquente associant une hépatosplénomégalie et une pancytopénie. Le type 2  est la forme neurologique aigue et le type 3 est la forme neurologique subaigue. Plus de 200 mutations responsables de la maladie de Gaucher ont été décrites, il n’y a pas de corrélation entre le type de la maladie et la mutation en cause. On rapporte dans ce travail le cas d’une patiente ayant une maladie de Gaucher de type 1 confirmée histologiquement.

Patiente et méthodes
Il s’agit d’une patiente âgée de 27 ans, issue d’un mariage consanguin. L’enquête génétique a trouvé un frère ayant une splénomégalie décédé à 3 ans, un autre frère décédé à l’âge de 1 an dans un contexte fébrile et une sœur décédée à 2 ans dans un tableau de convulsions et d’ecchymoses.

La patiente a eu plusieurs fractures pathologiques des membres supérieurs à l’âge de 24 ans. Elle était suivie pour céphalées et douleurs osseuses diffuses évoluant depuis un an. A l’examen, elle avait une splénomégalie, une scoliose et des tremblements fins des extrémités.

Résultats

La numération formule sanguine a montré une pancytopénie. La biopsie ostéomédullaire a montré la présence de cellules de Gaucher. L’étude moléculaire du gène GBA a montré la mutation c.259C > T.

Conclusion

La maladie de gaucher est une maladie de surcharge rare et hétérogène sur le plan clinique. Il n’existe généralement pas de corrélation entre le génotype et le phénotype. En effet, les décès dans la fratrie de notre patiente pourraient être secondaires à une maladie de Gaucher dans sa forme neurologique aigüe, alors que notre patiente avait la forme chronique. En raison de la grande hétérogénéité phénotypique, le diagnostic prénatal est controversé. 


Faten HSOUMI (Tunis, Tunisie), Houweyda JILANI, Imen REJEB, Mariem CHEOUCH, Syrine HIZEM, Yasmina ELARIBI, Faten OTHMANI, Lamia BEN JEMAA
00:00 - 00:00 #13045 - P506 - DPC DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DE LA MALADIE DE RENDU-OSLER PAR NGS CIBLE ET ETUDE DU RETENTISSEMENT DE VARIANTS INTRONIQUES SUR L’EPISSAGE.
P506 - DPC DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DE LA MALADIE DE RENDU-OSLER PAR NGS CIBLE ET ETUDE DU RETENTISSEMENT DE VARIANTS INTRONIQUES SUR L’EPISSAGE.

Contexte

La maladie de Rendu Osler (MRO) est une maladie héréditaire de transmission autosomique dominante caractérisée par des épistaxis, des télangiectasies cutanéo-muqueuses et des malformations artério-veineuses (MAV) viscérales. La MRO est considérée comme certaine, probable ou suspecte selon le nombre de critères cliniques présents (critères de Curaçao). Les mutations au sein des gènes ACVRL1 et ENG sont majoritairement responsables de MRO. On retrouve également des mutations au sein du gène SMAD4 dans des formes associées à une polypose juvénile. Récemment, Il a été décrit de rares mutations au sein du gène GDF2.

Objectif

Utiliser une approche de NGS ciblé pour le diagnostic moléculaire de la MRO et étudier le retentissement sur l’épissage de variants introniques potentiellement pathogènes.

Méthode

Analyse de 120 cas index par un panel de capture ciblé incluant les gènes ACVRL1, ENG, GDF2 ainsi que plusieurs gènes impliqués dans d’autres maladies vasculaires héréditaires proches, dont RASA1 impliqué dans le syndrome de malformation capillaire-malformation artério-veineuse (CM-AVM). Analyse par PCR sur l’ADN complémentaire (ADNc) des variants introniques potentiellement pathogènes selon l’analyse in silico.

Résultat

Une mutation a été identifiée chez 57 des 120 probands (47,5%).Le taux de mutation est corrélé à la probabilité du diagnostic de MRO selon les critères de Curaçao car il a atteint 73% lorsque le diagnostic est certain, 25% lorsque le diagnostic est possible et aucune mutation n'a été identifiée lorsque le diagnostic est peu probable.

Nous avons identifié 30 mutations ACVRL1 (52.6%), 25 mutations ENG (43.8%) dont 2 dans le promoteur du gène, et 1 mutation SMAD4, cette dernière chez un patient sans signe de polypose juvénile. Une mutation RASA1 a également été identifiée chez une famille présentant un diagnostic possible de MRO. Parmi ces mutations, 4 sont localisées dans des régions introniques hors sites consensus d’épissage (3 ENG : c.67+5G > A, c.68-17G > A, c.817-7C > G et 1 ACVRL1 c.526-12C > G) et ont été initialement classées comme variant de signification inconnue (VUS). L’analyse sur ADNc a permis de confirmer le retentissement sur l’épissage de ces variants et ainsi de les classer comme pathogène.

Conclusion

L’approche de NGS ciblé est un outil efficace pour le diagnostic moléculaire de la MRO permettant l'analyse de tous les gènes connus. L’identification d’une mutation RASA1 montre l’intérêt d’utiliser ces panels élargis pour l’étude des formes frontières entre plusieurs pathologies.

Dans notre cohorte 10.5 % des mutations identifiées sont localisées dans des régions non codantes (promoteur et introns). Ces résultats illustrent l’intérêt de réaliser des analyses sur ARNm afin d’identifier le caractère délétère des variants de signification inconnue et ainsi d’améliorer le diagnostic moléculaire et de permettre  la mise en place d’un conseil génétique pour les familles.


Mélanie EYRIES (PARIS), Philippe CHARRON, Marie-France CARETTE, Anne LEROY, Marie-Christine WAILL, Thierry CHINET, Florence COULET, Pascal LACOMBE, Augustin OZANNE, Florent SOUBRIER
00:00 - 00:00 #13047 - P507 Xeroderma Pigmentosum en Afrique du Sud : apport du NGS.
P507 Xeroderma Pigmentosum en Afrique du Sud : apport du NGS.

Le Xeroderma Pigmentosum (XP) est une génodermatose rare, de transmission autosomique récessive, caractérisée par un défaut de réparation de l’ADN lors de lésions induites par les UV, dû à des mutations des gènes du système NER (réparation par excision de nucléotides). Ses manifestations, hypersensibilité cutanéo-muqueuse et oculaire lors de l’exposition UV et survenue précoce de multiples lésions cancéreuses, ont été décrites dans tous les groupes ethniques. Initialement 7 groupes de complémentation ont été identifiés, XPA à XPG, une forme variante XPV, avec actuellement 17 gènes potentiellement impliqués.

Cette pathologie est volontiers sous-diagnostiquée dans les régions isolées où elle se présente trop souvent sous une forme évoluée et invalidante, faute de mesures de photoprotection précoces. Dans le cadre d’une campagne de sensibilisation menée par le Service de Dermatologie de l’Hôpital de Pretoria, 15 familles ont bénéficié d’une évaluation clinico-biologique incluant un diagnostic génétique.

Par argument de fréquence, l’étude a d’emblée ciblé le gène XPC et identifié une mutation commune, déjà décrite dans la population comorienne (défaut d’épissage c.2251 G > C), présente chez 11 des 12 enfants XPC testés. Le 12ème  enfant est hétérozygote composite, le second allèle portant une mutation non-sens décrite en Inde. Un effet fondateur a été décrit pour la mutation comorienne, cette extension géographique du défaut génétique éclaire les origines des populations d’Afrique.

La stratégie NGS, utilisant un panel ciblant les gènes de la réparation, utilisée en 2° intention, a permis l’identification de formes XPE et XPD dans un délai très rapide comparé à la stratégie d’analyse classique de séquençage gène par gène. Le diagnostic des formes XPE a été une surprise chez 2 soeurs adultes dont les manifestations cliniques tardives évoquaient une forme XP variant. Quant aux formes XPD, avec une expression limitée à la photosensibilité, elles sont associées dans cette série à des variants faux-sens de la partie distale du gène XPD comme précédemment décrit. 2 patients sont hétérozygotes composites 3 des variants identifiés n’ont jamais été rapportés, sont absents des bases de données et prédits délétères par l’analyse in-silico. Une étude fonctionnelle serait souhaitable comme décrit pour le 4° variant identifié ici et déjà publié.

En conclusion, la stratégie NGS apparait comme un excellent choix pour décrire l’hétérogénéité génétique du Xeroderma Pigmentosum et mettre en évidence une corrélation génotype-phénotype. La réalisation d’un tel diagnostic précocément est essentielle pour guider la prise en charge et le conseil génétique notamment dans les régions où la consanguinité est importante.


Mahlatse NGOKOLO, Fanny MORICE-PICARD, Hamid REVZANI, Mike SATHEKGE, Alain TAIEB, Cécile GED (Bordeaux)
00:00 - 00:00 #13056 - P508 Etude préclinique des effets de la thérapie génique dans un modèle de souris femelles du syndrome de Rett.
P508 Etude préclinique des effets de la thérapie génique dans un modèle de souris femelles du syndrome de Rett.

Le syndrome de Rett (RTT) est une maladie neurologique progressive d’origine génétique qui affecte les filles avec une fréquence de 1/15.000. La plupart des cas sont causés par une mutation dans le gène MECP2 (Methyl CpG binding protein 2). Les premiers symptômes se manifestent chez les filles âgées de 6 à 18 mois et consistent en un arrêt de croissance cérébrale, un ralentissement du développement et une perte/régression des capacités psychomotrices acquises. A l’heure actuelle, il n’existe pas de traitement pour le syndrome de Rett.

Il a été récemment montré que le traitement de souris RTT par un vecteur viral capable the traverser la barrière hémato-encéphalique (le virus AAV9) résultait en une augmentation de la survie des souris traitées (Gadalla et al. 2013; Garg et al. 2013).

Les études précédentes ayant été menées chez des souris RTT mâles déficientes en Mecp2 (modèle de souris KO), nous avons décidé d’étudier les effets de la thérapie géniques chez les souris femelles hétérozygotes (HT) adultes qui expriment partiellement Mecp2 et qui constituent le modèle le plus pertinent pour le RTT.

Nous avons tout d’abord caractérisé les souris HT âgées de 5 mois. Celles-ci présentent déjà des anomalies respiratoires (apnées : 100±15 vs 22±4, souris HT vs souris contrôle WT), ainsi qu’une légère hypoactivité (test d’open field : HT=78%±3 vs WT=89%±2). Lorsque les souris HT sont observées sur une période plus longue, on détecte une diminution de la distance totale parcourue en 24h (HT=78%±3% vs WT=100%±12%), alors que leur taux d’inactivité n’est pas différent de celui des souris WT (HT=104%±3% vs WT=100%±4%). Après administration du vecteur viral (10E13particule virale/Kg en i.v.), les souris ont été examinées 8, 16 et 30 semaines après injection. Les résultats montrent une diminution des apnées après traitement qui est significative à 16 (HT : 96±14 ; HT AAV9-MCO : 39±15 ; WT : 20±5) et 30 semaines (HT : 140±62 ; HT AAV9-MCO : 40±10 ; WT : 41±9) post-traitement tandis que l’on observe une amélioration partielle du comportement locomoteur circadien à 30 semaine post-injection (distance parcourue, HT : 40%±6% ; HT AAV9-MCO : 85%±14% ; WT : 100%±7).

En accord avec les résultats obtenus chez les souris RTT mâles (Matagne et al. 2017), on observe aussi une amélioration des déficits respiratoires et moteurs chez les souris femelles. Cependant, au cours de notre étude, nous avons également observé des effets secondaires importants après administration du vecteur viral et la caractérisation des ces effets est actuellement en cours.


Valérie MATAGNE (MARSEILLE), Laurent VILLARD, Jean-Christophe ROUX
00:00 - 00:00 #13059 - P509 Ostéopétrose maligne liée au gène CLCN7 diagnostiquée suite au séquencage de l’exome et traitée par greffe de moelle osseuse.
P509 Ostéopétrose maligne liée au gène CLCN7 diagnostiquée suite au séquencage de l’exome et traitée par greffe de moelle osseuse.

Les ostéopétroses forment un groupe de maladies osseuses hétérogènes de par leur sévérité et leur mode de transmission. Elles sont dues à une insuffisance de résorption osseuse par les ostéoclastes, aboutissant à une sclérose généralisée des os longs et du crâne. La forme autosomique récessive, ou maligne, est une forme sévère infantile. Elle conduit généralement au décès dans les dix premières années de vie, notamment par insuffisance médullaire, en l’absence de traitement par greffe de moelle osseuse. Les patients sont également sujets aux fractures, aux neuropathies compressives des nerfs crâniens (cécité, surdité, paralysie faciale) et aux AVC par compression des artères intracrâniennes. Nous rapportons l’observation d’une patiente adressée en consultation de génétique à l’âge de 21 mois pour une cécité bilatérale secondaire à une atrophie des nerfs optiques. Ses parents sont cousins germains. On note lors de son examen clinique une fasciosténose avec une contraction bitemporale et des yeux protrus. Elle présente également un retard statural et un retard à l’éruption dentaire, sans retard sur le plan psychomoteur. Une analyse par WES (Whole Exome Sequencing) a mis en évidence une mutation homozygote dans l’exon 17 du gène CLCN7 (NM_001287.5, c.1577G > A ; p.R526Q), déjà rapportée dans la littérature comme responsable d’ostéopétrose maligne. Les radiographies osseuses ont secondairement révélé une ostéosclérose généralisée des os du crâne et des os longs. La tomodensitométrie cérébrale a révélé une sténose bilatérale des canaux optiques. La décompression chirurgicale des nerfs optiques n’a pas pu être réalisée du fait du stade avancé de la cécité. En revanche, ce diagnostic précoce a permis un traitement par allogreffe de moelle osseuse à l’âge de 2 ans et demi, évitant l’apparition d’une insuffisance médullaire et préservant le pronostic vital. De plus, les parents vont bénéficier d’une prise en charge par diagnostic pré-implantatoire sur le CHU de Nantes pour une prochaine grossesse. Cette observation souligne l’intérêt du diagnostic précoce par WES, qui a permis une prise en charge thérapeutique efficace pour cette patiente.


Solène CONRAD (Nantes), Benjamin COGNÉ, Xavier ZANLONGHI, Caroline THOMAS, Audrey GRAIN, Wallid DEB, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Bertrand ISIDOR, Thomas BESNARD, Sébastien SCHMITT, Stéphane BÉZIEAU, Matthieu DELION, Matthieu BENDAVID, Despina MOSHOUS, Marie VINCENT
00:00 - 00:00 #13060 - P510 Post-mortem diagnosis of Pompe disease by exome sequencing in a Moroccan family.
P510 Post-mortem diagnosis of Pompe disease by exome sequencing in a Moroccan family.

Pompe disease is an autosomal-recessive lysosomal storage disorder characterized by progressive myopathy with proximal muscle weakness, respiratory muscle dysfunction, and cardiomyopathy. Prevalence ranges between 1/9000 and 1/40000. It is caused by compound heterozygous or homozygous mutations in the GAA gene, which encodes for the lysosomal enzyme alpha glucosidase (GAA), required for degrading of lysosomal glycogen.

In this study, we report a Moroccan consanguineous family with hypertrophic cardiomyopathy and sudden cardiac deaths at early age.   Whole Exome Sequencing identifies the deleterious homozygous mutation c.236_246delCCACACAGTGC (p.Pro79ArgfsX13) of GAA gene leading to a post mortem diagnosis of Pompe disease. It allowed us to provide an appropriate genetic counseling to the family for the future pregnancies.


Najlae ADADI (Rabat, Maroc), Maryem SAHLI, Grégory EGÉA, Ilham RATBI, Mohamed TAOUDI, Layla ZNIBER, Wafaa JDIOUI, Laura RAYMOND, Said EL MOUATASSIM, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13067 - P511 Etude d’association génétique entre les polymorphismes rs4810485 du gène CD40 et rs13031237 du gène REL et la survenue de la spondylarthrite ankylosante dans la population de l’Ouest Algérien.
P511 Etude d’association génétique entre les polymorphismes rs4810485 du gène CD40 et rs13031237 du gène REL et la survenue de la spondylarthrite ankylosante dans la population de l’Ouest Algérien.

Objectifs : De nombreux gènes ont été associés à la Spondylarthrite Ankylosante (SA) dans différentes populations tels que : ERAP1, ERAP2 et IL-23/IL17. Cependant, ces gènes n’expliquent pas toute l’héritabilité de la SA, ceci ouvre la voie à l’implication d’autres gènes tels que : REL et CD40. Les polymorphismes rs13031237 du gène REL ainsi que le rs4810485 du gène CD40 ont été rapportés étant associés à diverses maladies auto-immunes. Nous avons étudié pour la première fois, l’effet de ces deux polymorphismes sur le développement de la SA dans la population de l’Ouest Algérien.

Méthodes : L’étude a concerné 83 patients atteints de SA et 131 individus sains non apparentés. Le génotypage a été réalisé par PCR en temps réel (Taqman®). Les analyses statistiques ont été effectuées en calculant le test de X2 et l’Odd Ratio.

Résultats : Nous avons montré d’une part, qu’il ne y avait pas une association significative entre les génotypes et les allèles du polymorphisme rs13031237 du gène REL et le déclenchement de la SA chez les patients par rapport aux contrôles (p= 0.55, p= 0.37, respectivement). D’une autre part, le polymorphisme rs4810485 du gène CD40 n’a pas été retrouvé associé au déclenchement de la maladie entre les patients et les témoins (p > 0.05).

Conclusion : Cette étude semble exclure la contribution des polymorphismes rs13031237 et rs4810485 dans la susceptibilité à la SA. Il serait intéressant d’étudier les autres variations génétiques de ces deux gènes afin de confirmer leurs rôles au cours de la SA.


Chahinez Amira DAHMANI (ORAN, Algérie), Ahmed BENZAOUI, Faouzia ZEMANI-FODIL, Mostefa FODIL, Elisabeth PETIT TEIXEIRA, Abdallah BOUDJEMA
00:00 - 00:00 #13076 - P512 Fusion des métacarpiens 4/5 : à propos du premier cas marocain et revue de la littérature.
P512 Fusion des métacarpiens 4/5 : à propos du premier cas marocain et revue de la littérature.

La fusion des métacarpiens 4-5 (MF4; MIM #309630) est une malformation osseuse congénitale très rare de la main. Phénotypiquement, cette anomalie est caractérisée par une déviation ulnaire des deux cinquièmes doigts, une clinodactylie bilatérale et un raccourcissement bilatéral des cinquièmes métacarpiens. La radiographie de la main montre une fusion partielle ou complète des quatrième et cinquième métacarpiens. Cette anomalie peut être isolée ou faire partie d’un syndrome génétique. Des mutations non sens du gène FGF16 ont été décrites dans des cas de MF4 récessifs liés à l’X.

Nous rapportons le cas d’un garçon marocain âgé de 18 mois avec fusion des métacarpiens 4-5, chez qui le séquençage Sanger de la totalité de la séquence codante du gène FGF16 a été réalisé. Le séquençage du gène FGF16 a mis en évidence une mutation déjà connue (c.C535T; p.R179X) au niveau de l’exon 3 du gène. Cette mutation a été retrouvée à l’état hétérozygote chez la mère du propositus cliniquement non atteinte.

Ces résultats montrent que la mutation tronquante (c.C535T; p.R179X) du gène FGF16, responsable de la fusion des métacarpiens récessive liée à l’X, est récurrente chez des patients appartenant à différents groupes ethniques. 


Wafaa JDIOUI (Rabat, Maroc), Siham CHAFAI EL ALAOUI, Soukaina GUAOUA, Imane CHERKAOUI JAOUAD, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13083 - P513 Nouveau syndrome autosomique récessif d’ichtyose congénitale létale avec dysimmunité.
P513 Nouveau syndrome autosomique récessif d’ichtyose congénitale létale avec dysimmunité.

Nous décrivons ici 3 fœtus issus de grossesses successives d’un couple à haut degré de consanguinité, présentant une ichtyose congénitale létale. Dans cette famille avec double boucle de consanguinité, où ségrègent déjà 4 pathologies génétiques autosomiques récessives, nous avons identifié, grâce au séquençage d’exome, une cause génétique inédite expliquant probablement le phénotype de ces fœtus.

En anténatal les fœtus présentaient un retard de croissance intra-utérin sévère avec arthrogrypose, hydramnios, et squames cutanées flottant dans le liquide amniotique. A l’examen fœtopathologique, une peau fine et translucide avec des plages d’hyperkératose a fait évoquer une ichtyose congénitale précoce et sévère.

Après avoir éliminé, par séquençage ciblé, plusieurs gènes de syndromes avec ichtyose congénitale (dermopathie restrictive, syndrome de Taybi-Linder, syndrome de Neu Laxova), l’exome a permis l’identification d’un variant non-sens homozygote dans le gène IL2RB chez les 3 fœtus, présent à l’état hétérozygote chez chacun des parents et absent chez le 1er enfant du couple, non atteint. Ce variant, responsable d’un codon stop prématuré, très précoce dans la séquence protidique, n’est présent dans aucune base de données (dont GnomAD). L’effet prédit serait une protéine tronquée, qui ne pourrait plus s’ancrer à la membrane et se lier à ses partenaires. L’examen histologique réalisé chez les fœtus montrait des infiltrations de cellules mononuclées de la peau et de plusieurs organes. L’analyse immuno-histo chimique a révélé que les cellules infiltrant les tissus sous cutanés et certains organes sont composées de lymphocytes T (LT) CD3, CD4 et CD8 ainsi que des lymphocytes B CD20+. Le gène IL2RB code la sous unité beta du récepteur commun à l’IL2 et à l’IL15. Ce récepteur est exprimé sur les LT  au repos, à l’état de dimère avec la sous unité gamma, commune à plusieurs récepteurs des cytokines (IL2, 4, 7, 9, 15 and 21). Après activation des LT par l’antigène, la sous-unité alpha est exprimée et la fixation de l’IL2 ou de l’IL15 permet la transduction du signal via la voie Jak/Stat. Le récepteur à l’IL2 induit notamment l’expression de FOXP3, nécessaire au fonctionnement des LT régulateurs (Tregs). Les Tregs sont les acteurs principaux de l’homéostasie immunitaire et régulent la tolérance envers les antigènes du soi. Leur absence entraine une auto-immunité chez les souris avec KO Il2rb, qui peut être empêchée par greffe allogénique de Tregs.  Les lésions dysimmunitaires observées chez nos fœtus pourraient être liées à l’absence de Tregs du fait de l’absence de signal par l’IL2R.  A notre connaissance, il s’agit de la première et seule description d’une mutation perte de fonction homozygote d’IL2RB chez l’Homme, probablement responsable d’un phénotype létal d’ichtyose congénitale dysimmunitaire.


Perrine PENNAMEN (Bordeaux), Marie-Laure WINTER, Angela TINGAUD-SEQUEIRA, Fanny PELLUARD, Claire LARMONIER, Marie BERENGUER, Fanny MORICE-PICARD, Patricia FERGELOT, Sophie NAUDION, Caroline ROORYCK-THAMBO
00:00 - 00:00 #13086 - P514 l'IRM cérébrale comme outil diagnostic des cytopathies mitochondriales.
P514 l'IRM cérébrale comme outil diagnostic des cytopathies mitochondriales.

Les cytopathies mitochondriales (CM), première cause de troubles métaboliques congénitaux, sont de diagnostic difficile, notamment en raison de la grande hétérogénéité de la symptomatologie clinique associée.

Dans cette étude, nous avons analysé rétrospectivement 189 IRM cérébrales de patients présentant des signes neurologiques compatibles avec une CM, isolés ou associés à une atteinte multiviscérale évolutive inexpliquée, et une enzymologie évocatrice. 152 patients étaient effectivement porteurs de CM après analyse génétiques  et 37 patients étaient finalement porteurs d’une autre mutation non mitochondriale. 23 signes radiologiques et 16 associations de signes étaient recherchés.

Nous avons mis en évidence quatre signes radiologiques hautement évocateurs de CM : l’hypersignal du tronc cérébral, d’au moins un noyau gris central, du pallidum en particulier, et la présence d’un pic de lactate sur la spectroscopie (p≤0.001). De même, l’association d’un hypersignal du tronc cérébral et d’un noyau gris central (p≤0.001), ainsi que l’association d’un pic de lactate et d’un hypersignal du tronc cérébral ou d’un noyau gris central (p≤0.01) orientent fortement vers une CM. L’IRM cérébrale était trois fois moins fréquemment normale dans le groupe porteur de CM. Au total, quatorze signes ou associations de signes avaient une valeur prédictive positive supérieure à 95%.

De plus, certaines anomalies permettent un diagnostic encore plus précis, orientant vers une origine génétique mitochondriale ou nucléaire.

Enfin, le principal diagnostic différentiel était la mutation SLC19A3, qui doit donc être recherchée.

A la lumière de ces résultats, et dans une population suspecte de CM, l’IRM cérébrale se présente donc comme un complément performant aux méthodes diagnostiques couteuses et invasives habituellement pratiquées.

 


Isaure DE BEAUREPAIRE, David GRÉVENT, Marlene RIO, Isabelle DESGUERRE, Pascale DE LONLAY, Raphaël LEVY, Volodia DANGOULOFF-ROS, Giulia BARCIA, Metodiev METODI, Benedetta RUZZENENTE, Zahra ASSOULINE, Benoit FUNALOT, Jean-Paul BONNEFONT, Arnold MUNNICH, Agnes ROTIG (PARIS), Nathalie BODDAERT
00:00 - 00:00 #13095 - P515 - DPC Premier cas de non compaction ventriculaire gauche associée à une microdélétion impliquant le gène TAB2.
P515 - DPC Premier cas de non compaction ventriculaire gauche associée à une microdélétion impliquant le gène TAB2.

La non-compaction ventriculaire myocardique est une anomalie congénitale rare de la morphogenèse ventriculaire isolée ou associée à d'autres anomalies cardiaques. La forme la plus fréquente est la non-compaction du ventricule gauche (NCVG) dont l’origine, encore discutée, pourrait être secondaire à un arrêt de l'embryogenèse du ventricule gauche. Les bases génétiques de la NCVG sont complexes et hétérogènes et, au cours des 10 dernières années, plusieurs gènes impliqués ont été identifiés. Nous rapportons l’observation d’un patient actuellement âgé de 6 ans, né à terme à l’issue d’une grossesse marquée par la découverte à 28 SA d’une cardiomégalie  avec des ventricules dilatés et une altération de la contraction biventriculaire faisant suspecter une cardiomyopathie. A la pointe du ventricule droit, il était constaté de grosses trabéculations. En période postnatale, l’enfant a rapidement développé une insuffisance cardiaque contrôlée par traitement médical. L’échographie néonatale confirmait le diagnostic anténatal de cardiomyopathie dilatée hypokinétique avec des trabéculations très importantes à la pointe des deux ventricules associée à un mouvement paradoxal du septum interventriculaire. Les paramètres de naissance étaient normaux. L’examen clinique a noté une dysmorphie avec un excès de peau au niveau de la nuque et des mains, une hypoplasie unguéale d’un des gros orteils, une clinodactylie bilatérale des 5èmes doigts, de petites oreilles implantées bas et en rotation postérieure, un front haut et une hyperlaxité distale. Cet enfant a ensuite présenté des difficultés d’alimentation avec un retard de croissance staturo-pondérale à -2DS, une hypotonie axiale puis un retard global des acquisitions et des troubles modérés du comportement. Il est actuellement scolarisé avec une auxiliaire de vie scolaire. Le bilan étiologique initial, qui comprenait un caryotype, une recherche de délétion 22q11.2 et l’étude des gènes impliqués dans le syndrome de Noonan, n’a pas révélé d’altération. En revanche, la CGH-array a mis en évidence une microdélétion 6q24.3-6q25.1 de 2,9 Mb survenue de novo permettant d’expliquer le retard psychomoteur syndromique. Cette délétion emporte 28 gènes dont 4 impliqués en pathologie humaine, parmi lesquels le gène TAB2. L’haploinsuffisance de TAB2 a été décrite comme associée à des atteintes cardiaques variées allant d’anomalies cardiaques valvulaires ou structurelles au développement de cardiomyopathies à fonction systolique réduite mais également à une dysmorphie aspécifique, un retard de croissance, une déficience intellectuelle et des anomalies du tissu conjonctif. Cependant, l’haploinsuffisance de TAB2 n’avait jamais été impliquée  dans les NCVG. Nous décrivons donc ici le premier cas de phénotype de non-compaction ventriculaire gauche de manifestation anténatale liée à une haploinsuffisance du gène TAB2. Notre observation suggère que ce gène devrait être analysé lors de l’exploration moléculaire des NCVG.


Anne-Claire BRÉHIN (ROUEN), Isabelle DURAND, Géraldine JOLY-HÉLAS, Pascal CHAMBON, Didier PINQUIER, Tristan HAZELZET, Thierry FREBOURG, Alice GOLDENBERG
00:00 - 00:00 #13099 - P516 Un arbre décisionnel pour le diagnostic génétique du déficit en adénosine déaminase de type 2 (DADA2) : l’expérience du centre de référence français.
P516 Un arbre décisionnel pour le diagnostic génétique du déficit en adénosine déaminase de type 2 (DADA2) : l’expérience du centre de référence français.

Le déficit en adénosine deaminase de type 2 (DADA2) est une maladie auto-inflammatoire (MAI) monogénique récemment décrite, à transmission autosomique récessive. L’analyse moléculaire est nécessaire afin de confirmer le diagnostic. Nous avons décrit les tableaux cliniques et les génotypes des patients adressés au centre de référence des maladies auto-inflammatoires et de l’amylose inflammatoire (CEREMAIA) afin d’améliorer les indications du test génétique. Nous avons analysé, par séquençage Sanger ou NGS, l’ADN de 66 patients avec une suspicion clinique de DADA2. Les données cliniques, biologiques et épidémiologiques ont été collectées grâce à une fiche clinique détaillée. Nous avons comparé ces données pour les patients avec ou sans conformation moléculaire de DADA2. Treize patients (19.6%) présentent des mutations bi-alléliques confirmant le diagnostic, parmi lesquels 8 sont hétérozygotes composites. Nous décrivons dans cette série 7 nouvelles mutations: 4 variants faux-sens, 2 variants d’épissage et 1 variant décalant le cadre de lecture. Pour les 13 patients génétiquement confirmés, l’âge moyen d’apparition de la maladie était de 12.7 ans, et l’âge moyen au diagnostic était de 20.8 ans. Les manifestations cliniques regroupaient fièvre (85%), vascularite (85%) et atteinte neurologique (54%). Les combinaisons de signes cliniques les mieux associés à un génotype confirmatoire étaient : fièvre avec atteinte neurologique (odds ratio [OR] 10.71, p=0.003), fièvre avec atteinte cutanée (OR 10.9, p<0.001), fièvre isolée (OR 8.1, p=0.01), élévation de la CRP avec atteinte neurologique (OR 6.63, p=0.017). Nous proposons un arbre décisionnel pour améliorer la stratégie diagnostique génétique du DADA2. Ainsi, les pré-requis pour un diagnostic plus rapide et moins coûteux comprennent : une atteinte cutanée ou neurologique associée à une inflammation systémique (fièvre ou CRP élevée), et pour les adultes, au moins 2 accès, ou une présentation chronique.


Mélanie RAMA, Claire DUFLOS, Isabelle MELKI, Didier BESSIS, Axelle BONHOMME, Hélène MARTIN, Diane DOUMMAR, Stéphanie VALENCE, Diana RODRIGUEZ, Emilie CARME, David GENEVIEVE, Ketil HEIMDAL, Antonella INSALACO, Nathalie FRANCK, Viviane QUEYREL MORANNE, Nathalie TIEULIE, Jonathan LONDON, Florence UETTWILLER, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Alexandre BELOT, Isabelle KONÉ-PAUT, Véronique HENTGEN, Guilaine BOURSIER, Isabelle TOUITOU, Guillaume SARRABAY (Montpellier)
00:00 - 00:00 #13100 - P517 Identification d’une nouvelle délétion de 21pb, dans le gène MT-CYB, et intérêt du NGS pour les patients déjà explorés par PCR-Surveyor et Mitochips.
P517 Identification d’une nouvelle délétion de 21pb, dans le gène MT-CYB, et intérêt du NGS pour les patients déjà explorés par PCR-Surveyor et Mitochips.

Les pathologies mitochondriales sont très hétérogènes tant sur le plan clinique que moléculaire car liées à des mutations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) ou à des mutations de l’ADN nucléaire. Dans le centre de référence des maladies mitochondriales de Nice (CALISSON) nous réalisons leur diagnostic en suivant la stratégie suivante : recherche des mutations de l’ADNmt par séquençage haut débit (NGS) ; lorsque cette recherche est négative, un séquençage par NGS d’un panel de gènes nucléaires ciblé « mitochondriopathies » (303 gènes) est réalisé. Dans certains cas demeurant sans diagnostic génétique, une analyse d’exome est effectuée pour tenter d’identifier le gène responsable.

Avant l’avènement du NGS, nous avions développé la technique de PCR-Surveyor pour rechercher les variants hétéroplasmiques sur la totalité de l’ADNmt. Cette technique a permis de démontrer, à partir d’une cohorte nationale de 743 patients, l’importance de l’analyse exhaustive de l’ADNmt pour l’amélioration du diagnostic des pathologies mitochondriales (PSTIC - S. Bannwarth et al., J. Med. 2013).

Nous avons évalué l’apport du NGS, en terme de sensibilité de détection des variants hétéroplasmiques de l’ADNmt, par rapport à la PCR-Surveyor. Sur une cohorte de 20 patients, suspects de maladie mitochondriale, chez lesquels aucun variant pathogène n’avait été mis en évidence par PCR-Surveyor et Mitochips, nous avons réalisé un NGS. De façon intéressante, cette nouvelle analyse a permis de mettre en évidence 2 variants pathogènes hétéroplasmiques: le variant m.5703G > A (MT-TN) déjà connu et une délétion, jamais décrite, de 21pb, dans le gène MT-CYB qui entraîne un délétion de 7 acides aminés. Cette délétion est retrouvée, à un fort taux d’hétéroplasmie, dans le muscle d’une patiente qui présente une pathologie mitochondriale caractérisée par une encéphalomyopathie qui a débuté dans l’enfance associée à une atrophie optique. A partir de la biopsie musculaire :

1- l’analyse histologique a mis en évidence la présence de nombreuses fibres RRF sans fibres COX-négatives ;

2- en spectrophotométrie, l’analyse de l’activité des différents complexes de la chaîne respiratoire a montré un déficit du complexe I avec un défaut d’assemblage des complexes I et III observé en BN-PAGE.

Nous avons ainsi identifié une nouvelle délétion, dans le gène MT-CYB, responsable d’un défaut d’assemblage de la chaîne respiratoire. Cette étude montre également l’importance de rechercher les variants de l’ADNmt par NGS, chez les patients suspects de pathologie mitochondriale, pour lesquels aucun variant n’a été detecté par la technique de PCR-Surveyor et Mitochips.


Sylvie BANNWARTH (NICE), Cécile ROUZIER, Annabelle CHAUSSENOT, Konstantina FRAGAKI, Samira AIT-EL-MKADEM SAADI, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
00:00 - 00:00 #13102 - P518 Extension du spectre clinique lié aux mutations bi alléliques de PPA2 : de la mort subite cardiaque à un âge variable, à une intolérance à l’alcool et un syndrome cérébelleux chez les survivants.
P518 Extension du spectre clinique lié aux mutations bi alléliques de PPA2 : de la mort subite cardiaque à un âge variable, à une intolérance à l’alcool et un syndrome cérébelleux chez les survivants.

Des mutations hypomorphes bi alléliques du gène PPA2 ont récemment été identifiées par une stratégie de séquençage d’exome dans des familles avec récidive de mort subite cardiaque (MSC) chez le nourrisson et l’adulte jeune.

PPA2 code pour une pyrophosphatase mitochondriale dont l’activité est essentielle au métabolisme énergétique de la cellule. Cependant les mécanismes physiopathologiques à l’origine des arrêts cardiaques restent mal compris.

Sept familles ont précédemment été rapportées avec une présentation clinique très variable : mort subite cardiaque chez le nourrisson bien portant ou de l’adolescent au décours d’une consommation minime d’alcool, tableau de cardiomyopathie foudroyante et, adultes développant une fibrose myocardique, porteurs d’un défibrillateur intracardiaque. La plupart des patients présentent une fibrose cardiaque à l’histologie ou à l’IRM.

Grâce à une collaboration internationale, nous rapportons ici cinq nouvelles familles avec mutations bi alléliques de PPA2 et récidive dans la fratrie de MSC chez le nourrisson et l’adolescent. Parmi les quatre mutations identifiées dans ces familles, certaines sont récurrentes et déjà connues (c.683C>T, p.Pro228Leu et c.514G>A, p.Glu172Lys) et deux sont nouvelles (c.340A>G, p.Met114Val et c.655+5G>A).

De façon intéressante, les patients d’une de ces nouvelles familles présentent une intolérance à l’alcool comme c’est le cas chez les patients de la famille rapportée par Kennedy, et al (1). Les patients survivants développent ensuite un tableau neurologique avec syndrome cérébelleux.

L’histoire naturelle de cette nouvelle maladie mitochondriale par mutations du gène PPA2 s’enrichit avec la description de nouveaux signes cliniques neurologiques. L’identification de nouvelles familles et le suivi à long terme des patients survivants permettront de mieux comprendre la physiopathologie et d’établir une corrélation génotype-phénotype.

 

(1)      Hannah Kennedy, et al. Sudden Cardiac Death Due to Deficiency of the Mitochondrial Inorganic Pyrophosphatase PPA2The American Journal of Human Genetics, Volume 99, Issue 3, 1 September 2016, Pages 674-682


Anne GUIMIER (PARIS), Anne MOREAU, Claire TURNER, Megan GROVE, Kyla DUNN, Girisha KATTA, Ian CROZIER, Alexa KIDD, Fanny BAJOLLE, Damien BONNET, Johannes A. MAYR, Agnès ROTIG, Jean Paul DI RAGO, Agnès DELAHODDE, Stanislas LYONNET, Hannah KENNEDY, Kit DOUDNEY, Christopher T. GORDON, Jeanne AMIEL
00:00 - 00:00 #13108 - P519 Une forme modérée et sous diagnostiquée d’albinisme : analyse phénotypique des hétérozygotes composites porteurs du variant R402Q du gène TYR.
P519 Une forme modérée et sous diagnostiquée d’albinisme : analyse phénotypique des hétérozygotes composites porteurs du variant R402Q du gène TYR.

L'albinisme est une affection génétique qui constitue la deuxième cause la plus fréquente de perte congénitale d'acuité visuelle dans les pays industrialisés après l'atrophie optique. L'albinisme est hétérogène sur les plans clinique et génétique et est caractérisé par des anomalies du développement oculaire et un degré variable d'hypopigmentation.

L’OCA type 1 est dû à des mutations du gène TYR. R402Q (c.1205G > A/p.Arg402Gln) est un variant thermosensible du gène TYR (25% d’activité catalytique normale à la température corporelle de 37°) dont un rôle est suspecté dans des formes modérées ou oculaires pures d’OCA1. L’implication de ce variant est controversé dans la littérature de par sa fréquence (17.6% gnomAD), sa pénétrance incomplète (parents asymptomatiques ayant ce variant en trans d’un variant pathogène). A l’état homozygote ce variant n’est pas responsable d’albinisme. Un phénotype d'albinisme oculo-cutané modéré de ce variant n'est observé qu'en cas d'association en trans à un autre variant pathogène du gène TYR.  L’objectif de l’étude était de définir le phénotype associé à ce variant dans une large série de patient.

METHODE: Une étude rétrospective a inclus tous les patients hétérozygotes composites présentant le variant R402Q et un autre variant pathogène du gène TYR : groupe R402Q-OCA1 (n=122). La ségrégation des mutations a été vérifiée chez 69 patients. Le groupe contrôle est constitué de patients présentant deux variants pathogènes autres que R402Q (groupe Classical-OCA1, n=119). Des données cliniques ont été recueillies sur dossiers.

RESULTAS: Les patients R402Q-OCA1 présentaient le plus souvent des cheveux blancs ou blanc-jaunes à la naissance (71.43%), blonds plus tard (46.97%), un phototype clair mais avec possibles naevi ou tendance à pigmenter (69.64%), des yeux bleus (75.56%). Leurs peau, cheveux et iris étaient significativement plus pigmentés que dans le groupe classical-OCA1 avec des teintes allant jusqu’au brun. Tous les patients du groupe R402Q-OCA1 présentaient les atteintes ophtalmologiques de l’albinisme. Les prévalences de photophobie (78,13%) et d’hypopigmentation rétinienne (83.87%) dans ce groupe étaient cependant plus faibles que dans le groupe classical-OCA1. La sévérité des scores de transillumination irienne et d’hypoplasie fovéolaire était plus faible dans le groupe R402Q-OCA1. Enfin, l’acuité visuelle y était plus élevée avec une moyenne de 0,38±0,21 LogMAR (vs 0.76±0.24) et au moins 20/40 Snellen chez 32.56% des patients (vs 4.55%).

CONCLUSION: En trans d’un variant pathogène le variant hypomorphe R402Q est responsable de formes d’intensité variable et souvent modérées d’albinisme pouvant demeurer non diagnostiquées et nécessitant un bilan et suivi ophtalmologique précoce pour optimiser le diagnostic et le pronostic visuel.


Solene MONFERME, Eulalie LASSEAUX (Bordeaux), Vincent MICHAUD, Claudio PLAISANT, Fanny MORICE-PICARD, Perrine PENNAMEN, Jean-François KOROBELNIK, Alain TAIEB, Christian HAMEL, Sabine DEFOORT, Hélène DOLLFUS, Xavier ZANLONGHI, Catherine DUNCOMBE-POULET, Dominique BONNEAU, Clément PAYA, Benoit ARVEILER
00:00 - 00:00 #13128 - P520 - DPC Identification et caractérisation fonctionnelle des premiers variants sur le gène SLC8A1 responsables de fibrillations ventriculaires idiopathiques, de syndromes de l’onde J et de syndromes du QT court.
P520 - DPC Identification et caractérisation fonctionnelle des premiers variants sur le gène SLC8A1 responsables de fibrillations ventriculaires idiopathiques, de syndromes de l’onde J et de syndromes du QT court.

INTRODUCTION: La fibrillation ventriculaire idiopathique, le syndrome de l’onde J et le syndrome du QT court sont des maladies électriques cardiaques causant des syncopes et des morts subites. Ces atteintes ont déjà été liées à des mutations sur plusieurs gènes codant pour des canaux ioniques cardiaques. Toutefois, pour de nombreux patients, les causes de ces pathologies restent inconnues. Notre objectif a été d'identifier les gènes morbides chez ces patients.

MÉTHODES ET RÉSULTATS: Par une approche de séquençage sur un panel de 165 gènes (HaloPlex Custom Kits), nous avons identifié 7 variants rares sur le gène SLC8A1, qui code pour l’échangeur sodium/calcium NCX1, au sein de 3 cas index français et 4 cas index japonais. Quatre sont situés sur la boucle régulatrice intracellulaire de NCX1 (I409V, T517P, E578G et P687HfsX2), 2 sur la boucle reliant les domaines 9 et 10 (P940S et R941Q), et 1 dans un domaine transmembranaire (L218H). NCX1 participe à la régulation de l’homéostasie calcique dans le cardiomyocyte en extrudant 1 ion Ca2+ contre l’entrée de 3 ions Na+. Cette entrée nette de charge positive dans le cardiomyocyte est responsable d’un courant entrant dépolarisant durant la phase plateau du potentiel d’action cardiaque.

Une étude de patch-clamp réalisée sur des cellules COS-7 transfectées avec le gène SLC8A1 humain sauvage ou possédant les différentes mutations identifiées a montré que les mutations conduisent à  des diminutions de densités de courant INCX de 50% à plus de 80% (P687HfsX2 et L218H respectivement).

Les perturbations de l’homéostasie calcique ont été investiguées par des mesures de capture de Ca2+ radioactif et ont aussi démontré un défaut de recapture du Ca2+ à l’intérieur des cellules exprimant les NCX1 mutés en comparaison de NCX1 sauvage.

Ces pertes de fonctions de NCX1 ont pu être corrélées à des défauts d’adressage à la membrane de l’échangeur pour 3 des 7 mutants étudiés, visualisés par immunofluorescence.

Pour comprendre de quelle manière des mutations sur le gène SLC8A1 peuvent être responsables des pathologies des patients, nous avons simulé les effets de 50% ou 75% de perte de fonctions de NCX1 à l’aide d’un modèle in silico de potentiel d’action et de pseudo-ECG. Dans les deux conditions, des raccourcissements de la durée du potentiel d’action et de l’intervalle QT ont été prédits. Ce modèle met également en évidence une accumulation de Ca2+ libre intracellulaire dans le cardiomyocyte.

CONCLUSION: L’étude fonctionnelle des premiers variants génétiques sur le gène SLC8A1 a mis en évidence des pertes de fonction de NCX1, aboutissant à des désordres électriques et à des défauts de prise en charge du Ca2+ intracellulaire. NCX1 pourrait constituer une nouvelle cible thérapeutique dans des contextes de fibrillations ventriculaires idiopathiques ou de syndromes du QT court et de l’onde J.


Franck CHIZELLE (Nantes), Taisuke ISHIKAWA, Gildas LOUSSOUARN, Takahiro IWAMOTO, Julien BARC, Vincent PROBST, Florence KYNDT, Richard REDON, Naomasa MAKITA, Flavien CHARPENTIER, Jean-Jacques SCHOTT
00:00 - 00:00 #13134 - P521 Analyse moléculaire par séquençage à haut débit des anomalies cutanées du développement en mosaïque.
P521 Analyse moléculaire par séquençage à haut débit des anomalies cutanées du développement en mosaïque.

Des mutations post-zygotiques à l’origine d’anomalies du développement avec atteinte cutanée en mosaïque ont été caractérisées par séquençage haut débit (NGS) qui permet la détection de faibles taux de cellules mutées. Elles concernent surtout les gènes des voies RAS-MAPK et PI3K-AKT-MTOR.

Nous avons colligé dans la cohorte M.U.S.T.A.R.D. (Mosaic Undiagnosed Skin Traits And Related Disorders) des prélèvements de 702 patients atteints d’anomalies sporadiques du développement cutané en mosaïque, soit 1945 échantillons d’ADN (dont 636 de peau et 1050 de sang). Ils ont été analysés sur plateforme bio-informatique comportant un pipeline dédié à la recherche de mutations post-zygotiques par NGS ciblé à très grande profondeur (1000-5000X) sur séquenceur MiSeq (Illumina). Il permet la détection de faibles taux de mosaïcisme en tissu atteint (1% des allèles) sur les principaux gènes impliqués : AKT1, PIK3CA, MTOR, GNA11, GNAQ, HRAS, KRAS, NRAS, KRT1, KRT10, TEK, FGFR1, FGFR2 et FGFR3). Le choix des gènes étudiés a été déterminé pour chaque patient sur l’expertise clinique du phénotype (hypertrophie, atteinte épidermique, pigmentaire, vasculaire,). En l’absence de gène candidat sur le phénotype (35 cas) ou en cas de négativité du séquençage ciblé (38 cas), nous avons effectué un séquençage d’exome (WES) en profondeur (150-200X) à partir de tissu atteint, en paire peau/sang (28 cas) ou en trio (45 cas).

Parmi les 702 patients de la cohorte, 498 (70,9%) ont eu un séquençage ciblé, et 73 (14,8%) un WES, le reste n’ayant pas été testé. Nous avons détecté des mutations post-zygotiques pathogènes chez 304 patients (53,2%) : 272 par NGS ciblé (54,6%) et 21 par WES (28.8%). Ces mutations concernaient principalement PIK3CA (61%) dans les syndromes hypertrophiques CLOVES ou MCAP, GNAQ et GNA11 (8% et 5 %) dans des angiomes plans syndromiques, et KRAS et HRAS (2.3 et 2.6%) dans des nævus épidermiques syndromiques. D’autre part, 94.4% des diagnostics positifs ont été obtenus après une seule analyse portant sur 1 à 4 gènes candidats. Le WES nous a de plus permis d’impliquer 5 nouveaux gènes dans des affections en mosaïque.

Nos résultats montrent l’intérêt du NGS pour la caractérisation des anomalies cutanées du développement en mosaïque, dont nous sommes le seul centre en France à proposer le diagnostic moléculaire. La forte rentabilité du NGS ciblé souligne l’importance d’un phénotypage rigoureux a priori. Le WES a une rentabilité diagnostique analogue dans les mosaïques et dans d’autres anomalies sporadiques du développement. L’identification de la mutation peut modifier la prise en charge clinique lorsqu’il existe une thérapeutique ciblée (inhibiteurs de MTOR par exemple). La négativité du NGS ciblée peut être due à un mauvais choix du candidat par analyse phénotypique insuffisante, un mauvais site de prélèvement tissulaire, ou à une anomalie génétique encore non déterminée.


Virginie CARMIGNAC (DIJON), Paul KUENTZ, Arthur SORLIN, Yannis DUFFOURD, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Charlotte POË, Judith SAINT-ONGE, Frederic TRAN MAU THEM, Christel THAUVIN ROBINET, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Pierre VABRES, M.u.s.t.a.r.d. INVESTIGATEURS DE LA COHORTE
00:00 - 00:00 #13136 - P522 Séquençage d’exomes d’une cohorte de patients avec suspicion de maladie mitochondriale.
P522 Séquençage d’exomes d’une cohorte de patients avec suspicion de maladie mitochondriale.

Nous rapportons les résultats du séquençage d’exomes (WES) d’une cohorte de 53 familles (91 sujets) adressées à notre laboratoire suite à une suspicion de maladie mitochondriale. Le phénotype est variable avec des symptômes ayant débuté dans l’enfance ou à l’âge adulte.  Les explorations ont montré un déficit de la chaîne respiratoire (CR) et/ou une instabilité de l’ADN mitochondrial (ADNmt) et/ou des anomalies histologiques. Aucune mutation n’a été retrouvée dans l’ADNmt, ni dans les gènes nucléaires candidats. A ce jour, le WES nous a permis d’identifier les gènes responsables pour ~40% des familles. Ainsi, 26 variants ont été identifiés dans 21 gènes différents. Parmi ces variants, 3 sont de novo, en accord avec la littérature récente révélant le rôle sous-estimé des mutations de novo dans les maladies mitochondriales. Parmi les gènes, CHCHD10 et MDH2 représentent un intérêt particulier. Pour CHCHD10, nous avons apporté pour la première fois la preuve génétique d’une origine mitochondriale pour les phénotypes SLA/DFT à travers l’identification d’un variant dans ce gène chez une famille présentant un phénotype complexe avec des troubles cognitifs de type DFT, une atteinte du motoneurone et/ou une ataxie cérébelleuse, une myopathie mitochondriale et des délétions multiples de l’ADNmt (Bannwarth et al. 2014). Rapidement après, le spectre clinique s’est élargi de la SLA-DFT à la SLA pure familiale ou sporadique ou le SMAJ, une forme modérée d’atteinte du motoneurone. Pour MDH2, codant la malate déshydrogénase mitochondriale, nous avons décrit une nouvelle forme d’encéphalopathie infantile EIEE51 (OMIM #617339) due à des  mutations dans ce gène (Ait-El-Mkadem et al. 2017). Pour d’autres gènes, décrits comme étant responsables d’une pathologie comparable à celle de nos patients, le lien avec le dysfonctionnement mitochondrial reste à prouver. Pour SIAT9 codant la GM3 synthase, nous avons apporté la preuve de ce lien en montrant que le déficit de la CR est secondaire au déficit en cette enzyme et à l’accumulation des globosides Gb3 et Gb4 (Fragaki et al. 2013). Chez d’autres patients, nous avons été confrontés à plusieurs difficultés, notamment la coexistence de deux pathologies au sein d’une même famille voire chez un seul individu, avec 2 gènes responsables, chacun pouvant expliquer une partie du tableau clinique ; une grande hétérogénéité clinique intrafamiliale ou encore l’identification de pathologies mimant une maladie mitochondriale (eg. gènes de myasthénie). En conclusion, nos analyses confirment la grande hétérogénéité génétique des maladies mitochondriales et que le WES représente une approche puissante pour identifier de nouveaux gènes responsables de ces maladies. Grâce à l’identification du gène responsable, plusieurs familles ont pu bénéficier d’un conseil génétique et une meilleure prise en charge. Un essai clinique est en cours et 13 familles sont potentiellement concernées par un DPN, 4 ont déjà  été réalisés.


Samira AIT-EL-MKADEM SAADI (Nice), Annabelle CHAUSSENOT, Sylvie BANNWARTH, Konstantina FRAGAKI, Cécile ROUZIER, Gaëlle AUGÉ, Mathieu BERTHET, Christelle CAMUSO, Bernadette CHAFINO, Charlotte COCHAUD, Sandra FOUSTOUL, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
00:00 - 00:00 #13137 - P523 Etude génomique et fonctionnelle des érythrocytoses héréditaires et pathologies associées.
P523 Etude génomique et fonctionnelle des érythrocytoses héréditaires et pathologies associées.

Introduction

Le projet a pour objectif d’identifier les mutations constitutionnelles responsables d'érythrocytose (ou polyglobulies) héréditaire (EH), maladie hématologique rare caractérisée par une production excessive de globules rouges qui peut être associée à de nombreuses complications (thromboses, hypertension artérielle pulmonaire, développement de tumeurs de type paragangliome/phéochromocytome). Les 8 gènes retrouvés mutés à ce jour (VHL, PHD2, HIF2A, EPO-R, HB-A1-A2-B, BPGM) sont impliqués dans des voies biologiques majeures activées dans de nombreuses autres pathologies (hypoxie et surproduction d'érythropoiétine (EPO), voie de signalisation des progéniteurs érythroïdes, métabolisme des globules rouges). Sachant que 80% des cas restent sans cause génétique connue, nous avons mis en place un recrutement national de patients atteints d'EH avec un criblage moléculaire par séquençage haut débit (panel de 28 gènes candidats, Sophia Genetics) associé à des études de validation fonctionnelle des variants identifiés (tests rapporteurs, minigènes, modélisation de la pathologie in cellulo à partir de cellules hiPS -human induced pluripotent stem cells- de patients).

 

Résultats

A ce jour, 170 échantillons de patients ont été collectés et le criblage moléculaire a été réalisé chez 90 d'entre eux. Nous avons identifié des variations génétiques potentiellement en lien avec la pathologie chez 21 patients dans les gènes VHL, PHD1-2, HIF1-2-3A, EPO, LNK et JAK2.

L'étude fonctionnelle des variants identifiés dans les gènes de la voie de l'hypoxie (PHD/HIF) a mis en évidence une grande variabilité de perte ou gain de fonction, indépendamment de la sévérité des signes cliniques. Le rôle de polymorphismes rares associés à ces variants est en cours d’étude.

En parallèle, le séquençage ciblé de régions introniques de deux gènes candidats a permis d’identifier des variants chez 7 patients supplémentaires. L’étude de minigènes a mis en évidence, chez ces patients, une altération de l’épissage avec inclusion d’exon cryptique ou saut d’exon.

La mise en place de modèles cellulaires capables d'exprimer les gènes responsables d'EH (cellules productrices d’EPO et progéniteurs érythroïdes) est en cours d'établissement à partir de cellules hiPS. Ces modèles ont pu être validés à partir d'ihPS de patients porteurs de mutations VHL.

Conclusion

Cette étude montre que, malgré le criblage de nombreux gènes candidats, il reste 70% des cas d'EH sans cause connue. Cependant, l'étude de régions introniques a permis de montrer l’existence d’altérations de l'épissage de gènes clefs dans certains cas. Nos recherches s'orientent donc sur l'analyse approfondie des régions introniques, avec un séquençage du génome entier de cas familiaux négatifs lors du diagnostic.

L'utilisation de modèles cellulaires adaptés permettra l'identification des mécanismes moléculaires à l'origine des EH et une meilleure compréhension des voies biologiques impliquées dans la survenue de pathologies associées.


Marion LENGLET (Nantes), Betty GARDIE, Florence ROBRIQUET, Mathilde PACAULT, Fabrice AIRAUD, Céline GARREC, Sébastien CORBINEAU, Pierre LINDENBAUM, Thomas BESNARD, Yannick ARLOT-BONNEMAINS, Amandine CAILLAUD, Karim SI-TAYEB, Richard REDON, Stéphane BEZIEAU, Stéphane RICHARD, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Holger CARIO, François GIRODON
00:00 - 00:00 #13141 - P524 Rare variant in LAMA2 gene causing congenital muscular dystrophy in a Sudanese family.
P524 Rare variant in LAMA2 gene causing congenital muscular dystrophy in a Sudanese family.

Congenital muscular dystrophies (CMD) are a heterogeneous group of disorders caused by mutations in skeletal muscles proteins. The most common type of CMD in Europe is Merosin-deficient CMD caused by mutations in laminin-α2 protein. Very few studies reported pathogenic variants underlying these disorders especially from Africa. In this study we report a rare variant (rs752485547) in LAMA2 gene causing a mild form of Merosin-deficient CMD in a Sudanese family. The family consisted of two patients diagnosed clinically with congenital muscular dystrophy since childhood and five healthy siblings born to consanguineous parents. Whole exome sequencing was performed for the two patients and a healthy sibling. A rare missense variant (rs752485547) in LAMA2 gene (p.Arg148Trp) was discovered and verified using Sanger sequencing. The segregation pattern was consistent with autosomal recessive inheritance. The pathogenicity of this variant was predicted using bioinformatics tools. More studies are needed to explore the whole spectrum of mutations in CMD in patients from Sudan and other parts of the world.


Mutaz AMIN MUSTAFA (Paris, Soudan), Yousuf BAKHIET, Mahmoud KOKO, Mohamed OSAMA, Mohamed SALIH, Osheik SEIDI, Muntaser IBRAHIM
00:00 - 00:00 #13143 - P525 Variations récessives de B4GALT7 et malformations oculaires : à propos d’un cas familial et revue de la littérature.
P525 Variations récessives de B4GALT7 et malformations oculaires : à propos d’un cas familial et revue de la littérature.

Les linkeropathies sont des affections dues à des défauts dans la synthèse des protéoglycanes et sont caractérisées par un retard statural avec des anomalies ostéo-articulaires, une brachycéphalie, des variants morphologiques, des cardiopathies et une déficience intellectuelle modérée. 

Nous rapportons le cas d’un couple apparenté, d’origine turque, avec un garçon et une fille présentant un retard staturo-pondéral sévère pré et post natal (poids et taille à -4DS à l’âge de 7 et 5 ans) associé à un aspect progéroïde, une hyperlaxité articulaire, un pli palmaire transverse unique, une plagiocéphalie, un visage triangulaire, un grand front, un hypoplasie malaire, un prognathisme, des agénésies dentaires, une microstomie avec lèvres fines, des oreilles bas implantées et  mal ourlées. Le garçon présente une cryptorchidie unilatérale droite et sa sœur une microphtalmie unilatérale droite avec colobome irien et papillaire. Tous deux présentent une déficience intellectuelle.

Le caryotype constitutionnel et l’ACPA sont normaux. L’analyse de l’exome chez les enfants retrouve deux variations hétérozygotes composites du gène B4GALT7 (c.601G > A p.Gly201Ser et c.689A > G p.Asp230Gly). L’analyse des bases de données permet de les classer en variations pathogènes. Initialement les mutations B4GALT7 ont été associées avec une forme rare de syndrome d'Ehlers-Danlos de type progéroïde avec une petite taille et des anomalies des membres ou avec le Syndrome de Larsen de la Réunion.

Il a été proposé d’appeler « linkeropathies » des affections partageant le même spectre phénotypique (petite taille, anomalies ostéo-articulaires, oculaires, cardiaques et déficience intellectuelle) et des mutations dans un groupe de gènes (XYLT1, XYLT2, B4GALT7, B3GALT6 et B3GAT3) codant pour des enzymes impliquées dans la synthèse des protéoglycanes.

Cette observation aide à mieux définir le spectre phénotypique associé avec les mutations du gène B4GALT7 et en particulier les malformations ophtalmologiques  de type microphtalmie colobomateuse seulement associées à B4GALT7  parmi les différentes linkeropathies répertoriées.


Radu HARBUZ (Grenoble), Charles COUTTON, Françoise DEVILLARD, John RENDU, Florence AMBLARD, Klaus DIETERICH, Marie-Ange NGUYEN-MOREL, Veronique SATRE, Julien THEVENON
00:00 - 00:00 #13150 - P526 Données cliniques et moléculaires chez deux patients marocains avec syndrome de schimmelpenning.
P526 Données cliniques et moléculaires chez deux patients marocains avec syndrome de schimmelpenning.

Schimmelpenning-Feuerstein-Mims (SFM) syndrome also known as Linear nevus sebaceous syndrome, is a sporadic disease whose prevalence is estimated to 1/10000. Clinically, it’s characterized by epidermal nevi, usually following the lines of Blaschko, associated with multiple organ involvement (neurological, ocular, cardiovascular, skeletal and urogenital systems). On the genetic level, the syndrome is caused by an autosomal dominant post-zygotic mutation that survives in one of the RAS family genes (HRAS gene on chromosome 11p15, KRAS gene on chromosome 12p12, and NRAS gene on chromosome 1p13).

We report on two Moroccan male infants aged 7 days and six years old respectively, referred to our department for skin abnormalities. Based on clinical and anatomo-pathological findings, the molecular analysis was realized in only one patient on palatal tissue and it leads to the identification of a previously reported c.35G>A (p.Gly12Asp) mutation on the KRAS gene. Unfortunately, the fisrt case died at the age of 11 months before performing the skin biopsy.

To the best of our knowledge, this is the first report of Moroccan patients with SFM syndrome. The genetic study allows us to confirm the diagnosis and to establish an appropriate genetic counseling for our families. 


Yassamine DOUBAJ, Wiam SMAILI (PARIS), Ilham RATBI, Maria MANSOURI, Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Nawfal FEJJAL, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13151 - P527 - DPC Usefulness of the genetic risk score to identify phenocopies in families with Familial Hypercholesterolemia?
P527 - DPC Usefulness of the genetic risk score to identify phenocopies in families with Familial Hypercholesterolemia?

Familial Hypercholesterolemia (FH) is caused by mutations in LDLR, APOB, PCSK9 or APOE gene in approximately 80% of the cases. Polygenic forms of hypercholesterolemia may be present among patients clinically diagnosed with FH but with no identified mutation (FH/M-). To address whether polygenic forms may explain phenocopies in FH families, we calculated a 6-SNP genetic risk score (GRS) in all members from five French FH families where a mutation was identified (FH/M+) as well as some phenocopies (FH/M-).

In two families, 3 FH/M- patients present a high GRS suggesting a polygenic hypercholesterolemia for these phenocopies. However, a high GRS is also observed in 9 FH/M+ patients and in 4 unaffected relatives from 3 families. These observations indicate that the GRS does not seem to be a good diagnostic tool at the individual level. Nevertheless, the GRS seems to be a contributor of the severity of hypercholesterolemia since patients who cumulate a mutation and a high GRS exhibit higher LDL-C levels when compared to patients with only FH (p = 0.0537) or only polygenic hypercholesterolemia (p = 0.0038).

In conclusion, the GRS can be used as a marker of the severity of hypercholesterolemia but cannot be used to distinguish phenocopies within FH families.


Youmna GHALEB (PARIS), Sandy ELBITAR, Petra EL KHOURY, Eric BRUCKERT, Valérie CARREAU, Alain CARRIÉ, Philippe MOULIN, Mathilde DI FILIPPO, Sybil CHARRIERE, Harout ILIOZER, Michel FARNIER, Gérald LUC, Jean-Pierre RABÈS, Catherine BOILEAU, Marianne ABIFADEL, Mathilde VARRET
00:00 - 00:00 #13155 - P528 Déficit en CPT2 par disomie uniparentale d'origine maternelle.
P528 Déficit en CPT2 par disomie uniparentale d'origine maternelle.

La carnitine palmitoyltransférase de type II (CPT2), en association avec la CPT1 et la translocase, assure l’import dans la matrice mitochondriale des acides gras à chaînes longues (AGCL) sous forme d’acyl-CoA, première étape de la beta- oxydation des AGCL. Le déficit en CPT2 est une maladie autosomique récessive rare qui peut se présenter sous une forme myopathique, forme la moins sévère et caractérisée par des épisodes récurrents de rhabdomyolyse, des douleurs musculaires et une fatigue ; sous une forme infantile caractérisée par une intolérance sévère au jeûne entraînant des troubles métaboliques tels qu'une hypoglycémie avec hypocétonémie et atteintes hépatique, cardiaque et musculaire ; sous une forme néonatale pouvant être fatale avec une défaillance multi-viscérale. Les circonstances favorisantes à l’origine de la décompensation sont : le jeûne prolongé, une infection intercurrente, l’exposition à des températures extrêmes.

Nous présentons le cas d’un patient né de parents non apparentés et décédé en période néonatale suite à des décompensations hypoglycémiques compliquées d’arrêts cardio-respiratoires. L’augmentation majeure des acylcarnitines à chaîne longue C16 et C18:1 sur le profil des acylcarnitines plasmatiques a rapidement permis d’orienter le diagnostic vers un déficit d’import des chaînes longues : déficit en CPT2 (gène CPT2) ou en translocase (gène SLC25A20). Le séquençage par technique Sanger a révélé une mutation homozygote du gène CPT2 (c.534_558delinsT, p.Leu178_Ile186delinsPhe). Cette mutation a été retrouvée à l’état hétérozygote chez la mère mais pas chez le père, bien que la paternité ait été confirmée par analyse de microsatellites. La PCR quantitative de l’exon 4 muté a confirmé la présence de deux allèles mutés chez l’enfant, d’un allèle muté chez la mère mais d’aucun chez le père, ce qui laissait supposer une disomie uniparentale d’origine maternelle. L’analyse des marqueurs microsatellites sur le locus du gène CPT2 (1p32.3) ainsi que sur d’autres régions du chromosome 1 a confirmé l’absence de contribution paternelle au profil allélique.

Il s’agit du premier cas rapporté de disomie uniparentale dans un déficit en CPT2. Cette situation est exceptionnelle dans les maladies rares du métabolisme à transmission récessive mais ce cas souligne l’absolue nécessité de contrôler la ségrégation allélique dans les cas d’homozygotie afin de déterminer précisément le risque de récidive dans la fratrie.


Pauline GAIGNARD (Le Kremlin-Bicêtre), Pierre-Hadrien BECKER, Elise LEBIGOT, Leila DRIRA, Pascale DE LONLAY, Anne-Sophie GUEMANN, Sophie RONDEAU, Patrice THEROND, Jean-Paul BONNEFONT, Audrey BOUTRON
00:00 - 00:00 #13181 - P529 - DPC Séquençage d’exome chez 200 patients atteints de Cardiomyopathie Hypertrophique : hétérogénéité génétique extrême et mécanisme oligogénique ?
P529 - DPC Séquençage d’exome chez 200 patients atteints de Cardiomyopathie Hypertrophique : hétérogénéité génétique extrême et mécanisme oligogénique ?

La Cardiomyopathie Hypertrophique (CMH) est une maladie cardiaque héréditaire fréquente (1/500), à risque vital et dont on peut prévenir le risque majeur: la mort subite du sujet jeune. La CMH est connue pour être causée principalement par une mutation dans l’un des 5 gènes majeurs du sarcomère cardiaque (MYBPC3, MYH7, TNNT2, MYL2, TNNI3). L’analyse moléculaire de ces 5 gènes ne permet actuellement d’identifier une mutation que dans environ 50% des familles, ce qui est insuffisant pour proposer un conseil génétique et une surveillance des sujets à risque basée sur un diagnostic moléculaire prédictif.

Nous avons analysé par séquençage d’exome une série de 200 nouveaux patients non apparentés atteints de CMH primitive par la technologie Agilent SureSelect V6 sur Illumina Hiseq 2500. Le recrutement des patients a eu lieu entre juin 2015 et octobre 2016 dans 5 centres français : Marseille, Rennes, Dijon, Bordeaux et Paris.

Après analyse bio-informatique, consultation des bases de données et élimination des variants considérés comme polymorphismes non pathogènes, un nombre total de 627 variants prédits comme pathogènes a été retenu. Dans un premier temps, l’analyse d’un panel de 145 gènes impliqués dans des maladies cardiaques héréditaires variées a permis :

-        D’identifier 1 seule mutation chez 27 patients (13.5% des cas).

-        De montrer la présence de variants multiples,  avec de 2 à 8 mutations chez 159 patients (79.5%), majoritairement de 2 à 3 mutations.

-        D’identifier une mutation déjà rapportée dans la CMH chez 38% des patients.

-        De relativiser la fréquence des 5 gènes dits majeurs dans la CMH, 72 patients (36%) seulement ont une mutation dans l’un des 5 gènes, aucun patient n’a de mutation dans TNNI3.

-        D’impliquer certains gènes d’arythmies cardiaques non connus jusque-là dans la CMH chez 22 patients (11%).

-        De poser le diagnostic d’affections curables comme la maladie de Fabry chez 1 patient et l’amylose à Transthyrétine chez 1 patient.

Chez 15 patients (7.5%), aucune mutation n’a été identifiée dans ce premier panel de 145 gènes et l’analyse de l’exome est en cours.

Le séquençage d’exome a permis l’augmentation du rendement diagnostique avec 92.5% des patients mutés dans cette étude en analysant un panel de 145 gènes impliqués dans les maladies cardiaques héréditaires ou des maladies systémiques avec atteinte cardiaque. De plus, l’hétérogénéité génétique est plus large que prévue avec l’implication de gènes inattendus dans la CMH. Il est important de noter que cette analyse génétique large a permis chez 2 patients de poser le diagnostic d’une affection non systématiquement recherchée en routine diagnostique devant un phénotype de CMH isolée, et pour laquelle il y a une implication thérapeutique (maladie de Fabry et amylose héréditaire).

Enfin, le modèle monogénique impliquant une mutation dans un seul gène n’est pas le mécanisme majoritaire dans notre cohorte de patients atteints de CMH.


Karine NGUYEN (MARSEILLE), Stephane ROCHE, Cecile LAVOUTE, Julie HAENTJENS, Emilie CONSOLINO, Erwan DONAL, Sylvie ODENT, Jean-Christophe EICHER, Laurence FAIVRE, Patricia REANT, Caroline ROORYCK THAMBO, Philippe CHARRON, Frederique MAGDINIER, Nicolas LEVY, Anne Claire CASALTA, Nicolas MICHEL, Jean-Pierre DESVIGNES, Christophe BÉROUD, Gilbert HABIB
00:00 - 00:00 #13190 - P530 Mutations en mosaïque du gène NLRP3 responsables de cryopyrinopathies.
P530 Mutations en mosaïque du gène NLRP3 responsables de cryopyrinopathies.

Les fièvres récurrentes héréditaires sont des maladies auto-inflammatoires (MAI) rares transmises selon un mode mendélien. Plusieurs gènes sont impliqués, dont le gène NLRP3 qui code pour un composant essentiel de l’inflammasome NLRP3, élément clé de l’immunité innée. Les mutations gain de fonction de NLRP3 sont responsables de cryopyrinopathies dont la prévalence est estimée en France à 1/360 000 individus. Les cryopyrinopathies sont des maladies qui s’expriment selon un mode autosomique dominant, elles comprennent trois entités cliniques distinctes, de sévérité croissante : i) l’urticaire familial au froid, ii) le syndrome de Muckle Wells (MWS) associant notamment une urticaire, une surdité neurosensorielle avec un risque d’amylose secondaire, et iii) le syndrome CINCA (chronic infantile neurologic, cutaneous, articular syndrome) à début néonatal, qui associe des signes cutanés, articulaires et neurologiques d’évolution chronique. Ces dernières années, et avec l’avènement du séquençage nouvelle génération (NGS), une trentaine de patients présentant des mutations somatiques en mosaïque ont été rapportés dans la littérature.

L’étude de l’ADN leucocytaire de 100 patients présentant des signes cliniques de MAI, par séquençage NGS d’un panel de gènes impliqués dans les MAI, nous a permis d’identifier 3 individus présentant une mutation en mosaïque du gène NLRP3 : c.1705G > A, p.(Glu569Lys) (patients 1 et 2) et c.926_934del, p.(Gly309_Phe311del) (patient 3) avec un pourcentage d’allèle muté estimé respectivement à 6, 11 et 20%. Les 3 patients présentaient une urticaire associée à des arthralgies fébriles, un syndrome inflammatoire biologique. Les patients 1 et 2 présentaient une surdité. L’âge d’apparition de la maladie était précoce pour la patiente 1 avec la survenue d’éruptions cutanées dès la petite enfance tandis que pour les deux autres patients, l’âge d’apparition était plus tardif, respectivement 45 et 49 ans.

La mutation p.(Glu569Lys) a déjà été décrite dans la littérature à l’état mosaïque chez six individus et son caractère pathogène a été démontré in vitro. La mutation p.(Gly309_Phe311del) n’a jamais été décrite et des études fonctionnelles sont en cours afin de démontrer son caractère pathogène. Afin de déterminer la distribution tissulaire de ces mutations en mosaïque, une analyse moléculaire de différents tissus est envisagée.

En conclusion, l’identification de mutations somatiques en mosaïque du gène NLRP3 démontre l’importance d’étudier NLRP3 par séquençage NGS en cas de forte suspicion clinique de cryopyrinopathie. Ce travail a permis d’identifier une nouvelle mutation de NLRP3 dont l’anomalie moléculaire, une délétion en phase de trois acides aminés, est très atypique pour une maladie dont les défauts moléculaires sont des mutations gain de fonction.


Camille LOUVRIER (Paris), Eman ASSRAWI, Claire JUMEAU, Laetitia COBRET, Bruno COPIN, Philippe DUQUESNOY, William PITERBOTH, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Jean-David BOUAZIZ, Gilles GRATEAU, Marie LEGENDRE, Sonia-Athina KARABINA, Serge AMSELEM, Irina GIURGEA
00:00 - 00:00 #13217 - P531 - DPC Enrichissement en variants rares dans les gènes LMCD1 et PREX2 dans le prolapsus valvulaire mitral isolé.
P531 - DPC Enrichissement en variants rares dans les gènes LMCD1 et PREX2 dans le prolapsus valvulaire mitral isolé.

Le prolapsus valvulaire mitral (PVM) touche 2-3% de la population. Les valvulopathies à dégénérescence myxoïde forment un groupe complexe de maladies présentant une atteinte valvulaire commune caractérisée par un épaississement valvulaire. A ce jour deux gènes ont été associés à des formes familiales de PVM non syndromiques : FLNA (Kyndt et al, 2007) et DCHS1 (Durst et al, 2015). Par ailleurs 6 loci ont été associés au PVM isolé par étude d'association génome entier (Dina et al, 2015). Des études fonctionnelles menées pour deux gènes de ces loci, TNS1 et LMCD1, ont montré une augmentation significative du taux de régurgitation valvulaire chez les poissons zèbres et la souris.

Le développement de stratégies basées sur les technologies de séquençage haut-débit nous donne une opportunité unique de détecter les gènes présentant un enrichissement significatif en variants rares dans une population d’individus atteints de PVM, par rapport à une population contrôle.

Nous avons réalisé le séquençage de 520 patients atteints de PVM à l’aide d’un système de capture HaloPlex™ (Agilent Technologies) dédié au séquençage des régions codantes de 78 gènes précédemment associés au PVM ou candidats. Les librairies enrichies par le système HaloPlex™ ont été séquencées sur station Illumina HiSeq. Les reads ont été alignés sur le génome de référence GRCh37 avec BWA-MEM puis les variations génétiques ont été détectées avec GATK HapCaller et annotées automatiquement avec VEP.

Pour chacun des 78 gènes criblés, la proportion en variants rares (<0.5% dans ExAC) chez les 520 patients a été comparée aux données de 540 individus séquencés dans le cadre du French Exome Project. L'analyse statistique a été réalisée avec le test d'enrichissement CAST (« Cohort Allelic Sums Test »).

Le test d'enrichissement a permis de détecter deux gènes significativement associés au PVM : PREX2 (p=0,006, OR=4,95 pour le transcrit NM_025170) et LMCD1 (p=0,001, OR=12,71 pour le transcrit NM_001278233).

Le gène PREX2 code pour une protéine GEF intervenant dans la régulation de l’activité de Rac1. Des mutations dans le gène PREX2 pourraient provoquer un défaut de remodelage du cytosquelette d’actine, impliquant la même voie que les mutations du gène FLNA.

Le second gène LMCD1 code pour la protéine dyxine, fortement exprimée dans le tissu cardiaque. Ce gène candidat issu de l'étude d'association génome entier est un répresseur direct du facteur de transcription Gata6, impliqué dans le développement cardiaque (Rath et al, 2005).

L'identification d'un enrichissement en variants rares dans ces deux gènes souligne le rôle central de la voie Rho/Rac et du développement cardiaque dans le PVM. Des investigations fonctionnelles sont en cours pour ces deux gènes. Afin de décrypter si d'autres voies de signalisation sont impliquées et permettre de mieux comprendre la physiopathologie du PVM, nous envisageons d'appliquer la même approche à l'échelle du génome entier.


Simon LECOINTE (Nantes), Antoine RIMBERT, Nabila BOUATIA-NAJI, Florence KYNDT, Marie MARREC, Matilde KARAKACHOFF, Christian DINA, Pierre LINDENBAUM, Thierry LE TOURNEAU, Xavier JEUNEMAITRE, Richard REDON, Jean MEROT, Jean-Jacques SCHOTT, Solena LE SCOUARNEC
00:00 - 00:00 #13223 - P532 Syndrome de Hamamy : description d’une troisième famille et d’une nouvelle mutation dans IRX5 dans ce syndrome rarissime.
P532 Syndrome de Hamamy : description d’une troisième famille et d’une nouvelle mutation dans IRX5 dans ce syndrome rarissime.

Le syndrome de Hamamy (MIM 611174) est un syndrome cranio-facial autosomique récessif rarissime, décrit pour la première fois en 2007 par Hamamy et al. chez 2 frères d’origine jordanienne issus d’une union consanguine. Les patients atteints de ce syndrome présentent une dysmorphie faciale incluant un hypertélorisme sévère, une brachycéphalie, des oreilles proéminentes, une myopie, une déficience intellectuelle modérée, une surdité sensorielle, des anomalies de l’émail dentaire, et une ostéopénie, résultant en une grande fragilité osseuse. A l’heure actuelle, 5 cas, issus de deux familles sont décrites pour ce syndrome, incluant les 2 cas jordaniens initialement décrits par Hamamy en 2007. Tous les patients décrits avec ce syndrome présentent des mutations bialléliques dans le gène IRX5, qui code pour un facteur de transcription de la famille des facteurs de transcription à homédomaine Iroquois (Iro). Cette famille de facteurs de transcription est impliquée dans la formation des membres et du squelette, au travers de la régulation spatio-temporelle de leurs gènes cibles.

Dans cette étude, nous décrivons la troisième famille atteinte du syndrome de Hamamy. Dans cette famille consanguine, nous décrivons deux cas (frère et sœur) présentant des signes cliniques évocateurs du syndrome de Hamamy. Un séquençage à haut-débit de l’exome réalisé chez les deux individus atteints et leur mère hétérozygote obligatoire, a permis d’identifier une nouvelle variation faux-sens homozygote dans le gène IRX5 : la variation c.503G > A (p.Arg168His). La variation touche un acide aminé très conservé dans la famille Iro et au cours de l’évolution. De plus, elle est située dans le domaine homédomaine, au sein duquel les deux autres mutations décrites à ce jour sont retrouvées, et notamment à proximité immédiate d’une de ces  mutations (p.Asn166Lys). Nous discutons les similarités entre la présentation clinique de nos cas et ceux décrits dans la littérature, ainsi que de la très probable pathogénicité du nouveau variant identifié dans IRX5, qui ségrége dans cette famille.

Cette étude rapporte la troisième mutation dans le gène IRX5 et la troisième famille atteinte du syndrome de Hamamy.


Andre MEGARBANE, Eliane CHOUERY-KHOURY, Nada MCHEILEH, Hala MEGARBANE, Christel CASTRO, Nathalie ROECKEL-TREVISIOL, Gretta ABOU SLEIMANE, Joyce TANNOUS, Mikael DAVID, Samantha STORA, Valérie DELAGUE (MARSEILLE)
00:00 - 00:00 #13226 - P533 - DPC Exploration moléculaire du gène SCN5a chez des patients atteints du Syndrome de Brugada dans le centre Tunisien.
P533 - DPC Exploration moléculaire du gène SCN5a chez des patients atteints du Syndrome de Brugada dans le centre Tunisien.

Le Syndrome de Brugada est défini comme étant une maladie cardiaque associée à un risque élevé de syncope et de mort subite. Dans environ 1 cas sur 5, ce syndrome est provoqué par des mutations sur le gène SCN5a codant la sous-unité alpha du canal sodique cardiaque.

Notre étude consiste en une analyse mutationnelle chez 3 patients Tunisiens dont le diagnostic clinique, notamment l’ECG, a montré le profil du Syndrome de Brugada. La recherche de mutation s’est faite par séquençage direct des 27 exons du gène SCN5a ainsi que la région 3’UTR.

Nous avons trouvé 11 polymorphismes dont 7 exoniques et 4 dans la région 3’UTR. Parmi les SNP exoniques, certains sont commun dans le Syndrome de Brugada (A29A, E1061E, H558R et D1819D), d’autres sont mineurs  (I239I et I529I). Ces polymorphismes sont bénins mais décrits dans les troubles du rythme cardiaque. Au niveau de l’exon 4, nous avons trouvé le polymorphisme non synonyme E161K qui a été déjà décrit à effet pathogène chez deux familles ayant des troubles de conduction y compris le Syndrome de Brugada. Les polymorphismes dans la zone 3’UTR sont : rs7429945, rs4073797, rs4073796 et rs41315485. Ces polymorphismes peuvent jouer un rôle important dans la création ou l’abolition d’un site de fixation des micro-ARN et influencer par la suite le niveau d’expression du gène SCN5A.

Ces résultats ont besoin d’être renforcés par une étude fonctionnelle et une étude sur une plus large cohorte de patients. L’ensemble de ce travail permet de mieux comprendre les bases moléculaires du Syndrome de Brugada.


Hajer FODDHA, Houria DAIMI, Abdelhak FODDHA, Nadia LEBAN, Moez GRIBAA (Sousse, Tunisie), Faouzi MAATOUK, Habib GAMRA, Ali SAAD, Amelia E ARANEGA, Jemni BEN CHIBANI, Diego FRANCO, Amel HAJ KHELIL
00:00 - 00:00 #13233 - P534 Deux nouvelles mutations homozygotes dans le gène MME chez deux cas atteints de formes axonales récessives de la maladie de Charcot-Marie-ToothTooth (AR-CMT2).
P534 Deux nouvelles mutations homozygotes dans le gène MME chez deux cas atteints de formes axonales récessives de la maladie de Charcot-Marie-ToothTooth (AR-CMT2).

Les Neuropathies Périphériques Héréditaires (IPN) constituent l’une des causes les plus fréquentes de maladies neurologiques héréditaires, et se distinguent par une dégénération progressive, longueur-dépendante, du système nerveux périphérique (SNP) et une forte hétérogénéité génétique et phénotypique . Parmi elles, les Neuropathies Sensitivo-motrices (HMSN), également connues sous le nom de maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT), constituent le groupe plus large. A l’heure actuelle, près de 120 gènes sont impliqués, parmi lesquels 80 sont responsables de CMT

Dans cette étude, nous avons étudié 3 patients issus de deux  familles consanguines d’origine libanaise, et présentant une forme axonale, à révélation plutôt tardive, lentement progressive, de CMT axonal, à transmission autosomique récessive.  Le séquençage à haut-débit de l’exome de 7 individus de ces deux familles a permis d’identifier, dans chaque famille une nouvelle mutation faux-sens homozygote. Dans la première famille, les deux frères atteints sont homozygotes pour la mutation faux-sens c.1580G > A (p.Arg227Gln) et dans la deuxième famille, l’individu atteint est homozygote pour la mutation faux-sens c.1730G > A (p.Gly577Asp). Les deux acides aminés Arg227 et Gly577 sont très conservés parmi les espèces, et les mutations ségrégent parfaitement avec le phénotype dans les deux familles. Les variations sont absentes des datasets gnomAD et de notre base locale qui contient les exomes de 329 individus libanais. Nous étudions l’effet de ces mutations sur l’épissage et l’expression de la protéine.

Ainsi, nous décrivons deux nouvelles mutations dans le gène MME. Ce gène a été décrit récemment majoritairement chez des patients japonais atteints de formes récessives axonales lentement progressives et à révélation tardive. Par la suite, des mutations hétérozygotes responsables de formes autosomiques dominantes ont été décrites, mais dans ce dernier cas, les mutations s’apparentent plus à des mutations prédisposantes, qu’à des mutations pathogènes. Le gène MME code pour la neprilysine, une métalloprotéase, exprimée dans de nombreux tissus, et responsable du clivage de nombreux neuropeptides. Dans le système nerveux périphérique, le rôle de MME reste à définir, mais une perturbation du turnover de protéines indispensables au bon fonctionnement du PNS semble probable.

En conclusion, dans cette étude, nous décrivons les premiers patients non japonais atteints de CMT, homozygotes pour des mutations dans le gène MME.


Lara EL BAZZAL, Christel CASTRO, Nathalie ROECKEL-TREVISIOL, Jean-Pierre DESVIGNES, Eliane CHOUERY-KHOURY, Rosette JABBOUR, Raymond CHEMALY, Andre MEGARBANE, Valérie DELAGUE (MARSEILLE)
00:00 - 00:00 #13236 - P535 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.
P535 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.

Les mutations dans le gène codant la dysferline (DYSF, Chr. 2p13; 55 exons, mRNA 6,2kb) causent différents phénotypes, principalement la dystrophie musculaire des ceintures de type 2B (Limb Girdle Muscular Dystrophy type 2B, LGMD2B) et la myopathie de Miyoshi (MM), de transmission autosomique récessive. Ces deux myopathies ont en commun un début chez l’adulte jeune, une évolution lente de la maladie, mais pouvant évoluer vers une perte de la marche, et une élévation importante du taux de CPK. Des phénotypes intermédiaires ont été décrits sous le terme de distal limb girdle dystrophy, avec un déficit à la fois proximal et distal.  A ce jour, la prise en charge des patients est uniquement symptomatique puisqu’il n’existe aucune approche thérapeutique spécifique. La dysferline (2080 acides aminés, 237 kDa) comporte 7 domaines C2, impliqués dans la liaison Ca2+ et un domaine transmembranaire C-terminal. Souvent dans les maladies génétiques récessives avec une perte de fonction de la protéine, la protéine est absente, or les mutations faux-sens n’entrainent pas forcément une perte de la protéine. Des anomalies d’épissage peuvent entrainer des insertions ou des délétions qui peuvent décaler le cadre de lecture et provoquer l’apparition de codons stop prématurés, avec pour conséquence une absence de protéine. En effet, tous types de mutations (exoniques et introniques) peuvent altérer l’épissage et ainsi modifier les ARN messagers. Les effets sur l’épissage de mutations exoniques localisées hors des sites d’épissages, ainsi que les mutations introniques profondes sont particulièrement difficiles à prédire. Nos travaux montrent que des mutations introniques et exoniques avaient un effet délétère sur l’épissage. Toutes les mutations sur DYSF testées localisées dans les sites 5’ et 3’ d’épissage entrainent un épissage aberrant. Nous avons aussi montré que 20% des mutations faux-sens entrainent un épissage aberrant, par abolition ou création de nouveaux sites d’épissages (5’ ou 3’) et/ou abolition de séquences régulatrices. En corrélation avec nos résultats, l’effet délétère sur l’épissage causé par des mutations faux-sens est à prendre en considération et devrait être systématiquement recherché dans le cas de maladies génétiques avec une perte de fonction de la protéine. Cette caractérisation des anomalies d’épissage nous permet de développer des thérapies ciblées. Les progrès dans l’ARN interférence rendent possible l’utilisation d’oligonucléotides antisens qui vont masquer les sites d’épissages créés par ces mutations et restaurer l’épissage normal. C'est ce que nous avons réalisé en ciblant l'exon 32 de la dysferline. Cet exon avait été démontré comme étant dispensable pour la fonction de la dysferline. Actuellement, nous développons une stratégie de saut d’exon au niveau non pas de l’ARN pré-messager mais directement au niveau génomique en utilisant la technologie CRISPR. Les derniers développements seront présentés. 


Marc BARTOLI (MARSEILLE), Aurélia DEFOUR, Virginie KERGOURLAY, Florian BARTHÉLÉMY, Sébastien COURRIER, Nicolas LÉVY, Martin KRAHN
00:00 - 00:00 #13242 - P536 Identification de mutations en mosaïque par séquençage ciblé de nouvelle génération dans les hamartomes épidermolytiques.
P536 Identification de mutations en mosaïque par séquençage ciblé de nouvelle génération dans les hamartomes épidermolytiques.

Les ichtyoses constituent un groupe hétérogène de maladies génétiques caractérisées par des anomalies de la cornification, se traduisant par une hyperkératose et un érythème de sévérité variable. L'ichtyose épidermolytique (IE) est une forme d'ichtyose kératinopathique (IKP), due à des mutations le plus souvent dominantes des gènes codant les kératines (KRT) 1 et 10. Elle se caractérise par la présence de bulles et de décollements cutanées à la naissance, puis secondairement par l'apparition progressive de lésions hyperkératosiques prédominant dans les plis. L’hamartome épidermolytique (HE) est une forme localisée d’IE présentant une distribution souvent linéaire et unilatérale suivant les lignes de Blaschko. L’HE est dû à des mutations en mosaïque des gènes KRT1 et KRT10.

A ce jour, l'identification de mutations en mosaïque restait techniquement très difficile, le taux de mosaïcisme étant souvent inférieur au seuil de sensibilité du séquençage par la méthode de Sanger (~10-20%). Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet une meilleure sensibilité de détection des mutations et une quantification précise du taux de mosaïcisme. Nous avons recherché des mutations des gènes KRT1 et KRT10 par NGS chez 12 patients non apparentés atteints d'HE à partir de différents prélèvements tissulaires (sang, salive, épiderme et derme séparés à partir de biopsies de peau lésée et de peau saine).

Nous avons obtenu une profondeur moyenne de lecture de 1496X avec un panel de gènes ciblés incluant uniquement KRT1 et KRT10. Nous avons identifié des mutations chez les 12 patients avec un taux de mosaïcisme compris entre 4 et 30% dans l’épiderme lésé. Ces patients sont porteurs de mutations précédemment décrites dans l’IE. Ces mutations sont détectées à un taux plus faible (2 à 6%) dans le derme lésé pour certains patients, ce qui doit probablement résulter d’une contamination du derme par l’épiderme au moment de leur séparation. Par contre, elles n’ont pas été détectées à partir du sang, de la salive ou l’épiderme et le derme issus de la peau saine. Nous avons également analysé 3 de ces patients avec un panel de gènes ciblés incluant 178 gènes. Nous avons obtenu une profondeur moyenne de lecture de 989X et avons détecté ces mutations avec le même taux de mosaïcisme.

Notre étude démontre la puissance de détection de mutations en mosaïque par NGS et souligne l’importance de réaliser cette analyse à partir d’une biopsie cutanée de peau lésée.


Sabine DUCHATELET (PARIS), Aurore POULIET, Vannina SETA, Nathalie PIRONON, Snaigune MISKINYTE, Patrick NITSCHKE, Christine BOLE-FEYSOT, Matthias TITEUX, Emmanuelle BOURRAT, Alain HOVNANIAN
00:00 - 00:00 #13244 - P537 - DPC Elargissement du spectre phénotypique des porteurs de mutations dans le gène FBN2 : cas d’un patient présentant un anévrisme de l’aorte thoracique isolé.
P537 - DPC Elargissement du spectre phénotypique des porteurs de mutations dans le gène FBN2 : cas d’un patient présentant un anévrisme de l’aorte thoracique isolé.

Le syndrome de Beals est une maladie du tissu conjonctif qui est caractérisée notamment par des contractures, une arachnodactylie, une scoliose et des anomalies morphologiques des oreilles. Des mutations dans le gène FBN2, codant pour la fibrilline-2 ont été identifiées chez des patients atteints du syndrome de Beals selon un mode de transmission autosomique dominant. Le syndrome de Beals présente des caractéristiques cliniques communes avec le syndrome de Marfan (mutations du gène FBN1), dont la gravité est liée à des anévrismes de l’aorte ascendante (TAA).

Quelques cas de patients porteurs de mutations dans le gène FBN2 avec un TAA voire une dissection aortique ont été décrits dans la littérature. Cependant, cette atteinte cardiaque est toujours associée à d’autres signes cliniques typiques du syndrome de Beals.

Nous rapportons ici le premier cas d’anévrisme de l’aorte ascendante isolé chez un patient porteur d’une mutation dans le gène FBN2.

Ce patient de 42 ans a été inclus dans le PHRC National TAA AOM10108 (abstract n°13163) devant une dilatation de la racine aortique à 50mm sans autres signes cliniques notables ni antécédents familiaux particuliers. Un séquençage haut débit de l’ensemble des gènes connus de TAA (25 gènes) a donc été réalisé. Un seul défaut moléculaire a été identifié. Il s’agit d’une mutation faux sens situé dans l’exon 31 du gène FBN2 (c.3980A>T – p.Asn1327Ile). Elle touche un résidu hautement conservé, consensus des modules cb-EGF, et est donc susceptible d’altérer la conformation protéique. L’utilisation de différents algorithmes de prédiction (UMD-Predictor®, SIFT, PolyPhen-2, CADD) confirme le caractère pathogène très probable de cette mutation. Elle est absente des bases de données de population (gnomAD, FrEx) et n’avait jamais été répertoriée au laboratoire ni dans la base de données de patients UMD-FBN2 (www.umd.be).

Cette première observation peut nous permettre d’envisager à court terme le screening systématique du gène FBN2 en cas de TAA. Sur le plan clinique, cette observation a des conséquences sur le suivi et la prise en charge, en particulier cardiovasculaire, des patients porteurs de mutations dans le gène FBN2. L’élargissement à ce gène des panels de séquençage haut débit dédiés au diagnostic moléculaire des TAA permettra probablement d’identifier d’autres cas similaires et de préciser la prise en charge nécessaire.


Pauline ARNAUD (PARIS), Nadine HANNA, Olivier MILLERON, Claire BOULETI, Laurent GOUYA, Maud LANGEOIS, Catherine BOILEAU, Guillaume JONDEAU
00:00 - 00:00 #13245 - P538 L’allèle 09:01 du HLA-DRB1 est associé au taux d’IgE total chez des asthmatiques afro-américains provenant de la cohorte CAAPA.
P538 L’allèle 09:01 du HLA-DRB1 est associé au taux d’IgE total chez des asthmatiques afro-américains provenant de la cohorte CAAPA.

Aim: To study the association between HLA and asthma disease in the largest cohort of African American asthmatics (CAAPA).

Background: Several genome-wide association studies (GWASs) have found strong associations between asthma and SNPs from the MHC region in European and Japanese populations. However, these studies did not investigate the role of HLA alleles. Examining HLA alleles is required to decipher the precise functional contribution of variations within the MHC region on asthma susceptibility and severity, rather than restricting analyses to non-functional SNP variants.

Methods: From deep genotyping data within the MHC region, we imputed HLA alleles in 7,416 CAAPA individuals of African ancestry, including 3,338 asthma cases and 4,056 controls. To optimize the HLA imputation accuracy, we used the R package HIBAG by building our own reference dataset with 917 CAAPA individuals from whom we had collected NGS HLA typing and 28,781 MHC SNPs; therefore establishing the largest reference panel for HLA imputation in African Americans. We then tested each HLA allele for association with asthma using a linear regression model including ancestry as a covariate. Finally, we used the same model to assess association with total IgE level as continuous variable in a subgroup of 1,182 asthmatics.

Results: Our data indicates that HLA class I and class II alleles do not significantly contribute to asthma susceptibility in this large cohort of African ancestry individuals. However, we observed that HLA-DRB1*09:01 was significantly associated with the level of total IgE in asthmatic individuals (P = 7.0x10-4).

Conclusions: Our results highlight the need to further develop population-appropriate reference panels to examine the role of HLA alleles in genetic studies of complex disease. The absence of significant association in the case-control analysis could be interpreted as a lack of precision in determining the exact asthma subphenotype to study. When focusing on the total IgE level in asthmatics, we could determine that HLA-DRB1*09:01 was significantly associated with an increase of total IgE. This study also emphasizes the importance of 1) grouping resources to gain power and 2) diversifying the origin of studied population which overall help characterize new genetics associations.


Nicolas VINCE (Nantes), Sophie LIMOU, Michelle DAYA, Nicholas RAFAELS, Jill HOLLENBACH, Antoine LIZÉE, Estelle GEFFARD, Alexandre WALENCIK, Maria PINO-YANES, Steven SALZBERG, Daehwan KIM, Harold WATSON, Leslie LANGE, James WILSON, Terri BEATY, Margaret TAUB, Ingo RUCZINSKI, Rasika MATHIAS, Caapa CONSORTIUM ON ASTHMA AMONG AFRICAN-ANCESTRY POPULA, Kathleen BARNES, Dara TORGERSON, Pierre-Antoine GOURRAUD
00:00 - 00:00 #13246 - P539 - DPC Un nouveau cas de Tachycardie Ventriculaire Catécholaminergique avec mutation du gène KCNJ2 et revue de la littérature.
P539 - DPC Un nouveau cas de Tachycardie Ventriculaire Catécholaminergique avec mutation du gène KCNJ2 et revue de la littérature.

Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT) is a rare and severe heritable arrhythmia disorder at risk of sudden death in late infancy, characterized by syncope or cardiac arrest triggered by emotion or exercise. While resting ECG is usually normal, exercise stress test may unmask ventricular arrhythmias. Genetic mutations are identified in about 50-70 % of cases, mainly in RYR2 and CASQ2, and extremely rarely in other genes, as KCNJ2.

KCNJ2 (MIM#600681) encodes the alpha-subunit inward rectifier potassium channel 2 protein and is usually associated with the Andersen-Tawil syndrome (ATS) (MIM#170390) defined by the triad periodic paralysis, cardiac arrhythmias and dysmorphic features.

We report here a new case of CPVT with a KCNJ2 mutation. The proband was a 19-year-old girl, symptomatic since age 16, with palpitations triggered by exercise or emotion. A strong suspicion of CPVT was present since her resting ECG evidenced atrial and ventricular premature contractions and U waves, while exercise stress test revealed various ventricular arrhythmias increasing with rising workload. It was a sporadic case with no other extra-cardiac symptoms. Genetic screening initially performed for hot spot mutations of RYR2 and CASQ2 genes by Sanger sequencing was negative. However, few years later, a Next Generation Sequencing screening of an enlarged panel of CPVT genes (RYR2, CASQ2, TRDN, CALM1, ANK2 and KCNJ2) allowed to identify a p.Arg82Trp missense variation in KCNJ2 gene (NM_000891.2:). Family screening is in progress. The p.Arg82Trp variant is a recurrent mutation reported in 5 patients in the literature, mainly in women with a diagnosis of CPVT, long QT syndrome or atypical ATS. Previous functional characterization of this mutation uncovered a marked dominant negative effect with a >95% reduction of outward channel current.

In the literature, ventricular arrhythmias appear as the most constant symptom among patients with KCNJ2 mutations but appear less commonly associated with syncope, cardiac arrest or sudden death than in CPVT. However, they may sometimes mimic the cardiac phenotype observed in CPVT. This can be a source of confusion, even more when other clinical features of ATS are lacking or discrete, and molecular diagnosis could be missed.

This new case report highlights the importance of providing an accurate cardiological diagnosis and further shows the great interest of KCNJ2 analysis in patients presenting with a CPVT phenocopy. The inclusion of KCNJ2 in a first or second intention panel of next generation sequencing is useful in such case to early identify the molecular basis, thus helping to guide therapeutic options, and prevent arrhythmias in relatives.

Due to the rare KCNJ2 mutations in CPVT, specific clinical features are needed to sort out KCNJ2-mutated patients from other CPVT patients. Among those, resting ECG with abnormal U waves seem to appear as a trait particularly linked to KCNJ2 mutations.


Pauline LE TANNO, Laurence FAIVRE, Gabriel LAURENT, Amandine CHATAGNON, Leslie LIRA, Marina LAMAIRIA, Nathalie ROUX-BUISSON (Grenoble), Julien FAURÉ
00:00 - 00:00 #13255 - P540 Application du séquençage de nouvelle génération au diagnostic moléculaire des anémies hémolytiques congénitales.
P540 Application du séquençage de nouvelle génération au diagnostic moléculaire des anémies hémolytiques congénitales.

Introduction : Les anémies hémolytiques congénitales (AHC) constituent un groupe d’affections monogéniques rares caractérisé par une augmentation de la fragilité des hématies conduisant à leur destruction par hémolyse. Le phénotype varie de l’anémie sévère à une hémolyse très bien compensée sans anémie ni retentissement clinique. Les symptômes peuvent inclure une anémie, un ictère, des lithiases biliaires, une dysérythropoïèse avec surcharge en fer. Quand l’exploration phénotypique n’est pas concluante ou non interprétable l’analyse moléculaire est justifiée et permet souvent d’effectuer le diagnostic. Nous avons opté pour le séquençage de nouvelle génération permettant de séquencer dans une même analyse tous les gènes impliqués, y compris les plus grands, dans un sous-phénotype donné.

Patients et méthodes : 10 patients (issus de 10 familles différentes) présentant une hémolyse constitutionnelle non étiquetée ont été inclus dans cette étude. L’ADN a été enrichi par capture exomique (Medexome Roche Nimblegen®) et séquencé par la technologie Illumina (séquenceur Nextseq500-Illumina®). Les régions mal couvertes (profondeur < 30x) ont été complétées par séquençage Sanger. L’analyse bioinformatique a été réalisée localement à l’aide d’un « pipeline » d’alignement et d’assignement de variants : « BWA GATK Best practices » et l’interprétation a été effectuée à l’aide des logiciels Alamut (Interactive biosoftware®) et IVA (Ingenuity variant analysis)(Qiagen®). Le logiciel Seqnext (JSI®) a également été utilisé lorsque cela était pertinent. Seuls les gènes inclus dans une liste prédéfinie de 58 gènes déjà impliqués dans les anémies hémolytiques constitutionnelles ont été analysés, puis l'interprétation s'est faite selon le sous-phénotype.

Résultats : 91% des gènes du panel sont couverts complètement dans leurs régions codantes avec une profondeur de lecture supérieure ou égale à 30x. Nous avons identifié chez 9 patients, six nouvelles variations de séquence non décrites dans les gènes ANK1,SLC4A1 et SPTA1 et trois mutations déjà décrites dans les gènes SPTB, ANK1 et ALAS2.Les études protéiques fonctionnelles réalisées pour deux de ces patients ont confirmé le caractère délétère de deux nouvelles variations dans les gènes ANK1 codant pour l’ankyrine et SLC4A1 codant pour la protéine bande 3. Chez un patient, nous n’avons pas retrouvé de cause moléculaire évidente au phénotype parmi les gènes analysés.

Conclusion : Cette technologie est parfaitement adaptée au diagnostic génétique des anémies hémolytiques congénitales. La confirmation moléculaire peut s’avérer cruciale dans les cas où le diagnostic est incertain et que la décision thérapeutique dépend du phénotype exact. L’analyse moléculaire multigénique peut permettre de réévaluer ou de réorienter le diagnostic initial et de fournir des explications à la variabilité phénotypique. Pour valider cette approche il faudra caractériser par cette méthode de nombreuses familles.


Lamisse MANSOUR-HENDILI (PARIS), Valérie ORTONNE, Abdelrazak AISSAT, Bouchra BADAOUI, Orianne WAGNER-BALLON, Véronique PICARD, Khaldoun GHAZAL, Serge PISSARD, Michel BAHUAU, Claude PREHU, Stéphane MOUTEREAU, Corinne GUITTON, Benoît FUNALOT, Frédéric GALACTEROS
00:00 - 00:00 #13259 - P541 - DPC Diagnostic moléculaire de 1ère intention des cardiomyopathies héréditaires par un panel de 12 gènes codant pour des protéines sarcomériques et non sarcomériques.
P541 - DPC Diagnostic moléculaire de 1ère intention des cardiomyopathies héréditaires par un panel de 12 gènes codant pour des protéines sarcomériques et non sarcomériques.

Les cardiomyopathies héréditaires sont des atteintes génétiques primitives du muscle cardiaque avec des anomalies structurelles et/ou fonctionnelles. Il existe 4 formes majeures de cardiomyopathies selon le phénotype : cardiomyopathies hypertrophiques (CMH), cardiomyopathies dilatées (CMD), cardiomyopathies restrictives (CMR) et cardiomyopathies ventriculaires droites arythmogènes (CVDA). Nous avons développé un panel de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le diagnostic des cardiomyopathies héréditaires en utilisant la technologie TruSeq Custom Amplicon Low Input (Illumina). Ce panel inclut 9 gènes majeurs codant pour des protéines du sarcomère (MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2, TPM1, MYL2, MYL3, CSRP3 et ACTC1). Nous avons également inclus 3 gènes pouvant entrainer des cardiomyopathies non sarcomériques : GLA, TTR et LMNA. Après préparation de la librairie, les régions d’intérêts sont amplifiées puis séquencées avec l’automate MiseqMD (Illumina). Les analyses bioinformatiques ont été réalisées avec différents logiciels : Miseq Reporter, SeqNext (JSI Medical Systems) et Smaug (suite bioinformatique développée au laboratoire). Toutes les mutations et variants de signification inconnu ont été confirmés par séquençage Sanger.

Nous avons analysé 91 ADNs de patients atteints de différentes formes de cardiomyopathies (hypertrophiques, dilatées ou restrictives), avec antécédents familiaux ou non. Les données de couverture pour les régions d’intérêts sont satisfaisantes pour tous les patients. Nous avons identifié 39 mutations pathogènes ou probablement pathogènes dont 3 sont de nouvelles mutations. Cette méthode nous a permis d’élucider 40% des cas. 72.5% des mutations identifiées sont localisées dans les gènes codant pour les protéines du sarcomère et 27.5% dans les 3 autres gènes.

Bien que les gènes codant pour les protéines du sarcomère soient les plus fréquemment impliqués dans les cardiomyopathies héréditaires, il paraît utile de ne pas se limiter à l’exploration de ces seuls gènes en contexte diagnostique, y compris chez les patients présentant une CMH. Le mode de transmission et l’aspect du myocarde en imagerie peuvent, dans certains cas, orienter les explorations vers des gènes ne codant pas pour des protéines du sarcomère. Ces résultats montrent l’importance des discussions clinico-biologiques pour une meilleure investigation génétique chez ces patients.


Chadia MEKKI (Créteil), Christian VASSEUR, Rakia BHOURI, Thierry GAILLON, Valérie DELATTRE, Abdel AISSAT, Guillaume GRICOURT, Bérénice HEBRARD, Soulef GUENDOUZ, Thibaud DAMY, Pascale FANEN, Benoit FUNALOT
00:00 - 00:00 #13261 - P542 Performance du séquençage nouvelle génération dans le diagnostic moléculaire de l’ostéogenèse imparfaite.
P542 Performance du séquençage nouvelle génération dans le diagnostic moléculaire de l’ostéogenèse imparfaite.

L’ostéogenèse imparfaite (OI) regroupe un ensemble de pathologies caractérisées par une fragilité osseuse. Il existe une importante hétérogénéité clinique allant de l’atteinte foetale létale à des formes modérées de l’adulte. A ce jour, 17 gènes ont été impliqués dans l’OI : COL1A1, COL1A2, IFITM5 sont responsables d’OI de transmission autosomique dominante, 13 autres gènes sont responsables d’OI autosomiques recessives et PLS3 est responsable d’OI recessive liée à l’X. L’importance d’un diagnostic moléculaire correct pour le conseil génétique et le caractère long et fastidieux du séquençage Sanger des nombreux gènes potentiellement impliqués, ont justifié la mise au point d’un panel de reséquençage ciblé des 17 gènes d’OI. Ce panel inclut également des gènes impliqués dans des diagnostics différentiels d’OI comme l’hypophosphatasie, l’ostéocraniosténose, le syndrome de Stuve-Wiedemann ou d’autres syndromes associant une fragilité osseuse.
Toutes les demandes d’analyse moléculaire dans ces contextes cliniques sont discutées au Centre de Référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles. Les librairies sont préparées par capture (SureSelectXT Custom - Agilent) et le séquençage moyen débit est réalisé sur un MiSEq (Illumina). L’annotation des variants est réalisée sur une interface locale (Polydiag). Depuis 2015, 247 patients ont été analysés ce qui a permis l’identification de 178 mutations (72%) : 92 dans le gène COL1A1, 48 dans le gène COL1A2, 7 dans le gène IFITM5 pour les OI dominantes, 3 dans le gène LRP5, 23 mutations dans des gènes responsables d’OI recessives et 5 mutations dans des gènes impliqués dans des diagnostics différentiels (FAM111A, LIFR, XYLT2). Après confirmation par séquençage Sanger, ces résultats sont discutés lors d’une réunion clinico-biologique afin de vérifier la compatibilté des variants avec le phénotype clinique et radiologique. Les patients sans mutation identifiée, ayant un phénotype fortement évocateur d’OI, peuvent secondairement bénéficier d’un séquençage de l’exome.
Le séquençage nouvelle génération permet l’étude simultanée de tous les gènes responsables d’OI avec un très bon rendement, et ainsi un gain de temps et d’argent. La difficulté principale de cette méthode repose sur l’interprétation des variants identifiés et la détermination de leur pathogénicité. De plus, l’utilisation d’un panel ciblé permet de se prémunir contre la mise en évidence de variants incidentaux.


Sophie MONNOT (paris), Caroline MICHOT, Julie LITZLER, Coralie HAUDRY, Sylvain HANEIN, Geneviève BAUJAT, Arnold MUNNICH, Jean-Paul BONNEFONT, Valerie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #13268 - P543 Les caractéristiques cliniques et radiologiques de la dysplasie mandibulo-acrale à propos d’un cas.
P543 Les caractéristiques cliniques et radiologiques de la dysplasie mandibulo-acrale à propos d’un cas.

La dysplasie mandibulo-acrale (OMIM 248370) est une affection autosomique récessive très rare caractérisée cliniquement par un retard de croissance postnatal, des anomalies craniofaciales, ostéoarticulaires et cutanées et une lipodystrophie. Sur le plan génétique, deux gènes sont actuellement identifiés : LMNA et ZMPSTE24, mais d’autres loci seraient probablement en cause.

Nous proposons à travers ce travail, l’étude clinique et radiologique de la dysplasie mandibulo-acrale chez le premier cas tunisien.

Il s’agit d’un garçon âgé de 9 ans issu des parents non apparentés et qui présentait à l’examen clinique : une hypoplasie mandibulaire, une mal-implantation dentaire, des anomalies des extrémités avec aspect en baguette de tambour des doigts et des orteils, une raideur articulaire des genoux et une atteinte cutanée associant une pigmentation pommelée de la peau et une atrophie généralisée de la graisse sous cutanée. Le bilan biologique, réalisé à la recherche d’un syndrome métabolique fréquemment associé à ce syndrome, était revenu normal. Le bilan radiologique a permis de retenir le diagnostic de la dysplasie mandibulo-acrale en objectivant une hypoplasie de l’extrémité latérale de la clavicule droite et une acro-ostéolyse des mains et des pieds prédominant au niveau des 3 premiers rayons.

Le diagnostic de la dysplasie mandibulo-acrale est essentiellement clinico-radiologique. Toutefois, l’étude moléculaire reste indiquée afin de confirmer le diagnostic et d’étudier la corrélation génotype-phénotype.


Manel GUIRAT, Madiha TRABELSI, Sana KAROUI, Lilia KRAOUA, Faten HSOUMI (Tunis, Tunisie), Fawzi MAAZOUL, Ridha M'RAD
00:00 - 00:00 #13276 - P544 Caractérisation d’une nouvelle duplication de PHEX dans une grande famille avec hypophosphatémie liée à l’X.
P544 Caractérisation d’une nouvelle duplication de PHEX dans une grande famille avec hypophosphatémie liée à l’X.

Introduction : L’hypophosphatémie liée à l’X est une tubulopathie rare dont le phénotype comprend classiquement chez l’enfant un retard de croissance postnatal avec arcature des membres inférieurs (AMI), puis à l’âge adulte, une enthésopathie calcifiante et des abcès dentaires aseptiques. Une surdité de perception est également décrite. Le phénotype biologique est caractérisé par une hypophosphatémie avec absence d’élévation de la 1,25-(OH)2D (calcitriol), secondaire à une concentration sérique inadaptée d’un facteur hyperphosphaturiant, le FGF23, responsable d’une baisse de la réabsorption tubulaire de phosphate et d’une diminution de la synthèse de calcitriol. La calcémie et la 25-OH-D sont normales ; la parathormone (PTH) est le plus souvent normale ou faiblement augmentée. Les phosphatases alcalines (PAL) sont élevées chez les enfants, particulièrement en période de forte croissance, et normales chez les adultes. Cette maladie dominante liée à l’X est associée à des mutations du gène PHEX identifiées par séquençage chez 57 à 78 % des patients, ou à de grands réarrangements de ce gène chez 22 à 43 % des patients.

Patients et méthodes : Le phénotype clinique du cas index est limité à un retard de croissance sans déformation des os longs ni anomalie métaphysaire. L’analyse du gène PHEX a consisté en une étude des régions codantes, des jonctions introns-exons et de la partie 3’UTR du gène par séquençage haut-débit et en une recherche de réarrangement par méthode Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). Une étude du transcrit sanguin a été réalisée par séquençage Sanger après extraction de l’ARN du sang prélevé sur tube PAXGene Blood.

Résultat : Le phénotype biologique du cas index était caractéristique, à l’exception d’une absence d’élévation des PAL, en accord avec la paucité des signes osseux. Aucune variation de séquence de PHEX n’a été identifiée par séquençage. La MLPA a montré une duplication incluant les exons 19 et 20 (hg19 chrX:g.[(22,239,764_22,244,622)_(22,245,641_22,263,498)dup]). Le séquençage du transcrit mutant a révélé la présence d’un exon 19 et d’un exon 20 surnuméraires, sans décalage du cadre de lecture d’après les analyses in silico. Cette duplication a été identifiée chez plusieurs apparentés présentant également un phénotype discret avec petite taille, douleurs osseuses, et AMI chez le frère. Une duplication identique a été mise en évidence dans un second cas index, appartenant à la même famille ; son père présente une hypophosphatémie avec une taille conservée.

Conclusion : Nous rapportons une grande famille avec un nouveau variant de PHEX et un phénotype modéré d’hypophosphatémie liée à l’X. Nous soulignons l’intérêt de l’évaluation de la phosphatémie dans le bilan étiologique d’un retard de croissance. En l’absence de mutation détectée par séquençage, une recherche des réarrangements de PHEX est nécessaire en cas de phénotype biologique évocateur, même en cas de phénotype clinique discret.


Arnaud MOLIN (CAEN), Ariane CUNY, Lydia LICHTENBERGER, Céline BALLANDONNE, Nadia COUDRAY, Sarah SNANOUDJ VERBER, Hervé MITTRE, Nicolas RICHARD, Marie-Laure KOTTLER
00:00 - 00:00 #13281 - P545 Le variant m.616T>C de l’ARNtPhe mitochondrial est responsable d’un phénotype rénal associé ou non à des atteintes cardiaque et neurologiques de sévérité variable : A propos de deux cas d’une même fratrie.
P545 Le variant m.616T>C de l’ARNtPhe mitochondrial est responsable d’un phénotype rénal associé ou non à des atteintes cardiaque et neurologiques de sévérité variable : A propos de deux cas d’une même fratrie.

Des variants de l’ADN mitochondrial (ADNmt) codant pour des ARNs de transfert (ARNt) peuvent être responsables de cytopathies mitochondriales, telles que les syndromes de MERRF et MELAS. Avec le développement du séquençage haut débit (NGS) de l’ADNmt, l’interprétation de nouveaux variants est délicate, leurs conséquences sur la structure secondaire des ARNt étant souvent difficilement prédictibles. La description des cas rencontrés peut aider à cette interprétation, ainsi qu’à une corrélation génotype-phénotype. Nous décrivons ici deux frères présentant tous deux une cytopathie mitochondriale, liée à la présence d’un variant de l’ARNt mitochondrial de la Phénylalanine (ARNtPhe).

L’aîné, âgé de 31 ans, a présenté une cardiomyopathie hypokinétique  et une insuffisance rénale nécessitant la réalisation d’une double greffe cardiaque et rénale en 2004. Les deux greffons sont toujours fonctionnels 12 ans après la transplantation. Par ailleurs, des extrasystoles fréquentes ont motivées l’introduction d’un traitement par flécaïne. Il n’a jamais présenté de symptomatologie neurologique.

Son frère, âgé de 27 ans, a présenté une insuffisance rénale motivant la réalisation d’une première greffe en 2004, puis d’une deuxième en 2006 après le rejet du greffon. L’apparition d’une glomérulopathie d’allogreffe a conduit à un second rejet, et à une troisième greffe en 2014. Il présente une atteinte neurologique associant un syndrome pyramidal, une faiblesse musculaire, un nystagmus, ainsi qu’une épilepsie contrôlée par le traitement. Les contrôles par échographie cardiaque et ECG réalisés durant le suivi n’ont jamais retrouvés d’anomalie. Une IRM cérébrale retrouve une agénésie partielle du corps calleux, sans autre anomalie.

Le séquençage complet de l’ADNmt réalisé sur de l’ADN extrait de leucocytes a pu mettre en évidence la présence du variant m.616T > C présent à l’état hétéroplasmique majoritaire à 90% chez l’aîné, et à l’état homoplasmique chez son frère, dans le gène codant pour l’ARNtPhe mitochondrial.

Ce variant a déjà été rapporté à deux reprises. Une première patiente présentait un tableau à prédominance neurologique, avec une épilepsie partielle complexe pharmaco-résistante débutée à l’âge de 10 mois, associée à un retard de développement et à une paraplégie spastique. Elle présentait également une insuffisance rénale chronique, et est décédée d’un arrêt cardiaque durant un état de mal épileptique à l’âge de 17 ans.

Une seconde étude rapporte ce variant chez deux familles issues de cohortes d’étude de néphropathies tubulo-interstitielles. Cependant, nous ne disposons pas d’information clinique détaillée sur celles-ci.

Les patients porteurs de ce variant m.616T > C présentent donc tous une atteinte néphrologique, associée ou non à une atteinte neurologique et cardiaque de sévérité variable. La réalisation d’études fonctionnelles pourrait permettre de déterminer les conséquences de ce variant dans les processus de traduction des protéines mitochondriales.


Aurélien TRIMOUILLE (Bordeaux), Pierre MERVILLE, Lionel COUZI, Sébastien LEPREUX, Duval FANNY, Guilhem SOLÉ, Karine NUBRET, Vincent VENIARD, Didier LACOMBE, Marie-Laure MARTIN-NEGRIER
00:00 - 00:00 #13289 - P546 Sévérité variable dans des cas d’épidermolyse bulleuse dystrophique hétérozygotes composites pour des mutations récessives et dominantes de COL7A1 : implications pour le conseil génétique.
P546 Sévérité variable dans des cas d’épidermolyse bulleuse dystrophique hétérozygotes composites pour des mutations récessives et dominantes de COL7A1 : implications pour le conseil génétique.

Les Epidermolyses Bulleuses Dystrophiques (EBD) sont dues à des mutations du gène COL7A1 codant le collagène VII. Elles se transmettent selon un mode autosomique dominant (EBDD) ou récessif (EBDR). Nous rapportons quatre cas non apparentés (âgés de 20 à 49 ans), présentant une EBD de sévérité différente, dont l’analyse par panel NGS a révélé qu’ils sont hétérozygotes composites pour une mutation dominante et une mutation récessive de COL7A1. Dans la première famille, la mère et deux de ses enfants présentent un phénotype minime avec une dystrophie unguéale et décollements bulleux mineurs et sont hétérozygotes pour une mutation d’épissage (p.Asp2684-Gly2704del). A l’opposé, quatre frères et sœurs présentent un phénotype plus sévère avec des contractures des doigts et des sténoses œsophagiennes et sont porteurs d’une mutation récessive additionnelle (p.Ser2447Aspfs*17). Dans la seconde famille, la mère rapporte une histoire multi générationnelle de décollements bulleux légers et de dystrophie unguéale. Sa fille présentait un phénotype plus sévère avec une constriction et des contractures des doigts et une sténose œsophagienne. Les deux sont porteuses d’une mutation dominante p.Gly2009Val, mais la fille a également hérité une mutation récessive p.Arg2791Trp de son père sain. Les deux autres patients sont des cas sporadiques issus de parents sains. Le troisième patient présente de décollements bulleux prédominants aux jambes sans anomalies des doigts ni sténose œsophagienne. Il est hétérozygote composite pour une mutation récessive p.Arg1538His héritée de sa mère saine et une mutation dominante p.Gly2079Arg survenue de novo. Le quatrième patient évoque une EBDR inversée avec des lésions des grands plis, des contractures des doigts sans pseudosyndactylie et une sténose œophagienne. L’analyse moléculaire a révélé la présence d’une mutation dominante p.Gly2003Arg et d’une mutation récessive p.Arg578*. Ses parents n’ont pas encore été testés. Ce étude souligne l’importance de la recherche d’une seconde mutation récessive de COL7A1 dans les cas où un patient présente une sévérité inattendue dans des familles d’EBD dominante et illustre la variabilité phénotypique résultant de la combinaison de mutations récessives et dominantes de COL7A1.


Sabine DUCHATELET (PARIS), Nathalie PIRONON, Snaigune MISKINYTE, Matthias TITEUX, Emmanuelle BOURRAT, Alain HOVNANIAN
00:00 - 00:00 #13290 - P547 Hyperbilirubinémie néonatale et syndrome de Gilbert : deux entités moléculaires différentes ?
P547 Hyperbilirubinémie néonatale et syndrome de Gilbert : deux entités moléculaires différentes ?

L’hyperbilirubinémie est une situation clinique fréquente en période néonatale classiquement assimilé à un syndrome de Gilbert. Souvent bénigne, elle peut cependant être source d’inquiétudes pour les équipes pédiatriques lorsque l’ictère est particulièrement intense et/ou prolongé, faisant alors craindre le diagnostic d’une maladie de Crigler-Najjar. Sur le plan moléculaire, le syndrome de Gilbert, dans les populations caucasienne et africaine, est caractérisé par la présence d’un ou deux dinucléotides (TA) supplémentaires dans la séquence promotrice TATAbox du gène UGT1A1. Dans la population asiatique, ce variant du promoteur est rare et le syndrome de Gilbert est alors lié à des mutations faux-sens exoniques dont la plus fréquente est la c.211G>A.

Nous avons collecté rétrospectivement les résultats des analyses moléculaires réalisées chez 124 nouveau-nés de moins de trois mois (81 garçons et 43 filles) adressés entre 2014 et 2016 pour ictère intense et persistant (aucun de ces enfants ne présentait de maladie de Crigler-Najjar) répartis en 100 enfants d’origine caucasienne et africaine et 24 enfants d’origine asiatique. Pour chaque enfant, les variants suivants ont été recherchés : nombre de répétition du dinucléotide TA dans le promoteur, mutation c.-3279T>G dans la séquence PBREM, mutation faux-sens c.211G>A.

Chez les enfants d’origine asiatique, la mutation c.211G>A à l’état homozygote a été retrouvée dans 33% des cas (pour une fréquence en population générale d’environ 2%) et le variant (TA)7 n’a pas été retrouvé à l’état homozygote. Chez les enfants d’origine caucasienne et africaine, le variant (TA)7 a été retrouvé à l’état homozygote dans 9% des cas alors que sa fréquence en population générale est d’environ 16%. Il existe un fort déséquilibre de liaison entre la mutation c.-3279T>G et le variant du promoteur de sorte que le poids de la mutation c.-3279T>G ne peut être complètement évalué. Cependant, les fréquences des combinaisons alléliques T/T, T/G et G/G n’étaient pas significativement différentes entre les patients et les témoins porteurs du variant (TA)6 à l’état homozygote.

En conclusion, il apparait que le variant du promoteur du gène UGT1A1 impliqué dans le syndrome de Gilbert n’est pas à l’origine des ictères intenses et/ou prolongés en période néonatale, ni un facteur aggravant en termes de durée ou d’intensité. En revanche, dans la population asiatique, les variants exoniques semblent liés à la présence de l’ictère en période néonatale. Une hypothèse expliquant ces ictères pourraient être un défaut de régulation du cycle de la bilirubine en période néonatale : la bilirubine, physiologiquement augmentée pour son effet anti-oxydant lors du passage du milieu utérin au milieu aérien oxygéné, pourrait voir son métabolisme réduit du fait d’un défaut de recyclage. D’autres analyses moléculaires sur les enzymes impliquées dans le cycle d’oxydo-réduction de la bilirubine sont actuellement en cours pour tester cette hypothèse.


Aurélie HUBERT, Frédéric PARISOT, Ariane PERRY, Philippe LABRUNE, François PETIT (Clamart)
00:00 - 00:00 #13291 - P548 Implication du variant pathogène m.13513G>A dans le gène MT-ND5 dans les néphropathies de l’adulte : à propos d’un cas.
P548 Implication du variant pathogène m.13513G>A dans le gène MT-ND5 dans les néphropathies de l’adulte : à propos d’un cas.

Les variants pathogènes de l’ADN mitochondrial (ADNmt) induisent des phénotypes systémiques pouvant inclure des néphropathies kystiques et glomérulaires débutant dans l’enfance et exceptionnellement rapportées chez l’adulte.

Un patient de 29 ans est admis en soins intensifs pour une détresse respiratoire. Il présente un retard mental avec déficit de l’attention et de la mémoire.

La détresse respiratoire est secondaire à un œdème pulmonaire néphrogénique avec une insuffisance rénale aiguë, acidose lactique et une HTA sévère compliquée d’une MAT. La protéinurie est glomérulaire avec une hématurie microscopique. L’échographie rénale retrouve des reins polykystiques. L’examen anatomopathologique rénal retrouve une fibrose interstitielle sévère avec atrophie tubulaire sans lésions glomérulaire ou vasculaire. Le patient débute l’hémodialyse chronique devant l’absence de récupération.

Au plan neurologique, il présente une confusion avec sur la TDM cérébrale une hémorragie méningée focale cérébelleuse. L’IRM cérébrale ne retrouve pas d’autre anomalie.

L’ECG retrouve un syndrome de Wolff Parkinson White avec une conduction orthodromique qui se complique d’un super-Wolff avec nécessité de choc électrique externe et de l’ablation de 3 faisceaux accessoires. L’ETT montre une hypertrophie ventriculaire droite et gauche avec une FeVG à 55% dont le bilan étiologique retrouve seulement un variant hétérozygote du gène HFE (p.Cys282Tyr) sans surcharge en fer mise en évidence à l’IRM. Le diagnostic d’hémochromatose cardiaque est infirmé.

L’examen ophtalmologique retrouve une atrophie optique bilatérale. L’audiogramme objective une surdité de perception bilatérale.

Le tableau systémique conduit à rechercher une origine génétique et devant l’antécédent familial de néphropathie kystique chez la grand-mère maternelle, la mère et la sœur, un séquençage du gène PKD2 est réalisé, et retrouve le variant pathogène NM_000297.3:c.2182_2183del p.Leu729Alafs*10 chez l’ensemble des apparentés atteints. Devant l’atteinte cardiaque, la neuropathie optique et la surdité du patient, une pathologie mitochondriale associée est recherchée.  Le séquençage complet de l’ADNmt par NGS met en évidence le variant pathogène m.13513G>A  dans le gène MT-ND5 à l’état hétéroplasmique minoritaire dans les urines, la salive et le sang (respectivement à 38, 21 et 19%) et majoritaire dans la biopsie rénale (70%). Ce variant pathogène est absent chez la sœur et la mère du patient.

L’absence de défaillance rénale chez la sœur, mère et grand-mère (> 70 ans), porteuses du variant de PKD2, rend l’implication de celui-ci peu probable dans l’insuffisance rénale du patient. Le variant pathogène m.13513G>A décrit notamment au cours de syndrome de MELAS, d’atrophie optique et de syndrome de Wolff-Parkinson-White paraît chez le patient  être aussi responsable de son tableau rénal. Notre description élargit le champ phénotypique de ce variant pathogène du gène MT-ND5  aux néphropathies débutant à l’âge adulte.


Hugo BAKIS (Bordeaux), Aurélien TRIMOUILLE, Isabelle REDONNET VERNHET, Sébastien LEPREUX, Romain BOULESTREAU, Didier LACOMBE, Marie-Laure MARTIN-NEGRIER, Christian COMBE, Claire RIGOTHIER
00:00 - 00:00 #13293 - P549 Description d’une nouvelle dysplasie ectodermique en mosaïque causée par des mutations post-zygotiques de RHOA.
P549 Description d’une nouvelle dysplasie ectodermique en mosaïque causée par des mutations post-zygotiques de RHOA.

L’hypomélanose d’Ito est définie par l’association d’une hypopigmentation qui suit les lignes de Blaschko et de manifestations principalement neurologiques. Les autres atteintes associées sont variables. Elle peut être associée à diverses anomalies chromosomiques en mosaïque, ou à des mutations MTOR lorsqu’elle s’associe à une hémimégalencéphalie. Nous rapportons un nouveau syndrome clinique avec hypomélanose d’Ito et atteinte neuroectodermique en lien avec des mutations postzygotiques de RHOA.

Dans le cadre de la cohorte M.U.S.T.A.R.D. (Mosaic Unknown Skin Traits And Related Disorders), nous avons étudié 5 patients par séquençage haut débit de l'exome complet ou ciblé, sur peau atteinte et dans le sang.

Les 5 patients, non apparentés, présentaient tous une hypopigmentation ou une hypotrichose linéaire, associée à une atteinte faciale bilatérale ou unilatérale (hypoplasie malaire, élargisssement de la pyramide nasale), malformations dentaires avec dysplasie de l’émail, doigts et orteils courts, atteinte oculaire avec choroïdose myopique. L’IRM réalisée chez 3 patients a montré une leucoencéphalopathie asymptomatique avec hypersignal de la substance blanche et dilatation des espaces de Virchow.

Chez les deux premiers patients, le séquençage de l’exome en profondeur (144X à 228X) sur peau atteinte a identifié une même mutation en mosaïque p.Glu47Lys du gène RHOA, confirmée par séquençage ciblé (taux allélique : 33,5% et 23,1%), absente du sang. Cette mutation a également été identifiée par séquençage ciblé chez deux des autres patients ayant un phanotype similaire. Le cinquième patient était porteur d’une autre mutation postzygotique de RHOA, Pro71Ser, identifiée par séquençage de l’exome. La transfection de plasmides porteurs de ces mutations de RHOA dans des cellules NIH 3T3 en culture a montré une diminution de l’étalement cellulaire, de la formation de fibre de stress, et de la phosphorylation des effecteurs de RhoA, MYPT1 et MLC2, suggérant un effet dominant-négatif de ces mutations.

Nous avons identifié une affection neuroectodermique jamais décrite à notre connaissance, causée par des mutations en mosaïque de RHOA, qui code la protéine RhoA, une petite GTPase de la superfamille Ras, impliquée dans le chimiotactisme, le guidage axonal, et le contrôle du cycle cellulaire. En plus des anomalies fonctionnelles mises en évidence, la forte conservation de la séquence de RHOA au cours de l’évolution est en faveur du caractère pathogène des mutations identifiées.

Cette dysplasie ectodermique en mosaïque liée à RHOA s’ajoute aux syndromes causés par des mutations létales, pour lesquelles la survie embryonnaire n’est possible que par mosaïcisme. Il s’agit d’une de premières caractérisations moléculaires d’un mosaïcisme pigmentaire, qui souligne l’importance de RHOA dans le développement cutané.


Arthur SORLIN (Luxembourg, Luxembourg), Pierre VABRES, Stanislav S KHOLMANSKIKH, Bénédicte DEMEER, Judith SAINT-ONGE, Yannis DUFFOURD, Paul KUENTZ, Jean-Benoit COURCET, Virginie CARMIGNAC, Didier BESSIS, Odile BOUTE, Alain BRON, Guillaume CAPTIER, Esther CARMI, Sophie DALAC, Bernard DEVAUCHELLE, David GENEVIÈVE, Catherine GONDRY-JOUET, Laurent GUIBAUD, Arnaud LAFON, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Julien THEVENON, William B DOBYNS, Geneviève BERNARD, Satyamaanasa POLUBOTHU, Francesca FARAVELLI, Veronica A KINSLER, Laurence FAIVRE, M Elizabeth ROSS, Jean-Baptiste RIVIERE
00:00 - 00:00 #13300 - P550 Corrélations phénotype – génotype d’une cohorte de 140 cas de dysplasie thoracique asphyxiante (DTJ) / polydactylie de type III (CCPIII).
P550 Corrélations phénotype – génotype d’une cohorte de 140 cas de dysplasie thoracique asphyxiante (DTJ) / polydactylie de type III (CCPIII).

Le syndrome côtes courtes polydactylie de type III (CCPIII) et la dysplasie thoracique asphyxiante (DTJ) sont une même entité du groupe des ciliopathies squelettiques, allant d’une forme fœtale sévère à la DTJ compatible avec la vie, qui se caractérise par un thorax étroit et des membres courts. Le pronostic de la DTJ est d’ abord lié à la sévérité de l’atteinte respiratoire puis à l’apparition possible  d’atteintes rénale, hépatique et rétinienne. À ce jour, des mutations dans 14 gènes ciliaires ont été rapportées comme responsables de DTJ /CCPIII.

Le but de notre étude est l’analyse clinique et moléculaire d’une cohorte de CCP III/DTJ afin d’établir des corrélations génotype-phénotype. Notre cohorte comprends 140 individus issus de 111 familles, 68 foetus SRPIII/ATD et 72 patients DTJ âgés de 1 à 43 ans. L'analyse par Ciliome (séquençage ciblé de 1221 gènes ciliaires) a permis d’identifier une base moléculaire pour 80% des cas (112/140). Nous avons réalisé une analyse par exome 18/ 28  avec un ciliome négatif, et identifié une base moléculaire pour 10/18, augmentant le rendement moléculaire à 87% (122/140).

Les mutations dans DYNC2H1 sont la principale cause de ce spectre (89/122 = 73%). D'autres mutations impliquent des gènes connus, impliqués dans le transport antérograde ou rétrograde du cil: IFT140 (4,9%), WDR34 (2,4%), WDR60 (1,6%), TTC21B (1,6%), IFT172 (1,6%), IFT80 (0,8%), DYNC2LI1 (0,8%), WDR19 (0,8%), WDR35 (0,8%), TCTEX1D2 (0,8%) et Nous avons également identifié une mutation dans KIAA0753 (impliqué dans le syndrome orofacial) dans un cas vivant ATD. Nous avons finalement trouvé une mutation dans KIF24, un nouveau gène ciliaire, et dans PIGN, impliqué dans le syndrome de Fryns dans deux cas fœtaux.

Parmi les cas fœtaux liés à DYNC2H1 (47/68) 69%, 11% (5/47) présentent des tubules rénaux dilatés et 4% (2/47) des espaces de porte hépatique anormaux. En revanche, 50% (6/12) des fœtus avec des mutations dans d'autres gènes présentent des kystes rénaux et/ou une dysplasie glomérulaire et 33% (4/12) un foie anormal.

Pour les 72 DTJ vivants, 58% (42/72) ont des mutations DYNC2H1. 24% (10/42) sont décédés d'une détresse respiratoire. Aucun patient ne présente de dysfonctionnement rénal grave; seule 1 cas présente une cholestase précoce avec une fibrose hépatique. L'ERG est anormal chez 6/10.

Parmi les 22 DTJ liés à des mutations dans d’autres gènes ciliaires, 9% (2/22) sont morts d'une détresse respiratoire,13% (3/22) ont une atteinte (fibrose ou cholestase chronique), 27% (6/22) ont une atteinte rénale sévère.

En conclusion, des mutations dans DYNC2H1 sont responsables de la majorité des cas de CCPIII/DTJ. Le pronostic respiratoire est péjoratif dans 16% des cas. Une surveillance rétinienne est nécessaire. Les atteintes rénales et hépatiques sont rares, contrairement aux DTJ non liés à DYNC2H1. Nos résultats suggèrent que le suivi médical peut être modulé en fonction de la base moléculaire.


Caroline MICHOT, Celine HUBER (paris), Kim Hanh LE QUAN SANG, Arnold MUNNICH, Geneviève BAUJAT, Valérie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #13305 - P551 Aspects cliniques et moléculaires de trois familles marocaines avec acidose tubulaire rénale distale et surdité: identification d’une nouvelle mutation du gène ATP6V1B1.
P551 Aspects cliniques et moléculaires de trois familles marocaines avec acidose tubulaire rénale distale et surdité: identification d’une nouvelle mutation du gène ATP6V1B1.

Introduction : L’acidose tubulaire rénale distale primaire est une maladie génétique rare caractérisée par un défaut d’excrétion acide par les cellules intercalaires des tubes collecteurs rénaux. Les formes récessives de cette pathologie sont dues à des mutations dans deux principaux gènes : ATP6V1B1 et ATP6V0A4. Les mutations causales du gène ATP6V1B1 sont classiquement associées à une surdité neurosensorielle précoce, néanmoins des cas d'acidose tubulaire avec surdité précoce ont été décrits également chez des patients porteurs d’une mutation du gène ATP6V0A4.

Matériel et méthodes : Le phénotype et le génotype de trois familles marocaines consanguines avec acidose tubulaire distale et surdité ont été évalués. L’analyse moléculaire a été réalisée par PCR et séquençage de l’exon 12 du gène ATP6V1B1.

Résultats : Une nouvelle mutation frameshift c.1169dupC du gène ATP6V1B1 a été identifiée chez une famille et la mutation nord-africaine  c.1155dupC  chez les deux autres. 

Discussion et conclusion : Nous proposons dans cet article un test génétique en première intention basé sur le dépistage de ces deux mutations, toutes deux localisées au niveau de l’exon 12 du gène ATP6V1B1, chez les patients marocains atteints d’une forme récessive d’acidose tubulaire distale avec surdité précoce. Le diagnostic moléculaire de l’acidose tubulaire distale permet l’instauration d’un traitement adapté, la prévention de l’insuffisance rénale chez les individus affectés et de prodiguer un conseil génétique adéquat aux familles à risque.

Mots clés : Gène ATP6V1B1, Acidose Tubulaire Rénale, Surdité neurosensorielle, Marocains, Autosomique récessive, Mutation.

 


Lamiae BOUALLA (Rabat, Maroc), Wafaa JDIOUI, Kenza SOULAMI, Ilham RATBI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13312 - P552 - DPC Evaluation d’un programme de structuration du parcours des patients atteints d’hypercholestérolémie familiale hétérozygote (HF) mis en place dans les départements de la Loire Atlantique et de la Vendée.
P552 - DPC Evaluation d’un programme de structuration du parcours des patients atteints d’hypercholestérolémie familiale hétérozygote (HF) mis en place dans les départements de la Loire Atlantique et de la Vendée.

Introduction : L’hypercholestérolémie familiale (HF) est sous-diagnostiquée et sous-traitée alors qu’elle est associée à un sur-risque de maladies cardiovasculaires et une mortalité 6 fois plus élevée que dans la population générale. Le diagnostic, suspecté sur des données cliniques et/ou biologiques, peut être confirmé par l’identification d’anomalies génétiques. Un programme a été mis en place au CHU de Nantes et dont l’objectif était d’améliorer le repérage et l’optimisation de la prise en charge des patients atteints d’HF. Nous rapportons l’organisation de ce programme et sa première évaluation.  

Méthode : Une réflexion transversale impliquant 30 professionnels de santé et des patients, a permis d’élaborer un plan d’actions déployé dans 2 départements (Loire Atlantique et Vendée) à partir d’août 2015. Les actions incluent la mise en place d’une alerte spécifique par les biologistes (médecins ou pharmaciens) à l’existence possible d’une HF sur les bilans biologiques des patients dont les taux de LDL-C sont > 1,9 g/L. Les médecins (généralistes, endocrinologues et cardiologues) et les autres acteurs de santé des 2 départements pilotes ont reçu un courrier d’information présentant les actions du programme et une proposition de parcours-patient type. Une conseillère en génétique en charge des enquêtes familiales avec les patients et du dépistage en cascade a été recrutée. Une étude longitudinale de type avant-après a été conduite sur les données du registre national de l’hypercholestérolémie familiale. La période de 15 mois avant la mise en place du programme a été comparée à la période de 15 mois suivant la mise en place du programme. Les patients analysés sont les patients diagnostiqués au CHU de Nantes au cours des deux périodes d’observation.

Résultats : L’évaluation sur 30 mois a porté sur 169 patients. Une hausse de 70% du nombre de nouveaux diagnostics réalisés au CHU de Nantes a été observée suite à la mise en place du programme (p=0,003) ; soit 43 patients qui n’auraient pas été diagnostiqués sans le programme. Si l’on considère uniquement les cas apparentés, le nombre de nouveaux diagnostics a été triplé (de 10 à 33 patients, p = 0,007). La proportion de cas apparentés au sein des nouveaux patients dans le service est passée de 15,9% à 30,3% (p=0,04). L’intervalle de temps entre deux consultations pour les patients suivis s’est réduit de 5,6 mois à 4,3 mois et était associé à un meilleur contrôle du LDL-C (-0,71 g/L entre les deux périodes, p=0,01). 

Conclusion : Le programme a permis d’augmenter significativement le nombre de nouveaux diagnostics réalisés au CHU de Nantes. L’augmentation était particulièrement importante parmi les cas apparentés. Le bénéfice du programme semble également se traduire par un meilleur contrôle du LDL-C. Bien que la prise en charge des patients ait été globalement optimisée, certains leviers d’amélioration comme le relais ville-hôpital ont été identifiés.


Martin BLACHIER, Margaux DOVA-BOIVIN, Mélanie BERARD (NANTES), Isabelle REVOL, Bertrand CARIOU, Michel KREMPF, Matthieu PICHELIN, Matthieu WARGNY
00:00 - 00:00 #13313 - P553 Les souris CHCHD10Ser59Leu/+ : un nouveau modèle de Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) secondaire à un dysfonctionnement mitochondrial ?
P553 Les souris CHCHD10Ser59Leu/+ : un nouveau modèle de Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) secondaire à un dysfonctionnement mitochondrial ?

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative caractérisée par une paralysie musculaire progressive due à une dégénérescence des motoneurones. Nous avons récemment apporté la preuve génétique qu’un dysfonctionnement mitochondrial peut être à l’origine d’une dégénérescence des motoneurones avec l’identification du gène CHCHD10 (S. Bannwarth et al., Brain, 2014 – A. Chaussenot et al., Neurobiol. Aging, 2014). Le premier variant pathogène CHCHD10Ser59Leu a été identifié, par séquençage d’exome, dans une famille qui présentait un phénotype complexe de myopathie mitochondriale avec instabilité de l’ADNmt, associée à une atteinte du motoneurone, une démence et une ataxie cérébelleuse. Ce gène a également été impliqué dans plusieurs maladies neurodégénératives (Démence Fronto-Temporale (DFT), myopathie mitochondriale de début précoce ou maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT2A). Nous avons montré que CHCHD10 code pour une protéine mitochondriale qui interagit avec MICOS, complexe multi-protéique impliqué dans le maintien des crêtes mitochondriales (EC Genin et al., EMBO Mol Med, 2016).

Nous avons généré un modèle murin « knock-in » pour tenter de comprendre comment la mutation CHCHD10Ser59Leu conduit à la mort des motoneurones. Les premiers résultats obtenus montrent que les animaux hétérozygotes pour la mutation sont viables. A partir de l’âge de 3 mois, ils présentent un déficit pondéral significatif comparé aux animaux sauvages. A 3 mois, les souris présentent un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale dans le muscle et le cerveau. Entre 6 et 10 mois, les animaux hétérozygotes développent des signes neurologiques (tremblements, troubles de l’équilibre) associés à une perte de poids rapide évoquant une SLA. A ce stade, on retrouve un déficit généralisé de la chaîne respiratoire dans le muscle avec une diminution significative du nombre de copies d’ADNmt et une morphologie des mitochondries anormale, en microscopie électronique, avec perte des crêtes mitochondriales. Les analyses en cours concernant le nombre, la survie des motoneurones, les jonctions neuromusculaires et les mécanismes de mort impliqués doivent permettre de comprendre l’impact du défaut mitochondrial observé sur la dégénérescence neuronale dans le but de développer des stratégies thérapeutiques spécifiques.


Emmanuelle C GENIN, Alessandra MAURI-CROUZET, Françoise LESPINASSE, Sandra LACAS-GERVAIS, Baptiste ROPERT, Sylvie BANNWARTH (NICE), Konstantina FRAGAKI, Gaëlle AUGE, Charlotte COCHAUD, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
00:00 - 00:00 #13324 - P554 - DPC De nouveaux gènes de prédisposition à la cardiomyopathie dilatée identifiés par association génétique exome entier (Exome-WAS).
P554 - DPC De nouveaux gènes de prédisposition à la cardiomyopathie dilatée identifiés par association génétique exome entier (Exome-WAS).

La cardiomyopathie dilatée (CMD) à une forte composante génétique et est une cause importante d’insuffisance cardiaque chez l’homme. Nous avons conduit une étude d’association génétique utilisant une puce de génotypage de l’exome humain pour déterminer la contribution du polymorphisme des variants non-synonymes à la CMD sporadique.

Nous avons analysé 116 855 variants de nucléotide simple (SNVs) chez 2796 patients CMD et 6877 sujets contrôles provenant de 6 populations européennes d’origines géographiques différentes. Par méta-analyse (FDR Q-value < 0.01), nous avons confirmé l’association avec la CMD de 2 loci précédemment identifiés centrés sur  BAG3 et ZBTB17 et nous rapportons six nouveaux loci dans les gènes TTN, SLC39A8, MLIP, FLNC, ALPK3 et FHOD3 pour lesquels les SNVs non-synonymes associés à la CMD sont fréquents (MAF > 0.08). L’analyse d’association fine par imputation in silico et des mesures d’interaction protéique avec BAG3 indiquent que HSPB7 serait le gène responsable au locus ZBTB17.  Dans les gènes associées, l’analyse des variants rares collectivement (MAF < 0.01; analyse SKAT) au niveau génique révèle une association des SNVs du seul gène TTN (P=0.0085). Dans la base d'expression GTEx tous les gènes candidats aux loci associés sauf un (SLC39A8) présentent une expression préférentielle dans le coeur et muscle squeletique. De plus des mutations des gènes TTN, BAG3, FLNC et FHOD3 sont décrites comme responsables de formes familiales de CMD. Plusieurs de ces gènes candidats partagent également un rôle structurel et fonctionnel suggérant que l’homéostasie sarcomérique est une fonction majeure de protection contre le développement de la CMD.

En conclusion, nous avons identifié 8 loci associés indépendamment à la CMD sporadique. Le chevauchement de la liste de gènes de prédisposition identifiée ici avec celle des gène responsable de formes familiale indique, pour chaque gène, un continuum de pénétrance des variants moléculaires associés avec la CMD. Les fonctions connues de plusieurs des gènes de prédisposition suggèrent que la fonction protéostasique est centrale dans la physiopathologie de la CMD.


Ulrike ESSLINGER, Sophie GARNIER, Agathe KORNIAT, Carole PROUST, Claire PERRET, Boutouyrie PIERRE, Jean-Philippe EMPANA, Xavier JOUVEN, Patrick LACOLLEY, Richard ISNARD, Michel KOMAJDA, David-Alexandre TREGOUET, Philippe CHARRON, François CAMBIEN, Eric VILLARD (Paris)
00:00 - 00:00 #13325 - P555 Quelle est la meilleure stratégie pour le diagnostic moléculaire des maladies mitochondriales dans la population pédiatrique ?
P555 Quelle est la meilleure stratégie pour le diagnostic moléculaire des maladies mitochondriales dans la population pédiatrique ?

Introduction : Les maladies mitochondriales (MM) constituent un groupe cliniquement et génétiquement hétérogène de pathologies rares dues à des mutations de gènes nucléaires ou mitochondriaux qui provoquent un dysfonctionnement de la chaîne respiratoire mitochondriale (CRM). L’incidence globale des MM est estimée à 1/4000 naissances (200 nouveaux patients/an en France). Cliniquement les MM de l’enfant sont caractérisées par un phénotype plus sévère et une atteinte cérébrale plus fréquente que les MM de l’adulte.
Méthodes : Nous avons étudié 277 patients recrutés en fonction de critères cliniques, biochimiques, métaboliques, histologiques et/ou neuroradiologiques évocateurs d’une MM. Une étude par NGS ciblé sur 212 gènes nucléaires a été réalisée chez 211 patients, par séquençage ciblé de l’ADN mitochondrial (ADNmt) chez 134 patients, et par séquençage d’exome chez 109 patients. Nos objectifs étaient d’évaluer 1) la pertinence du séquençage à haut débit ciblé ou du séquençage d’exome en fonction du phénotype 2) les critères d’inclusions prédictifs d’un diagnostic moléculaire positif.
Résultats : Nous avons identifié des variants pathogènes chez 47% des patients. La rentabilité diagnostique était de 32% en cas de NGS ciblé des gènes nucléaires, 48% par séquençage d’exome, et 7% par NGS de l’ADNmt. Le séquençage ciblé a permis la détection de délétions/duplication exoniques chez 8 patients dont 3 avec un séquençage d’exome négatif. Chez 8 patients, le séquençage d’exome a permis l’identification d’une mutation dans un gène non impliqué dans la fonction mitochondriale. Le pourcentage de diagnostic était de 63% (NGS ciblé) et 71% (exome) chez les patients satisfaisants au moins 4 critères d’inclusion. L’hyperlactatémie, les anomalies d’assemblage et les anomalies enzymatiques de la CRM étaient les meilleurs critères prédictifs de l’identification d’une base moléculaire avec un diagnostic établi chez respectivement 58%, 62% et 45% des patients.
Conclusions: Nous avons obtenu un rendement diagnostic global de 47% dans une cohorte de 277 patients atteints de MM à début dans l’enfance, étudiés par séquençage à haut débit. Les places respectives du NGS ciblé et du WES demeurent sujettes à débat dans la mesure où 1) la rentabilité diagnostique du WES est plus élevée mais 2) le NGS ciblé permets d'identifier de délétions/duplications et de s’affranchir de la détection de données incidentes ou non sollicitées. Chez les patients présentant plusieurs critères évocateur d’une maladie mitochondriale, en particulier une augmentation de l’acide lactique et/ou un dysfonctionnement de la chaîne respiratoire mitochondriale, le séquençage ciblé des gènes nucléaires peut être choisi en première intention au vu d’un rendement diagnostic élevé.


Giulia BARCIA (paris), Zahra ASSOULINE, Marlène RIO, Sophie RONDEAU, Maryse MAGEN, Sylvain HANEIN, Cécile FOURRAGE, Benedetta RUZZENENTE, Metodi METODIEV, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKE, Nathalie BODDAERT, Isabelle DESGUERRE, Arnold MUNNICH, Jean-Paul BONNEFONT, Agnes RÖTIG, Julie STEFFANN
00:00 - 00:00 #13326 - P556 - DPC Accident vasculaire cérébral (AVC) ischémique sur cardiomyopathie restrictive de l’enfant secondaire à une mutation de TNNI3.
P556 - DPC Accident vasculaire cérébral (AVC) ischémique sur cardiomyopathie restrictive de l’enfant secondaire à une mutation de TNNI3.

Le gène codant  la Troponine I cardiaque (TNNI3) est exclusivement exprimé dans le tissu musculaire cardiaque. Certaines mutations de ce gène peuvent être responsables de cardiopathies restrictives idiopathiques (CMRi). La CMRi est une pathologie rare chez le jeune enfant. Son pronostic est sévère,  la greffe cardiaque constituant souvent l’unique perspective thérapeutique. Il s’agit d’un garçon qui a présenté à l’âge de 4 ans un AVC ischémique sylvien  droit. Le bilan étiologique a permis de diagnostiquer une CMRi emboligène. Dans ses antécédents on note des infections à répétition et un retard de croissance pondérale. L’examen clinique  indique, en dehors des signes neurologiques séquellaires de l’AVC à type d’hémiparesie gauche, une voix nasonnée et une faiblesse musculaire bilatérale. La biopsie musculaire montre une surcharge lipidique et un fonctionnement normal de la chaîne respiratoire mitochondriale. L’étude ultra-structurale en microscopie électronique de la peau est normal. Le séquençage d’un panel de gènes de cardiomyopathies a mis à jour la présence d’une mutation faux-sens hétérozygote p.Lys206Glu (c.616A > G) de TNNI3, survenue de novo, très  probablement pathogène, quoique non-décrite dans les bases de données (classe 4). Ce type de cardiomyopathie restrictive est très rare chez le jeune enfant et de pronostic réservé. Cette observation clinique souligne la difficulté d’interprétation d’une image musculaire de surcharge lipidique qui peut évoquer, dans le cadre du bilan d’une hypotonie globale et de parésie des membres, l’existence d’une erreur innée du métabolisme des graisses. Finalement, une telle image s’avère plutôt secondaire à l’administration de lipides chez un enfant dénutri, que liée à l’atteinte d’une protéine structurale du myocarde, la troponine I de type 3.


Diana PASTOR-HARPER, Elise BRISCHOUX-BOUCHER (Besançon), Gilles MILLAT, Michel FARDEAU, Jean-Marie CUISSET, Antoinette GELOT, Joanna BELLEVILLE, Caroline PÂRIS, Lionel VAN MALDERGEM, Daniel AMSALLEM
00:00 - 00:00 #13327 - P557 Efficacité du panel NGS génodermatoses sur 121 patients.
P557 Efficacité du panel NGS génodermatoses sur 121 patients.

Les génodermatoses constituent un groupe hétérogène d’affections souvent dévastatrices de la peau. Les techniques récentes de séquençage nouvelle génération constituent un outil précieux à visée diagnostique. Le panel NGS ciblé « génodermatoses » centré sur les épidermolyses bulleuses héréditaires, les ichthyoses et anomalies de la kératinisation,  permet une optimisation de la couverture du nombre élevé des gènes impliqués. Il permet en particulier une analyse rapide et moins coûteuse des gènes de grande taille tels COL7A1 et ABCA12, et répond aux difficultés liées au caractère génétiquement hétérogène de ces entités cliniques.

Le panel a été conçu d’après les données les plus récentes de la littérature. Il comprend 90 gènes. Les amplicons sont séquencés sur HiSeq (Illumina) après capture par kit Sure-Select personnalisé (Agilent). L'annotation et l'analyse des variants sont réalisées par une interface informatique développée à l’Institut Imagine (PolyWeb).

Nous rapportons l'analyse à l’aide de ce panel, de 121 patients atteints des entités cliniques suivantes : épidermolyses bulleuses (EB) comprenant EB simples, EB jonctionnelles et EB dystrophiques dominantes et récessives : 35 patients (29%); troubles de kératinisation : 52 patients (43%) comprenant principalement le syndrome de Netherton (25 patients) et les ichtyoses lamellaires (25 patients); ichtyoses épidermolytiques et kératodermies palmo-plantaires : 8 patients (7%) ; maladie de Darier et maladie de Hailey-Hailey : 23 patients (19%) ; maladie de Dowling-Degos : 3 patients  (2%).

 Le rendement diagnostic est de 88%. Ce résultat souligne la performance de l’analyse par NGS sur panel ciblé dans cette thématique. Elle a permis en particulier la détection de délétions géniques, mono ou multiexoniques, et de mosaïques mutationnelles, du fait d’une bonne profondeur de lecture. Ces résultats sont rendus possibles grâce à une expertise clinique et une prise en charge multidisciplinaire comprenant cliniciens, biologistes et chercheurs.


Caroline ALBY (PARIS), Sabine DUCHATELET, Sylvain HANEIN, Snaigune MISKINYTE, Cécile FOURRAGE, Elodie TRON, Matthias TITEUX, Nathalie PIRONON, Christine BOLE, Emmanuelle BOURRAT, Arnold MUNNICH, Jean-Paul BONNEFONT, Alain HOVNANIAN
00:00 - 00:00 #13331 - P558 La myopathie à agrégats tubulaires et le syndrome de Stormorken sont dus à des mutations des régulateurs de l’homéostasie calcique CASQ1, STIM1, et ORAI1.
P558 La myopathie à agrégats tubulaires et le syndrome de Stormorken sont dus à des mutations des régulateurs de l’homéostasie calcique CASQ1, STIM1, et ORAI1.

La myopathie à agrégats tubulaires (TAM) est caractérisée par des accumulations membranaires anormales dans les fibres musculaires. Âge de début et sévérité de la maladie sont hétérogènes et peuvent aller d’une faiblesse musculaire prononcée et des rétractions dès l’enfance à une myopathie tardive et peu progressive impliquant essentiellement myalgies et crampes. Certains patients présentent une clinique multi-systémique appelée syndrome de Stormorken associant une TAM avec myosis, thrombocytopénie, asplénie, ichtyose, petite taille, et dyslexie. Des agrégats tubulaires s’accumulent par ailleurs dans le muscle normal avec l’âge.

A travers le séquençage haut-débit, nous avons identifié trois gènes de TAM/syndrome de Stormorken: STIM1, ORAI1, et CASQ1, tous régulant l’homéostasie calcique. Le calcium est un facteur clé pour une multitude de fonctions cellulaires et induit notamment la contraction musculaire. Les polymères de calsequestrine (codée par CASQ1) sont capables de fixer de grandes quantités de calcium dans le réticulum, et l’évacuation du calcium vers le cytoplasme induit un changement de conformation du senseur de calcium STIM1, qui oligomérise et active le canal calcique ORAI1 afin de déclencher l’entrée de calcium extracellulaire. Ce mécanisme est appelé SOCE (store-operated calcium entry).

L’impact des mutations dans CASQ1, STIM1, et ORAI1 sur l’homéostasie calcique est démontré par des approches fonctionnelles: Nos études d’ultracentrifugation analytique et de turbidité ont montré que les mutations dans CASQ1 perturbent la dynamique de polymérisation/dépolymérisation calcium-dépendante de la calséquestrine, et l’expression des mutants de STIM1 dans des myoblastes induit l’oligomérisation constitutive de STIM1 et amplifie l’activation du canal ORAI1. En conséquence, nous avons mesuré des taux de calcium élevés dans le cytoplasme des myoblastes des patients. L’impact des mutations dans ORAI1 dépend de leur localisation. Les mutations dans le domaine formant l’ouverture du canal provoquent une entrée permanente du calcium et sont associées à un phénotype plus sévère, alors que les mutations dans les domaines périphériques causent une sur-activation du canal uniquement en présence de STIM1, et sont associées à un phénotype modéré.   

En conclusion, nous avons découvert trois gènes causatifs de la myopathie à agrégats tubulaires et du syndrome de Stormorken ainsi que la voie impliquée dans le développement de ces maladies. Nous démontrons pour la première fois la pathogénicité d’une sur-activation du SOCE, alors que la suppression de ce mécanisme induit une immunodéficience sévère. Notre travail améliore significativement le diagnostic moléculaire de ces maladies, et nos résultats fonctionnels suggèrent que les troubles de la régulation de l’homéostasie calcique sont à l’origine du dysfonctionnement musculaire et multi-systémique observé dans les patients, et ouvrent la voie aux développements thérapeutiques.


Johann BÖHM (Strasbourg), Jocelyn LAPORTE
00:00 - 00:00 #13338 - P559 - DPC Estimation de la fréquence des mutations de novo et des cas de mosaïque parentale dans le Syndrome d'Ehlers Danlos vasculaire.
P559 - DPC Estimation de la fréquence des mutations de novo et des cas de mosaïque parentale dans le Syndrome d'Ehlers Danlos vasculaire.

Le syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire (SEDv) est une maladie héréditaire due à des mutations du gène COL3A1. Les patients peuvent présenter des complications sévères telles que des anévrysmes et des dissections des artères de moyen calibre principalement, ainsi que des perforations d’organes creux.

La transmission du SEDv est presque toujours autosomique dominante, seuls quelques cas de mutations bi-alléliques ont été rapportés. La fréquence des mutations de novo a été estimée à 50% et celle des mosaïques COL3A1 à 15% au sein de cas index (CI) sans antécédent familial évident (données issues de Genereviews). A contrario, seuls 5 cas de mosaïque COL3A1 ont été décrits dans la littérature, laissant supposer que ce mécanisme serait plus rare.

L'objectif de cette étude rétrospective était d'évaluer au sein de la cohorte de patients dont le diagnostic de SEDv a été fait dans le Département de Génétique de l'Hôpital Européen Georges Pompidou, la fréquence des mutations COL3A1 de novo et celle des mosaïques somatiques parentales.

L'ADN leucocytaire des parents des CI (ayant une mutation COL3A1), ne portant pas la mutation familiale, a été amplifié par PCR puis les librairies ont été préparées à l'aide du kit Nextera XT DNA library Prep (Illumina) et séquencées sur Miseq (Illumina). L'ADN des CI a été séquencé en tant que témoin positif. L'analyse bio-informatique a été réalisée à l'aide de l'interface Polyweb (Plateforme de Bio-informatique de l'Université Paris Descartes).

En cas d’absence d’ADN parental, la notion d’une histoire familiale (HF+) a été considérée comme équivalente à une transmission parentale certaine, les signes et complications de la maladie étant relativement spécifiques en cas de 1er sujet atteint de SEDv.

Sur les 193 CI diagnostiqués au laboratoire, 95 avaient une HF+ dont 64 avec confirmation moléculaire. Parmi les 98 cas sporadiques, l'ADN des 2 parents était disponible pour 36 cas, d’un seul parent dans 18 cas, et non disponible dans les 44 autres cas. Parmi ces derniers, 32 étaient considérés comme HF-. Au sein des 36 cas avec 2 ADN parentaux, l'analyse en trio a montré un seul cas de mosaïque (n=1/36, 3%) chez un parent avec un ratio allélique de 18%. Cette mosaïque a été confirmée à 22% pour l'ADN salivaire. Au sein des 18 cas avec un seul ADN parental, aucun cas de mosaïque n’a été détecté. La profondeur moyenne des 90 (n=36x2+18=90) librairies était proche de 70000X.

En considérant une HF- suggestive d’une mutation COL3A1 de novo, la fréquence de ces mutations dans notre cohorte est bien de l’ordre de 50% (n=98-12/193-12=47,5%). De fait, parmi les 90 ADN parentaux analysés dans ce groupe HF-, aucun n’était porteur d’une mutation COL3A1 à l’état hétérozygote. Nous n’avons détecté qu’un seul cas de mosaïque parentale, soit une fréquence de 1 à 3%, très inférieure à celle précédemment estimée. Ainsi, alors que les mutations COL3A1 de novo sont fréquentes, la présence d’une mosaïque parentale est un événement rare dans le SEDv.


Anne LEGRAND (PARIS), Magali DEVRIESE, Christophe SIMIAN, Annabelle VENISSE, Jean-Michael MAZZELLA, Salma ADHAM, Michael FRANK, Juliette ALBUISSON, Xavier JEUNEMAITRE
00:00 - 00:00 #13340 - P560 Stratégie diagnostique par séquençage haut débit des maladies mitochondriales : L’expérience du Centre de Référence Sud-CALISSON-Euro-NMD.
P560 Stratégie diagnostique par séquençage haut débit des maladies mitochondriales : L’expérience du Centre de Référence Sud-CALISSON-Euro-NMD.

Depuis l’avènement des nouvelles technologies de séquençage haut débit, le diagnostic moléculaire des maladies mitochondriales ne cesse d’évoluer. Plusieurs études ont été publiées dans la littérature pour comparer la stratégie diagnostique utilisant une approche par panels de gènes ciblés ou une approche par exome, mais il demeure délicat de les comparer. Une étude récente a analysé une cohorte de patients atteints de maladie mitochondriale en utilisant une approche combinée de séquençage haut débit, par panel de gènes ciblés et exome. Cette stratégie a permis d’identifier les variants pathogènes chez 15,2% des patients (Legati et al., 2016). De plus, le nombre de nouveaux gènes responsables de pathologies mitochondriales augmente de manière rapide. Pour comparer le rendement diagnostique d’un panel de gènes ciblés versus celui d’un exome, nous avons analysé une cohorte de 80 patients (24 enfants et 56 adultes) explorés dans notre centre de référence des pathologies mitochondriales (CALISSON-Euro-NMD) du CHU de Nice, présentant des arguments cliniques, histologiques et/ou biochimiques en faveur et/ou des délétions multiples de l’ADN mitochondrial (ADNmt).

Premièrement, les patients suspects de maladie mitochondriale bénéficient d’un séquençage haut débit de l’ADNmt. Lorsque celui-ci s’avère négatif, un séquençage haut débit par panel de gènes ciblés est réalisé. Ce dernier est composé de 281 gènes nucléaires actuellement répertoriés dans la base du NIH Genetic Testing Registry. Cette approche nous a permis d’obtenir un taux d’identification de variant pathogène de l’ADN nucléaire de 20% chez les enfants et de 5,5% chez les adultes. Certains patients demeurant sans diagnostic bénéficient alors d’une analyse par exome.

Nos résultats montrent que si le séquençage haut débit par panel de gènes ciblés semble être une approche intéressante à visée diagnostique des maladies mitochondriales dans les cohortes pédiatriques, il devient discutable dans les cohortes de patients adultes, où le faible rendement pourrait conduire à proposer la prescription d’un exome en première intention. L’hétérogénéité génétique, la découverte incessante de nouveaux gènes impliqués dans la mitochondrie et les causes secondaires de déficit de la chaîne respiratoire compliquent le diagnostic de ces maladies et cette étude montre que cela nécessite d’adapter la stratégie diagnostique à l’âge des patients.


Morgane PLUTINO (Nice), Annabelle CHAUSSENOT, Cécile ROUZIER, Samira AIT-EL-MKADEM, Konstantina FRAGAKI, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Sylvie BANNWARTH
00:00 - 00:00 #13347 - P561 - DPC Apport du NGS à l’analyse moléculaire de la maladie de Rendu-Osler.
P561 - DPC Apport du NGS à l’analyse moléculaire de la maladie de Rendu-Osler.

Objectif : Le diagnostic clinique de maladie de Rendu Osler (RO) repose sur plusieurs critères: la transmission autosomique dominante, les télangiectasies, les épistaxis et les malformations artérioveineuses viscérales. La maladie de RO est considérée comme certaine si trois de ces critères sont présents, probable en présence de deux critères et suspecte si un seul critère est présent. Les mutations des gènes ENG et ALK1 sont responsables de 90% des cas cliniquement certains de maladie de Rendu-Osler, les mutations du gène SMAD4 sont beaucoup plus rares et associent un phénotype de polypose juvénile. Les mutations de deux autres gènes RASA1 et GDF2 peuvent donner des phénotypes ressemblant à celui du RO.

Nous avons appliqué la technique de NGS (Next Generation Sequencing) au diagnostic moléculaire de la maladie de RO.

 

Méthodes : Nous avons designé les séquences cibles concernant toutes les régions exoniques et les régions introniques adjacentes de ces 5 gènes, ainsi que les régions promotrices des gènes ENG et ACVRL1 avec le logiciel Sure design (Agilent technologies). Nous avons utilisé le procédé d’enrichissement SureSelectQXT for Illumina Multiplexed et utilisé un séquenceur NextSeq 500. Nous avons analysé nos données à l’aide de deux logiciels NextGENe (SoftGenetics) et Papillyon développé par l’institution. Nous avons d’abord validé notre méthode en analysant 10 ADN porteurs de variants déjà identifiés puis analysés 217 patients adressés au laboratoire pour une indication de malaide de RO. Nous avons systématiquement recherché des grands réarrangements des gènes ACVRL1, ENG et SMAD4 par MLPA.

 

Résultats : tous les 10 variants connus ont bien été reconnus par cette nouvelle technique, y compris un grand réarrangement de ENG et une mutation en mosaïque. Nous avons pu identifier 124 patients présentant un variant des gènes analysés, tous confirmés par séquençage Sanger: 65 avec un variant d’ACVRL1, 57 un variant de ENG, deux de RASA1 et un de SMAD4. A noter que trois patients sont porteurs d’un variant dans le promoteur de ENG, pour 2 d’entre eux il s’agit du même variant déjà décrit comme pathogène, pour le 3° d’un variant de signification inconnue. Trois autres patients sont porteurs de délétion partielle de  ENG détectées par NGS et MLPA. Aucun réarrangement supplémentaire n’a été mis en évidence par MLPA.

Chez 93 patients aucun variant n’a été mis en évidence mais le diagnostic n’est considéré comme certain que chez seulement 10 d’entre eux.

 

Conclusion : le NGS s’avère être une méthode sensible et rapide pour le diagnostic génétique de la maladie de RO, que ce soit pour la détection de mutation ponctuelle ou de grand réarrangement. Il nous permet de rendre un résultat d’emblée plus complet pour cette pathologie et de diminuer nos délais de rendu.


Sophie GIRAUD (BORDEAUX), Sophie DUPUIS-GIROD, Céline AUBOIROUX, Béatrice CHAMBE, Odile BOUTE, Sylvie ODENT, Marion GERARD, Damien SANLAVILLE
00:00 - 00:00 #13348 - P562 - DPC Intérêt d'un panel diagnostic étendu à 12 gènes dans la cardiomyopathie hypertrophique et restrictive : étude d’une cohorte préliminaire de 142 cas.
P562 - DPC Intérêt d'un panel diagnostic étendu à 12 gènes dans la cardiomyopathie hypertrophique et restrictive : étude d’une cohorte préliminaire de 142 cas.

Introduction

 

La prévalence des cardiomyopathies hypertrophiques (CMH) est d’environ 1/500 dans la population générale. 5 gènes codant pour des protéines du sarcomère présentent des mutations considérées causales dans environ 56 % des cas(1). Ils correspondent aux panels souvent utilisés en première intention dans le diagnostic génétique des CMH. Nous avons testé un panel de première intention étendu à 12 gènes, dont le rendement attendu est supérieur à 60 %(2). L'objectif de ce panel  est l'analyse des cas index atteints de CMH suivis à l’HEGP et le diagnostic des cardiopathies restrictives. Le panel de séquençage nouvelle génération Truseq Custom Amplicon Low Input, d'Illumina, mis au point au laboratoire, inclut 5 gènes sarcomériques majeurs : MYH7 (20 à 30 %), MYBPC3 (20 à 30 %), TPM1 (1 à 3 %), TNNT2 (3 à 5 %) et TNNI3 (3 à 5 %) auxquels s'ajoutent des gènes sarcomériques  moins fréquemment impliqués: CSRP3 ( < 1 %), MYL2 (1 %), MYL3 (1 %), ACTC1 (1 %) et LMNA ( < 1%)(2). 2 gènes non sarcomériques de cardiopathies restrictives complètent ce panel : GLA (1%)(3) et TTR (5%). Seuls les cas-index (N=142) ont été testés. L'analyse et l'interprétation des variants ont été réalisées avec les outils Seqnext (JSI), Polydiag (Institut Imagine), Alamut® (Interactive Biosoftwares) puis confirmées par séquençage Sanger.  

 

Résultats et interprétation

 

L’âge moyen au diagnostic de la cohorte est de 41 ans (+/- 18 ans). 31% des patients présentent une variation pathogène et 10% une variation de signification inconnue (VSI), soit un rendement total de 41%. 23% des patients présentent une variation de MYBPC3 et 8% de MYH7, ce qui est inférieur au rendement attendu. Les autres gènes analysés ont un rendement diagnostic en cohérence avec les 1 à 5% décrits dans la littérature.

Les antécédents familiaux sont connus pour 128 patients. 26% des cas sporadiques (n=57) portent une variation, contre 55 % des patients avec antécédent familial au premier degré avéré (n=36), et 40% des patients avec antécédent familial du premier degré suspecté (n=30).   

Le rendement du panel varie selon l'âge au diagnostic : maximal entre 21 et 40 ans (53%, n=45),  plus faible chez les patients plus jeunes (0-20 ans: 43%, n=19), il baisse progressivement après 41 ans (41-60 ans: 37%, n=44; puis 61-80 ans 10%, n=20).

L'inclusion des gènes GLA et TTR a permis d'identifier un patient porteur d'une mutation TTR avec diagnostic de CMH. 

 

Conclusion et perspectives

 

L'extension de 5 à 12 gènes permet une augmentation de 9% du rendement diagnostic. Ce résultat confirme l'intérêt de ce panel, notamment dans l'identification des rares formes de cardiopathies dont la prise en charge peut différer, comme  la maladie de Fabry et l'amylose cardiaque.

Le taux de mutations identifiées de 41%, inférieur au taux attendu, pourrait être lié à un nombre élevé de cas sporadiques et de diagnostics tardifs. Le faible rendement de MYH7 n'est pas expliqué par les données cliniques et épidémiologiques de notre cohorte.


Aurélie MESNIL, Karine AURIBAULT (PARIS), Annabelle VENISSE, Albert HAGÈGE, Jean-Michael MAZZELLA, Xavier JEUNEMAÎTRE, Juliette ALBUISSON
00:00 - 00:00 #13349 - P563 Analyse NGS haut débit du génome mitochondrial : Leçons et Perspectives, évolution vers une médecine mitochondriale personnalisée ?
P563 Analyse NGS haut débit du génome mitochondrial : Leçons et Perspectives, évolution vers une médecine mitochondriale personnalisée ?

Introduction :

Les maladies mitochondriales sont des pathologies fréquentes du métabolisme caractérisées par une forte hétérogénéité clinique et génétique. La double origine génétique des mitochondries, ADN nucléaire et ADN mitochondrial (ADNmt), et l’hétéroplasmie mitochondriale (coexistence de mitochondries mutées et normales) sont à l’origine de la complexité du diagnostic de ces maladies. Le développement des techniques de séquençage haut-débit (NGS) a révolutionné le diagnostic, avec la possibilité d’une analyse systématique de la totalité de l’ADNmt. Nous rapportons notre expérience NGS du séquençage total de l’ADNmt pour plus de 3000 échantillons.

Résultats :

Notre stratégie d’analyse de l’ADNmt permet la détection et la quantification des anomalies moléculaires de l’ADNmt avec une sensibilité estimée à 0,6% pour les variants ponctuels et 0,1% pour les grandes délétions. L’interprétation des variants s’appuie sur la base de données internationale Mitomap, dont la curation est assurée par le laboratoire, et sur une base de données interne regroupant les données générées à la fois en diagnostic et en recherche. Plusieurs challenges sont à relever:

  1. Détection de faibles taux de mutation: L’identification des faibles taux de mutation participe à l’amélioration du diagnostic, notamment chez les apparentés. Cependant, l’évaluation de la pertinence clinique de ces faibles taux de mutation chez les cas index est complexe. Par exemple, la mutation m.3243A>G, responsable du syndrome MELAS, a été détectée à des faibles taux pour 17 patients sans lien phénotypique à l’exception d’un patient.
  2. Variants de signification inconnue (VOUS) : L’analyse systématique de la totalité de l’ADNmt permet l’identification de VOUS pour 8% des ADN analysés. Cependant, la difficulté de l’analyse et la faiblesse des outils de prédiction in silico pour les variants de l’ADNmt rendent leur priorisation difficile.
  3. Découvertes incidentelles : Nous avons également été confrontés à l’identification de mutations pathogènes mais n’étant pas en lien avec l’indication/phénotype du patient, comme la mutation m.1555A>G, associée à des surdités. Cette mutation peut être considérée comme «actionnable», car nécessitant un conseil génétique avisé, une éviction des facteurs de risques et des recommandations quant à la prise en charge.
  4. Analyse intégrative: Actuellement, les stratégies d’analyses de l’ADNmt en diagnostic n’intègrent pas des informations comme l’haplogroupe mitochondrial ou les cooccurrences rares de variants qui pourraient parfois expliquer les différences phénotypiques observées pour une même mutation de l’ADNmt.

Perspectives:

Le séquençage total de l’ADNmt a permis d’améliorer le diagnostic des maladies mitochondriales, avec environ 15% de patients positifs, mais révèle également la nécessité du développement d’outils bioinformatiques dédiés à l’ADNmt et d’établir des recommandations pour une meilleure interprétation des données de l’ADNmt.


Céline BRIS (Angers), David GOUDENEGE, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Naïg GUEGUEN, Sophie BELAL, Guillaume GEFFROY, Guy LENAERS, Dominique BONNEAU, Pascal REYNIER, Patrizia AMATI-BONNEAU, Vincent PROCACCIO
00:00 - 00:00 #13352 - P564 Mutation rare du gène LMNB2 chez une patiente présentant une lipodystrophie et une hypertriglycéridémie élevée.
P564 Mutation rare du gène LMNB2 chez une patiente présentant une lipodystrophie et une hypertriglycéridémie élevée.

Nous avons effectué une étude sur 22 patients présentant une lipodystrophie et/ou un diabète de type 2 sévère par séquençage haut débit sur un panel de gènes impliqués dans les lipodystrophies et laminopathies. Cette étude a permis de mettre en évidence une mutation hétérozygote rare du gène LMNB2 codant pour la lamine B2, chez une patiente de 29 ans, présentant un diabète de type 2 diagnostiqué à 26 ans, une  insulino-résistance et une hypertriglycéridémie très marquée avec des pics allant jusqu’à 22g/L. Aucune autre cause moléculaire d’hypertriglycéridémie n’a été trouvée par séquençage direct des gènes responsables d’hyperchylomicronémies héréditaires (LPL, APOA, APOC2, APOC3, GPIHBP1, LMF1, APOE:E3/E3). Cette patiente présente une obésité androïde (IMC : 30) avec accumulation de graisse au niveau du tronc, de la face et du cou (bosse de bison) et une lipoatrophie des membres inférieurs. Ses parents ne sont pas diabétiques et présentent une hypertriglycéridémie modérée (1,99 g/L pour la mère à 50 ans et 3,56 g/L pour le père à 45 ans). La mère de la patiente n’est pas porteuse de la mutation et le père n’a pas pu être testé car il est décédé. Par ailleurs, cette patiente est fille unique et constitue donc un cas sporadique. Cette mutation du gène LMNB2 (c.700C > T p.R234W) est rare (fréquence < 0,01% sur ExAc) et prédite pathogène par l’ensemble des logiciels de prédiction de pathogénicité. Les lamines B2 sont des lamines de type B et constituent avec les lamines de type A la lamina nucléaire. Ces protéines sont des filaments intermédiaires de type V situés sur la face interne de la membrane nucléaire interne et jouent un rôle prépondérant dans la maintenance de la structure nucléaire, dans la régulation transcriptionnelle et dans l’organisation de l’hétérochromatine. Deux études ont rapporté des cas de Lipodystrophie Partielle Acquise (LPA) dues à des mutations hétérozygotes du gène LMNB2 avec un diabète sévère et une anomalie de répartition des graisses différente avec lipoatrophie de la partie supérieure du corps (Syndrome de Barraquer-Simons). Des études fonctionnelles sont actuellement en cours sur les fibroblastes de la patiente afin de rechercher les caractéristiques typiques des laminopathies comme des anomalies des noyaux.


Camille DESGROUAS (MARSEILLE), Damien GALANT, Nathalie BONELLO-PALOT, Françoise MERONO, Nicolas LEVY, Patrice BOURGEOIS, Sophie BÉLIARD, René VALERO, Catherine BADENS
00:00 - 00:00 #13359 - P565 - DPC Identification d’un variant pathogène fréquent dans CACNA1C chez les Africains associé avec un risque de mort subite.
P565 - DPC Identification d’un variant pathogène fréquent dans CACNA1C chez les Africains associé avec un risque de mort subite.

Introduction : Le calcium joue un rôle majeur dans le couplage excitation-contraction des cardiomyocytes. L’un des acteurs de ce couplage est le canal calcique de type lent, CaV1.2, composé de 3 sous-unités : alpha, beta et delta1. Plusieurs variants faux sens hétérozygotes dans les gènes codant ces sous-unités ont été identifiés dans des arythmies congénitales associées à un risque de mort subite telles que le syndrome de Brugada (BrS), le syndrome de repolarisation précoce (ERS), les syndromes du QT long (LQTS) et du QT court (SQTS) et la fibrillation ventriculaire idiopathique (IVF).

Méthodes : Nous avons séquencé les gènes codant pour les 3 sous-unités  du canal calcique cardiaque Cav1.2 : CACNA1C, CACNB2, CACNA2D1 chez 65 probands atteints de BrS (25), de SQTS de (7), de ERS (7) ainsi que chez 26 patients atteints de FVI associée à des torsades de pointes à couplage court (TdPcc). La fréquence, la localisation, la conservation et la pathogénicité des variants identifiés ont été évaluées à l’aide de plusieurs logiciels informatiques et de banques de données publiques. Les variants ont été introduits par mutagénèse dirigée dans les plasmides codant pour la sous-unité d’intérêt. Après transfection des 3 sous-unités dans des cellules TsA-201, les courants calciques (ICa) ont été étudiés par patch-clamp.

Résultats : Nous avons identifié 6 variants dans le gène CACNA1C  chez des patients atteints de BrS, ERS ou de FVI associée à des TdPcc. Aucun variant n’a été identifié dans CACNB2 et CACNA2D1. L’étude électrophysiologique de ces variants n’a montré aucune altération de la fonction de Cav1.2 pour 5 des 6 variants. Le sixième variant, p.T1787M, a été identifié chez 2 patients ayant présenté une mort subite cardiaque récupérée. L’un, originaire du Cameroun, était atteint d’un ERS et l’autre, originaire de l’île de la Réunion, présentait une FVI associée à des TdPcc. Comparé au contrôle, l’étude par patch-clamp de ce variant a montré une réduction importante de ICa sans altération des propriétés biophysiques. De manière inattendue, ce variant, c.5360C > T, rs192749597, présente une fréquence allélique élevée (MAF =1.6% chez les Africains). La thréonine substituée en méthionine présente également une faible conservation parmi les espèces.

Conclusion :

Le génotypage des gènes CACNA1C, CACNB2 et CACNA2D1 et l’analyse fonctionnelle des variants identifiés a montré :

1)      Des variants rares de CACNA1C affectant des résidus conservés (p.A1648T, p.A1689T, p.R1973Q, p.C1992F) n’ayant aucun caractère pathogène

2)      Une absence de variant pathogène chez les patients atteints de BrS ou de SQTS que nous avons étudiés

3)      Un variant pathogène fréquent chez 0.8% de la population africaine p.T1787M de la sous-unité Cava1c codé par CACNA1C (c.5360C>T, rs192749597). Ce variant, identifié chez 2 sujets d’origine africaine ayant eu un arrêt cardiaque et induisant une perte de courant calcique semble être un variant d’intérêt associé à un risque de mort subite. 


Malorie BLANCARD (Paris), Amal DEBBICHE, Koichi KATO, Christelle CARDIN, Sabrina GUICHARD, Estelle GANDJBAKHCH, Michel HAISSAGUERRE, Fabrice EXTRAMANIA, Mélèze HOCINI, Olivier GEOFFROY, Antoine LEENHARDT, Pascale GUICHENEY, Jean-Sébastien ROUGIER
00:00 - 00:00 #13368 - P566 Dystonie myoclonique et la mise en évidence d’une nouvelle mutation du gène SGCE chez une famille marocaine en utilisant le WES.
P566 Dystonie myoclonique et la mise en évidence d’une nouvelle mutation du gène SGCE chez une famille marocaine en utilisant le WES.

La dystonie myoclonique désigne une affection génétique et héréditaire qui se manifeste en général avant l'âge de 20 ans, parfois dès la première année de vie. Elle se caractérise par des contractions musculaires involontaires et des mouvements anormaux. Les contractions sont surtout observées au niveau du cou, de la tête et des bras. Les formes familiales sont liées au gène SGCE codant pour l’epsilon sarcoglycane situé sur le chromosome 7q21.

Dans ce travail, nous rapportons la première observation d’une forme familiale d’une dystonie myoclonique le cas d’une fille de 17 ans marocaine souffrant d’une dystonie myoclonique et dont les premiers symptômes ont commencé depuis son enfance :  myoclonies essentielles de repos et d’actions accentuées par le stress et l’émotion avec un léger retard psychomoteur. La patiente a été opérée à l’âge de 2 ans pour communication interventriculaire avec bonne évolution. La maladie ségrége chez cette famille marocaine sous forme autosomique dominante du côté paternel (6 cas) et sur trois générations, avec pénétrance incomplète. L’examen cytogénétique a montré un caryotype normal.

Grâce à l’utilisation d’une nouvelle stratégie de diagnostic le  Whole Exome Sequencing (CentoXome Gold®),  nous avons mis en évidence une nouvelle mutation du gène SGCE c.662G>T à l’état hétérozygote chez le cas index.  Le père porte aussi le même variant, donc la transmission est soumise à empreinte parentale.

Il s’agit de la première observation marocaine d’une dystonie myoclonique familiale, qui montre l’intérêt des explorations moléculaires en neurogénétique au profit du patient et sa famille pour une meilleure prise en charge médicale, une adaptation socio-professionnelle et un conseil génétique adéquat.


Faiza CHBEL (paris, Maroc), Houda BENRAHMA, Hasna HAMDAOUI, Hanane TERFOUS, Aziza BELKHAYAT, Hossein MOSSAFA, Karim OULDIM
00:00 - 00:00 #13371 - P567 - DPC Stratégie d’identification de nouveaux gènes causaux dans l’hypobêtalipoprotéinémie familiale : étude HYPOCHOL.
P567 - DPC Stratégie d’identification de nouveaux gènes causaux dans l’hypobêtalipoprotéinémie familiale : étude HYPOCHOL.

Contexte

L'hypobêtalipoprotéinémie familiale (FHBL) est une maladie autosomique dominante caractérisée par de faibles taux de LDL cholestérol (LDL-c ≤ 5ème percentile pour l’âge et le sexe) qui peut être associée à une protection cardiovasculaire et à un syndrome de longévité. Les sujets atteints de FHBL sont porteurs de mutations hétérozygotes dans le gène de l’apolipoprotéine B (APOB), de la Proprotéine Convertase Subtilisine/Kexine de type 9 (PCSK9) et de l’Angiopoïetine like 3 (ANGPTL3). Cependant dans la moitié des cas, les causes génétiques de l’HBLF demeurent inconnues.

Objectifs-Méthodes

Afin d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans la FHBL, nous menons depuis 2015 une étude prospective (HYPOCHOL) destinée à constituer une cohorte de patients FHBL phénotypés en vue de mener un dépistage familial et pour les familles informatives sans mutation identifiée sur les trois gènes connus, l’exploration de nouveaux gènes candidats par séquençage du génome entier. Afin de parvenir à la constitution d’une cohorte de 200 probands, les patients seront recrutés par les deux centres experts français de Lyon et de Nantes. Au niveau Nantais, une stratégie de maillage territorial a été mise en place grâce aux laboratoires d’analyses médicales du groupe Bioliance et aux centres de Santé de la Sécurité Sociale de Loire-Atlantique et de Vendée. Le diagnostic génétique est réalisé soit sur la puce Haloplex (Rimbert et al. 2016) soit sur puce NimbleGen (Roche sur Nextseq500, Illumina) par la plateforme de Lyon contenant un panel de 380 gènes impliqués dans le métabolisme des lipoprotéines ou associés à la variabilité de la cholestérolémie et de la triglycéridémie en population générale, Les analyses bioinformatiques sont réalisées avec le pipeline HCL PapilLyon sur les gènes du panel 1 (APOB, PCSK9, ANGPTL3).

Résultats

Dans HYPOCHOL, 41 sujets présentant une hypobêtalipoprotéinéimie avec des taux de LDL-c ≤ 0.5g/L ont été inclus dans HYPOCHOL. Six sujets ont été secondairement exclus en raison d’une remontée des taux de LDL-c. Nous retrouvons, sur les 24 patients ayant bénéficié du rendu du diagnostic génétique une mutation dans 58% des cas : 11 mutations du gène APOB dont trois nouvelles mutations non-sens dans le gène publiées en 2016 (Rimbert et al. 2016), 2 mutations du gène PCSK9 et une possible mutation du gène ANGPTL3. Dix propositus n’ont pas de mutation connue et les analyses familiales sont en cours d’extension. Un séquençage d’exome est en cours dans une large famille informative.

Conclusion

Ces données préliminaires de notre cohorte démontrent que les causes génétiques de FHBL restent méconnues pour une forte proportion de patients. Des stratégies génétiques familiales ou sur des cohortes de formes isolées doivent être menées pour identifier de nouveaux gènes impliqués dans le métabolisme du LDL-c afin de comprendre les mécanismes physiopathologiques et à terme développer de nouvelles cibles thérapeutiques.


Matthieu PICHELIN (Nantes), Mathilde DI-FILLIPO, Marie MARREC, Elias BARRAK, Gilles DEGRAEF, Charlotte AUTIER, Didier GOXE, Richard REDON, Jean-Jacques SCHOTT, Philippe MOULIN, Jocelyne MAGRE, Bertrand CARIOU
00:00 - 00:00 #13375 - P568 Variants TTN et panels de séquençage haut débit en myopathies : caractéristiques et domaines protéiques impliquées.
P568 Variants TTN et panels de séquençage haut débit en myopathies : caractéristiques et domaines protéiques impliquées.

Grâce à la mise en place du séquençage haut débit, notre laboratoire a pu étendre son domaine diagnostic à l’analyse de 53 gènes impliqués dans des myopathies selon 3 panels : (1) rétractiles, (2) myofibrillaires et à inclusions et (3) distales et scapulopéronières. Jusqu’à présent, 370 patients ont pu bénéficier de cette approche génétique. Parmi ces gènes, TTN est caractérisé par sa taille particulièrement importante (363 exons, NM_001267550.1) et inaccessible jusqu’à présent par séquençage Sanger dans le domaine du diagnostic. Ce gène code une protéine géante qui joue un rôle critique au niveau structural, développemental, mécanique ainsi qu’une fonction de régulation au niveau du muscle squelettique et cardiaque. Nous présentons ici un bilan des variants observés pour ce gène, via ces panels, pour 12 patients atteints de myopathies rétractiles, 4 patients atteints de myopathies myofibrillaires, un patient atteint de myopathie à inclusions et  un autre présentant une myopathie distale. Le grand nombre de variants observés par séquençage haut débit, la multiplicité des isoformes et séquences de référence TTN, et l’existence de variants tronquants dans la population saine (Roberts AM et al_Sci Transl Med 2015, Golbus JR et al_Circ Cardiovasc Genet 2012) rendent leur classification délicate. Dans un premier temps, nous avons adopté une approche pragmatique en omettant les faux-sens isolés et en ne ciblant que les variants non sens (STOP, décalage du cadre de lecture) et ceux d’épissage, puis en leur associant ou non un variant faux-sens. Puis nous les avons interprétés grâce aux données de fréquence allélique issues de gnomAD, à la base de données HGMD Pro, Pubmed et aux résultats issus des outils de prédiction bioinformatique. Enfin, des discussions clinico-biologiques avec les prescripteurs ont permis d’orienter leur caractère causal. Dans la mesure du possible, la ségrégation familiale du variant a été effectuée. Nous discuterons des différents types de variants interprétés comme corrélés au phénotype, leurs localisations au sein des domaines protéiques de la Titin et l’impact sur l’interaction avec d’autres protéines du muscle. L’association ou non à des atteintes cardiaques sera abordée également.


Corinne METAY (Paris), Tanya STOJKOVIC, Alix DE BECDELIEVRE, Valérie JOBIC, Karen GAUDON, Anthony BEHIN, Arnaud ISAPOF, Susana QUIJANO-ROY, Pascal CINTAS, Marie-Christine MINOT-MYHIE, Céline TARD, Pascal LAFORET, Alexandra NADAJ PAKLEZA, Ana FERREIRO, Bruno EYMARD, Pascale RICHARD
00:00 - 00:00 #13379 - P569 Le Syndrome de Bruck : entité clinique hétérogène associée à différents défauts de la voie de signalisation du Collagène 1.
P569 Le Syndrome de Bruck : entité clinique hétérogène associée à différents défauts de la voie de signalisation du Collagène 1.

Les Ostéogenèses Imparfaites (OI) constituent un groupe hétérogène de pathologies avec fragilité osseuse constitutionnelle, liées à une altération de la synthèse et/ ou des modifications post translationnelle du collagène de type I. La majorité des OI sont autosomiques dominantes, liées à des mutations de COL1A1 ou COL1A2, codant le pro-collagène de type 1(proa1 and proa2). Ces dernières années ont vu la mise de évidence d’un nombre croissant de gènes impliqués dans des formes d’OI récessives / liées à l’X.

 

Le syndrome de Bruck (BS) est une forme ultra-rare d’OI caractérisée par l’association d’une fragilité osseuse à des contractures congénitales. La sévérité du BS est variable et différents signes peuvent être présents : déficit statural, déformations, arthrogrypose et pterygia.

 

Le BS de type 1 est associé à des mutations bi-alléliques de FKBP10 (17q21), codant une protéine chaperonne du collagène 1, impliquée en particulier dans la conformation de cette protéine. Le BS de type 2 est associé à des mutations bi-alléliques de PLOD2 (3q24), codant une lysyl hydroxylase 2 (LH), enzyme clé responsable de l’hydroxylation des résidus lysine situés sur la face externe de la triple hélice du collagène 1, permettant les interactions entre ce collagène 1 mature et le cartilage.

 

Nous présentons ici une série de 11 patients (provenant de 9 familles) ayant un BS. Sur le plan clinique, ces patients ont entre 4 et 23 ans. Ils ont tous l’association variable de pouces adductus et de limitations articulaires congénitales. Parmi eux, 7 ont une forme déformante progressive. Le phénotype clinique (en particulier neurologique respiratoire et dentaire) et radiologique est détaillé.

Sur le plan moléculaire, 3 familles sont associées à une altération de FKBP10 et 1 famille est associée à PLOD2. Dans 3 familles a été démontrée l’implication d’un autre gène de la voie de signalisation du COL1, déjà connu pour son implication dans d’autres formes d’OI. Aucun variant n’a pu être mis en évidence dans 1 famille malgré l’étude extensive par le panel de séquençage nouvelle génération dédié aux fragilités osseuses. Enfin, la dernière famille est encore en cours d’étude via ce panel.

 

Nous analysons les possibles corrélations phénotypes - génotypes de cette série. Le traitement par bisphosphonates apparaît peu efficace chez les sujets porteurs d’une forme liée à FKBP10 mais apporte une amélioration significative chez les autres patients.


Genevieve BAUJAT (PARIS), Sophie MONNOT, Zagorska PEJIN, Sophie RONDEAU, Coralie HAUDRY, Jean-Paul BONNEFONT, Graziella PINTO, Robert RUBINSZTAJN, Michel ZERAH, Arnold MUNNICH, Muriel DE LA DURE MOLLA, Caroline MICHOT, Valérie CORMIER-DAIRE
00:00 - 00:00 #13381 - P570 Exploration moléculaire des gènes CYP24A1, SLC34A1 et SLC34A3 dans une cohorte de patients avec hypersensibilité à la vitamine D.
P570 Exploration moléculaire des gènes CYP24A1, SLC34A1 et SLC34A3 dans une cohorte de patients avec hypersensibilité à la vitamine D.

Introduction : L’hypersensibilité à la vitamine D correspond sur le plan biologique à l’association d’une hypercalcémie transitoire avec PTH basse (adaptée), d’une hypercalciurie et d’une 1,25-(OH)2D (calcitriol) augmentée (inappropriée).

En dehors des formes néonatales transitoires, des formes génétiques récessives autosomiques (MIM143880, 616963) ont été décrites, associées à des mutation perte de fonction de CYP24A1 (20q13.2, MIM126065), le gène codant l’enzyme vitamine D 24-hydroxylase responsable du catabolisme de la vitamine D. Le déficit enzymatique est responsable d’une accumulation de vitamine D active, d’où une dérégulation de l’absorption intestinale de calcium avec tendance à l’hypercalcémie/hypercalciurie chronique. En cas de prise de vitamine D ou d’exposition solaire (favorisant la synthèse cutanée de vitamine D), une décompensation est possible sous la forme de complications aigües de l’hypercalcémie (désydratation, difficultés alimentaires, troubles du rythme et de la conduction) ou chroniques de l’hypercalciurie (lithiase rénale, néphrocalcinose, insuffisance rénale chronique).

Plus récemment, un autre mécanisme physiopathologique a été identifié chez des patients présentant un phénotype similaire associé à des anomalies du phosphate (hypophosphatémie et hyperphosphaturie modérées transitoires). Il s’agit de mutations perte de fonction dans les gènes SLC34A1 (5q35.3, MIM182309) et SLC34A3 (9q34.3, MIM609826) codant les co-transporteurs sodium-phosphate NPT2a/NaPiIIa et NPT2c/NaPiIIc. Ces mutations ont précédemment été associées au rachitisme hypophosphatémique avec hypercalciurie (MIM612286, 241530).

Elles sont responsables d’une fuite urinaire de phosphate, d’où une diminution de la sécrétion de FGF23, hormone hyperphosphaturiante inhibant la synthèse de calcitriol, et une dérégulation de la production de calcitriol.

Matériel et méthode : Nous rapportons l’étude des régions codantes et des jonctions introns-exons par séquençage haut-débit (Ion Personal Genome Machine, Thermofisher Scientific, Waltham, Massachusetts, États-Unis) des gènes CYP24A1, SLC34A1 et SLC34A3 dans une cohorte de 90 patients porteurs d’un phénotype d’hypersensibilité à la vitamine D.

Résultats : Nous identifions 22 (24.4%) patients avec mutation biallélique de  CYP24A1, 2 (2.2%) patients avec mutation biallélique de  SLC34A1 et 3 (3.3%) patients avec mutation biallélique de  SLC34A3. Le phénotype biologique est identique à l’exception de phosphatémies fréquemment rapportées à la limite inférieure de la normale.

Conclusion : Nous confirmons l’implication des gènes codant les transporteurs de phosphates NPT2a/NaPiIIa et NPT2c/NaPiIIc dans le phénotype d’hypersensibilité à la vitamine D, en moidre proportion que les mutation de CYP24A1. S’agissant essentiellement de mutations faux-sens, une étude attentive du phénotype, et en particulier du bilan phosphocalcique sanguin et urinaire, est nécessaire pour l’interprétation des variants.


Arnaud MOLIN (CAEN), Céline BALLANDONNE, Nadia COUDRAY, Loic DE PARSCAU, Xavier PARENT, Diana BOLCA, Nicolas RICHARD, Hervé MITTRE, Marie-Laure KOTTLER
00:00 - 00:00 #13385 - P571 Apport du Séquençage Nouvelle Génération pour la détection des mutations d’épissage dans le gène RYR1.
P571 Apport du Séquençage Nouvelle Génération pour la détection des mutations d’épissage dans le gène RYR1.

In skeletal muscle, the ryanodine receptor type 1 (RyR1) is an intracellular calcium channel located in the membrane of the sarcoplasmic reticulum responsible for calcium release during skeletal muscle excitation – contraction coupling.

More than 500 mutations are described in RYR1 gene that are responsible for autosomal dominant or recessive structural congenital myopathies with cores (MIM: 117000 and 255320). When one mutation is identified, it is not always easy to determine whether the mutation is dominant or recessive associated with an undetected second mutation, as splicing mutation.

Indeed, in the course of molecular diagnosis, splicing mutations identification is quite delicate.  One method to identify splicing abnormalities is direct RNA analysis by RT-PCR Sanger sequencing. However, many splicing alterations could not be detected by this approach as mRNA is frequently degraded by nonsense-mediated mRNA decay system (NMD) and Sanger is not very sensitive. More sensitive techniques are thus needed to detect degraded mRNA.

The next generation sequencing approach allows now a better molecular diagnosis. We report here a next generation RYR1 targeted cDNA sequencing approach with a homemade automated pipeline for splicing abnormalities detection.

Using this technique, we highlighted nine novel splicing mutations in the RYR1 gene while less than 40 were reported up to now in Human Genomic Mutation Database. These mutations were found in patients with recessive congenital myopathies and were associated with missense mutations. All but one altered the physiological splice site: three altered the consensus donor and acceptor splice sites while five were located nearby consensus splice sites. One mutation was a deep intronic variation that activated a cryptic splice site. The splicing alteration was detected thanks to cDNA next generation sequencing and genomic variation was identified by Sanger sequencing on genomic DNA around the splicing abnormalities.

Our data indicate that specific mutations which can escape DNA detection are not so rare (about 8% of RYR1 mutations) and that extensive analysis has to been performed whenever possible, especially when only one variant has been identified. This will likely help to clarify the nature of the recessive or dominant trait of RYR1 mutations and the question of the variable penetrance of mutations.


John RENDU, Caroline BOSSON, Nathalie ROUX-BUISSON (Grenoble), Amandine CHATAGNON, Babatounde BANKOLE, Isabelle MARTY, Julien FAURÉ
00:00 - 00:00 #13397 - P572 Diagnostic moléculaire des neuropathies périphériques sensitives et/ou douloureuses par un panel NGS dédié.
P572 Diagnostic moléculaire des neuropathies périphériques sensitives et/ou douloureuses par un panel NGS dédié.

Les neuropathies périphériques sensitives d’origine génétique forment un groupe de pathologies de spectre clinique très large, affectant soit les petites et grosses fibres, soit seulement les petites fibres nerveuses. Elles sont classées en neuropathies sensitives et dysautonomiques (HSAN), neuropathies des petites fibres (NPF), érythermalgie (EM) et syndrome de douleurs paroxystiques extrêmes (PEPD). A ce jour, les causes génétiques sont encore mal connues, et peu de patients sont diagnostiqués sur le plan moléculaire.

Nous avons étudié un total de 70 patients : 4 HSAN, 38 NPF, 21 EM et 7 PEPD grâce à un panel à façon de 27 gènes incluant tous ceux connus pour leur implication dans les neuropathies périphériques sensitives. Les 630 cibles (exons  codants et régions introniques flanquantes, environ 150kb) ont été capturées et séquencées sur un séquenceur Miseq (Illumina).

L’analyse bioinformatique a été réalisée à l’aide de deux algorithmes indépendants, dont une suite bioinformatique « maison » (SMAUG). Les mutations ou variants de signification inconnue (VUS) possiblement impliqués dans la pathologie ont été confirmés par séquençage Sanger, et les études de ségrégation familiale ont été réalisées quand cela était possible.

Nous avons identifié plusieurs mutations avérées et de nombreux VUS, dont certains probablement pathogènes. Nos résultats mettent en exergue la nécessité d’interactions clinico-biologiques multiples, qui seules permettent de conclure dans bon nombre de cas. Notre étude montre l’intérêt d’un bon phénotypage clinique et électrophysiologique, ainsi que des études de ségrégation familiale.


Alix DE BECDELIÈVRE, Abdel AISSAT, Emmanuelle FAUBERT, Christian VASSEUR, Guillaume GRICOURT, Valérie RACLIN, Benoit FUNALOT, Pascale FANEN (CRETEIL)
00:00 - 00:00 #13403 - P573 - DPC Cardiopathie rythmique par mutation de SCN5A R222Q chez une marathonienne traitée par médecine de précision.
P573 - DPC Cardiopathie rythmique par mutation de SCN5A R222Q chez une marathonienne traitée par médecine de précision.

Introduction

Les mutation du gène SCN5A, codant pour la sous-unité 5 alpha du principal canal sodique cardiaque, sont impliquées dans le syndrome du QT Long type 3, le syndrome de Brugada, l’arythmie complète par fibrillation auriculaire familiale, la cardiomyopathie dilatée (CMD), la fibrillation ventriculaire familiale, la maladie du sinus syncopal et la mort subite du nouveau-né. Ces divers phénotypes sont expliqués par la variété des mutations. Nous rapportons un nouveau cas de CMD type 1E par mutation R222Q chez une marathonienne caucasienne.

Description du cas

A l’occasion d’une anesthésie pour appendicite à 24 ans, sont notés des extrasystoles ventriculaires (ESV) en salve, certaines bigéminées. La patiente pratique le tennis en compétition depuis 4 ans. Elle poursuit, sans traitement, son activité sportive. A 43 ans, un électrocardiogramme (ECG) d’effort, réalisé en prévision d’un marathon, retrouve un tracé inchangé au repos, se normalisant à l’effort. L’échographie cardiaque ne montre aucune dilatation. Le marathon est parcouru en 3h30. A 53 ans, survient un épisode d’arythmie complète par fibrillation auriculaire (AC/FA), traité avec succès par radiofréquence.

A 57 ans, l’ECG reste inchangé au repos, mais l’échographie cardiaque au repos montre une CMD (dilatation ventriculaire gauche (LVDD) à 60mm avec fraction d’éjection ventriculaire gauche (FEVG) à 35%). Une échocardiographie d’effort montre une disparition des troubles rythmiques et une normalisation de la FEVG. Un nouveau traitement par radiofréquence n’est efficace que transitoirement. Un traitement par flécaïne dévoile une dysfonction sinusale associée, traitée par implantation d’un pacemaker. La patiente arrête la pratique de la course à pied pour la marche nordique (7h30 par semaine en 5 séances). L’IRM cardiaque ne montre aucun argument pour une dysplasie arythmogène ventriculaire droite. Le traitement par flécaïne est repris, entrainant la disparition des ESV et de la dilatation cardiaque.  Une AC/FA survient, traitée efficacement par adjonction de nebivolol. La patiente est, sous ce traitement, asymptomatique depuis 1 ans quand elle est adressée pour test génétique révélant la mutation R222Q de SCN5A.

Discussion - Conclusion

Dans la littérature, cette mutation a été rapportée pour 40 individus de 7 familles. Elle est quasi-constamment associée à des ESV ou une tachycardie supra-ventriculaire (37/40). Un pacemaker a été mis en place dans 4 cas sur 40, un défibrillateur implantable dans 8 cas sur 40 et 6 morts subites sont survenues entre 4 mois et 71 ans. Le mécanisme serait dû à des contractions prématurées multifocales ectopiques des cellules du faisceau de Purkinje. La dilatation cardiaque est secondaire à l’arythmie, comme le montre sa correction par le traitement anti-arythmique. L’identification de la mutation a permis de conforter l’attitude thérapeutique, inhabituelle dans les CMD, visant l’arythmie et non la dilatation cardiaque, un exemple de la médecine de précision.


Simon REY (Clermont-Ferrand), Anna SEROVA-ERARD, François CORNÉLIS
00:00 - 00:00 #13405 - P574 Conséquences phénotypiques et fonctionnelles du variant c.1322C>T p.(Ala441Val) de NLRP3 dans les maladies auto-inflammatoires associées à des mutations de la cryopyrine (syndrome CAPS).
P574 Conséquences phénotypiques et fonctionnelles du variant c.1322C>T p.(Ala441Val) de NLRP3 dans les maladies auto-inflammatoires associées à des mutations de la cryopyrine (syndrome CAPS).

Contexte : Les cryopyrinopathies (cryopyrin-associated periodic syndrome ou CAPS) sont un groupe de maladies auto-inflammatoires rares dues à des mutations faux-sens du gène NLRP3 codant pour la cryopyrine. Ces maladies s’expriment selon un mode autosomique dominant et comprennent 3 entités cliniques : i) l’urticaire familial au froid, ii) le syndrome de Muckle Wells (MWS) associant une urticaire et une surdité neurosensorielle, et iii) le syndrome CINCA à début néonatal, qui associe des signes cutanés, articulaires et neurologiques. La cryopyrine, principalement exprimée dans les cellules myéloïdes, participe à la formation d’un complexe multi-protéique appelé inflammasome comprenant la protéine ASC et la pro-caspase 1. L’activation de l’inflammasome conduit à la production des cytokines pro-inflammatoires IL1B et IL18.

Objectifs : Déterminer les bases moléculaires et cellulaires des syndromes auto-inflammatoires identifiés dans deux familles : l’une multiplexe dans laquelle des syndromes MWS et CINCA ont été identifiés chez 12 patients (sur 4 générations), et l’autre dans laquelle un patient avec MWS était identifié.  

Patients et méthodes : La totalité des exons codants et des bornes introniques de NLRP3 a été séquencée chez tous les membres accessibles des 2 familles. Les études fonctionnelles comportent (i) la quantification de IL1B et IL18 (ARNm et protéine) produits par les monocytes circulants ; (ii) la quantification des specks  (témoins de l’activation de l’inflammasome) dans les cellules HEK293T (exprimant la pro-caspase 1 et ASC couplée à la GFP) tranfectées par le plasmide codant pour la cryopyrine normale ou mutée ; et (iii) la quantification de l’expression ARNm et protéique des cytokines IL1B et IL18 par la lignée THP1 transfectée par ces mêmes plasmides. 

Résultats et Conclusion : La même variation c.1322C > T, qui touche un dimère CpG et conduit à la substitution p.(Ala441Val), a été identifiée chez les patients des deux familles. Cette variation faux-sens, qui touche un résidu très conservé au cours de l’évolution, ségrège parfaitement avec le phénotype pathologique au sein de la grande famille multiplexe. Cette mutation a déjà été rapportée chez d’autres patients, mais à ce jour aucune étude fonctionnelle n’a été réalisée. Les études ex vivo réalisées sur les monocytes isolés d’un de nos patients porteur de la mutation p.(Ala441Val) montrent que les monocytes produisent plus de cytokines IL1B et IL18 que des monocytes de donneurs sains (n=4). Les études fonctionnelles réalisées après surexpression de la cryopyrine portant la mutation p.(Ala441Val) révèlent que cette mutation induit un nombre de specks plus élevé (comparé à la cryopyrine normale). Par ailleurs, les cellules THP1 exprimant la cryopyrine mutée sécrètent significativement plus d’IL1B que les cellules exprimant la cryopyrine normale.  L’ensemble de ces données attestent du caractère pathogène de la mutation p.(Ala441Val) de NLRP3 dans les cryopyrinopathies


Fawaz AWAD (Paris), Eman ASSRAWI, Camille LOUVRIER, Claire JUMEAU, Sylvie ODENT, Sophie GEORGIN-LAVIALLE, Véronique DESPERT, Philippe DUQUESNOY, Laetitia COBRET, William PITERBOTH, Bruno COPIN, Florence DASTOT-LE MOAL, Valérie NAU, Gilles GRATEAU, Irina GIURGEA, Serge AMSELEM, Sonia-Athina KARABINA
00:00 - 00:00 #13411 - P575 La pycnodysostose : à propos de 3 observations.
P575 La pycnodysostose : à propos de 3 observations.

Introduction : La pycnodysostose est une maladie génétique lysosomale rare avec une prévalence inférieure à 1/100000. Elle est caractérisée par une ostéosclérose du squelette dûe à des mutations du gène de la cathepsine (1q21) qui se transmettent selon le mode autosomique récessif. Cette enzyme est secrétée par les ostéoclastes et permet le clivage des protéines de la matrice osseuse.

Le but de notre travail est de présenter les particularités cliniques et radiologiques de la pycnodysostose chez trois patients tunisiens.

Patients et méthodes : Etude clinique de 3 patients suivis au Service des Maladies Congénitales et Héréditaires à l’Hôpital Charles Nicolle de Tunis pour pycnodysostose.

Résultats : Il s’agit d’un cas sporadique de sexe masculin et âgé de 40 ans et d’un cas familial (2 sœurs âgées respectivement de 11 et 12 ans). L’enquête génétique a révélé un cas similaire dans la fratrie de monsieur, décédé en bas âge.  Nos trois malades étaient issus d’un mariage consanguin. Le développement psychomoteur et le quotient intellectuel étaient normaux chez les 3 patients. L’examen clinique a noté un retard statural, une dysmorphie crânio-faciale associant une exophtalmie, une fontanelle antérieure ouverte avec disjonction des sutures et une hypoplasie mandibulaire et des anomalies des extrémités avec un aspect trapu des doigts et des ongles dystrophiques chez tous les patients. Les anomalies dentaires à type de mauvaise implantation ont été notées chez deux patients dont l’un avait, en plus, une splénomégalie, un thorax en entonnoir et un mandibule luxable. Les radiographies du squelette ont montré une ostéo-condensation diffuse (3/3), un crane élargi (3/3), des sutures larges (3/3), un petit massif facial avec ouverture de l’ongle mandibulaire (2/3), une  hypoplasie des phalanges des doigts et des orteils (3/3), une aplasie des 3éme phalanges des deux index (2/3) ainsi qu’une absence ou fragmentation des houppes des doigts (1/3). Des fractures osseuses (jambes et mandibule) ont compliqué l’évolution chez deux malades.

Conclusion : Nos 3 patients avaient un tableau clinique typique de pycnodysostose associant une dysplasie craniofaciale, des déformations rachidiennes et des anomalies dentaires caractéristiques. Cette atteinte osseuse met en jeu essentiellement les pronostics fonctionnel et esthétique soulevant ainsi le problème du diagnostic prénatal.


Namouchi MANEL (tunis, Tunisie), Madiha TRABELSSI MADIHA, Ines CHELLY, Maazoul FAWZI, Ouerteni INES
00:00 - 00:00 #13415 - P576 Nouvelle mutation du gène POPDC1 (BVES) associée à des blocs de conduction cardiaque du 1er degré et une dystrophie musculaire.
P576 Nouvelle mutation du gène POPDC1 (BVES) associée à des blocs de conduction cardiaque du 1er degré et une dystrophie musculaire.

Myocaptur, projet de séquençage d’exomes a été mis en place au niveau national afin d’identifier de nouveaux gènes dans les maladies neuromusculaires. En tant que partenaire de ce consortium, l’Institut de Myologie a sélectionné une cohorte de 98 patients après une caractérisation extensive des donnees cliniques, de l’imagerie et de l’histopathologie musculaire des patients.

Dans cette cohorte, une famille consanguine présentait deux enfants atteints. Le cas index avait été évalué une première fois à l’âge de 19 ans. Il présentait un bloc auriculo ventriculaire de 1er degré (BAV-I) avec un taux de CPK supérieur à 4400 IU/L. Malgré un EMG myopathique et une biopsie musculaire dystrophique, il ne présentait pas de faiblesse musculaire. Sa sœur ainée présentait aussi des CPK supérieures à 1500 IU/L associées à un BAV-I et des myalgies dés l’âge de 30 ans. Trois autres membres de la fratrie étaient asymptomatiques.

Le séquençage des exomes de la maman et des 2 enfants atteints a identifié des variants dans 8 gènes candidats, dont un variant homozygote dans le gène POPDC1 (BVES) après application des filtres (fréquence des variant < 1% et transmission récessive).

POPDC1 (BVES) fait partie de la famille des gènes PODC pour 'Popeye-domain-containing protein', codant des protéines membranaires liant l’AMPc. présentes dans les muscles striés squelettiques et cardiaque. Les modèles animaux porteurs de mutations nulles de ce gène présentent des arythmies sévères et une dystrophie musculaire. A ce jour, une seule famille présentant une dystrophie musculaire des ceintures et des BAVs a été rapportée et est porteuse d’une mutation faux-sens homozygote dans POPDC1 (BVES) (Schindler et al. JCI, 2016).

Nous rapportons ici, un nouveau variant homozygote en position +2 de l’intron 8 (c.816+2T > C). Les analyses des biopsies musculaires des patients montrent par RT-PCR la délétion d’exon 8, le Western-blot révèle une diminution de l’expression protéique de PODC1 (BVES) et l'analyse par l’immunofluorescence révèle une localisation membranaire altérée de POPDC1 et de PODC2.

L’ensemble de ses résultats suggèrent fortement un effet pathogène du variant POPDC1 (BVES) identifié dans cette famille.


Isabelle NELSON (PARIS), Maud BEUVIN, Rabah BEN YAOU, Cécile MASSON, Anne BOLAND, Roland SCHINDLER, Thomas BRAND, Bruno EYMARD, Gisèle BONNE
00:00 - 00:00 #13416 - P577 Ostéoporose liée à l’X par mutation de PSL3 : une nouvelle observation familiale.
P577 Ostéoporose liée à l’X par mutation de PSL3 : une nouvelle observation familiale.

Les fragilités osseuses génétiques sont majoritairement liées à des mutations de COL1A1 ou COL1A2 associées à l'ostéogenèse imparfaite (O.I) autosomique dominante. En plus des formes d'O.I récessives autosomiques, certaines formes de fragilité osseuse constitutionnelles peuvent mimer l'O.I. Il est ainsi de celle liée aux mutations de PLS3 (Plastine 3, #MIM 300910), qui déterminent une forme d'ostéoporose précose liée à l'X. Ce gène, situé en Xq23, code pour l'actin-binding protein plastin3, qui participe à la formation des faisceaux de filaments d'actine.

Nous rapportons le cas d'une famille au sein de laquelle quatre sujets masculins présentent des fractures multiples. La généalogie familiale est évocatrice d'un mode de transmission lié à l'X

- le proposant est un garçon de 5 ans dont les antécédents font état de 5 épisodes de fractures, de multiples entorses et d'otites à répétition. L'examen clinique retrouve les sclérotiques bleutées, une dentinogenèse imparfaite, une scoliose et une hyperélasticité cutanée.

- son grand-père, âgé de 65 ans, a présenté lui aussi de multiples et une déficience auditive. Sa taille est modeste (156 cm), ses sclérotiques bleutées et sa dentinogenèse imparfaite.

- le frère de ce dernier (1958-2007) a également un antécédent de fractures multiples, de petitee (155cm) et de scoliose.

- le fils d'une tante maternelle du cas index, âgé de 6 ans, a lui aussi présenté 6 épisodes de fractures. Sa densitométrie osseuse retrouve une ostéopénie. Sa taille est normale, il n'a pas de sclérotiques bleutées.

Chez le proposant, aucune mutation dans les gènes codant le collagène de type Iα1 et Iα2 n'a été retrouvée (COL1A1 et COL1A2). L'étude par CGH-array ciblée (Agilent 60k custom) a montré la présence d'une délétion de l'exon 9 de PLS3 (c.892_987del ; p.298_329del) à l'état hémizygote chez le cas index et son grand-père maternel. Ce résultat établit le diagnostic d'ostéoporose liée à l'X. Sa mère indemne est hétérozygote.

31 patients sont rapportés dans la littérature avec des mutations de PLS3. Le tableau clinique habituel comprend une fragilité osseuse et une ostéopénie à la densitométrie sans toutefois que les signes associés classiques de l'ostéogenèse imparfaite y soient associés: petite taille, sclérotiques bleutées, dentinogenèse imparfaite ou déficience auditive comme observés dans notre famille. Seuls 2 patients, rapportés par Nishi et al en 2016, ont présenté des sclérotiques bleutées et une hyperlaxité articulaire (sans petite taille). Nous proposons donc d'inclure l'ostéoporose liée à l'X dans le diagnostic différentiel de l'O.I, au côté de la forme dominante et des formes récessives.


Geoffroy DELPLANCQ (Versailles), Sofie SYMOENS, Paul COUCKE, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Magali AVILA, Lyse RUAUD, Lionel VAN MALDERGEM, Juliette PIARD
00:00 - 00:00 #13425 - P578 - DPC Molecular testing of a series of Moroccan patients with Noonan Syndrome from Sanger sequencing to NGS.
P578 - DPC Molecular testing of a series of Moroccan patients with Noonan Syndrome from Sanger sequencing to NGS.

Noonan syndrome (NS; OMIM 163950) is an  autosomal dominant Rasopathy  with variable clinical expression and genetic heterogeneity. Clinical manifestations include characteristic facial features, short stature, and cardiac anomalies. Mutations in protein-tyrosine phosphatase, non-receptor-type 11 (PTPN11), encoding SHP-2, account for about half of NS patients, SOS1 in approximately 13%, RAF1 and RIT1 each in 5%, and KRAS in fewer than 5%. Other genes have been reported to cause NS in fewer than 1% of cases, include NRASBRAF, and MAP2K1. Several additional genes associated with a Noonan-syndrome-like phenotype  have been identified.

We report molecular analysis of 31 patients with NS phenotype. We firstly screened for PTPN11 recurrent mutations by Sanger sequencing of exons 3 and 8 in the cohort. Ten patients were carriers (32%). Among the 21 other patients, three of them had NGS panel or exome, that have display three mutations in NF1, SHOC2 and PTPN11 genes.

Our findings expand the mutation spectrum of Moroccan patients with NS phenotype and highlight the utility of next generation sequencing especially when the disease is heterogeneous.


Saadia AMASDL, Najlae ADADI (Rabat, Maroc), Siham CHAFAI ELALAOUI, Leila ZNIBER, Wiam SMAILI, Ilham RATBI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13426 - P579 Les caractéristiques cliniques et génétiques du diabète monogéniques de type MODY et du diabète mitochondrial.
P579 Les caractéristiques cliniques et génétiques du diabète monogéniques de type MODY et du diabète mitochondrial.

Les caractéristiques cliniques et génétiques du diabète monogéniques de type MODY et du diabète mitochondrial

 

TRHANINT S1, OTMANI I1, AHAKOUD M1,  KETTANI O1, MODY D. 1, ABBASSI M.1, SAYEL H.1, ABOURAZZAK S2,3, HIDA M2,3, BOUGUENOUCH L.1,3, OULDIM K.1,3

 

: Unité de Génétique Médicale et d'oncogénétique, Laboratoire centrale d'analyses Médicales, CHU Hassan II, Fès Maroc.

2 : Service de pédiatrie, hôpital Mère-Enfant, CHU Hassan II, Fès, Maroc.

3 : Faculté de Médecine et de Pharmacie Fès 

 

RESUME

Les diabètes monogéniques, dont les deux principaux types sont le diabète de type MODY et le diabète mitochondrial, représentent 2 à 5% des diabètes non insulinodépendants.

Le diabète MODY est une forme de diabète familial, à transmission autosomique dominante et à début précoce chez l'enfant ou l'adulte jeune, associé à des anomalies primaires de l’insulino-sécrétion. Les phénotypes MODY représentent 1 à 2 % des cas de diabète. Ils se caractérisent le plus souvent par une histoire familiale de diabète de survenue précoce et non insulino-dépendant à sa découverte, chez des sujets sans excès pondéral.

Une dizaine de gènes impliqués dans la régulation de la sécrétion d’insuline au niveau des cellules bêta-pancréatiques sont d’ores et déjà connus.

 La majorité des phénotypes MODY 85 % met en cause des mutations hétérozygotes sur les gènes de la glucokinase (GLK) ou du facteur de transcription Hépatocyte Nuclear Factor 1 (HNF1a).

Le diabète mitochondrial est lié à une mutation de l’ARN. La transmission de la mutation se fait selon un mode matrilinéaire. Il se caractérise par l’association d’un diabète, d’une surdité familiale et d’une dystrophie maculaire réticulée.

Au Maroc, le diabète monogénique constitue un des problèmes majeurs de santé publique, donc L’intérêt de ce diagnostic est triple. La reconnaissance d’un diabète monogénique  est importante car le diagnostic étiologique a des conséquences pratiques pour les patients :

1-évaluation du pronostic,

2-prise en charge thérapeutique adaptée

3- L’identification d’une mutation chez le cas index permettra de proposer : (i) un diagnostic génétique ciblé aux apparentés diabétiques afin de confirmer l’étiologie de leur diabète, (ii) un diagnostic pré-symptomatique aux apparentés à risque, avec la mise en place éventuelle de mesures préventives et une prise en charge précoce de leur diabète, en particulier pour les femmes avant leur grossesse.

 

Mots-clés : Diabète monogénique – MODY – MIDD – diagnostic moléculaire – corrélation  phénotype/génotype.


Said TRHANINT (FES, Maroc)
00:00 - 00:00 #13427 - P580 La pycnodystose : à propos de deux cas familiaux.
P580 La pycnodystose : à propos de deux cas familiaux.

La pycnodystose est une maladie lysosomale rare caractérisée par une ostéosclérose du squelette, une petite taille et une fragilité osseuse. Cette maladie, de transmission autosomique récessive, est liée à un déficit en cathepsine K, enzyme jouant un rôle primordial dans la résorption osseuse par les ostéoclastes. Le diagnostic est clinique et doit être confirmé par un examen radiographique complet du squelette et des radiographies du crâne.

Nous rapportons le cas de deux enfants (frère et sœur) atteints de pycnodystose et discutons l’intérêt de l’étude moléculaire dans cette pathologie et de l’établissement d’un diagnostic précoce pour une meilleure pise en charge thérapeutique.

Il s’agit des deux enfants : A (âgé de 13 ans) et sa sœur Y âgée de 8 ans, issus d’un mariage consanguin, adressés à notre consultation pour des fractures à répétition. L’examen a objectivé, chez les deux enfants, une dysmorphie faciale avec un visage allongé, des sourcils arqués raréfiés aux extrémités, des yeux globuleux, un nez en bec avec une racine haute et une columelle saillante, et un retrognathisme. Cette dysmorphie faciale est associée à un nanisme, une mal implantation dentaire, une brachydactylie et des pouces larges. Le développement psychomoteur est normal pour les deux enfants. Le bilan radiologique a objectivé une augmentation diffuse de la densité osseuse. Le caryotype sanguin en bande G  pratiqué chez les deux enfants est sans anomalies. Le diagnostic de pycnodystose a été alors retenu devant ces critères cliniques et radiologiques. L’étude moléculaire à la recherche de mutations dans le gène CTSK est en cours.

La prise en charge de la pycnodystose est symptomatique et multidisciplinaire. Elle inclut une surveillance orthopédique, une prise en charge des fractures et une surveillance de la statique vertébrale afin de dépister les fréquents spondylolisthésis. Le traitement bucco-dentaire repose sur la prévention de  la pathologie carieuse et parodontale.La précocité de l’établissement  du diagnostic permet une meilleure prise en charge thérapeutique de ces patients et de limiter les complications liées à la pathologie.


Souhir GUIDARA (Sfax, Tunisie), Fatma ABDELHEDI, Nourhène GHARBI, Manel GUIRAT, Lobna MAALEJ, Ines CHAABANE, Ikhlas BEN AYED, Neila BELGUITH, Hassen KAMOUN
00:00 - 00:00 #13431 - P581 Syndrome de Melnick-Needles : 1ère Observation Marocaine.
P581 Syndrome de Melnick-Needles : 1ère Observation Marocaine.

Le syndrome de Melnick-Needles (OMIM : 309350) est une ostéodysplastie rare qui associe une dysplasie squelettique, avec des os longs courbés, une sclérose de la base du crâne, et des côtes en forme de ruban, et un visage caractéristique avec un front hirsute, rebord supra-orbital proéminent, yeux proéminents, joues bombées et microrétrognathie marquée. Le développement mental est normal. Il s’agit d’une affection liée à l’X. Environ 50 cas ont été rapportés, la plupart d'entre eux sont sporadiques. La maladie est létale chez les garçons, avec une expression moindre chez les femmes atteintes. Ce syndrome est dû à des mutations dans le gène FLNA qui code pour une protéine du cytosquelette, la filamine A. Son pronostic est variable, il dépend du sexe et des signes présentés. Sa prise en charge est multidisciplinaire adaptée à chaque patient.

Nous rapportons la première observation marocaine du syndrome de Melnick-Needles, chez une patiente adressée en consultation de génétique  médicale du CHU Mohammed VI de Marrakech pour un syndrome dysmorphique associé à des anomalies osseuses. Le tableau  clinique ainsi que les explorations  radiologiques  nous ont permis de retenir  le diagnostic du syndrome de Melnick-Needles chez notre patiente.

 A travers ce travail, nous mettons en exergue le rôle du généticien dans le diagnostic et la prise en charge de cette pathologie ainsi que dans l’élaboration d’un conseil génétique adéquat.


Kenza DAFIR, Mariam TAJIR, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13432 - P582 Syndrome de Dyggve-Melchior-Clausen : à propos de 02 observations marocaines.
P582 Syndrome de Dyggve-Melchior-Clausen : à propos de 02 observations marocaines.

Le syndrome de Dyggve-Melchior-Clausen (OMIM: 223800, 304950) est une osteochondrodysplasie rare, appartenant au groupe des dysplasies spondylo-épimétaphysaires. Cliniquement, il se caractérise par un nanisme progressif, un visage de surcharge, un tronc court, des anomalies des membres et  un retard mental de sévérité variable. C’est une maladie génétique rare de transmission autosomique récessive due à des mutations du gène DYM  situé en18q21.1. Plusieurs mutations ont été rapportées dans ce gène, dont la mutation marocaine récurrente c.1878delA (p.K626NfsX94).

Nous rapportons dans ce travail  deux observations marocaines familiales, adressées en consultation de génétique  médicale du CHU Mohammed VI de Marrakech, pour un nanisme dysharmonieux associé à un retard mental. Les signes radiologiques incluant une platyspondylie, une  double ondulation des plateaux vertébraux, une dysplasie épiphyso-métaphysaire et un aspect festonné des ailes iliaques ainsi que  les signes cliniques ont permis de retenir  le diagnostic du syndrome de Dyggve-Melchior-Clausen.

 A travers ce travail, nous soulignons le rôle du généticien dans le diagnostic  et la prise en charge de cette pathologie, ainsi que dans l’élaboration  un conseil génétique adéquat.


Kenza DAFIR, Mariam TAJIR, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13434 - P583 Le registre Français de la glycogénose de type III : caractérisation des relations génotype-phénotype, structuration de la prise en charge des patients de l’enfance à l’âge adulte, et étude de l’histoire naturelle de la maladie.
P583 Le registre Français de la glycogénose de type III : caractérisation des relations génotype-phénotype, structuration de la prise en charge des patients de l’enfance à l’âge adulte, et étude de l’histoire naturelle de la maladie.

La glycogénose de type III est une maladie métabolique rare de transmission autosomique récessive, en rapport avec un déficit de l’enzyme débranchante, produit du gène AGL. Cette maladie appartient à la fois au groupe des maladies du métabolisme hépatique et au groupe des glycogénoses musculaires. Son évolution est stéréotypée, en deux temps, avec principalement une atteinte métabolique dans l’enfance qui s’améliore autour de la puberté laissant la place à une atteinte musculaire (intolérance à l’effort, puis faiblesse musculaire permanente). Une atteinte cardiaque est également fréquemment observée, sans corrélation évidente avec la durée d’évolution de la maladie ni avec la gravité de l’atteinte musculaire. L’histoire naturelle de cette maladie reste mal connue, et en particulier l’évolution à long terme des manifestations hépatiques, musculaires et cardiaques, en raison de l’absence de suivi prospectif à ce jour de larges cohortes de patients comprenant à la fois les enfants et les adultes.

                L’objectif du registre de la glycogénose de type III, créé en 2014, est de collecter les données épidémiologiques, cliniques, biologiques, et thérapeutiques des patients atteints de glycogénose de type III en France, avec un suivi prospectif de l’ensemble des patients. Le recueil des informations et leur exhaustivité ont été rendus possibles grâce au travail en réseau qui s’est établi par l’intermédiaire des filières maladies rares métaboliques (G2M) et neuromusculaires (FILNEMUS).

                En 2017, 9 centres ont été ouverts et ont inclus 56 patients. 26 enfants (de 2 à 18 ans avec un âge moyen de 10 ans), et 30 adultes (de 20 à 68 ans avec un âge moyen de 37 ans). Une première analyse des données moléculaires a montré une grande variabilité dans les anomalies de séquence retrouvées, soulignant le caractère souvent privé de l’atteinte moléculaire, exception faite de certains groupes éthno-géographiques (notamment les mutations c.1078C > T dans la population Juive Séfarade et c.3216_3217delGA dans la population du Maghreb). Jusqu’à présent, il n’a pas été possible d’établir de relation génotype/phénotype du fait de la diversité des anomalies de séquence retrouvées, de la fréquence très élevés de mutations créant un codon stop prématuré et du grand nombre de polymorphismes présents dans le gène AGL pouvant potentiellement moduler l’activité enzymatique, aussi bien pour les manifestations hépatiques que musculaires ou cardiaques.

Sur le plan musculaire, 9 patients (soit 17 %), tous adultes, présentaient des difficultés à la marche, dont 3 nécessitaient un fauteuil roulant. 22 patients (soit 41%) présentaient une cardiomyopathie hypertrophique dont 9 seulement étaient symptomatiques et bénéficiaient d’un traitement. Une insuffisance respiratoire restrictive modérée était observée chez 4 patients. Enfin, 60% des 25 patients ayant bénéficié d’une ostéodensitométrie présentaient une ostéopénie, tandis que 12 % présentaient une ostéoporose.


Pascal LAFORET (Garches), Ariane PERRY, Dalila HABES, Kahina KACHETEL, Aurélie HUBERT, Karim WAHBI, Manuel SCHIFF, Samia PICHARD, Anais BRASSIER, Pascale DE LONLAY, Aline CANO, Alexandre FABRE, Brigitte CHABROL, Maud MICHAUD, Armelle MAGOT, Christian LAVIGNE, François MAILLOT, Claire GAY, Valérie DECOSTRE, Jean-Yves HOGREL, François PETIT, Philippe LABRUNE
00:00 - 00:00 #13441 - P584 Les aspects cliniques de la Pycnodysostose : 1ère série du service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech.
P584 Les aspects cliniques de la Pycnodysostose : 1ère série du service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech.

La pycnodysostose (OMIM : 265800) est une maladie génétique lysosomale caractérisée par une ostéosclérose du squelette, une petite taille et une fragilité osseuse. La pycnodysostose est très rare, sa prévalence exacte est inconnue mais elle est inférieure à 1/100 000. La maladie est découverte à un âge variable, allant de 9 mois à 50 ans. Elle est due à des mutations du gène de la cathepsine K (localisé en 1q21), une enzyme lysosomale secrétée par les ostéoclastes qui permet le clivage des protéines de la matrice osseuse. La transmission est autosomique récessive.

Nous rapportons dans ce travail la première série de cas de pycnodysostose colligée  au service de génétique médicale du CHU Mohammed VI de Marrakech. Tous les  patients ont été adressés  pour fragilité osseuse et retard statural. L’étude généalogique, le tableau clinique incluant une dysmorphie faciale caractéristique ainsi que le bilan radiologique  nous ont permis de retenir le diagnostic de pycnodysostose.

A travers ce travail, nous mettons en exergue le rôle du généticien dans le diagnostic et la prise en charge de cette pathologie ainsi que dans l’élaboration d’un conseil génétique adéquat.


Kenza DAFIR, Fatimazzahra BOUZID, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13449 - P585 Identification de nouveaux variants du gène NDUFS6 responsables d’un syndrome de Leigh avec déficit multiple de la chaine respiratoire mitochondriale et défaut d’assemblage du complexe I.
P585 Identification de nouveaux variants du gène NDUFS6 responsables d’un syndrome de Leigh avec déficit multiple de la chaine respiratoire mitochondriale et défaut d’assemblage du complexe I.

Le gène NDUFS6 code pour une sous-unité du complexe I de la chaine respiratoire mitochondriale. Ce complexe composé de 45 sous-unités est impliqué dans le transfert d’électrons du NADH aux autres complexes de la chaine respiratoire. A ce jour, seulement deux publications rapportent des mutations du gène NDUFS6.  Les enfants décrits sont tous décédés en période néonatale dans un contexte d’acidose lactique sévère associée à un déficit en complexe I de la chaine respiratoire. Nous rapportons 2 nouveaux variants pathogènes, un variant faux sens localisé dans le domaine zinc finger (c.343T > C, p.Cys115Arg) et un variant affectant l’épissage de l’ARNm (c.309+5G > A) chez un enfant présentant un syndrome de Leigh et un déficit multiple de la chaine respiratoire, diagnostiqué dans le Centre de Référence des Maladies Mitochondriales CALISSON, Euro-NMD.  Ce nouveau cas élargit le spectre clinique associé aux mutations du gène NDUFS6, de façon similaire à ce qui a été observé avec les mutations des autres gènes codant des sous unités du complexe I. De plus, nous montrons que ces mutations entrainent un défaut d’assemblage du complexe I, confirmant que la présence de NDUFS6 et l’intégrité du domaine zinc finger sont indispensables à un assemblage correct du complexe I.


Cécile ROUZIER (NICE), Annabelle CHAUSSENOT, Konstantina FRAGAKI, Valérie SERRE, Christian RICHELME, Gaelle AUGE, Mathieu BERTHET, Sylvie BANNWARTH, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER
00:00 - 00:00 #13450 - P586 Aspects cytogénétiques de la Leucémie aigue myéloïde: A propos de87 cas.
P586 Aspects cytogénétiques de la Leucémie aigue myéloïde: A propos de87 cas.

Introduction:

Les Leucémies Aiguës Myéloïdes (LAM) sont un groupe hétérogène d’hémopathies malignes. Elles sont caractérisées par un blocage de la différenciation et une prolifération clonale des précurseurs myéloïdes. Ces deux caractéristiques sont la conséquence de deux types de mutations; la première affecte des récepteurs à activité tyrosine kinase ou des enzymes clés de signalisation cellulaire en apportant ainsi des avantages prolifératifs, tandis que la deuxième affecte les facteurs de la transcription en induisant un blocage de la différenciation cellulaire. La principale conséquence de ces mutations est l’installation d’un tableau d’insuffisance médullaire associant une neutropénie, une anémie et une thrombopénie.

Patients et méthodes :Ce travail consisite en une étude rétrospective portant sur 87 cas de LAM adressés au service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech pour étude cytogénétique chez qui un caryotype hématologique sur moelle a été réalisé avec une culture de 17h sous colchicine, complété dans certains cas par une FISH (hybridation in situ en fluorescence)

Résultat:L’âge des patients de notre étude variait de 7 mois à 86 ans avec un âge moyen de 34,6 ans. Dans notre étude le diagnostic cytogénétique par caryotype ou FISH a permis de mettre en évidence des anomalies chromosomiques dans 56.25% des cas, dont 30% anomalies de structure  et 17.5%  anomalies de nombre. Par ailleurs, le caryotype complexe a été retrouvé dans 8.75% des cas.  Par ailleurs,  le sous-type le plus fréquent dans cette étude était la LAM4 (16.09%, N 14), suivi de la LAM1 (14.94%, N13). Tandis que le sous-type LAM5 n’a pas été retrouvé. Cependant, les LAM non classées représentent 32.18% des cas de notre série. Conclusion Nous rapportons à travers ce travail l’expérience du service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech dans le diagnostic cytogénétique des LAM et l’implication de l’équipe dans  la prise en charge multidisciplinaire de cette pathologie    


Hanane AITHAMMOU, Meriem ELQABLI, Zineb LOUT, Mariam SENNAOUI, Ali JAMAL, Mustapha DBILIG, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13451 - P587 Nouvelle mutation intronique de LRP5 responsable de l’ostéoporose idiopathique: implication de la voie de signalisation wnt non canonique.
P587 Nouvelle mutation intronique de LRP5 responsable de l’ostéoporose idiopathique: implication de la voie de signalisation wnt non canonique.

Introduction :

L’ostéoporose idiopathique du sujet jeune est une pathologie rare de déterminisme génétique fort. Trois gènes causals majeurs y sont associés dont LRP5 (MIM 166710) dont le mode de transmission est autosomique dominant. La recherche de mutation par Séquençage Nouvelle Génération (NGS) à l’aide d’un panel de gènes responsables de fragilité osseuse, a permis d’identifier, une nouvelle mutation d’épissage dans LRP5 chez 2 patients non apparentés atteints d’ostéoporose sévère. Le but de ce travail est d’étudier l’impact fonctionnel de cette mutation.

Matériels et Méthodes :

Le séquençage NGS ciblé inclut la préparation de la librairie à l’aide de réactifs Sureselect QXT (Agilent) à partir de sondes de gènes précités et un séquençage sur un Miseq (Illumina). Les données bioinformatiques ont été analysées à l’aide du logiciel SeqNext (JSI Medical Systems). Une quantification transcriptionnelle de différentes cibles a été effectuée à partir de lymphocytes immortalisées de patients et de contrôles. Les lymphocytes ont été cultivés en présence ou absence de Wnt3a pour analyser la voie de signalisation Wnt/b-caténine.

Résultats:

Le patient 1 est un homme de 40 ans présentant 2 tassements vertébraux (Z-score : -4.1 SD au rachis et - 2.6 SD au fémur) avec antécédents de fractures dans l’enfance. Le patient 2 est une femme de 50 ans a des tassements vertébraux (Z-scores : -4.9 SD au rachis et - 2.5 SD au fémur) avec antécédent de fracture de la clavicule à 14 ans. A l’aide de séquençage ciblé, une nouvelle mutation dans le site accepteur d’épissage de LRP5, c.1413-2A>G (NM_002335.3), a été identifiée chez ces 2 patients non apparentés. Le variant ségrége avec le phénotype ostéoporotique au sein de la famille du  patient 1.

L’étude fonctionnelle réalisée sur lymphocytes immortalisés montre que ce variant est responsable d’un saut de l’exon 7 de LRP5 avec présence d’un codon stop en c.1414 à l’origine d’une protéine tronquée de 472 acides aminés. En présence de Wnt3a, la mutation entraine une augmentation de la transcription de l’AXIN2 indiquant l’activation de la voie canonique de la b-caténine. Parallèlement, l’expression du récepteur ROR2, un acteur de la voie wnt non canonique, est fortement diminuée. Ceci est associé à une diminution du ratio d’expression de RANKL/OPG. L’ensemble de ces résultats suggèrent l’existence d’une voie de signalisation non canonique alternative à celle de la voie canonique de Wnt.

Discussion:  

Cette étude confirme l’effet pathogène d’une nouvelle mutation intronique du gène LRP5 c.1413-2A>G. Elle indique une interaction entre les voies de signalisation wnt canonique et non canonique.

Conclusion: 

Des mutations de LRP5 semblent moduler la formation osseuse indépendamment de la voie canonique de Wnt.


Corinne COLLET (PARIS), Eric HAŸ, Manon RICQUEBOURG, Thomas FUNCK-BRENTANO, Martine COHEN-SOLAL
00:00 - 00:00 #13460 - P588 Identification de deux changements nucléotidiques au niveau du gène MT-ND1 chez des patients atteints de myopathies mitochondriales.
P588 Identification de deux changements nucléotidiques au niveau du gène MT-ND1 chez des patients atteints de myopathies mitochondriales.

Les myopathies mitochondriales regroupent de nombreuses affections héréditaires qui résultent d’un dysfonctionnement du métabolisme énergétique mitochondrial touchant en particulier les complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale. Des mutations au niveau des gènes mitochondriaux ou nucléaires impliqués dans la chaîne respiratoire sont responsables de ces maladies.

L’objectif de ce travail est de chercher des mutations et/ou des polymorphismes au niveau des gènes mitochondriaux ARNtLeu et MT-ND1 chez deux patients atteints de myopathies mitochondriales. Cette recherche a été réalisée par le séquençage direct de ces gènes.

Le séquençage du gène codant l’ARNtLeu avec les séquences flanquantes couvrant une région du gène de l’ARNr16S et une autre du gène codant la sous-unité 1 du complexe 1 de la chaine respiratoire mitochondriale (MT-ND1) a montré la présence d’une transition T3308C (m.3308 T > C) au niveau du gène MT-ND1 chez un patient. Ce changement nucléotidique entraine la substitution de l’acide aminé Méthionine en Thréonine au niveau de la position 1 de la protéine de la sous-unité 1 de la NADH déshydrogénase mitochondriale (p.M1T).

L’alignement de la séquence en acide aminée de la protéine de la sous-unité 1 de la NADH déshydrogénase mitochondriale chez plusieurs espèces a montré que ce changement nucléotidique est situé dans une région hautement conservée.

De plus, une transition A3384G (m.3384 A > G) a été détectée au niveau du gène MT-ND1 chez un deuxième patient. Cette transition ne provoque pas un changement au niveau de la séquence des acides aminés à la position 26 de la protéine (p.K26K).

Le séquençage des gènes codant l’ARNtLeu et l’ARNr16S n’a montré aucun changement nucléotidique chez les patients étudiés.

En conclusion, cette étude a permis d’identifier deux changements nucléotidiques décrits au niveau du gène MT-ND1 chez deux patients atteints de myopathies mitochondriales.


Raouia GHORBEL (Sfax, Tunisie), Rania GHORBEL, Chahnez TRIKI, Mongia HACHICHA, Leila AMMAR-KESKES, Faiza FAKHFAKH
00:00 - 00:00 #13465 - P589 Etude sur 23 ans du devenir cognitif de 72 patients phénylcétonuriques dépistés en période néonatale.
P589 Etude sur 23 ans du devenir cognitif de 72 patients phénylcétonuriques dépistés en période néonatale.

Phenylketonuria (PKU) is a recessively inherited disorder of phenylalanine catabolism (MIM #261600), which is efficiently treated thanks to a protein-restricted diet and/or cofactor (tetrahydrobiopterin, BH4) supplementation. Recently, cognitive suboptimal outcome in appropriately treated adults pointed out the necessity of maintaining diet rules in adulthood.
Materials and Methods: 72 PKU patients diagnosed, followed-up and treated with low-protein diet and/or BH4 supplementation since screening in the newborn period underwent four neuropsychological evaluations from age 2-4 years to late childhood (15-16 years of age), performed by the same trained neuropsychologist. Traditional PKU classification was used to include the patients into 2 groups: Classical PKU patients defined by phenylalanine (Phe) blood levels at screening greater than 1200 µmol/L (20 mg/dL); moderate PKU patients (600-1200 µmol/L). Mild hyperphenylalaninemia patients (300-600 µmol/L) were excluded. Chronological evolution of cognitive functions are described and compared between classical and moderate PKU patients.
Results: cognitive functions showed a subtle impairment in performance IQ compared to verbal IQ in PKU patients irrespectively of the clinical form. When compared, moderate and classical PKU patients displayed significant different features. Moderate and classical PKU patients both had normal IQ, although IQ of moderate PKU patients was significantly higher than IQ of classical PKU patients both for global IQ (107 vs 90 p = 0.0014) and verbal IQ (115 vs 96 p = 0.0002), independent from diet compliance. For the sole classical patients, there was a trend to a decrease of IQ with time.
Conclusions: Our data provide longitudinal extensive neurocognitive characterisation of a cohort of 72 PKU patients evaluated by the same neuropsychologist over a 23-year period.


Yvan HERENGER (TOURS), Emmanuelle MAES, Laurent FRANCOIS, Samia PICHARD, Helene OGIER DE BAULNY, Manuel SCHIFF
00:00 - 00:00 #13476 - P590 Etude moléculaire du gène DMD par PCR multiplex : Première série du service de génétique du CHU Mohammed VI-Marrakech.
P590 Etude moléculaire du gène DMD par PCR multiplex : Première série du service de génétique du CHU Mohammed VI-Marrakech.

La dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) est la maladie neuromusculaire génétique la plus fréquente chez l'homme avec une incidence de 1 sur 3500 à 6000 naissances vivantes masculines. Il s'agit d’une pathologie de transmission récessive liée à l'X résultant d'un défaut du gène de la dystrophine situé sur Xp21.2. Les délétions du gène de la dystrophine représentent 65% des mutations chez les patients atteints de DMD.

Dans ce travail, nous rapportons les résultats de l’étude moléculaire du gène DMD par PCR multiplex  chez la première série de  patients adressés au service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech pour une étude moléculaire.

La PCR multiplex a confirmé le diagnostic chez 10 patients. Parmi les  10 délétions détectées, 70% siègent dans les deux régions connues des zones chaudes avec respectivement 57% au niveau de la partie centrale du gène et 43% au niveau de l’extrémité 5’. Par ailleurs, des délétions des exons17, 43 et 50 ont été retrouvées dans notre série.  Ces résultats sont comparables à ceux rapportés dans d'autres études.


Meriem ELQABLI, Maria MANSOURI, Kenza DAFIR, Fatimazzahra BOUZID, Hassan AKALLAKH, Nisrine ABOUSSAIR (Marrakech, Maroc)
00:00 - 00:00 #13491 - P591 Ataxies spino-cérébelleuses : la place des biomarqueurs à l’aube des essais cliniques.
P591 Ataxies spino-cérébelleuses : la place des biomarqueurs à l’aube des essais cliniques.

Les ataxies spinocérébelleuses (ASC) de types 1, 2, 3 et 7 sont des maladies neurodégénératives autosomiques dominantes par expansions de triplets CAG. Elles sont responsables de syndromes cérébelleux mais également d’atteintes pyramidale, neuropathique et extrapyramidale. Les patients ASC7 présentent par ailleurs une dégénérescence rétinienne, et parfois une cardiopathie, évocatrices d’une dysfonction mitochondriale. Les avancées de la thérapie génique dans les ASC laissent entrevoir les premiers essais cliniques prochainement. Les scores cliniques (SARA et CCFS) sont largement utilisés pour évaluer la dysfonction clinique des patients mais leur taille d’effet est insuffisante pour les essais cliniques en raison du nombre de patients qu’il serait nécessaire d’inclure. D'autre part, les scores cliniques ne pourront, par définition, pas être utilisés chez les individus présymptomatiques. Il est donc indispensable d’identifier des marqueurs robuste de progression de la maladie avec une taille d’effet importante.

Nous avons mené une large étude longitudinale sur 2 ans auprès d’une cohorte de patients atteints de ASC1 (n = 15), ASC2 (n = 12), ASC3 (n = 20) et ASC7 (n = 10) et 24 témoins d'âge, de sexe et d'indice de masse corporelle comparables. En dehors des évaluations cliniques, nous avons développé des nouveaux outils d’étude du volume cérébral, notamment le cervelet et le pont, et des faisceaux de fibres – en tenant compte de leur croisement – permettant de quantifier leur diamètre et leur densité. Nous avons également réalisé des études métabolomiques et lipidomiques à partir du plasma des patients et des témoins.

Comparativement aux témoins, sur deux ans nous avons observé chez les patients (i) une aggravation clinique significative, (ii) une majoration significative de l’atrophie du cervelet et du pont, et (iii) une atteinte des fibres du circuit cortico-spinal à la fois dans leur diamètre et leur densité. Plus particulièrement, les tailles d’effet des paramètres d’imagerie se sont avérés deux à trois plus importantes que les scores cliniques. Les études métabolomiques ont par ailleurs permis d’identifier des anomalies du métabolisme de la kynurénine chez les patients atteints de ASC7 – à considérer dans le cadre de leur atteinte mitochondriale. Grâce à l’intégration multimodale de ces données par des approches multi-blocs, nous sommes en mesure d’évaluer les variables ayant le plus de poids dans l’évolution de la maladie.

En conclusion, nous recommandons dès à présent l’utilisation des marqueurs d’imagerie mis en évidence par volumétrie et analyse de fibres dans les essais de thérapie génétique à venir chez les patients atteints d'ASC. L’utilisation d’outils innovants d’intégration de différentes modalités peut également permettre d’établir un modèle de la pathologie au cours du temps.


Isaac ADANYEGUH, Perlbarg VINCENT, Farid ICHOU, Elodie PETIT, Pierre-Gilles HENRY, Ivan MOSZER, Alexis BRICE, Arthur TENENHAUS, Alexandra DURR, Fanny MOCHEL (PARIS)
00:00 - 00:00 #13492 - P592 Angioedème héréditaire avec déficit en C1 inhibiteur : cohorte française de 184 mutations SERPING1 dans 317 familles.
P592 Angioedème héréditaire avec déficit en C1 inhibiteur : cohorte française de 184 mutations SERPING1 dans 317 familles.

Hereditary angioedema with C1 Inhibitor deficiency (C1-INH-HAE) is a rare autosomal dominant disease caused by mutations in the SERPING1 gene. C1 Inhibitor (C1Inh) deficiency leads to uncontrolled contact-phase activation, with subsequent generation of the vasoactive peptide bradykinin. Patients present with non-pruritic, subcutaneous and submucosal episodes of localized swelling in the extremities, face, gut or upper airways. Larynx oedema due to upper respiratory mucosa involvement can lead to fatal asphyxia.  

We report on the genetic analysis of a French cohort of 526 patients from 317 unrelated families with a clinical and biological diagnosis of C1-INH-HAE. Patients were recruited via the French Reference Centre for Kinin Angioedema (CREAK). Direct Sanger sequencing and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification was performed after C1Inh activity was reported altered, and we could identify a causative SERPING1 gene variant in 90 % of the patients.

A total of 184 distinct variants in the SERPING1 gene were identified, including 105 novel variants, with 40 % of missense variants, 32.7 % of nonsense or frameshift variants, 13.2 % of large deletions/insertions, 10.8 % of splice defects and 3.1 % of short in frame deletions/insertions. In 15 patients, a de novo mutation was confirmed by a segregation analysis. Two patients with a variation on each SERPING1 allele were diagnosed, one homozygous and a compound heterozygous. Notably, eight likely pathogenic mutations were found in intron 1, highlighting the importance of sequencing the non-coding exon 1 and exon 2 boundaries.

On the basis of an estimated prevalence of 1:50 000, this cohort would represents 39 % of the carriers patients in France. However, the presence of three of the reported variants in the gnomAD database set the higher estimation of the prevalence to 1:15 000. Because the penetrance of the disease is probably lower than estimated, many patients might be underdiagnosed. Molecular diagnosis, rather than only C1Inh assay, should be more systematically undertook to improve family screening of C1-INH-HAE.


Gaëlle HARDY (GRENOBLE), Denise PONARD, Federica DEFENDI, Joël LUNARDI, Centre De Référence Des Angioedèmes À Kinines CREAK, Christian DROUET, Julien FAURÉ
00:00 - 00:00 #13493 - P593 Diagnostic génétique de la fièvre méditerranéenne familiale:à propos de 44 cas.
P593 Diagnostic génétique de la fièvre méditerranéenne familiale:à propos de 44 cas.

Introduction:

La maladie périodique (fièvre familiale méditerranéenne) est une maladie héréditaire, à transmission autosomique récessive, faisant partie des maladies auto-inflammatoires. Elle est caractérisée par des épisodes récidivants, de courte durée (en moyenne 24 à 72 heures) et de résolution spontanée, comportant de la fièvre et l’inflammation d’une séreuse. Le gène responsable de la fièvre familiale méditerranéenne, appelée MEFV, est situé sur le chromosome 16 (16p13) et code pour la protéine pyrine-marénostrine.La complication la plus sévère à long terme est l’amylose AA qui atteint surtout les reins et peut entraîner une insuffisance rénale chronique.

Materiels et methodes :

Quarante quatre malades appartenant à trente sept familles d’origines diverses ont été étudiés.

Les mutations du gène MEFV ont été cherchées par séquençage classique de l’exon 2 et 10 chez tous les malades.

Résultats :

Une mutation a été détecté chez 16 patient (36 %) et aucune mutation n’a été détecté chez 28 patients ( 64%).

Conclusion :

L’analyse moléculaire du gène MEFV permet de faire un diagnostic direct chez des patients présentant des signes évocateurs de FMF, facilitant la mise en place d’un traitement approprié. Les tests génétiques complètent donc utilement le diagnostic clinique, qui reste un diagnostic d’exclusion.Les analyses moléculaires ne rendent compte de la maladie que chez un nombre limité de patients, ce qui pose la question de l’implication d’autres gènes dans ces affections.


Mohamed AHAKOUD (Fez, Maroc), Oussama KETTANI, Said TRHANINT, Ihsane EL OTMANI, Hanane SAYEL, Meriame ABBASSI, Mody DIOP, Hanane BAYBAY, Fatima Zahra MERNISSI, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13495 - P594 DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DU GENE XPC CHEZ UNE POPULATION MAROCAINE ATTEINTE DE XERODERMA PIGMENTOSUM: A PROPOS DE 11CAS.
P594 DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DU GENE XPC CHEZ UNE POPULATION MAROCAINE ATTEINTE DE XERODERMA PIGMENTOSUM: A PROPOS DE 11CAS.

Le Xeroderma Pigmentosum (XP), est une maladie  autosomique récessive rare dont la prévalence est d’environ 1 sur 1 million aux USA et en Europe et peut atteindre 1 sur 100 000 en Afrique du Nord, Elle est caractérisée par une sensibilité accrue aux UV et à la lumière du soleil. Sans une photoprotection totale et efficace, les malades subissent un vieillissement accéléré de la peau, des brulures, des troubles de la pigmentation et le développent inévitable de lésions des yeux et de la peau pouvant conduire à de multiples cancers cutanéomuqueux. Sa transmission sur le mode autosomique récessive explique sa relative fréquence dans les pays où la consanguinité est élevée et la taille des familles est grande, comme les pays du Maghreb.

Actuellement, sept groupes génétiques de XP (classés de A à G) ont été identifiés, en plus du XP variant, ces groupes dites de complémentarité diffèrent par le gène impliqué, la sévérité et l’âge d’apparition des différents symptômes. Le type XPC connu comme étant le plus fréquent, est caractérisé par les signes cutanés et oculaires les plus sévères qui apparaissent au cours de la petite enfance, les patients ne développent aucun trouble neurologique.

Matériels et méthodes

L’analyse moléculaire réalisée chez 11 patients XPC, a ciblé en premier lieu la recherche de la mutation 1643-1644delTG localisée au niveau de l’exon 9 du gène XPC, pour laquelle l’effet fondateur a été décrit dans la région du Nord Afrique.

Résultats

L’étude préliminaire réalisée, a montré que 72,74% des patients XPC sont porteurs de cette mutation. Depuis, on a pu élargir la population d’étude on recrutant des nouveau cas.

Conclusion

La recherche d’autres mutations sur les gènes XP permettra de faciliter le diagnostic et va aider les cliniciens à offrir aux patients et à leurs familles un conseil génétique adéquat.


Meriame ABBASSI (fès, Maroc), Hanane SAYEL, Mohammed AHAKOUD, Oussama KETTANI, Mody DIOP, Said TRANINT, Ihssane EL OTMANI, Hanane BAYBAY, Fatima-Zahra MERNISSI, Karim OULDIM, Laila BOUGUENOUCH
00:00 - 00:00 #13509 - P595 Séquençage exome entier en deuxième intention dans un contexte clinique de suspicion de myopathie héréditaire à inclusions GNE-négative : récapitulatif de la cohorte française.
P595 Séquençage exome entier en deuxième intention dans un contexte clinique de suspicion de myopathie héréditaire à inclusions GNE-négative : récapitulatif de la cohorte française.

La transition technologique des analyses ciblées par séquençage Sanger vers les analyses par séquençage à haut débit dans le domaine des myopathies a permis ces dernières années le développement de stratégies diagnostiques adaptées à ces pathologies hétérogènes. Parmi celles-ci, les myopathies héréditaires à inclusions (hIBM) constituent un groupe particulièrement difficile à appréhender de part l’importante hétérogénéité clinique et génétique impliquant notamment les gènes DES, VCP, MYH2 ou encore GNE. Dans le cadre de la Filière de Soins des Maladies Rares Neuromusculaires FILNEMUS, un travail d’homogénéisation des analyses par NGS en première intention a récemment été finalisé. Néanmoins, les files actives de patients actuelles comportent encore en grande partie des situations pour lesquelles un ou plusieurs gènes avaient été analysés par approche classique en Sanger, mais sans diagnostic génétique précis établi, justifiant ainsi la réalisation d’analyses par NGS en deuxième intention.

Nous rapportons notre expérience au sein du Département de Génétique Médicale en tant que laboratoire national de références pour la forme la plus fréquente d’hIBM, les myopathies héréditaires à inclusions autosomiques récessives causées par des mutations du gène GNE (IBM2). Au cours des dernières années, parmi les 179 patients inclus pour une analyse ciblée par séquençage Sanger du gène GNE, un diagnostic moléculaire n’a pu être établi que pour seulement 20% des patients. Nous avons donc sélectionné 20 cas index parmi les patients sans confirmation diagnostique génétique par l’approche initiale ciblant le gène GNE pour évaluer les performances d’une approche par séquençage exome entier en deuxième intention. Ceci nous a permis d’établir un diagnostic de certitude dans 35% des cas (7 patients) permettant d’envisager par extrapolation un diagnostic de première intention par cette approche NGS d’environ 50% des cas. De plus, cette approche de séquençage a couvert un large spectre diagnostique, comprenant les gènes impliqués dans les différentes formes d’hIBM (avec l’identification de variants délétères dans les gènes VCP, MYH2 et DES), ainsi que des gènes majeurs à considérer pour le diagnostic différentiel, actuellement peu étudiés en routine comme par exemple les gènes FLNC et TTN. L’analyse large en deuxième intention a par ailleurs démontré son utilité pour établir un diagnostic moléculaire pour des situations cliniques peu spécifiques ou atypiques, parfois des années après le diagnostic clinique initial, avec notamment la première caractérisation clinique avec présentation distale de myopathie à polyglucosans associée au gène GYG1. Notre expérience souligne l’importance d’une systématisation des analyses NGS de première intention pour les myopathies héréditaires à inclusions, ainsi que l’intérêt d’analyses larges, en particulier par séquençage exome entier, en deuxième intention.


Mathieu CERINO (MARSEILLE), Svetlana GOROKHOVA, Pascal LAFORÊT, Rabah BEN YAOU, Emmanuelle SALORT-CAMPANA, Jean POUGET, Shahram ATTARIAN, Bruno EYMARD, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND, Anthony BÉHIN, Tanya STOJKOVIC, Gisèle BONNE, Nicolas LÉVY, Marc BARTOLI, Martin KRAHN
00:00 - 00:00 #13511 - P596 Maladie de Wilson : Résultat de la première enquête génétique menée chez une famille algérienne.
P596 Maladie de Wilson : Résultat de la première enquête génétique menée chez une famille algérienne.

La maladie de Wilson est une maladie génétique transmise selon un mode autosomale récessif, elle est due à une accumulation de cuivre dans l’organisme, essentiellement dans le foie et le système nerveux central.

L’évolution de la maladie de Wilson, non reconnue à temps est sévère et spontanément mortelle, dans un tableau d’insuffisance hépatocellulaire sévère.

Cette pathologie est due à une anomalie de transporteur de cuivre, codé par le gène l’ATP7B, situé sur le chromosome 13, et comprenant 21 exons.

Le diagnostic biologique de cette affection est biochimique, en explorant le métabolisme du cuivre au niveau sanguin et urinaire (Céruloplasmine, Cuprémie, Cuprurie), et plus rarement par détermination du cuivre intra-hépatique.

Un diagnostic moléculaire est secondairement proposé aux familles par étude du gène ATP7B.

La famille C.K issue d’un mariage consanguin de premier degré, composée de deux garçons et trois filles, se présente au laboratoire pour suspicion de maladie de Wilson chez un garçon, l’anamnèse révèle le décès de la maman dans un tableau d’insuffisance hépato-cellulaire. Le bilan cuprique confirme la maladie de wilson. Le malade décède quelques mois suivant le diagnostic. Une étude génétique complète est réalisée nous permettant d’identifier avec exactitude le statut de chaque membre de la famille. Cette enquête a révélé que le second frère ainsi que la sœur la plus âgée portaient la mutation à l’état homozygote, ce qui a permis d’instaurer le traitement alors qu’ils étaient asymptomatiques. Les deux autres filles étaient hétérozygotes.

L’enquête a était élargi, en étudiant la branche paternelle, ce qui a permis d’identifier 2 cousins germains porteurs de l’anomalie moléculaire.

Cette étude préliminaire en Algérie nous a permis de proposer un conseil génétique systématique à l’ensemble des familles de patients wilsons, représentant le moyen unique permettant de différencier entre un patient asymptomatique et un hétérozygote.


Siham HALLAL (Alger, Algérie), Lyès YARGUI
00:00 - 00:00 #13513 - P597 Diagnostic des Amyotrophies spinales : Bilan de 7 années de pratique.
P597 Diagnostic des Amyotrophies spinales : Bilan de 7 années de pratique.

Les amyotrophies spinales sont des maladies neuromusculaires autosomiques récessives, caractérisées  par une dégénérescence des motoneurones associée à une paralysie et à une atrophie musculaire.

Selon l'âge du début et l'évolution de la maladie, on distingue 3 types d’amyotrophie spinale infantile: la forme sévère ou type 1 (maladie de Werdnig-Hoffman), la forme intermédiaire ou type II et la forme la moins sévère ou type III (maladie de Kugelberg-welander).

Le diagnostic de certitude de cette affection repose sur des techniques de biologie moléculaire.  En effet, les amyotrophies spinales infantiles résultent, dans plus de 95% des cas, d'une délétion homozygote de l'exon 7 du gène SMN1 localisé en 5q13. La mise en évidence de cette délétion est réalisée  par  Amplification-Digestion enzymatique, en créant un site artificiel de restriction pour l'enzyme Dra I (ACRS : artificial created restriction site), Cette technique validée dans notre laboratoire depuis plusieurs années nous permet de prendre en charge les différentes demandes émanant du territoire national (neurologues, pédiatres).

La réalisation de ce travail sur une période de 7 années nous a permis de mettre en évidence plus de 60 cas positifs sur un total de 115 par ans, avec une prédominance de la maladie dans sa forme la plus sévère.                                                                                             

   Ce chiffre démontre la fréquence de cette maladie dans notre population, et nous oblige à compléter notre démarche diagnostique par la réalisation du nombre de copie du gène SMN2, l’unique argument  pronostic de la pathologie.


Siham HALLAL (Alger, Algérie), Lyès YARGUI

"Mardi 23 janvier"

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00:00 - 00:00 #12525 - P598 Microdélétion Interstitielle de Novo en 20q13.13 associée au Syndrome de Helsmoortel-van der Aa.
Microdélétion Interstitielle de Novo en 20q13.13 associée au Syndrome de Helsmoortel-van der Aa.

Le syndrome d’Helsmoortel-van der Aa (syndrome de SWI/SNF autism-related ou d’ADNP) est une maladie monogénique de transmission autosomique dominante causée par des mutations de novo du gène ADNP. Le tableau clinique des patients se caractérise par des troubles autistiques syndromiques associés à une déficience intellectuelle légère à sévère et à une dysmorphie faciale caractéristique. Ce tableau est lié à des mutations ponctuelles de gain de fonction localisées dans le dernier exon du gène ADNP et aucune délétion n’a été rapportée à ce jour. Nous présentons ici le premier cas d’un enfant âgé de trois ans et dix mois adressé pour un tableau clinique évoquant un syndrome d’Helsmoortel-van der Aa associant une déficience intellectuelle, des traits autistiques, une dysmorphie faciale, une hyperlaxité, des troubles de l’humeur et du comportement et une constipation chronique sévère. Une puce CGH-array 60K a identifié une délétion interstitielle d’une taille minimale de 63 kb en 20q13.13 emportant les deux gènes ADNP et DPM1. Ce résultat indique que l’haploinsuffisance du gène ADNP est associée au syndrome d’Helsmoortel-van der Aa et confirme l’importance des techniques d’analyse chromosomique sur puces d’ADN en routine diagnostique chez des sujets atteints de déficience intellectuelle inexpliquée et/ou d’autisme.


Minh-Tuan HUYNH (Montivilliers), Elise BOUDRY-LABIS, Alfred MASSARD, Bénédicte DUBAN-BEDU, Catherine VINCENT-DELORME
00:00 - 00:00 #12540 - P600 Les mutations bi-alléliques du gène KLHL7 sont responsables d’un syndrome Bohring-Opitz-like.
Les mutations bi-alléliques du gène KLHL7 sont responsables d’un syndrome Bohring-Opitz-like.

Des mutations bi-alléliques du gène KLHL7 ont récemment été identifiées dans cinq familles avec un diagnostic de  syndrome Crisponi. Le syndrome Crisponi est caractérisé par des contractions musculaires sévères, une hyperthermie, des  difficultés respiratoires ainsi que des anomalies faciales et des extrémités.

Dans cette étude, nous rapportons six nouveaux cas issus de quatre familles distinctes, suspects d’un syndrome de Bohring-Opitz, classiquement causé par des mutations hétérozygotes du gène ASXL1. Ils présentent une microcéphalie (6/6), une dysmorphie faciale incluant notamment une exophtalmie (6/6), un hypertélorisme (6/6) et un naevus flammeus (5/6), ainsi que des malformations cérébrales (6/6) et des déformations des coudes en flexion et des poignets associées à une camptodactylie (6/6). Les premiers mois de vie sont marqués par des difficultés alimentaires, une épilepsie, et des infections pulmonaires sévères et récurrentes. Chez ces six cas, le séquençage haut débit d’exome n’a pas identifié de variation du gène ASXL1 mais des variations pathogènes récessives du gène KLHL7. Ce gène code pour une protéine de la superfamille BTB-Kelch, impliquée dans le cycle cellulaire et la dégradation de protéines par ubiquitylation via le protéasome. De plus, KLHL7 semble être impliqué dans la régulation de l’expression des gènes par le biais de son interaction avec le complexe Polycomb PRC1 (Polycomb Repressive Complex 1).  Ce complexe interagit avec la protéine ASXL1 capable de reconnaître des marques épigénétiques spécifiques et d’induire l’ubiquitylation de la lysine 119 de l’histone H2A, verrouillant la chromatine et réprimant  la transcription loco-régionale. 

En conclusion, cette étude permet d’étendre le spectre clinique des variations récessives du gène KLHL7, initialement connu comme responsable du syndrome de Crisponi, à un nouveau syndrome dont le phénotype décrit, chevauche avec le syndrome de Bohring-Opitz et pourrait s’avérer secondaire à des anomalies de la régulation chromatinienne.


Ange-Line BRUEL (DIJON), Stefania BIGONI, Joanna KENNEDY, Margo WHITEFORD, Chris BUXTON, Giulia PARMEGGIANI, Matt WHERLOCK, Geoff WOODWARD, Mark GREENSLADE, Maggie WILLIAMS, Judith ST-ONGE, Alessandra FERLINI, Gianpaolo GARANI, Elisa BALLARDINI, Christian GILISSEN, Bregje VAN BON, Rocio ACUNA-HILDAGO, Axel BOHRING, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Han G BRUNNER, Alexander HOISCHEN, Ruth NEWBURY-ECOB, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Julien THEVENON
00:00 - 00:00 #12541 - P601 La sous expression constitutive de BCL2 aggrave le phénotype d’une polykystose rénale induite par une mutation dans le gène PKD1.
La sous expression constitutive de BCL2 aggrave le phénotype d’une polykystose rénale induite par une mutation dans le gène PKD1.

La fonction principale de la protéine BCL2 est de prévenir la mort cellulaire par apoptose. Les souris KO pour Bcl2 présentent un retard de croissance, une polykysotse rénale (PKR) sévère, des cheveux gris, une lymphopénie et meurent peu de temps après la naissance. Un homme de 40 ans nous a été adressé pour dissections abdominale et thoracique associées à un anévrisme aortique, une PKR, une lymphocytopénie avec un épisode de lymphome T dans l’enfance, des difficultés d’apprentissage et des cheveux blancs depuis l’âge de 20 ans, phénotype très proche de celui de la souris Bcl2-/-. Une mutation dans le gène PKD1 a été détectée, héritée du père, et est également présente chez la sœur, tous deux présentent une PKR classique, mais qui ne peut expliquer la totalité du phénotype du patient. La comparaison des niveaux d’expression de BCL2 (ARNm et protéine) entre les parents, la sœur et le patient montre une diminution très importante de BCL2 dans les lymphocytes T du patient ainsi que dans les cellules vasculaires de sa paroi aortique. L’apoptose spontanée des lymphocytes T du patient est augmentée et peut être prévenue par stimulation avec un anticorps anti-CD3. Le séquençage direct des exons de BCL2, de son promoteur, de la région 3’UTR  ainsi que le séquençage de son ARNm n’a pas permis d’identifier un variant pathogénique. La CGH-array était aussi normale. Enfin le séquençage de l’exome du patient, de ses parents et de sa sœur n’a pas non plus permis de détecter de variants significatifs dans des gènes codant pour des protéines interagissant avec BCL2. L’étude des miRNA a montré une augmentation d’expression du miR-181a, régulateur connu de l’expression de BCL2. Tous ces résultats suggèrent que la diminution d’expression de BCL2, dépendante de l’augmentation du miR-181a peut être le facteur clé aggravant le phénotype engendré par une mutation de PKD1.


Laurence DUPLOMB (DIJON), Nathalie DROIN, Olivier BOUCHOT, Christel THAUVIN, Ange-Line BRUEL, Julien THEVENON, Patrick CALLIER, Guillaume MEURICE, Noémie PATA-MERCI, Romaric LOFFROY, David VANDROUX, Romain DA COSTA, Virginie CARMIGNAC, Eric SOLARY, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12575 - P602 Extension du spectre phénotypique d’ALDH18A1 vers une forme fœtale sévère avec cutis laxa et agénésie du corps calleux.
Extension du spectre phénotypique d’ALDH18A1 vers une forme fœtale sévère avec cutis laxa et agénésie du corps calleux.

ALDH18A1 code pour la delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthetase (P5CS) qui catalyse les premières étapes de la synthèse de la proline, de l’ornithine et de l’arginine. Cette protéine est composée de 2 domaines, un domaine glutamate 5-kinase (G5K) responsable de la synthèse du L-glutamate-5-phosphate à partir du L-glutamate et un domaine glutamate-5-phosphate reductase (G5PR)  responsable de la synthèse du L-glutamate-5-semialdehyde à partir du L-glutamate-5-phospate. Des variations du gène ALDH18A1 ont été rapportées dans des paraplégies spastiques (avec une forme autosomique dominante et une forme autosomique récessive) et dans des cutis laxa (autosomiques dominants et autosomiques récessifs).

Par séquençage haut débit d’exome dans une cohorte de fœtus polymalformés sans orientation étiologique (FOETEX), nous avons identifié deux variations hétérozygotes composites du gène ALDH18A1 (p.Arg425Cys et p.Lys59Asnfs*9) chez un fœtus présentant une agénésie du corps calleux (ACC) associée à un cutis laxa, un retard de croissance intra-utérin, une dysmorphie faciale, une hypoplasie cérébelleuse et des anomalies osseuses. Ces variations affectent conjointement les deux domaines protéiques G5K et G5PR. Des variations pathogènes du gène ALDH18A1 ont été rapportées dans différentes pathologies incluant en particulier le cutis laxa autosomique récessif de type IIIA caractérisé par un cutis laxa, une hypotrophie, une épilepsie ou un retard psychomoteur et des malformations congénitales multiples (cardiopathie, pyelectasie). A ce jour, 12 variations pathogènes du gène ALDH18A1 ont été associées à ce phénotype, principalement des faux-sens affectant uniquement l’un des 2 domaines de la protéine. Nos données élargissent le spectre clinique de cette entité à des formes prénatales particulièrement sévères avec ACC, hypoplasie cérébelleuse, et retard de giration, associés pour la première fois à des variations affectant les deux domaines protéiques.


Mathilde LEFEBVRE (Paris), Anne-Marie BEAUFRERE, Christine FRANCANNET, Helene LAURICHESSE, Poe CHARLOTTE, Jouan THIBAUD, Baptiste TROUDE, Pierre DECHELOTTE, Pierre VABRES, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Julien THEVENON, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #12598 - P603 Quand le séquençage d’exome clinique solo échoue: Valeur ajoutée du séquençage des parents pour une réinterprétation en trio, vers l’identification de nouveaux gènes responsables d’anomalies du développement.
Quand le séquençage d’exome clinique solo échoue: Valeur ajoutée du séquençage des parents pour une réinterprétation en trio, vers l’identification de nouveaux gènes responsables d’anomalies du développement.

La déficience intellectuelle (DI) et les anomalies du développement (AD) sont des pathologies fréquentes affectant environ 1-3% de la population. Les causes sont multiples, dont 80% sont d’origine génétique, incluant principalement des anomalies chromosomiques et des variations nucléotidiques. En France, le diagnostic repose sur l’expertise clinique, l’utilisation de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), la recherche du syndrome X-fragile ± l’étude de gènes/panels ciblés orientés en fonction des données cliniques et/ou généalogiques. Si l’expertise clinique ne permet pas de cibler l’étude d’un gène en particulier, il est estimé que ces différents outils aboutissent actuellement à un diagnostic étiologique chez seulement 20% des patients. Grâce aux techniques de séquençage haut débit, la génétique connaît un véritable bouleversement technologique. Le séquençage d’exome (WES) solo ciblée sur les gènes impliqués en pathologie humaine (OMIM) a été rapporté par plusieurs équipes internationales comme efficace pour identifier de nombreuses anomalies moléculaires causales de DI/AD.

Depuis 2013, notre équipe a implanté l’analyse clinique (restreinte aux gènes OMIM) de WES-solo au service des patients atteints de maladies rares avec DI et/ou AD. A ce jour, chez plus de 700 patients avec ACPA normale, notre taux diagnostic global est de 27%, s’élevant à 31% avec une analyse recherche complémentaire étendue à l’ensemble des gènes.

Chez 46 patients sélectionnés sur la sévérité de leur présentation clinique mais avec un WES-solo négatif, nous avons secondairement réalisé le WES des parents pour réanalyse des données de WES du cas index en trio. Chez 10/46 patients (21.7%), cette réanalyse a permis d’identifier 8 nouveaux gènes candidats conduisant à initier ou intégrer un projet collaboratif de description clinico-biologique et des variations causales dans 2 gènes OMIM, le premier récemment référencé dans l’intervalle entre l’analyse solo et la réanalyse trio (PPM1D) et le second avec une forme autosomique récessive non décrite dans OMIM et plus sévère que la forme dominante déjà référencée (TOR1A).  Parmi ces gènes, 7 comportaient des variations tronquantes (HNRNPR, IRF2BPL, KMT5B, PPM1D, PTBP1, SPEN, TOR1A) et 3 des variations faux-sens hétérozygotes (KCNMA1, RALGAPB, TRAF7). L’analyse en trio n’a pas trouvé de variation causale dans un gène OMIM, que l’analyse initiale en solo aurait manqué.

En conclusion, l’analyse clinique du WES-solo représente une stratégie intéressante en diagnostic dans des maladies rares génétiquement hétérogènes. La stratégie d’analyse WES-trio en un second temps permet d’accélérer la recherche translationnelle et d’identifier de nouveaux gènes responsables de DI/AD par une sélection rapide des variations candidates en fonction des différents modes d’hérédité. Alors que le séquençage du génome complet devrait augmenter le rendement diagnostique, il reste encore un espace à combler dans l’interprétation du WES.


Frédéric TRAN (Dijon), Sebastien MOUTTON, Antonio VITOBELLO, Ange-Line BRUEL, Nolwenn JEAN, Daphne LEHALLE, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Genevieve BAUJAT, Sophie NAMBOT, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Mathilde LEFEVBRE, Mirna ASSOUM, Virginie CARMIGNAC, Pierre VARBRES, Arthur SORLIN, Alice MASUREL, Emilie TISSERANT, Nada HOUCINAT, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN
00:00 - 00:00 #12624 - P604 Le syndrome de Noonan, une cause sous-estimée de surdité de perception. Quelles conséquences pour la prise en charge ?
Le syndrome de Noonan, une cause sous-estimée de surdité de perception. Quelles conséquences pour la prise en charge ?

Le syndrome de Noonan est unne pathologie génétique fréquente mais de diagnostic parfois difficile du fait de la variabilité des symtômes et de l’hétérogénité génétique. En raison d’un risque accru d’otites, une surdité de transmission est très fréquemment retrouvé chez les patients atteints de ce syndrome. Cependant, une dizaine de patients ayant une surdité de perception lié à ce syndrome ont été rapportées. Nous décrivons le phénotype de 5 patients ayant un Syndrome de Noonan confirmé moléculairement et une surdité de perception. Le caractère potentiellement progressif de la surdité doit inciter à contrôler régulièrement l’audition de ces patients.


Alban ZIEGLER (Angers), Natalie LOUNDON, Laurence JONARD, Vincent COULOIGNER, Sandrine MARLIN
00:00 - 00:00 #12625 - P605 A propos d’un athlète de haut niveau sourd, aveugle et atteint d’un syndrome PHARC. Rôle protecteur du sport ou effet addictif des mutations d’ABHD12 ?
A propos d’un athlète de haut niveau sourd, aveugle et atteint d’un syndrome PHARC. Rôle protecteur du sport ou effet addictif des mutations d’ABHD12 ?

Le syndrome PHARC se caractérise par l’association d’une polyneuropathie, une surdité neurosensorielle, une ataxie, une rétinite pigmentaire et une cataracte. Cependant, les patients ne présentent pas toujours l’ensemble de ces symptômes lors du diagnostic. Il s’agit d’une pathologie récessive consécutive à des mutations d’ABHD12. Ce gène code pour ABHD12 une protéine impliqué dans la voie des endocannabinoide qui est centrale dans les mécanismes d’addictions. Par ailleurs, une accumulation de lipides proinflammatoires a été démontré dans le modèle murin de cette pathologie. Cette accumulation est tenue pour responsable d’une grande partie des symptômes.
Nous rapportons ici l’histoire d’un patient atteint de 45 ans présentant une surdité associée à une rétinite pigmentaire et une cataracte bilatérale. Ce patient est par ailleurs un athlète de haut niveau et ne présente ni ataxie ni polyneuropathie.
Le séquençage de ABHD12 a permis de mettre en évidence une mutation stop déjà rapportée et pour laquelle les épreuves fonctionnelles ont démontrées une perte d’activité. Le patient de la littérature porteur de cette mutation présentait une ataxie et une polyneuropathie précoce. L’absence d’atteinte neurologique chez notre patient fait évoquer la présence de facteurs environnementaux modificateurs. Un de ces facteurs pourrait être l’activité sportive intense qui contribue à prévenir la neuroinflammation.
De plus, la dérégulation du métabolisme des endocannabinoïdes pourrait être un facteur de risque pour l’addiction au sport.


Alban ZIEGLER (Angers), Laurence JONARD, Crystel BONNET, Isabelle AUDO, Sandrine MARLIN
00:00 - 00:00 #12632 - P606 De novo microdélétion 15q24.1 BP4-BP1 et microduplication distale 15q24.2q24.3 chez une patiente présentant retard psychomoteur, épilepsie, surpoids, arythmie ventriculaire et puberté centrale précoce – Corrélation génotype-phénotype.
De novo microdélétion 15q24.1 BP4-BP1 et microduplication distale 15q24.2q24.3 chez une patiente présentant retard psychomoteur, épilepsie, surpoids, arythmie ventriculaire et puberté centrale précoce – Corrélation génotype-phénotype.

Les syndromes microdélétionnel et microduplicationnel 15q24 sont de rares désordres génétiques liés le plus souvent à une recombinaison homologue non allélique médiée par cinq duplications segmentales localisées dans la région 15q24. Une région minimale critique commune d’environ 1.2 Mb comportant sept gènes (CYP11A1, SEMA7A, CPLX3, ARID3B, STRA6, SIN3A et CSK) a été définie en 15q24 pour ces syndromes microdélétionnel et microduplicationnel récurrents. Sur le plan phénotypique, le syndrome microdélétionnel 15q24 se caractérise par une microcéphalie, une dysmorphie faciale typique, un retard du développement, des troubles de la croissance, des anomalies digitales, une hyperlaxité articulaire et un hypospadias tandis que le syndrome microduplicationnel réciproque se caractérise par un retard léger du développement et une dysmorphie faciale variable associés à des anomalies squelettiques et génitales. De plus, de rares cas de délétion/duplication atypique dont l’un des points de cassure n’est pas situé dans les duplicons en 15q24 ont été récemment rapportés. Nous présentons ici le cas d’une fille de dix ans présentant un retard léger du développement, une épilepsie, une extrasystolie ventriculaire monomorphe majeure ( > 1000 extrasystoles ventriculaires par heure) sur Holter ECG et un bloc de branche gauche, de multiples extrasystoles ventriculaires droites sur ECG, un surpoids (poids et taille actuels : 39.5 kg (75-90ème percentile) et 134 cm (25ème percentile) avec un indice de masse corporelle de 22 kg/m2) (93ème percentile) et une puberté précoce centrale. L’analyse par CGH-array 180K nous a permis d’identifier une microdélétion interstitielle d’une taille minimale de 1.38 Mb en 15q24.1 BP4-BP1 emportant 13 gènes dont BBS4, NEO1, HCN4, LOXL1, C15orf59 et NPTN et une microduplication distale d’une taille de 2.6 Mb en 15q24.2q24.3. Une analyse en FISH nous a permis de montrer que ces deux variations étaient survenues de novo chez le cas index et n’ont pas impliqué la région minimale critique de la délétion/duplication 15q24 précédemment rapportée. Des mutations du gène HCN4 sont responsables de l’arythmie cardiaque incluant Sick-sinus syndrome de type 2 de transmission autosomique dominante et syndrome de Brugada de type 8. Le séquençage des gènes candidats d’épilepsie et d’obésité a montré que le cas index était porteur de deux variations de séquence à risque d’origine paternelle dans le gène BBS4 (rs7178130) et dans le gène NPTN (rs7171755) prédisposant à l’obésité et aux troubles neurodéveloppementaux (déficit intellectuel, maladies psychiatriques). Ce résultat souligne l’importance des études moléculaires exhaustives dans l’établissement des corrélations génotype-phénotype. De même, ce cas souligne la complexité dans l’interprétation des polymorphismes fonctionnels et/ou des variants génétiques pouvant conduire à la variabilité des manifestations cliniques chez des patients porteurs d’aberrations chromosomiques sub-microscopiques.


Minh-Tuan HUYNH (Montivilliers), Anne-Sophie LAMBERT, Lucie TOSCA, François PETIT, Christophe PHILIPPE, Frédéric PARISOT, Virginie BENOIT, Cécile THOMAS-TEINTURIER, Agnès LINGLART, Sophie BRISSET, Cong-Toai TRAN, Gérard TACHDJIAN, Aline RECEVEUR
00:00 - 00:00 #12663 - P607 Vers l’identification des bases moléculaires du syndrome oculoauriculofrontonasal : à partir d’une série de 17 patients.
Vers l’identification des bases moléculaires du syndrome oculoauriculofrontonasal : à partir d’une série de 17 patients.

Le syndrome oculoauriculofrontonasal (OAFN) est caractérisé par l’association d’une dysplasie frontonasale (hypertélorisme, fente faciale, anomalies du nez, cranium bifidum), et de signes appartenant au spectre du syndrome oculoauriculovertébral (OAVS), comme les fibrochondromes préauriculaires, les dermoïdes épibulbaires, les colobomes des paupières, les anomalies costo-vertébrales, ainsi que l’asymétrie faciale et mandibulaire.  L’étiologie est inconnue à l’heure actuelle, tous les patients décrits sont de survenue sporadique. Ce travail a visé à l’identification de bases moléculaires du syndrome OAFN. Parmi deux cohortes de patients avec dysplasie frontonasale, l’une française de 78 patients et l’autre turque de 50 patients, un phénotypage fin a permis d’identifier 17 individus avec syndrome OAFN. Nous décrivons le spectre clinique associé à ce syndrome, incluant de nouveaux signes non encore rapportés dans la littérature (micro/anophtalmie, agénésie thyroïdienne, polymicrogyrie, hypoplasie des bulbes olfactifs et fente mandibulaire), et soulignons la fréquence importante dans notre série de patients avec polypes nasals (59%), soulignant le syndrome de Pai comme diagnostic différentiel fréquent. Nous rapportons les résultats négatifs du séquençage des gènes ALX1, ALX3, ALX4 chez 4 patients, et d’une stratégie de séquençage haut-débit d’exome et de génome, réalisée sur ADN extrait de sang de respectivement 3 et un individus. D’après les données de la littérature et de cette série, différentes hypothèses étiologiques peuvent être soulevées pour expliquer le syndrome OAFN : mutation en mosaïque, anomalie épigénétique, oligogénisme, ou cause non génétique. En conclusion, cette série permet une meilleure caractérisation clinique de ce syndrome rare, et ouvre la voie vers l’identification d’une étiologie, qui permettra un diagnostic précoce, une meilleure prise en charge des patients et un conseil génétique adapté. 


Daphné LEHALLE (PARIS), Umut ALTUNOGLU, Ange-Line BRUEL, Mirna ASSOUM, Yannis DUFFOURD, Alice MASUREL, Geneviève BAUJAT, Bettina BESSIERES, Christelle CABROL, Guillaume CAPTIER, Patrick EDERY, Nursel ELÇIOĞLU, David GENEVIÈVE, Alice GOLDENBERG, Sarah GROTTO, Delphine HÉRON, Sandrine MARLIN, Audrey PUTOUX, Massimiliano ROSSI, Pascale SAUGIER-VEBER, Stéphane TRIAU, Myriam VEZAIN, Catherine VINCENT-DELORME, Christel THAUVIN, Julien THEVENON, Pierre VABRES, Patrick CALLIER, Hulya KAYSERILI, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12667 - P608 Déficit en cholestérol et altération de la voie Sonic Hedgehog dans la trisomie 18.
Déficit en cholestérol et altération de la voie Sonic Hedgehog dans la trisomie 18.

La trisomie 18 (T18) est un syndrome polymalformatif dans lequel un déficit en cholestérol est observé (Lam et al., 2006).

Le cholestérol joue un rôle essentiel dans la voie de signalisation Sonic Hedgehog (Shh), assurant une maturation de la protéine SHH afin de lui conférer une activité maximale. Parmi les malformations observées dans la T18, un certain nombre surviennent au niveau de tissus où SHH joue un rôle primordial, c'est à dire au niveau de la face ou des membres.

Notre étude a pour but de doser le cholestérol et quatre de ses précurseurs (7 déhydrocholestérol, desmostérol, lathostérol et lanostérol) dans le milieu de culture d’amniocytes T18 et d'amniocytes témoins par chromatographie en phase gazeuse couplée à un spectromètre de masse.

Nous avons également quantifié l’expression de gènes cibles de la voie Shh (BMP2, BMP4, TGFβ1, COL1A1 et COL1A2) et des facteurs de transcription GLI essentiels de cette voie par RT-PCR quantitative en utilisant des ARN interférents.

Nous avons montré que le taux de cholestérol et des précurseurs dosé dans le milieu de culture d’amniocytes est significativement plus bas pour les amniocytes de T18 que pour les témoins. Ceci laisse supposer que le blocage enzymatique, s'il existe, se situerait en amont. Et enfin, le blocage par siARN a montré une diminution significative de BMP2 et COL1A1 lorsque GLI1 et 3 sont inhibés. Ceci confirme le lien entre les GLI et les gènes cibles de la morphogenèse osseuse.


Kara RANGUIN, Marie NOWOCZYN, Marie-Hélène READ, Céline BALLANDONNE, Claire SOUCY, Thomas BRANLY, Bastien BOURDON, Nicolas GRUCHY (CAEN)
00:00 - 00:00 #12671 - P609 Des mutations du gene ELMO2 a l‘origine du syndrome de Ramon.
Des mutations du gene ELMO2 a l‘origine du syndrome de Ramon.

Nous rapportons le cas d’une fille d’origine libanaise issue de parents cousins au 1er degré, présentant une déficience intellectuelle, des convulsions, des gingivorragies à répétition, des mâchoires inférieures et supérieures volumineuses, une hypertrophie gingivale, un palais ogival et étroit, des malpositions dentaires, un hirsutisme du dos, un abdomen large et proéminent, et une hernie ombilicale. Des kystes de la mandibule, une dysplasie fibreuse des os, et des végétations adénoïdes hypertrophiées provoquant un rétrécissement d'environ 60% des voies aériennes nasopharyngées, ont été notées lors de l'examen radiographique. Son frère a présenté les mêmes caractéristiques cliniques en plus d'une petite taille, d'un ostium secundum et d'une déficience intellectuelle plus prononcée. Il est décédé à l'âge de 8 ans suite à une infection pulmonaire sévère et des épisodes de saignement répétés. Un diagnostic clinique du syndrome de Ramon a été posé.

Des études exhaustives sur le séquençage d’exome effectuées sur la famille ont révélé la présence d'une nouvelle mutation à l’état homozygote p.I606S dans le gène ELMO2 chez les patients. Les mutations dans ELMO2 ont récemment été décrites dans un syndrome appelé VMOS et caractérisées cliniquement par des malformations vasculaires intra-osseuses primaires ou des hémangiomes intra-osseux. Le fait que les deux syndromes, Ramon et VMOS, fassent partie de la même entité clinique est discuté.


Cybel MEHAWEJ, Alexander HOISCHEN, Roula A FARAH, Isabelle MAREY (PARIS), Mikael DAVID, Samantha STORA, Katherine LACHLAN, Han G. BRUNNER, André MEGARBANE
00:00 - 00:00 #12687 - P610 Intérêt de l’analyse complémentaire en recherche des données de séquençage haut débit d’exomes négatifs en diagnostic pour les anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle.
Intérêt de l’analyse complémentaire en recherche des données de séquençage haut débit d’exomes négatifs en diagnostic pour les anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle.

Le séquençage haut-débit d’exome (WES) a largement prouvé son efficacité dans l’identification des bases moléculaires des maladies rares très hétérogènes, telles que les anomalies du développement (AD) et la déficience intellectuelle (DI). Chez les patients en errance diagnostique (sans diagnostic clinique évident et ayant déjà bénéficié de l’ACPA et/ou d’analyses de gènes ciblés), le WES présente un taux diagnostique d’environ 30% lorsque l’interprétation des variations est restreinte aux gènes connus comme impliqués en pathologie humaine, selon les critères de recommandations déterminés par l’American College of Medical Genetics (ACMG). Au terme de cette analyse WES diagnostique, 70% de ces patients demeurent sans cause moléculaire identifiée car les corrélations génotype-phénotype sont limitées par le manque de récurrence et les connaissances scientifiques actuelles parcellaires. Une analyse complémentaire des données de WES en recherche, c’est-à-dire étendue à l’ensemble des gènes, semble essentielle pour identifier la cause moléculaire de la maladie chez ces patients.

Nous avons analysé les données de WES solo de 283 patients avec AD/DI, négatifs après une analyse diagnostique (gènes OMIM). L’interprétation a été étendue à l’ensemble des variations rares en examinant pour chacune d’entre elles la conservation des acides aminés, le profil d’expression du gène, la fonction de la protéine et ses interactions, les modèles animaux existants et les données bibliographiques. La participation active à un réseau de partage des données international (Genematcher) a facilité l’identification d’autres patients avec un phénotype/génotype similaire, le développement de collaborations et la confirmation de la pathogénicité de gènes candidats.

Cette stratégie a permis d’identifier une/des variations causal(es) chez 22% des patients et candidat(es) chez 6% des patients, dans 67 gènes différents classés selon les catégories suivantes : (1) 22 nouveaux gènes inconnus en pathologie humaine; (2) 14 gènes récemment décrits dans la littérature et non encore répertoriés dans la base OMIM au moment de l’analyse; (3) 11 gènes par extension du spectre génotypique ou phénotypique; (4) 20 gènes en attente de récurrence mais dont les données in silico  et/ou fonctionnelles en font des candidats sérieux. 

Cette étude démontre, chez les patients négatifs après une analyse WES diagnostique, l’efficacité de l’extension de l’interprétation en recherche des données de WES dans les AD/DI. Cette stratégie rapide, sans surcoût de séquençage mais coûteuse en temps humain, augmente significativement le taux de cas résolus et suggère qu’il reste encore de nombreuses causes moléculaires à identifier parmi les régions codantes, d’où l’importance d’exploiter d’avantage les données issues du WES avant d’utiliser d’autres technologies omics. Elle souligne également la nécessité d’une équipe de génétique translationnelle clinico-biologique intégrée.


Ange-Line BRUEL (DIJON), Sophie NAMBOT, Virginie QUÉRÉ, Mirna ASSOUM, Antonio VITOBELLO, Sébastien MOUTTON, Nada HOUCINAT, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Mathilde LEFEBVRE, Group ORPHANOMIX, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Charlotte POË, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Emilie TISSERANT, Julien THEVENON, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #12706 - P611 Microdélétion 4q25 incluant PITX2 : un patient présentant une tétralogie de Fallot et des anomalies dentaire sans atteinte oculaire.
Microdélétion 4q25 incluant PITX2 : un patient présentant une tétralogie de Fallot et des anomalies dentaire sans atteinte oculaire.

Le syndrome d’Axenfeld-Rieger (ARS) est une entité clinique complexe transmise sur un mode autosomique dominant. Le signe principal, l’anomalie d’Axenfeld-Rieger (ARA), est constitué d’une malformation du segment antérieur de l’œil pouvant induire un glaucome et une altération de la vision. Des manifestations extra-oculaires sont également rapportées. Les mutations ponctuelles de FOXC1 et PITX2 sont impliquées dans environ 40% des cas d’ARS.  Nous décrivons un patient porteur d’une délétion du locus 4q25 contenant le gène PITX2. Cet enfant est porteur d’une Tétralogie de Fallot, TOF, une agénésie dentaire mais est exempt d’ARA. Il s’agit du premier patient décrit présentant une TOF associée à une délétion complète de PITX2 (arr[GRCh37]4q25(110843057-112077858)x1, incluant PITX2, EGF, ELOVL6 and ENPEP) héritée de sa mère qui présente un ARS. Par ailleurs, à notre connaissance, il s’agit du premier patient décrit avec une haploinsuffisance de PITX2 sans aucun signe oculaire. Nous avons comparé le phénotype et génotype de ce patient à celui de 5 autres patients porteurs de délétion 4q25. Cette étude comparative questionne sur la pénétrance incomplète des malformations oculaires chez les patients porteurs de délétions incluant PITX2 et la présence d’une tétralogie de Fallot. 


Pierre VANDE PERRE (Toulouse), Celia ZAZO SECO, Olivier PATAT, Laurence BOUNEAU, Adeline VIGOUROUX, Dominique BOURGEOIS, Safa EL HOUT, Nicolas CHASSAING, Patrick CALVAS
00:00 - 00:00 #12710 - P612 Pseud-arthrose du coude chez une patiente atteinte de Neurofibromatose de type 1.
Pseud-arthrose du coude chez une patiente atteinte de Neurofibromatose de type 1.

Nous présentons un patient présentant une pseudarthrose du coude et ses complications chez un enfant ayant un neurofibromatose  type 1 et ferons une revue de la littérature concernant cette localisation rare de cette malformation.


Geneviève PIERQUIN (LIEGE, Belgique), Saskia BULK
00:00 - 00:00 #12716 - P613 Identification d’une duplication en tandem récurrente dans le gène IFT140 par séquençage du génome complet de patients atteints de ciliopathie.
Identification d’une duplication en tandem récurrente dans le gène IFT140 par séquençage du génome complet de patients atteints de ciliopathie.

Le syndrome de Saldino-Mainzer (SSM, MIM 266920) est une ciliopathie rare à transmission autosomique récessive causée par des mutations dans les gènes IFT140 et IFT172. Il est caractérisé par l'association d'une atteinte rénale, d'une dystrophie rétinienne (rétinopathie pigmentaire), d'une ataxie cérébelleuse et d'une dysplasie osseuse. Ces 2 gènes sont également impliqués dans plusieurs autres ciliopathies allant de la rétinopathie pigmentaire isolée, au syndrome de Jeune et au syndrome de Bardet-Biedl.

Nous rapportons ici l’étude d’une famille avec 2 enfants atteints d’une ciliopathie non étiquetée. L’analyse des génomes complets de cette famille a permis pour la première fois de mettre en évidence une variation structurale dans le gène IFT140. Cette mutation n’avait pas été détectée par les approches classiques incluant un panel de gènes et un exome complet. Il s’agit d’une duplication en tandem des exons 27 à 30 (de taille 6,7 kb) identifiée à l’état hétérozygote chez les 2 patients atteints. Cette duplication, transmise par la mère, est associée à une seconde mutation pathogène altérant l’épissage du gène (c.2577+25G > A), transmise par le père, et qui n’avait pas été considérée au préalable.

L'analyse de l'ARN réalisée sur les fibroblastes de patients a révélé que les exons dupliqués sont bien transcrits. L'analyse des protéines par Western Blot suggère que l'allèle portant la duplication n'est pas traduit. Les fibroblastes des patients ont été observés par microscopie confocale après immuno-marquage d’IFT140 et de la tubuline acétylée (un marqueur du cil primaire). Les observations microscopiques montrent d’une part une réduction du nombre de cellules porteuses d’un cil et d’autre part, une forte diminution de la localisation de la protéine IFT140 à la base du cil (14% des cellules ciliées) par rapport à des fibroblastes contrôles (82% des cellules ciliées).

La caractérisation bioinformatique des points de cassure de la duplication suggère une possible recombinaison médiée par des séquences Alu. Conscient que cet évènement est peut-être plus fréquent et certainement mal détecté par les outils disponibles, nous avons ainsi entrepris une analyse rétrospective chez près de 500 patients atteints de rétinopathies isolées ou syndromiques. Ce criblage a permis de mettre en évidence 7 familles additionnelles porteuses de la duplication, dont 2 à l’état homozygote.

Nos résultats permettent ainsi d’étendre le spectre des mutations du gène IFT140 et de confirmer l’intérêt du séquençage du génome complet, en particulier dans sa capacité à détecter les variations structurales.


Véronique GEOFFROY (Brest), Corinne STOETZEL, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Isabelle PERRAULT, Séverine BAR, Ariane KROLL, Marion DELBARRE, Anne-Sophie JAEGER, Manuela ANTIN, Charline HENRY, Hélène BLANCHE, Eva DECKER, Steven MCGINN, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Sylvie FRIANT, Sophie SAUNIER, Jean-Michel ROZET, Carsten BERGMANN, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER
00:00 - 00:00 #12738 - P614 Nenufaar : une chaine de traitement complète, flexible et open-source, pour l’analyse de données NGS en constitutionnel.
Nenufaar : une chaine de traitement complète, flexible et open-source, pour l’analyse de données NGS en constitutionnel.

Le traitement bioinformatique des données de séquençage haut-débit est parfois décrit, avec l’interprétation des variants, comme l’étape limitante de l’analyse du fait d’un accès limité à des ressources informatiques suffisamment performantes.

Pourtant l’utilisation de chaines de traitement de données, ou « pipelines », performants est cruciale pour une analyse pertinente des données de séquençage. L’utilisation de logiciels variés notamment pour l’étape d’identification de variants, voire l’utilisation de plusieurs pipelines permet de réduire de manière significative le nombre de faux-négatifs (variants présents mais non identifiés par l’algorithme) et donc de rendre plus efficace l’exploitation des données générées.

La finalisation de grands projets de séquençage ou d’analyse (1000 génomes, ExAC/gnomAD) ont permis notamment le développement d’algorithmes efficaces et de recommandations (cf. les bonnes pratiques GATK https://software.broadinstitute.org/gatk/best-practices/).

Forts de ces constats et avancées, nous avons développé un pipeline baptisé Nenufaar. Nenufaar est capable de fonctionner en environnement UNIX (Linux, MacOS) classique ou haute performance (cluster de calcul). Toutes les étapes nécessitant du calcul intensif sont parallélisées notamment par des scripts GATK-QUEUE dédiés et utilisent réellement les capacités de la machine hôte.

Le workflow peut inclure 2 algorithmes d’identification de variants (GATK-UG/HC selon l’application et Platypus) et est capable de traiter des données issues d’amplicons, de capture, et de différentes échelles, à savoir de panels de gènes, d’exomes ou de génomes.

Le pipeline est validé par une comparaison avec le génome de l’échantillon NA12878 (Genome in a Bottle), portant sur plus de 3 000 000 de variants avec une sensibilité de 97,2% et une spécificité de 99,9%.

Nenufaar est distribué avec 2 programmes compagnons qui permettent pour l’un l’annotation des variants obtenus et pour l’autre de faire fonctionner un mode « famille ». L’annotation elle aussi est flexible et utilise ANNOVAR et/ou CAVA et permet notamment d’obtenir les données issues de séquençage de populations (gnomAD), de prédictions pour les faux-sens (ANNOVAR inclut les données de dbNSFP pour 26 prédicteurs dont SIFT, Polyphen...), pour l’épissage (dbscSNV, Spidex). Nenufaar peut aussi filtrer seul les variants fréquents. Le mode « famille » permet de visualiser les variants dans un fichier tabulé unique et de filtrer les variants selon le mode de transmission.

Nenufaar est utilisé depuis deux ans au laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Montpellier, et est notamment utilisé en complément d’un pipeline commercial pour l’analyse des échantillons présentant une atteinte neurosensorielle (~500 échantillons déjà analysés), ainsi que pour l’analyse des exomes et exomes cliniques. Nenufaar est disponible sur GitHub (https://github.com/mobidic/nenufaar).


David BAUX (MONTPELLIER), Jean-Philippe VILLEMIN, Charles VAN GOETHEM, Kevin YAUY, Henri PÉGEOT, Mireille CLAUSTRES, Michel KOENIG, Anne-Françoise ROUX
00:00 - 00:00 #12750 - P615 Apport du Séquençage Haut-Débit dans le diagnostic moléculaire des rétinites pigmentaires autosomiques dominantes et liées à l’X : comparaison de quatre stratégies diagnostiques.
Apport du Séquençage Haut-Débit dans le diagnostic moléculaire des rétinites pigmentaires autosomiques dominantes et liées à l’X : comparaison de quatre stratégies diagnostiques.

La rétinite pigmentaire (RP) regroupe un ensemble de maladies héréditaires de la rétine, très hétérogènes sur le plan clinique et génétique. Leur prévalence est estimée à 1/4000 individus. La RP est caractérisée par la perte progressive et graduelle de la vision liée à l’altération des photorécepteurs. Plus d’une cinquantaine de gènes ont été identifiés dans cette pathologie. Le laboratoire du CHRU de Lille est recours national pour le diagnostic moléculaire des RP liées à l’X ou dominantes depuis 2008, et utilise dorénavant le séquençage haut débit (SHD), qui permet une analyse exhaustive et non plus séquentielle et partielle des gènes. L’objectif de notre étude était d’évaluer la prévalence des gènes responsables de rétinites pigmentaires autosomiques dominantes et liés à l’X en France et de comparer quatre stratégies de diagnostic génétique développées pour leur identification.

627 patients issus de l’ensemble du territoire et atteints de RP ont été analysés entre 2008 et 2017, tout d’abord par séquençage ciblé des points chauds mutationnels par technique Sanger (n=337) puis par séquençage haut débit selon 3 modalités : i) un panel de 12 gènes sur le séquenceur PGM (Life Technologies) (n=193), ii) un panel de 18 gènes (n=95) et iii) un panel de 150 gènes (n=32) sur séquenceurs Illumina.

Un diagnostic moléculaire a été établi chez 33,12% des patients analysés. Les gènes les plus fréquemment identifiés sont RHO (10.56%), PRPH2 (4.96%) et RP1 (4%). Parmi les 265 variants identifiés, 106 n’ont jamais été décrits dans la littérature. Nous montrons que l’analyse par SHD, bien que permettant l’analyse de toutes les régions codantes des gènes, n’améliore pas significativement le nombre de diagnostics positifs par rapport au séquençage ciblé par méthode Sanger. Enfin les grands panels de gènes ont surtout permis d’élucider des formes récessives et atypiques sur le plan phénotypique. Le SHD offre également l’avantage d’une analyse simultanée d’un grand nombre de gènes pour un grand nombre de patients à moindre coût.

Nous rapportons l’analyse de la plus grande cohorte de rétinite pigmentaire sur le plan international. Ce travail a permis d’identifier un grand nombre de variants non décrits et de réaliser une corrélation génotype/phénotype. Une meilleure connaissance de ces pathologies et l’identification des gènes en cause est un prérequis pour de futures inclusions de ces patients dans des essais médicamenteux ou de thérapie génique.


Valérie CHUNE, Aurore DEVOS, Charlene PIRIOU, Emeline GOREKI, Catherine VINCENT-DELORME, Hélène DOLLFUS, Isabelle MEUNIER, Bernard PUECH, Sabine DEFOORT, Xavier ZANLONGHI, Christian HAMEL, Claire-Marie DHAENENS (LILLE)
00:00 - 00:00 #12759 - P616 VarAFT : Un système d’annotation et de filtration pour les données issues de séquençage haut débit.
VarAFT : Un système d’annotation et de filtration pour les données issues de séquençage haut débit.

Le séquençage haut débit (NGS) produit des centaines de millions de séquences par exome ou genome. L’analyse des données brutes jusqu’à l’identification des mutations n’est plus un frein mais l’étape d’annotation et de filtration reste encore délicate et cruciale dans l’identification des mutations candidates. Pour répondre à ce défi différents systèmes ont été développés ces dernières années mais aucun ne répond complètement aux besoins des utilisateurs tout en assurant la confidentialité des données.

Dans ce contexte nous avons développé VarAFT (Variant Annotation and Filter Tool – http://varaft.eu) qui est un logiciel multiplateforme écrit en JAVA permettant l’annotation, l’analyse et la filtration des mutations ainsi que l’analyse de couverture.

Le premier module permet l’annotation de fichiers VCF/gVCF grâce aux système ANNOVAR implémenté et récupère les prédictions d’UMD-Predictor (http://umd-predictor.eu) et de Human Splicing Finder (HSF - http://umd.be.hsf3/).

Le second module permet de combiner les fichiers annotés. Il peut être aussi bien utilisé dans une analyse familiale quel que soit le mode de transmission, que dans une analyse de cohorte ou que dans l’étude de cancers. L’analyse peut être préalablement restreinte grâce à l’utilisation d’une liste de gènes. Ce module offre de nombreuses options de filtration permettant de réduire le nombre de mutations. Ces filtres utilisent les informations sur la nature des variants ; la fréquence d’observation (gnomAD,1000 génomes …) ; les prédictions de différents outils (SIFT, PolyPhen, CADD, UMD-Predictor …) ; des données liées au gène (OMIM, HPO, Gene Ontology, KEGG, Reactome, PID, GTeX) ; une base de données locale de mutations créée par l’utilisateur. Pour faciliter la filtration de gros fichiers ou de nombreux fichiers, un système de traitement automatisé utilisant des filtres prédéfinis par l’utilisateur a été implémenté.

Enfin le troisième module permet l’évaluation de la qualité de l’expérience. Il fournit la couverture de chaque transcrit, exon ou base grâce à des tableaux et graphiques dynamiques qui peuvent être exportés et inclus dans des rapports.

VarAFT est aujourd’hui très utilisé tant pour la recherche que pour le diagnostic (environ 400 utilisateurs de 37 pays). Il a ainsi permis l’identification de nouveaux gènes impliqués dans différentes pathologies génétiques (Jallades et al, Saultier et al, Elouej et al, Marquet et al, Cerino et al (2017), Galant et al, Lacoste et al, Miltgen et al (2016), Rapetti-Mauss et al 2015, Bartoli et al 2014).

VarAFT a également servi de modèle pour la création de la plateforme RD-Connect (Thompson et al 2014).

En conclusion VarAFT est un l’outil d’annotation et de filtration multiplateforme le plus complet accessible aux non bioinformaticiens et permet en peu d’étapes d’obtenir une liste réduite de mutations candidates facilitant ainsi la recherche et le diagnostic. Il peut être utilisé pour des panels de gènes, des exomes ou des génomes.


Jean-Pierre DESVIGNES (Marseille), Marc BARTOLI, Valérie DELAGUE, Martin KRAHN, Christophe BÉROUD, David SALGADO
00:00 - 00:00 #12767 - P617 Détection des microremaniements déséquilibrés par la technologie de capture HaloPlex dans un panel de gènes impliqués dans la déficience intellectuelle.
Détection des microremaniements déséquilibrés par la technologie de capture HaloPlex dans un panel de gènes impliqués dans la déficience intellectuelle.

La préparation de librairies par capture HaloPlex (Agilent) utilise un système d’enrichissement de cibles par sondes de capture sur une région prédéfinie. Les fragments d’ADN obtenus après double digestion enzymatique sont circularisés, capturés, puis amplifiés. Si cette technologie permet de multiplier les amplicons différents sur une même cible, l’hétérogénéité des tailles d’amplicons, associée à un taux non négligeable de duplicons, complexifie l’extrapolation des données de profondeur pour la détection des réarrangements déséquilibrés (CNV). Pour cette étude, nous avons appliqué une double normalisation des données de profondeurs, intra et inter patients d’un même run, pour la détection de CNV dans une cohorte de patients présentant une déficience intellectuelle isolée ou syndromique.

Les données de séquençages issues de 350 patients ont été réanalysées pour l’étude. Chaque patient avait préalablement bénéficié d’une CGH 60K sans particularité. Les données de qualités de chaque run ont été générées à partir des fichiers .bam depuis le software DepthOfCoverage (GATK). Nous avons normalisé la profondeur estimée de chaque cible par la profondeur totale déterminée par patient (NP). La moyenne de profondeur de chaque cible par run a ensuite été calculée à partir des données NP (NR). Un ratio NP/NR par patient et par cible supérieur à 1.4 était en faveur d’une duplication, un ratio inférieur à 0.6 en faveur d’une délétion. Deux valeurs consécutives variant dans le même sens étaient considérées pour une recherche approfondie de CNV. Les coefficients de variations (CV) intra et interindividuels de chaque cible ont également été calculés. Chaque CNV détecté a été validé par qPCR.

Cette première approche de détection de CNV concernait 281 analyses d’un panel de 77 gènes dont 236 négatives et 69 analyses d’un panel de 285 gènes dont 56 négatives avec respectivement 1 373 et 5 137 cibles par panels. Le coefficient de variation médian intra-patients était de 12.0% [7.0% ; 28.3%]. Les médianes d’événements uniques détectés sur le panel de 77 gènes étaient bien corrélées au CV intra-patient et évaluées à 1 pour un CV < 10% ; 3 pour un CV entre 10 et 20% ; 108 pour un CV > 20%. Ces médianes chutaient significativement lorsque l’on considérait 2 évènements consécutifs, elles étaient alors estimées à ≤1 et 5,5 respectivement pour les CV≤20% et > 20%. Quatre microdélétions, considérées comme pathogènes et corrélées avec les données cliniques, ont pu être détectées (1.5%), d’une taille minimale moyenne de 38,446pb [10,868 ; 49,462] et emportant en moyenne 10 exons [2 ; 17] sur les gènes SHANK3 (n=2), KANSL1 (n=1) et CHD8 (n=1).

L’application d’un algorithme maison sur des données issue d’HaloPlex a permis une première approche dans la détection des CNV. Cependant, il ne permet pas de s’affranchir complétement d’un bruit de fond. Une optimisation de l’algorithme est à l’étude afin de pondérer les écarts de profondeurs.


Caroline THUILLIER, Jamal GHOUMID, Elise BOUDRY-LABIS, Odile BOUTE-BENEJEAN, Anne DIEUX-COESLIER, Bénédicte DUBAN-BEDU, Catherine VINCENT-DELORME, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Catherine ROCHE-LESTIENNE, Thomas SMOL (LILLE)
00:00 - 00:00 #12776 - P618 Diagnostic moléculaire des surdités génétiques les plus fréquentes à l’aide d’un panel NGS de 8 gènes.
Diagnostic moléculaire des surdités génétiques les plus fréquentes à l’aide d’un panel NGS de 8 gènes.

Introduction. La surdité est le déficit sensoriel le plus fréquent, atteignant 360 millions de personnes dans le monde, et 50% des surdités sont considérées comme d’origine génétique. Dans l’état actuel des connaissances, un diagnostic moléculaire de certitude peut être identifié chez 45% des patients. Les mutations des gènes GJB2 et GJB6 sont reconnues comme la première cause de surdité génétique, et leur séquençage en première intention permet un rendement diagnostique de 16,7%. Pour améliorer ce rendement diagnostique, nous avons mis en place un panel  NGS de 8 gènes que nous avons séquencés chez une cohorte de patients suivis au CHU de Reims pour surdité neurosensorielle.

Méthodes. Les patients avec surdité neurosensorielle suivis et prélevés au CHU de Reims entre 2004 et 2017 ont été inclus dans notre étude et ont bénéficié de l’étude des gènes GJB2, GJB6, USH2A, CDH23, MYO7A, MYO15A, SLC26A4 et WFS1.

Résultats. 189 patients ont été inclus dans notre étude. Un diagnostic de certitude a été posé chez 32% (60/189) des patients. 13 patients portaient des mutations de gènes associés au syndrome de Usher, dont 6 enfants de moins de 11 ans sans signe clinique d’atteinte visuelle au moment de cette étude. Ces enfants vont bénéficier d’une prise en charge et d’un suivi ophtalmologique et audiophonologique adapté. 20 patients portaient 1 seule mutation de GJB2 et la question d’un mode de transmission autosomique dominant est discutée. 11 nouvelles mutations ont été rapportées pour la première fois dans cette étude. L’analyse de variation du nombre de copies (copy number variation) des données issues du NGS a permis de rechercher la délétion récurrente del(GJB6-D13S1830) sans étude complémentaire. Afin de compléter l’offre diagnostique au CHU de Reims, un panel de 81 gènes sera mis en place en janvier 2018 afin d’atteindre un rendement diagnostique théorique de 45%.


Guillaume JOURET, Virginie GRYBECK, Céline POIRSIER, Dominique GAILLARD, Martine DOCO-FENZY, Anne-Sophie LEBRE (Reims)
00:00 - 00:00 #12777 - P619 Diagnostic clinique et moléculaire du syndrome Branchio-Oculo-Facial chez un patient marocain.
Diagnostic clinique et moléculaire du syndrome Branchio-Oculo-Facial chez un patient marocain.

Le syndrome branchio-oculo-facial (Branchio-Oculo-Facial Syndrom BOFS) est un syndrome crânio-facial rare de prévalence inconnue, avec moins de 100 cas décrits dans la littérature. Il s’agit d’une maladie génétique à transmission autosomique dominante, caractérisée sur le plan clinique par des anomalies cutanées branchiales de sévérité variable, des anomalies oculaires à type de microphtalmie, anophtalmie, colobomes, sténose du conduit lacrymo-nasal et une dysmorphie faciale caractéristique avec fente labiale avec ou sans fente palatine. Les malformations de l’oreille externe et la surdité sont fréquentes. La plupart des patients ont une intelligence normale.

Le BOFS est dû à des délétions ou des mutations ponctuelles du gène TFAP2A avec hot spot décrit au niveau des exons 4 et 5. Ces mutations surviennent de novo dans 50 à 60% des cas.

Nous rapportons l’observation d’un nourrisson marocain de 4 mois, non consanguin, troisième d’une fratrie de 3 présentant un tableau clinique faisant évoquer le diagnostic du BOFS : une dysmorphie faciale, fente labiale bilatérale, des anomalies oculaires à savoir un hypertélorisme, une dyschromie irienne, des colobomes rétiniens, des anomalies branchiales à type d’érosions rétro-auriculaires, une urétérohydronéphrose bilatérale plus marquée à droite et une surdité.

L’étude moléculaire du gène TFAP2A par séquençage des exons 4 et 5 a retrouvé la mutation c.806 T > C déjà rapportée dans la littérature. Cette mutation est absente chez les parents du propositus, confirmant ainsi le caractère de novo de la maladie.

L’analyse moléculaire a permis donc de confirmer le diagnostic suspecté cliniquement et proposer un conseil génétique adéquat à la famille. Le patient nécessite une prise en charge multidisciplinaire surtout basée sur la chirurgie des malformations et une surveillance pédiatrique et ophtalmologique régulière.


Mouna OUHENACH (rabat, Maroc), Amal CHIGR, Ilham RATBI, Nawfal FEJJAL, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12779 - P620 « COV’COP » ou comment détecter des CNVs pathogènes en quelques clics.
« COV’COP » ou comment détecter des CNVs pathogènes en quelques clics.

De nombreuses maladies héréditaires sont provoquées par des duplications ou des délétions de gènes ou de fragments d’ADN, correspondant aux Variations du Nombre de Copies (CNVs). Le séquençage Next Generation Sequencing (NGS) issu de librairies Ampliseq permet de détecter très efficacement les Polymorphismes Nucléotidiques Simples (SNPs). Cependant, aucun outil n’est disponible ou facilement utilisable, à ce jour, pour détecter les CNVs responsables de maladies génétiques héréditaires.

Nous avons développé « Cov’Cop », un outil intuitif *, capable de détecter les CNVs à partir de données de séquençage NGS ampliseq. En utilisant le fichier « coverage » du run fourni par le séquenceur, « Cov’Cop » analyse simultanément tous les patients du run grâce à un algorithme contenant une étape de corrections et une étape de normalisations. En quelques clics, « Cov’Cop » produit des résultats facilement interprétables mettant en évidence les zones potentiellement délétées et/ou dupliquées.

Nous avons validé notre méthode sur plusieurs jeux de données, parmi lesquelles des CNVs avaient été initialement détectées par MLPA : nous présentons ici la détection par « Cov’Cop » de duplications et de délétions du gène PMP22, impliquées respectivement dans la maladie de Charcot-Marie-Tooth (CMT) et dans les Neuropathies Héréditaires par hypersensibilité à la Pression (HNPP). De plus, « Cov’Cop » a permis la détection de CNVs inédits que nous avons confirmés par PCR quantitative. Leur pathogénicité est actuellement en cours d’analyse.

« Cov’Cop » est une application écrite en Java, et donc directement utilisable sur différents systèmes d'exploitation (Windows, Mac OS, Linux) grâce à un fichier exécutable téléchargeable sur notre site (https://git.unilim.fr/merilp02/CovCop). Il a été conçu pour fonctionner de façon intuitive. L’analyse des résultats est effectuée en temps réel, ce qui permet à l’utilisateur de modifier ses préférences (Seuils de détection, etc…) afin d’optimiser son analyse en quelques secondes. Pour toutes ces raisons, nous sommes certains que « Cov’Cop » permettra d’aider un grand nombre de généticiens à identifier rapidement et efficacement des CNVs d’intérêt.

*Référence : Derouault P et al. ‘COV’COP’ allows to detect CNVs responsible for inherited diseases among amplicons sequencing data. Bioinformatics. 2017 May 15;33(10):1586-1588.


Paco DEROUAULT, Béatrice PARFAIT, Corinne MAGDELAINE, Hélène DZUGAN, Franck STURTZ, Stéphane MERILLOU, Anne-Sophie LIA (Limoges)
00:00 - 00:00 #12784 - P621 Difficultés du diagnostic prénatal devant l’association Cardiopathie - Fente palatine ou Séquence de Pierre Robin : un diagnostic à ne pas manquer !
Difficultés du diagnostic prénatal devant l’association Cardiopathie - Fente palatine ou Séquence de Pierre Robin : un diagnostic à ne pas manquer !

Malgré les progrès du diagnostic moléculaire, le diagnostic étiologique des malformations anténatales reste souvent difficile. Les bases de données cliniques proposent plus de 70 diagnostics non chromosomiques devant l’association d’une fente palatine et d’une cardiopathie congénitale. Un interrogatoire minutieux nous a permis de porter le diagnostic inattendu de syndrome Lymphœdème-Distichiasis (MIM #153400) pour 2 familles non apparentées confrontées pour l’une à la découverte anténatale d’une fente palatine associée à une communication interventriculaire et pour l’autre à la découverte d’une fente palatine et d’une séquence de Pierre Robin chez des jumeaux monozygotes, dont la mère a été opérée d’une tétralogie de Fallot et d’une fente palatine.
La consultation des carnets de santé retrouve un distichiasis chez le père dans la première famille et chez la mère dans la seconde. L’interrogatoire retient chez chacun d’entre eux l’apparition d’œdèmes des membres inférieurs à l’adolescence.
Les analyses par puce à ADN à partir de ponction de liquide amniotique sont normales. Le conseil génétique est rassurant devant des malformations de bon pronostic et l’absence de déficience intellectuelle dans le syndrome Lymphœdème-Distichiasis.
Le syndrome Lymphœdème-Distichiasis est d’expressivité variable. Il se transmet sur un mode autosomique dominant. Il est caractérisé par un lymphœdème primaire des membres inférieurs débutant généralement à la puberté et par un distichiasis (cils surnuméraires au niveau des glandes de Meibomius). Le distichiasis, présent dans 94 % des cas, peut être asymptomatique ou peut entraîner des conjonctivites ou des ulcérations cornéennes. Le lymphœdème peut être unilatéral, voire congénital.
D'autres manifestations peuvent être associées incluant des anomalies cardiaques dans 7 % des cas, une fente palatine dans 4% des cas, des varices, des kystes extraduraux, une anasarque ou un hygroma en période anténatale. Le seul gène responsable connu à ce jour est le gène FOXC2 (16q24.3), codant pour le facteur de transcription FOXC2.
Une délétion de 8 nucléotides à l’état hétérozygote entrainant un codon stop prématuré est retrouvée en postnatal dans l’unique exon du gène FOXC2 chez le père et son fils dans la première famille. Le bilan postnatal montrera chez cet enfant un distichiasis et une communication interventriculaire. Le diagnostic moléculaire est en cours dans la seconde famille dont les enfants présentent une séquence de Pierre Robin et une coarctation aortique pour l’un, et une fente palatine et une communication interauriculaire pour l’autre.
Nous soulignons ici l’importance de l’interrogatoire en anténatal. Nous insistons sur le caractère potentiellement malformatif du syndrome Lymphœdème-Distichiasis et sur l’hétérogénéité phénotypique de son expression anténatale.


Lucile PINSON (MONTPELLIER), Patricia BLANCHET, Emmanuelle HAQUET, Pierre BOULOT, Florent FUCHS, Jean-Michel FAURE, Michèle BIGORRE, Anouck SCHNEIDER, Nicole REVENCU, Pierre SARDA, David GENEVIEVE
00:00 - 00:00 #12799 - P622 LES PROGRES EN GENETIQUE DU GLAUCOME PRIMITIF A ANGLE OUVERT.
P622 LES PROGRES EN GENETIQUE DU GLAUCOME PRIMITIF A ANGLE OUVERT.

INTRODUCTION

 Le glaucome est une neuropathie optique. C’est la principale cause de cécité dans le monde avec aucun remède connu. On estime qu'elle touche environ 70 millions de personnes, dont 6,7 millions sont bilatéralement aveugles.

Le glaucome à angle ouvert primaire (GPAO) est une maladie multifactorielle où les facteurs génétiques et environnementaux sont impliqués dans la pathogenèse, pour progresser  dans la compréhension de GPAO, il est nécessaire d’identifier plusieurs gènes  causant de GPAO.

 

METHODES

 Jusqu'à ce jour, au moins 29 loci génétiques ont été trouvés être lié à GPAO. Cependant, le rôle de seulement trois gènes sous-jacents myociline (MYOC), optineurine (OPTN) et WD repeat Domain 36, (WDR36) est bien établie. En outre, le rôle du cytochrome P450, la famille 1, sous-famille B, polypeptide 1 (CYP1B1), glutathion S-transférase mu 1 (GSTM1) et neurotrophine (NTF4) a été assez identifié.

Les études d'association ont constaté que 66 loci avec 76 gènes associés à GPAO jusqu'à ce jour, Les mutations génétiques dans diverses populations ont été identifiées par des études génétiques pour établir que 5% environ de GPAO est actuellement attribué à un seul gène ou formes mendélienne de glaucome et d'autres causées par les effets combinés de nombreux facteurs de risque génétiques et environnementaux, dont chacun deux ne  peux agir seul pour causer le glaucome.

Nous résumons les progrès récents dans la pathogenèse du glaucome.  En particulier, nous émettons l'hypothèse que, en présence de facteurs de risque génétiques, l'exposition à l'environnement souligne les résultats dans un âge plus précoce de l'apparition du glaucome. 

Les facteurs de risque génétiques sont connus pour contribuer à GPAO des parents au premier degré de personnes touchées sont 3-9 fois plus susceptibles de développer la maladie. 

 

RESULTATS

 À ce jour, MYOC est le gène responsable de la maladie incontesté du GPAO, et les effets glaucome causant des OPTN et APOE ont été de manière incohérente.

La découverte du gène MYOC, sa localisation dans l'intervalle de susceptibilité était confirmée, caractérisé par son organisation génomique en trois exons.Les mutations décrites à ce jour sont situées dans le troisième exon du gène qui code pour un domaine peptidique homologue à l'olfactomédine.

Par ailleurs, le gène TIGR est exprimé dans le trabéculum, la sclère et le corps ciliaire alors qu'il ne l'est pas du tout dans la rétine et le nerf optique dont l'atteinte est à l'origine du déficit du champ visuel.

 

CONCLUSION

 Malgré une forte influence génétique dans la pathogenèse du GPAO, seule une petite partie de la maladie peut être expliquée en termes d'aberration génétique.  

Il pourrait être possible d'évaluer le risque futur personnel pour le glaucome, de proposée l’hypothèse basée sur la superposition des voies moléculaires dans lesquels les gènes du glaucome sont impliqués  et faciliter les stratégies thérapeutiques grâce à des études génétiques.

 


Salima ZEKRI (Annexe Communal BELLE VUE, Algérie), Sabah HANACHI, Karima SIFI, Cherifa BENLATRECHE, Noredine ABADI, Karima BENMEBAREK
00:00 - 00:00 #12804 - P623 Un cas de neuropathie optique et auditive par mutation du gène SLC52A2 améliorée par administration de Riboflavine.
Un cas de neuropathie optique et auditive par mutation du gène SLC52A2 améliorée par administration de Riboflavine.

La Riboflavine (vitamine B2) est le précurseur de la Flavin adenine dinucleotide (FAD) et de la Flavin mononucleotide (FMN), deux cofacteurs intervenant dans de nombreuses voies métaboliques : oxydation des acides gras, métabolisme des acides aminés ramifiés, de la choline... Les anomalies innées du métabolisme de la Riboflavine engendrent donc de nombreuses pathologies avec atteintes multisystémiques.

Nous rapportons le cas d’une patiente de 28 ans, présentant une neuropathie auditive (surdité de perception profonde bilatérale d’origine centrale avec hypoplasie des nerfs cochléaires), et optique  (atrophie optique bilatérale avec aspect grêle des nerfs optiques), d’aggravation progressive depuis l’enfance. Le tableau clinique comportait également une asthénie, une dyspnée d’effort, des signes neurologiques (syndrome cérébelleux, fausses routes, fuites urinaires, tremblements) et une importante labilité émotionnelle. Le développement psychomoteur et intellectuel était normal. 

Les premières analyses visant à rechercher une pathologie mitochondriale (étude de la chaîne respiratoire et analyse du génome mitochondrial et des gènes nucléaires impliqués) se sont révélées normales. Puis, les gènes WFS1, CISD2 (syndrome de Wolfram), PRPS1, OPA1 et OPA3 ont été successivement analysés sans identification de variant pathogène. Enfin, en raison de la suspicion d’un déficit en transporteur de la Riboflavine après réévaluation clinique, les gènes SLC52A2 et SLC52A3 ont été analysés par séquençage haut débit (NGS).

Celui-ci a révélé la présence, à l’état hétérozygote composite, de deux variants de l’exon 3 de SLC52A2 : c.863C > T (p.Ala288Val), hérité paternel et c.911C > T (p.Pro304Leu), hérité maternel.

SLC52A2 (OMIM #607882) code le transporteur transmembranaire de la riboflavine de type 2 (hRFT2)1. Les mutations de ce gène sont à l’origine du syndrome de Brown-Vialetto-Van-Laere (OMIM #614707), dont le phénotype classique associe neuropathie sensitivo-motrice et atteinte des paires crâniennes débutant dans l’enfance, sans atteinte intellectuelle. Des cas de surdité et atrophie optique ont cependant déjà été rapportés2. L’administration de Riboflavine à doses élevées peut constituer un traitement symptomatique efficace.3 Nous avons ainsi constaté une amélioration significative des troubles de notre patiente après plusieurs mois de traitement substitutif par Riboflavine : amélioration de l’asthénie, de la thymie, des signes neurologiques et surtout des signes ophtalmologiques (acuité visuelle et champ visuel).

Ce diagnostic ne doit donc pas être négligé dans le bilan étiologique d’une neuropathie auditive et optique d’évolution progressive, notamment en raison de l’impact thérapeutique.

Yao et al. J Nutr. 2010;140(7):1220-6. 

Haack et al. J Inherit Metab Dis. 2012;35(6):943-8.

Foley et al. Brain. 2014 ;137(Pt 1):44-56


Simon BOUSSION (Lille), Claire DOUILLARD, Isabelle FAJARDY, Isabelle DRUMARE-BOUVET, Christophe VINCENT, Sylvie MANOUVRIER, Catherine VINCENT-DELORME
00:00 - 00:00 #12814 - P624 MPA : un algorithme libre et performant pour annoter et prioriser les SNV identifiés par NGS en stratégie de panel et d’exome total.
MPA : un algorithme libre et performant pour annoter et prioriser les SNV identifiés par NGS en stratégie de panel et d’exome total.

L'interprétation biologique de la quantité importante de données issues du NGS constitue aujourd’hui la principale difficulté du diagnostic en génétique moléculaire. Dans les cas des myopathies et dystrophies musculaires, un autre défi est l'interprétation des variants identifiés sur les grands gènes comme celui de la titine (TTN) car ils bénéficient que depuis peu d’un séquençage exhaustif de leur séquence codante et les outils classiques de prédictions sont actuellement peu performants.

Nous proposons un algorithme d’annotation et de priorisation de variants nommé Mobidic Prioritization Algorithm (MPA). MPA propose un score unique basé sur l'interprétation biologique de variants reportés dans ClinVar, des conséquences prédites sur la séquence codantes (variants tronquants non-sens et frameshift), des prédictions in silico de pathogénicité de variants faux-sens et d’atteinte de l’épissage pour prioriser les prédictions de pathogénicité de tout type de variants SNV.  Nous avons validé notre approche en comparant la sensibilité et la spécificité de notre algorithme avec les outils de prédictions présents notamment dans dbNSFP, au travers un jeu de données de variants DYSF, DMD, LMNA, NEB et TTN extraits de bases de données locus spécifique (UMD), de publications et de l’Exome Aggregation Consortium.

MPA a obtenu le meilleur taux d’annotation pour tous les types de SNV. Comme MPA agrège les résultats de multiples outils, les inconvénients des prédicteurs isolés sont compensés et MPA améliore la sensibilité et la spécificité des prédictions. En comparaison à un algorithme comparable CADD, MPA présente une meilleure répartition des variants pathogènes vers les plus hauts rangs de priorisation. Nous proposons, pour l'interprétation biologique, une utilisation séquentielle de MPA, en débutant par les variants de plus haut score (avec une spécificité forte). En l’absence de variant candidats, l’analyse est poursuivi avec des variants de score décroissants (sensibilité plus élevée).

Intégré dans une interface unique comprenant les données de fréquence allélique de la population générale, les interprétations de ClinVar et d’autres bases de données telles que OMIM, cet algorithme de priorisation permet une interprétation optimisée et facilitée des variants tout en tenant compte du phénotype et des hypothèses de mode de transmission.

Nous partageons nos scripts et proposons une documentation de notre pipeline d’annotation et de priorisation de variants issu d’un VCF, libre et gratuit pour la communauté académique, validé et adapté pour les panels et le séquençage de l’exome via notre github https://github.com/mobidic/MPA.


Kevin YAUY (Montpellier), David BAUX, Henri PEGEOT, Charles VAN GOETHEM, Charly MATHIEU, Thomas GUIGNARD, Raul JUNTAS MORALES, Delphine LACOURT, Martin KRAHN, Vilma LEHTOKARI, Gisèle BONNE, Sylvie TUFFERY-GIRAUD, Michel KOENIG, Mireille COSSEE
00:00 - 00:00 #12816 - P625 Hydrocéphalie : manifestation rare dans le spectre phénotypique du Syndrome Simpson - Golabi - Behmel, à propos d’un cas.
Hydrocéphalie : manifestation rare dans le spectre phénotypique du Syndrome Simpson - Golabi - Behmel, à propos d’un cas.

Le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (SGB) est récessif lié à l’X et associe une avance staturo-pondérale, de possibles malformations cardiaques et diaphragmatiques, des éléments morphologiques, un déficit intellectuel mineur/modéré, et un risque tumoral. Le gène responsable est le gène GPC3 localisé en Xq26. Les anomalies du système nerveux central sont rarement décrites dans les cas publiés.

Nous rapportons un cas de SGB diagnostiqué en prénatal devant l’association d’une hernie diaphragmatique avec macrosomie et d’un hydramnios, faisant suite à une nuque au 95ème percentile, chez un fœtus de sexe masculin. Le diagnostic a été confirmé par une analyse du gène GPC3 qui a retrouvé une délétion intragénique de l’exon 7 du gène GPC3 en anténatal.

A la naissance, le patient a été opéré de sa hernie diaphragmatique, qui s’est compliqué de bronchodysplasie et de troubles de l’oralité, nécessitant une ventilation invasive sur trachéotomie et une gastrostomie. L’examen clinique retrouve la macrocéphalie, avec traits épais, épicanthus, prognathisme, macroglossie, racine du nez large, nez court et narines antéversées. Il existe un  mamelon surnuméraire, ainsi qu’une hypotonie globale.

Entre l’âge d’un mois et demi et 5 mois et demi, l’enfant a présenté une croissance rapide de son périmètre crânien, > 97ème percentile, sans signes cliniques d’hypertension intra-crânienne, en dehors d’une fontanelle bombante et pulsatile. L’IRM cérébrale confirme une hydrocéphalie, traitée par dérivation ventriculo-péritonéale à l’âge de 8 mois.

L’hydrocéphalie reste rare dans le SGB, cette manifestation aurait été décrite à 3 reprises dans la littérature. En 1998, Huber et al. ont décrit un cas, ayant une hydrocéphalie et une déficience intellectuelle, comportant une délétion large emportant les exons 7 et 8 du gène GPC3 et le gène GPC4 adjacent. En 2006, un cas a été décrit par Young et al, avec hydrocéphalie, épilepsie et déficience intellectuelle, et une délétion de l’exon 1 du gène GPC3. En 2008, Pénisson-Besnier et al ont rapporté un patient ayant une agénésie partielle du corps calleux, une agénésie du septum pellucidum et une dilatation ventriculaire bilatérale avec un PC à+3DS, et présentant une mutation faux-sens dans l’exon 8 du gène GPC3.

En conclusion, l’hydrocéphalie est une manifestation rarement retrouvée dans le SGB. La mise en évidence d’une délétion intragénique du gène GPC3 chez notre patient renforce l’hypothèse que l’hydrocéphalie pourrait faire partie du spectre phénotypique du SGB. 


Andreea APETREI (CAEN), Cindy COLSON, Florence VILLEDIEU, Nicolas GRUCHY, Guillaume BENOIST, Martine RAYNAUD, Marie-Laure KOTTLER, Marie-Pierre MOIZARD, Annick TOUTAIN, Marion GERARD
00:00 - 00:00 #12829 - P627 La cohesinopathie par néomutation de RAD21 : un phénotype chevauchant les chromatinopathies cliniquement définies.
La cohesinopathie par néomutation de RAD21 : un phénotype chevauchant les chromatinopathies cliniquement définies.

Introduction : Le maintien de la cohésion des chromatides sœurs pendant la réplication jusqu’à leur séparation en anaphase requiert l’intégrité d’un complexe appelé cohésine contenant au moins 4 protéines de structure, SMC1, SMC3, STAG et RAD21, et des éléments régulateurs, dont NIPBL et ESCO2. Le complexe est également impliqué dans la régulation de la transcription et la réparation des cassures double-brin de l’ADN. Les cohésinopathies incluent notamment le syndrome de Cornelia-de-Lange et le syndrome de Roberts.

Cas rapporté : Ce patient non consanguin présentait à la naissance une microcéphalie (à 40 SA, PN 2930g, TN 48 cm, PCN 31 cm), une atrésie choanale unilatérale, et une fossette sacro-coccygienne nécessitant une intervention chirurgicale. Il n’a pas présenté de retard moteur, mais un retard de langage ainsi que des difficultés d’apprentissage, de compréhension et un déficit attentionnel responsables de difficultés scolaires motivant un redoublement avec une adaptation du programme mais un maintien en cursu s classique. A l’âge de 11 ans, il présente une hypotrophie relative avec un poids à -2DS, une taille à -1.5 DS (taille cible parentale à +0.5DS), une microcéphalie à -4DS, un IMC au 3e percentile.Il a des sourcils épais et arqués, des incisives supérieures volumineuses, des malpositions dentaires, une clinodactylie unilatérale du 5e doigt, une syndactylie des 2e-3e orteils, une hyperlaxité avec des genu recurvatum. Les réflexes sont vifs. La première hypothèse diagnostique est celle d’un syndrome KBG. La CGH-array et l’analyse d’un panel de 50 gènes impliqués dans les chromatinopathies incluant ANKRD11 n’a pas révélé d’anomalie. Le séquençage de l’exome a permis d’identifier une mutation de novo c.208A>T ; pLys70* du gène RAD21.

Discussion : Récemment, Deadorff et al. Et Minor et al. ont rapporté neuf patients présentant une cohésinopathie ou un syndrome de Cornelia-de-Lange-like en lien avec une mutation ou une délétion complète à l’état hétérozygote de RAD21, de novo dans 8 cas. Les patients présentaient une microcéphalie pour 8/9, un retard de croissance pré et post-natal pour 7/9, des anomalies des sourcils (épais, synophris, arqués) pour 9/9, un trouble neuro-développemental pour 7/9 et  une hyperpilosité pour 3/9. Le diagnostic clinique de syndrome de Cornelia de Lange était évoqué pour un patient. Les éléments morphologiques pouvant orienter vers ce spectre diagnostique sont peu spécifiques et incluent le retard statural, la microcéphalie, l’hyperpilosité, des troubles neurodéveloppementaux de sévérité variable. L’utilisation du séquençage nouvelle génération a permis d’une part d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans les cohésinopathies, et d’autre part de confirmer l’expressivité variable de ce type de pathologies avec des phénotypes chevauchant les syndromes précédemment cliniquement décrits dont la physiopathologie implique le remodelage de la chromatine, comme le syndrome de Cornelia de Lange ou le syndrome KBG. 


Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Ange-Line BRUEL, Natacha LEHMAN, Guilaine BOURSIER, Laurence FAIVRE, David GENEVIÈVE, Yannis DUFFOURD, Paul KUENTZ
00:00 - 00:00 #12833 - P629 Syndrome d’Oliver-McFarlane : confirmation de l’implication de PNPLA6 et suivi de plus de 30 ans chez deux frères.
Syndrome d’Oliver-McFarlane : confirmation de l’implication de PNPLA6 et suivi de plus de 30 ans chez deux frères.

Le syndrome d’Oliver-McFarlane (OMIM 275400) (SOMF), décrit pour la première fois en 1965, est une pathologie très rare associant un déficit multiple et congénital en hormones hypophysaires (GH, TSH, gonadotropine), une trichomégalie et une dégénérescence chorio-rétinienne précoce. Si le déficit en hormone de croissance et l’hypothyroïdie ne sont pas traités, il en découle une petite taille et une déficience intellectuelle. De nombreux patients souffrent d’un hypogonadisme, soit congénital, soit se révélant à la puberté, ayant des répercussions sur les capacités reproductives des patients. La moitié des patients connaissent des troubles neurologiques progressifs à type d’ataxie cérébelleuse, de neuropathie périphérique ou de paraplégie spastique.

Nous rapportons l’observation de deux frères suspects de SOMF depuis l’enfance (Mathieu et al, 1991). Tous deux souffraient d’une alopécie temporale et occipitale, de cils et sourcils particulièrement longs (trichomégalie), d’une hypoplasie de l’émail dentaire, d’une dégénérescence chorio-rétinienne diffuse précoce responsable d’une malvoyance, d’une neuropathie périphérique, d’un hypogonadisme hypogonadotrope, d’un déficit en GH avec retard statural. Avec le temps, les deux frères ont présenté une ataxie cérébelleuse, avec à l’IRM l’existence d’une atrophie cérébelleuse associée ou non à des anomalies des régions sous-thalamiques. L’analyse moléculaire de PNPLA6 (NM_006702) a permis d’identifier chez ces patients deux mutations à l’état hétérozygote, l’une faux-sens [c.3241G > A ; p.(Gly1081Arg)] et l’autre non-sens [c.3088C > T ; p.(Gln1030*)], confirmant le diagnostic de SOMF. 

Depuis 2015, des mutations bialléliques du gène PNPLA6 ont été identifiées à l’origine du SOMF, confirmant la transmission autosomique récessive supposée depuis de nombreuses années (Hufnagel et al, 2015). Des mutations bialléliques de PNPLA6 ont également été identifiées dans trois autres pathologies avec lesquelles le SOMF partage une ressemblance phénotypique indéniable : Le syndrome de Boucher-Neuhauser (OMIM 215470) associe une ataxie spinorérébelleuse, un hypogonadisme hypogonadotrope et une atteinte visuelle par dystrophie rétinienne. Le syndrome de Laurence Moon (OMIM 245800) comporte une ataxie de survenue précoce, une atteinte chorio-rétinienne et un dysfonctionnement hypophysaire. Le syndrome de Gordon-Holmes (OMIM 212840) se caractérise par un syndrome neurodégénératif de l’adulte avec déclin cognitif, démence, ataxie ou syndrome choréique et hypogonadisme hypogonadotrope. Des mutations de PNPLA6 sont aussi responsables d’une forme autosomique récessive de paraplégie spastique (OMIM 612020). Désormais le terme de « PNPLA6-related disorders » est utilisé pour désigner ce groupe de maladies.


Guillaume JEDRASZAK (Amiens), Nicolas DE ROUX, Florence JOBIC, Rachel DESAILLOUD, Hélène BONY, Solange MILAZZO, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Gilles MORIN
00:00 - 00:00 #12842 - P630 Syndrome Cat-Eye : a propos d'une série de 53 observations.
Syndrome Cat-Eye : a propos d'une série de 53 observations.

Le cat eye syndrome (CES - OMIM 115462) est une maladie génétique rare, dû à la présence sur le caryotype d’un petit marqueur chromosomique (sSMC) dérivé du chromosome 22 et aboutissant à une tétrasomie partielle 22p-22q11.21.

Le diagnostic clinique repose sur un trépied comprenant des malformations (pré)auriculaires, une atrésie anale et un colobome irien. Cependant, le phénotype clinique peut s’avérer extrêmement variable et l’on retrouve fréquemment associées des malformations cardiaques, urogénitales, un retard de croissance et une déficience intellectuelle.

Ce travail étudie et compare aux données de la littérature 53 observations de patients présentant un CES. Il s'agit de la plus grande cohorte de patients de CES rapportée à ce jour (à l'exclusion des méta-analyses).

Sur le plan phénotypique, nous confirmons la fréquence élevée des anomalies pré-auriculaires (81%). Mais les anomalies anorectales (44%) et le colobome (35%) sont moins fréquents que prévu et absents chez plus de la moitié des patients. En outre, 35% des patients présentent un seul des trois signes principaux et 9% n'en présentent aucun. Ces données remettent en question l’importance de la triade sur laquelle se base le diagnostic clinique. Par ailleurs, les malformations cardiaques (51%) et la déficience intellectuelle (47%) sont des anomalies plus fréquentes que deux des trois signes de la triade. Les autres anomalies récurrentes sont les anomalies génito-urinaires (32%), le retard de croissance (24%) et le déficit en hormone de croissance (22%).

Sur le plan cytogénétique, nous avons mis en évidence une forte prévalence des cas en mosaïque (40%). Nous soulignons également la fréquence élevée et inattendue de la transmission parentale de ce sSMC (23%). Le plus souvent, le parent émetteur est pauci(a)-symptomatique et porte le marqueur en mosaïque à un taux très faible ( < 10%) ce qui rend difficile la détection sans une analyse poussées en FISH.

Ces données pourraient modifier de manière significative le conseil génétique.


Florence JOBIC (AMIENS), Guillaume JEDRASZAK, Henri COPIN, Noémie CELTON, Tania DERY, Aline RECEVEUR, Thomas LIEHR, Gilles MORIN
00:00 - 00:00 #12844 - P631 Expansion du spectre clinique de SALL1 : à propos d’une forme familiale de cardiopathie syndromique.
Expansion du spectre clinique de SALL1 : à propos d’une forme familiale de cardiopathie syndromique.

SALL1 (SAL-LIKE 1, OMIM 602218) est un gène homéotique localisé en 16p12.1. Particulièrement conservé au cours de l’évolution, il s’exprime dans de nombreux tissus lors du développement embryonnaire et fœtal. La protéine codée par ce gène comporte un domaine en doigt de Zinc, laissant penser qu’il s’agit d’un facteur de transcription.

Les mutations de SALL1 sont responsables du syndrome de Townes-Brocks (TBS, OMIM 107480). Ce syndrome autosomique dominant est défini par l’association d’une atteinte du premier rayon (pouce triphalangé, polydactylie préaxiale, hypoplasie), d’une imperforation anale et d’une dysplasie auriculaire (hélix trop ourlée, appendices préauriculaires, surdité). Sont également fréquemment retrouvés une insuffisance rénale, une insuffisance cardiaque congénitale, des malformations des pieds et des orteils, de l’arbre urinaire, des organes génitaux. Des malformations rénales, oculaires, digestives, du système nerveux central et cardiaques (communication interauriculaire ou interventriculaire, tétralogie de Fallot, tronc artériel commun létal, atrésie de la valve pulmonaire et persistance du canal artériel) sont également décrites mais plus rares.

Plus de 70 mutations ont été décrites dans SALL1 et responsables du TBS. Il s’agit surtout de mutations non-sens, de décalage du cadre de lecture ou de larges délétions. Elles sont concentrées en un hotspot dans l’exon 2.

Nous rapportons ici une famille présentant un phénotype différent du TBS, et associant une polydactylie postaxiale bilatérale des main et une communication auriculo-ventriculaire, de transmission autosomique dominante. Nous avons mis en évidence par approche d’exome un variant faux-sens dans l’exon 3 de SALL1, non décrit comme polymorphisme et prédit in silico comme délétère. L’étude de la ségrégation familiale est en cours.

Le pleiotropisme de SALL1, démontré par la variété des atteintes décrites dans le TBS, et le fait que notre famille diffère phénotypiquement et moléculairement sont des arguments important pour penser que ce variant est impliqué dans le phénotype observé. Le « reverse phenotyping» est  une démarche intéressante mais  prudente lors de la réinterprétation des séquences en NGS par le clinicien pour revisiter l’expression  phénotypique  d’un  gène bien connu.

 


Sarah GUTERMAN, Bérénice HERVE (Paris), Emmanuelle MOTTE, Delphine FAUVERT, Henry-Jean GARCHON, François VIALLARD, Rodolphe DARD
00:00 - 00:00 #12861 - P632 Anomalies réductionnelles des extrémités chez trois patients atteints de syndrome Kabuki : coïncidence ou symptôme très rare.
Anomalies réductionnelles des extrémités chez trois patients atteints de syndrome Kabuki : coïncidence ou symptôme très rare.

Le Syndrome Kabuki (KS OMIM 147920 et 300867) est une étiologie bien décrite de déficience intellectuelle syndromique associant des caractères morphologiques reconnaissables et des malformations congénitales. Les altérations de deux gènes impliqués dans le Syndrome Kabuki, KMT2D et KDM6A, expliquent respectivement 60% et 10% des cas. Bien que le diagnostic puisse être fait sur des critères cliniques et notamment morphologiques, il demeure compliqué de par la variabilité interindividuelle et la multiplicité des organes pouvant être atteints. Au fil des années, la description clinique et moléculaire de plusieurs cohortes de patients a permis d’élargir le spectre phénotypique et de mieux identifier les signes cliniques spécifiques. Des signes atypiques ou uniques ont été rapportés chez plusieurs patients pour qui la suspicion de Syndrome Kabuki a été confirmée par l’étude moléculaire.

Nous rapportons les cas de trois patients présentant un syndrome Kabuki et des anomalies des membres et des extrémités jusqu’alors non décrites dans ce syndrome. Pour deux d’entre eux, le diagnostic de Syndrome Kabuki a été confirmé sur des bases moléculaires et pour le troisième l'analyse est en cours. Chez le premier patient il existait une quasi-absence de 4ème  orteil des deux pieds. Chez la deuxième patiente il existait aussi une anomalie réductionnelle du 4ème orteil à gauche avec une absence de la 3ème phalange et une absence d'ongle. Chez la troisième patiente, il s’agissait d’une anomalie réductionnelle transverse sévère du membre supérieur droit avec agénésie de l'avant-bras droit.

A notre connaissance, des anomalies réductionnelles des extrémités n’ont pas été décrites à ce jour dans le Syndrome Kabuki. Par ailleurs, l’atteinte du 4ème rayon chez les deux premiers patients nous a interpelés. En effet, Michot et al.(1) ont décrit l’existence d’une absence ou d’une atténuation de pli interphalangien distal plus fréquente sur le 4ème rayon. Pour aller plus loin, nous pourrions colliger des cas similaires et analyser des gènes impliqués dans les anomalies réductionnelles ou, pieds et mains fendues. Enfin, nous discutons de la place de ces atypies dans la démarche diagnostique et de la difficile nuance entre, variabilité d’expression, et étendue du spectre phénotypique.

(1) Michot C, Corsini C, Sanlaville D, Baumann C, Toutain A, Philip N, et al. Finger creases lend a hand in Kabuki syndrome. Eur J Med Genet. 2013 Oct;56(10):556–60.


Gabriella VERA (Rouen), Marion GÉRARD, Alice GOLDENBERG, Anne GUIMIER, Thierry BLANC, Stéphanie TORRE, Tristan HAZELZET, Isabelle DURAND, Valérie BENOIT, Guilaine BOURSIER, Valérie CORMIER-DAIRE, David GENEVIEVE, Thierry FREBOURG, Anne-Marie GUERROT
00:00 - 00:00 #12864 - P633 ART-DeCo : outil pour la détection et la caractérisation des contaminations des échantillons d’ADN lors des analyses génétiques par séquençage haut-débit en routine diagnostique.
ART-DeCo : outil pour la détection et la caractérisation des contaminations des échantillons d’ADN lors des analyses génétiques par séquençage haut-débit en routine diagnostique.

Le séquençage haut-débit (Next-Generation Sequencing, NGS) est désormais utilisé en routine pour les analyses génétiques constitutionnelles, permettant l’analyse d’un grand nombre d’échantillons en parallèle. Cependant, les contaminations inter-échantillons constituent un risque majeur pouvant impacter le résultat de l’analyse.

Afin de prévenir ce risque, nous avons développé ART-DeCo (Allelic Ratio based Tool for Detection of Contamination), un outil qui utilise les ratios alléliques des SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) séquencés avec les régions d’intérêts. En effet, lorsqu’un échantillon est contaminé par un ADN ayant un génotype différent pour un SNP, alors ce SNP apparait avec un ratio allélique inattendu pour un statut hétérozygote ou homozygote (pour l'allèle de référence ou pour l'allèle alternatif), c’est-à-dire hors des intervalles [0,25;0,75], [0;0,005[ et ]0,995;1] respectivement. Ces SNPs avec un ratio allélique inattendu sont utilisés par l’outil pour détecter les contaminations avec un premier test de dépistage, puis ils sont utilisés afin d’identifier et de quantifier le contaminant.

Après une phase d’optimisation, ART-DeCo a été appliqué sur 2222 échantillons d’ADN constitutionnel enrichis selon le protocole QXT (Agilent) puis séquencés de façon consécutive par séries de 32 sur un Nextseq 500 (Illumina). Le test de dépistage a été positif pour 191 échantillons. Dans 33 de ces cas (pourcentage de contamination de 1,3% à 29,2%), le contaminant a été identifié et provenait le plus souvent d’un puits adjacent sur la plaque d’échantillons. Trois autres cas présentaient un pourcentage de contamination élevé (38,1% à 49,6%) : 2 étaient dus à des erreurs d’index et 1 était dû à un mélange de 2 ADNs. De façon intéressante, un dernier échantillon fortement contaminé (23,2%) provenait d’un échantillon de salive d’un patient qui avait reçu une greffe de moelle osseuse. Ainsi, du fait de son génotype différent, ART-DeCo a permis d'identifier la présence de l'ADN du donneur comme contaminant. Pour finir, il n’y a pas eu d’identification de contaminant pour les 154 autres échantillons faiblement positifs ( < 4% de contamination) au test de dépistage, ils ont été considéré comme de faux-positifs.

ART-DeCo est un outil facile d’utilisation qui identifie et caractérise les contaminations qui surviennent dans les étapes précédant le séquençage. Il peut être implémenté dans tous types de pipelines NGS, du panel de gènes aux analyses pan-génome. Il permet d’identifier les étapes délicates de la préparation de librairies pour le NGS entrainant une amélioration des pratiques ; ART-DeCo apparait comme une étape indispensable lors des procédures de contrôle qualité.


Alice FIEVET (PARIS 5EME ARRONDISSEMENT), Virginie BERNARD, Henrique TENREIRO, Catherine DEHAINAULT, Elodie GIRARD, Vivien DESHAIES, Philippe HUPE, Olivier DELATTRE, Marc-Henri STERN, Dominique STOPPA LYONNET, Lisa GOLMARD, Claude HOUDAYER
00:00 - 00:00 #12870 - P634 Devenir fonctionnel au long cours chez une mère et sa fille atteintes de Syndrome de Larsen autosomique dominant par une nouvelle mutation FLNB.
Devenir fonctionnel au long cours chez une mère et sa fille atteintes de Syndrome de Larsen autosomique dominant par une nouvelle mutation FLNB.

Larsen syndrome is an autosomal dominant syndrome characterized by joint dislocations, typical dysmorphic facies, abnormality of digits, spine and foot malformations and other skeletal defects. It is caused by missense mutations in specific exons of FLNB gene. Clinical reports of patients with documented mutations in FLNB are still limited and long-term follow-up reports are rare since described patients are most of the time young children. In addition, there is no available information on functional outcomes of these patients. Here we report on two adult patients of a single family, a mother and her daughter, addressed for multidisciplinary evaluation, and for which a clinical diagnosis of Larsen syndrome had been established. We report clinical and management data from birth to adult age, obtaining a long-term hindsight that provides an overview of the disease course, covering several decades for the mother. They presented with typical features of the syndrome, but also symptoms that had been more rarely reported such as conductive deafness. Their clinical presentation illustrates intra-familial variability, the mother having the more severe form. Complete multidisciplinary functional assessment evidenced favorable outcomes even for the patient with the more severe presentation. In addition, we conducted genetic investigations and discovered a novel mutation in FLNB occurring in the classical region involved in Larsen syndrome.


Pauline LE TANNO, Louis DAI, Sandrine MARLIN, Stephen ROBERTSON, Christelle THIBAULT-CARPENTIER, Mathieu JUNG, Emeline BOURGEOIS, Frédérique NUGUES, Marie JAEGER, Robert JUVIN, Bernard WUYAM, Dominique PERENNOU, Pierre-Simon JOUK, Klaus DIETERICH (GRENOBLE)
00:00 - 00:00 #12871 - P635 Atrésie de l’œsophage : étude rétrospective d’une série de 148 cas sur 10 ans.
Atrésie de l’œsophage : étude rétrospective d’une série de 148 cas sur 10 ans.

Le développement normal de l’œsophage reste très mal connu. La classification clinique, l’élucidation des mécanismes moléculaires et le pronostic des atrésies œsophagiennes (AO), posent de multiples défis. Alors que certains syndromes, dont le syndrome CHARGE, la dysostose mandibulofaciale de type Guion-Almeida, le syndrome de Feingold, la trisomie 18 et l’anémie de Fanconi sont à risque d’atrésie œsophagienne, la majorité des patients avec atrésie de l’œsophage n’a pas de diagnostic moléculaire, y compris lors d’association connue, de type VATER par exemple.

Nous avons repris l’évaluation clinique et moléculaire d’une cohorte de 148 cas d’atrésie de l’œsophage (139 nouveau-nés et 9 fœtus) pris en charge à l’Hôpital Necker-Enfants Malades sur une période de 10 ans (2005-2014) dans le but de répertorier les anomalies associées et les diagnostics syndromiques. La majorité des patients évalués après 2009 a bénéficié d’une CGH-array d’une résolution moyenne de 400 kb. Une AO a été suspectée en prénatal dans environ 17.5% des cas (26/148), sans différence notable entre les années 2005-2009 et 2010-2014.

Au total, nous avons identifié 52 cas d’atrésie œsophagienne isolée (AOi, 35%) et 96 cas associant d’autres anomalies (AO+, 65%). Cette dernière catégorie est subdivisée en : (1) AO+ syndromique en lien avec un syndrome reconnaissable (9/148, 6%, dont 3 patients avec anomalies chromosomiques – trisomie 21 (n=2) et microdélétion 2q34 (n=1) – et 6 patients avec syndromes monogéniques – syndrome CHARGE (n=3), dysostose mandibulofaciale de type Guion-Almeida (n=2) et anémie de Fanconi (n=1)) ; (2) AO+ sur association VATER ou VATER/OAV (22/148, 15%) ; (3) AO+ avec malformation(s) associée(s) (65/148, 44%), certaines de manière significative, notamment pour les malformations cardiaques, l’atrésie duodénale et la hernie diaphragmatique. Tous les fœtus présentaient des AO+ (anémie de Fanconi (n=1), VATER (n=2), diabète gestationnel (n=1), anomalie chromosomique (n=1) et syndrome polymalformatif sans diagnostic moléculaire (n=4)). Une patiente avec AO+ présente un syndrome Myhre avec mutation récurrente du gène SMAD4 ; l'association n'a jamais été décrite et demande à être confirmée. 

Nos données sont comparées à celles de la littérature ; on compte plus de patients classés AO+ dans notre série. Ceci peut être dû à un biais de recrutement de formes sévères à la Maternité et/ou en Néonatalogie ou, refléter la prise en charge pluridisciplinaire. Le pourcentage de diagnostics chromosomiques et monogéniques reste extrêmement faible.

Par ailleurs, nous proposons un algorithme diagnostique guidant les investigations cliniques et paracliniques en cas d’atrésie de l’œsophage. Nous soulignons l’importance d’une bonne classification phénotypique, qui permet de constituer des sous-groupes parmi les AO+ dans le but d’identifier de nouveaux gènes par séquençage d’exome. 


Emmanuelle RANZA (Genève, Suisse), Morgane LE GOUEZ, Naziha KHEN DUNLOP, Sylvie BEAUDOIN, Véronique PINGAULT, Valérie MALAN, Caroline MICHOT, Anne GUIMIER, Geneviève BAUJAT, Marlène RIO, Valérie CORMIER-DAIRE, Arnold MUNNICH, Stanislas LYONNET, Tania ATTIE-BITACH, Véronique ROUSSEAU, Jeanne AMIEL
00:00 - 00:00 #12896 - P636 Premier cas d'une adulte atteinte d'un syndrome de Timothy (LQT8), porteuse d'une nouvelle variation pathogène du gène CACNA1C.
Premier cas d'une adulte atteinte d'un syndrome de Timothy (LQT8), porteuse d'une nouvelle variation pathogène du gène CACNA1C.

Le syndrome de Timothy est une canalopathie rare (prévalence < 1/1 000 000) caractérisée par l'association d'un trouble du rythme cardiaque avec un QT long constant, s'exprimant par un risque de syncope et tachycardie ventriculaire, avec habituellement une syndactylie mains-pieds ainsi que de signes cliniques variables : malformations cardiaques, troubles neurodéveloppementaux, éléments dysmorphiques faciaux, une immunodéficience et une hypoglycémie intermittente. Il se transmet selon un mode autosomique dominant, secondaire à la variation canonique délétère faux sens de l'exon 8A, p.Gly406Arg, du gène CACNA1C, codant pour la sous-unité 1-alpha du canal calcique voltage dépendant cardiaque principal. Dans la majorité des cas, elle survient de novo et l'espérance de vie des patients atteints du syndrome de Timothy classique est de 2,5 ans. Les autres variations causales raportées sont le variant faux sens p.Gly402Ser de l'exon 8 sans syndactylie décrite ainsi que les variants p.Ile1166Thr et p.Ala1473Gly avec des phénotypes variables du spectre clinique Timothy-like. D'autres variations pathogènes de CACNA1C ont également été décrites mais associées à un QT long isolé. Nous rapportons le cas atypique d'une patiente adulte atteinte d'un syndrome de Timothy porteuse d'une variation pathogène faux sens p.Glu407Ala de l'exon 9 du gène CACNA1C de survenue de novo, non décrite jusqu'à ce jour.


Yann TROADEC (Caen), Adeline BUSSON, Antoine LEENHARDT, Hervé MITTRE, Véronique FRESSART, Cindy COLSON
00:00 - 00:00 #12900 - P637 Impact de la norme ISO-15189 sur la structuration des analyses bioinformatiques en Oncogénétique.
Impact de la norme ISO-15189 sur la structuration des analyses bioinformatiques en Oncogénétique.

Pour faire face à l’accroissement des volumes (+ 15% par an), de la complexité (diversification des panels de gènes) et de la réduction des délais d’analyse, le NGS a supplanté dans de nombreuses situations la méthode de séquençage Sanger qui cependant reste le gold standard. L’accréditation de cette approche, en particulier d’un point de vue bioinformatique pose de nouveaux défis. Nous présentons l’expérience du Laboratoire d’Oncogénétique Moléculaire (LOGM) de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC), dans le cadre des analyses constitutionnelles et tumorales.

La mise en place du NGS entraîne d'importants besoins en méthodes bioinformatiques. Ce poster expose la mise en place d’une structure d’analyse bioinformatique à double pipeline au LOGM (IPC), démarrant à la sortie du séquenceur (fichiers *.fastq) et aboutissant aux tableaux des variants annotés et à leur stockage.

La norme encadrant les activités des laboratoires de biologie médicale ISO-15189 a pour but d’assurer la fiabilité des processus mis en place, la traçabilité, et l’amélioration constante des processus.

Dans le cadre de la détection de variants en Oncogénétique, la fiabilité des résultats est constituée par :

1) La certitude de l’absence de variant en cas de résultat négatif ;

2) La certitude de l’existence du variant en cas de résultat positif.

1) Pour répondre au premier cas, une double détection des variants, très appréciée des auditeurs Cofrac, a été mise en place. En effet, nous faisons fonctionner en parallèle deux programmes : Sophia DDM (Sophia Genetics) et CLC Biomedical Genomics Workbench (Qiagen).

Les variants détectés par les deux pipelines sont comparés, intégrés et formatés dans un rapport Excel par des scripts (Python) permettant le développement dans un environnement Windows et leur utilisation par l’ensemble du personnel du laboratoire, avec les sécurisations requises..

2) Le seuil minimal de détection pour l’analyse des tissus fixés est difficile à définir. Il n’existe ni référence absolue, ni argument irréfutable. Pourtant, il s’agit d’un élément essentiel pour le dossier de validation de méthode.

En tenant compte de cela, dans le deuxième cas, dans le cadre des analyses d’ADN tumoral issu de tissu fixé, nous avons déterminé notre seuil minimal de fréquence des variants en modélisant la distribution des fréquences de 12 000 variants de notre laboratoire. Cela nous permet de nous abstenir d’une sélection arbitraire du seuil.

De plus, nous développons une base de données qualité (SeQual, sequencing quality), permettant l’analyse automatisée des données de séquençage et leur stockage dans une base de données. Une interface accessible sur navigateur web permettra de tracer les variables de contrôle qualité sur un intervalle de temps donné, permettant l’identification de dysfonctionnements sur le long terme. L’ensemble des variants détectés et annotés par le LOGM est stocké dans cette même base, ce qui en fait un outil exhaustif pour tout laboratoire d’Oncogénétique.

 


Quentin DA COSTA (Marseille), Tetsuro NOGUCHI, Audrey REMENIERAS, Violaine BOURDON/HUGENIN VIRCHAUX, Cornel POPOVICI, Ghislain BIDAUT, Hagay SOBOL
00:00 - 00:00 #12901 - P638 Etude comparative du phénotype comportemental et de la socialisation dans la microdélétion 22q11.2 et dans le syndrome de Williams et Beuren : résultats de l’étude CNSA.
Etude comparative du phénotype comportemental et de la socialisation dans la microdélétion 22q11.2 et dans le syndrome de Williams et Beuren : résultats de l’étude CNSA.

Une enquête nationale sur l’évaluation de la qualité de la prise en charge médicale et socio-éducative des patients porteurs d’anomalies chromosomiques récurrentes a été réalisée en 2011-2012 par la Fédération française des Centres de référence Labellisés des Anomalies du Développement (FeCLAD), grâce à un financement de la Caisse Nationale de Solidarité pour l’Autonomie (CNSA). Un total de 695 patients a été inclus.

Nous avons analysé les données concernant la microdélétion 22q11.2 (22q11.2DS, 127 patients) et le syndrome de Williams et Beuren (WB, 57 patients), appariés en âge (p=0.405) et en sexe (P=0.571), dans les domaines du comportement, de la communication, de l’autonomie et de la socialisation (échelle de Vineland, test de Conners, Child Behaviour Check List/CBCL, analyse statistique par test de Wilcoxon-Mann Whitney).

Afin de limiter les biais inhérents au niveau cognitif général dans l’analyse des résultats, nous avons décidé d’apparier les 2 populations en fonction de la variable QIT. Les deux groupes (22q11.2DS vs. WB) ont donc été appariés (n=43 dans les deux groupes, 22q11.2DS QIT moyen= 55.86 ; WB QIT moyen= 52.44) et restaient comparables en âge et en sexe (respectivement p=0.75 et p=0.78).

Le groupe WB présentait des troubles de la socialisation et de l’autonomie significativement plus marqués que le groupe 22q11.2DS (échelle de Vineland, resp. p=0.042 et p=0.012). De même, l’hyperactivité et les troubles des apprentissages étaient significatifs dans le groupe WB (Test de Conners, p=0.004 ; p=0.05). Le profil comportemental renfermé et déprimé était plus marqué dans le groupe 22q11.2DS (CBCL, p=0.001) alors que le groupe WB présentait un profil de compétences et d’activités plus déficitaires (CBCL, p=0.024 et 0.016).

Alors que les patients WB sont décrits dans la littérature comme « hypersociaux », cette étude révèle au contraire un handicap social et un manque d’autonomie inhérents au syndrome. Un profil dépressif dans le 22q11.2DS est également documenté ici. Au total, les particularités comportementales sont différentes qualitativement et quantitativement dans les deux groupes de patients 22q11.2DS et WB, appariés pour le niveau cognitif global.


Massimiliano ROSSI (LYON), Caroline DEMILY, Julien PLASSE, Caroline RIGARD, Celine DAMPFHOFFER, Jennifer GALLARD, Sophie CHANCENOTTE, Laurence FAIVRE, Natacha LEHMAN, David GENEVIÈVE, Coralie RASTEL, Delphine HERON, Emmanuelle TAUPIAC, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Myriam MIKATY, Sylvie ODENT, Odile PERRET, Nicole PHILIP, Nicolas FRANCK, Patrick EDERY, Alain VERLOES
00:00 - 00:00 #12904 - P639 HIPBI-RD : Harmoniser l’information phénomique pour une meilleure interopérabilité dans le domaine des maladies rares.
HIPBI-RD : Harmoniser l’information phénomique pour une meilleure interopérabilité dans le domaine des maladies rares.

Aujourd’hui, la recherche dans le domaine des maladies rares dépend fortement du développement des nouvelles technologies de séquençage qui révolutionnent la découverte de nouveaux gènes causaux. Combiner les données phénotypiques aux données génomiques est un levier majeur pour améliorer notre compréhension des maladies rares et notamment identifier de nouvelles pistes thérapeutiques. L’harmonisation de l’information phénomique, qui inclut les maladies et les traits phénotypiques collectés dans différents contextes et de façon non standardisée, est un enjeu pour produire des données de qualité et promouvoir la recherche.

HIPBI-RD («Harmonising phenomics information for a better interoperability in the rare disease field ») est un projet de trois ans ayant débuté en 2016 et financé par E-Rare 3 ERA-NET. Ce projet repose sur 3 ressources largement utilisées par la communauté des maladies rares : Orphanet et son ontologie, ORDO (Orphanet Rare Disease Ontology), HPO (Human Phenotype Ontology) et PhenoTips. Il repose également sur la participation d’acteurs reconnus dans le domaine des bio-ontologies : l’European Bioinformatics Institute et le Garvan Institute. Le projet vise à fournir à la communauté un écosystème informatique spécifique des maladies rares permettant d’harmoniser la façon dont les données phénomiques sont stockées dans les bases de données et les fichiers patients à travers le monde. L’objectif est ainsi de contribuer à une meilleure interopérabilité et encourager l’exploitation de ces données. Cet écosystème consiste en une suite d’outils et d’ontologies, optimisés pour fonctionner de concert et accessible grâce à entrepôt commun de logiciels

L’écosystème HIPBI-RD contribuera à l’interprétation des données issues des séquençages d’exomes et génomes entiers en harmonisant la façon dont les données phénotypiques sont collectées et participera ainsi à l’amélioration diagnostique. HIPBI-RD permettra la mise à disposition d’une nouvelle ressource qui contribuera à combiner les connaissances cliniques des maladies rares à la recherche axée sur le génome.

Ce projet a reçu un financement dans le cadre de E-Rare3 ERA-NET pour les années 2016-2019.


Halima LOURGHI (PARIS), Bruno DONADILLE, Sebastian KÖHLER, Peter ROBINSON, Michael BRUDNO, Helen PARKINSON, Simon JUPP, Tudor GROZA, Marc HANAUER, Valérie LANNEAU, Charlotte RODWELL, Sylvie MAIELLA, Annie OLRY, Ana RATH
00:00 - 00:00 #12905 - P640 Etude génétique du syndrome de Usher de type2 en Algérie.
Etude génétique du syndrome de Usher de type2 en Algérie.

le syndrome de Usher de type 2 est une maladie autosomique recessive caracterisée par une surdité de preception modéree et une retinite pigmentaire qui s'installe aprés la puberté.

Une dizaine de familles algeriennes est recrutée au niveau du service ORL du CHU de Blida;Tous les membres ont subi un prelevement  sanguin et l'ADN en est extraite par la méthode au saltin out

Deux mutations au niveau du gene USH2A dont une nouvelle ont été retrouvées , il s'agit d'une deletion ancestrale d'origine europeenne et d'une mutation faux sens qui n'a pa sencore été decrite dans la littérature.


Samia ABDI, Mohamed MAKRELOUF (Alger, Algérie), Crystel BONNET, Asma BEHLOULI, Yahia ROUS, Zahida MERAD, Christine PETIT, Akila ZENATI
00:00 - 00:00 #12917 - P641 A propos d’une fratrie de 3 enfants atteints de syndrome de Perlman avec mutation homozygote dans le gène DIS3L2.
A propos d’une fratrie de 3 enfants atteints de syndrome de Perlman avec mutation homozygote dans le gène DIS3L2.

Nous rapportons le cas d’une fratrie de 3 enfants présentant un syndrome de Perlman (OMIM 267000). Les parents sont apparentés cousins germains d’origine malienne et ont 4 autres enfants bien portant.

Le premier enfant de sexe masculin est décédé à M45 après une grossesse marquée par des reins de grande taille hyperéchogènes, une macrosomie, une nuque épaisse, un micropénis et un hydramnios. L’autopsie a été refusée.

Le deuxième enfant atteint est de sexe féminin. Etaient notés pendant la grossesse, une macrosomie fœtale, un hydramnios et des gros reins kystiques avec perte de la différenciation corticomédullaire. Une polykystose autosomique récessive a été suspectée. L’enfant est née à terme à 4400g avec un PC à 36.5cm avec une mauvaise adaptation à la vie extra-utérine et une amyotrophie de la paroi abdominale. Elle a développé une encéphalopathie épileptique dont elle décèdera à 4 mois de vie.

Le dernier enfant atteint est un fœtus décédé in utero à 36SA+2. L’échographie retrouvait en anténatal des gros reins hyperéchogènes dédifférenciés, une ascite et un anamnios. L’autopsie a montré une importante distension abdominale liée à la néphromégalie, une hypoplasie pulmonaire et une avance de maturation osseuse. Les paramètres étaient supérieurs au 95èmep. L’examen histologique rénal a montré une néphroblastomatose.

L’ensemble du tableau était évocateur d’un syndrome de Perlman. Une délétion homozygote  de l’exon 9 du gène DIS3L2 en 2q37.1 (OMIM 614184) a été mise en évidence. Les parents sont hétérozygotes pour cette délétion.

Le syndrome de Perlman est un syndrome avec croissance excessive décrit en 1973. Il est principalement caractérisé par un hydramnios avec une macrosomie fœtale, une néphromégalie avec une prédisposition aux néphroblastomes, une hypertrophie des îlots de Langerhans et une dysmorphie faciale. La transmission est autosomique récessive. Ce syndrome est généralement de mauvais pronostic avec un taux de mortalité néonatale important. Les enfants qui survivent à la période néonatale ont un risque important de développer une tumeur de Wilms et la plupart présentent un retard de développement.


Laurence PERRIN, Laurence PERRIN, Fabien GUIMIOT (Paris), Carsten BERGMANN, Alexandra AFENJAR, Jean-François OURY, Alain VERLOES, Clarisse BAUMANN
00:00 - 00:00 #12921 - P642 EDNRB dans le syndrome de Waardenburg de type II : particularités phénotypiques et difficultés du diagnostic liées à une transmission autosomique dominante à pénétrance incomplète.
EDNRB dans le syndrome de Waardenburg de type II : particularités phénotypiques et difficultés du diagnostic liées à une transmission autosomique dominante à pénétrance incomplète.

Le syndrome de Waardenburg (WS) est une neurocristopathie caractérisée par l’association entre une surdité (il s’agit d’une des formes de surdité syndromiques les plus fréquentes) et des anomalies pigmentaires de la peau, des iris ou des cheveux. Parmi les quatre types décrits sur la base des signes cliniques associés, le type II est le plus difficile à diagnostiquer car il manque des caractéristiques très spécifiques qui favorisent l’identification des trois autres types. Ceci explique sans doute qu’il reste la forme du syndrome de Waardenburg la moins bien comprise sur le plan moléculaire, les mutations conjuguées de MITF et SOX10 n’expliquant que 30% des cas environ.

 

Nous avons réalisé une étude par séquençage d’exome chez quelques familles et avons identifié un variant faux-sens de EDNRB. Ce gène est déjà connu pour être responsable de syndrome de Waardenburg de type IV par mutations bialléliques. Nous avons exploré une cohorte de patients présentant une suspicion de syndrome de Waardenburg de type II et avons identifié un total de six mutations de EDNRB qui entraînent toutes une perte de fonction, ainsi que nous avons pu l’objectiver à l’aide de plusieurs tests fonctionnels in vitro. Nous avons pu montrer que le mode de transmission du syndrome de Waardenburg de type II par mutation de EDNRB est autosomique dominant à pénétrance complète, avec une expressivité variable au sein de la famille.

 

Nous avons secondairement étudié une cohorte supplémentaire par séquençage nouvelle génération (NGS), utilisé désormais pour le diagnostic de routine du syndrome de Waardenburg dans notre centre et incluant l’étude des gènes identifiés à ce jour comme responsable des WS (PAX3, MITF, EDNRB, EDN3, SOX10, SNAI2) ainsi que KIT (piébaldisme) à titre de diagnostic différentiel. Des cas supplémentaires de syndrome de Waardenburg type II avec mutations de EDNRB ont ainsi été identifiés. Cependant, la pénétrance incomplète n’a pas toujours permis de dégager une conclusion simple sur la seule base de l’étude de ségrégation de la famille nucléaire, et nous avons souvent dû explorer la famille de façon approfondie, tant sur le plan clinique que moléculaire. Même si ces études supplémentaires ont mis en évidence la complexité qu’il y a à interpréter la pathogénicité de certaines mutations d’EDNRB, elles ont permis de confirmer la présence de certaines des caractéristiques phénotypiques observées dans la première étude.


Véronique PINGAULT (Paris), Sarah ISSA, Judite DE OLIVEIRA, Sylvain POISSON, Sylvain HANEIN, Cécile FOURRAGE, Alban ZIEGLER, Bertrand ISIDOR, Philippe PARENT, Jean-Paul BONNEFONT, Jeanne AMIEL, Nadège BONDURAND, Sandrine MARLIN
00:00 - 00:00 #12922 - P643 Extension du spectre des atteintes neurologiques associées aux mutations bialléliques du gène FLVCR1.
Extension du spectre des atteintes neurologiques associées aux mutations bialléliques du gène FLVCR1.

Les rétinites pigmentaires (RP) représentent un grand groupe de maladies génétiques caractérisées par  la perte progressive des photorécepteurs  associée à une altération de l’épithélium pigmentaire rétinien. Les formes syndromiques sont nombreuses mais rares individuellement. L’atteinte extra-oculaire constitue souvent l’élément essentiel du pronostic de ces affections. PCARP (Posterior column ataxia with retinitis pigmentosa) est une maladie neurodégénérative récessive autosomique débutant dans l’enfance, caractérisée par une rétinite pigmentaire et une ataxie sensorielle, en rapport avec des mutations homozygotes ou hétérozygotes composites du gène FLVCR1. Aucune atteinte cognitive n’a été rapportée à ce jour dans la vingtaine de cas rapportés à l’exception d’une fratrie avec déficience intellectuelle légère.

Nous rapportons la caractérisation clinique et radiologique de deux patients non apparentés porteurs d’altérations bialléliques non référencées du gène FLVCR1.  Le patient 1, un garçon porteur des mutations c.839G > C (p.G280A) et c.1546C > T (p.Arg516*), est né à terme, après une grossesse et un accouchement non compliqués, avec des paramètres de naissance normaux. Une hypotonie a été notée à la naissance et il a développé une épilepsie à l'âge de 3 jours. L’évolution a été marquée par une épilepsie réfractaire et une absence d’acquisition psychomotrice. Une rétinite pigmentaire a été diagnostiquée à l'âge de 1 an. À 8 ans, il n'a aucun contact oculaire, une hypotonie axiale avec aréflexie et une microcéphalie (-3SD). Il existe à l’IRM cérébrale une hypoplasie cérébelleuse. L'électromyogramme montre une neuropathie sensorielle. Le patient 2, un garçon porteur des mutations c.1375G > C (p.G459Q) et  c.1024+1G > T, est né à terme après une grossesse non compliquée. Son examen physique et neurologique était normal les 4 premiers mois. Il a présenté un syndrome de West à l'âge de 5 mois. Il a marché à 4 ans et n'a jamais développé de langage. La rétinite pigmentaire et la neuropathie sensorielle ont été diagnostiquées à l'âge de 15 ans. À l'âge de 16 ans, il pesait 32 kg (-3SD), mesurait 141 cm (-4SD) et son périmètre crânien était de 50 cm (-4 SD).

L’existence d’un retard de développement, d’une déficience intellectuelle sévère, d’une épilepsie et d’une microcéphalie post-natale chez ces deux patients élargit le spectre des atteintes neurologiques associées aux mutations du gène FLVCR1. Les deux patients sont hétérozygotes composites pour une mutation tronquante et une mutation faux-sens considérée comme délétère par tous les logiciels prédicteurs et non référencées à ce jour, posant la question de l’existence possible de corrélations génotype-phénotype.


Marlene RIO (Paris), Cyril GITIAUX, Sylvie GERBER, Vincent CANTAGREL, Nathalie BODDAERT, Jean-Michel ROZET
00:00 - 00:00 #12926 - P644 Caractérisation de variants structuraux complexes sur de petits panels de gènes par analyse des reads chimériques.
Caractérisation de variants structuraux complexes sur de petits panels de gènes par analyse des reads chimériques.

Un des principaux défis du diagnostic moléculaire réalisé par NGS est la détection de variants structuraux (SVs) complexes. Les reads chimériques (ou Split Read, SR) correspondent à des reads pour lesquels chacune des deux extrémités présente une séquence s’alignant sur deux zones du génome distantes l’une de l’autre. Ces reads signent l’existence de SVs, qu’il s’agisse de délétions, de duplications, d’insertions ou d’inversions. Ils permettent d’identifier avec précision les points de cassure. La plupart des algorithmes d’alignement marquent les reads chimériques à l’aide d’un tag spécifique. Dans les données de capture de panels de gènes, ces reads ne représentent qu’une portion infime de la totalité des séquences, ce qui rend leur visualisation difficile parce qu’ils sont noyés dans l’ensemble des reads. Il est cependant possible de les extraire grâce au marquage effectué par l’aligneur, permettant de générer un fichier bam ne contenant que ces reads. Nous rapportons l’identification, grâce à l’analyse des reads chimériques effectuées après séquençage haut débit (NGS) d’un panel de gènes (capture SureSelect QXT des régions exoniques et introniques puis séquençage Illumina sur MiSeq ou NextSeq), de 4 SVschez des patients présentant un syndrome de Peutz-Jeghers ou de Cornelia de Lange : (i) une délétion des exons 3 à 10 du gène STK11 s’étendant en 3’ jusqu’à l’exon 4 du gène CBARP ; (ii) une délétion des exons 7 à 47 du gène NIPBL s’étendant en 3’ jusqu’à l’exon 52 du gène C5orf52 ; (iii) une délétion partielle de l’exon 9 du gène NIPBL et (iv) un remaniement complexe du gène NIPBL comportant deux délétions (exons 11-12, exons 13-17), une insertion et une inversion. Ces 4 observations sont caractérisées par une étape d’errance diagnostique, les investigations initiales n’ayant pas permis de détecter le variant structural. Devant la certitude diagnostique des cliniciens, les analyses ont été reprises en envisageant d’autres mécanismes mutationnels. Dans tous les cas, la détermination des points de cassure a permis la mise au point d’un test sensible pour la recherche du réarrangement génomique par PCR Sanger, ce qui a autorisé la réalisation de diagnostic prénatal. Si l’analyse des reads chimériques sur les données de séquençage de génome entier s’est généralisée, en revanche, elle n’est pas courante sur les données de séquençage NGS de petits panels. La fréquence des SVs détectés sur petits panels NGS nous incite à déployer systématiquement une analyse des reads chimériques et dans cette optique, l’outil GRIDSS est en cours d’évaluation. La stratégie de capture incluant les introns des gènes majeurs impliqués dans ces pathologies conditionne la détection et la caractérisation de ces SVs. Dans ces conditions, le panel présente une supériorité notable sur l’exome : la meilleure couverture et la meilleure profondeur de couverture améliorent la détection des variations ponctuelles, des CNV et des SV et ainsi augmentent le rendement diagnostique.


Sophie COUTANT (ROUEN), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Olivier QUENEZ, Kevin CASSINARI, Mathias SCHWARTZ, Maud BLANLUET, François LECOQUIERRE, Nathalie DROUOT, Stéphanie VASSEUR, Raphael LANOS, Myriam VEZAIN, Françoise CHARBONNIER, Isabelle TOURNIER, Thierry FREBOURG, Pascale SAUGIER-VEBER
00:00 - 00:00 #12937 - P645 Le syndrome de Peters plus : à propos d’une famille marocaine.
Le syndrome de Peters plus : à propos d’une famille marocaine.

Le syndrome de Peter plus est un syndrome polymalformatif rare caractérisé par une association d’anomalie de Peters de l’œil et d’autres malformations extra oculaires, y compris un nanisme avec déficit intellectuel, une fente palatine, et des caractéristiques faciales distinctives. C’est une maladie autosomique récessive causée par des mutations d’un gène récemment découvert B3GLCTL, qui code pour l’enzyme O-fucose-specific β-1,3-glucosyltransferase.

Nous rapportons la description clinique de 2 enfants (frère et sœur) issus de parents apparentés, atteints de l’anomalie oculaire de Peters avec glaucome et cataracte, associé à un retard de croissance, une fente palatine, des malformations cardiaques, rénales et digestives. A travers cette famille, nous tenons à étendre les caractérisations du spectre clinique et génétique nécessaire pour le conseil génétique et le diagnostic prénatal de ce syndrome.


Ghizlane JABRANE (Casablanca, Maroc), Nadia SERBATI, Hind DEHBI, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12939 - P646 Le syndrome d’Alport : à propos d’un cas.
Le syndrome d’Alport : à propos d’un cas.

Le syndrome d'Apert est une malformation majeure, associant une facio-craniosténose et des syndactylies osseuses et membranaires des quatre extrémités. L'atteinte mentale est décrite en absence de prise en charge chirurgicale, souvent associée à des malformations cérébrales. La grande majorité des patients (plus de 98%) présente une des deux mutations adjacentes (Ser252Trp et Pro253Arg) du gène FGFR2 (pour fibroblast growth factor receptor type). La correction du recul maxillaire et de l'hypertélorisme n'est pas à envisager (sauf cas particulièrement sévères) avant l'âge de 4 ans minimum. Les indications sont à discuter au cas par cas.

Nous rapportons le cas d’une femme de 20 vingt jamais pris en charge présentant les signes cliniques du syndrome d’apert sans déficit intellectuel.


Ghizlane JABRANE (Casablanca, Maroc), Nadia SERBATI, Hind DEHBI, Sellama NADIFI
00:00 - 00:00 #12946 - P647 La néphrite interstitielle caryomégalique : à propos d’une famille tunisienne.
La néphrite interstitielle caryomégalique : à propos d’une famille tunisienne.

La néphrite interstitielle caryomégalique (NIC) est une néphropathie tubulo-interstielle chronique très rare définie par l’existence sur le plan histologique d’une caryomégalie des cellules épithéliales tubulaires rénales. Elle évolue vers l’insuffisance rénale qui apparaît au cours de la troisième décennie. A ce jour moins d’une cinquantaine de cas ont été rapporté dans la littérature. Les données actuelles désignent l’ochratoxine A (OTA) et les polymorphismes génétiques des enzymes et des transporteurs intervenant dans sa toxicinétique comme facteurs étiologiques causaux les plus probables. Le caractère fréquemment familial, la fréquence élevée des haplotypes HLA A9 et B35 et l’atteinte rénale sélective chez certains membres d’une même famille tous intoxiqués par l’OTA ont fait suspecter une participation génétique. Par ailleurs, des mutations du gène FAN1 associées à la NIC ont récemment été identifiées par Whole  Genome Sequencing.

Notre travail a porté sur une famille du nord de la Tunisie composée de 34 individus dont 14 membres explorés. Trois patients issus d’une même fratrie étaient atteints de NIC.

Sur le plan clinique, les trois frères ont été  diagnostiqués à l’âge de 36 ans, 32 ans et 39 ans par ponction biopsie rénale. Ils étaient en insuffisance rénale au moment du diagnostic, dont un à son stade terminal. Les deux premiers frères ont également présenté une atteinte hépatique associée à type de choléstase et cytolyse avec un bilan étiologique négatif.

Sur le plan génétique, nous avons étudié dans un premier  temps par PCR-RFLP les polymorphismes CYP3A4*18 et A313G respectivement des gènes CYP3A4 et GSTP1 chez les 14 membres de la famille. Nous n’avons pas retrouvé d’association significative entre ces marqueurs et la NIC.

Nous avons procédé par la suite à un séquençage du gène FAN1 chez les deux premiers frères. Tous deux étaient porteurs d’une mutation délétère à l’état homozygote au niveau de l’exon 12 de type délétion qui engendre un codon stop prématuré.

La NIC est une affection rénale chronique rare et grave. Son étiopathogénicité n’est pas établie jusque là. Nous avons retrouvé une mutation délétère au niveau de l’exon 12 du gène FAN1 au sein d’une famille tunisienne comprenant trois frères atteints. L’identification de cette mutation délétère familiale au niveau du gène FAN1 a permis de confirmer le diagnostic, de présenter un conseil génétique adéquat pour cette famille et donc une prise en charge néphrologique précoce.   


Molka SEBAI, Ahlem ACHOUR, Imen REJEB, Houweyda JILANI, Mouna JERBI, Yasmina ELARIBI, Syrine HIZEM, Meriem CHAOUCH, Amel ZERZERI, Rym GOUCHA, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12949 - P648 Le syndrome de Caroli : à propos de 2 cas tunisiens.
Le syndrome de Caroli : à propos de 2 cas tunisiens.

La maladie de Caroli est définie par la présence de multiples dilatations kystiques segmentaires ou sacculaires des canaux biliaires intra-hépatiques. Lorsqu’elle est associée à une fibrose hépatique congénitale, on parle de syndrome de Caroli. Ce dernier est fréquemment associé à une maladie polykystique rénale. Dans ce cas, des mutations du gène PKHD1 sont souvent retrouvées.

Nous rapportons les observations de deux patients présentant un syndrome de Caroli.

La première patiente est âgée de 6 ans et demi. Elle est suivie depuis l’âge de 6 mois pour dilatation kystique des voies biliaires inta-hépatiques associée à une fibrose hépatique congénitale. L’échographie rénale a montré une néphromégalie bilatérale avec des reins dédifférenciés, siège de multiples microkystes, pouvant cadrer avec une polykystose rénale récessive. Le séquençage du gène PKHD1 a mis en évidence la mutation faux-sens c.8312T>C (p.Val2771Ala) localisée sur l’exon 53. Cette mutation a été retrouvée à l’état homozygote. L’étude des parents est en cours.  

Le deuxième patient est  âgé de 7 ans, il est suivi depuis l’âge d’un an pour fibrose hépatique congénitale avec dilatation kystique des voies biliaires intra-hépatiques, associée à une polykystose rénale. Le tableau clinique s’est compliqué de deux épisodes d’hémorragie digestive (hématémèse et méléna) suite à l’apparition de varices œsophagiennes. Les fonctions rénale et hépatique sont jusque là conservées.  L’étude moléculaire du gène PKHD1 est en cours.

En conclusion, le syndrome de Caroli est une pathologie lourde dont les complications peuvent être graves. Les patients atteints de ce syndrome doivent faire le dépistage d’une éventuelle atteinte rénale étant donné la fréquence de l’association à une polykystose rénale. Vu la transmission autosomique récessive de la pathologie, il est important de dépister les autres membres de la famille pour un diagnostic et une prise en charge précoces. 


Meriem CHAOUCH, Ahlem ACHOUR, Imen REJEB, Houweyda JILANI, Syrine HIZEM, Molka SEBAI, Haifa OUARDA, Yasmina ELARIBI, Laurence MICHEL, Ahmed MAHERZI, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12953 - P649 Une nouvelle mutation (p.S591Y) du gène TGFBI associée à une dystrophie cornéenne type IIIa chez une famille marocaine.
Une nouvelle mutation (p.S591Y) du gène TGFBI associée à une dystrophie cornéenne type IIIa chez une famille marocaine.

       Corneal dystrophies (CDs) are a group of hereditary disorders, characterized by bilateral and progressive primary alterations of the cornea layers,  they are classified according to characteristic of the clinical  features .  The transforming growth factor beta induced gene (TGFBI) has been related to many types of CDs including lattice corneal dystrophy of  types I and IIIa, deep stromal LCD , granular corneal dystrophy type I and II,  and Reis–Bueckler corneal dystrophy . Some  mutations in TGFBI are frequently linked to special forrn of CD, but a genotype-phenotype correlation is not always certain .

 

       In this study we report a Moroccan family with 12 affected individuals   by corneal dystrophy which started at the age of 20-23 years  . According to the pedigree , the mode of transmission of the disease is autosomal dominant, and the clinical diagnosis revealed a lattice corneal dystrophy stromal type IIIa .

      The  exome analysis   revealed   a missense mutation in the  TGFBI gene at     heterozygous state  (c.1772C > A; p.S591Y).  this mutation was confirmed by sanger sequencing in the propositus and in tow of his affected siblings .

    We conclude that the novel mutation p.S591Y causes lattice corneal dystrophy type IIIA in the studied family.This is the first report of the p.S591Y mutation within TGFBI in LCD IIIA worldwide.

 


Yahya BENBOUCHTA, Mouna OUHENACH (rabat, Maroc), Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Hamza ELORCH, Amina BERRAHO, Imane CHERKAOUI, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #12955 - P650 Diagnostic des surdités génétiques à Montpellier : bilan d’une stratégie d’analyse sur une cohorte de 207 familles.
Diagnostic des surdités génétiques à Montpellier : bilan d’une stratégie d’analyse sur une cohorte de 207 familles.

Les surdités représentent le déficit sensoriel le plus fréquent chez l’homme avec une prévalence de 1 sur 600 naissances. Plus de la moitié des surdités ont une origine génétique et peuvent se présenter sous forme non-syndromique ou syndromique.  Plus de 100 gènes sont impliqués dans les surdités non-syndromiques, encore plus dans les formes syndromiques. L’implantation du séquençage nouvelle génération dans les laboratoires de diagnostic a permis une amélioration considérable de l’offre diagnostique des surdités grâce au criblage simultané de dizaines de gènes.

Nous présentons ici les résultats obtenus sur une cohorte de 207 familles recrutés et analysés sur une période de deux ans. Tous les patients présentaient une surdité non-syndromique.

Notre stratégie « multi-étapes » propose une analyse initiale au locus DFNB1 (gène GJB2 et délétions GJB6) pour tous les cas index, puis une analyse NGS sur 74 gènes (incluant 10 gènes Usher) sur les cas non résolus. Des analyses complémentaires peuvent être nécessaires soit pour valider l’effet délétère d’un variant ( ex : analyse par  minigènes pour caractériser des altérations d’épissage) soit pour identifier le génotype pathogène complet (ex : séquençage des 800 kb du gène USH2A pour la mise en évidence de mutations introniques profondes).

Cette démarche exhaustive a permis d’identifier l’origine de la surdité chez 48% des patients analysés, répartis de façon égale entre DFNB1 (24%) et les autres gènes (24%). Les génotypes pathogènes ont été identifiés dans 19 gènes différents avec une prévalence plus importantes des gènes GJB2, STRC, MYO15A, OTOF, TMC1, MYO7A et USH2A. L’’implication d’un gène Usher a été reporté dans 16% des cas de notre cohorte. Il est possible que tous les patients porteurs de mutations dans un gène Usher ne développeront pas un syndrome de Usher et le pronostic doit prendre en compte l’âge du patient. Néanmoins, le conseil génétique en sera modifié et un suivi clinique en ophtalmologie devient indispensable pour mettre en place une prise en charge adéquate si nécessaire. Par ailleurs, grâce aux analyses de ségrégation familiale, 4 variants apparus de novo ont été mis en évidence.

Cette étude a permis de démontrer la nécessité de développer plusieurs approches pour améliorer le diagnostic moléculaire des surdités, pour une meilleure prise en charge par le conseil génétique et une détection précoce des formes syndromiques.


Corinne BAUDOIN (Montpellier), David BAUX, Christel VACHE, Catherine BLANCHET, Marjolaine WILLEMS, Mélody MOCLYN, Valérie FAUGERE, Renaud TOURAINE, Bertrand ISIDOR, Delphine DUPIN-DEGUINE, Mathilde NIZON, Marie VINCENT, Sandra MERCIER, Catherine CALAIS, Laetitia LAMBERT, Yaumara PERDOMO TRUJILLO, Fabienne GIULIANO, Mireille CLAUSTRES, Michel KOENIG, Michel MONDAIN, Anne-Françoise ROUX
00:00 - 00:00 #12962 - P651 Le chevauchement phénotypique des RASopathies : à propos d'un cas de syndrome de Costello.
Le chevauchement phénotypique des RASopathies : à propos d'un cas de syndrome de Costello.

Le syndrome de Costello est une maladie autosomique dominante qui appartient au groupe des RASopathies. Environ 600 cas ont été rapportés jusqu’à ce jour. Il est causé par des mutations du gène HRAS (95% des cas) qui joue un rôle dans l’activation de la voie RAS/MAPK. Le variant p.G12S représente la mutation la plus fréquente (90% des cas). D’autres mutations plus rares ont été rapportées, comme la mutation p.G13C qui n'est présente que dans 1,4% des cas. Le syndrome de Costello causé par cette dernière mutation se distingue par des anomalies cutanées à type de raréfaction des cheveux, des cils longs et recourbées, et un teint clair.

Le but de ce travail est de rapporter les caractéristiques cliniques d’un cas rare de syndrome de Costello par mutation p.G13C à travers l'observation d’un patient Tunisien.

Il s’agit d’un patient issu d’un mariage non consanguin, adressé à l’âge de 18 mois pour dysmorphie faciale et stridor congénital. L’interrogatoire a révélé la notion d’hydramnios, macrosomie fœtale et retard psychomoteur. L’examen clinique a montré un poids et une taille à la moyenne, une macrocéphalie à +3.25 DS, une dysmorphie faciale faite de traits grossiers, cheveux et sourcils raréfiés, cils longs et recourbé, front bombé, narines antéversées et lèvres épaisses. Par ailleurs, il existe des anomalies cutanées à type de peau sèche et d’hypersudation. L’échographie cardiaque n’a pas révélé d’anomalies.

Devant l'atteinte des phanères, nous avons évoqué en premier lieu un syndrome cardio-facio-cutané malgré l'absence de cardiopathie. Un panel de gènes des RASopathies a été réalisé et a infirmé ce diagnostic. En effet, il a montré la mutation p.G13C du gène HRAS, ce qui confirme le diagnostic de syndrome de Costello. L’étude des parents est en cours.

Cette observation montre l’hétérogénéité clinique du syndrome de Costello d'une part et le chevauchement phénotypique des RASopathies d'autre part. Elle souligne l’intérêt de l’étude moléculaire par panel de gènes en première intention dans ces syndromes.


Ahlem ACHOUR, Meriem CHAOUCH, Imen REJEB, Yasmina ELARIBI, Houweyda JILANI, Molka SEBAI, Amel ZERZELI, Ines SELMI, Syrine HIZEM, Lars-Erik WEHNER, Ahmed MAHREZI, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12965 - P652 Caractérisation d’un marqueur chromosomique surnuméraire par CGH array: à propos d’un cas de tétrasomie 18p.
Caractérisation d’un marqueur chromosomique surnuméraire par CGH array: à propos d’un cas de tétrasomie 18p.

La tétrasomie18p est une anomalie chromosomique caractérisée par la présence d’un isochromosome  surnuméraire formé de 2 bras courts du chromosome 18. Elle apparait le plus souvent de novo,  majoritairement suite à une non disjonction  ou une mal division centromérique durant la méiose. Son incidence est de 1/140000 à 1/180000 naissances vivantes et affecte d’une façon égale les deux sexes. La tétrasomie18p est caractérisée par un phénotype variable mais elle s’accompagne dans la majorité des cas   d’un syndrome polymalformatif (microcéphalie, dysmorphie faciale, malformations cardiaques, cérébrales et squelettiques), un retard de croissance, et un retard de développement sévère.

 

Nous rapportons l’observation d’une patiente présentant un syndrome polymalformatif, une paralysie faciale périphérique et un retard de croissance, en rapport avec une tétrasomie 18p  identifiée par la technique de CGHarray (comparative genomic hybridation) couplée à la FISH (hybridation in situ fluorescente).

Notre patiente âgée de 9 mois, présentait une cardiopathie congénitale complexe (canal artériel persistant, foramen ovale perméable et sténose de l’artère pulmonaire), une dysmorphie faciale (strabisme convergent, épicanthus bilatéral, paralysie faciale périphérique, hypoplasie mandibulaire droite, microstomie, rétrognathisme, microtie de l’oreille droite), des anomalies des extrémités (camptodactylie du 3ème et 4ème doigts gauches, hypoplasie de la phalange distale des pouces et implantation proximale des gros orteils), et un retard de croissance en rapport avec des difficultés alimentaires. L’IRM cérébrale a montré une discrète atrophie cérébrale insulaire et temporale gauche et une hypoplasie du nerf VII droit.

Le caryotype a mis en évidence un marqueur chromosomique surnuméraire homogène. Afin d’identifier ce marqueur, nous avons complété par une CGHa, qui a montré une amplification du bras court du chromosome 18. La technique de FISH utilisant la sonde télomérique 18pter a permis de confirmer le diagnostic de tétrasomie 18p devant la présence de 4 copies du bras court du chromosome 18. La dysmorphie faciale,  les anomalies des extrémités et la cardiopathie, présentes chez notre patiente ont été décrites chez les patients avec tétrasomie 18p. La présentation clinique dans ce syndrome est caractérisée par une grande variabilité phénotypique, ce qui rend le diagnostic clinique difficile, d’où l’intérêt de l’exploration cytogénétique.

En conclusion, bien que le caryotype ait retrouvé une anomalie chromosomique expliquant le syndrome polymalformatif de notre patiente, l’apport de la CGH était considérable pour permettre son identification,  montrant ainsi l’importance de la complémentarité des techniques de cytogénétique conventionnelle et moléculaire pour le diagnostic des syndromes polymalformatifs.


Meriem CHAOUCH, Molka SEBAI, Yasmina ELARIBI, Syrine HIZEM, Houweyda JILANI, Imen REJEB, Ahlem ACHOUR, Meriam MKADMINI, Meyssa MERIDA, Sonia BLIBECH, Mohamed DOUAGI, Lamia BEN JEMAA (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #12967 - P653 Evaluation de scores bioinformatiques de confiance dédiés au séquençage au débit pour prédire la présence ou l’absence de variations génomiques d’intérêt à partir d’une série de 1537 variations génomiques.
Evaluation de scores bioinformatiques de confiance dédiés au séquençage au débit pour prédire la présence ou l’absence de variations génomiques d’intérêt à partir d’une série de 1537 variations génomiques.

Les nouvelles technologies de séquençage haut-débit (SHD), notamment d’exome et de génome (WES/WGS) ont révolutionné la génétique médicale et sont devenus un outil incontournable en diagnostic et en recherche. Au cours des dernières années, le perfectionnement des protocoles, l’augmentation de la couverture et de la profondeur de séquençage, de même que l’amélioration des algorithmes, font poser la question de la nécessité de valider secondairement, par un séquençage ciblé en Sanger, chacune des nombreuses variations candidates identifiées en SHD. La technique de Sanger a en effet été considérée pendant de nombreuses années comme le gold standard pour confirmer la présence d’une variation génomique avec une fréquence allélique supérieure à 15%.

Afin de déterminer des critères de positivité et fixer un seuil de confiance pour la détection d’une variation génomique d’intérêt identifiée par WES, qui permettrait d’éviter une vérification secondaire systématique par séquençage Sanger, nous avons réalisé une étude rétrospective comparant plusieurs scores bioinformatiques reflétant les caractéristiques principales d’une mutation telles que : la qualité des bases, les biais de brins, la localisation sur les lectures... Ces observations ont été réalisées sur les données de 1537 variations candidates identifiées dans le cadre de notre activité diagnostique (760 variations) et de recherche (777 variations), incluant 1343 SNV et 194 indel. Ces variations ont toutes fait l’objet d’un séquençage Sanger et d’un WES. Une concordance de 91.1 % (vrais-positifs et vrais-négatifs) entre les 2 technologies a été observée, alors que moins de 0.5 % des variations vérifiées semblent être des faux-négatifs. La part importante de faux-positifs (8.5%) peut s’expliquer par une stratégie d’analyse conservatrice des variations détectées, choix délibéré permettant de minimiser les risques de non-détection des variations d’intérêt. Nous avons ensuite comparé ces résultats de séquençage Sanger aux scores bioinformatiques issus des données de WES.  Les premiers résultats montrent qu’aucun de ces scores ne peut être utilisé de façon discriminante pour déterminer la présence d’un vrai-positif ou d’un faux-négatif et ainsi éviter une vérification systématique par séquençage Sanger.

Bien que la large majorité des variations d’intérêt identifiées en WES aient été également retrouvées par le séquençage Sanger, la proportion non négligeable de faux-positifs (8.5%) souligne la nécessité d’une vérification secondaire systématique par cette méthode, en l’absence de scores bioinformatiques discriminants. Le développement d’un nouveau score bioinformatique, incluant probablement des éléments de fréquences populationnelles, serait pourtant essentiel à l’avenir pour limiter le nombre important de séquençages générés par la vérification systématique des nombreuses variations génomiques d’intérêt produites par les plateformes de SHD, notamment dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025.


Ange-Line BRUEL (DIJON), Philippine GARRET, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Antonio VITOBELLO, Virginie QUÉRÉ, Mirna ASSOUM, Sophie NAMBOT, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Charlotte POË, Emilie TISSERANT, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Yannis DUFFOURD
00:00 - 00:00 #12968 - P654 eKLIPse: un nouvel outil de détection et de quantification des délétions de l’ADN mitochondrial à partir de données de séquençage haut débit.
eKLIPse: un nouvel outil de détection et de quantification des délétions de l’ADN mitochondrial à partir de données de séquençage haut débit.

Introduction

La recherche des grandes délétions de l’ADN mitochondrial (ADNmt) est indispensable dans la prise en charge diagnostique des maladies mitochondriales, car elles peuvent-être une cause primaire de la maladie dans le cas des délétions simples sporadiques, soit le reflet d’une anomalie de maintenance de l’ADNmt dans le cas des délétions multiples, notamment par mutation d’un gène nucléaire. Jusqu’à présent, leur détection reposait sur des techniques peu sensibles et peu spécifiques. Le développement des techniques de séquençage haut débit a permis d’améliorer la sensibilité de détection des variants ponctuels, mais aucun outil de détection des délétions ne semble adapté aux « reads single-end » et aux spécificités de l’ADNmt, comme l’hétéroplasmie. Nous avons donc développé un outil in silico adapté à ces problématiques.

Principe et performances d’eKLIPse

L’outil in silico analyse les anomalies d’alignement observées sur les données NGS et plus particulièrement le concept de soft-clipping qui consiste à rogner les extrémités des séquences ne s’alignant pas sur la référence. Ces erreurs d’alignements terminal peuvent être dues à des erreurs de séquençage (homopolymères, répétitions), mais aussi à des CNV. A partir des fichiers d’alignements, eKLIPse va analyser ces zones de soft-clipping afin de prédire si elles sont dues ou non à des délétions, selon le processus suivant :

  • Analyse de la couverture ;
  • Identification des régions de soft-clipping ;
  • BLAST des différentes séquences soft-clippées ;
  • Création de liens entre les positions de soft-clipping et les régions où devraient s’aligner les parties soft-clippées.
  • Prédiction des positions et fréquences des délétions (Excel) ;
  • Création de fichiers Circos permettant une visualisation graphique avec une identification rapide des délétions.

Les performances d’eKLIPse ont été évaluées sur des jeux de données simulées et des données de patients. Nous avons pu estimer les limites de détection d’eKLIPse en termes de taille de réarrangement (10 pb) mais également en termes d’hétéroplasmie (0,01%), et évaluer la spécificité de prédiction des points de cassure. L’analyse des données de patients présentant des délétions sporadiques ou multiples, liées à l’âge ou à une anomalie de maintenance de l’ADNmt (e.g. mutations POLG, MFN2), a permis de vérifier la reproductibilité des résultats, et de confirmer la capacité de l’outil à détecter des délétions de faibles hétéroplasmies, notamment des délétions multiples qui étaient indétectables jusqu’à présent.

Conclusions et perspectives

EKLIPse est un outil sensible et spécifique qui permet la détection et la quantification des délétions de l’ADNmt à partir des données de séquençage de type single-end, complétant notre stratégie de recherche des anomalies moléculaires de l’ADNmt par séquençage haut-débit. Cet outil dispose d’une interface graphique simple permettant de lancer les analyses et de visualiser les résultats de manière à faciliter son utilisation en routine.


David GOUDENEGE (Angers), Virginie HOFFMAN, Céline BRIS, Valérie DESQUIRET-DUMAS, Patrizia AMATI-BONNEAU, Dominique BONNEAU, Sylvie BANNWARTH, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Pascal REYNIER, Guy LENAERS, Vincent PROCACCIO
00:00 - 00:00 #12974 - P655 La perte hétérozygote du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 est responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif.
La perte hétérozygote du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 est responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif.

L’introduction du séquençage d’exome haut débit (WES) dans la pratique clinique permet de réduire l’errance diagnostique de nombreuses familles atteintes de maladie génétique rare. Le WES en trio nous a permis d’identifier récemment une perte hétérozygote de novo du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 chez une patiente présentant une déficience intellectuelle (DI) sévère, avec dysmorphie faciale, petite taille disproportionnée, brachydactylie et hyperlaxité des extrémités. Grâce au partage international des données (GeneMatcher, approche « génotype-first »), nous avons pu identifier deux autres patients avec la même variation. Le premier présente un phénotype superposable mais sans DI associée. Le second présente également une petite taille et un retard psychomoteur, associés à une hypoplasie du nerf optique, un syndrome pyramidal bilatéral, une hernie ombilicale et un déficit auditif congénital. Ce phénotype plus complexe pourrait être dû à la présence d’un variant dans un deuxième gène candidat.

Les mécanismes responsables de la régulation de l’expression des gènes font intervenir un grand nombre d’acteurs agissant au niveau pré- et post-transcriptionnel. Ils permettent une régulation spatio-temporelle, tant quantitative que qualitative, de l’expression des différents isoformes des ARNs. Cette régulation fine est essentielle au bon développent des différents types cellulaires, tissus et organes.  Les protéines de la famille des « polypirimidine tract binding proteins » (PTBPs) interviennent dans la régulation de l’épissage des d’ARN pré-messager. La capacité à reconnaître les pré-ARNm leur permet d’opérer un épissage alternatif de certains exons de façon spécifique et, dans certaines cas, d’entraîner le mécanisme de contrôle par « nonsense-mediated decay  (NMD)». Ceci permet un contrôle post-transcriptionnel de l’expression génique encore plus fin.

De précédentes études dans le modèle murin ont montré que la perte hétérozygote de la protéine ubiquitaire PTBP1, malgré la compensation partielle par la présence de PTBP2, entraîne des changements détectables du niveau d’expression de certaines transcrits alternatifs. Pourtant, les effets d’une telle variation chez l’homme n’ont pas été rapportés à ce jour. Nous présentons trois patients avec des éléments cliniques similaires et porteurs de la même variation probablement pathogène dans le gène PTBP1. Des études d’expression protéique sont en cours afin de confirmer l’haploinsuffisance et rechercher d’éventuelles protéines anormales générées par la création de codon(s) d’initiation alternatifs. Afin de caractériser les perturbations de l’épissage et le spectre de variabilité d’expression génique en lien avec l’haploinsuffisance du gène PTPB1,  une étude globale du transcriptome a débuté chez ces trois patients par RNA-seq. Cette étude nous permettra également d’étudier les bases moléculaires de l’expressivité phénotypique variable de cette variation.


Antonio VITOBELLO (Dijon), Rolph PFUNDT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Laurence DUPLOMB, Ange-Line BRUEL, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Christophe PHILIPPE, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Christel THAUVIN-ROBINET, David KOOLEN, Carlo MARCELIS, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #12983 - P656 GEMPROT : du vcf à la séquence protéique ou comment visualiser les combinaisons de variants génétiques susceptibles de modifier la fonctionnalité d’une protéine.
GEMPROT : du vcf à la séquence protéique ou comment visualiser les combinaisons de variants génétiques susceptibles de modifier la fonctionnalité d’une protéine.

L’une des principales utilisations du séquençage de nouvelle génération est de rechercher des mutations responsables de maladies. Mais la plupart des outils d’annotations ou de prédictions d’effets traite les mutations une à une sans tenir compte des autres altérations au sein du gène présentes chez l’individu. Pourtant, il est possible que des mutations qui, prises individuellement n’ont aucun impact, aient des conséquences fonctionnelles importantes lorsqu’elles sont présentes en « cis » et qu’elles touchent par exemple un même domaine fonctionnel de la protéine ou deux domaines en interaction. Nous manquons cependant d’outils pour visualiser ces combinaisons de variants.

Nous présentons GEMPROT un nouvel outil d’analyse qui permet, à partir d’un fichier vcf phasé, de visualiser les conséquences des variations génétiques observées sur la protéine codée par le gène. A l’échelle d’un individu, le programme permet de visualiser les variations sur chacune des deux séquences protéiques codées et les différents domaines fonctionnels connus de la protéine qui sont reconstruits en utilisant pfam. Lorsque des données sur plusieurs individus sont disponibles, GEMPROT liste les différents haplotypes retrouvés dans l’échantillon et peut également comparer les distributions d’haplotypes entre différents sous-groupes d’individus au sein de l’échantillon.

En offrant une visualisation globale du gène avec les mutations génétiques présentes, GEMPROT permet de mieux appréhender l’impact de combinaisons de mutations sur la séquence protéique.


Tania CUPPENS (Brest), Thomas LUDWIG, Pascal TROUVÉ, Emmanuelle GENIN
00:00 - 00:00 #12993 - P657 Identification des CNVs par Whole-Exome-Sequencing avec l’algorithme XHMM (eXome Hidden Markov Model): expérience Dijonnaise.
Identification des CNVs par Whole-Exome-Sequencing avec l’algorithme XHMM (eXome Hidden Markov Model): expérience Dijonnaise.

Le séquençage haut-débit d’exome (WES) s’est massivement développé au cours de la dernière décennie pour identifier les variations génétiques responsables de maladies humaines, en particulier SNVs et indels. À ce jour, les CNVs (Copy Number Variation) sont diagnostiqués par CGH-array ou SNP-array avec une limite de détection inférieure d'environ 30kb. Le défi est maintenant de détecter à la fois SNVs et CNVs en utilisant une analyse unique à partir des données de WES. Plusieurs algorithmes ont été développés pour détecter les CNVs à partir des données de WES (Exome CNV, ConiFer, XHMM…). L’algorithme XHMM est optimisé pour l'identification de variations rares, en particulier des CNVs exoniques de moins de 30kb.

Nous avons initialement validé la performance de détection des CNVs avec l’algorithme XHMM à partir de 22 patients porteurs d’un CNV précédemment identifiés par CGH-array. Nous avons choisi 22 CNVs (détectés par le logiciel Cartagenia Bench Lab) allant de 28Kb à 17Mb dont 7 pathogènes et 15 VOUS. L’algorithme XHMM utilisé sur des données brutes de WES solo a retrouvé tous les CNVs pathogènes. Seulement 3 VOUS n'ont pas été détectés, car intronique ou avec un seul exon déviant détecté. La concordance entre les deux approches différentes (XHMM vs CGH-array) était élevée, avec un coefficient kappa de Cohen de 0.8764.

Nous avons ensuite appliqué l’algorithme XHMM sur les données de WES solo d’une cohorte de 350 patients atteints de troubles du développement (diagnostic et recherche), avec une CGH-array normale (4x180K Agilent). Nous avons identifié 5 CNV pathogènes, d'une taille allant de 685pb à 11kb (tous confirmés par qPCR), chez 5 patients (1,4%). Parmi eux, 4 patients présentaient des troubles du développement neurologique (délétions homozygotes de 4.5 kb du gène PPT1, 5kb du gène PIGN, 2.2kb du gène CLCN2 et 1 délétion hétérozygote de 637pb du gène TCF4). Un patient atteint d’un syndrome de Cohen présentait une délétion hétérozygote de 11kb du gène VPS13B associée à un SNV. Pour deux patients, XHMM n'a pas détecté les délétions du gène CLN3 (délétion de 1,1kb associé à un SNV et une délétion homozygote de 2,8kb), ces CNVs ont été suspecté par la clinique et visualisées de façon ciblée par IGV viewer.

Cette étude montre que l’algorithme XHMM a détecté, à partir des données de WES solo, non seulement l’ensemble des CNV pathogènes précédemment identifié par CGH-array, mais surtout des CNVs pathogènes non décelés par CGH-array chez 1.4% des patients. A noter que peu de limites techniques sont constatées, seulement lors d’une seule target déviante. Cette étude souligne l'intérêt majeur d'utiliser un algorithme dédié à l’identification des CNV lors de l’analyse des données de WES pour identifier SNVs et CNVs, en particulier ceux de moins de 30kb qui ne sont pas détectés par la CGH-array. Cette étude démontre également que l'analyse des données de WES avec l’algorithme XHMM pourrait-être utilisée en première intention pour la détection de CNVs.


Emilie TISSERANT, Julien THEVENON, Antonio VITOBELLO, Ange-Line BRUEL, Serge AHO, Arthur SORLIN, Mirna ASSOUM, Nathalie MARLE, Virginie QUÉRÉ-CARMIGNAC, Sophie NAMBOT, Mathilde LEFEBVRE, Daphnée LEHALLE, Frederic TRAN MAU-THEM, Christophe PHILIPPE, Paul KUENTZ, Marlène POULLEAU, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Charlotte POE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER (DIJON)
00:00 - 00:00 #12997 - P658 Un panel partagé de témoins de référence pour la population française : le projet FrEx.
Un panel partagé de témoins de référence pour la population française : le projet FrEx.

Le projet French Exome (FrEx) financé par France Génomique a permis de combler l’absence de données de séquences provenant de la population française.  Ce projet de séquençage et génotypage sur puce d’exomes de 574 individus issus de 6 régions française a su mettre en évidence la spécificité géographique de certaines variations génétiques et l’intérêt de disposer d’une base de données représentative de nos régions. En effet, la recherche de variants génétiques impliqués dans des pathologies nécessite de filtrer les variants trop fréquents dans la population. Pour ce faire, une bonne concordance entre les origines des patients et des témoins est nécessaire. Les données FrEx, utilisées comme panel de référence dans des études impliquant des patients d’origine française, ont déjà participé à cibler avec succès des variants impliqués dans plusieurs types de pathologies. L’utilisation de ces données s’est faite jusqu’à présent dans le cadre de collaborations mais il est souhaitable que ces données puissent être partagées avec le plus grand nombre d’investigateurs tout en préservant leur confidentialité.

Pour rendre accessible les données FrEx dans un cadre protégé, nous avons développé une interface web qui permet de les parcourir de façon simple (http://med-laennec.univ-brest.fr/FrExAC/). L’utilisateur fournit une position ou région génomique, un identifiant dbSNP ou un nom de gène et peut consulter la liste de tous les variants identifiés chez les témoins de FrEx à ces positions. Pour chaque variant plusieurs informations sont disponibles, telles que la fréquence dans les différentes régions géographiques de FrEx, le nombre d’individus homozygotes pour ce variant, les effets du variant sur le transcrit et la protéine et la qualité de génotypage du variant. Un graphique indique à l’utilisateur la profondeur de couverture autour des positions souhaitées et montre la position des variants au sein du kit de capture utilisé. Cette interface permettra donc aux chercheurs de valider ou d’écarter rapidement un potentiel variant candidat. L’interface web de FrEx permet également de télécharger des données statistiques relatives à une liste de gènes sur leur charge en différents types de variants sélectionnés sur la base de leur fonctionnalité ou de leur fréquence. Ces données pourront alors être mises en rapport avec des données génétiques de patients pour rechercher s’il existe un enrichissement en variants rares dans le gène étudié chez les patients et réaliser un test d’association avec les variants rares.


Thomas LUDWIG (Brest), Christian DINA, Olivier QUENEZ, Pierre LINDENBAUM, Joanna GIEMZA, Benjamin GRENIER-BOLEY, Camille CHARBONNIER, Céline BELLENGUEZ, Delphine BACQ, Doris LECHNER, Anne BOLAND, Vincent MEYER, Stéphanie CHATEL, Karen ROUAULT, Gaël NICOLAS, Claude FÉREC, Hervé LE MAREC, Luc LETENNEUR, Jean-François DARTIGUES, Jean-Charles LAMBERT, Dominique CAMPION, Richard REDON, Jean-François DELEUZE, Emmanuelle GÉNIN
00:00 - 00:00 #13004 - P659 Etude COMPASS : CaractérisatiOn Moléculaire en PrénatAl et postnatal par séquençage haut-débit des marqueurs chromosomiques SurnuméraireS et des translocations réciproques apparemment équilibrées de novo.
Etude COMPASS : CaractérisatiOn Moléculaire en PrénatAl et postnatal par séquençage haut-débit des marqueurs chromosomiques SurnuméraireS et des translocations réciproques apparemment équilibrées de novo.

En période pré et postnatale, les marqueurs chromosomiques surnuméraires (sSMC) et les translocations réciproques apparemment équilibrées de novo sont mis en évidence par le caryotype. La présence de ces remaniements chromosomiques soulève, notamment au cours de la grossesse, une question difficile de pronostic en raison du risque de déficience intellectuelle. L’avènement des nouvelles technologies comme le séquençage haut-débit de génome (WGS) permet d’envisager la détection des variations du nombre de copies (CNV) et la caractérisation avec précision des points de cassure de ces remaniements. L’objectif du projet COMPASS est de mettre à profit le WGS afin d’identifier et caractériser les sSMC, les translocations réciproques et les remaniements chromosomiques complexes (RCC), et secondairement d’améliorer la pipeline.

Un WGS a été effectué chez 19 patients porteurs des variations structurales de novo (identifiés sur le caryotype et analysés par CGH-array) découvertes en postnatal pour 11 patients (2 sSMC homogènes dont l’un de 7Mb comprenant de l’euchromatine et le second avec seulement de l’hétérochromatine, 5 translocations et 4 RCC) et en prénatal 8 patients (2 sSMC homogènes dont l’un de 2.6Mb comprenant de l’euchromatine et le second avec que de l’hétérochromatine, 3 translocations et 3 RCC). L’analyse bioinformatique des données brutes a été réalisée avec les algorithmes Lumpy pour les translocations et inversions et ControlFreec pour les CNVs.

Les analyses montrent que 7/8 translocations sont identifiées, dont l’une interrompt le gène GRIN2B au point de cassure, ce qui était compatible avec le phénotype du patient. La translocation prénatale non détectée implique des points de cassure péricentromériques. Les 7 RCC sont identifiés avec, parfois, la découverte de plus de 10 points de cassure, en faveur d’un mécanisme type chromothrypsis. Les 2 sSMC, composés d’hétérochromatique péricentromérique, détectés uniquement par FISH, ne sont retrouvés ni par WGS ni par CGH-array. Le sSMC postnatal de 7Mb contenant de l’euchromatine, préalablement identifié par CGH-array, est détecté par WGS. En revanche, le sSMC prénatal constitué d’euchromatine de 2.6 Mb identifié par CGH-array n’est pas détecté par WGS.

L’utilisation du WGS s’avère donc particulièrement efficace pour caractériser les points de cassure des translocations et des RCC (14/15), en prénatal comme en postnatal. A noter que les 2 sSMC non retrouvés par WGS sont composés exclusivement d’hétérochromatine péricentromérique, de même que l’un des points de cassure de la translocation réciproque non détectée. Pourtant, son utilisation dans les sSMC reste à discuter car un des 2 sSMC constitué d’euchromatine et d’une taille de 2.6Mb (sSMC du chromosome 20) n’a pas été détecté par WGS bien que ce CNV soit présent dans les données de séquençage. Le projet COMPASS nous a permis d’identifier les variations de structure et d’améliorer notre pipeline de WGS en prévision du plan France Génomique 2025.


Nathalie MARLE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Antonio VITOBELLO, Jacques PUECHBERTY, Julien THEVENON, Emilie TISSERANT, Anne-Marie GUERROT, Pascal CHAMBON, Geraldine JOLY-HÉLAS, Agnès GUICHET, Boris KEREN, Valèrie LAYET, Lucie TOSCA, Sophie BRISSET, Lionel VAN MALDERGEM, Philippe KHAU VAN KIEN, Martine DOCO-FENZY, Eva PIPIRAS, Claire BENNETEAU, Jean-François DELEUZE, Robert OLASO, Anne BOLAND, Marlène POULLEAU, Thibaud JOUAN, Charlotte POE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER (DIJON)
00:00 - 00:00 #13005 - P660 Trisomie 13 en mosaïque avec dilatation sévère de la racine aortique et habitus marfanoïde lié à un mécanisme chromosomique inattendu.
Trisomie 13 en mosaïque avec dilatation sévère de la racine aortique et habitus marfanoïde lié à un mécanisme chromosomique inattendu.

La trisomie 13 (T13), ou syndrome de Patau, est la 3ème trisomie autosomique la plus fréquente. Elle est caractérisée par un taux de mortalité élevé et précoce du fait d’une atteinte neurologique sévère associée à de multiples malformations congénitales. Il s’agit d’un syndrome rare dont la prévalence est estimée entre 1/10000 et 1/20000 naissances. Dans 5% des cas, il s’agit d’une T13 en mosaïque, généralement associée à un phénotype moins sévère et une survie plus prolongée.

Nous présentons le cas d’un garçon de 17 ans porteur d’une T13 en mosaïque  diagnostiquée en ACPA réalisée dans la cadre d’un bilan de déficience intellectuelle associée à un syndrome polymalformatif incluant : une hexadactylie post-axiale, une cyphoscoliose, un spina occulta, une communication interventriculaire et des signes dermatologiques évocateurs d’un mosaïcisme cutané. Il présente par ailleurs une bicuspidie aortique et une large dilatation de la racine de l’aorte associées à un habitus marfanoïde.

L’analyse d’un panel de 23 gènes connus pour être impliqués dans le syndrome de Marfan et les pathologies apparentés n’a pas mis en évidence de variant pathogène.

L’ACPA a montré la présence d’un gain en mosaïque faible (11%) pour l’ensemble des bras longs du chromosome 13. 

Le caryotype constitutionnel a mis en évidence la présence d’un dérivé de translocation non réciproque entre les bras longs d’un chromosome 13 et l’extrémité des bras courts d’un chromosome 10, réalisant une T13 non libre dans 15% des cellules étudiées. Ce dérivé est hérité de la mère et de la grand-mère maternelle, chez qui il est présent de façon homogène, réalisant une formule chromosomique équilibrée à 45 chromosomes.

La caractérisation en FISH a mis en évidence la présence de séquences télomériques interstitielles à la jonction entre les deux chromosomes.

Les télomères interstitiels sont des séquences télomériques présentes dans les portions intra-chromosomiques. En dehors de certaines marques de notre évolution, leur présence traduit des remaniements chromosomiques individuels.

Afin de comprendre le mécanisme ayant mené à la mosaïque, une étude des marqueurs microsatellites a permis d’éliminer une chimère, et une puce SNP-Array n’a pas montré d’isodisomie. Le mécanisme le plus probable est donc lié à l’instabilité du télomère interstitiel au niveau duquel est survenue une cassure, entrainant la perte du fragment acentrique dérivé des bras longs du chromosome 13 et la conservation du chromosome 10 intact.

En l’absence de luxation du cristallin et de mutation identifiée sur le panel de gènes impliqués dans le syndrome Marfan et les syndromes apparentés, l’hypothèse d’un syndrome de Marfan est peu probable et on peut supposer que le phénotype cardiaque est  lié au remaniement chromosomique. En effet, plusieurs loci sur le bras long du chromosome 13 ont été associés à des anomalies aortiques incluant bicuspidie et dilatation. Ainsi, nous conseillons de surveiller l’aorte chez les patients porteurs de T13.


Pauline MONIN (LYON), Nicolas REYNAUD, Audrey PUTOUX, Nadine HANNA, Sophie DUPUIS-GIROD, Marianne TILL, Pauline ARNAUD, Audrey LABALME, Eudeline ALIX, Coline POIZAT-AMAR, Marie FAOUCHER, Lucie RAVELLA, Bernard DEBOST, Jean-François OBADIA, Jean-Christophe ZECH, Catherine BOILEAU, Damien SANLAVILLE, Patrick EDERY, Caroline SCHLUTH-BOLARD
00:00 - 00:00 #13023 - P661 Syndrome d'interruption de la tige pituitaire dans le syndrome Kabuki : à propos de deux cas et revue de la littérature.
Syndrome d'interruption de la tige pituitaire dans le syndrome Kabuki : à propos de deux cas et revue de la littérature.

Le syndrome Kabuki (SK) est un syndrome rare caractérisé par une dysmorphie faciale, de multiples anomalies congénitales, une déficience intellectuelle et un retard de croissance qui est retrouvé chez 50% des patients. La cause de la petite taille chez ces patients n’a pas été totalement élucidée. Quelques patients présentant une anomalie endocrinienne de l’axe hypothalamo-hypophysaire ont été décrits dans la littérature et seulement 3 patients ayant une malformation de la glande pituitaire ou de l’hypothalamus, dont 2 avec un syndrome d’interruption de la tige pituitaire, ont été rapportés jusqu’à maintenant. Nous présentons 2 patients avec un SK et un syndrome d’interruption de la tige pituitaire.

Le premier s’est présenté avec une hypoglycémie néonatale persistante sans hyperinsulinisme, mais avec déficit en GH et en ACTH. Une IRM cérébrale faite à l’âge de 13 jours a montré un syndrome d’interruption de la tige pituitaire avec une post-hypophyse ectopique et une absence de tige pituitaire. La recherche de mutations dans les gènes HESX1, SOX2 and OTX2 s’est révélée négative de même que l’analyse d’un panel de 21 gènes d’holoprosencéphalie. Le diagnostic de SK a été évoqué à l’âge de 21 mois sur l’association d’une microcéphalie à -3 DS, une hypotonie avec retard global de développement psychomoteur, un syndrome dysmorphique caractéristique et un ensemble malformatif évocateur (dents néonatales, luette bifide, colobome bilatéral, CIA et CIV, brachydactylie et clinodactylie des 5èmes doigts). Il a été confirmé par la mise en évidence d’une mutation faux-sens hétérozygote du gène KMT2D (c.15142C>T ; p.[Arg5048Cys]) survenue de novo et déjà rapportée dans la littérature.

La deuxième patiente est née après une grossesse marquée par la mise en évidence d’une hyperclarté nucale à 5,2 mm et une ascite foetale. Elle a également présenté des hypoglycémies néonatales sans hyperinsulinisme mais avec déficit en GH en rapport avec un syndrome d’interruption de la tige pituitaire. Elle présente par ailleurs un syndrome dysmorphique typique de SK, des pulpes digitales en goutte, une brachydactylie et clinodactylie des 5èmes doigts, un strabisme, des agénésies dentaires, une CIA, un déficit en IgA et IgG et un retard global de développement avec épilepsie. Le diagnostic de SK a également été confirmé par la mise en évidence d’une mutation hétérozygote du gène KMT2D (c.6325C>T, p.[Gln2109*]).

Ces nouveaux cas, combinés à ceux de la littérature, soulignent le fait que les anomalies de l’axe hypothalamo-hypophysaire doivent être recherchées et qu’une imagerie de la tige pituitaire doit être effectuée chez tous les patients atteints du SK qui présentent un retard de croissance et/ou un bilan endocrinien anormal. Un diagnostic précis et précoce est important pour la prise en charge des patients puisqu’un rattrapage de croissance peut être obtenu par hormone de croissance et que les autres complications médicales peuvent être évitées.


Aline VINCENT (Caen), Vincent GATINOIS, Amélie FAVREAU, Chantal METZ, Marie LEGENDRE, Christèle DUBOURG, Serge AMSELEM, David GENEVIÈVE, Annick TOUTAIN
00:00 - 00:00 #13028 - P662 Seule l’approche « genotype first » a permis l’identification de nouvelles mutations du gène BRWD3.
Seule l’approche « genotype first » a permis l’identification de nouvelles mutations du gène BRWD3.

Le gène BRWD3 code pour une protéine contenant un bromodomaine et plusieurs répétitions WD. Chez la drosophile la protéine dBRWD3 interagit avec un complexe protéique qui agit sur l’histone H3.3, permettant ainsi de moduler l’expression de gènes impliqués dans le développement du système nerveux.  Depuis 2007, le phénotype associé aux mutations de BRWD3 n’a été rapporté que dans 2 familles supplémentaires. Initialement ces mutations ont été impliquées dans un phénotype aspécifique associant macrocéphalie et déficience intellectuelle (DI). Du fait de ce phénotype aspécifique seul une approche « génotype first » a permis l’identification de nouveaux variants. L’utilisation du séquençage haut débit d’exome associé aux outils de partage international de données, a permis d’identifier six nouveaux patients (4 masculins et 2 féminins), non apparentés, mutés dans BRWD3.

Parmi les patients de sexe masculin, 1 présentait un variant en mosaïque. Une étude du biais d’inactivation de l’X chez 1/2 patiente a retrouvé un biais d’inactivation de 100% en faveur de l’allèle muté. En colligeant les 9 patients précédemment décrits, nous avons comparé le phénotype de 13 patients de sexe masculin et de 2 de sexe féminin présentant un variant pathogène dans le gène BRWD3, soit 10 variants différents incluant 6 tronquants et 4 faux-sens.

Chez les patients masculins (à l’exception de celui avec un variant en mosaïque), les particularités phénotypiques les plus fréquentes comprenaient : une DI (11/12), un retard de langage (11/12), une macrocéphalie avec un front proéminant (9/12), un visage allongé avec un menton pointu (8/12), une timidité (6/12), des doigts ou orteils larges (6/12) et de grandes oreilles (5/12). Les 2 patientes présentaient une macrocéphalie, un retard de langage et une épilepsie, qui n’était retrouvée que chez un seul patient masculin. Parmi ces 15 cas, 10 cas masculins étaient hérités d’une mère saine, et 5 étaient survenus de novo, incluant les 2 patientes et le patient masculin avec le variant en mosaïque. Parmi les patients masculins, les 8 variants décrits incluaient 3 décalages du cadre de lecture (dont 1 en mosaïque), 1 stop prématuré, 1 délétion partielle et 3 faux sens. Une patiente présentait un variant décalant le cadre de lecture, l’autre un faux-sens avec un biais d’inactivation de l’X complet. La macrocéphalie était absente chez les patients avec les variants faux-sens mais présente chez les patients avec les variants tronquants.

Cette étude montre que le phénotype des mutations du gène BRWD3 qui associe principalement DI, troubles du comportement et macrocéphalie, peut être retrouvé à la fois chez les patients masculin et féminin. Ce phénotype reste cependant aspécifique et difficile à reconnaitre pour les cliniciens et seule une approche « genotype first » a permis l’identification de ces mutations. Cet approfondissement de la description clinique trouvera son utilité dans un contexte de « reverse phenotyping ».


Julian DELANNE (Dijon), Magalie LECAT, Patrick BLACKBURN, Eric KLEE, Constance STUMPEL, Sander STEGMANN, Servi STEVENS, Maureen MULHERN, Caroline NAVA, Delphine HERON, Boris KEREN, Sonal DESAI, Sakkubai NAIDU, Dusica BABOVIC-VUKSANOVIC, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Emilie TISSERANT, Yanis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
00:00 - 00:00 #13031 - P663 Identification de variations exoniques à l’origine de défauts d’épissage : applications en génétique médicale à l’ère du séquençage à haut débit.
Identification de variations exoniques à l’origine de défauts d’épissage : applications en génétique médicale à l’ère du séquençage à haut débit.

Un des défis majeurs en génétique médicale est l’interprétation biologique et clinique des variations de signification inconnue (VSI) identifiées dans le génome des patients. Cette problématique est particulièrement importante surtout dans cette nouvelle ère de séquençage à haut débit.

En théorie, toute VSI (intronique ou exonique) est potentiellement susceptible d’affecter l’épissage de l’ARN, soit en modifiant les sites d’épissage, soit en altérant des éléments de régulation. Etant donné le grand nombre de VSI identifiées, toutes ne peuvent pas faire l’objet d’une analyse fonctionnelle. Il est donc essentiel aujourd’hui d’établir des stratégies de stratification basées sur des prédictions in silico afin de sélectionner les variations à tester en priorité par des approches expérimentales. Toutefois, et contrairement aux altérations sur les sites d’épissage, les changements au niveau des éléments exoniques régulateurs d’épissage (ESR) sont très difficiles à appréhender par les méthodes bioinformatiques actuellement disponibles.

Dans ce contexte, des travaux récents de notre laboratoire sur un jeu de données comprenant 154 variations sur 5 gènes différents ont révélé que : (i) le nombre de variations exoniques provoquant des défauts d’épissage est plus important que celui initialement estimé et (ii) l’impact de ces variations peut être prédit par deux nouvelles approches in silico axées sur les ESR.

Ici, nous validons ces deux approches s sur un jeu de données plus large (~1000 variations localisées dans 89 gènes associés à différentes pathologies). De plus, nous avons intégré  deux autres nouvelles méthodes à notre stratégie d’analyse bioinformatique. La fiabilité de ces 4 méthodes a été déterminée par comparaison des données obtenues in silico avec celles issues d’analyses expérimentales basées sur des « tests minigènes » ou effectuées à partir de l’ARN de patients. De façon importante, nos résultats montrent que, en général, ces quatre outils  permettent l’identification de mutations d’épissage touchant des ESR potentiels. Nous avons aussi déterminé la meilleure façon de les combiner afin d’augmenter la spécificité et la sensibilité de notre stratégie. Enfin, nous avons entrepris une étude prospective focalisée sur des variations pas connues pour leurs effets sur l’épissage, décrites dans les gènes MSH2 et MAPT, avec des résultats très probants.

Ces travaux soulignent le potentiel des approches in silico en tant qu’outils de filtration pour prioriser les VSI à analyser dans des tests fonctionnels axés sur l’épissage. Cette stratégie peut aider à l’identification de variations pathogènes parmi la multitude de variations détectées par séquençage à haut débit. Nos résultats pourront ainsi avoir d’importantes implications dans toute autre maladie d’origine génétique.


Hélène TUBEUF, Omar SOUKARIEH, Camille LE CLÉZIO, André BLAVIER, Thierry FRÉBOURG, Pascaline GAILDRAT, Alexandra MARTINS (ROUEN)
00:00 - 00:00 #13034 - P664 Adénomes hypophysaires isolés familiaux : stratégie pour l’identification d’une nouvelle cause génétique.
Adénomes hypophysaires isolés familiaux : stratégie pour l’identification d’une nouvelle cause génétique.

Les adénomes hypophysaires peuvent être syndromiques dans le contexte de néoplasies endocriniennes multiples (NEM1 ou NEM4) ou isolées (adénomes hypophysaires isolés familiaux / FIPA). Les FIPA sont dus à des mutations d'AIP dans 15% des cas, mais dans plus de 80% des cas la cause génétique demeure inconnue.

Nous avons étudié une famille nantaise avec cinq membres atteints de FIPA sur le plan génétique et clinique. Le cas index présentait en 2009 un adénome à prolactine mesurant 28 mm avec un bilan phosphocalcique normal. Devant l’évolution clinique agressive,  le diagnostic d’adénocarcinome hypophysaire (forme très rare, 0,1 à 0,2% des adénomes hypophysaires) a été évoqué. Deux membres atteints d’adénome hypophysaire dans la famille présentent d’autres atteintes endocriniennes comme une hyperparathyroïdie primaire et des tumeurs neuro-endocrines. L'analyse ciblée des gènes candidats a identifié trois variants dans les gènes MEN1, CDKN1B et AIP, mais l’analyse de co-ségrégation suggère qu’ils ne seraient pas causals. Le séquençage d'exome chez deux patients atteints de la famille a identifié 21 variants. Après les analyses de ségrégation et de liaison génétique d'identité par descendance dans la famille, trois gènes s'avèrent être des candidats potentiels. L’un est particulièrement attractif, étant donné son implication dans la voie de signalisation de l’EGF. Afin de confirmer l’implication de ces gènes dans la physiopathologie des FIPA, d'une part nous étudions la conséquence fonctionnelle des variants identifiés par des expériences de mutagénèse dirigée dans des lignées cellulaires. Par ailleurs, nous testons actuellement la présence de ces variants chez des probands atteints de FIPA sans cause génétique identifiée.

L'ensemble des résultats permettra de découvrir l'implication d'un nouveau gène responsable de FIPA, ce qui ouvrira de nouvelles perspectives thérapeutiques pour le développement de thérapies ciblées. 


Elias BARRAK (Nantes)
00:00 - 00:00 #13040 - P665 Implication de gènes de formes syndromiques de fente labiale et/ou palatine dans les formes non-syndromiques.
Implication de gènes de formes syndromiques de fente labiale et/ou palatine dans les formes non-syndromiques.

Les fentes labiales avec ou sans fente palatine (FL/P) et les fentes palatines seule (FP). sont les plus fréquentes des malformations craniofaciales congénitales avec une incidence d’environ 1/700. .Elles sont réparties en forme syndromique, le plus souvent associée à une transmission mendélienne, et en forme non syndromique (ns), c’est-à-dire sans autre anomalies associées. . Pour les formes non syndromiques majoritaires, dont environ 20 % sont familiales, une origine multifactorielle est le plus souvent retenue avec une interaction complexe entre facteurs environnementaux et facteurs génétiques

A ce jour, l’utilisation de multiples approches génétiques, souvent complémentaires : étude de liaison, d’association, de modèles animaux, d’anomalie chromosomique ou étude du rôle de facteurs connus dans les formes syndromiques de fentes n’ont permis l’identification que d’un nombre limité de gènes ou de loci chromosomiques impliqués dans les formes non-syndromiques .

Afin d’identifier des variants génétiques impliqués les formes non syndromiques, une sélection  de patients issus de formes familiales (12 familles avec FP, 10 avec FL/P, 2 avec insuffisance vélaire) et 6 cas isolés de FP ont été étudiés par séquençage haut débit d’exome.

Plusieurs variants probablement délétères ont été identifiés dans 5 familles: au sein du gène TBX1 (1 famille), TP63 (1 famille), GHRL3 (2 familles), et LRP6 (1 famille). Une réévaluation et mise à jour des données cliniques ont permis de confirmer le caractère isolé des fentes avec une expressivité variable chez les patients atteints, ainsi qu’une pénétrance incomplète par l’observation de patients porteurs non atteints.

Cette étude est en faveur de l’implication des gènes de formes syndromiques dans les formes non-syndromiques. Elle interpelle  quant à la contribution de ces variants pour une part importante dans l’héritabilité manquante des formes non syndromiques.

Les données de séquençage haut débit d’exome d'une nouvelle sélection de patients sont en cours d’interprétation.


Benedicte DEMEER, Benedicte DEMEER (Amiens), Mirta BASHA, Nicole REVENCU, Odile BOUTE, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Raphael HELAERS, Geneviève FRANÇOIS, Bénédicte BAYET, Bernard DEVAUCHELLE, Miikka VIIKKULA
00:00 - 00:00 #13046 - P666 Exclusion spontanée d’exon permettant d’échapper à un arrêt prématuré de la traduction de CEP290 chez deux individus atteints d’une dystrophie rétinienne inhabituelle modérée.
Exclusion spontanée d’exon permettant d’échapper à un arrêt prématuré de la traduction de CEP290 chez deux individus atteints d’une dystrophie rétinienne inhabituelle modérée.

Introduction : CEP290 code une protéine de 290 KDa essentielle pour l’assemblage et la maintenance des cils primaires et motiles dans un grand nombre de systèmes cellulaires. Les mutations bialléliques de ce gène sont l’une des principales causes de l’amaurose congénitale de Leber, ACL10.  Cette forme d’ACL est caractérisée par une malvoyance très profonde à la naissance avec nystagmus, photophobie et performances visuelles ne dépassant pas une perception de la lumière. Récemment, nous avons identifié des mutations CEP290 tronquantes, respectivement homozygote et hétérozygotes composites (p.Ile556Phefs*17 et p.Lys170* + p.Glu1364), chez deux individus non apparentés atteints d’une dystrophie rétinienne bien plus modérée (absence de nystagmus et de photophobie, acuité visuelle de 3/10 et 6/10 à 18 ans et 33 ans, respectivement). Notre étude visait à comprendre les bases moléculaires de ces observations.

Matériel et méthodes : L’ARNm et la protéine CEP290 ainsi que l’intégrité du métabolisme ciliaire ont été analysés dans des lignées de fibroblastes des deux individus et de contrôles.

Résultats : Nous avons mis en évidence dans les fibroblastes des deux individus, l’existence de transcrits alternatifs du gène CEP290 dont le séquençage a révélé l’exclusion des exons codant un stop prématuré. Ces exclusions spontanées, absentes dans les lignées contrôles, conduisaient à un rétablissement du cadre de lecture, objectivé par l’identification d’une protéine aux alentours de 290 kDa par Western Blot. Cette protéine conserve tout ou partie de ses interactions ainsi que nous l’avons révélé par BN-PAGE et immunomarquages. Enfin, le nombre et la taille des cils étaient identiques dans les lignées des patients et des contrôles.

Conclusion : Le saut spontané des exons porteurs de codons stop prématurés a permis la production d'ARNm conservant un cadre de lecture ouvert, et la traduction d’une protéine CEP290 permettant une ciliogénèse en apparence normale. Ces données contrastent avec l’altération significative de la ciliation (nombre et taille des cils) dans les fibroblastes des individus atteints d’une ACL traditionnelle, porteurs de la mutation intronique profonde récurrente du gène. L’étude présentée ici suggère que certains exons de CEP290 sont dispensables faisant de ce gène une cible privilégiée pour les thérapies de saut d’exon.


Iris BARNY (PARIS), Isabelle PERRAULT, Sophie THOMAS, Tania ATTIÉ-BITACH, Christian HAMEL, Hélène DOLLFUS, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Xavier GÉRARD
00:00 - 00:00 #13050 - P667 Identification et analyse fonctionnelle de la première insertion Alu responsable de choroïdérémie.
Identification et analyse fonctionnelle de la première insertion Alu responsable de choroïdérémie.

La choroïdérémie est une maladie rare liée à l’X caractérisée par une dégénérescence progressive de la choroïde, de l’épithélium pigmentaire de la rétine et de la rétine. Cette pathologie est exclusivement liée au gène CHM qui code pour la protéine REP1 (Rab Escort Protein-1) impliquée dans la prénylation de protéines Rab GTPases, éléments clef du trafic cellulaire et de la dynamique des membranes.

Le spectre mutationnel du gène CHM est essentiellement composé de mutations ponctuelles (insertions ou délétions de bases et substitutions) et de grandes délétions pouvant englober la totalité du gène. Actuellement une seule étude rapportant le cas d’un grand réarrangement du gène CHM par insertion d’un élément transposable LINE-1 (Long Interspersed Nuclear Element-1) a été décrite.

 

Nous présentons ici les résultats des analyses moléculaires réalisées chez un patient atteint de choroïdérémie chez qui a été identifié pour la première fois l’insertion d’un élément Alu dans le gène CHM.

 

L’étude de l’ADN du patient par amplification et séquençage des 15 exons du gène CHM a révélé l’insertion d’une séquence Alu, appartenant à la famille Ya5, dans l’exon 7. Celle-ci est encadrée par deux répétitions directes créées lors de son mécanisme d’intégration via l’action d’une endonucléase L1 suivie d’une rétro-transcription de l’ARN Alu. Par rapport à la séquence AluYa5 consensus, cette séquence insérée présente une délétion de 38 paires de bases dans sa partie 5’ terminale qui reflète une rétrotranscription inachevée pouvant être liée à la présence d’une micro-homologie de deux paires de bases. L’analyse des transcrits CHM, à partir de prélèvements de sang ou de fibroblastes en culture du patient, montre que cette insertion Alu donne lieu à la synthèse de deux populations d’ARN messagers. Chaque population ayant en commun une délétion partielle de l’exon 7 suivie d’une insertion de 29 ou 61 paires de bases de l’élément Alu en fonction du site donneur de la séquence Alu utilisé. Des études de quantification des transcrits issus des fibroblastes du patient permettent d’estimer une diminution du taux des transcrits CHM de l’ordre de 80% par rapport à un individu témoin. La quantité de protéine REP1, estimée par Western blot, est quant à elle diminuée de 97%. Un défaut de prénylation ainsi qu’une augmentation par un facteur 9 de la quantité des protéines Rab cytoplasmiques sont également constatés au niveau des fibroblastes du patient. Ces résultats, observés au niveau des transcrits CHM et des protéines REP1 et Rab, s’inscrivent dans les données déjà rapportées pour les mutations par perte de fonction du gène CHM.

Bien qu’ils soient sans doute sous-estimés, les éléments transposables responsables de pathologies restent rares. En considérant l’insertion LINE déjà décrite, la mutation par perte de fonction AluYa5 que nous avons caractérisée représente le second événement mutationnel par rétrotransposition identifié dans le gène CHM.


Christel VACHÉ (MONTPELLIER), Simona TORRIANO, Valérie FAUGÈRE, David BAUX, Christian HAMEL, Nejla ERKILIC, Michel KOENIG, Vasiliki KALATZIS, Anne-Françoise ROUX
00:00 - 00:00 #13062 - P668 Associated anomalies in cases with esophageal atresia.
Associated anomalies in cases with esophageal atresia.

         Esophageal atresia (EA) is a common type of congenital anomaly. The etiology of esophageal atresia is unclear and its pathogenesis is controversial. Infants with esophageal atresia often have other non-EA associated congenital anomalies. The purpose of this investigation was to assess the prevalence and the types of these associated anomalies in a defined population. The associated anomalies in cases with EA were collected in all livebirths, stillbirths and terminations of pregnancy during 29 years in 387,067 consecutive births. Of the 116 cases with esophageal atresia, representing a prevalence of 2.99 per 10,000, 54 (46.6%) had associated anomalies. There were 9 (7.8%) cases with chromosomal abnormalities including 6 trisomies 18, and 20 (17.2%) nonchromosomal recognized dysmorphic conditions including 12 cases with VACTERL association and 2 cases with CHARGE syndrome. Twenty five (21.6%) of the cases had multiple congenital anomalies (MCA). Anomalies in the cardiovascular, the digestive, the urogenital, and the musculoskeletal, were the most common other anomalies. The anomalies associated with esophageal atresia could be classified into a recognizable malformation syndrome or pattern in 29 out of 54 cases (53.7 %). This study included special strengths: each affected child was examined by a geneticist, all elective terminations were ascertained, and the surveillance for anomalies was continued until 2 years of age. In conclusion the overall prevalence of associated anomalies, which was close to one in two cases, emphasizes the need for a thorough investigation of cases with EA. A routine screening for other anomalies may be considered in cases with EA.


Claude STOLL, Yves ALEMBIK (STRASBOURG), Béatrice DOTT
00:00 - 00:00 #13069 - P669 jvarkit-burden: Une suite d'outils en java manipulant des fichiers VCF dans le cadre de tests d'association de variants rares (tests de type 'burden').
jvarkit-burden: Une suite d'outils en java manipulant des fichiers VCF dans le cadre de tests d'association de variants rares (tests de type 'burden').

Les tests d'association par sequençage du génome-entier permettent d'identifier les variants rares ou peu frequents potentiellement impliqués dans les maladies complexes. Des nombreaux tests ont été decrit dans la litterature qui peuvent être appliqués à la recherche d'alleles rares de susceptibilité. Parmi ceux-la, les tests de type 'burden' (CAST) et les tests basés sur la decomposition de la variance (SKAT, SKATO) sont aujourd'hui les plus utilisés. Un passage preliminaire mais fondamentale dans l'application dedites tests est la selection de variants à analyser et la definition de groupes de variants, les regions genomiques sur lequels le test sera appilqué.
A cet effet, le statisticien doit transformer et filtrer des fichiers de génotypes, typiquement des fichiers VCF (variant-call-format), afin de  les traiter par des 'packages' spécifiques du language 'R', telle que le package 'SKAT'.
La filtration des fichiers VCF nécéssite de nombreuses étapes telle que la découpe des VCFs par gène, par transcrit ou par fenetre coulissante, l'ajout d'annotations (par exemple ajouter les féquences alléliques de Gnomad, ajouter des critères de conservation inter-espèce, etc... ) permettant d'écarter les variants connus et fréquents, la selection des variants en fonction de leur conséquence sur le gène, le calcul des fréquences alléliques en fonction des populations de cas et de témoins, etc.... 
Nous avons mis au point une suite d'outils permettant de manipuler les VCFs dans le cadre de tests d'association de variants rares. Cette suite d'outils intégré dans la suite logicielle 'jvarkit' a été devéloppée en java et utilise la librairie 'java pour l'analyse des données à haut-débit' (htsjdk). La modularité de ces outils permet de les ajouter facilement dans un pipeline et de les utiliser dans un environement parallelisable.
Une fois la selection de variants effectuée, il est possible d'utilliser une fonction permettant de trasformer les données à partir du vcf et d'appliquer un certain nombre de tests existants dans la litterature. CAST, SKAT, SKAT-O, KBAC et DoEstRare sont les tests actuellement utilisables.  
Nous démontrons l'éfficacité des ces outils dans le cadre d'un test 'burden' sur le syndrome de Brugada portant sur les résultats de plus de 700 séquençages de génomes entiers où nous retrouvons le gène 'SCN5A' , connu pour être impliqué dans la maladie.
Les outils et le code source sont disponibles sur : https://github.com/lindenb/jvarkit

Pierre LINDENBAUM (Nantes), Matilde KARAKACHOFF, Elodie PERSYN, Christian DINA, Richard REDON
00:00 - 00:00 #13081 - P670 Nouveaux variants de BLOC1S3/HPS8 responsables d’une forme très rare et modérée d’albinisme syndromique.
Nouveaux variants de BLOC1S3/HPS8 responsables d’une forme très rare et modérée d’albinisme syndromique.

Le syndrome d’ Hermansky-Pudlak (HPS) est une forme syndromique d’albinisme oculo-cutané associant hypopigmentation cutanéo-phanérienne, atteintes visuelles et diverses atteintes hématologiques, immunologiques ou respiratoires. Dix formes d’HPS sont décrites, toutes de transmission autosomique récessive, impliquant chacune un gène différent.  HPS8, causé par des mutations du gène BLOC1S3 (OMIM  609762), est une des formes les plus rares d’HPS, avec 2 familles décrites dans la littérature. Les patients rapportés présentent des hypopigmentations et des atteintes visuelles modérées, ainsi que des atteintes de la lignée plaquettaire pauci- voire asymptomatiques.

Nous rapportons ici 3 nouvelles familles avec des membres atteints d’HPS8. Dans la 1ère famille, le cas index nous a été adressé devant la survenue d’un lymphome de Hodgkin à prédominance lymphocytaire, dans un contexte d’hypopigmentation cutanéo-phanérienne et de troubles visuels. Il a également présenté des épisodes de saignement post-chirurgicaux. Il est porteur d’une délétion homozygote de 19 paires de bases (pb), responsable d’un décalage du cadre de lecture avec codon stop prématuré, NM_212550.3:c.385_403del (p.(Ser129Glnfs*90)), absente de gnomAD. Il a 3 frères et sœurs atteints également dont les analyses sont en cours.  Dans la 2ème famille le cas index présente une hypopigmentation modérée, une baisse d’acuité visuelle avec transillumination irienne et un déficit d’agrégation plaquettaire. Ce patient est porteur d’une délétion en phase de 24pb à l’état homozygote, NM_212550.3:c.444_467del (p.(Gln150_Ala157del)). Cette délétion n’est rapportée qu’une fois sur 60000 allèles, à l’état hétérozygote, dans gnomAD. Elle emporte deux acides aminés (aa) très conservés. Dans la 3ème famille, une mutation faux-sens homozygote, NM_212550.3:c.322C > G (p.(Leu108Val)), a été identifiée chez une patiente issue d’une union consanguine. Elle présente une hypopigmentation modérée, des troubles visuels et un déficit d’agrégation plaquettaire avec déficit en granules denses, dans un contexte plus global de pathologie congénitale sévère. Au moment du diagnostic, ce variant, concernant un aa très conservé, n’était pas retrouvé à l’état homozygote dans la base de données ExaC. Il a depuis été ajouté dans la base gnomAD où il est présent chez 67 personnes à l’état homozygote. Nous discutons de la pathogénicité de ce variant faux sens à la lumière de ces nouvelles données.  

Ces 3 familles comparées à celles précédemment décrites dans la littérature laissent penser que HPS8 est une forme très modérée d’HPS. Notre approche de panel diagnostic au laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Bordeaux permet l’identification de ces formes rares, pauci-symptomatiques et de dresser de meilleures corrélations génotypes-phénotypes.


Perrine PENNAMEN (Bordeaux), Angela TINGAUD-SEQUEIRA, Vincent MICHAUD, Claudio PLAISANT, Fanny MORICE-PICARD, Catherine VINCENT-DELORME, Fabienne GIULIANO, Saba AZARNOUSH, Eulalie LASSEAUX, Benoit ARVEILER
00:00 - 00:00 #13084 - P671 GeneMatcher : le meetic des généticiens : 4 jours en moyenne pour trouver le bon partenaire.
GeneMatcher : le meetic des généticiens : 4 jours en moyenne pour trouver le bon partenaire.

Les nouvelles technologies de séquençage haut-débit (SHD) ont largement prouvé leur efficacité pour identifier les bases moléculaires des pathologies avec une grande hétérogénéité clinique et génétique. Cependant, de nombreux résultats demeurent non-concluants car les corrélations génotype-phénotype sont limitées par le caractère ultra-rare des maladies dont les causes demeurent à ce jour encore non élucidées limitant ainsi les chances de récurrence. La mise en place d’un réseau de partage des données international a permis d’augmenter les chances d’identifier d’autres patients avec un phénotype similaire et de caractériser de nouveaux syndromes rares d’origine génétique.

Nous rapportons ici notre expérience dans le partage de données à l’aide du réseau international GeneMatcher. Au cours des deux dernières années, nous avons partagé 56 gènes candidats, alors inconnus en pathologie humaine. Dans 82% des cas (46/56 gènes), un match a lieu avec une médiane de 1 match par gène soumis (entre 0 et 34 matchs). A l’issue de ces matchs, les différentes comparaisons des données cliniques et de corrélation génotype/phénotype ont clairement permis de confirmer la pathogénicité du gène candidat dans 19/46 cas (41%) et d’infirmer son implication dans 4/46 cas (8%). La récurrence limitée des 51% autres gènes candidats n’a actuellement pas encore permis de conclure sur leur causalité. La rapidité de réaction et de conclusion est également à souligner, puisque le délai médian de la 1ère réponse après soumission est de 58 minutes. Chez les 41% de matchs ayant confirmé la pathogénicité du gène candidat, le délai médian entre la soumission et la conclusion de pathogénicité grâce au nombre de récurrence suffisant s’élève à 4,5 jours. Dix soumissions n’ont à ce jour pas encore fait l’objet d’un match ; ceci peut s’expliquer par la rareté de l’implication du gène dans une pathologie déjà elle-même rare. A noter qu’en 2017, le nombre croissant d’utilisateurs de Genematcher a permis d’augmenter significativement le temps de réaction, jusqu’à parfois moins de 10 minutes après la soumission, pour échanger le génotype et le phénotype des patients entre deux équipes. De plus, ce réseau a permis de développer de nouvelles collaborations internationales dans 51% des cas, pour établir des cohortes de patients atteints de maladies ultra-rares et initier des études fonctionnelles, qui seront ensuite valorisés par des publications scientifiques.

En conclusion, Genematcher apparait un élément rapide et essentiel à l’interprétation des variations de signification inconnues identifiées par SHD dans des gènes non OMIM et une étape indispensable dans le processus d’identification de nouveaux gènes dans les anomalies du développement et/ou déficiences intellectuelles.


Ange-Line BRUEL (DIJON), Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sophie NAMBOT, Virginie QUÉRÉ, Paul KUENTZ, Julien THEVENON, Mirna ASSOUM, Sébastien MOUTTON, Nada HOUCINAT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Mathilde LEFEBVRE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13085 - P672 Stratégie d’analyse de STRC, un gène majeur impliqué dans les surdités moyennes.
Stratégie d’analyse de STRC, un gène majeur impliqué dans les surdités moyennes.

Le gène STRC codant pour la stéréociline, est localisé sur le chromosome 15 au niveau d’une grande structure dupliquée en tandem incluant également les gènes PIP5K1b, CATSPER2 et CKMT1A.

À l'exception de CKMT1A, tous ces gènes sont dupliqués sous forme de pseudogènes non fonctionnels. Ainsi, le pseudogène ySTRC, qui présente une homologie de séquence de 98,9% avec le gène STRC (exons et introns inclus), reste non fonctionnel grâce au variant c.4057T > C qui introduit un codon stop prématuré au niveau de l’exon 20.

Conséquence directe de l’instabilité de cette structure génomique propice aux grands réarrangements, les mutations les plus fréquentes du gène STRC sont de grandes délétions de tailles variables. Si ces délétions sont bi-alléliques et englobent également le gène CATSPER2 la perte auditive est alors associée à une stérilité masculine. Des mutations ponctuelles ont également été rapportées mais la présence du pseudogène ySTRC rend leur identification plus délicate.  Afin d’inclure l’étude du gène STRC dans notre offre diagnostique de surdité non syndromique qui par ailleurs inclut la recherche d’altérations dans plus de 70 gènes, nous avons mis en place différentes approches permettant une analyse spécifique de ce gène. La présence de grandes délétions est ainsi recherchée par analyse des données NGS et validée par QMPSF ciblée spécifiquement sur le gène STRC. Les mutations ponctuelles et les petites délétions et insertions sont quant à elles détectées soit par lecture directe des résultats NGS soit par analyse visuelle des fichiers Bam via le logiciel Intergrative Genomics Viewer pour les séquences STRC et ySTRC. Ces altérations de séquence sont ensuite validées à l’aide d’une amplification long-range spécifique du gène STRC comprenant ses extrémités 5’ et 3’ terminales suivie de PCR nichées ciblant les séquences d’intérêt. Enfin, dans le cas particulier de variations pouvant altérer le mécanisme d’épissage notre étude du gène STRC est systématiquement complétée par une analyse minigène. 

Bien que les mutations STRC identifiées dans notre laboratoire soient majoritairement de grandes délétions un nombre non négligeable de mutations ponctuelles incluant des mutations d’épissage ont été identifiées. La recherche de ces mutations lors d’une analyse du gène STRC est donc fortement recommandée.

L’intégration de ces approches dans notre stratégie d’analyse diagnostique a permis d’identifier 9 patients hétérozygotes composites ou homozygotes pour des mutations STRC.

Le gène STRC représente donc le deuxième gène responsable de surdité après GJB2/GJB6, avec 9% d’implication dans notre cohorte génotypée. Ces résultats montrent que l’analyse de STRC doit être intégrée à une offre diagnostique exhaustive des surdités.


Mélody MOCLYN (MONTPELLIER), Christel VACHE, Corinne BAUDOIN, Valérie FAUGERE, David BAUX, Michel KOENIG, Anne Françoise ROUX
00:00 - 00:00 #13088 - P673 Identification par Whole Genome Sequencing d’une inversion paracentrique de novo de 2.1 Mb en 3p14.1 entraînant l’haploinsuffisance du gène FOXP1 chez une patiente présentant une déficience intellectuelle sévère.
Identification par Whole Genome Sequencing d’une inversion paracentrique de novo de 2.1 Mb en 3p14.1 entraînant l’haploinsuffisance du gène FOXP1 chez une patiente présentant une déficience intellectuelle sévère.

Le gène FOXP1 (OMIM*605515) localisé en 3p13 code la protéine FOXP1 (Forkhead box P1) appartenant à un sous-groupe de la famille des facteurs de transcription FOX incluant les protéines FOXP1, FOXP2, FOXP3 et FOXP4. Le transcrit majoritaire FOXP1 comprend 21 exons répartis sur 7,114 kb (NM_032682) dont 16 (exons 6 à 21) codent une protéine de 677 acides aminés jouant un rôle critique dans le développement cérébral. In vitro, la protéine FOXP1 s’hétérodimérise avec la protéine FOXP2 via ses domaines Zinc Finger et Leucine Zipper et réprime ensuite la transcription de gènes cibles en se liant à l’ADN via son domaine Forkhead box. Depuis les années 2010, des mutations perte de fonction, de novo, dans le gène FOXP1 ont été rapportées chez de nombreux patients présentant des troubles du spectre autistique, une déficience intellectuelle avec des troubles sévères du langage ainsi qu’un retard global de développement modéré à sévère (OMIM#613670). A ce jour, 48 mutations, majoritairement tronquantes, incluant 26 délétions, 8 mutations non-sens, 5 mutations frameshift, 5 mutations faux-sens, 3 mutations affectant l’épissage et une translocation équilibrée de 8.9 Mb ont été décrites dans le gène FOXP1 (Meerschaut et al. 2017). Nous rapportons ici la découverte par Whole Genome Sequencing d’une inversion paracentrique de novo de 2.1 Mb du chromosome 3 qui interrompt le gène FAM19A4 au niveau de l’intron 1 et le gène FOXP1 au niveau de l’intron 11. Cette inversion, confirmée par séquençage Sanger, a été identifiée chez une patiente chez qui une première analyse de l’exome s’était révélée négative (patiente du consortium HUGODIMS). Cette patiente présentait un autisme, une déficience intellectuelle sévère avec absence de langage, un retard global de développement, une épilepsie et des anomalies vasculaires très particulières (angiome plan étendu du dos, dilatations des veines corticales cérébrales). Une analyse du transcrit par qPCR à partir des ARNm extraits de prélèvements sur tube Paxgene montre que cette inversion entraîne une diminution de plus de 50% de l’expression de FOXP1 dans les cellules mononucléées de sang périphérique chez la patiente. Des analyses par Western Blot sont en cours pour évaluer l’effet de cette inversion sur la quantité de protéine FOXP1. Ces résultats suggèrent que l’haploinsuffisance du gène FOXP1 est en grande partie responsable du phénotype observé chez la patiente notamment au niveau neuro-développemental. Ces résultats illustrent également l’intérêt du Whole Genome Sequencing dans la découverte de remaniements chromosomiques équilibrés de taille inférieure à la résolution du caryotype, qui, jusqu’à présent, n’étaient pas détectés avec les techniques de cytogénétique conventionnelle.


Marie-Laure VUILLAUME (Tours), Benjamin COGNÉ, Médéric JEANNE, Ellen HAMMOUCHE, Delphine QUINQUIS, Thomas BESNARD, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Frédéric LAUMONNIER, Annick TOUTAIN
00:00 - 00:00 #13090 - P674 Elargissement du spectre mutationnel de GPC3 dans le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (SSGB) : revue de la littérature et description de 38 nouvelles mutations dans une cohorte de 49 patients SSGB.
Elargissement du spectre mutationnel de GPC3 dans le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (SSGB) : revue de la littérature et description de 38 nouvelles mutations dans une cohorte de 49 patients SSGB.

Le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (SSGB) (OMIM#312870) est un syndrome lié à l’X, caractérisé par une avance de croissance pré- et postnatale, une dysmorphie faciale, une macrocéphalie, des malformations congénitales, une organomégalie, un risque accru de tumeurs et un déficit intellectuel dans certains cas.  Ce syndrome est causé par des mutations du gène GPC3 (glypican-3). Ce gène s’étend sur une région génomique de 450 kb en Xq26.2 et a un transcrit pleine longueur de 2,3 kb contenant 8 exons (NM_004484.3) qui code une protéine de 580 acides aminés. Le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel a été bien caractérisé sur le plan clinique (Cottereau et al. 2013). En revanche, le spectre global des mutations de GPC3 n’a jamais été décrit même si des mutations ont été rapportées ponctuellement ou dans des petites séries. La revue des données de la littérature et de nos deux laboratoires (Paris et Tours) a permis de compiler un total de 86 mutations distinctes dans le gène GPC3 identifiées dans 120 familles non apparentées. Parmi ces mutations, 57 ont été précédemment décrites dans la littérature dans 71 familles non apparentées. Nous élargissons ce spectre mutationnel avec la description de 38 mutations de GPC3, dont 29 nouvelles, identifiées dans notre cohorte de 49 patients non apparentés atteints de SSGB. Globalement, les mutations les plus fréquentes sont des délétions mono- ou multi-exoniques (35%), des mutations frameshift (24%) et des mutations non-sens (16%). Les autres types de mutations sont rares : faux-sens (8%), duplications exoniques (8%), mutations d’épissage (4%), translocations (2%). Ces mutations réparties tout le long du gène sont majoritairement uniques, 12 seulement étant récurrentes. Dans notre cohorte, elles sont héritées dans 82 % des cas. La plupart de ces mutations entraîne l’apparition d’un codon stop prématuré renforçant l’hypothèse que le syndrome de SGB résulte d’une perte de fonction de GPC3 indépendamment du type de mutation ou de sa localisation. Ces mutations ont été généralement identifiées par une analyse ciblée du gène chez des patients avec un diagnostic clinique de SSGB. Cependant, dix de ces variants ont été détectés récemment par des technologies de haute résolution (CGH-array ou séquençage haut-débit) chez des fœtus présentant des signes d’appels échographiques ou chez des patients avec anomalies du développement. Pour ces variants, le diagnostic clinique était rétrospectivement compatible avec un SSGB. A l’inverse, l’implication dans le syndrome de SGB d’un autre variant détecté en NGS n’a pas pu être confirmée du fait de l’absence de données cliniques. Ces observations illustrent la nécessité d’une évaluation précise du phénotype combinée à une analyse moléculaire approfondie du gène GPC3 notamment pour l’interprétation de ces nouveaux variants de découverte fortuite. Nous espérons que cette description du spectre mutationnel de GPC3 puisse aider les cliniciens et les biologistes dans leur interprétation.


Marie-Laure VUILLAUME (Tours), Marie-Pierre MOIZARD, Sylvie ROSSIGNOL, Edouard COTTEREAU, Sandrine VONWILL, Irène NETCHINE, Martine RAYNAUD, Frédéric BRIOUDE, Annick TOUTAIN
00:00 - 00:00 #13092 - P675 Caractérisation de deux nouvelles mutations du gène TRPS1 responsables du syndrome tricho-rhino-pharyngien de type I.
Caractérisation de deux nouvelles mutations du gène TRPS1 responsables du syndrome tricho-rhino-pharyngien de type I.

Introduction : Le syndrome tricho-rhino-phalangien (TRPS) est une maladie autosomique dominante caractérisée par une association d’anomalies cranio-faciales et squelettiques comprenant des cheveux fins et épars, un nez bulbeux avec un philtrum long, un raccourcissement des extrémités, une petite taille et des épiphyses en cônes. Trois sous-types ont été décrits : le TRPS type I (MIM190350) et III (MIM190351) se distinguent par le degré de sévérité du phénotype, les patients aux traits les plus marqués définissant le type III. Le type I résulte d’une haploinsuffisance du gène TRPS1 à la différence du type III qui résulterait d’un effet dominant négatif expliquant le phénotype plus sévère. Le TRPS type II, également appelé syndrome de Langer-Giedion (MIM150230), est un syndrome de gènes contigus défini par l’association d’un TRPS et d’exostoses multiples, secondaires à une microdélétion 8q24 emportant les gènes TRPS1 et EXT1.

Matériels et méthodes : Deux cas familiaux de TRPS de type I ont été étudiées : analyse des régions codantes et des jonctions introns-exons par séquençage haut-débit (Ion Personal Genome Machine, Thermofisher Scientific, Waltham, Massachusetts, États-Unis) et recherche de réarrangement par méthode Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA kit P228-B1, MRC-Holland, Amsterdam, Pays-Bas) couvrant les réarrangements des gènes TRPS1 et EXT1. Une étude des transcrits sanguins a été réalisée par PCR quantitative et qualitative après extraction de l’ARN de sang prélevé sur tube PAXgene Blood RNA (PreAnalytiX GmbH, Hombrechtikon, Suisse).

Résultats : Nous avons mis en évidence deux nouvelles mutations à l’état hétérozygote de TRPS1 (NM_014112) : une duplication d’une taille comprise entre 11 et 35 kb incluant la totalité de l’exon 5 (c.2097- ?_2700+ ? dup) d’origine maternelle (patient 1), et une mutation d’épissage du site donneur de l’intron 3 c.966+1G > A (patient 2).

Concernant le patient 1, le séquençage du transcrit muté a révélé la présence d’un exon 5 surnuméraire avec prédiction, in silico, d’un décalage du cadre de lecture conduisant à une protéine tronquée p.(R901EfsX56). Le transcrit muté du patient 2 n’a pas pu être mis en évidence.

Dans les deux cas, l’étude quantitative des transcrits a montré une diminution de l’expression de l’ordre de 50 % de TRPS1 suggérant un mécanisme d’haploinsuffisance.

Conclusion : Nous avons mis en évidence deux nouvelles mutations du gène TRPS1: une duplication intragénique de l’exon 5 et une mutation d’épissage. L’étude des transcrits suggère une perte de fonction du gène TRPS1 par haploinsuffisance. Ces résultats sont en accord avec les données actuelles de la littérature.


Manon GODIN (Caen), Alexandre LAISNEY, Nicolas RICHARD, Dominique BONNEAU, Sophie BLESSON, Marine TESSARECH, Marie-Laure KOTTLER, Arnaud MOLIN
00:00 - 00:00 #13093 - P676 ZYG11B : un nouveau gène candidat pour le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral.
ZYG11B : un nouveau gène candidat pour le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral.

Le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral ou Syndrome de Goldenhar (OAVS [MIM: 164210]) est une anomalie du développement embryonnaire caractérisée par une microsomie hémifaciale associée à des malformations auriculaires, oculaires et vertébrales. Nous avons recruté la plus grande cohorte d’OAVS décrite à ce jour avec près de 300 patients. L’hétérogénéité clinique de ce spectre avec pénétrance incomplète et expressivité variable en a limité le diagnostic moléculaire. Ainsi, le seul gène actuellement associé à l’OAVS, MYT1, est en cause chez 1,6% des patients de notre cohorte. Notre activité de recherche de nouveaux gènes candidats se poursuit donc et nous a permis d’identifier le gène ZYG11B.

Ainsi, un patient présentant un phénotype « complet » du spectre OAVS, d’allure sporadique, a été inclus dans une étude d’exomes en trio. Ce patient présente une microsomie hémifaciale, une microtie bilatérale, des enchondromes préauriculaires et une dysplasie des lobes bilatéraux. Au niveau oculaire, il présente un dermoïde épibulbaire à gauche et un colobome de la paupière à droite. Enfin, il présente une fusion des vertèbres cervicales et une agénésie costale. Nous avons mis en évidence un variant non-sens de novo dans le gène ZYG11B, (NM_024646, c.1609G > T, p.(Glu537Ter)). Ce gène code pour une protéine associée à l’ubiquitine ligase E2. Elle jouerait un rôle de sélection de ces substrats en vue d’une dégradation par le protéasome.

Par utilisation de siRNA spécifiques de ZYG11B en culture cellulaire de HeLa, nous avons mis en évidence une baisse significative de la prolifération cellulaire. Ces résultats sont en accord avec le rôle de ZYG11B sur le cycle cellulaire déjà décrit dans la littérature. A l’inverse sa surexpression n’influence pas la prolifération.

Par ailleurs, la surexpression de MYT1, facteur de transcription impliqué dans l’OAVS, ne régule pas l’expression de ZYG11B. En revanche, l’acide rétinoïque, agent toxique induisant un phénotype OAVS-like, induit une diminution drastique de l’expression de ZYG11B mimant ainsi un effet perte de fonction, tout comme pour MYT1.

Enfin des expériences de knock-down de zyg11 chez le modèle poisson zèbre montrent un effet délétère spécifique sur le développement des cartilages craniofaciaux. De manière très intéressante, un phénotype d’ondulation de la notochorde dans la région proximale est observé chez un nombre significatif d’embryons. Ce phénotype pourrait correspondre aux anomalies vertébrales observées dans l’OAVS.

L’ensemble des résultats de ces études génétiques et fonctionnelles sont en faveur d’un effet pathogène de l’inactivation de ZYG11B. ZYG11B apparaît donc comme un fort candidat pour l’OAVS. Nous n’avons pas identifié à ce jour de deuxième patient muté pour ce gène mais nous poursuivons son étude sur les nouveaux patients de la cohorte. Parallèlement nous recherchons ces partenaires privilégiés qui seraient d’autres candidats potentiellement impliqués dans l’OAVS.


Angèle TINGAUD-SEQUEIRA (bordeaux), Sandrine MARLIN, Marie BERENGUER, Estelle LOPEZ, Aurélien TRIMOUILLE, Sabine CHARRON, Harmony DE BELVALET, Christophe HUBERT, Didier LACOMBE, Benoît ARVEILER, Caroline ROORYCK
00:00 - 00:00 #13103 - P677 UBE3B : un nouveau gène impliqué dans le syndrome de Oculo-cérébral de Kaufman.
UBE3B : un nouveau gène impliqué dans le syndrome de Oculo-cérébral de Kaufman.

Kaufman a décrit en 1971 une famille ou 3 enfants étaient atteints de déficience sévère associés à une dysmorphie et des atteintes multi-organes.

Nous suivions depuis 30 ans environ 3 familles de Bretagne sud, dont une consanguine. Le diagnostic clinique précis n’avait pas été rapporté à la publication de Kaufman, et de nombreuses hypothèses avaient été évoquées. En 2011 il est décidé un Exome en trio dans l’une de nos familles. Celui-ci devra être associé à une étude par homozygoty mapping pour permettre la désignation du gène UBE3B comme le meilleur candidat. Dans le même temps, le gène faisait l’objet d’une publication confirmant qu’il s’agissait du gène impliqué dans nos familles.

Une seule mutation c.2810+2_2810+5del était retrouvée chez les patients vivants et chez les 6 parents. Il s’agit d’une mutation d’épissage emportant 4 bases de l’intron 25 et altérant un site donneur d’épissage de l’exon 25 conduisant à un saut de cet exon.

La mise en évidence d’une seule mutation dans nos 3 familles pose la question d’un effet « fondateur » probable dans le sud Morbihan

Avec les publications qui ont suivi, le syndrome de Kaufman est actuellement nettement mieux décrit. Le nom de syndrome BPIDS (blepharophimosis-ptosis-intellectual-disability syndrome) est également utilisé comme synonyme.  Il associe de nombreux signes qui en font une entité remarquable :

-          Atteinte générale avec retard de croissance in utéro et post natal

-          Atteinte psycho-intellectuelle moyenne-sévère

-          Dysmorphie faciale avec blépharophimosis, microcéphalie, télécanthus, anomalies des sourcils, nez court, philtrum long, lèvres fines, rétrognatisme, « tags » préauriculaires

-          Atteintes d’organes : difficultés alimentaires et respiratoires importantes, troubles musculo-squelettiques avec arthrogrypose, arachnodactylie, pieds plats valgus, scolioses, neurologiques avec dépendance, épilepsie.

-          Malformations cérébrales (Agénésie/hypoplasies du Corps calleux), cardiaques, génitales, ophtalmologiques.


Hubert JOURNEL (VANNES), Agnès GUICHET, Wilfrid CARRE, Lorrie LE PAGE, Marco TARTAGLIA, Bernard LE MAREC, Véronique DAVID, Dominique BONNEAU, Sylvie ODENT, Christele DUBOURG
00:00 - 00:00 #13106 - P678 Analyse morphologique faciale assistée par ordinateur : différences entre les patients avec syndrome Kabuki par mutations KMT2D ou KDM6A, une aide à la stratégie de phénotypage inverse ?
Analyse morphologique faciale assistée par ordinateur : différences entre les patients avec syndrome Kabuki par mutations KMT2D ou KDM6A, une aide à la stratégie de phénotypage inverse ?

Les progrès récents dans les technologies de séquençage à haut débit ont changé la stratégie et le processus pour la recherche d’un diagnostic de précision chez un patient avec déficience intellectuelle (DI). En effet, avant le séquençage de nouvelle génération (NGS), la stratégie classique était basée sur la capacité d’identifier une maladie génétique par le phénotype du patient (stratégie phénotype en premier). Cette stratégie était limitée uniquement aux phénotypes cliniquement reconnaissables et à l'expertise du généticien clinicien et est responsable d’une « odyssée diagnostique » pour les patients. Le NGS permet maintenant d'effectuer des études moléculaires sans hypothèse préconçue (stratégie génotype en premier), stratégie qui est plus efficace que la stratégie phénotype en premier.

Cependant, même si cette nouvelle stratégie est plus puissante que la stratégie classique, les médecins sont maintenant confrontés à la difficulté d'identifier le bon gène candidat parmi tous les variants génétiques produits par le NGS. Une nouvelle étape est apparue, l’étape de phénotypage inverse qui consiste à essayer d’associer le génotype candidat au phénotype observé. Cette étape n’est à ce jour pas encore automatisée, consomme beaucoup de temps humain et est concentré sur un petit nombre d’expert, perpétuant en partie l’« odyssée diagnostique ».

 

Cependant, outre le progrès technologique dans le séquençage de l'ADN, d'autres avancées ont été réalisées en particulier en ce qui concerne la reconnaissance automatisée du phénotype facial et la capacité d'associer ensemble un phénotype facial à une maladie génétique laissant entrevoir la possibilité d’une automatisation ainsi qu’une diffusion rapide et facile de la capacité au « gesltat » des généticiens cliniciens.

 

Dans cette étude, nous avons utilisé une nouvelle analyse de la morphologie faciale (FDNA) pour rechercher s’il existait des différences morphologiques faciales entre les 2 génotypes du syndrome Kabuki (SK). Nous avons recueilli 34 photographies de face de 13 patients (8 garçons et 5 filles) avec mutation KMT2D et fait de même avec 13 patients SK et mutation KDM6A. Nous avons comparé les masques générés par la compilation de ces photographies à celle de la population générale. Les résultats montrent une aire sous la courbe (AUC) à 0.82 et une p value (p) à 0.04 entre le groupe KMT2D vs KDM6A, une AUC à 0.99 et un p=0.0001 pour le groupe KMT2D vs contrôle et une AUC à 0.88 et un p=0.004 pour le groupe KDM6A vs contrôle. Ces résultats révèlent une différence statistiquement significative entre chaque groupe démontrant qu’il existe un morphotype facial différent entre les patients SK par mutation KMT2D ou KDM6A. Ces résultats montrent également la capacité de discrimination importante du logiciel de FDNA pouvant supposer la possibilité d’une étape de phénotypage nouvelle génération (Next-Generation Phenotyping) dans le processus de diagnostic des patients avec DI.

remerciement Asso SK


Kevin YAUY (Montpellier), Guilaine BOURSIER, Elodie SANCHEZ, Vincent GATINOIS, Lacombe DIDIER, Stéphanie ARPIN, Fabienne GIULIANO, Damien HAYE, Marlène RIO, Annick TOUTAIN, Klaus DIETERICH, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Patrica BLANCHET, Stanislas LYONNET, Damien SANLAVILLE, David GENEVIÈVE
00:00 - 00:00 #13111 - P679 FOXE3 : correlations phénotype-génotype.
FOXE3 : correlations phénotype-génotype.

Les micro-anophtalmies (MA) sont des anomalies sévères du développement oculaire, dont la plupart est d’origine génétique. Plus de 30 gènes ont été décrits, chacun étant responsable d'un petit pourcentage de ces anomalies. Parmi ceux-ci, le gène FOXE3, initialement impliqué dans des formes dominantes de dysgénésie du segment antérieur et des formes récessives de microphtalmie et d'aphakie primaire. Nous décrivons 8 patients présentant un phénotype oculaire de type MA. Parmi eux, 7 portent des mutations bialléliques du gène FOXE3 dont deux non décrites : p.(Ala78Thr) et p.(Arg104Cys). Pour mieux comprendre le rôle de FOXE3 dans ce large spectre d'anomalies oculaires et selon deux modes de transmission mendéliens différents, nous avons repris tous les patients porteurs de malformations oculaires décrits dans la littérature (123 patients au total dont 38 cas index et 85 apparentés) pour lesquels une mutation du gène FOXE3 a été identifiée. Cette analyse révèle une corrélation  entre le type de mutation, le mode de transmission et la sévérité du phénotype. La compréhension des bases génétiques de ces pathologies du développement oculaire apporte à la compréhension des mécanismes physiopathologiques et contribue à améliorer la prise en charge des patients et le conseil génétique délivré aux patients et leurs familles.


Julie PLAISANCIÉ, Nicholas RAGGE (Oxford, Royaume-Uni), Hélène DOLLFUS, Josseline KAPLAN, Daphne LEHALLE, Christine FRANCANNET, Gilles MORIN, Hélène COLINEAUX, Patrick CALVAS, Nicolas CHASSAING
00:00 - 00:00 #13114 - P680 Dysplasie squelettique à révélation anténatale par déficit enzymatique en PGM3 (désordre congénital de la N-glycosylation) : quand l’absence de déficit immunitaire sévère chez un fœtus fait méconnaître le diagnostic.
Dysplasie squelettique à révélation anténatale par déficit enzymatique en PGM3 (désordre congénital de la N-glycosylation) : quand l’absence de déficit immunitaire sévère chez un fœtus fait méconnaître le diagnostic.

Nous rapportons l’observation d’un fœtus consanguin (φ = 1/16ème), de sexe féminin, dont la grossesse a été médicalement interrompue au terme de 32 SA, en raison de la découverte anténatale d’un syndrome polymalformatif associant une micromélie sévère des 4 membres, un rein en fer à cheval, des anomalies de la gyration avec dysgénésie calleuse et hippocampique et une dysmorphie faciale. Malgré de multiples explorations (TDM osseux anténatal, ACPA, neuropathologie, étude histologique de l’os fœtal) et les sollicitations auprès du CR MOC, aucun diagnostic n’a été établi. L’inclusion dans un projet de séquençage haut débit d’exome (FOETEX) avait été proposée aux parents mais non réalisée. Un conseil génétique restrictif avait été formulé, considérant l’hypothèse d’une génopathie autosomique récessive hautement probable en raison du lien de parenté des conjoints. 

Le deuxième enfant du couple est décédé à 3 mois de vie, dans un contexte de déficit immunitaire combiné sévère. Il présentait en outre une atteinte squelettique avec micromélie sévère, un albinisme oculo-cutané et un état neurologique préoccupant. L’étude du panel des 301 gènes de déficit immunitaire a permis de mettre en évidence un statut homozygote pour la mutation c.1268T > C ; p.(Met 423 Thr) du gène PGM3. Le diagnostic moléculaire de déficit en PGM3 (N-acétylglucosamine-phosphate mutase) a été confirmé de manière rétrospective chez le fœtus. Parallèlement, l’étude de l’activité enzymatique spécifique de PGM3 sur des lignées lymphoblastoïdes congelées des deux patients et sur les fibroblastes du fœtus ont permis d’affirmer la pathogénicité de PGM3, mettant en évidence une activité enzymatique nulle.

L’albinisme ne fait partie du spectre phénotypique du déficit en PGM3 et une analyse du panel des gènes d’albinisme oculo-cutané est en cours chez le deuxième enfant, dans l’hypothèse d’une deuxième affection indépendante, génétiquement déterminée, de transmission autosomique récessive.

Cette observation illustre parfaitement les limites diagnostiques de l’examen fœtopathologique dans les situations où certains signes de la pathologie ne se révèlent que chez un enfant vivant. L’accès en routine des nouvelles technologies d’exploration du génome (NGS, WGS) permettra, dans de telles situations inexpliquées pour lesquelles la conviction clinique de pathologie génétique est importante, d’établir un diagnostic et de proposer, le cas échéant, un diagnostic prénatal moléculaire classique et/ou préimplantatoire.    


Sophie BLESSON, Aline VINCENT (Caen)
00:00 - 00:00 #13120 - P681 Physiopathologie du récepteur de type 1 des IGF : analyse fonctionnelle chez sept patients avec anomalies d’IGF1R.
Physiopathologie du récepteur de type 1 des IGF : analyse fonctionnelle chez sept patients avec anomalies d’IGF1R.

Contexte : La régulation de la croissance fœtale est multifactorielle et incomplètement élucidée. Les insulin-like growth factor 1 et 2 (IGF-I et IGF-II) ont un rôle prépondérant, via leur récepteur commun IGF1R de type tyrosine kinase (1). Dans certaines pathologies pédiatriques rares il existe un retard de croissance intra-utérin (RCIU), malgré des taux circulant d’IGF-I normaux ou élevés (2). Ce phénomène de résistance à l’IGF-I est connu notamment dans le cas d’anomalie du gène codant pour le récepteur de type 1 des IGF (IGF1R), où le ligand s’accumule dans le sang par défaut de fixation sur son récepteur (3-4). Objectif : Notre objectif était l’étude fonctionnelle d’IGF1R chez des patients ayant des anomalies d’IGF1R.Matériels et méthodes : Nous disposions de fibroblastes chez sept patients, quatre avaient une mutation hétérozygote, un avait une mutation homozygote et deux avaient des délétions partielle ou totale d’IGF1R. Ces cellules étaient mises en culture puis stimulées ou non par de l’IGF-I à 10ng/mL et nous avons étudié l’effet de cette stimulation sur la phosphorylation de protéines d’intérêt (AKT et ERK) en western blot. Résultats : On constate une baisse de la phosphorylation d’AKT franche chez 5 de nos 7 patients, et proche de celle du témoin pour 2 d’entre eux (patients avec délétion complète du gène et mutation entraînant un codon stop précoce). Concernant la voie MAPK, les résultats sont plus hétérogènes, aucun patient n’ayant vraiment un patron d’activation différent du témoin. Conclusion : Nous avons mis au point un test fonctionnel permettant d’apprécier le degré d’activité de l’IGF1R par le degré de phosphorylation d’AKT sur la voie PI3kinase. Il existe donc un effet dominant négatif en cas de mutation hétérozygote faux sens d’IGF1R et les patients avec une haploinsuffisance (délétion ou codon stop précoce) présentent un fonctionnement normal ex vivo de leur récepteur, en accord avec un phénotype moins sévère.

(1). LeRoith D, Werner H, Beitner-Johnson D, Roberts CT. Molecular and cellular aspects of the insulin-like growth factor I receptor. Endocr Rev. 1995 Apr;16(2):143–63.

(2). David A, Hwa V, Metherell LA, Netchine I, Camacho-Hübner C, Clark AJL, et al. Evidence for a Continuum of Genetic, Phenotypic, and Biochemical Abnormalities in Children with Growth Hormone Insensitivity. Endocr Rev. 2011 Aug;32(4):472–97.

(3). Abuzzahab MJ, Schneider A, Goddard A, Grigorescu F, Lautier C, Keller E, et al. IGF-I receptor mutations resulting in intrauterine and postnatal growth retardation. N Engl J Med. 2003 Dec 4;349(23):2211–22.

(4). Gannage-Yared M-H, Klammt J, Chouery E, Corbani S, Megarbane H, Abou Ghoch J, et al. Homozygous mutation of the IGF1 receptor gene in a patient with severe pre- and postnatal growth failure and congenital malformations. Eur J Endocrinol. 2012 Dec 10;168(1):K1–7.


Eloïse GIABICANI (Paris), Frédéric BRIOUDE, Irène NETCHINE
00:00 - 00:00 #13125 - P682 Etude phénotypique d'une cohorte francaise de 119 patients atteints du syndrome CHARGE et corrélation génotype/phénotype.
Etude phénotypique d'une cohorte francaise de 119 patients atteints du syndrome CHARGE et corrélation génotype/phénotype.

Le syndrome CHARGE est une affection génétique rare et habituellement sporadique initialement décrit par Hall and Hittner et al. en 1979 comme l’association d’un colobome, d’une cardiopathie, d’une atrésie des choanes, d’un retard de croissance et de développement, d’une hypoplasie génitale et d’une anomalie de l’oreille avec surdité. En 2001 puis 2006, Amiel et al. et Marimoto et al. rapportaient l’atteinte des canaux semi circulaires (CSC) et l’arhinencéphalie comme des éléments fréquents du syndrome. En 2004, les mutations dans le gène CHD7 ont été identifiées comme principales responsables du syndrome. Le taux de détection d’anomalie dans ce gène varie selon les études de 67% à 90%. Une meilleure connaissance du syndrome et la découverte du gène CHD7, ont permis de proposer une classification du phénotype des patients comme typique, partiel ou atypique sur la base de la présence de critères diagnostiques mineurs et majeurs dont la définition a été plusieurs fois remaniée au cours des années.

Nous avons mené une étude nationale sur 119 patients afin de décrire précisément le phénotype de ce syndrome hétérogène et étudier une éventuelle corrélation avec le génotype identifié. Les critères diagnostiques retenus étaient ceux de Verloes (2005) actualisés par Blake et al. en 2006 puis Sanlaville et Verloes en 2007. Afin d’obtenir une description phénotypique détaillée, les patients bénéficiaient, lorsque cela était possible, d’un examen ophtalmologique complet, d’une audiométrie, d’un scanner des rochers, de l’étude de l’axe gonadotrope et d’une IRM cérébrale avec visualisation des bulbes olfactifs.

Dans notre cohorte, nous n’avons trouvé aucune forme partielle et seulement 10% de formes atypiques. Les atteintes les plus fréquemment observées étaient la surdité/ l’hypoplasie des canaux semi-circulaires (94%), l’hypogonadisme ou l’insuffisance hypophysaire (89%), les anomalies de l’oreille externe (87%), le visage carré (81%) et l’arhinencéphalie ou l’anosmie (80%). Le colobome (73%) les cardiopathies (65%) et l’atrésie des choanes (43%) étaient moins fréquents.

L’étude de CHD7 (séquençage et MLPA) a été réalisée chez tous les patients et un variant pathogène a été identifié chez 83% des patients présentant un phénotype typique (90% de notre cohorte) et 58% des patients avec un phénotypique atypique (10%). La surdité et l’agénésie des CSC étaient significativement plus fréquentes dans les cas avec mutation de CHD7, ce qui n’était pas le cas pour les autres atteintes. Bien que nous n’ayons pas trouvé de différence significative en termes de pronostic, les malformations cardiaques et cérébrales et les atteintes des nerfs crâniens étaient plus fréquentes en cas de mutations tronquantes qu’en cas de mutation non-troncantes.

Dans 21% des cas aucune mutation n’a été identifiée et une étude par WES est en cours pour ces patients pour lesquels l’existence de mutations introniques « profondes » de CHD7 n’est pas exclue.


Marine LEGENDRE (Bordeaux), Véronique ABADIE, Tania ATTIÉ-BITACH, Nicole PHILIP, Tiffany BUSA, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Hélène DOLLFUS, Didier LACOMBE, Annick TOUTAIN, Sophie BLESSON, Sophie JULIA, Dominique MARTIN-COIGNARD, David GENEVIÈVE, Bruno LEHEUP, Sylvie ODENT, Pierre-Simon JOUK, Sandra MERCIER, Laurence FAIVRE, Catherine VINCENT-DELORME, Christine FRANCANNET, Sophie NAUDION, Michèle MATHIEU, Marie-Ange DELRUE, Alice GOLDENBERG, Delphine HERON, Philippe PARENT, Renaud TOURAINE, Valérie LAYET, Damien SANLAVILLE, Chloé QUÉLIN, Sébastien MOUTTON, Mélanie FRADIN, Aurélia JACQUETTE, Sabine SIGAUDY, Lucile PINSON, Pierre SARDA, Anne-Marie GUERROT, Massimiliano ROSSI, Alice MASUREL-PAULET, Salima EL CHEHADEH, Xavier PIGUEL, Montserrat RODRIGUEZ-BALLESTEROS, Stéphanie RAGOT, Stanislas LYONNET, Frédéric BILAN, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER
00:00 - 00:00 #13139 - P683 Le rat comme modèle d’étude de maladies génétiques humaines.
Le rat comme modèle d’étude de maladies génétiques humaines.

Depuis une décennie, l’émergence de plusieurs technologies d’édition du génome (ZFNs, TALENs, méganucléases, CRISPR-Cas9) a permis de générer diverses modifications génétiques. Le rat est un modèle expérimental très largement utilisé dans de nombreux domaines (Meek et al., Mamm. Genome 2017). Comme beaucoup d’autres espèces pour lesquelles les cellules ES n’étaient pas disponibles, le modèle rat vit une véritable révolution de génomique fonctionnelle. Suite à la coupure de l’ADN double-brins de ces nucléases, nous avons maintenant la possibilité de générer de nombreux modèles de rat du plus simple au plus complexe : des extinction de gènes (KnockOut) via le processus de jonction des extrémités non-homologues (NHEJ), enclin à faire des erreurs de réparation, des insertions ciblées (KnockIn) avec des oligonucléotides (<120 bases) ou des KI avec des fragments plus longs via la recombinaison homologue permettant une réparation précise (Mashimo T. et al., Dev. Growth Differ. 2013).

Sur la plateforme TRIP (Transgenese Rat ImmunoPhenomique) à Nantes, nous générons des rats génétiquement modifiés, modèles de maladies génétiques humaines grâce à ces outils. Nous avons notamment utilisé les TALENs pour générer des rats KO pour la dystrophine dans le but de mimer la myopathie de Duchenne. Le phénotype obtenu chez le rat s’avère plus proche des patients comparés aux souris (Larcher et al., PLoS One 2014). Nous avons également généré un modèle KO du gène Cftr, responsable de la mucoviscidose, par un KI réalisé avec CRISPR-Cas9 et un oligonucléotide simple-brin entrainant un décalage de cadre de lecture. Une lignée de rats déficiente pour le gène Aire (Auto-Immune REgulator) responsable du syndrome APECED (Autoimmune Polyendocrinopathy-Candidiasis-Ectodermal) a été générée par la technologie CRISPR-Cas9.

Nous avons également utilisé ces outils afin de développer des modèles immunodeficients. Une méganucléase ciblant le gène Rag1 a été utilisée pour générer des rats KO avec un phénotype SCID (Ménoret et al., FASEB J 2013). Des TALENs ont permis d’obtenir des rats KO pour le gène de l’IL2 récepteur (Il2rg). Après croisement de ces 2 lignées, nous avons obtenu des rats doubles KO (RRG) présentant un phénotype immunodéficient plus sévère que pour chaque KO seul (absence de cellules T, B et NK, comme les souris NSG). Afin de développer un modèle de rats humanisé, ces doubles KO seront eux-mêmes croisés avec des rats transgéniques pour le SIRP alpha humain que nous avons généré avec des BAC (Jung et al., Sci Rep 2016).

La disponibilité de ces nucléases spécifiques, notamment CRISPR-Cas9 dont l’emploi est facile, efficace et d’un coût modéré, nous fournit un outil particulièrement utile pour générer des rats KO et KI pour l’analyse de la fonction d’un gène, générer des modèles de maladies génétiques humaines permettant à terme d’évaluer des approches thérapeutiques et des applications dans le domaine de l’immunologie.


Laurent TESSON (Nantes), Séverine REMY, Severine MÉNORET, Laure-Hélène OUISSE, Claire USAL, Vanessa QUILLAUD-CHENOUARD, Aude GUIFFÈS, Ignacio ANEGON
00:00 - 00:00 #13144 - P684 Intérêt du séquençage à haut débit pour le diagnostic du Syndrome de Cornelia de Lange et des syndromes avec hypertrichose.
Intérêt du séquençage à haut débit pour le diagnostic du Syndrome de Cornelia de Lange et des syndromes avec hypertrichose.

Les syndromes génétiques avec hypertrichose sont nombreux et hétérogènes génétiquement. Les syndromes les plus fréquents sont le syndrome de Cornelia de Lange, le syndrome de Coffin-Siris, le syndrome de Wiedemann-Steiner et le syndrome KBG. Ils sont parfois difficilement différenciables cliniquement.

Nous présentons une série de 55 patients chez lesquels les gènes ABCC9, AFF4, ANKRD11, ARID1A, ARID1B, CREBBP, EP300, ESCO2, HDAC8, KCNJ8, KMT2A, MRPS22, NAA10, NIPBL, RAD21, SMARCA4, SMARCB1, SMARCA2, SMARCE1, SMC1A, SMC3 et TAF6 ont été étudiés par séquençage à haut débit ciblé.  La rentabilité diagnostique est de 49 % avec des mutations identifiées dans les gènes NIPBL (41%), ANKRD11 (22%), KMT2A (22%), ARID1B (7%), SMC1A (4%) et SMC3 (4%). Avec 11 mutations identifiées, NIPBL est le gène majoritairement muté dans cette cohorte. Une des mutations a été retrouvée à l’état de mosaïque (25%) dans l’ADN extrait de cellules buccales et absente dans l’ADN extrait des leucocytes de la patiente. Des mutations dans les gènes ANKRD11 et KMT2A ont été identifiées chez 6 patients chacun. Parmi ces 12 patients, 5 patients avaient été étiquetés cliniquement Cornelia de Lange.

Ces résultats soulignent l’importance 1/ de l’étude simultanée des gènes connus comme étant impliqués dans les syndromes avec hypertrichose afin de contourner le problème des diagnostics différentiels 2/ d’étudier en première intention l’ADN extrait des cellules buccales chez les patients présentant un syndrome de Cornelia de Lange clinique. La profondeur de lecture offerte par le NGS permet la détection de faibles taux de mosaïcisme inaccessibles au séquençage conventionnel. Cette étude nous a enfin permis de constituer une cohorte relativement homogène de patients utilisables pour l’identification de nouveaux gènes impliqués dans les syndromes avec hypertrichose.


Sophie RONDEAU (Paris), Marcia HENRY, Cécile FOURRAGE, Sylvain HANEIN, Geneviève BAUJAT, Caroline MICHOT, Arnold MUNNICH, Valérie CORMIER-DAIRE, Jean-Paul BONNEFONT
00:00 - 00:00 #13149 - P685 Le "e;RENOME"e; : Un panel de séquençage ciblé pour les maladies rénales en diagnostic moléculaire.
Le "e;RENOME"e; : Un panel de séquençage ciblé pour les maladies rénales en diagnostic moléculaire.

Le service de génétique de l’hôpital Necker effectue depuis de nombreuses années des tests génétiques pour de nombreuses néphropathies héréditaires impliquant les différents segments du néphron: glomérule (syndrome d’Alport et syndrome néphrotique cortico-résistant), interstitium et tube distal (néphronophtise et néphropathies tubulointerstitielles chroniques) ainsi que celles dues à des anomalies du développement (Congenital Anormalies of the Kidney and Urinary Tract _CAKUT), ou des maladies kystiques (ciliopathies).

Après plusieurs années de diagnostic par NGS, utilisant 5 panels et 3 méthodes d’enrichissements différents: Capture (SureSelect d’Agilent), PCR Multiplex (Multiplicom et Ampliseq de Life Technologies), nous avons décidé de créer un panel unique, appelé RENOME. Celui-ci est basé sur la technologie de capture SureSelect, il a été dessiné dans le laboratoire via l’interface SureDesign d’Agilent et couvre 1,117 Mb. Il contient 225 gènes publiés et confirmés pour leur implication dans une pathologie rénale. Il a été découpé en 6 sous-panels: Hypo-Dysplasies (HYP_76 gènes), Syndromes Néphrotiques (NCR_65 gènes), Syndrome d’Alport (ALP_3 gènes), Dysgénésie Tubulaire Rénale (DYS_4 gènes), Polykystoses (PK_2 gènes) et Ciliopathies (NPH_91 gènes). Parmi ces sous-panels, 16 gènes sont communs à plusieurs pathologies. Les ADN sont fragmentés via un Covaris, indexés avec le kit UltraLow DNA (NuGEN). La capture est réalisée sur un pool de 20 patients, puis 2 pools soit 40 patients sont séquencés sur un NextSeq500 en paired-end (2x150pb) avec un kit HighInput. Sur les 225 gènes, 98,7% des régions ciblées sont couvertes au moins 30X, avec une profondeur moyenne de 664 reads pour la dernière série.

Depuis mars 2017, 193 ADN ont été testés et en fonction des informations cliniques, les patients ont été analysés sur le sous-panel correspondant soit 81 HYP, 49 NCR, 34 ALP, 21 NPH, 4 PK, 2 DYS et 2 sur tous les panels. A ce jour, des mutations ont été identifiées chez 77 patients soit 39,9% du total, avec la répartition suivante: 18 HYP (22,2%), 21 NCR (42,9%), 25 ALP (73,5%), 9 NPH (42,3%), 3 PK (75%) et 1 DYS (50%).

De façon intéressante, des mutations dans les gènes du sous panel NCR ont été identifiées chez 6 patients adressés pour un syndrome d’Alport et inversement des mutations dans les gènes du syndrome d’Alport ont été retrouvées chez 5 patients avec une protéinurie glomérulaire. Aucun variant significatif n’a pu être mis en évidence pour les 116 patients restants. Une analyse complémentaire peut être proposée en Recherche, grâce à un panel Ciliome (NPH et PK) de 1320 gènes, et à un panel Cakutome (CAKUT) de 380 gènes.

L’utilisation d’un panel unique a permis de raccourcir le délai de rendu grâce à un seul protocole pour toutes les pathologies rénales. Il permet de mettre en évidence des mutations dans des gènes impliqués dans plusieurs pathologies et de trouver des mutations chez des patients dont le diagnostic clinique était mal orienté (14%).


Vincent MORINIERE (PARIS), Carole TOURNANT, Sylvain HANEIN, Laurence HEIDET, Corinne ANTIGNAC
00:00 - 00:00 #13162 - P686 La bioinformatique à l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris : défis et solutions.
La bioinformatique à l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris : défis et solutions.

Au cours des dernières années, le diagnostic moléculaire a été révolutionné par l’apparition de techniques de séquençage à haut débit (NGS). Ces techniques permettent d’effectuer une analyse diagnostique sur plusieurs dizaines de patient en très peu de temps. Cette révolution et la démocratisation des techniques NGS représente un défi pour tous les hôpitaux du monde. Le défi est particulièrement important au niveau de l’analyse du flux des données générées et de l’interprétation des résultats issus de ces données.

L’AP-HP a récemment créé une plateforme de bioinformatique pour répondre au besoin d’analyse de données NGS en diagnostic pour ses 39 hôpitaux. Cette plateforme a pour objectif de proposer une activité de services et d'expertises face aux difficultés rencontrées localement dans la gestion informatique du séquençage ADN, cela correspond notamment aux missions suivantes : (i) la constitution d’une offre de service de stockage et d’analyse des données dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, avec notamment la constitution d’un cluster de calcul ainsi que le développement en open source de solutions logicielles pertinentes, (ii) la mise à disposition d’outils de visualisation et d’exploitation des résultats, permettant par exemple l’annotation de variants pathogènes ou la génération d’un compte-rendu bioinformatique de l’analyse, (iii) l’animation d'une communauté bio-informatique sur le territoire regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, autour de séminaire et de formations, (iv) le support technique et scientifique, (v) la veille technologique.

Nous nous proposons de présenter d’une part l’organisation opérationnelle définie pour cette plateforme et d’autre part les différents services offerts aux hôpitaux de l’AP-HP.


Mathieu BARTHÉLÉMY, Camille BARETTE, Jocelyn BRAYET, Romain DAVEAU, Vivien DESHAIES, Alban LERMINE (Paris)
00:00 - 00:00 #13173 - P687 Caractérisation clinique et moléculaire d’un cas de Syndrome d’Emanuel survenu de Novo.
Caractérisation clinique et moléculaire d’un cas de Syndrome d’Emanuel survenu de Novo.

Le syndrome d’Emanuel  (ES) est causé le plus souvent par une translocation équilibrée entre les chromosomes 11 et 22 chez l’un des parents. Les porteurs des translocations équilibrées t (11, 22) sont phénotypiquement normaux. Cependant, il existe un risque de syndrome ES variant entre 2 et 6% pour leur progénitures manifesté par la présence d'un chromosome marqueur surnuméraire (CMS) dérivé du chromosome 22. Ici nous rapportons le cas d’une fille âgée de 2 mois qui s’est présentée avec un retard de croissance, un retard staturopondérale, une cardiopathie congénitale,  une dysmorphie faciale et une microcéphalie. Le caryotype conventionnel en band R fait chez la patiente et ses parents a montré la présence d’un CMS de façon homogène et de Novo. La CGH array a montré deux gains de 115Mb et  2.43 Mb sur les chromosomes 11 et 22 respectivement. Ces résultats ont été complétés par FISH avec les sondes peintures des chromosomes 11 et 22.  Dans le cas présent les caryotypes des parents sont normaux ce qui témoigne le caractère de Novo de ce marqueur. Il existe peu de report de der(22) résultant d’un translocation t(11; 22) de novo dans la lignée germinale paternelle avec une ségrégation déséquilibrée et une non disjonction maternelle du chromosome 22 dans la méiose I.


Wafa SLIMANI, Afef JELLOUL, Sarra DIMASSI, Najoua KAHLOUL, Thomas LIEHR, Ali SAAD, Soumaya MOUGOU-ZERELLI (Sousse)
00:00 - 00:00 #13180 - P688 Plan France Médecine Génomique 2025 : Le projet de la plateforme pilote AURAGEN.
Plan France Médecine Génomique 2025 : Le projet de la plateforme pilote AURAGEN.

Dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025, un comité scientifique international a retenu deux projets de plateforme pilote de séquençage à très haut débit. Le 17 juillet 2017, le Premier ministre, Edouard Philippe a annoncé les deux lauréats : le projet Parisien SeqOIA et le projet de la région Auvergne Rhône Alpes AURAGEN.

Nous présentons ici le projet de la plateforme pilote AURAGEN qui regroupe au sein d’un Groupement de Coopération Sanitaire (GCS) les 4 CHU de la région (Clermont-Ferrand, Grenoble, Lyon et Saint Etienne), le Centre Léon Bérard, le Centre Jean Perrin et l’Institut de Cancérologie de la Loire. Les 4 universités de la région et l’école des Mines sont associées au projet dans le cadre d’un consortium de même que le laboratoire Eurofins – Biomnis, le partenaire privé associé au projet dans le cadre d’un accord de collaboration entre laboratoires de biologie médicale.

Conformément au cahier des charges, la plateforme AURAGEN a une vocation nationale traitera des échantillons provenant de patients atteints d’un cancer ou d’une maladie rare, avec une définition des priorités qui sera établie dans les prochains mois. Le projet est décliné sur 5 ans avec une montée en charge du nombre de prélèvements pour aboutir la 3° année à la production à 18 000 équivalents génomes.

Le projet AURAGEN comprend 5 axes : 1) Pré analytique dont l’objectif est de participer à la réflexion sur les indications et assurer l’acheminement des prélèvements ; 2) Analytique qui est destiné à mettre en place une plateforme de séquençage de type industrielle ; 3) Post analytique incluant les composantes informatiques, bio-informatique et bio statistique ; 4) Gestion du projet et aspects médico-économique : Evaluation des impacts de l’organisation pilote proposée. Centrée sur deux indications, les cancers de mauvais pronostic et les épilepsies monogéniques, cette évaluation comporte trois volets : i) organisationnel, ii) efficience, iii) impact budgétaire. 5) Formation et enseignement permettant un transfert de compétence de la plateforme vers les différents utilisateurs.

Le projet est construit autour du patient avec une implication forte des structures locales. Un parcours de soins partant du patient pour un retour au patient est proposé s’appuyant sur les filières de soins pour les maladies rares, les réseaux régionaux et nationaux (INCa) pour les tumeurs rares. Les filières de soins et l’INCa ayant un rôle majeur à jouer dans la définition d’indications via des arbres décisionnels en attendant les recommandations de la HAS.

La mise en production de la plateforme AURAGEN est prévue pour fin 2018. Néanmoins, les laboratoires et professionnels régionaux conserveront une place prépondérante dans la gestion des patients en termes d’indications thérapeutiques, d’inclusion dans des essais cliniques ou conseil génétique. Enfin les enjeux éthiques seront abordés en lien avec les réflexions nationales et la révision de la loi de bioéthique en 2018


Auragen AURAGEN, Damien SANLAVILLE (LYON), Jean-Yves BLAY
00:00 - 00:00 #13187 - P689 Aspects anatomique et génétique des malformations congénitales dans deux hôpitaux de référence de Cotonou.
Aspects anatomique et génétique des malformations congénitales dans deux hôpitaux de référence de Cotonou.

Introduction : Les malformations congénitales (MC) constituent un véritable problème de santé publique à cause du taux élevé de létalité qu’elles entrainent. Chaque année, 270 000 nouveau-nés meurent avant l’âge de 28 jours pour  cause de malformations congénitales.

Objectifs : Etudier les malformations congénitales et la part de la génétique parmi elles au CNHU/HKM et au CHU-MEL.

Méthodes : Il s’agissait d’une étude descriptive réalisée pendant la période allant du 1er avril au 31 août  2015 dans les deux hôpitaux de référence de Cotonou (R.Bénin). Cette étude a consisté en une description et une classification (selon la classification internationale des maladies CIM-10) des malformations cliniquement visibles recensées au cours de la période. Une fiche de recueil a été remplie pour chaque enfant comportant les données sociodémographiques, obstétricales et cliniques. Les malformations considérées sont celles qui sont cliniquement décelables.

Résultats : 24 enfants  présentant des MC ont été recensés. L’incidence globale des MC était de 0,86%. La majorité des mères des enfants portant une MC avaient un âge compris entre 20 et 35ans. Le sexe masculin était majoritaire  (n=15). Les malformations les plus fréquentes étaient celles du système ostéo-articulo-musculaire (n=7) et du  système nerveux (n=5). Les syndromes de Protée, de Cornelia de Lange, de Patau et les anomalies de différenciation sexuelles étaient les maladies d’origine génétique retrouvées.

Mots clés : malformations congénitales, génétique, Protée, Conelia, Patau.


Leila DANGOU (Cotonou, Bénin), Falilatou AGBEILLE MOHAMED
00:00 - 00:00 #13189 - P690 Marfanoid habitus is a nonspecific feature of Perrault syndrome.
Marfanoid habitus is a nonspecific feature of Perrault syndrome.

The objective of this study was to report the clinical and biological characteristics of two Perrault syndrome cases in a Moroccan family with homozygous variant c.1565C > A in the LARS2 gene and to establish genotype–phenotype correlation of patients with the same mutation by review of the literature. Whole-exome sequencing was performed. Data analysis was carried out and confirmed by Sanger sequencing and segregation. The affected siblings were diagnosed as having Perrault syndrome with sensorineural hearing loss at low frequencies; the female proband had primary amenorrhea and ovarian dysgenesis. Both affected individuals had a marfanoid habitus and no neurological features. Both patients carried the homozygous variant c.1565C > A; p.Thr522Asn in exon 13 of the LARS2 gene. This variant has already been reported as a homozygous variant in three other Perrault syndrome families. Both affected siblings of a Moroccan consanguineous family with LARS2 variants had low-frequency sensorineural hearing loss, marfanoid habitus, and primary ovarian insufficiency in the affected girl. According to the literature, this variant, c.1565C > A; p.Thr522Asn, can be correlated with low-frequency hearing loss. However, marfanoid habitus was been considered a nonspecific feature in Perrault syndrome, but we believe that it may be more specific than considered previously. This diagnosis allowed us to provide appropriate management to the patients and to provide more accurate genetic counseling to this family.


Maria ZERKAOUI (Rabat, Maroc), Leigh DEMAIN, Imane CHERKAOUI JAOUAD, Ilham RATBI, Karima AMJOUD, Jill URQUHART, James O’SULLIVAN, William NEWMAN, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13193 - P691 Dysplasie Diastrophique : Première série marocaine colligée au CHU de Marrakech.
Dysplasie Diastrophique : Première série marocaine colligée au CHU de Marrakech.

La dysplasie diastrophique est une maladie rare caractérisée par une petite taille avec des extrémités courtes et des malformations des articulations conduisant à des contractures articulaires. Le tableau clinique  est marqué par un retard statural, des déformations articulaires souvent sévères et une scoliose à développement progressif. Une fente palatine, une hypoplasie mandibulaire avec des kystes au niveau de l'oreille externe peuvent être observés. Le diagnostic est radiologique basé sur la  présence des os tubulaires courts et massifs, des métaphyses élargies, des premiers métacarpiens courts et ovoïdes et surtout une subluxation du pouce. Il s’agit d’une maladie autosomique récessive due à des mutations du gène SLC26A2 (DTDST) qui code un transporteur de sulfate particulièrement exprimé dans le cartilage.

Nous rapportons les données cliniques de deux patients âgés de 7 et 3ans, consanguins, qui présentent un retard statural à -3DS, des membres courts, des articulations contractées, une scoliose, un kyste cartilagineux de l’oreille externe et un pouce en abduction. Les signes radiologiques de nos deux patients sont en faveur d’une dysplasie diastrophique et l’étude moléculaire  du gène DTDST a permis de confirmer le diagnostic de la dysplasie diastrophique chez nos deux patients.

 

Nous discutons à travers ce travail les aspects cliniques et génétiques de la dysplasie diastrophique à propos de  la première série marocaine colligée au service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech.

 


Maria MANSOURI (Marrakech, Maroc), Meriem ELQABLI, Hassane AKALLAKH, Nissrine ABOUSSAIR
00:00 - 00:00 #13194 - P692 Syndrome de Goltz: aspects cliniques et génétiques à propos de trois familles marocaines.
Syndrome de Goltz: aspects cliniques et génétiques à propos de trois familles marocaines.

Le syndrome de Goltz nommé aussi hypoplasie dermique en aires est une atteinte cutanée polymorphe associée à des anomalies des yeux, du squelette et du système nerveux central. Les signes cliniques comportent des zones d'atrophie cutanée et des papillomes périorificiels, prédominant autour de la bouche et des régions génitale et/ou anale. Une onychodystrophie et une alopécie cicatricielle sont typiques.  Il existe souvent une atteinte squelettique, à type de syndactylie, d'ectrodactylie et/ou d'aplasie des doigts et des orteils avec des déformations thoraciques et des anomalies dentaires. L'atteinte oculaire et le retard psychomoteur sont souvent observés. Ce syndrome est rare avec une transmission dominante liée à l’X et un risque théorique de récurrence dans la descendance de 50%. Un seul gène, le gène PORCN, est actuellement lié à ce syndrome. Le diagnostic est essentiellement clinique mais la confirmation est moléculaire.

Nous rapportons les données cliniques de deux cas sporadiques et un cas familial présentant  un tableau typique du syndrome de Goltz. Nos quatre patientes présentent  des anomalies dermatologiques incluant  une atrophie cutanée  et  des hernies du tissu adipeux sous-cutané typiques du syndrome de Goltz.  La dysmorphie faciale, les anomalies squelettiques et oculaires sont  présents chez toutes nos patientes. Il est à noter que le retard psychomoteur est  présent seulement chez deux patientes. L'analyse moléculaire du gène PORCN est envisagée chez nos malades.
Nous discutons a travers ce travail les aspects cliniques et génétiques du syndrome de Goltz a travers la première série de malades du CHU de Marrakech.


Maria MANSOURI (Marrakech, Maroc), Mariam TAJIR, Hassane AKALLAKH, Kenza DAFIR, Fatima Zohra BOUZID, S AMAL, Ouafa HOCAR, Nissrine ABOUSSAIR
00:00 - 00:00 #13195 - P693 Hétérotopie nodulaire périventriculaire et FLNA : il faut penser aux anomalies de dosage génique !
Hétérotopie nodulaire périventriculaire et FLNA : il faut penser aux anomalies de dosage génique !

Le gène FLNA (OMIM *300017), localisé en Xq28, comprend 48 exons dont 47 codants et s’étend sur 33 kb. Il est impliqué dans un spectre de pathologies du développement variées, allant des syndromes oto-palato-digitaux aux anomalies de migration neuronale. Des mutations perte de fonction ont été rapportées dans des tableaux d’hétérotopie nodulaire périventriculaire (HNP) le plus souvent révélée par une épilepsie. On rencontre des formes isolées ou syndromiques, associées à un syndrome d’Ehlers-Danlos, une macrothrombopathie, des signes cardio-vasculaires ou une pseudo-obstruction intestinale chronique. FLNA est impliqué dans près de 100% des HNP familiales. Le domaine fonctionnel de liaison à l’actine est le siège de mutations récurrentes mais de multiples mutations ont été également décrites tout au long de ce gène. Classiquement recherchées chez les filles atteintes d’HNP, les mutations de FLNA, homogènes ou en mosaïque, ont une fréquence non négligeable chez les individus de sexe masculin dans notre cohorte bordelaise(près de 5% des patients et leurs apparentés).

Aujourd’hui,  le gène FLNA est analysé en première intention par séquençage nouvelle génération  en cas d’HNP typique frontale bilatérale et volontiers asymétrique, d’autant plus en cas d’antécédents familiaux. Les résultats de ce premier criblage peuvent néanmoins être négatifs même en cas de phénotype évocateur. Il a été décrit des délétions intra-géniques chez des patientes avec une HNP classique (Clapham et al., Neurology, 2012). Dans ce contexte, nous avons mis en place la recherche des remaniements intra-géniques, dans un premier temps chez les patientes avec une HNP évocatrice de filaminopathie A, par la technique de CGH-array ciblée à haute résolution sur microréseau Agilent, complétée par les techniques de QMF-PCR ou qPCR.

Dans notre cohorte de 184 cas index féminins et 11 fœtus masculins et féminins porteurs d’HNP typique sans mutation ponctuelle, nous avons retrouvé 10 patients porteurs d’une anomalie de dosage génique, incluant 7 délétions dont 3 en mosaïque, 1 duplication et 2 réarrangements complexes intra-géniques, allant de 2 à 58 kb. La récurrence de ces anomalies pourrait être le reflet d’une zone d’instabilité dans la séquence nucléotidique du gène FLNA favorisant les remaniements.

A la lumière de ces observations, il convient donc, devant un tableau typique d’HNP évocateur d’une filaminopathie A sans variant ponctuel identifié dans le gène FLNA, de rechercher une anomalie de dosage génique chez les patients, et ce pour les deux sexes.


Caroline DEILLER (Montpellier), Julie DEFORGES, Marie-Laure VUILLAUME, Jérôme TOUTAIN, Gwenaelle DELMOTTE, Julie BOURON, Cécile BOUCHER, Caroline ROORYCK-THAMBO, Cyril GOIZET, Isabelle COUPRY, Patricia FERGELOT
00:00 - 00:00 #13198 - P694 « AnDDI-Collaboration » : un espace dédié aux collaborations dans le champ des anomalies du développement et de la déficience intellectuelle de causes rares.
« AnDDI-Collaboration » : un espace dédié aux collaborations dans le champ des anomalies du développement et de la déficience intellectuelle de causes rares.

La capacité à recueillir et d'analyser de grandes quantités de données génomiques et cliniques est une formidable opportunité pour en améliorer les connaissances des maladies rares. La quantité de données génomiques augmentant significativement avec l’arrivée du séquençage haut débit (SHD), le partage massif de données cliniques et génomiques apparait primordial. Ainsi, la filière de santé dédiée aux anomalies du développement avec ou sans déficience intellectuelle de causes rares (AnDDI-Rares), a mis en place un espace dédié sur son site internet afin de : 1) dynamiser les collaborations au sein de son réseau, 2) constituer des cohortes nationales, 3) décrire des phénotypes de maladies rares et 4) identifier de nouveaux gènes responsables d’anomalies du développement (AD).

« AnDDI-Collaboration », propose de diffuser des appels à collaboration portant sur la mise en commun de patients présentant des variants dans un nouveau gène ou un gène ultra-rare et la recherche de patients pour participer à des projet de recherche. Chaque requête soumise à l’équipe administratrice est validée puis une notification par mail est envoyée à l’ensemble du réseau AnDDI-Rares.

Depuis la mise en fonction de l’espace AnDDI-Collaboration en janvier 2017, 48 appels à collaboration ont été déposés, soit en moyenne un appel à collaboration tous les 6 jours. Actuellement, 21% des requêtes portent sur une caractérisation phénotypique, 69% sur une recherche de récurrences d’une anomalie ultra-rare et 10% sur une proposition de recrutement de patients dans le cadre d’un projet de recherche. Afin d’évaluer l’intérêt de cette initiative et ses retombées en terme d’inclusions dans des projets de recherche et de publications collaboratives, une enquête a été déployée récemment auprès de chaque soumissionnaire. L’évaluation étant en cours, les résultats seront présentés lors des Assises de Génétique Humaine et Médicale 2018.

L’arrivée du SHD pangénomique via le Plan France Médecine Génomique 2025 et ses 2 premières plateformes de séquençage rend d’autant plus nécessaire un partage large des données et fournit un argument supplémentaire à la mise en place de ce type d’initiative. En plus de participer à l’amélioration de la prise en charge des personnes atteintes de maladies rares en optimisant l’accès au diagnostic par l’identification de nouveaux gènes, l’outil AnDDI-Collaboration répond la seconde mission des filières de santé maladies rares : dynamiser la recherche en favorisant les interactions, l’information systématique au réseau et les projets collaboratifs.


Laurent DEMOUGEOT (DIJON), Céline VERNIN-DAMPFHOFFER, Jeanne AMIEL, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Daniel AMRAM, Dominique BONNEAU, Nicolas CHASSAING, Gérard CHIESA, Patrick COLLIGNON, Benoit DE COURTIVRON, Capucine DE LATTRE, Andrée DELAHAYE-DURIEZ, Martine DOCO-FENZY, Bérénice DORAY, Patrick EDERY, Franck FITOUSSI, Christine FRANCANNET, Jérôme GAUTHERON, David GENEVIÈVE, Dominique GERMAIN, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Fabienne GIULIANO, Alice GOLDENBERG, Laetitia HOUX, Brice ILHARREBORDE, Bertrand ISIDOR, Pierre JOURNEAU, Hubert JOURNEL, Philippe KHAU VAN KIEN, Céline KLEIN, Marilyn LACKMY-PORT-LYS, Didier LACOMBE, Valérie LAYET, Franck LAUNAY, Cédric LE CAIGNEC, Bruno LEHEUP, Dominique MARTIN-COIGNARD, Sylvie MANOUVRIER, Judith MELKI, Cyril MIGNOT, Gilles MORIN, Sylvie ODENT, Stéphanie PANNIER, Nicole PHILIP, Amélie PITON, Nathaly QUINTERO-PRIGENT, Joëlle ROUME, Jérôme SALES DE GAUZY, Damien SANLAVILLE, Elisabeth SARRAZIN, Elise SCHAEFER, Alice TAQUET, Julien THEVENON, Renaud TOURAINE, Annick TOUTAIN, Alain VERLOES, Sandra WHALEN, Lionel VAN MALDERGEM, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13199 - P695 Modifications attendues par les généticiens Français de leur pratique clinique liée à l’arrivée du séquençage haut débit pangénomique dans le diagnostic génétique des maladies du développement.
Modifications attendues par les généticiens Français de leur pratique clinique liée à l’arrivée du séquençage haut débit pangénomique dans le diagnostic génétique des maladies du développement.

Le diagnostic étiologique de maladies génétiques rares telles que les anomalies du développement (AD) avec ou sans déficience intellectuelle (DI) reste encore trop souvent indéterminé. L’arrivée du séquençage haut débit (SHD) entraine un véritable bouleversement de la génétique médicale. Dans la perspective du déploiement de ces nouvelles technologies, une enquête nationale a été menée auprès des généticiens français posant 2 questions en parallèle : Quelles sont  les représentations des généticiens français face aux SHD ? Quel serait le coût entrainé par ces analyses chez des patients en errance diagnostique, comparativement aux autres stratégies si cet examen était proposé plus tôt dans la démarche diagnostique, plutôt qu’en dernier recours ?

Pour les représentations des généticiens, un questionnaire de 23 questions a été proposé aux participants du 30ème séminaire de génétique clinique en 2015. L’analyse statistique a été essentiellement descriptive. Parmi les 106 questionnaires renseignés, 48% des répondants ont déjà prescrit des analyses d’exome (WES) mais seulement 14% dans un cadre exclusif de diagnostic. Seuls 25% des médecins interrogés ont déjà eu l’occasion de rendre ce type de résultats, mais les 68% restants se sentent prêts à le faire. Les généticiens attendent principalement du WES une augmentation du nombre de diagnostics étiologiques. 96% des répondants sont conscients que le WES est une technologie qui présente des limites et 74% expriment des craintes quant à son utilisation en pratique médicale.

Pour le coût des analyses, nous avons réalisé une analyse des coûts d’une part sur le bilan dit « classique» et d’autre part sur le WES utilisé en première intention, à partir d’une cohorte de 36 patients porteurs d’une DI sévère. Cette analyse montre que le WES est moins coûteux par rapport aux procédures conventionnelles sur cette population de patients.

L’enquête révèle donc une bonne acceptation de la technique de WES par les généticiens français dès 2015, même si son utilisation dans la pratique médicale soulève quelques craintes. Les principales préoccupations sont liées à la complexité d’interprétation de ces tests et les implications éthiques. Ainsi, conscients des avantages et des limites de ces nouvelles technologies, cette enquête montre que les généticiens seront en mesure d’accompagner au mieux les patients dans le déploiement du SHD pangénomique, d’autant que ces incertitudes diminueront avec la pratique, l’expérience, la formation et l’information. C’est un élément important puisque l’analyse des coûts fait discuter la place du SHD, et en particulier du WES, plus précocement dans le diagnostic étiologique de la DI sévère,  plutôt qu’en dernier recours.

Il est ainsi essentiel que les nouvelles générations de médecins, mais également les familles concernées, se familiarisent avec les concepts du SHD qui constituera dorénavant un des versants majeurs d’une nouvelle médecine génomique.


Laurent DEMOUGEOT (DIJON), Françoise HOUDAYER, Aurore PELISSIER, Julien THEVENON, Yannis DUFFOURD, Sophie NAMBOT, Elodie GAUTIER, Christine BINQUET, Massimiliano ROSSI, Damien SANLAVILLE, Sophie BÉJEAN, Christine PEYRON, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
00:00 - 00:00 #13200 - P696 Diagnostic prénatal, prise en charge postnatale et revue de la littérature du syndrome fémoro-facial.
Diagnostic prénatal, prise en charge postnatale et revue de la littérature du syndrome fémoro-facial.

Le patient, 4ème de la fratrie, est issu de parents non apparentés, avec un antécédent maternel de chirurgie pour «déformation en varus de la jambe gauche». Durant la grossesse, il n’y a eu ni diabète (HGPO négatives), ni prise de toxiques, ni infection maternelle. L’échographie anténatale du 2ème trimestre notait une hypoplasie fémorale bilatérale, avec des mesures fémorales au ¼ de la norme (10 mm, < 1er percentile), associée à des pieds bots. A 29 SA, le scanner osseux fœtal confirmait la restriction sévère de croissance fémorale, ainsi que des vertèbres sacrées anormales, une déviation sacrale, et une position inhabituelle des têtes fémorales. L’ACPA retrouvait une duplication 13q31 de transmission maternelle, de signification inconnue.

Le patient est né à 39 SA, PN : 2kg550/ TN : 36 cm score d’Apgar : 8/10. L’examen postnatal retrouve une hypoplasie fémorale bilatérale, des pieds bots varus équin, et une syndactylie II, III droite; au niveau des membres supérieurs, une clinodactylie V bilatérale, une camptodactylie III droite, et une insertion proximale des pouces. Les ongles sont hypoplasiques. Au niveau facial, il existe une rétrognathie, une fente palatine postérieure, un cou court ; et des fentes palpébrales orientées en haut et en dehors. Le bilan malformatif était sans particularité. A 14 mois, le développement psychomoteur est normal. Le traitement chirurgical de la fente palatine a été réalisé à l’âge de 6 mois, celui des pieds bots est prévu à l’âge de 18 mois. L’ensemble du tableau clinique pré et postnatal est évocateur d’une syndrome fémoro-facial (FFS, OMIM 134780)

 

Le FFS décrit par Daentl et al en 1975, est défini par une hypoplasie fémorale bilatérale et des particularités faciales caractéristiques - philtrum long, lèvre supérieure fine, micrognathie avec ou sans fente palatine, nez court-. Il peut s’associer de façon variable d’autres malformations, essentiellement cardiaques (20 %), génito-urinaires (60 %), cérébrales, et squelettiques avec notamment une atteinte des membres supérieurs et articulation des épaules décrite dans 75 % des cas-les humérus pouvant être discrètement raccourcis, les amplitudes articulaires des épaules et coudes limitées, et une déformation de type Sprengel fréquemment associée-. Au niveau des membres inférieurs, une absence fibulaire peut exister, ainsi que des anomalies des extrémités. Au niveau rachidien, des anomalies vertébrales sont rencontrées dans 35 % des cas, de type scoliose, hémivertèbre, synostose antérieure des vertèbres lombaires, spina bifida occulta et anomalie de segmentation du sacrum. Les côtes peuvent être anormales, certaines manquantes ou fusionnées. Les anomalies pelviennes incluent des ailes iliaques de petite taille et une hypoplasie ou absence acétabulaire. La grande majorité des cas est sporadique et approximativement 1/3 des patients porteurs de ce syndrome sont des exemples d’embryofoetopathie diabétique. Les bases génétiques de ce syndrome restent inconnues.


Céline KLEIN, Philippe NAEPELS, Guillaume JEDRASZAK, Emmanuel CLOSSET, Catherine GONDRY-JOUET, Cica GBAGUIDI, Benedicte DEMEER (Amiens)
00:00 - 00:00 #13214 - P697 Prévalence des anomalies du gène de la plexine A1 dans une série de 286 patients avec hypogonadisme hypogonadotropique congénital (HHC) et syndrome de Kallmann (SK).
Prévalence des anomalies du gène de la plexine A1 dans une série de 286 patients avec hypogonadisme hypogonadotropique congénital (HHC) et syndrome de Kallmann (SK).

Contexte: Il y a 4 ans nous avons découvert que le gène de la Sémaphorine 3A (SEMA3A), participant à la migration des neurones à GnRH, était impliqué dans le SK. La SEMA3A exerce son action par une signalisation impliquant un de ses récepteurs, la plexine A1 (PLXNA1). Chez la souris l'altération de plxna1 induit une anomalie des structures olfactives et du contrôle neuroendocrine de l'axe gonadotrope.

Patients: 286 patients avec CHH (202 hommes et 84 femmes) ont été inclus.

Méthodes: Séquençage de nouvelle génération (NGS, exome de ciblé 100 gènes) associé à un nouvel outil bioinformatique permettant l'établissement accéléré de relations génotype phénotype (PythieVar). Analyse de variants par des algorythmes de prédiction (PolyPHEN2, SIFT, UMD-predictor).

Résultats: Sur les 286 propositi, 16 étaient porteurs de variants faux-sens de PLXNA1 à l'état hétérozygote. Dix variants avaient une prévalence < 1% dont 4 étaient prédits délétères. Les 5 autres variants étaient absents d'ExaC et tous prédits délétères. Excepté un cas, les patients HHC/SK portaient en plus de la mutation PLXNA1 de nombreuses mutations dans d'autres gènes impliqués dans la maladie parmi lesquels FGFR1, CHD7, PROKR2, SEMA3A, GNRH1, OTUD4, LHX4, SPRY4, GNRHR, KISS1R, IGSF10, SLIT2, NRP2, ROBO3.

Conclusion: La fréquence élevée(6%) de variants PLXNA1 faux-sens prédits délétères, très rares voire uniques, suggère une contribution significative des altérations de ce gène dans le phénotype HHC/SK. L'association fréquente à d'autres variants impliqués dans la maladie renforce la base oligogénique de cette maladie qui ne peut être établie que par une analyse exhaustive par NGS des gènes HHC/SK.


Mélissa N'DEBI, Bruno FRANCOU, Luigi MAIONE, Christophe HABIB, Camila BENITO, Alexis PROUST, Anne GUIOCHON-MANTEL, Jérôme BOULIGAND (LE KREMLIN BICETRE), Jacques YOUNG
00:00 - 00:00 #13221 - P698 Syndrome de Usher :Approche bioinformatique pour l'interpretation des resultats du séquencage à haut débit ou WES.
Syndrome de Usher :Approche bioinformatique pour l'interpretation des resultats du séquencage à haut débit ou WES.

Le syndrome de Usher est une anomalie genetique qui est due à des mutations de 10 sortes de genes. 

L' etude de ces mutations sur de l'adn de familles algeriennes  s'est faite à Paris (institut de la vision) par le sequencage à haut débit qui permet de sequencer tout l'exome humain.

La bioinormatique est indispensable pour l'interpretation des resultats de l'exome.

Elle permet de localiser la mutation  sur les chromosomes , sur les genes, de typer ces mutations et de predire en cas de mutation faux sens leur pathogenicité  en utilisant des logiciels spécifiques

Cette approche informatique a permis de poser le diagnostic genetique de syndrome de Usher chez des patients algeriens qui doivent etre pris en charge rapidement pour triaiter le double handicap sensoriel des patients atteints/                                                                          


Samia ABDI, Mohamed MAKRELOUF (Alger, Algérie), Crystel BONNET, Asma BEHLOULI, Yahia ROUS, Zahida MERAD, Christine PETIT, Akila ZENATI
00:00 - 00:00 #13232 - P699 Syndrome de Conradi-Hünermann-Happle : nouveau variant d’épissage dans le gène EBP et variabilité phénotypique intrafamiliale.
Syndrome de Conradi-Hünermann-Happle : nouveau variant d’épissage dans le gène EBP et variabilité phénotypique intrafamiliale.

Des mutations du gène EBP sont responsables de la Chondrodysplasie Ponctuée Dominante liée au chromosome X (CDPX2, syndrome de Conradi-Hünermann-Happle; MIM#302960). La CDPX2 est habituellement létale chez l’homme. Son phénotype associe atteintes cutanée (ichtyose linéaire selon les lignes de Blaschko, atrophodermie vermiculée, alopécie en bandes), squelettique (petite taille, ponctuations épiphysaires, raccourcissement rhizomélique et asymétrie des membres) et ophtalmologique (cataracte, microphtalmie). Les quelques patients CDPX2 de sexe masculin rapportés sont porteurs d’une mutation somatique du gène EBP.

Nous rapportons l’observation d’une famille dont le cas index était un fœtus de sexe féminin. Une interruption médicale de grossesse a été réalisée à 25 semaines d’aménorrhée, après la découverte échographique d’une atteinte évocatrice de CPDX2 : os longs courts et ponctuations épiphysaires. L’examen fœtopathologique a confirmé les anomalies osseuses sévères, surtout vertébrales et des membres. L’examen cutané était sans particularité. Le séquençage du gène EBP a identifié le variant c.301+5G>C dans l’exon 2, prédit pour altérer l’épissage. La ségrégation familiale retrouve ce variant chez la mère, qui présente une petite taille et une ichtyose linéaire discrète, et chez le grand-père maternel à l’état de mosaïque somatique sur peau et sur leucocytes. L’étude des transcrits et l’analyse du variant par approche mini-gène ont montré l’effet délétère du variant. L’inactivation du chromosome X sur leucocytes chez la mère et sur tissu hépatique chez le fœtus, est aléatoire.

Cette observation illustre la variabilité phénotypique, en particulier intrafamiliale, de la CPDX2. Un épissage tissu-spécifique du gène EBP pourrait être, ici, en cause.


Mathilde PACAULT, Smail HADJ-RABIA, Thomas BESNARD, Caroline KANNENGIESSER, Claire BÉNÉTEAU, Sébastien BARBAROT, Xénia LATYPOVA, Khaldia BELABBAS, Antonin LAMAZIÈRE, Stéphane BÉZIEAU, Bertrand ISIDOR, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Stéphanie LECLERC-MERCIER, Fabienne DUFERNEZ, Marie VINCENT (Nantes)
00:00 - 00:00 #13240 - P700 DeCovA, un outil d’analyse et de visualisation de la profondeur et de la couverture de séquençage, appliqué à la recherche de CNVs.
DeCovA, un outil d’analyse et de visualisation de la profondeur et de la couverture de séquençage, appliqué à la recherche de CNVs.

Le séquençage à haut débit (NGS), du panel de quelques gènes au séquençage d’exomes, est maintenant couramment utilisé pour le diagnostic en routine. L'analyse de la profondeur et de la couverture du séquençage est capitale pour l’utilisation de ces techniques. Elle intervient lors du design d’un panel de cibles, afin de déterminer si toutes les régions d'intérêt seront effectivement bien séquencées, et lors de l'analyse de routine, afin d'identifier les régions d'intérêt insuffisamment couvertes chez un patient donné. Les outils classiques d'analyse de données NGS (Bedtools, GATK, …) fournissent soit une information générale qui ne permet pas d'identifier précisément les régions trop peu couvertes, soit une information base par base qui nécessite ensuite des traitements bioinformatiques pour être exploitée.

Afin de permettre aux cliniciens et biologistes de réaliser facilement une analyse de la couverture, nous avons développé le programme DeCovA (DEpth and COVerage Analysis). À partir d'un fichier d'intervalles ou d'une liste de gènes/transcrits, DeCovA détermine les régions exoniques à analyser et utilise BedTools ou GATK pour en obtenir la profondeur base par base, après avoir éventuellement filtré les lectures de mauvaise qualité. Il produit ensuite différentes sorties dont les principales pour le biologiste sont : (i) une visualisation schématique de chaque gène/transcrit, par échantillon, avec la profondeur et les régions insuffisamment couvertes, (ii) un schéma similaire de chaque gène/transcrit permettant d'apprécier le nombre d'échantillons atteignant au moins une profondeur de séquençage donnée, (iii) un graphe montrant la fraction de la région d'intérêt couverte à différents seuils de profondeur, (iv) un fichier au format bed BED avec la liste des intervalles dont la couverture est insuffisante et dont l'analyse doit être complétée par une autre technique.

Par ailleurs, DeCovA utilise l'analyse de la profondeur comme point de départ pour son algorithme de détection de variations du nombre de copies de l'ADN (CNVs), ce qui est tout particulièrement pertinent lorsque les régions séquencées sont disjointes et amplifiées de manière non uniforme. Pour cela, DeCovA détermine les profondeurs moyennes de chaque individu par région, les normalise pour chaque patient sur sa profondeur totale, et écarte les patients/régions trop variables ou insuffisamment couverts. DeCovA sélectionne ensuite, pour chaque intervalle, les valeurs s’écartant le plus du centre des profondeurs normées, en tenant compte de leur dispersion. Cette recherche est complétée par une visualisation par CNV, par gène ou par chromosome, qui aide le biologiste dans son interprétation.

En conclusion, DeCovA permet de réaliser une analyse de couverture et une recherche de CNVs dont les sorties graphiques sont faciles à interpréter pour le diagnostic. DeCovA est un logiciel libre, disponible sur simple demande à thomas.simonet@chu-lyon.fr.


Thomas SIMONET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Patrice BOUVAGNET, Nicolas CHATRON, Audrey LABALME, Gaëtan LESCA, Damien SANLAVILLE, Pascal ROY, Claire BARDEL (Lyon)
00:00 - 00:00 #13241 - P701 Développement d’une application pour une lecture et une gestion facilitées des données brutes générées lors de l’analyse d’un panel CFTR par NGS.
Développement d’une application pour une lecture et une gestion facilitées des données brutes générées lors de l’analyse d’un panel CFTR par NGS.

La lecture des données brutes générées lors de l’analyse d’un panel par séquençage de nouvelle génération nécessite l’utilisation successive de plusieurs outils bioinformatiques appropriés.

Ce présent travail est né d’un réel besoin de faciliter la lecture du NGS, de rationaliser la gestion et l’archivage de nos données et d’améliorer la traçabilité de nos analyses, dans le cadre du diagnostic moléculaire de la mucoviscidose. Aussi nous avons développé une application qui intègre dans une seule interface graphique des informations provenant de différents logiciels d’analyse.

Dans notre laboratoire, l’analyse du gène CFTR repose sur un panel AmpliSeq™ de Life Technologies couplée au séquenceur PGM (Ion Torrent/Life Technologies). L’analyse des données brutes se fait grâce à l’utilisation successive de trois logiciels : Torrent Suite™ v5.0.5, Ion Reporter™ v5.2 et JSI SeqPilot module SeqNext v4.3.0. L’application a été développée en python avec la bibliothèque graphique pyQt4. Il s’agissait d’y intégrer toutes les informations nécessaires provenant de ces 3 logiciels : le .tsv de Ion Reporter, le .txt de SeqNext et le .xls de la Torrent Suite, ainsi que le fichier bam du patient.

L’application peut prendre en compte dans son analyse une base de données SQL locale et évolutive de mutations et de polymorphismes caractérisés.

L’analyse réalisée par l’application permet d’extraire quatre types de données : les données d’identification du run, les variants communs aux logiciels Seqnext et Torrent Suite, les variants spécifiques à chacun des trois logiciels et la notification de l’identification comme hotspot par Ion Reporter. Pour chaque variant un commentaire sur son interprétation peut être ajouté. Les informations de couvertures minimale et maximale par base sont calculées pour chaque amplicon. Pour chaque analyse il est possible de renseigner la date de validation et le nom des techniciens et biologistes ayant assuré la vérification technique et la validation biologique. Un commentaire général peut également être rattaché au rapport d’analyse. Il est possible d’éditer un rapport détaillant la liste des séquences Sanger à faire pour confirmer les variants présents. Enfin, chaque analyse peut être sauvegardée au format pickle afin de pouvoir la rouvrir ultérieurement dans l’application. Une fonction d’export, au format pdf, de l’ensemble des données nous permet l’intégration dans notre logiciel de gestion de laboratoire.

En conclusion, l’utilisation de cette application « tout-en-un » permet de gagner du temps dans l’analyse. Elle permet en éditant une liste de travail d’optimiser l’organisation des vérifications par le séquençage Sanger. Mais aussi elle facilite l’importation des résultats dans notre logiciel de gestion de laboratoire. Elle offre la possibilité de créer une base de données de variants. Finalement elle nous aide au quotidien dans notre activité diagnostique au sein du laboratoire.


Laetitia GASTON (Bordeaux), Julie TINAT, Raphaelle CAMPAIT, Benoit ARVEILER, Patricia FERGELOT, Marie-Pierre REBOUL
00:00 - 00:00 #13248 - P702 Apport du séquençage haut débit au diagnostic moléculaire du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées.
Apport du séquençage haut débit au diagnostic moléculaire du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées.

Le syndrome de Marfan (MFS) est une maladie génétique transmise selon un mode autosomique dominant, avec une prévalence d’environ 1 pour 5000 individus, caractérisé par une atteinte multisystémique, majoritairement cardiovasculaire (anévrisme de l’aorte ascendante (TAA) ou dissection aortique), oculaire et squelettique. La majorité des cas de syndrome de Marfan sont liés à des mutations dans le gène FBN1 codant pour la fibrilline-1, protéine de la matrice extracellulaire. A ce syndrome sont associées plusieurs pathologies apparentées, qui correspondent à des atteintes incomplètes, d’un seul ou de deux systèmes par exemple. Une grande hétérogénéité génétique est observée puisque 25 gènes sont associés à ce groupe de pathologies, cette liste s’allongeant régulièrement.

Le recrutement du laboratoire de Génétique de l’Hôpital Bichat provient majoritairement du Centre de Référence Maladies Rares du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées ainsi que des centres de compétences au niveau national. Initialement, la stratégie diagnostique reposait sur un screening séquentiel des 10 principaux gènes par séquençage Sanger. Après différents essais, la technologie retenue à ce jour est un séquençage haut débit après enrichissement par capture Nimblegen (Roche®) des 25 gènes décrits dans ces pathologies. A l’issue d’une phase rapide de mise au point, il a été possible d’obtenir une couverture à 30x de 100% des exons et jonctions introniques flanquantes pour les gènes analysés. Le séquençage est réalisé par série de 24 patients sur un séquenceur MiSeq Illumina® (adaptable sur NextSeq Illumina®). L’analyse bio-informatique est réalisée à l’aide du logiciel CLC Genomics Workbench et l’annotation des variants est complétée par un script Python.

A ce jour, 600 patients ont été analysés sur ce panel. Une mutation ou un variant de signification inconnue a été identifié chez 200 patients. De plus, il a été possible de trouver le défaut moléculaire causal dans des gènes nouvellement décrits (LOX, TGFB3, MFAP5, MYLK…) dans plusieurs anciennes familles déjà partiellement explorées en Sanger. Cette approche globale nous a également permis d’élargir le spectre de phénotypes associés à des mutations dans certains gènes. Par ailleurs, cette technologie nous a permis d’identifier plusieurs CNV pathogènes par une comparaison relative des profondeurs à un pool de témoins.

Les nouvelles technologies de séquençage haut débit nous permettent aujourd’hui d’avoir une stratégie unique dans le cas du syndrome de Marfan et des pathologies apparentées. La souplesse et la robustesse de cette technologie rend possible une adaptation des gènes analysés au fur et à mesure de l’évolution de nouvelles connaissances. La détection des CNV nous permettra probablement de mettre en évidence des remaniements dans des gènes non explorés jusqu’alors.


Pauline ARNAUD (PARIS), Nadine HANNA, Marion REOCREUX, Kristell BECAVIN, Karim DIALLO, Steven GAZAL, Catherine BOILEAU
00:00 - 00:00 #13249 - P703 Qualification d’un pipeline bioinformatique d’analyse de données issues du séquençage à haut débit : expérience strasbourgeoise.
Qualification d’un pipeline bioinformatique d’analyse de données issues du séquençage à haut débit : expérience strasbourgeoise.

Introduction La réglementation française impose aux laboratoires de biologie médicale l’accréditation suivant la norme NF EN ISO 15 189 pour l’intégralité de leurs activités. Les analyses par séquençage à haut débit (NGS) doivent de fait faire l’objet de procédures de validation de méthode adaptées. Cette technique peut se décomposer en deux sous-processus incluant d’une part la prise en charge des échantillons biologiques, et d’autre part le traitement des données de séquençage associées par un pipeline bioinformatiques dédié. La qualification du pipeline bioinformatique est requise pour la réalisation du dossier de validation de méthode. Notre initiative s’inscrit dans la continuité du travail de l’ANPGM pour la constitution de recommandations traitant de la qualification des infrastructures logicielles nécessaires aux analyses bioinformatiques par NGS.

Méthode : La qualification a reposé sur la détection de variations de type SNVs (single nucleotide variation) et indels (petite insertion/délétion) à partir de jeux de données  multicentriques mis à disposition par l’INCa. Chaque jeu de données NGS comporte des fichiers .FASTQ (données primaires) et .VCF correspondant à des variations confirmées par séquençage Sanger. Les données primaires ont ainsi été analysées par notre pipeline bioinformatique (STARK) et les variations identifiées ont été comparées à celles répertoriées par l’INCa. Parmi les jeux de données disponibles, nous en avons exploité 3  issus respectivement du CHU de Bordeaux (21 échantillons, 6 gènes : 10 indels et 15 SNVs), du CHU de Rouen (15 échantillons, 7 gènes : 12 indels et 8 SNVs) et de l’Institut Régional du Cancer de Strasbourg (28 échantillons, 2 gènes : 51 indels, 387 SNVs).

Les critères suivants ont été évalués :

1)      Analyse des fichiers .FASTQ par notre pipeline bioinformatique et comparaison des variants détectés (calling du variant, statut homozygote, hétérozygote) par rapport aux fichiers .VCF mis à disposition

2)      Analyse d’un jeu de données 5 fois par notre pipeline bioinformatique (répétabilité)

Le critère d’acceptation retenu dans les deux cas a été le suivant : 100% de concordance devait être obtenue pour des variants présentant une profondeur minimale de 30 lectures.

Résultats : La concordance observée a été excellente : 100% (Bordeaux), 100% (Rouen) et 98,8% (IRC). Les 5 faux négatifs concernent deux positions génomiques pour lesquelles un biais de brin (variants présent sur un seul brin) a empêché notre pipeline (et son paramétrage) de les détecter. L’analyse de la répétabilité a montré une concordance de 100%.

Discussion : L’étape de qualification du pipeline bio-informatique est cruciale pour la validation de méthode du NGS. Par la sélection et le traitement de jeux de données adéquats, nous avons posé les bases pour la mise en place de contrôles qualité internes destinés aux vérifications initiales et périodiques du pipeline afin de garantir ses performances et satisfaire aux exigences de la norme.  


Eric DAHLEN (Besançon), Sinthuja PACHCHEK, Vincent ZILLIOX, Jamel CHELLY, Jean MULLER, Antony LE BÉCHEC, Bénédicte GÉRARD
00:00 - 00:00 #13251 - P704 Nouvelles mutations dans MED25 et ADCK3 chez une meme patiente. Description Clinique et rapport d’une 3eme famille avec le syndrome Oeil-Cerveau.
Nouvelles mutations dans MED25 et ADCK3 chez une meme patiente. Description Clinique et rapport d’une 3eme famille avec le syndrome Oeil-Cerveau.

Nous rapportons le cas d’une jeune fille d’origine libanaise issue de parents cousins du premier degré, présentant une déficience intellectuelle sévère, une luxation congénitale de la hanche, une malformation cardiaque, une petite taille, des dysmorphies faciales caractéristiques telles qu’une microcéphalie, des cheveux clairsemés et un épicanthus bilatéral, une ataxie, des convulsions et un taux élevé de lactate et de pyruvate dans le sérum. Un séquençage a haut débit de l’exome entier a été effectué chez la patiente et deux nouveaux variants homozygotes ont été retrouvés dans les gènes MED25 (p.Gly116Val) en 19q13.33et ADCK3 (p.Arg512Trp) en 1q42. Les mutations déjà rapportées dans ces gènes causent une ataxie spinocérébelleuse autosomique récessive SCAR9 (MIM612016) et le syndrome de Basel-Vanagait-Smirin-Yosef (MIM616449), un syndrome œil-cerveau, décrit dans deux cas familiaux. Nous discutons l’implication potentielle des deux variants dans le syndrome présenté par la patiente ou la possibilité que la patiente présente deux maladies dues à deux mutations homozygotes dans des gènes différents. De plus, en rapportant une troisième famille avec une mutation MED25 atteinte du syndrome œil-Cerveau, nos résultats confirment l’implication de ce gène dans ce syndrome.


André MEGARBANE, Maher LAMA, Gretta ABOU SLEIMANE, Samantha STORA (Paris), Mikael DAVID, Marc OBEID, Valérie DELAGUE
00:00 - 00:00 #13252 - P705 Endométriose familiale profonde : une pathologie monogénique rare ?
Endométriose familiale profonde : une pathologie monogénique rare ?

L’endométriose est une cause fréquente de douleurs pelviennes et d’infertilité. L’héritabilité de l’endométriose a précédemment été démontrée. Malgrè les efforts d’identification d’allèles contribuant aux bases génétiques de l’endométriose, les facteurs en déterminant la physiopathologie restent peu caractérisés. Pas de variant à fort effet n’a pu précédemment être identifié. Nous décrivons deux familles avec une aggrégation familiale d’endométriose sévère profonde évocatrice d’une hérédité mendélienne.


Xenia LATYPOVA (Paris), Bertrand ISIDOR, Sébastien KÜRY, Benjamin COGNÉ, Stéphane BÉZIEAU, Stéphane PLOTEAU
00:00 - 00:00 #13254 - P706 Easy-HLA : logiciel en ligne d’haplotypage HLA accessible à tous délivrant un panel complet destiné aux analyses génétiques.
Easy-HLA : logiciel en ligne d’haplotypage HLA accessible à tous délivrant un panel complet destiné aux analyses génétiques.

Aim: To develop and evaluate a user-friendly web application based on published HLA haplotypes frequencies that will deliver a complete suite of HLA elements.

Background: HLA genes compose one of the most complex and clinically relevant genetic system. Its main characteristics are an extreme polymorphism leading to more than 16,000 described alleles and a hereditary transmission by block called haplotypes. HLA typing quickly evolved with a wide array of techniques and various resolutions (precision). So now the major limiting factor of retrospective analysis of large dataset with HLA genotypes is the difficulty in using archived typings. However, the haplotype conservation allows assumptions and computations to facilitate large scale study.

Methods: Easy-HLA is designed with a php algorithm to predict haplotypes from individual’s genotypes. The input HLA genotypes can be entered with low/mid resolution, even as ambiguous results. The predicted haplotypes will then be used to resolve several HLA related features. Easy-HLA combines different modules: HLA-upgrade (statistical resolution of HLA typing ambiguity), HLA-2-haplo (Haplotype inference), HLA-expr (statistical imputation of HLA-C expression), HLA-AA (Amino Acid equivalence of HLA allele) and HLA-KIRlig (classification of KIR Ligand as C1/C2, Bw4/Bw6 and KIR2DL2 ligand).

Results: HLA-upgrade predicts a complete HLA-A, B, C, DRB1, DQB1 genotype from a limited typing knowledge. It was validated in 2 different cohorts of 1,579 European and 917 African American samples with all 5 loci typed at 4 digits. We artificially degraded the resolution of these genotypes and discarded HLA-C and/or DQB1 locus. From a generic HLA-A, B, DR typing, we predicted 82% of correct HLA-A, B, C, DRB1, DQB1 high resolution genotype in the European cohort with an accuracy of 99% for HLA-A, 98% for HLA-B, 95% for HLA-C, 98% for HLA-DRB1 and HLA-DQB1. Results obtained from the African American cohort were lower with 31% of high resolution full genotype. Even if HLA-A, B and DRB1 were accurately predicted (respectively 95%, 94%, 88%), HLA-C and DQB1 were more difficult to predict (80% each). The larger diversity of HLA haplotypes in African ancestry populations and the smaller sample size for this population in our database probably explain these results. HLA-2-Haplo predicts the pair of haplotypes from a given genotype and their frequencies in different populations. It was validated on 440 family-determined haplotypes. The prediction was accurate for 72% haplotype pairs, it appears that the very low frequency haplotypes are difficult to predict.

Conclusion: Easy-HLA is a package built to accurately uncover the full details of the HLA genotypes in a single or batch request and delivers data in the form of database compatible tables useful to perform further analyses. Easy-HLA is available online: http://hla.univ-nantes.fr.


Estelle GEFFARD (Nantes), Alexandre WALENCIK, Sophie LIMOU, Federico GARNIER, Anne CESBRON, Nicolas VINCE, Pierre-Antoine GOURRAUD
00:00 - 00:00 #13267 - P707 AnnotCNV : Annotation des Variations du Nombre de Copies (CNV).
AnnotCNV : Annotation des Variations du Nombre de Copies (CNV).

Le séquençage à haut débit (NGS) a révolutionné notre vision du diagnostic et de la recherche en génétique humaine en facilitant l’identification des mutations responsables des maladies génétiques, y compris les variations du nombre de copies (CNV). Depuis une dizaine d’année, plus d'une centaine d'outils de détection des CNV ont ainsi été développés avec des spécificités et sensibilités différentes donnant lieu à de nombreux faux positifs. Afin de faciliter l’analyse des CNV issus des protocoles NGS, nous présentons ici AnnotCNV un outil d’annotation des CNV.

A partir des coordonnées génomiques des CNV détectés, AnnotCNV recherche les chevauchements avec différentes sources d’annotations génomiques. Il génère ainsi pour chaque CNV 1) une annotation sur toute la longueur du CNV et 2) une annotation pour chaque gène couvert par le CNV. Pour cela, quatre types d'annotations sont réalisés :

- Une annotation basée sur le gène permet de lister les informations associées au(x) gène(s) impacté(s) par un CNV incluant les symboles des gènes et leurs transcrits, la position du CNV dans le gène, les chevauchements avec les CNV issus de DECIPHER, l’annotation OMIM, l’intolérance d’un gène aux variations, l’haploinsuffisance, la présence de TAD...

- Une annotation basée sur DGV permet à partir d’un chevauchement d’au moins 70% du CNV de répertorier la fréquence de ce CNV dans les populations disponibles.

- Une annotation basée sur le patient permet à partir des variations ponctuelles du patient (Single Nucleotide Variants (SNV) et indels) ou de contrôles de confirmer ou d’infirmer la détection d’un CNV. A titre d’exemple, les délétions homozygotes peuvent être confirmées en notant i) l'absence de SNV/Indel au locus prédit de la délétion dans un individu atteint et ii) la présence de SNV/Indel à ce locus dans un contrôle. Les délétions hétérozygotes peuvent être confirmées en notant i) l'absence de SNV/Indel hétérozygotes au locus prédit de la délétion dans un individu atteint, ii) la présence de SNV/Indel homozygotes à ce locus dans un individu atteint et iii) la présence de SNV/Indel hétérozygotes à ce locus dans un contrôle. Enfin, les délétions peuvent être identifiées comme des faux positifs en notant la présence de SNV/Indel hétérozygotes au locus prédit de la délétion dans un individu atteint.

- Une annotation personnalisée permet aux utilisateurs d’ajouter au moyen de fichiers personnalisés une annotation spécifique, comme par exemple une liste des gènes interagissant avec ceux impliqués dans une maladie ou les modes de transmission des gènes.

            AnnotCNV a été évalué sur l’individu HG00096 du projet 1000 Genomes (phase 3). Au total, 4 751 CNV de 50 pb à 1,2 Mb ont été annotés en 200 secondes sur un serveur Linux x86_64 (Xeon E5-2670), démontrant ainsi la capacité d’AnnotCNV à annoter des centaines de génomes humains en une journée et à réduire ainsi les efforts nécessaires à l’identification des CNV responsables de pathologies génétiques humaines.


Véronique GEOFFROY (Brest), Yvan HERENGER, Arnaud KRESS, Corinne STOETZEL, Amélie PITON, Hélène DOLLFUS, Jean MULLER
00:00 - 00:00 #13272 - P708 Ferret, un outil bioinformatique d’extraction de données génétiques populationnelles.
Ferret, un outil bioinformatique d’extraction de données génétiques populationnelles.

The 1000 Genomes (1KG) Project provides a near-comprehensive resource on human genetic variation in worldwide reference populations. Up to recently, 1KG variants could only be accessed through a browser or through the raw and annotated data stored on an ftp server. In 2016, we published the first version of Ferret: a user-friendly Java tool developed to easily extract genetic variation information for a locus of interest from these large and complex data files. We now provide an upgraded version of Ferret with novel features: (1) accelerated runtime speed allowing to target larger genetic regions; (2) minimal and maximal frequency thresholds for variants to output; (3) window size around a gene to capture regulatory regions; (4) access to HLA alleles to explore the diversity of this central immunity locus; and (5) functional annotations (e.g. gene name, coding/non-coding, impact on protein function, etc.). Ferret offers a straightforward way, even for non-bioinformatics specialists, to manipulate, explore, and merge 1KG data with the user’s dataset, as well as visualize linkage disequilibrium pattern, infer haplotypes, and design tagSNPs. Ferret is publicly available at: http://limousophie35.github.io/Ferret/.


Andrew TAVERNER, Omar BELKACEM, Eric LAM, Nicolas VINCE, Pierre-Antoine GOURRAUD, Cheryl WINKLER, Myriam SERVIÈRES, Sophie LIMOU (Nantes)
00:00 - 00:00 #13277 - P709 Un nouveau cas de syndrome d’aneuploïdie en mosaïque par mutation du gène CEP57 chez un enfant précédemment diagnostiqué avec un syndrome myasthénique congénital par mutation du gène CHAT.
Un nouveau cas de syndrome d’aneuploïdie en mosaïque par mutation du gène CEP57 chez un enfant précédemment diagnostiqué avec un syndrome myasthénique congénital par mutation du gène CHAT.

Le syndrome d’aneuploïdie en mosaïque (SAM) est secondaire à une division cellulaire défectueuse et une non disjonction mitotique des chromosomes, avec formation d’un nombre élevé de cellules aneuploïdes. Les signes principaux sont un retard de croissance à début anténatal, une microcéphalie, un retard de développement, des malformations cérébrales et/ou viscérales. S’y associe une prédisposition aux cancers. Le SAM est de transmission autosomique récessive et lié à des mutations des gènes BUB1 et CEP57.  Seuls 5 patients sont décrits avec des anomalies du gène CEP57, dont aucun n’a développé de cancer à ce jour.

Nous rapportons le cas d’un garçon de 4 ans ½, premier enfant d’un couple de parents apparentés. Il nait par césarienne en urgence pour un RCF aréactif. Une absence de ventilation spontanée nécessite d’emblée une ventilation assistée dont il est toujours dépendant. Sont notés une hypotonie et hypogesticulation qui vont s’améliorer, contrastant avec une amimie, une paralysie de la succion-déglutition, une ophtalmoplégie, une paralysie diaphragmatique, des malaises à l’emporte-pièce, qui font évoquer un syndrome myasthénique congénital (SMC). Ce diagnostic est confirmé à 8 mois avec mise en évidence d’une mutation homozygote dans le gène CHAT

 

Par ailleurs, ce patient présentait des signes non expliqués par le SMC. Il est né avec un retard de croissance intra utérin et a évolué avec un retard de croissance staturo-pondéral sur - 4 DS, et une microcéphalie progressive à - 4 DS. S’y associent un retard massif des acquisitions cognitives, des petites extrémités, une cryptorchidie, une malrotation rénale et une craniosténose complexe. Ceci conduit à réaliser un exome lequel met en évidence une mutation homozygote dans le gène CEP57 (c.915-925dup11; p.Leu309ProfsX9).

La mutation du gène CEP57 explique en partie les signes atypiques chez notre patient, notamment le retard de croissance staturo-pondéral, la microcéphalie, les petites extrémités. Cette même mutation est présente chez 4/5 patients décrits à ce jour, à l’état homozygote ou hétérozygote composite. Une des patientes a une craniosténose. Un retard de développement est rapporté pour 2/5 patients seulement et décrite comme légère à modérée. Dans notre cas il est difficile de conclure sur l’implication de CEP57 dans la sévérité du retard des acquisitions.

Les 5 patients décrits ont les anomalies cytogénétiques typiques. Notre patient a eu 2 caryotypes sanguins, à la naissance et à 4 ans 1/2, sans anomalie retrouvée.

Nous présentons un nouveau cas de SAM chez un patient présentant des signes cliniques classiquement décrits, mais sans les anomalies cytogénétiques typiques.

Ce cas clinique montre l’importance de ne pas se limiter à une 1ère identification moléculaire lorsque le tableau clinique est atypique et de réaliser des explorations complémentaires à la recherche d’une 2nde anomalie, notamment pour donner un conseil génétique fiable aux parents.


Sandra WHALEN (Paris), Michèle MAYER, Damien STERNBERG, Diana RODRIGUEZ, Marie France PORTNOÏ, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Pierre-Louis LÉGER, Dominique BRETON, Giovanna PATERNOSTER, Corinne MACH, Aurélie LAFITTE, Claude ESTRADE, Caroline NAVA, Boris KEREN
00:00 - 00:00 #13292 - P710 L’exome en diagnostic : the good, the bad and the ugly.
L’exome en diagnostic : the good, the bad and the ugly.

A Bordeaux, la mise en place du séquençage d’exome en diagnostic a débutée en 2017 grâce à une externalisation partielle vers la société Integragen, et l’envoi de 40 exomes en trio. Une analyse systématisée, reproductible, et traçable est réalisée grâce au logiciel Bench Lab NGS Cartagenia.

Les gènes sont répartis en 3 catégories : l’exome « clinique » des gènes impliqués en maladie humaine (7493, issus des bases de données OMIM et HGMD), les gènes « actionnables », et tous les autres gènes constituant l’exome « recherche ». Selon le consentement, les gènes actionnables seront considérés ou masqués durant l’analyse.

Les variants de l’exome « clinique » sont triés en fonction des bases de données HGMDPro et Exac, l’effet sur la protéine, et le mode de transmission. Les outils de prédiction de pathogénicité ne sont considérés qu’à titre indicatif. Le diagnostic repose sur la triade variant délétère/gène connu en pathologie/phénotype concordant.

Après cette première année, trois types d’exome, dont voici des exemples, semblent se dégager :

« The Good » : positif à tout point de vue

L’exome peut clore une longue odyssée diagnostique. Un exome a été réalisé chez une patiente de 9 ans, suivie pour une encéphalopathie épileptique. Un variant de novo décrit comme pathogène a été identifiée dans le gène EEF1A2, expliquant la survenue du phénotype. La mère de la patiente, enceinte au moment du rendu du résultat, a demandé la réalisation d’un diagnostic prénatal pour sa grossesse en cours. Celui-ci n’a pas retrouvé la présence du variant chez le fœtus, écartant ainsi tout risque de récurrence.

« The Bad » : plus de questions que de réponses

Un exome, retrouvé négatif, a été prescrit pour un fœtus issu d’une IMG pour séquence de Pierre-Robin et dysgénésie du corps calleux. Cependant un variant faux-sens potentiellement pathogène, hérité de la mère,  a été retrouvé dans DMD. Une nouvelle grossesse d’un fœtus de sexe masculin était alors en cours à 24 SA. Après rendu de ce résultat générateur d’une angoisse très importante pour le couple, une enquête familiale a été réalisée en urgence. Ce variant est finalement apparu comme hérité du grand-père, et considéré comme bénin. Ce cas met néanmoins en lumière l’impact négatif de la réalisation de cet exome, qui aurait pu conduire à une IMG non justifiée.

« The Ugly » : résolu par un chemin détourné…

Une patiente a été identifiée comme porteuse d’un variant de novo pathogène de DYRK1A. Son phénotype, trop sévère pour cette pathologie, a amené à une seconde lecture de l’exome, retrouvant 2 variants responsables d’un syndrome de Niemann-Pick de type C surajouté.

Un exome négatif a été rendu à un frère et une sœur présentant une déficience intellectuelle : une relecture a cependant amené à un diagnostic de syndrome de Shaaf-Yang, dû à un variant du gène soumis à empreinte MAGEL2. Ce variant hérité du père avait été filtré d’après les modes d’hérédité habituels.


Aurélien TRIMOUILLE, Vincent MICHAUD, Laetitia GASTON, Claudio PLAISANT, Melanie HELLEGOUARCH, Virgine RACLET, Perrine PENNAMEN, Sophie NAUDION, Marine LEGENDRE, Julien VAN-GILS, Deiller CAROLINE, Audrey MELEU, Cécile ZORDAN, Tinat JULIE, Goizet CYRIL, Marie-Pierre REBOUL, Patricia FERGELOT, Caroline ROORYCK-THAMBO, Didier LACOMBE, Benoit ARVEILER, Eulalie LASSEAUX (Bordeaux)
00:00 - 00:00 #13298 - P711 THROMBOCYTOPENIE SYNDROMIQUE A PROPOS D’UNE NOUVELLE OBSERVATION.
THROMBOCYTOPENIE SYNDROMIQUE A PROPOS D’UNE NOUVELLE OBSERVATION.

THROMBOCYTOPENIE SYNDROMIQUE A PROPOS D’UNE NOUVELLE OBSERVATION

F.MAAZOUL, H.SAFRAOUI, M.TRABELSI, I.OUERTANI, L.KRAOUA, R.MEDDEB, R.MRAD

Service des maladies congénitales et héréditaires, hôpital Charles Nicolle, Tunis, Tunisie

Les thrombocytopénies syndromiques constituent un groupe hétérogène. Le diagnostic étiologique est donc  parfois difficile.

Dans ce cadre nous rapportons l’observation d’une fille issue de parents apparentés. Elle consulte à l’âge de 4 mois pour un syndrome malformatif. L’examen a objectivé une dysmorphie faciale associant de petits yeux, un ptosis modéré de la paupière gauche, un discret synophris, une arête large du nez, une columelle saillante, un philtrum court et un rétrognathisme modéré.  Il existait aussi des anomalies des extrémités à type de syndactylie partielle du 4ème et 5ème doigts, une palmure des autres doigts, un pli palmaire unique transverse bilatéral et une syndactylie des 2ème, jusqu’au 5ème orteils. La croissance est dans la limite inférieure de la noramle. Le développement psychomoteur est dans les normes. L’analyse cytogénétique, le bilan osseux sont normaux. L’évolution est caractérisée par l’installation d’une thrombocytopénie à 50.000/mm3.

Cette dysmorphie faciale avec une  syndactylie des extrémités et une thrombocytopénie a fait évoquer le syndrome Rupps  (thrombocytopenia-carpal and cervical fusion) sauf qu’il n ya pas de fusion osseuse et de cardiopathie dans notre cas.

S’agit-il d’une même entité avec une expression clinque variable, ou d’une autre entité. L’analyse par NGS pourra éventuellement résoudre  ce problème diagnostic.


Faouzi MAAZOUL, Ridha MRAD (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13302 - P712 Rapide-Exome en soins intensifs de néonatalologie : étude de faisabilité.
Rapide-Exome en soins intensifs de néonatalologie : étude de faisabilité.

Les maladies monogéniques sont des causes fréquentes de morbidité et de mortalité néonatales mais leur diagnostic étiologique est rendu difficile par une présentation clinique souvent indifférenciée à la naissance et une hétérogénéité génétique. En l’absence d’orientation diagnostique préalable, le séquençage complet de l’exome (WES) permet d’affirmer l’étiologie de la maladie dans 30 à 50% des cas et de proposer un conseil génétique adapté. Face à la diversité et à la rapidité de la progression des pathologies en réanimation néonatale, un diagnostic rapide est indispensable pour guider la prise en charge des patients. C’est pourquoi, nous avons mis en place un circuit « court », dédié au diagnostic moléculaire des patients en situation d’urgence diagnostique dans le cadre d’un projet de recherche clinique. Or la réalisation d’un WES est complexe, et les délais habituels de rendus des résultats, de l’ordre de 18 semaines en moyenne, ne sont pas compatibles avec un contexte d’urgence.

L’objectif principal de notre étude est d’évaluer la faisabilité d’un WES en trio (un enfant et ses deux parents), rapidement, soit en moins de 16 jours. Il s’agit d’une étude sur 5 patients pédiatriques sortis de réanimation et suivis dans le service de Génétique médicale, pour lesquels une pathologie congénitale néonatale avait été suspectée mais aucun diagnostic clinique n’avait été posé. Deux méthodes commerciales d’enrichissement d’exome sont comparées : le kit Exome Clinical Research V2 SureSelect (Agilent technologies) et le kit TruSeq® Rapid Exome Kit (Illumina). Le séquençage est réalisé sur un Nextseq 500 (Illumina). Puis les séquences sont alignées sur le génome de référence GRCh37/hg19 et analysées par deux pipelines bio-informatiques. Les résultats du WES sont ensuite analysés en réunion pluridisciplinaire par une équipe bioinfo-clinico-biologique.

A partir du prélèvement sanguin des patients, l’extraction et la préparation des ADN ont été réalisées en 1 jour ouvré, suivies de 3 jours de préparation de librairie et 18h de séquençage. Les analyses bio-informatiques primaires, secondaires et tertiaires ont été effectuées en 4 jours, puis 3 jours supplémentaires ont permis à l’équipe de se réunir afin d’interpréter les résultats. Le facteur limitant de ce processus était la disponibilité des personnes et du matériel, soulignant la nécessité de mettre en place une organisation dédiée au contexte d’urgence.

A l’issue de cette étude préalable, nous avons montré la faisabilité technique de la réalisation d’un WES en 16 jours que nous avons nommé « Rapide-Exome ». Nous débuterons l’utilisation du « Rapide-Exome » en première intention dans le contexte d’urgence des Soins intensifs de Néonatalogie et prévoyons d’étendre cette stratégie aux couples avec une grossesse en cours et un enfant avec une maladie éligible au diagnostic prénatal.


Guilaine BOURSIER (Montpellier), Mouna BARAT-HOUARI, Thomas GUIGNARD, Aurélie FABRE, Déborah MECHIN, Nathalie RUIZ-PALLARES, Laurence GAUTHEYROU, Odile PIDOUX, Maliha BADR, Gilles CAMBONIE, Patricia BLANCHET, Marjolaine WILLEMS, Isabelle TOUITOU, David GENEVIEVE
00:00 - 00:00 #13306 - P713 Epidémiologie et diagnostic des anomalies des membres de 1995 à 2014 – Données du Registre des Malformations Congénitales de Paris.
Epidémiologie et diagnostic des anomalies des membres de 1995 à 2014 – Données du Registre des Malformations Congénitales de Paris.

Le Registre des Malformations Congénitales de Paris enregistre depuis 1981 tous les cas de malformations, isolées ou non, parmi la population des femmes accouchant à Paris et domiciliées à Paris ou en Petite Couronne.  Toutes les issues de grossesse sont inclues: enfants nés vivants, interruptions médicales de grossesse et morts fœtales in utero supérieures à 22 semaines d’aménorrhée.  Les malformations congénitales sont codées à partir de la Classification Internationale de Maladies édition 9 et 10. Les syndromes sont identifiés à partir de leur code OMIM.

Nous présentons une analyse épidémiologique des anomalies des membres,  sur une période de 20 années, couvrant  plus de 850 000 naissances,  en suivant leur évolution au cours de deux périodes, 1995-2004 et 2005-2014. Avec 2141 cas enregistrés, la  prévalence globale  des anomalies des membres est de 25,1 pour 10 000 naissances. Les polydactylies sont les malformations les plus fréquentes (13,2 cas pour 10 000 naissances) devant les anomalies réductionnelles des membres (7,1/10 000) et les syndactylies (4,5/10 000). Le  membre inférieur est beaucoup moins souvent atteint que le membre supérieur (2,7% contre 5,2%).

68% des grossesses ont donné naissance à des enfants vivants, 2% se sont terminées par un décès fœtal et 30% des couples ont eu recours à une interruption médicale de la grossesse. Ces issues de grossesse sont quasiment identiques entre les deux périodes.

La majorité des anomalies des membres sont isolées (56%). Elles sont associées dans 25% des cas à des malformations d’autres systèmes, principalement urinaire,  neurologique et cardiaque, et dans 10% des cas à des anomalies chromosomiques (trisomies 13, 18 et polyploïdies).  Sur les 2141 cas, 194 présentaient un syndrome étiqueté: syndrome de Meckel (n=40) syndrome d’Apert (n=19), association VACTERL (n=18). Le nombre de syndromes diagnostiqués a faiblement augmenté entre les deux périodes étudiées,  passant de 83 à 111 cas.

Environ 30% des anomalies des membres sont diagnostiquées en anténatal. La plupart des anomalies sont vues au second trimestre (environ 20% des cas). L’échographie du troisième trimestre n’est pas propice au dépistage des anomalies des membres, puisque seules 2,5% d’entre elles sont découvertes à cette occasion. En comparant les deux périodes de l’étude, on remarque que le dépistage échographique au premier trimestre a quasiment doublé.

Pour les 730 décès enregistrés, l’examen autopsique a été réalisé dans 76 % des cas. Bien qu’il soit de moins en moins réalisé (taux de 85% au cours de la première période et 66% lors de la seconde), il reste déterminant dans le diagnostic des anomalies des membres et  des malformations associées. Parmi les 194 syndromes répertoriés, 59 sont diagnostiqués à l’issue de l’examen autopsique.


Alexandra MASLIN LECOURBE (NANTES), Nathalie LELONG, Babak KHOSHNOOD, Laurence LOEUILLET
00:00 - 00:00 #13308 - P714 Analyse comparative de 4 kits de capture d’exomes dans le cadre de diagnostics de maladies héréditaires.
Analyse comparative de 4 kits de capture d’exomes dans le cadre de diagnostics de maladies héréditaires.

Contexte : Dans le cadre de la détection des variations génétiques responsables de maladies rares, il est courant d’effectuer un séquençage des gènes d’un patient par méthodes dites de nouvelle génération. Parmi les différentes méthodes de séquençage, nous nous intéressons ici au séquençage d’exomes, une méthode ciblée à large spectre qui permet de déterminer la séquence des régions codantes du génome d’un individu. La principale raison d’un échec de détection d’un variant est un manque de couverture de la séquence des exons. Parmi les nombreuses étapes qui constituent le protocole d’analyse d’exomes, la capture des exons est l’étape ayant l’influence la plus notable sur les caractéristiques de profondeur et couverture des exons. Plusieurs fournisseurs proposent des kits présentant chacun des caractéristiques différentes en fonction de la stratégie de capture et la finalité du séquençage. Ainsi, le choix du kit de capture est essentiel car il doit d’une part optimiser la qualité des données afin de permettre une interprétation pertinente et d’autre part maximiser le nombre de patients à traiter en parallèle pour réduire les délais de rendu et le coût de séquençage. Ces kits sont régulièrement évalués dans des publications scientifiques mais ils évoluent rapidement et ne répondent pas spécifiquement à certaines indications précises, comme le diagnostic génétique du retard mental. L’objet de cette étude est donc de tester dans le contexte d’un Laboratoire de Biologie Médicale (LBM) les performances de plusieurs méthodes commerciales de capture des exons d’un patient.

Méthode : Nous avons testé sur le trio de référence du National Institute of Science and Technology (trio ashkénaze) et selon la procédure de séquençage standard du laboratoire (fragmentation mécanique et séquençage Illumina sur Hiseq2500) le kit de capture d’exomes clinique de 4 fournisseurs (Roche, Agilent, Sophia-Genetics et Illumina). Nous avons ainsi généré les variants selon les outils et les recommandations du GATK (Genome Analysis Tool kit) et ensuite mesuré la sensibilité et la spécificité de chaque méthode de capture en comparant les résultats obtenus aux variants de confiance fournis par le consortium Genome in a Bottle (GiaB). Afin de comparer les kits malgré les différences de design des sondes de captures, nous avons restreint les analyses bioinformatiques aux positions contenues dans deux cibles, l’une correspondant aux exons de RefSeq et l’autre aux 749 gènes du panel « déficiences intellectuelles » de l’université RadBoud.

Conclusion : Nous avons fondé nos analyses comparatives sur une série de métriques traduisant la qualité des données. Les kits ont ainsi été comparés sur leur résolution (sensibilité et spécificité vs GiaB, %bases > 10X) et leur rendement (%inTarget, uniformité de couverture et %duplicats). Ces résultats nous ont permis de mettre les avantages et les inconvénients de chaque kit en perspective d’une production massive de données au sein d’un LBM.


Mohamed TAOUDI, Jérémy BARBIER, Laure RAYMOND, Francis ROUSSEAU, Jean-François TALY (Lyon)
00:00 - 00:00 #13322 - P715 Une approche basée sur l’utilisation des cellules hiPS et de l’enChIP pour l'identification de nouveaux régulateurs transcriptionnels de PCSK9.
Une approche basée sur l’utilisation des cellules hiPS et de l’enChIP pour l'identification de nouveaux régulateurs transcriptionnels de PCSK9.

La proprotéine convertase subtilisin/kexin de type 9 (PCSK9) est décrite comme un acteur majeur de la régulation du métabolisme du cholestérol par les hépatocytes.

Pour pousser plus loin la caractérisation des fonctions de PCSK9, notre équipe a entrepris d’utiliser la capacité des cellules souches pluripotentes induites humaines (hiPS) à se différencier efficacement en hépatocytes. Ce model, en plus de permettre l’étude de mutations naturelles de PCSK9 sur la régulation du métabolisme du cholestérol, nous permet également de caractériser le rôle de PCSK9 au cours de la différenciation hépatique. C’est ainsi que nous avons pu mettre en évidence que PCSK9 était fortement exprimée dans les cellules hiPS et que son expression était activement régulée au cours de la différenciation.

Dans ce contexte, nous avons mis en place un projet visant à identifier de nouveaux régulateurs transcriptionnels de PCSK9. En effet, les deux facteurs de transcription, SREBP2 et HNF1a, caractérisés comme les principaux régulateurs de l’expression de PCSK9 dans les hépatocytes ne sont pas exprimés dans les cellules hiPS où pendant leur différenciation précoces.

Une analyse in silico du promoteur de PCSK9 ainsi que de sa séquence codante nous a permis d’identifier une multitude de sites de liaisons potentiels rendant difficile la caractérisation individuel des différents facteurs de transcriptions correspondant. Ainsi, nous avons privilégié une stratégie globales visant à identifier de nouveaux régulateurs de l’expression de PCSK9 dans les cellules hiPS, la techniques de l’enChIP (engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation). Ce procédé nous permet de cibler une région génomique d’intérêt à l’aide de l’endonucléase Cas9 privée de son activité endonucléasique (dCas9) et fusionnée à une étiquette 3xFLAG, ainsi que de l’ARN guide (gRNA) approprié. Une fois immunoprécipitée, les protéines fixées sur la région génomique d’intérêt pourront être identifiées par spectrométrie de masse. Nous avons entrepris une collaboration avec l’équipe du Dr Hodaka Fuji à l’université d’Osaka, Japon, afin d’utiliser la protéine recombinante r-dCas9-3xFLAG. Cette dernière nous a permis de mettre en place l’enChIP in vitro en utilisant un complexe rdCas9-3xFLAG/gRNA/ac anti-FLAG couplé à des billes magnétiques. Ce complexe peut alors interagir avec la chromatine de cellules hiPS fixée et soniquée pour réaliser l’immunoprécipitation de la région promotrice de PCSK9.

Nous avons identifié 15 régions d’intérêts pour lesquels nous avons réalisé le design des gRNAs des amorces PCR. Notre avons focalisé notre approche sur une région en particulier du promoteur de PCSK9 pour laquelle nous avons pu réaliser plusieurs enChIP avec succès. Les produits de ces enChIP ont été analysés par spectrométrie de masse par l’entreprise PhenoSwitch basée à Sherbrooke, Canada et les résultats seront discutés lors de la 9ème éditions des Assises de Génétique Humaine et Médicale.


Pierre-Alexandre CANTAT (Nantes), Amandine CAILLAUD, Kévin LY, Hugo GAGNON, Méryl ROUDAUT, Toshitsugu FUJITA, Hodaka FUJI, Robert DAY, Bertrand CARIOU, Karim SI-TAYEB
00:00 - 00:00 #13334 - P716 Prévalence de mutations du gène Maged2 dans le syndrome de Bartter anténatal.
Prévalence de mutations du gène Maged2 dans le syndrome de Bartter anténatal.

Le gène MAGED2 a été récemment identifié comme responsable d'une forme transitoire de Bartter anténatal et d'un hydramnios idiopathique liés à l'X. Ce gène encode pour une protéine chaperonne qui peut affecter l'expression des transporteurs de NaCl dans le tubule rénal. Dans la cohorte française de Bartter anténatal (n=171), 75% des cas correspondent aux formes connues de Bartter de type 1 à 4. Parmi les cases négatives (n=42), l'évolution clinique chez 12 patients correspondait à une forme transitoire. Le gène MAGED2 a été séquencé par Sanger dans l'ensemble des cas négatifs. Les données cliniques et biologiques pré et postnatales ont été collectés rétrospectivement et les données au diagnostic comparés avec les Bartter anténataux de types 1 à 4.

Des mutations de MAGED2 ont été détectées chez 17 patientes appartenant à 16 familles, incluant les 12 cas avec tableau transitoire. Quinze mutations différentes dont 13 non décrites précédemment ont été détectées (une grande délétion, 3 petites délétions ou insertions avec décalage du cadre de lecture, 3 touchant des sites d'épissage, 3 non-sens 2 délétions sans décalage du cadre de lecture et 3 faux-sens). Deux des cas index étaient de sexe féminin et avaient un tableau aussi sévère que les sujets du sexe masculin; chez une d'elles un biais d'inactivation de l'X a été montré. Un hydramnios sévère a été diagnostiqué dans toutes les grossesses entre 18 et 27 semaines d'aménorrhée (SA). Une grossesse a été interrompue; seize enfants sont nés prématurés (26-33 SA) et ont présenté un tableau néonatal de tubulopathie (polyurie, perte de sel et alcalose métabolique avec hyperaldostéronisme secondaire). Deux patients ont décédé dans les 2 premières années de la vie et le caractère transitoire de la tubulopathie a été confirmé dans les cas restants (disparition des anomalies cliniques et biologiques permettant l'arrêt du traitement entre 2 et 18 mois). En période néonatale, il est difficile de distinguer les différents types de Bartter entre eux, en particulier le type 1 et la forme transitoire. Dans cette cohorte seulement 2 paramètres le permettent: la taille à la naissance et la chlorémie: les patients avec mutations MAGED2 ont une macrosomie harmonieuse et une chlorémie normale. Huit patients présentent des manifestations extrarénales touchant plusieurs organes.

En conclusion, le Bartter transitoire avec mutations de MAGED2 représente 9% des cas de la cohorte de Bartter anténatal. Leur présentation périnatale est variable et parfois il est difficile de les différentier cliniquement des autres types de Bartter, en particulier du type 1; en conséquence, ce  gène doit faire part du panel diagnostic du syndrome de Bartter anténatal. La présence de manifestations extrarénales est en faveur d'un rôle de la protéine MAGE-D2 dans d'autres tissus.


Anne LEGRAND, Isabelle RONCELIN, Sophie DREUX, Bertholet-Thomas AURÉLIA, Françoise BROUX, Daniele BRUNO, Stéphane DECRAMER, Georges DESCHENES, Djamal DJEDDI, Vincent GUIGONIS, Nadine JAY, Tackwa KHALIFEH, Brigitte LLANAS, Denis MORIN, Gilles MORIN, François NOBILI, Christine PIETREMENT, Amélie RYCKEWAERT, Isabelle VRILLON, Anne BLANCHARD, Rosa VARGAS-POUSSOU (PARIS)
00:00 - 00:00 #13337 - P717 Nouvelle Mutation du gène WDR62, identifiée par séquençage haut débit, chez une famille marocaine avec microcéphalie primaire autosomique récessive.
Nouvelle Mutation du gène WDR62, identifiée par séquençage haut débit, chez une famille marocaine avec microcéphalie primaire autosomique récessive.

Introduction: Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a rare genetically heterogeneous disorder of neurogenic brain development characterized by reduced head circumference at birth with no gross anomalies of brain architecture and variable degrees of intellectual impairment. Clinical and genetic heterogeneity in monogenetic disorders represents a major diagnostic challenge.

Here, we used the whole-exome sequencing as a diagnostic approach for establishing a molecular diagnosis in a family with two children with MCPH.

Materials and Methods: Two patients, 11 and 9 years old, born from consanguinous parents, were refered to the department of medical genetics. The diagnosis of MCPH was made, based on reduced head circumference without brain architecture abnormalities. Whole-exome sequencing was performed in these patients, their parents and their two healthy sibling.

Results: A homozygous mutation c.1027C>T; p.Gln343Ter in exon 8 of WDR62, a gene already known to be related to MCPH, was identified. Sanger sequencing confirmed this mutation in the affected children. This mutation was not found in HGMD and 1,000 Genome database.

Conclusions: Our data expanded the spectrum of mutations in WDR62 gene, and give more arguments of the powerful and cost- effective tool of whole exome sequencing for the molecular diagnosis of genetically heterogeneous disorders such MCPH. Exome sequencing allows us to have faster molecular results especially when specific diagnosis needs a longer time to sequence many genes.


Imane CHERKAOUI JAOUAD, Wafaa JDIOUI (Rabat, Maroc), Abdelali ZRHIDRI, Jaber LYAHYAI, Laure RAYMOND, Grégory EGEA, Said ELMOUATASSIM, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13342 - P718 Apport de l’exome en médecine foetale : étude de 17 exomes avec phénotype fœtal sévère.
Apport de l’exome en médecine foetale : étude de 17 exomes avec phénotype fœtal sévère.

Introduction

Les anomalies échographiques concernent 3-5% des grossesses, dont 90% chez des femmes sans facteur de risque préexistant. La stratégie diagnostique actuelle, reposant sur le caryotype, l’ACPA (Analyse Chromosomique par Puce à ADN) et d’éventuelles analyses génétiques moléculaires ciblées, ne permet de poser un diagnostic que dans 30-40% des cas (Chitty et al, 2016). L’orientation diagnostique est difficile du fait de la variabilité phénotypique et l’absence de forme prénatale décrite. Les études d’exome réalisées chez des fœtus présentant un syndrome polymalformatif ont montré une rentabilité diagnostique d’environ 25% (Fu et al. 2017).

Matériel et Méthodes

Nous avons réalisé 17 exomes en solo : 15 chez des fœtus polymalformatifs, et 2 nouveau-nés décédés en période néonatale. Les exomes ont été réalisés et interprétés selon les règles de bonne pratique GATK du Broad Institute (version 3.4) avec un pipeline local. L’analyse complémentaire des CNVs a été réalisée à l’aide de l’outil CANOES.

Résultats

Un diagnostic moléculaire certain a pu être posé chez 6 patients avec des variants pathogènes identifiés dans des gènes à transmission autosomique récessive (PIEZO1, CNTNAP1, COQ2) et autosomique dominante de novo (CREBBP et NOTCH2) ainsi qu’un CNV causal (délétion 2p14-p15 de 3.45Mb). Ces syndromes génétiques n’avaient pas été évoqués. Les signes anténataux du syndrome de Hajdu-Cheney (NOTCH2) n’avait pas été encore rapportés. Les autres syndromes fœtaux retrouvés sont d’expression très variable et donc d’évocation difficile en période prénatale : Rubinstein-Taybi (CREBBP, Cardalliac et al. 2017), neuropathie hypomyélinisante-arthrogrypose (CNTNAP1, Nizon et al. 2017), lymphœdème héréditaire autosomique récessif (PIEZO1). Chez l’un des fœtus, deux mutations non-sens à l’état hétérozygote composite ont été mise en évidence dans un gène candidat CACHD1. Des modèles murin et zebrafish sont à l’étude.

Discussion

Nous rapportons donc une série de 17 exomes sur 15 fœtus et deux nouveau-nés avec phénotype sévère, avec un rendement diagnostique de 35%. Les exomes en solo sont parfois d’interprétation difficile du fait de phénotypes souvent incomplets et/ou non typiques en anténatal et l’absence de signes neurologiques identifiable comme la déficience intellectuelle. Deux de ces cas ont été résolus grâce à l’analyse des CNVs sur exome, ce qui montre la pertinence de cette analyse. L’apport d’un conseil génétique à ces familles a conduit à la réalisation de trois DPN (CNTNAP1, PIEZO1, CREBBP). Le développement du séquençage de l’exome en fœtopathologie représente donc un intérêt majeur pour la prise en charge personnalisée des couples (conseil génétique, DPN, DPI), la connaissance des signes fœtaux de maladies génétiques connues et la découverte de nouveaux gènes impliqués dans le développement.


Wallid DEB (Nantes), Benjamin COGNE, Madeleine JOUBERT, Marie DENIS MUSQUER, Thomas BESNARD, Claudine LE VAILLANT, Marie VINCENT, Mathilde NIZON, Mathilde PACAULT, Anne-Sophie RITEAU, Marie-Pierre QUERE, Marie-Line BICHON, Laura GUYON, Sébastien SCHMITT, Bertrand ISIDOR, Norbert WINER, Stéphane BÉZIEAU, Claire BENETEAU
00:00 - 00:00 #13350 - P719 Nouvelle approche de caractérisation des variants d’épissage : application à BRCA1.
Nouvelle approche de caractérisation des variants d’épissage : application à BRCA1.

Les laboratoires de diagnostic génétique sont aujourd’hui équipés de séquenceurs haut débit dont la capacité a permis l’identification de nombreux variants, pathogènes ou de signification inconnue. L’enjeu majeur pour le généticien est de déterminer la causalité des variants séquencés. Parmi eux, les variants d’épissage sont certainement ceux dont l’interprétation est la plus délicate car les effets peuvent être partiels, aboutir à plusieurs transcrits anormaux, et l’ensemble doit être interprété à la lumière des épissages alternatifs du gène en cause. Une meilleure évaluation de leur impact est donc nécessaire pour préciser leur pathogénicité.

Afin d’offrir un outil diagnostique simple et robuste, nous avons développé une stratégie de séquençage haut débit ciblée sur l’ADN complémentaire du gène d’intérêt, avec reconstruction et quantification précise des différents transcrits présents.

 

Dix-neuf prélèvements de patientes porteuses de mutations d’épissage de BRCA1 déjà caractérisées par Sanger et 5 témoins normaux ont été inclus. Les ARN ont été extraits de lignées lymphoblastoïdes et BRCA1 enrichi par RT PCR en 3 amplicons chevauchants, avec des amorces sur des exons constitutifs (5’UTR à exon 7, exons 6 à 12, exon 11 à 3’UTR selon RefGene). Deux types de préparation de banques ont été employés, l’un pour séquençage Ion Torrent (Ion Xpress Plus Fragment Library et PGM), l’autre pour séquençage Illumina (Nextera XT et MiSeq) avec utilisation de 96 index. En effet, pour chaque échantillon un index différent a été ajouté sur l’amplicon central afin de distinguer les zones chevauchantes à l’analyse informatique.

Après avoir été alignées avec TopHat2, les données ont été normalisées entre amplicons et par rapport aux contrôles afin de reconstruire et prédire les différents transcrits présents sur l’ensemble du gène à l’aide de l’algorithme FlipFlop (Fast Lasso-based Isoform Prediction as a FLOw Problem, E.Bernard et al, Bioinformatics 2014).

 

Le paysage transcriptionnel de BRCA1 a été caractérisé pour l’ensemble des patientes avec des données Ion Torrent et Illumina concordantes. Les épissages alternatifs connus ont bien été identifiés. Dix-huit des 19 variations d'épissage précédemment identifiées en Sanger ont bien été retrouvées par notre nouvelle approche. De façon étonnante, une rétention intronique identifiée en Sanger n’a pas été vue. Afin de vérifier la cohérence des résultats, les données quantitatives prédites par FlipFlop vont maintenant être comparées aux ratios d’appel des différents variants identifiés sur les transcrits.

 

Nous proposons ici une nouvelle approche de caractérisation précise des anomalies d'épissage, adaptée à des conditions expérimentales différentes et transposable à tout gène d’intérêt, le pipeline bioinformatique étant disponible et s’accompagnant d’une visualisation conviviale des résultats.


Virginie CAUX-MONCOUTIER (Paris), Khadija ABIDALLAH, Elodie GIRARD, Choumouss KAMOUN, Philippe LAFITTE, Najah MIGHRI, Elsa BERNARD, Jean-Philippe VERT, Claude HOUDAYER
00:00 - 00:00 #13356 - P720 Deux nouvelles mutations du gène PTCH1 chez des patients marocains atteints du syndrome de Gorlin.
Deux nouvelles mutations du gène PTCH1 chez des patients marocains atteints du syndrome de Gorlin.

Introduction: Le syndrome de Gorlin, aussi connu sous le nom de naevomatose basocellulaire, est une maladie héréditaire rare, à transmission autosomique dominante, à pénétrance complète et à expressivité variable. Ce syndrome est caractérisé par un spectre d’anomalies de développement et une prédisposition à différents cancers. Le syndrome est dû à des mutations du gène PTCH. Le diagnostic se base sur des critères spécifiques et il est confirmé par analyse moléculaire du gène PTCH.

Matériel et méthodes: Nous rapportons l'observation de deux jeunes patients marocains adressés pour suspiscion du syndrome de Gorlin sur la base de critères cliniques spécifiques.

Résultats: Nous avons fortement suspecté le diagnostic du syndrome de Gorlin devant l'association de neavomatose basocellulaire, macrocéphalie et kystes odontogènes.

Une analyse moléculaire du gène PTCH1 par des techniques de séquençage de nouvelle génération, avec confirmation des variants par méthode de Sanger, a permis d'identifier deux nouvelles mutations (la mutation c.2298dupT de l'exon 15 du gène PTCH1 à l'état hétérozygote, et la mutation c.584G>C; p.Gln196*(r.) au niveau de l'exon 3 du gène PTCH1 à l'état hétérozygote, avec détection d'un transcrit anormal du gène PTCH1 présentant une insertion des 37 premiers nucléotides de l'intron 3).

Discussion: Ces deux nouvelles mutations sont considérées comme délétères et significatives du syndrome de Gorlin. La caractérisation de ces mutations permettra d'instaurer un suivi régulier chez les patients et aussi de rechercher l'anomalie chez les apparentés symptomatiques. A travers ces observations, nous montrons l'intérêt de l'analyse moléculaire pour confirmer le diagnostic et prodiguer un conseil génétique adéquat.   


Imane CHERKAOUI JAOUAD, Wafaa JDIOUI (Rabat, Maroc), Nicolas SEVENET, Françoise BONNET, Bernadette GASTALDELLO, Delfine LAFON, Michel LONGY, Abdelaziz SEFIANI
00:00 - 00:00 #13396 - P721 Quand un pseudogène cache un gène : STRC et OTOA ; implications dans les surdités isolées de l’enfant.
Quand un pseudogène cache un gène : STRC et OTOA ; implications dans les surdités isolées de l’enfant.

Les gènes STRC et OTOA codent respectivement la stéréociline et l'otoancorine. Ces protéines sont spécifiquement exprimées au niveau de l'oreille interne. Tandis que la stéréociline, protéine extracellulaire,  joue un rôle de structure dans les stéréocils des cellules ciliées de l'oreille interne, l'otoancorine est une glycoprotéine non collagène des gels acellulaires de l'oreille interne. La stéréociline est importante pour le maintien de la cohésion de la touffe ciliaire. Des mutations de ces deux gènes sont responsables de surdité isolée autosomique récessive, respectivement DFNB16 et DFNB22.

Chacun de ces deux gènes possède un pseudogène à l’origine de nombreux remaniements chromosomiques pouvant entraîner des anomalies de dosage du gène (Copy Number Variation, CNVs). Ainsi, il n'est pas rare d'observer des sujets sourds qui portent une large délétion dans l’un de ces deux gènes, associée à une mutation ponctuelle en trans. Cependant, la présence du pseudogène complique considérablement la caractérisation de ces délétions.

Afin de mettre en évidence ces CNVs, MRC-Holland a développé le kit MLPA P461-A1 permettant de rechercher facilement des réarrangements spécifiques dans ces deux gènes. Cet outil permet de détecter des réarrangements ou de confirmer ceux observés en séquençage moyen-débit ou en CGH-Array.

Nous avons recherché la présence de réarrangements (délétion / duplication) de ces deux gènes dans une cohorte de 400 patients atteints de surdité isolée précoce par PCR spécifique et/ou par MLPA.

Une délétion homozygote de la totalité du gène STRC a été identifiée chez environ 15% des patients, ce qui est à prendre en compte dans la stratégie d’analyse. A l’inverse, nous n’avons identifié aucune délétion homozygote de OTOA. Les autres patients (avec ou sans délétion hétérozygote) ont fait l’objet d’une analyse complémentaire par séquençage haut débit à l’aide d’un kit TruSEq Custom Amplicon (Illumina) sur MiSeq.

Les réarrangements du gène STRC sont fréquemment impliqués dans des cas de surdité isolée de l’enfant et doivent être spécifiquement recherchés par une technique adaptée.


Laurence JONARD (PARIS), Roselyne GESNY, Crystel BONNET, Jean-Paul BONNEFONT, Souad GHERBI, Natalie LOUNDON, Alban ZIEGLER, Sandrine MARLIN
00:00 - 00:00 #13417 - P722 Rôle de l’haploinsuffisance d’USP34 dans le syndrome microdélétionnel 2p15p16.1.
Rôle de l’haploinsuffisance d’USP34 dans le syndrome microdélétionnel 2p15p16.1.

Le syndrome microdélétionnel 2p15-p16.1 a été initialement décrit en 2007 chez deux patients présentant une déficience intellectuelle et une dysmorphie faciale. Depuis, trente-six cas ont été rapportés dans la littérature. Une grande variabilité phénotypique et génétique est retrouvée avec des délétions variant de 103 kb à 9,6 Mb. Le phénotype commun est caractérisé par une déficience intellectuelle, une dysmorphie faciale incluant un télécanthus, une étroitesse bitemporale, un ptosis palpébral et une orientation anti-mongoloide des fentes palpébrales, ainsi que des anomalies congénitales variables. Une microcéphalie s’y associe dans la majorité des cas. Il a été proposé de distinguer deux régions critiques minimales : l’une proximale en 2p15 et l’autre distale en2p16.1. Alors que la région minimale critique 2p16 semble être réduite à BCL11A, la région proximale 2p15 contient deux gènes : XPO1 et USP34, le rôle de ce dernier n'étant pas clairement établi. Nous rapportons le cas d’une jeune fille qui présente une déficience intellectuelle modérée, une arachnodactylie, un pectus excavatum, et des traits dysmorphiques chez laquelle une microdélétion 2p15 de 211 kb a été identifiée. Elle présente en outre une cardiopathie congénitale. Ce remaniement de novo contient uniquement USP34, ce qui à notre connaissance n’a jamais été rapporté. Afin de préciser le rôle de ce gène dans le syndrome microdélétionnel, nous avons réalisé une revue de la littérature et des bases de données. Il semble que l’haploinsuffisance d’USP34 puisse être associée à des malformations cardiaques, à un habitus marfanoïde et à des troubles neurodéveloppementaux modérés sans microcéphalie, comme observé chez notre patiente.


Lyse RUAUD (PARIS), Paul KUENTZ, François LECOQUIERRE, Virginie ROZE, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Kristiina AVELA, Christina FAGERBERG, Mylène VALDUGA, Lionel VAN MALDERGEM, Juliette PIARD
00:00 - 00:00 #13419 - P723 Contribution des mutations du gène GHRHR aux déficits isolés en hormone de croissance non syndromiques dans une large cohorte de 313 patients indépendants.
Contribution des mutations du gène GHRHR aux déficits isolés en hormone de croissance non syndromiques dans une large cohorte de 313 patients indépendants.

Contexte : La production et la sécrétion de l’hormone de croissance (GH) par l’hypophyse sont secondaires à la libération de la somatolibérine (GHRH) par l’hypothalamus. La liaison du GHRH à son récepteur (GHRHR), une protéine transmembranaire exprimée par les cellules somatotropes hypophysaires et couplée aux protéines G, stimule la production intracellulaire d’AMPc et in fine la sécrétion de GH. A ce jour, quelques mutations du GHRHR ont été identifiées chez des patients présentant un déficit isolé en hormone de croissance (IGHD) congénital se transmettant principalement selon un mode autosomique récessif. Une variation hétérozygote du peptide signal du GHRHR faisant suspecter une expression dominante a été rapportée au sein d’une famille. La contribution des mutations de ce gène aux IGHD reste à déterminer.

Objectifs : 1/ Evaluer la contribution des mutations du GHRHR dans une cohorte de 313 patients indépendants avec IGHD. 2/ Caractériser l’impact fonctionnel, par des études in vitro, de toutes les variations de GHRHR identifiées. 3/ Etudier les corrélations génotype/phénotype parmi les porteurs de mutation(s) de GHRHR.

Matériels et méthodes : Tous les exons codants et les régions introniques flanquantes du GHRHR ont été séquencés. Les études fonctionnelles comportent l’évaluation du caractère pathogène de tous les variants faux-sens identifiés par (i) l’étude de leur localisation sub-cellulaire et (ii) un test de production d’AMPc après liaison du ligand à son récepteur.

Résultats : 23 variations du GHRHR ont été identifiées chez un total de 27 patients indépendants. 20 de ces variations sont des mutations pathogènes : 10 mutations tronquantes non ambiguës (incluant 2 délétions, 5 mutations décalant le cadre de lecture, 1 mutation d’épissage et 2 mutations non-sens), et 10 mutations faux-sens dont le caractère pathogène a été démontré par l’absence de réponse AMPc du GHRHR muté en présence du ligand GHRH. Quinze de ces mutations sont nouvelles. Parmi les cas index, 13 patients ont des mutations tronquantes bi-alléliques, 10 portent des mutations faux-sens bi-alléliques et 1 patient est hétérozygote composite pour une mutation d’épissage et une mutation faux-sens. Par ailleurs, des variations hétérozygotes du peptide signal (sans effet délétère décelable) ont été identifiées chez 3 autres patients. Le phénotype clinique et endocrinien des patients porteurs d’une mutation tronquante bi-allélique est similaire à celui des patients porteurs d’au moins une mutation faux-sens.

Conclusion : Cette étude réalisée sur le plus grand nombre de patients analysés à ce jour pour le gène GHRHR, qui s’appuie sur l’évaluation fonctionnelle de tous les variants faux-sens détectés, a permis d’identifier 20 mutations causales de ce gène, dont 15 sont nouvelles. La contribution des mutations du GHRHR aux déficits isolés en hormone de croissance est donc significative et s’élève à près de 8% (24/313) des cas dans cette large cohorte.


Sabrina BELKACEM (Paris), Enzo COHEN, Soumeya FEDALA, Nathalie COLLOT, Eliane KHALLOUF, Florence DASTOT, Michel POLAK, Philippe DUQUESNOY, Fréderic BRIOUDE, Sophie ROSE, Géraldine VIOT, Aude SOLEYAN, Jean-Claude CAREL, Philippe CHANSON, Frédérique GATELAIS, Claudine HEINRICHS, Philippe TALON, Noureddine KAFFEL, Regis COUTANT, Senay Savas ERDEVE, Caroline THALASSINOS, Stanislas LYONNET, Cécile RAVERDY, Anne FJELLESTAD-PAULSEN, Zeynep SIKLAR, Cécile BRACHET, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE
00:00 - 00:00 #13420 - P724 Whole Genome Sequencing en trio chez 25 patients avec malformations fœtales et étude en fœtopathologie : intérêt du phénotype inverse.
Whole Genome Sequencing en trio chez 25 patients avec malformations fœtales et étude en fœtopathologie : intérêt du phénotype inverse.

Le séquençage complet du génome ou « Whole Genome Sequencing » ou WGS, méthode de séquençage haut débit, est un outil très puissant d’analyse du génome puisqu’une seule technique permet l’analyse à la fois des variants nucléotidiques (mutations), des variations du nombre de copies (CNV) et des variants structuraux (réarrangements chromosomiques). La possibilité de faire une analyse en trio (cas index et parents) permet de faciliter grandement l’interprétation des données de séquençage. Ce WGS est appliqué avec succès dans les domaines de la génétique chromosomique et moléculaire principalement dans le cadre de la recherche pour l’instant.

Nous rapportons une étude rétrospective incluant 25 fœtus présentant au moins deux malformations de découverte prénatale. L’examen fœtopathologique de ces fœtus après interruption médicale de grossesse a permis d’établir un bilan malformatif complet sans pouvoir affirmer une étiologie spécifique. Les malformations concernaient l’ensemble des territoires tissulaires. Le bilan génétique habituel était normal (caryotype fœtal sans anomalie chromosomique décelée et ACPA sans CNV retenu).

Cette étude a consisté en un séquençage haut débit du génome complet en trio (fœtus et parents). Elle a permis d’identifier l’implication de gènes dans 5 cas (20%). Dans deux cas, le diagnostic génétique avait été suspecté par l’examen fœtopathologique ; il a été confirmé par le WGS par la mise en évidence de mutations de novo pour les gènes NSD1 (Syndrome de Sotos, MIM 117550) et CHD7 (Syndrome de CHARGE, MIM 214800). Dans trois cas, il n’y avait pas d’orientation diagnostique spécifique après l’examen fœtopathologique. Nous avons identifié des mutations de novo probablement causales dans deux gènes de pathologie autosomique dominante [KMT2D (Syndrome de Kabuki, MIM 147920) et ARCN1 (Petite taille, rhizomélie, microcéphalie, micrognathie et retard de développement, MIM 617164)] et des mutations homozygotes dans le gène MASP1 responsable du syndrome 3MC de transmission autosomique récessive (MIM 257920). Dans tous les cas, l'implication de ces gènes pouvait rendre compte du phénotype fœtal décrit 

Ce résultat confirme l’intérêt de cette technique de WGS en trio dans la démarche diagnostique en l’absence d’orientation étiologique spécifique après les examens fœtopathologiques et les analyses cytogénétiques et moléculaires classiques. En effet, cette étude (certes sur un petit échantillon) a permis d’établir un diagnostic non orienté cliniquement dans 12% des cas.

Cette étude souligne l’utilité du séquençage WGS en trio comme examen de deuxième intention pour le conseil génétique.

Elle souligne également l’aspect essentiel de l’examen fœtopathologique dans le diagnostic étiologique. L’analyse des gènes candidats déterminés par le WGS permet par phénotypage inverse une corrélation avec les malformations fœtales constatées.


Jacques PUECHBERTY (MONTPELLIER), Nicole BIGI, Khalid FAKHRO, Patricia BLANCHET, Lucile PINSON, Christine COUBES, Marjolaine WILLEMS, Emmanuelle HAQUET, Jean-Baptiste GAILLARD, Vincent GATINOIS, Anouck SCHNEIDER, Thomas GUIGNARD, Franck PELLESTOR, Jérémie Arash RAFII, David GENEVIEVE
00:00 - 00:00 #13423 - P725 Méthode pour la conservation des acides nucléiques purifiés ou dans les produits dérivés du sang à température ambiante et à très long terme.
Méthode pour la conservation des acides nucléiques purifiés ou dans les produits dérivés du sang à température ambiante et à très long terme.

En raison de la croissance exponentielle du nombre d’échantillons d’ADN et d’ARN collectés et analysés par les laboratoires de biologie médicale, les biobanques et les CRBs, la conservation à basse température est un problème aigu en termes de sécurité, d’espace, de maintenance, de coûts énergétiques et logistiques. Ceci est accentué par le fait que les normes (accréditation selon ISO 15189) et la réglementation sont de plus en plus exigeantes sur la fiabilité de la traçabilité et de l’archivage post-analytique des échantillons.

Le stockage d'échantillons à température ambiante, si suffisamment efficace, apparaît dans ce contexte extrêmement séduisant. Or les principaux mécanismes de dégradation ex-vivo des acides nucléiques impliquent l'intervention de l'eau, soit directement (dépurination, déaminations de bases), soit comme catalyseur (rupture de la liaison phosphodiester, oxydation par l'ozone ou par association avec des ions métalliques). La déshydratation est donc un moyen efficace pour freiner les processus de dégradation, d'autant que l'état solide est connu pour généralement ralentir les processus chimiques en réduisant la mobilité moléculaire. Cependant, même complètement desséchés, si exposés à l'atmosphère, les acides nucléiques se rechargent rapidement en eau et se retrouvent soumis aux facteurs de dégradation. Sur la base de ces observations, Imagene a développé une technologie robuste pour la conservation à température ambiante et au long terme des acides nucléiques purifiés et des produits dérivés sanguins ("buffy coats", globules blancs et sang total).

Celle-ci est basée sur la conservation des échantillons sous atmosphère anhydre et anoxique, maintenue grâce à l'étanchéité de minicapsules inoxydables scellées par soudure laser. Ces minicapsules DNAshell et RNAshell présentent les avantages de l’inviolabilité de leur fermeture et d’une traçabilité infalsifiable en code 2D par marquage laser.

Imagene présente ici des études de suivi de l'intégrité des acides nucléiques purifiés ou dans des biospecimens à température ambiante. Aucune dénaturation ou dégradation ne sont observées au cours d'un vieillissement de plusieurs mois à plusieurs années, alors que sous air, même déshydratés, les acides nucléiques se dégradent rapidement. Par ailleurs, des études de vieillissement accéléré par chauffage ont permis de modéliser l’évolution des acides nucléiques à température ambiante sur le long terme. Ces expériences ont permis d’obtenir par extrapolation les constantes de vitesse de dégradation à 25 °C. Par exemple, pour l'ADN celle-ci serait de 1 à 40 coupures tous les 100 000 nucléotides par siècle. Cette stabilité permet de réaliser des standards, comme des contrôles de qualité.

La qualité des acides nucléiques extraits a été démontrée par électrophorèse en gel d’agarose, spectrophotométrie, fluorimétrie, PCR quantitative, et séquençage assurant que les acides nucléiques extraits sont compatibles avec toute analyse de biologie moléculaire.


Jacques BONNET, Anne-Lise FABRE, Sophie TUFFET (Evry), Marthe COLOTTE, Aurélie LUIS, Delphine COUDY
00:00 - 00:00 #13442 - P726 Regovar, logiciel libre d’analyse et d’interprétation de données de séquençage haut débit pour la recherche et le diagnostic.
Regovar, logiciel libre d’analyse et d’interprétation de données de séquençage haut débit pour la recherche et le diagnostic.

Présentation – REGOVAR est un projet collaboratif, libre et ouvert de logiciel d’analyse de données de séquençage haut débit avec une interface graphique simple et conviviale pour les panels de gènes, les exomes et les génomes (DPNI, recherche de SNV, CNV, SV…). Le projet est financé dans le cadre d’un appel d’offre du GIRCI des Hopitaux Universitaires Grand Ouest (HUGO, Angers, Brest, Nantes, Poitiers, Rennes et Tours) pour structurer les échanges entre généticiens cliniciens, biologistes et bioinformaticiens impliqués dans le diagnostic moléculaire des maladies génétiques rares. Si la bioinformatique médicale appliquée au NGS permet aujourd’hui d’analyser avec succès un grand nombre de données au sein d’un CHU ou d’une région, elle souffre d’un manque de coordination à l’échelle régionale et nationale. REGOVAR vise à impliquer et fédérer les différentes communautés concernées, sans limites institutionnelles ou géographiques. Il se base exclusivement sur des technologies et des logiciels libres et gratuits, éliminant toute contrainte contractuelle et budgétaire.

Objectifs – REGOVAR est un logiciel permettant le traitement de données génétiques, depuis la récupération des fichiers produits par les séquenceurs, quelle qu’en soit la technologie, jusqu’à la génération de rapports illustrés et de comptes-rendus d’analyse en passant par les contrôles de qualité, la détection, l’annotation, le filtrage, la priorisation et la visualisation de variants. Son architecture client-serveur permet une utilisation depuis des ordinateurs de bureau sous Windows, Linux et macOS, via une interface graphique claire et intuitive conçue pour permettre l’analyse des données par des généticiens n’ayant pas de compétence spécifique en bioinformatique (filtres de variants enregistrables, simplification de la bioanalyse…). Sa conception modulaire permet d’intégrer dynamiquement de nouveaux pipelines, quelles que soient leurs dépendances, qui peuvent être partagés au sein de la communauté. Ces échanges de pipelines permettront à terme l’harmonisation des bonnes pratiques avec des pipelines unifiés nationalement et validés par l’ANPGM. REGOVAR intègre une base de données principale dimensionnée pour supporter aussi bien l’analyse de panels, d’exomes que de génomes complets. Cette base est enrichie de données publiques telles que celles provenant de gnomAD et dbNSFP, ainsi que de données locales. Des échanges anonymisés de certaines informations recueillies sont possibles. REGOVAR permet une utilisation aussi bien en recherche qu’en diagnostic (norme ISO 15189). REGOVAR est en cours de développement et devrait être disponible courant 2018.

Appel à collaboration – Le projet est ouvert à toute personne souhaitant apporter sa contribution : idées, intégration de pipeline, développement, test, documentation… Informations disponibles sur http://regovar.org/.


Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Dijon), Olivier GUEUDELOT, Jérémie ROQUET, June SALLOU, David GOUDENÈGE, Sacha SCHUTZ, Alban ZIEGLER, Estelle COLIN, Agnès GUICHET, Philippe JONVEAUX, Sandra MERCIER, Claude FEREC, Philippe PARENT, Frédéric BILAN, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sylvie ODENT, Véronique DAVID, Patrick VOURC’H, Annick TOUTAIN, Vincent PROCACCIO, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Dominique BONNEAU
00:00 - 00:00 #13456 - P727 Spectre phénotypique PDAC (Pulmonary hypoplasia/agenesis, Diaphragmatic hernia/eventration, Anophthalmia/microphthalmia, Cardiac defect) chez 3 fœtus d’une même famille : identification d’une nouvelle mutation de STRA6 et d’une microdélétion 2p14p15.
Spectre phénotypique PDAC (Pulmonary hypoplasia/agenesis, Diaphragmatic hernia/eventration, Anophthalmia/microphthalmia, Cardiac defect) chez 3 fœtus d’une même famille : identification d’une nouvelle mutation de STRA6 et d’une microdélétion 2p14p15.

Nous rapportons les observations de 3 fœtus issus d’une même famille présentant des anomalies du spectre phénotypique PDAC. Les deux premiers, interrompus à 21 et 34 SA présentaient à l’autopsie une anophtalmie, une cardiopathie (hypoplasie du cœur gauche et tronc artériel commun), des poumons monolobés et hypoplasiques, des anomalies rénales (hydronéphrose et reins hypoplasiques), un hirsutisme, une dysmorphie, et une éventration diaphragmatique pour l’un des fœtus. Le troisième, interrompu à 30 SA, présentait de même une éventration diaphragmatique bilatérale, des poumons hypoplasiques et quadrilobés, une anomalie rénale (pyélectasie bilatérale) et une dysmorphie mais pas d’anomalie cardiaque, ni oculaire ni d’hirsutisme. Il avait aussi été noté des anomalies génitales (hypospade et cryptorchidie bilatérale).
Devant l’association d’anomalies oculaire, cardiaque, pulmonaire et diaphragmatique, un syndrome PDAC a été évoqué. Egalement appelé syndrome de Matthew-Wood, il s’agit d’un syndrome malformatif rare de transmission autosomique récessive. Il associe une atteinte oculaire jusqu’à présent constamment rapportée à type d’anophtalmie ou microphtalmie, à un spectre malformatif touchant en particulier le cœur, les poumons et le diaphragme. En 2007, des mutations de STRA6, gène impliqué dans le transfert intra-cellulaire de la vitamine A ont été identifiées chez des fœtus qui présentaient des malformations du spectre PDAC (Passuto 2007).
Dans cette famille, l’analyse par séquençage de STRA6 a permis l’identification d’une nouvelle mutation située dans le site d’épissage de l’exon 14. Son caractère pathogène a été confirmé par des études de l’ARNm par RT-PCR qui ont montré la création d’un site d’épissage alternatif conduisant à la formation d’un codon stop. Cette mutation était retrouvée à l’état homozygote chez le deuxième fœtus et à l’état hétérozygote chez le troisième Une analyse de RARB puis une analyse d’exome chez ce troisième fœtus n’a pas mis en évidence d’autre variant pathogène. Depuis 2007, 28 mutations ont été rapportées chez 44 fœtus ou patients. Leur description a souligné d’une part l’étendue du spectre phénotypique associé à ces mutations et d’autre part l’absence de corrélation entre le phénotype et le génotype (Chassaing 2009, Marcadier 2016). Chez le troisième fœtus l’examen par CGH array a mis en évidence une microdélétion de novo de 3,45 MB dans la région 2p14p15 emportant 14 gènes OMIM. Dans la littérature, 8 observations avec des points de cassures proches ont été rapportés chez des enfants avec un retard mental, des traits dysmorphiques proches de celui du fœtus, mais pas de malformation hormis du tractus urogénital (Jorgez 2014). Ce troisième fœtus présentait a posteriori un phénotype atypique pour un syndrome PDAC devant l’absence d’anomalie oculaire. Ces observations soulignent l’importance des malformations oculaires pour retenir ce syndrome rare.


Marie DENIS MUSQUER, Nicolas CHASSAING, Thomas BESNARD, Kamran MORADKHANI, Benjamin COGNE, Marie VINCENT, Sandra MERCIER, Marie-Line BICHON, Laura GUYON, Olivier PICHON, Stéphane BEZIEAU, Norbert WINER, Claudine LE VAILLANT, Madeleine JOUBERT, Claire BENETEAU (BORDEAUX CEDEX)
00:00 - 00:00 #13457 - P728 ASPECTS CLINIQUES ET PARACLINQUES DU SYNDROME DE SCHINZEL-GIEDION : A PROPOS D’UN CAS.
ASPECTS CLINIQUES ET PARACLINQUES DU SYNDROME DE SCHINZEL-GIEDION : A PROPOS D’UN CAS.

 

ASPECTS CLINIQUES ET PARACLINQUES DU SYNDROME DE SCHINZEL-GIEDION : A PROPOS D’UN CAS

 

Souhir Guidara(1), Nourhène Gharbi(1), Fatma Abdelhèdi(1), Manel Guirat(1), Ikhlas ben Ayed(1), Imène Boujelbène(1), Lobna Maalej(1), Abdelmajid Mahfoudh(2),  Neila Belguith(1), Hassen Kamoun(1)

1-      Service de Génétique Médicale

2-      Service de Pédiatrie Urgence et Réanimation pédiatrique

 

INTRODUCTION

Le syndrome de Schinzel-Giedion est un syndrome rare de transmission autosomique dominante caractérisé sur le plan clinique par un retard de croissance postnatal, un retard psychomoteur profond, une dysmorphie faciale très marquée, des troubles génito-urinaires, squelettiques, neurologiques, cardiaques et une déficience intellectuelle très sévère. Récemment le gène SETBP1 a été identifié comme le gène responsable de ce syndrome, il s’agit de mutations de novo. Un nombre limité de patients ayant une confirmation moléculaire ont été signalés à ce jour.

OBJECTIFS

L’objectif de ce travail est de rapporter les signes cliniques et paracliniques associés au syndrome de Schinzel-Giedion

OBSERVATION

Nous rapportons le cas d’un patient âgé de 3mois, issu d’un mariage non consanguin, adressé à notre consultation pour une dysmorphie faciale faite d’une rétraction de l’étage moyen, deux bosses frontales, une exophtalmie ,un hypertélorisme et une insertion basse des oreilles, cette dysmorphie est  associée à un syndrome polymalformatif avec des déformations osseuses, un reflux vésico-urétéral bilatéral et une hydronéphrose, une dilatation triventriculaire avec une hypoplasie du corps calleux à l’imagerie cérébrale, une hypertrichose généralisée, un micropénis et une épilepsie. Devant  la dysmorphie faciale caractéristique  ainsi que le syndrome polymalformatif chez ce patient le syndrome de Schinzel-Giedion a été évoqué. Le phénotype de notre patient est similaire au phénotype décrit chez des patients rapportés dans la littérature. Initialement le diagnostic est basé uniquement sur des critères cliniques. Récemment des mutations hétérozygotes de novo du gène SETBP1 (18q21.1) ont été rapportées dans ce syndrome bien que la première description a suggéré un mode de transmission autosomique récessif.

Pour confirmer le diagnostic chez notre patient nous envisageons une étude moléculaire à la recherche d’une mutation du gène SETBP1.

Conclusion

Le syndrome de Schinzel-Giedion présente des malformations potentiellement graves et mortelles, le diagnostic doit être établi précocement pour pouvoir  gérer correctement ces complications. L’histoire naturelle de ce syndrome doit être bien étudiée pour faire une meilleure prise en charge et fournir un conseil génétique adéquat à ces patients.

 


Souhir GUIDARA, Nourhène GHARBI, Fatma ABDELHÈDI, Manel GUIRAT, Ikhlas BEN AYED, Imen BOUJELBÈNE (sfax, Tunisie), Lobna MAALEJ, Abdelmajid MAHFOUDH, Neila BELGUITH, Hassen KAMOUN
00:00 - 00:00 #13464 - P729 Mise en place du « Réseau NGS Diagnostic » (Réseau NGS-Diag), présentation et objectifs.
Mise en place du « Réseau NGS Diagnostic » (Réseau NGS-Diag), présentation et objectifs.

Depuis 5 ans environ, l’arrivée du séquençage de nouvelle génération haut débit (NGS) a révolutionné les stratégies diagnostiques de génétique biologique. Grâce à des financements de la DGOS et de l’INCa, les laboratoires de génétique moléculaire et de cytogénétique ont eu accès à des séquenceurs haut débit et l’offre diagnostique a augmenté de façon exponentielle. Pour répondre aux besoins de structuration et d’organisation qu’impliquait cette révolution, 5 groupes de travail sur les thématiques de bioinformatique, veille technologique, éthique, qualité et validation de méthode et mise en place des panels dans les réseaux/filières ont été mobilisés au sein de l’ANPGM. La constitution du réseau NGS-Diag a fait suite à cette mobilisation. Les sociétés savantes ACLF et GGC et le réseau AchroPuce se sont joints à l’ANPGM pour constituer un réseau transversal, le réseau NGS-Diag.

L’objectif du réseau est de créer une cohésion entre les différents laboratoires de génétique qui eux-mêmes interagissent avec les filières de santé maladies rares ou au sein des réseaux clinico-biologiques d’oncogénétique reconnus par l’Institut National du Cancer. Cette cohésion permettra de faciliter l’élaboration et la publication de recommandations professionnelles et de guides de bonnes pratiques nationaux dans le cadre de l’accréditation selon la norme ISO15189, ainsi que la mise en place de stratégies diagnostiques cohérentes et harmonisées entre les différentes filières et entre les réseaux d’oncogénétique (définition et place des panels, place du séquençage d’exome et du génome complet) et ainsi d’avoir une meilleure lisibilité vis-à-vis de la communauté nationale et internationale. Il entend également participer à la diffusion de ces recommandations au travers d’EPU (Enseignements Post-Universitaires) en lien avec les sociétés savantes sus-citées.

Le réseau NGS-Diag accompagnera la mise en place du plan France Médecine Génomique 2025 et plus particulièrement la mise en œuvre des deux premières plateformes AURAGEN et SeqOIA. Il a également la volonté d’accompagner de manière pragmatique, sur les versants de la pratique expérimentale et de l’interprétation, la réflexion autour de la refonte des modalités de facturation RIHN des actes NGS en lien avec les sociétés savantes.

 


Cécile ROUZIER, Nicolas SEVENET (Bordeaux), Boris KEREN, Philippe VAGO, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Martine DOCO-FENZY, Damien SANLAVILLE, Benoit ARVEILER, Claude HOUDAYER, Jean MULLER
00:00 - 00:00 #13472 - P730 Intérêt de l’analyse de pools parentaux en séquençage haut-débit de panels ciblés ou d’exomes entiers.
Intérêt de l’analyse de pools parentaux en séquençage haut-débit de panels ciblés ou d’exomes entiers.

Le séquençage de grands panels de gènes et d’exome médical ou entier est réalisé dans le cadre du diagnostic de la déficience intellectuelle (DI). Plus de 1000 patients ont été analysés par séquençage ciblé (et une centaine par séquençage d’exome) à Strasbourg et des diagnostics ont été posés dans plus de 25% des patients : il s’agit le plus souvent (70 % des cas) de néo-mutations survenant dans des gènes à transmission autosomique dominante (AD). L’absence d’une mutation pathogène ou probablement pathogène était ensuite vérifiée chez les parents par séquençage Sanger, ce qui alourdissait de façon considérable la réalisation de ces tests : design d’amorces « à façon », amplification et séquençage Sanger suivi d’un test de compatibilité de trio (analyse de STR) dans le cas d’une mutation de novo. De plus, une analyse parentale était également nécessaire pour l’interprétation des nombreux variants faux-sens de signification inconnue (VOUS) identifiés dans des gènes impliqués dans des formes AD de DI.  

Nous avons donc mis en place un séquençage ciblé des ADN parentaux en parallèle du patient, permettant d’avoir directement l’information sur la provenance de chaque variant ce qui réduit de façon importante les confirmations Sanger et facilite l’interprétation des variants. De manière à ne pas tripler le prix de l’analyse, ces parents parentaux sont poolés avant la préparation de la librairie, par 14 pour le séquençage ciblé et par 6 pour le séquençage d’exome entier. Les ADN sont poolés de façon équimolaire (calcul du nombre de molécules et pas uniquement de la concentration massique) et chaque pool est ensuite traité comme un échantillon unique. Pour les cas sporadiques, en plus de faciliter l’analyse des variants prometteurs, cette analyse de pools parentaux permet de mettre en évidence des variants de novo avec effet a priori plus subtil (variants introniques, variants en 5’ du gène, etc). Cela permet également de vérifier la compatibilité du trio parents-enfant. Pour le séquençage d’exome entier, ils présentent un avantage supplémentaire, la possibilité de mettre en évidence des variations de novo dans des nouveaux gènes non associés à une pathologie humaine, mais qui grâce au data sharing peuvent être confirmés comme nouveaux gènes de DI assez rapidement.  Pour les formes autosomiques récessives, l’analyse des pools parentaux permet de confirmer directement le statut d’hétérozygote composite chez l’enfant. Enfin, selon la structure de la famille, des apparentés atteints autres que les parents peuvent être inclus dans ces pools.

La mise en place de cette méthode d’analyse des parents en pool permet une meilleure efficacité et rapidité de l’analyse de panel de gènes ou de l’ensemble des gènes par séquençage haut-débit.


Claire FEGER, Elsa NOURRISSON (strasbourg), Celine CUNY, Frederic TRAN MAU THEM, Jamel CHELLY, Jean-Louis MANDEL, Bénédicte GERARD, Amélie PITON
00:00 - 00:00 #13474 - P731 Les variations en nombre de copies dans la population Tunisienne.
Les variations en nombre de copies dans la population Tunisienne.

Les variations en nombre de copie (Copy Number Variation, CNV) sont une forme de variabilité du génome définies comme étant des segments d’ADN de taille supérieure à 1kb et dont le nombre de copie diffère par rapport à un génome de référence. Un CNV est considéré comme polymorphe si sa fréquence dans la population est supérieure ou égale à 1 %. Une seule copie ou les effets combinés de plusieurs réarrangements génomiques incluant délétion, insertion, duplication et translocation non équilibrées peuvent être les causes de la formation des CNV. Ces derniers peuvent avoir une conséquence sur l’expression génique et phénotypique par l’altération des gènes à effet dosage-dépendant, l’interruption des séquences codantes et l’action sur la régulation des gènes voisins. Ainsi, les CNV ont été rapportés comme étant associés à diverses maladies neurologiques comme l’autisme et la schizophrénie ainsi que d’autres pathologies complexes. De récentes études focalisant sur les CNV chez quelques ethnies comme les Coréens, les Chinois et les Européens ont souligné la présence d’un enrichissement de CNV spécifiques de population.  De telles données sont inexistantes pour certaines populations de l’Afrique du Nord comme la Tunisie. Dans cette étude, nous avons étudié les CNV chez 102 individus sains d’origine Tunisienne génotypés avec la puce Affymetrix 6.0. Grâce à l’algorithme de Chaînes de Markov cachées implémenté dans le logiciel PennCNV, 3964 CNV ont été détectés avec en moyenne 39 segments par individus. La taille moyenne des CNV est de 96,7 kb. Les délétions représentent 66,5 % des CNV avec une taille moyenne de 65.98 kb inférieure des duplications de l’ordre de 173 kb. Ces CNV ont été regroupés en 751 CNVR (CNV region) de taille moyenne de 104 kb et couvrant 78 Mb du génome. Soixante pourcent des CNVR ont une fréquence inférieure à 1%. L’interrogation de la base de données DGV a montré que 2,9 % des CNVR n’y sont pas répertoriés. Environ 34% des CNVR chevauchent 234 gènes de RefSeq. L’annotation par Gene Ontology a révélé que ces derniers sont essentiellement enrichis de manière significative en fonction cellulaire de type « liaison d’ion de calcium » (0,4% ; p-value=7 10-4 ), impliqués dans des processus cellulaire comme « adhésion cellulaire » (7 % ; p-value=1,45 10-4) ainsi que « développement du système nerveux » (19% ; p-value=1,45 10-5). Ils sont également enrichis en composantes cellulaires comme la synapse (9,5 % ; p-value=6,47 10-3) et la « composante intégrale de la membrane plasmique » (13,2%; p-value=3,6 10-2). Nos résultats préliminaires suggèrent la nécessité d’une caractérisation complète des CNV dans la population Tunisienne et de la construction d’une carte qui servira aux études médicales


Lilia ROMDHANE, Saida LAHBIB, Olfa MESSAOUD, Mariem BEN REKAYA, Safa ROMDHANE, Lotfi CHOUCHANE, Sonia ABDELHAK (TUNIS, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13475 - P732 Le syndrome de Waardenburg type 1: étude de la variabilité clinique et génétique.
Le syndrome de Waardenburg type 1: étude de la variabilité clinique et génétique.

Le syndrome de Waardenburg (OMIM: 193500) est une maladie génétique à l’origine de 3 à 6% des surdités congénitales. Elle est la cause la plus fréquente des surdités congénitales syndromiques dominantes. Le diagnostic est évoqué devant une surdité congénitale neuro-sensorielle et des anomalies de pigmentation cutanée, capillaire et irienne. Il existe 4 types définis selon la présence ou non de symptômes additionnels.

On s’intéresse dans ce travail aux caractéristiques clinico-génétiques d’une série de 6 patients tunisiens présentant le sous type 1 (WS1), qui associe aux signes précédemment décrits une dystopie des canthi et qui est causé par des mutations du gène PAX3. Un séquençage de ce gène a été pratiqué pour toute la série. On a complété par une analyse par MLPA pour les patients sans mutations PAX3.

Il s’agit de 6 patients WS1 dont deux sont apparentés (une mère et son fils). Le sex ratio était de 1 et l’âge moyen était de 10 ans. Le motif de consultation le plus fréquent était la surdité congénitale (5/6). Le développement psychomoteur était normal chez 3/5 patients alors qu’une absence du langage était notée chez 2/5 patients. L’examen physique a noté une dystopie des canthi (6/6), des anomalies de la pigmentation de l’iris et des cheveux (5/6), des tâches hypochromiques (2/6), un hypertélorisme (5/6) et une racine du nez proéminente (5/6). Le bilan audiométrique a objectivé une surdité bilatérale dans tous les cas.

Sur le plan génétique, le caryotype sanguin était normal dans tous les cas. Le séquençage du gène PAX3 a révélé chez 4 patients 3 nouvelles mutations au niveau des exons 2 et 6. La mutation de l’exon 2 est une délétion de 9 nucléotides entraînant une délétion de 3 acides aminés à partir du codon 55 [c.164delTCCGCCACA/p.Ile55_His57del]. Les 2 mutations retrouvées sur l’exon 6 sont une délétion du troisième nucléotide du codon 314 [c.942delC/p.Pro314ProfsX67] et une duplication de 4 nucléotides à partir de la position 933 [c.933_936dupTTAC/p.Gln313LeufsX98]. Chez les 2 patients restants on a complété par une analyse par MLPA du gène PAX3 qui a objectivé chez un seul patient une délétion hétérozygote des exons 5 à 9.

La confrontation clinico-génétique faite dans notre série a révélé une variabilité inter et intrafamiliale et un même phénotype pour des mutations différentes (une mutation ponctuelle et une grande délétion). Ceci confirme l’absence de corrélation phénotype-génotype préalablement décrite dans la littérature et complique le conseil génétique dans les familles concernées. Par ailleurs, l’absence de mutation du gène PAX3 chez le dernier patient soulève l’hypothèse de l’implication d’autres gènes dans le WS1.


Faten HSOUMI (Tunis, Tunisie), Madiha TRABELSI, Malek NOUIRA, Sana KAROUI, Ines OUERTANI, Lilia KRAOUA, Rym MEDDEB, Valérie BENOIT, Faouzi MAAZOUL, Ridha MRAD
00:00 - 00:00 #13481 - P733 Caractérisation fonctionnelle de deux variantes du gène ABCB4 et évaluation de la performance des logiciels de prédiction in silico relative à ce gène.
Caractérisation fonctionnelle de deux variantes du gène ABCB4 et évaluation de la performance des logiciels de prédiction in silico relative à ce gène.

Selon la base de données HGMD, plus que 120 variantes de faux-sens ont été décrites dans le gène ABCB4 codant la protéine MDR3. L’effet de ce type de variations demeure incertain contrairement aux autres types de variations y compris les faux-sens, les mutations d’épissage et celles qui conduisent vers un décalage du cadre de lecture. Dans ce contexte, une panoplie de logiciels de prédiction in silico a été mise à la disposition des chercheurs afin d’estimer l’effet potentiel des variations faux-sens et sélectionner par conséquence les meilleurs candidats pour une caractérisation fonctionnelle. Toutefois, l’utilisation de plusieurs logiciels de prédiction peut aboutir à des résultats contradictoires pour la même substitution testée et crée des difficultés à propos la conclusion à tenir quant à son effet. Face à ces données, nous avons choisi de caractériser, à l’échelle in silico et in vitro, deux variations c.1584G > C (p.E528D) et c.3481C > T (p.P1161S) décrites dans le gène ABCB4. L’analyse in silico englobe ensuite toutes les variations faux-sens du gène ABCB4 rapportées dans la base de données HGMD afin de confronter les résultats de prédiction par rapport à l’effet réel de ces variations et assurer, par conséquence, une évaluation de la performance de logiciels de pathogénicité relative au gène ABCB4.

La pathogénicité de p.E528D et p.P1161S est prédite par quatre logiciels Provean, Poly-phen2, PhD-SNP et MutPred dont la différence des bases de prédiction de chacun était à l’origine de notre choix.  Ces logiciels admettent que p.P1161S est délétère alors que pour la mutation p.E528D elle est considérée comme délétère par MutPred et PhD-SNP et neutre par Poly-phen et Provean. L’expression dans des modèles cellulaires de protéines mutées montrent que ces deux mutations n’affectent ni la localisation ni la maturation de la protéine. Toutefois, une réduction de l’activité de la protéine MDR3 est notée à 48% par p.P1161S et à 33% par p.E528D.  L’ampleur de la réduction est en étroite relation avec l’ampleur de l’altération structurale causée par E528D (RMSD=3.56 Å) et P1161S (RMSD=8.51 Å), séparément comme il a été visualisé par Swiss-PDB viewer.

Une prédiction de pathogénicité in silico à travers les 4 logiciels de prédiction précédemment cité a été performée ensuite pour une série de 84 variantes ABCB4 dont l’effet est connu. Une comparaison entre les résultats fournis in silico et celles prouvés in vitro ou à travers des études de co-ségrégation montre que la meilleure performance est attribué à MutPred avec un pourcentage de correctes prédictions estimé de 95% suivie par Provean et Poly-phen2 (76% de correctes prédictions) et Phd-SNP (71% de correctes prédictions). Ces résultats prouvent que MutPred , largement rapporté parmi les meilleurs logiciels de prédiction, peut être considéré comme le logiciel de prédiction de choix pour estimer l’effet des variations dans le gène ABCB4.


Boudour KHABOU, Anne-Marie DURAND-SCHNEIDER (Paris), Jean-Louis DELAUNAY, Tounsia AIT-SLIMANE, Véronique BARBU, Faiza FAKHFAKH, Chantal HOUSSET, Michèle MAURICE
00:00 - 00:00 #13483 - P734 Svagga : un outil d’annotation des variants structuraux dans un cadre diagnostique.
Svagga : un outil d’annotation des variants structuraux dans un cadre diagnostique.

Le séquençage haut-débit (NGS), utilisé en routine diagnostique pour la caractérisation des variants pathogènes, permet théoriquement de détecter l’ensemble des variants structuraux (SV) d’un patient. En pratique, les stratégies usuelles basées sur la capture de régions cibles (panels de gènes, exomes) s’avèrent inefficaces. Tout d’abord, l’ensemble des variants structuraux équilibrés (BCA) que sont par exemple les inversions et les translocations ne laissent d’autre signal que leurs points de cassure – signal dont la probabilité d’être capturés par séquençage ciblé est faible. Ensuite, ces techniques biaisent énormément la profondeur de séquençage, ce qui perturbe fortement la détection des variants dans le nombre de copies (CNV) – c.-à-d. les duplications et délétions.

Le séquençage complet de génomes (WGS) permet par définition de séquencer l’ensemble du génome – et donc des points de cassure des SV – et ce, sans les biais inhérents au séquençage ciblé. La démocratisation attendue de cette stratégie devrait ainsi favoriser la prise en compte des SV en routine diagnostique. Or, si énormément d'outils de détections de ces événements ont été conçus, aucun ne s’est encore imposé. De plus, cette explosion logicielle ne concerne que la détection brute de ces événements, et à notre connaissance, peu voire pas d'outils proposent une annotation pertinente des SV dans un cadre diagnostique.

Pour répondre à ces problématiques, nous présentons Svagga (pour SV AGGregator and Annotator), un logiciel dédié à l'annotation des SV. Codé en perl, et ne nécessitant pas d’installations préalables, Svagga accepte des entrées de plusieurs programmes pour un même échantillon, et plusieurs échantillons en entrée. Cela permet (i) de résumer l'information intra-échantillon, avec pour chaque variant des informations provenant des différents logiciels ; (ii) de comparer les SV des différents échantillons, afin de filtrer les SV récurrents, qu'ils soient des artefacts ou de réels polymorphismes.

Différents paramètres vont régir le comportement de Svagga. Pour considérer deux SV comme étant identiques, l'utilisateur va décider de la distance maximale entre leurs points de cassure (CNV et BCA), ou de leur chevauchement minimal (CNV). Il va pouvoir jouer sur la réciprocité et la transitivité des relations entre SV, et décider de traiter à part ou non les CNV et les BCA. Concernant l’annotation biologique, différentes options permettent de croiser les SV détectés avec des fichiers BED et tabulés, ainsi qu’avec des données géniques provenant des tables d’UCSC. Enfin, Svagga regroupe les SV susceptibles d'appartenir à un même événement complexe, ce qui s’avère utile pour l'étude des chromothripsis, caractérisés parfois par des dizaines de points de cassure.

Svagga a déjà pu être testé avec efficacité sur une cinquantaine de génomes dans le cadre du projet de recherche ANI, et est inclus en routine diagnostique dans notre laboratoire de Cytogénétique.


Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER (Lyon), Flavie DIGUET, Thomas SIMONET, Nicolas CHATRON, Damien SANLAVILLE, Claire BARDEL, Caroline SCHLUTH-BOLARD
00:00 - 00:00 #13484 - P735 Leaves, une application web libre et open-source pour l’interprétation de variants dans un cadre diagnostic.
Leaves, une application web libre et open-source pour l’interprétation de variants dans un cadre diagnostic.

L’utilisation des technologies de séquençage NGS dans un cadre diagnostique se démocratise de plus en plus. L’interprétation des variants nécessite l’utilisation de logiciels permettant leur annotation et leur filtrage de manière reproductible. Actuellement, les applications permettant ce type d’analyses, sont principalement des solutions commerciales, pour certaines hébergées sur des serveurs à l’étranger. L’achat ou l’utilisation d’applications représentent un coût important pour les hôpitaux et leurs fonctionnalités ne répondent pas à tous les besoins, notamment vis-à-vis de la législation en vigueur pour l’hébergement de données de santé.

Afin de proposer une solution répondant aux divers besoins relevés au niveau des 39 hôpitaux de l’AP-HP, tout en respectant la législation en vigueur, nous avons développé, au sein de la plateforme de bioinformatique de l’AP-HP, une application web permettant l’annotation et le filtrage des données variants nommée Leaves. L’objectif de Leaves est d’aider les praticiens à interpréter les variants générées par leur routine de séquençage NGS à but diagnostic. Leaves permet de filtrer des variants en fonction de critères techniques de séquençage tel que la profondeur mais également en utilisant des bases de données d’annotations publiques (1000g, gnomAD, clinVar …) et en fonction de critères familiaux. Leaves, en constituant une base de donnée de variants, permet l’affichage des occurrences de chaque variant au niveau de chaque projet mais également au niveau de la base de données complète. Enfin Leaves permet le partage de commentaires et d’interprétations sur chaque variants entre tous les professionnels de l’AP-HP.

Bien que Leaves soit dans un premier temps destiné à une utilisation au sein même de l’AP-HP, l’objectif à long terme est de distribuer cette application sous licence libre et open-source pour une distribution plus large.


Vivien DESHAIES (Paris), Mathieu BARTHELEMY, Jocelyn BRAYET, Romain DAVEAU, Camille BARETTE
00:00 - 00:00 #13485 - P736 Macrophtalmie et dilatation des grands vaisseaux : un nouveau syndrome ?
Macrophtalmie et dilatation des grands vaisseaux : un nouveau syndrome ?

La dilatation des grands vaisseaux thoraciques, qu’elle soit syndromique ou non, est hautement hétérogène sur le plan étiologique, avec 23 gènes qui lui sont associés à ce jour. Cependant, aucun ne s’associe à une macrophtalmie.

Nous rapportons ici l’histoire d’une patiente de 31 ans qui a présenté à l’âge de 6 ans une myopie rapidement progressive avec une uvéite antérieure bilatérale associée à HLAB27. Une augmentation régulière du volume des globes oculaires avec exophtalmie s’est poursuivie avec décollement récidivant de rétine. Une dilatation aortique concomitante requérant la tunnelisation de l'aorte ascendante à 18 ans, ainsi qu’une dilatation du tronc artériel brachio-céphalique et une dysplasie carotidienne bilatérale ont fait évoquer l’hypothèse d’une dysplasie du tissu conjonctif. Son atteinte ophtalmologique a conduit à la cécité de l’œil gauche avec phtisis bulbum suivi de plusieurs épisodes de déficit neurologique focal ou hémicorporel, attribués à des accidents ischémiques transitoires.

Le séquençage de TGFBR1, TGFBR2, ACTA2, COL3A1, FBN1,… n’ayant permis d’identifier de mutation pathogène, le séquençage de l’exome a été réalisé et a indiqué la survenue d’une mutation c.634C > T (p.R212X) de CCDC51 survenue de novo de signification inconnue. Il s’agit d’un gène codant une proteine de fonction inconnue. Une hétérozygotie composite de deux mutations faux-sens de BCORL1, c.3158A > G (p.K1530R) et c.185T > C (p.L62P) a également été observée. De manière intéressante, ce gène code une proteine « compagnon » de BCOR dont les mutations sont associées au syndrome oculo-facio-cardio-dental.

Cette observation exceptionnelle de macrophtalmie-dilatation des grands vaisseaux thoraciques et cervicaux reste donc à ce jour sans base moléculaire confirmée.


Margaux SEREY, Gillis ELISABETH, Saleh MAHER, Schwartz CLAIRE, Cabrol CHRISTELLE, Aline VERSTRAETEN, Loeys BART, Van Maldergem LIONEL (Besançon)
00:00 - 00:00 #13496 - P737 Une forme familiale du syndrome oculo-dento-digital: Caractéristiques cliniques et moléculaires.
Une forme familiale du syndrome oculo-dento-digital: Caractéristiques cliniques et moléculaires.

La dysplasie oculo-dento-digitale (ODDD) (OMIM 164200) est une maladie génétique rare, très polymorphe sur le plan clinique. Elle associe une dysmorphie faciale caractéristique avec des atteintes ophtalmologiques et dentaires, des anomalies des extrémités et des signes neurologiques.

L'ODDD est due à des mutations  du gène GJA1 en 6q22.3 et qui code pour la connexine 43 qui est une protéine de jonction communicante. Il se transmet selon le mode autosomique dominant avec une pénétrance complète et une expressivité variable. Néanmoins, quelques cas de transmission autosomique récessive ont été rapportés.

Dans ce travail, nous rapportons  les caractéristiques cliniques et moléculaires d'une famille tunisienne chez qui nous avons retenu le diagnostic d'ODDD.

Il s'agit de cinq patients appartenant à trois générations successives. Le sex ratio était de 0,6. L'ODDD a été évoqué cliniquement chez tous les patients devant la présence d'une dysmorphie faciale caractéristique, d'une atteinte des extrémités à type de syndactylie type III et de camptodactylie des doigts, d'une microcornée et des atteintes stomatologiques. Quatre patients présentaient également une atteinte neurologique à type de vessie neurologique et de paraparésie spastique avec un phénomène d'anticipation au fil des générations.

Une analyse de l'exon 2 du gène GJA1 a mis en évidence la présence à l'état hétérozygote d'une nouvelle mutation à type de délétion de trois adénosines en position 396 (c.396_398delAAA). Il s'agit de la 4ème microdélétion du gène GJA1 décrite dans la littérature. La délétion touche 2 acides aminés hautement conservés de la région L2 du domaine intra-cytoplasmique de la connexine 43. Cette région joue un rôle crucial dans le fonctionnement de la protéine.

L'étude clinico-génétique de cette famille a permis d'élargir le spectre  mutationnel du gène GJA1 et de souligner l'expressivité variable de ce syndrome en intrafamilial rendant ainsi le conseil génétique plus complexe.


Sana KAROUI, Madiha TRABELSI, Ridha MRAD (Tunis, Tunisie)
00:00 - 00:00 #13499 - P738 Le gene USH1C : a propos d'une mutation non sens decouverte chez 2 familles algerienne.
Le gene USH1C : a propos d'une mutation non sens decouverte chez 2 familles algerienne.

le syndrome de Usher ests une maladie autosomique recessive qui englobe une surdité de perception et une retinite pigmentaire;

Il est trés heterogene genetiquement , en effet à ce jour 10 gènes sont decrits comme responsables de ce syndrome

Le gene USH1C en fait partie , il est resposable de syndrome de usher de type 1.

Le sequencage à haut debit de l'ADN de patients le phenotype de ce syndrome a permis de decouvrir chez 2 familles algeriennes une  nouvelle mutaion  non sens .

Le diagnostic genetique du syndrome de usher est indispensable pour la prise en charge precoce du double handicap neurosensoriel   


Samia ABDI, Mohamed MAKRELOUF (Alger, Algérie), Crystel BONNET, Christine PETIT, Akila ZENATI
00:00 - 00:00 #13526 - P739 Syndrome de Fraser : présentation de 2 observations sans cryptophtalmie.
Syndrome de Fraser : présentation de 2 observations sans cryptophtalmie.

Le syndrome de Fraser (OMIM #219000) est une affection de transmission autosomique récessive, caractérisée par l’association d’une cryptophtalmie, de syndactylies des quatre extrémités et de malformations uro-génitales et/ou laryngo-trachéales. Il est lié aux mutations hétérozygotes composites ou homozygotes des gènes du complexe FRAS/FREM: FRAS1, FREM2 et GRIP1. Nous rapportons deux observations inhabituelles de syndrome de Fraser, sans cryptophtalmie.

La première patiente présentait des syndactylies de trois extrémités, un colobome bilatéral des narines, des oreilles dysplasiques avec surdité de transmission bilatérale, un blépharophimosis et des anomalies des canaux lacrymaux. L’étude du gène FRAS1 identifiait deux variants pathogènes à l’état hétérozygote composite : le variant non-sens c.10817C>G (p.Ser3606*) dans l’exon 70 et le variant faux-sens c.2894G>T (p.Cys965Phe) dans l’exon 24. La seconde patiente présentait l’association d’une syndactylie membraneuse des quatre extrémités, une agénésie rénale gauche, des malformations laryngées et ano-génitales, des oreilles dysplasiques et une surdité de transmission bilatérale. L’étude du gène FRAS1 identifiait un variant à l’état homozygote : c.11897dup (p.Asn3067fs), dans le dernier exon du gène.

Nous discutons de la variabilité d’expression observée dans le syndrome de Fraser et de la possibilité de corrélations génotype-phénotype non décrites à ce jour. L’absence de cryptophtalmie ne doit pas exclure le diagnostic de syndrome de Fraser. L’association d’une mutation tronquante et d’une mutation faux-sens ou la présence d’une mutation homozygote tronquante dans le dernier exon de FRAS1 pourraient être responsables de phénotypes atténués.


Simon BOUSSION, Stanislas LYONNET, Bert A. VAN DER ZWAAG, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Catherine VINCENT-DELORME, Clémence VANLERBERGHE (Lille)
00:00 - 00:00 #13531 - P741 Parotidite récidivante autosomique dominante : une entité méconnue.
Parotidite récidivante autosomique dominante : une entité méconnue.

La parotidite récidivante familiale est rare : une seule famille rapportée dans OMIM, 7 si l’on tient compte des familles colligées par Hans-Rudolf Wiedemann. La parotidite récurrente juvénile est une affection fréquente pour laquelle différents facteurs étiologiques ont été proposés, parmi lesquels des mécanismes allergiques, infectieux, auto-immunitaires et malformatifs. Cependant, ces épisodes cessent avec l’âge et sont rares à l’âge adulte. Nous décrivons ici une famille avec parotidite récidivante et hypertrophie parotidienne douloureuse sans amylose ségrégeant sur 3 générations avec peu de variabilité dans l’expression clinique. L’examen attentif des photos de famille suggère d’autres atteints d’après l’hypertrophie des loges parotidiennes qui y est associée. Aucun élément inflammatoire n’est retrouvé. Le cas index présente en outre des signes d’amyotrophie distale non retrouvée chez ses apparentés atteints de parotidite. Le séquençage de l’exome (WES) et les études de ségrégation sont en cours.


Margaux SEREY, Cabrol CHRISTELLE, Vallat JEAN-MICHEL, Tatu LAURENT, Loeys BART, Van Maldergem LIONEL (Besançon)
00:00 - 00:00 #14449 - P742 Les données génétiques : Quels risques ? Quelles garanties ? - Ouvrage collectif CNIL.
Les données génétiques : Quels risques ? Quelles garanties ? - Ouvrage collectif CNIL.

La CNIL vient de publier, avec la Documentation française, un ouvrage consacré aux données génétiques. Privilégiant une approche synthétique, pluridisciplinaire et pédagogique, il s’adresse à un public curieux des sujets de société qui est désireux d’en savoir plus sur la protection des données personnelles en ce domaine.

Les données génétiques ne sont, en effet, pas des données personnelles comme les autres. Particulièrement intimes, de plus en plus signifiantes, potentiellement très discriminantes, elles bénéficient d’un statut légal très protecteur.

Pourtant, leur utilisation tend à se banaliser dans la société. Un véritable marché international se met en place. De nouveaux enjeux éthiques apparaissent, tant pour l’individu que pour la société. Les besoins de régulation n’en sont que plus importants.

Après avoir dressé un panorama des règles et mécanismes de protection applicables à ces données, l’ouvrage présente un état des lieux de l’exploitation, de plus en plus importante, des données génétiques dans un nombre grandissant de domaines : médecine et recherche médicale, bien sûr mais aussi étude des populations, police judiciaire, justice, assurances, alimentation, etc.

Au-delà, il s’agit de mettre en lumière les évolutions sociétales en cours, les enjeux et débats qui en résultent et de relativiser une conception abusivement déterministe de la génétique.

Enfin, l’ouvrage souligne la nécessité d’une régulation internationale pour faire face aux risques de discriminations sociales et de marchandisation des données génétiques.


Olivier COUTOR (Paris Cedex 7), Eric BOUCHER DE CREVECOEUR