Jeudi 25 janvier
08:00
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A31
08:00 - 10:00

Conférence Plénière 2 - Session DPC
Génétique cœur et vaisseaux

Modérateurs : Catherine BOILEAU (Chef de Service) (Paris), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
08:00 - 10:00 De l'hypercholestérolémie à l'hypobétalipoprotéinémie familiale : apport de la génétique pour l'identification de nouvelle cibles thérapeutiques. Bertrand CARIOU (NANTES)
08:00 - 10:00 Génétique du syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire. Xavier JEUNEMAITRE (PARIS)
08:00 - 10:00 Génétique des anomalies des petites artères. Elisabeth TOURNIER-LASSERVE (Paris)
08:00 - 10:00 Génétique de la mort subite cardiaque. Jean-Jacques SCHOTT (Nantes)

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
10:00
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A32
10:00 - 11:00

Pause - Visite des stands et session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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B32
10:00 - 11:00

Pause - Visite des stands et Session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

Jeudi 25 janvier

Auditorium 450
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C32
10:00 - 11:00

Pause - Visite des stands et Session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

Jeudi 25 janvier

Salle 300
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D32
10:00 - 11:00

Pause - Visite des stands et Session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

Jeudi 25 janvier

Salle 200
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E32
10:00 - 11:00

Pause - Visite des stands et Session posters DPC
Présence des auteurs en D - Zone verte

Jeudi 25 janvier

Salle 150
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F32
10:00 - 11:00

Assemblée Générale de l'AFCG

Jeudi 25 janvier

Salle GH
11:00
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B33
11:00 - 12:30

Sessions Simultanées 06
Diagnostic prénatal, dépistage prénatal non invasif, troubles de la reproduction

Modérateurs : Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU (PU-PH) (RENNES), Charles COUTTON (PHU) (Grenoble)
11:00 - 11:15 #12675 - CO037 Intérêt du séquençage exomique dans l’infertilité masculine : identification de 3 nouveaux gènes responsables d’anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde (MMAF).
CO037 Intérêt du séquençage exomique dans l’infertilité masculine : identification de 3 nouveaux gènes responsables d’anomalies morphologiques multiples du flagelle du spermatozoïde (MMAF).

L’infertilité masculine représente un enjeu de santé publique de ces dernières décennies. Bien que multifactorielle, l’infertilité masculine a une composante génétique importante. Dans le cadre de notre projet ANR «MAS FLAGELLA» nous avons constitué une cohorte de 78 patients présentant une infertilité primaire liée à par des anomalies morphologiques multiples des flagelles (MMAF). Précédemment, nous avons pu mettre en évidence des mutations dans 3 gènes codant pour des protéines axonémales du flagelle du spermatozoïde DNAH1, CFAP43 et CFAP44 chez environ 30% des patients MMAF. Ces résultats suggèrent qu’environ 70% des patients restant sont porteurs de mutations dans d’autres gènes.

Un séquençage exomique complet (WES) de notre cohorte a été réalisé. Après mise en place d’un pipeline bio-informatique spécifique, nous avons pu identifier 1 mutation stop et 1 mutation d’épissage dans le gène FLAG69 chez 2 patients non apparentés. Ces 2 mutations ont été confirmées en Sanger et n’ont jamais été décrite dans les bases de bases de données publiques de polymorphismes (dbSNP, gnomAD). Le gène FLAG69 code pour une protéine de la famille des protéines à domaine Armadillo dont la fonction est encore peu connue. Cependant, des analyses de protéomiques ont montré que cette protéine était enrichie dans les flagelles d’espèce comme Chlamydomonas et nos données de RT-qPCR montrent que son expression est prédominante au niveau du testicule.

Les analyses par immunofluorescence avec un anticorps anti-FLAG69 sur les spermatozoïdes de nos 2 patients mutés montrent une disparition complète du signal. Ces données corroborent les analyses de RT-PCR effectuées à partir d’ARN lymphocytaire chez le patient avec la mutation d’épissage montrant l’absence total de transcrit. Le marquage FLAG69 se localise uniquement au niveau de la pièce intermédiaire des spermatozoïdes contrôles. Pour valider l’implication de ce gène dans le phénotype, des souris inactivées pour le gène Flag69 ont été produites par CRISPR/Cas9 en collaboration avec l’université Johns-Hopkins (Baltimore, USA, Pr Zhao). Les souris males Flag69-/- sont infertiles et présentent des spermatozoïdes avec des anomalies similaires à celles observées chez nos deux patients MMAF mutés. Les analyses par microscopie électronique de ces spermatozoïdes ont mis en évidence une désorganisation très sévère de l’axonème ainsi que des pièces péri-axonémales (mitochondries, gaine, fibres denses) du flagelle.

Au final, nous avons pu mettre en évidence pour la première fois des mutations pathogènes dans le gène FLAG69 chez 2 patients MMAF et confirmer l’implication de ce gène dans le phénotype par un modèle murin CRISPR/Cas9. La localisation de la protéine FLAG69 restreinte à la pièce intermédiaire ouvre des hypothèses intéressantes pour la fonction de la protéine qui pourrait avoir un rôle dans la transduction du signal impliqué dans la biogénèse du flagelle du spermatozoïde.

Guillaume MARTINEZ (La Tronche), Frédérique DONG, Amir AMIRI-YEKTA, Julie TEK, Pauline LE TANNO, Raoudha ZOUARI, Thomas KARAOUZÈNE, Véronique SATRE, Patrick LORES, Christophe ARNOULT, Aminata TOURÉ, Haiqing ZHAO, Pierre RAY, Charles COUTTON
11:15 - 11:30 #13229 - CO038 Analyse du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes présentant une diminution de la réserve ovarienne et prises en charge en don d’ovocyte.
CO038 Analyse du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes présentant une diminution de la réserve ovarienne et prises en charge en don d’ovocyte.

Le nombre de follicules / ovocytes disponibles au sein des ovaires correspond à la réserve ovarienne (RO), qui peut être évaluée par des dosages hormonaux tels que celui de la FSH ou de l’AMH ou par le compte des follicules antraux (CFA). Une RO basse, dont la conséquence est une diminution de la fertilité, est définie par une AMH<1.1 ng/ml ou un CFA<5. Cette situation est le plus souvent liée à l’âge mais elle peut survenir de façon prématurée avant 40 ans. L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est caractérisée par la survenue de troubles des menstruations, notamment aménorrhée,  associés à une élévation du taux sanguin de la FSH et une baisse du taux de l’œstradiol. L’IOP a souvent une cause génétique, chromosomique ou génique. Les gènes identifiés sont impliqués dans différents processus comme le développement gonadique, la méiose, la folliculogenèse, l’apoptose, le fonctionnement mitochondrial et la stéroidogenèse. Parmi les gènes associés à l’IOP, le gène NR5A1 est impliqué dans cette dernière fonction et plus de 160 variants différents sont actuellement rapportés dans la base de données Human Gene Variant Database. Ils ont principalement été décrits chez des patients présentant un trouble du développement sexuel 46,XY DSD mais ont également été observés chez des patientes 46,XX présentant une IOP et correspondant souvent aux apparentées des patients 46,XY DSD. Nous rapportons les résultats du séquençage du gène NR5A1 chez une cohorte de 130 patientes âgées de moins de 40 ans, présentant une diminution de la RO et prises en charge en don d'ovocytes (AMH<0.4 ng/ml et échec de FIV/ICSI).  Les variants observés correspondent à huit variants introniques non situés au niveau d’un site consensus d’épissage et à neuf variants d’exons. Parmi ces derniers, concernant majoritairement le domaine Hinge de la protéine, quatre sont des variants synonymes répertoriés dans les bases de données de population et cinq sont des variants faux-sens. Un de ces derniers est décrit comme polymorphisme dans la littérature. Trois des variants faux-sens ont été rapportés dans la littérature comme pathogéniques, observés en cas de DSD 46,XY pour un et d’IOP ou échec de la spermatogenèse pour deux. Enfin, une patiente présente un variant faux-sens observé peu fréquemment dans la population générale, qui n’a pas encore été décrit en pathologie et pour laquelle des études fonctionnelles vont être réalisées pour évaluer le niveau d’activité de la protéine mutée (évaluation de l’activité trans-activationnelle par le système Dual-Luciferase Reporter Assay). Au total, 3% des patientes présentent un variant pouvant être impliqué dans le phénotype. Outre la description d’un nouveau variant en pathologie, cette étude confirme la grande variabilité phénotypique pouvant être rencontrée en cas de variant du gène NR5A1, avec pour les patientes 46,XX la possibilité de réversion sexuelle, d’IOP mais également de diminution de la RO précédant une IOP.

Sylvie JAILLARD, Christele DUBOURG, Gorjana ROBEVSKA, Marion BEAUMONT, Linda AKLOUL, Jean-Maxime GIRARD, Celine PIMENTEL, Sylvie ODENT, Katie AYERS, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Célia RAVEL (RENNES)
11:30 - 11:45 #13250 - CO039 Absence bilatérale des canaux déférents : épidémiologie des mutations du gène ADGRG2 et premières explorations sur un lien fonctionnel putatif avec CFTR.
CO039 Absence bilatérale des canaux déférents : épidémiologie des mutations du gène ADGRG2 et premières explorations sur un lien fonctionnel putatif avec CFTR.

Une absence bilatérale des canaux déférents (ABCD) est diagnostiquée chez plus de 25% des hommes présentant une azoospermie obstructive. Dans 80% des cas, l’analyse du gène CFTR, également impliqué dans la mucoviscidose, permet d’identifier au moins une altération faisant suspecter un «CFTR-related disorder». Nous avons récemment identifié la présence de mutations perte de fonction du gène ADGRG2 (Xp22.13) chez des patients présentant une ABCD bien caractérisée, sans mutation du gène CFTR (Patat et al, 2016 AJHG). ADGRG2 code pour un récepteur transmembranaire couplé aux protéines G, exprimé spécifiquement au niveau de l’épididyme et des canaux efférents, dont la fonction est mal connue.

Le fait que le phénotype d’ABCD des patients mutés ADGRG2 soit indistinguable de celui des patients mutés CFTR soulève la question d’un éventuel lien fonctionnel entre les 2 gènes. Une étude rétrospective au sein du réseau GENMUCOFRANCE a été initiée afin de préciser la fréquence des mutations du gène ADGRG2 chez des patients avec 0 ou 1 mutation CFTR identifiée. En parallèle, des analyses d’immunohistochimie ont été réalisées sur des tissus épididymaires de patients porteurs de mutations CFTR ou ADGRG2.

55 nouveaux patients ont pu être recrutés dans cinq centres dont 29 (53%) hétérozygotes pour une mutation du gène CFTR.

5 nouvelles mutations perte de fonction ont été identifiées chez 6 patients. La fréquence des mutations ADGRG2 est similaire en présence d’une mutation CFTR (3/29=10.3%) et en l’absence de mutation CFTR (3/26=11.5%). Aucun variant faux-sens potentiellement délétère n’a été identifié. Ainsi, la perte de fonction du récepteur ADGRG2 peut suffire à expliquer les 6 cas d’ABCD et il n’y a pas d’argument suggérant, chez les 3 patients également porteurs d’une mutation CFTR, un mécanisme physiopathologique impliquant une action combinée des deux gènes.

Néanmoins, les résultats des analyses immunohistochimiques montrent une colocalisation du récepteur ADGRG2 et du canal CFTR au niveau du pole apical des cellules épithéliales des canaux efférents, alors que sur l’épididyme ADGRG2 apparait plus exprimé que CFTR. Chez le patient muté ADGRG2 le marquage ADGRG2 C-terminal disparait tandis que le marquage CFTR est conservé et amplifié au niveau de l’épididyme. Inversement, chez le patient porteur de deux mutations du gène CFTR le marquage CFTR est altéré tandis que le marquage ADGRG2 est conservé.

Au total, cette étude multicentrique a permis de confirmer l’implication du gène ADGRG2 dans environ 5% des cas d’ABCD et d’en préciser le spectre mutationnel. L’absence de protéine ADGRG2 ne semble pas impacter significativement l’expression et l’adressage de CFTR au pôle apical des cellules, et inversement. D’autres investigations seront nécessaires afin d’élucider le mécanisme par lequel les mutations ADGRG2 altèrent la réabsorption des fluides au niveau des canaux efférents et sont à l’origine d’un phénotype similaire à celui lié aux mutations CFTR.

Adrien PAGIN (LILLE), Aurore SIEGFRIED, Christelle WILLOQUAUX, Anne BERGOUGNOUX, Caroline RAYNAL, Emmanuelle GIRODON, Thierry BIENVENU, Marie-Pierre REBOUL, Patricia FERGELOT, Guy LALAU, Monique COURTADE-SAÏDI, Eric BIETH
11:45 - 12:00 #12794 - CO040 Test ADN fœtal circulant versus dépistage combiné pour la trisomie 21 foetale chez les patientes avec ou sans AMP; étude prospective interventionnelle.
CO040 Test ADN fœtal circulant versus dépistage combiné pour la trisomie 21 foetale chez les patientes avec ou sans AMP; étude prospective interventionnelle.

Background

For several years, primary screening testing for Trisomy 21 using cell-free DNA (cfDNA) has been proposed, yet only few studies have assessed this method in a prospective manner. The issue is of particular relevance in women undergoing assisted reproduction technology (ART) for whom maternal serum screening (MSS) shows lower performance than for spontaneous pregnancies (SP), in addition to conflicting results as to the performance of cfDNA.

 

Methods and findings

A prospective, multicenter, interventional study was designed to address the real-life performance and impact of cfDNA compared to MSS in the first trimester, in singleton pregnancies achieved with or without ART. Each patient was offered both MSS and cfDNA testing during the first trimester, and pregnancy outcomes were recorded. The primary analysis cohort included 789 patients with spontaneous pregnancy (SP) (n=469) or ART-based pregnancy (n=320). The false positive rate and positive predictive value were 6.6% (95% confidence interval (CI), 5 to 8.6) and 8.8% (95% CI, 2.9 to 19.3) for MSS versus 0% (95% CI, 0 to 0.47) and 100% (95%CI, 59 to100%) for cfDNA, respectively. While no difference in cfDNA performance was observed between the SP and ART groups, MSS false positive rates and positive predictive values were less favorable in the ART (11.7% (95% CI, 8.4 to 15.7) and 2.6% (95% CI, 0.07 to 13.8) versus SP (3.2% (95% CI, 1.8 to 5.3) and 21.1% (6.1 to 45.6) group.

 

Conclusions

First line cfDNA shows better performance than MSS for both SP and ART, thus decreasing the number of invasive procedures. Our findings suggest that cfDNA should be considered the primary screening option, especially in ART-based pregnancies. (Funded by AP-HP, Laboratoire Cerba, Agence de la Biomédecine, Mutuelle Interiale. ClinicalTrials.gov number, NCT02424474)

Jean-Marc COSTA (Saint Ouen l'Aumône), Alexandra LETOURNEAU, Romain FAVRE, Laurent BIDAT, Joelle BELAISCH-ALLART, Jean-Marie JOUANNIC, Edwin QUARELLO, Marie-Victoire SENAT, Bernard BROUSSIN, Vassilis TSATSARIS, Adele DEMAIN, Pascale KLEINFINGER, Laurence LOHMANN, Helene AGOSTINI, Jean BOUYER, Alexandra BENACHI
12:00 - 12:15 #12877 - CO041 Aspect phénotypiques et génotypiques d’une cohorte de 453 fœtus atteints de ciliopathies : 20 ans d’étude.
CO041 Aspect phénotypiques et génotypiques d’une cohorte de 453 fœtus atteints de ciliopathies : 20 ans d’étude.

Des mutations dans les gènes codants pour les protéines assurant la structure et le fonctionnement du cil primaire sont responsables d’un groupe de pathologies appelé « ciliopathie » dont certaines s’expriment en anténatal.

L’analyse moléculaire des gènes responsables de ciliopathies a successivement été réalisée par séquençage Sanger, puis séquençage de panels de gènes (« ciliome ») ou de l’exome chez des fœtus ou nouveau-nés décédés en période néonatale ayant un phénotype évoquant une ciliopathie. Le phénotype de 453 fœtus issus de 338 familles différentes a été recueilli grâce au compte-rendu clinique et/ou fœtopathologique.

Parmi les fœtus ayant eu une analyse moléculaire (393 cas), 298 ont un diagnostic moléculaire établi (75%). La majorité des fœtus sont atteints de syndrome de Meckel (MKS, n=307).  Les autres ciliopathies fréquentes dans cette cohorte sont le syndrome de Bardet-Biedl (n=35), les ciliopathies squelettiques (n=29) ou non classées (n=26). Les gènes les plus fréquemment mutés dans cette cohorte sont CEP290 (n=60), CCD2A2 (n=44), TMEM67 (n=40), TMEM231 (n=17) et MKS1 (n=14) responsables de syndrome de Meckel. Des corrélations phénotypes-génotypes se dégagent de cette étude. Les fœtus atteint de syndrome de Meckel mutés dans les gènes MKS1, RPGRIP1L, TMEM216 ont les phénotypes les plus graves avec une moyenne d’âge gestationnel à l’IMG plus précoce (MKS1 : 15,43SA et RPGRIP1L : 17,89SA). Les fœtus mutés CEP290 et TMEM67 ont moins d’anomalie de fermeture du tube neural (environ 65% des cas) et la polydactylie est beaucoup plus rare chez ces fœtus (présente dans respectivement 34,85% et 8,10%) par rapport aux fœtus mutés dans les autres gènes de MKS. Différentes versions du panel ciliome ont été successivement utilisées. Le rendement global est de 56%, plus élevé pour le panel diagnostique (66%) où l’analyse NGS est réalisée en première intention.

En conclusion, le séquençage du panel ciliome permet un diagnostic moléculaire dans la majorité des cas fœtaux, et est particulièrement intéressant dans les ciliopathies qui ont un chevauchement phénotypique important et une grande hétérogénéité génétique.

Constance WELLS (Montpellier), Lucile BOUTAUD, Nadia EL KHARTOURFI, Valérie CORMIER-DAIRE, Joelle ROUME, Amale ICHKOU, Michel VEKEMANS, Sophie SAUNIER, Féréchté RAZAVI, Sophie THOMAS, Tania ATTIÉ-BITACH
12:15 - 12:30 #13482 - CO042 Diagnostic prénatal chromosomique versus dépistage non invasif de la trisomie 21 : une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national.
CO042 Diagnostic prénatal chromosomique versus dépistage non invasif de la trisomie 21 : une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national.

Introduction

L’arrivée des tests ADN libre circulant de la trisomie 21 (ADNlcT21) a bouleversé la stratégie de dépistage des aneuploïdies en anténatal. Récemment, l’HAS a préconisé que ces tests soient proposés à toutes les femmes enceintes dont le niveau de risque de trisomie 21 fœtale est compris entre 1/1000 et 1/51 à l’issue du dépistage par le dosage des marqueurs sériques (dépistage combiné du 1er trimestre et plus rarement du deuxième trimestre). L’objectif principal est de limiter, outre l’anxiété maternelle, le nombre de gestes invasifs qui sont à l’origine d’un risque de perte fœtal estimé à environ 0.5-1%. Cependant, l’impact de cette stratégie n’a jamais été formellement évalué depuis sa mise en place.

Matériel et Méthodes

Il s’agit d’une étude randomisée contrôlée multicentrique incluant 64 centres au niveau national. Les patientes dont le risque estimé de trisomie 21 à l’issue du dépistage était compris entre 1/5 et 1/250 ont été sollicitées pour être randomisées en 2 bras : le groupe «dépistage non invasif de la trisomie 21 » (DPNI) a bénéficié d’un test ADNlcT21 et le groupe « diagnostic prénatal » (DPN) a bénéficié d’un prélèvement invasif (amniocentèse ou biopsie de trophoblaste). Le critère principal de jugement était le nombre de fausses couches avant 24 semaines d’aménorrhée. Ont été également évalués le taux de pertes fœtales (fausses couches et morts fœtales in utero), le nombre d’anomalies chromosomiques dans les deux groupes et la performance du test qui a été utilisé.

Résultats

2592 femmes étaient éligibles et 2111 ont été randomisées : 1034 patientes dans le groupe DPNI et 1017 dans le groupe DPN.  Le taux de fausses couches était similaire dans les deux groupes : (8(0.8%) vs 8(0.8%), p= 0.47) ainsi que le taux de perte fœtales (17(1.7%) vs 17(1.7%), p= 0.46). Toutes les trisomies 21 ont été détectées par les deux méthodes (taux : 100% [87.2; 100]. Cependant, le nombre d’anomalies chromosomiques était significativement plus élevé dans le groupe DPN que dans le groupe DPNI (49(5%) vs 28(2.8%), p=0.01).

Discussion / Conclusion

La réalisation d’un geste invasif chez les femmes appartenant au groupe à risque accrue de trisomie 21 à l’issue du dépistage combiné du 1er trimestre n’engendre pas de sur-risque de perte fœtale. Par ailleurs, des anomalies chromosomiques autres que la trisomie 21 peuvent être détectées chez les patientes qui bénéficient d’un diagnostic prénatal chromosomique.

Valérie MALAN (Paris), Laurence BUSSIÈRES, Norbert WINER, Jean-Philippe JAIS, Amandine BAPTISTE, Marc LE LORC'H, Caroline ELIE, Neil O’GORMAN, Nicolas FRIES, Véronique HOUFFLIN-DEBARGE, Loic SENTILHES, Study Group SAFE 21, Michel VEKEMANS, Yves VILLE, Laurent J SALOMON

Jeudi 25 janvier

Auditorium 450
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A33
11:00 - 12:30

Sessions Simultanées 05
Neurogénétique

Modérateurs : Dominique BONNEAU (ANGERS), Anne-Sophie LEBRE (PU-PH) (Reims)
11:00 - 11:15 #12670 - CO031 Rare Coding Variants in GAIA-1 and Familial Forms of Intracranial Aneurysm.
CO031 Rare Coding Variants in GAIA-1 and Familial Forms of Intracranial Aneurysm.

Intracranial aneurysms (IA) are acquired cerebrovascular abnormalities characterized by a localized dilation and wall thinning in intracranial arteries. The main IA complication is the rupture, resulting in subarachnoid haemorrhage and possibly leading to severe outcome. IA pathogenesis is still largely unknown, with no reliable risk marker available so far. Here we have identified one rare nonsense variant (1617A>T) in the last exon of the GAIA-1 gene, shared by the 4 tested affected members from a large pedigree with multiple IA carriers. We have showed a 50% reduction of GAIA-1 serum concentration in heterozygous 1617A>T careers compared to their non-carrier relatives, and found that this reduction results from the inability of the truncated protein (K460*-GAIA-1) produced by the transcripts carrying the 1617A>T variant to be secreted. By extending our genetic screen, we then identified other rare missense or frameshift variants in GAIA-1, carried by 5 out of 94 additional index cases with familial IA. We observed a significant enrichment (p=0.0004) in rare coding variants within this gene in our population of 95 index cases with familial IA, compared to a reference population of 63,339 NFE individuals. In total, among the 6 families, 11 out of 12 (92%) family members carrying IA also carry such variants in GAIA-1, versus only 14 out of 41 (34%) unaffected ones (p=0.0048). We also noticed a higher rate of individuals with a history of high blood pressure among affected versus healthy carriers of GAIA-1 variants, suggesting that GAIA-1 could trigger lesions in the cerebral arterial wall when challenged by risk factors such as hypertension. Altogether, our results indicate that rare coding variants in GAIA-1 are causally related to familial forms of IA.

Romain BOURCIER (nantes), Solena LE SCOUARNEC, Matilde KARAKACHOFF, Jean-Jacques SCHOTT, Romain SIMONET, Pierre LINDENBAUM, Bertrand ISIDOR, Christian DINA, Stéphanie CHATEL, Stéphanie BONNAUD, Hervé LE MAREC, Hubert DESAL, Gervaise LOIRAND, Richard REDON
11:15 - 11:30 #12790 - CO032 Les données secondaires issues du séquençage à haut débit : enjeux éthiques et psychologiques.
CO032 Les données secondaires issues du séquençage à haut débit : enjeux éthiques et psychologiques.

Dans le cadre des enjeux éthiques et psychologiques liées aux données secondaires (DS) issues du séquençage à haut débit (SHD), nous présentons les résultats de deux études distinctes. La première nommée SEQUAPRE avait comme objectif d’étudier les préférences et représentations des parents d’enfants atteints d’anomalies du développement vis-à-vis du SHD. Après un temps d’information dédié à la notion de résultats incertains et fortuits, 513 questionnaires basés sur des scénarios hypothétiques dans le cadre de la méthode des choix discrets (DCE) ont été recueillis. Ils ont montré que les parents valorisent globalement positivement la communication des résultats incertains et secondaires, ce qui est concordant avec les résultats de la littérature médicale sur le sujet.

La seconde étude, nommée PADAP, a convié des parents et des patients à une réflexion ouverte sur l’opportunité technologique d’accéder à des DS actionnables identifiées par SHD. Après une matinée d’information médicale sur le SHD et la liste des gènes actionnables proposée par l’ACMG, les participants ont été répartis dans 5 focus groupes animés par des psychologues cliniciens. L’objectif était de recueillir leurs avis concernant l’accès aux DS par analyse qualitative des verbatim. Le groupe 1 de parents d’enfants sans diagnostic a révélé une forte quête d’informations médicales exhaustives incluant la révélation de DS. Les 4 autres groupes de sujets concernés par l’annonce d’une prédisposition ont été constitués par type de pathologies : groupe 2 en oncogénétique,  groupe 3 en cardiogénétique, groupe 4 pour des maladies métaboliques et groupe 5 pour des sujets porteurs hétérozygotes d’une pathologie rare autosomique récessive. Les préférences ont été beaucoup plus ambivalentes que dans le groupe 1. Les arguments contre la recherche des DS concernaient le caractère anxiogène des surveillances médicales régulières et du statut de porteur asymptomatique, ainsi qu’un vécu traumatique de diagnostic en oncogénétique et cardiogénétique notamment. La notion d’utilité médicale a fait débat au regard de l’impact psychologique de tels diagnostics, de même que l’annonce de DS aux mineurs. Néanmoins, ont fait consensus : le fait de laisser le choix aux patients ; l’importance de ne pas retreindre l’information aux seuls aspects médicaux ; la pertinence d’un délai de réflexion; la nécessité d’un accompagnement psychologique ; et la prise en compte du moment auquel survient l’annonce au cours de la vie. Il est aussi apparu important de préciser la notion de gène actionnable dont l’impact psychique diffère suivant qu’il s’agit de l’annonce d’un risque, d’une prédisposition, de l’accès à de la prévention ou à des traitements.

En conclusion, les attentes et les représentations des personnes diffèrent selon qu’on se trouve en amont d’une annonce diagnostique ou dans l’après-coup, mettant en avant le caractère singulier de chaque situation tant du point de vue médical que du vécu psycho affectif.

Françoise HOUDAYER (Bron), Olivier PUTOIS, Stéphanie STARACI, Marylise BABONNEAU, Hélène CHAUMET, Elodie CRETIN, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Claire Cécile MICHON, Anne Sophie LAPOINTE, Aurore PELLISIER, Christine PEYRON, Aline CHASSAGNE, Elodie GAUTIER, Julian DELANNE, Damien SANLAVILLE, Christel THAUVIN, Patrick EDERY, Laurence FAIVRE
11:30 - 11:45 #12717 - CO033 Un nouveau modèle murin humanisé pour la duplication de 24pb d’ARX récapitule les caractéristiques cliniques et les altérations motrices fines retrouvées chez les patients.
CO033 Un nouveau modèle murin humanisé pour la duplication de 24pb d’ARX récapitule les caractéristiques cliniques et les altérations motrices fines retrouvées chez les patients.

The Aristaless-related homeobox (ARX) transcription factor is involved in the development of GABAergic and cholinergic neurons in the forebrain. ARX mutations have been associated with a wide spectrum of neurodevelopmental disorders in humans, among which the most frequent, a 24bp duplication in the protein polyalanine tract 2 (c.428_451dup24), gives rise to intellectual disability, fine motor defects with or without epilepsy.

To understand the functional consequences of this mutation, we generated a partially humanized mouse model carrying the c.428_451dup24 duplication (Arxdup24/0) that we characterized at the behavior, neurological and molecular level. Arxdup24/0 males presented with hyperactivity, enhanced stereotypies and altered contextual fear memory. In addition Arxdup24/0 males had fine motor defects with alteration of reaching and grasping abilities, reminiscent of the very specific upper limb distal motor apraxia associated with a pathognomonic hand-grip observed in ARXdup24 patients. Transcriptome analysis of Arxdup24/0 forebrains at E15.5 showed a down-regulation of genes specifically expressed in interneurons associated with an up-regulation of genes normally silenced in interneurons, suggesting abnormal interneuron development. Accordingly, interneuron migration was altered in the cortex and striatum between E15.5 and P0 with consequences in adults, illustrated by the defect in the inhibitory/excitatory balance in Arxdup24/0 basolateral amygdala. Altogether, we showed that the c.428_451dup24 mutation disrupts Arx function with a direct consequence on interneuron development, leading to hyperactivity and defects in precise motor movement control and associative memory. Interestingly, we highlighted striking similarities between the mouse phenotype and a cohort of 33 male patients with ARX c.428_451dup24, suggesting that this new mutant mouse line is a good model for understanding the pathophysiology of this mutation and evaluation of treatment.

Aline DUBOS, Hamid MEZIANE, Giovanni IACONO, Aurore CURIE, Fabrice RIET, Christelle MARTIN, Nadège LOAËC, Marie-Christine BIRLING, Mohammed SELLOUM, Elisabeth NORMAND, Guillaume PAVLOVIC, Tania SORG, Henk G. STUNNENBERG, Jamel CHELLY, Yann HUMEAU, Yann HÉRAULT, Gaëlle FRIOCOURT (BREST)
11:45 - 12:00 #13282 - CO034 Analyse d’Exome de 20 familles consanguines d’ataxie congénitale : nouveaux gènes et extension phénotypique pour des gènes d’encéphalopathies épileptiques précoces.
CO034 Analyse d’Exome de 20 familles consanguines d’ataxie congénitale : nouveaux gènes et extension phénotypique pour des gènes d’encéphalopathies épileptiques précoces.

Introduction : Les ataxies congénitales (AC) sont définies cliniquement par des symptômes cérébelleux précoces dès les premiers mois de vie. Il s’agit habituellement d’une pathologie non progressive mais il est parfois difficile de distinguer ces AC des ataxies très lentement progressives à début très précoce (APDP). Cette entité clinique, comportant fréquemment une déficience intellectuelle et parfois d’autres signes neurologiques, épilepsie, syndrome pyramidal, neuropathie, correspond à un groupe hétérogène également sur le plan physiopathologique et génétique. En dehors du syndrome de Joubert, qui est une forme particulière d’AC, plus de 30 gènes impliquant des voies physiopathologiques variées ont été identifiés et mais de nombreux patients restent sans diagnostic génétique.

Objectif, patients et méthodes : Afin d’identifier de nouveaux gènes candidats, nous avons réalisé une analyse d’exome en solo chez 20 patients atteints d’AC issus d’union consanguine, ayant bénéficié d’une IRM, d’une SNP array et d’explorations initiales ne conduisant pas à un diagnostic syndromique, sélectionnés parmi 200 patients de notre cohorte. Les variants ont été filtrés en fonction de leur fréquence dans les bases de données, leur pathogénicité et la nature du gène candidat, en privilégiant d’une part les variants homozygotes, et d’autre part, les  variants situés dans l’un des gènes de notre liste de gènes connus (dominants et récessifs) impliqués dans les AC et les APDP. La cohorte de réplication a été utilisée pour rechercher une récurrence de variants pathogènes dans les  gènes nécessitant validation (nouveau phénotype, nouveau gène).

Résultats : Nous avons identifié des variants causals ou très probablement causals chez 15/20 des patients (75%) : chez 5 patients, il s’agit de variants pathogènes dans 4 gènes connus d’AC (3) et d’APDP (1); chez 8 patients, de variants pathogènes dans 5 gènes impliqués dans d’autres phénotypes neurologiques, dont 3 gènes responsables d’un tableau d’encéphalopathie épileptique précoce (STXBP1, CACNA2D2, BRAT1); chez 2 patients, de variants dans 2 nouveaux gènes candidats. Chez 3/15 patients, malgré la consanguinité, une mutation dominante de novo a été identifiée (gènes ITPR1, STXBP1). La cohorte de réplication a permis d’observer une récurrence pour 4 des 5 gènes nécessitant validation.

Conclusion : cette étude a permis l’identification du gène responsable de l’AC chez 75% de nos patients. Elle confirme la part non négligeable des mutations de novo dans les AC comme dans d’autres pathologies neurodéveloppementales, même en cas de consanguinité. Enfin, elle illustre l’importante hétérogénéité génétique des AC et permet d’établir un lien physiopathologique certain entre celles-ci et certaines formes d’encéphalopathies épileptiques.

Stéphanie VALENCE (paris), Catherine GAREL, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Alexandra AFENJAR, Damien HAYE, Diana RODRIGUEZ, Lydie BURGLEN
12:00 - 12:15 #12781 - CO035 Estimation de la contribution des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 au risque de la maladie d’Alzheimer : analyse des exomes et génomes de 1779 cas et 1273 contrôles.
CO035 Estimation de la contribution des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 au risque de la maladie d’Alzheimer : analyse des exomes et génomes de 1779 cas et 1273 contrôles.

La maladie d’Alzheimer (MA) est une maladie complexe avec une composante génétique importante. Des variants rares de TREM2, SORL1 et ABCA7 ont été récemment associés au risque de MA. Néanmoins, les analyses étaient restreintes en termes de variants, de catégories d’âge de début, ou de tailles d’échantillons.

Afin d’évaluer l’effet des variants rares de ces gènes sur le risque de MA, nous avons généré et analysé les données d’exomes (n=2106) et de génomes (n=955) d’ADES-FR, une étude collaborative comprenant les effectifs parmi les plus importants de cas (1779) – contrôles (1273) dans la MA. Les cas sont répartis selon l’âge de début précoce ( < 66 ans, n=852) et tardif (n=907). Nous avons réalisé une détection multi-échantillons des variants et des contrôles qualité extensifs, suivis d’une analyse d’association au niveau du gène par tests de charge (burden test) et de variance (SKAT), focalisée sur les gènes TREM2, SORL1 et ABCA7, et 3 gènes dont une association avec la MA a récemment été décrite mais reste controversée : PLD3, AKAP9 et UNC5C.

L’aggrégation des variants rares (MAF < 1%) disruptifs (non-sens, sites canoniques d’épissage, ou décalant le cadre de lecture) et faux sens prédits délétères par les 3 outils utilisés (strictement délétères, SD), a permis d’identifier une association significative à l’échelle de l’exome (p < 2,5e-6) entre le risque de MA précoce et TREM2 (OR (odds ratio)=6.3, 95% IC=[2.9-13.9], p=2.3e-7), SORL1 (OR=3.4 [2.1-5.6], p=1.6e-7) et ABCA7 (OR=2.5 [1.7-3.8], p=9.3e-7). L’association avec TREM2 était robuste à l’exclusion du variant p.R47H, rapporté comme associé avec le risque de MA. Aucun signal ne passait le seuil de significativité requis concernant les patients avec une MA à début tardif et une significativité de l’ordre de 10-6 était observée pour l’ensemble des patients pour les variants disruptifs et SD (DSD) de TREM2 (OR=4.8 [2.3-10.1], p=6.2e-6). Aucune association n’a été identifiée avec les variants rares de PLD3, UNC5C et AKAP9.

Avec une MAF cumulée de 0.63% parmi les contrôles et un OR de 6.3, les variants rares DSD de TREM2 expliquaient 1.17% de l’héritabilité de la MA précoce, ceux de SORL1 en expliquaient 1.42% (OR=3.4, MAF cumulée de 1.89%), et pour ABCA7, 1.33% (OR=2.5, MAF cumulée de 3.22%). En comparaison, 9.12% de l’héritabilité de la MA précoce était attribuable au facteur de risque commun à effet fort APOE4.

Notre étude confirme et élargit les résultats d’association au niveau du gène concernant TREM2, SORL1 et ABCA7, et précise les catégories de variants et de patients. Avec des échelles d’effets différentes (TREM2 > SORL1 > ABCA7) et des MAF cumulées inversement corrélées, les variants rares DSD des 3 gènes contribuent de manière similaire à l’héritabilité de la MA précoce. Ces résultats constituent une première étape vers un calcul de risque personnalisé permettant potentiellement une médecine génomique préventive dans la MA précoce, en plus des très rares formes autosomiques dominantes.

Gaël NICOLAS (ROUEN CEDEX), Céline BELLENGUEZ, Camille CHARBONNIER, Benjamin GRENIER-BOLEY, Olivier QUENEZ, Kilan LE GUENNEC, Ganesh CHAUHAN, David WALLON, Stéphane ROUSSEAU, Anne-Claire RICHARD, Anne BOLAND, Guillaume BOURQUE, Hans Markus MUNTER, Robert OLASO, Vincent MEYER, Adeline ROLLIN-SILLAIRE, Florence PASQUIER, Luc LETENNEUR, Richard REDON, Jean-François DARTIGUES, Christophe TZOURIO, Thierry FREBOURG, Mark LATHROP, Jean-François DELEUZE, Didier HANNEQUIN, Emmanuelle GÉNIN, Philippe AMOUYEL, Stéphanie DEBETTE, Jean-Charles LAMBERT, Dominique CAMPION
12:15 - 12:30 #13266 - CO036 L’implication du gène KIF1A/SPG30 dans le diagnostic moléculaire des paraplégies spastiques héréditaires : un gène majeur.
CO036 L’implication du gène KIF1A/SPG30 dans le diagnostic moléculaire des paraplégies spastiques héréditaires : un gène majeur.

Les paraplégies spastiques héréditaires sont des maladies neurologiques rares, phénotypiquement et génétiquement très hétérogène, avec une prévalence estimée à 5/100 000 hab. en Europe. Ces pathologies se caractérisent principalement par la présence d’un syndrome pyramidal progressif et d’une spasticité des membres inférieurs dans les formes « pures », les formes « complexes » étant associées de façon variable à un ou plusieurs signes neurologiques ou extraneurologiques.. En plus d’une grande hétérogénéité clinique, ces pathologies sont également caractérisées par une diversité des modes de transmission (autosomique dominant ou récessif, lié à l’X, mitochondrial) et des gènes impliqués. A ce jour, des mutations ont été décrites dans plus d’une soixantaine de gènes. Nous avons récemment développé une stratégie de séquençage ciblé moyen débit permettant l’étude simultanée de 65 gènes. Depuis son utilisation en routine, plus de 800 patients ont pu être explorés dans le cadre d’un diagnostic moléculaire de paraplégie spastique. Pour 28% des patients explorés, il a été possible d’identifier le gène responsable de la pathologie, et pour 10% des cas, des études de ségrégation de variant(s) dans la famille sont encore nécessaires pour statuer définitivement. Si comme attendu le panel a permis d’identifier des mutations dans des gènes fréquemment mutés dans les paraplégies spastiques (ATL1/SPG3A, SPAST/SPG4, SPG7 et SPG11) il a également permis d’observer de nombreux cas de patients portant une mutation du gène KIF1A/SPG30. Le gène KIF1A avait initialement été décrit comme responsable de paraplégie spastique de forme complexe et de transmission autosomique récessive, mais plusieurs publications ont depuis montré son implication chez des patients présentant des paraplégies spastiques de transmission autosomique dominante avec des formes pures ou complexes. Notre grande série de patients présentant une mutation du gène KIF1A (plus de 30 patients) démontre[A1]  que ce gène est le 2nd gène le plus fréquemment impliqué dans cette pathologie (après le gène SPAST/SPG4) et qu’il est très majoritairement associé à des formes dominantes ou de novo. Les mutations observées sont quasi exclusivement du type faux-sens et localisées dans le domaine moteur de la protéine qui appartient à la famille des kinésines. Une situation similaire est retrouvée pour le gène KIF5A qui code également pour une protéine de cette famille. .Ces observations tendent à soutenir l’hypothèse déjà développée que les mutations de ces 2 gènes seraient des mutations de type dominant négatif.

Guillaume BANNEAU (PARIS), Laurène TISSIER, Bophara KOL, Estelle FEDIRKO , Isabelle DAVID , Laure RAYMOND, Giovanni STEVANIN , Alexandra DURR , Caroline NAVA , Fabienne CLOT , Cécile CAZENEUVE, Eric LEGUERN

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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D33
11:00 - 12:30

Sessions Simultanées 08
Epidémiogénétique

Modérateurs : Emmanuelle GENIN (BREST), Pierre-Antoine GOURRAUD (PU-PH) (Nantes)
11:00 - 11:15 #12763 - CO049 Nouvelles recommandations pour la prédiction des variants d’épissage à partir d’études combinées in silico/in vitro de 395 variants : un effort collaboratif international.
CO049 Nouvelles recommandations pour la prédiction des variants d’épissage à partir d’études combinées in silico/in vitro de 395 variants : un effort collaboratif international.

L’interprétation des variants nucléotidiques est désormais l’enjeu majeur en Génétique. Les variants d’épissage en sont le paradigme. En effet chaque variant nucléotidique peut être pathogène par la création/rupture de séquences consensus d’épissage. Etant donné qu’il est impossible de réaliser une étude de transcrits pour chaque variant, les prédictions in silico de l’impact potentiel des variants sur l’épissage sont d’un intérêt majeur. Grâce à un effort collaboratif international du groupe français UNICANCER Genetic Group (UGG), de l’UMR1078 et du consortium ENIGMA (https://enigmaconsortium.org/) , les données in silico et in vitro de l’impact sur l’épissage de 395 variants BRCA1, BRCA2, CFTR et RHD situés dans les régions consensus 5’ et 3’ (respectivement définies par les 11 et 14 bases entourant la jonction intron/exon) ont été collectées afin de créer un nouvel outil de prédiction des anomalies d’épissage surpassant les précédentes recommandations de l'UGG [Hum Mutat 33:1228-38, 2012].

Parmi les 305 variants BRCA1 et BRCA2, 142 (dont 39 non publiés), ont été utilisés pour entraîner ce nouvel outil prédictif nommé SPiCE (Splicing Prediction in Consensus Element). Brièvement, SPiCE est un outil basé sur la régression logistique qui utilise les prédictions in silico des algorithmes MaxEntScan, SpliceSiteFinder-like et calcule, pour un variant donné, la probabilité d’altération de l’épissage et les seuils décisionnels optimaux.

Après cette étape d’entraînement, SPiCE a été évalué sur un ensemble de 163 variants supplémentaires de BRCA1 et BRCA2 précédemment publiés et sur 90 variants non publiés, principalement dans CFTR et RHD. Nous avons observé une sensibilité de 99,5 % (207/208) et une spécificité de 95,6 % (43/45). En d’autres termes, l’impact sur l’épissage a été correctement prédit pour 250/253 variants (98,8 %).

Nous proposons donc SPiCE comme un nouveau standard de prédiction des anomalies de l’épissage dans les séquences consensus. De nouveaux développements sont en cours afin de l’utiliser hors de ces séquences consensus. SPiCE peut être facilement implémenté dans un laboratoire de diagnostic ou de recherche comme outil décisionnel de routine afin d’aider biologistes et généticiens face au déluge de nouveaux variants à l’ère du séquençage à haut débit.

Sophie KRIEGER, Raphaël LEMAN (CAEN CEDEX 5), Pascaline GAILDRAT, Gérald LE GAC, Chadran KA, Yann FICHOU, Marie-Pierre AUDREZET, Virgiginie CAUX-MONCOUTIER, Sandrine CAPUTO, Nadia BOUTRY-KRYZA, Sylvie MAZOYER, Mélanie LEONE, Françoise BONNET-DORION, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Nicolas SEVENET, Barbara WAPPENSHMIDT, Thomas VAN OVEREEM HANSEN, Danielle MULLER , Violaine BOURDON, Françoise REVILLON, Michael T. PARSONS, Emma TUDINI, Antoine ROUSSELIN, Grégoire DAVY, Gaia CASTELAIN, Laurent CASTERA, Joanna SOKOLOWSKA, Florence COULET, Capucine DELNATTE, Claude FEREC, Amanda SPURDLE, Alexandra MARTINS, Claude HOUDAYER
11:15 - 11:30 #12785 - CO050 La structure génétique de la Bretagne : frontières physiques et culturelles.
CO050 La structure génétique de la Bretagne : frontières physiques et culturelles.

Contexte

La structure génétique des populations humaines varie à l’échelle mondiale, en fonction de migrations historiques, de mélanges de populations, de la sélection naturelle et du phénomène de dérive génétique. La caractérisation de cette structure et des variations génétiques qui la sous-tendent permet à la fois de reconstruire l’histoire démographique d’une population et de développer des tests d’association adéquats, et ce particulièrement pour les variations génétiques rares.

La Bretagne ayant constitué une unité administrative distincte sur une grande période, sa population présente encore aujourd’hui une architecture génétique particulière, caractérisée par une proximité génétique avec la population Irlandaise (Karakachoff et al. Eur J Hum Genet, 2015). Dans la présente étude, nous explorons à une échelle très fine la structure génétique des populations sédentaires de Bretagne et des régions voisines d’Anjou, Maine et Poitou.

 

Méthodes et résultats

Nous avons interrogé environ 800 000 marqueurs de type SNP/indel sur puces Affymetrix  Axiom PMRA chez 1005 individus du Nord-Ouest de la France, dont les 4 grands-parents sont nés à proximité immédiate en Bretagne ou Pays de la Loire. Une analyse en composantes principales met en évidence une très forte corrélation entre le lieu de naissance et la valeur des composantes issues des marqueurs génétiques (p-value < 2e-16). La visualisation des valeurs de la 1ere composante (0.16% de la variance) sur une carte permet de différencier un sous-groupe d’individus nés au Sud de la Loire, et deux sous-groupes d’individus nés au nord de la Loire et répartis de part et d’autre d’une frontière assimilable à celle de la Bretagne historique. L’existence de telles barrières génétiques est confirmée formellement par un test partiel de Mantel. Les indices estimés Fst entre les trois groupes indique un effet plus important de la barrière de la Loire (Fst 6.10-4) par rapport à la barrière historique (Fst 3.10-4).

 

Conclusion

Nous avons mis en évidence une corrélation entre génétique et géographie à l’échelle régionale en Bretagne et Pays de la Loire. Cette structure présente en premier lieu une composante d’isolement par la distance. Simultanément, nous avons mis en évidence des barrières génétiques correspondant à une barrière géographique importante - la Loire - et à des barrières historiques/culturelles déterminées par les frontières du Duché de Bretagne. Ces résultats renforcent l’importance d’utiliser des groupes de témoins bien appariés lors d’analyses d’association  génétique, et de constituer un panel de génomes de référence d’ascendance française.

Christian DINA, Joanna GIEMZA (Nantes), Matilde KARAKACHOFF, Eric CHARPENTIER, Karen ROUAULT, Aude SAINT-PIERRE, Floriane SIMONET, Simon LECOINTE, Pierre LINDENBAUM, Claude FÉREC, Hervé LE MAREC, Stéphanie CHATEL, Jean-Jacques SCHOTT, Emmanuelle GÉNIN, Richard REDON
11:30 - 11:45 #12880 - CO051 L'architecture fonctionelle des variants à faible fréquence dans les traits et maladies complexes.
CO051 L'architecture fonctionelle des variants à faible fréquence dans les traits et maladies complexes.

Large-scale genome-wide association studies (GWAS) have highlighted that heritability explained by common variants is concentrated into non-coding functional annotations that are often cell-type or tissue-specific. However, little is known about non-coding variant effects in low-frequency architectures, or connecting functional enrichments to gene-set discovery strategies. To investigate these issues, we partitioned the heritability of both common and low-frequency (0.5% ≤ MAF < 5%) variants across a broad set of functional annotations in 27 independent diseases and complex traits from UK Biobank (average N=355K; BOLT-LMM, Loh et al. 2017 biorxiv). We accomplished this by extending stratified LD score regression (Finucane et al. 2015 Nat Genet, Gazal et al. 2017 Nat Genet) to low-frequency imputed variants, incorporating estimates of imputation accuracy and a UK10K reference panel (UK10K Consortium 2015 Nature).

We determined that non-synonymous variants explain 18% of low-frequency variant heritability (hlf2), compared to 2% of common variant heritability (hc2) (P = 7.8 x 10-45 for difference), with analogous differences for coding and UTRs variants (27% of hlf2 vs. 9% of hc2; P = 4.4 x 10-17) and regions conserved in primates (46% of hlf2 vs. 21% of hc2; P = 8.5 x 10-18). At the trait level, we also observed that Roadmap tissue-specific annotations (Kundaje et al. 2015 Nature) extremely enriched in hc2 tend to be similarly enriched in hlf2. These results highlight that low-frequency variant architectures are dominated by both non-synonymous and non-coding tissue-specific variants. Next, we performed forward simulations using SLiM2 (Haller and Messer 2017 MBE) to link these results to the action of negative selection, and to predict the distribution of rare (MAF < 0.5%) variant effect sizes.  We showed that the hc2 enrichment of an annotation primarily depends on its proportion of sites under selection, whereas its hlf2 enrichment depends of the strength of selection.

Finally, we defined a strategy to create disease-informative gene set annotations, which restricts genes to their coding and regulatory elements (connected through Hi-C data) and uses conserved elements and transcription factor binding sites to make these elements more precise. We illustrate the benefits of this strategy on ExAC genes depleted for loss-of-function variants (Lek et al. 2016 Nature), for which gene bodies cover 12% of the genome and explain 24% of hlf2, whereas our corresponding disease-informative gene set annotation (which includes nearby regulatory regions) covers only 1.4% of the genome but explains 27% of hlf2.

In conclusion, our work provides a deeper understanding of the functional architecture of human complex traits, and guidelines to integrate non-coding variants in whole genome sequencing studies.

Steven GAZAL (Boston, Etats-Unis), Po-Ru LOH, Armin SCHOECH, Bryce VAN DE GEIJN, Shamil SUNYAEV, Alexander GUSEV, Ben NEALE, Hilary FINUCANE, Alkes PRICE
11:45 - 12:00 #12969 - CO052 Étude de la stratification de la population française à une échelle fine.
CO052 Étude de la stratification de la population française à une échelle fine.

Dans le cadre des études d'association pangénomiques (Genome Wide Association Study, GWAS), les résultats des tests statistiques d'association peuvent être biaisés si la population étudiée n’est pas homogène. On parle du problème de stratification de population. La structure génétique de nombreux pays Européens a été largement étudiée, mais peu d’études se sont intéressées à la population française. En effet, en dehors du travail de Karakachoff et al (2015) qui s'est concentré sur la partie occidentale de la France, aucune étude n'a donné un regard complet sur le paysage génétique français. Nous décrivons ici la structure génétique de la population française à une échelle fine en utilisant des données génétiques d’individus nés en France et provenant de deux cohortes différentes : la cohorte de l’Etude des 3 Cités (3C) et la cohorte SU.VI.MAX. Dans l’étude 3C, 9294 personnes âgées de plus de 65 ans ont été recrutées dans les villes de Bordeaux, Dijon et Montpellier. Un sous-groupe de 4433 individus ont été génotypés sur une puce de SNPs et ont été utilisés comme témoins dans plusieurs études GWAS. La cohorte SU.VI.MAX. a été lancée en 1994 dans le but de recueillir des informations sur la consommation alimentaire et l'état de santé des français. Parmi les volontaires SUVIMAX, nous avons utilisé les données génétiques de 2834 individus. Nous disposons de plus sur les deux cohortes des lieux de naissance des individus (communes pour 3C et départements pour SUVIMAX).

L’approche classique permettant de détecter de la stratification de population est l'analyse en composantes principales. Une autre approche consiste à utiliser une information plus précise provenant des données haplotypiques. Les méthodes implémentées dans la suite CHROMOPAINTER (Hellenthal et al, 2014) et fineSTRUCTURE (Lawson et al, 2012) nous ont permis de classifier les individus en groupes homogènes. Bien que l’information géographique ne soit pas utilisée, ces méthodes appliquées sur les deux cohortes, ont révélé une forte corrélation entre l’origine géographique des individus et les axes de variation. Pour chacun des groupes identifiés, nous avons utilisé CHROMOPAINTER pour estimer un «profil d'ascendance». Ce profil permet d’estimer les contributions d’une population de référence au groupe étudié. Nous avons utilisé le panel des données européennes de 1000G. Nos résultats montrent un gradient nord-sud dans les profils d'ascendance. La contribution de l'Espagne est la plus forte pour les individus originaires du sud de la France alors que la contribution de la Grande-Bretagne est la plus forte pour les individus du nord de la France.

En conclusion, nous montrons qu'il existe un pattern de stratification génétique à l’échelle de la France fortement corrélé avec la géographie, et cela sur deux cohortes indépendantes. La connaissance de ces patterns de stratification permettra de concevoir des études d'association robustes face aux biais potentiels résultant de la stratification.

Aude SAINT PIERRE (BREST CEDEX 3), Joanna GIEMZA, Matilde KARAKACHOFF, Céline BELLENGUEZ, Luc LETENNEUR, Claudine BERR, Carole DUFOUIL, Philippe AMOUYEL, Serge HERCBERG, Pilar GALAN, Richard REDON, Emmanuelle GÉNIN, Christian DINA
12:00 - 12:15 #12992 - CO053 Analyses trans-populations avec des données génétiques densément imputées : découverte de nouveaux locus pour des traits glycémiques.
CO053 Analyses trans-populations avec des données génétiques densément imputées : découverte de nouveaux locus pour des traits glycémiques.

Les études d'association pan-génomiques ont identifié plus de 120 locus associés aux mesures glycémiques, principalement sur des populations européennes. Nous présentons ici la première analyse trans-populations à grande échelle de quatre mesures glycémiques : glycémie à jeun (GJ), insuline à jeun (IJ), hémoglobine glyquée (HbA1c) et glycémie à 2 heures (G2h). Notre but était d’identifier de nouveaux locus associés aux mesures glycémiques, de comparer les signaux entre populations et d’utiliser les différences de déséquilibre de liaison entre populations entre pour affiner les régions génétiques autour des signaux d’association. 

Cet effort a combiné des données génétiques, imputées avec le projet 1000 Genomes, de 281 416 personnes non-diabétiques de cinq populations (71% d'Europe, 13% d'Asie de l'Est, 7% d'Amérique du sud, 6% d'Afro-Américains et 3% d'Asie du Sud). Les analyses d'association par cohorte étaient basées sur un modèle additif ajusté sur l'indice de masse corporelle (IMC) pour GJ, IJ et G2h. Des méta-analyses à effets fixes ont été réalisées par population, puis combinées dans des méta-analyses trans-populations avec MANTRA, autorisant une hétérogénéité entre populations. Les signaux HbA1c ont été classés comme érythrocytaires ou glycémiques. Enfin, GARFIELD et DEPICT ont été utilisés pour effectuer des analyses d'enrichissement fonctionnel, tissulaire et de voies métaboliques.

Nous avons identifié 102 signaux trans-populations associés à GJ (dont 51 nouveaux). Les nouveaux signaux GJ les plus significatifs et non décrits pour le diabète se trouvent dans les gènes NFX1 et ZBTB38. Pour IJ, HbA1c et G2h, nous avons identifié respectivement 62, 130 et 21 signaux trans-populations (43, 61 et 10 nouveaux). Les nouveaux signaux les plus significatifs pour IJ, HbA1c et G2h, et non décrits pour le diabète se situent dans les gènes BCL2, LRRC16A et CLEC14A. BCL2 a été associé au rapport taille-hanche et à l’IMC, LRRC16A a été associé dans le nombre et le volume des plaquettes. Cette approche trans-populationnelle a permis de découvrir de nouveaux variants génétiques moins fréquents, ou à effet plus modeste, ainsi que des signaux spécifiques de population. Les signaux HbA1c ont été principalement classés comme érythrocytaires (~ 70%), ce qui est cohérent avec les résultats des analyses d'enrichissement ayant identifié les systèmes immunitaire et sanguin, ainsi que les voies métaboliques de l'anémie. Les analyses d'enrichissement ont identifié le foie pour tous les traits glycémiques ; le pancréas pour HbA1c et GJ; les tissus adipeux et gras, les glandes surrénales et le cortex pour l’IJ.

Cet effort international à grande échelle a permis d’identifier plus d'une centaine de nouveaux locus associés aux traits glycémiques, posant ainsi de nouvelles hypothèses sur la biologie et l'architecture génétique des traits liés au glucose et à l'insuline.

Gaelle MARENNE (BREST), CONSORTIUM MAGIC
12:15 - 12:30 #13273 - CO054 Etude d’association épigénome-entier (EWAS) avec l’infection VIH.
CO054 Etude d’association épigénome-entier (EWAS) avec l’infection VIH.

Background. For nearly 25 years, extensive genetic and genomic association studies have revealed essential host factors for HIV control and disease progression, which notably led to the development of a new class of antiretroviral inhibitors (CCR5 antagonists). Overall, the identified associations account for ~20% of the phenotypic variance suggesting that other factors are yet to be discovered. Epigenetic mechanisms are critical to control HIV integration into host genome and latency, but epigenetic modifications of host genome after HIV infection have not been fully characterized. Here, we explore whether HIV-1 infection modifies the host epigenome DNA methylation patterns to identify host factors associated to HIV-infection.

Methods. We recruited 19 untreated HIV-infected individuals from the DC Gay cohort with longitudinal follow-up and PBMC samples available from pre-infection, early post-infection (<12 months), post-infection during clinical latency and post-infection at or near the inflection point. Following DNA and RNA extraction from these 80 PBMC samples, DNA was bisulfite-converted and genotyped with the Illumina Infinium HumanMethylation450 arrays, covering over 485,000 methylation sites across the genome. After normalizing the data, we compared the DNA methylation profiles of pre-infection (n=23) vs. post-infection (n=57) samples adjusting for batch effect, age, cell composition, and population stratification.

Results. Our analysis revealed that host genome DNA methylation profile is impacted by HIV-1 infection and highlighted several significantly differentially methylated sites (P<10-7). These differentially methylated sites are located within genes previously known to exhibit an immune-related function or to interact with HIV-1 proteins (PARP9, MX1, HLA and CCR genes in the top 5 hits).

Conclusions. We established a unique collection of samples representing pre-infection and post-infection timepoints, which allows for detection of DNA methylation changes within an individual and between individuals following HIV infection and during the HIV-1 infection course. This epigenome-wide association study conducted in HIV-infected subjects has identified targets of epigenetic modifications by HIV. Our report indicates that the exploration of host epigenetic mechanisms opens a new promising avenue for discovery of critical host factors interacting with the virus that might be leveraged for translation to drug or vaccine development.

Kevin HOANG, George NELSON, Nicolas VINCE, Pierre-Antoine GOURRAUD, Cheryl WINKLER, Sophie LIMOU (Nantes Cedex)

Jeudi 25 janvier

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C33
11:00 - 12:30

Sessions Simultanées 07
Génétique tumorale et oncogénétique

Modérateurs : Caroline ABADIE (Oncogénétique) (Saint-Herblain), Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (Paris)
11:00 - 11:15 #12669 - CO043 Détection de l’instabilité microsatellitaire tumorale par NGS.
CO043 Détection de l’instabilité microsatellitaire tumorale par NGS.

L’instabilité microsatellitaire tumorale évoque une déficience du système MMR (MisMatch Repair) et représente un élément d’orientation à la recherche d’une prédisposition génétique au syndrome de Lynch. Elle peut également constituer un facteur prédictif de réponse à la chimiothérapie et un facteur pronostique. Le statut MSI (MicroSatellite Instability) est classiquement déterminé par biologie moléculaire et associé à l’immunohistochimie dans la mise en évidence des défauts de réparation de l’ADN par la voie MMR. Les techniques de séquençage à haut débit étant désormais largement utilisées au sein des laboratoires de biologie moléculaire, nous avons validé la détection de l’instabilité microsatellitaire par NGS (Next-Generation Sequencing).

 

Nous avons analysé une série de plus de 1000 échantillons d’ADN extraits de tissus tumoraux colorectaux ou ovariens fixés et inclus en paraffine, dans un contexte théranostique. Après séquençage d’un panel de gènes par capture, l’instabilité a été étudiée par l’outil MSIsensor, évaluant le nombre de répétitions nucléotidiques. Ce dernier permet d’utiliser comme référence un ensemble d’échantillons tumoraux stables, afin de s’affranchir du tissu non tumoral, souvent indisponible. Pour valider cette approche, nous avons comparé certains résultats à ceux de l’analyse par PCR multiplexe de microsatellites et à ceux de l’étude immunohistochimique des protéines MLH1, MSH2, MSH6, PMS2.

 

L’analyse de notre panel détecte jusqu’à 36 loci microsatellitaires. Nous observons une excellente sensibilité et spécificité puisqu’elles sont supérieures à 95%. Cet outil s’avère donc très performant pour les tumeurs colorectales et ovariennes.

 

Nous avons donc validé ce test pour le diagnostic moléculaire qui, réalisé à partir de données NGS d’un panel de gènes, a l’avantage de permettre le pré-criblage des tumeurs instables simultanément à la recherche de mutation d’une tumeur. Or, le statut MSI représente un biomarqueur potentiel permettant de distinguer les patients susceptibles de répondre aux inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (anti-PD1/PDL1…). Devant l’essor de l’immunothérapie avec l’élargissement des indications du test MSI à usage théranostique, cette analyse s’intègre pleinement dans le contexte de médecine de précision et pourrait devenir un élément commun du typage des tumeurs.

Agathe RICOU (Caen), Antoine ROUSSELIN, Aurore TRANCHANT, Virginie SAGUET, Cécile BLANC-FOURNIER, Florian DOMIN, Olivia FEREC, Raphael LEMAN, David PHO, Nicolas GOARDON, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA, Dominique VAUR
11:15 - 11:30 #12810 - CO044 Mise en évidence de mutations de novo à l’état de mosaïque chez des patients atteints de Syndrome de Lynch-like avec transmission à la descendance.
CO044 Mise en évidence de mutations de novo à l’état de mosaïque chez des patients atteints de Syndrome de Lynch-like avec transmission à la descendance.

Le syndrome de Lynch-like est défini par la présence chez un patient de tumeurs colorectales MSI sans mutation constitutionnelle identifiée dans les gènes MMR, ni méthylation somatique du promoteur du gène MLH1. Il s’agit de situations hétérogènes avec des mécanismes moléculaires sous-jacents multiples. L'identification du type de mécanisme responsable de ces tumeurs pour chacun des patients est cruciale pour guider la prise en charge du patient lui-même et de ses proches. En effet, l’absence de mutation identifiée rend impossible la réalisation d’un test génétique ciblé chez les apparentés et tous sont donc surveillés selon les recommandations établies pour le syndrome de Lynch. La présence de doubles mutations acquises au niveau tumoral est l’explication la plus fréquemment retrouvée. Il s’agit alors de tumeurs sporadiques et la surveillance pour le patient et sa famille peut être allégée.

Nous avons étudié les tumeurs de 28 patients atteints de syndrome de Lynch-like. L'analyse moléculaire des gènes MMR dans leur tumeur a révélé 8 événements somatiques bialléliques. Quatorze tumeurs n'avaient qu'un seul événement somatique détecté et 6 n'en avaient aucun. Toutes les mutations somatiques ont été recherchées dans des tissus adjacents normaux et/ou chez les enfants lorsqu'ils étaient accessibles. Nous avons identifié deux cas de mutation en mosaïque de MSH2 avec transmission aux enfants. Pour le premier cas, la patiente avait développé deux tumeurs du spectre de Lynch (colon et endomètre) et la mutation trouvée dans la tumeur était visible dans l’ADN lymphocytaire mais à un taux de 9%, en dessous du seuil de détection du logiciel d’analyse. Pour le second cas, la mutation trouvée dans la tumeur n’était pas visible en séquençage Sanger dans l’ADN lymphocytaire alors qu’elle a été transmise au fils de la patiente.

Pour les patients Lynch-like encore inexpliqués, d'autres analyses doivent être discutées (analyses ARN, étude d’autres gènes…).

Cette étude confirme que les mutations de novo à l'état mosaïque existent dans le syndrome de Lynch et peuvent expliquer certains syndromes de Lynch-like. La possibilité de transmission de cette mutation aux enfants modifie fortement le conseil génétique et permet de recommander une prise en charge appropriée dans ces familles. En effet, une surveillance intensive doit être maintenue pour le patient et les enfants portant la mutation. L'absence de mutation chez les autres enfants permet d'arrêter la surveillance, ainsi que pour les frères et sœurs qui ne sont pas à risque.

Nous proposons un algorithme pour l’exploration des patients Lynch-like qui intègre l’analyse tumorale et permet de détecter les mosaïques. L'analyse NGS en forte profondeur permettra de détecter des mutations faiblement représentées (fréquence allélique faible (<10%). D'autres études sont nécessaires pour déterminer la fréquence de ce type d'événements et leur implication éventuelle dans d’autres prédispositions au cancer.

Erell GUILLERM, Hélène DELHOMELLE, Mathilde WARCOIN, Mélanie CORMIER, Aurélien PALMYRE, Isabelle SOURROUILLE, Magali SVRCEK, Armelle BARDIER, Nicolas JANIN, Mélanie EYRIES, Veronica CUSIN, Florent SOUBRIER, Florence COULET, Chrystelle COLAS (Paris)
11:30 - 11:45 #12858 - CO045 Contribution des mutations de novo et en mosaïque du gène TP53 au syndrome de Li-Fraumeni.
CO045 Contribution des mutations de novo et en mosaïque du gène TP53 au syndrome de Li-Fraumeni.

Le développement de certaines tumeurs, telles que les corticosurrénalomes (ACC), les tumeurs des plexus choroïdes (CPT), les cancers du sein de la femme de moins de 31 ans ou encore les cancers primitifs multiples appartenant au spectre du syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est, indépendamment du contexte familial, un élément fortement évocateur d’une altération constitutionnelle du gène suppresseur de tumeurs TP53, suggérant la contribution significative de mutations de novo au LFS. L’objectif de la présente étude était donc de déterminer la contribution des mutations de novo et des mutations en mosaïque au LFS. Au sein de la série LFS française incluant 328 cas index non apparentés porteurs d’une altération constitutionnelle de TP53, identifiée par séquençage Sanger ou QMPSF, nous avons dans un premier temps déterminé que cette altération est survenue de novo dans 40 cas. Nous n’avons détecté aucun effet de l’âge parental. Grâce à la lecture attentive des électrophérogrammes, le séquençage Sanger a révélé 2 mutations en mosaïque : (i) chez un enfant ayant développé un ACC à 4 mois et (ii) chez le père, asymptomatique, d’une enfant ayant développé un médulloblastome à 3 ans. La reprise systématique des analyses de TP53, chez 108 patients évocateurs d’un LFS sans mutation détectable par Sanger et QMPSF, réalisée par NGS à forte profondeur ( > 500X) après capture ciblée, à partir de l’ADN génomique sanguin, nous a permis d’identifier 6 cas supplémentaires de mutations de TP53 en mosaïque : chez 2/49 enfants avec un ACC (à 8 mois et 1 an), 2/21 enfants avec un CPT (à 6 mois et 2 ans), 1/31 femmes avec cancer du sein avant 31 ans (cancer du sein bilatéral à 27 et 34 ans) et chez une patiente ayant développé 3 tumeurs (un ostéosarcome à 12 ans, un carcinome mammaire et un sarcome mammaire controlatéral à 35 ans). Cette étude, réalisée sur une grande série de porteurs de mutation de TP53, permet d’estimer aujourd’hui la contribution des mutations de novo à au moins 14 % (48/336) et suggère qu’approximativement 1/5 de ces mutations de novo seraient apparues au cours du développement embryonnaire. L'identification de ces mutations en mosaïque est essentielle, à la fois pour les patients qui doivent bénéficier d’un suivi selon les recommandations de prise en charge des patients LFS, mais aussi pour le conseil génétique, en rassurant parents et fratrie. La présence d’une mutation en mosaïque de TP53 doit donc être envisagée dans les cancers sporadiques très évocateurs, tels que les ACC, les CPT, les cancers du sein de la femme de moins de 31 ans, ou encore les cancers primitifs multiples appartenant au spectre du LFS et les laboratoires en charge de l’analyse moléculaire de TP53 doivent assurer la détection des mosaïques.

Gaëlle BOUGEARD (ROUEN), Mariette RENAUX-PETEL, Françoise CHARBONNIER, Jean-Christophe THERY, Pierre FERMEY, Gwendoline LIENARD, Jacqueline BOU, Sophie COUTANT, Myriam VEZAIN, Edwige KASPER, Steeve FOURNEAUX, Sandrine MANASE, Maud BLANLUET, Bruno LEHEUP, Ludovic MANSUY, Jacqueline CHAMPIGNEULLE, Céline CHAPPE, Michel LONGY, Nicolas SEVENET, Brigitte BRESSAC-DE PAILLERETS, Léa GUERRINI-ROUSSEAU, Laurence BRUGIERES, Olivier CARON, Jean-Christophe SABOURIN, Isabelle TOURNIER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Thierry FREBOURG
11:45 - 12:00 #12956 - CO046 Caractéristiques morphologiques et génomiques des tumeurs du sein chez les porteurs d’une mutation dans le gène ATM.
CO046 Caractéristiques morphologiques et génomiques des tumeurs du sein chez les porteurs d’une mutation dans le gène ATM.

Des altérations bialléliques inactivatrices dans le gène Ataxia Telangiectasia Mutated (ATM) sont responsables de l’ataxie-télangiectasie (A-T), une maladie génétique récessive rare de l’enfant caractérisée par un syndrome neurodégénératif, un déficit immunitaire et des télangiectasies oculo-cutanées. Les sujets atteints d’A-T ont également une radiosensibilité accrue et un risque élevé de développer des cancers. Les femmes apparentées à un enfant atteint d'A-T et porteuses d’une seule copie mutée d’ATM (HetAT) ont un risque 2 à 3 fois plus élevé de cancer du sein que les femmes de la population générale. De plus, des variants entrainant la perte de fonction d’ATM sont mis en évidence dans environ 3% des familles à haut risque de cancer du sein vues en consultation d’oncogénétique. L’estimation des risques absolus de cancer pour les sujets HetAT étant encore imprécise, des recommandations claires concernant le suivi de ces patients et de leur famille n’ont pas pu être établies. Les caractéristiques morphologiques et moléculaires des tumeurs du sein des sujets HetAT ont été très peu décrites dans la littérature. Nous avons émis l’hypothèse que la présence d’une signature tumorale spécifique des sujets HetAT pourrait permettre d’identifier parmi les cas dits « sporadiques » des porteurs d’un variant délétère d’ATM et pourrait avoir des implications importantes pour le suivi et le traitement de ces patients.

Nous avons comparé les caractéristiques morphologiques de 41 tumeurs du sein de porteurs d’une ou deux copies mutées d’ATM à celles d’une série tumeurs du sein de 599 patients suivis à l’Institut Curie. La distribution des sous-types moléculaires dans la série de tumeurs ATM a également été comparée à celle des tumeurs du sein du Cancer Genome Atlas de sujets non-porteurs d’une mutation dans les gènes BRCA1, BRCA2 et ATM. Au niveau moléculaire, nous avons analysé les variations du nombre de copies (CNVs) sur l’ensemble du génome pour 23 de ces tumeurs à partir des données obtenues avec la puce OncoScan (Affymetrix).

Nos résultats montrent que les tumeurs du sein ATM sont majoritairement de sous-type moléculaire luminal B, sont tétraploïdes et présentent dans 67% des cas une perte d’hétérozygotie (LOH) au niveau du locus 11q22-23 contenant le gène ATM. De plus, 70% des tumeurs ATM présentent des CNVs spécifiques de type perte/LOH au niveau des loci 13q14.11-q14.3, 21p11.2-p11.1 et 22q11.23. Les tumeurs ATM ne ressemblent donc pas aux tumeurs développées par les porteurs d’une mutation dans le gène BRCA1 qui sont majoritairement des tumeurs n’exprimant pas les récepteurs hormonaux. Au niveau moléculaire, les tumeurs ATM ne présentent pas de pertes de fragments chromosomiques de grande taille caractéristiques des tumeurs BRCA1 ; chez les sujets HetAT, la sensibilité des tumeurs aux molécules majorant l’anomalie de réparation des cassures double-brin de l’ADN par recombinaison homologue (inhibiteurs PARP, agents alkylants) restent donc à démontrer.

Anne-Laure RENAULT (PARIS CEDEX 5), Noura MEBIROUK, Laetitia FUHRMANN, Guillaume BATAILLON, Eve CAVACIUTI, Dorothée LE GAL, Elodie GIRARD, Tatiana POPOVA, Philippe LA ROSA, Juana BEAUVALLET, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Anthony LAUGÉ, Walid CHEMLALI, Martine LABBÉ, Ivan BIÈCHE, Sylvain BAULANDE, Jacques-Olivier BAY, Pascaline BERTHET, Olivier CARON, Bruno BUECHER, Laurence FAIVRE, Marc FRESNAY, Marion GAUTHIER-VILLARS, Paul GESTA, Nicolas JANIN, Sophie LEJEUNE, Christine MAUGARD M., Sébastien MOUTTON, Laurence VENAT-BOUVET, Hélène ZATTARA, Jean-Pierre FRICKER, Laurence GLADIEFF, Isabelle COUPIER, . COF-AT, . GENESIS, . KCONFAB, Georgia CHENEVIX-TRENCH, Janet HALL, Anne VINCENT-SALOMON, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR
12:00 - 12:15 #13066 - CO047 Analyse pan-génomique en SNP-array sur échantillons fixés au formol et inclus en paraffine pour l’identification de marqueurs pronostiques dans le lymphome à cellules du manteau, un résultat du projet LyMA-génomique conduit par le LYSA.
CO047 Analyse pan-génomique en SNP-array sur échantillons fixés au formol et inclus en paraffine pour l’identification de marqueurs pronostiques dans le lymphome à cellules du manteau, un résultat du projet LyMA-génomique conduit par le LYSA.

Introduction

Des marqueurs pronostiques disponibles au diagnostic sont nécessaires pour distinguer les patients présentant un lymphome à cellules du manteau (LCM) de haut risque (HR) ou de faible risque (FR). Ce travail rapporte les résultats d’une évaluation pan-génomique de haute résolution des anomalies du nombre de copies (ANC) et leur impact sur la réponse au traitement dans le cadre de l’essai clinique LyMa.

Patients, matériels et méthodes

L’étude a été réalisée chez 96 patients traités dans l’essai LyMa évaluant l’impact du rituximab en maintenance après chimiothérapie de type DHAP (dexaméthasone, aracytine, sel de platine) puis autogreffe de cellules souches hématopoïétiques. La cohorte incluait 9 patients de HR avec une maladie réfractaire ou en rechute dans l’année suivant le diagnostic et 87 patients encore en réponse à 1 an du diagnostic dont 64 patients de FR toujours en rémission plus de 30 mois après le diagnostic. Le profil pan-génomique des ANC et les mutations les plus fréquentes de TP53 ont été analysées sur 50ng d’ADN FFPE avec la technique de SNP array Oncoscan® FFPE. Les données ont été analysées avec l’algorithme TuScan et les régions minimales récurrentes ont été identifiées avec l’algorithme Gistic.

Résultats

Soixante-huit régions altérées de façon récurrente ont été retrouvées et concernaient 98% des patients. Les délétions étaient plus fréquentes que les amplifications avec une médiane par patient de 9 (0-28) vs 3 (0-37) (p < 0,001) respectivement. Les ANC récurrentes incluaient des pertes en 1p21, 11q22 (ATM), 13q14, 9p21 (CDKN2A/CDKN2B), 13q14 (RB1), 9q22-31, 13q33-34, 8p11, 17p13 (TP53) et des gains en 3q26-27, 3q21, 11q13 (CCND1), 13q31, 7p22, 10p12 (BMI1), 8q24 (MYC) et 12q13 (CDK4).

Des mutations TP53 ont été détectées chez 5 patients incluant deux cas avec une délétion 17p13, avec un enrichissement chez les patients de HR. Les délétions de TP53 (44% vs 14%; p=0.04), CDKN2A (55% vs 22%; p=0.004) et 8p11 (44% vs 15%; p=0.004) étaient significativement plus fréquentes chez les patients HR. Le locus du gène CDK4 (22% vs 6%; p=0.1) et la région 13q31 (33% vs 9%; p=0.06) incluant le locus miR-17-92 étaient plus fréquemment amplifiés chez les patients HR. A l’inverse, l’amplification du locus 7p, incluant notamment le gène CARD11, était associée aux patients de FR (16% vs 0%; p=0.03).

Conclusion

Ce travail confirme le mauvais pronostic des patients atteints de LCM présentant une délétion ou une mutation de TP53 et/ou une délétion des gènes CDKN2A et CDKN2B. Elle montre aussi l’impact de mauvais pronostic de nouvelles ANC telles que les délétions en 8p et les amplifications du locus mir 17-92. A l’inverse, les amplifications 7p semblent associées à un bon pronostic. Ces données fournissent de nouveaux éléments pronostiques et théranostiques pour le choix des thérapies futures dans le LCM.

Yannick LE BRIS (NANTES), Florence MAGRANGEAS, Olivier HERMINE, David CHIRON, Danielle CANIONI, Anne MOREAU, Marie C BÉNÉ, Loïc CAMPION, Stéphane MINVIELLE, Steven LE GOUILL
12:15 - 12:30 #13126 - CO048 Caractérisation moléculaire et fonctionnelle des mutations somatiques du gène NF1 dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules.
CO048 Caractérisation moléculaire et fonctionnelle des mutations somatiques du gène NF1 dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules.

La neurofibromine, produit du gène NF1 agit comme un inhibiteur de la voie RAS-MAPK (Mitogen-activated protein kinases), voie majeure de la cancérogénèse. Le gène NF1 est donc un gène suppresseur de tumeurs. Des mutations constitutionnelles de NF1 causent la neurofibromatose de type 1 (NF1 ; MIM#162200). Cette maladie rare héréditaire prédispose notamment au développement de tumeurs des gaines nerveuses. Des mutations somatiques de NF1 ont par ailleurs été décrites dans des cancers sporadiques, hors contexte de maladie héréditaire. L’implication de la voie RAS-MAPK dans les cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) est bien caractérisée avec la mise en évidence de mutations somatiques activatrices spécifiques de la voie, notamment des oncogènes EGFR, KRAS et BRAF. Cependant, l’implication du gène NF1 a été peu étudiée dans les CBNPC.

Nous avons confirmé l’implication de NF1 dans le développement des CBNPC par une approche ciblée de NGS (Next Generation Sequencing) sur une cohorte de 138 échantillons tumoraux : 36 altérations somatiques (26%) de NF1 ont été retrouvées dont 25 mutations ponctuelles (parmi lesquelles 4 homozygotes) et 11 délétions. Ces altérations étaient majoritairement exclusives de mutations affectant d’autres effecteurs de la voie RAS-MAPK. Il était retrouvé un nombre plus important d’altérations de NF1 dans les échantillons de patients ayant reçu une chimiothérapie. Une corrélation génotype-phénotype a pu être établie : il s’agissait en majorité d’hommes (72%), fumeurs (75%) avec une survie sans progression et une survie globale significativement meilleures que les patients KRAS mutés.

Afin de déterminer les conséquences fonctionnelles des altérations de NF1, nous avons établi des modèles cellulaires mutés NF1 grâce au système d’édition du génome CRISPR/CAS9. Trois lignées ont été sélectionnées : deux lignées de CBNPC (A549 et NCI H-1703) et une lignée immortalisée de cellules bronchiques épithéliales diploïdes (HBE4-E6/E7-C1). Nous avons évalué les conséquences de l'inactivation mono- ou bi-allélique (par CRISPR/CAS9 et Nickase) de NF1. Un western blot a confirmé la perte d’expression partielle ou complète de la neurofibromine en cas respectivement de mutations mono- ou bi-alléliques du gène NF1. Les conséquences fonctionnelles seront évaluées par analyse des transcriptomes différentiels. Des approches pharmacologiques permettront de tester le caractère prédictif de sensibilité aux inhibiteurs de MEK des mutations du gène NF1 au sein de nos modèles cellulaires isogéniques.

Notre étude montre que les CBNPC présentant des altérations somatiques de NF1 constituent une entité clinique et pronostique distincte. L’étude de nos modèles cellulaires permettra (1) d’évaluer l’influence du caractère mono- ou bi-allélique des altérations de NF1 sur les conséquences fonctionnelles et (2) de tester de nouvelles perspectives thérapeutiques qu’il conviendra de confirmer in vivo sur des modèles pré-cliniques.

Camille TLEMSANI (Paris), Nicolas PÉCUCHET, Aurelia GRUBER, Audrey MANSUET-LUPO, Diane DAMOTTE, Marco ALIFANO, Jennifer VARIN, Ingrid LAURENDEAU, Armelle LUSCAN, Béatrice PARFAIT, Ivan BIÈCHE, Audrey BRIAND, Benoit TERRIS, Helene BLONS, Karen LEROY, Dominique VIDAUD, Michel VIDAUD, Pierre LAURENT-PUIG, Eric PASMANT

Jeudi 25 janvier

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Assemblée Générale de la FAVA

Jeudi 25 janvier

Salle GH
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B34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - BIOMNIS EUROFINS
Expériences en NGS en laboratoire de biologie médicale

12:45 - 13:45 Retour d’expérience sur le dépistage prénatal non invasif des trisomies 13, 18 et 21. Laure Raymond (Eurofins Biomnis).
12:45 - 13:45 Indicateurs qualité dans l’exome clinique. Jean-François Taly (Eurofins Biomnis).
12:45 - 13:45 Cas cliniques autour de l’exome. Exemple de collaboration multicentrique. Julien THEVENON (Grenoble)
12:45 - 13:45 Le séquençage d’exome comme approche diagnostique des maladies héréditaires au Maroc. Abdelaziz SEFIANI

Jeudi 25 janvier

Auditorium 450
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E34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - PTC THERAPEUTICS
Les outils d'évaluation dans le traitement de la DMD

12:45 - 13:45 Tests fonctionnels. Isabelle DESGUERRE (PARIS)
12:45 - 13:45 IRM Musculaire. Robert CARLIER (GARCHES)
12:45 - 13:45 Qualité de vie. Yann PEREON (Nantes Cedex 1)

Jeudi 25 janvier

Salle 150
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D34
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ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Solutions expertes pour l’interprétation des données NGS à usage clinique

12:45 - 13:45 L'exome à 100% de couverture va t-il différer le génome ? Emmanuel Martin (Integragen).
12:45 - 13:45 Sirius - Changez d’échelle pour l’analyse de vos données d’exome. Céline Capéra (IntegraGen).
12:45 - 13:45 Analyse d’exome au CHU d’Angers : Sirius en pratique. Estelle COLIN (Médecin) (ANGERS)
12:45 - 13:45 Une nouvelle ère pour l'analyse de vos données d'exome et transcriptome en oncologie clinique. Emmanuel Martin (IntegraGen).

Jeudi 25 janvier

Salle 200
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C34
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
NGS, approches innovantes en oncologie et maladies complexes

12:45 - 13:45 Illumina, les nouveautés 2018, Eric Baud (Illumina France).
12:45 - 13:45 Séquençage d’exomes et génomes dans les maladies complexes: Exemple de la maladie d’Alzheimer. Gael NICOLAS (MCUPH) (ROUEN)
12:45 - 13:45 Biopsies liquide et NGS, implémentation en oncologie, Jean Yves Pierga (Paris).

Jeudi 25 janvier

Salle 300
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ATELIER DEJEUNER - AGILENT TECHNOLOGIES
Analyse NGS en oncogénétique 

12:45 - 13:45 Diagnostic des prédispositions au cancer du sein et de l’ovaire : stratification des analyses et bioinformatique. Florence COULET (MCU-PH) (PARIS)

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Salle GH
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Assemblée Générale de la FFGH

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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A35
14:00 - 15:30

Communications orales sélectionnées 2

Modérateurs : Thierry FREBOURG (ROUEN), Claude HOUDAYER (PARIS)
14:00 - 14:15 #12698 - CO055 Une approche familiale pour identifier de nouveaux gènes modificateurs dans les démences lobaires frontotemporales.
CO055 Une approche familiale pour identifier de nouveaux gènes modificateurs dans les démences lobaires frontotemporales.

Les démences lobaires frontotemporales (DLFT), bien que considérées comme des maladies rares, représentent la seconde cause de démences dégénératives précoces après la maladie d’Alzheimer. Les DLFT sont caractérisées par des troubles du comportement ou une atteinte du langage. Une sclérose latérale amyotrophique liée à une atteinte des motoneurones est associée chez près de 15% des cas (DLFT-SLA).

Les formes familiales représentent près de 40% des DLFT. Les mutations de C9ORF72, GRN et MAPT expliquent la majorité de ces formes. En revanche il y a très peu de connaissances pour expliquer la variabilité de l’âge de début des symptômes. Ces derniers peuvent apparaitre durant la trentaine pour les formes les plus précoces jusqu’à des cas de pénétrances incomplètes chez des sujets âgés, en particulier dans les formes avec mutations C9ORF72 et GRN. Le but de ce travail est de caractériser les variations génétiques pouvant influencer l'âge de début des symptômes.

Notre étude est basée sur les données cliniques, généalogiques et génétiques d’une cohorte de 504 patients issus de 223 familles C9ORF72 (n=133) et GRN (n=90). L’objectif était de : 1) évaluer l’héritabilité de l’âge de début des symptômes; 2) analyser les profils de corrélations phénotypiques intrafamiliales; 3) identifier les loci responsables dans ces deux formes génétiques.

L’analyse des familles DLFT C9ORF72 nous a permis d’estimer à 42% (P = 1.10e-4) et 62% (P = 8.10e-5) l’héritabilité de l’âge de début des symptômes selon le mode début de la maladie considéré (DLFT et/ou SLA ou DLFT pure). L’analyse approfondie des profils particuliers de corrélations phénotypiques intrafamiliales a également permis de suggérer un lien entre de possibles modificateurs et le chromosome X. L’étude des familles DLFT GRN a révélé une estimation d’héritabilité moindre ainsi que de plus faibles niveaux de corrélations phénotypiques intrafamiliales.

Les analyses familiales de liaison et d’association entre paires d’apparentés avec des phénotypes concordants et discordants et mutés pour C9ORF72 ou GRN ont, entre autre, mis en évidence deux nouveaux loci candidats avec des scores suggestifs de liaison et d’association. Un des deux loci se situe sur le chromosome X incluant cinq gènes d’intérêt majeur. Des investigations supplémentaires sont en cours pour augmenter la taille de notre cohorte et mettre en évidence les variations impliquées.

L’ensemble de ce travail illustre l’intérêt d’utiliser des approches familiales dans une maladie rare pour mettre en évidence de nouveaux modificateurs génétiques. Malgré une cohorte de taille restreinte, cette méthodologie couplée à des données phénotypiques précises nous a permis d'émettre des hypothèses quant à la présence et la localisation d’éventuels modificateurs génétiques et de mettre en évidence des nouveaux loci qui n’auraient pas été obligatoirement détectés par des approches méthodologiques différentes de type cas-contrôles.

Mathieu BARBIER (Paris), Agnès CAMUZAT, Marion HOUOT, Fabienne CLOT, Paola CAROPPO, Clémence FOURNIER, Daisy RINALDI, Florence PASQUIER, Didier HANNEQUIN, Jérémie PARIENTE, Kathy LARCHER, Alexis BRICE, Emmanuelle GÉNIN, Audrey SABBAGH, Isabelle LE BER
14:15 - 14:30 #12945 - CO056 Le réseau AChroPuce : 10 ans après, quelles perspectives ?
CO056 Le réseau AChroPuce : 10 ans après, quelles perspectives ?

Soutenue par la Direction de l’Hospitalisation et de l’Organisation des Soins (DHOS), la technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) a été implantée dans les laboratoires de diagnostic dès 2007. Douze centres coordonnateurs, en relation avec 44 CHU ont été retenus permettant de couvrir l’ensemble du territoire national. Le réseau AChroPuce a été constitué en 2008 aux Assises de génétique à Lille avec pour objectifs principaux d’harmoniser les pratiques, rédiger un guide de bonnes pratiques, mettre en place un EEQ et favoriser les études collaboratives. En 10 ans, ces objectifs ont été atteints et même dépassés avec en plus le transfert en diagnostic de l’ACPA en période prénatale, un travail sur l’accréditation de l’ACPA, le partage de sondes pour les vérifications FISH, une réflexion éthique sur les données secondaires, une négociation des tarifs commerciaux au niveau national, l’organisation d’une base de données nationale de variations du nombre de copies (CNV) et plus de 100 publications scientifiques en collaboration.

Le nombre d’ACPA réalisé par an est passé de 500 à environ 21 000 en 10 ans. Dix ans plus tard et avec l’arrivée de la technique de Whole Genome Sequencing (WGS), dont le transfert en diagnostic pour les maladies rares et le cancer est prévu dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025 et qui se concrétisera par la mise en place d’ici fin 2018 des deux plateformes pilotes de séquençage à très haut débit, se pose la question des perspectives de ce réseau. En effet, les algorithmes d’analyse de variations du nombre de copies vont s’améliorer ainsi que ceux pour la détection de variations structurales équilibrées. De ce fait, dans 5 ans la technique de WGS sera capable de détecter des CNV de façon aussi fiable que l’ACPA. Néanmoins, les compétences pour analyser les CNV perdureront et devront même être renforcées puisque des CNV de plus petite taille pourront également être détectées. A l’avenir, la séparation entre génétique moléculaire et cytogénétique sera amenée à disparaître d’un point de vue technologique. Deux grandes options sont alors envisageables : soit former des spécialistes des variants structuraux équilibrés et déséquilibrés (SV) et des spécialistes des variants nucléotidiques (SNV) qui travailleront en synergie, soit former des spécialistes d’une thématique (déficience intellectuelle, infertilité...) qui analyseront aussi bien les CNV que les SNV. De toute manière, il sera indispensable de poursuivre la formation à la physiopathologie chromosomique, nécessaire au conseil génétique des réarrangements génomiques. Seront discutées les perspectives du réseau et les objectifs à atteindre eu égard i) à la question fondamentale de l’organisation future des laboratoires de génomique et ii) à la mise en place du réseau NGS-Diag, avec en perspective le Plan National Maladies Rares 3 et des liens avec le plan France Médecine Génomique 2025.

Serge Pierrick ROMANA (Paris), Benoit ARVEILER, Elise BOUDRY-LABISMA , Joris ANDRIEUX, Marc-Antoine BELAUD ROTUREAU , Brigitte BENZACKEN, Frédéric BILAN, Sophie BRISSET, Cédric LE CAIGNEC, Laurence CAINE, Patrick CALLIER, Sandra CHANTOT, Nicolas CHATRON, Véronique DAVID, Martine DOCO-FENZY, Severine DRUNAT, Jean Michel DUPONT, Delphine FAUVERT, Manon GIRARD, Agnès GUICHET, Guignard THOMAS, Houda KARMOUS-BENAILLY , Boris KEREN, Valérie MALAN, Jean MULLER, Chantal MISSIRIAN, Anne MONCLA, Philippe JONVEAUX, Jacques PUECHBERTY , Caroline ROORYCK-THAMBO , Véronique SATRE, Jean-Pierre SIFFROI, Anne-Claude TABET, François VIALARD, Lucie TOSCA, Gérard TACHDJIAN, Philippe VAGO, Damien SANLAVILLE
14:30 - 14:45 #12999 - CO057 Les approches de génomique intégrative identifient un réseau de gènes pour le développement de médicaments anti-épileptiques.
CO057 Les approches de génomique intégrative identifient un réseau de gènes pour le développement de médicaments anti-épileptiques.

L’épilepsie est une maladie neurologique grave qui se caractérise par une récurrence non provoquée de crises convulsives. La biologie des systèmes et les analyses de réseaux de gènes constituent des approches puissantes pour étudier les voies moléculaires impliquées dans l’épilepsie. Elles ont aussi déjà permis de pointer de nouvelles cibles thérapeutiques.

Des données en accès libre issues de plusieurs types d’études ont été ré-analysées en utilisant des approches de génomique intégrative basées sur l’analyse des réseaux de gènes et de protéines. La nouvelle exploitation de ces données a permis l’identification du réseau M30. Le réseau M30 se compose de 320 gènes largement exprimés dans le cerveau humain sous un contrôle étroit pendant le développement. Ces gènes codent principalement pour des protéines qui interagissent entre elles et qui sont impliquées dans des processus synaptiques. L’altération fonctionnelle de M30 par des variations génétiques rares ou communes, et la diminution de son expression semblent constituer un mécanisme convergent influençant la susceptibilité à l’épilepsie et aux crises d’épilepsie en général.

En tirant profit des changements d’expression induits par des médicaments rapportés dans la base de données “Connectivity map” (CMap) pour 1,300 composés thérapeutiques, nous avons pu sélectionner les médicaments dont l’effet sur l’expression de M30 est d’inverser la diminution d’expression observée dans les cerveaux épileptiques. Les meilleurs résultats ont été obtenus pour l’acide valproïque (anti-épileptique plus connu sous le nom commercial de Depakine), apportant une nouvelle preuve de concept au paradigme de réversion de la signature transcriptionnelle comme stratégie thérapeutique. Le dépistage systématique de médicaments en fonction de leur effet mesuré sur l'expression des gènes a également prédit que la withaferine A (WFA) inverse les changements d'expression de M30 associés à l'épilepsie.

Au total, nos résultats suggèrent qu’en ciblant le réseau M30 on pourrait identifier de nouvelles molécules anti-épileptiques et développer de nouvelles stratégies thérapeutiques contre l’épilepsie (Genome Biology 2016, doi: https://doi.org/10.1186/s13059-016-1097-7).

Andrée DELAHAYE-DURIEZ (PARIS), Prashant SRIVASTAVA, Kirill SHKURA, Sarah LANGLEY, Liisi LAANISTE, Aida MORENO-MORAL, Benedicte DANIS, Manuela MAZZUFERI, Patrik FOERCH, Elena GAZINA, Kay RICHARDS, Steven PETROU, Rafal KAMINSKI, Enrico PETRETTO, Michael JOHNSON
14:45 - 15:00 #13183 - CO058 Recommandation française du Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse en panel de gènes dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein ou de l’ovaire – Quels gènes analyser ? Pour quelle utilité clinique?
CO058 Recommandation française du Groupe Génétique et Cancer pour l’analyse en panel de gènes dans le cadre de la prédisposition héréditaire au cancer du sein ou de l’ovaire – Quels gènes analyser ? Pour quelle utilité clinique?

Contexte

Les mutations des gènes BRCA1/2 et PALB2, recherchées en routine dans les contextes évocateurs de prédisposition aux cancers du sein ou de l‘ovaire, expliquent moins de 10% des histoires familiales. Or ces dernières années l’apport des technologies de séquençage haut débit a permis de rendre possible l’analyse simultanée d’un grand nombre de gènes (analyse en panel de gènes) pour lesquels un lien avec une augmentation des risques de ces cancers a été rapporté.

En France, en l’absence de référentiel, les pratiques diffèrent aussi bien pour la sélection des nouveaux gènes analysés en panel que pour la prise en charge des personnes chez qui une mutation germinale a été identifiée.

Ainsi le Groupe Génétique et Cancer GGC (UNICANCER) a constaté que l’utilité clinique de la recherche de mutation de ces nouveaux gènes était à préciser. Ceci a incité les acteurs du GGC à conduire un travail visant à définir le panel de gènes à analyser dans la prédisposition au cancer du sein ou de l’ovaire, et à établir des recommandations spécifiques à chaque gène expertisé pour la prise en charge clinique des familles.

Méthodologie

Une analyse critique de la littérature par un groupe de travail composé de membres du GGC a permis de retenir les données permettant des estimations de risque sans biais. Les gènes ont été reconnus d’utilité clinique lorsque le sur-risque de cancer du sein (ou de l’ovaire) était au moins 4 fois supérieur au risque en population générale (différentiel de risque permettant de proposer dans une famille des tests génétiques pré symptomatiques : Easton et al, N Engl J Med 2015 Gene-panel sequencing and the prediction of breast-cancer risk).

Résultats

En pratique, parmi les 18 gènes d’intérêt (en plus de BRCA1 et BRCA2) expertisés, le GGC retient un panel de 13 gènes d’utilité clinique confirmée qu’il recommande d’analyser devant tout contexte évocateur d’une prédisposition aux cancers du sein ou de l’ovaire : BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, CDH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM. Il dresse également l’argumentaire ayant conduit à ne pas retenir les 7 autres gènes (CHEK2, ATM, BARD1, BRIP1, NBN, RAD51B, STK11). De plus, grâce à ce travail, le groupe présente pour chaque gène expertisé les préconisations de dépistage, de prévention et de conseil génétique dans les familles, que les données scientifiques actuelles et les référentiels autorisent.

Perspectives

Les laboratoires d’oncogénétique s'organisent pour appliquer ce nouveau panel avec les critères de qualité et les réseaux d'expertises associés. De plus un protocole de recherche (TUMOSPEC), promu par UNICANCER, est actuellement mis en place pour estimer plus précisément les risques de cancer en relation avec un ensemble de gènes notamment ceux non retenus dans le panel actuel. Compte tenu de la rapidité d'évolution des connaissances, une mise à jour annuelle des données est prévue par le groupe de travail, avec une attention particulière pour les gènes ATM, CHEK2 et STK11.

Jessica MORETTA SERRA (MARSEILLE), Christine LASSET, Pascaline BERTHET, Valérie BONADONA, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Chrystelle COLAS, Carole CORSINI, Veronica CUSIN, Antoine DE PAUW, Capucine DELNATTE, Sophie DUSSART, Michel LONGY, Elisabeth LUPORSI, Christine MAUGARD, Tan Dat NGUYEN, Pascal PUJOL, Dominique VAUR, Nadine ANDRIEU, Catherine NOGUES
15:00 - 15:15 #13301 - CO059 De l’urine de patients à une stratégie de modélisation des dyslipidémies génétiques en 3D par le biais de cellules hiPS différenciées en hépatocytes.
CO059 De l’urine de patients à une stratégie de modélisation des dyslipidémies génétiques en 3D par le biais de cellules hiPS différenciées en hépatocytes.

La proprotéine convertase subtilisin kexin de stype 9 (PCSK9) est un régulateur majeur de l’homéostasie du cholestérol, en contrôlant l’expression du récepteur aux LDL (LDLR) au niveau du foie. Alors que les mutations gain de fonction (GOF) de PCSK9 sont associées à l’hypercholestérolémie autosomale dominante (ADH) et à une athérosclérose précoce, les mutations perte de fonction (LOF) ont un effet cardioprotecteur et peuvent conduire dans certain cas au développement d’une hypobétalipoprotéinémie familiale (FHBL). Bien que des traitements contre l’ADH ciblant PCSK9 sont disponibles, les modèles cellulaires actuels permettant de mieux comprendre les fonctions de PCSK9 sont limités.

Notre objectif a été de valider le modèle de cellules souches pluripotentes induites humaines (hiPS) générées à partir de cellules urinaires pour la modélisation de l’ADH et de la FHBL liées aux mutations de PCSK9.

Pour atteindre notre objectif, nous avons utilisé des échantillons d’urines de patients porteurs de différentes mutations de PCSK9, ou de sujets sains, comme source de cellules somatiques pour obtenir des cellules hiPS après reprogrammation via des vecteurs épisomaux. Les cellules hiPS ont ensuite été différenciées en hépatocytes afin d’en étudier le phénotype.

Comparés aux cellules contrôles, les hépatocytes portant la mutation GOF S127R secrètent moins de PCSK9 et montrent une diminution de 71% de l’internalisation des LDL, alors que les hépatocytes portant la double mutation hétérozygote LOF R104C/V114A présentent une forte décroissance de la sécrétion de PCSK9 et une augmentation de 106% de l’internalisation des LDL. Un traitement par statine (pravastatine) stimule l’expression génique du LDLR et de PCSK9, ainsi que la sécrétion de PCSK9 et l’internalisation des LDL à la fois dans les cellules contrôles et les cellules de patients hypercholestérolémiques portant la mutation GOF S127R. De plus, l’augmentation de l’internalisation du LDL de 2,19 ± 0,77 par les hépatocytes S127R traités par la pravastatine (versus 1,38 ± 0,49 pour les hépatocytes contrôles) reflète la bonne réponse clinique aux statines (-60,4% ; n=5) des patients portant cette même mutation.

En conclusion, les échantillons d’urines sont une source remarquable de cellules somatiques pouvant être reprogrammées en cellules hiPS et différenciées en hépatocytes pour l’étude de maladies métaboliques. Ce modèle va nous permettre de mieux comprendre les fonctions de PCSK9 dans la régulation du métabolisme les lipoprotéines telles que l’apolipoprotéine B ou l’énigmatique Lp(a). Enfin, nous entreprenons une différentiation des cellules hiPS en 3 dimensions dans un format 96 puits pour optimiser la fonctionnalité des hépatocytes et adapter leur utilisation en analyse en haut débit (high content screening) et plus largement en pharmacogénomique en collaboration avec l’entreprise HCS Pharma.

Karim SI-TAYEB (Nantes), Méryl ROUDAUT, Amandine CAILLAUD, Aurélie THÉDREZ, Wienecke DIJK, Aurore GIRARDEAU, Matthieu PICHELIN, Lucie ARNAUD, Cédric LE MAY, Nathalie MAUBON, Bertrand CARIOU
15:15 - 15:30 #13376 - CO060 Thérapie cellulaire de l’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive par injection intradermique de cellules stromales mésenchymateuses dans un modèle de xénogreffe murin.
CO060 Thérapie cellulaire de l’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive par injection intradermique de cellules stromales mésenchymateuses dans un modèle de xénogreffe murin.

L’épidermolyse bulleuse dystrophique récessive (EBDR) est l’une des maladies génétiques cutanées les plus graves de l’enfant et de l’adulte jeune. L’EBDR est due à des mutations du gène COL7A1 entraînant une perte de fonction du collagène VII (C7). C7 est secrété localement par les kératinocytes épidermiques et les fibroblastes dermiques. Il est le composant principal des fibrilles d’ancrage, structures essentielles pour l'adhésion de l’épiderme au derme sous-jacent. Les sujets atteints d’EBDR présentent des bulles et des décollements cutanéo-muqueux secondaires à des traumatismes minimes, responsables de plaies chroniques et de nombreuses complications locales (pseudosyndactylies, contraction et fibrose cutanée, sténose oesophagienne) et systémiques (inflammation, dénutrition, anémie). La survenue de carcinomes épidermoïdes cutanés agressifs sur les plaies chroniques reste la première cause de décès de ces jeunes patients. Il n’existe pas à ce jour de traitement spécifique.

Les injections locales et systémiques de cellules stromales mésenchymateuses (CSM) allogéniques dérivées de la moelle osseuse ont montré leur potentiel pour réduire l'inflammation cutanée et améliorer la cicatrisation des plaies chez les patients EBDR. Ces améliorations cliniques sont cependant transitoires. Les mécanismes d'action des CSM dans l’EBDR et leur durée de vie après injection sont mal connus. Les CSM pourraient agir via leurs propriétés anti-inflammatoires, l'expression de C7 endogène par un effet paracrine et/ou l'expression de C7 par les CSM injectées. Dans cette étude, nous avons étudié l'expression de C7 par les CSM injectées par voie intradermique dans un modèle murin de xénogreffe EBDR. Ce modèle consiste en la greffe d’une peau reconstruite à partir de cellules de patients EBDR homozygotes pour une mutation nulle de COL7A1 sur des souris immunotolérantes. La persistance des cellules injectées et la durée d’expression de C7 ont été analysées.

Les CSM utilisées pour l’injection locale expriment in vitro une quantité d’ARNm de COL7A1 et de C7 comparable aux fibroblastes dermiques sains. L'injection intradermique d'une dose unique de CSM dans la peau EBDR reconstruite a permis de restaurer une expression de C7 humain normal produit par les cellules injectées. Le dépôt de C7 à la jonction dermo-épidermique est comparable au contrôle et persiste jusqu'à 6 mois après l'injection. La présence des CSM dans la peau reconstruite a été analysée par FISH et montre une persistance de celles-ci jusqu'à 4 mois après l'injection. Ces données montrent que les CSM injectées par voie intradermique ont le potentiel de restaurer l’expression de C7 normal in vivo de façon prolongée et d'améliorer l'adhésion dermo-épidermique de la peau EBDR.

Clarisse GANIER (Paris), Matthias TITEUX, Sonia GAUCHER, Marc LE LORCH, Juliette PELTZER, Jean-Jacques LATAILLADE, Alain HOVNANIAN

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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E35
14:00 - 15:30

CONSEIL D'ADMINISTRATION DE L' ANPGM

Jeudi 25 janvier

Salle GH
15:30
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B36
15:30 - 16:30

Session Communications Flash 2
Conseil Génétique, éthique et psychologique

Modérateurs : Antoine DE PAUW (Conseiller en Génétique) (PARIS), Bertrand ISIDOR (Nantes)
15:30 - 16:30 #12815 - CO069 Informer et consentir à une consultation de génétique et aux résultats des prélèvements réalisés : quels outils pour les patients avec une déficience intellectuelle ?
CO069 Informer et consentir à une consultation de génétique et aux résultats des prélèvements réalisés : quels outils pour les patients avec une déficience intellectuelle ?

Six centres de référence répartis sur 24 sites et 17 centres de compétences sont actuellement labellisés anomalies du développement et syndromes malformatifs en France. Ils assurent, au sein de services de génétique clinique, l’expertise diagnostique, le suivi et la coordination des prises en charge multidisciplinaires, le conseil génétique familial et le DPN. Ce vaste champ clinique regroupe des enfants et des adultes qui présentent des syndromes dysmorphiques et polymalformatifs avec ou sans déficience intellectuelle.

Les consultations d’expertise diagnostique sont souvent longues, très informatives et font référence à des notions complexes et abstraites pour des non spécialistes (chromosomes, gènes, mutation…). Ces informations sont déjà difficiles d’accès pour les parents des patients, mais bien plus encore pour les très jeunes enfants ou les patients avec déficience intellectuelle. Il est pourtant essentiel d’essayer dans la mesure du possible d’associer les patients mineurs ou majeurs protégés à ces processus d’information et de prise de décision. C’est tout d’abord fondamental d’un point de vue éthique. De plus, les textes nous l’imposent : la loi du 11 février 2005 place la personne en situation de handicap au cœur du dispositif d’accompagnement et les articles 9 et 25 de la Convention des Nations Unies relative aux droits des personnes handicapées rappellent l’importance de rendre la communication et les informations accessibles pour les personnes qui présentent un handicap intellectuel.

Dans le contexte des anomalies du développement, et en partenariat avec des associations de malades (l’Unapéi, l’AFRT, Valentin-Apac, l’Association Française du syndrome Phelan-McDermid, Génération 22), nous avons réfléchi à la création de documents adaptés à destination des patients présentant une déficience intellectuelle légère. Nous proposons deux fiches en langage Facile A Lire et à Comprendre (FALC) en référence à l’édition des règles européennes portées par l’Unapéi (Union nationale des Associations de parents, de personnes handicapées mentales et de leurs amis). Basées sur la présentation imagée et donc concrète de pictogrammes, l’une d’elle présente le déroulé d’une consultation de génétique et l’autre l’annonce d’un résultat positif. Elles sont actuellement en cours d’expérimentation sur Lyon et Rouen. De plus en plus utilisée dans le milieu médico-social auprès de personnes avec déficience intellectuelle, la communication améliorée et alternative – CAA – (associant gestes, pictogrammes, synthèse vocale, …) nous est apparue comme plutôt innovante dans le milieu hospitalier. Mieux informé, mieux préparé, le patient sera potentiellement moins angoissé, plus coopérant et plus à même d’être en capacité de faire un choix pour aller vers une décision médicale partagée. L’enjeu éthique pour les équipes pluridisciplinaires des centres de référence de la filière AnDDI-Rares est de rendre accessible le maximum d’information à tous les patients.

Françoise HOUDAYER (Bron), Anne Sophie LAPOINTE, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Lorraine JOLY, Christine JUIF, Jacqueline LONDON, Frédéric MEUNIER, Isabelle MARCHETTI-WATERNAUX, Sandrine DAUGY, Laurence FAIVRE, Damien SANLAVILLE, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Bruno LE MAIRE
15:30 - 16:30 #12895 - CO070 Evaluation des pratiques professionnelles (EPP): Perception de l’entretien psychologique systématique dans le cadre du diagnostic présymptomatique (DPS) du point de vue des patients.
CO070 Evaluation des pratiques professionnelles (EPP): Perception de l’entretien psychologique systématique dans le cadre du diagnostic présymptomatique (DPS) du point de vue des patients.

L’identification croissante des bases moléculaires de prédispositions génétiques aux cancers, aux maladies cardiaques héréditaires, neuromusculaires à révélation tardive, et autres groupes de pathologies répondant à un mode d’hérédité autosomique dominant, et pour lesquels des mesures de surveillance ou de prévention sont envisageables, conduit à une augmentation des demandes de DPS. La démarche de DPS doit être conduite selon le cadre légal au sein d’une équipe pluridisciplinaire de génétique, et chaque équipe a défini un protocole. Un ou plusieurs entretiens psychologiques ou psychiatriques sont obligatoires dans la prise en charge des DPS des maladies à révélation tardive, mais optionnels dans les autres groupes de pathologies. Le centre de Génétique de Dijon a fait le choix d’inclure systématiquement un entretien psychologique à ce protocole, proposé le plus souvent entre la consultation d’information auprès du généticien ou du conseiller en génétique, et celle d’annonce du résultat. Néanmoins, l’augmentation du nombre des DPS et les interrogations de certains patients sur le caractère systématique de cet entretien, nous ont mené à évaluer la perception de cet entretien psychologique systématique de la part des patients dans le cadre d’une EPP. Dans ce but, de 02/2014 à 05/2016, 2 questionnaires anonymisés ont été remplis par les patients majeurs, le 1er à l’issue de la consultation d’information, et le 2nd rempli à domicile après l’entretien psychologique. 126 patients ont participés, avec une forte proportion de patients adressés pour DPS suite à l’identification d’une mutation BRCA dans la famille (50%), expliquant une grande majorité de femmes répondantes (69%). Les autres pathologies concernées étaient d’autres prédispositions génétiques au cancer (32%), des pathologies neurogénétiques (9%) ou cardiogénétiques (9%). Dans 46% des cas, le patient avait été informé par sa famille sur  la démarche de DPS comprenant un entretien psychologique, avant la consultation du déroulé. Dans 20% des cas, l’entretien psychologique a été discuté ou refusé d’emblée par le patient. Avant l’entretien psychologique, 30% des répondants jugent cet entretien indispensable, 53% utile, 17% sans intérêt. Toutes les personnes qui jugeaient cet entretien indispensable avant la consultation mentionnent le même avis après l’entretien. Par contre, 52% des personnes qui n’estimaient pas cet entretien utile pour eux avant l’entretien l’ont jugé utile après en avoir bénéficié. L’intérêt principal mentionné était de parler de la maladie, de la démarche du test et l’anticipation des résultats. Certains patients ont mentionné que cet entretien pourrait être plus utile systématiquement après la consultation de rendu des résultats. Compte tenu du nombre significatif de patients jugeant l’entretien psychologique utile alors qu’ils ne l’avaient pas anticipé, cette étude renforce l’intérêt du caractère systématique d’un entretien psychologique dans le cadre des démarches de DPS.

Caroline JACQUOT-SAWKA (), Amandine BAURAND, Lorraine JOLY, Elodie GAUTIER, Geoffrey BERTELONE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #12898 - CO071 L’évolution du métier de conseiller en génétique avec l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage en génétique.
CO071 L’évolution du métier de conseiller en génétique avec l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage en génétique.

Les progrès de la technologie dans le domaine de la génétique et notamment l’arrivée des nouvelles plateformes de séquençage à très haut débit promettent de fournir des données génomiques à large échelle et à faible coût. À l'avenir, les tests génomiques dans le cadre de la médecine générale pourraient permettre une prédiction plus large et plus efficace du risque, de la gestion des maladies et de la personnalisation du traitement pour les cas fréquents comme pour les cas les plus rares. Le développement de ces nouvelles technologies va entraîner une augmentation massive de la demande des tests génétiques mais également du délai de prise en charge globale du patient comprenant entre autre le recueil des données, l’information et le consentement, le prélèvement, la bioinformatique, l'interprétation, le rendu de résultat et la gestion clinique post-test et post-résultat des patients. L’arrivée des plateformes de médecine génomique présente donc, en plus d’une réflexion éthique majeure, un défi important nécessitant très probablement une restructuration de l’organisation des traditionnels et historiques services de génétique. Il est notamment prévu que les tests génomiques soient de plus en plus utiles dans un large éventail de spécialités médicales. Il se posera notamment la question, afin de ne pas engorger les services de génétique et donc d’augmenter de façon acceptable les délais de consultations, qu’ils soient éventuellement prescrits par les médecins spécialistes non généticiens. Ces tests de médecine génomique entraînent pourtant de nouvelles difficultés et notamment de nombreuses connaissances techniques spécifiques à la génétique mais également une formation concernant la transmission des informations aux patients rendant donc très discutable la banalisation de la prescription de ces tests. La mise en place de ce nouveau service exigera donc une réorganisation des professionnels impliqués dans le domaine de la génétique notamment les conseillers en génétique qui y ont depuis plusieurs années une place importante. Les rôles et activités du conseiller en génétique seront donc également bousculés par ces nouvelles technologies et l’évolution de ce métier est incontestable. Il sera présenté les premiers éléments de réflexions, issus d’une enquête auprès des généticiens et des conseillers en génétique, ainsi que d’une revue de la littérature des pays déjà engagés dans la médecine génomique. Il est important que ces bases permettent une démarche nationale d’anticipation de ce futur finalement proche.

Amandine BAURAND (dijon), Caroline SAWKA, Geoffrey BERTOLONE, Marion ROBERT, Amandine CADENES, Myrtille SPENTCHIAN, Francoise HOUDAYER, Damien SANLAVILLE , David GENEVIEVE, Nicole PHILIP, Marie-Antoinette VOELCKEL, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #13161 - CO072 En quoi une approche multidisciplinaire est-elle pertinente pour étudier les pratiques médicales lors d’une prescription d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne ?
CO072 En quoi une approche multidisciplinaire est-elle pertinente pour étudier les pratiques médicales lors d’une prescription d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne ?

Dans un contexte d’augmentation constante du nombre d’examens des caractéristiques génétiques d’une personne (ECGP) dans toutes les disciplines médicales, le développement de la médecine génomique vient d’être renforcé par un soutien ministériel avec la désignation des deux premières plateformes de séquençage haut-débit (Plan France Médecine Génomique [PFMG] 2025).

Pourtant, la pratique de la médecine génomique est caractérisée par un décalage important entre l’essor technologique de la connaissance du génome et les applications concrètes dans la pratique médicale, pour le diagnostic, les soins, et la prévention. Par ailleurs, la génétique médicale et l’ECGP, de par leurs spécificités en termes d’informations aux apparentés (risque héréditaire) ou de possibilités d’examens prédictifs (risque discriminatoire), sont également caractérisés par un encadrement juridique contraignant (loi du 7 juillet 2011 relative à la bioéthique et ses décrets d’application) ainsi que de recommandations de bonnes pratiques.

Selon une étude préliminaire auprès de médecins généticiens et non généticiens, nous montrons l’intérêt d’une approche multidisciplinaire (médecin, juriste, sociologue, représentant d’une association de patient) pour décrypter les enjeux multiples liés à la mise en œuvre d’un ECGP. Ainsi, nous avons identifié des enjeux médicaux, sociologiques et juridiques. S’ils ne sont pas appréhendés par le médecin prescripteur, ces enjeux pourraient devenir sources de tensions entre médecins ou dans le trio médecin-patient-famille.

Nous avons débuté une étude inter-régionale (ORGAGENE), financée par l’Agence de la Biomédecine, afin d’explorer ces pratiques auprès de médecins non généticiens qui vont devenir des acteurs importants de cette prescription. Il est également essentiel d’étudier auprès des patients, la façon dont ils perçoivent la proposition de la réalisation d’un ECGP.

 Cette analyse croisée entre pratiques des professionnels et attentes des patients, doit permettre de mieux comprendre les conditions d’usage de l’ECGP pour, à terme :

- Identifier les facteurs qui permettraient d’adapter les outils de formation initiale et continue vers l’ensemble des médecins prescripteurs de tests génétiques pour une optimisation de cet acte médical particulier,

- Répondre à une préconisation du PFMG visant à mener une analyse fine des vécus de tous les acteurs concernés dans un objectif d’évolution des bonnes pratiques.

Laurent PASQUIER (RENNES CEDEX 2), Guy MINGUET, Pascal JARNO, Anne-Sophie LAPOINTE, Ginette VOLF, Anne PRESTEL, Sylvie MOISDON-CHATAIGNER, Philippe DENIZEAU, Sylvie ODENT, Grégoire MOUTEL
15:30 - 16:30 #12987 - CO073 Evaluation sur 1012 patients de l’intérêt médico-économique des entretiens téléphoniques de préparation avant la consultation en oncogénétique.
CO073 Evaluation sur 1012 patients de l’intérêt médico-économique des entretiens téléphoniques de préparation avant la consultation en oncogénétique.

L’un des principaux défis en oncogénétique est de répondre à la demande exponentielle de consultations, particulièrement dans le cadre des cancers du sein et de l’ovaire, compte tenu de l’impact majeur de l’identification d’une mutation en termes de stratégie thérapeutique et de conseil génétique. Nous avions présenté en 2016 la mise en place d’une nouvelle procédure, dont nous présentons l’évaluation médico-économique réalisée sur 1012 patients. Cette nouvelle stratégie est basée sur des entretiens téléphoniques de préparation de consultation (ET) suivis d’un “routage” des pré-dossiers: (1) J1, demande de RDV auprès du secrétariat qui collecte les informations minimum et fixe un RDV d’ET de 20 min, dans les 14 jours; (2) J7-14, ET réalisé par un conseiller en génétique, permettant de compléter un pré-dossier, via un questionnaire structuré; (3) J10-17, routage basé sur l’analyse des pré-dossiers par un oncogénéticien avec 3 conclusions possibles : (i) consultation prioritaire par un oncogénéticien car impact thérapeutique (mastectomie partielle/totale, radiothérapie, traitement par inhibiteur de PARP) ou contexte psychologique difficile; (ii) consultation justifiée mais non prioritaire, effectuée par un conseiller en génétique (la consultation de résultat étant faite par un médecin); ou (iii) pas d'indication retenue de consultation et/ou existence d’un cas index plus approprié dans la famille. Dans le cadre du cancer du sein et/ou de l’ovaire, 1012 patients ont bénéficié de cette procédure dans notre centre. Après routage, nous avons considéré que la consultation et l’analyse génétique étaient non justifiées chez 396 patients (39,1%), en raison de l’absence d’antécédents personnels et/ou familiaux évocateurs pour 304 patients (30%) ou en raison de l’existence d’un cas index plus approprié dans les familles de 92 patients (9,1%). Parmi les 616 patients restants, 85 (8,4%) ont bénéficié d’une consultation prioritaire fixée dans les 8 semaines et 531 (52,5%) d’une consultation prioritaire dont le délai moyen a été maintenu à 18 semaines. Les ressources humaines nécessaires pour 1012 patients ont été estimées à 0.12 ETP de secrétaires, 0.62 ETP de conseillers en génétique et 0.08 ETP d’oncogénéticiens. L’économie réalisée grâce à cette procédure sur environ 1000 patients a été évaluée à 30506 €, à 18480 € et à 3892 €, par rapport à des consultations réalisées respectivement par des oncogénéticiens uniquement, par des oncogénéticiens et/ou des conseillers en génétique, ou par des conseillers en génétique uniquement. Cette nouvelle procédure permet de supprimer plus de 1/3 des consultations, tout en assurant une expertise médicale pour l’ensemble des dossiers et une consultation individuelle avant l’analyse génétique, garantit une prise en charge prioritaire des consultations ayant un impact thérapeutique et optimise les interactions et la répartition des tâches entre conseillers en génétique et oncogénéticiens.

Gaelle COLLET (LYON), Nathalie PARODI, Kevin CASSINARI, Zoe NEVIERE, Fanny COHEN, Celine GASNIER, Francois LECOQUIERRE, Afane BRAHIMI, Jean-Christophe THERY, Isabelle TENNEVET, Elodie LACAZE, Pascaline BERTHET, Thierry FREBOURG
15:30 - 16:30 #12989 - CO074 Echange inter laboratoire de fichiers .vcf : un premier pas vers l’harmonisation des étapes de filtration et de l’interprétation biologique des données de séquence haut débit.
CO074 Echange inter laboratoire de fichiers .vcf : un premier pas vers l’harmonisation des étapes de filtration et de l’interprétation biologique des données de séquence haut débit.

Sous l’impulsion de l’ANPGM et avec le soutien des filières de soins maladies rares AnDDi-Rares et DéfiScience, se tiennent plusieurs fois par an des visioconférences nationales visant à l’échange des connaissances et des bonnes pratiques sur l’analyse de données de séquençage haut débit dans le diagnostic étiologique de la déficience intellectuelle (DI). Dans un souci d’amélioration et d’harmonisation des pratiques selon la norme ISO15189, il est apparu pertinent de mettre en place des échanges inter-laboratoire (CIL) sur ces données de séquençage haut débit. Deux types de données peuvent être ainsi échangés : les données de fastq, permettant de vérifier la qualité du pipeline bioinformatique, et des données .vcf, permettant de contrôler les étapes d’analyse et d’interprétation des données par les biologistes. Dans le travail rapporté, le CIL mis en place concerne les données .vcf.

Les stratégies diagnostiques pour la DI en France sont diverses : 10 laboratoires utilisent le petit panel DI-44 correspondant à la liste minimale de 44 gènes de DI analysée dans chacun des laboratoires, 5 analysent de grands panels de plus de 200 gènes et 3 ont choisi de séquencer l’exome au titre du diagnostic. Six dossiers, tous conclus avec au moins un variant de classe 4 ou 5, ont été sélectionnés : 2 analyses en simplex de panel DI-44, 2 analyses en simplex de panel DI-450 et 2 analyses d’exome clinique en trio. Le set des 6 analyses a d’abord été validé par deux laboratoires indépendamment afin de vérifier la concordance des résultats obtenus. Un résumé des données cliniques ayant motivé la demande de l’analyse et un fichier .vcf non annoté ont été mis à disposition pour les laboratoires souhaitant participer à cet échange interlaboratoire. Un formulaire de réponse en ligne est complété par chaque laboratoire participant.

Ce CIL est donc localisé en aval du pipeline bioinformatique : son objectif principal est de tester l’efficacité de la stratégie d’analyse des variants mise en place par les participants dans leur laboratoire (sources d’annotation des variants, critères de filtration, critères d’interprétation). L’objectif secondaire de ce CIL est d’évaluer la faisabilité de l’analyse de .vcf produits par d’autres laboratoires, ce qui va devenir une pratique courante avec le déploiement du Plan France Médecine Génomique 2025. Les résultats, attendus pour novembre 2017, seront présentés lors du congrès.

Ce travail permet de comparer l’efficacité des stratégies employées par les laboratoires français pour détecter les variants de classe 4 et 5 et ainsi aboutir au diagnostic moléculaire dans le cadre de la DI. Il constitue un point d’étape en vue de l’harmonisation des pratiques nécessaires à une prise en charge homogène des patients. Il s’inscrit dans l’objectif de rédaction de recommandations françaises d’analyse et interprétation des données NGS en amont du Plan France Médecine Génomique 2025.

Nicolas CHATRON (Bron), Amélie PITON, Wilfrid CARRE, Christèle DUBOURG, Bénédicte GERARD, Pascale SAUGIER-VEBER
15:30 - 16:30 #13220 - CO075 Méthodologie d’élaboration des parcours de soin maladies rares pour la plateforme AURAGEN.
CO075 Méthodologie d’élaboration des parcours de soin maladies rares pour la plateforme AURAGEN.

Dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025, la plateforme AURAGEN proposera dès la fin de l’année 2018 des examens de séquençage pan-génomique pour le diagnostic de maladies rares. L’organisation de cette plateforme représente un processus multi-étapes. En particulier, les définitions des indications et du rendu de résultat des interprétations d’examens sont floues. Dans l’attente de la mise en place du support d’institutions nationales, nous proposons une méthodologie de définition de ces deux points critiques du fonctionnement de la plateforme AURAGEN, synergique des filières de santé maladies rares.

Concernant les indications, nous demandons aux différentes filières de santé maladies rares de nous fournir des arbres décisionnels validés comprenant le positionnement du séquençage d’exomes et de génomes ainsi que les modalités de réalisation (cas-index, trio…). En lien avec l’UNESS, un questionnaire d’informations et une session de formation continue seront proposés à chaque nouveau prescripteur. L’inscription du dossier du patient dans une RCP d’interprétation sera demandée dès la prescription.

            Concernant le périmètre de l’interprétation, la plateforme AURAGEN rendra des résultats biologiques validés sous la forme d’une courte liste de variations d’intérêt médical. Nous proposons un support à l’interprétation par le cumul d’une curation bioinformatique et par l’avis de généticiens expérimentés proposant une classification des variations sélectionnées. L’interprétation finale et la validation diagnostique seront réservées à l’équipe du centre prescripteur. Dans les nombreuses situations où l’interprétation de variations seront complexes, le centre prescripteur pourra avoir recours à une RCP d’interprétation mise en place par la filière de santé maladies rares prenant en charge le groupe de maladies étudié.

            Nous présenterons une mise en pratique de l’interface web de formation, de prescription, le formulaire de saisie d’informations cliniques et le format de rendu des résultats aux prescripteurs.

Consortium AURAGEN, Julien THEVENON (La Tronche), Damien SANLAVILLE
15:30 - 16:30 #13257 - CO076 Listes de gènes nationales consensuelles pour le diagnostic génétique de myopathies par NGS établies par la filière FILNEMUS.
CO076 Listes de gènes nationales consensuelles pour le diagnostic génétique de myopathies par NGS établies par la filière FILNEMUS.

Plus de 200 gènes ont été impliqués à ce jour dans des myopathies monogéniques. Comme pour les autres champs de la génétique, l’implémentation du séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné le diagnostic génétique dans le domaine des myopathies, notamment par la transition des analyses classiques par séquençage Sanger vers des approches NGS majoritairement de type « panel de gènes ». Ceci a permis une augmentation du rendement diagnostique, mais généré sur le plan international et national une disparité importante des stratégies diagnostiques en raison d’une grande diversité de panels de gènes de myopathies utilisés, complexifiant la visibilité pour les cliniciens prescripteurs (« Quelle prescription d’analyses génétiques pour quelle indication, et où puis-je envoyer l’échantillon de mon patient atteint de myopathie ? »).

Nous avons abordé cette problématique sur le plan national depuis 2016 dans le cadre du Sous-groupe Génétique Moléculaire / Commission Outils diagnostiques, de notre Filière de Santé des Maladies Rares Neuromusculaires FILNEMUS.

Une concertation des neufs laboratoires hospitaliers impliqués dans cette thématique en France a permis de retenir des points clés essentiels pour une homogénéisation nationale du diagnostic génétique de myopathies par NGS. Une stratégie diagnostique consensuelle a été définie sur la base de 14 portes d’entrée cliniques, associées respectivement à la détermination soit de « listes de gènes uniques », ou de « listes de gènes principaux (Core genes) » associées à des « listes de gènes exhaustives ». Cette stratégie a été validée par un groupe d’expert cliniciens, et est actuellement en cours de mise en place par les laboratoires hospitaliers impliqués, qui déclareront les listes analysées sur le site www.filnemus.fr afin de clarifier l’offre diagnostique et d’expertise nationale. Cette homogénéisation permettra par ailleurs un échange de données inter-laboratoires, notamment pour une classification consensuelle de variants. Une actualisation annuelle des listes de gènes est prévue, ainsi qu’une intégration dans des arbres décisionnels actuellement en cours de réalisation dans la filière FILNEMUS. Par ailleurs, un lien étroit a été établi entre les actions spécifiques de FILNEMUS en faveur de l’homogénéisation nationale du diagnostic génétique de myopathies par NGS, et des actions transversales menées par l’ANPGM et le Réseau NGS-DIAG.

Martin KRAHN (Marseille), Valérie BIANCALANA, Laurence MICHEL-CALEMARD, Juliette NECTOUX, France LETURCQ, Céline BOUCHET-SÉRAPHIN, Cécile BOURDAIN-ACQUAVIVA, Mathieu CERINO, Emmanuelle CAMPANA-SALORT, Annamaria MOLON, Jon Andoni URTIZBEREA, Jean POUGET, Roseline FROISSART, John RENDU, François PETIT, Corinne METAY, Nathalie SETA, Damien STERNBERG, Julien FAURÉ, Mireille COSSÉE

Jeudi 25 janvier

Auditorium 450
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A36
15:30 - 16:30

Session Communications Flash 1
Bases génétiques, bioinfo, DPNI

Modérateurs : Jean MULLER (MCU-PH) (Strasbourg), Richard REDON (NANTES)
15:30 - 16:30 #13314 - CO061 Performances du Dépistage Prénatal Non Invasif de la Trisomie 21 en cas de grossesse gémellaire.
CO061 Performances du Dépistage Prénatal Non Invasif de la Trisomie 21 en cas de grossesse gémellaire.

Le nombre de grossesses gémellaires n’a cessé d’augmenter en France depuis plus de 25 ans pour atteindre 1,74% des naissances en 2014 (INED). Les algorithmes utilisés dans le calcul du risque de trisomie 21 dans le cadre du dépistage anténatal ne sont pas validés en cas de grossesse multiple. Face à l’absence d’un test de dépistage de la trisomie 21 fiable dans cette situation, l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française préconise la réalisation d’un test de dépistage prénatal non invasif de la trisomie 21.

Les laboratoires Biomnis et du CHU de Lyon réalisent ce test dans cette indication respectivement depuis décembre 2014 et avril 2016. Tous deux utilisent une approche de séquençage génome entier à faible profondeur. Le laboratoire Biomnis utilise une technologie Illumina (Verinata puis VeriSeq) alors que le CHU de Lyon utilise un séquenceur semiconducteur Proton (Life Technologies) et analyse des données avec le logiciel WISECONDOR (protocole Consortium H+). Le CHU de Lyon ne réalise pas d’estimation de la fraction fœtale.

Sur un total de 20107 tests réalisés, 1697 l’ont été pour des grossesses gémellaires (8.4%). L’âge moyen au prélèvement était de 34,1 ans contre 35,7 ans pour les grossesses simples. Le terme moyen de grossesse était de 15,9 semaines d’aménorrhée (SA) contre 16,8 SA en cas de grossesse simple. Sur 1695 résultats rendus, 13 étaient en faveur d’une trisomie 21 (0.77%), 1682 étaient négatifs pour la trisomie 21. Lors de la confirmation par caryotype sur ponction de liquide amniotique, 9 patientes étaient effectivement porteuses d’un fœtus trisomique 21 (grossesses bichoriales biamniotiques) dont un cas de trisomie 21 libre en mosaïque à 12%. Deux patientes ayant reçu un résultat positif sont perdue de vue ou en cours d’étude. L’un des deux cas de résultat faussement positif est une grossesse gémellaire pour laquelle l’un des fœtus est décédé pendant la réalisation du test sans qu’une étude cytogénétique n’ait pu être menée. Par ailleurs, nous avons identifié 2 résultats faux négatifs (naissance d’un enfant trisomique 21) dont un pour lequel le résultat avait été rendu douteux sur un premier prélèvement. En ne considérant que les prélèvements pour lesquels l’issue de grossesse est connue ce jour (n=862) on peut établir sur notre série des valeurs prédictives positive et négative du test de 81.8% et 99.7 % respectivement. Il est à noter que 9 tests ont été réalisés pour des grossesses triples. Les résultats étaient tous négatifs.

Si l’ensemble des issues de grossesse n’est pas encore connu, nos résultats montrent les bonnes performances du test de dépistage prénatal non invasif de la trisomie 21 en cas de grossesses gémellaires. Ces performances sont en accord avec les rares données de la littérature et doivent faire l’objet d’une collaboration de plus grande ampleur.

Jessica MICHEL (Lyon), Nicolas CHATRON, Pascal MOUTY, Mohamed TAOUDI, Sylvie VONO, Marie LUINO, Eudeline ALIX, Audrey LABALME, Carine ABEL, Jocelyne ATTIA, Cyril HUISSOUD, Jérôme MASSARDIER, Mona MASSOUD, Grégory EGEA, Marianne TILL, Marc NOUCHY, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Laure RAYMOND, Damien SANLAVILLE, Marc NOUCHY
15:30 - 16:30 #12752 - CO062 BANCCO : Banque Nationale des CNVs Constitutionnels.
CO062 BANCCO : Banque Nationale des CNVs Constitutionnels.

Les techniques de cytogénétique moléculaire, comme l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) permettent la détection de grands réarrangements, pertes ou gains de matériel génétique de plus de 1kb, nommés CNV (Copy Number Variation).

Ces CNVs sont souvent identifiés et associés à des maladies génétiques comme les déficiences intellectuelles. Plus de 100 000 analyses ACPA ont été réalisées à ce jour dans les laboratoires de diagnostic du réseau AchroPuce, et cette activité est évaluée à environ 20 000 analyses par an en France. Les technologies de séquençage à haut débit (NGS) permettent également de détecter les CNVs. L’un des enjeux majeurs de ces analyses (ACPA et NGS) est l’interprétation permettant de classer un CNV en pathogène ou bénin. Malheureusement de nombreux CNVs sont encore classés comme "VOUS" (Variant Of Unknown Significance) rendant le conseil génétique difficile. Connaître leur fréquence, dépendante de l’origine ethnique des patients, permettrait d’aider à leur interprétation. Afin de colliger les données de CNVs au niveau national et permettre le partage des informations facilitant leur interprétation, nous avons développé BANCCO (https://bancco.fr).

BANCCO est un système sécurisé permettant le stockage des données génomiques et phénotypiques grâce à une base de données PostgreSQL. BANCCO propose une interface web sécurisée conviviale développée en HMTL5, PHP et JavaScript et a obtenu l’accord CNIL (2071658v1).

Les utilisateurs ont accès à différents modules de saisie des données phénotypiques, d’import des CNVs (avec système de conversion automatique des coordonnées génomiques entre les 3 dernières versions du génome), de recherche de patients ou de CNVs selon différents critères et un Genome Browser permettant une visualisation simplifiée de l’ensemble des informations de BANCCO.

La description phénotypique des patients se fait à l’aide de l’ontologie HPO (Human Phenotype Ontology) recommandée par l’IRDiRC. Une fiche CNV présente le nombre d’observations, le mode de transmission, la liste des gènes, l’ensemble des CNVs issus de base de données publiques (dbVar, DGV et Clingen), les patients porteurs du même CNV avec un lien vers le centre de référence associé afin de faciliter les échanges et les collaborations, et l’ensemble des CNVs de BANCCO chevauchant ce CNV avec le pourcentage de couverture commune.

Dans le but de faciliter l’interprétation de ces mutations, BANCCO est lié à la base RDVD (Rare Disease Variant Database – https://rdvd.fr) contenant des SNVs (Single Nucleotide Variation) couplés également à des données phénotypiques.

Plusieurs formats d’import ont été implémentés afin de centraliser les données précédemment collectées par l’ensemble des centres. A ce jour BANCCO rassemble 34 157 CNVs identifiés chez 18 849 patients issus de 12 centres du réseau AChroPuce. Le phénotype est décrit à l’aide de 2 267 termes HPO permettant ainsi de faciliter l’interprétation des CNVs et le Match Making.

Jean-Pierre DESVIGNES (Marseille), David SALGADO, Frédéric BILAN, Quentin RICHE-PIOTAIX, Damien SANLAVILLE, Christophe BÉROUD
15:30 - 16:30 #12803 - CO063 CanDiD : solution de stockage et interface de filtration, de hiérarchisation et d’interprétation des variants génétiques identifiés par séquençage haut débit pour le diagnostic moléculaire en génétique constitutionnelle et somatique.
CO063 CanDiD : solution de stockage et interface de filtration, de hiérarchisation et d’interprétation des variants génétiques identifiés par séquençage haut débit pour le diagnostic moléculaire en génétique constitutionnelle et somatique.

Depuis l’implémentation  des séquenceurs haut débit (NGS) dans les laboratoires diagnostiques de génétique moléculaire et dans le contexte du plan National Médecine Génomique 2025, une des priorités est la maîtrise, standardisation et automatisation des pipelines bioinformatiques. L’INCa a initié le projet national « Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie». Dans ce cadre, notre équipe a développé des pipelines validés et automatiques ainsi qu’un outil interfacé de stockage et de manipulation de variants annotés. Cet outil répond à l’absence de solution gratuite suffisamment robuste et qualifiée pour le diagnostic. Actuellement, CanDiD est utilisé par les équipes partenaires et a permis de réaliser le diagnostic chez plus de 11000 patients en oncogénétique, en neurogénétique et en génétique des maladies métaboliques. CanDiD est en validation pour des applications en génétique somatique des cancers et en transfert vers d’autres centres de génétique.

CanDiD peut intégrer dans sa base de données (BDD) l’ensemble des variations et annotations issues des pipelines de NGS. Son système évolutif de type « clef-valeur » permet l’insertion dans la BDD de tout type de donnéesquel que soit le logiciel de « variant-calling » ou d’annotation utilisé. Après configuration de l’«application programming interface » (API) selon les besoins de chaque plateforme et type de diagnostic, les données sont mises à disposition, de manière sécurisée et standardisée, dans une interface graphique «utilisateur». Cette interface, en lien avec l’API, permet à l’utilisateur d’analyser les patients par série de validation personnalisable avec ses propres critères de filtration des variants. Il est possible (i) d’écrire des scenarii de validation linéaire afin de standardiser les analyses, optionnellement avec la création de sous jeux de données (augmentation des performances d’accès) et (ii) d’explorer à façon l’ensemble du jeu de données en accès complet avec la BDD via un moteur de requête graphique. CanDiD permet le calcul de la fréquence des variants et d’enregistrer des annotations privées de variants directement dans l’interface. L’utilisateur peut créer et organiser les annotations privées, notamment la classification en cinq classes selon les recommandations de l’ACMG, afin de conserver la mémoire de ces annotations et de garantir l’homogénéité d’interprétation des variants au fil du temps. Enfin, la gestion des droits permet, une fois le travail du généticien moléculaire terminé, de verrouiller en modification la série et d’exporter les données sous forme de rapport. Des liens contextuels vers les logiciels de navigation sur le génome sont paramétrés et les interfaces vers un système de gestion de laboratoire possibles. Les sources informatiques sont rendues librement disponibles sur un dépôt public localisé en France. https://gitlab.normandy-genomic-medicine.fr/

Raphaël LANOS (ROUEN CEDEX), Germain PAIMPARAY, Baptiste BRAULT, Sophie COUTANT, Antoine ROUSSELIN, Pascale SAUGIER-VEBER, Gaël NICOLAS, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Sophie KRIEGER, Agathe RICOU, André BLAVIER, Thierry LECROQ, Thierry FRÉBOURG, Dominique VAUR, Laurent CASTÉRA
15:30 - 16:30 #13402 - CO064 Identification à partir de 33 patients d’un nouveau syndrome lié à des variants de novo du gène CHD3.
CO064 Identification à partir de 33 patients d’un nouveau syndrome lié à des variants de novo du gène CHD3.

La famille des protéines de liaison au chromodomaine hélicase de l’ADN (CHD) est essentielle  au remodelage de la chromatine et utilise l’énergie issue de l’hydrolyse de l’ATP pour réguler la structure de la chromatine, modulant ainsi l’expression des gènes. Plusieurs gènes codant pour des protéines de cette famille ont été impliqués en pathologie humaine (CHD2, CHD7, CHD8) mais jamais CHD3  jusqu’à présent. Nous rapportons ici une série internationale de 33 patients, constituée grâce à GeneMatcher, porteurs de variants de novo dans CHD3, identifiés par NGS. Tous  les patients ont un retard de développement avec une hypotonie fréquente, une déficience intellectuelle légère à sévère et une atteinte marquée du langage. Les troubles du comportement sont fréquents. La plupart sont macrocéphales  avec une dysmorphie reconnaissable avec un front haut et large, un hypertélorisme, un épicanthus, un œdème sus orbitaire, des fentes palpébrales étroites et un menton pointu.  La plupart des variants sont des faux-sens et se situent dans le domaine ATPase/helicase ou à proximité. L’étude de l’impact fonctionnel de plusieurs de ces variants à l’aide de modèles cellulaires montre pour certains un impact sur l’activité ATPase. En conclusion, les variants du gène CHD3 sont responsables d’un nouveau syndrome neuro-développemental reconnaissable.

Alexandra AFENJAR (PARIS), Lot SNIJDERS BLOK, Boris KEREN, Caroline NAVA, Julien BURATTI, Claude ESTRADE, Corinne MACH, Aurélie LAFITTE, Mirna ASSOUM, Ana COHEN, Sophie EHRESMANN, Laurence FAIVRE, Elise FIALA, William GIBSON, Arnaud ISAPOF, Tjitske KLEEFSTRA, Ruth NEWBURY-ECOB, Robert M. PETROVICH, Jennifer PROPST, Julia RANKIN, André REIS, John D. ROBERTS, Diana RODRIGUEZ, Justine ROUSSEAU, Lawrence SHRIBERG, Motoki TAKAKU, Julien THEVENON, Paul A. WADE, Hannah WARREN, Marcia WILLING, Saskia B. WORTMANN, Philippe M. CAMPEAU
15:30 - 16:30 #12593 - CO065 Les mutations tronquantes de novo du gène HNRNPR sont responsables d’un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle, microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.
CO065 Les mutations tronquantes de novo du gène HNRNPR sont responsables d’un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle, microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.

La déficience intellectuelle (DI) touche 1 enfant sur 250, de causes génétiques, acquises et/ou environnementales. Alors que les formes sévères sont le plus souvent d’origine monogénique, les formes moyennes et modérées sont souvent liées à une conjonction de facteurs génétiques et environnementaux. Les causes génétiques en sont multiples avec un vaste ensemble de maladies rares ou exceptionnelles. Plus de 500 gènes OMIM sont associés à des DI isolées et près de 2000 gènes à des DI syndromiques. Au cours de ces dernières années, les nouvelles technologies de séquençage haut-débit pan-génomique ont largement prouvé leur efficacité à identifier les bases moléculaires des pathologies rares avec une grande hétérogénéité clinique et génétique. Cependant, de nombreux résultats demeurent non-concluants car les corrélations génotype-phénotype sont limitées par la rareté de la récurrence de la maladie. La mise en place d’un réseau de partage des données internationales a permis d’augmenter les chances d’identifier d’autres patients avec un phénotype similaire et de mettre en évidence de nouveaux syndromes.

Dans cette étude, nous rapportons le cas d’une patiente présentant une DI associée à une microcéphalie, une dysmorphie faciale, une brachydactylie, des pieds courts, ainsi qu’une hypoplasie du corps calleux. Un séquençage haut débit d’exome en trio a permis de mettre en évidence une mutation tronquante de novo, dans le gène HNRNPR. Trois patients additionnels ont été identifiés à la suite du partage des données par le réseau GeneMatcher. L’étude phénotypique a permis de retrouver des caractéristiques communes chez ces patients présentant tous une mutation tronquante sporadique du gène HNRNPR.

HNRNPR code pour une protéine de la superfamille des ribonucleo-protéines nucléaires (hnRNP) impliquées dans le métabolisme des acides nucléiques incluant le processus d’épissage, la stabilisation des ARNm ainsi que dans la régulation de la transcription et de la traduction. HNRNPR semble interagir spécifiquement avec les ARNm et impliqué dans des processus post-traductionnels. Le métabolisme des ARNm est particulièrement important pour le bon fonctionnement et la formation des synapses, ce qui explique que de nombreux gènes impliqués dans ce métabolisme sont associés à la DI. Les études fonctionnelles en cours sur les lignées cellulaires des patients permettront de mieux caractériser la fonction de la protéine HNRNPR et d’analyser l’impact des mutations tronquantes du gène HNRNPR dans le métabolisme des ARNm.

En conclusion, nous avons identifié un nouveau gène impliqué dans le métabolisme des ARNm, responsable de DI syndromique avec microcéphalie et agénésie/hypoplasie du corps calleux.

Ange-Line BRUEL (DIJON CEDEX), W. Alyson MACLNNES, Sébastien MOUTTON, Frédéric TRAN MAU-THEM, Floor Am DUIJUKERS, Megan CHO, Roger L. LADDA, Zoe POWIS, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
15:30 - 16:30 #13178 - CO066 Les mutation de novo gain de fonction du régulateur épigénétique SMCHD1 abrogent le développement nasal dans le syndrome d’arhinie-microphtalmie de Bosma.
CO066 Les mutation de novo gain de fonction du régulateur épigénétique SMCHD1 abrogent le développement nasal dans le syndrome d’arhinie-microphtalmie de Bosma.

L’arhinie-microphtalmie (syndrome de Bosma, BAMS) est une anomalie de développement extrêmement rare et frappante caractérisée par l’absence complète de nez avec ou sans  anomalie ophtalmologique.  Nous rapportons ici des mutations faux-sens du gène SMCHD1 (Structural Maintenance of Chromosomes flexible Hinge Domain containing 1) dans la totalité de 14 cas sporadiques d’arhinie-microphtalmie recrutés dans 6 pays. De manière remarquable, ces mutations sont confinées aux exons de SMCHD1 codant pour le domaine ATP-ase élargi de ce régulateur épigénétique aux rôles pléiotropiques : inactivation du chromosome X, mécanismes d’empreinte génomique et réparation de cassures d’ADN double brin. Sans exception ces mutations sont survenues de novo chaque fois que les ADNs parentaux ont pu être testés.

Des analyses biochimiques et des tests dans le modèle d’embryons de Xénope suggèrent fortement que les mutations BAMS se comportent comme des allèles gain de fonction. Elles s’opposent ainsi à d’autres mutations SMCHD1 identifiées dans la myopathie facio-scapulo-humérale de type 2 (FSHD2) faisant de cette situation un cas d’expansion phénotypique assez extrême (CT Gordon et al. Nat Genet 2017).

Nos résultats permettent d’établir que SMCHD1 est un acteur majeur du développement de la pyramide nasale et ont un impact sur la recherche de ses gènes cibles essentiels dans la régulation de la formation cranio-faciale, malgré la très petite fenêtre développementale de la placode nasale et de la vésicule optique. Par le biais de la pathologie moléculaire, ils contribuent aussi à une meilleure connaissance de cette protéine, notamment de sa fonction GHKL-ATPase, et des propriétés enzymatiques qui pourraient être, à rebours, exploitées dans le développement de traitements innovants de la myopathie facio-scapulo-humérale de type 2. 

Jeanne AMIEL, Chris GORDON, Shifeng XUE, Gökhan YGIT, Hicham FILLALI, Kelan CHEN, Sabine SIGAUDY, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Hülya KAYSERILI, Haziz SEFIANI, James MURPHY, Frédérique MAGDINIER, Nicolas LÉVY, Alex HILLMER, Duangrurdee WATTANASIRICHAIGOON, Stanislas LYONNET (Paris), Asif JAVED, Marnie BLEWITT, Bernd WOLLNIK , Bruno REVERSADE
15:30 - 16:30 #13238 - CO067 L’activation de FGFR3 perturbe la ciliogenèse et le transport d’IFT20 dans des modèles cellulaires humain et murin d’achondroplasie.
CO067 L’activation de FGFR3 perturbe la ciliogenèse et le transport d’IFT20 dans des modèles cellulaires humain et murin d’achondroplasie.

Des mutations gain-de-fonction de FGFR3 (fibroblast growth factor receptor 3) sont responsables de plusieurs formes de nanisme telles que l'achondroplasie, forme la plus fréquente; ainsi que la forme létale, le nanisme thanatophore. L'activation constitutive de FGFR3 perturbe le processus normal de croissance des os du squelette. Dans les ciliopathies squelettiques, caractérisées par des anomalies des protéines ciliaires, on retrouve également des anomalies de la croissance osseuse. L'impact des mutations gain-de–fonction FGFR3 sur le cil primaire dans les chondrocytes de la plaque de croissance est inconnu dans l’achondroplasie et le nanisme thanatophore.

Nous avons étudié le cil primaire dans des chondrocytes humain et murin porteurs de mutations FGFR3. Nous démontrons que dans les chondrocytes de la plaque de croissance dans l’achondroplasie, le nanisme thanatophore et les souris Fgfr3Y367C/+, la longueur du cil primaire était réduite et que la protéine IFT20 était anormalement localisée à la base du cil lorsque FGFR3 était activé. Nous montrons que l'inhibition de FGFR3 avec un inhibiteur des récepteurs tyrosine kinase (PD173074) rétablissait la longueur du cil primaire et la localisation de IFT20 au niveau de l’axonème du cil. Nous avons également étudié l'impact de la rapamycine, un inhibiteur de la voie mTOR, sur le cil primaire. L'inhibition de mTOR corrige positivement la longueur du cil primaire et la localisation intraciliaire d’IFT20. L’ensemble de ces résultats suggère que la désorganisation de la plaque de croissance observée dans l’achondroplasie et le nanisme thanatophore due au FGFR3 activé pourrait potentiellement être attribuée au cil primaire. En conclusion, les chondrodysplasies liées à des mutations FGFR3 semblent être une nouvelle forme de pathologie squelettique avec une ciliogenèse défectueuse.

 

Ludovic MARTIN (PARIS), Nabil KACI, Valentin ESTIBALS, Nicolas GOUDIN, Meriem GARFA-TRAORÉ, Catherine BENOIST-LASSELIN, Emilie DAMBROISE, Laurence LEGEAI-MALLET
15:30 - 16:30 #13436 - CO068 Les RASopathies : étude clinique et génétique de 27 patients tunisiens.
CO068 Les RASopathies : étude clinique et génétique de 27 patients tunisiens.

Les RASopathies est un groupe de pathologies autosomiques dominantes dues à des mutations des gènes de la voie RAS/MAPK. Ce mécanisme moléculaire commun est à l’origine d’une continuité phénotypique entre les RASopathies. Le syndrome de Noonan (SN) est la RASopathie la plus fréquente (1/1000 à 1/2500). Le syndrome cardio-facio-cutané (CFC) et le syndrome de Costello (SC) sont des RASopathies moins fréquentes mais plus sévères.

En Tunisie, les caractéristiques cliniques et génétiques des RASopathies sont peu étudiées.

L’objectif de notre travail était d’analyser le profil clinique et génétique des RASopathies chez une série de patients tunisiens et d’établir une corrélation génotype-phénotype.

Nous avons mené une étude descriptive rétrospective des patients suivis pour SN, syndrome CFC et SC au service des Maladies Congénitales et Héréditaires de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis sur une période de 10 ans (2006 à 2016). Les critères d’inclusion étaient cliniques basés sur des scores objectifs. L’étude moléculaire a été réalisée par séquençage de type Sanger et par séquençage de nouvelle génération (NGS) des gènes impliqués dans les RASopathies.

Vingt-sept patients atteints de Rasopathies ont été inclus dans notre étude dont 25 cas sporadiques et un cas familial. La majorité des patients (21/27) avaient un SN. 5/27 patients avaient un syndrome CFC et 1/27 patient avait un SC. L’âge moyen des patients au moment du diagnostic était de 10 ans. Tous les signes cardinaux des Rasopathies ont été retrouvés à savoir : le retard statural postnatal (85%), la dysmorphie faciale typique (85%), la cardiopathie (81%) avec une prédominance de la sténose pulmonaire valvulaire, les atteintes cutanées (85%), les malformations typiques du sternum (48%) et le retard psychomoteur (63%). Des signes moins fréquents ont été retrouvés à savoir : la cryptorchidie (5/10 des patients de sexe masculin), le retard pubertaire (4/7 adultes), la scoliose (4/27), le strabisme (4/27), la myopie (5/27) et la surdité (1/27). Aucun patient n’a développé de tumeur maligne ni bénigne.

L’étude moléculaire a confirmé le diagnostic chez 17/21 patients testés : 13/17 cas de SN dont un cas de syndrome de Noonan avec lentigines multiples, 3/3 cas de CFC, 1/1 cas de SC. Les gènes mutés étaient par ordre de fréquence : PTPN11 (6/17), SOS1 (3/17), RIT1 (2/17), MEK1 (2/17), RAF1 (1/17), BRAF (1/17), NRAS (1/17) et HRAS (1/17).

Chez 2/21 patients testés des mutations nouvelles ont été identifiées dans des gènes récemment décrits dans le SN : LZTR1 et KAT6B. Dans les 2 cas restants, aucune mutation n’a été identifiée.

Le spectre clinique et génétique des RASopathies dans notre population sont similaires à ceux des autres populations. Une meilleure connaissance de ces pathologies et l’application des techniques de NGS dans le diagnostic de routine permettront un diagnostic rapide des RASopathies, une prise en charge adaptée et un conseil génétique adéquat.

Hana SAFRAOU, Lilia KRAOUA, Nahla GHDIRA, Ines OUERTANI, Rym MEDDEB, Madiha TRABELSI , Faouzi MAAZOUL, Ridha M'RAD (tunis, Tunisie)

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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D36
15:30 - 16:30

Session Communications Flash 4
Bases génétiques, thérapies

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (PARIS), Annick TOUTAIN (PU-PH) (Tours)
15:30 - 16:30 #13112 - CO085 Diagnostic de l’hémochromatose chez des patients traités par phlébotomies : mauvaise interprétation des génotypes identifiés au locus HFE et sous estimations des causes secondaires d’hyperferritinémie.
CO085 Diagnostic de l’hémochromatose chez des patients traités par phlébotomies : mauvaise interprétation des génotypes identifiés au locus HFE et sous estimations des causes secondaires d’hyperferritinémie.

Introduction : Le diagnostic de l’hémochromatose (HC) liée au gène HFE associe une surcharge tissulaire en fer, ciblant principalement le parenchyme hépatique, et le génotype p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr]. L’association du génotype hétérozygote composite p.[Cys282Tyr];[His63Asp] avec la maladie demeure ambiguë. Ce génotype est considéré comme un facteur de risque par la plupart des sociétés savantes compte-tenu de sa plus grande fréquence en population générale et de l’observation d’une ou plusieurs causes secondaires de surcharge en fer chez une majorité de patients. De fait, le génotypage systématique de la variation p.His63Asp chez des sujets présentant des formes modérées de surcharge en fer n’est plus recommandé dans un certain nombre de pays européens.

Objectif : Nous avons posé la question de l’interprétation des génotypes observés au locus HFE chez des patients traités par phlébotomies en raison d’un diagnostic d’HC.

Matériel et Méthodes : 488 patients considérés comme atteints d’HC ont été recrutés dans 25 centres  de santé de l’Etablissement Français du Sang entre janvier 2012 et décembre 2015. Tous avaient une élévation de la ferritine sérique (≥300 µg/L chez les hommes; ≥200 µg/L chez les femmes non ménopausées). Les typages des variations p.Cys282Tyr et p.His63Asp ont été réalisés de manière exhaustive par PCR en temps réel. Un questionnaire médical a permis de recenser des données sociodémographiques, biologiques, cliniques et thérapeutiques et de proposer de manière rétrospective un diagnostic différentiel de l’hyperferritinémie. Le diagnostic d’HC était posé par les médecins prescripteurs des saignées (généralistes ou spécialistes).

Résultats : Les génotypes p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr] et p.[Cys282Tyr];[His63Asp] ont été observés chez 258 (54%) et 112 (23%) patients, respectivement. Près de 25% des patients (n=118) présentaient un génotype incompatible avec le diagnostic d’une HC. Les quantités de fer plasmatique (saturation de la transferrine) et de fer soustrait par phlébotomies étaient significativement inférieures dans ce troisième groupe de patients. Un syndrome métabolique (SM) était diagnostiqué chez 48,3% alors que 11,9% déclaraient une consommation excessive d’alcool. Le SM apparaissait être la cause majoritaire d’hyperferritinémie secondaire chez les patients p.[Cys282Tyr];[His63Asp] (56,3%), alors que l’association d’un SM et du génotype p.[Cys282Tyr];[Cys282Tyr] était observée chez un nombre significativement plus faible de patients (28,3%; p < 0,0001).

Conclusions : Notre étude démontre que l’HC liée au gène HFE est évoquée par erreur chez un nombre conséquent de patients traités par phlébotomies. Cela pose clairement la question de la formation médicale, en particulier chez les médecins généralistes. Elle confirme également que des recommandations hygiéno-diététiques pourraient bénéficier à une majorité de sujets p.[Cys282Tyr];[His63Asp] chez lesquels le SM semble sous-diagnostiqué.

Gerald LE GAC (BREST), Virginie SCOTET, Isabelle GOURLAOUEN, Carine L'HOSTIS, Marie-Christine MEROUR, Suzanne ASSARI, Claude FEREC
15:30 - 16:30 #12673 - CO086 La thérapie génique médiée par un virus associé à l’adénovirus (AAV9) restaure l’activité enzymatique dans un modèle murin pour une maladie de surcharge lysosomale, l’aspartylglucosaminurie.
CO086 La thérapie génique médiée par un virus associé à l’adénovirus (AAV9) restaure l’activité enzymatique dans un modèle murin pour une maladie de surcharge lysosomale, l’aspartylglucosaminurie.

Aspartylglucosaminuria (AGU) is an autosomal recessively inherited lysosomal storage disease. It is caused by the absence of functional lysosomal enzyme aspartylglucosaminidase (AGA), resulting in the accumulation of AGA substrate, aspartylglucosamine (GlcNAc-Asn) in different body fluids and tissues. In humans, AGU is a progressive disorder characterized by intellectual disability, skeletal abnormalities, and early mortality. Currently, there is no cure for AGU. Previous adenovirus-mediated gene therapy was demonstrated to be effective in locally reducing lysosomal storage in the brain (intraparenchymal route) and fully correcting it in liver (intravenous route, IV) of AGU mice. Over the past decade, adeno-associated virus (AAV) gene therapy has progressed rapidly and AAV9 vectors have been shown to confer a dramatic therapeutic improvement to neurological disorders. Therefore, we hypothesized that AAV9-based gene therapy may impart a therapeutic benefit to AGU mice. A construct carrying the codon-optimized human AGA gene was packaged into AAV9 capsids as a self-complementary (sc) genome. The scAAV9/AGA vectors were injected in the tail vein of adult AGU mice at 2x1011 vg/mouse. Serum AGA activity and urine GlcNAc-Asn excretion were measured at one week before and multiple time points post injection. Our results clearly show that IV injection of scAAV9/AGA vectors dramatically increases AGA activity 1 week post injection to a super physiological level (treated KO vs KO vs Het mice: 736.4±46.9 vs 0 vs 10.0±1.3 nmol/24hr/ml serum).  Serum AGA activity in about half of treated mice decreases but is still significantly higher than in heterozygous mice and those levels are sustained in all treated mice up to 32 weeks post injection. Urine GlcNAc-Asn excretion decreases substantially in scAAV9/AGA vector treated groups at 4 (treated KO vs KO vs Het mice: 13±14 vs 1132±473 vs 0 mg GlcNAc-Asn/g creatinine) and 8 (treated KO vs KO vs Het mice: 14±14 vs 786±429 vs 0 mg GlcNAc-Asn/g creatinine) weeks post injection. These results suggest that IV administration of scAAV9/AGA vectors can almost completely clear peripheral GlcNAc-Asn accumulation in AGU mice. Similar results have been achieved in mice dosed by lumbar intrathecal (IT) injection. In one mouse treated IT at the dose of 1x1011 vg, AGA activity was restored at physiological levels in both the brain (Het mouse vs KO vs treated KO: 271.2 vs 102.9 vs 235.1 µmol/h/g of protein) and the liver (Het mouse vs KO vs treated KO: 68.6 vs 7.0 vs 70.4 µmol/h/g of protein). In mice treated IV at the dose of 1x1012 vg and IT at the dose of 1x1011 vg, a normal mobility behavior was restored in a 5-minute open field test. Imaging, and histopathological staining are being used to further determine if these benefits extend to the central nervous system. The results from the study suggest that gene therapy could be considered for possible future human translation.

Chen XIN, Sarah SNANOUDJ-VERBER (Caen), Laura POLLARD, Sara CATHEY, Steven GRAY
15:30 - 16:30 #12851 - CO087 Une nouvelle entité clinique et génétique : l’identification d’un nouveau gène impliqué dans les formes précoces d’Insuffisance pancréatique exocrine isolée .
CO087 Une nouvelle entité clinique et génétique : l’identification d’un nouveau gène impliqué dans les formes précoces d’Insuffisance pancréatique exocrine isolée .

 

 

Les causes classiques d’Insuffisance Pancréatique Exocrine (IPE) de l’enfant sont la mucoviscidose et le syndrome de Shwachman-Diamond .Ces maladies sont dues à des mutations dans les gènes CFTR (OMIM #602421) et SBDS (OMIM #607444) respectivement. En général les patients atteints de ces deux maladies génétiques présentent d’autres atteintes cliniques que sont une infection/inflammation pulmonaire  dans la mucoviscidose et des anomalies hématologiques avec une mono ou pluri cytopénie et des anomalies osseuses dans le Shwachman-Diamond (S.D).Une caractéristique histopathologique retrouvée dans le S.D est la lipomatose pancréatique.

L’IPE isolée dans les premières années de vie est exeptionnelle .Nous avons  recherchéune cause génétique à la suite de la découverte chez deux jeunes enfants à quelques mois de vie d’une I.P.E. isolée .Les recherches de mutations dans les gènes CFTR et SBDS ont tout d’abord été  négatives et nous avons alors analysé les gènes majeurs impliqués dans la synthèse du trypsinogène c.a.d PRSS1 (OMIM #276000), SPINK1 (OMIM# 167790) et CTRC (OMIM# 601405).L’analyse moléculaire de PRSS1 et CTRC s’ est révélée négative cependant  nous avons mis en évidence deux mutations perte de fonction dans le gène SPINK1 .Chez le premier enfant, issu de parents consanguins , une absence d’amplification des exons du gène SPINK1 nous permet de mettre en évidence une délétion complète à l’état homozygote de 37.194 bp qui implique seulement le gène SPINK1.Chez notre second patient les deux derniers exons de SPINK1 étudiés par H.R.M étaient absents ce qui nous a conduit à proposer l’hypothèse d’une insertion sur les deux allèles ,en augmentant le temps d’extension de nos cycles de PCR de 30 à 45 secondes nous avons pu montrer un la présence d’un produit d’insertion de 400pb de long présent à l’état hétérozygote chez chacun des parents également consanguins ,le séquençage de ce produit nous montre qu’il s’agit d’une séquence Alu de 359 pb dans la region 3’ non traduite du gene SPINK1

Nous avons ensuite cloné la séquence normale et la séquence portant l’insertion Alu de SPINK1dans le vecteur pcDNA3.1/V5-His-TOPO.La transfection des cellules HEK293T par le vecteur portant le mutant nous montre une absence totale de transcrit SPINK1. 

Nous rapportons  ici les premiers cas d’ I.P.E. isolée qui présentent des manifestations cliniques identiques (apparition d’ une I.P.E isolée à partir de l’age de 5 mois ,lipomatose diffuse du pancréas ,absence d’ autres anomalies cliniques ,et un développement normal après traitement par enzymothérapie)

 

En conclusion nous apportions ici les évidences cliniques et génétiques qui définissent une nouvelle pathologie pédiatrique ie une insuffisance pancréatique exocrine severe et isolée issociée à une perte de function complete du gene SPINK1.De plus cette insertion Alu identifiée ici est la première insertion Alu survenant dans la region 3’ UTR d’un gene qui est responsable de la survenue d’une maladie génétique.

 

 

 

 

 

 

Emmanuelle MASSON, Claude FEREC (BREST CEDEX 2)
15:30 - 16:30 #13147 - CO088 The potential therapeutic effect of lysine deacetylase inhibition in dominant optic atrophy.
CO088 The potential therapeutic effect of lysine deacetylase inhibition in dominant optic atrophy.

Mutations in the mitochondrial fusion OPA1 gene are related to the most common form of optic atrophy, Autosomal Dominant Optic Atrophy (ADOA). On the cellular level, OPA1 gene mutations lead to an increased cell-sensitivity to apoptosis, bioenergetics dysfunction tied to mitochondrial control quality dysregulation. Moreover, evidence of acute ROS production in OPA1+/- drosophila model and in DOA patients cells indicate a role for oxidative stress in this pathogenesis. While the precise mechanism behind which lysine acetylation modulates cellular redox status remains unclear, it has proved beneficial in various pathological processes, notably by controling antioxydant defense.

 

To improve our knowledge on the mechanisms underlying the cellular redox status and the ROS production in ADOA, we performed the present in vitro study to precise the mechanisms behind which lysine acetylation modulate the derangements in mitochondrial structure and function consequent to OPA1 deficiency.

 Our results performed on fibroblasts obtained from skin of ADOA patients demonstrate that pharmacological modulation of cellular acetylation reverses the hallmarks of OPA1-induced mitochondrial dysfunctions through increased mitochondrial biogenesis, modulation of mitochondrial dynamics mediators and upregulation of antioxidant defense mechanisms. Altogether, our results show that novel strategy treatment of DOA requires a fine tuning of the cell’s redox status possibly through a modulation of lysine deacetylases.

Mariame Selma KANE, Jennifer ALBAN, Philippe CODRON, Valérie DESQUIRET DUMAS, Naïg GUEGUEN, Jane JARDINE, Vincent PROCACCIO, Guy LENAERS, Pascal REYNIER, Arnaud CHEVROLLIER (Angers cedex 9)
15:30 - 16:30 #13394 - CO089 Analyse intégrée du grand projet de séquençage MYOCAPTURE d’identification de nouveaux gènes de myopathies.
CO089 Analyse intégrée du grand projet de séquençage MYOCAPTURE d’identification de nouveaux gènes de myopathies.

Les myopathies congénitales touchent des enfants et adultes dans toutes les populations, et représentent une charge importante pour les patients, leurs familles, et le système de santé publique. Elles sont potentiellement létales et généralement associées à une faiblesse musculaire, des problèmes respiratoires, et un développement moteur retardé. Elles comprennent plus de 10 étiologies qui varient en symptômes, complications et options de traitement, et qui se distinguent par la prédominance d’anomalies histologiques particulières sur biopsie musculaire comme des noyaux centraux, des bâtonnets de némaline, ou des agrégats tubulaires. Malgré les efforts ambitieux de la recherche, les bases moléculaires de la moitié de ces maladies rares sont toujours inconnues.

Afin d’identifier de nouveaux gènes de myopathies, nous avons séquencé plus de 1000 exomes de patients et leurs familles dans le cadre de MYOCAPTURE, un consortium regroupant 7 équipes de recherche françaises, la banque d’ADN du Généthon, et l’institut de Génomique. A travers l’analyse des données, nous avons obtenus les résultats majeurs suivants :

·     Environ 10% des familles portent des mutations dans les gènes connus correspondant à leur présentation clinique et histopathologique. Il s’agit principalement de très grands gènes comme TTN ou NEB, qui n’ont pas été exclus par les méthodes de routine.

·       Environ 15% des familles ont des mutations dans des gènes connus qui ne concordent pas avec la clinique et l’histologie, démontrant que l’hétérogénéité génétique et phénotypique des myopathies est sous-estimée, et que ce groupe de maladies nécessite potentiellement une reclassification.

·       Environ 10% des familles portent des mutations dans des nouveaux gènes, et nous les avons validés par analyses de ségrégation et études fonctionnelles. Parmi ces nouveaux gènes, certains ont un rôle physiologique connu dans le muscle comme la myosine MYO18B, la protéine structurale MYPN, ou le canal calcique DHPR. D’autres n’avaient pas de fonction musculaire connue comme l’oxido-réductase PYROXD1 ou la kinase ZAK.

·       En dehors des familles encore sous investigation, l’analyse par exome n’a pas pu identifier la cause génétique dans une partie importante des patients, indiquant la limite de l’approche et appelant d’autres méthodes de séquençage.

L’identification de mutations dans des gènes connus et des nouveaux gènes a significativement élargi le spectre clinique et génétique des myopathies congénitales, a amélioré le diagnostic moléculaire et la prise en charge des patients, et a contribué à la compréhension des mécanismes et voies impliquées dans la fonction musculaire normale et pathologique. De plus, les nouveaux gènes et leurs voies représentent des cibles pour des approches thérapeutiques.

 

Jocelyn LAPORTE, Raphael SCHNEIDER, Edoardo MALFATTI, Gisèle BONNE, France LETURCQ, Juliette NECTOUX, Isabelle NELSON, Isabelle RICHARD, Martin KRAHN, Safaa SAKER, Marc BARTOLI, Valérie BIANCALANA, Anne BOLAND, Julie THOMPSON, Norma ROMERO, Johann BÖHM (ILLKIRCH)
15:30 - 16:30 #13510 - CO090 Paraparésie spastique SPG5: place des oxystérols dans le diagnostic et le traitement.
CO090 Paraparésie spastique SPG5: place des oxystérols dans le diagnostic et le traitement.

Les paraparésies spastiques héréditaires font partie d’un groupe croissant et très hétérogène de maladies neurodégénératives caractérisées par une spasticité aux membres inférieurs. L'hétérogénéité génétique est telle que les biomarqueurs plasmatiques sont indispensables afin de guider les analyses moléculaires des paraparésies spastiques. La paraparésie spastique de type 5 (SPG5) est une maladie autosomique récessive due aux mutations du gène CYP7B1 qui code pour un cytochrome P450 impliqué dans le métabolisme du cholestérol et des acides biliaires. 

Nous avons développé une méthode de spectrométrie de masse ultrasensible afin de valider deux oxystérols, les 25- et 27-hydroxycholestérol, comme biomarqueurs diagnostiques dans une cohorte de 21 patients atteints de SPG5. Chez 14 patients, le diagnostic a été initialement suspecté sur la base d’analyses moléculaires, puis confirmé par le dosage des oxystérols. Chez 7 patients, le diagnostic a été orienté initialement vers SPG5 en raison de l’élévation plasmatique des oxystérols, puis confirmé secondairement par l’identification de deux mutations causales dans CYP7B1. Les courbes ROC ont montré que les oxystérols pouvaient distinguer les patients SPG5 des témoins avec une sensibilité et une spécificité de 100% .

Grâce à la robustesse des oxystérols, nous avons par la suite mené un essai thérapeutique de phase 2 chez 12 patients SPG5 recrutés sur l’ensemble du territoire français (Bordeaux, Dijon, Lyon, Montpellier, Nîmes, Paris, Rennes). Nous avons testé l’effet de trois molécules candidates (atorvastatine, acide chénodéoxycholique, resvératrol) sur le profil des oxystérols et des acides biliaires plasmatiques. L’essai consistait en trois phases de traitement de deux mois, séparées d’une période de quatre mois chacune, dont l’ordre des traitements était randomisé. En utilisant un modèle de régression linéaire mixte, nous avons mis en évidence une diminution significative du 27-hydroxycholestérol plasmatique sous atorvastatine (p < 0,001). Nous avons également mis en évidence un profil d’acides biliaires anormal chez les patients SPG5 avant traitement – baisse des acides biliaires totaux et baisse des acides ursodéoxycholique et lithocholique comparativement à l’acide déoxycholique – qui s’est normalisé sous acide chénodéoxycholique. 

En conclusion, la combinaison d’atorvastatine et acide chénodéoxycholique doit être considérée dans les essais thérapeutiques à venir dans SPG5. Les oxystérols confirment par ailleurs leur intérêt comme biomarqueurs dans SPG5 et doivent être réalisés en première intention chez tout patient présentant une paraparésie spastique inexpliquée.

Cecilia MARELLI, Foudil LAMARI, Dominique RAINTEAU, Elodie PETIT, Guillaume BANNEAU, Marie-Lorraine MONIN, Giovanni STEVANIN, Alexandra DURR, Cyril GOIZET, Fanny MOCHEL (PARIS)
15:30 - 16:30 #13284 - CO091 Etude des variants génétiques contribuant au syndrome Gilles de la Tourette dans une cohorte française de 120 individus.
CO091 Etude des variants génétiques contribuant au syndrome Gilles de la Tourette dans une cohorte française de 120 individus.

Le syndrome Gilles de la Tourette (SGT) est une maladie neurologique à composante  génétique caractérisée par des tics involontaires, se traduisant par des mouvements (tics moteurs) ou des vocalisations (tics vocaux). En dépit de larges études visant à caractériser les facteurs génétiques favorisant sa survenue, les gènes et mécanismes en cause restent largement méconnus. Des variants rares des gènes SLITRK1 and HDC ont été rapportés dans de rares familles, mais la signification de ces variants reste actuellement controversée. Nous avons entrepris l’étude des facteurs génétiques impliqués dans une cohorte de patients française constituée de 120 individus par une combinaison d’approches visant à rechercher des microréarrangements par puce à ADN de type SNP et des variants rares par séquençage d’exome de cas index ou de trios lorsque les deux parents étaient disponibles. Par ailleurs, les gènes HDC, SLITRK1 et cinq gènes paralogues (SLITRK2-6) ont été séquencés dans l’ensemble de la cohorte. Treize variants rares de ces 7 gènes ont été identifiés chez 12 patients. L’étude de l’exome de ces 12 patients dans une hypothèse d’oligogénisme a permis de mettre en évidence des variants rares dans des gènes candidats  exprimés dans les noyaux gris centraux tels que OPRK1, OPRM1, PCDH10, NTS, NTSR1, et NTSR2. L’étude de la fréquence des variants de ces gènes dans la cohorte et la comparaison avec une cohorte de 785 individus contrôles appariés a montré que les variants de OPRK1, codant pour le récepteur aux opioïdes kappa, étaient plus fréquentes chez les patients atteints de SGT que chez les individus témoins. Ces résultats sont en faveur d’une étiologie complexe du SGT et suggèrent que l’altération de la voie des opioïdes est un des facteurs contribuant ou prédisposant au SGT.

Christel DEPIENNE (Essen, Allemagne), Oriane TROUILLARD, Delphine BOUTEILLER, Caroline NAVA, Agnès RASTETTER, Boris KEREN, Alexis BRICE, Yulia WORBE, Emmanuel ROZE, Andreas HARTMANN
15:30 - 16:30 #13439 - CO092 Séquençage NGS ciblé (panel) vs. Whole Exome Sequencing : quelle stratégie adopter pour le diagnostic des neuropathies périphériques héréditaires (Charcot-Marie-Tooth et apparentées) ?
CO092 Séquençage NGS ciblé (panel) vs. Whole Exome Sequencing : quelle stratégie adopter pour le diagnostic des neuropathies périphériques héréditaires (Charcot-Marie-Tooth et apparentées) ?

Les neuropathies périphériques héréditaires (Maladie de Charcot-Marie-Tooth et apparentées) sont les plus fréquentes maladies neurologiques d’origine génétique (prévalence > 1/2500). Elles se révèlent par des tableaux cliniques variés : sensitives pures, motrices pures, sensitivo-motrices ou syndromiques. Ces tableaux peuvent même être recouvrants avec d'autres entités cliniques, paraplégies spastiques ou ataxies, par exemple. Plus de 90 gènes ont été impliqués à ce jour dans ces différentes neuropathies héréditaires, avec tous les modes de transmission possibles. Le diagnostic moléculaire est donc assez complexe dans ce cadre nosologique. Il y a quelques années, la technologie NGS a permis d'améliorer fortement le diagnostic moléculaire en criblant la totalité des gènes connus en une seule expérience. Mais, récemment, le séquençage de l'exome entier (WES) a ouvert de nouvelles perspectives. Quelle est donc la meilleure stratégie diagnostique à adopter concernant ces neuropathies ?

Nous avons conçu, il y a 4 ans, un panel personnalisé Ampliseq contenant l’ensemble des 93 gènes connus à l'époque pour être impliqués dans les CMT et pathologies proches. Grâce à cette approche, le diagnostic a pu être posé de façon certaine dans 56% des cas (contre 25% des cas par séquençage Sanger classique) sur 475 patients. Le coût estimé pour notre séquençage NGS ciblé 93 gènes est de 400 € (coût temps-technicien inclus). Chez ces patients, nous avons obtenu en moyenne 372 variants par patient, dont en moyenne 54 avaient une fréquence allélique inconnue ou inférieure à 3%. Ces variants ont alors été examinés attentivement en relation avec le phénotype du patient (clinique, EMG, biopsie) pour donner le diagnostic.

Plus récemment, nous avons testé le séquençage de l’exome complet de patients CMT qui n'avaient pas été diagnostiqués par le NGS ciblé. Nous avons obtenu en moyenne 153900 variants par individu, dont en moyenne 76286 avaient une fréquence allélique inconnue ou inférieure à 3%. La détection de nouvelles mutations pathogènes nécessite donc l’analyse d’individus supplémentaires de la famille, tels que les parents de l’individu atteint (analyse en trio) ou des apparentés éloignés. L’analyse du trio permet de réduire à 14002 le nombre de variants lorsque la transmission est dominante et à 3535 lorsque la transmission est récessive. Ce nombre de variants est encore beaucoup trop important pour conclure facilement. Seule l’analyse d’un plus grand nombre d’apparentés permet alors de poser un diagnostic positif. De plus, le coût-patient que nous estimons aujourd'hui est de 2789 € par patient, ce qui est 7 fois plus élevé que le coût du NGS ciblé.

Pour toutes ces considérations, nous préconisons donc de continuer à proposer l'approche NGS ciblé en première intention (avec l’utilisation d’un panel ciblé le plus exhaustif possible) et de réserver l’utilisation du WES à des cas non-diagnostiqués en NGS ayant plusieurs cas accessibles pour l'analyse, dans leur famille.

Anne-Sophie LIA (Limoges), Corinne MAGDELAINE, Hélène DZUGAN, Paco DEROUAULT, Franck STURTZ

Jeudi 25 janvier

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C36
15:30 - 16:30

Session Communications Flash 3
Oncogénétique, cœur, CNV

Modérateurs : Cédric LE MARECHAL (BREST), Catherine NOGUES (Praticien - Chef de Département) (Marseille)
15:30 - 16:30 #13410 - CO077 Recommandations européennes pour la prise en charge de la mort subite cardiaque.
CO077 Recommandations européennes pour la prise en charge de la mort subite cardiaque.

En novembre 2016, le PPPC de l’ESHG a organisé un workshop interdisciplinaire à la Fondation Brocher sur les aspects éthiques, juridiques et pratiques (y compris économiques) de l'analyse génétique post mortem dans les cas de mort subite d’origine cardiaque chez les jeunes adultes, réunissant des membres du PPPC et 12 experts en médecine forensique, en cardiologie, en génétique et en droit d'Europe et du Canada.

Les tests génétiques post-mortem peuvent être pertinents pour des raisons médicales (par exemple, identifier les causes de décès, recommander des stratégies de prévention pour les parents survivants), ainsi que pour des raisons de santé publique ou de recherche. Bien que les procédures d'autopsie soient disponibles, celles-ci intègrent mal les tests génétiques post-mortem. L'objectif de l'atelier était de remédier au manque de coordination entre le domaine judiciaire et médical et les réglementations respectives en rédigeant des recommandations.

Cette présentation abordera les défis des tests génétiques post-mortem et l'utilisation des résultats à des fins médicales.

Une liste de recommandations sera présentée pour améliorer la communication et l'harmonisation entre les professionnels impliqués dans ces analyses post-mortem, afin d'améliorer l'adhésion aux directives existantes chaque fois que cela est disponible, tout en suggérant des conseils supplémentaires en absence de procédures.

Contributeurs: C Basso, Padua, Italy ; S Boers, Utrecht, The Netherlands ; P Charron, Paris, France; A Clarke, Cardiff, UK; M Cornel, Amsterdam, The Netherlands; E Delmarre, Angers, France; AM Duguet, Toulouse, France ; C van El, Amsterdam, The Netherlands; F Fellmann, Lausanne, Switzerland; F Forzano, London, UK; H Howard, Uppsala, Sweden; S Kauferstein, Frankfurt, Germany; K Michaud, Lausanne, Switzerland; H Kayserili, Istanbul, Turkey; A Lucassen, Southampton, UK; A Mendes, Porto, Portugal; C Patch, London, UK; D Radojkovic, Belgrade, Serbia; E Rial-Sebbag, Toulouse, France; A Sajantila, Helsinki, Finland; M Sheppard, London, UK; AM Tassé, Canada; S Temel, Turkey; A Wilde, Amsterdam, the Netherlands; C Yakicier, Istanbul,Turkey

Florence FELLMANN (Dudelange, Luxembourg)
15:30 - 16:30 #13354 - CO078 Une mutation du gène CALM3 responsable de syndrome du QT long congénital dans une famille française.
CO078 Une mutation du gène CALM3 responsable de syndrome du QT long congénital dans une famille française.

Introduction La calmoduline, codée par les gènes CALM1-3, est une protéine multifonctionnelle qui régule entre autres l’activité de plusieurs canaux ioniques cardiaques. Récemment, des mutations hétérozygotes dans ces 3 gènes, codant la même protéine, ont été identifiées comme responsables de formes rares de syndrome du QT long (SQTL) et de tachycardie ventriculaire catécholaminergique (TVC), le plus souvent sévères, incluant des mutations de novo. Nous avons identifié une nouvelle mutation dans une grande famille de SQTL, dont l’origine de la maladie est restée longtemps inconnue.

Méthodes Les exomes de 3 sujets atteints et 2 sujets sains ont été séquencés par Integragen. Des cellules HEK293 ont été co-transfectées avec des plasmides sauvages (h-CALM3-WT) ou mutés (N138K and D130G) de la calmoduline humaine et avec les 3 sous-unités du canal calcique cardiaque Cav1.2 pour analyser le courant calcique par la technique de patch-clamp en cellule entière. Des protéines CALM-WT et mutées ont été purifiées et leur affinité pour les domaines N- et C-terminales de liaison au calcium a été étudiée.

Résultats : Après avoir exclu tous les gènes connus comme impliqués dans le SQTL, nous avons identifié un nouveau variant faux sens, p.N138K, dans le gène CALM3, coségrégeant avec le phénotype atteint SQTL. Ce variant affecte une asparagine très conservée localisée dans le 4ème site de fixation au calcium de la calmoduline. Deux enfants sont décédés de mort subite et les 9 autres porteurs de la famille sont asymptomatiques mais ont, pour la plupart, été traités par un béta-bloquant. La longueur moyenne de l’intervalle QTc est de 494 +/-21 ms. Les enregistrements des courants calciques dans les cellules exprimant N138K-CALM ont montré une inactivation significativement perturbée comparée au WT, néanmoins moins lente que pour le variant D130G qui a été associé à des phénotypes très sévères. L’affinité du domaine C-terminale pour le calcium est 10 fois plus faible pour le N138K-CALM que pour le WT-CALM, alors que l’affinité du domaine N-terminale reste inchangée.

Conclusion : La nouvelle mutation identifiée dans CALM3, p.N138K, dans une grande famille de SQTL modifie l’affinité de la calmoduline pour le calcium et l’inactivation du canal calcique cardiaque en accord avec le phénotype moins sévère dans cette famille comparée à d’autres variants de la calmoduline publiés récemment. Les gènes codant la calmoduline, CALM1, CALM2 et CALM3 doivent être séquencés chez tous les patients atteints de SQTL, de TVC, ou de mort subite cardiaque inexpliquée chez les sujets jeunes.

Koichi KATO (Paris), Holly M. ISBELL , Véronique FRESSART, Amal DEBBICHE, Isabelle DENJOY, Alain COULOMBE, Alfred L. GEORGE, Hideki ITOH, Madeline A. SHEA, Pascale GUICHENEY
15:30 - 16:30 #13097 - CO079 Variations du nombre de copies (CNV) et pathologies autosomiques récessives.
CO079 Variations du nombre de copies (CNV) et pathologies autosomiques récessives.

Les variations du nombre de copies (CNV) participent à la variabilité génétique au même titre que les variations nucléotidiques (SNV). Leur impact dans le spectre mutationnel de nombreuses maladies génétiques a été rapporté à plusieurs reprises. Néanmoins, leur contribution dans la pathogénicité des maladies récessives a probablement été sous-estimée jusqu’à présent. Nous rapportons 19 observations recrutées par une étude collaborative nationale au travers du réseau AChroPuce illustrant les différentes situations impliquant des CNV dans la pathogénicité de diverses maladies autosomiques récessives. Il s’agit (1) de CNV homozygotes dans un contexte de consanguinité ; (2) d’hétérozygotie composite avec soit deux CNV de tailles différentes, soit un CNV associé à un variant pathogène sur l’autre allèle identifié par séquençage. Malgré leur potentielle implication en pathologie, certains CNV sont rapportés dans la base de données Database of Genomic Variants (DGV), soulignant l'importance du contexte clinique pour l'interprétation d'analyses chromosomiques sur puce à ADN (ACPA) en diagnostic. Trois patients ont été étudiés par séquençage complet du génome (WGS) dans le cadre du projet pilote WGS (filières de santé DéfiScience et AnDDi-Rares et le CNG), confirmant que cette technologie permet de détecter simultanément CNV et/ou SNV. Le WGS permet également une meilleure couverture des gènes et une meilleure résolution pour la détection des CNV. Nous proposons une stratégie pour l’identification de ce type d’hétérozygoties composites impliquant un CNV en exploitant les données de séquençage haut-débit et d’ACPA actuellement disponibles.

Jérémie MORTREUX (MARSEILLE), Khaoula KHACHNAOUI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Nicolas CHATRON, Roseline FROISSART, David GENEVIÈVE, Delphine HÉRON, Boris KEREN, James LESPINASSE, Cyril MIGNOT, Gwenaël NADEAU, Sylvie ODENT, Céline PEBREL-RICHARD, Jacques PUECHBERTY, Massimiliano ROSSI, Damien SANLAVILLE, Mathias SCHWARTZ, Damien STERNBERG, Marianne TILL, Philippe VAGO, Sandra WHALEN, Nicole PHILIP, Chantal MISSIRIAN
15:30 - 16:30 #12787 - CO080 Recherche des bases moléculaires de phénotypes extrêmes de cancer par séquençage d'exome.
CO080 Recherche des bases moléculaires de phénotypes extrêmes de cancer par séquençage d'exome.

En cancérologie, un phénotype extrême peut être défini par un âge de survenue particulièrement précoce pour l’organe concerné, le développement de plusieurs tumeurs primaires chez le même patient et/ou l’agrégation de nombreux cas de cancers du même spectre dans une branche familiale. Dans ces situations, une prédisposition génétique est fortement suspectée. Lorsque les analyses par panel diagnostic sont négatives, la poursuite des investigations peut être proposée dans une démarche de recherche, en mettant à profit le séquençage de l’exome. Différentes stratégies peuvent être employées : une analyse en trio permet d’identifier des mutations « de novo » pour les cas sporadiques selon le modèle puissant dont l’efficacité a été démontrée dans le domaine des maladies rares ; ou une analyse à partir de 2 apparentés les plus éloignés dans le cas d’une forme familiale permet d'identifier des mutations communes. Pour cela, des patients avec cancer du colon avant 35 ans, cancers de l’ovaire avant 40 ans, et cancers du sein dans les familles avec plusieurs cas de cancer du sein masculin (CSM) sont recrutés de façon prospective. Cette approche a permis d’identifier plusieurs gènes candidats. L’exemple de l’identification du gène ATR comme un gène candidat de prédisposition au cancer du sein chez l’homme sera présenté.

ATR est un acteur majeur du contrôle du cycle cellulaire et de la réparation de l’ADN. Une mutation tronquante a été identifiée chez un patient recruté en raison de l’existence de plus d’un CSM dans sa famille. Elle est absente des bases de données ExAC et gnomAD. Le séquençage ciblé de ce gène sur une cohorte de réplication composée majoritairement de CSM et de patientes à très haut risque de cancer du sein a permit d’identifier une seconde mutation chez un autre cas de CSM dans le site accepteur d'épissage du dernier exon d’ATR, ainsi que 7 variants de signification inconnue. L’étude fonctionnelle de l’impact du premier variant d’ATR montre une diminution de son expression et une diminution de la phosphorylation de CHEK1, principal effecteur de la réparation de l’ADN médiée par ATR. Il n'a pas été identifié d'expression de transcrit tronqué, ni de perte d'hétérozygotie dans la tumeur du patient. Ces données, en accord avec la littérature indiquant que les cellules et les souris totalement déficientes en ATR ne sont pas viables, permettent d'émettre l'hypothèse que l'haploinsuffisance d'ATR engendre une instabilité génomique modérée mais suffisante pour aboutir à la transformation tumorale.

Martin CHEVARIN (Dijon), Nicolas BOURGON, Yannis DUFFOURD, Amandine BAURAND, Caroline JACQUOT, Geoffrey BERTOLONE, Jeremy SKRZYPSKI, Sophie NAMBOT, Christophe PHILIPPE, Romain BOIDOT, François GHIRINGHELLI, Mark O’DRISCOLL, Laurence FAIVRE
15:30 - 16:30 #12620 - CO081 Patients atteints d’un médulloblastome avec mutation constitutionnelle du gène SUFU: caractéristiques cliniques, risque tumoral et pronostic.
CO081 Patients atteints d’un médulloblastome avec mutation constitutionnelle du gène SUFU: caractéristiques cliniques, risque tumoral et pronostic.

Background: Germline SUFU mutations predispose to SHH-medulloblastoma in the first years of life. Little is known about the magnitude of this risk. The clinical spectrum of this cancer predisposition syndrome has not yet been clearly described, even though germline SUFU mutations have been reported in nevoid basal cell carcinoma syndrome (NBCCS).

Patients and methods: We performed in France a retrospective review of all medulloblastoma patients in whom a germline SUFU mutation had been diagnosed.

Results: Twenty-two patients from 17 families were identified with a medulloblastoma and a germline SUFU mutation (median age at diagnosis 16.5 months). A macrocrania was present in 20 patients but only 5 met the diagnosis criteria for NBCCS. Despite a treatment combining surgery and chemotherapy, aiming at radiotherapy avoidance in all patients except one, the outcome was worse than expected in SHH-medulloblastoma due to a high incidence of local relapses (8/22 patients) and second malignancies (n= 6, 4/22 patients). The 5 year-PFS and OS were 42 and 66%. Mutations were inherited in 79% patients. Overall, 56 SUFU mutations carriers were identified. Penetrance of medulloblastoma was incomplete but higher than in PTCH1 mutation carriers. In addition to medulloblastoma, 19 others tumors have been reported in SUFU mutation carriers included, basal cell carcinomas (BCC) in 2 patients and meningioma in 3.

Conclusion: Germline SUFU mutations strongly predispose to medulloblastoma in the first years of life, with a worse prognosis than usually observed in SHH-medulloblastoma. The clinical spectrum differs between SUFU and PTCH1 mutation carriers and the incidence of BCC is much lower in SUFU. Optimal treatment for SUFU associated medulloblastoma still has to be defined.

Léa GUERRINI-ROUSSEAU (VILLEJUIF CEDEX), Christelle DUFOUR, Pascale VARLET, Julien MASLIAH-PLANCHON, Franck BOURDEAUT, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Anne Isabelle BERTOZZI, Fanny FOUYSSAC, Sophie HUYBRECHTS, Stéphanie PUGET, Brigitte BRESSAC - DE PAILLERETS, Olivier CARON, Nicolas SEVENET, Marina DIMARIA, Sophie VILLEBASSE, Olivier DELATTRE, Dominique VALTEAU-COUANET, Jacques GRILL, Laurence BRUGIERES
15:30 - 16:30 #12756 - CO082 Mise en place d'une base de données internationale des variants du gène SDHB prédisposant aux paragangliomes et phéochromocytomes héréditaires.
CO082 Mise en place d'une base de données internationale des variants du gène SDHB prédisposant aux paragangliomes et phéochromocytomes héréditaires.

Contexte

Les paragangliomes et phéochromocytomes (PPGL) sont des tumeurs endocrines rares, génétiquement déterminées dans environ 40% des cas. Les mutations constitutionnelles du gène suppresseur de tumeur SDHB représentent à elles seules 8 à 10% des mutations identifiées faisant de lui un gène majeur de susceptibilité aux PPGL. Le projet de  mise en place d’une database des variants du gène SDHB est né d'un consortium international d’experts à l'initiative de la France. L’objectif est de référencer les variations identifiées à travers le monde puis de proposer un algorithme décisionnel robuste afin d’harmoniser la classification de ces variants en bénin (classe 1), probablement non-pathogène (classe 2), de signification indéterminée (classe 3), probablement pathogène (classe 4) ou pathogène (classe 5). Pour chaque variant, ont été recensés les données cliniques des patients porteurs, les résultats des éventuelles analyses fonctionnelles menées, les analyses in silico et les données de fréquences rapportées dans les databases ou les publications. Deux types de critères, adaptés de publications récentes, ont été comparés pour la classification des variants.

Données

694 variants du gène SDHB ont été soumis (376 par le réseau français TENGEN, 70 par l'Espagne, 20 par l'Italie, 215 par le Royaume-Uni et 13 par l'Australie) comprenant 218 variants différents dont 122 rapportés une seule fois. Les 218 variants comprenaient 4 variants dans la région 5' UTR, 2 sur le codon d'initiation, 14 introniques, 7 synonymes, 16 grands réarrangements, 37 indels, 3 délétions en phase, 20 non-sens, 21 sur un site d'épissage et 94 faux-sens.

Résultats

Le grand nombre de données collectées nous a permis de sélectionner des critères de classification et de les pondérer. Nous avons ainsi retenu des critères très forts tels que le type de variation et les données fonctionnelles notamment les résultats d’analyses immunohistochimiques et des critères plus modérés comme la fréquence dans les bases de données ou les prédictions in silico. Selon les critères retenus, les 218 variants se répartissent ainsi : 2 classe 1 (0,94%), 16 classe 2 (7,51%), 82 classe 3 (38,5%), 75 classe 4 (35,21%) et 38 classe 5 (17,84%). Les 82 variants de classe 3 se caractérisent en majorité par l'absence de données fonctionnelles disponibles.

Conclusion

Grace aux critères retenus, la pathogénicité ou non de 61,5% des variants du gène SDHB inclus dans la database a pu être évaluée (classes 1, 2, 4 ou 5). L'apport de données fonctionnelles est indispensable pour la classification des 38,5% des variants demeurant de signification indéterminée et un effort de collaboration internationale est en cours afin d’y parvenir. Les 218 variants (dont 93 sont à ce jour non répertoriés) et leur interprétation validée par un comité d'experts seront prochainement inclus dans la database publique Leiden Open Variation (LOVD). Une mise à jour et une réévaluation de la classification des variants sont prévues régulièrement.

Laurène BEN AÏM (PARIS), Anne BARLIER, Sophie GIRAUD, Pascal PIGNY, Delphine PRUNIER, Amira MOHAMED, Alberto CASCON, Tonino ERCOLINO, Eamonn MAHER, Diana BENN, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Nelly BURNICHON
15:30 - 16:30 #13019 - CO083 Les modèles murins de syndrome de Li-Fraumeni confirment la contribution des traitements anticancéreux génotoxiques au développement des tumeurs primitives multiples chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53.
CO083 Les modèles murins de syndrome de Li-Fraumeni confirment la contribution des traitements anticancéreux génotoxiques au développement des tumeurs primitives multiples chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53.

Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS), dû à des mutations constitutionnelles du gène TP53, est l'une des prédispositions au cancer les plus sévères, caractérisée par un âge d'apparition précoce et un large spectre tumoral. Nous avons rapporté récemment, chez les patients LFS, une incidence très élevée de cancers primitifs multiples (CPM) ( > 40%), comprenant, en particulier, des tumeurs secondaires développées dans le champ d’irradiation. Ces observations et le rôle clef de la protéine p53 dans la réponse aux génotoxiques cliniques nous ont conduits à envisager un lien entre ces traitements et le développement de CPM chez les patients LFS. Nos précédents travaux, basés sur un test de génotoxicité évaluant la réponse transcriptionnelle de p53 aux lésions de l'ADN dans des lymphocytes humains, ont montré que les chimiothérapies classiques, exceptés les poisons du fuseau, et la radiothérapie étaient génotoxiques. Ces données ont été confirmées ex vivo et in vivo, chez la souris. Dans cette étude, nous avons évalué l’impact in vivo des traitements génotoxiques sur le développement tumoral grâce à un modèle murin du LFS. Au total, 208 souris ont été analysées dans cette étude qui a duré 2 ans. Des souris Trp53 KO -/-, wt/- et wt/wt ont été exposées aux rayons X ou à deux classes de chimiothérapie, un poison du fuseau (docétaxel), non génotoxique selon notre test cellulaire, et un inhibiteur de topoisomérase (etoposide), génotoxique. Le NaCl a été utilisé comme contrôle négatif. Le développement des tumeurs a été suivi par IRM corps entier mensuelle, et une analyse histopathologique a permis de confirmer la présence de tumeurs à la mort des animaux. A l’issue de cette étude, nos résultats démontrent clairement que les rayons X et l’etoposide accélèrent le développement tumoral chez les souris Trp53 -/- et wt/- (OR=4,6 IC 95 % [2,3-9,0], p=1,2.10-5*** et OR=4,3 IC 95 % [2,2-8,6], p=2,1.10-5***, respectivement), contrairement au docétaxel dépourvu d'effet sur la cinétique du développement tumoral chez les souris modèles du LFS (OR=1,6 IC 95 % [0,8-3,2], p=0,22). Cette étude apporte donc la preuve formelle que les chimiothérapies génotoxiques et la radiothérapie contribuent au développement de CPM chez les patients LFS. Par conséquent, chez les patients porteurs de mutations constitutionnelles de TP53, la radiothérapie doit être, lorsque cela est possible, évitée et la prise en charge chirurgicale priorisée. Chez des patients dont la présentation est très évocatrice d’une mutation de TP53, comme les patientes atteintes d’un cancer du sein précoce avant 31 ans, il est essentiel d’assurer dans le parcours de soin une analyse du gène TP53 en urgence avant la radiothérapie et le choix de l’option chirurgicale. Nos résultats doivent inciter à considérer l’utilisation de traitements non génotoxiques, telles que les thérapies ciblées ou l’immunothérapie chez les patients porteurs d’une mutation constitutionnelle de TP53 afin de réduire le risque de CPM.

Edwige KASPER (ROUEN CEDEX), Emilie ANGOT, Elodie COLASSE, Lionel NICOL, Jean-Christophe SABOURIN, Sahil ADRIOUCH, Camille LE CLÉZIO, Yann LACOUME, Sabine RAAD, Yasmine ZERDOUMI, Thierry FREBOURG, Jean-Michel FLAMAN, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE
15:30 - 16:30 #13130 - CO084 Caractérisation d’un rétrogène au locus RB1.
CO084 Caractérisation d’un rétrogène au locus RB1.

La moitié de notre génome provient d’éléments mobiles, rétrotransposons pour la plupart. Dans ce cas, la mobilité résulte de la transcription de l’ADN en ARNm mature, lequel est retrotranscrit en un ADNc qui est ensuite réintégré dans le génome à une position aléatoire. Cette mobilité par rétrotransposition est fréquente, estimée entre 1sur 20 et 1 sur 900 méioses suivant le type de rétrotransposon. De ce fait, des rétrotranspositions pathogéniques ont été décrites, résultant par exemple d’une insertion dans un exon ou un élément régulateur avec perte d’expression du gène concerné. En revanche, les phénomènes de rétrotransposition résultant en un gène actif (ou rétrogène) sont exceptionnels.

C’est ce type d’évènement de rétrogène actif que nous décrivons ici dans le cadre d’une forme familiale de rétinoblastome. Le rétinoblastome est une tumeur embryonnaire maligne de la rétine. Il s’agit d’une prédisposition héréditaire au cancer, monogénique car liée exclusivement aux mutations du gène RB1 et transmise sur un mode autosomique dominant.

L’histoire familiale décrit un enfant, cas index, atteint d’un rétinoblatome bilatéral à 8 mois et son père, atteint d’un rétinoblatome unilatéral à 3 ans et d’un léïomyosarcome à 43 ans. La recherche des altérations ponctuelles et de grande taille sur l’ensemble de la séquence codante et des jonctions intron/exon n’ayant pas identifié de mutation, une étude de transcrits RB1complète a été réalisée. Elle a permis de caractériser une insertion de 114 nucléotides entre les exons 17 et 18 du gène RB1 qui correspond à la séquence, en anti-sens, d’une partie des exons 2 et 3 du gène HPF1. La recherche de l’anomalie génomique causale, basée sur des PCR Long Range chevauchantes, a mis en évidence au sein de l’intron 17 de RB1 l’intégralité de la séquence codante du gène HPF1, avec sa queue polyA.

Ainsi, l’ARNm mature du gène HPF1 (localisé sur le chromosome 4) s’est rétrotranscrit et s’est inséré dans l’intron 17 de RB1 (localisé sur le chromosome 13). Suite à cette rétrotransposition, une partie des exons 2 et 3 de HPF1 se retrouve incluse dans le transcrit mature de RB1 par utilisation de nouveaux sites accepteurs et donneurs d’épissage, l’ensemble donnant un transcrit de fusion original RB1-HPF1-RB1. L’anomalie identifiée, en phase, est cependant très vraisemblablement responsable du rétinoblastome car elle rompt un domaine fonctionnel important de la protéine pRb, la rendant probablement non fonctionnelle. De manière attendue, les deux sujets atteints sont porteurs. Les grands-parents paternels du cas index étant indemnes, on peut supposer que cette rétrotransposition est très récente, survenue par exemple dans les gamètes d’un des grands-parents.

Nous expliquons donc l’histoire de rétinoblastome dans cette famille mais décrivons surtout un phénomène de rétrogène récent particulièrement rare, l’émergence de rétrogène chez les primates étant estimée à 1 évènement par million d’années [Marques et al. PLoS Biology 2005].

Claude HOUDAYER, Catherine DEHAINAULT (Paris cedex 05), Matteo BOUTTE, Lisa GOLMARD, Alice FIEVET, Livia LUMBROSO LE ROUIC, Helene PACQUEMENT, Marion GAUTHIER VILLARS

Jeudi 25 janvier

Salle 300
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E36
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ASSEMBLÉE GENERALE ACLF

Jeudi 25 janvier

Salle GH
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A37
16:30 - 17:00

Conférence: Les projets AURAGEN & SEQOiA

16:30 - 17:00 AURAGEN (plateforme génomique Auvergne Rhônes-Alpes). Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
16:30 - 17:00 SeqOIA (plateforme génomique île de France). Xavier JEUNEMAITRE (PARIS)

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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A38
17:00 - 18:00

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en C - Zone Jaune

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium
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B38
17:00 - 18:00

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en C - Zone Jaune

Jeudi 25 janvier

Auditorium 450
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E38
17:00 - 18:00

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en C - Zone Jaune

Jeudi 25 janvier

Salle 150
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D38
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Jeudi 25 janvier

Salle 200
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Jeudi 25 janvier

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F38
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Pause - Visite des stands et posters
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Jeudi 25 janvier

Salle GH
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A39
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Conférence invité 2

18:00 - 19:00 Ethique & Génétique. Jean-Claude AMEISEN (Paris)

Jeudi 25 janvier

Grand Auditorium