Mercredi 24 janvier
08:00
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A20
08:00 - 08:30

Ouverture du congrès

08:00 - 08:30 Comité d'Organisation. Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes)
08:00 - 08:30 Comité Scientifique. Cedric LE CAIGNEC (PU-PH) (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention de Madame l'adjointe au Maire en charge de la santé. Marie-Annick BENATRE (adjointe municipale déléguée à la santé) (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention du Président de l'Université de Nantes. Olivier LABOUX (Nantes)
08:00 - 08:30 Intervention du Président de la Commission Médicale d'Etablissement du CHU de Nantes. Antoine MAGNAN (Président de la CME du CHU de Nantes) (Nantes)

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
08:30
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A21
08:30 - 10:30

Conférence Plénière 1
Modèles animaux

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes), Cedric LE CAIGNEC (PU-PH) (Nantes)
08:30 - 10:30 Using fruit flies as a tool in human genetics. Matias SIMONS (Paris)
08:30 - 10:30 Modeling pediatric genetic disease in zebrafish. Erica DAVIS (Durham, ETATS-UNIS)
08:30 - 10:30 Le chien, modèle spontané de cancers et de maladies génétiques rares. Catherine ANDRE (Responsable d'équipe) (Rennes)
08:30 - 10:30 Revisiting the process of de novo mutations in the bovine germline. Michel GEORGES (GIGA-Research director) (Liege, BELGIQUE)

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
10:30
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A22
10:30 - 11:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
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B22
10:30 - 11:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Mercredi 24 janvier

Auditorium 450
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C22
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Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Mercredi 24 janvier

Salle 300
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Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Mercredi 24 janvier

Salle 200
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10:30 - 11:30

Pause - Visite des stands et posters
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Mercredi 24 janvier

Salle 150
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F22
10:30 - 11:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en A - Zone Rouge

Mercredi 24 janvier

Salle GH
11:30
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A23
11:30 - 13:00

Communications Orales Sélectionnées 1

Modérateurs : Sylvie MANOUVRIER-HANU (LILLE), Vincent PROCACCIO (PU-PH) (Angers)
11:30 - 11:45 #12607 - CO001 Identification d’une forme inhabituelle d’amaurose congénitale de Leber avec surdité de perception précoce et sévère et identification du gène en cause.
CO001 Identification d’une forme inhabituelle d’amaurose congénitale de Leber avec surdité de perception précoce et sévère et identification du gène en cause.

Introduction : Les dystrophies rétiniennes sévères et précoces (DRSP) sont la première cause de cécité incurable de l’enfant. Elles sont homogènes dans leur présentation clinique initiale, mais variables dans leur évolution et peuvent s’accompagner d’atteintes extra-oculaires touchant principalement le système nerveux, le rein et le squelette. Ces affections sont très majoritairement récessives autosomiques, et de très nombreux gènes sont reconnus. Les formes isolées relèvent de mutations affectant diverses fonctions rétiniennes, incluant le trafic le long du cil connecteur des photorécepteurs tandis que les atteintes syndromiques relèvent toujours de dysfonctions ciliaires pluri-systémiques. Bien que très nombreux, les gènes reconnus à ce jour ne couvrent que 70% des cas de la maladie. L’objectif des travaux présentés ici étaient l’identification du ou des gènes responsables d’une forme syndromique non encore rapportée d’ACL avec surdité de perception précoce.

 

Familles et méthodes : Trois cas sporadiques et un cas familial de surdicécité avec transmission mère-fils et surdité tardive isolée chez la grand-mère maternelle, ont été inclus. L’étude présentée a consisté en un séquençage de l’exome en trio à la recherche de variants dominants ou récessifs ultra-rares potentiellement délétères, une analyse haut débit ciblée de la séquence du gène le plus candidat et d’études fonctionnelles dans un modèle cellulaire COS7 et des fibroblastes des patients.

 

Résultats : Deux mutations monoalléiques faux-sens touchant un acide aminé unique ont été identifiées dans un gène non encore lié à une maladie et sans rapport avec les fonctions ciliaires. Dans le cas familial, la mutation présente dans l’ADN de la mère et de son fils, était également retrouvée en mosaique chez la grand-mère maternelle sourde (29%). De même, dans l’un des trois cas sporadiques, la mutation du cas index était retrouvée en mosaïque dans l’ADN maternel (13%). Les examens audio-ophtalmologiques étaient sans particularité chez cette femme. Dans les deux derniers cas sporadiques, la mutation n’a pas été retrouvée dans l’ADN parental, suggérant une survenue de novo. La surexpression des protéines mutantes et sauvage dans un modèle cellulaire, de même que l’analyse des fibroblastes de patients, ont démontré l’effet délétère des mutations sur la fonction du gène et confirmé l’absence d’anomalie de la ciliogenèse et du trafficking intra-flagellaire.

 

Conclusion : Nous rapportons ici une nouvelle forme d’ACL syndromique et l’identification du gène responsable. Cette maladie contraste avec les autres formes syndromiques par sa présentation clinique purement neurosensorielle, un mode de transmission dominant et l’implication d’une fonction sans rapport avec le métabolisme ciliaire. Cette étude démontre que malgré trois décennies de recherches intenses sur l’ACL, cette maladie est loin d’avoir livré tous ses secrets.

 

Sabrina MÉCHAUSSIER , Romain LUSCAN, Antoine PAUL, Guoling TIAN, Xavier GERARD, Natalie LOUNDON, Sabine DEFOORT-DHELLEMMES, Isabelle AUDO, Julien DUMONT, Nicolas GOUDIN, Meriem GARFA TRAORÉ, Marc BRAS, Aurore POULIET, Nathalie BODDAERT, Stanislas LYONNET, Josseline KAPLAN, Nicholas COWAN, Jean-Michel ROZET, Sandrine MARLIN, Isabelle PERRAULT (Paris)
11:45 - 12:00 #12612 - CO002 Etude d’éléments cis-régulateurs du gène PKD2 impliqué dans la polykystose rénale autosomique dominante.
CO002 Etude d’éléments cis-régulateurs du gène PKD2 impliqué dans la polykystose rénale autosomique dominante.

Les maladies génétiques sont souvent associées à des variations dans des séquences codantes. Pourtant, de nombreuses pathologies sont dues à une expression anormale d’un gène, suite à l’altération d’un de ses éléments de régulation. Ainsi, il a été mis en lumière l’implication d’anomalies de régions régulatrices à distance d’un gène dans plusieurs maladies génétiques. Il a été proposé le terme de ‘cis-ruption disorder ’ pour décrire les pathologies dont l’origine provient d’un dysfonctionnement d’un élément cis-régulateur. Ces nouvelles données dévoilent l’importance de la compréhension des éléments de régulation du génome pour prédire leurs potentiels rôles pathogéniques.

Notre laboratoire travaille depuis 20 ans sur les gènes responsables de la  polykystose autosomique dominante (PKAD). La PKAD est la plus fréquente des maladies génétiques rénales avec une incidence de 1/400 à 1/2000. Dans 75 à 80% des cas, la mutation est située sur le gène PKD1 (Polycystic Kidney Disease 1) et dans 10 à 15% des cas sur PKD2. Malgré l’identification de plus de 1400 mutations (ADPKD Mutation Database, http://pkdb.mayo.edu/), les mutations de 5 à 10% de patients n’ont pas été décrites. Il existe également une variabilité phénotypique importante de la pathologie entre les patients, même au sein de famille.  

C’est pourquoi dernièrement, notre équipe s’est intéressée à l’impact de régulation à distance sur le gène PKD2. L’organisation spatiale d’une région d’environ 670 kb recouvrant le gène PKD2, a été analysée dans des cultures primaires de cellules épithéliales rénales par la technique de Copie Conforme de 3C (5C). Les interactions entre les régions de ce locus et le promoteur PKD2 ont été étudiées par séquençage nouvelle génération sur Ion PGM™.

Cette étude a permis d’identifier plusieurs régions interagissant fortement avec le promoteur PKD2. Grace à des tests d’activité d’expression, nous avons pu démontrer le rôle enhancer de trois de ces régions et décrivons ainsi pour la première fois l’implication de régulation à distance et l’importance de l’organisation chromatinienne d’un gène lié aux PKAD.

Des variations dans ces éléments de régulation, pourraient élucider des cas de patients chez qui la mutation causale n’a pas été identifiée et expliquer des phénotypes atypiques. 

Stéphanie MOISAN (BREST), Stéphanie LEVON, Emilie CORNEC-LE GALL, Yannick LE MEUR, Marie-Pierre AUDREZET, Josée DOSTIE, Claude FEREC
12:00 - 12:15 #12839 - CO003 L'adaptateur de signalisation immunitaire LAT contribue au phénotype neuroanatomique des CNVs de la région 16p11.2 BP2-BP3.
CO003 L'adaptateur de signalisation immunitaire LAT contribue au phénotype neuroanatomique des CNVs de la région 16p11.2 BP2-BP3.

La variation du nombre de copies (en anglais, Copy Number Variation, CNV) est un des contributeurs principaux à la pathogenèse des syndromes génétiques rares, mais aussi des maladies multifactorielles fréquentes. Sur le bras court du chromosome 16, les CNVs de la région distale BP2-BP3 de longueur 220 Kb conduisent à un effet miroir entre sous-poids et obésité sévère, et micro/macrocéphalies, et ils sont aussi associés avec l'autisme et la schizophrénie. Des phénotypes similaires ont été précédemment observés sur la même bande chromosomique (16p11.2) pour des délétions et duplications proximales dans la région BP4-BP5 (600 Kb). Les régions BP2-BP3 et BP4-BP5 présentent des contacts chromatiniens réciproques, confirmés avec succès par différentes techniques (4C-seq, FISH, co-régulation dans l’expression des gènes, et des données Hi-C), indiquant une relation fonctionnelle entre les gènes de ces régions qui pourraient être pertinentes pour le pathomécanisme. La modélisation de la duplication de la région BP2-BP3 dans le poisson-zèbre a révélé que la surexpression du gène LAT (en anglais, Linker for Activation of T-cells) diminue la prolifération des cellules dans le cerveau et des neurones post-mitotiques dans le cerveau antérieur ainsi que le nombre des axones entre les tecta optiques, au début du développement embryonaire. Dans les stades suivants du développement, nous observons une microcéphalie chez les larves de poissons zèbre au stade 5 jours. La modélisation de la délétion par suppression de l'orthologue de LAT dans le poisson zèbre par CRISPR/Cas9 induit une augmentation de cette prolifération et la macrocéphalie. Ces phénotypes ne sont pas uniques au poisson zèbre; les souris knock-out pour le gène Lat montrent aussi des changements volumétriques cérébraux. Conformément à l'hypothèse selon laquelle le dosage de LAT est important pour la pathologie du CNV, nous avons observé des effets similaires sur les progéniteurs neuronaux avec la surexpression des gènes CD247 et ZAP70, qui sont deux membres du même signalosome dont LAT fait partie. KCTD13, MVP et MAPK3 sont situés dans la région BP4-BP5 et, sont, respectivement, un gène majeur et deux gènes modificateurs des anomalies de la taille de la tête liées à cette région. Nous avons ensuite réalisé des expériences d’interaction génique et nous avons observés que la surexpression combinée de ces trois gènes et LAT augmente, de manière additive, la sévérité de la microcéphalie ; cette sévérité accrue a pu être observée chez des individus avec un grand réarrangement de 1,7 Mb de la région BP1-BP5, incluant les deux CNVs (BP2-BP3 et BP4-BP5). L’ensemble de ces données soutiennent notre hypothèse d'une interaction physique et fonctionnelle entre les gènes majeurs de ces deux CNVs et indiquent que LAT, en plus de sa fonction reconnue dans le développement des lymphocytes T, est le gène majeur des phénotypes neuro-développementaux associés aux délétions et duplications de la région 16p11.2 BP2-BP3.

Maria Nicla LOVIGLIO (Illkirch-Graffenstaden), Thomas ARBOGAST, Aia Elise JØNCH, Stephan C. COLLINS, Konstantin POPADIN, Camille S. BONNET, Giuliana GIANNUZZI, Anne M. MAILLARD, Sébastien JACQUEMONT, Binnaz YALCIN, Nicholas KATSANIS, Alexandre REYMOND, Christelle GOLZIO
12:15 - 12:30 #12977 - CO004 Evaluation de l’intérêt de l’IRM corps entier pour la détection précoce des cancers chez les sujets porteurs de mutation constitutionnelle de TP53 dans le cadre d’un syndrome de Li-Fraumeni : résultats de l'étude LIFSCREEN.
CO004 Evaluation de l’intérêt de l’IRM corps entier pour la détection précoce des cancers chez les sujets porteurs de mutation constitutionnelle de TP53 dans le cadre d’un syndrome de Li-Fraumeni : résultats de l'étude LIFSCREEN.

Le très large spectre tumoral du syndrome de Li Fraumeni (LFS), prédisposition au cancer causée par une mutation du gène TP53, rend complexe la prise en charge des porteurs. Le protocole multicentrique national LIFSCREEN avait pour objectif principal de comparer les performances diagnostiques de 2 schémas pour le dépistage de cancers dans cette population.

Méthodes : Etait éligible tout porteur de mutation délétère de TP53, > 5 et < 75 ans, avec ou sans antécédent de cancer. Un tirage au sort déterminait le bras de surveillance standard (SS) (examen clinique, échographie abdominopelvienne, IRM cérébrale, NFS, IRM mammaire et échographie mammaire pour les femmes dès 20 ans) ou « IRM CE » (SS + IRM corps entier de diffusion). Les examens étaient répétés annuellement pendant au moins 3 ans (M0, M12, M24). A chaque étape, l’acceptabilité et le retentissement psychologique étaient évalués (auto-questionnaires, entretiens).

Résultats : 105 participants (pts) (moyenne d’âge 33 ans [5-66]) ont été randomisés. Jusqu’au 31/12/2016, 11pts ont réalisé 1 seule étape, 14pts 2, 35pts 3, 20pts 4, 18pts 5. Au total, 25pts ont présenté 36 évènements carcinologiques (13 prévalents): 31 nouveaux primitifs (6 cancers du sein (CS), 5 du poumon, 4 tumeurs du système nerveux central, 3 sarcomes, 3 leucémies aigues, 3 carcinomes basocellulaires, 1 voies urinaires, 1 corticosurrénalome, 1 carcinome rénal, 1 pancréas, 1 myélome, 1 colon bifocal, 1 choriocarcinome) et 5 récidives (3 CS, 1 sarcome, 1 basocellulaire). 20 primitifs ont été détectés dans le bras SS et 11 dans le bras IRM CE. 27 biopsies ont été réalisées dans le bras SS et 20 dans le bras IRM CE. La relecture centralisée de 141 IRM CE a montré 44 discordances. Il n’y avait pas de différence en survie globale entre les 2 bras (logrank p=0.90). Sur les 24 pts avec nouveau cancer, 8 sont décédés dans un délai médian de 13 mois (4 dans chaque bras). Seuls 10 sont sortis volontairement de l’étude. Le volet psychologique a noté un ajustement adapté des pts, sans différence notable entre les 2 bras.

Discussion : LIFSCREEN  est la seule étude randomisée dans le domaine, avec l’un des effectifs de patients LFS le plus important rapporté à ce jour. Elle montre que le suivi régulier est faisable et acceptable. Le spectre tumoral est inattendu (peu de sarcomes, nombreux cancers du poumon). L’IRM CE était  bien tolérée. Elle a généré  peu de biopsies inutiles. Bien que son usage n’apportait pas de bénéfice en survie globale et que son interprétation pouvait être difficile, l’IRM CE pourrait être ajoutée au schéma de surveillance des familles LFS, notamment pour la surveillance pulmonaire. Nos résultats suggèrent que le protocole lourd, préconisé par certaines équipes nord-américaines, doit être considéré avec précaution. En outre, malgré le dépistage, la survie à court terme après le diagnostic de cancer était mauvaise. Une optimisation des moyens de prévention et des traitements est nécessaire.

Olivier CARON (Villejuif Cedex), Thierry FRÉBOURG, Patrick BENUSIGLIO, Laurence FAIVRE, Valérie BONADONA, Capucine DELNATTE, Catherine NOGUES, Christine LASSET, Chrystelle COLAS, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Pascal PUJOL, Carole COZE, Caroline ABADIE, François EISINGER, Emmanuelle BAROUK-SIMONET, Véronique MARI, Pascaline BERTHET, Yves-Jean BIGNON, Emmanuelle BOURBOULOUX, Nathalie CHABBERT-BUFFET, Bruno BUECHER, Viviane FEILLEL, Olivier INGSTER, Emmanuelle FOURME, Elizabeth LUPORSI, Jean CHIESA, Hélène DREYFUS, Paul GESTA, Sophie LEJEUNE, Julie TINAT, Sophie JULIA, Coupier ISABELLE, Christine MAUGARD, Agnès LAPLANCHE, Claire GUILLEMEAU, Alejandra CANO, Sandra CANALE, Julia ARFI-ROUCHE, Corinne BALLEYGUIER, Cedric PARLAVECCHIO, Léonor FASSE, Katty MALEKZADEH, Eleni KARAMOUZA, Stéphanie FOULON, Laurence BRUGIÈRES
12:30 - 12:45 #13105 - CO005 Étude de facteurs génétiques modificateurs dans le syndrome de Marfan.
CO005 Étude de facteurs génétiques modificateurs dans le syndrome de Marfan.

Le syndrome de Marfan (MFS) est une maladie génétique rare (1/5000 sujets), à transmission autosomique dominante, principalement dû à des mutations dans le gène codant pour la fibrilline 1 (FBN1), situé sur le chromosome 15. L’atteinte est plurisystémique touchant, entre autre, le système cardio-vasculaire (anévrisme de l’aorte thoracique ascendante avec risque de dissection aortique). Ce syndrome est caractérisé par une très grande variabilité clinique, inter- et intrafamiliale, concernant aussi bien l’âge d’apparition des symptômes que l’évolution, la gravité ou le nombre de systèmes atteints. A ce jour, aucun facteur modificateur ni aucune relation génotype/phénotype (en dehors de mutations faux-sens dans les exons 24 à 32 à l’origine des formes rares de MFS néonatal) ne peuvent expliquer de cette variabilité.

De plus, des résultats antérieurs ont montré, qu’en plus de cette variabilité phénotypique, il existe une variabilité d’expression du gène FBN1  d’un facteur 4 observée aussi bien chez des contrôles que chez  des sujets MFS porteurs d’une mutation tronquante dans le gène FBN1.

Pour identifier les facteurs génétiques modificateurs sous-jacents de la variabilité phénotypique, plusieurs études pangénomiques ont été réalisées chez 1070 patients MFS porteurs d’une mutation dans le gène FBN1. A partir de cette cohorte, une analyse eQTL (expression Quantitative Trait Loci) chez 80 sujets MFS porteurs d’une mutation tronquante dans le gène FBN1 a été réalisée. Cette analyse a permis d’identifier un locus statistiquement associé à l'expression de FBN1 (p-valeur = 6.10-8), situé sur le chromosome 11. Une étude portant sur les gènes situés au plus proche de ce locus n’a pas permis de mettre en évidence de corrélation entre l’expression de ces gènes et la régulation de l’expression du gène FBN1.

En revanche, le croisement de ces résultats avec ceux d’autres études génomiques sur la variabilité a permis d’élargir la région d’étude de ce locus et de mettre en évidence un cluster de métalloprotéinases (MMP), situé à proximité du trans-eQTL. Le rôle des MMPs dans l’équilibre de la matrice extracellulaire mais également l’implication de certains MMPs dans la physiopathologie des anévrismes de l’aorte thoracique font de ces gènes de bons candidats comme facteurs génétiques modificateurs. Des études quantitatives de corrélation (dosages sériques, quantification allèlique) ont permis de mettre en évidence des mécanismes de régulations impliquant certaines MMPs. Ces résultats et la compréhension de mécanismes sous-jacent pourraient nous permettre d’identifier les facteurs à l’origine de la variabilité phénotypique.

Louise BENARROCH (Paris), Mélodie AUBART, Marie-Sylvie GROSS, Pauline ARNAUD, Steven GAZAL, Jean-Francois DELEUZE, Jacob MARIE-PAULE, Nadine HANNA, Guillaume JONDEAU, Catherine BOILEAU
12:45 - 13:00 #13369 - CO006 iPSCs as a promising tool for modelling developmental and early onset neurodegenerative defects of the cerebellum.
CO006 iPSCs as a promising tool for modelling developmental and early onset neurodegenerative defects of the cerebellum.

Cerebellar atrophy and hypoplasia are two frequently observed neurological features in various pathological conditions such as Congenital Disorders of Glycosylation (CDG) and Pontocerebellar hypoplasia (PCH). The former is mainly associated with defects in protein N-glycosylation pathway, suggesting the importance of this modification in cerebellar development. Among various CDG cases, patients with SRD5A3 mutations are frequently affected with a severe atrophic and/or hypoplastic cerebellar phenotype. PCH is characterized by the incomplete development of brain stem and cerebellum with the implication of various pathways, mainly involved in RNA maturation.

Recent advances in induced pluripotent stem cells (iPSCs) technology, has opened up new avenues in disease modeling, allowing access to an unlimited supply of disease relevant cell types. Particularly, iPSCs become an attractive source for neurological disorders, as it offers the possibility to generate otherwise inaccessible human brain cells. 

To better understand the role of protein N-glycosylation in cerebellar development, we previously developed a cerebellum-specific Srd5a3 conditional KO (cKO) mouse. Consistent with the human phenotype, our mouse model showed cerebellar hypoplasia with abnormal N-glycosylation patterns and impaired cerebellar functioning. Using a glycoprotemic approach, we could identify the immunoglobulin superfamily cell adhesion molecules (IgSF-CAMs) as being specifically sensitive to the defect. Then, using in vitro live cell imaging analysis we could identify a clear defect in neural extension resulting from a significant decrease in IgSF-CAM-dependent cell adhesion. In order to extend our conclusions to a human cell model, we undertook an iPSC-based approach, where we generated SRD5A3 KO hiPSC lines using genome editing. We further differentiate them into neural progenitor cells (NPCs) and mature neurons. The characterization of these NPCs  allowed us to recapitulate the mouse neuron-specific N-glycosylation defect.

We are also developing an iPSC-based modeling strategy in order to identify new potential molecular defects related to cerebellar atrophy and hypoplasia in the context of PCH disorders. We previously identified a consanguineous family with a unique type of PCH suggesting a new underlying molecular defect. For this project, we are using PCH patient-derived iPSCs lines to assess the proliferation and differentiation capacity of the induced neurons. We will study neurite dynamics and cell survival rate during the course of differentiation.

In conclusion, our attempts in modeling neurodevelopmental cerebellar defects with human iPSCs already allowed us to validate some previous biochemical mouse findings, in the context of CDG. It provides a promising strategy to extend some previous observations to human cells and to unravel new molecular mechanisms implicated in hypoplasia and childhood-onset atrophy of the cerebellum.

Ekin UCUNCU (Paris), Daniel MEDINA-CANO, Laurence COLLEAUX, Vincent CANTAGREL

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
13:00
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A24
13:00 - 14:00

Assemblée Générale de la CNEPGM

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
13:15
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B24
13:15 - 14:00

ATELIER DEJEUNER - PACIFIC BIOSCIENCES
Découverte de nouveaux variants et isoformes impliqués dans les maladies génétiques avec le séquençage Single Molecule Real-Time (SMRT)

13:15 - 14:00 Un point sur les applications PacBio et perspectives, Deborah Moine (Pacific Biosciences, Suisse).
13:15 - 14:00 Utilisation des longues séquences PacBio dans la détermination des séquences répétées flanquant les CNVs et la connectivité exon-exon des transcrits. Alexandre REYMOND (Lausanne, SUISSE)

Mercredi 24 janvier

Auditorium 450
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C24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME

13:15 - 14:15 Actualités et évolution du dépistage néonatal. Didier LACOMBE (BORDEAUX)
13:15 - 14:15 Inactivation du chromosome X et maladie de Fabry : un critère de décision thérapeutique ? Dominique P. GERMAIN (PU-PH) (GARCHES)

Mercredi 24 janvier

Salle 300
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D24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS

13:15 - 14:15 NEBNext Direct Custom Ready Gene Panels: Shifting the Paradigm for Targeted Sequencing. Andrew Barry (New England Biolabs USA).
13:15 - 14:15 Toxicological and molecular effects of high energy materials as 3,4,5-trinitropyrazole (TNP) and structurally related pyrazol molecules. Léa Payen (Lyon).
13:15 - 14:15 Fragmentation enzymatique et librairies WGS : de l’ADNg à la librairie et au séquençage Illumina par capture. Alexis Proust (Paris).

Mercredi 24 janvier

Salle 200
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E24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - FDNA FACE2GENE
Next Generation Phenotyping: using automated facial recognition in the clinic and laboratory.

Workshop speakers: David Geneviève (Montpellier), Peter Krawitz (Berlin, Allemagne) - Pour mieux participer à l’atelier, vous aurez besoin d’un ordinateur, une tablette ou un téléphone portable

Mercredi 24 janvier

Salle 150
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F24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER

13:15 - 14:15 Nouvelle solution entièrement automatisée pour l’extraction d’acides nucléiques, la normalisation et le PCR set-up. Exemple d’intégration dans un contexte de diagnostic (chemagic Prime® 4). Alix Joseph (PerkinElmer).
13:15 - 14:15 Analyse automatisée des acides nucléiques en microfluidique : plus d’utilisation de gel (LabChip® GX Touch). Alix Joseph (PerkinElmer).
13:15 - 14:15 Solution globale de workflow NGS : automatisation et kits pour la préparation des librairies. Julien Rouzade (PerkinElmer).

Mercredi 24 janvier

Salle GH
14:30
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A25
14:30 - 15:30

Conférence invité 1

14:30 - 15:30 Structural variation of the human genome: Order and disorder. Dario LUPIANEZ (Berlin, ALLEMAGNE)

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
15:30
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A26
15:30 - 16:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
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B26
15:30 - 16:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

Mercredi 24 janvier

Auditorium 450
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C26
15:30 - 16:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

Mercredi 24 janvier

Salle 300
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D26
15:30 - 16:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

Mercredi 24 janvier

Salle 200
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E26
15:30 - 16:30

Assemblée Générale de la SFGH

Mercredi 24 janvier

Salle 150
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F26
15:30 - 16:30

Pause - Visite des stands et posters
Présence des auteurs en B - Zone Bleue

Mercredi 24 janvier

Salle GH
16:30
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A27
16:30 - 18:00

Sessions Simultanées 01
Déficience intellectuelle et épilepsie

Modérateurs : Brigitte GILBERT DUSSARDIER (PU-Ph Génétique Médicale) (POITIERS), Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (PARIS)
16:30 - 16:45 #13039 - CO007 Evaluation de l’apport du séquençage haut débit d’exome dans le diagnostic des erreurs innées du métabolisme dans une série de 550 patients atteints de déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement embryonnaire.
CO007 Evaluation de l’apport du séquençage haut débit d’exome dans le diagnostic des erreurs innées du métabolisme dans une série de 550 patients atteints de déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement embryonnaire.

Les erreurs innées du métabolisme (EIM) constituent un groupe de maladies génétiques dont l’origine est un déficit d’une voie biochimique. Elles se caractérisent par une grande hétérogénéité clinique. Les explorations biochimiques (dosages des métabolites, activités enzymatiques…) demeurent la technique de référence pour le diagnostic de ces maladies. L’analyse moléculaire n’intervient le plus souvent que dans un second temps en fonction de l’orientation clinico-biochimique pour l’identification des mutations causales, indispensable à la confirmation diagnostique et le conseil génétique. Néanmoins, le rendement diagnostique de ces techniques standards reste faible (0.8 à 14% selon la présentation clinique). Dans cette étude, nous évaluons l’apport du séquençage d’exome dans le diagnostic des EIM dans une série de 550 patients après un premier bilan étiologique non contributif. Ces patients étaient adressés pour avis diagnostique devant une présentation aspécifique d’encéphalopathie, de déficience intellectuelle, d’atteinte neurosensorielle et/ou de malformations congénitales. Un diagnostic moléculaire a été possible chez 177 patients. 11% des diagnostics étaient des EIM, identifiées chez 20 cas index, dont un nouveau phénotype lié au gène SLC13A5. Les patients étaient de tous âges, dont deux fœtus atteints de Niemann Pick C et de déficit en ALDH18A1 respectivement. On rapporte 2 cas de CLN1 et deux autres de CLN3 dont un adulte suivi pour rétinite pigmentaire sans épilepsie. Deux diagnostics ont permis la mise en place de thérapeutiques ciblées : les déficits en GLUT1 et en Sepiapterine réductase. Deux diagnostics précoces de mannosidose ont été possibles devant une surdité modérée et des difficultés d’apprentissage sans signe évident de surcharge. D’autres déficits du métabolisme des molécules complexes ont été identifiés, dont un déficit en GM3 synthétase, une gangliosidose à GM2, des déficits de synthèse du GPI-anchor et de la déglycosylation des protéines. Enfin, on note deux cas de déficits mitochondriaux (en co-enzyme Q10 et de la fission mitochondriale). Ces différents diagnostics n’avaient pas été évoqués spécifiquement lors du bilan initial principalement à cause de l’atypie ou de l’aspécificité des symptômes ou à une présentation plus modérée. A noter que parmi ces 20 patients, 11 se présentaient avec une déficience intellectuelle et une épilepsie de sévérité variable, phénotype fréquent chez les patients porteurs d’EIM dans cette série. De plus, dans au moins 9 maladies, aucun biomarqueur spécifique sanguin ou urinaire n’était disponible rendant impossible le diagnostic biochimique par simple screening métabolique. Au total, cette étude souligne l’intérêt de l’exome dans le diagnostic des EIM avec un rendement de 3.6% et ce malgré l’absence d’élément clinico-biologique évocateur d’EIM et des phénotypes aspécifiques. En effet,  le rendement rapporté de la stratégie standard n’était que de 0.8% dans ces mêmes indications

Nada HOUCINAT (DIJON), Sébastien MOUTTON, Angeline BRUEL, Paul KUENTZ, Julien THEVENON, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Nolwenn JEAN, Anne-Laure MOSCA, Frederic TRAN MAUTHEM, Daphné LEHALLE, Salima EL-CHEHADEH, Christine FRANCANNET, Marine LEBRUN, Laetitia LAMBERT, Marie-Line JACQUEMONT, Marion GERARD-BLANLUET, Jean-Luc ALESSANDRI, Marjolaine WILLEMS, François FEILLET, Tony O'GRADY, Christel THAUVIN, Laurence OLIVIER-FAIVRE
16:45 - 17:00 #12925 - CO008 Etude des gènes d’épilepsie monogénique chez 700 patients ayant une encéphalopathie épileptique : 28% de diagnostics, dont 4% de CNV et 3,5% d’anomalies en mosaïque.
CO008 Etude des gènes d’épilepsie monogénique chez 700 patients ayant une encéphalopathie épileptique : 28% de diagnostics, dont 4% de CNV et 3,5% d’anomalies en mosaïque.

L’épilepsie est un ensemble de pathologies neurologiques qui touche 0,7% de la population mondiale. Les encéphalopathies épileptiques constituent un groupe hétérogène de pathologies sévères, débutant généralement dans la petite enfance et dont l’évolution est souvent défavorable. Dans ce contexte, un diagnostic génétique précoce peut être important pour la prise en charge, le pronostic et le conseil génétique.

Méthode : Une collaboration entre les équipes de Lyon et de Paris (La Pitié-Salpêtrière), a permis la mise au point d’un panel de 90 gènes dont les mutations sont responsables d’épilepsies monogéniques. L’analyse a été réalisée avec la technologie  de capture SeqCapEZ de Roche®. Le séquençage a été réalisé sur une flow-cell « mid output » (Illumina®) sur un Miseq ou un Nextseq (Illumina®) en multiplexant les échantillons par 24. La profondeur moyenne de lecture était de 300X et plus de 99% des bases étaient couvertes à plus de 30X. Patients : L’ADN de 700 patients évalués au préalable par des neuropédiatres et des généticiens a été analysé.

Résultats : Des variants pathogènes ont été identifiés chez 196/700 patients (28% des cas), il s’agissait de mutations autosomiques dominantes, principalement de novo, dans 142 cas (72%), de mutations récessives dans 18 cas (10%) et de mutations sur le chromosome X dans 36 cas (18%).

Les gènes les plus fréquemment mutés étaient SCN1A (n=31), KCNQ2 (n=22), SCN2A (n=13), SCN8A (n=11), KCNT1 (n=9), CDKL5 (n=9), ATP1A3 (n=8), PCDH19 (n=7), SYNGAP1 (n=6), GRIN2A (n=6), STXBP1 (n=6) et WWOX (n=6). Le taux de diagnostic était beaucoup plus élevé en cas de début néonatal (45% de diagnostic en cas de début avant 1 mois) ou de début précoce (40% de diagnostic en cas de début entre 1 et 3 mois) ou chez les patients présentant un syndrome de Dravet ou une épilepsie sensible à la fièvre (47% de diagnostic). Au contraire, le taux de diagnostics était faible chez les patients ayant un syndrome de West (14% de diagnostic) ou une épilepsie débutant après 2 ans (14% de diagnostic).

Par ailleurs, le Séquençage à haut débit, dans nos conditions expérimentales qui assuraient une bonne couverture des régions d’intérêt, a permis la mise en évidence de délétions ou duplications d’exons dans 8 cas et de variants pathogènes en mosaïque chez 7 patients, dont certains présentaient un phénotype atténué.

Conclusion : L’analyse des gènes de ce panel permet d’augmenter le taux diagnostique des épilepsies monogéniques (28% de diagnostic), notamment lorsque les crises débutent au cours des premiers mois. L’identification de la mutation responsable de l’épilepsie permet d’améliorer le conseil génétique et, dans certains cas, la prise en charge thérapeutique. L’identification d’une mutation homozygote dans le gène PNPO chez une patiente ayant une épilepsie néonatale pharmacorésistante a permis d’adapter le traitement (Phosphate de Pyridoxal), ce qui a entrainé un contrôle satisfaisant de l’épilepsie et une reprise du développement psychomoteur.

Caroline NAVA (Paris), Audrey LABALME , Cyril MIGNOT , Nicolas CHATRON , Lies VAN DE VELDE BOERMANS , Vincent DES PORTES , Julie BOGOIN , Dorothée VILLE , Julitta DE BELLESCIZE, Marie-Christine NOUGUES, Diane DOUMMAR, Alexandra AFENJAR , Anne-Lise POULAT , Bénédicte HÉRON , Boris KEREN, Cécile FREIHUBER , Eleni PANAGIOTAKAKI , Stéphanie VALENCE , Alexis ARZIMANOGLOU, Delphine HÉRON , Christel DEPIENNE , Damien SANLAVILLE , Eric LEGUERN , Gaetan LESCA
17:00 - 17:07 #13168 - CO009a Diagnostic de la déficience intellectuelle : leçons apprises et nouveaux enjeux.
CO009a Diagnostic de la déficience intellectuelle : leçons apprises et nouveaux enjeux.

Les données cumulées issues de l’analyse de nos panels ciblés de gènes de déficience intellectuelle (DI)(275, 450 puis 520 gènes) sur les 1028 diagnostics rendus à Strasbourg permettent de dresser une cartographie des causes moléculaires de DI sans orientation clinique évidente et d’envisager les prochaines étapes pour améliorer la qualité du diagnostic et de la prise en charge de ces familles en France. Le diagnostic moléculaire a été établi avec certitude dans 24% des cas de notre cohorte: 246 variations de classe 4 et 5 ont été rendues par notre laboratoire. Des mutations de classe 3 ont également été identifiées dans 9% des cas, 8 d’entre elles sont en cours de reclassification car fortement suspects de pathogénicité. Ce taux de diagnostic est significativement plus important chez les filles (31%), en cas de DI avec troubles du sommeil (30%) ou en cas de DI avec un retard de croissance postnatale (31%). Il est moins important pour les garçons (21%) et les DI légères (16%). Le taux ne semble pas être modifié par les éléments suivants : épilepsie, micro ou macrocéphalie, retard de langage, TSA, troubles de l’attention,  hypotonie, RCIU, ou IRM normal ou anormale.

Le Top 10 des gènes les plus fréquemment mutés dans notre cohorte regroupe TCF4, GRIN2B, SHANK3, KMT2A, DDX3X, KAT6B, ANKRD11, ARID1B, DYRK1A, MECP2. De nouveaux gènes ont rejoint le groupe des gènes de DI confirmés  (BPRF1, MYT1L, POGZ, AUTS2) et d’autres sont en cours de caractérisation (AGO1). On observe une transmission AD dans 66 % des cas et liée à l’X dans 25 % des cas. Très peu de mutations dans des gènes à transmission AR ont été identifiés (ST3GAL5, TRAPCC9, MED23). Le taux de double diagnostic est également faible (1 seul cas avéré) ainsi que les découvertes incidentes (5 cas). Des variations dans des gènes à pénétrance incomplète commencent à émerger (ANKRD11, KANSL1, DYNC1H1, KAT6A, MBD5). Le taux de néomutation reste très élevé (70%). L’analyse par trio (en simplex ou en pool) semble donc particulièrement efficiente vu le débit attendu de l’analyse (performance d’identification du variant, vérification du trio, délai de rendu). Pour ces familles, un DPN est fréquemment réalisé malgré le faible risque de récurrence. Une approche universelle, non invasive, basée sur une capture de l’ADN plasmatique maternel est en cours de mise en place pour éviter ces ponctions fœtales sur faible risque.

Ces avancées permettent d’améliorer le diagnostic des patients atteints de DI sans orientation clinique : d’un taux initial de 15-20 % (ACPA + analyse ciblée de gènes), le taux cumulé atteint 40-45 % avec notre panel. Si l’analyse de l’exome en trio permet de gagner clairement encore 10-15 % supplémentaire, l’évaluation de l’approche génome entier semble constituer la prochaine étape pouvant permettre de faire un gain significatif dans le cadre de ce diagnostic de par sa capacité à identifier d’autres mécanismes chromosomiques inaccessibles à des techniques basées sur une capture préalable.

Amelie PITON, Laura MARY, Claire FEGER, Celine CUNY, Marguerite MIGUET, Elsa NOURISSON, Jean MULLER, Frederic TRAN MAU THEM, Aurelien CHARNOT, Eric DAHLEN, Audrey SHALK, Imene BOUJELBENE, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND-AUGE, Jamel CHELLY, Jean Louis MANDEL, Bénédicte GERARD (STRASBOURG)
17:07 - 17:15 #13523 - CO009b Déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistiques : quelle stratégie pour le diagnostic moléculaire ?
CO009b Déficiences intellectuelles et troubles du spectre autistiques : quelle stratégie pour le diagnostic moléculaire ?

Introduction : Les déficiences intellectuelles (DI) et les troubles du spectre autistique (TSA) sont des pathologies génétiquement et cliniquement hétérogènes, souvent associées car 60% des patients avec TSA présente aussi une DI. Ces pathologies  représentent le premier motif de consultation au sein du service de Génétique Clinique de l’Hôpital Necker (environ 400 patients par an). Les stratégies de WES/WGS ont montré leur efficacité pour l’identification des causes génétiques des DI et des TSA. Elles sont cependant couteuses, et entrainent la détection de variants incidents ou non sollicités. Pour ces raisons, la question de la pertinenece de leur application dans le contexte de diagnostic génétique hospitalier se pose.
Méthodes: Nous avons séquencé par NGS ciblé sur 253 gènes associés aux DI, 413 patients présentant une DI et/ou un TSA (379 singleton et 34 trios patient-parents, 246 garçons et 167 filles, âge moyen 12 ans).
Résultats: Pour tous les individus, la couverture des régions ciblées était > 99.8%. Nous avons identifié des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez 22% des patients avec une majorité de variants survenus de novo (18%). Des variants de signification inconnue ont été mis en évidence chez 9% des patients. Le rendement diagnostique était plus élevé chez les patients avec DI syndromique (30%) et atteints d’épilepsie (32%) ; il était plus faible pour les patients issus de couples consanguins (9%). Cette approche a permis l’identification de délétions exoniques et de variants présents en taux faible de mosaïque.
Conclusions: Avec un rendement diagnostic de 22% dans une cohorte de 413 patient étudiés sur la période 2015-2017, la stratégie de NGS ciblé optimise le screening moléculaire des DI et des TSA. Cette approche « ciblé » réduit les côuts et le nombre de résultats incertains ou fortuits par rapport au WES et est préferable chez les patients avec DI/TSA syndromique. Une stratégie par WES pourrait par contre être plus pertinente chez les patients atteints de DI/TSA non syndromiques.


Giulia BARCIA (Paris), Marlène RIO, Sophie RONDEAU, Ghislaine ROYER, Adrienne ELMORJANI, Mathieu BERNARDELLI, Sylvain HANEIN, Cécile FOURRAGE, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKE, Sandrine MARLIN, Anne PHILIPPE, Laurence ROBEL, Genevieve BAUJAT, Stanislas LYONNET, Desguerre ISABELLE, Valerie CORMIER-DAIRE, Jeanne AMIEL, Arnold MUNNICH, Laurence COLLEAUX, Julie STEFFANN, Jean-Paul BONNEFONT
17:15 - 17:30 #12631 - CO010 2 ans d’expérience de l’exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle au CHU de Rennes.
CO010 2 ans d’expérience de l’exome médical dans le diagnostic de la déficience intellectuelle au CHU de Rennes.

La déficience intellectuelle (DI) touche 1 à 3% de la population générale. Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont considérablement amélioré son diagnostic, notamment avec la mise en œuvre de séquençage de panels de gènes ciblés (panels DI44, DI275, DI459) et de séquençage d’exome entier (WES). Au CHU de Rennes, nous avons choisi une approche intermédiaire : l’exome médical, qui consiste à séquencer les exons de 5500 gènes OMIM à l’aide d’un kit de capture (Focused Exome Agilent).

Nous rapportons ici les résultats issus de l’analyse de 140 familles sur la période 2015-2017. Le modèle d’étude privilégié était le trio (enfant et parents).

Grâce à cette approche, nous avons mis en évidence 31% de variants de classes 5 et 4 (délétères et probablement délétères), 22% de classe 3 (VUS ou variants de signification clinique inconnue) et 47% de classes 2 et 1 (probables polymorphismes et polymorphismes reconnus).

Le panel ciblé DI44 n’aurait permis d’identifier que 14% de variants de classes 5 et 4, l’exome médical nous a donc permis de doubler le rendement diagnostique.

Les gènes impliqués sont très variés. Hormis les gènes du panel DI44, ADNP et POGZ sont ceux où le maximum de récurrence est observé même si celle-ci est faible.

L’implication définitive de certains variants peut requérir la mise en œuvre de tests fonctionnels :

1/ quand il s’agit de variants faux-sens dans un gène dont les variants reconnus délétères sont des variants non-sens ou frameshift (par exemple MEF2C),

2/ quand il s’agit de variants prédits délétères dans des gènes non formellement reconnus comme étant impliqués dans la DI à ce jour (par exemple KMT5B).

L’utilisation de l’exome médical dans le diagnostic étiologique de la DI constitue un bon compromis entre les panels ciblés et le WES : avec une nécessité de stockage informatique moins importante que le WES, une interprétation moins délicate (en évitant des variants dans des gènes totalement inconnus) et un prix plus abordable, il offre un rendement diagnostique très satisfaisant actuellement.

Christèle DUBOURG (Rennes), Wilfrid CARRE, Mélanie FRADIN, Chloé QUELIN, Paul ROLLIER, Mailys RUPIN, Florence DEMURGER, Hubert JOURNEL, Sylvie ODENT, Laurent PASQUIER, Véronique DAVID
17:30 - 17:45 #13077 - CO011 Whole exome vs grand panel dans la déficience intellectuelle : un taux d’élucidation diagnostique multiplié par 2.
CO011 Whole exome vs grand panel dans la déficience intellectuelle : un taux d’élucidation diagnostique multiplié par 2.

Plus de 1000 gènes sont connus dans la déficience intellectuelle (DI) et de nouveaux sont découverts très régulièrement. En raison de cette grande hétérogénéité génétique, les méthodes diagnostiques ciblées ont un intérêt souvent limité tandis que le Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) a apporté un bénéfice considérable.

L’objectif de notre étude était d’évaluer le taux de diagnostic réalisé grâce au WES en trio dans la DI et de le comparer à celui obtenu avec un grand panel utilisé précédemment au laboratoire.

 

Patients et méthodes:

600 cas index, atteints de DI, ont été recrutés via la consultation de génétique. Tous avaient eu précédemment un bilan négatif incluant une ACPA et un X-fragile ainsi que pour certains des études ciblées. 263 patients, ont été initialement séquencés avec le panel TruSightOne (TS1) d’Illumina, commercialisé en 2015, comprenant les 4813 gènes impliqués en pathologie référencés dans OMIM. Pour les 373 patients suivants, nous avons réalisé un  WES avec le kit MedExome de Roche. 36 patients ont été analysés successivement avec les 2 techniques. Les analyses ont été réalisées en trio ou en quatuor dans 348 cas et en duo (lorsque l’ADN d’un parent n’était pas disponible) dans 25 cas.

 

Résultats:

Notre taux diagnostique (variants classe 4 et 5) est de 21% (55/263) avec le TS1 et de 43% (159/373) avec le WES. 55% des diagnostics réalisés en WES concernent des gènes absents du TS1 car décrits depuis moins de 3 ans dans la DI. Chez les patients négatifs en TS1 puis analysés en WES, notre taux diagnostique est de 30% (11/36). De plus, 21 variants probablement pathogènes ont été identifiés en WES dans des gènes non encore publiés et qui font actuellement l’objet de collaborations internationales.

Lorsque l’analyse des parents n’était pas possible, notre taux diagnostique tombe à 20% (5/25) contre 44% (154/348) lorsque nous avons pu faire les analyses en trio.

Les 159 diagnostics en WES ont été faits dans 117 gènes différents, dont seulement 26 sont mutés chez au moins 2 cas index, témoignant de la grande hétérogénéité génétique de la DI. Les gènes les plus fréquemment mutés dans notre série sont DDX3X, ADNP, KCNA2 et TCF20 (n=4 pour chaque gène). Tous les variants pathogènes ont été validés lors de réunions de concertation pluridisciplinaire clinico-biologique.

Conclusion:

Plus de la moitié de nos diagnostics en WES n’auraient pas été réalisés avec le TS1, qui comprenait pourtant en théorie tous les gènes connus de DI lors de sa commercialisation. Cela s’explique par la découverte très rapide de nouveaux gènes dans la DI durant ces 3 dernières années, ce qui rend vite obsolète un panel de gènes, même exhaustif au moment de son design. C’est également probablement la raison de notre taux diagnostique légèrement supérieur à ceux de la littérature (30-40%). Cela donne un intérêt particulier au WES dans la DI qui, sans besoin de nouveau design, reste toujours à jour et voit son taux diagnostique augmenter avec les avancées scientifiques.

Caroline NAVA, Cyril MIGNOT , Julien BURATTI, Claude ESTRADE, Sabina KARAGIC, Aurélie LAFITTE, Elodie LEJEUNE, Corinne MACH, Valérie OLIN, Alinoe LAVILLAUREIX, Alexandra AFENJAR , Diane DOUMMAR, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Marie-Christine NOUGUES, Stéphanie VALENCE , Bénédicte HÉRON , Rodriguez-Levi DIANA , Lydie BURGLEN, Sandra WHALEN, Damien HAYE, Solveig HEIDE, Perrine CHARLES, Isabelle MAREY, Christel DEPIENNE , Boris KEREN (PARIS), Delphine HÉRON
17:45 - 18:00 #13239 - CO012 De l’exome au génome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.
CO012 De l’exome au génome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.

La déficience intellectuelle (DI) a une prévalence estimée à 1% de la population. Aujourd’hui, plus de 1500 gènes ont été décrits comme responsables de DI. Dans un cadre diagnostic, certains gènes étant plus fréquemment mutés, la stratégie française prédominante consiste actuellement à analyser des panels composés de quelques dizaines à plusieurs centaines de gènes. Le séquençage de l’exome est une autre stratégie qui, au-delà de répondre à la problématique de l’hétérogénéité génétique, permet une analyse mise à jour régulièrement et un amincissement de la frontière avec la recherche. Au CHU de Nantes, nous avons fait le choix du séquençage de l’exome en solo dans le diagnostic de la DI, pour un nombre limité de patients, en sélectionnant les patients les plus sévères et les familles en demande d’un conseil génétique. Depuis fin 2015, nous avons analysé 164 cas index et avons établi un diagnostic certain ou probable pour 75 cas (45,7%). Certains patients ont pu être intégrés dans une cohorte décrivant un nouveau gène responsable de DI (OTUD6B, EBF3), et certains présentent des mutations de novo dans des gènes candidats (KMT2C, SPTBN1, TENM2, DSCAM, PPP3CB). Parallèlement à l’exome, le plan « France médecine génomique » promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la fondation maladies rares permettant le séquençage du génome en trio de 7 patients, recrutés après un exome trio négatif (projet HUGODIMS, recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les premiers résultats ont montré (1) une translocation équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques dont la pathogénicité reste incertaine, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) deux patients avec des mutations de novo dans le gène H3F3A, dans un exon non couvert par exome, pour lequel une cohorte est en cours de publication et (4) une mutation de novo dans le gène TFE3, pour lequel une publication est également en cours. Au total, un diagnostic certain a pu être établi chez 4 patients. En conclusion, bien que l’exome apporte un rendement diagnostic déjà important, l’accès aux variants structuraux et la couverture plus homogène de la grande majorité des gènes de DI font certainement du séquençage du génome entier la future méthode de choix pour le diagnostic de la DI.

Benjamin COGNÉ (NANTES), Sébastien SCHMITT, Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Delphine QUINQUIS, Wallid DEB, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Marie-Laure VUILLAUME, Annick TOUTAIN, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Philippe PARENT, Pierre BOISSEAU, Claire BENETEAU, Sandra MERCIER, Mathilde NIZON, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU

Mercredi 24 janvier

Grand Auditorium
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B27
16:30 - 18:00

Sessions Simultanées 02
Syndromes malformatifs

Modérateurs : Annie LAQUERRIERE (ROUEN), Mathilde NIZON (NANTES)
16:30 - 16:45 #12823 - CO013 Syndrome Kabuki et manifestations immunitaires: à partir d’une cohorte de 154 patients.
CO013 Syndrome Kabuki et manifestations immunitaires: à partir d’une cohorte de 154 patients.

INTRODUCTION: Le syndrome Kabuki (SK OMIM 147920 et 300128) est un syndrome poly-malformatif rare associant un aspect reconnaissable du visage, une déficience intellectuelle variable de modérée à sévère, et des malformations d'organes variées (squelettiques, cardiaques, uro-génitales). Deux gènes, KMT2D et KDM6A, sont aujourd’hui impliqués dans ce syndrome. Une prévalence accrue des manifestations immunologiques est également observée chez ces patients. Il s’agit avec l’atteinte cardiaque de l’une des atteintes qui peut grever un pronostic bon par ailleurs. Pourtant c’est aussi l’un des aspects les moins étudiés dans la littérature. L'objectif de ce travail est d'obtenir une estimation de l'incidence des manifestations immunologiques dans le SK, et de les décrire, afin de détecter les particularités de présentation, d'association phénotypique et de prise en charge thérapeutique sur une large cohorte française. METHODOLOGIE: Les 154 cas actuellement colligés de notre cohorte ont une clinique compatible ainsi qu’un diagnostic moléculaire (KDM6A ou KMT2D) qui établissent le diagnostic de SK. Nous avons demandé aux 32 centres ayant participé au PHRC Kabuki de remplir un questionnaire de façon rétrospective. Nous avons ainsi évalué la survenue d’un purpura thrombopénique idiopathique (PTI), d’une anémie hémolytique auto-immune (AHAI), d’une autre maladie auto-immune (MAI) ou d’un déficit immunitaire commun variable (DICV) chez les patients. RESULTATS: On retrouve chez 7.79% des patients un PTI, dont une moitié est chronique ( > 12 mois). 3.25% ont eu une AHAI, dont un patient décédé d’hémolyse aigüe. Des infections à répétions sont présentes chez 36.59 % des SK, principalement ORL durant la petite enfance. D’autres infections plus graves à type d’atteinte pulmonaire, digestive, d’abcès cérébraux ou d’ostéomyélite sont également observées. Un DICV est observé chez 32.14% des patients : une hypogammaglobulinemie, associée à des sérologies vaccinales non-protectrices et une lymphopénie. 11.38 % des patients ont une MAI, le plus souvent des manifestations dermatologiques bénignes telles qu'un psoriasis ou un vitiligo. Des cas de thyroïdite auto-immune et un cas de diabète type 1 sont également retrouvés dans notre cohorte. Des complications immunologiques sont responsables du décès de 2 patients de notre cohorte. CONCLUSION: Notre étude montre une incidence élevée des manifestations immunitaires chez les patients SK de notre cohorte française. Cette surreprésentation pourrait s'expliquer car le complexe formé par KMT2D à un rôle central dans la maturation des lymphocytes T helper type 2. A noter le nombre important de données biologiques manquantes dans notre étude, qui indique que le phénotype dysimmunitaire du SK est peut-être sous-estimé. Notre étude montre pourtant que l’atteinte immunitaire est fréquente et potentiellement sévère.

Henri MARGOT (Bordeaux), Vincent GATINOIS, Guilaine BOURSIER, Helder FERNANDES, Elodie SANCHEZ, Agnes GUICHET, Margaux SEREY, Philippe PARENT, Sacha WEBER, Virginie MAGRY, Mathilde LEFEVBRE, Klaus DIETERICH, Marie-Line JACQUEMONT, Odile BOUTE, Thibaud ARMAND, Elisabeth SARRAZIN, Julie ROBBE, Godelieve MOREL, Mélanie FRADIN, Alice GOLDENBERG, Sarah BAER, Sophie JULIA, Annick TOUTAIN, Stanislas LYONNET, Yves PEREL, Didier LACOMBE, Nathalie ALADJIDI, David GENEVIEVE
16:45 - 17:00 #12959 - CO014 GREB1L, un nouveau gène d’agénésie rénale bilatérale chez l’homme et la souris.
CO014 GREB1L, un nouveau gène d’agénésie rénale bilatérale chez l’homme et la souris.

Les anomalies congénitales des reins et des voies urinaires (CAKUT) regroupent un spectre d’anomalies du développement rénal incluant agénésies, hypoplasies et dysplasies. Elles constituent une cause majeure d’insuffisance rénale chez l’enfant, et d’interruption médicale de grossesse pour les formes les plus graves. Des mutations dans plus de 50 gènes ont été rapportées dans des formes de CAKUT isolées ou syndromiques. Cependant, les causes génétiques des agénésies rénales bilatérales restent largement méconnues.

Par séquençage d’exome total ou ciblé de 183 cas non apparentés de formes familiales et/ou sévères de CAKUT, nous avons identifié 16 variants hétérozygotes dans le gène GREB1L (Growth Regulation By Estrogen In Breast Cancer 1-Like). Ces variants étaient soit absents dans la base de données GnomAD (4 mutations perte-de-fonction et 10 faux-sens), soit présents avec des fréquences très faibles (2 faux-sens). Douze d’entre eux étaient présents chez des fœtus avec agénésie rénale bilatérale, associée à une agénésie utérine chez les fœtus de sexe féminin. Parmi les autres anomalies extrarénales, deux fœtus présentaient des anomalies cardiaques. Dans 11 des 12 familles pour lesquelles l’ADN parental était disponible, nous avons montré que la mutation venait de la mère, présentant ou non un phénotype CAKUT et/ou une anomalie utérine de faible gravité.

GREB1L est un gène de fonction inconnue, décrit comme cible de l’acide rétinoïque, une voie de signalisation cruciale pour le développement. Nous avons montré par hybridation in situ que ce gène est exprimé lors des stades précoces de la néphrogenèse. Nous avons généré un modèle de souris invalidé pour Greb1l par CRISPR-Cas9. Les souris homozygotes meurent in utero. Les embryons Greb1l-/- prélevés à E13.5 présentent tous une taille réduite et une exencephalie. L’analyse par immunofluorescence et transparisation nous a permis de montrer l’absence de reins ainsi que des canaux de Wolff et de Müller chez tous les embryons Greb1l-/- males et femelles (marquage Pax2), ainsi qu’une anomalie de la formation des testicules (marquage Sox9). Ce dernier résultat suggère que l’absence de transmission paternelle dans les familles puisse s’expliquer par une diminution de la fertilité masculine. Nous avons également montré que les embryos Greb1l-/- présentent tous une anomalie cardiaque de type "topsy-turvy". En parallèle, nous avons généré un modèle de cellules rénales de souris mIMCD3 invalidé pour Greb1l et montré des anomalies d’épithélialisation en culture 3D. Ce modèle est actuellement utilisé pour valider l’effet des mutations faux-sens identifiées.

Cette étude démontre que GREB1L joue un rôle majeur au cours du développement urogénital précoce et met en évidence une nouvelle cause génétique pour les agénésies rénales bilatérales. Des études sont maintenant nécessaires pour caractériser les voies de signalisation régulées par GREB1L lors du développement urogénital.

Lara DE TOMASI (Paris), Pierre DAVID, Camille HUMBERT, Flora SILBERMANN, Christelle ARRONDEL, Frédéric TORES, Stéphane FOUQUET, Audrey DESGRANGE, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Joëlle ROUME, Marie-Pierre CORDIER, Christine PIETREMENT, Bertrand ISIDOR, Philippe KHAU VAN KIEN, Marie GONZALES, Marie-Hélène SAINT-FRISON, Jelena MARTINOVIC, Robert NOVO, Juliette PIARD, Christelle CABROL, Hubert JOURNEL, Jacqueline AZIZA, Laurent GAVARD, Marie-Hélène SAID-MENTHON, Laurence HEIDET, Sophie SAUNIER, Cécile JEANPIERRE
17:00 - 17:15 #13042 - CO015 Un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle et malformation craniofaciale par mutation tronquante, de novo de MN1 et probable effet gain de fonction ou dominant négatif.
CO015 Un nouveau syndrome associant déficience intellectuelle et malformation craniofaciale par mutation tronquante, de novo de MN1 et probable effet gain de fonction ou dominant négatif.

Le gène meningioma 1 (MN1) code pour un co-régulateur transcriptionel sans homologie avec d'autres protéines. Un gène de fusion de MN1 avec ETV6 par translocation somatique a été rapporté dans la leucémie myéloïde aiguë. Chez la souris, Mn1 est nécessaire au développement du palais et de l’ossification endomembraneuse du crâne. Nous avons identifié plusieurs mutations tronquantes de novo de MN1, dont une récurrente, chez 13 individus présentant une dysmorphie faciale reconnaissable avec hypoplasie de l’étage moyen de la face et dysplasie du pavillon des oreilles, et une déficience intellectuelle moyenne à sévère. MN1 est composé de deux exons. Toutes les mutations, y compris le variant récurrent p.Arg1295* observé chez 7/13 individus, se situent dans le deuxième exon ou dans la région 3' de l'exon 1. Leurs positions prédisent un échappement au mécanisme de « nonsense-mediated mRNA decay », et ceci a pu être confirmé sur fibroblastes chez un individu. Des études antérieures ont décrit de grandes délétions incluant MN1 chez des individus présentant des anomalies neurodéveloppementales de sévérité variable et une dysmorphie faciale non spécifique et différente de celle que présentent les patients décrit ici. Nous proposons que le syndrome défini ici ne soit pas la conséquence d’une perte de fonction par haploinsufisance de MN1, mais celle d’une protéine MN1 tronquée de sa partie C-terminale avec pour conséquence un effet dominant négatif ou gain de fonction. Les 20 acides aminés de la région C-terminale sont hautement conservés et n’ont pas d’homologie à un domaine connu. Nos résultats renforcent l’intérêt de l’étude du rôle de MN1 et de son domaine C-terminale en particulier dans le développement des structures craniofaciales et du système nerveux central.

Chris MAK, Angela LIN, Amanda BARONE, Megan CHO, Valérie CORMIER-DAIRE, Geraldine VIOT, Francesca FILIPPINI, Karen GRIPP, Trevor HOFFMAN, Shelagh JOSS, Sarina KANT, Davor LESSEL, Chumei LI, Thierry BIENVENU, Stanislas LYONNET, Michael PARKER, Joan STOLER, David VISKOCHIL, James WEISFELD-ADAMS, Jeanne AMIEL, Brian CHUNG, Chris GORDON (Paris)
17:15 - 17:30 #13098 - CO016 Apport du séquençage haut débit d’exome dans les syndromes polymalformatifs fœtaux en pratique diagnostique.
CO016 Apport du séquençage haut débit d’exome dans les syndromes polymalformatifs fœtaux en pratique diagnostique.

Les syndromes polymalformatifs sont définis par l’association de deux malformations ou plus. Dans ces syndromes, les causes génétiques sont fréquentes, avec un risque éventuel de récidive pour les familles, à l’origine d’une très forte demande de conseil génétique. La stratégie diagnostique actuelle (examen foetopathologique, cytogénétique et examens ciblés de biologie moléculaire) ne permet un diagnostic étiologique que dans environ 1/3 des familles concernées par un syndrome polymalformatif de révélation anténatale. La majorité des couples reste donc sans possibilité de conseil génétique précis, ni de diagnostic anténatal génétique  lors de futures grossesses. L’objectif de notre étude est donc d’étudier l’apport du séquençage haut débit d’exome (SHD-E) dans le diagnostic étiologique de 100 fœtus atteints de syndromes polymalformatifs non étiquetés après un examen fœtopathologique et radiologique complet, de même qu’une ACPA normale (étude FOETEX).

Nous avons réalisé un SHD-E en solo chez 100 fœtus polymalformés provenant de 10 centres de diagnostic prénatal en France. L’analyse a été ciblée initialement sur les gènes OMIM puis secondairement étendue à l’ensemble des gènes. La confirmation des variations et la ségrégation familiale ont été réalisées par séquençage  Sanger.

Les 100 fœtus présentaient une dysmorphie faciale (50%), des troubles de croissance (39%) et des malformations cérébrales (46%), cardiaques (38%), osseuses (33%), urogénitales (27%), digestives (23%), de l’appareil respiratoire (21%) et des extrémités (15%). Le SHD-E a permis d’identifier une/des variation(s) causale(s) chez 20% des fœtus, des variations de signification inconnue chez 5% des fœtus et des variations dans des gènes candidats chez 5% des fœtus. Parmi les variations causales, la majorité était de transmission autosomique récessive (56%). Ce taux diagnostique (20%) s’avère nettement inférieur au rendement du SHD-E dans les cohortes post-natales (30-35%), probablement lié aux phénotypes extrêmes, atypiques ou aspécifiques identifiés en fœtopathologie, à l’absence des données neurodévelopementales dans cette population et aux peu d’études réalisées sur des cohortes foetales. Un net excès de variations récessives a été identifié dans cette étude (56% vs 28% dans d’autres études). Le fort taux de récidive dans notre cohorte (10%) et le taux de consanguinité connue (4%) ne permettent pas à eux seul d’expliquer cet excès.

En conclusion, l’efficacité diagnostique du SHD-E en solo chez les fœtus apparait inferieure à la période post-natale car les corrélations génotypes-phénotypes, majeures pour une étude en solo, s’avèrent plus difficiles en fœtopathologie. Une relecture en trio (après SHD-E secondaire des parents) des SHD-E fœtaux initialement négatifs en solo permettra sans doute d’augmenter ce rendement diagnostique et d’identifier de nouveaux gènes candidats.

Mathilde LEFEBVRE (Paris), Yannis DUFFOURD, Ange-Line BRUEL, Mirna ASSOUM, Paul KUENTZ, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, Cristina ANTAL, Valérie KREMER, Françoise GIRARD-LEMAITRE, Jean-Louis MANDEL, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Nada HOUCINAT, Sébastien MOUTTON, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO, Frederic TRAN-MAU-THEM, Nathalie MARLE, Laetitia LAMBERT, Philippe JONVEAUX, Jean-Francois DELEUZE, Céline BONNET, Robert OLASO, Anne BOLAND, Foliguet BERNARD, Jean-Pierre MAZUTTI, Emmanuelle GINGLINGER, Eric JEANDIDIER, Dominique GAILLARD, Elisabeth ALANIO, Celine POIRISIER, Anne-Sophie LEBRE, Francine ARBEZ-GINDRE, Sylvie ODENT, Chloé QUELIN, Melanie FRADIN, Marjolaine WILLEMS, David GENEVIEVE, Nicole BIGI, Marie-Josée PEREZ, Philippe LOGET, Sophie BLESSON, Christine FRANCANNET, Anne-Marie BEAUFRERE, Sophie PATRIER, Alice GOLDENBERG, Anne-Marie GUERROT, Nicole LAURENT, Julien THEVENON, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
17:30 - 17:45 #13295 - CO017 Description d’un nouveau syndrome autosomique récessif nommé Ostéo-Oto-Hépato-Entérique (O2HE) secondaire à des mutations perte de fonction du gène UNC45A.
CO017 Description d’un nouveau syndrome autosomique récessif nommé Ostéo-Oto-Hépato-Entérique (O2HE) secondaire à des mutations perte de fonction du gène UNC45A.

L'association de la diarrhée congénitale et de la cholestase héréditaire est rare chez l’enfant, et les bases moléculaires de nombreux patients restent inconnues. Récemment, certains gènes identifiés dans les cholestases héréditaires ont été identifiés dans des familles avec diarrhée congénitale et inversement. À titre d'exemple, des variants hétérozygotes composites ou homozygotes MYO5B ont été initialement identifiées comme une cause de diarrhée congénitale avec atrophie microvillositaire, puis plus tard de cholestases congénitales isolées ou associées, expliqué par le rôle de ce gène dans la polarisation des hépatocytes et des entérocytes. La même démonstration a ensuite été faite pour les gènes ABCB11, TTC37 et SKIV2L.

Nous avons étudié par séquençage de l’exome quatre filles issus de 3 familles différentes, âgés de 4 à 23 ans, présentant une constellation phénotypique comprenant cholestase, diarrhée congénitale, déficience auditive et fragilité osseuse, ne rentrant dans aucun des cadres diagnostiques connus. Aucun des patients ne présentait l’ensemble des signes cliniques, et le mode d’entrée était la diarrhée congénitale sévère avec atrophie microvillositaire pour 2 des patients, nécessitant toujours une nutrition parentérale après plusieurs années de vie, et la cholestase chez les 2 autres. Des variants homozygotes dans la famille consanguine, et hétérozygotes composites dans les autres familles, de type tronquants ou faux sens, du gène Unc-45 Myosin Chaperone A (UNC45A) ont été mis en évidence dans les 3 familles, et ont permis de rapprocher ces patients dont la présentation clinique était initialement très différente. UNC45A appartient à la famille de protéines UCS et n'a pas été précédemment rattaché à une pathologie humaine. Des travaux réalisés sur l'orthologue C. elegans UNC-45 avait montré l’implication de ce gène dans les troubles de la motilité. Des études fonctionnelles in vitro et in vivo, et à l’aide d’un modèle zebrafish, a permis de confirmer l’implication de UNC45A, en particulier dans les manifestations digestives. Ces résultats montrent l’apport du séquençage nouvelle génération dans l’identification de nouveaux gènes responsables de présentations cliniques hétérogènes, et l’importance du partage de données et des projets collaboratifs pour aboutir à des conclusions.

Laurence FAIVRE (DIJON), Clothilde ESTEVE, Ludmila FRANCESCATTO, Perciliz L TAN, Aurélie BOURCHANY, Cécile DELAFOULHOUZE, Evelyne MARINIER, Patrice BOURGEOIS, Angeline BRUEL, Yannis DUFFOURD, Olivier GOULET, Emmanuel GONZALES, Frédéric HUET, Caroline LACOSTE, Raphaëlle MAUDINAS, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Bertrand ROQUELAURE, Jacques SARLES, Sabine SAIGAUDY, Elodie SAVAJOL, Christel THAUVIN-ROBINET, Julien THEVENON, Nicolas LEVY, Catherine BADENS, Jean-Pierre HUGOT, Nicholas KATSANIS, Alexandre FABRE
17:45 - 18:00 #13422 - CO018 Haploinsuffisance de BMP2 : Mécanisme responsable d’un nouveau syndrome malformatif associant une dysmorphie, une fente palatine et des anomalies squelettique et cardiaques.
CO018 Haploinsuffisance de BMP2 : Mécanisme responsable d’un nouveau syndrome malformatif associant une dysmorphie, une fente palatine et des anomalies squelettique et cardiaques.

La protéine morphogénétique osseuse 2 (BMP2) située sur le chromosome 20p12 appartient à une superfamille de gènes codant pour des peptides de signalisation TGF-beta impliqués dans le développement des os et du cartilage. Les délétions hétérozygotes du chromosome 20p12 ont été associées de manière variable à des fentes palatines, une petite taille et à un retard de développement. Nous rapportons ici un phénotype cranio-squelettique particulier dû à des mutations tronquantes, à l’état hétérozygote, chez 12 individus de 8 familles non apparentées qui partagent comme caractéristiques : une petite taille, une dysmorphie reconnaissable, des anomalies squelettiques et une maladie cardiaque congénitale. Dans toutes les familles décrites, dont un cas de mosaïque paternelle chez deux sœurs atteintes qui ont hérité d'une mutation d’épissage dans le gène BMP2, l’apparition de mutations survenues de novo et d’une hérédité autosomique dominante nous permettent d’impliquer l’haploinsuffisance de BMP2 comme le mécanisme responsable du phénotype rapportée dans la microdélétion 20p12. De plus, nous reproduisons le phénotype observé chez nos patients comme la petite taille et les anomalies squelettiques, grâce à un modèle de souris knock-out hétérozygote Bmp2, confirmant que l’haploinsuffisance de BMP2 est le principal déterminant du phénotype des individus porteurs de mutations tronquantes et de microdélétions comprenant ce gène. Ces résultats démontrent le rôle important joué par la protéine BMP2 dans le développement cranio-facial, squelettique et cardiaque humain, associant un phénotype cohérent caractérisé par une petite taille, une fente palatine, des anomalies squelettiques et cardiaques, sans déficit neurologique.

Gwenaël LE GUYADER (Poitiers), Tiong Yang TAN, Fanny PELLUARD, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Fréderic BILAN

Mercredi 24 janvier

Auditorium 450
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C27
16:30 - 18:00

Sessions Simultanées 03
Oncogénétique

Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Capucine DELNATTE (NANTES)
16:30 - 16:45 #12732 - CO019 Recherche de nouveaux biomarqueurs indicateurs de la présence d’une altération constitutionnelle des gènes suppresseurs de tumeurs TP53 et BRCA par approche multi-omique.
CO019 Recherche de nouveaux biomarqueurs indicateurs de la présence d’une altération constitutionnelle des gènes suppresseurs de tumeurs TP53 et BRCA par approche multi-omique.

L’identification des mutations constitutionnelles à l’origine d’une prédisposition génétique au cancer est essentielle à la prise en charge médicale des patients et de leurs familles. Depuis l’implémentation des technologies de séquençage à haut-débit dans les laboratoires diagnostiques, le principal défi n’est plus la détection des variations génétiques mais leur interprétation et leur classification. La question de l’interprétation de la variation est particulièrement cruciale lorsqu’elle conditionne la stratégie thérapeutique. Il est essentiel de disposer de tests simples adaptables en routine diagnostique pour faciliter l’interprétation des variations génétiques. Le but de notre projet est, dans ce contexte, l’identification par approche multi-omique, combinant l’analyse à haut-débit du transcriptome et l’analyse du métabolome, de nouveaux biomarqueurs capables de discriminer des cellules sans mutation de cellules avec mutation délétère. Nous avons appliqué cette approche aux variations de TP53 à l’origine du syndrome de Li-Fraumeni ainsi qu’aux variations détectées dans les gènes BRCA impliqués dans la prédisposition génétique aux cancers du sein et de l’ovaire. Si l’apparition de tumeurs chez ces patients nécessite le plus souvent un deuxième événement somatique, l’impact biologique d’une mutation constitutionnelle hétérozygote est probablement suffisant pour entrainer un endophénotype détectable à l’aide d’outils moléculaires spécifiques. En exposant les cellules à des drogues génotoxiques, nous avons exacerbé les différences existant entre les lymphocytes de sujets témoins et les lymphocytes de patients porteurs d’une mutation délétère hétérozygote pour pouvoir mettre en évidence une réponse différentielle aux lésions de l’ADN. Nous avons réalisé des expériences de RNA-seq global permettant d’évaluer les différences d’expression des transcrits codants, mais également des ARN non codants dont l’implication dans la réponse aux lésions de l’ADN est de plus en plus évidente. Cette analyse a révélé une liste de gènes différentiellement exprimés entre les cellules sauvages et mutées. Ces transcrits constituent de nouveaux biomarqueurs qui pourront être inclus dans des tests fonctionnels simples. En parallèle de ces analyses, nous effectuons des analyses de métabolomique non ciblées. Cette approche omique émergente en génétique humaine permet d’évaluer l’impact des influences génétiques et environnementales sur les cellules. La stratégie analytique choisie repose sur la spectrométrie de masse à haute résolution, la chromatographie liquide et la mobilité ionique (UHPLC-IM-MS). Nous procéderons ensuite à l’intégration des données issues de ces deux technologies omiques afin de cibler plus précisément les voies et les acteurs biologiques impliqués dans ces réponses cellulaires. L’identification de biomarqueurs identifiés par cette approche multi-omique devrait permettre de développer des tests simples ciblés adaptés à la routine diagnostique.

Sabine RAAD (Rouen), Abdellah TEBANI, Raphaël LANOS , Edwige KASPER, Céline DERAMBURE, Sophie COUTANT, Carlos AFONSO, Gaëlle BOUGEARD, Soumeya BEKRI, Thierry FRÉBOURG, Isabelle TOURNIER
16:45 - 17:00 #12740 - CO020 Les gènes de la réparation de l’ADN dans la prédisposition aux cancers du sein : quelles implications pour les tests génétiques ?
CO020 Les gènes de la réparation de l’ADN dans la prédisposition aux cancers du sein : quelles implications pour les tests génétiques ?

Des altérations constitutionnelles des gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2 expliquent environ 10% des familles suspectées de prédisposition héréditaire au cancer du sein (CS) ou de l’ovaire. L’introduction du séquençage haut débit dans les laboratoires diagnostics permet le séquençage simultané d’autres gènes impliqués dans la prédisposition au cancer. Les risques de cancer associés aux altérations de ces gènes sont mal estimés et leur utilité en médecine préventive reste à démontrer. Nous avons séquencé 113 gènes impliqués dans différents mécanismes de la réparation de l’ADN chez 1207 cas sans mutation de BRCA1 et BRCA2 et ayant une sœur atteinte de CS et chez 1199 témoins participant à l’étude GENESIS. Le panel de gènes comprend 36 gènes connus et 77 gènes candidats identifiés dans l’analyse de l’exome de 100 femmes à très haut risque de CS. Nous avons développé un pipeline bioinformatique pour automatiser l’analyse des données de séquençage, l’annotation et le tri des variants et formater les données pour l’analyse cas-témoin. Au total, 3930 variants distincts altérant la séquence protéique et présents dans moins de 0,5% des témoins ont été identifiés, dont 264 variants tronquants (155 porteurs chez les cas, 132 porteurs chez les témoins) et 1994 variants faux-sens distincts prédits comme délétères avec l’outil CADD (1213 porteurs chez les cas, 1103 porteurs chez les témoins). Lorsqu’on ne considère que les variants tronquants, ATM (OR=17,1 ; IC95% 2,3-129), CHEK2 (OR=5,9 ; IC95% 2,0-17) et PALB2 (OR=3,8 IC95% 1,0-14) sont significativement associés au risque de CS. L’analyse des variants faux-sens prédits comme délétères montre qu’ATM (OR=1,6 ; IC95% 1,0-2,4), CHEK2 (OR=2,5 ; IC95% 1,4-4,1), PALB2 (OR=3,5 ; IC95% 1,4-8,6) et MAST1 (OR=2,5 ; IC95% 1,0-6,0) sont associés à une augmentation du risque de CS et que les variants de POLH (OR=0,3 ; IC95% 0,1-0,9), RTEL1 (OR=0,4 ; IC95% 0,2-0,9) et FANCI (OR=0,4 ; IC95% 0,2-1,0) sont associés à une diminution de ce risque. Seuls 78 des 2258 variants rares (tronquants ou faux-sens) identifiés dans les 113 gènes sont rapportés dans ClinVar comme étant « pathogènes » ou « probablement pathogènes ». Ces variants ne sont présents que dans 30 des 113 gènes retenus et leur analyse donne des résultats similaires pour ATM et CHEK2. Des variants de ClinVar sont identifiés dans les gènes PALB2 (4 cas, 1 témoin), TP53 (4 cas), CDH1 (1 cas), RAD51C (1 cas), RAD51D (2 témoins), MLH1 (1 témoin), MSH2 (3 témoins) et PMS2 (3 cas, 3 témoins) pour lesquels des recommandations spécifiques de prise en charge ont été définies ; ces derniers gènes sont d’ailleurs souvent inclus dans les tests multi-gènes commerciaux. Ainsi, notre stratégie d’analyse a permis d’identifier de nouveaux gènes associés au CS (MAST1, POLH, RTEL1 et FANCI) et montre l’intérêt de prendre en compte dans l’analyse tous les types de variants. D’autres gènes identifiés dans l’analyse de l’exome et non impliqués dans la réparation de l’ADN sont à l’étude.

Elodie GIRARD, Séverine EON-MARCHAIS, Robert OLASO, Francesca DAMIOLA, Marie-Gabrielle DONDON, Laure BARJHOUX, Didier GOIDIN, Vincent MEYER, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Noura MEBIROUK, Morgane MARCOU, Eve CAVACIUTI, Anne-Laure RENAULT, Juliette COIGNARD, Odile COHEN-HAGUENAUER, Dominique LEROUX, Clotilde PENET, Sandra FERT-FERRER, Chrystelle COLAS, Thierry FREBOURG, François EISINGER, Annie CHEVRIER, Claude ADENIS, Anne FAJAC, Laurence GLADIEFF, Julie TINAT, Anne FLOQUET, Jean CHIESA, Sophie GIRAUD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Florent SOUBRIER, Séverine AUDEBERT-BELLANGER, Jean-Marc LIMACHER, Christine LASSET, Sophie LEJEUNE-DUMOULIN, Hélène DREYFUS, Yves-Jean BIGNON, Michel LONGY, Pascal PUJOL, Laurence VENAT-BOUVET, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Elisabeth LUPORSI, Christine M MAUGARD, Catherine NOGUÈS, Capucine DELNATTE, Jean-Pierre FRICKER, Paul GESTA, Laurence FAIVRE, Alain LORTHOLARY, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Marion GAUTHIER-VILLARS, Isabelle COUPIER, Nicolas SERVANT, Anne BOLAND, Sylvie MAZOYER, Jean-François DELEUZE, Dominique STOPPA-LYONNET, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR (PARIS CEDEX 5)
17:00 - 17:15 #12802 - CO021 Estimation des risques de cancer à partir de l’analyse des variants pathogènes d’un panel de 34 gènes identifiés chez 5131 cas index présentant une prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.
CO021 Estimation des risques de cancer à partir de l’analyse des variants pathogènes d’un panel de 34 gènes identifiés chez 5131 cas index présentant une prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Le diagnostic des prédispositions au cancer du sein et de l’ovaire est réalisé aujourd’hui par séquençage à haut débit (NGS). L’exploration de panels de gènes en clinique impose une évaluation et une connaissance fine des risques associés aux variants génétiques de chaque gène. Dans l’objectif d’estimer ces niveaux de risques nous avons analysé une grande série de patients séquencés dans le cadre du diagnostic,  en nous basant sur les données des consortium ExAC et 1000 Genomes. Les données individuelles du French Exome Project (FREX) ont également été utilisées en tant que contrôles. Le séquençage de 5131 cas index a été réalisé après enrichissement par capture de 34 gènes et celui de 571 individus « FREX » après enrichissement de l’exome. Les analyses ont reposé sur l’utilisation des logiciels CASAVA et BWA suivi d’HaplotypeCaller (GATK). Après contrôle de la qualité de séquençage et restriction des données aux régions génomiques comparables, les biais de stratification ont été contrôlés par analyse de correspondances multiples en utilisant les données 1000Genomes et FREX. Les variants pathogènes et probablement pathogènes ont été sélectionnés selon des critères dérivés des recommandations de l’ACMG. La probabilité qu’un individu ExAC soit lui-même porteur d’un variant pathogène a été simulée et comparée à la fréquence estimée dans la population prédisposée au cancer du sein et de l’ovaire afin de tester des effets d’association. Des burden tests ont été réalisés en utilisant les individus FREX comme témoins. Les odds-ratio associés aux variants pathogènes de BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, ATM, BRIP1, CHEK2 et MSH6 ont été estimés respectivement à 13.22[10.01-17.22], 8.61[6.78-10.82], 8.22[4.91-13.05], 4.54[2.55-7.48], 5.23[1.46-13.17], 3.20[2.14-4.53], 2.49[1.42-3.97], 1.67[1.18-2.27] et 2.50[1.12-4.67]. Les variants de RAD51C, RAD51D, et BRIP1 se sont révélés associés à une histoire familiale de cancer de l’ovaire (OR = 11.36[5.78-19.59], 12.44[2.94-33.30] et 3.82[1.66-7.11]). Nous avons détecté une association entre les variants PALB2 et les cancers du sein bilatéraux (OR=16.17[5.48-34.10]) et entre les variants de BARD1 et les cancers « triples négatifs» (OR=11.27[3.37-25.01]).  Les burden tests réalisés avec la population de patients et la population FREX confirment l’association des variants pathogènes de BRCA1, BRCA2, PALB2 et RAD51C avec le cancer du sein et de l’ovaire héréditaire. Notre étude valide l’intégration de PALB2, RAD51C, RAD51D au diagnostic des prédispositions héréditaires de cancer du sein et/ou de l’ovaire et justifie une prise en charge médicale appropriée chez les porteuses de variants pathogènes. En revanche, pour les autres gènes, nos données suggèrent leur contribution dans un modèle oligogénique, ce qui doit inciter à la prudence dans leur utilisation diagnostique.

Laurent CASTÉRA (Caen), Valentin HARTER, Etienne MULLER, Sophie KRIEGER, Nicolas GOARDON, Agathe RICOU, Antoine ROUSSELIN, Germain PAIMPARAY, Angélina LEGROS, Olivia BRUET, Céline QUESNELLE, Florian DOMIN, Chankannira SAN, Baptiste BRAULT, Robin FOUILLET, Caroline ABADIE, Pascaline BERTHET, Odile BÉRA, Project FRENCH EXOME, Thierry FRÉBOURG, Dominique VAUR
17:15 - 17:30 #12883 - CO022 Les mutations constitutionnelles du gène codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutarate/malate (SLC25A11) prédisposent aux paragangliomes métastatiques.
CO022 Les mutations constitutionnelles du gène codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutarate/malate (SLC25A11) prédisposent aux paragangliomes métastatiques.

Les paragangliomes (PGL) et phéochromocytomes (PH) sont des tumeurs neuroendocrines rares, génétiquement déterminées dans 40 % des cas. Les études de génomique intégratives ont démontré que les mutations constitutionnelles de deux gènes codant pour des protéines mitochondriales, SDHB et à un moindre dégré FH sont les causes majeures de paragangliomes métastatiques. Toutefois il reste de nombreux patients avec des formes malignes de PGL sans explication à ce jour.

Nous avons réalisé un séquençage d’exome sur l’ADN constitutionnel et tumoral d’un patient dont le PGL se classait avec les tumeurs SDHx dans les différentes omics, alors qu’aucune mutation constitutionnelle ou tumorale dans un des gènes SDHx ou FH n’avait été identifiée. Nous avons mis en évidence une mutation constitutionnelle dans le gène SLC25A11, codant pour le transporteur mitochondrial du 2-oxoglutatarate-malate. Six patients porteurs d’une mutation de  SLC25A11, ont été identifiés grâce au séquençage Sanger de l’ADN constitutionnel d’une cohorte de 639 patients avec PGL. Parmi ces 6 patients, 5 avaient un PGL métastatique. Toutes ces mutations été associées à une perte d’hétérozygotie tumorale ainsi qu’à une perte d’expression de la protéine codée par SLC25A11 (nommée OGC) en immunohistochimie. Un phénotype pseudo-hypoxique et une hyperméthylation globale de l’ADN ont été observés dans les tumeurs SLC25A11-dependantes ainsi que dans des cellules murines chromaffines invalidées pour le gène Slc25a11, générées par la technologie CRISPR-Cas9.

Ces éléments permettent de conclure que SLC25A11 est un nouveau gène suppresseur de tumeur, dont les mutations constitutionnelles prédisposent aux PGL métastatiques. Ces mutations peuvent être prédites ou validées par l’immunohistochimie anti-OGC. Les patients porteurs d’un PGL métastatique doivent bénéficier de l’analyse moléculaire de ce gène et un dépistage pré-symptomatique pourra être proposé aux apparentés, qui si ils sont porteurs pourront avoir un suivi adapté au risque métastatique. L’identification de ce gène étend le champ des dysfonctions mitochondriales dans la tumorigenèse et dans la cancérogénèse des PGL.

Alexandre BUFFET (Paris), Aurélie MORIN, Luis Jaime CASTRO-VEGA, Florence HABAROU, Charlotte LUSSEY, Eric LETOUZÉ, Hervé LEFEBVRE, Isabelle GUILHEM, Magalie HAISSAGUERRE, Isabelle RAINGEARD, Mathilde PADILLA-GIROLA, Thi TRAN, Jerome BERTHERAT, Laurence AMAR, Chris OTTOLENGHI, Nelly BURNICHON, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Judith FAVIER
17:30 - 17:45 #13203 - CO023 Génétique du syndrome DICER1 : étude rétrospective de 204 analyses.
CO023 Génétique du syndrome DICER1 : étude rétrospective de 204 analyses.

Introduction. Le syndrome DICER1, de transmission autosomique dominante, est associé à un large spectre de tumeurs bénignes et malignes dont le pleuropneumoblastome (PPB), le néphrome kystique (NK), les tumeurs ovariennes de type Sertoli-Leydig (OSLCT) et le goitre multinodulaire (GMN) ou cancer de la thyroïde. Le diagnostic génétique consiste en l’identification d’un variant délétère inactivant le gène DICER1 au niveau constitutionnel. Afin d’améliorer la connaissance des caractéristiques cliniques et génétiques de ce syndrome de découverte récente, nous avons réalisé une étude rétrospective d’analyses du gène DICER1 chez des patients atteints de lésions évocatrices du syndrome DICER1.

Méthodes. Cette étude a porté sur une cohorte de 204 sujets : 101 cas index et 103 apparentés, de 2012 à 2016. Les consultations de génétique ont eu lieu dans différents centres de lutte contre le cancer et hôpitaux français. L’indication d’analyse a été retenue pour tout type de tumeur associé au syndrome DICER1. L’analyse du gène DICER1 a été réalisée à l’Institut Curie, Paris, par séquençage Sanger ou haut débit.

Résultats. Des variants délétères inactivant le gène DICER1 au niveau constitutionnel ont été identifiés chez 43 cas index (n=43/101) et 45 apparentés (n=45/103). La majorité des variants délétères a été identifiée chez des patients atteints de PPB (n=27/35), NK (n=7/12) et OSLCT (n=10/19). Ces variants délétères sont des mutations ponctuelles inactivatrices localisées dans la séquence codante ou les jonctions exon-intron du gène DICER1, excepté deux réarrangements de grande taille et une mutation intronique profonde. Sept variants délétères sont des mutations de novo, dont une à l’état mosaïque. Parmi les 45 apparentés porteurs du variant délétère DICER1 identifié dans la famille, 15 sujets ont une lésion associée au spectre tumoral de DICER1 : 11 GMN de la thyroïde, 2 PPB, 2 NK et 1 tumeur ovarienne de la granulosa juvénile, soit 16 lésions au total en raison du diagnostic de GMN de la thyroïde et NK chez un même sujet.

Conclusion. Cette étude d’une grande cohorte a permis de confirmer que 77% des PPB et 53% des OSLCT sont associés à des variants délétères du gène DICER1 au niveau constitutionnel. La présence de variants uniquement au niveau tumoral pourrait expliquer certains cas sporadiques. Par ailleurs, la fréquence élevée de GMN de la thyroïde chez les apparentés porteurs d’un variant délétère du gène DICER1 suggère de le retenir comme critère d’indication dans les présentations familiales. Des études supplémentaires sur différents types de tumeur sont nécessaires afin de préciser le spectre tumoral du syndrome DICER1.

Lisa GOLMARD (Paris), Florian VERRIER, Catherine DUBOIS D'ENGHIEN, Caroline ABADIE, Pascaline BERTHET, Laurence BLANC, Valérie BONADONA, Laurence BRUGIÈRES, Léa GUERRINI, Virginie BUBIEN, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Isabelle COUPIER, Olivier INGSTER, Bertrand ISIDOR, Sophie LEJEUNE, Ludovic MANSUY, Dominique MARTIN-COIGNARD, Isabelle MORTEMOUSQUE, Isabelle OLIVER-PETIT, Franck BOURDEAUT, Daniel ORBACH, Antoine DE PAUW, Bruno BUECHER, Dominique STOPPA-LYONNET, Marion GAUTHIER-VILLARS, Claude HOUDAYER
17:45 - 18:00 #13374 - CO024 Diagnostic différentiel de la neurofibromatose de Type 2, la schwannomatose et la méningiomatose : apport du séquençage nouvelle génération.
CO024 Diagnostic différentiel de la neurofibromatose de Type 2, la schwannomatose et la méningiomatose : apport du séquençage nouvelle génération.

La Neurofibromatose de type 2 (NF2) se caractérise par le développement de schwannomes vestibulaires bilatéraux mais également de schwannomes au niveau des autres nerfs crâniens ou périphériques, des méningiomes, des épendymomes ainsi que de lésions cutanées et ophtalmologiques. Cette maladie de transmission autosomique dominante est due à la perte de fonction du gène NF2. Plus de la moitié des patients présentent une forme sporadique de la maladie avec des mosaïques décrites dans environ 30% des cas. Il existe un recouvrement phénotypique entre la NF2, la schwannomatose (SWN) et la méningiomatose (MNG) et l’expressivité variable de ces syndromes de prédisposition héréditaire au développement de tumeurs rend le diagnostic clinique parfois difficile en particulier chez les patients jeunes. Le diagnostic moléculaire constitue donc un élément clé dans le diagnostic différentiel de ces syndromes.

Nous avons développé l’analyse simultanée par NGS des gènes NF2, SMARCB1, LZTR1, SMARCE1 et SUFU impliqués dans ces syndromes et présentons les résultats de leur étude dans l’ADN leucocytaire de 196 patients chez qui le diagnostic de NF2 (N=83), de SWN (N=40) et de MNG (N=12) a été posé ainsi que des patients dont le diagnostic n’était pas clairement établi (N=61). Lorsque cela était possible, l’ADN tumoral a été étudié en parallèle de l’ADN leucocytaire des patients. L’étude a également été réalisée rétrospectivement chez 47 patients atteints de SWN et 27 patients atteints de MNG chez qui aucune anomalie de la séquence codante des gènes NF2 et SMARCB1 n’avait été mise en évidence par séquençage Sanger.

Des altérations du gène NF2 ont été identifiées dans le sang de 42/83 patients atteints de NF2 (50%). Pour 10/42 (24%) patients, la mutation est présente à l’état de mosaïque avec une fréquence allélique comprise entre 1,5 et 25%. L’étude de l’ADN tumoral nous a permis d’identifier des mosaïques non détectées dans le sang chez 4/83 patients et de montrer que l’inactivation complète de NF2 est couplée à une haploinsuffisance de LZTR1 et SMARCB1 dans 2/3 des tumeurs. Une anomalie de SMARCB1 et LZTR1 a été identifiée respectivement chez 12,5% et 33% des patients atteints de SWN et 8% des patients atteints de MNG présentent une anomalie de SMARCE1 uniquement Enfin, un variant potentiellement pathogène a été identifié chez 10/61 (16%) patients pour lesquels le diagnostic clinique n’était pas clairement établi.

Nos résultats montrent l’importance de l’analyse simultanée des gènes NF2, SMARCB1, LZTR1, et SMARCE1 dans le diagnostic différentiel de la NF2, la SWN et la MNG nécessaire pour adapter la prise en charge et le conseil génétique des patients. Notre stratégie est adaptée à la détection des mosaïques, même présentes à une très faible fréquence allélique et nous soulignons l’utilité de l’étude des tumeurs pour identifier les mosaïques non détectables dans le sang.

Camille LOUVRIER, Eric PASMANT, Audrey BRIAND-SULEAU, Joëlle COHEN, Patrick NITSCHKE, Juliette NECTOUX, Lucie ORHANT, Cécile ZORDAN, Cyril GOIZET, Stéphane GOUTAGNY, Dominique LALLEMAND, Michel VIDAUD, Dominique VIDAUD, Michel KALAMARIDES, Béatrice PARFAIT (PARIS)

Mercredi 24 janvier

Salle 300
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D27
16:30 - 18:00

Sessions Simultanées 04
Génétique chromosomique

Modérateurs : Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (REIMS), Jean-Michel DUPONT (Paris)
16:30 - 16:45 #12546 - CO025 Inversion paracentrique parentale et double boucle d’inversion méiotique à l’origine de réarrangements chromosomiques atypiques : à propos de trois cas.
CO025 Inversion paracentrique parentale et double boucle d’inversion méiotique à l’origine de réarrangements chromosomiques atypiques : à propos de trois cas.

Nous rapportons trois patients présentant une déficience intellectuelle syndromique, pour lesquels l’analyse chromosomique sur puce à ADN a permis d’identifier des remaniements comparables, caractérisés par des duplications-déficiences proximales par rapport aux points de cassure d’une inversion paracentrique identifiée chez l’un des parents. L’étude des génotypes en SNP array a montré chez les trois patients que : (1) les duplications et délétions étaient survenues chez le parent porteur de l’inversion paracentrique ; (2) il y avait trois haplotypes différents dans les duplications, avec présence d’une copie issue de chaque chromosome homologue du parent porteur de l’inversion ; (3) il y avait une région avec un nombre de copies normal, comprise entre la duplication et la délétion, avec présence aux bornes de duplications segmentaires responsables d’inversions cryptiques. Nous avons ainsi émis l’hypothèse de la présence d’une deuxième inversion paracentrique chez le même parent, cryptique, soit sur le chromosome portant la grande inversion paracentrique, soit sur le chromosome homologue. Dans les deux cas, le mécanisme que nous proposons implique un crossing-over au niveau de la petite boucle d’inversion au sein d’une double boucle d’inversion. Les inversions paracentriques sont connues pour être à l’origine d’une aneusomie de recombinaison avec des duplications-déficiences distales par rapport aux points de cassures de l’inversion, avec formation de dérivés dicentrique et acentrique instables entraînant une faible viabilité embryonnaire. Ainsi, le risque de déséquilibre chromosomique chez les porteurs d’une inversion paracentrique est considéré comme étant le même que celui de la population générale ; et par conséquent il ne paraît pas nécessaire de proposer un diagnostic prénatal de manière systématique. Les observations que nous rapportons vont plutôt à l’encontre de ce dogme et pourraient être le point de départ de nouvelles recommandations pour le conseil génétique.

Paul KUENTZ (Besançon), Boris KEREN, Damien SANLAVILLE, Alice MASUREL, Anne-Laure MOSCA, Nathalie MARLE, Muriel PAYET, Clémence RAGON, Marlène POULEAU, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Patrick CALLIER
16:45 - 17:00 #12655 - CO026 La caractérisation des remaniements chromosomiques apparemment équilibrés par séquençage génome entier révèle la diversité de leurs origines et de leurs conséquences fonctionnelles : résultats du projet ANI.
CO026 La caractérisation des remaniements chromosomiques apparemment équilibrés par séquençage génome entier révèle la diversité de leurs origines et de leurs conséquences fonctionnelles : résultats du projet ANI.

Les remaniements chromosomiques apparemment équilibrés (RCAE) associés à un phénotype anormal sont rares mais posent un réel problème de conseil génétique. Le phénotype peut être secondaire à un déséquilibre génomique cryptique, détectable par analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), mais aussi à une interruption de gène ou un effet de position. Récemment, le séquençage génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) s’est révélé être un outil efficace, permettant la caractérisation rapide des RCAE au niveau moléculaire.

Le projet ANI est une étude française collaborative qui a pour objectif de caractériser par WGS les RCAE chez des patients atteints de déficience intellectuelle et/ou de malformations congénitales.

Nous avons inclus 55 patients (41 translocations réciproques, 4 inversions, 2 insertions, 8 remaniements chromosomiques complexes, RCC). Aucun déséquilibre génomique pathogène n’a été détecté par ACPA. Les points de cassure ont été caractérisés par WGS paired-end (Illumina, 10-15X) et validés par séquençage Sanger. L’expression des gènes interrompus et des gènes adjacents aux points de cassure a été étudiée par RT-qPCR à partir d’ARN sanguins.

Le WGS a permis d’identifier les points de cassure parmi 49 des 55 patients étudiés (89%). Les remaniements ont révélé un degré de complexité supérieur à celui attendu puisque 209 points de cassure ont été identifiés en WGS contre 119 sur le caryotype. Six remaniements de type chromoanagenesis ont été identifiés. Quarante-six pour cent des points de cassure interrompent un gène. Un diagnostic a pu être fermement posé chez 18/49 patients (37%), soit par interruption de gène (13), soit par effet de position (5). L’étude des signatures moléculaires au point de cassure a montré que le mécanisme majoritaire de survenue des RCAE est la réparation par non-homologous end-joining (NHEJ) (59%). Enfin, les études d’expression ont mis en évidence l’impact fonctionnel des points de cassure sur les gènes interrompus, mais aussi certains gènes adjacents.

En conclusion, ce travail montre l’intérêt de l’étude des remaniements de structure chromosomiques en WGS dans le diagnostic des déficiences intellectuelles/malformations congénitales. Il suggère également l’importance de l’architecture génomique dans les pathologies du développement.

Caroline SCHLUTH-BOLARD, Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Alexandra AFENJAR, Florence AMBLARD, Jeanne AMIEL, Joris ANDRIEUX, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Brigitte BENZACKEN, Sophie BLESSON, Marie-Noëlle BONNET-DUPEYRON, Patrick CALLIER, Yline CAPRI, Nicolas CHATRON, Emilie CHOPIN, Patrick COLLIGNON, Marie-Pierre CORDIER, Bénédicte DEMEER, Annabelle CHAUSSENOT , Florence DEMURGER, Françoise DEVILLARD, Martine DOCO-FENZY, Céline DUPONT, Jean-Michel DUPONT, Sophie DUPUIS-GIROD, Laurence FAIVRE, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Anne-Marie GUERROT, Marine HOULIER, Bertrand ISIDOR, Eric JEANDIDIER, Sylvie JAILLARD, Boris KEREN, Valérie KREMER, Didier LACOMBE, Cédric LE CAIGNEC, Aziza LEBBAR, Marine LEBRUN, Gaétan LESCA, James LESPINASSE, Michèle MATHIEU-DRAMARD, Julie MASSON, Alice MASUREL-PAULET, Cyril MIGNOT, Chantal MISSIRIAN, Anne MONCLA, Sébastien MOUTTON, Fanny MORICE-PICARD, Gwenaël NADEAU, Céline PÉBREL-RICHARD, Sylvie ODENT, Véronique PAQUIS, Laurent PASQUIER, Nicole PHILIP, Morgane PLUTINO, Linda PONS, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Jacques PUECHBERTY, Audrey PUTOUX, Marlène RIO, Caroline ROORYKC-THAMBO, Massimiliano ROSSI, Isabelle ROUVET, Catherine SARRET, Véronique SATRE, Jean-Pierre SIFFROI, Anne-Claude TABET, Marianne TILL, Renaud TOURAINE, Annick TOUTAIN, Stépahnie VALENCE, Michel VEKEMANS, Alain VERLOES, Sandra WHALEN, Patrick EDERY, Damien SANLAVILLE (Bron Cedex)
17:00 - 17:15 #13078 - CO027 Correction d’un remaniement chromosomique déséquilibré familial d’origine paternelle par isodisomie uniparentale segmentaire maternelle du bras long du chromosome 11.
CO027 Correction d’un remaniement chromosomique déséquilibré familial d’origine paternelle par isodisomie uniparentale segmentaire maternelle du bras long du chromosome 11.

La translocation réciproque est le réarrangement chromosomique équilibré le plus fréquemment détecté chez l’Homme. La transmission de la translocation à l’état déséquilibré par malségrégation chromosomique est pré-zygotique et la translocation déséquilibrée est alors attendue à l’état homogène dans la descendance. Nous rapportons le cas d’un frère et d’une sœur, issus de parents non apparentés, porteurs d’un même remaniement chromosomique déséquilibré (chromosome 11 remanié par malségrégation d’une translocation paternelle t(2;11)(q35;q25)) et observé de façon inattendue en mosaïque chez chacun d’eux. Le patient, âgé de 53 ans, présente une déficience intellectuelle, une cyphoscoliose, une dysmorphie et une hypoacousie. Le caryotype et les analyses par FISH, réalisés sur sang périphérique, ont révélé une mosaïque constituée d’une population cellulaire majoritaire déséquilibrée à environ 85% avec chromosome 11 paternel remanié et d’une population minoritaire normale. Une analyse de l’ADN lymphocytaire en SNP-array (HumanOmniExpress24, 715K, Illumina®) a confirmé l’existence d’une trisomie partielle 2q de 26,4 Mb associée à une monosomie partielle 11q de petite taille (1,16 Mb) en forte mosaïque. Le profil d’hybridation du chromosome 11 était en faveur d’une isodisomie segmentaire en mosaïque faible à environ 10% intéressant les ¾ du bras long du chromosome 11 sur 55 Mb. L’analyse en SNP-array de l’ADN maternel confirme qu’il s’agit d’une isodisomie uniparentale maternelle. L’analyse cytogénétique du sang périphérique de la sœur de ce patient, âgée de 56 ans et dont le phénotype est similaire, révèle, de façon inattendue, que celle-ci est porteuse du même déséquilibre en mosaïque que son frère par malségrégation de la translocation paternelle. L’analyse en SNP-array montre qu’une isodisomie uniparentale maternelle segmentaire de taille similaire à celle présentée par le frère est également à l’origine de la correction du déséquilibre dans environ 10% des cellules examinées. La survenue de deux événements, méiotique puis mitotique, pourrait expliquer la formation d’un tel déséquilibre en mosaïque avec malségrégation de la translocation paternelle dans un premier temps puis recombinaison mitotique post-zygotique dans un second temps, avec avantage sélectif de la lignée cellulaire porteuse de la disomie uniparentale maternelle segmentaire. La répétition du mécanisme de correction de ce déséquilibre chromosomique dans cette fratrie et les données de la bibliographie suggèrent une forte pression de sélection à l’encontre des cellules porteuses d’une monosomie 11q partielle. Les mosaïques de réarrangements de structure déséquilibrés sont peu décrites et différentes hypothèses ont été formulées afin d’expliquer leur mode de survenue. Nous décrivons ici un mécanisme rare de correction de déséquilibre chromosomique familial en mosaïque par disomie uniparentale segmentaire mis en évidence en SNP-array.

Maud BLANLUET (ROUEN), Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Gaël NICOLAS, Alice GOLDENBERG, Boris KEREN, Pascal CHAMBON, Didier HANNEQUIN, Jean-Pierre SIFFROI, Thierry FREBOURG, Bertrand MACÉ, Géraldine JOLY-HÉLAS
17:15 - 17:30 #13115 - CO028 Microdélétion 1p36 évolution du diagnostic à propos d’une cohorte de 69 patients diagnostiqués en France.
CO028 Microdélétion 1p36 évolution du diagnostic à propos d’une cohorte de 69 patients diagnostiqués en France.

Le but de notre étude était de faire le point sur la prévalence de la délétion 1p36 en comparaison avec le même travail déjà réalisé pour la délétion 22q11 avec 700 patients. La délétion 1p36 a une incidence décrite de 1/5,000 à 1/10,000 naissances vivantes. La délétion 1p36 est aussi  une affection fréquente au sein des microdélétions et potentiellement la plus fréquente après la délétion 22q11 tout âge confondu.

Suite à une enquête nationale menée au sein de l’ACLF auprès de 15 centres, nous rapportons une cohorte de 69 patients nés vivants et porteurs d’une microdélétion 1p36. Le diagnostic a été porté entre 2004 et 2017. Au moins 30 patients sont des filles et 20 sont des garçons.  L’âge des patients au diagnostic est de 2 jours à 31 ans. Le diagnostic a été possible dans les premières années par la technique de FISH ciblée ou sur la MLPA puis grâce à l’ACPA en priorité. Il s’agit d’une délétion interstitielle dans la majorité des cas, d’un dérivé d’une translocation dans un cas et d’une délétion avec duplication dans un cas  avec un cas de mosaïque. La taille de la délétion a pu être évaluée dans la plupart des cas et allait de 4100pb à 11,47Mb. Deux groupes se sont révélés avec une délétion distale ou une délétion plus proximale. Pour les apparentés testés plus de 28 cas sont survenu de novo. Les patients présentaient des signes cliniques cohérents avec ceux déjà décrits dans la littérature. Ils  présentaient différents symptômes avec par ordre de croissance : une hypotonie et/ou un retard des acquisitions et/ou une déficience intellectuelle (51/66 réponses), un RCIU et/ou un retard croissance (32/32 réponses), une dysmorphie faciale (53/56 réponses), des malformations cardiaques ou des gros vaisseaux ( > 33/53 réponses), une épilepsie (29/36 réponses), des anomalies cérébrales (30/43 réponses), des troubles du comportement (15/16 réponses). Des enfants étaient trop jeunes pour avoir développé certains  signes.

Cette étude préliminaire nous permet d’approcher le nombre relatif d’enfants dépistés avec une délétion 1p36 dans nos laboratoires. Cette étude n’est pas exhaustive et demande à être complétée mais elle soulève la nécessité de créer des registres permettant de mieux connaitre la prévalence de ces microdélétions pour une meilleure prise en charge. Ce type d’étude devrait être menée sur d’autres CNV qui sont peut-être plus fréquents à la lueur des résultats de l’ACPA.

 

 

Clémence JACQUIN (REIMS), Margot DESCHARMES, Patrick CALLIER, Damien SANLAVILLE, Chantal MISSIRIAN, Paul KUENTZ, Pauline JAEGER, Abdelkader HEDDAR, Cedric LECAIGNEC, Emilie LANDAIS, Dominique MARTIN, Céline RICHARD, Anne-Claude TABET, Sylvia REDON, Nicolas GRUCHY, Céline POIRSIER, Serge ROMANA, François VIALARD, Martine DOCO-FENZY
17:30 - 17:45 #13357 - CO029 Y-a-t-il un intérêt à rechercher une disomie uniparentale des chromosomes 14 et/ou 15 dans le cadre d’une translocation Robertsonienne parentale ? Etude rétrospective sur 10 ans des centres Français.
CO029 Y-a-t-il un intérêt à rechercher une disomie uniparentale des chromosomes 14 et/ou 15 dans le cadre d’une translocation Robertsonienne parentale ? Etude rétrospective sur 10 ans des centres Français.

Le concept de disomie uniparentale (DUP) a été introduit pour la première fois par E. Engel en 1980 puis les premiers patients présentant un syndrome de Prader-Willi ou Angelman sans microdélétion 15q11q13 ont été décrits par R.D. Nicholls (1989) et S. Malcolm (1990). Entre 1990 et 2010 plus de 1000 cas de DUP ont été rapportés dont deux tiers présentaient un phénotype pathologique. Ces derniers concernent les chromosomes 6, 7, 11, 14 et 15 avec une prédominance de DUP du chromosome 15 (DUP15) (T Liehr 2010). Depuis une vingtaine d’année la recherche de DUP est proposée en anténatal si un des parents est porteur d’une translocation Robertsonienne équilibrée impliquant les chromosomes 14 et/ou 15. Dans ce cas, le risque de DUP chez le fœtus avait été estimé à 0.6% par L.G. Shaffer (2006). Le laboratoire du CHU de Nantes fait cette recherche depuis 15 ans sans jamais avoir identifié de DUP15 dans un contexte de translocation parentale.

L’objectif de cette étude est de réévaluer l’intérêt de rechercher une DUP en période prénatale dans un contexte de translocation parentale impliquant les chromosomes 14 et/ou 15 à partir des données de différents laboratoires français sous l’égide de l’ACLF.

Vingt‑et‑un laboratoires Français (21/49) ont répondu à notre demande. Sur 1625 analyses génétiques effectuées à la recherche d’une DUP14 ou 15 (968 tests de DUP14 et 657 tests de DUP15), un seul cas de DUP14 maternelle associée à une translocation Robertsonienne (13;14)mat a été diagnostiqué chez un fœtus. Les données provenant de ces 21 laboratoires de génétique montrent la rareté de ce mécanisme à l’origine de DUP14 et 15 (0.61‰). Ce risque est inférieur à celui de perte fœtale induite par un prélèvement fœtal invasif.

Nous discutons de l’intérêt de poursuivre la recherche d’une DUP en période anténatale lorsqu’un des parents est porteur d’une translocation Robertsonienne impliquant les chromosomes 14 et/ou 15.

Nous finissons de colliger les données d’autres centres Français afin de définir des recommandations nationales.

Kamran MORADKHANI (NANTES CEDEX 1), Laurence CUISSET, Pierre BOISSEAU, Marine LEBRUN, Houda HAMDI-ROZÉ, Marie-Laure MAURIN, Nicolas GRUCHY, Perrine MALZAC, Marie-Christine MANCA-PELLISSIER, Frédéric BILAN, Marie-Pierre AUDREZET, Anne-Laure FAURET, Chantal MISSIRIAN, Gregory EGEA, Agnès GUICHET, Marianne TILL, Caroline JANEL, Isabelle CREVEAUX, Laetitia HESTERS, Séverine DRUNAT, Sophie RONDEAU, Renaud TOURAINE, Claire BÉNÉTEAU, Valérie MALAN, Sébastien SCHMITT, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Nicole JOYÉ, Olivier PICHON, Jean-Pierre SIFFROI, Jean-Paul BNONNEFONT , Jean-Michel DUPONT, Philippe JONVEAUX, Martine DOCO-FENZY, Damien SANLAVILLE, Cédric LE CAIGNEC
17:45 - 18:00 #13201 - CO030 Détection des CNV en mosaïque (mCNV) par séquençage d’exome dans les mosaïques cutanées pigmentaires grâce XHMM et à l’étude des SNP exoniques.
CO030 Détection des CNV en mosaïque (mCNV) par séquençage d’exome dans les mosaïques cutanées pigmentaires grâce XHMM et à l’étude des SNP exoniques.

Le séquençage d’exome (whole exome sequencing, WES) a récemment été utilisé pour l’analyse des variations du nombre de copies (copy number variants, CNV). L’hypomélanose d’Ito et l’hypermélanose naevoïde font partie des troubles pigmentaires cutanés qui orientent vers un mosaïcisme sous-jacent. Dans diverses anomalies cutanées du développement en mosaïque, le WES permet de détecter des mutations post-zygotiques (mosaic SNV, mSNV) même lorsqu’elles ne sont présentes que dans un faible taux de cellules. Toutefois, la détection de CNV en mosaïque (mCNV) repose toujours sur l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ou le caryotype. Nous avons entrepris d’étendre les applications diagnostiques du WES dans les anomalies cutanées du développement en mosaïque à la détection des mCNV.

Nous avons analysé par WES 57 patients porteurs d’anomalies du développement avec diverses atteintes cutanées en mosaïque, dont 19 patients avec une hypomélanose d’Ito. Tous ces patients avaient déjà eu des caryotypes sur sang ou sur fibroblastes cutanés, ou une ACPA, qui étaient demeurés négatifs. Pour cela nous avons comparé l’ADN de peau atteinte d’un patient à l’ADN sanguin de ses parents, et nous avons utilisé l’algorithme XHMM pour la détection des CNV et mCNV, ainsi qu’une approche ad hoc fondée sur l’analyse des SNP exoniques.

Nous avons détecté des mCNV chez 6 patients (11,5% sur l’ensemble de la cohorte), tous figurant parmi les 19 patients avec une hypomélanose d’Ito (32%). Trois avaient une trisomie complète du chromosome 7, 12 ou 15, avec un taux de mosaïcisme de 46%, 22% et 14%, respectivement. Trois étaient porteurs de mCNV de plus petite taille (gains de 34Mb en 3q26.1-q29 et de 20Mb en 6p22.3-p25, délétion  de 18Mb en 13q12.11-q13.3). Tous les mCNV détectés par WES ont néanmoins été confirmés en ACPA, SNP-array et/ou FISH sur une biopsie de peau fraiche. Nous avons identifié des SNV pathogènes par WES chez 22 patients (38.5%). De plus, dans les 3 cas de trisomie en mosaïque, l’étude des SNP exoniques (transmission parentale et b allele frequency) a permis de déterminer l’origine parentale du chromosome surnuméraire et le mécanisme sous-jacent (non disjonction en méiose I, en méiose II ou en mitose).

Cette approche a permis d’améliorer notre rendement diagnostique de 32%. Nous avons confirmé par une méthode originale et sensible la fréquence des remaniements chromosomiques en mosaïque associés au mosaïcisme pigmentaire cutané (6 cas sur 19, soit 32%). Toutefois, leur rôle pathogène et le mécanisme des troubles pigmentaires demeurent inconnus. Notre méthode de recherche de mCNV ne nécessite qu’une biopsie de peau non cultivée, ce qui permet d’éviter l’élimination éventuelle du clone muté en cas de désavantage sélectif. Le WES à visée diagnostique dans les anomalies du développement en mosaïque permet ainsi non seulement la détection des SNV et mSNV, mais aussi des CNV et mCNV en une seule technique, améliorant significativement le rendement diagnostique.

Arthur SORLIN (Dijon), Émilie TISSERANT, Julien THEVENON, Yannis DUFFOURD, Paul KUENTZ, Virginie CARMIGNAC, Smail HADJ RABIA , Valérie CORMIER-DAIRE, Caroline MICHOT, Valérie MALAN, Marie-Paule BEAUJARD, Fanny MORICE-PICARD, Sophie NAUDION, Caroline ROORYCK-THAMBO, Catherine VINCENT-DELORME, Thomas SMOL, Élise BOUDRY-LABIS, Alice PHAN, Marie-Pierre CORDIER, Marianne TILL, Damien SANLAVILLE, Judith SAINT-ONGE, Anne-Laure MOSCA BOIDRON, Robert OLASO, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Christel THAUVIN-ROBINET, Boris KEREN, Laurence FAIVRE, Jean-Baptiste RIVIERE, Pierre VABRES, Patrick CALLIER

Mercredi 24 janvier

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Mercredi 24 janvier

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