Mardi 23 janvier
13:30
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C11
13:30 - 15:30

Workshop des plateformes d'analyse BRCA Tumorale

Modérateurs : Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
Objectifs : Organiser un partage d'expérience entre plateformes dites « expertes» et plateformes souhaitant implémenter le testing BRCA somatique.
Aborder les différentes dimensions de la pratique : circuit de testing, techniques (qualité, échecs, seuils, couverture …), compétences, interprétation, VSI, ressources, besoins en formation, analyses constitutionnelles et/ou somatiques.
Créer une communauté de partage d'expérience et un réseau d'échanges d'informations.
Produire des recommandations de bonnes pratiques.
13:30 - 13:35 Présentation des objectifs du workshop. Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND)
13:35 - 13:50 les recommandations de l’INCa et perspectives d’évolution des plateformes d’analyse somatique. Julien BLIN (Chef de projets) (Paris)
13:50 - 14:05 Retour d’expérience des programmes d’évaluation externe de la qualité Gen&tiss/GFCO. Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (Paris)
14:05 - 14:20 Synthèse des retours des questionnaires sur le testing BRCA constitutionnel et somatique. Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
14:20 - 15:25 Table ronde.
Quels sont les besoins actuels pour améliorer le circuit de testing, les techniques (qualité, échecs, seuils, couverture …), l’interprétation ?
- Comment gérer les VSI, évaluer les LOH, le BRCAness ?
- Quelles sont les attentes des cliniciens ?
- Comment optimiser et valoriser la complémentarité somatique/constitutionnelle ?
15:25 - 15:30 Conclusions : constitution d’un groupe de travail pour aboutir à des recommandations ? Yves Jean BIGNON (Directeur/Oncogénéticien) (CLERMONT FERRAND), Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)

Mardi 23 janvier

Salle 300
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E11
13:30 - 15:30

Réseau Déficience intellectuelle

Mardi 23 janvier

Salle 150
14:00
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F11
14:00 - 16:00

Réunion Réseau National Maladies Mitochondriales

Mardi 23 janvier

Salle GH
16:00
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C12
16:00 - 19:00

Symposium anomalies d'épissage et diagnostic

Modérateurs : Betty GARDIE (Nantes), Claude HOUDAYER (PARIS)
16:05 - 16:15 #13287 - EP001 Mutations introniques profondes conduisant à l’inclusion de pseudoexons dans les epidermolyses bulleuses : défi diagnostique, identification du mécanisme mutationnel et stratégies de modulation d’épissage.
EP001 Mutations introniques profondes conduisant à l’inclusion de pseudoexons dans les epidermolyses bulleuses : défi diagnostique, identification du mécanisme mutationnel et stratégies de modulation d’épissage.

Les épidermolyses bulleuses (EB) sont un groupe de maladies génétiques caractérisées par une fragilité de la peau et des muqueuses présentant une grande hétérogénéité clinique et génétique. Trois groupes majeurs sont reconnus : les EB simples (EBS), les EB jonctionnelles (EBJ) et les EB dystrophiques (EBD). Elles sont transmises sur un mode autosomique dominant ou récessif en fonction de la forme clinique et du gène impliqué. Dans cette étude, nous rapportons un cas d’EBS récessive dû à des mutations du gène KRT5 et un cas d’EBD récessive causée par des mutations de COL7A1. Le premier cas est une enfant de 14 mois issue d’une union non consanguine présentant des décollements bulleux sévères et étendus à la naissance avec une amélioration partielle durant l’enfance. Le séquençage direct du gène KRT5 à partir d’ADN de sang périphérique de la patiente et de ses parents a révélé la présence d’une délétion de 2pb dans l’exon 3 héritée de la mère. La seconde mutation, héritée du père est une transition T>C située profondément dans l’intron 2, qui n’a pu être mise en évidence qu’après étude des transcrits issus des kératinocytes mis en culture. Cette mutation altère l’épissage de l’ARN pré-messager de KRT5 et provoque l’inclusion d’un pseudoexon de 41 pb, suite au déséquilibre de fixation des facteurs d’épissage SRp40 et hnRNPA1. Les analyses par western-blot des protéines extraites des kératinocytes de la patiente ont démontré un niveau fortement diminué de kératine 5 de taille normale indiquant que la mutation d’épissage est fuyante, permettant la synthèse d’une quantité limitée de protéine sauvage. Le second cas est un homme de 40 ans souffrant d’une forme modérée d’EBD récessive. Le séquençage direct a révélé une mutation non-sens héritée de la mère dans l’exon 85 de COL7A1 (p.Gln2241*). La deuxième mutation, héritée du père, est située profondément dans l’intron 104 (IVS104-97C>G). Elle a été identifiée après séquençage des transcrits. Elle provoque l’inclusion d’un pseudoexon de 96 pb et la présence d’un codon stop prématuré. La présence en western blot d’une faible quantité de collagène VII de taille normale, suggère que la mutation d’épissage est fuyante. Dans les deux cas, la modulation de l’épissage de KRT5 ou de COL7A1 à l’aide d’oligoribonucléotides antisens ciblant les mutations introniques a permis de restaurer l’expression des ARNm de KRT5 et de COL7A1 et la synthèse de kératine 5 et de collagène VII in vitro. Cette étude souligne l’importance de l’étude des transcrits pour l’identification de mutations profondes des introns, impossibles à mettre en évidence par séquençage direct de l’ADN même par les méthodes de NGS les plus courantes (séquençage d’exome ou re-séquençage ciblé). La généralisation du Whole Genome Sequencing pourrait résoudre ces difficultés, mais la prédiction in silico des conséquences sur l’épissage de ces variants introniques, et donc de leur caractère délétère est encore difficile.

Matthias TITEUX (PARIS), Nathalie PIRONON, Alain HOVNANIAN
16:15 - 16:25 #13036 - EP002 Identification, prédiction et validation d’un variant intronique profond : exemple de prise en charge diagnostique d’un patient atteint du syndrome de Cockayne.
EP002 Identification, prédiction et validation d’un variant intronique profond : exemple de prise en charge diagnostique d’un patient atteint du syndrome de Cockayne.

Le système de réparation de l’ADN par excision de nucléotides (NER) est un processus à plusieurs étapes permettant d’éliminer les nombreuses lésions déformant la double hélice d’ADN. Les défauts génétiques dans la voie NER conduisent à un large spectre clinique, avec des symptômes parfois chevauchants. Le syndrome de Cockayne (CS) (OMIM 216400 et 133540), qui appartient à ce groupe de pathologies, est une maladie multi systémique autosomique récessive, caractérisée par une déficience intellectuelle, une microcéphalie, un retard sévère de croissance, des déficits sensoriels, une neuropathie périphérique et une photosensibilité cutanée. Plusieurs degrés de sévérité ont été définis en fonction de l’âge de diagnostic et de la survie du patient (CS de type I à III), bien qu’aucune corrélation génotype-phénotype ne soit clairement décrite. Cette maladie rare, d’une prévalence de 2,7 par million de naissances, est principalement causée par des défauts génétiques dans les gènes ERCC6 (CSB) et ERCC8 (CSA). Le CS est suspecté devant l’association d’une présentation clinique caractéristique et d’un défaut de réparation de l’ADN testée sur les fibroblastes des patients. La confirmation moléculaire est aujourd’hui réalisée par séquençage ciblé d’un panel de gènes sur ADN génomique. L’étude de l’ADN complémentaire ou des protéines par Western blot sont également utilisées.

Nous rapportons l’observation d’une famille consanguine dont deux des quatre enfants sont atteints d’un CS sévère mais avec une survie prolongée. Chacun des deux patients présentait un déficit de la réparation de l’ADN au test cellulaire. Aucun variant n’a été retrouvé lors du séquençage ciblé sur ADN génomique des gènes ERCC8 et ERCC6. Cependant, l’étude des protéines ERCC6 et ERCC8 par Western blot a montré une absence complète de la protéine ERCC8. L’étude de l’ADN complémentaire du gène ERCC8 a révélé la présence d’un transcrit majoritaire de taille anormale, incluant une région intronique dont l’insertion conduit à l’apparition d’un codon stop prématuré. Nous avons finalement identifié chez les patients 2 variants introniques profonds à l’état homozygote dans ERCC8 et qui co-ségrègent avec le phénotype dans la famille. Une étude par minigène a permis de discriminer l’effet de chacun des variants. Nous avons pu valider l’effet délétère sur l’épissage du variant NM_000082.3, c.173+1119G>C, responsable de l’insertion d’un exon cryptique par la modification d’élément régulateur intronique.

Nous discutons la possible corrélation entre le mécanisme moléculaire mis en évidence et le phénotype particulier des patients, sans réellement pouvoir expliquer la lente progressivité de la maladie chez eux. La présentation de ce cas est également l’occasion d’illustrer les difficultés rencontrées pour l’identification, la prédiction et la validation technique de ces variants d’épissage dans un laboratoire de diagnostic génétique.

Audrey SCHALK (STRASBOURG), Géraldine GREFF, Nathalie DROUOT, Cathy OBRINGER, Hélène DOLLFUS, Vincent LAUGEL, Jamel CHELLY, Nadège CALMELS
16:25 - 16:35 #13068 - EP003 Mise en cause de la classification clinique de mutations d’épissage : l’exemple de BRCA1 c.[594-2A>C; 641A>G].
EP003 Mise en cause de la classification clinique de mutations d’épissage : l’exemple de BRCA1 c.[594-2A>C; 641A>G].

Omar Soukarieh1 et Alexandra Martins1, en collaboration avec le consortium ENIGMA.

 

1Inserm U1245, UNIROUEN, Normandie Univ, Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée

 

Actuellement, des variations d’ADN identifiées au niveau des positions les plus conservées des sites d’épissage (i.e. positions introniques ±1 ou ±2 par rapport à un exon d’intérêt) sont généralement interprétées comme étant à l’origine de défauts majeurs d’épissage souvent conduisant à un saut total de l’exon. Il est donc courant, en diagnostic moléculaire, que ces variations soient présumées pathogènes même en absence de données expérimentales sur l’ARN et/ou de données de ségrégation. Ici, nous décrivons une étude collaborative effectuée au sein du consortium ENIGMA visant à éclaircir l’impact biologique et clinique de la variation BRCA1 c.594-2A > C, jusqu’à récemment classée pathogène, identifiée chez des patientes atteintes de cancer du sein.

Curieusement, c.594-2A > C a été systématiquement retrouvée en cis avec c.641A > C, une variation faux-sens située à proximité, dans l’exon 10 de BRCA1 et initialement classée comme de signification inconnue. Nos analyses sur l’ARN du sang de 8 patientes porteuses de BRCA1 c.[594-2A > C; 641A > G] ont permis de confirmer l’exclusion totale de l’exon 10. Toutefois, nos essais fonctionnels basés sur l’utilisation de minigènes ont démontré que ce défaut n’est pas dû à c.594-2A > C mais à la variation exonique c.641A > G. De façon également inattendue, l’ensemble des données génétiques, cliniques, tumorales et familiales, ainsi que les résultats issus d'études cas-témoin, ont mis en cause le caractère pathogène de BRCA1 c.[594-2A > C; 641A > G], ce qui a récemment conduit à la reclassification de cette variation comme neutre. Nous émettons maintenant l’hypothèse que les transcrits alternatifs BRCA1 Δ9-10, qui ne sont pas altérés par c.[594-2A > C; 641A > G], pourraient coder pour des protéines BRCA1 suffisamment fonctionnelles permettant de compenser la perte de transcrits pleine-longueur exprimés par l’allèle muté.

Nos données appellent donc : (i) à la prudence dans l’interprétation des substitutions identifiées en positions ±1 ou ±2 des sites d’épissage, en particulier quand il s’agit d’exons sujets à épissage alternatif et codant pour des domaines protéiques sans fonction connue, (ii) à ne pas négliger des variations retrouvées en cis, et (iii) à poursuivre la caractérisation de toutes les variations actuellement classées comme pathogènes dans les exons 9 et 10 de BRCA1, y compris des mutations non-sens et frameshift. Enfin, ces travaux soulignent l’importance d’associer différents types d’analyses expérimentales, cliniques et génétiques dans l’interprétation de variations susceptibles d’altérer l’épissage de l’ARN, et illustrent l’intérêt d’établir des collaborations internationales pour des études exhaustives sur des variations rares.

Omar SOUKARIEH, Alexandra MARTINS (ROUEN CEDEX)
16:35 - 16:45 #13299 - EP004 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.
EP004 Des variations de novo du gène NOVA2 affectent la régulation de l'épissage alternatif de gènes impliqués dans le développement du cerveau et causent une déficience intellectuelle de type Angelman-like.

Intellectual disability (ID) is a common neurodevelopmental disorder, characterized by a high genetic heterogeneity, with more than 700 genes described to be involved in monogenic forms. We performed a whole exome sequencing on a patient affected by intellectual disability, growth retardation, microcephaly, epilepsy, subcortical atrophy and traits of pyramidal syndrome as main features. We identified a de novo frameshift variant in NOVA2, a gene which has never been implicated in ID before and is highly intolerant to LoF variants (from ExAC data). NOVA2 is a neuron specific RNA-binding protein that regulates alternative-splicing events during brain development. Previous studies on knockout mice for this gene revealed that Nova2 specifically controls the formation of alternative transcripts of known axon-guidance genes (Saito et al. 2016).

To prove the pathological effect of this variant, we overexpressed wild-type and mutated human NOVA2 cDNA in HeLa cells and checked the splicing of genes previously reported as regulated by Nova2 in mouse. Preliminary results show that overexpression of wild-type NOVA2 regulates the alternative-splicing of some of these genes (NEO and APLP2) in human HeLa cells and that this regulation was altered when mutant NOVA2 was overexpressed. In parallel, we downregulated NOVA2 expression in human precursor neuronal cells using specific siRNA and observed that it also affects the splicing of these target genes.

Through data exchange we have been able to identify three additional patients with a de novo LoF mutation in NOVA2 presenting with similar phenotype. Overall, the four patients carry frameshift variants that lead to truncated proteins missing the last KH domain, which is known to be involved in the RNA recognition and binding.

Overall, our study shows for the first time that LoF mutations in NOVA2 cause a syndromic form of ID with Angelman-like features, highlighting the importance of alternative-splicing regulation during brain development.

Francesca MATTIOLI (ILLKIRCH CEDEX), Bertrand ISIDOR, Frédéric TRAN MAU-THEM, Sophie NAMBOT, Jean NOLWEEN, Aida TELEGRAPHI, Alicia BOUGHTON, Candace GAMBLE, Megan CHO, Zohra SHAD, Elizabeth KAPLAN, Richard DINEEN, Jean-Louis MANDEL, Amelie PITON
16:45 - 16:55 #13113 - EP005 Analysis of the impact of known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability in a full-length gene assay.
EP005 Analysis of the impact of known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability in a full-length gene assay.

Recently, it was reported that that up to 10% of known disease-associated missense variants alter pre-mRNA splicing (Soemedi et al. Nat Genet 2017;49:848). In addition, missense variant-containing transcripts may also be less stable as compared to wild-type, if for example the variants facilitate the formation of alternative mRNA secondary structures. SPINK1 (encoding pancreatic secretory trypsin inhibitor) is one of the most studied genes predisposing to chronic pancreatitis. We have recently provided both in vitro and in silico evidence (Wu et al. Gut 2017;doi:10.1136/gutjnl-2017-313948) against a significant effect of the SPINK1 c.194G>A variant on pre-mRNA splicing, contrary to previous claims by Beer and Sahin-Tóth (Gut 2014;63:860). The key difference between these studies was that the former used a full-length gene assay to assess pre-mRNA splicing whereas the latter used a minigene assay; full-length gene assays are generally superior to minigene assays because pre-mRNA splicing is highly dependent upon the genomic context. We were thus able to conclude that the pathogenic effect of the c.194G>A missense variant (p.Arg65Gln) was exerted exclusively via its impact on protein secretion, as previously reported, rather than through an influence on pre-mRNA splicing. Prompted, however, by the aforementioned publication of Soemedi et al. (Nat Genet 2017;49:848), we sought to analyze the effect of all currently known SPINK1 missense variants on pre-mRNA splicing and/or mRNA stability by means of our previously established full-length gene assay (Wu et al. Gut 2017;doi:10.1136/gutjnl-2017-313948). We demonstrated that four (17%) of 24 variants tested significantly reduced pre-mRNA splicing and/or stability as compared with the wild-type. However, since the strongest effect observed was a 23% reduction from normal, the contribution of SPINK1 missense variants to the clinical phenotype through an impact on mRNA processing alone may be relatively minor compared with their effects in relation to protein structure/function. To the best of our knowledge, this study is the first to comprehensively analyze the consequences of all known missense mutations in a given gene on mRNA expression/stability in the context of a full-length gene assay. It remains to be seen if comparable results will be obtained for missense variants associated with other diseases.

Hao WU, Arnaud BOULLING , David COOPER, Zhao-Shen LI , Zhuan LIAO , Claude FÉREC, Jian-Min CHEN (BREST)
16:55 - 17:05 EP006 Nouvelle approche de caractérisation des variants d’épissage : application à BRCA1. Virginie MONCOUTIER (Paris)
Virginie Caux-Moncoutier, Khadija Abidallah, Elodie Girard, Choumouss Kamoun, Philippe Lafitte, Najah Mighri, Elsa Bernard, Jean-Philippe Vert, Claude Houdayer
17:05 - 17:25 Table ronde discussion avec les orateurs.
17:30 - 17:40 EP007 Evaluation des outils de prédiction des sites d’épissage cryptiques et de novo par analyse comparative in silico/in vitro de données de séquençage à haut débit des transcrits des gènes impliqués dans la prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire. Raphaël LEMAN (Etudiant en thèse) (CAEN CEDEX 5)
Raphaël LEMAN, Grégoire DAVY, Antoine ROUSSELIN, Alexandra MARTINS2, Jean-Philippe VERT, Chandran KA5, Gérald Le GAC5, Sophie KRIEGER UGG, splice French group and ENIGMA
17:40 - 17:50 #13512 - EP008 Caractérisation fonctionnelle de variants exoniques identifiés dans les CFTR-opathies : vers une meilleure compréhension de l’impact physiopathologique.
EP008 Caractérisation fonctionnelle de variants exoniques identifiés dans les CFTR-opathies : vers une meilleure compréhension de l’impact physiopathologique.

La base de données CFTR-France a été créée en 2009 grâce à la collaboration de 9 laboratoires du réseau GenMucoFrance, spécialisés dans l’analyse du gène CFTR, et du Registre Français de la Mucoviscidose, avec le soutien de l’Association Vaincre la Mucoviscidose. Elle regroupe les données génétiques et cliniques de plus de 4 600 individus (patients atteints de mucoviscidose ou de formes mono-symptomatiques modérées, sujets asymptomatiques porteurs de 2 variations en trans). Parmi les 736 variations différentes répertoriées, 38% sont de signification clinique inconnue (VSCI), avec une large majorité de faux-sens (74%) pour lesquels il est difficile de déterminer a priori l’implication dans la pathologie. Ceci complique considérablement l’interprétation des analyses et le message donné aux patients et à leurs familles.

Dans ce contexte, les analyses in silico des variants classés a priori « faux-sens » dans CFTR-France, dont 214 annotés comme VSCI, nous ont permis de cibler 19 variants susceptibles d'entraîner une anomalie de l’épissage du gène CFTR. Six laboratoires ont ainsi mis leurs compétences en commun afin d’évaluer leur impact sur l’épissage (minigènes), la stabilité des transcrits (PCR quantitative), la synthèse et la maturation de la protéine CFTR (western blot) ou sa localisation cellulaire (immunofluorescence).

Parmi des 19 variants étudiés, six avaient un impact majeur sur l’épissage de CFTR, induisant une perte de séquence exonique « en phase » (n=4) ou prédite pour entraîner un décalage du cadre de lecture (n=3). Les altérations d’épissage en phase ont été reproduites dans le vecteur d’expression pTracer-CFTR, afin d’en évaluer l’impact sur la protéine parallèlement aux constructions contenant les 19 substitutions nucléotidiques. Ces analyses approfondies nous ont permis de proposer une reclassification de 12 des 19 variants en quatre groupes : (1) les variants d’épissage (n=2) dont la pathogénicité était clairement due à l’épissage aberrant ; (2) les variants dont la pathogénicité pourrait associer une altération partielle de l’épissage et un défaut lié à la modification de la séquence protéique (n=4) ; (3) les variants faux-sens délétères (n=4), qui ont un impact majeur sur la synthèse, la maturation ou la localisation membranaire de la protéine CFTR, alors qu’aucune anomalie d’épissage n’a été observée ; (4) les variants pour lesquels aucune conséquence sur les différents processus testés n’a été observée (n=2).

Nous envisageons désormais de poursuivre cette étude par des expériences de mesure de l’activité de transport des ions chlorures de CFTR, afin de caractériser le plus précisément possible le défaut moléculaire causé par ces variants. En effet, à l’heure des thérapies ciblant certains défauts de la protéine (défaut de synthèse/trafic ou d’activité), les patients porteurs de ces variants rares se verraient offrir de nouvelles perspectives thérapeutiques qui ne leur étaient jusqu’alors pas accessibles.

Anne BERGOUGNOUX, Corinne BAREIL, Corinne THEZE, Souphatta SASORITH, Marie-Pierre AUDREZET, Claude FEREC, Emmanuelle GIRODON, Thierry BIENVENU, Marion HELLER, Pascale FANEN, Chadia MEKKI, Eric BIETH, Véronique GASTON, Patricia FERGELOT, Marie-Pierre REBOUL, Marie-Laure WINTER, Alain KITZIS, Vincent THOREAU, Guy LALAU, Adrien PAGIN, Mare-Claire MALINGE, Lydie LEMONNIER, Michel KOENIG, Mireille CLAUSTRES, Caroline RAYNAL (MONTPELLIER CEDEX 5)
17:50 - 18:00 EP009 Etude épidémiologique des variants de l'ARNsn U4atac responsables du syndrome de Taybi-Linder et du syndrome de Roifman. Clara BENOIT-PILVEN (BRON)
Clara Benoit-Pilven, Alicia Besson, Audric Cologne, Claire Benetollo, Audrey Putoux, Vincent Lacroix, Sylvie Mazoyer, Anne-Louise Leutenegger, Patrick Edery
18:00 - 18:10 EP010 Intérêt des analyses combinées sur l'ARN et la protéine pour l'interprétation des variations exoniques : le paradigme du gène MLH1. Omar SOUKARIEH (Ingénieur de recherche) (ROUEN)
Omar Soukarieh, Lucie Grodecká, Paul Ferrand, Nicole Köger, Thierry Frébourg, Guido Plotz, Alexandra Martins
18:10 - 18:20 EP011 Exclusion spontanée d'exon permettant d'échapper à un arrêt prématuré de la traduction de CEP290 chez deux individus atteints d'une dystrophie rétinienne inhabituelle modérée. Iris BARNY (Génétique) (PARIS)
Iris Barny, Isabelle Perrault, Sophie Thomas, Tania Attie-Bitach, Christian Hamel, Helene Dollfus, Josseline Kaplan, Jean-Michel Rozet, Xavier Gerard
18:20 - 18:30 #12914 - EP012 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.
EP012 Défauts d'épissage et approches thérapeutiques dans les dysferlinopathies.

Les mutations dans le gène codant la dysferline (DYSF, Chr. 2p13; 55 exons, mRNA 6,2kb) causent différents phénotypes, principalement la dystrophie musculaire des ceintures de type 2B (Limb Girdle Muscular Dystrophy type 2B, LGMD2B) et la myopathie de Miyoshi (MM), de transmission autosomique récessive. Ces deux myopathies ont en commun un début chez l’adulte jeune, une évolution lente de la maladie, mais pouvant évoluer vers une perte de la marche, et une élévation importante du taux de CPK. Des phénotypes intermédiaires ont été décrits sous le terme de distal limb girdle dystrophy, avec un déficit à la fois proximal et distal. La dysferline (2080 acides aminés, 237 kDa) comporte 7 domaines C2, impliqués dans la liaison Ca2+ et un domaine transmembranaire C-terminal. A ce jour, la prise en charge des patients est uniquement symptomatique puisqu’il n’existe aucune approche thérapeutique spécifique. Souvent dans les maladies génétiques récessives avec une perte de fonction de la protéine, la protéine est absente, or les mutations faux-sens n’entrainent pas forcément une perte de la protéine. Des anomalies d’épissage peuvent entrainer des insertions ou des délétions qui peuvent décaler le cadre de lecture et provoquer l’apparition de codons stop prématurés, avec pour conséquence une absence de protéine. En effet, tous types de mutations (exoniques et introniques) peuvent altérer l’épissage et ainsi modifier les ARN messagers. Les effets sur l’épissage de mutations exoniques localisées hors des sites d’épissages, ainsi que les mutations introniques profondes sont particulièrement difficiles à prédire. Nos travaux montrent que des mutations introniques et exoniques avaient un effet délétère sur l’épissage. Toutes les mutations sur DYSF testées localisées dans les sites 5’ et 3’ d’épissage entrainent un épissage aberrant. Nous avons aussi montré que 20% des mutations faux-sens entrainent un épissage aberrant, par abolition ou création de nouveaux sites d’épissages (5’ ou 3’) et/ou abolition de séquences régulatrices. En corrélation avec nos résultats, l’effet délétère sur l’épissage causé par des mutations faux-sens est à prendre en considération et devrait être systématiquement recherché dans le cas de maladies génétiques avec une perte de fonction de la protéine. Cette caractérisation des anomalies d’épissages nous permet de développer des thérapies ciblées. Les progrès dans l’ARN interférence rendent possible l’utilisation d’oligonucléotides antisens qui vont masquer les sites d’épissages créés par ces mutations et restaurer l’épissage normal. C'est ce que nous avons réalisé en ciblant l'exon 32 de la dysferline. Cet exon avait été démontré comme étant dispensable pour la fonction de la dysferline. Actuellement, nous développons une stratégie de saut d’exon au niveau non pas de l’ARN pré-messager mais directement au niveau génomique en utilisant la technologie CRISPR. Les derniers développements seront présentés. 

Marc BARTOLI (MARSEILLE CEDEX 5), Aurélia DEFOUR, Sébastien COURRIER, Florian BARTHÉLÉMY, Virginie KERGOURLAY, Nicolas LÉVY, Martin KRAHN
18:30 - 18:40 EP013 Biomarqueurs théranostiques en oncologie : place des tests in vitro dans l'évaluation des variants somatiques identifiés au voisinage de l'exon 14 du proto-oncogène MET chez des patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules. Gerald LE GAC (BREST)
Gerald Le Gac, Sandrine Autret, Chandran Ka, Isabelle Gourlaouen, Odile Raguenes, Brigitte Fercot, Pierre Alemany, Isabelle Quintin-Roue, Paul Gueguen, Claude Ferec
18:40 - 19:00 Table ronde discussion avec les orateurs.

Mardi 23 janvier

Salle 300