Mardi 21 janvier
Heure Auditorium François 1er Auditorium Ronsard Salle Descartes Salle 1 Salle 2 Salle Courteline Salle Balzac
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C11
3eme Symposium Anomalies d’Epissage et Diagnostic

3eme Symposium Anomalies d’Epissage et Diagnostic

Modérateurs : Betty GARDIE (Maître de Conférences) (NANTES), Claude HOUDAYER (Rouen Cedex)
09:00 - 09:05 INTRODUCTION. Claude HOUDAYER (Rouen Cedex)
09:05 - 10:05 SESSION : PREDICTIONS IN SILICO, RNASEQ ET BIOINFORMATIQUE.
09:00 - 12:00 #20293 - Evaluation de 4 algorithmes de prédiction d’épissage permettant une annotation automatique dans un contexte NGS diagnostique.
Evaluation de 4 algorithmes de prédiction d’épissage permettant une annotation automatique dans un contexte NGS diagnostique.

L’interprétation des variants est une étape critique dans l’identification d’un diagnostic en génétique moléculaire.
Parmi ces variants, ceux suspectés d’altérer l’épissage, en dehors des sites canoniques, présentent des difficultés spécifiques d’analyse.
Les tests de laboratoire permettant d’étudier l’épissage sur l’ARN sont coûteux et chronophages, il est donc actuellement irréaliste de les pratiquer pour tous les variants identifiés en séquençage haut débit (NGS). L’utilisation d’outils de prédiction in silico est donc nécessaire afin de sélectionner de façon économique et rapide les variants d’épissage les plus convaincants avant de les soumettre à une validation expérimentale.
Ces outils sont très nombreux mais souvent basés sur une interface qui ne permet de faire qu’une seule requête à la fois. Il est donc impossible de les utiliser de façon systématique dans le contexte du NGS où le nombre de variants à analyser est très important.

Par conséquent, nous avons sélectionné 4 algorithmes qui permettent une annotation automatique des variants ainsi qu'une intégration simple dans une chaîne d’analyse bioinformatique : MaxEntScan (2003), dbscsnv_ada (2014), SpliceAI (2019) et SPiP (2019).
Afin de les évaluer, nous avons collecté au sein du Centre de Génétique Moléculaire et Chromosomique de l'hôpital Pitié-Salpêtrière 44 variants suspectés d’altérer l’épissage qui ont été testés expérimentalement.
Pour 30 d’entre eux, l’effet sur l’épissage a été démontré sur l’ARN et pour 14 d’entre eux, aucun effet n’a pu être retrouvé sur l’ARN.
Tous ces variants ont été annotés par au moins un algorithme, mais seuls 23 ont été annotés par les 4.
Le nombre de variants annotés par outil est : MaxEntScan 29, dbscsnv_ada 25, SpliceAI 42, SPiP 43.
Cette différence s’explique en partie par le fait que MaxEntScan et dbscsnv_ada, dans leur mode d’annotation automatique, ne sont pas capables d’analyser les indels.
Pour les variants dont une altération de l’épissage est démontrée expérimentalement, cet effet a été prédit correctement dans les cas suivants : MaxEntScan 21/21, dbscsnv_ada 17/19, SpliceAI 28/29, SPiP 26/29.
Pour les variants dont une altération de l’épissage n’a pas pu être démontrée expérimentalement, aucun effet n’a été prédit dans les cas suivants : MaxEntScan 6/8, dbscsnv_ada 5/6, SpliceAI 12/13, SPiP 9/14.

Pour conclure, nous conseillons l’utilisation des algorithmes les plus récents, SPiP et SpliceAI, car leurs performances semblent équivalentes à MaxEntScan et dbscsnv_ada, mais ils apportent une plus-value non négligeable par l’annotation d’une plus grande proportion de variants. Toutefois, aucun de ces outils n’a permis une annotation correcte de 100% des variants. Leur association dans les pipelines d’analyse peut donc avoir un intérêt.

Elodie LEJEUNE, Pascale RICHARD, Corinne METAY, Flavie ADER, Cécile SAINT-MARTIN, Magalie LODIN, Valérie ALLAMAND, Valérie JOBIC, Boris KEREN, Alix DE BECDELIEVRE, Christine BELLANE-CHANTELOT, Julien BURATTI (Paris)
09:00 - 12:00 #20230 - Écart important entre les effets fonctionnels prévus par SpliceAI et les effets fonctionnels obtenus expérimentalement des variants GT>GC du site 5' d'épissage.
Écart important entre les effets fonctionnels prévus par SpliceAI et les effets fonctionnels obtenus expérimentalement des variants GT>GC du site 5' d'épissage.

Technological advances in DNA sequencing have made whole exome sequencing and even whole genome sequencing increasingly practicable. However, our ability to accurately interpret the clinical relevance of genetic variants has so far been limited. Indeed, even for variants occurring within canonical splice‐site dinucleotides, we may still encounter problems of interpretation. For example, we have recently provided evidence that 5' splice site GT>GC variants in human disease genes may not invariably be pathogenic. Specifically, combining data derived from a meta-analysis of 45 human disease-causing GT>GC variants and a cell culture-based full-length gene splicing assay of 103 GT>GC substitutions, we estimated that ~15-18% of GT>GC variants generate between 1 and 84% normal transcripts. During this analysis, we found that none of the popular splicing prediction tools were capable of reliably distinguishing GT>GC variants that generated wild-type transcripts from those that did not (Lin et al. Hum Mutat 2019). Very recently, SpliceAI, a deep residual neural network, has been developed for splicing prediction (Jaganathan et al. Cell 2019). Distinct from previous methods that either relied on human-engineered features and/or focused on short nucleotide windows adjoining exon-intron boundaries, SpliceAI learns splicing determinants directly from the primary sequence by evaluating 10,000 nucleotides of the flanking context sequence to predict the splice function of each position in the pre-mRNA transcript. Herein, we evaluated the performance of SpliceAI in the context of GT>GC variants. We included three datasets of GT>GC variants, all of which were informative with respect to experimentally shown functional effects on splicing in terms of generation or not of wild-type transcripts, for analysis. The first two datasets refer to the above mentioned “in vivo” dataset of 45 disease-causing GT>GC variants and the “in vitro” dataset of 103 GT>GC substitutions. The third dataset comprised 12 GT>GC variants in the BRCA1 gene, which were newly extracted from a recent study that prospectively analyzed the functional effects of over 4000 BRCA1 variants by means of saturation genome editing (Findlay et al. Nature 2018). Notably, 25% (n=3) of the 12 BRCA1 GT>GC variants generated wild-type transcripts, which is consistent with our estimated 15-18% rate. We processed all GT>GC variants using the default settings of SpliceAI (https://pypi.org/project/spliceai/). We focused our analysis on the Delta score of donor loss although other scores may provide clues to the nature of the resulting aberrantly spliced transcripts of splice-altering variants. Correlation of the SpliceAI-predicted and experimentally obtained functional effects of the GT>GC variants revealed that SpliceAI performed better than other prediction tools but was still far from satisfactory. Our findings illuminate the challenges ahead in accurately identifying splice-altering variants.

Jian-Min CHEN (BREST), Matthew HAYDEN, David COOPER, Claude FÉREC
09:00 - 12:00 Etude par RNASEQ de l'epissage alternatif physiologique de genes impliques dans les cancers digestifs : MLH1, MSH2, MSH6 et CDH1. Molka SEBAI (Résidente) (Paris)
Molka SEBAI, Roseline TANG, Yahia ADNANI, Christine BOMBLED, Sengul TOZLU-KARA, Meissa BARBOUCHE, Alice FIEVET, Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU. Service de génétique des tumeurs, Gustave ROUSSY, Villejuif, France
09:00 - 12:00 SPLICELAUNCHER : un outil bioinformatique et biostatistique d'analyse de l'epissage par RNASEQ. Raphael LEMAN (Doctorant) (Caen)
LEMAN R, HARTER V, ATKINSON A, DAVY G, ROUSSELIN A, MULLER E, CASTERA L, LEMOINE F, DE LA GRANGE P, GUILLAUD-BATAILLE M, VAUR D, KRIEGER S .
09:00 - 12:00 Approches bioinformatiques spécifiques pour l’analyse de données RNASeq dans le cadre des maladies génétiques rares. Emilie TISSERANT (Bioinformaticien) (DIJON)
EMILIE TISSERANT, YANNIS DUFFOURD, ALEXANDRE PLAGOS, CHRISTEL THAUVIN, LAURENCE FAIVRE, VITOBELLO. DIJON, France
10:05 - 10:25 TABLE RONDE DISCUSSION AVEC LES ORATEURS.
10:25 - 11:40 SESSION TRANSCRIPTOME, MIRNA, STRATEGIES ET PHENOTYPES.
09:00 - 12:00 Approche génomique intégrée en temps réel pour les cancers de l’enfant : apport du WES et RNASEQ en pratique clinique. Stelly BALLET (Technicienne de Laboratoire) (PARIS)
Stelly BALLET, Mégane BOUVET, Nolwenn METZGER, Camille BENOIST, Eleonore FROUIN, Eve LAPOUBLE, Virginie BERNARD, Gudrun SCHLEIERMACHER, Birgit GEOERGER, Gaëlle PIERRON
09:00 - 12:00 Mise en place d'une approche intégrée génotype-transcrits-protéine-hérédité-phénotype chez des patients myopathes suspects de titinopathie. Mireille COSSÉE (MCU-PH) (MONTPELLIER)
Aurelien Perrin, Raul Juntas-Morales, Edoardo Malfatti, Corinne Metay, François Rivier, Claude Cances, Ulrike Walther-Louvier, Emmanuelle Uro-Coste, Nicolas Leboucq, Robert-Yves Carlier, Valerie Rigau, Isabelle Richard, Corinne Theze, Delphine Lacourt, Henri Pegeot, Reda Zenagui, Tanya Stojkovic, Henk Granzier, Michel Koenig, Mireille Cossee.
09:00 - 12:00 Utilisation de la technique minigène pour l’étude de variations d’épissage chez des patients atteints d’anomalies du développement. Anna LOKCHINE (Interne) (Rennes)
Anna Lokchine, Cyrille Berra, Jerome Le Douce, Paul Rollier, Regis Bouvet, Florence Demurger, Melanie Fradin, Sylvie Odent, Laurent Pasquier, Veronique David, Lenaig Detivaud, Christele Dubourg.
09:00 - 12:00 Variabilité phénotypique des groupes sanguins et altération de l’épissage : exemple du système sanguin érythrocytaire RH. Yann FICHOU (Directeur de Recherche EFS) (Brest)
Yann Fichou, Loann Raud, Chandran Ka, Gaëlle Richard, Isabelle Gourlaouen, Isabelle Callebaut, Gerald Le Gac, Claude Ferec
09:00 - 12:00 Fréquence des mutations constitutionnelles de l'exon cryptique de VHL chez les patients avec tumeurs du spectre de von Hippel-Lindau ou paragangliome. Alexandre BUFFET (Médecin) (Paris)
Alexandre Buffet, Bruna Calsina, Shahida Flores, Sophie Giraud, Marion Lenglet, Pauline Romanet, Elisa Deflorenne, Javier Aller, Isabelle Bourdeau, Brigitte Bressac- De Paillerets, Maria Calatayud, Caroline Dehais, Erwan De Mones, Atanaska Elenkova, Philippe Herman, Peter Kamenický, Sophie Lejeune, Jean Louis Sadoul, Anne Barlier, Stephane Richard, Judith Favier, Nelly Burnichon, Betty Gardie, Patricia Dahia, Mercedes Robledo, Anne-Paule Gimenez-Roqueplo.
09:00 - 12:00 Dérégulation transcriptionnelle par disruption d’un élément régulateur : caractérisation d’une délétion non codante proche du gène SLC20A2 et proposition d’une stratégie d'étude de ces évènements. Kevin CASSINARI (AHU) (Rouen)
Kévin Cassinari, Anne Rovelet-Lecrux, Sandrine Tury, Olivier Quenez, Anne-Claire Richard, Camille Charbonnier, Anne Boland, Jean-François Deleuze, Jean-François Besancenot, Dorothée Pouliquen, François Lecoquierre, Pascal Chambon, Christel Thauvin-Robinet, Dominique Campion, Didier Hannequin, Thierry Frebourg, Jean-Luc Battini, Gaël Nicolas
11:40 - 12:00 TABLE RONDE DISCUSSION AVEC LES ORATEURS.
12:00 - 12:00 CONCLUSION.

09:00-12:00
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D11
WORKSHOP Déficience Intellectuelle

WORKSHOP Déficience Intellectuelle

09:00 - 12:00
Informations diverses
Rubrique nouveaux gènes - Quentin Thomas, Antonio Vitobello, Dijon

Mises au point sur nouveaux outils ; veille bibliographique
1- Analyse de gènes difficiles-Part 2 : SHANK3 (S Lumbroso, Kevin Mouzat (Montpellier/Nîmes)
2- DI liée aux mutations du gène ARX – clinique et fonctionnelle (Aurore Curie, Lyon et Gaëlle Friocourt, Brest)
3- Contrôle inter-laboratoire 2019 : bilan (Thomas Smol, Lille)

Discussion clinico-biologique autour de variations d’interprétation difficile
AVPR2 (Solène Conrad et Benjamin Cogné, Nantes)
MED12 (Mélanie Fradin, Laurent Pasquier, Christèle Dubourg Rennes ; Amélie Piton, Strasbourg)
MN1 (Gwenaël Le Guyader, Frédéric Bilan, Poitiers ; Benjamin Cogné, Nantes)
MAST1 (Laurent Pasquier, Christèle Dubourg Rennes)
SETD5 (Amélie Piton, Yves Alembik, Strasbourg)

Présentation des actualités du réseau

09:00-12:30
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E11
AnDDI-Rares Outre-mer

AnDDI-Rares Outre-mer

12:00
12:30 - 14:00 TEMPS LIBRE POUR DEJEUNER
14:00
14:00-14:15
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A13
OUVERTURE DU CONGRES

OUVERTURE DU CONGRES

14:15
14:15-16:15
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A14
CONFERENCE PLENIERE 1
Mécanisme des maladies génétiques

CONFERENCE PLENIERE 1
Mécanisme des maladies génétiques

Modérateurs : Stanislas LYONNET (PARIS), Marie-Laure WINTER (Tours)
14:15 - 16:15 Relecture de la pénétrance en oncogénétique : le paradigme de TP53. Thierry FREBOURG (ROUEN)
14:15 - 16:15 Potentiel pathogène des éléments mobiles du génome humain. Nicolas CHATRON (PHC) (LYON)
14:15 - 16:15 ARN non codants et pathologies humaines. Jérôme CAVAILLE (Toulouse)
14:15 - 16:15 Signatures épigénétiques dans les anomalies du développement : des profils de méthylation spécifiques comme aide au diagnostic. Bekim SADIKOVIC (London, Canada)

16:15 - 16:45 PAUSE CAFE
16:45
16:45-18:15
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A16
SESSIONS SIMULTANEES 01
DPN, DPI, DPNI et Reproduction

SESSIONS SIMULTANEES 01
DPN, DPI, DPNI et Reproduction

Modérateurs : Noémie CELTON (biologiste) (tours), Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (REIMS)
16:45 - 17:00 #20289 - CS001 Vingt ans de diagnostic préimplantatoire (DPI) à Strasbourg.
CS001 Vingt ans de diagnostic préimplantatoire (DPI) à Strasbourg.

Le diagnostic préimplantatoire a été autorisé par la loi de Bioéthique de 1994. Le centre de DPI de Strasbourg fait partie des cinq centres français autorisés et a débuté son activité dès 1999. Accrédité pour le DPI par PCR et par FISH depuis 2018, il est le seul à prendre en charge les couples en cas de risque viral, hépatites et HIV, et réalise la plupart des DPI pour mutation de novo. Notre expertise permet de prendre en charge la quasi-totalité des pathologies retenues par le centre pluridisciplinaire de diagnostic prénatal local.

Nous présentons ici un bilan de vingt ans d’expérience.

Jusqu’en octobre 2019, 2160 dossiers ont été ouverts à Strasbourg : 1471 pour pathologies monogéniques et 689 pour anomalies du caryotype. 15% des dossiers ont été refusés surtout pour des difficultés de mise en œuvre de la FIV, 18% des couples ont abandonné leur demande. Nous avons développé des tests par PCR pour plus de 120 pathologies monogéniques et mis au point des diagnostics par FISH pour près de 450 couples. Nous recensons 2274 tentatives pour 984 couples, avec une activité annuelle croissante jusqu’en 2016, puis stabilisée autour de 200-230 cycles. Plus de 500 enfants sont nés grâce à notre activité.

Le DPI a bénéficié des évolutions techniques de l’assistance médicale à la procréation. Depuis 2006 la politique de transfert électif d’embryons a permis de limiter le risque de grossesse multiple. Depuis 2012, la vitrification embryonnaire facilite l’organisation du laboratoire et augmente les chances globales de succès puisque le taux moyen de grossesse clinique par transfert est de 31% que les embryons soient frais ou vitrifiés. Le taux de grossesse par transfert reste fortement corrélé à l’âge de la femme au moment de la tentative : 32% avant 38 ans,  25% entre 38 et 40 ans et 10% après 40 ans. La culture embryonnaire prolongée et la biopsie au stade blastocyste permettent désormais de disposer de plus de matériel génétique et de limiter les risques d’erreur de diagnostic.

Les techniques d’analyse à haut débit ont amélioré le diagnostic génétique, ce qui conduit inévitablement à demander un DPI pour certains couples jusqu’alors en errance de diagnostic. Il en résulte une augmentation de demandes pour des pathologies confidentielles nécessitant des mises au point spécifiques et entrainant un allongement des délais de prise en charge. L’amplification préalable du génome entier à partir de plusieurs cellules embryonnaires est alors utile pour simplifier le développement ou pour des DPI complexes.

La communauté internationale migre progressivement vers les techniques d’analyse à haut débit (CGHarray, karyomapping, NGS), difficiles à mettre en œuvre en France du fait du cadre légal, mais qui seraient pourtant incontournables pour assurer une égalité d’accessibilité au DPI dans des délais acceptables, quelle que soit l’indication. Cela nécessiterait au préalable une adaptation de ces techniques ou une modification de la loi, actuellement en cours de révision.

Philippe GOSSET, Claire KASTNER, Emmanuelle KIEFFER, Julia LAUER-ZILLHARDT, Nadia BIHEMI, Sarah DONAT, Nathalie GARDES, Karen LEVESQUEAU, Jean-Christophe NICOD, Laetitia MOSSER, Elodie SCHAAF, Nicolas BECKER, Nathalie RUCH, Isabelle GALLAND, Pascale MIGNOT, Emilie BEAU, Marie-Laure KELLER, Claire Lise MULLER, Olivier PIRRELLO, Catherine RONGIERES, Catherine CELEBI, Isabelle LICHTBLAU, Céline MOUTOU (STRASBOURG)
17:00 - 17:15 #20356 - CS002 Dépistage prénatal non invasif pour les maladies rares : validation d’un test par capture et séquençage haut débit appliqué à la déficience intellectuelle.
CS002 Dépistage prénatal non invasif pour les maladies rares : validation d’un test par capture et séquençage haut débit appliqué à la déficience intellectuelle.

L’accès aux données génétiques fœtales via le plasma maternel permet d’envisager une approche non invasive notamment dans les cas où le risque d’atteinte fœtale est faible. Dans 70 % des cas de déficience intellectuelle, les mutations identifiées sont de novo. Le risque de récurrence est donc faible pour les nouvelles grossesses mais très fréquemment les couples demandent un diagnostic prénatal invasif devant le risque de mosaïque parentale. Pour ces familles, nous avons développé une approche universelle permettant la recherche de la mutation familiale identifiée directement sur le plasma de la mère, en réalisant une approche par capture de notre panel des 500 gènes de déficience intellectuelle suivie de séquençage haut débit. La méthode de capture a été adaptée aux faibles quantités d’ADN plasmatique pour obtenir une profondeur moyenne de 500 X et le pipeline bioinformatique a été adapté à la détection de variation en mosaïque faible, la variation recherchée représentant environ 5 % des reads.

Nous avons réalisé une validation de méthode par l’analyse de 18 trios (mère, fœtus, plasma maternel). Les variations, sans lien avec la DI mais spécifiques du fœtus et non présentes chez sa mère, ont été extraites bioinformatiquement ; ces positions ont ensuite été étudiées en terme de profondeur et de nombre reads mutés. Les analyses ont montré que, suite aux adaptations techniques réalisées, la profondeur moyenne obtenue à partir de notre capture de 500 gènes est de 649X. Nous avons également analysé la sensibilité analytique à partir d’un set de 6089 variations fœtales d’origine paternelle, et donc que l’on devait retrouver à faible fraction allélique dans le plasma maternel. La détection a été considérée comme positive à partir d’un read porteur de la variation attendue. Cette sensibilité de détection est de 98,54%. La spécificité analytique a été approchée en tenant compte du bruit de fond de la méthode et est estimée à 99,75 % dans le système analytique utilisé (Nextseq550 et capture Roche).

L’utilisation d’une approche non invasive par capture et analyse en séquençage haut débit est donc tout à fait envisageable dans le cadre de la déficience intellectuelle, pour les familles où une mutation de novo est identifiée. Cette approche permettra de rendre un diagnostic négatif avec une bonne valeur prédictive négative (98,55%), même si celle-ci restera inférieure à un diagnostic prénatal invasif qui permet un diagnostic de certitude. Cette validation de méthode a permis de définir les modalités d’analyse à envisager en routine (vérification préalable de la bonne couverture de la variation sur le cas index avec la capture, analyse en trio père, mère et plasma maternel au moment du prénatal) les contrôles internes à valider pour un rendu diagnostic (quantité d’ADN plasmatique initiale > 15 ng pour éviter l’allèle drop out, fraction fœtale observée > 5 % au moment de l’analyse et couverture observée à la position  de la variation pathogène > 300 X).

Sacha BODENES, Pauline FRANCOIS, Lydia IKHLEF, Claire MIRY, Cecile MAGER, Anne Sophie WEINGERTNER, Fernando GUERRA, Nicolas SANANES, Samuel NICAISE, Vincent ZILLIOX, Jamel CHELLY, Amelie PITON, Jean MULLER, Nicolas MEYER, Romain FAVRE, Bénédicte GERARD (STRASBOURG)
17:15 - 17:30 #20112 - CS003 Intégration du séquençage d'exome dans le diagnostic prénatal des anomalies fœtales en routine : pièges, succès et discussion des bonnes pratiques.
CS003 Intégration du séquençage d'exome dans le diagnostic prénatal des anomalies fœtales en routine : pièges, succès et discussion des bonnes pratiques.

Introduction : Les anomalies structurelles fœtales concernent 2 à 3% des grossesses et sont associées à une forte mortalité et morbidité périnatale. Leurs étiologies génétiques constituent un enjeu diagnostique tant pour la connaissance du pronostic fœtal que pour le conseil génétique parental. Après exclusion des anomalies cytogénétiques fœtales, l’utilisation du séquençage haut débit d’exome dans le cadre du diagnostic prénatal (DPN) apporte un service médical rendu significatif. Le rendement diagnostic variable des études publiées (6-80%) reflète cependant le manque de consensus sur son usage. Nous évaluons l’efficacité du séquençage d’exome fœtal intégré au DPN de routine et discutons les enjeux diagnostiques et éthiques associés.

Méthode : Les couples ont été recrutés de façon prospective entre novembre 2018 et octobre 2019 (11 mois). Les critères d’inclusion étaient la survenue d’une anomalie fœtale (élévation de la clarté nucale isolée ou associée à d’autres anomalies, existence d’une ou plusieurs malformations) et l’absence de diagnostic cytogénétique (caryotype conventionnel et APCA). Une consultation de génétique pré-test et post-test de rendu de résultat étaient proposées aux couples. L’analyse en trio de l’exome fœtal était conduite de façon indépendante par deux spécialistes en génétique médicale et le résultat était discuté en réunion clinico-biologique avant validation. L’analyse des données secondaires actionnable (liste « ACMG ») et portages hétérozygotes sain (liste « Kingsmore ») était proposée aux couples.

Résultat : L’analyse d’exome fœtal a été proposée dans 95 cas et a été conduite chez 20 « trio », parmi lesquelles 17 ont accepté la consultation prétest. Les analyses étaient conduites entre 15 et 24 SA. La médiane du délai de rendu du résultat (hors données secondaires) était de 16,9 jours [7 – 33] après la consultation pré-test. 4 couples ont accepté la consultation post-test. 11 variants ont été identifiés dans autant de trio (55%), parmi lesquels 6 dans les gènes POMT1, RAPSN, KRAS, ACTG2, COL2A1, COL1A1 et CPLANE1 ont été considérés pathogènes (classe ACMG 4 ou 5) et 4 ont été classé variants de signification indéterminée bien que possiblement pathogènes (FAT4, PRRX1, PHF8, MMP13). 10 couples (50%) ont souhaité l’analyse des données secondaires.

Discussion : Le séquençage d’exome fœtal apporte une aide majeure au DPN de routine lorsqu’il est encadré au sein d’une équipe de génétique médicale. Il contribue via le partage des données secondaires au service médicale globale rendu aux patients. Les principales difficultés d’interprétation étaient liées aux phénotypes fœtaux non spécifiques où l’utilisation des critères de classification de l’ACMG doit être adaptée, ainsi qu’au manque de connaissances sur les phénotypes anténataux précoces des pathologies dont le phénotype post natal est bien décrit. Nous proposons un algorithme décisionnel intégrant le séquençage d’exome en DPN de routine permettant de minimiser ces écueils.

Yvan HERENGER (Zürich), Tobias BETHGE, Fabian CHABLAIS, Kim FRICKER, Demian MAYER, Walter BLUM, Franco BOTTINI, Hubert TRABER, Sharareh MOSHIR, Roland SPIEGEL
17:30 - 17:45 #20370 - CS004 Impact de l’identification des gènes impliqués dans l’insuffisance ovarienne primitive sur le conseil génétique et la prise en charge diagnostique et thérapeutique personnalisée des patientes. A propos d’une série de 200 cas.
CS004 Impact de l’identification des gènes impliqués dans l’insuffisance ovarienne primitive sur le conseil génétique et la prise en charge diagnostique et thérapeutique personnalisée des patientes. A propos d’une série de 200 cas.

Introduction : L'insuffisance ovarienne primitive (IOP) affecte ~1% des femmes avant 40 ans et conduit le plus souvent à une infertilité définitive. La plupart des causes sont inconnues mais des causes génétiques croissantes ont été identifiées grâce au séquençage nouvelle génération (NGS).

Patients et méthodes : 200 patientes avec IOP à caryotype 46, XX sans prémutation de FMR1 ont été étudiées dont 145 formes sporadiques et 55 familiales. Nous avons développé un panel NGS ciblé comprenant 70 gènes impliqués dans les IOP. 30 patientes ont eu un séquençage d’exome (WES).

Résultats et discussion: Le panel NGS a retrouvé des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez 30% des patientes. Dans 1/3 des cas, il s’agit de gènes de méiose ou de réparation de l’ADN. Le WES a permis de décrire pour la première fois le rôle de deux gènes impliqués dans la réparation d’ADN et l’anémie de Fanconi dans deux formes familiales et consanguines d’IOP isolée sans aucun antécédent de cancer. Nous avons retrouvé une mutation tronquante de MCM8, gène impliqué dans la recombinaison homologue, dans une forme syndromique d’IOP avec tumeurs cutanées bénignes et instabilité chromosomique. Nous avons aussi répliqué l’implication d’autres gènes de cette famille décrits dans un seul ou de rares cas comme SPIDR, PSMC3IP, POF1B, MCM9, ….

Devant des formes d’IOP apparemment isolées, nous avons identifié des mutations de gènes d’IOP syndromiques comme PMM2 et GALT, impliqués dans des maladies métaboliques à révélation néonatale sévère, ou encore FOXL2, responsable du syndrome BPES, sans aucune anomalie ophtalmique.

Un bilan complet avec recherche de comorbidités associées a permis un conseil génétique et thérapeutique adaptés dans la famille.

L’étude génétique a pu également donner des informations sur la persistance d’une réserve ovarienne lorsqu’un défaut moléculaire d’un gène impliqué dans la croissance folliculaire a été identifié (FSHR, BMP15, GDF9, AMH, ESR2, NOBOX, GJA4…).

Une préservation de la fertilité chez la patiente et les porteuses asymptomatiques de la famille est alors nécessaire pour éviter l’atrésie folliculaire rapide au vu des technologies innovantes de maturation folliculaires in vitro en développement.

Conclusion : Notre stratégie NGS optimise le criblage moléculaire de l’IOP avec un rendement de 30% et confirme la grande hétérogénéité génétique de ce syndrome.  L’étude génétique est essentielle pour 1) identifier la cause de l’IOP 2) permettre une prise en charge personnalisée et un conseil génétique adapté 3) détecter et traiter les comorbidités associées ou préserver la fertilité résiduelle en fonction du défaut génétique observé.

 Le nouveau lien existant entre gènes responsables d’IOP et gènes des tumeurs/cancers rend indispensable le diagnostic génétique de toute IOP sans cause connue et modifie profondément la prise en charge de ces patientes et de leur famille. Un suivi à long terme au sein d’une équipe multidisciplinaire est nécessaire.

Abdelkader HEDDAR, Sylvie HIERONIMUS, Thibaud ARMAND, Charlotte ROUGIER, Dominique BECKERS, Mélanie FRADIN, Isabelle CEDRIN-DURNERIN, Elsa LE BOETTE, Dominique ROLAND, Linda AKLOUL, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Claire BENETEAU, Hélène LETUR, Laura GUYON, Aurore BRUN, Axelle CAULIEZ, Sandrine PÉROL, Anne GOMPEL, Claire BASILLE, Marie LAMBERT, Aurélia JACQUETTE, Marion GERARD, Stéphanie LEGRAND, Radka STOEVA, Laura BAUDET, Sylvie ROSSIGNOL, Anais FAUCONNIER, Nathalie GUICHOUX, Anne DRUTEL, Céline DROUMAGUET, Anne-Marie GUEDJ, Bertrand ISIDOR, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandrine FRANTZ, Emmanuelle GINGLINGER-FABRE, Aude BRAC, Marie Laure RAFFIN-SANSON, Lionel VAN MALDERGEM, Damien SANLAVILLE, Celia RAVEL, Sylvie ODENT, Jean-Marc AYOUBI, Françoise PARIS, Samir HAMAMAH, Sophie JONARD-CATTEAU, Micheline MISRAHI (LE KREMLIN BICETRE)
17:45 - 18:00 #19859 - CS005 Les mutations de DNAH17 causent une infertilité isolée par asthénospermie par défaut d’une dynéine axonémale spécifique du flagelle des spermatozoïdes.
CS005 Les mutations de DNAH17 causent une infertilité isolée par asthénospermie par défaut d’une dynéine axonémale spécifique du flagelle des spermatozoïdes.

Le cil mobile respiratoire et le flagelle du spermatozoïde partagent une structure axonémale conservée au cours de l’évolution. Des défauts dans leur structure et/ou leur fonction sont associés à la dyskinésie ciliaire primitive (DCP), une maladie génétique caractérisée par des infections chroniques du tractus respiratoire, pour laquelle la plupart des hommes sont infertiles en raison d’une asthénozoospermie.

Parmi les complexes protéiques axonémaux bien décrits, les bras de dynéines externes (BDE), via l’activité ATPasique de leurs chaines lourdes, jouent un rôle majeur dans le battement ciliaire et flagellaire. Cependant, la contribution des différentes chaînes lourdes (type gamma : DNAH5 et DNAH8, et type beta : DNAH9, DNAH11 et DNAH17) est inconnue dans la composition des BDE issus de ces deux organelles.

L’analyse de cinq hommes avec une infertilité isolé, et présentant une perte des BDE dans le flagelle de leurs spermatozoïdes mais pas dans leurs cils respiratoires, nous a permis d’identifier des mutations bi-alléliques pathogènes de DNAH17.

Le phénotype d’infertilité isolé, sans atteinte respiratoire, nous a amené à comparer la composition protéique des BDE dans les axonèmes de cils et de flagelles issus d’individus contrôles. Nous avons montré que DNAH17 et DNAH8, mais pas DNAH5, DNAH9 ou DNAH11, colocalisent avec l’alpha-tubuline le long de l’axonème des spermatozoïdes, tandis que l’image opposée est observée dans les cils respiratoires, expliquant ainsi le phénotype restreint aux spermatozoïdes. Nous avons aussi démontré la perte de fonction associée aux mutations de DNAH17 chez deux sujets sans lien de parenté, par des études d’immunomarquage sur spermatozoïdes (western blot et immunofluorescence). Ces analyses ont montré l’absence de DNAH17 et DNAH8 dans le flagelle des spermatozoides, contrairement à DNAH2 et DNALI1, deux composants des bras internes de dynéines, qui se sont révélés présents.

Pour conclure, cette étude démontre que les mutations de DNAH17 sont responsables d’infertilité masculine isolée, et précise la composition des BDE dans le spermatozoïde humain et le cil respiratoire.

Lucie THOMAS (PARIS), Marjorie WHITFIELD, Emilie BEQUIGNON, Alain SCHMITT, Laurence STOUVENEL, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Philippe DUQUESNOY, Bruno COPIN, Sandra CHANTOT, Florence DASTOT, Catherine FAUCON, Anne Laure BARBOTIN, Anne LOYENS, Jean-Pierre SIFFROI, Jean-François PAPON, Estelle ESCUDIER, Serge AMSELEM, Valérie MITCHELL, Aminata TOURE, Marie LEGENDRE
18:00 - 18:15 #20081 - CS006 Data Outside of Expected Range : Analyse d’une cause spécifique d’échec d’ADNlc et de ses conséquences obstétricales.
CS006 Data Outside of Expected Range : Analyse d’une cause spécifique d’échec d’ADNlc et de ses conséquences obstétricales.

L’analyse du caryotype fœtal est recommandée par amniocentèse en cas de double échec du dépistage de la trisomie 21 basé sur l’ADN foetal dans le sang maternel (ADNlc)(1). Avec la technique VeriSeq d’Illumina, une des causes d’échec est nommée « Data Outside of Expected Range »(DO). Elle correspond à un échec de l’analyse de données dû à une représentation anormale d’une partie du génome sur des chromosomes autres que 21, 18 et 13(2). Le logiciel VeriSeq ne précise pas quelle région chromosomique est concernée. Peu d'anomalies sont mises en évidence par le caryotype foetal et l'issue de la grossesse est le plus souvent normale mais l'identification des anomalies chromosomiques pourrait être utile au suivi obstétrical. Nous avons donc développé un logiciel spécifique à partir de plusieurs publications (3,4) pour préciser, a posteriori, qu’elles étaient les régions chromosomiques concernées. Ce logiciel recherche un déséquilibre du nombre de lectures alignées sur une fenêtre glissante de 50kb par rapport à un jeu de données de référence. Nous présentons 4 cas d’échec DO accompagnés d’anomalies fœtales ou de complications obstétricales pour lesquels des déséquilibres ont été ainsi identifiés. Dans deux cas avec RCIU et prématurité, une trisomie 16 confinée au placenta a été trouvée (5,6). Dans les deux autres cas il existait un syndrome malformatif : une anomalie compatible avec une tétrasomie 9p fœtale correspondant au syndrome polymalformatif constaté (7) et une double trisomie pour les chromosomes 3 et 7 ont été mises en évidence. Si la trisomie 3 est une anomalie rare (8), la trisomie 7 est plus fréquemment découverte en cours de grossesse et parfois associée à une autre trisomie (9). Les deux trisomies peuvent expliquer le signe majeur qui était une microcéphalie. 1. JORF n°0294 du 20 décembre 2018 2.Guide du logiciel VeriSeq NIPT Solution – Illumina. https://support.illumina.com  3. C. Zhao et al., « Detection of Fetal Subchromosomal Abnormalities by Sequencing Circulating Cell-Free DNA from Maternal Plasma », Clin. Chem., vol. 61, no 4, p. 608‑616, avr. 2015.  4. R. Straver, et al, « WISECONDOR: detection of fetal aberrations from shallow sequencing maternal plasma based on a within-sample comparison scheme », Nucleic Acids Res., vol. 42, no 5, p. e31‑e31, mars 2014.  5. Toutain Jet al  (2018) Confined placental mosaicism revisited: Impact on pregnancy characteristics and outcome. PLoS One. 2018; 13(4): e0195905.  6. Grati FR et al. Outcomes in pregnancies with a confined placental mosaicism and implications for prenatal screening using cell-free DNA. Genetics in Medicine (2019) ) 7. S Dhandha,et al. Three Cases of Tetrasomy 9p American Journal of Medical Genetics 2002 113(4):375-80 8. H. Kapaya , et al.  Trisomy 3 confined placental mosaicism: A management dilemma. Journal of Obstetrics and Gynaecology  2012 – 32( 7 ):696-98 9. Y Qi ,et al.The significance of trisomy 7 mosaicism in non invasive prenatal screening. Hum Genemics 201913(1):18

Luc DRUART (PARIS), Laure RAYMOND, Francis ROUSSEAU, Jean François TALY, Sylvie TAPIA, Marc NOUCHY

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B16
SESSIONS SIMULTANEES 02
Oncogénétique

SESSIONS SIMULTANEES 02
Oncogénétique

Modérateurs : Olivier CARON (Chef du comité de génétique) (VILLEJUIF), Isabelle MORTEMOUSQUE (Praticien Hospitalier) (TOURS)
16:45 - 17:00 #20389 - CS07 Discrimination fonctionnelle, basée sur la tolérance à la méthylation, des variants de signification inconnue des gènes MLH1 et MSH2 : vers une utilisation en clinique pour le diagnostic du syndrome de Lynch.
CS07 Discrimination fonctionnelle, basée sur la tolérance à la méthylation, des variants de signification inconnue des gènes MLH1 et MSH2 : vers une utilisation en clinique pour le diagnostic du syndrome de Lynch.

Le syndrome de Lynch (LS) est la première cause de forme familiale de cancer colorectal. Il est consécutif à des mutations germinales hétérozygotes affectant les gènes du système MMR (MisMatch Repair), MLH1 et MSH2 en priorité. Le diagnostic de LS repose sur la détection par séquençage de variants des gènes MMR dans l’ADN constitutionnel et l’interprétation du caractère pathogène ou bénin de tels variants. Dans 30% des cas environ, le diagnostic de LS ne peut être posé ou exclu formellement (notion de variants de signification inconnue, ou VSI) laissant ainsi les patients dans l’errance thérapeutique. Pour aider au diagnostic, un test fonctionnel simple permettant de discriminer le caractère pathogène ou non de VSI MLH1 et MSH2 a été récemment mis au point au laboratoire (Bouvet et al., Gastroenterology 2019, 157, 421-431).

 Ce test utilise une propriété fonctionnelle connue des cellules MMR-déficientes, à savoir leur tolérance à certaines drogues (i.e. agents méthylants, tolérance à la méthylation). Notre stratégie expérimentale a reposé sur la capacité de variants MLH1 et MSH2 à complémenter la déficience MMR d’une lignée cellulaire en culture. En bref, une restauration de la sensibilité à la méthylation est attendue si le variant transfecté est non pathogène, alors qu’une conservation de la tolérance à la méthylation indique que le variant est délétère. Les tests réalisés avec une large série de VSI à caractériser, et avec des variants contrôles dont le caractère pathogène ou non est connu, seront présentés. Les résultats acquis indiquent la pertinence d’une telle approche méthodologique à visée diagnostique dans le syndrome de Lynch. Ce test devrait être prochainement disponible à l’hôpital de la Pitié Salpêtrière afin d’aider au classement des VSI MLH1 et MSH2 discutés au niveau du réseau national.

Delphine BOUVET, Sahra BODO, Annie MUNIER, Erell GUILLERM, Romane BERTRAND, Paris ELODIE, Patrick BENUSIGLIO, Alex DUVAL, Florence COULET, Martine MULERIS (Paris)
17:00 - 17:15 #20528 - CS08 Mutations TP53 de faible fréquence allélique : peut-on s’affranchir de la biopsie pour différencier une mosaïque d’une hématopoïèse clonale ?
CS08 Mutations TP53 de faible fréquence allélique : peut-on s’affranchir de la biopsie pour différencier une mosaïque d’une hématopoïèse clonale ?

Le diagnostic moléculaire des maladies génétiques s’effectue la plupart du temps par l’analyse de l’ADN extrait de sang total. Le séquençage haut-débit d’un panel de gènes prédisposant aux cancers met régulièrement en évidence des variants avec une faible fréquence allélique (FA), en particulier sur le gène TP53. Ces variants peuvent correspondre à une mosaïque constitutionnelle (MC), responsable d’un phénotype atténué ou refléter la présence d’une Hématopoïèse Clonale de Potentiel Indéterminé (CHIP), en particulier si le patient est âgé ou a été traité par radio-chimiothérapie. Ces variants peuvent avoir un rôle direct dans l’émergence du clone ou être simplement des variants passagers acquis sur d’autres gènes.

Afin d’établir l’origine des variants TP53 à faible FA (n=11 ; 10 à 39%), nous avons combiné une stratégie d’analyse de ces variants en NGS dans le tissu tumoral (n=7, Sanger : n=1), le tissu sain adjacent (n=4, Sanger : n=2) et la fraction myéloïde (n=4). Nous avons réalisé un panel de gènes impliqués dans les hémopathies myéloïdes sur l’ADN extrait des cellules sanguines après un tri cellulaire CD3+/CD3-, afin de discerner le génotype de la fraction myéloïde (CD3-) de celui des lymphocytes T (CD3+). Des analyses sont en cours pour 6 patients.

Dans 3 cas, l’analyse tumorale retrouvait le variant recherché, avec une FA augmentée par rapport au sang : nous avons conclu à une MC. L’analyse du tissu sain retrouvait le variant mais sans augmentation de la FA par rapport au sang. Dans 5 cas, l’absence du variant dans la tumeur orientait vers une CHIP. L’étude des fractions CD3+ et CD3- a permis de montrer que la FA des variants des MC était similaire dans les deux fractions, confirmant l’origine embryonnaire précoce de l’apparition du variant. En revanche, dans les CHIP, ces variants étaient présents dans la fraction myéloïde (CD3-), avec une FA similaire au sang total, et quasiment absents des lymphocytes T, confirmant l’apparition tardive du variant, au cours de l’hématopoïèse. L'analyse en panel de la fraction myéloïde permet également l'identification de variants dans d'autres gènes impliqués en hématologie tel que DNMT3A, confortant le diagnostic.

Ainsi nous avons démontré la possibilité de différencier une MC d’une CHIP par une stratégie combinant l’analyse moléculaire de la tumeur et des fractions CD3+ et CD3-. Le tri sélectif des fractions présente de nombreux avantages comme l’absence de prélèvement invasif de tissu sain et l’accès à de l’ADN de bonne qualité contrairement aux tissus tumoraux fixés. Les CHIP sont fréquentes et non détectables par une numération formule sanguine, or il s’agit d’un facteur de risque de myélodysplasie, particulièrement en post radio-chimiothérapie. Il est donc important d’établir un protocole de confirmation afin d’adapter le conseil génétique et la surveillance de ces patients. Ces travaux montrent l’importance de combiner les activités constitutionnelles avec des analyses tumorales et hématologiques.

Alice FIÉVET (Villejuif), Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Voreak SUYBENG, Christine BOMBLED, Johny BOMBLED, Jean-Marc LIMACHER, Hélène SCHUSTER, Jean CHIESA, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Gaelle BOUGEARD-DENOYELLE, Thierry FREBOURG, Cyril GELLA, Odile LEOPOLD, Sophie COTTERET, Ludovic LACROIX, Olivier CARON, Christophe MARZAC, Etienne ROULEAU
17:15 - 17:30 #20133 - CS09 Challenges, limites et apport du WES en oncogénétique constitutionnelle.
CS09 Challenges, limites et apport du WES en oncogénétique constitutionnelle.

Comme l’illustre le différentiel entre le nombre d’articles rapportant l’identification, par séquençage d’exomes (WES), de gènes impliqués dans les formes héréditaires de cancer et les anomalies du développement, le WES a en oncogénétique constitutionnelle une valeur additionnelle limitée. Nous rapportons ici notre expérience. Nous avons dans un premier temps évalué l’apport du WES dans les cancers de l’adulte jeune, sans altération détectable dans les gènes analysés au titre du diagnostic et avons étudié, comme paradigme, le cancer colorectal (CCR). Le WES a été réalisé chez 93 patients atteints de CCR avant 32 ans, de présentation sporadique pour la plupart. L’analyse a été focalisée sur un panel de 296 gènes impliqués dans l’oncogenèse constitutionnelle ou somatique et/ou dans la réparation de l’ADN. Nous n’avons retenu que les variants rares (fréquence allélique < 1 %), perte de fonction (LOF) ou faux-sens prédits délétères. Parmi les 221 variants identifiés, nous n’avons identifié que 4 variants LOF dans les gènes BRCA2, FANCA et FANCD2 impliqués dans la voie ICL (Interstrand crosslinks). En l’absence de causalité évidente, nous avons analysé pour rechercher un enrichissement par rapport à une population contrôle les 296 gènes chez 567 témoins FREX (French Exome Project). L’analyse statistique, réalisée avec le Burden test (SeqMeta), a mis en évidence pour les variants rares de fréquence allélique < 0.1% de la voie ICL, un odds ratio de 5,9 mais le p (0.01) était bien supérieur au p significatif, après correction de Bonferroni sur l’exome ou les 296 gènes (2,5x10-6 et 1,7x10-4). Chez les patients atteints de CCR avec variations des gènes de la voie ICL, des variations d’autres gènes de réparation ont été identifiées, suggérant un oligogénisme. Nous avons alors opté pour une stratégie rapide de WES plus sélective, en nous focalisant sur des phénotypes extrêmes de cancer sans étiologie génétique établie: (i) forme néonatale ou cancer « de l’adulte » chez l’enfant ; (ii) cancers primitifs multiples avant 31 ans ; (iii) association à des éléments syndromiques ou (iv) tumeurs très rares. Les scripts de filtration incluent la localisation (-20 /+6  par rapport aux exons), un GQ score > 89, une fréquence allélique < 1% et la localisation des variants dans 141 gènes clefs de l’oncogenèse. Leur analyse intègre ClinVar, OMIM, leur type (LOF ou faux-sens prédits délétères) et la confrontation au phénotype après RCP et nouveau bilan clinique et para-clinique, si nécessaire. Cette stratégie a déjà permis d’élargir le phénotype associé à des variants touchant des gènes OMIM et révélé que des phénotypes complexes pouvaient résulter de la combinaison de plusieurs variants délétères. Ces travaux montrent qu’en oncogénétique, le WES constitutionnel a sans doute un intérêt limité chez les patients adultes présentant un cancer précoce, mais qu’il doit être intégré à la pratique diagnostique pour des cas très sélectionnés  sur l’âge et le phénotype associé.

Isabelle TOURNIER (ROUEN), Maud BLANLUET, Edwige KASPER, Françoise CHARBONNIER, Camille LE CLEZIO, Celine DERAMBURE, Sophie COUTANT, Jacqueline BOU, Maud BRANCHAUD, Alice GOLDENBERG, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND, Emmanuelle GENIN, Gaelle BOUGEARD-DENOYELLE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG
17:30 - 17:15 #20283 - CS10 Approche combinatoire pour le classement des variants des gènes BRCA1 et BRCA2.
CS10 Approche combinatoire pour le classement des variants des gènes BRCA1 et BRCA2.

A l’heure du séquençage de masse et de l’abondance de données, se pose encore plus la question de l’interprétation des variants de signification inconnue. Bien que différents outils in silico, basés sur la conservation, les différences physico-chimiques des acides aminés ou bien l’épissage, existent, aujourd’hui, ils ne permettent pas de classer correctement et avec confiance des variants pour une utilisation en diagnostic. Afin de répondre à cette problématique des variants, nous développons différents outils pour essayer d’y répondre. En France, nous avons l’avantage de travailler en réseau notamment pour les cancers héréditaires dans le cadre du Groupe Génétique et Cancer : http://www.unicancer.fr/recherche/les-groupes-recherche/groupe-genetique-et-cancer-ggc, ce qui nous a permis de mettre en place des bases de données, notamment pour les gènes BRCA1/2 depuis 1995 (Caputo et al., 2012) (Présentation de Laurent Castera). L’exploitation de ces bases de données permet d’adopter une stratégie optimisée pour le classement de ces variants de signification inconnue. Aujourd’hui, l’étude des conséquences des variations nucléotidiques nécessite donc la combinaison de différentes approches (co-ségrégation, co-occurrence avec une mutation délétère, histoire familiale, stabilité et qualité de l’ARN messager, conservation des acides aminés, impact structurale de la mutation, études fonctionnelles, perte de l’hétérozygotie dans les tumeurs (LOH)) et l’utilisation des modèles de risque multifactoriels (Rouleau et al., 2010; Houdayer et al., 2012; Dos Santos et al., 2017; Caputo et al., 2018; Leman et al., 2018; Petitalot et al., 2018). Nous avons donc adopté une approche combinatoire pour répondre à la question des variants de signification inconnue des gènes BRCA1 et BRCA2.

Sandrine CAPUTO (PARIS), Nadia BOUTRY-KRYZA, Laurent CASTERA, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Mélanie LEONE, Audrey REMENIERAS, Françoise REVILLION, Etienne ROULEAU, Noémie BASSET, Claude HOUDAYER, Catherine NOGUES, Dominique STOPPA-LYONNET, Genetic Group Splice UNICANCER, Genetic Group UNICANCER, Genetic Group Interpretation UNICANCER
17:45 - 18:00 #19900 - CS11 Évaluation de l’incidence des lésions coliques chez les patients âgés de moins de 50 ans suivis pour un Syndrome de Lynch au sein du réseau PRED-IdF.
CS11 Évaluation de l’incidence des lésions coliques chez les patients âgés de moins de 50 ans suivis pour un Syndrome de Lynch au sein du réseau PRED-IdF.

Introduction :
Le Syndrome de Lynch est responsable d’environ 3% des cancers colorectaux (CCR). Il est lié à la mutation d’un des gènes du système de réparation des mésappariements de l’ADN :MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, et EPCAM. Le risque cumulé de CCR diffère selon la mutation, avec un risque moindre chez les patients MSH6. Il existe peu de données concernant la survenue des lésions coliques selon les différentes mutations à un âge jeune. L’objectif de cette étude était de déterminer l’incidence des lésions coliques chez les patients suivis pour syndrome de Lynch âgés de moins de 50 ans.

Patients et Méthode :
Il ‘agit d’une étude rétro-prospective, multicentrique, réalisée au sein du réseau PRED-IdF. Ont été inclus les patients avec une mutation identifiée ayant réalisé au moins une coloscopie avant l’âge de 50 ans. Le critère de jugement principal était l’incidence des lésions coliques : adénomes, adénomes festonnés, et CCR. Les données cliniques, endoscopiques et histologiques ont été collectées.

Résultats :
708 patients (âge médian : 35 [15-50] ans; sexe ratio : 0,7, durée médiane de suivi 55 [0-340] mois) ont été inclus, les données de 2429 coloscopies analysées. La répartition des mutations était la suivante : MLH1 : 237 (33,5%), MSH2 : 323 (45,6%), MSH6 : 108 (15,3%), PMS2 : 30 (4,2%) et EPCAM : 10 (1,4%). 375 (53,0%) patients ont présenté au moins une lésion colique, 268 (37,9%) au moins un adénome, 47 (6,6%) au moins un adénome festonné et 162 (22,9%) au moins un CCR. L’incidence cumulée des lésions coliques était respectivement de 57,0% ; 51,7 % ; 48,1% ; 50,0% ; 60,0% pour les mutations MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM. L’âge médian de survenue d’une lésion colique était respectivement de 37 [19-58], 37 [16-60], 40 [27-53], 38 [29-46] et 35 [26-42] ans pour chacune des mutations. Pour les mutations MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2, 58 (43%) %, 73 (44%), 13 (25%), 3 (20%) des lésions coliques ont été détectées avant 35 ans, p=0,184. Chez les patients MSH6, l'âge de survenue de la première lésion colique était significativement plus élevé que pour les autres mutations (p=0,031) (Figure 1). Chez ces patients, la répartition des lésions coliques avant l’âge de 35 ans était la suivante: 7 adénomes dont 1 avancé, 1 adénome festonné et 5 CCR.  L’âge HR : 1,038 [IC 95  : 1,026-1,116], le sexe masculin HR : 1,460 [IC 95 : 1,017-1,061], et le tabac HR : 1,672 [IC 95  : 1,252-2,233] étaient des facteurs de risque indépendants de survenue de lésion colique.

Conclusion :
Dans cette étude réalisée au sein de la plus importante cohorte Française de patients suivis pour syndrome de Lynch, nous avons confirmé que la mutation MSH6 était associée au développement de lésion colique à un âge plus tardif. Cependant, nos résultats vont à l’encontre des recommandations Européennes qui préconisent un dépistage colique à partir de l’âge de 35 ans. Chez ces patients, l’établissement d’un score de survenue de lésion colique pourrait permettre de proposer un dépistage personnalisé.

Elise COFFIN (Paris), Céline LEKAL, Enrique PEREZ, Elia SAMAHA, Jeanne NETTER-COTI, Chrystelle COLAS, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Jérome BELLANGER, Veronica CUSIN, David MALKA, Yann PARC, Xavier DRAY, Robert BENAMOUZIG, Gabriel RAHMI, Stanislas CHAUSSADE, Pierre LAURENT PUIG, Guillaume PERROD, Christophe CELLIER
18:00 - 18:15 #19971 - CS12 Performance des scores de risque polygéniques pour le cancer du sein chez les femmes à haut risque porteuses et non porteuses d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2.
CS12 Performance des scores de risque polygéniques pour le cancer du sein chez les femmes à haut risque porteuses et non porteuses d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2.

Les études pangénomiques menées par le Breast Cancer Association Consortium (BCAC) ont identifié des SNPs situés dans environ 170 régions du génome associés au risque de cancer du sein (CS). L’effet de ces SNPs est faible – au plus associé à des risques relatifs de l’ordre de 1,2 – mais leur effet combiné exprimé en score de risque polygénique (PRS) améliore sensiblement le pouvoir prédictif des modèles développés en population générale. Une partie de ces SNPs modifie aussi le risque de CS des femmes portant une mutation de BRCA1 ou BRCA2 (BRCA1/2). Cependant, le pouvoir prédictif des PRS construits à partir de données internationales hétérogènes, sur des populations à risque élevé de cancer, qu’elles soient porteuses ou non porteuses d’une mutation de BRCA1/2, est à démontrer.

Notre objectif est d’évaluer la performance des PRS publiés (Michailidou et al. 2017, Milne et al. 2017, Mavaddat et al. 2019) dans une population spécifique de femmes vivant en France, ayant eu recours à une consultation d’oncogénétique et ayant bénéficié d’un test génétique BRCA1/2.

Nos travaux s’appuient sur les données de trois études : GEMO, qui inclut des porteuses d’une mutation de BRCA1/2, atteintes et non atteintes de cancer, GENESIS, qui inclut des femmes atteintes de CS, non porteuses d’une mutation BRCA1/2 et ayant une sœur également atteinte de CS ainsi que des témoins de population, et CECILE, une étude cas-témoins menée en population générale. Au total, 6271 femmes ont été génotypées avec la puce iCOGS (Illumina) ciblant plus de 220 000 SNPs (1700 porteuses BRCA1/2 de GEMO, 2553 femmes de GENESIS et 2018 femmes de CECILE). Les SNPs des PRS non génotypés ont été imputés avec le logiciel IMPUTE2 en utilisant le panel de référence de 1000Genomes. La performance de deux PRS publiés, construits respectivement à partir de 179 SNPs et 313 SNPs et des Odds Ratio (OR) estimés à partir des données de BCAC sera évaluée dans GEMO et GENESIS. 

Bien que CECILE ait contribué à la découverte des 170 régions et donc à la construction des PRS publiés, leur performance y sera testée pour vérifier leur pouvoir prédictif sur une population générale plus homogène. Les données de génotypage de CECILE serviront également à ré-estimer les ORs associés aux 179 et 313 SNPs.  Le génotypage de 2500 participantes supplémentaires de GEMO et de la totalité de l’étude CECILE est en cours avec la puce OncoArray (Illumina) ciblant environ 530 000 SNPs. Les nouvelles données génotypiques de CECILE permettront de rechercher de nouveaux SNPs associés au CS et d’évaluer si des PRS spécifiques permettent de mieux discriminer les populations de GEMO et GENESIS.

Ces travaux permettront d’évaluer la pertinence de tester un même PRS ou des PRS spécifiques dans des populations différentes quant à leur risque a priori de développer un CS. Ils permettront d’avoir de meilleures estimations individuelles des risques de cancer et ainsi d’améliorer la prise en charge des femmes à risque.

Yue JIAO, Juliette COIGNARD, Mojgan KARIMI, Christine LONJOU, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Noura MEBIROUK, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Edith LE FLOCH, Claire DANDINE-ROULLAND, Anne BOLAND-AUGE, Jean-François DELEUZE, Pascal GUÉNEL, Dominique STOPPA-LYONNET, Thérèse TRUONG, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR (PARIS)

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C16
SESSIONS SIMULTANEES 03
Organes sensoriels et anomalies de la face

SESSIONS SIMULTANEES 03
Organes sensoriels et anomalies de la face

Modérateurs : Nicolas CHASSAING (MCU-PH) (TOULOUSE), Laurence JONARD (PH BIOLOGISTE) (PARIS)
16:45 - 17:00 #19786 - CS13 Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4.
CS13 Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4.

Titre: Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4

Objet : Le syndrome de Treacher Collins (STC) est une dysostose mandibulofaciale autosomique dominante rare, dont la prévalence est de 0,2-1/10 000. Le STC est caractérisé par une hypoplasie malaire et mandibulaire bilatérale et symétrique et des variations morphologiques faciales dues à une migration et à une différenciation anormale des cellules de la crête neurale (CCN). A ce jour, 3 gènes ont été identifiés : TCOF1, POLR1C et POLR1D. Malgré un grand nombre de patients avec un diagnostic moléculaire, certains restent sans anomalie génétique connue.

Méthodes : Nous avons effectué le séquençage de l'exome de 4 individus atteints du STC, négatifs pour des variants pathogènes dans les gènes responsables connus. L'effet des variants pathogènes a été étudié chez le zebrafish.

Résultats : Nous avons identifié 3 nouveaux variants pathogènes dans le gène POLR1B. Le knockdown de polr1b chez le zebrafish induit un phénotype crâniofacial anormal imitant le STC, associé à une altération de l'expression de l’ARN ribosomique, à une apoptose cellulaire massive due à une surexpression de p53 dans le neuro-épithélium et à une réduction du nombre de dérivés des CCN.

Conclusion : Les variants pathogènes de la sous-unité POLR1B de l'ARN polymérase I induit une apoptose massive p53-dépendante dans une zone neuro-épithéliale restreinte, modifiant la migration des CCN et provoquant des malformations cranio-squelettiques. Nous identifions POLR1B comme un nouveau gène causal responsable d'un nouveau type de STC (STC4) et établissons un nouveau modèle expérimental chez le zebrafish pour étudier le STC lié à POLR1B.

Elodie SANCHEZ (MONTPELLIER), Béryl LAPLACE-BUILHÉ, Frédéric TRAN MAU-THEM, Eric RICHARD, Alice GOLDENBERG, Tomi L TOLER, Thomas GUIGNARD, Vincent GATINOIS, Marie VINCENT, Catherine BLANCHET, Anne BOLAND, Marie-Thérèse BIHOREAU, Jean-François DELEUZE, Robert OLASO, Walton NEPHI, Hermann-Josef LÜDECKE, Joke Bgm VERHEIJ, Florence MOREAU-LENOIR, Françoise DENOYELLE, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Jean-Louis LAPLANCHE, Marcia WILLING, Guillaume CAPTIER, Florence APPARAILLY, Dagmar WIECZOREK, Corinne COLLET, Farida DJOUAD, David GENEVIÈVE
17:00 - 17:15 #20054 - CS14 Etiologie du spectre Oculo-Auriculo-Vertebral : nouveaux gènes candidats identifiés.
CS14 Etiologie du spectre Oculo-Auriculo-Vertebral : nouveaux gènes candidats identifiés.

Le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS) ou Syndrome de Goldenhar est une anomalie du développement embryonnaire caractérisée par une microsomie hémifaciale associée à des malformations auriculaires, oculaires et vertébrales. Depuis 10 ans, grâce à des colaborations nationales et internationales, nous avons constitué la plus grande cohorte d’OAVS décrite à ce jour, avec près de 350 patients. Cependant, l’hétérogénéité clinique et génétique de ce spectre avec une pénétrance incomplète et une expressivité variable, rendent son diagnostic moléculaire complexe. Ainsi, nous avons identifié le premier gène associé à l’OAVS, MYT1, avec des variants chez moins de 2 % de nos patients. L’étude d’autres exomes et génomes nous a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats dont le gène ZYG11B, codant pour une protéine associée à l’ubiquitine ligase E2, ayant un rôle dans la dégradation de substrats par le protéasome. Des expériences de knock-down de zyg11 chez le modèle poisson zèbre montrent un effet délétère spécifique sur le développement des cartilages craniofaciaux, ainsi qu’un phénotype d’ondulation de la notochorde proximale pouvant correspondre aux anomalies vertébrales observées dans l’OAVS. Nous avons également mis en évidence une amplification anormale d’alanines dans un autre gène, ZIC3, associée à une microtie unilatérale et microsomie hémifaciale chez 8 garçons d’une grande famille danoise. Ce gène est déjà connu comme étant impliqué dans les hétérotaxies et cardiopathies, et joue un rôle dans la détermination de l’axe gauche-droite. Cette fonction biologique pourrait expliquer le caractère unilatéral des atteintes craniofaciales dans cette famille et dans l’OAVS. Nous avons également identifié un variant faux-sens récurrent dans le gène EYA3 chez deux familles non apparentées. Nous avons aussi induit des anomalies craniofaciales spécifiques chez les embryons de poisson zèbre, après inhibition de l'homologue eya3 par morpholinos, avec un phénotype comparable avec les modèles animaux précédents. Des études protéomiques sur modèles cellulaires mutés sur EYA3 montrent notamment une dérégulation de la voie de réparation à l’ADN, de la voie de phosphorylation oxydative, de la voie de polyubiquitination des protéines ainsi qu’une activation de la voie de l’acide rétinoïque. Une autre approche par des expériences d’exposition toxique in utero d’embryons de souris à l'acide rétinoique, à un stade de développement donné, nous a permis de mettre en évidence d’autres gènes candidats impliqués dans les malformations craniofaciales, dont certains étaient déjà connus comme associés à des phénocopies de l’OAVS. Ces différentes  approches combinant les études multi-omiques et environnementales  sont nécessaires pour décrypter les bases étiologiques de cette maladie complexe.

Caroline ROORYCK THAMBO, Caroline ROORYCK THAMBO (BORDEAUX), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Aurélien TRIMOUILLE, Marie BERENGUER, Benoit ARVEILER, Sandrine MARLIN, Didier LACOMBE
17:15 - 17:30 #19860 - CS15 Le syndrome TRAF7 à partir d’une série de 41 patients.
CS15 Le syndrome TRAF7 à partir d’une série de 41 patients.

La famille TRAF (Tumor necrosis factor Receptor-Associated Factor) est impliquée dans un large éventail de fonctions biologiques. TRAF7 est le seul de cette famille à posséder des domaines WD40 en C-terminal remplaçant le domaine TRAF. TRAF7 interagit  avec MEKK3 via les domaines WD40, c-Myb et ROBO4, module de nombreuses voies de signalisation dont la voie NF-kB. 

Des mutations faux sens hétérozygotes de novoTRAF7 ont été rapportées chez 7 patients, associant un retard de développement, des malformations congénitales et des particularités morphologiques. Nous avons collecté une série de 41 patients (dont un cas familial) par WES, séquençage direct et une collaboration internationale via GeneMatcher présentant des mutations faux-sens hétérozygotes dans les répétitions WD40. Il s’agit d’un syndrome polymalformatif cliniquement reconnaissable avec déficience intellectuelle de sévérité variable et vieillissement précoce. Le morphotype associe blépharophimosis avec ou sans télécanthus, hypertélorisme et ptosis, dysplasie des oreilles, nez large, microrétrognathie, anomalie de la forme du crâne et du palais, cou court, épaules tombantes, pectus carinatum petite taille et macrocéphalie relative. Les malformations fréquentes sont cardiaques (persistance du canal artériel le plus souvent, malformations septales et valvulaires),  costo-vertébrales (avec risque de scoliose et canal médullaire étroit),  et des extrémités (déviations des doigts et orteils, campto, brachy et syndactylies). Les difficultés alimentaires sont fréquentes ainsi que l’hypoacousie et les anomalies de réfraction. 

 Des mutations somatiques de TRAF7 sont identifiées dans différentes tumeurs en particulier le méningiome. Le regroupement dans le domaine WD40 des mutations germinales et somatiques, exclusivement faux sens et dont certaines sont récurrentes, suggère un gain de fonction ou un effet dominant négatif. L’absence de chevauchement entre les catalogues de mutations germinales et somatiques suggère un effet seuil qui reste à démontrer. Le risque des patients présentant une mutation germinale de développer un méningiome reste à déterminer.  Une étude du transcriptome de fibroblastes de 3 patients et de témoins avec ou sans stimulation par le TNFα a identifié des gènes différentiellement exprimés dans les voies Wnt et Notch, ouvrant des hypothèses physiopathologiques intéressantes. Des modèles animaux sont en cours de développement.

Christopher T GORDON, Jeanne AMIEL (PARIS), Bernardo BLANCO-SANCHEZ, Laura CASTILLA-VALLMANYA, Clémantine DIMARTINO, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Margo REIJNDERS, Ton VAN ESSEN, Kaja SELMER, Gunnar HOUGE, Helen COX, Helen KINGSTON, Jill CLAYTON-SMITH, Jeffrey INNIS, Wendy CHUNG, Vicki SANDERS, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Gaetan LESCA, Damien SANLAVILLE, Katherine CHRISTENSEN, Rachel GANNAWAY, Anna LEHMAN, Luitgard GRAUL-NEUMANN, Christiane ZWEIER, Bernarda LOZIC, Ryan PERETZ, Joanna MEIRA, Anna CEREDA, Thomas SMOL, Anne DIEUX-COËSLIER, Valérie CORMIER-DAIRE, Arnold MUNNICH, Tiong TAN, Stanislas LYONNET, Daniel GRINBERG, Roser URREIZTI
17:30 - 17:45 #19840 - CS16 Les mutations du gène RIMS2 sont responsables d’une maladie de la transmission synaptique rétinienne associée à des troubles autistiques et pancréatiques.
CS16 Les mutations du gène RIMS2 sont responsables d’une maladie de la transmission synaptique rétinienne associée à des troubles autistiques et pancréatiques.

Introduction. La transmission de l’information visuelle des photorécepteurs aux cellules ganglionnaires du nerf optique implique une variété de neurones intermédiaires, parmi lesquels les cellules bipolaires. Les anomalies de transmission pré- et post-synaptique entre photorécepteurs et bipolaires sont à l’origine des cécités nocturnes congénitales stationnaires (CSNB). Cette terminologie est toutefois mieux adaptée aux maladies post-synaptiques, les atteintes pré-synaptiques étant volontiers caractérisées par un nystagmus congénital et une photophobie, sans cécité nocturne. Cette dernière présentation connue sous le nom de cone-rod synaptic disorder (CRSD) rappelle celle de l’amaurose congénitale de Leber (ACL), la dystrophie rétinienne la plus sévère et précoce et une cause majeure de cécité de l’enfant. L'électrorétinographie est déterminante pour l'établissement du diagnostic différentiel mais cet examen peut être difficile à réaliser chez le jeune enfant. Ici, nous rapportons, (i) l’identification de mutations récessives du gène RIMS2 codant une protéine pré-synaptique non encore associée à une maladie humaine dans trois familles adressées initialement pour ACL et (ii) le redressement diagnostic en CSRD avec trouble du spectre autistique et insulinopathie.

Matériel et méthodes. Un WES a été réalisé en trio pour un cas sporadique né de parents non consanguins et deux familles multiplexes et consanguines. Les patients (n = 6; 1 ≤ âge ≤ 32 ans) ont été réexaminés à l’issue de l’étude moléculaire sur le plan  ophtalmologique, neurologique et métabolique.

Résultats: L'analyse des données du WES a permis d'identifier des mutations perte de fonction dans le gène RIMS2 à l’état hétérozygote composite (p.Arg962* et c.4363+1G>A, p?) pour le cas sporadique, et à l’état homozygote (p.Trp1042* et p.Arg1170*) dans les familles consanguines. RIMS2 régule l'exocytose à la membrane synaptique des photorécepteurs et du cortex cérébral ainsi que la sécrétion d'insuline par les cellules béta du pancréas où nous avons détecté la protéine par immuno-marquage. L’examen clinique des patients dirigé par le patron d’expression de RIMS2 a révélé des tracés électrorétinographiques compatibles avec le diagnostic de CRSD (5/5 examinés), des troubles du spectre autistique ou une déficience intellectuelle (4/5 examinés) et une homéostasie du glucose anormale (1/3 examinés, patient le plus âgé de la cohorte : 32 ans).

Discussion: L’identification de mutations du gène RIMS2 a non seulement permis de redresser le diagnostic ophtalmologique mais aussi de décrire une nouvelle entité clinique, distincte des CSNB purement rétiniennes sous-tendues par des mutations affectant  la synapse des photorécepteurs, caractérisée par une atteinte rétinienne invalidante mais non dégénérative avec troubles neuropsychologiques et anomalie de l’homéostasie du glucose.

Sabrina MÉCHAUSSIER, Basamat ALMOALLEM, Kristof VAN SCHIL, Jo VAN DORPE, Michel POLAK, Nathalie BODDAERT, Nadia BAHI-BUISSON, Alexandra MOUALLEM-BEZIERE, Olivier PELLÉ, Christina ZEITZ, Isabelle AUDO, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Elfride DE BAERE, Isabelle PERRAULT (PARIS)
17:45 - 18:00 #19928 - CS17 Identification de deux nouveaux gènes d’albinisme.
CS17 Identification de deux nouveaux gènes d’albinisme.

L’albinisme est un trouble de pigmentation généralisé caractérisé par une importante hétérogénéité clinique et génétique. Cette affection associe des anomalies ophtalmologiques, véritable source de handicap, à divers degrés d’hypopigmentation cutanéo-phanérienne et parfois des atteintes hématologiques, digestives ou respiratoires dans les formes syndromiques que sont les syndromes d’Hermansky-Pudlak(HPS) et le syndrome de Chediak-Higashi (1).

A ce jour 19 gènes sont connus comme responsables de formes isolées ou syndromiques d’albinisme, dont la plupart sont autosomiques récessives à l’exception de l’albinisme oculaire lié à l’X. Au laboratoire de génétique du CHU de Bordeaux, nous étudions ces 19 gènes ainsi que quelques diagnostics différentiels par un panel de séquençage haut-débit, parfois complété par une recherche de remaniements par CGH Array ciblée. Plus de 1600 patients ont été analysés à ce jour. Après étude complète des 19 gènes connus comme responsables d’albinisme, environ 25% des patients restent sans diagnostic moléculaire (2). Afin de rechercher de nouveaux gènes, nous avons développé et testé un panel de 129 gènes candidats chez 230 patients négatifs.  Ceci a permis de mettre en évidence des variants délétères dans deux gènes. Le premier, DCT ou TYRP2 est suspecté de longue date du fait de sa collaboration à la synthèse de la mélanine avec TYR et TYRP1, gènes connus d’albinisme (OCA1 et 3, respectivement). Nous décrivons 2 patientes présentant un albinisme cutané modéré avec atteinte ophtalmologique caractéristique. Une patiente est homozygote pour un variant faux sens et l’autre hétérozygote composite pour un variant faux sens et une délétion frameshift. Les variants faux sens ont été induits chez la souris par CrispR-Cas9, reproduisant l’hypopigmentation modérée. Un modèle poisson zèbre a aussi été produit. Nous rapportons également une patiente porteuse d’une délétion intragénique homozygote du gène BLOC1S5. Ce gène code une des sous-unités du complexe BLOC-1 qui en compte huit et dont 3 sont déjà associées aux formes d’HPS 7, 8 et 9. Cette patiente présente un phénotype d’albinisme modéré et des signes de diathèse hémorragique, lié à un déficit d’agrégation plaquettaire par défaut en granules denses. Des analyses in vitro sur modèles cellulaires ont confirmé la pathogénicité de cette délétion homozygote de BLOC1S5. Nous avons donc découverts deux nouveaux gènes d’albinisme, pour une forme oculocutanée et pour une forme syndromique (HPS), toutes deux apparemment modérées.

1.Arveiler B, Lasseaux E, Morice-Picard F. Clinical and genetic aspects of albinism. Presse Medicale Paris Fr 2017;46(7-8 Pt 1):648‑54.

2.Lasseaux E, Plaisant C, Michaud V, Pennamen P, Trimouille A, Gaston L, et al. Molecular characterization of a series of 990 index patients with albinism. Pigment Cell Melanoma Res. 2018;31(4):466‑74.

Perrine PENNAMEN (Bordeaux), Angela TINGAUD-SEQUEIRA, Eulalie LASSEAUX, Souad GHERBI HALEM, Josseline KAPLAN, Sandrine MARLIN, Ivet GAZOVA, Margaret KEIGHREN, Mathieu FIORE, Anne BAUTERS, Bruno DELOBEL, Linh LE, Claudio PLAISANT, Vincent MICHAUD, Sophie JAVERZAT, Cedric DELEVOYE, Michael MARKS, Ian JACKSON, Benoit ARVEILER
18:00 - 18:15 #19918 - CS18 Epidémiologie génétique des neuropathies auditives.
CS18 Epidémiologie génétique des neuropathies auditives.

Justification du projet : Les neuropathies auditives (NA) représentent 5 à 10% des déficits auditifs de l’enfant. Elles peuvent être isolées ou syndromiques. Les NA se caractérisent par une série de résultats paradoxaux lors des investigations audiologiques qui la distinguent des atteintes cochléaires habituelles. Les performances en audiométrie vocale sont typiquement moins bonnes que celles attendues. Effectivement, l’audiométrie tonale peut varier d’une audition normale à un déficit profond, alors que la compréhension de la parole est très perturbée. On dit donc qu’il existe une discordance entre l’audiométrie tonale et l’audiométrie vocale. Une dizaine de gènes responsables des NA isolées ou syndromiques ont été identifiés à ce jour. Les patients atteints de neuropathie auditive n’ont que rarement un diagnostic génétique établi, il est donc difficile d’adapter leur prise en charge et de donner un pronostic évolutif de leur maladie.

Objectif : L’objectif de cette étude était de rechercher une cause génétique en séquençant l’ADN d’une série de patients présentant une neuropathie auditive avec un panel de 216 gènes connus de surdité. L’objectif secondaire était d’établir des relations génotypes-phénotypes afin d’améliorer la prise en charge et le suivi des patients.

Matériel et méthodes : Inclusion de patients présentant une neuropathie auditive isolée ou syndromique recrutés au sein du Centre de Référence des Surdités Génétiques coordonné par le Dr S. Marlin (Hôpital Necker, Institut Imagine, INSERM). Tous les patients avaient déjà bénéficié d’une consultation génétique clinique et d’un prélèvement sanguin à visée diagnostique (consentements des parents obtenus selon les règles législatives). Pour tous les patients un panel des 216 gènes impliqués dans les surdités a été séquencé par une méthode NGS Capture (Next Generation Sequencing). Les patients pour lesquels une cause génétique a pu être déterminée, ont été analysés du point de vue clinique afin d’établir une corrélation génotype-phénotype.

Résultats : Trente-sept patients non-apparentés ont été séquencés en NGS Capture. Seize patients ont eu un diagnostic pour leur NA (43%). Pour cinq patients, un gène responsable de surdité (mais non connu pour être impliqué dans les NA) est suspecté et 16 patients n’ont pas été résolus. Le gène OTOF était impliqué dans 27%, les gènes DIAPH3, ATP1A3 et FDXR étaient chacun impliqués dans 5 % de notre cohorte.

Conclusion : Sur les gènes connus de neuropathie auditive, 4 ont été retrouvés mutés dans notre population, avec majoritairement des mutations du gène OTOF. De nombreux gènes impliqués dans les neuropathies auditives sont surement encore à découvrir, et des séquençages d’exome pourront être proposés aux cas non résolus.

Sophie ACHARD, Sandrine MARLIN, Isabelle ROUILLON, Natalie LOUNDON, Elisa RUBINATO, Isabelle MOSNIER, Laurence JONARD (PARIS)

16:45-18:15
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SESSIONS SIMULTANEES 04
Malformations & Malformations foetales

SESSIONS SIMULTANEES 04
Malformations & Malformations foetales

Modérateurs : Sophie BLESSON (Praticien Hospitalier) (TOURS), Massimiliano ROSSI (Praticien hospitalier) (LYON)
16:45 - 17:00 #19816 - CS19 Etude de l’hétérogénéité clinique du syndrome MCAP à partir d’une cohorte française de 32 patients.
CS19 Etude de l’hétérogénéité clinique du syndrome MCAP à partir d’une cohorte française de 32 patients.

Introduction : Le syndrome MCAP (Syndrome mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) est une maladie génétique qui résulte d’une variation post-zygotique gain de fonction du gène PIK3CA. Ce syndrome appartient au spectre PROS (PIK3CA-related overgrowth spectrum). Dans la littérature, il n’existe que peu de publications rapportant des séries de patients atteints du syndrome MCAP. L’objectif de cette étude est de mieux définir l’étendue du spectre clinique et leur éventuelle corrélation avec les signes radiologiques, à partir d’une cohorte nationale de patients avec un syndrome MCAP.

Patients et Méthodes : Les cliniciens ayant adressé des patients au laboratoire de biologie pour suspicion de syndrome MCAP, et pour lesquels une mutation PIK3CA en mosaïque a été identifiée, ont été contactés pour leur proposer de participer à cette étude de cohorte. Un appel à collaboration a également été lancé au sein de la filière AnDDI-Rares. Nous avons ainsi pu colliger les informations cliniques, biologiques et radiologiques de 32 patients atteints du syndrome MCAP. Les imageries cérébrales ont été revues par un même neuroradiologue.

Résultats : Dans notre cohorte, nous observons 18 variations différentes dans le gène PIK3CA.  Le taux de mosaïcisme se situe entre 0% et 20% dans le sang, entre 1% et 47% dans la peau et entre 4% et 34% dans la salive. La macrocéphalie est observée à la naissance chez 22/29 patients et au moment du diagnostic chez 30/31 patients. Une hémihypertrophie est retrouvée chez 23/32 patients. Une déficience intellectuelle est retrouvée chez 14/32 patients, de légère à sévère. Quatre patients présentent des troubles d’apprentissage nécessitant une aide scolaire ou la scolarisation en classe d’inclusion scolaire. Parmi les patients restants, 10 patients ont une efficience intellectuelle dans la norme et 4 patients sont trop jeunes pour évaluer leur cognition. Six patients souffrent d’épilepsie. Des malformations cérébrales ont été rapportées chez 20/21 patients : une ventriculomégalie chez 10 patients, une anomalie des amygdales cérébelleuses chez 12 patients, des anomalies du corps calleux chez 11 patients et des anomalies de la substance blanche chez 5 patients. Tous les patients présentent des malformations cutanéo-vasculaires : angiomes plans chez 24 patients, et cutis marmorata chez 14 patients. Une dysplasie du tissu conjonctif est retrouvée chez 23/32 patients à type d’hyperélasticité cutanée chez 12 patients, anomalies du tissu sous-cutané chez 13 patients et hyperlaxité ligamentaire chez 14 patients.

Conclusion : Cette étude confirme le large spectre clinique dans le syndrome MCAP, en particulier dans le neurodéveloppement. A l’aube de l’arrivée d’essais thérapeutiques dans les pathologies liées à PIK3CA, ces informations sont importantes pour mieux décrire l’histoire naturelle de la maladie et les éventuelles corrélations entre l’importance de l’atteinte neuroradiologique et les troubles cognitifs.

Aurore GARDE (Dijon), Laurent GUIBAUD, Alice GOLDENBERG, Florence PETIT, Rodolphe DARD, Juliette MAZEREEUW-HAUTIER, Nicolas CHASSAING, Didier LACOMBE, Fanny MORICE-PICARD, Annick TOUTAIN, Stéphanie ARPIN, Olivia BOCCARA, Renaud TOURAINE, Patricia BLANCHET, Christine COUBES, Marjolaine WILLEMS, Lucie PINSON, Philippe KHAU VAN KIEN, Christine CHIAVERINI, Fabienne GIULIANO, Jean-Luc ALESSANDRI, Michèle MATHIEU-DRAMART, Anne-Claire BURSZTEJN, Elodie GAUTIER, Meriem YOUSFI, Maxime LUU, Marc BARDOU, Arthur SORLIN, Christophe PHILIPPE, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Virginie CARMIGNAC, Christel THAUVIN-ROBINET, Pierre VABRES, Laurence FAIVRE
17:00 - 17:15 #19667 - CS20 Caractéristiques phénotypiques du modèle murin du syndrome de Cohen.
CS20 Caractéristiques phénotypiques du modèle murin du syndrome de Cohen.

Le syndrome de Cohen (SC) est une maladie rare de transmission autosomique récessive due à des mutations dans le gène VPS13B. Les patients présentent de nombreuses atteintes cliniques dont les principales sont une dysmorphie faciale typique, une microcéphalie associée à une déficience intellectuelle, une répartition anormale des graisses au niveau du tronc avec un risque de diabète de type II et de maladies cardiovasculaires, une rétinopathie pigmentaire et une neutropénie. Nous avons généré un modèle murin du SC à l’Institut Clinique de la Souris à Strasbourg par le système de recombinaison Cre-LoxP (délétion de l’exon 3/décalage du cadre de lecture/codon STOP prématuré dans l’exon 4). Plusieurs études phénotypiques sont réalisées au laboratoire afin de pouvoir valider la pertinence du modèle murin pour l’étude du SC, permettre de mieux comprendre la physiopathologie du SC, d’approfondir les connaissances sur les fonctions de VPS13B et d’améliorer la prise en charge des patients. Dès les premières semaines de vie, les souris mutantes Vps13bEx3/Ex3 sont facilement identifiables car plus petites et de poids nettement inférieurs que les souris sauvages ou hétérozygotes. Le nombre de souriceaux Vps13bEx3/Ex3 vivants est significativement inférieur à celui attendu, provenant d’une mort embryonnaire à différents stades du développement et d’une mort précoce à la naissance. Différents croisements ont permis de mettre en évidence une infertilité (oligo-astheno-teratozoospermie) des mâles Vps13bEx3/Ex3 (voir Da Costa et al.). La croissance des souris Vps13bEx3/Ex3 est retardée mais reste homogène avec une consommation de nourriture normale. Pour l’étude du métabolisme lipidique et glucidique des patients, les souris viennent d’être placées sous régime High Fat. La prise de poids (masse grasse vs masse maigre par EchoMRI), la prise hydrique, la dépense énergétique, le RER (respiratory exhange ratio) (cage CLAMS), l’apparition d’un diabète de type II (intolérance au glucose, résistance à l’insuline) et l’éventualité du développement d’une stéatose hépatique (existante chez un de nos patients) vont être mesurées. Un projet sur l’atteinte ophtalmologique est en cours et démontre que les souris Vps13bEx3/Ex3 peuvent développer une cataracte naturellement mais également de façon exagérée après une exposition à des intensités lumineuses qui se rapprochent des conditions de vie des patients. Enfin une étude neuro-anatomique et comportementale vient de débuter. Les résultats préliminaires montrent (i) une microcéphalie et une diminution de 25% de l’aire du gyrus denté (2 souris étudiées), et (ii) une anxiété des souris Vps13bEx3/Ex3 par rapport aux souris sauvages (test de l’Open Field). En conclusion, notre modèle murin Vps13bEx3/Ex3 reproduit plusieurs caractéristiques du phénotype humain et va nous permettre de mieux comprendre la pathologie du SC. (Permis APAFIS#8142-20 1 612 1210214682).

Vincent LHUSSIEZ (DIJON), Eléonore LIZÉ, Charlotte MONTILLOT, Stephan COLLINS, Binnaz YALCIN, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Romain DA COSTA, Laurence DUPLOMB
17:15 - 17:30 #20022 - CS21 Quand rechercher une RASopathie en anténatal ? Proposition après étude systématique de 260 cas.
CS21 Quand rechercher une RASopathie en anténatal ? Proposition après étude systématique de 260 cas.

Les RASopathies constituent un groupe de pathologies fréquentes diagnostiquées en pré ou post-natal, représentant environ 1/1 000-2500 naissances vivantes. Sur les dernières années, des études ont identifié certains signes échographiques évocateurs de ces pathologies : dysplasie lymphatique (clarté nucale (CN) augmentée, pli nucal (PN) augmenté, hygroma kystique (HK), hydrops, épanchements…); cardiopathie congénitale (dysplasie valvulaire, cardiomyopathie hypertrophique principalement), hydramnios, anomalies rénales. L’objectif de cette étude est de déterminer quels signes sont les plus suggestifs afin de clarifier les indications à rechercher une RASopathie en anténatal.

 

Nous avons réalisé une étude rétrospective de 2012-2018. Nos critères d’inclusion étaient : 1)  cas ayant une présentation prénatale avec signes évocateurs de RASopathies (n=206) ou  une présentation pédiatrique avec suspicion de RASopathie pour lesquels les données anténatales étaient disponibles (n=54); 2) CGH-array normale; 3) analyse moléculaire de gènes impliqués dans les RASopathies réalisée. Cela totalise donc 260 cas. La plupart des patients ont été testés pour 11 gènes de RASopathies : BRAF, HRAS, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, PTPN11, RAF1, SHOC2, SOS1, RIT1, NRAS. Les données prénatales des cas positifs et négatifs ont été comparées. Une analyse stratifiée de certains signes échographiques a également été réalisée.

 

Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié chez 21% (55/260) des patients, dont 17/141 (12%) des foetus avec HK et CN augmentée. Le taux de détection de variant pathogène était de 40% pour les épanchements pleuraux, 28% pour les hydrops, 28% pour les cardiopathies, et 27% pour les CN augmentées. Ces taux de détection étaient significativement augmentés dans les cas d’HK persistant (16%), de CN>6 mm (23%), et de valvulopathie associée à une cardiomyopathie hypertrophique (100%). Il était également observé un meilleur taux de détection quand l’anomalie échographique était associée à un hydramnios (49%), une anomalie rénale (36%) ou une macrosomie (54%). 45/151 des cas avec 2 signes échographiques ou plus (30%) avaient un diagnostic de RASopathie vs 9% lors de la présence d’un seul signe échographique.

 

Conclusion : après une CGH-array normale, la recherche de RASopathie devrait être considérée en anténatal lorsqu’un signe de dysplasie lymphatique ou une cardiopathie congénitale suggestive est retrouvée, seule OU associée. Un polyhydramnios, des anomalies rénales, la macrosomie, sont fréquents, significativement associés à des signes évocateurs de RASopathie. Seuls des anomalies échographiques sévères sont associées à un devenir post-natal défavorable de RASopathie.

Alexandra SCOTT, Marie-Ange DELRUE (Montréal, Canada), Anne-Marie LABERGE
17:30 - 17:45 #20195 - CS22 Présentation anténatale du syndrome de Bardet-Biedl: à propos de 47 fœtus.
CS22 Présentation anténatale du syndrome de Bardet-Biedl: à propos de 47 fœtus.

Introduction

Bardet-Biedl syndrome (BBS, MIM# 209900) is an emblematic ciliopathy associating retinal dystrophy, obesity, postaxial polydactyly, learning disabilities and renal dysfunction. Before birth, enlarged/cystic kidneys as well as polydactyly revealed by ultrasound (US) are the usual hints to consider this diagnosis in absence of familial history. However, these symptoms are not specific of BBS, raising the problem of differential diagnoses and prognosis. Molecular diagnosis during pregnancies remains a timely challenge for this heterogeneous disease (24 known BBS genes). We report here a large cohort of BBS fetuses to better characterize antenatal phenotype-genotype correlations and to refine if necessary the molecular diagnostic strategy.

Materials and Methods

Prenatal US and/or autopsic data from 74 interrupted fetuses with putative BBS diagnosis were collected and analyzed.

Results

Using targeted Next Generation Sequencing, we established a molecular diagnostic in 52 cases mainly in BBS genes (47 cases) following the classical gene distribution, but also in other ciliopathy genes (5 cases). Polydactyly (81%, of postaxial localization only) and renal cysts (72%) were the most prevalent symptoms in BBS-mutated fetuses. However, autopsy revealed polydactyly missed by US in 44% of cases. Hydrometrocolpos, evocative of BBS, was found in 3 cases. Ductal plate anomalies, hepatic portal fibrosis, cardiovascular or central nervous system anomalies were rare (6, 4 and 6 cases respectively).

Conclusion

Polydactyly and renal anomalies are confirmed as major prenatal manifestations for BBS. Polydactyly must be carefully controlled in case of apparent isolated renal anomalies. The use of prenatal “fast track” NGS in case of enlarged/cystic kidneys and/or polydactyly has a high utility for diagnosis and prognosis for improved parental information.

Laura MARY, Kirsley CHENNEN, Corinne STOETZEL, Manuela ANTIN, Anne-Sophie LEUVREY, Elsa NOURISSON, Elisabeth ALANIO-DETTON, Maria Cristina ANTAL, Tania ATTIÉ-BITACH, Patrice BOUVAGNET, Raymonde BOUVIER, Annie BUENERD, Alix CLÉMENSON, Louise DEVISME, Bernard GASSER, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Fabien GUIMIOT, Philippe KHAU VAN KIEN, Brigitte LEROY, Philippe LOGET, Jelena MARTINOVIC, Fanny PELLUARD, Marie Josée PEREZ, Florence PETIT, Lucille PINSON, Caroline ROORYCK-THAMBO, Olivier POCH, Hélène DOLLFUS, Elise SCHAEFER, Jean MULLER (Strasbourg)
17:45 - 18:00 #19963 - CS23 Les variants faux-sens localisés dans les domaines de liaison à l’actine de la Plastine 3 sont responsables de hernie diaphragmatique congénitale liée à l’X.
CS23 Les variants faux-sens localisés dans les domaines de liaison à l’actine de la Plastine 3 sont responsables de hernie diaphragmatique congénitale liée à l’X.

La hernie diaphragmatique congénitale (CDH) a une incidence d’environ 1 naissance sur 3000. C’est une anomalie développementale responsable d’une morbi-mortalité élevé et associée à une grande hétérogénéité génétique. Les formes familiales sont rares et seule une fraction des cas sporadiques est expliquée par des anomalies chromosomiques récurrentes ou des variants de novo. Nous rapportons 4 familles où ségrége une CDH liée à l’X sur de multiples générations. Dans ces familles, la CDH est associée de façon variable à des anomalies de la paroi abdominale antérieure et à un hypertélorisme, réalisant une forme syndromique. En combinant analyse de liaison et séquençage de l’exome, nous avons mis en évidence 4 variants faux-sens du gène PLS3. Ce gène code la Plastine 3, une protéine du cytosquelette impliquée dans l’organisation des microfilaments d’actine. Il est exprimé au cours du développement pulmonaire et du diaphragme.

L’haploinsuffisance de PLS3 est responsable d’une forme liée à l’X d’ostéoporose avec fractures (MIM#300910). Nous émettons l’hypothèse que le mécanisme moléculaire impliqué dans la physiopathologie de la CDH est différent. En effet, les variants faux-sens identifiés touchent des résidus conservés au sein des domaines de liaison à l’actine de PLS3. Les prédictions in silico et les tests fonctionnels suggèrent une modification de la liaison à l’actine, responsable d’une désorganisation du cytosquelette. En conclusion, nous décrivons une forme syndromique de hernie diaphragmatique, constituant une nouvelle entité mendélienne liée au gène PLS3.

Florence PETIT (LILLE), Barbara POBER, Robin CLARK, Philip GIAMPIETRO, Hans Hilger ROPERS, Hao HU, Pooja BHAYANI, Matthew DYSART, Maria LOSCERTALES, Anne-Sophie JOURDAIN, Frédéric FRENOIS, Marie-Ange DELRUE, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Louise DEVISME, Boris KEREN, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Patricia DONAHOE, Mauro LONGONI
18:00 - 18:15 #20154 - CS24 Identification d'un nouveau gène (PDCL3) et spectre mutationnel du syndrome mégavessie-microcôlon sur une série fœtale.
CS24 Identification d'un nouveau gène (PDCL3) et spectre mutationnel du syndrome mégavessie-microcôlon sur une série fœtale.

Le syndrome de mégavessie microcôlon hypopéristaltisme intestinal (MMIHS) est la cause la plus sévère de mégavessie par myopathie viscérale. Ce syndrome est caractérisé par une distension abdominale secondaire à la présence d'une vessie géante non obstruée, un microcôlon, et une diminution ou absence du péristaltisme intestinal. Le principal gène en cause identifié à ce jour est le gène ACTG2, à transmission autosomique dominante. Plus récemment, des formes récessives de MMIHS impliquant les gènes MYH11, LMOD1, MYLK et MYL9 ont été décrites. L'identification de variations pathogènes dans ces gènes explique environ 80% des cas de MMIHS, et a permis d'identifier un mécanisme physiopathologique commun par défaut de la contraction des cellules musculaires lisses. Afin de définir le spectre mutationnel en prénatal, nous avons étudié neuf familles indépendantes, avec 14 individus (12 fœtus et 2 nouveau-nés) atteints de mégavessie et fortement suspects de MMIHS.

Le séquençage sanger du gène ACTG2 a permis d'identifier la variation pathogène en cause dans cinq de ces familles. L'analyse des données de séquençage haut débit par exome chez les quatre familles restantes nous a permis de retrouver une cause moléculaire pour trois d'entre elle, dans 3 gènes. Dans une famille, nous avons mis en évidence une nouvelle variation non-sens homozygote chez 3 fœtus atteints issus d'un couple apparenté dans le gène MYH11. Dans une deuxième famille, les deux fœtus atteints issus de parents non apparentés présentent la même délétion homozygote de l'exon 4 du gène MYL9 que la seule observation précédemment publiée. Un effet fondateur est possible. Dans la troisième famille, nous n’avons pas identifié de variations pathogènes dans les gènes connus du MMIHS, mais deux variations hétérozygotes composites dans le gène PDCL3, présentes chez deux fœtus atteints c.[143_144del];[380G > A], p.[(Tyr48Ter)]; [Cys127Tyr)]. L'analyse du transcrit réalisée par RT-PCR nous a permis de démontrer l’absence des deux transcrits mutants, entrainant la perte de fonction totale de la phosducin-like 3, protéine se liant au complexe CCT. Ce complexe est notamment connu pour son rôle dans le repliement de l'actine, étape essentielle pour la conformation de l'actine globulaire précédant l'étape de formation des filaments fins d'actine composant le muscle lisse. Dans une famille, la cause moléculaire n’a pu être identifiée par séquençage d’exome.

Au total, nous avons identifié la cause moléculaire dans huit familles sur neuf, cinq fois dans ACTG2 d’hérédité dominante, et trois fois dans un gène récessif permettant d’affiner le conseil génétique aux couples.  Nous avons identifié un gène fortement candidat par sa fonction conforme au mécanisme myogénique mis en évidence jusqu'à ce jour pour les gènes responsables de MMIHS.

Clarisse BILLON (Paris), Arnaud MOLIN, Céline POIRSIER, Alix CLÉMENSON, Coralie DAUGE, Maude GRELET, Julia TORRENTS, Sabine SIGAUDY, Sophie PATRIER, Alice GOLDENBERG, Valérie LAYET, Julia TANTAU, Lucile BOUTAUD, Aude TESSIER, John RENDU, Clémence FLEURY, Cécile MASSON, Christine BÔLE-FEYSOT, Amale ACHAIAA, Leila HAKKAKIAN, Eglantine MAGNIN, Ferechté RAZAVI, Sophie THOMAS, Yves VILLE, Philippe ROTH, Bettina BESSIERES, Fabienne PRIEUR, Maryse BONNIÈRE, Tania ATTIE-BITACH

18:15
18:15-20:30
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OPEN
COCKTAIL D'OUVERTURE

COCKTAIL D'OUVERTURE

Mercredi 22 janvier
Heure Auditorium François 1er Auditorium Ronsard Salle Descartes Salle 1 Salle 2 Salle Courteline Salle Balzac
08:30
08:30-10:30
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A21
CONFERENCE PLENIERE 2
Avancées technologiques et méthodologiques

CONFERENCE PLENIERE 2
Avancées technologiques et méthodologiques

Modérateurs : Frédéric LAUMONNIER (Chercheur) (Tours), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
08:30 - 10:30 Panels de témoins de référence pour l’aide à l’interprétation de la variabilité génomique. Emmanuelle GENIN (BREST)
08:30 - 10:30 Hi-C : méthodes d'analyse de l'organisation spatiale de la chromatine et des variants structuraux. Nicolas SERVANT (Paris)
08:30 - 10:30 Principes et applications des organoïdes en pathologie humaine. Nicolas BROGUIÈRE (LAUSANNE, Suisse)
08:30 - 10:30 Thérapies anti-sens. Sonia RELIZANI (Montigny Le Bretonneux)

10:30 - 11:30 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
11:30
11:30-13:00
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A23
Communications Orales Sélectionnées 01

Communications Orales Sélectionnées 01

Modérateurs : Dominique BONNEAU (ANGERS), Hélène DOLLFUS (STRASBOURG)
11:30 - 11:45 #20142 - CO01 Enrichissement de mutations pathogènes du diabète monogénique parmi les patients diabétiques de type 2 commun : vers une médecine personnalisée des diabètes.
CO01 Enrichissement de mutations pathogènes du diabète monogénique parmi les patients diabétiques de type 2 commun : vers une médecine personnalisée des diabètes.

Les études d’association pangénomique ont identifié 250 loci indépendants associés au risque de diabète de type 2 (DT2) qui touche 4 millions de personnes en France. Malgré ce succès, la translation de ces découvertes vers des avancées en médecine de précision a été modeste. A contrario, l’investigation génétique des formes monogéniques de diabète a révélé plusieurs régulateurs clefs de la sécrétion d’insuline, conduisant à des cas d’école en médecine génomique de précision. En effet, les patients diabétiques avec une mutation pathogène dans HNF1A sont traités de manière optimale avec des sulfamides hypoglycémiants oraux et les patients porteurs de mutation pathogène dans GCK ne requièrent aucun traitement médicamenteux malgré leur hyperglycémie chronique. La place de ces formes de diabète monogénique dans le DT2 commun est inconnue. Nous avons mesuré la prévalence de mutations pathogènes parmi 33 gènes impliqués dans le diabète monogénique chez des patients avec une forme commune de DT2, comparée à une population contrôle normogycémique. Via un séquençage de nouvelle génération (NGS), les gènes ont été séquencés dans une étude cas-témoins incluant 6 348 individus. Comme le séquençage NGS ciblé de l’ADN ne conduit pas à une couverture parfaite de tous les gènes, nous avons appliqué des contrôles qualité stricts avant les analyses. La pathogénicité des variants a été mesurée via les critères ACMG. Parmi les 6 348 individus, nous avons identifiés 168 mutations pathogènes ou probablement pathogènes, incluant 35% de mutations tronquantes. En utilisant la méthode MiST ajustée à l’âge, au sexe, à l’indice de masse corporelle et à l’ethnie, nous avons identifié une association significative entre les variants pathogènes ou probablement pathogènes et une augmentation du risque de DT2 (p<0.001; avec 5.6% porteurs parmi les cas vs 2.7% porteurs parmi les contrôles). Nous avons trouvé que cette association significative est surtout expliquée par les mutations identifiées dans GCK (p<0.001) et HNF1A (p<0.001) ; c’est-à-dire les gènes les plus fréquemment mutés dans le diabète monogénique. Parmi les patients avec un DT2, nous avons trouvé que les porteurs de mutation pathogène étaient légèrement plus minces avec un diabète diagnostiqué un peu plus précocement, mais les médications anti-diabètiques et l’histoire familiale n’étaient pas différentes entre les porteurs et les non-porteurs. En conclusion, nous avons trouvé une prévalence élevée de mutations pathogènes parmi les gènes du diabète monogénique chez les patients avec un DT2 commun, qui pourtant ne présentaient pas les caractéristiques cliniques d’un diabète monogénique (comme le MODY) et donc qui ne pouvaient pas être identifiés cliniquement avant le criblage génique. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles vers une médecine personnalisée du diabète commun, plus économe en coûts de santé grâce au criblage génétique peu onéreux (50€) des patients diabétiques nouvellement diagnostiqués.     

Philippe FROGUEL (Lille), Michel MARRE, Amelie BONNEFOND, Mathisle BOISSEL
11:45 - 12:00 #20277 - CO02 Découverte d’anomalies constitutionnelles lors d’analyse génomique tumorale : Retour d’expérience.
CO02 Découverte d’anomalies constitutionnelles lors d’analyse génomique tumorale : Retour d’expérience.

Le but de la médecine de précision est l’identification dans le génome tumoral de potentielles cibles de traitement. Au cours de cette analyse, des variants pathogènes dans des gènes connus pour leur implication dans des prédispositions au cancer (VP) peuvent être identifiés. Certains de ces VP sont présents constitutionnellement. Dans les 4 dernières années, des VP de gènes de prédisposition ont été identifiés dans les tumeurs de 19 pts inclus dans des programmes de médecine de précision de notre institution (MOSCATO, MATCHR) (âge médian 52ans [21-72ans] ; 5 cancers pulmonaires, 3 cancers de la prostate, 4 cancers du sein, un cancer de la vessie, un cancer du côlon, un corticosurrénalome, un cancer ORL, un cancer de l’ovaire, un phéochromocytome, une double localisation pancréas/poumon). Les VP concernaient BRCA2 (n=10), BRCA1 (n=5), PALB2 (n=1), MSH2 (n=1), TP53 (n=1), VHL (n=1). Suite à la réunion pluridisciplinaire (RCP) moléculaire, ces pts ont été invités à consulter en oncogénétique, malgré l’absence d’histoire familiale évocatrice de prédisposition pour 17 pts d’entre eux. Douze pts ont été reçus en consultation et ont réalisé un test ciblé. Huit n’ont jamais donné suite, bien que 3 d’entre eux aient été adressés vers un centre d’oncogénétique plus proche de leur lieu de résidence. Parmi les 12 pts testés, 9 étaient porteurs constitutionnels du VP, 3 étaient non porteurs (VHL, BRCA1, BRCA2). Des tests ciblés chez des apparentés ont été réalisés secondairement dans 4 familles et la prise en charge usuelle a été appliquée pour les porteurs.

Ces résultats montrent que l’acceptation d’un test constitutionnel après analyse tumorale est grande, la non-réalisation de la consultation de génétique dans notre série étant souvent en lien avec une altération de l’état général. Les VP tumoraux sont le plus fréquemment constitutionnels (9/12), même si le cancer ne fait pas partie du spectre habituel de la prédisposition. La prise en charge des apparentés porteurs est par ailleurs questionnable. Elle est peut-être excessive dans la mesure où les risques réels sont mal connus et possiblement plus faibles qu’en situation évocatrice de prédisposition.

Cette expérience révèle l’importance d’anticiper l’identification de ces VP lors des analyses tumorales. Dans nos protocoles de recherche en médecine personnalisée, tous les pts consentent initialement à une éventuelle exploration constitutionnelle. Dans tous les autres contextes, il est nécessaire d’avoir des dispositifs d’oncogénétique garantissant un minimum d’information préalable et une prise en charge organisée en aval du test tumoral, intégrant une RCP moléculaire et une consultation de génétique. Il est également indispensable d’améliorer l’évaluation des risques de cancer dans ces situations d’histoire familiale peu évocatrice. La multiplication des portraits moléculaires tumoraux sans cet accompagnement soulèverait une question éthique et de responsabilité vis-à-vis des patients et de leur famille.

Benjamin VERRET, Patrick BENUSIGLIO, Veronica GOLDBARG, Christophe MASSARD, Benjamin BESSE, Yohann LORIOT, Claudio NICOTRA, Maud NGO-CAMUS, Marina DI MARIA, Sophie VILLEBASSE, Delphine WEHRER, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Alice FIEVET, Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Ludovic LACROIX, Etienne ROULEAU, Olivier CARON (VILLEJUIF)
12:00 - 12:15 #20300 - CO03 Point sur les épimutations constitutionnelles responsables de syndrome de Lynch.
CO03 Point sur les épimutations constitutionnelles responsables de syndrome de Lynch.

Les épimutations représentent un mécanisme alternatif aux mutations génétiques dans l’étiologie de certaines maladies génétiques. C’est le cas dans le syndrome de Lynch, syndrome de prédisposition héréditaire au cancer (principalement du côlon et de l’endomètre) lié à une altération génétique constitutionnelle d’un des gènes codant les protéines impliquées dans la réparation des mésappariements de l’ADN (système MisMatch Repair). Pour quelques patients, l’altération constitutionnelle responsable de la prédisposition aux cancers est épigénétique et correspond à une hyperméthylation du promoteur des gènes MLH1 ou MSH2.

De manière générale, les épimutations, rares et de description plus récente que les altérations génétiques, restent mal connues et mal caractérisées d’un point de vue fonctionnel. Les épimutations peuvent être primaires, correspondant à des événements épigénétiques purs labiles dans les lignées germinales, ou secondaires, associées à une altération génétique en cis transmise à la descendance sur un mode Mendélien. Les épimutations du gène MSH2 sont secondaires. Le mécanisme moléculaire responsable de l’hyperméthylation du promoteur a été bien caractérisé et correspond à une délétion de taille variable de la région 3’ du gène EPCAM, situé en amont du gène MSH2. Les épimutations du gène MLH1 peuvent être primaires ou secondaires. Bien qu’identifiées dès 2002, ces épimutations restent mal caractérisées et semblent beaucoup plus complexes, notamment en raison de la diversité des mécanismes moléculaires impliqués. Seule une soixantaine de patients porteurs d’une épimutation de MLH1 a priori primaire et quelques rares familles avec épimutation secondaire ont été décrits dans la littérature à ce jour.

La recherche d’hyperméthylation constitutionnelle du promoteur du gène MLH1 est réalisée dans notre laboratoire dans le cadre du diagnostic de syndrome de Lynch depuis 2009. L’implication des généticiens, moléculaires et cliniciens, du Groupe Génétique et Cancer (GGC) a permis un recrutement national de patients. Plus d’une trentaine de cas index porteurs d’une épimutation constitutionnelle ont ainsi pu être identifiés à ce jour. Un diagnostic présymptomatique a pu être proposé aux apparentés, et une transmission de l’épimutation sur au moins 2 générations a été mise en évidence dans quelques familles. Les explorations complémentaires, constitutionnelles et tumorales, réalisées chez ces patients permettent d’éclaircir les mécanismes moléculaires conduisant à l’inactivation du gène MLH1. De nouveaux variants génétiques, ségrégeant avec l’hyperméthylation dans les familles, ont notamment pu être identifiés, montrant la grande diversité des variants génétiques responsables d’épimutations secondaires. La première description de l’insertion d’une séquence Alu dans la séquence codante du gène MLH1 a ainsi été faite.

Une revue de la littérature, ainsi que les différents travaux du laboratoire concernant les épimutations du gène MLH1, seront présentés.

Julie LECLERC (LILLE), Cathy FLAMENT, Tonio LOVECCHIO, Lucie DELATTRE, Emilie AIT YAHYA, Catherine VERMAUT, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Nelly BURNICHON, Myriam BRONNER, Odile CABARET, Sylviane OLSCHWANG, Sophie LEJEUNE, Afane BRAHIMI, Stéphane CATTAN, Nelly PASZ, Rosine GUIMBAUD, Gilles MORIN, Jacques MAUILLON, Philippe JONVEAUX, Paul GESTA, Chrystelle COLAS, Jeanne NETTER, Jessica MORETTA, Philippe DENIZEAU, Pierre LAURENT-PUIG, Thierry FREBOURG, Marie-Pierre BUISINE
12:15 - 12:30 #20101 - CO04 Toutes les variations non-sens ne conduisent pas à une perte totale de fonction : le paradigme de l’exon 12 de BRCA2.
CO04 Toutes les variations non-sens ne conduisent pas à une perte totale de fonction : le paradigme de l’exon 12 de BRCA2.

Les variations non-sens ainsi que celles localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1,2) sont généralement considérées, sans ambiguïté, comme des variations perte de fonction et, en conséquence, sont classées pathogènes. Toutefois, certaines d’entre elles sont susceptibles d’induire le saut en phase d’un exon non-essentiel, conduisant potentiellement au moins en partie à une protéine fonctionnelle. Afin de tester cette hypothèse dans le contexte d’un gène de prédisposition au cancer, nous avons utilisé comme modèle d'étude l’exon 12 de BRCA2. En effet, il a été précédemment montré que le saut en phase de cet exon n’entraine pas la perte complète de fonction de la protéine. Dans un premier temps, nous avons sélectionné à partir des bases de données mutationnelles toutes les variations supposées pathogènes localisées dans ou autour l’exon 12 (e.g. variations non-sens, frameshift ou IVS±1/2). L’impact sur l’épissage des 15 variations ainsi sélectionnées a ensuite été évalué dans un test basé sur l’utilisation de minigènes et à partir de lignées lymphoblastoïdes de patients, lorsque ce matériel était disponible. De plus, certaines de ces variations ont fait l’objet d’une analyse dans un essai fonctionnel basé sur l’utilisation de cellules souches embryonnaires de souris. Ces différentes approches complémentaires ont permis de montrer qu’une fraction importante de ces variations, y compris des variations non-sens, (i) induisent un saut en phase de l’exon 12 du fait de la modification des sites d’épissage ou d’éléments de régulation, et, en conséquence, (ii) sont responsables de la production d’une protéine avec une délétion interne mais fonctionnelle, au moins en partie. L’ensemble de ces données montre, pour la première fois dans un gène de prédisposition au cancer, que certaines variations non-sens présumées nulles contournent la perte totale de fonction du fait de leur impact sur l’épissage. Des analyses complémentaires des données cliniques et familiales des patients seront nécessaires afin d’estimer le risque de développer un cancer associé à ce type de variations hypomorphes. Ces travaux soulignent l’importance d’être prudent dans l’interprétation des variations supposées nulles localisées dans des exons en phase ne codant pour aucun domaine fonctionnel essentiel.

Laëtitia MEULEMANS (Rouen), Romy MESMAN, Sandrine M. CAPUTO, Sophie KRIEGER, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Virgine CAUX-MONCOUTIER, Mélanie LÉONE, Nadia BOUTRY-KRYZA, Joanna SOKOLOWSKA, Françoise RÉVILLION, Capucine DELNATTE, Hélène TUBEUF, Omar SOUKARIEH, Françoise BONNET-DORION, Virginie GUIBERT, Sarab LIZARD, Paul VILQUIN, Maud PRIVAT, Aurélie DROUET, Charlotte GROUT, Fabienne CALLÉJA, Lisa GOLMARD, Harry VRIELING, Dominique STOPPA-LYONNET, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG, Maaike VREESWIJK, Alexandra MARTINS, Pascaline GAILDRAT
12:30 - 12:45 #20175 - CO05 Le déficit en frataxine induit une surcharge en fer due à un défaut de palmitoylation du récepteur à la transferrine qui est rétabli par l’artesunate.
CO05 Le déficit en frataxine induit une surcharge en fer due à un défaut de palmitoylation du récepteur à la transferrine qui est rétabli par l’artesunate.

Friedreich’s ataxia (FRDA) is a frequent autosomal recessive disease caused by a GAA repeat expansion in the FXN gene encoding frataxin, a mitochondrial protein involved in iron-sulfur clusters (ISC) biogenesis. Frataxin deficiency affects ISC containing proteins, namely respiratory chain complexes I-III as well as aconitases, and causes an iron overload in brain and heart of patients. In these tissues mitochondrial iron-loading results in a progressive ataxia and hypertrophic cardiomyopathy. However, the mechanism of iron accumulation due to frataxin deficiency remains unclear. In this way, we studied the regulation of iron homeostasis in primary fibroblasts from FRDA patients.

We report an abnormal cellular iron homeostasis in FRDA fibroblasts, inducing a massive iron accumulation in the cytosol and to a lesser extent in mitochondria where it’s associated with oxidative stress. The cellular iron uptake involves the internalization of transferrin receptor 1 (TfR1) by receptor-mediating endocytosis, which is dependent to palmitoylation statue of TfR1. Despite a normal post-transcriptional regulation of TfR1, we found that FRDA fibroblasts failed to limit iron uptake by accumulating TfR1 at plasma membrane. We were able to demonstrate that this abnormal iron uptake results in an impaired Coenzyme A pool available causing a severe defect of TfR1 palmitoylation. Finally, we showed that artesunate, an anti-malaria drug, limits iron overload by restoring TfR1 palmitoylation, which controls the iron uptake. These data highlight the critical role of frataxin in iron overload and suggest that artesunate could be a potential candidate molecule for therapeutic trials of Friedreich ataxia.

Floriane PETIT (Paris), Anthony DRECOURT, Michael DUSSIOT, Coralie ZANGARELLI, Olivier HERMINE, Arnold MUNNICH, Agnès RÖTIG
12:45 - 13:00 #19764 - CO06 Les variations bi-alléliques pathogènes du gène MYORG causent un syndrome reconnaissable à l’interface entre calcifications primaires cérébrales et ataxies spino-cérébelleuses.
CO06 Les variations bi-alléliques pathogènes du gène MYORG causent un syndrome reconnaissable à l’interface entre calcifications primaires cérébrales et ataxies spino-cérébelleuses.

Les calcifications cérébrales primaires (CCP) sont une entité rare d’expression neuropsychiatrique diverse définie par la présence de calcifications microvasculaires cérébrales. Quatre gènes sont associés à des formes autosomiques dominantes (CCP-AD) : SLC20A2 et XPR1 codent pour des transporteurs de phosphate, PDGFB code pour un facteur de croissance exprimé au niveau de l’unité neurovasculaire et PDGFRB, pour son récepteur principal. Nous avons précédemment montré que les signes cliniques principaux de CCP-AD sont des mouvements anormaux, des troubles cognitifs, et des signes psychiatriques, avec une moindre proportion d’autres anomalies motrices (cérébelleuses, pyramidales). Récemment, des variants du gène MYORG, qui code pour une glycosidase d’expression astrocytaire, ont été rapportés comme causant une forme autosomique récessive de CCP.

Nous avons criblé MYORG par séquençage d’exome chez 29 cas index non apparentés ne présentant pas de variant pathogène de CCP-AD. Nous avons étudié les caractéristiques cliniques et radiologiques des porteurs de variations bi-alléliques pathogènes de MYORG après étude de ségrégation et les avons comparées à celles de 102 patients CCP-AD.

Seize patients de 11 familles présentaient une variation bi-allélique rare ou nouvelle, non synonyme, perte de fonction ou prédite délétère. La pénétrance clinique était élevée (15/16 symptomatiques, âge de la seule porteuse asymptomatique : 28 ans, âge médian de début : 52 ans, intervalle : 21-62 ans) avec une atteinte motrice au premier plan. La dysarthrie était le signe initial chez 11/16 patients. Contrastant avec les patients CCP-AD, 80% des symptomatiques présentaient au moins 4 des 5 symptômes suivants au cours de l’évolution, qui étaient tous significativement enrichis chez les patients MYORG (p < 0.002 chacun) : dysarthrie, syndrome cérébelleux, troubles de l’équilibre, signes pyramidaux, et syndrome akinéto-rigide. Après cotation de chaque scanner par une échelle visuelle validée, le score total de calcifications était le plus élevé chez les patients MYORG (p < 10-3 contre chaque gène sauf XPR1, p=0.089, modèle de régression binomiale prenant en compte l’âge au scanner). Fait frappant, 13/16 présentaient des calcifications du tronc cérébral en plus de calcifications étendues d'autres régions (noyaux gris centraux, cervelet ± cortex). Parmi eux, 9 présentaient des calcifications pontines, qui n'ont jamais été observées dans les CCP-AD. De plus, tous les patients MYORG présentaient une atrophie cérébelleuse après analyse visuelle, confirmée en IRM par morphométrie voxel-à-voxel en comparaison avec un groupe CCP-AD. Dans 3 familles, le père était porteur de petites calcifications pallido-dentelées, suggérant une expression phénotypique marginale chez certains porteurs hétérozygotes.

Nous confirmons que MYORG est un nouveau gène causal de CCP et identifions un phénotype clinico-radiologique reconnaissable à l'interface entre les CCP et les ataxies spinocérébelleuses.

Lou GRANGEON, David WALLON, Camille CHARBONNIER, Olivier QUENEZ, Anne-Claire RICHARD, Stéphane ROUSSEAU, Clara BUDOWSKI, Thibaud LEBOUVIER, Anne-Gaëlle CORBILLE, Marie VIDAILHET, Emmanuel FLAMAND-ROZE, Aurélie MENERET, Mathieu ANHEIM, Christine TRANCHANT, Pascal FAVROLE, Jean-Christophe ANTOINE, Luc DEFEBVRE, Xavier AYRIGNAC, Pierre LABAUGE, Jérémie PARIENTE, Michel CLANET, David MALTÊTE, Anne ROVELET-LECRUX, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Thierry FREBOURG, Didier HANNEQUIN, Dominique CAMPION, Gaël NICOLAS (ROUEN)

13:15
13:15-14:15
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B24
ATELIER DEJEUNER - EUROFINS BIOMNIS
Applications du séquençage haut débit et du séquençage « long reads » en laboratoire de biologie médicale

ATELIER DEJEUNER - EUROFINS BIOMNIS
Applications du séquençage haut débit et du séquençage « long reads » en laboratoire de biologie médicale

13:15 - 13:30 Séquençage haut débit dans les hémopathies myéloïdes : Enjeux scientifiques, médicaux et d’Assurance Qualité. L’expérience du laboratoire Eurofins Biomnis en 2019. Benoit QUILICHINI (Biologiste) (LYON), Vanna GEROMEL (Lyon)
13:30 - 13:45 Le séquençage d’exome en test diagnostique de première intention dans les néphropathies d’origine indéterminée : retour d’expérience sur plus de 100 patients. Laurent MESNARD
13:45 - 14:00 Détection de CNV à partir des données de séquençage d’exome : peut-on se passer de l’ACPA ? Nicolas PHILIPPE, Laure RAYMOND (Biologiste) (LYON)
14:00 - 14:15 Retour d’expérience sur l’utilisation de la technologie « long reads » d’Oxford Nanopore pour la détection de variants structuraux. Jean-François TALY (Bioinformaticien) (Lyon), Quentin TESTARD (Doctorant en Bioinformatique) (Lyon)

13:15-14:15
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C24
ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER
Optimisez vos workflows NGS avec les solutions NEXTFLEX de PerkinElmer

ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER
Optimisez vos workflows NGS avec les solutions NEXTFLEX de PerkinElmer

13:15 - 13:25 Introduction. Stéphane FENART (PERKINELMER)
13:25 - 14:15 Analysing neuronal gene regulation: from physiology to pathology. Alexandre FAVEREAUX (Chercheur) (Bordeaux Cedex)

13:15-14:15
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E24
ATELIER DEJEUNER - TWIST BIOSCIENCE
Believe in Better: Leading the Way in Target Enrichment

ATELIER DEJEUNER - TWIST BIOSCIENCE
Believe in Better: Leading the Way in Target Enrichment

13:15 - 13:45 Panel à façon Twist: Retour d'expériences. Vincent MORINIÈRE (INGENIEUR) (PARIS)
13:45 - 14:15 Validation du kit Exome Twist Bioscience dans le cadre d’une démarche d’accréditation. Francis ROUSSEAU (Expert Scientifique) (Lyon)

13:15-14:15
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D24
ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS
NEBNext, 10 ans d’Innovation !

ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS
NEBNext, 10 ans d’Innovation !

13:15 - 13:35 Analyses transcriptomiques de cellules tumorales circulantes (CTC) par séquençage d’ARN de cellules uniques (scRNAseq). Jessica GARCIA (LYON)
13:35 - 13:55 Les cancers du sein lobulaires triple négatifs ont-ils un profil transcriptomique spécifique ? Romain BOIDOT (DIJON)
13:55 - 14:15 Novel technologies in epigenetic and DNA modification detection. Laurence ETTWILLER (Ipswich, Etats-Unis)

13:15-14:15
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F24
ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en oncogénétique et génétique somatique

ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en oncogénétique et génétique somatique

13:15 - 13:35 Dernières innovations Agilent. Claude REVEL (Vénissieux Cedex)
13:35 - 13:55 Retour de l’expérience rouennaise sur l’automate Magnis en vue de l’implémentation de circuits de séquençage « fast track » de panel et d’exome. François LECOQUIERRE (Assistant) (Rouen)
13:55 - 14:15 Caractérisation moléculaire globale des tumeurs par un panel NGS à façon de 571 gènes. Julien MASLIAH-PLANCHON (Praticien) (Paris)

13:15-14:15
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G24
ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME
Apport de la génétique : diagnostic et diversité phénotypique

ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME
Apport de la génétique : diagnostic et diversité phénotypique

13:15 - 13:45 Diagnostic étiologique en urgence d'enfants hospitalisés en réanimation néonatale par séquençage de génome : première expérience française. Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON), Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Doctorante) (NANCY)
13:45 - 14:15 Variant génétiques, dépistage, pedigree, corrélations géno-phéno : un voyage dans la maladie de Fabry. Dominique P. GERMAIN (PU-PH) (GARCHES)

14:30
14:30-15:30
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A25
CONFERENCE INVITE 1

CONFERENCE INVITE 1

14:30 - 15:30 Crispr-Cas, un outil pour le meilleur et pour le pire. Patrick GAUDRAY (Ancien membre du Comité National d’Ethique) (Berthenay)

15:30 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
15:30-16:30
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F26
ASSEMBLEE GENERALE AFCG

ASSEMBLEE GENERALE AFCG

PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
16:30
16:30-18:00
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A27
SESSIONS SIMULTANEES 05
Neurogénétique - Neuromusculaire

SESSIONS SIMULTANEES 05
Neurogénétique - Neuromusculaire

Modérateurs : Martin KRAHN (PUPH) (Marseille), Emmanuelle LAGRUE (Tours)
16:30 - 16:45 #20306 - CS25 Anomalies du corps calleux anténatales associées à un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale : description neuropathologique et implication d’un nouveau gène.
CS25 Anomalies du corps calleux anténatales associées à un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale : description neuropathologique et implication d’un nouveau gène.

Un déficit primaire de la chaîne respiratoire mitochondriale est difficile à diagnostiquer chez le fœtus. Certains signes non spécifiques sont rapportés en prénatal comme le retard de croissance intra-utérin (22,6% Von Kleist-Retzow et al, 2003) ou une cardiomyopathie (Von Kleist-Retzow et al, 2003, Schiff et al 2011), mais les anomalies cérébrales et particulièrement les anomalies du corps calleux sont plus rarement décrites. 

Nous rapportons ici 4 familles ayant subi une ou plusieurs interruptions médicales de grossesse devant une anomalie du corps calleux associée ou pas à d’autres anomalies cérébrales ou extra -cérébrales.  Dans 2 familles, l’analyse par séquençage haut débit d’un panel de gènes impliqués dans les anomalies du corps calleux (Callosome) a permis l’identification de nouvelles mutations dans 2 gènes récessifs de maladies mitochondriales précédemment associées à des anomalies du corps calleux (MRPS22 et EARS2). MRPS22code une petite sous unité du ribosome mitochondrial et ses mutations sont responsables d’un déficit multiple de la chaîne respiratoire (COXPD5).  EARS2 code l’ARNt-glutamyl synthétase mitochondriale (mtGluR), et ses mutations sont associées à une leucoencéphalopathie et un déficit combiné de phosphorylation oxydative (COXPD12). Ces cas permettent de décrire pour la première fois le phénotype prénatal associé aux mutations de ces gènes. L’analyse par exome de 2 autres familles avec récidive d’agénésie du corps calleux a permis l’identification de la même mutation à l’état homozygote du gène TIMMDC1. Ces 2 familles étant d’origine portugaise ceci évoque un effet fondateur. Le gène TIMMDC1 code une protéine impliquée dans l’assemblage du complexe I de la chaîne respiratoire. Une seule mutation intronique profonde de ce gène a été rapportée chez plusieurs patients atteints de syndrome de Leigh (Kremer et al., 2017) mais jamais associé à des anomalies calleuses. Les analyses fonctionnelles ont montré un déficit isolé du complexe I de la chaine respiratoire sur tissu musculaire comparé aux contrôles d’âge apparié.

Au total, nous rapportons 9 cas fœtaux de mutations des gènes MRPSS22EARS2 ou TIMMDC1 permettant de décrire le phénotype anténatal des cytopathies mitochondriales, et d’améliorer le diagnostic et le conseil génétique des anomalies du corps calleux.

Lucile BOUTAUD (paris), Benedetta RUZZENENTE, Aude TESSIER, Sarah GROTTO, Naïma TALHI, Daniel AMRAM, Marjolaine WILLEMS, Patricia BLANCHET, Yuri MUSIZZANO, Olivia ANSELEM, Clémence JAUNY, Bettina BESSIÈRES, Houria SALHI, Amale ACHAIAA, Férechté RAZAVI, Agnès RÖTIG, Laurence LOEUILLLET, Tania ATTIÉ-BITACH
16:45 - 17:00 #19879 - CS26 Les mutations dominantes dans le gène de maintien de l'ADN mitochondrial SSBP1 causent une atrophie optique et une fovéopathie.
CS26 Les mutations dominantes dans le gène de maintien de l'ADN mitochondrial SSBP1 causent une atrophie optique et une fovéopathie.

Les mutations dans les gènes codant pour les composants de la machinerie de réplication de l'ADN mitochondrial (ADNmt) provoquent des syndromes de déplétion de l'ADNmt (MDS), qui associent des atteintes oculaires à des syndromes neurologiques graves. Nous avons identifié des mutations faux-sens hétérozygotes dans le gène SSBP1, dans cinq familles non apparentées. Elles conduisent aux modifications des acides aminés R38Q et R107Q dans la protéine de liaison à l'ADN simple brin, protéine majeure de la réplication de l'ADNmt. Tous les individus atteints présentent une atrophie optique, associée à une fovéopathie dans la moitié des cas. Pour identifier les caractéristiques structurelles sous-jacentes aux mutations SSBP1, nous avons déterminé une nouvelle structure cristalline révisée de SSBP1. L'analyse structurelle suggère que les deux mutations affectent les interactions des dimères et faussent vraisemblablement la région de liaison à l'ADNmt. En utilisant des fibroblastes de patients, nous avons validé que le variant R38Q déstabilise la formation de dimères / tétramères SSBP1, affecte la réplication de l’ADNmt et induit une déplétion de ce génome. Notre étude montre que les mutations de SSBP1 sont à l’origine d’une nouvelle forme d’atrophie optique dominante fréquemment accompagnée de fovéopathie et apporte de nouvelles informations sur les anomalies du maintien de l’ADNmt.

Emmanuelle SARZI (Montpellier), Camille PIRO-MÉGY, Aleix TARRÉS-SOLÉ, Marie PEQUIGNOT, Fenna HENSEN, Mélanie QUILES, Gaël MANES, Arka CHAKRABORTY, Audrey SÉNÉCHAL, Béatrice BOCQUET, Chantal CAZEVIEILLE, Agathe ROUBERTIE, Agnès MÜLLER, Majida SHARIF, David GOUDENEGE, Guy LENAERS, Helmut WILHELM, Ulrich KELLNER, Nicole WEISSCHUH, Bernd WISSINGER, Xavier ZANLONGHUI, Christian HAMEL, Johannes SPELBRINK, Maria SOLA, Cécile DELETTRE
17:00 - 17:10 #20371 - CS27 POIKTMP (Poïkilodermie héréditaire fibrosante avec Myopathie rétractile et Fibrose Pulmonaire) liée à des variations dans le gène FAM111B: un nouvel exemple d'oncogène impliqué dans une maladie constitutionnelle?
CS27 POIKTMP (Poïkilodermie héréditaire fibrosante avec Myopathie rétractile et Fibrose Pulmonaire) liée à des variations dans le gène FAM111B: un nouvel exemple d'oncogène impliqué dans une maladie constitutionnelle?

Le syndrome POIKTMP [MIM 615704] est une entité rare, décrite en 2013 par notre équipe, liée à des variants dans le gène FAM111B (NM_198947.3) de fonction jusqu’alors inconnue. Elle est caractérisée principalement par (i) une atteinte dermatologique : poïkilodermie précoce, hypotrichose et hypohidrose, (ii) une myopathie rétractile, (iii) une atteinte pulmonaire : syndrome restrictif, fibrose pulmonaire, (iv) une atteinte pancréatique : insuffisance exocrine, prédisposition à l’adénocarcinome. L’examen histologique montre une atrophie musculaire avec infiltration graisseuse, sans plage de nécrose et un aspect sclérodermiforme de la peau. A ce jour, les 7 variants faux-sens pathogènes identifiés dans 14 familles (30 cas rapportés dont 10 cas sporadiques) sont localisés dans le domaine trypsine-like cystéine/serine peptidase de la protéine. Un mécanisme de gain de fonction ou de variation dominante négative induisant un changement de l’activité catalytique de FAM111B a été proposé.

Pour explorer l’impact fonctionnel des variants décrits, une analyse transcriptomique par RNA-seq a été réalisée à partir de fibroblastes de deux patients. Du fait d’un chevauchement phénotypique entre le syndrome de Rothmund Thompson (causé par des variations dans le gène RECQL4) et le syndrome POIKTMP, notre attention s’est d’abord portée sur les partenaires protéiques significativement sur- ou sous-régulés (p-value ajustée < 0.05) de FAM111B et RECQL4. Parmi ces partenaires, nous avons identifié un réseau moléculaire de 61 protéines toutes sur-régulées et impliquées dans les voies métaboliques de prolifération cellulaire ou de contrôle du cycle cellulaire, ce qui est concordant avec  (i) la forte expression de FAM111B en phase S du cycle cellulaire, et (ii) le caractère oncogène potentiel de FAM111B, cible directe de P53, qui ont été récemment décrits. Ces voies sont en cours d’étude sur cellules souches de patients de type iPSC (induced Pluripotent Stem Cells) permettant le monitorage in vitro de leur comportement. D’autre part, des analyses protéomiques haut débit sont en cours afin de confirmer les résultats obtenus par l’analyse RNA-seq et déterminer si un marqueur diagnostic de la maladie peut être identifié. En parallèle, des études sur modèle animal ont été menées en injectant le transcrit humain muté de FAM111B dans des embryons de poisson-zèbre et chez des souris Rag2-/- Il2rb-/-. Malgré l’absence d’orthologue dans ces deux espèces, nous avons observé une réduction du calibre de la fibre musculaire chez le poisson-zèbre et des signes majeurs de régénération musculaire à 1 mois et 3 mois post-injection dans le tibial antérieur chez la souris.

Finalement, ces données nous confortent vers un rôle essentiel de FAM111B au cours du cycle cellulaire et d’un gain de fonction dans le syndrome POIKTMP. Des pistes thérapeutiques sont envisagées notamment l’association aspirine-metformine qui pourrait réduire l’expression de FAM111B et améliorer le phénotype des patients.

Martin BROLY, Anne BIGOT, Virginie VIGNARD, Thomas BESNARD, Véronique BLOUIN, Amandine CAILLAUD, Laurent DAVID, Jamila DHIAB, Anne GAIGNERIE, Sébastien KÜRY, Caroline LE GUINER, Marie MOONEY, Negroni ELISA, Linda POIRAUDEAU, Karim SI-TAYEB, Stéphane BÉZIEAU, Vincent MOULY, Erica DAVIS, Sandra MERCIER (NANTES)
17:15 - 17:30 #20067 - CS28 Compound heterozygous mutations in the LOXL4 gene: a novel cause of contractural myopathy.
CS28 Compound heterozygous mutations in the LOXL4 gene: a novel cause of contractural myopathy.

Joint contractures are recurrent and sometimes prominent features in neuromuscular disorder, most notably in extracellular matrix (ECM)-related myopathies, such as COL6-related muscle disorders. Here, we report a patient with an atypical clinical presentation of congenital arthrogryposis, associated with distal hyperlaxity, proximal muscle deficit, lack of facial expression, dysphonia, dysphagia, oculo-motor anomalies, dorsal kyphosis, lordosis and preserved respiratory function. Immunostaining of skin-derived fibroblasts demonstrated a subtle impairment of COLVI secretion, with no mutation in the COL6A1-3 genes identified. Accordingly, whole body MRI was performed at 15, 21 and 24 years of age and remained quite normal without any COL6-RD-compatible pattern. Using whole-exome sequencing analysis, we ruled out the implication of any known myopathy-associated gene. Interestingly, we identified compound heterozygous missense variants (c.1747 C > T; p.Arg583Cys and c.1789 C > T; p.Arg597Cys) in the LOXL4 gene encoding lysyl oxidase-like 4.

LOXL4 is a member of the LOX protein family, which are secreted copper-dependent amine oxidases that catalyse collagen and elastin cross-linking. Together with collagens, LOXs proteins participate in ECM synthesis and maintenance in a tissue-specific manner. Both rare variants identified alter residues of the highly conserved LOX catalytic domain and are predicted as deleterious. Additionally, transient expression of each variant in cell lines and human primary fibroblasts, impeded LOXL4 secretion into the medium. Furthermore, our data suggest that variant-derived protein accumulation in the cytoplasm could trigger the unfolded protein response, likely through IRE1/PERK pathways. Taken together, our results provide reasonable evidence toward the pathogenicity of these variants as a direct cause of genetic connective tissue disorder.

Enzo COHEN (Paris), Isabelle NELSON, Corine GARTIOUX, Maud BEUVIN, Zaineb MEZDARI, Fanny ROTH, Rabah BEN YAOU, Susana QUIJANO-ROY, Tanya STOJKOVIC, Robert-Yves CARLIER, Valérie ALLAMAND, Gisèle BONNE
17:30 - 17:45 #20173 - CS29 Une nouvelle glycogénose musculaire causée par une mutation dominante dans le gène de la myophosphorylase (PYGM).
CS29 Une nouvelle glycogénose musculaire causée par une mutation dominante dans le gène de la myophosphorylase (PYGM).

Glycogen synthesis and breakdown are regulated by a subset of enzymes, and impaired enzymatic reactions in the cytosol or in the lysosomes result in severe disorders referred to as glycogen storage diseases (GSD). All previously described human GSDs segregate as recessive or X-linked traits. Here we describe a GSD family with thirteen affected members and a dominant disease transmission over four generations. The affected individuals presented with adult-onset proximal muscle weakness, and the biopsies showed fiber size variability, vacuoles, and especially glycogen accumulations. Exome sequencing uncovered the heterozygous c.1915G > C (p.Asp639His) mutation in PYGM, encoding myophosphorylase. Recessive PYGM mutations leading to myophosphorylase deficiency cause McArdle disease, the most common GSD. However, western blot revealed comparable myophosphorylase levels in muscles from our patients and from control, demonstrating that the p.Asp639His mutation does not interfere with mRNA or protein stability and consequently involves a different pathomechanism than McArdle disease. Myophosphorylase immunolocalization on muscle sections from our patients uncovered aggregations of myophosphorylase and sequestration of desmin within the myofibers. To investigate the functional impact of the p.Asp639His mutation, we produced recombinant WT and mutant myophosphorylase. Sedimentation velocity experiments demonstrated an increased propensity of mutant myophosphorylase to form higher-order polymers, highlighted a disparity in the tetrameric forms of WT and mutant myophosphorylase, and enzymatic tests revealed an impaired activity of the p.Asp639His myophosphorylase. Overall, the dominant PYGM mutation involves a different pathomechanism than McArdle disease and defines a novel class of GSDs.

Andoni ECHANIZ-LAGUNA, Xavière LORNAGE, Evelina EDELWEISS, Pascal LAFORET (Garches), John VISSING, Jocelyn LAPORTE, Johann BÔHM
17:45 - 18:00 #19901 - CS30 Nouveautés diagnostiques et thérapeutiques dans le déficit en transporteur du glucose GLUT1.
CS30 Nouveautés diagnostiques et thérapeutiques dans le déficit en transporteur du glucose GLUT1.

Le déficit en transporteur du glucose GLUT1 (GLUT1-DS) est responsable d’une carence énergétique cérébrale due à une altération du transport du glucose dans le cerveau. GLUT1-DS se manifeste par un large spectre de symptômes neurologiques dont une déficience intellectuelle, une épilepsie et des troubles moteurs permanents et/ou paroxystiques. Le diagnostic repose sur une ponction lombaire (hypoglycorrachie) et la présence d’un variant (souvent faux-sens de novo) du gène SLC2A1. Le diagnostic est d’autant important que GLUT1-DS est traitable. Classiquement, le régime cétogène permet un bon contrôle des crises d’épilepsie et dans une moindre mesure des mouvements anormaux.

Du fait de nombreuses formes atypiques de la maladie (épilepsie ou déficience ou mouvement anormal isolé), du caractère invasif de la ponction lombaire, et de l’interprétation parfois difficile des variants SLC2A1, nous avons développé un test sanguin (MetaGlut) non invasif, simple et rapide, permettant de détecter la quantité de protéine Glut1 à la surface des érythrocytes. Dans une première étude chez 30 patients GLUT1-DS, nous avons montré que 23 patients (78%) étaient détectés par le test MetaGlut (Gras et al, Ann Neurol 2017). Nous présentons ici les résultats de la performance du test MetaGlut dans une nouvelle cohorte de 48 patients GLUT1-DS : 42 patients (87,5%) sont détectés, dont 4 patients avec une analyse génétique non contributive.

Compte tenu des difficultés d’observance du régime cétogène au long cours, en particulier chez les adolescents et les adultes, nous avons testé l’efficacité d’une intervention thérapeutique par la triheptanoïne. Il s’agit d’un triglycéride à chaine moyenne mais nombre impair de carbones, apportant à la fois de l’acetyl-CoA mais également du propionyl-CoA au cycle de Krebs. Dans une première étude chez des patients GLUT1-DS présentant des mouvements anormaux paroxystiques après échec ou refus du régime cétogène, nous avons observé une diminution de 90% des épisodes paroxystiques après 2 mois de traitement par triheptanoïne (Mochel et al, J Neurol Neurosurg Psychiatry 2016). Nous présentons ici l’évolution à long terme de ces patients traités depuis plus de trois ans par triheptanoïne avec une réponse thérapeutique de 97% sur les épisodes paroxystiques. Nous présentons également une série de 4 patients GLUT1-DS, traités par régime cétogène mais présentant des manifestations paroxystiques résiduelles, chez qui le régime cétogène a été progressivement arrêté et remplacé par le triheptanoïne. Chez 3 patients, la transition a été possible et a permis un meilleur contrôle des mouvements anormaux paroxystiques. 

En conclusion, nous proposons de réaliser un test MetaGlut chez tout patient présentant une déficience intellectuelle, une épilepsie, un syndrome cérébelleux, une dystonie et/ou des mouvements anormaux paroxystiques. La triheptanoïne est par ailleurs une alternative thérapeutique au régime cétogène chez les patients GLUT1-DS.

Camille GIRON, Elodie HAINQUE, Domitille GRAS, Aurélie MENERET, Mathilde LALAUDE, Mariana ATENCIO, Manon NIZOU, Sandrine VUILLAUMIER, Marie-Pierre LUTON, Emmanuel ROZE, Fanny MOCHEL (PARIS)

16:30-18:00
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B27
SESSIONS SIMULTANEES 06
Oncogénétique et génétique tumorale

SESSIONS SIMULTANEES 06
Oncogénétique et génétique tumorale

Modérateurs : Marie-Pierre BUISINE (Biologiste) (LILLE), Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (VILLEJUIF)
16:30 - 16:45 #20200 - CS31 Intérêt théranostique de la réalisation d’un exome et du séquençage de l’ARNm à visée pour les patients porteurs de tumeurs solides : expérience de la RCP moléculaire de l’APHP.
CS31 Intérêt théranostique de la réalisation d’un exome et du séquençage de l’ARNm à visée pour les patients porteurs de tumeurs solides : expérience de la RCP moléculaire de l’APHP.

Depuis 2014, les dossiers des patients atteints de tumeurs solides en échec thérapeutique sont présentés à la RCP moléculaire de l’APHP (comité multidisciplinaire multi site) afin de discuter l’indication d’une analyse moléculaire étendue (séquençage de l’exome et de l’ARNm : RNAseq) à visée théranostique. Les analyses sont financées par deux programmes du Cancéropôle Ile-de-France, dont le programme EXORARE pour les tumeurs rares. Lorsque l’indication est posée, les patients sont rapidement vus en consultation d’oncogénétique pour une information, portant notamment sur les données incidentes. L’analyse de l’ADN constitutionnel a été réalisée à partir d’un prélèvement sanguin, de l’ADN tumoral à partir de tumeurs congelées ou incluses en paraffine, de l’ARNm tumoral à partir de tumeurs congelées.

Un total de 328 dossiers a été discuté entre septembre 2014 et septembre 2019. Cent-vingt-cinq dossiers ont été retenus. L’analyse moléculaire a été réalisée chez 109 d’entre eux. Les raisons de l’absence d’analyse étaient une qualité insuffisante du matériel tumoral (9 cas) et une dégradation clinique rapide (3 cas). Quatre résultats sont en attente. 48 tumeurs pulmonaires, 19 tumeurs coliques, 19 tumeurs cérébrales, 12 sarcomes et 11 autres tumeurs rares ont été analysées. 107 tumeurs congelées ont été analysées par exome et RNAseq. 10 tumeurs incluses en paraffine ont été analysées par exome seul. Le délai médian de rendu des résultats est de 21 jours, après réception des acides nucléiques sur la plateforme de séquençage.

Des altérations ciblables ont été identifiées dans 81 tumeurs. Les voies de signalisation impliquées étaient les voies HER/RAS/MAPK ou PTEN/PI3K/AKT/STK1, le remodelage de la chromatine ARID1A/ARID2/EZH2, la réparation de l’ADN ATR/ATRX/ATM/BRCA1/BRCA2. Quatre réarrangements chromosomiques (gènes de fusion) ciblables impliquant RET, ROS1, RAF1 ou NRG1 ont été identifiés. Au total, 16 patients ont pu bénéficier d’une thérapie ciblée dont 8 dans le cadre d’un essai thérapeutique. Deux diagnostics (mélanome, sarcome d’Ewing) ont été précisés par le résultat moléculaire. Une mutation constitutionnelle a été identifiée chez 11 patients.

Le bilan de cette RCP moléculaire montre la faisabilité de cette approche en diagnostic et son intérêt dans des cas sélectionnés pour l’identification de nouvelles options thérapeutiques.

Geraldine PERKINS (PARIS), Gimenez-Roqueplo ANNE-PAULE, Hélène BLONS, Karen LEROY, Vincent FALLET, Valerie GOUNANT, Fabre ELIZABETH, Julien TAIEB, Nadia YOUNAN, Mehdi TOUAT, Marc SANSON, Jerome ALEXANDRE, Pascaline BOUDOU-ROUQUETTE, Guillaume ASSIÉ, Jacques MEDIONI, Martine ANTOINE, Laure GIBAULT, Audrey MANSUET-LUPO, Nelly BURNICHON, Florence COULET, Patrick BENUSIGLIO, Roger LACAVE, Simon GARINET, Delphine LE CORRE, Birot ANNE-MARIE, Lahlou-Laforet KHADIJA, Jacques CADRANEL, Pierre LAURENT-PUIG
16:45 - 17:00 #20310 - CS32 Etude des gènes de réparation de l’ADN par recombinaison homologue dans le cancer de la prostate à des fins d’orientation thérapeutique : retour d’expérience sur 148 Patients.
CS32 Etude des gènes de réparation de l’ADN par recombinaison homologue dans le cancer de la prostate à des fins d’orientation thérapeutique : retour d’expérience sur 148 Patients.

Le cancer de la prostate apparaît comme le cancer le plus fréquent chez l’homme, représentant plus de 23% des cas de cancer. Malgré une baisse globale de son incidence et de la mortalité, son évolution métastatique et résistante à la castration (mCRPC : metastatic castration-resistant prostate cancer) est associée à un taux de survie à 5 ans de l’ordre de 31%. La caractérisation moléculaire des mCRPC a pu montrer que jusqu’à 30% de ces cancers présentent des variants pathogènes dans les gènes de réparation à l’ADN, dont ceux participant à la recombinaison homologue, principalement représentés par les gènes BRCA1 et BRCA2. Ces variants confèrent une sensibilité à une classe récente de thérapies ciblées que sont les inhibiteurs de PARP. Ces molécules, aujourd’hui d’utilisation courante dans le traitement de maintien des cancers de l’ovaire, semblent aussi efficaces dans les mCRPC « BRCA-déficients ». Des études récentes telle que l’essai PROFound dans le mCRPC suggèrent que l’inactivation d’autres gènes participant à la recombinaison homologue peuvent aussi conférer une sensibilité aux inhibiteurs de PARP.

Dans ce contexte, le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer du Centre François Baclesse a développé en 2017 une analyse des défauts de réparation à l’ADN par séquençage à haut-débit, sur un panel de 69 gènes participant majoritairement à la recombinaison homologue. A ce jour, 148 patients atteints d’un mCRPC ont bénéficié de cette analyse afin de permettre leur inclusion dans des essais cliniques. Pour 42% des patients analysés, un variant pathogène a pu être identifié. 4% des patients possédaient un variant des gènes BRCA1 et BRCA2, mais aussi 9,5% sur ATM, 5,4% sur CDK12 ou encore 2,7% sur CHEK2 ou PALB2. D’autres voies de signalisation avec un intérêt thérapeutique potentiel ont aussi été explorées. Ainsi, des variants pathogènes de PTEN ont pu être identifiés chez 10% des patients, et chez 6,7% concernant PIK3CA. Enfin, 13% des analyses se sont révélées non interprétables, majoritairement en raison d’une quantité d’ADN trop faible pour pouvoir réaliser une analyse de qualité. En considérant tous les gènes de notre panel impliqués dans la recombinaison homologue, la proportion de patients possédant un variant pathogène atteint 20%, pouvant permettre une orientation thérapeutique vers les inhibiteurs de PARP. D’autre part, 17% des patients possédaient un variant pathogène sur les gènes de la voie PI3K/AKT/mTOR, ouvrant aussi l’accès potentiel à des thérapies ciblées autres.

L’élargissement de l’exploration des cibles moléculaires actionnables dans le mCRPC pourrait ainsi, en concordance avec les résultats des essais cliniques récents, permettre à une proportion importante des patients de bénéficier de possibilités thérapeutiques les plus adaptées.

Etienne MULLER (Caen), Nicolas GOARDON, Angélina LEGROS, Robin FOUILLET, Aude LAMY, Julien LEVILLY, Aurore TRANCHANT, Florian DOMIN, Imene CHENTLI, Elodie COQUAN, Thibaut LAVOLÉ, Alexandre ATKINSON, Agathe RICOU, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA, Dominique VAUR
17:00 - 17:15 #20012 - CS33 Profil génétique des carcinomes rénaux à cellules chromophobes et caractérisation immunohistochimique de l'implication de la voie de signalisation mTOR dans leur tumorigenèse.
CS33 Profil génétique des carcinomes rénaux à cellules chromophobes et caractérisation immunohistochimique de l'implication de la voie de signalisation mTOR dans leur tumorigenèse.

Introduction :

Les Carcinomes Rénaux à Cellules Chromophobes (ChRCC) sont des tumeurs rares, représentant 5 à 10 % des tumeurs du rein. Leur profil génétique est peu connu mais l’étude du TCGA de 2014 avait notamment retrouvé des altérations génétiques somatiques au sein de gènes codant pour des protéines impliquées dans la voie de signalisation mTOR. L'objectif de notre étude était d’effectuer une caractérisation génétique précise d’une cohorte de ChRCC, complétée par un phénotypage immunohistochimique, tout en clarifiant le rôle de la voie mTOR.

Matériel et méthodes :

A partir d’une cohorte monocentrique rétrospective de 247 cas ChRCC, opérés dans les hôpitaux Necker et Georges Pompidou (Paris) entre 2001 et 2018, nous avons sélectionné 20 cas représentatifs de ChRCC non métastatiques, pour lesquels leurs profils génétiques et immunohistochimiques ont été étudiés.

Nous avons réalisé l’étude génétique somatique (ADNs tumoraux extraits de fragments congelés) et constitutionnelle (ADNs leucocytaires) par séquençage nouvelle génération. Nous avons utilisé un panel maison (SeqCap EZ HyperCap, Roche®) ciblé de 29 gènes incluant les gènes de prédisposition aux tumeurs du rein et de la tumorigenèse rénale comprenant FLCN, PTEN, TP53, TSC1, TSC2 et MTOR. Un bloc de Tissue MicroArray (TMA) a été construit, regroupant 40 échantillons (fixés en formol et inclus en paraffine) des 20 tumeurs (2 par tumeur) avec leur tissu rénal sain correspondant. Nous avons effectué l’étude immunohistochimique avec des anticorps ciblant les protéines pour lesquelles des altérations génétiques avaient été identifiées ainsi que Akt, Akt-P, p70S6K, p70S6K-P et 4EBP1-P, protéines de la voie de signalisation mTOR. Le marquage a été évalué à l’aide d’un H-score (intensité (de 0 à +3) multipliée par le pourcentage de cellules marquées).

Résultats :

Six variations d'intérêt ont été identifiées au niveau somatique (5 sur le gène TP53 et une sur MTOR) ainsi qu'une variation constitutionnelle du gène TSC2. L’immunomarquage de la protéine TP53 n’a pas permis de discriminer les tumeurs mutées des autres tumeurs. En revanche, les 2 tumeurs porteuses d'une altération génétique dans la voie mTOR, présentaient un marquage fort des protéines ciblant cette voie, comparativement au tissu rénal sain, et aux 18 autres tumeurs, où le marquage était faible ou absent.

Conclusion :

Les mutations du gène TP53 sont les plus fréquemment impliquées dans la tumorigenèse des ChRCC, mais non prédictibles par une étude immunohistochimique. En revanche, il existe une excellente corrélation entre l’expression immunohistochimique des protéines Akt, Akt-P, p70S6K, p70S6K-P et 4EBP1-P, et les altérations génétiques de la voie mTOR. Une étude plus large, portant sur l’ensemble de la cohorte et incluant des formes métastatiques de ChRCC, est en cours, ce qui pourrait permettre de mieux évaluer l’impact d’altérations dans la voie mTOR comme marqueurs pronostics et prédictifs chez les patients atteints de ChRCC.

Aurélien MORINI (Paris), Tom DROSSART, Marc-Olivier TIMSIT, Arnaud MEJEAN, Constance THIBAULT, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Judith FAVIER, Virginie VERKARRE, Nelly BURNICHON
17:15 - 17:30 #20016 - CS34 Evaluation multicentrique en « vraie vie » de l’impact du séquençage haut débit sur la prise en charge des patients atteints d’hémopathie maligne myéloïde.
CS34 Evaluation multicentrique en « vraie vie » de l’impact du séquençage haut débit sur la prise en charge des patients atteints d’hémopathie maligne myéloïde.

Le développement du séquençage haut-débit (next generation sequencing, NGS) a permis d’améliorer la connaissance du paysage génomique des hémopathies malignes. Les nouveaux biomarqueurs que sont les mutations somatiques (MS) n’ont cependant pas encore trouvé leur place dans la stratégie diagnostique et théranostique. Cette étude observationnelle multicentrique a évalué l’impact des MS détectées en NGS sur la prise en charge des hémopathies myéloïdes chroniques (HMC).

Tous les patients ayant bénéficié d’une étude moléculaire, prescrite en réunion de concertation pluridisciplinaire, entre Octobre 2014 et Mars 2019 ont été inclus. Un panel de 34 gènes a été appliqué à l’analyse d’ADN de sang périphérique ou de moelle osseuse selon une méthode Haloplex avec la technologie MiSeq Illumina.

Dans un premier groupe (A, N=94) cette analyse visait à la recherche d’une hématopoïèse clonale (HC) pour confirmer ou infirmer un diagnostic d’ICUS (Idiopathic Cytopenia of Undetermined Significance) ou CCUS (Clonal Cytopenia of Undetermined Significance, N=37) de syndrome myélodysplasique (SMD) de syndrome mixte MDS/NMP(N=16), d’anémie réfractaire (N=16) ou de néoplasie myeloproliférative (NMP, N=25) sur la base des recommandations OMS. Dans un second groupe (B), le but était de mesurer l’impact théranostique des MS en fonction des données de la littérature.

Au sein du groupe A (N=94), les anomalies principales étaient des cytopénies (68%), une thrombocytose (16%) ou une monocytose (13%). Un caryotype normal avait été retrouvé pour 77% des patients et était non informatif pour 5%. Une HC a été observée chez 31 patients, confirmant un diagnostic de HMC. A l’inverse, l’absence d’HC (N=63) a permis d’exclure l’hypothèse diagnostique initiale dans 50% des cas, tandis qu’aucune information décisive n’était apportée pour 16 patients.

Au sein du groupe B (N=95), des MS pronostiques ont été retrouvées pour 33% des patients, de mauvais pronostic pour 24 d’entre eux. Ces observations ont eu un impact thérapeutique pour 18 patients, avec une greffe de cellules souches hématopoïétiques pour 12 et l’initiation d’un traitement par agent déméthylant pour 1. A l’inverse, une désescalade a pu être proposée à 5 patients avec des marqueurs de bon pronostic ou l’absence de marqueurs de mauvais pronostic.

Au total, l’utilisation du NGS, de façon raisonnée après décision collective, a conduit dans cette étude de vie réelle à l’obtention d’un diagnostic intégré formel dans 83% des cas pour le groupe de patients étudiés à visée diagnostique, avec 33% de confirmation et 50% d’exclusion de l’hypothèse initiale. Il est critique de considérer ces analyses en séquençage haut débit dans le contexte des autres explorations. De plus, dans la cohorte à visée théranostique, les résultats du NGS ont conduit à une modification de la prise en charge du patient dans 19% des cas, toujours en prenant en compte l’ensemble des données cliniques et biologiques de chaque patient.

Sophie VANTYGHEM, Pierre PETERLIN, Sylvain THÉPOT, Audrey MÉNARD, Viviane DUBRUILLE, Camille DEBORD, Thierry GUILLAUME, Soraya WUILLEME, Amandine LE BOURGEOIS, Alice GARNIER, Catherine GODON, Olivier THEISEN, Marion EVEILLARD, Jacques DELAUNAY, Hervé MAISONNEUVE, Nadine MORINEAU, Bruno VILLEMAGNE, Stéphane VIGOUROUX, François SUBIGER, Elsa LESTANG, Marion LOIRAT, Anne PARCELIER, Pascal GODMER, Mélanie MERCIER, Adrien TREBOUET, Lenaig LE CLECH, Ronan LE CALLOCH, Céline BOSSARD, Anne MOREAU, Valérie UGO, Mathilde HUNAULT, Philippe MOREAU, Steven LE GOUILL, Patrice CHEVALLIER, Marie C BÉNÉ, Yannick LE BRIS (Nantes)
17:30 - 17:45 #20386 - CS35 Données cliniques et moléculaires issues de la base de données du consortium européen “Care for CMMRD” à propos de 88 patients CMMRD (constitutional mismatch repair deficiency) : discussion des aspects digestifs et du chevauchement phénotypique avec le s.
CS35 Données cliniques et moléculaires issues de la base de données du consortium européen “Care for CMMRD” à propos de 88 patients CMMRD (constitutional mismatch repair deficiency) : discussion des aspects digestifs et du chevauchement phénotypique avec le s.

Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency), dû à des mutations bialléliques constitutionnelles dans un des 4 gènes MMR, est caractérisé par des tumeurs multiples et précoces qui incluent des tumeurs du spectre du syndrome de Lynch. A partir des données de la base européenne du consortium Care For CMMRD (C4CMMRD) nous rapportons la présentation clinique et moléculaire de 88 patients CMMRD avec une description plus particulièrement ciblée sur les aspects digestifs.

Parmi les 156 tumeurs développées par ces patients, on note 39 cancers digestifs, principalement, mais pas exclusivement, au niveau colorectal. Ces cancers sont rapportés chez 28 patients avec un âge médian de 17,5 ans (7-33). Ce type de cancer était la première manifestation de la maladie pour 14 patients et la cause de décès pour 7 patients. Toutes les tumeurs digestives analysées, sauf deux, présentaient une instabilité des microsatellites et toutes, sauf une, une immunohistochimie anormale dans la tumeur. Seulement la moitié d’entre elles présentaient également une perte en tissu sain. Nous disposons des données endoscopiques pour 33 patients. Des adénomes coliques sont rapportés chez tous sauf un, le plus jeune à l’âge de 9 ans. Plus de la moitié de ces patients avait des adénomes multiples ( > 10) et tous au moins un adénome avancé. Enfin certaines situations cliniques illustrent un chevauchement phénotypique entre le syndrome CMMRD et le syndrome de Lynch qui peut compliquer le diagnostic.

En conclusion, les patients CMMRD ont une atteinte sévère y compris au niveau digestif avec de multiples adénomes et des cancers précoces à la fois au niveau colique mais aussi sur le reste du tube digestif. Un dépistage précoce et intensif de ces lésions est nécessaire car leur résection permettrait d’éviter leur dégénérescence. Des recommandations de surveillance ont été publiées par le consortium C4CMMRD en 2014 et sont en cours d’évaluation. Le continuum clinique entre syndrome CMMRD et syndrome de Lynch suggère un continuum moléculaire dont le mécanisme est encore en cours d’exploration.

Chrystelle COLAS (PARIS), Hélène DELHOMELLE, Marine LE MENTEC, Bruno BUECHER, Jérome VIALA, Edouard COTTEREAU, Delphine BONNET, Thierry FRÉBOURG, Laurence FAIVRE, Sophie LEJEUNE, Natacha ENTZ-WERLE, Julie TINAT, Françoise DESSEIGNE, Dominique LEROUX, Arnault VERSCHUUR, Nicolas JANIN, Christine DEVALCK, Sheila UNGER, Amal BENMOUSSA, Edita KABICKOVA, Maurizio GENUARDI, Daniel RUEDA, Yael GOLDBERG, Zohar LEVI, Clara RUIZ PONTE, Danuta JANUSZKIEWICZ-LEWANDOWSKA, Martine MULÉRIS, Katharina WIMMER, Hans VASEN, Laurence BRUGIÈRES
17:45 - 18:00 #20084 - CS36 Apports des Unique Molecular Index pour la détection de mosaïque germinale par NGS : retour d’expérience dans la néoplasie endocrinienne multiple de type 1.
CS36 Apports des Unique Molecular Index pour la détection de mosaïque germinale par NGS : retour d’expérience dans la néoplasie endocrinienne multiple de type 1.

La néoplasie endocrinienne multiple (NEM1) est une maladie héréditaire à transmission autosomique dominante, due à des anomalies du gène MEN1, qui se caractérise par l’association de plusieurs lésions du système endocrines : hyperparathyroïdie (HPT, 90-95%), tumeurs neuroendocrines digestives (TNED, 30–70%), adénomes hypophysaires (HYP, 30–40%),  parfois associées à des lésions dites mineures : adénomes surrénaliens, tumeurs carcinoïdes, thymomes … (1,2). Les analyses constitutionnelles classiques, séquençage et MLPA, sont positives chez plus 90% des patients présentant une NEM1 cliniquement bien authentifiée (1). Quelques cas de mosaïcisme ont été décrits pour le gène MEN1, principalement mis en évidence lors de la transmission de la maladie à la descendance (3–5). L’utilisation d’une librairie ciblée QIAseq Targeted DNA Panels (Qiagen) incluant des UMIs (unique molecular index),  permet de descendre le seuil de détection des mutations de faible fréquence allélique (FA) en éliminant les erreurs de séquençage. Les UMIs sont constitués de séquences uniques aléatoires (412 possibilités) permettant d’identifier les copies générées à partir d’un même fragment d’ADN au cours des étapes de PCR. Un traitement bio-informatique spécifique avec le logiciel CLC Genomics Workbench (Qiagen) permet de dissocier les reads uniques (ou singleton) des duplicats de PCR, en éliminant les discordances au sein des duplicats de PCR.

Au cours de notre activité de diagnostic, nous avons ainsi mis en évidence 3  variants pathogènes en mosaïque chez des patients atteints de NEM1 (séquençage sur MiseqDx (Illumina)) dont l’analyse par séquençage Sanger + MLPA de première intention était négative. La présence de la variation pathogène a été confirmée par une seconde technique ou sur un second prélèvement.

Patient #1 : HPT à 28 ans, tumeur carcinoïde médiastinale  à 35 ans, Hyp à 37 ans

MEN1 NM_130799.2: c.375_376delAT, p.(Ile125fs*54)                 FA= 5.7 % (profondeur 875X)

Patient #2 : HPT, thymome à 44 ans

MEN1 : c.496C>T, p.(Gln166*)                                                    FA= 9.5 % (841X)

Patient #3 : HPT, TNED, thymome, HYP à 60 ans

MEN1 : c.784-9G>A, p.( ?)                                                          FA= 2.4 % (877X)

 

Ces premiers cas identifiés au sein du laboratoire montrent que le mosaïcisme germinal est à prendre plus en considération dans les situations d’explorations négatives pour des profils cliniques clairement associé à une NEM1 ou des cas apparents de NEM1 de novo.

Cette constatation, nous a orienté vers une analyse rétrospective de nos patients présentant cliniquement une NEM1 mais non élucidée sur le plan génétique, après une phase de validation visant à déterminer les critères qualité et le seuil de sensibilité ad hoc permettant de garantir un résultat fiable.

Références:

1.Thakker et al. JCEM 2012

2.Romanet et al JCEM 2019

3.Coppin et al. EJE 2019

4.Farook et al. Endocr. Abstr 2011

5.Klein et al. Genet Med 2005 

Arnaud LAGARDE (Marseille), Amira MOHAMED, Antoine TABARIN, Catherine ROCHE, Brigitte DELEMER, Anne BARLIER, Pauline ROMANET

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C27
SESSIONS SIMULTANEES 07
Génétique Chromosomique

SESSIONS SIMULTANEES 07
Génétique Chromosomique

Modérateurs : Nora CHELLOUG (Médecin) (TOURS), Caroline SCHLUTH - BOLARD (MCU-PH) (LYON)
16:30 - 16:45 #19869 - CS37 Transmission familiale de chromoanagenesis : à propos de trois familles.
CS37 Transmission familiale de chromoanagenesis : à propos de trois familles.

Les chromoanagenesis regroupent un ensemble de remaniements chromosomiques extrêmement complexes, qui correspondraient à l’éclatement d’un chromosome suivi de sa reconstitution en un évènement catastrophique unique. Les chromoanagenesis constitutionnels sont des évènements rares, encore peu connus, tant dans leur fréquence que dans leurs origines. La très grande majorité est rapportée comme de novo, impliquant préférentiellement la méiose paternelle. Seule une dizaine de cas de transmission familiale a été décrite à ce jour.

Nous rapportons 3 cas de transmission familiale de chromoanagenesis,  tous hérités d’un parent sain. Les remaniements ont été caractérisés par caryotype, FISH, ACPA et WGS (Whole Genome Sequencing). Pour 2 des 3 parents, le diagnostic de chromoanagenesis n’a pu être posé qu’après WGS.

Famille 1 : La mère est porteuse d’un remaniement du chromosome 21 impliquant 11 gains (de 197 à 593kb) et une délétion (301 kb). Durant la première grossesse, l’amniocentèse réalisée pour dépistage combiné à risque a montré chez le fœtus un chromosome 21 remanié avec la délétion maternelle (301 kb), un gain de 315 kb et un gain de la partie terminale du bras long (21q21.3qter, 19Mb) intéressant la région critique du syndrome de Down, motivant une IMG. Lors de la seconde grossesse, le fœtus était porteur de deux chromosomes 21 d’aspect normal avec seulement la délétion d’origine maternelle (301kb). La grossesse s’est arrêtée spontanément. Lors de la troisième grossesse, le chromosome 21 remanié maternel a été transmis à l’identique au fœtus. La grossesse est en cours.

Famille 2 : La mère est porteuse en ACPA d’un gain de deux copies de 514kb sur le chromosome X en Xq27. Le WGS a montré que ce gain correspond à la présence deux blocs remaniés identiques associant un gain de 41kb (aucun gène), un gain de 59kb (5 premiers exons du gène F9) et un gain de 461kb (2 derniers exons du gène F9). Son fils, suivi pour une hémophilie B, a hérité d’un chromosome X recombiné porteur d’un seul bloc de gains et d’une délétion de l’exon 6 du gène F9.

Famille 3 : Le père est porteur d’un remaniement du chromosome 10 évoquant une insertion intrachromosomique péricentrique. Le WGS a montré la présence de 15 délétions (de 1,4 à 566kb). Son fils présente un retard des acquisitions et a hérité d’un chromosome 10 recombiné présentant 9 gains (de 22,7kb à 10Mb) et une perte (11,8Mb).   

En conclusion, les chromoanagenesis constitutionnels peuvent être associés à un phénotype normal. Leur fréquence est donc très probablement sous-estimée dans la population générale. Malgré leur complexité, ces remaniements peuvent être transmis lors de la méiose maternelle aussi bien que paternelle. Leur recombinaison est possible, mais complètement imprévisible, tout comme la pathogénicité des recombinants. Ces observations illustrent la difficulté du conseil génétique dans ce type de remaniement ainsi que la difficulté de choisir la technique la plus adaptée pour le diagnostic prénatal.

 

Julie MASSON (LYON), Marion BEAUMONT, Kevin UGUEN, Céline PEBREL-RICHARD, Mathilde FRÉTIGNY, Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Isabelle PERTHUS, Claire BARDEL, Marianne TILL, Dominique BOGGIO, Nicolas CHATRON, Charline CARTELLIER, Audrey PUTOUX, Fabienne RASKIN-CHAMPION, Jérome MASSARDIER, Christine VINCIGUERRA, Patrick LUTZ, Bérénice DORAY, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
16:45 - 17:00 #20053 - CS38 Apport de la CGH array en diagnostic prénatal devant la mise en évidence d’une malformation du corps calleux. Etude rétrospective multicentrique d’une série française de 256 fœtus.
CS38 Apport de la CGH array en diagnostic prénatal devant la mise en évidence d’une malformation du corps calleux. Etude rétrospective multicentrique d’une série française de 256 fœtus.

Abstract
Objective.  Callous callosum malformation (CCM) is the most common brain abnormality found in antenatal diagnosis and it is difficult to predict its neurological prognosis. The aim of this study is to evaluate the performance of array comparative genomic hybridization (aCGH) prenatal diagnosis in corpus callosum malformations. 

Methods. In this French multicenter retrospective study, 256 fetuses with corpus callosum malformation were included. All underwent invasive prenatal diagnosis, and the samples were analyzed using aCGH. CCMs were grouped depending on the presence of additional malformations affecting the brain and/or other organs and the CCM subtype. 

Results. Of the 256 fetuses included, 42% had isolated CCM (iCCM). The most frequent CCM was agenesis (N=176, 69%). A total of 56 (24%) chromosomal anomalies were detected prenatally with 38% (N=21) diagnosis by aCGH only. Nine chromosomal anomalies were detected in group of iCCM and 47 of non isolated (niCCM). The risk of chromosomal anomalies is 10% for iCCM, 15% for niCCM associated cerebral malformation, 31% for niCCM associated extracerebral malformation and 54% for niCCM associated cerebral and extracerebral malformation.

Conclusion. CCM is often associated with chromosomal anomalies. This study evaluated the risk of detecting a chromosome anomaly according to whether CCM is isolated or associated with other anomalies. The results of this study are helpful for defining risk during pre-test counselling and during post-test genetic counselling prognosis and management can be more thoroughly apprehended when a specific chromosomal anomaly is detected.

Charlotte CAILLE (NANCY), Jean-Marie RAVEL, Leila GUESH, Françoise DEVILLARD, Claire BENETEAU, Mona MASSOUD, Sylvie ODENT, Estelle PERDRIOLLE, Laurence BOURGUIGNON, Bruno LEHEUP, Andreea APETREI, Guillaume BENOIST, Mathilde RENAUD, Severine AUDEBERT-BELLANGER, Mathilde PACAULT, Nathalie DOUET-GUILBERT, Agnes GUICHET, Clara HOUDAYER, Marie-Thérèse CHEVE, Perrine PENNAMEN, Frederic COATLEVEN, Genevieve LEFORT, Celine BONNET, Claude FEREC, Laetitia LAMBERT
17:00 - 17:15 #19845 - CS39 Détection précise de disomies uniparentales cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l'exome.
CS39 Détection précise de disomies uniparentales cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l'exome.

Introduction : La disomie uniparentale (DUP) est la rare occurrence de deux chromosomes homologues provenant du même parent. Elle est habituellement identifiée par l'analyse des microsatellites ou par SNP-array. Les DUP peuvent être pathogène dues à une modification de l’empreinte parentale, des variations pathogènes homozygotes induites ou à des aneuploïdies en mosaïques de faible intensité. Dans cette étude, nous avons tenté de détecter des DUP cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l’exome (SE) en solo et en trio.

Méthodes : Pour identifier les DUP, nous avons appliqué soit une méthode basée sur les erreurs héréditaires mendéliennes dans une cohorte de 4.912 SE en trio (tous types de DUP), ou soit une méthode basée sur la deviation absolue de la taille médiane des régions d'homozygotie dans une cohorte de 29.723 SE en solo (isodisomie seulement). L’ensemble des codes et scripts sont disponibles en licence libre : https://github.com/kyauy/UPDive.

Résultats : Nous avons réussi à identifier trois DUP mixtes, trois isodisomies et deux DUP segmentaires précédemment détecté par SNP array. De plus, nous avons identifié dans notre cohorte trois nouvelles DUP segmentaires et 11 nouvelles isodisomies. Parmi elles, trois sont impliqué dans un trouble de l'empreinte parentale. Par exemple, une isodisomie maternelle du chromosome 7 (associée au syndrome de Silver-Russell) a été detecté et correspond au phénotype du patient. Deux DUP sont localisées sur une variation pathogène homozygote, ce qui signifie qu’un seul parent serait porteur hétérozygote de la variation respective et change le conseil génétique. Par exemple, une variation non-sens homozygote (NM_000123.3:c.1096C > T (p.(Arg366*))) du gène ERCC5 associé au syndrome cérébrooculofaciosquelettique type-3 a été détectée sur une disomie segmentaire maternelle du chromosome 13. L'identification d’une DUP est de signification inconnue pour les huit autres patients.

Conclusions : La DUP peut être facilement identifiée à partir du SE en solo ou en trio. Cette découverte peut être cliniquement pertinente pour les patients. Nous proposons que l'analyse des DUP soit appliquée en routine diagnostique dans les pipelines de SE cliniques, car elle augmente le rendement diagnostique et peut changer le conseil génétique.

Kevin YAUY (Grenoble), Nicole DE LEEUW, Helger G YNTEMA, Rolph PFUNDT, Christian GILISSEN
17:15 - 17:30 #20465 - CS40 Résultats du séquençage d’exome en prénatal devant une anomalie du corps calleux sur une série de 49 fœtus : faisabilité, intérêt et limites.
CS40 Résultats du séquençage d’exome en prénatal devant une anomalie du corps calleux sur une série de 49 fœtus : faisabilité, intérêt et limites.

Introduction : Le diagnostic d’une anomalie du corps calleux (ACC) est le plus souvent réalisé en prénatal lors de l’échographie du 2ème trimestre. Lorsqu’elle est isolée, le pronostic neuro-développemental est très variable (70 à 80% des enfants ont un développement dans les normes, et 20 à 30% une déficience intellectuelle), et dépend essentiellement de la cause génétique sous-jacente. Actuellement, seules les causes chromosomiques, qui représentent une minorité des causes génétiques d'ACC, sont recherchées en prénatal (caryotype et analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA)).

L’objectif principal de notre étude était d’étudier la faisabilité du séquençage d’exome (WES) en trio dès la découverte de l’ACC en prénatalafin d’augmenter les chances d’en faire le diagnostic étiologique.

Patients et méthodes : Entre septembre 2018 et septembre 2019, 49 trios ont été inclus. Le terme moyen était de 27 SA (21,7 à 34 SA). 36 ACC étaient isolées (ou associées à un signe mineur) et 13 ACC étaient associées à au moins une autre malformation, ou à plus de 2 anomalies mineures. Le WES était réalisé avec le kit MEdExome (ROCHE) sur ADN fœtal extrait du liquide amniotique. Seules les variations pathogènes ou probablement pathogènes (classes 4 et 5) dans les gènes connus d’ACC et/ou de DI étaient rendus. Les données secondaires n’étaient pas recherchées.

Résultats : Le résultat du WES a été rendu dans un délai moyen de 23.6 jours (14j–48j). Dans 2/49 cas, le résultat n’a été disponible qu’en post-natal (accouchement prématuré dans un cas, inclusion à un terme très tardif dans le second cas).

Une variation ponctuelle pathogène ou probablement pathogène a été mise en évidence dans 8/49 cas (16 %) (PPP2R1A, KIF1A, KANSL1, ASXL3, SHROOM4, BRAT1, PTPN11, TUBA1A). De plus, un CNV pathogène a été identifié par WES dans 3/49 cas (6 %) (del 17q21, del 2q22, del 6qter), confirmé par l’ACPA qui était réalisée en parallèle. Parmi ces diagnostics, 3 étaient des ACC apparemment isolées après IRM fœtale (PPP2R1A, KANSL1, PTPN11).

Dans 10/11 cas (91%) où le diagnostic était établi, il s’agissait de syndromes avec handicap intellectuel constant. 7/11 couples (63%) se sont orientés vers une IMG. 3 couples ont souhaité poursuivre la grossesse (KANSL1, BRAT1, del 6qter), parmi lesquels un a choisi un accompagnement palliatif néonatal (BRAT1). Dans un cas, le résultat n’a été disponible qu’après la naissance (PTPN11).

Discussion : Les résultats de cette étude permettent de montrer la faisabilité du séquençage d’exome en prénatal dans cette indication d’ incertitude pronostique. Dans 22% des cas, l’établissement d’un diagnostic étiologique a permis d’aider les couples à prendre une décision plus éclairée concernant l’issue de la grossesse. Cette approche, qui pourrait être étendue à d’autres malformations à pronostic incertain, nécessite néanmoins une réflexion collégiale et une information adaptée en raison des questions éthiques liées au séquençage haut débit en prénatal.

Solveig HEIDE (PARIS), Myrtille SPENTCHIAN, Stéphanie VALENCE, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Corinne MACH, Elodie LEJEUNE, Valérie OLIN, Claude ESTRADE, Aurélie WAERNESSYCKLE, Sabina KARAGIC, Julien BURATTI, Catherine GAREL, Cyril MIGNOT, Valérie LAYET, Vassilis TSATSARIS, Marie-Amélie ROCCHISANI, Sébastien MOUTTON, Matthieu MILH, Magali GORCE, Marta SPODENKIEWICZ, Geneviève QUENUM MIRAILLET, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Mathilde NIZON, Marie VINCENT, Sandra MERCIER, Claire BENETEAU, Vincent DES PORTES, Elise BOUCHER, Agnès GUET, Laurent MANDELBROT, Alexandra BENACHI, Audrey PUTOUX, Jean-Marie JOUANNIC, Boris KEREN, Delphine HERON
17:30 - 17:45 #19810 - CS41 Architecture du génome et pathologies: l’exemple des CNVs en 16p11.2.
CS41 Architecture du génome et pathologies: l’exemple des CNVs en 16p11.2.

Les délétions et les duplications récurrentes en 16p11.2 sont l’une des causes les plus fréquentes de troubles psychiatriques et neuro-développementaux. Ces réarrangements sont présents chez 1% des personnes atteintes d’autisme et de schizophrénie. L’IMC et le périmètre crânien sont tous deux corrélés négativement au nombre de copies 16p11.2.

 

En utilisant des données de biobanques, nous avons découvert que le nombre de copies de 16p11.2 est aussi corrélé avec l'âge de la ménarche (AdlM) et à des troubles de l'appareil reproducteur. À l'appui de ces observations, les modèles murins 16p11.2 présentent des malformations des organes reproducteurs et une apparition de la puberté altérée. Nous avons mis en évidence une corrélation négative entre les copies de 16p11.2 et le volume de l’hypothalamus chez l’homme et la souris. Le knock-out et la surexpression d’ASPHD1, un gène de cette région principalement exprimé dans le cerveau et l'hypophyse, modifient le nombre de neurones libérant de la GnRH. Au total, nos données démontrent le pouvoir d’une approche interdisciplinaire pour élucider l’étiologie de maladies complexes.

 

Les réarrangements pathogènes 16p11.2 sont engendrés par recombinaisons homologues non-alléliques de duplications segmentaires (low-copy repeats ou LCR) spécifiques à l'espèce humaines. Ces dernières sont apparues au début de la lignée humaine moderne et ont augmenté rapidement en fréquence jusqu’à se fixer dans la population. Cela suggère que leur expansion présente un avantage évolutif qui l'emporte sur l'instabilité chromosomique. Ces LCRs sont polymorphes en nombre de copies et incluent 3 à 8 copies de BOLA2, un gène impliqué dans la maturation des protéines cytosoliques Fer-Soufre. Afin d’étudier l’avantage potentiel sur le métabolisme du fer offert par l’expansion rapide de BOLA2, nous avons évalué les traits hématologiques et la prévalence de l’anémie chez 379’385 témoins et des personnes ayant perdu ou gagné des copies de BOLA2 (del et dup 16p11.2). La délétion 16p11.2 est fortement associée à une anémie (p = 4e-7, OR = 5), en particulier l’anémie ferriprive. Si nous stratifions ces résultats par le nombre de copies de BOLA2, nous observons une association entre un faible nombre de copies du gène et l’anémie (P = 2e-3) en particulier chez les individus avec trois copies (6 sur 14 ; 43%). Conformément aux données humaines, le modèle murin de la délétion 16p11.2 et les souris déficientes en Bola2 montrent des signes précoces de carence en fer, une diminution du taux d'hémoglobine, une réduction du nombre de globules rouges et une augmentation de la protoporphyrine-zinc. Nos résultats indiquent que BOLA2 participe à l'homéostasie du fer in vivo. Son expansion rapide pourrait avoir contribué à protéger les hommes d’une carence en fer, notre espèce ayant élargi avec succès son aire écologique au prix d’une prédisposition accrue aux réarrangements associés à l’autisme.

Alexandre REYMOND (Lausanne, Suisse), Giannuzzi GIULIANA, Männik KATRIN
17:45 - 18:00 #20278 - CS42 Analyse par puce à ADN « single nucléotide polymorphism » chez 223 familles d’enfants nés avec un hypospadias distal isolé.
CS42 Analyse par puce à ADN « single nucléotide polymorphism » chez 223 familles d’enfants nés avec un hypospadias distal isolé.

But de l’étude. L’hypospadias est l’anomalie congénitale des organes génitaux externes du garçon la plus fréquente. Son incidence est en constante augmentation bien que les causes restent encore inconnues. Des facteurs endocriniens, vasculaires et environnementaux ont été incriminés et l’origine génétique en cas de forme mineure reste probablement sous-estimée. L’objectif de cette étude était de réaliser une étude pangénomique par puce à ADN « SNP » chez des enfants nés avec un hypospadias distal isolé et leurs parents.

Méthodes. Une cohorte de 284 enfants a été établie depuis 2011 dans laquelle 223 garçons présentent un hypospadias distal isolé sans consanguinité ni origine familiale. L’ADN germinal de ces patients a été extrait des lymphocytes sanguins selon la technique habituelle. Un caryotype standard puis une analyse pangénomique par puce à ADN « SNP 12 chips (Illumina®) » ont été réalisés pour tous les patients.

Résultats. Dans cette cohorte, 41 anomalies (18,4%) pouvant être en lien avec la survenue d’un hypospadias distal isolé ont été identifiées par puces à ADN. L’étude de ségrégation familiale a mis en évidence un caractère héréditaire dans six cas. Une seule translocation 46,XY,t(7;11)(p14;q23) de novo a été visible sur le caryotype. Des variations du nombre de copies susceptibles d’être impliquées dans cette pathologie étaient présentes chez 30 patients : 17 duplications, trois délétions, six double-duplications, trois délétions, deux délétions/duplications et une translocation avec duplication, qui englobent un total de 25 gènes candidats. L’étude pangénomique a retrouvé des régions d’homozygotie > 2 Mb chez cinq patients, qui pourraient abriter des mutations à l’état homozygote dans des gènes candidats. L’étude de ségrégation familiale n’a mis en évidence aucun caractère héréditaire.

Conclusion. L’analyse pangénomique par puces à ADN a trouvé de façon surprenante 15,7% anomalies susceptibles d’être en lien avec la survenue d’un hypospadias distal isolé non héréditaire. L’utilisation de ces nouveaux outils d’analyse génétique semble essentielle à la compréhension des mécanismes de survenue de cette pathologie malgré un conseil génétique potentiellement difficile.

Adrien BLOCH (Paris), Matthieu PEYCELON, Jean-Pierre SIFFROI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Geneviève QUENUM-MIRAILLET, Fernanda FRADE, Thomas BLANC, Capucine HYON, Muriel HOUANG, Laetitia MARTINIERIE, Annabel JAOUEN-PAYE, Christine GRAPIN, Georges AUDRY, Alaa ELGHONEIMI, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE, Liza ALI

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D27
SESSIONS SIMULTANEES 08
Génétique épidémiologique et Bioinformatique

SESSIONS SIMULTANEES 08
Génétique épidémiologique et Bioinformatique

Modérateurs : Christian ANDRES (TOURS), Anne-Louise LEUTENEGGER (Chercheur) (paris)
16:30 - 16:45 #19791 - CS43 Séquençage de génomes après ACPA et séquençage d'exome trio négatifs : 27% de diagnostic positif avec une interprétation limitée aux régions exoniques et variations de structure.
CS43 Séquençage de génomes après ACPA et séquençage d'exome trio négatifs : 27% de diagnostic positif avec une interprétation limitée aux régions exoniques et variations de structure.

Les anomalies du développement et la déficience intellectuelle (AD/DI) affectent environ 3% de la population. Leur diagnostic repose sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN, la recherche du syndrome X-fragile ± l’étude de gènes ciblés orientés par les données cliniques, et plus récemment, le séquençage d’exome (ES). Actuellement, l’ensemble de ces analyses permettent de poser un diagnostic étiologique chez environ 30-50% des patients. Le séquençage de génome (GS) est donc une véritable opportunité pour ces patients car il permet une meilleure couverture exonique, la détection de variations non exoniques et l’analyse de variations de structures (SV) non décelables par d’autres méthodes cytogénétiques.

Chez 51 patients (22 garçons et 29 filles – âge moyen 13.8 ans), un GS (moyenne 30X) en trio a été réalisé. Le pipeline bio-informatique a inclus la détection des variations codantes par Haplotype Caller (GATK), des variations du nombre de copie (CNV) et des SVs par 2 approches complémentaires basées sur l’estimation de la profondeur (Control-FREEC) et les anomalies de paires et de lectures coupées (LUMPY).

Les 51 patients présentaient en moyenne 100 fois plus de variations introniques qu’exoniques et environ 2.500 SVs. En moyenne par individu, 23 variations de novo (3 exoniques et 20 introniques) et plus de 10.000 variations bialléliques (20 exoniques et 10.000 introniques) impliquaient des gènes OMIM morbides. Pour les SVs, en moyenne, 8 étaient rares et impactaient des gènes OMIM morbides.

Un diagnostic positif a été posé chez 14/51 patients (27%), incluant 8 SNVs, 1 CNV et 5 SVs. Les SNVs impliquaient CYFIP2, EIF3F, FOXG1, KMT2D, MAGEL2, PURA, SMARCE1 et ZMIZ1. Lors de l’ES, ces variations n’avaient pas été retenues car non impliquées en pathologie humaine au moment de l’analyse (CYFIP2, EIF3F, ZMIZ1), mal capturée (PURA) ou mal interprétées (FOXG1, KMT2D, MAGEL2, SMARCE1). Le CNV était une délétion partielle de GATAD2B. Les SVs incluaient 2 inversions de novo (BCL11A et MEF2C), 1 translocation (FBN1) et 2 SVs complexes (inversion-délétion de CASK et WWOX). La SV de WWOX était en trans d’1 SNV. La majorité de ces anomalies n’étaient pas décelables par des stratégies de cytogénétiques conventionnelles ou d’ES avec détection de CNVs. Des VSI ont été identifiées chez 19/51 patients (37%) incluant 23 SNVs et 3 SVs. Parmi les SNVs, 2 impactaient des gènes hautement candidats pour une nouvelle implication en pathologie humaine.

En conclusion, le GS présente un intérêt indéniable pour le diagnostic des patients avec AD/DI, même après un ES en trio. Son interprétation, rendue difficile par la quantité importante et la complexité des variations, s’avère actuellement restreinte aux variations exoniques et de structures. Seule une analyse intégrée des données de GS et de RNAseq avec des outils bioinformatiques combinant ces données permettrait d’étendre l’interprétation de ces données aux régions introniques et intergéniques.

Frédéric TRAN MAU-THEM (DIJON), Alexandre PLAGOS, Ange-Line BRUEL, Patrick CALLIER, Sebastien MOUTTON, Sophie NAMBOT, Daphne LEHALLE, Nolwenn JEAN, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Julien THEVENON, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Marjolaine WILLEMS, Christine COUBES, David GENEVIEVE, Nada HOUCINAT, Alice MASUREL, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Emilie TISSERAND, Arthur SORLIN, Bertrand ISIDOR, Solveig HEIDE, Alexandra AFENJAR, Diana RODRIGUEZ, Cyril MIGNOT, Delphine HERON, Marie VINCENT, Perrine CHARLES, Sylvie ODENT, Christel DUBOURG, Anne FAUDET, Boris KEREN, Benjamin COGNE, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO
16:45 - 17:00 #20052 - CS44 Conservation in silico des domaines topologiquement associés en population témoin, impact sur l’interprétation des CNV.
CS44 Conservation in silico des domaines topologiquement associés en population témoin, impact sur l’interprétation des CNV.

Introduction. L’implication des ruptures de frontières de domaines topologiquement associés (TAD) est maintenant bien établie comme mécanisme responsable de pathologies humaines. Cependant, hormis un faible nombre de maladies, les ruptures de frontières de TAD ne semblent pas être a priori un mécanisme fréquent de pathologies génétiques. Aussi, nous avons cherché à déterminer en population générale et à l’échelle du génome, quels étaient les TAD dont les frontières n’étaient jamais déletés et leur contenu en gène. Nous nous sommes plus particulièrement intéressés aux TAD impliquant des gènes responsables de déficiences intellectuelles.

Méthode. Nous nous sommes appuyés sur les données publiées de cartographies des TAD dans différents modèles cellulaires et sur les données publiques de variations du nombre de copies de segments génomiques (CNV) en population générale. Les coordonnées génomiques de 307430 microdélétions provenant des bases DGV, GnomAD, des annotations bénignes de ClinVar et DECIPHER, ainsi que des CNV témoins de publication (Coe et al., Nat. Genet, 2014) ont été utilisées. Douze jeux de données de Hi-C ont été croisés avec les coordonnées des CNV. Certains TAD, qualifiés de robustes, ont été identifiés sans aucune frontière touchée par un CNV de la population générale. Les contenus génique entre ces TAD robustes et les TAD non robustes ont été comparés, à la recherche d’un éventuel enrichissement en gènes des bases OMIM et SysID.

Résultats. Les 12 séries de Hi-C comportent une médiane de 2837 TAD d’une taille médiane de 700 kb. Le pourcentage médian de TAD conservés est de 39.1% [38.1% - 40.6%]. Les TAD non robuste présentent un enrichissement plus important en gènes que les TAD robustes : 10.6 gènes/TAD vs 10.0 (p < 8.5e-5). Les TAD robustes comprennent un plus grand nombre de gènes OMIM : 5.5 gènes OMIM/TAD vs 5.2 (p = 0.001) représentant respectivement 59.8% et 23.3% du contenu moyen en gènes de ces 2 groupes (p < 2.2e-16). Le contenu en gènes associés à des pathologies neuro-développementales dominantes de la base SysID est également supérieur : 0.4 gènes/TAD vs 0.3 gènes/TAD (p = 0.04). Ainsi, les TAD robustes regroupent 64.08% des gènes OMIM et 36.70% des gènes de la base SysID.

Conclusion. Ces données suggèrent que l’expression des gènes pourrait être moins sensible aux ruptures de frontières de TAD. L’analyse du contenu en gènes des deux types de TAD suggère que les TAD robustes contiennent moins de gènes, mais plus de gènes responsables de pathologies humaines et en particulier de trouble du neurodéveloppement. Ces gènes semblent sanctuarisés dans les TAD robustes. Il est donc très intriguant de ne pas observer plus fréquemment de réarrangement de frontières de TAD robustes en pathologies humaine.  Est-ce dû à des mécanismes de compensation moléculaire de tels réarrangements ? Ou à une résolution habituelle trop faible pour l’identification de micro-réarrangements à ces loci ?

Thomas SMOL (LILLE), Florence PETIT, Elise BOUDRY-LABIS, Sonia BOUQUILLON, Perrine BRUNELLE, Mélanie RAMA, Catherine ROCHE-LESTIENNE, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Jamal GHOUMID
17:00 - 17:15 #20268 - CS45 Modélisation et quantification de l’impact des CNVs sur l’intelligence générale.
CS45 Modélisation et quantification de l’impact des CNVs sur l’intelligence générale.

Contexte

Des variants du nombre de copie (CNVs) pathogènes sont identifiés chez 10 à 15% des patients référés pour troubles neurodéveloppementaux. Néanmoins, l’impact de ces CNVs sur la cognition reste mal quantifié car la majorité d’entre eux sont trop rares pour être étudiés individuellement. Dans une récente étude, nous avons développé un modèle linéaire, basé sur des scores d’annotations géniques, capable de prédire la taille de l’effet de toute délétion sur le quotient intellectuel (QI). Cependant, l’impact des duplications et des gènes ayant des tailles d’effet extrêmes n’a pu être clairement modélisé.

 

Objectif

L’objectif est d’identifier les caractéristiques du contenu génique des CNVs permettant de prédire leur impact sur les traits cognitifs. 

 

Méthodes

Nous avons analysé un grand jeu de données combinant les mesures d’intelligence générale (QI ou facteur général) et les CNVs de 20,151 individus de la population générale (5 cohortes) et 7,008 individus issus de 4 cohortes autistiques (Simons Simplex Collection, MSSNG, Autism Genome Project, et Simons foundation Powering Autism Research for Knowledge). Le modèle linéaire se base sur les gènes inclus dans les CNVs selon leurs probabilité d’être intolérant à l’haploinsuffisance (pLI), ou selon leurs ratio du nombre de variants perte de fonction (LoF) observés / nombre de LoF attendus (LoF obs/exp). Des méta- et méga-analyses ont été effectuées entre les cohortes. La validation du modèle a été effectuée en comparant sa prédiction aux observations de la littérature pour 26 CNVs psychiatriques récurrents. 

 

Résultats

La méta-analyse n’a pas montré d’hétérogénéité significative entre les différentes cohortes, y compris entre les cohortes autistiques, et nous avons pu répliquer l’estimation de l’impact des délétions sur l’ensemble des cohortes. La méga-analyse a montré que la délétion d’1 unité de pLI entraîne une perte de 2.3 points de QI (0.15 Z-score, SE=0.01, P=4.17-25). L’estimation pour les duplications est 3 fois plus basse avec une perte de 0.75 points de QI (0.05 Z-score, SE=0.01, P=1.40-9) par unité de pLI dupliquée. 

Nous avons également quantifié l’impact des gènes significativement enrichis en variants de novodans les populations neurodéveloppementales: leurs effets sont 6 à 13 fois plus important.

Les résultats observés avec le modèle appliqué sur le ratio LoF obs/exp sont similaires. Les 2 scores d’annotations sont donc aussi performants l’un que l’autre.

La concordance des estimations du modèle avec les données de la littérature s’élève à 75% pour les délétions et 72% pour les duplications.

 

Conclusion

Notre modèle, entrainé sur près de 34,500 CNVs répartis dans l’ensemble du génome, estime avec fiabilité l’impact des délétions et des duplications sur l’intelligence générale. Grâce à ces observations, un outil a été développé et est disponible en ligne pour les cliniciens. Cet outil leur permet d’estimer la contribution des CNVs rares non documentés détectés chez leurs patients.

Pauline MONIN (LYON), Catherine SCHRAMM, Elise DOUARD, Mor Absa LOUM, Maude AUGER, Martineau JEAN-LOUIS, Zohra SACI, Celia GREENWOOD, Guillaume HUGUET, Sébastien JACQUEMONT
17:15 - 17:30 #19989 - CS46 Identification de voies métaboliques associées au risque de cancer différencié de la thyroïde par analyse pangénomique.
CS46 Identification de voies métaboliques associées au risque de cancer différencié de la thyroïde par analyse pangénomique.

Une étude d’association pangénomique réalisée par le consortium EPITHYR a identifié quatre régions du génome associées au risque de développer un cancer différencié de la thyroïde (CDT) : 2q35 incluant les gènes DIRC3 et IGFBP5, 8p12 incluant le gène NRG1, 9q22 incluant le gène FOXE1 et 14q13 proche de NKX2-1. Les analyses effectuées ont considéré un par un chacun des 530 000 polymorphismes nucléotidiques (SNPs) génotypés, comme cela est classiquement utilisé. Cette approche peut néanmoins manquer de puissance pour détecter des SNPs interagissant avec d’autres SNPs. Notre objectif a été d’utiliser une stratégie basée sur les voies biologiques et les interactions protéiques connues afin d’identifier des ensembles de gènes appartenant à une même classe d’ontologie pouvant influencer l’apparition du CDT.

Notre étude a concerné 2089 cas de CDT et 2475 témoins d’origine européenne de sept études cas-témoins rassemblées dans le cadre du consortium EPITHYR et génotypés à l’aide de la puce Illumina OncoArray (environ 530 000 SNPs). Après un contrôle de qualité strict des SNPs génotypés, 460 437 SNPs ont été conservés pour l’analyse et 458 486 SNPs ont été localisés dans ou à proximité de 19 129 gènes. Ces gènes ont été assignés à des fonctions biologiques à l’aide des bases de données KEGG (361 définitions), REACTOME (1698 définitions) et GO (5203 processus biologiques, 1059 fonctions moléculaires et 652 composants cellulaires). L’analyse statistique a consisté à déterminer les voies biologiques ou les classes d’ontologie pouvant contenir un excès de gènes significativement associés au CDT à l’aide du logiciel VEGASPathway.

Notre analyse a mis en évidence 21 voies biologiques décrites dans KEGG et 75 décrites dans REACTOME qui contiennent en excès des gènes associés au CDT au seuil de P < 0.05. Les voies KEGG incluent notamment les fonctions liées au métabolisme du cholestérol, des glucides et des acides aminés tandis que les annotations de REACTOME permettent d’identifier en plus les voies de signalisation en aval du récepteur tyrosine kinase erbB2 (HER2) et régulant l’expression de ce récepteur.

Pour décrire les réseaux de gènes associés au CDT, nous avons ensuite utilisé l’algorithme EW_dmGWAS qui intègre les annotations sur les interactions protéines-protéines de la base HINT et les données du Cancer Genome Atlas de 59 CDT et du tissus normal associé pour prioriser les gènes dont l’expression est altérée dans les tumeurs. Nous avons ainsi identifié 54 modules enrichis avec les définitions de KEGG (2) ou REACTOME (52) au seuil PFDR < 0.05, dont les voies liées au métabolisme de l’amidon et du saccharose, à la glycogénolyse, au métabolisme du glycogène et au métabolisme de l’insuline.

Cette étude montre l’avantage d’utiliser une approche permettant l’analyse de nombreux marqueurs génétiques simultanément. Elle a permis de caractériser de nouvelles voies biologiques impliquant des gènes susceptibles d’augmenter le risque de ce cancer.

Om KULKARNI, Pierre-Emmanuel SUGIER, Julie GUIBON, Christine LONJOU, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND-AUGE, Delphine BACQ-BAIAN, Céline BESSE, Carole RUBINO, Marie-Christine BOUTRON-RUAULT, Evgenia OSTROUMOVA, Ausrele KESMINIENE, Pascal GUÉNEL, Florent DE VATHAIRE, Thérèse TRUONG, Fabienne LESUEUR (PARIS)
17:30 - 17:45 #19763 - CS47 Gestion des données secondaires dans le cadre des analyses pangénomiques par séquençage haut débit (projet FIND) : le point de vue des laboratoires.
CS47 Gestion des données secondaires dans le cadre des analyses pangénomiques par séquençage haut débit (projet FIND) : le point de vue des laboratoires.

Le séquençage à haut débit (SHD) pangénomique offre de nouvelles opportunités de diagnostic dans le contexte des maladies rares. Il permet d’aboutir plus fréquemment à un diagnostic primaire (but de la consultation génétique), il peut aussi conduire à la découverte de variations non en lien avec la pathologie du patient. Ces données secondaires (si recherchées activement), ou incidentes (découvertes fortuites), peuvent donner lieu à des actions préventives ou curatives s’intégrant dans une démarche de médecine personnalisée. Le fait de proposer aux patients d’avoir accès aux données secondaires ou incidentes reste largement débattu en France et à l’étranger. Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet de recherche FIND (PREPS 2016) « les données secondaires produites par SHD en diagnostic ; du besoin des patients aux modalités organisationnelles », avec 3 CRMR AnDDI-Rares participants (Dijon, Lyon, Paris Pitié). Selon le protocole, seules les variations pathogènes ou probablement pathogènes pour trois catégories de DS sont transmises au généticien prescripteur si le patient y a consenti. Le groupe 1 comprend les variations dans des gènes responsables d’une prédisposition à une maladie à révélation tardive accessible à une prévention (122 gènes, liste ACMG élargie), le groupe 2 est constitué des 114 gènes ayant des implications pour le conseil génétique (pathologies AR ou RLX). Un 3e groupe plus restreint comprend 2 gènes avec 5 variations pharmacogénétiques ciblées d’intérêt clinique.

Nous présentons les résultats pour 330 patients qui ont bénéficié de la recherche de DS dans les données de SHD de l’exome dans le cadre du projet FIND. À ce stade de l’étude (312 patients analysés), des DS ont été retrouvées chez 48 patients (15,4%) avec une répartition dans les groupes 1 (16 patients - 5%), 2 (21 patients - 6,7%) et 3 (13 - 4%). Deux patients (4%) présentaient deux DS (groupes 2 et 3). La cause de la pathologie n’a pas été élucidée pour la moitié des patients qui recevait une DS. De nombreux laboratoires experts ont été mis à contribution (20 laboratoires différents pour 52 DS candidates) lorsque les données disponibles étaient insuffisantes. Dans tous les cas, les laboratoires ont répondu très rapidement (délai de réponse 1 heure à 1 semaine) et de façon détaillée, permettant ainsi d’orienter les biologistes pour la classification des DS candidates. L’avis d’un laboratoire de référence a été nécessaire pour la moitié des DS rendues. Les gènes ayant nécessité le plus grand nombre de demandes d’avis sont CYP21A2, VWF et BRCA1/2. La recherche de données secondaires issues des données de SHD pangénomiques, leur interprétation et le rendu aux généticiens prescripteurs impactent de façon importante les laboratoires aux niveaux de leur activité (temps technicien/bio-informaticien/biologiste mesurés dans l’étude et coûts des tests génétiques ciblés) et de leur organisation au niveau national (mise à contribution du réseau de laboratoires experts).

Gaetan LESCA, Boris KEREN, Yannis DUFFOURD, Ange-Line BRUEL, Arthur SORLIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Julien BURATTI, Damien SANLAVILLE, Marie FAOUCHER, Claire GOURSAUD, Audrey LABALME, Marianne TILL, Nicolas CHATRON, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Charles-Patrick EDERY, Delphine HERON, Céline VERSTUYFT, Association Nationale Des Praticiens De Génétique ANPGM, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE (DIJON)
17:45 - 18:00 #20106 - CS48 Prise en compte de l’hétérogénéité phénotypique des patients dans les tests d’association avec des variants rares.
CS48 Prise en compte de l’hétérogénéité phénotypique des patients dans les tests d’association avec des variants rares.

Les méthodes de séquençage de nouvelle génération nous permettent aujourd’hui d’explorer le rôle des variants génétiques rares dans les maladies. Pour rechercher des associations avec des variants rares, des méthodes statistiques spécifiques ont été développées. Ces méthodes sont de deux types : (1) les tests de fardeau dans lesquels un score génétique est calculé par individu et par gène, puis comparé entre les individus, et (2) les tests de variance qui s’intéressent à la dispersion des effets génétiques. Ces différents tests ont été développés pour étudier des traits binaires (malade/non malade) ou quantitatifs. Ils ne permettent pas de comparer aux témoins des sous-groupes de malades basés, par exemple, sur la sévérité de la maladie ou son âge d’apparition (précoce/tardif).  Cette hétérogénéité phénotypique peut cependant résulter d’une hétérogénéité génétique et ne pas en tenir compte peut conduire à un manque de puissance des tests. Afin de tenir compte de l’hétérogénéité phénotypique dans les tests d’association avec variants rares, nous avons réalisé des extensions des tests de fardeau et de variance. Nous avons étudié les propriétés statistiques de ces tests à l’aide de simulations et montré les gains de puissance obtenus sous différents modèles génétiques. Nous avons également pu étudier dans quelles situations il était préférable d’utiliser les tests de fardeau ou les tests de variance. Enfin, nous avons confirmé les résultats de ces simulations sur des données réelles de séquençage issues d’une étude sur l’hémochromatose chez des patients non porteurs homozygotes de la mutation HFE p.C282Y. Nous avons pu, à l’aide de nos méthodes, comparer les patients hétérozygotes composites HFE p.C282Y/p.H63D et les autres patients aux données de séquence d’un panel de témoins de référence (projet FranceGenRef du labex GENMED). Nous avons implémenté les tests d’association sur variants rares et leurs extensions dans le package R Ravages (https://github.com/genostats/Ravages). Ce package permet de réaliser ces différents tests et d’évaluer leur puissance par simulations.

Ozvan BOCHER (Brest), Gaëlle MARENNE, Thomas LUDWIG, Kévin UGUEN, Arnaud BOULLING, Virginie SCOTET, Carine L'HOSTIS, Isabelle GOURLAOUEN, Claude FÉREC, Gérald LE GAC, Hervé PERDRY, Emmanuelle GÉNIN

18:00
18:00-19:00
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A28
ASSEMBLEE GENERALE DE LA FFGH

ASSEMBLEE GENERALE DE LA FFGH

Jeudi 23 janvier
Heure Auditorium François 1er Auditorium Ronsard Salle Descartes Salle 1 Salle 2 Salle Courteline Salle Balzac
08:00
08:00-10:00
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A31
CONFERENCE PLENIERE 3
Nouveautés en pathologies humaines

CONFERENCE PLENIERE 3
Nouveautés en pathologies humaines

Modérateurs : Médéric JEANNE (Chef de Clinique) (TOURS), Nicole PHILIP (PU-PH) (MARSEILLE)
08:00 - 10:00 Le point sur la Génétique de la sclérose latérale amyotrophique en 2020. Patrick VOURC’H (Tours)
08:00 - 10:00 Avancées dans la Génétique des infertilités masculines. Charles COUTTON (PHU) (Grenoble)
08:00 - 10:00 Actualités sur les thrombopénies héréditaires. Marie-Christine ALESSI (Marseille)
08:00 - 10:00 Place de la génétique dans la physiopathologie de la NASH. Rodolphe ANTY (Nice)

10:00 - 11:00 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
11:00
11:00-12:30
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A32
SESSIONS SIMULTANEES 09
Neuro-développement 1

SESSIONS SIMULTANEES 09
Neuro-développement 1

Modérateurs : Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (PARIS), Maximilien PERIVIER
11:00 - 11:15 #19747 - CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.
CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.

Le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) reposait jusqu’à récemment sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), la recherche du syndrome X-fragile (FRAXA) et l’étude de gènes ciblés. Si l’expertise clinique ne permet pas de cibler l’étude de gènes en particulier, ces différents outils aboutissent à un diagnostic chez seulement 20% des patients sans diagnostic clinique, au prix parfois de nombreux examens biologiques coûteux. La génétique médicale connaît actuellement un véritable bouleversement technologique par le développement du séquençage haut débit (SHD), permettant l’analyse de panels de gènes ciblés et d’exome (ES).

Le PRME DISSEQ a pour objectif d’évaluer l’efficience de différentes stratégies de SHD dans le diagnostic des patients atteints de DI à partir d’une cohorte de 330 patients (205 hommes/127 femmes) et sans investigation génétique antérieure. Trois stratégies sont été réalisées en parallèle à l’aveugle: stratégie classique (ACPA+FRAXA+séquençage de gènes ciblés), stratégie 1 (ACPA+FRAXA+panel DI459 solo) et stratégie 2 (FRAXA+ES solo).

A ce jour, environ un tiers de la cohorte a été analysée. Parmi les 39 résultats positifs (15 CNV, 25 SNV, 1 FRAXA dont 3 double hits), 16 ont été diagnostiqués par la stratégie classique (41%), 34 par la stratégie 1 (87%) et 35 par la stratégie 2 (90%) ; 35 présentaient une variation sporadique, 3 une variation héritée d’un parent, 3 des variations bialléliques et 1 un FRAXA. Seuls 30/41 variations causales (73%) ont été identifiés par la stratégie 1 (FRAXA+ACPA+panel DI459) et la stratégie 2 (FRAXA+ES), soit un taux de discordance de 27% : 5/11 retenus uniquement par la stratégie 2 car le gène causal est absent du panel, et 6/11 retenus uniquement par la stratégie 1 par discordance d’interprétation. Ces discordances étaient principalement liées à une présentation clinique atypique. Par ailleurs, la stratégie 2 a permis d’identifier des variations dans de nouveaux gènes candidats chez 3 patients.

Ces premiers résultats (ensemble des résultats disponible en fin d’année 2019) montrent que les discordances entre le panel et l’ES sont dues à l’absence des gènes causaux dans le panel et à une discordance d’interprétation dans des phénotypes atypiques pour l’ES, mais non par défaut de couverture de l’ES. Ceci conforte l’importance d’une double interprétation. Le panel ne permet pas d’identifier les variations des gènes récemment associés à la DI et montre également des limites pour identifier les CNVs, devant ainsi être couplé à l’ACPA. A l’inverse, l’ES semble efficace pour identifier SNVs et CNVs y compris dans les gènes récemment associés à la DI et dans des nouveaux gènes candidats. Cependant, le grand nombre de données disponibles pour l’ES peut conduire à un défaut d’interprétation des variations. L’approche de séquençage en trio pourrait limiter la non considération de certaines variations dans des gènes connus, non retenues du fait de phénotypes atypiques.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Bénédicte GÉRARD, Amélie PITON, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Laure SORLY, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Patrick EDERY, Nicole PHILIP, David GENEVIEVE, Alain VERLOES, Sylvie ODENT, Julien THEVENON, Annick TOUTAIN, Bonneau DOMINIQUE, Salima EL CHEHADEH-DJEBBAR, Martine DOCO-FENZY, Bertrand ISIDOR, Alice GOLDENBERG, Catherine VINCENT-DELORME, Odile BOUTE-BENEJEAN, Laetitia LAMBERT, Marie-Laure ASENSIO, Patrick CALLIER, Yannis DUFFOURD, Catherine LEJEUNE, Christine BINQUET, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
11:15 - 11:30 #19782 - CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.
CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Les variants de gènes responsables de régulation transcriptionnelle sont des contributeurs majeurs aux pathologies neurodéveloppementales. Le complexe Sin3 assure un rôle central dans la désacétylation des histones et la répression transcriptionnelle, par modulation de l’activité de l’HDAC 1/2. Parmi les deux paralogues vertébrés du complexe Sin3, SIN3A et SIN3B, le gène SIN3A est connu pour être responsable de déficience intellectuelle syndromique. Les conséquences cliniques de l’haploinsuffisance de SIN3B n’ont pas été caractérisées à ce jour. Nous décrivons une nouvelle entité associant une déficience intellectuelle, des anomalies morphologiques, ainsi que de façon variable des troubles du spectre autistique, malformations congénitales, et anomalies du corps calleux. Un des patients est également atteint d’autisme isolé. En utilisant les techniques d’analyse chromosomique par puce à ADN ou de séquençage d’exome, et à travers la mise en commun de données lors de collaborations internationales, nous avons identifié chez neuf patients des délétions ou variants nucléotidiques hétérozygotes de SIN3B. Cinq patients sont porteurs de délétions hétérozygotes incluant SIN3B, ayant permis de définir une région minimale d’intérêt de 230 kb en 19p13.11, deux individus ont une substitution non synonyme rare et deux individus une délétion d’un nucléotide à l’origine d’un décalage du cadre de lecture et d’un codon stop. Afin de caractériser in vivo les conséquences de l’ablation de SIN3B et confirmer la pathogénicité des variants non synonymes, nous avons inactivé l’orthologue du gène chez le poisson zèbre par édition génomique et suppression transitoire. Nous montrons chez les larves, après inactivation, une perturbation de l’architecture cranio‑faciale et des anomalies des axones commissuraux, soutenant l’hypothèse d’un rôle essentiel de SIN3B dans la croissance et la formation des structures antérieures. L’absence de restauration du phénotype associé à l’inactivation transitoire lors de l’injection d’ARNm variant nous permet de classer les deux variants non synonymes identifiés comme perte de fonction. Enfin, afin de préciser les conséquences moléculaires des variants de SIN3B, nous avons quantifié les activités des éléments cis‑régulateurs par Chip‑seq. Les profils d’acétylation obtenus sont similaires à ceux mis en évidence en cas d’haploinsuffisance de SIN3A : l’inactivation de SIN3B est associée à l’hyperacétylation d’une fraction de régions régulatrices dans les cellules mononuclées sanguines. En conclusion, nos résultats confirment le rôle crucial du complexe Sin3 dans le développement du système nerveux central et définissent le paysage épigénétique associé à la perturbation de son fonctionnement. Nous démontrons ainsi que l’haploinsuffisance de SIN3B est responsable chez l’Homme de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Xenia LATYPOVA (Grenoble), Marie VINCENT, Alice MOLLÉ, Oluwadamilare A. ADEBAMBO, Cynthia FOURGEUX, Tahir N. KHAN, Alfonso CARO, Monica ROSELLO, Dmitriy NIYAZOV, Damien LEDERER, Marie DEPREZ, Yline CAPRI, Peter KANNU, Anne-Claude TABET, Jonathan LEVY, Emmelien ATEN, Nicolette DEN HOLLANDER, Jagdeep WALIA, Ladonna L IMMKEN, Pawel STANKIEWICZ, Kirsty MCWALTER, Sharon SUCHY, Raymond J. LOUIE, Shannon BELL, Roger E. STEVENSON, Justine ROUSSEAU, Catherine WILLEM, Christelle RETIERE, Xiang-Jiao YANG, Philippe M. CAMPEAU, Francisco MARTINEZ, Jill A. ROSENFELD, Cédric LE CAIGNEC, Sébastien KÜRY, Sandra MERCIER, Kamran MORADKHANI, Solène CONRAD, Thomas BESNARD, Benjamin COGNÉ, Nicholas KATSANIS, Stéphane BÉZIEAU, Jeremie POSCHMANN, Erica E. DAVIS, Bertrand ISIDOR
11:30 - 11:45 #20134 - CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.
CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.

Contexte : La dégradation des protéines par le protéasome est essentielle à la protéostase des cellules eucaryotes. La rareté des variants pathogènes présents dans la cinquantaine de gènes directement impliqués dans la fonction protéasomale suggère qu’ils exercent une pression de sélection négative en compromettant la viabilité cellulaire. Par contraste avec les maladies auto-inflammatoires récessives induites par des altérations de la particule catalytique 20S du protéasome 26S, nous avons récemment décrit une pathologie neurodéveloppementale, le syndrome Stankiewicz-Isidor (MIM : 617516), causée par des variants de novo de PSMD12, gène de la sous-unité Rpn5 de la particule régulatrice 19S.

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale nous avons recruté 21 individus atteints d’un retard du développement et porteurs de 19 variants probablement pathogènes dans deux autres gènes de la particule régulatrice 19S, PSMC3 et PSMC5. Ces derniers codent pour des ATPases impliquées dans le dépliage et la translocation du substrat à dégrader vers le cœur protéolytique de la particule 20S. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'effet fonctionnel des variants sur l'activité du protéasome 26S et examiné leur impact possible sur les principales voies du neurodéveloppement. Nous avons enfin eu recours à des modèles in vivo murins et de drosophiles pour étudier leurs conséquences sur la fonction neuronale et le comportement.

Résultats : Les 19 variants candidats identifiés chez 21 individus non apparentés se distribuent en : 5 variants de novo dans PSMC3 chez 6 individus et 14 variants (13 de novo, un homozygote) dans PSMC5 chez 15 individus. La majorité des variants est localisée dans le domaine ATPase des deux sous-unités. Les individus porteurs d’un variant dans PSMC3 présentent un retard de développement et des anomalies fréquentes à l'IRM cérébrale ?, ainsi que des anomalies cardiaques et/ou squelettiques, alors que les individus porteurs d’un variant dans PSMC5 présentent majoritairement une déficience intellectuelle et des troubles du comportement. Nous avons observé une altération de la fonction du protéasome caractérisée par une diminution significative de son activité de type chymotrypsine, ainsi que par une accumulation de conjugués d'ubiquitine, une activation de la réponse réponse UPR (unfolded protein response) et une altération de l'activité mTOR.

Conclusion : Ces résultats nous permettent d’élargir la liste des gènes codant pour des sous-unités de la particule protéasomique 19S responsables de troubles du neurodéveloppement. Les altérations des gènes PSMC3 et PSMC5 perturbent les systèmes de dégradation des protéines ainsi que la voie mTOR. Des analyses protéomiques et l’examen de modèle animaux sont en cours et devraient nous permettre d'approfondir nos connaissances sur cette catégorie, de description très récente et en plein évolution, de protéasomopathies neurodéveloppementales.

Sébastien KÜRY (NANTES), Frédéric EBSTEIN, Geeske M. VAN WOERDEN, Thomas BESNARD, Cory ROSENFELT, Victoria MOST, Anna HAJDUKOWICZ, Virginie VIGNARD, Wallid DEB, Benjamin COGNE, Dustin BALDRIDGE, Cara FORSTER, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, May MALICDAN, Siddharth SRIVASTAVA, Lesley ADES, Jennifer Ann BRAULT, Hind AL SAIF, Damara ORTIZ, Consortium PSMC3/PSMC5, David GENEVIEVE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Peter W.r. HILDEBRAND, Francois BOLDUC, Ype ELGERSMA, Elke KRÜGER, Stéphane BEZIEAU
11:45 - 12:00 #20568 - CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.
CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.

Le syndrome MEHMO (acronyme pour Mental deficiency with epileptic seizures, hypogonadism and hypogenitalism, microcephaly and obesity) est une forme rare de déficience intellectuelle syndromique liée au chromosome X, causée par des mutations hémizygotes dans le gène EIF2S3. Ce gène code pour la sous-unité γ du complexe trimérique eIF2 qui joue un rôle primordial dans l’initiation de la synthèse protéique. Une mutation récurrente dans le gène EIF2S3 (p.Ile465Serfs*4) entrainant un décalage du cadre de lecture a été identifiée chez des patients sévèrement atteints tandis que les quelques mutations faux-sens rapportées sont plutôt responsables d’un phénotype incomplet de déficience intellectuelle, microcéphalie, retard de croissance et épilepsie. Nous avons identifié une nouvelle mutation faux sens (c.433A > G, p.Met145Val) à l’état hémizygote chez un sujet masculin présentant une déficience intellectuelle légère, microcéphalie et cryptorchidie. Nous avons choisi le poisson-zèbre comme modèle in vivo vertébré pour confirmer la pathogénicité de cette mutation ainsi que de trois autres mutations faux sens décrites dans la littérature. En effet, l’inactivation transitoire du gène eif2s3 orthologue du poisson-zèbre par injection d’oligonucléotides (morpholinos) entrainait un phénotype de microcéphalie partiellement compensé par la co-injection d’ARN humain EIF2S3 sauvage, et non par celle d’ARN muté. La réalisation de différentes lignées mutantes stables par la technique de CRISPR/Cas9 a  complété ces premières expériences et a permis la reproduction de la microcéphalie chez le poisson-zèbre. Des études d’immunofluorescence et d’apoptose au départ de ces différentes lignées ont montré que ce déficit était dû, en partie du moins, à une augmentation de la mort de cellules neuronales à un stade précoce du développement. Au niveau pancréatique, des études d’immunofluorescence et d’hybridation in situ ont révélé une diminution du nombre tant des celles beta sécrétrices d’insuline que des progéniteurs pancréatiques, non liée à de l’apoptose. Enfin, des études complémentaires au départ de cultures fibroblastiques de patients avec mutation faux sens ont montré la présence de la proteine  eIF2γ mais aucune apoptose n’a été mise en évidence, ni en condition de base, ni après utilisation d’inducteurs d’apoptose. En conclusion, nous confirmons l’élargissement du spectre phénotypique chez les patients avec mutation faux sens dans le gène EIF2S3 et nous suggérons que le syndrome MEHMO soit spécifiquement lié à une mutation récurrente (p.Ile465Serfs*4) dans ce gène. Nous décrivons un modèle poisson-zèbre robuste qui récapitule le phénotype humain observé. Outre l’apoptose retrouvée de façon inconstante dans nos expériences, nos études fonctionnelles sur poisson zèbre et sur cultures fibroblastiques amènent de nouvelles perspectives physiopathologiques et suggèrent des défauts précoces de différenciation cellulaire.

Stéphanie MOORTGAT (Gosselies (Charleroi), Belgique), Isabelle MANFROID, Hélène PENDEVILLE, Stephen FREEMAN, Valérie BENOIT, Ahmad MERHI, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Isabelle MAYSTADT
12:00 - 12:15 #20307 - CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.
CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.

Introduction: We analyzed the largest group to date of individuals from France with neurodevelopmental disorders (NDD) coming from four hospitals of AP-HP, France (Robert Debré, Trousseau, La Pitié Salpétrière, Jean Verdier). The data from 8,300 patients, 2,000 relatives and 2,955 controls were collected from two Illumina SNP array platforms over 5 years (2013-2017). Patients were grouped according to the biomedicine agency categories: syndromic intellectual disability (S-ID; N=3047), multiple congenital anomalies (N=1025), isolated ID (N=1058), autism (N= 1864) and other (N=1742). The CNVs were called using QuantiSNP and PennCNV and then compared to CNV partition, the algorithm used for diagnosis. Genotyping data were also used to estimate the ancestry and to compute the inbreeding coefficient as well as the polygenic score for different traits such as autism and intelligence.

Results: The analysis of this large sample of patients with NDD revealed several important results: First, QuantiSNP and PennCNV outperform CNV partition for the detection of CNVs. The new algorithms could increase the yield of genetic diagnosis (e.g. three patients with SHANK3 deletions were identified). Second, patients with S-ID, ID or autism had a higher burden of CNV affecting genes associated with NDD/autism or expressed in the brain or intolerant for deleterious mutation (pLI > 0.9) compared to controls. Interestingly patients with autism had also higher polygenic scores for autism compared to controls (p < 10-22) or other diagnostic categories (p < 10-3), confirming the strong polygenic contribution to autism. Third, we could find that a high level of inbreeding was a risk for S-ID and ID, but not for autism. Finally, the role of several genes will be discussed such as TRPM1, SHANK3, PTGER3, OTUD7A, MTMR10, PTGER3, SDHA, PIGW, HNF1B, GGNBP2, CCDC127, ACACA, KLF13, VPS37D, SPNS1, RIMBP3, BAZ1B and ATXN2L. These genes might be important to understand the shared and specific mechanisms leading to different clinical trajectories.

Conclusion: Our large-scale French study of NDD, combining new genetic approaches, provides a better yield of genetic diagnostic for NDD. It results from the collaboration between clinicians and quantitative geneticists through data sharing, standardization and multi-level analyses. In order to go further, more data such as whole genome sequencing and standardized clinical data from deep phenotyping will be necessary to provide better diagnostic and prognostic insight. We also observed a very high degree of heterogeneity in the ancestry of the population, which will require match ancestry controls in order to provide diagnostic to all individuals attending to the hospital in France, not only those from European descents for which we have control data.

Claire LEBLOND-MANRY, Freddy CLIQUET, Myriam RACHID, Alexandre MATHIEU, Julien FUMEY, Amaury VAYSSE, Thomas ROLLAND, David-Alexandre TREGOUET, Boris KEREN, Julien BURATTI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Jonathan LÉVY, Celine DUPONT, Laurence PERRIN, Alain VERLOES, Anna MARUANI, Delphine HERON, Cyril MIGNOT, Brigitte BENZACKEN, Loïc DE PONTUAL, Sandra WHALEN, Jean-Pierre SIFFROI, David GERMANAUD, Valérie BIRAN, Richard DELORME, Thomas BOURGERON, Anne-Claude TABET (PARIS)
12:15 - 12:30 #20002 - CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.
CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.

Le TSA (Trouble du Spectre de l’Autisme) est caractérisé par l’apparition précoce de difficultés persistantes dans les interactions sociales associées à un caractère restreint des activités. Le déterminisme génétique du TSA est complexe, incluant de nombreux facteurs génétiques. Ces dernières années, un très important effort de recherche a permis l’identification de plusieurs centaines de facteurs de risque génétique dans le TSA, répartis en 3 grandes catégories : (1) gènes responsables de troubles neurodéveloppementaux monogéniques dont l’autisme est l’une des manifestations possibles, (2) CNVs récurrents associés à l’autisme dans des études cas/témoins et (3) gènes présentant un excès de mutations tronquantes de novo dans les études de trios. Il importe maintenant de retranscrire ces avancées sur le rôle des variants rares de fort impact en des termes directement utilisables par les cliniciens à l’issue de la consultation de génétique recommandée par la HAS pour tout patient avec TSA.  Pour cela, nous avons établi des critères stricts pour la classification des gènes à risque ainsi que pour l’interprétation des variants et conduit une étude pilote sur 253 patients adressés à notre consultation suite à un diagnostic établi par notre centre de ressources autisme.

Nous avons séquencé l’exome de ces patients, dont 68 présentaient une déficience intellectuelle comorbide et 90 avaient reçu un diagnostic de syndrome d’Asperger. Notre pipeline bio-informatique a permis la détection des variants nucléotidiques et des variations du nombre de copies (copy-number variation, CNV). Nous avons utilisé des critères stringents pour la conception d’une liste de 217 gènes associés au TSA de façon certaine ou probable et classé ces gènes dans l’une au moins des trois catégories précédemment décrites. Pour les variants retenus, la transmission a été obtenue par séquençage Sanger des parents.

Nous avons détecté un variant génétique conférant un risque de TSA chez 19,7% des patients (IC95% : [15%-25,2%]), dont 18 sont des CNVs (7,1% [4,3%-11%]) et 32 des variants nucléotidiques (12,6% [8,8%-17,4%]). Lorsque l’échantillon a été séparé en sous-groupes cliniques, les patients avec déficience intellectuelle présentaient le taux de détection de variants pathogènes le plus élevé (30,1% [20,2%-43,2%]). Le groupe de gènes présentant un excès de variations de novo tronquantes (n= 81) est le plus fort contributeur de variants à risque chez nos patients. Les récentes grandes études de trio ayant permis leur découverte ont donc un impact majeur pour le diagnostic étiologique du TSA.

Dans la mesure où il n’y a pas actuellement de preuve d’une implication nécessaire et suffisante de ces gènes dans le TSA, nous recommandons d’éviter le terme « gènes/variants causaux de TSA » lors du rendu diagnostique et de préférer le terme « facteur de risque génétique de TSA ». Les implications de ces résultats en terme de conseil génétique seront discutées.

Thomas HUSSON (Rouen), Lecoquierre FRANÇOIS, Kevin CASSINARI, Charbonnier CAMILLE, Quenez OLIVIER, Goldenberg ALICE, Guerrot ANNE-MARIE, Richard ANNE-CLAIRE, Anne-Claire BREHIN, Soleimani MARYAM, Taton ROMAIN, Maud ROTHARMEL, Antoine ROSIER, Pascal CHAMBON, Le Meur NATHALIE, Joly-Helas GÉRALDINE, Saugier-Veber PASCALE, Anne BOLAND, Deleuze JEAN-FRANÇOIS, Robert OLASO, Thierry FREBOURG, Gael NICOLAS, Olivier GUILLIN, Dominique CAMPION

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B32
SESSIONS SIMULTANEES 10
Oncogénétique

SESSIONS SIMULTANEES 10
Oncogénétique

Modérateurs : Edouard COTTEREAU (médecin) (Tours), Julie TINAT (Médecin) (Bordeaux)
11:00 - 11:15 #20149 - CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.
CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.

Les variations pathogènes bialléliques du gène NTHL1 (Nth Like DNA Glycosylase 1) codant une glycosylase impliquée dans le mécanisme de réparation de l’ADN par excision de base (BER), sont décrites comme responsables d’une prédisposition au cancer colorectal et au développement de polypes adénomateux multiples. Actuellement, seuls 34 patients porteurs de variations pathogènes bialléliques de NTHL1 appartenant à 22 familles ont été rapportés. Le spectre tumoral des porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 est dominé par les cancers colorectaux mais d’autres tumeurs de localisations variées ont été rapportées : cancers du sein, tumeurs cérébrales, cancers urothéliaux, carcinomes basocellulaires, cancers hématologiques et cancers de l’endomètre. Actuellement, le gène NTHL1 n’est pas analysé au titre du diagnostic en France, même s’il est inclus dans des panels recherche. L’objectif de cette étude nationale consiste à documenter le nombre et le phénotype des patients porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 identifiée dans les laboratoires du Groupe Génétique et Cancer. Le gène NTHL1 est principalement analysé dans un contexte de polypose ou de cancer colorectal mais aussi dans le cadre d’un panel recherche élargi. Parmi les 10 centres effectuant l’analyse du gène, nous avons recueilli les données de 10 nouveaux patients porteurs de variations bialléliques du gène NTHL1 issus de 9 familles différentes. Il s’agit de 6 variants distincts rapportés à l’état homozygote ou hétérozygote composite. La plupart des patients ayant bénéficié d’une coloscopie (7/8) ont présenté des polypes adénomateux et/ou hyperplasiques avec un âge moyen au diagnostic de 52 ans [24-63]. Nous rapportons dans cette série un cancer du côlon à 58 ans, un cancer duodénal à 52 ans, un cancer de l’endomètre à 51 ans, un sarcome sinonasal à 46 ans, deux cancers du sein à 42 ans et 47 ans, deux carcinomes basocellulaires à 40 ans et 64 ans, un cancer du pancréas à 54 ans, un cancer de la prostate à 47 ans et un ostéosarcome à 54 ans avec l’existence de 3 cas de tumeurs primitives multiples. Il s’agit de la deuxième série en nombre de patients rapportés. Ce travail national, en augmentant les connaissances sur le spectre phénotypique des porteurs d’altérations bialléliques du gène NTHL1, encouragerait l’inclusion de ce gène dans le panel Tube digestif du Groupe Génétique et Cancer avec recommandations de prise en charge digestive adaptées aux patients à haut risque. En revanche, l’établissement de recommandations de surveillance liée au risque des autres cancers nécessite des études épidémiologiques approfondies.

Flavie BOULOUARD (Caen), Edwige KASPER, Marie-Pierre BUISINE, Gwendoline LIENARD, Stéphanie VASSEUR, Sandrine MANASE, Michel BAUAU, Virginie BUBIEN, Florence COULET, Véronica CUSIN, Marion DHOOGE, Lisa GOLMARD, Vincent GOUSSOT, Nadim HAMZAOUI, Elodie LACAZE, Sophie LEJEUNE, Jacques MAUILLON, Stéphane PINSON, Jean-Marc REY, Camille TLEMSANI, Christine TOULAS, Nancy UHRHAMMER, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE, Thierry FREBOURG, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Les Laboratoires Du GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER (GGC)
11:15 - 11:30 #20108 - CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.
CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.

INTRODUCTION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet d'analyser simultanément un grand nombre de gènes. Des panels de gènes dits «digestifs», ont été récemment mis en place et sont couramment utilisés dans de nombreux laboratoires de génétique moléculaire français. En l'absence de recommandations nationales, il existe des disparités dans la composition de ces panels et dans la prise en charge des patients porteurs de mutations délétères.

MATERIELS ET METHODES

Afin d’harmoniser ces nouveaux panels, le Groupe Génétique et Cancer (GGC)-Unicancer a constitué un groupe de travail de 19 experts (généticiens cliniciens et moléculaires, conseiller en génétique, gastroentérologues et épidémiologistes français) qui ont procédé à une revue de la littérature pour 31 gènes jugés d’intérêt en cas de suspicion de prédisposition héréditaire aux tumeurs gastro-intestinales.

Le groupe a identifié les articles comportant des estimations de risques tumoraux. Leurs résultats et éventuels biais ont été discutés afin de valider une liste des gènes dont le risque estimé semblait suffisamment fiable et élevé pour une utilisation clinique.

En raison de leur statut bien établi, les gènes MMR et APC n’ont pas été évalués. Pour le gène MUTYH, seuls les risques associés aux mutations délétères mono alléliques ont été étudiés.

Ont été retenus pour constituer le panel, les gènes dont les mutations sont associées à un risque de tumeurs du tube digestif et / ou à un phénotype digestif bien établis, justifiant une prise en charge spécifique.

RESULTATS

Ce travail a permis de définir un panel de 14 gènes d'intérêt clinique confirmé : APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH (mutations bi-allélique), PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4 et STK11 que le GGC-Unicancer recommande d'utiliser lors d’une suspicion de prédispositions aux cancers du tube digestif.

Les raisons de l'exclusion des 17 autres gènes ont été argumentées. 

L’insuffisance des estimations des risques tumoraux associés a mené à l’exclusion de gènes, en particulier CTNNA1, MSH3 et NTHL1, malgré des arguments physiopathologiques très évocateurs comme leur implication dans certaines voies moléculaires.

Les recommandations de dépistage, de prévention et le conseil génétique ont été discutés pour tous les gènes évalués.

CONCLUSION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le groupe GGC-Unicancer recommande d'utiliser ce panel de 14 gènes d'intérêt clinique établi.

En raison de l’évolution rapide des connaissances, une mise à jour annuelle de la littérature est prévue pour améliorer ce panel en cas de données nouvelles sur des gènes candidats.

Des études génétiques et épidémiologiques sont nécessaires pour mieux estimer les risques associés aux gènes non sélectionnés dans le panel actuel.

 

Marion DHOOGE (Paris), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Carole CORSINI, Nadine ANDRIEU, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Christine LASSET, Capucine DELNATTE, Antoine DE PAUW, Sophie DUSSART, Dominique LEROUX, Christine MAUGARD, Jessica MORETTA-SERRA, Cornel POPOVICI, Chrystelle COLAS, Catherine NOGUES
11:30 - 11:45 #20138 - CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.
CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.

Chez un patient atteint d’un cancer, l’identification d’une variation constitutionnelle pathogène de TP53 a un impact médical majeur, à la fois pour la prise en charge thérapeutique (chirurgie élargie plutôt que radiothérapie et chimiothérapie complémentaire pour réduire le risque de tumeurs secondaires) et pour son suivi et celui des apparentés porteurs, suivi incluant IRM corps entier, IRM cérébrale et IRM mammaire. Le défi majeur pour les laboratoires diagnostiques est l’interprétation des variations détectées dans ce gène qui sont majoritairement des variations faux-sens. Le nombre de variants de TP53 à interpréter est en évolution rapide suite à l’intégration récente de ce gène dans les panels élargis tels que ceux dédiés aux prédispositions génétiques aux cancers du sein et de l’ovaire. Notre équipe a développé il y a quelques années un test fonctionnel simple pour évaluer l’impact de variants sur l’activité transcriptionnelle de p53. Ce test réalisé dans le contexte génétique des patients nécessite l’établissement d’une lignée lymphoblastoïde, ce qui n’est pas compatible avec les exigences du diagnostic en termes de délai. Nous avons donc développé un essai fonctionnel réalisé directement sur le sang des patients et permettant d’obtenir rapidement un résultat en 7 jours. Après prélèvement sur tube EDTA, les cellules mononuclées du sang sont isolées et stimulées pendant 48h avec une combinaison de mitogènes, puis exposées pendant 8 heures à la doxorubicine afin d’induire un stress génotoxique. La réponse transcriptionnelle médiée par p53 est évaluée à la fois par RT-QMPSF et RT-MLPA mesurant l’expression de (i) 10 gènes cibles de p53, (ii) de TP53 lui-même, (iii) de 3 gènes contrôles insensibles au stress génotoxique et (iv) d’un gène marqueur du stress génotoxique. Ce test rapide permet également de révéler de façon simultanée l’impact d’altérations sur les niveaux de transcrit du gène TP53. Nous avons à ce jour réalisé cet essai fonctionnel sur près de 80 prélèvements de cas index ou d’apparentés adressés à notre laboratoire pour analyse de TP53 parmi lesquels 18 étaient porteurs d’un variant de TP53. Le test a été réalisé en aveugle en parallèle du criblage mutationnel. Les variants de classe 4 et 5 ont été clairement identifiés dans ce test par un score fonctionnel réduit par rapport aux individus de génotype sauvage. Parmi ces variants, les mutations aboutissant à un codon stop prématuré (mutation frameshift, mutation d’épissage) ont été révélées par une réduction des niveaux de transcrits de p53 par le NMD (nonsense-mediated mRNA decay). A l’aide de ce test, nous avons maintenant entrepris d’analyser des variants de signification biologique inconnue de TP53 et d’évaluer la réponse transcriptionnelle liée à p53 dans les cellules de patients très évocateurs d’un Li-Fraumeni sans mutation détectée des régions codantes de TP53 afin de démasquer d’éventuelles altérations cryptiques. * S.RAAD et M. ROLAIN contribution égale

Sabine RAAD, Marion ROLAIN, Sophie COUTANT, Céline DERAMBURE, Raphaël LANOS, Emilie BOUVIGNIES, Stéphanie VASSEUR, Edwige KASPER, Abdellah TEBANI, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Soumeya BEKRI, Gaëlle BOUGEARD, Thierry FRÉBOURG, Isabelle TOURNIER (ROUEN)
11:45 - 12:00 #19654 - CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?
CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?

Introduction: Le rétinoblastome (Rb) est une tumeur maligne intraoculaire rare de l’enfant dont la survie globale est élevée. La prédisposition au Rb est liée à des mutations constitutionnelles du gène RB1 avec une forte pénétrance dans la majorité des cas, mais des variants rares de RB1 à faible pénétrance sont également connus. Les patients avec un antécédent personnel de rétinoblastome ont un sur-risque de développer une tumeur maligne (primitive) secondaire, principalement un ostéosarcome et/ou un sarcome des tissus mous. Néanmoins, le risque de survenue d'ostéosarcome primaire chez les porteurs de mutation germinale RB1 n’ayant pas développé de rétinoblastome n’a encore jamais été rapporté.
Méthode : Nous décrivons un patient sans Rb qui a développé un ostéosarcome à 17 ans dans un contexte familial de sarcome.
Résultats: De manière inattendue, les analyses génétiques ont identifié une mutation germinale à faible pénétrance du gène RB1 [NM_000321.2: c.45_76dup; p. (Pro26Leufs*50)]. Huit autres patients porteurs de mutations RB1 à faible pénétrance, issus de la littérature et de la cohorte française de l’Institut Curie, ont également développé des ostéosarcomes et sarcomes sans Rb au préalable.

Conclusion : Nous proposons que la survenue initiale d’un sarcome ou d’un ostéosarcome primaire pourrait être une nouvelle présentation clinique de la prédisposition héréditaire lié aux variants pathogènes de RB1 à faible pénétrance. D’une part, une vigilance clinique accrue est nécessaire dans ces familles afin de dépister les tumeurs malignes primaires et secondaires telles que les sarcomes ou les ostéosarcomes. D’autre part, en complément de la surveillance ophtalmologique se discute la réalisation d’une surveillance radiologique par IRM corps entier chez les apparentés asymptomatiques porteurs de la mutation RB1 de faible pénétrance.

Marion IMBERT-BOUTEILLE, Marion GAUTHIER-VILLARS, Dominique LEROUX, Isabelle MEUNIER, Isabelle AERTS, Livia LUMBROSO-LE ROUIC, Sophie LEJEUNE, Capucine DELNATTE, Caroline ABADIE, Pascal PUJOL, Claude HOUDAYER, Carole CORSINI (MONTPELLIER)
12:00 - 12:15 #19885 - CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.
CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Près de 5 % des cancers du sein et de l’ovaire correspondent à des formes familiales liées à une prédisposition génétique. Depuis ces deux dernières décennies, de nombreuses mutations délétères conférant des niveaux de risques variables en fonction du gène affecté ont été décrites. De même, de nombreuses études pangénomiques ont mis en évidence l’existence de SNPs conférant un risque faible. Ces différentes mutations et SNPs ainsi que leur combinaison ne peuvent néanmoins expliquer l’ensemble des situations cliniques évocatrices d’un risque génétique augmenté. Cette hérédité manquante pourrait ainsi être due à des situations multigéniques ou  oligogéniques mais aussi à des événements présentant un déterminisme monogénique et affectant les séquences non codantes du génome. En effet, plusieurs études génomiques ont démontré que pour de nombreuses pathologies humaines incluant le cancer, les variants rares ne se cantonnent pas au 2% codant du génome mais qu’une grande majorité se situe dans des régions du génome occupées par des protéines liant l’ADN. Ces variants pourraient dès lors altérer des séquences régulatrices proximale ou distante, et ainsi l’expression des gènes associés.  Afin d’identifier les séquences régulatrices à distance des gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D) peu caractérisées, nous avons utilisé la méthode de capture de la conformation des chromosomes « capture-C » qui combine la technologie de capture d'oligonucléotides,  la technologie 3C et le séquençage à haut débit permettant ainsi d'interroger à haute résolution dans un seul test les interactions en cis et potentiellement en trans pour des centaines de locus sélectionnés. Dans un premier test, nous avons pu ainsi identifier des régions d’interactions avec les promoteurs de chacun de ces gènes dans des cellules primaires mammaires sauvage ou irradiées afin d’induire des cassures double brin de l’ADN. Ces zones d’interaction se situent entre une dizaine de Kb et jusqu'à 1 Mb en amont ou aval du promoteur des gènes étudiés. De plus, certaines de ces zones d’interaction interagissent de manière différentielle en fonction de l’irradiation ou non des cellules. La comparaison des données de la capture-C avec les données de Hi-C de la littérature montre que certaines interactions ne sont pas comprises dans le domaine d’association topologique (TAD) ou se trouve le gène correspondant et montre ainsi des interactions inter-TADs. Aucune interaction en trans n’a pu être observée dans ces conditions. L’identification des potentielles séquences régulatrices distantes des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D sera répliquée dans les cellules mammaires puis poursuivie dans des cellules primaires ovariennes et prostatiques afin d’identifier les séquences régulatrices tissu spécifique. L’impact de variants affectant ces séquences sera ensuite étudié dans le cadre de la prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Nicolas GOARDON (Caen), Agathe RICOU, Alexandre ATKINSON, Edwige LEMOISSON, Marilyne GUILLAMIN, Victor BARRAUX, Alain BATALLA, Germain ROUSSELET, Sophie KRIEGER, Laurent CASTERA, Laurent POULAIN, Paul-Henri ROMEO, Thierry FREBOURG, Dominique VAUR
12:15 - 12:30 #20008 - CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.
CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.

Une variation pathogène hétérozygote du gène PMS2 est identifiée chez environ 5 % des patients présentant un syndrome de Lynch. Cependant cette contribution est probablement sous-estimée et la description du phénotype associé limitée, compte-tenu de la complexité des techniques d’analyse requises, liées à l’existence de nombreux pseudogènes très homologues. Nous rapportons 200 variations hétérozygotes du gène PMS2, incluant 112 variations distinctes, identifiées chez 195 patients français, analysés dans les laboratoires de Lille, Lyon et Rouen. Nous avons classé, selon les critères InSiGHT et NGS-Diag adaptés de l’ACMG, 67 % des variations en pathogènes (classe 5), 7 % en probablement pathogènes (classe 4) et 26 % en variations de signification inconnue (classe 3). Les réarrangements génomiques représentaient 18 % des altérations. Nous avons mis en évidence des variations récurrentes, notamment la variation c.137G > T, p.(Ser46Ile) identifiée chez 18 % des patients, et pour laquelle nous avons exploré l’hypothèse d’un effet fondateur. Dans cette série, les 161 patients porteurs d’une variation de classe 4 ou 5 de PMS2, ont présenté leur première tumeur à 49 ans en moyenne. Il s’agissait majoritairement d’un cancer colorectal (80 %) ou d’un cancer de l’endomètre (8 %). De manière remarquable, sept patients ont développé un cancer colorectal avant l’âge de 30 ans, le plus jeune à 21 ans. Seuls 6 % des patients porteurs d’une variation pathogène appartenaient à une famille répondant aux critères d’Amsterdam (II). Les tumeurs des patients porteurs de variations pathogènes de PMS2 présentaient une instabilité microsatellitaire (96 %) et une perte d’expression isolée de la protéine PMS2 en immunohistochimie (76 %), confirmant ainsi la valeur prédictive positive des analyses somatiques. Nous confirmons donc sur cette série de 195 patients français (i) la faible pénétrance globale des variations pathogènes du gène PMS2, en soulignant toutefois que cela n’exclut pas la survenue de cas précoces de cancers (5 % avant 30 ans) et donc l’implication de facteurs modificateurs, et (ii) la  haute valeur prédictive positive de la perte d’expression isolée de la protéine PMS2, vis-à-vis d’une altération constitutionnelle du gène. Le gène PMS2, malgré sa complexité d’analyse spécifique, est désormais inclus dans les panels de gènes de prédisposition au cancer colorectal, mais également au syndrome sein/ovaire, ce qui conduit à l’identification d’un nombre croissant de variations de signification inconnue, dont la présence doit être confirmée par une méthode indépendante du NGS garantissant l’analyse spécifique du gène PMS2. Dans ce contexte, cette série de 200 variations interprétées constitue un atout majeur pour harmoniser l’expertise d’interprétation au niveau national et international.

Qing WANG, Julie LECLERC, Gaëlle BOUGEARD, Sylviane OLSCHWANG, Stéphanie VASSEUR, Kévin CASSINARI, Denis BOIDIN, Cedrick LEFOL, Pierre NAÏBO, Thierry FREBOURG, Marie-Pierre BUISINE, Stéphanie BAERT-DESURMONT (ROUEN), (Ggc) LE GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER

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C32
SESSIONS SIMULTANEES 11
Conseil génétique, éthique...

SESSIONS SIMULTANEES 11
Conseil génétique, éthique...

Modérateurs : Viviane HIMILY (conseillère en génétique) (TOURS), Nicolas TARIS (Conseiller en Génétique) (STRASBOURG)
11:00 - 11:15 #19943 - CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.
CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.

Les maladies cardiaques héréditaires ont un mode de transmissi(on le plus souvent autosomique dominant. Ces pathologies exposent au risque de troubles du rythme et/ou d’insuffisance cardiaque. L’expression cardiaque est le plus souvent retardée à l’âge adulte et la pénétrance parfois incomplète. Depuis 1999 un test génétique prédictif est disponible pour les apparentés asymptomatiques. Il permet d’identifier ceux qui ne sont pas à risque de développer la maladie et ceux qui nécessitent un suivi médical spécifique. L’impact psycho-social du test génétique prédictif est cependant mal connu dans ces pathologies.

L’objectif est d’évaluer l’impact psychologique et socio-professionnel de la révélation du statut génétique sur des consultants adultes ayant réalisé un test génétique prédictif pour une maladie cardiaque héréditaire.  

Il s’agit d’une étude multicentrique (20 centres en France). L’avis et le vécu des consultants a été recueilli via des auto-questionnaires comprenant : échelle d’anxiété STAI, échelle d’impact de l’évènement (IES), évaluation du protocole de la consultation, de l’impact socio-professionnel, des modifications des relations interfamiliales. Dans l’étude prospective, trois auto-questionnaires ont été remplis à différents moments et dans l’étude rétrospective un seul à distance du rendu de résultat.

Un total de 517 consultants (42.3±16.7 ans, 60.6% femmes) ont été inclus (prospectif N=264 ; rétrospectif N=253). Les principales motivations pour réaliser le test étaient : 65.3% « pour lever le doute », 64.0%, « pour les enfants », 34.9% « pour bénéficier d’une surveillance médicale ». La majorité des consultants n’ont pas exprimé de regret à l’issu du test (2.3% ont regretté). Le résultat n'a pas entraîné de changement socioprofessionnel ni de changement dans les relations familiales dans 60,7% des cas (étude prospective). L’étude rétrospective met en évidence plus de changements dans le statut socioprofessionnel et/ou dans les relations familiales (changements perçus comme favorables ou défavorables) chez les porteurs de mutations (p < 0,0001). Le niveau d'anxiété (STAI) augmente avant le résultat du test et diminue pour revenir au niveau de base. Les sujets initialement anxieux sont plus susceptibles d'être anxieux après le résultat du test (p < 0,0001), quel que soit le résultat du test (étude prospective). Les sujets ayant des antécédents de dépression étaient plus susceptibles de développer de l'anxiété (p=0,004), quel que soit le résultat du test (étude rétrospective).

Nos résultats montrent que contrairement à l’idée reçue, le bénéfice médical n’est pas la motivation première des consultants réalisant un test génétique prédictif en cardiogénétique. La révélation du statut génétique n’entraine pas ou peu d’impact négatif au niveau psychologique et socio-professionnel, lorsque la démarche est réalisée au sein d’une équipe ayant une expertise en médecine prédictive.

Céline BORDET (PARIS), Sandrine BRICE, Carole MAUPAIN, Estelle GANDJBAKHCH, Bertrand ISIDOR, Aurélien PALMYRE, Alexandre MOERMAN, Annick TOUTAIN, Sylvie ODENT, Anne Claire BREHIN, Laurence OLIVIER FAIVRE, Caroline ROORYCK THAMBO, Elise SCHAEFER, Karine NGUYEN, Delphine DUPIN DEGUINE, Cecile ROUZIER, Pierre Simon JOUK, Marylin LACKMY PORT LIS, Isabelle DENJOY, Stephanie STARACI, Rafik MANSOURI, Amine BEKHECHI, Ibticem RAJI, Veronique FRESSART, Flavie ADER, Pascale RICHARD, Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Marcela GARGIULO, Philippe CHARRON
11:15 - 11:30 #19832 - CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.
CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.

L’utilisation des techniques de séquençage nouvelle-génération permet de détecter un nombre croissant d’anomalies génétiques non sollicitées. La découverte de ces informations soulève des questions éthiques concernant le retour de ces données au patient. Le but de notre étude était de mettre en évidence les points de vue des personnes issues du grand public, des patients suivis en service de génétique médicale, et des professionnels de santé concernant l’acceptabilité de l’annonce, à un patient, de la découverte d’une anomalie non sollicitée dans diverses situations. Nous avons interrogé 449 participants afin qu’ils évaluent si la décision du médecin concernant l’annonce de résultats non sollicités leur semble appropriée. Pour ce faire, deux jeux de 36 scénarios ont été présentés aux participants. Ces deux jeux diffèrent sur la pénétrance de la maladie (multifactorielle ou monogénique) et ont été créés à l’aide de toutes les combinaisons possibles de trois facteurs (l’information et le consentement du patient sur la découverte d’une anomalie non sollicitée ; la prévention et le traitement de la maladie non sollicitée ; la décision du médecin pour annoncer les résultats non sollicités). Les profils de réponses ont été regroupés en six clusters différents. Les résultats montrent que les patients, les personnes issues du grand public et les professionnels de santé prennent tous en considération les aspects éthiques, mais les professionnels de santé prennent en considération les aspects médicaux dans une plus large mesure que les deux autres populations dans l’acceptabilité de l’annonce des découvertes non sollicitées.

Marion ROSIER (TOULOUSE), Myriam GUEDJ, Patrick CALVAS, Sophie JULIA, Christelle GARNIER, Anne CAMBON-THOMSEN, Maria Teresa MUÑOZ SASTRE
11:30 - 11:45 #19820 - CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.
CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.

Faisant le constat d’une prescription massive d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne (ECGP) dans toutes les disciplines médicales et à tous les âges de la vie, la génétique est devenue une étape courante et indispensable de la prise en charge des patients. Pourtant, ces pratiques sont caractérisées par une incertitude entre l’essor technologique de la connaissance du génome et les applications pour le diagnostic, les soins, et la prévention. 

Par ailleurs, de par ses spécificités en termes d’interprétations, de risque héréditaire ou de tests présymptomatiques, l’ECGP fait l’objet d’un encadrement juridique contraignant ainsi que de recommandations de bonnes pratiques. Cet essor de données réglementaires autour des droits des personnes (notamment en termes d’information individuelle et à la parentèle, de formalisation du consentement et de protection de la personne) et un décalage avec les pratiques caractérisent également ce domaine médical.

 Il nous est apparu indispensable d’explorer ces pratiques auprès des médecins non généticiens, qui sont et deviendront de plus en plus premiers acteurs de cette prescription. En effet des questions majeures accompagnent la prescription et le retour de résultats dans les années à venir et les équipes n’ont pas à ce jour de réponses ni de référentiels toujours clairs. Ces situations peuvent générer de grandes incertitudes et disparité de pratiques.

 Nous avons donc conçu une étude qualitative selon une méthodologie de nature sociologique avec des entretiens de médecins prescripteurs inclus dans des focus groups. Une grille d’entretiens a été élaborée après une étude exploratoire. Le champ d’études a été restreint à 4 régions administratives (Bretagne, Pays de Loire, Centre et Normandie) et à deux disciplines médicales complémentaires et emblématiques de l’utilisation courante des tests génétiques selon des capacités différentes de traitement et de prévention : l’oncologie et la neurologie. Nous avons ainsi pu mener 6 focus groups réunissant 22 médecins issus des 2 spécialités de neurologie et onco-endocrinologie au cours de l’année 2018 (Angers, Caen, Nantes, Orléans, Rennes et Tours).

 Après accord des participants, ces entretiens ont fait l’objet d’un enregistrement et d’une retranscription pour réaliser une analyse de contenu ayant pour but de documenter les divers registres et critères auxquels se réfèrent spontanément les professionnels pour apprécier les modalités de recours à cet examen, sa justification, son organisation, ses effets voulus et non-voulus.

Les points saillants de ces analyses de contenu seront présentés. En particulier, les tensions générées par cet ECGP et les vacillements professionnels induits conduisent à une demande de renforcements des collaborations entre généticiens et non-généticiens.

Laurent PASQUIER (RENNES), Guy MINGUET, Sylvie MOISDON-CHATAIGNER, Philippe DENIZEAU, Pascal JARNO, Ginette VOLF, Sylvie ODENT, Grégoire MOUTEL
11:45 - 12:00 #19812 - CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.
CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.

Introduction 

Les tests génétiques préconceptionnels ont jusqu’à très récemment uniquement concerné certaines communautés, ethnies, ou familles pour lesquelles un surrisque de maladie génétique était identifié. Un nouveau type de test préconceptionnel pourrait maintenant être proposé à la population générale. Ce test permet d’évaluer le risque pour un couple d’avoir un enfant atteint de certaines maladies génétiques rares, autosomiques récessives ou liées à l’X. Accessible à l’étranger, il n’est pas encore autorisé en France. L’objectif de notre étude était d’évaluer l’opinion de la population française concernant l’utilisation de ce type de tests.

Matériel et méthodes

L’étude repose sur un questionnaire, disponible en version imprimée et sur le logiciel de sondage en ligne Sphinx®, du 10 novembre 2017 au 05 mars 2018.  Il a été proposé à la population générale via des mailing-lists personnelles et d’associations, ainsi que sur des réseaux sociaux et au sein de cabinets médicaux. Une analyse descriptive a été réalisée et complétée par une analyse multivariée, par régression logistique, avec comme variable à expliquer l’opinion favorable à l’accès au test en France.

Résultats 

Mille cinq cent soixante-huit personnes ont participé à l’étude, 91 % sont favorables à l’accès à ce type de test en France et 57 % réaliseraient le test en cas de projet parental. Soixante-treize pour cent sont favorables à un test accessible sous prescription médicale et 78 % sont en faveur d’un remboursement par la sécurité sociale. Dix-neuf pour cent ne souhaiteraient pas recourir à ce test. Les principaux arguments avancés par les opposants au test sont les convictions éthiques et morales, l’inquiétude que ce test pourrait engendrer et la possible remise en question du projet parental. La majorité des participants estime que ce test est une véritable avancée médicale, mais qu’il peut également engendrer un risque de surmédicalisation de la grossesse et une dérive eugéniste.

Discussion 

Notre étude rapporte une opinion largement favorable à l’accès au test en France,  prescrit par un médecin, ainsi qu’à son remboursement. Cependant, chez les sujets ayant un projet parental et bien qu’ils soient directement concernés par cet examen, nous mettons en évidence une tendance moins favorable à l’accès au test en France. Bien que le test soit considéré comme une avancée médicale qui permettrait de diminuer le risque de handicap pour la descendance, les risques de dérive eugéniste et d’inquiétude générée par ces tests sont également évoqués par la majorité des participants. Le parcours de soins des futurs utilisateurs de ce test est un des enjeux de la diffusion du dépistage génétique préconceptionnel, puisque les informations dont ils disposeront et la réalisation éventuelle du test dépendront des ressources des professionnels de santé consultés

Valérie BONNEAU, Mathilde NIZON, Xénia LATYPOVA, Aurélie GAULTIER, Eugénie HOARAU, Stéphane BÉZIEAU, Guy MINGUET, Mauro TURRINI, Maud JOURDAIN, Bertrand ISIDOR (Nantes)
12:00 - 12:15 #20136 - CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».
CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».

Alors qu’il est aujourd’hui interdit en France de pratiquer des tests génétiques en dehors d’une prescription médicale ou d’une décision de justice, de plus en plus de nos concitoyens peuvent avoir accès à des données concernant leur génome en passant par des sociétés privées étrangères travaillant, via internet, en Direct To Consumer (DTC). Ces sociétés proposent, pour quelques centaines d’euros, un séquençage du génome (WGS : Whole Genome Sequencing) qui leur permet d’estimer les risques de développer un certain nombre de maladies génétiques mendéliennes ou multifactorielles.

Sous couvert d’une meilleure connaissance des risques et de la possibilité d’agir sur son mode de vie, voire de mettre en place une surveillance adaptée, et arguant de l’autonomie de décision de chacun, ces sociétés « DTC » vendent ces tests sans engager leur responsabilité en expliquant qu’elles ne fournissent aucun conseil médical. Par ailleurs, les offres commerciales proposées sont contraires aux principes fondamentaux qui régissent la réalisation des tests génétiques en France : nécessité d’une information claire et loyale avant la réalisation d’un test, nécessité de recueillir le consentement basé sur un choix éclairé de la personne, dispositif permettant des tests de qualité (autorisation des laboratoires, agrément des généticiens moléculaires), et restitution du résultat lors d’une consultation médicale pour transmettre des recommandations de prise en charge pour la personne et ses apparentés.

Les pratiques de ces sociétés « DTC » seront illustrées avec le cas d’un homme asymptomatique de 33 ans qui a sollicité en urgence la consultation de génétique de l’Institut Curie après avoir réalisé un WGS via internet et avoir été informé par e-mail de l’identification de deux variants pathogènes, l’un du gène TP53 responsable du syndrome de Li-Fraumeni et l’autre du gène APC responsable de la polypose adénomateuse familiale. Aucun des principes fondamentaux de la pratique de génétique médicale rappelés plus haut n’a été respecté et la qualité du test génétique s’est avérée désastreuse puisqu’il s’agissait, après vérification, de deux faux positifs. Nous montrerons que ce test, en plus d’avoir généré une anxiété majeure, a conduit à la réalisation d’examens de dépistage invasifs et a généré des dépenses de santé inutiles.

Alors que la révision de la loi de de bioéthique est examinée au Parlement et que certains plaident pour une libéralisation de l’accès des tests via internet, il nous apparait indispensable de défendre les principes d’encadrement des tests génétiques mis en œuvre dès la loi de 1994 et de poursuivre les développements technologiques et de recherche qui permettent d’aller vers des estimations individuelles de risque les plus précises possible. Il nous revient également de communiquer clairement auprès de la population et de nos collègues non généticiens sur le caractère dangereux que peuvent avoir ces tests s’ils ne sont pas réalisés dans un cadre strict.

Antoine DE PAUW (PARIS), Mathias SCHWARTZ, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD, Dominique STOPPA-LYONNET
12:15 - 12:30 #19788 - CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.
CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.

En systémie on sait bien qu’« il est impossible de ne pas communiquer » , dans ma pratique de psychologue dans un service de génétique médicale, il m’est impossible de ne pas prendre en compte la famille lorsque je rencontre quelqu’un porteur d’une maladie génétique.

Si cela concerne un enfant alors immédiatement la question des parents et de leur souffrance s’impose et souvent on est attentif à la souffrance de la fratrie que dans un second temps.

Il sera question dans cette présentation de voir comment la fratrie vit l'intrusion de la maladie génétique et du handicap qui en découle le plus souvent. Que la fratrie naisse "avec ça" ou que cela vienne faire interruption au cours de la vie. Ce tiers, non invité, va être support de changement, de représentations, de fantasmes. il peut construire ou détruire la fratrie. En tout cas il interroge l'individu sur les liens fraternels.

Notre propos prendra en compte les spécificités liées à la composante génétique de la maldie qui soulèvent de nombreuses questions pour la fratrie:

aQu’est-ce que cela représente pour un enfant d’entendre parler de maladie « génétique » ?

aUne maladie rare est ce que cela veut dire que l’on est exceptionnel ou seul ?

aPeut-on avoir une maladie qui n’a pas de nom ?

aY a-t-il dans le groupe famille des sous-groupes : malade/pas malade ? porteur/pas porteur ?

aA qui ressemble mon frère/ma sœur ? A nous ? A ceux avec la même maladie ?

aPourquoi il n’y a pas de médicament si on connait la maladie ?

Eva TOUSSAINT (BORDEAUX)

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D32
SESSIONS SIMULTANEES 12
Séquençage à Haut Débit

SESSIONS SIMULTANEES 12
Séquençage à Haut Débit

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
11:00 - 11:15 #20303 - CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.
CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.

Les syndromes malformatifs touchant les membres constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes. Plus de 150 gènes et de nombreux remaniements génomiques impliqués dans des formes syndromiques ou non syndromiques d’anomalies des membres ont été décrits en pathologie humaine. En raison de cette importante hétérogénéité génétique, une proportion élevée de patients reste sans diagnostic moléculaire. Depuis 2002, notre équipe s’est impliquée dans le diagnostic génotypique de ces pathologies avec la mise en place progressive de l’analyse de gènes impliqués dans le développement des membres. Au cours de ces dernières années, les avancées en matière de séquençage à haut débit ont permis la mise en place de nouvelles stratégies diagnostiques. Nous rapportons, ici, la première grande série de patients atteints de syndromes malformatifs touchant les membres analysés par séquençage à haut débit ciblé.

Le recrutement a été réalisé sur une période de 3 ans. Trois cent cinquante patients, cas index, ont été inclus et classés en 7 grandes catégories phénotypiques après évaluation clinique centralisée : anomalies radiales, ectrodactylies, autres anomalies réductionnelles, brachydactylies, polydactylies, anomalies de fusion et hypo/aplasies patellaires. Quarante-trois à 52 gènes ou séquences régulatrices ont été étudiés par une technologie à haut débit par capture permettant la détection des variations ponctuelles (SNP) et des variations du nombre de copies (CNV).

Au total, 134 SNP et 26 CNV ont été identifiés chez 152 patients. Soixante-douze de ces variants n’avaient encore jamais été rapportés dans la littérature.  Cent trente variants ont été classés comme pathogènes ou probablement pathogènes permettant une confirmation diagnostique chez 124 patients, soit un rendement diagnostique moyen de 35,2%.  Ce taux est meilleur dans les formes syndromiques (43%) que dans les formes isolées (26%). Une analyse de la cohorte en fonction des différentes catégories phénotypiques montre que le rendement varie de 9,5% dans le groupe des anomalies réductionnelles à 95% dans le groupe des hypo/aplasies patellaires, confirmant qu’une évaluation clinique minutieuse des patients est indispensable.

Les résultats de cette étude montrent également que, pour le diagnostic moléculaire de ces pathologies, l’approche par séquençage à haut débit de cibles bien choisies constitue un outil efficace et rentable en pratique clinique puisqu’il nous a permis d’améliorer notre rendement diagnostique de 7.7%. Sept pour cent des altérations identifiées dans la cohorte correspondant à des CNV, il est aujourd’hui indispensable d’inclure la détection de ce type d’altérations dès les premières investigations moléculaires.

Fabienne ESCANDE (LILLE), Anne-Sophie JOURDAIN, Malika BALDUYCK, Perrine BRUNELLE, William DUFOUR, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Cindy COLSON, Anne DIEUX, Marion GERARD, Jamal GHOUMID, Fabienne GIULIANO, Alice GOLDENBERG, Philippe KHAU VAN KIEN, Daphné LEHALLE, Gilles MORIN, Sébastien MOUTTON, Thomas SMOL, Clémence VANLERBERGHE, Florence PETIT, Sylvie MANOUVRIER-HANU
11:15 - 11:30 #20454 - CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.
CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.

L’établissement du diagnostic étiologique d’une pathologie congénitale à révélation néonatale est une étape indispensable pour guider la prise en charge des patients et proposer un conseil génétique adapté. L’apparition des nouveaux outils de génétique pangénomiques a permis de raccourcir drastiquement les délais et d’augmenter considérablement les performances diagnostiques.

Dans le cadre de l’étudemontpellieraine REUNIR (Rapide Exome en Unité de Néonatologie soins Intensifs Réanimation) financée par un appel d’offre interne, nous avons proposé d’évaluer la faisabilité et l’efficacité de la mise en place d’un circuit « d’urgence »,  afin de réduire le temps de production d’un exome-trio avec résultat définitif dans un délai maximum de 16 jours. L’étude a prévu l’inclusion de 10 enfants, âgés de 0 à 12 mois, hospitalisés en réanimation, présentant un syndrome malformatif et/ou une détresse neurologique pour lesquels une origine génétique est suspectée, sans orientation diagnostique certaine.

A l’heure actuelle, nous avons inclus 6 enfants, âgés de 8 à 60 jours,  présentant une hypotonie (5/6), des convulsions (2/6), une malformation cardiaque (2/6), des anomalies cranio-faciales (2/6), une insuffisance rénale (1/6).

Les librairies ont été préparées par SureSelect QXT Human All Exon V7 (Agilent), puis séquencées par NextSeq® 500/550 Mid Output Kit v2, Illumina. L’analyse et l’interprétation de l’exome en RCP post-test  ont pu être réalisées en moyenne en 12 jours  (8-14).

 Le rendu de résultats aux parents a pu être effectué en moins de 16 jours pour tous les patients. Le résultat était positif chez 3 patients avec identification de mutation dans les gènes NSD1 (n=1), MTM1 (n=1), KCNQ2 (n=1). Le résultat a modifié la prise en charge pour ces patients : il a permis de surseoir à la réalisation de biopsie musculaire (n=1), ponction lombaire (n=1), bilan métabolique (n=3), d’adapter le traitement épileptique spécifiquement chez le patient présentant une mutation KCNQ2, d’orienter le patient présentant une mutation MTM1 vers un protocole thérapeutique. Deux patients sont décédés (âges de décès : 6 et 113 jours). L’identification de la mutation MTM1, héritée,  a permis de proposer un conseil génétique adapté pour les apparentés concernés, incluant plusieurs femmes avec projet parental.

Le nombre de patients inclus est faible mais ces résultats préliminaires semblent néanmoins similaires à ceux  rapportés au sein des séries les plus récentes (Wu  et al.2019). Au total, à l’heure actuelle, nous confirmons la faisabilité  au sein d’un CHU français et l’intérêt du fast-exome chez des nourrissons dans des situations d’urgence en réanimation, permettant d’épargner des examens invasifs et/ou coûteux, d’identifier un diagnostic dans la moitié des cas, et d’améliorerspécifiquement la prise en charge. Ce projet nous a amené à réfléchir aux modalités d’organisation des différentes équipes protagonistes afin de réduire les délais de rendu de résultat aux familles.

Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Guilaine BOURSIER, Kevin YAUY, Deborah MECHIN, Nathalie RUIZ-PALLARES, Christine COUBES, Lucile PINSON, Constance WELLS, Patricia BLANCHET, Marion IMBERT-BOUTEILLE, Thomas GUIGNARD, Jacques PUECHBERTY, Emmanuelle HAQUET, Odile PIDOUX, Sabine DURAND, Mahlia BADR, Christophe MILESI, Julien BALEINE, Gilles CAMBONIE, Floriane HEMERY, Maelle DEREURE, Olivier ARDOUIN, Marie-Christine PICOT, Renaud MESNAGE, Florence MASSON, Valentin RUAULT, Lucile MAZIERES, Isabelle TOUITOU, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT-HOUARI
11:30 - 11:45 #19818 - CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.
CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.

Introduction
En néphrologie adulte, les examens de génétique sont rarement prescrits et le plus souvent dans des cas archétypaux avec histoire familiale. En France, les tests génétiques habituellement réalisés sont des panels de gènes, sélectionnés au mieux selon le phénotype du patient. Depuis un an, nous avons mis en place une approche par séquençage de l’exome en première intention chez les adultes jeunes avec néphropathie d’origine indéterminée. Nous avons évalué le rendement diagnostique et les répercussions cliniques de cette approche, ceci dans le contexte des pré-indications du plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).


Patients & Méthodes        
Dans le cadre du soin courant, depuis septembre 2018, les patients incidents de moins de 45 ans, avec une néphropathie d’origine indéterminée, ont été prélevés pour un séquençage d'exome. Les patients atteints d’une polykystose dominante étaient exclus de l’étude. L’ADN génomique a été extrait, les régions codantes de l'exome (33 mégabases) ont été enrichies avec le kit Twist Human Core Exome, puis séquencées en paired-end sur NextSeq500 (Illumina). La ségrégation des variants a été étudiée par séquençage Sanger ciblé chez les apparentés, le cas échéant.   


Résultats
Cent patients non apparentés ont été séquencés en 12 mois. Le séquençage de l’exome a permis de poser un diagnostic de certitude chez 33 patients, soit un rendement diagnostique de 33%.

La majorité des patients ont été analysés en exome « solo», les deux parents n’étant disponibles pour un trio que dans 13 cas (dont 3 ayant abouti à un diagnostic de certitude).

Les principaux diagnostics génétiques étaient des basalopathies (n=10, 30 %) et des ciliopathies (n=9, 27%). Ces résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes relativement pauvres ou peu typiques. Dans tous les cas, après « reverse phenotyping », le diagnostic génétique a eu des conséquences : nouvelle perspective clinique, conseil génétique, aide pour la sélection des donneurs en cas de don vivant apparenté.

Parmi les 100 patients séquencés, seuls 21 patients auraient éligibles pour le PFMG2025, dont 3 ont abouti à un diagnostic.

  
Conclusion
Avec un rendement diagnostique important, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré, notre étude montre l'intérêt du séquençage de l’exome « solo» en 1ère intention dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes. Le critère obligatoire de l'étude en « trio » pour l’accès des patients au PFMG2025 est a posteriori restrictif en regard de notre expérience. Les diagnostics posés ont souvent été inattendus, validant l'intérêt d'une approche pangénomique d'emblée. En complément de cette étude, 4 patients avec trio ont été inclus dans le cadre du PFMG2025. L'analyse bioinformatique des séquences des génomes en trio est en cours et nous permettra de comparer les stratégies diagnostiques.

Alice DOREILLE, Laure RAYMOND, Anne-Sophie LEBRE, Laurent MESNARD ()
11:45 - 12:00 #19746 - CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.
CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.

Le diagnostic étiologique des patients atteints de maladies rares (MR) est un véritable enjeu de santé publique. En France, elles affectent plus de 6 millions de personnes, dont la moitié demeure actuellement sans cause génétique identifiée. La grande hétérogénéité clinique et génétique des MR est un véritable défi diagnostique pour le généticien. Depuis une dizaine d’années, la génétique médicale connaît un véritable bouleversement technologique avec le développement des techniques de séquençage à haut débit, permettant l’analyse de panels de gènes ciblés, de l’exome (ES) et du génome (GS).

Pionnière dans le domaine en France, notre équipe a réalisé depuis 2014 un ES diagnostique chez 1592 atteints de MR (515 positifs (33%) et 153 non concluants (10%)). Initialement, l’ES (gènes OMIM) était effectué en solo pour des raisons économiques chez les patients atteints d’anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle (AD/DI) après ACPA normale, avec un diagnostic positif chez environ 25%. Au fil des années, nous avons développé une stratégie d’optimisation de l’analyse bioinformatique (détection des CNV +2% et des mutations de l’ADN mitochondrial +0,3%) et de l’interprétation des données (augmentation du nombre de bases de données interrogées dans le pipeline bioinformatique, RCP hebdomadaire, double lecture et pools parentaux). Une réanalyse annuelle des données, qui permet en moyenne de conclure chez 7% des patients négatifs, est également disponible à la demande des patients/cliniciens. Actuellement, le rendement diagnostique de l’ES avec pools parentaux chez les patients atteints de AD/DI sans diagnostic clinique évident s’élève à 37%. Fort de cette expérience, l’analyse d’ES a progressivement été étendue à d’autres MR telles que les maladies neurogénétiques/musculaires (77 patients), avec un taux diagnostique de 33% et la nécessité de développer de nouvelles expertises clinico-biologiques et des liens avec les réseaux de laboratoires experts. Nous avons également mis en place un circuit d’urgence pour la réanimation néonatale et le diagnostic prénatal. Par ailleurs, une réanalyse des données en recherche translationnelle (extension aux gènes non-OMIM) s’est avérée très performante avec l’identification d’environ 90 nouveaux gènes causaux, grâce à une interrogation systématique de l’ensemble de nos données et un partage de données des variations candidates sur des plateformes dédiées (GeneMatcher, DECIPHER, PhenomeCentral), qui pourront être complétées par le projet Solve-RD. Une projection de l’analyse systématique des données secondaires (différentes listes de gènes) a permis d’en évaluer les difficultés, les verrous à lever et les conséquences sur l’organisation des soins.

Notre expérience confirme la faisabilité et l’intérêt majeur d’implanter le SHD pangénomique en diagnostic de 1ère intention et de poursuivre l’analyse des données en recherche translationnelle afin de lutter contre l’impasse diagnostique dans les MR.

Christel THAUVIN (DIJON), Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Sophie NAMBOT, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Virginie QUERE, Julian DELANNE, Sébastien MOUTTON, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARCAIS, Pierre VABRES, Physician’S Group ORPHANOMIX, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Emilie TISSERAND, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE
12:00 - 12:30 Nouvelles indications PFMG 2025.

12:45
12:45-13:45
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B33
ATELIER DEJEUNER - THERMOFISHER SCIENTIFIC
Nos dernières innovations NGS en pratique clinique

ATELIER DEJEUNER - THERMOFISHER SCIENTIFIC
Nos dernières innovations NGS en pratique clinique

12:45 - 13:10 Le SNPXPlex, une technique de barcoding simple et rapide assurant l’identitovigilance du diagnostic par NGS. Cecile CAZENEUVE (Praticien Hospitalier) (PARIS)
13:10 - 13:25 Les challenges du dépistage préconceptionnel, comment consolider différents tests au sein d’une même solution NGS. Christophe DABADIE
13:25 - 13:45 Nouveauté Genexus, premier système NGS intégré pour du séquençage ciblé & catalogue des essais AmpliSeq On Demand. Mathieu BOIMARD

12:45-13:45
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C33
ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
Comprendre les maladies génétiques, de la recherche aux applications cliniques

ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
Comprendre les maladies génétiques, de la recherche aux applications cliniques

12:45 - 13:15 Ce que j’ai appris de la validation du séquençage de génome complet. Pierre BLANC (Praticien Hospitalier) (LYON)
13:15 - 13:45 Nouveautés Illumina 2020.

12:45-13:45
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D33
ATELIER DEJEUNER - SOPHiA GENETICS
NGS au service de la prise en charge du cancer, projets et avenir

ATELIER DEJEUNER - SOPHiA GENETICS
NGS au service de la prise en charge du cancer, projets et avenir

12:45 - 13:15 Un panel somatique HR élargi, mise en place dans le cadre de l’étude GREAT. Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
13:15 - 13:45 Défis et solutions pour détecter CNV et Amplifications avec précision. Tommaso COLETTA (Suisse)

12:45-13:45
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E33
ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Exome et RNA-seq en pratique clinique

ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Exome et RNA-seq en pratique clinique

12:45 - 13:05 Galileo, une application pour l’analyse dynamique des données d’expression RNA-seq. Céline VALLOT (PARIS)
13:05 - 13:25 Utilisation de Galileo pour la classification génétique des LAL de l'enfant. Aurélie CAYE-EUDE (PARIS)
13:25 - 13:45 Séquençage d’exome en diagnostic prénatal : premiers résultats de l’étude de faisabilité française. Frederic TRAN MAU THEM (PHC) (DIJON), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)

12:45-13:45
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F33
ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en génétique constitutionnelle et cytogénétique

ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en génétique constitutionnelle et cytogénétique

12:45 - 13:05 Dernières innovations Agilent. Roubila MEZIANI
13:05 - 13:25 Détection simultanée de CNVs et SNVs grâce à la technique OneSeq® : une étude rétrospective de 21 cas. Valérie MALAN (MCU-PH) (PARIS)
13:25 - 13:45 Analyse des variations du nombre de copies d’ADN au sein d’une cohorte d'hommes azoospermes par CGH-array ciblée infertilité masculine. Aurélie MOUKA (Assistante Hospitalo Universitaire) (Clamart)

12:45-13:45
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G33
ATELIER DEJEUNER - QIAGEN
Nos innovations en NGS et bioinformatique et leurs applications en génétique humaine

ATELIER DEJEUNER - QIAGEN
Nos innovations en NGS et bioinformatique et leurs applications en génétique humaine

12:45 - 13:05 Innovations technologiques pour le NGS. Hélène BAUBY
13:05 - 13:25 Les solutions QIAGEN Digital Insights. Elodie DUBUS
13:25 - 13:45 Anomalies conventionnelles et non conventionnelles par la librairie Qiaseq, dans l’ADN somatique et constitutionnel. Arnaud LAGARDE (Ingénieur Hospitalier) (Marseille), Catherine ROCHE (ingenieur hospitalier en chef) (MARSEILLE)

14:00
14:00-15:30
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A35
Communications Orales Sélectionnées 02

Communications Orales Sélectionnées 02

Modérateurs : Serge AMSELEM (PARIS), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
14:00 - 14:15 #19977 - CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.
CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.

L'essor des analyses pangénomiques a permis de découvrir des réarrangements complexes résultant d'événements catastrophiques appelés chromoanagenesis. Bien que fréquents dans certaines tumeurs, ces remaniements sont encore exceptionnels dans des échantillons constitutionnels. Nous avons regroupé 20 cas de la littérature avec 20 nouveaux cas pour identifier les mécanismes biologiques sous-jacents. Notre analyse confirme le regroupement quasi exclusif des points de cassure sur un seul chromosome dans une majorité de cas. Si nous distinguons 3 types principaux de remaniements proches des définitions existantes de la littérature de chromothripsis, chromoplexie, chromoanasynthesis, ces derniers présentent des caractéristiques encore non décrites. Il existe, par exemple, une forte tendance des gains du nombre de copies apparus à être regroupés et insérés ensemble.

Dans un second temps, nous avons étudié la distribution des 1034 points de cassure de ces 40 remaniements, celle des chromoanagenesis tumoraux (n = 13,310 points de cassure) et celle des remaniements simples (n = 468 points de cassure) et l’avons comparé à une répartition aléatoire (hypothèse nulle). Pour les 3 groupes de points de cassure (chromoanagenesis constitutionnels, tumoraux et remaniements simples), nous observons un enrichissement des points de cassure dans les régions se répliquant tardivement au cours du cycle cellulaire. La distribution des points de cassure des remaniements complexes apparaît proche d’une répartition aléatoire (hypothèse nulle) s’agissant des autres critères analysés (Topologically-Associated Domains (TADs), Lamina-Associated Domains (LADs), éléments répétés, marquage en bandes G, compartiment A/B, distance aux origines de réplication, sites de fragilité chromosomique). En revanche, pour les remaniements simples, il existe une déplétion significative en points de cassure dans les LADs. Ce dernier résultat infirme l’hypothèse d’un continuum entre remaniements simples et complexes.

La probabilité accrue de cassure dans les régions à réplication tardive appuie l’hypothèse d’une condensation prématurée d’un chromosome dans un micronoyau. Cette séquestration explique le regroupement des cassures sur un seul chromosome et est le lieu d’une réplication retardée.  La condensation hâtive entraîne le décrochage des fourches de réplication encore actives dans les régions les plus en retard. Si les fourches raccrochent d’autres fragments d’ADN, le chromosome reconstruit portera des cicatrices de ces mécanismes réplicatifs. Si les fourches se décrochent complètement et font apparaître de véritables cassures double brin, les fragments seront raboutés le mieux possible.

Nos résultats suggèrent une origine commune des remaniements complexes.

Nicolas CHATRON (LYON), Giuliana GIANNUZZI, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Flavie DIGUET, Eleonora PORCU, Kevin UGUEN, Julia LAUER ZILLHARDT, Arthur SORLIN, Flavie ADER, Alexandra AFENJAR, Joris ANDRIEUX, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Patrick CALLIER, Eduardo CALPENA, Marie-Pierre CORDIER, Sylvie JAILLARD, Nora CHELLOUG, Christèle DUBOURG, Laurence FAIVRE, Françoise GIRARD, Solveig HEIDE, Yvan HERENGER, Boris KEREN, Samantha KNIGHT, James LESPINASSE, Laurence LOHMANN, Nathalie MARLE, Reza MAROOFIAN, Alice MASUREL, Michèle MATHIEU, Corinne METAY, Alistair PAGNAMENTA, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Marlène RIO, Jean-Pierre SIFFROI, Jenny TAYLOR, Stéphanie VALENCE, Andrew WILKIE, Patrick EDERY, Alexandre REYMOND, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
14:15 - 14:30 #20085 - CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.
CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.

Le séquençage de l’exome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) se généralise et le plan « France médecine génomique 2025» promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. L’apport du génome reste cependant peu étudié par rapport à l’exome dans cette indication. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la Fondation Maladies Rares permettant le séquençage du génome en trio de 20 patients présentant une DI modérée à sévère, souvent syndromique. Ils ont été recrutés après une analyse non concluante par exome trio au sein de l’étude HUGODIMS (recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les SNVs et INDELs ont été analysés avec GATK, les variants structuraux (SVs) avec MANTA, qui utilise les informations portées par les « split-reads » et « paired-reads » pour la détection de tous les types de SV, et les CNVs avec cn.MOPS (intervalles de 500pb).

L’analyse des variants dans la séquence codante a identifié (1) deux patients avec des variants faux-sens de novo dans le gène H3F3A, un gène en cours de publication, dans un exon non couvert par exome, (2) un variant faux-sens de novo dans le gène TFE3, récemment publié, et (3) un variant stop pathogène dans un gène en cours de publication hérité d’une mère hétérozygote et asymptomatique. L’analyse des SVs par MANTA a montré : (1) une translocation t(1;6)(p21.1;q21) équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) une inversion de 65Mb de novo sur le bras long du chromosome 5 avec des points de cassures intergéniques, et (4) une délétion de 1,8kb de novo emportant un exon du gène CXorf56 sur le chromosome X chez une fille. L’analyse complémentaire des CNVs par cn.MOPS a mis en évidence une délétion de 22kb à l’état homozygote dans le gène RSPRY1, qui n’a pas été identifiée par MANTA à cause d’un mauvais alignement au niveau des points de cassures. L’étude des variants dans une hypothèse autosomique récessive a mis en évidence deux variants pathogènes dans le gène HACE1 et trois potentiels nouveaux gènes de DI, dont INTS11 pour lequel une cohorte de patients est en cours de constitution.

Au total, les résultats préliminaires de cette cohorte encore en cours d’analyse montrent qu’un diagnostic probable peut être établi chez 10/20 patients, comprenant 5 SVs dont 2 visibles par une analyse du caryotype. De nouveaux gènes candidats ont pu être identifiés en récessif, un mode de transmission qui est peut-être sous-estimé par les études en trio. A noter que chez un patient sans candidat, un variant pathogène dans NIPBL a été identifié en mosaïque à 11% dans la salive suite à une analyse par panel après réévaluation du phénotype. Bien qu’aucun évènement susceptible d’être pathogène dans les régions non-codantes n’ait été identifié pour le moment, le génome en trio présente un rendement supérieur à l’exome grâce à la détection des SVs et une meilleure couverture des régions codantes.

Benjamin COGNÉ (Nantes), Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Marie-Laure VUILLAUME, Annick TOUTAIN, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Laurent PASQUIER, Wilfried CARRÉ, Christèle DUBOURG, Sylvie ODENT, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandra MERCIER, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU
14:30 - 14:45 #19890 - CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.
CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.

Les syndromes « dyplasie acromandibulaire » (MAD) connus sont dus principalement à des mutations récessives des gènes LMNA, ZMPSTE24 ou BANF1 et font partie du spectre phénotypique des laminopathie progéroides. Ils sont caractérisés par des anomalies majeures de la morphologie et des fonctions nucléaires.

Nous rapportons l’identification de quatre mutations nulles homozygotes différentes du gène MTX2, codant pour la METAXINE-2, chez six enfants atteint d’une dysplasie acromandibulaire sévère, appelée MADaM syndrome (Mandibuloacral Dysplasia associated to MTX2).

La METAXINE-2 est une protéine ubiquitaire de la membrane mitochondriale externe (MME) impliquée dans l’import de protéines à topologie complexe dans la MME et dans l’induction de l’apoptose en réponse au TNF-alpha. Ces patients, issus de familles consanguines d’origines géographiques différentes, présentent une atteinte clinique homogène et très proche  des laminopathies progéroides comme les MAD ou la Progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS), incluant un retard de croissance post-natal, une lipodystrophie, une dysmorphie faciale typique avec micrognathie, des oreilles larges bas implantées, une accumulation de tissu adipeux au niveau des joues, un nez fin et long, des résorptions osseuses distales, des calcifications artérielles, une hypertension extrêmement sévère et une glomérulosclérose.

Les western blots réalisés sur les fibroblastes de deux patients ont montré l’absence totale de la protéine METAXINE-2, accompagnée par l’absence de son partenaire METAXINE-1, également localisé dans la MME.

Les fibroblastes présentaient par ailleurs une fragmentation majeure du réseau mitochondrial, probablement due à une augmentation des processus de fission mitochondriale, une réduction de composants de la chaine respiratoire similaire à celle observée dans le HGPS et une réduction des capacités de phosphorylation oxydative. De plus, les fibroblastes des patients résistaient à l’induction de l’apoptose par le TNF-alpha ou la staurosporine, conduisant, comme probables voies alternatives visant à « neutraliser » les cellules altérées dans l’organisme, à une augmentation de la senescence, de la mitophagie et des temps de dédoublement cellulaire. De façon intéressante, des anomalies morphologiques nucléaires majeures ont été observées à la fois dans les fibroblastes des patients déplétés en METAXINE-2 et chez C. elegans sous-exprimant l’orthologue mtx-2 par siRNA. Nous rapportons donc l’identification du syndrome MADaM, révélant une relation inattendue entre la composition / fonction mitochondriale et la morphologie nucléaire, établissant un lien physiopathologique avec les laminopathies progéroides connues et sous-tendant probablement les caractéristiques cliniques communes observées. Ces travaux sont en cours de peer-review dans Nature Communications.

Sahar ELOUEJ, Karim HARHOURI, Coraline AIRAULT, Morgane LEMAO, Geneviève BAUJAT, Sheela NAMPOOTHIRI, Hϋlya KAYSERILI, Nihal AL MENABAWY, Laila SELIM, Robert RUBINSZTAJN, Chayki CHARAR, Catherine BARTOLI, Agnès RÖTIG, Jérémie MORTREUX, Peter BAUER, Catarina PEREIRA, Nathalie ESCANDE-BEILLARD, Antoine MUCHIR, Lisa MARTINO, Yosef GRUENBAUM, Songhua LEE, Philippe MANIVET, Guy LENAERS, Bruno REVERSADE, Nicolas LÉVY, Annachiara DE SANDRE-GIOVANNOLI (Marseille)
14:45 - 15:00 #19922 - CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.
CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.

L’avènement des techniques de séquençage haut débit (SHD) a permis d’augmenter rapidement le rendement diagnostique chez les patients porteurs d’anomalies du développement (AD) avec ou sans déficience intellectuelle (DI), de réduire l’errance diagnostique, d’étendre le phénotype de pathologies déjà connues, de rapporter de nombreux nouveaux gènes responsables d’AD avec ou sans DI associée. Parallèlement, le taux diagnostique de pathologies ultra-rares (prévalence: p < 1/50.000) a lui aussi augmenté. Parmi ces dernières, la proportion de pathologies de description récente avec peu de recul sur l’évolution et avec de petites cohortes descriptives apparaît importante. Méthodes: nous avons repris 334 résultats de SHD d’exome réalisés dans le cadre diagnostique chez des patients porteurs d’AD avec ou sans DI sans orientation clinique précise entre 2017 et 2018 par le laboratoire de génétique moléculaire et de génomique du CHU de Rennes et nous avons recherché les diagnostics qui relevaient des pathologies ultra-rares ainsi que les sources d’information disponibles pour ces patients. Les échantillons d’ADN ont été analysés selon les étapes suivantes: enrichissement par capture de séquence SureSelect XT Focused Exome (Agilent Technologies), séquençage haut débit sur plateforme HiSeq ou NextSeq (Illumina), analyse bio-informatique et interprétation réalisées avec les outils développés au laboratoire, incluant les logiciels BWA MEM pour l’alignement (hg19), GATK et FreeBayes pour le «variant calling», ANNOVAR et ALAMUT (Interactive Biosoftware) pour l’annotation. Résultats: 84,4 % des analyses ont été réalisées en trio. Sur les 334 analyses d’exome, la mise en évidence d’un variant de classe 4 ou 5 selon la classification ACMG dans 66 gènes différents a permis de rendre un diagnostic certain pour 88 cas (26.35%). Les bases moléculaires de 37 de ces 66 pathologies (56%) ont été décrites après 2010 dont 7 après 2015 (10,6%).  Nous avons pu retrouver des données de prévalence disponibles pour 44 de ces diagnostics: 88,6% sont classés comme ultra-rares et pour 36,4% moins de 20 cas sont décrits dans la littérature. Nous avons également recherché l’existence d’informations accessibles aux familles concernant la pathologie (association de patients, ressources web) pour chaque diagnostic. Discussion/ conclusion: L’ensemble de ces données souligne l’importance du taux de pathologies ultra-rares diagnostiquées grâce au SHD dans le domaine des AD et le peu d’informations disponibles pour les patients et leurs familles concernant l’évolution et le parcours de soin. Un accompagnement global et un suivi médical régulier de ces patients apparaît important avec une veille bibliographique et une mise à jour régulière des connaissances afin de limiter la sensation d’isolement ressentie par les familles.

 

Paul ROLLIER, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Véronique DAVID, Chloé QUELIN, Mélanie FRADIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS (RENNES)
15:00 - 15:15 #20201 - CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.
CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.

Le syndrome d’Aarskog (SA), aussi appelé dysplasie facio-génitale, est un syndrome lié à l’X, rapporté pour la première fois par Aarskog en 1970. Il est caractérisé par une dysmorphie faciale reconnaissable, une petite taille modérée, des anomalies des extrémités ainsi que des anomalies génitales, notamment du scrotum. Le SA est causé par des mutations du gène FGD1, situé sur en Xq11.21. Ce gène code une protéine échangeuse de guanine (GEF) qui active spécifiquement la Rho-GTPase CDC42. Cette voie intervient notamment dans le développement osseux. Les connaissances du phénotype du SA sont essentiellement basées sur la description de patients dont le diagnostic n’a pas été confirmé par l’analyse du gène FGD1. Ainsi, certains aspects du phénotype sont encore peu connus. En particulier, la description du phénotype neurodéveloppemental est extrêmement hétérogène dans la littérature médicale.

Afin de redéfinir le spectre phénotypique du SA et afin de proposer des critères diagnostiques, nous avons analysé les caractéristiques cliniques d’une grande série de  patients avec une mutation identifiée dans FGD1. Afin de recueillir ces informations, un questionnaire établi à partir des données de la littérature a été envoyé aux cliniciens référents. Des photos et des radiographies osseuses étaient également demandées. Les éléments morphologiques ont été revus par des dysmorphologistes expérimentés et les radiographies osseuses ont été relues par l’équipe du centre de référence français des maladies osseuses constitutionnelles. Nous présentons les résultats de l’analyse clinique, radiologique et moléculaire de 106 patients garçons. Nos résultats apportent des informations sur l’histoire naturelle du SA et sur la prévalence des signes cliniques. Nous apportons également la description de nouveaux signes cliniques et radiologiques associés au SA.

Enfin, au regard des stratégies actuelles de séquençage à haut débit et l’essor du rétro-phénotypage, nous proposons des critères diagnostiques permettant de justifier l’étude moléculaire de FGD1 devant une suspicion clinique et permettant également l’interprétation des variants de FGD1 issus du séquençage haut débit. Nous proposons également des recommandations pour la prise en charge.

Médéric JEANNE (TOURS), Nathalie RONCE, Geneviève BAUJAT, Sylvain BRETON, Stéphanie ARPIN, Florence PETIT, Clémence VANLERBERGHE, Anne DIEUX, Sylvie MANOUVRIER, Catherine VINCENT DELORME, Philippe KHAU VAN KIEN, Julien VAN GILS, Chloé QUELIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Florence DEMURGER, Fanny LAFFARGUE, Christine FRANCANNET, Dominique MARTIN, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Alain VERLOES, Yline CAPRI, Andrée DELAHAYE, Julie PLAISANCIE, Philippe LABRUNE, Anne DESTREE, Isabelle MAYSTADT, Viorica CIORNA-MONFERRATO, Bertrand ISIDOR, Marie VINCENT, Albert DAVID, Nolwen JEAN MARCAIS, Sophie NAMBOT, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, James LESPINASSE, Patrick COLLIGNON, Tiffany BUSA, Nicole PHILIP, Marjolaine WILLEMS, Marc PLANES, Oliver VANAKKER, Laetitia LAMBERT, Bruno LEHEUP, Michèle MATHIEU DRAMARD, Gilles MORIN, Klaus DIETRICH, Emmanuelle GINGLINGER, Allan BAYAT, Meena BALASUBRAMANIAN, Benjamin DAURIAT, Damien HAYE, Jeanne AMIEL, Marlène RIO, Valérie CORMIER-DAIRE, Annick TOUTAIN
15:15 - 15:30 #20542 - CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.
CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.

Introduction: Les maladies génétiques rares représentent une cause fréquente d'admission aux soins intensifs néonataux (SINN). Établir un diagnostic de maladies rares chez les nouveau-nés peut être difficile en raison de leurs présentations souvent atypiques ou peu spécifiques. Or, des études récentes suggèrent qu’un diagnostic étiologique posé rapidement après l'admission aux SINN affecte significativement la prise en charge. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact du séquençage entier du génome en mode rapide sur le rendement diagnostique et la prise en charge des enfants admis aux SINN.

Méthodes: Un séquençage du génome entier en trio a été réalisé chez les nouveau-nés admis aux SINN du CHU Sainte-Justine (entre les mois de mars et septembre 2019) en raison d’une suspicion de maladies rares. Les génomes ont été séquencés sur un système NovaSeq (Illumina) et leur analyses bio-informatiques ont été réalisées sur la pipeline Dragen. L’impact du résultat sur la prise en charge de l’enfant a été évalué pour toute la période de l’hospitalisation. 

Résultats: Dix-huit patients ont été inclus dans l’étude, 2 pour une encéphalopathie épileptique, 5 pour une cardiopathie, 10 pour un syndrome poly-malformatif et 1 pour un syndrome de Cushing congénital. Un résultat préliminaire a été rendu en 1 semaine pour tous les cas où des variations pathogéniques ont été identifiées. La durée médiane entre l’inclusion et le rendu du résultat a été de 19 jours (quartile 1 : 16, quartile 3 : 32). Sept diagnostics ont été posés par le séquençage du génome (38,9%). Parmi ceux-ci, 3 diagnostics étaient inattendus et auraient été manqués par une approche de séquençage de panels de gènes parce que le médecin généticien ne les avaient pas initialement évoqués. Une modification de la prise en charge ou du conseil familial suite au rendu du résultat a été rapportée chez 6 enfants incluant une modification du traitement pharmacologique chez 2 enfants, une orientation vers les soins palliatifs chez 2 patients, un arrêt du suivi en génétique pour 1 enfant (chez qui le séquençage du génome était négatif) et un dépistage des apparentés chez 2 patients. 

Conclusion: Le séquençage du génome a permis de poser un diagnostic chez 7/18 patients en moins d’un mois et a impacté leur prise en charge dans le tiers des cas. Le recrutement de patients additionnels est actuellement toujours en cours, avec un objectif de recruter 100 trios. 

Audrey MÉLEU (Montréal, Canada), Julie GAUTHIER, Fadi HAMDAN, Guylaine D'AMOURS, Catalina MAFTEI, Jean-François SOUCY, Jacques L MICHAUD, Anne-Marie LABERGE

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A36
SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

Modérateurs : Alban ZIEGLER (Assistant Hospitalo Universitaire) (Angers), Marlene RIO (ph) (Paris)
15:30 - 15:38 #19799 - FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.
FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.

Introduction : La sirénomélie est un syndrome malformatif fœtal rare de cause inconnue, caractérisé par la présence d’un membre inférieur unique associé à des malformations viscérales habituellement incompatibles avec une survie ex-utero. Nous avons fait l’hypothèse que, comme dans une fraction importante des maladies du développement, des variations génétiques rares à effet fort pourraient participer au déterminisme de cette maladie, avec en premier lieu un rôle des mutations de novo. Nous présentons la description clinique et les résultats génomiques d'une série internationale de sept cas de sirénomélies sporadiques et de deux cas d'agrégations familiales autosomiques dominantes de sirénomélies et d’autres malformations caudales.

 

Méthodes : Un séquençage de l’exome en trio a été réalisé dans les sept formes sporadiques, et l’analyse des données a été concentrée sur les mutations de novo. L’analyse dans les deux formes familiales, également basée sur le séquençage de l’exome chez plusieurs individus, a été réalisée en accord avec un modèle autosomique dominant.

 

Résultats : L’analyse des formes familiales a montré la présence d’un variant non synonyme, absent des bases de données contrôles, du même gène A* dans les deux familles, avec une co-ségrégation du variant avec le phénotype. Ce gène est un acteur majeur du développement embryonnaire du pole caudal, et la délétion hétérozygote de ce gène constitue l’un des modèles murins de sirénomélie. Par ailleurs, une des deux mutations identifiées a été associée récemment à un phénotype proche de malformations du pole caudal chez l’homme. L'analyse des sept cas sporadiques n’a pas permis d’identifier de gènes touchés par des mutations de novo de manière récurrente, mais a mis en évidence plusieurs gènes candidats, incluant le gène B*, régulateur de la voie wnt canonique, drastiquement sensible aux variations mutations perte de fonction,  et cible d’une altération tronquante survenue de novo chez l’un des cas sporadiques.

 

Conclusion : Nous apportons les premiers résultats en faveur d'une étiologie génétique de la sirénomélie humaine. Nous identifions le gène A comme étant associé à une prédisposition autosomique dominante à diverses malformations caudales, comprenant sirénomélie, agénésies urinaires partielles ou complètes, anomalies ano-rectales et anomalies des organes génitaux. Par ailleurs, nous proposons l'implication du gène B comme gène candidat dans la sirénomélie. Au total, notre étude met en évidence un degré élevé d'hétérogénéité génétique dans la sirénomélie humaine et souligne le rôle de deux voies de signalisation dans le développement de cette maladie rare.

*Le nom des gènes sera donné lors du congrès

Francois LECOQUIERRE (Rouen), Anne-Claire BREHIN, Sophie COUTANT, Juliette COURSIMAULT, Claire BENETEAU, Mirjam DE JONG, Christine FRANCANNET, Gérard GÉRARD, Hubert JOURNEL, Valérie LAYET, Alain LIQUIER, Florence PETIT, Conny VAN RAVENSWAAIJ-ARTS, Thierry FREBOURG, Pascale SAUGIER-VEBER, Nicolas GRUCHY, Gaël NICOLAS, Marion GERARD
15:38 - 15:46 #19914 - FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».
FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».

Introduction : Depuis 2007 et la première description du phénotype lié aux variations du gène BRWD3 localisé en Xq21.1, seulement 9 autres familles ont été décrites. Avec si peu de description et plus 1.000 gènes actuellement impliqués dans des manifestations (souvent rares voire ultra-rares) de déficience intellectuelle, les cliniciens ne peuvent plus, de manière réaliste, reconnaître tous les phénotypes associés à ces gènes. Nous décrivons les particularités cliniques liées à des mutations du gène BRWD3 afin de faciliter le phénotypage inverse lors d’approches axées sur le génotype dites « génotype first ».

Méthodes : Grâce au séquençage d’exome et aux systèmes internationaux de partage de données, nous avons constitué une cohorte de 15 patients porteurs d’une variation pathogène du gène BRWD3 (13 hommes et 2 femmes dont une avec une inactivation biaisée du chromosome X (100%/0%)). Après revue des 14 patients de la littérature, nous décrivons le phénotype de 29 patients (27 hommes et 2 femmes), en lien avec 22 variations différentes du gène BRWD3.

Résultats : Le phénotype des hommes atteints (excepté un patient avec variant en mosaïque) se caractérise par une déficience intellectuelle (24/26), une macrocéphalie (22/26), une dysmorphie faciale (22/26) incluant front bombant (18/26), grandes oreilles (13/26), macrognathie avec menton pointu (12/26) donnant un aspect triangulaire du visage, des doigts et/ou orteils larges (10/26) et des troubles du comportement (16/26). Les deux femmes présentent une macrocéphalie, un retard de langage et une épilepsie qui n’est retrouvée que chez 15% des hommes (4/26). Parmi les 22 différentes variations rapportées, 15 sont héritées d’une mère non atteinte et 6 survenues de novo (dont les 2 femmes et l’homme avec la variation en mosaïque). Pour un homme, la ségrégation reste inconnue.

Discussion : Le retard de langage, la déficience intellectuelle, la macrocéphalie et la dysmorphie faciale incluant front proéminent, faciès allongé, et oreilles larges et décollées apparaissent comme les éléments cliniques principaux permettant de décrire le phénotype lié aux variations du gène BRWD3. Le phénotype aspécifique lié aux variations de ce gène peut donc être difficile à reconnaitre précisément pour les cliniciens. Une approche « génotype-first » paraît donc très adaptée au diagnostic du phénotype lié aux variations de BRWD3. Notre description clinique précise de ce phénotype pourra servir de référence pour le « phénotypage inverse ».

Julian DELANNE (DIJON), Magalie LECAT, Patrick BLACKBURN, Eric KLEE, Constance STUMPEL, Sander STEGMANN, Servi STEVENS, Maureen MULHERN, Natalie LIPPA, Caroline NAVA, Delphine HERON, Boris KEREN, Sonal MAHIDA, Sakkubai NAIDU, Dusica BABOVIC-VUKSANOVIC, Anne HERKERT, Evelise RIBERI, Diana CARLI, Giovanni Battista FERERRO, Pernille TOERRING, Maria KIBAEK, Isabelle DE BIE, Rolph PFUNDT, Yvonne HENDRIKS, Lilian Bomme OUSAGER, Renee BEND, Hannah WARREN, Steve SKINNER, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Emilie TISSERANT, Yanis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
15:46 - 15:54 #19925 - FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.
FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.

Introduction : Les mécanismes responsables de la régulation de l’expression des gènes se composent de plusieurs acteurs agissant au niveau pré- et post-transcriptionnel et ayant comme but de réguler, de façon temporelle, quantitative et qualitative l’isoforme de l’ARN nécessaire au bon développement de chaque type cellulaire, tissu et organe.  Les protéines de la famille des « polypirimidine tract binding proteins »  (PTBPs) sont responsables de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression de certaines isoformes d’ARNm grâce à leur capacité à reconnaître les pré-ARNm et d’opérer l’épissage alternatif de certains exons de façon spécifique.

Des études précédentes ont montré que le facteur ubiquitaire PTBP1 est responsable de l’épissage de l’exon 18 du gène PSD-95. Il provoque la dégradation de  l’ARNm de PSD-95 pendant la phase de différentiation des progéniteurs neuronaux, empêchant ainsi l’expression prématurée de cette protéine indispensable pour la maturation des éléments synaptiques. 

Méthode et résultats : L’analyse en trio de l’exome d’un premier patient atteint d’un syndrome polymalformatif a permis d’identifier une variation hétérozygote de novo du codon d’initiation (NM_002819.4:c.2T > C ) du gène codant le  facteur de régulation d’épissage PTBP1. Ce patient présentait un syndrome polymalformatif associant des particularités morphologiques, une petite taille disproportionnée, une brachydactylie, une hyperlaxité des extrémités et un déficience intellectuelle modérée. Grâce au partage international des données de séquençage (approche« génotype-first »), nous avons pu identifier 8 patients supplémentaires, tous porteurs d’une variation de novo touchant la première méthionine (2x c.1A > G, 5x c.2T > C et 1x c.3G > A). Les patients (5 femmes et 3 hommes) présentent tous des particularités morphologiques ainsi qu’une petite taille et des anomalies des extrémités. Le profil cognitif s’avère très variable, allant d’un développent normal à une déficience intellectuelle modérée comme notre première patiente. Nos études fonctionnelles montrent que la perte du codon d’initiation de la traduction de PTBP1 entraine la formation d’une protéine plus courte, qui manque du signal d’importation nucléaire, et des anomalies d’épissage identifiés grâce au RNAseq. 

Conclusions et persepctives : Le séquençage d’exome en trio et partage de données à l’international ont permis de mieux définir le phénotype clinique associé à ce hotspot mutationnel. Des études complémentaires impliquant la dérivation de neurones, à partir des cellules « iPSC » des patients, nous permettrons d’élucider les mécanismes moléculaires à l’origine de la variabilité cognitive de ces patients.

Antonio VITOBELLO (Dijon), Julian DELANNE, Emilie TISSERANT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Rolph PFUNDT, David KOOLEN, Carlo MARCELIS, Stephen ROBERTSON, Gemma POKE, Hui PENG, Lynne BIRD, Beth HUDSON, Reem SAADEH-HADDAD, Marya W. WESSELS, Aryan BOUMAN, Michelle L. THOMPSON, Anna C.e. HURST, Catherine GOOCH, Laurence DUPLOMB, Sylvie NGUYEN, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:54 - 16:04 #19988 - FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.
FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.

Introduction : Le syndrome 3C est un syndrome polymalformatif associant des anomalies craniofaciales (occiput et front proéminent, hypertélorisme, colobome oculaire, fente palatine), cardiaques (tétralogie de Fallot, communication atrioventriculaire) et cérébrales (malformation de Dandy-Walker, hypoplasie cérébrale du vermis). Ce syndrome de transmission récessive autosomique présente une hétérogénéité phénotypique et moléculaire avec des mutations pathogènes rapportées dans les gènes WSHC5 (MIM #220210) et CCDC22 (MIM #300963). Cependant, certains cas de syndrome 3C demeurent actuellement sans base moléculaire identifiée. 

Patients et Méthodes : Nous rapportons 4 fœtus atteints de syndrome 3C issus d’une même union consanguine. Le premier fœtus présente un hygroma colli avec syndrome de Bonnevie-Ullrich et hydrocéphalie. L’autopsie a mis en évidence une hypoplasie cérébelleuse, une hydrocéphalie tétra-ventriculaire sévère avec macrocéphalie, une dysmorphie faciale (front proéminant et hypertélorisme) et une communication inter-ventriculaire. Le séquençage ciblé du gène MID1 s’est avéré normal. Trois cas de récidive ont été suspecté devant la présence d’un syndrome de Bonnevie-Ullrich au premier trimestre associé à des anomalies cérébrales conduisant à des interruptions de grossesse. Le couple a obtenu spontanément trois enfants en bonne santé. Nous avons réalisé un séquençage d’exome (ES) en solo chez le premier foetus  

Résultats : L’ES a identifié une variation non-sens du gène WDR91 (NM_014149.3:c.240C > G, p.Tyr80*) à l’état homozygote. La ségrégation familiale réalisée par séquençage Sanger a confirmé la variation, présente à l’état homozygote chez tous les fœtus atteints et à l’état hétérozygote chez les deux parents, ainsi que deux enfants indemnes et absente chez le  3èmeenfant indemne. Le partage de données international et le séquençage ciblée d’une petite cohorte de patients atteints de syndrome 3C n’a jusqu’à présent pas permis d’identifier d’autres patients porteurs de variations pathogènes du gène WDR91.

Discussion : WDR91 code une protéine impliquée dans la voie endosome-lysosome, s’exprimant notamment dans les neurones du cerveau et du cervelet. Les souris KO Wdr91-/-présentent des anomalies cérébrales (microcéphalie, atrophie corticale, réduction de l'arborisation neuronale, réduction de la longueur dendritique). WDR91 et la voie endosome-lysosome semblent être indispensables, notamment au développement neuronal et à l'établissement de structures cérébrales. 

Conclusion : L’identification d’une variation tronquante homozygote du gène WDR91 chez plusieurs fœtus atteints de syndrome 3C au sein d’une famille consanguine et l’atteinte phénotype semblable du modèle murin KO suggèrent qu’il s’agit d’un nouveau gène responsable de ce syndrome. L’identification de nouveaux cas similaires permettraient de conclure avec certitude sur l’implication du gène WDR91 dans une forme sévère de syndrome 3C.

Nicolas BOURGON (DIJON), Mathilde LEFEBVRE, Ange-Line BRUEL, Julien THEVENON, Jean-Baptiste RIVIERE, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:04 - 16:12 #20208 - FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.
FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.

Les ciliopathies sont des maladies causées par des anomalies du cil caractérisées par des signes cliniques parmi lesquels on peut retrouver la rétinopathie pigmentaire (RP), une atteinte rénale, l’obésité, un trouble cognitif comme dans le syndrome de Bardet-Biedl (BBS). La polydactylie, définie comme la présence de doigts surnuméraires aux mains ou aux pieds, complète également ce tableau clinique. Il s’agit de l’anomalie des membres la plus fréquente dans la population et se caractérise par une forte hétérogénéité génétique avec, par exemple, 8 gènes déjà connus pour la catégorie des polydactylies post-axiales (PAP) isolée ou syndromique. Récemment, le gène IQCE a été identifié dans une famille consanguine atteinte de PAP.

L’analyse de l’exome complet d’individus ayant un phénotype similaire au BBS a permis l’identification des variations bialléliques pathogènes dans le gène IQCE dans 3 familles et expliquant leur PAP. De manière intéressante, pour 2 des 3 familles, des variants pathogènes dans d’autres gènes (TUPL1 ou ATP6V1B1) permettent d’expliquer les autres signes cliniques des patients comme la RP ou l’atteinte rénale. Ces 3 familles confirment l’implication d’IQCE dans la polydactylie isolée.

La protéine IQCE, localisée à la base du cil, est impliquée dans les premières étapes de l’activation de la voie Sonic Hedgehog (SHH). Notre objectif était de comprendre l’impact des défauts du gène chez l’Homme et chez le poisson-zèbre. A partir des fibroblastes d’un patient, les analyses transcriptomiques ont confirmé l’impact négatif d’une perte de fonction d’IQCE sur des voies de signalisation impliquées dans la formation des membres, telle que SHH. Nous avons confirmé que la mauvaise localisation des interactants d’IQCE à la base du cil provoque une sous-activation de cette voie. Néanmoins, aucun défaut ni de nombre ni de longueur du cil n’a été mis en évidence. Chez le poisson-zèbre, les anomalies typiquement retrouvées en cas de défaut du cil primaire à savoir la courbure de l’axe antéro-postérieur, la présence de kystes rénaux, un défaut d’asymétrie droite gauche et des anomalies rétiniennes ont pu être observées.

En conclusion, nous avons pu confirmer que des défauts du gène IQCE sont responsables de PAP. La multiplicité des signes cliniques est finalement expliquée par l’addition de variations génétiques dans plusieurs gènes (« second hit »). Ces données montrent l’importance de considérer l’ensemble des variations génétiques d’un patient. Les validations fonctionnelles réalisées sur les fibroblastes et les poissons-zèbres ont confirmés le rôle d’IQCE au niveau du cil primaire et dans l’activation de la voie SHH.

Clarisse DELVALLÉE (strasbourg), Alejandro ESTRADA-CUZCANO, Christelle ETARD, Corinne STOETZEL, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Véronique GEOFFROY, Aline SCHNEIDER, Fouzia STUDER, Francesca MATTIOLI, Kirsley CHENNEN, Sabine SIGAUDY, Damien PLASSARD, Olivier POCH, Amélie PITON, Uwe STRAHLE, Jean MULLER, Hélène DOLLFUS
16:12 - 16:20 #20441 - FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.
FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.

Des malformations congénitales sont observées chez 2 à 4% des naissances. Nous décrivons ici une famille originaire des îles Féroé, isolat géographique du Nord de l’Europe dont  un garçon et une fille porteurs d’un syndrome polymalformatif sont décédés sans diagnostic à moins de 72 heures de vie dans un tableau de détresse respiratoire. Les signes cliniques majeurs sont un polyhydramnios, RCIU, dysmorphie cranio faciale, atrésie des choanes, atrésie de l’œsophage, anomalies costo-vertébrales et pulmonaire. Les syndromes de Williams, SmithMagenis, MillerDieker, 22q11del/CATCH22/DiGeorge, Prader Willi/Angelman et 1p-del syndromes ont été écartés. Notre objectif a été l’identification de l’anomalie génétique responsable de ce phénotype.

Sous l’hypothèse d’une transmission autosomique récessive nous avons dans un premier temps identifié par génotypage Affymetrix (puces 250K NspI) 3 régions d’homozygotie de 2,3 ; 3,4 et 7,5 Mb localisées respectivement sur les chromosomes 3, 8 et 4. Une étude de l’exome mené sur l’ADN des deux parents et des 2 enfants a permis d’identifier une variation homozygote dans la séquence codante du gène PAICS localisé dans la région homozygote du chromosome 4, rs192831239 A > G (p.Lys53Arg). Ce gène code une enzyme bi-fonctionnelle de la cascade de synthèse de novo des bases puriques qui comporte 10 réactions enzymatiques catalysées par 6 enzymes différentes. Une modélisation in silico de la protéine porteuse de la variation 53Arg ,montre une déstabilisation d’une des deux poches catalytiques de l’enzyme. Des études fonctionnelles menées sur les fibroblastes des patients ont montré une activité enzymatique réduite à 10%  ainsi qu’une déstabilisation de l’assemblage du purinosome.

Jusqu’à ce jour, 2 déficits enzymatiques de cette voie sont responsables de 2 pathologies d’origine génétique caractérisées par de graves atteintes neurologiques causées par des mutations autosomiques récessives des gènes ADSL et ATIC (ADSL deficiency - OMIM 103050 et AICA-ribosiduria - OMIM 608688). Nous rapportons une mutation autosomique récessive du gène PAICS responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif sévère et rare entraînant une mort précoce et impliquant une 3 ème enzyme de la voie de synthèse de novo des purines.

Marie ZIKANOVA, Vaclava SKOPOVA, Ulrike STEUERWALD, Veronika BARESOVA, Mohammed ZARHRATE, Jean-Marc PLAZA, Ales HNIZDA, Matyas KRIJT, Olga SOUCKOVA, Flemming WIBRAND, Guðrið ANDORSDÓTTIR, Fróði JOENSEN, David SEDLAK, Anthony J BLEYER, Stanislav KMOCH, Stanislas LYONNET, Anna PELET (PARIS)
16:20 - 16:28 #20547 - FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.
FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.

Introduction : Le séquençage haut-débit d’exome (ES) est un outil de plus en plus utilisé pour le diagnostic des maladies rares, avec un rendement diagnostique de 30-40% pour la déficience intellectuelle et les anomalies du développement. L’ES présente des limites certaines pour l’identification des variations causales localisées en dehors des séquences codantes. Dans ces situations, le séquençage haut-débit du génome (GS) constitue une alternative intéressante puisqu’il permet d’explorer les introns et les régions inter-géniques. Cependant, son interprétation peut être complexe et chronophage, suite à la présence de plusieurs centaines de variations non-codantes de signification clinique inconnue. Dans ce contexte, des études complémentaires nécessitant l’analyse de l’ARN, des protéines ou d’autres méthodes de génétique moléculaire ou de cytogénétique, semblent être nécessaires. Cette approche, peut se montrer particulièrement efficace dans la situation où la présentation clinique est très évocatrice d’une pathologie ou d’un syndrome bien caractérisés, sans que le diagnostic moléculaire n’ait pu être établi par des tests génétiques ciblés ou par l’ES.

Méthode : Nous avons réalisé un GS en solo chez 4 patients sans diagnostic étiologique après ES. Trois des 4 présentaient un phénotype syndromique très évocateur de maladies rares connues ; le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (MIM 312870) de transmission récessive liée à l’X, le syndrome de Marfan (MIM 154700) de transmission dominante autosomique, et le syndrome de Cohen (MIM 216550) de transmission récessive autosomique. Le 4ème présentait une encéphalopathie épileptique pouvant faire suspecter une forme infantile (MIM 616211).

Résultats : Le GS en solo a permis d’identifier des variations introniques affectant les gènes impliqués dans les pathologies fortement suspectées, dont : i) une délétion-insertion dans une région intronique de GPC3 ; ii) une translocation avec fusion intronique du gène FBN1 avec UBE2R2 ; iii) une inversion de 15kb comprenant un exon de WWOX avec délétion intronique des régions flanquantes (en trans d’une variation faux-sens exonique retrouvée en ES) ; iv) ainsi qu’une variation ponctuelle intronique dans VPS13B avec création d’un nouveau site accepteur d’épissage (en trans d’un SNV exonique avec décalage de cadre de lecture) identifiée grâce à l’intégration de données transcriptomiques (RNA-seq). La présence de ces variations pathogènes a été validée par des analyses complémentaires aux niveaux cytogénétique (ACPA, FISH), génomique (qPCR), transcriptomique (RNA-seq, RT-qPCR), et protéique (Western Blot).

Discussion : L’identification de ces variations pathogènes, par l’intégration de données de GS et d’autres approches moléculaires, met en évidence l’intérêt de cette approche et justifie son utilisation devant un phénotype clinique évocateur d’une pathologie génétique sans diagnostic moléculaire après ES, quel que soit le mode d’hérédité mendélien de la pathologie. 

Alexandre PLAGOS, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Sébastien MOUTTON, Martin CHEVARIN, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Laurence DUPLOMB, Emilie TISSERANT, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO (Dijon)

15:30-16:30
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B36
SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Boris KEREN (PH) (Paris)
15:30 - 15:38 #19740 - FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.
FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.

Introduction : L'Ataxie télangiectasie (AT) est une pathologie autosomique récessive rare liée à des variations du gène AT-mutated (ATM). Elle est généralement caractérisée par une ataxie cérébelleuse dans l’enfance, des télangiectasies, une apraxie oculomotrice, une prédisposition au cancer (en particulier des tumeurs lymphoïdes), une immunodéficience et une hyper-radiosensibilité. Les études phénotypiques démontrent un spectre continu allant de formes classiques sévères chez l’enfant à des formes plus modérées débutant à l’âge adulte, dépendantes de l’activité kinase résiduelle. La fréquence des porteurs hétérozygotes est estimée entre 0,5% et 1% de la population générale, et multiplie par 2 à 4 le risque de cancer du sein chez la femme.

Matériel et Méthodes