Jeudi 23 janvier
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A31
08:00 - 10:00

CONFERENCE PLENIERE 3
Nouveautés en pathologies humaines

Modérateurs : Médéric JEANNE (Chef de Clinique) (TOURS), Nicole PHILIP (PU-PH) (MARSEILLE)
08:00 - 10:00 Le point sur la Génétique de la sclérose latérale amyotrophique en 2020. Patrick VOURC’H (Tours)
08:00 - 10:00 Avancées dans la Génétique des infertilités masculines. Charles COUTTON (PHU) (Grenoble)
08:00 - 10:00 Actualités sur les thrombopénies héréditaires. Marie-Christine ALESSI (Marseille)
08:00 - 10:00 Place de la génétique dans la physiopathologie de la NASH. Rodolphe ANTY (Nice)
Auditorium François 1er
10:00 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
11:00

Jeudi 23 janvier

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A32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 09
Neuro-développement 1

Modérateurs : Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (PARIS), Maximilien PERIVIER
11:00 - 11:15 #19747 - CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.
CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.

Le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) reposait jusqu’à récemment sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), la recherche du syndrome X-fragile (FRAXA) et l’étude de gènes ciblés. Si l’expertise clinique ne permet pas de cibler l’étude de gènes en particulier, ces différents outils aboutissent à un diagnostic chez seulement 20% des patients sans diagnostic clinique, au prix parfois de nombreux examens biologiques coûteux. La génétique médicale connaît actuellement un véritable bouleversement technologique par le développement du séquençage haut débit (SHD), permettant l’analyse de panels de gènes ciblés et d’exome (ES).

Le PRME DISSEQ a pour objectif d’évaluer l’efficience de différentes stratégies de SHD dans le diagnostic des patients atteints de DI à partir d’une cohorte de 330 patients (205 hommes/127 femmes) et sans investigation génétique antérieure. Trois stratégies sont été réalisées en parallèle à l’aveugle: stratégie classique (ACPA+FRAXA+séquençage de gènes ciblés), stratégie 1 (ACPA+FRAXA+panel DI459 solo) et stratégie 2 (FRAXA+ES solo).

A ce jour, environ un tiers de la cohorte a été analysée. Parmi les 39 résultats positifs (15 CNV, 25 SNV, 1 FRAXA dont 3 double hits), 16 ont été diagnostiqués par la stratégie classique (41%), 34 par la stratégie 1 (87%) et 35 par la stratégie 2 (90%) ; 35 présentaient une variation sporadique, 3 une variation héritée d’un parent, 3 des variations bialléliques et 1 un FRAXA. Seuls 30/41 variations causales (73%) ont été identifiés par la stratégie 1 (FRAXA+ACPA+panel DI459) et la stratégie 2 (FRAXA+ES), soit un taux de discordance de 27% : 5/11 retenus uniquement par la stratégie 2 car le gène causal est absent du panel, et 6/11 retenus uniquement par la stratégie 1 par discordance d’interprétation. Ces discordances étaient principalement liées à une présentation clinique atypique. Par ailleurs, la stratégie 2 a permis d’identifier des variations dans de nouveaux gènes candidats chez 3 patients.

Ces premiers résultats (ensemble des résultats disponible en fin d’année 2019) montrent que les discordances entre le panel et l’ES sont dues à l’absence des gènes causaux dans le panel et à une discordance d’interprétation dans des phénotypes atypiques pour l’ES, mais non par défaut de couverture de l’ES. Ceci conforte l’importance d’une double interprétation. Le panel ne permet pas d’identifier les variations des gènes récemment associés à la DI et montre également des limites pour identifier les CNVs, devant ainsi être couplé à l’ACPA. A l’inverse, l’ES semble efficace pour identifier SNVs et CNVs y compris dans les gènes récemment associés à la DI et dans des nouveaux gènes candidats. Cependant, le grand nombre de données disponibles pour l’ES peut conduire à un défaut d’interprétation des variations. L’approche de séquençage en trio pourrait limiter la non considération de certaines variations dans des gènes connus, non retenues du fait de phénotypes atypiques.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Bénédicte GÉRARD, Amélie PITON, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Laure SORLY, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Patrick EDERY, Nicole PHILIP, David GENEVIEVE, Alain VERLOES, Sylvie ODENT, Julien THEVENON, Annick TOUTAIN, Bonneau DOMINIQUE, Salima EL CHEHADEH-DJEBBAR, Martine DOCO-FENZY, Bertrand ISIDOR, Alice GOLDENBERG, Catherine VINCENT-DELORME, Odile BOUTE-BENEJEAN, Laetitia LAMBERT, Marie-Laure ASENSIO, Patrick CALLIER, Yannis DUFFOURD, Catherine LEJEUNE, Christine BINQUET, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
11:15 - 11:30 #19782 - CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.
CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Les variants de gènes responsables de régulation transcriptionnelle sont des contributeurs majeurs aux pathologies neurodéveloppementales. Le complexe Sin3 assure un rôle central dans la désacétylation des histones et la répression transcriptionnelle, par modulation de l’activité de l’HDAC 1/2. Parmi les deux paralogues vertébrés du complexe Sin3, SIN3A et SIN3B, le gène SIN3A est connu pour être responsable de déficience intellectuelle syndromique. Les conséquences cliniques de l’haploinsuffisance de SIN3B n’ont pas été caractérisées à ce jour. Nous décrivons une nouvelle entité associant une déficience intellectuelle, des anomalies morphologiques, ainsi que de façon variable des troubles du spectre autistique, malformations congénitales, et anomalies du corps calleux. Un des patients est également atteint d’autisme isolé. En utilisant les techniques d’analyse chromosomique par puce à ADN ou de séquençage d’exome, et à travers la mise en commun de données lors de collaborations internationales, nous avons identifié chez neuf patients des délétions ou variants nucléotidiques hétérozygotes de SIN3B. Cinq patients sont porteurs de délétions hétérozygotes incluant SIN3B, ayant permis de définir une région minimale d’intérêt de 230 kb en 19p13.11, deux individus ont une substitution non synonyme rare et deux individus une délétion d’un nucléotide à l’origine d’un décalage du cadre de lecture et d’un codon stop. Afin de caractériser in vivo les conséquences de l’ablation de SIN3B et confirmer la pathogénicité des variants non synonymes, nous avons inactivé l’orthologue du gène chez le poisson zèbre par édition génomique et suppression transitoire. Nous montrons chez les larves, après inactivation, une perturbation de l’architecture cranio‑faciale et des anomalies des axones commissuraux, soutenant l’hypothèse d’un rôle essentiel de SIN3B dans la croissance et la formation des structures antérieures. L’absence de restauration du phénotype associé à l’inactivation transitoire lors de l’injection d’ARNm variant nous permet de classer les deux variants non synonymes identifiés comme perte de fonction. Enfin, afin de préciser les conséquences moléculaires des variants de SIN3B, nous avons quantifié les activités des éléments cis‑régulateurs par Chip‑seq. Les profils d’acétylation obtenus sont similaires à ceux mis en évidence en cas d’haploinsuffisance de SIN3A : l’inactivation de SIN3B est associée à l’hyperacétylation d’une fraction de régions régulatrices dans les cellules mononuclées sanguines. En conclusion, nos résultats confirment le rôle crucial du complexe Sin3 dans le développement du système nerveux central et définissent le paysage épigénétique associé à la perturbation de son fonctionnement. Nous démontrons ainsi que l’haploinsuffisance de SIN3B est responsable chez l’Homme de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Xenia LATYPOVA (Grenoble), Marie VINCENT, Alice MOLLÉ, Oluwadamilare A. ADEBAMBO, Cynthia FOURGEUX, Tahir N. KHAN, Alfonso CARO, Monica ROSELLO, Dmitriy NIYAZOV, Damien LEDERER, Marie DEPREZ, Yline CAPRI, Peter KANNU, Anne-Claude TABET, Jonathan LEVY, Emmelien ATEN, Nicolette DEN HOLLANDER, Jagdeep WALIA, Ladonna L IMMKEN, Pawel STANKIEWICZ, Kirsty MCWALTER, Sharon SUCHY, Raymond J. LOUIE, Shannon BELL, Roger E. STEVENSON, Justine ROUSSEAU, Catherine WILLEM, Christelle RETIERE, Xiang-Jiao YANG, Philippe M. CAMPEAU, Francisco MARTINEZ, Jill A. ROSENFELD, Cédric LE CAIGNEC, Sébastien KÜRY, Sandra MERCIER, Kamran MORADKHANI, Solène CONRAD, Thomas BESNARD, Benjamin COGNÉ, Nicholas KATSANIS, Stéphane BÉZIEAU, Jeremie POSCHMANN, Erica E. DAVIS, Bertrand ISIDOR
11:30 - 11:45 #20134 - CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.
CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.

Contexte : La dégradation des protéines par le protéasome est essentielle à la protéostase des cellules eucaryotes. La rareté des variants pathogènes présents dans la cinquantaine de gènes directement impliqués dans la fonction protéasomale suggère qu’ils exercent une pression de sélection négative en compromettant la viabilité cellulaire. Par contraste avec les maladies auto-inflammatoires récessives induites par des altérations de la particule catalytique 20S du protéasome 26S, nous avons récemment décrit une pathologie neurodéveloppementale, le syndrome Stankiewicz-Isidor (MIM : 617516), causée par des variants de novo de PSMD12, gène de la sous-unité Rpn5 de la particule régulatrice 19S.

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale nous avons recruté 21 individus atteints d’un retard du développement et porteurs de 19 variants probablement pathogènes dans deux autres gènes de la particule régulatrice 19S, PSMC3 et PSMC5. Ces derniers codent pour des ATPases impliquées dans le dépliage et la translocation du substrat à dégrader vers le cœur protéolytique de la particule 20S. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'effet fonctionnel des variants sur l'activité du protéasome 26S et examiné leur impact possible sur les principales voies du neurodéveloppement. Nous avons enfin eu recours à des modèles in vivo murins et de drosophiles pour étudier leurs conséquences sur la fonction neuronale et le comportement.

Résultats : Les 19 variants candidats identifiés chez 21 individus non apparentés se distribuent en : 5 variants de novo dans PSMC3 chez 6 individus et 14 variants (13 de novo, un homozygote) dans PSMC5 chez 15 individus. La majorité des variants est localisée dans le domaine ATPase des deux sous-unités. Les individus porteurs d’un variant dans PSMC3 présentent un retard de développement et des anomalies fréquentes à l'IRM cérébrale ?, ainsi que des anomalies cardiaques et/ou squelettiques, alors que les individus porteurs d’un variant dans PSMC5 présentent majoritairement une déficience intellectuelle et des troubles du comportement. Nous avons observé une altération de la fonction du protéasome caractérisée par une diminution significative de son activité de type chymotrypsine, ainsi que par une accumulation de conjugués d'ubiquitine, une activation de la réponse réponse UPR (unfolded protein response) et une altération de l'activité mTOR.

Conclusion : Ces résultats nous permettent d’élargir la liste des gènes codant pour des sous-unités de la particule protéasomique 19S responsables de troubles du neurodéveloppement. Les altérations des gènes PSMC3 et PSMC5 perturbent les systèmes de dégradation des protéines ainsi que la voie mTOR. Des analyses protéomiques et l’examen de modèle animaux sont en cours et devraient nous permettre d'approfondir nos connaissances sur cette catégorie, de description très récente et en plein évolution, de protéasomopathies neurodéveloppementales.

Sébastien KÜRY (NANTES), Frédéric EBSTEIN, Geeske M. VAN WOERDEN, Thomas BESNARD, Cory ROSENFELT, Victoria MOST, Anna HAJDUKOWICZ, Virginie VIGNARD, Wallid DEB, Benjamin COGNE, Dustin BALDRIDGE, Cara FORSTER, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, May MALICDAN, Siddharth SRIVASTAVA, Lesley ADES, Jennifer Ann BRAULT, Hind AL SAIF, Damara ORTIZ, Consortium PSMC3/PSMC5, David GENEVIEVE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Peter W.r. HILDEBRAND, Francois BOLDUC, Ype ELGERSMA, Elke KRÜGER, Stéphane BEZIEAU
11:45 - 12:00 #20568 - CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.
CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.

Le syndrome MEHMO (acronyme pour Mental deficiency with epileptic seizures, hypogonadism and hypogenitalism, microcephaly and obesity) est une forme rare de déficience intellectuelle syndromique liée au chromosome X, causée par des mutations hémizygotes dans le gène EIF2S3. Ce gène code pour la sous-unité γ du complexe trimérique eIF2 qui joue un rôle primordial dans l’initiation de la synthèse protéique. Une mutation récurrente dans le gène EIF2S3 (p.Ile465Serfs*4) entrainant un décalage du cadre de lecture a été identifiée chez des patients sévèrement atteints tandis que les quelques mutations faux-sens rapportées sont plutôt responsables d’un phénotype incomplet de déficience intellectuelle, microcéphalie, retard de croissance et épilepsie. Nous avons identifié une nouvelle mutation faux sens (c.433A > G, p.Met145Val) à l’état hémizygote chez un sujet masculin présentant une déficience intellectuelle légère, microcéphalie et cryptorchidie. Nous avons choisi le poisson-zèbre comme modèle in vivo vertébré pour confirmer la pathogénicité de cette mutation ainsi que de trois autres mutations faux sens décrites dans la littérature. En effet, l’inactivation transitoire du gène eif2s3 orthologue du poisson-zèbre par injection d’oligonucléotides (morpholinos) entrainait un phénotype de microcéphalie partiellement compensé par la co-injection d’ARN humain EIF2S3 sauvage, et non par celle d’ARN muté. La réalisation de différentes lignées mutantes stables par la technique de CRISPR/Cas9 a  complété ces premières expériences et a permis la reproduction de la microcéphalie chez le poisson-zèbre. Des études d’immunofluorescence et d’apoptose au départ de ces différentes lignées ont montré que ce déficit était dû, en partie du moins, à une augmentation de la mort de cellules neuronales à un stade précoce du développement. Au niveau pancréatique, des études d’immunofluorescence et d’hybridation in situ ont révélé une diminution du nombre tant des celles beta sécrétrices d’insuline que des progéniteurs pancréatiques, non liée à de l’apoptose. Enfin, des études complémentaires au départ de cultures fibroblastiques de patients avec mutation faux sens ont montré la présence de la proteine  eIF2γ mais aucune apoptose n’a été mise en évidence, ni en condition de base, ni après utilisation d’inducteurs d’apoptose. En conclusion, nous confirmons l’élargissement du spectre phénotypique chez les patients avec mutation faux sens dans le gène EIF2S3 et nous suggérons que le syndrome MEHMO soit spécifiquement lié à une mutation récurrente (p.Ile465Serfs*4) dans ce gène. Nous décrivons un modèle poisson-zèbre robuste qui récapitule le phénotype humain observé. Outre l’apoptose retrouvée de façon inconstante dans nos expériences, nos études fonctionnelles sur poisson zèbre et sur cultures fibroblastiques amènent de nouvelles perspectives physiopathologiques et suggèrent des défauts précoces de différenciation cellulaire.

Stéphanie MOORTGAT (Gosselies (Charleroi), Belgique), Isabelle MANFROID, Hélène PENDEVILLE, Stephen FREEMAN, Valérie BENOIT, Ahmad MERHI, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Isabelle MAYSTADT
12:00 - 12:15 #20307 - CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.
CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.

Introduction: We analyzed the largest group to date of individuals from France with neurodevelopmental disorders (NDD) coming from four hospitals of AP-HP, France (Robert Debré, Trousseau, La Pitié Salpétrière, Jean Verdier). The data from 8,300 patients, 2,000 relatives and 2,955 controls were collected from two Illumina SNP array platforms over 5 years (2013-2017). Patients were grouped according to the biomedicine agency categories: syndromic intellectual disability (S-ID; N=3047), multiple congenital anomalies (N=1025), isolated ID (N=1058), autism (N= 1864) and other (N=1742). The CNVs were called using QuantiSNP and PennCNV and then compared to CNV partition, the algorithm used for diagnosis. Genotyping data were also used to estimate the ancestry and to compute the inbreeding coefficient as well as the polygenic score for different traits such as autism and intelligence.

Results: The analysis of this large sample of patients with NDD revealed several important results: First, QuantiSNP and PennCNV outperform CNV partition for the detection of CNVs. The new algorithms could increase the yield of genetic diagnosis (e.g. three patients with SHANK3 deletions were identified). Second, patients with S-ID, ID or autism had a higher burden of CNV affecting genes associated with NDD/autism or expressed in the brain or intolerant for deleterious mutation (pLI > 0.9) compared to controls. Interestingly patients with autism had also higher polygenic scores for autism compared to controls (p < 10-22) or other diagnostic categories (p < 10-3), confirming the strong polygenic contribution to autism. Third, we could find that a high level of inbreeding was a risk for S-ID and ID, but not for autism. Finally, the role of several genes will be discussed such as TRPM1, SHANK3, PTGER3, OTUD7A, MTMR10, PTGER3, SDHA, PIGW, HNF1B, GGNBP2, CCDC127, ACACA, KLF13, VPS37D, SPNS1, RIMBP3, BAZ1B and ATXN2L. These genes might be important to understand the shared and specific mechanisms leading to different clinical trajectories.

Conclusion: Our large-scale French study of NDD, combining new genetic approaches, provides a better yield of genetic diagnostic for NDD. It results from the collaboration between clinicians and quantitative geneticists through data sharing, standardization and multi-level analyses. In order to go further, more data such as whole genome sequencing and standardized clinical data from deep phenotyping will be necessary to provide better diagnostic and prognostic insight. We also observed a very high degree of heterogeneity in the ancestry of the population, which will require match ancestry controls in order to provide diagnostic to all individuals attending to the hospital in France, not only those from European descents for which we have control data.

Claire LEBLOND-MANRY, Freddy CLIQUET, Myriam RACHID, Alexandre MATHIEU, Julien FUMEY, Amaury VAYSSE, Thomas ROLLAND, David-Alexandre TREGOUET, Boris KEREN, Julien BURATTI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Jonathan LÉVY, Celine DUPONT, Laurence PERRIN, Alain VERLOES, Anna MARUANI, Delphine HERON, Cyril MIGNOT, Brigitte BENZACKEN, Loïc DE PONTUAL, Sandra WHALEN, Jean-Pierre SIFFROI, David GERMANAUD, Valérie BIRAN, Richard DELORME, Thomas BOURGERON, Anne-Claude TABET (PARIS)
12:15 - 12:30 #20002 - CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.
CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.

Le TSA (Trouble du Spectre de l’Autisme) est caractérisé par l’apparition précoce de difficultés persistantes dans les interactions sociales associées à un caractère restreint des activités. Le déterminisme génétique du TSA est complexe, incluant de nombreux facteurs génétiques. Ces dernières années, un très important effort de recherche a permis l’identification de plusieurs centaines de facteurs de risque génétique dans le TSA, répartis en 3 grandes catégories : (1) gènes responsables de troubles neurodéveloppementaux monogéniques dont l’autisme est l’une des manifestations possibles, (2) CNVs récurrents associés à l’autisme dans des études cas/témoins et (3) gènes présentant un excès de mutations tronquantes de novo dans les études de trios. Il importe maintenant de retranscrire ces avancées sur le rôle des variants rares de fort impact en des termes directement utilisables par les cliniciens à l’issue de la consultation de génétique recommandée par la HAS pour tout patient avec TSA.  Pour cela, nous avons établi des critères stricts pour la classification des gènes à risque ainsi que pour l’interprétation des variants et conduit une étude pilote sur 253 patients adressés à notre consultation suite à un diagnostic établi par notre centre de ressources autisme.

Nous avons séquencé l’exome de ces patients, dont 68 présentaient une déficience intellectuelle comorbide et 90 avaient reçu un diagnostic de syndrome d’Asperger. Notre pipeline bio-informatique a permis la détection des variants nucléotidiques et des variations du nombre de copies (copy-number variation, CNV). Nous avons utilisé des critères stringents pour la conception d’une liste de 217 gènes associés au TSA de façon certaine ou probable et classé ces gènes dans l’une au moins des trois catégories précédemment décrites. Pour les variants retenus, la transmission a été obtenue par séquençage Sanger des parents.

Nous avons détecté un variant génétique conférant un risque de TSA chez 19,7% des patients (IC95% : [15%-25,2%]), dont 18 sont des CNVs (7,1% [4,3%-11%]) et 32 des variants nucléotidiques (12,6% [8,8%-17,4%]). Lorsque l’échantillon a été séparé en sous-groupes cliniques, les patients avec déficience intellectuelle présentaient le taux de détection de variants pathogènes le plus élevé (30,1% [20,2%-43,2%]). Le groupe de gènes présentant un excès de variations de novo tronquantes (n= 81) est le plus fort contributeur de variants à risque chez nos patients. Les récentes grandes études de trio ayant permis leur découverte ont donc un impact majeur pour le diagnostic étiologique du TSA.

Dans la mesure où il n’y a pas actuellement de preuve d’une implication nécessaire et suffisante de ces gènes dans le TSA, nous recommandons d’éviter le terme « gènes/variants causaux de TSA » lors du rendu diagnostique et de préférer le terme « facteur de risque génétique de TSA ». Les implications de ces résultats en terme de conseil génétique seront discutées.

Thomas HUSSON (Rouen), Lecoquierre FRANÇOIS, Kevin CASSINARI, Charbonnier CAMILLE, Quenez OLIVIER, Goldenberg ALICE, Guerrot ANNE-MARIE, Richard ANNE-CLAIRE, Anne-Claire BREHIN, Soleimani MARYAM, Taton ROMAIN, Maud ROTHARMEL, Antoine ROSIER, Pascal CHAMBON, Le Meur NATHALIE, Joly-Helas GÉRALDINE, Saugier-Veber PASCALE, Anne BOLAND, Deleuze JEAN-FRANÇOIS, Robert OLASO, Thierry FREBOURG, Gael NICOLAS, Olivier GUILLIN, Dominique CAMPION
Auditorium François 1er

Jeudi 23 janvier

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B32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 10
Oncogénétique

Modérateurs : Edouard COTTEREAU (médecin) (Tours), Julie TINAT (Médecin) (Bordeaux)
11:00 - 11:15 #20149 - CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.
CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.

Les variations pathogènes bialléliques du gène NTHL1 (Nth Like DNA Glycosylase 1) codant une glycosylase impliquée dans le mécanisme de réparation de l’ADN par excision de base (BER), sont décrites comme responsables d’une prédisposition au cancer colorectal et au développement de polypes adénomateux multiples. Actuellement, seuls 34 patients porteurs de variations pathogènes bialléliques de NTHL1 appartenant à 22 familles ont été rapportés. Le spectre tumoral des porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 est dominé par les cancers colorectaux mais d’autres tumeurs de localisations variées ont été rapportées : cancers du sein, tumeurs cérébrales, cancers urothéliaux, carcinomes basocellulaires, cancers hématologiques et cancers de l’endomètre. Actuellement, le gène NTHL1 n’est pas analysé au titre du diagnostic en France, même s’il est inclus dans des panels recherche. L’objectif de cette étude nationale consiste à documenter le nombre et le phénotype des patients porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 identifiée dans les laboratoires du Groupe Génétique et Cancer. Le gène NTHL1 est principalement analysé dans un contexte de polypose ou de cancer colorectal mais aussi dans le cadre d’un panel recherche élargi. Parmi les 10 centres effectuant l’analyse du gène, nous avons recueilli les données de 10 nouveaux patients porteurs de variations bialléliques du gène NTHL1 issus de 9 familles différentes. Il s’agit de 6 variants distincts rapportés à l’état homozygote ou hétérozygote composite. La plupart des patients ayant bénéficié d’une coloscopie (7/8) ont présenté des polypes adénomateux et/ou hyperplasiques avec un âge moyen au diagnostic de 52 ans [24-63]. Nous rapportons dans cette série un cancer du côlon à 58 ans, un cancer duodénal à 52 ans, un cancer de l’endomètre à 51 ans, un sarcome sinonasal à 46 ans, deux cancers du sein à 42 ans et 47 ans, deux carcinomes basocellulaires à 40 ans et 64 ans, un cancer du pancréas à 54 ans, un cancer de la prostate à 47 ans et un ostéosarcome à 54 ans avec l’existence de 3 cas de tumeurs primitives multiples. Il s’agit de la deuxième série en nombre de patients rapportés. Ce travail national, en augmentant les connaissances sur le spectre phénotypique des porteurs d’altérations bialléliques du gène NTHL1, encouragerait l’inclusion de ce gène dans le panel Tube digestif du Groupe Génétique et Cancer avec recommandations de prise en charge digestive adaptées aux patients à haut risque. En revanche, l’établissement de recommandations de surveillance liée au risque des autres cancers nécessite des études épidémiologiques approfondies.

Flavie BOULOUARD (Caen), Edwige KASPER, Marie-Pierre BUISINE, Gwendoline LIENARD, Stéphanie VASSEUR, Sandrine MANASE, Michel BAUAU, Virginie BUBIEN, Florence COULET, Véronica CUSIN, Marion DHOOGE, Lisa GOLMARD, Vincent GOUSSOT, Nadim HAMZAOUI, Elodie LACAZE, Sophie LEJEUNE, Jacques MAUILLON, Stéphane PINSON, Jean-Marc REY, Camille TLEMSANI, Christine TOULAS, Nancy UHRHAMMER, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE, Thierry FREBOURG, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Les Laboratoires Du GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER (GGC)
11:15 - 11:30 #20108 - CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.
CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.

INTRODUCTION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet d'analyser simultanément un grand nombre de gènes. Des panels de gènes dits «digestifs», ont été récemment mis en place et sont couramment utilisés dans de nombreux laboratoires de génétique moléculaire français. En l'absence de recommandations nationales, il existe des disparités dans la composition de ces panels et dans la prise en charge des patients porteurs de mutations délétères.

MATERIELS ET METHODES

Afin d’harmoniser ces nouveaux panels, le Groupe Génétique et Cancer (GGC)-Unicancer a constitué un groupe de travail de 19 experts (généticiens cliniciens et moléculaires, conseiller en génétique, gastroentérologues et épidémiologistes français) qui ont procédé à une revue de la littérature pour 31 gènes jugés d’intérêt en cas de suspicion de prédisposition héréditaire aux tumeurs gastro-intestinales.

Le groupe a identifié les articles comportant des estimations de risques tumoraux. Leurs résultats et éventuels biais ont été discutés afin de valider une liste des gènes dont le risque estimé semblait suffisamment fiable et élevé pour une utilisation clinique.

En raison de leur statut bien établi, les gènes MMR et APC n’ont pas été évalués. Pour le gène MUTYH, seuls les risques associés aux mutations délétères mono alléliques ont été étudiés.

Ont été retenus pour constituer le panel, les gènes dont les mutations sont associées à un risque de tumeurs du tube digestif et / ou à un phénotype digestif bien établis, justifiant une prise en charge spécifique.

RESULTATS

Ce travail a permis de définir un panel de 14 gènes d'intérêt clinique confirmé : APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH (mutations bi-allélique), PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4 et STK11 que le GGC-Unicancer recommande d'utiliser lors d’une suspicion de prédispositions aux cancers du tube digestif.

Les raisons de l'exclusion des 17 autres gènes ont été argumentées. 

L’insuffisance des estimations des risques tumoraux associés a mené à l’exclusion de gènes, en particulier CTNNA1, MSH3 et NTHL1, malgré des arguments physiopathologiques très évocateurs comme leur implication dans certaines voies moléculaires.

Les recommandations de dépistage, de prévention et le conseil génétique ont été discutés pour tous les gènes évalués.

CONCLUSION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le groupe GGC-Unicancer recommande d'utiliser ce panel de 14 gènes d'intérêt clinique établi.

En raison de l’évolution rapide des connaissances, une mise à jour annuelle de la littérature est prévue pour améliorer ce panel en cas de données nouvelles sur des gènes candidats.

Des études génétiques et épidémiologiques sont nécessaires pour mieux estimer les risques associés aux gènes non sélectionnés dans le panel actuel.

 

Marion DHOOGE (Paris), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Carole CORSINI, Nadine ANDRIEU, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Christine LASSET, Capucine DELNATTE, Antoine DE PAUW, Sophie DUSSART, Dominique LEROUX, Christine MAUGARD, Jessica MORETTA-SERRA, Cornel POPOVICI, Chrystelle COLAS, Catherine NOGUES
11:30 - 11:45 #20138 - CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.
CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.

Chez un patient atteint d’un cancer, l’identification d’une variation constitutionnelle pathogène de TP53 a un impact médical majeur, à la fois pour la prise en charge thérapeutique (chirurgie élargie plutôt que radiothérapie et chimiothérapie complémentaire pour réduire le risque de tumeurs secondaires) et pour son suivi et celui des apparentés porteurs, suivi incluant IRM corps entier, IRM cérébrale et IRM mammaire. Le défi majeur pour les laboratoires diagnostiques est l’interprétation des variations détectées dans ce gène qui sont majoritairement des variations faux-sens. Le nombre de variants de TP53 à interpréter est en évolution rapide suite à l’intégration récente de ce gène dans les panels élargis tels que ceux dédiés aux prédispositions génétiques aux cancers du sein et de l’ovaire. Notre équipe a développé il y a quelques années un test fonctionnel simple pour évaluer l’impact de variants sur l’activité transcriptionnelle de p53. Ce test réalisé dans le contexte génétique des patients nécessite l’établissement d’une lignée lymphoblastoïde, ce qui n’est pas compatible avec les exigences du diagnostic en termes de délai. Nous avons donc développé un essai fonctionnel réalisé directement sur le sang des patients et permettant d’obtenir rapidement un résultat en 7 jours. Après prélèvement sur tube EDTA, les cellules mononuclées du sang sont isolées et stimulées pendant 48h avec une combinaison de mitogènes, puis exposées pendant 8 heures à la doxorubicine afin d’induire un stress génotoxique. La réponse transcriptionnelle médiée par p53 est évaluée à la fois par RT-QMPSF et RT-MLPA mesurant l’expression de (i) 10 gènes cibles de p53, (ii) de TP53 lui-même, (iii) de 3 gènes contrôles insensibles au stress génotoxique et (iv) d’un gène marqueur du stress génotoxique. Ce test rapide permet également de révéler de façon simultanée l’impact d’altérations sur les niveaux de transcrit du gène TP53. Nous avons à ce jour réalisé cet essai fonctionnel sur près de 80 prélèvements de cas index ou d’apparentés adressés à notre laboratoire pour analyse de TP53 parmi lesquels 18 étaient porteurs d’un variant de TP53. Le test a été réalisé en aveugle en parallèle du criblage mutationnel. Les variants de classe 4 et 5 ont été clairement identifiés dans ce test par un score fonctionnel réduit par rapport aux individus de génotype sauvage. Parmi ces variants, les mutations aboutissant à un codon stop prématuré (mutation frameshift, mutation d’épissage) ont été révélées par une réduction des niveaux de transcrits de p53 par le NMD (nonsense-mediated mRNA decay). A l’aide de ce test, nous avons maintenant entrepris d’analyser des variants de signification biologique inconnue de TP53 et d’évaluer la réponse transcriptionnelle liée à p53 dans les cellules de patients très évocateurs d’un Li-Fraumeni sans mutation détectée des régions codantes de TP53 afin de démasquer d’éventuelles altérations cryptiques. * S.RAAD et M. ROLAIN contribution égale

Sabine RAAD, Marion ROLAIN, Sophie COUTANT, Céline DERAMBURE, Raphaël LANOS, Emilie BOUVIGNIES, Stéphanie VASSEUR, Edwige KASPER, Abdellah TEBANI, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Soumeya BEKRI, Gaëlle BOUGEARD, Thierry FRÉBOURG, Isabelle TOURNIER (ROUEN)
11:45 - 12:00 #19654 - CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?
CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?

Introduction: Le rétinoblastome (Rb) est une tumeur maligne intraoculaire rare de l’enfant dont la survie globale est élevée. La prédisposition au Rb est liée à des mutations constitutionnelles du gène RB1 avec une forte pénétrance dans la majorité des cas, mais des variants rares de RB1 à faible pénétrance sont également connus. Les patients avec un antécédent personnel de rétinoblastome ont un sur-risque de développer une tumeur maligne (primitive) secondaire, principalement un ostéosarcome et/ou un sarcome des tissus mous. Néanmoins, le risque de survenue d'ostéosarcome primaire chez les porteurs de mutation germinale RB1 n’ayant pas développé de rétinoblastome n’a encore jamais été rapporté.
Méthode : Nous décrivons un patient sans Rb qui a développé un ostéosarcome à 17 ans dans un contexte familial de sarcome.
Résultats: De manière inattendue, les analyses génétiques ont identifié une mutation germinale à faible pénétrance du gène RB1 [NM_000321.2: c.45_76dup; p. (Pro26Leufs*50)]. Huit autres patients porteurs de mutations RB1 à faible pénétrance, issus de la littérature et de la cohorte française de l’Institut Curie, ont également développé des ostéosarcomes et sarcomes sans Rb au préalable.

Conclusion : Nous proposons que la survenue initiale d’un sarcome ou d’un ostéosarcome primaire pourrait être une nouvelle présentation clinique de la prédisposition héréditaire lié aux variants pathogènes de RB1 à faible pénétrance. D’une part, une vigilance clinique accrue est nécessaire dans ces familles afin de dépister les tumeurs malignes primaires et secondaires telles que les sarcomes ou les ostéosarcomes. D’autre part, en complément de la surveillance ophtalmologique se discute la réalisation d’une surveillance radiologique par IRM corps entier chez les apparentés asymptomatiques porteurs de la mutation RB1 de faible pénétrance.

Marion IMBERT-BOUTEILLE, Marion GAUTHIER-VILLARS, Dominique LEROUX, Isabelle MEUNIER, Isabelle AERTS, Livia LUMBROSO-LE ROUIC, Sophie LEJEUNE, Capucine DELNATTE, Caroline ABADIE, Pascal PUJOL, Claude HOUDAYER, Carole CORSINI (MONTPELLIER)
12:00 - 12:15 #19885 - CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.
CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Près de 5 % des cancers du sein et de l’ovaire correspondent à des formes familiales liées à une prédisposition génétique. Depuis ces deux dernières décennies, de nombreuses mutations délétères conférant des niveaux de risques variables en fonction du gène affecté ont été décrites. De même, de nombreuses études pangénomiques ont mis en évidence l’existence de SNPs conférant un risque faible. Ces différentes mutations et SNPs ainsi que leur combinaison ne peuvent néanmoins expliquer l’ensemble des situations cliniques évocatrices d’un risque génétique augmenté. Cette hérédité manquante pourrait ainsi être due à des situations multigéniques ou  oligogéniques mais aussi à des événements présentant un déterminisme monogénique et affectant les séquences non codantes du génome. En effet, plusieurs études génomiques ont démontré que pour de nombreuses pathologies humaines incluant le cancer, les variants rares ne se cantonnent pas au 2% codant du génome mais qu’une grande majorité se situe dans des régions du génome occupées par des protéines liant l’ADN. Ces variants pourraient dès lors altérer des séquences régulatrices proximale ou distante, et ainsi l’expression des gènes associés.  Afin d’identifier les séquences régulatrices à distance des gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D) peu caractérisées, nous avons utilisé la méthode de capture de la conformation des chromosomes « capture-C » qui combine la technologie de capture d'oligonucléotides,  la technologie 3C et le séquençage à haut débit permettant ainsi d'interroger à haute résolution dans un seul test les interactions en cis et potentiellement en trans pour des centaines de locus sélectionnés. Dans un premier test, nous avons pu ainsi identifier des régions d’interactions avec les promoteurs de chacun de ces gènes dans des cellules primaires mammaires sauvage ou irradiées afin d’induire des cassures double brin de l’ADN. Ces zones d’interaction se situent entre une dizaine de Kb et jusqu'à 1 Mb en amont ou aval du promoteur des gènes étudiés. De plus, certaines de ces zones d’interaction interagissent de manière différentielle en fonction de l’irradiation ou non des cellules. La comparaison des données de la capture-C avec les données de Hi-C de la littérature montre que certaines interactions ne sont pas comprises dans le domaine d’association topologique (TAD) ou se trouve le gène correspondant et montre ainsi des interactions inter-TADs. Aucune interaction en trans n’a pu être observée dans ces conditions. L’identification des potentielles séquences régulatrices distantes des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D sera répliquée dans les cellules mammaires puis poursuivie dans des cellules primaires ovariennes et prostatiques afin d’identifier les séquences régulatrices tissu spécifique. L’impact de variants affectant ces séquences sera ensuite étudié dans le cadre de la prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Nicolas GOARDON (Caen), Agathe RICOU, Alexandre ATKINSON, Edwige LEMOISSON, Marilyne GUILLAMIN, Victor BARRAUX, Alain BATALLA, Germain ROUSSELET, Sophie KRIEGER, Laurent CASTERA, Laurent POULAIN, Paul-Henri ROMEO, Thierry FREBOURG, Dominique VAUR
12:15 - 12:30 #20008 - CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.
CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.

Une variation pathogène hétérozygote du gène PMS2 est identifiée chez environ 5 % des patients présentant un syndrome de Lynch. Cependant cette contribution est probablement sous-estimée et la description du phénotype associé limitée, compte-tenu de la complexité des techniques d’analyse requises, liées à l’existence de nombreux pseudogènes très homologues. Nous rapportons 200 variations hétérozygotes du gène PMS2, incluant 112 variations distinctes, identifiées chez 195 patients français, analysés dans les laboratoires de Lille, Lyon et Rouen. Nous avons classé, selon les critères InSiGHT et NGS-Diag adaptés de l’ACMG, 67 % des variations en pathogènes (classe 5), 7 % en probablement pathogènes (classe 4) et 26 % en variations de signification inconnue (classe 3). Les réarrangements génomiques représentaient 18 % des altérations. Nous avons mis en évidence des variations récurrentes, notamment la variation c.137G > T, p.(Ser46Ile) identifiée chez 18 % des patients, et pour laquelle nous avons exploré l’hypothèse d’un effet fondateur. Dans cette série, les 161 patients porteurs d’une variation de classe 4 ou 5 de PMS2, ont présenté leur première tumeur à 49 ans en moyenne. Il s’agissait majoritairement d’un cancer colorectal (80 %) ou d’un cancer de l’endomètre (8 %). De manière remarquable, sept patients ont développé un cancer colorectal avant l’âge de 30 ans, le plus jeune à 21 ans. Seuls 6 % des patients porteurs d’une variation pathogène appartenaient à une famille répondant aux critères d’Amsterdam (II). Les tumeurs des patients porteurs de variations pathogènes de PMS2 présentaient une instabilité microsatellitaire (96 %) et une perte d’expression isolée de la protéine PMS2 en immunohistochimie (76 %), confirmant ainsi la valeur prédictive positive des analyses somatiques. Nous confirmons donc sur cette série de 195 patients français (i) la faible pénétrance globale des variations pathogènes du gène PMS2, en soulignant toutefois que cela n’exclut pas la survenue de cas précoces de cancers (5 % avant 30 ans) et donc l’implication de facteurs modificateurs, et (ii) la  haute valeur prédictive positive de la perte d’expression isolée de la protéine PMS2, vis-à-vis d’une altération constitutionnelle du gène. Le gène PMS2, malgré sa complexité d’analyse spécifique, est désormais inclus dans les panels de gènes de prédisposition au cancer colorectal, mais également au syndrome sein/ovaire, ce qui conduit à l’identification d’un nombre croissant de variations de signification inconnue, dont la présence doit être confirmée par une méthode indépendante du NGS garantissant l’analyse spécifique du gène PMS2. Dans ce contexte, cette série de 200 variations interprétées constitue un atout majeur pour harmoniser l’expertise d’interprétation au niveau national et international.

Qing WANG, Julie LECLERC, Gaëlle BOUGEARD, Sylviane OLSCHWANG, Stéphanie VASSEUR, Kévin CASSINARI, Denis BOIDIN, Cedrick LEFOL, Pierre NAÏBO, Thierry FREBOURG, Marie-Pierre BUISINE, Stéphanie BAERT-DESURMONT (ROUEN), (Ggc) LE GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 11
Conseil génétique, éthique...

Modérateurs : Viviane HIMILY (conseillère en génétique) (TOURS), Nicolas TARIS (Conseiller en Génétique) (STRASBOURG)
11:00 - 11:15 #19943 - CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.
CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.

Les maladies cardiaques héréditaires ont un mode de transmissi(on le plus souvent autosomique dominant. Ces pathologies exposent au risque de troubles du rythme et/ou d’insuffisance cardiaque. L’expression cardiaque est le plus souvent retardée à l’âge adulte et la pénétrance parfois incomplète. Depuis 1999 un test génétique prédictif est disponible pour les apparentés asymptomatiques. Il permet d’identifier ceux qui ne sont pas à risque de développer la maladie et ceux qui nécessitent un suivi médical spécifique. L’impact psycho-social du test génétique prédictif est cependant mal connu dans ces pathologies.

L’objectif est d’évaluer l’impact psychologique et socio-professionnel de la révélation du statut génétique sur des consultants adultes ayant réalisé un test génétique prédictif pour une maladie cardiaque héréditaire.  

Il s’agit d’une étude multicentrique (20 centres en France). L’avis et le vécu des consultants a été recueilli via des auto-questionnaires comprenant : échelle d’anxiété STAI, échelle d’impact de l’évènement (IES), évaluation du protocole de la consultation, de l’impact socio-professionnel, des modifications des relations interfamiliales. Dans l’étude prospective, trois auto-questionnaires ont été remplis à différents moments et dans l’étude rétrospective un seul à distance du rendu de résultat.

Un total de 517 consultants (42.3±16.7 ans, 60.6% femmes) ont été inclus (prospectif N=264 ; rétrospectif N=253). Les principales motivations pour réaliser le test étaient : 65.3% « pour lever le doute », 64.0%, « pour les enfants », 34.9% « pour bénéficier d’une surveillance médicale ». La majorité des consultants n’ont pas exprimé de regret à l’issu du test (2.3% ont regretté). Le résultat n'a pas entraîné de changement socioprofessionnel ni de changement dans les relations familiales dans 60,7% des cas (étude prospective). L’étude rétrospective met en évidence plus de changements dans le statut socioprofessionnel et/ou dans les relations familiales (changements perçus comme favorables ou défavorables) chez les porteurs de mutations (p < 0,0001). Le niveau d'anxiété (STAI) augmente avant le résultat du test et diminue pour revenir au niveau de base. Les sujets initialement anxieux sont plus susceptibles d'être anxieux après le résultat du test (p < 0,0001), quel que soit le résultat du test (étude prospective). Les sujets ayant des antécédents de dépression étaient plus susceptibles de développer de l'anxiété (p=0,004), quel que soit le résultat du test (étude rétrospective).

Nos résultats montrent que contrairement à l’idée reçue, le bénéfice médical n’est pas la motivation première des consultants réalisant un test génétique prédictif en cardiogénétique. La révélation du statut génétique n’entraine pas ou peu d’impact négatif au niveau psychologique et socio-professionnel, lorsque la démarche est réalisée au sein d’une équipe ayant une expertise en médecine prédictive.

Céline BORDET (PARIS), Sandrine BRICE, Carole MAUPAIN, Estelle GANDJBAKHCH, Bertrand ISIDOR, Aurélien PALMYRE, Alexandre MOERMAN, Annick TOUTAIN, Sylvie ODENT, Anne Claire BREHIN, Laurence OLIVIER FAIVRE, Caroline ROORYCK THAMBO, Elise SCHAEFER, Karine NGUYEN, Delphine DUPIN DEGUINE, Cecile ROUZIER, Pierre Simon JOUK, Marylin LACKMY PORT LIS, Isabelle DENJOY, Stephanie STARACI, Rafik MANSOURI, Amine BEKHECHI, Ibticem RAJI, Veronique FRESSART, Flavie ADER, Pascale RICHARD, Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Marcela GARGIULO, Philippe CHARRON
11:15 - 11:30 #19832 - CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.
CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.

L’utilisation des techniques de séquençage nouvelle-génération permet de détecter un nombre croissant d’anomalies génétiques non sollicitées. La découverte de ces informations soulève des questions éthiques concernant le retour de ces données au patient. Le but de notre étude était de mettre en évidence les points de vue des personnes issues du grand public, des patients suivis en service de génétique médicale, et des professionnels de santé concernant l’acceptabilité de l’annonce, à un patient, de la découverte d’une anomalie non sollicitée dans diverses situations. Nous avons interrogé 449 participants afin qu’ils évaluent si la décision du médecin concernant l’annonce de résultats non sollicités leur semble appropriée. Pour ce faire, deux jeux de 36 scénarios ont été présentés aux participants. Ces deux jeux diffèrent sur la pénétrance de la maladie (multifactorielle ou monogénique) et ont été créés à l’aide de toutes les combinaisons possibles de trois facteurs (l’information et le consentement du patient sur la découverte d’une anomalie non sollicitée ; la prévention et le traitement de la maladie non sollicitée ; la décision du médecin pour annoncer les résultats non sollicités). Les profils de réponses ont été regroupés en six clusters différents. Les résultats montrent que les patients, les personnes issues du grand public et les professionnels de santé prennent tous en considération les aspects éthiques, mais les professionnels de santé prennent en considération les aspects médicaux dans une plus large mesure que les deux autres populations dans l’acceptabilité de l’annonce des découvertes non sollicitées.

Marion ROSIER (TOULOUSE), Myriam GUEDJ, Patrick CALVAS, Sophie JULIA, Christelle GARNIER, Anne CAMBON-THOMSEN, Maria Teresa MUÑOZ SASTRE
11:30 - 11:45 #19820 - CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.
CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.

Faisant le constat d’une prescription massive d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne (ECGP) dans toutes les disciplines médicales et à tous les âges de la vie, la génétique est devenue une étape courante et indispensable de la prise en charge des patients. Pourtant, ces pratiques sont caractérisées par une incertitude entre l’essor technologique de la connaissance du génome et les applications pour le diagnostic, les soins, et la prévention. 

Par ailleurs, de par ses spécificités en termes d’interprétations, de risque héréditaire ou de tests présymptomatiques, l’ECGP fait l’objet d’un encadrement juridique contraignant ainsi que de recommandations de bonnes pratiques. Cet essor de données réglementaires autour des droits des personnes (notamment en termes d’information individuelle et à la parentèle, de formalisation du consentement et de protection de la personne) et un décalage avec les pratiques caractérisent également ce domaine médical.

 Il nous est apparu indispensable d’explorer ces pratiques auprès des médecins non généticiens, qui sont et deviendront de plus en plus premiers acteurs de cette prescription. En effet des questions majeures accompagnent la prescription et le retour de résultats dans les années à venir et les équipes n’ont pas à ce jour de réponses ni de référentiels toujours clairs. Ces situations peuvent générer de grandes incertitudes et disparité de pratiques.

 Nous avons donc conçu une étude qualitative selon une méthodologie de nature sociologique avec des entretiens de médecins prescripteurs inclus dans des focus groups. Une grille d’entretiens a été élaborée après une étude exploratoire. Le champ d’études a été restreint à 4 régions administratives (Bretagne, Pays de Loire, Centre et Normandie) et à deux disciplines médicales complémentaires et emblématiques de l’utilisation courante des tests génétiques selon des capacités différentes de traitement et de prévention : l’oncologie et la neurologie. Nous avons ainsi pu mener 6 focus groups réunissant 22 médecins issus des 2 spécialités de neurologie et onco-endocrinologie au cours de l’année 2018 (Angers, Caen, Nantes, Orléans, Rennes et Tours).

 Après accord des participants, ces entretiens ont fait l’objet d’un enregistrement et d’une retranscription pour réaliser une analyse de contenu ayant pour but de documenter les divers registres et critères auxquels se réfèrent spontanément les professionnels pour apprécier les modalités de recours à cet examen, sa justification, son organisation, ses effets voulus et non-voulus.

Les points saillants de ces analyses de contenu seront présentés. En particulier, les tensions générées par cet ECGP et les vacillements professionnels induits conduisent à une demande de renforcements des collaborations entre généticiens et non-généticiens.

Laurent PASQUIER (RENNES), Guy MINGUET, Sylvie MOISDON-CHATAIGNER, Philippe DENIZEAU, Pascal JARNO, Ginette VOLF, Sylvie ODENT, Grégoire MOUTEL
11:45 - 12:00 #19812 - CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.
CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.

Introduction 

Les tests génétiques préconceptionnels ont jusqu’à très récemment uniquement concerné certaines communautés, ethnies, ou familles pour lesquelles un surrisque de maladie génétique était identifié. Un nouveau type de test préconceptionnel pourrait maintenant être proposé à la population générale. Ce test permet d’évaluer le risque pour un couple d’avoir un enfant atteint de certaines maladies génétiques rares, autosomiques récessives ou liées à l’X. Accessible à l’étranger, il n’est pas encore autorisé en France. L’objectif de notre étude était d’évaluer l’opinion de la population française concernant l’utilisation de ce type de tests.

Matériel et méthodes

L’étude repose sur un questionnaire, disponible en version imprimée et sur le logiciel de sondage en ligne Sphinx®, du 10 novembre 2017 au 05 mars 2018.  Il a été proposé à la population générale via des mailing-lists personnelles et d’associations, ainsi que sur des réseaux sociaux et au sein de cabinets médicaux. Une analyse descriptive a été réalisée et complétée par une analyse multivariée, par régression logistique, avec comme variable à expliquer l’opinion favorable à l’accès au test en France.

Résultats 

Mille cinq cent soixante-huit personnes ont participé à l’étude, 91 % sont favorables à l’accès à ce type de test en France et 57 % réaliseraient le test en cas de projet parental. Soixante-treize pour cent sont favorables à un test accessible sous prescription médicale et 78 % sont en faveur d’un remboursement par la sécurité sociale. Dix-neuf pour cent ne souhaiteraient pas recourir à ce test. Les principaux arguments avancés par les opposants au test sont les convictions éthiques et morales, l’inquiétude que ce test pourrait engendrer et la possible remise en question du projet parental. La majorité des participants estime que ce test est une véritable avancée médicale, mais qu’il peut également engendrer un risque de surmédicalisation de la grossesse et une dérive eugéniste.

Discussion 

Notre étude rapporte une opinion largement favorable à l’accès au test en France,  prescrit par un médecin, ainsi qu’à son remboursement. Cependant, chez les sujets ayant un projet parental et bien qu’ils soient directement concernés par cet examen, nous mettons en évidence une tendance moins favorable à l’accès au test en France. Bien que le test soit considéré comme une avancée médicale qui permettrait de diminuer le risque de handicap pour la descendance, les risques de dérive eugéniste et d’inquiétude générée par ces tests sont également évoqués par la majorité des participants. Le parcours de soins des futurs utilisateurs de ce test est un des enjeux de la diffusion du dépistage génétique préconceptionnel, puisque les informations dont ils disposeront et la réalisation éventuelle du test dépendront des ressources des professionnels de santé consultés

Valérie BONNEAU, Mathilde NIZON, Xénia LATYPOVA, Aurélie GAULTIER, Eugénie HOARAU, Stéphane BÉZIEAU, Guy MINGUET, Mauro TURRINI, Maud JOURDAIN, Bertrand ISIDOR (Nantes)
12:00 - 12:15 #20136 - CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».
CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».

Alors qu’il est aujourd’hui interdit en France de pratiquer des tests génétiques en dehors d’une prescription médicale ou d’une décision de justice, de plus en plus de nos concitoyens peuvent avoir accès à des données concernant leur génome en passant par des sociétés privées étrangères travaillant, via internet, en Direct To Consumer (DTC). Ces sociétés proposent, pour quelques centaines d’euros, un séquençage du génome (WGS : Whole Genome Sequencing) qui leur permet d’estimer les risques de développer un certain nombre de maladies génétiques mendéliennes ou multifactorielles.

Sous couvert d’une meilleure connaissance des risques et de la possibilité d’agir sur son mode de vie, voire de mettre en place une surveillance adaptée, et arguant de l’autonomie de décision de chacun, ces sociétés « DTC » vendent ces tests sans engager leur responsabilité en expliquant qu’elles ne fournissent aucun conseil médical. Par ailleurs, les offres commerciales proposées sont contraires aux principes fondamentaux qui régissent la réalisation des tests génétiques en France : nécessité d’une information claire et loyale avant la réalisation d’un test, nécessité de recueillir le consentement basé sur un choix éclairé de la personne, dispositif permettant des tests de qualité (autorisation des laboratoires, agrément des généticiens moléculaires), et restitution du résultat lors d’une consultation médicale pour transmettre des recommandations de prise en charge pour la personne et ses apparentés.

Les pratiques de ces sociétés « DTC » seront illustrées avec le cas d’un homme asymptomatique de 33 ans qui a sollicité en urgence la consultation de génétique de l’Institut Curie après avoir réalisé un WGS via internet et avoir été informé par e-mail de l’identification de deux variants pathogènes, l’un du gène TP53 responsable du syndrome de Li-Fraumeni et l’autre du gène APC responsable de la polypose adénomateuse familiale. Aucun des principes fondamentaux de la pratique de génétique médicale rappelés plus haut n’a été respecté et la qualité du test génétique s’est avérée désastreuse puisqu’il s’agissait, après vérification, de deux faux positifs. Nous montrerons que ce test, en plus d’avoir généré une anxiété majeure, a conduit à la réalisation d’examens de dépistage invasifs et a généré des dépenses de santé inutiles.

Alors que la révision de la loi de de bioéthique est examinée au Parlement et que certains plaident pour une libéralisation de l’accès des tests via internet, il nous apparait indispensable de défendre les principes d’encadrement des tests génétiques mis en œuvre dès la loi de 1994 et de poursuivre les développements technologiques et de recherche qui permettent d’aller vers des estimations individuelles de risque les plus précises possible. Il nous revient également de communiquer clairement auprès de la population et de nos collègues non généticiens sur le caractère dangereux que peuvent avoir ces tests s’ils ne sont pas réalisés dans un cadre strict.

Antoine DE PAUW (PARIS), Mathias SCHWARTZ, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD, Dominique STOPPA-LYONNET
12:15 - 12:30 #19788 - CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.
CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.

En systémie on sait bien qu’« il est impossible de ne pas communiquer » , dans ma pratique de psychologue dans un service de génétique médicale, il m’est impossible de ne pas prendre en compte la famille lorsque je rencontre quelqu’un porteur d’une maladie génétique.

Si cela concerne un enfant alors immédiatement la question des parents et de leur souffrance s’impose et souvent on est attentif à la souffrance de la fratrie que dans un second temps.

Il sera question dans cette présentation de voir comment la fratrie vit l'intrusion de la maladie génétique et du handicap qui en découle le plus souvent. Que la fratrie naisse "avec ça" ou que cela vienne faire interruption au cours de la vie. Ce tiers, non invité, va être support de changement, de représentations, de fantasmes. il peut construire ou détruire la fratrie. En tout cas il interroge l'individu sur les liens fraternels.

Notre propos prendra en compte les spécificités liées à la composante génétique de la maldie qui soulèvent de nombreuses questions pour la fratrie:

aQu’est-ce que cela représente pour un enfant d’entendre parler de maladie « génétique » ?

aUne maladie rare est ce que cela veut dire que l’on est exceptionnel ou seul ?

aPeut-on avoir une maladie qui n’a pas de nom ?

aY a-t-il dans le groupe famille des sous-groupes : malade/pas malade ? porteur/pas porteur ?

aA qui ressemble mon frère/ma sœur ? A nous ? A ceux avec la même maladie ?

aPourquoi il n’y a pas de médicament si on connait la maladie ?

Eva TOUSSAINT (BORDEAUX)
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 12
Séquençage à Haut Débit

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
11:00 - 11:15 #20303 - CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.
CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.

Les syndromes malformatifs touchant les membres constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes. Plus de 150 gènes et de nombreux remaniements génomiques impliqués dans des formes syndromiques ou non syndromiques d’anomalies des membres ont été décrits en pathologie humaine. En raison de cette importante hétérogénéité génétique, une proportion élevée de patients reste sans diagnostic moléculaire. Depuis 2002, notre équipe s’est impliquée dans le diagnostic génotypique de ces pathologies avec la mise en place progressive de l’analyse de gènes impliqués dans le développement des membres. Au cours de ces dernières années, les avancées en matière de séquençage à haut débit ont permis la mise en place de nouvelles stratégies diagnostiques. Nous rapportons, ici, la première grande série de patients atteints de syndromes malformatifs touchant les membres analysés par séquençage à haut débit ciblé.

Le recrutement a été réalisé sur une période de 3 ans. Trois cent cinquante patients, cas index, ont été inclus et classés en 7 grandes catégories phénotypiques après évaluation clinique centralisée : anomalies radiales, ectrodactylies, autres anomalies réductionnelles, brachydactylies, polydactylies, anomalies de fusion et hypo/aplasies patellaires. Quarante-trois à 52 gènes ou séquences régulatrices ont été étudiés par une technologie à haut débit par capture permettant la détection des variations ponctuelles (SNP) et des variations du nombre de copies (CNV).

Au total, 134 SNP et 26 CNV ont été identifiés chez 152 patients. Soixante-douze de ces variants n’avaient encore jamais été rapportés dans la littérature.  Cent trente variants ont été classés comme pathogènes ou probablement pathogènes permettant une confirmation diagnostique chez 124 patients, soit un rendement diagnostique moyen de 35,2%.  Ce taux est meilleur dans les formes syndromiques (43%) que dans les formes isolées (26%). Une analyse de la cohorte en fonction des différentes catégories phénotypiques montre que le rendement varie de 9,5% dans le groupe des anomalies réductionnelles à 95% dans le groupe des hypo/aplasies patellaires, confirmant qu’une évaluation clinique minutieuse des patients est indispensable.

Les résultats de cette étude montrent également que, pour le diagnostic moléculaire de ces pathologies, l’approche par séquençage à haut débit de cibles bien choisies constitue un outil efficace et rentable en pratique clinique puisqu’il nous a permis d’améliorer notre rendement diagnostique de 7.7%. Sept pour cent des altérations identifiées dans la cohorte correspondant à des CNV, il est aujourd’hui indispensable d’inclure la détection de ce type d’altérations dès les premières investigations moléculaires.

Fabienne ESCANDE (LILLE), Anne-Sophie JOURDAIN, Malika BALDUYCK, Perrine BRUNELLE, William DUFOUR, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Cindy COLSON, Anne DIEUX, Marion GERARD, Jamal GHOUMID, Fabienne GIULIANO, Alice GOLDENBERG, Philippe KHAU VAN KIEN, Daphné LEHALLE, Gilles MORIN, Sébastien MOUTTON, Thomas SMOL, Clémence VANLERBERGHE, Florence PETIT, Sylvie MANOUVRIER-HANU
11:15 - 11:30 #20454 - CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.
CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.

L’établissement du diagnostic étiologique d’une pathologie congénitale à révélation néonatale est une étape indispensable pour guider la prise en charge des patients et proposer un conseil génétique adapté. L’apparition des nouveaux outils de génétique pangénomiques a permis de raccourcir drastiquement les délais et d’augmenter considérablement les performances diagnostiques.

Dans le cadre de l’étudemontpellieraine REUNIR (Rapide Exome en Unité de Néonatologie soins Intensifs Réanimation) financée par un appel d’offre interne, nous avons proposé d’évaluer la faisabilité et l’efficacité de la mise en place d’un circuit « d’urgence »,  afin de réduire le temps de production d’un exome-trio avec résultat définitif dans un délai maximum de 16 jours. L’étude a prévu l’inclusion de 10 enfants, âgés de 0 à 12 mois, hospitalisés en réanimation, présentant un syndrome malformatif et/ou une détresse neurologique pour lesquels une origine génétique est suspectée, sans orientation diagnostique certaine.

A l’heure actuelle, nous avons inclus 6 enfants, âgés de 8 à 60 jours,  présentant une hypotonie (5/6), des convulsions (2/6), une malformation cardiaque (2/6), des anomalies cranio-faciales (2/6), une insuffisance rénale (1/6).

Les librairies ont été préparées par SureSelect QXT Human All Exon V7 (Agilent), puis séquencées par NextSeq® 500/550 Mid Output Kit v2, Illumina. L’analyse et l’interprétation de l’exome en RCP post-test  ont pu être réalisées en moyenne en 12 jours  (8-14).

 Le rendu de résultats aux parents a pu être effectué en moins de 16 jours pour tous les patients. Le résultat était positif chez 3 patients avec identification de mutation dans les gènes NSD1 (n=1), MTM1 (n=1), KCNQ2 (n=1). Le résultat a modifié la prise en charge pour ces patients : il a permis de surseoir à la réalisation de biopsie musculaire (n=1), ponction lombaire (n=1), bilan métabolique (n=3), d’adapter le traitement épileptique spécifiquement chez le patient présentant une mutation KCNQ2, d’orienter le patient présentant une mutation MTM1 vers un protocole thérapeutique. Deux patients sont décédés (âges de décès : 6 et 113 jours). L’identification de la mutation MTM1, héritée,  a permis de proposer un conseil génétique adapté pour les apparentés concernés, incluant plusieurs femmes avec projet parental.

Le nombre de patients inclus est faible mais ces résultats préliminaires semblent néanmoins similaires à ceux  rapportés au sein des séries les plus récentes (Wu  et al.2019). Au total, à l’heure actuelle, nous confirmons la faisabilité  au sein d’un CHU français et l’intérêt du fast-exome chez des nourrissons dans des situations d’urgence en réanimation, permettant d’épargner des examens invasifs et/ou coûteux, d’identifier un diagnostic dans la moitié des cas, et d’améliorerspécifiquement la prise en charge. Ce projet nous a amené à réfléchir aux modalités d’organisation des différentes équipes protagonistes afin de réduire les délais de rendu de résultat aux familles.

Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Guilaine BOURSIER, Kevin YAUY, Deborah MECHIN, Nathalie RUIZ-PALLARES, Christine COUBES, Lucile PINSON, Constance WELLS, Patricia BLANCHET, Marion IMBERT-BOUTEILLE, Thomas GUIGNARD, Jacques PUECHBERTY, Emmanuelle HAQUET, Odile PIDOUX, Sabine DURAND, Mahlia BADR, Christophe MILESI, Julien BALEINE, Gilles CAMBONIE, Floriane HEMERY, Maelle DEREURE, Olivier ARDOUIN, Marie-Christine PICOT, Renaud MESNAGE, Florence MASSON, Valentin RUAULT, Lucile MAZIERES, Isabelle TOUITOU, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT-HOUARI
11:30 - 11:45 #19818 - CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.
CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.

Introduction
En néphrologie adulte, les examens de génétique sont rarement prescrits et le plus souvent dans des cas archétypaux avec histoire familiale. En France, les tests génétiques habituellement réalisés sont des panels de gènes, sélectionnés au mieux selon le phénotype du patient. Depuis un an, nous avons mis en place une approche par séquençage de l’exome en première intention chez les adultes jeunes avec néphropathie d’origine indéterminée. Nous avons évalué le rendement diagnostique et les répercussions cliniques de cette approche, ceci dans le contexte des pré-indications du plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).


Patients & Méthodes        
Dans le cadre du soin courant, depuis septembre 2018, les patients incidents de moins de 45 ans, avec une néphropathie d’origine indéterminée, ont été prélevés pour un séquençage d'exome. Les patients atteints d’une polykystose dominante étaient exclus de l’étude. L’ADN génomique a été extrait, les régions codantes de l'exome (33 mégabases) ont été enrichies avec le kit Twist Human Core Exome, puis séquencées en paired-end sur NextSeq500 (Illumina). La ségrégation des variants a été étudiée par séquençage Sanger ciblé chez les apparentés, le cas échéant.   


Résultats
Cent patients non apparentés ont été séquencés en 12 mois. Le séquençage de l’exome a permis de poser un diagnostic de certitude chez 33 patients, soit un rendement diagnostique de 33%.

La majorité des patients ont été analysés en exome « solo», les deux parents n’étant disponibles pour un trio que dans 13 cas (dont 3 ayant abouti à un diagnostic de certitude).

Les principaux diagnostics génétiques étaient des basalopathies (n=10, 30 %) et des ciliopathies (n=9, 27%). Ces résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes relativement pauvres ou peu typiques. Dans tous les cas, après « reverse phenotyping », le diagnostic génétique a eu des conséquences : nouvelle perspective clinique, conseil génétique, aide pour la sélection des donneurs en cas de don vivant apparenté.

Parmi les 100 patients séquencés, seuls 21 patients auraient éligibles pour le PFMG2025, dont 3 ont abouti à un diagnostic.

  
Conclusion
Avec un rendement diagnostique important, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré, notre étude montre l'intérêt du séquençage de l’exome « solo» en 1ère intention dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes. Le critère obligatoire de l'étude en « trio » pour l’accès des patients au PFMG2025 est a posteriori restrictif en regard de notre expérience. Les diagnostics posés ont souvent été inattendus, validant l'intérêt d'une approche pangénomique d'emblée. En complément de cette étude, 4 patients avec trio ont été inclus dans le cadre du PFMG2025. L'analyse bioinformatique des séquences des génomes en trio est en cours et nous permettra de comparer les stratégies diagnostiques.

Alice DOREILLE, Laure RAYMOND, Anne-Sophie LEBRE, Laurent MESNARD ()
11:45 - 12:00 #19746 - CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.
CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.

Le diagnostic étiologique des patients atteints de maladies rares (MR) est un véritable enjeu de santé publique. En France, elles affectent plus de 6 millions de personnes, dont la moitié demeure actuellement sans cause génétique identifiée. La grande hétérogénéité clinique et génétique des MR est un véritable défi diagnostique pour le généticien. Depuis une dizaine d’années, la génétique médicale connaît un véritable bouleversement technologique avec le développement des techniques de séquençage à haut débit, permettant l’analyse de panels de gènes ciblés, de l’exome (ES) et du génome (GS).

Pionnière dans le domaine en France, notre équipe a réalisé depuis 2014 un ES diagnostique chez 1592 atteints de MR (515 positifs (33%) et 153 non concluants (10%)). Initialement, l’ES (gènes OMIM) était effectué en solo pour des raisons économiques chez les patients atteints d’anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle (AD/DI) après ACPA normale, avec un diagnostic positif chez environ 25%. Au fil des années, nous avons développé une stratégie d’optimisation de l’analyse bioinformatique (détection des CNV +2% et des mutations de l’ADN mitochondrial +0,3%) et de l’interprétation des données (augmentation du nombre de bases de données interrogées dans le pipeline bioinformatique, RCP hebdomadaire, double lecture et pools parentaux). Une réanalyse annuelle des données, qui permet en moyenne de conclure chez 7% des patients négatifs, est également disponible à la demande des patients/cliniciens. Actuellement, le rendement diagnostique de l’ES avec pools parentaux chez les patients atteints de AD/DI sans diagnostic clinique évident s’élève à 37%. Fort de cette expérience, l’analyse d’ES a progressivement été étendue à d’autres MR telles que les maladies neurogénétiques/musculaires (77 patients), avec un taux diagnostique de 33% et la nécessité de développer de nouvelles expertises clinico-biologiques et des liens avec les réseaux de laboratoires experts. Nous avons également mis en place un circuit d’urgence pour la réanimation néonatale et le diagnostic prénatal. Par ailleurs, une réanalyse des données en recherche translationnelle (extension aux gènes non-OMIM) s’est avérée très performante avec l’identification d’environ 90 nouveaux gènes causaux, grâce à une interrogation systématique de l’ensemble de nos données et un partage de données des variations candidates sur des plateformes dédiées (GeneMatcher, DECIPHER, PhenomeCentral), qui pourront être complétées par le projet Solve-RD. Une projection de l’analyse systématique des données secondaires (différentes listes de gènes) a permis d’en évaluer les difficultés, les verrous à lever et les conséquences sur l’organisation des soins.

Notre expérience confirme la faisabilité et l’intérêt majeur d’implanter le SHD pangénomique en diagnostic de 1ère intention et de poursuivre l’analyse des données en recherche translationnelle afin de lutter contre l’impasse diagnostique dans les MR.

Christel THAUVIN (DIJON), Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Sophie NAMBOT, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Virginie QUERE, Julian DELANNE, Sébastien MOUTTON, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARCAIS, Pierre VABRES, Physician’S Group ORPHANOMIX, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Emilie TISSERAND, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE
12:00 - 12:30 Nouvelles indications PFMG 2025.
Salle 1
12:45

Jeudi 23 janvier

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B33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - THERMOFISHER SCIENTIFIC
Nos dernières innovations NGS en pratique clinique

12:45 - 13:10 Le SNPXPlex, une technique de barcoding simple et rapide assurant l’identitovigilance du diagnostic par NGS. Cecile CAZENEUVE (Praticien Hospitalier) (PARIS)
13:10 - 13:25 Les challenges du dépistage préconceptionnel, comment consolider différents tests au sein d’une même solution NGS. Christophe DABADIE
13:25 - 13:45 Nouveauté Genexus, premier système NGS intégré pour du séquençage ciblé & catalogue des essais AmpliSeq On Demand. Mathieu BOIMARD
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
Comprendre les maladies génétiques, de la recherche aux applications cliniques

12:45 - 13:15 Ce que j’ai appris de la validation du séquençage de génome complet. Pierre BLANC (Praticien Hospitalier) (LYON)
13:15 - 13:45 Nouveautés Illumina 2020.
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - SOPHiA GENETICS
NGS au service de la prise en charge du cancer, projets et avenir

12:45 - 13:15 Un panel somatique HR élargi, mise en place dans le cadre de l’étude GREAT. Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
13:15 - 13:45 Défis et solutions pour détecter CNV et Amplifications avec précision. Tommaso COLETTA (SUISSE)
Salle 1

Jeudi 23 janvier

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E33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Exome et RNA-seq en pratique clinique

12:45 - 13:05 Galileo, une application pour l’analyse dynamique des données d’expression RNA-seq. Céline VALLOT (PARIS)
13:05 - 13:25 Utilisation de Galileo pour la classification génétique des LAL de l'enfant. Aurélie CAYE-EUDE (PARIS)
13:25 - 13:45 Séquençage d’exome en diagnostic prénatal : premiers résultats de l’étude de faisabilité française. Frederic TRAN MAU THEM (PHC) (DIJON), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
Salle 2

Jeudi 23 janvier

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F33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en génétique constitutionnelle et cytogénétique

12:45 - 13:05 Dernières innovations Agilent. Roubila MEZIANI
13:05 - 13:25 Détection simultanée de CNVs et SNVs grâce à la technique OneSeq® : une étude rétrospective de 21 cas. Valérie MALAN (MCU-PH) (PARIS)
13:25 - 13:45 Analyse des variations du nombre de copies d’ADN au sein d’une cohorte d'hommes azoospermes par CGH-array ciblée infertilité masculine. Aurélie MOUKA (Assistante Hospitalo Universitaire) (Clamart)
Salle Courteline

Jeudi 23 janvier

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G33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - QIAGEN
Nos innovations en NGS et bioinformatique et leurs applications en génétique humaine

12:45 - 13:05 Innovations technologiques pour le NGS. Hélène BAUBY
13:05 - 13:25 Les solutions QIAGEN Digital Insights. Elodie DUBUS
13:25 - 13:45 Anomalies conventionnelles et non conventionnelles par la librairie Qiaseq, dans l’ADN somatique et constitutionnel. Arnaud LAGARDE (Ingénieur Hospitalier) (Marseille), Catherine ROCHE (ingenieur hospitalier en chef) (MARSEILLE)
Salle Balzac
14:00

Jeudi 23 janvier

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A35
14:00 - 15:30

Communications Orales Sélectionnées 02

Modérateurs : Serge AMSELEM (PARIS), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
14:00 - 14:15 #19977 - CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.
CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.

L'essor des analyses pangénomiques a permis de découvrir des réarrangements complexes résultant d'événements catastrophiques appelés chromoanagenesis. Bien que fréquents dans certaines tumeurs, ces remaniements sont encore exceptionnels dans des échantillons constitutionnels. Nous avons regroupé 20 cas de la littérature avec 20 nouveaux cas pour identifier les mécanismes biologiques sous-jacents. Notre analyse confirme le regroupement quasi exclusif des points de cassure sur un seul chromosome dans une majorité de cas. Si nous distinguons 3 types principaux de remaniements proches des définitions existantes de la littérature de chromothripsis, chromoplexie, chromoanasynthesis, ces derniers présentent des caractéristiques encore non décrites. Il existe, par exemple, une forte tendance des gains du nombre de copies apparus à être regroupés et insérés ensemble.

Dans un second temps, nous avons étudié la distribution des 1034 points de cassure de ces 40 remaniements, celle des chromoanagenesis tumoraux (n = 13,310 points de cassure) et celle des remaniements simples (n = 468 points de cassure) et l’avons comparé à une répartition aléatoire (hypothèse nulle). Pour les 3 groupes de points de cassure (chromoanagenesis constitutionnels, tumoraux et remaniements simples), nous observons un enrichissement des points de cassure dans les régions se répliquant tardivement au cours du cycle cellulaire. La distribution des points de cassure des remaniements complexes apparaît proche d’une répartition aléatoire (hypothèse nulle) s’agissant des autres critères analysés (Topologically-Associated Domains (TADs), Lamina-Associated Domains (LADs), éléments répétés, marquage en bandes G, compartiment A/B, distance aux origines de réplication, sites de fragilité chromosomique). En revanche, pour les remaniements simples, il existe une déplétion significative en points de cassure dans les LADs. Ce dernier résultat infirme l’hypothèse d’un continuum entre remaniements simples et complexes.

La probabilité accrue de cassure dans les régions à réplication tardive appuie l’hypothèse d’une condensation prématurée d’un chromosome dans un micronoyau. Cette séquestration explique le regroupement des cassures sur un seul chromosome et est le lieu d’une réplication retardée.  La condensation hâtive entraîne le décrochage des fourches de réplication encore actives dans les régions les plus en retard. Si les fourches raccrochent d’autres fragments d’ADN, le chromosome reconstruit portera des cicatrices de ces mécanismes réplicatifs. Si les fourches se décrochent complètement et font apparaître de véritables cassures double brin, les fragments seront raboutés le mieux possible.

Nos résultats suggèrent une origine commune des remaniements complexes.

Nicolas CHATRON (LYON), Giuliana GIANNUZZI, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Flavie DIGUET, Eleonora PORCU, Kevin UGUEN, Julia LAUER ZILLHARDT, Arthur SORLIN, Flavie ADER, Alexandra AFENJAR, Joris ANDRIEUX, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Patrick CALLIER, Eduardo CALPENA, Marie-Pierre CORDIER, Sylvie JAILLARD, Nora CHELLOUG, Christèle DUBOURG, Laurence FAIVRE, Françoise GIRARD, Solveig HEIDE, Yvan HERENGER, Boris KEREN, Samantha KNIGHT, James LESPINASSE, Laurence LOHMANN, Nathalie MARLE, Reza MAROOFIAN, Alice MASUREL, Michèle MATHIEU, Corinne METAY, Alistair PAGNAMENTA, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Marlène RIO, Jean-Pierre SIFFROI, Jenny TAYLOR, Stéphanie VALENCE, Andrew WILKIE, Patrick EDERY, Alexandre REYMOND, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
14:15 - 14:30 #20085 - CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.
CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.

Le séquençage de l’exome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) se généralise et le plan « France médecine génomique 2025» promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. L’apport du génome reste cependant peu étudié par rapport à l’exome dans cette indication. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la Fondation Maladies Rares permettant le séquençage du génome en trio de 20 patients présentant une DI modérée à sévère, souvent syndromique. Ils ont été recrutés après une analyse non concluante par exome trio au sein de l’étude HUGODIMS (recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les SNVs et INDELs ont été analysés avec GATK, les variants structuraux (SVs) avec MANTA, qui utilise les informations portées par les « split-reads » et « paired-reads » pour la détection de tous les types de SV, et les CNVs avec cn.MOPS (intervalles de 500pb).

L’analyse des variants dans la séquence codante a identifié (1) deux patients avec des variants faux-sens de novo dans le gène H3F3A, un gène en cours de publication, dans un exon non couvert par exome, (2) un variant faux-sens de novo dans le gène TFE3, récemment publié, et (3) un variant stop pathogène dans un gène en cours de publication hérité d’une mère hétérozygote et asymptomatique. L’analyse des SVs par MANTA a montré : (1) une translocation t(1;6)(p21.1;q21) équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) une inversion de 65Mb de novo sur le bras long du chromosome 5 avec des points de cassures intergéniques, et (4) une délétion de 1,8kb de novo emportant un exon du gène CXorf56 sur le chromosome X chez une fille. L’analyse complémentaire des CNVs par cn.MOPS a mis en évidence une délétion de 22kb à l’état homozygote dans le gène RSPRY1, qui n’a pas été identifiée par MANTA à cause d’un mauvais alignement au niveau des points de cassures. L’étude des variants dans une hypothèse autosomique récessive a mis en évidence deux variants pathogènes dans le gène HACE1 et trois potentiels nouveaux gènes de DI, dont INTS11 pour lequel une cohorte de patients est en cours de constitution.

Au total, les résultats préliminaires de cette cohorte encore en cours d’analyse montrent qu’un diagnostic probable peut être établi chez 10/20 patients, comprenant 5 SVs dont 2 visibles par une analyse du caryotype. De nouveaux gènes candidats ont pu être identifiés en récessif, un mode de transmission qui est peut-être sous-estimé par les études en trio. A noter que chez un patient sans candidat, un variant pathogène dans NIPBL a été identifié en mosaïque à 11% dans la salive suite à une analyse par panel après réévaluation du phénotype. Bien qu’aucun évènement susceptible d’être pathogène dans les régions non-codantes n’ait été identifié pour le moment, le génome en trio présente un rendement supérieur à l’exome grâce à la détection des SVs et une meilleure couverture des régions codantes.

Benjamin COGNÉ (Nantes), Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Marie-Laure VUILLAUME, Annick TOUTAIN, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Laurent PASQUIER, Wilfried CARRÉ, Christèle DUBOURG, Sylvie ODENT, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandra MERCIER, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU
14:30 - 14:45 #19890 - CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.
CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.

Les syndromes « dyplasie acromandibulaire » (MAD) connus sont dus principalement à des mutations récessives des gènes LMNA, ZMPSTE24 ou BANF1 et font partie du spectre phénotypique des laminopathie progéroides. Ils sont caractérisés par des anomalies majeures de la morphologie et des fonctions nucléaires.

Nous rapportons l’identification de quatre mutations nulles homozygotes différentes du gène MTX2, codant pour la METAXINE-2, chez six enfants atteint d’une dysplasie acromandibulaire sévère, appelée MADaM syndrome (Mandibuloacral Dysplasia associated to MTX2).

La METAXINE-2 est une protéine ubiquitaire de la membrane mitochondriale externe (MME) impliquée dans l’import de protéines à topologie complexe dans la MME et dans l’induction de l’apoptose en réponse au TNF-alpha. Ces patients, issus de familles consanguines d’origines géographiques différentes, présentent une atteinte clinique homogène et très proche  des laminopathies progéroides comme les MAD ou la Progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS), incluant un retard de croissance post-natal, une lipodystrophie, une dysmorphie faciale typique avec micrognathie, des oreilles larges bas implantées, une accumulation de tissu adipeux au niveau des joues, un nez fin et long, des résorptions osseuses distales, des calcifications artérielles, une hypertension extrêmement sévère et une glomérulosclérose.

Les western blots réalisés sur les fibroblastes de deux patients ont montré l’absence totale de la protéine METAXINE-2, accompagnée par l’absence de son partenaire METAXINE-1, également localisé dans la MME.

Les fibroblastes présentaient par ailleurs une fragmentation majeure du réseau mitochondrial, probablement due à une augmentation des processus de fission mitochondriale, une réduction de composants de la chaine respiratoire similaire à celle observée dans le HGPS et une réduction des capacités de phosphorylation oxydative. De plus, les fibroblastes des patients résistaient à l’induction de l’apoptose par le TNF-alpha ou la staurosporine, conduisant, comme probables voies alternatives visant à « neutraliser » les cellules altérées dans l’organisme, à une augmentation de la senescence, de la mitophagie et des temps de dédoublement cellulaire. De façon intéressante, des anomalies morphologiques nucléaires majeures ont été observées à la fois dans les fibroblastes des patients déplétés en METAXINE-2 et chez C. elegans sous-exprimant l’orthologue mtx-2 par siRNA. Nous rapportons donc l’identification du syndrome MADaM, révélant une relation inattendue entre la composition / fonction mitochondriale et la morphologie nucléaire, établissant un lien physiopathologique avec les laminopathies progéroides connues et sous-tendant probablement les caractéristiques cliniques communes observées. Ces travaux sont en cours de peer-review dans Nature Communications.

Sahar ELOUEJ, Karim HARHOURI, Coraline AIRAULT, Morgane LEMAO, Geneviève BAUJAT, Sheela NAMPOOTHIRI, Hϋlya KAYSERILI, Nihal AL MENABAWY, Laila SELIM, Robert RUBINSZTAJN, Chayki CHARAR, Catherine BARTOLI, Agnès RÖTIG, Jérémie MORTREUX, Peter BAUER, Catarina PEREIRA, Nathalie ESCANDE-BEILLARD, Antoine MUCHIR, Lisa MARTINO, Yosef GRUENBAUM, Songhua LEE, Philippe MANIVET, Guy LENAERS, Bruno REVERSADE, Nicolas LÉVY, Annachiara DE SANDRE-GIOVANNOLI (Marseille)
14:45 - 15:00 #19922 - CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.
CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.

L’avènement des techniques de séquençage haut débit (SHD) a permis d’augmenter rapidement le rendement diagnostique chez les patients porteurs d’anomalies du développement (AD) avec ou sans déficience intellectuelle (DI), de réduire l’errance diagnostique, d’étendre le phénotype de pathologies déjà connues, de rapporter de nombreux nouveaux gènes responsables d’AD avec ou sans DI associée. Parallèlement, le taux diagnostique de pathologies ultra-rares (prévalence: p < 1/50.000) a lui aussi augmenté. Parmi ces dernières, la proportion de pathologies de description récente avec peu de recul sur l’évolution et avec de petites cohortes descriptives apparaît importante. Méthodes: nous avons repris 334 résultats de SHD d’exome réalisés dans le cadre diagnostique chez des patients porteurs d’AD avec ou sans DI sans orientation clinique précise entre 2017 et 2018 par le laboratoire de génétique moléculaire et de génomique du CHU de Rennes et nous avons recherché les diagnostics qui relevaient des pathologies ultra-rares ainsi que les sources d’information disponibles pour ces patients. Les échantillons d’ADN ont été analysés selon les étapes suivantes: enrichissement par capture de séquence SureSelect XT Focused Exome (Agilent Technologies), séquençage haut débit sur plateforme HiSeq ou NextSeq (Illumina), analyse bio-informatique et interprétation réalisées avec les outils développés au laboratoire, incluant les logiciels BWA MEM pour l’alignement (hg19), GATK et FreeBayes pour le «variant calling», ANNOVAR et ALAMUT (Interactive Biosoftware) pour l’annotation. Résultats: 84,4 % des analyses ont été réalisées en trio. Sur les 334 analyses d’exome, la mise en évidence d’un variant de classe 4 ou 5 selon la classification ACMG dans 66 gènes différents a permis de rendre un diagnostic certain pour 88 cas (26.35%). Les bases moléculaires de 37 de ces 66 pathologies (56%) ont été décrites après 2010 dont 7 après 2015 (10,6%).  Nous avons pu retrouver des données de prévalence disponibles pour 44 de ces diagnostics: 88,6% sont classés comme ultra-rares et pour 36,4% moins de 20 cas sont décrits dans la littérature. Nous avons également recherché l’existence d’informations accessibles aux familles concernant la pathologie (association de patients, ressources web) pour chaque diagnostic. Discussion/ conclusion: L’ensemble de ces données souligne l’importance du taux de pathologies ultra-rares diagnostiquées grâce au SHD dans le domaine des AD et le peu d’informations disponibles pour les patients et leurs familles concernant l’évolution et le parcours de soin. Un accompagnement global et un suivi médical régulier de ces patients apparaît important avec une veille bibliographique et une mise à jour régulière des connaissances afin de limiter la sensation d’isolement ressentie par les familles.

 

Paul ROLLIER, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Véronique DAVID, Chloé QUELIN, Mélanie FRADIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS (RENNES)
15:00 - 15:15 #20201 - CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.
CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.

Le syndrome d’Aarskog (SA), aussi appelé dysplasie facio-génitale, est un syndrome lié à l’X, rapporté pour la première fois par Aarskog en 1970. Il est caractérisé par une dysmorphie faciale reconnaissable, une petite taille modérée, des anomalies des extrémités ainsi que des anomalies génitales, notamment du scrotum. Le SA est causé par des mutations du gène FGD1, situé sur en Xq11.21. Ce gène code une protéine échangeuse de guanine (GEF) qui active spécifiquement la Rho-GTPase CDC42. Cette voie intervient notamment dans le développement osseux. Les connaissances du phénotype du SA sont essentiellement basées sur la description de patients dont le diagnostic n’a pas été confirmé par l’analyse du gène FGD1. Ainsi, certains aspects du phénotype sont encore peu connus. En particulier, la description du phénotype neurodéveloppemental est extrêmement hétérogène dans la littérature médicale.

Afin de redéfinir le spectre phénotypique du SA et afin de proposer des critères diagnostiques, nous avons analysé les caractéristiques cliniques d’une grande série de  patients avec une mutation identifiée dans FGD1. Afin de recueillir ces informations, un questionnaire établi à partir des données de la littérature a été envoyé aux cliniciens référents. Des photos et des radiographies osseuses étaient également demandées. Les éléments morphologiques ont été revus par des dysmorphologistes expérimentés et les radiographies osseuses ont été relues par l’équipe du centre de référence français des maladies osseuses constitutionnelles. Nous présentons les résultats de l’analyse clinique, radiologique et moléculaire de 106 patients garçons. Nos résultats apportent des informations sur l’histoire naturelle du SA et sur la prévalence des signes cliniques. Nous apportons également la description de nouveaux signes cliniques et radiologiques associés au SA.

Enfin, au regard des stratégies actuelles de séquençage à haut débit et l’essor du rétro-phénotypage, nous proposons des critères diagnostiques permettant de justifier l’étude moléculaire de FGD1 devant une suspicion clinique et permettant également l’interprétation des variants de FGD1 issus du séquençage haut débit. Nous proposons également des recommandations pour la prise en charge.

Médéric JEANNE (TOURS), Nathalie RONCE, Geneviève BAUJAT, Sylvain BRETON, Stéphanie ARPIN, Florence PETIT, Clémence VANLERBERGHE, Anne DIEUX, Sylvie MANOUVRIER, Catherine VINCENT DELORME, Philippe KHAU VAN KIEN, Julien VAN GILS, Chloé QUELIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Florence DEMURGER, Fanny LAFFARGUE, Christine FRANCANNET, Dominique MARTIN, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Alain VERLOES, Yline CAPRI, Andrée DELAHAYE, Julie PLAISANCIE, Philippe LABRUNE, Anne DESTREE, Isabelle MAYSTADT, Viorica CIORNA-MONFERRATO, Bertrand ISIDOR, Marie VINCENT, Albert DAVID, Nolwen JEAN MARCAIS, Sophie NAMBOT, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, James LESPINASSE, Patrick COLLIGNON, Tiffany BUSA, Nicole PHILIP, Marjolaine WILLEMS, Marc PLANES, Oliver VANAKKER, Laetitia LAMBERT, Bruno LEHEUP, Michèle MATHIEU DRAMARD, Gilles MORIN, Klaus DIETRICH, Emmanuelle GINGLINGER, Allan BAYAT, Meena BALASUBRAMANIAN, Benjamin DAURIAT, Damien HAYE, Jeanne AMIEL, Marlène RIO, Valérie CORMIER-DAIRE, Annick TOUTAIN
15:15 - 15:30 #20542 - CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.
CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.

Introduction: Les maladies génétiques rares représentent une cause fréquente d'admission aux soins intensifs néonataux (SINN). Établir un diagnostic de maladies rares chez les nouveau-nés peut être difficile en raison de leurs présentations souvent atypiques ou peu spécifiques. Or, des études récentes suggèrent qu’un diagnostic étiologique posé rapidement après l'admission aux SINN affecte significativement la prise en charge. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact du séquençage entier du génome en mode rapide sur le rendement diagnostique et la prise en charge des enfants admis aux SINN.

Méthodes: Un séquençage du génome entier en trio a été réalisé chez les nouveau-nés admis aux SINN du CHU Sainte-Justine (entre les mois de mars et septembre 2019) en raison d’une suspicion de maladies rares. Les génomes ont été séquencés sur un système NovaSeq (Illumina) et leur analyses bio-informatiques ont été réalisées sur la pipeline Dragen. L’impact du résultat sur la prise en charge de l’enfant a été évalué pour toute la période de l’hospitalisation. 

Résultats: Dix-huit patients ont été inclus dans l’étude, 2 pour une encéphalopathie épileptique, 5 pour une cardiopathie, 10 pour un syndrome poly-malformatif et 1 pour un syndrome de Cushing congénital. Un résultat préliminaire a été rendu en 1 semaine pour tous les cas où des variations pathogéniques ont été identifiées. La durée médiane entre l’inclusion et le rendu du résultat a été de 19 jours (quartile 1 : 16, quartile 3 : 32). Sept diagnostics ont été posés par le séquençage du génome (38,9%). Parmi ceux-ci, 3 diagnostics étaient inattendus et auraient été manqués par une approche de séquençage de panels de gènes parce que le médecin généticien ne les avaient pas initialement évoqués. Une modification de la prise en charge ou du conseil familial suite au rendu du résultat a été rapportée chez 6 enfants incluant une modification du traitement pharmacologique chez 2 enfants, une orientation vers les soins palliatifs chez 2 patients, un arrêt du suivi en génétique pour 1 enfant (chez qui le séquençage du génome était négatif) et un dépistage des apparentés chez 2 patients. 

Conclusion: Le séquençage du génome a permis de poser un diagnostic chez 7/18 patients en moins d’un mois et a impacté leur prise en charge dans le tiers des cas. Le recrutement de patients additionnels est actuellement toujours en cours, avec un objectif de recruter 100 trios. 

Audrey MÉLEU (Montréal, Canada), Julie GAUTHIER, Fadi HAMDAN, Guylaine D'AMOURS, Catalina MAFTEI, Jean-François SOUCY, Jacques L MICHAUD, Anne-Marie LABERGE
Auditorium François 1er
15:30

Jeudi 23 janvier

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A36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

Modérateurs : Alban ZIEGLER (Assistant Hospitalo Universitaire) (Angers), Marlene RIO (ph) (Paris)
15:30 - 15:38 #19799 - FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.
FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.

Introduction : La sirénomélie est un syndrome malformatif fœtal rare de cause inconnue, caractérisé par la présence d’un membre inférieur unique associé à des malformations viscérales habituellement incompatibles avec une survie ex-utero. Nous avons fait l’hypothèse que, comme dans une fraction importante des maladies du développement, des variations génétiques rares à effet fort pourraient participer au déterminisme de cette maladie, avec en premier lieu un rôle des mutations de novo. Nous présentons la description clinique et les résultats génomiques d'une série internationale de sept cas de sirénomélies sporadiques et de deux cas d'agrégations familiales autosomiques dominantes de sirénomélies et d’autres malformations caudales.

 

Méthodes : Un séquençage de l’exome en trio a été réalisé dans les sept formes sporadiques, et l’analyse des données a été concentrée sur les mutations de novo. L’analyse dans les deux formes familiales, également basée sur le séquençage de l’exome chez plusieurs individus, a été réalisée en accord avec un modèle autosomique dominant.

 

Résultats : L’analyse des formes familiales a montré la présence d’un variant non synonyme, absent des bases de données contrôles, du même gène A* dans les deux familles, avec une co-ségrégation du variant avec le phénotype. Ce gène est un acteur majeur du développement embryonnaire du pole caudal, et la délétion hétérozygote de ce gène constitue l’un des modèles murins de sirénomélie. Par ailleurs, une des deux mutations identifiées a été associée récemment à un phénotype proche de malformations du pole caudal chez l’homme. L'analyse des sept cas sporadiques n’a pas permis d’identifier de gènes touchés par des mutations de novo de manière récurrente, mais a mis en évidence plusieurs gènes candidats, incluant le gène B*, régulateur de la voie wnt canonique, drastiquement sensible aux variations mutations perte de fonction,  et cible d’une altération tronquante survenue de novo chez l’un des cas sporadiques.

 

Conclusion : Nous apportons les premiers résultats en faveur d'une étiologie génétique de la sirénomélie humaine. Nous identifions le gène A comme étant associé à une prédisposition autosomique dominante à diverses malformations caudales, comprenant sirénomélie, agénésies urinaires partielles ou complètes, anomalies ano-rectales et anomalies des organes génitaux. Par ailleurs, nous proposons l'implication du gène B comme gène candidat dans la sirénomélie. Au total, notre étude met en évidence un degré élevé d'hétérogénéité génétique dans la sirénomélie humaine et souligne le rôle de deux voies de signalisation dans le développement de cette maladie rare.

*Le nom des gènes sera donné lors du congrès

Francois LECOQUIERRE (Rouen), Anne-Claire BREHIN, Sophie COUTANT, Juliette COURSIMAULT, Claire BENETEAU, Mirjam DE JONG, Christine FRANCANNET, Gérard GÉRARD, Hubert JOURNEL, Valérie LAYET, Alain LIQUIER, Florence PETIT, Conny VAN RAVENSWAAIJ-ARTS, Thierry FREBOURG, Pascale SAUGIER-VEBER, Nicolas GRUCHY, Gaël NICOLAS, Marion GERARD
15:38 - 15:46 #19914 - FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».
FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».

Introduction : Depuis 2007 et la première description du phénotype lié aux variations du gène BRWD3 localisé en Xq21.1, seulement 9 autres familles ont été décrites. Avec si peu de description et plus 1.000 gènes actuellement impliqués dans des manifestations (souvent rares voire ultra-rares) de déficience intellectuelle, les cliniciens ne peuvent plus, de manière réaliste, reconnaître tous les phénotypes associés à ces gènes. Nous décrivons les particularités cliniques liées à des mutations du gène BRWD3 afin de faciliter le phénotypage inverse lors d’approches axées sur le génotype dites « génotype first ».

Méthodes : Grâce au séquençage d’exome et aux systèmes internationaux de partage de données, nous avons constitué une cohorte de 15 patients porteurs d’une variation pathogène du gène BRWD3 (13 hommes et 2 femmes dont une avec une inactivation biaisée du chromosome X (100%/0%)). Après revue des 14 patients de la littérature, nous décrivons le phénotype de 29 patients (27 hommes et 2 femmes), en lien avec 22 variations différentes du gène BRWD3.

Résultats : Le phénotype des hommes atteints (excepté un patient avec variant en mosaïque) se caractérise par une déficience intellectuelle (24/26), une macrocéphalie (22/26), une dysmorphie faciale (22/26) incluant front bombant (18/26), grandes oreilles (13/26), macrognathie avec menton pointu (12/26) donnant un aspect triangulaire du visage, des doigts et/ou orteils larges (10/26) et des troubles du comportement (16/26). Les deux femmes présentent une macrocéphalie, un retard de langage et une épilepsie qui n’est retrouvée que chez 15% des hommes (4/26). Parmi les 22 différentes variations rapportées, 15 sont héritées d’une mère non atteinte et 6 survenues de novo (dont les 2 femmes et l’homme avec la variation en mosaïque). Pour un homme, la ségrégation reste inconnue.

Discussion : Le retard de langage, la déficience intellectuelle, la macrocéphalie et la dysmorphie faciale incluant front proéminent, faciès allongé, et oreilles larges et décollées apparaissent comme les éléments cliniques principaux permettant de décrire le phénotype lié aux variations du gène BRWD3. Le phénotype aspécifique lié aux variations de ce gène peut donc être difficile à reconnaitre précisément pour les cliniciens. Une approche « génotype-first » paraît donc très adaptée au diagnostic du phénotype lié aux variations de BRWD3. Notre description clinique précise de ce phénotype pourra servir de référence pour le « phénotypage inverse ».

Julian DELANNE (DIJON), Magalie LECAT, Patrick BLACKBURN, Eric KLEE, Constance STUMPEL, Sander STEGMANN, Servi STEVENS, Maureen MULHERN, Natalie LIPPA, Caroline NAVA, Delphine HERON, Boris KEREN, Sonal MAHIDA, Sakkubai NAIDU, Dusica BABOVIC-VUKSANOVIC, Anne HERKERT, Evelise RIBERI, Diana CARLI, Giovanni Battista FERERRO, Pernille TOERRING, Maria KIBAEK, Isabelle DE BIE, Rolph PFUNDT, Yvonne HENDRIKS, Lilian Bomme OUSAGER, Renee BEND, Hannah WARREN, Steve SKINNER, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Emilie TISSERANT, Yanis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
15:46 - 15:54 #19925 - FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.
FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.

Introduction : Les mécanismes responsables de la régulation de l’expression des gènes se composent de plusieurs acteurs agissant au niveau pré- et post-transcriptionnel et ayant comme but de réguler, de façon temporelle, quantitative et qualitative l’isoforme de l’ARN nécessaire au bon développement de chaque type cellulaire, tissu et organe.  Les protéines de la famille des « polypirimidine tract binding proteins »  (PTBPs) sont responsables de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression de certaines isoformes d’ARNm grâce à leur capacité à reconnaître les pré-ARNm et d’opérer l’épissage alternatif de certains exons de façon spécifique.

Des études précédentes ont montré que le facteur ubiquitaire PTBP1 est responsable de l’épissage de l’exon 18 du gène PSD-95. Il provoque la dégradation de  l’ARNm de PSD-95 pendant la phase de différentiation des progéniteurs neuronaux, empêchant ainsi l’expression prématurée de cette protéine indispensable pour la maturation des éléments synaptiques. 

Méthode et résultats : L’analyse en trio de l’exome d’un premier patient atteint d’un syndrome polymalformatif a permis d’identifier une variation hétérozygote de novo du codon d’initiation (NM_002819.4:c.2T > C ) du gène codant le  facteur de régulation d’épissage PTBP1. Ce patient présentait un syndrome polymalformatif associant des particularités morphologiques, une petite taille disproportionnée, une brachydactylie, une hyperlaxité des extrémités et un déficience intellectuelle modérée. Grâce au partage international des données de séquençage (approche« génotype-first »), nous avons pu identifier 8 patients supplémentaires, tous porteurs d’une variation de novo touchant la première méthionine (2x c.1A > G, 5x c.2T > C et 1x c.3G > A). Les patients (5 femmes et 3 hommes) présentent tous des particularités morphologiques ainsi qu’une petite taille et des anomalies des extrémités. Le profil cognitif s’avère très variable, allant d’un développent normal à une déficience intellectuelle modérée comme notre première patiente. Nos études fonctionnelles montrent que la perte du codon d’initiation de la traduction de PTBP1 entraine la formation d’une protéine plus courte, qui manque du signal d’importation nucléaire, et des anomalies d’épissage identifiés grâce au RNAseq. 

Conclusions et persepctives : Le séquençage d’exome en trio et partage de données à l’international ont permis de mieux définir le phénotype clinique associé à ce hotspot mutationnel. Des études complémentaires impliquant la dérivation de neurones, à partir des cellules « iPSC » des patients, nous permettrons d’élucider les mécanismes moléculaires à l’origine de la variabilité cognitive de ces patients.

Antonio VITOBELLO (Dijon), Julian DELANNE, Emilie TISSERANT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Rolph PFUNDT, David KOOLEN, Carlo MARCELIS, Stephen ROBERTSON, Gemma POKE, Hui PENG, Lynne BIRD, Beth HUDSON, Reem SAADEH-HADDAD, Marya W. WESSELS, Aryan BOUMAN, Michelle L. THOMPSON, Anna C.e. HURST, Catherine GOOCH, Laurence DUPLOMB, Sylvie NGUYEN, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:54 - 16:04 #19988 - FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.
FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.

Introduction : Le syndrome 3C est un syndrome polymalformatif associant des anomalies craniofaciales (occiput et front proéminent, hypertélorisme, colobome oculaire, fente palatine), cardiaques (tétralogie de Fallot, communication atrioventriculaire) et cérébrales (malformation de Dandy-Walker, hypoplasie cérébrale du vermis). Ce syndrome de transmission récessive autosomique présente une hétérogénéité phénotypique et moléculaire avec des mutations pathogènes rapportées dans les gènes WSHC5 (MIM #220210) et CCDC22 (MIM #300963). Cependant, certains cas de syndrome 3C demeurent actuellement sans base moléculaire identifiée. 

Patients et Méthodes : Nous rapportons 4 fœtus atteints de syndrome 3C issus d’une même union consanguine. Le premier fœtus présente un hygroma colli avec syndrome de Bonnevie-Ullrich et hydrocéphalie. L’autopsie a mis en évidence une hypoplasie cérébelleuse, une hydrocéphalie tétra-ventriculaire sévère avec macrocéphalie, une dysmorphie faciale (front proéminant et hypertélorisme) et une communication inter-ventriculaire. Le séquençage ciblé du gène MID1 s’est avéré normal. Trois cas de récidive ont été suspecté devant la présence d’un syndrome de Bonnevie-Ullrich au premier trimestre associé à des anomalies cérébrales conduisant à des interruptions de grossesse. Le couple a obtenu spontanément trois enfants en bonne santé. Nous avons réalisé un séquençage d’exome (ES) en solo chez le premier foetus  

Résultats : L’ES a identifié une variation non-sens du gène WDR91 (NM_014149.3:c.240C > G, p.Tyr80*) à l’état homozygote. La ségrégation familiale réalisée par séquençage Sanger a confirmé la variation, présente à l’état homozygote chez tous les fœtus atteints et à l’état hétérozygote chez les deux parents, ainsi que deux enfants indemnes et absente chez le  3èmeenfant indemne. Le partage de données international et le séquençage ciblée d’une petite cohorte de patients atteints de syndrome 3C n’a jusqu’à présent pas permis d’identifier d’autres patients porteurs de variations pathogènes du gène WDR91.

Discussion : WDR91 code une protéine impliquée dans la voie endosome-lysosome, s’exprimant notamment dans les neurones du cerveau et du cervelet. Les souris KO Wdr91-/-présentent des anomalies cérébrales (microcéphalie, atrophie corticale, réduction de l'arborisation neuronale, réduction de la longueur dendritique). WDR91 et la voie endosome-lysosome semblent être indispensables, notamment au développement neuronal et à l'établissement de structures cérébrales. 

Conclusion : L’identification d’une variation tronquante homozygote du gène WDR91 chez plusieurs fœtus atteints de syndrome 3C au sein d’une famille consanguine et l’atteinte phénotype semblable du modèle murin KO suggèrent qu’il s’agit d’un nouveau gène responsable de ce syndrome. L’identification de nouveaux cas similaires permettraient de conclure avec certitude sur l’implication du gène WDR91 dans une forme sévère de syndrome 3C.

Nicolas BOURGON (DIJON), Mathilde LEFEBVRE, Ange-Line BRUEL, Julien THEVENON, Jean-Baptiste RIVIERE, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:04 - 16:12 #20208 - FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.
FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.

Les ciliopathies sont des maladies causées par des anomalies du cil caractérisées par des signes cliniques parmi lesquels on peut retrouver la rétinopathie pigmentaire (RP), une atteinte rénale, l’obésité, un trouble cognitif comme dans le syndrome de Bardet-Biedl (BBS). La polydactylie, définie comme la présence de doigts surnuméraires aux mains ou aux pieds, complète également ce tableau clinique. Il s’agit de l’anomalie des membres la plus fréquente dans la population et se caractérise par une forte hétérogénéité génétique avec, par exemple, 8 gènes déjà connus pour la catégorie des polydactylies post-axiales (PAP) isolée ou syndromique. Récemment, le gène IQCE a été identifié dans une famille consanguine atteinte de PAP.

L’analyse de l’exome complet d’individus ayant un phénotype similaire au BBS a permis l’identification des variations bialléliques pathogènes dans le gène IQCE dans 3 familles et expliquant leur PAP. De manière intéressante, pour 2 des 3 familles, des variants pathogènes dans d’autres gènes (TUPL1 ou ATP6V1B1) permettent d’expliquer les autres signes cliniques des patients comme la RP ou l’atteinte rénale. Ces 3 familles confirment l’implication d’IQCE dans la polydactylie isolée.

La protéine IQCE, localisée à la base du cil, est impliquée dans les premières étapes de l’activation de la voie Sonic Hedgehog (SHH). Notre objectif était de comprendre l’impact des défauts du gène chez l’Homme et chez le poisson-zèbre. A partir des fibroblastes d’un patient, les analyses transcriptomiques ont confirmé l’impact négatif d’une perte de fonction d’IQCE sur des voies de signalisation impliquées dans la formation des membres, telle que SHH. Nous avons confirmé que la mauvaise localisation des interactants d’IQCE à la base du cil provoque une sous-activation de cette voie. Néanmoins, aucun défaut ni de nombre ni de longueur du cil n’a été mis en évidence. Chez le poisson-zèbre, les anomalies typiquement retrouvées en cas de défaut du cil primaire à savoir la courbure de l’axe antéro-postérieur, la présence de kystes rénaux, un défaut d’asymétrie droite gauche et des anomalies rétiniennes ont pu être observées.

En conclusion, nous avons pu confirmer que des défauts du gène IQCE sont responsables de PAP. La multiplicité des signes cliniques est finalement expliquée par l’addition de variations génétiques dans plusieurs gènes (« second hit »). Ces données montrent l’importance de considérer l’ensemble des variations génétiques d’un patient. Les validations fonctionnelles réalisées sur les fibroblastes et les poissons-zèbres ont confirmés le rôle d’IQCE au niveau du cil primaire et dans l’activation de la voie SHH.

Clarisse DELVALLÉE (strasbourg), Alejandro ESTRADA-CUZCANO, Christelle ETARD, Corinne STOETZEL, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Véronique GEOFFROY, Aline SCHNEIDER, Fouzia STUDER, Francesca MATTIOLI, Kirsley CHENNEN, Sabine SIGAUDY, Damien PLASSARD, Olivier POCH, Amélie PITON, Uwe STRAHLE, Jean MULLER, Hélène DOLLFUS
16:12 - 16:20 #20441 - FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.
FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.

Des malformations congénitales sont observées chez 2 à 4% des naissances. Nous décrivons ici une famille originaire des îles Féroé, isolat géographique du Nord de l’Europe dont  un garçon et une fille porteurs d’un syndrome polymalformatif sont décédés sans diagnostic à moins de 72 heures de vie dans un tableau de détresse respiratoire. Les signes cliniques majeurs sont un polyhydramnios, RCIU, dysmorphie cranio faciale, atrésie des choanes, atrésie de l’œsophage, anomalies costo-vertébrales et pulmonaire. Les syndromes de Williams, SmithMagenis, MillerDieker, 22q11del/CATCH22/DiGeorge, Prader Willi/Angelman et 1p-del syndromes ont été écartés. Notre objectif a été l’identification de l’anomalie génétique responsable de ce phénotype.

Sous l’hypothèse d’une transmission autosomique récessive nous avons dans un premier temps identifié par génotypage Affymetrix (puces 250K NspI) 3 régions d’homozygotie de 2,3 ; 3,4 et 7,5 Mb localisées respectivement sur les chromosomes 3, 8 et 4. Une étude de l’exome mené sur l’ADN des deux parents et des 2 enfants a permis d’identifier une variation homozygote dans la séquence codante du gène PAICS localisé dans la région homozygote du chromosome 4, rs192831239 A > G (p.Lys53Arg). Ce gène code une enzyme bi-fonctionnelle de la cascade de synthèse de novo des bases puriques qui comporte 10 réactions enzymatiques catalysées par 6 enzymes différentes. Une modélisation in silico de la protéine porteuse de la variation 53Arg ,montre une déstabilisation d’une des deux poches catalytiques de l’enzyme. Des études fonctionnelles menées sur les fibroblastes des patients ont montré une activité enzymatique réduite à 10%  ainsi qu’une déstabilisation de l’assemblage du purinosome.

Jusqu’à ce jour, 2 déficits enzymatiques de cette voie sont responsables de 2 pathologies d’origine génétique caractérisées par de graves atteintes neurologiques causées par des mutations autosomiques récessives des gènes ADSL et ATIC (ADSL deficiency - OMIM 103050 et AICA-ribosiduria - OMIM 608688). Nous rapportons une mutation autosomique récessive du gène PAICS responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif sévère et rare entraînant une mort précoce et impliquant une 3 ème enzyme de la voie de synthèse de novo des purines.

Marie ZIKANOVA, Vaclava SKOPOVA, Ulrike STEUERWALD, Veronika BARESOVA, Mohammed ZARHRATE, Jean-Marc PLAZA, Ales HNIZDA, Matyas KRIJT, Olga SOUCKOVA, Flemming WIBRAND, Guðrið ANDORSDÓTTIR, Fróði JOENSEN, David SEDLAK, Anthony J BLEYER, Stanislav KMOCH, Stanislas LYONNET, Anna PELET (PARIS)
16:20 - 16:28 #20547 - FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.
FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.

Introduction : Le séquençage haut-débit d’exome (ES) est un outil de plus en plus utilisé pour le diagnostic des maladies rares, avec un rendement diagnostique de 30-40% pour la déficience intellectuelle et les anomalies du développement. L’ES présente des limites certaines pour l’identification des variations causales localisées en dehors des séquences codantes. Dans ces situations, le séquençage haut-débit du génome (GS) constitue une alternative intéressante puisqu’il permet d’explorer les introns et les régions inter-géniques. Cependant, son interprétation peut être complexe et chronophage, suite à la présence de plusieurs centaines de variations non-codantes de signification clinique inconnue. Dans ce contexte, des études complémentaires nécessitant l’analyse de l’ARN, des protéines ou d’autres méthodes de génétique moléculaire ou de cytogénétique, semblent être nécessaires. Cette approche, peut se montrer particulièrement efficace dans la situation où la présentation clinique est très évocatrice d’une pathologie ou d’un syndrome bien caractérisés, sans que le diagnostic moléculaire n’ait pu être établi par des tests génétiques ciblés ou par l’ES.

Méthode : Nous avons réalisé un GS en solo chez 4 patients sans diagnostic étiologique après ES. Trois des 4 présentaient un phénotype syndromique très évocateur de maladies rares connues ; le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (MIM 312870) de transmission récessive liée à l’X, le syndrome de Marfan (MIM 154700) de transmission dominante autosomique, et le syndrome de Cohen (MIM 216550) de transmission récessive autosomique. Le 4ème présentait une encéphalopathie épileptique pouvant faire suspecter une forme infantile (MIM 616211).

Résultats : Le GS en solo a permis d’identifier des variations introniques affectant les gènes impliqués dans les pathologies fortement suspectées, dont : i) une délétion-insertion dans une région intronique de GPC3 ; ii) une translocation avec fusion intronique du gène FBN1 avec UBE2R2 ; iii) une inversion de 15kb comprenant un exon de WWOX avec délétion intronique des régions flanquantes (en trans d’une variation faux-sens exonique retrouvée en ES) ; iv) ainsi qu’une variation ponctuelle intronique dans VPS13B avec création d’un nouveau site accepteur d’épissage (en trans d’un SNV exonique avec décalage de cadre de lecture) identifiée grâce à l’intégration de données transcriptomiques (RNA-seq). La présence de ces variations pathogènes a été validée par des analyses complémentaires aux niveaux cytogénétique (ACPA, FISH), génomique (qPCR), transcriptomique (RNA-seq, RT-qPCR), et protéique (Western Blot).

Discussion : L’identification de ces variations pathogènes, par l’intégration de données de GS et d’autres approches moléculaires, met en évidence l’intérêt de cette approche et justifie son utilisation devant un phénotype clinique évocateur d’une pathologie génétique sans diagnostic moléculaire après ES, quel que soit le mode d’hérédité mendélien de la pathologie. 

Alexandre PLAGOS, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Sébastien MOUTTON, Martin CHEVARIN, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Laurence DUPLOMB, Emilie TISSERANT, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO (Dijon)
Auditorium François 1er

Jeudi 23 janvier

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B36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Boris KEREN (PH) (Paris)
15:30 - 15:38 #19740 - FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.
FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.

Introduction : L'Ataxie télangiectasie (AT) est une pathologie autosomique récessive rare liée à des variations du gène AT-mutated (ATM). Elle est généralement caractérisée par une ataxie cérébelleuse dans l’enfance, des télangiectasies, une apraxie oculomotrice, une prédisposition au cancer (en particulier des tumeurs lymphoïdes), une immunodéficience et une hyper-radiosensibilité. Les études phénotypiques démontrent un spectre continu allant de formes classiques sévères chez l’enfant à des formes plus modérées débutant à l’âge adulte, dépendantes de l’activité kinase résiduelle. La fréquence des porteurs hétérozygotes est estimée entre 0,5% et 1% de la population générale, et multiplie par 2 à 4 le risque de cancer du sein chez la femme.

Matériel et Méthodes : Nous présentons ici un cas atypique d’un homme de 69 ans atteint d’un cancer du sein diagnostiqué à 65 ans. L’analyse diagnostique par panel de gènes sur ADN sanguin a mis en évidence un variant faux-sens, c.7271T > G, au sein du gène ATM avec une fréquence allélique de 90%, confirmé par séquençage Sanger.

Résultats : Le phénotypage inverse a révélé un phénotype d’AT atténué, comme reporté précédemment dans la littérature avec ce variant, comprenant des tremblements essentiels depuis l'enfance, des signes d'ataxie cérébelleuse et proprioceptive, mais une absence de télangiectasie et d’apraxie oculomotrice. Des tests complémentaires ont révélé une inversion du chromosome 7 sur 4 des 50 métaphases lymphocytaires analysées, compatible avec une AT tardive, une légère augmentation des immunoglobulines sériques et un taux normal d'alpha foeto-protéine. Le séquençage sur tissu tumoral a révélé une fréquence allélique de ce variant à 85% et à 69% dans le tissu péritumoral. La fréquence allélique dans l’ADN salivaire et l’ADN extrait des fibroblastes était de 74%et de 48% respectivement. Il est à noter que la fille du cas index n’est pas porteuse du variant, ce qui confirme l’existence d’un allèle de type sauvage dans certaines cellules germinales. Après avoir exclu les autres causes de mosaïcisme (contamination de l'échantillon, transfusion récente, leucémie, greffe de moelle osseuse), une analyse par SNP-array a été réalisée, révélant une isodisomie du bras long du chromosome 11. Des études fonctionnelles sur fibroblastes du cas index ont montré une forte instabilité génomique spontanée avec activation partielle et retardée de la protéine ATM, en faveur d’une radiosensibilité moindre par rapport aux porteurs de variation homozygote du gène ATM, mais avec un risque de complications radio-induites élevé. Ces résultats ont permis d'adapter son traitement par radiothérapie de ses métastases osseuses, avec un traitement fractionné et étendu.

Conclusion: Le diagnostic d'un cancer du sein sporadique chez un homme de 69 ans nous a conduit à l'identification d'une forme tardive d’AT, soutenue par un mécanisme rare et complexe d’isodisomie uniparentale en mosaïque.

Sophie NAMBOT (DIJON), Vincent GOUSSOT, Alice FIEVET, Frederic TRAN MAU-THEM, Christel THAUVIN-ROBINET, Martin CHEVARIN, Yannis DUFFOURD, Romain BOIDOT, Laurent ARNOULD, Noemie VULQUIN, Roxana ARJMAND, Juliette ALBUISSON, Francois GHIRINGHELLI, Nicolas FORAY, Jean Pierre DE VILLARTAY, Gaelle PIERRON, Amandine BAURAND, Dominique STOPPA-LYONNET, Antonio VITOBELLO, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE
15:38 - 15:46 #19920 - FL09 Intérêt de la recherche de variations mitochondriales à partir de données de séquençage d’exome chez des patients atteints d’anomalies du développement et/ou de déficience intellectuelle.
FL09 Intérêt de la recherche de variations mitochondriales à partir de données de séquençage d’exome chez des patients atteints d’anomalies du développement et/ou de déficience intellectuelle.

    Les variations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) sont responsables de pathologies très  hétérogènes. Leur large spectre clinique peut concerner un seul organe (ex: surdité neurosensorielle) ou plusieurs (ex: syndrome de MERRF). Lors d’une suspicion de maladie mitochondriale, le séquençage ciblé d’un panel de gènes nucléaires impliqués dans ces maladies et/ou de l’ADNmt peut être réalisé. Il existe par ailleurs des présentations cliniques qui n’orientent pas vers une maladie mitochondriale et restent inexpliquées après une analyse de l’exome (ES).
    En 2012, Picardi et Pesole ont démontré que la séquence de l’ADNmt peut être reconstituée à partir des données « off-target » de l’ES rendant possible l’étude de l’ADNmt à partir de données préexistantes. Nous avons ainsi développé un pipeline bioinformatique pour identifier les variations de l’ADNmt à partir de données d’ES. Le pipeline testé chez 4 témoins positifs, porteurs de variations mitochondriales connues, a retrouvé toutes ces variations. Cette excellente sensibilité nous a permis de le déployer dans une cohorte de patients atteints d’anomalies du développement (90%) et/ou neurologiques (10%).
Trois variations causales ont ainsi été identifiées chez 4 patients: la variation homoplasmique m.9035T > C chez une femme atteinte d’ataxie et de neuropathie axonale et retrouvée en séquençage ciblé chez sa mère atteinte de neuropathie axonale, la variation homoplasmique m.11778G > A (LHON ou atrophie optique de Leber MIM 535000) chez deux patients atteints respectivement d’une affection oculaire mal étiquetée et d’une atrophie du nerf optique, et la variation hétéroplasmique (50%) m.13094T > C (LHON) chez une patiente atteinte d’une atrophie du nerf optique. Les techniques diagnostiques courantes ont confirmé ces 3 variations avec un taux d’hétéro/homoplasmie dans le sang semblable à celui évalué par notre pipeline.
    L’analyse a également révélé des données incidentes, 4 variations pathogènes, chez 7 patients ne présentant pas de pathologie associée: la variation homoplasmique m.1494C > T (surdité mitochondriale isolée secondaire à une exposition aux aminoglycosides MIM 580000) chez un fœtus masculin polymalformé, la variation homoplasmique ou hétéroplasmique m.1555A > G (MIM 580000) chez deux garçons atteints respectivement d’un syndrome polymalformatif et d’une ataxie, la variation homoplasmique m.14484T > C (LHON) chez un garçon présentant une dystrophie musculaire et la variation homoplasmique m.14502T > C (LHON) chez trois filles présentant un syndrome de Rubinstein-Taybi, un syndrome de déficit en GLUT1 et une déficience intellectuelle syndromique. Ces variations n’ont pas été rendues aux patients en l’absence de bénéfice direct.
    Cette étude montre l’intérêt d’inclure dans le pipeline bioinformatique d’analyse d’ES les outils nécessaires à la détection des variations mitochondriales pour améliorer le diagnostic des patients atteints de maladies rares, en particulier avec atteinte neurologique.

Philippine GARRET (Saint Ouen l'Aumone), Céline BRIS, Vincent PROCACCIO, Patrizia AMATI-BONNEAU, Pierre VABRES, Nada HOUCINAT, Emilie TISSERANT, Ange-Line BRUEL, Virginie QUÉRÉ, Christophe PHILIPPE, Arthur SORLIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Antonio VITOBELLO, Jean-Marc COSTA, Aïcha BOUGHALEM, Detlef TROST, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Yannis DUFFOURD
15:46 - 15:54 #20087 - FL10 Extension du spectre phénotypique de la prédisposition génétique aux hémopathies malignes associées aux mutations RUNX1 à la myélofibrose primitive.
FL10 Extension du spectre phénotypique de la prédisposition génétique aux hémopathies malignes associées aux mutations RUNX1 à la myélofibrose primitive.

Le gène RUNX1 code pour une facteur de transcription ayant un rôle majeur dans l’hématopoïèse primitive. Des remaniements acquis de RUNX1 sous forme de gènes de fusion avec différents gènes partenaires sont décrits dans des leucémies aiguës myéloïdes (LAM) et lymphoblastiques (LAL-B). En 1999, des mutations hétérozygotes germinales de RUNX1 ont été identifiées dans des formes familiales de thrombopénie modérée avec thrombopathie et prédisposition aux syndromes myélodysplasiques (SMD)/LAM et plus rarement aux leucémies aiguës lymphoblastiques T et à certains syndromes mixtes myélodysplasiques / myéloprolifératifs comme la leucémie myélomonocytaire chronique. La transmission est autosomique dominante avec une pénétrance incomplète variant de 20 à 60% des cas environ. L’âge de découverte de l’hémopathie survenue varie également de la petite enfance à un âge avancé.

Nous décrivons une nouvelle famille présentant un phénotype élargi associé à une mutation non-sens dans le domaine de transactivation de RUNX1 (ex7 : c.796T : p.Q266X) retrouvée sur 3 générations :

- Un jeune de 16 ans sans antécédent particulier a développé une leucémie aiguë myéloblastique (LAM2), la mutation de RUNX1 ayant une fréquence allélique proche de 50% dans les cellules leucémiques, l’origine germinale a été confirmée sur une biopsie cutanée ;

- Le jeune frère âgé de 11 ans, asymptomatique, et en particulier sans thrombopénie, HLA compatible, mais une recherche de mutation germinale réalisée sur une culture de fibroblaste s’étant avérée positive, il a été récusé en tant que donneur pour l’allogreffe de son frère ;

- Le père, âgé de 46 ans, présente une thrombopénie légère à 131 G/L sans signes de saignement ni anomalie de la numération ;

- Le grand-père paternel, est décédé à l’âge de 72 ans d’une myélofibrose primitive JAK2-V617F rapidement transformée en leucémie aiguë myéloblastique.

C’est à notre connaissance le premier cas décrit de néoplasme myéloprolifératif JAK2-V617F décrit comme associé à une mutation du gène RUNX1. Cette famille illustre également la grande variabilité de l’expressivité associée aux mutations de ce gène. La majorité des mutations faux-sens surviennent dans le domaine d’homologie Runt (RHD) qui assure la liaison à l’ADN de ce facteur de transcription alors que les mutations non-sens, comme dans la famille décrite, ou entraînant un décalage de lecture sont réparties tout le long de la séquence de RUNX1. Ces mutations auraient un effet dominant négatif et seraient associées à un risque plus élevé de transformation leucémique que les mutations qui entraîneraient une perte de fonction (mutations dans la région de régulation 5’ ou grandes délétions).

Florian CHEVILLON, Emmanuelle CLAPPIER, Hélène LAPILLONNE, Nicolas BOISSEL, Delphine REA, Nathalie DHEDIN, Hélène ANTOINE-POIREL (Paris, Belgique)
15:54 - 16:04 #20103 - FL11 Altération de l’épissage par formation d’une structure secondaire d'ARN provoquée par l’insertion d’une séquence Alu : un nouveau mécanisme à l'origine de maladies génétiques humaines.
FL11 Altération de l’épissage par formation d’une structure secondaire d'ARN provoquée par l’insertion d’une séquence Alu : un nouveau mécanisme à l'origine de maladies génétiques humaines.

Contexte : Il y a plus d'un million d'éléments Alu disséminés dans le génome humain, et de plus en plus d’insertions d’Alu sont rapportées comme étant à l'origine de maladies génétiques humaines. Jusqu'à tout récemment, ces insertions d’Alu étaient invariablement retrouvées dans les régions codantes ou les régions introniques proximales. En 2017, nous avons rapporté l’insertion à l’état homozygote d’une séquence Alu notée Alu-Ins, dans la région 3’-UTR du gène SPINK1, chez une jeune patiente atteinte d’insuffisance pancréatique exocrine sévère. Cette séquence Alu-Ins est à l’origine d’une perte totale d’expression du gène SPINK1, mais le mécanisme sous-jacent restait à élucider.

Résultats : Nous avons d’abord testé l’impact de la séquence Alu-Ins sur la stabilité des transcrits par un essai 3’UTR-Reporter. Une baisse d’expression de la luciférase d’environ 50% est observée, ce qui ne permet pas d’expliquer une absence totale d’expression du gène. Nous avons alors émis l’hypothèse que la séquence Alu-Ins pourrait former une structure secondaire d'ARN avec des séquences Alu inversées naturellement présentes dans le gène SPINK1, et ainsi affecter l'épissage du gène. Nous avons donc étudié la séquence génomique de SPINK1 à l’aide de l’application RepeatMasker et identifié dans le dernier intron du gène deux séquences Alu, toutes deux en orientation inversée par rapport à l’Alu-Ins. La première notée Alu1 est située à environ 2,6 kb du codon stop, et la deuxième notée Alu2 située à environ 1 kb. Pour tester l’hypothèse d’une formation d’une structure secondaire d’ARN entre ces deux éléments Alu préexistants et l’Alu-Ins, nous avons construit plusieurs vecteurs d'expression. Tout d’abord, le gène SPINK1 est cloné en entier avec la séquence Alu-Ins en 3’-UTR. Puis, plusieurs constructions sont réalisées : les séquences Alu1 et Alu2 sont enlevées une par une, et l’orientation de la séquence Alu-Ins est inversée dans le 3’-UTR. Chaque plasmide est transfecté dans deux lignées cellulaires traitées avec un inhibiteur de NMD. Après 48h, les ARN sont extraits et des RT-PCR sont réalisées pour l’ensemble des constructions. Le séquençage des transcrits obtenus a permis de montrer que la séquence Alu-Ins forme une structure secondaire avec la séquence Alu1 au niveau de l’ARN pré-messager, empêchant ainsi un épissage correct des ARN messagers.

Conclusion : Bien que l'on sache depuis longtemps que les répétitions Alu inversées sont capables de former des structures secondaires, c'est la première fois qu’un tel mécanisme est rapporté dans une maladie génétique humaine. Compte tenu de l'abondance des éléments Alu dans le génome humain et de la mobilisation potentielle des rétrotransposons Alu dans toutes les régions des gènes, nos résultats montrent l’importance d’élargir la détection des insertions d’Alu aux régions non-codantes d’un gène et d’interpréter leur impact en fonction du contexte génétique préexistant.

Emmanuelle MASSON (BREST), Sandrine MAESTRI, Claude FEREC, Jian-Min CHEN
16:04 - 16:12 #20355 - FL12 MOOC BiG - bioinformatique pour la génétique médicale : enseignons la génomique en ligne !
FL12 MOOC BiG - bioinformatique pour la génétique médicale : enseignons la génomique en ligne !

Le futur spécialiste en génétique médicale doit comprendre les différentes étapes qui mènent du phénotypage au diagnostic, les limites et les pièges du NGS. Il existe un besoin de formation de la communauté des internes de génétique et des praticiens aux notions d’algorithmique, d’analyse de données séquençage à haut-débit (SHD), de statistiques et de gestion des données massives. Plusieurs initiatives de formation sont proposées par des universités, les filières de santé maladies rares, l’ANPGM, le CNPGEM. Néanmoins, l’offre actuelle d’enseignement est limitée, autant en formation initiale qu’en formation continue. 

Nous proposons la création d’un enseignement introductif à la génomique, impliquant de nombreux acteurs de la génomique en France, s’appuyant sur la communauté de BioInfoDiag pour contribuer à fédérer la communauté nationale de médecine génomique.

Ce MOOC a été réalisé sous l’égide du Collège National des Praticiens et Enseignants de Génétique Médicale (CNEPGM), grâce au soutien de la filière de santé AnDDi-Rares, la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée, le Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic (BioInfoDiag) et le support technique du Centre de Recherche Interdisciplinaire (CRI).

Le processus pédagogique est constitué d’une description des enjeux de la génomique remplaçant la génétique, les défis technologiques et techniques du SHD, l’interprétation des variations,  l’analyse et les méthodes bioinformatiques employées.  

Nous avons donc choisi de suivre par étapes un pipeline bioinformatique d’analyse inversé, c’est à dire partir de l’interprétation du résultat d’une analyse SHD pour remonter aux fichiers bruts. A partir de vidéos, documents, exercices et ressources pour aller plus loin,  seuls ou en groupe : découvrez la bioinformatique appliquée à la génomique, renforcez vos connaissances et créer des liens avec d’autres apprenants.

Ce travail prend la forme d’un cours en ligne ouvert et massif (MOOC), hébergé par la plateforme web France Université Numérique (FUN). Grâce à cette plateforme la plus populaire d’e-learning francophone, ce support est idéal pour un large accès à cet enseignement.  

Nous espérons vous voir nombreux sur la première session du MOOC qui ouvrira  mi-février !

Kevin YAUY (Grenoble), Evan GOUY, Anne Sophie DENOMMÉ-PICHON, Emmanuelle GÉNIN, François LECOQUIERRE, Alban LERMINE, Robert OLASO, Sacha SCHUTZ, Marie DE TAYRAC, Aurélien TRIMOUILLE, Guillaume COLLET, Xavier DESPLAS, Fabien HOBART, Amodsen CHOTIA, Pascal PUJOL, David GENEVIÈVE, Laurence FAIVRE, Damien SANLAVILLE, Yannis DUFFOURD, Julien THEVENON
16:12 - 16:20 #20372 - FL13 Mise en place d’une RCP nationale par le Groupe Génétique et Cancer dans le cadre du plan France Médecine Génomique.
FL13 Mise en place d’une RCP nationale par le Groupe Génétique et Cancer dans le cadre du plan France Médecine Génomique.

Dans le cadre du Plan France Génomique 2025 (FMG2025) deux plateformes AURAGEN ET SEQOIA ont été créées pour offrir, dans un cadre diagnostique, la réalisation d’analyses de séquençage très haut débit, principalement à type d’exomes et de génomes complets pour l’ensemble du territoire. Début 2019, 12 préindications dont trois concernant l’oncogénétique ont été retenues pour le démarrage de ce plan. Les deux préindications proposées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer pour l’oncogénétique constitutionnelle ont été retenues. Il s’agit, pour la première, de patients atteints de cancers dans un contexte d’antécédents familiaux particulièrement sévères et, pour la seconde, de patients atteints de phénotypes tumoraux « extrêmes » isolés. Ces cancers isolés peuvent être soit de survenue inhabituellement précoce soit multiples. Dans cette pré-indication, l’analyse est proposée en trio.

Pour assurer une accessibilité et une représentativité nationale, le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer a décidé de mettre en place une RCP nationale nommée « RCP nationale GGC FMG2025 » pour discuter et sélectionner les dossiers relevant de ce type d’indications. Les participants à cette RCP sont un généticien clinicien par région, deux cliniciens et deux biologistes membres du bureau du GGC, deux représentants désignés par chacune des plateformes, une conseillère en génétique qui assure la logistique. Les RCP, de 3 heures, se font par téléconférence et sont programmées toutes les 3 semaines depuis septembre 2019 puis tous les mois en 2020. Le clinicien et le biologiste référents pour chaque dossier sont invités à participer à la discussion concernant leurs dossiers. En Septembre et Octobre 2019 :  41 dossiers ont été discutés (14 cas familiaux et 27 cas isolés) : 25 indications ont été acceptées (12 pour AURAGEN et 13 pour SEQOIA) ; 5 dossiers ont été refusés et 8 mis en attente d’explorations génétiques ou d’information complémentaires.

Ces premières réunions ont été l’occasion de préciser les situations cliniques relevant de ce type d’analyses ainsi que les âges limites pour les cas isolés à l’aide des données épidémiologiques disponibles. Les premiers dossiers acceptés ont été validés sur les logiciels de e-prescription de chacune des plateformes et les consultations pour les patients et leurs apparentés concernés ont été programmées. La RCP nationale GGC FMG2025 sera également impliquée en aval des analyses après le rendu des résultats pour discuter de la prise en charge des patients et de leur famille et éventuellement de l’orientation vers des projets de recherche. Des interactions avec les RCP d’oncogénétique somatique, en charge de la préindication sur les cancers en échec thérapeutique, doivent être formalisées. L’intégration des analyses tumorales en complément des analyses constitutionnelles est également un objectif à court terme.

Chrystelle COLAS (PARIS), Hélène DELHOMELLE, Pascaline BERTHET, Olivier CARON, Mathias CAVAILLE, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Carole CORSINI, Capucine DELNATTE, Philippe DENIZEAU, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Sophie GIRAUD, Sophie LEJEUNE, Jessica MORETTA, Isabelle MORTEMOUSQUE, Pierre NAIBO, Hélène SCHUSTER, Julie TINAT, Nicolas SEVENET, Dominique VAUR, Catherine NOGUES
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 03

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Nicolas GRUCHY (MCU-PH) (CAEN)
15:30 - 15:38 #19855 - FL15 Anomalies d’IGF1R: à propos de 35 nouveaux patients.
FL15 Anomalies d’IGF1R: à propos de 35 nouveaux patients.

Contexte : le récepteur de type 1 des insulin like growth factors (IGFs) (IGF1R) est un acteur majeur de la régulation de la croissance fœtale par son interaction avec IGF-I et IGF-II. Récemment la description clinique d’une grande cohorte néerlandaise de patients porteurs d’anomalies du gène IGF1R a été publiée et un score clinique diagnostic a été proposé. Nous avons caractérisé le phénotype clinique et évalué la sensibilité de ce score dans un groupe de patients pour lesquels une anomalie d’IGF1R avait été identifiée dans le laboratoire.

Méthodes : Nous avons recensé les délétions et variants identifiés au sein du laboratoire entre 2006 et 2018. La variabilité du nombre de copies (copy number variation, CNV) était détectée par multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) et confirmée par puce d’analyse de single nucleotide polymorphism (SNP), tandis que les variants étaient identifiés en séquençage de type Sanger, sur lymphocytes circulants.

Résultats: Nous avons identifié 21 anomalies d’IGF1R, chez 35 patients et leurs apparentés, dont huit délétions, et 10 variants classés pathogènes ou probablement pathogènes selon la classification internationale ACMG/AMP. Ces anomalies étaient majoritairement présentes à l’état hétérozygote (n=33) mais un patient était hétérozygote composite et un autre homozygote. Les patients étaient nés petits pour l’âge gestationnel (90,9%), avaient une petite taille dans l’enfance (88,2%) et une microcéphalie (74,1%). Il existait également une prévalence importante de difficultés alimentaires et de retard de développement à des degrés variables (54,5%). Enfin, nous avons recensé des malformations cardiaques chez quatre patients dont une insuffisance cardiaque terminale ayant nécessité une transplantation cardiaque. Nous n’avons pas mis en évidence de différence phénotypique significative entre les patients porteurs de délétions ou de variants pathogènes. Nous avons validé la pertinence du score clinique proposé avec une sensibilité de 95,2% dans cette cohorte. Ce score propose la recherche d’anomalie d’IGF1R devant la présence d’au moins trois des caractéristiques suivantes : taille ou poids de naissance inférieur à -1DS, taille dans l’enfance inférieure à -2,5DS, microcéphalie (périmètre crânien inférieur à -2DS) et concentration d’IGF-I au-delà de la moyenne.

Conclusion: Nous avons identifié huit nouveaux variants pathogènes d’IGF1R et un nouveau cas d’atteinte homozygote. Nous recommandons l’utilisation du score clinique récemment publié pour guider le diagnostic moléculaire, bien que sa spécificité reste encore à caractériser. Nous proposons également la réalisation systématique d’une échographie cardiaque chez les patients porteurs d’anomalie d’IGF1R.

Eloise GIABICANI (PARIS), Willems MARJOLAINE, Virginie STEUNOU, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Irène NETCHINE, Frédéric BRIOUDE
15:38 - 15:46 #19984 - FL16 Pathologies secondaires aux mutations de la voie PI3K-AKT-mTOR d’expression anténatale : que peut-on apprendre de ses formes extrêmes de syndromes hypertrophiques segmentaires.
FL16 Pathologies secondaires aux mutations de la voie PI3K-AKT-mTOR d’expression anténatale : que peut-on apprendre de ses formes extrêmes de syndromes hypertrophiques segmentaires.

Intoduction : La voie PI3K-AKT-mTOR est une voie de signalisation impliquée dans la régulation de la croissance et de la prolifération cellulaire ainsi que l’angiogenèse. Les mutations de cette voie sont responsables de syndromes en mosaïques caractérisés par une hypertrophie segmentaire : mégalencéphalies(MEG), hémi-mégalencéphalies (HMEG), hypertrophie adipeuse et malformations vasculaires principalement. Certains de ces syndromes peuvent s'exprimer au cours de la période anténatale : les phénotypes reliés aux mutations post-zygotiques du gène PIK3CA regroupées au sein du spectre PROS (incluant notamment le syndrome CLOVES (MIM#612918) et le syndrome MCAP (MIM#602501)), les syndromes Mégalencéphalie Polymicrogyrie Polydactylie Hydrocéphalie secondaires aux mutations constitutionnelles et post-zygotiques de PIK3R2, CCND2 et AKT3 et le syndrome de Smith-Kingsmore (MIM#616638) secondaires aux mutations de mTOR.

Objectif : Décrire les données phénotypiques, anténatales et postnatales, et moléculaires de fœtus présentant un syndrome hypertrophique segmentaire et secondaire à une mutation activatrice de la voie PI3K-AKT-mTOR.

Patients et méthodes : Chez 15 fœtus présentant un syndrome hypertrophique segmentaire diagnostiqué en anténatal, l’ADN a été extrait à partir de tissus pathologiques. Un séquençage ciblé en profondeur des gènes de la voie PI3K/AKT/mTOR a été réalisé par séquençage haut débit. Nous avons ensuite évalué la possibilité de retrouver les variations pathogènes identifiées dans du liquide amniotique cultivé et non cultivé afin d'évaluer la possibilité de proposer un diagnostic prénatal.

Résultats : 12 fœtus présentaient une hypertrophie cérébrale : 4 MEG et 8 HMEG. Parmi les fœtus présentant une MEG, nous avons identifié une variation pathogène du gène PIK3R2 responsable du syndrome MPPH chez 3 cas sur 4 (2 variations constitutionnelles et 1 post-zygotique), et une variation pathogène du gène mTOR impliquée dans le syndrome de Smith-Kingsmore chez 1 cas sur 4. Parmi les fœtus présentant une HMEG, une variation pathogène post-zygotique du gène PIK3CA a été identifiée chez 2 fœtus présentant une HMEG associée à des signes cliniques extra-cérébraux rapportés dans le syndrome CLOVES et chez 6 cas présentant une HMEG «isolée». Par ailleurs, chez les 3 autres fœtus présentant une hypertrophie segmentaire associée à un(des) lymphangiome(s) étendu(s) et sans hypertrophie cérébrale, une variation pathogène post-zygotique du gène PIK3CA a également été identifiée.

L’analyse rétrospective a porté sur l’ADN de 5 foetus, extrait d’amniocytes en culture. La variation pathogène a pu être identifié chez 3/5 patients, suggérant que le diagnostic prénatal était possible sous réserve qu'un résultat négatif ne peut pas exclure le diagnostic suspecté.

Conclusion : Il s’agit de la première étude portant sur des fœtus présentant une hypertrophique segmentaire, qui fournit des données importantes aux équipes de diagnostic prénatal.

Nicolas BOURGON (DIJON), Virginie CARMIGNAC, Arthur SORLIN, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Carine ABEL, Daniel AMRAM, Tania ATTIE-BITACH, Nicolas CHASSAING, Bérénice DORAY, Agnès GUICHET, Jelena MARTINOVICH, Marie-Josée PEREZ, Chloé QUELIN, Alexandre VASILJEVIC, Christophe PHILIPPE, Jean-Baptiste RIVIERE, Christel THAUVIN-ROBINET, Pierre VABRES, Laurence FAIVRE, Paul KUENTZ
15:46 - 15:54 #20222 - FL17 Incurvations fémorales isolées en prénatal : revue clinique, radiologique et moléculaire de 103 cas.
FL17 Incurvations fémorales isolées en prénatal : revue clinique, radiologique et moléculaire de 103 cas.

Introduction : l’incurvation fémorale isolée anténatale est un point d’appel rare et aspécifique de maladies osseuses constitutionnelles (MOC) aux pronostics variables et potentiellement sévères. L’étiologie est difficile à établir en anténatal. Le but de cette étude est d’établir le spectre des pathologies associées à ce signe, évaluer leur prévalence, décrire leur prise en charge, leur pronostic, afin d’améliorer le conseil génétique.  

Méthode : nous avons analysé les dossiers adressés à 3 CPDPN d’Ile de France et au centre de référence de MOC de l’hôpital Necker sur 10 ans, pour des grossesses ayant présenté un fémur incurvé isolé à l’échographie anténatale. Les informations concernant les antécédents, les éléments diagnostics et de suivi post nataux ont été colligés.  

Résultats : 103 cas ont été inclus. Onze pathologies ont été mises en évidence chez 90 patients, avec une majorité d’ostéogenèse imparfaite (56%). Chez 53 patients (51%) une confirmation génétique a été possible. Chez 14,6% des patients aucun diagnostic final n’a été posé. L’existence d’un antécédent familial a permis d’orienter le diagnostic dans 23%. L’échographie évoquait un diagnostic dans 75% des cas, mais erroné dans 14% des cas. Sur 78 TDM osseuses réalisées, 69% évoquaient un diagnostic, mais erroné dans 15% des cas. Dans 33% des cas, une interruption médicale de grossesse a été réalisée. Le temps moyen de suivi post natal est de 33 mois, 4 décès sont survenus (5,9%), 20% des phénotypes ont été considérés comme sévères. 

Discussion & Conclusion : les examens réalisés en anténatal ne sont pas toujours discriminants, du fait du chevauchement phénotypique important des différentes pathologies. Les examens génétiques ont permis de confirmer ou de corriger les diagnostics évoqués mais n’ont pas été effectués de manière systématique. La mise en place d’études génétiques par séquençage par panel apparaît nécessaire en anténatal, ainsi qu’un suivi plus organisé. 

Adeline BONNARD (PARIS), Catherine GAREL, Geneviève BAUJAT, Jonathan ROSENBLATT, Alain VERLOES, Jean-Marie JOUANNIC, Laurent SALOMON, Fabien GUIMIOT, Marie GONZALES, Caroline MICHOT, Bettina BESSIERES, Sophie RONDEAU, Sophie MONNOT, Valérie CORMIER-DAIRE
15:54 - 16:04 #20282 - FL18 EEQ en cytogénétique : leçons et enseignement en génétique clinique et biologique.
FL18 EEQ en cytogénétique : leçons et enseignement en génétique clinique et biologique.

L’ACLF a mis à disposition des laboratoires depuis 2005 des évaluations externes de la qualité pour le caryotype (incluant la FISH) et l’ACPA. Plus de 70 laboratoires en cytogénétique constitutionnelle, 40 en Hématologie et 30 pour l’ACPA participent chaque année. Les dossiers sont évalués par les experts issus des laboratoires participants. Les résultats de ces L’évolution de nos pratiques nous impose une adaptation continue mais ces EEQs et de leurs équivalents européens nous ont fait prendre conscience de l’état des connaissances et de certaines limites révèlent les pertes de compétence dans l’analyse cytogénétique classique ainsi que les limite des techniques moléculaires pangénomiques. Le partage de l’information par les participants est très important, nous avons ainsi identifié des lacunes ou des écueils techniques que nous illustrerons par deux exemples. Cytogénétique postnatale : Nous avons proposé l’observation d’une inversion péricentrique du chromosome 5 : inv(5)(p13q13) considérée comme un variant dans la littérature. Des laboratoires ont rapporté ce chromosome comme un variant ou polymorphisme alors que d’autres ont raisonné comme une inversion péricentrique classique similaire à celle du chromosome 4. Ce sont les plus anciens de nos collègues qui ont identifié ce polymorphisme. Les plus « jeunes » cytogénéticiens séniors experts ont perdu cette expérience concernant un variant rare qui n’est plus décrit depuis longtemps dans la littérature. ACPA postnatale : Le cas proposé comportait une pentasomie X validée par le caryotype, ce qui paraissait simple. Mais curieusement certains laboratoires n’ont pas identifié la pentasomie. Ils ont conclu à une trisomie ou une mosaïque avec une tétrasomie. L’explication tient probablement aux limites d’évaluation précis du nombre de copies par les algorithmes utilisés, qui nécessite une méfiance lors de l’analyse en présence de ratios très inhabituels, en particulier au niveau des gonosomes et une connaissance cytogénétique de l’existence de ces polysomies notamment gonosomiques, soit une analyse trop rapide ou parce que la technique ne permettait pas d’évaluer un nombre important de copies de l’X.

Cet exercice nous a permis de constater les limites de certains algorythmes de calcul et rappellent l’importance de maintenir une formation solide en analyse cytogénétique classique pour interpréter au mieux les résultats issus des techniques moléculaires pangénomiques (ACPA, WGS/WES) et de ne pas omettre l’existence de polymorphisme rare au niveau chromosomique

Martine DOCO-FENZY (REIMS), Damien SANLAVILLE, Chantal MISSIRIAN, Marianne TILL, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Marie-Claude MELUN-BLOCQUAUX, Marie-Christine COMBRISSON, Christine TERRE, Isabelle LUQUET, Cyril SARRAUSTE DE MENTHIÈRE, Jean-Michel DUPONT
16:04 - 16:12 #20438 - FL19 Altération de l’organisation spatiale de la chromatine spermatique chez les patients atteints de globozoospermie et déficients en DPY19L2.
FL19 Altération de l’organisation spatiale de la chromatine spermatique chez les patients atteints de globozoospermie et déficients en DPY19L2.

La globozoospermie est une tératozoospermie monomorphe, rare (incidence < 0.1%), secondaire dans 70-75% des cas à une anomalie du gène DPY19L2 qui intervient dans la formation de l’acrosome.  En plus de son rôle capital dans le bon positionnement de l’acrosome, il a été suggéré que la protéine Dpy19l2 aurait aussi un rôle important dans l’organisation du génome nucléaire pendant la vie embryonnaire. Il a été suggéré également que la protéine Dpy19l2 aurait une fonction similaire aux protéines du complexe LINC (Linkers of the Nucleoskeleton to the Cytoskeleton), étant donné que Dpy19l2 est situé au niveau de la membrane nucléaire interne, et que son absence chez des souris mâles Dpy19l2-/-, est associée à un gonflement de l’espace périnucléaire liant les deux enveloppes nucléaires externe et interne.

Sachant que la lamina nucléaire est connectée au cytosquelette et au centrosome (via des protéines à domaine SUN appartenant au Complexe LINC) et à la chromatine (via les protéines à domaine LEM et le récepteur de la lamine B), nous avons émis l’hypothèse que l’absence de Dpy19l2 pourrait être à l’origine d’une perturbation de l’organisation du génome spermatique via son interaction avec la lamina nucléaire. Afin de confirmer ou infirmer cette hypothèse nous avons étudié l'organisation spatiale de la chromatine spermatique chez cinq patients ayant le phénotype de globozoospermie type 1 avec atteinte du gène DPY19L2 et chez cinq donneurs de sperme sains, en utilisant l'hybridation in situ fluorescente tridimensionnelle (FISH-3D). La présente étude est la première à analyser l’organisation chromatinienne du génome spermatique chez les patients atteints de globozoospermie.

Cette étude montre une augmentation du nombre de chromocentres par rapport aux témoins, ainsi qu’une organisation spatiale altérée des régions télomériques et des territoires chromosomiques chez les patients déficients en Dpy19l2. Ces résultats renforcent l'hypothèse que Dpy19l2 pourrait être considérée comme une protéine de type LINC et jouerait un rôle crucial dans l'organisation de la chromatine nucléaire dans le noyau spermatique. Ces altérations architecturales du génome pourraient participer à l’arrêt précoce du développement embryonnaire observé après ICSI chez les patients ayant des anomalies du gène DPY19L2.

Fatma ABDELHEDI (Paris), Emmanuel DULIOUST, Céline CHALAS, Nourhène GHARBI, Nouha ABID, Elyes MOKADEM, Ikhlas BEN AYED, Hassen KAMOUN, Leila KESKES, Jean-Michel DUPONT
16:12 - 16:20 #20530 - FL20 Le dépistage non invasif des trisomies fœtales par analyse de l’ADN libre circulant dans les situations de profil atypique des marqueurs sériques maternels.
FL20 Le dépistage non invasif des trisomies fœtales par analyse de l’ADN libre circulant dans les situations de profil atypique des marqueurs sériques maternels.

Depuis environ un an, le dépistage prénatal non invasif par analyse de l’ADN libre circulant (DPNI ADNlc) fait partie du schéma du dépistage prénatal de la Trisomie 21. Il est indiqué, en dépistage secondaire, dans les grossesses à risque modéré voire élevé (≥ 1/1000 après calcul par les marqueurs sériques maternels (MSM)) et, en dépistage primaire, dans les grossesses multiples et en cas d’antécédent de trisomie ou translocation robertsonienne parentale impliquant le 21. Des valeurs extrêmes de certains MSM (dites atypiques) seraient associées à un risque plus élevé de trisomies quel que soit le résultat du calcul de risque. Or, ces situations ne font pas partie des indications principales retenues pour la prise en charge du DPNI. Nous avons donc voulu évaluer l’apport du DPNI dans cette indication.

Nous avons mené une étude rétrospective incluant les grossesses singletons ayant eu un dépistage par ADNlc réalisé par la plateforme APHP de DPNI depuis son ouverture (en Mai 2017). Un résultat de MSM est considéré comme atypique lorsqu’il présente l’un des résultats suivants : PAPP-A < 0,3MoM, hCGβ < 0,3MoM ou hCG ou hCGβ > 5 MoM.  Le DPNI a été réalisée sur une Plateforme CE-IVD selon le protocole NIPT VeriSeq® (Illumina®). Les données cliniques comprenant les issues de grossesse ont été collectées et confrontées aux résultats du DPNI. Par ailleurs, nous avons analysé spécifiquement les situations d’échec à la recherche de la cause de l’échec.

Entre le 1er Mai 2017 et le 1er Octobre 2019, nous avons réalisé un DPNI pour 13604 patientes dans le cadre de grossesses singletons dont 548 étaient adressées pour un profil atypique de MSM avec un risque calculé < 1/1000 contre 10961 pour risque ≥ 1/1000. Le taux de détection des trois trisomies communes dans ce groupe diffère significativement de celui du groupe des patientes ayant un risque calculé ≥ 1/1000 avec un taux de détection de la Trisomie 21 qui est plus faible dans le groupe des MSM atypiques mais plus de 10 fois plus élevé pour les Trisomies 13 et 18 (0,75 % vs 0,07 % et 0,94 % vs 0,06 %, respectivement). Le taux d’échec était lui trois fois plus élevé dans le groupe des MSM atypiques (0,9 % contre 0,3 %).

Notre étude démontre l’intérêt du DPNI dans l’indication des MSM atypiques quel que soit le résultat du calcul de risque. Ces résultats préliminaires encouragent à poursuivre l’étude pour évaluer plus précisément les performances du DPNI dans cette indication et pouvoir justifier son ajout à la liste des indications prises en charge par l’assurance maladie.

Maureen LOPEZ (Paris), Jean Michel DUPONT, Alexandre VIVANTI, Morgane VALENTIN, Hanane BOUCHGHOUL, Pierre François CECCALDI CARP, Jonathan ROSENBLATT, Marie Isabelle BORNES, Lionel CARBILLON, Jocelyn BRAYET, Jean Louis BENIFLA, Marc DOMMERGUES, Olivier PICONE, Jean Marie JOUANNIC, Vassilis TSATSARIS, Jean GUIBOURDENCHE, Laila EL KHATTABI
16:20 - 16:28 #20591 - FL21 Caractérisation Clinique et Génomique du Syndrome Microdélétionnel 19p13.3.
FL21 Caractérisation Clinique et Génomique du Syndrome Microdélétionnel 19p13.3.

Dans la littérature médicale, les données sur les remaniements de la région 19p13.3 sont rares. Or les délétions et les duplications de la région critique que nous avons précédemment décrite dans cette région semblent responsables d’une symptomatologie en miroir, associant chez des patients atteints de déficience intellectuelle des anomalies de croissance opposées. Tandis que les patients porteurs de duplications présentent un retard de croissance avec microcéphalie, les patients porteurs de délétions semblent présenter une macrocéphalie et pour certains une grande taille. Pour mieux caractériser le syndrome microdélétionnel 19p13.3, nous avons lancé un appel à collaboration via l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française, et nous rapportons une cohorte de 11 nouveaux patients. Grace à ce travail, nous avons participé à la meilleure caractérisation clinique et génomique de ce syndrome, et proposons des gènes candidats par intégration bio-informatique des données issues du modèle animal.

Guillaume JOURET (Dudelange, Luxembourg), M. EGLOFF, E. LANDAIS, O. TASSY, F. GIULIANO, H. KARMOUS-BENAILLY, C. COUTTON, F. DEVILLARD, K. DIETERICH, G. VIEVILLE, P. KUENTZ, C. LE CAIGNEC, C. BENETEAU, B. ISIDOR, M. NIZON, P. CALLIER, V. MARQUET, E. BIETH, J. LÉVY, Ac TABET, A. PHILIPPE-RECASENS, S. LYONNET, G. BAUJAT, M. RIO, F. CARTAULT, S. BERG, S. SCHEIDECKER, A. GOURONC, A. SCHALK, C. JACQUIN, E. GOUY, H. THORN, M. SPODENKIEWICZ, C. POIRSIER, C. ANGÉLINI, P. PENNAMEN, C. ROORYCK, M. DOCO-FENZY
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 04

Modérateurs : David GENEVIEVE (Professeur, chef de service, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP) (Montpellier), Sandra MERCIER (Généticienne clinicienne) (NANTES)
15:30 - 15:38 #19678 - FL22 Pseudohypoparathyroïdie : Distorsion du ratio de transmission maternelle des mutations perte de fonction de GNAS.
FL22 Pseudohypoparathyroïdie : Distorsion du ratio de transmission maternelle des mutations perte de fonction de GNAS.

La PseudoHypoParathyroïdie de type 1A (PHP1A) et la PseudoPseudoHypoparathyroïdie (PPHP) sont deux maladies rares à transmission autosomique dominante provoquées par des mutations perte de fonction du gène GNAS soumis à empreinte, codant la protéine Gsα. La PHP1A est causée par des mutations sur l’allèle maternel et entraîne une Ostéodystrophie Héréditaire d’Albright (AHO) et une résistance à la PTH, tandis que la PPHP avec AHO et sans résistance hormonale est liée à des mutations de l’allèle paternel. Cette étude visait à étudier la transmission des mutations de GNAS. Nous avons mené une étude rétrospective sur un grand nombre de familles mutées GNAS. Pour éviter un biais de constatation en faveur d’une proportion plus élevée d’enfants affectés du à la manière dont les patients ont été inclus, les cas index faisant partie des fratrie de descendants ont été exclus. Le ratio de distribution des allèles mutés a été calculé à partir des génotypes observés chez des descendants de familles nucléaires et a été comparé au ratio attendu de 50% selon l'héritage mendélien (z-test à un échantillon). La transmission en fonction de la sévérité et du phénotype du parent transmettant de la mutation a également été analysée, ainsi que le sex ratio. L'étude a été réalisée sur 114 familles nucléaires et a inclus 250 descendants. Nous avons montré un excès de transmission maternelle d’allèles mutés (59%, P=0,022), d’autant plus important que les mutations étaient sévères (61,7%, P=0,023) et que l’allèle provenait de la grand-mère (64,7%, P=0,036). Une distribution mendélienne a été observée lorsque les mutations étaient héritées du père. Un déséquilibre du sex ratio en faveur des femmes a été observé parmi les porteurs, avec un sex ratio équilibré chez les descendants sains. La distorsion du ratio de transmission sexe-spécifique observée ici suggère un rôle de Gsα dans la biologie des ovocytes ou dans l'embryogenèse, avec des implications pour le conseil génétique.

Sarah SNANOUDJ-VERBER (Rouen), Arnaud MOLIN, Cindy COLSON, Nadia COUDRAY, Sylvie PAULIEN, Hervé MITTRE, Marion GÉRARD, Elise SCHAEFER, Alice GOLDENBERG, Justine BACCHETTA, Odent SYLVIE, Sophie NAUDION, Bénédicte DEMEER, Laurence FAIVRE, Marie-Laure KOTTLER, Nicolas GRUCHY, Nicolas RICHARD
15:38 - 15:46 #19862 - FL23 L’apport du séquençage d’exome dans la découverte de variations pharmacogénétiques en lien avec les traitements de l’épilepsie.
FL23 L’apport du séquençage d’exome dans la découverte de variations pharmacogénétiques en lien avec les traitements de l’épilepsie.

Introduction : En sus de la recherche de variations pathogènes impliquées dans une pathologie, le séquençage d’exome peut permettre la recherche de variations secondaires ayant un lien avec la pharmacogénétique. Une intervention clinique adaptée pourrait donc améliorer la prise en charge des patients à risque iatrogène par la prévention en amont des troubles du métabolisme ou d’une intolérance médicamenteuse. Cela aurait pour effet l’éviction de nombreuses complications en lien avec des traitements en cours et/ou futurs.

 

Matériel et Méthodes : Afin d’évaluer l’intérêt de la recherche de l’information pharmacogénétique dans les données génomiques issues du séquençage d’exome, nous avons créé un pipeline bioinformatique pour déterminer le statut de 122 variations décrites et classées par PharmGKB ainsi que la présence de variations structurales sur ces gènes d’intérêts. Ce pipeline a été appliqué à une cohorte de 82 patients épileptiques afin de déterminer dans un premier temps la fréquence des variations pharmacogénétiques en lien avec un traitement antiépileptique. Dans un second temps, nous avons extrait l’information médicale pertinente en rapport avec les variations détectées. Nous avons finalement cherché à corréler les réponses aux traitements prescrits à ces patients avec les variations pharmacogénétiques détectées.

 

Résultats : Étant donné leurs fréquences, seules les variations de classe 1 sont compatibles avec une pratique clinique. Dans notre cohorte, une seule variation de classe 1 du gène CYP2C9 et impliquée dans le métabolisme de la phénytoïne a été détectée. Un métaboliseur lent et treize métaboliseurs intermédiaires ont également été identifiés dans notre cohorte concernant cette molécule. Parmi les 82 patients de la cohorte, 19 ont reçu un traitement par phénytoïne intraveineuse. Durant leurs hospitalisations, ces patients ont été traités par un protocole standard (15mg/kg de dose de charge et 5mg/kg pour la dose d’entretien) et tous les patients identifiés comme métaboliseurs intermédiaires ont montré des concentrations plasmatiques supérieures à la concentration toxique (30 mg/L).  

 

Conclusion : Ce travail démontre que la détermination du génotype CYP2C9 est possible à partir des données d’exome. Celle-ci pourrait anticiper le risque de surdosage causé par un métabolisme diminué. Malheureusement, les limites du séquençage d’exome ne permettent pas de mettre en évidence toutes les variations impliquées dans le métabolisme des molécules impliquées dans le traitement de l’épilepsie, une partie de celles-ci étant constituées de variations non-codantes. Le séquençage d’exome permet cependant d’extraire une partie de l’information pharmacogénétique en lien avec l’épilepsie, avec un impact sur la prise en charge du patient. Cette information pourrait être enrichie par l’utilisation d’autres approches génomiques telles que le séquençage de génomes.

Simon VERDEZ (Dijon), Philippine GARRET, Emilie TISSERANT, Antonio VITOBELLO, Frédéric THRAN MAU-THEM, Marc BARDOUX, Juliette ALBUISSON, Céline VERSTUYFT, Patrick CALLIER, Christelle THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:46 - 15:54 #20105 - FL24 Etude de l’ARNm dans les anomalies constitutionnelles des gènes impliqués dans les cardiomyopathies héréditaires.
FL24 Etude de l’ARNm dans les anomalies constitutionnelles des gènes impliqués dans les cardiomyopathies héréditaires.

Introduction : Les cardiomyopathies sont des maladies héréditaires de transmission autosomique dominante. Malgré une hétérogénéité génétique importante, le gène MYBPC3 reste le gène majeur. Dans 2/3 des cas,  le mécanisme mutationnel en cause dans MYBPC3 est l’haploinsuffisance.  Les variants touchant les sites canoniques d’épissage sont classiquement considérés comme pathogènes tandis que les variants affectant les séquences introniques flanquantes à ces sites sont considérés comme des variants de signification inconnue (VSI) en l’absence d’analyses fonctionnelles, telles que l’analyse de l’ARNm par RT PCR ou minigènes. 

L’analyse des ARNm du patient implique l’accès au tissu d’expression, ce qui est rare dans le cadre des cardiomyopathies. Ce travail a pour but d’étudier la faisabilité, et de valider l’analyse des transcrits à partir d’un prélèvement sur tube PAXgene et d’évaluer l’effet de certains variants génomiques sur l’épissage.

Patients : Quinze patients porteurs de variants identifiés par séquençage haut débit de panels de gènes de cardiomyopathies ont été inclus dans cette étude. Les variants sélectionnés sont introniques et exoniques et susceptibles d’induire une anomalie d’épissage : 12 variants dans le gène MYBPC3, 2 variants dans le gène MYH7 et 1 variant dans le gène FLNC. Parmi ces variants, 2 touchent le nucléotide G en +5 du site donneur d’épissage, 4 sont exoniques (synonymes ou faux-sens), 7 sont situés dans une région intronique profonde, un altère possiblement le point de branchement et un pourrait altérer le site accepteur proche (-5).

Méthode : Les ARN totaux sont extraits à partir de lymphocytes issus d’un prélèvement veineux sur tube PAXgene ou d’une lignée lymphoblastoide. Les ARNm issus de la transcription illégitime sont rétro transcrits par RT-PCR puis séquencés par la méthode de Sanger.

Résultats : Après optimisation de la technique, les séquences obtenues pour les variants dont la conséquence sur l’épissage était connue (n= 4) montrent un résultat similaire à celui attendu, validant ainsi la fiabilité de cette approche. Les résultats obtenus sur ARNm issus de Paxgene sont identiques à ceux obtenus avec les ARNm issus des lignées lymphoblastoide, permettant une analyse plus rapide en s’affranchissant de l’étape d’immortalisation d’une lignée et facilitant les modalités préanalytiques en particulier de transport du sang.

Pour les variants (n= 11) dont la conséquence sur l’épissage était inconnue, l’analyse des ARNm a permis d’apporter une conclusion de l’impact des variants  et ainsi de les classer comme probablement pathogènes ou probablement bénins.

Conclusion

L’analyse des ARNm à partir d’un tube PAXgene permet une étude fiable et facilitée des transcrits cardiaques en se soustrayant de la contrainte d’accès au tissu d’expression. Les variants de classification inconnue ont pu être reclassés, améliorant ainsi le diagnostic moléculaire, le conseil génétique et permettant une meilleure prise en charge des familles.

Magalie LODIN (Paris), Flavie ADER, Céline LEDEUIL, Patricia REANT, Delphine DUPIN DEGUINE, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
15:54 - 16:04 #20151 - FL25 La génétique de susceptibilité des maladies communes dans la pratique clinique. La régulation clinique des tests des thrombophilies non-rares (TNR) dans la prédiction/prévention de la maladie thromboembolique veineuse (MTEV).
FL25 La génétique de susceptibilité des maladies communes dans la pratique clinique. La régulation clinique des tests des thrombophilies non-rares (TNR) dans la prédiction/prévention de la maladie thromboembolique veineuse (MTEV).

Introduit au lendemain de l’identification des TNR, au milieu des années 90 afin de prédire et de prévenir la maladie thromboembolique veineuse (MTEV), le bilan génétique pour les « thrombophilies non-rares » (TNR) est un exemple assez rare de test génétique de susceptibilité pour une maladie complexe à avoir franchi le pas d’un véritable usage de routine en clinique. Bien que ce test soit le plus répandu des tests de génétique post-natale en France, son usage fait encore l’objet de controverse médicale.

Cet article esquisse la trajectoire de sa régulation clinique et illustre l’importance du contexte spécifique d’usage pour comprendre sa diffusion. Cette analyse vise à nourrir une réflexion plus générale sur les enjeux que pose l’intégration clinique des tests génétiques pour les maladies communes, en considérant notamment les modalités de définition de l’utilité clinique d’un test (statistique vs biologique), des sujets du test (le cas index vs ses apparentés), et des critères en sous-tendant l’accès (modalités des calculs médico-économiques).

Mauro TURRINI (Nantes), Catherine BOURGAIN
16:04 - 16:12 #20172 - FL26 Des mutations rares du gène du Récepteur à la Prostacycline identifiées dans des patients de Dysplasie Fibromusculaire et de Dissection Spontanée de l’Artère Coronaire.
FL26 Des mutations rares du gène du Récepteur à la Prostacycline identifiées dans des patients de Dysplasie Fibromusculaire et de Dissection Spontanée de l’Artère Coronaire.

Background: Fibromuscular Dysplasia (FMD) and Spontaneous Coronary Artery Dissection (SCAD) are non-atherosclerotic arterial diseases predominantly affecting women. Little is known about their physiopathology mechanisms.

Objectives: We aim at identifying genetic causes to elucidate molecular mechanisms impaired in FMD and SCAD.

Methods: We analyzed 30 exome sequencing datasets that include familial and sporadic FMD cases and applied in silico prioritization tools. Follow-up was conducted by targeted or Sanger sequencing (1,071 FMD and 365 SCAD patients) or lookups in exome (264 FMD) or genome sequences (520 SCAD), all independent and unrelated. TRAPD burden test was used to test enrichment in patients compared to gnomAD. The biological effects of rare variants on receptor signaling and protein expression were characterized using transient overexpression in human cells.

Results: We identified a shared rare loss-of-function (LoF) variant (MAFgnomAD=0.000075) by an FMD sibling in the prostaglandin I2 receptor (IP) gene (PTGIR), a key player in vascular remodeling that was ranked as the top candidate from the in silico prioritization.  Screening or lookup in >1,300 FMD patients revealed four additional LoFs alleles carriers and a putative enrichment in FMD (PTRAPD=4×10-6), in addition to several rare missense variants. We confirmed the LoFs (Q163X and P17RfsX6) and 1 missense (L67P) to severely impair IP function in vitro. Genetic analyses of PTGIR in SCAD revealed one patient who carries Q163X, one with L67P and a one carrying a rare and novel splicing variant (c.768+1C>G).

Conclusions: Our study shows that rare genetic defaults in PTGIR are putative causes of FMD and SCAD providing evidence for prostacyclin signaling in non-atherosclerotic stenosis and dissection.

Adrien GEORGES (Paris), Juliette ALBUISSON, Takiy BERRANDOU, Délia DUPRÉ, Valentina D’ESCAMARD, Aurélien LORTHIOIR, Patrick BRUNEVAL, Antonio DI NARZO, Daniella KADIAN-DODOV, Jeffrey OLIN, Ewa WARCHOL, Alksander PREJBISZ, Andrzej JANUSZEWICZ, David ADLAM, Nicolas COMBARET, Pascal MOTREFF, Eleni GIANNOULATOU, Robert GRAHAM, Laurence AMAR, Michel AZIZI, Heather GORNIK, Santi GANESH, Jason KOVACIC, Xavier JEUNEMAITRE, Nabila BOUATIA-NAJI
16:12 - 16:20 #20198 - FL27 Révision des variants identifiés dans le cadre du diagnostic moléculaire dans les cardiomyopathies hypertrophiques : Conséquences dans la prise en charge familiale.
FL27 Révision des variants identifiés dans le cadre du diagnostic moléculaire dans les cardiomyopathies hypertrophiques : Conséquences dans la prise en charge familiale.

Introduction

Les cardiomyoapthies hypertrophiques sont des maladies de transmission majoritairement autosomique dominante. Le premier gène MYH7 impliqué dans cette maladie a été mis en évidence en 1989, depuis le spectre moléculaire s’est étendu à une vingtaine de gènes dont 5 gènes représentent 90% des patients mutés. Lorsqu’un variant causal est identifié chez un cas index, un génotypage est proposé aux apparentés et un suivi cardiologique est alors réalisé chez les porteurs du variant.

Avant l’utilisation du séquençage haut débit seuls les 5 gènes majeurs étaient séquencés. Dans les cardiomyopathies (CM), la fréquence allèlique des variants potentiellement causaux doit être < 0.01% (Walsh, 2017). L’accès aux bases de données de  populations  (GnomAD) nous a amené à reclassifier des variants considérés préalablement pathogènes. Le but de ce travail a été d’évaluer l’intérêt du re-séquençage d'un panel de gènes de CM chez des patients porteurs de variants dont la pathogénicité est remise en cause.

Patients et méthodes

142 familles porteuses d’un des 17 variants initialement interprétés pathogènes ont été sélectionnées. Pour 46 d’entre elles, du diagnostic pré-symtpmatique (DPS) avait été réalisé et elles ont donc bénéficié du séquençage d’un panel de 51 gènes de cardiomyopathies. Les variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été retenus pour l’analyse. Les apparentés ont été testés en séquençage Sanger pour ces variants.

Résultats

Une autre cause moléculaire certaine/probable a été retrouvée dans 15 familles (32%). Les nouveaux variants ont été identifié dans 12 gènes non testés au moment du 1er diagnostic. Parmi les patients porteurs de variants récurrents, aucun variants commun n’a été identifié. Ces résultats sont cohérents avec l’hétérogénité génétique et allélique de la maladie. Aucun variant causal n’a été retrouvé chez 31 de ces cas index.

Concernant les apparentés (43 individus), parmi 22 DPS négatifs réalisés, 14 ne sont porteurs d’aucun nouveau variant et le suivi cardiaque n’est pas modifié.  Huit sont porteurs du nouveau variant et une reprise du suivi cardiaque leur est proposée. Pour les 21 patients positifs pour le premier variant incluant 18 DPS, 13 sont porteurs du nouveau variant causal et le suivi cardiologique n’a pas été modifié. Huit DPS sont indemnes du nouveau variant et leur suivi cardiaque a été levé.

Dans les familles dans lesquelles aucun nouveau variant n’a été identifié, un suivi cardiologique a été proposé aux apparentés de premier degré comme dans toute famille non génotypée.

Conclusion :

La réanalyse des cas index porteurs de variants remis en cause par séquençage haut débit a permis d’identifier une nouvelle cause moléculaire dans 1/3 des cas. La prise en charge cardiologique de ces patients et leurs apparentés a été adaptée selon ces nouveaux résultats. Ce travail montre l’intéret de la révision moléculaire dans le cadre des cardiomyopathies afin d’adapter la prise en charge des patients et de leur famille.

 

Flavie ADER (PARIS), Adrien BORGEL, Alexandre MOERMAN, Patricia REANT, Caroline ROORYCK-THAMBO, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
16:20 - 16:28 #20205 - FL28 Spectre génétique de la dyskinésie ciliaire primitive en Tunisie et identification d'un allèle majeur Méditerranéen.
FL28 Spectre génétique de la dyskinésie ciliaire primitive en Tunisie et identification d'un allèle majeur Méditerranéen.

La dyskinésie ciliaire primitive (DCP) est une ciliopathie héréditaire rare (1/20 000 à 1/2 000 naissances selon les populations) et génétiquement hétérogène (plus de 40 gènes impliqués). Cette maladie est due à un défaut de mobilité des cils mobiles (cils de l’épithélium respiratoire, du tractus génital féminin, cil nodal) et du flagelle des spermatozoïdes. Ce défaut entraine une altération de la clairance mucociliaire (infections chroniques des voies respiratoires hautes et basses), un défaut de latéralisation des organes (situs inversus) chez 50% des patients et fréquemment une hypofertilité masculine (asthénospermie) et féminine (défaut de mobilité des cils tubaires).

Le spectre mutationnel actuel de la DCP a principalement été étudié chez des patients d’origine européenne; il existe notamment peu de données concernantles patients Nord-Africains. L’objectif del’étuded’une cohorte de patients tunisiensétait double: i), confirmer par la génétique moléculaire le diagnostic suspecté cliniquement (score PICADAR) et ii) explorer le spectre génétique de la DCP danscette population.

Quarante patients (34 familles) avec forte suspicion clinique de DCP ont été recrutés au sein de 8départements de pédiatrie tunisiens. Pour chaque cas index, les 42 gènes de DCP ont été séquencés par un panel ciblé.

L’étude des 42 gènes a identifié des mutations bi-alléliques dans 82% (28/34) des familles. Les mutations ont été mises en évidence dans huit gènes connus: CCDC39 (44%), DNAH5 (12%), HYDIN (9%), TTC25 (6%), DRC1 (3%), DNAI1 (3%), CCDC151 (3%) et RSPH9 (3%).Le spectre des gènes impliqués chez les patients tunisiens étudiés est très différent de celui décrit dans la littérature. En effet, les 5 gènes décrits comme les plus fréquemment impliqués – au sein de populations majoritairement d’origine européenne – sont: DNAH5 (19%), DNAH11 (9%), CCDC40 (8,5%), CCDC39 (7%) et DNAI1 (6,5%).

Près d’un quart (23,5%) des patients tunisiens indépendants portaient la mutation c.2190del de CCDC39. La cartographie par puce SNP du locus CCDC39 chez 6 patients Nord-Africains (deux Tunisiens, deux Algériens et deux Marocains) non apparentés et porteurs de c.2190del  a révélé un fragment chromosomique ancestral commun (1,9 à 3,7 Mb) confirmant l’effet fondateur. En utilisant la méthode du déséquilibre de liaison «Gamma», nous avons estimé que l’ancêtre commun le plus récent porteur de c.2190del a vécu au moins 1400 à 1750 ans plus tôt.

L'identification de cet allèle majeur nous permet deproposer une stratégie de diagnostic génétique pour les patients Nord-Africainsprésentant des signes cliniques très évocateurs de DCP. Une première étape decriblage de la mutation fondatrice c.2190del par PCR-RFLP (abolition d’un site de restriction MboII) permettrait de confirmer le diagnostic chez un quart des patients. Dans un second temps, l’exploration des 42 gènes de DCP par une approche NGS pourrait élucider jusqu’à 80% des cas avec forte suspicion clinique.

Rahma MANI, Sabrina BELKACEM, Zohra SOUA, Sandra CHANTOT, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Bruno COPIN, Jihen BOUGUILA, Nicolas RIVE LE GOUARD, Lamia BOUGHAMOURA, Salma BEN AMEUR, Mongia HACHICHA, Raoudha BOUSSOFFARA, Khadija BOUSSETTA, Samia HAMOUDA, Abir BEDOUI, Habib BESBES, Seif MEDDEB, Karima CHRAEIT, Monia KHLIFA, Estelle ESCUDIER, Serge AMSELEM, Imed MABROUK, Marie LEGENDRE (Paris)
Salle 1
16:30 PAUSE & VISITE DES STANDS - SESSION POSTERS FLASH

Jeudi 23 janvier

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B34
16:30 - 18:00

ASSEMBLEE GENERALE DU COLLEGE

Auditorium Ronsard
16:35

Jeudi 23 janvier

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BRK5S1
16:35 - 17:55

SESSION PRESENTATION FLASH POSTERS - ECRAN 1

Modérateurs : Anne-Sophie LEBRE (PU-PH) (Reims), Julien THEVENON (PHU) (Grenoble)
16:35 - 16:40 #19675 - EF01 Le partage des données, une étape cruciale dans l’identification de nouveaux gènes impliqués dans les déficiences intellectuelles et/ou anomalies du développement : Retour d’expérience après 5 ans d’utilisation de Genematcher.
EF01 Le partage des données, une étape cruciale dans l’identification de nouveaux gènes impliqués dans les déficiences intellectuelles et/ou anomalies du développement : Retour d’expérience après 5 ans d’utilisation de Genematcher.

Les nouvelles technologies de séquençage haut-débit (SHD) ont largement prouvé leur efficacité pour identifier les bases moléculaires des pathologies avec une grande hétérogénéité clinique et génétique. Cependant, de nombreux résultats demeurent non-concluants car les corrélations génotype-phénotype sont limitées par le caractère ultra-rare des maladies dont les causes demeurent à ce jour encore non élucidées limitant ainsi les chances de récurrence. La mise en place d’un réseau de partage de données international a permis d’augmenter les chances d’identifier d’autres patients avec un phénotype similaire et de caractériser de nouveaux syndromes rares d’origine génétique.

Nous rapportons ici notre expérience dans le partage de données à l’aide du réseau international GeneMatcher. Au cours de ces 5 dernières années, nous avons partagé 224 gènes incluant 215 gènes candidats et 9 gènes précédemment associés à une pathologie humaine.

Dans 80% des cas (179/224 gènes), un match a lieu et les échanges et les corrélations génotype/phénotype qui en ont découlé ont clairement permis de confirmer la pathogénicité du gène candidat dans 91/179 cas (50%). Plus de la moitié d’entre eux sont des variations de novo (73.6%) et/ou des variations à l’origine de l’apparition d’un codon stop prématuré (52.7%), témoignant une plus grande facilité à impliquer des variations sporadiques et pertes de fonction dans les pathologies humaines. La récurrence limitée des autres gènes candidats n’a actuellement pas encore permis de conclure sur leur causalité. 45/224 soumissions n’ont à ce jour pas encore fait l’objet d’un match ; ceci peut s’expliquer par la rareté de l’implication du gène dans une pathologie déjà elle-même rare. Récemment, le partage de gènes morbides connus montre également un intérêt afin de mieux caractériser des pathologies peu décrites, d’élargir le spectre clinique précédemment décrit, voire de mettre en évidence de nouveaux phénotypes/pathologies associés à un même gène. Depuis 2015, le nombre croissant d’utilisateurs de Genematcher et de soumissions a permis d’augmenter significativement le nombre de match et les chances de matcher, ainsi que la rapidité des échanges entre deux équipes et de la mise en place des collaborations internationales qui seront ensuite valorisés par des publications scientifiques.

En conclusion, Genematcher apparait comme un outil rapide et essentiel à l’interprétation des variations de signification inconnues identifiées par SHD dans des gènes candidats ou morbides. Le partage de données constitue désormais une étape incontournable dans le processus d’identification de nouveaux gènes dans les anomalies du développement et/ou déficiences intellectuelle.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Antonio VITTOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Sophie NAMBOT, Virginie QUÉRÉ, Julien THEVENON, Patrick CALLIER, Sébastien MOUTTON, Arthur SORLIN, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
16:40 - 16:45 #19790 - EF02 Optimisation de l’analyse de séquençage d’exome chez les patients avec déficience intellectuelle et anomalies du développement: du trio au pool parental.
EF02 Optimisation de l’analyse de séquençage d’exome chez les patients avec déficience intellectuelle et anomalies du développement: du trio au pool parental.

Les anomalies du développement et la déficience intellectuelle (AD/DI) présentent une large hétérogénéité clinique et génétique. Elles atteignent environ 3% de la population et sont majoritairement d’origine génétique. Le séquençage de nouvelle génération – en particulier le séquençage d’exome (ES) – est devenu une stratégie de premier plan pour identifier les causes moléculaires de ces maladies. L’ES approche un taux diagnostique moyen d’environ 30% en solo (sES) et d’environ 40% en trio (tES) après ACPA normale. Cependant, le tES représente un surcoût important pour un laboratoire souhaitant déployer l’ES en routine diagnostique. Nous avons ainsi évalué de nouvelles approches afin d’optimiser l’ES.

Au cours des 7 dernières années, nous avons réalisé un sES chez 1592 patients atteints d’AD/DI avec un taux diagnostique de 33%. Afin d’améliorer ce taux, nous avons testé l’intérêt de réaliser un tES en seconde intention (avec séquençage des parents sans reséquençage du cas index) chez 70 patients avec sES négatifs. Cette stratégie a posé un diagnostic positif chez 18/70 patients (26%), impliquant 18 gènes (9 gènes OMIM-morbides et 9 gènes candidats dont certains récemment impliqués en pathologie humaine), et identifié des variations de signification inconnue (VSI) dans 11 gènes chez 10/70 patients (14%).

Fort de ce gain conséquent, nous avons alors testé une stratégie de séquençage avec pools parentaux pour diminuer les coûts de séquençage et permettre ainsi une implémentation en première intention du séquençage parental. En preuve de principe, les ADN de 6 couples de patients présentant différentes variations pathogènes connues ont été regroupés en 2 pools : 1 pool maternel et 1 pool paternel. La profondeur moyenne de séquençage était de 103X et 100X pour les pools paternels et maternels. La représentation allélique théorique d’une variation dans le pool était de 8.3% (1/12).

Nous avons appliqué cette stratégie rétrospectivement (57 patients avec sES négatifs) et prospectivement (122 patients). En rétrospectif, cette stratégie a conduit à un taux de diagnostics supplémentaires de 21% - proche de la stratégie d’ES trio avec séquençage parental secondaire - et d’identification de VSI de 28%. En prospectif, le taux de diagnostics positifs était de 33%, avec un taux de VSI de 16%. Nous avons par ailleurs confirmé l’implication de 6 nouveaux gènes en pathologie humaine chez 7/179 patients (4%).

En conclusion, chez les patients avec AD/DI, l’ES en trio de seconde intention présente un intérêt indéniable en diagnostic et en recherche translationnelle (analyse de gènes non OMIM), grâce à la ségrégation parentale rapide des variations génétiques. Une stratégie d’ES avec pools parentaux représente une alternative économique intéressante puisqu’elle combine une amélioration du taux diagnostique par rapport à l’ES solo, une diminution des coûts de séquençage parental par rapport à l’exome trio et une extension plus facile en recherche translationnelle.

Frédéric TRAN MAU-THEM (DIJON), Sebastien MOUTTON, Caroline RACINE, Antonio VITOBELLO, Ange-Line BRUEL, Sophie NAMBOT, Daphne LEHALLE, Nolwenn JEAN, François LECOQUIERRE, Julian DELANNE, Julien THEVENON, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Marjolaine WILLEMS, Christine COUBES, David GENEVIEVE, Nada HOUCINAT, Alice MASUREL, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Emilie TISSERAND, Patrick CALLIER, Arthur SORLIN, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN
16:45 - 16:50 #19863 - EF03 Utilisation de la technologie de séquençage de troisième génération pour la reconstruction des séquences nucléotidiques issues d’un chromothripsis.
EF03 Utilisation de la technologie de séquençage de troisième génération pour la reconstruction des séquences nucléotidiques issues d’un chromothripsis.

Le chromothripsis est un remaniement chromosomique massif caractérisé par un processus de ré-assemblage brutal et aléatoire. Ce remaniement a pour conséquence la production de plusieurs chromosomes dérivés. Ces nouveaux chromosomes sont constitués de plusieurs blocs issus des chromosomes natifs. Ces remaniements  peuvent être associés à des maladies génétiques rares et restent souvent mal caractérisés. L’apport du séquençage à haut-débit de seconde génération n’est pas suffisant pour résoudre cette problématique: la faible taille des lectures et les besoins d’amplification de la méthode sont des biais qui ne permettent que rarement l’analyse moléculaire de cas de chromothripsis. Ainsi, les technologies de séquençage de troisième génération sont des outils prometteurs pour résoudre ce genre de “casse-tête moléculaire”, qui consistera ici en la reconstitution des blocs consécutifs aux chromothripsis. 

Nous avons séquencé 2 patients atteints de déficience intellectuelle à l’aide de lectures courtes (SR) d’une profondeur moyenne de 30X et par lectures longues (LR) sur un instrument de type Sequel (Pacific Bioscience) à une profondeur moyenne de 20X, afin de reconstruire les séquences ayant subi un remaniement suite au chromothripsis. Nous avons choisi d’utiliser 3 assembleurs (Falcon, Canu et Wtdbg2) afin de reconstruire les chromosomes dérivés issus des chromothripsis. Lors de ces analyses, nous avons également testé différentes méthodes pour améliorer la qualité des données, telles que la correction des LR par les SR.

Nous avons ainsi réussi à isoler 54 blocs consécutifs aux chromothripsis pour le premier patient et 39 pour le second. Les points de cassure les plus prometteurs seront validés par PCR, séquençage Sanger et/ou FISH. Les méthodes permettant d’améliorer les données par correction des LR apportent une réelle amélioration dans la reconstruction du chromothripsis et dans la détection des remaniements génomiques. Les points de cassure détectés présentent une précision plus importante lors de l’utilisation de cette méthode, cette différence de précision est obtenue grâce à un pourcentage d’identité moyen supérieur à 99 % après correction contre 85 % au départ.

Simon VERDEZ (Dijon), Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Alexandre PLAGOS, Frédéric THRAN MAU-THEM, Christophe PHILLIPE, Christelle THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Patrick CALLIER, Damien SANLAVILLE, Antonio VITOBELLO
16:55 - 17:00 #19837 - EF05 SANS DIAG : étude sur le parcours médico-social des patients atteints ou suspectés d’une maladie rare avec anomalie du développement.
EF05 SANS DIAG : étude sur le parcours médico-social des patients atteints ou suspectés d’une maladie rare avec anomalie du développement.

Les maladies rares sont des pathologies invalidantes qui nécessitent une prise en charge spécialisée et des soins réguliers et coûteux (DGOS 2016). Un enjeu majeur pour le patient, parallèlement à l’accès au diagnostic, est donc la reconnaissance sociale des incapacités liées à sa pathologie. Le droit à la compensation du handicap (Loi handicap 2005) doit permettre au patient de demander la prise en charge par la collectivité de ses frais de soins, d’accompagnement à la scolarité, etc.

Parcours médical et social du patient sont liés dès lors que le diagnostic est la « clé d’accès » (Eurordis, 2016) à la prise en charge médicale et sociale. Dans ce contexte,  les patients « sans diagnostic » pourraient constituer une population singulière puisque leur entrée dans la prise en charge tant médicale que sociale pourrait être retardée (Eurordis 2016).

L’équipe d’économie de la santé du Laboratoire d’Economie de Dijon et la filière AnDDI-Rares mènent une étude sur le parcours médico-social des familles d’enfants (<10ans) atteints d’une maladie rare du développement afin de connaître les spécificités du parcours des patients « sans diagnostic », leurs besoins et difficultés, particulièrement dans l'accès à la reconnaissance du handicap.

Cette étude vise à répondre à trois types d’interrogations :

-          Sur les parcours médico-sociaux : sont-ils homogènes ? S’ils varient, peut-on distinguer des parcours-types ? Peut-on mettre en évidence des facteurs explicatifs (modalités de prise en charge, maladie, caractéristiques de la famille) ? Peut-on relier parcours médical et social ? Le premier influence-t-il l’accès à la reconnaissance du handicap ?

-          Sur les besoins des familles : identifier les besoins ressentis, exprimés et satisfaits ou non et les difficultés dans les parcours.

-          Sur la possibilité que certaines familles ne recourent pas à la reconnaissance du handicap : identifier, quantifier et caractériser les situations de non recours.

 

L’étude repose sur une enquête par questionnaire en ligne réalisé en conformité avec la MR-004 (CNIL). Les étapes et le calendrier sont : revue bibliographique et construction de l’étude (11/18 – 08/19) ; Diffusion du questionnaire (10/19 à 02/20) ; Analyse et traitement des données (12/19 à 12/20) ; Rapport final (10/19 à 12/20) ; Diffusion de l’étude (communications orales, écrites, publication) (09/19 à 12/21).

Les premiers résultats permettront de caractériser le parcours des patients atteints ou suspectés d’une maladie et de confirmer la pertinence d’analyser au-delà d’une enquête exploratoire les trois champs d’interrogation ci-dessus formulés.

DGOS. 2016. « Plan France médecine génomique 2025 ».

Eurordis. 2009. « The voice of 12,000 patients. Experiences and expectations of rare disease patients on diagnosis and care in Europe ».

———. 2016. « Recommandations conjointes internationales pour répondre aux besoins particuliers des patients atteints de maladies rares non diagnostiquées ».

Laure WALLUT, Christine PEYRON, Gwendoline GIOT, Laëtitia DOMENIGHETTI, Magali PADRE, Sylvie ODENT, Laurence FAIVRE (DIJON), Aurore PÉLISSIER
17:00 - 17:05 #20013 - EF06 Données secondaires et enjeux psychologiques chez les parents d’enfants atteints d’anomalies du développement. Point d’étape de l’étude FIND.
EF06 Données secondaires et enjeux psychologiques chez les parents d’enfants atteints d’anomalies du développement. Point d’étape de l’étude FIND.

Introduction : L’étude FIND vise à analyser les bénéfices médicaux, les enjeux économiques et les effets psychologiques de la recherche et de l’annonce de données secondaires (DS) obtenues par séquençage à haut débit d’exome (SHD-E) chez des patients atteints d’anomalies du développement (AD). Méthode et matériel : Il a été proposé à des parents de patients atteints d’AD qui bénéficiaient pour la première fois d’un SHD-E en contexte diagnostique de rechercher trois groupes de données secondaires. Groupe 1 : 122 gènes causant des maladies à révélation plus ou moins tardive, accessible à une prévention ou à un traitement principalement en oncologie et cardiologie. Groupe 2 : 114 gènes concernant le statut de porteur hétérozygote de maladies récessives fréquentes ou liés à l’X impactant le conseil génétique familial. Groupe 3 : 3 gènes avec des variants pharmacogénomiques connus pouvant conduire à des adaptations médicamenteuses. Des entretiens individuels semi-structurés ont été réalisés auprès de 23 parents de patients avec des DS (dans chacun des 3 groupes) juste après la consultation d’annonce de résultats et à distance de celle-ci. Résultats et discussion : 80% des parents ont accepté la recherche des DS chez leur enfant avec 6% de refus pour au moins 1 groupe. Les résultats préliminaires de 31 entretiens (sur 90 prévus) montrent que dans un contexte d’errance diagnostique les parents sont demandeurs d’informations exhaustives, et qu’ils ne regrettent pas d’avoir accepté la recherche de DS. Pour autant, l’accumulation de résultats (diagnostic primaire + DS, ou plusieurs DS) entraîne un excès d’informations difficile à traiter dans le temps de la consultation de résultat. Le caractère particulièrement anxiogène des DS du groupe 1 s’est surtout exprimé par l’expression du soulagement des parents des enfants non concernés par ce type de résultats. Toutes DS confondues, les émotions et notamment l’anxiété parentale se sont exprimées de manière explicite ou implicite car contrôlée par des mécanismes de défense tels que la banalisation, la rationalisation et la dénégation. Ces réactions dépendent beaucoup du contexte : connaissance familiale et représentations de la pathologie concernée ; projet d’enfant ou grossesse en cours ; traitements médicamenteux en cours. Les mesures de prévention et l’anticipation du suivi médical en cas de DS positive sont aussi clairement apparues comme des éléments contenants de l’anxiété parentale. Elles redonnent du pouvoir d’action et le sentiment d’être utile à des parents qui se sentent souvent impuissants dans un contexte de déficience intellectuelle chez leur enfant. Conclusion : La recherche de DS n’est pas sans effet, comme le met en évidence le registre émotionnel utilisé par de nombreux parents. Pallier l'incertitude, avoir des réponses, atténuer les angoisses, rester dans le combat, sont au cœur des expériences et attentes singulières exprimées au cours des entretiens.

Françoise HOUDAYER, Françoise HOUDAYER, Aline CHASSAGNE, Stéphanie STARACI, Amandine CADENES, Gaetan LESCA, Audrey PUTOUX, Linda PONS, Sophie DUPUIS-GIROD, Marianne TILL, Carine ABEL, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Audrey LABALME, Nicolas CHATRON, Alice POISSON, Aurore PELLISSIER, Dominique SALVI, Anne FAUDET, Myrtille SPENTCHIAN, Boris KEREN, Meriem YOUSFI, Julien BURATTI, Cédric MIGNOT, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Perrine CHARLES, Solveig HEIDE, Linda MOUTHON, Elodie GAUTIER, Amandine BAUDRAND, Caroline SAWKA, Geoffrey BERTOLONE, Christel THAUVIN-ROBINET, Antonio VITOBELLO, Anne-Sophie DENOMME PICHON, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU THEM, Sébastien MOUTTON, Arthur SORLIN, Sophie NAMBOT, Christine BINQUET, Christine PEYRON, Delphine HERON, Damien SANLAVILLE, Laurence FAIVRE (DIJON)
17:05 - 17:10 #20018 - EF07 Une énigme dans la fratrie.
EF07 Une énigme dans la fratrie.

Quand un enfant d’une fratrie est touché par la maladie et le handicap, qu’il soit sensoriel, neurologique ou psychique, le psychisme de chaque membre de la fratrie s’en trouve affecté, et modifié. En effet, ceux considérés comme sans problème, assistent et soutiennent des parents qui affrontent de térébrantes questions : celles du diagnostic, du traitement possible, de l’espérance de vie, de la prise en charge à long terme d’un frère ou d’une soeur atteint d'une maladie génétique grave. Puis ces frères et soeurs là devront plus tard faire face à ces inquiétudes, pour eux-mêmes, et éventuellement pour leur propre descendance. 

Les travaux concernant la fratrie dans notre champ d’études sont d’un intérêt relativement récent. Or on sait depuis longtemps l'acuité de la question fraternelle dans la construction psychique d’un sujet, ce que les notions de complexe familial et de complexe fraternel éclairent d’un jour particulier.

À partir de quelques éléments théoriques et d’exemples cliniques, nous proposons de présenter les principaux points d’impacts que constitue la présence- souvent énigmatique- d’un enfant malade au sein d’une fratrie. Au risque de geler la dynamique psychique de la famille, et d’y confondre destinée(s) individuelle(s) et destin familial, ce sujet parait fondamental dans la clinique qui est la nôtre.

Les mots de la philosophe Elizabeth de Fontenay dans son dernier essai « Autobiographie de mon frère » (2018) illustreront notre conclusion. 

Béatrice CHILDS (PARIS)
17:10 - 17:15 #20214 - EF08 Profil intellectuel d’adultes atteints d’un syndrome de Silver-Russell dû à un défaut de méthylation du locus IGF2/H19 dans la région 11p15.
EF08 Profil intellectuel d’adultes atteints d’un syndrome de Silver-Russell dû à un défaut de méthylation du locus IGF2/H19 dans la région 11p15.

Le syndrome de Silver-Russell (SSR, OMIM#180860, ORPHA#813) est un syndrome génétique rare qui associe un retard de croissance intra-utérin et post-natal sévère, un périmètre crânien relativement préservé à la naissance, une asymétrie corporelle, un front proéminent et des difficultés d’alimentation pendant l’enfance. Les deux principales causes génétiques identifiées à ce jour sont une disomie uniparentale maternelle du chromosome 7 dans 5-10% des cas, et un défaut de méthylation au locus IGF2/H19 dans la région 11p15 dans 40-60% des cas. Les individus atteints du SSR présentent des signes cliniques variables, notamment en fonction de la cause génétique sous-jacente. Jusqu’à présent, peu d’études se sont focalisées sur le profil intellectuel et cognitif des individus atteints du SSR. Pourtant, ce sont des préoccupations importantes pour les familles, associées à des questions sur l’inclusion scolaire/professionnelle, le développement social et l’autonomie. Les quelques études existantes ont porté principalement sur des cohortes pédiatriques et les patients inclus étaient diagnostiqués avec des critères non standardisés. À l’heure actuelle et à notre connaissance, il n’existe pas de recherches publiées concernant le fonctionnement intellectuel des adultes. Notre étude vise à établir le profil intellectuel, les forces et faiblesses, des adultes atteints d’un SSR par rapport à des données normatives. Six hommes et quatre femmes âgés de 18 à 39 ans ont complété l’échelle de Wechsler pour adultes (WAIS-IV). Tous les individus inclus présentaient une anomalie du locus IGF2/H19. Les mesures réalisées comprenaient le quotient intellectuel (QI) des patients et portaient sur quatre domaines cognitifs : la compréhension verbale, le raisonnement perceptif, la mémoire de travail, et la vitesse de traitement. Des statistiques descriptives et des corrélations linéaires ont été utilisées pour étudier les facteurs associés aux résultats du QI. Des informations cliniques et médicales telles que les rééducations passées et en cours, les difficultés quotidiennes perçues, ont également été collectées à partir d’entretiens et de questionnaires. Les résultats ont montré que le QI moyen se situait dans la moyenne (M = 95,40 ; DS = 18,55). Les patients avaient de meilleures performances en compréhension verbale par rapport aux autres domaines, constituant ainsi un véritable point fort dans leur profil cognitif. Les patients et/ou leurs familles ont rapporté des difficultés quotidiennes fréquentes : des difficultés d’apprentissage et une faible estime de soi étaient perçues chez 60% des adultes. Cette première étude documente le fonctionnement intellectuel des adultes ayant un SSR dû à une anomalie du locus IGF2/H19. Elle montre qu’une prise en charge précoce et multidisciplinaire de l’enfance à l’âge adulte semble importante dans ce syndrome pour traiter les problèmes médicaux, cognitifs et psychosociaux potentiels.

Mélissa BURGEVIN (Rennes), Agnes LACROIX, Genavee BROWN, Myriam MIKATY, Virginie COUTINHO, Annick TOUTAIN, Marie VINCENT, Dominique MARTIN-COIGNARD, Florence PETIT, Régis COUTANT, Christel THAUVIN-ROBINET, Bruno DONADILLE, Irène NETCHINE, Sylvie ODENT
17:15 - 17:20 #20247 - EF09 Information sur le risque génétique de la Maladie de Huntington au sein des familles: les changements entre 2000 et 2019.
EF09 Information sur le risque génétique de la Maladie de Huntington au sein des familles: les changements entre 2000 et 2019.

Objectif : Étudier comment circule l’information génétique dans les familles concernées par la Maladie de Huntington (MH) et leurs attitudes sur la réalisation d’un test présymptomatique avant et après l’âge de 18 ans. Nous avons comparé une étude réalisée sur ce sujet par notre équipe en 2000 avec une réalisée en 2019 pour savoir ce qui avait changé pour les personnes concernées et leurs familles pendant deux décades en ce qui concerne l’information du risque et le test présymptomatique.

Méthode : Un questionnaire était distribué en 2000, en format papier par l’association Huntington France, et en 2019, sur le site internet de l’association et en consultation de génétique du Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière sur tablette. Les questions concernaient les attitudes quant aux motivations pour informer les enfants du risque génétique et la réalisation du test présymptomatique avant et après l’âge de 18 ans. 

Population :  La population était constituée des personnes concernées par la MH, incluant des personnes à risque, des porteurs asymptomatiques ou non porteurs de l’expansion CAG pathologique, des personnes atteintes de MH et les conjoints des personnes concernées.

Résultats : Alors qu’en 2000, les répondants (n=148) souhaitaient majoritairement que les cliniciens informent les enfants (2000 : 71/148 (50%) vs 2019 : 93/293 (35%)), en 2019 ils (n=293) souhaitaient majoritairement que les parents informent les enfants (155/ 293 (58%) vs 67/148 (47%), p <0,01). En 2000, 57% des personnes interrogées ne conseillaient pas à leurs enfants de faire le test présymptomatique après 18 ans alors qu’en 2019 seuls 27% ne le conseillent pas (p<0,01).  Le nombre de personnes ne conseillant pas le test présymptomatique avant 18 ans est lui aussi en baisse : en 2000, 61% ne sont pas pour la réalisation d’un test présymptomatique avant 18 ans, alors qu’en 2019 38% sont contre la réalisation avant 18 ans (p<0,01). Néanmoins, l’information à la parentèle reste un sujet tabou : moins de la moitié des participants ont été informés par leurs parents de l’existence de la maladie dans la famille tant en 2000 (30%) qu’en 2019 (45%, p< 0.06). Encore 41% des participants pensent que ce n’est pas aux parents d’informer de l’existence de la maladie familiale. De plus, l’incertitude sur le bienfondé du test présymptomatique avant 18 ans est une réalité incontestable avec 40% en 2019 « je ne sais pas » vs 25% en 2000 (p<0,01).

Conclusion : En 20 ans, bien que les mentalités changent et que davantage de personnes souhaitent que ce soit les parents qui informent les enfants, l’information à la parentèle reste un tabou. La difficulté à informer ses enfants du risque génétique persiste malgré le souhait des personnes concernées d’être informées par leurs ascendants. Le bienfondé du test présymptomatique chez les mineurs suscite des doutes et de l’incertitude.

Juliette HENNESSY, Juliette HENNESSY (PARIS), Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Giulia COARELLI, Anna HEINZMANN, Ariane HERSON, Christilla BOUCHER, Sabrina SAYAH, Stepahnie STARACI, Elodie PETIT, Marcela GARGIULO, Alexandra DURR
17:20 - 17:25 #19674 - EF10 Optimisation du rendement diagnostique du séquençage d’exome chez les fœtus avec anomalies congénitales multiples, par une priorisation des variations génétiques basée uniquement sur les scores bio-informatiques.
EF10 Optimisation du rendement diagnostique du séquençage d’exome chez les fœtus avec anomalies congénitales multiples, par une priorisation des variations génétiques basée uniquement sur les scores bio-informatiques.

Au cours des 30 dernières années, les technologies d’échographie obstétricale ont nettement amélioré la détection anténatale des syndromes malformatifs. Leur diagnostic étiologique est un élément clé pour préciser le pronostic fœtal, l’issue de la grossesse et le conseil génétique. En France, le diagnostic génétique étiologique prénatal repose actuellement sur le caryotype, l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) et le séquençage de gènes ciblés. Un grand nombre de fœtus polymalformés restent sans diagnostic, aboutissant souvent à une interruption de grossesse devant le risque élevé de gravité pronostique. Le séquençage d’exome (ES) bouleverse actuellement la génétique médicale, avec un taux diagnostique postnatal en solo d’environ 30% dans les anomalies du développement. Peu d’études ont été réalisées chez des cohortes de fœtus polymalformés, celles-ci  montrent un rendement diagnostique de l’ES solo plus faible (~20%) notamment à cause de la faible connaissance de la corrélation génotype-phénotype à l’état fœtal. Dans ce contexte, le développement de nouvelles stratégies dédiées à la d’identification de variations causales indépendamment des signes cliniques parait indispensable. 

Nous avons réalisé un ES solo chez 95 fœtus polymalformés sans diagnostic évident et ACPA normale. Deux stratégies diagnostiques d’interprétation des données (gènes morbides OMIM) ont été déployées séquentiellement. D’une part, une stratégie « genotype-first » basée sur des scores bio-informatiques et les bases de données d’annotation indépendamment du phénotype fœtal. Sont retenues: (a) les variations annotées (probablement) pathogènes dans la base ClinVAR, compatibles avec le mode de transmission rapporté, (b) les variations à l’origine d’un codon stop prématuré dans les gènes intolérants à la perte-de-fonction, (c) les variations récessives prédites délétères dans les pathologies de transmission récessive. La causalité des variations est confirmée par une analyse de ségrégation par séquençage Sanger et phénotypage inverse. D’autre part, une stratégie classique, basée sur l’interprétation des variations faux-sens non répertoriés dans ClinVar identifiable d’emblée par une corrélation génotype-phénotype. Dans un second temps, nous avons étendu l’analyse aux gènes non morbides. Ainsi, un diagnostic positif a été posé chez 22/95 fœtus (23.1%) dont 3/22 gènes n’ont pas été identifiés par la stratégie classique et 3/22 autres gènes ne l’ont pas été par la stratégie « genotype-first ». Par ailleurs, 11 gènes candidats ont été identifiés (11.5%).

La combinaison séquentielle d’une stratégie « genotype-first » suivie par une stratégie classique basée d’emblée sur les corrélations phénotypes-génotypes permet d’identifier plus rapidement la cause génétique dans les cohortes fœtales et d’identifier des ultérieurs nouveaux gènes candidats pouvant, en principe, combler l’écart entre le taux diagnostic pré- et postnatal.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Mathilde LEFEBVRE, Emilie TISSERANT, Nicolas BOURGON, Yannis DUFFOURD, Mirna ASSOUM, Paul KUENTZ, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH-DJEBBAR, Maria-Cristina ANTAL, Valérie KREMER, Françoise GIRARD-LEMAIRE, Jean-Louis MANDEL, Daphné LEHALLE, Sophie NAMBOT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS, Nada HOUCINAT, Sébastien MOUTTON, Nathalie MARLE, Laetitia LAMBERT, Philippe JONVEAUX, Bernard FOLIGUET, Jean-Pierre MAZUTTI, Dominique GAILLARD, Elisabeth ALANIO, Céline POIRISIER, Anne-Sophie LEBRE, Marion AUBERT-LENOIR, Francine ARBEZ-GINDRE, Sylvie ODENT, Chloe QUELIN, Philippe LOGET, Mélanie FRADIN, Marjolaine WILLEMS, Nicole BIGI, Marie-Josée PEREZ, Sophie BLESSON, Christine FRANCANNET, Anne-Marie BEAUFRÈRE, Sophie PATRIER, Anne-Marie GUERROT, Alice GOLDENBERG, Nicole LAURENT, Christophe PHILIPPE, Frédéric TRAN MAU-THEM, Julien THEVENON, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Antonio VITTOBELLO
17:25 - 17:30 #19803 - EF11 Séquençage haut-débit d'une série de 80 fœtus avec malformation cardiaque complexe et/ou hétérotaxie.
EF11 Séquençage haut-débit d'une série de 80 fœtus avec malformation cardiaque complexe et/ou hétérotaxie.

Introduction : Environ 10 % des cas de malformation cardiaque congénitale ont une cause dépistée par la cytogénétique classique. L’ACPA est capable d’identifier environ 10 % supplémentaire d’anomalie chromosomique. Nous voulions découvrir quel pourcentage de variants nucléotidiques simples pouvait être identifié comme causal dans une série de fœtus avec malformation cardiaque et/ou hétérotaxie.

Méthodes : L’ADN de 80 fœtus diagnostiqués avec une malformation cardiaque sévère et/ou une hétérotaxie et sans anomalie cytogénétique causale ont été séquencés sur un panel de 489 gènes impliqués dans les maladies cardiovasculaires.

Résultats : il y avait 48 fœtus de sexe masculin et 32 de sexe féminin, avec une histoire familiale dans 52 cas (65%) et pas de consanguinité parentale dans 76 cas (95%). Tous les fœtus avaient une malformation cardiaque sévère sauf un qui avait une hétérotaxie et des anomalies de développement de la ligne médiane. Cinquante deux cas (64%) avaient une hétérotaxie en plus des malformations cardiaques. Vingt huit cas (34%) avaient des anomalies extra-cardiaques et extra-hétérotaxie.

Une mutation causale a été identifiée dans 12/80 cas (15%) avec un pourcentage plus élevé dans le groupe avec hétérotaxie (10/52 cas, 19%) comparé au groupe sans hétérotaxie (2/28 cas, 7%) et dans 3 cas avec des anomalies extra-cardiaques et extra-hétérotaxie (3/28, 11%). Le mode d’hérédité était récessif pour 7 gènes et dominant avec expression variable pour 2 gènes. Etonnamment, une mutation homozygote a été trouvée dans 4 cas dont un seulement dont la consanguinité parentale était connue.

Conclusion : le séquençage haut-débit peut découvrir le variant nucléotidique causal dans environ 15 % des cas de malformation cardiaque et/ou hétérotaxie après avoir éliminé une cause cytogéntique. Le conseil génétique pour les grossesses futures des couples concernés a été très amélioré. A notre surprise, une relation parentale distante est impliquée dans environ 4 % des cas.

Patrice BOUVAGNET (FORT DE FRANCE, Martinique), Hui LIU, Anna-Gaëlle GIGUET, Thomas SIMONET, Emmanuellle SZENKER, Laetitia LAMBERT, Catherine VINCENT-DELORME, Sophie SCHEIDECKER, Mélanie FRADIN, Fanny MORICE-PICARD, Ciorna CIORNA-MONFERRATO, Estelle COLIN, Florence FELLMANN, Sophie BLESSON, Pierre-Simon JOUK, Christine FRANCANNET, Florence PETIT, Bruno REVERSADE
17:30 - 17:35 #20098 - EF12 Séquençage haut débit de génome en diagnostic prénatal : quels enjeux ?
EF12 Séquençage haut débit de génome en diagnostic prénatal : quels enjeux ?

Lors de la découverte échographique anténatale de malformations congénitales et/ou d’anomalies morphologiques mineures (5 à 10% des grossesses), le diagnostic étiologique représente un véritable défi médical. En effet, le pronostic s’avère variable selon les étiologies sous-jacentes, allant de fœtopathies acquises à des maladies génétiques rares. En France, le diagnostic étiologique prénatal repose sur l’imagerie ou des investigations biologiques: infectieuses, métaboliques, immunologiques ou génétiques. Plus de la moitié des fœtus porteurs d’anomalie(s) restent sans diagnostic étiologique.

Le séquençage haut débit pangénomique (exome/génome-SHD) bouleverse la génétique médicale, avec un taux diagnostique postnatal de plus de 40% pour les anomalies du développement. Dans le cadre du diagnostic prénatal (DPN), peu de pays se lancent dans le séquençage de génome (GS), en raison de la nécessité de délais courts pour rendre les résultats le plus tôt possible au cours de la grossesse, des difficultés d’interprétation des données génomiques en présence de données cliniques parcellaires, réduites aux données d’imagerie prénatales, et du risque d’identifier des variations de signification inconnue (VSI), indépendamment de la question posée. Pourtant, la confirmation d’un diagnostic génétique peut s’avérer d’une importance majeure pour affiner le pronostic et aider les couples à prendre des décisions par rapport à la grossesse en cours, à un projet parental ultérieur, à l’information familiale ou au parcours de soins de manière plus générale.

Proposer aux couples d’avoir accès au GS dans le cadre du DPN soulève cependant de nombreuses questions et de nouveaux enjeux cliniques, biologiques, éthiques et organisationnels :

- cliniques: pour quelles indications est-il licite de proposer le SHD pangénomique en DPN: devant la découverte de tout syndrome polymalformatif ? De toute malformation isolée ? Quel que soit le pronostic fœtal ? Lorsque le pronostic est incertain et qu’un diagnostic étiologique pourrait modifier l’issue de la grossesse ?

- biologiques : quels résultats rendre ? Faut-il rendre les VSI ? Les données incidentes ? Quelle faisabilité ?

- éthiques : quelles sont les attentes des patients ? Les craintes des professionnels ?

- organisationnels : jusqu’à quel terme maximal le SHD peut-il être proposé ? Comment aider les couples à gérer l’attente de nouveaux résultats et le délai supplémentaire lié à ces résultats par rapport à l’ACPA ? Faut-il leur proposer un accompagnement spécifique pendant cette attente supplémentaire (psychologue, conseiller en génétique) ? Quels écueils organisationnels ?

Notre travail a consisté à mener une étude pilote pour démontrer la faisabilité d’implémenter le SHD en diagnostic prénatal. Il sera nécessaire de la compléter par un projet d’étude de l’organisation des soins, afin d’appréhender les nouvelles coopérations nécessaires entre professionnels de santé et leur acceptabilité pour cette implémentation.

Christel THAUVIN (DIJON), Frédéric TRAN MAU-THEM, Thierry ROUSSEAU, Aline CHASSAGNE, Yannis DUFFOURD, Marie-Laure HUMBERT-ASENCIO, Elodie GAUTIER, Jeanne AMIEL, Dominique BONNEAU, Damien SANLAVILLE, Sabine SIGAUDI, Alain VERLOES, David GENEVIEVE, Caroline ROORYCK-THAMBO, Florence PETIT, Sylvie ODENT, Isidor BERTRAND, Nathalie MARLE, Boris KEREN, Patrick CALLIER, Christophe PHILIPPE, Catherine LEJEUNE, Christine BINQUET, Laurence FAIVRE
17:35 - 17:40 #20381 - EF13 Prévalence des anomalies chromosomiques non dépistées par le test ADNlc dans l’intervalle 1/51-1/250 du calcul du risque de la trisomie 21.
EF13 Prévalence des anomalies chromosomiques non dépistées par le test ADNlc dans l’intervalle 1/51-1/250 du calcul du risque de la trisomie 21.

Objectifs : Connaître la prévalence des anomalies chromosomiques non dépistées par le test ADNlc dans l’intervalle 1/51-1/250 du calcul du risque de la trisomie 21.

Méthodes : Cette étude est une analyse rétrospective d’une population de grossesses singletons ayant eu un dépistage combiné de la trisomie 21 dans lequel la clarté nucale (CN) a été mesurée par un échographiste évalué par le Collège Français d’Echographie Fœtale entre le 1er janvier 2016 et le 31 décembre 2016.  La base de données BioNuQual a permis d’identifier toutes les patientes dont le risque du dépistage combiné était compris entre 1/51 et 1/250. Parmi les 372162 patientes de la base, 9912 (2,7%) avaient un risque compris entre 1/51 et 1/250. Pour cet intervalle de risque, 2650 analyses du caryotype ont été réalisés. Parmi les anomalies non détectables par l’ADN libre circulant (ADNlc), nous n’avons retenu que celles qui nécessitent un conseil génétique.

Résultats Parmi les anomalies du caryotypes retrouvées, 30 (20%) étaient non dépistables par l’ADNlc et nécessitaient un conseil génétique, soit : 10 pathogènes, 11 dysgonosomies et 9 non pathogènes, principalement des translocations équilibrées. La valeur prédictive positive (VPP) du dépistage combiné au seuil de 1/51-1/250 pour les anomalies chromosomiques non dépistées par le DPNI est de 1,1% (30/2650) et de 0,4% (10/2650) pour les anomalies hautement pathogènes.

Conclusion : : La proposition exclusive de dépistage par un test d’ADNlc dans le groupe à risque 1/51-1/250 ne permet pas de donner à la patiente une information au risque résiduel d’anomalies chromosomiques.

Nicolas FRIES, Sandra LE GARREC, Georges HADDAD (BLOIS), Matthieu EGLOFF, Yves VILLE
17:40 - 17:45 #20599 - EF14 Diagnostic prénatal non invasif de maladies monogéniques par exclusion du variant paternel. De la preuve de principe à l’accréditation, retour sur 3 ans d’expérience….
EF14 Diagnostic prénatal non invasif de maladies monogéniques par exclusion du variant paternel. De la preuve de principe à l’accréditation, retour sur 3 ans d’expérience….

Pour limiter les risques de fausse-couche associés aux procédures invasives du diagnostic prénatal classique, nous avons développé un protocole standardisé et accrédité visant à proposer un diagnostic prénatal non invasif (DPNI) d’exclusion des maladies monogéniques. Son principe repose sur la détection qualitative de variants pathogènes absents du génome maternel, ce qui permet de proposer le DPNI dans de nombreuses situations, telles que certaines pathologies sporadiques, les pathologies dominantes de transmission paternelle et les pathologies récessives, lorsque les deux parents sont porteurs de variants pathogènes différents.


Depuis la mise au point de ces tests au laboratoire en 2017, plus de 120 tests ont été réalisés par PCR digitale en routine diagnostique pour les pathologies suivantes : achondroplasie, dysplasies thanatophores, mucoviscidose, neurofibromatose de type 1 et 2… Le processus de validation de méthode a permis l’identification des points critiques à valider, telles que les performances analytiques inhérentes à chaque essai spécifique de variant pathogène, mais aussi l’établissement des critères d’interprétation des résultats. L’analyse de risques résiduels a permis de mesurer les limites réelles de la méthode, notamment liées à la faible concentration d’ADN dans le plasma et à la nature des variants pathogènes recherchés.


La mise en œuvre de ces tests dans notre laboratoire de génétique moléculaire nous permet de rapporter la plus large cohorte de DPNI d’exclusion des maladies monogéniques jamais décrite. Nos résultats indiquent une grande précision pour la détection précoce des variants pathogènes paternels dans le plasma maternel et ouvrent de nouvelles perspectives pour étendre cette approche à de nombreuses autres maladies monogéniques.

Nicolas VAUCOULEUR, Lucie ORHANT, Nathalie DEBURGRAVE, Camille VEREBI, Alexandre PERRIER, Mathilde PACAULT, Aurélia GRUBER, Thierry BIENVENU, Emmanuelle GIRODON, Dominique VIDAUD, France LETURCQ, Michel VIDAUD, Juliette NECTOUX (paris)
16:45 - 17:50 #20314 - EF15 Syndromes de Silver Russell et de Beckwith-Wiedemann : distribution en mosaïque d’anomalies épigénétiques.
EF15 Syndromes de Silver Russell et de Beckwith-Wiedemann : distribution en mosaïque d’anomalies épigénétiques.

Introduction. L’empreinte parentale est un mécanisme épigénétique à l’origine de l’expression monoallélique de gènes en fonction de leur origine parentale. La région chromosomique humaine 11p15.5 contient deux domaines soumis à empreinte parentale (ICR1 comprenant IGF2 et ICR2 comprenant CDKN1C), jouant un rôle important dans le contrôle de la croissance fœtale et postnatale. Des modifications génétiques (disomie uniparentale ou mutations gain/perte de fonction) ou épigénétiques de la région 11p15.5 sont associés à deux syndromes en miroir : le syndrome de Silver Russell (SRS associant retard de croissance, difficultés alimentaires, anomalies métaboliques et pubertaires) et le syndrome de Beckwith-Wiedemann (BWS associant excès de croissance avec risque tumoral accru durant l’enfance). Les anomalies épigénétiques à l’origine de ces syndromes surviennent le plus souvent à un stade postzygotique. Bien que très peu de données n’aient été rapportées sur le sujet, les récents consensus internationaux portant sur les syndromes SRS et BWS proposent de tester d’autres tissus en cas d’absence d’anomalie moléculaire détectée sur les leucocytes.

Méthodes. L’analyse du niveau de méthylation d’ICR1 et ICR2 a été réalisée par RT qPCR allèle spécifique à partir de l’ADN de fibroblastes de patients répondant aux critères cliniques de SRS ou BWS, chez qui les analyses moléculaires de la région 11p15.5 étaient normales dans les leucocytes.

Résultats. Dix patients (trois SRS et sept BWS) avaient des index de méthylation normaux dans le sang et anormaux dans les fibroblastes. Les trois patients SRS avaient un score de Netchine Harbison ³4/6. Les sept patients BWS avaient une asymétrie corporelle, dont deux présentaient une asymétrie corporelle isolée. Deux patients BWS avaient développé des tumeurs embryonnaires (un nephroblastome bilatéral et un hépatoblastome). Une perte de méthylation en 11p15 a été détectée sur les fibroblastes des trois patients SRS, un gain de méthylation en ICR1 11p15 chez deux patients BWS, une perte de méthylation en ICR2 11p15 chez deux autres patients BWS et une disomie uniparentale paternelle en 11p15 chez les autres trois patients.

Conclusion. Le profil de méthylation en 11p15 peut varier en fonction des tissus étudiées. L’analyse d’un second tissu permet d’identifier un mécanisme moléculaire chez des patients répondant sans anomalie moléculaire dans les leucocytes, avec un intérêt majeur dans la prise en charge des patients. Ceci confirme la  distribution en mosaïque des anomalies épigénétiques, et donc en faveur de leur survenue post-zygotique. Ceci renforce l’intérêt de tester d’autres tissus en cas de suspicion clinique de BWS/SRS sans anomalie moléculaire sur les cellules circulantes. L’analyse du niveau de méthylation d’ICR1 et ICR2 est actuellement en cours au laboratoire chez d’autres patients présentant une asymétrie corporelle et des niveaux de méthylation normaux dans le sang.

Aurélie PHAM (PARIS), Virginie STEUNOU, Nathalie THIBAUD, Eloise GIABICANI, Irène NETCHINE, Frederic BRIOUDE
16:50 - 17:55 #20474 - EF16 Le profilage de méthylation du génome de l’épithélium pigmenté rétinien chez des individus atteints de dégénérescence maculaire liée à l’âge révèle des différences de méthylation et d’expression des gènes SKI, GTF2H4 et TNXB.
EF16 Le profilage de méthylation du génome de l’épithélium pigmenté rétinien chez des individus atteints de dégénérescence maculaire liée à l’âge révèle des différences de méthylation et d’expression des gènes SKI, GTF2H4 et TNXB.

Résumé :

Introduction : La dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA) est une maladie dégénérative du centre de la rétine et la cause principale de cécité. L’épithélium pigmenté rétinien (EPR) est un site primaire de pathogénèse. Les antécédents génétiques de la DMLA sont largement décrits. Malheureusement, ces connaissances n’ont pas encore généré de traitements pour les formes de DMLA les plus courantes. Dans ce contexte, les mécanismes épigénétiques de régulation d’expression génique spécifiques au tissu concerné sont d’intérêt considérable. Notre étude s’intéresse à l’identification de gènes différentiellement méthylés dans la DMLA dans l’EPR et à la différenciation des aberrations de méthylations locales de l’ADN des aberrations globales, les aberrations épigénétiques locales étant parfois associées à des épimutations motrices, potentiellement plus sensibles à la modulation thérapeutique. Méthodes : Etude d’association panépigénomique et profilation sélective de l’expression de gènes dans l’EPR provenant de donneurs humains phénotypés pour la DMLA. Profilage de méthylation pangénomique (Illumina 450k BeadChip array) sur 44 échantillons de EPR (25 DMLA et 19 contrôles) et validation des résultats par pyroséquençage de 55 échantillons (30 DMLA et 25 contrôles), incluant un échantillonnage de réplicas techniques (n=38) et biologiques (n=17). L’analyse de Long Interspersed Nucleotide Element 1 (LINE-1) fut appliquée pour estimer le niveau de méthylation globale de l’ADN dans l’EPR. RT-qPCR fut employée sur des échantillons indépendants pour mesurer les changements d’expression des gènes différentiellement méthylés. Résultats : Le profilage de méthylation pangénomique identifia des loci et régions génomiques multiples différentiellement méthylés dans la DMLA, comprenant les gènes SKI (p=1.18x10-9), GTF2H4 (p=7.03x10-7), et TNXB (p=6.30x10-6). Le pyroséquençage valida les loci différentiellement méthylés cg18934822, associé au proto-oncogène SKI, et cg22508626 dans GTF2H4 et exclut un changement global du niveau de méthylation de l’EPR dans la DMLA.  Nous avons également démontré des modifications de l’expression des gènes SKI, GTF2H4, et TNXB dans l’EPR de donneurs indépendants atteints de DMLA. Des études de réplication furent realisées sur sang entier. Conclusions : Ce travail représente, à ce jour,  l’étude plus importante de la méthylation pangénomique de l’EPR dans la DMLA associée à des changements d’expression des gènes différentiellement méthylés, atteignant pour la première fois  un niveau de signification statistique pangénomique et identifiant de nouvelles cibles pour les études translationnelles futures. Auparavant, aucune étude n’a associé SKI et GTF2H4 à la DMLA, ces loci régulant des processus pathophysiologiques impliqués dans la maladie tels que la signalisation par facteur de croissance transformant-beta (TGF beta) (SKI) et les mécanismes de réparation de l’ADN dépendant de la transcription (GTF2H4).

 

 

Louise PORTER (Liverpool, Royaume Uni), Neil SAPTARSHI, Yongxiang FANG, Sonika RATHI, Anneke DEN HOLLANDER, Simon CLARK, Paul BISHOP, Timothy OLSEN, Triantafillos LILOGLOU, Venkata Rm CHAVALI, Luminita PARAOAN

Jeudi 23 janvier

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BRK5S2
16:35 - 17:55

SESSION PRESENTATION FLASH POSTERS - ECRAN 2

Modérateurs : Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (PU-PH) (Nice), Vincent PROCACCIO (PU-PH) (Angers)
16:35 - 16:40 #19912 - EF17 La base de données CEMARA au sein de la filière AnDDI-Rares : 10 ans d'épidémiologie dans les anomalies du développement en France.
EF17 La base de données CEMARA au sein de la filière AnDDI-Rares : 10 ans d'épidémiologie dans les anomalies du développement en France.

Introduction :

Depuis le PNMR1, la DGOS affiche une orientation forte pour la mise en place d’un vaste programme épidémiologique sur les maladies rares, en parallèle de la mise en place des centres de références maladies rares (CRMR). En 2007, les CRMR ont adopté l’application CEMARA mise en place par la base nationale de données maladies rares (BNDMR), permettant le recueil de données patients vus au sein des CRMR. Après une période de 10 ans, la filière AnDDI-Rares et la BNDMR analysent les données colligées, permettant de montrer les intérêts et les difficultés d’un tel projet national.

Matériel et méthodes :

Un set de données minimal (SDM) a été collecté en prospectif pour tous les patients. Ce SDM comprend des données sur le cas index et apparentés, le diagnostic et les activités médicales. Une analyse rétrospective anonymisée de toutes les visites a été réalisée, dans le but d’en tirer des informations administratives, démographiques, d’organisation des soins, ou plus ciblées.

Résultats :

228.243 patients ont été reçus en 10 ans, 167.361 atteints (âge médian 11 ans, 54% enfants, 46% adultes) et 60.882 apparentés non-atteints (âge médian 37 ans), avec un sex-ratio équilibré. La majorité des patients (87%) n’étaient pas vus plus d’une fois par an. 52% des patients viennent pour une démarche diagnostique, et 85% des demandes sont gérés lors de consultations simples. Parmi les 2872 pathologies retrouvées, 66.5% le sont chez moins de 10 patients, 28% entre 10-100, 5.2% entre 100-1,000, et 0.4% chez plus de 1,000. 45.6% des patients n’ont pas de diagnostic et 6.7% un diagnostic incertain. 71% des diagnostics étaient posés dans la première année. La majorité des enfants sont adressés par leur pédiatre (46%) et des adultes par un médecin spécialiste (34%). Compte tenu de la couverture géographique des centres, les patients ont une distance moyenne à parcourir de 25.1 km.  Des focus peuvent être fait par groupe de pathologies (anomalies chromosomiques par exemple) ou par pathologie, avec comparaison aux données de prévalence de la littérature.

Discussion :

Cet effort épidémiologique permet d’acquérir une meilleure connaissance des activités de la filière AnDDI-Rares sur 10 ans de pratique. Cette base de données est un point fort pour la mise en place d’études de recherche épidémiologiques, cliniques, thérapeutiques. Les limites identifiées sont la non-exhaustivité des données due à la participation facultative des CCMR, l’hétérogénéité des données implémentées par du personnel administratif/étudiants et la présence de doublons lorsqu’un patient est pris en charge par différents CRMR. L’intégration dans les dossiers patients du SDM grâce à un cadre d’interopérabilité national (ASIP) et la mise en place de la BNDMR permettront une meilleure exhaustivité et renforceront la qualité des données. Cet effort est comparé à des initiatives européennes et internationales, mises en place de façon intégrée aux systèmes de santé ou dans des initiatives de recherche.

Claude MESSIAEN, Caroline RACINE (DIJON), Ahlem KHATIM, Sylvie ODENT, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Patrick EDERY, Nicole PHILIP, David GENEVIEVE, Christel THAUVIN-ROBINET, Tania ATTIÉ-BITACH, Pierre-Henri ROUX-LEVY, Laurent DEMOUGEOT, Lilia BEN SLAMA, Christine BINQUET, Arnaud SANDRIN, Alain VERLOES, Laurence FAIVRE
16:40 - 16:45 #20129 - EF18 Cartographie fine des loci 2q35 et 8p12 associés à la prédisposition au cancer différencié de la thyroïde chez les Européens et Océaniens.
EF18 Cartographie fine des loci 2q35 et 8p12 associés à la prédisposition au cancer différencié de la thyroïde chez les Européens et Océaniens.

Les cancers différenciés de la thyroïde (CDT) sont les cancers les plus fréquents des glandes endocrines. L’incidence des CDT se caractérise par de fortes variations ethniques et géographiques avec une incidence élevée observée dans les populations océaniennes. Des études d’association pan-génomiques (ou GWAS) ont identifié dans des populations européennes et asiatiques plusieurs loci de prédisposition au CDT notamment en 2q35, 8p12, 9q22 et 14q13. Alors que les loci 9q22 and 14q13 ont été largement étudiés, les signaux en 2q35 et 8p12 restent à affiner.

Afin d’identifier de potentiels variants causaux, nous avons réalisé une étude de cartographie fine (fine-mapping) en 2q35 et 8p12 à partir des données GWAS du consortium EPITHYR regroupant sept études cas-témoins. Au total 1885 cas et 2321 témoins d’origine européenne, mélanésienne ou polynésienne ont été génotypés à l’aide de la puce Illumina OncoArray. Après imputation, environ 2000 SNPs en 2q35 et 6000 SNPs en 8p12 ont été analysés.

L’association SNP-CDT a été testée avec un modèle de régression logistique mixte. Pour identifier les variants causaux potentiels, nous avons réalisé des analyses conditionnelles permettant de tester l’association résiduelle après ajustement sur le top SNP, et utilisé deux méthodes bayésiennes : PAINTOR et une analyse de colocalisation (R package coloc). PAINTOR permet d’intégrer des données d’annotation fonctionnelle des SNPs et l’analyse de colocalisation permet de calculer des probabilités a posteriori de causalité (PP) sous l’hypothèse que deux phénotypes (risque de CDT et expression des gènes dans les tumeurs thyroïdiennes) partagent un même variant causal. Les données d’expression de gènes proviennent du Cancer Genome Atlas disponibles via l’outil PancanQTL.

Nous avons confirmé dans notre population européenne les associations entre les SNPs aux loci 2q35 et 8p12 identifiés dans les précédentes GWAS et le risque de CDT. Bien que non significatives, les associations sont répliquées pour la majorité des SNPs publiés chez les Polynésiens et les Mélanésiens.

Chez les Européens, rs16857609 en 2q35 a été mis en évidence avec les PP les plus élevées (PPPAINTOR= 0,84, PPcolocalisation = 0,41 ; OR=1,4, p=1,6x10-10). Bien que l’association chez les Mélanésiens et les Polynésiens ne soit pas significative, ce SNP a également la PP la plus élevée chez ces populations. Rs16857609, situé dans l’intron 5 de DIRC3, est fortement associé à l’expression de DIRC3 et d’IGFBP5 dans les carcinomes thyroïdiens. Au locus 8p12, le SNP rs2439304 dans la région promotrice de NRG1 est associé au CDT chez les Européens (OR=1,2, p=1,4x10-3) et est identifié avec la PP la plus élevée dans les trois populations.  Ce SNP est également associé à l’expression de NRG1 dans les carcinomes thyroïdiens.

Ainsi nous avons confirmé dans EPITHYR le rôle des régions 2q35 et 8p12 dans la prédisposition au CDT et nos résultats permettront de prioriser les variants pour de futures études fonctionnelles.

Julie GUIBON (Villejuif), Pierre-Emmanuel SUGIER, Mojgan KARIMI, Om KULKARNI, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND, Delphine BACQ-DAIAN, Céline BESSE, Evgenia OSTROUMOVA, Ausrele KESMINIENE, Marie-Christine BOUTRON-RUAULT, Carole RUBINO, Pascal GUÉNEL, Florent DE-VATHAIRE, Fabienne LESUEUR, Thérèse TRUONG
16:45 - 16:50 #20160 - EF19 Facteurs de risque génétiques des cancers différenciés de la thyroïde : une étude d'association pangénomique dans la population multi-ethnique du consortium EPITHYR.
EF19 Facteurs de risque génétiques des cancers différenciés de la thyroïde : une étude d'association pangénomique dans la population multi-ethnique du consortium EPITHYR.

Le cancer différencié de la thyroïde (CDT) est la tumeur maligne endocrinienne la plus fréquente. Son incidence varie considérablement à travers le monde et une incidence élevée est rapportée dans certaines îles du Pacifique, telles qu’Hawaii, la Nouvelle-Calédonie et la Polynésie française. Des différences ethniques ont également été observées, avec des taux plus élevés chez les Mélanésiens que chez les autres groupes ethniques de Nouvelle-Calédonie. Les causes sous-jacentes de ces variations géographiques et ethniques sont encore mal connues et un rôle des facteurs environnementaux et génétiques, ainsi que des changements dans les pratiques de dépistage, sont suspectés. Jusqu'à présent, peu de loci de prédisposition génétique ont été identifiés et les études d'association pangénomiques (GWAS) publiées ont été réalisées dans des échantillons de taille limitée.

Afin d'identifier de nouveaux loci de prédisposition au CDT, nous avons mené une étude GWAS à l'aide des données du consortium EPITHYR, qui comprend des sujets de 7 études cas-témoins en population générale conduites en France métropolitaine, en Polynésie, en Nouvelle-Calédonie, à Cuba et en Biélorussie. Au total, 3527 personnes d'origine européenne (1554 cas / 1973 témoins) et 649 personnes d'origine océanienne (301 cas / 348 témoins) ont été génotypées avec la puce OncoArray (Illumina). Après imputation, les analyses portaient sur environ 9 millions de SNP chez les Européens et 7 millions de SNP chez les Océaniens. Les odds ratios (OR) ont été calculés à l'aide de modèles logistiques mixtes avec la matrice de relation génétique en effet aléatoire, ajustés sur l'âge, le sexe et l'étude. Les analyses ont été stratifiées par sexe, groupe ethnique, groupe d’âge ( < 50 ans et 50 ans), histologie (carcinome papillaire ou folliculaire) et taille du carcinome ( < 10 mm et ≥ 10 mm).

Nos résultats ont confirmé les loci dans les régions 2q35, 8p12, 9q22 et 14q13 rapportés précédemment chez les européens. L’association du CDT à ces loci n’est pas significative dans les populations océaniennes. Chez les Européens, nous avons identifié en plus un nouveau signal en 1p31 (OR = 0,51, p = 3.10-8) et cette association est plus marquée chez les sujets de moins de 50 ans. Nous avons également mis en évidence un signal significatif en 1p32 chez les sujets de plus de 50 ans et chez les sujets dont le carcinome mesurait moins de 10 mm au moment du diagnostic.

De manière intéressante, le SNP en 1p31 est également associé à l'expression du gène NFIA dans les cellules tumorales thyroïdiennes. Ce gène est impliqué dans la régulation de la prolifération cellulaire. Le SNP en 1p32 est corrélé avec un SNP situé dans le gène FAF1, impliqué dans l'apoptose. Ce gène a été associé au risque de CDT dans une précédente étude « gène candidat ». Les analyses de réplication sont en cours et seront présentées.

Ainsi, les données GWAS d’EPITHYR apportent des informations supplémentaires sur la prédisposition génétique au CDT.

Therese TRUONG, Julie GUIBON (Villejuif)
16:50 - 16:55 #20285 - EF20 Prise en compte des antécédents familiaux pour prévenir 10 530 cancers colorectaux par an en France.
EF20 Prise en compte des antécédents familiaux pour prévenir 10 530 cancers colorectaux par an en France.

Le cancer colo-rectal (CCR) atteint 40 500 personnes par an en France, dont 25% avaient des antécédents familiaux de CCR. La recommandation actuelle pour les apparentés au premier degré de patients atteints de CCR avant 65 ans, hors cause monogénique, est le dépistage par coloscopie à partir de 45 ans, tous les 5 ans jusqu’à 75 ans. L’extension de ce dépistage familial quel que soit l’âge de survenue du CCR a été recommandée par les sociétés savantes françaises et américaines de gastro-entérologie.

L’objectif de l’étude est d’évaluer les antécédents familiaux de CCR chez les patients atteints de CCR.

De février à avril 2019, nous avons recueilli l’arbre généalogique et les antécédents familiaux chez les patients atteints de CCR pris en charge consécutivement en Oncologie digestive. Pour chaque cas de CCR survenu avant le diagnostic du patient, nous avons précisé l’âge de diagnostic et le degré de parenté.

Excluant 2 syndromes de Lynch, 70 patients ont été inclus, 40  hommes et 30  femmes, dont le diagnostic de CCR a été porté (diag) entre 33 et 84 ans (moyenne (moy) 60 ans, médiane (med) 61 ans). Des antécédents familiaux de CCR ont été retrouvés pour 18 patients (26%), 8 hommes et 10 femmes (diag 49-75 ans, moy 62 ans, med 63 ans) :

  • 7 patients (10%, diag 50-75 ans, moy 65, med 66) avaient un apparenté au premier degré atteint avant 65 ans (diag 53-65 ans, moy 60, med 61).

  • 4 autres patients (6%, diag 53-66 ans, moy 59, med 59) avaient un apparenté au premier degré atteint après 65 ans (diag 68-87 ans, moy 77, med 77).

  • 7 autres patients (10%, diag 49-67 ans, moy 60, med 63) avaient un apparenté au second degré atteint (diag 46-80 ans, moy 59, med 55).

Dans cette série de 2019 de CCR a priori multifactoriel, 26% des patients avaient des antécédents familiaux de CCR au moment de leur diagnostic. Le potentiel pour la prévention du CCR en suivant parfaitement les recommandations actuelles est de 10%. En étendant ces recommandations jusqu’aux apparentés au second degré quel que soit l’âge de diagnostic, le potentiel est de 26% de CCR prévenus par an. La proportion de cas familiaux étant cohérente avec celle attendue selon les données épidémiologiques, ces observations pourraient être extrapolées à la population générale, pour un potentiel de 10 530 CCR prévenus par an.  La mortalité du CCR à 5 ans étant estimée à 50% et 1/3 des CCR survenant avant 65 ans, 5 265 décès par CCR, dont 1755 prématurés, pourraient être évités chaque année par un dépistage coloscopique optimal des personnes ayant des antécédents familiaux de CCR. Afin de confirmer ces données et de disposer d’un indicateur pour mesurer l’impact des actions de prévention, nous poursuivons le recueil des données.

Le recueil systématique des antécédents familiaux détaillés de CCR, mission qui pourrait être assurée par des Services de Génétique dûment dotés (0,1 ETP secrétaire / 300 CCR), permettrait de développer le dépistage familial pour prévenir jusqu’à 26 % des CCR, évitant 10 530 cas par an.

Simon REY (Clermont Ferrand), Anna SEROVA-ERARD, Caroline PÉTORIN, Agnès VIMAL, Julien SCANZI, Jacques-Olivier BAY, Armand ABERGEL, Denis PEZET, François CORNÉLIS
16:55 - 17:00 #19827 - EF21 Vps13b, l’analogue murin du gène impliqué dans le syndrome de Cohen, est essentiel à la spermiogénèse à travers sa fonction dans le transport endomembranaire.
EF21 Vps13b, l’analogue murin du gène impliqué dans le syndrome de Cohen, est essentiel à la spermiogénèse à travers sa fonction dans le transport endomembranaire.

L’acrosome du spermatozoïde est une structure formée à partir du transport vésiculaire provenant de l’appareil de Golgi et du système endolysosomal. La régulation du transport endomembranaire qui conduit à la formation de l’acrosome n’est actuellement que partiellement élucidée. Le gène VPS13B impliqué dans le syndrome de Cohen (maladie rare de transmission récessive autosomique associant dysmorphie faciale typique, microcéphalie, déficience intellectuelle, répartition tronculaire des graisses avec risque de diabète de type II et de maladies cardiovasculaires, rétinopathie pigmentaire et neutropénie) code pour une protéine impliquée dans le transport endolysosomal, en interagissant notamment avec RAB6.

Nous avons généré le premier modèle murin du syndrome de Cohen par un système de recombinaison Cre-LoxP (délétion de l’exon 3/décalage du cadre de lecture/codon STOP prématuré dans l’exon 4) (Poster Lhussiez et coll.). L’étude de sa reproduction a révélé une infertilité des mâles Vps13b∆Ex3/∆Ex3. Afin d’explorer les causes de cette infertilité, nous avons tout d’abord effectué un spermogramme des souris Vps13b∆Ex3/∆Ex3. Celui-ci a montré que les spermatozoïdes de ces souris sont peu nombreux, non mobiles et présentent des anomalies de morphologie (tête ronde). Les colorations à l’Hematoxylin/Eosin et à l’acide périodique de Schiff (PAS) ont mis en évidence une différentiation incomplète des spermatides en spermatozoïdes. En effet, l’acrosome, structure marquée au PAS, qui permet aux spermatozoïdes de féconder l’ovule, n’est pas développé chez les spermatozoïdes Vps13bEx3/Ex3. Lors de la spermiogénèse, Vps13b et son interacteur Rab6 sont ainsi localisés au niveau de l’acrosome des spermatides issues de souris sauvages. Le marquage des membranes acrosomales par des lectines et des anticorps spécifiques a mis en évidence un transport endomembranaire anormal dans les spermatides Vps13b∆Ex3/∆Ex3. L’ensemble de nos résultats démontre que Vps13b permet l’adressage, le transport ou l’ancrage des vésicules acrosomales sur la membrane nucléaire, site de formation de l’acrosome. En l’absence de Vps13b, la membrane acrosomale et les protéines de l’acrosome sont redirigées vers l’endosome puis le lysosome lors de la différentiation des spermatides. La compréhension des paramètres moléculaires qui font que Vps13b est essentiel au transport des vésicules acrosomales pourrait permettre d’identifier des défauts de transport dans les tissus affectés dans le syndrome de Cohen. Déterminer si les hommes atteints du syndrome de Cohen présentent un spermogramme comparable à celui des souris Vps13bEx3/Ex3 pourrait aussi contribuer à cet objectif.

Romain DA COSTA, Morgane BORDESSOULES, Magali GUILLEMAN, Virginie CARMIGNAC, Vincent LHUSSIEZ (DIJON), Hortense COUROT, Amandine BATAILLE, Chlémaire AMANDINE, Céline BRUNO, Patricia FAUQUE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Laurence DUPLOMB
17:00 - 17:05 #19851 - EF22 Jumping et jumping-like translocations constitutionnelles : des remaniements rares mais peut-être méconnus.
EF22 Jumping et jumping-like translocations constitutionnelles : des remaniements rares mais peut-être méconnus.

Introduction : Les translocations sauteuses (jumping translocations) constituent une classe très particulière de remaniements chromosomiques combinant mosaïcisme et remaniements chromosomiques multiples. Dans chaque lignée cellulaire, un même fragment d’un chromosome donneur est transloqué avec un chromosome receveur différent. Ces phénomènes, bien décrits dans les hémopathies et les tumeurs solides, demeurent très rares en cytogénétique constitutionnelle (Reddy et al., Am J Genet 2010). Les jumping like translocations, de mécanisme similaire mais inversé (un unique chromosome receveur et plusieurs chromosomes donneurs), sont quant à elles, exceptionnelles et jusqu’alors uniquement décrites en cytogénétique somatique (Sarova et al., Cancer Genet 2014). Nous décrivons ici une observation de jumping like translocation, détectée en période anténatale.

Présentation clinique et explorations cytogénétiques : Au décours de l’exploration d’une hyperclarté nucale à 5 mm chez le fœtus d’une femme sans antécédents particuliers, les analyses cytogénétiques (caryotype, FISH et CGH-array) des villosités choriales révèlent la présence de quatre populations cellulaires, dont une normale. Les trois autres populations cellulaires sont porteuses d’une translocation réciproque déséquilibrée responsable d’une délétion 15q26.1-qter de 8,5 Mb associée soit à une duplication 2q31.1-qter de 44,3 Mb, soit à une duplication 3pter-p21.3 de 45 Mb ou bien à une duplication 15q26.1 de 2,5 Mb. La grossesse s’est arrêtée spontanément à 23 semaines d’aménorrhée dans un contexte de syndrome polymalformatif comprenant un retard de croissance intra-utérin sévère, un hygroma kystique, un pied bot gauche et une hernie diaphragmatique gauche.

Discussion : Au-delà de la complexité du diagnostic d’anomalies multiples en mosaïque, cette observation décrit pour la première fois une cartographie de jumping like translocation par CGH-array et démontre la présence d’un point de cassure unique pour le chromosome receveur. Cette observation renforce également l’hypothèse d’un mécanisme de survenue en plusieurs étapes lié à une instabilité chromosomique transitoire s’étendant sur plusieurs cycles cellulaires et reposant probablement sur un raccourcissement de la longueur des télomères et/ou sur l’apparition de néo-télomères.

Références

Berger et al., Genes Chromosomes Cancer. 2007

Sarova et al.  Cancer Genet. 2014

Reddy et al., Am J Genet. 2010

Behrens et al., Genes Chromosomes Cancer. 2019

Kévin CASSINARI, Eric JEANDIDIER, Ferdi KUNDUL, Anne-Clarie BREHIN, Alain DIGUET, Eric VERPSYCK, Radhia M’KACHER, Sophie PATRIER-SALLEBERT, Thierry FREBOURG, Nathalie LE MEUR, Géraldine JOLY-HELAS, Pascal CHAMBON (Rouen)
17:05 - 17:10 #20288 - EF23 Mise en place d’une plateforme de prise en charge clinico-biologique des insuffisances ovariennes prématurées (IOP) au CHU de Rennes.
EF23 Mise en place d’une plateforme de prise en charge clinico-biologique des insuffisances ovariennes prématurées (IOP) au CHU de Rennes.

L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) touche 1% des femmes âgées de moins de 40 ans et représente une cause majeure d’infertilité féminine. Elle est caractérisée par la survenue de troubles du cycle, notamment aménorrhée, associés à une élévation du taux sanguin de la FSH et une baisse du taux sanguin de l’œstradiol. Les mécanismes à l’origine d’une IOP peuvent être un défaut dans la formation des follicules primordiaux, une activation défectueuse de ces derniers, une maturation ovocytaire ou une folliculogenèse défaillantes, ou encore une atrésie folliculaire accélérée. L’IOP a souvent une cause génétique, chromosomique ou génique.  Les gènes identifiés sont notamment  impliqués dans le développement gonadique, la méiose, la réparation de l’ADN, la folliculogenèse, l’apoptose, le métabolisme, le fonctionnement mitochondrial et la stéroïdogenèse. L’utilisation des approches de séquençage massif en parallèle chez des patientes avec IOP a permis ces dernières années d’obtenir de nouvelles données sur la génétique de cette pathologie.  En effet, de nouveaux gènes associés à l’IOP ont pu être rapportés, avec de nouveaux cas régulièrement décrits, l’identification de voies génétiques communes entre différentes situations d’atteinte ovarienne, entre infertilités féminine et masculine ou la mise en évidence de potentiels liens entre IOP et cancer. Par ailleurs, une origine oligo- ou polygénique de l’IOP peut être suspectée, notamment en cas de phénotype variable associé à une anomalie moléculaire d’un même gène.

Nous rapportons les résultats des études moléculaires effectuées par séquençage massif en parallèle chez des patientes présentant une situation de défaillance ovarienne (IOP ou diminution de la réserve ovarienne). Les approches utilisées (séquençage d’exome ou de génome pour l’identification de points de cassure de remaniements chromosomiques) a permis de rapporter de nouveaux variants dans des gènes connus d’IOP ainsi que de nouveaux gènes candidats. Pour certains d’entre eux, des études fonctionnelles valident le caractère délétère du variant observé. Les études moléculaires mises en place au CHU de Rennes s’intègrent dans le cadre du développement d’une plateforme régionale de prise en charge clinico-biologique des IOP, incluant les services de médecine et biologie de la reproduction, génétique clinique et biologique. Le but de cette plateforme sera d’offrir une prise en charge optimale aux patientes et à leurs familles (prise en charge pour don d’ovocyte, préservation de fertilité, lutte contre les comorbidités, soutien psychologique, conseil génétique). Elle permettra également de réaliser une interface avec les plateformes de séquençage dans le cadre du plan France Médecine Génomique 2025, pour l’indication IOP.

Linda AKLOUL, Solène DUROS, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Erika LAUNAY, Anne-Sophie NEYROUD, Laura MARY, Bénédicte NOUYOU, Laurent PASQUIER, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Vincent LAVOUÉ, Célia RAVEL, Elena TUCKER, Andrew SINCLAIR, Marc-Antoine BELAUD-ROTUREAU, Sylvie ODENT, Jean LEVEQUE, Sylvie JAILLARD (RENNES)
17:10 - 17:15 #20388 - EF24 Syndrome de persistance des canaux de Müller (PMDS) dû à des microdélétions : un défi diagnostique.
EF24 Syndrome de persistance des canaux de Müller (PMDS) dû à des microdélétions : un défi diagnostique.

Le syndrome de persistance des canaux de Müller (PMDS) est une maladie autosomique récessive caractérisée par la persistance de dérivés Müllériens, utérus et trompes de Fallope, chez des mâles 46,XY dont les organes génitaux sont normalement virilisés. Il est habituellement provoqué par des mutations des gènes codant pour l’hormone anti-Müllérienne (AMH) ou pour son récepteur primaire AMHR2 (Picard et al., 2017). Nous avons découvert dans deux familles non apparentées de grandes microdélétions dans le gène AMHR2. Le gène AMHR2 comporte 11 exons et il est localisé sur le bras long du chromosome 12, bande 12q13.13.

La famille 1 est d’origine roumaine, elle a une consanguinité connue. Le patient a été d’abord exploré par amplification PCR classique et séquençage de Sanger. La PCR n’a pas permis l’amplification des exons 7 à 11. Le séquençage des exons 1 à 6 a montré une séquence normale.

La famille 2 est d’origine flamande, et comporte deux frères atteints, dont un seul a pu être exploré. Une mutation ponctuelle a été détectée, c.532C > T, changeant un codon CGA codant pour une Arginine en un codon Stop TGA, soit p.(Arg178*). Un diagnostic de mutation homozygote a d’abord été retenu, mais l’exploration des parents a donné un résultat inattendu : la mutation ponctuelle est présente chez le père, mais pas chez la mère, faisant suspecter chez elle une délétion touchant tout ou partie du gène AMHR2.

De fait, les deux familles ont été explorées par analyse par puce à ADN de type CGH-array (Agilent Technologies) avec un format haute résolution 1M (format 244K pour les parents). Dans la famille 1, une délétion partielle du gène AMHR2 a été détectée, présente à l’état homozygote chez le patient et à l’état hétérozygote chez chacun de ses deux parents, et touchant la partie aval du gène. Ces résultats corrèlent avec une analyse NGS ciblée sur les gènes impliqués dans la différenciation sexuelle montrant que la microdélétion touche les exons 7 à 11, et se termine dans le grand 6ème intron central du gène AMHR2, qui mesure près de 3 Kpb.

Dans la famille 2, une autre délétion du gène AMHR2 a été détectée, qui recouvre tout le gène, elle est présente à l’état hétérozygote chez le patient et chez sa mère.

Nos résultats constituent la première démonstration de microdélétions responsables du PMDS. Ils montrent le risque de diagnostic incomplet quand le séquençage classique est utilisé sans que les parents soient accessibles à l’étude. Ils montrent aussi l'intérêt des techniques de CGH-array et de NGS ciblé quand des microdélétions sont à l’origine du syndrome. Il faut noter l'absence de malformations et de retard mental, qui sont souvent rapportés pour les délétions de plus grande taille et à l'état hétérozygote chez des patients ne présentant pas de phénotype PMDS.

Picard JY, Cate RL, Racine C, Josso N (2017). The persistent Müllerian duct syndrome: An update based upon a personal experience of 157 cases. Sexual Development 11 109-125

Lucie TOSCA (Clamart), Jérome BOULIGAND, Laure LECERF, Nathalie JOSSO, Gérard TACHDJIAN, Jean-Yves PICARD
17:15 - 17:20 #19817 - EF25 Oligothérapie antisens pour lever l’arrêt prématuré de la traduction du gène CEP290 chez deux individus atteints de dystrophies rétiniennes.
EF25 Oligothérapie antisens pour lever l’arrêt prématuré de la traduction du gène CEP290 chez deux individus atteints de dystrophies rétiniennes.

Introduction : CEP290 code une protéine centrosomale essentielle à la formation et la maintenance des cils primaires et mobiles. Les mutations récessives de ce gène sont responsables d’anomalies de la ciliogénèse et provoquent un large spectre de pathologies allant d’une cécité néonatale rétinienne, l’amaurose congénitale de Leber (ACL) à des ciliopathies multiviscérales. Récemment, nous avons rapporté l’existence d’atteintes rétiniennes inhabituellement modérées chez des individus porteurs de mutations bialléliques tronquantes, compensées par l’exclusion spontanée (basal exon skipping, BES) et/ou induite par la mutation (nonsense-associated altered splicing, NAS) des exons mutants. Cette observation nous a conduits à considérer un saut d’exon ciblé pour rétablir un cadre ouvert de lecture et corriger les anomalies ciliaires associées à une mutation non-sens récurrente du gène CEP290 responsable d’ACL (c.4723A > T, p.Lys1575* ; exon 36).

Matériel et méthodes : Utilisation d’un oligonucléotide antisens (AON) ciblant l’exon 36 du gène CEP290 dans des lignées de fibroblastes de contrôles et de deux patients non-apparentés porteurs à l’état homozygote de la mutation p.Lys1575* (P1 and P2) et atteints respectivement d’une dystrophie rétinienne précoce et sévère (EOSRD) et d’une ACL. L’ARNm et la protéine CEP290 ainsi que l’intégrité du métabolisme ciliaire ont été analysés avant et après traitement.

Résultats : L’analyse de l’ARNm du gène CEP290 d’une rétine humaine et des fibroblastes contrôles a révélé l’existence d’un saut endogène basal de l’exon 36. Dans les fibroblastes des deux patients l’exclusion de l’exon 36 était accrue, suggérant l’implication d’un NAS en plus du BES. De plus, nous avons observé une corrélation entre l’abondance du transcrit délété de l’exon 36 (∆36), le nombre de cellules ciliées et la sévérité de l’atteinte rétinienne des deux patients (abondance ∆36 et pourcentage de cellules ciliées supérieurs chez P1 atteint d’EOSRD par rapport à P2 atteint d’ACL). L’analyse qualitative des cils a par ailleurs révélé un allongement axonemal, suggérant un trafic intraflagellaire anormal. L’utilisation de l’AON ciblant l’exon 36 nous a permis d’augmenter l’abondance du transcrit ∆36 et de la protéine CEP290, de diminuer la taille des cils et d’améliorer la ciliogénèse chez P2 mais pas chez P1 exprimant un niveau d’ARNm délété de l’exon 36 plus important.

Discussion : Cette étude montre qu’une augmentation modérée de la quantité de protéine CEP290 délétée des acides aminés codés par l’exon 36 dans les cellules de patients améliore la formation des cils mais qu’une quantité trop importante compromet la ciliogénèse. L’utilisation d’oligonucléotides antisens visant au saut de l’exon 36 dans des organoïdes rétiniens dérivés d’iPSCs de patients porteurs de la mutation c.4723A > T mérite donc toute considération pour déterminer si la même observation pourrait être faite dans les photorécepteurs.

Iris BARNY (PARIS), Isabelle PERRAULT, Nicolas GOUDIN, Sabine DEFOORT-DHELLEMMES, Imad GHAZI, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Xavier GÉRARD
17:20 - 17:25 #19835 - EF26 Identification d’un nouveau mécanisme pathogène dans le syndrome de Usher de type 1 par étude des transcrits du gène PCDH15 et séquençage long-reads de l’ADN.
EF26 Identification d’un nouveau mécanisme pathogène dans le syndrome de Usher de type 1 par étude des transcrits du gène PCDH15 et séquençage long-reads de l’ADN.

Le syndrome de Usher de type 1 (USH1) est une maladie autosomique récessive rare caractérisée par la présence d’une surdité neurosensorielle congénitale profonde associée à des troubles vestibulaires et le développement d’une rétinite pigmentaire. Le gène PCDH15, qui code pour la protocadhérine 15, est l’un des cinq gènes impliqués dans cette pathologie. En diagnostic moléculaire son étude est classiquement réalisée lors d’un séquençage NGS de panel de gènes, avec analyse des séquences exoniques et introniques flanquantes, complété par différentes techniques permettant la recherche de grands réarrangements.

Cette approche, utilisée depuis plusieurs années dans notre laboratoire, permet dans la très grande majorité des cas d’identifier les deux variants PCDH15 responsables de la pathologie ; néanmoins, chez une patiente présentant des signes cliniques caractéristiques d’un USH1 seule une variation causale PCDH15 a pu être détectée. Le travail présenté ici décrit les différentes étapes qui ont été alors développées pour identifier et caractériser la seconde altération à l’origine de sa pathologie.

À partir d’analyses RT-PCR, réalisées sur des ARNs issus de cellules nasales en culture, nous avons tout d’abord mis en évidence d’un défaut d’amplification de la jonction des exons 13 à 14. Le séquençage des 30 kb de l’intron 13 par NGS n’ayant pas permis d’identifier une seconde altération pouvant expliquer ce résultat, de nouvelles études ARNs par RACE PCR ont été ensuite menées. Celles-ci ont finalement permis de détecter la présence des transcrits de fusion PCDH15-Linc00844 et BICC1-PCDH15, témoins d’une grande inversion paracentrique du chromosome 10.

Afin de valider et caractériser ce variant de structure, nous avons ensuite cherché à identifier les points de cassure de cet événement mutationnel par séquençages long-reads de l’ADN de la patiente en utilisant la technologie nanopore (MinIon, ONT-Oxford Nanopore Technologies). Les résultats de cette analyse montrent que ces points de cassures sont localisés au sein de séquences rétrovirales endogènes HERVH qui ne sont pas couvertes lors d’une analyse NGS.

L’ensemble de cette étude a permis d’identifier pour la première fois dans le syndrome de Usher l’implication d’une inversion paracentrique de 4,6 Mb du chromosome 10 altérant directement le gène PCDH15. Ces anomalies de structure équilibrées sont difficilement détectables et, bien que rares, certainement sous-estimées. Au niveau des laboratoires de diagnostic moléculaire, l’utilisation du séquençage long-reads reste encore limité mais l’intérêt croissant de ses différentes applications en génétique médicale ainsi que les améliorations constantes de cette technologie devraient permettre son déploiement dans le cadre d’offres de diagnostic exhaustif.

 

Christel VACHÉ (MONTPELLIER), Jacques PUECHBERTY, Valérie FAUGÈRE, Floriane DARMAISIN, Alessandro LIQUORI, David BAUX, Gema GARCIA-GARCIA, Catherine BLANCHET, Christian HAMEL, Isabelle MEUNIER, Michel KOENIG, Franck PELLESTOR, Anne-Françoise ROUX
17:25 - 17:30 #19839 - EF27 Une piste thérapeutique pour une ciliopathie multisystémique associée à une mutation du gène TUBB4B.
EF27 Une piste thérapeutique pour une ciliopathie multisystémique associée à une mutation du gène TUBB4B.

Introduction. Nous avons récemment rapporté l’identification de mutations hétérozygotes affectant le résidu Arg391 de l'isotype 4B de la β-tubuline  (TUBB4B) à l’origine d’une maladie dégénérative très sévère et précoce touchant la rétine et la cochlée dans quatre familles non apparentées. L’étude des microtubules (MT) et de la ciliogénèse dans des fibroblastes de patients et dans un modèle de surexpression des protéines mutantes a révélé des anomalies de la dynamique du réseau de MT sans atteinte ciliaire. Nous rapportons une nouvelle mutation du gène TUBB4B (p.Pro358Ser) survenue de novo chez un individu de petite taille, atteint de cécité associée à une surdité de perception et présentant une insuffisance rénale chronique et des infections ORL récurrentes. Les études fonctionnelles démontrent l’existence d’une double atteinte tubulaire et ciliaire majeure.

Matériel et méthodes. Les cellules ciliées de l’épithélium nasal du patient ont été collectées par brossage et analysées par microscopie électronique à transmission (MET). La dynamique des MT et la ciliation ont été analysés par immunocytochimie dans un modèle cellulaire de surpexpression des protéines TUBB4B p.Pro358Ser ou sauvage marquées par un FLAG en C-ter en présence ou non d’un inhibiteur de la dépolymérisation des MT, le taxol (25 nM).

Résultats. L’étude des cils des cellules de l’épithélium nasal du patient a mis en évidence une raréfaction majeure de cils, de graves anomalies axonémales et des corps basaux très désorganisés. Celle des cellules surexprimant la protéine mutante a montré une absence du réseau de MT et de cil primaire. L'analyse de la structure atomique de la β-tubuline a révélé que le résidu Pro358 était situé dans une région de liaison au taxol qui, ajouté au milieu de culture, a permis de restaurer la ciliation et la formation d’un réseau de MT comprenant la tubuline mutante, dans le modèle de surexpression.

Discussion et conclusion. Les anomalies ciliaires graves observées dans les cellules de l’épithélium nasal du patient et celles induites par la surpexpression de la protéine mutante dans un modèle cellulaire sont en accord avec l'implication de la mutation dans le phénotype ciliaire du patient. La présence de MT et de cils primaires après traitement par le taxol, une drogue largement utilisée dans le traitement des cancers, pose la question de son mode d’action sur la protéine mutante et de son utilisation thérapeutique chez le patient.

Sabrina MÉCHAUSSIER (Paris), Maria DESCARTES, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Isabelle PERRAULT
17:30 - 17:35 #19878 - EF28 Expression ectopique de Sox21 par adoption d’un enhancer de Dct et surexpression d’un gène du glaucome chez la souris modèle de la microcorie congénitale liée aux délétions du chromosome 13q32.1.
EF28 Expression ectopique de Sox21 par adoption d’un enhancer de Dct et surexpression d’un gène du glaucome chez la souris modèle de la microcorie congénitale liée aux délétions du chromosome 13q32.1.

Introduction. La microcorie congénitale (MCOR) est une maladie rare dominante autosomique du développement irien caractérisée par une absence du muscle dilatateur (MD). C’est aussi un modèle d’étude du glaucome primitif à angle ouvert (GPAO, 4% de la population mondiale) qui survient dans 30% des cas de MCOR et à un âge inhabituellement précoce. En 2015, nous avons montré que la microcorie est due à des délétions submicroscopiques du chromosome 13q32.1 altérant invariablement GPR180 et TGDS. La perte de fonction individuelle de ces gènes à l’état hétérozygote ne peut expliquer à elle seule la maladie, suggérant une modification de l’architecture régulationnelle de la région 13q32.1 où sont localisés trois gènes d’intérêt: DCT, impliqué dans la pigmentation irienne, SOX21, qui régule l’expression de SOX2 et PAX6 impliqués dans le développement irien, et ABCC4 qui joue un rôle dans le maintien de la pression intra-oculaire (PIO), dont l’augmentation est un facteur majeur de GPAO.

Matériel & Méthodes. La région synténique du locus MCOR (35kb) a été délétée chez la souris. Le phénotype clinique et moléculaire des animaux hétérozygotes a été analysé par pupillométrie, RTqPCR, RNAseq, western blot, ChIPseq et 4Cseq.

Résultats. Si la délétion est létale à l’état homozygote, les animaux hétérozygotes sont viables et normaux à l’exception d’un diamètre pupillaire modérément réduit (p < 0.01). Les analyses du transcriptome irien ont révélé la dérégulation d’un gène unique aux alentours de la délétion : Sox21, exprimé de façon ectopique (confirmé par RT-qPCR et analyse western blot) avant la formation du MD et se poursuivant à l’âge adulte. Les analyses des données du 4Cseq ciblant la région entourant Sox21 ont montré la présence d’un TAD couvrant 1Mb, de Dct à Uggt2, incluant le locus MCOR. Sox21 interagit avec tous les gènes présents dans le TAD dont l’organisation semble inchangée chez l’hétérozygote. Les données d’analyse ChIPseq-H3K27Ac irien ont permis d’identifier deux enhancers actifs de Dct et le ChIPseq-Sox21 a pointé les cibles ADN de Sox21 dans l’iris des animaux hétérozygotes. L’une d’entre-elles, impliquée dans le maintien de la PIO, était dérégulée dans les données de RNAseq.

Conclusion. Nous montrons ici que la délétion minimale à l’origine de la MCOR modifie l’architecture régulationnelle de la région 13q32.1 conduisant à l’expression illégitime de Sox21 dans l’iris en développement. Nous suggérons qu’en l’absence de leurs cibles endogènes Tgds et Gpr180, les enhancers de Dct privilégient leur interaction avec le promoteur de Sox21, soit en raison d’une modification de la compétition entre promoteurs ou par réduction de la distance génomique dans le TAD. Enfin, nous suggérons que le GPAO des patients MCOR est secondaire à la dérégulation de Sox21 plutôt qu’à celle d’Abcc4 également localisé dans le TAD.

Clémentine ANGÉE (Paris), Brigitte NEDELEC, Pierre DAVID, Sylvie GERBER, Sylvain CRIPPA, Bruno PASSET, Jean-Luc VILOTTE, Nicolas CHASSAING, Josseline KAPLAN, Dario LUPIANEZ, Corrine KOSTIC, Patrick CALVAS, Jean-Michel ROZET, Lucas FARES-TAIE
17:35 - 17:40 #19986 - EF29 Le séquençage haut-débit couplé à l’analyse protéomique des dépôts amyloïdes: un diagnostic de certitude du type d’amylose pour une nouvelle medicine anti-amyloïde ciblée.
EF29 Le séquençage haut-débit couplé à l’analyse protéomique des dépôts amyloïdes: un diagnostic de certitude du type d’amylose pour une nouvelle medicine anti-amyloïde ciblée.

Introduction : Les amyloses constituent un groupe large et hétérogène de pathologies qui ont toutes en commun la présence de dépôts amyloïdes ayant une morphologie fibrillaire et des caractéristiques de coloration et ultrastructurales  similaires. Les dépôts amyloïdes sont constitués majoritairement par une protéine qui, pour des raisons diverses, subit un changement conformationnel conduisant à une structure en feuillets béta-croisés, hautement pathogénique et toxique pour les tissus entrainant un dysfonctionnement irréversible des organes touchés. Actuellement, plus de 30 protéines différentes sont à l’origine d’une forme d’amylose chez l’Homme. Les amyloses peuvent toucher n’importe quel organe, être systémiques et/ou localisées à un seul organe, acquises ou héréditaires. Le diagnostic clinique est complexe, sans signes spécifiques nécessitant la mise en évidence histologique de dépôts amyloïdes pour affirmer le diagnostic d’une amylose. Ensuite, il faut déterminer avec précision la nature de la protéine en cause, càd « typer » l’amylose chez chaque patient car les options thérapeutiques sont très différentes selon l’amylose. Très récemment, le paysage thérapeutique s’est enrichi de l’utilisation avec succès d’oligonucléotides antisens et siRNA qui permettent de réduire considérablement et de façon spécifique la production de la protéine amyloïde en cause. Par conséquent, face à ces nouveaux espoirs thérapeutiques, un diagnostique de certitude du type d’amylose pour chaque patient devient la base incontournable pour distinguer les formes traitables et non traitables.

Méthodes et résultats: Pour cela, nous avons développé un panel NGS incluant 20 gènes impliqués dans les amyloses héréditaires et nous rapportons les résultats génétiques d’une large série de patients atteints de différentes formes d’amylose systémique ou localisée, héréditaire ou acquise. Dans des cas sélectionnés, l’analyse des dépôts amyloïdes par spectrométrie de masse en tandem, après microdissection au laser, a été réalisée et les données du typage par protéomique ont été corrélées avec les résultats génétiques pour déterminer la pathogénicité d’un nouveau variant ou pour démontrer une nouvelle forme d’amylose héréditaire.

Conclusions : L’analyse NGS couplée à l’analyse des dépôts amyloïdes par spectrométrie de masse est une approche combinée innovante en pratique diagnostique, permettant d’augmenter la fiabilité du diagnostic du type d’amylose. Par conséquent, ce diagnostic de certitude du type d’amylose permet d’améliorer le conseil génétique, le dépistage des patients à risque et la mise en place d’un traitement ciblé.

Caroline BEUGNET, Magali COLOMBAT, Cécile FOURRAGE, Patrick NITSCHKÉ, Christine BOLE, Julie STEFFANN, Bonnefont JEAN-PAUL, Sylvain HANEIN, Sophie VALLEIX (PARIS)
17:40 - 17:45 #20006 - EF30 Mitochondrial defect in muscle precedes neuromuscular junction degeneration and motor neuron death in CHCHD10S59L/+ mouse.
EF30 Mitochondrial defect in muscle precedes neuromuscular junction degeneration and motor neuron death in CHCHD10S59L/+ mouse.

Recently, we provided genetic basis showing that mitochondrial dysfunction can trigger motor neuron disease (MND). We reported patients, carrying the p.Ser59Leu heterozygous mutation in CHCHD10, from a large family with a mitochondrial myopathy associated with MND. Rapidly, our group and others reported CHCHD10 mutations in amyotrophic lateral sclerosis (ALS), frontotemporal dementia (FTD)-ALS and other neurodegenerative diseases. We generated knock-in (KI) mice, carrying the p.Ser59Leu mutation, that mimic the mitochondrial myopathy with mtDNA instability displayed by the patients from our original family. Before 14 months of age, all KI mice developed a fatal mitochondrial cardiomyopathy associated with enhanced mitophagy. CHCHD10S59L/+ mice also displayed neuromuscular junction (NMJ) and motor neuron degeneration with hyper-fragmentation of the motor end plate and moderate but significant motor neuron loss in lumbar spinal cord at the end stage of the disease. At this stage, we observed TDP-43 cytoplasmic aggregates in spinal neurons. We also showed that motor neurons differentiated from human iPSC carrying the p.Ser59Leu mutation were much more sensitive to Staurosporine or glutamate-induced caspase activation than control cells. CHCHD10 is highly expressed in the NMJ post-synaptic part and we observed CHCHD10 abnormal expression in CHCHD10S59L/+ mice. Furthermore, we found OXPHOS deficiency in muscle of CHCHD10S59L/+ mice at 3 months of age in the absence of neuron loss in spinal cord.

Our data confirm that mitochondrial deficiency associated with CHCHD10 mutations can be at the origin of MND. The pathological effects of the p.Ser59Leu mutation target the muscle prior to NMJ and motor neurons and, likely lead to OXPHOS deficiency, loss of cristae junctions and destabilization of internal membrane structure within mitochondria at motor end plate of NMJ, impairing neurotransmission. Our results are in favor with a key role for muscle in MND associated with CHCHD10 mutations.

Sylvie BANNWARTH, Emmanuelle GENIN, Blandine MADJI HOUNOUM, Konstantina FRAGAKI, Sandra LACAS-GERVAIS, Alessandra MAURI-CROUZET, Françoise LESPINASSE, Julien NEVEU, Baptiste ROPERT, Gaelle AUGÉ, Charlotte COCHAUD, Cynthia LEFEBVRE-OMAR, S BIGOU, Aude CHIOT, Fanny MOCHEL, Séverine BOILLÉE, Christian LOBSIGER, Delphine BOHL, Jean-Ehrland RICCI, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER (Nice)
17:45 - 17:50 #20335 - EF31 Un outil d’interprétation des réarrangements du génome mitochondrial couplant eKLIPse à une approche de machine learning.
EF31 Un outil d’interprétation des réarrangements du génome mitochondrial couplant eKLIPse à une approche de machine learning.

INTRODUCTION. Les défauts de maintenance de l’ADN mitochondrial (ADNmt) causés par des gènes nucléaires sont à l’origine d’un grand nombre de maladies mitochondriales se caractérisant par l’accumulation de délétions multiples de l’ADNmt. Cependant, ces délétions s'accumulent également au cours du vieillissement, ce qui rend leur interprétation difficile chez les patients suspectés de maladies mitochondriales. L’objectif de ce travail était d’identifier les critères permettant de discriminer ces deux situations, en utilisant eKLIPse, un outil bioinformatique de détection des grands réarrangements de l’ADNmt.

PATIENTS ET METHODES. Une cohorte de dérivation comportant des données de séquençage de nouvelle génération (NGS) de l’ADNmt a été analysée avec eKLIPse pour des patients (P) présentant des variants pathogènes connus de gènes nucléaires impliqués dans la maintenance de l'ADNmt et des contrôles (C) à partir de biopsies musculaires (32 P et 53 C) et de prélèvements urinaires (10 P et 37 C).

Les profils délétionnels ont été comparés entre les deux groupes par classes d’âge de manière à identifier les critères discriminants et permettre le développement d’un modèle d’analyse par une approche de type réseau neuronal. Celui-ci a ensuite été testé sur une cohorte de validation de 40 patients adressés au laboratoire entre janvier 2018 et juin 2019, pour valider son intérêt en diagnostic.

RESULTATS. L’analyse des données NGS d’ADNmt grâce à eKLIPse a permis d’identifier l’accumulation de délétions de l’ADNmt pour tous les patients dans le tissu musculaire et cellules uroépithéliales, et seulement pour 2/3 des contrôles pour les 2 tissus. Plusieurs paramètres discriminant les patients des contrôles en fonction de leur âge ont été identifiés et intégrés à un modèle d’analyse (nombre de délétions, hétéroplasmie, répétitions aux points de cassure, localisation et pourcentage de délétion cumulée). Pour la cohorte de validation, l’utilisation d’eKLIPse a permis l’identification de délétions de l’ADNmt pour 19 patients (47,5%). Pour 15 de ces patients les délétions observées ont été associées au vieillissement, et pour les 4 autres à une anomalie de maintenance, confirmant notamment la pathogénicité de variants de signification inconnue (VSI) dans les gènes POLG et TWNK.

CONCLUSION. L'analyse des données de NGS de l'ADNmt sur muscle et urine à l’aide d’eKLIPse a permis de différencier des profils délétionnels caractéristiques en fonction de leur origine : défaut de maintenance de l'ADNmt ou processus de vieillissement physiologique. L’utilisation de ce modèle permet d’orienter la stratégie diagnostique vers l’analyse des gènes nucléaires impliqués dans la maintenance de l’ADNmt en cas d’identification de délétions multiples, mais également comme outil de validation fonctionnelle pour faciliter la classification des VSI selon les critères de l’ACMG pour les gènes nucléaires associés à la maintenance de l’ADNmt.

Céline BRIS (Angers), David GOUDENÈGE, Valérie DESQUIRET - DUMAS, Sylvie BANNWARTH, Pauline GAIGNARD, Aurélien TRIMOUILLE, Benoit RUCHETON, Stéphane ALLOUCHE, Claude JARDEL, Abdel SLAMA, Magalie BARTH, Marco SPINAZZI, Marie-Laure MARTIN-NEGRIER, Cécile ROUZIER, Yann PÉRÉON, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Christophe VERNY, Dominique BONNEAU, Pascal REYNIER, Patrizia BONNEAU, Vincent PROCACCIO
17:50 - 17:55 #20558 - EF32 Dix nouvelles mutations du gène GFM1 chez des enfants avec hypotonie axiale et dystonie.
EF32 Dix nouvelles mutations du gène GFM1 chez des enfants avec hypotonie axiale et dystonie.

Pathogenic GFM1 variants have been linked to neurological phenotypes with or without liver involvement, but only a few cases have been reported in the literature.

Here, we report clinical, biochemical and neuroimaging findings from nine unrelated children carrying  GFM1 variants, 10 of which were not previously reported. All patients presented with neurological involvement—mainly axial hypotonia and dystonia during the neonatal period—with five  diagnosed with West syndrome; two children had liver involvement with cytolysis episodes or hepatic failure. While two patients died in infancy, six exhibited a stable clinical course. Brain MRI showed involvement of basal ganglia, brainstem and periventricular white matter. Mutant EFG1 and OXPHOS proteins were decreased in patient fibroblasts consistent with impaired mitochondrial translation. Thus, we expand the genetic spectrum of GFM1-linked disease and provide detailed clinical profiles of the patients that will improve the diagnostic success for other patients carrying GFM1 mutations.

Benedetta RUZZENENTE (paris), Giulia BARCIA, Marlène RIO, Zahra ASSOULINE, Coralie ZANGARELLI, Naig GUEGUEN, Valerie DESQUIRET DUMAS, Pascale MARCORELLES, Manuel SCHIFF, Abdelhamid SLAMA, Magalie BARTH, Marie HULLY, Pascale DE LONLAY, Arnold MUNNICH, Isabelle DESGUERRE, Jean-Paul BONNEFONT, Julie STEFFANN, Vincent PROCACCIO, Nathalie BODDAERT, Agnès RÖTIG, Metodi D METODIEV

Jeudi 23 janvier

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BRK5S3
16:35 - 17:55

SESSION PRESENTATION FLASH POSTERS - ECRAN 3

Modérateurs : Cédric LE MARECHAL (BREST), Florence PETIT (MCU-PH) (LILLE)
16:35 - 16:40 #19865 - EF33 Pertinence et rendement diagnostique des gènes associés à la cardiomyopathie arythmogène.
EF33 Pertinence et rendement diagnostique des gènes associés à la cardiomyopathie arythmogène.

La cardiomyopathie arythmogène (CAM) est une cardiopathie héréditaire dans laquelle les cardiomyocytes sont progressivement remplacés par du tissu fibro-adipeux. L’arrêt cardiaque peut être la première manifestation de cette pathologie, notamment chez les jeunes sportifs. A ce jour, 16 gènes sont associés à cette pathologie, avec 50% des patients atteints porteurs d’un variant rare pathogène, le plus fréquemment dans les 5 gènes codant pour les protéines desmosomales (PKP2, DSC2, DSG2, DSP et JUP). L’implication des 11 autres gènes (associés à d’autres cardiopathies) reste encore très débattue. Le développement du séquençage haut-débit a permis de mettre en évidence l’existence de nombreux variants rares parmi les individus de la population générale conduisant à ne plus conclure à la pathogénicité d’un variant sur sa rareté. Il convient donc désormais de s’appuyer sur d’autres critères afin de s’assurer de la réelle implication d’un gène ainsi que des variants rares reportés.

Nous proposons dans cette étude de déterminer la pathogénicité des variants selon la classification ACMG puis d’évaluer la pertinence des gènes décrits dans le diagnostic moléculaire de la CAM. Nous mettrons aussi en relation le phénotype des patients selon la pathogénicité des variants.

179 patients atteints de CAM ont été séquencés sur un panel de 71 gènes associés aux cardiopathies héréditaires incluant 11 gènes les plus fréquemment décrits dans la CAM. Les variants sont classés selon les recommandations internationales de l’ACMG grâce à 2 outils bio-informatiques. Nous réalisons des tests de type burden (CAST) et de dispersion (SKAT, SKAT-O) entre notre population de patients et une population contrôle sur les gènes du panel.

34.6% de nos patients (62/179) sont porteurs de variants pathogènes, avec PKP2 en tête chez 42 patients. 17.3% des patients (31/179) sont également porteurs de variants de signification inconnue dans les gènes associés à la CAM. Les tests d’enrichissement ont démontré un enrichissement significatif en variants pathogènes chez PKP2, DSP, DSG2 et DSC2 (p < 0.001) et en variants de signification inconnue dans les gènes PKP2 (p < 0.01), DSG2 (p < 0.01) et DSC2 (p < 0.001). Aucun enrichissement n’a été observé parmi les autres gènes. Les patients porteurs d’un variant dans les gènes associés à la CAM sont diagnostiqués plus précocement que les patients non porteurs (p < 0.001).

Parmi les gènes décrits, seuls les gènes desmosomaux comptent une proportion significative de variants rares pathogènes chez les patients atteints de CAM par rapport à la population contrôle. Les variants de signification inconnue dans les gènes PKP2, DSG2 et DSC2 semblent contribuer à la pathologie et méritent d’être investigués afin de renforcer le rendement diagnostique de la CAM. Enfin, l’âge d’apparition des symptômes est corrélé à la présence d’un variant pathogène justifiant ainsi un dépistage familial précoce pour une meilleure prise en charge clinique.

Adeline GOUDAL (Nantes), Matilde KARAKACHOFF, Pierre LINDENBAUM, Estelle BARON, Stéphanie BONNAUD, Florence KYNDT, Emmanuelle BOURCEREAU, Aurélie THOLLET, Richard REDON, Stéphane BÉZIEAU, Jean-Jacques SCHOTT, Vincent PROBST, Julien BARC
16:40 - 16:45 #20093 - EF34 Atteinte aortique chez les patients suivis pour un syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.
EF34 Atteinte aortique chez les patients suivis pour un syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire.

Introduction : Le syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire (SEDv) est une maladie génétique rare (fréquence estimée 1/100 000) autosomique dominante liée au gène COL3A1. La principale complication est l’atteinte vasculaire avec des anévrysmes, dissections voire ruptures des artères de moyen calibre chez des adultes jeunes. Il existe une hétérogénéité phénotypique entre les patients porteurs de variants avec haplo-insuffisance et ceux avec variants dominants négatifs (variants faux-sens glycine, variants d’épissage).

Objectif : L’objectif principal de ce travail est de décrire la prévalence de l’atteinte aortique dans les trois sous-groupes de variants. L’objectif secondaire est la description des lésions artérielles non aortiques au sein de ces mêmes sous-groupes.

Matériels et méthodes : Nous avons inclus des patients atteints de SEDv moléculairement confirmé et suivis dans le centre de référence ou l’un des centres de compétence du réseau national (cohorte RaDiCo SEDVASC), quels que soient leur âge, leur statut et leur sexe.

Résultats : Un total de 310 patients a été recensé (175 cas index, 135 apparentés), avec une majorité de femmes (62%) et de patients en vie (85%). L’âge médian des patients à l’inclusion est de 43 ans (IQR 30 – 54).  Les variants se répartissent comme suit : 59% variants faux-sens glycine, 22% variants d'épissage et 19% variants d’haplo-insuffisance. Une complication cardiovasculaire est rapportée chez 68% des sujets, et 26% d’entre eux ont une atteinte aortique. La présence d’un variant glycine ou d’épissage est associée à une complication inaugurale sévère (p 3,448*10-5). La répartition des lésions artérielles (aortiques vs artères viscérales ou périphériques) est associée au génotype, les individus avec variants d’haplo-insuffisance ayant tendance à avoir plus souvent une atteinte aortique (p 0,064, OR : = 1,19 95%CI [-0,43 –  0,76]) et moins souvent une atteinte cervicale (p 0,038), viscérale (p 0,006) ou iliofémorale (p 0,05). Enfin, on retrouve une fréquence moindre de ruptures artérielles chez les patients SEDv avec variant d'haplo-insuffisance (p 1,21*10-5), mais également des fréquences moindres de dissections et d'anévrysmes qui sont majoritairement identifiés chez les patients avec variant glycine (p 1,22*10-8 et 6,81*10-9 respectivement).

Discussion : Ces résultats confirment la fréquence de l'atteinte aortique chez les patients SEDv avec variant d’haplo-insuffisance, ainsi qu'un moindre risque artériel quel que soit le type de lésion chez ces sujets, justifiant une prise en charge différenciée en fonction du type de mutation COL3A1.

Salma ADHAM (Paris), Anne LEGRAND, Jean-Michaël MAZZELLA, Violaine DALENS, Clarisse BILLON, Michael FRANK, Xavier JEUNEMAITRE
16:45 - 16:50 #20250 - EF35 Variants pathogènes EPHB4 : un phénotype chevauchant avec la maladie de Rendu-Osler ?
EF35 Variants pathogènes EPHB4 : un phénotype chevauchant avec la maladie de Rendu-Osler ?

Les variants pathogènes du gène EPHB4 ont été récemment décrits comme associés au syndrome de malformation capillaire-malformation artério-veineuse (CM-AVM) de type 2 (CM-AVM2) caractérisé par la présence de malformations capillaires (MC), de télangiectasies et de malformations artério-veineuses (MAV). Ce syndrome est très proche du syndrome CM-AVM de type 1 (CM-AVM1) associé à des variants pathogènes du gène RASA1 et peut également avoir des signes cliniques chevauchants avec ceux de la maladie de Rendu-Osler (MRO), définis par les critères de curaçao à savoir la présence d’épistaxis, de télangiectasies cutanéo-muqueuses, de MAV pulmonaires, neurologiques ou hépatiques et d’antécédents familiaux. Les variant pathogènes des gènes ACVRL1 et ENG sont responsables de MRO. L’analyse moléculaire de ces pathologies phénotypiquement proches est réalisée par séquençage haut débit (NGS) d’un panel de gènes incluant les gènes MRO (ACVRL1, ENG, SMAD4 et BMP9) et les gènes CM-AVM (RASA1, EPHB4). 318 cas index suspectés de MRO sur la présence d’au moins 2 critères de Curaçao (n=216) ou de CM-AVM (n=102) ont été analysés de façon prospective à l’exception de 8 patients analysés rétrospectivement. Dix-huit variants pathogènes de EPHB4 ont été identifiés : 13 chez des patients avec une suspicion de CM-AVM et 5 chez des patients avec une suspicion clinique de MRO. La transmission a été testée pour 7 patients et tous les variants ont été identifiés chez au moins 1 parent à l’exception d’un variant de novo. De plus, un variant non-sens a été identifié à l’état homozygote chez un patient dans un contexte de consanguinité, sans signe de sévérité accrue du phénotype. La quasi-totalité des cas index porteurs d’un variant pathogène EPHB4 présentent des lésions vasculaires cutanées (17/18) de type télangiectasies, principalement chez les patients suspectés MRO (4/5), et/ou des malformations capillaires multiples. Ces lésions cutanées sont associées à la présence d’une MAV chez 5 patients sur 16 explorés : 3 MAV cérébrales dont une anomalie de la veine de Galien, 1 MAV de la face, et 1 MAV hépatique chez un patient suspecté MRO. Des épistaxis sont présentes chez 3 patients dont 2 patients suspectés MRO. Une patiente présente un phénotype particulier associant une malformation des sinus duraux sans shunt artério-veineux, des anomalies veineuses de développement et un angiome cervical profond.

Dans notre cohorte, le signe clinique majeur est la présence de lésions vasculaires cutanées multiples. Ces lésions de type télangiectasie parfois associées à des épistaxis, ou une MAV de localisation hépatique ont évoqué prioritairement un diagnostic de MRO chez 5 patients mais l’analyse moléculaire a révélé un diagnostic de CM-AVM2. L’hétérogénéité phénotypique associée aux variants pathogènes d’EPHB4 justifie la réalisation d’un panel élargi de gènes permettant le diagnostic de CM-AVM2 au sein des différents syndromes de malformation vasculaire héréditaire.

Mélanie EYRIES (PARIS), Florence PETIT, Aurélien PALMYRE, Olivia BOCCARA, Augustin OZANNE, Tiffany BUSA, Annick TOUTAIN, Christian LAVIGNE, Bertrand ISIDOR, Chloé QUELIN, Marie-Antoinette SEVESTRE-PIETRI, Isabelle BOURGAULT, Philippe CHARRON, Florence RICCARDI, Sebastien BARBAROT, Odile BOUTE, Thierry CHINET, Florence COULET, Florent SOUBRIER
16:50 - 16:55 #20295 - EF36 Mise en place d'un Observatoire du syndrome de Marfan au sein de la Fédération Française de Basket-Ball.
EF36 Mise en place d'un Observatoire du syndrome de Marfan au sein de la Fédération Française de Basket-Ball.

Certaines maladies héréditaires du tissu conjonctif  sont responsables de caractéristiques physiques pouvant apporter un avantage pour la pratique sportive, telles la grande taille, la dolichosténomélie et l’arachnodactylie du syndrome de Marfan pour le basket-ball. De ce fait, la sélection des jeunes basketteurs sur des critères de taille notamment induit un risque de biais de sélection vers ces pathologies.

La pratique sportive en compétition est contre-indiquée dans ces syndromes, du fait d’un risque important de complication cardiovasculaire aigüe (Braverman et al., 2015), rendant complexe la gestion au cas par cas de ces jeunes sportifs après le diagnostic.

La Fédération Française de Basket-Ball a considéré prioritaire le dépistage précoce de la maladie chez le jeune basketteur de haut niveau, afin d’organiser une réorientation dans de bonnes conditions et garantir un suivi médical adapté.

Un Observatoire du syndrome de Marfan a été mis en place en 2018, composé d'un généticien, un conseiller en génétique, et deux médecins fédéraux du sport. Une procédure de dépistage a été instaurée, impliquant tous les sportifs de 14 à 17 ans du Centre Fédéral de Basket-ball. Trente critères cliniques, échographiques et familiaux de maladies du tissu conjonctif ont été évalués. La méthode utilisée n’a pas suivi les seuils du score de Ghent, du fait de son inadéquation au contexte (âge jeune, contexte asymptomatique, exclusion des individus avec dilatation aortique).

Vingt-six sportifs ont été évalués (15 garçon, 11 filles). L'hyperélasticité cutanée est présente chez 2/3 (n=17). L'arachnodactylie et la dolichosténomélie sont présentes chez plus de la moitié (n=14). Les hernies de paroi, les signes du pouce et du poignet ou la tendance scoliotique ne sont présentes que chez un seul cas (4%). 20% présentent des antécédents familiaux contributifs (n=5): pneumothorax, myopie sévère ou atteinte cardiovasculaire. Pour 1/3 (n=9), l'évaluation retrouve au plus 3 critères diagnostiques cliniques positifs. La moitié des cas (n=13) présente 4 ou 5 critères diagnostiques, nécessitant une réévaluation plus complète. 15% (n=4) présentent entre 6 et 9 critères diagnostiques positifs, faisant suspecter chez eux un syndrome de Marfan ou apparenté.

Une proportion importante de jeunes basketteurs du Centre Fédéral présentent plusieurs critères diagnostiques d’atteinte du tissu conjonctif. L'hyperélasticité cutanée, critère fréquent et inattendu, n’est pas typique du syndrome de Marfan. L’excès de critères diagnostiques de maladie du tissu de soutien par rapport à la population générale n’est pas expliqué. Ces données  évoquent  de possibles liens entre grande taille et propriétés du tissu conjonctif dans cette population spécifique.

Nous proposons de réaliser chez tous les jeunes basketteurs de haut niveau un examen clinique adapté. En cas de forte suspicion de syndrome de Marfan, une consultation au CNR pour un bilan médical complet accompagné d'un conseil génétique est proposée.

Jean-Michaël MAZZELLA, François TASSERY, Marianne GROC, Juliette ALBUISSON (DIJON)
16:55 - 17:00 #20593 - EF37 Identification de trois nouveaux gènes de susceptibilité au rétrécissement aortique calcifié : IL6, ALPL et NAV1.
EF37 Identification de trois nouveaux gènes de susceptibilité au rétrécissement aortique calcifié : IL6, ALPL et NAV1.

BACKGROUND: Calcific aortic valve stenosis (CAVS) is a frequent and life-threatening cardiovascular disease for which there is currently no medical treatment available. To date, only 2 genes, LPA and PALMD, have been identified as causal for CAVS. We aimed to identify additional susceptibility genes for CAVS.

METHODS: A GWAS (genome-wide association study) meta-analysis of 4 cohorts, totaling 5115 cases and 354 072 controls of European descent, was performed. A TWAS (transcriptome-wide association study) was completed to integrate transcriptomic data from 233 human aortic valves. A series of post-GWAS analyses were performed, including fine-mapping, colocalization, phenome-wide association studies, pathway, and tissue enrichment as well as genetic correlation with cardiovascular traits.

RESULTS: In the GWAS meta-analysis, 4 loci achieved genome-wide significance, including 2 new loci: IL6 (interleukin 6) on 7p15.3 and ALPL (alkaline phosphatase) on 1p36.12. A TWAS integrating gene expression from 233 human aortic valves identified NAV1 (neuron navigator 1) on 1q32.1 as a new candidate causal gene. The CAVS risk alleles were associated with higher mRNA expression of NAV1 in valve tissues. Fine- mapping identified rs1800795 as the most likely causal variant in the IL6 locus. The signal identified colocalizes with the expression of the IL6 RNA antisense in various tissues. Phenome-wide association analyses in the UK Biobank showed colocalized associations between the risk allele at the IL6 lead variant and higher eosinophil count, pulse pressure, systolic blood pressure, and carotid artery procedures, implicating modulation of the IL6 pathways. The risk allele at the NAV1 lead variant colocalized with higher pulse pressure and higher prevalence of carotid artery stenosis. Association results at the genome-wide scale indicated genetic correlation between CAVS, coronary artery disease, and cardiovascular risk factors.

CONCLUSIONS: Our study implicates 3 new genetic loci in CAVS pathogenesis, which constitute novel targets for the development of therapeutic agents.

Christian DINA (Nantes), Sébastien THERIAULT, David MESSIKA-ZEITOUN, Solena LE SCOUARNEC, Sidwell RIGADE, Romain CAPOULADE, Floriane SIMONET, Benoit ARSENAULT, Simon LECOINTE, Estelle BARON, Christophe BAUFRETON, Vincent PROBST, Richard REDON, Philippe PIBAROT, Patrick MATHIEU, Thierry LE TOURNEAU, Yohan BOSSÉ, Jean-Jacques SCHOTT
17:00 - 17:05 #19797 - EF38 Contribution du gène ABCC2 au syndrome de Dubin-Johnson et aux maladies cholestatiques à composante génétique.
EF38 Contribution du gène ABCC2 au syndrome de Dubin-Johnson et aux maladies cholestatiques à composante génétique.

Introduction. Le gène ABCC2, qui code un transporteur membranaire hépatobiliaire, est impliqué dans le syndrome de Dubin-Johnson (DJS), une maladie hépatique rare autosomique récessive. Le premier objectif de cette étude était de déterminer la valeur diagnostique de l’analyse du gène ABCC2 dans la plus large cohorte de DJS rapportée à ce jour et de réévaluer le spectre clinique associé. Alors que la cholestase est généralement considérée comme un critère clinique d’exclusion du diagnostic, nous avons observé un nombre important de patients avec des manifestations cholestatiques transitoires. Cela nous a amenés secondairement à évaluer la contribution de variants potentiellement pathogènes d’ABCC2 dans des maladies cholestatiques à composante génétique.

Méthodes. Cette étude inclut 32 patients avec un diagnostic clinique de DJS et 372 patients adressés pour des maladies cholestatiques avec un fort déterminisme génétique : lithiase biliaire à faible niveau de phospholipides (syndrome LPAC ; n=192), cholestase gravidique (n=97), et cholestase récurrente bénigne (n=83). Le gène ABCC2 a été analysé par séquençage nouvelle génération.

Résultats. La très grande majorité des patients (94%) avec un diagnostic clinique de DJS ont un diagnostic génétique positif, avec une grande diversité de variants ponctuels et de CNV (copy number variations) dans ABCC2. De manière frappante, 27% des patients ont débuté leur maladie par des manifestations cholestatiques : 4 cholestases néonatales, 2 cholestases gravidiques, une cholestase induite par la prise de contraceptifs oraux, et une cholestase spontanée. Cette implication nouvelle du gène ABCC2 dans l’étiologie des cholestases néonatales nous a amenés à caractériser de manière fine ces cholestases néonatales sur le plan clinique et biologique. Par contre, les variants rares potentiellement pathogènes d’ABCC2 ne semblent pas jouer de rôle dans les maladies cholestatiques à forte composante génétique, avec une fréquence de ces variants équivalente à celle retrouvée dans la population générale.

Conclusions. L’étude de cette large série montre que le syndrome de DJS est une maladie Mendélienne très homogène sur le plan clinique et génétique. Le diagnostic génétique est déterminant pour faire un diagnostic précoce, en particulier dans les formes de cholestases néonatales. ABCC2 n’est pas un gène jouant un rôle majeur dans les formes oligogéniques de maladies cholestatiques.

Christophe CORPECHOT, Véronique BARBU, Olivier CHAZOUILLÈRES, Pierre BROUÉ, Muriel GIRARD, Bertrand ROQUELAURE, Yves CHRÉTIEN, Catherine DONG, Olivier LASCOLS, Chantal HOUSSET, Isabelle JÉRU (Paris)
17:05 - 17:10 #20086 - EF39 Analyse par panel NGS d’une série de 188 patients présentant un déficit hypophysaire multiple (réseau GENHYPOPIT) : GLI2 deuxième cause génétique.
EF39 Analyse par panel NGS d’une série de 188 patients présentant un déficit hypophysaire multiple (réseau GENHYPOPIT) : GLI2 deuxième cause génétique.

Introduction: L’hypopituitarisme congénital se caractérise par un déficit en hormone antéhypophysaire non acquis, allant d’un déficit hormonal unique (déficit isolé en GH (IGHD) le plus fréquent) à un déficit multiple (CPHD). Dans les 2 cas, le phénotype peut être uniquement hypophysaire ou s’associer à des malformations des structures voisines (posthypophyse ectopique (EPP), oculaires ou de la ligne médiane). Dans le cadre du réseau Genhypopit, le séquençage séquentiel en Sanger d’une dizaine de gènes chez 1200 cas index  a retrouvé des mutations dans 8 % des cas, les plus fréquentes dans PROP1 (4%). De nombreux gènes candidats se sont rajoutés ces dernières années.

Objectif, patients et méthodes: Comparer les résultats obtenus chez 188 patients présentant un CPHD (ou IGHD en âge pédiatrique), reçus entre 2014 et 2016, entre un séquençage séquentiel en Sanger d’une dizaine de gènes et le séquençage d’un panel de 25 gènes par NGS (impliqués dans le CPHD, IGHD, ainsi que dans les déficits thyréotropes et corticotropes isolés). La librairie à façon Qiaseq (Qiagen®) a été séquencée sur un séquenceur Nextseq500 (Illumina®). L’analyse bioinformatique a été réalisée par un pipeline BioMedical Genomics Workbench (Qiagen®).

Résultats: Par séquençage Sanger séquentiel nous avons identifié chez 16/188 patients  (8,5%) des variants pathogènes ou probablement pathogènes (classe 4 et 5) affectant les gènes PROP1 (5.9%), POU1F1, LHX4, HESX1, TBX19 et GH1. Le séquençage par panel NGS nous a permis d’identifier des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez 24/188 patients (12,8%). Si l’intégralité des variants identifiés par analyse Sanger a pu être confirmée par NGS, 8 nouveaux variants de classe 4 et 5 ont pu être identifiés sur GLI2 (4), IGSF1 (2), GHSR (1) et TSHb (1). Parmi ces 8 nouveaux variants seul le variant pathogène hétérozygote de TSHb n’explique pas le phénotype de CPHD. Des variants de signification inconnu (VASI) selon la classification de Richards ont été retrouvés par NGS dans 20/25 gènes analysés chez 76/188 patients (40,4%).  Un tiers d’entre eux (13,3%) sont des variants très rares (<0.01% ou absents du GnomAd), avec des prédictions in silico pathogènes et /ou avec publication discordante (pathogène ou VASI) dans les bases de données (Clinvar, LOVD, HGMD). L’analyse des familles (variants de novo; co-ségrégation génotype phénotype) est en cours. Aucune grande délétion/insertion  n’a été identifié par le module d’analyse CNV du logiciel d’analyse.

Conclusion: L’analyse par panel NGS a permis d’augmenter de 50 % l’identification de gène responsable de déficit hypophysaire dans la série analysée. Ce nombre reste faible (12,8%), même si probablement parmi le nombreux  VASI très rares identifiés (13,3%) une partie sera réclassifié en probablement pathogène, après d’analyses complémentaires. Dans cette série les mutations de GLI2 représente la 2ème cause de CPHD au global, voir la 1ère dans les cas de CPHD avec EPP.

Morgane PERTUIT, Amira MOHAMED, Svetlana GOROKHOVA, Nicolas LENFANT, Valerie DELAGUE, Pauline ROMANET, Frederic CASTINETTI, Anne BARLIER, Rachel REYNAUD, Thierry BRUE, Alexandru SAVEANU (MARSEILLE)
17:10 - 17:15 #20188 - EF40 Syndrome de Bartter anténatal transitoire lié à l'X : description de nouveaux cas liés à des variations pathogènes dans le gène MAGED2.
EF40 Syndrome de Bartter anténatal transitoire lié à l'X : description de nouveaux cas liés à des variations pathogènes dans le gène MAGED2.

Les bases moléculaires du syndrome de Bartter anténatal transitoire ont été découvertes récemment (Laghmani K. et al NEJM 2016). Elles reposent sur des mutations du gène MAGED2, situé sur le chromosome X (Xq11). Le syndrome de Bartter anténatal transitoire est une des formes de syndrome de Bartter les plus sévères en période périnatale avec un hydramnios majeur au cours du 2ème trimestre de la grossesse et un tableau de polyurie et perte de sel en période néonatale paradoxalement transitoire. Des manifestations extra-rénales ont été décrites chez les patients avec ce syndrome, incluant des malformations cardiaques et neurologiques (Legrand A et al. cJASN 2018). Bien que de transmission récessive liée à l'X, nous avons décrit des manifestations sévères chez des sujets de sexe féminin avec une inactivation différentielle du chromosome X (Legrand A et al. cJASN 2018). Nous rapportons 12 nouveaux cas, dont 1 cas de sexe féminin, issus de 8 familles différentes. Parmi ces familles, 5 sont porteuses de mutations non précédemment décrites (p.(Ala489_Ala491del); c.1166-11_1166-2del;p.?; p.(Glu152*); p.(Arg476*); p.(Arg239Profs*5)). Dans cette nouvelle série, l'allèle muté a été transmis par la mère dans 6 cas, par le père chez un cas et l'ADN parental n'était pas disponible pour une famille. Le terme moyen de découverte de l'hydramnios était de 21.7 semaines d'aménorrhée, l'âge gestationnel moyen à la naissance était  de 26.6 semaines d'aménorrhée et quatre fœtus sont morts nés. Le poids de naissance moyen se situait au 87ème percentile. Chez un patient de sexe masculin, le syndrome de Bartter était accompagné d'une tétralogie de Fallot et d'une fente labio-palatine qui a conduit à une interruption médicale de grossesse. Parmi les patients pour qui nous disposions des données de suivi, 3 patients présentaient un syndrome de perte rénale de sel à la naissance tandis que 2 patients de sexe masculin n'ont pas eu de manifestations en période néonatale. De façon intéressante, chez un de ces deux patients l'hydramnios s'est résolu de façon spontanée à 32 semaines d'aménorrhée. Nous avons observé dans 7 familles des antécédents d'hydramnios avec soit des pertes fœtales: 14 fœtus de sexe masculin (le diagnostic génétique a pu être confirmé sur biopsie fœtale ou sur liquide amniotique chez 4 fœtus); soit de naissances suivi de décès dû à des complications de la prématurité chez 2 petites filles. Ces résultats soulignent (1) l'importance d'évoquer ce syndrome devant une histoire familiale d'hydramnios idiopathique; (2) la variabilité phénotypique de ce syndrome: qui va de la mortalité fœtale à l'absence de symptômes passant par une tubulopathie avec perte de sel en période néonatale qui s'améliore avec à l'âge.

Marguerite HUREAUX (paris), Alexandra BRUEL, Rodolphe DARD, Charlotte DUBUCS, Young-Theresa KWON, Julien THEVENON, Pauline LE TANNO, Isabelle VRILLON, Alban ZIEGLER, Rosa VARGAS-POUSSOU
17:15 - 17:20 #20298 - EF41 Importance des analyses structure-fonction pour l’interprétation clinique des variants faux-sens rares et la mise en évidence de nouveaux mécanismes physiopathologiques : exemple de l’hémochromatose de type 4.
EF41 Importance des analyses structure-fonction pour l’interprétation clinique des variants faux-sens rares et la mise en évidence de nouveaux mécanismes physiopathologiques : exemple de l’hémochromatose de type 4.

L’hémochromatose de type 4 (HC4) est une maladie génétique rare du métabolisme du fer qui ségrége sur le mode autosomique dominant et qui débute généralement à l’âge adulte. Décrite sur plusieurs continents, elle représenterait la seconde forme génétique de surcharge en fer après l’hémochromatose HFE. La maladie est marquée par une forte hétérogénéité phénotypique, en partie expliquée par la présence de variations perte et gain de fonction au locus SLC40A1. L’existence de nombreuses phénocopies complique le diagnostic.

SLC40A1 code la ferroportine 1 (FPN1), seul exportateur de fer connu chez les mammifères. L’expression de FPN1 à la surface de cellules spécialisées du métabolisme du fer est fortement régulée par l’hepcidine, hormone hyposidérémiante synthétisée par le foie. Il faut remarquer qu’en dehors d’une variation d’épissage hypomorphe et de la délétion d’un acide aminé, toutes les variations aujourd’hui associées à la maladie correspondent à des variants faux-sens. Cela peut être expliqué par la fonction unique et essentielle de FPN1 au niveau cellulaire et systémique.

Dans ce contexte, l’interprétation clinique des variants révélés par l’analyse moléculaire du gène SLC40A1 est extrêmement limitée. Au travers d’une analyse exhaustive des données de la littérature et de la mise en place d’une base de données UMD (« Universel Mutation Database »), nous avons ainsi pu constater que la pathogénicité de plusieurs variants décrits dans la littérature était discutable ou infondée (classifications ACMG ou ANPGM). Cette observation est la conséquence de plusieurs facteurs: la publication d’un nombre croissant de cas isolés, des descriptions phénotypiques incomplètes et des données expérimentales hétérogènes. En combinant des analyses structurales (modélisations 3D de la protéine humaine FPN1) et fonctionnelles (mesures d’expression membranaire, d’export du fer et de résistance à l’hepcidine) nous avons classé de manière objective 22 variants faux-sens sur les 55 décrits (Br. J. Haematol. 2009, Hum. Mut. 2013, Hum. Mol. Genet. 2014). Cela nous a permis de mettre en évidence le défaut de spécificité de plusieurs outils de hiérarchisation fonctionnelle (Poly-Phen2, SIFT et Mutation Taster). 

Plus récemment, nous avons démontré l’intérêt des études structure-fonction dans la compréhension des bases physiopathologiques de l’HC4. En nous appuyant sur l’étude fonctionnelle de mutations décrites chez des patients et des analyses de dynamique moléculaire, nous avons établi que des résidus polaires et chargés forment des ponts salins et des liaisons hydrogènes au niveau intracellulaire. Ces liaisons non-covalentes apparaissent relativement flexibles. Elles permettraient ainsi à la protéine FPN1 d’exporter le fer au travers de changements de conformations réversibles. Nous pensons que l’altération de ces liaisons est à la base d’un mécanisme original de perte de fonction qui concernerait, à ce jour, un total de 13 variants (Haematologica 2018, Faseb 2019). 

Kévin UGUEN (Brest), Marlène LE TERTRE, Chandran KA, Ahmad ELBAHNSI, Isabelle GOURLAOUEN, Christophe BEROUD, David SALGADO, Claude FEREC, Isabelle CALLEBAUT, Gérald LE GAC
17:20 - 17:25 #20503 - EF42 Syndrome progéroïde de Werner : aspects génétiques et cliniques de la cohorte française et proposition d'un protocole de suivi.
EF42 Syndrome progéroïde de Werner : aspects génétiques et cliniques de la cohorte française et proposition d'un protocole de suivi.

Le syndrome de Werner appartient aux maladies progéroïdes, entrainant un vieillissement prématuré des tissus mésenchymateux et épithéliaux, et concerne une personne sur un million au niveau mondial. Ses signes cardinaux sont la petite taille, l’atteinte cutanée, la cataracte et la canitie précoces ; il se complique de nombreuses pathologies associées à l’âge telles que l’ostéoporose, les ulcères et le diabète, et le décès survient vers 50 ans de causes cardiovasculaires ou néoplasiques. Le syndrome de Werner est lié à des mutations perte de fonction bialléliques de WRN, codant pour une hélicase impliquée dans de multiples mécanismes régulant et réparant l’ADN. La prise en charge de ces patients n'est pas standardisée, du fait de l'expression variée, aux complications mineures peu décrites. Aucunes données récentes clinique ou moléculaire n’étaient disponibles concernant les patients français atteints de syndrome de Werner.

Cette étude a recensé 34 cas en France, confirmés moléculairement, pour lesquels les données cliniques et génétiques ont été obtenues.

Sur le plan moléculaire, 31 mutations dont 14 inédites ont été identifiées, certaines propres à des régions françaises. Sur le plan clinique, l’âge moyen de diagnostic était de 40,5 (± 9,5) ans, les signes cardinaux étaient identifiés chez 100% des patients. Des atteintes jusqu’alors sous-estimées ou non-associées comme l'hypertension, la surdité, les atteintes hépatique, thyroïdienne, valvulaire ou capillaire étaient fréquentes ; les complications obstétricales paraissaient systématiques. Le décès survenait à 53,6 (± 8,9) ans de cause principalement cancéreuse. Les néoplasies les plus fréquemment rapportées étaient les sarcomes des tissus mous, les hémopathies, les carninomes mammaires et les mélanones, en cohérence avec la littérature du syndrome de Werner, exceptés pour les carcinomes du sein plus nombreux chez nos patients. Malgré l’homogénéité des principaux signes, des formes à évolution moins sévère semblent exister, sans facteur prédictif identifié. Ces données cliniques permettent de proposer un protocole de prise en charge et de surveillance spécifique du syndrome de Werner.

Benjamin DAURIAT (Limoges), Nancy UHRHAMMER, Corinne VIGOUROUX, Philippe LACROIX, Henri ADAMSKI, Cindy COLSON, Florence DEMURGER, Hélène DOLLFUS, Hervé LEVESQUE, Valérie DROUIN-GARRAUD, Christine FRANCANNET, Fabienne GIULIANO, Bertrand ISIDOR, Claude MORAINE, Marc PISTORIUS, Gwenaël LEGUYADER, Isabelle RAINGEARD, Marlène RIO, Yves-Jean BIGNON, Catherine YARDIN
17:25 - 17:30 #19826 - EF43 La sarcoïdose, un modèle de relation gène-environnement - De l'analyse génétique à l'adaptation thérapeutique dans les formes sévères.
EF43 La sarcoïdose, un modèle de relation gène-environnement - De l'analyse génétique à l'adaptation thérapeutique dans les formes sévères.

La sarcoïdose (maladie de BESNIER-BOECK-SCHAUMANN – OMIM 181000) est une maladie inflammatoire systémique caractérisée par la formation de granulomes épithélioïdes et gigantocellulaires dans le poumon. D’autres organes sont plus ou moins fréquemment affectés, œil (uvéite sarcoïdosique) peau, articulations, système nerveux.. . La prévalence est estimée entre 1 sur 5000 et 1 sur 20000 et la maladie se déclare généralement entre 25 et 50 ans. L’augmentation du risque relatif (RR = 3,8) chez les apparentés au premier degré et l’existence de 5 à 10% de formes familiales suggèrent une prédisposition génétique associée à des facteurs toxiques environnementaux. Les locus historiquement impliqués seraient certains génotypes HLA-I (B7/B8) et II (DRB1-03) et des SNP (variants) au sein des gènes associés à la régulation de l’activation des lymphocytes T (BTNL2), de l’apoptose (ANXA11) ou du cytosquelette intracellulaire (CCDC88B). Depuis 2010, nous avons collecté à travers le réseau national GSF près de 200 formes familiales de sarcoïdose à 2, 3 (ou plus) de cas liés au premier degré et des TRIOS pédiatriques (enfant – parents sains)  afin de disposer dans notre cohorte des situations de transmission héréditaire à forte pénétrance, de type autosomique dominant (projet SARCFAM).  Trois années d’analyse génétique en WHOLE EXOME ont permis d’identifier une série de 88 gènes présentant des mutations délétères et dont les fonctions physiologiques sont centrées autour de la régulation de l’autophagie. Trois voies de régulation sont mises en avant, au sein même du processus autophagique, de la Rho GTPase Rac1 et du complexe multifonctionnel mTOR. Plus récemment, nous avons initié une étude de corrélation génotype qui suggère que les formes sévères, multi systémiques et potentiellement létales semblent préférentiellement associées à un petit nombre de gènes, ouvrant la voie à une adaptation thérapeutique pour les patients analysés en génotype. Nos résultats, inédits dans le contexte international, permettent d’envisager l’utilisation plus précoce d’immunosuppresseurs (azathioprine) qui cible Rac1 et les inhibiteurs de mTOR (everolimus et dérivés). Ces données sont été récemment publiées et soumises également à une revue d’opinion dans la revue TRENDS IN IMMUNOLOGY (pré acceptation - 29 juillet 2019).

Calender A, Lim CX, Weichhart T, et al. Exome sequencing and pathogenicity-network analysis of five French families implicate mTOR signalling and autophagy in familial sarcoidosis. Eur Respir J. 2019 Aug 1; 54(2) - PMID: 31023854

Besnard V, Calender A, Bouvry D, et al. G908R NOD2 variant in a family with sarcoidosis. Respir Res. 2018 Mar 20;19(1):44 - PMID: 29554915

Calender A, Rollat Farnier PA, Buisson A, et al. Whole exome sequencing in three families segregating a pediatric case of sarcoidosis. BMC Med Genomics. 2018 Mar 6;11(1): 23 - PMID: 30917882

Nathan N, Sileo C, Calender A, et al. Paediatric sarcoidosis. Paediatr Respir Rev. 2019 Feb;29: 53-59 - PMID: 30917882

 

Alain CALENDER (BRON), Dominique VALEYRE, Dominique ISRAEL BIET, Claire BARDEL, Pierre ROLLAT FARNIER, Vincent COTTIN, Valérie BESNARD, Yves PACHECO, Gsf GROUPE SARCOÏDOSE FRANCE
17:30 - 17:35 #20028 - EF44 Technique innovante de PCR sans extraction préalable de l’ADN pour le diagnostic combiné de la mutation du facteur V Leiden et G20210A du gène de la prothrombine.
EF44 Technique innovante de PCR sans extraction préalable de l’ADN pour le diagnostic combiné de la mutation du facteur V Leiden et G20210A du gène de la prothrombine.

Les mutations du facteur 5 Leiden (F5) et G20210A du gène de la prothrombine (F2 G20210A ) sont des facteurs génétiques prédisposant à la thrombose fréquemment retrouvés dans la population de patients thrombotiques, ayant conduit à recommander leur recherche dans le cadre des bilans de thrombophilie. La PCR par amplification en boucle (LAMP PCR) est une technique récente permettant une amplification isothermique. Le but de cette étude était de valider une méthode qualitative combinée permettant la détection simultanée des mutations du F5 et du F2 G20210A par une technique de LAMP PCR directement sur sang total sans extraction d’ADN.

La validation concernait la trousse LC-FII&FVL-LP-24® (LaCAR MDX Technologies) qui utilise 1µL de sang total ou de l’ADN. La technique comporte cinq phases, respectivement une lyse suivie d’amplification isotherme, de dénaturation, d’hybridation et de fusion avec détection en fluorescence. La PCR utilise 6 primers différents pour chaque cible, permettant l’amplification de F2 et F5 en même temps. La détection se fait par analyse des profils de fusion, dans deux canaux de fluorescence, à l’aide d’une sonde spécifique (mutation pour F2 et site sauvage pour F5) et d’un quencher. L’intégralité des réactions a été effectuée directement sur LC96® (Roche). L’analyse des profils de fusion est réalisable visuellement avec le logiciel Roche ou avec un logiciel automatisé en ligne (Mobiolink).

Deux types d’échantillons ont été utilisés : de l’ADN de 23 patients (conservé à +4°C) et une série prospective de 17 prélèvements de sang total (conservé 15 jours à +4°C puis congelé à -20°C). Les techniques usuelles du laboratoire ont été utilisées comme standard. Une PCR spécifique d’allèle du F2 sauvage, du F2 G20210A et du F9 comme témoin d’amplification a été utilisée avec une détection en SYBR®Green sur LC96®. Une technique de PCR avec sondes d'hybridation à transfert d'énergie par résonance fluorescente (FRET) sur RotorGene® selon Ameziane N et al. (2003) a été utilisée pour la détection des mutations du F5. Tous ces échantillons ont été sélectionnés après avoir été testés avec les deux techniques de PCR standard: statuts sauvage (19 F2 et 21 F5) et mutés homozygote (10 F2 et 7 F5) ou hétérozygote (11 F2 et 12 F5). Dans tous les cas, le statut identifié par les techniques standard a été confirmé avec le nouveau test. Les tests de reproductibilité ont également été concordants à 100%.

Au total, cette technique novatrice d’amplification en boucle permet d’obtenir en 40 minutes les résultats des deux mutations en une étape avec une instrumentation classique de biologie moléculaire. En effet un aliquote de sang lysé est directement mélangé aux réactifs d’amplification et de détection. Les résultats sont ainsi obtenus plus rapidement qu’avec les techniques conventionnelles. La méthode est flexible et permet une détection individuelle ou par séries en fonction de l'organisation du laboratoire qui le réalise.

Desjonqueres ALEXANDRE, Liselot DETEMMERMAN, Catherine TERNISIEN, Marc FOUASSIER, Benjamin GILLET, Marie C BÉNÉ, Yannick LE BRIS (Nantes)
17:35 - 17:40 #20077 - EF45 Exploration génétique d’une cohorte de lupus pédiatrique et familial.
EF45 Exploration génétique d’une cohorte de lupus pédiatrique et familial.

Les progrès récents en génétique appliqués au champ des maladies auto-immunes ont permis de mettre en évidence des susceptibilités génétiques de type mendélienne à certains cas de lupus érythémateux systémique, notamment dans les formes pédiatriques dont la sévérité clinique est particulièrement importante. L’étude de ces anomalies, touchant entre autres aux différentes voies de l’immunité innée, permet une meilleure compréhension de la physiopathologie de la maladie lupique et de son hétérogénéité.

Notre étude visait à mettre en évidence de nouvelles formes du lupus monogénique. 18 patients ont ainsi bénéficiés d’un séquençage de l’exome. Une analyse par CGH-array a également été réalisée pour l’analyse des CNV. Une étude du nombre de copies du gène C4 par ddPCR a complété l’analyse génétique pour mettre en évidence une éventuelle délétion du gène, facteur de risque connu de la maladie.

Nous avons retrouvé des variants délétères dans ADAR et ETV6, deux gènes déjà décrits en pathologie humaine. Un nouveau gène impliqué dans des formes d’auto-immunité familiale a été identifié grâce à deux variants pathogéniques identifiés dans deux familles différentes. La ségrégation familiale est en faveur d’une transmission dominante avec expressivité variable. D’autres gènes candidats (NLRC5, CD22, BANK1) font l’objet d’analyses génétiques et fonctionnelles complémentaires. Nous avons également mis en évidence un déficit complet en C4A.

Notre étude a permis la mise en évidence d’un nouveau gène impliqué dans des formes familiales d’auto-immunité et de lupus. D’autres gènes candidats font l’objet d’explorations génétiques et fonctionnelles. Nous avons démontré l’intérêt et la faisabilité de la recherche des CNV du gène C4 pour la mise en évidence de ce facteur de risque. La description de ces formes monogéniques de la maladie permet une avancée dans la compréhension de la physiopathologie de la maladie, avec la possibilité de voir se développer des traitements personnalisés, plus adaptés au profil de chaque malade. 

Maud TUSSEAU (LYON), Jessica MICHEL, Audrey LABALME, Marine VILLARD, Magali PERRET, Sebastien VIEL, Jean Christophe LEGA, Jean François VIALLARD, Brigitte BADER MEUNIER, Christophe MALCUS, Emilie CHOPIN, Thierry WALZER, Gaetan LESCA, Alexandre BELOT
17:40 - 17:45 #20032 - EF46 Mitodiag, le réseau français des laboratoires de diagnostic des maladies mitochondriales.
EF46 Mitodiag, le réseau français des laboratoires de diagnostic des maladies mitochondriales.

Les maladies mitochondriales constituent un groupe de maladies rares extrêmement hétérogènes tant sur le plan clinique que génétique. Elles sont dues à un déficit énergétique causé par un dysfonctionnement de la chaîne respiratoire mitochondriale. Ces maladies résultent de variants pathogènes touchant l’ADN mitochondrial (ADNmt) ou les gènes nucléaires (ADNn). Leur diagnostic est complexe et repose sur un faisceau d’arguments (cliniques, biochimiques, histologiques…) mais seule l’identification du gène responsable permet d’apporter le diagnostic de certitude. Pour cela, différentes approches par NGS sont utilisées (séquençage complet de l’ADNmt, panels de gènes nucléaires, exome). 

Créé en 2000, le réseau MitoDiag regroupe les 11 laboratoires français impliqués dans le diagnostic des maladies mitochondriales.Ce réseau est adossé aux 2 centres de références maladies rares pour les maladies mitochondriales : CALISSON (CHU de Nice) et CARAMMEL (hôpital Necker) qui font partie de la filière neuromusculaire Filnemus. MitoDiag est composé d’une soixantaine de membres (biologistes médicaux, généticiens moléculaires et cliniciens, chercheurs, biochimistes) qui collaborent activement. Ainsi, en 2013, une cohorte de 734 patients suspects de maladies mitochondriales a été constituée et analysée par l’ensemble des laboratoires de MitoDiag. Cette étude a démontré l’importance de rechercher les variants rares de l’ADNmt avec une identification de variants pathogènes dans 7,4% des cas (J. Med. Genet, 2013). La stratégie d’analyse de ces pathologies et les outils moléculaires et biochimiques sont revus régulièrement et des échanges d’échantillons interlaboratoires sont également organisés annuellement au sein du réseau. Les résultats obtenus par les différentes équipes sont colligés et analysés afin d’harmoniser les bonnes pratiques de laboratoires et établir des recommandations spécifiques pour le diagnostic des maladies mitochondriales. 

Actuellement, le réseau MitoDiag constitue une base de données clinico-biologique nationale spécifique pour les maladies mitochondriales (MitoMatcher).

Les différentes actions de MitoDiag permettent donc d’améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients suspects de maladie mitochondriale.

https://www.mitodiag.fr/home.php.

Sylvie BANNWARTH (NICE), Patrizia AMATI-BONNEAU, Céline BRIS, Valérie DESQUIRET-BRIS, Guegen NAIG, David GOUDENEGE, Alice CHOURY, Cécile ROUZIER, Annabelle CHAUSSENOT, Konstantina FRAGAKI, Samira AIT-EL-MKADEM SAADI, Marie-Laure MARTIN-NEGRIER, Aurélien TRIMOUILLE, Stéphane ALLOUCHE, Gaelle HARDY, Claire-Marie DHAENENS, Aurore DEVOS, Cécile ACQUAVIVA-BOURDAIN, Cécile PAGAN, Sophie VASSEUR, Pauline GAIGNARD, Abdelhamid SLAMA, Claude JARDEL, Benoit RUCHETON, Giulia BARCIA, Jean-Paul BONNEFONT, Julie STEFFAN, Anne-Sophie LEBRE, Pascal REYNIER, Véronique PAQUIS-FLUCKLINGER, Vincent PROCACCIO
17:45 - 17:50 #20039 - EF47 Un nouveau variant délétère du gène CAPN3 impliqué dans une transmission autosomique dominante de calpaïnopathie.
EF47 Un nouveau variant délétère du gène CAPN3 impliqué dans une transmission autosomique dominante de calpaïnopathie.

Les myopathies des ceintures présentent une grande hétérogénéité génétique avec plus de 25 formes de transmission récessive ou dominante décrites. La myopathie des ceintures associée au gène CAPN3 (Limb-Girdle Muscular Dystrophy Recessive type 1, LGMDR1), première caractérisée génétiquement, représente la plus fréquente des myopathies des ceintures autosomiques récessives.

Ce mode de transmission autosomique récessif exclusif admis pendant des années pour ce gène a récemment été reconsidéré avec la description en 2016 par Vissing et al. du variant récurrent, c.643_663del21 [p.(Ser215_Gly221del)], associé à un mode de transmission autosomique dominant. Cependant, aucun autre variant CAPN3 bien documenté n'a été décrit depuis pour confirmer ce nouveau mode de transmission associé aux calpaïnopathies.

 

En reprenant notre base de données de patients suspectés de LGMDR1 constituée depuis ces 15 dernières années au sein du Département de Génétique Médicale à Marseille, nous avons pu mettre en évidence un second variant, c.1333G>A [p.(Gly445Arg)], du gène CAPN3 associé à ce mode de transmission autosomique dominant. En effet, ce variant déjà décrit comme pathogène pour les LGMDR1 a été retrouvé dans notre base de données à l’état hétérozygote simple dans 3 familles distinctes pour lesquelles les explorations phénotypiques et génotypiques complémentaires orientent vers ce mode de transmission autosomique dominant. De plus, par le biais de la filière de santé des maladies rares neuromusculaires (FILNEMUS) une 4e famille a pu être identifiée présentant le même variant du gène CAPN3 associé à un phénotype similaire sur un mode de transmission autosomique dominant.

 

Ainsi, nous décrivons à ce jour 14 individus atteints au sein de 4 familles indépendantes présentant le même variant, c.1333G>A [p.(Gly445Arg)], du gène CAPN3 associé à une calpaïnopathie de transmission autosomique dominante.

Sur le plan clinique, le phénotype atténué a priori associé à cette transmission autosomique dominante, décrit à la fois par Vissing et al. et retrouvé pour les 4 familles que nous rapportons ici, représente un élargissement du spectre phénotypique des calpaïnopathies à considérer à l’avenir dans la pratique clinique.

Nos résultats soulignent ainsi l’existence de formes autosomiques dominantes de calpaïnopathies, au-delà des cas spécifiques associés au variant décrit par Vissing et al., même si à terme une validation par des tests fonctionnels reste nécessaire pour confirmer les mécanismes physiopathologiques sous-jacents.

Finalement, la description de ce nouveau mode de transmission pour les calpaïnopathies, outre l'impact évident sur le conseil génétique associé, ouvre également la voie à l'éventuelle réévaluation d’autres formes de myopathies pour lesquelles la transmission est aujourd’hui considérée comme strictement autosomique récessive.

 

Martin KRAHN (Marseille), Mathieu CERINO, Emmanuelle CAMPANA-SALORT, Pascal CINTAS, Dimitri RENARD, Alexandra SALVI, Raul JUNTAS MORALES, Céline TARD, France LETURCQ, Tanya STOJKOVIC, Nathalie BONELLO-PALOT, Svetlana GOROKHOVA, Jérémie MORTREUX, Andre MAUES DE PAULA, Nicolas LÉVY, Jean POUGET, Mireille COSSÉE, Marc BARTOLI, Shahram ATTARIAN
17:50 - 17:55 #20347 - EF48 Hearing loss in inherited peripheral neuropathies: Molecular diagnosis by NGS in a French series.
EF48 Hearing loss in inherited peripheral neuropathies: Molecular diagnosis by NGS in a French series.

BACKGROUND:The most common inherited peripheral neuropathy is Charcot-Marie-Tooth disease (CMT), with a prevalence of 1/2500. Other symptoms can be associated to the condition, such as hearing loss. Currently, no global hearing impairment assessment has been determined, and the physiopathology is not well known.

METHODS: The aim of the study was to analyze among a French series of 3,412 patients with inherited peripheral neuropathy (IPN), the ones who also suffer from hearing loss, to establish phenotype-genotype correlations. An NGS strategy for IPN one side and nonsdromic hearing loss (NSHL) on the other side, were performed.

RESULTS: Hearing loss (HL) was present in only 44 patients (1.30%). The clinical data of 27 patients were usable. Demyelinating neuropathy was diagnosed in 15 cases and axonal neuropathy in 12 cases. HL varied from mild to profound. Five cases of auditory neuropathy were noticed. Diagnosis was made for 60% of these patients. Seven novel pathogenic variants were discovered in five different genes: PRPS1; MPZ; SH3TC2; NEFL; and ABHD12. Two patients with PMP22 variant, had also an additional variant in COCH and MYH14 respectively. No pathogenic variant was found at the DFNB1 locus. Genotype-phenotype correlations do exist, especially with SH3TC2, PRPS1, ABHD12, NEFL, and TRPV4.

CONCLUSION: Involvement of PMP22 is not enough to explain hearing loss in patients suffering from IPN. HL can be due to cochlear impairment and/or auditory nerve dysfunction. HL is certainly underdiagnosed, and should be evaluated in every patient suffering from IPN.

Justine LERAT, Corinne MAGDELAINE, Françoise ROUX, Léa DARNAUD, Hélène DZUGAN, Steven NAUD, Laurence RICHARD, Paco DEROUAULT, Karima GHORAB, Laurent MAGY, Jean-Michel VALLAT, Pascal CINTAS, Eric BIETH, Marie-Christine ARNE-BES, Cyril GOIZET, Caroline ESPIL-TARIS, Hubert JOURNEL, Annick TOUTAIN, Andoni URTIZBEREA, Odile BOESPFLUG-TANGUY, Fanny LAFFARGUE, Philippe CORCIA, Laurent PASQUIER, Mélanie FRADIN, Sylvia NAPURI, J. CIRON, Jean-Marc BOULEISTEIX, Franck STURTZ, Anne-Sophie LIA (LIMOGES)

Jeudi 23 janvier

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BRK5S4
16:35 - 17:55

SESSION PRESENTATION FLASH POSTERS - ECRAN 4

Modérateurs : Benoit ARVEILER (PU-PH) (BORDEAUX), Jeanne AMIEL (PU-PH) (PARIS)
16:35 - 16:40 #20033 - EF49 Recherche des gènes de modification dans la neurofibromatose de type 1 : résultats de la première étude d’association génome entier sur une cohorte de 1333 patients.
EF49 Recherche des gènes de modification dans la neurofibromatose de type 1 : résultats de la première étude d’association génome entier sur une cohorte de 1333 patients.

La neurofibromatose de type 1 (NF1) est une maladie génétique caractérisée par le développement de tumeurs bénignes des gaines nerveuses appelés neurofibromes (NF), qui peuvent se transformer en cancers appelés MPNST (malignant peripheral nerve sheath tumors). Ces MPNST sont la première cause de mortalité chez les patients atteints de NF1. Transmise sur un mode autosomique dominant, la NF1 est causée par la perte de fonction du gène suppresseur de tumeur NF1. Ce gène code la neurofibromine, régulateur négatif de la voie RAS-MAPK. Malgré une pénétrance complète à l’âge de 8 ans, l’expressivité de la maladie est extrêmement variable, y compris au sein d’une même famille. De rares variants faux-sens du gène NF1 ont pu être corrélés à des formes plus ou moins sévères de NF1, mais la plus grande part de la variabilité phénotypique de cette maladie reste inexpliquée. L’étude de modèles animaux et de corrélations phénotypiques intrafamiliales a suggéré l’existence de gènes modificateurs.

Nous présentons ici les résultats de la première étude d'association génome entier pour la NF1, réalisée en collaboration avec le réseau NF-France. Ce travail a reposé sur l’étude génotypique et phénotypique de plus de 1500 patients atteints de NF1 issus de 3 programmes hospitaliers de recherche clinique entre 2003 et 2013. L’ensemble des patients (pour lesquels des variants pathogènes du gène NF1 ont été identifiés) ont été génotypés avec la puce Illumina OmniExpressExome. Après exclusion des patients porteurs de variants de NF1 connus pour être corrélés à un phénotype particulier et après un contrôle de qualité des données, une cohorte de 1333 patients a été obtenue et subdivisée en 2 échantillons de 918 patients (échantillon de découverte, ED) et 415 (échantillon de réplication, ER). Notre étude s’est focalisée sur 3 phénotypes majeurs dans la NF1 : les neurofibromes cutanés, sous-cutanés et plexiformes.

L’analyse des données montre que le seuil de signification statistique à l'échelle du génome (p<5.10-8) est franchi dans l’ED pour le trait des neurofibromes plexiformes. Bien qu’inférieurs au seuil pangénomique, d’autres signaux significatifs sont observés dans les différents phénotypes étudiés. Ainsi, un total de 10 régions génomiques répliquées (p<10-5) et de 22 régions significatives non répliquées (p<10-6) sont révélées pour l’ensemble des 3 traits étudiés. Ces régions pointent l’implication potentielle respectivement de 83 et 270 gènes, dont 40 et 116 gènes codants. Parmi eux, plusieurs sont impliqués ou en lien avec la voie RAS-MAPK (WDR48, MAP3K7, MMD2, TBK1, RAP2A), le cycle cellulaire (DAPK1, GAS1, FYN, MYCL) ou le processus de myélinisation (FRMD4A, FYN).

Notre étude permet de confirmer l'implication de gènes précédemment identifiés. Des régions génomiques à risque distinctes entre les trois phénotypes étudiés sont mises en évidence, suggérant l’existence de mécanismes physiopathologiques spécifiques à l’origine de chaque type de neurofibromes.

Laurence PACOT (PARIS), Audrey SABBAGH, Béatrice PARFAIT, Anne BOLAND-AUGE, Delphine BACQ-DAIAN, Ingrid LAURENDEAU, Salah FERKAL, Audrey BRIAND, Laurence ALLANORE, Jean-François DELEUZE, Michel VIDAUD, Dominique VIDAUD, Pierre WOLKENSTEIN, Éric PASMANT
16:40 - 16:45 #20331 - EF50 Identification de SREBP1 comme premier gène responsable de la dysplasie muco-épithéliale héréditaire.
EF50 Identification de SREBP1 comme premier gène responsable de la dysplasie muco-épithéliale héréditaire.

La dysplasie muco-épithéliale héréditaire (HMD) est une maladie dermatologique rare de transmission autosomique dominante, caractérisée par des lésions muco-épithéliales chroniques impliquant les cheveux, la peau et les muqueuses. Les patients présentent notamment une kératite, une alopécie non cicatricielle, une kératose pilaire et un intertrigo périnéal. Il existe également une atteinte ophtalmologique avec photophobie sévère et cataracte dans l’enfance, ainsi qu’une atteinte pulmonaire avec pneumopathies récurrentes et fibrose, aboutissant à un décès prématuré.

 

Du fait des caractéristiques histologiques des lésions, il avait été supposé que ces atteintes étaient dues à un défaut de l’adhésion épithéliale ou muqueuse.

 

Grâce à la réalisation de séquençages d’exomes, nous avons mis en évidence chez 4 familles la présence de variants faux-sens à l’état hétérozygote de novo, ou hérités ségrégeant avec la pathologie dans le gène SREBP1. Deux variants faux-sens différents ont été retrouvés, impliquant tous deux l’Arginine 557 : p.Arg557Cys et p.Arg557His. Ces variants sont absents de la base de données GnomAD, et prédits délétères par de multiples logiciels de prédiction.

 

SREBP1 est un facteur de transcription impliqué dans le contrôle de l’homéostasie des lipides en activant la transcription de gènes régulés par le stérol. Il a été récemment montré que SREBP1 est notamment impliqué dans la régulation de l’inflammation en contrôlant la production d’acide gras insaturé anti-inflammatoire par les macrophages. Le domaine N-terminal de SREBP1 est libéré après clivages séquentiels au niveau de deux sites spécifiques. Le résidu Arginine 577 muté correspond au premier site de clivage de la boucle de SREBP1 située dans la lumière du réticulum endoplasmique. Il a été montré par mutagénèse que ce résidu est essentiel pour ce processus, et que sa disparition entraîne l’absence de clivage de SREBP1. MBTPS2, est une protéase clivant spécifiquement SREBP1, au niveau du deuxième site et permet son activation. Des variants perte de fonction du gène MBTPS2  sont responsables de l’association ichtyose folliculaire, atrichie et photophobie (syndrome IFAP), qui partage des similarités avec l’HMD sur le plan clinique.

 

Ces résultats montrent donc qu’un hot-spot mutationnel au résidu Arg557 de SREBP1 est responsable de l’HMD, via une absence de clivage et d’activation de la protéine, et que ce mécanisme physiopathologique permet de relier l’HMD avec le syndrome IFAP avec lequel il partage des caractéristiques cliniques communes.

Fanny MORICE-PICARD, Vincent MICHAUD, Eulalie LASSEAUX, Claudio PLAISANT, Didier BESSIS, Christine LEAUTÉ-LABRÈZE, Benoit ARVEILER, Alain TAIEB, Aurélien TRIMOUILLE (Bordeaux), Franck BORALEVI
16:45 - 16:50 #20459 - EF51 Mosaicisme segmentaire de type 2 : Disomie uniparentale en mosaïque et mutation ponctuelle dans la Porokératose de Mibelli.
EF51 Mosaicisme segmentaire de type 2 : Disomie uniparentale en mosaïque et mutation ponctuelle dans la Porokératose de Mibelli.

Les porokératoses sont un groupe de dermatoses caractérisées par des nappes atrophiques à bordure kératosique figurée, parfois héréditaires, de transmission autosomique dominante, dues à des mutations de divers gènes de la voie des isoprénoïdes. Dans la porokératose de Mibelli, ces nappes peuvent prendre une disposition linéaire ayant fait évoquer un mosaïcisme cutané de type 2.

Nous avons étudié trois patients non apparentés, présentant une forme linéaire ou segmentaire, qui contrastait avec une atteinte plus discrète en petits éléments chez d’autres membres de leur famille. Nous avons effectué un séquençage d’exome en paires (comparaison de l’ADN de la peau atteinte à l’ADN leucocytaire), à la recherche d’un tel mosaïcisme. L’étude des fractions alléliques des SNP couverts par l’exome a révélé une perte d’hétérozygotie par disomie uniparentale (DUP) en mosaïque, pour le bras long du chromosome 1, du chromosome 12 ou du chromosome 16, entraînant une augmentation de la fraction allélique d’une variation ponctuelle pathogène héritée d’un parent, atteint d’une forme mineure non-segmentaire, au sein du gène PMVK (OMIM #607622), MVK (OMIM#175900) ou MVD (OMIM #614714).

Une disomie uniparentale en mosaïque en plus d’une mutation constitutionnelle a été rapportée récemment chez d’autres patients atteints de porokératose segmentaire, et précédemment dans des cas de glomangiomatose segmentaire. Il pourrait donc s’agir d’un type de deuxième événement fréquent dans le mosaïcisme cutané de type 2. Nos résultats soulignent également la pertinence du séquençage d’exome pour la détection en un seul examen des variations nucléotidiques et chromosomiques.

Arthur SORLIN (Dijon), Virginie CARMIGNAC, Émilie TISSERANT, Paul KUENTZ, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Jehanne MARTEL, Smail HADJ RABIA, Nicole KNÖPFEL, Martin THEILER, Lisa WEIBEL, Pierre VABRES
16:50 - 16:55 #19792 - EF52 Identification et caractérisation moléculaire d’une délétion non codante identifiée dans une famille avec calcifications cérébrales primaires et dévoilant un élément régulateur majeur de l’expression du gène SLC20A2.
EF52 Identification et caractérisation moléculaire d’une délétion non codante identifiée dans une famille avec calcifications cérébrales primaires et dévoilant un élément régulateur majeur de l’expression du gène SLC20A2.

Les calcifications cérébrales primaires (CCP) sont une maladie microvasculaire cérébrale rare d’expression neuropsychiatrique. Parmi les 5 gènes connus, les variations pathogènes du gène majeur, SLC20A2, codant pour un importeur de phosphate, causent des CCP de transmission autosomique dominante par haploinsuffisance.

Nous avons recherché, avec l’outil CANOES, des variations du nombre de copies sur les exomes de 71 cas index non apparentés avec CCP sans cause connue et avons identifié une nouvelle délétion localisée en 8p11.21, 150 kb en amont du gène SLC20A2, touchant deux gènes voisins non candidats pour les CCP. Bien que la délétion n’implique ni séquence codante ni promoteur de SLC20A2, sa proximité relative avec le gène et l’implication d’un enhancer présumé d’après la base GeneHancer nous a conduit à la caractériser.

Le séquençage de l’exome du demi-frère atteint et l’étude ciblée de la délétion par digital droplet PCR (ddPCR) chez le cas index, son demi-frère et le fils de ce dernier, également porteur de calcifications, ont montré que tous 3 sont porteurs de ce remaniement dont nous avons pu établir les coordonnées précises, chr8:42,431,767-42,621,181;hg19. L’analyse de l’ARN des 3 patients par RT-ddPCR avec des sondes d’hydrolyse universelles a montré une diminution d’expression de 45,0% par rapport à des contrôles sains (p < 0 ;001), soit du même ordre que celle observée chez 4 individus porteurs de variations nucléotidiques entraînant des codons stop prématurés de SLC20A2 (-39,0%). L’analyse de l’import de phosphate inorganique dans les cellules sanguines du cas index a montré un défaut d’import de -39,3% par rapport aux contrôles (p=0,015). Enfin, nous avons introduit, par CRISPR/Cas9, une délétion de la région de cet enhancer supposé de SLC20A2 dans des cellules HEK293. Après avoir confirmé la bonne introduction de la délétion par ddPCR (nombre de copie moyen dans les culots cellulaires : 1,3), nous avons objectivé une diminution d’expression de l’ARNm de SLC20A2 de l’ordre de 35,6% dans les cellules transfectées par les ARN guides ciblant cette région, par rapport aux contrôles.

En conclusion, nous rapportons la première délétion responsable d’une haploinsuffisance de SLC20A2 sans impacter sa séquence codante ni son promoteur. Cette délétion est associée à une perte d’expression du même ordre que des variations perte de fonction associées à un phénomène de nonsense mediated decay, ainsi qu’à une perte de l’activité protéique, montrant son rôle majeur. L’utilisation de CRISPR/Cas9 a permis de reproduire cette condition sur des cellules HEK293 en ciblant spécifiquement l’élément régulateur concerné. Ces résultats ouvrent la voie à de potentielles cibles thérapeutiques chez les patients avec CPP par haploinsuffisance de SLC20A2. Nous proposons une stratégie simple permettant l’annotation, la mesure de l’effet sur l’ARNm, et la confirmation de l’effet in vitro, permettant de conclure sur l’impact de tels évènements non codants.

Kévin CASSINARI (Rouen), Anne ROVELET-LECRUX, Sandrine TURY, Olivier QUENEZ, Anne-Claire RICHARD, Camille CHARBONNIER, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Jean-François BESANCENOT, Dorothée POULIQUEN, François LECOQUIERRE, Pascal CHAMBON, Christel THAUVIN-ROBINET, Dominique CAMPION, Didier HANNEQUIN, Thierry FREBOURG, Jean-Luc BATTINI, Gaël NICOLAS
16:55 - 17:00 #19802 - EF53 La protéine MeCP2 est impliquée dans l'expression aléatoire mono-allélique d'un groupe de gènes autosomiques chez l'homme.
EF53 La protéine MeCP2 est impliquée dans l'expression aléatoire mono-allélique d'un groupe de gènes autosomiques chez l'homme.

L'expression génique monoallélique aléatoire (dénommée RMAE) affecte près de 10% des gènes autosomiques humains. Cependant, les mécanismes par lesquels cette expression monoallélique des gènes autosomiques est établie et ceux par lesquels elle est maintenue restent des questions en suspens. Le choix de l'expression allélique étant effectué de manière aléatoire dans chaque cellule, ce mécanisme de RMAE n'est pas observable dans les populations cellulaires non clonales ni dans les tissus entiers. Plusieurs gènes cibles de MeCP2, la protéine impliquée dans le syndrome de Rett (RTT), ont  été décrits comme sujets à ce phénomène de RMAE, suggérant que MeCP2 pourrait être impliqué dans l'établissement et / ou le maintien de ce mécanisme. Pour améliorer nos connaissances sur ce mécanisme  et étudier le rôle de MeCP2 dans le RMAE, nous avons étudié et comparé les profils d'expression monoallélique des gènes autosomiques dans des cultures de cellules clonales exprimant  l'allèle MECP2 de type sauvage versus des cellules exprimant exclusivement l'allèle MECP2 muté chez une patiente RTT porteuse d'un variant pathogène de MECP2 à l'état hétérozygote. Nos données ont été obtenues par l'analyse simultanée de l'exome et du transcriptome (RNA sequencing). Après avoir vérifié que  le déficit en MeCP2 n’affectait pas de manière significative l’expression monoallélique des gènes situés sur le chromosome X, des gènes soumis à l'empreinte parentale et de la majorité des gènes autosomiques, notre travail a permis 1- d'identifier de nouveaux gènes soumis au mécanisme de RMAE et 2- de montrer que le déficit fonctionnel en MeCP2  perturberait l'expression monoallélique ou biallélique d'un sous-groupe de gènes autosomiques (~49 gènes), permettant de définir une signature spécifique des clones cellulaires mutés MECP2.

Marine BROUSSEAU, Juliette NECTOUX, Benjamin SAINTPIERRE, Nicolas LEBRUN, Nicolas CAGNARD, Brigitte IZAC, Emmanuelle OLIVIER, Franck LETOURNEUR, Thierry BIENVENU (PARIS)
17:00 - 17:05 #19847 - EF54 Apport des modèles murins dans l’identification de nouveaux gènes de la déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement cérébral : potentiel d’un nouveau concept pour la validation du diagnostic génétique dans les cas ultra-rares.
EF54 Apport des modèles murins dans l’identification de nouveaux gènes de la déficience intellectuelle et/ou d’anomalies du développement cérébral : potentiel d’un nouveau concept pour la validation du diagnostic génétique dans les cas ultra-rares.

La déficience intellectuelle (DI) est un trouble du développement cérébral extrêmement hétérogène sur le plan génétique, à l’origine d’une grande errance diagnostique. En effet, bien que plus de 1.200 gènes soient à ce jour décrits comme impliqués dans des formes syndromiques ou non de la déficience intellectuelle (source SysID https://sysid.cmbi.umcn.nl/), un grand nombre de patients atteints de DI reste actuellement sans diagnostic étiologique, même après un séquençage haut débit d’exome, sans doute en lien avec des causes génétiques ultra-rares. Environ 45% de ces gènes de DI sont également impliqués dans des anomalies du développement du cerveau comme par exemple la microcéphalie, la macrocéphalie ou l’agénésie du corps calleux. Ces phénotypes neuro-anatomiques peuvent ainsi être utilisés comme des endophénotypes fiables et facilement mesurables de la DI, qui peuvent être à leur tour évalués dans des modèles animaux.

En collaboration avec le Consortium International de Phénotypage de le Souris (IMPC), nous avons mesuré 161 paramètres neuro-anatomiques dans 1.566 lignées de souris mutantes (principalement knock-out). Ce travail nous a permis d’identifier 164 gènes nouvellement impliqués dans la morphologie du cerveau mammalien dont : ABHD17A, ADAMTS3, ADGRB1, AKT2, ALDH3B1, AP2A2, ARID4A, ARL4D, ARPC2, ARVCF, BACH2, CAMSAP3, CAND2, CATIP, CBX5, CBX6, CCDC127, CFAP36, CFAP61, CRLF3, CSNK1G3, DAAM2, DBN1, DUSP26, DUSP3, DYNLL1, EIF3H, ENC1, FAM92A, FRRS1, GPR107, GRM8, HMX3, HOMEZ, HPF1, HSP90AA1, KAZN, KIAA1143, KIF18B, KLK6, LDLRAD4, LRMP, LRRC23, LTBP1, METTL24, MIGA2, MKRN2, MTA1, MTA3, MYSM1, NACAD, NSMF, OS9, PABPC4, PFN1, PIAS2, PIK3CB, PTH, RAB15, RAPH1, RHOT1, RNF10, RNF157, ROPN1L, SEC23A, SELENOK, SH3BGRL3, SIK3, SLC44A5, SLITRK4, SPARC, SPNS2, STARD6, SYTL1, TMEM126A, TMEM127, TMEM241, TMOD1, UNK, USP13, VAMP3 et WDR47.

En partageant ces 164 gènes sur la plateforme GeneMatcher (https://genematcher.org/) et en collaboration avec plusieurs équipes françaises et internationales, nous avons identifié une similitude des phénotypes cérébraux entre les deux espèces pour 16 gènes, impliquant la plupart du temps, un ou deux patients. Le recrutement de nouveaux patients avec une atteinte similaire permettrait de conclure avec certitude sur l’implication de ces 16 gènes d’intérêt dans les pathologies du neuro-développement.

Ces résultats préliminaires démontrent l’intérêt de nos analyses neuro-anatomiques à haut-débit et la pertinence du modèle murin pour apporter une solution à l’errance diagnostique, en particulier dans les cas complexes et ultra-rares.

Antonio VITOBELLO, Stephan C COLLINS, Valerie E VANCOLLIE, Ange-Line BRUEL, Charlotte MONTILLOT, Sylvie NGUYEN, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Binnaz YALCIN (Dijon)
17:05 - 17:10 #19973 - EF55 Analyse des variations faux-sens de PANK2 dans un modèle levure cab1 par édition CRISPR-Cas9.
EF55 Analyse des variations faux-sens de PANK2 dans un modèle levure cab1 par édition CRISPR-Cas9.

Les NBIA (neurodegeneration with brain iron accumulation), regroupent des maladies neurodégénératives héréditaires rares, dont la forme la plus fréquente, la neurodégénerescence associée à la pantothénate kinase, est due à la perte de fonction du gène PANK2. Des variations bi-alléliques, en majorité faux-sens, sont responsables d’une forme classique débutant dans l’enfance, et de formes atypiques à révélation plus tardive. Aucun traitement curatif n’est disponible à ce jour.  Le laboratoire du CHU de Bordeaux assure le diagnostic moléculaire de cette NBIA depuis 2012.  Afin de reclasser les variants faux-sens de signification inconnue du gène PANK2 et tester des molécules à visée thérapeutique, nous avons développé un modèle d’analyse de la fonction pantothénate kinase chez la levure S. cerevisiae. PANK2 (NP_705602), d’expression mitochondriale, réalise la première étape, limitante, de la synthèse du CoA qui est une voie métabolique conservée jusqu'à la levure. La première étape est catalysée chez la levure par la pantothénate kinase Cab1p (NP_010820), codée par le gène CAB1 dont la délétion est létale. Nous avons testé 2 stratégies d’analyse de mutants : d’une part le remplacement d’un résidu conservé de l’homme à la levure, en utilisant la stratégie CRISPR-Cas9 d’édition du génome et d’autre part pour tester les variants touchant des résidus non conservés, la transformation d’un exceptionnel variant thermosensible cab1s par un cDNA humain, sauvage ou muté et adapté à la levure. Nous présentons ici la stratégie d’édition du gène CAB1. Pour sa mise au point, nous avons introduit indépendamment et en condition haploïde, la variation faux-sens G311R correspondant à la mutation récurrente p.Gly521Arg entraînant une disparition de l’activité enzymatique, la variation N170I dont l’homologue p.Asn404Ile conduit à une diminution modérée de l’activité enzymatique et Y149H, p.(Tyr383His) pour PANK2, dont l’effet sur l’activité enzymatique n’est pas connu. Par des tests en gouttes, un retard de croissance a été mis en évidence sur milieux respiratoires pour les variations N170I et Y149H et une létalité pour G311R. Nos résultats, confortés par des expériences de sauvetage phénotypique, valident notre modèle comme test fonctionnel biochimique pour l’analyse des variants de PANK2 et montrent une efficacité supérieure de la stratégie CRISPR-Cas9 par rapport à la mutagénèse classique pour le remplacement de gènes chez la levure. Un phénotype respiratoire plus ou moins marqué a été mis en évidence. Nous testons d’autres variants pour établir une comparaison avec les prédictions in silico de pathogénicité. Ces modèles seront utilisés pour le criblage rapide de molécules dans la perspective d’un repositionnement thérapeutique.

Isabelle COUPRY (Bordeaux), Mickaël CHUPIN, Déborah TRIBOUILLARD-TANVIER, Christelle DURAND, Jean-Paul DI RAGO, Cyril GOIZET, Patricia FERGELOT
17:10 - 17:15 #20204 - EF56 Identification par NGS de causes syndromiques non suspectées : exemple du diagnostic des diabètes monogéniques.
EF56 Identification par NGS de causes syndromiques non suspectées : exemple du diagnostic des diabètes monogéniques.

Contexte : Les diabètes monogéniques (DMg) représentent 2-3% des diabètes. Leur reconnaissance et l’identification du gène impliqué ont des conséquences pratiques pour les patients. C’est un exemple de médecine de précision du fait de nombreuses spécificités en termes de pronostic et de prise en charge thérapeutique selon le gène mis en cause. Une trentaine de gènes ont été associés à ces diabètes dont 3 gènes majeurs (GCK, HNF1A et HNF4A) qui rendent compte de la majorité des cas.

Le séquençage NGS offre la possibilité d’inclure dans le panel des gènes considérés comme des causes très rares ou des gènes de causes syndromiques incluant un diabète.

Objectif : Evaluer l’imputabilité de gènes responsables de causes syndromiques rares dans une large population de patients ayant une histoire clinique suggérant un DMg et en l’absence de toute atteinte extra-pancréatique.

Méthodes : 784 cas index ont été inclus. Un DMg était évoqué sur l'absence d'autoanticorps associés au diabète, un âge ≤40 ans et l’absence d’obésité (IMC <30 kg/m²) au diagnostic, et des antécédents de diabète dans ≥2 générations. Ont été exclus de l’analyse tous les cas index dont l’histoire clinique évoquait d’emblée une cause syndromique. Les régions codantes de 19 gènes nucléaires et la mutation m.3243A>G de l’ADN mitochondrial ont été enrichies par capture (Agilent QXT) et séquencées sur MiSeq (Illumina). L’interprétation des variants a été établie selon les recommandations ACMG et du groupe MDEP (monogenic diabetes expert panel, ClinGen). Seuls les variants pathogènes (classes 4 et 5) ont été retenus dans l’analyse des données.

Résultats : Des variants pathogènes de 14 gènes ont été identifiés chez 168 patients (21,4%). Des variants de gènes considérés comme rarement impliqués dans le DMg représentent 35,7% des diagnostics et parmi ceux-ci, 21,4% concernent des gènes responsables de causes syndromiques. Ainsi, la mutation mitochondriale m.3243A>G (10% des cas), des variants du gène HNF1B (6.5%) et du gène WFS1 (3.6%) associés respectivement au diabète mitochondrial avec surdité/syndrome MELAS, au syndrome HNF1B et au syndrome de Wolfram représentent les 4ème, 5ème et 7ème causes les plus fréquentes de DMg dans la population étudiée. Les caractéristiques phénotypiques du diabète (âge de survenue et niveau d’hyperglycémie) ne différencient pas les causes syndromiques des causes les plus fréquentes. La découverte fortuite dans des DMg sans atteintes extra-pancréatiques de gènes considérés comme responsables de formes syndromiques suggèrent une expressivité phénotypique beaucoup plus large qu’actuellement considérée avec l’identification par l’approche NGS de formes modérées de présentation atypique.

Conclusions : Le diagnostic des DMg par NGS montre que 36% des diagnostics sont dues à des causes génétiques rares. Parmi celles-ci, trois gènes considérés comme responsables de formes syndromiques représentent 20% des diagnostics.

Cécile SAINT-MARTIN (Paris), Delphine BOUVET, Florence BELLANGER, Séverine CLAUIN, Céline LEMAÎTRE, Gwendoline LEROY, Philippe PELLET, Christine BELLANNÉ-CHANTELOT
17:15 - 17:20 #20109 - EF57 Test présymptomatique dans la sclérose latérale amyotrophique/démence frontotemporale (SLA/DFT). Différences et similitudes avec la maladie de Huntington (MH).
EF57 Test présymptomatique dans la sclérose latérale amyotrophique/démence frontotemporale (SLA/DFT). Différences et similitudes avec la maladie de Huntington (MH).

Le test présymptomatique (TP) existe depuis 25 ans pour la MH et d’autres maladies neurogénétiques à révélation tardive. Depuis 2008 il est proposé dans les formes familiales de SLA/DFT. Le but de cette étude est d’analyser les 100 premières demandes de TP SLA/DFT (phénotype sévère et rapide) et les comparer à celles de TP dans la MH (phénotype sévère mais lent).

Un gène fréquemment impliqué dans les formes familiales de SLA/DFT est l’expansion GGGGCC dans le gène C9orf72, qui est responsable des deux phénotypes, SLA et DFT, dans une même famille.  L’équipe du conseil génétique est confrontée à l’incertitude quant au(x) phénotype(s) à venir chez les personnes à risque. Il est donc important d’évaluer les motivations et la demande d’un test présymptomatique dans ces maladies génétiquement hétérogènes, en fonction du phénotype familial.

 

De 2008 à 2019, 108 personnes demandent un TP pour SLA/DFT : 11 étaient à risque de SLA  (SOD1 n=8, FUS n=3), 20 étaient à risque de DFT (PGRN n=11, MAPT n=9) et 77 étaient à risque pour les deux maladies (C9ORF72 n=67, UBQLN2 n=5, VCP n=3, TBK1 n=2). Pendant la même période, nous avons reçu 840 demandes de test pour la MH. Presque la moitié des demandes de PT SLA/DFT ont eu lieu entre 2018 et 2019.

Les demandeurs pour la MH sont significativement plus jeunes en moyenne 35,9+/-12,6 ans (18-90) pour la MH vs 42+/-15 ans (18- 78) pour la SLA/DFT, p < 0,01. Le risque à priori des sujets faisant la demande (25% ou 50%), le sexe du parent transmetteur et la proportion de femmes, ainsi que la nature des motivations pour faire le test sont similaires. Par contre, la conscience du à risque d’être porteur est plus récente ( < 1 an) pour la SLA/DFT (44%) comparée à la MH (19,5%), p < 0,01.

Au sein de la population des personnes à risque SLA/DFT, l’âge au moment de la demande d’un TP est significativement plus élevé dans le groupe mixte (phénotype du cas index SLA+DFT : 50,71+/-17,02, p=0,032). L’âge des demandeurs d’un TP est inversement corrélée à la charge familiale globale (définie par le nombre d’apparentés atteints dans la famille), p=0,001. D’une façon étonnante, il n’y a pas de différence significative du taux d’abandon entre les sujets appartenant aux familles SLA et ceux appartenant aux familles ‘DFT+ SLA/DFT’, p=0,826.

En conclusion, les demandes de test présymptomatique pour SLA/DFT sont en hausse depuis 2008, mais restent rares, comme pour la MH. La charge familiale et la conscience du risque ont une influence sur l’âge au moment de la demande de TP.  On observe des demandeurs plus âgés pour SLA/DFT que pour la MH. La notion d’hérédité dans la SLA/DFT est encore méconnue.

Un des faits marquants est la sous-intégration de la perception du risque  du « deuxième phénotype » (DFT versus SLA) pour des gènes tels que C9orf72. Malgré la complexité du conseil génétique dans ces maladies, le conseil génétique répond à une demande croissante des sujets à risque.

Maria Del Mar AMADOR (Paris), Marcela GARGIULO, Christilla BOUCHER, Ariane HERSON, Stéphanie STARACI, François SALACHAS, Fabienne CLOT, Cécile CAZENEUVE, Isabelle LE BER, Alexandra DURR
17:20 - 17:25 #19717 - EF58 Circuit de dépistage et de prise en charge des femmes avec un cancer du sein et un syndrome de Li-Fraumeni à Rennes.
EF58 Circuit de dépistage et de prise en charge des femmes avec un cancer du sein et un syndrome de Li-Fraumeni à Rennes.

L’incidence du syndrome de Li-Fraumeni (LFS) ou "TP53- related inherited cancers" chez les femmes présentant un cancer du sein précoce apparait comme non négligeable aujourd’hui, et ce même en l’absence d’antécédents familiaux évocateurs. Le dépistage rapide d’une mutation constitutionnelle du gène TP53 chez celles-ci semble d’autant plus important qu’il peut permettre non seulement un suivi personnalisé, mais surtout une adaptation de la prise en charge oncologique afin de diminuer le risque de tumeurs secondaires.

Une réflexion multidisciplinaire locale à Rennes a abouti à un circuit de dépistage et de prise en charge adaptée des patientes concernées, tenant compte de l’histologie/du pronostic du cancer du sein présenté, des recommandations actuelles de traitement, et des indications de recherche de prédisposition héréditaire au cancer du sein.Il s'attache à tenir compte des contraintes temporelles, humaines, techniques et économiques locales.

Ce circuit doit permettre une prise en charge améliorée mais aussi plus homogène des patientes dans cette situation qui reste rare. Il sera évidemment amené à évoluer en fonction des possibilités futures de traitements alternatifs moins génotoxiques.

Louise CRIVELLI (RENNES), Vanessa COLOMBERT, Philippe DENIZEAU, Véronique DIERAS, Brivael GERY, Isabelle LECOUILLARD, Samuel LE SOURD
17:25 - 17:30 #19881 - EF59 Etude de COségrégation familiale des VARiants nucléotidiques (COVAR) dans les gènes BRCA1/2 et PALB2 pour valider leur utilisation en conseil génétique.
EF59 Etude de COségrégation familiale des VARiants nucléotidiques (COVAR) dans les gènes BRCA1/2 et PALB2 pour valider leur utilisation en conseil génétique.

Les altérations monoalléliques  des gènes BRCA1 et BRCA2 sont associées à un risque élevé de cancers du sein et de l’ovaire. Plus récemment, les altérations du gène PALB2 ont également été retenues comme facteurs de risque de cancer du sein ; le risque ovarien bien que probable n’est pas avéré. La mise en évidence d’un variant pathogène à partir d’un cas index (personne la plus susceptible d’être porteuse d’un facteur génétique de risque et par là ayant souvent été atteinte d’un cancer du sein ou de l’ovaire et qui fait l’objet d’une analyse complète des deux gènes) permet au généticien de proposer une prise en charge adaptée à tous les membres de la famille selon qu’ils sont porteurs ou non du variant pathogène. En 2015, un variant pathogène, utilisable pour le conseil génétique est mis en évidence dans ~ 11% des cas index testés (chiffres INCa). Des Variants nucléotidiques de Signification Inconnue (VSI) sont aussi mis en évidence chez plus de 10% des patients testés. Pour ces familles, des tests génétiques ne peuvent pas être proposés et la prise en charge est orientée par la seule histoire familiale.

La base de données nationale des variants BRCA1, BRCA2 et PALB2, labellisée par l’INCa, permet le recueil anonyme de l’ensemble des variants détectées lors des tests cas index des 17 laboratoires français réalisant ces tests. En juillet 2019, notre base regroupait ~12000 familles pour BRCA1 et ~17000 familles pour BRCA2 avec 1513 VSI différents pour BRCA1 dans 2786 familles et 2461 VSI différents pour BRCA2 dans 5208 familles. Les éléments de classification sont l’histoire familiale, les caractéristiques tumorales et la co-occurrence rapportée ou non du VSI avec un variant pathogène  du même gène. Néanmoins, un élément essentiel et quantifiable pour le classement des VSI est leur co-ségrégation familiale avec la maladie (apparentés atteints de cancer du sein ou de l’ovaire, porteurs ou non du VSI et apparentés indemnes de cancer porteurs ou non du VSI). Les estimations de probabilité que le VSI soit pathogène sont calculées à partir des données obtenues en utilisant un modèle statistique selon D. Goldgar.

L’étude COVAR (COsegregation VARiant) a pour objectif la prise en compte des données de co-ségrégation. Elle repose sur le réseau de consultation du groupe génétique et cancer et sur la nouvelle base nationale FrOG (voir communication). Les VSI BRCA1, BRCA2 et PALB2 sont sélectionnés selon plusieurs critères (nombre de familles, impact sur l’ARN, impact prédit au niveau protéique, test fonctionnel, …) pour mener les études de co-ségrégation. En octobre 2019, , nous avons inclus plus de 1700 individus appartenant à près de 600 familles à travers la France. A l’aide des informations de co-ségrégation, nous avons pu classer 59 variants. Ainsi, 1100 familles présentant ces VSI ont pu être prises en charge à la suite de ce classement.

 

Sandrine CAPUTO (PARIS), Mélanie LEONE, Laurent CASTERA, Audrey REMENIERAS, Françoise REVILLION, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU, Caroline LECERF, Lisa GOLMARD, Violaine BOURDON, Nadia BOUTRY-KRYZA, Christine LASSET, Olivier CARON, Dominique STOPPA-LYONNET, Genetic Group UNICANCER
17:30 - 17:35 #19898 - EF60 L’apport d’une consultation d’oncogénétique lors de la proposition d’une analyse pangénomique à visée théranostique.
EF60 L’apport d’une consultation d’oncogénétique lors de la proposition d’une analyse pangénomique à visée théranostique.

Introduction :

La prise en charge médicale des patients avec une tumeur maligne solide a évolué. D’une prise en charge globale, nous avons vu émerger des thérapeutiques ciblées nécessitant de connaitre les caractéristiques génétiques des tumeurs. Dans ce contexte, l’étude EXOMA a proposé, entre 2016 et 2019, une analyse de l’exome somatique et constitutionnel chez des patients atteints d’une tumeur maligne solide en échec thérapeutique, dans le but d’évaluer la faisabilité et l’utilité clinique. Compte tenu la possibilité d’identifier des prédispositions génétiques au cancer avec des implications de prise en charge et de conseil génétique, une consultation par un oncogénéticien ou un conseiller en génétique a été mise en place. L’intérêt de cette consultation doit être évalué.

Matériel et méthodes :

Une consultation d’oncogénétique a été réalisée dans les 15 jours suivant l’inclusion dans l’étude EXOMA. Les consultations duraient environ 20 minutes, avec un recueil préalable des antécédents familiaux. Les analyses tumorales et constitutionnelles étaient limitées à une analyse de 317 gènes impliqués dans l’oncogenèse. Rétrospectivement, une analyse a été réalisée afin d’identifier le nombre de patients avec une prédisposition génétique identifiée, et leur corrélation avec les données cliniques et généalogiques.

Résultats :

716 patients ont été vus en consultation de génétique avant l’exome constitutionnel et somatique à visée théranostique. Chez 35/716 patients, un variant pathogène constitutionnel a été identifié dans 13 gènes actionnables (5 BRCA1, 13 BRCA2, 2 PALB2, 1 SDHB, 3 CDKN2A, 1 NF1, 4 TP53, 1 MSH2, 1 RAD51C, 1 MSH6, 1 MLH1, 1 APC, 1 ATM hétérozygote composite). 17/35 étaient déjà identifiées dans le circuit de soin. Parmi 17 cas identifiés par le séquençage de l’exome, 10/17 ne répondaient pas aux critères de recherche de prédisposition génétique, et dans 2/10 cas, la variation peut être considérée comme incidentale car sans lien avec le cancer présenté par le patient. Dans 2/17 cas, une consultation de génétique avait été réalisée antérieurement, mais les analyses limitées aux gènes BRCA. Dans 5/17 cas, les critères de recherche de prédisposition génétique étaient présents mais n’avaient pas été identifiés par l’oncologue. Dans un cas, un variant pathogène BRCA2 non identifié en exome mais dépisté par panel devant des critères d’analyse retenus en consultations. Chez 18 patients, un variant a été identifié dans un gène non actionnable.

Discussion :

Cette étude confirme que les analyses théranostiques peuvent dépister des prédispositions génétiques constitutionnelles en lien ou non avec la présentation clinique, rendant importante l’information du patient au préalable. Cependant, le pourcentage faible (2.5%) doit faire balancer avec la mise en place de circuits urgents. Le développement d’outils d’information papier ou numérique, ou de formation des oncologues est à explorer. L’étude des préférences des patients serait également à envisager.

Geoffrey BERTOLONE (DIJON), Elodie COSSET, Amandine BAURAND, Caroline SAWKA, Marion ROBERT, Allan LANCON, Manon REDA, Corentin RICHARD, Christine BINQUET, Romain BOIDOT, Valentin DERANGERE, Vincent GOUSSOT, Juliette ALBUISSON, Laure FAVIER, François GHIRINGHELLI, Sophie NAMBOT, Laurence FAIVRE
17:35 - 17:40 #20037 - EF61 Mise en évidence d’un variant délétère du gène BRCA1 en mosaïque.
EF61 Mise en évidence d’un variant délétère du gène BRCA1 en mosaïque.

Une étude des gènes BRCA1, BRCA2 et PALB2 a été réalisée chez une jeune femme prise en charge pour un cancer du sein gauche correspondant à un carcinome infiltrant de type non spécifique, SBRIII, triple négatif, diagnostiqué à l’âge de 35 ans. Cette jeune femme ne rapportait pas d’histoire familiale évocatrice d’une prédisposition héréditaire au cancer du sein. L’étude a donc été initiée du fait de l’âge au diagnostic et du type histologique de cancer du sein. L’étude réalisée à partir de l’ADN extrait d’un prélèvement sanguin a identifié un variant délétère du gène BRCA1 nomenclaturé c.4846dupG (p.(Ala1616Glyfs*6)) avec une fraction allélique de 15% (kit HCS_v1_1 ; Sophia Genetics®). Le résultat de la recherche ciblée (Séquençage Sanger) de ce variant sur l’ADN extrait d’un prélèvement salivaire recueilli sur papier FTA était compatible avec le résultat précédent. Nous avons recherché ce même variant sur l’ADN extrait de tissu mammaire sain et l’avons retrouvé à une fraction allélique de 16% ainsi que sur l’ADN extrait de tissu mammaire tumoral, présentant un pourcentage de cellules tumorales estimé à 80%, à une fraction allélique de 41 % (BRCA Master DX Multiplicom®). L’ensemble de ces résultats nous permet de conclure à la présence, chez cette jeune femme, d’un variant délétère du gène BRCA1 à l’état de mosaïque. A notre connaissance, très peu de cas de mosaïcisme ont été rapportés pour ce gène.

Capucine DELNATTE (NANTES), Marion BELLEGUIC, Virginie GUIBERT, Delphine LEROUX, Nadège MARTI, Fabrice AIRAUD, Stephane BEZIEAU, Céline GARREC
17:40 - 17:45 #20051 - EF62 L’interprétation des variants de TP53 identifiés dans des panels de gènes : un challenge pour le biologiste et un véritable enjeu pour le patient.
EF62 L’interprétation des variants de TP53 identifiés dans des panels de gènes : un challenge pour le biologiste et un véritable enjeu pour le patient.

Une des évolutions les plus significatives dans la pratique de l’oncogénétique moléculaire a été le développement de panels élargis de gènes impliqués dans le déterminisme génétique du cancer. Ainsi depuis 2017, le panel des gènes analysés dans le contexte d’une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire inclut à titre systématique le gène TP53, de même que d’autres panels constitutionnels ou somatiques. Lorsqu’un variant de TP53 est identifié par un laboratoire français, un prélèvement nous est en règle générale adressé pour confirmation et interprétation. Ainsi, nous avons reçu des prélèvements pour plus de 150 patients pour expertise de variants de TP53. Trois grands messages se dégagent de l’analyse de cette série : (i) La plupart des variants de TP53 détectés à faible fraction allélique dans le sang ne correspondent pas à des mosaïques. Parmi les 24 variants détectés en NGS dans une minorité de lectures à partir d’un prélèvement sanguin, nous n’avons pas retrouvé le variant dans la tumeur ou le tissu sain adjacent dans les cas pour lesquels nous avons pu récupérer un échantillon tumoral, excluant ainsi l’hypothèse d’une mosaïque à l’origine de la tumeur. Ces variants pourraient correspondre à de l’ADN tumoral circulant ou à une hématopoïèse clonale, d’où la nécessité de toujours considérer la présentation clinique du patient et de vérifier la présence du variant dans le tissu d’origine de la tumeur. (ii) Un tiers seulement des patients pour lesquels un variant a été expertisé répond aux critères de Chompret. Les variants détectés sont classés en combinant fréquence allélique (gnomAD), prédictions bioinformatiques de l’impact sur la protéine et l’épissage et analyses fonctionnelles dans la levure et les cellules humaines. Chez ces patients, la majorité des variants détectés (62 %) correspond à des classe 5 (pathogène) ou 4 (probablement pathogène) et les variants de classe 3 font actuellement l’objet d’analyses complémentaires (ARN et activité transcriptionnelle de p53) dans notre laboratoire. (iii) Enfin, chez les patients ne répondant pas aux critères de Chompret, de façon surprenante, plus de 40 % des variants identifiés sont de classe 4 ou 5. L’identification de tels variants chez des patients atteints souvent tardivement (39 à 79 ans) pose la question de leur pénétrance et donc de la présence de facteurs modificateurs, mais aussi de leur implication dans le développement tumoral. Compte-tenu de l’impact majeur de l’identification d’un variant de classe 4 ou 5 de TP53 pour la prise en charge thérapeutique immédiate d’un patient atteint d’un cancer (chirurgie élargie plutôt que radio/chimiothérapie complémentaire), son suivi ultérieur et celui de sa famille, basé en particulier sur l’IRM annuelle dès la première année de vie, l’interprétation des variants de TP53, associée à l’analyse de la présentation clinique, est essentielle pour assurer une prise en charge appropriée et justifiée.

Edwige KASPER (ROUEN), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Gwendoline LIENARD, Jacqueline BOU, Stéphanie VASSEUR, Emilie BOUVIGNIES, Sandrine MANASE, Laurent CASTÉRA, Nadia BOUTRY-KRYZA, Lisa GOLMARD, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE
17:45 - 17:50 #20080 - EF63 LynchRisk: Un modèle mendélien intégrant histoire familiale de cancer et données moléculaires pour le calcul du risque de syndrome de Lynch.
EF63 LynchRisk: Un modèle mendélien intégrant histoire familiale de cancer et données moléculaires pour le calcul du risque de syndrome de Lynch.

Un phénotype d’instabilité des microsatellites (MSI) est observé dans 15% des tumeurs colorectales (CRC), endométriales (EC) et moins souvent dans d’autres localisations. Il est dû à des variants pathogènes dans les gènes du système de réparation des mésappariements de l’ADN (genes MMR) qui peuvent être héritées (Syndrome de Lynch - LS). La détection de ce syndrome est importante pour la prise en charge des patients. Afin d’éviter l’engorgement des services, il est indispensable d’évaluer le risque de LS de façon séquentielle et intégrée en se basant, dans un premier temps, sur l’histoire familiale du patient puis en intégrant, au fur et à mesure de leurs disponibilités, les résultats des différents tests biologiques/génétiques (e.g. instabilité MSI, IHC MMR, mutation BRAF, etc.). Un outil mathématique de calcul du risque de LS objectif et requêtable pour accompagner cliniciens et/ou gestionnaires de bases de données de laboratoire, locales, nationales et internationale s’avère indispensable. 

Les modèles de calcul de risque de LS sont divisés en deux catégories. Les modèles basé sur des régressions logistiques tels que MMRpredict (Barnetson et al., 2006) ou PREMM5 (Kastrinos et al., 2017) et les modèles mendéliens tels que MMRPro (Chen et al., 2006). Seuls les modèles mendéliens sont capables de prendre en compte la totalité de l’histoire familiale de cancer, première source d’information en conseil génétique, à savoir, l’ensemble des individus et liens familiaux et l’ensemble des phénotypes (individus atteints + âge au diagnostic et individus sains + âge à la date de consultation ou aux dernières nouvelles). A notre connaissance, le seul modèle mendélien existant dans le calcul du risque du syndrome de Lynch est MMRPro et comporte des limitations telles que la date de dernière mise à jour de ses paramètres (2006) et plusieurs limitations techniques au regard de l’analyse de survie (étude du temps qui s’écoule avant le diagnostic) et de l’analyse de liaison génétique. 

Nous proposons un nouveau modèle mendélien nommé LynchRisk capable de prendre en compte la totalité de l’histoire familiale des individus grâce à la théorie des modèles graphiques probabilistes d’une part et à des modèles de survie multi-état rigoureux et offrant la possibilité d’y intégrer les données de biologie moléculaires comme covariables. En ce sens, LynchRisk se veut un outil mathématique pour accompagner le clinicien dans son évaluation du risque à chaque étape du parcours du patient. Les paramètres du modèle sont tirés de la littérature récente : Moller et al. (2017), Assisi et al. (2016) référencés par le groupe InSiGHT (www.insight-group.org), Defossez et al. (2019) référencé par l’INCa (www.e-cancer.fr), Sanne et al. (2015). Nous proposons une évaluation des résultats de notre modèle et une comparaison avec les résultats obtenus par MMRPro, MMRPredict et PREMM5 sur des cas cliniques choisis ainsi que des données du groupe hospitalier APHP.Sorbonne Université.

Alexandra LEFEBVRE (Paris), Patrick BENUSIGLIO, Florence COULET, Alex DUVAL, Grégory NUEL
17:50 - 17:55 #20127 - EF64 L’identification d’une nouvelle famille de cancer gastrique héréditaire diffus lié au gène CTNNA1 questionne l’intérêt d’ajouter ce gène aux panels diagnostiques.
EF64 L’identification d’une nouvelle famille de cancer gastrique héréditaire diffus lié au gène CTNNA1 questionne l’intérêt d’ajouter ce gène aux panels diagnostiques.

La prédisposition héréditaire au cancer gastrique héréditaire de type diffus est principalement due aux variants pathogènes constitutionnels du gène CDH1 codant pour l’E-Cadhérine, qui n’expliquent cependant que 14 à 20 % des cas. Depuis 2013, des variants pathogènes constitutionnels du gène CTNNA1, codant pour l’α-caténine, ont été rapportés dans 7 familles atteintes de Cancer Gastrique Diffus (CGD) sans variant pathogène CDH1 identifié. Avec le complexe β-caténine, l’α-caténine participe à l’adhésion du domaine cytoplasmique de l’E-cadhérine au cytosquelette. Une perte d’expression de l’α-caténine a été observée par immunohistochimie (IHC) sur les tumeurs gastriques de plusieurs patients porteurs d’un variant pathogène de CTNNA1 par différentes équipes. Ce type de perte n’a jamais été observé sur des CGD de patients témoins sans variant pathogène CTNNA1 identifié. A ce jour l’absence de données suffisantes concernant le niveau de risque de cancer dans ces familles a conduit à ne pas retenir ce gène dans le panel digestif national recommandé récemment par le Groupe Génétique et Cancer. Nous rapportons ici une nouvelle famille de cancer gastrique diffus lié à un variant pathogène du gène CTNNA1.

 

Le cas index est atteint d’un CGD à 49 ans. Son père est décédé d’un CGD découvert à 55 ans. Son grand-père paternel est décédé vers 70 ans d’un cancer digestif. Sa grand-mère paternelle a présenté un cancer du sein à 77 ans. Une analyse constitutionnelle des gènes CDH1 et CTNNA1 a été effectuée dans notre laboratoire : aucune altération n’a été mise en évidence sur CDH1, mais un variant tronquant a été identifié sur CTNNA1 : c.543del, p.(Lys181Asnfs*7). Cette altération est située dans l’exon 5 de CTNNA1 qui correspond au domaine vinculine/α-caténine, très conservé chez les différentes espèces. Les IHC réalisées sur la tumeur du patient et celle de son père, montrent une perte d’expression de l’α-caténine sur les deux tumeurs alors que le marquage est conservé sur le tissu sain adjacent. Par ailleurs la tumeur du cas index présente un phénotype proficient-MMR et aucun variant pathogène n’a été mis en évidence sur l’ensemble des gènes du panel digestif. Une recherche ciblée du variant pathogène CTNNA1 est en cours sur la tumeur gastrique du père et sur la tumeur mammaire de la grand-mère paternelle. La recherche d’un second évènement tumoral de type LOH est également prévue. La prise en charge à proposer aux apparentés de cette famille sera discutée en RCP.

 

L’identification de cette nouvelle famille avec variant pathogène CTNNA1 questionne de nouveau l’intérêt d’intégrer le gène CTNNA1 dans les panels diagnostiques du moins dans les contextes de formes familiales de cancer de l’estomac de type diffus, au même titre que CDH1. Il s’agit d’une prédisposition rare mais la description de nouvelles familles pourrait permettre une meilleure estimation des risques et l’établissement de recommandations de prise en charge pour les apparentés.

Hélène DELHOMELLE (Saint Cloud), Adèle DHUYSER, Maud BLANLUET, Jessica LE GALL, Mathias SCHWARTZ, Khadija ABIDALLAH, Magali SVRCEK, Dominique STOPPA LYONNET, Lisa GOLMARD, Chrystelle COLAS

Jeudi 23 janvier

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BRK5S5
16:35 - 17:55

SESSION PRESENTATION FLASH POSTERS - ECRAN 5

Modérateurs : Salima EL CHEHADEH (Praticien hospitalier) (Strasbourg), Renaud TOURAINE (Chef de Service) (Saint Etienne)
16:35 - 16:40 #20380 - EF65 Traitement par Trametinib chez des patients avec syndrome de Noonan par mutation du gène RIT1: mise à jour des données de 2 patients traités depuis 2 ans et présentation d’un 3ème cas.
EF65 Traitement par Trametinib chez des patients avec syndrome de Noonan par mutation du gène RIT1: mise à jour des données de 2 patients traités depuis 2 ans et présentation d’un 3ème cas.

Les RASopathies forment un groupe de pathologies liées à des mutations germinales de gènes de la voie de signalisation RAS/MAPK. Parmi ces mutations, celles du gène RIT1 sont associées au syndrome de Noonan, et comportent un risque particulièrement élevé (56%) de cardiomyopathie hypertrophique (CMH) pouvant être fatale dans les premiers mois de vie.

Nous rapportons les données évolutives de 2 patients avec mutation de RIT1 (S35T, F82L) traités favorablement par inhibiteur de MEK (Trametinib) depuis février 2017 (actualisation des données publiées dans : Andelfinger G et al, Hypertrophic cardiomyopathy in Noonan Syndrome treated by MEK-Inhibition. J Am Coll Cardiol.2019;73(17):2237-2239), ainsi que celles d’un 3èmepatient (mutation A94T) traité depuis 5 mois. 

Chez les 2 premiers patients, le traitement a permis une nette amélioration de la fonction cardiaque (l’un des patients avaient déjà présenté un arrêt cardio-respiratoire, le 2ème était en échec thérapeutique avec une CMH rapidement progressive sous traitement médical optimal) avec un retour à une fonction cardiaque normale et une masse cardiaque dans la limite supérieure de la normale. Les patients n’ont pas présenté d’autre problématique médicale spécifique depuis. Le suivi de la masse ventriculaire gauche par IRM a montré un effet bénéfique persistant : les mesures étaient évaluées, respectivement à l’initiation du traitement puis à 4 et 24 mois, à 75 g/m2, 59 g/m2, 52 g/m2 pour l’un et 119 g/m2, 78 g/m2, 68.6 g/m2 pour l’autre. Une tentative de sevrage a échoué pour les deux patients avec ré-ascension des masses et des gradients au-delà de paramètres prédéfinis. 

Le 3ème patient (encore non rapporté), s’est présenté avec une hypertrophie myocardique légère à la naissance, mais d’évolution rapidement sévère (masse ventriculaire indexée passant de 91 mg/m2.7 à 137 mg/m2.7 à l’âge de 3½ mois) et une obstruction bilatérale des voies de chasse. Malgré un traitement optimal par propanolol, l’hypertrophie a continué de progresser (pic à 177g/m2.7 à 5 mois); le nourrisson a également présenté des chylothorax bilatéraux nécessitant un traitement par octréotide et 2 drainages. Un traitement par trametinib a été initié à 4 ½ mois (dose initiale de 0.025 mg/kg/j). Les épanchements pleuraux ont disparu après 11 jours de traitement, et la masse ventriculaire gauche est passée à 116g/ m2.7 après 6 semaines.

Le traitement par inhibiteur de MEK chez ce 3ème patient a donc également eu un effet bénéfique sur la CMH précoce sévère. Les premiers cas traités ont montré que l’effet positif était maintenu pendant un temps prolongé (> 2 ans). Ces patients n’ont par ailleurs pas présenté d’effet secondaire significatif. Les questions encore en suspens restent principalement : la durée pendant laquelle le traitement doit être maintenu, les effets secondaires possibles à long terme si un usage prolongé est nécessaire, et les effets potentiels du traitement sur d’autres traits phénotypiques (croissance notamment).

Gregor ANDELFINGER, Marie-Ange DELRUE (Montréal, Canada), Laurence VAUJOIS, Christopher MARQUIS, Marie-Josée RABOISSON, Yves THÉORET, Stephan WALDMÜLLER, Gesa WIEGAND, Michael HOFBECK
16:40 - 16:45 #20385 - EF66 Administration à faible dose, quotidienne ou intermittente d'infigratinib (BGJ398), inhibiteur sélectif du FGFR dans un modèle de souris : un traitement pour l’achondroplasie.
EF66 Administration à faible dose, quotidienne ou intermittente d'infigratinib (BGJ398), inhibiteur sélectif du FGFR dans un modèle de souris : un traitement pour l’achondroplasie.

Le FGFR3 (Fibroblast Growth Factor Receptor 3) joue un rôle crucial dans le contrôle de la croissance osseuse, les mutations gain de fonction FGFR3 sont responsables d’ostéochondroplasies parmi lesquelles on peut citer le nanisme le plus fréquent l'achondroplasie (ACH) et l'hypochondroplasie. Diverses stratégies thérapeutiques ont été envisagées pour cette famille de nanisme, le FGFR3 soluble, les anticorps anti FGFR3 et enfin le vosoritide, aujourd’hui en phase clinique, un analogue du peptide natriurétique de type C (CNP) qui inhibe la voie des MAP kinase.

Dans cette étude, considérant que FGFR3 active de nombreuses voies de signalisation en aval, nous avons évalué une nouvelle stratégie thérapeutique visant à cibler directement l'activation de FGFR3 et toutes les voies de signalisation en aval et non pas uniquement la voie des MAP kinase. L’infigratinib (BGJ398), un inhibiteur oral de tyrosine kinase (TKI), est un puissant inhibiteur sélectif de FGFR1-3 doté d’une activité bien caractérisée envers FGFR3. Nous avons émis l’hypothèse qu’une très faible dose d’infigratinib pourrait améliorer le défaut de croissance observé dans l’ACH. Pour répondre à cette question, nous avons traité un modèle de souris atteinte de nanisme (Fgfr3Y367C/+) mimant l’ACH, avec des injections sous-cutanées d’infigratinib soit quotidienne (0,2 mg / kg / jour ou 0,5 mg / kg / jour), soit tous les trois jours (1 mg / kg / jour) pour une durée totale de traitement de 15 jours. Les résultats ont été comparés à des souris mutantes traitées avec du véhicule. Nous avons observé une amélioration significative de la taille des membres supérieurs (humérus + 7%, ulna + 11%) et inférieurs (fémur + 11%, tibia + 16%) pour une dose de 0,5 mg / kg, ainsi qu'une amélioration de la taille du foramen magnum. Le gain de croissance a été réduit avec une dose plus faible (0,2 mg / kg), confirmant ainsi une relation dose-réponse. Pour vérifier si un traitement quotidien était nécessaire, nous avons effectué des injections tous les trois jours d’infigratinib (1 mg / kg). Le gain de croissance par rapport aux souris traitées avec le véhicule était significatif pour tous les os longs (+ 7%) ainsi que la taille du foramen magnum. En plus du gain de croissance, nous avons observé une modification de la structure de la plaque de croissance, avec entre autres une meilleure différenciation cellulaire.

En conclusion, ces résultats démontrent qu'une faible dose ainsi qu'une dose intermittente d'infigratinib favorise la croissance dans ce modèle murin d’ACH. Aucune toxicité apparente d'infigratinib n'a été observée, suggérant ainsi que le traitement par un TKI, comme l’infigratinib, pourrait être une option intéressante et pertinente pour les enfants atteints d'achondroplasie.

 

Benoit DEMUYNCK, Nabil KACI, Gary LI, Carl DAMBKOWSKI, Laurence LEGEAI-MALLET (Paris)
16:45 - 16:50 #19905 - EF67 Mise au point d’un test de dépistage des tumeurs séreuses de haut grade chez des femmes à risques (mutées sur un gène de prédisposition : BRCA1, BRCA2, RAD51C ou RAD51D) : Analyse d’aneuploïdies dans l’ADN circulant plasmatique par capture NGS.
EF67 Mise au point d’un test de dépistage des tumeurs séreuses de haut grade chez des femmes à risques (mutées sur un gène de prédisposition : BRCA1, BRCA2, RAD51C ou RAD51D) : Analyse d’aneuploïdies dans l’ADN circulant plasmatique par capture NGS.

  1. Introduction

Malgré leur faible incidence (7,5/ 100 000 en 2018 en France1), les cancers de l’ovaire présentent un taux de mortalité élevé (3,8/100 000 en 2018 en France) et une survie à cinq ans inférieure à 50% 2. Le diagnostic des cancers de l’ovaire étant  effectué à un stade disséminé dans 60 % des cas, l’amélioration du dépistage précoce est un des enjeux pour améliorer la prise en charge. 

Dans le cadre de la prédisposition héréditaire liée aux mutations des gènes BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, les femmes peuvent développer des tumeurs séreuses de haut grade (HGSC) (pénétrances à 80 ans de 44% et 17% pour BRCA1 et BRCA23). Une annexectomie bilatérale prophylactique est proposée aux femmes porteuses d’une mutation délétère, afin de faire diminuer le risque cancéreux qui reste résiduel (4-5%)4.

Il a été montré récemment chez des patientes atteintes de HGSC que l’ADN tumoral plasmatique circulant est détectable non seulement en phase avancé mais également en phase non disséminée 5. Le profil génomique des HGSC se caractérise par de nombreuses aneuploïdies (gains, amplifications, pertes de matériel génétique) et peu de mutations ponctuelles délétères hormis sur le gène TP53, muté dans 98% des cas 6.

Matériel et méthodes

Le projet consiste à mettre au point une technique de dépistage mettant en évidence les aneuploïdies d’origine tumorales dans l’ADN plasmatique circulant (cpADN) des patientes suivies.

La méthode choisie est une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) utilisant une banque de capture « Oneseq » (société Agilent) qui permet de capturer d’une part des régions géniques ciblées dans les HGSC et d’autre part l’entièreté du génome à faible couverture afin de détecter les aneuploïdies.

Nous effectuons actuellement une étude préliminaire de faisabilité en analysant par NGS oneseq l’cpADN d’une série de 16 patientes atteintes d’un HGSC en phase active (diagnostic récent ou rechute) et une série de 16 témoins non malades.

Objectifs

Détecter des profils d’aneuploïdies dans le cpADN des patientes porteuses d’une HGSC, et des profils normaux pour les témoins sains. L’objectif est de valider la faisabilité de l’analyse des aneuploïdies dans l’ADN circulant plasmatique par NGS oneseq pour détecter les HGSC. Ceci permettra d’envisager l’essai de cette technique en condition de dépistage à travers une étude prospective.

Confirmer l’origine tumorale des aneuploïdies observées dans l’cpADN en analysant par NGS oneseq  les échantillons d’ADN issus des tumeurs fixées et inclues en paraffine des  16 patientes atteintes.

Comparer les aneuploïdies observées par NGS oneseq  avec une technique de SNP array (Oncoscan-CNV, effectué sur les 16 ADN tumoraux fixés et sur 4 échantillons d’cpADN).

1.           Defossez, G. et al. 2019

2.           Cowppli-Bony, A. et al. 2016.

3.           Kuchenbaecker, K. B. et al JAMA 2017

4.           Finch, A. et al.  JAMA 2006

5.           Bettegowda, C. et al.  Sci. Transl. Med 2014

6.           Bell, D. et al. Nature 2011

Louis LEBRETON (Bordeaux), Natalie JONES, Delfine LAFON, Françoise DURRIEU, Sabrina CROCE, Pauline ALLARD, Didier GOIDIN, Adrien JEANNIARD, Marteen PIRSON, Flora REBIER, Laetitia MAYEUR, Michel LONGY, Nicolas SEVENET
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