Mercredi 22 janvier
08:30

Mercredi 22 janvier

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A21
08:30 - 10:30

CONFERENCE PLENIERE 2
Avancées technologiques et méthodologiques

Modérateurs : Frédéric LAUMONNIER (Chercheur) (Tours), Damien SANLAVILLE (PUPH) (LYON)
08:30 - 10:30 Panels de témoins de référence pour l’aide à l’interprétation de la variabilité génomique. Emmanuelle GENIN (BREST)
08:30 - 10:30 Hi-C : méthodes d'analyse de l'organisation spatiale de la chromatine et des variants structuraux. Nicolas SERVANT (Paris)
08:30 - 10:30 Principes et applications des organoïdes en pathologie humaine. Nicolas BROGUIÈRE (LAUSANNE, Suisse)
08:30 - 10:30 Thérapies anti-sens. Sonia RELIZANI (Montigny Le Bretonneux)
Auditorium François 1er
10:30 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
11:30

Mercredi 22 janvier

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A23
11:30 - 13:00

Communications Orales Sélectionnées 01

Modérateurs : Dominique BONNEAU (ANGERS), Hélène DOLLFUS (STRASBOURG)
11:30 - 11:45 #20142 - CO01 Enrichissement de mutations pathogènes du diabète monogénique parmi les patients diabétiques de type 2 commun : vers une médecine personnalisée des diabètes.
CO01 Enrichissement de mutations pathogènes du diabète monogénique parmi les patients diabétiques de type 2 commun : vers une médecine personnalisée des diabètes.

Les études d’association pangénomique ont identifié 250 loci indépendants associés au risque de diabète de type 2 (DT2) qui touche 4 millions de personnes en France. Malgré ce succès, la translation de ces découvertes vers des avancées en médecine de précision a été modeste. A contrario, l’investigation génétique des formes monogéniques de diabète a révélé plusieurs régulateurs clefs de la sécrétion d’insuline, conduisant à des cas d’école en médecine génomique de précision. En effet, les patients diabétiques avec une mutation pathogène dans HNF1A sont traités de manière optimale avec des sulfamides hypoglycémiants oraux et les patients porteurs de mutation pathogène dans GCK ne requièrent aucun traitement médicamenteux malgré leur hyperglycémie chronique. La place de ces formes de diabète monogénique dans le DT2 commun est inconnue. Nous avons mesuré la prévalence de mutations pathogènes parmi 33 gènes impliqués dans le diabète monogénique chez des patients avec une forme commune de DT2, comparée à une population contrôle normogycémique. Via un séquençage de nouvelle génération (NGS), les gènes ont été séquencés dans une étude cas-témoins incluant 6 348 individus. Comme le séquençage NGS ciblé de l’ADN ne conduit pas à une couverture parfaite de tous les gènes, nous avons appliqué des contrôles qualité stricts avant les analyses. La pathogénicité des variants a été mesurée via les critères ACMG. Parmi les 6 348 individus, nous avons identifiés 168 mutations pathogènes ou probablement pathogènes, incluant 35% de mutations tronquantes. En utilisant la méthode MiST ajustée à l’âge, au sexe, à l’indice de masse corporelle et à l’ethnie, nous avons identifié une association significative entre les variants pathogènes ou probablement pathogènes et une augmentation du risque de DT2 (p<0.001; avec 5.6% porteurs parmi les cas vs 2.7% porteurs parmi les contrôles). Nous avons trouvé que cette association significative est surtout expliquée par les mutations identifiées dans GCK (p<0.001) et HNF1A (p<0.001) ; c’est-à-dire les gènes les plus fréquemment mutés dans le diabète monogénique. Parmi les patients avec un DT2, nous avons trouvé que les porteurs de mutation pathogène étaient légèrement plus minces avec un diabète diagnostiqué un peu plus précocement, mais les médications anti-diabètiques et l’histoire familiale n’étaient pas différentes entre les porteurs et les non-porteurs. En conclusion, nous avons trouvé une prévalence élevée de mutations pathogènes parmi les gènes du diabète monogénique chez les patients avec un DT2 commun, qui pourtant ne présentaient pas les caractéristiques cliniques d’un diabète monogénique (comme le MODY) et donc qui ne pouvaient pas être identifiés cliniquement avant le criblage génique. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles vers une médecine personnalisée du diabète commun, plus économe en coûts de santé grâce au criblage génétique peu onéreux (50€) des patients diabétiques nouvellement diagnostiqués.     

Philippe FROGUEL (Lille), Michel MARRE, Amelie BONNEFOND, Mathisle BOISSEL
11:45 - 12:00 #20277 - CO02 Découverte d’anomalies constitutionnelles lors d’analyse génomique tumorale : Retour d’expérience.
CO02 Découverte d’anomalies constitutionnelles lors d’analyse génomique tumorale : Retour d’expérience.

Le but de la médecine de précision est l’identification dans le génome tumoral de potentielles cibles de traitement. Au cours de cette analyse, des variants pathogènes dans des gènes connus pour leur implication dans des prédispositions au cancer (VP) peuvent être identifiés. Certains de ces VP sont présents constitutionnellement. Dans les 4 dernières années, des VP de gènes de prédisposition ont été identifiés dans les tumeurs de 19 pts inclus dans des programmes de médecine de précision de notre institution (MOSCATO, MATCHR) (âge médian 52ans [21-72ans] ; 5 cancers pulmonaires, 3 cancers de la prostate, 4 cancers du sein, un cancer de la vessie, un cancer du côlon, un corticosurrénalome, un cancer ORL, un cancer de l’ovaire, un phéochromocytome, une double localisation pancréas/poumon). Les VP concernaient BRCA2 (n=10), BRCA1 (n=5), PALB2 (n=1), MSH2 (n=1), TP53 (n=1), VHL (n=1). Suite à la réunion pluridisciplinaire (RCP) moléculaire, ces pts ont été invités à consulter en oncogénétique, malgré l’absence d’histoire familiale évocatrice de prédisposition pour 17 pts d’entre eux. Douze pts ont été reçus en consultation et ont réalisé un test ciblé. Huit n’ont jamais donné suite, bien que 3 d’entre eux aient été adressés vers un centre d’oncogénétique plus proche de leur lieu de résidence. Parmi les 12 pts testés, 9 étaient porteurs constitutionnels du VP, 3 étaient non porteurs (VHL, BRCA1, BRCA2). Des tests ciblés chez des apparentés ont été réalisés secondairement dans 4 familles et la prise en charge usuelle a été appliquée pour les porteurs.

Ces résultats montrent que l’acceptation d’un test constitutionnel après analyse tumorale est grande, la non-réalisation de la consultation de génétique dans notre série étant souvent en lien avec une altération de l’état général. Les VP tumoraux sont le plus fréquemment constitutionnels (9/12), même si le cancer ne fait pas partie du spectre habituel de la prédisposition. La prise en charge des apparentés porteurs est par ailleurs questionnable. Elle est peut-être excessive dans la mesure où les risques réels sont mal connus et possiblement plus faibles qu’en situation évocatrice de prédisposition.

Cette expérience révèle l’importance d’anticiper l’identification de ces VP lors des analyses tumorales. Dans nos protocoles de recherche en médecine personnalisée, tous les pts consentent initialement à une éventuelle exploration constitutionnelle. Dans tous les autres contextes, il est nécessaire d’avoir des dispositifs d’oncogénétique garantissant un minimum d’information préalable et une prise en charge organisée en aval du test tumoral, intégrant une RCP moléculaire et une consultation de génétique. Il est également indispensable d’améliorer l’évaluation des risques de cancer dans ces situations d’histoire familiale peu évocatrice. La multiplication des portraits moléculaires tumoraux sans cet accompagnement soulèverait une question éthique et de responsabilité vis-à-vis des patients et de leur famille.

Benjamin VERRET, Patrick BENUSIGLIO, Veronica GOLDBARG, Christophe MASSARD, Benjamin BESSE, Yohann LORIOT, Claudio NICOTRA, Maud NGO-CAMUS, Marina DI MARIA, Sophie VILLEBASSE, Delphine WEHRER, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Alice FIEVET, Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Ludovic LACROIX, Etienne ROULEAU, Olivier CARON (VILLEJUIF)
12:00 - 12:15 #20300 - CO03 Point sur les épimutations constitutionnelles responsables de syndrome de Lynch.
CO03 Point sur les épimutations constitutionnelles responsables de syndrome de Lynch.

Les épimutations représentent un mécanisme alternatif aux mutations génétiques dans l’étiologie de certaines maladies génétiques. C’est le cas dans le syndrome de Lynch, syndrome de prédisposition héréditaire au cancer (principalement du côlon et de l’endomètre) lié à une altération génétique constitutionnelle d’un des gènes codant les protéines impliquées dans la réparation des mésappariements de l’ADN (système MisMatch Repair). Pour quelques patients, l’altération constitutionnelle responsable de la prédisposition aux cancers est épigénétique et correspond à une hyperméthylation du promoteur des gènes MLH1 ou MSH2.

De manière générale, les épimutations, rares et de description plus récente que les altérations génétiques, restent mal connues et mal caractérisées d’un point de vue fonctionnel. Les épimutations peuvent être primaires, correspondant à des événements épigénétiques purs labiles dans les lignées germinales, ou secondaires, associées à une altération génétique en cis transmise à la descendance sur un mode Mendélien. Les épimutations du gène MSH2 sont secondaires. Le mécanisme moléculaire responsable de l’hyperméthylation du promoteur a été bien caractérisé et correspond à une délétion de taille variable de la région 3’ du gène EPCAM, situé en amont du gène MSH2. Les épimutations du gène MLH1 peuvent être primaires ou secondaires. Bien qu’identifiées dès 2002, ces épimutations restent mal caractérisées et semblent beaucoup plus complexes, notamment en raison de la diversité des mécanismes moléculaires impliqués. Seule une soixantaine de patients porteurs d’une épimutation de MLH1 a priori primaire et quelques rares familles avec épimutation secondaire ont été décrits dans la littérature à ce jour.

La recherche d’hyperméthylation constitutionnelle du promoteur du gène MLH1 est réalisée dans notre laboratoire dans le cadre du diagnostic de syndrome de Lynch depuis 2009. L’implication des généticiens, moléculaires et cliniciens, du Groupe Génétique et Cancer (GGC) a permis un recrutement national de patients. Plus d’une trentaine de cas index porteurs d’une épimutation constitutionnelle ont ainsi pu être identifiés à ce jour. Un diagnostic présymptomatique a pu être proposé aux apparentés, et une transmission de l’épimutation sur au moins 2 générations a été mise en évidence dans quelques familles. Les explorations complémentaires, constitutionnelles et tumorales, réalisées chez ces patients permettent d’éclaircir les mécanismes moléculaires conduisant à l’inactivation du gène MLH1. De nouveaux variants génétiques, ségrégeant avec l’hyperméthylation dans les familles, ont notamment pu être identifiés, montrant la grande diversité des variants génétiques responsables d’épimutations secondaires. La première description de l’insertion d’une séquence Alu dans la séquence codante du gène MLH1 a ainsi été faite.

Une revue de la littérature, ainsi que les différents travaux du laboratoire concernant les épimutations du gène MLH1, seront présentés.

Julie LECLERC (LILLE), Cathy FLAMENT, Tonio LOVECCHIO, Lucie DELATTRE, Emilie AIT YAHYA, Catherine VERMAUT, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Nelly BURNICHON, Myriam BRONNER, Odile CABARET, Sylviane OLSCHWANG, Sophie LEJEUNE, Afane BRAHIMI, Stéphane CATTAN, Nelly PASZ, Rosine GUIMBAUD, Gilles MORIN, Jacques MAUILLON, Philippe JONVEAUX, Paul GESTA, Chrystelle COLAS, Jeanne NETTER, Jessica MORETTA, Philippe DENIZEAU, Pierre LAURENT-PUIG, Thierry FREBOURG, Marie-Pierre BUISINE
12:15 - 12:30 #20101 - CO04 Toutes les variations non-sens ne conduisent pas à une perte totale de fonction : le paradigme de l’exon 12 de BRCA2.
CO04 Toutes les variations non-sens ne conduisent pas à une perte totale de fonction : le paradigme de l’exon 12 de BRCA2.

Les variations non-sens ainsi que celles localisées au niveau des sites canoniques d’épissage (IVS±1,2) sont généralement considérées, sans ambiguïté, comme des variations perte de fonction et, en conséquence, sont classées pathogènes. Toutefois, certaines d’entre elles sont susceptibles d’induire le saut en phase d’un exon non-essentiel, conduisant potentiellement au moins en partie à une protéine fonctionnelle. Afin de tester cette hypothèse dans le contexte d’un gène de prédisposition au cancer, nous avons utilisé comme modèle d'étude l’exon 12 de BRCA2. En effet, il a été précédemment montré que le saut en phase de cet exon n’entraine pas la perte complète de fonction de la protéine. Dans un premier temps, nous avons sélectionné à partir des bases de données mutationnelles toutes les variations supposées pathogènes localisées dans ou autour l’exon 12 (e.g. variations non-sens, frameshift ou IVS±1/2). L’impact sur l’épissage des 15 variations ainsi sélectionnées a ensuite été évalué dans un test basé sur l’utilisation de minigènes et à partir de lignées lymphoblastoïdes de patients, lorsque ce matériel était disponible. De plus, certaines de ces variations ont fait l’objet d’une analyse dans un essai fonctionnel basé sur l’utilisation de cellules souches embryonnaires de souris. Ces différentes approches complémentaires ont permis de montrer qu’une fraction importante de ces variations, y compris des variations non-sens, (i) induisent un saut en phase de l’exon 12 du fait de la modification des sites d’épissage ou d’éléments de régulation, et, en conséquence, (ii) sont responsables de la production d’une protéine avec une délétion interne mais fonctionnelle, au moins en partie. L’ensemble de ces données montre, pour la première fois dans un gène de prédisposition au cancer, que certaines variations non-sens présumées nulles contournent la perte totale de fonction du fait de leur impact sur l’épissage. Des analyses complémentaires des données cliniques et familiales des patients seront nécessaires afin d’estimer le risque de développer un cancer associé à ce type de variations hypomorphes. Ces travaux soulignent l’importance d’être prudent dans l’interprétation des variations supposées nulles localisées dans des exons en phase ne codant pour aucun domaine fonctionnel essentiel.

Laëtitia MEULEMANS (Rouen), Romy MESMAN, Sandrine M. CAPUTO, Sophie KRIEGER, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Virgine CAUX-MONCOUTIER, Mélanie LÉONE, Nadia BOUTRY-KRYZA, Joanna SOKOLOWSKA, Françoise RÉVILLION, Capucine DELNATTE, Hélène TUBEUF, Omar SOUKARIEH, Françoise BONNET-DORION, Virginie GUIBERT, Sarab LIZARD, Paul VILQUIN, Maud PRIVAT, Aurélie DROUET, Charlotte GROUT, Fabienne CALLÉJA, Lisa GOLMARD, Harry VRIELING, Dominique STOPPA-LYONNET, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG, Maaike VREESWIJK, Alexandra MARTINS, Pascaline GAILDRAT
12:30 - 12:45 #20175 - CO05 Le déficit en frataxine induit une surcharge en fer due à un défaut de palmitoylation du récepteur à la transferrine qui est rétabli par l’artesunate.
CO05 Le déficit en frataxine induit une surcharge en fer due à un défaut de palmitoylation du récepteur à la transferrine qui est rétabli par l’artesunate.

Friedreich’s ataxia (FRDA) is a frequent autosomal recessive disease caused by a GAA repeat expansion in the FXN gene encoding frataxin, a mitochondrial protein involved in iron-sulfur clusters (ISC) biogenesis. Frataxin deficiency affects ISC containing proteins, namely respiratory chain complexes I-III as well as aconitases, and causes an iron overload in brain and heart of patients. In these tissues mitochondrial iron-loading results in a progressive ataxia and hypertrophic cardiomyopathy. However, the mechanism of iron accumulation due to frataxin deficiency remains unclear. In this way, we studied the regulation of iron homeostasis in primary fibroblasts from FRDA patients.

We report an abnormal cellular iron homeostasis in FRDA fibroblasts, inducing a massive iron accumulation in the cytosol and to a lesser extent in mitochondria where it’s associated with oxidative stress. The cellular iron uptake involves the internalization of transferrin receptor 1 (TfR1) by receptor-mediating endocytosis, which is dependent to palmitoylation statue of TfR1. Despite a normal post-transcriptional regulation of TfR1, we found that FRDA fibroblasts failed to limit iron uptake by accumulating TfR1 at plasma membrane. We were able to demonstrate that this abnormal iron uptake results in an impaired Coenzyme A pool available causing a severe defect of TfR1 palmitoylation. Finally, we showed that artesunate, an anti-malaria drug, limits iron overload by restoring TfR1 palmitoylation, which controls the iron uptake. These data highlight the critical role of frataxin in iron overload and suggest that artesunate could be a potential candidate molecule for therapeutic trials of Friedreich ataxia.

Floriane PETIT (Paris), Anthony DRECOURT, Michael DUSSIOT, Coralie ZANGARELLI, Olivier HERMINE, Arnold MUNNICH, Agnès RÖTIG
12:45 - 13:00 #19764 - CO06 Les variations bi-alléliques pathogènes du gène MYORG causent un syndrome reconnaissable à l’interface entre calcifications primaires cérébrales et ataxies spino-cérébelleuses.
CO06 Les variations bi-alléliques pathogènes du gène MYORG causent un syndrome reconnaissable à l’interface entre calcifications primaires cérébrales et ataxies spino-cérébelleuses.

Les calcifications cérébrales primaires (CCP) sont une entité rare d’expression neuropsychiatrique diverse définie par la présence de calcifications microvasculaires cérébrales. Quatre gènes sont associés à des formes autosomiques dominantes (CCP-AD) : SLC20A2 et XPR1 codent pour des transporteurs de phosphate, PDGFB code pour un facteur de croissance exprimé au niveau de l’unité neurovasculaire et PDGFRB, pour son récepteur principal. Nous avons précédemment montré que les signes cliniques principaux de CCP-AD sont des mouvements anormaux, des troubles cognitifs, et des signes psychiatriques, avec une moindre proportion d’autres anomalies motrices (cérébelleuses, pyramidales). Récemment, des variants du gène MYORG, qui code pour une glycosidase d’expression astrocytaire, ont été rapportés comme causant une forme autosomique récessive de CCP.

Nous avons criblé MYORG par séquençage d’exome chez 29 cas index non apparentés ne présentant pas de variant pathogène de CCP-AD. Nous avons étudié les caractéristiques cliniques et radiologiques des porteurs de variations bi-alléliques pathogènes de MYORG après étude de ségrégation et les avons comparées à celles de 102 patients CCP-AD.

Seize patients de 11 familles présentaient une variation bi-allélique rare ou nouvelle, non synonyme, perte de fonction ou prédite délétère. La pénétrance clinique était élevée (15/16 symptomatiques, âge de la seule porteuse asymptomatique : 28 ans, âge médian de début : 52 ans, intervalle : 21-62 ans) avec une atteinte motrice au premier plan. La dysarthrie était le signe initial chez 11/16 patients. Contrastant avec les patients CCP-AD, 80% des symptomatiques présentaient au moins 4 des 5 symptômes suivants au cours de l’évolution, qui étaient tous significativement enrichis chez les patients MYORG (p < 0.002 chacun) : dysarthrie, syndrome cérébelleux, troubles de l’équilibre, signes pyramidaux, et syndrome akinéto-rigide. Après cotation de chaque scanner par une échelle visuelle validée, le score total de calcifications était le plus élevé chez les patients MYORG (p < 10-3 contre chaque gène sauf XPR1, p=0.089, modèle de régression binomiale prenant en compte l’âge au scanner). Fait frappant, 13/16 présentaient des calcifications du tronc cérébral en plus de calcifications étendues d'autres régions (noyaux gris centraux, cervelet ± cortex). Parmi eux, 9 présentaient des calcifications pontines, qui n'ont jamais été observées dans les CCP-AD. De plus, tous les patients MYORG présentaient une atrophie cérébelleuse après analyse visuelle, confirmée en IRM par morphométrie voxel-à-voxel en comparaison avec un groupe CCP-AD. Dans 3 familles, le père était porteur de petites calcifications pallido-dentelées, suggérant une expression phénotypique marginale chez certains porteurs hétérozygotes.

Nous confirmons que MYORG est un nouveau gène causal de CCP et identifions un phénotype clinico-radiologique reconnaissable à l'interface entre les CCP et les ataxies spinocérébelleuses.

Lou GRANGEON, David WALLON, Camille CHARBONNIER, Olivier QUENEZ, Anne-Claire RICHARD, Stéphane ROUSSEAU, Clara BUDOWSKI, Thibaud LEBOUVIER, Anne-Gaëlle CORBILLE, Marie VIDAILHET, Emmanuel FLAMAND-ROZE, Aurélie MENERET, Mathieu ANHEIM, Christine TRANCHANT, Pascal FAVROLE, Jean-Christophe ANTOINE, Luc DEFEBVRE, Xavier AYRIGNAC, Pierre LABAUGE, Jérémie PARIENTE, Michel CLANET, David MALTÊTE, Anne ROVELET-LECRUX, Anne BOLAND, Jean-François DELEUZE, Thierry FREBOURG, Didier HANNEQUIN, Dominique CAMPION, Gaël NICOLAS (ROUEN)
Auditorium François 1er
13:15

Mercredi 22 janvier

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B24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - EUROFINS BIOMNIS
Applications du séquençage haut débit et du séquençage « long reads » en laboratoire de biologie médicale

13:15 - 13:30 Séquençage haut débit dans les hémopathies myéloïdes : Enjeux scientifiques, médicaux et d’Assurance Qualité. L’expérience du laboratoire Eurofins Biomnis en 2019. Benoit QUILICHINI (Biologiste) (LYON), Vanna GEROMEL (Lyon)
13:30 - 13:45 Le séquençage d’exome en test diagnostique de première intention dans les néphropathies d’origine indéterminée : retour d’expérience sur plus de 100 patients. Laurent MESNARD
13:45 - 14:00 Détection de CNV à partir des données de séquençage d’exome : peut-on se passer de l’ACPA ? Nicolas PHILIPPE, Laure RAYMOND (Biologiste) (LYON)
14:00 - 14:15 Retour d’expérience sur l’utilisation de la technologie « long reads » d’Oxford Nanopore pour la détection de variants structuraux. Jean-François TALY (Bioinformaticien) (Lyon), Quentin TESTARD (Doctorant en Bioinformatique) (Lyon)
Auditorium Ronsard

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C24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - PERKINELMER
Optimisez vos workflows NGS avec les solutions NEXTFLEX de PerkinElmer

13:15 - 13:25 Introduction. Stéphane FENART (PERKINELMER)
13:25 - 14:15 Analysing neuronal gene regulation: from physiology to pathology. Alexandre FAVEREAUX (Chercheur) (Bordeaux Cedex)
Salle Descartes

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E24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - TWIST BIOSCIENCE
Believe in Better: Leading the Way in Target Enrichment

13:15 - 13:45 Panel à façon Twist: Retour d'expériences. Vincent MORINIÈRE (INGENIEUR) (PARIS)
13:45 - 14:15 Validation du kit Exome Twist Bioscience dans le cadre d’une démarche d’accréditation. Francis ROUSSEAU (Expert Scientifique) (Lyon)
Salle 1

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D24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - NEW ENGLAND BIOLABS
NEBNext, 10 ans d’Innovation !

13:15 - 13:35 Analyses transcriptomiques de cellules tumorales circulantes (CTC) par séquençage d’ARN de cellules uniques (scRNAseq). Jessica GARCIA (LYON)
13:35 - 13:55 Les cancers du sein lobulaires triple négatifs ont-ils un profil transcriptomique spécifique ? Romain BOIDOT (DIJON)
13:55 - 14:15 Novel technologies in epigenetic and DNA modification detection. Laurence ETTWILLER (Ipswich, Etats-Unis)
Salle 2

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F24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en oncogénétique et génétique somatique

13:15 - 13:35 Dernières innovations Agilent. Claude REVEL (Vénissieux Cedex)
13:35 - 13:55 Retour de l’expérience rouennaise sur l’automate Magnis en vue de l’implémentation de circuits de séquençage « fast track » de panel et d’exome. François LECOQUIERRE (Assistant) (Rouen)
13:55 - 14:15 Caractérisation moléculaire globale des tumeurs par un panel NGS à façon de 571 gènes. Julien MASLIAH-PLANCHON (Praticien) (Paris)
Salle Courteline

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G24
13:15 - 14:15

ATELIER DEJEUNER - SANOFI GENZYME
Apport de la génétique : diagnostic et diversité phénotypique

13:15 - 13:45 Diagnostic étiologique en urgence d'enfants hospitalisés en réanimation néonatale par séquençage de génome : première expérience française. Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON), Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON (Doctorante) (NANCY)
13:45 - 14:15 Variant génétiques, dépistage, pedigree, corrélations géno-phéno : un voyage dans la maladie de Fabry. Dominique P. GERMAIN (PU-PH) (GARCHES)
Salle Balzac
14:30

Mercredi 22 janvier

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A25
14:30 - 15:30

CONFERENCE INVITE 1

14:30 - 15:30 Crispr-Cas, un outil pour le meilleur et pour le pire. Patrick GAUDRAY (Ancien membre du Comité National d’Ethique) (Berthenay)
Auditorium François 1er
15:30 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS

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F26
15:30 - 16:30

ASSEMBLEE GENERALE AFCG

Salle 2
16:30

Mercredi 22 janvier

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A27
16:30 - 18:00

SESSIONS SIMULTANEES 05
Neurogénétique - Neuromusculaire

Modérateurs : Martin KRAHN (PUPH) (Marseille), Emmanuelle LAGRUE (Tours)
16:30 - 16:45 #20306 - CS25 Anomalies du corps calleux anténatales associées à un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale : description neuropathologique et implication d’un nouveau gène.
CS25 Anomalies du corps calleux anténatales associées à un déficit de la chaîne respiratoire mitochondriale : description neuropathologique et implication d’un nouveau gène.

Un déficit primaire de la chaîne respiratoire mitochondriale est difficile à diagnostiquer chez le fœtus. Certains signes non spécifiques sont rapportés en prénatal comme le retard de croissance intra-utérin (22,6% Von Kleist-Retzow et al, 2003) ou une cardiomyopathie (Von Kleist-Retzow et al, 2003, Schiff et al 2011), mais les anomalies cérébrales et particulièrement les anomalies du corps calleux sont plus rarement décrites. 

Nous rapportons ici 4 familles ayant subi une ou plusieurs interruptions médicales de grossesse devant une anomalie du corps calleux associée ou pas à d’autres anomalies cérébrales ou extra -cérébrales.  Dans 2 familles, l’analyse par séquençage haut débit d’un panel de gènes impliqués dans les anomalies du corps calleux (Callosome) a permis l’identification de nouvelles mutations dans 2 gènes récessifs de maladies mitochondriales précédemment associées à des anomalies du corps calleux (MRPS22 et EARS2). MRPS22code une petite sous unité du ribosome mitochondrial et ses mutations sont responsables d’un déficit multiple de la chaîne respiratoire (COXPD5).  EARS2 code l’ARNt-glutamyl synthétase mitochondriale (mtGluR), et ses mutations sont associées à une leucoencéphalopathie et un déficit combiné de phosphorylation oxydative (COXPD12). Ces cas permettent de décrire pour la première fois le phénotype prénatal associé aux mutations de ces gènes. L’analyse par exome de 2 autres familles avec récidive d’agénésie du corps calleux a permis l’identification de la même mutation à l’état homozygote du gène TIMMDC1. Ces 2 familles étant d’origine portugaise ceci évoque un effet fondateur. Le gène TIMMDC1 code une protéine impliquée dans l’assemblage du complexe I de la chaîne respiratoire. Une seule mutation intronique profonde de ce gène a été rapportée chez plusieurs patients atteints de syndrome de Leigh (Kremer et al., 2017) mais jamais associé à des anomalies calleuses. Les analyses fonctionnelles ont montré un déficit isolé du complexe I de la chaine respiratoire sur tissu musculaire comparé aux contrôles d’âge apparié.

Au total, nous rapportons 9 cas fœtaux de mutations des gènes MRPSS22EARS2 ou TIMMDC1 permettant de décrire le phénotype anténatal des cytopathies mitochondriales, et d’améliorer le diagnostic et le conseil génétique des anomalies du corps calleux.

Lucile BOUTAUD (paris), Benedetta RUZZENENTE, Aude TESSIER, Sarah GROTTO, Naïma TALHI, Daniel AMRAM, Marjolaine WILLEMS, Patricia BLANCHET, Yuri MUSIZZANO, Olivia ANSELEM, Clémence JAUNY, Bettina BESSIÈRES, Houria SALHI, Amale ACHAIAA, Férechté RAZAVI, Agnès RÖTIG, Laurence LOEUILLLET, Tania ATTIÉ-BITACH
16:45 - 17:00 #19879 - CS26 Les mutations dominantes dans le gène de maintien de l'ADN mitochondrial SSBP1 causent une atrophie optique et une fovéopathie.
CS26 Les mutations dominantes dans le gène de maintien de l'ADN mitochondrial SSBP1 causent une atrophie optique et une fovéopathie.

Les mutations dans les gènes codant pour les composants de la machinerie de réplication de l'ADN mitochondrial (ADNmt) provoquent des syndromes de déplétion de l'ADNmt (MDS), qui associent des atteintes oculaires à des syndromes neurologiques graves. Nous avons identifié des mutations faux-sens hétérozygotes dans le gène SSBP1, dans cinq familles non apparentées. Elles conduisent aux modifications des acides aminés R38Q et R107Q dans la protéine de liaison à l'ADN simple brin, protéine majeure de la réplication de l'ADNmt. Tous les individus atteints présentent une atrophie optique, associée à une fovéopathie dans la moitié des cas. Pour identifier les caractéristiques structurelles sous-jacentes aux mutations SSBP1, nous avons déterminé une nouvelle structure cristalline révisée de SSBP1. L'analyse structurelle suggère que les deux mutations affectent les interactions des dimères et faussent vraisemblablement la région de liaison à l'ADNmt. En utilisant des fibroblastes de patients, nous avons validé que le variant R38Q déstabilise la formation de dimères / tétramères SSBP1, affecte la réplication de l’ADNmt et induit une déplétion de ce génome. Notre étude montre que les mutations de SSBP1 sont à l’origine d’une nouvelle forme d’atrophie optique dominante fréquemment accompagnée de fovéopathie et apporte de nouvelles informations sur les anomalies du maintien de l’ADNmt.

Emmanuelle SARZI (Montpellier), Camille PIRO-MÉGY, Aleix TARRÉS-SOLÉ, Marie PEQUIGNOT, Fenna HENSEN, Mélanie QUILES, Gaël MANES, Arka CHAKRABORTY, Audrey SÉNÉCHAL, Béatrice BOCQUET, Chantal CAZEVIEILLE, Agathe ROUBERTIE, Agnès MÜLLER, Majida SHARIF, David GOUDENEGE, Guy LENAERS, Helmut WILHELM, Ulrich KELLNER, Nicole WEISSCHUH, Bernd WISSINGER, Xavier ZANLONGHUI, Christian HAMEL, Johannes SPELBRINK, Maria SOLA, Cécile DELETTRE
17:00 - 17:10 #20371 - CS27 POIKTMP (Poïkilodermie héréditaire fibrosante avec Myopathie rétractile et Fibrose Pulmonaire) liée à des variations dans le gène FAM111B: un nouvel exemple d'oncogène impliqué dans une maladie constitutionnelle?
CS27 POIKTMP (Poïkilodermie héréditaire fibrosante avec Myopathie rétractile et Fibrose Pulmonaire) liée à des variations dans le gène FAM111B: un nouvel exemple d'oncogène impliqué dans une maladie constitutionnelle?

Le syndrome POIKTMP [MIM 615704] est une entité rare, décrite en 2013 par notre équipe, liée à des variants dans le gène FAM111B (NM_198947.3) de fonction jusqu’alors inconnue. Elle est caractérisée principalement par (i) une atteinte dermatologique : poïkilodermie précoce, hypotrichose et hypohidrose, (ii) une myopathie rétractile, (iii) une atteinte pulmonaire : syndrome restrictif, fibrose pulmonaire, (iv) une atteinte pancréatique : insuffisance exocrine, prédisposition à l’adénocarcinome. L’examen histologique montre une atrophie musculaire avec infiltration graisseuse, sans plage de nécrose et un aspect sclérodermiforme de la peau. A ce jour, les 7 variants faux-sens pathogènes identifiés dans 14 familles (30 cas rapportés dont 10 cas sporadiques) sont localisés dans le domaine trypsine-like cystéine/serine peptidase de la protéine. Un mécanisme de gain de fonction ou de variation dominante négative induisant un changement de l’activité catalytique de FAM111B a été proposé.

Pour explorer l’impact fonctionnel des variants décrits, une analyse transcriptomique par RNA-seq a été réalisée à partir de fibroblastes de deux patients. Du fait d’un chevauchement phénotypique entre le syndrome de Rothmund Thompson (causé par des variations dans le gène RECQL4) et le syndrome POIKTMP, notre attention s’est d’abord portée sur les partenaires protéiques significativement sur- ou sous-régulés (p-value ajustée < 0.05) de FAM111B et RECQL4. Parmi ces partenaires, nous avons identifié un réseau moléculaire de 61 protéines toutes sur-régulées et impliquées dans les voies métaboliques de prolifération cellulaire ou de contrôle du cycle cellulaire, ce qui est concordant avec  (i) la forte expression de FAM111B en phase S du cycle cellulaire, et (ii) le caractère oncogène potentiel de FAM111B, cible directe de P53, qui ont été récemment décrits. Ces voies sont en cours d’étude sur cellules souches de patients de type iPSC (induced Pluripotent Stem Cells) permettant le monitorage in vitro de leur comportement. D’autre part, des analyses protéomiques haut débit sont en cours afin de confirmer les résultats obtenus par l’analyse RNA-seq et déterminer si un marqueur diagnostic de la maladie peut être identifié. En parallèle, des études sur modèle animal ont été menées en injectant le transcrit humain muté de FAM111B dans des embryons de poisson-zèbre et chez des souris Rag2-/- Il2rb-/-. Malgré l’absence d’orthologue dans ces deux espèces, nous avons observé une réduction du calibre de la fibre musculaire chez le poisson-zèbre et des signes majeurs de régénération musculaire à 1 mois et 3 mois post-injection dans le tibial antérieur chez la souris.

Finalement, ces données nous confortent vers un rôle essentiel de FAM111B au cours du cycle cellulaire et d’un gain de fonction dans le syndrome POIKTMP. Des pistes thérapeutiques sont envisagées notamment l’association aspirine-metformine qui pourrait réduire l’expression de FAM111B et améliorer le phénotype des patients.

Martin BROLY, Anne BIGOT, Virginie VIGNARD, Thomas BESNARD, Véronique BLOUIN, Amandine CAILLAUD, Laurent DAVID, Jamila DHIAB, Anne GAIGNERIE, Sébastien KÜRY, Caroline LE GUINER, Marie MOONEY, Negroni ELISA, Linda POIRAUDEAU, Karim SI-TAYEB, Stéphane BÉZIEAU, Vincent MOULY, Erica DAVIS, Sandra MERCIER (NANTES)
17:15 - 17:30 #20067 - CS28 Compound heterozygous mutations in the LOXL4 gene: a novel cause of contractural myopathy.
CS28 Compound heterozygous mutations in the LOXL4 gene: a novel cause of contractural myopathy.

Joint contractures are recurrent and sometimes prominent features in neuromuscular disorder, most notably in extracellular matrix (ECM)-related myopathies, such as COL6-related muscle disorders. Here, we report a patient with an atypical clinical presentation of congenital arthrogryposis, associated with distal hyperlaxity, proximal muscle deficit, lack of facial expression, dysphonia, dysphagia, oculo-motor anomalies, dorsal kyphosis, lordosis and preserved respiratory function. Immunostaining of skin-derived fibroblasts demonstrated a subtle impairment of COLVI secretion, with no mutation in the COL6A1-3 genes identified. Accordingly, whole body MRI was performed at 15, 21 and 24 years of age and remained quite normal without any COL6-RD-compatible pattern. Using whole-exome sequencing analysis, we ruled out the implication of any known myopathy-associated gene. Interestingly, we identified compound heterozygous missense variants (c.1747 C > T; p.Arg583Cys and c.1789 C > T; p.Arg597Cys) in the LOXL4 gene encoding lysyl oxidase-like 4.

LOXL4 is a member of the LOX protein family, which are secreted copper-dependent amine oxidases that catalyse collagen and elastin cross-linking. Together with collagens, LOXs proteins participate in ECM synthesis and maintenance in a tissue-specific manner. Both rare variants identified alter residues of the highly conserved LOX catalytic domain and are predicted as deleterious. Additionally, transient expression of each variant in cell lines and human primary fibroblasts, impeded LOXL4 secretion into the medium. Furthermore, our data suggest that variant-derived protein accumulation in the cytoplasm could trigger the unfolded protein response, likely through IRE1/PERK pathways. Taken together, our results provide reasonable evidence toward the pathogenicity of these variants as a direct cause of genetic connective tissue disorder.

Enzo COHEN (Paris), Isabelle NELSON, Corine GARTIOUX, Maud BEUVIN, Zaineb MEZDARI, Fanny ROTH, Rabah BEN YAOU, Susana QUIJANO-ROY, Tanya STOJKOVIC, Robert-Yves CARLIER, Valérie ALLAMAND, Gisèle BONNE
17:30 - 17:45 #20173 - CS29 Une nouvelle glycogénose musculaire causée par une mutation dominante dans le gène de la myophosphorylase (PYGM).
CS29 Une nouvelle glycogénose musculaire causée par une mutation dominante dans le gène de la myophosphorylase (PYGM).

Glycogen synthesis and breakdown are regulated by a subset of enzymes, and impaired enzymatic reactions in the cytosol or in the lysosomes result in severe disorders referred to as glycogen storage diseases (GSD). All previously described human GSDs segregate as recessive or X-linked traits. Here we describe a GSD family with thirteen affected members and a dominant disease transmission over four generations. The affected individuals presented with adult-onset proximal muscle weakness, and the biopsies showed fiber size variability, vacuoles, and especially glycogen accumulations. Exome sequencing uncovered the heterozygous c.1915G > C (p.Asp639His) mutation in PYGM, encoding myophosphorylase. Recessive PYGM mutations leading to myophosphorylase deficiency cause McArdle disease, the most common GSD. However, western blot revealed comparable myophosphorylase levels in muscles from our patients and from control, demonstrating that the p.Asp639His mutation does not interfere with mRNA or protein stability and consequently involves a different pathomechanism than McArdle disease. Myophosphorylase immunolocalization on muscle sections from our patients uncovered aggregations of myophosphorylase and sequestration of desmin within the myofibers. To investigate the functional impact of the p.Asp639His mutation, we produced recombinant WT and mutant myophosphorylase. Sedimentation velocity experiments demonstrated an increased propensity of mutant myophosphorylase to form higher-order polymers, highlighted a disparity in the tetrameric forms of WT and mutant myophosphorylase, and enzymatic tests revealed an impaired activity of the p.Asp639His myophosphorylase. Overall, the dominant PYGM mutation involves a different pathomechanism than McArdle disease and defines a novel class of GSDs.

Andoni ECHANIZ-LAGUNA, Xavière LORNAGE, Evelina EDELWEISS, Pascal LAFORET (Garches), John VISSING, Jocelyn LAPORTE, Johann BÔHM
17:45 - 18:00 #19901 - CS30 Nouveautés diagnostiques et thérapeutiques dans le déficit en transporteur du glucose GLUT1.
CS30 Nouveautés diagnostiques et thérapeutiques dans le déficit en transporteur du glucose GLUT1.

Le déficit en transporteur du glucose GLUT1 (GLUT1-DS) est responsable d’une carence énergétique cérébrale due à une altération du transport du glucose dans le cerveau. GLUT1-DS se manifeste par un large spectre de symptômes neurologiques dont une déficience intellectuelle, une épilepsie et des troubles moteurs permanents et/ou paroxystiques. Le diagnostic repose sur une ponction lombaire (hypoglycorrachie) et la présence d’un variant (souvent faux-sens de novo) du gène SLC2A1. Le diagnostic est d’autant important que GLUT1-DS est traitable. Classiquement, le régime cétogène permet un bon contrôle des crises d’épilepsie et dans une moindre mesure des mouvements anormaux.

Du fait de nombreuses formes atypiques de la maladie (épilepsie ou déficience ou mouvement anormal isolé), du caractère invasif de la ponction lombaire, et de l’interprétation parfois difficile des variants SLC2A1, nous avons développé un test sanguin (MetaGlut) non invasif, simple et rapide, permettant de détecter la quantité de protéine Glut1 à la surface des érythrocytes. Dans une première étude chez 30 patients GLUT1-DS, nous avons montré que 23 patients (78%) étaient détectés par le test MetaGlut (Gras et al, Ann Neurol 2017). Nous présentons ici les résultats de la performance du test MetaGlut dans une nouvelle cohorte de 48 patients GLUT1-DS : 42 patients (87,5%) sont détectés, dont 4 patients avec une analyse génétique non contributive.

Compte tenu des difficultés d’observance du régime cétogène au long cours, en particulier chez les adolescents et les adultes, nous avons testé l’efficacité d’une intervention thérapeutique par la triheptanoïne. Il s’agit d’un triglycéride à chaine moyenne mais nombre impair de carbones, apportant à la fois de l’acetyl-CoA mais également du propionyl-CoA au cycle de Krebs. Dans une première étude chez des patients GLUT1-DS présentant des mouvements anormaux paroxystiques après échec ou refus du régime cétogène, nous avons observé une diminution de 90% des épisodes paroxystiques après 2 mois de traitement par triheptanoïne (Mochel et al, J Neurol Neurosurg Psychiatry 2016). Nous présentons ici l’évolution à long terme de ces patients traités depuis plus de trois ans par triheptanoïne avec une réponse thérapeutique de 97% sur les épisodes paroxystiques. Nous présentons également une série de 4 patients GLUT1-DS, traités par régime cétogène mais présentant des manifestations paroxystiques résiduelles, chez qui le régime cétogène a été progressivement arrêté et remplacé par le triheptanoïne. Chez 3 patients, la transition a été possible et a permis un meilleur contrôle des mouvements anormaux paroxystiques. 

En conclusion, nous proposons de réaliser un test MetaGlut chez tout patient présentant une déficience intellectuelle, une épilepsie, un syndrome cérébelleux, une dystonie et/ou des mouvements anormaux paroxystiques. La triheptanoïne est par ailleurs une alternative thérapeutique au régime cétogène chez les patients GLUT1-DS.

Camille GIRON, Elodie HAINQUE, Domitille GRAS, Aurélie MENERET, Mathilde LALAUDE, Mariana ATENCIO, Manon NIZOU, Sandrine VUILLAUMIER, Marie-Pierre LUTON, Emmanuel ROZE, Fanny MOCHEL (PARIS)
Auditorium François 1er

Mercredi 22 janvier

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B27
16:30 - 18:00

SESSIONS SIMULTANEES 06
Oncogénétique et génétique tumorale

Modérateurs : Marie-Pierre BUISINE (Biologiste) (LILLE), Etienne ROULEAU (Praticien Spécialiste) (VILLEJUIF)
16:30 - 16:45 #20200 - CS31 Intérêt théranostique de la réalisation d’un exome et du séquençage de l’ARNm à visée pour les patients porteurs de tumeurs solides : expérience de la RCP moléculaire de l’APHP.
CS31 Intérêt théranostique de la réalisation d’un exome et du séquençage de l’ARNm à visée pour les patients porteurs de tumeurs solides : expérience de la RCP moléculaire de l’APHP.

Depuis 2014, les dossiers des patients atteints de tumeurs solides en échec thérapeutique sont présentés à la RCP moléculaire de l’APHP (comité multidisciplinaire multi site) afin de discuter l’indication d’une analyse moléculaire étendue (séquençage de l’exome et de l’ARNm : RNAseq) à visée théranostique. Les analyses sont financées par deux programmes du Cancéropôle Ile-de-France, dont le programme EXORARE pour les tumeurs rares. Lorsque l’indication est posée, les patients sont rapidement vus en consultation d’oncogénétique pour une information, portant notamment sur les données incidentes. L’analyse de l’ADN constitutionnel a été réalisée à partir d’un prélèvement sanguin, de l’ADN tumoral à partir de tumeurs congelées ou incluses en paraffine, de l’ARNm tumoral à partir de tumeurs congelées.

Un total de 328 dossiers a été discuté entre septembre 2014 et septembre 2019. Cent-vingt-cinq dossiers ont été retenus. L’analyse moléculaire a été réalisée chez 109 d’entre eux. Les raisons de l’absence d’analyse étaient une qualité insuffisante du matériel tumoral (9 cas) et une dégradation clinique rapide (3 cas). Quatre résultats sont en attente. 48 tumeurs pulmonaires, 19 tumeurs coliques, 19 tumeurs cérébrales, 12 sarcomes et 11 autres tumeurs rares ont été analysées. 107 tumeurs congelées ont été analysées par exome et RNAseq. 10 tumeurs incluses en paraffine ont été analysées par exome seul. Le délai médian de rendu des résultats est de 21 jours, après réception des acides nucléiques sur la plateforme de séquençage.

Des altérations ciblables ont été identifiées dans 81 tumeurs. Les voies de signalisation impliquées étaient les voies HER/RAS/MAPK ou PTEN/PI3K/AKT/STK1, le remodelage de la chromatine ARID1A/ARID2/EZH2, la réparation de l’ADN ATR/ATRX/ATM/BRCA1/BRCA2. Quatre réarrangements chromosomiques (gènes de fusion) ciblables impliquant RET, ROS1, RAF1 ou NRG1 ont été identifiés. Au total, 16 patients ont pu bénéficier d’une thérapie ciblée dont 8 dans le cadre d’un essai thérapeutique. Deux diagnostics (mélanome, sarcome d’Ewing) ont été précisés par le résultat moléculaire. Une mutation constitutionnelle a été identifiée chez 11 patients.

Le bilan de cette RCP moléculaire montre la faisabilité de cette approche en diagnostic et son intérêt dans des cas sélectionnés pour l’identification de nouvelles options thérapeutiques.

Geraldine PERKINS (PARIS), Gimenez-Roqueplo ANNE-PAULE, Hélène BLONS, Karen LEROY, Vincent FALLET, Valerie GOUNANT, Fabre ELIZABETH, Julien TAIEB, Nadia YOUNAN, Mehdi TOUAT, Marc SANSON, Jerome ALEXANDRE, Pascaline BOUDOU-ROUQUETTE, Guillaume ASSIÉ, Jacques MEDIONI, Martine ANTOINE, Laure GIBAULT, Audrey MANSUET-LUPO, Nelly BURNICHON, Florence COULET, Patrick BENUSIGLIO, Roger LACAVE, Simon GARINET, Delphine LE CORRE, Birot ANNE-MARIE, Lahlou-Laforet KHADIJA, Jacques CADRANEL, Pierre LAURENT-PUIG
16:45 - 17:00 #20310 - CS32 Etude des gènes de réparation de l’ADN par recombinaison homologue dans le cancer de la prostate à des fins d’orientation thérapeutique : retour d’expérience sur 148 Patients.
CS32 Etude des gènes de réparation de l’ADN par recombinaison homologue dans le cancer de la prostate à des fins d’orientation thérapeutique : retour d’expérience sur 148 Patients.

Le cancer de la prostate apparaît comme le cancer le plus fréquent chez l’homme, représentant plus de 23% des cas de cancer. Malgré une baisse globale de son incidence et de la mortalité, son évolution métastatique et résistante à la castration (mCRPC : metastatic castration-resistant prostate cancer) est associée à un taux de survie à 5 ans de l’ordre de 31%. La caractérisation moléculaire des mCRPC a pu montrer que jusqu’à 30% de ces cancers présentent des variants pathogènes dans les gènes de réparation à l’ADN, dont ceux participant à la recombinaison homologue, principalement représentés par les gènes BRCA1 et BRCA2. Ces variants confèrent une sensibilité à une classe récente de thérapies ciblées que sont les inhibiteurs de PARP. Ces molécules, aujourd’hui d’utilisation courante dans le traitement de maintien des cancers de l’ovaire, semblent aussi efficaces dans les mCRPC « BRCA-déficients ». Des études récentes telle que l’essai PROFound dans le mCRPC suggèrent que l’inactivation d’autres gènes participant à la recombinaison homologue peuvent aussi conférer une sensibilité aux inhibiteurs de PARP.

Dans ce contexte, le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer du Centre François Baclesse a développé en 2017 une analyse des défauts de réparation à l’ADN par séquençage à haut-débit, sur un panel de 69 gènes participant majoritairement à la recombinaison homologue. A ce jour, 148 patients atteints d’un mCRPC ont bénéficié de cette analyse afin de permettre leur inclusion dans des essais cliniques. Pour 42% des patients analysés, un variant pathogène a pu être identifié. 4% des patients possédaient un variant des gènes BRCA1 et BRCA2, mais aussi 9,5% sur ATM, 5,4% sur CDK12 ou encore 2,7% sur CHEK2 ou PALB2. D’autres voies de signalisation avec un intérêt thérapeutique potentiel ont aussi été explorées. Ainsi, des variants pathogènes de PTEN ont pu être identifiés chez 10% des patients, et chez 6,7% concernant PIK3CA. Enfin, 13% des analyses se sont révélées non interprétables, majoritairement en raison d’une quantité d’ADN trop faible pour pouvoir réaliser une analyse de qualité. En considérant tous les gènes de notre panel impliqués dans la recombinaison homologue, la proportion de patients possédant un variant pathogène atteint 20%, pouvant permettre une orientation thérapeutique vers les inhibiteurs de PARP. D’autre part, 17% des patients possédaient un variant pathogène sur les gènes de la voie PI3K/AKT/mTOR, ouvrant aussi l’accès potentiel à des thérapies ciblées autres.

L’élargissement de l’exploration des cibles moléculaires actionnables dans le mCRPC pourrait ainsi, en concordance avec les résultats des essais cliniques récents, permettre à une proportion importante des patients de bénéficier de possibilités thérapeutiques les plus adaptées.

Etienne MULLER (Caen), Nicolas GOARDON, Angélina LEGROS, Robin FOUILLET, Aude LAMY, Julien LEVILLY, Aurore TRANCHANT, Florian DOMIN, Imene CHENTLI, Elodie COQUAN, Thibaut LAVOLÉ, Alexandre ATKINSON, Agathe RICOU, Sophie KRIEGER, Laurent CASTÉRA, Dominique VAUR
17:00 - 17:15 #20012 - CS33 Profil génétique des carcinomes rénaux à cellules chromophobes et caractérisation immunohistochimique de l'implication de la voie de signalisation mTOR dans leur tumorigenèse.
CS33 Profil génétique des carcinomes rénaux à cellules chromophobes et caractérisation immunohistochimique de l'implication de la voie de signalisation mTOR dans leur tumorigenèse.

Introduction :

Les Carcinomes Rénaux à Cellules Chromophobes (ChRCC) sont des tumeurs rares, représentant 5 à 10 % des tumeurs du rein. Leur profil génétique est peu connu mais l’étude du TCGA de 2014 avait notamment retrouvé des altérations génétiques somatiques au sein de gènes codant pour des protéines impliquées dans la voie de signalisation mTOR. L'objectif de notre étude était d’effectuer une caractérisation génétique précise d’une cohorte de ChRCC, complétée par un phénotypage immunohistochimique, tout en clarifiant le rôle de la voie mTOR.

Matériel et méthodes :

A partir d’une cohorte monocentrique rétrospective de 247 cas ChRCC, opérés dans les hôpitaux Necker et Georges Pompidou (Paris) entre 2001 et 2018, nous avons sélectionné 20 cas représentatifs de ChRCC non métastatiques, pour lesquels leurs profils génétiques et immunohistochimiques ont été étudiés.

Nous avons réalisé l’étude génétique somatique (ADNs tumoraux extraits de fragments congelés) et constitutionnelle (ADNs leucocytaires) par séquençage nouvelle génération. Nous avons utilisé un panel maison (SeqCap EZ HyperCap, Roche®) ciblé de 29 gènes incluant les gènes de prédisposition aux tumeurs du rein et de la tumorigenèse rénale comprenant FLCN, PTEN, TP53, TSC1, TSC2 et MTOR. Un bloc de Tissue MicroArray (TMA) a été construit, regroupant 40 échantillons (fixés en formol et inclus en paraffine) des 20 tumeurs (2 par tumeur) avec leur tissu rénal sain correspondant. Nous avons effectué l’étude immunohistochimique avec des anticorps ciblant les protéines pour lesquelles des altérations génétiques avaient été identifiées ainsi que Akt, Akt-P, p70S6K, p70S6K-P et 4EBP1-P, protéines de la voie de signalisation mTOR. Le marquage a été évalué à l’aide d’un H-score (intensité (de 0 à +3) multipliée par le pourcentage de cellules marquées).

Résultats :

Six variations d'intérêt ont été identifiées au niveau somatique (5 sur le gène TP53 et une sur MTOR) ainsi qu'une variation constitutionnelle du gène TSC2. L’immunomarquage de la protéine TP53 n’a pas permis de discriminer les tumeurs mutées des autres tumeurs. En revanche, les 2 tumeurs porteuses d'une altération génétique dans la voie mTOR, présentaient un marquage fort des protéines ciblant cette voie, comparativement au tissu rénal sain, et aux 18 autres tumeurs, où le marquage était faible ou absent.

Conclusion :

Les mutations du gène TP53 sont les plus fréquemment impliquées dans la tumorigenèse des ChRCC, mais non prédictibles par une étude immunohistochimique. En revanche, il existe une excellente corrélation entre l’expression immunohistochimique des protéines Akt, Akt-P, p70S6K, p70S6K-P et 4EBP1-P, et les altérations génétiques de la voie mTOR. Une étude plus large, portant sur l’ensemble de la cohorte et incluant des formes métastatiques de ChRCC, est en cours, ce qui pourrait permettre de mieux évaluer l’impact d’altérations dans la voie mTOR comme marqueurs pronostics et prédictifs chez les patients atteints de ChRCC.

Aurélien MORINI (Paris), Tom DROSSART, Marc-Olivier TIMSIT, Arnaud MEJEAN, Constance THIBAULT, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Judith FAVIER, Virginie VERKARRE, Nelly BURNICHON
17:15 - 17:30 #20016 - CS34 Evaluation multicentrique en « vraie vie » de l’impact du séquençage haut débit sur la prise en charge des patients atteints d’hémopathie maligne myéloïde.
CS34 Evaluation multicentrique en « vraie vie » de l’impact du séquençage haut débit sur la prise en charge des patients atteints d’hémopathie maligne myéloïde.

Le développement du séquençage haut-débit (next generation sequencing, NGS) a permis d’améliorer la connaissance du paysage génomique des hémopathies malignes. Les nouveaux biomarqueurs que sont les mutations somatiques (MS) n’ont cependant pas encore trouvé leur place dans la stratégie diagnostique et théranostique. Cette étude observationnelle multicentrique a évalué l’impact des MS détectées en NGS sur la prise en charge des hémopathies myéloïdes chroniques (HMC).

Tous les patients ayant bénéficié d’une étude moléculaire, prescrite en réunion de concertation pluridisciplinaire, entre Octobre 2014 et Mars 2019 ont été inclus. Un panel de 34 gènes a été appliqué à l’analyse d’ADN de sang périphérique ou de moelle osseuse selon une méthode Haloplex avec la technologie MiSeq Illumina.

Dans un premier groupe (A, N=94) cette analyse visait à la recherche d’une hématopoïèse clonale (HC) pour confirmer ou infirmer un diagnostic d’ICUS (Idiopathic Cytopenia of Undetermined Significance) ou CCUS (Clonal Cytopenia of Undetermined Significance, N=37) de syndrome myélodysplasique (SMD) de syndrome mixte MDS/NMP(N=16), d’anémie réfractaire (N=16) ou de néoplasie myeloproliférative (NMP, N=25) sur la base des recommandations OMS. Dans un second groupe (B), le but était de mesurer l’impact théranostique des MS en fonction des données de la littérature.

Au sein du groupe A (N=94), les anomalies principales étaient des cytopénies (68%), une thrombocytose (16%) ou une monocytose (13%). Un caryotype normal avait été retrouvé pour 77% des patients et était non informatif pour 5%. Une HC a été observée chez 31 patients, confirmant un diagnostic de HMC. A l’inverse, l’absence d’HC (N=63) a permis d’exclure l’hypothèse diagnostique initiale dans 50% des cas, tandis qu’aucune information décisive n’était apportée pour 16 patients.

Au sein du groupe B (N=95), des MS pronostiques ont été retrouvées pour 33% des patients, de mauvais pronostic pour 24 d’entre eux. Ces observations ont eu un impact thérapeutique pour 18 patients, avec une greffe de cellules souches hématopoïétiques pour 12 et l’initiation d’un traitement par agent déméthylant pour 1. A l’inverse, une désescalade a pu être proposée à 5 patients avec des marqueurs de bon pronostic ou l’absence de marqueurs de mauvais pronostic.

Au total, l’utilisation du NGS, de façon raisonnée après décision collective, a conduit dans cette étude de vie réelle à l’obtention d’un diagnostic intégré formel dans 83% des cas pour le groupe de patients étudiés à visée diagnostique, avec 33% de confirmation et 50% d’exclusion de l’hypothèse initiale. Il est critique de considérer ces analyses en séquençage haut débit dans le contexte des autres explorations. De plus, dans la cohorte à visée théranostique, les résultats du NGS ont conduit à une modification de la prise en charge du patient dans 19% des cas, toujours en prenant en compte l’ensemble des données cliniques et biologiques de chaque patient.

Sophie VANTYGHEM, Pierre PETERLIN, Sylvain THÉPOT, Audrey MÉNARD, Viviane DUBRUILLE, Camille DEBORD, Thierry GUILLAUME, Soraya WUILLEME, Amandine LE BOURGEOIS, Alice GARNIER, Catherine GODON, Olivier THEISEN, Marion EVEILLARD, Jacques DELAUNAY, Hervé MAISONNEUVE, Nadine MORINEAU, Bruno VILLEMAGNE, Stéphane VIGOUROUX, François SUBIGER, Elsa LESTANG, Marion LOIRAT, Anne PARCELIER, Pascal GODMER, Mélanie MERCIER, Adrien TREBOUET, Lenaig LE CLECH, Ronan LE CALLOCH, Céline BOSSARD, Anne MOREAU, Valérie UGO, Mathilde HUNAULT, Philippe MOREAU, Steven LE GOUILL, Patrice CHEVALLIER, Marie C BÉNÉ, Yannick LE BRIS (Nantes)
17:30 - 17:45 #20386 - CS35 Données cliniques et moléculaires issues de la base de données du consortium européen “Care for CMMRD” à propos de 88 patients CMMRD (constitutional mismatch repair deficiency) : discussion des aspects digestifs et du chevauchement phénotypique avec le s.
CS35 Données cliniques et moléculaires issues de la base de données du consortium européen “Care for CMMRD” à propos de 88 patients CMMRD (constitutional mismatch repair deficiency) : discussion des aspects digestifs et du chevauchement phénotypique avec le s.

Le syndrome CMMRD (Constitutional Mismatch Repair Deficiency), dû à des mutations bialléliques constitutionnelles dans un des 4 gènes MMR, est caractérisé par des tumeurs multiples et précoces qui incluent des tumeurs du spectre du syndrome de Lynch. A partir des données de la base européenne du consortium Care For CMMRD (C4CMMRD) nous rapportons la présentation clinique et moléculaire de 88 patients CMMRD avec une description plus particulièrement ciblée sur les aspects digestifs.

Parmi les 156 tumeurs développées par ces patients, on note 39 cancers digestifs, principalement, mais pas exclusivement, au niveau colorectal. Ces cancers sont rapportés chez 28 patients avec un âge médian de 17,5 ans (7-33). Ce type de cancer était la première manifestation de la maladie pour 14 patients et la cause de décès pour 7 patients. Toutes les tumeurs digestives analysées, sauf deux, présentaient une instabilité des microsatellites et toutes, sauf une, une immunohistochimie anormale dans la tumeur. Seulement la moitié d’entre elles présentaient également une perte en tissu sain. Nous disposons des données endoscopiques pour 33 patients. Des adénomes coliques sont rapportés chez tous sauf un, le plus jeune à l’âge de 9 ans. Plus de la moitié de ces patients avait des adénomes multiples ( > 10) et tous au moins un adénome avancé. Enfin certaines situations cliniques illustrent un chevauchement phénotypique entre le syndrome CMMRD et le syndrome de Lynch qui peut compliquer le diagnostic.

En conclusion, les patients CMMRD ont une atteinte sévère y compris au niveau digestif avec de multiples adénomes et des cancers précoces à la fois au niveau colique mais aussi sur le reste du tube digestif. Un dépistage précoce et intensif de ces lésions est nécessaire car leur résection permettrait d’éviter leur dégénérescence. Des recommandations de surveillance ont été publiées par le consortium C4CMMRD en 2014 et sont en cours d’évaluation. Le continuum clinique entre syndrome CMMRD et syndrome de Lynch suggère un continuum moléculaire dont le mécanisme est encore en cours d’exploration.

Chrystelle COLAS (PARIS), Hélène DELHOMELLE, Marine LE MENTEC, Bruno BUECHER, Jérome VIALA, Edouard COTTEREAU, Delphine BONNET, Thierry FRÉBOURG, Laurence FAIVRE, Sophie LEJEUNE, Natacha ENTZ-WERLE, Julie TINAT, Françoise DESSEIGNE, Dominique LEROUX, Arnault VERSCHUUR, Nicolas JANIN, Christine DEVALCK, Sheila UNGER, Amal BENMOUSSA, Edita KABICKOVA, Maurizio GENUARDI, Daniel RUEDA, Yael GOLDBERG, Zohar LEVI, Clara RUIZ PONTE, Danuta JANUSZKIEWICZ-LEWANDOWSKA, Martine MULÉRIS, Katharina WIMMER, Hans VASEN, Laurence BRUGIÈRES
17:45 - 18:00 #20084 - CS36 Apports des Unique Molecular Index pour la détection de mosaïque germinale par NGS : retour d’expérience dans la néoplasie endocrinienne multiple de type 1.
CS36 Apports des Unique Molecular Index pour la détection de mosaïque germinale par NGS : retour d’expérience dans la néoplasie endocrinienne multiple de type 1.

La néoplasie endocrinienne multiple (NEM1) est une maladie héréditaire à transmission autosomique dominante, due à des anomalies du gène MEN1, qui se caractérise par l’association de plusieurs lésions du système endocrines : hyperparathyroïdie (HPT, 90-95%), tumeurs neuroendocrines digestives (TNED, 30–70%), adénomes hypophysaires (HYP, 30–40%),  parfois associées à des lésions dites mineures : adénomes surrénaliens, tumeurs carcinoïdes, thymomes … (1,2). Les analyses constitutionnelles classiques, séquençage et MLPA, sont positives chez plus 90% des patients présentant une NEM1 cliniquement bien authentifiée (1). Quelques cas de mosaïcisme ont été décrits pour le gène MEN1, principalement mis en évidence lors de la transmission de la maladie à la descendance (3–5). L’utilisation d’une librairie ciblée QIAseq Targeted DNA Panels (Qiagen) incluant des UMIs (unique molecular index),  permet de descendre le seuil de détection des mutations de faible fréquence allélique (FA) en éliminant les erreurs de séquençage. Les UMIs sont constitués de séquences uniques aléatoires (412 possibilités) permettant d’identifier les copies générées à partir d’un même fragment d’ADN au cours des étapes de PCR. Un traitement bio-informatique spécifique avec le logiciel CLC Genomics Workbench (Qiagen) permet de dissocier les reads uniques (ou singleton) des duplicats de PCR, en éliminant les discordances au sein des duplicats de PCR.

Au cours de notre activité de diagnostic, nous avons ainsi mis en évidence 3  variants pathogènes en mosaïque chez des patients atteints de NEM1 (séquençage sur MiseqDx (Illumina)) dont l’analyse par séquençage Sanger + MLPA de première intention était négative. La présence de la variation pathogène a été confirmée par une seconde technique ou sur un second prélèvement.

Patient #1 : HPT à 28 ans, tumeur carcinoïde médiastinale  à 35 ans, Hyp à 37 ans

MEN1 NM_130799.2: c.375_376delAT, p.(Ile125fs*54)                 FA= 5.7 % (profondeur 875X)

Patient #2 : HPT, thymome à 44 ans

MEN1 : c.496C>T, p.(Gln166*)                                                    FA= 9.5 % (841X)

Patient #3 : HPT, TNED, thymome, HYP à 60 ans

MEN1 : c.784-9G>A, p.( ?)                                                          FA= 2.4 % (877X)

 

Ces premiers cas identifiés au sein du laboratoire montrent que le mosaïcisme germinal est à prendre plus en considération dans les situations d’explorations négatives pour des profils cliniques clairement associé à une NEM1 ou des cas apparents de NEM1 de novo.

Cette constatation, nous a orienté vers une analyse rétrospective de nos patients présentant cliniquement une NEM1 mais non élucidée sur le plan génétique, après une phase de validation visant à déterminer les critères qualité et le seuil de sensibilité ad hoc permettant de garantir un résultat fiable.

Références:

1.Thakker et al. JCEM 2012

2.Romanet et al JCEM 2019

3.Coppin et al. EJE 2019

4.Farook et al. Endocr. Abstr 2011

5.Klein et al. Genet Med 2005 

Arnaud LAGARDE (Marseille), Amira MOHAMED, Antoine TABARIN, Catherine ROCHE, Brigitte DELEMER, Anne BARLIER, Pauline ROMANET
Auditorium Ronsard

Mercredi 22 janvier

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C27
16:30 - 18:00

SESSIONS SIMULTANEES 07
Génétique Chromosomique

Modérateurs : Nora CHELLOUG (Médecin) (TOURS), Caroline SCHLUTH - BOLARD (MCU-PH) (LYON)
16:30 - 16:45 #19869 - CS37 Transmission familiale de chromoanagenesis : à propos de trois familles.
CS37 Transmission familiale de chromoanagenesis : à propos de trois familles.

Les chromoanagenesis regroupent un ensemble de remaniements chromosomiques extrêmement complexes, qui correspondraient à l’éclatement d’un chromosome suivi de sa reconstitution en un évènement catastrophique unique. Les chromoanagenesis constitutionnels sont des évènements rares, encore peu connus, tant dans leur fréquence que dans leurs origines. La très grande majorité est rapportée comme de novo, impliquant préférentiellement la méiose paternelle. Seule une dizaine de cas de transmission familiale a été décrite à ce jour.

Nous rapportons 3 cas de transmission familiale de chromoanagenesis,  tous hérités d’un parent sain. Les remaniements ont été caractérisés par caryotype, FISH, ACPA et WGS (Whole Genome Sequencing). Pour 2 des 3 parents, le diagnostic de chromoanagenesis n’a pu être posé qu’après WGS.

Famille 1 : La mère est porteuse d’un remaniement du chromosome 21 impliquant 11 gains (de 197 à 593kb) et une délétion (301 kb). Durant la première grossesse, l’amniocentèse réalisée pour dépistage combiné à risque a montré chez le fœtus un chromosome 21 remanié avec la délétion maternelle (301 kb), un gain de 315 kb et un gain de la partie terminale du bras long (21q21.3qter, 19Mb) intéressant la région critique du syndrome de Down, motivant une IMG. Lors de la seconde grossesse, le fœtus était porteur de deux chromosomes 21 d’aspect normal avec seulement la délétion d’origine maternelle (301kb). La grossesse s’est arrêtée spontanément. Lors de la troisième grossesse, le chromosome 21 remanié maternel a été transmis à l’identique au fœtus. La grossesse est en cours.

Famille 2 : La mère est porteuse en ACPA d’un gain de deux copies de 514kb sur le chromosome X en Xq27. Le WGS a montré que ce gain correspond à la présence deux blocs remaniés identiques associant un gain de 41kb (aucun gène), un gain de 59kb (5 premiers exons du gène F9) et un gain de 461kb (2 derniers exons du gène F9). Son fils, suivi pour une hémophilie B, a hérité d’un chromosome X recombiné porteur d’un seul bloc de gains et d’une délétion de l’exon 6 du gène F9.

Famille 3 : Le père est porteur d’un remaniement du chromosome 10 évoquant une insertion intrachromosomique péricentrique. Le WGS a montré la présence de 15 délétions (de 1,4 à 566kb). Son fils présente un retard des acquisitions et a hérité d’un chromosome 10 recombiné présentant 9 gains (de 22,7kb à 10Mb) et une perte (11,8Mb).   

En conclusion, les chromoanagenesis constitutionnels peuvent être associés à un phénotype normal. Leur fréquence est donc très probablement sous-estimée dans la population générale. Malgré leur complexité, ces remaniements peuvent être transmis lors de la méiose maternelle aussi bien que paternelle. Leur recombinaison est possible, mais complètement imprévisible, tout comme la pathogénicité des recombinants. Ces observations illustrent la difficulté du conseil génétique dans ce type de remaniement ainsi que la difficulté de choisir la technique la plus adaptée pour le diagnostic prénatal.

 

Julie MASSON (LYON), Marion BEAUMONT, Kevin UGUEN, Céline PEBREL-RICHARD, Mathilde FRÉTIGNY, Flavie DIGUET, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Isabelle PERTHUS, Claire BARDEL, Marianne TILL, Dominique BOGGIO, Nicolas CHATRON, Charline CARTELLIER, Audrey PUTOUX, Fabienne RASKIN-CHAMPION, Jérome MASSARDIER, Christine VINCIGUERRA, Patrick LUTZ, Bérénice DORAY, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
16:45 - 17:00 #20053 - CS38 Apport de la CGH array en diagnostic prénatal devant la mise en évidence d’une malformation du corps calleux. Etude rétrospective multicentrique d’une série française de 256 fœtus.
CS38 Apport de la CGH array en diagnostic prénatal devant la mise en évidence d’une malformation du corps calleux. Etude rétrospective multicentrique d’une série française de 256 fœtus.

Abstract
Objective.  Callous callosum malformation (CCM) is the most common brain abnormality found in antenatal diagnosis and it is difficult to predict its neurological prognosis. The aim of this study is to evaluate the performance of array comparative genomic hybridization (aCGH) prenatal diagnosis in corpus callosum malformations. 

Methods. In this French multicenter retrospective study, 256 fetuses with corpus callosum malformation were included. All underwent invasive prenatal diagnosis, and the samples were analyzed using aCGH. CCMs were grouped depending on the presence of additional malformations affecting the brain and/or other organs and the CCM subtype. 

Results. Of the 256 fetuses included, 42% had isolated CCM (iCCM). The most frequent CCM was agenesis (N=176, 69%). A total of 56 (24%) chromosomal anomalies were detected prenatally with 38% (N=21) diagnosis by aCGH only. Nine chromosomal anomalies were detected in group of iCCM and 47 of non isolated (niCCM). The risk of chromosomal anomalies is 10% for iCCM, 15% for niCCM associated cerebral malformation, 31% for niCCM associated extracerebral malformation and 54% for niCCM associated cerebral and extracerebral malformation.

Conclusion. CCM is often associated with chromosomal anomalies. This study evaluated the risk of detecting a chromosome anomaly according to whether CCM is isolated or associated with other anomalies. The results of this study are helpful for defining risk during pre-test counselling and during post-test genetic counselling prognosis and management can be more thoroughly apprehended when a specific chromosomal anomaly is detected.

Charlotte CAILLE (NANCY), Jean-Marie RAVEL, Leila GUESH, Françoise DEVILLARD, Claire BENETEAU, Mona MASSOUD, Sylvie ODENT, Estelle PERDRIOLLE, Laurence BOURGUIGNON, Bruno LEHEUP, Andreea APETREI, Guillaume BENOIST, Mathilde RENAUD, Severine AUDEBERT-BELLANGER, Mathilde PACAULT, Nathalie DOUET-GUILBERT, Agnes GUICHET, Clara HOUDAYER, Marie-Thérèse CHEVE, Perrine PENNAMEN, Frederic COATLEVEN, Genevieve LEFORT, Celine BONNET, Claude FEREC, Laetitia LAMBERT
17:00 - 17:15 #19845 - CS39 Détection précise de disomies uniparentales cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l'exome.
CS39 Détection précise de disomies uniparentales cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l'exome.

Introduction : La disomie uniparentale (DUP) est la rare occurrence de deux chromosomes homologues provenant du même parent. Elle est habituellement identifiée par l'analyse des microsatellites ou par SNP-array. Les DUP peuvent être pathogène dues à une modification de l’empreinte parentale, des variations pathogènes homozygotes induites ou à des aneuploïdies en mosaïques de faible intensité. Dans cette étude, nous avons tenté de détecter des DUP cliniquement pertinentes à partir des données de séquençage de l’exome (SE) en solo et en trio.

Méthodes : Pour identifier les DUP, nous avons appliqué soit une méthode basée sur les erreurs héréditaires mendéliennes dans une cohorte de 4.912 SE en trio (tous types de DUP), ou soit une méthode basée sur la deviation absolue de la taille médiane des régions d'homozygotie dans une cohorte de 29.723 SE en solo (isodisomie seulement). L’ensemble des codes et scripts sont disponibles en licence libre : https://github.com/kyauy/UPDive.

Résultats : Nous avons réussi à identifier trois DUP mixtes, trois isodisomies et deux DUP segmentaires précédemment détecté par SNP array. De plus, nous avons identifié dans notre cohorte trois nouvelles DUP segmentaires et 11 nouvelles isodisomies. Parmi elles, trois sont impliqué dans un trouble de l'empreinte parentale. Par exemple, une isodisomie maternelle du chromosome 7 (associée au syndrome de Silver-Russell) a été detecté et correspond au phénotype du patient. Deux DUP sont localisées sur une variation pathogène homozygote, ce qui signifie qu’un seul parent serait porteur hétérozygote de la variation respective et change le conseil génétique. Par exemple, une variation non-sens homozygote (NM_000123.3:c.1096C > T (p.(Arg366*))) du gène ERCC5 associé au syndrome cérébrooculofaciosquelettique type-3 a été détectée sur une disomie segmentaire maternelle du chromosome 13. L'identification d’une DUP est de signification inconnue pour les huit autres patients.

Conclusions : La DUP peut être facilement identifiée à partir du SE en solo ou en trio. Cette découverte peut être cliniquement pertinente pour les patients. Nous proposons que l'analyse des DUP soit appliquée en routine diagnostique dans les pipelines de SE cliniques, car elle augmente le rendement diagnostique et peut changer le conseil génétique.

Kevin YAUY (Grenoble), Nicole DE LEEUW, Helger G YNTEMA, Rolph PFUNDT, Christian GILISSEN
17:15 - 17:30 #20465 - CS40 Résultats du séquençage d’exome en prénatal devant une anomalie du corps calleux sur une série de 49 fœtus : faisabilité, intérêt et limites.
CS40 Résultats du séquençage d’exome en prénatal devant une anomalie du corps calleux sur une série de 49 fœtus : faisabilité, intérêt et limites.

Introduction : Le diagnostic d’une anomalie du corps calleux (ACC) est le plus souvent réalisé en prénatal lors de l’échographie du 2ème trimestre. Lorsqu’elle est isolée, le pronostic neuro-développemental est très variable (70 à 80% des enfants ont un développement dans les normes, et 20 à 30% une déficience intellectuelle), et dépend essentiellement de la cause génétique sous-jacente. Actuellement, seules les causes chromosomiques, qui représentent une minorité des causes génétiques d'ACC, sont recherchées en prénatal (caryotype et analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA)).

L’objectif principal de notre étude était d’étudier la faisabilité du séquençage d’exome (WES) en trio dès la découverte de l’ACC en prénatalafin d’augmenter les chances d’en faire le diagnostic étiologique.

Patients et méthodes : Entre septembre 2018 et septembre 2019, 49 trios ont été inclus. Le terme moyen était de 27 SA (21,7 à 34 SA). 36 ACC étaient isolées (ou associées à un signe mineur) et 13 ACC étaient associées à au moins une autre malformation, ou à plus de 2 anomalies mineures. Le WES était réalisé avec le kit MEdExome (ROCHE) sur ADN fœtal extrait du liquide amniotique. Seules les variations pathogènes ou probablement pathogènes (classes 4 et 5) dans les gènes connus d’ACC et/ou de DI étaient rendus. Les données secondaires n’étaient pas recherchées.

Résultats : Le résultat du WES a été rendu dans un délai moyen de 23.6 jours (14j–48j). Dans 2/49 cas, le résultat n’a été disponible qu’en post-natal (accouchement prématuré dans un cas, inclusion à un terme très tardif dans le second cas).

Une variation ponctuelle pathogène ou probablement pathogène a été mise en évidence dans 8/49 cas (16 %) (PPP2R1A, KIF1A, KANSL1, ASXL3, SHROOM4, BRAT1, PTPN11, TUBA1A). De plus, un CNV pathogène a été identifié par WES dans 3/49 cas (6 %) (del 17q21, del 2q22, del 6qter), confirmé par l’ACPA qui était réalisée en parallèle. Parmi ces diagnostics, 3 étaient des ACC apparemment isolées après IRM fœtale (PPP2R1A, KANSL1, PTPN11).

Dans 10/11 cas (91%) où le diagnostic était établi, il s’agissait de syndromes avec handicap intellectuel constant. 7/11 couples (63%) se sont orientés vers une IMG. 3 couples ont souhaité poursuivre la grossesse (KANSL1, BRAT1, del 6qter), parmi lesquels un a choisi un accompagnement palliatif néonatal (BRAT1). Dans un cas, le résultat n’a été disponible qu’après la naissance (PTPN11).

Discussion : Les résultats de cette étude permettent de montrer la faisabilité du séquençage d’exome en prénatal dans cette indication d’ incertitude pronostique. Dans 22% des cas, l’établissement d’un diagnostic étiologique a permis d’aider les couples à prendre une décision plus éclairée concernant l’issue de la grossesse. Cette approche, qui pourrait être étendue à d’autres malformations à pronostic incertain, nécessite néanmoins une réflexion collégiale et une information adaptée en raison des questions éthiques liées au séquençage haut débit en prénatal.

Solveig HEIDE (PARIS), Myrtille SPENTCHIAN, Stéphanie VALENCE, Marie-Laure MOUTARD, Thierry BILLETTE DE VILLEMEUR, Corinne MACH, Elodie LEJEUNE, Valérie OLIN, Claude ESTRADE, Aurélie WAERNESSYCKLE, Sabina KARAGIC, Julien BURATTI, Catherine GAREL, Cyril MIGNOT, Valérie LAYET, Vassilis TSATSARIS, Marie-Amélie ROCCHISANI, Sébastien MOUTTON, Matthieu MILH, Magali GORCE, Marta SPODENKIEWICZ, Geneviève QUENUM MIRAILLET, Sandra CHANTOT BASTARAUD, Mathilde NIZON, Marie VINCENT, Sandra MERCIER, Claire BENETEAU, Vincent DES PORTES, Elise BOUCHER, Agnès GUET, Laurent MANDELBROT, Alexandra BENACHI, Audrey PUTOUX, Jean-Marie JOUANNIC, Boris KEREN, Delphine HERON
17:30 - 17:45 #19810 - CS41 Architecture du génome et pathologies: l’exemple des CNVs en 16p11.2.
CS41 Architecture du génome et pathologies: l’exemple des CNVs en 16p11.2.

Les délétions et les duplications récurrentes en 16p11.2 sont l’une des causes les plus fréquentes de troubles psychiatriques et neuro-développementaux. Ces réarrangements sont présents chez 1% des personnes atteintes d’autisme et de schizophrénie. L’IMC et le périmètre crânien sont tous deux corrélés négativement au nombre de copies 16p11.2.

 

En utilisant des données de biobanques, nous avons découvert que le nombre de copies de 16p11.2 est aussi corrélé avec l'âge de la ménarche (AdlM) et à des troubles de l'appareil reproducteur. À l'appui de ces observations, les modèles murins 16p11.2 présentent des malformations des organes reproducteurs et une apparition de la puberté altérée. Nous avons mis en évidence une corrélation négative entre les copies de 16p11.2 et le volume de l’hypothalamus chez l’homme et la souris. Le knock-out et la surexpression d’ASPHD1, un gène de cette région principalement exprimé dans le cerveau et l'hypophyse, modifient le nombre de neurones libérant de la GnRH. Au total, nos données démontrent le pouvoir d’une approche interdisciplinaire pour élucider l’étiologie de maladies complexes.

 

Les réarrangements pathogènes 16p11.2 sont engendrés par recombinaisons homologues non-alléliques de duplications segmentaires (low-copy repeats ou LCR) spécifiques à l'espèce humaines. Ces dernières sont apparues au début de la lignée humaine moderne et ont augmenté rapidement en fréquence jusqu’à se fixer dans la population. Cela suggère que leur expansion présente un avantage évolutif qui l'emporte sur l'instabilité chromosomique. Ces LCRs sont polymorphes en nombre de copies et incluent 3 à 8 copies de BOLA2, un gène impliqué dans la maturation des protéines cytosoliques Fer-Soufre. Afin d’étudier l’avantage potentiel sur le métabolisme du fer offert par l’expansion rapide de BOLA2, nous avons évalué les traits hématologiques et la prévalence de l’anémie chez 379’385 témoins et des personnes ayant perdu ou gagné des copies de BOLA2 (del et dup 16p11.2). La délétion 16p11.2 est fortement associée à une anémie (p = 4e-7, OR = 5), en particulier l’anémie ferriprive. Si nous stratifions ces résultats par le nombre de copies de BOLA2, nous observons une association entre un faible nombre de copies du gène et l’anémie (P = 2e-3) en particulier chez les individus avec trois copies (6 sur 14 ; 43%). Conformément aux données humaines, le modèle murin de la délétion 16p11.2 et les souris déficientes en Bola2 montrent des signes précoces de carence en fer, une diminution du taux d'hémoglobine, une réduction du nombre de globules rouges et une augmentation de la protoporphyrine-zinc. Nos résultats indiquent que BOLA2 participe à l'homéostasie du fer in vivo. Son expansion rapide pourrait avoir contribué à protéger les hommes d’une carence en fer, notre espèce ayant élargi avec succès son aire écologique au prix d’une prédisposition accrue aux réarrangements associés à l’autisme.

Alexandre REYMOND (Lausanne, Suisse), Giannuzzi GIULIANA, Männik KATRIN
17:45 - 18:00 #20278 - CS42 Analyse par puce à ADN « single nucléotide polymorphism » chez 223 familles d’enfants nés avec un hypospadias distal isolé.
CS42 Analyse par puce à ADN « single nucléotide polymorphism » chez 223 familles d’enfants nés avec un hypospadias distal isolé.

But de l’étude. L’hypospadias est l’anomalie congénitale des organes génitaux externes du garçon la plus fréquente. Son incidence est en constante augmentation bien que les causes restent encore inconnues. Des facteurs endocriniens, vasculaires et environnementaux ont été incriminés et l’origine génétique en cas de forme mineure reste probablement sous-estimée. L’objectif de cette étude était de réaliser une étude pangénomique par puce à ADN « SNP » chez des enfants nés avec un hypospadias distal isolé et leurs parents.

Méthodes. Une cohorte de 284 enfants a été établie depuis 2011 dans laquelle 223 garçons présentent un hypospadias distal isolé sans consanguinité ni origine familiale. L’ADN germinal de ces patients a été extrait des lymphocytes sanguins selon la technique habituelle. Un caryotype standard puis une analyse pangénomique par puce à ADN « SNP 12 chips (Illumina®) » ont été réalisés pour tous les patients.

Résultats. Dans cette cohorte, 41 anomalies (18,4%) pouvant être en lien avec la survenue d’un hypospadias distal isolé ont été identifiées par puces à ADN. L’étude de ségrégation familiale a mis en évidence un caractère héréditaire dans six cas. Une seule translocation 46,XY,t(7;11)(p14;q23) de novo a été visible sur le caryotype. Des variations du nombre de copies susceptibles d’être impliquées dans cette pathologie étaient présentes chez 30 patients : 17 duplications, trois délétions, six double-duplications, trois délétions, deux délétions/duplications et une translocation avec duplication, qui englobent un total de 25 gènes candidats. L’étude pangénomique a retrouvé des régions d’homozygotie > 2 Mb chez cinq patients, qui pourraient abriter des mutations à l’état homozygote dans des gènes candidats. L’étude de ségrégation familiale n’a mis en évidence aucun caractère héréditaire.

Conclusion. L’analyse pangénomique par puces à ADN a trouvé de façon surprenante 15,7% anomalies susceptibles d’être en lien avec la survenue d’un hypospadias distal isolé non héréditaire. L’utilisation de ces nouveaux outils d’analyse génétique semble essentielle à la compréhension des mécanismes de survenue de cette pathologie malgré un conseil génétique potentiellement difficile.

Adrien BLOCH (Paris), Matthieu PEYCELON, Jean-Pierre SIFFROI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Geneviève QUENUM-MIRAILLET, Fernanda FRADE, Thomas BLANC, Capucine HYON, Muriel HOUANG, Laetitia MARTINIERIE, Annabel JAOUEN-PAYE, Christine GRAPIN, Georges AUDRY, Alaa ELGHONEIMI, Serge AMSELEM, Marie LEGENDRE, Liza ALI
Salle Descartes

Mercredi 22 janvier

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D27
16:30 - 18:00

SESSIONS SIMULTANEES 08
Génétique épidémiologique et Bioinformatique

Modérateurs : Christian ANDRES (TOURS), Anne-Louise LEUTENEGGER (Chercheur) (paris)
16:30 - 16:45 #19791 - CS43 Séquençage de génomes après ACPA et séquençage d'exome trio négatifs : 27% de diagnostic positif avec une interprétation limitée aux régions exoniques et variations de structure.
CS43 Séquençage de génomes après ACPA et séquençage d'exome trio négatifs : 27% de diagnostic positif avec une interprétation limitée aux régions exoniques et variations de structure.

Les anomalies du développement et la déficience intellectuelle (AD/DI) affectent environ 3% de la population. Leur diagnostic repose sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN, la recherche du syndrome X-fragile ± l’étude de gènes ciblés orientés par les données cliniques, et plus récemment, le séquençage d’exome (ES). Actuellement, l’ensemble de ces analyses permettent de poser un diagnostic étiologique chez environ 30-50% des patients. Le séquençage de génome (GS) est donc une véritable opportunité pour ces patients car il permet une meilleure couverture exonique, la détection de variations non exoniques et l’analyse de variations de structures (SV) non décelables par d’autres méthodes cytogénétiques.

Chez 51 patients (22 garçons et 29 filles – âge moyen 13.8 ans), un GS (moyenne 30X) en trio a été réalisé. Le pipeline bio-informatique a inclus la détection des variations codantes par Haplotype Caller (GATK), des variations du nombre de copie (CNV) et des SVs par 2 approches complémentaires basées sur l’estimation de la profondeur (Control-FREEC) et les anomalies de paires et de lectures coupées (LUMPY).

Les 51 patients présentaient en moyenne 100 fois plus de variations introniques qu’exoniques et environ 2.500 SVs. En moyenne par individu, 23 variations de novo (3 exoniques et 20 introniques) et plus de 10.000 variations bialléliques (20 exoniques et 10.000 introniques) impliquaient des gènes OMIM morbides. Pour les SVs, en moyenne, 8 étaient rares et impactaient des gènes OMIM morbides.

Un diagnostic positif a été posé chez 14/51 patients (27%), incluant 8 SNVs, 1 CNV et 5 SVs. Les SNVs impliquaient CYFIP2, EIF3F, FOXG1, KMT2D, MAGEL2, PURA, SMARCE1 et ZMIZ1. Lors de l’ES, ces variations n’avaient pas été retenues car non impliquées en pathologie humaine au moment de l’analyse (CYFIP2, EIF3F, ZMIZ1), mal capturée (PURA) ou mal interprétées (FOXG1, KMT2D, MAGEL2, SMARCE1). Le CNV était une délétion partielle de GATAD2B. Les SVs incluaient 2 inversions de novo (BCL11A et MEF2C), 1 translocation (FBN1) et 2 SVs complexes (inversion-délétion de CASK et WWOX). La SV de WWOX était en trans d’1 SNV. La majorité de ces anomalies n’étaient pas décelables par des stratégies de cytogénétiques conventionnelles ou d’ES avec détection de CNVs. Des VSI ont été identifiées chez 19/51 patients (37%) incluant 23 SNVs et 3 SVs. Parmi les SNVs, 2 impactaient des gènes hautement candidats pour une nouvelle implication en pathologie humaine.

En conclusion, le GS présente un intérêt indéniable pour le diagnostic des patients avec AD/DI, même après un ES en trio. Son interprétation, rendue difficile par la quantité importante et la complexité des variations, s’avère actuellement restreinte aux variations exoniques et de structures. Seule une analyse intégrée des données de GS et de RNAseq avec des outils bioinformatiques combinant ces données permettrait d’étendre l’interprétation de ces données aux régions introniques et intergéniques.

Frédéric TRAN MAU-THEM (DIJON), Alexandre PLAGOS, Ange-Line BRUEL, Patrick CALLIER, Sebastien MOUTTON, Sophie NAMBOT, Daphne LEHALLE, Nolwenn JEAN, Julian DELANNE, Caroline RACINE, Julien THEVENON, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Martin CHEVARIN, Marjolaine WILLEMS, Christine COUBES, David GENEVIEVE, Nada HOUCINAT, Alice MASUREL, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Emilie TISSERAND, Arthur SORLIN, Bertrand ISIDOR, Solveig HEIDE, Alexandra AFENJAR, Diana RODRIGUEZ, Cyril MIGNOT, Delphine HERON, Marie VINCENT, Perrine CHARLES, Sylvie ODENT, Christel DUBOURG, Anne FAUDET, Boris KEREN, Benjamin COGNE, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN, Antonio VITOBELLO
16:45 - 17:00 #20052 - CS44 Conservation in silico des domaines topologiquement associés en population témoin, impact sur l’interprétation des CNV.
CS44 Conservation in silico des domaines topologiquement associés en population témoin, impact sur l’interprétation des CNV.

Introduction. L’implication des ruptures de frontières de domaines topologiquement associés (TAD) est maintenant bien établie comme mécanisme responsable de pathologies humaines. Cependant, hormis un faible nombre de maladies, les ruptures de frontières de TAD ne semblent pas être a priori un mécanisme fréquent de pathologies génétiques. Aussi, nous avons cherché à déterminer en population générale et à l’échelle du génome, quels étaient les TAD dont les frontières n’étaient jamais déletés et leur contenu en gène. Nous nous sommes plus particulièrement intéressés aux TAD impliquant des gènes responsables de déficiences intellectuelles.

Méthode. Nous nous sommes appuyés sur les données publiées de cartographies des TAD dans différents modèles cellulaires et sur les données publiques de variations du nombre de copies de segments génomiques (CNV) en population générale. Les coordonnées génomiques de 307430 microdélétions provenant des bases DGV, GnomAD, des annotations bénignes de ClinVar et DECIPHER, ainsi que des CNV témoins de publication (Coe et al., Nat. Genet, 2014) ont été utilisées. Douze jeux de données de Hi-C ont été croisés avec les coordonnées des CNV. Certains TAD, qualifiés de robustes, ont été identifiés sans aucune frontière touchée par un CNV de la population générale. Les contenus génique entre ces TAD robustes et les TAD non robustes ont été comparés, à la recherche d’un éventuel enrichissement en gènes des bases OMIM et SysID.

Résultats. Les 12 séries de Hi-C comportent une médiane de 2837 TAD d’une taille médiane de 700 kb. Le pourcentage médian de TAD conservés est de 39.1% [38.1% - 40.6%]. Les TAD non robuste présentent un enrichissement plus important en gènes que les TAD robustes : 10.6 gènes/TAD vs 10.0 (p < 8.5e-5). Les TAD robustes comprennent un plus grand nombre de gènes OMIM : 5.5 gènes OMIM/TAD vs 5.2 (p = 0.001) représentant respectivement 59.8% et 23.3% du contenu moyen en gènes de ces 2 groupes (p < 2.2e-16). Le contenu en gènes associés à des pathologies neuro-développementales dominantes de la base SysID est également supérieur : 0.4 gènes/TAD vs 0.3 gènes/TAD (p = 0.04). Ainsi, les TAD robustes regroupent 64.08% des gènes OMIM et 36.70% des gènes de la base SysID.

Conclusion. Ces données suggèrent que l’expression des gènes pourrait être moins sensible aux ruptures de frontières de TAD. L’analyse du contenu en gènes des deux types de TAD suggère que les TAD robustes contiennent moins de gènes, mais plus de gènes responsables de pathologies humaines et en particulier de trouble du neurodéveloppement. Ces gènes semblent sanctuarisés dans les TAD robustes. Il est donc très intriguant de ne pas observer plus fréquemment de réarrangement de frontières de TAD robustes en pathologies humaine.  Est-ce dû à des mécanismes de compensation moléculaire de tels réarrangements ? Ou à une résolution habituelle trop faible pour l’identification de micro-réarrangements à ces loci ?

Thomas SMOL (LILLE), Florence PETIT, Elise BOUDRY-LABIS, Sonia BOUQUILLON, Perrine BRUNELLE, Mélanie RAMA, Catherine ROCHE-LESTIENNE, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Jamal GHOUMID
17:00 - 17:15 #20268 - CS45 Modélisation et quantification de l’impact des CNVs sur l’intelligence générale.
CS45 Modélisation et quantification de l’impact des CNVs sur l’intelligence générale.

Contexte

Des variants du nombre de copie (CNVs) pathogènes sont identifiés chez 10 à 15% des patients référés pour troubles neurodéveloppementaux. Néanmoins, l’impact de ces CNVs sur la cognition reste mal quantifié car la majorité d’entre eux sont trop rares pour être étudiés individuellement. Dans une récente étude, nous avons développé un modèle linéaire, basé sur des scores d’annotations géniques, capable de prédire la taille de l’effet de toute délétion sur le quotient intellectuel (QI). Cependant, l’impact des duplications et des gènes ayant des tailles d’effet extrêmes n’a pu être clairement modélisé.

 

Objectif

L’objectif est d’identifier les caractéristiques du contenu génique des CNVs permettant de prédire leur impact sur les traits cognitifs. 

 

Méthodes

Nous avons analysé un grand jeu de données combinant les mesures d’intelligence générale (QI ou facteur général) et les CNVs de 20,151 individus de la population générale (5 cohortes) et 7,008 individus issus de 4 cohortes autistiques (Simons Simplex Collection, MSSNG, Autism Genome Project, et Simons foundation Powering Autism Research for Knowledge). Le modèle linéaire se base sur les gènes inclus dans les CNVs selon leurs probabilité d’être intolérant à l’haploinsuffisance (pLI), ou selon leurs ratio du nombre de variants perte de fonction (LoF) observés / nombre de LoF attendus (LoF obs/exp). Des méta- et méga-analyses ont été effectuées entre les cohortes. La validation du modèle a été effectuée en comparant sa prédiction aux observations de la littérature pour 26 CNVs psychiatriques récurrents. 

 

Résultats

La méta-analyse n’a pas montré d’hétérogénéité significative entre les différentes cohortes, y compris entre les cohortes autistiques, et nous avons pu répliquer l’estimation de l’impact des délétions sur l’ensemble des cohortes. La méga-analyse a montré que la délétion d’1 unité de pLI entraîne une perte de 2.3 points de QI (0.15 Z-score, SE=0.01, P=4.17-25). L’estimation pour les duplications est 3 fois plus basse avec une perte de 0.75 points de QI (0.05 Z-score, SE=0.01, P=1.40-9) par unité de pLI dupliquée. 

Nous avons également quantifié l’impact des gènes significativement enrichis en variants de novodans les populations neurodéveloppementales: leurs effets sont 6 à 13 fois plus important.

Les résultats observés avec le modèle appliqué sur le ratio LoF obs/exp sont similaires. Les 2 scores d’annotations sont donc aussi performants l’un que l’autre.

La concordance des estimations du modèle avec les données de la littérature s’élève à 75% pour les délétions et 72% pour les duplications.

 

Conclusion

Notre modèle, entrainé sur près de 34,500 CNVs répartis dans l’ensemble du génome, estime avec fiabilité l’impact des délétions et des duplications sur l’intelligence générale. Grâce à ces observations, un outil a été développé et est disponible en ligne pour les cliniciens. Cet outil leur permet d’estimer la contribution des CNVs rares non documentés détectés chez leurs patients.

Pauline MONIN (LYON), Catherine SCHRAMM, Elise DOUARD, Mor Absa LOUM, Maude AUGER, Martineau JEAN-LOUIS, Zohra SACI, Celia GREENWOOD, Guillaume HUGUET, Sébastien JACQUEMONT
17:15 - 17:30 #19989 - CS46 Identification de voies métaboliques associées au risque de cancer différencié de la thyroïde par analyse pangénomique.
CS46 Identification de voies métaboliques associées au risque de cancer différencié de la thyroïde par analyse pangénomique.

Une étude d’association pangénomique réalisée par le consortium EPITHYR a identifié quatre régions du génome associées au risque de développer un cancer différencié de la thyroïde (CDT) : 2q35 incluant les gènes DIRC3 et IGFBP5, 8p12 incluant le gène NRG1, 9q22 incluant le gène FOXE1 et 14q13 proche de NKX2-1. Les analyses effectuées ont considéré un par un chacun des 530 000 polymorphismes nucléotidiques (SNPs) génotypés, comme cela est classiquement utilisé. Cette approche peut néanmoins manquer de puissance pour détecter des SNPs interagissant avec d’autres SNPs. Notre objectif a été d’utiliser une stratégie basée sur les voies biologiques et les interactions protéiques connues afin d’identifier des ensembles de gènes appartenant à une même classe d’ontologie pouvant influencer l’apparition du CDT.

Notre étude a concerné 2089 cas de CDT et 2475 témoins d’origine européenne de sept études cas-témoins rassemblées dans le cadre du consortium EPITHYR et génotypés à l’aide de la puce Illumina OncoArray (environ 530 000 SNPs). Après un contrôle de qualité strict des SNPs génotypés, 460 437 SNPs ont été conservés pour l’analyse et 458 486 SNPs ont été localisés dans ou à proximité de 19 129 gènes. Ces gènes ont été assignés à des fonctions biologiques à l’aide des bases de données KEGG (361 définitions), REACTOME (1698 définitions) et GO (5203 processus biologiques, 1059 fonctions moléculaires et 652 composants cellulaires). L’analyse statistique a consisté à déterminer les voies biologiques ou les classes d’ontologie pouvant contenir un excès de gènes significativement associés au CDT à l’aide du logiciel VEGASPathway.

Notre analyse a mis en évidence 21 voies biologiques décrites dans KEGG et 75 décrites dans REACTOME qui contiennent en excès des gènes associés au CDT au seuil de P < 0.05. Les voies KEGG incluent notamment les fonctions liées au métabolisme du cholestérol, des glucides et des acides aminés tandis que les annotations de REACTOME permettent d’identifier en plus les voies de signalisation en aval du récepteur tyrosine kinase erbB2 (HER2) et régulant l’expression de ce récepteur.

Pour décrire les réseaux de gènes associés au CDT, nous avons ensuite utilisé l’algorithme EW_dmGWAS qui intègre les annotations sur les interactions protéines-protéines de la base HINT et les données du Cancer Genome Atlas de 59 CDT et du tissus normal associé pour prioriser les gènes dont l’expression est altérée dans les tumeurs. Nous avons ainsi identifié 54 modules enrichis avec les définitions de KEGG (2) ou REACTOME (52) au seuil PFDR < 0.05, dont les voies liées au métabolisme de l’amidon et du saccharose, à la glycogénolyse, au métabolisme du glycogène et au métabolisme de l’insuline.

Cette étude montre l’avantage d’utiliser une approche permettant l’analyse de nombreux marqueurs génétiques simultanément. Elle a permis de caractériser de nouvelles voies biologiques impliquant des gènes susceptibles d’augmenter le risque de ce cancer.

Om KULKARNI, Pierre-Emmanuel SUGIER, Julie GUIBON, Christine LONJOU, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND-AUGE, Delphine BACQ-BAIAN, Céline BESSE, Carole RUBINO, Marie-Christine BOUTRON-RUAULT, Evgenia OSTROUMOVA, Ausrele KESMINIENE, Pascal GUÉNEL, Florent DE VATHAIRE, Thérèse TRUONG, Fabienne LESUEUR (PARIS)
17:30 - 17:45 #19763 - CS47 Gestion des données secondaires dans le cadre des analyses pangénomiques par séquençage haut débit (projet FIND) : le point de vue des laboratoires.
CS47 Gestion des données secondaires dans le cadre des analyses pangénomiques par séquençage haut débit (projet FIND) : le point de vue des laboratoires.

Le séquençage à haut débit (SHD) pangénomique offre de nouvelles opportunités de diagnostic dans le contexte des maladies rares. Il permet d’aboutir plus fréquemment à un diagnostic primaire (but de la consultation génétique), il peut aussi conduire à la découverte de variations non en lien avec la pathologie du patient. Ces données secondaires (si recherchées activement), ou incidentes (découvertes fortuites), peuvent donner lieu à des actions préventives ou curatives s’intégrant dans une démarche de médecine personnalisée. Le fait de proposer aux patients d’avoir accès aux données secondaires ou incidentes reste largement débattu en France et à l’étranger. Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet de recherche FIND (PREPS 2016) « les données secondaires produites par SHD en diagnostic ; du besoin des patients aux modalités organisationnelles », avec 3 CRMR AnDDI-Rares participants (Dijon, Lyon, Paris Pitié). Selon le protocole, seules les variations pathogènes ou probablement pathogènes pour trois catégories de DS sont transmises au généticien prescripteur si le patient y a consenti. Le groupe 1 comprend les variations dans des gènes responsables d’une prédisposition à une maladie à révélation tardive accessible à une prévention (122 gènes, liste ACMG élargie), le groupe 2 est constitué des 114 gènes ayant des implications pour le conseil génétique (pathologies AR ou RLX). Un 3e groupe plus restreint comprend 2 gènes avec 5 variations pharmacogénétiques ciblées d’intérêt clinique.

Nous présentons les résultats pour 330 patients qui ont bénéficié de la recherche de DS dans les données de SHD de l’exome dans le cadre du projet FIND. À ce stade de l’étude (312 patients analysés), des DS ont été retrouvées chez 48 patients (15,4%) avec une répartition dans les groupes 1 (16 patients - 5%), 2 (21 patients - 6,7%) et 3 (13 - 4%). Deux patients (4%) présentaient deux DS (groupes 2 et 3). La cause de la pathologie n’a pas été élucidée pour la moitié des patients qui recevait une DS. De nombreux laboratoires experts ont été mis à contribution (20 laboratoires différents pour 52 DS candidates) lorsque les données disponibles étaient insuffisantes. Dans tous les cas, les laboratoires ont répondu très rapidement (délai de réponse 1 heure à 1 semaine) et de façon détaillée, permettant ainsi d’orienter les biologistes pour la classification des DS candidates. L’avis d’un laboratoire de référence a été nécessaire pour la moitié des DS rendues. Les gènes ayant nécessité le plus grand nombre de demandes d’avis sont CYP21A2, VWF et BRCA1/2. La recherche de données secondaires issues des données de SHD pangénomiques, leur interprétation et le rendu aux généticiens prescripteurs impactent de façon importante les laboratoires aux niveaux de leur activité (temps technicien/bio-informaticien/biologiste mesurés dans l’étude et coûts des tests génétiques ciblés) et de leur organisation au niveau national (mise à contribution du réseau de laboratoires experts).

Gaetan LESCA, Boris KEREN, Yannis DUFFOURD, Ange-Line BRUEL, Arthur SORLIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Julien BURATTI, Damien SANLAVILLE, Marie FAOUCHER, Claire GOURSAUD, Audrey LABALME, Marianne TILL, Nicolas CHATRON, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Charles-Patrick EDERY, Delphine HERON, Céline VERSTUYFT, Association Nationale Des Praticiens De Génétique ANPGM, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Christophe PHILIPPE (DIJON)
17:45 - 18:00 #20106 - CS48 Prise en compte de l’hétérogénéité phénotypique des patients dans les tests d’association avec des variants rares.
CS48 Prise en compte de l’hétérogénéité phénotypique des patients dans les tests d’association avec des variants rares.

Les méthodes de séquençage de nouvelle génération nous permettent aujourd’hui d’explorer le rôle des variants génétiques rares dans les maladies. Pour rechercher des associations avec des variants rares, des méthodes statistiques spécifiques ont été développées. Ces méthodes sont de deux types : (1) les tests de fardeau dans lesquels un score génétique est calculé par individu et par gène, puis comparé entre les individus, et (2) les tests de variance qui s’intéressent à la dispersion des effets génétiques. Ces différents tests ont été développés pour étudier des traits binaires (malade/non malade) ou quantitatifs. Ils ne permettent pas de comparer aux témoins des sous-groupes de malades basés, par exemple, sur la sévérité de la maladie ou son âge d’apparition (précoce/tardif).  Cette hétérogénéité phénotypique peut cependant résulter d’une hétérogénéité génétique et ne pas en tenir compte peut conduire à un manque de puissance des tests. Afin de tenir compte de l’hétérogénéité phénotypique dans les tests d’association avec variants rares, nous avons réalisé des extensions des tests de fardeau et de variance. Nous avons étudié les propriétés statistiques de ces tests à l’aide de simulations et montré les gains de puissance obtenus sous différents modèles génétiques. Nous avons également pu étudier dans quelles situations il était préférable d’utiliser les tests de fardeau ou les tests de variance. Enfin, nous avons confirmé les résultats de ces simulations sur des données réelles de séquençage issues d’une étude sur l’hémochromatose chez des patients non porteurs homozygotes de la mutation HFE p.C282Y. Nous avons pu, à l’aide de nos méthodes, comparer les patients hétérozygotes composites HFE p.C282Y/p.H63D et les autres patients aux données de séquence d’un panel de témoins de référence (projet FranceGenRef du labex GENMED). Nous avons implémenté les tests d’association sur variants rares et leurs extensions dans le package R Ravages (https://github.com/genostats/Ravages). Ce package permet de réaliser ces différents tests et d’évaluer leur puissance par simulations.

Ozvan BOCHER (Brest), Gaëlle MARENNE, Thomas LUDWIG, Kévin UGUEN, Arnaud BOULLING, Virginie SCOTET, Carine L'HOSTIS, Isabelle GOURLAOUEN, Claude FÉREC, Gérald LE GAC, Hervé PERDRY, Emmanuelle GÉNIN
Salle 1
18:00

Mercredi 22 janvier

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A28
18:00 - 19:00

ASSEMBLEE GENERALE DE LA FFGH

Auditorium François 1er