Mardi 21 janvier
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C11
09:00 - 12:00

3eme Symposium Anomalies d’Epissage et Diagnostic

Modérateurs : Betty GARDIE (Maître de Conférences) (NANTES), Claude HOUDAYER (Rouen Cedex)
09:00 - 09:05 INTRODUCTION. Claude HOUDAYER (Rouen Cedex)
09:05 - 10:05 SESSION : PREDICTIONS IN SILICO, RNASEQ ET BIOINFORMATIQUE.
09:00 - 12:00 #20293 - Evaluation de 4 algorithmes de prédiction d’épissage permettant une annotation automatique dans un contexte NGS diagnostique.
Evaluation de 4 algorithmes de prédiction d’épissage permettant une annotation automatique dans un contexte NGS diagnostique.

L’interprétation des variants est une étape critique dans l’identification d’un diagnostic en génétique moléculaire.
Parmi ces variants, ceux suspectés d’altérer l’épissage, en dehors des sites canoniques, présentent des difficultés spécifiques d’analyse.
Les tests de laboratoire permettant d’étudier l’épissage sur l’ARN sont coûteux et chronophages, il est donc actuellement irréaliste de les pratiquer pour tous les variants identifiés en séquençage haut débit (NGS). L’utilisation d’outils de prédiction in silico est donc nécessaire afin de sélectionner de façon économique et rapide les variants d’épissage les plus convaincants avant de les soumettre à une validation expérimentale.
Ces outils sont très nombreux mais souvent basés sur une interface qui ne permet de faire qu’une seule requête à la fois. Il est donc impossible de les utiliser de façon systématique dans le contexte du NGS où le nombre de variants à analyser est très important.

Par conséquent, nous avons sélectionné 4 algorithmes qui permettent une annotation automatique des variants ainsi qu'une intégration simple dans une chaîne d’analyse bioinformatique : MaxEntScan (2003), dbscsnv_ada (2014), SpliceAI (2019) et SPiP (2019).
Afin de les évaluer, nous avons collecté au sein du Centre de Génétique Moléculaire et Chromosomique de l'hôpital Pitié-Salpêtrière 44 variants suspectés d’altérer l’épissage qui ont été testés expérimentalement.
Pour 30 d’entre eux, l’effet sur l’épissage a été démontré sur l’ARN et pour 14 d’entre eux, aucun effet n’a pu être retrouvé sur l’ARN.
Tous ces variants ont été annotés par au moins un algorithme, mais seuls 23 ont été annotés par les 4.
Le nombre de variants annotés par outil est : MaxEntScan 29, dbscsnv_ada 25, SpliceAI 42, SPiP 43.
Cette différence s’explique en partie par le fait que MaxEntScan et dbscsnv_ada, dans leur mode d’annotation automatique, ne sont pas capables d’analyser les indels.
Pour les variants dont une altération de l’épissage est démontrée expérimentalement, cet effet a été prédit correctement dans les cas suivants : MaxEntScan 21/21, dbscsnv_ada 17/19, SpliceAI 28/29, SPiP 26/29.
Pour les variants dont une altération de l’épissage n’a pas pu être démontrée expérimentalement, aucun effet n’a été prédit dans les cas suivants : MaxEntScan 6/8, dbscsnv_ada 5/6, SpliceAI 12/13, SPiP 9/14.

Pour conclure, nous conseillons l’utilisation des algorithmes les plus récents, SPiP et SpliceAI, car leurs performances semblent équivalentes à MaxEntScan et dbscsnv_ada, mais ils apportent une plus-value non négligeable par l’annotation d’une plus grande proportion de variants. Toutefois, aucun de ces outils n’a permis une annotation correcte de 100% des variants. Leur association dans les pipelines d’analyse peut donc avoir un intérêt.

Elodie LEJEUNE, Pascale RICHARD, Corinne METAY, Flavie ADER, Cécile SAINT-MARTIN, Magalie LODIN, Valérie ALLAMAND, Valérie JOBIC, Boris KEREN, Alix DE BECDELIEVRE, Christine BELLANE-CHANTELOT, Julien BURATTI (Paris)
09:00 - 12:00 #20230 - Écart important entre les effets fonctionnels prévus par SpliceAI et les effets fonctionnels obtenus expérimentalement des variants GT>GC du site 5' d'épissage.
Écart important entre les effets fonctionnels prévus par SpliceAI et les effets fonctionnels obtenus expérimentalement des variants GT>GC du site 5' d'épissage.

Technological advances in DNA sequencing have made whole exome sequencing and even whole genome sequencing increasingly practicable. However, our ability to accurately interpret the clinical relevance of genetic variants has so far been limited. Indeed, even for variants occurring within canonical splice‐site dinucleotides, we may still encounter problems of interpretation. For example, we have recently provided evidence that 5' splice site GT>GC variants in human disease genes may not invariably be pathogenic. Specifically, combining data derived from a meta-analysis of 45 human disease-causing GT>GC variants and a cell culture-based full-length gene splicing assay of 103 GT>GC substitutions, we estimated that ~15-18% of GT>GC variants generate between 1 and 84% normal transcripts. During this analysis, we found that none of the popular splicing prediction tools were capable of reliably distinguishing GT>GC variants that generated wild-type transcripts from those that did not (Lin et al. Hum Mutat 2019). Very recently, SpliceAI, a deep residual neural network, has been developed for splicing prediction (Jaganathan et al. Cell 2019). Distinct from previous methods that either relied on human-engineered features and/or focused on short nucleotide windows adjoining exon-intron boundaries, SpliceAI learns splicing determinants directly from the primary sequence by evaluating 10,000 nucleotides of the flanking context sequence to predict the splice function of each position in the pre-mRNA transcript. Herein, we evaluated the performance of SpliceAI in the context of GT>GC variants. We included three datasets of GT>GC variants, all of which were informative with respect to experimentally shown functional effects on splicing in terms of generation or not of wild-type transcripts, for analysis. The first two datasets refer to the above mentioned “in vivo” dataset of 45 disease-causing GT>GC variants and the “in vitro” dataset of 103 GT>GC substitutions. The third dataset comprised 12 GT>GC variants in the BRCA1 gene, which were newly extracted from a recent study that prospectively analyzed the functional effects of over 4000 BRCA1 variants by means of saturation genome editing (Findlay et al. Nature 2018). Notably, 25% (n=3) of the 12 BRCA1 GT>GC variants generated wild-type transcripts, which is consistent with our estimated 15-18% rate. We processed all GT>GC variants using the default settings of SpliceAI (https://pypi.org/project/spliceai/). We focused our analysis on the Delta score of donor loss although other scores may provide clues to the nature of the resulting aberrantly spliced transcripts of splice-altering variants. Correlation of the SpliceAI-predicted and experimentally obtained functional effects of the GT>GC variants revealed that SpliceAI performed better than other prediction tools but was still far from satisfactory. Our findings illuminate the challenges ahead in accurately identifying splice-altering variants.

Jian-Min CHEN (BREST), Matthew HAYDEN, David COOPER, Claude FÉREC
09:00 - 12:00 Etude par RNASEQ de l'epissage alternatif physiologique de genes impliques dans les cancers digestifs : MLH1, MSH2, MSH6 et CDH1. Molka SEBAI (Résidente) (Paris)
Molka SEBAI, Roseline TANG, Yahia ADNANI, Christine BOMBLED, Sengul TOZLU-KARA, Meissa BARBOUCHE, Alice FIEVET, Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Etienne ROULEAU. Service de génétique des tumeurs, Gustave ROUSSY, Villejuif, France
09:00 - 12:00 SPLICELAUNCHER : un outil bioinformatique et biostatistique d'analyse de l'epissage par RNASEQ. Raphael LEMAN (Doctorant) (Caen)
LEMAN R, HARTER V, ATKINSON A, DAVY G, ROUSSELIN A, MULLER E, CASTERA L, LEMOINE F, DE LA GRANGE P, GUILLAUD-BATAILLE M, VAUR D, KRIEGER S .
09:00 - 12:00 Approches bioinformatiques spécifiques pour l’analyse de données RNASeq dans le cadre des maladies génétiques rares. Emilie TISSERANT (Bioinformaticien) (DIJON)
EMILIE TISSERANT, YANNIS DUFFOURD, ALEXANDRE PLAGOS, CHRISTEL THAUVIN, LAURENCE FAIVRE, VITOBELLO. DIJON, France
10:05 - 10:25 TABLE RONDE DISCUSSION AVEC LES ORATEURS.
10:25 - 11:40 SESSION TRANSCRIPTOME, MIRNA, STRATEGIES ET PHENOTYPES.
09:00 - 12:00 Approche génomique intégrée en temps réel pour les cancers de l’enfant : apport du WES et RNASEQ en pratique clinique. Stelly BALLET (Technicienne de Laboratoire) (PARIS)
Stelly BALLET, Mégane BOUVET, Nolwenn METZGER, Camille BENOIST, Eleonore FROUIN, Eve LAPOUBLE, Virginie BERNARD, Gudrun SCHLEIERMACHER, Birgit GEOERGER, Gaëlle PIERRON
09:00 - 12:00 Mise en place d'une approche intégrée génotype-transcrits-protéine-hérédité-phénotype chez des patients myopathes suspects de titinopathie. Mireille COSSÉE (MCU-PH) (MONTPELLIER)
Aurelien Perrin, Raul Juntas-Morales, Edoardo Malfatti, Corinne Metay, François Rivier, Claude Cances, Ulrike Walther-Louvier, Emmanuelle Uro-Coste, Nicolas Leboucq, Robert-Yves Carlier, Valerie Rigau, Isabelle Richard, Corinne Theze, Delphine Lacourt, Henri Pegeot, Reda Zenagui, Tanya Stojkovic, Henk Granzier, Michel Koenig, Mireille Cossee.
09:00 - 12:00 Utilisation de la technique minigène pour l’étude de variations d’épissage chez des patients atteints d’anomalies du développement. Anna LOKCHINE (Interne) (Rennes)
Anna Lokchine, Cyrille Berra, Jerome Le Douce, Paul Rollier, Regis Bouvet, Florence Demurger, Melanie Fradin, Sylvie Odent, Laurent Pasquier, Veronique David, Lenaig Detivaud, Christele Dubourg.
09:00 - 12:00 Variabilité phénotypique des groupes sanguins et altération de l’épissage : exemple du système sanguin érythrocytaire RH. Yann FICHOU (Directeur de Recherche EFS) (Brest)
Yann Fichou, Loann Raud, Chandran Ka, Gaëlle Richard, Isabelle Gourlaouen, Isabelle Callebaut, Gerald Le Gac, Claude Ferec
09:00 - 12:00 Fréquence des mutations constitutionnelles de l'exon cryptique de VHL chez les patients avec tumeurs du spectre de von Hippel-Lindau ou paragangliome. Alexandre BUFFET (Médecin) (Paris)
Alexandre Buffet, Bruna Calsina, Shahida Flores, Sophie Giraud, Marion Lenglet, Pauline Romanet, Elisa Deflorenne, Javier Aller, Isabelle Bourdeau, Brigitte Bressac- De Paillerets, Maria Calatayud, Caroline Dehais, Erwan De Mones, Atanaska Elenkova, Philippe Herman, Peter Kamenický, Sophie Lejeune, Jean Louis Sadoul, Anne Barlier, Stephane Richard, Judith Favier, Nelly Burnichon, Betty Gardie, Patricia Dahia, Mercedes Robledo, Anne-Paule Gimenez-Roqueplo.
09:00 - 12:00 Dérégulation transcriptionnelle par disruption d’un élément régulateur : caractérisation d’une délétion non codante proche du gène SLC20A2 et proposition d’une stratégie d'étude de ces évènements. Kevin CASSINARI (AHU) (Rouen)
Kévin Cassinari, Anne Rovelet-Lecrux, Sandrine Tury, Olivier Quenez, Anne-Claire Richard, Camille Charbonnier, Anne Boland, Jean-François Deleuze, Jean-François Besancenot, Dorothée Pouliquen, François Lecoquierre, Pascal Chambon, Christel Thauvin-Robinet, Dominique Campion, Didier Hannequin, Thierry Frebourg, Jean-Luc Battini, Gaël Nicolas
11:40 - 12:00 TABLE RONDE DISCUSSION AVEC LES ORATEURS.
12:00 - 12:00 CONCLUSION.
Salle Descartes

Mardi 21 janvier

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D11
09:00 - 12:00

WORKSHOP Déficience Intellectuelle

09:00 - 12:00
Informations diverses
Rubrique nouveaux gènes - Quentin Thomas, Antonio Vitobello, Dijon

Mises au point sur nouveaux outils ; veille bibliographique
1- Analyse de gènes difficiles-Part 2 : SHANK3 (S Lumbroso, Kevin Mouzat (Montpellier/Nîmes)
2- DI liée aux mutations du gène ARX – clinique et fonctionnelle (Aurore Curie, Lyon et Gaëlle Friocourt, Brest)
3- Contrôle inter-laboratoire 2019 : bilan (Thomas Smol, Lille)

Discussion clinico-biologique autour de variations d’interprétation difficile
AVPR2 (Solène Conrad et Benjamin Cogné, Nantes)
MED12 (Mélanie Fradin, Laurent Pasquier, Christèle Dubourg Rennes ; Amélie Piton, Strasbourg)
MN1 (Gwenaël Le Guyader, Frédéric Bilan, Poitiers ; Benjamin Cogné, Nantes)
MAST1 (Laurent Pasquier, Christèle Dubourg Rennes)
SETD5 (Amélie Piton, Yves Alembik, Strasbourg)

Présentation des actualités du réseau
Salle 1

Mardi 21 janvier

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E11
09:00 - 12:30

AnDDI-Rares Outre-mer

Salle 2
12:30 TEMPS LIBRE POUR DEJEUNER
14:00

Mardi 21 janvier

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A13
14:00 - 14:15

OUVERTURE DU CONGRES

Auditorium François 1er
14:15

Mardi 21 janvier

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A14
14:15 - 16:15

CONFERENCE PLENIERE 1
Mécanisme des maladies génétiques

Modérateurs : Stanislas LYONNET (PARIS), Marie-Laure WINTER (Tours)
14:15 - 16:15 Relecture de la pénétrance en oncogénétique : le paradigme de TP53. Thierry FREBOURG (ROUEN)
14:15 - 16:15 Potentiel pathogène des éléments mobiles du génome humain. Nicolas CHATRON (PHC) (LYON)
14:15 - 16:15 ARN non codants et pathologies humaines. Jérôme CAVAILLE (Toulouse)
14:15 - 16:15 Signatures épigénétiques dans les anomalies du développement : des profils de méthylation spécifiques comme aide au diagnostic. Bekim SADIKOVIC (London, CANADA)
Auditorium François 1er
16:15 PAUSE CAFE
16:45

Mardi 21 janvier

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A16
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 01
DPN, DPI, DPNI et Reproduction

Modérateurs : Noémie CELTON (biologiste) (tours), Martine DOCO-FENZY (PU-PH) (REIMS)
16:45 - 17:00 #20289 - CS001 Vingt ans de diagnostic préimplantatoire (DPI) à Strasbourg.
CS001 Vingt ans de diagnostic préimplantatoire (DPI) à Strasbourg.

Le diagnostic préimplantatoire a été autorisé par la loi de Bioéthique de 1994. Le centre de DPI de Strasbourg fait partie des cinq centres français autorisés et a débuté son activité dès 1999. Accrédité pour le DPI par PCR et par FISH depuis 2018, il est le seul à prendre en charge les couples en cas de risque viral, hépatites et HIV, et réalise la plupart des DPI pour mutation de novo. Notre expertise permet de prendre en charge la quasi-totalité des pathologies retenues par le centre pluridisciplinaire de diagnostic prénatal local.

Nous présentons ici un bilan de vingt ans d’expérience.

Jusqu’en octobre 2019, 2160 dossiers ont été ouverts à Strasbourg : 1471 pour pathologies monogéniques et 689 pour anomalies du caryotype. 15% des dossiers ont été refusés surtout pour des difficultés de mise en œuvre de la FIV, 18% des couples ont abandonné leur demande. Nous avons développé des tests par PCR pour plus de 120 pathologies monogéniques et mis au point des diagnostics par FISH pour près de 450 couples. Nous recensons 2274 tentatives pour 984 couples, avec une activité annuelle croissante jusqu’en 2016, puis stabilisée autour de 200-230 cycles. Plus de 500 enfants sont nés grâce à notre activité.

Le DPI a bénéficié des évolutions techniques de l’assistance médicale à la procréation. Depuis 2006 la politique de transfert électif d’embryons a permis de limiter le risque de grossesse multiple. Depuis 2012, la vitrification embryonnaire facilite l’organisation du laboratoire et augmente les chances globales de succès puisque le taux moyen de grossesse clinique par transfert est de 31% que les embryons soient frais ou vitrifiés. Le taux de grossesse par transfert reste fortement corrélé à l’âge de la femme au moment de la tentative : 32% avant 38 ans,  25% entre 38 et 40 ans et 10% après 40 ans. La culture embryonnaire prolongée et la biopsie au stade blastocyste permettent désormais de disposer de plus de matériel génétique et de limiter les risques d’erreur de diagnostic.

Les techniques d’analyse à haut débit ont amélioré le diagnostic génétique, ce qui conduit inévitablement à demander un DPI pour certains couples jusqu’alors en errance de diagnostic. Il en résulte une augmentation de demandes pour des pathologies confidentielles nécessitant des mises au point spécifiques et entrainant un allongement des délais de prise en charge. L’amplification préalable du génome entier à partir de plusieurs cellules embryonnaires est alors utile pour simplifier le développement ou pour des DPI complexes.

La communauté internationale migre progressivement vers les techniques d’analyse à haut débit (CGHarray, karyomapping, NGS), difficiles à mettre en œuvre en France du fait du cadre légal, mais qui seraient pourtant incontournables pour assurer une égalité d’accessibilité au DPI dans des délais acceptables, quelle que soit l’indication. Cela nécessiterait au préalable une adaptation de ces techniques ou une modification de la loi, actuellement en cours de révision.

Philippe GOSSET, Claire KASTNER, Emmanuelle KIEFFER, Julia LAUER-ZILLHARDT, Nadia BIHEMI, Sarah DONAT, Nathalie GARDES, Karen LEVESQUEAU, Jean-Christophe NICOD, Laetitia MOSSER, Elodie SCHAAF, Nicolas BECKER, Nathalie RUCH, Isabelle GALLAND, Pascale MIGNOT, Emilie BEAU, Marie-Laure KELLER, Claire Lise MULLER, Olivier PIRRELLO, Catherine RONGIERES, Catherine CELEBI, Isabelle LICHTBLAU, Céline MOUTOU (STRASBOURG)
17:00 - 17:15 #20356 - CS002 Dépistage prénatal non invasif pour les maladies rares : validation d’un test par capture et séquençage haut débit appliqué à la déficience intellectuelle.
CS002 Dépistage prénatal non invasif pour les maladies rares : validation d’un test par capture et séquençage haut débit appliqué à la déficience intellectuelle.

L’accès aux données génétiques fœtales via le plasma maternel permet d’envisager une approche non invasive notamment dans les cas où le risque d’atteinte fœtale est faible. Dans 70 % des cas de déficience intellectuelle, les mutations identifiées sont de novo. Le risque de récurrence est donc faible pour les nouvelles grossesses mais très fréquemment les couples demandent un diagnostic prénatal invasif devant le risque de mosaïque parentale. Pour ces familles, nous avons développé une approche universelle permettant la recherche de la mutation familiale identifiée directement sur le plasma de la mère, en réalisant une approche par capture de notre panel des 500 gènes de déficience intellectuelle suivie de séquençage haut débit. La méthode de capture a été adaptée aux faibles quantités d’ADN plasmatique pour obtenir une profondeur moyenne de 500 X et le pipeline bioinformatique a été adapté à la détection de variation en mosaïque faible, la variation recherchée représentant environ 5 % des reads.

Nous avons réalisé une validation de méthode par l’analyse de 18 trios (mère, fœtus, plasma maternel). Les variations, sans lien avec la DI mais spécifiques du fœtus et non présentes chez sa mère, ont été extraites bioinformatiquement ; ces positions ont ensuite été étudiées en terme de profondeur et de nombre reads mutés. Les analyses ont montré que, suite aux adaptations techniques réalisées, la profondeur moyenne obtenue à partir de notre capture de 500 gènes est de 649X. Nous avons également analysé la sensibilité analytique à partir d’un set de 6089 variations fœtales d’origine paternelle, et donc que l’on devait retrouver à faible fraction allélique dans le plasma maternel. La détection a été considérée comme positive à partir d’un read porteur de la variation attendue. Cette sensibilité de détection est de 98,54%. La spécificité analytique a été approchée en tenant compte du bruit de fond de la méthode et est estimée à 99,75 % dans le système analytique utilisé (Nextseq550 et capture Roche).

L’utilisation d’une approche non invasive par capture et analyse en séquençage haut débit est donc tout à fait envisageable dans le cadre de la déficience intellectuelle, pour les familles où une mutation de novo est identifiée. Cette approche permettra de rendre un diagnostic négatif avec une bonne valeur prédictive négative (98,55%), même si celle-ci restera inférieure à un diagnostic prénatal invasif qui permet un diagnostic de certitude. Cette validation de méthode a permis de définir les modalités d’analyse à envisager en routine (vérification préalable de la bonne couverture de la variation sur le cas index avec la capture, analyse en trio père, mère et plasma maternel au moment du prénatal) les contrôles internes à valider pour un rendu diagnostic (quantité d’ADN plasmatique initiale > 15 ng pour éviter l’allèle drop out, fraction fœtale observée > 5 % au moment de l’analyse et couverture observée à la position  de la variation pathogène > 300 X).

Sacha BODENES, Pauline FRANCOIS, Lydia IKHLEF, Claire MIRY, Cecile MAGER, Anne Sophie WEINGERTNER, Fernando GUERRA, Nicolas SANANES, Samuel NICAISE, Vincent ZILLIOX, Jamel CHELLY, Amelie PITON, Jean MULLER, Nicolas MEYER, Romain FAVRE, Bénédicte GERARD (STRASBOURG)
17:15 - 17:30 #20112 - CS003 Intégration du séquençage d'exome dans le diagnostic prénatal des anomalies fœtales en routine : pièges, succès et discussion des bonnes pratiques.
CS003 Intégration du séquençage d'exome dans le diagnostic prénatal des anomalies fœtales en routine : pièges, succès et discussion des bonnes pratiques.

Introduction : Les anomalies structurelles fœtales concernent 2 à 3% des grossesses et sont associées à une forte mortalité et morbidité périnatale. Leurs étiologies génétiques constituent un enjeu diagnostique tant pour la connaissance du pronostic fœtal que pour le conseil génétique parental. Après exclusion des anomalies cytogénétiques fœtales, l’utilisation du séquençage haut débit d’exome dans le cadre du diagnostic prénatal (DPN) apporte un service médical rendu significatif. Le rendement diagnostic variable des études publiées (6-80%) reflète cependant le manque de consensus sur son usage. Nous évaluons l’efficacité du séquençage d’exome fœtal intégré au DPN de routine et discutons les enjeux diagnostiques et éthiques associés.

Méthode : Les couples ont été recrutés de façon prospective entre novembre 2018 et octobre 2019 (11 mois). Les critères d’inclusion étaient la survenue d’une anomalie fœtale (élévation de la clarté nucale isolée ou associée à d’autres anomalies, existence d’une ou plusieurs malformations) et l’absence de diagnostic cytogénétique (caryotype conventionnel et APCA). Une consultation de génétique pré-test et post-test de rendu de résultat étaient proposées aux couples. L’analyse en trio de l’exome fœtal était conduite de façon indépendante par deux spécialistes en génétique médicale et le résultat était discuté en réunion clinico-biologique avant validation. L’analyse des données secondaires actionnable (liste « ACMG ») et portages hétérozygotes sain (liste « Kingsmore ») était proposée aux couples.

Résultat : L’analyse d’exome fœtal a été proposée dans 95 cas et a été conduite chez 20 « trio », parmi lesquelles 17 ont accepté la consultation prétest. Les analyses étaient conduites entre 15 et 24 SA. La médiane du délai de rendu du résultat (hors données secondaires) était de 16,9 jours [7 – 33] après la consultation pré-test. 4 couples ont accepté la consultation post-test. 11 variants ont été identifiés dans autant de trio (55%), parmi lesquels 6 dans les gènes POMT1, RAPSN, KRAS, ACTG2, COL2A1, COL1A1 et CPLANE1 ont été considérés pathogènes (classe ACMG 4 ou 5) et 4 ont été classé variants de signification indéterminée bien que possiblement pathogènes (FAT4, PRRX1, PHF8, MMP13). 10 couples (50%) ont souhaité l’analyse des données secondaires.

Discussion : Le séquençage d’exome fœtal apporte une aide majeure au DPN de routine lorsqu’il est encadré au sein d’une équipe de génétique médicale. Il contribue via le partage des données secondaires au service médicale globale rendu aux patients. Les principales difficultés d’interprétation étaient liées aux phénotypes fœtaux non spécifiques où l’utilisation des critères de classification de l’ACMG doit être adaptée, ainsi qu’au manque de connaissances sur les phénotypes anténataux précoces des pathologies dont le phénotype post natal est bien décrit. Nous proposons un algorithme décisionnel intégrant le séquençage d’exome en DPN de routine permettant de minimiser ces écueils.

Yvan HERENGER (Zürich), Tobias BETHGE, Fabian CHABLAIS, Kim FRICKER, Demian MAYER, Walter BLUM, Franco BOTTINI, Hubert TRABER, Sharareh MOSHIR, Roland SPIEGEL
17:30 - 17:45 #20370 - CS004 Impact de l’identification des gènes impliqués dans l’insuffisance ovarienne primitive sur le conseil génétique et la prise en charge diagnostique et thérapeutique personnalisée des patientes. A propos d’une série de 200 cas.
CS004 Impact de l’identification des gènes impliqués dans l’insuffisance ovarienne primitive sur le conseil génétique et la prise en charge diagnostique et thérapeutique personnalisée des patientes. A propos d’une série de 200 cas.

Introduction : L'insuffisance ovarienne primitive (IOP) affecte ~1% des femmes avant 40 ans et conduit le plus souvent à une infertilité définitive. La plupart des causes sont inconnues mais des causes génétiques croissantes ont été identifiées grâce au séquençage nouvelle génération (NGS).

Patients et méthodes : 200 patientes avec IOP à caryotype 46, XX sans prémutation de FMR1 ont été étudiées dont 145 formes sporadiques et 55 familiales. Nous avons développé un panel NGS ciblé comprenant 70 gènes impliqués dans les IOP. 30 patientes ont eu un séquençage d’exome (WES).

Résultats et discussion: Le panel NGS a retrouvé des variants pathogènes ou probablement pathogènes chez 30% des patientes. Dans 1/3 des cas, il s’agit de gènes de méiose ou de réparation de l’ADN. Le WES a permis de décrire pour la première fois le rôle de deux gènes impliqués dans la réparation d’ADN et l’anémie de Fanconi dans deux formes familiales et consanguines d’IOP isolée sans aucun antécédent de cancer. Nous avons retrouvé une mutation tronquante de MCM8, gène impliqué dans la recombinaison homologue, dans une forme syndromique d’IOP avec tumeurs cutanées bénignes et instabilité chromosomique. Nous avons aussi répliqué l’implication d’autres gènes de cette famille décrits dans un seul ou de rares cas comme SPIDR, PSMC3IP, POF1B, MCM9, ….

Devant des formes d’IOP apparemment isolées, nous avons identifié des mutations de gènes d’IOP syndromiques comme PMM2 et GALT, impliqués dans des maladies métaboliques à révélation néonatale sévère, ou encore FOXL2, responsable du syndrome BPES, sans aucune anomalie ophtalmique.

Un bilan complet avec recherche de comorbidités associées a permis un conseil génétique et thérapeutique adaptés dans la famille.

L’étude génétique a pu également donner des informations sur la persistance d’une réserve ovarienne lorsqu’un défaut moléculaire d’un gène impliqué dans la croissance folliculaire a été identifié (FSHR, BMP15, GDF9, AMH, ESR2, NOBOX, GJA4…).

Une préservation de la fertilité chez la patiente et les porteuses asymptomatiques de la famille est alors nécessaire pour éviter l’atrésie folliculaire rapide au vu des technologies innovantes de maturation folliculaires in vitro en développement.

Conclusion : Notre stratégie NGS optimise le criblage moléculaire de l’IOP avec un rendement de 30% et confirme la grande hétérogénéité génétique de ce syndrome.  L’étude génétique est essentielle pour 1) identifier la cause de l’IOP 2) permettre une prise en charge personnalisée et un conseil génétique adapté 3) détecter et traiter les comorbidités associées ou préserver la fertilité résiduelle en fonction du défaut génétique observé.

 Le nouveau lien existant entre gènes responsables d’IOP et gènes des tumeurs/cancers rend indispensable le diagnostic génétique de toute IOP sans cause connue et modifie profondément la prise en charge de ces patientes et de leur famille. Un suivi à long terme au sein d’une équipe multidisciplinaire est nécessaire.

Abdelkader HEDDAR, Sylvie HIERONIMUS, Thibaud ARMAND, Charlotte ROUGIER, Dominique BECKERS, Mélanie FRADIN, Isabelle CEDRIN-DURNERIN, Elsa LE BOETTE, Dominique ROLAND, Linda AKLOUL, Mathilde DOMIN-BERNHARD, Claire BENETEAU, Hélène LETUR, Laura GUYON, Aurore BRUN, Axelle CAULIEZ, Sandrine PÉROL, Anne GOMPEL, Claire BASILLE, Marie LAMBERT, Aurélia JACQUETTE, Marion GERARD, Stéphanie LEGRAND, Radka STOEVA, Laura BAUDET, Sylvie ROSSIGNOL, Anais FAUCONNIER, Nathalie GUICHOUX, Anne DRUTEL, Céline DROUMAGUET, Anne-Marie GUEDJ, Bertrand ISIDOR, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandrine FRANTZ, Emmanuelle GINGLINGER-FABRE, Aude BRAC, Marie Laure RAFFIN-SANSON, Lionel VAN MALDERGEM, Damien SANLAVILLE, Celia RAVEL, Sylvie ODENT, Jean-Marc AYOUBI, Françoise PARIS, Samir HAMAMAH, Sophie JONARD-CATTEAU, Micheline MISRAHI (LE KREMLIN BICETRE)
17:45 - 18:00 #19859 - CS005 Les mutations de DNAH17 causent une infertilité isolée par asthénospermie par défaut d’une dynéine axonémale spécifique du flagelle des spermatozoïdes.
CS005 Les mutations de DNAH17 causent une infertilité isolée par asthénospermie par défaut d’une dynéine axonémale spécifique du flagelle des spermatozoïdes.

Le cil mobile respiratoire et le flagelle du spermatozoïde partagent une structure axonémale conservée au cours de l’évolution. Des défauts dans leur structure et/ou leur fonction sont associés à la dyskinésie ciliaire primitive (DCP), une maladie génétique caractérisée par des infections chroniques du tractus respiratoire, pour laquelle la plupart des hommes sont infertiles en raison d’une asthénozoospermie.

Parmi les complexes protéiques axonémaux bien décrits, les bras de dynéines externes (BDE), via l’activité ATPasique de leurs chaines lourdes, jouent un rôle majeur dans le battement ciliaire et flagellaire. Cependant, la contribution des différentes chaînes lourdes (type gamma : DNAH5 et DNAH8, et type beta : DNAH9, DNAH11 et DNAH17) est inconnue dans la composition des BDE issus de ces deux organelles.

L’analyse de cinq hommes avec une infertilité isolé, et présentant une perte des BDE dans le flagelle de leurs spermatozoïdes mais pas dans leurs cils respiratoires, nous a permis d’identifier des mutations bi-alléliques pathogènes de DNAH17.

Le phénotype d’infertilité isolé, sans atteinte respiratoire, nous a amené à comparer la composition protéique des BDE dans les axonèmes de cils et de flagelles issus d’individus contrôles. Nous avons montré que DNAH17 et DNAH8, mais pas DNAH5, DNAH9 ou DNAH11, colocalisent avec l’alpha-tubuline le long de l’axonème des spermatozoïdes, tandis que l’image opposée est observée dans les cils respiratoires, expliquant ainsi le phénotype restreint aux spermatozoïdes. Nous avons aussi démontré la perte de fonction associée aux mutations de DNAH17 chez deux sujets sans lien de parenté, par des études d’immunomarquage sur spermatozoïdes (western blot et immunofluorescence). Ces analyses ont montré l’absence de DNAH17 et DNAH8 dans le flagelle des spermatozoides, contrairement à DNAH2 et DNALI1, deux composants des bras internes de dynéines, qui se sont révélés présents.

Pour conclure, cette étude démontre que les mutations de DNAH17 sont responsables d’infertilité masculine isolée, et précise la composition des BDE dans le spermatozoïde humain et le cil respiratoire.

Lucie THOMAS (PARIS), Marjorie WHITFIELD, Emilie BEQUIGNON, Alain SCHMITT, Laurence STOUVENEL, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Philippe DUQUESNOY, Bruno COPIN, Sandra CHANTOT, Florence DASTOT, Catherine FAUCON, Anne Laure BARBOTIN, Anne LOYENS, Jean-Pierre SIFFROI, Jean-François PAPON, Estelle ESCUDIER, Serge AMSELEM, Valérie MITCHELL, Aminata TOURE, Marie LEGENDRE
18:00 - 18:15 #20081 - CS006 Data Outside of Expected Range : Analyse d’une cause spécifique d’échec d’ADNlc et de ses conséquences obstétricales.
CS006 Data Outside of Expected Range : Analyse d’une cause spécifique d’échec d’ADNlc et de ses conséquences obstétricales.

L’analyse du caryotype fœtal est recommandée par amniocentèse en cas de double échec du dépistage de la trisomie 21 basé sur l’ADN foetal dans le sang maternel (ADNlc)(1). Avec la technique VeriSeq d’Illumina, une des causes d’échec est nommée « Data Outside of Expected Range »(DO). Elle correspond à un échec de l’analyse de données dû à une représentation anormale d’une partie du génome sur des chromosomes autres que 21, 18 et 13(2). Le logiciel VeriSeq ne précise pas quelle région chromosomique est concernée. Peu d'anomalies sont mises en évidence par le caryotype foetal et l'issue de la grossesse est le plus souvent normale mais l'identification des anomalies chromosomiques pourrait être utile au suivi obstétrical. Nous avons donc développé un logiciel spécifique à partir de plusieurs publications (3,4) pour préciser, a posteriori, qu’elles étaient les régions chromosomiques concernées. Ce logiciel recherche un déséquilibre du nombre de lectures alignées sur une fenêtre glissante de 50kb par rapport à un jeu de données de référence. Nous présentons 4 cas d’échec DO accompagnés d’anomalies fœtales ou de complications obstétricales pour lesquels des déséquilibres ont été ainsi identifiés. Dans deux cas avec RCIU et prématurité, une trisomie 16 confinée au placenta a été trouvée (5,6). Dans les deux autres cas il existait un syndrome malformatif : une anomalie compatible avec une tétrasomie 9p fœtale correspondant au syndrome polymalformatif constaté (7) et une double trisomie pour les chromosomes 3 et 7 ont été mises en évidence. Si la trisomie 3 est une anomalie rare (8), la trisomie 7 est plus fréquemment découverte en cours de grossesse et parfois associée à une autre trisomie (9). Les deux trisomies peuvent expliquer le signe majeur qui était une microcéphalie. 1. JORF n°0294 du 20 décembre 2018 2.Guide du logiciel VeriSeq NIPT Solution – Illumina. https://support.illumina.com  3. C. Zhao et al., « Detection of Fetal Subchromosomal Abnormalities by Sequencing Circulating Cell-Free DNA from Maternal Plasma », Clin. Chem., vol. 61, no 4, p. 608‑616, avr. 2015.  4. R. Straver, et al, « WISECONDOR: detection of fetal aberrations from shallow sequencing maternal plasma based on a within-sample comparison scheme », Nucleic Acids Res., vol. 42, no 5, p. e31‑e31, mars 2014.  5. Toutain Jet al  (2018) Confined placental mosaicism revisited: Impact on pregnancy characteristics and outcome. PLoS One. 2018; 13(4): e0195905.  6. Grati FR et al. Outcomes in pregnancies with a confined placental mosaicism and implications for prenatal screening using cell-free DNA. Genetics in Medicine (2019) ) 7. S Dhandha,et al. Three Cases of Tetrasomy 9p American Journal of Medical Genetics 2002 113(4):375-80 8. H. Kapaya , et al.  Trisomy 3 confined placental mosaicism: A management dilemma. Journal of Obstetrics and Gynaecology  2012 – 32( 7 ):696-98 9. Y Qi ,et al.The significance of trisomy 7 mosaicism in non invasive prenatal screening. Hum Genemics 201913(1):18

Luc DRUART (PARIS), Laure RAYMOND, Francis ROUSSEAU, Jean François TALY, Sylvie TAPIA, Marc NOUCHY
Auditorium François 1er

Mardi 21 janvier

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B16
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 02
Oncogénétique

Modérateurs : Olivier CARON (Chef du comité de génétique) (VILLEJUIF), Isabelle MORTEMOUSQUE (Praticien Hospitalier) (TOURS)
16:45 - 17:00 #20389 - CS07 Discrimination fonctionnelle, basée sur la tolérance à la méthylation, des variants de signification inconnue des gènes MLH1 et MSH2 : vers une utilisation en clinique pour le diagnostic du syndrome de Lynch.
CS07 Discrimination fonctionnelle, basée sur la tolérance à la méthylation, des variants de signification inconnue des gènes MLH1 et MSH2 : vers une utilisation en clinique pour le diagnostic du syndrome de Lynch.

Le syndrome de Lynch (LS) est la première cause de forme familiale de cancer colorectal. Il est consécutif à des mutations germinales hétérozygotes affectant les gènes du système MMR (MisMatch Repair), MLH1 et MSH2 en priorité. Le diagnostic de LS repose sur la détection par séquençage de variants des gènes MMR dans l’ADN constitutionnel et l’interprétation du caractère pathogène ou bénin de tels variants. Dans 30% des cas environ, le diagnostic de LS ne peut être posé ou exclu formellement (notion de variants de signification inconnue, ou VSI) laissant ainsi les patients dans l’errance thérapeutique. Pour aider au diagnostic, un test fonctionnel simple permettant de discriminer le caractère pathogène ou non de VSI MLH1 et MSH2 a été récemment mis au point au laboratoire (Bouvet et al., Gastroenterology 2019, 157, 421-431).

 Ce test utilise une propriété fonctionnelle connue des cellules MMR-déficientes, à savoir leur tolérance à certaines drogues (i.e. agents méthylants, tolérance à la méthylation). Notre stratégie expérimentale a reposé sur la capacité de variants MLH1 et MSH2 à complémenter la déficience MMR d’une lignée cellulaire en culture. En bref, une restauration de la sensibilité à la méthylation est attendue si le variant transfecté est non pathogène, alors qu’une conservation de la tolérance à la méthylation indique que le variant est délétère. Les tests réalisés avec une large série de VSI à caractériser, et avec des variants contrôles dont le caractère pathogène ou non est connu, seront présentés. Les résultats acquis indiquent la pertinence d’une telle approche méthodologique à visée diagnostique dans le syndrome de Lynch. Ce test devrait être prochainement disponible à l’hôpital de la Pitié Salpêtrière afin d’aider au classement des VSI MLH1 et MSH2 discutés au niveau du réseau national.

Delphine BOUVET, Sahra BODO, Annie MUNIER, Erell GUILLERM, Romane BERTRAND, Paris ELODIE, Patrick BENUSIGLIO, Alex DUVAL, Florence COULET, Martine MULERIS (Paris)
17:00 - 17:15 #20528 - CS08 Mutations TP53 de faible fréquence allélique : peut-on s’affranchir de la biopsie pour différencier une mosaïque d’une hématopoïèse clonale ?
CS08 Mutations TP53 de faible fréquence allélique : peut-on s’affranchir de la biopsie pour différencier une mosaïque d’une hématopoïèse clonale ?

Le diagnostic moléculaire des maladies génétiques s’effectue la plupart du temps par l’analyse de l’ADN extrait de sang total. Le séquençage haut-débit d’un panel de gènes prédisposant aux cancers met régulièrement en évidence des variants avec une faible fréquence allélique (FA), en particulier sur le gène TP53. Ces variants peuvent correspondre à une mosaïque constitutionnelle (MC), responsable d’un phénotype atténué ou refléter la présence d’une Hématopoïèse Clonale de Potentiel Indéterminé (CHIP), en particulier si le patient est âgé ou a été traité par radio-chimiothérapie. Ces variants peuvent avoir un rôle direct dans l’émergence du clone ou être simplement des variants passagers acquis sur d’autres gènes.

Afin d’établir l’origine des variants TP53 à faible FA (n=11 ; 10 à 39%), nous avons combiné une stratégie d’analyse de ces variants en NGS dans le tissu tumoral (n=7, Sanger : n=1), le tissu sain adjacent (n=4, Sanger : n=2) et la fraction myéloïde (n=4). Nous avons réalisé un panel de gènes impliqués dans les hémopathies myéloïdes sur l’ADN extrait des cellules sanguines après un tri cellulaire CD3+/CD3-, afin de discerner le génotype de la fraction myéloïde (CD3-) de celui des lymphocytes T (CD3+). Des analyses sont en cours pour 6 patients.

Dans 3 cas, l’analyse tumorale retrouvait le variant recherché, avec une FA augmentée par rapport au sang : nous avons conclu à une MC. L’analyse du tissu sain retrouvait le variant mais sans augmentation de la FA par rapport au sang. Dans 5 cas, l’absence du variant dans la tumeur orientait vers une CHIP. L’étude des fractions CD3+ et CD3- a permis de montrer que la FA des variants des MC était similaire dans les deux fractions, confirmant l’origine embryonnaire précoce de l’apparition du variant. En revanche, dans les CHIP, ces variants étaient présents dans la fraction myéloïde (CD3-), avec une FA similaire au sang total, et quasiment absents des lymphocytes T, confirmant l’apparition tardive du variant, au cours de l’hématopoïèse. L'analyse en panel de la fraction myéloïde permet également l'identification de variants dans d'autres gènes impliqués en hématologie tel que DNMT3A, confortant le diagnostic.

Ainsi nous avons démontré la possibilité de différencier une MC d’une CHIP par une stratégie combinant l’analyse moléculaire de la tumeur et des fractions CD3+ et CD3-. Le tri sélectif des fractions présente de nombreux avantages comme l’absence de prélèvement invasif de tissu sain et l’accès à de l’ADN de bonne qualité contrairement aux tissus tumoraux fixés. Les CHIP sont fréquentes et non détectables par une numération formule sanguine, or il s’agit d’un facteur de risque de myélodysplasie, particulièrement en post radio-chimiothérapie. Il est donc important d’établir un protocole de confirmation afin d’adapter le conseil génétique et la surveillance de ces patients. Ces travaux montrent l’importance de combiner les activités constitutionnelles avec des analyses tumorales et hématologiques.

Alice FIÉVET (Villejuif), Odile CABARET, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Brigitte BRESSAC DE PAILLERETS, Voreak SUYBENG, Christine BOMBLED, Johny BOMBLED, Jean-Marc LIMACHER, Hélène SCHUSTER, Jean CHIESA, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Gaelle BOUGEARD-DENOYELLE, Thierry FREBOURG, Cyril GELLA, Odile LEOPOLD, Sophie COTTERET, Ludovic LACROIX, Olivier CARON, Christophe MARZAC, Etienne ROULEAU
17:15 - 17:30 #20133 - CS09 Challenges, limites et apport du WES en oncogénétique constitutionnelle.
CS09 Challenges, limites et apport du WES en oncogénétique constitutionnelle.

Comme l’illustre le différentiel entre le nombre d’articles rapportant l’identification, par séquençage d’exomes (WES), de gènes impliqués dans les formes héréditaires de cancer et les anomalies du développement, le WES a en oncogénétique constitutionnelle une valeur additionnelle limitée. Nous rapportons ici notre expérience. Nous avons dans un premier temps évalué l’apport du WES dans les cancers de l’adulte jeune, sans altération détectable dans les gènes analysés au titre du diagnostic et avons étudié, comme paradigme, le cancer colorectal (CCR). Le WES a été réalisé chez 93 patients atteints de CCR avant 32 ans, de présentation sporadique pour la plupart. L’analyse a été focalisée sur un panel de 296 gènes impliqués dans l’oncogenèse constitutionnelle ou somatique et/ou dans la réparation de l’ADN. Nous n’avons retenu que les variants rares (fréquence allélique < 1 %), perte de fonction (LOF) ou faux-sens prédits délétères. Parmi les 221 variants identifiés, nous n’avons identifié que 4 variants LOF dans les gènes BRCA2, FANCA et FANCD2 impliqués dans la voie ICL (Interstrand crosslinks). En l’absence de causalité évidente, nous avons analysé pour rechercher un enrichissement par rapport à une population contrôle les 296 gènes chez 567 témoins FREX (French Exome Project). L’analyse statistique, réalisée avec le Burden test (SeqMeta), a mis en évidence pour les variants rares de fréquence allélique < 0.1% de la voie ICL, un odds ratio de 5,9 mais le p (0.01) était bien supérieur au p significatif, après correction de Bonferroni sur l’exome ou les 296 gènes (2,5x10-6 et 1,7x10-4). Chez les patients atteints de CCR avec variations des gènes de la voie ICL, des variations d’autres gènes de réparation ont été identifiées, suggérant un oligogénisme. Nous avons alors opté pour une stratégie rapide de WES plus sélective, en nous focalisant sur des phénotypes extrêmes de cancer sans étiologie génétique établie: (i) forme néonatale ou cancer « de l’adulte » chez l’enfant ; (ii) cancers primitifs multiples avant 31 ans ; (iii) association à des éléments syndromiques ou (iv) tumeurs très rares. Les scripts de filtration incluent la localisation (-20 /+6  par rapport aux exons), un GQ score > 89, une fréquence allélique < 1% et la localisation des variants dans 141 gènes clefs de l’oncogenèse. Leur analyse intègre ClinVar, OMIM, leur type (LOF ou faux-sens prédits délétères) et la confrontation au phénotype après RCP et nouveau bilan clinique et para-clinique, si nécessaire. Cette stratégie a déjà permis d’élargir le phénotype associé à des variants touchant des gènes OMIM et révélé que des phénotypes complexes pouvaient résulter de la combinaison de plusieurs variants délétères. Ces travaux montrent qu’en oncogénétique, le WES constitutionnel a sans doute un intérêt limité chez les patients adultes présentant un cancer précoce, mais qu’il doit être intégré à la pratique diagnostique pour des cas très sélectionnés  sur l’âge et le phénotype associé.

Isabelle TOURNIER (ROUEN), Maud BLANLUET, Edwige KASPER, Françoise CHARBONNIER, Camille LE CLEZIO, Celine DERAMBURE, Sophie COUTANT, Jacqueline BOU, Maud BRANCHAUD, Alice GOLDENBERG, Jean-François DELEUZE, Anne BOLAND, Emmanuelle GENIN, Gaelle BOUGEARD-DENOYELLE, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Claude HOUDAYER, Thierry FREBOURG
17:30 - 17:15 #20283 - CS10 Approche combinatoire pour le classement des variants des gènes BRCA1 et BRCA2.
CS10 Approche combinatoire pour le classement des variants des gènes BRCA1 et BRCA2.

A l’heure du séquençage de masse et de l’abondance de données, se pose encore plus la question de l’interprétation des variants de signification inconnue. Bien que différents outils in silico, basés sur la conservation, les différences physico-chimiques des acides aminés ou bien l’épissage, existent, aujourd’hui, ils ne permettent pas de classer correctement et avec confiance des variants pour une utilisation en diagnostic. Afin de répondre à cette problématique des variants, nous développons différents outils pour essayer d’y répondre. En France, nous avons l’avantage de travailler en réseau notamment pour les cancers héréditaires dans le cadre du Groupe Génétique et Cancer : http://www.unicancer.fr/recherche/les-groupes-recherche/groupe-genetique-et-cancer-ggc, ce qui nous a permis de mettre en place des bases de données, notamment pour les gènes BRCA1/2 depuis 1995 (Caputo et al., 2012) (Présentation de Laurent Castera). L’exploitation de ces bases de données permet d’adopter une stratégie optimisée pour le classement de ces variants de signification inconnue. Aujourd’hui, l’étude des conséquences des variations nucléotidiques nécessite donc la combinaison de différentes approches (co-ségrégation, co-occurrence avec une mutation délétère, histoire familiale, stabilité et qualité de l’ARN messager, conservation des acides aminés, impact structurale de la mutation, études fonctionnelles, perte de l’hétérozygotie dans les tumeurs (LOH)) et l’utilisation des modèles de risque multifactoriels (Rouleau et al., 2010; Houdayer et al., 2012; Dos Santos et al., 2017; Caputo et al., 2018; Leman et al., 2018; Petitalot et al., 2018). Nous avons donc adopté une approche combinatoire pour répondre à la question des variants de signification inconnue des gènes BRCA1 et BRCA2.

Sandrine CAPUTO (PARIS), Nadia BOUTRY-KRYZA, Laurent CASTERA, Marine GUILLAUD-BATAILLE, Mélanie LEONE, Audrey REMENIERAS, Françoise REVILLION, Etienne ROULEAU, Noémie BASSET, Claude HOUDAYER, Catherine NOGUES, Dominique STOPPA-LYONNET, Genetic Group Splice UNICANCER, Genetic Group UNICANCER, Genetic Group Interpretation UNICANCER
17:45 - 18:00 #19900 - CS11 Évaluation de l’incidence des lésions coliques chez les patients âgés de moins de 50 ans suivis pour un Syndrome de Lynch au sein du réseau PRED-IdF.
CS11 Évaluation de l’incidence des lésions coliques chez les patients âgés de moins de 50 ans suivis pour un Syndrome de Lynch au sein du réseau PRED-IdF.

Introduction :
Le Syndrome de Lynch est responsable d’environ 3% des cancers colorectaux (CCR). Il est lié à la mutation d’un des gènes du système de réparation des mésappariements de l’ADN :MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, et EPCAM. Le risque cumulé de CCR diffère selon la mutation, avec un risque moindre chez les patients MSH6. Il existe peu de données concernant la survenue des lésions coliques selon les différentes mutations à un âge jeune. L’objectif de cette étude était de déterminer l’incidence des lésions coliques chez les patients suivis pour syndrome de Lynch âgés de moins de 50 ans.

Patients et Méthode :
Il ‘agit d’une étude rétro-prospective, multicentrique, réalisée au sein du réseau PRED-IdF. Ont été inclus les patients avec une mutation identifiée ayant réalisé au moins une coloscopie avant l’âge de 50 ans. Le critère de jugement principal était l’incidence des lésions coliques : adénomes, adénomes festonnés, et CCR. Les données cliniques, endoscopiques et histologiques ont été collectées.

Résultats :
708 patients (âge médian : 35 [15-50] ans; sexe ratio : 0,7, durée médiane de suivi 55 [0-340] mois) ont été inclus, les données de 2429 coloscopies analysées. La répartition des mutations était la suivante : MLH1 : 237 (33,5%), MSH2 : 323 (45,6%), MSH6 : 108 (15,3%), PMS2 : 30 (4,2%) et EPCAM : 10 (1,4%). 375 (53,0%) patients ont présenté au moins une lésion colique, 268 (37,9%) au moins un adénome, 47 (6,6%) au moins un adénome festonné et 162 (22,9%) au moins un CCR. L’incidence cumulée des lésions coliques était respectivement de 57,0% ; 51,7 % ; 48,1% ; 50,0% ; 60,0% pour les mutations MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM. L’âge médian de survenue d’une lésion colique était respectivement de 37 [19-58], 37 [16-60], 40 [27-53], 38 [29-46] et 35 [26-42] ans pour chacune des mutations. Pour les mutations MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2, 58 (43%) %, 73 (44%), 13 (25%), 3 (20%) des lésions coliques ont été détectées avant 35 ans, p=0,184. Chez les patients MSH6, l'âge de survenue de la première lésion colique était significativement plus élevé que pour les autres mutations (p=0,031) (Figure 1). Chez ces patients, la répartition des lésions coliques avant l’âge de 35 ans était la suivante: 7 adénomes dont 1 avancé, 1 adénome festonné et 5 CCR.  L’âge HR : 1,038 [IC 95  : 1,026-1,116], le sexe masculin HR : 1,460 [IC 95 : 1,017-1,061], et le tabac HR : 1,672 [IC 95  : 1,252-2,233] étaient des facteurs de risque indépendants de survenue de lésion colique.

Conclusion :
Dans cette étude réalisée au sein de la plus importante cohorte Française de patients suivis pour syndrome de Lynch, nous avons confirmé que la mutation MSH6 était associée au développement de lésion colique à un âge plus tardif. Cependant, nos résultats vont à l’encontre des recommandations Européennes qui préconisent un dépistage colique à partir de l’âge de 35 ans. Chez ces patients, l’établissement d’un score de survenue de lésion colique pourrait permettre de proposer un dépistage personnalisé.

Elise COFFIN (Paris), Céline LEKAL, Enrique PEREZ, Elia SAMAHA, Jeanne NETTER-COTI, Chrystelle COLAS, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Jérome BELLANGER, Veronica CUSIN, David MALKA, Yann PARC, Xavier DRAY, Robert BENAMOUZIG, Gabriel RAHMI, Stanislas CHAUSSADE, Pierre LAURENT PUIG, Guillaume PERROD, Christophe CELLIER
18:00 - 18:15 #19971 - CS12 Performance des scores de risque polygéniques pour le cancer du sein chez les femmes à haut risque porteuses et non porteuses d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2.
CS12 Performance des scores de risque polygéniques pour le cancer du sein chez les femmes à haut risque porteuses et non porteuses d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2.

Les études pangénomiques menées par le Breast Cancer Association Consortium (BCAC) ont identifié des SNPs situés dans environ 170 régions du génome associés au risque de cancer du sein (CS). L’effet de ces SNPs est faible – au plus associé à des risques relatifs de l’ordre de 1,2 – mais leur effet combiné exprimé en score de risque polygénique (PRS) améliore sensiblement le pouvoir prédictif des modèles développés en population générale. Une partie de ces SNPs modifie aussi le risque de CS des femmes portant une mutation de BRCA1 ou BRCA2 (BRCA1/2). Cependant, le pouvoir prédictif des PRS construits à partir de données internationales hétérogènes, sur des populations à risque élevé de cancer, qu’elles soient porteuses ou non porteuses d’une mutation de BRCA1/2, est à démontrer.

Notre objectif est d’évaluer la performance des PRS publiés (Michailidou et al. 2017, Milne et al. 2017, Mavaddat et al. 2019) dans une population spécifique de femmes vivant en France, ayant eu recours à une consultation d’oncogénétique et ayant bénéficié d’un test génétique BRCA1/2.

Nos travaux s’appuient sur les données de trois études : GEMO, qui inclut des porteuses d’une mutation de BRCA1/2, atteintes et non atteintes de cancer, GENESIS, qui inclut des femmes atteintes de CS, non porteuses d’une mutation BRCA1/2 et ayant une sœur également atteinte de CS ainsi que des témoins de population, et CECILE, une étude cas-témoins menée en population générale. Au total, 6271 femmes ont été génotypées avec la puce iCOGS (Illumina) ciblant plus de 220 000 SNPs (1700 porteuses BRCA1/2 de GEMO, 2553 femmes de GENESIS et 2018 femmes de CECILE). Les SNPs des PRS non génotypés ont été imputés avec le logiciel IMPUTE2 en utilisant le panel de référence de 1000Genomes. La performance de deux PRS publiés, construits respectivement à partir de 179 SNPs et 313 SNPs et des Odds Ratio (OR) estimés à partir des données de BCAC sera évaluée dans GEMO et GENESIS. 

Bien que CECILE ait contribué à la découverte des 170 régions et donc à la construction des PRS publiés, leur performance y sera testée pour vérifier leur pouvoir prédictif sur une population générale plus homogène. Les données de génotypage de CECILE serviront également à ré-estimer les ORs associés aux 179 et 313 SNPs.  Le génotypage de 2500 participantes supplémentaires de GEMO et de la totalité de l’étude CECILE est en cours avec la puce OncoArray (Illumina) ciblant environ 530 000 SNPs. Les nouvelles données génotypiques de CECILE permettront de rechercher de nouveaux SNPs associés au CS et d’évaluer si des PRS spécifiques permettent de mieux discriminer les populations de GEMO et GENESIS.

Ces travaux permettront d’évaluer la pertinence de tester un même PRS ou des PRS spécifiques dans des populations différentes quant à leur risque a priori de développer un CS. Ils permettront d’avoir de meilleures estimations individuelles des risques de cancer et ainsi d’améliorer la prise en charge des femmes à risque.

Yue JIAO, Juliette COIGNARD, Mojgan KARIMI, Christine LONJOU, Séverine EON-MARCHAIS, Marie-Gabrielle DONDON, Noura MEBIROUK, Dorothée LE GAL, Juana BEAUVALLET, Edith LE FLOCH, Claire DANDINE-ROULLAND, Anne BOLAND-AUGE, Jean-François DELEUZE, Pascal GUÉNEL, Dominique STOPPA-LYONNET, Thérèse TRUONG, Nadine ANDRIEU, Fabienne LESUEUR (PARIS)
Auditorium Ronsard

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C16
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 03
Organes sensoriels et anomalies de la face

Modérateurs : Nicolas CHASSAING (MCU-PH) (TOULOUSE), Laurence JONARD (PH BIOLOGISTE) (PARIS)
16:45 - 17:00 #19786 - CS13 Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4.
CS13 Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4.

Titre: Mutations de POLR1B et anomalies des cellules de la crête neurale dans le syndrome de Treacher Collins de type 4

Objet : Le syndrome de Treacher Collins (STC) est une dysostose mandibulofaciale autosomique dominante rare, dont la prévalence est de 0,2-1/10 000. Le STC est caractérisé par une hypoplasie malaire et mandibulaire bilatérale et symétrique et des variations morphologiques faciales dues à une migration et à une différenciation anormale des cellules de la crête neurale (CCN). A ce jour, 3 gènes ont été identifiés : TCOF1, POLR1C et POLR1D. Malgré un grand nombre de patients avec un diagnostic moléculaire, certains restent sans anomalie génétique connue.

Méthodes : Nous avons effectué le séquençage de l'exome de 4 individus atteints du STC, négatifs pour des variants pathogènes dans les gènes responsables connus. L'effet des variants pathogènes a été étudié chez le zebrafish.

Résultats : Nous avons identifié 3 nouveaux variants pathogènes dans le gène POLR1B. Le knockdown de polr1b chez le zebrafish induit un phénotype crâniofacial anormal imitant le STC, associé à une altération de l'expression de l’ARN ribosomique, à une apoptose cellulaire massive due à une surexpression de p53 dans le neuro-épithélium et à une réduction du nombre de dérivés des CCN.

Conclusion : Les variants pathogènes de la sous-unité POLR1B de l'ARN polymérase I induit une apoptose massive p53-dépendante dans une zone neuro-épithéliale restreinte, modifiant la migration des CCN et provoquant des malformations cranio-squelettiques. Nous identifions POLR1B comme un nouveau gène causal responsable d'un nouveau type de STC (STC4) et établissons un nouveau modèle expérimental chez le zebrafish pour étudier le STC lié à POLR1B.

Elodie SANCHEZ (MONTPELLIER), Béryl LAPLACE-BUILHÉ, Frédéric TRAN MAU-THEM, Eric RICHARD, Alice GOLDENBERG, Tomi L TOLER, Thomas GUIGNARD, Vincent GATINOIS, Marie VINCENT, Catherine BLANCHET, Anne BOLAND, Marie-Thérèse BIHOREAU, Jean-François DELEUZE, Robert OLASO, Walton NEPHI, Hermann-Josef LÜDECKE, Joke Bgm VERHEIJ, Florence MOREAU-LENOIR, Françoise DENOYELLE, Jean-Baptiste RIVIÈRE, Jean-Louis LAPLANCHE, Marcia WILLING, Guillaume CAPTIER, Florence APPARAILLY, Dagmar WIECZOREK, Corinne COLLET, Farida DJOUAD, David GENEVIÈVE
17:00 - 17:15 #20054 - CS14 Etiologie du spectre Oculo-Auriculo-Vertebral : nouveaux gènes candidats identifiés.
CS14 Etiologie du spectre Oculo-Auriculo-Vertebral : nouveaux gènes candidats identifiés.

Le Spectre Oculo-Auriculo-Vertebral (OAVS) ou Syndrome de Goldenhar est une anomalie du développement embryonnaire caractérisée par une microsomie hémifaciale associée à des malformations auriculaires, oculaires et vertébrales. Depuis 10 ans, grâce à des colaborations nationales et internationales, nous avons constitué la plus grande cohorte d’OAVS décrite à ce jour, avec près de 350 patients. Cependant, l’hétérogénéité clinique et génétique de ce spectre avec une pénétrance incomplète et une expressivité variable, rendent son diagnostic moléculaire complexe. Ainsi, nous avons identifié le premier gène associé à l’OAVS, MYT1, avec des variants chez moins de 2 % de nos patients. L’étude d’autres exomes et génomes nous a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats dont le gène ZYG11B, codant pour une protéine associée à l’ubiquitine ligase E2, ayant un rôle dans la dégradation de substrats par le protéasome. Des expériences de knock-down de zyg11 chez le modèle poisson zèbre montrent un effet délétère spécifique sur le développement des cartilages craniofaciaux, ainsi qu’un phénotype d’ondulation de la notochorde proximale pouvant correspondre aux anomalies vertébrales observées dans l’OAVS. Nous avons également mis en évidence une amplification anormale d’alanines dans un autre gène, ZIC3, associée à une microtie unilatérale et microsomie hémifaciale chez 8 garçons d’une grande famille danoise. Ce gène est déjà connu comme étant impliqué dans les hétérotaxies et cardiopathies, et joue un rôle dans la détermination de l’axe gauche-droite. Cette fonction biologique pourrait expliquer le caractère unilatéral des atteintes craniofaciales dans cette famille et dans l’OAVS. Nous avons également identifié un variant faux-sens récurrent dans le gène EYA3 chez deux familles non apparentées. Nous avons aussi induit des anomalies craniofaciales spécifiques chez les embryons de poisson zèbre, après inhibition de l'homologue eya3 par morpholinos, avec un phénotype comparable avec les modèles animaux précédents. Des études protéomiques sur modèles cellulaires mutés sur EYA3 montrent notamment une dérégulation de la voie de réparation à l’ADN, de la voie de phosphorylation oxydative, de la voie de polyubiquitination des protéines ainsi qu’une activation de la voie de l’acide rétinoïque. Une autre approche par des expériences d’exposition toxique in utero d’embryons de souris à l'acide rétinoique, à un stade de développement donné, nous a permis de mettre en évidence d’autres gènes candidats impliqués dans les malformations craniofaciales, dont certains étaient déjà connus comme associés à des phénocopies de l’OAVS. Ces différentes  approches combinant les études multi-omiques et environnementales  sont nécessaires pour décrypter les bases étiologiques de cette maladie complexe.

Caroline ROORYCK THAMBO, Caroline ROORYCK THAMBO (BORDEAUX), Angèle TINGAUD-SEQUEIRA, Aurélien TRIMOUILLE, Marie BERENGUER, Benoit ARVEILER, Sandrine MARLIN, Didier LACOMBE
17:15 - 17:30 #19860 - CS15 Le syndrome TRAF7 à partir d’une série de 41 patients.
CS15 Le syndrome TRAF7 à partir d’une série de 41 patients.

La famille TRAF (Tumor necrosis factor Receptor-Associated Factor) est impliquée dans un large éventail de fonctions biologiques. TRAF7 est le seul de cette famille à posséder des domaines WD40 en C-terminal remplaçant le domaine TRAF. TRAF7 interagit  avec MEKK3 via les domaines WD40, c-Myb et ROBO4, module de nombreuses voies de signalisation dont la voie NF-kB. 

Des mutations faux sens hétérozygotes de novoTRAF7 ont été rapportées chez 7 patients, associant un retard de développement, des malformations congénitales et des particularités morphologiques. Nous avons collecté une série de 41 patients (dont un cas familial) par WES, séquençage direct et une collaboration internationale via GeneMatcher présentant des mutations faux-sens hétérozygotes dans les répétitions WD40. Il s’agit d’un syndrome polymalformatif cliniquement reconnaissable avec déficience intellectuelle de sévérité variable et vieillissement précoce. Le morphotype associe blépharophimosis avec ou sans télécanthus, hypertélorisme et ptosis, dysplasie des oreilles, nez large, microrétrognathie, anomalie de la forme du crâne et du palais, cou court, épaules tombantes, pectus carinatum petite taille et macrocéphalie relative. Les malformations fréquentes sont cardiaques (persistance du canal artériel le plus souvent, malformations septales et valvulaires),  costo-vertébrales (avec risque de scoliose et canal médullaire étroit),  et des extrémités (déviations des doigts et orteils, campto, brachy et syndactylies). Les difficultés alimentaires sont fréquentes ainsi que l’hypoacousie et les anomalies de réfraction. 

 Des mutations somatiques de TRAF7 sont identifiées dans différentes tumeurs en particulier le méningiome. Le regroupement dans le domaine WD40 des mutations germinales et somatiques, exclusivement faux sens et dont certaines sont récurrentes, suggère un gain de fonction ou un effet dominant négatif. L’absence de chevauchement entre les catalogues de mutations germinales et somatiques suggère un effet seuil qui reste à démontrer. Le risque des patients présentant une mutation germinale de développer un méningiome reste à déterminer.  Une étude du transcriptome de fibroblastes de 3 patients et de témoins avec ou sans stimulation par le TNFα a identifié des gènes différentiellement exprimés dans les voies Wnt et Notch, ouvrant des hypothèses physiopathologiques intéressantes. Des modèles animaux sont en cours de développement.

Christopher T GORDON, Jeanne AMIEL (PARIS), Bernardo BLANCO-SANCHEZ, Laura CASTILLA-VALLMANYA, Clémantine DIMARTINO, Christine BOLE-FEYSOT, Patrick NITSCHKÉ, Margo REIJNDERS, Ton VAN ESSEN, Kaja SELMER, Gunnar HOUGE, Helen COX, Helen KINGSTON, Jill CLAYTON-SMITH, Jeffrey INNIS, Wendy CHUNG, Vicki SANDERS, Christel THAUVIN, Laurence FAIVRE, Gaetan LESCA, Damien SANLAVILLE, Katherine CHRISTENSEN, Rachel GANNAWAY, Anna LEHMAN, Luitgard GRAUL-NEUMANN, Christiane ZWEIER, Bernarda LOZIC, Ryan PERETZ, Joanna MEIRA, Anna CEREDA, Thomas SMOL, Anne DIEUX-COËSLIER, Valérie CORMIER-DAIRE, Arnold MUNNICH, Tiong TAN, Stanislas LYONNET, Daniel GRINBERG, Roser URREIZTI
17:30 - 17:45 #19840 - CS16 Les mutations du gène RIMS2 sont responsables d’une maladie de la transmission synaptique rétinienne associée à des troubles autistiques et pancréatiques.
CS16 Les mutations du gène RIMS2 sont responsables d’une maladie de la transmission synaptique rétinienne associée à des troubles autistiques et pancréatiques.

Introduction. La transmission de l’information visuelle des photorécepteurs aux cellules ganglionnaires du nerf optique implique une variété de neurones intermédiaires, parmi lesquels les cellules bipolaires. Les anomalies de transmission pré- et post-synaptique entre photorécepteurs et bipolaires sont à l’origine des cécités nocturnes congénitales stationnaires (CSNB). Cette terminologie est toutefois mieux adaptée aux maladies post-synaptiques, les atteintes pré-synaptiques étant volontiers caractérisées par un nystagmus congénital et une photophobie, sans cécité nocturne. Cette dernière présentation connue sous le nom de cone-rod synaptic disorder (CRSD) rappelle celle de l’amaurose congénitale de Leber (ACL), la dystrophie rétinienne la plus sévère et précoce et une cause majeure de cécité de l’enfant. L'électrorétinographie est déterminante pour l'établissement du diagnostic différentiel mais cet examen peut être difficile à réaliser chez le jeune enfant. Ici, nous rapportons, (i) l’identification de mutations récessives du gène RIMS2 codant une protéine pré-synaptique non encore associée à une maladie humaine dans trois familles adressées initialement pour ACL et (ii) le redressement diagnostic en CSRD avec trouble du spectre autistique et insulinopathie.

Matériel et méthodes. Un WES a été réalisé en trio pour un cas sporadique né de parents non consanguins et deux familles multiplexes et consanguines. Les patients (n = 6; 1 ≤ âge ≤ 32 ans) ont été réexaminés à l’issue de l’étude moléculaire sur le plan  ophtalmologique, neurologique et métabolique.

Résultats: L'analyse des données du WES a permis d'identifier des mutations perte de fonction dans le gène RIMS2 à l’état hétérozygote composite (p.Arg962* et c.4363+1G>A, p?) pour le cas sporadique, et à l’état homozygote (p.Trp1042* et p.Arg1170*) dans les familles consanguines. RIMS2 régule l'exocytose à la membrane synaptique des photorécepteurs et du cortex cérébral ainsi que la sécrétion d'insuline par les cellules béta du pancréas où nous avons détecté la protéine par immuno-marquage. L’examen clinique des patients dirigé par le patron d’expression de RIMS2 a révélé des tracés électrorétinographiques compatibles avec le diagnostic de CRSD (5/5 examinés), des troubles du spectre autistique ou une déficience intellectuelle (4/5 examinés) et une homéostasie du glucose anormale (1/3 examinés, patient le plus âgé de la cohorte : 32 ans).

Discussion: L’identification de mutations du gène RIMS2 a non seulement permis de redresser le diagnostic ophtalmologique mais aussi de décrire une nouvelle entité clinique, distincte des CSNB purement rétiniennes sous-tendues par des mutations affectant  la synapse des photorécepteurs, caractérisée par une atteinte rétinienne invalidante mais non dégénérative avec troubles neuropsychologiques et anomalie de l’homéostasie du glucose.

Sabrina MÉCHAUSSIER, Basamat ALMOALLEM, Kristof VAN SCHIL, Jo VAN DORPE, Michel POLAK, Nathalie BODDAERT, Nadia BAHI-BUISSON, Alexandra MOUALLEM-BEZIERE, Olivier PELLÉ, Christina ZEITZ, Isabelle AUDO, Josseline KAPLAN, Jean-Michel ROZET, Elfride DE BAERE, Isabelle PERRAULT (PARIS)
17:45 - 18:00 #19928 - CS17 Identification de deux nouveaux gènes d’albinisme.
CS17 Identification de deux nouveaux gènes d’albinisme.

L’albinisme est un trouble de pigmentation généralisé caractérisé par une importante hétérogénéité clinique et génétique. Cette affection associe des anomalies ophtalmologiques, véritable source de handicap, à divers degrés d’hypopigmentation cutanéo-phanérienne et parfois des atteintes hématologiques, digestives ou respiratoires dans les formes syndromiques que sont les syndromes d’Hermansky-Pudlak(HPS) et le syndrome de Chediak-Higashi (1).

A ce jour 19 gènes sont connus comme responsables de formes isolées ou syndromiques d’albinisme, dont la plupart sont autosomiques récessives à l’exception de l’albinisme oculaire lié à l’X. Au laboratoire de génétique du CHU de Bordeaux, nous étudions ces 19 gènes ainsi que quelques diagnostics différentiels par un panel de séquençage haut-débit, parfois complété par une recherche de remaniements par CGH Array ciblée. Plus de 1600 patients ont été analysés à ce jour. Après étude complète des 19 gènes connus comme responsables d’albinisme, environ 25% des patients restent sans diagnostic moléculaire (2). Afin de rechercher de nouveaux gènes, nous avons développé et testé un panel de 129 gènes candidats chez 230 patients négatifs.  Ceci a permis de mettre en évidence des variants délétères dans deux gènes. Le premier, DCT ou TYRP2 est suspecté de longue date du fait de sa collaboration à la synthèse de la mélanine avec TYR et TYRP1, gènes connus d’albinisme (OCA1 et 3, respectivement). Nous décrivons 2 patientes présentant un albinisme cutané modéré avec atteinte ophtalmologique caractéristique. Une patiente est homozygote pour un variant faux sens et l’autre hétérozygote composite pour un variant faux sens et une délétion frameshift. Les variants faux sens ont été induits chez la souris par CrispR-Cas9, reproduisant l’hypopigmentation modérée. Un modèle poisson zèbre a aussi été produit. Nous rapportons également une patiente porteuse d’une délétion intragénique homozygote du gène BLOC1S5. Ce gène code une des sous-unités du complexe BLOC-1 qui en compte huit et dont 3 sont déjà associées aux formes d’HPS 7, 8 et 9. Cette patiente présente un phénotype d’albinisme modéré et des signes de diathèse hémorragique, lié à un déficit d’agrégation plaquettaire par défaut en granules denses. Des analyses in vitro sur modèles cellulaires ont confirmé la pathogénicité de cette délétion homozygote de BLOC1S5. Nous avons donc découverts deux nouveaux gènes d’albinisme, pour une forme oculocutanée et pour une forme syndromique (HPS), toutes deux apparemment modérées.

1.Arveiler B, Lasseaux E, Morice-Picard F. Clinical and genetic aspects of albinism. Presse Medicale Paris Fr 2017;46(7-8 Pt 1):648‑54.

2.Lasseaux E, Plaisant C, Michaud V, Pennamen P, Trimouille A, Gaston L, et al. Molecular characterization of a series of 990 index patients with albinism. Pigment Cell Melanoma Res. 2018;31(4):466‑74.

Perrine PENNAMEN (Bordeaux), Angela TINGAUD-SEQUEIRA, Eulalie LASSEAUX, Souad GHERBI HALEM, Josseline KAPLAN, Sandrine MARLIN, Ivet GAZOVA, Margaret KEIGHREN, Mathieu FIORE, Anne BAUTERS, Bruno DELOBEL, Linh LE, Claudio PLAISANT, Vincent MICHAUD, Sophie JAVERZAT, Cedric DELEVOYE, Michael MARKS, Ian JACKSON, Benoit ARVEILER
18:00 - 18:15 #19918 - CS18 Epidémiologie génétique des neuropathies auditives.
CS18 Epidémiologie génétique des neuropathies auditives.

Justification du projet : Les neuropathies auditives (NA) représentent 5 à 10% des déficits auditifs de l’enfant. Elles peuvent être isolées ou syndromiques. Les NA se caractérisent par une série de résultats paradoxaux lors des investigations audiologiques qui la distinguent des atteintes cochléaires habituelles. Les performances en audiométrie vocale sont typiquement moins bonnes que celles attendues. Effectivement, l’audiométrie tonale peut varier d’une audition normale à un déficit profond, alors que la compréhension de la parole est très perturbée. On dit donc qu’il existe une discordance entre l’audiométrie tonale et l’audiométrie vocale. Une dizaine de gènes responsables des NA isolées ou syndromiques ont été identifiés à ce jour. Les patients atteints de neuropathie auditive n’ont que rarement un diagnostic génétique établi, il est donc difficile d’adapter leur prise en charge et de donner un pronostic évolutif de leur maladie.

Objectif : L’objectif de cette étude était de rechercher une cause génétique en séquençant l’ADN d’une série de patients présentant une neuropathie auditive avec un panel de 216 gènes connus de surdité. L’objectif secondaire était d’établir des relations génotypes-phénotypes afin d’améliorer la prise en charge et le suivi des patients.

Matériel et méthodes : Inclusion de patients présentant une neuropathie auditive isolée ou syndromique recrutés au sein du Centre de Référence des Surdités Génétiques coordonné par le Dr S. Marlin (Hôpital Necker, Institut Imagine, INSERM). Tous les patients avaient déjà bénéficié d’une consultation génétique clinique et d’un prélèvement sanguin à visée diagnostique (consentements des parents obtenus selon les règles législatives). Pour tous les patients un panel des 216 gènes impliqués dans les surdités a été séquencé par une méthode NGS Capture (Next Generation Sequencing). Les patients pour lesquels une cause génétique a pu être déterminée, ont été analysés du point de vue clinique afin d’établir une corrélation génotype-phénotype.

Résultats : Trente-sept patients non-apparentés ont été séquencés en NGS Capture. Seize patients ont eu un diagnostic pour leur NA (43%). Pour cinq patients, un gène responsable de surdité (mais non connu pour être impliqué dans les NA) est suspecté et 16 patients n’ont pas été résolus. Le gène OTOF était impliqué dans 27%, les gènes DIAPH3, ATP1A3 et FDXR étaient chacun impliqués dans 5 % de notre cohorte.

Conclusion : Sur les gènes connus de neuropathie auditive, 4 ont été retrouvés mutés dans notre population, avec majoritairement des mutations du gène OTOF. De nombreux gènes impliqués dans les neuropathies auditives sont surement encore à découvrir, et des séquençages d’exome pourront être proposés aux cas non résolus.

Sophie ACHARD, Sandrine MARLIN, Isabelle ROUILLON, Natalie LOUNDON, Elisa RUBINATO, Isabelle MOSNIER, Laurence JONARD (PARIS)
Salle Descartes

Mardi 21 janvier

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D16
16:45 - 18:15

SESSIONS SIMULTANEES 04
Malformations & Malformations foetales

Modérateurs : Sophie BLESSON (Praticien Hospitalier) (TOURS), Massimiliano ROSSI (Praticien hospitalier) (LYON)
16:45 - 17:00 #19816 - CS19 Etude de l’hétérogénéité clinique du syndrome MCAP à partir d’une cohorte française de 32 patients.
CS19 Etude de l’hétérogénéité clinique du syndrome MCAP à partir d’une cohorte française de 32 patients.

Introduction : Le syndrome MCAP (Syndrome mégalencéphalie-malformation capillaire-polymicrogyrie) est une maladie génétique qui résulte d’une variation post-zygotique gain de fonction du gène PIK3CA. Ce syndrome appartient au spectre PROS (PIK3CA-related overgrowth spectrum). Dans la littérature, il n’existe que peu de publications rapportant des séries de patients atteints du syndrome MCAP. L’objectif de cette étude est de mieux définir l’étendue du spectre clinique et leur éventuelle corrélation avec les signes radiologiques, à partir d’une cohorte nationale de patients avec un syndrome MCAP.

Patients et Méthodes : Les cliniciens ayant adressé des patients au laboratoire de biologie pour suspicion de syndrome MCAP, et pour lesquels une mutation PIK3CA en mosaïque a été identifiée, ont été contactés pour leur proposer de participer à cette étude de cohorte. Un appel à collaboration a également été lancé au sein de la filière AnDDI-Rares. Nous avons ainsi pu colliger les informations cliniques, biologiques et radiologiques de 32 patients atteints du syndrome MCAP. Les imageries cérébrales ont été revues par un même neuroradiologue.

Résultats : Dans notre cohorte, nous observons 18 variations différentes dans le gène PIK3CA.  Le taux de mosaïcisme se situe entre 0% et 20% dans le sang, entre 1% et 47% dans la peau et entre 4% et 34% dans la salive. La macrocéphalie est observée à la naissance chez 22/29 patients et au moment du diagnostic chez 30/31 patients. Une hémihypertrophie est retrouvée chez 23/32 patients. Une déficience intellectuelle est retrouvée chez 14/32 patients, de légère à sévère. Quatre patients présentent des troubles d’apprentissage nécessitant une aide scolaire ou la scolarisation en classe d’inclusion scolaire. Parmi les patients restants, 10 patients ont une efficience intellectuelle dans la norme et 4 patients sont trop jeunes pour évaluer leur cognition. Six patients souffrent d’épilepsie. Des malformations cérébrales ont été rapportées chez 20/21 patients : une ventriculomégalie chez 10 patients, une anomalie des amygdales cérébelleuses chez 12 patients, des anomalies du corps calleux chez 11 patients et des anomalies de la substance blanche chez 5 patients. Tous les patients présentent des malformations cutanéo-vasculaires : angiomes plans chez 24 patients, et cutis marmorata chez 14 patients. Une dysplasie du tissu conjonctif est retrouvée chez 23/32 patients à type d’hyperélasticité cutanée chez 12 patients, anomalies du tissu sous-cutané chez 13 patients et hyperlaxité ligamentaire chez 14 patients.

Conclusion : Cette étude confirme le large spectre clinique dans le syndrome MCAP, en particulier dans le neurodéveloppement. A l’aube de l’arrivée d’essais thérapeutiques dans les pathologies liées à PIK3CA, ces informations sont importantes pour mieux décrire l’histoire naturelle de la maladie et les éventuelles corrélations entre l’importance de l’atteinte neuroradiologique et les troubles cognitifs.

Aurore GARDE (Dijon), Laurent GUIBAUD, Alice GOLDENBERG, Florence PETIT, Rodolphe DARD, Juliette MAZEREEUW-HAUTIER, Nicolas CHASSAING, Didier LACOMBE, Fanny MORICE-PICARD, Annick TOUTAIN, Stéphanie ARPIN, Olivia BOCCARA, Renaud TOURAINE, Patricia BLANCHET, Christine COUBES, Marjolaine WILLEMS, Lucie PINSON, Philippe KHAU VAN KIEN, Christine CHIAVERINI, Fabienne GIULIANO, Jean-Luc ALESSANDRI, Michèle MATHIEU-DRAMART, Anne-Claire BURSZTEJN, Elodie GAUTIER, Meriem YOUSFI, Maxime LUU, Marc BARDOU, Arthur SORLIN, Christophe PHILIPPE, Patrick EDERY, Massimiliano ROSSI, Virginie CARMIGNAC, Christel THAUVIN-ROBINET, Pierre VABRES, Laurence FAIVRE
17:00 - 17:15 #19667 - CS20 Caractéristiques phénotypiques du modèle murin du syndrome de Cohen.
CS20 Caractéristiques phénotypiques du modèle murin du syndrome de Cohen.

Le syndrome de Cohen (SC) est une maladie rare de transmission autosomique récessive due à des mutations dans le gène VPS13B. Les patients présentent de nombreuses atteintes cliniques dont les principales sont une dysmorphie faciale typique, une microcéphalie associée à une déficience intellectuelle, une répartition anormale des graisses au niveau du tronc avec un risque de diabète de type II et de maladies cardiovasculaires, une rétinopathie pigmentaire et une neutropénie. Nous avons généré un modèle murin du SC à l’Institut Clinique de la Souris à Strasbourg par le système de recombinaison Cre-LoxP (délétion de l’exon 3/décalage du cadre de lecture/codon STOP prématuré dans l’exon 4). Plusieurs études phénotypiques sont réalisées au laboratoire afin de pouvoir valider la pertinence du modèle murin pour l’étude du SC, permettre de mieux comprendre la physiopathologie du SC, d’approfondir les connaissances sur les fonctions de VPS13B et d’améliorer la prise en charge des patients. Dès les premières semaines de vie, les souris mutantes Vps13bEx3/Ex3 sont facilement identifiables car plus petites et de poids nettement inférieurs que les souris sauvages ou hétérozygotes. Le nombre de souriceaux Vps13bEx3/Ex3 vivants est significativement inférieur à celui attendu, provenant d’une mort embryonnaire à différents stades du développement et d’une mort précoce à la naissance. Différents croisements ont permis de mettre en évidence une infertilité (oligo-astheno-teratozoospermie) des mâles Vps13bEx3/Ex3 (voir Da Costa et al.). La croissance des souris Vps13bEx3/Ex3 est retardée mais reste homogène avec une consommation de nourriture normale. Pour l’étude du métabolisme lipidique et glucidique des patients, les souris viennent d’être placées sous régime High Fat. La prise de poids (masse grasse vs masse maigre par EchoMRI), la prise hydrique, la dépense énergétique, le RER (respiratory exhange ratio) (cage CLAMS), l’apparition d’un diabète de type II (intolérance au glucose, résistance à l’insuline) et l’éventualité du développement d’une stéatose hépatique (existante chez un de nos patients) vont être mesurées. Un projet sur l’atteinte ophtalmologique est en cours et démontre que les souris Vps13bEx3/Ex3 peuvent développer une cataracte naturellement mais également de façon exagérée après une exposition à des intensités lumineuses qui se rapprochent des conditions de vie des patients. Enfin une étude neuro-anatomique et comportementale vient de débuter. Les résultats préliminaires montrent (i) une microcéphalie et une diminution de 25% de l’aire du gyrus denté (2 souris étudiées), et (ii) une anxiété des souris Vps13bEx3/Ex3 par rapport aux souris sauvages (test de l’Open Field). En conclusion, notre modèle murin Vps13bEx3/Ex3 reproduit plusieurs caractéristiques du phénotype humain et va nous permettre de mieux comprendre la pathologie du SC. (Permis APAFIS#8142-20 1 612 1210214682).

Vincent LHUSSIEZ (DIJON), Eléonore LIZÉ, Charlotte MONTILLOT, Stephan COLLINS, Binnaz YALCIN, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE, Romain DA COSTA, Laurence DUPLOMB
17:15 - 17:30 #20022 - CS21 Quand rechercher une RASopathie en anténatal ? Proposition après étude systématique de 260 cas.
CS21 Quand rechercher une RASopathie en anténatal ? Proposition après étude systématique de 260 cas.

Les RASopathies constituent un groupe de pathologies fréquentes diagnostiquées en pré ou post-natal, représentant environ 1/1 000-2500 naissances vivantes. Sur les dernières années, des études ont identifié certains signes échographiques évocateurs de ces pathologies : dysplasie lymphatique (clarté nucale (CN) augmentée, pli nucal (PN) augmenté, hygroma kystique (HK), hydrops, épanchements…); cardiopathie congénitale (dysplasie valvulaire, cardiomyopathie hypertrophique principalement), hydramnios, anomalies rénales. L’objectif de cette étude est de déterminer quels signes sont les plus suggestifs afin de clarifier les indications à rechercher une RASopathie en anténatal.

 

Nous avons réalisé une étude rétrospective de 2012-2018. Nos critères d’inclusion étaient : 1)  cas ayant une présentation prénatale avec signes évocateurs de RASopathies (n=206) ou  une présentation pédiatrique avec suspicion de RASopathie pour lesquels les données anténatales étaient disponibles (n=54); 2) CGH-array normale; 3) analyse moléculaire de gènes impliqués dans les RASopathies réalisée. Cela totalise donc 260 cas. La plupart des patients ont été testés pour 11 gènes de RASopathies : BRAF, HRAS, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, PTPN11, RAF1, SHOC2, SOS1, RIT1, NRAS. Les données prénatales des cas positifs et négatifs ont été comparées. Une analyse stratifiée de certains signes échographiques a également été réalisée.

 

Un variant pathogène ou probablement pathogène a été identifié chez 21% (55/260) des patients, dont 17/141 (12%) des foetus avec HK et CN augmentée. Le taux de détection de variant pathogène était de 40% pour les épanchements pleuraux, 28% pour les hydrops, 28% pour les cardiopathies, et 27% pour les CN augmentées. Ces taux de détection étaient significativement augmentés dans les cas d’HK persistant (16%), de CN>6 mm (23%), et de valvulopathie associée à une cardiomyopathie hypertrophique (100%). Il était également observé un meilleur taux de détection quand l’anomalie échographique était associée à un hydramnios (49%), une anomalie rénale (36%) ou une macrosomie (54%). 45/151 des cas avec 2 signes échographiques ou plus (30%) avaient un diagnostic de RASopathie vs 9% lors de la présence d’un seul signe échographique.

 

Conclusion : après une CGH-array normale, la recherche de RASopathie devrait être considérée en anténatal lorsqu’un signe de dysplasie lymphatique ou une cardiopathie congénitale suggestive est retrouvée, seule OU associée. Un polyhydramnios, des anomalies rénales, la macrosomie, sont fréquents, significativement associés à des signes évocateurs de RASopathie. Seuls des anomalies échographiques sévères sont associées à un devenir post-natal défavorable de RASopathie.

Alexandra SCOTT, Marie-Ange DELRUE (Montréal, Canada), Anne-Marie LABERGE
17:30 - 17:45 #20195 - CS22 Présentation anténatale du syndrome de Bardet-Biedl: à propos de 47 fœtus.
CS22 Présentation anténatale du syndrome de Bardet-Biedl: à propos de 47 fœtus.

Introduction

Bardet-Biedl syndrome (BBS, MIM# 209900) is an emblematic ciliopathy associating retinal dystrophy, obesity, postaxial polydactyly, learning disabilities and renal dysfunction. Before birth, enlarged/cystic kidneys as well as polydactyly revealed by ultrasound (US) are the usual hints to consider this diagnosis in absence of familial history. However, these symptoms are not specific of BBS, raising the problem of differential diagnoses and prognosis. Molecular diagnosis during pregnancies remains a timely challenge for this heterogeneous disease (24 known BBS genes). We report here a large cohort of BBS fetuses to better characterize antenatal phenotype-genotype correlations and to refine if necessary the molecular diagnostic strategy.

Materials and Methods

Prenatal US and/or autopsic data from 74 interrupted fetuses with putative BBS diagnosis were collected and analyzed.

Results

Using targeted Next Generation Sequencing, we established a molecular diagnostic in 52 cases mainly in BBS genes (47 cases) following the classical gene distribution, but also in other ciliopathy genes (5 cases). Polydactyly (81%, of postaxial localization only) and renal cysts (72%) were the most prevalent symptoms in BBS-mutated fetuses. However, autopsy revealed polydactyly missed by US in 44% of cases. Hydrometrocolpos, evocative of BBS, was found in 3 cases. Ductal plate anomalies, hepatic portal fibrosis, cardiovascular or central nervous system anomalies were rare (6, 4 and 6 cases respectively).

Conclusion

Polydactyly and renal anomalies are confirmed as major prenatal manifestations for BBS. Polydactyly must be carefully controlled in case of apparent isolated renal anomalies. The use of prenatal “fast track” NGS in case of enlarged/cystic kidneys and/or polydactyly has a high utility for diagnosis and prognosis for improved parental information.

Laura MARY, Kirsley CHENNEN, Corinne STOETZEL, Manuela ANTIN, Anne-Sophie LEUVREY, Elsa NOURISSON, Elisabeth ALANIO-DETTON, Maria Cristina ANTAL, Tania ATTIÉ-BITACH, Patrice BOUVAGNET, Raymonde BOUVIER, Annie BUENERD, Alix CLÉMENSON, Louise DEVISME, Bernard GASSER, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Fabien GUIMIOT, Philippe KHAU VAN KIEN, Brigitte LEROY, Philippe LOGET, Jelena MARTINOVIC, Fanny PELLUARD, Marie Josée PEREZ, Florence PETIT, Lucille PINSON, Caroline ROORYCK-THAMBO, Olivier POCH, Hélène DOLLFUS, Elise SCHAEFER, Jean MULLER (Strasbourg)
17:45 - 18:00 #19963 - CS23 Les variants faux-sens localisés dans les domaines de liaison à l’actine de la Plastine 3 sont responsables de hernie diaphragmatique congénitale liée à l’X.
CS23 Les variants faux-sens localisés dans les domaines de liaison à l’actine de la Plastine 3 sont responsables de hernie diaphragmatique congénitale liée à l’X.

La hernie diaphragmatique congénitale (CDH) a une incidence d’environ 1 naissance sur 3000. C’est une anomalie développementale responsable d’une morbi-mortalité élevé et associée à une grande hétérogénéité génétique. Les formes familiales sont rares et seule une fraction des cas sporadiques est expliquée par des anomalies chromosomiques récurrentes ou des variants de novo. Nous rapportons 4 familles où ségrége une CDH liée à l’X sur de multiples générations. Dans ces familles, la CDH est associée de façon variable à des anomalies de la paroi abdominale antérieure et à un hypertélorisme, réalisant une forme syndromique. En combinant analyse de liaison et séquençage de l’exome, nous avons mis en évidence 4 variants faux-sens du gène PLS3. Ce gène code la Plastine 3, une protéine du cytosquelette impliquée dans l’organisation des microfilaments d’actine. Il est exprimé au cours du développement pulmonaire et du diaphragme.

L’haploinsuffisance de PLS3 est responsable d’une forme liée à l’X d’ostéoporose avec fractures (MIM#300910). Nous émettons l’hypothèse que le mécanisme moléculaire impliqué dans la physiopathologie de la CDH est différent. En effet, les variants faux-sens identifiés touchent des résidus conservés au sein des domaines de liaison à l’actine de PLS3. Les prédictions in silico et les tests fonctionnels suggèrent une modification de la liaison à l’actine, responsable d’une désorganisation du cytosquelette. En conclusion, nous décrivons une forme syndromique de hernie diaphragmatique, constituant une nouvelle entité mendélienne liée au gène PLS3.

Florence PETIT (LILLE), Barbara POBER, Robin CLARK, Philip GIAMPIETRO, Hans Hilger ROPERS, Hao HU, Pooja BHAYANI, Matthew DYSART, Maria LOSCERTALES, Anne-Sophie JOURDAIN, Frédéric FRENOIS, Marie-Ange DELRUE, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Louise DEVISME, Boris KEREN, Sylvie MANOUVRIER-HANU, Patricia DONAHOE, Mauro LONGONI
18:00 - 18:15 #20154 - CS24 Identification d'un nouveau gène (PDCL3) et spectre mutationnel du syndrome mégavessie-microcôlon sur une série fœtale.
CS24 Identification d'un nouveau gène (PDCL3) et spectre mutationnel du syndrome mégavessie-microcôlon sur une série fœtale.

Le syndrome de mégavessie microcôlon hypopéristaltisme intestinal (MMIHS) est la cause la plus sévère de mégavessie par myopathie viscérale. Ce syndrome est caractérisé par une distension abdominale secondaire à la présence d'une vessie géante non obstruée, un microcôlon, et une diminution ou absence du péristaltisme intestinal. Le principal gène en cause identifié à ce jour est le gène ACTG2, à transmission autosomique dominante. Plus récemment, des formes récessives de MMIHS impliquant les gènes MYH11, LMOD1, MYLK et MYL9 ont été décrites. L'identification de variations pathogènes dans ces gènes explique environ 80% des cas de MMIHS, et a permis d'identifier un mécanisme physiopathologique commun par défaut de la contraction des cellules musculaires lisses. Afin de définir le spectre mutationnel en prénatal, nous avons étudié neuf familles indépendantes, avec 14 individus (12 fœtus et 2 nouveau-nés) atteints de mégavessie et fortement suspects de MMIHS.

Le séquençage sanger du gène ACTG2 a permis d'identifier la variation pathogène en cause dans cinq de ces familles. L'analyse des données de séquençage haut débit par exome chez les quatre familles restantes nous a permis de retrouver une cause moléculaire pour trois d'entre elle, dans 3 gènes. Dans une famille, nous avons mis en évidence une nouvelle variation non-sens homozygote chez 3 fœtus atteints issus d'un couple apparenté dans le gène MYH11. Dans une deuxième famille, les deux fœtus atteints issus de parents non apparentés présentent la même délétion homozygote de l'exon 4 du gène MYL9 que la seule observation précédemment publiée. Un effet fondateur est possible. Dans la troisième famille, nous n’avons pas identifié de variations pathogènes dans les gènes connus du MMIHS, mais deux variations hétérozygotes composites dans le gène PDCL3, présentes chez deux fœtus atteints c.[143_144del];[380G > A], p.[(Tyr48Ter)]; [Cys127Tyr)]. L'analyse du transcrit réalisée par RT-PCR nous a permis de démontrer l’absence des deux transcrits mutants, entrainant la perte de fonction totale de la phosducin-like 3, protéine se liant au complexe CCT. Ce complexe est notamment connu pour son rôle dans le repliement de l'actine, étape essentielle pour la conformation de l'actine globulaire précédant l'étape de formation des filaments fins d'actine composant le muscle lisse. Dans une famille, la cause moléculaire n’a pu être identifiée par séquençage d’exome.

Au total, nous avons identifié la cause moléculaire dans huit familles sur neuf, cinq fois dans ACTG2 d’hérédité dominante, et trois fois dans un gène récessif permettant d’affiner le conseil génétique aux couples.  Nous avons identifié un gène fortement candidat par sa fonction conforme au mécanisme myogénique mis en évidence jusqu'à ce jour pour les gènes responsables de MMIHS.

Clarisse BILLON (Paris), Arnaud MOLIN, Céline POIRSIER, Alix CLÉMENSON, Coralie DAUGE, Maude GRELET, Julia TORRENTS, Sabine SIGAUDY, Sophie PATRIER, Alice GOLDENBERG, Valérie LAYET, Julia TANTAU, Lucile BOUTAUD, Aude TESSIER, John RENDU, Clémence FLEURY, Cécile MASSON, Christine BÔLE-FEYSOT, Amale ACHAIAA, Leila HAKKAKIAN, Eglantine MAGNIN, Ferechté RAZAVI, Sophie THOMAS, Yves VILLE, Philippe ROTH, Bettina BESSIERES, Fabienne PRIEUR, Maryse BONNIÈRE, Tania ATTIE-BITACH
Salle 1
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Mardi 21 janvier

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