Le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) reposait jusqu’à récemment sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), la recherche du syndrome X-fragile (FRAXA) et l’étude de gènes ciblés. Si l’expertise clinique ne permet pas de cibler l’étude de gènes en particulier, ces différents outils aboutissent à un diagnostic chez seulement 20% des patients sans diagnostic clinique, au prix parfois de nombreux examens biologiques coûteux. La génétique médicale connaît actuellement un véritable bouleversement technologique par le développement du séquençage haut débit (SHD), permettant l’analyse de panels de gènes ciblés et d’exome (ES).

Le PRME DISSEQ a pour objectif d’évaluer l’efficience de différentes stratégies de SHD dans le diagnostic des patients atteints de DI à partir d’une cohorte de 330 patients (205 hommes/127 femmes) et sans investigation génétique antérieure. Trois stratégies sont été réalisées en parallèle à l’aveugle: stratégie classique (ACPA+FRAXA+séquençage de gènes ciblés), stratégie 1 (ACPA+FRAXA+panel DI459 solo) et stratégie 2 (FRAXA+ES solo).

A ce jour, environ un tiers de la cohorte a été analysée. Parmi les 39 résultats positifs (15 CNV, 25 SNV, 1 FRAXA dont 3 double hits), 16 ont été diagnostiqués par la stratégie classique (41%), 34 par la stratégie 1 (87%) et 35 par la stratégie 2 (90%) ; 35 présentaient une variation sporadique, 3 une variation héritée d’un parent, 3 des variations bialléliques et 1 un FRAXA. Seuls 30/41 variations causales (73%) ont été identifiés par la stratégie 1 (FRAXA+ACPA+panel DI459) et la stratégie 2 (FRAXA+ES), soit un taux de discordance de 27% : 5/11 retenus uniquement par la stratégie 2 car le gène causal est absent du panel, et 6/11 retenus uniquement par la stratégie 1 par discordance d’interprétation. Ces discordances étaient principalement liées à une présentation clinique atypique. Par ailleurs, la stratégie 2 a permis d’identifier des variations dans de nouveaux gènes candidats chez 3 patients.

Ces premiers résultats (ensemble des résultats disponible en fin d’année 2019) montrent que les discordances entre le panel et l’ES sont dues à l’absence des gènes causaux dans le panel et à une discordance d’interprétation dans des phénotypes atypiques pour l’ES, mais non par défaut de couverture de l’ES. Ceci conforte l’importance d’une double interprétation. Le panel ne permet pas d’identifier les variations des gènes récemment associés à la DI et montre également des limites pour identifier les CNVs, devant ainsi être couplé à l’ACPA. A l’inverse, l’ES semble efficace pour identifier SNVs et CNVs y compris dans les gènes récemment associés à la DI et dans des nouveaux gènes candidats. Cependant, le grand nombre de données disponibles pour l’ES peut conduire à un défaut d’interprétation des variations. L’approche de séquençage en trio pourrait limiter la non considération de certaines variations dans des gènes connus, non retenues du fait de phénotypes atypiques.

Les variants de gènes responsables de régulation transcriptionnelle sont des contributeurs majeurs aux pathologies neurodéveloppementales. Le complexe Sin3 assure un rôle central dans la désacétylation des histones et la répression transcriptionnelle, par modulation de l’activité de l’HDAC 1/2. Parmi les deux paralogues vertébrés du complexe Sin3, SIN3A et SIN3B, le gène SIN3A est connu pour être responsable de déficience intellectuelle syndromique. Les conséquences cliniques de l’haploinsuffisance de SIN3B n’ont pas été caractérisées à ce jour. Nous décrivons une nouvelle entité associant une déficience intellectuelle, des anomalies morphologiques, ainsi que de façon variable des troubles du spectre autistique, malformations congénitales, et anomalies du corps calleux. Un des patients est également atteint d’autisme isolé. En utilisant les techniques d’analyse chromosomique par puce à ADN ou de séquençage d’exome, et à travers la mise en commun de données lors de collaborations internationales, nous avons identifié chez neuf patients des délétions ou variants nucléotidiques hétérozygotes de SIN3B. Cinq patients sont porteurs de délétions hétérozygotes incluant SIN3B, ayant permis de définir une région minimale d’intérêt de 230 kb en 19p13.11, deux individus ont une substitution non synonyme rare et deux individus une délétion d’un nucléotide à l’origine d’un décalage du cadre de lecture et d’un codon stop. Afin de caractériser in vivo les conséquences de l’ablation de SIN3B et confirmer la pathogénicité des variants non synonymes, nous avons inactivé l’orthologue du gène chez le poisson zèbre par édition génomique et suppression transitoire. Nous montrons chez les larves, après inactivation, une perturbation de l’architecture cranio‑faciale et des anomalies des axones commissuraux, soutenant l’hypothèse d’un rôle essentiel de SIN3B dans la croissance et la formation des structures antérieures. L’absence de restauration du phénotype associé à l’inactivation transitoire lors de l’injection d’ARNm variant nous permet de classer les deux variants non synonymes identifiés comme perte de fonction. Enfin, afin de préciser les conséquences moléculaires des variants de SIN3B, nous avons quantifié les activités des éléments cis‑régulateurs par Chip‑seq. Les profils d’acétylation obtenus sont similaires à ceux mis en évidence en cas d’haploinsuffisance de SIN3A : l’inactivation de SIN3B est associée à l’hyperacétylation d’une fraction de régions régulatrices dans les cellules mononuclées sanguines. En conclusion, nos résultats confirment le rôle crucial du complexe Sin3 dans le développement du système nerveux central et définissent le paysage épigénétique associé à la perturbation de son fonctionnement. Nous démontrons ainsi que l’haploinsuffisance de SIN3B est responsable chez l’Homme de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Contexte : La dégradation des protéines par le protéasome est essentielle à la protéostase des cellules eucaryotes. La rareté des variants pathogènes présents dans la cinquantaine de gènes directement impliqués dans la fonction protéasomale suggère qu’ils exercent une pression de sélection négative en compromettant la viabilité cellulaire. Par contraste avec les maladies auto-inflammatoires récessives induites par des altérations de la particule catalytique 20S du protéasome 26S, nous avons récemment décrit une pathologie neurodéveloppementale, le syndrome Stankiewicz-Isidor (MIM : 617516), causée par des variants de novo de PSMD12, gène de la sous-unité Rpn5 de la particule régulatrice 19S.

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale nous avons recruté 21 individus atteints d’un retard du développement et porteurs de 19 variants probablement pathogènes dans deux autres gènes de la particule régulatrice 19S, PSMC3 et PSMC5. Ces derniers codent pour des ATPases impliquées dans le dépliage et la translocation du substrat à dégrader vers le cœur protéolytique de la particule 20S. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'effet fonctionnel des variants sur l'activité du protéasome 26S et examiné leur impact possible sur les principales voies du neurodéveloppement. Nous avons enfin eu recours à des modèles in vivo murins et de drosophiles pour étudier leurs conséquences sur la fonction neuronale et le comportement.

Résultats : Les 19 variants candidats identifiés chez 21 individus non apparentés se distribuent en : 5 variants de novo dans PSMC3 chez 6 individus et 14 variants (13 de novo, un homozygote) dans PSMC5 chez 15 individus. La majorité des variants est localisée dans le domaine ATPase des deux sous-unités. Les individus porteurs d’un variant dans PSMC3 présentent un retard de développement et des anomalies fréquentes à l'IRM cérébrale ?, ainsi que des anomalies cardiaques et/ou squelettiques, alors que les individus porteurs d’un variant dans PSMC5 présentent majoritairement une déficience intellectuelle et des troubles du comportement. Nous avons observé une altération de la fonction du protéasome caractérisée par une diminution significative de son activité de type chymotrypsine, ainsi que par une accumulation de conjugués d'ubiquitine, une activation de la réponse réponse UPR (unfolded protein response) et une altération de l'activité mTOR.

Conclusion : Ces résultats nous permettent d’élargir la liste des gènes codant pour des sous-unités de la particule protéasomique 19S responsables de troubles du neurodéveloppement. Les altérations des gènes PSMC3 et PSMC5 perturbent les systèmes de dégradation des protéines ainsi que la voie mTOR. Des analyses protéomiques et l’examen de modèle animaux sont en cours et devraient nous permettre d'approfondir nos connaissances sur cette catégorie, de description très récente et en plein évolution, de protéasomopathies neurodéveloppementales.

Le syndrome MEHMO (acronyme pour Mental deficiency with epileptic seizures, hypogonadism and hypogenitalism, microcephaly and obesity) est une forme rare de déficience intellectuelle syndromique liée au chromosome X, causée par des mutations hémizygotes dans le gène EIF2S3. Ce gène code pour la sous-unité γ du complexe trimérique eIF2 qui joue un rôle primordial dans l’initiation de la synthèse protéique. Une mutation récurrente dans le gène EIF2S3 (p.Ile465Serfs*4) entrainant un décalage du cadre de lecture a été identifiée chez des patients sévèrement atteints tandis que les quelques mutations faux-sens rapportées sont plutôt responsables d’un phénotype incomplet de déficience intellectuelle, microcéphalie, retard de croissance et épilepsie. Nous avons identifié une nouvelle mutation faux sens (c.433A > G, p.Met145Val) à l’état hémizygote chez un sujet masculin présentant une déficience intellectuelle légère, microcéphalie et cryptorchidie. Nous avons choisi le poisson-zèbre comme modèle in vivo vertébré pour confirmer la pathogénicité de cette mutation ainsi que de trois autres mutations faux sens décrites dans la littérature. En effet, l’inactivation transitoire du gène eif2s3 orthologue du poisson-zèbre par injection d’oligonucléotides (morpholinos) entrainait un phénotype de microcéphalie partiellement compensé par la co-injection d’ARN humain EIF2S3 sauvage, et non par celle d’ARN muté. La réalisation de différentes lignées mutantes stables par la technique de CRISPR/Cas9 a  complété ces premières expériences et a permis la reproduction de la microcéphalie chez le poisson-zèbre. Des études d’immunofluorescence et d’apoptose au départ de ces différentes lignées ont montré que ce déficit était dû, en partie du moins, à une augmentation de la mort de cellules neuronales à un stade précoce du développement. Au niveau pancréatique, des études d’immunofluorescence et d’hybridation in situ ont révélé une diminution du nombre tant des celles beta sécrétrices d’insuline que des progéniteurs pancréatiques, non liée à de l’apoptose. Enfin, des études complémentaires au départ de cultures fibroblastiques de patients avec mutation faux sens ont montré la présence de la proteine  eIF2γ mais aucune apoptose n’a été mise en évidence, ni en condition de base, ni après utilisation d’inducteurs d’apoptose. En conclusion, nous confirmons l’élargissement du spectre phénotypique chez les patients avec mutation faux sens dans le gène EIF2S3 et nous suggérons que le syndrome MEHMO soit spécifiquement lié à une mutation récurrente (p.Ile465Serfs*4) dans ce gène. Nous décrivons un modèle poisson-zèbre robuste qui récapitule le phénotype humain observé. Outre l’apoptose retrouvée de façon inconstante dans nos expériences, nos études fonctionnelles sur poisson zèbre et sur cultures fibroblastiques amènent de nouvelles perspectives physiopathologiques et suggèrent des défauts précoces de différenciation cellulaire.

Introduction: We analyzed the largest group to date of individuals from France with neurodevelopmental disorders (NDD) coming from four hospitals of AP-HP, France (Robert Debré, Trousseau, La Pitié Salpétrière, Jean Verdier). The data from 8,300 patients, 2,000 relatives and 2,955 controls were collected from two Illumina SNP array platforms over 5 years (2013-2017). Patients were grouped according to the biomedicine agency categories: syndromic intellectual disability (S-ID; N=3047), multiple congenital anomalies (N=1025), isolated ID (N=1058), autism (N= 1864) and other (N=1742). The CNVs were called using QuantiSNP and PennCNV and then compared to CNV partition, the algorithm used for diagnosis. Genotyping data were also used to estimate the ancestry and to compute the inbreeding coefficient as well as the polygenic score for different traits such as autism and intelligence.

Results: The analysis of this large sample of patients with NDD revealed several important results: First, QuantiSNP and PennCNV outperform CNV partition for the detection of CNVs. The new algorithms could increase the yield of genetic diagnosis (e.g. three patients with SHANK3 deletions were identified). Second, patients with S-ID, ID or autism had a higher burden of CNV affecting genes associated with NDD/autism or expressed in the brain or intolerant for deleterious mutation (pLI > 0.9) compared to controls. Interestingly patients with autism had also higher polygenic scores for autism compared to controls (p < 10^-22) or other diagnostic categories (p < 10^-3), confirming the strong polygenic contribution to autism. Third, we could find that a high level of inbreeding was a risk for S-ID and ID, but not for autism. Finally, the role of several genes will be discussed such as TRPM1, SHANK3, PTGER3, OTUD7A, MTMR10, PTGER3, SDHA, PIGW, HNF1B, GGNBP2, CCDC127, ACACA, KLF13, VPS37D, SPNS1, RIMBP3, BAZ1B and ATXN2L. These genes might be important to understand the shared and specific mechanisms leading to different clinical trajectories.

Conclusion: Our large-scale French study of NDD, combining new genetic approaches, provides a better yield of genetic diagnostic for NDD. It results from the collaboration between clinicians and quantitative geneticists through data sharing, standardization and multi-level analyses. In order to go further, more data such as whole genome sequencing and standardized clinical data from deep phenotyping will be necessary to provide better diagnostic and prognostic insight. We also observed a very high degree of heterogeneity in the ancestry of the population, which will require match ancestry controls in order to provide diagnostic to all individuals attending to the hospital in France, not only those from European descents for which we have control data.

Le TSA (Trouble du Spectre de l’Autisme) est caractérisé par l’apparition précoce de difficultés persistantes dans les interactions sociales associées à un caractère restreint des activités. Le déterminisme génétique du TSA est complexe, incluant de nombreux facteurs génétiques. Ces dernières années, un très important effort de recherche a permis l’identification de plusieurs centaines de facteurs de risque génétique dans le TSA, répartis en 3 grandes catégories : (1) gènes responsables de troubles neurodéveloppementaux monogéniques dont l’autisme est l’une des manifestations possibles, (2) CNVs récurrents associés à l’autisme dans des études cas/témoins et (3) gènes présentant un excès de mutations tronquantes de novo dans les études de trios. Il importe maintenant de retranscrire ces avancées sur le rôle des variants rares de fort impact en des termes directement utilisables par les cliniciens à l’issue de la consultation de génétique recommandée par la HAS pour tout patient avec TSA.  Pour cela, nous avons établi des critères stricts pour la classification des gènes à risque ainsi que pour l’interprétation des variants et conduit une étude pilote sur 253 patients adressés à notre consultation suite à un diagnostic établi par notre centre de ressources autisme.

Nous avons séquencé l’exome de ces patients, dont 68 présentaient une déficience intellectuelle comorbide et 90 avaient reçu un diagnostic de syndrome d’Asperger. Notre pipeline bio-informatique a permis la détection des variants nucléotidiques et des variations du nombre de copies (copy-number variation, CNV). Nous avons utilisé des critères stringents pour la conception d’une liste de 217 gènes associés au TSA de façon certaine ou probable et classé ces gènes dans l’une au moins des trois catégories précédemment décrites. Pour les variants retenus, la transmission a été obtenue par séquençage Sanger des parents.

Nous avons détecté un variant génétique conférant un risque de TSA chez 19,7% des patients (IC95% : [15%-25,2%]), dont 18 sont des CNVs (7,1% [4,3%-11%]) et 32 des variants nucléotidiques (12,6% [8,8%-17,4%]). Lorsque l’échantillon a été séparé en sous-groupes cliniques, les patients avec déficience intellectuelle présentaient le taux de détection de variants pathogènes le plus élevé (30,1% [20,2%-43,2%]). Le groupe de gènes présentant un excès de variations de novo tronquantes (n= 81) est le plus fort contributeur de variants à risque chez nos patients. Les récentes grandes études de trio ayant permis leur découverte ont donc un impact majeur pour le diagnostic étiologique du TSA.

Dans la mesure où il n’y a pas actuellement de preuve d’une implication nécessaire et suffisante de ces gènes dans le TSA, nous recommandons d’éviter le terme « gènes/variants causaux de TSA » lors du rendu diagnostique et de préférer le terme « facteur de risque génétique de TSA ». Les implications de ces résultats en terme de conseil génétique seront discutées.

L'essor des analyses pangénomiques a permis de découvrir des réarrangements complexes résultant d'événements catastrophiques appelés chromoanagenesis. Bien que fréquents dans certaines tumeurs, ces remaniements sont encore exceptionnels dans des échantillons constitutionnels. Nous avons regroupé 20 cas de la littérature avec 20 nouveaux cas pour identifier les mécanismes biologiques sous-jacents. Notre analyse confirme le regroupement quasi exclusif des points de cassure sur un seul chromosome dans une majorité de cas. Si nous distinguons 3 types principaux de remaniements proches des définitions existantes de la littérature de chromothripsis, chromoplexie, chromoanasynthesis, ces derniers présentent des caractéristiques encore non décrites. Il existe, par exemple, une forte tendance des gains du nombre de copies apparus à être regroupés et insérés ensemble.

Dans un second temps, nous avons étudié la distribution des 1034 points de cassure de ces 40 remaniements, celle des chromoanagenesis tumoraux (n = 13,310 points de cassure) et celle des remaniements simples (n = 468 points de cassure) et l’avons comparé à une répartition aléatoire (hypothèse nulle). Pour les 3 groupes de points de cassure (chromoanagenesis constitutionnels, tumoraux et remaniements simples), nous observons un enrichissement des points de cassure dans les régions se répliquant tardivement au cours du cycle cellulaire. La distribution des points de cassure des remaniements complexes apparaît proche d’une répartition aléatoire (hypothèse nulle) s’agissant des autres critères analysés (Topologically-Associated Domains (TADs), Lamina-Associated Domains (LADs), éléments répétés, marquage en bandes G, compartiment A/B, distance aux origines de réplication, sites de fragilité chromosomique). En revanche, pour les remaniements simples, il existe une déplétion significative en points de cassure dans les LADs. Ce dernier résultat infirme l’hypothèse d’un continuum entre remaniements simples et complexes.

La probabilité accrue de cassure dans les régions à réplication tardive appuie l’hypothèse d’une condensation prématurée d’un chromosome dans un micronoyau. Cette séquestration explique le regroupement des cassures sur un seul chromosome et est le lieu d’une réplication retardée.  La condensation hâtive entraîne le décrochage des fourches de réplication encore actives dans les régions les plus en retard. Si les fourches raccrochent d’autres fragments d’ADN, le chromosome reconstruit portera des cicatrices de ces mécanismes réplicatifs. Si les fourches se décrochent complètement et font apparaître de véritables cassures double brin, les fragments seront raboutés le mieux possible.

Nos résultats suggèrent une origine commune des remaniements complexes.

Le séquençage de l’exome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) se généralise et le plan « France médecine génomique 2025» promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. L’apport du génome reste cependant peu étudié par rapport à l’exome dans cette indication. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la Fondation Maladies Rares permettant le séquençage du génome en trio de 20 patients présentant une DI modérée à sévère, souvent syndromique. Ils ont été recrutés après une analyse non concluante par exome trio au sein de l’étude HUGODIMS (recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les SNVs et INDELs ont été analysés avec GATK, les variants structuraux (SVs) avec MANTA, qui utilise les informations portées par les « split-reads » et « paired-reads » pour la détection de tous les types de SV, et les CNVs avec cn.MOPS (intervalles de 500pb).

L’analyse des variants dans la séquence codante a identifié (1) deux patients avec des variants faux-sens de novo dans le gène H3F3A, un gène en cours de publication, dans un exon non couvert par exome, (2) un variant faux-sens de novo dans le gène TFE3, récemment publié, et (3) un variant stop pathogène dans un gène en cours de publication hérité d’une mère hétérozygote et asymptomatique. L’analyse des SVs par MANTA a montré : (1) une translocation t(1;6)(p21.1;q21) équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) une inversion de 65Mb de novo sur le bras long du chromosome 5 avec des points de cassures intergéniques, et (4) une délétion de 1,8kb de novo emportant un exon du gène CXorf56 sur le chromosome X chez une fille. L’analyse complémentaire des CNVs par cn.MOPS a mis en évidence une délétion de 22kb à l’état homozygote dans le gène RSPRY1, qui n’a pas été identifiée par MANTA à cause d’un mauvais alignement au niveau des points de cassures. L’étude des variants dans une hypothèse autosomique récessive a mis en évidence deux variants pathogènes dans le gène HACE1 et trois potentiels nouveaux gènes de DI, dont INTS11 pour lequel une cohorte de patients est en cours de constitution.

Au total, les résultats préliminaires de cette cohorte encore en cours d’analyse montrent qu’un diagnostic probable peut être établi chez 10/20 patients, comprenant 5 SVs dont 2 visibles par une analyse du caryotype. De nouveaux gènes candidats ont pu être identifiés en récessif, un mode de transmission qui est peut-être sous-estimé par les études en trio. A noter que chez un patient sans candidat, un variant pathogène dans NIPBL a été identifié en mosaïque à 11% dans la salive suite à une analyse par panel après réévaluation du phénotype. Bien qu’aucun évènement susceptible d’être pathogène dans les régions non-codantes n’ait été identifié pour le moment, le génome en trio présente un rendement supérieur à l’exome grâce à la détection des SVs et une meilleure couverture des régions codantes.

Les syndromes « dyplasie acromandibulaire » (MAD) connus sont dus principalement à des mutations récessives des gènes LMNA, ZMPSTE24 ou BANF1 et font partie du spectre phénotypique des laminopathie progéroides. Ils sont caractérisés par des anomalies majeures de la morphologie et des fonctions nucléaires.

Nous rapportons l’identification de quatre mutations nulles homozygotes différentes du gène MTX2, codant pour la METAXINE-2, chez six enfants atteint d’une dysplasie acromandibulaire sévère, appelée MADaM syndrome (Mandibuloacral Dysplasia associated to MTX2).

La METAXINE-2 est une protéine ubiquitaire de la membrane mitochondriale externe (MME) impliquée dans l’import de protéines à topologie complexe dans la MME et dans l’induction de l’apoptose en réponse au TNF-alpha. Ces patients, issus de familles consanguines d’origines géographiques différentes, présentent une atteinte clinique homogène et très proche  des laminopathies progéroides comme les MAD ou la Progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS), incluant un retard de croissance post-natal, une lipodystrophie, une dysmorphie faciale typique avec micrognathie, des oreilles larges bas implantées, une accumulation de tissu adipeux au niveau des joues, un nez fin et long, des résorptions osseuses distales, des calcifications artérielles, une hypertension extrêmement sévère et une glomérulosclérose.

Les western blots réalisés sur les fibroblastes de deux patients ont montré l’absence totale de la protéine METAXINE-2, accompagnée par l’absence de son partenaire METAXINE-1, également localisé dans la MME.

Les fibroblastes présentaient par ailleurs une fragmentation majeure du réseau mitochondrial, probablement due à une augmentation des processus de fission mitochondriale, une réduction de composants de la chaine respiratoire similaire à celle observée dans le HGPS et une réduction des capacités de phosphorylation oxydative. De plus, les fibroblastes des patients résistaient à l’induction de l’apoptose par le TNF-alpha ou la staurosporine, conduisant, comme probables voies alternatives visant à « neutraliser » les cellules altérées dans l’organisme, à une augmentation de la senescence, de la mitophagie et des temps de dédoublement cellulaire. De façon intéressante, des anomalies morphologiques nucléaires majeures ont été observées à la fois dans les fibroblastes des patients déplétés en METAXINE-2 et chez C. elegans sous-exprimant l’orthologue mtx-2 par siRNA. Nous rapportons donc l’identification du syndrome MADaM, révélant une relation inattendue entre la composition / fonction mitochondriale et la morphologie nucléaire, établissant un lien physiopathologique avec les laminopathies progéroides connues et sous-tendant probablement les caractéristiques cliniques communes observées. Ces travaux sont en cours de peer-review dans Nature Communications.

L’avènement des techniques de séquençage haut débit (SHD) a permis d’augmenter rapidement le rendement diagnostique chez les patients porteurs d’anomalies du développement (AD) avec ou sans déficience intellectuelle (DI), de réduire l’errance diagnostique, d’étendre le phénotype de pathologies déjà connues, de rapporter de nombreux nouveaux gènes responsables d’AD avec ou sans DI associée. Parallèlement, le taux diagnostique de pathologies ultra-rares (prévalence: p < 1/50.000) a lui aussi augmenté. Parmi ces dernières, la proportion de pathologies de description récente avec peu de recul sur l’évolution et avec de petites cohortes descriptives apparaît importante. Méthodes: nous avons repris 334 résultats de SHD d’exome réalisés dans le cadre diagnostique chez des patients porteurs d’AD avec ou sans DI sans orientation clinique précise entre 2017 et 2018 par le laboratoire de génétique moléculaire et de génomique du CHU de Rennes et nous avons recherché les diagnostics qui relevaient des pathologies ultra-rares ainsi que les sources d’information disponibles pour ces patients. Les échantillons d’ADN ont été analysés selon les étapes suivantes: enrichissement par capture de séquence SureSelect XT Focused Exome (Agilent Technologies), séquençage haut débit sur plateforme HiSeq ou NextSeq (Illumina), analyse bio-informatique et interprétation réalisées avec les outils développés au laboratoire, incluant les logiciels BWA MEM pour l’alignement (hg19), GATK et FreeBayes pour le «variant calling», ANNOVAR et ALAMUT (Interactive Biosoftware) pour l’annotation. Résultats: 84,4 % des analyses ont été réalisées en trio. Sur les 334 analyses d’exome, la mise en évidence d’un variant de classe 4 ou 5 selon la classification ACMG dans 66 gènes différents a permis de rendre un diagnostic certain pour 88 cas (26.35%). Les bases moléculaires de 37 de ces 66 pathologies (56%) ont été décrites après 2010 dont 7 après 2015 (10,6%).  Nous avons pu retrouver des données de prévalence disponibles pour 44 de ces diagnostics: 88,6% sont classés comme ultra-rares et pour 36,4% moins de 20 cas sont décrits dans la littérature. Nous avons également recherché l’existence d’informations accessibles aux familles concernant la pathologie (association de patients, ressources web) pour chaque diagnostic. Discussion/ conclusion: L’ensemble de ces données souligne l’importance du taux de pathologies ultra-rares diagnostiquées grâce au SHD dans le domaine des AD et le peu d’informations disponibles pour les patients et leurs familles concernant l’évolution et le parcours de soin. Un accompagnement global et un suivi médical régulier de ces patients apparaît important avec une veille bibliographique et une mise à jour régulière des connaissances afin de limiter la sensation d’isolement ressentie par les familles.

Le syndrome d’Aarskog (SA), aussi appelé dysplasie facio-génitale, est un syndrome lié à l’X, rapporté pour la première fois par Aarskog en 1970. Il est caractérisé par une dysmorphie faciale reconnaissable, une petite taille modérée, des anomalies des extrémités ainsi que des anomalies génitales, notamment du scrotum. Le SA est causé par des mutations du gène FGD1, situé sur en Xq11.21. Ce gène code une protéine échangeuse de guanine (GEF) qui active spécifiquement la Rho-GTPase CDC42. Cette voie intervient notamment dans le développement osseux. Les connaissances du phénotype du SA sont essentiellement basées sur la description de patients dont le diagnostic n’a pas été confirmé par l’analyse du gène FGD1. Ainsi, certains aspects du phénotype sont encore peu connus. En particulier, la description du phénotype neurodéveloppemental est extrêmement hétérogène dans la littérature médicale.

Afin de redéfinir le spectre phénotypique du SA et afin de proposer des critères diagnostiques, nous avons analysé les caractéristiques cliniques d’une grande série de  patients avec une mutation identifiée dans FGD1. Afin de recueillir ces informations, un questionnaire établi à partir des données de la littérature a été envoyé aux cliniciens référents. Des photos et des radiographies osseuses étaient également demandées. Les éléments morphologiques ont été revus par des dysmorphologistes expérimentés et les radiographies osseuses ont été relues par l’équipe du centre de référence français des maladies osseuses constitutionnelles. Nous présentons les résultats de l’analyse clinique, radiologique et moléculaire de 106 patients garçons. Nos résultats apportent des informations sur l’histoire naturelle du SA et sur la prévalence des signes cliniques. Nous apportons également la description de nouveaux signes cliniques et radiologiques associés au SA.

Enfin, au regard des stratégies actuelles de séquençage à haut débit et l’essor du rétro-phénotypage, nous proposons des critères diagnostiques permettant de justifier l’étude moléculaire de FGD1 devant une suspicion clinique et permettant également l’interprétation des variants de FGD1 issus du séquençage haut débit. Nous proposons également des recommandations pour la prise en charge.

Introduction: Les maladies génétiques rares représentent une cause fréquente d'admission aux soins intensifs néonataux (SINN). Établir un diagnostic de maladies rares chez les nouveau-nés peut être difficile en raison de leurs présentations souvent atypiques ou peu spécifiques. Or, des études récentes suggèrent qu’un diagnostic étiologique posé rapidement après l'admission aux SINN affecte significativement la prise en charge. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact du séquençage entier du génome en mode rapide sur le rendement diagnostique et la prise en charge des enfants admis aux SINN.

Méthodes: Un séquençage du génome entier en trio a été réalisé chez les nouveau-nés admis aux SINN du CHU Sainte-Justine (entre les mois de mars et septembre 2019) en raison d’une suspicion de maladies rares. Les génomes ont été séquencés sur un système NovaSeq (Illumina) et leur analyses bio-informatiques ont été réalisées sur la pipeline Dragen. L’impact du résultat sur la prise en charge de l’enfant a été évalué pour toute la période de l’hospitalisation. 

Résultats: Dix-huit patients ont été inclus dans l’étude, 2 pour une encéphalopathie épileptique, 5 pour une cardiopathie, 10 pour un syndrome poly-malformatif et 1 pour un syndrome de Cushing congénital. Un résultat préliminaire a été rendu en 1 semaine pour tous les cas où des variations pathogéniques ont été identifiées. La durée médiane entre l’inclusion et le rendu du résultat a été de 19 jours (quartile 1 : 16, quartile 3 : 32). Sept diagnostics ont été posés par le séquençage du génome (38,9%). Parmi ceux-ci, 3 diagnostics étaient inattendus et auraient été manqués par une approche de séquençage de panels de gènes parce que le médecin généticien ne les avaient pas initialement évoqués. Une modification de la prise en charge ou du conseil familial suite au rendu du résultat a été rapportée chez 6 enfants incluant une modification du traitement pharmacologique chez 2 enfants, une orientation vers les soins palliatifs chez 2 patients, un arrêt du suivi en génétique pour 1 enfant (chez qui le séquençage du génome était négatif) et un dépistage des apparentés chez 2 patients. 

Conclusion: Le séquençage du génome a permis de poser un diagnostic chez 7/18 patients en moins d’un mois et a impacté leur prise en charge dans le tiers des cas. Le recrutement de patients additionnels est actuellement toujours en cours, avec un objectif de recruter 100 trios. 

Introduction : La sirénomélie est un syndrome malformatif fœtal rare de cause inconnue, caractérisé par la présence d’un membre inférieur unique associé à des malformations viscérales habituellement incompatibles avec une survie ex-utero. Nous avons fait l’hypothèse que, comme dans une fraction importante des maladies du développement, des variations génétiques rares à effet fort pourraient participer au déterminisme de cette maladie, avec en premier lieu un rôle des mutations de novo. Nous présentons la description clinique et les résultats génomiques d'une série internationale de sept cas de sirénomélies sporadiques et de deux cas d'agrégations familiales autosomiques dominantes de sirénomélies et d’autres malformations caudales.

Méthodes : Un séquençage de l’exome en trio a été réalisé dans les sept formes sporadiques, et l’analyse des données a été concentrée sur les mutations de novo. L’analyse dans les deux formes familiales, également basée sur le séquençage de l’exome chez plusieurs individus, a été réalisée en accord avec un modèle autosomique dominant.

Résultats : L’analyse des formes familiales a montré la présence d’un variant non synonyme, absent des bases de données contrôles, du même gène A* dans les deux familles, avec une co-ségrégation du variant avec le phénotype. Ce gène est un acteur majeur du développement embryonnaire du pole caudal, et la délétion hétérozygote de ce gène constitue l’un des modèles murins de sirénomélie. Par ailleurs, une des deux mutations identifiées a été associée récemment à un phénotype proche de malformations du pole caudal chez l’homme. L'analyse des sept cas sporadiques n’a pas permis d’identifier de gènes touchés par des mutations de novo de manière récurrente, mais a mis en évidence plusieurs gènes candidats, incluant le gène B*, régulateur de la voie wnt canonique, drastiquement sensible aux variations mutations perte de fonction,  et cible d’une altération tronquante survenue de novo chez l’un des cas sporadiques.

Conclusion : Nous apportons les premiers résultats en faveur d'une étiologie génétique de la sirénomélie humaine. Nous identifions le gène A comme étant associé à une prédisposition autosomique dominante à diverses malformations caudales, comprenant sirénomélie, agénésies urinaires partielles ou complètes, anomalies ano-rectales et anomalies des organes génitaux. Par ailleurs, nous proposons l'implication du gène B comme gène candidat dans la sirénomélie. Au total, notre étude met en évidence un degré élevé d'hétérogénéité génétique dans la sirénomélie humaine et souligne le rôle de deux voies de signalisation dans le développement de cette maladie rare.

*Le nom des gènes sera donné lors du congrès

Introduction : Depuis 2007 et la première description du phénotype lié aux variations du gène BRWD3 localisé en Xq21.1, seulement 9 autres familles ont été décrites. Avec si peu de description et plus 1.000 gènes actuellement impliqués dans des manifestations (souvent rares voire ultra-rares) de déficience intellectuelle, les cliniciens ne peuvent plus, de manière réaliste, reconnaître tous les phénotypes associés à ces gènes. Nous décrivons les particularités cliniques liées à des mutations du gène BRWD3 afin de faciliter le phénotypage inverse lors d’approches axées sur le génotype dites « génotype first ».

Méthodes : Grâce au séquençage d’exome et aux systèmes internationaux de partage de données, nous avons constitué une cohorte de 15 patients porteurs d’une variation pathogène du gène BRWD3 (13 hommes et 2 femmes dont une avec une inactivation biaisée du chromosome X (100%/0%)). Après revue des 14 patients de la littérature, nous décrivons le phénotype de 29 patients (27 hommes et 2 femmes), en lien avec 22 variations différentes du gène BRWD3.

Résultats : Le phénotype des hommes atteints (excepté un patient avec variant en mosaïque) se caractérise par une déficience intellectuelle (24/26), une macrocéphalie (22/26), une dysmorphie faciale (22/26) incluant front bombant (18/26), grandes oreilles (13/26), macrognathie avec menton pointu (12/26) donnant un aspect triangulaire du visage, des doigts et/ou orteils larges (10/26) et des troubles du comportement (16/26). Les deux femmes présentent une macrocéphalie, un retard de langage et une épilepsie qui n’est retrouvée que chez 15% des hommes (4/26). Parmi les 22 différentes variations rapportées, 15 sont héritées d’une mère non atteinte et 6 survenues de novo (dont les 2 femmes et l’homme avec la variation en mosaïque). Pour un homme, la ségrégation reste inconnue.

Discussion : Le retard de langage, la déficience intellectuelle, la macrocéphalie et la dysmorphie faciale incluant front proéminent, faciès allongé, et oreilles larges et décollées apparaissent comme les éléments cliniques principaux permettant de décrire le phénotype lié aux variations du gène BRWD3. Le phénotype aspécifique lié aux variations de ce gène peut donc être difficile à reconnaitre précisément pour les cliniciens. Une approche « génotype-first » paraît donc très adaptée au diagnostic du phénotype lié aux variations de BRWD3. Notre description clinique précise de ce phénotype pourra servir de référence pour le « phénotypage inverse ».

Introduction : Les mécanismes responsables de la régulation de l’expression des gènes se composent de plusieurs acteurs agissant au niveau pré- et post-transcriptionnel et ayant comme but de réguler, de façon temporelle, quantitative et qualitative l’isoforme de l’ARN nécessaire au bon développement de chaque type cellulaire, tissu et organe.  Les protéines de la famille des « polypirimidine tract binding proteins »  (PTBPs) sont responsables de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression de certaines isoformes d’ARNm grâce à leur capacité à reconnaître les pré-ARNm et d’opérer l’épissage alternatif de certains exons de façon spécifique.

Des études précédentes ont montré que le facteur ubiquitaire PTBP1 est responsable de l’épissage de l’exon 18 du gène PSD-95. Il provoque la dégradation de  l’ARNm de PSD-95 pendant la phase de différentiation des progéniteurs neuronaux, empêchant ainsi l’expression prématurée de cette protéine indispensable pour la maturation des éléments synaptiques. 

Méthode et résultats : L’analyse en trio de l’exome d’un premier patient atteint d’un syndrome polymalformatif a permis d’identifier une variation hétérozygote de novo du codon d’initiation (NM_002819.4:c.2T > C ) du gène codant le  facteur de régulation d’épissage PTBP1. Ce patient présentait un syndrome polymalformatif associant des particularités morphologiques, une petite taille disproportionnée, une brachydactylie, une hyperlaxité des extrémités et un déficience intellectuelle modérée. Grâce au partage international des données de séquençage (approche« génotype-first »), nous avons pu identifier 8 patients supplémentaires, tous porteurs d’une variation de novo touchant la première méthionine (2x c.1A > G, 5x c.2T > C et 1x c.3G > A). Les patients (5 femmes et 3 hommes) présentent tous des particularités morphologiques ainsi qu’une petite taille et des anomalies des extrémités. Le profil cognitif s’avère très variable, allant d’un développent normal à une déficience intellectuelle modérée comme notre première patiente. Nos études fonctionnelles montrent que la perte du codon d’initiation de la traduction de PTBP1 entraine la formation d’une protéine plus courte, qui manque du signal d’importation nucléaire, et des anomalies d’épissage identifiés grâce au RNAseq. 

Conclusions et persepctives : Le séquençage d’exome en trio et partage de données à l’international ont permis de mieux définir le phénotype clinique associé à ce hotspot mutationnel. Des études complémentaires impliquant la dérivation de neurones, à partir des cellules « iPSC » des patients, nous permettrons d’élucider les mécanismes moléculaires à l’origine de la variabilité cognitive de ces patients.

Introduction : Le syndrome 3C est un syndrome polymalformatif associant des anomalies craniofaciales (occiput et front proéminent, hypertélorisme, colobome oculaire, fente palatine), cardiaques (tétralogie de Fallot, communication atrioventriculaire) et cérébrales (malformation de Dandy-Walker, hypoplasie cérébrale du vermis). Ce syndrome de transmission récessive autosomique présente une hétérogénéité phénotypique et moléculaire avec des mutations pathogènes rapportées dans les gènes WSHC5 (MIM #220210) et CCDC22 (MIM #300963). Cependant, certains cas de syndrome 3C demeurent actuellement sans base moléculaire identifiée. 

Patients et Méthodes : Nous rapportons 4 fœtus atteints de syndrome 3C issus d’une même union consanguine. Le premier fœtus présente un hygroma colli avec syndrome de Bonnevie-Ullrich et hydrocéphalie. L’autopsie a mis en évidence une hypoplasie cérébelleuse, une hydrocéphalie tétra-ventriculaire sévère avec macrocéphalie, une dysmorphie faciale (front proéminant et hypertélorisme) et une communication inter-ventriculaire. Le séquençage ciblé du gène MID1 s’est avéré normal. Trois cas de récidive ont été suspecté devant la présence d’un syndrome de Bonnevie-Ullrich au premier trimestre associé à des anomalies cérébrales conduisant à des interruptions de grossesse. Le couple a obtenu spontanément trois enfants en bonne santé. Nous avons réalisé un séquençage d’exome (ES) en solo chez le premier foetus  

Résultats : L’ES a identifié une variation non-sens du gène WDR91 (NM_014149.3:c.240C > G, p.Tyr80*) à l’état homozygote. La ségrégation familiale réalisée par séquençage Sanger a confirmé la variation, présente à l’état homozygote chez tous les fœtus atteints et à l’état hétérozygote chez les deux parents, ainsi que deux enfants indemnes et absente chez le  3^èmeenfant indemne. Le partage de données international et le séquençage ciblée d’une petite cohorte de patients atteints de syndrome 3C n’a jusqu’à présent pas permis d’identifier d’autres patients porteurs de variations pathogènes du gène WDR91.

Discussion : WDR91 code une protéine impliquée dans la voie endosome-lysosome, s’exprimant notamment dans les neurones du cerveau et du cervelet. Les souris KO Wdr91^-/-présentent des anomalies cérébrales (microcéphalie, atrophie corticale, réduction de l'arborisation neuronale, réduction de la longueur dendritique). WDR91 et la voie endosome-lysosome semblent être indispensables, notamment au développement neuronal et à l'établissement de structures cérébrales. 

Conclusion : L’identification d’une variation tronquante homozygote du gène WDR91 chez plusieurs fœtus atteints de syndrome 3C au sein d’une famille consanguine et l’atteinte phénotype semblable du modèle murin KO suggèrent qu’il s’agit d’un nouveau gène responsable de ce syndrome. L’identification de nouveaux cas similaires permettraient de conclure avec certitude sur l’implication du gène WDR91 dans une forme sévère de syndrome 3C.

Les ciliopathies sont des maladies causées par des anomalies du cil caractérisées par des signes cliniques parmi lesquels on peut retrouver la rétinopathie pigmentaire (RP), une atteinte rénale, l’obésité, un trouble cognitif comme dans le syndrome de Bardet-Biedl (BBS). La polydactylie, définie comme la présence de doigts surnuméraires aux mains ou aux pieds, complète également ce tableau clinique. Il s’agit de l’anomalie des membres la plus fréquente dans la population et se caractérise par une forte hétérogénéité génétique avec, par exemple, 8 gènes déjà connus pour la catégorie des polydactylies post-axiales (PAP) isolée ou syndromique. Récemment, le gène IQCE a été identifié dans une famille consanguine atteinte de PAP.

L’analyse de l’exome complet d’individus ayant un phénotype similaire au BBS a permis l’identification des variations bialléliques pathogènes dans le gène IQCE dans 3 familles et expliquant leur PAP. De manière intéressante, pour 2 des 3 familles, des variants pathogènes dans d’autres gènes (TUPL1 ou ATP6V1B1) permettent d’expliquer les autres signes cliniques des patients comme la RP ou l’atteinte rénale. Ces 3 familles confirment l’implication d’IQCE dans la polydactylie isolée.

La protéine IQCE, localisée à la base du cil, est impliquée dans les premières étapes de l’activation de la voie Sonic Hedgehog (SHH). Notre objectif était de comprendre l’impact des défauts du gène chez l’Homme et chez le poisson-zèbre. A partir des fibroblastes d’un patient, les analyses transcriptomiques ont confirmé l’impact négatif d’une perte de fonction d’IQCE sur des voies de signalisation impliquées dans la formation des membres, telle que SHH. Nous avons confirmé que la mauvaise localisation des interactants d’IQCE à la base du cil provoque une sous-activation de cette voie. Néanmoins, aucun défaut ni de nombre ni de longueur du cil n’a été mis en évidence. Chez le poisson-zèbre, les anomalies typiquement retrouvées en cas de défaut du cil primaire à savoir la courbure de l’axe antéro-postérieur, la présence de kystes rénaux, un défaut d’asymétrie droite gauche et des anomalies rétiniennes ont pu être observées.

En conclusion, nous avons pu confirmer que des défauts du gène IQCE sont responsables de PAP. La multiplicité des signes cliniques est finalement expliquée par l’addition de variations génétiques dans plusieurs gènes (« second hit »). Ces données montrent l’importance de considérer l’ensemble des variations génétiques d’un patient. Les validations fonctionnelles réalisées sur les fibroblastes et les poissons-zèbres ont confirmés le rôle d’IQCE au niveau du cil primaire et dans l’activation de la voie SHH.

Des malformations congénitales sont observées chez 2 à 4% des naissances. Nous décrivons ici une famille originaire des îles Féroé, isolat géographique du Nord de l’Europe dont  un garçon et une fille porteurs d’un syndrome polymalformatif sont décédés sans diagnostic à moins de 72 heures de vie dans un tableau de détresse respiratoire. Les signes cliniques majeurs sont un polyhydramnios, RCIU, dysmorphie cranio faciale, atrésie des choanes, atrésie de l’œsophage, anomalies costo-vertébrales et pulmonaire. Les syndromes de Williams, SmithMagenis, MillerDieker, 22q11del/CATCH22/DiGeorge, Prader Willi/Angelman et 1p-del syndromes ont été écartés. Notre objectif a été l’identification de l’anomalie génétique responsable de ce phénotype.

Sous l’hypothèse d’une transmission autosomique récessive nous avons dans un premier temps identifié par génotypage Affymetrix (puces 250K NspI) 3 régions d’homozygotie de 2,3 ; 3,4 et 7,5 Mb localisées respectivement sur les chromosomes 3, 8 et 4. Une étude de l’exome mené sur l’ADN des deux parents et des 2 enfants a permis d’identifier une variation homozygote dans la séquence codante du gène PAICS localisé dans la région homozygote du chromosome 4, rs192831239 A > G (p.Lys53Arg). Ce gène code une enzyme bi-fonctionnelle de la cascade de synthèse de novo des bases puriques qui comporte 10 réactions enzymatiques catalysées par 6 enzymes différentes. Une modélisation in silico de la protéine porteuse de la variation 53Arg ,montre une déstabilisation d’une des deux poches catalytiques de l’enzyme. Des études fonctionnelles menées sur les fibroblastes des patients ont montré une activité enzymatique réduite à 10%  ainsi qu’une déstabilisation de l’assemblage du purinosome.

Jusqu’à ce jour, 2 déficits enzymatiques de cette voie sont responsables de 2 pathologies d’origine génétique caractérisées par de graves atteintes neurologiques causées par des mutations autosomiques récessives des gènes ADSL et ATIC (ADSL deficiency - OMIM 103050 et AICA-ribosiduria - OMIM 608688). Nous rapportons une mutation autosomique récessive du gène PAICS responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif sévère et rare entraînant une mort précoce et impliquant une 3 ^ème enzyme de la voie de synthèse de novo des purines.

Introduction : Le séquençage haut-débit d’exome (ES) est un outil de plus en plus utilisé pour le diagnostic des maladies rares, avec un rendement diagnostique de 30-40% pour la déficience intellectuelle et les anomalies du développement. L’ES présente des limites certaines pour l’identification des variations causales localisées en dehors des séquences codantes. Dans ces situations, le séquençage haut-débit du génome (GS) constitue une alternative intéressante puisqu’il permet d’explorer les introns et les régions inter-géniques. Cependant, son interprétation peut être complexe et chronophage, suite à la présence de plusieurs centaines de variations non-codantes de signification clinique inconnue. Dans ce contexte, des études complémentaires nécessitant l’analyse de l’ARN, des protéines ou d’autres méthodes de génétique moléculaire ou de cytogénétique, semblent être nécessaires. Cette approche, peut se montrer particulièrement efficace dans la situation où la présentation clinique est très évocatrice d’une pathologie ou d’un syndrome bien caractérisés, sans que le diagnostic moléculaire n’ait pu être établi par des tests génétiques ciblés ou par l’ES.

Méthode : Nous avons réalisé un GS en solo chez 4 patients sans diagnostic étiologique après ES. Trois des 4 présentaient un phénotype syndromique très évocateur de maladies rares connues ; le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (MIM 312870) de transmission récessive liée à l’X, le syndrome de Marfan (MIM 154700) de transmission dominante autosomique, et le syndrome de Cohen (MIM 216550) de transmission récessive autosomique. Le 4ème présentait une encéphalopathie épileptique pouvant faire suspecter une forme infantile (MIM 616211).

Résultats : Le GS en solo a permis d’identifier des variations introniques affectant les gènes impliqués dans les pathologies fortement suspectées, dont : i) une délétion-insertion dans une région intronique de GPC3 ; ii) une translocation avec fusion intronique du gène FBN1 avec UBE2R2 ; iii) une inversion de 15kb comprenant un exon de WWOX avec délétion intronique des régions flanquantes (en trans d’une variation faux-sens exonique retrouvée en ES) ; iv) ainsi qu’une variation ponctuelle intronique dans VPS13B avec création d’un nouveau site accepteur d’épissage (en trans d’un SNV exonique avec décalage de cadre de lecture) identifiée grâce à l’intégration de données transcriptomiques (RNA-seq). La présence de ces variations pathogènes a été validée par des analyses complémentaires aux niveaux cytogénétique (ACPA, FISH), génomique (qPCR), transcriptomique (RNA-seq, RT-qPCR), et protéique (Western Blot).

Discussion : L’identification de ces variations pathogènes, par l’intégration de données de GS et d’autres approches moléculaires, met en évidence l’intérêt de cette approche et justifie son utilisation devant un phénotype clinique évocateur d’une pathologie génétique sans diagnostic moléculaire après ES, quel que soit le mode d’hérédité mendélien de la pathologie.