Jeudi 23 janvier
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A31
08:00 - 10:00

CONFERENCE PLENIERE 3
Nouveautés en pathologies humaines

Modérateurs : Médéric JEANNE (Chef de Clinique) (TOURS), Nicole PHILIP (PU-PH) (MARSEILLE)
08:00 - 10:00 Le point sur la Génétique de la sclérose latérale amyotrophique en 2020. Patrick VOURC’H (Tours)
08:00 - 10:00 Avancées dans la Génétique des infertilités masculines. Charles COUTTON (PHU) (Grenoble)
08:00 - 10:00 Actualités sur les thrombopénies héréditaires. Marie-Christine ALESSI (Marseille)
08:00 - 10:00 Place de la génétique dans la physiopathologie de la NASH. Rodolphe ANTY (Nice)
Auditorium François 1er
10:00 PAUSE - VISITE DES STANDS ET EPOSTERS
11:00

Jeudi 23 janvier

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A32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 09
Neuro-développement 1

Modérateurs : Delphine HERON (Responsable UF Génétique Médicale) (PARIS), Maximilien PERIVIER
11:00 - 11:15 #19747 - CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.
CS49 PRME DISSEQ - Evaluation des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit (panel et exome) dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle : efficacité et discordances.

Le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) reposait jusqu’à récemment sur l’expertise clinique, l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA), la recherche du syndrome X-fragile (FRAXA) et l’étude de gènes ciblés. Si l’expertise clinique ne permet pas de cibler l’étude de gènes en particulier, ces différents outils aboutissent à un diagnostic chez seulement 20% des patients sans diagnostic clinique, au prix parfois de nombreux examens biologiques coûteux. La génétique médicale connaît actuellement un véritable bouleversement technologique par le développement du séquençage haut débit (SHD), permettant l’analyse de panels de gènes ciblés et d’exome (ES).

Le PRME DISSEQ a pour objectif d’évaluer l’efficience de différentes stratégies de SHD dans le diagnostic des patients atteints de DI à partir d’une cohorte de 330 patients (205 hommes/127 femmes) et sans investigation génétique antérieure. Trois stratégies sont été réalisées en parallèle à l’aveugle: stratégie classique (ACPA+FRAXA+séquençage de gènes ciblés), stratégie 1 (ACPA+FRAXA+panel DI459 solo) et stratégie 2 (FRAXA+ES solo).

A ce jour, environ un tiers de la cohorte a été analysée. Parmi les 39 résultats positifs (15 CNV, 25 SNV, 1 FRAXA dont 3 double hits), 16 ont été diagnostiqués par la stratégie classique (41%), 34 par la stratégie 1 (87%) et 35 par la stratégie 2 (90%) ; 35 présentaient une variation sporadique, 3 une variation héritée d’un parent, 3 des variations bialléliques et 1 un FRAXA. Seuls 30/41 variations causales (73%) ont été identifiés par la stratégie 1 (FRAXA+ACPA+panel DI459) et la stratégie 2 (FRAXA+ES), soit un taux de discordance de 27% : 5/11 retenus uniquement par la stratégie 2 car le gène causal est absent du panel, et 6/11 retenus uniquement par la stratégie 1 par discordance d’interprétation. Ces discordances étaient principalement liées à une présentation clinique atypique. Par ailleurs, la stratégie 2 a permis d’identifier des variations dans de nouveaux gènes candidats chez 3 patients.

Ces premiers résultats (ensemble des résultats disponible en fin d’année 2019) montrent que les discordances entre le panel et l’ES sont dues à l’absence des gènes causaux dans le panel et à une discordance d’interprétation dans des phénotypes atypiques pour l’ES, mais non par défaut de couverture de l’ES. Ceci conforte l’importance d’une double interprétation. Le panel ne permet pas d’identifier les variations des gènes récemment associés à la DI et montre également des limites pour identifier les CNVs, devant ainsi être couplé à l’ACPA. A l’inverse, l’ES semble efficace pour identifier SNVs et CNVs y compris dans les gènes récemment associés à la DI et dans des nouveaux gènes candidats. Cependant, le grand nombre de données disponibles pour l’ES peut conduire à un défaut d’interprétation des variations. L’approche de séquençage en trio pourrait limiter la non considération de certaines variations dans des gènes connus, non retenues du fait de phénotypes atypiques.

Ange-Line BRUEL (DIJON), Bénédicte GÉRARD, Amélie PITON, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Laure SORLY, Didier LACOMBE, Sylvie MANOUVRIER, Patrick EDERY, Nicole PHILIP, David GENEVIEVE, Alain VERLOES, Sylvie ODENT, Julien THEVENON, Annick TOUTAIN, Bonneau DOMINIQUE, Salima EL CHEHADEH-DJEBBAR, Martine DOCO-FENZY, Bertrand ISIDOR, Alice GOLDENBERG, Catherine VINCENT-DELORME, Odile BOUTE-BENEJEAN, Laetitia LAMBERT, Marie-Laure ASENSIO, Patrick CALLIER, Yannis DUFFOURD, Catherine LEJEUNE, Christine BINQUET, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
11:15 - 11:30 #19782 - CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.
CS50 L’haploinsuffisance du gène SIN3B, membre du complexe co répresseur Sin3/HDAC, est responsable de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Les variants de gènes responsables de régulation transcriptionnelle sont des contributeurs majeurs aux pathologies neurodéveloppementales. Le complexe Sin3 assure un rôle central dans la désacétylation des histones et la répression transcriptionnelle, par modulation de l’activité de l’HDAC 1/2. Parmi les deux paralogues vertébrés du complexe Sin3, SIN3A et SIN3B, le gène SIN3A est connu pour être responsable de déficience intellectuelle syndromique. Les conséquences cliniques de l’haploinsuffisance de SIN3B n’ont pas été caractérisées à ce jour. Nous décrivons une nouvelle entité associant une déficience intellectuelle, des anomalies morphologiques, ainsi que de façon variable des troubles du spectre autistique, malformations congénitales, et anomalies du corps calleux. Un des patients est également atteint d’autisme isolé. En utilisant les techniques d’analyse chromosomique par puce à ADN ou de séquençage d’exome, et à travers la mise en commun de données lors de collaborations internationales, nous avons identifié chez neuf patients des délétions ou variants nucléotidiques hétérozygotes de SIN3B. Cinq patients sont porteurs de délétions hétérozygotes incluant SIN3B, ayant permis de définir une région minimale d’intérêt de 230 kb en 19p13.11, deux individus ont une substitution non synonyme rare et deux individus une délétion d’un nucléotide à l’origine d’un décalage du cadre de lecture et d’un codon stop. Afin de caractériser in vivo les conséquences de l’ablation de SIN3B et confirmer la pathogénicité des variants non synonymes, nous avons inactivé l’orthologue du gène chez le poisson zèbre par édition génomique et suppression transitoire. Nous montrons chez les larves, après inactivation, une perturbation de l’architecture cranio‑faciale et des anomalies des axones commissuraux, soutenant l’hypothèse d’un rôle essentiel de SIN3B dans la croissance et la formation des structures antérieures. L’absence de restauration du phénotype associé à l’inactivation transitoire lors de l’injection d’ARNm variant nous permet de classer les deux variants non synonymes identifiés comme perte de fonction. Enfin, afin de préciser les conséquences moléculaires des variants de SIN3B, nous avons quantifié les activités des éléments cis‑régulateurs par Chip‑seq. Les profils d’acétylation obtenus sont similaires à ceux mis en évidence en cas d’haploinsuffisance de SIN3A : l’inactivation de SIN3B est associée à l’hyperacétylation d’une fraction de régions régulatrices dans les cellules mononuclées sanguines. En conclusion, nos résultats confirment le rôle crucial du complexe Sin3 dans le développement du système nerveux central et définissent le paysage épigénétique associé à la perturbation de son fonctionnement. Nous démontrons ainsi que l’haploinsuffisance de SIN3B est responsable chez l’Homme de déficience intellectuelle syndromique et/ou d’autisme.

Xenia LATYPOVA (Grenoble), Marie VINCENT, Alice MOLLÉ, Oluwadamilare A. ADEBAMBO, Cynthia FOURGEUX, Tahir N. KHAN, Alfonso CARO, Monica ROSELLO, Dmitriy NIYAZOV, Damien LEDERER, Marie DEPREZ, Yline CAPRI, Peter KANNU, Anne-Claude TABET, Jonathan LEVY, Emmelien ATEN, Nicolette DEN HOLLANDER, Jagdeep WALIA, Ladonna L IMMKEN, Pawel STANKIEWICZ, Kirsty MCWALTER, Sharon SUCHY, Raymond J. LOUIE, Shannon BELL, Roger E. STEVENSON, Justine ROUSSEAU, Catherine WILLEM, Christelle RETIERE, Xiang-Jiao YANG, Philippe M. CAMPEAU, Francisco MARTINEZ, Jill A. ROSENFELD, Cédric LE CAIGNEC, Sébastien KÜRY, Sandra MERCIER, Kamran MORADKHANI, Solène CONRAD, Thomas BESNARD, Benjamin COGNÉ, Nicholas KATSANIS, Stéphane BÉZIEAU, Jeremie POSCHMANN, Erica E. DAVIS, Bertrand ISIDOR
11:30 - 11:45 #20134 - CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.
CS51 Protéasomopathies neurodéveloppementales causées par des altérations des gènes de sous-unités de la particule régulatrice 19S.

Contexte : La dégradation des protéines par le protéasome est essentielle à la protéostase des cellules eucaryotes. La rareté des variants pathogènes présents dans la cinquantaine de gènes directement impliqués dans la fonction protéasomale suggère qu’ils exercent une pression de sélection négative en compromettant la viabilité cellulaire. Par contraste avec les maladies auto-inflammatoires récessives induites par des altérations de la particule catalytique 20S du protéasome 26S, nous avons récemment décrit une pathologie neurodéveloppementale, le syndrome Stankiewicz-Isidor (MIM : 617516), causée par des variants de novo de PSMD12, gène de la sous-unité Rpn5 de la particule régulatrice 19S.

Méthodes : Grâce à une collaboration internationale nous avons recruté 21 individus atteints d’un retard du développement et porteurs de 19 variants probablement pathogènes dans deux autres gènes de la particule régulatrice 19S, PSMC3 et PSMC5. Ces derniers codent pour des ATPases impliquées dans le dépliage et la translocation du substrat à dégrader vers le cœur protéolytique de la particule 20S. A partir de lymphocytes T d’individus atteints, nous avons évalué l'effet fonctionnel des variants sur l'activité du protéasome 26S et examiné leur impact possible sur les principales voies du neurodéveloppement. Nous avons enfin eu recours à des modèles in vivo murins et de drosophiles pour étudier leurs conséquences sur la fonction neuronale et le comportement.

Résultats : Les 19 variants candidats identifiés chez 21 individus non apparentés se distribuent en : 5 variants de novo dans PSMC3 chez 6 individus et 14 variants (13 de novo, un homozygote) dans PSMC5 chez 15 individus. La majorité des variants est localisée dans le domaine ATPase des deux sous-unités. Les individus porteurs d’un variant dans PSMC3 présentent un retard de développement et des anomalies fréquentes à l'IRM cérébrale ?, ainsi que des anomalies cardiaques et/ou squelettiques, alors que les individus porteurs d’un variant dans PSMC5 présentent majoritairement une déficience intellectuelle et des troubles du comportement. Nous avons observé une altération de la fonction du protéasome caractérisée par une diminution significative de son activité de type chymotrypsine, ainsi que par une accumulation de conjugués d'ubiquitine, une activation de la réponse réponse UPR (unfolded protein response) et une altération de l'activité mTOR.

Conclusion : Ces résultats nous permettent d’élargir la liste des gènes codant pour des sous-unités de la particule protéasomique 19S responsables de troubles du neurodéveloppement. Les altérations des gènes PSMC3 et PSMC5 perturbent les systèmes de dégradation des protéines ainsi que la voie mTOR. Des analyses protéomiques et l’examen de modèle animaux sont en cours et devraient nous permettre d'approfondir nos connaissances sur cette catégorie, de description très récente et en plein évolution, de protéasomopathies neurodéveloppementales.

Sébastien KÜRY (NANTES), Frédéric EBSTEIN, Geeske M. VAN WOERDEN, Thomas BESNARD, Cory ROSENFELT, Victoria MOST, Anna HAJDUKOWICZ, Virginie VIGNARD, Wallid DEB, Benjamin COGNE, Dustin BALDRIDGE, Cara FORSTER, Cyril MIGNOT, Boris KEREN, May MALICDAN, Siddharth SRIVASTAVA, Lesley ADES, Jennifer Ann BRAULT, Hind AL SAIF, Damara ORTIZ, Consortium PSMC3/PSMC5, David GENEVIEVE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Peter W.r. HILDEBRAND, Francois BOLDUC, Ype ELGERSMA, Elke KRÜGER, Stéphane BEZIEAU
11:45 - 12:00 #20568 - CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.
CS52 Elargissement du spectre phénotypique et des mécanismes physiopathologiques liés aux mutations dans le gène EIF2S3.

Le syndrome MEHMO (acronyme pour Mental deficiency with epileptic seizures, hypogonadism and hypogenitalism, microcephaly and obesity) est une forme rare de déficience intellectuelle syndromique liée au chromosome X, causée par des mutations hémizygotes dans le gène EIF2S3. Ce gène code pour la sous-unité γ du complexe trimérique eIF2 qui joue un rôle primordial dans l’initiation de la synthèse protéique. Une mutation récurrente dans le gène EIF2S3 (p.Ile465Serfs*4) entrainant un décalage du cadre de lecture a été identifiée chez des patients sévèrement atteints tandis que les quelques mutations faux-sens rapportées sont plutôt responsables d’un phénotype incomplet de déficience intellectuelle, microcéphalie, retard de croissance et épilepsie. Nous avons identifié une nouvelle mutation faux sens (c.433A > G, p.Met145Val) à l’état hémizygote chez un sujet masculin présentant une déficience intellectuelle légère, microcéphalie et cryptorchidie. Nous avons choisi le poisson-zèbre comme modèle in vivo vertébré pour confirmer la pathogénicité de cette mutation ainsi que de trois autres mutations faux sens décrites dans la littérature. En effet, l’inactivation transitoire du gène eif2s3 orthologue du poisson-zèbre par injection d’oligonucléotides (morpholinos) entrainait un phénotype de microcéphalie partiellement compensé par la co-injection d’ARN humain EIF2S3 sauvage, et non par celle d’ARN muté. La réalisation de différentes lignées mutantes stables par la technique de CRISPR/Cas9 a  complété ces premières expériences et a permis la reproduction de la microcéphalie chez le poisson-zèbre. Des études d’immunofluorescence et d’apoptose au départ de ces différentes lignées ont montré que ce déficit était dû, en partie du moins, à une augmentation de la mort de cellules neuronales à un stade précoce du développement. Au niveau pancréatique, des études d’immunofluorescence et d’hybridation in situ ont révélé une diminution du nombre tant des celles beta sécrétrices d’insuline que des progéniteurs pancréatiques, non liée à de l’apoptose. Enfin, des études complémentaires au départ de cultures fibroblastiques de patients avec mutation faux sens ont montré la présence de la proteine  eIF2γ mais aucune apoptose n’a été mise en évidence, ni en condition de base, ni après utilisation d’inducteurs d’apoptose. En conclusion, nous confirmons l’élargissement du spectre phénotypique chez les patients avec mutation faux sens dans le gène EIF2S3 et nous suggérons que le syndrome MEHMO soit spécifiquement lié à une mutation récurrente (p.Ile465Serfs*4) dans ce gène. Nous décrivons un modèle poisson-zèbre robuste qui récapitule le phénotype humain observé. Outre l’apoptose retrouvée de façon inconstante dans nos expériences, nos études fonctionnelles sur poisson zèbre et sur cultures fibroblastiques amènent de nouvelles perspectives physiopathologiques et suggèrent des défauts précoces de différenciation cellulaire.

Stéphanie MOORTGAT (Gosselies (Charleroi), Belgique), Isabelle MANFROID, Hélène PENDEVILLE, Stephen FREEMAN, Valérie BENOIT, Ahmad MERHI, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Isabelle MAYSTADT
12:00 - 12:15 #20307 - CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.
CS53 Integration of polygenic scores, copy-number variants, inbreeding and ancestry increases the yield of genetic diagnostics for neurodevelopmental disorders in a large group of >13,000 individuals.

Introduction: We analyzed the largest group to date of individuals from France with neurodevelopmental disorders (NDD) coming from four hospitals of AP-HP, France (Robert Debré, Trousseau, La Pitié Salpétrière, Jean Verdier). The data from 8,300 patients, 2,000 relatives and 2,955 controls were collected from two Illumina SNP array platforms over 5 years (2013-2017). Patients were grouped according to the biomedicine agency categories: syndromic intellectual disability (S-ID; N=3047), multiple congenital anomalies (N=1025), isolated ID (N=1058), autism (N= 1864) and other (N=1742). The CNVs were called using QuantiSNP and PennCNV and then compared to CNV partition, the algorithm used for diagnosis. Genotyping data were also used to estimate the ancestry and to compute the inbreeding coefficient as well as the polygenic score for different traits such as autism and intelligence.

Results: The analysis of this large sample of patients with NDD revealed several important results: First, QuantiSNP and PennCNV outperform CNV partition for the detection of CNVs. The new algorithms could increase the yield of genetic diagnosis (e.g. three patients with SHANK3 deletions were identified). Second, patients with S-ID, ID or autism had a higher burden of CNV affecting genes associated with NDD/autism or expressed in the brain or intolerant for deleterious mutation (pLI > 0.9) compared to controls. Interestingly patients with autism had also higher polygenic scores for autism compared to controls (p < 10-22) or other diagnostic categories (p < 10-3), confirming the strong polygenic contribution to autism. Third, we could find that a high level of inbreeding was a risk for S-ID and ID, but not for autism. Finally, the role of several genes will be discussed such as TRPM1, SHANK3, PTGER3, OTUD7A, MTMR10, PTGER3, SDHA, PIGW, HNF1B, GGNBP2, CCDC127, ACACA, KLF13, VPS37D, SPNS1, RIMBP3, BAZ1B and ATXN2L. These genes might be important to understand the shared and specific mechanisms leading to different clinical trajectories.

Conclusion: Our large-scale French study of NDD, combining new genetic approaches, provides a better yield of genetic diagnostic for NDD. It results from the collaboration between clinicians and quantitative geneticists through data sharing, standardization and multi-level analyses. In order to go further, more data such as whole genome sequencing and standardized clinical data from deep phenotyping will be necessary to provide better diagnostic and prognostic insight. We also observed a very high degree of heterogeneity in the ancestry of the population, which will require match ancestry controls in order to provide diagnostic to all individuals attending to the hospital in France, not only those from European descents for which we have control data.

Claire LEBLOND-MANRY, Freddy CLIQUET, Myriam RACHID, Alexandre MATHIEU, Julien FUMEY, Amaury VAYSSE, Thomas ROLLAND, David-Alexandre TREGOUET, Boris KEREN, Julien BURATTI, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Eva PIPIRAS, Jonathan LÉVY, Celine DUPONT, Laurence PERRIN, Alain VERLOES, Anna MARUANI, Delphine HERON, Cyril MIGNOT, Brigitte BENZACKEN, Loïc DE PONTUAL, Sandra WHALEN, Jean-Pierre SIFFROI, David GERMANAUD, Valérie BIRAN, Richard DELORME, Thomas BOURGERON, Anne-Claude TABET (PARIS)
12:15 - 12:30 #20002 - CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.
CS54 Rendement diagnostique du séquençage d’exome dans le trouble du spectre de l’autisme.

Le TSA (Trouble du Spectre de l’Autisme) est caractérisé par l’apparition précoce de difficultés persistantes dans les interactions sociales associées à un caractère restreint des activités. Le déterminisme génétique du TSA est complexe, incluant de nombreux facteurs génétiques. Ces dernières années, un très important effort de recherche a permis l’identification de plusieurs centaines de facteurs de risque génétique dans le TSA, répartis en 3 grandes catégories : (1) gènes responsables de troubles neurodéveloppementaux monogéniques dont l’autisme est l’une des manifestations possibles, (2) CNVs récurrents associés à l’autisme dans des études cas/témoins et (3) gènes présentant un excès de mutations tronquantes de novo dans les études de trios. Il importe maintenant de retranscrire ces avancées sur le rôle des variants rares de fort impact en des termes directement utilisables par les cliniciens à l’issue de la consultation de génétique recommandée par la HAS pour tout patient avec TSA.  Pour cela, nous avons établi des critères stricts pour la classification des gènes à risque ainsi que pour l’interprétation des variants et conduit une étude pilote sur 253 patients adressés à notre consultation suite à un diagnostic établi par notre centre de ressources autisme.

Nous avons séquencé l’exome de ces patients, dont 68 présentaient une déficience intellectuelle comorbide et 90 avaient reçu un diagnostic de syndrome d’Asperger. Notre pipeline bio-informatique a permis la détection des variants nucléotidiques et des variations du nombre de copies (copy-number variation, CNV). Nous avons utilisé des critères stringents pour la conception d’une liste de 217 gènes associés au TSA de façon certaine ou probable et classé ces gènes dans l’une au moins des trois catégories précédemment décrites. Pour les variants retenus, la transmission a été obtenue par séquençage Sanger des parents.

Nous avons détecté un variant génétique conférant un risque de TSA chez 19,7% des patients (IC95% : [15%-25,2%]), dont 18 sont des CNVs (7,1% [4,3%-11%]) et 32 des variants nucléotidiques (12,6% [8,8%-17,4%]). Lorsque l’échantillon a été séparé en sous-groupes cliniques, les patients avec déficience intellectuelle présentaient le taux de détection de variants pathogènes le plus élevé (30,1% [20,2%-43,2%]). Le groupe de gènes présentant un excès de variations de novo tronquantes (n= 81) est le plus fort contributeur de variants à risque chez nos patients. Les récentes grandes études de trio ayant permis leur découverte ont donc un impact majeur pour le diagnostic étiologique du TSA.

Dans la mesure où il n’y a pas actuellement de preuve d’une implication nécessaire et suffisante de ces gènes dans le TSA, nous recommandons d’éviter le terme « gènes/variants causaux de TSA » lors du rendu diagnostique et de préférer le terme « facteur de risque génétique de TSA ». Les implications de ces résultats en terme de conseil génétique seront discutées.

Thomas HUSSON (Rouen), Lecoquierre FRANÇOIS, Kevin CASSINARI, Charbonnier CAMILLE, Quenez OLIVIER, Goldenberg ALICE, Guerrot ANNE-MARIE, Richard ANNE-CLAIRE, Anne-Claire BREHIN, Soleimani MARYAM, Taton ROMAIN, Maud ROTHARMEL, Antoine ROSIER, Pascal CHAMBON, Le Meur NATHALIE, Joly-Helas GÉRALDINE, Saugier-Veber PASCALE, Anne BOLAND, Deleuze JEAN-FRANÇOIS, Robert OLASO, Thierry FREBOURG, Gael NICOLAS, Olivier GUILLIN, Dominique CAMPION
Auditorium François 1er

Jeudi 23 janvier

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B32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 10
Oncogénétique

Modérateurs : Edouard COTTEREAU (médecin) (Tours), Julie TINAT (Médecin) (Bordeaux)
11:00 - 11:15 #20149 - CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.
CS55 Description de la série française des patients porteurs de variations bialléliques pathogènes du gène NTHL1 issue des laboratoires du GGC.

Les variations pathogènes bialléliques du gène NTHL1 (Nth Like DNA Glycosylase 1) codant une glycosylase impliquée dans le mécanisme de réparation de l’ADN par excision de base (BER), sont décrites comme responsables d’une prédisposition au cancer colorectal et au développement de polypes adénomateux multiples. Actuellement, seuls 34 patients porteurs de variations pathogènes bialléliques de NTHL1 appartenant à 22 familles ont été rapportés. Le spectre tumoral des porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 est dominé par les cancers colorectaux mais d’autres tumeurs de localisations variées ont été rapportées : cancers du sein, tumeurs cérébrales, cancers urothéliaux, carcinomes basocellulaires, cancers hématologiques et cancers de l’endomètre. Actuellement, le gène NTHL1 n’est pas analysé au titre du diagnostic en France, même s’il est inclus dans des panels recherche. L’objectif de cette étude nationale consiste à documenter le nombre et le phénotype des patients porteurs d’une variation biallélique du gène NTHL1 identifiée dans les laboratoires du Groupe Génétique et Cancer. Le gène NTHL1 est principalement analysé dans un contexte de polypose ou de cancer colorectal mais aussi dans le cadre d’un panel recherche élargi. Parmi les 10 centres effectuant l’analyse du gène, nous avons recueilli les données de 10 nouveaux patients porteurs de variations bialléliques du gène NTHL1 issus de 9 familles différentes. Il s’agit de 6 variants distincts rapportés à l’état homozygote ou hétérozygote composite. La plupart des patients ayant bénéficié d’une coloscopie (7/8) ont présenté des polypes adénomateux et/ou hyperplasiques avec un âge moyen au diagnostic de 52 ans [24-63]. Nous rapportons dans cette série un cancer du côlon à 58 ans, un cancer duodénal à 52 ans, un cancer de l’endomètre à 51 ans, un sarcome sinonasal à 46 ans, deux cancers du sein à 42 ans et 47 ans, deux carcinomes basocellulaires à 40 ans et 64 ans, un cancer du pancréas à 54 ans, un cancer de la prostate à 47 ans et un ostéosarcome à 54 ans avec l’existence de 3 cas de tumeurs primitives multiples. Il s’agit de la deuxième série en nombre de patients rapportés. Ce travail national, en augmentant les connaissances sur le spectre phénotypique des porteurs d’altérations bialléliques du gène NTHL1, encouragerait l’inclusion de ce gène dans le panel Tube digestif du Groupe Génétique et Cancer avec recommandations de prise en charge digestive adaptées aux patients à haut risque. En revanche, l’établissement de recommandations de surveillance liée au risque des autres cancers nécessite des études épidémiologiques approfondies.

Flavie BOULOUARD (Caen), Edwige KASPER, Marie-Pierre BUISINE, Gwendoline LIENARD, Stéphanie VASSEUR, Sandrine MANASE, Michel BAUAU, Virginie BUBIEN, Florence COULET, Véronica CUSIN, Marion DHOOGE, Lisa GOLMARD, Vincent GOUSSOT, Nadim HAMZAOUI, Elodie LACAZE, Sophie LEJEUNE, Jacques MAUILLON, Stéphane PINSON, Jean-Marc REY, Camille TLEMSANI, Christine TOULAS, Nancy UHRHAMMER, Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE, Thierry FREBOURG, Claude HOUDAYER, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Les Laboratoires Du GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER (GGC)
11:15 - 11:30 #20108 - CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.
CS56 Recommandations nationales du Groupe Génétique et Cancer – Unicancer sur les modalités d’analyses en panels multi-gènes dans les prédispositions héréditaires aux tumeurs du tube digestif.

INTRODUCTION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet d'analyser simultanément un grand nombre de gènes. Des panels de gènes dits «digestifs», ont été récemment mis en place et sont couramment utilisés dans de nombreux laboratoires de génétique moléculaire français. En l'absence de recommandations nationales, il existe des disparités dans la composition de ces panels et dans la prise en charge des patients porteurs de mutations délétères.

MATERIELS ET METHODES

Afin d’harmoniser ces nouveaux panels, le Groupe Génétique et Cancer (GGC)-Unicancer a constitué un groupe de travail de 19 experts (généticiens cliniciens et moléculaires, conseiller en génétique, gastroentérologues et épidémiologistes français) qui ont procédé à une revue de la littérature pour 31 gènes jugés d’intérêt en cas de suspicion de prédisposition héréditaire aux tumeurs gastro-intestinales.

Le groupe a identifié les articles comportant des estimations de risques tumoraux. Leurs résultats et éventuels biais ont été discutés afin de valider une liste des gènes dont le risque estimé semblait suffisamment fiable et élevé pour une utilisation clinique.

En raison de leur statut bien établi, les gènes MMR et APC n’ont pas été évalués. Pour le gène MUTYH, seuls les risques associés aux mutations délétères mono alléliques ont été étudiés.

Ont été retenus pour constituer le panel, les gènes dont les mutations sont associées à un risque de tumeurs du tube digestif et / ou à un phénotype digestif bien établis, justifiant une prise en charge spécifique.

RESULTATS

Ce travail a permis de définir un panel de 14 gènes d'intérêt clinique confirmé : APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH (mutations bi-allélique), PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4 et STK11 que le GGC-Unicancer recommande d'utiliser lors d’une suspicion de prédispositions aux cancers du tube digestif.

Les raisons de l'exclusion des 17 autres gènes ont été argumentées. 

L’insuffisance des estimations des risques tumoraux associés a mené à l’exclusion de gènes, en particulier CTNNA1, MSH3 et NTHL1, malgré des arguments physiopathologiques très évocateurs comme leur implication dans certaines voies moléculaires.

Les recommandations de dépistage, de prévention et le conseil génétique ont été discutés pour tous les gènes évalués.

CONCLUSION

Face à une suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers du tube digestif avec ou sans polypose, le groupe GGC-Unicancer recommande d'utiliser ce panel de 14 gènes d'intérêt clinique établi.

En raison de l’évolution rapide des connaissances, une mise à jour annuelle de la littérature est prévue pour améliorer ce panel en cas de données nouvelles sur des gènes candidats.

Des études génétiques et épidémiologiques sont nécessaires pour mieux estimer les risques associés aux gènes non sélectionnés dans le panel actuel.

 

Marion DHOOGE (Paris), Stéphanie BAERT-DESURMONT, Carole CORSINI, Nadine ANDRIEU, Valérie BONADONA, Pascaline BERTHET, Bruno BUECHER, Olivier CARON, Odile COHEN-HAGUENAUER, Christine LASSET, Capucine DELNATTE, Antoine DE PAUW, Sophie DUSSART, Dominique LEROUX, Christine MAUGARD, Jessica MORETTA-SERRA, Cornel POPOVICI, Chrystelle COLAS, Catherine NOGUES
11:30 - 11:45 #20138 - CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.
CS57 Développement et validation d’un essai fonctionnel TP53 rapide sur prélèvement sanguin.

Chez un patient atteint d’un cancer, l’identification d’une variation constitutionnelle pathogène de TP53 a un impact médical majeur, à la fois pour la prise en charge thérapeutique (chirurgie élargie plutôt que radiothérapie et chimiothérapie complémentaire pour réduire le risque de tumeurs secondaires) et pour son suivi et celui des apparentés porteurs, suivi incluant IRM corps entier, IRM cérébrale et IRM mammaire. Le défi majeur pour les laboratoires diagnostiques est l’interprétation des variations détectées dans ce gène qui sont majoritairement des variations faux-sens. Le nombre de variants de TP53 à interpréter est en évolution rapide suite à l’intégration récente de ce gène dans les panels élargis tels que ceux dédiés aux prédispositions génétiques aux cancers du sein et de l’ovaire. Notre équipe a développé il y a quelques années un test fonctionnel simple pour évaluer l’impact de variants sur l’activité transcriptionnelle de p53. Ce test réalisé dans le contexte génétique des patients nécessite l’établissement d’une lignée lymphoblastoïde, ce qui n’est pas compatible avec les exigences du diagnostic en termes de délai. Nous avons donc développé un essai fonctionnel réalisé directement sur le sang des patients et permettant d’obtenir rapidement un résultat en 7 jours. Après prélèvement sur tube EDTA, les cellules mononuclées du sang sont isolées et stimulées pendant 48h avec une combinaison de mitogènes, puis exposées pendant 8 heures à la doxorubicine afin d’induire un stress génotoxique. La réponse transcriptionnelle médiée par p53 est évaluée à la fois par RT-QMPSF et RT-MLPA mesurant l’expression de (i) 10 gènes cibles de p53, (ii) de TP53 lui-même, (iii) de 3 gènes contrôles insensibles au stress génotoxique et (iv) d’un gène marqueur du stress génotoxique. Ce test rapide permet également de révéler de façon simultanée l’impact d’altérations sur les niveaux de transcrit du gène TP53. Nous avons à ce jour réalisé cet essai fonctionnel sur près de 80 prélèvements de cas index ou d’apparentés adressés à notre laboratoire pour analyse de TP53 parmi lesquels 18 étaient porteurs d’un variant de TP53. Le test a été réalisé en aveugle en parallèle du criblage mutationnel. Les variants de classe 4 et 5 ont été clairement identifiés dans ce test par un score fonctionnel réduit par rapport aux individus de génotype sauvage. Parmi ces variants, les mutations aboutissant à un codon stop prématuré (mutation frameshift, mutation d’épissage) ont été révélées par une réduction des niveaux de transcrits de p53 par le NMD (nonsense-mediated mRNA decay). A l’aide de ce test, nous avons maintenant entrepris d’analyser des variants de signification biologique inconnue de TP53 et d’évaluer la réponse transcriptionnelle liée à p53 dans les cellules de patients très évocateurs d’un Li-Fraumeni sans mutation détectée des régions codantes de TP53 afin de démasquer d’éventuelles altérations cryptiques. * S.RAAD et M. ROLAIN contribution égale

Sabine RAAD, Marion ROLAIN, Sophie COUTANT, Céline DERAMBURE, Raphaël LANOS, Emilie BOUVIGNIES, Stéphanie VASSEUR, Edwige KASPER, Abdellah TEBANI, Stéphanie BAERT-DESURMONT, Soumeya BEKRI, Gaëlle BOUGEARD, Thierry FRÉBOURG, Isabelle TOURNIER (ROUEN)
11:45 - 12:00 #19654 - CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?
CS58 Ostéosarcome primaire sans rétinoblastome et variant pathogène constitutionnel RB1 à faible pénétrance : une nouvelle entité clinique du syndrome de prédisposition héréditaire lié à RB1?

Introduction: Le rétinoblastome (Rb) est une tumeur maligne intraoculaire rare de l’enfant dont la survie globale est élevée. La prédisposition au Rb est liée à des mutations constitutionnelles du gène RB1 avec une forte pénétrance dans la majorité des cas, mais des variants rares de RB1 à faible pénétrance sont également connus. Les patients avec un antécédent personnel de rétinoblastome ont un sur-risque de développer une tumeur maligne (primitive) secondaire, principalement un ostéosarcome et/ou un sarcome des tissus mous. Néanmoins, le risque de survenue d'ostéosarcome primaire chez les porteurs de mutation germinale RB1 n’ayant pas développé de rétinoblastome n’a encore jamais été rapporté.
Méthode : Nous décrivons un patient sans Rb qui a développé un ostéosarcome à 17 ans dans un contexte familial de sarcome.
Résultats: De manière inattendue, les analyses génétiques ont identifié une mutation germinale à faible pénétrance du gène RB1 [NM_000321.2: c.45_76dup; p. (Pro26Leufs*50)]. Huit autres patients porteurs de mutations RB1 à faible pénétrance, issus de la littérature et de la cohorte française de l’Institut Curie, ont également développé des ostéosarcomes et sarcomes sans Rb au préalable.

Conclusion : Nous proposons que la survenue initiale d’un sarcome ou d’un ostéosarcome primaire pourrait être une nouvelle présentation clinique de la prédisposition héréditaire lié aux variants pathogènes de RB1 à faible pénétrance. D’une part, une vigilance clinique accrue est nécessaire dans ces familles afin de dépister les tumeurs malignes primaires et secondaires telles que les sarcomes ou les ostéosarcomes. D’autre part, en complément de la surveillance ophtalmologique se discute la réalisation d’une surveillance radiologique par IRM corps entier chez les apparentés asymptomatiques porteurs de la mutation RB1 de faible pénétrance.

Marion IMBERT-BOUTEILLE, Marion GAUTHIER-VILLARS, Dominique LEROUX, Isabelle MEUNIER, Isabelle AERTS, Livia LUMBROSO-LE ROUIC, Sophie LEJEUNE, Capucine DELNATTE, Caroline ABADIE, Pascal PUJOL, Claude HOUDAYER, Carole CORSINI (MONTPELLIER)
12:00 - 12:15 #19885 - CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.
CS59 Identification de potentielles séquences régulatrices distantes des gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Près de 5 % des cancers du sein et de l’ovaire correspondent à des formes familiales liées à une prédisposition génétique. Depuis ces deux dernières décennies, de nombreuses mutations délétères conférant des niveaux de risques variables en fonction du gène affecté ont été décrites. De même, de nombreuses études pangénomiques ont mis en évidence l’existence de SNPs conférant un risque faible. Ces différentes mutations et SNPs ainsi que leur combinaison ne peuvent néanmoins expliquer l’ensemble des situations cliniques évocatrices d’un risque génétique augmenté. Cette hérédité manquante pourrait ainsi être due à des situations multigéniques ou  oligogéniques mais aussi à des événements présentant un déterminisme monogénique et affectant les séquences non codantes du génome. En effet, plusieurs études génomiques ont démontré que pour de nombreuses pathologies humaines incluant le cancer, les variants rares ne se cantonnent pas au 2% codant du génome mais qu’une grande majorité se situe dans des régions du génome occupées par des protéines liant l’ADN. Ces variants pourraient dès lors altérer des séquences régulatrices proximale ou distante, et ainsi l’expression des gènes associés.  Afin d’identifier les séquences régulatrices à distance des gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D) peu caractérisées, nous avons utilisé la méthode de capture de la conformation des chromosomes « capture-C » qui combine la technologie de capture d'oligonucléotides,  la technologie 3C et le séquençage à haut débit permettant ainsi d'interroger à haute résolution dans un seul test les interactions en cis et potentiellement en trans pour des centaines de locus sélectionnés. Dans un premier test, nous avons pu ainsi identifier des régions d’interactions avec les promoteurs de chacun de ces gènes dans des cellules primaires mammaires sauvage ou irradiées afin d’induire des cassures double brin de l’ADN. Ces zones d’interaction se situent entre une dizaine de Kb et jusqu'à 1 Mb en amont ou aval du promoteur des gènes étudiés. De plus, certaines de ces zones d’interaction interagissent de manière différentielle en fonction de l’irradiation ou non des cellules. La comparaison des données de la capture-C avec les données de Hi-C de la littérature montre que certaines interactions ne sont pas comprises dans le domaine d’association topologique (TAD) ou se trouve le gène correspondant et montre ainsi des interactions inter-TADs. Aucune interaction en trans n’a pu être observée dans ces conditions. L’identification des potentielles séquences régulatrices distantes des gènes BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C et RAD51D sera répliquée dans les cellules mammaires puis poursuivie dans des cellules primaires ovariennes et prostatiques afin d’identifier les séquences régulatrices tissu spécifique. L’impact de variants affectant ces séquences sera ensuite étudié dans le cadre de la prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire.

Nicolas GOARDON (Caen), Agathe RICOU, Alexandre ATKINSON, Edwige LEMOISSON, Marilyne GUILLAMIN, Victor BARRAUX, Alain BATALLA, Germain ROUSSELET, Sophie KRIEGER, Laurent CASTERA, Laurent POULAIN, Paul-Henri ROMEO, Thierry FREBOURG, Dominique VAUR
12:15 - 12:30 #20008 - CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.
CS60 Caractérisation de 200 variations hétérozygotes du gène PMS2 identifiées chez 195 patients français présentant un syndrome de Lynch.

Une variation pathogène hétérozygote du gène PMS2 est identifiée chez environ 5 % des patients présentant un syndrome de Lynch. Cependant cette contribution est probablement sous-estimée et la description du phénotype associé limitée, compte-tenu de la complexité des techniques d’analyse requises, liées à l’existence de nombreux pseudogènes très homologues. Nous rapportons 200 variations hétérozygotes du gène PMS2, incluant 112 variations distinctes, identifiées chez 195 patients français, analysés dans les laboratoires de Lille, Lyon et Rouen. Nous avons classé, selon les critères InSiGHT et NGS-Diag adaptés de l’ACMG, 67 % des variations en pathogènes (classe 5), 7 % en probablement pathogènes (classe 4) et 26 % en variations de signification inconnue (classe 3). Les réarrangements génomiques représentaient 18 % des altérations. Nous avons mis en évidence des variations récurrentes, notamment la variation c.137G > T, p.(Ser46Ile) identifiée chez 18 % des patients, et pour laquelle nous avons exploré l’hypothèse d’un effet fondateur. Dans cette série, les 161 patients porteurs d’une variation de classe 4 ou 5 de PMS2, ont présenté leur première tumeur à 49 ans en moyenne. Il s’agissait majoritairement d’un cancer colorectal (80 %) ou d’un cancer de l’endomètre (8 %). De manière remarquable, sept patients ont développé un cancer colorectal avant l’âge de 30 ans, le plus jeune à 21 ans. Seuls 6 % des patients porteurs d’une variation pathogène appartenaient à une famille répondant aux critères d’Amsterdam (II). Les tumeurs des patients porteurs de variations pathogènes de PMS2 présentaient une instabilité microsatellitaire (96 %) et une perte d’expression isolée de la protéine PMS2 en immunohistochimie (76 %), confirmant ainsi la valeur prédictive positive des analyses somatiques. Nous confirmons donc sur cette série de 195 patients français (i) la faible pénétrance globale des variations pathogènes du gène PMS2, en soulignant toutefois que cela n’exclut pas la survenue de cas précoces de cancers (5 % avant 30 ans) et donc l’implication de facteurs modificateurs, et (ii) la  haute valeur prédictive positive de la perte d’expression isolée de la protéine PMS2, vis-à-vis d’une altération constitutionnelle du gène. Le gène PMS2, malgré sa complexité d’analyse spécifique, est désormais inclus dans les panels de gènes de prédisposition au cancer colorectal, mais également au syndrome sein/ovaire, ce qui conduit à l’identification d’un nombre croissant de variations de signification inconnue, dont la présence doit être confirmée par une méthode indépendante du NGS garantissant l’analyse spécifique du gène PMS2. Dans ce contexte, cette série de 200 variations interprétées constitue un atout majeur pour harmoniser l’expertise d’interprétation au niveau national et international.

Qing WANG, Julie LECLERC, Gaëlle BOUGEARD, Sylviane OLSCHWANG, Stéphanie VASSEUR, Kévin CASSINARI, Denis BOIDIN, Cedrick LEFOL, Pierre NAÏBO, Thierry FREBOURG, Marie-Pierre BUISINE, Stéphanie BAERT-DESURMONT (ROUEN), (Ggc) LE GROUPE GÉNÉTIQUE ET CANCER
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 11
Conseil génétique, éthique...

Modérateurs : Viviane HIMILY (conseillère en génétique) (TOURS), Nicolas TARIS (Conseiller en Génétique) (STRASBOURG)
11:00 - 11:15 #19943 - CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.
CS61 Impact psychosocial du test génétique prédictif dans les maladies cardiaques héréditaires : étude PREDICT.

Les maladies cardiaques héréditaires ont un mode de transmissi(on le plus souvent autosomique dominant. Ces pathologies exposent au risque de troubles du rythme et/ou d’insuffisance cardiaque. L’expression cardiaque est le plus souvent retardée à l’âge adulte et la pénétrance parfois incomplète. Depuis 1999 un test génétique prédictif est disponible pour les apparentés asymptomatiques. Il permet d’identifier ceux qui ne sont pas à risque de développer la maladie et ceux qui nécessitent un suivi médical spécifique. L’impact psycho-social du test génétique prédictif est cependant mal connu dans ces pathologies.

L’objectif est d’évaluer l’impact psychologique et socio-professionnel de la révélation du statut génétique sur des consultants adultes ayant réalisé un test génétique prédictif pour une maladie cardiaque héréditaire.  

Il s’agit d’une étude multicentrique (20 centres en France). L’avis et le vécu des consultants a été recueilli via des auto-questionnaires comprenant : échelle d’anxiété STAI, échelle d’impact de l’évènement (IES), évaluation du protocole de la consultation, de l’impact socio-professionnel, des modifications des relations interfamiliales. Dans l’étude prospective, trois auto-questionnaires ont été remplis à différents moments et dans l’étude rétrospective un seul à distance du rendu de résultat.

Un total de 517 consultants (42.3±16.7 ans, 60.6% femmes) ont été inclus (prospectif N=264 ; rétrospectif N=253). Les principales motivations pour réaliser le test étaient : 65.3% « pour lever le doute », 64.0%, « pour les enfants », 34.9% « pour bénéficier d’une surveillance médicale ». La majorité des consultants n’ont pas exprimé de regret à l’issu du test (2.3% ont regretté). Le résultat n'a pas entraîné de changement socioprofessionnel ni de changement dans les relations familiales dans 60,7% des cas (étude prospective). L’étude rétrospective met en évidence plus de changements dans le statut socioprofessionnel et/ou dans les relations familiales (changements perçus comme favorables ou défavorables) chez les porteurs de mutations (p < 0,0001). Le niveau d'anxiété (STAI) augmente avant le résultat du test et diminue pour revenir au niveau de base. Les sujets initialement anxieux sont plus susceptibles d'être anxieux après le résultat du test (p < 0,0001), quel que soit le résultat du test (étude prospective). Les sujets ayant des antécédents de dépression étaient plus susceptibles de développer de l'anxiété (p=0,004), quel que soit le résultat du test (étude rétrospective).

Nos résultats montrent que contrairement à l’idée reçue, le bénéfice médical n’est pas la motivation première des consultants réalisant un test génétique prédictif en cardiogénétique. La révélation du statut génétique n’entraine pas ou peu d’impact négatif au niveau psychologique et socio-professionnel, lorsque la démarche est réalisée au sein d’une équipe ayant une expertise en médecine prédictive.

Céline BORDET (PARIS), Sandrine BRICE, Carole MAUPAIN, Estelle GANDJBAKHCH, Bertrand ISIDOR, Aurélien PALMYRE, Alexandre MOERMAN, Annick TOUTAIN, Sylvie ODENT, Anne Claire BREHIN, Laurence OLIVIER FAIVRE, Caroline ROORYCK THAMBO, Elise SCHAEFER, Karine NGUYEN, Delphine DUPIN DEGUINE, Cecile ROUZIER, Pierre Simon JOUK, Marylin LACKMY PORT LIS, Isabelle DENJOY, Stephanie STARACI, Rafik MANSOURI, Amine BEKHECHI, Ibticem RAJI, Veronique FRESSART, Flavie ADER, Pascale RICHARD, Sophie TEZENAS DU MONTCEL, Marcela GARGIULO, Philippe CHARRON
11:15 - 11:30 #19832 - CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.
CS62 Les attitudes de populations françaises envers l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées.

L’utilisation des techniques de séquençage nouvelle-génération permet de détecter un nombre croissant d’anomalies génétiques non sollicitées. La découverte de ces informations soulève des questions éthiques concernant le retour de ces données au patient. Le but de notre étude était de mettre en évidence les points de vue des personnes issues du grand public, des patients suivis en service de génétique médicale, et des professionnels de santé concernant l’acceptabilité de l’annonce, à un patient, de la découverte d’une anomalie non sollicitée dans diverses situations. Nous avons interrogé 449 participants afin qu’ils évaluent si la décision du médecin concernant l’annonce de résultats non sollicités leur semble appropriée. Pour ce faire, deux jeux de 36 scénarios ont été présentés aux participants. Ces deux jeux diffèrent sur la pénétrance de la maladie (multifactorielle ou monogénique) et ont été créés à l’aide de toutes les combinaisons possibles de trois facteurs (l’information et le consentement du patient sur la découverte d’une anomalie non sollicitée ; la prévention et le traitement de la maladie non sollicitée ; la décision du médecin pour annoncer les résultats non sollicités). Les profils de réponses ont été regroupés en six clusters différents. Les résultats montrent que les patients, les personnes issues du grand public et les professionnels de santé prennent tous en considération les aspects éthiques, mais les professionnels de santé prennent en considération les aspects médicaux dans une plus large mesure que les deux autres populations dans l’acceptabilité de l’annonce des découvertes non sollicitées.

Marion ROSIER (TOULOUSE), Myriam GUEDJ, Patrick CALVAS, Sophie JULIA, Christelle GARNIER, Anne CAMBON-THOMSEN, Maria Teresa MUÑOZ SASTRE
11:30 - 11:45 #19820 - CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.
CS63 Les tests génétiques vus par les médecins non généticiens : Une collaboration à amplifier avec les généticiens.

Faisant le constat d’une prescription massive d’un examen des caractéristiques génétiques d’une personne (ECGP) dans toutes les disciplines médicales et à tous les âges de la vie, la génétique est devenue une étape courante et indispensable de la prise en charge des patients. Pourtant, ces pratiques sont caractérisées par une incertitude entre l’essor technologique de la connaissance du génome et les applications pour le diagnostic, les soins, et la prévention. 

Par ailleurs, de par ses spécificités en termes d’interprétations, de risque héréditaire ou de tests présymptomatiques, l’ECGP fait l’objet d’un encadrement juridique contraignant ainsi que de recommandations de bonnes pratiques. Cet essor de données réglementaires autour des droits des personnes (notamment en termes d’information individuelle et à la parentèle, de formalisation du consentement et de protection de la personne) et un décalage avec les pratiques caractérisent également ce domaine médical.

 Il nous est apparu indispensable d’explorer ces pratiques auprès des médecins non généticiens, qui sont et deviendront de plus en plus premiers acteurs de cette prescription. En effet des questions majeures accompagnent la prescription et le retour de résultats dans les années à venir et les équipes n’ont pas à ce jour de réponses ni de référentiels toujours clairs. Ces situations peuvent générer de grandes incertitudes et disparité de pratiques.

 Nous avons donc conçu une étude qualitative selon une méthodologie de nature sociologique avec des entretiens de médecins prescripteurs inclus dans des focus groups. Une grille d’entretiens a été élaborée après une étude exploratoire. Le champ d’études a été restreint à 4 régions administratives (Bretagne, Pays de Loire, Centre et Normandie) et à deux disciplines médicales complémentaires et emblématiques de l’utilisation courante des tests génétiques selon des capacités différentes de traitement et de prévention : l’oncologie et la neurologie. Nous avons ainsi pu mener 6 focus groups réunissant 22 médecins issus des 2 spécialités de neurologie et onco-endocrinologie au cours de l’année 2018 (Angers, Caen, Nantes, Orléans, Rennes et Tours).

 Après accord des participants, ces entretiens ont fait l’objet d’un enregistrement et d’une retranscription pour réaliser une analyse de contenu ayant pour but de documenter les divers registres et critères auxquels se réfèrent spontanément les professionnels pour apprécier les modalités de recours à cet examen, sa justification, son organisation, ses effets voulus et non-voulus.

Les points saillants de ces analyses de contenu seront présentés. En particulier, les tensions générées par cet ECGP et les vacillements professionnels induits conduisent à une demande de renforcements des collaborations entre généticiens et non-généticiens.

Laurent PASQUIER (RENNES), Guy MINGUET, Sylvie MOISDON-CHATAIGNER, Philippe DENIZEAU, Pascal JARNO, Ginette VOLF, Sylvie ODENT, Grégoire MOUTEL
11:45 - 12:00 #19812 - CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.
CS64 Tests génétiques préconceptionnels : résultats d’une première enquête française.

Introduction 

Les tests génétiques préconceptionnels ont jusqu’à très récemment uniquement concerné certaines communautés, ethnies, ou familles pour lesquelles un surrisque de maladie génétique était identifié. Un nouveau type de test préconceptionnel pourrait maintenant être proposé à la population générale. Ce test permet d’évaluer le risque pour un couple d’avoir un enfant atteint de certaines maladies génétiques rares, autosomiques récessives ou liées à l’X. Accessible à l’étranger, il n’est pas encore autorisé en France. L’objectif de notre étude était d’évaluer l’opinion de la population française concernant l’utilisation de ce type de tests.

Matériel et méthodes

L’étude repose sur un questionnaire, disponible en version imprimée et sur le logiciel de sondage en ligne Sphinx®, du 10 novembre 2017 au 05 mars 2018.  Il a été proposé à la population générale via des mailing-lists personnelles et d’associations, ainsi que sur des réseaux sociaux et au sein de cabinets médicaux. Une analyse descriptive a été réalisée et complétée par une analyse multivariée, par régression logistique, avec comme variable à expliquer l’opinion favorable à l’accès au test en France.

Résultats 

Mille cinq cent soixante-huit personnes ont participé à l’étude, 91 % sont favorables à l’accès à ce type de test en France et 57 % réaliseraient le test en cas de projet parental. Soixante-treize pour cent sont favorables à un test accessible sous prescription médicale et 78 % sont en faveur d’un remboursement par la sécurité sociale. Dix-neuf pour cent ne souhaiteraient pas recourir à ce test. Les principaux arguments avancés par les opposants au test sont les convictions éthiques et morales, l’inquiétude que ce test pourrait engendrer et la possible remise en question du projet parental. La majorité des participants estime que ce test est une véritable avancée médicale, mais qu’il peut également engendrer un risque de surmédicalisation de la grossesse et une dérive eugéniste.

Discussion 

Notre étude rapporte une opinion largement favorable à l’accès au test en France,  prescrit par un médecin, ainsi qu’à son remboursement. Cependant, chez les sujets ayant un projet parental et bien qu’ils soient directement concernés par cet examen, nous mettons en évidence une tendance moins favorable à l’accès au test en France. Bien que le test soit considéré comme une avancée médicale qui permettrait de diminuer le risque de handicap pour la descendance, les risques de dérive eugéniste et d’inquiétude générée par ces tests sont également évoqués par la majorité des participants. Le parcours de soins des futurs utilisateurs de ce test est un des enjeux de la diffusion du dépistage génétique préconceptionnel, puisque les informations dont ils disposeront et la réalisation éventuelle du test dépendront des ressources des professionnels de santé consultés

Valérie BONNEAU, Mathilde NIZON, Xénia LATYPOVA, Aurélie GAULTIER, Eugénie HOARAU, Stéphane BÉZIEAU, Guy MINGUET, Mauro TURRINI, Maud JOURDAIN, Bertrand ISIDOR (Nantes)
12:00 - 12:15 #20136 - CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».
CS65 Tests génétiques par les sociétés « DTC » : mise en garde sur des pratiques dangereuses et rappel des fondamentaux requis avant tout test génétique « prédictif ».

Alors qu’il est aujourd’hui interdit en France de pratiquer des tests génétiques en dehors d’une prescription médicale ou d’une décision de justice, de plus en plus de nos concitoyens peuvent avoir accès à des données concernant leur génome en passant par des sociétés privées étrangères travaillant, via internet, en Direct To Consumer (DTC). Ces sociétés proposent, pour quelques centaines d’euros, un séquençage du génome (WGS : Whole Genome Sequencing) qui leur permet d’estimer les risques de développer un certain nombre de maladies génétiques mendéliennes ou multifactorielles.

Sous couvert d’une meilleure connaissance des risques et de la possibilité d’agir sur son mode de vie, voire de mettre en place une surveillance adaptée, et arguant de l’autonomie de décision de chacun, ces sociétés « DTC » vendent ces tests sans engager leur responsabilité en expliquant qu’elles ne fournissent aucun conseil médical. Par ailleurs, les offres commerciales proposées sont contraires aux principes fondamentaux qui régissent la réalisation des tests génétiques en France : nécessité d’une information claire et loyale avant la réalisation d’un test, nécessité de recueillir le consentement basé sur un choix éclairé de la personne, dispositif permettant des tests de qualité (autorisation des laboratoires, agrément des généticiens moléculaires), et restitution du résultat lors d’une consultation médicale pour transmettre des recommandations de prise en charge pour la personne et ses apparentés.

Les pratiques de ces sociétés « DTC » seront illustrées avec le cas d’un homme asymptomatique de 33 ans qui a sollicité en urgence la consultation de génétique de l’Institut Curie après avoir réalisé un WGS via internet et avoir été informé par e-mail de l’identification de deux variants pathogènes, l’un du gène TP53 responsable du syndrome de Li-Fraumeni et l’autre du gène APC responsable de la polypose adénomateuse familiale. Aucun des principes fondamentaux de la pratique de génétique médicale rappelés plus haut n’a été respecté et la qualité du test génétique s’est avérée désastreuse puisqu’il s’agissait, après vérification, de deux faux positifs. Nous montrerons que ce test, en plus d’avoir généré une anxiété majeure, a conduit à la réalisation d’examens de dépistage invasifs et a généré des dépenses de santé inutiles.

Alors que la révision de la loi de de bioéthique est examinée au Parlement et que certains plaident pour une libéralisation de l’accès des tests via internet, il nous apparait indispensable de défendre les principes d’encadrement des tests génétiques mis en œuvre dès la loi de 1994 et de poursuivre les développements technologiques et de recherche qui permettent d’aller vers des estimations individuelles de risque les plus précises possible. Il nous revient également de communiquer clairement auprès de la population et de nos collègues non généticiens sur le caractère dangereux que peuvent avoir ces tests s’ils ne sont pas réalisés dans un cadre strict.

Antoine DE PAUW (PARIS), Mathias SCHWARTZ, Chrystelle COLAS, Lisa GOLMARD, Dominique STOPPA-LYONNET
12:15 - 12:30 #19788 - CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.
CS66 La maladie génétique s’invite dans la famille, conséquences pour la fratrie.

En systémie on sait bien qu’« il est impossible de ne pas communiquer » , dans ma pratique de psychologue dans un service de génétique médicale, il m’est impossible de ne pas prendre en compte la famille lorsque je rencontre quelqu’un porteur d’une maladie génétique.

Si cela concerne un enfant alors immédiatement la question des parents et de leur souffrance s’impose et souvent on est attentif à la souffrance de la fratrie que dans un second temps.

Il sera question dans cette présentation de voir comment la fratrie vit l'intrusion de la maladie génétique et du handicap qui en découle le plus souvent. Que la fratrie naisse "avec ça" ou que cela vienne faire interruption au cours de la vie. Ce tiers, non invité, va être support de changement, de représentations, de fantasmes. il peut construire ou détruire la fratrie. En tout cas il interroge l'individu sur les liens fraternels.

Notre propos prendra en compte les spécificités liées à la composante génétique de la maldie qui soulèvent de nombreuses questions pour la fratrie:

aQu’est-ce que cela représente pour un enfant d’entendre parler de maladie « génétique » ?

aUne maladie rare est ce que cela veut dire que l’on est exceptionnel ou seul ?

aPeut-on avoir une maladie qui n’a pas de nom ?

aY a-t-il dans le groupe famille des sous-groupes : malade/pas malade ? porteur/pas porteur ?

aA qui ressemble mon frère/ma sœur ? A nous ? A ceux avec la même maladie ?

aPourquoi il n’y a pas de médicament si on connait la maladie ?

Eva TOUSSAINT (BORDEAUX)
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D32
11:00 - 12:30

SESSIONS SIMULTANEES 12
Séquençage à Haut Débit

Modérateurs : Stéphane BÉZIEAU (Chef du service de génétique médicale) (Nantes), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
11:00 - 11:15 #20303 - CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.
CS67 Analyse par séquençage à haut débit ciblé d’une cohorte de 352 patients porteurs de malformations congénitales des membres.

Les syndromes malformatifs touchant les membres constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes. Plus de 150 gènes et de nombreux remaniements génomiques impliqués dans des formes syndromiques ou non syndromiques d’anomalies des membres ont été décrits en pathologie humaine. En raison de cette importante hétérogénéité génétique, une proportion élevée de patients reste sans diagnostic moléculaire. Depuis 2002, notre équipe s’est impliquée dans le diagnostic génotypique de ces pathologies avec la mise en place progressive de l’analyse de gènes impliqués dans le développement des membres. Au cours de ces dernières années, les avancées en matière de séquençage à haut débit ont permis la mise en place de nouvelles stratégies diagnostiques. Nous rapportons, ici, la première grande série de patients atteints de syndromes malformatifs touchant les membres analysés par séquençage à haut débit ciblé.

Le recrutement a été réalisé sur une période de 3 ans. Trois cent cinquante patients, cas index, ont été inclus et classés en 7 grandes catégories phénotypiques après évaluation clinique centralisée : anomalies radiales, ectrodactylies, autres anomalies réductionnelles, brachydactylies, polydactylies, anomalies de fusion et hypo/aplasies patellaires. Quarante-trois à 52 gènes ou séquences régulatrices ont été étudiés par une technologie à haut débit par capture permettant la détection des variations ponctuelles (SNP) et des variations du nombre de copies (CNV).

Au total, 134 SNP et 26 CNV ont été identifiés chez 152 patients. Soixante-douze de ces variants n’avaient encore jamais été rapportés dans la littérature.  Cent trente variants ont été classés comme pathogènes ou probablement pathogènes permettant une confirmation diagnostique chez 124 patients, soit un rendement diagnostique moyen de 35,2%.  Ce taux est meilleur dans les formes syndromiques (43%) que dans les formes isolées (26%). Une analyse de la cohorte en fonction des différentes catégories phénotypiques montre que le rendement varie de 9,5% dans le groupe des anomalies réductionnelles à 95% dans le groupe des hypo/aplasies patellaires, confirmant qu’une évaluation clinique minutieuse des patients est indispensable.

Les résultats de cette étude montrent également que, pour le diagnostic moléculaire de ces pathologies, l’approche par séquençage à haut débit de cibles bien choisies constitue un outil efficace et rentable en pratique clinique puisqu’il nous a permis d’améliorer notre rendement diagnostique de 7.7%. Sept pour cent des altérations identifiées dans la cohorte correspondant à des CNV, il est aujourd’hui indispensable d’inclure la détection de ce type d’altérations dès les premières investigations moléculaires.

Fabienne ESCANDE (LILLE), Anne-Sophie JOURDAIN, Malika BALDUYCK, Perrine BRUNELLE, William DUFOUR, Elise BRISCHOUX-BOUCHER, Cindy COLSON, Anne DIEUX, Marion GERARD, Jamal GHOUMID, Fabienne GIULIANO, Alice GOLDENBERG, Philippe KHAU VAN KIEN, Daphné LEHALLE, Gilles MORIN, Sébastien MOUTTON, Thomas SMOL, Clémence VANLERBERGHE, Florence PETIT, Sylvie MANOUVRIER-HANU
11:15 - 11:30 #20454 - CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.
CS68 Expérience du Fast-Exome en moins de 16 jours en réanimation néonatale : projet REUNIR.

L’établissement du diagnostic étiologique d’une pathologie congénitale à révélation néonatale est une étape indispensable pour guider la prise en charge des patients et proposer un conseil génétique adapté. L’apparition des nouveaux outils de génétique pangénomiques a permis de raccourcir drastiquement les délais et d’augmenter considérablement les performances diagnostiques.

Dans le cadre de l’étudemontpellieraine REUNIR (Rapide Exome en Unité de Néonatologie soins Intensifs Réanimation) financée par un appel d’offre interne, nous avons proposé d’évaluer la faisabilité et l’efficacité de la mise en place d’un circuit « d’urgence »,  afin de réduire le temps de production d’un exome-trio avec résultat définitif dans un délai maximum de 16 jours. L’étude a prévu l’inclusion de 10 enfants, âgés de 0 à 12 mois, hospitalisés en réanimation, présentant un syndrome malformatif et/ou une détresse neurologique pour lesquels une origine génétique est suspectée, sans orientation diagnostique certaine.

A l’heure actuelle, nous avons inclus 6 enfants, âgés de 8 à 60 jours,  présentant une hypotonie (5/6), des convulsions (2/6), une malformation cardiaque (2/6), des anomalies cranio-faciales (2/6), une insuffisance rénale (1/6).

Les librairies ont été préparées par SureSelect QXT Human All Exon V7 (Agilent), puis séquencées par NextSeq® 500/550 Mid Output Kit v2, Illumina. L’analyse et l’interprétation de l’exome en RCP post-test  ont pu être réalisées en moyenne en 12 jours  (8-14).

 Le rendu de résultats aux parents a pu être effectué en moins de 16 jours pour tous les patients. Le résultat était positif chez 3 patients avec identification de mutation dans les gènes NSD1 (n=1), MTM1 (n=1), KCNQ2 (n=1). Le résultat a modifié la prise en charge pour ces patients : il a permis de surseoir à la réalisation de biopsie musculaire (n=1), ponction lombaire (n=1), bilan métabolique (n=3), d’adapter le traitement épileptique spécifiquement chez le patient présentant une mutation KCNQ2, d’orienter le patient présentant une mutation MTM1 vers un protocole thérapeutique. Deux patients sont décédés (âges de décès : 6 et 113 jours). L’identification de la mutation MTM1, héritée,  a permis de proposer un conseil génétique adapté pour les apparentés concernés, incluant plusieurs femmes avec projet parental.

Le nombre de patients inclus est faible mais ces résultats préliminaires semblent néanmoins similaires à ceux  rapportés au sein des séries les plus récentes (Wu  et al.2019). Au total, à l’heure actuelle, nous confirmons la faisabilité  au sein d’un CHU français et l’intérêt du fast-exome chez des nourrissons dans des situations d’urgence en réanimation, permettant d’épargner des examens invasifs et/ou coûteux, d’identifier un diagnostic dans la moitié des cas, et d’améliorerspécifiquement la prise en charge. Ce projet nous a amené à réfléchir aux modalités d’organisation des différentes équipes protagonistes afin de réduire les délais de rendu de résultat aux familles.

Marjolaine WILLEMS (Montpellier), Guilaine BOURSIER, Kevin YAUY, Deborah MECHIN, Nathalie RUIZ-PALLARES, Christine COUBES, Lucile PINSON, Constance WELLS, Patricia BLANCHET, Marion IMBERT-BOUTEILLE, Thomas GUIGNARD, Jacques PUECHBERTY, Emmanuelle HAQUET, Odile PIDOUX, Sabine DURAND, Mahlia BADR, Christophe MILESI, Julien BALEINE, Gilles CAMBONIE, Floriane HEMERY, Maelle DEREURE, Olivier ARDOUIN, Marie-Christine PICOT, Renaud MESNAGE, Florence MASSON, Valentin RUAULT, Lucile MAZIERES, Isabelle TOUITOU, David GENEVIÈVE, Mouna BARAT-HOUARI
11:30 - 11:45 #19818 - CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.
CS69 Intérêt du séquençage de l’exome en "e;solo"e; dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes dans le contexte du Plan France Médecine Génomique 2025.

Introduction
En néphrologie adulte, les examens de génétique sont rarement prescrits et le plus souvent dans des cas archétypaux avec histoire familiale. En France, les tests génétiques habituellement réalisés sont des panels de gènes, sélectionnés au mieux selon le phénotype du patient. Depuis un an, nous avons mis en place une approche par séquençage de l’exome en première intention chez les adultes jeunes avec néphropathie d’origine indéterminée. Nous avons évalué le rendement diagnostique et les répercussions cliniques de cette approche, ceci dans le contexte des pré-indications du plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).


Patients & Méthodes        
Dans le cadre du soin courant, depuis septembre 2018, les patients incidents de moins de 45 ans, avec une néphropathie d’origine indéterminée, ont été prélevés pour un séquençage d'exome. Les patients atteints d’une polykystose dominante étaient exclus de l’étude. L’ADN génomique a été extrait, les régions codantes de l'exome (33 mégabases) ont été enrichies avec le kit Twist Human Core Exome, puis séquencées en paired-end sur NextSeq500 (Illumina). La ségrégation des variants a été étudiée par séquençage Sanger ciblé chez les apparentés, le cas échéant.   


Résultats
Cent patients non apparentés ont été séquencés en 12 mois. Le séquençage de l’exome a permis de poser un diagnostic de certitude chez 33 patients, soit un rendement diagnostique de 33%.

La majorité des patients ont été analysés en exome « solo», les deux parents n’étant disponibles pour un trio que dans 13 cas (dont 3 ayant abouti à un diagnostic de certitude).

Les principaux diagnostics génétiques étaient des basalopathies (n=10, 30 %) et des ciliopathies (n=9, 27%). Ces résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes relativement pauvres ou peu typiques. Dans tous les cas, après « reverse phenotyping », le diagnostic génétique a eu des conséquences : nouvelle perspective clinique, conseil génétique, aide pour la sélection des donneurs en cas de don vivant apparenté.

Parmi les 100 patients séquencés, seuls 21 patients auraient éligibles pour le PFMG2025, dont 3 ont abouti à un diagnostic.

  
Conclusion
Avec un rendement diagnostique important, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré, notre étude montre l'intérêt du séquençage de l’exome « solo» en 1ère intention dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes. Le critère obligatoire de l'étude en « trio » pour l’accès des patients au PFMG2025 est a posteriori restrictif en regard de notre expérience. Les diagnostics posés ont souvent été inattendus, validant l'intérêt d'une approche pangénomique d'emblée. En complément de cette étude, 4 patients avec trio ont été inclus dans le cadre du PFMG2025. L'analyse bioinformatique des séquences des génomes en trio est en cours et nous permettra de comparer les stratégies diagnostiques.

Alice DOREILLE, Laure RAYMOND, Anne-Sophie LEBRE, Laurent MESNARD ()
11:45 - 12:00 #19746 - CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.
CS70 5 années d’expérience diagnostique du séquençage haut débit de l’exome : des anomalies du développement à la médecine génomique des maladies rares.

Le diagnostic étiologique des patients atteints de maladies rares (MR) est un véritable enjeu de santé publique. En France, elles affectent plus de 6 millions de personnes, dont la moitié demeure actuellement sans cause génétique identifiée. La grande hétérogénéité clinique et génétique des MR est un véritable défi diagnostique pour le généticien. Depuis une dizaine d’années, la génétique médicale connaît un véritable bouleversement technologique avec le développement des techniques de séquençage à haut débit, permettant l’analyse de panels de gènes ciblés, de l’exome (ES) et du génome (GS).

Pionnière dans le domaine en France, notre équipe a réalisé depuis 2014 un ES diagnostique chez 1592 atteints de MR (515 positifs (33%) et 153 non concluants (10%)). Initialement, l’ES (gènes OMIM) était effectué en solo pour des raisons économiques chez les patients atteints d’anomalies du développement et/ou déficience intellectuelle (AD/DI) après ACPA normale, avec un diagnostic positif chez environ 25%. Au fil des années, nous avons développé une stratégie d’optimisation de l’analyse bioinformatique (détection des CNV +2% et des mutations de l’ADN mitochondrial +0,3%) et de l’interprétation des données (augmentation du nombre de bases de données interrogées dans le pipeline bioinformatique, RCP hebdomadaire, double lecture et pools parentaux). Une réanalyse annuelle des données, qui permet en moyenne de conclure chez 7% des patients négatifs, est également disponible à la demande des patients/cliniciens. Actuellement, le rendement diagnostique de l’ES avec pools parentaux chez les patients atteints de AD/DI sans diagnostic clinique évident s’élève à 37%. Fort de cette expérience, l’analyse d’ES a progressivement été étendue à d’autres MR telles que les maladies neurogénétiques/musculaires (77 patients), avec un taux diagnostique de 33% et la nécessité de développer de nouvelles expertises clinico-biologiques et des liens avec les réseaux de laboratoires experts. Nous avons également mis en place un circuit d’urgence pour la réanimation néonatale et le diagnostic prénatal. Par ailleurs, une réanalyse des données en recherche translationnelle (extension aux gènes non-OMIM) s’est avérée très performante avec l’identification d’environ 90 nouveaux gènes causaux, grâce à une interrogation systématique de l’ensemble de nos données et un partage de données des variations candidates sur des plateformes dédiées (GeneMatcher, DECIPHER, PhenomeCentral), qui pourront être complétées par le projet Solve-RD. Une projection de l’analyse systématique des données secondaires (différentes listes de gènes) a permis d’en évaluer les difficultés, les verrous à lever et les conséquences sur l’organisation des soins.

Notre expérience confirme la faisabilité et l’intérêt majeur d’implanter le SHD pangénomique en diagnostic de 1ère intention et de poursuivre l’analyse des données en recherche translationnelle afin de lutter contre l’impasse diagnostique dans les MR.

Christel THAUVIN (DIJON), Ange-Line BRUEL, Antonio VITOBELLO, Frédéric TRAN MAU-THEM, Arthur SORLIN, Anne-Sophie DENOMME-PICHON, Sophie NAMBOT, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Virginie QUERE, Julian DELANNE, Sébastien MOUTTON, Daphné LEHALLE, Nolwenn JEAN-MARCAIS, Pierre VABRES, Physician’S Group ORPHANOMIX, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Anne-Laure MOSCA-BOIDRON, Patrick CALLIER, Emilie TISSERAND, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE
12:00 - 12:30 Nouvelles indications PFMG 2025.
Salle 1
12:45

Jeudi 23 janvier

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B33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - THERMOFISHER SCIENTIFIC
Nos dernières innovations NGS en pratique clinique

12:45 - 13:10 Le SNPXPlex, une technique de barcoding simple et rapide assurant l’identitovigilance du diagnostic par NGS. Cecile CAZENEUVE (Praticien Hospitalier) (LYON)
13:10 - 13:25 Les challenges du dépistage préconceptionnel, comment consolider différents tests au sein d’une même solution NGS. Christophe DABADIE
13:25 - 13:45 Nouveauté Genexus, premier système NGS intégré pour du séquençage ciblé & catalogue des essais AmpliSeq On Demand. Mathieu BOIMARD
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - ILLUMINA
Comprendre les maladies génétiques, de la recherche aux applications cliniques

12:45 - 13:15 Ce que j’ai appris de la validation du séquençage de génome complet. Pierre BLANC (Praticien Hospitalier) (LYON)
13:15 - 13:45 Nouveautés Illumina 2020.
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - SOPHiA GENETICS
NGS au service de la prise en charge du cancer, projets et avenir

12:45 - 13:15 Un panel somatique HR élargi, mise en place dans le cadre de l’étude GREAT. Jacqueline LEHMANN-CHE (MCU-PH, responsable du LOM) (Paris)
13:15 - 13:45 Défis et solutions pour détecter CNV et Amplifications avec précision. Tommaso COLETTA (Suisse)
Salle 1

Jeudi 23 janvier

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E33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - INTEGRAGEN
Exome et RNA-seq en pratique clinique

12:45 - 13:05 Galileo, une application pour l’analyse dynamique des données d’expression RNA-seq. Céline VALLOT (PARIS)
13:05 - 13:25 Utilisation de Galileo pour la classification génétique des LAL de l'enfant. Aurélie CAYE-EUDE (PARIS)
13:25 - 13:45 Séquençage d’exome en diagnostic prénatal : premiers résultats de l’étude de faisabilité française. Frederic TRAN MAU THEM (PH) (DIJON), Christel THAUVIN ROBINET (PU-PH) (DIJON)
Salle 2

Jeudi 23 janvier

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F33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - AGILENT
Application en génétique constitutionnelle et cytogénétique

12:45 - 13:05 Dernières innovations Agilent. Roubila MEZIANI
13:05 - 13:25 Détection simultanée de CNVs et SNVs grâce à la technique OneSeq® : une étude rétrospective de 21 cas. Valérie MALAN (MCU-PH) (PARIS)
13:25 - 13:45 Analyse des variations du nombre de copies d’ADN au sein d’une cohorte d'hommes azoospermes par CGH-array ciblée infertilité masculine. Aurélie MOUKA (Assistante Hospitalo Universitaire) (Clamart)
Salle Courteline

Jeudi 23 janvier

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G33
12:45 - 13:45

ATELIER DEJEUNER - QIAGEN
Nos innovations en NGS et bioinformatique et leurs applications en génétique humaine

12:45 - 13:05 Innovations technologiques pour le NGS. Hélène BAUBY
13:05 - 13:25 Les solutions QIAGEN Digital Insights. Elodie DUBUS
13:25 - 13:45 Anomalies conventionnelles et non conventionnelles par la librairie Qiaseq, dans l’ADN somatique et constitutionnel. Arnaud LAGARDE (Ingénieur Hospitalier) (Marseille), Catherine ROCHE (ingenieur hospitalier en chef) (MARSEILLE)
Salle Balzac
14:00

Jeudi 23 janvier

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A35
14:00 - 15:30

Communications Orales Sélectionnées 02

Modérateurs : Serge AMSELEM (PARIS), Sylvie ODENT (PU-PH Chef de service) (RENNES)
14:00 - 14:15 #19977 - CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.
CO07 Casser le mystère du chromoanagenesis : étude de 20 nouveaux cas et des données de la littérature.

L'essor des analyses pangénomiques a permis de découvrir des réarrangements complexes résultant d'événements catastrophiques appelés chromoanagenesis. Bien que fréquents dans certaines tumeurs, ces remaniements sont encore exceptionnels dans des échantillons constitutionnels. Nous avons regroupé 20 cas de la littérature avec 20 nouveaux cas pour identifier les mécanismes biologiques sous-jacents. Notre analyse confirme le regroupement quasi exclusif des points de cassure sur un seul chromosome dans une majorité de cas. Si nous distinguons 3 types principaux de remaniements proches des définitions existantes de la littérature de chromothripsis, chromoplexie, chromoanasynthesis, ces derniers présentent des caractéristiques encore non décrites. Il existe, par exemple, une forte tendance des gains du nombre de copies apparus à être regroupés et insérés ensemble.

Dans un second temps, nous avons étudié la distribution des 1034 points de cassure de ces 40 remaniements, celle des chromoanagenesis tumoraux (n = 13,310 points de cassure) et celle des remaniements simples (n = 468 points de cassure) et l’avons comparé à une répartition aléatoire (hypothèse nulle). Pour les 3 groupes de points de cassure (chromoanagenesis constitutionnels, tumoraux et remaniements simples), nous observons un enrichissement des points de cassure dans les régions se répliquant tardivement au cours du cycle cellulaire. La distribution des points de cassure des remaniements complexes apparaît proche d’une répartition aléatoire (hypothèse nulle) s’agissant des autres critères analysés (Topologically-Associated Domains (TADs), Lamina-Associated Domains (LADs), éléments répétés, marquage en bandes G, compartiment A/B, distance aux origines de réplication, sites de fragilité chromosomique). En revanche, pour les remaniements simples, il existe une déplétion significative en points de cassure dans les LADs. Ce dernier résultat infirme l’hypothèse d’un continuum entre remaniements simples et complexes.

La probabilité accrue de cassure dans les régions à réplication tardive appuie l’hypothèse d’une condensation prématurée d’un chromosome dans un micronoyau. Cette séquestration explique le regroupement des cassures sur un seul chromosome et est le lieu d’une réplication retardée.  La condensation hâtive entraîne le décrochage des fourches de réplication encore actives dans les régions les plus en retard. Si les fourches raccrochent d’autres fragments d’ADN, le chromosome reconstruit portera des cicatrices de ces mécanismes réplicatifs. Si les fourches se décrochent complètement et font apparaître de véritables cassures double brin, les fragments seront raboutés le mieux possible.

Nos résultats suggèrent une origine commune des remaniements complexes.

Nicolas CHATRON (LYON), Giuliana GIANNUZZI, Pierre-Antoine ROLLAT-FARNIER, Flavie DIGUET, Eleonora PORCU, Kevin UGUEN, Julia LAUER ZILLHARDT, Arthur SORLIN, Flavie ADER, Alexandra AFENJAR, Joris ANDRIEUX, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Patrick CALLIER, Eduardo CALPENA, Marie-Pierre CORDIER, Sylvie JAILLARD, Nora CHELLOUG, Christèle DUBOURG, Laurence FAIVRE, Françoise GIRARD, Solveig HEIDE, Yvan HERENGER, Boris KEREN, Samantha KNIGHT, James LESPINASSE, Laurence LOHMANN, Nathalie MARLE, Reza MAROOFIAN, Alice MASUREL, Michèle MATHIEU, Corinne METAY, Alistair PAGNAMENTA, Marie-France PORTNOÏ, Fabienne PRIEUR, Marlène RIO, Jean-Pierre SIFFROI, Jenny TAYLOR, Stéphanie VALENCE, Andrew WILKIE, Patrick EDERY, Alexandre REYMOND, Damien SANLAVILLE, Caroline SCHLUTH-BOLARD
14:15 - 14:30 #20085 - CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.
CO08 Apport du génome trio pour le diagnostic de la déficience intellectuelle.

Le séquençage de l’exome pour le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI) se généralise et le plan « France médecine génomique 2025» promet un accès à court terme au séquençage du génome entier. L’apport du génome reste cependant peu étudié par rapport à l’exome dans cette indication. Dans un cadre de recherche, nous avons obtenu un financement par la Fondation Maladies Rares permettant le séquençage du génome en trio de 20 patients présentant une DI modérée à sévère, souvent syndromique. Ils ont été recrutés après une analyse non concluante par exome trio au sein de l’étude HUGODIMS (recrutement du centre de référence CLAD-Ouest). Les SNVs et INDELs ont été analysés avec GATK, les variants structuraux (SVs) avec MANTA, qui utilise les informations portées par les « split-reads » et « paired-reads » pour la détection de tous les types de SV, et les CNVs avec cn.MOPS (intervalles de 500pb).

L’analyse des variants dans la séquence codante a identifié (1) deux patients avec des variants faux-sens de novo dans le gène H3F3A, un gène en cours de publication, dans un exon non couvert par exome, (2) un variant faux-sens de novo dans le gène TFE3, récemment publié, et (3) un variant stop pathogène dans un gène en cours de publication hérité d’une mère hétérozygote et asymptomatique. L’analyse des SVs par MANTA a montré : (1) une translocation t(1;6)(p21.1;q21) équilibrée de novo avec des points de cassure intergéniques, (2) une inversion de novo de 2,1Mb impliquant le gène FOXP1, (3) une inversion de 65Mb de novo sur le bras long du chromosome 5 avec des points de cassures intergéniques, et (4) une délétion de 1,8kb de novo emportant un exon du gène CXorf56 sur le chromosome X chez une fille. L’analyse complémentaire des CNVs par cn.MOPS a mis en évidence une délétion de 22kb à l’état homozygote dans le gène RSPRY1, qui n’a pas été identifiée par MANTA à cause d’un mauvais alignement au niveau des points de cassures. L’étude des variants dans une hypothèse autosomique récessive a mis en évidence deux variants pathogènes dans le gène HACE1 et trois potentiels nouveaux gènes de DI, dont INTS11 pour lequel une cohorte de patients est en cours de constitution.

Au total, les résultats préliminaires de cette cohorte encore en cours d’analyse montrent qu’un diagnostic probable peut être établi chez 10/20 patients, comprenant 5 SVs dont 2 visibles par une analyse du caryotype. De nouveaux gènes candidats ont pu être identifiés en récessif, un mode de transmission qui est peut-être sous-estimé par les études en trio. A noter que chez un patient sans candidat, un variant pathogène dans NIPBL a été identifié en mosaïque à 11% dans la salive suite à une analyse par panel après réévaluation du phénotype. Bien qu’aucun évènement susceptible d’être pathogène dans les régions non-codantes n’ait été identifié pour le moment, le génome en trio présente un rendement supérieur à l’exome grâce à la détection des SVs et une meilleure couverture des régions codantes.

Benjamin COGNÉ (Nantes), Thomas BESNARD, Sébastien KÜRY, Marie-Laure VUILLAUME, Annick TOUTAIN, Dominique BONNEAU, Estelle COLIN, Laurent PASQUIER, Wilfried CARRÉ, Christèle DUBOURG, Sylvie ODENT, Brigitte GILBERT-DUSSARDIER, Sandra MERCIER, Jean-François DELEUZE, Richard REDON, Bertrand ISIDOR, Stéphane BÉZIEAU
14:30 - 14:45 #19890 - CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.
CO09 Le syndrome MADaM, une nouvelle dysplasie acromandibulaire due à l’absence de la protéine MTX2, relie le dysfonctionnement mitochondrial au noyau.

Les syndromes « dyplasie acromandibulaire » (MAD) connus sont dus principalement à des mutations récessives des gènes LMNA, ZMPSTE24 ou BANF1 et font partie du spectre phénotypique des laminopathie progéroides. Ils sont caractérisés par des anomalies majeures de la morphologie et des fonctions nucléaires.

Nous rapportons l’identification de quatre mutations nulles homozygotes différentes du gène MTX2, codant pour la METAXINE-2, chez six enfants atteint d’une dysplasie acromandibulaire sévère, appelée MADaM syndrome (Mandibuloacral Dysplasia associated to MTX2).

La METAXINE-2 est une protéine ubiquitaire de la membrane mitochondriale externe (MME) impliquée dans l’import de protéines à topologie complexe dans la MME et dans l’induction de l’apoptose en réponse au TNF-alpha. Ces patients, issus de familles consanguines d’origines géographiques différentes, présentent une atteinte clinique homogène et très proche  des laminopathies progéroides comme les MAD ou la Progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS), incluant un retard de croissance post-natal, une lipodystrophie, une dysmorphie faciale typique avec micrognathie, des oreilles larges bas implantées, une accumulation de tissu adipeux au niveau des joues, un nez fin et long, des résorptions osseuses distales, des calcifications artérielles, une hypertension extrêmement sévère et une glomérulosclérose.

Les western blots réalisés sur les fibroblastes de deux patients ont montré l’absence totale de la protéine METAXINE-2, accompagnée par l’absence de son partenaire METAXINE-1, également localisé dans la MME.

Les fibroblastes présentaient par ailleurs une fragmentation majeure du réseau mitochondrial, probablement due à une augmentation des processus de fission mitochondriale, une réduction de composants de la chaine respiratoire similaire à celle observée dans le HGPS et une réduction des capacités de phosphorylation oxydative. De plus, les fibroblastes des patients résistaient à l’induction de l’apoptose par le TNF-alpha ou la staurosporine, conduisant, comme probables voies alternatives visant à « neutraliser » les cellules altérées dans l’organisme, à une augmentation de la senescence, de la mitophagie et des temps de dédoublement cellulaire. De façon intéressante, des anomalies morphologiques nucléaires majeures ont été observées à la fois dans les fibroblastes des patients déplétés en METAXINE-2 et chez C. elegans sous-exprimant l’orthologue mtx-2 par siRNA. Nous rapportons donc l’identification du syndrome MADaM, révélant une relation inattendue entre la composition / fonction mitochondriale et la morphologie nucléaire, établissant un lien physiopathologique avec les laminopathies progéroides connues et sous-tendant probablement les caractéristiques cliniques communes observées. Ces travaux sont en cours de peer-review dans Nature Communications.

Sahar ELOUEJ, Karim HARHOURI, Coraline AIRAULT, Morgane LEMAO, Geneviève BAUJAT, Sheela NAMPOOTHIRI, Hϋlya KAYSERILI, Nihal AL MENABAWY, Laila SELIM, Robert RUBINSZTAJN, Chayki CHARAR, Catherine BARTOLI, Agnès RÖTIG, Jérémie MORTREUX, Peter BAUER, Catarina PEREIRA, Nathalie ESCANDE-BEILLARD, Antoine MUCHIR, Lisa MARTINO, Yosef GRUENBAUM, Songhua LEE, Philippe MANIVET, Guy LENAERS, Bruno REVERSADE, Nicolas LÉVY, Annachiara DE SANDRE-GIOVANNOLI (Marseille)
14:45 - 15:00 #19922 - CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.
CO10 Pathologies ultra-rares diagnostiquées par séquençage haut débit d’exome sur une série de 334 patients dans le domaine des anomalies du développement au CHU de Rennes.

L’avènement des techniques de séquençage haut débit (SHD) a permis d’augmenter rapidement le rendement diagnostique chez les patients porteurs d’anomalies du développement (AD) avec ou sans déficience intellectuelle (DI), de réduire l’errance diagnostique, d’étendre le phénotype de pathologies déjà connues, de rapporter de nombreux nouveaux gènes responsables d’AD avec ou sans DI associée. Parallèlement, le taux diagnostique de pathologies ultra-rares (prévalence: p < 1/50.000) a lui aussi augmenté. Parmi ces dernières, la proportion de pathologies de description récente avec peu de recul sur l’évolution et avec de petites cohortes descriptives apparaît importante. Méthodes: nous avons repris 334 résultats de SHD d’exome réalisés dans le cadre diagnostique chez des patients porteurs d’AD avec ou sans DI sans orientation clinique précise entre 2017 et 2018 par le laboratoire de génétique moléculaire et de génomique du CHU de Rennes et nous avons recherché les diagnostics qui relevaient des pathologies ultra-rares ainsi que les sources d’information disponibles pour ces patients. Les échantillons d’ADN ont été analysés selon les étapes suivantes: enrichissement par capture de séquence SureSelect XT Focused Exome (Agilent Technologies), séquençage haut débit sur plateforme HiSeq ou NextSeq (Illumina), analyse bio-informatique et interprétation réalisées avec les outils développés au laboratoire, incluant les logiciels BWA MEM pour l’alignement (hg19), GATK et FreeBayes pour le «variant calling», ANNOVAR et ALAMUT (Interactive Biosoftware) pour l’annotation. Résultats: 84,4 % des analyses ont été réalisées en trio. Sur les 334 analyses d’exome, la mise en évidence d’un variant de classe 4 ou 5 selon la classification ACMG dans 66 gènes différents a permis de rendre un diagnostic certain pour 88 cas (26.35%). Les bases moléculaires de 37 de ces 66 pathologies (56%) ont été décrites après 2010 dont 7 après 2015 (10,6%).  Nous avons pu retrouver des données de prévalence disponibles pour 44 de ces diagnostics: 88,6% sont classés comme ultra-rares et pour 36,4% moins de 20 cas sont décrits dans la littérature. Nous avons également recherché l’existence d’informations accessibles aux familles concernant la pathologie (association de patients, ressources web) pour chaque diagnostic. Discussion/ conclusion: L’ensemble de ces données souligne l’importance du taux de pathologies ultra-rares diagnostiquées grâce au SHD dans le domaine des AD et le peu d’informations disponibles pour les patients et leurs familles concernant l’évolution et le parcours de soin. Un accompagnement global et un suivi médical régulier de ces patients apparaît important avec une veille bibliographique et une mise à jour régulière des connaissances afin de limiter la sensation d’isolement ressentie par les familles.

 

Paul ROLLIER, Christele DUBOURG, Wilfrid CARRÉ, Véronique DAVID, Chloé QUELIN, Mélanie FRADIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Nolwenn JEAN-MARÇAIS (RENNES)
15:00 - 15:15 #20201 - CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.
CO11 Etude phénotypique du syndrome d'Aarskog lié à des mutations de FGD1, à partir d'une serie de 106 patients : recommandations pour le diagnostic et la prise en charge.

Le syndrome d’Aarskog (SA), aussi appelé dysplasie facio-génitale, est un syndrome lié à l’X, rapporté pour la première fois par Aarskog en 1970. Il est caractérisé par une dysmorphie faciale reconnaissable, une petite taille modérée, des anomalies des extrémités ainsi que des anomalies génitales, notamment du scrotum. Le SA est causé par des mutations du gène FGD1, situé sur en Xq11.21. Ce gène code une protéine échangeuse de guanine (GEF) qui active spécifiquement la Rho-GTPase CDC42. Cette voie intervient notamment dans le développement osseux. Les connaissances du phénotype du SA sont essentiellement basées sur la description de patients dont le diagnostic n’a pas été confirmé par l’analyse du gène FGD1. Ainsi, certains aspects du phénotype sont encore peu connus. En particulier, la description du phénotype neurodéveloppemental est extrêmement hétérogène dans la littérature médicale.

Afin de redéfinir le spectre phénotypique du SA et afin de proposer des critères diagnostiques, nous avons analysé les caractéristiques cliniques d’une grande série de  patients avec une mutation identifiée dans FGD1. Afin de recueillir ces informations, un questionnaire établi à partir des données de la littérature a été envoyé aux cliniciens référents. Des photos et des radiographies osseuses étaient également demandées. Les éléments morphologiques ont été revus par des dysmorphologistes expérimentés et les radiographies osseuses ont été relues par l’équipe du centre de référence français des maladies osseuses constitutionnelles. Nous présentons les résultats de l’analyse clinique, radiologique et moléculaire de 106 patients garçons. Nos résultats apportent des informations sur l’histoire naturelle du SA et sur la prévalence des signes cliniques. Nous apportons également la description de nouveaux signes cliniques et radiologiques associés au SA.

Enfin, au regard des stratégies actuelles de séquençage à haut débit et l’essor du rétro-phénotypage, nous proposons des critères diagnostiques permettant de justifier l’étude moléculaire de FGD1 devant une suspicion clinique et permettant également l’interprétation des variants de FGD1 issus du séquençage haut débit. Nous proposons également des recommandations pour la prise en charge.

Médéric JEANNE (TOURS), Nathalie RONCE, Geneviève BAUJAT, Sylvain BRETON, Stéphanie ARPIN, Florence PETIT, Clémence VANLERBERGHE, Anne DIEUX, Sylvie MANOUVRIER, Catherine VINCENT DELORME, Philippe KHAU VAN KIEN, Julien VAN GILS, Chloé QUELIN, Laurent PASQUIER, Sylvie ODENT, Florence DEMURGER, Fanny LAFFARGUE, Christine FRANCANNET, Dominique MARTIN, Alexandra AFENJAR, Sandra WHALEN, Alain VERLOES, Yline CAPRI, Andrée DELAHAYE, Julie PLAISANCIE, Philippe LABRUNE, Anne DESTREE, Isabelle MAYSTADT, Viorica CIORNA-MONFERRATO, Bertrand ISIDOR, Marie VINCENT, Albert DAVID, Nolwen JEAN MARCAIS, Sophie NAMBOT, Elise SCHAEFER, Salima EL CHEHADEH, James LESPINASSE, Patrick COLLIGNON, Tiffany BUSA, Nicole PHILIP, Marjolaine WILLEMS, Marc PLANES, Oliver VANAKKER, Laetitia LAMBERT, Bruno LEHEUP, Michèle MATHIEU DRAMARD, Gilles MORIN, Klaus DIETRICH, Emmanuelle GINGLINGER, Allan BAYAT, Meena BALASUBRAMANIAN, Benjamin DAURIAT, Damien HAYE, Jeanne AMIEL, Marlène RIO, Valérie CORMIER-DAIRE, Annick TOUTAIN
15:15 - 15:30 #20542 - CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.
CO12 Rapidomique : Séquençage du génome en 1ère intention chez les nouveau-nés hospitalisés aux soins intensifs.

Introduction: Les maladies génétiques rares représentent une cause fréquente d'admission aux soins intensifs néonataux (SINN). Établir un diagnostic de maladies rares chez les nouveau-nés peut être difficile en raison de leurs présentations souvent atypiques ou peu spécifiques. Or, des études récentes suggèrent qu’un diagnostic étiologique posé rapidement après l'admission aux SINN affecte significativement la prise en charge. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact du séquençage entier du génome en mode rapide sur le rendement diagnostique et la prise en charge des enfants admis aux SINN.

Méthodes: Un séquençage du génome entier en trio a été réalisé chez les nouveau-nés admis aux SINN du CHU Sainte-Justine (entre les mois de mars et septembre 2019) en raison d’une suspicion de maladies rares. Les génomes ont été séquencés sur un système NovaSeq (Illumina) et leur analyses bio-informatiques ont été réalisées sur la pipeline Dragen. L’impact du résultat sur la prise en charge de l’enfant a été évalué pour toute la période de l’hospitalisation. 

Résultats: Dix-huit patients ont été inclus dans l’étude, 2 pour une encéphalopathie épileptique, 5 pour une cardiopathie, 10 pour un syndrome poly-malformatif et 1 pour un syndrome de Cushing congénital. Un résultat préliminaire a été rendu en 1 semaine pour tous les cas où des variations pathogéniques ont été identifiées. La durée médiane entre l’inclusion et le rendu du résultat a été de 19 jours (quartile 1 : 16, quartile 3 : 32). Sept diagnostics ont été posés par le séquençage du génome (38,9%). Parmi ceux-ci, 3 diagnostics étaient inattendus et auraient été manqués par une approche de séquençage de panels de gènes parce que le médecin généticien ne les avaient pas initialement évoqués. Une modification de la prise en charge ou du conseil familial suite au rendu du résultat a été rapportée chez 6 enfants incluant une modification du traitement pharmacologique chez 2 enfants, une orientation vers les soins palliatifs chez 2 patients, un arrêt du suivi en génétique pour 1 enfant (chez qui le séquençage du génome était négatif) et un dépistage des apparentés chez 2 patients. 

Conclusion: Le séquençage du génome a permis de poser un diagnostic chez 7/18 patients en moins d’un mois et a impacté leur prise en charge dans le tiers des cas. Le recrutement de patients additionnels est actuellement toujours en cours, avec un objectif de recruter 100 trios. 

Audrey MÉLEU (Montréal, Canada), Julie GAUTHIER, Fadi HAMDAN, Guylaine D'AMOURS, Catalina MAFTEI, Jean-François SOUCY, Jacques L MICHAUD, Anne-Marie LABERGE
Auditorium François 1er
15:30

Jeudi 23 janvier

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A36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 01

Modérateurs : Alban ZIEGLER (Assistant Hospitalo Universitaire) (Angers), Marlene RIO (ph) (Paris)
15:30 - 15:38 #19799 - FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.
FL01 Identification par séquençage d’exomes des premiers déterminants génétiques de la sirénomélie chez l'homme.

Introduction : La sirénomélie est un syndrome malformatif fœtal rare de cause inconnue, caractérisé par la présence d’un membre inférieur unique associé à des malformations viscérales habituellement incompatibles avec une survie ex-utero. Nous avons fait l’hypothèse que, comme dans une fraction importante des maladies du développement, des variations génétiques rares à effet fort pourraient participer au déterminisme de cette maladie, avec en premier lieu un rôle des mutations de novo. Nous présentons la description clinique et les résultats génomiques d'une série internationale de sept cas de sirénomélies sporadiques et de deux cas d'agrégations familiales autosomiques dominantes de sirénomélies et d’autres malformations caudales.

 

Méthodes : Un séquençage de l’exome en trio a été réalisé dans les sept formes sporadiques, et l’analyse des données a été concentrée sur les mutations de novo. L’analyse dans les deux formes familiales, également basée sur le séquençage de l’exome chez plusieurs individus, a été réalisée en accord avec un modèle autosomique dominant.

 

Résultats : L’analyse des formes familiales a montré la présence d’un variant non synonyme, absent des bases de données contrôles, du même gène A* dans les deux familles, avec une co-ségrégation du variant avec le phénotype. Ce gène est un acteur majeur du développement embryonnaire du pole caudal, et la délétion hétérozygote de ce gène constitue l’un des modèles murins de sirénomélie. Par ailleurs, une des deux mutations identifiées a été associée récemment à un phénotype proche de malformations du pole caudal chez l’homme. L'analyse des sept cas sporadiques n’a pas permis d’identifier de gènes touchés par des mutations de novo de manière récurrente, mais a mis en évidence plusieurs gènes candidats, incluant le gène B*, régulateur de la voie wnt canonique, drastiquement sensible aux variations mutations perte de fonction,  et cible d’une altération tronquante survenue de novo chez l’un des cas sporadiques.

 

Conclusion : Nous apportons les premiers résultats en faveur d'une étiologie génétique de la sirénomélie humaine. Nous identifions le gène A comme étant associé à une prédisposition autosomique dominante à diverses malformations caudales, comprenant sirénomélie, agénésies urinaires partielles ou complètes, anomalies ano-rectales et anomalies des organes génitaux. Par ailleurs, nous proposons l'implication du gène B comme gène candidat dans la sirénomélie. Au total, notre étude met en évidence un degré élevé d'hétérogénéité génétique dans la sirénomélie humaine et souligne le rôle de deux voies de signalisation dans le développement de cette maladie rare.

*Le nom des gènes sera donné lors du congrès

Francois LECOQUIERRE (Rouen), Anne-Claire BREHIN, Sophie COUTANT, Juliette COURSIMAULT, Claire BENETEAU, Mirjam DE JONG, Christine FRANCANNET, Gérard GÉRARD, Hubert JOURNEL, Valérie LAYET, Alain LIQUIER, Florence PETIT, Conny VAN RAVENSWAAIJ-ARTS, Thierry FREBOURG, Pascale SAUGIER-VEBER, Nicolas GRUCHY, Gaël NICOLAS, Marion GERARD
15:38 - 15:46 #19914 - FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».
FL02 Phénotype clinique lié aux variations du gène BRWD3 : description de 15 nouveaux patients et revue de la littérature pour faciliter le phénotypage inverse lors d’approches « génotype first ».

Introduction : Depuis 2007 et la première description du phénotype lié aux variations du gène BRWD3 localisé en Xq21.1, seulement 9 autres familles ont été décrites. Avec si peu de description et plus 1.000 gènes actuellement impliqués dans des manifestations (souvent rares voire ultra-rares) de déficience intellectuelle, les cliniciens ne peuvent plus, de manière réaliste, reconnaître tous les phénotypes associés à ces gènes. Nous décrivons les particularités cliniques liées à des mutations du gène BRWD3 afin de faciliter le phénotypage inverse lors d’approches axées sur le génotype dites « génotype first ».

Méthodes : Grâce au séquençage d’exome et aux systèmes internationaux de partage de données, nous avons constitué une cohorte de 15 patients porteurs d’une variation pathogène du gène BRWD3 (13 hommes et 2 femmes dont une avec une inactivation biaisée du chromosome X (100%/0%)). Après revue des 14 patients de la littérature, nous décrivons le phénotype de 29 patients (27 hommes et 2 femmes), en lien avec 22 variations différentes du gène BRWD3.

Résultats : Le phénotype des hommes atteints (excepté un patient avec variant en mosaïque) se caractérise par une déficience intellectuelle (24/26), une macrocéphalie (22/26), une dysmorphie faciale (22/26) incluant front bombant (18/26), grandes oreilles (13/26), macrognathie avec menton pointu (12/26) donnant un aspect triangulaire du visage, des doigts et/ou orteils larges (10/26) et des troubles du comportement (16/26). Les deux femmes présentent une macrocéphalie, un retard de langage et une épilepsie qui n’est retrouvée que chez 15% des hommes (4/26). Parmi les 22 différentes variations rapportées, 15 sont héritées d’une mère non atteinte et 6 survenues de novo (dont les 2 femmes et l’homme avec la variation en mosaïque). Pour un homme, la ségrégation reste inconnue.

Discussion : Le retard de langage, la déficience intellectuelle, la macrocéphalie et la dysmorphie faciale incluant front proéminent, faciès allongé, et oreilles larges et décollées apparaissent comme les éléments cliniques principaux permettant de décrire le phénotype lié aux variations du gène BRWD3. Le phénotype aspécifique lié aux variations de ce gène peut donc être difficile à reconnaitre précisément pour les cliniciens. Une approche « génotype-first » paraît donc très adaptée au diagnostic du phénotype lié aux variations de BRWD3. Notre description clinique précise de ce phénotype pourra servir de référence pour le « phénotypage inverse ».

Julian DELANNE (DIJON), Magalie LECAT, Patrick BLACKBURN, Eric KLEE, Constance STUMPEL, Sander STEGMANN, Servi STEVENS, Maureen MULHERN, Natalie LIPPA, Caroline NAVA, Delphine HERON, Boris KEREN, Sonal MAHIDA, Sakkubai NAIDU, Dusica BABOVIC-VUKSANOVIC, Anne HERKERT, Evelise RIBERI, Diana CARLI, Giovanni Battista FERERRO, Pernille TOERRING, Maria KIBAEK, Isabelle DE BIE, Rolph PFUNDT, Yvonne HENDRIKS, Lilian Bomme OUSAGER, Renee BEND, Hannah WARREN, Steve SKINNER, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Julien THEVENON, Paul KUENTZ, Emilie TISSERANT, Yanis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
15:46 - 15:54 #19925 - FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.
FL03 Les variations hétérozygotes du codon d’initiation du gène codant le facteur de régulation d’épissage PTBP1 sont responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif associé à une déficience intellectuelle variable.

Introduction : Les mécanismes responsables de la régulation de l’expression des gènes se composent de plusieurs acteurs agissant au niveau pré- et post-transcriptionnel et ayant comme but de réguler, de façon temporelle, quantitative et qualitative l’isoforme de l’ARN nécessaire au bon développement de chaque type cellulaire, tissu et organe.  Les protéines de la famille des « polypirimidine tract binding proteins »  (PTBPs) sont responsables de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression de certaines isoformes d’ARNm grâce à leur capacité à reconnaître les pré-ARNm et d’opérer l’épissage alternatif de certains exons de façon spécifique.

Des études précédentes ont montré que le facteur ubiquitaire PTBP1 est responsable de l’épissage de l’exon 18 du gène PSD-95. Il provoque la dégradation de  l’ARNm de PSD-95 pendant la phase de différentiation des progéniteurs neuronaux, empêchant ainsi l’expression prématurée de cette protéine indispensable pour la maturation des éléments synaptiques. 

Méthode et résultats : L’analyse en trio de l’exome d’un premier patient atteint d’un syndrome polymalformatif a permis d’identifier une variation hétérozygote de novo du codon d’initiation (NM_002819.4:c.2T > C ) du gène codant le  facteur de régulation d’épissage PTBP1. Ce patient présentait un syndrome polymalformatif associant des particularités morphologiques, une petite taille disproportionnée, une brachydactylie, une hyperlaxité des extrémités et un déficience intellectuelle modérée. Grâce au partage international des données de séquençage (approche« génotype-first »), nous avons pu identifier 8 patients supplémentaires, tous porteurs d’une variation de novo touchant la première méthionine (2x c.1A > G, 5x c.2T > C et 1x c.3G > A). Les patients (5 femmes et 3 hommes) présentent tous des particularités morphologiques ainsi qu’une petite taille et des anomalies des extrémités. Le profil cognitif s’avère très variable, allant d’un développent normal à une déficience intellectuelle modérée comme notre première patiente. Nos études fonctionnelles montrent que la perte du codon d’initiation de la traduction de PTBP1 entraine la formation d’une protéine plus courte, qui manque du signal d’importation nucléaire, et des anomalies d’épissage identifiés grâce au RNAseq. 

Conclusions et persepctives : Le séquençage d’exome en trio et partage de données à l’international ont permis de mieux définir le phénotype clinique associé à ce hotspot mutationnel. Des études complémentaires impliquant la dérivation de neurones, à partir des cellules « iPSC » des patients, nous permettrons d’élucider les mécanismes moléculaires à l’origine de la variabilité cognitive de ces patients.

Antonio VITOBELLO (Dijon), Julian DELANNE, Emilie TISSERANT, Frédéric TRAN MAU-THEM, Rolph PFUNDT, David KOOLEN, Carlo MARCELIS, Stephen ROBERTSON, Gemma POKE, Hui PENG, Lynne BIRD, Beth HUDSON, Reem SAADEH-HADDAD, Marya W. WESSELS, Aryan BOUMAN, Michelle L. THOMPSON, Anna C.e. HURST, Catherine GOOCH, Laurence DUPLOMB, Sylvie NGUYEN, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Yannis DUFFOURD, Christophe PHILIPPE, Christel THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:54 - 16:04 #19988 - FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.
FL04 Une mutation non-sens du gène WDR91 homozygote responsable d’une forme sévère de syndrome 3C.

Introduction : Le syndrome 3C est un syndrome polymalformatif associant des anomalies craniofaciales (occiput et front proéminent, hypertélorisme, colobome oculaire, fente palatine), cardiaques (tétralogie de Fallot, communication atrioventriculaire) et cérébrales (malformation de Dandy-Walker, hypoplasie cérébrale du vermis). Ce syndrome de transmission récessive autosomique présente une hétérogénéité phénotypique et moléculaire avec des mutations pathogènes rapportées dans les gènes WSHC5 (MIM #220210) et CCDC22 (MIM #300963). Cependant, certains cas de syndrome 3C demeurent actuellement sans base moléculaire identifiée. 

Patients et Méthodes : Nous rapportons 4 fœtus atteints de syndrome 3C issus d’une même union consanguine. Le premier fœtus présente un hygroma colli avec syndrome de Bonnevie-Ullrich et hydrocéphalie. L’autopsie a mis en évidence une hypoplasie cérébelleuse, une hydrocéphalie tétra-ventriculaire sévère avec macrocéphalie, une dysmorphie faciale (front proéminant et hypertélorisme) et une communication inter-ventriculaire. Le séquençage ciblé du gène MID1 s’est avéré normal. Trois cas de récidive ont été suspecté devant la présence d’un syndrome de Bonnevie-Ullrich au premier trimestre associé à des anomalies cérébrales conduisant à des interruptions de grossesse. Le couple a obtenu spontanément trois enfants en bonne santé. Nous avons réalisé un séquençage d’exome (ES) en solo chez le premier foetus  

Résultats : L’ES a identifié une variation non-sens du gène WDR91 (NM_014149.3:c.240C > G, p.Tyr80*) à l’état homozygote. La ségrégation familiale réalisée par séquençage Sanger a confirmé la variation, présente à l’état homozygote chez tous les fœtus atteints et à l’état hétérozygote chez les deux parents, ainsi que deux enfants indemnes et absente chez le  3èmeenfant indemne. Le partage de données international et le séquençage ciblée d’une petite cohorte de patients atteints de syndrome 3C n’a jusqu’à présent pas permis d’identifier d’autres patients porteurs de variations pathogènes du gène WDR91.

Discussion : WDR91 code une protéine impliquée dans la voie endosome-lysosome, s’exprimant notamment dans les neurones du cerveau et du cervelet. Les souris KO Wdr91-/-présentent des anomalies cérébrales (microcéphalie, atrophie corticale, réduction de l'arborisation neuronale, réduction de la longueur dendritique). WDR91 et la voie endosome-lysosome semblent être indispensables, notamment au développement neuronal et à l'établissement de structures cérébrales. 

Conclusion : L’identification d’une variation tronquante homozygote du gène WDR91 chez plusieurs fœtus atteints de syndrome 3C au sein d’une famille consanguine et l’atteinte phénotype semblable du modèle murin KO suggèrent qu’il s’agit d’un nouveau gène responsable de ce syndrome. L’identification de nouveaux cas similaires permettraient de conclure avec certitude sur l’implication du gène WDR91 dans une forme sévère de syndrome 3C.

Nicolas BOURGON (DIJON), Mathilde LEFEBVRE, Ange-Line BRUEL, Julien THEVENON, Jean-Baptiste RIVIERE, Charlotte POE, Martin CHEVARIN, Thibaud JOUAN, Yannis DUFFOURD, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET
16:04 - 16:12 #20208 - FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.
FL05 IQCE : un gène responsable de polydactylie post axiale isolée chez l’Homme et d’un spectre clinique complet de ciliopathie chez le poisson-zèbre.

Les ciliopathies sont des maladies causées par des anomalies du cil caractérisées par des signes cliniques parmi lesquels on peut retrouver la rétinopathie pigmentaire (RP), une atteinte rénale, l’obésité, un trouble cognitif comme dans le syndrome de Bardet-Biedl (BBS). La polydactylie, définie comme la présence de doigts surnuméraires aux mains ou aux pieds, complète également ce tableau clinique. Il s’agit de l’anomalie des membres la plus fréquente dans la population et se caractérise par une forte hétérogénéité génétique avec, par exemple, 8 gènes déjà connus pour la catégorie des polydactylies post-axiales (PAP) isolée ou syndromique. Récemment, le gène IQCE a été identifié dans une famille consanguine atteinte de PAP.

L’analyse de l’exome complet d’individus ayant un phénotype similaire au BBS a permis l’identification des variations bialléliques pathogènes dans le gène IQCE dans 3 familles et expliquant leur PAP. De manière intéressante, pour 2 des 3 familles, des variants pathogènes dans d’autres gènes (TUPL1 ou ATP6V1B1) permettent d’expliquer les autres signes cliniques des patients comme la RP ou l’atteinte rénale. Ces 3 familles confirment l’implication d’IQCE dans la polydactylie isolée.

La protéine IQCE, localisée à la base du cil, est impliquée dans les premières étapes de l’activation de la voie Sonic Hedgehog (SHH). Notre objectif était de comprendre l’impact des défauts du gène chez l’Homme et chez le poisson-zèbre. A partir des fibroblastes d’un patient, les analyses transcriptomiques ont confirmé l’impact négatif d’une perte de fonction d’IQCE sur des voies de signalisation impliquées dans la formation des membres, telle que SHH. Nous avons confirmé que la mauvaise localisation des interactants d’IQCE à la base du cil provoque une sous-activation de cette voie. Néanmoins, aucun défaut ni de nombre ni de longueur du cil n’a été mis en évidence. Chez le poisson-zèbre, les anomalies typiquement retrouvées en cas de défaut du cil primaire à savoir la courbure de l’axe antéro-postérieur, la présence de kystes rénaux, un défaut d’asymétrie droite gauche et des anomalies rétiniennes ont pu être observées.

En conclusion, nous avons pu confirmer que des défauts du gène IQCE sont responsables de PAP. La multiplicité des signes cliniques est finalement expliquée par l’addition de variations génétiques dans plusieurs gènes (« second hit »). Ces données montrent l’importance de considérer l’ensemble des variations génétiques d’un patient. Les validations fonctionnelles réalisées sur les fibroblastes et les poissons-zèbres ont confirmés le rôle d’IQCE au niveau du cil primaire et dans l’activation de la voie SHH.

Clarisse DELVALLÉE (strasbourg), Alejandro ESTRADA-CUZCANO, Christelle ETARD, Corinne STOETZEL, Elise SCHAEFER, Sophie SCHEIDECKER, Véronique GEOFFROY, Aline SCHNEIDER, Fouzia STUDER, Francesca MATTIOLI, Kirsley CHENNEN, Sabine SIGAUDY, Damien PLASSARD, Olivier POCH, Amélie PITON, Uwe STRAHLE, Jean MULLER, Hélène DOLLFUS
16:12 - 16:20 #20441 - FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.
FL06 Identification d’une mutation du gène PAICS , responsable d’un syndrome polymalformatif néonatal sévère et létal.

Des malformations congénitales sont observées chez 2 à 4% des naissances. Nous décrivons ici une famille originaire des îles Féroé, isolat géographique du Nord de l’Europe dont  un garçon et une fille porteurs d’un syndrome polymalformatif sont décédés sans diagnostic à moins de 72 heures de vie dans un tableau de détresse respiratoire. Les signes cliniques majeurs sont un polyhydramnios, RCIU, dysmorphie cranio faciale, atrésie des choanes, atrésie de l’œsophage, anomalies costo-vertébrales et pulmonaire. Les syndromes de Williams, SmithMagenis, MillerDieker, 22q11del/CATCH22/DiGeorge, Prader Willi/Angelman et 1p-del syndromes ont été écartés. Notre objectif a été l’identification de l’anomalie génétique responsable de ce phénotype.

Sous l’hypothèse d’une transmission autosomique récessive nous avons dans un premier temps identifié par génotypage Affymetrix (puces 250K NspI) 3 régions d’homozygotie de 2,3 ; 3,4 et 7,5 Mb localisées respectivement sur les chromosomes 3, 8 et 4. Une étude de l’exome mené sur l’ADN des deux parents et des 2 enfants a permis d’identifier une variation homozygote dans la séquence codante du gène PAICS localisé dans la région homozygote du chromosome 4, rs192831239 A > G (p.Lys53Arg). Ce gène code une enzyme bi-fonctionnelle de la cascade de synthèse de novo des bases puriques qui comporte 10 réactions enzymatiques catalysées par 6 enzymes différentes. Une modélisation in silico de la protéine porteuse de la variation 53Arg ,montre une déstabilisation d’une des deux poches catalytiques de l’enzyme. Des études fonctionnelles menées sur les fibroblastes des patients ont montré une activité enzymatique réduite à 10%  ainsi qu’une déstabilisation de l’assemblage du purinosome.

Jusqu’à ce jour, 2 déficits enzymatiques de cette voie sont responsables de 2 pathologies d’origine génétique caractérisées par de graves atteintes neurologiques causées par des mutations autosomiques récessives des gènes ADSL et ATIC (ADSL deficiency - OMIM 103050 et AICA-ribosiduria - OMIM 608688). Nous rapportons une mutation autosomique récessive du gène PAICS responsable d’un nouveau syndrome polymalformatif sévère et rare entraînant une mort précoce et impliquant une 3 ème enzyme de la voie de synthèse de novo des purines.

Marie ZIKANOVA, Vaclava SKOPOVA, Ulrike STEUERWALD, Veronika BARESOVA, Mohammed ZARHRATE, Jean-Marc PLAZA, Ales HNIZDA, Matyas KRIJT, Olga SOUCKOVA, Flemming WIBRAND, Guðrið ANDORSDÓTTIR, Fróði JOENSEN, David SEDLAK, Anthony J BLEYER, Stanislav KMOCH, Stanislas LYONNET, Anna PELET (PARIS)
16:20 - 16:28 #20547 - FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.
FL07 Diagnostic clinique évident et séquençage d’exome négatif : quand l’intégration des données à l’échelle génomique est nécessaire.

Introduction : Le séquençage haut-débit d’exome (ES) est un outil de plus en plus utilisé pour le diagnostic des maladies rares, avec un rendement diagnostique de 30-40% pour la déficience intellectuelle et les anomalies du développement. L’ES présente des limites certaines pour l’identification des variations causales localisées en dehors des séquences codantes. Dans ces situations, le séquençage haut-débit du génome (GS) constitue une alternative intéressante puisqu’il permet d’explorer les introns et les régions inter-géniques. Cependant, son interprétation peut être complexe et chronophage, suite à la présence de plusieurs centaines de variations non-codantes de signification clinique inconnue. Dans ce contexte, des études complémentaires nécessitant l’analyse de l’ARN, des protéines ou d’autres méthodes de génétique moléculaire ou de cytogénétique, semblent être nécessaires. Cette approche, peut se montrer particulièrement efficace dans la situation où la présentation clinique est très évocatrice d’une pathologie ou d’un syndrome bien caractérisés, sans que le diagnostic moléculaire n’ait pu être établi par des tests génétiques ciblés ou par l’ES.

Méthode : Nous avons réalisé un GS en solo chez 4 patients sans diagnostic étiologique après ES. Trois des 4 présentaient un phénotype syndromique très évocateur de maladies rares connues ; le syndrome de Simpson-Golabi-Behmel (MIM 312870) de transmission récessive liée à l’X, le syndrome de Marfan (MIM 154700) de transmission dominante autosomique, et le syndrome de Cohen (MIM 216550) de transmission récessive autosomique. Le 4ème présentait une encéphalopathie épileptique pouvant faire suspecter une forme infantile (MIM 616211).

Résultats : Le GS en solo a permis d’identifier des variations introniques affectant les gènes impliqués dans les pathologies fortement suspectées, dont : i) une délétion-insertion dans une région intronique de GPC3 ; ii) une translocation avec fusion intronique du gène FBN1 avec UBE2R2 ; iii) une inversion de 15kb comprenant un exon de WWOX avec délétion intronique des régions flanquantes (en trans d’une variation faux-sens exonique retrouvée en ES) ; iv) ainsi qu’une variation ponctuelle intronique dans VPS13B avec création d’un nouveau site accepteur d’épissage (en trans d’un SNV exonique avec décalage de cadre de lecture) identifiée grâce à l’intégration de données transcriptomiques (RNA-seq). La présence de ces variations pathogènes a été validée par des analyses complémentaires aux niveaux cytogénétique (ACPA, FISH), génomique (qPCR), transcriptomique (RNA-seq, RT-qPCR), et protéique (Western Blot).

Discussion : L’identification de ces variations pathogènes, par l’intégration de données de GS et d’autres approches moléculaires, met en évidence l’intérêt de cette approche et justifie son utilisation devant un phénotype clinique évocateur d’une pathologie génétique sans diagnostic moléculaire après ES, quel que soit le mode d’hérédité mendélien de la pathologie. 

Alexandre PLAGOS, Frédéric TRAN MAU-THEM, Yannis DUFFOURD, Patrick CALLIER, Thibaud JOUAN, Ange-Line BRUEL, Sébastien MOUTTON, Martin CHEVARIN, Anne-Sophie DENOMMÉ-PICHON, Laurence DUPLOMB, Emilie TISSERANT, Anne BOLAND, Robert OLASO, Jean-François DELEUZE, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Christophe PHILIPPE, Antonio VITOBELLO (Dijon)
Auditorium François 1er

Jeudi 23 janvier

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B36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 02

Modérateurs : Pascaline BERTHET (Médecin) (CAEN), Boris KEREN (PH) (Paris)
15:30 - 15:38 #19740 - FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.
FL08 Diagnostic fortuit d'un variant ATM homozygote lié à un mécanisme moléculaire complexe d'isodisomie uniparentale en mosaïque chez un homme présentant un cancer du sein.

Introduction : L'Ataxie télangiectasie (AT) est une pathologie autosomique récessive rare liée à des variations du gène AT-mutated (ATM). Elle est généralement caractérisée par une ataxie cérébelleuse dans l’enfance, des télangiectasies, une apraxie oculomotrice, une prédisposition au cancer (en particulier des tumeurs lymphoïdes), une immunodéficience et une hyper-radiosensibilité. Les études phénotypiques démontrent un spectre continu allant de formes classiques sévères chez l’enfant à des formes plus modérées débutant à l’âge adulte, dépendantes de l’activité kinase résiduelle. La fréquence des porteurs hétérozygotes est estimée entre 0,5% et 1% de la population générale, et multiplie par 2 à 4 le risque de cancer du sein chez la femme.

Matériel et Méthodes : Nous présentons ici un cas atypique d’un homme de 69 ans atteint d’un cancer du sein diagnostiqué à 65 ans. L’analyse diagnostique par panel de gènes sur ADN sanguin a mis en évidence un variant faux-sens, c.7271T > G, au sein du gène ATM avec une fréquence allélique de 90%, confirmé par séquençage Sanger.

Résultats : Le phénotypage inverse a révélé un phénotype d’AT atténué, comme reporté précédemment dans la littérature avec ce variant, comprenant des tremblements essentiels depuis l'enfance, des signes d'ataxie cérébelleuse et proprioceptive, mais une absence de télangiectasie et d’apraxie oculomotrice. Des tests complémentaires ont révélé une inversion du chromosome 7 sur 4 des 50 métaphases lymphocytaires analysées, compatible avec une AT tardive, une légère augmentation des immunoglobulines sériques et un taux normal d'alpha foeto-protéine. Le séquençage sur tissu tumoral a révélé une fréquence allélique de ce variant à 85% et à 69% dans le tissu péritumoral. La fréquence allélique dans l’ADN salivaire et l’ADN extrait des fibroblastes était de 74%et de 48% respectivement. Il est à noter que la fille du cas index n’est pas porteuse du variant, ce qui confirme l’existence d’un allèle de type sauvage dans certaines cellules germinales. Après avoir exclu les autres causes de mosaïcisme (contamination de l'échantillon, transfusion récente, leucémie, greffe de moelle osseuse), une analyse par SNP-array a été réalisée, révélant une isodisomie du bras long du chromosome 11. Des études fonctionnelles sur fibroblastes du cas index ont montré une forte instabilité génomique spontanée avec activation partielle et retardée de la protéine ATM, en faveur d’une radiosensibilité moindre par rapport aux porteurs de variation homozygote du gène ATM, mais avec un risque de complications radio-induites élevé. Ces résultats ont permis d'adapter son traitement par radiothérapie de ses métastases osseuses, avec un traitement fractionné et étendu.

Conclusion: Le diagnostic d'un cancer du sein sporadique chez un homme de 69 ans nous a conduit à l'identification d'une forme tardive d’AT, soutenue par un mécanisme rare et complexe d’isodisomie uniparentale en mosaïque.

Sophie NAMBOT (DIJON), Vincent GOUSSOT, Alice FIEVET, Frederic TRAN MAU-THEM, Christel THAUVIN-ROBINET, Martin CHEVARIN, Yannis DUFFOURD, Romain BOIDOT, Laurent ARNOULD, Noemie VULQUIN, Roxana ARJMAND, Juliette ALBUISSON, Francois GHIRINGHELLI, Nicolas FORAY, Jean Pierre DE VILLARTAY, Gaelle PIERRON, Amandine BAURAND, Dominique STOPPA-LYONNET, Antonio VITOBELLO, Christophe PHILIPPE, Laurence FAIVRE
15:38 - 15:46 #19920 - FL09 Intérêt de la recherche de variations mitochondriales à partir de données de séquençage d’exome chez des patients atteints d’anomalies du développement et/ou de déficience intellectuelle.
FL09 Intérêt de la recherche de variations mitochondriales à partir de données de séquençage d’exome chez des patients atteints d’anomalies du développement et/ou de déficience intellectuelle.

    Les variations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) sont responsables de pathologies très  hétérogènes. Leur large spectre clinique peut concerner un seul organe (ex: surdité neurosensorielle) ou plusieurs (ex: syndrome de MERRF). Lors d’une suspicion de maladie mitochondriale, le séquençage ciblé d’un panel de gènes nucléaires impliqués dans ces maladies et/ou de l’ADNmt peut être réalisé. Il existe par ailleurs des présentations cliniques qui n’orientent pas vers une maladie mitochondriale et restent inexpliquées après une analyse de l’exome (ES).
    En 2012, Picardi et Pesole ont démontré que la séquence de l’ADNmt peut être reconstituée à partir des données « off-target » de l’ES rendant possible l’étude de l’ADNmt à partir de données préexistantes. Nous avons ainsi développé un pipeline bioinformatique pour identifier les variations de l’ADNmt à partir de données d’ES. Le pipeline testé chez 4 témoins positifs, porteurs de variations mitochondriales connues, a retrouvé toutes ces variations. Cette excellente sensibilité nous a permis de le déployer dans une cohorte de patients atteints d’anomalies du développement (90%) et/ou neurologiques (10%).
Trois variations causales ont ainsi été identifiées chez 4 patients: la variation homoplasmique m.9035T > C chez une femme atteinte d’ataxie et de neuropathie axonale et retrouvée en séquençage ciblé chez sa mère atteinte de neuropathie axonale, la variation homoplasmique m.11778G > A (LHON ou atrophie optique de Leber MIM 535000) chez deux patients atteints respectivement d’une affection oculaire mal étiquetée et d’une atrophie du nerf optique, et la variation hétéroplasmique (50%) m.13094T > C (LHON) chez une patiente atteinte d’une atrophie du nerf optique. Les techniques diagnostiques courantes ont confirmé ces 3 variations avec un taux d’hétéro/homoplasmie dans le sang semblable à celui évalué par notre pipeline.
    L’analyse a également révélé des données incidentes, 4 variations pathogènes, chez 7 patients ne présentant pas de pathologie associée: la variation homoplasmique m.1494C > T (surdité mitochondriale isolée secondaire à une exposition aux aminoglycosides MIM 580000) chez un fœtus masculin polymalformé, la variation homoplasmique ou hétéroplasmique m.1555A > G (MIM 580000) chez deux garçons atteints respectivement d’un syndrome polymalformatif et d’une ataxie, la variation homoplasmique m.14484T > C (LHON) chez un garçon présentant une dystrophie musculaire et la variation homoplasmique m.14502T > C (LHON) chez trois filles présentant un syndrome de Rubinstein-Taybi, un syndrome de déficit en GLUT1 et une déficience intellectuelle syndromique. Ces variations n’ont pas été rendues aux patients en l’absence de bénéfice direct.
    Cette étude montre l’intérêt d’inclure dans le pipeline bioinformatique d’analyse d’ES les outils nécessaires à la détection des variations mitochondriales pour améliorer le diagnostic des patients atteints de maladies rares, en particulier avec atteinte neurologique.

Philippine GARRET (Saint Ouen l'Aumone), Céline BRIS, Vincent PROCACCIO, Patrizia AMATI-BONNEAU, Pierre VABRES, Nada HOUCINAT, Emilie TISSERANT, Ange-Line BRUEL, Virginie QUÉRÉ, Christophe PHILIPPE, Arthur SORLIN, Frédéric TRAN MAU-THEM, Antonio VITOBELLO, Jean-Marc COSTA, Aïcha BOUGHALEM, Detlef TROST, Laurence FAIVRE, Christel THAUVIN-ROBINET, Yannis DUFFOURD
15:46 - 15:54 #20087 - FL10 Extension du spectre phénotypique de la prédisposition génétique aux hémopathies malignes associées aux mutations RUNX1 à la myélofibrose primitive.
FL10 Extension du spectre phénotypique de la prédisposition génétique aux hémopathies malignes associées aux mutations RUNX1 à la myélofibrose primitive.

Le gène RUNX1 code pour une facteur de transcription ayant un rôle majeur dans l’hématopoïèse primitive. Des remaniements acquis de RUNX1 sous forme de gènes de fusion avec différents gènes partenaires sont décrits dans des leucémies aiguës myéloïdes (LAM) et lymphoblastiques (LAL-B). En 1999, des mutations hétérozygotes germinales de RUNX1 ont été identifiées dans des formes familiales de thrombopénie modérée avec thrombopathie et prédisposition aux syndromes myélodysplasiques (SMD)/LAM et plus rarement aux leucémies aiguës lymphoblastiques T et à certains syndromes mixtes myélodysplasiques / myéloprolifératifs comme la leucémie myélomonocytaire chronique. La transmission est autosomique dominante avec une pénétrance incomplète variant de 20 à 60% des cas environ. L’âge de découverte de l’hémopathie survenue varie également de la petite enfance à un âge avancé.

Nous décrivons une nouvelle famille présentant un phénotype élargi associé à une mutation non-sens dans le domaine de transactivation de RUNX1 (ex7 : c.796T : p.Q266X) retrouvée sur 3 générations :

- Un jeune de 16 ans sans antécédent particulier a développé une leucémie aiguë myéloblastique (LAM2), la mutation de RUNX1 ayant une fréquence allélique proche de 50% dans les cellules leucémiques, l’origine germinale a été confirmée sur une biopsie cutanée ;

- Le jeune frère âgé de 11 ans, asymptomatique, et en particulier sans thrombopénie, HLA compatible, mais une recherche de mutation germinale réalisée sur une culture de fibroblaste s’étant avérée positive, il a été récusé en tant que donneur pour l’allogreffe de son frère ;

- Le père, âgé de 46 ans, présente une thrombopénie légère à 131 G/L sans signes de saignement ni anomalie de la numération ;

- Le grand-père paternel, est décédé à l’âge de 72 ans d’une myélofibrose primitive JAK2-V617F rapidement transformée en leucémie aiguë myéloblastique.

C’est à notre connaissance le premier cas décrit de néoplasme myéloprolifératif JAK2-V617F décrit comme associé à une mutation du gène RUNX1. Cette famille illustre également la grande variabilité de l’expressivité associée aux mutations de ce gène. La majorité des mutations faux-sens surviennent dans le domaine d’homologie Runt (RHD) qui assure la liaison à l’ADN de ce facteur de transcription alors que les mutations non-sens, comme dans la famille décrite, ou entraînant un décalage de lecture sont réparties tout le long de la séquence de RUNX1. Ces mutations auraient un effet dominant négatif et seraient associées à un risque plus élevé de transformation leucémique que les mutations qui entraîneraient une perte de fonction (mutations dans la région de régulation 5’ ou grandes délétions).

Florian CHEVILLON, Emmanuelle CLAPPIER, Hélène LAPILLONNE, Nicolas BOISSEL, Delphine REA, Nathalie DHEDIN, Hélène ANTOINE-POIREL (Paris, Belgique)
15:54 - 16:04 #20103 - FL11 Altération de l’épissage par formation d’une structure secondaire d'ARN provoquée par l’insertion d’une séquence Alu : un nouveau mécanisme à l'origine de maladies génétiques humaines.
FL11 Altération de l’épissage par formation d’une structure secondaire d'ARN provoquée par l’insertion d’une séquence Alu : un nouveau mécanisme à l'origine de maladies génétiques humaines.

Contexte : Il y a plus d'un million d'éléments Alu disséminés dans le génome humain, et de plus en plus d’insertions d’Alu sont rapportées comme étant à l'origine de maladies génétiques humaines. Jusqu'à tout récemment, ces insertions d’Alu étaient invariablement retrouvées dans les régions codantes ou les régions introniques proximales. En 2017, nous avons rapporté l’insertion à l’état homozygote d’une séquence Alu notée Alu-Ins, dans la région 3’-UTR du gène SPINK1, chez une jeune patiente atteinte d’insuffisance pancréatique exocrine sévère. Cette séquence Alu-Ins est à l’origine d’une perte totale d’expression du gène SPINK1, mais le mécanisme sous-jacent restait à élucider.

Résultats : Nous avons d’abord testé l’impact de la séquence Alu-Ins sur la stabilité des transcrits par un essai 3’UTR-Reporter. Une baisse d’expression de la luciférase d’environ 50% est observée, ce qui ne permet pas d’expliquer une absence totale d’expression du gène. Nous avons alors émis l’hypothèse que la séquence Alu-Ins pourrait former une structure secondaire d'ARN avec des séquences Alu inversées naturellement présentes dans le gène SPINK1, et ainsi affecter l'épissage du gène. Nous avons donc étudié la séquence génomique de SPINK1 à l’aide de l’application RepeatMasker et identifié dans le dernier intron du gène deux séquences Alu, toutes deux en orientation inversée par rapport à l’Alu-Ins. La première notée Alu1 est située à environ 2,6 kb du codon stop, et la deuxième notée Alu2 située à environ 1 kb. Pour tester l’hypothèse d’une formation d’une structure secondaire d’ARN entre ces deux éléments Alu préexistants et l’Alu-Ins, nous avons construit plusieurs vecteurs d'expression. Tout d’abord, le gène SPINK1 est cloné en entier avec la séquence Alu-Ins en 3’-UTR. Puis, plusieurs constructions sont réalisées : les séquences Alu1 et Alu2 sont enlevées une par une, et l’orientation de la séquence Alu-Ins est inversée dans le 3’-UTR. Chaque plasmide est transfecté dans deux lignées cellulaires traitées avec un inhibiteur de NMD. Après 48h, les ARN sont extraits et des RT-PCR sont réalisées pour l’ensemble des constructions. Le séquençage des transcrits obtenus a permis de montrer que la séquence Alu-Ins forme une structure secondaire avec la séquence Alu1 au niveau de l’ARN pré-messager, empêchant ainsi un épissage correct des ARN messagers.

Conclusion : Bien que l'on sache depuis longtemps que les répétitions Alu inversées sont capables de former des structures secondaires, c'est la première fois qu’un tel mécanisme est rapporté dans une maladie génétique humaine. Compte tenu de l'abondance des éléments Alu dans le génome humain et de la mobilisation potentielle des rétrotransposons Alu dans toutes les régions des gènes, nos résultats montrent l’importance d’élargir la détection des insertions d’Alu aux régions non-codantes d’un gène et d’interpréter leur impact en fonction du contexte génétique préexistant.

Emmanuelle MASSON (BREST), Sandrine MAESTRI, Claude FEREC, Jian-Min CHEN
16:04 - 16:12 #20355 - FL12 MOOC BiG - bioinformatique pour la génétique médicale : enseignons la génomique en ligne !
FL12 MOOC BiG - bioinformatique pour la génétique médicale : enseignons la génomique en ligne !

Le futur spécialiste en génétique médicale doit comprendre les différentes étapes qui mènent du phénotypage au diagnostic, les limites et les pièges du NGS. Il existe un besoin de formation de la communauté des internes de génétique et des praticiens aux notions d’algorithmique, d’analyse de données séquençage à haut-débit (SHD), de statistiques et de gestion des données massives. Plusieurs initiatives de formation sont proposées par des universités, les filières de santé maladies rares, l’ANPGM, le CNPGEM. Néanmoins, l’offre actuelle d’enseignement est limitée, autant en formation initiale qu’en formation continue. 

Nous proposons la création d’un enseignement introductif à la génomique, impliquant de nombreux acteurs de la génomique en France, s’appuyant sur la communauté de BioInfoDiag pour contribuer à fédérer la communauté nationale de médecine génomique.

Ce MOOC a été réalisé sous l’égide du Collège National des Praticiens et Enseignants de Génétique Médicale (CNEPGM), grâce au soutien de la filière de santé AnDDi-Rares, la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée, le Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic (BioInfoDiag) et le support technique du Centre de Recherche Interdisciplinaire (CRI).

Le processus pédagogique est constitué d’une description des enjeux de la génomique remplaçant la génétique, les défis technologiques et techniques du SHD, l’interprétation des variations,  l’analyse et les méthodes bioinformatiques employées.  

Nous avons donc choisi de suivre par étapes un pipeline bioinformatique d’analyse inversé, c’est à dire partir de l’interprétation du résultat d’une analyse SHD pour remonter aux fichiers bruts. A partir de vidéos, documents, exercices et ressources pour aller plus loin,  seuls ou en groupe : découvrez la bioinformatique appliquée à la génomique, renforcez vos connaissances et créer des liens avec d’autres apprenants.

Ce travail prend la forme d’un cours en ligne ouvert et massif (MOOC), hébergé par la plateforme web France Université Numérique (FUN). Grâce à cette plateforme la plus populaire d’e-learning francophone, ce support est idéal pour un large accès à cet enseignement.  

Nous espérons vous voir nombreux sur la première session du MOOC qui ouvrira  mi-février !

Kevin YAUY (Grenoble), Evan GOUY, Anne Sophie DENOMMÉ-PICHON, Emmanuelle GÉNIN, François LECOQUIERRE, Alban LERMINE, Robert OLASO, Sacha SCHUTZ, Marie DE TAYRAC, Aurélien TRIMOUILLE, Guillaume COLLET, Xavier DESPLAS, Fabien HOBART, Amodsen CHOTIA, Pascal PUJOL, David GENEVIÈVE, Laurence FAIVRE, Damien SANLAVILLE, Yannis DUFFOURD, Julien THEVENON
16:12 - 16:20 #20372 - FL13 Mise en place d’une RCP nationale par le Groupe Génétique et Cancer dans le cadre du plan France Médecine Génomique.
FL13 Mise en place d’une RCP nationale par le Groupe Génétique et Cancer dans le cadre du plan France Médecine Génomique.

Dans le cadre du Plan France Génomique 2025 (FMG2025) deux plateformes AURAGEN ET SEQOIA ont été créées pour offrir, dans un cadre diagnostique, la réalisation d’analyses de séquençage très haut débit, principalement à type d’exomes et de génomes complets pour l’ensemble du territoire. Début 2019, 12 préindications dont trois concernant l’oncogénétique ont été retenues pour le démarrage de ce plan. Les deux préindications proposées par le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer pour l’oncogénétique constitutionnelle ont été retenues. Il s’agit, pour la première, de patients atteints de cancers dans un contexte d’antécédents familiaux particulièrement sévères et, pour la seconde, de patients atteints de phénotypes tumoraux « extrêmes » isolés. Ces cancers isolés peuvent être soit de survenue inhabituellement précoce soit multiples. Dans cette pré-indication, l’analyse est proposée en trio.

Pour assurer une accessibilité et une représentativité nationale, le Groupe Génétique et Cancer-Unicancer a décidé de mettre en place une RCP nationale nommée « RCP nationale GGC FMG2025 » pour discuter et sélectionner les dossiers relevant de ce type d’indications. Les participants à cette RCP sont un généticien clinicien par région, deux cliniciens et deux biologistes membres du bureau du GGC, deux représentants désignés par chacune des plateformes, une conseillère en génétique qui assure la logistique. Les RCP, de 3 heures, se font par téléconférence et sont programmées toutes les 3 semaines depuis septembre 2019 puis tous les mois en 2020. Le clinicien et le biologiste référents pour chaque dossier sont invités à participer à la discussion concernant leurs dossiers. En Septembre et Octobre 2019 :  41 dossiers ont été discutés (14 cas familiaux et 27 cas isolés) : 25 indications ont été acceptées (12 pour AURAGEN et 13 pour SEQOIA) ; 5 dossiers ont été refusés et 8 mis en attente d’explorations génétiques ou d’information complémentaires.

Ces premières réunions ont été l’occasion de préciser les situations cliniques relevant de ce type d’analyses ainsi que les âges limites pour les cas isolés à l’aide des données épidémiologiques disponibles. Les premiers dossiers acceptés ont été validés sur les logiciels de e-prescription de chacune des plateformes et les consultations pour les patients et leurs apparentés concernés ont été programmées. La RCP nationale GGC FMG2025 sera également impliquée en aval des analyses après le rendu des résultats pour discuter de la prise en charge des patients et de leur famille et éventuellement de l’orientation vers des projets de recherche. Des interactions avec les RCP d’oncogénétique somatique, en charge de la préindication sur les cancers en échec thérapeutique, doivent être formalisées. L’intégration des analyses tumorales en complément des analyses constitutionnelles est également un objectif à court terme.

Chrystelle COLAS (PARIS), Hélène DELHOMELLE, Pascaline BERTHET, Olivier CARON, Mathias CAVAILLE, Marie-Agnès COLLONGE-RAME, Carole CORSINI, Capucine DELNATTE, Philippe DENIZEAU, Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, Sophie GIRAUD, Sophie LEJEUNE, Jessica MORETTA, Isabelle MORTEMOUSQUE, Pierre NAIBO, Hélène SCHUSTER, Julie TINAT, Nicolas SEVENET, Dominique VAUR, Catherine NOGUES
Auditorium Ronsard

Jeudi 23 janvier

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C36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 03

Modérateurs : Tania ATTIÉ-BITACH (Médecin) (PARIS), Nicolas GRUCHY (MCU-PH) (CAEN)
15:30 - 15:38 #19855 - FL15 Anomalies d’IGF1R: à propos de 35 nouveaux patients.
FL15 Anomalies d’IGF1R: à propos de 35 nouveaux patients.

Contexte : le récepteur de type 1 des insulin like growth factors (IGFs) (IGF1R) est un acteur majeur de la régulation de la croissance fœtale par son interaction avec IGF-I et IGF-II. Récemment la description clinique d’une grande cohorte néerlandaise de patients porteurs d’anomalies du gène IGF1R a été publiée et un score clinique diagnostic a été proposé. Nous avons caractérisé le phénotype clinique et évalué la sensibilité de ce score dans un groupe de patients pour lesquels une anomalie d’IGF1R avait été identifiée dans le laboratoire.

Méthodes : Nous avons recensé les délétions et variants identifiés au sein du laboratoire entre 2006 et 2018. La variabilité du nombre de copies (copy number variation, CNV) était détectée par multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) et confirmée par puce d’analyse de single nucleotide polymorphism (SNP), tandis que les variants étaient identifiés en séquençage de type Sanger, sur lymphocytes circulants.

Résultats: Nous avons identifié 21 anomalies d’IGF1R, chez 35 patients et leurs apparentés, dont huit délétions, et 10 variants classés pathogènes ou probablement pathogènes selon la classification internationale ACMG/AMP. Ces anomalies étaient majoritairement présentes à l’état hétérozygote (n=33) mais un patient était hétérozygote composite et un autre homozygote. Les patients étaient nés petits pour l’âge gestationnel (90,9%), avaient une petite taille dans l’enfance (88,2%) et une microcéphalie (74,1%). Il existait également une prévalence importante de difficultés alimentaires et de retard de développement à des degrés variables (54,5%). Enfin, nous avons recensé des malformations cardiaques chez quatre patients dont une insuffisance cardiaque terminale ayant nécessité une transplantation cardiaque. Nous n’avons pas mis en évidence de différence phénotypique significative entre les patients porteurs de délétions ou de variants pathogènes. Nous avons validé la pertinence du score clinique proposé avec une sensibilité de 95,2% dans cette cohorte. Ce score propose la recherche d’anomalie d’IGF1R devant la présence d’au moins trois des caractéristiques suivantes : taille ou poids de naissance inférieur à -1DS, taille dans l’enfance inférieure à -2,5DS, microcéphalie (périmètre crânien inférieur à -2DS) et concentration d’IGF-I au-delà de la moyenne.

Conclusion: Nous avons identifié huit nouveaux variants pathogènes d’IGF1R et un nouveau cas d’atteinte homozygote. Nous recommandons l’utilisation du score clinique récemment publié pour guider le diagnostic moléculaire, bien que sa spécificité reste encore à caractériser. Nous proposons également la réalisation systématique d’une échographie cardiaque chez les patients porteurs d’anomalie d’IGF1R.

Eloise GIABICANI (PARIS), Willems MARJOLAINE, Virginie STEUNOU, Sandra CHANTOT-BASTARAUD, Irène NETCHINE, Frédéric BRIOUDE
15:38 - 15:46 #19984 - FL16 Pathologies secondaires aux mutations de la voie PI3K-AKT-mTOR d’expression anténatale : que peut-on apprendre de ses formes extrêmes de syndromes hypertrophiques segmentaires.
FL16 Pathologies secondaires aux mutations de la voie PI3K-AKT-mTOR d’expression anténatale : que peut-on apprendre de ses formes extrêmes de syndromes hypertrophiques segmentaires.

Intoduction : La voie PI3K-AKT-mTOR est une voie de signalisation impliquée dans la régulation de la croissance et de la prolifération cellulaire ainsi que l’angiogenèse. Les mutations de cette voie sont responsables de syndromes en mosaïques caractérisés par une hypertrophie segmentaire : mégalencéphalies(MEG), hémi-mégalencéphalies (HMEG), hypertrophie adipeuse et malformations vasculaires principalement. Certains de ces syndromes peuvent s'exprimer au cours de la période anténatale : les phénotypes reliés aux mutations post-zygotiques du gène PIK3CA regroupées au sein du spectre PROS (incluant notamment le syndrome CLOVES (MIM#612918) et le syndrome MCAP (MIM#602501)), les syndromes Mégalencéphalie Polymicrogyrie Polydactylie Hydrocéphalie secondaires aux mutations constitutionnelles et post-zygotiques de PIK3R2, CCND2 et AKT3 et le syndrome de Smith-Kingsmore (MIM#616638) secondaires aux mutations de mTOR.

Objectif : Décrire les données phénotypiques, anténatales et postnatales, et moléculaires de fœtus présentant un syndrome hypertrophique segmentaire et secondaire à une mutation activatrice de la voie PI3K-AKT-mTOR.

Patients et méthodes : Chez 15 fœtus présentant un syndrome hypertrophique segmentaire diagnostiqué en anténatal, l’ADN a été extrait à partir de tissus pathologiques. Un séquençage ciblé en profondeur des gènes de la voie PI3K/AKT/mTOR a été réalisé par séquençage haut débit. Nous avons ensuite évalué la possibilité de retrouver les variations pathogènes identifiées dans du liquide amniotique cultivé et non cultivé afin d'évaluer la possibilité de proposer un diagnostic prénatal.

Résultats : 12 fœtus présentaient une hypertrophie cérébrale : 4 MEG et 8 HMEG. Parmi les fœtus présentant une MEG, nous avons identifié une variation pathogène du gène PIK3R2 responsable du syndrome MPPH chez 3 cas sur 4 (2 variations constitutionnelles et 1 post-zygotique), et une variation pathogène du gène mTOR impliquée dans le syndrome de Smith-Kingsmore chez 1 cas sur 4. Parmi les fœtus présentant une HMEG, une variation pathogène post-zygotique du gène PIK3CA a été identifiée chez 2 fœtus présentant une HMEG associée à des signes cliniques extra-cérébraux rapportés dans le syndrome CLOVES et chez 6 cas présentant une HMEG «isolée». Par ailleurs, chez les 3 autres fœtus présentant une hypertrophie segmentaire associée à un(des) lymphangiome(s) étendu(s) et sans hypertrophie cérébrale, une variation pathogène post-zygotique du gène PIK3CA a également été identifiée.

L’analyse rétrospective a porté sur l’ADN de 5 foetus, extrait d’amniocytes en culture. La variation pathogène a pu être identifié chez 3/5 patients, suggérant que le diagnostic prénatal était possible sous réserve qu'un résultat négatif ne peut pas exclure le diagnostic suspecté.

Conclusion : Il s’agit de la première étude portant sur des fœtus présentant une hypertrophique segmentaire, qui fournit des données importantes aux équipes de diagnostic prénatal.

Nicolas BOURGON (DIJON), Virginie CARMIGNAC, Arthur SORLIN, Martin CHEVARIN, Charlotte POE, Thibaud JOUAN, Yannis DUFFOURD, Emilie TISSERANT, Carine ABEL, Daniel AMRAM, Tania ATTIE-BITACH, Nicolas CHASSAING, Bérénice DORAY, Agnès GUICHET, Jelena MARTINOVICH, Marie-Josée PEREZ, Chloé QUELIN, Alexandre VASILJEVIC, Christophe PHILIPPE, Jean-Baptiste RIVIERE, Christel THAUVIN-ROBINET, Pierre VABRES, Laurence FAIVRE, Paul KUENTZ
15:46 - 15:54 #20222 - FL17 Incurvations fémorales isolées en prénatal : revue clinique, radiologique et moléculaire de 103 cas.
FL17 Incurvations fémorales isolées en prénatal : revue clinique, radiologique et moléculaire de 103 cas.

Introduction : l’incurvation fémorale isolée anténatale est un point d’appel rare et aspécifique de maladies osseuses constitutionnelles (MOC) aux pronostics variables et potentiellement sévères. L’étiologie est difficile à établir en anténatal. Le but de cette étude est d’établir le spectre des pathologies associées à ce signe, évaluer leur prévalence, décrire leur prise en charge, leur pronostic, afin d’améliorer le conseil génétique.  

Méthode : nous avons analysé les dossiers adressés à 3 CPDPN d’Ile de France et au centre de référence de MOC de l’hôpital Necker sur 10 ans, pour des grossesses ayant présenté un fémur incurvé isolé à l’échographie anténatale. Les informations concernant les antécédents, les éléments diagnostics et de suivi post nataux ont été colligés.  

Résultats : 103 cas ont été inclus. Onze pathologies ont été mises en évidence chez 90 patients, avec une majorité d’ostéogenèse imparfaite (56%). Chez 53 patients (51%) une confirmation génétique a été possible. Chez 14,6% des patients aucun diagnostic final n’a été posé. L’existence d’un antécédent familial a permis d’orienter le diagnostic dans 23%. L’échographie évoquait un diagnostic dans 75% des cas, mais erroné dans 14% des cas. Sur 78 TDM osseuses réalisées, 69% évoquaient un diagnostic, mais erroné dans 15% des cas. Dans 33% des cas, une interruption médicale de grossesse a été réalisée. Le temps moyen de suivi post natal est de 33 mois, 4 décès sont survenus (5,9%), 20% des phénotypes ont été considérés comme sévères. 

Discussion & Conclusion : les examens réalisés en anténatal ne sont pas toujours discriminants, du fait du chevauchement phénotypique important des différentes pathologies. Les examens génétiques ont permis de confirmer ou de corriger les diagnostics évoqués mais n’ont pas été effectués de manière systématique. La mise en place d’études génétiques par séquençage par panel apparaît nécessaire en anténatal, ainsi qu’un suivi plus organisé. 

Adeline BONNARD (PARIS), Catherine GAREL, Geneviève BAUJAT, Jonathan ROSENBLATT, Alain VERLOES, Jean-Marie JOUANNIC, Laurent SALOMON, Fabien GUIMIOT, Marie GONZALES, Caroline MICHOT, Bettina BESSIERES, Sophie RONDEAU, Sophie MONNOT, Valérie CORMIER-DAIRE
15:54 - 16:04 #20282 - FL18 EEQ en cytogénétique : leçons et enseignement en génétique clinique et biologique.
FL18 EEQ en cytogénétique : leçons et enseignement en génétique clinique et biologique.

L’ACLF a mis à disposition des laboratoires depuis 2005 des évaluations externes de la qualité pour le caryotype (incluant la FISH) et l’ACPA. Plus de 70 laboratoires en cytogénétique constitutionnelle, 40 en Hématologie et 30 pour l’ACPA participent chaque année. Les dossiers sont évalués par les experts issus des laboratoires participants. Les résultats de ces L’évolution de nos pratiques nous impose une adaptation continue mais ces EEQs et de leurs équivalents européens nous ont fait prendre conscience de l’état des connaissances et de certaines limites révèlent les pertes de compétence dans l’analyse cytogénétique classique ainsi que les limite des techniques moléculaires pangénomiques. Le partage de l’information par les participants est très important, nous avons ainsi identifié des lacunes ou des écueils techniques que nous illustrerons par deux exemples. Cytogénétique postnatale : Nous avons proposé l’observation d’une inversion péricentrique du chromosome 5 : inv(5)(p13q13) considérée comme un variant dans la littérature. Des laboratoires ont rapporté ce chromosome comme un variant ou polymorphisme alors que d’autres ont raisonné comme une inversion péricentrique classique similaire à celle du chromosome 4. Ce sont les plus anciens de nos collègues qui ont identifié ce polymorphisme. Les plus « jeunes » cytogénéticiens séniors experts ont perdu cette expérience concernant un variant rare qui n’est plus décrit depuis longtemps dans la littérature. ACPA postnatale : Le cas proposé comportait une pentasomie X validée par le caryotype, ce qui paraissait simple. Mais curieusement certains laboratoires n’ont pas identifié la pentasomie. Ils ont conclu à une trisomie ou une mosaïque avec une tétrasomie. L’explication tient probablement aux limites d’évaluation précis du nombre de copies par les algorithmes utilisés, qui nécessite une méfiance lors de l’analyse en présence de ratios très inhabituels, en particulier au niveau des gonosomes et une connaissance cytogénétique de l’existence de ces polysomies notamment gonosomiques, soit une analyse trop rapide ou parce que la technique ne permettait pas d’évaluer un nombre important de copies de l’X.

Cet exercice nous a permis de constater les limites de certains algorythmes de calcul et rappellent l’importance de maintenir une formation solide en analyse cytogénétique classique pour interpréter au mieux les résultats issus des techniques moléculaires pangénomiques (ACPA, WGS/WES) et de ne pas omettre l’existence de polymorphisme rare au niveau chromosomique

Martine DOCO-FENZY (REIMS), Damien SANLAVILLE, Chantal MISSIRIAN, Marianne TILL, Caroline SCHLUTH-BOLARD, Marie-Claude MELUN-BLOCQUAUX, Marie-Christine COMBRISSON, Christine TERRE, Isabelle LUQUET, Cyril SARRAUSTE DE MENTHIÈRE, Jean-Michel DUPONT
16:04 - 16:12 #20438 - FL19 Altération de l’organisation spatiale de la chromatine spermatique chez les patients atteints de globozoospermie et déficients en DPY19L2.
FL19 Altération de l’organisation spatiale de la chromatine spermatique chez les patients atteints de globozoospermie et déficients en DPY19L2.

La globozoospermie est une tératozoospermie monomorphe, rare (incidence < 0.1%), secondaire dans 70-75% des cas à une anomalie du gène DPY19L2 qui intervient dans la formation de l’acrosome.  En plus de son rôle capital dans le bon positionnement de l’acrosome, il a été suggéré que la protéine Dpy19l2 aurait aussi un rôle important dans l’organisation du génome nucléaire pendant la vie embryonnaire. Il a été suggéré également que la protéine Dpy19l2 aurait une fonction similaire aux protéines du complexe LINC (Linkers of the Nucleoskeleton to the Cytoskeleton), étant donné que Dpy19l2 est situé au niveau de la membrane nucléaire interne, et que son absence chez des souris mâles Dpy19l2-/-, est associée à un gonflement de l’espace périnucléaire liant les deux enveloppes nucléaires externe et interne.

Sachant que la lamina nucléaire est connectée au cytosquelette et au centrosome (via des protéines à domaine SUN appartenant au Complexe LINC) et à la chromatine (via les protéines à domaine LEM et le récepteur de la lamine B), nous avons émis l’hypothèse que l’absence de Dpy19l2 pourrait être à l’origine d’une perturbation de l’organisation du génome spermatique via son interaction avec la lamina nucléaire. Afin de confirmer ou infirmer cette hypothèse nous avons étudié l'organisation spatiale de la chromatine spermatique chez cinq patients ayant le phénotype de globozoospermie type 1 avec atteinte du gène DPY19L2 et chez cinq donneurs de sperme sains, en utilisant l'hybridation in situ fluorescente tridimensionnelle (FISH-3D). La présente étude est la première à analyser l’organisation chromatinienne du génome spermatique chez les patients atteints de globozoospermie.

Cette étude montre une augmentation du nombre de chromocentres par rapport aux témoins, ainsi qu’une organisation spatiale altérée des régions télomériques et des territoires chromosomiques chez les patients déficients en Dpy19l2. Ces résultats renforcent l'hypothèse que Dpy19l2 pourrait être considérée comme une protéine de type LINC et jouerait un rôle crucial dans l'organisation de la chromatine nucléaire dans le noyau spermatique. Ces altérations architecturales du génome pourraient participer à l’arrêt précoce du développement embryonnaire observé après ICSI chez les patients ayant des anomalies du gène DPY19L2.

Fatma ABDELHEDI (Paris), Emmanuel DULIOUST, Céline CHALAS, Nourhène GHARBI, Nouha ABID, Elyes MOKADEM, Ikhlas BEN AYED, Hassen KAMOUN, Leila KESKES, Jean-Michel DUPONT
16:12 - 16:20 #20530 - FL20 Le dépistage non invasif des trisomies fœtales par analyse de l’ADN libre circulant dans les situations de profil atypique des marqueurs sériques maternels.
FL20 Le dépistage non invasif des trisomies fœtales par analyse de l’ADN libre circulant dans les situations de profil atypique des marqueurs sériques maternels.

Depuis environ un an, le dépistage prénatal non invasif par analyse de l’ADN libre circulant (DPNI ADNlc) fait partie du schéma du dépistage prénatal de la Trisomie 21. Il est indiqué, en dépistage secondaire, dans les grossesses à risque modéré voire élevé (≥ 1/1000 après calcul par les marqueurs sériques maternels (MSM)) et, en dépistage primaire, dans les grossesses multiples et en cas d’antécédent de trisomie ou translocation robertsonienne parentale impliquant le 21. Des valeurs extrêmes de certains MSM (dites atypiques) seraient associées à un risque plus élevé de trisomies quel que soit le résultat du calcul de risque. Or, ces situations ne font pas partie des indications principales retenues pour la prise en charge du DPNI. Nous avons donc voulu évaluer l’apport du DPNI dans cette indication.

Nous avons mené une étude rétrospective incluant les grossesses singletons ayant eu un dépistage par ADNlc réalisé par la plateforme APHP de DPNI depuis son ouverture (en Mai 2017). Un résultat de MSM est considéré comme atypique lorsqu’il présente l’un des résultats suivants : PAPP-A < 0,3MoM, hCGβ < 0,3MoM ou hCG ou hCGβ > 5 MoM.  Le DPNI a été réalisée sur une Plateforme CE-IVD selon le protocole NIPT VeriSeq® (Illumina®). Les données cliniques comprenant les issues de grossesse ont été collectées et confrontées aux résultats du DPNI. Par ailleurs, nous avons analysé spécifiquement les situations d’échec à la recherche de la cause de l’échec.

Entre le 1er Mai 2017 et le 1er Octobre 2019, nous avons réalisé un DPNI pour 13604 patientes dans le cadre de grossesses singletons dont 548 étaient adressées pour un profil atypique de MSM avec un risque calculé < 1/1000 contre 10961 pour risque ≥ 1/1000. Le taux de détection des trois trisomies communes dans ce groupe diffère significativement de celui du groupe des patientes ayant un risque calculé ≥ 1/1000 avec un taux de détection de la Trisomie 21 qui est plus faible dans le groupe des MSM atypiques mais plus de 10 fois plus élevé pour les Trisomies 13 et 18 (0,75 % vs 0,07 % et 0,94 % vs 0,06 %, respectivement). Le taux d’échec était lui trois fois plus élevé dans le groupe des MSM atypiques (0,9 % contre 0,3 %).

Notre étude démontre l’intérêt du DPNI dans l’indication des MSM atypiques quel que soit le résultat du calcul de risque. Ces résultats préliminaires encouragent à poursuivre l’étude pour évaluer plus précisément les performances du DPNI dans cette indication et pouvoir justifier son ajout à la liste des indications prises en charge par l’assurance maladie.

Maureen LOPEZ (Paris), Jean Michel DUPONT, Alexandre VIVANTI, Morgane VALENTIN, Hanane BOUCHGHOUL, Pierre François CECCALDI CARP, Jonathan ROSENBLATT, Marie Isabelle BORNES, Lionel CARBILLON, Jocelyn BRAYET, Jean Louis BENIFLA, Marc DOMMERGUES, Olivier PICONE, Jean Marie JOUANNIC, Vassilis TSATSARIS, Jean GUIBOURDENCHE, Laila EL KHATTABI
16:20 - 16:28 #20591 - FL21 Caractérisation Clinique et Génomique du Syndrome Microdélétionnel 19p13.3.
FL21 Caractérisation Clinique et Génomique du Syndrome Microdélétionnel 19p13.3.

Dans la littérature médicale, les données sur les remaniements de la région 19p13.3 sont rares. Or les délétions et les duplications de la région critique que nous avons précédemment décrite dans cette région semblent responsables d’une symptomatologie en miroir, associant chez des patients atteints de déficience intellectuelle des anomalies de croissance opposées. Tandis que les patients porteurs de duplications présentent un retard de croissance avec microcéphalie, les patients porteurs de délétions semblent présenter une macrocéphalie et pour certains une grande taille. Pour mieux caractériser le syndrome microdélétionnel 19p13.3, nous avons lancé un appel à collaboration via l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française, et nous rapportons une cohorte de 11 nouveaux patients. Grace à ce travail, nous avons participé à la meilleure caractérisation clinique et génomique de ce syndrome, et proposons des gènes candidats par intégration bio-informatique des données issues du modèle animal.

Guillaume JOURET (Dudelange, Luxembourg, Luxembourg), M. EGLOFF, E. LANDAIS, O. TASSY, F. GIULIANO, H. KARMOUS-BENAILLY, C. COUTTON, F. DEVILLARD, K. DIETERICH, G. VIEVILLE, P. KUENTZ, C. LE CAIGNEC, C. BENETEAU, B. ISIDOR, M. NIZON, P. CALLIER, V. MARQUET, E. BIETH, J. LÉVY, Ac TABET, A. PHILIPPE-RECASENS, S. LYONNET, G. BAUJAT, M. RIO, F. CARTAULT, S. BERG, S. SCHEIDECKER, A. GOURONC, A. SCHALK, C. JACQUIN, E. GOUY, H. THORN, M. SPODENKIEWICZ, C. POIRSIER, C. ANGÉLINI, P. PENNAMEN, C. ROORYCK, M. DOCO-FENZY
Salle Descartes

Jeudi 23 janvier

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D36
15:30 - 16:30

SESSION COMMUNICATIONS FLASH 04

Modérateurs : David GENEVIEVE (Professeur, chef de service, responsable réseau maladie rare, co-fondateur SFMPP) (Montpellier), Sandra MERCIER (Généticienne clinicienne) (NANTES)
15:30 - 15:38 #19678 - FL22 Pseudohypoparathyroïdie : Distorsion du ratio de transmission maternelle des mutations perte de fonction de GNAS.
FL22 Pseudohypoparathyroïdie : Distorsion du ratio de transmission maternelle des mutations perte de fonction de GNAS.

La PseudoHypoParathyroïdie de type 1A (PHP1A) et la PseudoPseudoHypoparathyroïdie (PPHP) sont deux maladies rares à transmission autosomique dominante provoquées par des mutations perte de fonction du gène GNAS soumis à empreinte, codant la protéine Gsα. La PHP1A est causée par des mutations sur l’allèle maternel et entraîne une Ostéodystrophie Héréditaire d’Albright (AHO) et une résistance à la PTH, tandis que la PPHP avec AHO et sans résistance hormonale est liée à des mutations de l’allèle paternel. Cette étude visait à étudier la transmission des mutations de GNAS. Nous avons mené une étude rétrospective sur un grand nombre de familles mutées GNAS. Pour éviter un biais de constatation en faveur d’une proportion plus élevée d’enfants affectés du à la manière dont les patients ont été inclus, les cas index faisant partie des fratrie de descendants ont été exclus. Le ratio de distribution des allèles mutés a été calculé à partir des génotypes observés chez des descendants de familles nucléaires et a été comparé au ratio attendu de 50% selon l'héritage mendélien (z-test à un échantillon). La transmission en fonction de la sévérité et du phénotype du parent transmettant de la mutation a également été analysée, ainsi que le sex ratio. L'étude a été réalisée sur 114 familles nucléaires et a inclus 250 descendants. Nous avons montré un excès de transmission maternelle d’allèles mutés (59%, P=0,022), d’autant plus important que les mutations étaient sévères (61,7%, P=0,023) et que l’allèle provenait de la grand-mère (64,7%, P=0,036). Une distribution mendélienne a été observée lorsque les mutations étaient héritées du père. Un déséquilibre du sex ratio en faveur des femmes a été observé parmi les porteurs, avec un sex ratio équilibré chez les descendants sains. La distorsion du ratio de transmission sexe-spécifique observée ici suggère un rôle de Gsα dans la biologie des ovocytes ou dans l'embryogenèse, avec des implications pour le conseil génétique.

Sarah SNANOUDJ-VERBER (Rouen), Arnaud MOLIN, Cindy COLSON, Nadia COUDRAY, Sylvie PAULIEN, Hervé MITTRE, Marion GÉRARD, Elise SCHAEFER, Alice GOLDENBERG, Justine BACCHETTA, Odent SYLVIE, Sophie NAUDION, Bénédicte DEMEER, Laurence FAIVRE, Marie-Laure KOTTLER, Nicolas GRUCHY, Nicolas RICHARD
15:38 - 15:46 #19862 - FL23 L’apport du séquençage d’exome dans la découverte de variations pharmacogénétiques en lien avec les traitements de l’épilepsie.
FL23 L’apport du séquençage d’exome dans la découverte de variations pharmacogénétiques en lien avec les traitements de l’épilepsie.

Introduction : En sus de la recherche de variations pathogènes impliquées dans une pathologie, le séquençage d’exome peut permettre la recherche de variations secondaires ayant un lien avec la pharmacogénétique. Une intervention clinique adaptée pourrait donc améliorer la prise en charge des patients à risque iatrogène par la prévention en amont des troubles du métabolisme ou d’une intolérance médicamenteuse. Cela aurait pour effet l’éviction de nombreuses complications en lien avec des traitements en cours et/ou futurs.

 

Matériel et Méthodes : Afin d’évaluer l’intérêt de la recherche de l’information pharmacogénétique dans les données génomiques issues du séquençage d’exome, nous avons créé un pipeline bioinformatique pour déterminer le statut de 122 variations décrites et classées par PharmGKB ainsi que la présence de variations structurales sur ces gènes d’intérêts. Ce pipeline a été appliqué à une cohorte de 82 patients épileptiques afin de déterminer dans un premier temps la fréquence des variations pharmacogénétiques en lien avec un traitement antiépileptique. Dans un second temps, nous avons extrait l’information médicale pertinente en rapport avec les variations détectées. Nous avons finalement cherché à corréler les réponses aux traitements prescrits à ces patients avec les variations pharmacogénétiques détectées.

 

Résultats : Étant donné leurs fréquences, seules les variations de classe 1 sont compatibles avec une pratique clinique. Dans notre cohorte, une seule variation de classe 1 du gène CYP2C9 et impliquée dans le métabolisme de la phénytoïne a été détectée. Un métaboliseur lent et treize métaboliseurs intermédiaires ont également été identifiés dans notre cohorte concernant cette molécule. Parmi les 82 patients de la cohorte, 19 ont reçu un traitement par phénytoïne intraveineuse. Durant leurs hospitalisations, ces patients ont été traités par un protocole standard (15mg/kg de dose de charge et 5mg/kg pour la dose d’entretien) et tous les patients identifiés comme métaboliseurs intermédiaires ont montré des concentrations plasmatiques supérieures à la concentration toxique (30 mg/L).  

 

Conclusion : Ce travail démontre que la détermination du génotype CYP2C9 est possible à partir des données d’exome. Celle-ci pourrait anticiper le risque de surdosage causé par un métabolisme diminué. Malheureusement, les limites du séquençage d’exome ne permettent pas de mettre en évidence toutes les variations impliquées dans le métabolisme des molécules impliquées dans le traitement de l’épilepsie, une partie de celles-ci étant constituées de variations non-codantes. Le séquençage d’exome permet cependant d’extraire une partie de l’information pharmacogénétique en lien avec l’épilepsie, avec un impact sur la prise en charge du patient. Cette information pourrait être enrichie par l’utilisation d’autres approches génomiques telles que le séquençage de génomes.

Simon VERDEZ (Dijon), Philippine GARRET, Emilie TISSERANT, Antonio VITOBELLO, Frédéric THRAN MAU-THEM, Marc BARDOUX, Juliette ALBUISSON, Céline VERSTUYFT, Patrick CALLIER, Christelle THAUVIN-ROBINET, Laurence FAIVRE
15:46 - 15:54 #20105 - FL24 Etude de l’ARNm dans les anomalies constitutionnelles des gènes impliqués dans les cardiomyopathies héréditaires.
FL24 Etude de l’ARNm dans les anomalies constitutionnelles des gènes impliqués dans les cardiomyopathies héréditaires.

Introduction : Les cardiomyopathies sont des maladies héréditaires de transmission autosomique dominante. Malgré une hétérogénéité génétique importante, le gène MYBPC3 reste le gène majeur. Dans 2/3 des cas,  le mécanisme mutationnel en cause dans MYBPC3 est l’haploinsuffisance.  Les variants touchant les sites canoniques d’épissage sont classiquement considérés comme pathogènes tandis que les variants affectant les séquences introniques flanquantes à ces sites sont considérés comme des variants de signification inconnue (VSI) en l’absence d’analyses fonctionnelles, telles que l’analyse de l’ARNm par RT PCR ou minigènes. 

L’analyse des ARNm du patient implique l’accès au tissu d’expression, ce qui est rare dans le cadre des cardiomyopathies. Ce travail a pour but d’étudier la faisabilité, et de valider l’analyse des transcrits à partir d’un prélèvement sur tube PAXgene et d’évaluer l’effet de certains variants génomiques sur l’épissage.

Patients : Quinze patients porteurs de variants identifiés par séquençage haut débit de panels de gènes de cardiomyopathies ont été inclus dans cette étude. Les variants sélectionnés sont introniques et exoniques et susceptibles d’induire une anomalie d’épissage : 12 variants dans le gène MYBPC3, 2 variants dans le gène MYH7 et 1 variant dans le gène FLNC. Parmi ces variants, 2 touchent le nucléotide G en +5 du site donneur d’épissage, 4 sont exoniques (synonymes ou faux-sens), 7 sont situés dans une région intronique profonde, un altère possiblement le point de branchement et un pourrait altérer le site accepteur proche (-5).

Méthode : Les ARN totaux sont extraits à partir de lymphocytes issus d’un prélèvement veineux sur tube PAXgene ou d’une lignée lymphoblastoide. Les ARNm issus de la transcription illégitime sont rétro transcrits par RT-PCR puis séquencés par la méthode de Sanger.

Résultats : Après optimisation de la technique, les séquences obtenues pour les variants dont la conséquence sur l’épissage était connue (n= 4) montrent un résultat similaire à celui attendu, validant ainsi la fiabilité de cette approche. Les résultats obtenus sur ARNm issus de Paxgene sont identiques à ceux obtenus avec les ARNm issus des lignées lymphoblastoide, permettant une analyse plus rapide en s’affranchissant de l’étape d’immortalisation d’une lignée et facilitant les modalités préanalytiques en particulier de transport du sang.

Pour les variants (n= 11) dont la conséquence sur l’épissage était inconnue, l’analyse des ARNm a permis d’apporter une conclusion de l’impact des variants  et ainsi de les classer comme probablement pathogènes ou probablement bénins.

Conclusion

L’analyse des ARNm à partir d’un tube PAXgene permet une étude fiable et facilitée des transcrits cardiaques en se soustrayant de la contrainte d’accès au tissu d’expression. Les variants de classification inconnue ont pu être reclassés, améliorant ainsi le diagnostic moléculaire, le conseil génétique et permettant une meilleure prise en charge des familles.

Magalie LODIN (Paris), Flavie ADER, Céline LEDEUIL, Patricia REANT, Delphine DUPIN DEGUINE, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
15:54 - 16:04 #20151 - FL25 La génétique de susceptibilité des maladies communes dans la pratique clinique. La régulation clinique des tests des thrombophilies non-rares (TNR) dans la prédiction/prévention de la maladie thromboembolique veineuse (MTEV).
FL25 La génétique de susceptibilité des maladies communes dans la pratique clinique. La régulation clinique des tests des thrombophilies non-rares (TNR) dans la prédiction/prévention de la maladie thromboembolique veineuse (MTEV).

Introduit au lendemain de l’identification des TNR, au milieu des années 90 afin de prédire et de prévenir la maladie thromboembolique veineuse (MTEV), le bilan génétique pour les « thrombophilies non-rares » (TNR) est un exemple assez rare de test génétique de susceptibilité pour une maladie complexe à avoir franchi le pas d’un véritable usage de routine en clinique. Bien que ce test soit le plus répandu des tests de génétique post-natale en France, son usage fait encore l’objet de controverse médicale.

Cet article esquisse la trajectoire de sa régulation clinique et illustre l’importance du contexte spécifique d’usage pour comprendre sa diffusion. Cette analyse vise à nourrir une réflexion plus générale sur les enjeux que pose l’intégration clinique des tests génétiques pour les maladies communes, en considérant notamment les modalités de définition de l’utilité clinique d’un test (statistique vs biologique), des sujets du test (le cas index vs ses apparentés), et des critères en sous-tendant l’accès (modalités des calculs médico-économiques).

Mauro TURRINI (Nantes), Catherine BOURGAIN
16:04 - 16:12 #20172 - FL26 Des mutations rares du gène du Récepteur à la Prostacycline identifiées dans des patients de Dysplasie Fibromusculaire et de Dissection Spontanée de l’Artère Coronaire.
FL26 Des mutations rares du gène du Récepteur à la Prostacycline identifiées dans des patients de Dysplasie Fibromusculaire et de Dissection Spontanée de l’Artère Coronaire.

Background: Fibromuscular Dysplasia (FMD) and Spontaneous Coronary Artery Dissection (SCAD) are non-atherosclerotic arterial diseases predominantly affecting women. Little is known about their physiopathology mechanisms.

Objectives: We aim at identifying genetic causes to elucidate molecular mechanisms impaired in FMD and SCAD.

Methods: We analyzed 30 exome sequencing datasets that include familial and sporadic FMD cases and applied in silico prioritization tools. Follow-up was conducted by targeted or Sanger sequencing (1,071 FMD and 365 SCAD patients) or lookups in exome (264 FMD) or genome sequences (520 SCAD), all independent and unrelated. TRAPD burden test was used to test enrichment in patients compared to gnomAD. The biological effects of rare variants on receptor signaling and protein expression were characterized using transient overexpression in human cells.

Results: We identified a shared rare loss-of-function (LoF) variant (MAFgnomAD=0.000075) by an FMD sibling in the prostaglandin I2 receptor (IP) gene (PTGIR), a key player in vascular remodeling that was ranked as the top candidate from the in silico prioritization.  Screening or lookup in >1,300 FMD patients revealed four additional LoFs alleles carriers and a putative enrichment in FMD (PTRAPD=4×10-6), in addition to several rare missense variants. We confirmed the LoFs (Q163X and P17RfsX6) and 1 missense (L67P) to severely impair IP function in vitro. Genetic analyses of PTGIR in SCAD revealed one patient who carries Q163X, one with L67P and a one carrying a rare and novel splicing variant (c.768+1C>G).

Conclusions: Our study shows that rare genetic defaults in PTGIR are putative causes of FMD and SCAD providing evidence for prostacyclin signaling in non-atherosclerotic stenosis and dissection.

Adrien GEORGES (Paris), Juliette ALBUISSON, Takiy BERRANDOU, Délia DUPRÉ, Valentina D’ESCAMARD, Aurélien LORTHIOIR, Patrick BRUNEVAL, Antonio DI NARZO, Daniella KADIAN-DODOV, Jeffrey OLIN, Ewa WARCHOL, Alksander PREJBISZ, Andrzej JANUSZEWICZ, David ADLAM, Nicolas COMBARET, Pascal MOTREFF, Eleni GIANNOULATOU, Robert GRAHAM, Laurence AMAR, Michel AZIZI, Heather GORNIK, Santi GANESH, Jason KOVACIC, Xavier JEUNEMAITRE, Nabila BOUATIA-NAJI
16:12 - 16:20 #20198 - FL27 Révision des variants identifiés dans le cadre du diagnostic moléculaire dans les cardiomyopathies hypertrophiques : Conséquences dans la prise en charge familiale.
FL27 Révision des variants identifiés dans le cadre du diagnostic moléculaire dans les cardiomyopathies hypertrophiques : Conséquences dans la prise en charge familiale.

Introduction

Les cardiomyoapthies hypertrophiques sont des maladies de transmission majoritairement autosomique dominante. Le premier gène MYH7 impliqué dans cette maladie a été mis en évidence en 1989, depuis le spectre moléculaire s’est étendu à une vingtaine de gènes dont 5 gènes représentent 90% des patients mutés. Lorsqu’un variant causal est identifié chez un cas index, un génotypage est proposé aux apparentés et un suivi cardiologique est alors réalisé chez les porteurs du variant.

Avant l’utilisation du séquençage haut débit seuls les 5 gènes majeurs étaient séquencés. Dans les cardiomyopathies (CM), la fréquence allèlique des variants potentiellement causaux doit être < 0.01% (Walsh, 2017). L’accès aux bases de données de  populations  (GnomAD) nous a amené à reclassifier des variants considérés préalablement pathogènes. Le but de ce travail a été d’évaluer l’intérêt du re-séquençage d'un panel de gènes de CM chez des patients porteurs de variants dont la pathogénicité est remise en cause.

Patients et méthodes

142 familles porteuses d’un des 17 variants initialement interprétés pathogènes ont été sélectionnées. Pour 46 d’entre elles, du diagnostic pré-symtpmatique (DPS) avait été réalisé et elles ont donc bénéficié du séquençage d’un panel de 51 gènes de cardiomyopathies. Les variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été retenus pour l’analyse. Les apparentés ont été testés en séquençage Sanger pour ces variants.

Résultats

Une autre cause moléculaire certaine/probable a été retrouvée dans 15 familles (32%). Les nouveaux variants ont été identifié dans 12 gènes non testés au moment du 1er diagnostic. Parmi les patients porteurs de variants récurrents, aucun variants commun n’a été identifié. Ces résultats sont cohérents avec l’hétérogénité génétique et allélique de la maladie. Aucun variant causal n’a été retrouvé chez 31 de ces cas index.

Concernant les apparentés (43 individus), parmi 22 DPS négatifs réalisés, 14 ne sont porteurs d’aucun nouveau variant et le suivi cardiaque n’est pas modifié.  Huit sont porteurs du nouveau variant et une reprise du suivi cardiaque leur est proposée. Pour les 21 patients positifs pour le premier variant incluant 18 DPS, 13 sont porteurs du nouveau variant causal et le suivi cardiologique n’a pas été modifié. Huit DPS sont indemnes du nouveau variant et leur suivi cardiaque a été levé.

Dans les familles dans lesquelles aucun nouveau variant n’a été identifié, un suivi cardiologique a été proposé aux apparentés de premier degré comme dans toute famille non génotypée.

Conclusion :

La réanalyse des cas index porteurs de variants remis en cause par séquençage haut débit a permis d’identifier une nouvelle cause moléculaire dans 1/3 des cas. La prise en charge cardiologique de ces patients et leurs apparentés a été adaptée selon ces nouveaux résultats. Ce travail montre l’intéret de la révision moléculaire dans le cadre des cardiomyopathies afin d’adapter la prise en charge des patients et de leur famille.

 

Flavie ADER (PARIS), Adrien BORGEL, Alexandre MOERMAN, Patricia REANT, Caroline ROORYCK-THAMBO, Philippe CHARRON, Pascale RICHARD
16:20 - 16:28 #20205 - FL28 Spectre génétique de la dyskinésie ciliaire primitive en Tunisie et identification d'un allèle majeur Méditerranéen.
FL28 Spectre génétique de la dyskinésie ciliaire primitive en Tunisie et identification d'un allèle majeur Méditerranéen.

La dyskinésie ciliaire primitive (DCP) est une ciliopathie héréditaire rare (1/20 000 à 1/2 000 naissances selon les populations) et génétiquement hétérogène (plus de 40 gènes impliqués). Cette maladie est due à un défaut de mobilité des cils mobiles (cils de l’épithélium respiratoire, du tractus génital féminin, cil nodal) et du flagelle des spermatozoïdes. Ce défaut entraine une altération de la clairance mucociliaire (infections chroniques des voies respiratoires hautes et basses), un défaut de latéralisation des organes (situs inversus) chez 50% des patients et fréquemment une hypofertilité masculine (asthénospermie) et féminine (défaut de mobilité des cils tubaires).

Le spectre mutationnel actuel de la DCP a principalement été étudié chez des patients d’origine européenne; il existe notamment peu de données concernantles patients Nord-Africains. L’objectif del’étuded’une cohorte de patients tunisiensétait double: i), confirmer par la génétique moléculaire le diagnostic suspecté cliniquement (score PICADAR) et ii) explorer le spectre génétique de la DCP danscette population.

Quarante patients (34 familles) avec forte suspicion clinique de DCP ont été recrutés au sein de 8départements de pédiatrie tunisiens. Pour chaque cas index, les 42 gènes de DCP ont été séquencés par un panel ciblé.

L’étude des 42 gènes a identifié des mutations bi-alléliques dans 82% (28/34) des familles. Les mutations ont été mises en évidence dans huit gènes connus: CCDC39 (44%), DNAH5 (12%), HYDIN (9%), TTC25 (6%), DRC1 (3%), DNAI1 (3%), CCDC151 (3%) et RSPH9 (3%).Le spectre des gènes impliqués chez les patients tunisiens étudiés est très différent de celui décrit dans la littérature. En effet, les 5 gènes décrits comme les plus fréquemment impliqués – au sein de populations majoritairement d’origine européenne – sont: DNAH5 (19%), DNAH11 (9%), CCDC40 (8,5%), CCDC39 (7%) et DNAI1 (6,5%).

Près d’un quart (23,5%) des patients tunisiens indépendants portaient la mutation c.2190del de CCDC39. La cartographie par puce SNP du locus CCDC39 chez 6 patients Nord-Africains (deux Tunisiens, deux Algériens et deux Marocains) non apparentés et porteurs de c.2190del  a révélé un fragment chromosomique ancestral commun (1,9 à 3,7 Mb) confirmant l’effet fondateur. En utilisant la méthode du déséquilibre de liaison «Gamma», nous avons estimé que l’ancêtre commun le plus récent porteur de c.2190del a vécu au moins 1400 à 1750 ans plus tôt.

L'identification de cet allèle majeur nous permet deproposer une stratégie de diagnostic génétique pour les patients Nord-Africainsprésentant des signes cliniques très évocateurs de DCP. Une première étape decriblage de la mutation fondatrice c.2190del par PCR-RFLP (abolition d’un site de restriction MboII) permettrait de confirmer le diagnostic chez un quart des patients. Dans un second temps, l’exploration des 42 gènes de DCP par une approche NGS pourrait élucider jusqu’à 80% des cas avec forte suspicion clinique.

Rahma MANI, Sabrina BELKACEM, Zohra SOUA, Sandra CHANTOT, Guy MONTANTIN, Sylvie TISSIER, Bruno COPIN, Jihen BOUGUILA, Nicolas RIVE LE GOUARD, Lamia BOUGHAMOURA, Salma BEN AMEUR, Mongia HACHICHA, Raoudha BOUSSOFFARA, Khadija BOUSSETTA, Samia HAMOUDA, Abir BEDOUI, Habib BESBES, Seif MEDDEB, Karima CHRAEIT, Monia KHLIFA, Estelle ESCUDIER, Serge AMSELEM, Imed MABROUK, Marie LEGENDRE (Paris)
Salle 1
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